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A C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0181655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.26;QD=21.2933;RBI=0.0246415;REFB=-0.0175884;REVB=-0.0166499;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.520644;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0228059;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:25:25:25:0.5:10:15:13:10:10:15:14:11 chr1 909768 . A G 2357.15 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.407;QD=60.8297;RBI=0.0396784;REFB=0;REVB=-0.0357182;RO=0;SAF=55;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34883e-07;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:152:155:1:97:55:0:0:100:55:0:0 chr1 911595 . A G 2268.79 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740256;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.391;QD=62.5873;RBI=0.077679;REFB=0;REVB=-0.0235422;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366258;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:144:145:1:78:66:0:0:78:67:0:0 chr1 914333 . C G 827.57 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.595;QD=54.2666;RBI=0.0301793;REFB=-0.0712816;REVB=0.0186626;RO=0;SAF=12;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66608e-08;STB=0.518512;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00056273;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:58:60:0.983607:46:12:0:0:47:13:1:0 chr1 914852 . G C 258.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0330037;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8387;QD=16.1345;RBI=0.0383932;REFB=-0.0109453;REVB=0.0196161;RO=35;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670122;STB=0.537871;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0209069;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:9:20:22:13:9:20:22:13 chr1 914876 . T C 1490.65 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500714;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.369;QD=63.4318;RBI=0.0197653;REFB=0;REVB=0.0191206;RO=0;SAF=64;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01462e-06;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:29:64:0:0:30:64:0:0 chr1 914940 . T C 301.97 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0617343;FXX=0.0661102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2078;QD=10.6892;RBI=0.0633215;REFB=-0.0326347;REVB=-0.0140886;RO=74;SAF=9;SAR=29;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394737;STB=0.732979;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0597438;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:75:38:38:0.336283:29:9:42:32:29:9:43:32 chr1 915227 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000922946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.525;QD=50.4114;RBI=0.0509367;REFB=0;REVB=-0.0509284;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049159;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr1 915264 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0235253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.764;QD=8.24621;RBI=0.0246987;REFB=0.000844779;REVB=-0.00752224;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11206;STB=0.571205;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00182046;OID=.;OPOS=915264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:12:3:1:6:12:3 chr1 916549 . A G 1586.15 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7369;QD=64.0868;RBI=0.0811575;REFB=0;REVB=-0.034325;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146631;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr1 948921 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4522;QD=62.0213;RBI=0.0556035;REFB=0;REVB=-0.0437301;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907784;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr1 949608 . G A 705.63 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0147172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=27.4031;RBI=0.0200619;REFB=-0.00835525;REVB=0.013634;RO=38;SAF=31;SAR=34;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051488;STB=0.52791;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00619428;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:65:65:0.631068:34:31:21:17:34:31:21:17 chr1 949654 . A G 324.86 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00252131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.822;QD=12.6158;RBI=0.00331055;REFB=-0.00599269;REVB=0.0021454;RO=64;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075886;STB=0.543261;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00754695;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:18:21:30:34:18:21:30:34 chr1 949831 . C T 326.71 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0435413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.239;QD=15.021;RBI=0.0436513;REFB=-0.00561553;REVB=-0.00309688;RO=48;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134723;STB=0.573728;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00743832;OID=.;OPOS=949831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:51:36:36:0.413793:24:12:22:26:24:12:23:28 chr1 980824 . G C 246.93 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00544772;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.453;QD=17.9587;RBI=0.0137724;REFB=-0.0101551;REVB=-0.0126491;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205382;STB=0.624905;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00939726;OID=.;OPOS=980824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:18:9:15:12:18:9:16:12 chr1 981131 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.034641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7106;QD=21.747;RBI=0.0346828;REFB=0.0172202;REVB=0.00170214;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122935;STB=0.568903;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0328204;OID=.;OPOS=981131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:8:12:10:12:8:12 chr1 981931 . A G 109.56 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00484114;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7756;QD=13.2794;RBI=0.0119521;REFB=-0.000232838;REVB=-0.0109277;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158812;STB=0.593758;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00119099;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:9:11:9:4:9:11 chr1 982994 . T C 668.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8729;QD=62.2041;RBI=0.110853;REFB=0;REVB=-0.0816054;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234329;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 984302 . T C 1433.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.247;QD=63.015;RBI=0.0685182;REFB=0;REVB=0.017183;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74324e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:52:37:0:0:52:39:0:0 chr1 985166 . G A 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00454213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.42;QD=15.6247;RBI=0.0304065;REFB=-0.0212193;REVB=-0.0300653;RO=23;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11917;STB=0.56953;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0443217;OID=.;OPOS=985166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:2:15:19:4:2:15:19:4 chr1 986443 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.856;QD=46.8446;RBI=0.0779669;REFB=0;REVB=0.0665958;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197339;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 987200 . C T 1463.61 PASS AF=0.99;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154324;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.625;QD=58.5442;RBI=0.0156361;REFB=-0.0256202;REVB=0.00251576;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504504;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-7.87524e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:100:1:1:99:99:0.99:44:55:1:0:44:55:1:0 chr1 990280 . C T 2099.62 PASS AF=0.985294;AO=129;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0643682;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3028;QD=61.7536;RBI=0.0756928;REFB=-0.0666391;REVB=0.0398263;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.503184;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00245033;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:129:134:0.985294:73:56:0:0:78:56:0:1 chr1 990806 . G A 1077.55 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0433164;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.657;QD=57.4692;RBI=0.0644265;REFB=0.0233337;REVB=0.0476913;RO=2;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262606;STB=0.513885;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=6.904e-05;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:75:2:2:73:73:0.973333:35:38:0:2:35:38:0:2 chr1 990839 . C T 319.57 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0512233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.76;QD=15.9782;RBI=0.0600098;REFB=-0.0080826;REVB=0.0312624;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185653;STB=0.510723;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0113221;OID=.;OPOS=990839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:45:45:33:35:0.4375:17:16:21:24:18:17:21:24 chr1 1007203 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.114;QD=37.4885;RBI=0.03285;REFB=0;REVB=0.00252063;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042403;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 1026707 . C A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.506;QD=62.7621;RBI=0.0294578;REFB=0;REVB=0.0277661;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51781e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 1114668 . G A 233.49 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00331104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.574;QD=16.9808;RBI=0.00537015;REFB=-0.0328754;REVB=0.00422795;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113145;STB=0.563588;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0327518;OID=.;OPOS=1114668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:11:18:13:13:11:18 chr1 1116222 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGGC,CGGGGGGGT 75.32 PASS AF=0.727273,0.181818;AO=6,2;DP=11;FAO=8,2;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.263778,-0.264867;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=62.8614,6.9376;QD=27.3901;RBI=0.264173,0.329066;REFB=-0.0249241,0.133561;REVB=0.0144521,0.195269;RO=0;SAF=0,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533253,0.665164;STBP=0.649,0.662;TYPE=snp,del;VARB=-0.0259775,-0.0780872;OID=.,.;OPOS=1116231,1116223;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGGGGGGGGC,CGGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.181818:6,2:11:8,2:11:1:1,1:7,1:0:1:8:0:0,1:6,1:0:0 chr1 1118275 . C T 330.38 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.009786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.713;QD=13.4848;RBI=0.0222665;REFB=-0.0177371;REVB=0.0200008;RO=60;SAF=21;SAR=16;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000994681;STB=0.506446;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0290554;OID=.;OPOS=1118275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:16:21:34:26:16:21:34:27 chr1 1120431 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.000916859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.843;QD=11.8414;RBI=0.0414174;REFB=0.00192305;REVB=0.0414073;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385625;STB=0.72211;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00208164;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:7:16:13:26:7:16:13:26 chr1 1139202 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0209818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.713;QD=7.04767;RBI=0.0442258;REFB=-0.0184589;REVB=-0.0389317;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.59976;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0412829;OID=.;OPOS=1139202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:8:14:4:4:8:14 chr1 1147422 . C T 442.21 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.155;QD=57.0594;RBI=0.0154435;REFB=0;REVB=0.0151719;RO=0;SAF=26;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258232;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:28:31:1:2:26:0:0:4:27:0:0 chr1 1148100 . G C 307.35 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0141975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.763;QD=21.5685;RBI=0.0193467;REFB=-0.0084064;REVB=-0.0131426;RO=25;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29405;STB=0.648431;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00761845;OID=.;OPOS=1148100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:22:9:16:9:22:10:16:9 chr1 1153113 . G A 546.25 PASS AF=0.543689;AO=50;DP=98;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0255692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0933;QD=21.2134;RBI=0.0301311;REFB=-0.0590891;REVB=0.0159404;RO=47;SAF=15;SAR=35;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19972;STB=0.563887;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0656807;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:47:47:50:56:0.543689:35:15:24:23:35:21:24:23 chr1 1156131 . T C 680.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.73;QD=61.856;RBI=0.0184038;REFB=0;REVB=-0.0100655;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85117e-05;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr1 1158631 . A G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.431;QD=57.2344;RBI=0.0310479;REFB=-0.0596331;REVB=-0.0144728;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000175812;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:1:0:23:43:1:0 chr1 1196374 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0427286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.154;QD=16.0341;RBI=0.0430041;REFB=-0.0195275;REVB=0.00485985;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12016;STB=0.559262;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0267093;OID=.;OPOS=1196374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:8:12:13:14:8:12:14:14 chr1 1220954 . G A 878.73 PASS AF=0.428571;AO=96;DP=225;FAO=96;FDP=224;FR=.;FRO=128;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.0215039;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5271;QD=15.6916;RBI=0.0770927;REFB=-0.0114027;REVB=0.0740329;RO=127;SAF=53;SAR=43;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14508;STB=0.578415;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0166668;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:127:128:96:96:0.428571:43:53:52:75:43:53:53:75 chr1 1223385 . G C 362.11 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0118439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.194;QD=15.4088;RBI=0.0118456;REFB=-0.00765808;REVB=-0.000198236;RO=53;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222874;STB=0.625343;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0131425;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:15:24:21:32:15:24:22:33 chr1 1226292 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0169793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.989;QD=15.1662;RBI=0.0191826;REFB=-0.013017;REVB=0.00892624;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0170706;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:8:7:9:10:8:7:9:11 chr1 1226348 . C G 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0185705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.34;QD=32.6191;RBI=0.0268722;REFB=-0.111714;REVB=0.019423;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405554;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0182051;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:3:4:15:15:0.789474:8:7:1:2:8:7:2:2 chr1 1226757 . G A 56.55 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0255446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.191;QD=11.9049;RBI=0.0354859;REFB=-0.0249192;REVB=-0.0246318;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0548;OID=.;OPOS=1226757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr1 1226889 . G A 161.49 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=-0.0125061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6011;QD=10.5897;RBI=0.0147979;REFB=0.00496251;REVB=-0.00791042;RO=40;SAF=17;SAR=4;SRF=35;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132256;STB=0.576112;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00967575;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:4:17:35:5:4:17:35:5 chr1 1234762 . AG A 141.03 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0178912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8198;QD=11.7521;RBI=0.209542;REFB=0.120925;REVB=0.208777;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688945;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=-0.0694828;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:25:48:25:48:23:12:13:10:13:99:17:12:13:8:9 chr1 1242468 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.013867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.657;QD=8.40197;RBI=0.0200289;REFB=-0.0123458;REVB=0.0144521;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0253502;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:4:5:8:12:4:5:8:13 chr1 1246004 . A G 1097.15 PASS AF=1;AO=58;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.071;QD=59.3053;RBI=0.0427492;REFB=0;REVB=0.012761;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222027;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:58:74:1:16:42:0:0:27:47:0:0 chr1 1246005 . T G 81.06 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0177593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.0254;QD=4.38138;RBI=0.0605933;REFB=-0.0213027;REVB=0.0579324;RO=60;SAF=3;SAR=11;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58837;STB=0.86413;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0119402;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:74:74:60:60:14:14:0.189189:11:3:44:16:11:3:44:16 chr1 1254255 . G A 46.41 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00867051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.922;QD=14.2809;RBI=0.0369434;REFB=-0.0319144;REVB=-0.0359115;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0302302;OID=.;OPOS=1254255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:5:1:1:5:5:2:1:5 chr1 1254436 . A G 417.37 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0106407;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.743;QD=18.7581;RBI=0.0172703;REFB=-0.0102304;REVB=0.013603;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241926;STB=0.634756;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0104135;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:26:16:30:17:26:16:30:17 chr1 1254443 . G A 413.75 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0115456;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.62;QD=18.3889;RBI=0.0124344;REFB=-0.018227;REVB=0.0046165;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220475;STB=0.6269;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0209642;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:48:48:41:42:0.466667:24:17:31:17:25:17:31:17 chr1 1262966 . C T 140.59 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.126793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7477;QD=22.494;RBI=0.130371;REFB=-0.0263248;REVB=-0.0303322;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0248804;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:4:6:8:7:4:6 chr1 1263144 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=-0.0211482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.169;QD=13.3421;RBI=0.0295925;REFB=-0.0261603;REVB=-0.0206996;RO=31;SAF=3;SAR=18;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107308;STB=0.522706;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0432738;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:18:3:3:28:18:3:4:28 chr1 1268159 . C T 285.77 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00330626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.061;QD=21.9822;RBI=0.00340638;REFB=-0.0213314;REVB=-0.000819791;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251087;STB=0.637982;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0230418;OID=.;OPOS=1268159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:4:19:15:14:4:19 chr1 1269004 . C T 290.65 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0522593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4816;QD=16.6083;RBI=0.0901934;REFB=-0.0293306;REVB=0.0735107;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010943;STB=0.500989;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0327028;OID=.;OPOS=1269004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:36:38:32:32:0.457143:11:21:24:12:11:21:25:13 chr1 1269554 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.992;QD=56.9569;RBI=0.0485166;REFB=0;REVB=0.0477682;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001115;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 1271647 . CCAC CCA,CGCA,GCAC 1009.6 PASS AF=0.870588,0.0235294,0.105882;AO=10,4,7;DP=83;FAO=74,2,9;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30,2,9;FSAR=44,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901681,-0.0624405,-0.0638768;FXX=0;HRUN=2,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=17.0548,145.672,162.528;QD=47.5107;RBI=1.07786,0.0630656,0.0640028;REFB=-0.00701872,-0.0375331,-0.0119297;REVB=1.07408,0.00885743,-0.00401386;RO=44;SAF=10,4,7;SAR=0,0,0;SRF=2;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.873647,0.843073,0.864214;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0286927,0.121162,0.152514;OID=.,.,.;OPOS=1271650,1271648,1271647;OREF=C,CAC,C;OALT=-,GCA,G;OMAPALT=CCA,CGCA,GCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:31:83:85:44:0:10,4,7:74,2,9:0.870588,0.0235294,0.105882:0,0,0:10,4,7:2:42:44,0,0:30,2,9:0:0 chr1 1273116 . A G 555.59 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0214207;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5823;QD=16.8361;RBI=0.0387736;REFB=-0.00657205;REVB=-0.0323194;RO=71;SAF=17;SAR=42;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119281;STB=0.577334;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0133321;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:71:73:59:59:0.44697:42:17:28:43:42:17:30:43 chr1 1277533 . T C 1424.16 PASS AF=0.970588;AO=90;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0420807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3051;QD=55.8493;RBI=0.0462061;REFB=-0.0794841;REVB=0.0190844;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518515;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000761872;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:102:0:3:90:99:0.970588:37:53:0:0:39:60:0:3 chr1 1310074 . C G 635.55 PASS AF=1;AO=24;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.002;QD=62.0044;RBI=0.0962231;REFB=0;REVB=0.0647706;RO=1;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102337;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:24:41:1:5:19:0:1:17:24:0:0 chr1 1354594 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0137568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.273;QD=13.4591;RBI=0.0237769;REFB=-0.00348324;REVB=-0.019393;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168771;STB=0.60869;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0068594;OID=.;OPOS=1354594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:9:7:15:10:9:7:16:10 chr1 1361633 . G A 326.81 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.027583;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.924;QD=48.4168;RBI=0.0340735;REFB=-0.07568;REVB=0.0200045;RO=2;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131699;STB=0.571368;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00127856;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:19:6:2:0:19:6:2:0 chr1 1361641 . C T 283.89 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0150182;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.319;QD=43.6748;RBI=0.029849;REFB=-0.014974;REVB=0.0257957;RO=3;SAF=6;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.557325;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000134041;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:17:6:2:1:17:6:2:1 chr1 1375810 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.569;QD=39.2065;RBI=0.0735402;REFB=0;REVB=0.0482259;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741132;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 1376214 . C G 552.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.146;QD=58.2074;RBI=0.0266275;REFB=0;REVB=0.0253261;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556041;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:17:18:0:0:20:18:0:0 chr1 1376567 . A G 742.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.657;QD=63.2154;RBI=0.0498149;REFB=0;REVB=0.0408033;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4984e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:27:18:0:0:28:19:0:0 chr1 1378173 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.104;QD=56.7066;RBI=0.127125;REFB=0;REVB=-0.00925804;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247198;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:27:2:0:0:27:2:0:0 chr1 1387764 . G A 1431.52 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0108796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.029;QD=57.8393;RBI=0.0211801;REFB=-0.208983;REVB=0.0181722;RO=5;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307291;STB=0.51623;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00112661;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:5:5:94:94:0.949495:45:49:1:4:45:49:1:4 chr1 1390875 . C T 786.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.557;QD=55.2169;RBI=0.0424673;REFB=0.0134191;REVB=6.09528e-05;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.18166e-05;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr1 1479332 . CA C,CG 556.64 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=12,25;DP=39;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195812,-0.0137495;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.6054,70.9086;QD=58.5941;RBI=0.0195995,0.143207;REFB=0,0;REVB=-0.000846101,0.142546;RO=0;SAF=0,20;SAR=12,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.051786,0.0217662;OID=.,.;OPOS=1479333,1479333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:12,25:39:1,37:38:0:0,21:1,16:0:0:6:0:0,20:12,5:0:0 chr1 1510801 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3743;QD=53.275;RBI=0.0485597;REFB=0;REVB=0.0152372;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122655;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 1511104 . G C 681.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5995;QD=61.9844;RBI=0.021909;REFB=0;REVB=0.0143959;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692698;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr1 1558792 . T C 255.95 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.73;QD=51.1905;RBI=0.0373013;REFB=0;REVB=-0.00857264;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163291;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr1 1562437 . C G 359.35 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000337843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4431;QD=19.9639;RBI=0.0560218;REFB=-0.00973401;REVB=-0.0560207;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290706;STB=0.51612;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00495776;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:21:14:16:21:21:14 chr1 1562536 . G A 223.65 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00561542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.379;QD=19.4482;RBI=0.0449728;REFB=-0.00504281;REVB=0.0446208;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160305;STB=0.609278;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00840114;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:10:12:8:14:10:12:8:16 chr1 1588670 . G A 458.42 PASS AF=0.320652;AO=57;DP=190;FAO=59;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0670895;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.112;QD=9.96568;RBI=0.0706251;REFB=-0.020109;REVB=-0.022066;RO=101;SAF=31;SAR=26;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658894;STB=0.553127;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0412153;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:184:101:125:57:59:0.320652:26:31:49:52:27:32:58:67 chr1 1588717 . G A 455.04 PASS AF=0.304124;AO=59;DP=193;FAO=59;FDP=194;FR=.;FRO=135;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=-0.0151617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.359;QD=9.38227;RBI=0.0151696;REFB=-0.0044282;REVB=0.00049116;RO=134;SAF=34;SAR=25;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170333;STB=0.596252;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00984187;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:134:135:59:59:0.304124:25:34:58:76:25:34:59:76 chr1 1588737 . C T 317.14 PASS AF=0.265896;AO=46;DP=173;FAO=46;FDP=173;FR=.;FRO=127;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=0.00583995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.012;QD=7.33281;RBI=0.00827175;REFB=0.00200498;REVB=0.00585805;RO=127;SAF=26;SAR=20;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162188;STB=0.59617;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00282887;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:127:127:46:46:0.265896:20:26:55:72:20:26:55:72 chr1 1588743 . A T 280.1 PASS AF=0.254545;AO=42;DP=165;FAO=42;FDP=165;FR=.;FRO=123;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=0.00769805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.733;QD=6.79036;RBI=0.019572;REFB=-0.00322098;REVB=-0.0179945;RO=123;SAF=22;SAR=20;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085134;STB=0.550926;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00982779;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:123:123:42:42:0.254545:20:22:56:67:20:22:56:67 chr1 1588744 . AGCG A 273.36 PASS AF=0.261438;AO=40;DP=158;FAO=40;FDP=153;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0132972;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.348;QD=7.14659;RBI=0.013392;REFB=0.00154882;REVB=-0.00159045;RO=114;SAF=22;SAR=18;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126614;STB=0.566091;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=-0.00824095;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261438:40:158:40:153:113:22:18:52:61:99:114:22:18:51:63 chr1 1599812 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00362564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.91;QD=4.01766;RBI=0.0432518;REFB=-0.0135581;REVB=-0.0430996;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393441;STB=0.762867;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0296051;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:9:19:2:4:9:19 chr1 1599888 . A G 139.17 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0210003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.724;QD=9.12596;RBI=0.0288878;REFB=0.00165207;REVB=0.0198366;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140456;STB=0.583104;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00495457;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:17:25:9:10:17:25 chr1 1635004 . T C 2262.54 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00806151;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.352;QD=61.9875;RBI=0.00842728;REFB=-0.0191163;REVB=0.00245582;RO=2;SAF=73;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132054;STB=0.506943;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=3.48956e-05;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:71:73:0:2:71:73:0:2 chr1 1635749 . C A 804.16 PASS AF=0.895522;AO=60;DP=67;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0121278;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=138.586;QD=48.0096;RBI=0.0404963;REFB=-0.158844;REVB=0.0386376;RO=5;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887252;STB=0.563615;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00136213;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:67:67:5:7:60:60:0.895522:24:36:0:5:24:36:0:7 chr1 1636044 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000183825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.138;QD=61.3364;RBI=0.0339498;REFB=0;REVB=0.0339493;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7865e-05;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr1 1636274 . C T 1293.43 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00735822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.864;QD=59.4681;RBI=0.03631;REFB=-0.0751315;REVB=0.0355566;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210442;STB=0.511108;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000725121;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:44:41:0:2:44:41:0:2 chr1 1647814 . T C 672.45 PASS AF=0.377358;AO=80;DP=212;FAO=80;FDP=212;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=0.00403843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.841;QD=12.6877;RBI=0.0102702;REFB=-0.00633737;REVB=0.00944292;RO=130;SAF=42;SAR=38;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211285;STB=0.50331;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0119379;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:130:132:80:80:0.377358:38:42:68:62:38:42:70:62 chr1 1647871 . T C 774.89 PASS AF=0.42029;AO=87;DP=207;FAO=87;FDP=207;FR=.;FRO=120;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.0169263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2481;QD=14.9737;RBI=0.0254647;REFB=-0.0143487;REVB=0.019025;RO=117;SAF=46;SAR=41;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163938;STB=0.502172;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0201547;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:117:120:87:87:0.42029:41:46:60:57:41:46:63:57 chr1 1647893 . C CTTTCTT 365.87 PASS AF=0.307229;AO=43;DP=179;FAO=51;FDP=166;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0144157;FXX=0.023528;HRUN=3;LEN=6;MLLD=175.811;QD=8.81623;RBI=0.0323156;REFB=-0.0144195;REVB=-0.028922;RO=127;SAF=20;SAR=23;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116705;STB=0.5712;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.0286877;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307229:43:179:51:166:115:24:27:66:49:99:127:20:23:71:56 chr1 1650787 . T C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=3.01301e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.1;QD=27.2771;RBI=0.020848;REFB=-0.0169879;REVB=0.020848;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135103;STB=0.574416;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0110395;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:13:6:14:14:13:6 chr1 1650797 . A G 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0123752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.435;QD=23.8368;RBI=0.0137375;REFB=-0.00558568;REVB=0.00596421;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048505;STB=0.52446;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00126335;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:22:32:32:0.592593:15:17:12:8:15:17:13:9 chr1 1650801 . T C 323.87 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00676619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.891;QD=21.5911;RBI=0.0174704;REFB=-0.00549585;REVB=0.016107;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465361;STB=0.525677;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00343272;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:15:19:13:13:15:19:13:13 chr1 1650807 . T C 215.36 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0234371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.594;QD=13.0518;RBI=0.0245067;REFB=-0.0288768;REVB=-0.00716104;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150644;STB=0.611423;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0421748;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:40:26:26:0.393939:9:17:19:18:9:17:19:21 chr1 1650832 . A G 483.89 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000512844;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.558;QD=23.3198;RBI=0.0248298;REFB=-0.00587929;REVB=0.0248245;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355444;STB=0.533354;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00482269;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:35:37:46:46:0.554217:19:27:19:16:19:27:19:18 chr1 1650845 . G A 335.8 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0146863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.335;QD=14.5998;RBI=0.019337;REFB=-5.06489e-05;REVB=-0.012579;RO=53;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350772;STB=0.508231;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=4.77889e-05;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:55:37:37:0.402174:18:19:29:24:18:19:29:26 chr1 1654058 . C T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.625;QD=32.822;RBI=0.0218643;REFB=-0.0351109;REVB=0.0178847;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000894904;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr1 1654064 . A T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000208563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.031;QD=32.821;RBI=0.00667203;REFB=-0.0277611;REVB=-0.00666877;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00516032;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr1 1654065 . AGCG A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313133;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=359.911;QD=32.822;RBI=0.0370059;REFB=-0.0202013;REVB=0.0197208;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00382701;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:9:10:9:10:1:3:6:0:1:6:1:3:6:0:1 chr1 1683565 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.952;QD=57.3858;RBI=0.023264;REFB=0;REVB=0.00357922;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95435e-05;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:18:38:0:0:19:38:0:0 chr1 1686040 . G T 707.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.38;QD=62.9157;RBI=0.0170557;REFB=0;REVB=-0.00466129;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42447e-05;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr1 1823922 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.659;QD=53.9111;RBI=0.00361579;REFB=0;REVB=0.00336571;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54233e-05;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 1846765 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00485899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.324;QD=17.0949;RBI=0.00628431;REFB=-0.00163728;REVB=-0.00398533;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166008;STB=0.592763;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00161911;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:14:27:17:18:14:27 chr1 1849529 . A G 536.5 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0466463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.415;QD=29.3974;RBI=0.0467858;REFB=-0.0154977;REVB=0.00361002;RO=25;SAF=23;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024778;STB=0.513446;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00994018;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:48:48:0.657534:25:23:11:14:25:23:11:14 chr1 1854109 . A G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00781271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.757;QD=25.2442;RBI=0.0360384;REFB=-0.0175733;REVB=-0.0351813;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572719;STB=0.531769;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0151472;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:11:11:16:12:11:11 chr1 1861582 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0112466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.074;QD=19.7364;RBI=0.0114634;REFB=-0.0234133;REVB=-0.00221867;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168197;STB=0.593821;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.020549;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:27:11:17:20:27:11:17:20 chr1 1873514 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.120825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5495;QD=12.4819;RBI=0.122869;REFB=-0.0348651;REVB=-0.0223223;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296694;STB=0.64494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.032417;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:19:19:11:12:0.387097:5:6:5:14:6:6:5:14 chr1 1873525 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0629062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.815;QD=12.6368;RBI=0.064592;REFB=0.0109727;REVB=-0.0146608;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137569;STB=0.580526;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0278159;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:7:14:7:6:7:14 chr1 1887019 . A G 224.78 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0075438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.85;QD=23.6607;RBI=0.013869;REFB=-0.00975558;REVB=-0.0116378;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862618;STB=0.578877;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0060996;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:16:21:22:0.578947:11:10:5:9:11:11:5:11 chr1 1896440 . G A 426.77 PASS AF=0.494253;AO=39;DP=83;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00795591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0833;QD=19.6216;RBI=0.0132384;REFB=-0.0182018;REVB=0.0105811;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906112;STB=0.552438;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0269215;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:43:44:39:43:0.494253:18:21:19:24:19:24:20:24 chr1 1900106 . T TCTC 456.77 PASS AF=0.385185;AO=51;DP=140;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00106168;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.376;QD=13.5341;RBI=0.0279348;REFB=-0.0133325;REVB=-0.0279147;RO=85;SAF=32;SAR=19;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187249;STB=0.610185;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.0173236;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385185:51:140:52:135:83:33:19:38:45:99:85:32:19:39:46 chr1 1905565 . C T 505.38 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00988646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.858;QD=20.215;RBI=0.0329068;REFB=-0.0171313;REVB=0.0313866;RO=49;SAF=3;SAR=46;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500664;STB=0.782297;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0155251;OID=.;OPOS=1905565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:51:49:49:0.49:46:3:16:33:46:3:16:35 chr1 1916890 . C T 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.26;QD=60.8828;RBI=0.0515225;REFB=0;REVB=0.0128279;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150989;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr1 1957037 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0297067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.019;QD=20.5427;RBI=0.0311245;REFB=-0.0112371;REVB=-0.00928706;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127855;STB=0.571853;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00957465;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:15:10:13:11:15:10 chr1 1987993 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.94;QD=63.5824;RBI=0.0253443;REFB=0;REVB=-0.00527275;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04005e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr1 1991014 . A G 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00942573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.181;QD=12.6243;RBI=0.0118623;REFB=-0.0116477;REVB=-0.0072021;RO=69;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142926;STB=0.512793;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0198392;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:70:43:43:0.380531:23:20:33:36:23:20:34:36 chr1 2005740 . T C 432.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503145;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.66;QD=57.7135;RBI=0.0720228;REFB=0;REVB=0.0515338;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123842;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 2144982 . G T 797.62 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1452;QD=56.9726;RBI=0.0965071;REFB=0;REVB=0.0700405;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0137804;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:27:27:0:0:29:27:0:0 chr1 2145524 . G A 182.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0253227;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.354;QD=18.2803;RBI=0.0256103;REFB=-0.0065304;REVB=-0.0038278;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035222;STB=0.519979;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00551999;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:7:14:12:7:7:14 chr1 2340093 . G C 38.59 PASS AF=0.126761;AO=10;DP=70;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0478091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9882;QD=2.17414;RBI=0.0479378;REFB=-0.00965384;REVB=0.0035105;RO=59;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634671;STB=0.915396;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.137248;OID=.;OPOS=2340093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:71:59:62:10:9:0.126761:1:9:20:39:1:8:22:40 chr1 2340200 . T C 696.72 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000237734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0543;QD=61.9302;RBI=0.0114009;REFB=0;REVB=-0.0113984;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010832;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr1 2399119 . A G 1587.77 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0009657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.753;QD=64.1524;RBI=0.0105608;REFB=0;REVB=0.0105165;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05474e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:53:46:0:0 chr1 2433900 . C T 78.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00292148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.54;QD=14.9742;RBI=0.0534573;REFB=-0.0151734;REVB=0.0533774;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294979;STB=0.517207;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0174742;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:8:3:3:7:8:3 chr1 2441358 . T C 221.29 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0291233;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.607;QD=19.67;RBI=0.0334398;REFB=-0.0147872;REVB=-0.0164334;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.538426;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0162101;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:21:22:0.488889:13:8:10:13:14:8:10:13 chr1 2452569 . T C 481.27 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=0.0341088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4012;QD=12.9201;RBI=0.056114;REFB=-0.00277399;REVB=-0.0445574;RO=91;SAF=25;SAR=30;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906236;STB=0.55968;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00458342;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:91:94:55:55:0.369128:30:25:34:57:30:25:34:60 chr1 2488153 . A G 4453.63 PASS AF=0.880886;AO=317;DP=360;FAO=318;FDP=361;FR=.;FRO=43;FSAF=161;FSAR=157;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00601662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.894;QD=49.3477;RBI=0.00602109;REFB=-0.0343525;REVB=0.000231947;RO=40;SAF=161;SAR=156;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167743;STB=0.504904;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000607432;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:361:40:43:317:318:0.880886:156:161:20:20:157:161:20:23 chr1 2488155 . A C 87.47 PASS AF=0.0886427;AO=33;DP=361;FAO=32;FDP=361;FR=.;FRO=329;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=165;FSRR=164;FWDB=-0.125481;FXX=0.00276235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1509;QD=0.969251;RBI=0.131116;REFB=-0.0175782;REVB=-0.0380276;RO=328;SAF=18;SAR=15;SRF=164;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542923;STB=0.527092;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.213222;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:361:361:328:329:33:32:0.0886427:15:18:164:164:15:17:165:164 chr1 2490898 . C A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.27;QD=56.1879;RBI=0.039572;REFB=0;REVB=-0.0169678;RO=0;SAF=27;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18034e-05;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:1:27:0:0:1:27:0:0 chr1 2490942 . C A,G 767.34 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736496,-0.0195552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.0693,170.365;QD=55.8062;RBI=0.11008,0.0285743;REFB=0,0;REVB=0.0818128,-0.0208346;RO=0;SAF=29,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00364383,0.19137;OID=.,.;OPOS=2490942,2490942;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:24,2:29,0:0:0:24,2:29,0:0:0 chr1 2491205 . C T 2052.66 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262922;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.391;QD=62.6768;RBI=0.0271076;REFB=0;REVB=0.00659882;RO=0;SAF=76;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41817e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:131:131:1:55:76:0:0:55:76:0:0 chr1 2494330 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0513154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2085;QD=12.7826;RBI=0.0595316;REFB=-0.00301728;REVB=0.0301785;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00229507;OID=.;OPOS=2494330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:5:9:7:3:5:9 chr1 2526746 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00109594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.119;QD=14.6538;RBI=0.03949;REFB=0.00186669;REVB=-0.0394748;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0029802;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:4:4:2:6:4:4 chr1 2535613 . C A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0125716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.753;QD=23.3695;RBI=0.0447976;REFB=-0.0272326;REVB=0.0429975;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088005;STB=0.54836;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0211103;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:18:18:10:16:18:18:10:16 chr1 2541269 . A G 280.49 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0134591;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5573;QD=16.2602;RBI=0.0452068;REFB=0.00347471;REVB=-0.0431568;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110839;STB=0.561566;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00186259;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:30:31:0.449275:17:13:12:25:17:14:13:25 chr1 2573199 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.471;QD=60.7158;RBI=0.0297357;REFB=0;REVB=0.028705;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62453e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr1 2984087 . C A 931.52 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0950248;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.937;QD=55.6134;RBI=0.100548;REFB=-0.087504;REVB=0.032867;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.503631;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000746149;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:1:2:65:65:0.970149:40:25:1:0:40:25:1:1 chr1 2985885 . C G 247.95 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=21;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.085765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2263;QD=43.121;RBI=0.0963776;REFB=-0.165188;REVB=-0.043966;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0701701;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:21:23:1:1:19:22:0.956522:12:7:1:0:12:10:1:0 chr1 3301721 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00741923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.85;QD=24.2461;RBI=0.0094559;REFB=-0.011636;REVB=-0.00586251;RO=20;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164842;STB=0.592512;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0122462;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:20:5:7:13:20:5:7:13 chr1 3312914 . T G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00614005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.305;QD=17.4276;RBI=0.0100297;REFB=-0.00304;REVB=0.00793056;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556529;STB=0.531773;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00388304;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:12:11:8:11:12:11 chr1 3328358 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.259;QD=42.1818;RBI=0.062712;REFB=0;REVB=0.00836574;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104695;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 3328728 . CGG CCG,C,CG 346.33 PASS AF=0,0.285714,0.690476;AO=2,8,16;DP=30;FAO=0,12,29;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,6;FSAR=0,10,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.365793,-0.0912544,-0.163923;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=4.66853,13.5204,11.8364;QD=32.9834;RBI=0.376599,0.0966992,0.176629;REFB=-0.100143,-0.0130247,-0.0184505;REVB=0.0895649,-0.0319904,-0.0657799;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=2,8,16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.523771,0.510631;STBP=1,0.669,0.651;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0673985,-0.0744289;OID=.,.,.;OPOS=3328729,3328729,3328729;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.285714,0.690476:2,8,16:30:0,12,29:42:1:0,2,6:0,10,23:0:1:36:2:0,0,0:2,8,16:0:2 chr1 3352009 . G A 395.23 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0270005;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.908;QD=22.5843;RBI=0.0276929;REFB=-0.00675758;REVB=-0.00615387;RO=31;SAF=9;SAR=30;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563675;STB=0.503104;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00615654;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:30:9:7:24:30:9:7:24 chr1 3353890 . A G 1517.99 PASS AF=1;AO=100;DP=105;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342232;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1475;QD=60.1184;RBI=0.035963;REFB=0;REVB=0.0110501;RO=0;SAF=63;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140524;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:101:0:0:100:101:1:37:63:0:0:37:64:0:0 chr1 3353949 . A G 1880.87 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.697;QD=60.1877;RBI=0.02697;REFB=-0.109595;REVB=-0.0153671;RO=1;SAF=82;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575915;STB=0.50303;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000237661;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:125:1:1:123:124:0.992:41:82:1:0:42:82:1:0 chr1 3354595 . T C 885.35 PASS AF=0.8375;AO=67;DP=80;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.000307162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.048;QD=44.2676;RBI=0.0147385;REFB=-0.0203393;REVB=-0.0147353;RO=3;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128853;STB=0.555124;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00335891;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:80:80:3:13:67:67:0.8375:34:33:1:2:34:33:2:11 chr1 3354615 . T C 1125.78 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0154852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.526;QD=57.7322;RBI=0.0167316;REFB=-0.107417;REVB=0.00633662;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255619;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000132724;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:40:36:2:0:40:36:2:0 chr1 3383898 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.107;QD=60.0297;RBI=0.00742749;REFB=0;REVB=0.00513369;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92534e-07;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr1 3389727 . C T 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.763;QD=58.5875;RBI=0.0160868;REFB=0;REVB=0.00930521;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70163e-05;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr1 3394456 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.283;QD=62.0082;RBI=0.0158498;REFB=0;REVB=-0.0067553;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74988e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:39:45:0:0 chr1 3394511 . CT C,TC 156.15 PASS AF=0.427184,0.0291262;AO=48,4;DP=104;FAO=44,3;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=32,0;FSAR=12,3;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.118449,-0.0208517;FXX=0.0190458;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.67972,141.6;QD=6.06397;RBI=0.125626,0.0478662;REFB=-0.175751,-0.00696578;REVB=-0.0418515,-0.0430857;RO=45;SAF=33,0;SAR=15,4;SRF=19;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.242387,-0.519272;STB=0.667881,0.996184;STBP=0.002,0.096;TYPE=del,mnp;VARB=0.153202,0.0983147;OID=.,.;OPOS=3394512,3394511;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:56:48,4:44,3:0.427184,0.0291262:15,4:33,0:19:26:12,3:32,0:25:31 chr1 3395039 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.547;QD=57.5451;RBI=0.0222136;REFB=0;REVB=0.0171948;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88255e-05;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr1 3414105 . C G,T 872.14 PASS AF=0.0461538,0.923077;AO=3,60;DP=65;FAO=3,60;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=3,22;FSAR=0,38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0203823,0.0426735;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.13255,72.3409;QD=53.6699;RBI=0.125962,0.0455021;REFB=-0.00660477,-0.0634152;REVB=-0.124302,-0.0157926;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994603,0.504617;STBP=0.221,0.804;TYPE=snp,snp;VARB=0.16713,0.000572739;OID=.,.;OPOS=3414105,3414105;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:65:65:0:2:3,60:3,60:0.0461538,0.923077:0,38:3,22:0:0:0,38:3,22:1:1 chr1 3416375 . TGC CTG,TG 83.95 PASS AF=0,0.454545;AO=2,18;DP=46;FAO=0,20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=0,14;FSAR=0,6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0627133,-0.216158;FXX=0.0434688;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=73.4891,10.3795;QD=7.63147;RBI=0.0627134,0.233238;REFB=-0.0234008,-0.132199;REVB=0.00010415,0.0876107;RO=21;SAF=0,16;SAR=2,2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0.397213;SSEP=0,0;SSSB=-0.494107,0.512458;STB=0.5,0.594901;STBP=1,0.279;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.130581;OID=.,.;OPOS=3416375,3416377;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:46:44:21:24:2,18:0,20:0,0.454545:2,2:0,16:10:11:0,6:0,14:13:11 chr1 3416449 . C A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7068;QD=62.3479;RBI=0.105151;REFB=0;REVB=0.0890881;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138126;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 3418391 . C T 681.06 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0569348;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7522;QD=16.8163;RBI=0.0790274;REFB=-0.0210977;REVB=0.0548066;RO=82;SAF=49;SAR=25;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790338;STB=0.570013;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0409765;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:82:88:74:74:0.45679:25:49:48:34:24:50:49:39 chr1 3421897 . A G 107.45 PASS AF=0.283019;AO=11;DP=55;FAO=15;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0841255;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0672;QD=8.10966;RBI=0.0900347;REFB=-0.0255299;REVB=-0.0320804;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537584;STB=0.532951;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0480298;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:38:11:15:0.283019:7:4:10:21:8:7:16:22 chr1 3425183 . G A 754.58 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=59;FWDB=-0.0550002;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4232;QD=19.1033;RBI=0.0579453;REFB=-0.0466127;REVB=0.0182381;RO=79;SAF=34;SAR=44;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16232;STB=0.591332;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0340405;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:79:80:78:78:0.493671:44:34:21:58:44:34:21:59 chr1 3428160 . T G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0339543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.255;QD=14.1963;RBI=0.0535927;REFB=-0.0164506;REVB=-0.0414642;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180564;STB=0.60368;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0094788;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:7:16:17:15:7:16:17:15 chr1 3496479 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0170011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.664;QD=12.1823;RBI=0.0225297;REFB=-0.0109859;REVB=-0.0147834;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0224728;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr1 3545612 . A G 1271.6 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242142;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.553;QD=62.0292;RBI=0.0286239;REFB=0;REVB=0.0152644;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68277e-05;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:32:50:0:0 chr1 3548136 . T C 1339.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.899;QD=62.3022;RBI=0.0545348;REFB=0;REVB=0.0142753;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140026;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr1 3607520 . G A 923.13 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=-0.0110611;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.153;QD=18.5554;RBI=0.019601;REFB=-0.0147038;REVB=0.0161817;RO=105;SAF=40;SAR=53;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866945;STB=0.549833;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0142692;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:105:106:93:93:0.467337:53:40:36:69:53:40:36:70 chr1 3638674 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0614753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.357;QD=21.4072;RBI=0.0615544;REFB=-0.0233885;REVB=0.00311944;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09615;STB=0.559964;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0116945;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:18:14:8:17:18:14:8:18 chr1 3644715 . C T 208.75 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00945155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.711;QD=9.59782;RBI=0.00964836;REFB=-0.0116635;REVB=-0.00193886;RO=57;SAF=4;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468366;STB=0.786481;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0244491;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:60:27:27:0.310345:23:4:28:29:23:4:30:30 chr1 3644754 . T C 267.02 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0521206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1626;QD=11.3623;RBI=0.0557219;REFB=-0.0159185;REVB=-0.0197072;RO=60;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029799;STB=0.519651;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0290347;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:62:32:32:0.340426:20:12:24:36:20:12:25:37 chr1 3649403 . G A 631.31 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0105627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.783;QD=24.05;RBI=0.0704545;REFB=-0.0480121;REVB=0.0696582;RO=43;SAF=21;SAR=40;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236619;STB=0.63387;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0508071;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:44:61:61:0.580952:40:21:28:15:40:21:29:15 chr1 3649562 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00466959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.6;QD=13.2053;RBI=0.0158144;REFB=-0.0205709;REVB=0.0151093;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021444;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr1 3659742 . C T 409.36 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.000780993;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.581;QD=17.7981;RBI=0.0280783;REFB=0.00153506;REVB=-0.0280675;RO=49;SAF=33;SAR=9;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190348;STB=0.61594;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00186573;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:50:42:42:0.456522:9:33:31:18:9:33:31:19 chr1 3669201 . A G 481.05 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0229521;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.809;QD=22.6375;RBI=0.0233024;REFB=-0.0166892;REVB=-0.00402534;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105083;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128463;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:38:39:46:46:0.541176:20:26:21:17:20:26:22:17 chr1 3669205 . C G 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0687393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5987;QD=22.139;RBI=0.0757378;REFB=0.00631646;REVB=0.031798;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532972;STB=0.529399;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00312223;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:18:27:21:18:18:27:21:18 chr1 3677933 . T C 258.18 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00843506;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.562;QD=13.4118;RBI=0.00874519;REFB=-0.0320583;REVB=-0.00230827;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116748;STB=0.572985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0380576;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:47:30:30:0.38961:17:13:25:21:17:13:26:21 chr1 3680333 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0084541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.653;QD=10.5407;RBI=0.0111168;REFB=-0.0109016;REVB=0.00721889;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0196585;OID=.;OPOS=3680333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:11:10:5:6:11:10 chr1 3683914 . T A 336.04 PASS AF=0.514706;AO=36;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0489144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4524;QD=19.7669;RBI=0.0493811;REFB=-0.0279283;REVB=-0.00677335;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140553;STB=0.566002;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0165775;OID=.;OPOS=3683914;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:33:36:35:0.514706:21:15:8:23:21:14:9:24 chr1 3701663 . T C 212.84 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00704255;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.089;QD=15.7662;RBI=0.0070849;REFB=-0.0103985;REVB=0.000773472;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333349;STB=0.658961;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0160468;OID=.;OPOS=3701663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:30:24:24:0.444444:15:9:20:7:15:9:20:10 chr1 3743319 . G A 464.27 PASS AF=0.535714;AO=42;DP=81;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00821543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.878;QD=22.1079;RBI=0.0142589;REFB=-0.0191703;REVB=0.0116543;RO=36;SAF=12;SAR=30;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201181;STB=0.524579;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0158156;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:36:39:42:45:0.535714:30:12:11:25:32:13:13:26 chr1 3745924 . G A 274.36 PASS AF=0.339623;AO=35;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.0341643;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1041;QD=10.3532;RBI=0.0350928;REFB=-0.00822717;REVB=-0.00801914;RO=70;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124011;STB=0.563458;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0163992;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:35:36:0.339623:21:14:21:49:22:14:21:49 chr1 3755675 . T C 371.71 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0249008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.425;QD=17.4925;RBI=0.0279416;REFB=-0.013327;REVB=-0.0126761;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811554;STB=0.552212;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.02038;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:39:39:0.458824:15:24:24:21:15:24:24:22 chr1 3759784 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0109529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.537;QD=16.9232;RBI=0.015808;REFB=-0.00767007;REVB=0.0113985;RO=38;SAF=9;SAR=25;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337158;STB=0.702356;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00838404;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:40:34:34:0.459459:25:9:23:15:25:9:25:15 chr1 4772053 . T C 506.44 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.168195;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5018;QD=59.5805;RBI=0.168392;REFB=0;REVB=0.0081583;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127074;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 4842981 . G A 1004.18 PASS AF=0.50495;AO=102;DP=202;FAO=102;FDP=202;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00827644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.215;QD=19.8848;RBI=0.055676;REFB=-0.00571803;REVB=0.0550574;RO=97;SAF=49;SAR=53;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422928;STB=0.530008;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00503242;OID=.;OPOS=4842981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:97:100:102:102:0.50495:53:49:42:55:53:49:42:58 chr1 5926507 . T C 316.49 PASS AF=0.596154;AO=29;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0190326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.218;QD=24.3455;RBI=0.0190486;REFB=-0.0120786;REVB=0.000779882;RO=20;SAF=24;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32043;STB=0.644674;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00623894;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:29:31:0.596154:5:24:10:10:7:24:10:11 chr1 5935162 . A T 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192246;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.083;QD=52.6751;RBI=0.0309028;REFB=0;REVB=0.024195;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425614;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 5937168 . G A 1080.14 PASS AF=0.517588;AO=103;DP=199;FAO=103;FDP=199;FR=.;FRO=96;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.0108187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0815;QD=21.7114;RBI=0.0225669;REFB=-0.0260513;REVB=0.0198046;RO=94;SAF=68;SAR=35;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412813;STB=0.529544;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.038877;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:94:96:103:103:0.517588:35:68:58:36:35:68:58:38 chr1 5948677 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.661;QD=62.022;RBI=0.00987815;REFB=0;REVB=-0.00509089;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41773e-06;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 5993313 . T C 212.15 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.086169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7142;QD=14.3832;RBI=0.126074;REFB=-0.00804416;REVB=-0.0920303;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351646;STB=0.528433;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00714141;OID=.;OPOS=5993313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:16:17:12:13:16:18 chr1 6149053 . C T 379.82 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0156885;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.899;QD=16.5139;RBI=0.0288345;REFB=-0.0210694;REVB=0.024193;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171048;STB=0.595664;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0260469;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:36:16:19:21:36:16 chr1 6149122 . G A 248.23 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0644628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.401;QD=13.9846;RBI=0.0657625;REFB=-0.0149289;REVB=0.0130096;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221527;STB=0.635751;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0210854;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:15:14:28:12:15:14:30:12 chr1 6158562 . A G 581.35 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.016982;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1982;QD=17.2252;RBI=0.0300202;REFB=-0.0097405;REVB=-0.0247553;RO=74;SAF=34;SAR=27;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187774;STB=0.604338;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0178258;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:74:74:61:61:0.451852:27:34:27:47:27:34:27:47 chr1 6162054 . T C 539.72 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1614;QD=59.9686;RBI=0.229871;REFB=0;REVB=-0.037358;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342747;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:25:36:1:22:3:0:0:22:14:0:0 chr1 6162407 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0150416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.433;QD=24.0729;RBI=0.0165744;REFB=-0.00799608;REVB=-0.00696148;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118466;STB=0.566825;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00430898;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:3:4:5:8:3:4 chr1 6184092 . A G 526.53 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181532;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.018;QD=60.1746;RBI=0.0188751;REFB=0;REVB=-0.00517004;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119657;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr1 6196869 . A G 206.03 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0183493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2865;QD=16.8188;RBI=0.020727;REFB=-0.00655691;REVB=-0.00963907;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834701;STB=0.547898;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00674812;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:15:6:10:18:15:6:10:18 chr1 6202245 . G A 720.85 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00293827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.438;QD=20.0237;RBI=0.00326469;REFB=-0.0107002;REVB=-0.00142295;RO=73;SAF=31;SAR=40;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397539;STB=0.521939;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00935049;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:73:71:71:0.493056:40:31:35:38:40:31:35:38 chr1 6209363 . T C,G 414.84 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=27,3;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000445998,0.0512496;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.8777,9.65368;QD=55.3122;RBI=0.112733,0.0527971;REFB=0,0;REVB=0.112732,-0.0126888;RO=0;SAF=16,0;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5146e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0051442,0.17552;OID=.,.;OPOS=6209363,6209363;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:30:30:0:0:27,3:29,1:0.966667,0.0333333:11,3:16,0:0:0:13,1:16,0:0:0 chr1 6211183 . G A 1080.73 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3359;QD=60.0405;RBI=0.053074;REFB=0;REVB=-0.0168101;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207788;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:28:42:0:0:28:44:0:0 chr1 6269021 . C T 424.0 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0298387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.804;QD=39.4417;RBI=0.0312963;REFB=-0.0109588;REVB=0.00943986;RO=10;SAF=7;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111715;STB=0.560745;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00587289;OID=.;OPOS=6269021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:26:7:4:6:26:7:4:6 chr1 6269340 . A G 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0217763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.083;QD=13.6266;RBI=0.0943937;REFB=-0.0388889;REVB=-0.0918475;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256503;STB=0.6518;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0492839;OID=.;OPOS=6269340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:6:3:5:3:6:3 chr1 6271125 . A G 136.04 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0731134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.718;QD=23.6584;RBI=0.0879182;REFB=-0.0471597;REVB=-0.0488266;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353093;STB=0.537134;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0298145;OID=.;OPOS=6271125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:23:7:7:12:13:0.565217:8:4:2:5:8:5:2:5 chr1 6272078 . G A 410.18 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0162818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1178;QD=18.2301;RBI=0.023062;REFB=-0.02406;REVB=-0.0163328;RO=48;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524622;STB=0.529302;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0317386;OID=.;OPOS=6272078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:25:17:22:26:25:17:22:26 chr1 6272090 . C T 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0340197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.021;QD=19.9754;RBI=0.0340199;REFB=-0.00575445;REVB=-0.000113526;RO=39;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349493;STB=0.51938;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00636358;OID=.;OPOS=6272090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:21:19:17:22:21:19:17:22 chr1 6272813 . C T 652.72 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0179529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.662;QD=20.7212;RBI=0.0224198;REFB=0.00379892;REVB=0.0134291;RO=60;SAF=25;SAR=40;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132333;STB=0.57709;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00287157;OID=.;OPOS=6272813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:40:25:32:28:40:25:33:28 chr1 6278414 . A G 162.15 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0436325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.165;QD=9.00861;RBI=0.0437042;REFB=-0.0131777;REVB=-0.00250129;RO=49;SAF=8;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263688;STB=0.661547;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0184337;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:14:8:29:20:14:8:30:20 chr1 6308923 . TCCCCCC TCCCCCA,TCCCC 249.18 PASS AF=0.5,0.277778;AO=12,5;DP=34;FAO=18,10;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=8,8;FSAR=10,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0144101,0.0237404;FXX=0;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=238.367,11.8549;QD=27.6868;RBI=0.0171263,0.0444704;REFB=-0.0181904,-0.0722495;REVB=0.00925537,0.0376033;RO=7;SAF=6,4;SAR=6,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0463935,0.260267;STB=0.555494,0.605828;STBP=0.426,0.413;TYPE=snp,del;VARB=0.000784575,0.155907;OID=.,.;OPOS=6308929,6308924;OREF=C,CC;OALT=A,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.277778:12,5:34:18,10:36:8:8,8:10,2:5:3:63:7:6,4:6,1:4:3 chr1 6445632 . CGGGGCCC CGGGCC,CGGGCCCA,CGGGCCC,CGGGGCC 903.43 PASS AF=0.797297,0.202703,0,0;AO=15,7,9,12;DP=75;FAO=59,15,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33,15,0,0;FSAR=26,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158863,0.0211321,0.367591,-0.0579601;FXX=0.0133316;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,4,1,1;MLLD=20.0714,136.62,10.9481,10.8179;QD=48.8339;RBI=0.901645,0.165669,0.718744,1.0946;REFB=0,0,0,0;REVB=0.887539,0.164316,0.617633,1.09307;RO=12;SAF=15,7,3,12;SAR=0,0,6,0;SRF=0;SRR=12;SSEN=0.450091,0,0.450091,0;SSEP=0,0,0,0.509542;SSSB=0.870875,0.85447,0.445426,0.865849;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.0467309,0.00646848,-0.0566447,0;OID=.,.,.,.;OPOS=6445636,6445636,6445633,6445637;OREF=GC,GCCC,G,C;OALT=-,CCCA,-,-;OMAPALT=CGGGCC,CGGGCCCA,CGGGCCC,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.797297,0.202703,0,0:15,7,9,12:75:59,15,0,0:74:0:33,15,0,0:26,0,0,0:0:0:94:12:15,7,3,12:0,0,6,0:0:12 chr1 6614230 . G A 312.82 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0344455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0565;QD=14.3824;RBI=0.0993556;REFB=-0.0119979;REVB=0.0931936;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997094;STB=0.565778;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.02714;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:52:35:35:0.402299:18:17:28:20:18:17:31:21 chr1 6614391 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4286;QD=35.5752;RBI=0.0797604;REFB=0;REVB=0.0768621;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00451913;OID=.;OPOS=6614391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 6614535 . G A 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0707907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6651;QD=16.8845;RBI=0.100197;REFB=0.0129752;REVB=0.0709099;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0148586;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr1 6635231 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9565;QD=51.5087;RBI=0.0610699;REFB=-0.0762721;REVB=-0.0558207;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00286765;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:1:0:8:18:1:0 chr1 6635306 . G A 369.7 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0281202;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.153;QD=16.8047;RBI=0.03646;REFB=0.00714591;REVB=-0.0232074;RO=49;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134575;STB=0.575718;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00953075;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:14:25:25:24:14:25:25:24 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 118.4 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0055867;FXX=0.108094;HRUN=2;LEN=9;MLLD=270.244;QD=7.17569;RBI=0.0136523;REFB=-0.00968233;REVB=0.0124569;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0157452;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:22:63:22:66:44:12:10:24:20:99:34:12:10:24:10 chr1 6695244 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0317516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2069;QD=5.57561;RBI=0.0344318;REFB=0.0157727;REVB=-0.0133185;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168956;STB=0.611908;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0563776;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:10:14:5:2:10:14 chr1 6695703 . TG GT 43.11 PASS AF=0.109375;AO=15;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0158573;FXX=0.00775134;HRUN=6;LEN=2;MLLD=60.7511;QD=1.34715;RBI=0.0204886;REFB=-0.00422096;REVB=-0.0129741;RO=108;SAF=13;SAR=2;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481492;STB=0.832032;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.161587;OID=.;OPOS=6695703;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:108:114:15:14:0.109375:2:13:53:55:2:12:58:56 chr1 6704635 . A G 307.07 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00105124;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.102;QD=17.2998;RBI=0.0187076;REFB=-0.0114894;REVB=0.018678;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979402;STB=0.554949;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0160385;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:18:20:14:19:18:20 chr1 6947717 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00303397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.094;QD=23.9649;RBI=0.00399079;REFB=-0.00835775;REVB=0.00259257;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518098;STB=0.528883;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0093565;OID=.;OPOS=6947717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:9:9:13:10:9:9 chr1 7700472 . G A 252.92 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0189219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.688;QD=21.0767;RBI=0.0486757;REFB=-0.0281279;REVB=-0.0448473;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219854;STB=0.623187;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0392867;OID=.;OPOS=7700472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:10:14:8:16:10:14:8:16 chr1 7797503 . C G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00965055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.539;QD=13.8495;RBI=0.0130335;REFB=-0.0130062;REVB=0.00876004;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113019;STB=0.565954;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.016323;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:13:12:6:10:13:12 chr1 7811014 . G A 537.55 PASS AF=0.43609;AO=53;DP=128;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00343104;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.211;QD=16.1669;RBI=0.0034536;REFB=-0.0153947;REVB=0.000394078;RO=75;SAF=30;SAR=23;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484264;STB=0.548165;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0180792;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:75:75:53:58:0.43609:23:30:39:36:23:35:39:36 chr1 7844972 . G A 509.42 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.00624388;FXX=0.0347198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.739;QD=14.6595;RBI=0.00751215;REFB=-0.00836606;REVB=0.00417689;RO=81;SAF=35;SAR=21;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331973;STB=0.524263;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0131941;OID=.;OPOS=7844972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:81:83:56:56:0.402878:21:35:53:28:21:35:55:28 chr1 7870048 . T C 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5727;QD=58.4164;RBI=0.0468377;REFB=0;REVB=0.0266524;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118445;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr1 7887248 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.274;QD=55.0447;RBI=0.0350761;REFB=0.0501042;REVB=0.00965592;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00104676;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr1 7887493 . T C 977.6 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5706;QD=57.5058;RBI=0.0772441;REFB=-0.129556;REVB=0.0749488;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.505153;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00151177;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:46:19:0:0:48:19:0:1 chr1 7889941 . C T 1200.41 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.58;QD=58.5564;RBI=0.0458049;REFB=-0.00515312;REVB=0.0417656;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.50187;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000166576;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:34:46:0:0:34:46:1:1 chr1 7890053 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0258956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.892;QD=11.9534;RBI=0.0260073;REFB=-0.0357062;REVB=-0.00240704;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0612351;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:5:3:4:6:5:3:4:7 chr1 7890055 . T A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0255053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8814;QD=11.9532;RBI=0.0264576;REFB=0.00624238;REVB=-0.0070345;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0191787;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:6:2:5:5:6:2:5:6 chr1 7906476 . G T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000226475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.484;QD=58.5844;RBI=0.00167326;REFB=0;REVB=-0.00165786;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77778e-05;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 7913430 . G A 97.11 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0114501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.161;QD=7.06226;RBI=0.0740825;REFB=0.000403136;REVB=-0.0731923;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.562411;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00186994;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:8:6:21:19:8:6:21:20 chr1 7990367 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00846331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.566;QD=21.2675;RBI=0.0348195;REFB=0.00475665;REVB=0.0337753;RO=14;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529479;STB=0.804456;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00618026;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:15:2:9:5:15:2:9:5 chr1 8031054 . G A 348.44 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00435178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.637;QD=17.4218;RBI=0.0600044;REFB=-0.0111566;REVB=0.0598464;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810411;STB=0.530359;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0105976;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:36:37:0.4625:21:15:21:21:21:16:21:22 chr1 8042970 . G T 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0221573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.446;QD=34.2037;RBI=0.0456546;REFB=-0.046483;REVB=0.0399174;RO=8;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871885;STB=0.547489;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0156267;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:6:17:7:1:6:17:7:1 chr1 8390495 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.006;QD=42.1821;RBI=0.100142;REFB=0;REVB=0.0167092;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434624;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 8412935 . C T 619.81 PASS AF=0.496063;AO=56;DP=119;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.000221466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.641;QD=19.5217;RBI=0.000768507;REFB=-0.0149523;REVB=0.000735905;RO=59;SAF=20;SAR=36;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979996;STB=0.561709;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0128424;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:127:59:64:56:63:0.496063:36:20:27:32:39:24:32:32 chr1 8412989 . A G 462.73 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0133789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.928;QD=19.0814;RBI=0.0198799;REFB=-0.0176126;REVB=-0.0147042;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141007;STB=0.573738;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0153928;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:28:18:27:23:28:18:27:24 chr1 8418644 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.018094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.598;QD=13.6609;RBI=0.0276348;REFB=-0.049646;REVB=0.0208876;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310684;STB=0.683922;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0546069;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:10:11:11:3:10:11 chr1 8418650 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0448954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.255;QD=13.6609;RBI=0.057343;REFB=-0.0112884;REVB=-0.0356738;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310684;STB=0.683922;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.03224;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:10:11:11:3:10:11 chr1 8420340 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0190246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.205;QD=20.1599;RBI=0.0225291;REFB=-0.0130551;REVB=-0.0120676;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041916;STB=0.523779;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0112977;OID=.;OPOS=8420340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:5:9:11:5:5:9 chr1 8928125 . G T 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0134557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.435;QD=29.5039;RBI=0.0230855;REFB=-0.0325457;REVB=-0.0187585;RO=18;SAF=11;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667099;STB=0.536562;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0197989;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:19:11:5:13:19:11:5:13 chr1 9009444 . A C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00778915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.28;QD=19.3861;RBI=0.0293656;REFB=0.0266062;REVB=-0.0283137;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238229;STB=0.634483;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0191164;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:14:7:12:8:14:7 chr1 9009451 . G C 173.04 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0261325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9866;QD=18.7072;RBI=0.0264777;REFB=-0.00679068;REVB=-0.00426148;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214181;STB=0.621171;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00751602;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:13:6:10:8:13:6 chr1 9009470 . G C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0122034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.577;QD=23.2362;RBI=0.0133602;REFB=-0.00331837;REVB=-0.00543792;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183763;STB=0.602725;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00267465;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:9:4:10:8:9:4 chr1 9011586 . T G 1428.83 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.863;QD=62.8057;RBI=0.0510592;REFB=0;REVB=0.0473631;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21927e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:41:48:0:0:43:48:0:0 chr1 9011627 . G A 445.94 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0170883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5534;QD=20.7415;RBI=0.018296;REFB=0.000128449;REVB=0.00653708;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919942;STB=0.500529;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383194;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:21:23:21:20:21:23:22:20 chr1 9011722 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.646;QD=62.0216;RBI=0.0226085;REFB=0;REVB=1.42572e-06;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92728e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr1 9017204 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.719;QD=59.4356;RBI=0.0422753;REFB=0;REVB=-0.0124618;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3916e-05;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 9030964 . C T 789.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426163;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.156;QD=64.4763;RBI=0.0426742;REFB=0;REVB=0.0022207;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227998;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr1 9034421 . G A 800.69 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632802;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.25;QD=64.0548;RBI=0.0633896;REFB=0;REVB=-0.00372233;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053337;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:41:50:1:20:21:0:0:26:24:0:0 chr1 9039704 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.064;QD=51.1832;RBI=0.0273498;REFB=0;REVB=-0.00176057;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252743;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 9078399 . C CG 39.56 PASS AF=0.169014;AO=15;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.126639;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.271;QD=2.22891;RBI=0.138967;REFB=-0.00578534;REVB=-0.057223;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122518;STB=0.520798;STBP=0.91;TYPE=ins;VARB=0.0945774;OID=.;OPOS=9078400;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169014:15:71:12:71:59:4:8:21:38:39:55:6:9:17:38 chr1 9165685 . G A 340.37 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0183358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.556;QD=15.4713;RBI=0.0357233;REFB=-0.0071824;REVB=0.0306587;RO=49;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156294;STB=0.599945;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0089741;OID=.;OPOS=9165685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:51:37:37:0.420455:14:23:23:26:14:23:23:28 chr1 9171238 . G T 1118.13 PASS AF=0.480851;AO=113;DP=236;FAO=113;FDP=235;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.00902809;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7843;QD=19.0319;RBI=0.0130678;REFB=-0.0142162;REVB=-0.00944778;RO=120;SAF=50;SAR=63;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015002;STB=0.504384;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0129873;OID=.;OPOS=9171238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:120:122:113:113:0.480851:63:50:55:65:63:50:55:67 chr1 9323910 . G A 103.22 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.0443294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.667;QD=9.83047;RBI=0.0459329;REFB=-0.0231057;REVB=0.0120306;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234133;STB=0.599866;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0436863;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:29:13:13:0.309524:10:3:3:25:10:3:4:25 chr1 9416346 . C T 208.58 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0034956;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.619;QD=23.176;RBI=0.0461441;REFB=-0.0154142;REVB=-0.0460115;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305738;STB=0.535677;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0209844;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:18:16:20:20:0.555556:5:15:13:5:5:15:11:5 chr1 9427869 . G A 267.87 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0899926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.037;QD=16.2347;RBI=0.0913039;REFB=-0.0114941;REVB=0.0154187;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161449;STB=0.521262;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0153747;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:21:9:11:24:21:9:12:24 chr1 9670834 . C T 514.45 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=0.0160488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9615;QD=14.4914;RBI=0.0172026;REFB=-0.0107632;REVB=0.006194;RO=84;SAF=21;SAR=36;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543678;STB=0.525415;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0188185;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:85:57:57:0.401408:36:21:27:57:36:21:28:57 chr1 9788894 . AAGTT A 79.71 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0220088;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.909;QD=11.8089;RBI=0.0331945;REFB=-0.00978915;REVB=0.0248493;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224736;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.0121325;OID=.;OPOS=9788895;OREF=AGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:30:12:27:15:5:7:4:11:79:15:5:7:3:12 chr1 9888202 . C T 575.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.204;QD=60.6254;RBI=0.0332591;REFB=0;REVB=0.00830732;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71323e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr1 9910357 . AT TC 106.82 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00760178;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.758;QD=15.8249;RBI=0.00764963;REFB=-0.00256365;REVB=-0.000854273;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259131;STB=0.640838;STBP=0.204;TYPE=mnp;VARB=0.00122688;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:12:13:0.481481:7:5:2:11:8:5:2:12 chr1 10218439 . T C 265.0 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0102908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2067;QD=11.0417;RBI=0.0139101;REFB=0.0024562;REVB=-0.00935895;RO=64;SAF=18;SAR=14;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111572;STB=0.564477;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0056312;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:14:18:42:22:14:18:42:22 chr1 10511544 . C T 798.55 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.323;QD=52.3641;RBI=0.0223987;REFB=-0.0703685;REVB=0.0191341;RO=3;SAF=23;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259884;STB=0.513794;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00415243;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:35:23:2:1:35:23:2:1 chr1 10511587 . TCT CTC,TCC 752.92 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921587,0.0080131;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=68.7535,129.981;QD=62.743;RBI=0.015064,0.0254443;REFB=0,0;REVB=0.0119161,0.0241496;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.050622,-0.000837416;OID=.,.;OPOS=10511587,10511589;OREF=TCT,T;OALT=CTC,C;OMAPALT=CTC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,29:2,17:0:0:0,29:2,17:0:0 chr1 11008341 . G A 466.51 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0094488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.615;QD=22.4822;RBI=0.0121148;REFB=-0.00757054;REVB=0.00758219;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115667;STB=0.563487;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00616071;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:27:11:19:26:27:11 chr1 11008497 . G C 647.5 PASS AF=0.405594;AO=52;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0304119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.979;QD=18.1119;RBI=0.031547;REFB=-0.0184988;REVB=0.00838632;RO=74;SAF=16;SAR=36;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291697;STB=0.623772;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0406241;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:52:58:0.405594:36:16:43:31:37:21:43:31 chr1 11008695 . T C 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00600694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.242;QD=11.477;RBI=0.0168148;REFB=-0.0104986;REVB=-0.0157053;RO=49;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319881;STB=0.518505;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0202012;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:14:13:25:24:14:13:25:24 chr1 11014118 . C T 205.32 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0275077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2769;QD=12.8327;RBI=0.0337401;REFB=-0.0117482;REVB=0.0195377;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170819;STB=0.509796;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0104998;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:24:15:10:15:24:15 chr1 11015165 . A G 925.51 PASS AF=0.545455;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00560792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.489;QD=22.4367;RBI=0.00654584;REFB=-0.0115903;REVB=-0.00337629;RO=75;SAF=45;SAR=45;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388411;STB=0.521207;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0111103;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:75:75:90:90:0.545455:45:45:34:41:45:45:34:41 chr1 11024271 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.915;QD=59.1425;RBI=0.0115512;REFB=0;REVB=-0.00472113;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55275e-06;OID=.;OPOS=11024271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr1 11087524 . G A 1239.08 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.986;QD=61.1891;RBI=0.100781;REFB=0;REVB=0.0186334;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103686;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:46:35:0:0 chr1 11090897 . A G 270.58 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00903584;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8992;QD=22.5486;RBI=0.0335506;REFB=0.0103215;REVB=-0.032311;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728786;STB=0.540733;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0137866;OID=.;OPOS=11090897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:10:13:12:13:10:13 chr1 11090916 . C A 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00101827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.49;QD=24.1065;RBI=0.0367254;REFB=-0.0414792;REVB=-0.0367113;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122424;STB=0.506817;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0370098;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:9:10:13:11:9:10 chr1 11097867 . C T 400.72 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0121204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6181;QD=13.3573;RBI=0.0522124;REFB=-0.0322235;REVB=-0.0507861;RO=72;SAF=19;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741013;STB=0.546618;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0422782;OID=.;OPOS=11097867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:28:19:34:38:28:19:35:38 chr1 11114940 . G T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0122887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.87;QD=12.0157;RBI=0.0202312;REFB=-0.0306747;REVB=0.0160714;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0429754;OID=.;OPOS=11114940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr1 11132217 . G A 287.51 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0287714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.906;QD=16.1977;RBI=0.0288472;REFB=-0.00792871;REVB=-0.00208993;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053858;STB=0.521114;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0102124;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:15:16:18:21:16:16:18:21 chr1 11137661 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00506489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.372;QD=9.25761;RBI=0.00685742;REFB=-0.0258692;REVB=-0.00462289;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324451;STB=0.688856;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0449963;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:3:9:13:14:3:9:14:14 chr1 11140610 . GAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAC,GAAAAAAA 51.87 PASS AF=0.625,0.25;AO=4,2;DP=8;FAO=5,2;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4,2;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00993891,-0.00904108;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,3;MLLD=40.2154,15.2636;QD=25.9369;RBI=0.119459,0.175942;REFB=-0.0863389,-0.0688344;REVB=0.119045,0.17571;RO=1;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.555346,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=snp,del;VARB=0.000963557,-0.000342449;OID=.,.;OPOS=11140620,11140611;OREF=A,AAA;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAC,GAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.625,0.25:4,2:8:5,2:8:1:4,2:1,0:1:0:9:1:4,2:0,0:1:0 chr1 11141187 . C G 435.48 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3949;QD=54.4355;RBI=0.0620773;REFB=-0.0342063;REVB=0.0481375;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00953333;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr1 11150682 . C T 335.18 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0654425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2612;QD=22.7239;RBI=0.112988;REFB=-0.0570904;REVB=-0.0921061;RO=17;SAF=24;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21924;STB=0.669319;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0419188;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:17:25:33:34:0.576271:9:24:7:10:10:24:8:17 chr1 11159823 . T C 562.2 PASS AF=0.504274;AO=57;DP=114;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0146321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.765;QD=19.2204;RBI=0.0146343;REFB=-0.019251;REVB=0.000253627;RO=56;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559224;STB=0.555055;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0183291;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:56:58:57:59:0.504274:28:29:25:31:27:32:25:33 chr1 11172937 . C T 341.5 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00358629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.075;QD=11.8784;RBI=0.0109089;REFB=0.00711693;REVB=-0.0103025;RO=73;SAF=15;SAR=27;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170431;STB=0.597654;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0150554;OID=.;OPOS=11172937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:27:15:37:36:27:15:37:36 chr1 11205058 . C T 577.61 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6349;QD=59.2419;RBI=0.0665004;REFB=0;REVB=-0.0518058;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69272e-05;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr1 11288758 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.627;QD=63.2868;RBI=0.0418991;REFB=0;REVB=-0.0391802;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233472;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 11301714 . A G 1171.39 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.183;QD=60.8512;RBI=0.0543007;REFB=0;REVB=-0.0171266;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108087;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:35:42:0:0 chr1 11561593 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0391522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.837;QD=20.838;RBI=0.039153;REFB=-0.0129884;REVB=-0.000254303;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970608;STB=0.555438;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00870073;OID=.;OPOS=11561593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:1:4:6:3:1:4 chr1 11579470 . G A 532.99 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0262141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.174;QD=19.9249;RBI=0.0273196;REFB=-0.0236442;REVB=0.00769284;RO=52;SAF=18;SAR=37;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144647;STB=0.579992;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0172946;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:37:18:25:27:37:18:25:27 chr1 11728894 . G A 549.51 PASS AF=0.464;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00671333;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.591;QD=17.5843;RBI=0.0113398;REFB=-0.0202452;REVB=0.00913911;RO=68;SAF=33;SAR=25;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531868;STB=0.525263;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0231317;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:68:67:58:58:0.464:25:33:35:33:25:33:35:32 chr1 11766507 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00324807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.515;QD=12.0157;RBI=0.0215093;REFB=0.00336931;REVB=0.0212626;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00278098;OID=.;OPOS=11766507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr1 11772491 . C A 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0515649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0995;QD=21.7407;RBI=0.0617654;REFB=0.0153197;REVB=0.0340003;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00818294;OID=.;OPOS=11772491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:6:5:6:9:6:5 chr1 11810765 . T A 1776.71 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.349;QD=59.2237;RBI=0.0335564;REFB=-0.102072;REVB=0.00916617;RO=1;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703672;STB=0.503649;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000585194;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:120:120:1:1:118:119:0.991667:67:51:0:1:68:51:0:1 chr1 11826630 . C T 291.21 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0534401;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.791;QD=40.1663;RBI=0.0536543;REFB=-0.0243408;REVB=0.00478952;RO=4;SAF=6;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533305;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000205168;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:4:5:24:24:0.827586:18:6:1:3:18:6:2:3 chr1 11827304 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.976;QD=35.5757;RBI=0.024433;REFB=0;REVB=-0.0241179;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257439;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 11828238 . G A 304.57 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.652;QD=48.7306;RBI=0.035322;REFB=-0.0687434;REVB=-0.00845364;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000608282;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:14:9:0:1:15:9:0:1 chr1 11828319 . G A 526.26 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.106;QD=55.3959;RBI=0.0576224;REFB=-0.154592;REVB=0.0304066;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000937597;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:36:37:0.973684:22:14:0:0:23:14:0:1 chr1 11831615 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.624;QD=61.684;RBI=0.0304252;REFB=0;REVB=-0.000104605;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021125;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 11832311 . G C 716.13 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.09;QD=55.087;RBI=0.127604;REFB=-0.0602492;REVB=0.125343;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012802;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:20:32:0:0 chr1 11836628 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.246;QD=57.106;RBI=0.0102099;REFB=0;REVB=-0.00839507;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98603e-06;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 11836682 . C T 657.55 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4289;QD=61.1677;RBI=0.0621053;REFB=0;REVB=-0.00034979;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856326;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:15:28:0:0 chr1 11838848 . G T 1193.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179453;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.12;QD=61.2278;RBI=0.0286265;REFB=0;REVB=0.0223035;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5561e-05;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 11839966 . G A 927.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494713;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.299;QD=57.9746;RBI=0.0664636;REFB=0;REVB=0.0443847;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001001;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr1 11839998 . T C 897.22 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00984088;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.146;QD=56.9661;RBI=0.0124353;REFB=-0.0248313;REVB=0.00760228;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000262539;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:0:1:28:34:0:1 chr1 11844330 . C G,T 2031.79 PASS AF=0.0298507,0.962687;AO=5,128;DP=134;FAO=4,129;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=4,58;FSAR=0,71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0656556,0.0135049;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.2328,262.164;QD=60.6504;RBI=0.0685866,0.0170848;REFB=-0.0471655,-0.0856367;REVB=0.0198358,0.0104647;RO=1;SAF=5,57;SAR=0,71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.00664653;STB=0.995941,0.503496;STBP=0.099,0.519;TYPE=snp,snp;VARB=0.168247,2.22846e-05;OID=.,.;OPOS=11844330,11844330;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:134:134:1:1:5,128:4,129:0.0298507,0.962687:0,71:5,57:0:1:0,71:4,58:0:1 chr1 11849447 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.315;QD=60.9786;RBI=0.0345986;REFB=0;REVB=0.0327219;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20407e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 11854457 . G A 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.113;QD=62.3425;RBI=0.0512664;REFB=0;REVB=-0.0511158;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157669;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 11884555 . A G 490.04 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.043;QD=57.6523;RBI=0.0275674;REFB=0;REVB=0.0273257;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60581e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:12:19:0:0:13:21:0:0 chr1 11968230 . T C 205.79 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.03344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.276;QD=10.8313;RBI=0.0347134;REFB=-0.00896541;REVB=-0.00931584;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136383;STB=0.589649;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0148151;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:50:50:25:26:0.342105:14:11:28:22:15:11:28:22 chr1 11968273 . A G 1052.38 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00216698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7684;QD=56.8854;RBI=0.0216565;REFB=-0.0138291;REVB=0.0215478;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304803;STB=0.515621;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000556191;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:41:30:2:0:41:31:2:0 chr1 11968316 . T TA 166.7 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0265327;FXX=0.028165;HRUN=0;LEN=1;MLLD=312.722;QD=9.664;RBI=0.0265467;REFB=-0.00310123;REVB=-0.000861231;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163076;STB=0.602056;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.00633289;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:22:72:22:69:47:8:14:24:23:99:50:8:14:25:25 chr1 11969917 . A G 175.94 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0257969;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.694;QD=19.5493;RBI=0.0304911;REFB=-0.0102649;REVB=0.0162551;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205323;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00823589;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:18:18:18:0.5:11:7:7:10:11:7:8:10 chr1 11982580 . G A 50.41 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0350453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2384;QD=16.8027;RBI=0.0993174;REFB=0.0236561;REVB=0.0929289;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00650381;OID=.;OPOS=11982580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:1:4:2:5:1:4 chr1 11983205 . C CG 392.14 PASS AF=1;AO=10;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13741;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.185;QD=52.2854;RBI=0.13741;REFB=0;REVB=-0.000273076;RO=20;SAF=0;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000179249;OID=.;OPOS=11983206;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:31:30:30:0:2:28:0:0:3:20:0:10:3:17 chr1 11983206 . A G 196.56 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0156934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.244;QD=25.3626;RBI=0.0157327;REFB=-0.03647;REVB=-0.0011117;RO=11;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224488;STB=0.630327;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000498527;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:30:31:11:12:19:19:0.612903:17:2:0:11:17:2:0:12 chr1 12004663 . G A 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0112122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.489;QD=19.9993;RBI=0.014903;REFB=-0.0211972;REVB=0.00981774;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236304;STB=0.630606;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.010841;OID=.;OPOS=12004663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:8:22:15:18:8:22 chr1 12009956 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2965;QD=58.1378;RBI=0.105872;REFB=0;REVB=0.104177;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024861;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 12010469 . G T 325.29 PASS AF=0.315789;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0161111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.098;QD=9.78332;RBI=0.0297166;REFB=-0.0028795;REVB=0.0249702;RO=89;SAF=15;SAR=27;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164843;STB=0.596638;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00920046;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:91:42:42:0.315789:27:15:44:45:27:15:45:46 chr1 12026355 . A C 92.2 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0188446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.131;QD=8.78064;RBI=0.0257809;REFB=-0.00794432;REVB=-0.0175937;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140429;STB=0.599829;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0198834;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:16:13:4:8:16:14 chr1 12049375 . C A 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0210295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.734;QD=32.4275;RBI=0.026153;REFB=-0.0029506;REVB=0.015548;RO=13;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677783;STB=0.537163;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00100089;OID=.;OPOS=12049375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:8:20:8:5:8:20:8:5 chr1 12049390 . C T 255.48 PASS AF=0.657143;AO=24;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0313336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5862;QD=29.1972;RBI=0.0338827;REFB=-0.0190858;REVB=0.0128933;RO=11;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756787;STB=0.574518;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0138153;OID=.;OPOS=12049390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:11:12:24:23:0.657143:8:16:6:5:7:16:6:6 chr1 12056309 . A T 283.11 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0132539;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.511;QD=14.7071;RBI=0.0225261;REFB=-0.0218724;REVB=-0.0182143;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988675;STB=0.556062;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0571957;OID=.;OPOS=12056309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:14:18:21:24:14:18:21:24 chr1 12065841 . C T 522.77 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00557091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.203;QD=21.122;RBI=0.00557454;REFB=-0.0234227;REVB=-0.000201208;RO=49;SAF=24;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830764;STB=0.545879;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0232061;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:26:24:19:30:26:24:19:30 chr1 12082926 . A G 312.89 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0119694;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.589;QD=19.2547;RBI=0.0431567;REFB=-0.0247521;REVB=-0.0414637;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700542;STB=0.553456;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0237415;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:33:33:0.507692:16:17:13:17:16:17:13:19 chr1 12089142 . C G 94.43 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00927824;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.384;QD=18.8857;RBI=0.0155862;REFB=-0.0136375;REVB=0.0125237;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00482399;OID=.;OPOS=12089142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr1 12089163 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0204955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.518;QD=19.9285;RBI=0.0283137;REFB=-0.0399661;REVB=0.0195346;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0215751;OID=.;OPOS=12089163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr1 12089845 . C T 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0237539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.928;QD=20.5455;RBI=0.0295256;REFB=-0.0234936;REVB=-0.0175361;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0307091;OID=.;OPOS=12089845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:14:8:8:14:14:8 chr1 12089851 . C T 240.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00760437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7019;QD=21.3722;RBI=0.0164026;REFB=-0.00744502;REVB=0.0145334;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254509;STB=0.514273;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0109763;OID=.;OPOS=12089851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:14:8:9:14:14:8 chr1 12089946 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0143232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.254;QD=12.8688;RBI=0.0175811;REFB=-0.0215152;REVB=0.0101952;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146881;STB=0.586057;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0370435;OID=.;OPOS=12089946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:11:5:5:6:11:5 chr1 12090154 . C T 296.37 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00422793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7274;QD=18.2382;RBI=0.0258673;REFB=-0.0242757;REVB=0.0255194;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040903;STB=0.522807;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.038792;OID=.;OPOS=12090154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:11:22:20:12:11:22 chr1 12096849 . A C 239.95 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0382316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.367;QD=21.3289;RBI=0.0450072;REFB=-0.0141457;REVB=0.0237486;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429447;STB=0.509083;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0162508;OID=.;OPOS=12096849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:8:14:13:9:9:14:13:9 chr1 12164437 . C T 1302.86 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.703;QD=60.5982;RBI=0.0140325;REFB=-0.139068;REVB=-0.00575611;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000826401;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:43:42:0:0:43:42:1:0 chr1 12175729 . C T 733.29 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0378663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.917;QD=51.4591;RBI=0.0379454;REFB=-0.210619;REVB=0.0024487;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528291;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00110735;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:57:0:3:54:54:0.947368:29:25:0:0:29:25:3:0 chr1 12198362 . C A 1115.5 PASS AF=0.470833;AO=113;DP=242;FAO=113;FDP=240;FR=.;FRO=127;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=37;FSRR=90;FWDB=0.0206772;FXX=0.0163928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6064;QD=18.5917;RBI=0.0209242;REFB=-0.0199419;REVB=0.00320603;RO=125;SAF=39;SAR=74;SRF=37;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527912;STB=0.532108;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0241451;OID=.;OPOS=12198362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:125:127:113:113:0.470833:74:39:37:88:74:39:37:90 chr1 12251808 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.313;QD=51.9167;RBI=0.0336927;REFB=0;REVB=0.0335978;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152487;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 12262042 . A G 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0156415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.997;QD=12.0584;RBI=0.0751689;REFB=-0.0101736;REVB=-0.0735235;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519024;STB=0.537785;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0184186;OID=.;OPOS=12262042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:14:11:20:21:14:11:21:21 chr1 12316431 . C T 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00872577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.139;QD=14.0234;RBI=0.0129162;REFB=-0.012157;REVB=0.00952316;RO=57;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889214;STB=0.555082;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0137836;OID=.;OPOS=12316431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:18:19:34:23:18:19:35:23 chr1 12339619 . A T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0494704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.212;QD=17.689;RBI=0.0499895;REFB=-0.0149813;REVB=0.00718602;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.502144;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.019106;OID=.;OPOS=12339619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:10:16:13:8:10:16 chr1 12401868 . A C 934.05 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500461;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.152;QD=57.4803;RBI=0.0604236;REFB=0;REVB=0.0338586;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49337e-05;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:57:65:1:28:29:0:0:30:35:0:0 chr1 12628188 . T C,G 1052.6 PASS AF=0.932432,0.0540541;AO=68,5;DP=74;FAO=69,4;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=45,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177658,0.0400201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.6,12.1057;QD=56.897;RBI=0.0371488,0.0431757;REFB=-0.0805708,-0.0826797;REVB=0.0326253,-0.0162027;RO=0;SAF=24,0;SAR=44,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510201,0.995941;STBP=0.281,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00281329,0.0450663;OID=.,.;OPOS=12628188,12628188;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:74:74:0:1:68,5:69,4:0.932432,0.0540541:44,5:24,0:0:0:45,4:24,0:1:0 chr1 12638964 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4661;QD=61.6807;RBI=0.0404133;REFB=0;REVB=0.00965588;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272277;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 12639168 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.62;QD=50.4134;RBI=0.0445951;REFB=0;REVB=0.0285162;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51459e-05;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 12639289 . C T 1014.55 PASS AF=0.860465;AO=74;DP=86;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0037758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.464;QD=47.1884;RBI=0.0236101;REFB=-0.0120432;REVB=0.0233062;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.568164;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000185458;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:0:12:74:74:0.860465:36:38:0:0:36:38:12:0 chr1 12640461 . C G 1555.52 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468894;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.62;QD=59.8278;RBI=0.059961;REFB=0;REVB=0.0373725;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100883;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:104:0:0:99:104:1:60:39:0:0:61:43:0:0 chr1 12776344 . A T 514.3 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00335041;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.386;QD=17.0018;RBI=0.0101652;REFB=-0.0133638;REVB=-0.00959723;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219174;STB=0.625363;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0169986;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:66:55:55:0.454545:32:23:42:23:32:23:43:23 chr1 12779560 . T C 1475.89 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123173;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.158;QD=63.4791;RBI=0.0193647;REFB=0;REVB=0.0149424;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14222e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:39:54:0:0 chr1 12779618 . T C 1583.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.135;QD=59.1951;RBI=0.0438258;REFB=0;REVB=-0.00642254;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187488;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:107:0:0:98:107:1:47:51:0:0:47:60:0:0 chr1 12785493 . TG T,TT 598.53 PASS AF=0.6,0.4;AO=17,21;DP=38;FAO=24,16;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9,5;FSAR=15,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111562,0.0112774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.212,185.807;QD=59.853;RBI=0.048521,0.0557998;REFB=0,0;REVB=-0.047221,-0.0546483;RO=0;SAF=8,4;SAR=9,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0116209,0.0127672;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:17,21:38:24,16:40:0:9,5:15,11:0:0:43:0:8,4:9,17:0:0 chr1 12799736 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.771;QD=61.375;RBI=0.054271;REFB=0;REVB=0.00729915;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138482;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr1 12820870 . T C 670.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.849;QD=62.3297;RBI=0.0424564;REFB=0;REVB=0.0316103;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106534;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 12835868 . T C 1751.72 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.293;QD=59.8878;RBI=0.0299071;REFB=-0.187485;REVB=0.0281585;RO=1;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784965;STB=0.504132;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00158453;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:60:56:0:1:60:56:0:1 chr1 12837634 . T A 1806.7 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027312;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0046;QD=60.2234;RBI=0.0751397;REFB=-0.0591303;REVB=-0.0700002;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.504761;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-2.14978e-05;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:0:1:119:119:0.991667:67:52:0:0:67:52:1:0 chr1 12853403 . A C 40.77 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00346473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5895;QD=3.5453;RBI=0.0266227;REFB=-0.00263131;REVB=0.0263963;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16166;STB=0.61318;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0318297;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:17:22:3:4:17:22 chr1 12854428 . C T 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0055039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.822;QD=11.2589;RBI=0.0180062;REFB=0.0020501;REVB=0.0171444;RO=55;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555579;STB=0.532142;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00351713;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:16:13:22:33:16:13:22:33 chr1 12854530 . C G 449.41 PASS AF=0.517647;AO=42;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=40;FWDB=-0.0289055;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6176;QD=21.1488;RBI=0.0342983;REFB=-0.00295596;REVB=0.0184621;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.788594;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00247337;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:0:41:42:44:0.517647:13:29:0:0:14:30:1:40 chr1 12854544 . T C 164.6 PASS AF=0.270588;AO=22;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0273892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.005;QD=7.74593;RBI=0.0282889;REFB=-0.00980449;REVB=0.00707776;RO=62;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04872;STB=0.515662;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0253616;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:22:23:0.270588:13:9:23:39:14:9:23:39 chr1 12855835 . C G 726.82 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5799;QD=63.2019;RBI=0.110629;REFB=0;REVB=-0.0535772;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599235;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 697.81 PASS AF=0.23913,0.76087;AO=11,35;DP=46;FAO=11,35;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=10,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306509,-0.0334991;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=60.5268,88.0112;QD=60.6792;RBI=0.0330572,0.0448059;REFB=0,0;REVB=-0.0123816,-0.0297554;RO=0;SAF=1,15;SAR=10,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00210575,-0.00523924;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:46:46:0:0:11,35:11,35:0.23913,0.76087:10,20:1,15:0:0:10,20:1,15:0:0 chr1 12855878 . A C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.029347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.99;QD=15.6454;RBI=0.034686;REFB=-0.0105693;REVB=0.0184898;RO=29;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363231;STB=0.710311;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0174186;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:18:4:14:15:18:4:14:15 chr1 12855893 . T G 31.82 PASS AF=0.117647;AO=7;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0246976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3311;QD=2.4955;RBI=0.0249721;REFB=-0.00191173;REVB=-0.00369268;RO=44;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623723;STB=0.900618;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0167387;OID=.;OPOS=12855893;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:7:6:0.117647:1:6:12:32:1:5:13:32 chr1 12856010 . C G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0196441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2752;QD=7.2714;RBI=0.0209041;REFB=0.00109645;REVB=0.00714798;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241617;STB=0.657229;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00437151;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:18:6:4:5:19:6 chr1 12856106 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0589844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.814;QD=4.46018;RBI=0.0659496;REFB=-0.0155745;REVB=-0.0294989;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516075;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0682839;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:12:12:3:3:13:12 chr1 12856111 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0283933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.284;QD=7.04803;RBI=0.0366239;REFB=-0.0106555;REVB=-0.0231329;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374078;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0260717;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:6:2:12:9:6:2:13:9 chr1 12887549 . T C 1728.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1096;QD=60.6419;RBI=0.0373788;REFB=0;REVB=-0.0271176;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292758;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr1 12888601 . G GC,GCC 192.47 PASS AF=1,0;AO=13,3;DP=25;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.273261,0.147298;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.5758,10.4576;QD=29.6101;RBI=0.293477,0.157745;REFB=-0.0490307,-0.0547008;REVB=-0.107037,-0.056451;RO=5;SAF=6,0;SAR=7,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0686393,-0.698233;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0112146,0;OID=.,.;OPOS=12888602,12888602;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,3:25:26,0:26:0:11,0:15,0:0:0:3:5:6,0:7,3:3:2 chr1 12907282 . G C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.06664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0237;QD=4.166;RBI=0.0698281;REFB=-0.0103317;REVB=-0.0208587;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189469;STB=0.63485;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0272719;OID=.;OPOS=12907282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:25:8:1:6:25:8 chr1 12907284 . TG CC 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0194587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.672;QD=4.04958;RBI=0.0225937;REFB=-0.00363673;REVB=-0.011482;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221122;STB=0.658812;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=0.0260414;OID=.;OPOS=12907284;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:25:9:1:6:25:9 chr1 12907379 . T C 210.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=-0.00704771;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.13;QD=11.679;RBI=0.028781;REFB=0.00133735;REVB=0.0279048;RO=46;SAF=18;SAR=8;SRF=39;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226037;STB=0.628015;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00259222;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:46:26:26:0.361111:8:18:39:7:8:18:39:7 chr1 12907449 . C G 144.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.025743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.729;QD=10.1684;RBI=0.0397899;REFB=-0.017164;REVB=0.0303404;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396275;STB=0.715728;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0521699;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:38:19:19:0.333333:9:10:31:5:9:10:32:6 chr1 12907496 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.029581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.486;QD=9.6708;RBI=0.0295822;REFB=-0.0192209;REVB=-0.000262349;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215633;STB=0.634459;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0360986;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:8:8:24:11:8:8:25:11 chr1 12907507 . CT TC 176.61 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0171941;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=2;MLLD=48.455;QD=15.3575;RBI=0.0187575;REFB=-0.0322742;REVB=0.0074971;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230205;STB=0.631437;STBP=0.201;TYPE=mnp;VARB=0.0587082;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:24:24:17:17:0.369565:8:9:18:6:8:9:18:6 chr1 12907533 . T C 155.4 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00658075;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=153.57;QD=10.7175;RBI=0.00662526;REFB=-0.00013666;REVB=0.000766694;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387701;STB=0.724383;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000617222;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:27:11:13:7:27:11 chr1 12907633 . G A 342.4 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.00397325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.857;QD=10.7842;RBI=0.00402523;REFB=0.000676616;REVB=-0.000644757;RO=84;SAF=13;SAR=30;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263685;STB=0.652599;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00177214;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:84:84:43:43:0.338583:30:13:44:40:30:13:44:40 chr1 12907762 . T C 303.4 PASS AF=0.203125;AO=52;DP=256;FAO=52;FDP=256;FR=.;FRO=204;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=95;FSRR=109;FWDB=-0.00808156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.556;QD=4.74064;RBI=0.0251273;REFB=-0.0053352;REVB=-0.0237922;RO=203;SAF=19;SAR=33;SRF=95;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135278;STB=0.582321;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0236367;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:203:204:52:52:0.203125:33:19:95:108:33:19:95:109 chr1 12907777 . T C 739.83 PASS AF=0.354086;AO=91;DP=257;FAO=91;FDP=257;FR=.;FRO=166;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=-0.0314684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2638;QD=11.5148;RBI=0.0393985;REFB=0.0147055;REVB=0.0237062;RO=163;SAF=37;SAR=54;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123867;STB=0.564917;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0250192;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:163:166:91:91:0.354086:54:37:84:79:54:37:84:82 chr1 12907781 . T C 276.21 PASS AF=0.194332;AO=47;DP=246;FAO=48;FDP=247;FR=.;FRO=199;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=99;FSRR=100;FWDB=0.0046264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.452;QD=4.47297;RBI=0.0264528;REFB=-0.00238903;REVB=-0.0260451;RO=199;SAF=22;SAR=25;SRF=99;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379264;STB=0.514762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0065993;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:199:199:47:48:0.194332:25:22:99:100:25:23:99:100 chr1 12907798 . A C 446.01 PASS AF=0.257812;AO=66;DP=253;FAO=66;FDP=256;FR=.;FRO=190;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=92;FSRR=98;FWDB=-0.0326278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.163;QD=6.96888;RBI=0.0328775;REFB=-0.0123236;REVB=0.00404439;RO=187;SAF=33;SAR=33;SRF=89;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299831;STB=0.511715;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0388382;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:187:190:66:66:0.257812:33:33:89:98:33:33:92:98 chr1 12907802 . CC TT 490.79 PASS AF=0.2749;AO=69;DP=252;FAO=69;FDP=251;FR=.;FRO=182;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=85;FSRR=97;FWDB=-0.023964;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.969;QD=7.82137;RBI=0.0240897;REFB=-0.0052104;REVB=0.00245847;RO=181;SAF=36;SAR=33;SRF=84;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708621;STB=0.539594;STBP=0.414;TYPE=mnp;VARB=0.0128161;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:181:182:69:69:0.2749:33:36:84:97:33:36:85:97 chr1 12907837 . C T 745.27 PASS AF=0.358268;AO=91;DP=254;FAO=91;FDP=254;FR=.;FRO=163;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=86;FWDB=0.00341175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.184;QD=11.7366;RBI=0.00873385;REFB=-0.00676481;REVB=-0.00803991;RO=163;SAF=47;SAR=44;SRF=77;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497883;STB=0.528266;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.016414;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:163:163:91:91:0.358268:44:47:77:86:44:47:77:86 chr1 12907843 . T G 41.54 PASS AF=0.0691057;AO=17;DP=247;FAO=17;FDP=246;FR=.;FRO=229;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=115;FSRR=114;FWDB=-0.00500287;FXX=0.0120477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.985;QD=0.675447;RBI=0.0305222;REFB=-0.00266181;REVB=-0.0301094;RO=230;SAF=5;SAR=12;SRF=115;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226016;STB=0.69542;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0373419;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:247:246:230:229:17:17:0.0691057:12:5:115:115:12:5:115:114 chr1 12907848 . G C 51.04 PASS AF=0.0763052;AO=19;DP=247;FAO=19;FDP=249;FR=.;FRO=230;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=-0.0282036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.418;QD=0.819995;RBI=0.0314978;REFB=-0.000964246;REVB=-0.014024;RO=216;SAF=7;SAR=12;SRF=105;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135922;STB=0.614475;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00569529;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:247:249:216:230:19:19:0.0763052:12:7:105:111:12:7:113:117 chr1 12907885 . T C 855.74 PASS AF=0.431193;AO=94;DP=218;FAO=94;FDP=218;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.0205177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=15.7016;RBI=0.0213027;REFB=-0.0119616;REVB=-0.00572953;RO=122;SAF=46;SAR=48;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558764;STB=0.530694;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.016371;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:122:124:94:94:0.431193:48:46:53:69:48:46:54:70 chr1 12908080 . C T 42.27 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0113745;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3265;QD=1.26165;RBI=0.07698;REFB=0.00275025;REVB=0.076135;RO=124;SAF=5;SAR=7;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594098;STB=0.539076;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0200158;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:136:134:124:122:12:12:0.0895522:7:5:58:66:7:5:56:66 chr1 12918891 . A C 214.88 PASS AF=0.282828;AO=27;DP=99;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00378578;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.875;QD=8.68219;RBI=0.0248965;REFB=-0.0114988;REVB=-0.024607;RO=72;SAF=12;SAR=15;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340134;STB=0.510492;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0386728;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:71:27:28:0.282828:15:12:34:38:15:13:34:37 chr1 12919064 . T G 316.64 PASS AF=0.279503;AO=40;DP=156;FAO=45;FDP=161;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0566883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.265;QD=7.86676;RBI=0.0567143;REFB=-0.0135385;REVB=0.00171738;RO=116;SAF=22;SAR=18;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728693;STB=0.562524;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0351335;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:161:116:116:40:45:0.279503:18:22:57:59:19:26:57:59 chr1 12919111 . G A 256.79 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=129;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0121112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0462;QD=7.90135;RBI=0.0122616;REFB=-0.00776974;REVB=0.00191452;RO=93;SAF=20;SAR=16;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872491;STB=0.555525;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0138907;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:93:94:36:36:0.276923:16:20:45:48:16:20:45:49 chr1 12919872 . T G 554.85 PASS AF=0.341837;AO=67;DP=196;FAO=67;FDP=196;FR=.;FRO=129;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=85;FWDB=-0.0138504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.393;QD=11.3235;RBI=0.025272;REFB=-0.0121039;REVB=0.0211386;RO=129;SAF=22;SAR=45;SRF=44;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164629;STB=0.509431;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.017352;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:129:129:67:67:0.341837:45:22:44:85:45:22:44:85 chr1 12919891 . G T 464.01 PASS AF=0.325967;AO=59;DP=181;FAO=59;FDP=181;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=80;FWDB=-0.00361247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.604;QD=10.2543;RBI=0.0154117;REFB=-0.0062435;REVB=-0.0149824;RO=119;SAF=24;SAR=35;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869208;STB=0.544364;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0177172;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:119:122:59:59:0.325967:35:24:40:79:35:24:42:80 chr1 12919934 . A G 312.65 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.0234953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9791;QD=8.01664;RBI=0.0245931;REFB=0.00542036;REVB=0.00726582;RO=109;SAF=17;SAR=27;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675875;STB=0.538026;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0173466;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:109:112:44:44:0.282051:27:17:48:61:27:17:49:63 chr1 12921127 . A G 123.31 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=121;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.0136185;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.87;QD=4.14492;RBI=0.0206903;REFB=0.00840204;REVB=0.0155764;RO=99;SAF=15;SAR=7;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193669;STB=0.616329;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0181881;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:99:97:22:22:0.184874:7:15:53:46:7:15:53:44 chr1 13001312 . C G 534.3 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0376878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.854;QD=28.881;RBI=0.0426533;REFB=-0.00856131;REVB=-0.0199732;RO=26;SAF=26;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974466;STB=0.508558;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0048446;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:26:47:48:0.648649:21:26:14:12:21:27:14:12 chr1 13052789 . G A 1700.75 PASS AF=0.487465;AO=172;DP=357;FAO=175;FDP=359;FR=.;FRO=184;FSAF=111;FSAR=64;FSRF=107;FSRR=77;FWDB=-0.0180554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1315;QD=18.9498;RBI=0.0195431;REFB=-0.0061243;REVB=0.007479;RO=181;SAF=111;SAR=61;SRF=107;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542521;STB=0.528693;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00680464;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:359:181:184:172:175:0.487465:61:111:107:74:64:111:107:77 chr1 13052871 . C T 2340.42 PASS AF=0.486542;AO=234;DP=482;FAO=235;FDP=483;FR=.;FRO=248;FSAF=133;FSAR=102;FSRF=138;FSRR=110;FWDB=0.00813863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.447;QD=19.3824;RBI=0.014709;REFB=-0.0107677;REVB=-0.0122522;RO=248;SAF=132;SAR=102;SRF=138;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728784;STB=0.50496;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.011076;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:483:248:248:234:235:0.486542:102:132:138:110:102:133:138:110 chr1 13052907 . T C 2267.0 PASS AF=0.47619;AO=228;DP=487;FAO=230;FDP=483;FR=.;FRO=253;FSAF=127;FSAR=103;FSRF=136;FSRR=117;FWDB=-0.00856263;FXX=0.0102457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.303;QD=18.7743;RBI=0.0134537;REFB=0.000524621;REVB=-0.0103771;RO=253;SAF=125;SAR=103;SRF=137;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650789;STB=0.507732;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00106157;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:483:253:253:228:230:0.47619:103:125:137:116:103:127:136:117 chr1 13183225 . T C 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0243174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.068;QD=2.84378;RBI=0.0243286;REFB=-0.00522824;REVB=0.000738469;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203599;STB=0.642458;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0236381;OID=.;OPOS=13183225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:32:8:2:4:32:8 chr1 13183237 . CT TC 76.38 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0386183;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=2;MLLD=47.6466;QD=7.4514;RBI=0.084733;REFB=-0.0103496;REVB=-0.0754208;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847732;STB=0.631357;STBP=0.497;TYPE=mnp;VARB=0.041726;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:43:41:17:30:10:10:0.243902:3:7:13:4:3:7:25:5 chr1 13183243 . T C 91.05 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0135707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.787;QD=8.27719;RBI=0.0219791;REFB=-0.0230323;REVB=0.0172893;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117318;STB=0.571317;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0323192;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:24:8:4:8:24:8 chr1 13183248 . TC AA 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0139333;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.879;QD=9.53624;RBI=0.0159709;REFB=-0.0195309;REVB=0.00780581;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486667;STB=0.529364;STBP=0.842;TYPE=mnp;VARB=0.0433929;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:19:8:4:8:19:8 chr1 13183439 . T C 4717.0 PASS AF=1;AO=302;DP=303;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011365;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.45;QD=62.4768;RBI=0.014616;REFB=0;REVB=0.00919045;RO=0;SAF=131;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25419e-06;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:302:0:0:302:302:1:171:131:0:0:171:131:0:0 chr1 13183511 . T C 880.97 PASS AF=0.367491;AO=104;DP=283;FAO=104;FDP=283;FR=.;FRO=179;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=86;FSRR=93;FWDB=0.0155993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.398;QD=12.4519;RBI=0.0271888;REFB=-0.0083479;REVB=-0.0222687;RO=179;SAF=59;SAR=45;SRF=86;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973966;STB=0.555113;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0132226;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:179:179:104:104:0.367491:45:59:86:93:45:59:86:93 chr1 13183528 . A C 640.38 PASS AF=0.321705;AO=83;DP=256;FAO=83;FDP=258;FR=.;FRO=175;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=83;FSRR=92;FWDB=-0.0273866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.823;QD=9.92831;RBI=0.0292365;REFB=-0.0089232;REVB=-0.0102345;RO=173;SAF=43;SAR=40;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449931;STB=0.529668;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0198317;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:173:175:83:83:0.321705:40:43:83:90:40:43:83:92 chr1 13183532 . CC TT 643.17 PASS AF=0.323887;AO=80;DP=250;FAO=80;FDP=247;FR=.;FRO=167;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=-0.0283943;FXX=0.0119995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.33;QD=10.4156;RBI=0.0294269;REFB=-0.00581087;REVB=-0.00772718;RO=167;SAF=42;SAR=38;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539843;STB=0.531046;STBP=0.496;TYPE=mnp;VARB=0.0145254;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:247:167:167:80:80:0.323887:38:42:80:87:38:42:80:87 chr1 13183567 . C T 459.21 PASS AF=0.302439;AO=62;DP=206;FAO=62;FDP=205;FR=.;FRO=143;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0307041;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.454;QD=8.96009;RBI=0.0405433;REFB=-0.0228278;REVB=-0.0264768;RO=143;SAF=36;SAR=26;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101537;STB=0.559093;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0466739;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:143:143:62:62:0.302439:26:36:71:72:26:36:71:72 chr1 13183573 . G T 445.42 PASS AF=0.305263;AO=58;DP=190;FAO=58;FDP=190;FR=.;FRO=132;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=0.00498552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.399;QD=9.37724;RBI=0.00560066;REFB=-0.00523474;REVB=-0.00255185;RO=132;SAF=33;SAR=25;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100754;STB=0.558589;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0103355;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:132:132:58:58:0.305263:25:33:64:68:25:33:64:68 chr1 13219149 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0123107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.868;QD=6.80795;RBI=0.0199179;REFB=-0.0242838;REVB=-0.015658;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389267;STB=0.758112;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0503241;OID=.;OPOS=13219149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:25:27:9:9:0.25:6:3:17:8:6:3:19:8 chr1 13219375 . G T 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=11;FWDB=0.00109186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0135;QD=7.28793;RBI=0.0121562;REFB=0.0196175;REVB=0.0121071;RO=58;SAF=16;SAR=5;SRF=47;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863517;STB=0.555506;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0526049;OID=.;OPOS=13219375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:5:16:47:11:5:16:48:11 chr1 13448283 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.997;QD=50.4133;RBI=0.0514008;REFB=0;REVB=0.0478138;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291666;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 13448351 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9307;QD=45.805;RBI=0.057776;REFB=0;REVB=0.0546238;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283925;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 13474934 . G A 78.29 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0289367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6661;QD=14.9125;RBI=0.0735527;REFB=-0.0771967;REVB=0.0676215;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320847;STB=0.6894;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.118156;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:9:1:0:10:9:1:0:11 chr1 13474951 . C G 75.64 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0159032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.99;QD=11.6369;RBI=0.0409427;REFB=-0.0184356;REVB=-0.0377279;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12191;STB=0.571302;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0295401;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:1:15:9:1:1:15 chr1 13474974 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0361694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.096;QD=15.1664;RBI=0.0434882;REFB=-0.0377707;REVB=0.0241452;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212967;STB=0.512299;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0255878;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:5:15:11:4:5:15 chr1 13475108 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00676921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.622;QD=11.9198;RBI=0.0196224;REFB=-0.0338188;REVB=0.0184178;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0280932;OID=.;OPOS=13475108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:6:3:6:1:6:3 chr1 13695787 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.802;QD=48.7373;RBI=0.0254183;REFB=0;REVB=-0.0233935;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13996e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 13695816 . G A 431.37 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.536;QD=57.5161;RBI=0.0509257;REFB=0;REVB=0.0471533;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819618;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:8:17:0:0:12:18:0:0 chr1 13802325 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.621;QD=61.3752;RBI=0.0584337;REFB=0;REVB=0.00925614;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72523e-05;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr1 13802437 . G A 366.67 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00338334;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.685;QD=18.8034;RBI=0.00623025;REFB=-0.0229835;REVB=0.00523154;RO=40;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203357;STB=0.613672;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.033642;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:12:26:19:21:12:26:19:21 chr1 13910417 . C T 357.15 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00573238;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.9;QD=26.9549;RBI=0.00795309;REFB=-0.00195826;REVB=-0.00551284;RO=18;SAF=13;SAR=21;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192241;STB=0.588691;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00115409;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:19:34:34:0.641509:21:13:2:16:21:13:3:16 chr1 13940864 . C G 1731.23 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516132;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.467;QD=60.7449;RBI=0.00516877;REFB=0;REVB=0.000277516;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84286e-06;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:43:70:0:0:43:71:0:0 chr1 13944236 . C CTT 688.08 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316849;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=2;MLLD=28.1479;QD=46.6492;RBI=0.004726;REFB=0;REVB=-0.00350652;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00227244;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:61:59:59:0:39:20:0:0:13:1:37:20:1:0 chr1 14106394 . A ACTC,C 225.16 PASS AF=0.418182,0.0545455;AO=22,2;DP=55;FAO=23,3;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13,3;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.024696,-0.0170961;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=183.997,48.9952;QD=16.3754;RBI=0.0285825,0.0520369;REFB=-0.0224873,0.00923172;REVB=0.0143899,0.0491484;RO=31;SAF=13,2;SAR=9,0;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142646,0.474592;STB=0.546178,0.996477;STBP=0.558,0.078;TYPE=ins,snp;VARB=0.0276806,0.0509038;OID=.,.;OPOS=14106395,14106394;OREF=-,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=ACTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:29:22,2:23,3:0.418182,0.0545455:9,0:13,2:14:17:10,0:13,3:14:15 chr1 14109424 . T C 99.04 PASS AF=0.482759;AO=2;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0801248;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=31.8102;QD=13.6613;RBI=0.0815042;REFB=0.0101873;REVB=0.0149312;RO=1;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25849;STB=0.559499;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.011607;OID=.;OPOS=14109424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:1:15:2:14:0.482759:1:1:0:1:9:5:7:8 chr1 14143003 . A G 463.17 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0020055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.021;QD=17.478;RBI=0.0127889;REFB=-0.0121635;REVB=-0.0126307;RO=56;SAF=25;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415951;STB=0.517782;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0151082;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:49:50:0.471698:24:25:31:25:24:26:31:25 chr1 14149622 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00422832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.934;QD=16.0657;RBI=0.00821151;REFB=0.00176876;REVB=0.00703918;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11262;STB=0.564792;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00196564;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:12:12:7:11:12:12 chr1 14150709 . C T 656.89 PASS AF=0.455782;AO=66;DP=148;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00378396;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.78;QD=17.8744;RBI=0.00493469;REFB=-0.0154409;REVB=0.00316746;RO=80;SAF=31;SAR=35;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127825;STB=0.574291;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0255409;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:80:80:66:67:0.455782:35:31:48:32:36:31:48:32 chr1 14150714 . G A 634.44 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00377594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9322;QD=16.9185;RBI=0.0687163;REFB=-0.0290325;REVB=0.0686124;RO=83;SAF=32;SAR=34;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812485;STB=0.541738;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0336095;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:84:66:66:0.44:34:32:47:36:34:32:47:37 chr1 14150740 . G T 760.05 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00661596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.855;QD=20.2681;RBI=0.0138178;REFB=0.00621171;REVB=0.012131;RO=74;SAF=37;SAR=37;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367957;STB=0.519995;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00596732;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:76:74:74:0.493333:37:37:40:34:37:37:41:35 chr1 14150992 . T C 603.03 PASS AF=0.435374;AO=62;DP=146;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00861515;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.052;QD=16.4091;RBI=0.0117599;REFB=-0.00531428;REVB=0.00800459;RO=79;SAF=23;SAR=39;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228835;STB=0.504122;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00707469;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:79:83:62:64:0.435374:39:23:31:48:39:25:33:50 chr1 14220186 . A G 357.02 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0136599;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.262;QD=13.6006;RBI=0.015317;REFB=-0.00928389;REVB=0.00692946;RO=62;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431001;STB=0.528701;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0166672;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:62:63:42:42:0.4:22:20:27:35:22:20:27:36 chr1 14450771 . G A 1067.13 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.013856;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.303;QD=54.0321;RBI=0.0140896;REFB=-0.0877556;REVB=0.00255534;RO=5;SAF=27;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551614;STB=0.529233;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000902522;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:79:79:5:5:74:74:0.936709:47:27:4:1:47:27:4:1 chr1 14507057 . A G 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0251911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.665;QD=22.437;RBI=0.0251987;REFB=0.000563713;REVB=-0.000617805;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586247;STB=0.532339;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000468755;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:14:11:17:16:14:11 chr1 15382667 . T C 704.53 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0291798;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0789;QD=19.171;RBI=0.029508;REFB=-0.0179925;REVB=0.0043884;RO=77;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359354;STB=0.519892;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0204554;OID=.;OPOS=15382667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:77:77:70:70:0.47619:39:31:37:40:39:31:37:40 chr1 15438990 . G A 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.003184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9203;QD=57.0241;RBI=0.0693158;REFB=-0.104876;REVB=0.0692427;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00132719;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:1:0:40:25:1:0 chr1 15490865 . T A 1515.07 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487104;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.075;QD=63.7924;RBI=0.056483;REFB=0;REVB=0.0285942;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111474;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:46:49:0:0 chr1 15497727 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=62.0208;RBI=0.0321322;REFB=0;REVB=0.02836;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81936e-05;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 15541607 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0333083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.246;QD=19.0234;RBI=0.034954;REFB=-0.0219735;REVB=-0.010599;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486504;STB=0.515169;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0174518;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:22:13:14:19:22:13:14:21 chr1 15687059 . A G 236.09 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00588381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5899;QD=19.2723;RBI=0.0199237;REFB=0.0229515;REVB=-0.0190351;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274035;STB=0.63258;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0260776;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:26:22:23:0.469388:10:12:7:20:11:12:7:19 chr1 15708540 . A G 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0154023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.861;QD=19.99;RBI=0.0167913;REFB=-0.0094637;REVB=0.00668712;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.511101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00878358;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:12:10:11:11:12:11 chr1 15710411 . G C 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0781325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6775;QD=20.7677;RBI=0.0840141;REFB=-0.0303393;REVB=-0.0308817;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287955;STB=0.660996;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0291292;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:8:19:9:15:8:19:9:15 chr1 15714831 . C T 104.92 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0501025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0875;QD=32.2835;RBI=0.0501101;REFB=-0.00897279;REVB=0.000875702;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.549915;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00452959;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:1:2:11:11:0.846154:9:2:0:1:9:2:0:2 chr1 15714842 . G C 79.93 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0515991;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3682;QD=15.2255;RBI=0.0923156;REFB=0.00431418;REVB=-0.0765488;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.749499;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0572076;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:21:11:11:7:9:0.428571:3:4:2:9:3:6:2:9 chr1 15723843 . G A 438.63 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0109776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.922;QD=14.3812;RBI=0.0165445;REFB=-0.0145531;REVB=-0.0123778;RO=72;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773157;STB=0.543607;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.01682;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:30:20:34:38:30:20:34:38 chr1 15754484 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.255;QD=62.9081;RBI=0.037837;REFB=0;REVB=0.0242901;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32625e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:61:29:0:0:61:29:0:0 chr1 15788269 . A C 1413.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8063;QD=62.8263;RBI=0.029528;REFB=0;REVB=-0.00245107;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141918;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr1 15808198 . C T 473.68 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0367953;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.224;QD=16.1944;RBI=0.054462;REFB=-0.0163515;REVB=-0.0401523;RO=65;SAF=28;SAR=24;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121871;STB=0.568037;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0165576;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:65:65:52:52:0.444444:24:28:27:38:24:28:27:38 chr1 15808767 . G A 269.87 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00604281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.186;QD=18.9384;RBI=0.0262814;REFB=-0.00447823;REVB=0.0255773;RO=28;SAF=23;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224542;STB=0.599274;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00450851;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:5:23:18:10:6:23:18:10 chr1 15808872 . G A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0300651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.924;QD=20.9309;RBI=0.0300702;REFB=-0.00181302;REVB=-0.00055669;RO=55;SAF=41;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344926;STB=0.518981;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0021264;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:20:41:35:20:20:41:35:20 chr1 15809876 . G A 131.78 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0518432;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.52;QD=13.516;RBI=0.052663;REFB=-0.0267793;REVB=-0.0092559;RO=23;SAF=1;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546132;STB=0.827824;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0230329;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:14:1:9:14:14:1:9:15 chr1 15812400 . C T 394.94 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0101296;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.895;QD=22.5678;RBI=0.0141377;REFB=-0.0088972;REVB=-0.00986243;RO=31;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130198;STB=0.575808;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.010877;OID=.;OPOS=15812400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:38:39:0.557143:22:16:18:13:23:16:18:13 chr1 15812432 . A G 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.232;QD=62.9031;RBI=0.0129277;REFB=0;REVB=-0.0116332;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27255e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr1 15832543 . T C 398.04 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.041719;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.573;QD=26.1007;RBI=0.0456257;REFB=-0.00177655;REVB=-0.0184724;RO=23;SAF=13;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371466;STB=0.52033;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000566589;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:23:38:38:0.622951:25:13:9:14:25:13:9:14 chr1 15844615 . A G 484.2 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00474616;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.047;QD=21.2834;RBI=0.0416581;REFB=-0.0360475;REVB=0.0413869;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368247;STB=0.503779;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0234408;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:40:44:46:47:0.516484:21:25:20:20:21:26:24:20 chr1 15850613 . G A 167.86 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00522411;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.583;QD=14.9211;RBI=0.0114599;REFB=-0.0212221;REVB=0.0101999;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576169;STB=0.533296;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0151562;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:9:9:15:12:9:9:15:12 chr1 15909850 . C G 224.56 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0210177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7003;QD=17.6123;RBI=0.0217449;REFB=-0.00294246;REVB=-0.00557651;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156751;STB=0.588164;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00456837;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:9:18:12:12:9:18 chr1 16069071 . C T 758.13 PASS AF=0.47619;AO=78;DP=166;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.0283308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1553;QD=18.0507;RBI=0.0291148;REFB=-0.0170451;REVB=-0.00671079;RO=88;SAF=51;SAR=27;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649836;STB=0.547085;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0202714;OID=.;OPOS=16069071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:88:88:78:80:0.47619:27:51:52:36:27:53:51:37 chr1 16096932 . G GT 391.14 PASS AF=1;AO=8;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534675;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1155;QD=46.0162;RBI=0.16699;REFB=0;REVB=0.158199;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00841406;OID=.;OPOS=16096933;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:35:34:34:0:11:23:0:0:7:27:6:2:5:22 chr1 16096934 . C T 318.36 PASS AF=0.771429;AO=25;DP=33;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0090261;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5333;QD=36.3843;RBI=0.0879273;REFB=-0.0785827;REVB=0.0874627;RO=8;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302623;STB=0.668368;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0261762;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:35:8:8:25:27:0.771429:20:5:6:2:22:5:6:2 chr1 16256007 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0352917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.307;QD=16.1192;RBI=0.0361205;REFB=-0.0104425;REVB=0.00769297;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0140198;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:5:8:6:6:5:8 chr1 16259813 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0160749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9809;QD=11.6671;RBI=0.0452475;REFB=-0.00527201;REVB=0.0422958;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775238;STB=0.54615;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0114873;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:10:4:9:17:10:4:9:17 chr1 16272250 . A G 90.49 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0170489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5308;QD=13.4053;RBI=0.0424361;REFB=-0.00761977;REVB=-0.0388607;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.507029;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0126112;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:27:15:15:9:11:0.407407:3:6:8:7:5:6:8:7 chr1 16330816 . C T 436.49 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0184535;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.262;QD=21.0355;RBI=0.0259775;REFB=-0.0204864;REVB=-0.0182839;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055511;STB=0.553667;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0168758;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:36:40:43:43:0.518072:21:22:16:20:21:22:16:24 chr1 16332571 . C T 297.44 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0916954;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0744;QD=18.0268;RBI=0.0917807;REFB=-0.00944104;REVB=0.0039559;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11462;STB=0.578998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0102936;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:18:16:19:13:19:15 chr1 16341649 . C T 1320.16 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0241796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.154;QD=56.7809;RBI=0.0662623;REFB=-0.211549;REVB=0.0616931;RO=4;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497877;STB=0.53246;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000808189;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:93:93:4:5:88:88:0.946237:36:52:0:4:36:52:0:5 chr1 16341733 . T C 1415.02 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.337;QD=62.8897;RBI=0.022084;REFB=0;REVB=0.0216259;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1161e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 16342237 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.252;QD=57.0006;RBI=0.0110295;REFB=0;REVB=-0.0105038;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25092e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 16344360 . A G 2617.47 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.511;QD=61.9519;RBI=0.0511256;REFB=0;REVB=0.0474999;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39566e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:169:0:0:166:169:1:81:85:0:0:82:87:0:0 chr1 16344402 . G A 2867.34 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0811419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2223;QD=62.3335;RBI=0.0912736;REFB=-0.0964459;REVB=0.0417955;RO=1;SAF=74;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639029;STB=0.503355;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00478639;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:1:1:182:183:0.994565:108:74:1:0:109:74:1:0 chr1 16344494 . G A 1376.68 PASS AF=0.98913;AO=86;DP=88;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8669;QD=59.8557;RBI=0.11434;REFB=-0.180602;REVB=0.102597;RO=2;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163332;STB=0.504131;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00289407;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:92:2:1:86:91:0.98913:57:29:0:2:60:31:0:1 chr1 16344625 . C G 1451.49 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.527;QD=63.1084;RBI=0.0202741;REFB=0;REVB=0.0173605;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33483e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:51:39:0:0:53:39:0:0 chr1 16344664 . G A 546.08 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00240521;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.651;QD=20.0397;RBI=0.0312524;REFB=-0.0377542;REVB=0.0311597;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994224;STB=0.558947;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0304463;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:52:53:56:56:0.513761:27:29:21:31:27:29:21:32 chr1 16344683 . C T 427.16 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0254562;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.037;QD=15.3932;RBI=0.0254567;REFB=-0.0296208;REVB=0.00015799;RO=63;SAF=17;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128907;STB=0.572464;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0405122;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:63:63:48:48:0.432432:31:17:30:33:31:17:30:33 chr1 16345735 . C T 275.3 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0292513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.457;QD=18.0526;RBI=0.0359482;REFB=-0.00544107;REVB=0.0208958;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439546;STB=0.524574;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00724781;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:14:17:15:15:14:17 chr1 16351275 . A G 1135.01 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.062;QD=60.5339;RBI=0.0429267;REFB=0;REVB=0.0233588;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56923e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:43:32:0:0 chr1 16355638 . T A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.010369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.126;QD=12.8607;RBI=0.0589882;REFB=-0.0048497;REVB=-0.0580697;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00261511;OID=.;OPOS=16355638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:3:5:4:3:3:5 chr1 16356501 . G A 435.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.148754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4759;QD=54.4832;RBI=0.148765;REFB=-0.0996809;REVB=-0.00177535;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00695624;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:19:12:0:0:19:12:1:0 chr1 16358932 . T C 446.4 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.302;QD=57.5993;RBI=0.0251176;REFB=0;REVB=0.0250601;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92261e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chr1 16361916 . G A 57.12 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00850279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.132;QD=28.562;RBI=0.0135357;REFB=-0.0825494;REVB=0.0105317;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00286406;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:2:5:0:0:2:5:0:1 chr1 16373124 . A G 1019.43 PASS AF=1;AO=44;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.201;QD=59.9665;RBI=0.103966;REFB=0;REVB=-0.00764004;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574396;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:44:68:1:25:19:0:0:28:40:0:0 chr1 16374533 . G C 1125.05 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=85;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00138449;FXX=0.03529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.346;QD=54.8804;RBI=0.00720378;REFB=-0.0304101;REVB=-0.00706949;RO=5;SAF=24;SAR=53;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637878;STB=0.533804;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000137607;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:85:82:5:5:77:77:0.939024:53:24:4:1:53:24:4:1 chr1 16374994 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.842;QD=55.0097;RBI=0.02893;REFB=-0.0200493;REVB=0.0100044;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000435605;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr1 16375063 . CA GC 493.21 PASS AF=0.95;AO=34;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.111759;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.076;QD=49.3209;RBI=0.154267;REFB=-0.136963;REVB=0.106341;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166044;STB=0.507039;STBP=0.766;TYPE=mnp;VARB=0.0076755;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:34:38:0.95:22:12:1:1:24:14:1:1 chr1 16376191 . C T 775.73 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191059;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7537;QD=64.6446;RBI=0.0869216;REFB=0;REVB=0.0847959;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134003;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:42:48:1:6:36:0:0:12:36:0:0 chr1 16376319 . T C 1712.69 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017214;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8302;QD=60.0944;RBI=0.030261;REFB=0;REVB=0.0248879;RO=0;SAF=41;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532028;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:72:41:0:0:72:42:0:0 chr1 16380196 . T C 882.78 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.083;QD=57.8871;RBI=0.0271467;REFB=0;REVB=0.00796259;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97571e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:28:33:0:0 chr1 16380243 . A G 691.17 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.388;QD=61.4374;RBI=0.0651682;REFB=0;REVB=-0.0645683;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6264e-05;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:18:26:1:0:18:27:0:0 chr1 16380252 . C T 745.35 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4713;QD=63.4338;RBI=0.116783;REFB=0;REVB=-0.0960428;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042554;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 16382958 . T C 720.02 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=96;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0201619;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.617;QD=30.3166;RBI=0.0201638;REFB=-0.0237874;REVB=-0.000277502;RO=34;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121128;STB=0.565474;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00779266;OID=.;OPOS=16382958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:34:34:61:61:0.642105:27:34:25:9:27:34:25:9 chr1 16383682 . G C 138.91 PASS AF=0.198347;AO=24;DP=121;FAO=24;FDP=121;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0585038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3576;QD=4.59193;RBI=0.0663914;REFB=0.00430772;REVB=0.0313867;RO=96;SAF=15;SAR=9;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185634;STB=0.613211;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.018987;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:96:97:24:24:0.198347:9:15:46:50:9:15:47:50 chr1 16383742 . C G 853.4 PASS AF=0.511905;AO=85;DP=166;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0437758;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3312;QD=20.319;RBI=0.0468435;REFB=-0.0297728;REVB=-0.0166732;RO=77;SAF=37;SAR=48;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846449;STB=0.540441;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0332851;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:77:82:85:86:0.511905:48:37:41:36:48:38:43:39 chr1 16384986 . G T 83.53 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00113577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.775;QD=20.8827;RBI=0.06221;REFB=-0.00505829;REVB=0.0621996;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354335;STB=0.705427;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0225166;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:4:2:8:2:4:2 chr1 16385042 . G A 61.05 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0655094;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.738;QD=15.2631;RBI=0.0954668;REFB=0.0153237;REVB=0.0694437;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0075119;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:3:5:7:1:3:5:7:1 chr1 16385175 . G A 220.24 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.011343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.994;QD=24.4712;RBI=0.040823;REFB=0.00786873;REVB=0.0392155;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210526;STB=0.616518;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0086554;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:12:3:10:11:12:3 chr1 16386008 . T C 210.5 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324386;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2875;QD=49.5286;RBI=0.222034;REFB=0;REVB=0.219652;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00879052;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:13:17:1:8:5:0:0:12:5:0:0 chr1 16386416 . G A 375.16 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.349;QD=55.5796;RBI=0.0130822;REFB=0;REVB=-0.0121641;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61173e-05;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr1 16386447 . G C 355.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5097;QD=54.6743;RBI=0.152713;REFB=0;REVB=0.14419;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049033;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:13:13:0:0 chr1 16386495 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.271;QD=51.1803;RBI=0.0865985;REFB=0;REVB=-0.00807068;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636391;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 16388646 . T C 1164.33 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.795;QD=60.4847;RBI=0.0294188;REFB=0;REVB=0.025842;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36342e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:41:36:0:0 chr1 16451767 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0105684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.487;QD=7.95408;RBI=0.0900268;REFB=-0.000807934;REVB=0.0894043;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00751771;OID=.;OPOS=16451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:8:10:5:3:9:10 chr1 16459745 . G A 374.13 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00411644;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2205;QD=20.2235;RBI=0.0330857;REFB=-0.0101224;REVB=0.0328286;RO=39;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403131;STB=0.695673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126348;OID=.;OPOS=16459745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:36:37:38:0.513514:11:26:10:29:12:26:10:26 chr1 16460339 . G A 306.24 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00273132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.0972;QD=18.0143;RBI=0.038278;REFB=-0.0169284;REVB=0.0381804;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135517;STB=0.575712;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0302728;OID=.;OPOS=16460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:20:15:19:14:20:15 chr1 16464673 . G A 147.89 PASS AF=0.5;AO=13;DP=36;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.091394;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.8449;QD=14.085;RBI=0.0939557;REFB=-0.0807532;REVB=0.0217899;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204005;STB=0.714082;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0372036;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:42:23:21:13:21:0.5:6:7:8:15:6:15:6:15 chr1 16464681 . C CG,G 52.77 PASS AF=0.136364,0.0909091;AO=6,5;DP=44;FAO=6,4;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5,4;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0513491,-0.0734636;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=155.297,158.998;QD=4.79693;RBI=0.0544069,0.0756448;REFB=-0.000862362,0.000767616;REVB=-0.0179826,-0.0180344;RO=33;SAF=5,5;SAR=1,0;SRF=10;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.575955,0.715683;STB=0.881275,0.998031;STBP=0.098,0.003;TYPE=ins,snp;VARB=0.012691,-0.00714873;OID=.,.;OPOS=16464682,16464681;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:44:44:33:34:6,5:6,4:0.136364,0.0909091:1,0:5,5:10:23:1,0:5,4:11:23 chr1 16533022 . C T 240.24 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2649;QD=48.0471;RBI=0.0781914;REFB=0;REVB=0.0781914;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073396;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:17:0:0:0:20:0:0:0 chr1 16641899 . C T 760.23 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.638;QD=55.2895;RBI=0.0564625;REFB=-0.0498472;REVB=0.00498972;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324102;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:24:30:1:0:24:31:0:0 chr1 16723084 . G A,C 1710.29 PASS AF=0.947826,0.0521739;AO=109,6;DP=115;FAO=109,6;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=74,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015921,-0.00357513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.626,161.122;QD=59.4883;RBI=0.0171923,0.0126242;REFB=0,0;REVB=-0.00648809,-0.0121074;RO=0;SAF=35,0;SAR=74,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00172743,0.0837448;OID=.,.;OPOS=16723084,16723084;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:115:115:0:0:109,6:109,6:0.947826,0.0521739:74,6:35,0:0:0:74,6:35,0:0:0 chr1 16730308 . G T 267.27 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000245996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.989;QD=16.1983;RBI=0.00778525;REFB=-0.0100131;REVB=0.00778136;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016049;STB=0.506156;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.01344;OID=.;OPOS=16730308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:28:30:0.454545:16:12:16:20:17:13:16:20 chr1 16752057 . G A 292.02 PASS AF=0.508197;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0155653;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.471;QD=19.149;RBI=0.015994;REFB=0.0108852;REVB=0.00367794;RO=29;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806651;STB=0.552038;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00979171;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:30:29:31:0.508197:21:8:6:23:21:10:7:23 chr1 16840730 . C T 385.36 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00438363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.12;QD=17.9237;RBI=0.0096096;REFB=-0.0159964;REVB=0.00855151;RO=46;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17697;STB=0.599209;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0162774;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:27:13:23:23:27:13:23:23 chr1 16840756 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00962542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.803;QD=7.79846;RBI=0.0190334;REFB=-0.00829124;REVB=-0.0164201;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366372;STB=0.7308;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0163433;OID=.;OPOS=16840756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:12:11:7:2:12:11 chr1 16858909 . G C 1697.12 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.775;QD=59.5481;RBI=0.0149645;REFB=-0.0882138;REVB=-0.00732647;RO=1;SAF=59;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798018;STB=0.504201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000164235;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:54:59:1:0:54:59:1:0 chr1 16860633 . G A 32.78 PASS AF=0.0722222;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=90;FWDB=0.0174126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4803;QD=0.728504;RBI=0.0666331;REFB=-0.0108266;REVB=-0.0643178;RO=167;SAF=4;SAR=9;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172816;STB=0.647766;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.140333;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:180:180:167:167:13:13:0.0722222:9:4:77:90:9:4:77:90 chr1 16860652 . A C 217.68 PASS AF=0.188406;AO=39;DP=207;FAO=39;FDP=207;FR=.;FRO=168;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=92;FWDB=0.0313885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9937;QD=4.20639;RBI=0.0348056;REFB=-0.00667042;REVB=0.0150398;RO=168;SAF=26;SAR=13;SRF=76;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274518;STB=0.672989;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0201865;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:168:168:39:39:0.188406:13:26:76:92:13:26:76:92 chr1 16861772 . A G 834.55 PASS AF=0.443878;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=-0.00662108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.635;QD=17.0316;RBI=0.0284817;REFB=0.00648063;REVB=-0.0277014;RO=107;SAF=57;SAR=30;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314966;STB=0.524534;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00825791;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:107:109:87:87:0.443878:30:57:67:40:30:57:67:42 chr1 16861804 . G A 479.88 PASS AF=0.338983;AO=60;DP=177;FAO=60;FDP=177;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.024696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.134;QD=10.8447;RBI=0.030417;REFB=-0.0257992;REVB=0.0177568;RO=117;SAF=32;SAR=28;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158448;STB=0.509088;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0388697;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:117:117:60:60:0.338983:28:32:64:53:28:32:64:53 chr1 16861847 . A T 170.11 PASS AF=0.172973;AO=32;DP=185;FAO=32;FDP=185;FR=.;FRO=153;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=-0.00903041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.255;QD=3.67801;RBI=0.0197344;REFB=-0.00630181;REVB=-0.017547;RO=153;SAF=18;SAR=14;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928763;STB=0.5598;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0239496;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:153:153:32:32:0.172973:14:18:75:78:14:18:75:78 chr1 16861849 . A G 170.09 PASS AF=0.172973;AO=32;DP=185;FAO=32;FDP=185;FR=.;FRO=153;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=0.0121059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.154;QD=3.67755;RBI=0.0418651;REFB=-0.00303201;REVB=-0.0400766;RO=153;SAF=18;SAR=14;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101166;STB=0.565118;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0488545;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:153:153:32:32:0.172973:14:18:74:79:14:18:74:79 chr1 16862282 . G A 141.04 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.014995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.418;QD=7.94595;RBI=0.0312439;REFB=-0.0107242;REVB=-0.0274105;RO=51;SAF=10;SAR=10;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821805;STB=0.549247;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.025817;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:10:10:29:22:10:10:29:22 chr1 16862296 . G C 61.52 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0455252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7565;QD=2.82838;RBI=0.0472659;REFB=-0.000918476;REVB=0.0127089;RO=73;SAF=11;SAR=2;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462619;STB=0.823446;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000264704;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:86:87:73:74:13:13:0.149425:2:11:36:37:2:11:36:38 chr1 16862340 . G A 43.86 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.00689621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.225;QD=1.3813;RBI=0.0308279;REFB=-0.000485195;REVB=-0.0300466;RO=114;SAF=10;SAR=2;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48234;STB=0.859396;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0120284;OID=.;OPOS=16862340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:127:114:115:12:12:0.0944882:2:10:46:68:2:10:47:68 chr1 16862454 . T G 1272.39 PASS AF=0.453608;AO=132;DP=292;FAO=132;FDP=291;FR=.;FRO=159;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=0.00045321;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.452;QD=17.4899;RBI=0.022582;REFB=-0.00511973;REVB=0.0225774;RO=148;SAF=65;SAR=67;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000785396;STB=0.509292;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0143166;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:148:159:132:132:0.453608:67:65:73:75:67:65:81:78 chr1 16862461 . T A 2013.35 PASS AF=0.626812;AO=167;DP=284;FAO=173;FDP=276;FR=.;FRO=103;FSAF=92;FSAR=81;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.000827445;FXX=0.0515446;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.868;QD=29.179;RBI=0.0156034;REFB=-0.0240887;REVB=-0.0155814;RO=63;SAF=92;SAR=75;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304038;STB=0.50645;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00699522;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:276:63:103:167:173:0.626812:75:92:31:32:81:92:53:50 chr1 16862472 . G C 327.28 PASS AF=0.186916;AO=58;DP=318;FAO=60;FDP=321;FR=.;FRO=261;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=132;FSRR=129;FWDB=-0.0302688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=4.07824;RBI=0.0368111;REFB=-0.00657351;REVB=-0.0209488;RO=260;SAF=24;SAR=34;SRF=132;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121858;STB=0.558981;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0300628;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:321:260:261:58:60:0.186916:34:24:132:128:34:26:132:129 chr1 16862502 . A G 3521.23 PASS AF=0.710327;AO=281;DP=396;FAO=282;FDP=397;FR=.;FRO=115;FSAF=144;FSAR=138;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.00880754;FXX=0.00501241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7431;QD=35.4784;RBI=0.0447084;REFB=0.00689324;REVB=-0.0438323;RO=115;SAF=143;SAR=138;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259474;STB=0.513304;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00479555;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:397:115:115:281:282:0.710327:138:143:64:51:138:144:64:51 chr1 16862566 . G A 402.19 PASS AF=0.174603;AO=77;DP=441;FAO=77;FDP=441;FR=.;FRO=364;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=177;FSRR=187;FWDB=-0.00962599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.379;QD=3.64803;RBI=0.0446866;REFB=-0.00757013;REVB=-0.0436376;RO=364;SAF=34;SAR=43;SRF=177;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583171;STB=0.537077;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.042364;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:364:364:77:77:0.174603:43:34:177:187:43:34:177:187 chr1 16863286 . T C 57.08 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.014093;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4191;QD=1.79785;RBI=0.0216601;REFB=0.000650413;REVB=-0.0164484;RO=113;SAF=3;SAR=11;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333353;STB=0.754649;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.01079;OID=.;OPOS=16863286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:127:127:113:113:14:14:0.110236:11:3:54:59:11:3:55:58 chr1 16863304 . T C 175.52 PASS AF=0.202797;AO=28;DP=143;FAO=29;FDP=143;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0120698;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.15;QD=4.90952;RBI=0.0120987;REFB=-0.00622538;REVB=-0.000835137;RO=115;SAF=6;SAR=22;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398051;STB=0.761401;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0180253;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:115:114:28:29:0.202797:22:6:59:56:23:6:59:55 chr1 16863308 . G T 165.54 PASS AF=0.193103;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=145;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.00917962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.614;QD=4.56649;RBI=0.0166967;REFB=-0.00420234;REVB=0.0139468;RO=116;SAF=6;SAR=22;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393573;STB=0.748504;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0142416;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:116:117:28:28:0.193103:22:6:59:57:22:6:59:58 chr1 16863313 . CA CG,TG 162.41 PASS AF=0.0890411,0.116438;AO=12,17;DP=148;FAO=13,17;FDP=146;FR=.;FRO=116;FSAF=6,2;FSAR=7,15;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.00349363,0.0024615;FXX=0.0135126;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=201.825,121.635;QD=4.44961;RBI=0.00420198,0.00912806;REFB=0.00209067,0.000875605;REVB=0.00233478,0.00878991;RO=112;SAF=6,2;SAR=6,15;SRF=58;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0209875,-0.519543;STB=0.542247,0.863569;STBP=0.764,0.003;TYPE=snp,mnp;VARB=0.010423,-0.00641939;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:148:146:112:116:12,17:13,17:0.0890411,0.116438:6,15:6,2:58:54:7,15:6,2:59:57 chr1 16863328 . T G 312.65 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.00485301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.395;QD=8.01666;RBI=0.00500192;REFB=-0.00877071;REVB=-0.00121138;RO=111;SAF=15;SAR=29;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203616;STB=0.617522;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0197444;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:112:44:44:0.282051:29:15:56:55:29:15:56:56 chr1 16863352 . C T 353.53 PASS AF=0.30719;AO=47;DP=153;FAO=47;FDP=153;FR=.;FRO=106;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00313566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.851;QD=9.24264;RBI=0.0203997;REFB=-0.0062103;REVB=-0.0201573;RO=106;SAF=15;SAR=32;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190903;STB=0.611716;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0126327;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:106:106:47:47:0.30719:32:15:50:56:32:15:50:56 chr1 16872509 . G A 344.42 PASS AF=0.297468;AO=47;DP=158;FAO=47;FDP=158;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=76;FWDB=-0.0149262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.055;QD=8.71937;RBI=0.0204368;REFB=-0.0127426;REVB=-0.0139597;RO=110;SAF=18;SAR=29;SRF=35;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084437;STB=0.551482;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0200813;OID=.;OPOS=16872509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:110:111:47:47:0.297468:29:18:35:75:29:18:35:76 chr1 16872517 . A G 418.78 PASS AF=0.341935;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=155;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=-0.000827269;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.866;QD=10.8071;RBI=0.00672097;REFB=-0.00312258;REVB=0.00666986;RO=101;SAF=13;SAR=40;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167015;STB=0.594316;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0055926;OID=.;OPOS=16872517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:101:102:53:53:0.341935:40:13:37:64:40:13:37:65 chr1 16874150 . C A,CAAAACA 49.93 PASS AF=0,0.183673;AO=2,5;DP=50;FAO=0,9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0112129,-0.0176115;FXX=0.019996;HRUN=1,4;LEN=1,6;MLLD=225.682,144.466;QD=4.07616;RBI=0.0153028,0.0280565;REFB=-0.000467281,-0.0076013;REVB=-0.0104138,-0.0218404;RO=39;SAF=2,4;SAR=0,1;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.401702,0.316145;STB=0.5,0.845694;STBP=1,0.043;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0572347;OID=.,.;OPOS=16874150,16874151;OREF=C,-;OALT=A,AAAACA;OMAPALT=A,CAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:50:49:39:40:2,5:0,9:0,0.183673:0,1:2,4:21:18:0,1:0,8:21:19 chr1 16874206 . A C 160.22 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0452146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4103;QD=10.3365;RBI=0.0463994;REFB=-0.00710873;REVB=0.0104185;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062061;STB=0.526042;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0154694;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:9:12:25:15:9:12:25:16 chr1 16874240 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0388028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9299;QD=21.2926;RBI=0.0665958;REFB=-0.0296778;REVB=-0.0541235;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188312;STB=0.606024;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0245595;OID=.;OPOS=16874240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:12:13:8:17:12:13 chr1 16890441 . C T 156.43 PASS AF=0.115819;AO=41;DP=357;FAO=41;FDP=354;FR=.;FRO=313;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=155;FSRR=158;FWDB=-0.0106079;FXX=0.0139272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.489;QD=1.76755;RBI=0.044506;REFB=-0.00217454;REVB=-0.0432233;RO=316;SAF=24;SAR=17;SRF=155;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118649;STB=0.579831;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0152461;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:354:316:313:41:41:0.115819:17:24:155:161:17:24:155:158 chr1 16890484 . G C 161.05 PASS AF=0.1;AO=50;DP=500;FAO=50;FDP=500;FR=.;FRO=450;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=209;FSRR=241;FWDB=-0.0150598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3214;QD=1.2884;RBI=0.0156632;REFB=-0.000534081;REVB=-0.00430554;RO=447;SAF=30;SAR=20;SRF=209;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161484;STB=0.620888;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00559821;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:500:447:450:50:50:0.1:20:30:209:238:20:30:209:241 chr1 16890598 . T A 1830.67 PASS AF=0.469697;AO=185;DP=395;FAO=186;FDP=396;FR=.;FRO=210;FSAF=78;FSAR=108;FSRF=108;FSRR=102;FWDB=-0.00985524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.229;QD=18.4916;RBI=0.0116352;REFB=-0.00265953;REVB=0.00618477;RO=209;SAF=77;SAR=108;SRF=107;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932116;STB=0.550834;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00305584;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:396:209:210:185:186:0.469697:108:77:107:102:108:78:108:102 chr1 16890602 . T G 33.56 PASS AF=0.0538462;AO=21;DP=390;FAO=21;FDP=390;FR=.;FRO=369;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=176;FSRR=193;FWDB=0.000773246;FXX=0.00255748;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.783;QD=0.344213;RBI=0.000813006;REFB=-0.00104364;REVB=-0.000251138;RO=367;SAF=7;SAR=14;SRF=174;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143747;STB=0.638609;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0206651;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:390:390:367:369:21:21:0.0538462:14:7:174:193:14:7:176:193 chr1 16890639 . C T 684.97 PASS AF=0.324723;AO=88;DP=271;FAO=88;FDP=271;FR=.;FRO=183;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=93;FSRR=90;FWDB=-0.0136255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.213;QD=10.1103;RBI=0.0425162;REFB=-0.0042276;REVB=-0.0402738;RO=182;SAF=42;SAR=46;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395673;STB=0.520881;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0118796;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:182:183:88:88:0.324723:46:42:93:89:46:42:93:90 chr1 16890644 . C T 481.83 PASS AF=0.272727;AO=67;DP=251;FAO=69;FDP=253;FR=.;FRO=184;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=92;FSRR=92;FWDB=-0.00891984;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.204;QD=7.61778;RBI=0.0144527;REFB=-0.00714909;REVB=-0.0113717;RO=183;SAF=34;SAR=33;SRF=92;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058604;STB=0.505269;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.018601;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:183:184:67:69:0.272727:33:34:92:91:35:34:92:92 chr1 16890671 . TG CA 1004.93 PASS AF=0.598639;AO=88;DP=149;FAO=88;FDP=147;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0134088;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.712;QD=27.345;RBI=0.0135498;REFB=-0.00948943;REVB=0.00195019;RO=59;SAF=39;SAR=49;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234539;STB=0.512726;STBP=0.728;TYPE=mnp;VARB=0.0058833;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:59:59:88:88:0.598639:49:39:28:31:49:39:28:31 chr1 16893721 . A C 120.47 PASS AF=0.0685083;AO=62;DP=905;FAO=62;FDP=905;FR=.;FRO=843;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=467;FSRR=376;FWDB=-0.000856659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.776;QD=0.532446;RBI=0.000965292;REFB=0.0012047;REVB=0.000444887;RO=842;SAF=28;SAR=34;SRF=467;SRR=375;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114288;STB=0.59446;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0179918;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:905:905:842:843:62:62:0.0685083:34:28:467:375:34:28:467:376 chr1 16893813 . A G 56.9 PASS AF=0.05613;AO=38;DP=678;FAO=38;FDP=677;FR=.;FRO=639;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=349;FSRR=290;FWDB=-0.0255201;FXX=0.00294546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.277;QD=0.336182;RBI=0.0268192;REFB=-0.00193632;REVB=-0.00824594;RO=632;SAF=24;SAR=14;SRF=343;SRR=289;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936262;STB=0.582796;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0331428;OID=.;OPOS=16893813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:678:677:632:639:38:38:0.05613:14:24:343:289:14:24:349:290 chr1 16893841 . C T 114.04 PASS AF=0.0825516;AO=44;DP=533;FAO=44;FDP=533;FR=.;FRO=489;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=268;FSRR=221;FWDB=-0.00805227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.457;QD=0.85583;RBI=0.0195217;REFB=-0.00199784;REVB=-0.0177837;RO=484;SAF=21;SAR=23;SRF=264;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799121;STB=0.564664;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.024845;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:533:484:489:44:44:0.0825516:23:21:264:220:23:21:268:221 chr1 16901714 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0748834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.045;QD=14.0438;RBI=0.0824185;REFB=-0.0110534;REVB=0.0344279;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00175597;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr1 16902894 . A G 36.06 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0222204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.641;QD=6.8689;RBI=0.027081;REFB=-0.0261279;REVB=-0.01548;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192305;STB=0.666032;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0492328;OID=.;OPOS=16902894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:15:15:5:6:0.285714:4:1:5:10:5:1:5:10 chr1 16905718 . A C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0101109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.847;QD=25.2873;RBI=0.0115019;REFB=-0.0098023;REVB=-0.00548305;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684849;STB=0.538412;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00675525;OID=.;OPOS=16905718;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:4:12:6:3:4:12:6:3 chr1 16907303 . C T 100.01 PASS AF=0;AO=73;DP=1293;FAO=0;FDP=1220;FR=.;FRO=1220;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=629;FSRR=591;FWDB=-0.022067;FXX=0.0564574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.727;QD=0.327897;RBI=0.0310676;REFB=-7.24075e-06;REVB=-0.0218688;RO=1217;SAF=33;SAR=40;SRF=626;SRR=591;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00466123;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1293:1220:1217:1220:73:0:0:40:33:626:591:0:0:629:591 chr1 16907328 . G T 4910.53 PASS AF=0.490452;AO=488;DP=992;FAO=488;FDP=995;FR=.;FRO=507;FSAF=241;FSAR=247;FSRF=272;FSRR=235;FWDB=0.0062308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.199;QD=19.7408;RBI=0.0111273;REFB=-0.00148083;REVB=-0.00921924;RO=504;SAF=241;SAR=247;SRF=269;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037027;STB=0.521716;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00145595;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:992:995:504:507:488:488:0.490452:247:241:269:235:247:241:272:235 chr1 16909052 . C T 3298.85 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.36;QD=61.9503;RBI=0.0334546;REFB=0;REVB=0.0227358;RO=0;SAF=89;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00622e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:199:213:0:0:199:213:1:110:89:0:0:111:102:0:0 chr1 16909100 . G C 124.35 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00351599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.644;QD=6.14051;RBI=0.0225675;REFB=0.002091;REVB=0.022292;RO=62;SAF=4;SAR=15;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33418;STB=0.709819;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00846547;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:15:4:28:34:15:4:28:34 chr1 16913584 . A C 128.93 PASS AF=0.109091;AO=36;DP=330;FAO=36;FDP=330;FR=.;FRO=294;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=137;FSRR=157;FWDB=0.00784691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4975;QD=1.56277;RBI=0.0237549;REFB=0.00319393;REVB=0.0224214;RO=293;SAF=8;SAR=28;SRF=137;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319871;STB=0.732715;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0325452;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:293:294:36:36:0.109091:28:8:137:156:28:8:137:157 chr1 16913612 . G A 110.62 PASS AF=0.0958904;AO=35;DP=366;FAO=35;FDP=365;FR=.;FRO=330;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=149;FSRR=181;FWDB=0.0294484;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8925;QD=1.21226;RBI=0.0302925;REFB=-2.31287e-05;REVB=0.00710143;RO=328;SAF=9;SAR=26;SRF=149;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250213;STB=0.687879;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000407101;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:328:330:35:35:0.0958904:26:9:149:179:26:9:149:181 chr1 16914252 . C T 60.29 PASS AF=0.0655022;AO=30;DP=458;FAO=30;FDP=458;FR=.;FRO=428;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=253;FSRR=175;FWDB=-0.0451635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0078;QD=0.526584;RBI=0.0491131;REFB=-0.000522147;REVB=0.0192965;RO=426;SAF=14;SAR=16;SRF=252;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136492;STB=0.614956;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00761695;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:458:458:426:428:30:30:0.0655022:16:14:252:174:16:14:253:175 chr1 16915357 . C T 95.21 PASS AF=0.163636;AO=17;DP=112;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0150448;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.941;QD=3.46226;RBI=0.015129;REFB=-0.00602324;REVB=-0.00159375;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182529;STB=0.582239;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.03139;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:112:110:95:92:17:18:0.163636:10:7:53:42:10:8:50:42 chr1 16918498 . G A 122.81 PASS AF=0.0907127;AO=42;DP=463;FAO=42;FDP=463;FR=.;FRO=421;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=190;FSRR=231;FWDB=-0.0285582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.774;QD=1.061;RBI=0.0290255;REFB=-0.00193614;REVB=0.00518744;RO=421;SAF=11;SAR=31;SRF=190;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237725;STB=0.683657;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0186405;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:421:421:42:42:0.0907127:31:11:190:231:31:11:190:231 chr1 16918502 . A G 865.27 PASS AF=0.284404;AO=112;DP=425;FAO=124;FDP=436;FR=.;FRO=312;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=134;FSRR=178;FWDB=0.0220472;FXX=0.00456611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.697;QD=7.93825;RBI=0.0410197;REFB=-0.000163292;REVB=0.034591;RO=310;SAF=55;SAR=57;SRF=134;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735508;STB=0.510214;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000664645;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:436:310:312:112:124:0.284404:57:55:134:176:69:55:134:178 chr1 17004785 . A C 707.71 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3994;QD=62.9079;RBI=0.0527124;REFB=0;REVB=-0.046943;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561818;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 17017717 . C T 316.72 PASS AF=0.322835;AO=40;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0179417;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.663;QD=9.97553;RBI=0.019596;REFB=-0.012926;REVB=-0.00788029;RO=85;SAF=17;SAR=23;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081491;STB=0.525753;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0269427;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:86:40:41:0.322835:23:17:42:43:23:18:41:45 chr1 17017734 . C T 257.35 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00172586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.903;QD=8.95139;RBI=0.00725823;REFB=-0.00842049;REVB=0.00705006;RO=80;SAF=14;SAR=21;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905886;STB=0.553161;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0239635;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:21:14:38:42:21:14:38:42 chr1 17022952 . C A 1139.7 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0250545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9914;QD=55.5952;RBI=0.0645773;REFB=-0.046434;REVB=0.0595189;RO=4;SAF=30;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112044;STB=0.505927;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00646514;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:4:4:78:78:0.95122:48:30:2:2:48:30:2:2 chr1 17023110 . G A 403.2 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.0345787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0684;QD=8.91059;RBI=0.0479777;REFB=-0.0175941;REVB=0.0332591;RO=127;SAF=24;SAR=30;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339079;STB=0.519795;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0357481;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:127:127:54:54:0.298343:30:24:60:67:30:24:60:67 chr1 17023143 . C T 504.83 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0164616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.88;QD=14.6329;RBI=0.0203058;REFB=-0.0178442;REVB=-0.0118887;RO=82;SAF=30;SAR=26;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761992;STB=0.542901;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.024371;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:26:30:38:44:26:30:38:44 chr1 17023182 . C G 621.82 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0226918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2136;QD=25.1239;RBI=0.0536712;REFB=-0.0123957;REVB=-0.0486382;RO=43;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376402;STB=0.5206;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0106486;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:30:26:22:21:30:26:22:21 chr1 17023376 . C T 1041.2 PASS AF=0.444898;AO=109;DP=245;FAO=109;FDP=245;FR=.;FRO=136;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=82;FWDB=-0.0263184;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.265;QD=16.9993;RBI=0.0466815;REFB=-0.0218691;REVB=0.0385552;RO=134;SAF=57;SAR=52;SRF=52;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133719;STB=0.569562;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0313753;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:134:136:109:109:0.444898:52:57:52:82:52:57:54:82 chr1 17023403 . G A 489.47 PASS AF=0.326633;AO=58;DP=203;FAO=65;FDP=199;FR=.;FRO=134;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.0327446;FXX=0.0292669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9464;QD=9.83866;RBI=0.0327902;REFB=-0.00840386;REVB=0.00172993;RO=130;SAF=26;SAR=32;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586084;STB=0.503144;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0354085;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:199:130:134:58:65:0.326633:32:26:52:78:39:26:53:81 chr1 17026043 . G A 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0223759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.015;QD=16.419;RBI=0.0246646;REFB=-0.0098796;REVB=-0.0103762;RO=16;SAF=13;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154694;STB=0.590759;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0145527;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:1:13:14:2:1:13:14:2 chr1 17026087 . G A 344.19 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0191097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.505;QD=16.9971;RBI=0.089544;REFB=-0.00782049;REVB=0.0874811;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022298;STB=0.52765;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00930669;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:44:36:37:0.45679:16:20:26:19:17:20:26:18 chr1 17029257 . T C 85.7 PASS AF=0.104348;AO=24;DP=230;FAO=24;FDP=230;FR=.;FRO=206;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=96;FSRR=110;FWDB=-0.00138743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9599;QD=1.4904;RBI=0.0245055;REFB=-0.00487392;REVB=-0.0244662;RO=204;SAF=6;SAR=18;SRF=96;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280316;STB=0.70489;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0400734;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:230:230:204:206:24:24:0.104348:18:6:96:108:18:6:96:110 chr1 17029462 . A G 114.78 PASS AF=0.120332;AO=29;DP=232;FAO=29;FDP=241;FR=.;FRO=212;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=112;FWDB=-0.0999664;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8346;QD=1.90506;RBI=0.15392;REFB=-0.0160623;REVB=-0.117039;RO=202;SAF=19;SAR=10;SRF=97;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220315;STB=0.660665;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.109533;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:241:202:212:29:29:0.120332:10:19:97:105:10:19:100:112 chr1 17030504 . T A 534.25 PASS AF=0.174576;AO=103;DP=591;FAO=103;FDP=590;FR=.;FRO=487;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=240;FSRR=247;FWDB=-0.00874277;FXX=0.00169202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4664;QD=3.62201;RBI=0.0104986;REFB=-0.0129009;REVB=-0.0058124;RO=482;SAF=53;SAR=50;SRF=238;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270507;STB=0.517946;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0362996;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:590:482:487:103:103:0.174576:50:53:238:244:50:53:240:247 chr1 17030515 . G A 428.17 PASS AF=0.15529;AO=91;DP=585;FAO=91;FDP=586;FR=.;FRO=495;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=237;FSRR=258;FWDB=-0.00408122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8413;QD=2.92266;RBI=0.0215692;REFB=-0.0042638;REVB=-0.0211795;RO=488;SAF=49;SAR=42;SRF=237;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685162;STB=0.550303;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0450756;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:585:586:488:495:91:91:0.15529:42:49:237:251:42:49:237:258 chr1 17030518 . CT TG 451.16 PASS AF=0.160622;AO=94;DP=581;FAO=93;FDP=579;FR=.;FRO=486;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=237;FSRR=249;FWDB=-0.0503558;FXX=0.00515455;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.3318;QD=3.1168;RBI=0.0767223;REFB=-0.000192884;REVB=-0.0578845;RO=471;SAF=48;SAR=46;SRF=232;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234967;STB=0.523884;STBP=0.648;TYPE=mnp;VARB=-0.000122326;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:579:471:486:94:93:0.160622:46:48:232:239:45:48:237:249 chr1 17030590 . G A 539.95 PASS AF=0.209677;AO=91;DP=434;FAO=91;FDP=434;FR=.;FRO=343;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=172;FSRR=171;FWDB=0.00582071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3702;QD=4.97647;RBI=0.0141939;REFB=0.00159;REVB=0.0129455;RO=341;SAF=35;SAR=56;SRF=170;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148325;STB=0.593315;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00498789;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:434:341:343:91:91:0.209677:56:35:170:171:56:35:172:171 chr1 17033805 . C T 186.06 PASS AF=0.145907;AO=41;DP=281;FAO=41;FDP=281;FR=.;FRO=240;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=117;FSRR=123;FWDB=-0.0143111;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.332;QD=2.64857;RBI=0.0315736;REFB=-0.00444117;REVB=-0.028144;RO=232;SAF=21;SAR=20;SRF=114;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267434;STB=0.521073;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0347287;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:232:240:41:41:0.145907:20:21:114:118:20:21:117:123 chr1 17033854 . C T 1433.04 PASS AF=0.595455;AO=131;DP=220;FAO=131;FDP=220;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0554732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.12;QD=26.0552;RBI=0.0555253;REFB=-0.0369877;REVB=0.00240556;RO=89;SAF=46;SAR=85;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871605;STB=0.547243;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0205398;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:89:89:131:131:0.595455:85:46:41:48:85:46:41:48 chr1 17034041 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0284051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.701;QD=16.4544;RBI=0.042695;REFB=0.0222257;REVB=-0.0318749;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00839572;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:3:1:2:4:3:1 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 79.12 PASS AF=0.134921;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=126;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=38;FWDB=-0.00532288;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=8;MLLD=299.3;QD=2.51172;RBI=0.00533858;REFB=-0.00319745;REVB=-0.000409092;RO=105;SAF=10;SAR=7;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788799;STB=0.557457;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.0170582;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134921:17:129:17:126:109:10:7:71:38:79:105:10:7:68:37 chr1 17046456 . T C 259.07 PASS AF=0.186235;AO=46;DP=247;FAO=46;FDP=247;FR=.;FRO=201;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=97;FSRR=104;FWDB=-0.00481312;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.481;QD=4.19539;RBI=0.0386745;REFB=-0.00509066;REVB=-0.0383738;RO=200;SAF=26;SAR=20;SRF=96;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109801;STB=0.567177;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0206406;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:200:201:46:46:0.186235:20:26:96:104:20:26:97:104 chr1 17052116 . CG GC 56.8 PASS AF=0.0530864;AO=43;DP=808;FAO=43;FDP=810;FR=.;FRO=767;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=411;FSRR=356;FWDB=0.00592273;FXX=0.00123303;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.846;QD=0.280471;RBI=0.0340934;REFB=-0.0015333;REVB=-0.033575;RO=748;SAF=18;SAR=25;SRF=403;SRR=345;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122037;STB=0.609914;STBP=0.139;TYPE=mnp;VARB=0.0334076;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:808:810:748:767:43:43:0.0530864:25:18:403:345:25:18:411:356 chr1 17053766 . G A 2776.12 PASS AF=0.814672;AO=210;DP=258;FAO=211;FDP=259;FR=.;FRO=48;FSAF=112;FSAR=99;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00524043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.408;QD=42.8744;RBI=0.0162304;REFB=-0.0457897;REVB=0.0153611;RO=48;SAF=111;SAR=99;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247042;STB=0.513459;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00921295;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:48:48:210:211:0.814672:99:111:22:26:99:112:22:26 chr1 17053782 . C G 2320.11 PASS AF=0.774892;AO=179;DP=279;FAO=179;FDP=231;FR=.;FRO=52;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.034836;FXX=0.172037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0762;QD=40.1751;RBI=0.0560105;REFB=-0.00706988;REVB=-0.0438591;RO=51;SAF=83;SAR=96;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438611;STB=0.525528;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00210065;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:231:51:52:179:179:0.774892:96:83:29:22:96:83:30:22 chr1 17053809 . C T 196.04 PASS AF=0.148936;AO=42;DP=281;FAO=42;FDP=282;FR=.;FRO=240;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=116;FSRR=124;FWDB=-0.0309218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.469;QD=2.78065;RBI=0.0537665;REFB=-0.00691362;REVB=-0.043985;RO=239;SAF=21;SAR=21;SRF=116;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188226;STB=0.514178;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0423118;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:282:239:240:42:42:0.148936:21:21:116:123:21:21:116:124 chr1 17053826 . C T 249.56 PASS AF=0.178707;AO=47;DP=263;FAO=47;FDP=263;FR=.;FRO=216;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=79;FSRR=137;FWDB=-0.0125939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.812;QD=3.7956;RBI=0.0443034;REFB=-0.00614848;REVB=-0.0424757;RO=216;SAF=22;SAR=25;SRF=79;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135311;STB=0.585283;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0246544;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:216:216:47:47:0.178707:25:22:79:137:25:22:79:137 chr1 17053834 . A AC 800.68 PASS AF=0.48374;AO=119;DP=251;FAO=119;FDP=246;FR=.;FRO=127;FSAF=32;FSAR=87;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=-0.00756493;FXX=0.0120477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=316.286;QD=13.0192;RBI=0.00787022;REFB=-0.0080426;REVB=-0.00217076;RO=132;SAF=32;SAR=87;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18605;STB=0.593699;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00673411;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48374:119:251:119:246:127:32:87:54:73:99:132:32:87:58:74 chr1 17053856 . T G 30.37 PASS AF=0.0608696;AO=14;DP=230;FAO=14;FDP=230;FR=.;FRO=216;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=144;FWDB=-0.0152332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.455;QD=0.528188;RBI=0.0313703;REFB=9.04127e-05;REVB=0.0274234;RO=216;SAF=9;SAR=5;SRF=72;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319537;STB=0.767719;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00300127;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:230:230:216:216:14:14:0.0608696:5:9:72:144:5:9:72:144 chr1 17053861 . C T 1586.7 PASS AF=0.635135;AO=126;DP=207;FAO=141;FDP=222;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=97;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00229499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.093;QD=28.5891;RBI=0.0315814;REFB=-0.0120939;REVB=0.0314979;RO=81;SAF=43;SAR=83;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806259;STB=0.553961;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00741028;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:222:81:81:126:141:0.635135:83:43:36:45:97:44:36:45 chr1 17084510 . G A 745.35 PASS AF=0.376623;AO=87;DP=231;FAO=87;FDP=231;FR=.;FRO=144;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=85;FSRR=59;FWDB=0.0373257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2985;QD=12.9065;RBI=0.0685587;REFB=-0.00663013;REVB=0.0575073;RO=144;SAF=40;SAR=47;SRF=85;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14325;STB=0.580802;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0100797;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:144:144:87:87:0.376623:47:40:85:59:47:40:85:59 chr1 17084536 . TGGAACA T 419.77 PASS AF=0.461538;AO=62;DP=146;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0108452;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=6;MLLD=334.455;QD=11.7418;RBI=0.0113551;REFB=-0.00685489;REVB=-0.00336445;RO=79;SAF=27;SAR=35;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.0461386;STB=0.505843;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.00784601;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:62:146:66:143:77:31:35:37:40:99:79:27:35:38:41 chr1 17084968 . G C 238.79 PASS AF=0.264706;AO=30;DP=131;FAO=36;FDP=136;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0035085;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.784;QD=7.02336;RBI=0.00778913;REFB=-0.0179272;REVB=-0.00695421;RO=99;SAF=15;SAR=15;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444068;STB=0.524986;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0511962;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:99:100:30:36:0.264706:15:15:53:46:15:21:55:45 chr1 17085006 . C T 98.16 PASS AF=0.133333;AO=22;DP=165;FAO=22;FDP=165;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=64;FWDB=-0.0104232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.591;QD=2.37973;RBI=0.011023;REFB=-0.00563875;REVB=-0.00358669;RO=143;SAF=11;SAR=11;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661185;STB=0.545414;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0354264;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:165:165:143:143:22:22:0.133333:11:11:79:64:11:11:79:64 chr1 17085412 . C T 217.36 PASS AF=0.15411;AO=45;DP=292;FAO=45;FDP=292;FR=.;FRO=247;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=109;FSRR=138;FWDB=0.0130606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.136;QD=2.97751;RBI=0.0131415;REFB=-0.00614513;REVB=-0.00145615;RO=240;SAF=18;SAR=27;SRF=102;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332344;STB=0.535849;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0346008;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:240:247:45:45:0.15411:27:18:102:138:27:18:109:138 chr1 17085427 . T C 221.23 PASS AF=0.152824;AO=46;DP=302;FAO=46;FDP=301;FR=.;FRO=255;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=117;FSRR=138;FWDB=-0.0114064;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.193;QD=2.93988;RBI=0.0148915;REFB=-0.00808039;REVB=0.00957345;RO=254;SAF=18;SAR=28;SRF=116;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859972;STB=0.558485;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0292417;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:254:255:46:46:0.152824:28:18:116:138:28:18:117:138 chr1 17085502 . T C 1791.67 PASS AF=0.770701;AO=120;DP=157;FAO=121;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00816539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.6;QD=45.6475;RBI=0.0081885;REFB=-0.0224137;REVB=-0.000614821;RO=19;SAF=65;SAR=55;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969604;STB=0.504586;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00235506;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:157:157:19:19:120:121:0.770701:55:65:11:8:55:66:11:8 chr1 17085833 . G GT 481.4 PASS AF=1;AO=5;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.367;QD=40.9705;RBI=0.127;REFB=0;REVB=-0.0645964;RO=40;SAF=5;SAR=0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00176416;OID=.;OPOS=17085834;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:45:47:47:0:25:22:0:0:10:40:5:0:18:22 chr1 17085834 . G C,T 631.05 PASS AF=0.0638298,0.893617;AO=3,40;DP=45;FAO=3,42;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=3,20;FSAR=0,22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0294814,0.0733378;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=95.111,158.354;QD=53.706;RBI=0.0300737,0.0784842;REFB=-0.255687,-0.167129;REVB=-0.00593898,0.0279525;RO=2;SAF=3,18;SAR=0,22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0492943;STB=0.5,0.523798;STBP=1,0.265;TYPE=snp,snp;VARB=0.259359,0.00164876;OID=.,.;OPOS=17085834,17085834;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:47:2:2:3,40:3,42:0.0638298,0.893617:0,22:3,18:2:0:0,22:3,20:2:0 chr1 17086941 . C T 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00455636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.7;QD=9.14622;RBI=0.0214099;REFB=-0.0114355;REVB=-0.0209194;RO=76;SAF=17;SAR=17;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155279;STB=0.509086;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0282909;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:17:17:39:37:17:17:39:37 chr1 17087072 . G A 60.72 PASS AF=0.0716253;AO=26;DP=363;FAO=26;FDP=363;FR=.;FRO=337;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=156;FSRR=181;FWDB=-0.0140345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.078;QD=0.669069;RBI=0.0344542;REFB=-0.00313515;REVB=0.0314663;RO=334;SAF=13;SAR=13;SRF=153;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469389;STB=0.534409;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.03383;OID=.;OPOS=17087072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:363:363:334:337:26:26:0.0716253:13:13:153:181:13:13:156:181 chr1 17087262 . C T 241.11 PASS AF=0.25;AO=35;DP=141;FAO=36;FDP=144;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=73;FWDB=0.0705306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0422;QD=6.69756;RBI=0.0859423;REFB=-0.00197105;REVB=0.0491072;RO=106;SAF=12;SAR=23;SRF=35;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176575;STB=0.530596;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00789997;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:106:108:35:36:0.25:23:12:35:71:23:13:35:73 chr1 17087365 . C G 1088.07 PASS AF=0.664474;AO=80;DP=153;FAO=101;FDP=152;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00336469;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.106;QD=28.6333;RBI=0.00363476;REFB=-0.0364251;REVB=0.0013749;RO=46;SAF=44;SAR=36;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778833;STB=0.511497;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0229673;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:46:51:80:101:0.664474:36:44:20:26:56:45:21:30 chr1 17087465 . G A 479.03 PASS AF=0.312821;AO=61;DP=195;FAO=61;FDP=195;FR=.;FRO=134;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=82;FSRR=52;FWDB=-0.0186605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.762;QD=9.82633;RBI=0.0205222;REFB=-0.0161527;REVB=0.00854071;RO=134;SAF=28;SAR=33;SRF=82;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180154;STB=0.60396;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0375798;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:134:134:61:61:0.312821:33:28:82:52:33:28:82:52 chr1 17087521 . G A 136.6 PASS AF=0.152174;AO=28;DP=181;FAO=28;FDP=184;FR=.;FRO=156;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0399361;FXX=0.0107521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.371;QD=2.96948;RBI=0.0569426;REFB=-0.00494522;REVB=-0.0405903;RO=150;SAF=16;SAR=12;SRF=80;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492005;STB=0.539157;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.033096;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:150:156:28:28:0.152174:12:16:80:70:12:16:82:74 chr1 17087541 . GGTGCT G 169.29 PASS AF=0.251462;AO=42;DP=177;FAO=43;FDP=171;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.00014641;FXX=0.0284075;HRUN=2;LEN=5;MLLD=277.671;QD=3.96002;RBI=0.0195329;REFB=-0.00201278;REVB=-0.0195323;RO=129;SAF=17;SAR=25;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181594;STB=0.618491;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0055458;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.251462:42:177:43:171:128:17:26:71:57:99:129:17:25:71:58 chr1 17087582 . G A 369.15 PASS AF=0.326241;AO=45;DP=140;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0118471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.551;QD=10.4723;RBI=0.012371;REFB=-0.00943037;REVB=0.00356228;RO=95;SAF=24;SAR=21;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106472;STB=0.553482;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0294588;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:95:95:45:46:0.326241:21:24:42:53:22:24:42:53 chr1 17185500 . C T 119.26 PASS AF=0.158621;AO=23;DP=145;FAO=23;FDP=145;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.0149824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.55;QD=3.28979;RBI=0.0154111;REFB=-0.00381023;REVB=0.00360962;RO=122;SAF=12;SAR=11;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174139;STB=0.613826;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0175648;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:122:122:23:23:0.158621:11:12:47:75:11:12:47:75 chr1 17186685 . T C 424.06 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=0.0453051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0762;QD=12.3813;RBI=0.0667808;REFB=-0.00431915;REVB=0.0490625;RO=86;SAF=22;SAR=28;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218795;STB=0.627177;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00715491;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:86:87:50:50:0.364964:28:22:55:31:28:22:56:31 chr1 17186719 . T G 724.18 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=176;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=0.00255784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7279;QD=16.4585;RBI=0.0447149;REFB=0.00268765;REVB=0.0446417;RO=97;SAF=36;SAR=42;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145441;STB=0.583312;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00289675;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:97:98:78:78:0.443182:42:36:59:38:42:36:60:38 chr1 17197563 . G T 286.28 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.0136914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5145;QD=8.29788;RBI=0.0370565;REFB=-0.00980156;REVB=-0.0344344;RO=99;SAF=28;SAR=11;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165797;STB=0.598689;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0245026;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:99:99:39:39:0.282609:11:28:59:40:11:28:59:40 chr1 17197571 . G A 62.45 PASS AF=0.105263;AO=16;DP=152;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=90;FSRR=46;FWDB=-0.0252317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.954;QD=1.64355;RBI=0.025388;REFB=-0.00121332;REVB=0.00281269;RO=133;SAF=8;SAR=8;SRF=87;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1913;STB=0.644571;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0349994;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:152:133:136:16:16:0.105263:8:8:87:46:8:8:90:46 chr1 17197595 . A C 113.73 PASS AF=0.138122;AO=25;DP=184;FAO=25;FDP=181;FR=.;FRO=156;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=59;FWDB=-0.00508027;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.423;QD=2.51347;RBI=0.0423897;REFB=-0.000488106;REVB=-0.0420842;RO=157;SAF=13;SAR=12;SRF=97;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126017;STB=0.58843;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00655698;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:157:156:25:25:0.138122:12:13:97:60:12:13:97:59 chr1 17197609 . T C 137.7 PASS AF=0.143564;AO=24;DP=202;FAO=29;FDP=202;FR=.;FRO=173;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=68;FWDB=0.00323865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.514;QD=2.72668;RBI=0.0155251;REFB=-0.00113402;REVB=0.0151835;RO=170;SAF=12;SAR=12;SRF=102;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126157;STB=0.548242;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00651429;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:170:173:24:29:0.143564:12:12:102:68:13:16:105:68 chr1 17197615 . C A 156.09 PASS AF=0.155779;AO=31;DP=199;FAO=31;FDP=199;FR=.;FRO=168;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=98;FSRR=70;FWDB=0.02245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=3.13752;RBI=0.0236728;REFB=-0.00523729;REVB=0.00750998;RO=166;SAF=18;SAR=13;SRF=98;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128261;STB=0.50233;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0136014;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:166:168:31:31:0.155779:13:18:98:68:13:18:98:70 chr1 17197619 . A G 173.78 PASS AF=0.165829;AO=33;DP=202;FAO=33;FDP=199;FR=.;FRO=166;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=96;FSRR=70;FWDB=-0.00271451;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.608;QD=3.49308;RBI=0.0110261;REFB=-0.00743107;REVB=-0.0106867;RO=165;SAF=20;SAR=13;SRF=93;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560457;STB=0.523975;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0247201;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:199:165:166:33:33:0.165829:13:20:93:72:13:20:96:70 chr1 17199074 . T C 146.89 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.0381419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.751;QD=6.75333;RBI=0.0392918;REFB=-0.00443886;REVB=0.00943614;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=51;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332394;STB=0.698543;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0569699;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:65:22:22:0.252874:10:12:51:13:10:12:52:13 chr1 17199076 . T A 152.12 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.0137665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.44;QD=6.99378;RBI=0.0160357;REFB=-0.0114133;REVB=-0.00822362;RO=57;SAF=12;SAR=10;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289963;STB=0.698543;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0376659;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:65:22:22:0.252874:10:12:44:13:10:12:52:13 chr1 17200206 . C CT 101.73 PASS AF=0.183406;AO=33;DP=236;FAO=42;FDP=229;FR=.;FRO=187;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=0.0271872;FXX=0.0213666;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2347;QD=1.77685;RBI=0.0690611;REFB=0.0010186;REVB=0.0634846;RO=198;SAF=21;SAR=12;SRF=95;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200022;STB=0.52162;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=-0.0123189;OID=.;OPOS=17200207;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183406:33:236:42:229:187:22:20:93:94:99:198:21:12:95:103 chr1 17200217 . G A 125.24 PASS AF=0.109375;AO=35;DP=316;FAO=35;FDP=320;FR=.;FRO=285;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=134;FSRR=151;FWDB=-0.00522967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8159;QD=1.56556;RBI=0.0627922;REFB=-0.000236616;REVB=0.0625741;RO=281;SAF=15;SAR=20;SRF=132;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515093;STB=0.5374;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00450749;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:320:281:285:35:35:0.109375:20:15:132:149:20:15:134:151 chr1 17200227 . C A 84.47 PASS AF=0.0831099;AO=31;DP=373;FAO=31;FDP=373;FR=.;FRO=342;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=165;FSRR=177;FWDB=-0.00457514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5078;QD=0.905817;RBI=0.00863481;REFB=0.00266742;REVB=-0.00732312;RO=341;SAF=16;SAR=15;SRF=165;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376102;STB=0.530825;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0420729;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:373:373:341:342:31:31:0.0831099:15:16:165:176:15:16:165:177 chr1 17200270 . T G 3596.04 PASS AF=0.566781;AO=330;DP=583;FAO=331;FDP=584;FR=.;FRO=253;FSAF=158;FSAR=173;FSRF=130;FSRR=123;FWDB=0.0110458;FXX=0.00170937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5045;QD=24.6304;RBI=0.0585895;REFB=-0.0226828;REVB=0.0575388;RO=253;SAF=158;SAR=172;SRF=130;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028105;STB=0.515818;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0173334;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:583:584:253:253:330:331:0.566781:172:158:130:123:173:158:130:123 chr1 17200289 . C T 3695.78 PASS AF=0.565359;AO=303;DP=569;FAO=346;FDP=612;FR=.;FRO=266;FSAF=168;FSAR=178;FSRF=134;FSRR=132;FWDB=-0.0190318;FXX=0.00163129;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3587;QD=24.1554;RBI=0.139381;REFB=-0.0567996;REVB=0.138076;RO=263;SAF=167;SAR=136;SRF=133;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390686;STB=0.507917;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0443777;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:569:612:263:266:303:346:0.565359:136:167:133:130:178:168:134:132 chr1 17248500 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3297;QD=23.2183;RBI=0.11773;REFB=-0.0270289;REVB=-0.11552;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00261969;OID=.;OPOS=17248500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr1 17263270 . C A 485.52 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.000243319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.956;QD=12.1381;RBI=0.00730699;REFB=-0.0212617;REVB=-0.00730293;RO=101;SAF=25;SAR=34;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689324;STB=0.539207;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0348804;OID=.;OPOS=17263270;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:101:101:59:59:0.36875:34:25:49:52:34:25:49:52 chr1 17264920 . C T 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0501133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6862;QD=7.7035;RBI=0.0555018;REFB=-0.0297426;REVB=-0.023856;RO=59;SAF=15;SAR=7;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17812;STB=0.607765;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0348676;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:7:15:32:27:7:15:32:27 chr1 17264939 . T C 136.98 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0210248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.277;QD=7.116;RBI=0.0439193;REFB=-0.0136369;REVB=-0.0385599;RO=55;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29367e-08;STB=0.516113;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0383096;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:57:20:20:0.25974:8:12:33:22:8:12:33:24 chr1 17267302 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00966599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.885;QD=32.2576;RBI=0.017643;REFB=-0.0266724;REVB=0.0147595;RO=8;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104142;STB=0.556911;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0120627;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:6:15:7:1:6:15:7:1 chr1 17270751 . G A 92.91 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.019428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8292;QD=9.52929;RBI=0.0595192;REFB=-0.0115024;REVB=0.0562591;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255379;STB=0.654912;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0320455;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:15:12:8:4:15:12 chr1 17273396 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0370594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.788;QD=10.4723;RBI=0.0379961;REFB=-0.00995584;REVB=-0.00838499;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0375413;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:8:16:8:4:8:16 chr1 17273444 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0111875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.915;QD=8.73731;RBI=0.0402117;REFB=-0.0322066;REVB=0.0386241;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428515;STB=0.526258;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0733267;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:6:14:6:3:6:14 chr1 17282573 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00129786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.115;QD=18.4835;RBI=0.0066349;REFB=-0.0146144;REVB=0.00650672;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223922;STB=0.626813;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0101412;OID=.;OPOS=17282573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:14:7:11:8:14:7 chr1 17295679 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.07;QD=62.0217;RBI=0.0262129;REFB=0;REVB=0.0261518;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17574e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 17298098 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00871795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.921;QD=12.3961;RBI=0.0381704;REFB=-0.00155135;REVB=0.0371615;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00987211;OID=.;OPOS=17298098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr1 17301448 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00557661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.533;QD=18.8866;RBI=0.0595817;REFB=-0.0129043;REVB=0.0593201;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.615111;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0150408;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:4:1:4:4:4:1 chr1 17313454 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00307356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.301;QD=20.2097;RBI=0.013601;REFB=0.00691798;REVB=0.0132491;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691362;STB=0.503931;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512341;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:7:3:4:9:7:3 chr1 17314702 . C T 266.71 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00732168;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.014;QD=18.0822;RBI=0.0355131;REFB=-0.00240241;REVB=0.0347501;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196419;STB=0.609626;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00351515;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:20:10:16:13:20:10 chr1 17380497 . G T 2501.99 PASS AF=0.976471;AO=165;DP=172;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0628101;FXX=0.0116272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.146;QD=58.8704;RBI=0.0663281;REFB=-0.0128844;REVB=0.0213145;RO=4;SAF=82;SAR=83;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111194;STB=0.505742;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000169139;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:170:4:4:165:166:0.976471:83:82:1:3:84:82:1:3 chr1 17394613 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.35;QD=57.3835;RBI=0.0479649;REFB=0;REVB=0.0457909;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105257;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 17394623 . C T 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7026;QD=57.3827;RBI=0.0274179;REFB=0;REVB=-0.00797846;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103784;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr1 17395480 . G A 253.49 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.037753;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.752;QD=14.911;RBI=0.0512125;REFB=-0.0152314;REVB=0.034604;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309773;STB=0.668227;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0235054;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:19:10:25:13:19:10:25:14 chr1 17395521 . G A 555.94 PASS AF=0.444444;AO=37;DP=93;FAO=40;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00250803;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.668;QD=24.7086;RBI=0.103827;REFB=-0.0310671;REVB=0.103797;RO=23;SAF=16;SAR=21;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124962;STB=0.538443;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0234113;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:23:26:37:40:0.444444:21:16:6:17:24:16:8:18 chr1 17396703 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0113038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.788;QD=16.1153;RBI=0.0173471;REFB=-0.00918617;REVB=-0.0131586;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775123;STB=0.543824;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0128454;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:11:18:13:11:11:18 chr1 17402255 . C T 255.76 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0631359;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.565;QD=21.7669;RBI=0.063355;REFB=-0.00986301;REVB=-0.00526473;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998393;STB=0.556189;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00869968;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:9:14:17:7:9:14 chr1 17405809 . G A 187.52 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00319211;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.89;QD=10.5646;RBI=0.00972415;REFB=-0.0101601;REVB=0.00918529;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144231;STB=0.576366;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0189877;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:13:11:27:19:13:11:27:20 chr1 17413121 . A C 249.6 PASS AF=0.384615;AO=21;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00530778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.877;QD=12.8;RBI=0.0403235;REFB=-0.015316;REVB=-0.0399727;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043265;STB=0.589686;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0223185;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:48:21:30:0.384615:11:10:17:19:15:15:17:31 chr1 17419024 . G A 271.83 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0183603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7782;QD=19.4167;RBI=0.0599413;REFB=0.0171687;REVB=0.0570601;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309158;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0142753;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:13:14:14:15:13:14 chr1 17550121 . G A 361.08 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0163026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.55;QD=32.0957;RBI=0.0234933;REFB=-0.0180261;REVB=0.0169163;RO=15;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810959;STB=0.544349;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00741873;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:14:16:6:9:14:16:6:9 chr1 17557133 . A C 173.26 PASS AF=0.361702;AO=14;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00354101;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.142;QD=14.7458;RBI=0.00564594;REFB=-0.00597688;REVB=0.00439748;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307102;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.015158;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:28:14:17:0.361702:10:4:15:12:11:6:16:12 chr1 17575645 . A C 337.4 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0689389;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4086;QD=16.8701;RBI=0.0691384;REFB=-0.046737;REVB=0.00524877;RO=44;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731707;STB=0.541153;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0578832;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:23:13:19:25:23:13:19:25 chr1 17586134 . A G 395.69 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0658566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.782;QD=14.0067;RBI=0.0711515;REFB=-0.00887634;REVB=-0.0269341;RO=67;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229975;STB=0.629295;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0101692;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:20:26:23:44:20:26:23:44 chr1 17593316 . G A 293.58 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00931862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.12;QD=19.9035;RBI=0.0144646;REFB=-0.0366999;REVB=-0.0110629;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873476;STB=0.54843;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0399084;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:9:19:18:13:9:19 chr1 17597655 . C T 240.98 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0549367;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.838;QD=14.3867;RBI=0.060833;REFB=0.0083829;REVB=-0.0261268;RO=39;SAF=6;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273043;STB=0.657019;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00583646;OID=.;OPOS=17597655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:22:6:17:22:22:6:17:22 chr1 17604437 . C T 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00234781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.327;QD=18.2885;RBI=0.0178142;REFB=-0.0101321;REVB=0.0176588;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0103208;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:13:20:16:16:13:20 chr1 17674537 . C A 212.56 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.00950284;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3094;QD=11.8089;RBI=0.0113541;REFB=0.00207824;REVB=0.0062139;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179874;STB=0.602764;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00390377;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:46:26:26:0.361111:10:16:35:11:10:16:35:11 chr1 17707601 . T C 491.74 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.00514986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.651;QD=18.0456;RBI=0.0100353;REFB=-0.0165663;REVB=0.00861309;RO=55;SAF=26;SAR=27;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184205;STB=0.605343;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0241309;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:27:26:38:17:27:26:39:17 chr1 17718671 . AG A 632.62 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8983;QD=46.8611;RBI=0.161825;REFB=0;REVB=0.0742019;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00488738;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:54:54:0:22:32:0:0:12:0:20:31:0:0 chr1 17733267 . ATGT A 2280.15 PASS AF=1;AO=135;DP=157;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233121;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.357;QD=59.2246;RBI=0.00271785;REFB=0;REVB=0.0013972;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.63362e-06;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:157:154:154:0:68:86:0:0:13:0:62:73:0:0 chr1 17733996 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.034892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7711;QD=18.1172;RBI=0.0712939;REFB=-0.00861802;REVB=0.0621721;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886335;STB=0.55026;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0109828;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:6:14:11:7:6:14 chr1 17739586 . G A 312.82 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0175246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5707;QD=14.3823;RBI=0.0508946;REFB=0.00731413;REVB=0.0477823;RO=51;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136371;STB=0.582471;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00993358;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:16:19:21:30:16:19:21:31 chr1 17914122 . G A 245.01 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0335035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.054;QD=15.556;RBI=0.0342637;REFB=-0.0220896;REVB=0.00717768;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153677;STB=0.508679;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0271021;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:23:12:10:18:23:12 chr1 17961345 . C T 616.67 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0232304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0141;QD=22.2223;RBI=0.0234363;REFB=0.0179093;REVB=-0.00309915;RO=49;SAF=22;SAR=39;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930127;STB=0.556433;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0147567;OID=.;OPOS=17961345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:50:61:61:0.54955:39:22:23:26:39:22:24:26 chr1 17991052 . T C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00220187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.525;QD=52.1521;RBI=0.00503448;REFB=0.00216159;REVB=0.00452744;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000123666;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:0:1:9:18:0:1 chr1 18023365 . C T 715.36 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.109;QD=55.0274;RBI=0.0460603;REFB=0;REVB=0.0446503;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119322;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:13:36:0:0:16:36:0:0 chr1 18023509 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.633;QD=57.711;RBI=0.0109388;REFB=0;REVB=-0.0106243;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32996e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr1 18023690 . A G 729.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.698;QD=62.1254;RBI=0.0391555;REFB=0;REVB=0.000948346;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166717;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:21:24:0:0:21:26:0:0 chr1 18149510 . G T 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0465279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.879;QD=10.8233;RBI=0.062451;REFB=-0.01649;REVB=0.0416567;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229895;STB=0.639095;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0444982;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:10:13:9:3:10:13 chr1 18149566 . C A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0197697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.635;QD=15.2679;RBI=0.0247275;REFB=-0.0117265;REVB=-0.014853;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131143;STB=0.57441;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0163881;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:17:16:16:10:17:16 chr1 18152646 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00171869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.131;QD=17.7107;RBI=0.00474953;REFB=-0.00217922;REVB=0.00442766;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882547;STB=0.549241;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00253592;OID=.;OPOS=18152646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:19:14:12:24:19:14:12:24 chr1 18807897 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.307;QD=39.2068;RBI=0.0222286;REFB=0;REVB=0.0219243;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119954;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 18807938 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.992;QD=48.7373;RBI=0.0242094;REFB=0;REVB=0.0216755;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87903e-05;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 18808291 . GC G,GA 577.85 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=4,35;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070498,0.0521258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.118,138.339;QD=59.2662;RBI=0.0769478,0.0603132;REFB=0,0;REVB=0.0308382,0.0303412;RO=0;SAF=3,16;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0184191,-0.00584371;OID=.,.;OPOS=18808292,18808292;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:4,35:39:4,35:39:0:3,16:1,19:0:0:18:0:3,16:1,19:0:0 chr1 18808465 . T A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.114;QD=61.6948;RBI=0.0286069;REFB=0;REVB=0.00694068;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84977e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr1 18808526 . A C 1513.37 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.226;QD=59.9353;RBI=0.0402465;REFB=0;REVB=-0.037378;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42217e-05;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr1 18808711 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.573;QD=58.1421;RBI=0.0311209;REFB=0;REVB=-0.028689;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125865;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 18809896 . A T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.714;QD=57.393;RBI=0.0149148;REFB=0.0484753;REVB=-0.00595028;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00026806;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:24:13:0:0:24:13:1:0 chr1 18810344 . G T 715.95 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0495786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.09;QD=57.2756;RBI=0.0626372;REFB=-0.210463;REVB=0.0382802;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.514725;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00305571;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:50:1:3:47:47:0.94:20:27:1:0:20:27:1:2 chr1 18810484 . G A 885.14 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.421;QD=56.1994;RBI=0.230071;REFB=0;REVB=0.0971227;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373355;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:57:63:1:29:28:0:0:32:31:0:0 chr1 18810486 . A C 858.38 PASS AF=0.939394;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00371672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.981;QD=52.0229;RBI=0.00380138;REFB=-0.0764675;REVB=-0.000797783;RO=4;SAF=30;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299271;STB=0.515147;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000243302;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:65:66:4:4:61:62:0.939394:31:30:3:1:31:31:3:1 chr1 19027239 . A G 112.52 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0527157;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7483;QD=13.6386;RBI=0.0580233;REFB=-0.0156604;REVB=0.0242437;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315058;STB=0.663945;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0221139;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:13:14:0.424242:10:3:1:18:11:3:1:18 chr1 19183983 . G A 670.59 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00340529;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.868;QD=21.4588;RBI=0.00398802;REFB=-0.00251185;REVB=0.00207566;RO=57;SAF=44;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171448;STB=0.587543;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00213797;OID=.;OPOS=19183983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:59:66:66:0.528:22:44:27:30:22:44:29:30 chr1 19186129 . G C 425.73 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0129741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.279;QD=15.3415;RBI=0.016441;REFB=-0.0108832;REVB=-0.0100985;RO=60;SAF=16;SAR=32;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157182;STB=0.594896;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0125264;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:63:48:48:0.432432:32:16:29:31:32:16:31:32 chr1 19201956 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8607;QD=57.543;RBI=0.0506028;REFB=0;REVB=0.00821783;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533702;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr1 19202896 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00538495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.609;QD=13.224;RBI=0.0071735;REFB=-0.00376656;REVB=0.00473935;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284717;STB=0.662034;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00402137;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:25:11:14:10:25:11 chr1 19202917 . T C 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.774;QD=56.9302;RBI=0.0800477;REFB=0;REVB=0.00604821;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022831;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 19202926 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.819;QD=64.1538;RBI=0.0366083;REFB=0;REVB=0.00119106;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013241;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr1 19411129 . A G 283.21 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0148391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1737;QD=12.587;RBI=0.042155;REFB=0.00876528;REVB=-0.0394569;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169174;STB=0.596554;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0180583;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:17:16:19:38:17:16:19:38 chr1 19433449 . A G 484.88 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.010049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4908;QD=26.569;RBI=0.0101977;REFB=-0.0186487;REVB=-0.00173487;RO=28;SAF=20;SAR=25;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626505;STB=0.534146;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0135877;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:25:20:10:18:25:20:10:18 chr1 19441374 . G A 322.96 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000186534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5884;QD=21.8959;RBI=0.0481008;REFB=-0.000244452;REVB=-0.0481005;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451637;STB=0.524985;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00019256;OID=.;OPOS=19441374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:11:22:16:10:11:22:16:10 chr1 19454209 . T C 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0698171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1695;QD=20.0697;RBI=0.0722358;REFB=-0.0296942;REVB=-0.0185361;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169628;STB=0.584567;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0338356;OID=.;OPOS=19454209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:17:17:9:21:17:17:10:21 chr1 19510394 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00260788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.653;QD=17.7106;RBI=0.00311178;REFB=0.00232567;REVB=-0.00169768;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551407;STB=0.538235;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00401147;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:17:18:15:18:17:19 chr1 19565338 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0259476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.14;QD=17.033;RBI=0.0260094;REFB=9.97089e-05;REVB=-0.00179212;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194092;STB=0.610988;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000467862;OID=.;OPOS=19565338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:13:9:11:7:13:9 chr1 19565344 . C G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0341944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.841;QD=16.1047;RBI=0.0388456;REFB=-0.00272603;REVB=-0.0184317;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0040533;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:12:9:10:7:13:9 chr1 19578385 . G C 455.79 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00582415;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.754;QD=25.6783;RBI=0.00583261;REFB=-0.0205306;REVB=-0.000314188;RO=27;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714932;STB=0.546698;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0110922;OID=.;OPOS=19578385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:25:18:14:13:25:18:15:13 chr1 19584004 . G A 191.43 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0154235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4848;QD=15.6268;RBI=0.0517717;REFB=-0.00718154;REVB=0.0494209;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196303;STB=0.612138;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0134011;OID=.;OPOS=19584004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:9:20:10:10:9:20 chr1 19584030 . G A 83.04 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0849412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1238;QD=9.49054;RBI=0.0852495;REFB=-0.0127098;REVB=-0.00724314;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909731;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0324286;OID=.;OPOS=19584030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:7:17:7:4:7:17 chr1 19585207 . G A 207.58 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0161561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6996;QD=19.7696;RBI=0.0386831;REFB=-0.00618973;REVB=0.0351477;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.573015;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00976104;OID=.;OPOS=19585207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:12:8:11:10:13:8:11:10 chr1 19593826 . A C 608.36 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0391164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7984;QD=25.087;RBI=0.0520126;REFB=0.0259196;REVB=-0.0342815;RO=42;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260171;STB=0.514238;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0207142;OID=.;OPOS=19593826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:27:28:20:22:27:28:20:22 chr1 19595137 . C T 412.73 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0312658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.551;QD=21.4404;RBI=0.0314421;REFB=-0.0042009;REVB=0.00332514;RO=34;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585382;STB=0.514394;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00324602;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:36:41:41:0.532468:25:16:11:23:25:16:13:23 chr1 19595159 . C T 250.45 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000467221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.544;QD=14.5186;RBI=0.0171346;REFB=-0.0202681;REVB=-0.0171282;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204972;STB=0.593684;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0271409;OID=.;OPOS=19595159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:28:29:0.42029:19:9:20:19:19:10:20:20 chr1 19596124 . C T 580.4 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00163244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6499;QD=18.8749;RBI=0.00374305;REFB=-0.0149992;REVB=-0.00336832;RO=63;SAF=29;SAR=31;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960688;STB=0.553105;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0243983;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:31:29:37:26:31:29:37:26 chr1 19596156 . G T 532.39 PASS AF=0.448819;AO=58;DP=128;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0338172;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8339;QD=16.7683;RBI=0.0598159;REFB=-0.0133896;REVB=0.049339;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100871;STB=0.561498;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0187209;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:70:70:58:57:0.448819:30:28:41:29:30:27:41:29 chr1 19597274 . TC T 103.34 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0268696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.114;QD=10.5991;RBI=0.0281228;REFB=-0.0243103;REVB=-0.00830144;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446188;STB=0.526707;STBP=0.839;TYPE=del;VARB=0.0412847;OID=.;OPOS=19597275;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:39:13:39:26:5:8:11:15:99:26:5:8:11:15 chr1 19597289 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.018964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.667;QD=11.7808;RBI=0.0225833;REFB=-0.00125172;REVB=-0.0122626;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206245;STB=0.51218;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00488792;OID=.;OPOS=19597289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:13:18:9:7:13:18 chr1 19597328 . A G 123.01 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00165019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.277;QD=12.6162;RBI=0.0160166;REFB=-0.00821006;REVB=-0.0159314;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932106;STB=0.520521;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0134761;OID=.;OPOS=19597328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:24:24:12:15:0.384615:5:7:12:12:7:8:12:12 chr1 19597420 . G T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00282675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.055;QD=19.8492;RBI=0.0470277;REFB=-0.0178852;REVB=0.0469426;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713586;STB=0.52628;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0117134;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:10:5:5:7:10:5:5:8 chr1 19600370 . T C 60.35 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0363564;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.042;QD=5.61349;RBI=0.0466082;REFB=-0.0188104;REVB=-0.0291639;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454911;STB=0.769027;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0738217;OID=.;OPOS=19600370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:43:33:34:9:9:0.209302:7:2:20:13:7:2:19:15 chr1 19600376 . TT GC 50.42 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.065527;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=233.385;QD=4.80192;RBI=0.0854391;REFB=-0.00324935;REVB=-0.0548275;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533886;STB=0.863256;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.0105438;OID=.;OPOS=19600376;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:31:34:8:8:0.190476:7:1:17:14:7:1:19:15 chr1 19600388 . G A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.035223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8001;QD=5.39746;RBI=0.048832;REFB=0.000997838;REVB=0.0338218;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341117;STB=0.726241;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00376654;OID=.;OPOS=19600388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:7:2:17:18:7:2:17:18 chr1 19600395 . A C 58.94 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.108115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3427;QD=5.12539;RBI=0.111634;REFB=-0.00361965;REVB=-0.0278054;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327471;STB=0.728628;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00525396;OID=.;OPOS=19600395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:46:36:37:9:9:0.195652:7:2:17:19:7:2:18:19 chr1 19600478 . CTGCGGCGCTGGTGGGCGCGTCCA C 41.75 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0230881;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=23;MLLD=549.979;QD=9.82381;RBI=0.027777;REFB=-0.0162532;REVB=0.0154435;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.776761;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.0250365;OID=.;OPOS=19600479;OREF=TGCGGCGCTGGTGGGCGCGTCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:20:6:17:11:1:5:6:5:41:10:1:5:5:5 chr1 19609254 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.836;QD=59.5006;RBI=0.0991898;REFB=0;REVB=0.0989406;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01298e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:22:47:0:0:22:47:0:0 chr1 19610598 . A G 170.96 PASS AF=0.375;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0107281;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4157;QD=14.2468;RBI=0.0977013;REFB=-0.0439344;REVB=-0.0971105;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213889;STB=0.528271;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0505617;OID=.;OPOS=19610598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:30:17:18:0.375:9:8:5:15:10:8:12:18 chr1 19611241 . T C 820.15 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0392747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9136;QD=55.6033;RBI=0.06775;REFB=-0.0502079;REVB=-0.0552047;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000232383;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr1 19615030 . A C 31.1 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0707239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7924;QD=2.34724;RBI=0.119188;REFB=-0.0042637;REVB=-0.0959367;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273907;STB=0.706654;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0155602;OID=.;OPOS=19615030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:20:27:2:4:20:27 chr1 19615042 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0375199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.353;QD=10.7925;RBI=0.0382135;REFB=-0.00455688;REVB=0.00724764;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110656;STB=0.565237;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00926421;OID=.;OPOS=19615042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:11:7:17:18:11:7:17:18 chr1 19621380 . T C 298.49 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00187029;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.372;QD=18.3687;RBI=0.0124903;REFB=-0.015442;REVB=0.0123495;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470475;STB=0.526299;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0156721;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:14:19:20:12:14:19 chr1 19634964 . C G 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00808378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2329;QD=18.964;RBI=0.0357819;REFB=0.00892242;REVB=0.0348568;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00598386;OID=.;OPOS=19634964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:12:13:13:9:12:13 chr1 19810810 . G GC,GCC 430.44 PASS AF=1,0;AO=51,14;DP=79;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050514,-0.0253351;FXX=0.0131562;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.17775,8.28925;QD=22.9569;RBI=0.18331,0.0976168;REFB=0.0238221,0.0365332;REVB=-0.176213,-0.0942718;RO=12;SAF=21,6;SAR=30,8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121177,-0.256161;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00328025,-0.00582212;OID=.,.;OPOS=19810811,19810811;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:51,14:79:75,0:75:0:35,0:40,0:0:0:7:12:21,6:30,8:9:3 chr1 19858684 . A G 421.67 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431193;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7914;QD=54.4089;RBI=0.0433441;REFB=0.00500882;REVB=-0.00440832;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000251773;OID=.;OPOS=19858684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr1 19950062 . T C 489.67 PASS AF=0.48;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0355646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.788;QD=19.5868;RBI=0.039155;REFB=-0.0103747;REVB=0.0163791;RO=52;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384346;STB=0.52767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0145149;OID=.;OPOS=19950062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:47:48:0.48:28:19:19:33:28:20:19:33 chr1 19953118 . G T 1302.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000666915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6704;QD=61.9999;RBI=0.00381955;REFB=0;REVB=-0.00376087;RO=0;SAF=61;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76076e-05;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:23:61:0:0:23:61:0:0 chr1 19953165 . G A 327.03 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00330289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.451;QD=17.6774;RBI=0.0163655;REFB=-0.018828;REVB=-0.0160288;RO=39;SAF=27;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192527;STB=0.613068;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0197442;OID=.;OPOS=19953165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:7:27:25:14:7:28:25:14 chr1 20020993 . AC GT 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00761616;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.623;QD=16.1562;RBI=0.0320113;REFB=-0.00346957;REVB=-0.0310921;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230674;STB=0.629537;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0031704;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:10:22:12:15:10:22 chr1 20141528 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-1.98724e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=22.3223;RBI=0.0108529;REFB=-0.018764;REVB=-0.0108529;RO=21;SAF=25;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383093;STB=0.736255;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0308381;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:23:30:30:0.566038:5:25:9:12:5:25:9:14 chr1 20304962 . C G 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00185093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.961;QD=15.6932;RBI=0.00584714;REFB=-0.0114103;REVB=0.00554645;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691267;STB=0.546614;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0211806;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:19:13:19:21:19:13:20:21 chr1 20442054 . T C 1498.28 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162451;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.632;QD=62.4283;RBI=0.0379705;REFB=-0.123108;REVB=0.0379358;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00105871;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:53:41:0:0:53:42:0:1 chr1 20490518 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00319092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.389;QD=14.5587;RBI=0.0116557;REFB=0.0061107;REVB=0.0112104;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101043;STB=0.557334;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00907515;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:21:14:13:13:21:14 chr1 20501530 . T C 122.45 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0141818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.017;QD=15.8001;RBI=0.0160333;REFB=-0.0197333;REVB=-0.0074796;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170764;STB=0.575815;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0268472;OID=.;OPOS=20501530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:17:13:14:0.451613:5:8:11:3:5:9:13:4 chr1 20518771 . G C 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0124773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.401;QD=16.9233;RBI=0.0130365;REFB=-0.00283887;REVB=0.00377713;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429382;STB=0.524112;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.003138;OID=.;OPOS=20518771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:21:13:17:23:21:13:17:23 chr1 20519808 . G A 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000186805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7528;QD=57.7029;RBI=0.0476892;REFB=0;REVB=0.0476888;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316081;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr1 20520732 . T C 1351.86 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565703;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.745;QD=62.1547;RBI=0.00567546;REFB=0;REVB=-0.0004571;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911003;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:47:40:0:0 chr1 20656824 . A G 620.98 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0125213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.913;QD=17.9995;RBI=0.0131746;REFB=-0.0259067;REVB=-0.00409735;RO=73;SAF=42;SAR=22;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251256;STB=0.643008;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0279531;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:73:74:64:64:0.463768:22:42:29:44:22:42:29:45 chr1 20662938 . A G 297.23 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0097446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.281;QD=22.4323;RBI=0.020151;REFB=-0.00622106;REVB=0.0176382;RO=22;SAF=5;SAR=25;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432141;STB=0.505614;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00375772;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:25:5:3:19:25:5:4:19 chr1 20671961 . G A 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0170963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.674;QD=26.372;RBI=0.0281019;REFB=-0.00218943;REVB=-0.0223033;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340713;STB=0.68837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00042943;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:8:16:3:13:8:16:3:13 chr1 20680718 . G A 188.26 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.018005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7281;QD=37.6514;RBI=0.0222099;REFB=0.0205361;REVB=-0.0130039;RO=3;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160714;STB=0.588131;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0118423;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:7:10:0:3:7:10:0:3 chr1 20972048 . G A 757.33 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1173;QD=63.111;RBI=0.0703558;REFB=0;REVB=0.0623052;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523197;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:31:17:0:0 chr1 20980231 . G A 316.83 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0261589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.415;QD=20.4406;RBI=0.0264037;REFB=-0.0063902;REVB=-0.00358716;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134266;STB=0.574666;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00521518;OID=.;OPOS=20980231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:22:11:14:15:22:11:14:15 chr1 20982631 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00153995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.277;QD=12.5628;RBI=0.0064186;REFB=-0.0135602;REVB=-0.00623113;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278579;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175062;OID=.;OPOS=20982631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:19:16:10:12:19:16 chr1 20987778 . C T 455.11 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0174367;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.165;QD=16.4005;RBI=0.0325557;REFB=-0.0238849;REVB=0.0274924;RO=61;SAF=31;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113;STB=0.563193;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0237757;OID=.;OPOS=20987778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:61:61:50:50:0.45045:19:31:31:30:19:31:31:30 chr1 20987873 . G C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.644;QD=61.535;RBI=0.0563217;REFB=0;REVB=-0.00371835;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163667;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr1 20992819 . G C 937.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3764;QD=58.5817;RBI=0.116196;REFB=0;REVB=0.11594;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103701;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr1 20998445 . GT GG,G 213.8 PASS AF=0.149254,0.208955;AO=20,40;DP=137;FAO=20,28;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=0,3;FSAR=20,25;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.0124045,0.0433878;FXX=0.0218962;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=25.1338,10.6294;QD=6.38193;RBI=0.0328721,0.070373;REFB=-0.0630222,-0.109908;REVB=0.0304418,-0.0554064;RO=72;SAF=0,5;SAR=20,35;SRF=47;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803738,-0.620675;STB=0.999481,0.882069;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0582591,0.155733;OID=.,.;OPOS=20998446,20998446;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.149254,0.208955:20,40:137:20,28:134:86:0,3:20,25:51:35:82:72:0,5:20,35:47:25 chr1 20998573 . G A 277.02 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00546683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6533;QD=13.6801;RBI=0.0822431;REFB=-0.00473104;REVB=0.0820612;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153916;STB=0.587262;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00929299;OID=.;OPOS=20998573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:17:15:16:33:17:15:16:33 chr1 21011346 . A G 315.47 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00300678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.292;QD=25.2373;RBI=0.0108116;REFB=-0.0289599;REVB=-0.0103851;RO=21;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123717;STB=0.513504;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0239309;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:7:21:16:5:7:21:17:5 chr1 21011622 . C CGACA 124.92 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0263658;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.496;QD=17.2308;RBI=0.026581;REFB=-0.013999;REVB=0.00337572;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=0.0162328;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:12:30:14:29:15:7:7:8:7:99:15:6:6:8:7 chr1 21013994 . AC A 35.03 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.14753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1622;QD=1.91945;RBI=0.148557;REFB=-0.0411034;REVB=-0.017437;RO=50;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=0.259409;STB=0.709209;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0734044;OID=.;OPOS=21013995;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246575:18:71:18:73:55:14:4:29:26:35:50:13:5:26:24 chr1 21024901 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0834306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.453;QD=18.1184;RBI=0.0834316;REFB=-0.00608645;REVB=-0.000421742;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968595;STB=0.55549;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00606169;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:6:14:14:4:6:14 chr1 21042094 . G A 766.79 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=132;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0201406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.77;QD=22.8891;RBI=0.0201499;REFB=-0.0140681;REVB=-0.000609622;RO=58;SAF=26;SAR=47;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792268;STB=0.557216;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0108311;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:58:61:73:73:0.544776:47:26:26:32:47:26:29:32 chr1 21044161 . A G 97.53 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.113209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.816;QD=13.9333;RBI=0.113336;REFB=-0.00135196;REVB=0.00534986;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246768;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000219558;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:16:16:11:12:0.428571:8:3:8:8:9:3:8:8 chr1 21050958 . C T 907.02 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.195;QD=57.5885;RBI=0.0706613;REFB=0;REVB=0.0695217;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233615;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:20:40:0:0:22:41:0:0 chr1 21167404 . A G 1231.42 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.976;QD=60.0695;RBI=0.0244233;REFB=-0.107061;REVB=0.00242736;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000194804;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:38:43:0:0:38:43:1:0 chr1 21299496 . GT G 37.96 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.121895;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.92385;QD=3.61535;RBI=0.151673;REFB=-0.0950484;REVB=0.090257;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251865;STB=0.578852;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=0.0269757;OID=.;OPOS=21299497;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:15:43:17:42:25:11:6:13:12:37:20:11:4:10:10 chr1 21306904 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC 42.32 PASS AF=0.15528,0.0310559,0;AO=19,6,9;DP=163;FAO=25,5,0;FDP=161;FR=.;FRO=131;FSAF=6,0,0;FSAR=19,5,0;FSRF=80;FSRR=51;FWDB=0.0510762,0.00150717,0.0508633;FXX=0.0639498;HRUN=7,7,7;LEN=1,6,1;MLLD=7.1503,224.337,21.0399;QD=1.05136;RBI=0.269274,0.125839,0.110165;REFB=-0.147349,-0.00952458,-0.0647349;REVB=-0.264386,-0.12583,-0.0977206;RO=72;SAF=16,0,4;SAR=3,6,5;SRF=58;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0792687,-0.728831,-0.45296;STB=0.795299,0.998359,0.5;STBP=0.003,0.003,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.01137,0.0951942,0;OID=.,.,.;OPOS=21306905,21306907,21306905;OREF=G,GGGGGC,G;OALT=-,TGGGGG,T;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15528,0.0310559,0:19,6,9:163:25,5,0:161:131:6,0,0:19,5,0:80:51:24:72:16,0,4:3,6,5:58:14 chr1 21573722 . G A 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.011124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.316;QD=10.4167;RBI=0.0477633;REFB=-0.00350909;REVB=0.0464498;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35083;STB=0.703535;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00891457;OID=.;OPOS=21573722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:8:15:15:30:8:15:15:30 chr1 21808159 . G A 35.02 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0248308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7846;QD=5.00294;RBI=0.0473587;REFB=-0.00825972;REVB=-0.0403272;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257551;STB=0.666032;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0319591;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:21:22:6:6:0.214286:1:5:14:7:1:5:15:7 chr1 21809750 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0151348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.281;QD=7.32297;RBI=0.0160677;REFB=-6.48441e-05;REVB=0.00539515;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602659;STB=0.881273;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000269697;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:5:1:10:3:5:1:11:3 chr1 21889635 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.192;QD=57.1767;RBI=0.0356236;REFB=0;REVB=-0.00153255;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236081;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 21894735 . T C 352.95 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0114921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.925;QD=26.1442;RBI=0.025355;REFB=-0.0189654;REVB=-0.0226011;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176781;STB=0.599941;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00540151;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:33:34:0.62963:13:20:7:13:13:21:7:13 chr1 21900171 . A G 399.93 PASS AF=0.424242;AO=40;DP=97;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00674999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.601;QD=16.1587;RBI=0.0275194;REFB=-0.00701629;REVB=-0.0266788;RO=54;SAF=26;SAR=14;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351067;STB=0.697277;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00474919;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:54:57:40:42:0.424242:14:26:16:38:14:28:18:39 chr1 21904267 . A G 420.53 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0122716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0069;QD=13.3502;RBI=0.012382;REFB=-0.0018373;REVB=-0.00165;RO=77;SAF=33;SAR=16;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175065;STB=0.599547;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00457585;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:16:33:40:37:16:33:40:37 chr1 21935433 . G T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00105381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.044;QD=21.2269;RBI=0.003382;REFB=-0.00281556;REVB=0.00321363;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11669;STB=0.556412;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00274425;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:18:11:12:11:18:11:12:12 chr1 21943820 . G A 1209.08 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0063569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.594;QD=56.2362;RBI=0.0629581;REFB=-0.102391;REVB=0.0626363;RO=3;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036856;STB=0.525635;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0168902;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:3:4:82:82:0.953488:37:45:0:3:37:45:0:4 chr1 22050649 . C A 390.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.566;QD=55.7237;RBI=0.0694906;REFB=0;REVB=0.0140744;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406921;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:19:7:0:0:20:8:0:0 chr1 22109370 . G A 477.09 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00912786;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.512;QD=21.6861;RBI=0.0167352;REFB=0.00572794;REVB=0.0140267;RO=42;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962025;STB=0.553168;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00418859;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:46:46:0.522727:28:18:21:21:28:18:21:21 chr1 22141030 . C T 220.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.036835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.861;QD=16.0296;RBI=0.0400632;REFB=-0.0360489;REVB=0.0157558;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133372;STB=0.583148;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0197452;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:13:12:18:11:13:12:19:11 chr1 22149935 . T C 1062.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.417;QD=59.8318;RBI=0.0206621;REFB=0;REVB=-0.0107705;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46498e-06;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr1 22191454 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.661;QD=59.8393;RBI=0.0850859;REFB=0;REVB=0.070822;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571291;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 22206649 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0531;QD=62.0216;RBI=0.0378423;REFB=0;REVB=-0.0365736;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463512;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 22206942 . G A 1249.31 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017971;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.472;QD=61.6945;RBI=0.0446367;REFB=0;REVB=0.0408593;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04734e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr1 22207235 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.053;QD=60.6089;RBI=0.0687052;REFB=0;REVB=0.00355356;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279467;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 22214127 . A G 1973.17 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.546;QD=61.1834;RBI=0.0495533;REFB=-0.0731655;REVB=-0.0361151;RO=1;SAF=61;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077268;STB=0.504064;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00110195;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:67:61:1:0:67:61:1:0 chr1 22217108 . G A 929.09 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0406881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2457;QD=55.4682;RBI=0.0410507;REFB=-0.157316;REVB=0.00544419;RO=2;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00530059;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:48:17:0:2:48:17:0:2 chr1 22303509 . C A 561.22 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0134847;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.437;QD=17.6763;RBI=0.0141191;REFB=-0.00367631;REVB=0.00418476;RO=66;SAF=16;SAR=42;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083161;STB=0.552681;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00447775;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:68:58:59:0.464567:42:16:23:43:43:16:24:44 chr1 22303524 . G A 92.52 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=77;FWDB=-0.0446448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9664;QD=2.89124;RBI=0.0538225;REFB=-0.012888;REVB=-0.0300617;RO=109;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174971;STB=0.615274;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0683354;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:128:128:109:109:19:19:0.148438:11:8:32:77:11:8:32:77 chr1 22307340 . C T 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115569;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2672;QD=44.8723;RBI=0.0792652;REFB=0;REVB=0.0784182;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319147;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 22307358 . C G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.236;QD=49.5906;RBI=0.0367087;REFB=0;REVB=0.0326023;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842069;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 22307538 . C T 1271.15 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.518;QD=60.5308;RBI=0.0478907;REFB=-0.104544;REVB=-0.00705937;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326281;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:0:83:84:1:42:41:1:0:42:42:0:0 chr1 22310190 . T C 817.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0207;QD=57.377;RBI=0.0151958;REFB=0;REVB=-0.0110493;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82046e-06;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 22310262 . G C 1054.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5545;QD=58.5791;RBI=0.130197;REFB=0;REVB=-0.0740974;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372043;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:72:0:0:71:72:1:47:24:0:0:47:25:0:0 chr1 22310725 . G C 1217.52 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7978;QD=59.3913;RBI=0.102068;REFB=-0.107228;REVB=0.101332;RO=3;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174232;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00225727;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:3:1:78:81:0.987805:33:45:1:2:36:45:1:0 chr1 22310824 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.919;QD=58.9623;RBI=0.0396617;REFB=0;REVB=0.00956487;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05278e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr1 22313161 . T C 657.63 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.502;QD=59.7843;RBI=0.0299363;REFB=-0.121188;REVB=0.0154981;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00174604;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:14:28:0:0:14:29:1:0 chr1 22324705 . T C 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0252018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.57;QD=21.8918;RBI=0.0289167;REFB=-0.0302483;REVB=0.0141791;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485706;STB=0.534948;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0209454;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:19:16:14:13:19:16:15:13 chr1 22328228 . C G 557.08 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0381344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9549;QD=21.426;RBI=0.0649269;REFB=-0.0301179;REVB=0.0525478;RO=48;SAF=27;SAR=29;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179706;STB=0.598304;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0161872;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:29:27:13:35:29:27:13:35 chr1 22329041 . GC G 68.1 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0632675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0152;QD=10.4767;RBI=0.0632973;REFB=-0.00800921;REVB=-0.00194244;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0164339;OID=.;OPOS=22329042;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:26:11:26:15:4:7:5:10:68:15:4:6:5:10 chr1 22329062 . CC GT 182.84 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00543571;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=180.067;QD=15.899;RBI=0.0120516;REFB=-0.0126103;REVB=0.0107561;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328858;STB=0.558056;STBP=0.584;TYPE=mnp;VARB=0.0148796;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:23:13:14:0.304348:5:8:11:6:6:8:11:12 chr1 22332008 . T C 35.32 PASS AF=0.09375;AO=8;DP=95;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00668863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.517;QD=1.47173;RBI=0.00674365;REFB=-0.00289159;REVB=-0.000859638;RO=87;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183133;STB=0.684527;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0266138;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:96:87:87:8:9:0.09375:3:5:40:47:3:6:40:47 chr1 22332241 . A G 50.02 PASS AF=0.0943396;AO=14;DP=158;FAO=15;FDP=159;FR=.;FRO=144;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0129458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.685;QD=1.25834;RBI=0.0360302;REFB=-0.00255324;REVB=-0.0336241;RO=144;SAF=1;SAR=13;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519772;STB=0.921781;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.029939;OID=.;OPOS=22332241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:158:159:144:144:14:15:0.0943396:13:1:72:72:14:1:72:72 chr1 22332245 . G C 53.63 PASS AF=0.0949367;AO=15;DP=158;FAO=15;FDP=158;FR=.;FRO=143;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.00514611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.965;QD=1.35784;RBI=0.00722624;REFB=-6.68992e-06;REVB=-0.00507308;RO=142;SAF=1;SAR=14;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551536;STB=0.926151;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119894;OID=.;OPOS=22332245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:158:158:142:143:15:15:0.0949367:14:1:74:68:14:1:74:69 chr1 22332248 . G C 48.87 PASS AF=0.0897436;AO=14;DP=156;FAO=14;FDP=156;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.00534701;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.725;QD=1.2532;RBI=0.00577405;REFB=0.000314607;REVB=-0.00217926;RO=140;SAF=1;SAR=13;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54123;STB=0.922672;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0103657;OID=.;OPOS=22332248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:156:156:140:142:14:14:0.0897436:13:1:74:66:13:1:74:68 chr1 22336277 . C G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0309757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8633;QD=16.6612;RBI=0.0332462;REFB=0.0247039;REVB=-0.0120753;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862073;STB=0.504851;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0278963;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:18:14:12:16:18:14 chr1 22337430 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00860099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.487;QD=13.2053;RBI=0.0120977;REFB=-0.00437695;REVB=0.00850745;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386036;OID=.;OPOS=22337430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr1 22443760 . C T 221.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00708099;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.256;QD=14.2859;RBI=0.02667;REFB=-0.00478345;REVB=-0.0257129;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230958;STB=0.623954;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0070126;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:36:26:26:0.419355:9:17:16:21:9:17:16:20 chr1 22443887 . G T 360.63 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00469209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.809;QD=17.5918;RBI=0.00865716;REFB=-0.012012;REVB=-0.00727535;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470192;STB=0.526302;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0101723;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:21:23:18:20:21:23 chr1 22445991 . C T 539.34 PASS AF=0.378698;AO=64;DP=167;FAO=64;FDP=169;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0125379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.809;QD=12.7654;RBI=0.027913;REFB=-0.00587535;REVB=-0.0249386;RO=103;SAF=32;SAR=32;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264661;STB=0.514788;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00932109;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:103:105:64:64:0.378698:32:32:54:49:32:32:55:50 chr1 22835172 . G A 443.09 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00541509;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.929;QD=19.693;RBI=0.00662204;REFB=-0.00818087;REVB=-0.00381159;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510336;STB=0.522717;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00858754;OID=.;OPOS=22835172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:46:44:44:0.488889:21:23:21:24:21:23:22:24 chr1 22835677 . A G 2320.52 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.519;QD=61.0663;RBI=0.0334549;REFB=0;REVB=0.029995;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16805e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:89:62:0:0:90:62:0:0 chr1 22846709 . G A 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.707;QD=58.9591;RBI=0.0239176;REFB=0;REVB=0.0190526;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29524e-05;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr1 22852715 . G C 223.34 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0118738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9677;QD=19.4207;RBI=0.0226479;REFB=-0.00958481;REVB=-0.0192858;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00948942;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:11:13:11:11:11:13 chr1 22853141 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.000698205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.228;QD=15.839;RBI=0.0252306;REFB=-0.0306155;REVB=0.0252209;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571264;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0201727;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:1:6:6:2:1:6 chr1 22903102 . C T 220.9 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0161178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0104;QD=18.4084;RBI=0.0330037;REFB=-0.0591091;REVB=0.0288004;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.524692;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.068277;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:13:13:10:12:13:13 chr1 23101688 . T G 1234.62 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195186;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8288;QD=60.2252;RBI=0.028323;REFB=-0.102862;REVB=0.0205235;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996796;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00119188;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:47:33:0:1:48:33:0:1 chr1 23208925 . G A 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0406136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.594;QD=20.4382;RBI=0.0433401;REFB=-0.0226493;REVB=-0.0151294;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500356;STB=0.527761;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0191318;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:14:15:19:14:14:15 chr1 23219493 . T C 680.68 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.116407;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.893;QD=60.505;RBI=0.132045;REFB=-0.0894902;REVB=0.0623324;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153996;STB=0.507933;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000575846;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:30:13:0:1:31:13:0:1 chr1 23385826 . CTT C 336.46 PASS AF=0.46789;AO=49;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.000925352;FXX=0.0438558;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.697;QD=12.3473;RBI=0.0194039;REFB=-0.00976594;REVB=-0.0193818;RO=57;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205995;STB=0.617115;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0106891;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46789:49:110:51:109:58:33:18:25:33:99:57:31:18:24:33 chr1 23413027 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.735;QD=58.4197;RBI=0.0240697;REFB=0;REVB=0.0202018;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90215e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr1 23418153 . C T 1120.92 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4854;QD=58.9959;RBI=0.0418289;REFB=-0.0230181;REVB=-0.032162;RO=1;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012289;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.60805e-06;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:38:37:0:1:38:37:0:1 chr1 23419261 . G A 753.68 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166181;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.451;QD=61.525;RBI=0.0372098;REFB=-0.0577886;REVB=0.0332928;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00242211;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:0:1:21:27:0:1 chr1 23419374 . G T 1140.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372055;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8877;QD=60.8039;RBI=0.0372106;REFB=0;REVB=-0.000619579;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143776;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 23419383 . C T 1117.35 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240759;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6322;QD=58.0444;RBI=0.0634533;REFB=-0.106121;REVB=-0.0634076;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164471;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000276694;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:77:2:1:75:76:0.987013:40:35:1:1:40:36:0:1 chr1 23419855 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.288;QD=62.3506;RBI=0.0451301;REFB=0;REVB=0.00453092;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019952;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 23688933 . A G 218.57 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.024347;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.146;QD=22.4176;RBI=0.027171;REFB=-0.0132693;REVB=0.0120617;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165817;STB=0.592508;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00595681;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:13:5:10:11:13:5 chr1 23696152 . G A 228.2 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0273995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.992;QD=21.7334;RBI=0.0273995;REFB=-0.0265219;REVB=4.05234e-05;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202888;STB=0.61393;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.018456;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:12:8:14:8:12:8 chr1 23710805 . A G 191.35 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00620086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7839;QD=14.7188;RBI=0.00651983;REFB=0.00366961;REVB=0.00201433;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189117;STB=0.601986;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00558167;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:11:9:19:11:12:10:19:11 chr1 23885498 . T C 986.45 PASS AF=0.536723;AO=94;DP=177;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00186378;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.405;QD=22.2926;RBI=0.0025911;REFB=-0.00993271;REVB=0.00180003;RO=81;SAF=48;SAR=46;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246843;STB=0.508086;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00861952;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:81:82:94:95:0.536723:46:48:39:42:47:48:40:42 chr1 23965704 . A C 499.3 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0123757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4527;QD=16.9256;RBI=0.016104;REFB=-0.00827785;REVB=-0.0103044;RO=64;SAF=25;SAR=29;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141822;STB=0.578886;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00771434;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:29:25:39:25:29:25:39:25 chr1 23966894 . T TAAG 176.78 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000256009;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=166.293;QD=14.4313;RBI=0.0213836;REFB=-0.00103849;REVB=-0.0213821;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150164;STB=0.588772;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.00047594;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:17:50:19:49:30:11:8:13:17:99:31:10:7:14:17 chr1 24018277 . C G 1391.12 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00828555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8211;QD=60.4836;RBI=0.00993352;REFB=-0.20698;REVB=0.00547947;RO=0;SAF=26;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13691e-08;STB=0.503816;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00166491;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:0:1:90:91:0.98913:64:26:0:0:65:26:0:1 chr1 24077451 . C T 339.01 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0165464;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.933;QD=19.9419;RBI=0.0266012;REFB=-0.00684502;REVB=0.0208288;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000852017;STB=0.514278;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00555461;OID=.;OPOS=24077451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:33:33:35:0.514706:17:16:15:16:18:17:17:16 chr1 24121600 . C CT 221.28 PASS AF=0.733333;AO=4;DP=34;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0354744;FXX=0.0624805;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.495;QD=29.5033;RBI=0.0470725;REFB=0.00310641;REVB=-0.0309416;RO=29;SAF=4;SAR=0;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616246;STB=0.681653;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.00165876;OID=.;OPOS=24121601;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:4:34:22:30:8:15:7:0:8:52:29:4:0:14:15 chr1 24121601 . C T 166.28 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00872371;FXX=0.0312402;HRUN=7;LEN=1;MLLD=178.531;QD=21.455;RBI=0.0114331;REFB=-0.0270915;REVB=0.00739008;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156716;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.018428;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:5:8:7:10:6:8 chr1 24201162 . G A 1167.03 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3847;QD=60.6248;RBI=0.0691375;REFB=0;REVB=0.0205414;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438165;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:68:77:1:46:22:0:0:46:31:0:0 chr1 24288404 . A G 284.66 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00688012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2638;QD=12.939;RBI=0.0261448;REFB=-0.00784701;REVB=0.0252233;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919738;STB=0.511428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0147767;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:55:33:33:0.375:18:15:25:29:18:15:26:29 chr1 24288432 . C T 1472.05 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3396;QD=63.3139;RBI=0.0442065;REFB=0;REVB=-0.0123989;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358354;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:48:45:0:0 chr1 24289891 . ATGAATGTG ATG,ATGAAGCAT 53.91 PASS AF=0.26087,0.0869565;AO=6,2;DP=23;FAO=6,2;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=4,2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.061252,-0.0520621;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,4;MLLD=154.852,271.341;QD=9.37542;RBI=0.0651774,0.0521031;REFB=-0.0321404,-0.0156902;REVB=0.0222775,-0.00206672;RO=12;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.505787;STB=0.599657,0.994165;STBP=0.566,0.184;TYPE=del,mnp;VARB=0.0335559,0.00953623;OID=.,.;OPOS=24289892,24289896;OREF=TGAATG,TGTG;OALT=-,GCAT;OMAPALT=ATG,ATGAAGCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0.0869565:6,2:23:6,2:23:15:2,0:4,2:7:8:39:12:2,0:4,2:4:8 chr1 24392600 . G A 254.37 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0248209;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.976;QD=17.5428;RBI=0.0258229;REFB=-0.0140986;REVB=0.00712342;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386922;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0119097;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:13:17:17:11:13:17 chr1 24392671 . T C 281.45 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0695495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1941;QD=22.5159;RBI=0.0712846;REFB=-0.0307122;REVB=-0.0156322;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156372;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:24:24:26:0.52:13:11:12:12:13:13:12:12 chr1 24393563 . C T 412.48 PASS AF=0.339869;AO=52;DP=153;FAO=52;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.00702031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.366;QD=10.7839;RBI=0.0258792;REFB=-0.0128489;REVB=-0.0249088;RO=101;SAF=28;SAR=24;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951577;STB=0.554643;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0258561;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:101:52:52:0.339869:24:28:46:55:24:28:46:55 chr1 24394811 . A G 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0108544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.618;QD=14.6957;RBI=0.014181;REFB=-0.0136986;REVB=-0.00912587;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238612;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0111259;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:23:16:16:0.410256:10:6:13:8:10:6:13:10 chr1 24406647 . G A 381.47 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0117691;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.163;QD=16.768;RBI=0.0159815;REFB=-0.0124903;REVB=0.0108118;RO=49;SAF=15;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175093;STB=0.609363;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.017058;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:25:15:27:22:25:15:29:22 chr1 24409165 . C T 493.49 PASS AF=0.404255;AO=45;DP=130;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0918844;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6617;QD=13.9998;RBI=0.0921151;REFB=-0.00678627;REVB=-0.00651428;RO=84;SAF=10;SAR=35;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458698;STB=0.637256;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0115865;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:141:84:84:45:57:0.404255:35:10:52:32:35:22:52:32 chr1 24409191 . C T 536.44 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0377206;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3697;QD=21.2452;RBI=0.0402535;REFB=-0.0054303;REVB=0.0140536;RO=46;SAF=30;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119042;STB=0.57015;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00555814;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:47:54:54:0.534653:24:30:19:27:24:30:19:28 chr1 24413159 . T C 181.81 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000295298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.681;QD=15.151;RBI=0.00647178;REFB=-0.0265951;REVB=-0.00646504;RO=28;SAF=16;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396704;STB=0.686661;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0317675;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:19:20:0.416667:3:16:15:13:4:16:15:13 chr1 24416059 . T C,G 698.94 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=44,6;DP=50;FAO=46,6;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=24,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418417,0.00391053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.368,95.1586;QD=53.7646;RBI=0.0530778,0.0142649;REFB=0,0;REVB=0.0326577,0.0137184;RO=0;SAF=21,1;SAR=23,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2717e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000907437,0.0569504;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:50:52:0:0:44,6:46,6:0.884615,0.115385:23,5:21,1:0:0:24,5:22,1:0:0 chr1 24416070 . G C 289.24 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0302954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.234;QD=20.6596;RBI=0.0309826;REFB=-0.0159818;REVB=0.00648916;RO=24;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215408;STB=0.630049;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00940471;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:22:9:13:11:22:9:14:11 chr1 24416133 . C T 458.83 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0116561;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.653;QD=20.6216;RBI=0.0118588;REFB=-0.0148791;REVB=-0.00218322;RO=44;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110543;STB=0.561167;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0140012;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:44:45:45:0.505618:21:24:18:26:21:24:18:26 chr1 24418766 . AGTG AGCG,GAGC 258.3 PASS AF=0.545455,0;AO=21,2;DP=44;FAO=24,0;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13,0;FSAR=11,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.099997,-0.0557827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=49.5532,63.6573;QD=23.4817;RBI=0.105442,0.0671378;REFB=-0.00676077,-0.00154931;REVB=0.0334471,-0.03736;RO=20;SAF=12,0;SAR=9,2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116251,-0.609291;STB=0.5733,0.5;STBP=0.34,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00316151,0;OID=.,.;OPOS=24418768,24418766;OREF=T,AGTG;OALT=C,GAGC;OMAPALT=AGCG,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:21,2:24,0:0.545455,0:9,2:12,0:14:6:11,0:13,0:14:6 chr1 24419496 . A G 458.11 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0624878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.351;QD=23.4926;RBI=0.0626603;REFB=-0.0112821;REVB=-0.00464744;RO=33;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117926;STB=0.558113;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0107251;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:34:44:44:0.564103:20:24:13:20:20:24:14:20 chr1 24421474 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00779021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.139;QD=17.5012;RBI=0.00848158;REFB=-0.00103246;REVB=0.00335409;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131864;STB=0.573858;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0010398;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:9:19:14:12:9:19 chr1 24421950 . C G 241.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0272435;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5846;QD=20.9604;RBI=0.0360743;REFB=-0.00369384;REVB=-0.0236463;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152842;STB=0.594955;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00354744;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:23:23:23:0.5:16:7:11:13:16:7:11:12 chr1 24447468 . G C 997.89 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0178832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2834;QD=53.9402;RBI=0.0687467;REFB=-0.244932;REVB=0.06638;RO=4;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240889;STB=0.512757;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00969296;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:74:74:4:4:70:70:0.945946:36:34:1:3:36:34:1:3 chr1 24465113 . C T 1338.28 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000884883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.825;QD=58.8253;RBI=0.00966657;REFB=-0.11706;REVB=0.00962598;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50745;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000396932;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:0:3:88:88:0.967033:49:39:0:0:49:39:2:1 chr1 24680915 . C T 230.17 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0265896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5725;QD=15.0931;RBI=0.0280647;REFB=-0.00500911;REVB=-0.00897894;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241706;STB=0.624009;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00592787;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:26:27:0.442623:14:12:24:10:14:13:24:10 chr1 24690764 . T A 317.26 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00123446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.278;QD=14.2588;RBI=0.00374376;REFB=-0.00825307;REVB=0.00353438;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158846;STB=0.566775;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0153052;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:53:35:36:0.404494:19:16:30:19:19:17:31:22 chr1 24706113 . G A 410.36 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.022504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1978;QD=13.3449;RBI=0.0365498;REFB=-0.0164311;REVB=-0.0288003;RO=75;SAF=27;SAR=21;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103204;STB=0.55847;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0326452;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:75:48:48:0.390244:21:27:35:40:21:27:35:40 chr1 24706269 . A G 405.52 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00328253;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.849;QD=15.9029;RBI=0.0120256;REFB=-0.0150939;REVB=-0.0115689;RO=57;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372995;STB=0.520897;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0210793;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:57:45:45:0.441176:23:22:30:27:23:22:30:27 chr1 24706292 . T C 401.54 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0221217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.807;QD=18.8961;RBI=0.0295297;REFB=-0.0128502;REVB=-0.019561;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137912;STB=0.576622;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0102454;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:20:21:16:28:20:21:16:28 chr1 24718075 . T C 496.4 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000868905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1954;QD=29.1999;RBI=0.0148373;REFB=-0.0323386;REVB=0.0148118;RO=23;SAF=12;SAR=33;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183206;STB=0.599953;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0203286;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:33:12:12:11:33:12:12:11 chr1 24718079 . C A 175.26 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0198599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3288;QD=10.015;RBI=0.0545368;REFB=-0.00491848;REVB=-0.0507922;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305806;STB=0.676334;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0142811;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:11:12:12:35:11:12:12:35 chr1 24785393 . C T 261.21 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00948307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1665;QD=12.2922;RBI=0.0284476;REFB=-0.0117755;REVB=0.0268204;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110054;STB=0.563318;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0212973;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:13:18:26:28:13:18:26:28 chr1 24859617 . G A,C 845.65 PASS AF=0.983051,0.0169492;AO=53,6;DP=59;FAO=58,1;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212802,-0.00323834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.727,123.054;QD=57.332;RBI=0.0864764,0.0365059;REFB=0,0;REVB=0.0838171,-0.036362;RO=0;SAF=32,1;SAR=21,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81969e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000348293,0.156344;OID=.,.;OPOS=24859617,24859617;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:59:59:0:0:53,6:58,1:0.983051,0.0169492:21,5:32,1:0:0:26,0:32,1:0:0 chr1 24859665 . G A 1319.62 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0175698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.86;QD=58.6499;RBI=0.018688;REFB=-0.0170933;REVB=-0.00636737;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.503507;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000397867;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:1:3:87:87:0.966667:38:49:0:1:38:49:2:1 chr1 24861704 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.095;QD=54.514;RBI=0.032561;REFB=0;REVB=-0.0118136;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115391;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 25291010 . A T 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000457674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.619;QD=60.1947;RBI=0.00191463;REFB=0;REVB=-0.00185912;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01871e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 25634143 . T C 126.34 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.01485;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.805;QD=10.5282;RBI=0.0423051;REFB=-0.0101115;REVB=0.0396131;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165649;STB=0.608547;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0247401;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:34:33:15:15:0.3125:10:5:16:18:10:5:16:17 chr1 26131654 . G A 1459.57 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735351;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.358;QD=62.7774;RBI=0.0424386;REFB=0;REVB=0.0417967;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179104;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:1:0:92:93:1:40:52:0:1:42:51:0:0 chr1 26138262 . T C 912.52 PASS AF=1;AO=42;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5928;QD=57.9376;RBI=0.260766;REFB=0;REVB=0.0271984;RO=0;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277831;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:42:63:1:38:4:0:0:43:20:0:0 chr1 26140573 . C A 1014.67 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3622;QD=57.1647;RBI=0.0555031;REFB=-0.0428322;REVB=0.0151538;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00179548;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:28:41:0:1:28:42:0:1 chr1 26144674 . G A 207.54 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00545584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.023;QD=11.2184;RBI=0.00703647;REFB=-0.0112749;REVB=-0.00444362;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271126;STB=0.515711;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0113841;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:14:12:21:27:14:12:21:27 chr1 26158962 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.606;QD=55.6555;RBI=0.0114549;REFB=0;REVB=0.0103717;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35815e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 26290745 . G C 411.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.125;QD=56.7471;RBI=0.0418029;REFB=0;REVB=0.040144;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36054e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:18:9:0:0:19:10:0:0 chr1 26357667 . G A 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00734527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.44;QD=23.5711;RBI=0.0244386;REFB=-0.00946071;REVB=-0.0233086;RO=42;SAF=32;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108476;STB=0.559661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00930982;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:19:32:21:21:19:32:21:21 chr1 26368261 . G A 261.82 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0394636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0805;QD=17.1682;RBI=0.0396387;REFB=0.00677067;REVB=-0.00372222;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924638;STB=0.552021;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00702585;OID=.;OPOS=26368261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:14:18:19:10:14:18 chr1 26385003 . T C 595.39 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.013816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2067;QD=18.3198;RBI=0.0145294;REFB=0.00116905;REVB=0.00449684;RO=67;SAF=40;SAR=22;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134606;STB=0.579085;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00119818;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:22:40:34:33:22:40:34:34 chr1 26393974 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0187429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.251;QD=18.5415;RBI=0.0229579;REFB=-0.0109011;REVB=-0.0132577;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157167;STB=0.508767;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0117384;OID=.;OPOS=26393974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:15:20:20:14:15:20 chr1 26449335 . CAA C 184.83 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00188932;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.693;QD=12.5305;RBI=0.00216904;REFB=-0.00707629;REVB=-0.00106546;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980875;STB=0.543827;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=0.00765848;OID=.;OPOS=26449336;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:25:59:27:59:32:13:14:18:14:99:31:12:13:18:13 chr1 26450714 . A G 251.54 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0225945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.348;QD=20.534;RBI=0.0269305;REFB=-0.024565;REVB=0.014654;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061651;STB=0.53473;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0282656;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:14:11:9:15:14:11 chr1 26487940 . A G 232.27 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0114199;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.579;QD=18.9612;RBI=0.0338953;REFB=-0.0364284;REVB=-0.0319135;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287651;STB=0.558773;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0445995;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:25:24:24:0.489796:16:8:8:14:16:8:11:14 chr1 26488019 . G A 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00885987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.764;QD=8.69938;RBI=0.0424409;REFB=-0.0164237;REVB=0.0415058;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242376;STB=0.65172;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0566588;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:7:7:5:2:7:7 chr1 26496651 . T C 66.97 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0928412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.401;QD=7.44077;RBI=0.0955066;REFB=-0.024218;REVB=-0.022406;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.555446;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0395696;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:36:26:26:9:10:0.277778:5:4:11:15:5:5:11:15 chr1 26510217 . C G 172.44 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0204318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7287;QD=18.1513;RBI=0.0884109;REFB=0.0106417;REVB=-0.0860176;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112659;STB=0.55549;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0170443;OID=.;OPOS=26510217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:14:4:6:13:14:4:6:14 chr1 26582091 . G A 569.54 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0207237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.592;QD=30.7858;RBI=0.0256802;REFB=-0.0359192;REVB=-0.0151657;RO=24;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612496;STB=0.533175;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0148364;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:50:50:0.675676:28:22:13:11:28:22:13:11 chr1 26608782 . C T 126.37 PASS AF=0.7;AO=12;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0737714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1653;QD=25.2746;RBI=0.0737714;REFB=-0.078796;REVB=0;RO=6;SAF=12;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0473987;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:12:14:0.7:0:12:6:0:0:14:6:0 chr1 26608814 . A G 133.05 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0139681;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.175;QD=23.139;RBI=0.0139681;REFB=-0.0161695;REVB=0;RO=9;SAF=14;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146807;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:9:9:14:14:0.608696:0:14:9:0:0:14:9:0 chr1 26608828 . G A 106.47 PASS AF=0.55;AO=8;DP=25;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0196466;FXX=0.259163;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.143;QD=21.2945;RBI=0.0196466;REFB=-0.0337738;REVB=0;RO=14;SAF=8;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036916;OID=.;OPOS=26608828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:20:14:9:8:11:0.55:0:8:14:0:0:11:9:0 chr1 26608835 . A T 31.31 PASS AF=0.217391;AO=5;DP=24;FAO=5;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0105029;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1767;QD=5.44504;RBI=0.0105029;REFB=-0.0105802;REVB=0;RO=13;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383742;OID=.;OPOS=26608835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:24:23:13:18:5:5:0.217391:0:5:13:0:0:5:18:0 chr1 26609259 . C T 86.67 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0140511;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9464;QD=11.5559;RBI=0.0319642;REFB=-0.00428507;REVB=-0.0287102;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.572193;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00850553;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:10:9:4:7:10:9 chr1 26610891 . A C 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0122278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.687;QD=24.7086;RBI=0.0214691;REFB=-0.0245218;REVB=-0.0176467;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163236;STB=0.509083;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0170166;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:10:7:9:14:10:7 chr1 26627478 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0137816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.528;QD=18.4439;RBI=0.0238258;REFB=-0.0212062;REVB=-0.0194354;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508469;STB=0.529356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0131978;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:2:7:9:2:2:7 chr1 26646726 . A G 337.16 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0218936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.3;QD=24.9749;RBI=0.030252;REFB=-0.0416021;REVB=0.0208771;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12847;STB=0.570428;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0367298;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:17:16:14:7:17:16:14:7 chr1 26646730 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00756116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.99;QD=24.2686;RBI=0.021811;REFB=-0.0210913;REVB=0.0204584;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11;STB=0.560403;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.013864;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:17:16:14:8:17:16:14:8 chr1 26648551 . G C 315.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00569345;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.401;QD=25.7348;RBI=0.00571796;REFB=-0.0164516;REVB=-0.000528825;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101965;STB=0.545819;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00927978;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:13:15:8:12:13:15:9:12 chr1 26670444 . G T 690.74 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.01158;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.537;QD=22.4632;RBI=0.0204044;REFB=-0.00209103;REVB=0.0168001;RO=56;SAF=31;SAR=36;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754942;STB=0.541341;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00208086;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:56:56:67:67:0.544715:36:31:31:25:36:31:31:25 chr1 26670609 . C T 122.17 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0802344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=19.5476;RBI=0.0802578;REFB=-0.0409374;REVB=0.00193805;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0303081;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:25:10:11:14:14:0.56:7:7:4:6:7:7:5:6 chr1 26691174 . C A 236.38 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0145874;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.687;QD=24.2436;RBI=0.0197679;REFB=-0.0240399;REVB=0.0133408;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639776;STB=0.525524;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0200641;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:18:17:22:22:0.564103:9:13:12:6:9:13:11:6 chr1 26694245 . T C 276.87 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00904495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.833;QD=18.4583;RBI=0.0171647;REFB=-0.00278498;REVB=-0.0145882;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136958;STB=0.567524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00932449;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:15:14:10:20:16:14:10:20 chr1 26694260 . T C 251.23 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0434535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.357;QD=17.0324;RBI=0.046493;REFB=-0.0128209;REVB=0.0165345;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766364;STB=0.523793;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0101645;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:27:28:0.474576:14:13:12:18:15:13:13:18 chr1 26700794 . CT C,CC 861.96 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=9,51;DP=61;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472194,0.0469545;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.321,212.462;QD=57.4638;RBI=0.0524859,0.0530319;REFB=0,0;REVB=0.0229149,0.0246508;RO=0;SAF=5,10;SAR=4,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.12541e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00146058,0.00185634;OID=.,.;OPOS=26700795,26700795;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:9,51:61:1,59:60:0:0,15:1,44:0:0:4:0:5,10:4,41:0:0 chr1 26755919 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00342149;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.835;QD=60.1583;RBI=0.00447116;REFB=-0.0102746;REVB=-0.00287831;RO=1;SAF=38;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122067;STB=0.506491;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000168185;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:6:38:1:0:6:38:1:0 chr1 26879920 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.445;QD=58.1421;RBI=0.0266437;REFB=0;REVB=0.0174696;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98151e-06;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr1 26887592 . T C 659.05 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216713;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.429;QD=53.8002;RBI=0.021672;REFB=-0.0994292;REVB=-0.000172214;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000892042;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:49:1:1:46:48:0.979592:22:24:0:1:24:24:0:1 chr1 26900735 . C G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9997;QD=59.5017;RBI=0.0272041;REFB=0;REVB=0.0231142;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39828e-05;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr1 26901319 . G A 237.62 PASS AF=0.4;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0528639;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9683;QD=13.5783;RBI=0.0535738;REFB=-0.0264631;REVB=0.00869302;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250628;STB=0.620604;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0199892;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:42:27:28:0.4:10:17:16:25:11:17:17:25 chr1 27100175 . ACCCCCCG ACCCCCCCG,ACCCCCCGC,ACCCCCG,ACCCCCGC 34.78 PASS AF=0,0.131148,0,0.0163934;AO=7,7,8,3;DP=67;FAO=0,8,0,1;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=0,2,0,0;FSAR=0,6,0,1;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0827811,-0.167615,0.0776915,-0.0556264;FXX=0.0895389;HRUN=6,1,6,6;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.97268,17.6356,9.6478,22.2051;QD=2.28093;RBI=0.153965,0.181387,0.143458,0.11411;REFB=-0.00355931,-0.00284656,0.00238046,-0.000295133;REVB=0.129817,-0.0693278,-0.1206,-0.0996337;RO=38;SAF=5,5,4,0;SAR=2,2,4,3;SRF=25;SRR=13;SSEN=0,0,0.526316,0;SSEP=0,0,0.72973,0;SSSB=0.0782077,0.0782077,-0.195233,-0.591457;STB=0.5,0.817488,0.5,0.992923;STBP=1,0.075,1,0.254;TYPE=ins,ins,del,mnp;VARB=0.00673526,0.0117337,0.0278779,0.0887503;OID=.,.,.,.;OPOS=27100176,27100183,27100176,27100181;OREF=-,-,C,CG;OALT=C,C,-,GC;OMAPALT=ACCCCCCCG,ACCCCCCGC,ACCCCCG,ACCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.131148,0,0.0163934:7,7,8,3:67:0,8,0,1:61:52:0,2,0,0:0,6,0,1:34:18:19:38:5,5,4,0:2,2,4,3:25:13 chr1 27210721 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.167;QD=64.4151;RBI=0.0279099;REFB=0;REVB=0.0177344;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54169e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 27220891 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0368856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.628;QD=19.9747;RBI=0.0379724;REFB=-0.0114863;REVB=-0.00901979;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155274;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0141222;OID=.;OPOS=27220891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:8:12:8:11:8:12:9:11 chr1 27426796 . T C 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1396;QD=58.9985;RBI=0.00656924;REFB=0;REVB=-0.00558013;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86275e-05;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 27427041 . T C 769.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.739;QD=56.9655;RBI=0.080163;REFB=0;REVB=-0.0734751;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122629;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 27688633 . G A 388.08 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00335665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.871;QD=21.2647;RBI=0.00632338;REFB=-0.0155513;REVB=0.00535892;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716304;STB=0.537295;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0224157;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:34:39:39:0.534247:18:21:20:12:18:21:21:13 chr1 27875824 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4646;QD=35.5759;RBI=0.0208304;REFB=0;REVB=-0.0204127;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133113;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 27876482 . C A 1421.49 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=98;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0637077;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7458;QD=58.618;RBI=0.0642331;REFB=-0.106007;REVB=0.00819857;RO=3;SAF=14;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178842;STB=0.507928;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00143351;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:97:3:4:92:93:0.958763:78:14:0:3:79:14:1:3 chr1 28020307 . G C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0124296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2574;QD=16.1055;RBI=0.0237588;REFB=-0.0265417;REVB=-0.0202481;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187863;STB=0.617778;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.049015;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:8:9:7:14:8:9:7:15 chr1 28060574 . A G 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0601755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.461;QD=16.0634;RBI=0.0606502;REFB=0.0132496;REVB=0.00757356;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159573;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0125433;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:10:8:14:9:10:8:14:10 chr1 28149924 . A T 363.1 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0391329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.621;QD=19.1103;RBI=0.0397737;REFB=-0.0278275;REVB=0.00711086;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121354;STB=0.566399;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0305569;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:17:19:25:13:18:20:25:13 chr1 28173614 . C G 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0987023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.863;QD=14.0476;RBI=0.0989203;REFB=-0.0137103;REVB=-0.00656337;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916266;STB=0.553133;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0188135;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:12:17:9:9:12:17 chr1 28209305 . A G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0378097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.555;QD=19.2749;RBI=0.0469347;REFB=-0.0134726;REVB=-0.0278081;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231566;STB=0.63146;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0161318;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:14:12:16:7:14:12 chr1 28209362 . T C 157.98 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0618004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4801;QD=17.0791;RBI=0.0621373;REFB=0.0135799;REVB=-0.00646164;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938807;STB=0.565138;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0103492;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:11:5:8:12:12:5:8:12 chr1 28209366 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.117075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.593;QD=17.1557;RBI=0.161672;REFB=-0.0314771;REVB=-0.111495;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131727;STB=0.565138;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0272409;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:12:5:8:11:12:5:8:12 chr1 28268835 . A C 753.4 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0262107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7097;QD=50.2268;RBI=0.0405465;REFB=-0.00958075;REVB=0.0309358;RO=5;SAF=26;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199685;STB=0.519086;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00662196;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:5:4:55:56:0.933333:29:26:3:2:30:26:3:1 chr1 28422847 . C T 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5752;QD=63.2799;RBI=0.0963113;REFB=0;REVB=0.0600365;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184186;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 28638859 . A T 1715.21 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.635;QD=59.6596;RBI=0.0304621;REFB=-0.113161;REVB=0.0186541;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855555;STB=0.504504;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=2.00457e-06;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:59:55:1:0:59:55:1:0 chr1 28858439 . G A 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00546336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.36;QD=26.14;RBI=0.00989724;REFB=-0.0282218;REVB=0.0082527;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599477;STB=0.532768;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0132638;OID=.;OPOS=28858439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:13:21:14:6:13:21:14:6 chr1 28975234 . C T 333.54 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0202282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.096;QD=16.6771;RBI=0.0203422;REFB=-0.0112227;REVB=0.00215106;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382511;STB=0.527762;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0170206;OID=.;OPOS=28975234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:19:17:22:21:19:17:23:21 chr1 29138975 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.258;QD=40.7631;RBI=0.0302652;REFB=0;REVB=0.0272257;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541495;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:6:2:0:0:7:3:0:0 chr1 29189597 . C T 953.81 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00399415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.224;QD=56.9438;RBI=0.00551536;REFB=0.00495163;REVB=-0.00380341;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.57909e-05;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:0:1 chr1 29446811 . A G 137.79 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0451116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5393;QD=11.4827;RBI=0.0452266;REFB=-0.00421696;REVB=-0.00322348;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970616;STB=0.60513;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00857478;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:32:17:16:0.333333:10:7:15:15:10:6:17:15 chr1 29606108 . GGC G 52.8 PASS AF=0.321429;AO=10;DP=31;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0365382;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=2;MLLD=32.8399;QD=7.54314;RBI=0.182515;REFB=-0.0566715;REVB=-0.17882;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473356;STB=0.888025;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0919149;OID=.;OPOS=29606109;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:10:31:9:28:19:8:1:6:13:52:21:8:2:8:13 chr1 29630455 . C T 560.67 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00714706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.965;QD=21.7735;RBI=0.0151569;REFB=-0.00618443;REVB=0.013366;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108084;STB=0.557253;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00499088;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:45:47:56:56:0.543689:30:26:15:30:30:26:16:31 chr1 29631909 . A G 739.97 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.045;QD=56.9208;RBI=0.0492263;REFB=0;REVB=0.0222661;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358989;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr1 31188089 . C T 427.97 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0038313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.033;QD=19.4532;RBI=0.045604;REFB=-0.0112968;REVB=-0.0454428;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843452;STB=0.546878;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0134234;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:24:19:24:21:24:19:24:21 chr1 31188901 . A G 384.44 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0194671;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.706;QD=20.2334;RBI=0.0200472;REFB=-0.0036052;REVB=0.00478779;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214446;STB=0.622349;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00428391;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:38:39:0.513158:21:17:8:29:21:18:8:29 chr1 31208042 . C T 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0147926;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.767;QD=16.9234;RBI=0.0281151;REFB=-0.00963143;REVB=-0.023909;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938807;STB=0.534369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0126186;OID=.;OPOS=31208042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:19:16:16:0.457143:5:11:12:8:5:11:12:7 chr1 31215364 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0142575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.472;QD=19.0583;RBI=0.0218389;REFB=-0.00221366;REVB=-0.0165427;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238533;STB=0.636211;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00197905;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:10:10:14:5:10:10 chr1 31230532 . T C 135.32 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0072751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.467;QD=16.9143;RBI=0.0338722;REFB=-0.00615801;REVB=0.0330817;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606075;STB=0.560899;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0125909;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:4:10:13:4:5:10:13:4 chr1 31346057 . A G 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000227724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.955;QD=14.8315;RBI=0.0639325;REFB=-0.0174031;REVB=-0.0639321;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092918;STB=0.553143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0266738;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:15:15:9:13:15:15 chr1 31347320 . G A 570.06 PASS AF=0.571429;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0104547;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6918;QD=25.0577;RBI=0.0727347;REFB=-0.0501391;REVB=0.0719794;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825579;STB=0.536487;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0439617;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:39:51:52:0.571429:28:23:14:26:29:23:14:25 chr1 31347399 . C T 360.38 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00675471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6634;QD=14.2723;RBI=0.0985967;REFB=-0.0223079;REVB=0.0983651;RO=60;SAF=10;SAR=31;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298431;STB=0.670181;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0346779;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:31:10:30:30:31:10:30:30 chr1 31426815 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.018114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.836;QD=14.7663;RBI=0.0202495;REFB=-0.00524063;REVB=-0.00905118;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707753;STB=0.540115;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00982524;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:22:11:10:15:22:11 chr1 31445932 . C G 1749.33 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284172;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3258;QD=60.3217;RBI=0.0389032;REFB=-0.066159;REVB=0.0265692;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128897;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:116:1:0:115:116:1:63:52:1:0:63:53:0:0 chr1 31653733 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.739;QD=61.3271;RBI=0.0783313;REFB=0;REVB=0.0744556;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360672;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 31740706 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.456;QD=55.0985;RBI=0.0466046;REFB=0;REVB=0.0145566;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045443;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 31883295 . T C 1847.47 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1598;QD=61.0734;RBI=0.0343586;REFB=0;REVB=0.0336416;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208674;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:121:0:0:116:121:1:73:43:0:0:78:43:0:0 chr1 31897643 . G A 1025.17 PASS AF=0.44958;AO=106;DP=239;FAO=107;FDP=238;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0113612;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.734;QD=17.2298;RBI=0.0143562;REFB=-0.0115716;REVB=0.00877621;RO=130;SAF=52;SAR=54;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551947;STB=0.529863;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0183038;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:130:131:106:107:0.44958:54:52:71:59:54:53:72:59 chr1 31905889 . A ACAG 1680.26 PASS AF=0.900763;AO=115;DP=137;FAO=118;FDP=131;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0507203;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.238;QD=51.3056;RBI=0.0716589;REFB=-0.179847;REVB=0.0506207;RO=16;SAF=44;SAR=71;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116638;STB=0.546609;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0118824;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.900763:115:137:118:131:13:46:72:11:2:48:16:44:71:14:2 chr1 32127953 . G A 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.862;QD=63.8574;RBI=0.0260213;REFB=0;REVB=0.0149145;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12015e-05;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr1 32148571 . A G 725.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.273;QD=63.0964;RBI=0.0307105;REFB=0;REVB=-0.00593852;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31348e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr1 32157042 . AG A 44.41 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.222247;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2733;QD=6.34433;RBI=0.229339;REFB=-0.0311692;REVB=0.056592;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228385;STB=0.666388;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=-0.0384611;OID=.;OPOS=32157043;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:28:14:28:14:12:2:9:5:44:14:9:2:9:5 chr1 32158374 . T C 174.59 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=3.81954e-05;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.579;QD=18.3778;RBI=0.00882162;REFB=-0.0104095;REVB=-0.00882154;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264247;STB=0.631443;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00684476;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:9:9:15:4:9:9:15:5 chr1 32162678 . C CG 31.5 PASS AF=0.218182;AO=14;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00728002;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.7788;QD=2.29081;RBI=0.0565743;REFB=-0.00493503;REVB=-0.056104;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383916;STB=0.769475;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.110578;OID=.;OPOS=32162679;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218182:14:55:12:55:43:9:3:17:26:31:41:10:4:16:25 chr1 32164205 . C CG 72.39 PASS AF=0.355932;AO=7;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0644923;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=9.11982;QD=4.908;RBI=0.206125;REFB=-0.0442165;REVB=-0.195776;RO=49;SAF=0;SAR=7;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600321;STB=0.532437;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0143422;OID=.;OPOS=32164206;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355932:7:59:21:59:38:7:14:11:27:72:49:0:7:17:32 chr1 32164206 . T G 175.15 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0307586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8341;QD=11.8745;RBI=0.0941577;REFB=-0.0162517;REVB=-0.088992;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481695;STB=0.515247;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.022976;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:34:37:21:22:0.372881:15:6:11:23:15:7:11:26 chr1 32165495 . G T 537.39 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0993979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8203;QD=21.7128;RBI=0.105954;REFB=-0.0246831;REVB=0.0366911;RO=48;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535217;STB=0.522604;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0253867;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:48:50:51:0.515152:32:18:20:28:32:19:20:28 chr1 32193647 . T C 221.07 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0332202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.195;QD=18.0468;RBI=0.0374438;REFB=-0.0216491;REVB=-0.017276;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178422;STB=0.586124;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0242494;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:27:22:22:0.44898:16:6:11:14:16:6:11:16 chr1 32280610 . T C 1040.97 PASS AF=0.603774;AO=95;DP=160;FAO=96;FDP=159;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0336871;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.824;QD=26.1879;RBI=0.0588258;REFB=-0.00378821;REVB=-0.0482251;RO=63;SAF=50;SAR=45;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045115;STB=0.526435;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00378725;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:63:63:95:96:0.603774:45:50:37:26:46:50:37:26 chr1 32373837 . GTTTTTT GTTTTTG,GTTTTT 71.84 PASS AF=0.3,0.7;AO=2,3;DP=23;FAO=6,14;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283637,-0.321289;FXX=0.166597;HRUN=16,16;LEN=1,1;MLLD=189.179,2.48058;QD=14.3677;RBI=0.089542,0.886925;REFB=0.0278912,0.173178;REVB=-0.084931,-0.826686;RO=1;SAF=0,3;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0842179,-0.306356;OID=.,.;OPOS=32373843,32373838;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7:2,3:23:6,14:20:0:0,11:6,3:0:0:35:1:0,3:2,0:1:0 chr1 32374004 . TC TA,T 67.36 PASS AF=0.0983607,0.229508;AO=5,14;DP=58;FAO=6,14;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=0,11;FSAR=6,3;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0203942,-0.217421;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=62.3607,12.1414;QD=4.41718;RBI=0.0271552,0.217607;REFB=-0.0208028,-0.136583;REVB=-0.0179299,-0.00897874;RO=32;SAF=0,10;SAR=5,4;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0.402062;SSSB=-0.539267,0.583639;STB=0.997384,0.855412;STBP=0.066,0.01;TYPE=snp,del;VARB=0.159032,0.142551;OID=.,.;OPOS=32374005,32374005;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0983607,0.229508:5,14:58:6,14:61:41:0,11:6,3:10:31:42:32:0,10:5,4:5:27 chr1 32544768 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0236742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.972;QD=11.1044;RBI=0.0270367;REFB=-0.00707673;REVB=-0.013058;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341391;STB=0.713564;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0103351;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:6:4:1:6:6:4 chr1 32557486 . A G 389.39 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0345704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9336;QD=19.7161;RBI=0.0413092;REFB=-0.0120483;REVB=-0.0226128;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101147;STB=0.558359;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0138549;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:38:40:0.506329:25:13:17:21:26:14:18:21 chr1 32672908 . T G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00311144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.327;QD=19.3436;RBI=0.0480777;REFB=-0.0109324;REVB=-0.0479769;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307624;STB=0.675122;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00766076;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:7:11:5:13:7:11 chr1 32694819 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0661008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8932;QD=15.6997;RBI=0.0689096;REFB=-0.0237592;REVB=-0.0194736;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26973;STB=0.627739;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0163806;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:5:9:7:12:6:9:7:12 chr1 32706791 . G T 556.99 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0148902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.881;QD=25.3178;RBI=0.0161083;REFB=-0.0113122;REVB=0.00614483;RO=37;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206616;STB=0.5067;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00787771;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:37:50:51:0.579545:27:23:18:19:27:24:18:19 chr1 32713199 . A G 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0178595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3527;QD=18.7912;RBI=0.0812922;REFB=-0.0140122;REVB=-0.0793061;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103749;STB=0.558619;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0135596;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:10:17:12:11:10:17 chr1 33065947 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.754;QD=64.414;RBI=0.0153377;REFB=0;REVB=0.0146475;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55391e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 33133968 . T C 737.5 PASS AF=0.947368;AO=56;DP=59;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00241731;FXX=0.0338926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.998;QD=51.7544;RBI=0.0102907;REFB=-0.211278;REVB=0.0100028;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159568;STB=0.50781;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00286093;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:57:3:3:56:54:0.947368:28:28:1:2:28:26:1:2 chr1 33160878 . C T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.445;QD=55.5196;RBI=0.0207512;REFB=0.026307;REVB=0.0181515;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=4.39103e-05;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr1 33161212 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.816;QD=58.7748;RBI=0.0217896;REFB=0;REVB=0.0192951;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83556e-05;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:19:46:0:0:19:46:0:0 chr1 33231380 . T G 203.17 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0791771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7066;QD=21.9639;RBI=0.089003;REFB=-0.0161873;REVB=-0.0406511;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436411;STB=0.524565;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0098398;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:13:4:4:16:13:4 chr1 33231403 . G T 151.15 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0122182;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.421;QD=18.894;RBI=0.0464401;REFB=-0.0220954;REVB=0.044804;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840057;STB=0.548129;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0462457;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:3:13:12:4:3:13:12:4 chr1 33235626 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00143979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.003;QD=9.70482;RBI=0.0141202;REFB=-0.0150686;REVB=0.0140466;RO=38;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525011;STB=0.531214;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0223018;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:5:13:26:12:5:13:26:12 chr1 33276656 . C T 336.45 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0549948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0269;QD=17.2536;RBI=0.0723642;REFB=-0.013255;REVB=-0.0470335;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461188;STB=0.506575;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0147124;OID=.;OPOS=33276656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:42:36:36:0.461538:21:15:14:24:21:15:18:24 chr1 33299673 . TAAAC TAAC,TAATA,TAATC 164.97 PASS AF=0.430769,0.0461538,0;AO=22,4,3;DP=69;FAO=28,3,0;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12,0,0;FSAR=16,3,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.184231,-0.0207966,-0.0167799;FXX=0.0579626;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=13.8864,130.228,142.185;QD=10.152;RBI=0.184564,0.0485413,0.0255257;REFB=-0.114289,-0.00608413,-0.00651755;REVB=0.0110805,-0.0438607,-0.0192353;RO=30;SAF=17,0,0;SAR=5,4,3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.370694,-0.581544,-0.520139;STB=0.555516,0.996594,0.5;STBP=0.441,0.074,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0995966,0.180447,0;OID=.,.,.;OPOS=33299674,33299676,33299676;OREF=A,AC,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAC,TAATA,TAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769,0.0461538,0:22,4,3:69:28,3,0:65:34:12,0,0:16,3,0:18:16:99:30:17,0,0:5,4,3:13:17 chr1 33318674 . T C 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0787773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.599;QD=16.0314;RBI=0.0819384;REFB=-0.0229048;REVB=-0.0225397;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219375;STB=0.624883;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.044283;OID=.;OPOS=33318674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:8:20:10:10:8:20 chr1 33324088 . C G 429.28 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0176673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=19.737;RBI=0.0334111;REFB=-0.00521624;REVB=-0.0283579;RO=44;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525576;STB=0.529132;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00433396;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:26:17:15:29:26:17:15:29 chr1 33328132 . G A 495.62 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0169017;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.363;QD=16.2499;RBI=0.0205032;REFB=-0.0184379;REVB=0.0116067;RO=67;SAF=35;SAR=18;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367633;STB=0.521204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.018279;OID=.;OPOS=33328132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:53:54:0.442623:18:35:42:25:18:36:43:25 chr1 33328165 . G A 658.32 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0163924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.914;QD=19.6514;RBI=0.0263262;REFB=-0.00534691;REVB=0.0206;RO=67;SAF=42;SAR=24;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536082;STB=0.505881;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00629768;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:66:66:0.492537:24:42:43:24:24:42:44:24 chr1 33409693 . G A 168.46 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0254163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3964;QD=12.9581;RBI=0.0617321;REFB=-0.0431848;REVB=-0.0562571;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830103;STB=0.54778;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0475352;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:23:9:7:13:23:9 chr1 33475721 . G C 33.02 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0315716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5373;QD=1.76112;RBI=0.034946;REFB=-0.0111905;REVB=-0.0149818;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872828;STB=0.56684;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.109753;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:75:75:67:67:8:8:0.106667:5:3:30:37:5:3:30:37 chr1 33475750 . A G 68.43 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0116679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.194;QD=3.29788;RBI=0.011707;REFB=-0.0137218;REVB=0.000955123;RO=70;SAF=4;SAR=9;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194622;STB=0.632601;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0363374;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:9:4:32:38:9:4:32:38 chr1 33475767 . G A 68.85 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00184671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.984;QD=3.35834;RBI=0.0115841;REFB=-0.00437219;REVB=0.0114359;RO=69;SAF=4;SAR=9;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185405;STB=0.626041;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0217406;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:9:4:31:38:9:4:31:38 chr1 33476473 . TTTA T,TAAA,TT,TTAA,TTTT 137.81 PASS AF=0.105263,0,0.736842,0,0.0526316;AO=2,2,4,6,3;DP=20;FAO=2,0,14,0,1;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0,7,0,0;FSAR=1,0,7,0,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0146922,-0.108199,0.0360548,-0.194634,0.19691;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=3,2,2,1,1;MLLD=15.8832,20.7653,18.8474,8.34676,5.94208;QD=29.013;RBI=0.0607224,0.215796,0.216377,0.405537,0.417518;REFB=-0.0974386,0.0322105,-0.147772,0.044277,-0.047197;REVB=-0.0589181,0.186711,-0.213352,0.355778,-0.368168;RO=1;SAF=0,2,1,6,0;SAR=2,0,3,0,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.697199,0,-0.272709,0,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.986712;STBP=1,1,1,1,0.516;TYPE=del,mnp,del,snp,snp;VARB=-0.0855113,0,0.0161205,0,0.080985;OID=.,.,.,.,.;OPOS=33476474,33476474,33476475,33476475,33476476;OREF=TTA,TT,TA,T,A;OALT=-,AA,-,A,T;OMAPALT=T,TAAA,TT,TTAA,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.105263,0,0.736842,0,0.0526316:2,2,4,6,3:20:2,0,14,0,1:19:2:1,0,7,0,0:1,0,7,0,1:1:1:7:1:0,2,1,6,0:2,0,3,0,3:1:0 chr1 33631069 . C A 521.55 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0218483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.157;QD=18.462;RBI=0.0310904;REFB=-0.0182118;REVB=-0.0221193;RO=58;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131899;STB=0.576624;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0160209;OID=.;OPOS=33631069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:58:54:55:0.486726:24:30:24:34:24:31:24:34 chr1 33765272 . A G 94.52 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00590427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.988;QD=21.0047;RBI=0.0295364;REFB=-0.025372;REVB=-0.0289403;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296836;STB=0.666294;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0121034;OID=.;OPOS=33765272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:6:7:10:11:0.611111:1:9:4:2:1:10:5:2 chr1 33789588 . T C 462.11 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0127807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.629;QD=42.0095;RBI=0.0396353;REFB=-0.00867714;REVB=0.0375182;RO=9;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198216;STB=0.607034;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.001457;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:22:13:8:1:22:13:8:1 chr1 33789670 . G A 260.37 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0254617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.556;QD=27.4068;RBI=0.0259694;REFB=-0.072259;REVB=0.00510954;RO=11;SAF=15;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226697;STB=0.599916;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0186129;OID=.;OPOS=33789670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:11:14:23:24:0.631579:8:15:3:8:9:15:5:9 chr1 33790496 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0118375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.26;QD=15.9155;RBI=0.0186374;REFB=0.0076023;REVB=0.0143953;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345591;STB=0.699865;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00432311;OID=.;OPOS=33790496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:18:10:24:9:18:10:25:9 chr1 33820033 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0269655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.495;QD=12.782;RBI=0.0351071;REFB=-0.0207823;REVB=-0.0224805;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0365322;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:9:10:0.416667:3:6:5:8:3:7:6:8 chr1 33820134 . C T 67.76 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0166819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.414;QD=14.266;RBI=0.020856;REFB=-0.0307493;REVB=-0.0125174;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0226422;OID=.;OPOS=33820134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:6:4:5:4:6:4 chr1 33832864 . CA C,CG 1132.93 PASS AF=0.0131579,0.986842;AO=15,64;DP=80;FAO=1,75;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152088,-0.00045233;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.136,224.905;QD=59.6277;RBI=0.0466597,0.061331;REFB=0,0;REVB=0.0466349,0.0613293;RO=0;SAF=4,28;SAR=11,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0151919,0.00378271;OID=.,.;OPOS=33832865,33832865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0131579,0.986842:15,64:80:1,75:76:0:1,31:0,44:0:0:5:0:4,28:11,36:0:0 chr1 33957130 . C A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.827;QD=61.3329;RBI=0.0557002;REFB=0;REVB=0.0293924;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58228e-05;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr1 33957152 . T G 720.4 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.85;QD=56.5017;RBI=0.101183;REFB=0;REVB=0.0933736;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200318;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:44:51:1:13:31:0:0:20:31:0:0 chr1 33959166 . T C 43.77 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0123429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.889;QD=7.0029;RBI=0.0146328;REFB=-0.0142952;REVB=-0.00785941;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798903;STB=0.549867;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0220252;OID=.;OPOS=33959166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:2:16:6:1:2:16 chr1 33960062 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.637;QD=58.4195;RBI=0.0159293;REFB=0;REVB=0.0148009;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26031e-05;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr1 33961722 . C T 698.67 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9671;QD=54.7974;RBI=0.0257174;REFB=-0.11003;REVB=0.0232476;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00380692;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:0:1:21:29:0:1 chr1 33981769 . C T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00932313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.612;QD=55.6059;RBI=0.0300718;REFB=-0.097772;REVB=0.02859;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00046592;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:21:37:0:0:21:37:0:1 chr1 34024928 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0215557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.011;QD=14.6164;RBI=0.029646;REFB=-0.00744188;REVB=-0.0203528;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459943;STB=0.515141;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0107108;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:13:14:18:20:14:14:18:20 chr1 34025030 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0195696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.389;QD=18.6734;RBI=0.0206327;REFB=-0.00651141;REVB=-0.0065373;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886509;STB=0.54937;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00753285;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:15:21:17:18:15:21 chr1 34090679 . T C 720.91 PASS AF=0.496689;AO=72;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=17;FWDB=-0.0243624;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.531;QD=19.097;RBI=0.0247897;REFB=-0.0211037;REVB=0.0045829;RO=69;SAF=47;SAR=25;SRF=52;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102767;STB=0.571294;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0233291;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:69:76:72:75:0.496689:25:47:52:17:26:49:59:17 chr1 34238283 . T C 1456.86 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818029;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2452;QD=63.3418;RBI=0.00947641;REFB=0;REVB=-0.00478385;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03521e-05;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr1 34270498 . G A 1509.13 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00976214;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.149;QD=58.6068;RBI=0.0113621;REFB=0.000919923;REVB=0.0058136;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.70669e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:102:102:0.990291:59:43:0:0:59:43:0:1 chr1 34285342 . G A 1917.5 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0552203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1967;QD=60.8729;RBI=0.0561481;REFB=-0.00843182;REVB=0.0101654;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703848;STB=0.503597;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000406281;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:126:1:1:123:125:0.992063:56:67:1:0:56:69:1:0 chr1 34285381 . C T 1781.3 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.831;QD=59.8757;RBI=0.0108138;REFB=0;REVB=0.00769967;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545094;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:115:119:1:53:62:0:0:56:63:0:0 chr1 34329897 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.5;QD=57.1062;RBI=0.00971879;REFB=0;REVB=0.00479592;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48297e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr1 34330067 . A C 364.34 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.021067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.468;QD=21.1213;RBI=0.0246794;REFB=-0.0118864;REVB=0.0128551;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301905;STB=0.501666;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0112429;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:36:37:0.536232:22:14:11:20:23:14:12:20 chr1 34578613 . A G 623.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.453;QD=60.7958;RBI=0.0386886;REFB=0;REVB=0.0231308;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397827;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr1 35184033 . C T 731.4 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397085;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.395;QD=63.6001;RBI=0.0110342;REFB=0;REVB=0.010295;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3316e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 35223913 . A C 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0387165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.339;QD=27.8574;RBI=0.0521489;REFB=-0.0158831;REVB=0.0349362;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013827;STB=0.507683;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00464383;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:5:3:6:11:5:3 chr1 35228604 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.757;QD=26.6016;RBI=0.037057;REFB=-0.0242728;REVB=-0.000408109;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00425061;OID=.;OPOS=35228604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:0:2:3:5:0:2 chr1 35229259 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.421;QD=21.8421;RBI=0.00254939;REFB=-0.0464747;REVB=0.00254939;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225779;OID=.;OPOS=35229259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr1 35250720 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0533083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.117;QD=20.7381;RBI=0.0546089;REFB=-0.0210714;REVB=-0.0118471;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147069;STB=0.583238;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0126395;OID=.;OPOS=35250720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:8:8:6:12:8:8 chr1 35251545 . G C 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0100542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.011;QD=17.9544;RBI=0.0323267;REFB=-0.0445166;REVB=0.0307234;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0235888;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:7:9:8:8:7:9:8:9 chr1 35251735 . G C 218.07 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-3.41922e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.611;QD=11.4774;RBI=0.0224007;REFB=-0.0070262;REVB=0.0224007;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198871;STB=0.629534;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.014491;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:26:27:0.355263:16:10:27:21:17:10:28:21 chr1 35259961 . A G 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.000621205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.025;QD=16.1345;RBI=0.0127543;REFB=-0.019473;REVB=-0.0127391;RO=62;SAF=34;SAR=16;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925523;STB=0.55147;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.01893;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:16:34:47:15:16:34:47:15 chr1 35260929 . G A 497.2 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00650551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.757;QD=23.6761;RBI=0.00816868;REFB=-0.0150952;REVB=0.00494021;RO=37;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148018;STB=0.508127;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0116905;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:25:22:18:19:25:22:18:19 chr1 35261044 . CAG C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00184456;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.263;QD=17.588;RBI=0.0416364;REFB=-0.0167701;REVB=0.0415955;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303746;STB=0.664055;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.0231732;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:22:49:22:50:28:15:7:11:17:99:27:15:7:10:17 chr1 35261232 . C G 264.38 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0321078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2482;QD=17.9239;RBI=0.041543;REFB=-0.0381278;REVB=-0.0263612;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049778;STB=0.527427;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0344062;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:28:29:0.491525:12:16:15:14:12:17:16:14 chr1 35370688 . G A 355.86 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00946461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.881;QD=30.2859;RBI=0.0145133;REFB=-0.00352359;REVB=-0.0110026;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788518;STB=0.547794;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00183082;OID=.;OPOS=35370688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:17:12:9:8:18:12:9:8 chr1 35442313 . T A 413.65 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.030247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.624;QD=13.6743;RBI=0.0302942;REFB=-0.0171151;REVB=-0.00169139;RO=66;SAF=10;SAR=38;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133627;STB=0.587589;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0279253;OID=.;OPOS=35442313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:73:48:48:0.396694:38:10:20:46:38:10:23:50 chr1 35562965 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.339;QD=62.0218;RBI=0.0173232;REFB=0;REVB=-0.00895716;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103222;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 35757843 . A T 688.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3503;QD=62.6308;RBI=0.0224914;REFB=0;REVB=0.0223785;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332329;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 35900615 . A G 1703.01 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.33;QD=59.7549;RBI=0.051753;REFB=-0.0525671;REVB=0.0167919;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471476;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:114:0:0:112:114:1:64:48:0:0:65:49:0:0 chr1 35919979 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00190628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.604;QD=14.5588;RBI=0.0204828;REFB=-0.00405886;REVB=-0.0203939;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159154;STB=0.590097;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00629015;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:23:12:13:13:23:12 chr1 35921764 . G C 806.22 PASS AF=0.693069;AO=70;DP=101;FAO=70;FDP=101;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00541146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.928;QD=31.9296;RBI=0.00794741;REFB=-0.0201495;REVB=-0.00582042;RO=31;SAF=34;SAR=36;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173373;STB=0.509335;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00851189;OID=.;OPOS=35921764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:31:31:70:70:0.693069:36:34:16:15:36:34:16:15 chr1 36031342 . T A 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422166;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.275;QD=53.3345;RBI=0.0424179;REFB=0;REVB=0.00412826;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165443;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 36225948 . T C 1479.74 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00883604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.648;QD=58.6034;RBI=0.0437263;REFB=-0.0578111;REVB=0.0428242;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102011;STB=0.505375;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000435504;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:46:54:0:1:46:54:0:1 chr1 36359669 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.775;QD=62.9829;RBI=0.0329651;REFB=0;REVB=-0.0326474;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90237e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr1 36553673 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.869;QD=61.6839;RBI=0.0283691;REFB=0;REVB=0.00376162;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145836;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 36642420 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0120414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.732;QD=14.6505;RBI=0.0139585;REFB=-0.0276498;REVB=-0.00706017;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134902;STB=0.549959;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0397145;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:18:5:4:26:18:5:5:26 chr1 36643700 . GAGA G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0336285;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.69;QD=11.4398;RBI=0.0371268;REFB=-0.00807167;REVB=-0.0157328;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117403;STB=0.507027;STBP=0.988;TYPE=del;VARB=0.0135778;OID=.;OPOS=36643701;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:23:9:23:14:7:2:11:3:65:14:7:2:11:3 chr1 36752433 . C G,T 508.31 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696579,0.0198228;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0751,224.869;QD=58.0929;RBI=0.0774832,0.0517725;REFB=0,0;REVB=-0.0339326,0.0478273;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0739533,0.000730625;OID=.,.;OPOS=36752433,36752433;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:2,19:0,14:0:0:2,19:0,14:0:0 chr1 36773405 . T G 1592.44 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.6;QD=59.5306;RBI=0.0690725;REFB=0;REVB=0.0593875;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15188e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:46:58:0:0:48:59:0:0 chr1 36794192 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1301;QD=26.028;RBI=0.0269074;REFB=-0.0715013;REVB=0.0251026;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0202257;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr1 36886117 . C T 74.67 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00877182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.264;QD=5.06222;RBI=0.0168915;REFB=-0.00383792;REVB=-0.0144353;RO=31;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260884;STB=0.755879;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0275809;OID=.;OPOS=36886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:31:47:12:12:0.20339:9:3:14:17:9:3:27:20 chr1 36898067 . T C 178.09 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0119176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.882;QD=10.6319;RBI=0.0143933;REFB=-0.0140138;REVB=0.0080708;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843482;STB=0.543137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0329477;OID=.;OPOS=36898067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:23:23:0.343284:15:8:18:25:15:8:18:26 chr1 36927733 . G A 670.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7065;QD=62.3349;RBI=0.050474;REFB=0;REVB=0.0144721;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918175;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 36937059 . A G 487.57 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00156178;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.123;QD=16.5277;RBI=0.0173131;REFB=-0.0179765;REVB=-0.0172426;RO=65;SAF=21;SAR=32;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388711;STB=0.502169;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0214425;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:65:65:53:53:0.449153:32:21:26:39:32:21:26:39 chr1 37346428 . A G 295.41 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0137453;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5215;QD=22.2953;RBI=0.0509264;REFB=-0.00106472;REVB=-0.0490364;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111018;STB=0.561363;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000301801;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:9:14:14:16:9:14 chr1 38006359 . A G 694.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.9492;QD=61.7038;RBI=0.0152403;REFB=0;REVB=-0.0126877;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174629;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr1 38019747 . C T 267.45 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00713017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.134;QD=21.8329;RBI=0.0272464;REFB=-0.0119198;REVB=0.0262969;RO=24;SAF=3;SAR=22;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156118;STB=0.588549;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0186495;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:22:3:5:19:22:3:5:19 chr1 38023316 . C T 579.57 PASS AF=0.662338;AO=50;DP=76;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00974087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.068;QD=30.1075;RBI=0.0231347;REFB=0.0100647;REVB=-0.0209841;RO=26;SAF=17;SAR=33;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108033;STB=0.555535;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00434588;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:26:26:50:51:0.662338:33:17:5:21:34:17:5:21 chr1 38077411 . CG TT 116.77 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474863;FXX=0.28551;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.755;QD=46.7081;RBI=0.00474865;REFB=0;REVB=-1.48983e-05;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000197742;OID=.;OPOS=38077411;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr1 38077414 . ACGC ATAG 99.94 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642518;FXX=0.499688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.215;QD=49.9714;RBI=0.00642518;REFB=0;REVB=-1.51612e-18;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000136914;OID=.;OPOS=38077415;OREF=CGC;OALT=TAG;OMAPALT=ATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:13:8:8:0:8:0:0:0:3:0:8:0:0:0 chr1 38077420 . A ACC,C 215.18 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,13;DP=16;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318979,0.00649925;FXX=0.049975;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=221.451,65.307;QD=45.3011;RBI=0.0409967,0.21642;REFB=0,0;REVB=-0.0408724,0.216322;RO=1;SAF=2,13;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0352119,0.00454188;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:19:1:0:2,13:2,17:0.105263,0.894737:0,0:2,13:1:0:0,1:2,16:0:0 chr1 38148765 . A G 2231.33 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421608;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7469;QD=63.7522;RBI=0.0449465;REFB=0;REVB=0.0155774;RO=0;SAF=60;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177105;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:140:0:0:140:140:1:80:60:0:0:80:60:0:0 chr1 38173983 . TTTC T,TT 687.94 PASS AF=1,0;AO=46,8;DP=54;FAO=56,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296827,-0.0293642;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=243.463,235.096;QD=49.1388;RBI=0.0316201,0.032056;REFB=0,0;REVB=-0.0108979,-0.0128582;RO=0;SAF=22,3;SAR=24,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000230767,0;OID=.,.;OPOS=38173984,38173985;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,8:54:56,0:56:0:25,0:31,0:0:0:12:0:22,3:24,5:0:0 chr1 38188748 . G A 272.02 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0242613;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7039;QD=19.43;RBI=0.10713;REFB=-0.0289506;REVB=0.104346;RO=27;SAF=22;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622745;STB=0.534821;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0299493;OID=.;OPOS=38188748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:7:22:19:8:7:22:19:8 chr1 38289383 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0116941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.068;QD=13.9126;RBI=0.0120379;REFB=-0.0090651;REVB=-0.00285662;RO=31;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213338;STB=0.632614;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0114033;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:20:21:0.403846:16:4:11:20:17:4:11:20 chr1 38327982 . G T 794.15 PASS AF=0.551471;AO=75;DP=136;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0635041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2694;QD=23.3572;RBI=0.0807188;REFB=-0.0351241;REVB=0.0498272;RO=61;SAF=32;SAR=43;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107682;STB=0.558866;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0346781;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:61:61:75:75:0.551471:43:32:34:27:43:32:34:27 chr1 38338795 . A G 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0185853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.069;QD=13.9458;RBI=0.0206224;REFB=0.000910886;REVB=-0.00893707;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113074;STB=0.564475;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00150808;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:20:12:23:25:20:12:23:25 chr1 38411445 . G A 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0817329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4984;QD=21.9696;RBI=0.0837753;REFB=-0.0166176;REVB=0.0183855;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725604;STB=0.549856;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0234629;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:7:13:13:10:7:14 chr1 38423853 . G C 1657.53 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284018;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.565;QD=60.2737;RBI=0.0285236;REFB=0;REVB=0.00263346;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69053e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:56:54:0:0 chr1 38442547 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3115;QD=58.1399;RBI=0.0227367;REFB=0;REVB=-0.0177509;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07897e-05;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 38449910 . T C 225.22 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0793294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.346;QD=15.2689;RBI=0.118879;REFB=-0.011121;REVB=-0.0885389;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115021;STB=0.557596;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0153186;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:16:16:10:16:17:16 chr1 38450367 . A G 718.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657887;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7872;QD=55.2426;RBI=0.0661259;REFB=0;REVB=-0.00666934;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851679;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:23:26:0:0:23:29:0:0 chr1 38463504 . C T 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0143552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6395;QD=17.1665;RBI=0.021376;REFB=-0.0127691;REVB=0.0158386;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452709;STB=0.525406;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0141218;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:17:15:15:14:17:15 chr1 38862336 . T A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5721;QD=61.3345;RBI=0.155748;REFB=0;REVB=-0.140712;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00319946;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 39330399 . G A 161.01 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.000655046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.133;QD=12.1519;RBI=0.00187442;REFB=-0.00683476;REVB=0.00175623;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114093;STB=0.565973;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0139799;OID=.;OPOS=39330399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:13:20:10:10:13:20 chr1 39339449 . C T 388.93 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0116083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.108;QD=16.2056;RBI=0.0220533;REFB=-0.0182147;REVB=-0.0187509;RO=55;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112928;STB=0.563691;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0325427;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:26:15:26:29:26:15:26:29 chr1 39340282 . C T 827.65 PASS AF=0.537931;AO=77;DP=145;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0403988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.906;QD=22.8318;RBI=0.0405401;REFB=-0.0180673;REVB=-0.00338121;RO=67;SAF=36;SAR=41;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339731;STB=0.521271;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0184784;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:67:67:77:78:0.537931:41:36:34:33:42:36:34:33 chr1 39340862 . A G 230.66 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0363838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9094;QD=14.4161;RBI=0.0384849;REFB=0.00234372;REVB=0.0125422;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232182;STB=0.631306;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00099799;OID=.;OPOS=39340862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:12:15:12:25:12:15:12:25 chr1 39352083 . T G 187.38 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0260002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.751;QD=12.704;RBI=0.0264974;REFB=-0.00218953;REVB=-0.00510922;RO=35;SAF=19;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134986;STB=0.573017;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00546336;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:4:19:26:9:4:19:27:9 chr1 39352271 . G T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0258968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.185;QD=19.0179;RBI=0.031947;REFB=0.00239731;REVB=-0.0187075;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180048;STB=0.603622;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00191998;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:5:9:12:3:5:9 chr1 39748921 . G A 308.26 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0395266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3753;QD=15.8083;RBI=0.0395268;REFB=-0.0112221;REVB=0.000134786;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132383;STB=0.507458;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0244743;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:22:12:15:29:22:12:15:29 chr1 39799679 . T C 572.28 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00752187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.551;QD=20.8102;RBI=0.0276616;REFB=-0.00599123;REVB=0.0266193;RO=52;SAF=23;SAR=35;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188049;STB=0.603413;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00862455;OID=.;OPOS=39799679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:35:23:32:20:35:23:32:20 chr1 39806610 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.378;QD=57.3853;RBI=0.0271948;REFB=0;REVB=0.0206439;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130582;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 39812822 . C A 785.1 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8885;QD=57.0981;RBI=0.00141337;REFB=0;REVB=0.000276248;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42986e-05;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:38:16:0:0:38:17:0:0 chr1 39833826 . A T 419.15 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0103732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.253;QD=15.6692;RBI=0.0165945;REFB=-0.00198857;REVB=0.0129528;RO=60;SAF=35;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255757;STB=0.644299;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00175547;OID=.;OPOS=39833826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:12:35:31:29:12:35:31:29 chr1 39881040 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00625875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.227;QD=16.4544;RBI=0.0119705;REFB=-0.0281135;REVB=0.010204;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00892046;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr1 39902201 . TA T 273.24 PASS AF=0.477778;AO=41;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0458055;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9759;QD=12.1438;RBI=0.0469969;REFB=0.0122716;REVB=-0.0105151;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548605;STB=0.543345;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=-0.0128454;OID=.;OPOS=39902202;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477778:41:91:43:90:47:20:23:18:29:99:47:18:23:18:29 chr1 39908506 . G A 362.07 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0235286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.887;QD=16.4578;RBI=0.0237846;REFB=-0.016171;REVB=0.00347994;RO=48;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101162;STB=0.541104;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0209584;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:38:39:0.443182:25:13:21:27:25:14:21:28 chr1 39914363 . G C 489.4 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00144263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9497;QD=18.2953;RBI=0.0109266;REFB=-0.00659866;REVB=-0.010831;RO=55;SAF=23;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112347;STB=0.562274;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00592591;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:29:23:31:24:29:23:31:24 chr1 39929803 . A T 318.75 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00845576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2414;QD=15.7408;RBI=0.0353884;REFB=-0.0401488;REVB=-0.0343633;RO=46;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291221;STB=0.663372;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0453595;OID=.;OPOS=39929803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:14:21:14:32:14:21:14:32 chr1 39988084 . G A 82.09 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9569;QD=36.4844;RBI=0.103457;REFB=0;REVB=-0.00246932;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329629;OID=.;OPOS=39988084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr1 40098328 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.31;QD=62.9677;RBI=0.0139699;REFB=0;REVB=-0.0129195;RO=0;SAF=6;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44635e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46529e-06;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:39:6:0:0:39:6:0:0 chr1 40145297 . C T 726.31 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159103;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7445;QD=56.9656;RBI=0.0103296;REFB=0;REVB=-0.0102064;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91022e-05;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 40149642 . G T 2337.0 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168517;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.795;QD=61.0982;RBI=0.0378892;REFB=0;REVB=0.0339354;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01112e-07;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:74:77:0:0:76:77:0:0 chr1 40230336 . C G 65.18 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00404667;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.462;QD=9.65703;RBI=0.0227815;REFB=-0.0101893;REVB=0.0224193;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349536;STB=0.679637;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0130826;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:27:16:18:8:9:0.333333:4:4:3:13:4:5:5:13 chr1 40349131 . G A 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0199823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.951;QD=21.0073;RBI=0.0205288;REFB=-0.0249226;REVB=0.00470506;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109591;STB=0.506079;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0214671;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:13:12:14:16:13:12 chr1 40363054 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6519;QD=64.4147;RBI=0.0588812;REFB=0;REVB=0.0256225;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935105;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr1 40533266 . T G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.98;QD=62.3436;RBI=0.0159618;REFB=0;REVB=0.0155206;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95635e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 320.66 PASS AF=0.192308,0.807692;AO=3,20;DP=25;FAO=5,21;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=4,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490675,-0.0493743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.9917,46.2375;QD=49.3329;RBI=0.0581137,0.051204;REFB=0,0;REVB=0.031138,-0.0135656;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145507,0.0152101;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.807692:3,20:25:5,21:26:0:1,1:4,20:0:0:16:0:1,1:2,19:0:0 chr1 40533315 . T G 322.93 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.015;QD=53.821;RBI=0.0824889;REFB=0;REVB=-0.028317;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408733;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:21:2:0:0:21:3:0:0 chr1 40533320 . T G 340.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2714;QD=54.4264;RBI=0.0767474;REFB=0;REVB=0.0476424;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128748;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr1 40533326 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7935;QD=51.9165;RBI=0.0337602;REFB=0;REVB=0.0175793;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219026;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:16:4:0:0:17:4:0:0 chr1 40533347 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.592;QD=53.2771;RBI=0.0432363;REFB=0;REVB=0.0223728;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348187;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr1 40555274 . C G 118.58 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0192318;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.015;QD=12.1621;RBI=0.028458;REFB=0.00927615;REVB=-0.0209761;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077004;STB=0.533285;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0248292;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:12:12:8:6:12:13 chr1 40703440 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00469521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.162;QD=21.2649;RBI=0.00857949;REFB=0.00152808;REVB=0.00718071;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134987;STB=0.575841;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00117808;OID=.;OPOS=40703440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:7:11:9:11:7:11 chr1 40737589 . T C 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0100433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3767;QD=18.4951;RBI=0.0732787;REFB=-0.0285362;REVB=0.0725872;RO=47;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203078;STB=0.511327;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.016572;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:25:17:20:27:25:17:20:27 chr1 40840353 . A G 314.33 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0604677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1897;QD=19.9574;RBI=0.0736213;REFB=-0.0170506;REVB=-0.0419971;RO=30;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317112;STB=0.676362;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0140215;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:10:23:10:20:10:23:10:20 chr1 40881041 . C G 2146.58 PASS AF=0.9375;AO=150;DP=159;FAO=150;FDP=160;FR=.;FRO=10;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0218732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8769;QD=53.6646;RBI=0.0537647;REFB=-0.123029;REVB=0.0491142;RO=5;SAF=74;SAR=76;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572305;STB=0.512088;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0287434;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:159:160:5:10:150:150:0.9375:76:74:2:3:76:74:3:7 chr1 40923019 . G A 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.100723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.554;QD=22.8803;RBI=0.100807;REFB=0.00993374;REVB=0.00413365;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15546;STB=0.58591;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00608406;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:24:11:13:13:24:11:13:13 chr1 40980731 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0123386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.364;QD=12.8607;RBI=0.0137757;REFB=-0.0249179;REVB=-0.00612623;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0246995;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr1 41013015 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00298673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.324;QD=16.9415;RBI=0.0190065;REFB=-0.0114574;REVB=-0.0187703;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303854;STB=0.673889;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0188249;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:9:15:6:13:9:15 chr1 41087734 . C T 90.45 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0183817;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.789;QD=16.4454;RBI=0.12367;REFB=-0.0246109;REVB=0.122297;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566031;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0127201;OID=.;OPOS=41087734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:21:22:11:11:9:11:0.5:2:7:9:2:3:8:9:2 chr1 41204568 . GC G,GT 690.56 PASS AF=0.27907,0.476744;AO=24,41;DP=85;FAO=24,41;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=0,14;FSAR=24,27;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.012317,0.0015128;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.9791,192.102;QD=32.1189;RBI=0.0645443,0.012749;REFB=-0.072415,-0.00164572;REVB=-0.0633581,-0.0126589;RO=19;SAF=0,14;SAR=24,27;SRF=14;SRR=5;SSEN=0.390887,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86624,-0.23522;STB=0.999444,0.628852;STBP=0,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.0816951,0.0177695;OID=.,.;OPOS=41204569,41204569;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.27907,0.476744:24,41:85:24,41:86:21:0,14:24,27:15:6:99:19:0,14:24,27:14:5 chr1 41285087 . T C 850.27 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=156;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00431366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.366;QD=21.8018;RBI=0.00951417;REFB=-0.0353346;REVB=0.00848008;RO=72;SAF=45;SAR=39;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100196;STB=0.554782;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0290639;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:72:72:84:84:0.538462:39:45:30:42:39:45:30:42 chr1 41454328 . A G 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0187499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.267;QD=17.8975;RBI=0.0187541;REFB=-0.00435245;REVB=0.00040097;RO=50;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107523;STB=0.566209;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00509262;OID=.;OPOS=41454328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:27:16:24:26:27:16:25:26 chr1 41474400 . C G 490.15 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0264062;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.718;QD=16.7571;RBI=0.0268982;REFB=0.00636849;REVB=-0.00512128;RO=64;SAF=22;SAR=31;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894675;STB=0.504988;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00960235;OID=.;OPOS=41474400;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:64:53:53:0.452991:31:22:26:38:31:22:26:38 chr1 41481863 . ATCT A 218.49 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00999741;FXX=0.123442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.294;QD=12.3093;RBI=0.0144681;REFB=-0.0151839;REVB=-0.0104584;RO=43;SAF=3;SAR=23;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435348;STB=0.774629;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0252933;OID=.;OPOS=41481864;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366197:26:73:26:71:45:3:23:19:26:99:43:3:23:17:26 chr1 41976017 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.294;QD=60.9786;RBI=0.0167792;REFB=0;REVB=0.016667;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42827e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr1 41978566 . T G 1916.95 PASS AF=0.992188;AO=117;DP=120;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129415;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.9995;QD=59.9047;RBI=0.134801;REFB=-0.0716908;REVB=0.037721;RO=1;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070363;STB=0.503546;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00116312;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:128:1:1:117:127:0.992188:67:50:0:1:70:57:0:1 chr1 41978825 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.729;QD=59.6795;RBI=0.0364136;REFB=0;REVB=0.0127718;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61962e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr1 42048745 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.701;QD=62.0198;RBI=0.0345862;REFB=0;REVB=0.0222106;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41115e-05;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 42049032 . G A 2623.67 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=174;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354101;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.724;QD=61.3724;RBI=0.056158;REFB=-0.110223;REVB=0.0435873;RO=1;SAF=93;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630338;STB=0.503225;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00194061;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:171:1:1:168:170:0.994152:75:93:0:1:77:93:0:1 chr1 42049140 . C G 1624.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.37;QD=60.1574;RBI=0.0711605;REFB=0;REVB=0.0418064;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03004e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr1 42619139 . A G 519.56 PASS AF=0.452381;AO=55;DP=124;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0271161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.311;QD=16.4938;RBI=0.0272852;REFB=-0.0131282;REVB=0.00303243;RO=64;SAF=16;SAR=39;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26194;STB=0.635319;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0148827;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:64:69:55:57:0.452381:39:16:35:29:41:16:35:34 chr1 42630364 . G A 871.75 PASS AF=0.5375;AO=86;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0478582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5535;QD=21.7937;RBI=0.0520536;REFB=-0.023717;REVB=0.0204737;RO=74;SAF=40;SAR=46;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409858;STB=0.522418;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0206584;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:86:86:0.5375:46:40:38:36:46:40:38:36 chr1 42693597 . A G 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.204;QD=61.5696;RBI=0.0378363;REFB=0;REVB=-0.0352468;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57679e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:56:66:0:0:56:66:0:0 chr1 42898843 . A G 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.00153803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.179;QD=20.8117;RBI=0.00363729;REFB=-0.00502458;REVB=-0.0032961;RO=23;SAF=17;SAR=6;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228773;STB=0.626282;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00476427;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:6:17:21:2:6:17:21:2 chr1 42925688 . T G 585.99 PASS AF=0.588889;AO=51;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0358249;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9792;QD=26.0438;RBI=0.036396;REFB=0.00438805;REVB=-0.00642265;RO=36;SAF=26;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133447;STB=0.575882;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00200196;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:37:51:53:0.588889:25:26:12:24:26:27:12:25 chr1 43034740 . T C 117.6 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000759278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2737;QD=12.3789;RBI=0.045601;REFB=-0.0125183;REVB=0.0455947;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164728;STB=0.596878;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0247305;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:10:14:6:8:10:14 chr1 43201534 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0372667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.251;QD=24.2026;RBI=0.0574532;REFB=-0.025087;REVB=0.0437271;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140939;STB=0.578859;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0233435;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:5:7:7:11:5:7 chr1 43212111 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00344933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.614;QD=10.2403;RBI=0.00350157;REFB=-0.0107418;REVB=0.000602611;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.019816;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr1 43212430 . GA G,GG 3067.82 PASS AF=0.0191388,0.980861;AO=51,152;DP=208;FAO=4,205;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=2,116;FSAR=2,89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938778,0.0177743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.3184,56.9294;QD=58.7143;RBI=0.0093882,0.0187296;REFB=0,0;REVB=8.92146e-05,0.00590533;RO=0;SAF=40,77;SAR=11,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00227612,0.0094799;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0191388,0.980861:51,152:208:4,205:209:0:2,116:2,89:0:0:3:0:40,77:11,75:0:0 chr1 43212869 . A T 323.81 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0179005;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.978;QD=18.2427;RBI=0.0200613;REFB=-0.0249976;REVB=-0.00905699;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173204;STB=0.594986;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.032932;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:36:37:33:34:0.478873:14:19:14:22:14:20:15:22 chr1 43215571 . A G 1386.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465377;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.12;QD=63.0135;RBI=0.0182468;REFB=0;REVB=0.0176434;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449885;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:40:48:0:0 chr1 43296152 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000570771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.935;QD=19.3436;RBI=0.000882599;REFB=-0.0548637;REVB=-0.000673203;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0543165;OID=.;OPOS=43296152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:11:7:7:11:11:7 chr1 43305753 . G A 536.94 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.0094682;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.146;QD=18.8398;RBI=0.0127895;REFB=0.0014138;REVB=0.00859788;RO=57;SAF=29;SAR=27;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247722;STB=0.630783;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00149714;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:58:56:56:0.491228:27:29:14:43:27:29:15:43 chr1 43309842 . G C 975.54 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113294;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.901;QD=59.1236;RBI=0.0145191;REFB=0;REVB=0.00908001;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96299e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr1 43395635 . C T 234.93 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00737113;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.946;QD=24.0956;RBI=0.0120346;REFB=-0.0319897;REVB=-0.00951303;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610175;STB=0.512184;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0279696;OID=.;OPOS=43395635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:17:22:22:0.564103:15:7:4:12:15:7:5:12 chr1 43396414 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0376104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3152;QD=17.247;RBI=0.0376127;REFB=-0.0194141;REVB=0.000417352;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274036;STB=0.515643;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0252156;OID=.;OPOS=43396414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:11:16:13:8:11:16 chr1 43408966 . G A 673.88 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0151865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.717;QD=27.2277;RBI=0.0223495;REFB=-0.0245914;REVB=0.0163973;RO=39;SAF=20;SAR=39;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767495;STB=0.548466;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0167193;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:39:40:59:59:0.59596:39:20:17:22:39:20:18:22 chr1 43457170 . T C 404.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.443;QD=55.7603;RBI=0.0205577;REFB=0;REVB=0.00348878;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522894;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:12:17:0:0 chr1 43675467 . G A 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2871;QD=59.4946;RBI=0.0958192;REFB=0;REVB=0.0952173;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009484;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr1 43771016 . TA T 405.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.7204;QD=47.65;RBI=0.0311585;REFB=0;REVB=-0.0239954;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00149092;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:34:34:0:15:19:0:0:7:0:15:19:0:0 chr1 43779564 . T C 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.993;QD=59.8315;RBI=0.0374562;REFB=0;REVB=0.0348124;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98265e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr1 43888460 . A C 32.06 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.108922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.397;QD=1.54511;RBI=0.108925;REFB=-0.00144293;REVB=-0.000898995;RO=71;SAF=7;SAR=1;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47871;STB=0.860258;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.104487;OID=.;OPOS=43888460;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:71:75:8:8:0.0963855:1:7:33:38:1:7:37:38 chr1 44072066 . C T 762.36 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0340259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.166;QD=18.9405;RBI=0.0357269;REFB=0.00307108;REVB=0.0108926;RO=81;SAF=27;SAR=52;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411416;STB=0.52696;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00275122;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:82:79:79:0.490683:52:27:31:50:52:27:32:50 chr1 44078422 . TG TGT,T,TT 143.17 PASS AF=0,0.321429,0.0357143;AO=8,9,7;DP=60;FAO=0,18,2;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=0,9,2;FSAR=0,9,0;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.014938,-0.0039062,-0.00404057;FXX=0.0819538;HRUN=7,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=7.31362,248.952,249.989;QD=10.2263;RBI=0.110022,0.00978786,0.00758909;REFB=-0.0717517,-0.00863189,-0.00865456;REVB=0.109004,-0.00897462,-0.00642402;RO=28;SAF=4,5,5;SAR=4,4,2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0661456,0.263679;STB=0.5,0.536996,0.994267;STBP=1,0.687,0.197;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0727458,0.0151007,0.0195797;OID=.,.,.;OPOS=44078424,44078423,44078423;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.321429,0.0357143:8,9,7:60:0,18,2:56:36:0,9,2:0,9,0:20:16:57:28:4,5,5:4,4,2:14:14 chr1 44396215 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0123479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.057;QD=5.44273;RBI=0.0320078;REFB=-0.012955;REVB=-0.0295301;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377555;STB=0.756616;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0235975;OID=.;OPOS=44396215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:11:9:1:5:11:9 chr1 44396790 . G A 777.05 PASS AF=0.556391;AO=72;DP=132;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0116599;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.502;QD=23.37;RBI=0.0166012;REFB=-0.0171629;REVB=0.0118173;RO=57;SAF=26;SAR=46;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166383;STB=0.589232;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0152926;OID=.;OPOS=44396790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:57:59:72:74:0.556391:46:26:32:25:46:28:34:25 chr1 44401384 . A G 247.57 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0327568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.825;QD=15.9722;RBI=0.0327727;REFB=-0.0208683;REVB=-0.00102026;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286569;STB=0.627815;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0224246;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:34:26:28:0.451613:8:18:14:20:10:18:14:20 chr1 44442930 . A G 555.33 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0166954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.542;QD=16.9567;RBI=0.0183378;REFB=0.00614377;REVB=0.00758536;RO=69;SAF=28;SAR=31;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087678;STB=0.551982;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00783311;OID=.;OPOS=44442930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:72:59:59:0.450382:31:28:39:30:31:28:41:31 chr1 44466606 . G A 272.2 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0736777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0319;QD=17.2827;RBI=0.0933695;REFB=-0.0257083;REVB=0.0573537;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106649;STB=0.556924;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0281982;OID=.;OPOS=44466606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:33:28:30:0.47619:15:13:19:14:16:14:19:14 chr1 44468235 . G A 246.22 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.02118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.522;QD=13.4913;RBI=0.025389;REFB=-0.0077909;REVB=0.0140004;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291874;STB=0.667885;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0108462;OID=.;OPOS=44468235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:16:13:8:35:16:13:8:36 chr1 44595047 . T A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.040536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.479;QD=14.7661;RBI=0.0449561;REFB=-0.0152766;REVB=0.0194391;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056054;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0224879;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:18:15:10:15:18:15 chr1 44595113 . G C 432.88 PASS AF=0.494382;AO=36;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00708086;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6387;QD=19.4555;RBI=0.0352976;REFB=-0.0461067;REVB=-0.0345801;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400696;STB=0.506846;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0980794;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:39:45:36:44:0.494382:16:20:20:19:18:26:26:19 chr1 44596379 . CCAA C 178.17 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0192881;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.364;QD=10.4807;RBI=0.0206128;REFB=-0.0148193;REVB=-0.00727042;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219561;STB=0.604769;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0242581;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426471:28:65:29:68:39:15:14:13:26:99:33:14:14:9:24 chr1 44680719 . G C 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0388612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9561;QD=21.8919;RBI=0.0389824;REFB=-0.00177039;REVB=-0.00307133;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781125;STB=0.543185;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000971752;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:22:13:13:15:22:13:13:15 chr1 44788397 . CA C,CT 584.71 PASS AF=0.375,0.625;AO=14,25;DP=40;FAO=15,25;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890009,0.00679353;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.755,134.06;QD=58.4713;RBI=0.0614949,0.0381919;REFB=0,0;REVB=-0.0608474,-0.0375828;RO=0;SAF=14,6;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0247836,0.020716;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.625:14,25:40:15,25:40:0:15,6:0,19:0:0:67:0:14,6:0,19:0:0 chr1 45196744 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0059308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.138;QD=23.0882;RBI=0.0129702;REFB=0.00973891;REVB=-0.0115348;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639776;STB=0.535682;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00948157;OID=.;OPOS=45196744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:12:6:9:13:12:6 chr1 45196761 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000456219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.881;QD=17.56;RBI=0.00159761;REFB=-0.00309364;REVB=0.00153109;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673223;STB=0.555492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00775028;OID=.;OPOS=45196761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:6:12:12:8:6:12:12:9 chr1 45238341 . A G 83.55 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0328058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.476;QD=20.8885;RBI=0.0328066;REFB=-0.0247705;REVB=-0.000233622;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0200655;OID=.;OPOS=45238341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr1 45285664 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.07814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2808;QD=21.6128;RBI=0.0786348;REFB=-0.0102459;REVB=-0.00880804;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137512;STB=0.576792;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00892658;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:7:16:13:11:7:16 chr1 45288215 . C T 287.79 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.007775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.633;QD=25.0248;RBI=0.0191376;REFB=-0.00616822;REVB=-0.017487;RO=20;SAF=21;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565995;STB=0.536556;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0110092;OID=.;OPOS=45288215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:4:21:16:4:4:22:16:4 chr1 45476676 . C A 66.35 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0507623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.215;QD=12.0643;RBI=0.0507648;REFB=-0.0135074;REVB=0.000497692;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.583156;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0154675;OID=.;OPOS=45476676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:3:9:5:4:4:9 chr1 45485775 . C A 190.23 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0494297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8048;QD=15.5292;RBI=0.071781;REFB=-0.0786182;REVB=0.0520501;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.529382;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0685098;OID=.;OPOS=45485775;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:13:15:12:8:13:16 chr1 45504720 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8505;QD=56.1895;RBI=0.0654739;REFB=0;REVB=0.00539131;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104204;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1391.49 PASS AF=0,1;AO=38,81;DP=137;FAO=0,148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=0,90;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485064,-0.193564;FXX=0.00671096;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=149.193,14.4338;QD=37.6078;RBI=0.125013,0.293505;REFB=0,0;REVB=0.115219,0.220631;RO=11;SAF=29,54;SAR=9,27;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.315249,0.138504;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000672897;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:38,81:137:0,148:148:0:0,90:0,58:0:0:27:11:29,54:9,27:1:10 chr1 45797505 . C G 311.6 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00554647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.858;QD=19.1756;RBI=0.0397737;REFB=-0.0350049;REVB=-0.039385;RO=32;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113338;STB=0.563423;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0231864;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:25:8:11:21:25:8:11:21 chr1 45805566 . G C 817.99 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.538;QD=57.4027;RBI=0.104438;REFB=0;REVB=0.00766315;RO=0;SAF=6;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34448e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:48:6:0:0:48:9:0:0 chr1 45810091 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0157926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.248;QD=14.6497;RBI=0.0199377;REFB=-0.00690832;REVB=0.0121699;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00881571;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:12:7:6:8:12:7 chr1 45810923 . G A 195.92 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00155204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.534;QD=17.8107;RBI=0.0118439;REFB=-0.00333707;REVB=-0.0117418;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848779;STB=0.538985;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00291763;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:13:7:10:13:13:7:10:14 chr1 45962137 . T C 185.15 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0167878;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.522;QD=13.7151;RBI=0.019544;REFB=-0.0277249;REVB=0.0100069;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142646;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0337371;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:17:14:13:9:18:14 chr1 45973928 . G A 107.41 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0386054;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.122;QD=11.934;RBI=0.0422571;REFB=-0.0156273;REVB=-0.017184;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522197;STB=0.806012;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.029272;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:6:17:3:10:6:17 chr1 46073489 . G A 87.82 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0905661;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6579;QD=12.5451;RBI=0.0971307;REFB=-0.0148392;REVB=0.0351022;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139366;STB=0.571311;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0202933;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:18:17:11:11:0.392857:9:2:2:16:9:2:2:15 chr1 46078854 . A G 88.81 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00900604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.841;QD=11.1009;RBI=0.0207106;REFB=-0.00719559;REVB=0.01865;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.521241;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0100094;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:9:11:7:5:9:11 chr1 46078884 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0108889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.684;QD=9.49166;RBI=0.0112137;REFB=-0.0119217;REVB=-0.00267953;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278625;STB=0.672658;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0172805;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:8:10:7:2:8:10 chr1 46086077 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00365159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.314;QD=8.25472;RBI=0.014745;REFB=0.00129875;REVB=0.0142857;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108858;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:4:8:4:2:4:8 chr1 46087577 . G A 579.92 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00462417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.85;QD=20.3479;RBI=0.0309127;REFB=-0.0303654;REVB=0.0305648;RO=54;SAF=30;SAR=29;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135922;STB=0.56971;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0314339;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:54:55:59:59:0.517544:29:30:19:35:29:30:20:35 chr1 46094027 . A G 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0788845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4893;QD=19.0768;RBI=0.0798528;REFB=0.0113124;REVB=-0.0123975;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581938;STB=0.532342;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0185897;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:15:24:21:17:15:24 chr1 46095272 . T C 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.034723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8401;QD=19.4197;RBI=0.0442966;REFB=0.00702041;REVB=-0.0275046;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569673;STB=0.503174;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00677672;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:11:16:17:12:11:16 chr1 46159001 . G A 468.21 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0474842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.13;QD=25.6555;RBI=0.0475784;REFB=-0.0269603;REVB=-0.00299188;RO=29;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547066;STB=0.529923;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0123023;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:26:18:14:15:26:18:14:15 chr1 46195375 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0218242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.264;QD=15.5688;RBI=0.0225951;REFB=-0.0141715;REVB=-0.00585172;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126614;STB=0.571379;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0140544;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:13:22:14:14:13:22 chr1 46379518 . A G 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.523;QD=59.8635;RBI=0.0269629;REFB=0;REVB=-0.0110431;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04838e-05;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:66:38:0:0:66:38:0:0 chr1 46476587 . T G 759.42 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.794;QD=63.2849;RBI=0.0730571;REFB=0;REVB=0.0474993;RO=0;SAF=2;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251873;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:45:2:0:0:46:2:0:0 chr1 46493460 . T G 381.42 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0395962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0086;QD=10.8206;RBI=0.0652425;REFB=0.0161627;REVB=0.0518529;RO=92;SAF=31;SAR=16;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23675;STB=0.636862;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0341455;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:92:94:47:47:0.333333:16:31:42:50:16:31:43:51 chr1 46496709 . A G 761.38 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0379847;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4712;QD=21.9102;RBI=0.0388865;REFB=-0.0130879;REVB=0.00832592;RO=66;SAF=44;SAR=29;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776535;STB=0.542649;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0124043;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:66:66:73:73:0.52518:29:44:34:32:29:44:34:32 chr1 46498375 . A G 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0273184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.88;QD=17.5364;RBI=0.0416009;REFB=-0.0274352;REVB=-0.0313742;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636962;STB=0.535693;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0282175;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:13:21:21:17:13:21:21:17 chr1 46500744 . G C 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.00175792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.982;QD=11.7808;RBI=0.00309298;REFB=-0.00721245;REVB=0.00254484;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891252;STB=0.552177;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0142664;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:12:4:6:25:12:4:6:25 chr1 46521517 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0287015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.169;QD=21.2649;RBI=0.0326462;REFB=-0.000338701;REVB=-0.0155563;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177651;STB=0.5999;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000137353;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:11:7:12:8:11:7 chr1 46521559 . A T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00557961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.918;QD=24.8186;RBI=0.00600469;REFB=-0.0125274;REVB=-0.00221906;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351449;STB=0.530096;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0114057;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:11:13:10:7:11:13:11:7 chr1 46655158 . T C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.002;QD=63.3364;RBI=0.0304025;REFB=0;REVB=0.022696;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06252e-06;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr1 46810530 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0715;QD=56.1906;RBI=0.0270043;REFB=0;REVB=0.00189256;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552139;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr1 46871986 . T C 1188.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3746;QD=60.9718;RBI=0.0377521;REFB=0;REVB=0.0280657;RO=0;SAF=21;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369072;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:57:21:0:0:57:21:0:0 chr1 46976717 . C T 617.17 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0163412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.656;QD=20.7453;RBI=0.021964;REFB=-0.00915237;REVB=0.0146759;RO=57;SAF=28;SAR=33;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744296;STB=0.544207;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00374498;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:61:62:0.521008:33:28:31:26:34:28:31:26 chr1 47013180 . A G 272.23 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.046065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5343;QD=17.2846;RBI=0.0693813;REFB=-0.0245098;REVB=-0.0518824;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194463;STB=0.503309;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0166168;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:12:17:20:13:12:18:20:13 chr1 47013364 . T C 210.08 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0565433;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.334;QD=24.715;RBI=0.0566104;REFB=-0.0235824;REVB=0.00275396;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150779;STB=0.565151;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0200843;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:13:6:7:7:13:7:7:7 chr1 47059934 . T C 1400.28 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0651;QD=61.5509;RBI=0.0493935;REFB=-0.00610917;REVB=0.0448538;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000458319;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:39:51:1:0:39:51:1:0 chr1 47078637 . T C 1609.51 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158808;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.512;QD=60.1687;RBI=0.0220845;REFB=0;REVB=0.0153468;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81074e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:56:49:0:0:56:51:0:0 chr1 47080665 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0128252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.202;QD=16.5359;RBI=0.0131175;REFB=0.000490531;REVB=0.00275381;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638092;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000528098;OID=.;OPOS=47080665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:13:10:9:9:13:10 chr1 47080679 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5568;QD=62.6707;RBI=0.021709;REFB=0;REVB=0.00556654;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225248;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 47080741 . C T 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0894635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.846;QD=9.49412;RBI=0.0915772;REFB=-0.00666256;REVB=-0.0195619;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171006;STB=0.587472;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0155475;OID=.;OPOS=47080741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:6:5:14:9:6:5:14:10 chr1 47101015 . C A 306.22 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0182083;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.132;QD=12.1275;RBI=0.020509;REFB=-0.00734329;REVB=-0.00943816;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654777;STB=0.537425;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0145461;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:64:64:37:37:0.366337:21:16:24:40:21:16:24:40 chr1 47131319 . A T 479.22 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0165032;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.97;QD=16.9636;RBI=0.0253352;REFB=-0.0152877;REVB=-0.0192228;RO=61;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011346;STB=0.502897;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0153449;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:51:52:0.460177:27:24:28:33:27:25:29:32 chr1 47138819 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.011;QD=51.1804;RBI=0.0155129;REFB=0;REVB=0.00779897;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285857;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 47139103 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0108768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.723;QD=14.0785;RBI=0.0189212;REFB=-0.000654047;REVB=0.0154824;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.666349;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00258902;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:6:10:10:2:6:10 chr1 47279175 . C T 755.27 PASS AF=0.459596;AO=72;DP=179;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.000708416;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.305;QD=15.258;RBI=0.0453331;REFB=-0.0201912;REVB=0.0453276;RO=90;SAF=62;SAR=10;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39326;STB=0.611673;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0244919;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:198:90:107:72:91:0.459596:10:62:52:38:29:62:52:55 chr1 47395973 . G A 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00828594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0148;QD=22.5575;RBI=0.00847484;REFB=-0.00990485;REVB=-0.00177939;RO=39;SAF=16;SAR=30;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373545;STB=0.520539;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00627472;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:30:16:12:27:30:16:12:27 chr1 47398496 . A G 506.77 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0659483;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7112;QD=15.8366;RBI=0.0797874;REFB=-0.00145021;REVB=0.0449094;RO=72;SAF=22;SAR=33;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175039;STB=0.514558;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00155744;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:72:73:55:55:0.429688:33:22:30:42:33:22:31:42 chr1 47399967 . G A 192.74 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00225149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.384;QD=14.8259;RBI=0.00964699;REFB=0.00418273;REVB=0.00938057;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134913;STB=0.576855;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00463145;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:19:11:11:11:19:11 chr1 47571902 . C T 390.05 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0187566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.432;QD=50.3289;RBI=0.0187693;REFB=-0.00161669;REVB=0.000691379;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580911;STB=0.529392;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000209824;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:15:13:0:2:16:13:0:2 chr1 47571905 . C T 328.31 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0402208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3772;QD=43.7745;RBI=0.0447184;REFB=-0.0873873;REVB=0.0195455;RO=4;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526855;STB=0.528476;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0182729;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:26:26:0.866667:14:12:1:3:14:12:1:3 chr1 47607281 . C T 1497.01 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.668;QD=62.3756;RBI=0.0146091;REFB=-0.12975;REVB=0.000877751;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=7.2176e-05;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:0:1:47:48:0:1 chr1 47607785 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.498;QD=58.5877;RBI=0.0307883;REFB=0;REVB=0.0304405;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37744e-05;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr1 47607851 . A T 631.33 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.872;QD=61.5932;RBI=0.0387395;REFB=0;REVB=-0.00771382;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48131e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 47608983 . G T 246.47 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0784121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2128;QD=46.9473;RBI=0.0978942;REFB=0.0204773;REVB=-0.0586073;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00793344;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:12:8:0:0:12:8:0:1 chr1 47609489 . T C 1536.56 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.826;QD=63.3634;RBI=0.0343239;REFB=0;REVB=-0.0340317;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381523;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:94:97:1:56:38:0:0:56:41:0:0 chr1 47610065 . A C 357.05 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00285616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5886;QD=14.4264;RBI=0.00932883;REFB=-0.00731907;REVB=0.00888085;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139048;STB=0.578907;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0200765;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:17:22:26:34:17:22:26:34 chr1 47610590 . A C 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0203626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.778;QD=9.14625;RBI=0.0203684;REFB=-0.017208;REVB=0.000483558;RO=76;SAF=10;SAR=24;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210872;STB=0.624201;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0289936;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:24:10:35:41:24:10:35:41 chr1 47611598 . T C 1873.81 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9506;QD=61.4363;RBI=0.0182424;REFB=0;REVB=-0.0100682;RO=0;SAF=75;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2152e-05;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:118:122:1:43:75:0:0:43:79:0:0 chr1 47614434 . C T 177.44 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0466353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7181;QD=19.716;RBI=0.0551639;REFB=-0.0300518;REVB=0.0294653;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176336;STB=0.57514;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0345961;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:15:17:0.472222:10:5:3:14:12:5:3:14 chr1 47685455 . T C 599.91 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224657;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.303;QD=61.5292;RBI=0.0312866;REFB=0;REVB=0.0217749;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481454;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr1 47717189 . A G 291.91 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00291795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.632;QD=19.4604;RBI=0.00447212;REFB=-0.00917592;REVB=-0.00338902;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309414;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00925133;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:15:15:13:15:16:15:14:15 chr1 47767914 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00829128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.645;QD=16.0923;RBI=0.0335362;REFB=-0.00916802;REVB=0.0324951;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599994;STB=0.526743;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00970258;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:14:17:18:19:14:17:19:19 chr1 47799639 . G C 420.67 PASS AF=0.518072;AO=39;DP=78;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0404192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2956;QD=20.2733;RBI=0.0672146;REFB=-0.048602;REVB=-0.0537037;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17189;STB=0.57888;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0600131;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:38:40:39:43:0.518072:15:24:30:8:16:27:31:9 chr1 47842431 . G A 1090.82 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0517085;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0838;QD=57.4118;RBI=0.0704238;REFB=0.0624498;REVB=0.0478094;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023638;STB=0.512192;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00611533;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:73:74:0.973684:39:34:0:2:40:34:0:2 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 1450.79 PASS AF=0,0.0272727,0.972727;AO=12,15,77;DP=111;FAO=0,3,107;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,58;FSAR=0,1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117338,-0.179666,0.138737;FXX=0.0090082;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=18.2365,6.84288,24.8537;QD=52.7561;RBI=0.132739,0.179736,0.140057;REFB=0,0,0;REVB=-0.0620583,-0.00503151,0.0191888;RO=3;SAF=6,14,34;SAR=6,1,43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.17961,-0.0883284,-0.0399408;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0442646,0.078977,0.0169956;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0272727,0.972727:12,15,77:111:0,3,107:110:0:0,2,58:0,1,49:0:0:4:3:6,14,34:6,1,43:3:0 chr1 47883024 . A G 443.01 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068011;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9792;QD=57.1622;RBI=0.0760004;REFB=0;REVB=0.0339199;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118086;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:23:31:1:19:4:0:0:25:6:0:0 chr1 47906338 . G A 2121.57 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.252;QD=62.8614;RBI=0.0149373;REFB=0;REVB=0.0123889;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57408e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr1 48460189 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.000720979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.385;QD=18.4948;RBI=0.0127464;REFB=-0.0181713;REVB=0.012726;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153107;STB=0.584694;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0125981;OID=.;OPOS=48460189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:21:9:5:25:21:9:5:25 chr1 48697733 . T G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.256;QD=62.3144;RBI=0.0154552;REFB=0;REVB=0.0150392;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57214e-06;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr1 48713394 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.988;QD=60.6103;RBI=0.0519893;REFB=0;REVB=0.0482102;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249234;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 48764419 . C T 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0165974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.65;QD=18.7912;RBI=0.0169258;REFB=-0.0128718;REVB=-0.00331803;RO=49;SAF=8;SAR=36;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146479;STB=0.582312;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0135215;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:36:8:14:35:36:8:14:35 chr1 48809940 . C T 127.99 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00167975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.435;QD=20.4785;RBI=0.00200899;REFB=-0.0320381;REVB=-0.00110204;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0221089;OID=.;OPOS=48809940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:5:6:7:7:5:6 chr1 49224584 . G T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.013155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.133;QD=24.4927;RBI=0.0159325;REFB=-0.0207781;REVB=0.00898825;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206349;STB=0.615272;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0106199;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:14:7:9:6:14:7:9:6 chr1 49511424 . A G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0239256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9194;QD=18.0812;RBI=0.0267625;REFB=0.0286676;REVB=0.0119916;RO=47;SAF=33;SAR=8;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236569;STB=0.633606;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0344225;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:8:33:29:18:8:33:29:18 chr1 50661411 . C T 1051.95 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0475901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.096;QD=52.5977;RBI=0.0485995;REFB=-0.128711;REVB=0.00985375;RO=5;SAF=23;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663161;STB=0.530423;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00121194;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:80:80:5:6:74:74:0.925:51:23:4:1:51:23:4:2 chr1 51873951 . G A 1324.38 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836661;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.309;QD=62.3239;RBI=0.00991504;REFB=0;REVB=0.0053205;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59128e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr1 52215883 . T C 257.08 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0297016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5568;QD=16.0673;RBI=0.0367573;REFB=-0.00916682;REVB=0.0216545;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5083;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00735619;OID=.;OPOS=52215883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:28:29:0.453125:16:12:15:20:17:12:15:20 chr1 52266242 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00432914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.768;QD=60.8526;RBI=0.00847625;REFB=0.0762174;REVB=-0.00728734;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.519991;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-9.98467e-06;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:34:12:1:0:34:12:1:0 chr1 52279725 . T C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0011635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.543;QD=16.8825;RBI=0.00418224;REFB=-0.0117033;REVB=0.00401713;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.62946;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.013822;OID=.;OPOS=52279725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:6:11:6:9:6:11 chr1 52290984 . T G 1566.07 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6538;QD=62.6429;RBI=0.188734;REFB=0;REVB=0.0354371;RO=2;SAF=39;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152767;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:2:0:91:100:1:52:39:1:1:53:47:0:0 chr1 52306063 . ATCT A 152.64 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0671573;FXX=0.222099;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.57;QD=43.6115;RBI=0.0673903;REFB=-0.0751719;REVB=0.00559962;RO=4;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139102;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=del;VARB=0.00268085;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:12:18:13:14:1:12:1:1:0:6:4:11:1:4:0 chr1 52439128 . G GT 1712.27 PASS AF=0.991304;AO=109;DP=118;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262929;FXX=0.0254216;HRUN=0;LEN=1;MLLD=207.856;QD=59.5571;RBI=0.0263017;REFB=-0.120803;REVB=-0.000683519;RO=9;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811043;STB=0.504672;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=0.000130683;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991304:109:118:114:115:1:61:53:0:1:5:9:61:48:0:9 chr1 52880350 . AG A 41.0 PASS AF=0.213115;AO=11;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0915103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9138;QD=2.6887;RBI=0.122816;REFB=0.0338983;REVB=-0.0819126;RO=43;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0.22249;SSSB=0.430017;STB=0.813182;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=-0.129292;OID=.;OPOS=52880351;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213115:11:61:13:61:48:11:2:23:25:41:43:9:2:21:22 chr1 52903935 . CA AT 65.77 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.17039;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.702;QD=2.98942;RBI=0.170981;REFB=-0.00162097;REVB=-0.0142059;RO=65;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648069;STB=0.878072;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0862791;OID=.;OPOS=52903935;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:88:88:65:75:13:13:0.147727:2:11:17:48:2:11:27:48 chr1 52991638 . C T 638.23 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0588807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3154;QD=59.37;RBI=0.0594035;REFB=-0.0882177;REVB=0.00786377;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000674648;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:0:1 chr1 53072454 . T C 1176.88 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00335937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.235;QD=59.589;RBI=0.00403168;REFB=-0.148534;REVB=0.00222914;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.507245;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000248011;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:0:1:78:78:0.987342:34:44:0:0:34:44:0:1 chr1 53250650 . G A 1324.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771975;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2633;QD=62.3211;RBI=0.0941022;REFB=0;REVB=0.0538123;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117265;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr1 53380922 . T G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0105188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.079;QD=26.3122;RBI=0.0295056;REFB=-0.00534;REVB=0.0275669;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899418;STB=0.54995;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00354721;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:7:5:11:9:7:5 chr1 53535478 . G A 323.83 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.586;QD=53.9723;RBI=0.0312298;REFB=0;REVB=0.0306917;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364798;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr1 53537266 . G A 1097.65 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0573882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1571;QD=58.5413;RBI=0.0690147;REFB=-0.107547;REVB=0.0383357;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00194597;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:35:39:0:0:35:39:1:0 chr1 53544439 . G A 285.35 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=59;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00667596;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.723;QD=20.0247;RBI=0.0181334;REFB=-0.0339697;REVB=0.0168598;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324003;STB=0.523061;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0418183;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:22:27:19:30:0.526316:16:3:9:13:17:13:13:14 chr1 53544597 . T C 273.98 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0414467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.618;QD=16.1167;RBI=0.0414765;REFB=-0.0171301;REVB=-0.00157042;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134812;STB=0.589179;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0217234;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:30:31:0.455882:15:15:13:23:15:16:13:24 chr1 53547800 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0690101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8939;QD=11.8306;RBI=0.0693131;REFB=0.012035;REVB=-0.00647381;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188786;STB=0.615139;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00709528;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:15:3:1:10:15:3 chr1 53553702 . A G 948.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000143379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.28;QD=58.3464;RBI=0.00241673;REFB=0;REVB=0.00241247;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59605e-06;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr1 53553754 . T C 250.79 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0066699;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.409;QD=14.3307;RBI=0.0336095;REFB=-0.0129742;REVB=0.032941;RO=41;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16978;STB=0.596945;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0159779;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:20:9:19:22:20:9:19:22 chr1 53558270 . A G 679.34 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0619499;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.433;QD=60.3856;RBI=0.0928413;REFB=-0.218329;REVB=0.0691501;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0162304;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:23:21:0:1 chr1 53676448 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.027602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.265;QD=14.903;RBI=0.0297374;REFB=-0.00618239;REVB=0.0110651;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175258;STB=0.59992;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00726729;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:18:8:16:18:18:8:16:18 chr1 53679878 . T C 265.61 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0557725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8628;QD=18.0072;RBI=0.0597569;REFB=0.00297089;REVB=-0.0214549;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290602;STB=0.647371;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00232294;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:19:9:19:11:19:10:19:11 chr1 53684525 . C G 372.56 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.225;QD=55.1943;RBI=0.0954403;REFB=0;REVB=0.0838116;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116786;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:20:27:1:5:15:0:0:8:19:0:0 chr1 53716416 . G A 458.92 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0216869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.589;QD=18.3567;RBI=0.0224444;REFB=-0.0231606;REVB=0.00578188;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148714;STB=0.582866;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0214842;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:21:25:21:33:21:25:21:33 chr1 53732315 . G T 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00970488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.308;QD=14.5966;RBI=0.0120949;REFB=-0.014661;REVB=0.00721823;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155338;STB=0.587583;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0222539;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:20:16:16:37:20:16:16:37 chr1 53792651 . A C 398.08 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0550611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.932;QD=18.5154;RBI=0.058439;REFB=-0.0111007;REVB=-0.0195804;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979711;STB=0.511068;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0159312;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:20:21:23:21:20:21:24:21 chr1 54354658 . T G 30.47 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0135882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5146;QD=11.0793;RBI=0.110167;REFB=-0.0332718;REVB=-0.109326;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0216672;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr1 54359922 . C T 649.61 PASS AF=0.532787;AO=61;DP=121;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.025035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.038;QD=21.2986;RBI=0.0643367;REFB=-0.0153706;REVB=0.059266;RO=57;SAF=35;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464639;STB=0.52738;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0160253;OID=.;OPOS=54359922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:57:57:61:65:0.532787:26:35:33:24:30:35:34:23 chr1 54562444 . A G 1065.45 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0228137;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.203;QD=56.0763;RBI=0.0228567;REFB=0.000298753;REVB=-0.00140031;RO=2;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103772;STB=0.507396;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=2.98437e-05;OID=.;OPOS=54562444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:76:2:3:73:73:0.960526:35:38:1:1:35:38:1:2 chr1 54564485 . G A 586.7 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.454;QD=60.1746;RBI=0.0199782;REFB=0;REVB=0.0199447;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136405;OID=.;OPOS=54564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr1 54571318 . C CTTT,CTTTT,T 212.72 PASS AF=0,0.388889,0.611111;AO=2,3,12;DP=19;FAO=0,7,11;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,5;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441921,0.0019475,-0.0231533;FXX=0;HRUN=0,0,1;LEN=3,4,1;MLLD=122.824,136.539,100.922;QD=47.27;RBI=0.0250817,0.0249913,0.0237756;REFB=0,0,0;REVB=0.0246893,0.0249154,0.00540425;RO=1;SAF=2,3,7;SAR=0,0,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.0601692;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0514103,0.0175743,-0.000170532;OID=.,.,.;OPOS=54571319,54571319,54571318;OREF=-,-,C;OALT=TTT,TTTT,T;OMAPALT=CTTT,CTTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:38:19:18:1:0:2,3,12:0,7,11:0,0.388889,0.611111:0,0,5:2,3,7:1:0:0,0,6:0,7,5:0:0 chr1 54605318 . TGG TGC,TGCG,TGCGG,TGGG,TGGGG 303.36 PASS AF=0,0.592593,0.0740741,0.037037,0.296296;AO=3,10,4,4,5;DP=32;FAO=0,16,2,1,8;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,2,1,8;FSAR=0,4,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579856,-0.00642348,-0.00687199,-0.0162973,-0.0084581;FXX=0.156201;HRUN=8,0,0,8,8;LEN=1,1,2,1,2;MLLD=236.743,242.212,240.122,6.1273,8.85122;QD=44.9415;RBI=0.149721,0.0899408,0.0269834,0.662939,0.403816;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.149609,-0.0897112,0.0260937,0.662739,0.403728;RO=0;SAF=0,10,4,4,5;SAR=3,0,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,ins,ins;VARB=0,0.00120296,-0.00710135,-0.243074,0.0842983;OID=.,.,.,.,.;OPOS=54605320,54605320,54605319,54605319,54605319;OREF=G,-,-,-,-;OALT=C,C,GC,G,GG;OMAPALT=TGC,TGCG,TGCGG,TGGG,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0,0.592593,0.0740741,0.037037,0.296296:3,10,4,4,5:32:0,16,2,1,8:27:0:0,12,2,1,8:0,4,0,0,0:0:0:37:0:0,10,4,4,5:3,0,0,0,0:0:0 chr1 54606804 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0253366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.366;QD=25.6507;RBI=0.0326288;REFB=-0.0128464;REVB=0.0205596;RO=18;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675575;STB=0.537519;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00990397;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:9:16:10:8:9:16:10:8 chr1 54607051 . A G 452.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328456;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.086;QD=58.4166;RBI=0.0231009;REFB=0;REVB=0.0228662;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002735;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:32:31:1:23:9:0:0:22:9:0:0 chr1 54637167 . T C,G 755.09 PASS AF=0.816327,0.183673;AO=40,9;DP=49;FAO=40,9;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=18,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470293,-0.122269;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=102.09,13.8771;QD=61.64;RBI=0.0473633,0.138332;REFB=0,0;REVB=-0.00561521,-0.0647001;RO=0;SAF=22,0;SAR=18,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00331997,0.16552;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:49:49:0:0:40,9:40,9:0.816327,0.183673:18,9:22,0:0:0:18,9:22,0:0:0 chr1 54637417 . G A 1355.72 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.107;QD=62.332;RBI=0.0301607;REFB=0;REVB=0.0300912;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70411e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:77:87:1:40:37:0:0:48:39:0:0 chr1 54637697 . A G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.275;QD=60.3494;RBI=0.0235747;REFB=0;REVB=0.00932148;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44129e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr1 54637915 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.918;QD=39.2068;RBI=0.0140865;REFB=0;REVB=0.00646396;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017094;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 54678305 . C G 523.79 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0378854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.397;QD=19.9538;RBI=0.0378984;REFB=-0.0190509;REVB=-0.000992876;RO=50;SAF=19;SAR=35;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00776812;STB=0.50058;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231023;OID=.;OPOS=54678305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:50:51:54:54:0.514286:35:19:18:32:35:19:18:33 chr1 54681920 . G C 1476.44 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386424;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.361;QD=63.5029;RBI=0.0502448;REFB=0;REVB=0.0321139;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002201;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:63:30:0:0:63:30:0:0 chr1 54686374 . T C 265.79 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00831081;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1467;QD=10.9603;RBI=0.0113616;REFB=0.0146933;REVB=0.00774702;RO=66;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350569;STB=0.515454;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0398427;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:66:65:32:32:0.329897:16:16:35:31:16:16:34:31 chr1 54686464 . C T 264.85 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0298076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.173;QD=10.9218;RBI=0.0314419;REFB=-0.0122583;REVB=-0.0100053;RO=64;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361236;STB=0.515221;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0236744;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:17:15:28:36:17:15:29:36 chr1 54690954 . T C 106.82 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.119008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.675;QD=12.2074;RBI=0.119994;REFB=-0.0180984;REVB=0.0153509;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310179;STB=0.539937;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0172279;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:7:14:9:4:8:14 chr1 54704563 . G A 97.28 PASS AF=0.65;AO=10;DP=18;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00439403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0223;QD=19.4562;RBI=0.0202339;REFB=-0.0164335;REVB=0.0197511;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.54775;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0388612;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:20:5:7:10:13:0.65:6:4:1:4:9:4:3:4 chr1 54704567 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0886;QD=49.5895;RBI=0.142295;REFB=0;REVB=-0.141896;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169968;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 54704629 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.373;QD=62.6693;RBI=0.0427157;REFB=0;REVB=-0.0333223;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37755e-05;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr1 55060251 . C T 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00223067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.982;QD=13.6756;RBI=0.0194484;REFB=-0.0128571;REVB=0.0193201;RO=69;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239047;STB=0.513508;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0250414;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:19:27:42:27:19:27:42:27 chr1 55060362 . G A 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00735653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7798;QD=25.8477;RBI=0.0347478;REFB=-0.0258297;REVB=0.0339601;RO=21;SAF=15;SAR=20;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136447;STB=0.574427;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0160918;OID=.;OPOS=55060362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:20:15:5:16:20:15:5:16 chr1 55064980 . G A 494.35 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.000127021;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.672;QD=19.5783;RBI=0.0113966;REFB=-0.0385906;REVB=-0.0113959;RO=50;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115212;STB=0.563661;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0273286;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:50:51:51:0.50495:23:28:21:29:23:28:21:29 chr1 55068354 . C T 261.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.041663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.864;QD=17.1675;RBI=0.0447104;REFB=-0.00695807;REVB=-0.0162239;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172978;STB=0.597186;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00364705;OID=.;OPOS=55068354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:18:11:18:14:18:11:18:14 chr1 55075062 . C T 222.12 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0510093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.1479;QD=18.5098;RBI=0.0827624;REFB=-0.0104579;REVB=0.0651741;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18536;STB=0.650752;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0165075;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:23:26:22:22:0.458333:17:5:9:14:17:5:12:14 chr1 55075122 . C G 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00733247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6206;QD=16.5031;RBI=0.0505158;REFB=-0.00400736;REVB=-0.0499808;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183276;STB=0.603612;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00346234;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:16:14:17:9:16:14 chr1 55076113 . G A 513.58 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00798304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2034;QD=15.8023;RBI=0.0316793;REFB=0.00300473;REVB=0.0306569;RO=73;SAF=23;SAR=33;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145172;STB=0.504814;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0065635;OID=.;OPOS=55076113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:74:56:56:0.430769:33:23:31:42:33:23:31:43 chr1 55118566 . C G 1050.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.502;QD=59.1611;RBI=0.0584946;REFB=0;REVB=0.0427825;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72889e-05;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:40:27:0:0:42:29:0:0 chr1 55119144 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00261738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.681;QD=21.2647;RBI=0.00560283;REFB=-0.0202699;REVB=-0.00495388;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722218;STB=0.552579;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00823959;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:10:10:10:7:10:10:11:7 chr1 55119289 . G C 128.69 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00399103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.775;QD=16.0861;RBI=0.00575378;REFB=-0.025098;REVB=-0.00414459;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139967;STB=0.594918;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0256223;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:7:7:11:6:8:7:11:6 chr1 55119466 . C T 499.29 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0112996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.341;QD=21.4748;RBI=0.0174966;REFB=-0.0100104;REVB=-0.0133585;RO=44;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11488;STB=0.567137;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0142607;OID=.;OPOS=55119466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:19:29:32:12:19:29:33:12 chr1 55119515 . T G 522.68 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00763947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.429;QD=21.1182;RBI=0.00982882;REFB=-0.00998521;REVB=-0.00618418;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101587;STB=0.556076;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00944756;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:24:26:31:18:24:26:31:18 chr1 55119545 . GA CG,G,GG 1295.7 PASS AF=0,0.0119048,0.988095;AO=3,18,60;DP=81;FAO=0,1,83;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,37;FSAR=0,1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750602,0.0895545,0.104897;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=113.416,189.785,205.63;QD=61.7001;RBI=0.0838127,0.0908517,0.107334;REFB=0,0,0;REVB=0.0372898,0.0152982,0.0227394;RO=0;SAF=3,15,16;SAR=0,3,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.32e-08,3.6631e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0195509,0.00769862;OID=.,.,.;OPOS=55119545,55119546,55119546;OREF=GA,A,A;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:81:84:0:0:3,18,60:0,1,83:0,0.0119048,0.988095:0,3,44:3,15,16:0:0:0,1,46:0,0,37:0:0 chr1 55136529 . T C 500.0 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0272763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8545;QD=13.9861;RBI=0.039427;REFB=-0.0168091;REVB=0.028469;RO=86;SAF=16;SAR=40;SRF=28;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509344;STB=0.534429;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0465924;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:87:56:56:0.391608:40:16:28:58:40:16:29:58 chr1 55139741 . A G 1659.57 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.025;QD=60.3481;RBI=0.0081797;REFB=0;REVB=0.00747822;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62177e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr1 55167773 . T A 2200.42 PASS AF=1;AO=134;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250251;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1014;QD=63.3215;RBI=0.0700873;REFB=0;REVB=0.0654673;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305469;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:134:139:1:72:62:0:0:76:63:0:0 chr1 55182300 . T A 1809.19 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192802;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.88;QD=61.3284;RBI=0.0198493;REFB=0;REVB=-0.00471886;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104563;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:69:48:0:0:70:48:0:0 chr1 55251689 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.655;QD=58.5989;RBI=0.0367824;REFB=0;REVB=0.0362028;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46143e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr1 55273580 . G T 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00904805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.043;QD=20.9172;RBI=0.00918215;REFB=0.00121285;REVB=0.00156355;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196116;STB=0.608433;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00135541;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:18:8:17:14:18:8 chr1 55277599 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5875;QD=64.1527;RBI=0.0726438;REFB=0;REVB=-0.0515982;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706326;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 55319902 . A G 291.38 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00802244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.614;QD=14.3892;RBI=0.00915626;REFB=-0.0138857;REVB=-0.00441333;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070698;STB=0.533612;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.015523;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:16:17:21:26:16:17:22:26 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 496.47 PASS AF=0.162791,0.837209;AO=7,13;DP=43;FAO=7,36;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544113,0.658106;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.893,14.956;QD=46.1829;RBI=0.096288,0.658115;REFB=0,0;REVB=-0.0794405,-0.0033566;RO=21;SAF=0,3;SAR=7,10;SRF=20;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.856712,-0.661793;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0398998,0.0174728;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.162791,0.837209:7,13:43:7,36:43:0:0,24:7,12:0:0:41:21:0,3:7,10:20:1 chr1 55523033 . A G 1448.98 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00217199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1858;QD=57.3855;RBI=0.0480541;REFB=0.0785151;REVB=-0.048005;RO=2;SAF=60;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155481;STB=0.508195;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00394181;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:39:60:2:0:39:60:2:0 chr1 55524197 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.032;QD=60.3766;RBI=0.00439858;REFB=0;REVB=-0.00419478;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0903e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr1 55524237 . G A 1330.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.901;QD=61.178;RBI=0.0472586;REFB=-0.0613221;REVB=0.046116;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318912;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr1 55529187 . G A 1492.9 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0481876;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.771;QD=57.4193;RBI=0.0537016;REFB=-0.0344786;REVB=0.0237026;RO=2;SAF=47;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019759;STB=0.510415;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000450629;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:2:2:102:102:0.980769:55:47:2:0:55:47:2:0 chr1 55541174 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.971;QD=60.9785;RBI=0.0160825;REFB=0;REVB=0.00185484;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109417;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 55612704 . C T 124.9 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00398205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.57;QD=17.8431;RBI=0.00585775;REFB=0.0119462;REVB=0.00429611;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.642653;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00753936;OID=.;OPOS=55612704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:10:14:11:14:0.5:7:4:6:4:9:5:9:5 chr1 55638075 . G A 1593.54 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138903;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.282;QD=59.02;RBI=0.0347104;REFB=-0.142851;REVB=-0.0318099;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28844e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:108:1:0:106:108:1:58:48:1:0:58:50:0:0 chr1 55842312 . G C 250.78 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0127557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.797;QD=12.2331;RBI=0.0594622;REFB=0.0114382;REVB=0.0580779;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163013;STB=0.593487;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0270253;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:32:20:16:14:32:20 chr1 55864258 . C T 1156.86 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571595;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1641;QD=60.8872;RBI=0.0251733;REFB=0;REVB=-0.0245158;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017788;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr1 55950548 . G C 257.33 PASS AF=0.4;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00797293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.04;QD=13.7241;RBI=0.0128616;REFB=0.00333786;REVB=0.0100923;RO=45;SAF=21;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17587;STB=0.607286;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00405406;OID=.;OPOS=55950548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:29:30:0.4:8:21:26:19:8:22:26:19 chr1 56197232 . T C 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0379541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3764;QD=24.4096;RBI=0.0574237;REFB=0.0243985;REVB=0.0430926;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215993;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00744127;OID=.;OPOS=56197232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:4:5:11:11:0.6875:6:5:2:2:6:5:2:3 chr1 56197287 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0227179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.544;QD=26.3989;RBI=0.0609871;REFB=-0.0590086;REVB=0.056598;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289752;STB=0.516111;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0351753;OID=.;OPOS=56197287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:4:6:10:8:4:6 chr1 57180867 . A G 431.42 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0195617;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.449;QD=22.1242;RBI=0.0210285;REFB=-0.00817756;REVB=-0.00771588;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862941;STB=0.547596;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00684336;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:19:23:16:20:19:23:16:20 chr1 57383358 . C T 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0395816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.831;QD=30.51;RBI=0.041166;REFB=-0.0144401;REVB=0.0113106;RO=15;SAF=8;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363743;STB=0.519985;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00858644;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:20:8:5:10:20:8:5:10 chr1 57422484 . C T 1268.33 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286645;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.634;QD=61.8696;RBI=0.0333347;REFB=0;REVB=0.0170161;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.215e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr1 58939634 . G A 389.91 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00322419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.522;QD=16.4172;RBI=0.0113041;REFB=-0.000776063;REVB=0.0108345;RO=54;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743407;STB=0.541796;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00106505;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:19:22:25:29:19:22:25:29 chr1 59002221 . T C 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00442545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.113;QD=11.8833;RBI=0.00821078;REFB=0.00126874;REVB=0.00691609;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205496;STB=0.511859;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00252267;OID=.;OPOS=59002221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:20:27:16:11:20:27 chr1 59002282 . A C 214.78 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00521174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.548;QD=10.7392;RBI=0.0102967;REFB=-0.00596099;REVB=-0.00888027;RO=53;SAF=8;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171337;STB=0.60033;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0146728;OID=.;OPOS=59002282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:19:8:23:30:19:8:23:30 chr1 59004617 . G A 376.96 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0484113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0736;QD=18.8478;RBI=0.0648257;REFB=0.0129298;REVB=-0.0431128;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895953;STB=0.549814;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0147601;OID=.;OPOS=59004617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:16:25:20:19:16:25 chr1 59042181 . G T 209.81 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0831875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.965;QD=15.8345;RBI=0.0841026;REFB=-0.0150462;REVB=0.0123731;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223326;STB=0.633692;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0166082;OID=.;OPOS=59042181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:14:9:18:11:15:9:18:11 chr1 59127086 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0153511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.507;QD=12.2757;RBI=0.0153949;REFB=-0.000414532;REVB=-0.0011612;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208063;STB=0.623225;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000651559;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:5:12:17:15:5:12:17:15 chr1 59142713 . T C 348.78 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0376594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.865;QD=15.0011;RBI=0.0397083;REFB=-0.00204785;REVB=0.0125902;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670538;STB=0.546501;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00343369;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:55:38:38:0.408602:22:16:19:34:22:16:19:36 chr1 59147926 . T C 455.08 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00284904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5253;QD=18.0228;RBI=0.070394;REFB=-0.017717;REVB=0.0703364;RO=50;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114127;STB=0.57848;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.014666;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:53:48:48:0.475248:20:28:23:27:20:28:23:30 chr1 59160885 . A G 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0360499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.484;QD=20.2726;RBI=0.0693861;REFB=-0.0083837;REVB=0.0592861;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134234;STB=0.57558;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00850815;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:14:10:13:10:14:10 chr1 59248813 . G C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257532;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.031;QD=57.2351;RBI=0.0621033;REFB=0;REVB=0.0565119;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255351;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr1 59249031 . T G 3110.57 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.167;QD=63.8066;RBI=0.0532312;REFB=0;REVB=0.0384208;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27092e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:195:0:0:189:195:1:104:85:0:0:106:89:0:0 chr1 59249347 . G C 3640.86 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.658;QD=62.7735;RBI=0.013958;REFB=0;REVB=-0.00251406;RO=0;SAF=117;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46274e-05;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:232:232:0:0:232:232:1:115:117:0:0:115:117:0:0 chr1 59787350 . T G 463.18 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.000498406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.891;QD=19.1002;RBI=0.0159381;REFB=-0.00604421;REVB=-0.0159303;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112538;STB=0.556677;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00530987;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:23:23:31:19:23:23:31:20 chr1 59844471 . G A 647.53 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0005548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.445;QD=18.3698;RBI=0.00238279;REFB=0.00133533;REVB=0.0023173;RO=75;SAF=29;SAR=37;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385619;STB=0.52137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00166483;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:37:29:30:45:37:29:30:45 chr1 60341828 . G A 453.44 PASS AF=0.355705;AO=52;DP=149;FAO=53;FDP=149;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.035342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.653;QD=12.1729;RBI=0.0560092;REFB=-0.000833857;REVB=-0.0434508;RO=96;SAF=19;SAR=33;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735039;STB=0.546752;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00157078;OID=.;OPOS=60341828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:96:96:52:53:0.355705:33:19:41:55:34:19:41:55 chr1 60466814 . T C 936.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1862;QD=58.519;RBI=0.10194;REFB=0;REVB=-0.033808;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122809;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr1 60474375 . C T 218.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00568886;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7437;QD=22.3916;RBI=0.00937293;REFB=-0.00400249;REVB=-0.00744908;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198786;STB=0.610259;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00671679;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:3:15:13:8:3:15 chr1 60505783 . G C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0051282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1345;QD=13.8496;RBI=0.0100958;REFB=0.00693436;REVB=-0.0086964;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836018;STB=0.54853;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0151607;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:16:9:7:9:16:9 chr1 60506744 . G A 307.14 PASS AF=0.425;AO=35;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0746932;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9131;QD=15.3569;RBI=0.0771589;REFB=-0.0188389;REVB=-0.0193499;RO=43;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885171;STB=0.612261;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0315589;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:46:35:34:0.425:24:11:17:26:25:9:20:26 chr1 61869783 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2487;QD=56.9379;RBI=0.0258691;REFB=0;REVB=-0.0072383;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373142;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr1 62232031 . C T 1587.39 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414005;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.027;QD=59.9015;RBI=0.0454609;REFB=0;REVB=0.0187801;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3443e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:52:52:0:0:52:54:0:0 chr1 62232130 . T C 464.89 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0163655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1878;QD=22.1375;RBI=0.0210573;REFB=0.00157848;REVB=-0.0132507;RO=39;SAF=13;SAR=32;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248209;STB=0.637386;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00136246;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:32:13:22:17:32:13:22:17 chr1 62257036 . A C 553.7 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00759855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.201;QD=19.7751;RBI=0.0119561;REFB=-0.00693561;REVB=-0.00923091;RO=53;SAF=23;SAR=33;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101384;STB=0.547929;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00754974;OID=.;OPOS=62257036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:53:55:56:57:0.508929:33:23:16:37:33:24:18:37 chr1 62318192 . G A 365.09 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0706437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.991;QD=52.1552;RBI=0.0717833;REFB=0.0731397;REVB=-0.0127398;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00275958;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr1 62330080 . T G 726.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316292;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.904;QD=57.0096;RBI=0.0462561;REFB=0;REVB=0.0337523;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120288;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr1 62380270 . C T 365.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.944;QD=54.076;RBI=0.0479757;REFB=0;REVB=0.0388795;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166292;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr1 62380298 . G A 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0489819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.396;QD=19.5167;RBI=0.0490003;REFB=-0.00308942;REVB=-0.00134315;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460702;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00265775;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:4:8:10:4:4:8 chr1 62456014 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0214586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.849;QD=19.9055;RBI=0.0256191;REFB=-0.0247222;REVB=-0.0139952;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178601;STB=0.611839;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.036882;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:31:31:0.525424:16:15:7:19:16:15:7:21 chr1 62516683 . G C 499.74 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0159201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.917;QD=18.3391;RBI=0.028916;REFB=-0.00229105;REVB=0.0241388;RO=56;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757697;STB=0.541982;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00301927;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:25:28:25:31:25:28:25:31 chr1 62579823 . G A 1556.21 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170554;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2703;QD=62.8773;RBI=0.0689033;REFB=-0.0973867;REVB=0.0667591;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00828817;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:50:47:0:1:50:48:0:1 chr1 62579907 . C T 1083.63 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349269;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.088;QD=60.2017;RBI=0.0357569;REFB=0;REVB=0.00765923;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654586;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr1 62603421 . C T 839.49 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=155;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0167112;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.413;QD=21.8049;RBI=0.0219917;REFB=0.00395051;REVB=-0.0142959;RO=71;SAF=34;SAR=49;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715077;STB=0.539139;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00326287;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:71:71:83:83:0.538961:49:34:35:36:49:34:35:36 chr1 62603544 . C T 639.49 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0600063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2558;QD=24.8344;RBI=0.0604027;REFB=-0.00221829;REVB=0.00690849;RO=42;SAF=23;SAR=38;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772217;STB=0.542123;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0070103;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:38:23:20:22:38:23:20:22 chr1 62644118 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000158063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.937;QD=56.9345;RBI=0.0177599;REFB=0;REVB=-0.0177592;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33718e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 62672546 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0144133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.927;QD=20.7548;RBI=0.0164979;REFB=0.00479201;REVB=0.00802722;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138447;STB=0.578836;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00340725;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:5:7:11:4:5:7 chr1 62673037 . T C 397.09 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00255652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.776;QD=23.3582;RBI=0.00659171;REFB=-0.0177447;REVB=-0.00607576;RO=29;SAF=7;SAR=32;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334513;STB=0.686052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0158431;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:32:7:15:14:32:7:15:14 chr1 62673225 . G A 225.28 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0388444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.631;QD=13.2519;RBI=0.042223;REFB=-0.00511529;REVB=-0.0165498;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492044;STB=0.528172;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00256672;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:17:10:17:24:17:10:17:24 chr1 62675709 . T C 163.81 PASS AF=0.515152;AO=12;DP=35;FAO=17;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.031088;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7096;QD=19.8554;RBI=0.0559353;REFB=-0.0772576;REVB=0.0465005;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662048;STB=0.543674;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0684156;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:14:16:12:17:0.515152:6:6:6:8:11:6:7:9 chr1 62675892 . A G 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0202115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.065;QD=26.3149;RBI=0.0402971;REFB=-0.036821;REVB=0.0348619;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379631;STB=0.521034;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0254695;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:5:9:13:9:5:9 chr1 62676091 . C A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00505068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.125;QD=9.84452;RBI=0.047213;REFB=0.0143328;REVB=0.0469421;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280897;STB=0.670883;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0247004;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:11:9:7:3:11:9 chr1 62713224 . C G 2639.66 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00396488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.029;QD=60.6818;RBI=0.00900192;REFB=-0.0269323;REVB=0.00808173;RO=2;SAF=92;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000766911;STB=0.500403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000217526;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:174:2:2:172:172:0.988506:80:92:1:1:80:92:1:1 chr1 62713246 . G A 644.75 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-4.88095e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1424;QD=14.9942;RBI=0.0121267;REFB=-0.0151011;REVB=0.0121267;RO=100;SAF=37;SAR=35;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027159;STB=0.515201;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0178217;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:100:100:72:72:0.418605:35:37:54:46:35:37:54:46 chr1 62728784 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000827455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5609;QD=60.0305;RBI=0.0680575;REFB=0;REVB=-0.0680524;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608667;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr1 62728838 . T C 1577.53 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150589;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.676;QD=60.0965;RBI=0.0327763;REFB=0;REVB=0.0291121;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107324;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr1 62728861 . T C 1639.58 PASS AF=0.99115;AO=108;DP=109;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.945;QD=58.0383;RBI=0.017277;REFB=-0.104961;REVB=-0.0119397;RO=1;SAF=55;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085524;STB=0.504504;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000385312;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:113:1:1:108:112:0.99115:53:55:1:0:57:55:1:0 chr1 62728918 . G A 1272.32 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0198692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.163;QD=57.1828;RBI=0.0304589;REFB=-0.114655;REVB=0.023086;RO=4;SAF=42;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217553;STB=0.511496;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000572705;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:4:4:85:85:0.955056:43:42:3:1:43:42:3:1 chr1 62732421 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.014542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.399;QD=14.262;RBI=0.025841;REFB=0.00876225;REVB=0.0213609;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.601138;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0183437;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:11:13:6:10:11:13 chr1 62738904 . T C 1683.42 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102085;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.768;QD=60.6638;RBI=0.0688335;REFB=0;REVB=0.0680722;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94922e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr1 62739198 . G A 225.78 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0110766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5623;QD=20.5255;RBI=0.101414;REFB=-0.0103679;REVB=0.100807;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819438;STB=0.546176;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0178881;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:11:11:9:13:11:11 chr1 62740065 . A G 121.8 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00803124;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.455;QD=11.8825;RBI=0.00839805;REFB=0.0050967;REVB=-0.00245487;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770945;STB=0.514265;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0112332;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:27:14:14:0.341463:8:6:9:16:8:6:11:16 chr1 62740446 . T C,G 767.09 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=52,3;DP=55;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103076,-0.0101223;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.276,138.101;QD=55.7883;RBI=0.0383585,0.0105273;REFB=0,0;REVB=0.0369476,0.00289185;RO=0;SAF=28,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00191423,0.218576;OID=.,.;OPOS=62740446,62740446;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:55:55:0:0:52,3:52,3:0.945455,0.0545455:24,3:28,0:0:0:24,3:28,0:0:0 chr1 62740449 . T C 725.53 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00395452;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.878;QD=54.7572;RBI=0.00574247;REFB=-0.0234629;REVB=0.00416386;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000851246;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr1 62960101 . A G 315.52 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0179401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8188;QD=24.2705;RBI=0.019082;REFB=-0.0184921;REVB=-0.00650221;RO=21;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856869;STB=0.547294;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0117438;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:10:21:12:9:10:21:12:9 chr1 63881552 . C T 340.97 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.317;QD=54.5559;RBI=0.0119105;REFB=0;REVB=0.0111737;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72238e-06;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr1 63991267 . T C 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.454;QD=63.335;RBI=0.0108686;REFB=0;REVB=0.00567698;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31332e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr1 64015217 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.754;QD=64.1535;RBI=0.0269834;REFB=0;REVB=0.00166177;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187608;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 64097432 . C T 412.79 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0292122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.233;QD=18.7632;RBI=0.0292483;REFB=-0.00769762;REVB=0.00145396;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142914;STB=0.584199;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00841772;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:24:17:26:20:25:17:26:20 chr1 64114301 . T C 712.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100279;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.805;QD=63.3018;RBI=0.0112239;REFB=0;REVB=0.00504154;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19308e-05;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 64121441 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.487;QD=59.0187;RBI=0.0435219;REFB=0;REVB=0.0431179;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226582;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 64121569 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.408;QD=63.2866;RBI=0.0642453;REFB=0;REVB=0.0264396;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367835;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr1 64121684 . G A 207.99 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119193;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.318;QD=48.9382;RBI=0.0131201;REFB=0;REVB=-0.00548329;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357722;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 64125544 . C T 563.88 PASS AF=0.417808;AO=60;DP=146;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00607837;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9278;QD=15.4487;RBI=0.0380013;REFB=-0.0194083;REVB=-0.0375121;RO=81;SAF=36;SAR=24;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147811;STB=0.586741;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0343019;OID=.;OPOS=64125544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:85:60:61:0.417808:24:36:37:44:24:37:39:46 chr1 64515379 . C T 972.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.877;QD=58.9512;RBI=0.105743;REFB=0;REVB=0.0948799;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678361;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr1 64608329 . G T 489.43 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429782;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.754;QD=59.3253;RBI=0.0489625;REFB=0;REVB=0.0234564;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243077;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 64624842 . A G 152.54 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0200372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.639;QD=11.5124;RBI=0.0352784;REFB=-0.01714;REVB=-0.0290357;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274843;STB=0.659416;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0279685;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:34:18:19:0.358491:8:10:10:23:8:11:11:23 chr1 65016349 . A T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.724;QD=62.6678;RBI=0.0470243;REFB=0;REVB=0.0457662;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373886;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 65113568 . T C 2869.22 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240353;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5156;QD=63.0598;RBI=0.0394527;REFB=0;REVB=0.0312861;RO=0;SAF=74;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14637e-05;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:108:74:0:0:108:74:0:0 chr1 65158724 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.014;QD=63.1954;RBI=0.0168061;REFB=0;REVB=0.0029114;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49735e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr1 65298836 . C CTGT 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0204096;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.214;QD=27.2513;RBI=0.0250356;REFB=0.000114682;REVB=-0.0144992;RO=18;SAF=3;SAR=24;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000191275;OID=.;OPOS=65298837;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=CTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:27:45:27:45:18:3:24:2:16:99:18:3:24:2:16 chr1 65591719 . GC G 333.79 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.0002;QD=43.0701;RBI=0.153026;REFB=0;REVB=-0.139527;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00747493;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:31:31:0:18:13:0:0:6:0:17:11:0:0 chr1 65690461 . G A 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.201;QD=61.3716;RBI=0.0150592;REFB=0;REVB=0.00227644;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12102e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr1 65858151 . C T 1176.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171945;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.35;QD=61.1248;RBI=0.0215239;REFB=0;REVB=-0.0129472;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290549;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr1 65860660 . T C 1717.35 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0209736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.586;QD=58.713;RBI=0.0269327;REFB=-0.122141;REVB=0.0168962;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509614;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-3.43835e-05;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:51:64:0:0:51:64:0:2 chr1 65860687 . A C 1414.62 PASS AF=0.961165;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0153575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2339;QD=54.9366;RBI=0.024079;REFB=-0.00238114;REVB=-0.0185458;RO=4;SAF=48;SAR=49;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037892;STB=0.519604;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000958711;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:103:4:4:97:99:0.961165:49:48:4:0:50:49:4:0 chr1 65867519 . G A 1110.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.936;QD=60.0147;RBI=0.0415681;REFB=0;REVB=0.0112118;RO=0;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13989e-05;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:51:18:0:0:51:23:0:0 chr1 65879252 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7202;QD=56.9522;RBI=0.0707822;REFB=0;REVB=0.0232921;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106617;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 65886398 . T C 1608.22 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.903;QD=59.0174;RBI=0.0396189;REFB=-0.0184112;REVB=0.0319979;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904086;STB=0.504761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000138404;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:52:56:0:1:52:56:0:1 chr1 65886448 . T C 2393.26 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119896;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.342;QD=64.2485;RBI=0.0440196;REFB=0;REVB=-0.0423553;RO=0;SAF=72;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374319;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:77:72:0:0:77:72:0:0 chr1 66036441 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0941;QD=53.9107;RBI=0.0315935;REFB=0;REVB=-0.0261827;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112614;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 66058513 . A G 1227.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.229;QD=61.3637;RBI=0.0161022;REFB=0;REVB=-0.000626015;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36546e-05;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 66102257 . G A 775.99 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.271;QD=56.4356;RBI=0.0335184;REFB=0;REVB=-0.0151091;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81024e-05;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:37:18:0:0 chr1 66226961 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.988;QD=62.022;RBI=0.0184354;REFB=0;REVB=0.00510276;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04773e-05;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr1 66831370 . G A 458.61 PASS AF=0.368056;AO=51;DP=142;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0140123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.629;QD=12.7391;RBI=0.0141558;REFB=-0.0118103;REVB=0.00201027;RO=91;SAF=26;SAR=25;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693301;STB=0.551001;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0182522;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:91:91:51:53:0.368056:25:26:52:39:27:26:52:39 chr1 66838733 . A C 943.02 PASS AF=0.57047;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00426683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.673;QD=25.316;RBI=0.0198625;REFB=-0.00952443;REVB=-0.0193987;RO=64;SAF=44;SAR=41;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726871;STB=0.53955;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00752713;OID=.;OPOS=66838733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:64:64:85:85:0.57047:41:44:39:25:41:44:39:25 chr1 67266756 . T A 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9517;QD=57.3816;RBI=0.00419039;REFB=0;REVB=-0.000610668;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84741e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr1 67288045 . C T 511.26 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00100789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.599;QD=17.0421;RBI=0.00726739;REFB=-0.0025159;REVB=0.00719716;RO=59;SAF=20;SAR=35;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428927;STB=0.547032;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00263064;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:65:55:55:0.458333:35:20:24:35:35:20:29:36 chr1 67313249 . G A 373.05 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00424476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.744;QD=14.7744;RBI=0.0261859;REFB=-0.0111267;REVB=-0.0258396;RO=59;SAF=12;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247189;STB=0.640174;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0265868;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:30:12:30:29:30:12:30:29 chr1 67390416 . G C,T 1683.74 PASS AF=0.964602,0.0353982;AO=109,4;DP=113;FAO=109,4;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53,4;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156561,0.000628327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.206,178.293;QD=59.6013;RBI=0.0212285,0.0430792;REFB=0,0;REVB=0.0211707,0.0430746;RO=0;SAF=53,4;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.57796e-05,-0.00699339;OID=.,.;OPOS=67390416,67390416;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:113:113:0:0:109,4:109,4:0.964602,0.0353982:56,0:53,4:0:0:56,0:53,4:0:0 chr1 67390468 . C G 1347.02 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0108782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.384;QD=57.9362;RBI=0.0111456;REFB=-0.158169;REVB=-0.00242649;RO=3;SAF=40;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342205;STB=0.513024;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000645527;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:3:4:89:89:0.956989:49:40:3:0:49:40:3:1 chr1 67558739 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00388224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4888;QD=53.9316;RBI=0.0459569;REFB=-0.0201508;REVB=-0.0457927;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=9.62388e-06;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:16:13:1:0:16:14:1:0 chr1 67560956 . C T 2640.28 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.873;QD=62.1242;RBI=0.0820926;REFB=0;REVB=-0.0285253;RO=0;SAF=95;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.263e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:75:95:0:0:75:95:0:0 chr1 67568351 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.465;QD=59.8556;RBI=0.0264878;REFB=0;REVB=0.00946253;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43439e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr1 67579386 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.513;QD=62.0131;RBI=0.0412491;REFB=0;REVB=0.0364352;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812073;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 67633812 . G T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0149572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.924;QD=15.6454;RBI=0.0166509;REFB=-0.00814629;REVB=0.00731659;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111863;STB=0.56358;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00884611;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:19:10:10:12:19:10 chr1 67672632 . T C,TC 41.46 PASS AF=0,0.571429;AO=2,2;DP=19;FAO=0,8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0,8;FSAR=0,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0320995,0.00274683;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=47.5464,68.3653;QD=11.8446;RBI=0.0320995,0.00274683;REFB=-0.00688964,-0.0240999;REVB=0,0;RO=15;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.249739;OID=.,.;OPOS=67672632,67672633;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:19:14:15:6:2,2:0,8:0,0.571429:0,0:2,2:15:0:0,0:0,8:6:0 chr1 67685387 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.356;QD=57.2352;RBI=0.0292541;REFB=0;REVB=0.0256019;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22358e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 67733346 . G A 854.03 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316147;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.049;QD=57.9002;RBI=0.0181552;REFB=0;REVB=-0.0178778;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100061;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 67795319 . T C 536.22 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.010582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.111;QD=17.4379;RBI=0.0120984;REFB=-0.0234753;REVB=0.0058646;RO=66;SAF=19;SAR=38;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183358;STB=0.602236;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0180622;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:38:19:34:32:38:19:34:32 chr1 67852335 . G A 150.93 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0145375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.688;QD=12.5777;RBI=0.0363117;REFB=-0.0189291;REVB=-0.0332746;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226436;STB=0.631814;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0229874;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:10:21:8:9:10:21 chr1 67861520 . C A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0795852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.94;QD=26.5702;RBI=0.0808461;REFB=-0.0167151;REVB=0.0142225;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0101616;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:2:2:3:8:2:2 chr1 68006815 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.457;QD=53.9111;RBI=0.0312737;REFB=0;REVB=0.0159531;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89536e-05;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 68006894 . T C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00521678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.903;QD=17.5592;RBI=0.020913;REFB=-0.0346448;REVB=0.0202518;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.598743;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0198771;OID=.;OPOS=68006894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:21:18:18:0.461538:7:11:7:12:7:11:9:12 chr1 68462247 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.907;QD=57.7123;RBI=0.0128486;REFB=0;REVB=0.011275;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51661e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr1 70034372 . G A 191.6 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0908282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.089;QD=22.5413;RBI=0.0929632;REFB=0.000899536;REVB=0.019809;RO=15;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15254;STB=0.584338;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000122518;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:16:3:1:14:16:3:1:14 chr1 70345344 . A G 902.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3801;QD=58.2294;RBI=0.0191979;REFB=0;REVB=0.0181335;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58702e-05;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr1 70611347 . A G 1112.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.813;QD=59.3236;RBI=0.0518411;REFB=0;REVB=0.0518185;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813825;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:26:43:0:0:32:43:0:0 chr1 70646053 . A G 195.59 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0439075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8937;QD=13.4892;RBI=0.0441543;REFB=-0.0238574;REVB=0.00466212;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673758;STB=0.549957;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0381736;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:28:34:22:24:0.413793:8:14:16:12:8:16:20:14 chr1 70904800 . G T 446.14 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0145926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1744;QD=20.7505;RBI=0.0148321;REFB=-0.00851759;REVB=0.00265479;RO=42;SAF=15;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126527;STB=0.570192;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00967669;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:29:15:20:22:29:15:20:22 chr1 71331430 . G A 830.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.122;QD=56.3264;RBI=0.0372352;REFB=0;REVB=0.0128053;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95379e-05;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr1 71331497 . GA G,GG 350.62 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=3,23;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031129,0.0255459;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.104,253.872;QD=53.9422;RBI=0.0583799,0.0491726;REFB=0,0;REVB=0.0493883,0.0420161;RO=0;SAF=1,18;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0394795,0.00412148;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:3,23:26:2,24:26:0:1,18:1,6:0:0:9:0:1,18:2,5:0:0 chr1 71419499 . C T 842.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.36;QD=57.0845;RBI=0.0455876;REFB=0;REVB=0.0443973;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114004;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 72058552 . G A 1531.97 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306696;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2247;QD=58.3609;RBI=0.0625947;REFB=0.133298;REVB=-0.0545662;RO=1;SAF=83;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231282;STB=0.511626;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00957886;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:20:83:0:1:21:83:0:1 chr1 74575182 . C T 1241.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.486;QD=61.3149;RBI=0.0288652;REFB=0;REVB=0.00552734;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31656e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:40:38:0:0:42:39:0:0 chr1 74665493 . G A 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.855;QD=57.5401;RBI=0.0495601;REFB=0;REVB=0.0176073;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147401;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 74671519 . A G 948.32 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100314;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.976;QD=57.4738;RBI=0.011606;REFB=-0.0491915;REVB=0.00583693;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000206868;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:0:1:66:65:0.984848:32:34:0:0:31:34:0:1 chr1 74941210 . C T 1777.37 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0260383;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.143;QD=59.2457;RBI=0.0263087;REFB=-0.031464;REVB=-0.00376211;RO=1;SAF=42;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111735;STB=0.502614;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-4.08189e-05;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:1:2:118:118:0.983333:76:42:1:0:76:42:1:1 chr1 74941293 . G A 1069.84 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312904;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.593;QD=60.2729;RBI=0.0340987;REFB=0;REVB=-0.0135511;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693667;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:42:29:0:0 chr1 75009635 . G A 246.81 PASS AF=0.241611;AO=36;DP=150;FAO=36;FDP=149;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00320616;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.39;QD=6.62583;RBI=0.0305053;REFB=-0.00458231;REVB=0.0303364;RO=112;SAF=17;SAR=19;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236184;STB=0.517721;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0134514;OID=.;OPOS=75009635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:112:113:36:36:0.241611:19:17:55:57:19:17:56:57 chr1 75036812 . C T 1399.92 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589496;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.242;QD=62.9179;RBI=0.0120582;REFB=0;REVB=0.010519;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20526e-06;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr1 75037857 . CCCT C 222.62 PASS AF=0.851852;AO=17;DP=22;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0577205;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=262.218;QD=32.9802;RBI=0.0577215;REFB=-0.0349869;REVB=-0.000339093;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540158;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.00507512;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852:17:22:23:27:4:11:12:3:1:16:0:6:11:0:0 chr1 75055419 . T C 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.72;QD=57.3808;RBI=0.0326988;REFB=0;REVB=0.0319989;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68424e-05;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr1 75175886 . T C 843.22 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652056;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.217;QD=58.1533;RBI=0.0214671;REFB=0;REVB=0.0204528;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88561e-05;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr1 75190452 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.19;QD=61.3336;RBI=0.027088;REFB=0;REVB=-0.0260799;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17912e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 75214441 . A G 355.63 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460145;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.361;QD=54.7127;RBI=0.0531213;REFB=0;REVB=0.0265431;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600569;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr1 75672376 . A G 2431.12 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.809;QD=61.1603;RBI=0.0484339;REFB=0;REVB=-0.0114265;RO=0;SAF=71;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06385e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:87:71:0:0:88:71:0:0 chr1 75681511 . T C 1098.49 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.69;QD=60.1915;RBI=0.0488351;REFB=0;REVB=0.0303073;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263502;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr1 75716925 . C T 1432.83 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=62.2972;RBI=0.16041;REFB=0;REVB=0.01751;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442958;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr1 76198785 . G A 415.03 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00958966;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.757;QD=13.4969;RBI=0.00959774;REFB=-0.0143203;REVB=-0.000393773;RO=71;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223184;STB=0.51219;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0160849;OID=.;OPOS=76198785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:71:75:48:48:0.390244:24:24:34:37:24:24:36:39 chr1 76227022 . A G 223.07 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00266794;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.762;QD=17.8455;RBI=0.0199733;REFB=-0.00575809;REVB=0.0197943;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839702;STB=0.52379;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00655465;OID=.;OPOS=76227022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:23:24:0.48:14:9:12:13:14:10:12:14 chr1 76253229 . T A 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00301157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.533;QD=10.3431;RBI=0.00312093;REFB=0.000504354;REVB=-0.000818959;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406156;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.000845227;OID=.;OPOS=76253229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:11:10:21:20:11:10:21:20 chr1 76257892 . A T 411.51 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00113067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.892;QD=18.495;RBI=0.090462;REFB=-0.00264521;REVB=-0.0904549;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279285;STB=0.515567;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0029766;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:20:22:26:21:20:22:26:21 chr1 76269460 . G A 371.29 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0137639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.399;QD=22.8488;RBI=0.0143786;REFB=-0.0068729;REVB=-0.00415951;RO=27;SAF=13;SAR=24;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797158;STB=0.531582;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00724231;OID=.;OPOS=76269460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:24:13:7:20:24:13:8:20 chr1 76344711 . A T 719.24 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.366;QD=56.4106;RBI=0.0112172;REFB=0;REVB=-0.00654847;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99736e-06;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr1 77555481 . C T 281.18 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00273659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.722;QD=17.0411;RBI=0.0065842;REFB=-0.0135835;REVB=-0.00598856;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456153;STB=0.516119;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0195792;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:14:16:17:18:15:16:17:18 chr1 77634948 . G A 1111.23 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.311;QD=60.0666;RBI=0.0171867;REFB=0;REVB=-0.0106134;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01525e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr1 77763542 . G A 1533.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.001;QD=59.5403;RBI=0.0275355;REFB=0;REVB=0.0184866;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135012;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:56:44:0:0:59:44:0:0 chr1 78024284 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.422;QD=60.9776;RBI=0.0382359;REFB=0;REVB=-0.00272054;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2847e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 693.87 PASS AF=0.938776;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00380386;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.662;QD=56.6422;RBI=0.0150278;REFB=-0.0151662;REVB=0.0145384;RO=4;SAF=24;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721053;STB=0.527261;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.00221285;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938776:44:49:46:49:3:26:20:3:0:13:4:24:20:4:0 chr1 78111153 . A G 352.4 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00279044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.526;QD=18.3067;RBI=0.00897085;REFB=-0.00262984;REVB=-0.00852582;RO=39;SAF=10;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174787;STB=0.593112;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00362783;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:27:10:17:22:27:10:17:23 chr1 78201745 . G T 247.7 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0246162;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9585;QD=9.80982;RBI=0.0469237;REFB=-0.0114292;REVB=-0.0399484;RO=66;SAF=20;SAR=12;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130093;STB=0.56262;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0209618;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:66:69:32:32:0.316832:12:20:34:32:12:20:37:32 chr1 78560583 . G A 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0372124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.939;QD=15.8365;RBI=0.0377534;REFB=-0.0254191;REVB=0.00636825;RO=62;SAF=23;SAR=26;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126636;STB=0.570773;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0264557;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:26:23:37:25:26:23:37:25 chr1 78585086 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.243;QD=64.4131;RBI=0.0518967;REFB=0;REVB=0.0483131;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297237;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 79093818 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.26976e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.972;QD=57.3856;RBI=0.0104351;REFB=0;REVB=-0.0104348;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69758e-05;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr1 79093910 . G A 175.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0183739;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.995;QD=13.2654;RBI=0.0205245;REFB=-0.00411924;REVB=-0.00914647;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271144;STB=0.656987;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00770066;OID=.;OPOS=79093910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:6:15:15:17:6:15:15:17 chr1 79094081 . T A 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000924727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.687;QD=57.8254;RBI=0.0064042;REFB=-0.0995151;REVB=0.00633708;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000299098;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:18:20:0:0:18:20:0:1 chr1 79095581 . T C 444.67 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00080177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6913;QD=15.2024;RBI=0.0227721;REFB=-0.0190416;REVB=-0.0227579;RO=66;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153709;STB=0.504272;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0197694;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:50:50:0.42735:25:25:34:32:25:25:34:33 chr1 79392756 . C A 850.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.102;QD=57.6617;RBI=0.0187274;REFB=0;REVB=-0.0150551;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7406e-06;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:41:17:0:0:42:17:0:0 chr1 82421596 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.651;QD=57.6807;RBI=0.0340823;REFB=0;REVB=0.0163531;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122259;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:25:31:1:7:18:0:0:13:18:0:0 chr1 82457662 . G A 1025.58 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0222932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.995;QD=55.4367;RBI=0.0254525;REFB=0.0420075;REVB=-0.0122817;RO=3;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217165;STB=0.511496;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00185912;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:28:43:1:2:28:43:1:2 chr1 84335412 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.974;QD=57.1775;RBI=0.0179199;REFB=0;REVB=-0.00968559;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16844e-06;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 84640691 . T G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00264199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.859;QD=57.8247;RBI=0.0184699;REFB=0.181241;REVB=0.01828;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000542293;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr1 84810815 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.885;QD=64.4153;RBI=0.0365976;REFB=0;REVB=0.00749898;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37926e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr1 84853957 . A T 993.43 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0215308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0718;QD=50.9453;RBI=0.0451974;REFB=-0.0412163;REVB=0.0397395;RO=4;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798052;STB=0.512626;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0463903;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:78:78:4:7:71:71:0.910256:30:41:2:2:30:41:5:2 chr1 84880380 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0281651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2379;QD=14.2413;RBI=0.0514041;REFB=0.0139604;REVB=0.0430013;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322387;STB=0.682126;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0170447;OID=.;OPOS=84880380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:7:24:10:12:7:24 chr1 84944989 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.886;QD=58.6001;RBI=0.0262444;REFB=0;REVB=0.0233272;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132549;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr1 85113203 . T C 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8752;QD=60.1632;RBI=0.0261629;REFB=0;REVB=0.0111212;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123919;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr1 85113229 . A G 1441.22 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221853;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.627;QD=63.3505;RBI=0.023039;REFB=0;REVB=0.00621365;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60898e-05;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr1 85121255 . A G 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.939;QD=61.1574;RBI=0.012484;REFB=0;REVB=0.00396281;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03213e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr1 85122058 . C CT,T 37.85 PASS AF=0.1375,0;AO=10,3;DP=81;FAO=11,0;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0239804,-0.0194517;FXX=0.0123442;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=132.212,169.307;QD=1.89225;RBI=0.0256452,0.0207065;REFB=-0.00125693,-0.00501596;REVB=-0.00908933,-0.00709842;RO=67;SAF=8,0;SAR=2,3;SRF=35;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.356616,-0.429346;STB=0.504579,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0773145,0;OID=.,.;OPOS=85122059,85122058;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:81:80:67:69:10,3:11,0:0.1375,0:2,3:8,0:35:32:5,0:6,0:38:31 chr1 85488030 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0697966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6673;QD=14.6505;RBI=0.0714826;REFB=-0.00932758;REVB=-0.0154336;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149975;STB=0.586128;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00943334;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:12:19:17:6:12:19 chr1 85559452 . A G 594.84 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0427482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5251;QD=25.0457;RBI=0.0485265;REFB=-0.019655;REVB=-0.0229654;RO=41;SAF=40;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246057;STB=0.635427;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145208;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:14:40:19:22:14:40:19:22 chr1 85624549 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.896;QD=57.7115;RBI=0.0169345;REFB=0;REVB=-0.0119099;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7832e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 85624864 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.002;QD=59.8292;RBI=0.00871934;REFB=0;REVB=-0.00636157;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18384e-07;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr1 85648620 . C T 1227.67 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.003;QD=61.3835;RBI=0.0128432;REFB=0;REVB=0.0045856;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12027e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:46:32:0:0:48:32:0:0 chr1 85648692 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0283093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.304;QD=9.99289;RBI=0.0292855;REFB=-0.0115262;REVB=0.00749827;RO=36;SAF=2;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503239;STB=0.806941;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0186193;OID=.;OPOS=85648692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:15:2:17:19:15:2:17:19 chr1 85666156 . T G 403.49 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00547439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.324;QD=16.8121;RBI=0.00550124;REFB=-0.00907503;REVB=-0.000542783;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100756;STB=0.55487;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0123483;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:54:40:42:0.4375:21:19:31:23:22:20:31:23 chr1 85724328 . C T 502.54 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0383514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9697;QD=19.1442;RBI=0.0665852;REFB=-0.0169952;REVB=-0.0544312;RO=52;SAF=15;SAR=38;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472746;STB=0.526169;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0154703;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:38:15:17:35:38:15:17:35 chr1 85741968 . G C 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00985692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.21;QD=10.8219;RBI=0.0122475;REFB=-0.00896735;REVB=-0.00726926;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105942;STB=0.57132;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0207912;OID=.;OPOS=85741968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:9:3:4:18:9:3:4:19 chr1 86202016 . C T 1643.57 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00330253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.962;QD=59.2279;RBI=0.00691009;REFB=-0.0887813;REVB=-0.00606981;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000262457;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:63:47:0:0:63:47:1:0 chr1 86202102 . C A 1036.07 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.918;QD=56.7711;RBI=0.0123067;REFB=-0.00525065;REVB=0.0046506;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230558;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000134806;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:40:31:0:2:40:31:0:2 chr1 86487981 . G A 1339.65 PASS AF=0.988636;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.839;QD=60.8931;RBI=0.0314286;REFB=-0.00686291;REVB=0.00829132;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=8.1028e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:88:0:1:84:87:0.988636:55:29:0:0:57:30:1:0 chr1 86487992 . A AACAG 733.96 PASS AF=0.776316;AO=58;DP=78;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00261662;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=4;MLLD=283.26;QD=38.6296;RBI=0.00483421;REFB=0.000783441;REVB=0.00406483;RO=19;SAF=18;SAR=40;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844658;STB=0.537033;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=-0.000225125;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.776316:58:78:59:76:17:19:40:8:9:99:19:18:40:9:10 chr1 86590915 . G A 666.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.782;QD=62.038;RBI=0.0141739;REFB=0;REVB=-0.0078269;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27714e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr1 86591837 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.34;QD=55.6539;RBI=0.0289538;REFB=0;REVB=0.0248051;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241349;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 86818572 . T C 727.17 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0454574;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.551;QD=59.3605;RBI=0.0537971;REFB=-0.0283954;REVB=0.0287707;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245737;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000282702;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:1:1:25:22:1:1 chr1 86820267 . C T 1677.37 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.105;QD=60.4459;RBI=0.0268267;REFB=0;REVB=-0.0264266;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04407e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:53:57:0:0:54:57:0:0 chr1 86836777 . C A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00845254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.694;QD=11.1312;RBI=0.0123294;REFB=-0.00350931;REVB=0.00897596;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00530951;OID=.;OPOS=86836777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chr1 86838158 . C T 4320.86 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.27749e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.559;QD=62.8489;RBI=0.00981715;REFB=0;REVB=-0.00981695;RO=0;SAF=168;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47639e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:273:275:0:0:273:275:1:105:168:0:0:107:168:0:0 chr1 86847955 . G A 366.44 PASS AF=0.312925;AO=44;DP=146;FAO=46;FDP=147;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00580559;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.672;QD=9.97108;RBI=0.00785561;REFB=-0.0117253;REVB=-0.00529205;RO=101;SAF=25;SAR=19;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758483;STB=0.556926;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0339163;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:101:101:44:46:0.312925:19:25:51:50:19:27:51:50 chr1 86852621 . A G 1095.54 PASS AF=0.544974;AO=103;DP=189;FAO=103;FDP=189;FR=.;FRO=86;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00618708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.67;QD=23.1859;RBI=0.017062;REFB=-0.038952;REVB=-0.0159006;RO=86;SAF=61;SAR=42;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976649;STB=0.553321;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.031386;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:86:86:103:103:0.544974:42:61:41:45:42:61:41:45 chr1 86905915 . T A 589.8 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00611409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.032;QD=24.0735;RBI=0.00649936;REFB=-0.00311172;REVB=0.00220444;RO=44;SAF=28;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126402;STB=0.569252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00239803;OID=.;OPOS=86905915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:26:28:16:28:26:28:16:28 chr1 86913265 . C T 378.25 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0285906;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0661;QD=14.8332;RBI=0.0307127;REFB=0.00474983;REVB=-0.0112181;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10869;STB=0.552462;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00709535;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:59:42:43:0.421569:25:17:30:29:25:18:30:29 chr1 86920904 . A G 476.14 PASS AF=0.474747;AO=45;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0128428;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.419;QD=19.2379;RBI=0.0129163;REFB=-0.00387884;REVB=-0.00137568;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165906;STB=0.519223;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00417508;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:52:45:47:0.474747:20:25:28:24:20:27:28:24 chr1 86939130 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.757;QD=57.8849;RBI=0.0289594;REFB=0;REVB=0.0282722;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89825e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr1 86947975 . A T 1770.74 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0463;QD=60.0252;RBI=0.0419879;REFB=-0.0701917;REVB=0.0365827;RO=1;SAF=46;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102123;STB=0.505375;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000832229;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:71:46:1:0:71:46:1:0 chr1 86952324 . A G 1248.74 PASS AF=0.905263;AO=86;DP=95;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0276596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5202;QD=52.5784;RBI=0.0450871;REFB=-0.184614;REVB=0.035606;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531993;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0118072;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:0:9:86:86:0.905263:48:38:0:0:48:38:1:8 chr1 86959173 . T C 3332.26 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638411;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.283;QD=62.2853;RBI=0.0128308;REFB=0;REVB=-0.0111298;RO=0;SAF=121;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40875e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:93:121:0:0:93:121:0:0 chr1 86965419 . T C 302.67 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0040507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.502;QD=17.0515;RBI=0.0244185;REFB=-0.0236317;REVB=-0.0240802;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14931;STB=0.580105;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0201768;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:37:38:32:33:0.464789:14:18:15:22:15:18:15:23 chr1 87031656 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00953203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.052;QD=19.9759;RBI=0.0106455;REFB=-0.0109612;REVB=0.00473996;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158135;STB=0.596068;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0141012;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:14:6:3:16:14:6:3:17 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 149.01 PASS AF=0.363636,0.0227273;AO=15,2;DP=44;FAO=16,1;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7,1;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0172743,-0.0151143;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=265.885,171.663;QD=13.5463;RBI=0.0179719,0.0446787;REFB=-0.0164669,-0.0184581;REVB=0.0049587,-0.0420446;RO=26;SAF=6,2;SAR=9,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109202,0.476737;STB=0.527824,0.990175;STBP=0.824,0.484;TYPE=del,snp;VARB=0.0230565,0.0610398;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0227273:15,2:44:16,1:44:27:7,1:9,0:13:14:99:26:6,2:9,0:13:13 chr1 87101375 . C G 64.16 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00541721;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.914;QD=8.55477;RBI=0.0254652;REFB=-0.00175079;REVB=-0.0248823;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114753;STB=0.571265;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00408827;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:21:21:9:9:0.3:3:6:12:9:3:6:12:9 chr1 87101649 . T C 393.58 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00830315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9912;QD=17.4926;RBI=0.0307961;REFB=-0.0197835;REVB=0.0296557;RO=49;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497666;STB=0.527855;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0333135;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:18:23:25:24:18:23:25:24 chr1 87333798 . G A,GA 43.95 PASS AF=0,0.234375;AO=14,10;DP=70;FAO=0,15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00624462,-0.268411;FXX=0.0588149;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=249.383,8.62073;QD=2.74717;RBI=0.00883445,0.275647;REFB=-0.00385408,-0.0630158;REVB=0.00624918,0.0627402;RO=42;SAF=8,5;SAR=6,5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115301,0.0292316;STB=0.5,0.608547;STBP=1,0.372;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0961314;OID=.,.;OPOS=87333798,87333799;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:70:64:42:49:14,10:0,15:0,0.234375:6,5:8,5:20:22:0,10:0,5:23:26 chr1 87599697 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3124;QD=56.9365;RBI=0.0407863;REFB=0;REVB=0.0387272;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162525;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 89225976 . T C 298.27 PASS AF=0.5;AO=33;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0147263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8748;QD=18.642;RBI=0.0165849;REFB=-0.0163485;REVB=0.00762859;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272385;STB=0.53123;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0268101;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:33:32:0.5:16:17:15:16:15:17:15:17 chr1 89271574 . T C 591.79 PASS AF=0.57;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00392224;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.083;QD=23.6717;RBI=0.0700026;REFB=-0.0357642;REVB=0.0698926;RO=42;SAF=25;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665307;STB=0.541593;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.024878;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:43:57:57:0.57:32:25:22:20:32:25:23:20 chr1 89301123 . C T 484.32 PASS AF=0.465517;AO=52;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00184901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7732;QD=16.7007;RBI=0.00748962;REFB=-0.0094276;REVB=0.00725779;RO=62;SAF=28;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021866;STB=0.511214;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0137757;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:52:54:0.465517:24:28:32:30:25:29:32:30 chr1 89322982 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.42;QD=63.8715;RBI=0.0397356;REFB=0;REVB=0.0140203;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58818e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr1 89426902 . G A 408.32 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0613171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.59;QD=20.4163;RBI=0.0633046;REFB=-0.0175751;REVB=-0.0157382;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157162;STB=0.586836;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0189204;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:13:26:20:21:13:26 chr1 89474818 . A G 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.02263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.715;QD=18.1933;RBI=0.0227619;REFB=-0.0181858;REVB=-0.00244693;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065651;STB=0.543599;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0182251;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:18:16:19:16:18:16:20:16 chr1 89475135 . C T 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00973978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.799;QD=18.9386;RBI=0.0151803;REFB=-0.0143606;REVB=0.0116438;RO=29;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244456;STB=0.637183;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0148043;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:8:22:14:15:8:22:14:15 chr1 89479758 . T C 354.45 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00122734;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.699;QD=15.9301;RBI=0.0147156;REFB=-0.0135385;REVB=0.0146643;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815435;STB=0.543071;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0176561;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:51:37:38:0.426966:20:17:28:24:20:18:28:23 chr1 89486037 . C T 186.59 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0561986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8741;QD=19.6412;RBI=0.0565892;REFB=-0.0173985;REVB=-0.00663737;RO=19;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812883;STB=0.54629;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.020302;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:16:3:4:15:16:3:4:15 chr1 89518623 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.14;QD=59.6794;RBI=0.0122346;REFB=0;REVB=0.00238368;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8776e-05;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr1 89579941 . T C 461.62 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0154282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.461;QD=13.1893;RBI=0.0415689;REFB=-0.00110983;REVB=-0.0385997;RO=86;SAF=24;SAR=29;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262351;STB=0.511529;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00172156;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:86:87:53:53:0.378571:29:24:41:45:29:24:41:46 chr1 89582690 . G C 526.44 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0174436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.591;QD=16.0746;RBI=0.0175486;REFB=-0.0064473;REVB=-0.00191719;RO=74;SAF=34;SAR=23;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085344;STB=0.547771;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00697801;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:23:34:38:36:23:34:38:36 chr1 89637578 . G A 815.02 PASS AF=0.679245;AO=72;DP=106;FAO=72;FDP=106;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0317227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.196;QD=30.7555;RBI=0.0334699;REFB=-0.0165816;REVB=0.0106724;RO=34;SAF=41;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418536;STB=0.522564;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00877701;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:34:34:72:72:0.679245:31:41:17:17:31:41:17:17 chr1 89844035 . T C 585.1 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00909712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.552;QD=19.5033;RBI=0.0104087;REFB=-0.00293493;REVB=-0.00505797;RO=60;SAF=27;SAR=33;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306011;STB=0.516886;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0022785;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:33:27:25:35:33:27:25:35 chr1 89847372 . G T 1116.97 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.417;QD=60.3765;RBI=0.0388053;REFB=0;REVB=0.0122616;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41787e-05;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:28:45:0:0:28:46:0:0 chr1 89847411 . C T 1049.25 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3881;QD=56.7161;RBI=0.0462212;REFB=-0.0258955;REVB=0.0369776;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00185012;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:74:0:1:69:73:0.986486:29:40:0:0:29:44:1:0 chr1 89847444 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1244;QD=60.2028;RBI=0.0299358;REFB=0;REVB=0.0152665;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244639;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr1 89849268 . T C 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000155347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4137;QD=20.3967;RBI=0.0278977;REFB=-0.0194854;REVB=0.0278973;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10139;STB=0.556151;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0166464;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:18:9:14:17:18:9 chr1 89849742 . A T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.452;QD=57.1765;RBI=0.0307975;REFB=0;REVB=0.028461;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31527e-05;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr1 90048248 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0214408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.416;QD=10.3775;RBI=0.0221261;REFB=-0.00728104;REVB=-0.00546383;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146262;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:12:13:26:24:12:13:26:24 chr1 90171835 . C T 979.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7319;QD=58.469;RBI=0.0565201;REFB=0;REVB=-0.0534147;RO=0;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334105;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:19:47:0:0:19:48:0:0 chr1 90178743 . A G 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3541;QD=64.4117;RBI=0.128179;REFB=0;REVB=-0.082889;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180626;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr1 90179532 . A G 289.26 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0212224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.719;QD=18.9677;RBI=0.0260539;REFB=-0.0133472;REVB=0.0151134;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243786;STB=0.635429;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0107952;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:21:9:18:13:21:9 chr1 90180529 . G A 499.18 PASS AF=0.49;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0120838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.673;QD=19.9672;RBI=0.0132976;REFB=-0.00430883;REVB=-0.00555054;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772223;STB=0.54177;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00499465;OID=.;OPOS=90180529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:51:47:49:0.49:21:26:23:26:21:28:25:26 chr1 90486412 . T G 1757.55 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.5;QD=59.0774;RBI=0.0222678;REFB=-0.0644966;REVB=0.0179885;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000231414;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:119:0:2:117:117:0.983193:61:56:0:0:61:56:2:0 chr1 90493026 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9363;QD=52.612;RBI=0.0962734;REFB=0;REVB=0.00267611;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018878;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr1 91123464 . G A 241.03 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0359098;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.384;QD=14.3898;RBI=0.040399;REFB=-0.016818;REVB=-0.0185086;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497209;STB=0.528262;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0138874;OID=.;OPOS=91123464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:20:19:15:13:20:19 chr1 91728053 . G A 669.58 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00332034;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.604;QD=52.5159;RBI=0.0133139;REFB=-0.139869;REVB=0.0128932;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000751784;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:1:2:49:49:0.960784:27:22:1:0:27:22:2:0 chr1 91781413 . T G 561.14 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0134774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.972;QD=17.8139;RBI=0.0213263;REFB=-0.010826;REVB=0.0165279;RO=67;SAF=25;SAR=34;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891148;STB=0.504949;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.013456;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:34:25:29:38:34:25:29:38 chr1 91782011 . G A 577.75 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0218206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.392;QD=18.4878;RBI=0.024115;REFB=-0.0120891;REVB=-0.0102661;RO=65;SAF=31;SAR=29;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948852;STB=0.552523;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0107726;OID=.;OPOS=91782011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:29:31:27:38:29:31:27:38 chr1 91784887 . G A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0279111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.606;QD=10.3804;RBI=0.0292596;REFB=0.00306884;REVB=0.00878044;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309302;STB=0.679819;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00317646;OID=.;OPOS=91784887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:26:10:10:8:26:10 chr1 91851253 . T C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0066676;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.005;QD=52.5805;RBI=0.0146588;REFB=-0.0183951;REVB=0.0130546;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408952;STB=0.521731;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=6.20404e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:29:22:2:0:29:22:2:0 chr1 91853111 . A C 4794.67 PASS AF=0.978125;AO=309;DP=320;FAO=313;FDP=320;FR=.;FRO=7;FSAF=175;FSAR=138;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0666236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.03;QD=59.9333;RBI=0.0685857;REFB=0.0858139;REVB=0.016288;RO=4;SAF=171;SAR=138;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131626;STB=0.503445;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00625709;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:320:320:4:7:309:313:0.978125:138:171:2:2:138:175:5:2 chr1 91859795 . T C 2154.15 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615019;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8754;QD=61.9899;RBI=0.0704051;REFB=-0.0162034;REVB=0.0342696;RO=1;SAF=66;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714884;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000529102;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:137:138:0.992806:71:66:1:0:72:66:1:0 chr1 91980447 . A G 1353.61 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000740616;FXX=0.0319115;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.699;QD=59.4993;RBI=0.00342356;REFB=-0.102207;REVB=-0.00334249;RO=3;SAF=48;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286959;STB=0.515148;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00084529;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:3:3:88:88:0.967033:40:48:3:0:40:48:3:0 chr1 92108899 . C T 245.66 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0168061;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.678;QD=17.8659;RBI=0.0168154;REFB=-0.00145902;REVB=-0.000557937;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327205;STB=0.680304;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00141453;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:28:26:27:0.490909:18:8:19:10:19:8:18:10 chr1 92174260 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.907;QD=58.9625;RBI=0.0158058;REFB=0;REVB=-0.00832314;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79262e-06;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:31:34:0:1:32:34:0:0 chr1 92185657 . C T 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-9.14585e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.907;QD=21.8145;RBI=0.000441928;REFB=0.0088558;REVB=0.00043236;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186752;STB=0.510304;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00823978;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:22:19:17:18:22:19:17:18 chr1 92262874 . T C 1332.22 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.688;QD=61.9638;RBI=0.0211913;REFB=0;REVB=0.0200592;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81071e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:47:37:0:0:47:39:0:0 chr1 92295565 . C T 565.29 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0183639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.092;QD=53.8367;RBI=0.0184305;REFB=-0.149426;REVB=-0.0015657;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.518787;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00152482;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:39:39:0.928571:23:16:1:0:23:16:2:1 chr1 92327045 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00373549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5522;QD=17.8005;RBI=0.0689472;REFB=0.012138;REVB=-0.068846;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243535;STB=0.639278;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0216337;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:11:13:6:14:11:13 chr1 92428495 . C A 1614.35 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.567;QD=59.7907;RBI=0.012327;REFB=0;REVB=0.011604;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35592e-05;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:51:57:0:0 chr1 92457843 . C T 2296.13 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127164;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.908;QD=63.7813;RBI=0.0168902;REFB=0;REVB=0.0111163;RO=0;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.25873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04975e-05;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:81:63:0:0:81:63:0:0 chr1 92646021 . G A 445.41 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.93;QD=57.4722;RBI=0.0219199;REFB=0;REVB=0.0113516;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60508e-05;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:14:17:0:0 chr1 92647223 . A G 296.44 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.955;QD=49.4071;RBI=0.0300489;REFB=-0.0809524;REVB=0.021458;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000443478;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr1 92647532 . C A 649.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.866;QD=61.8906;RBI=0.0139645;REFB=0;REVB=0.00769578;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67745e-06;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr1 92889408 . C T 749.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8167;QD=61.18;RBI=0.0603004;REFB=-0.0107369;REVB=-0.0527283;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.516122;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-6.08254e-05;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:1:0:33:15:1:0 chr1 92946479 . G A 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00304259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6292;QD=16.4134;RBI=0.0286858;REFB=-0.0237522;REVB=0.028524;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300812;STB=0.672656;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0303758;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:11:5:9:5:11:5 chr1 92974595 . G A 606.84 PASS AF=0.373134;AO=43;DP=137;FAO=50;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0150946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.991;QD=18.1147;RBI=0.0340795;REFB=-0.0345765;REVB=-0.0305543;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276752;STB=0.633614;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0173108;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:46:51:43:50:0.373134:21:22:37:9:25:25:39:12 chr1 92979354 . A G 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=30;FWDB=0.0842709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.759;QD=17.2875;RBI=0.0842887;REFB=0.00773012;REVB=0.00173499;RO=33;SAF=4;SAR=26;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929958;STB=0.551692;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00898482;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:26:4:3:30:26:4:3:30 chr1 93089823 . T C 399.18 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0174693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0576;QD=18.7848;RBI=0.0463402;REFB=-0.0190961;REVB=0.0429214;RO=44;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109092;STB=0.550315;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0225626;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:44:40:41:0.482353:27:13:19:25:27:14:19:25 chr1 93160902 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0476194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.97;QD=12.7299;RBI=0.0508558;REFB=-0.0312742;REVB=0.0178521;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0390099;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:6:5:5:4:7:5 chr1 93306317 . G A 574.95 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0260054;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1446;QD=24.2086;RBI=0.0307235;REFB=-0.0314908;REVB=0.0163601;RO=41;SAF=33;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199115;STB=0.597548;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0165433;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:52:53:0.557895:19:33:16:25:20:33:17:25 chr1 93307908 . T A 223.28 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00824498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.462;QD=16.5391;RBI=0.0112168;REFB=0.0026409;REVB=-0.00760501;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00220611;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:10:19:16:9:10:19 chr1 93440474 . T C 185.58 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0138141;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.115;QD=18.1055;RBI=0.0166417;REFB=-0.0191455;REVB=-0.00927994;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.538421;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.021996;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:22:19:19:0.463415:10:9:12:11:10:9:12:10 chr1 93580581 . G C 1453.72 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.208;QD=63.2051;RBI=0.0426256;REFB=0;REVB=0.0424239;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31293e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:44:45:0:0:47:45:0:0 chr1 93581024 . T C 234.21 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0268068;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.507;QD=31.2274;RBI=0.0292131;REFB=0.00857056;REVB=-0.0116104;RO=9;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141304;STB=0.578234;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00275523;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:9:9:21:21:0.7:16:5:4:5:16:5:4:5 chr1 93603177 . T C 31.04 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.00354249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.954;QD=1.79921;RBI=0.0794428;REFB=-0.0035396;REVB=0.0793638;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472858;STB=0.823433;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0693138;OID=.;OPOS=93603177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:60:62:7:7:0.101449:5:2:43:17:5:2:43:19 chr1 93603183 . C CAT,T 260.92 PASS AF=0.253521,0.183099;AO=16,13;DP=74;FAO=18,13;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17,5;FSAR=1,8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0337656,-0.00879712;FXX=0.0405351;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=104.271,45.1786;QD=14.6995;RBI=0.0806691,0.123337;REFB=-0.00862469,-0.0289529;REVB=-0.0732624,-0.123023;RO=43;SAF=15,5;SAR=1,8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.575162,-0.264169;STB=0.87521,0.658854;STBP=0.004,0.203;TYPE=ins,snp;VARB=0.0136587,0.0356587;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:43:40:16,13:18,13:0.253521,0.183099:1,8:15,5:26:17:1,8:17,5:24:16 chr1 93617546 . T C 854.06 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00360589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.328;QD=56.0042;RBI=0.0463874;REFB=0.0220101;REVB=0.046247;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=1.2663e-05;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr1 93620191 . C CT,T 51.79 PASS AF=0.189655,0;AO=9,3;DP=60;FAO=11,0;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0463791,-0.0392497;FXX=0.0169463;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.2872,31.8555;QD=3.57193;RBI=0.0526711,0.0986038;REFB=-0.0214344,-0.000932392;REVB=-0.0249646,-0.0904554;RO=46;SAF=6,0;SAR=3,3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103734,-0.524879;STB=0.612804,0.5;STBP=0.437,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0272197,0;OID=.,.;OPOS=93620192,93620191;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:60:58:46:47:9,3:11,0:0.189655,0:3,3:6,0:27:19:6,0:5,0:28:19 chr1 93620393 . G A 165.41 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0115205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.539;QD=17.8824;RBI=0.012514;REFB=0.000157025;REVB=-0.00488659;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266267;STB=0.654372;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000198587;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:16:18:0.486486:6:10:6:12:6:12:7:12 chr1 93646207 . T C 42.41 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0338018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1119;QD=15.4225;RBI=0.0813658;REFB=-0.0758449;REVB=-0.0740123;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0468239;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:11:3:5:6:6:0.545455:3:3:1:2:3:3:3:2 chr1 93646433 . T C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000277495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.338;QD=23.6751;RBI=0.00576201;REFB=-0.0285196;REVB=-0.00575532;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875034;STB=0.548972;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0217857;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:7:9:14:7:7:9 chr1 93672688 . C T 241.38 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000490577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.745;QD=16.6471;RBI=0.00769354;REFB=-0.0118408;REVB=-0.00767788;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842919;STB=0.534458;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00983536;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:26:28:0.482759:12:14:13:16:14:14:13:17 chr1 93672723 . A C 1016.29 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0160355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.967;QD=54.2022;RBI=0.0289863;REFB=-0.0202799;REVB=0.0241468;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511528;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=4.96324e-05;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:0:4:71:71:0.946667:38:33:0:0:38:33:1:3 chr1 93720070 . C G 327.22 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0147161;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.521;QD=22.5666;RBI=0.0161789;REFB=-0.0183711;REVB=-0.00672249;RO=22;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113015;STB=0.510723;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0223151;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:22:25:33:33:0.568966:19:14:9:13:19:14:10:15 chr1 93851295 . T C 734.15 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.959;QD=61.1792;RBI=0.0200174;REFB=-0.0910178;REVB=0.0147629;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00222662;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:1:0:22:25:1:0 chr1 94341267 . A G 1121.35 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0181295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.337;QD=56.0677;RBI=0.0187608;REFB=-0.114403;REVB=-0.00482577;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462003;STB=0.509658;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000700042;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:80:2:3:76:77:0.9625:45:31:1:1:45:32:2:1 chr1 94342564 . C A 912.94 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622112;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.209;QD=57.0586;RBI=0.0630941;REFB=-0.0842135;REVB=0.0105182;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786378;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:36:28:0:0 chr1 94343023 . A G 1181.9 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124616;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.197;QD=60.6102;RBI=0.0172247;REFB=0;REVB=0.0118911;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27606e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:31:45:0:0:33:45:0:0 chr1 94343233 . T C 1361.97 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325391;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.985;QD=62.6195;RBI=0.0194988;REFB=0;REVB=0.0192254;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57657e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr1 94344716 . C T 888.92 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.695;QD=56.4393;RBI=0.065919;REFB=-0.113839;REVB=0.0524933;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185094;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000332255;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:25:37:0:1:25:37:0:1 chr1 94466659 . A G 134.0 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0101311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.9;QD=16.2422;RBI=0.0296764;REFB=0.00038806;REVB=-0.0278935;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112057;STB=0.57821;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000561623;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:7:10:7:8:7:11 chr1 94467221 . G A 739.08 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0105367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.757;QD=17.8092;RBI=0.0348069;REFB=-0.0140458;REVB=0.0331738;RO=86;SAF=33;SAR=45;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156828;STB=0.513819;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0253743;OID=.;OPOS=94467221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:86:88:78:78:0.46988:45:33:35:51:45:33:35:53 chr1 94467238 . G A 692.95 PASS AF=0.41989;AO=74;DP=181;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.00952813;FXX=0.0163035;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.1;QD=15.3138;RBI=0.0102805;REFB=-0.0021836;REVB=0.0038605;RO=103;SAF=32;SAR=42;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149639;STB=0.507897;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00149667;OID=.;OPOS=94467238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:103:105:74:76:0.41989:42:32:46:57:43:33:47:58 chr1 94467407 . C T 470.77 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0120771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.793;QD=17.2759;RBI=0.012536;REFB=-0.0154432;REVB=0.00336091;RO=58;SAF=23;SAR=28;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799017;STB=0.544455;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0141889;OID=.;OPOS=94467407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:28:23:31:27:28:23:31:27 chr1 94467447 . G A 482.66 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0337874;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.99;QD=22.9836;RBI=0.0338465;REFB=-0.00341638;REVB=-0.00199953;RO=38;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18567;STB=0.601903;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00327102;OID=.;OPOS=94467447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:38:46:46:0.547619:25:21:26:12:25:21:26:12 chr1 94471075 . A G 360.79 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00746504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0379;QD=23.2769;RBI=0.0365883;REFB=-0.0119283;REVB=0.0358187;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704714;STB=0.543804;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0116093;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:26:35:36:0.580645:17:18:11:15:17:19:11:15 chr1 94564483 . C T 535.87 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.014492;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.259;QD=18.8023;RBI=0.0222665;REFB=-0.0222864;REVB=0.016905;RO=56;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144661;STB=0.570424;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0156259;OID=.;OPOS=94564483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:58:56:56:0.491228:30:26:35:21:30:26:35:23 chr1 94578548 . T C 784.18 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.078;QD=62.7347;RBI=0.0918168;REFB=0;REVB=0.0160713;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119362;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:41:50:1:32:9:0:0:39:11:0:0 chr1 94639337 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=394.806;QD=37.4885;RBI=0.0112788;REFB=0;REVB=-0.00582143;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67668e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 94639447 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.834;QD=34.6654;RBI=0.0625733;REFB=0.0754585;REVB=0.057598;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00612406;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr1 94645411 . G GT 57.47 PASS AF=0.169014;AO=14;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0272446;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.328;QD=3.23747;RBI=0.0341964;REFB=-0.00832115;REVB=-0.020667;RO=57;SAF=14;SAR=0;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783756;STB=0.844191;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.167482;OID=.;OPOS=94645412;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169014:14:71:12:71:59:10:2:24:35:57:57:14:0:20:37 chr1 95001600 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.675;QD=58.061;RBI=0.0232032;REFB=0;REVB=0.0133983;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00615e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr1 95330372 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.745;QD=62.162;RBI=0.00678325;REFB=0;REVB=0.0064041;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94287e-06;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr1 95709821 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5332;QD=59.1431;RBI=0.079229;REFB=0;REVB=0.0788968;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593321;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr1 95709939 . T G 507.53 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00671513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.027;QD=20.5062;RBI=0.0115034;REFB=-0.0242221;REVB=-0.00933997;RO=49;SAF=26;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128498;STB=0.575615;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0325212;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:50:49:49:0.494949:23:26:19:30:23:26:19:31 chr1 97189091 . G A 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2653;QD=61.5068;RBI=0.0116903;REFB=-0.0158825;REVB=-0.00193668;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00282763;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr1 97272456 . A G 640.68 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0229082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.941;QD=26.15;RBI=0.0231848;REFB=-0.0135293;REVB=0.00357078;RO=41;SAF=30;SAR=27;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159535;STB=0.58695;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0135894;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:27:30:13:28:27:30:13:28 chr1 97981395 . T C 422.28 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00263735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.741;QD=20.8531;RBI=0.00598582;REFB=-0.00109941;REVB=0.0053735;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197333;STB=0.613993;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000909361;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:19:23:12:26:19:23:12:27 chr1 98293683 . G A 257.99 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0128758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.847;QD=22.9323;RBI=0.0141831;REFB=-0.0345093;REVB=0.00594746;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511102;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0262206;OID=.;OPOS=98293683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:10:10:12:12:10:11 chr1 98348885 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000837096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.028;QD=59.8331;RBI=0.0380592;REFB=0;REVB=0.03805;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51365e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr1 99127392 . T C 505.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450279;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7913;QD=59.4265;RBI=0.0927934;REFB=0;REVB=0.0811363;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002127;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr1 99156634 . T A 725.39 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00572405;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.62;QD=23.7834;RBI=0.0125975;REFB=0.000476181;REVB=0.0112219;RO=53;SAF=41;SAR=28;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231122;STB=0.512622;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000125277;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:53:69:69:0.565574:28:41:30:23:28:41:30:23 chr1 99225627 . G A 844.49 PASS AF=0.531646;AO=82;DP=156;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0114466;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.754;QD=21.3794;RBI=0.0160929;REFB=-0.00398073;REVB=-0.0113118;RO=73;SAF=47;SAR=35;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220722;STB=0.508285;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00279606;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:73:74:82:84:0.531646:35:47:40:33:36:48:41:33 chr1 99753631 . G A 418.87 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0274021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.312;QD=13.0896;RBI=0.0278767;REFB=-0.0082415;REVB=0.00512171;RO=79;SAF=25;SAR=24;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867265;STB=0.549168;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0157377;OID=.;OPOS=99753631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:79:49:49:0.382812:24:25:34:45:24:25:34:45 chr1 100152282 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0230586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.486;QD=17.8205;RBI=0.0288171;REFB=0.00506287;REVB=-0.0172836;RO=52;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126282;STB=0.565722;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00874387;OID=.;OPOS=100152282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:18:26:24:28:18:26:25:28 chr1 100203648 . C T 1190.52 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0981;QD=61.0524;RBI=0.0116741;REFB=0;REVB=-0.0106358;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17659e-05;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:47:30:0:0:47:31:0:0 chr1 100203693 . G A 1549.05 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9883;QD=63.8783;RBI=0.024265;REFB=0;REVB=0.00737078;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03037e-05;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:60:35:0:0:61:36:0:0 chr1 100327026 . C T 345.97 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00538412;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.977;QD=19.2206;RBI=0.0191907;REFB=-0.0198587;REVB=-0.01842;RO=35;SAF=25;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272012;STB=0.645078;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0190936;OID=.;OPOS=100327026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:35:36:0.5:10:25:15:20:11:25:15:21 chr1 100336361 . C T 570.0 PASS AF=0.458015;AO=59;DP=130;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00150411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.178;QD=17.4046;RBI=0.0286954;REFB=-0.0106818;REVB=-0.028656;RO=67;SAF=34;SAR=25;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666414;STB=0.557105;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0108409;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:71:59:60:0.458015:25:34:34:33:25:35:34:37 chr1 100380996 . G GA 90.86 PASS AF=0.430769;AO=22;DP=72;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0370623;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.47339;QD=5.59117;RBI=0.114651;REFB=-0.107307;REVB=0.108496;RO=47;SAF=5;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311811;STB=0.652058;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.136112;OID=.;OPOS=100380997;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:22:72:28:65:37:7:21:18:19:90:47:5:17:22:25 chr1 100598866 . GC AT,TG 1136.66 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=72,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134407,-0.0201691;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=222.62,154.132;QD=59.8243;RBI=0.0283749,0.0308584;REFB=0,0;REVB=0.0249897,-0.0233549;RO=0;SAF=22,1;SAR=50,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.000524358,0.0459479;OID=.,.;OPOS=100598866,100598866;OREF=GC,GC;OALT=AT,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:72,3:73,3:0.960526,0.0394737:50,2:22,1:0:0:50,2:23,1:0:0 chr1 100672060 . T C 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.17;QD=61.8756;RBI=0.0150217;REFB=0;REVB=0.0126178;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1682e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:55:70:0:0:55:70:0:0 chr1 101005855 . T C 460.51 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0250298;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.334;QD=20.9323;RBI=0.026211;REFB=-0.0236687;REVB=0.00777988;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244288;STB=0.513508;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0201741;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:26:17:19:26:26:17 chr1 101006577 . A G 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0156508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.076;QD=18.1751;RBI=0.0160664;REFB=0.00962502;REVB=-0.00363048;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301836;STB=0.526635;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0095266;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:19:12:13:18:19:12:14:18 chr1 101007055 . C T 205.34 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00405481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.337;QD=12.8335;RBI=0.0139479;REFB=-0.011805;REVB=-0.0133455;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535855;STB=0.526295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0251611;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:15:10:13:24:15:10:14:25 chr1 101203827 . G A 1251.52 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118304;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.037;QD=61.8035;RBI=0.0144372;REFB=0;REVB=0.0082749;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77631e-06;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr1 103352451 . A G 1264.58 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1173;QD=61.6868;RBI=0.0274636;REFB=0;REVB=-0.0217291;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90282e-05;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr1 103354138 . A G 1777.97 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389047;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.393;QD=60.7852;RBI=0.00754737;REFB=0;REVB=0.00646738;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59352e-05;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:69:46:0:0:70:47:0:0 chr1 103354428 . A G 1609.92 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101211;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.139;QD=60.1839;RBI=0.0233803;REFB=0;REVB=0.0210761;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010938;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr1 103379918 . G A 709.91 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.1177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5151;QD=54.6086;RBI=0.121528;REFB=0.071384;REVB=0.0302631;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218935;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00311618;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:1:0:30:21:1:0 chr1 103444679 . T G 1078.88 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0635159;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.635;QD=56.0456;RBI=0.0744184;REFB=0.0610761;REVB=0.0387793;RO=3;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358907;STB=0.518982;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000357836;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:3:3:74:74:0.961039:38:36:0:3:38:36:0:3 chr1 103471456 . CCAT C 1090.52 PASS AF=0.649289;AO=122;DP=270;FAO=137;FDP=211;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=131;FSRF=17;FSRR=57;FWDB=-0.0518317;FXX=0.412245;HRUN=2;LEN=3;MLLD=233.433;QD=20.6734;RBI=0.0531053;REFB=-0.0150921;REVB=-0.0115608;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.727557;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0106813;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.649289:122:270:137:211:74:6:131:17:57:99:0:51:71:0:0 chr1 104087572 . C T 122.99 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00550886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.417;QD=4.82319;RBI=0.00581252;REFB=-0.00376831;REVB=-0.00185413;RO=82;SAF=9;SAR=11;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454891;STB=0.528856;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0151561;OID=.;OPOS=104087572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:82:82:20:20:0.196078:11:9:34:48:11:9:34:48 chr1 107979396 . A C 2630.65 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949354;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.444;QD=62.2639;RBI=0.0336163;REFB=0;REVB=0.0322479;RO=0;SAF=97;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1355e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:72:97:0:0:72:97:0:0 chr1 108023589 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.044053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.154;QD=14.6496;RBI=0.0466335;REFB=-0.021219;REVB=0.0152977;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0186559;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:13:14:0.424242:7:6:9:8:8:6:11:8 chr1 108113526 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3308;QD=40.7629;RBI=0.0263944;REFB=0;REVB=0.00550929;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179774;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 108113856 . G A 283.01 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0448826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.47;QD=14.8951;RBI=0.047574;REFB=-0.00559678;REVB=-0.0157746;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094606;STB=0.561186;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0108983;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:20:12:20:23:20:12:21:23 chr1 108113865 . G A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.013061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=14.9476;RBI=0.0359134;REFB=-0.000173712;REVB=-0.0334542;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128546;STB=0.572965;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-7.34319e-05;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:20:22:20:11:20:22 chr1 108115145 . T C 1264.88 PASS AF=0.965909;AO=80;DP=83;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0797255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6137;QD=57.4947;RBI=0.0941712;REFB=-0.0583386;REVB=0.0501206;RO=3;SAF=45;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724264;STB=0.504697;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0198251;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:88:3:3:80:85:0.965909:35:45:2:1:40:45:2:1 chr1 108185301 . C G 497.49 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00136264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.668;QD=26.533;RBI=0.0109633;REFB=0.000760956;REVB=-0.0108783;RO=29;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655102;STB=0.535699;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00200436;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:20:26:19:10:20:26:19:10 chr1 108185309 . G A 474.64 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0011354;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=327.916;QD=24.0321;RBI=0.00155008;REFB=0.0029556;REVB=-0.00105528;RO=34;SAF=26;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322327;STB=0.517673;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00251027;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:19:26:21:13:19:26:21:13 chr1 108313258 . C T 988.58 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0255703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1639;QD=52.7244;RBI=0.0255948;REFB=-0.160998;REVB=0.00111975;RO=5;SAF=41;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239525;STB=0.512697;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0057763;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:75:75:5:5:70:70:0.933333:29:41:2:3:29:41:2:3 chr1 108771721 . T C 115.95 PASS AF=0.147239;AO=24;DP=163;FAO=24;FDP=163;FR=.;FRO=139;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.0294693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.496;QD=2.8455;RBI=0.0318175;REFB=-0.000934448;REVB=-0.0119964;RO=138;SAF=14;SAR=10;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971568;STB=0.568288;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00445573;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:138:139:24:24:0.147239:10:14:70:68:10:14:70:69 chr1 109173710 . G A 252.69 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00474227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7155;QD=21.0572;RBI=0.0553469;REFB=-0.00579258;REVB=-0.0551434;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772338;STB=0.543441;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00314129;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:9:15:13:11:9:15:13:11 chr1 109301128 . T A 30.02 PASS AF=0.0744681;AO=7;DP=93;FAO=7;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0802097;FXX=0.0105252;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.219;QD=1.27734;RBI=0.162625;REFB=-0.0504232;REVB=0.141469;RO=61;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446154;STB=0.858982;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.191891;OID=.;OPOS=109301128;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:93:94:61:78:7:7:0.0744681:1:6:29:32:1:6:36:42 chr1 109351501 . A G,T 759.13 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=46,2;DP=48;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159448,0.00271948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.95,82.8153;QD=61.97;RBI=0.016529,0.0173006;REFB=0,0;REVB=0.00435549,-0.0170856;RO=0;SAF=22,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00281635,0.131916;OID=.,.;OPOS=109351501,109351501;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:48:49:0:0:46,2:48,1:0.979592,0.0204082:24,0:22,2:0:0:24,0:24,1:0:0 chr1 109363232 . T C 755.0 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8102;QD=54.9091;RBI=0.0609586;REFB=-0.0633249;REVB=0.0487026;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00110084;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:23:30:0:1:24:30:0:1 chr1 109377070 . C A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000139317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.021;QD=18.7769;RBI=0.0160043;REFB=-0.00267838;REVB=0.0160037;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.539846;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0028641;OID=.;OPOS=109377070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:14:12:10:16:14:12 chr1 109394564 . T C 280.06 PASS AF=0.346154;AO=35;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.011605;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.223;QD=10.7717;RBI=0.0120472;REFB=-0.0140314;REVB=0.00323372;RO=68;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038864;STB=0.514698;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.025865;OID=.;OPOS=109394564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:35:36:0.346154:21:14:25:43:22:14:25:43 chr1 109395105 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.346;QD=60.3764;RBI=0.0232634;REFB=0;REVB=0.00823621;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88669e-05;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr1 109656946 . T C 522.22 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0106082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.586;QD=15.4731;RBI=0.0120259;REFB=-0.0290048;REVB=-0.00566474;RO=78;SAF=26;SAR=31;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884818;STB=0.549521;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0325634;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:31:26:29:49:31:26:29:49 chr1 109704618 . A G 164.47 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697882;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.409;QD=46.9927;RBI=0.0245363;REFB=0;REVB=-0.0235229;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291467;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 109735298 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.765;QD=57.5452;RBI=0.0117222;REFB=0;REVB=0.0109652;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05959e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr1 109735416 . A C 551.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.523;QD=59.6369;RBI=0.0338808;REFB=0;REVB=-0.00494631;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85171e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr1 109737063 . C T 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00511639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.728;QD=53.9294;RBI=0.0481536;REFB=-0.0926063;REVB=0.047881;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00606428;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr1 109737090 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.598;QD=59.4312;RBI=0.0278108;REFB=0;REVB=0.025523;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102159;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 109737132 . T C 550.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.767;QD=59.5496;RBI=0.0357308;REFB=0;REVB=0.0107655;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099464;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:20:17:0:0 chr1 109737172 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.356;QD=58.5878;RBI=0.00646253;REFB=0;REVB=0.00631458;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86011e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 109742485 . G A 672.09 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0187132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.706;QD=52.7131;RBI=0.0193829;REFB=-0.161136;REVB=0.00505109;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014941;STB=0.515619;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00172128;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:18:31:1:0:18:31:2:0 chr1 109745618 . T C 1302.22 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1716;QD=62.0102;RBI=0.0348785;REFB=0;REVB=-0.0151513;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42597e-05;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr1 109771063 . T C 1001.67 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032678;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.69;QD=58.9218;RBI=0.121443;REFB=0;REVB=0.121399;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634427;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr1 109792735 . A ACGC 93.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0107178;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.904;QD=17.7583;RBI=0.0108455;REFB=-0.0316683;REVB=0.00165967;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0290227;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:11:22:11:21:10:8:3:5:5:79:11:8:3:6:5 chr1 109794252 . T C 1341.51 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413773;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0673;QD=62.3957;RBI=0.0423558;REFB=0;REVB=0.00905163;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036543;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr1 109795608 . T C 435.77 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.120653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6433;QD=54.4711;RBI=0.123245;REFB=0.0792364;REVB=-0.0251385;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00664743;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:1:0 chr1 109806834 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00122766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.667;QD=9.56963;RBI=0.0064607;REFB=-0.00664892;REVB=-0.00634298;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0202387;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:9:6:3:5:9:6 chr1 109807099 . G A 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00969441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.966;QD=14.9633;RBI=0.0189774;REFB=-0.00845651;REVB=-0.0163144;RO=64;SAF=17;SAR=31;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230084;STB=0.625274;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0093393;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:65:48:48:0.424779:31:17:37:27:31:17:37:28 chr1 109810544 . C A 932.11 PASS AF=0.511111;AO=87;DP=175;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.0585935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.965;QD=20.7135;RBI=0.0586959;REFB=-0.019457;REVB=0.00346478;RO=86;SAF=43;SAR=44;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892695;STB=0.549387;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0164032;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:86:88:87:92:0.511111:44:43:51:35:48:44:51:37 chr1 109816176 . A C 171.35 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.685;QD=45.6938;RBI=0.069773;REFB=0;REVB=-0.00263052;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362843;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:9:4:0:0:10:5:0:0 chr1 109818263 . G A 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.318;QD=62.3766;RBI=0.0205513;REFB=0;REVB=-0.000943671;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33949e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:63:67:0:0:63:67:0:0 chr1 109825360 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.445;QD=55.0981;RBI=0.00976453;REFB=0;REVB=0.00902908;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7253e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 109836835 . A G 141.25 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00495326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.504;QD=13.1395;RBI=0.00937693;REFB=-0.00953103;REVB=-0.00796192;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25702;STB=0.627757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.01738;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:7:8:8:19:8:8:8:19 chr1 109836842 . C G 336.02 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0199103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9161;QD=28.0018;RBI=0.0610854;REFB=0.0382113;REVB=-0.0577495;RO=19;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167754;STB=0.592757;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0232908;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:20:9:10:9:20:9:10:9 chr1 109838918 . C T 1401.96 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5684;QD=62.3092;RBI=0.0233163;REFB=0;REVB=0.0215806;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166775;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:32:56:0:0:33:57:0:0 chr1 109839433 . A G 2008.03 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.828;QD=62.2646;RBI=0.00763191;REFB=0;REVB=0.00726716;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64857e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:69:59:0:0:69:60:0:0 chr1 109856306 . G A 534.1 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0145549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4054;QD=15.5942;RBI=0.0145568;REFB=-0.0167448;REVB=-0.000237337;RO=75;SAF=22;SAR=36;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220127;STB=0.515644;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0179489;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:79:58:58:0.423358:36:22:30:45:36:22:32:47 chr1 109856384 . CAA ACA,C 1158.52 PASS AF=0,1;AO=3,57;DP=77;FAO=0,82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112112,0.200951;FXX=0.0120467;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=6.75624,27.0479;QD=56.513;RBI=0.112665,0.200966;REFB=0,0;REVB=-0.011151,0.00246715;RO=0;SAF=2,11;SAR=1,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.02543,0.00723654;OID=.,.;OPOS=109856384,109856385;OREF=CA,AA;OALT=AC,-;OMAPALT=ACA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:77:82:0:0:3,57:0,82:0,1:1,46:2,11:0:0:0,55:0,27:0:0 chr1 109884775 . T G 1843.17 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00470307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.239;QD=60.4319;RBI=0.0440476;REFB=0.0600825;REVB=0.0437958;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000755586;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:68:53:0:0:68:53:1:0 chr1 109897103 . A G 2290.89 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406353;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.994;QD=63.636;RBI=0.0553381;REFB=0;REVB=0.0551887;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156491;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:81:62:0:0:81:63:0:0 chr1 110036836 . C T 87.43 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.030328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7486;QD=13.4506;RBI=0.0335523;REFB=-0.023315;REVB=-0.0143515;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0307524;OID=.;OPOS=110036836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:9:6:5:6:9:6 chr1 110086451 . GG AG,TC 125.74 PASS AF=0.684211,0;AO=13,2;DP=20;FAO=13,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=11,0;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00400799,-0.00137805;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=171.293,154.838;QD=26.472;RBI=0.0443674,0.0485596;REFB=-0.0699762,-0.043567;REVB=-0.044186,-0.04854;RO=4;SAF=11,0;SAR=2,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0729841,-0.687939;STB=0.662361,0.5;STBP=0.115,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000847397,0;OID=.,.;OPOS=110086451,110086451;OREF=G,GG;OALT=A,TC;OMAPALT=AG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:20:19:4:6:13,2:13,0:0.684211,0:2,2:11,0:3:1:2,0:11,0:3:3 chr1 110087405 . T C 216.34 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00888459;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.937;QD=15.1817;RBI=0.0399505;REFB=-0.00679052;REVB=0.03895;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195899;STB=0.503647;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00450116;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:32:25:25:0.438596:15:10:13:18:15:10:13:19 chr1 110134210 . TA T 144.76 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0280186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.6494;QD=8.39202;RBI=0.0859068;REFB=0.00574815;REVB=-0.0812092;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142937;STB=0.588429;STBP=0.269;TYPE=del;VARB=-0.0142576;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376812:26:69:26:69:43:12:14:26:17:99:42:12:14:25:17 chr1 110136458 . A G 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0103157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.404;QD=20.0828;RBI=0.0135222;REFB=-0.0145431;REVB=0.00874281;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273174;STB=0.515144;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0143966;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:17:21:21:15:17:21:21:15 chr1 110148974 . C T 416.27 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0251483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.18;QD=19.5892;RBI=0.032896;REFB=-0.00153918;REVB=-0.0212065;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152541;STB=0.590865;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00119543;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:26:16:23:19:26:16:24:19 chr1 110151395 . G T 508.82 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00777096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.475;QD=18.172;RBI=0.0219387;REFB=0.0116242;REVB=-0.0205163;RO=58;SAF=21;SAR=33;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966347;STB=0.5534;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0124649;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:33:21:17:41:33:21:17:41 chr1 110162918 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00186952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.056;QD=8.92369;RBI=0.00966287;REFB=-0.0116167;REVB=0.00948029;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141045;STB=0.594047;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0152858;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:13:6:18:24:13:6:19:24 chr1 110163879 . G A 611.62 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0637359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.302;QD=16.7568;RBI=0.0656879;REFB=-0.0223491;REVB=-0.0158944;RO=80;SAF=34;SAR=30;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154934;STB=0.578699;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0342282;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:80:82:64:64:0.438356:30:34:30:50:30:34:32:50 chr1 110170896 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7097;QD=60.883;RBI=0.022024;REFB=0;REVB=0.0218837;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121716;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr1 110201699 . T C 2199.71 PASS AF=0.955975;AO=152;DP=159;FAO=152;FDP=159;FR=.;FRO=7;FSAF=60;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0131388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9861;QD=55.3386;RBI=0.0604094;REFB=0.00899079;REVB=-0.0589633;RO=7;SAF=60;SAR=92;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295857;STB=0.501557;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00034492;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:159:159:7:7:152:152:0.955975:92:60:3:4:92:60:3:4 chr1 110201809 . G T 2283.11 PASS AF=0.979866;AO=145;DP=150;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00183203;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.322;QD=61.2916;RBI=0.0193837;REFB=0.0244695;REVB=-0.0192969;RO=3;SAF=53;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152528;STB=0.50802;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00179368;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:149:3:3:145:146:0.979866:92:53:0:3:92:54:0:3 chr1 110201812 . A G 2338.22 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403299;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.182;QD=63.1953;RBI=0.0469736;REFB=-0.135497;REVB=0.0240834;RO=0;SAF=57;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000331998;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:0:1:147:147:0.993243:90:57:0:0:90:57:0:1 chr1 110210780 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.049;QD=54.5172;RBI=0.0340809;REFB=0;REVB=-0.00487643;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123654;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 110233138 . G C 1331.45 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0440442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.28;QD=60.5204;RBI=0.0510481;REFB=-0.116996;REVB=-0.0258072;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101887;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000741744;OID=.;OPOS=110233138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:86:87:0.988636:40:46:1:0:40:47:1:0 chr1 110279701 . C T 188.37 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00450292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.12;QD=20.9297;RBI=0.0280339;REFB=-0.0158361;REVB=0.0276699;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410947;STB=0.730107;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0198092;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:14:3:13:6:14:3 chr1 110282972 . G T 277.38 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0354749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.469;QD=18.4921;RBI=0.0357965;REFB=-0.0162409;REVB=0.00478811;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431062;STB=0.754352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00833155;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:30:30:30:0.5:23:7:20:8:23:7:22:8 chr1 110295772 . T C 239.16 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0128353;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.027;QD=26.5732;RBI=0.073698;REFB=-0.0301485;REVB=0.0725717;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229521;STB=0.626755;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0153536;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:11:3:12:10:11:3 chr1 110300441 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0148404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.665;QD=22.322;RBI=0.0206852;REFB=0.0010823;REVB=-0.0144097;RO=23;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171916;STB=0.594146;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000714309;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:9:21:20:3:9:21:20:3 chr1 110300504 . A G 994.1 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5527;QD=57.6287;RBI=0.0309921;REFB=-0.0153858;REVB=-0.0103767;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178302;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-5.18402e-06;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:26:42:0:1:26:42:0:1 chr1 110466338 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.303;QD=56.1916;RBI=0.0241072;REFB=0;REVB=-0.0122265;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70192e-05;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 110466466 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0328847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.477;QD=19.6964;RBI=0.0674209;REFB=-0.00795534;REVB=-0.0588573;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849174;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00488272;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:12:9:11:10:12:9:12:10 chr1 110466709 . T C 3366.69 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633678;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8102;QD=62.0588;RBI=0.063466;REFB=-0.0705612;REVB=-0.00352985;RO=1;SAF=106;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106916;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:1:0:217:217:1:111:106:0:1:111:106:0:0 chr1 110467745 . A G 1361.87 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138811;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.695;QD=62.6145;RBI=0.0258413;REFB=0;REVB=-0.025804;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04708e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr1 110655341 . GGC G 96.34 PASS AF=0.292683;AO=19;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00204995;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=2;MLLD=19.3162;QD=4.69941;RBI=0.298784;REFB=-0.102146;REVB=-0.298777;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=13;SSEN=0.393939;SSEP=0;SSSB=-0.0754266;STB=0.809404;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.194001;OID=.;OPOS=110655342;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:19:82:24:82:58:21:3:30:28:96:42:12:7:29:13 chr1 110717526 . G A 356.37 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00281468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.659;QD=19.2633;RBI=0.0153618;REFB=-0.00816249;REVB=0.0151018;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793384;STB=0.54399;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00751687;OID=.;OPOS=110717526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:23:14:11:26:23:14:11:26 chr1 110882444 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.947;QD=39.2066;RBI=0.0474274;REFB=0;REVB=0.0151543;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075713;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 110883569 . A T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0743098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7433;QD=13.3416;RBI=0.0781302;REFB=0.00219131;REVB=0.0241328;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15937;STB=0.591897;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00508453;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:15:17:8:13:15:17 chr1 110883917 . A G 185.58 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0048271;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.164;QD=18.1055;RBI=0.00574885;REFB=0.00279495;REVB=-0.00312223;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144918;STB=0.565145;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00403165;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:22:19:19:0.463415:5:14:14:9:5:14:14:8 chr1 110924353 . G A 278.4 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0132349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.67;QD=19.886;RBI=0.0362629;REFB=-0.00864843;REVB=0.0337614;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837786;STB=0.553536;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00468213;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:29:30:0.535714:15:14:10:16:15:15:10:16 chr1 110949720 . C T 647.57 PASS AF=0.643678;AO=56;DP=87;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00245125;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2342;QD=29.7734;RBI=0.00482764;REFB=-0.00793163;REVB=-0.00415902;RO=31;SAF=37;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573964;STB=0.531169;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00184872;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:31:56:56:0.643678:19:37:18:13:19:37:18:13 chr1 110998854 . G A 195.1 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00132578;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.93;QD=8.39148;RBI=0.00704242;REFB=-0.00778879;REVB=-0.0069165;RO=67;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198324;STB=0.61756;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0167584;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:67:67:26:26:0.27957:12:14:25:42:12:14:25:42 chr1 111060669 . T C 1281.29 PASS AF=1;AO=70;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.87;QD=61.7488;RBI=0.0336107;REFB=0;REVB=0.0298717;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96731e-05;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:70:83:1:43:27:0:0:43:40:0:0 chr1 111061011 . C A 1498.74 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190536;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.795;QD=62.4476;RBI=0.023712;REFB=-0.0226071;REVB=0.0141145;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104202;STB=0.505375;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000115227;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:49:45:1:0:49:46:1:0 chr1 111061062 . T C 1482.26 PASS AF=0.945455;AO=105;DP=111;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00269361;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=339.221;QD=53.9004;RBI=0.0158202;REFB=-0.0246322;REVB=-0.0155892;RO=4;SAF=53;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170669;STB=0.508571;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000828824;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:111:110:4:6:105:104:0.945455:52:53:3:1:51:53:4:2 chr1 111144661 . A G 851.94 PASS AF=0.616;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00327177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.306;QD=27.2619;RBI=0.00400385;REFB=-0.00597127;REVB=-0.00230789;RO=48;SAF=41;SAR=36;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661698;STB=0.53584;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00210059;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:48:48:77:77:0.616:36:41:30:18:36:41:30:18 chr1 111216262 . C T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0273807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.517;QD=19.8666;RBI=0.0285011;REFB=0.00332517;REVB=0.00791273;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649169;STB=0.535945;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00278084;OID=.;OPOS=111216262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:24:10:13:23:24:10 chr1 111726869 . G A 457.6 PASS AF=0.5;AO=42;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0278316;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2581;QD=20.3376;RBI=0.0294436;REFB=-0.0134899;REVB=-0.00960879;RO=44;SAF=32;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168222;STB=0.57891;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0244197;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:45:42:45:0.5:10:32:27:17:12:33:27:18 chr1 111773568 . G C 245.51 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0172581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3678;QD=20.0417;RBI=0.0207041;REFB=-0.00374778;REVB=-0.0114375;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153055;STB=0.595593;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00622624;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:23:24:0.489796:14:9:6:19:14:10:6:19 chr1 111783996 . A G 1880.73 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00891597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.855;QD=60.6687;RBI=0.0147859;REFB=-0.112025;REVB=0.0117953;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.503875;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.20615e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:64:59:0:1:64:59:0:1 chr1 111833488 . C CCT 2056.27 PASS AF=0.957746;AO=131;DP=148;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0117979;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=2;MLLD=287.359;QD=57.9232;RBI=0.025213;REFB=-0.0698696;REVB=0.0222825;RO=12;SAF=67;SAR=64;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247017;STB=0.51378;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=0.00188239;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.957746:131:148:136:142:6:69:67:5:1:11:12:67:64:8:4 chr1 111833517 . G A 2291.42 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.904;QD=63.6506;RBI=0.0424635;REFB=0;REVB=0.0317427;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11964e-06;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:142:144:1:77:65:0:0:77:67:0:0 chr1 111857154 . T C 566.31 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00424902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.427;QD=24.6221;RBI=0.01302;REFB=-0.0116204;REVB=0.0123071;RO=37;SAF=33;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963237;STB=0.54998;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0127705;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:37:40:52:52:0.565217:19:33:19:18:19:33:21:19 chr1 111858444 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0025877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.517;QD=16.8245;RBI=0.0209089;REFB=-0.000395296;REVB=-0.0207482;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839644;STB=0.5479;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000295372;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:17:11:10:11:17:11 chr1 111861841 . A G 499.45 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0214386;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.788;QD=21.0293;RBI=0.0220013;REFB=-0.00896325;REVB=0.00494437;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226984;STB=0.629162;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00697366;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:46:47:48:48:0.505263:22:26:13:33:22:26:13:34 chr1 111861974 . T C 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00107195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.128;QD=21.8063;RBI=0.00383159;REFB=-0.00789834;REVB=0.00367859;RO=39;SAF=25;SAR=20;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227448;STB=0.629765;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00751092;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:20:25:11:28:20:25:11:29 chr1 111862952 . T G 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0836602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.523;QD=11.7338;RBI=0.0880094;REFB=0.000225698;REVB=-0.0273245;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618179;STB=0.535689;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00316122;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:24:26:13:15:24:26 chr1 111893958 . A G 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0148606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.695;QD=28.7715;RBI=0.0270075;REFB=0.0039441;REVB=0.0225514;RO=18;SAF=22;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360438;STB=0.699377;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0038177;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:7:22:5:13:7:22:5:13 chr1 111957097 . C G 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.000864221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4199;QD=24.7599;RBI=0.0142014;REFB=0.00783322;REVB=0.014175;RO=30;SAF=27;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207597;STB=0.619885;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00435057;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:17:27:10:20:17:27:10:21 chr1 111957311 . G C 232.41 PASS AF=0.378378;AO=10;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.019843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4153;QD=12.5626;RBI=0.0260914;REFB=-0.00538877;REVB=0.0169416;RO=43;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641825;STB=0.522805;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00562691;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:46:10:28:0.378378:1:9:15:28:18:10:18:28 chr1 111957693 . A G 262.67 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0346006;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5018;QD=14.0093;RBI=0.0522444;REFB=0.00180787;REVB=0.0391442;RO=45;SAF=6;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394123;STB=0.727107;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00221822;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:24:6:24:21:24:6:24:21 chr1 111968121 . C T 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00854414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.448;QD=13.9184;RBI=0.0186766;REFB=-0.00728183;REVB=-0.0166077;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512257;STB=0.529239;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0118993;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:16:21:16:10:16:21 chr1 111969294 . A G 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0123988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.935;QD=13.9503;RBI=0.0245738;REFB=-0.00747368;REVB=-0.0212166;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191082;STB=0.608042;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0077984;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:14:32:16:15:14:32 chr1 111969432 . C G 55.73 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00253679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1388;QD=11.1464;RBI=0.0593059;REFB=0.0281591;REVB=0.0592516;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0140566;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:12:12:7:8:0.4:3:4:5:7:4:4:5:7 chr1 111969719 . A G 167.65 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00558035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.613;QD=13.4118;RBI=0.00570458;REFB=-0.0244135;REVB=0.00118406;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276363;STB=0.533863;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0397974;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:10:8:13:18:10:9:13:18 chr1 111991845 . C A 684.56 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.000187142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.297;QD=26.3292;RBI=0.000448451;REFB=-0.0184639;REVB=-0.000407537;RO=40;SAF=39;SAR=25;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695822;STB=0.50378;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0114275;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:40:64:64:0.615385:25:39:24:16:25:39:24:16 chr1 111992095 . C T 810.86 PASS AF=0.437811;AO=89;DP=201;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0252626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6538;QD=16.1364;RBI=0.0378618;REFB=-0.00376935;REVB=-0.0282014;RO=112;SAF=47;SAR=42;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728138;STB=0.535117;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00608617;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:113:89:88:0.437811:42:47:51:61:42:46:52:61 chr1 112029193 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.774;QD=57.2368;RBI=0.0265562;REFB=0;REVB=-0.0100366;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47959e-05;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr1 112033285 . G C 520.34 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00166889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7137;QD=20.4056;RBI=0.0159284;REFB=-0.011871;REVB=0.0158407;RO=49;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576;STB=0.531719;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0107101;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:24:29:30:19:24:29:30:19 chr1 112042632 . A G 1105.8 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0233752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8111;QD=55.2898;RBI=0.0490187;REFB=-0.118562;REVB=0.0430863;RO=4;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248618;STB=0.513154;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0195631;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:80:4:4:76:76:0.95:37:39:1:3:37:39:1:3 chr1 112269872 . G A 594.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.316;QD=61.0186;RBI=0.0666959;REFB=0;REVB=0.0659975;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156803;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:15:24:0:0 chr1 112308953 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0338596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.599;QD=29.0285;RBI=0.0352623;REFB=-0.042197;REVB=0.00984655;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310974;STB=0.517222;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0220991;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:8:10:4:4:8:10:4:4 chr1 112308972 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00900692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.132;QD=25.3616;RBI=0.0389086;REFB=0.0353139;REVB=-0.0378518;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162296;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00807932;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:5:3:6:9:5:3 chr1 112539061 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.479;QD=56.9999;RBI=0.0622633;REFB=0;REVB=0.0613117;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218813;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 112991698 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0421394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.684;QD=22.9575;RBI=0.0421476;REFB=-0.0108129;REVB=0.000834338;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361811;STB=0.702946;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0101175;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:9:2:11:5:9:2 chr1 112999227 . G A 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0517344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0943;QD=60.1571;RBI=0.103458;REFB=-0.0695214;REVB=-0.0895943;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00317607;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr1 113000565 . A G 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00405664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.446;QD=19.2769;RBI=0.0274052;REFB=-0.0274631;REVB=0.0271033;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010286;STB=0.52157;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0322035;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:30:33:34:34:0.507463:20:14:12:18:20:14:15:18 chr1 113000946 . GGTCA G 398.97 PASS AF=0.904762;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0314059;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=324.257;QD=37.9969;RBI=0.0319087;REFB=-0.00528514;REVB=0.00564215;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505061;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=0.000382725;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.904762:36:36:38:42:4:21:17:2:2:10:0:19:17:0:0 chr1 113063125 . A G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000673193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.371;QD=19.4997;RBI=0.0129767;REFB=-0.0225801;REVB=-0.0129593;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209771;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:15:15:16:16:15:15 chr1 113083439 . C T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0213013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7093;QD=14.0942;RBI=0.0668642;REFB=0.00350716;REVB=-0.0633804;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00778378;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:7:10:7:6:7:11 chr1 113098534 . C T 537.75 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.016693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0395;QD=24.1683;RBI=0.0293202;REFB=-0.0231112;REVB=-0.0241043;RO=39;SAF=30;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211742;STB=0.616025;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148546;OID=.;OPOS=113098534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:20:30:13:26:20:30:13:26 chr1 113196208 . A T 227.72 PASS AF=0.544118;AO=18;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.068686;FXX=0.0285673;HRUN=9;LEN=1;MLLD=12.5429;QD=13.3956;RBI=0.144129;REFB=-0.0466648;REVB=0.12671;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217041;STB=0.530595;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0275903;OID=.;OPOS=113196208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:25:31:18:37:0.544118:10:8:6:19:26:11:11:20 chr1 113247713 . G A 382.34 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00875707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.272;QD=33.9861;RBI=0.0135015;REFB=-0.0202192;REVB=-0.0102763;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366094;STB=0.524983;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00909441;OID=.;OPOS=113247713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:29:30:0.666667:13:16:8:5:14:16:8:5 chr1 113255389 . C T 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.595;QD=54.7452;RBI=0.0106463;REFB=-0.0520373;REVB=-0.00277372;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=4.77898e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:24:29:0:0:24:29:0:1 chr1 113456546 . A T 2064.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.977;QD=62.5724;RBI=0.0165889;REFB=0;REVB=-0.00127065;RO=0;SAF=77;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39958e-05;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:55:77:0:0:55:77:0:0 chr1 113657092 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.876;QD=50.4135;RBI=0.00815554;REFB=0;REVB=0.00266942;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70865e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 114196495 . A G 458.76 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00173483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.923;QD=20.8528;RBI=0.0103787;REFB=-0.022648;REVB=-0.0102326;RO=43;SAF=14;SAR=31;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22918;STB=0.627205;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0143885;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:31:14:24:19:31:14:24:19 chr1 114240319 . T TA 248.09 PASS AF=0.581818;AO=29;DP=57;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0550974;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.672;QD=18.0428;RBI=0.0772644;REFB=-0.00126269;REVB=-0.054167;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11784;STB=0.576425;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=-0.00408258;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:29:57:32:55:23:18:14:17:6:99:25:17:12:18:7 chr1 114301256 . TAA ATA,TA,T 439.72 PASS AF=0,0.828767,0;AO=6,64,23;DP=147;FAO=0,121,0;FDP=146;FR=.;FRO=25;FSAF=0,65,0;FSAR=0,56,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0856475,0.233154,0.114948;FXX=0.0135126;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=15.8842,6.62174,8.72544;QD=12.0472;RBI=0.177709,0.281881,0.141278;REFB=0.0311267,0.146423,0.0751356;REVB=-0.155708,-0.158418,-0.0821373;RO=39;SAF=0,39,4;SAR=6,25,19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.714448,-0.042427,-0.545586;STB=0.5,0.509831,0.5;STBP=1,0.617,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0412431,0.00681174,0.000198452;OID=.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:147:146:39:25:6,64,23:0,121,0:0,0.828767,0:6,25,19:0,39,4:26:13:0,56,0:0,65,0:12:13 chr1 114301335 . C T 1339.18 PASS AF=0.576037;AO=124;DP=217;FAO=125;FDP=217;FR=.;FRO=92;FSAF=80;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0251334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.572;QD=24.6853;RBI=0.0257385;REFB=-0.0233858;REVB=0.00554836;RO=91;SAF=80;SAR=44;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882108;STB=0.543318;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0168915;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:91:92:124:125:0.576037:44:80:49:42:45:80:50:42 chr1 114354789 . CGG CGC,CG 670.77 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=6,43;DP=75;FAO=6,68;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=6,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283491,0.65714;FXX=0.0133316;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=131.032,13.2857;QD=36.2579;RBI=0.06622,0.65854;REFB=0.0180153,-0.0833368;REVB=-0.059845,0.0429211;RO=18;SAF=0,4;SAR=6,39;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0.321192;SSEP=0,0;SSSB=-0.811422,-0.571546;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.112243,0.00879742;OID=.,.;OPOS=114354791,114354790;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0810811,0.918919:6,43:75:6,68:74:0:0,23:6,45:0:0:24:18:0,4:6,39:15:3 chr1 114377568 . A G 571.38 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.018;QD=60.1457;RBI=0.05309;REFB=0;REVB=0.0255065;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283567;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr1 114424601 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0096;QD=59.4355;RBI=0.0201463;REFB=0;REVB=-0.00068529;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356918;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr1 114448389 . C T 540.82 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00993723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.153;QD=16.5136;RBI=0.0108594;REFB=-0.00424051;REVB=-0.0043793;RO=73;SAF=26;SAR=32;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313292;STB=0.517491;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00805912;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:32:26:35:38:32:26:35:38 chr1 114449662 . T C 449.19 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00146324;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.639;QD=12.8341;RBI=0.00754499;REFB=0.00195886;REVB=0.00740174;RO=88;SAF=27;SAR=25;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869955;STB=0.504949;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00345639;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:88:88:52:52:0.371429:25:27:45:43:25:27:45:43 chr1 114505000 . G A 395.72 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00741648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1189;QD=17.3941;RBI=0.0349233;REFB=0.00914189;REVB=-0.0341267;RO=46;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16692;STB=0.583247;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0126385;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:50:41:41:0.450549:25:16:26:20:25:16:27:23 chr1 114515717 . G A 79.84 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0149089;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.569;QD=22.8127;RBI=0.03128;REFB=0.00694007;REVB=-0.0274985;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.589973;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00474312;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:4:1:4:5:4:1 chr1 114680540 . C T 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0774965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.656;QD=16.4055;RBI=0.077923;REFB=-0.00800472;REVB=-0.00814214;RO=37;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280763;STB=0.658576;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00435889;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:22:9:21:16:22:9:21:16 chr1 114948281 . A G 1035.25 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0179666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.235;QD=52.4179;RBI=0.0182805;REFB=-0.0423203;REVB=0.00337297;RO=6;SAF=39;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288572;STB=0.515295;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00380784;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:6:6:73:73:0.924051:34:39:2:4:34:39:2:4 chr1 114973429 . T C 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0332061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7956;QD=14.4731;RBI=0.0429855;REFB=-0.0114501;REVB=0.0272966;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981684;STB=0.505572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0213183;OID=.;OPOS=114973429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:16:14:20:22:16:14:20:22 chr1 115537933 . A G 127.14 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0112107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4201;QD=11.558;RBI=0.0553715;REFB=-0.00625951;REVB=0.0542247;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168599;STB=0.599867;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0148046;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:16:13:9:6:16:13 chr1 115576023 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3642;QD=60.2029;RBI=0.0136856;REFB=0;REVB=-0.00441115;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62821e-05;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr1 115590998 . T C 1068.45 PASS AF=0.444;AO=109;DP=247;FAO=111;FDP=250;FR=.;FRO=139;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0527651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0389;QD=17.0951;RBI=0.0639368;REFB=-0.0168703;REVB=0.0361076;RO=138;SAF=55;SAR=54;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461579;STB=0.504504;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0177488;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:138:139:109:111:0.444:54:55:69:69:55:56:69:70 chr1 115591058 . T C 1379.34 PASS AF=0.503571;AO=132;DP=272;FAO=141;FDP=280;FR=.;FRO=139;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=-0.00752685;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.9;QD=19.7048;RBI=0.0198354;REFB=-0.00645786;REVB=0.0183518;RO=139;SAF=53;SAR=79;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221558;STB=0.517796;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00578418;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:280:139:139:132:141:0.503571:79:53:59:80:86:55:59:80 chr1 115604798 . C T 195.53 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00629586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.12;QD=15.6421;RBI=0.069139;REFB=-0.00854214;REVB=0.0688518;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309619;STB=0.677109;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0185465;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:19:19:0.38:11:8:21:8:11:8:21:8 chr1 116149152 . G A 2413.01 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.236;QD=60.7047;RBI=0.0330852;REFB=0;REVB=0.0328324;RO=1;SAF=85;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15517e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:1:0:158:159:1:73:85:0:1:74:85:0:0 chr1 116164595 . G A 508.64 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00139599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.941;QD=18.4961;RBI=0.00139843;REFB=-0.00130525;REVB=-8.25143e-05;RO=56;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604052;STB=0.527973;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00160919;OID=.;OPOS=116164595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:56:53:54:0.490909:29:24:29:27:29:25:29:27 chr1 116234313 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.173;QD=60.3766;RBI=0.0490167;REFB=0;REVB=0.0161154;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131233;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr1 116234505 . A G 1208.0 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.513;QD=60.4;RBI=0.0688565;REFB=0;REVB=-0.00315597;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162964;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:44:36:0:0 chr1 116239633 . T G 725.45 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0253775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5537;QD=20.7271;RBI=0.0560496;REFB=-0.0184033;REVB=0.0499754;RO=69;SAF=34;SAR=37;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383732;STB=0.521121;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0203822;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:37:34:36:33:37:34:36:33 chr1 116260532 . A T 1175.26 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0301379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.061;QD=55.3064;RBI=0.0310182;REFB=-0.0720022;REVB=0.00733734;RO=2;SAF=25;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363722;STB=0.503841;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00104054;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:85:85:2:4:80:81:0.952941:55:25:2:0:55:26:1:3 chr1 116310967 . T C 1480.21 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.919;QD=58.6223;RBI=0.0246297;REFB=0.0612471;REVB=0.0235797;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870378;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=5.7487e-05;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:54:45:0:1:55:45:0:1 chr1 116382318 . A G 516.43 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=-0.0581135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3041;QD=13.1574;RBI=0.073461;REFB=-0.0222519;REVB=-0.044937;RO=96;SAF=26;SAR=35;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809722;STB=0.545637;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0248085;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:35:26:34:62:35:26:34:62 chr1 116382511 . A T 1515.65 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7194;QD=62.5012;RBI=0.0276037;REFB=-0.084381;REVB=0.0245282;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=9.35845e-05;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:47:49:0:1:47:49:0:1 chr1 116382778 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2895;QD=61.535;RBI=0.0977433;REFB=0;REVB=0.0826725;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829394;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr1 116383300 . T C 198.35 PASS AF=0.944444;AO=18;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00382668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0489;QD=44.0781;RBI=0.051142;REFB=-0.0257416;REVB=-0.0509986;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00018828;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:18:17:0.944444:13:5:0:0:13:4:1:0 chr1 116384090 . G A 428.22 PASS AF=0.545455;AO=33;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.023057;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.517;QD=22.2452;RBI=0.0263894;REFB=-0.0174997;REVB=0.0128364;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105856;STB=0.513302;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0170415;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:33:42:0.545455:17:16:21:14:18:24:21:14 chr1 116384580 . C T 699.84 PASS AF=0.557377;AO=67;DP=120;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0434758;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1458;QD=22.9456;RBI=0.0466089;REFB=-0.0299169;REVB=0.0168;RO=53;SAF=29;SAR=38;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107818;STB=0.558806;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0250581;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:53:54:67:68:0.557377:38:29:30:23:38:30:31:23 chr1 116385122 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0467019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.958;QD=13.9484;RBI=0.0472936;REFB=0.00169457;REVB=-0.00745802;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526477;STB=0.513259;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00257439;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:11:6:8:18:11:6:9:18 chr1 116385288 . C T 54.3 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0152787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.13;QD=8.6881;RBI=0.0391473;REFB=-0.0153005;REVB=-0.0360427;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323425;STB=0.701598;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.021552;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:8:9:2:6:8:9 chr1 116385466 . CA CG,GG 244.0 PASS AF=0.482759,0;AO=16,3;DP=58;FAO=28,0;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12,0;FSAR=16,0;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00486626,-0.00746473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=171.529,184.361;QD=16.8277;RBI=0.0069402,0.0189103;REFB=0.00313315,0.00759694;REVB=0.00494832,-0.0173746;RO=30;SAF=11,0;SAR=5,3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144552,-0.575357;STB=0.571378,0.5;STBP=0.324,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0063364,0.0541833;OID=.,.;OPOS=116385467,116385466;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:16,3:28,0:0.482759,0:5,3:11,0:17:13:16,0:12,0:17:13 chr1 116386105 . G A 838.25 PASS AF=0.448454;AO=87;DP=193;FAO=87;FDP=194;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0253598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6106;QD=17.2834;RBI=0.0395766;REFB=-0.0154119;REVB=-0.030384;RO=105;SAF=52;SAR=35;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.592712;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.019295;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:105:107:87:87:0.448454:35:52:46:59:35:52:46:61 chr1 116386139 . G A 3635.86 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869361;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0775;QD=62.1514;RBI=0.0137728;REFB=-0.0145278;REVB=0.0106823;RO=0;SAF=113;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4721e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22442e-05;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:223:234:0:0:221:234:1:108:113:0:0:116:118:0:0 chr1 116386243 . C T 1364.29 PASS AF=0.492806;AO=137;DP=275;FAO=137;FDP=278;FR=.;FRO=141;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=-0.0584376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6479;QD=19.6301;RBI=0.063252;REFB=0.0109995;REVB=-0.0242048;RO=138;SAF=69;SAR=68;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430863;STB=0.528734;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0115739;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:278:138:141:137:137:0.492806:68:69:76:62:68:69:79:62 chr1 116569530 . G C 933.84 PASS AF=0.559006;AO=90;DP=161;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00445893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1592;QD=23.2009;RBI=0.0392584;REFB=0.0114101;REVB=0.0390044;RO=71;SAF=51;SAR=39;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071521;STB=0.538998;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00667926;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:71:71:90:90:0.559006:39:51:34:37:39:51:34:37 chr1 116605423 . C T 344.74 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0508679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8287;QD=21.8881;RBI=0.0584973;REFB=-0.00434285;REVB=0.0288858;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.550696;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00346268;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:16:19:11:16:16:19:12:16 chr1 116610388 . A G 746.65 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.904;QD=63.5446;RBI=0.0349846;REFB=0;REVB=0.00706693;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209761;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr1 116670774 . A G 199.79 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.000274451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.004;QD=19.9788;RBI=0.00820421;REFB=-0.0097399;REVB=0.00819962;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.599904;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00706534;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:13:6:10:10:14:6 chr1 116769830 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0294432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5034;QD=16.0426;RBI=0.0298533;REFB=0.024957;REVB=0.0049315;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904698;STB=0.551833;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.030827;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:10:16:10:9:10:16 chr1 116931628 . C A 288.19 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0184453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4253;QD=11.192;RBI=0.0649933;REFB=0.00125393;REVB=-0.062321;RO=65;SAF=11;SAR=25;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360391;STB=0.714547;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00507874;OID=.;OPOS=116931628;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:67:36:36:0.349515:25:11:41:24:25:11:43:24 chr1 116947051 . G A 1018.54 PASS AF=0.464912;AO=105;DP=226;FAO=106;FDP=228;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=72;FSRR=50;FWDB=0.0177927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4078;QD=17.8692;RBI=0.0278367;REFB=0.00138239;REVB=-0.0214079;RO=120;SAF=47;SAR=58;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130506;STB=0.573109;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00126958;OID=.;OPOS=116947051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:120:122:105:106:0.464912:58:47:70:50:58:48:72:50 chr1 116952787 . C T 353.87 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0766486;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5694;QD=12.0981;RBI=0.0850769;REFB=-0.000131374;REVB=-0.0369198;RO=73;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195776;STB=0.606406;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000909903;OID=.;OPOS=116952787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:73:74:43:43:0.367521:20:23:26:47:20:23:27:47 chr1 116995178 . C T 297.81 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0182929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.865;QD=15.8834;RBI=0.0260239;REFB=-0.0182629;REVB=-0.0185099;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015053;STB=0.508483;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.018008;OID=.;OPOS=116995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:21:21:17:16:21:21 chr1 116995182 . A T 272.64 PASS AF=0.418919;AO=32;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0220886;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4388;QD=14.7374;RBI=0.0242509;REFB=-0.0199557;REVB=0.0100099;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199285;STB=0.51091;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0335955;OID=.;OPOS=116995182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:32:31:0.418919:17:15:21:22:16:15:20:23 chr1 117122130 . T C,G 1539.14 PASS AF=0.928571,0.0357143;AO=102,5;DP=111;FAO=104,4;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=53,2;FSAR=51,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00419008,0.00591197;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.325,31.4328;QD=54.9694;RBI=0.013042,0.031059;REFB=0.00623074,-0.0537604;REVB=0.0123505,-0.0304912;RO=3;SAF=53,1;SAR=49,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0101028,-0.116878;STB=0.509614,0.624412;STBP=0.364,0.611;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000624623,0.0283438;OID=.,.;OPOS=117122130,117122130;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:112:3:4:102,5:104,4:0.928571,0.0357143:49,4:53,1:1:2:51,2:53,2:1:3 chr1 117142613 . C T 47.5 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=62;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0358885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8906;QD=3.01577;RBI=0.0565696;REFB=0.00780762;REVB=-0.043728;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235485;STB=0.609518;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0292366;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:63:54:54:8:9:0.142857:5:3:31:23:5:4:31:23 chr1 117142641 . G A 107.36 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00713455;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.213;QD=4.38201;RBI=0.0183364;REFB=-0.00364541;REVB=-0.0168915;RO=80;SAF=7;SAR=11;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202161;STB=0.630194;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0244435;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:80:80:18:18:0.183673:11:7:44:36:11:7:44:36 chr1 117142700 . C A 310.61 PASS AF=0.27439;AO=44;DP=163;FAO=45;FDP=164;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.014567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.865;QD=7.57596;RBI=0.0280055;REFB=-0.00604611;REVB=0.0239188;RO=118;SAF=26;SAR=18;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397438;STB=0.533819;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0179961;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:118:119:44:45:0.27439:18:26:66:52:18:27:66:53 chr1 117142736 . A G 324.75 PASS AF=0.264045;AO=47;DP=177;FAO=47;FDP=178;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=-0.00377246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.66;QD=7.29785;RBI=0.0263272;REFB=-0.00393759;REVB=-0.0260555;RO=129;SAF=30;SAR=17;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15062;STB=0.590222;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0104705;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:129:131:47:47:0.264045:17:30:67:62:17:30:68:63 chr1 117142855 . C T 552.76 PASS AF=0.471545;AO=57;DP=125;FAO=58;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0359339;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9312;QD=17.9758;RBI=0.0390243;REFB=-0.0576792;REVB=-0.0152201;RO=42;SAF=32;SAR=25;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264973;STB=0.560885;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.040434;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:42:64:57:58:0.471545:25:32:9:33:25:33:29:35 chr1 117142868 . CA TG 409.5 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00864343;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=155.398;QD=16.2178;RBI=0.016173;REFB=-0.0074545;REVB=0.0136696;RO=54;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204044;STB=0.609703;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0153329;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:41:41:0.405941:16:25:22:32:16:25:23:32 chr1 117146563 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00178062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.944;QD=3.24567;RBI=0.00405994;REFB=-0.00119542;REVB=-0.00364863;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508082;STB=0.536464;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00736982;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:19:16:3:3:19:16 chr1 117150928 . C T 293.02 PASS AF=0.470588;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0393905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.944;QD=17.2362;RBI=0.0437987;REFB=-0.0278836;REVB=0.0191497;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884875;STB=0.512704;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0280931;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:36:30:32:0.470588:8:22:23:12:10:22:24:12 chr1 117150933 . G A 247.78 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0206308;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.605;QD=15.7322;RBI=0.0221343;REFB=-0.0284202;REVB=-0.00801855;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360128;STB=0.526297;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0139974;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:35:28:28:0.444444:10:18:23:11:10:18:24:11 chr1 117156459 . C T 188.65 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0677324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6234;QD=9.09166;RBI=0.0677681;REFB=0.00357213;REVB=0.00219674;RO=58;SAF=14;SAR=11;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950244;STB=0.555952;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00645316;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:11:14:37:21:11:14:37:21 chr1 117156490 . T C 174.06 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0238541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7815;QD=7.91176;RBI=0.0406003;REFB=-0.00775178;REVB=-0.0328536;RO=64;SAF=13;SAR=11;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835588;STB=0.549959;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0190171;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:64:24:24:0.272727:11:13:39:25:11:13:39:25 chr1 117156584 . TG CA 40.96 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0254588;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.917;QD=2.34029;RBI=0.0753641;REFB=-0.0120633;REVB=-0.0709338;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464749;STB=0.604133;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.0605198;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:35:61:8:8:0.114286:5:3:27:8:5:3:30:31 chr1 117311147 . C A 265.04 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0411999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1072;QD=17.969;RBI=0.107768;REFB=0.0111232;REVB=0.0995814;RO=30;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207425;STB=0.617024;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00889106;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:7:22:17:13:7:22:17:13 chr1 117487710 . AT GA 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639426;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.3;QD=61.3349;RBI=0.00697224;REFB=0;REVB=-0.00277948;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.80131e-05;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 117503940 . G A 1485.24 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390513;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.281;QD=58.8214;RBI=0.0186955;REFB=-0.0866845;REVB=0.0182831;RO=1;SAF=56;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241549;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:101:101:1:0:100:101:1:44:56:1:0:44:57:0:0 chr1 117529458 . G A 2148.95 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000511831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.066;QD=61.3987;RBI=0.0150697;REFB=-0.0540531;REVB=0.015061;RO=2;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158408;STB=0.508332;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000110823;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:140:2:2:138:138:0.985714:59:79:0:2:59:79:0:2 chr1 117530273 . A G 575.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000211375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1204;QD=60.5793;RBI=0.00664262;REFB=0;REVB=-0.00663925;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7668e-05;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 117559726 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.563;QD=60.0308;RBI=0.0244517;REFB=0;REVB=-0.0239398;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35047e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr1 117560818 . A G 804.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3387;QD=64.3993;RBI=0.0381936;REFB=0;REVB=-0.0227569;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71994e-05;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 117602960 . C A 801.34 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7131;QD=57.2387;RBI=0.080598;REFB=0;REVB=0.0303165;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109016;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr1 117617705 . A G 462.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6972;QD=57.8728;RBI=0.10304;REFB=0;REVB=0.0853738;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514288;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 117618067 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.997;QD=48.7328;RBI=0.0496807;REFB=0;REVB=-0.0491242;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441195;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 117715026 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.819;QD=60.2307;RBI=0.0110367;REFB=0;REVB=-0.005662;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94526e-06;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 117785931 . G A 183.96 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00363348;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7893;QD=14.7167;RBI=0.00363348;REFB=-0.0130045;REVB=2.70876e-06;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21372;STB=0.590823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.026925;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:29:20:21:0.42:12:8:15:9:12:9:17:12 chr1 117785979 . T C 629.0 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.72;QD=57.1818;RBI=0.0237762;REFB=-0.12082;REVB=-0.0197315;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00366118;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:42:42:0.954545:23:19:2:0:23:19:2:0 chr1 118065841 . A G 898.35 PASS AF=0.557823;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00478016;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.859;QD=24.4448;RBI=0.00829592;REFB=-0.0239873;REVB=-0.00678029;RO=64;SAF=32;SAR=50;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039498;STB=0.525674;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0187546;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:64:65:82:82:0.557823:50:32:28:36:50:32:29:36 chr1 118067945 . C T 420.86 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.00766739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.736;QD=13.3607;RBI=0.0078973;REFB=-0.00909735;REVB=0.00189167;RO=77;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802139;STB=0.545313;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0147055;OID=.;OPOS=118067945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:29:20:26:51:29:20:26:51 chr1 118165577 . C G 535.8 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0291856;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6087;QD=17.1455;RBI=0.0293777;REFB=-0.00803564;REVB=0.00335348;RO=67;SAF=30;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617244;STB=0.538254;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0093893;OID=.;OPOS=118165577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:68:57:57:0.456:27:30:31:36:27:30:31:37 chr1 118165691 . C G,T 1453.43 PASS AF=0.44898,0.540816;AO=43,53;DP=97;FAO=44,53;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=26,26;FSAR=18,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258577,0.00903121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.692,114.28;QD=59.3236;RBI=0.0266304,0.0206797;REFB=0.0336203,0.0113212;REVB=0.00636884,0.0186035;RO=1;SAF=26,26;SAR=17,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0268199,0.0171308;STB=0.513507,0.509087;STBP=0.31,0.527;TYPE=snp,snp;VARB=0.00843359,0.00300184;OID=.,.;OPOS=118165691,118165691;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:98:1:1:43,53:44,53:0.44898,0.540816:17,27:26,26:0:1:18,27:26,26:0:1 chr1 118165973 . C T 585.09 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00659123;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=22.2893;RBI=0.00760698;REFB=-0.0184043;REVB=-0.00379761;RO=47;SAF=18;SAR=40;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123104;STB=0.567661;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0155067;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:47:47:58:58:0.552381:40:18:21:26:40:18:21:26 chr1 118166750 . A G 83.91 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0255373;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7403;QD=8.18627;RBI=0.0307176;REFB=0.00265002;REVB=-0.0170709;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477712;STB=0.77102;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0118337;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:41:29:30:11:11:0.268293:4:7:6:23:4:7:7:23 chr1 118166877 . C T 285.24 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00367399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.855;QD=15.4183;RBI=0.00675532;REFB=-0.00919382;REVB=-0.00566887;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831353;STB=0.546846;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00580971;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:15:27:18:14:15:27 chr1 118166902 . G T 143.14 PASS AF=0.432432;AO=44;DP=81;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0258552;FXX=0.0864091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6845;QD=7.73716;RBI=0.0270383;REFB=-0.0413691;REVB=-0.00791052;RO=37;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369596;STB=0.675202;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.345438;OID=.;OPOS=118166902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:74:37:42:44:32:0.432432:28:16:15:22:26:6:18:24 chr1 118166904 . CCT C 342.46 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0323964;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=293.392;QD=17.5618;RBI=0.0323999;REFB=-0.0212773;REVB=0.000477121;RO=34;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650725;STB=0.535786;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.0170246;OID=.;OPOS=118166905;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:44:78:44:78:34:16:28:15:19:99:34:16:28:15:19 chr1 118167199 . A G 377.53 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0109292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.432;QD=16.2378;RBI=0.0391992;REFB=-0.00109482;REVB=0.0376448;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116965;STB=0.501628;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00135476;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:18:22:28:24:18:22:29:24 chr1 118167653 . C T 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0416701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.345;QD=19.017;RBI=0.042088;REFB=-0.000584568;REVB=-0.00591582;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294963;STB=0.648456;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000115261;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:10:3:9:6:10:4 chr1 118168234 . C T 328.88 PASS AF=0.355263;AO=24;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00292177;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.476;QD=17.3093;RBI=0.0288276;REFB=-0.000116752;REVB=0.0286791;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116048;STB=0.577501;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00531913;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:43:40:24:27:0.355263:12:12:26:17:15:12:23:17 chr1 118168610 . GGC AAA,GGCAAA 239.43 PASS AF=0.0972222,0.347222;AO=7,15;DP=73;FAO=7,25;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=0,8;FSAR=7,17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00736757,0.0197921;FXX=0.0136968;HRUN=4,2;LEN=3,3;MLLD=226.543,48.5394;QD=13.3015;RBI=0.0272243,0.0304944;REFB=0.00806168,0.00301107;REVB=-0.0262084,-0.0231988;RO=39;SAF=0,7;SAR=7,8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.690545,-0.085065;STB=0.998483,0.645451;STBP=0.002,0.087;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0602361,-0.00883583;OID=.,.;OPOS=118168610,118168613;OREF=GGC,-;OALT=AAA,AAA;OMAPALT=AAA,GGCAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:73:72:39:40:7,15:7,25:0.0972222,0.347222:7,8:0,7:21:18:7,17:0,8:22:18 chr1 118168804 . T TC 226.73 PASS AF=0.596154;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0082268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4535;QD=17.4406;RBI=0.0232728;REFB=-0.00592107;REVB=-0.0217702;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6483e-08;STB=0.537251;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.00321919;OID=.;OPOS=118168805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596154:28:52:31:52:21:19:12:11:10:99:21:16:12:12:9 chr1 118169329 . A G 93.59 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0130195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6278;QD=13.3699;RBI=0.0884371;REFB=-0.0367079;REVB=-0.0874734;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0886669;OID=.;OPOS=118169329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:28:28:16:16:9:9:0.321429:5:4:8:8:5:4:8:8 chr1 118169463 . G A 288.87 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00904329;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.901;QD=16.0482;RBI=0.0131001;REFB=-0.0187031;REVB=0.00947799;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208232;STB=0.617572;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0168598;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:11:21:18:22:11:21:18:22 chr1 118495218 . A G 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0133496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.973;QD=11.2669;RBI=0.0133545;REFB=-0.0127666;REVB=-0.000361496;RO=35;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385207;STB=0.735744;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0335495;OID=.;OPOS=118495218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:4:16:17:18:4:16:17:19 chr1 118497264 . C CT 134.43 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00232479;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4905;QD=17.3454;RBI=0.0352406;REFB=-0.0229269;REVB=0.0351639;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840057;STB=0.543432;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=0.0176384;OID=.;OPOS=118497265;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:16:33:18:31:13:4:14:2:11:64:16:3:13:4:12 chr1 118530796 . C T 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0034758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.568;QD=21.8821;RBI=0.0105844;REFB=-0.00459598;REVB=-0.00999738;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360522;STB=0.501991;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00357042;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:16:11:14:20:16:11 chr1 118537074 . A G 2470.82 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.782;QD=61.0079;RBI=0.0151871;REFB=0;REVB=0.0121207;RO=0;SAF=78;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88072e-06;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:162:0:0:156:162:1:78:78:0:0:80:82:0:0 chr1 118624123 . C T 845.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.404;QD=57.3207;RBI=0.0379429;REFB=0;REVB=0.00633055;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8092e-05;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr1 118629599 . G A 833.02 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0159953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.382;QD=52.8903;RBI=0.0424691;REFB=-0.202586;REVB=0.0393418;RO=2;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143934;STB=0.520439;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00148591;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:18:42:1:1:18:42:1:2 chr1 118644430 . A G 1000.17 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00950485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6208;QD=56.3477;RBI=0.029244;REFB=-0.0606914;REVB=-0.0276562;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.512496;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00147266;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:39:30:0:1:39:30:0:2 chr1 118657952 . C T 2354.32 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.39;QD=62.7818;RBI=0.0136845;REFB=0;REVB=-0.00475543;RO=0;SAF=56;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75107e-05;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:149:150:0:0:148:150:1:92:56:0:0:93:57:0:0 chr1 118807059 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000103021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.171;QD=57.3855;RBI=0.0169432;REFB=0;REVB=0.0169429;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92263e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 119575818 . C G 367.7 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00811219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2989;QD=29.4162;RBI=0.015811;REFB=0.030913;REVB=-0.0135713;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364217;STB=0.519987;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0186601;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:18:13:7:12:18:13:7:12 chr1 119923724 . T C 511.26 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0147493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.82;QD=17.0419;RBI=0.0148602;REFB=-0.00834336;REVB=0.00181137;RO=65;SAF=36;SAR=19;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134452;STB=0.575052;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0113982;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:19:36:34:31:19:36:34:31 chr1 120057158 . C T 192.52 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00247858;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.786;QD=11.6679;RBI=0.00248659;REFB=-0.00273585;REVB=-0.000199378;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555796;STB=0.519117;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00420845;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:44:42:24:24:0.363636:13:11:18:26:13:11:18:24 chr1 120057246 . C A 529.42 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376411;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.359;QD=57.2349;RBI=0.0716021;REFB=-0.0568417;REVB=-0.0609098;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00267204;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr1 120164738 . C T 1444.75 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.015963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2323;QD=56.1069;RBI=0.0858257;REFB=-0.122552;REVB=0.0843281;RO=3;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293158;STB=0.515461;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00296657;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:103:103:3:3:100:100:0.970874:47:53:0:3:47:53:0:3 chr1 120165826 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.473;QD=39.2064;RBI=0.191792;REFB=0;REVB=0.0821886;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400503;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 120166681 . G A 410.18 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0628473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.205;QD=51.2722;RBI=0.0636333;REFB=-0.226319;REVB=0.00997069;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.508923;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00438692;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:19:11:1:0:19:11:1:1 chr1 120267544 . C T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00064031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9777;QD=16.572;RBI=0.0190012;REFB=-0.0128219;REVB=-0.0189904;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123309;STB=0.569185;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0116323;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:13:22:15:15:13:22 chr1 120285546 . G A 1074.1 PASS AF=0.528497;AO=102;DP=194;FAO=102;FDP=193;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0148964;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.062;QD=22.2612;RBI=0.0172038;REFB=-0.0070223;REVB=-0.00860627;RO=91;SAF=38;SAR=64;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108852;STB=0.559617;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00898735;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:91:91:102:102:0.528497:64:38:45:46:64:38:45:46 chr1 120291724 . G A 205.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0128331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.923;QD=17.1603;RBI=0.0854315;REFB=-0.0170727;REVB=0.0844621;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208523;STB=0.618934;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0179679;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:11:16:8:13:11:16 chr1 120336785 . C T 269.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0644236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0707;QD=22.9768;RBI=0.0691106;REFB=0.0122052;REVB=-0.0250175;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238815;STB=0.501844;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0268977;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:9:16:14:7:9:16:14:8 chr1 120539331 . C T 188.21 PASS AF=0.241667;AO=29;DP=120;FAO=29;FDP=120;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0208215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.77;QD=6.27352;RBI=0.0214211;REFB=-0.0129409;REVB=0.0050329;RO=91;SAF=23;SAR=6;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225828;STB=0.639718;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0370324;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:91:91:29:29:0.241667:6:23:59:32:6:23:59:32 chr1 121116688 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9095;QD=58.2388;RBI=0.0608165;REFB=0;REVB=0.0314675;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546051;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr1 142667306 . C T 66.8 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000651347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.39;QD=17.8138;RBI=0.00327023;REFB=-0.00909339;REVB=0.00320471;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0131744;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:15:6:6:5:7:0.466667:2:3:3:3:2:5:3:3 chr1 144014051 . G A 266.89 PASS AF=0.254777;AO=40;DP=157;FAO=40;FDP=157;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.00607186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0942;QD=6.79969;RBI=0.0138307;REFB=-0.0123349;REVB=0.0124266;RO=117;SAF=14;SAR=26;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205486;STB=0.623398;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0327628;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:117:117:40:40:0.254777:26:14:60:57:26:14:60:57 chr1 144014068 . T C 940.38 PASS AF=0.62406;AO=82;DP=132;FAO=83;FDP=133;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0340366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.495;QD=28.282;RBI=0.0355047;REFB=-0.0225872;REVB=0.0101041;RO=50;SAF=40;SAR=42;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475277;STB=0.527826;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0176794;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:50:50:82:83:0.62406:42:40:21:29:42:41:21:29 chr1 144534038 . A G 343.77 PASS AF=0.242009;AO=53;DP=219;FAO=53;FDP=219;FR=.;FRO=166;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=115;FSRR=51;FWDB=-0.00153876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.91;QD=6.27887;RBI=0.0135445;REFB=-0.00442341;REVB=-0.0134568;RO=166;SAF=26;SAR=27;SRF=115;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257187;STB=0.65239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.016408;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:166:166:53:53:0.242009:27:26:115:51:27:26:115:51 chr1 144534045 . T C 2076.06 PASS AF=0.685484;AO=168;DP=247;FAO=170;FDP=248;FR=.;FRO=78;FSAF=111;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.0116724;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.595;QD=33.4848;RBI=0.0240424;REFB=-0.0251697;REVB=0.0210188;RO=78;SAF=110;SAR=58;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172775;STB=0.508537;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0115703;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:78:78:168:170:0.685484:58:110:49:29:59:111:49:29 chr1 144534053 . G A 582.49 PASS AF=0.30038;AO=79;DP=263;FAO=79;FDP=263;FR=.;FRO=184;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=125;FSRR=59;FWDB=-0.0395019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6252;QD=8.85909;RBI=0.0921997;REFB=-0.00486578;REVB=0.083309;RO=182;SAF=39;SAR=40;SRF=123;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220086;STB=0.629467;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0134845;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:182:184:79:79:0.30038:40:39:123:59:40:39:125:59 chr1 144534076 . G A 586.92 PASS AF=0.267516;AO=84;DP=325;FAO=84;FDP=314;FR=.;FRO=230;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=143;FSRR=87;FWDB=-0.000541388;FXX=0.0338451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.008;QD=7.47669;RBI=0.000541795;REFB=-0.00021154;REVB=2.0983e-05;RO=223;SAF=42;SAR=42;SRF=143;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17562;STB=0.589151;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000612692;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:314:223:230:84:84:0.267516:42:42:143:80:42:42:143:87 chr1 144534082 . TC CT,TT 4250.81 PASS AF=0.168639,0.742604;AO=57,239;DP=341;FAO=57,251;FDP=338;FR=.;FRO=30;FSAF=38,144;FSAR=19,107;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00392696,-0.0196365;FXX=0.0087974;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=220.174,51.3649;QD=50.3055;RBI=0.0285239,0.0210769;REFB=-0.000208984,-0.00573264;REVB=-0.0282523,0.00765806;RO=28;SAF=38,142;SAR=19,97;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196557,0.0483971;STB=0.607961,0.522443;STBP=0.007,0.042;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00636109,0.0131174;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:341:338:28:30:57,239:57,251:0.168639,0.742604:19,97:38,142:10:18:19,107:38,144:11:19 chr1 144534084 . C G 46.38 PASS AF=0.0678466;AO=21;DP=345;FAO=23;FDP=339;FR=.;FRO=316;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=183;FSRR=133;FWDB=-0.000709344;FXX=0.0314277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.504;QD=0.547216;RBI=0.0275668;REFB=-0.00056112;REVB=-0.0275576;RO=313;SAF=8;SAR=13;SRF=181;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207744;STB=0.707411;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.130888;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:345:339:313:316:21:23:0.0678466:13:8:181:132:15:8:183:133 chr1 144534092 . G A 3422.72 PASS AF=0.709512;AO=276;DP=391;FAO=276;FDP=389;FR=.;FRO=113;FSAF=148;FSAR=128;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=0.00642603;FXX=0.00511496;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.854;QD=35.1951;RBI=0.00831068;REFB=-0.0145993;REVB=0.00527006;RO=97;SAF=148;SAR=128;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456796;STB=0.524391;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0122996;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:389:97:113:276:276:0.709512:128:148:61:36:128:148:70:43 chr1 144534096 . T C 3467.22 PASS AF=0.7;AO=288;DP=413;FAO=287;FDP=410;FR=.;FRO=123;FSAF=162;FSAR=125;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.00540076;FXX=0.0120479;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.461;QD=33.8265;RBI=0.0056397;REFB=-0.0128199;REVB=0.0016242;RO=112;SAF=162;SAR=126;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191118;STB=0.501063;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00596287;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:410:112:123:288:287:0.7:126:162:67:45:125:162:69:54 chr1 144534186 . TCG T 681.5 PASS AF=0.210811;AO=112;DP=567;FAO=117;FDP=555;FR=.;FRO=438;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=208;FSRR=230;FWDB=-0.0162485;FXX=0.0159572;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.58;QD=4.91171;RBI=0.0264811;REFB=-0.0070736;REVB=-0.0209102;RO=416;SAF=52;SAR=60;SRF=204;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337296;STB=0.517373;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=0.0260362;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210811:112:567:117:555:438:53:64:208:230:99:416:52:60:204:212 chr1 144615138 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.458;QD=37.4885;RBI=0.0310888;REFB=0;REVB=0.0288277;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350602;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 144617251 . A G 923.4 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.004;QD=56.8248;RBI=0.0558021;REFB=-0.0465488;REVB=0.0543045;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00129149;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr1 144618123 . C T 62.38 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.0104265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.616;QD=2.4704;RBI=0.0347841;REFB=-0.00510945;REVB=-0.0331847;RO=87;SAF=7;SAR=6;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891719;STB=0.566464;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.021515;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:101:87:88:13:13:0.128713:6:7:53:34:6:7:54:34 chr1 144618144 . A G 1264.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.658;QD=61.68;RBI=0.0109374;REFB=0;REVB=0.00322261;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9751e-05;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:33:49:0:0 chr1 144619346 . G A 1546.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.177;QD=63.12;RBI=0.0403337;REFB=0;REVB=0.0403172;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72066e-05;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:92:98:1:45:47:0:0:50:48:0:0 chr1 144619354 . C T 1626.81 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140596;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.234;QD=60.2524;RBI=0.0146415;REFB=0;REVB=0.00408651;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95989e-05;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr1 144621555 . A G 30.62 PASS AF=0.0696203;AO=11;DP=158;FAO=11;FDP=158;FR=.;FRO=147;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=0.00692343;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.825;QD=0.775296;RBI=0.0915738;REFB=0.000482202;REVB=-0.0913117;RO=135;SAF=9;SAR=2;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322941;STB=0.772195;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0100462;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:158:158:135:147:11:11:0.0696203:2:9:73:62:2:9:81:66 chr1 144811805 . T G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0664014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1237;QD=21.842;RBI=0.0758086;REFB=-0.00146005;REVB=0.0365758;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00995303;OID=.;OPOS=144811805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr1 144811836 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.898;QD=63.2867;RBI=0.0712057;REFB=0;REVB=0.070911;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161365;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr1 144811924 . T G 2629.53 PASS AF=0.988506;AO=170;DP=175;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209378;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8088;QD=60.449;RBI=0.0301375;REFB=-0.142356;REVB=-0.0216766;RO=1;SAF=98;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656451;STB=0.500889;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00168232;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:174:1:2:170:172:0.988506:72:98:0:1:73:99:1:1 chr1 144828784 . A G 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0309401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7341;QD=3.13453;RBI=0.0516195;REFB=0.0100055;REVB=0.0413193;RO=53;SAF=1;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442372;STB=0.82427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0496485;OID=.;OPOS=144828784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:8:1:22:31:8:1:22:31 chr1 144852390 . C T 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00506474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.17;QD=6.52182;RBI=0.00510068;REFB=-0.000983266;REVB=-0.000604484;RO=66;SAF=12;SAR=9;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701089;STB=0.543005;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00232566;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:9:12:34:32:9:12:34:32 chr1 144852450 . G A 38.77 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0283425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8642;QD=1.846;RBI=0.0599672;REFB=0.00158069;REVB=0.0528467;RO=75;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379398;STB=0.785275;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0100231;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:7:2:41:34:7:2:41:34 chr1 144852476 . TG CA,CG 224.54 PASS AF=0.117647,0.294118;AO=8,20;DP=68;FAO=8,20;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=1,10;FSAR=7,10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00734657,-0.0107963;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=170.249,124.755;QD=13.2082;RBI=0.0114827,0.0129581;REFB=0.00713942,0.0047215;REVB=-0.00882499,0.00716616;RO=39;SAF=1,10;SAR=7,10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.520953,-0.0433213;STB=0.854615,0.51665;STBP=0.048,0.863;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00478272,-0.00498855;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:68:39:40:8,20:8,20:0.117647,0.294118:7,10:1,10:21:18:7,10:1,10:21:19 chr1 144852522 . C T 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00185898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.171;QD=4.78729;RBI=0.00457831;REFB=-0.00294925;REVB=0.00418391;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496183;STB=0.839069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0274484;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:7:1:17:17:7:1:17:17 chr1 144854180 . T C 498.12 PASS AF=0.209068;AO=83;DP=397;FAO=83;FDP=397;FR=.;FRO=314;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=148;FSRR=166;FWDB=-0.016016;FXX=0.0025125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.195;QD=5.01882;RBI=0.0184062;REFB=-0.00928605;REVB=0.00907062;RO=310;SAF=39;SAR=44;SRF=145;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276327;STB=0.501157;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0266128;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:310:314:83:83:0.209068:44:39:145:165:44:39:148:166 chr1 144854528 . A G 829.54 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=158;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0151284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.512;QD=21.001;RBI=0.0273918;REFB=-0.0275018;REVB=0.022835;RO=74;SAF=40;SAR=43;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193704;STB=0.507256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0290032;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:74:75:83:83:0.525316:43:40:34:40:43:40:35:40 chr1 144854537 . T C 1090.87 PASS AF=0.56044;AO=102;DP=182;FAO=102;FDP=182;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00152672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.693;QD=23.9752;RBI=0.00412038;REFB=-0.0212349;REVB=-0.0038271;RO=80;SAF=50;SAR=52;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791517;STB=0.504309;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0198724;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:80:80:102:102:0.56044:52:50:40:40:52:50:40:40 chr1 144854581 . T C 295.02 PASS AF=0.190647;AO=53;DP=277;FAO=53;FDP=278;FR=.;FRO=225;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=109;FSRR=116;FWDB=0.0200884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6031;QD=4.24492;RBI=0.029056;REFB=-0.00968666;REVB=-0.0209931;RO=224;SAF=26;SAR=27;SRF=109;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511242;STB=0.504955;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0466742;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:224:225:53:53:0.190647:27:26:109:115:27:26:109:116 chr1 144854594 . G T 318.57 PASS AF=0.193772;AO=56;DP=289;FAO=56;FDP=289;FR=.;FRO=233;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=111;FSRR=122;FWDB=-0.0154731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.562;QD=4.40925;RBI=0.0215653;REFB=-0.0112227;REVB=-0.0150215;RO=233;SAF=29;SAR=27;SRF=111;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534801;STB=0.533379;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0388862;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:233:233:56:56:0.193772:27:29:111:122:27:29:111:122 chr1 144854597 . T C 3170.87 PASS AF=1;AO=166;DP=282;FAO=250;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=136;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384984;FXX=0.113471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.087;QD=50.7339;RBI=0.0419113;REFB=0;REVB=0.016566;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030328;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:282:250:0:0:166:250:1:81:85:0:0:114:136:0:0 chr1 144855782 . C T 460.79 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0136268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.636;QD=29.7283;RBI=0.0323211;REFB=-0.0539022;REVB=0.0293081;RO=19;SAF=27;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703353;STB=0.514918;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0137745;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:20:42:42:0.677419:15:27:12:7:15:27:12:8 chr1 144855812 . T C 805.37 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1757;QD=64.4293;RBI=0.0606047;REFB=0;REVB=0.00815734;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365141;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:20:30:0:0 chr1 144865850 . G T 934.46 PASS AF=0.442478;AO=99;DP=227;FAO=100;FDP=226;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0156126;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.537;QD=16.5392;RBI=0.0157005;REFB=-0.00146653;REVB=-0.00165837;RO=126;SAF=46;SAR=53;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356952;STB=0.516749;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0018118;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:126:126:99:100:0.442478:53:46:63:63:53:47:63:63 chr1 144866643 . G A 561.02 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00306955;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.699;QD=16.029;RBI=0.00329936;REFB=-0.0163233;REVB=0.0012098;RO=80;SAF=29;SAR=31;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170196;STB=0.509525;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0223646;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:80:80:60:60:0.428571:31:29:40:40:31:29:40:40 chr1 144866662 . T C 1903.41 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.016107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2309;QD=59.9499;RBI=0.0235568;REFB=-0.071372;REVB=-0.0171897;RO=2;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108261;STB=0.50057;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000403646;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:58:67:1:1:58:67:1:1 chr1 144868170 . C T 250.16 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.00817266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.09;QD=10.0063;RBI=0.00890615;REFB=-0.00755548;REVB=-0.00353936;RO=68;SAF=8;SAR=23;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13315;STB=0.586042;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0258419;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:69:31:31:0.31:23:8:24:44:23:8:25:44 chr1 144871738 . C A 402.56 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00857488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.02;QD=15.6332;RBI=0.0150656;REFB=-0.0240292;REVB=0.0123872;RO=57;SAF=13;SAR=31;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326233;STB=0.68228;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.044617;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:44:45:0.436893:31:13:35:22:32:13:35:23 chr1 144871755 . A T 285.72 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0162201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.274;QD=13.4454;RBI=0.0199258;REFB=-0.00968192;REVB=0.0115735;RO=50;SAF=3;SAR=30;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624049;STB=0.869308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.025526;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:30:3:29:21:30:3:31:21 chr1 144871782 . A G 206.25 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0415549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.048;QD=11.7859;RBI=0.0417559;REFB=-0.0189489;REVB=0.00409152;RO=41;SAF=3;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563121;STB=0.83607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0345703;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:44:26:26:0.371429:23:3:23:18:23:3:25:19 chr1 144873887 . C T 607.69 PASS AF=0.353774;AO=75;DP=213;FAO=75;FDP=212;FR=.;FRO=137;FSAF=62;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=38;FWDB=0.00923856;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0527;QD=11.4659;RBI=0.0163438;REFB=-0.00943392;REVB=-0.0134822;RO=133;SAF=62;SAR=13;SRF=99;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14267;STB=0.601683;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0202215;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:133:137:75:75:0.353774:13:62:99:34:13:62:99:38 chr1 144874760 . T C 534.43 PASS AF=0.456;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00885587;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.626;QD=17.1018;RBI=0.032721;REFB=-0.0172324;REVB=-0.0314998;RO=68;SAF=30;SAR=26;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207307;STB=0.515932;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0307184;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:56:57:0.456:26:30:35:33:26:31:35:33 chr1 144874815 . T C 473.63 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0189738;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.229;QD=16.1925;RBI=0.0196886;REFB=-0.0157977;REVB=-0.00525702;RO=64;SAF=31;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342454;STB=0.515433;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0182723;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:65:52:52:0.444444:21:31:36:28:21:31:37:28 chr1 144875979 . G C 598.09 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00255935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.033;QD=16.499;RBI=0.0251038;REFB=-0.00478648;REVB=-0.024973;RO=79;SAF=33;SAR=30;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552873;STB=0.53411;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00663981;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:79:82:63:63:0.434483:30:33:37:42:30:33:38:44 chr1 144877176 . C T 433.88 PASS AF=0.301587;AO=57;DP=189;FAO=57;FDP=189;FR=.;FRO=132;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=-0.00338156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.96;QD=9.18273;RBI=0.0491234;REFB=-0.00107334;REVB=-0.0490069;RO=129;SAF=27;SAR=30;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103943;STB=0.55616;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00227436;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:129:132:57:57:0.301587:30:27:50:79:30:27:52:80 chr1 144879264 . A G 2839.03 PASS AF=1;AO=167;DP=177;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183078;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=62.0552;RBI=0.0526521;REFB=0;REVB=0.0493667;RO=0;SAF=72;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.17463e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133469;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:183:0:0:167:183:1:95:72:0:0:104:79:0:0 chr1 144879375 . T C 571.22 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0676328;FXX=0.0119041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6047;QD=13.7644;RBI=0.0719513;REFB=-0.00418418;REVB=0.0245519;RO=99;SAF=20;SAR=46;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131389;STB=0.57193;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00636579;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:100:66:66:0.39759:46:20:41:58:46:20:41:59 chr1 144880864 . T A 205.83 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0201738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.943;QD=10.833;RBI=0.0236818;REFB=-0.00413511;REVB=-0.0124035;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591533;STB=0.526296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0107983;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:50:26:26:0.342105:13:13:21:26:13:13:23:27 chr1 144882581 . A G 627.65 PASS AF=0.405714;AO=71;DP=174;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00429388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3756;QD=14.3462;RBI=0.0207255;REFB=-0.0122985;REVB=-0.0202758;RO=103;SAF=29;SAR=42;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112976;STB=0.560803;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0248974;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:103:104:71:71:0.405714:42:29:53:50:42:29:53:51 chr1 144882823 . C T 639.45 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0173386;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.311;QD=17.519;RBI=0.0173735;REFB=-0.0111932;REVB=0.00110056;RO=76;SAF=17;SAR=49;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210561;STB=0.628462;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.017499;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:80:66:66:0.452055:49:17:34:42:49:17:37:43 chr1 144886197 . A T 537.55 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0187145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.443;QD=17.6245;RBI=0.0192172;REFB=-0.0119257;REVB=0.00436652;RO=65;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138757;STB=0.570909;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0165946;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:65:65:56:57:0.467213:23:33:29:36:24:33:29:36 chr1 144892089 . G T 420.49 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00856666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1519;QD=17.8932;RBI=0.0500567;REFB=0.00857087;REVB=-0.0493182;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533347;STB=0.502981;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0113256;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:23:20:24:27:23:20:24:27 chr1 144892149 . G A 464.33 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.010117;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.13;QD=17.5218;RBI=0.0101272;REFB=-0.00738306;REVB=-0.000454585;RO=54;SAF=21;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583399;STB=0.542764;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00651972;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:50:50:0.471698:29:21:26:28:29:21:28:28 chr1 144912153 . A G 3092.99 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.553;QD=61.2474;RBI=0.0269103;REFB=0;REVB=0.0261431;RO=0;SAF=109;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17112e-06;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:202:0:0:199:202:1:90:109:0:0:92:110:0:0 chr1 144912233 . C T 1214.9 PASS AF=0.60221;AO=109;DP=182;FAO=109;FDP=181;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.000392623;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.803;QD=26.8486;RBI=0.0076166;REFB=0.0162759;REVB=-0.00760647;RO=72;SAF=47;SAR=62;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511122;STB=0.527682;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.010332;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:72:72:109:109:0.60221:62:47:36:36:62:47:36:36 chr1 144915561 . G A 852.13 PASS AF=0.402542;AO=95;DP=237;FAO=95;FDP=236;FR=.;FRO=141;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.0150021;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.46;QD=14.4429;RBI=0.0183549;REFB=-0.00771056;REVB=0.0105754;RO=140;SAF=57;SAR=38;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160037;STB=0.591817;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0107315;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:140:141:95:95:0.402542:38:57:63:77:38:57:63:78 chr1 144915623 . AG A 667.09 PASS AF=0.407609;AO=75;DP=185;FAO=75;FDP=184;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=71;FWDB=-0.00059725;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.532;QD=14.5019;RBI=0.0086495;REFB=-0.0138055;REVB=-0.00862885;RO=109;SAF=42;SAR=33;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220454;STB=0.623256;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0222522;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407609:75:185:75:184:109:42:33:38:71:99:109:42:33:38:71 chr1 144916748 . C G 857.19 PASS AF=0.540541;AO=79;DP=147;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0535495;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2745;QD=23.1674;RBI=0.0545453;REFB=-0.0375641;REVB=-0.0103753;RO=68;SAF=37;SAR=42;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267949;STB=0.511499;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0310621;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:68:68:79:80:0.540541:42:37:34:34:42:38:34:34 chr1 144917546 . A G 589.76 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0379962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4833;QD=18.575;RBI=0.0556003;REFB=-0.00793405;REVB=-0.0405917;RO=66;SAF=23;SAR=38;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611362;STB=0.533898;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00876463;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:38:23:29:37:38:23:29:37 chr1 144917841 . T C 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0268901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.307;QD=19.2538;RBI=0.0316775;REFB=-0.0257234;REVB=0.0167447;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12465;STB=0.568813;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0229173;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:25:26:33:18:25:26:33:18 chr1 144918957 . T A 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00562604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.887;QD=18.4673;RBI=0.0158282;REFB=-0.0071974;REVB=0.0147946;RO=42;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122081;STB=0.582048;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00560962;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:26:14:20:22:26:14:22:22 chr1 144921924 . G A 1061.32 PASS AF=0.5;AO=104;DP=213;FAO=108;FDP=216;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0261662;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2055;QD=19.6541;RBI=0.0321586;REFB=-0.0117414;REVB=0.0186951;RO=104;SAF=57;SAR=47;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439486;STB=0.518534;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0143061;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:216:104:108:104:108:0.5:47:57:52:52:51:57:53:55 chr1 144922583 . G A 702.65 PASS AF=0.444444;AO=75;DP=170;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0186067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6434;QD=16.4363;RBI=0.0240213;REFB=-0.0101055;REVB=-0.0151926;RO=94;SAF=50;SAR=25;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174657;STB=0.603082;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0130179;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:94:95:75:76:0.444444:25:50:47:47:25:51:47:48 chr1 144923727 . AGT AG,TAG 1187.21 PASS AF=0.461538,0.0034965;AO=121,12;DP=287;FAO=132,1;FDP=286;FR=.;FRO=153;FSAF=57,1;FSAR=75,0;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=0.115461,-0.0273215;FXX=0.0034842;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=26.8773,75.6308;QD=16.6044;RBI=0.116199,0.0292732;REFB=0.00569167,0.00391663;REVB=-0.0130733,-0.01051;RO=151;SAF=47,11;SAR=74,1;SRF=73;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0975704,0.483725;STB=0.531653,0.990323;STBP=0.328,0.291;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00271045,0.0777935;OID=.,.;OPOS=144923729,144923727;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:151:153:121,12:132,1:0.461538,0.0034965:74,1:47,11:73:78:75,0:57,1:75:78 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1426.97 PASS AF=1;AO=92;DP=160;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198903;FXX=0.218469;HRUN=1;LEN=14;MLLD=367.626;QD=61.3752;RBI=0.0211376;REFB=0;REVB=0.00715357;RO=48;SAF=30;SAR=62;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274772;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.324e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:160:93:93:0:30:63:0:0:8:48:30:62:36:12 chr1 144930596 . C A 750.47 PASS AF=0.493243;AO=70;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00183367;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.011;QD=20.283;RBI=0.0086739;REFB=-0.0136979;REVB=-0.00847786;RO=52;SAF=47;SAR=23;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146092;STB=0.531012;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0132309;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:52:75:70:73:0.493243:23:47:43:9:26:47:44:31 chr1 144930940 . T C 512.01 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00942839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3367;QD=21.5584;RBI=0.00974496;REFB=-0.0218395;REVB=-0.00246366;RO=46;SAF=31;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120464;STB=0.566624;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0196519;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:18:31:23:23:18:31:23:23 chr1 144931330 . C T 591.39 PASS AF=0.484127;AO=60;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00569442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5986;QD=18.7742;RBI=0.0293327;REFB=-0.00546477;REVB=0.0287747;RO=65;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483568;STB=0.501309;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00637333;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:65:65:60:61:0.484127:28:32:35:30:28:33:35:30 chr1 144931392 . G A 574.28 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.025662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7277;QD=16.4079;RBI=0.0435797;REFB=-0.00797527;REVB=-0.0352229;RO=78;SAF=34;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620052;STB=0.50746;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0116261;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:79:61:61:0.435714:27:34:43:35:27:34:43:36 chr1 144952220 . C T 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00145879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.963;QD=13.5337;RBI=0.00902031;REFB=-0.0217772;REVB=-0.00890157;RO=52;SAF=25;SAR=8;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137914;STB=0.579272;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.02496;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:8:25:34:18:8:25:34:18 chr1 144994658 . C A 902.45 PASS AF=0.5;AO=90;DP=181;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=0.012233;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.688;QD=20.0543;RBI=0.0127246;REFB=-0.0112953;REVB=-0.00350293;RO=90;SAF=61;SAR=29;SRF=61;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119021;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:90:90:90:90:0.5:29:61:61:29:29:61:61:29 chr1 145014103 . G C 143.86 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0398145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.177;QD=9.92104;RBI=0.0572311;REFB=-0.0173635;REVB=0.0411121;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183921;STB=0.621283;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0298413;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:39:18:19:0.327586:12:6:19:20:13:6:19:20 chr1 145014263 . C T 162.6 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0617058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3399;QD=10.8397;RBI=0.0646114;REFB=-0.027451;REVB=0.0191581;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195402;STB=0.615266;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0510816;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:16:5:15:24:16:5:15:24 chr1 145018023 . G T 227.97 PASS AF=0.368421;AO=29;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0224676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4853;QD=11.9981;RBI=0.0534689;REFB=-0.0282578;REVB=0.0485193;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364036;STB=0.542522;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0491398;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:29:28:0.368421:17:12:21:26:17:11:22:26 chr1 145038889 . G A 175.06 PASS AF=0.224;AO=28;DP=126;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=66;FWDB=-0.0280598;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.263;QD=5.60203;RBI=0.0326149;REFB=-0.00815441;REVB=-0.0166248;RO=97;SAF=8;SAR=20;SRF=31;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506434;STB=0.531312;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0351956;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:97:97:28:28:0.224:20:8:31:66:20:8:31:66 chr1 145038952 . C T 463.19 PASS AF=0.345238;AO=57;DP=166;FAO=58;FDP=168;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=0.00522621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.46;QD=11.0284;RBI=0.00567316;REFB=-0.00613633;REVB=-0.00220716;RO=109;SAF=21;SAR=36;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245652;STB=0.523801;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0119724;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:109:110:57:58:0.345238:36:21:38:71:36:22:38:72 chr1 145038954 . G T 184.98 PASS AF=0.201183;AO=33;DP=166;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=84;FWDB=0.00456926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2469;QD=4.37824;RBI=0.0558152;REFB=-0.00485954;REVB=0.0556279;RO=133;SAF=9;SAR=24;SRF=50;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150244;STB=0.60453;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0230581;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:133:135:33:34:0.201183:24:9:50:83:25:9:51:84 chr1 145039562 . C T 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0589466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6312;QD=12.3459;RBI=0.0607846;REFB=-0.0358457;REVB=0.0148345;RO=47;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369305;STB=0.521251;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0435287;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:11:17:27:20:11:17:27:20 chr1 145075683 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00580056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.261;QD=17.588;RBI=0.0140866;REFB=-0.0317307;REVB=0.0128369;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.565158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0397816;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:16:12:12:10:16:12 chr1 145075854 . G C 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0389828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.64;QD=10.4382;RBI=0.0392645;REFB=-0.00485686;REVB=0.00469547;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382996;STB=0.731334;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0121015;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:10:3:15:12:10:3:15:12 chr1 145103928 . G A 280.04 PASS AF=0.219048;AO=45;DP=209;FAO=46;FDP=210;FR=.;FRO=164;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=102;FSRR=62;FWDB=-0.0418702;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.032;QD=5.33409;RBI=0.0443988;REFB=-0.00491436;REVB=-0.0147697;RO=164;SAF=24;SAR=21;SRF=102;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115329;STB=0.562394;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0194307;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:164:164:45:46:0.219048:21:24:102:62:21:25:102:62 chr1 145103947 . T C 240.11 PASS AF=0.202899;AO=42;DP=207;FAO=42;FDP=207;FR=.;FRO=165;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=63;FWDB=-0.0181566;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.44;QD=4.63985;RBI=0.0194573;REFB=-0.00757352;REVB=-0.00699463;RO=162;SAF=24;SAR=18;SRF=101;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690997;STB=0.538444;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0311593;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:162:165:42:42:0.202899:18:24:101:61:18:24:102:63 chr1 145109549 . G T 592.1 PASS AF=0.190813;AO=109;DP=566;FAO=108;FDP=566;FR=.;FRO=458;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=224;FSRR=234;FWDB=-0.0235667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.655;QD=4.18448;RBI=0.0239201;REFB=0.00248224;REVB=0.00409692;RO=454;SAF=44;SAR=65;SRF=223;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114592;STB=0.566734;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0119455;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:566:566:454:458:109:108:0.190813:65:44:223:231:64:44:224:234 chr1 145109583 . C A 2391.17 PASS AF=0.447368;AO=250;DP=570;FAO=255;FDP=570;FR=.;FRO=315;FSAF=113;FSAR=142;FSRF=147;FSRR=168;FWDB=0.00232369;FXX=0.0121315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4298;QD=16.7801;RBI=0.0440361;REFB=-0.00408057;REVB=0.0439748;RO=305;SAF=110;SAR=140;SRF=144;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323018;STB=0.513133;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00533243;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:570:305:315:250:255:0.447368:140:110:144:161:142:113:147:168 chr1 145109661 . G A 431.17 PASS AF=0.182232;AO=79;DP=438;FAO=80;FDP=439;FR=.;FRO=359;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=151;FSRR=208;FWDB=-0.0173675;FXX=0.00453504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.484;QD=3.92865;RBI=0.0187086;REFB=-0.00213735;REVB=0.0069557;RO=358;SAF=35;SAR=44;SRF=150;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318147;STB=0.514075;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0104943;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:439:358:359:79:80:0.182232:44:35:150:208:45:35:151:208 chr1 145112414 . T C 195.0 PASS AF=0.196532;AO=34;DP=174;FAO=34;FDP=173;FR=.;FRO=139;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0296545;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.546;QD=4.50869;RBI=0.0298385;REFB=-0.00412693;REVB=0.00330864;RO=139;SAF=13;SAR=21;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147513;STB=0.592716;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0119412;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:139:139:34:34:0.196532:21:13:69:70:21:13:69:70 chr1 145112420 . C T 254.25 PASS AF=0.233918;AO=40;DP=168;FAO=40;FDP=171;FR=.;FRO=131;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=0.00441291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6372;QD=5.94724;RBI=0.0088896;REFB=-0.0154414;REVB=0.00771694;RO=126;SAF=16;SAR=24;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136368;STB=0.611137;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0505499;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:126:131:40:40:0.233918:24:16:64:62:25:15:68:63 chr1 145112428 . C T 203.04 PASS AF=0.202312;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=173;FR=.;FRO=138;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.0400398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3671;QD=4.69452;RBI=0.0414508;REFB=-0.00121867;REVB=-0.0107229;RO=136;SAF=14;SAR=21;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1194;STB=0.580373;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00412194;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:136:138:35:35:0.202312:21:14:67:69:21:14:69:69 chr1 145112485 . C T 181.94 PASS AF=0.2;AO=31;DP=156;FAO=31;FDP=155;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.01353;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.735;QD=4.69515;RBI=0.0156087;REFB=-0.00559464;REVB=-0.00778267;RO=124;SAF=12;SAR=19;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741337;STB=0.546556;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0182153;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:124:124:31:31:0.2:19:12:55:69:19:12:55:69 chr1 145112501 . C T 188.49 PASS AF=0.218978;AO=30;DP=137;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=-0.00659819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4147;QD=5.50328;RBI=0.0269467;REFB=-0.00875363;REVB=-0.0261264;RO=102;SAF=18;SAR=12;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257365;STB=0.67128;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0298981;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:102:107:30:30:0.218978:12:18:40:62:12:18:40:67 chr1 145115810 . A G 1594.29 PASS AF=0.454054;AO=168;DP=370;FAO=168;FDP=370;FR=.;FRO=202;FSAF=66;FSAR=102;FSRF=85;FSRR=117;FWDB=-0.000296427;FXX=0.00269535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.862;QD=17.2356;RBI=0.000610313;REFB=-0.00594703;REVB=0.000533491;RO=200;SAF=66;SAR=102;SRF=84;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277991;STB=0.515874;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00712093;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:200:202:168:168:0.454054:102:66:84:116:102:66:85:117 chr1 145115820 . T C 751.1 PASS AF=0.280749;AO=105;DP=374;FAO=105;FDP=374;FR=.;FRO=269;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=104;FSRR=165;FWDB=-0.010677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=8.03315;RBI=0.0111052;REFB=0.00131729;REVB=0.00305427;RO=269;SAF=47;SAR=58;SRF=104;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767542;STB=0.54477;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00696031;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:269:269:105:105:0.280749:58:47:104:165:58:47:104:165 chr1 145116147 . T TA 91.35 PASS AF=0.168224;AO=33;DP=218;FAO=36;FDP=214;FR=.;FRO=178;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=107;FSRR=71;FWDB=0.0211954;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6736;QD=1.70743;RBI=0.10781;REFB=0.00280214;REVB=-0.105706;RO=181;SAF=13;SAR=20;SRF=109;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262319;STB=0.693017;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-0.0157145;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168224:33:218:36:214:178:13:23:107:71:91:181:13:20:109:72 chr1 145116311 . G T 213.19 PASS AF=0.545455;AO=14;DP=38;FAO=24;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0285045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.257;QD=19.3805;RBI=0.0306889;REFB=-0.0186458;REVB=-0.0113711;RO=18;SAF=14;SAR=0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.813237;STB=0.771384;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0267067;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:44:18:19:14:24:0.545455:0:14:9:9:3:21:8:11 chr1 145116319 . G T 98.15 PASS AF=0.444444;AO=3;DP=22;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0147043;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.851;QD=14.5407;RBI=0.0333952;REFB=-0.0197892;REVB=0.0299837;RO=18;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550424;STB=0.540471;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0272185;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:22:27:18:15:3:12:0.444444:0:3:12:6:4:8:9:6 chr1 145273302 . A G 215.26 PASS AF=0.211765;AO=36;DP=170;FAO=36;FDP=170;FR=.;FRO=134;FSAF=1;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=130;FWDB=-0.00789757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2712;QD=5.06497;RBI=0.0391007;REFB=-0.00111777;REVB=-0.0382948;RO=132;SAF=1;SAR=35;SRF=4;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285697;STB=0.514697;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0045957;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:132:134:36:36:0.211765:35:1:4:128:35:1:4:130 chr1 145273345 . T C 256.61 PASS AF=0.195652;AO=45;DP=230;FAO=45;FDP=230;FR=.;FRO=185;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=181;FWDB=-0.00336486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.351;QD=4.46279;RBI=0.0168575;REFB=-0.00477104;REVB=0.0165183;RO=184;SAF=1;SAR=44;SRF=4;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072223;STB=0.505615;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0191096;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:184:185:45:45:0.195652:44:1:4:180:44:1:4:181 chr1 145273431 . A G 99.07 PASS AF=0.113043;AO=26;DP=230;FAO=26;FDP=230;FR=.;FRO=204;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=171;FWDB=-0.0141028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5793;QD=1.72299;RBI=0.0368859;REFB=-0.000222846;REVB=-0.0340835;RO=203;SAF=3;SAR=23;SRF=33;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11923;STB=0.587159;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000738066;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:203:204:26:26:0.113043:23:3:33:170:23:3:33:171 chr1 145281408 . C T 61.69 PASS AF=0.0877193;AO=20;DP=228;FAO=20;FDP=228;FR=.;FRO=208;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=118;FSRR=90;FWDB=-0.0212092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.307;QD=1.08223;RBI=0.0212102;REFB=-0.00329414;REVB=0.000215199;RO=208;SAF=9;SAR=11;SRF=118;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136911;STB=0.605708;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0371935;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:228:228:208:208:20:20:0.0877193:11:9:118:90:11:9:118:90 chr1 145281543 . C T 416.66 PASS AF=0.284314;AO=58;DP=204;FAO=58;FDP=204;FR=.;FRO=146;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=-0.0122986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.14;QD=8.1697;RBI=0.0139278;REFB=-0.0126228;REVB=-0.00653655;RO=146;SAF=27;SAR=31;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420933;STB=0.524704;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.031367;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:146:146:58:58:0.284314:31:27:73:73:31:27:73:73 chr1 145281613 . C A 59.07 PASS AF=0.107143;AO=15;DP=139;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.00993373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6497;QD=1.68772;RBI=0.0151327;REFB=-0.00641914;REVB=-0.0114158;RO=124;SAF=8;SAR=7;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157528;STB=0.617552;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0316028;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:139:140:124:125:15:15:0.107143:7:8:50:74:7:8:50:75 chr1 145281633 . C A 41.23 PASS AF=0.0882353;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=136;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0391023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.699;QD=1.21252;RBI=0.0448365;REFB=-0.00263456;REVB=-0.0219391;RO=124;SAF=7;SAR=5;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169129;STB=0.632316;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0360166;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:136:136:124:124:12:12:0.0882353:5:7:54:70:5:7:54:70 chr1 145281656 . A T 38.25 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.0413845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8388;QD=1.2143;RBI=0.0627773;REFB=-0.0017683;REVB=-0.047205;RO=115;SAF=6;SAR=5;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669053;STB=0.553217;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0165975;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:5:6:56:59:5:6:56:59 chr1 145290409 . G A 131.05 PASS AF=0.150538;AO=27;DP=185;FAO=28;FDP=186;FR=.;FRO=158;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=98;FWDB=-0.00675621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.239;QD=2.81818;RBI=0.00677737;REFB=0.00131395;REVB=0.000535092;RO=155;SAF=11;SAR=16;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357231;STB=0.511723;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00815015;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:155:158:27:28:0.150538:16:11:59:96:17:11:60:98 chr1 145290498 . T G 65.21 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=143;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0326268;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.5;QD=1.82401;RBI=0.032659;REFB=-0.00246111;REVB=0.00144992;RO=127;SAF=6;SAR=10;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827229;STB=0.560502;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0234904;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:143:143:127:127:16:16:0.111888:10:6:56:71:10:6:56:71 chr1 145293420 . C T 231.64 PASS AF=0.169742;AO=45;DP=271;FAO=46;FDP=271;FR=.;FRO=225;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=138;FSRR=87;FWDB=-0.0216195;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.831;QD=3.41897;RBI=0.0216955;REFB=0.000612566;REVB=-0.0018145;RO=220;SAF=26;SAR=19;SRF=136;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542279;STB=0.541058;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00408815;OID=.;OPOS=145293420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:220:225:45:46:0.169742:19:26:136:84:20:26:138:87 chr1 145293425 . C A 159.21 PASS AF=0.125806;AO=39;DP=311;FAO=39;FDP=310;FR=.;FRO=271;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=162;FSRR=109;FWDB=0.00271798;FXX=0.00321533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.51;QD=2.05429;RBI=0.00282756;REFB=-0.000639298;REVB=0.000779545;RO=265;SAF=26;SAR=13;SRF=159;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904277;STB=0.564781;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00402711;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:310:265:271:39:39:0.125806:13:26:159:106:13:26:162:109 chr1 145293469 . G C 240.95 PASS AF=0.116697;AO=65;DP=555;FAO=65;FDP=557;FR=.;FRO=492;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=258;FSRR=234;FWDB=-0.00662149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.014;QD=1.73032;RBI=0.0265208;REFB=-0.000652374;REVB=-0.0256809;RO=485;SAF=44;SAR=21;SRF=254;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197968;STB=0.638836;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00721679;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:557:485:492:65:65:0.116697:21:44:254:231:21:44:258:234 chr1 145293490 . G C 199.6 PASS AF=0.102773;AO=63;DP=614;FAO=63;FDP=613;FR=.;FRO=550;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=291;FSRR=259;FWDB=-0.0320693;FXX=0.00162864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8595;QD=1.30247;RBI=0.0454605;REFB=-0.00666397;REVB=-0.0322214;RO=547;SAF=43;SAR=20;SRF=289;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195125;STB=0.642295;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0687892;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:613:547:550:63:63:0.102773:20:43:289:258:20:43:291:259 chr1 145293498 . G C 228.09 PASS AF=0.109656;AO=67;DP=613;FAO=67;FDP=611;FR=.;FRO=544;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=288;FSRR=256;FWDB=-0.00444326;FXX=0.00488591;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.203;QD=1.49325;RBI=0.0317447;REFB=-0.0035148;REVB=0.0314322;RO=532;SAF=44;SAR=23;SRF=284;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157592;STB=0.616477;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0206097;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:611:532:544:67:67:0.109656:23:44:284:248:23:44:288:256 chr1 145293510 . C G 253.11 PASS AF=0.115132;AO=69;DP=607;FAO=70;FDP=608;FR=.;FRO=538;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=285;FSRR=253;FWDB=-0.00881099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5382;QD=1.66521;RBI=0.0100834;REFB=-0.00661965;REVB=0.00490311;RO=536;SAF=45;SAR=24;SRF=283;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159235;STB=0.615938;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0506834;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:608:536:538:69:70:0.115132:24:45:283:253:24:46:285:253 chr1 145293515 . A G 1199.71 PASS AF=0.287958;AO=165;DP=573;FAO=165;FDP=573;FR=.;FRO=408;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=224;FSRR=184;FWDB=0.00401771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.899;QD=8.37492;RBI=0.00705444;REFB=-0.0103798;REVB=-0.00579855;RO=405;SAF=86;SAR=79;SRF=223;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361068;STB=0.519867;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0241466;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:573:405:408:165:165:0.287958:79:86:223:182:79:86:224:184 chr1 145293549 . C T 276.38 PASS AF=0.136555;AO=65;DP=477;FAO=65;FDP=476;FR=.;FRO=411;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=213;FSRR=198;FWDB=-0.00153001;FXX=0.00209639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.19;QD=2.32254;RBI=0.00205309;REFB=-0.000722687;REVB=0.00136903;RO=409;SAF=39;SAR=26;SRF=211;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108959;STB=0.571406;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00610082;OID=.;OPOS=145293549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:476:409:411:65:65:0.136555:26:39:211:198:26:39:213:198 chr1 145293566 . G A 918.07 PASS AF=0.281596;AO=127;DP=451;FAO=127;FDP=451;FR=.;FRO=324;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=173;FSRR=151;FWDB=-0.0064847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.561;QD=8.14256;RBI=0.0296339;REFB=-0.00298644;REVB=0.0289157;RO=324;SAF=64;SAR=63;SRF=173;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369508;STB=0.521567;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00866198;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:451:324:324:127:127:0.281596:63:64:173:151:63:64:173:151 chr1 145296372 . A G 741.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266505;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.369;QD=57.0317;RBI=0.0283943;REFB=0;REVB=0.00979722;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196112;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 145311083 . A C 2507.24 PASS AF=0.560284;AO=201;DP=387;FAO=237;FDP=423;FR=.;FRO=186;FSAF=124;FSAR=113;FSRF=134;FSRR=52;FWDB=0.00579755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.282;QD=23.7091;RBI=0.0347743;REFB=-0.0237444;REVB=0.0342876;RO=182;SAF=124;SAR=77;SRF=134;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11359;STB=0.587609;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151121;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:423:182:186:201:237:0.560284:77:124:134:48:113:124:134:52 chr1 145311110 . G C 577.81 PASS AF=0.223278;AO=94;DP=421;FAO=94;FDP=421;FR=.;FRO=327;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=212;FSRR=115;FWDB=0.00660861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.014;QD=5.48988;RBI=0.0146543;REFB=-0.00713744;REVB=0.0130795;RO=322;SAF=44;SAR=50;SRF=208;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226823;STB=0.638058;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0204238;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:421:322:327:94:94:0.223278:50:44:208:114:50:44:212:115 chr1 145311828 . C G 661.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00880945;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.113;QD=60.1182;RBI=0.0117451;REFB=-0.0247805;REVB=-0.00776794;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000308542;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:13:30:0:0:13:30:0:1 chr1 145368461 . A C 1169.91 PASS AF=0.584699;AO=106;DP=182;FAO=107;FDP=183;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00575763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.848;QD=25.5718;RBI=0.00585507;REFB=-0.0210183;REVB=0.00106372;RO=75;SAF=53;SAR=53;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968028;STB=0.55652;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0162213;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:75:76:106:107:0.584699:53:53:47:28:54:53:48:28 chr1 145368518 . C T 77.14 PASS AF=0.0905797;AO=25;DP=277;FAO=25;FDP=276;FR=.;FRO=251;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=134;FSRR=117;FWDB=-0.0410099;FXX=0.0107523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2721;QD=1.11801;RBI=0.061913;REFB=-0.00569747;REVB=-0.0463832;RO=249;SAF=13;SAR=12;SRF=134;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216307;STB=0.512632;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0312806;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:277:276:249:251:25:25:0.0905797:12:13:134:115:12:13:134:117 chr1 145379324 . C A 114.77 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0849693;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.336;QD=8.19796;RBI=0.0850789;REFB=0.00642875;REVB=-0.00431636;RO=40;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360646;STB=0.721914;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0116155;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:40:40:16:16:0.285714:13:3:18:22:13:3:18:22 chr1 145379352 . T A 82.32 PASS AF=0.224138;AO=12;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.031324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.243;QD=5.67698;RBI=0.0321965;REFB=-0.0101707;REVB=0.00744443;RO=45;SAF=2;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473771;STB=0.743414;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0245863;OID=.;OPOS=145379352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:57:58:45:45:12:13:0.224138:10:2:24:21:10:3:24:21 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=97;DP=443;LEN=8;RO=346;SAF=43;SAR=62;SRF=175;SRR=163;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:443:346:97:62:43:175:163 chr1 145397942 . A T 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0270528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.489;QD=30.1269;RBI=0.0368713;REFB=-0.017991;REVB=-0.0250526;RO=12;SAF=3;SAR=21;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608422;STB=0.533307;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00852854;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:21:3:1:11:21:3:1:11 chr1 145397947 . A G 258.12 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00826863;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.327;QD=29.4993;RBI=0.0237076;REFB=-0.0268634;REVB=0.0222189;RO=12;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684786;STB=0.537541;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00615107;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:12:12:23:23:0.657143:20:3:1:11:20:3:1:11 chr1 145399229 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00656382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.932;QD=15.268;RBI=0.0158636;REFB=-0.0180316;REVB=0.014442;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157105;STB=0.588413;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0244464;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:11:15:24:9:11:15:24:9 chr1 145399309 . G A 173.1 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0294087;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.228;QD=17.7534;RBI=0.0409042;REFB=0.00624658;REVB=-0.0284303;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494516;STB=0.52827;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0113059;OID=.;OPOS=145399309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:8:13:12:6:8:13 chr1 145417510 . A T 156.16 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00598408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5017;QD=15.2346;RBI=0.0330014;REFB=0.0111285;REVB=0.0324544;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947353;STB=0.540147;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0152736;OID=.;OPOS=145417510;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:10:6:7:17:11:6:7:17 chr1 145440096 . G A 248.56 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0268083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.75;QD=25.4934;RBI=0.0427944;REFB=-0.0142647;REVB=0.0333569;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126768;STB=0.507036;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00977856;OID=.;OPOS=145440096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:6:10:14:9:6:10 chr1 145442254 . G C 1075.21 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1677;QD=58.1195;RBI=0.0671595;REFB=0;REVB=0.0368435;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629772;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:41:27:0:0:42:32:0:0 chr1 145498627 . C T 539.72 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=4.55591e-05;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.444;QD=17.552;RBI=0.0396093;REFB=0.00274179;REVB=-0.0396093;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651918;STB=0.502145;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00444386;OID=.;OPOS=145498627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:60:66:57:57:0.463415:27:30:32:28:27:30:35:31 chr1 145509217 . C G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0158197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.279;QD=15.7533;RBI=0.016466;REFB=0.000608136;REVB=-0.00456786;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000629943;STB=0.500355;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.000783338;OID=.;OPOS=145509217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:25:21:16:19:25:21 chr1 145532549 . T C 1200.43 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0158029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.607;QD=58.5576;RBI=0.017131;REFB=-0.0311862;REVB=0.00661347;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.511902;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-1.17295e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:41:39:0:1:41:39:0:2 chr1 145562293 . G C 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3563;QD=57.1917;RBI=0.0375711;REFB=0;REVB=0.030574;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05219e-05;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 145586309 . C T 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.327;QD=60.9521;RBI=0.0317492;REFB=0;REVB=0.0293345;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91245e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:75:41:0:0:75:41:0:0 chr1 145586403 . G T 1734.4 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889969;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.271;QD=60.8561;RBI=0.0125587;REFB=0;REVB=0.00886096;RO=0;SAF=38;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4964e-07;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:76:38:0:0:76:38:0:0 chr1 145588905 . G A 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8905;QD=46.9578;RBI=0.0260768;REFB=-0.172827;REVB=-0.0152765;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0125729;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr1 146215223 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.238;QD=33.4285;RBI=0.0321718;REFB=0;REVB=0.0317413;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137152;OID=.;OPOS=146215223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 146215232 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=362.92;QD=33.4285;RBI=0.0290329;REFB=0;REVB=0.0289195;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359981;OID=.;OPOS=146215232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 146215276 . C T 53.51 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00595909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.78;QD=26.754;RBI=0.0629073;REFB=-0.0158681;REVB=-0.0626244;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0148539;OID=.;OPOS=146215276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:4:2:1:0:4:3:1:0 chr1 146395447 . A G 605.43 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00412362;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.141;QD=17.0545;RBI=0.0105805;REFB=-0.0150817;REVB=-0.00974387;RO=78;SAF=35;SAR=28;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215379;STB=0.507934;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0202871;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:78:79:63:63:0.443662:28:35:45:33:28:35:45:34 chr1 146672906 . C T 1980.94 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162709;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.316;QD=61.4246;RBI=0.0180194;REFB=-0.102348;REVB=-0.0077431;RO=1;SAF=62;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760322;STB=0.503999;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=3.34469e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:128:128:0.992248:66:62:1:0:66:62:1:0 chr1 146714392 . G C 132.75 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00196676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.26;QD=10.0185;RBI=0.00199191;REFB=-0.0216659;REVB=-0.000315557;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642918;STB=0.517836;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0395637;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:36:16:17:0.320755:8:8:20:16:8:9:20:16 chr1 146728162 . T TA 631.61 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400955;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.5909;QD=48.5853;RBI=0.103926;REFB=0;REVB=-0.09588;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00654296;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:52:52:0:24:28:0:0:11:2:24:27:1:1 chr1 146751782 . A C 1511.91 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000467075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.558;QD=59.8776;RBI=0.0334759;REFB=0;REVB=0.0334726;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15608e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:97:101:1:53:44:0:0:56:45:0:0 chr1 146767149 . G T 1521.06 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.284;QD=63.3774;RBI=0.0102428;REFB=0;REVB=0.000610168;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02462e-05;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:41:54:0:0:41:55:0:0 chr1 147119273 . G A 153.01 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0120287;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.129;QD=13.0222;RBI=0.0219984;REFB=-0.00632048;REVB=0.0184185;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437104;STB=0.759664;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00651634;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:3:14:14:16:3:14:14:16 chr1 147121977 . C T 1746.91 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00953913;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0929;QD=59.7233;RBI=0.0446784;REFB=-0.158126;REVB=0.0436482;RO=1;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959259;STB=0.50505;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00156042;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:115:116:0.991453:49:66:0:1:49:67:0:1 chr1 147124310 . T G 541.93 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0594566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4164;QD=20.8436;RBI=0.0656422;REFB=-0.0168361;REVB=0.0278176;RO=48;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879119;STB=0.543893;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0125706;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:48:49:55:55:0.528846:23:32:23:25:23:32:24:25 chr1 147229299 . G A 198.31 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0462257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.981;QD=44.0685;RBI=0.0980327;REFB=-0.0257501;REVB=-0.0864499;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00676925;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr1 147230978 . G A 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=7.13261e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.852;QD=26.3048;RBI=0.0144802;REFB=-0.0133347;REVB=-0.01448;RO=21;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986316;STB=0.553906;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0098943;OID=.;OPOS=147230978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:19:17:13:8:19:17:13:8 chr1 147716794 . C T 127.46 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0122666;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.883;QD=7.96644;RBI=0.0191484;REFB=0.000115277;REVB=-0.0147035;RO=45;SAF=15;SAR=3;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528418;STB=0.8241;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00164615;OID=.;OPOS=147716794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:46:18:18:0.28125:3:15:18:27:3:15:18:28 chr1 147719046 . G C 135.65 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0317744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2693;QD=4.27232;RBI=0.0488162;REFB=0.00481883;REVB=0.0370595;RO=102;SAF=13;SAR=11;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07788;STB=0.553328;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.021432;OID=.;OPOS=147719046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:102:103:24:24:0.188976:11:13:49:53:11:13:49:54 chr1 147735804 . G GT 138.84 PASS AF=0.651163;AO=25;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0594011;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.0723;QD=12.9149;RBI=0.0614412;REFB=-0.0368185;REVB=0.0157013;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183267;STB=0.522597;STBP=0.716;TYPE=ins;VARB=0.0381528;OID=.;OPOS=147735805;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:25:43:28:43:15:13:15:6:9:53:15:11:14:7:8 chr1 147735828 . C T 688.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.831;QD=62.6303;RBI=0.0760489;REFB=0;REVB=0.0112079;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000876465;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 147781062 . A G 378.06 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0114741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.596;QD=18.9028;RBI=0.0116718;REFB=-0.00641644;REVB=-0.00213921;RO=41;SAF=10;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304502;STB=0.670545;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00779169;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:29:10:23:18:29:10:23:18 chr1 147806874 . G C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00115276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.893;QD=18.0082;RBI=0.00874081;REFB=-0.00962264;REVB=-0.00866446;RO=41;SAF=8;SAR=29;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491311;STB=0.774814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122599;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:29:8:30:11:29:8:30:11 chr1 147806880 . T C 1065.78 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00340194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3465;QD=58.399;RBI=0.0184225;REFB=-0.0086315;REVB=0.0181057;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00089184;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:36:36:0:0:36:36:1:0 chr1 147825770 . C T 443.62 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00252994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.3;QD=28.6203;RBI=0.0144039;REFB=-0.0105636;REVB=-0.01418;RO=21;SAF=16;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608585;STB=0.50331;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00541274;OID=.;OPOS=147825770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:25:16:8:13:25:16:8:13 chr1 148009349 . A G 40.77 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0185247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8745;QD=3.54544;RBI=0.0606101;REFB=0.000488066;REVB=0.0577098;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330073;STB=0.73106;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00214972;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:17:22:2:5:17:22 chr1 148009510 . G A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0607737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.354;QD=2.54999;RBI=0.061023;REFB=-0.00089293;REVB=-0.0055101;RO=64;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158931;STB=0.628945;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00225062;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:64:66:10:10:0.131579:7:3:27:37:7:3:29:37 chr1 148342488 . T C 40.56 PASS AF=0.0735294;AO=15;DP=204;FAO=15;FDP=204;FR=.;FRO=189;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=113;FSRR=76;FWDB=-0.000712002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.056;QD=0.795316;RBI=0.0310767;REFB=0.00366465;REVB=-0.0310685;RO=185;SAF=8;SAR=7;SRF=111;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759374;STB=0.560477;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0245126;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:204:204:185:189:15:15:0.0735294:7:8:111:74:7:8:113:76 chr1 149155848 . C T 685.63 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0105836;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9097;QD=21.426;RBI=0.0202129;REFB=-0.0239034;REVB=-0.0172205;RO=61;SAF=31;SAR=36;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679043;STB=0.537302;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0183473;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:61:61:67:67:0.523438:36:31:33:28:36:31:33:28 chr1 149211947 . C G 74.4 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0635764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6671;QD=3.34377;RBI=0.0660688;REFB=-0.00156844;REVB=-0.0179758;RO=75;SAF=9;SAR=5;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107613;STB=0.572758;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0096188;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:5:9:42:33:5:9:42:33 chr1 149211962 . T C 176.9 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0155289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.18;QD=6.43266;RBI=0.0168279;REFB=-0.0116993;REVB=-0.00648315;RO=82;SAF=21;SAR=6;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330311;STB=0.69984;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0161419;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:82:83:27:27:0.245455:6:21:44:38:6:21:45:38 chr1 149211967 . G A 223.98 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0145923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.638;QD=7.7906;RBI=0.0150171;REFB=-0.0111946;REVB=0.00354653;RO=83;SAF=25;SAR=7;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326321;STB=0.696461;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0172616;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:7:25:45:38:7:25:45:38 chr1 149211975 . C A 248.91 PASS AF=0.28;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00493972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8574;QD=7.96522;RBI=0.00654729;REFB=-0.0197618;REVB=0.00429722;RO=89;SAF=28;SAR=7;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359999;STB=0.71362;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0495565;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:89:90:35:35:0.28:7:28:48:41:7:28:49:41 chr1 149211992 . G A 376.75 PASS AF=0.320261;AO=49;DP=153;FAO=49;FDP=153;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0164935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.193;QD=9.84961;RBI=0.016716;REFB=-0.00958873;REVB=0.00271827;RO=104;SAF=36;SAR=13;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208513;STB=0.621765;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0163802;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:104:104:49:49:0.320261:13:36:60:44:13:36:60:44 chr1 149211998 . T G 361.96 PASS AF=0.304348;AO=49;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0234372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.299;QD=8.99287;RBI=0.032595;REFB=-0.00672258;REVB=-0.0226524;RO=109;SAF=36;SAR=13;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24102;STB=0.634213;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0242236;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:112:49:49:0.304348:13:36:60:49:13:36:63:49 chr1 149224135 . G C 142.06 PASS AF=0.137339;AO=32;DP=233;FAO=32;FDP=233;FR=.;FRO=201;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=119;FSRR=82;FWDB=-0.0381336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.912;QD=2.43875;RBI=0.0392193;REFB=-0.000947833;REVB=-0.00916433;RO=201;SAF=21;SAR=11;SRF=119;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866139;STB=0.55908;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00611087;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:201:201:32:32:0.137339:11:21:119:82:11:21:119:82 chr1 149224148 . G A 548.47 PASS AF=0.305085;AO=72;DP=236;FAO=72;FDP=236;FR=.;FRO=164;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=96;FSRR=68;FWDB=-0.00417745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.574;QD=9.29614;RBI=0.004777;REFB=-0.00378884;REVB=-0.00231703;RO=164;SAF=44;SAR=28;SRF=96;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321379;STB=0.518659;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00896453;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:164:164:72:72:0.305085:28:44:96:68:28:44:96:68 chr1 149286406 . T C 68.62 PASS AF=0.103093;AO=19;DP=191;FAO=20;FDP=194;FR=.;FRO=174;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=124;FWDB=-0.0922621;FXX=0.020201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8242;QD=1.4149;RBI=0.0923032;REFB=-0.00296032;REVB=-0.00275455;RO=172;SAF=10;SAR=9;SRF=48;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308468;STB=0.690559;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.026236;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:191:194:172:174:19:20:0.103093:9:10:48:124:10:10:50:124 chr1 149287392 . T G 810.77 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.00791203;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.494;QD=16.8036;RBI=0.00982733;REFB=-0.0029478;REVB=-0.00582891;RO=107;SAF=40;SAR=45;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505029;STB=0.53038;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00496242;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:107:108:85:85:0.440415:45:40:45:62:45:40:45:63 chr1 149294658 . G A 680.87 PASS AF=0.436047;AO=70;DP=170;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.010531;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.733;QD=15.8341;RBI=0.010902;REFB=-0.00872877;REVB=0.00281963;RO=95;SAF=37;SAR=33;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456716;STB=0.529312;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00973304;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:95:97:70:75:0.436047:33:37:46:49:34:41:48:49 chr1 149294663 . T C 51.74 PASS AF=0.0965909;AO=15;DP=174;FAO=17;FDP=176;FR=.;FRO=159;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=0.00831139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.154;QD=1.17581;RBI=0.00863961;REFB=-0.00174198;REVB=-0.00235876;RO=157;SAF=10;SAR=5;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197795;STB=0.696124;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0151168;OID=.;OPOS=149294663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:174:176:157:159:15:17:0.0965909:5:10:78:79:5:12:78:81 chr1 149294669 . C T 47.15 PASS AF=0.0847458;AO=15;DP=178;FAO=15;FDP=177;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=83;FWDB=0.00975822;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7176;QD=1.06559;RBI=0.013284;REFB=0.00164694;REVB=0.00901339;RO=158;SAF=10;SAR=5;SRF=75;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221333;STB=0.663932;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0215813;OID=.;OPOS=149294669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:178:177:158:162:15:15:0.0847458:5:10:75:83:5:10:79:83 chr1 149294693 . G C 663.46 PASS AF=0.411111;AO=72;DP=180;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.00836384;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.972;QD=14.7437;RBI=0.016792;REFB=-0.00737568;REVB=-0.0145608;RO=103;SAF=38;SAR=34;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951499;STB=0.551545;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0115138;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:103:106:72:74:0.411111:34:38:45:58:34:40:48:58 chr1 149294714 . TT CC 33.17 PASS AF=0.0710059;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=169;FR=.;FRO=157;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=85;FWDB=-0.0605123;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.416;QD=0.785179;RBI=0.0605474;REFB=-0.0026163;REVB=-0.00206165;RO=149;SAF=7;SAR=5;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175992;STB=0.614446;STBP=0.438;TYPE=mnp;VARB=0.0356404;OID=.;OPOS=149294714;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:163:169:149:157:12:12:0.0710059:5:7:63:86:5:7:72:85 chr1 149298542 . CAAA AAAA,CA,C 174.59 PASS AF=0.0344828,0,0.586207;AO=3,5,8;DP=28;FAO=1,0,17;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,7;FSAR=1,0,10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0243558,0.269648,0.181403;FXX=0.147016;HRUN=1,8,8;LEN=1,2,3;MLLD=187.416,23.5548,34.2472;QD=24.0808;RBI=0.0249733,0.270024,0.181648;REFB=-0.0078246,0.0105919,0.00775872;REVB=-0.00551886,-0.0142388,-0.00944263;RO=8;SAF=2,3,1;SAR=1,2,7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.535477,0.449288,0;STB=0.986937,0.5,0.519628;STBP=0.531,1,0.791;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0897079,0,0.0184702;OID=.,.,.;OPOS=149298542,149298543,149298543;OREF=C,AA,AAA;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,CA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:90:28:29:8:11:3,5,8:1,0,17:0.0344828,0,0.586207:1,2,7:2,3,1:1:7:1,0,10:0,0,7:4:7 chr1 149298554 . C A 279.75 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0565191;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4062;QD=26.643;RBI=0.0680214;REFB=0.00835076;REVB=0.0378484;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273211;STB=0.515139;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00584081;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:6:11:17:8:6:11 chr1 149298562 . GC AT 303.38 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0147207;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.359;QD=25.8191;RBI=0.0148148;REFB=-0.0143932;REVB=-0.00166675;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156042;STB=0.513413;STBP=0.853;TYPE=mnp;VARB=0.0101644;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:17:10:7:12:17:10:8:12 chr1 149298603 . G A 315.35 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0287492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.22;QD=20.0222;RBI=0.0328616;REFB=-0.0198582;REVB=-0.0159176;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131385;STB=0.578584;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0189909;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:19:14:8:21:19:14:8:22 chr1 149334339 . G C 1498.96 PASS AF=0.421189;AO=163;DP=387;FAO=163;FDP=387;FR=.;FRO=224;FSAF=57;FSAR=106;FSRF=80;FSRR=144;FWDB=0.00350097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.05;QD=15.4931;RBI=0.00376787;REFB=-0.000873677;REVB=0.00139288;RO=222;SAF=57;SAR=106;SRF=79;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700544;STB=0.504726;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00127287;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:222:224:163:163:0.421189:106:57:79:143:106:57:80:144 chr1 149400301 . G C 511.22 PASS AF=0.544444;AO=47;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0654978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=22.721;RBI=0.0668592;REFB=-0.01751;REVB=0.0134236;RO=41;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193014;STB=0.51952;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0165337;OID=.;OPOS=149400301;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:41:41:47:49:0.544444:24:23:21:20:26:23:21:20 chr1 149514101 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000224917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.852;QD=33.4285;RBI=0.000224917;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49368e-06;OID=.;OPOS=149514101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 149514121 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.772;QD=33.4285;RBI=0.00598947;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6544e-05;OID=.;OPOS=149514121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 149514131 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.693;QD=23.2183;RBI=0.0342271;REFB=-0.0569298;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00815504;OID=.;OPOS=149514131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 149664423 . A G 1214.82 PASS AF=0.664634;AO=101;DP=155;FAO=109;FDP=164;FR=.;FRO=55;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0397647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.375;QD=29.6299;RBI=0.0399824;REFB=-0.0202627;REVB=-0.00416624;RO=52;SAF=57;SAR=44;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532351;STB=0.545136;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00794188;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:164:52:55:101:109:0.664634:44:57:25:27:45:64:25:30 chr1 149676401 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0231047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.412;QD=8.68685;RBI=0.0331231;REFB=-0.013244;REVB=-0.0237342;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217715;STB=0.629932;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0257228;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:7:10:16:24:7:10:16:24 chr1 149680227 . A G 1356.02 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0126833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.179;QD=57.0954;RBI=0.0158469;REFB=0.00947206;REVB=-0.00950039;RO=5;SAF=35;SAR=55;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116365;STB=0.500615;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.000265425;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:95:5:5:90:90:0.947368:55:35:2:3:55:35:2:3 chr1 149680262 . A G 347.89 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00427091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=14.8038;RBI=0.012552;REFB=0.00715349;REVB=0.011803;RO=55;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123124;STB=0.562029;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0103134;OID=.;OPOS=149680262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:22:16:17:38:22:16:18:38 chr1 149684085 . T C 83.28 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000948565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5695;QD=8.12477;RBI=0.0156486;REFB=-0.00863025;REVB=-0.0156199;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257675;STB=0.696879;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0499942;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:41:27:30:11:11:0.268293:8:3:13:14:8:3:16:14 chr1 149684119 . TA T,TT 1128.36 PASS AF=0.986667,0.0133333;AO=72,4;DP=78;FAO=74,1;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078181,0.0200631;FXX=0.0384566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.827,218.523;QD=60.1793;RBI=0.0142194,0.0239503;REFB=0,0;REVB=-0.0118772,-0.0130801;RO=0;SAF=33,1;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000228597,-0.0902909;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986667,0.0133333:72,4:78:74,1:75:0:32,1:42,0:0:0:3:0:33,1:39,3:0:0 chr1 149684166 . G A 249.86 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00222189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7605;QD=12.0414;RBI=0.0475866;REFB=-0.0315538;REVB=-0.0475347;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700007;STB=0.545425;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0542243;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:30:30:0.361446:16:14:21:31:16:14:21:32 chr1 149684169 . G A 249.99 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0397892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.85;QD=12.0475;RBI=0.0401001;REFB=-0.00535699;REVB=-0.00498319;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607597;STB=0.545425;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.013107;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:51:53:30:30:0.361446:16:14:21:30:16:14:21:32 chr1 149684171 . A T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0146202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.747;QD=12.0467;RBI=0.019898;REFB=-0.0432664;REVB=-0.0134974;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790142;STB=0.545425;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0237729;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:16:14:21:32:16:14:21:32 chr1 149711791 . C T 34.16 PASS AF=0.0701754;AO=10;DP=168;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=87;FSRR=72;FWDB=0.0096201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.507;QD=0.799036;RBI=0.0271061;REFB=-0.000637434;REVB=0.0253416;RO=158;SAF=6;SAR=4;SRF=87;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511817;STB=0.534135;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0161111;OID=.;OPOS=149711791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:168:171:158:159:10:12:0.0701754:4:6:87:71:5:7:87:72 chr1 149711815 . G A 79.92 PASS AF=0.117647;AO=19;DP=170;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.00588904;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.083;QD=1.88047;RBI=0.00872494;REFB=-0.00375313;REVB=-0.00643768;RO=141;SAF=8;SAR=11;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934845;STB=0.544125;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0362329;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:170:170:141:150:19:20:0.117647:11:8:70:71:11:9:75:75 chr1 149711845 . C A 67.66 PASS AF=0.108974;AO=17;DP=156;FAO=17;FDP=156;FR=.;FRO=139;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=82;FWDB=-0.0227171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9447;QD=1.73497;RBI=0.0227181;REFB=-0.0035761;REVB=-0.000205603;RO=139;SAF=8;SAR=9;SRF=57;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747643;STB=0.554393;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0307851;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:156:156:139:139:17:17:0.108974:9:8:57:82:9:8:57:82 chr1 149906413 . T C 189.43 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0248724;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.827;QD=10.9816;RBI=0.0282227;REFB=-0.0021948;REVB=0.0133374;RO=45;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125359;STB=0.572461;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00178472;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:45:24:24:0.347826:14:10:14:31:14:10:14:31 chr1 149914683 . G A 239.96 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00214096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3484;QD=43.6297;RBI=0.00944103;REFB=-0.119575;REVB=-0.00919507;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00763567;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:9:11:1:0:9:11:1:1 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCCTCCTCC,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 425.23 PASS AF=0.09375,0.0625,0.34375,0.5;AO=4,2,10,13;DP=32;FAO=3,2,11,16;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,8,13;FSAR=0,2,3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370766,0.00129676,0.0246547,0.0445256;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=4,7,6,1;MLLD=129.963,17.2805,84.0116,51.0472;QD=53.154;RBI=0.0370791,0.0283156,0.0251698,0.0478253;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.000429819,-0.0282859,-0.00506624,-0.0174566;RO=0;SAF=3,0,8,11;SAR=1,2,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0.0617009,-0.0297636,0.0315502,0.0118219;OID=.,.,.,.;OPOS=150199042,150199045,150199040,150199051;OREF=CTCT,TTCCTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,CTCCTCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCCTCCTCC,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.09375,0.0625,0.34375,0.5:4,2,10,13:32:3,2,11,16:32:0:3,0,8,13:0,2,3,3:0:0:70:0:3,0,8,11:1,2,2,2:0:0 chr1 150199123 . G T 129.16 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.047;QD=43.0523;RBI=0.0894215;REFB=0;REVB=0.050592;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526949;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr1 150278741 . G GTC 264.75 PASS AF=0.8;AO=19;DP=31;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00939672;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.845;QD=35.2995;RBI=0.0550115;REFB=-0.02636;REVB=0.0542031;RO=7;SAF=18;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354799;STB=0.621498;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.00251773;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:19:31:24:30:6:23:1:5:1:35:7:18:1:5:2 chr1 150526044 . G C 103.05 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0492279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2746;QD=9.58639;RBI=0.056965;REFB=0.0117493;REVB=-0.028664;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191067;STB=0.626141;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0306536;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:8:5:16:13:8:5:17:13 chr1 150526565 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00804414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.769;QD=11.9197;RBI=0.0113512;REFB=-0.0173764;REVB=0.0080088;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0236702;OID=.;OPOS=150526565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:5:4:4:3:5:4 chr1 150531008 . T C,G 991.06 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=65,4;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287566,-0.0145548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.384,55.9985;QD=57.4527;RBI=0.0447442,0.0591458;REFB=0,0;REVB=0.0342798,-0.057327;RO=0;SAF=26,1;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.10038e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00039886,0.239783;OID=.,.;OPOS=150531008,150531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:0:0:65,4:66,3:0.956522,0.0434783:39,3:26,1:0:0:40,2:26,1:0:0 chr1 150531050 . G A 851.12 PASS AF=1;AO=36;DP=63;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194158;FXX=0.0793525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.269;QD=58.698;RBI=0.113378;REFB=0;REVB=0.113361;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367999;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:58:0:0:36:58:1:17:19:0:0:34:24:0:0 chr1 150531170 . C T 661.99 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.406;QD=60.1809;RBI=0.0368732;REFB=-0.0891323;REVB=0.0184713;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114451;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:24:19:1:0:24:20:0:0 chr1 150547747 . G A 63.05 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00899085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3868;QD=8.40632;RBI=0.0194408;REFB=-0.0175481;REVB=-0.0172368;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271522;STB=0.636055;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0183871;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:19:21:9:9:0.3:3:6:8:11:3:6:10:11 chr1 150548887 . C CCTAT,T 319.4 PASS AF=1,0;AO=18,6;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107418,-0.0137914;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=328.904,119.761;QD=53.2332;RBI=0.0244045,0.0138581;REFB=0,0;REVB=0.0219134,0.00135819;RO=0;SAF=9,1;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000511286,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18,6:24,0:1,0:9,5:9,1:0:0:14,0:10,0:0:0 chr1 150597890 . G A 146.5 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0153258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.476;QD=16.7431;RBI=0.0224204;REFB=-0.00429657;REVB=-0.0163644;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581634;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00465379;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:7:9:9:9:7:9:9:10 chr1 150679033 . G A 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0319119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.654;QD=12.8363;RBI=0.0395998;REFB=-0.0222783;REVB=-0.0234472;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0283623;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:18:21:12:13:18:21 chr1 150727539 . G A 208.46 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0235931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1593;QD=15.4417;RBI=0.0286133;REFB=0.00430782;REVB=-0.0161891;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111842;STB=0.570698;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00808842;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:13:11:10:19:13:11:10:20 chr1 150771703 . T C 1116.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.784;QD=60.3607;RBI=0.0625325;REFB=0;REVB=-0.0109469;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32224e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr1 150779755 . C T 2284.86 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4638;QD=59.3469;RBI=0.0200665;REFB=-0.0565225;REVB=-0.00877994;RO=2;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118886;STB=0.506172;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00452566;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:154:2:2:151:152:0.987013:79:72:0:2:80:72:0:2 chr1 150808889 . C G 401.31 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00368116;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.522;QD=21.1215;RBI=0.00413143;REFB=-0.00860341;REVB=-0.00187557;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649454;STB=0.535934;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00868901;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:18:18:17:23:18:18 chr1 150825757 . CAAAAAAAAAAAGT CAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAAGTA 89.64 PASS AF=0.757576,0.242424;AO=11,3;DP=35;FAO=25,8;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066198,-0.0732421;FXX=0.0571265;HRUN=11,11;LEN=1,3;MLLD=3.32237,15.2481;QD=10.865;RBI=0.312425,0.0770486;REFB=0.214538,0.191051;REVB=0.305332,-0.0239181;RO=8;SAF=5,0;SAR=6,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0335209,-0.660908;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0126948,-0.14868;OID=.,.;OPOS=150825758,150825768;OREF=A,AGT;OALT=-,GTA;OMAPALT=CAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAAGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.757576,0.242424:11,3:35:25,8:33:0:11,1:14,7:0:0:29:8:5,0:6,3:4:4 chr1 150937766 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 2643.61 PASS AF=0.00510204,0.994898;AO=44,111;DP=198;FAO=1,195;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=0,109;FSAR=1,86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555422,-0.0365377;FXX=0.0101005;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.8751,21.1945;QD=53.9511;RBI=0.0616347,0.270237;REFB=0,0;REVB=0.0267191,0.267755;RO=2;SAF=8,75;SAR=36,36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.025391,0.0256405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.14226,0.0144133;OID=.,.;OPOS=150937767,150937771;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00510204,0.994898:44,111:198:1,195:196:0:0,109:1,86:0:0:4:2:8,75:36,36:0:2 chr1 150938350 . G C 55.87 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0107012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3643;QD=10.6417;RBI=0.0489217;REFB=-0.0378533;REVB=0.047737;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466517;STB=0.810699;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0535529;OID=.;OPOS=150938350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:6:6:7:1:7:6 chr1 150940357 . GC TT 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0211595;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=164.721;QD=21.9446;RBI=0.022258;REFB=0.0032573;REVB=-0.00690613;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271522;STB=0.656019;STBP=0.146;TYPE=mnp;VARB=-0.00318454;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:14:2:4:8:14:2:4:8 chr1 150940625 . T G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00335155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6356;QD=21.9705;RBI=0.03261;REFB=-0.00290212;REVB=-0.0324373;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317036;STB=0.675521;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00182702;OID=.;OPOS=150940625;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:2:15:10:10:2:15 chr1 150958836 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0271386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5649;QD=12.3287;RBI=0.0443483;REFB=-0.00842053;REVB=0.0350751;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129419;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0134397;OID=.;OPOS=150958836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:12:4:4:7:13:4 chr1 150960350 . A C 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0288887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.009;QD=14.8164;RBI=0.0290829;REFB=-0.0157639;REVB=0.00335596;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368893;STB=0.502091;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0203941;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:12:17:23:16:12:17:23:16 chr1 150969567 . A G 867.9 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.268;QD=57.8602;RBI=0.0159606;REFB=0;REVB=-0.00760093;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51557e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:41:18:0:0:41:19:0:0 chr1 150969992 . T C 394.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.815;QD=56.2864;RBI=0.0659771;REFB=0;REVB=0.060464;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231188;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:12:16:0:0 chr1 150970576 . CG C,CT 550.1 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=4,33;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427068,0.0140282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.2021,57.6126;QD=57.9053;RBI=0.0495406,0.0162942;REFB=0,0;REVB=0.0251077,0.00828903;RO=0;SAF=4,22;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00967478,0.0117108;OID=.,.;OPOS=150970577,150970577;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:4,33:38:1,37:38:0:1,25:0,12:0:0:6:0:4,22:0,11:0:0 chr1 150975108 . T C,G 588.34 PASS AF=0.926829,0.0487805;AO=38,2;DP=41;FAO=38,2;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=16,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154903,-0.0191749;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=77.7727,15.3436;QD=57.3994;RBI=0.0159374,0.0257373;REFB=-0.00986046,0.0341758;REVB=0.00374828,0.0171677;RO=0;SAF=22,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511105,0.993266;STBP=0.531,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000852665,0.179938;OID=.,.;OPOS=150975108,150975108;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:1:38,2:38,2:0.926829,0.0487805:16,2:22,0:0:0:16,2:22,0:1:0 chr1 150995236 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.214;QD=44.6897;RBI=0.0172018;REFB=0;REVB=0.0129378;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13675e-05;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 151006539 . C A 499.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2251;QD=58.7895;RBI=0.153654;REFB=0;REVB=0.152773;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295628;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:16:15:0:0:19:15:0:0 chr1 151019180 . A G 607.53 PASS AF=0.921569;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0898347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.9236;QD=47.6496;RBI=0.108269;REFB=-0.0661541;REVB=0.060431;RO=4;SAF=16;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024939;STB=0.509533;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0133263;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:4:4:46:47:0.921569:30:16:2:2:30:17:1:3 chr1 151040435 . G A 1148.64 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.224;QD=60.4546;RBI=0.010453;REFB=0;REVB=-0.00585221;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58572e-05;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:45:29:0:0:46:30:0:0 chr1 151104950 . G A 445.51 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00843219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.365;QD=52.4134;RBI=0.0617831;REFB=-0.113084;REVB=0.061205;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0010526;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:14:18:0:0:14:18:2:0 chr1 151108137 . T G 768.58 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8505;QD=56.9318;RBI=0.0825597;REFB=0;REVB=-0.0629432;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130893;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 151138644 . G A 177.24 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0394848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5412;QD=14.7703;RBI=0.0485444;REFB=-0.0328157;REVB=0.0282403;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101077;STB=0.558437;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0378446;OID=.;OPOS=151138644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:14:15:8:11:14:15 chr1 151288391 . A G 885.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.079;QD=58.0391;RBI=0.0327367;REFB=0;REVB=0.0301308;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147094;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr1 151314944 . C T 176.55 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0429;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.042;QD=20.1776;RBI=0.0488495;REFB=-0.0197723;REVB=0.0233637;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286865;STB=0.627784;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0248492;OID=.;OPOS=151314944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:17:18:18:0.514286:12:6:1:15:12:6:2:15 chr1 151315282 . C T 313.03 PASS AF=0.453333;AO=28;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0499382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.375;QD=16.695;RBI=0.0569912;REFB=-0.0358199;REVB=-0.0274622;RO=23;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210012;STB=0.577003;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0344737;OID=.;OPOS=151315282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:23:41:28:34:0.453333:8:20:11:12:12:22:21:20 chr1 151316161 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.216;QD=42.1826;RBI=0.0204719;REFB=0;REVB=-0.0118337;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46198e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 151374025 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.487;QD=58.6006;RBI=0.0403261;REFB=0;REVB=0.0176788;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22232e-05;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr1 151497202 . G A 278.45 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0570914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.313;QD=21.8394;RBI=0.0594648;REFB=-0.0513736;REVB=-0.0166322;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377415;STB=0.513504;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.032854;OID=.;OPOS=151497202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:19:9:8:14:19:9:8:15 chr1 151501841 . C G 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0107164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.692;QD=10.1678;RBI=0.0109467;REFB=-0.0160769;REVB=-0.00223378;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120814;STB=0.570823;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.029369;OID=.;OPOS=151501841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:14:24:10:9:14:24 chr1 151511109 . T C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.020489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1461;QD=10.4724;RBI=0.0504949;REFB=-0.0105933;REVB=0.0461512;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481035;STB=0.528799;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0124948;OID=.;OPOS=151511109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:9:15:7:5:9:15 chr1 151534321 . G A 400.22 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0225159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.608;QD=21.3451;RBI=0.0243895;REFB=-0.0195273;REVB=0.00937443;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185764;STB=0.594387;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0178144;OID=.;OPOS=151534321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:23:16:22:13:23:17:22:13 chr1 151675414 . A G 379.03 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0692565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.821;QD=45.9426;RBI=0.0701598;REFB=0.00703468;REVB=-0.0112219;RO=4;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103179;STB=0.555518;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0100365;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:16:13:0:4:16:13:0:4 chr1 151686983 . T A 942.17 PASS AF=0.918919;AO=63;DP=69;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0192543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7566;QD=50.9279;RBI=0.0308645;REFB=-0.0232247;REVB=0.0241224;RO=6;SAF=31;SAR=32;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830712;STB=0.541654;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.016647;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:69:74:6:6:63:68:0.918919:32:31:6:0:35:33:6:0 chr1 151740666 . T C 1055.46 PASS AF=0.948052;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0637416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3139;QD=54.8291;RBI=0.0672201;REFB=0.0368074;REVB=0.0213435;RO=4;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303312;STB=0.516368;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00329038;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:75:77:4:4:71:73:0.948052:32:39:1:3:32:41:1:3 chr1 151747970 . A G 407.71 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0448886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3991;QD=15.3852;RBI=0.0480788;REFB=-0.00808813;REVB=-0.0172217;RO=60;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110787;STB=0.562115;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00909599;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:21:25:26:34:21:25:26:34 chr1 151773851 . T A 161.53 PASS AF=0.53125;AO=12;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0293742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2138;QD=20.1906;RBI=0.0295029;REFB=-0.0264284;REVB=-0.00275279;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229432;STB=0.64596;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0174257;OID=.;OPOS=151773851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:12:17:0.53125:10:2:5:10:14:3:6:9 chr1 151803449 . G T 982.42 PASS AF=0.410448;AO=110;DP=270;FAO=110;FDP=268;FR=.;FRO=158;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=93;FWDB=0.00771898;FXX=0.0147053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6612;QD=14.663;RBI=0.046778;REFB=-0.0211918;REVB=-0.0461367;RO=156;SAF=53;SAR=57;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755301;STB=0.541693;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0329921;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:268:156:158:110:110:0.410448:57:53:64:92:57:53:65:93 chr1 151814234 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.76;QD=57.3858;RBI=0.0378742;REFB=0;REVB=0.0277791;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65426e-06;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr1 151820298 . G C 1172.34 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00321005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9076;QD=59.359;RBI=0.0141394;REFB=-0.0687962;REVB=0.0137702;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00111304;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:32:45:0:1:32:46:0:1 chr1 151820324 . T C 1110.61 PASS AF=1;AO=62;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.149;QD=59.2326;RBI=0.0735945;REFB=0;REVB=0.0573591;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00680692;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:62:75:1:30:32:0:0:33:42:0:0 chr1 151825991 . G T 691.89 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00371973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.916;QD=57.6573;RBI=0.037398;REFB=-0.0940262;REVB=0.0372125;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.50955;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000685368;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:45:46:0.958333:31:14:0:1:32:14:1:1 chr1 151845569 . A G 859.89 PASS AF=0.968254;AO=37;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.288;QD=54.5962;RBI=0.0538815;REFB=-0.109837;REVB=0.0476123;RO=0;SAF=37;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503537;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00331727;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:37:61:0.968254:0:37:0:0:24:37:1:1 chr1 151845650 . G C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0332063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1906;QD=22.9082;RBI=0.0337936;REFB=0.035389;REVB=-0.00627244;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238952;STB=0.513356;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0136612;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:11:6:8:13:11:6 chr1 151867560 . G A 1309.4 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150933;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.027;QD=60.9024;RBI=0.0194477;REFB=-0.0671323;REVB=0.012264;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129769;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000255924;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:49:36:1:0:49:36:1:0 chr1 152079989 . T G 1015.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.897;QD=58.8558;RBI=0.0229425;REFB=0;REVB=0.012604;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270143;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr1 152080722 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0161128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1878;QD=19.1085;RBI=0.0320942;REFB=-0.0174278;REVB=0.0277564;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0335331;OID=.;OPOS=152080722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:3:3:3:6:3:3 chr1 152081921 . G C 851.56 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.619;QD=57.7327;RBI=0.0374507;REFB=0;REVB=0.0337249;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189941;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr1 152085505 . A C 1095.89 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0309427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.536;QD=54.1178;RBI=0.0350844;REFB=-0.0553507;REVB=0.0165367;RO=5;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597682;STB=0.531637;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00810754;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:5:5:76:76:0.938272:37:39:0:5:37:39:0:5 chr1 152129087 . T C 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0470304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.991;QD=55.4629;RBI=0.0647084;REFB=-0.0374019;REVB=0.0444446;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390161;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00208848;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:0:2:23:15:0:2 chr1 152129094 . A G 532.71 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.19;QD=59.1899;RBI=0.0398145;REFB=0;REVB=0.0157227;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247809;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:21:15:0:0 chr1 152129100 . CA TG 84.98 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0425262;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.581;QD=10.9655;RBI=0.0643348;REFB=-0.0452494;REVB=-0.0482752;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309174;STB=0.679684;STBP=0.162;TYPE=mnp;VARB=0.070045;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:18:20:11:11:0.354839:4:7:6:12:4:7:7:13 chr1 152129115 . T C 38.06 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=-0.0505974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1222;QD=2.23855;RBI=0.0561455;REFB=-0.0204009;REVB=-0.0243354;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557308;STB=0.540719;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.10811;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:6:2:13:47:6:2:13:47 chr1 152185750 . G A 1434.45 PASS AF=0.98;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0647923;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6272;QD=57.3779;RBI=0.0731681;REFB=-0.0800822;REVB=0.0339932;RO=2;SAF=59;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158033;STB=0.508063;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00153282;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:2:2:96:98:0.98:37:59:2:0:37:61:2:0 chr1 152188413 . C T 463.6 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0136166;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.679;QD=19.7275;RBI=0.0538441;REFB=-0.0058135;REVB=-0.0520939;RO=48;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149341;STB=0.586919;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00381929;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:45:46:0.489362:19:26:20:28:19:27:20:28 chr1 152190835 . G A 752.84 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00926115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4611;QD=61.4565;RBI=0.0657015;REFB=0.00201436;REVB=0.0650455;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000509399;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr1 152190945 . C T 2387.65 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.219;QD=61.2218;RBI=0.0279427;REFB=0;REVB=0.0259754;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90821e-05;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:156:0:0:151:156:1:89:62:0:0:92:64:0:0 chr1 152191437 . A G 522.91 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000268706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.584;QD=32.1792;RBI=0.000581338;REFB=-0.0249423;REVB=-0.000515511;RO=19;SAF=26;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366937;STB=0.519827;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00904735;OID=.;OPOS=152191437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:46:46:0.707692:20:26:12:7:20:26:12:7 chr1 152192555 . T C 923.45 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.729;QD=56.8276;RBI=0.0368157;REFB=-0.036667;REVB=0.034203;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000338657;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr1 152192687 . T C 1416.13 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.484;QD=62.939;RBI=0.0551369;REFB=0;REVB=0.0482943;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105989;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:36:52:0:0:37:53:0:0 chr1 152192978 . T C 1732.8 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.445;QD=59.7516;RBI=0.0367138;REFB=-0.0176907;REVB=-0.0336582;RO=1;SAF=55;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855602;STB=0.504504;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=1.71481e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:60:55:1:0:60:55:1:0 chr1 152193052 . A G 2219.26 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129793;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6032;QD=63.4074;RBI=0.0198039;REFB=0;REVB=-0.0149578;RO=0;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69446e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:63:77:0:0:63:77:0:0 chr1 152193547 . G A 1387.51 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0258332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.25;QD=60.3264;RBI=0.0315976;REFB=-0.0147618;REVB=0.0181949;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.510867;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000132506;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:45:45:2:0:45:45:2:0 chr1 152275453 . G A 105.67 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0319442;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.629;QD=19.213;RBI=0.0528748;REFB=-0.0066952;REVB=0.0421344;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00200225;OID=.;OPOS=152275453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:11:10:12:12:0.545455:7:5:5:6:7:5:5:5 chr1 152276149 . C T 2213.92 PASS AF=1;AO=144;DP=149;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012206;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.21;QD=61.0736;RBI=0.0310609;REFB=0;REVB=0.0285621;RO=0;SAF=82;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196086;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:145:0:0:144:145:1:62:82:0:0:63:82:0:0 chr1 152276459 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.054;QD=21.8421;RBI=0.0151732;REFB=-0.0307188;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584123;OID=.;OPOS=152276459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr1 152276659 . TG CC 533.76 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0245155;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.936;QD=37.4565;RBI=0.025298;REFB=0.0042798;REVB=-0.00624356;RO=11;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136173;STB=0.564174;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=-0.000713942;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:58:57:11:12:45:45:0.789474:25:20:9:2:25:20:9:3 chr1 152276671 . C T 806.7 PASS AF=0.837838;AO=62;DP=74;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00321703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.112;QD=43.6053;RBI=0.0519343;REFB=-0.0245175;REVB=-0.0518346;RO=11;SAF=24;SAR=38;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987966;STB=0.560302;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00679872;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:11:12:62:62:0.837838:38:24:8:3:38:24:9:3 chr1 152276699 . A G 40.42 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0214655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7541;QD=1.35879;RBI=0.04727;REFB=-0.00444373;REVB=-0.0421151;RO=106;SAF=8;SAR=3;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381635;STB=0.785852;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0456672;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:106:108:11:11:0.092437:3:8:41:65:3:8:42:66 chr1 152276772 . C A 3121.58 PASS AF=0.98995;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.188;QD=62.7453;RBI=0.0757413;REFB=-0.132837;REVB=0.0719038;RO=1;SAF=92;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514866;STB=0.505376;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000236212;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:199:199:1:2:197:197:0.98995:105:92:1:0:105:92:2:0 chr1 152276871 . A G 2714.52 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.974;QD=62.4027;RBI=0.0708817;REFB=0;REVB=-0.00806673;RO=0;SAF=89;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33378e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:85:89:0:0:85:89:0:0 chr1 152276889 . A G 2599.52 PASS AF=1;AO=166;DP=170;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163475;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.068;QD=61.8933;RBI=0.0253559;REFB=0;REVB=-0.0193825;RO=0;SAF=78;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111229;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:168:0:0:166:168:1:88:78:0:0:88:80:0:0 chr1 152277055 . C G 1422.1 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0190143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.034;QD=54.1752;RBI=0.025066;REFB=-0.0213858;REVB=0.0163328;RO=5;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236536;STB=0.512483;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000493013;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:5:5:100:100:0.952381:54:46:1:4:54:46:1:4 chr1 152277168 . A G 2356.37 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.389;QD=60.8095;RBI=0.0496423;REFB=0;REVB=0.0459162;RO=0;SAF=69;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37376e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:151:155:1:82:69:0:0:83:72:0:0 chr1 152277345 . C T 1823.17 PASS AF=0.968254;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0690674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7428;QD=57.8783;RBI=0.0801984;REFB=-0.0983742;REVB=0.0407612;RO=1;SAF=66;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714392;STB=0.506687;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00732305;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:126:1:4:122:122:0.968254:56:66:1:0:56:66:3:1 chr1 152277396 . T C 1540.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.074;QD=59.8248;RBI=0.0340911;REFB=0;REVB=-0.0138935;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105596;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr1 152277704 . C G 271.63 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.104574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0583;QD=12.3468;RBI=0.106146;REFB=7.51044e-09;REVB=-0.0182043;RO=56;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695138;STB=0.539975;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00168245;OID=.;OPOS=152277704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:14:18:28:28:14:18:28:28 chr1 152277717 . C A 1161.0 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.03;QD=59.5387;RBI=0.0778831;REFB=-0.151311;REVB=0.0472739;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000422676;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:78:0:1:73:77:0.987179:37:36:0:0:37:40:1:0 chr1 152278555 . T C 529.22 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0562831;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.996;QD=22.2829;RBI=0.0624015;REFB=-0.0233842;REVB=0.0269474;RO=45;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913949;STB=0.544361;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0265554;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:45:49:50:0.526316:21:28:21:24:22:28:21:24 chr1 152278689 . C A 4438.33 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402963;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.782;QD=62.955;RBI=0.066801;REFB=-0.0777106;REVB=0.0532783;RO=1;SAF=132;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2554e-05;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:265:282:1:0:264:282:1:132:132:0:1:136:146:0:0 chr1 152278814 . C T 197.09 PASS AF=0.138889;AO=45;DP=324;FAO=45;FDP=324;FR=.;FRO=279;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=148;FSRR=131;FWDB=-0.0537976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.447;QD=2.43321;RBI=0.0538212;REFB=-0.0072392;REVB=0.00159393;RO=278;SAF=20;SAR=25;SRF=147;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107698;STB=0.573738;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0428604;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:278:279:45:45:0.138889:25:20:147:131:25:20:148:131 chr1 152278856 . T G 693.68 PASS AF=0.362445;AO=83;DP=229;FAO=83;FDP=229;FR=.;FRO=146;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=85;FSRR=61;FWDB=0.00977221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.982;QD=12.1167;RBI=0.0102582;REFB=-0.014789;REVB=-0.00311997;RO=145;SAF=37;SAR=46;SRF=84;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148864;STB=0.586334;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0269813;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:145:146:83:83:0.362445:46:37:84:61:46:37:85:61 chr1 152279019 . G A 207.56 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00235906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.413;QD=6.80538;RBI=0.00680121;REFB=-0.00174358;REVB=0.00637897;RO=89;SAF=20;SAR=11;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135346;STB=0.59075;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0106462;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:89:91:31:31:0.254098:11:20:48:41:11:20:48:43 chr1 152279729 . C T 3517.29 PASS AF=0.954733;AO=231;DP=244;FAO=232;FDP=243;FR=.;FRO=11;FSAF=115;FSAR=117;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0483802;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.7;QD=57.8978;RBI=0.0494051;REFB=-0.148888;REVB=-0.0100106;RO=1;SAF=114;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416198;STB=0.518707;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00248909;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:244:243:1:11:231:232:0.954733:117:114:1:0:117:115:10:1 chr1 152279841 . G C 2010.75 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.902;QD=61.8692;RBI=0.0689467;REFB=0;REVB=0.0685914;RO=1;SAF=71;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8062e-05;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:1:0:129:130:1:58:71:0:1:59:71:0:0 chr1 152279920 . A G 1871.84 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0340112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.53;QD=58.9557;RBI=0.0347661;REFB=-0.0218066;REVB=0.00720542;RO=3;SAF=43;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172698;STB=0.509089;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000596655;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:124:124:0.976378:81:43:0:3:81:43:0:3 chr1 152280032 . T C 3148.81 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994315;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1397;QD=61.4403;RBI=0.0688081;REFB=-0.165912;REVB=0.0680859;RO=1;SAF=110;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498772;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209426;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:1:0:205:205:1:95:110:0:1:95:110:0:0 chr1 152280170 . C G 1772.1 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0465925;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5669;QD=60.0713;RBI=0.0465964;REFB=-0.125773;REVB=0.000602954;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000586966;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:0:1:117:117:0.991525:65:52:0:0:65:52:0:1 chr1 152280265 . C G 82.67 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1666;QD=33.0689;RBI=0.123012;REFB=-0.122806;REVB=0.0257673;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.018626;OID=.;OPOS=152280265;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr1 152280471 . C G 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00734141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7241;QD=2.88037;RBI=0.0541332;REFB=-0.002559;REVB=-0.053633;RO=78;SAF=11;SAR=2;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475175;STB=0.830755;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0124198;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:2:11:37:41:2:11:37:41 chr1 152280736 . T C 306.53 PASS AF=0.204;AO=50;DP=248;FAO=51;FDP=250;FR=.;FRO=199;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=119;FSRR=80;FWDB=-0.00731029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.937;QD=4.90445;RBI=0.00952932;REFB=-0.00564434;REVB=-0.0061129;RO=196;SAF=24;SAR=26;SRF=117;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150184;STB=0.600522;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0214447;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:196:199:50:51:0.204:26:24:117:79:27:24:119:80 chr1 152280759 . A G 511.01 PASS AF=0.289916;AO=69;DP=236;FAO=69;FDP=238;FR=.;FRO=169;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=106;FSRR=63;FWDB=-0.00237136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.617;QD=8.58847;RBI=0.0164736;REFB=-0.00452596;REVB=-0.016302;RO=167;SAF=31;SAR=38;SRF=106;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222552;STB=0.624411;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00811884;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:167:169:69:69:0.289916:38:31:106:61:38:31:106:63 chr1 152280782 . A G 3422.63 PASS AF=1;AO=217;DP=221;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226102;FXX=0.0179364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8308;QD=62.5138;RBI=0.0274388;REFB=0;REVB=-0.0155456;RO=0;SAF=116;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190811;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:219:0:0:217:219:1:101:116:0:0:102:117:0:0 chr1 152280788 . T G 799.03 PASS AF=0.434555;AO=81;DP=198;FAO=83;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.0357521;FXX=0.0353517;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.067;QD=16.7337;RBI=0.0361868;REFB=-0.0318551;REVB=0.00559194;RO=70;SAF=38;SAR=43;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014079;STB=0.58366;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.02493;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:191:70:107:81:83:0.434555:43:38:34:36:45:38:65:42 chr1 152280864 . A G 2001.52 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.146;QD=62.0628;RBI=0.0272658;REFB=0;REVB=0.00199599;RO=0;SAF=43;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86685e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:124:129:1:81:43:0:0:84:45:0:0 chr1 152280900 . T G 949.57 PASS AF=0.561728;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00410001;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2062;QD=23.4462;RBI=0.00442888;REFB=-0.0173873;REVB=-0.00167477;RO=71;SAF=46;SAR=45;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893512;STB=0.548648;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00379274;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:71:71:91:91:0.561728:45:46:28:43:45:46:28:43 chr1 152281007 . AA GG 1877.59 PASS AF=0.519663;AO=183;DP=355;FAO=185;FDP=356;FR=.;FRO=171;FSAF=96;FSAR=89;FSRF=83;FSRR=88;FWDB=-0.00458701;FXX=0.00558644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=100.402;QD=21.0965;RBI=0.0136028;REFB=-0.0181083;REVB=-0.0128061;RO=168;SAF=96;SAR=87;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026807;STB=0.516112;STBP=0.536;TYPE=mnp;VARB=0.0174868;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:356:168:171:183:185:0.519663:87:96:83:85:89:96:83:88 chr1 152281039 . G A 2316.24 PASS AF=0.523364;AO=224;DP=429;FAO=224;FDP=428;FR=.;FRO=204;FSAF=111;FSAR=113;FSRF=99;FSRR=105;FWDB=-0.00621035;FXX=0.00233095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.524;QD=21.6471;RBI=0.0586401;REFB=-0.0197643;REVB=0.0583103;RO=202;SAF=111;SAR=113;SRF=99;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473033;STB=0.504882;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0197392;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:428:202:204:224:224:0.523364:113:111:99:103:113:111:99:105 chr1 152281228 . C G 751.59 PASS AF=0.403756;AO=86;DP=213;FAO=86;FDP=213;FR=.;FRO=127;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0730005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4687;QD=14.1144;RBI=0.0772333;REFB=-0.0242164;REVB=-0.0252173;RO=124;SAF=36;SAR=50;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086666;STB=0.556032;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0342998;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:124:127:86:86:0.403756:50:36:62:62:50:36:65:62 chr1 152281290 . A G 326.58 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.000896644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.109;QD=11.165;RBI=0.0113445;REFB=-0.0120835;REVB=-0.011309;RO=76;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544106;STB=0.531274;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0245565;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:76:41:41:0.350427:18:23:39:37:18:23:39:37 chr1 152281304 . A C 279.68 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0254179;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.534;QD=11.6533;RBI=0.0254231;REFB=-0.0265797;REVB=-0.000516416;RO=60;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156995;STB=0.585935;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0523603;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:63:33:33:0.34375:13:20:28:32:13:20:30:33 chr1 152281479 . G T 4457.01 PASS AF=1;AO=280;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358558;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4946;QD=62.7748;RBI=0.0194416;REFB=0.0359356;REVB=0.0191081;RO=2;SAF=145;SAR=135;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000241822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55207e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:284:2:0:280:284:1:135:145:1:1:136:148:0:0 chr1 152281523 . A C 1127.99 PASS AF=0.396341;AO=127;DP=323;FAO=130;FDP=328;FR=.;FRO=198;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=105;FSRR=93;FWDB=0.00247093;FXX=0.00303942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3904;QD=13.756;RBI=0.0330492;REFB=0.00910775;REVB=-0.0329567;RO=196;SAF=61;SAR=66;SRF=105;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598657;STB=0.522922;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0171057;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:328:196:198:127:130:0.396341:66:61:105:91:66:64:105:93 chr1 152281534 . A T 1084.21 PASS AF=0.375;AO=126;DP=337;FAO=126;FDP=336;FR=.;FRO=210;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=112;FSRR=98;FWDB=-0.00843871;FXX=0.00296727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.012;QD=12.9072;RBI=0.0194903;REFB=-0.00146151;REVB=-0.0175687;RO=209;SAF=61;SAR=65;SRF=112;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572392;STB=0.53072;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00296262;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:336:209:210:126:126:0.375:65:61:112:97:65:61:112:98 chr1 152281690 . C T 4932.09 PASS AF=0.972727;AO=321;DP=332;FAO=321;FDP=330;FR=.;FRO=9;FSAF=165;FSAR=156;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0278236;FXX=0.00602391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.599;QD=59.7829;RBI=0.0278428;REFB=-0.0817764;REVB=0.00103391;RO=7;SAF=165;SAR=156;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929415;STB=0.501899;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00117921;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:332:330:7:9:321:321:0.972727:156:165:2:5:156:165:4:5 chr1 152281948 . G A 2087.17 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189749;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.845;QD=62.7719;RBI=0.0404535;REFB=0;REVB=0.0357273;RO=0;SAF=45;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02887e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:88:45:0:0:88:45:0:0 chr1 152282267 . G A 1278.18 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022719;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.621;QD=62.3503;RBI=0.0640994;REFB=0;REVB=0.0599381;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445862;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr1 152282311 . C T 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244597;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8025;QD=59.6908;RBI=0.0527057;REFB=0;REVB=-0.0466863;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158736;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr1 152282917 . G T 2186.15 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000789899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.59;QD=61.5816;RBI=0.00860737;REFB=-0.0933845;REVB=0.00857105;RO=0;SAF=55;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50158;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000227073;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:0:2:140:140:0.985915:85:55:0:0:85:55:1:1 chr1 152283236 . T C 1029.8 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377172;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.408;QD=59.6984;RBI=0.0728925;REFB=0;REVB=0.0623757;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172251;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 152283283 . C T 784.94 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012865;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.417;QD=55.0832;RBI=0.0284498;REFB=0.0136607;REVB=-0.0253749;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00055272;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:26:29:1:0:27:29:1:0 chr1 152283862 . G C 1513.35 PASS AF=0.963303;AO=101;DP=106;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0204024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.512;QD=55.5358;RBI=0.0425853;REFB=-0.0349471;REVB=0.0373797;RO=4;SAF=41;SAR=60;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702971;STB=0.503816;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00100221;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:106:109:4:4:101:105:0.963303:60:41:2:2:63:42:2:2 chr1 152283886 . T A 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00578428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.66;QD=15.7928;RBI=0.03535;REFB=-0.00706303;REVB=0.0348735;RO=70;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107681;STB=0.522945;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0114468;OID=.;OPOS=152283886;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:74:56:56:0.430769:31:25:32:38:31:25:36:38 chr1 152283975 . A G 2566.17 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.382;QD=61.8354;RBI=0.0422724;REFB=0;REVB=0.0367337;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81009e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:81:85:0:0:81:85:0:0 chr1 152284854 . A G 2894.47 PASS AF=0.989305;AO=182;DP=186;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000324649;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.987;QD=61.9138;RBI=0.0182828;REFB=0.0106788;REVB=0.0182799;RO=2;SAF=82;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010334;STB=0.500436;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=4.69169e-05;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:187:2:2:182:185:0.989305:100:82:1:1:100:85:1:1 chr1 152285099 . C T 1458.08 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.906;QD=61.3927;RBI=0.0352371;REFB=0.0208008;REVB=0.0335787;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101908;STB=0.505049;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000401394;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:95:1:1:88:94:0.989474:46:42:0:1:49:45:0:1 chr1 152285389 . C CG 71.01 PASS AF=0.219697;AO=32;DP=134;FAO=29;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0137425;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.16;QD=2.15191;RBI=0.0257255;REFB=-0.00417349;REVB=-0.0217473;RO=100;SAF=31;SAR=1;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697735;STB=0.881541;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.143683;OID=.;OPOS=152285390;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219697:32:134:29:132:103:27:2:58:45:71:100:31:1:55:45 chr1 152285930 . G A 3188.81 PASS AF=0.990476;AO=208;DP=211;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00526374;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.868;QD=60.7393;RBI=0.00534783;REFB=-0.0798892;REVB=-0.000944635;RO=0;SAF=120;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01009e-08;STB=0.504132;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000104376;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:210:0:2:208:208:0.990476:88:120:0:0:88:120:2:0 chr1 152286002 . T C 2256.37 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446709;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5692;QD=63.5598;RBI=0.0554432;REFB=0;REVB=0.03284;RO=0;SAF=100;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236509;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:42:100:0:0:42:100:0:0 chr1 152286032 . C T 2795.98 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.505;QD=61.4501;RBI=0.0304871;REFB=-0.0651356;REVB=-0.0190694;RO=1;SAF=73;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442878;STB=0.504629;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=6.77433e-05;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:1:2:180:180:0.989011:107:73:0:1:107:73:0:2 chr1 152286367 . C A 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.483;QD=59.831;RBI=0.0190463;REFB=0;REVB=0.0110748;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05196e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr1 152323132 . G T 605.37 PASS AF=0.504;AO=59;DP=122;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.010858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.418;QD=19.3718;RBI=0.0179132;REFB=-0.0161007;REVB=-0.0142473;RO=62;SAF=34;SAR=25;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195033;STB=0.512877;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.01895;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:62:62:59:63:0.504:25:34:37:25:27:36:37:25 chr1 152325732 . G A 474.33 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00245869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.94;QD=13.4562;RBI=0.00512613;REFB=-0.00575007;REVB=0.00449801;RO=87;SAF=33;SAR=21;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153752;STB=0.587218;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0126731;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:87:87:54:54:0.382979:21:33:41:46:21:33:41:46 chr1 152326843 . C T 326.67 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00593649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2515;QD=15.0191;RBI=0.0557176;REFB=-0.00808304;REVB=-0.0554005;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100986;STB=0.556302;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0135656;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:51:36:36:0.413793:19:17:28:21:19:17:29:22 chr1 152327469 . C T 105.12 PASS AF=0.197802;AO=17;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.00447436;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.688;QD=4.62056;RBI=0.0169442;REFB=-0.00880692;REVB=-0.0163428;RO=74;SAF=2;SAR=15;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425448;STB=0.72065;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0779547;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:74:73:17:18:0.197802:15:2:28:46:15:3:28:45 chr1 152327502 . A G 68.44 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00376811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.697;QD=3.2985;RBI=0.0294233;REFB=-0.00479749;REVB=-0.029181;RO=69;SAF=2;SAR=11;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414135;STB=0.78353;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.027145;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:83:69:70:13:13:0.156627:11:2:31:38:11:2:31:39 chr1 152327658 . T A 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0133511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.027;QD=2.03235;RBI=0.0317952;REFB=-0.00107212;REVB=0.0288562;RO=64;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218272;STB=0.662869;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00505768;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:3:5:28:36:3:5:28:36 chr1 152327667 . C T 64.84 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.011389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.937;QD=3.55315;RBI=0.0170987;REFB=-0.00198451;REVB=-0.0127537;RO=61;SAF=8;SAR=4;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257401;STB=0.672441;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0132403;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:4:8:28:33:4:8:28:33 chr1 152328411 . A G 62.53 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00505451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.052;QD=3.20657;RBI=0.0111022;REFB=-0.0064808;REVB=-0.00988483;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376575;STB=0.525598;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0411247;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:6:6:31:35:6:6:31:35 chr1 152329435 . C T 178.85 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00605862;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.315;QD=12.3343;RBI=0.0100751;REFB=-0.00826752;REVB=-0.00804986;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285371;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0142237;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:39:36:21:22:0.37931:14:7:23:16:14:8:20:16 chr1 152331240 . G A 553.89 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000853358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.014;QD=23.0788;RBI=0.00337571;REFB=-0.0198302;REVB=-0.00326607;RO=43;SAF=18;SAR=33;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118374;STB=0.56375;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0142702;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:44:51:52:0.541667:33:18:21:22:34:18:21:23 chr1 152382120 . C T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4909;QD=64.1502;RBI=0.07489;REFB=0;REVB=0.0219149;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119738;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 152487979 . C T 37.53 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00864008;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.798;QD=7.14918;RBI=0.0255115;REFB=-0.0153568;REVB=0.0240038;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.666032;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0241215;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:4:10:5:1:5:10 chr1 152488063 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0701791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6362;QD=19.7019;RBI=0.0824254;REFB=0.0153595;REVB=0.0432301;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00794176;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr1 152488428 . T C 466.91 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0144463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8839;QD=22.7761;RBI=0.0558376;REFB=-0.0195467;REVB=0.0539365;RO=37;SAF=23;SAR=21;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141581;STB=0.581547;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0251608;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:21:23:13:24:21:24:13:24 chr1 152681680 . C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 47.49 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0554442;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=18;MLLD=353.558;QD=9.99823;RBI=0.0576396;REFB=-0.0232467;REVB=0.0157562;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=ins;VARB=0.04386;OID=.;OPOS=152681681;OREF=-;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT;OMAPALT=CAGCTCTGGGGGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:21:7:19:12:3:4:5:7:47:12:3:3:5:7 chr1 152732174 . T C 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.000832136;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.334;QD=17.4989;RBI=0.0287292;REFB=-0.00243699;REVB=-0.0287172;RO=28;SAF=21;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318087;STB=0.517923;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00225026;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:5:21:22:6:5:21:22:6 chr1 152732436 . G C 188.22 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0124875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.726;QD=16.3669;RBI=0.0177031;REFB=-0.0270762;REVB=-0.0125484;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055622;STB=0.521032;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0343803;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:13:6:7:19:14:6:7:19 chr1 152732567 . G A 223.46 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0133289;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.701;QD=16.5526;RBI=0.0228199;REFB=-0.011761;REVB=0.0185226;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324497;STB=0.68951;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0160119;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:29:25:25:0.462963:9:16:8:20:9:16:8:21 chr1 152733301 . T A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0122945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.819;QD=27.5919;RBI=0.0494263;REFB=0.00721662;REVB=0.0478728;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803709;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00242253;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:3:2:5:8:3:2 chr1 152734390 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.251;QD=14.6473;RBI=0.0183289;REFB=-0.0133657;REVB=-0.00119737;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977452;STB=0.55552;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0168698;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:12:20:24:21:12:20:24:21 chr1 152759950 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=3.58375e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.942;QD=8.24622;RBI=0.00269079;REFB=-0.00434362;REVB=0.00269079;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123921;STB=0.576071;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0103568;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:3:12:5:2:3:12 chr1 152760352 . T A 393.9 PASS AF=0.338028;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0340114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.301;QD=11.0957;RBI=0.0350222;REFB=-0.0170363;REVB=0.00835343;RO=93;SAF=33;SAR=15;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218954;STB=0.630258;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0347436;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:93:94:48:48:0.338028:15:33:47:46:15:33:47:47 chr1 152760543 . G GT,T 89.33 PASS AF=0.293333,0;AO=20,3;DP=82;FAO=22,0;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0374976,-0.00771875;FXX=0.0259707;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.7334,239.424;QD=4.7644;RBI=0.0378318,0.0216929;REFB=0.00419572,0.000667851;REVB=0.00501748,-0.0202732;RO=58;SAF=10,0;SAR=10,3;SRF=24;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105599,-0.408874;STB=0.541834,0.5;STBP=0.647,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0156438,0;OID=.,.;OPOS=152760544,152760543;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:82:75:58:53:20,3:22,0:0.293333,0:10,3:10,0:24:34:12,0:10,0:21:32 chr1 152760628 . T C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0171338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.86;QD=16.0925;RBI=0.0173029;REFB=-0.0118171;REVB=0.00241308;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279502;STB=0.515749;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0147152;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:21:17:13:18:21:17 chr1 152760642 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00542953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.168;QD=15.1567;RBI=0.017034;REFB=-0.000757167;REVB=-0.0161455;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11867;STB=0.555512;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000640553;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:11:14:21:10:11:14:21:11 chr1 152760644 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00495923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.613;QD=14.7664;RBI=0.00875026;REFB=-0.00881051;REVB=-0.00720923;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110292;STB=0.562451;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00595447;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:22:11:11:14:22:11 chr1 152760647 . C A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00978037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.828;QD=14.7663;RBI=0.0105024;REFB=0.0313403;REVB=0.00382685;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110292;STB=0.562451;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00580514;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:22:11:11:14:22:11 chr1 152760651 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00649305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.426;QD=14.7663;RBI=0.0293796;REFB=-0.0207732;REVB=0.0286531;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110292;STB=0.562451;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0138097;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:22:11:11:14:22:11 chr1 152770521 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0351938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.703;QD=23.3999;RBI=0.0351938;REFB=0.00692467;REVB=0;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171324;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:0:8:3:0:0:8:3:0 chr1 152770589 . A G,T 500.29 PASS AF=0.685714,0.314286;AO=24,11;DP=35;FAO=24,11;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,9;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580573,0.00175442;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1997,24.0062;QD=57.176;RBI=0.0784039,0.0300323;REFB=0,0;REVB=-0.0781886,0.029981;RO=0;SAF=24,9;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0327053,-0.00561474;OID=.,.;OPOS=152770589,152770589;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:35:35:0:0:24,11:24,11:0.685714,0.314286:0,2:24,9:0:0:0,2:24,9:0:0 chr1 152771293 . A G 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0394271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.153;QD=13.8303;RBI=0.0421099;REFB=-0.0302415;REVB=-0.0147901;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303724;STB=0.510197;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0433619;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:12:15:21:17:12:15:21:18 chr1 152771360 . A T 376.61 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0256399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9898;QD=13.9486;RBI=0.0371704;REFB=-0.0135157;REVB=-0.0269116;RO=62;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237194;STB=0.501741;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0197453;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:64:44:44:0.407407:26:18:24:38:26:18:26:38 chr1 152777908 . C T 166.55 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0181798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7342;QD=22.2071;RBI=0.0181798;REFB=-0.0330292;REVB=0;RO=13;SAF=15;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0445397;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:13:15:17:0.566667:0:15:13:0:0:17:13:0 chr1 152882610 . A G 224.33 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0119157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.339;QD=27.1909;RBI=0.0319132;REFB=-0.018641;REVB=-0.0296052;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246589;STB=0.513665;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.010612;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:8:13:7:5:8:13:7:5 chr1 152883608 . G A 110.65 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0201693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0548;QD=26.0357;RBI=0.104702;REFB=-0.0188619;REVB=0.102741;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202199;STB=0.58319;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0161555;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:8:3:3:2:8:4:3:2 chr1 152883680 . A G 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0755479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.865;QD=12.0133;RBI=0.082219;REFB=-0.0288889;REVB=-0.0324418;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0391818;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr1 152883711 . G C 50.49 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0577162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.571;QD=16.8303;RBI=0.0585152;REFB=-0.0373843;REVB=0.00963662;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.666293;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0307394;OID=.;OPOS=152883711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:0:5:5:2:0:5 chr1 152884111 . G A 405.64 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0350588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2781;QD=17.2612;RBI=0.0456706;REFB=-0.010596;REVB=-0.0292691;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515652;STB=0.535358;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0164464;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:26:16:22:29:26:16:23:29 chr1 152884246 . GA TG 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00724397;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.145;QD=17.9529;RBI=0.00893558;REFB=-0.000517331;REVB=-0.00523159;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117136;STB=0.549261;STBP=0.55;TYPE=mnp;VARB=0.000555311;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:18:9:6:21:18:9:7:21 chr1 152944594 . C T 551.61 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00620613;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.572;QD=27.24;RBI=0.013076;REFB=-0.0142622;REVB=0.0115094;RO=29;SAF=27;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937153;STB=0.566049;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00940255;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:31:49:50:0.617284:22:27:12:17:22:28:12:19 chr1 152957832 . C A 131.52 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00508172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.077;QD=17.5359;RBI=0.0349282;REFB=-0.0259952;REVB=0.0345565;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220165;STB=0.636198;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0258669;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:8:6:3:12:8:7:3:12 chr1 152957887 . G A 83.75 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0308205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.577;QD=9.85248;RBI=0.0310336;REFB=-0.0222925;REVB=-0.00363101;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295482;STB=0.688791;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0325022;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:22:23:11:11:0.323529:4:7:8:14:4:7:8:15 chr1 152958238 . A G 183.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0732083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9187;QD=12.0542;RBI=0.0970789;REFB=-0.0400616;REVB=-0.0637562;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442758;STB=0.525525;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0611387;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:23:15:10:13:23:15 chr1 152958267 . T C 176.51 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.034841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6151;QD=15.3491;RBI=0.0543553;REFB=-0.0122638;REVB=-0.0417206;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0150298;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr1 152975495 . G A 101.43 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0244718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.12;QD=16.9042;RBI=0.0265895;REFB=0.00294712;REVB=-0.0103988;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540264;STB=0.807232;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0226614;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:1:11:3:9:1:11 chr1 152975715 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0473009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0035;QD=11.1029;RBI=0.0562634;REFB=-0.0374398;REVB=0.0304664;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0592736;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:6:4:3:4:6:4 chr1 152975829 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00459942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.839;QD=9.19976;RBI=0.00921101;REFB=-0.0200317;REVB=-0.00798048;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224998;STB=0.636016;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0283893;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:3:10:4:3:3:10 chr1 152975941 . C G 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.020961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.338;QD=27.3085;RBI=0.0253394;REFB=-0.0100467;REVB=0.014238;RO=20;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753453;STB=0.541579;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00694318;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:13:16:9:11:13:16:9:11 chr1 152976108 . C T 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00204968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.487;QD=29.504;RBI=0.0104391;REFB=0.00187038;REVB=-0.0102359;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983171;STB=0.553981;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000464611;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:7:11:14:16:7:11 chr1 152976114 . G C 310.14 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00155483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.182;QD=23.407;RBI=0.0363078;REFB=-0.041949;REVB=-0.0362745;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104627;STB=0.557679;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00457037;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:9:13:14:17:9:13 chr1 152976306 . T G 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0145861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.942;QD=14.1694;RBI=0.0208766;REFB=-0.00886669;REVB=0.0149357;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531103;STB=0.541152;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0142885;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:51:34:34:0.4:17:17:27:22:17:17:29:22 chr1 153004983 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0566752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.943;QD=8.24659;RBI=0.0566993;REFB=-0.0302555;REVB=0.00165187;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.616134;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0468486;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:4:10:4:3:4:11 chr1 153005156 . C T 252.01 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0680983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2803;QD=21.0005;RBI=0.0684846;REFB=-0.00260714;REVB=0.00726337;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037479;STB=0.521035;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00403264;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:10:14:13:11:10:14 chr1 153190762 . C T 319.82 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0125508;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5558;QD=18.2755;RBI=0.017103;REFB=-0.00180245;REVB=-0.0116186;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484588;STB=0.527011;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.001766;OID=.;OPOS=153190762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:12:24:21:13:12:24 chr1 153191595 . A T 385.26 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.022596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.023;QD=23.349;RBI=0.0227813;REFB=0.00760667;REVB=-0.00290021;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107335;STB=0.553163;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0052577;OID=.;OPOS=153191595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:28:38:38:0.575758:26:12:12:15:26:12:12:16 chr1 153277423 . C T 453.64 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00451446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8425;QD=16.3474;RBI=0.00804166;REFB=0.00176973;REVB=-0.00665492;RO=60;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263412;STB=0.510572;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00304335;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:22:28:32:28:22:28:33:28 chr1 153304140 . AG A 366.43 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0129496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.888;QD=31.8635;RBI=0.0155285;REFB=-0.0203815;REVB=0.00856984;RO=16;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587256;STB=0.539205;STBP=0.457;TYPE=del;VARB=0.0094642;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673913:30:47:31:46:15:14:17:5:10:99:16:14:16:6:10 chr1 153314153 . C A 1036.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.945;QD=59.2499;RBI=0.0174323;REFB=0;REVB=0.017326;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49645e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr1 153315579 . A G 1506.21 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778988;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.386;QD=59.6517;RBI=0.00780515;REFB=0;REVB=-0.000487902;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61483e-05;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:98:101:1:58:40:0:0:59:42:0:0 chr1 153320334 . T C 437.76 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0128126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.22;QD=48.6396;RBI=0.0283938;REFB=-0.100698;REVB=0.0253387;RO=4;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142759;STB=0.555521;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000671692;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:36:4:3:32:33:0.916667:11:21:0:4:12:21:0:3 chr1 153320372 . T G 738.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0983;QD=62.8396;RBI=0.0274369;REFB=0;REVB=0.0172004;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170733;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr1 153431406 . C G 2125.4 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311827;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.303;QD=62.9748;RBI=0.0583877;REFB=0;REVB=-0.0493636;RO=0;SAF=48;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161273;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:87:48:0:0:87:48:0:0 chr1 153588279 . G A 503.09 PASS AF=0.527473;AO=46;DP=89;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00201898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.057;QD=22.1137;RBI=0.0526202;REFB=-0.00390857;REVB=0.0525814;RO=42;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121678;STB=0.5102;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00301803;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:43:46:48:0.527473:28:18:17:25:30:18:17:26 chr1 153588340 . C T 366.22 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00709274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.742;QD=16.2763;RBI=0.0112585;REFB=-0.0240448;REVB=0.00874344;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296098;STB=0.524577;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.032598;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:26:13:18:32:26:13:19:32 chr1 153604029 . C T 767.5 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0272;QD=55.8179;RBI=0.129856;REFB=0;REVB=0.0526805;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441187;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:42:55:1:27:15:0:0:29:26:0:0 chr1 153653757 . G C 210.78 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0627947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8899;QD=14.0518;RBI=0.0783296;REFB=-0.029421;REVB=0.0468225;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196809;STB=0.523346;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0413074;OID=.;OPOS=153653757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:33:35:25:25:0.416667:8:17:23:10:8:17:25:10 chr1 153676713 . C A 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.278;QD=59.8649;RBI=0.0208337;REFB=0;REVB=0.0197211;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48123e-05;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr1 153743234 . T C 327.3 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0273169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.842;QD=17.6918;RBI=0.0273231;REFB=-0.0114053;REVB=-0.000578319;RO=39;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236185;STB=0.632288;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0106961;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:23:12:23:16:23:12:23:16 chr1 153913770 . A G 944.91 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00137287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4246;QD=53.995;RBI=0.0280834;REFB=0.0351497;REVB=0.0280499;RO=3;SAF=46;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347803;STB=0.51855;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00751204;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:70:3:3:66:67:0.957143:20:46:1:2:20:47:1:2 chr1 153921011 . TGGG TGAG,T,TGG 83.16 PASS AF=0.047619,0.142857,0.190476;AO=2,6,8;DP=42;FAO=2,6,8;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=2,6,7;FSAR=0,0,1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0158443,-0.0213728,-0.0596164;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=197.249,40.8162,11.8287;QD=7.92011;RBI=0.0250415,0.0240486,0.0673936;REFB=-0.00398317,-0.0092872,-0.0254289;REVB=-0.0193917,0.0110245,0.0314289;RO=23;SAF=2,6,6;SAR=0,0,2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.592955,0.761507,0.490844;STB=0.996093,0.998439,0.8864;STBP=0.049,0.002,0.026;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0785099,0.0207255,-0.160409;OID=.,.,.;OPOS=153921013,153921012,153921012;OREF=G,GGG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=TGAG,T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.047619,0.142857,0.190476:2,6,8:42:2,6,8:42:26:2,6,7:0,0,1:9:17:32:23:2,6,6:0,0,2:7:16 chr1 153973490 . G C 169.14 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0495787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.059;QD=13.0107;RBI=0.0501456;REFB=-0.00287921;REVB=-0.00751852;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444263;STB=0.722432;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00364575;OID=.;OPOS=153973490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:19:20:0.384615:7:12:6:25:8:12:7:25 chr1 154089438 . T C 460.69 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0250466;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9828;QD=20.9404;RBI=0.0419039;REFB=0.00289267;REVB=0.0335948;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150628;STB=0.589001;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0021703;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:43:45:45:0.511364:27:18:24:18:27:18:25:18 chr1 154108387 . G A 1197.08 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389243;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.355;QD=61.3887;RBI=0.0395369;REFB=0;REVB=-0.00693277;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52633e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT 102.66 PASS AF=0.333333,0,0.666667;AO=2,2,8;DP=15;FAO=5,0,10;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=5,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.321679,0.0457272,0.0482166;FXX=0;HRUN=11,2,11;LEN=1,1,1;MLLD=2.66731,339.747,343.209;QD=27.3762;RBI=0.321703,0.045945,0.0483824;REFB=-0.221104,-0.0367542,-0.0388736;REVB=0.00386673,-0.0044683,-0.00400147;RO=2;SAF=0,2,4;SAR=2,0,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.727176,0.175673;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.214848,-0.0453221,-0.00183004;OID=.,.,.;OPOS=154144674,154144682,154144681;OREF=A,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.333333,0,0.666667:2,2,8:15:5,0,10:15:0:0,0,6:5,0,4:0:0:17:2:0,2,4:2,0,4:0:2 chr1 154268072 . AT A 97.63 PASS AF=0.814815;AO=15;DP=28;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0607234;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.51921;QD=14.4636;RBI=0.175825;REFB=-0.0143151;REVB=0.165006;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133274;STB=0.517226;STBP=0.729;TYPE=del;VARB=0.0377651;OID=.;OPOS=154268073;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:15:28:22:27:5:15:7:3:2:15:8:11:4:6:2 chr1 154310048 . C G 1533.41 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.022;QD=63.2335;RBI=0.0326358;REFB=0;REVB=-0.00377142;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38454e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr1 154317153 . C T 975.77 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450319;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.157;QD=59.1375;RBI=0.0482291;REFB=0;REVB=0.0172678;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70754e-05;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 154323548 . ATT A,AT 101.74 PASS AF=0,1;AO=3,10;DP=16;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732051,0.12543;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.7487,8.03926;QD=25.4343;RBI=0.122899,0.217183;REFB=0,0;REVB=-0.0987181,-0.177301;RO=1;SAF=1,2;SAR=2,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.176689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0652061,-0.00362739;OID=.,.;OPOS=154323549,154323549;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,10:16:0,16:16:0:0,6:0,10:0:0:3:1:1,2:2,8:1:0 chr1 154437896 . T C 290.45 PASS AF=0.470588;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00563573;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.814;QD=17.0854;RBI=0.0142815;REFB=0.00934662;REVB=-0.0131225;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044965;STB=0.518576;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0110621;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:31:36:30:32:0.470588:14:16:15:16:14:18:19:17 chr1 154438880 . T C 279.89 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0372992;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9151;QD=14.7312;RBI=0.0788644;REFB=-0.00759751;REVB=0.0694865;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091577;STB=0.570333;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0113744;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:44:32:32:0.421053:15:17:18:23:15:17:18:26 chr1 154474131 . C G 490.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.976;QD=56.0026;RBI=0.035305;REFB=-0.141334;REVB=0.0244856;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000767547;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:18:16:0:0:18:16:0:1 chr1 154516571 . T C 782.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.006;QD=63.8925;RBI=0.00651664;REFB=0;REVB=-0.00335114;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227631;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr1 154516578 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0223529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.092;QD=10.4361;RBI=0.0254826;REFB=-0.00354431;REVB=0.0122355;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689383;STB=0.523778;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0082544;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:10:5:9:23:10:5:10:23 chr1 154544411 . AG A 30.26 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0805184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.8316;QD=6.72421;RBI=0.0811853;REFB=-0.105189;REVB=0.010384;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.28169;SSSB=-0.38401;STB=0.837919;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.176872;OID=.;OPOS=154544412;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:18:6:18:12:2:4:11:1:30:10:4:4:9:1 chr1 154548306 . C G 374.03 PASS AF=0.378151;AO=44;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.04925;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6804;QD=12.5725;RBI=0.050195;REFB=-0.0173311;REVB=0.00969402;RO=71;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05078;STB=0.533319;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0200172;OID=.;OPOS=154548306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:71:74:44:45:0.378151:20:24:42:29:20:25:45:29 chr1 154556663 . G A 867.49 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0544463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.04;QD=53.384;RBI=0.0611855;REFB=-0.134919;REVB=0.0279152;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506232;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00178324;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:0:3:62:62:0.953846:29:33:0:0:29:33:2:1 chr1 154573967 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.841;QD=63.2855;RBI=0.020007;REFB=0;REVB=-0.00352653;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33818e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr1 154574820 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.069;QD=59.1431;RBI=0.00928057;REFB=0;REVB=0.00468576;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.532e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr1 154575040 . C T 955.82 PASS AF=0.837209;AO=71;DP=86;FAO=72;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0247335;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.421;QD=44.4567;RBI=0.0248658;REFB=-0.176769;REVB=0.00256181;RO=7;SAF=19;SAR=52;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917864;STB=0.606383;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171171;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:86:86:7:14:71:72:0.837209:52:19:5:2:52:20:12:2 chr1 154600372 . A G 134.86 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582219;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.611;QD=44.9545;RBI=0.0610051;REFB=0;REVB=-0.0182162;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124553;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 154744807 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.36;QD=59.6793;RBI=0.0249857;REFB=0;REVB=0.0138844;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00472e-05;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr1 154744852 . A G 392.71 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.682;QD=56.1014;RBI=0.0659981;REFB=0;REVB=0.0128739;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546456;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 154917314 . G A 1592.1 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766702;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.546;QD=60.0791;RBI=0.0152351;REFB=0;REVB=-0.0131653;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20362e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr1 154919080 . C T 786.24 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00445331;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.954;QD=48.3839;RBI=0.0422203;REFB=-0.0541338;REVB=0.0419848;RO=6;SAF=29;SAR=29;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293717;STB=0.514609;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000528937;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:65:6:6:58:59:0.907692:29:29:4:2:29:30:4:2 chr1 154987526 . C T 271.55 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5414;QD=51.7234;RBI=0.101484;REFB=0;REVB=0.100683;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323875;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr1 154988957 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.355;QD=47.8223;RBI=0.0330809;REFB=0;REVB=0.0189654;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79046e-05;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr1 155006091 . A G 892.34 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123915;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.466;QD=56.6562;RBI=0.0137614;REFB=-0.0592466;REVB=0.00598553;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000232008;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:25:36:0:0:25:37:0:1 chr1 155006999 . C T 666.68 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464394;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1784;QD=62.0164;RBI=0.103463;REFB=0;REVB=0.0924555;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210295;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:2:0:39:43:1:18:21:1:1:20:23:0:0 chr1 155019710 . A C 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.901;QD=63.3352;RBI=0.037306;REFB=0;REVB=-0.0105574;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43324e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:63:30:0:0:63:30:0:0 chr1 155026942 . A C 689.01 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.917;QD=62.6376;RBI=0.0360569;REFB=0;REVB=0.0196961;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242208;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 155033317 . T C 229.95 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555882;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.012;QD=51.0993;RBI=0.0660914;REFB=0;REVB=-0.0357494;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337035;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 155041385 . C CG,G 40.63 PASS AF=0.238095,0;AO=11,2;DP=49;FAO=10,0;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.106309,-0.00739896;FXX=0.124974;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.4736,213.325;QD=3.86911;RBI=0.296318,0.0704132;REFB=-0.0901802,-0.00650981;REVB=-0.276592,-0.0700234;RO=35;SAF=7,0;SAR=4,2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0818679,-0.468453;STB=0.589287,0.5;STBP=0.543,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.155919,0;OID=.,.;OPOS=155041386,155041385;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:42:35:32:11,2:10,0:0.238095,0:4,2:7,0:20:15:3,0:7,0:19:13 chr1 155059851 . A G 507.45 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310916;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.712;QD=52.0464;RBI=0.0418413;REFB=-0.180026;REVB=0.0280001;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651526;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00315963;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:39:3:1:35:38:0.974359:20:15:0:3:23:15:0:1 chr1 155106697 . G A 567.94 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172675;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.963;QD=58.25;RBI=0.0195015;REFB=-0.0215081;REVB=-0.00906322;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=9.38378e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:14:24:0:0:14:24:1:0 chr1 155149718 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.145;QD=54.5175;RBI=0.0205831;REFB=0;REVB=0.0205009;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08836e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 155162067 . C T 382.67 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000719439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.732;QD=52.7814;RBI=0.0256724;REFB=-0.164924;REVB=-0.0256623;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00141167;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr1 155178782 . A T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2276;QD=56.9526;RBI=0.0489527;REFB=0;REVB=0.0472253;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447887;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr1 155186729 . T C 2950.31 PASS AF=0.984536;AO=182;DP=187;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.034452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2761;QD=60.8312;RBI=0.0485627;REFB=-0.0317687;REVB=0.0342257;RO=1;SAF=105;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004513;STB=0.506912;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00113624;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:187:194:1:3:182:191:0.984536:77:105:1:0:84:107:3:0 chr1 155186742 . G A 2834.38 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.445;QD=62.2941;RBI=0.121112;REFB=0;REVB=0.120812;RO=0;SAF=105;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145658;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:182:0:0:177:182:1:72:105:0:0:77:105:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 340.47 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289435;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=175.631;QD=54.4748;RBI=0.105044;REFB=0;REVB=0.100977;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00049351;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:12:13:0:0 chr1 155217715 . C T 41.37 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0166613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5377;QD=3.94023;RBI=0.0309554;REFB=-0.00113229;REVB=0.026089;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103079;STB=0.571225;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0133282;OID=.;OPOS=155217715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:3:4:17:18:3:4:17:18 chr1 155230131 . C T 453.85 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224635;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.185;QD=55.0126;RBI=0.0225568;REFB=-0.0509382;REVB=0.00204931;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000180673;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr1 155258752 . G A 688.77 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.439;QD=62.6158;RBI=0.0218935;REFB=0;REVB=0.0109189;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64484e-05;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 155258756 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.906;QD=63.2867;RBI=0.02326;REFB=0;REVB=0.020196;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59841e-05;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 155260383 . G T 451.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314983;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.609;QD=58.2106;RBI=0.0380612;REFB=0;REVB=0.0213663;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226583;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr1 155294274 . A G 239.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1316;QD=50.4569;RBI=0.00727817;REFB=0;REVB=0.00361814;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160376;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC 194.33 PASS AF=0,0,0.909091,0,0.0454545;AO=4,3,5,2,3;DP=19;FAO=0,0,20,0,1;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,8,0,1;FSAR=0,0,12,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532475,-0.0213569,0.078649,-0.135681,0.141305;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=3,3,2,2,1;MLLD=17.4337,16.7067,22.519,8.16153,14.2464;QD=35.3322;RBI=0.0822715,0.0669518,0.121677,0.150022,0.225086;REFB=-0.102915,-0.0732095,-0.132924,-0.032271,-0.149494;REVB=-0.0627161,-0.0634541,-0.0928418,-0.0640104,-0.175205;RO=0;SAF=1,2,2,2,1;SAR=3,1,3,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.51998,0.5,0.989913;STBP=1,1,0.546,1,0.496;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0.0235733,0,0.0080847,0,0.0682278;OID=.,.,.,.,.;OPOS=155296883,155296886,155296883,155296887,155296883;OREF=GGG,GGC,GG,GC,G;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.909091,0,0.0454545:4,3,5,2,3:19:0,0,20,0,1:22:1:0,0,8,0,1:0,0,12,0,0:0:1:4:0:1,2,2,2,1:3,1,3,0,2:0:0 chr1 155408635 . T C 744.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3447;QD=56.2082;RBI=0.0681494;REFB=0;REVB=0.0675141;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111512;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:33:18:0:0:34:19:0:0 chr1 155532316 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0753199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6448;QD=37.4879;RBI=0.077918;REFB=0;REVB=0.019953;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00427583;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 155532325 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1563;QD=33.4285;RBI=0.0401226;REFB=0;REVB=-0.00757799;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00467971;OID=.;OPOS=155532325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 155532332 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.311;QD=33.4285;RBI=0.0106763;REFB=0;REVB=0.00957858;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340039;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 155581311 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.058;QD=53.9112;RBI=0.0213127;REFB=0;REVB=0.0129557;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97274e-06;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 155583937 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.567;QD=37.4885;RBI=0.00378042;REFB=0;REVB=0.00378042;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26598e-05;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 155658085 . T C 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00390111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.227;QD=53.2539;RBI=0.005943;REFB=-0.0263602;REVB=-0.00448337;RO=2;SAF=34;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269236;STB=0.514281;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00286247;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:21:34:2:0:21:34:2:0 chr1 155735012 . T C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00167442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.681;QD=57.8348;RBI=0.0250719;REFB=-0.0717768;REVB=0.025016;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000357219;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr1 155735901 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00084563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.161;QD=17.4276;RBI=0.00328902;REFB=-0.000449503;REVB=-0.00317845;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270549;STB=0.655474;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000433115;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:5:14:11:12:5:14:11:12 chr1 155755097 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.139;QD=56.9995;RBI=0.0107024;REFB=0;REVB=-0.00913999;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13004e-06;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr1 155783526 . GGGGCG CGGGGG,GGGGGC 40.69 PASS AF=0,0.166667;AO=4,2;DP=30;FAO=0,6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0144454,-0.0522945;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=5,2;MLLD=58.9194,25.7223;QD=4.52082;RBI=0.0881692,0.109664;REFB=-0.0465445,0.0587971;REVB=-0.0869778,0.0963919;RO=18;SAF=0,1;SAR=4,1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.713887,-0.170612;STB=0.5,0.759901;STBP=1,0.224;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,-0.0216678;OID=.,.;OPOS=155783526,155783530;OREF=GGGGC,CG;OALT=CGGGG,GC;OMAPALT=CGGGGG,GGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:30:36:18:30:4,2:0,6:0,0.166667:4,1:0,1:12:6:0,5:0,1:13:17 chr1 155837865 . G C 606.25 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576449;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.029;QD=62.1795;RBI=0.0582232;REFB=0;REVB=-0.00818606;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953451;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr1 155838267 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.087;QD=59.8393;RBI=0.0734811;REFB=0;REVB=0.0394913;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92364e-05;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 155880573 . C G 795.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.206;QD=56.8178;RBI=0.0484089;REFB=0;REVB=0.0422008;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41611e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:34:22:0:0 chr1 155904177 . T C 1767.54 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.118;QD=60.9496;RBI=0.0135593;REFB=0;REVB=-0.00315091;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63384e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:54:62:0:0 chr1 155912486 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8132;QD=55.6557;RBI=0.0320308;REFB=0;REVB=-0.0278215;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162197;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 156020911 . C T 64.91 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0138578;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.233;QD=18.5469;RBI=0.0365165;REFB=-0.0279164;REVB=-0.0337848;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260084;STB=0.655787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0312845;OID=.;OPOS=156020911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:4:2:1:7:4:2 chr1 156146218 . C T 330.17 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00249886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.544;QD=31.4446;RBI=0.00613686;REFB=-0.0206505;REVB=0.00560507;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524082;STB=0.512536;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00912207;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:17:11:4:9:17:11:5:9 chr1 156202173 . A G 212.79 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00269306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.461;QD=20.2661;RBI=0.0292776;REFB=-0.0209075;REVB=0.0291534;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219578;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:11:10:10:11:11:10 chr1 156206121 . G A 407.94 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00319457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.094;QD=17.7365;RBI=0.00323281;REFB=-0.00778422;REVB=0.000495771;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155938;STB=0.586916;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0144224;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:21:21:33:17:21:21:33:17 chr1 156215899 . G A 839.26 PASS AF=0.475138;AO=87;DP=182;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.000752104;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0258;QD=18.5471;RBI=0.02855;REFB=-0.0173556;REVB=0.0285401;RO=94;SAF=51;SAR=36;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216021;STB=0.506978;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0158525;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:94:95:87:86:0.475138:36:51:53:41:36:50:54:41 chr1 156220056 . T C 86.76 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0476818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.494;QD=12.8528;RBI=0.103146;REFB=-0.0134993;REVB=-0.0914637;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270504;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0423477;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:15:16:11:11:0.407407:6:5:11:4:6:5:11:5 chr1 156233189 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0278405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.325;QD=19.155;RBI=0.0299519;REFB=-0.0474737;REVB=-0.0110465;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771839;STB=0.543583;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.042589;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:15:8:9:12:15:8 chr1 156255456 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00447511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.207;QD=16.3858;RBI=0.0292601;REFB=0.0016891;REVB=0.0289159;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000420734;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:8:9:0.529412:5:3:5:2:5:4:5:3 chr1 156263300 . T TCG,TG 77.06 PASS AF=0.162791,0.209302;AO=5,12;DP=47;FAO=7,9;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7,1;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0978882,0.124705;FXX=0.0227221;HRUN=0,3;LEN=2,1;MLLD=134.973,9.62735;QD=7.16876;RBI=0.097952,0.128019;REFB=-0.0200945,-0.190404;REVB=0.00353403,0.0289398;RO=28;SAF=5,2;SAR=0,10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.611034,-0.547617;STB=0.998238,0.850193;STBP=0.003,0.028;TYPE=ins,ins;VARB=0.171991,0.174113;OID=.,.;OPOS=156263301,156263301;OREF=-,-;OALT=CG,G;OMAPALT=TCG,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.162791,0.209302:5,12:47:7,9:43:27:7,1:0,8:14:13:29:28:5,2:0,10:18:10 chr1 156263940 . T C 324.74 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000808829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4968;QD=17.0913;RBI=0.00195627;REFB=-0.000958485;REVB=-0.00178123;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607313;STB=0.503405;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00132981;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:16:19:22:19:16:19:22:19 chr1 156264000 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0096279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.694;QD=10.1855;RBI=0.016065;REFB=-0.00440784;REVB=0.0128604;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182819;STB=0.60961;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0133761;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:19:15:9:6:19:15 chr1 156265400 . GC G,GG 1456.99 PASS AF=1,0;AO=110,13;DP=213;FAO=210,0;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=97,0;FSAR=113,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.282024,0.091845;FXX=0.0232547;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.58596,11.7307;QD=27.7522;RBI=0.282327,0.0949832;REFB=0,0;REVB=-0.0130735,0.0242137;RO=47;SAF=53,12;SAR=57,1;SRF=19;SRR=28;SSEN=0.366667,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0434497,0.653924;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000880096,0;OID=.,.;OPOS=156265401,156265401;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:110,13:213:210,0:210:0:97,0:113,0:0:0:8:47:53,12:57,1:19:28 chr1 156280969 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00264124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3048;QD=17.3778;RBI=0.0400753;REFB=0.0590545;REVB=-0.0399882;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.055421;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr1 156280971 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0315961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5925;QD=15.8817;RBI=0.0481444;REFB=0.0429433;REVB=-0.036326;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0435498;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr1 156306918 . G A 64.26 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00817914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.279;QD=23.3673;RBI=0.00819556;REFB=-0.0296201;REVB=0.000518538;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226465;STB=0.631225;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00614304;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:1:2:2:6:1:2 chr1 156347834 . T A 741.46 PASS AF=0.484472;AO=75;DP=160;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0765947;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4717;QD=18.4213;RBI=0.122229;REFB=-0.0328885;REVB=0.0952532;RO=83;SAF=40;SAR=35;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105699;STB=0.553425;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.033862;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:83:83:75:78:0.484472:35:40:35:48:37:41:35:48 chr1 156351699 . G A 1584.27 PASS AF=0.972973;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0366646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.002;QD=57.0908;RBI=0.0744281;REFB=-0.0550343;REVB=0.0647708;RO=1;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106646;STB=0.502318;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000212752;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:111:1:3:107:108:0.972973:44:63:0:1:45:63:2:1 chr1 156354293 . A G 439.34 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00794039;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.814;QD=15.5517;RBI=0.00914333;REFB=-0.0102513;REVB=-0.0045333;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00227752;STB=0.503071;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0197667;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:63:64:49:49:0.433628:25:24:31:32:25:24:31:33 chr1 156354367 . A G 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3986;QD=58.2255;RBI=0.0937163;REFB=0;REVB=-0.00392899;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846386;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 156446903 . T C 752.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4512;QD=55.7605;RBI=0.0501451;REFB=0;REVB=0.00659916;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817442;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr1 156450740 . G A 339.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.02;QD=54.3165;RBI=0.048736;REFB=0;REVB=0.0132223;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285548;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr1 156499969 . T C 1472.55 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6021;QD=63.3356;RBI=0.0358335;REFB=0;REVB=-0.00353304;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141767;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:40:53:0:0 chr1 156507025 . C T 471.87 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0130174;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8943;QD=17.3164;RBI=0.046497;REFB=0.000101356;REVB=-0.0446376;RO=58;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110215;STB=0.561266;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.000463613;OID=.;OPOS=156507025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:58:51:51:0.46789:24:27:24:34:24:27:24:34 chr1 156518379 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.814;QD=62.02;RBI=0.0322169;REFB=0;REVB=-0.0241735;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15066e-05;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 156526444 . T C 1751.97 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.694;QD=60.4129;RBI=0.0459991;REFB=0;REVB=0.0425112;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76571e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:116:0:0:109:116:1:52:57:0:0:56:60:0:0 chr1 156532977 . T C 375.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5313;QD=55.6226;RBI=0.0082621;REFB=0;REVB=0.00615079;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55337e-05;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 156536221 . G C 776.14 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00766941;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.569;QD=55.4387;RBI=0.0348838;REFB=0.0184471;REVB=-0.0340303;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000140684;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr1 156536251 . T C 963.7 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.896;QD=58.406;RBI=0.0238722;REFB=0;REVB=0.02305;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6118e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr1 156556321 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.3;QD=59.4333;RBI=0.0146932;REFB=0;REVB=0.00972767;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14515e-06;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr1 156561651 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.085;QD=50.4135;RBI=0.0907802;REFB=0;REVB=0.0902678;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292015;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 156563375 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.605;QD=53.3617;RBI=0.0431544;REFB=-0.0600936;REVB=0.0371638;RO=1;SAF=21;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000252624;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:8:21:1:0:8:21:1:0 chr1 156563726 . A C 2064.83 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.642;QD=62.5705;RBI=0.0235661;REFB=0;REVB=-0.0231288;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27157e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:130:132:1:52:78:0:0:53:79:0:0 chr1 156563813 . G A 1579.26 PASS AF=1;AO=87;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.753;QD=63.8084;RBI=0.0655201;REFB=0;REVB=0.0328649;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3856e-05;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:87:99:1:43:44:0:0:47:52:0:0 chr1 156563852 . C T 1083.81 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-5.5002e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6528;QD=58.5842;RBI=0.00100573;REFB=-0.138614;REVB=-0.00100422;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00107785;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr1 156565049 . A AAC 255.65 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484036;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=319.521;QD=51.129;RBI=0.0243455;REFB=0;REVB=0.0238595;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.91383e-05;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:8:12:0:0:4:1:7:12:1:0 chr1 156595446 . G GA 621.45 PASS AF=0.981818;AO=6;DP=57;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050421;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.932;QD=45.1967;RBI=0.094888;REFB=-0.0657634;REVB=-0.0803832;RO=51;SAF=6;SAR=0;SRF=47;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487496;STB=0.505049;STBP=0.664;TYPE=ins;VARB=0.00118752;OID=.;OPOS=156595447;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981818:6:57:54:55:1:49:5:1:0:6:51:6:0:47:4 chr1 156595447 . G A 604.84 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00298435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.954;QD=41.0062;RBI=0.0241368;REFB=-0.0481597;REVB=-0.0239516;RO=9;SAF=46;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592025;STB=0.586694;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00145366;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:59:9:10:49:49:0.830508:3:46:8:1:3:46:8:2 chr1 156639753 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000591835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.89;QD=44.6898;RBI=0.00946307;REFB=0;REVB=0.00944455;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90534e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 156640156 . G A 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00844363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.48;QD=39.436;RBI=0.0295136;REFB=0.11779;REVB=0.0282799;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.599866;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00124187;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:12:4:1:0:12:4:2:0 chr1 156640678 . G A 616.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157855;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.362;QD=61.6287;RBI=0.0301438;REFB=0;REVB=0.0256802;RO=0;SAF=2;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375291;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:38:2:0:0:38:2:0:0 chr1 156705593 . G C 1413.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.093;QD=62.835;RBI=0.0469616;REFB=0;REVB=0.0170936;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74832e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:31:58:0:0:32:58:0:0 chr1 156713512 . C T 563.61 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0969;QD=57.8064;RBI=0.0522472;REFB=-0.139292;REVB=0.0299048;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0028495;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr1 156713558 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00266955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.199;QD=15.654;RBI=0.0107478;REFB=-0.0119236;REVB=0.0104109;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0136125;OID=.;OPOS=156713558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:17:15:12:14:17:15 chr1 156752048 . C G 146.37 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0744418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5184;QD=14.2799;RBI=0.0748847;REFB=0.00346;REVB=-0.00813243;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381199;STB=0.700606;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000166488;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:24:24:15:17:0.414634:5:10:7:17:6:11:7:17 chr1 156756678 . C T 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0194371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.475;QD=15.6167;RBI=0.0234566;REFB=-0.0197109;REVB=-0.0131305;RO=54;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831366;STB=0.546984;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0313064;OID=.;OPOS=156756678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:15:24:29:25:15:24:29:25 chr1 156760887 . C A 337.36 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00833064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.315;QD=14.2046;RBI=0.0137808;REFB=-0.0152404;REVB=-0.0109778;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632024;STB=0.542578;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0250534;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:37:38:0.4:21:16:28:29:22:16:28:29 chr1 156784982 . T C 379.18 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0327507;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.682;QD=27.0845;RBI=0.0327844;REFB=-0.0502002;REVB=-0.00148427;RO=19;SAF=16;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490418;STB=0.51612;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0169346;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:20:36:36:0.642857:20:16:7:12:20:16:8:12 chr1 156785617 . G A 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0382964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.373;QD=20.2215;RBI=0.040832;REFB=-0.00574158;REVB=0.0141648;RO=51;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919842;STB=0.551;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00666358;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:22:27:23:28:22:27:23:28 chr1 156877457 . T C 725.33 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00191826;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5464;QD=54.7422;RBI=0.0336955;REFB=0.0722834;REVB=0.0336408;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269653;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0152104;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:2:1:52:52:0.981132:28:24:1:1:28:24:1:0 chr1 156883493 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.012776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.176;QD=17.2246;RBI=0.0216739;REFB=-0.0136879;REVB=0.017508;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101864;STB=0.563366;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.018372;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:18:16:22:16:18:16:23:16 chr1 156883546 . A G 1032.88 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.79;QD=58.1903;RBI=0.046369;REFB=-0.0226504;REVB=0.0460193;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296192;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:31:39:0:1:32:39:0:0 chr1 156902259 . G A 929.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.984;QD=55.4771;RBI=0.0310421;REFB=-0.0273777;REVB=0.0246217;RO=2;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230343;STB=0.512191;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00136859;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:40:25:0:2:40:25:0:2 chr1 156907081 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.303;QD=56.1914;RBI=0.0301243;REFB=0;REVB=0.0298027;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63867e-05;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 156907115 . T C 103.11 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0193862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7482;QD=12.1306;RBI=0.0290981;REFB=-0.0106423;REVB=0.0216996;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160135;STB=0.611472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0220858;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:8:4:10:11:9:4:10:11 chr1 157062696 . G T 417.9 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0519268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0205;QD=28.3324;RBI=0.0536507;REFB=-0.00511341;REVB=0.0134911;RO=20;SAF=16;SAR=23;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390763;STB=0.521256;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00554305;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:23:16:7:13:23:16:7:13 chr1 157069154 . A G 391.71 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0320118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3765;QD=19.344;RBI=0.0345894;REFB=0.00649231;REVB=-0.0131022;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273923;STB=0.655519;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00383405;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:41:39:40:0.493827:25:14:27:14:26:14:27:14 chr1 157069261 . A C 173.54 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0176536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.109;QD=19.2827;RBI=0.0302983;REFB=-0.023793;REVB=-0.024624;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162152;STB=0.591122;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0407431;OID=.;OPOS=157069261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:14:4:7:11:14:4 chr1 157095470 . A G 583.17 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0110599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.195;QD=25.3551;RBI=0.0394328;REFB=-0.0278262;REVB=-0.0378501;RO=34;SAF=13;SAR=40;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097308;STB=0.523531;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0176927;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:34:39:53:53:0.576087:40:13:8:26:40:13:8:31 chr1 157497597 . C T 178.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0135635;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.238;QD=18.744;RBI=0.0137464;REFB=-0.0123695;REVB=-0.00223494;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.602529;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00998775;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:18:20:18:18:0.473684:13:5:9:9:13:5:9:11 chr1 157508882 . C T 409.07 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0130229;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5093;QD=28.7067;RBI=0.0314123;REFB=-0.00974272;REVB=0.0285856;RO=19;SAF=12;SAR=26;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106744;STB=0.558251;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00660412;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:26:12:9:10:26:12:9:10 chr1 157509025 . C T 486.13 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0186497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.006;QD=21.3681;RBI=0.0289261;REFB=-0.00340105;REVB=-0.0221113;RO=44;SAF=15;SAR=32;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282711;STB=0.656421;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00472162;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:32:15:28:16:32:15:28:16 chr1 157514097 . A G 1111.86 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294907;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.44;QD=57.7591;RBI=0.0314897;REFB=-0.0519713;REVB=0.0110408;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164471;STB=0.500869;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00499201;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:1:1:40:35:1:1 chr1 157557701 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0134631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.611;QD=16.1192;RBI=0.0272809;REFB=-0.00927304;REVB=-0.0237274;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.602678;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00775698;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:3:10:7:5:3:10 chr1 157567751 . A G 325.93 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.333;QD=54.3216;RBI=0.112301;REFB=0;REVB=0.0968052;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532406;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:5:13:0:0:11:13:0:0 chr1 157665244 . GC CG 30.27 PASS AF=0.0888889;AO=9;DP=93;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0806267;FXX=0.0322546;HRUN=5;LEN=2;MLLD=38.8767;QD=1.34541;RBI=0.113603;REFB=-0.0194497;REVB=-0.0800305;RO=75;SAF=9;SAR=0;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694117;STB=0.896531;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0431824;OID=.;OPOS=157665244;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:90:75:82:9:8:0.0888889:0:9:27:48:1:7:33:49 chr1 157668390 . T C 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0288148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3219;QD=21.2927;RBI=0.0404282;REFB=0.00833077;REVB=0.0283574;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363483;STB=0.520375;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00418299;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:15:10:11:14:15:10 chr1 157670290 . C G 520.94 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00969712;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4008;QD=25.7254;RBI=0.0370915;REFB=-0.00530415;REVB=-0.0358015;RO=33;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969048;STB=0.552992;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00547006;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:28:20:18:15:28:20:18:15 chr1 157738449 . CCGGGGG CCGGAGG,CCGGGG,CCGGGGC,CGGGG,CGGGGGC 53.17 PASS AF=0.05,0.025,0.025,0.175,0.025;AO=2,5,2,7,2;DP=44;FAO=2,1,1,7,1;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,1,1,1;FSAR=2,1,0,6,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00784978,0.0598128,-0.0567754,-0.0427439,-0.179217;FXX=0.0476077;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=1,1,1,2,6;MLLD=258.875,9.8442,17.2194,18.1331,18.0002;QD=5.31714;RBI=0.0262038,0.0679697,0.118608,0.0613858,0.212458;REFB=-0.00474088,-0.0266316,-0.0105292,-0.042991,-0.0264612;REVB=-0.0250004,-0.0322848,-0.104136,-0.0440588,-0.114103;RO=17;SAF=0,1,1,1,2;SAR=2,4,1,6,0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.474595,-0.217272,0.150121,-0.322841,0.594792;STB=0.993079,0.986542,0.993181,0.705191,0.993181;STBP=0.337,0.482,0.241,0.352,0.241;TYPE=snp,del,snp,del,mnp;VARB=-0.00446334,0.0255008,-0.00609869,0.0983393,-0.00990875;OID=.,.,.,.,.;OPOS=157738453,157738451,157738455,157738450,157738450;OREF=G,G,G,CG,CGGGGG;OALT=A,-,C,-,GGGGGC;OMAPALT=CCGGAGG,CCGGGG,CCGGGGC,CGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0.05,0.025,0.025,0.175,0.025:2,5,2,7,2:44:2,1,1,7,1:40:28:0,0,1,1,1:2,1,0,6,0:9:19:34:17:0,1,1,1,2:2,4,1,6,0:6:11 chr1 157802979 . C T 635.06 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307699;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.478;QD=61.9575;RBI=0.031997;REFB=0;REVB=0.00877631;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185128;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:30:10:0:0:31:10:0:0 chr1 158057633 . C G 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00321663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1423;QD=16.063;RBI=0.00358119;REFB=-0.00524623;REVB=0.00157423;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.559936;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0058563;OID=.;OPOS=158057633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:7:17:11:7:7:17 chr1 158066834 . A G 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0792797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5507;QD=16.1697;RBI=0.0793046;REFB=-0.018497;REVB=0.00198858;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11895;STB=0.568875;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0258516;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:13:7:4:12:13:7 chr1 158582646 . T C 465.76 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0171722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.928;QD=18.0878;RBI=0.0258448;REFB=-0.0209363;REVB=-0.019315;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528535;STB=0.517234;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0225538;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:53:49:50:0.485437:29:20:25:29:29:21:24:29 chr1 158584091 . A G 237.45 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0152564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.583;QD=20.2088;RBI=0.0156163;REFB=-0.014324;REVB=0.00333342;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13796;STB=0.577793;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00533859;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:13:11:14:9:13:11 chr1 158587390 . C T 513.51 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0174542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.073;QD=24.4529;RBI=0.032369;REFB=-0.0204604;REVB=-0.0272599;RO=36;SAF=28;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878578;STB=0.548173;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0137748;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:20:28:17:19:20:28:17:19 chr1 158587858 . G A 291.79 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0348493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7989;QD=20.1232;RBI=0.0706528;REFB=-0.000830858;REVB=-0.06146;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321348;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00143351;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:27:30:31:0.534483:15:15:14:12:16:15:14:13 chr1 158592935 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0063852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.624;QD=19.275;RBI=0.0166033;REFB=-0.00669543;REVB=0.0153264;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196773;STB=0.611753;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00790399;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:13:13:16:7:13:13 chr1 158597507 . G C 282.88 PASS AF=0.423077;AO=30;DP=75;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0223849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.058;QD=14.5064;RBI=0.0234676;REFB=-0.00705863;REVB=-0.00704568;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233569;STB=0.581767;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00747997;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:45:45:30:33:0.423077:22:8:21:24:22:11:21:24 chr1 158606449 . G T 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0187014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.011;QD=14.554;RBI=0.0339225;REFB=-0.010009;REVB=-0.0283019;RO=64;SAF=33;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257783;STB=0.645891;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0110919;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:13:33:31:33:13:33:31:33 chr1 158612236 . A G 1015.18 PASS AF=0.397213;AO=114;DP=288;FAO=114;FDP=287;FR=.;FRO=173;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=91;FSRR=82;FWDB=0.00850266;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.109;QD=14.1489;RBI=0.0137532;REFB=-0.0123416;REVB=0.0108099;RO=173;SAF=56;SAR=58;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373747;STB=0.520954;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0174988;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:173:173:114:114:0.397213:58:56:91:82:58:56:91:82 chr1 158619728 . A C 1763.45 PASS AF=0.96748;AO=79;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0244729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.426;QD=57.3478;RBI=0.0279927;REFB=-0.00465595;REVB=0.0135893;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516946;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000276525;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:123:0:4:79:119:0.96748:25:54:0:0:57:62:0:4 chr1 158647495 . A T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.084;QD=58.2396;RBI=0.0174124;REFB=0;REVB=-0.0171703;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17245e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr1 158655036 . G A 862.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.043;QD=56.5884;RBI=0.0830975;REFB=0;REVB=-0.0141549;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110643;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:61:0:0:54:61:1:33:21:0:0:33:28:0:0 chr1 158656281 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.804;QD=63.0518;RBI=0.00809246;REFB=0;REVB=0.00448935;RO=0;SAF=63;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89179e-06;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:28:63:0:0:28:63:0:0 chr1 158735595 . C T 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.000699691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.149;QD=15.9593;RBI=0.0147962;REFB=-0.00781928;REVB=0.0147796;RO=60;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184732;STB=0.510341;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00823937;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:32:16:21:39:32:16:21:39 chr1 158735691 . T C 353.18 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000531467;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8435;QD=15.6968;RBI=0.00142189;REFB=-0.00400925;REVB=-0.00131883;RO=52;SAF=10;SAR=28;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208375;STB=0.618408;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00481305;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:52:38:38:0.422222:28:10:23:29:28:10:23:29 chr1 158735740 . A G 367.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0658332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0203;QD=16.5054;RBI=0.0862202;REFB=-0.00752218;REVB=-0.0556769;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221999;STB=0.620092;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0101391;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:26:13:27:22:26:13:27:23 chr1 158735892 . A G 190.94 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0433272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.985;QD=13.3991;RBI=0.0454014;REFB=-0.000504348;REVB=-0.0135664;RO=34;SAF=4;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41842;STB=0.708708;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000586308;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:22:23:0.403509:18:4:18:16:18:5:18:16 chr1 158736215 . G A 783.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.535;QD=56.9577;RBI=0.114836;REFB=0;REVB=0.0326974;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112168;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:55:0:0:49:55:1:20:29:0:0:21:34:0:0 chr1 158736445 . C T 385.95 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00330403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.128;QD=15.2851;RBI=0.0163994;REFB=-0.0087246;REVB=-0.0160631;RO=58;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169369;STB=0.600613;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00986543;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:58:42:43:0.425743:23:19:17:41:23:20:17:41 chr1 158746678 . T C 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0092065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.561;QD=23.5741;RBI=0.0143662;REFB=-0.014573;REVB=0.0110285;RO=35;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331332;STB=0.518199;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0102213;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:25:20:17:18:25:20:17:18 chr1 158746847 . A G 212.41 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00199858;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.151;QD=19.3102;RBI=0.00918871;REFB=-0.00288971;REVB=-0.00896872;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19106;STB=0.597281;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00395083;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:21:21:0.477273:8:13:10:14:8:13:10:13 chr1 158813819 . A G 557.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.521;QD=58.7319;RBI=0.0374291;REFB=0;REVB=-0.0145427;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91072e-05;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:12:23:0:0:12:26:0:0 chr1 158986477 . G C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.131047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.328;QD=12.7237;RBI=0.13255;REFB=-0.0102226;REVB=-0.0199055;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.562444;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0178445;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:16:20:15:8:16:20 chr1 158990247 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00567558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.529;QD=17.2649;RBI=0.00585757;REFB=-0.0155542;REVB=-0.00144878;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622938;STB=0.519901;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0197535;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:35:36:0.461538:20:15:15:26:21:15:16:26 chr1 159002377 . C A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0197831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8344;QD=20.8116;RBI=0.0203112;REFB=0.011686;REVB=-0.00460119;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401138;STB=0.522574;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0105016;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:13:10:9:14:13:10 chr1 159002389 . T A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000626602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.864;QD=20.769;RBI=0.0112867;REFB=-0.00813755;REVB=-0.0112693;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285029;STB=0.515873;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00665618;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:15:9:11:16:15:9 chr1 159024668 . A T 102.75 PASS AF=0.48;AO=8;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0759228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.307;QD=16.4404;RBI=0.0792319;REFB=-0.0127719;REVB=0.022659;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29599;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0126548;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:7:13:8:12:0.48:7:1:0:7:7:5:6:7 chr1 159169641 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.751;QD=62.6689;RBI=0.0372189;REFB=0;REVB=0.00931225;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132172;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr1 159283494 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7777;QD=57.1764;RBI=0.110833;REFB=0;REVB=-0.101365;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184196;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr1 159283746 . T C 609.68 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.534;QD=60.968;RBI=0.0695512;REFB=0;REVB=0.0137588;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106621;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 159409734 . G T 1145.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7536;QD=60.2946;RBI=0.0685589;REFB=0;REVB=-0.067089;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126092;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:36:40:0:0 chr1 159558258 . A G 880.32 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.013;QD=56.7946;RBI=0.00835283;REFB=0;REVB=0.00466094;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134239;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:58:62:1:20:38:0:0:22:40:0:0 chr1 159752112 . A G 567.92 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0272434;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.428;QD=20.1035;RBI=0.0277153;REFB=-0.0160955;REVB=0.00509306;RO=55;SAF=21;SAR=37;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181688;STB=0.600277;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0150002;OID=.;OPOS=159752112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:37:21:31:24:37:21:31:24 chr1 159824967 . G C 1540.51 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.199;QD=59.8257;RBI=0.0668943;REFB=0;REVB=0.0581938;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001689;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:52:51:0:0 chr1 159850401 . C G 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00596944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.402;QD=20.5428;RBI=0.00965185;REFB=-0.00164871;REVB=-0.00758445;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612729;STB=0.53391;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0013943;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:19:20:21:15:19:20:21:15 chr1 159897631 . G C 566.45 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.00575298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.801;QD=16.9089;RBI=0.0194123;REFB=-0.00971493;REVB=-0.0185402;RO=74;SAF=19;SAR=41;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111304;STB=0.562239;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0139834;OID=.;OPOS=159897631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:41:19:31:43:41:19:31:43 chr1 159898100 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.655;QD=62.9824;RBI=0.0257206;REFB=0;REVB=-0.0232979;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81634e-05;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 159912899 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.388;QD=14.0438;RBI=0.0172191;REFB=-0.0298508;REVB=0.0172191;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237655;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr1 159923111 . T G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.281;QD=56.9974;RBI=0.0488413;REFB=0;REVB=0.0169188;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403742;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 160001432 . A C 490.7 PASS AF=0.207824;AO=85;DP=410;FAO=85;FDP=409;FR=.;FRO=324;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=185;FSRR=139;FWDB=-0.0269786;FXX=0.00243896;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5316;QD=4.799;RBI=0.0289385;REFB=-0.013428;REVB=-0.0104685;RO=316;SAF=48;SAR=37;SRF=182;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147642;STB=0.505066;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0466316;OID=.;OPOS=160001432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:316:324:85:85:0.207824:37:48:182:134:37:48:185:139 chr1 160062472 . C T 599.85 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.105783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1707;QD=47.0474;RBI=0.115221;REFB=-0.117548;REVB=0.0456712;RO=4;SAF=18;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170404;STB=0.500894;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0301685;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:51:51:4:5:46:46:0.901961:28:18:2:2:28:18:2:3 chr1 160062727 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.018;QD=64.0206;RBI=0.0331653;REFB=0;REVB=-0.0219678;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54935e-06;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr1 160124875 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.266;QD=51.9167;RBI=0.0358443;REFB=0;REVB=0.0326967;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 160136350 . G A 1714.29 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00498518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.332;QD=59.6276;RBI=0.00498546;REFB=-0.0863564;REVB=-5.23741e-05;RO=1;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978979;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-6.13335e-05;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:48:66:0:1:48:66:0:1 chr1 160141196 . C T 1185.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9236;QD=60.7927;RBI=0.0675126;REFB=0;REVB=-0.0134721;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322547;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:48:28:0:0:48:30:0:0 chr1 160165246 . C G 176.06 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000584935;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.256;QD=10.0603;RBI=0.00411527;REFB=-0.00532676;REVB=0.00407349;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035774;STB=0.520948;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0118725;OID=.;OPOS=160165246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:47:47:23:23:0.328571:13:10:19:28:13:10:19:28 chr1 160178376 . C G 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00545969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9766;QD=20.8619;RBI=0.0176127;REFB=0.00165928;REVB=-0.0167451;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385348;STB=0.521327;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00245083;OID=.;OPOS=160178376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:26:19:20:23:26:19:20:23 chr1 160254928 . A C 196.76 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0315824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.685;QD=18.3035;RBI=0.0452493;REFB=0.00676735;REVB=-0.0324045;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267609;STB=0.515207;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00936089;OID=.;OPOS=160254928;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:12:11:9:11:12:11 chr1 160303416 . G A 787.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.437;QD=64.2515;RBI=0.0431479;REFB=0;REVB=0.0420918;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133247;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:29:20:0:0 chr1 160341142 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.029392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.277;QD=15.7002;RBI=0.0296102;REFB=1.40423e-05;REVB=0.00358841;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154322;STB=0.590033;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000279362;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:13:6:3:12:13:6 chr1 160342015 . T G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.957;QD=57.8843;RBI=0.0437095;REFB=0;REVB=0.0357329;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168228;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr1 160393905 . A G 1008.17 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000886398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.24;QD=59.3043;RBI=0.0113556;REFB=0;REVB=0.0113209;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80622e-06;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr1 160397254 . G T 158.27 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.1108;QD=45.219;RBI=0.0105767;REFB=0;REVB=-0.0105767;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263606;OID=.;OPOS=160397254;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:14:0:0:12:14:1:12:0:0:0:14:0:0:0 chr1 160461060 . C T 311.06 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0474809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.65;QD=20.3974;RBI=0.140608;REFB=-0.00755062;REVB=-0.132349;RO=21;SAF=6;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337711;STB=0.66745;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00414345;OID=.;OPOS=160461060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:28:31:32:0.52459:25:6:12:9:26:6:13:15 chr1 160585554 . C G 870.94 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186848;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.612;QD=58.0626;RBI=0.0249474;REFB=0;REVB=0.0165303;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44502e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr1 160650913 . A G 557.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517431;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2276;QD=60.2713;RBI=0.0807864;REFB=0;REVB=0.0620411;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106356;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 160793442 . A G 912.33 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8084;QD=57.0205;RBI=0.014627;REFB=0;REVB=-0.0028962;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85381e-05;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:28:36:0:0 chr1 160793560 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.066;QD=57.7113;RBI=0.0101063;REFB=0;REVB=0.000638752;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57727e-05;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 160793962 . G C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.316;QD=59.9372;RBI=0.0465949;REFB=0;REVB=0.0461408;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59355e-05;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr1 160802314 . C T 332.09 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00879193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.205;QD=16.8149;RBI=0.0446955;REFB=-0.00252715;REVB=-0.0438223;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196165;STB=0.625711;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00363589;OID=.;OPOS=160802314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:42:43:34:36:0.455696:15:19:15:27:15:21:15:28 chr1 160811579 . G A 422.85 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0190158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0212;QD=23.8225;RBI=0.055709;REFB=-0.040808;REVB=0.052363;RO=30;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10751;STB=0.55911;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0314137;OID=.;OPOS=160811579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:26:15:15:15:26:15:15:15 chr1 160851826 . A T 699.12 PASS AF=0.50365;AO=68;DP=136;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00240694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0718;QD=20.4123;RBI=0.0140902;REFB=-0.0513695;REVB=-0.0138831;RO=68;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503495;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0305745;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:68:68:68:69:0.50365:33:35:35:33:33:36:35:33 chr1 160851894 . G A 373.77 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0175561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5005;QD=13.5917;RBI=0.0176819;REFB=-0.0249839;REVB=-0.00210593;RO=66;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11211;STB=0.563398;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0340586;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:20:24:29:37:20:24:29:37 chr1 160854620 . T C 368.15 PASS AF=0.714286;AO=29;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0235805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.155;QD=35.0615;RBI=0.0242524;REFB=-0.0138392;REVB=-0.00566924;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725985;STB=0.543102;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00462341;OID=.;OPOS=160854620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:12:12:29:30:0.714286:13:16:5:7:13:17:5:7 chr1 160920966 . C T 391.72 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0309188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.16;QD=19.3443;RBI=0.0326731;REFB=-0.00796247;REVB=0.0105621;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253065;STB=0.639934;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00885334;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:11:30:18:22:11:30 chr1 160968609 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0216228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.638;QD=26.3129;RBI=0.0260872;REFB=-0.0204806;REVB=0.0145943;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124111;STB=0.50689;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.012132;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:13:7:4:8:13:7:4:8 chr1 160971146 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.384;QD=58.5873;RBI=0.0167837;REFB=0;REVB=0.00494956;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101658;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 160971155 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00124462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.738;QD=14.6497;RBI=0.00650237;REFB=-0.0216327;REVB=0.00638214;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0320491;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:9:10:8:6:9:10 chr1 160990875 . TC CA 215.74 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000743924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.675;QD=18.3609;RBI=0.0615781;REFB=0.00647293;REVB=0.0615736;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146473;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=mnp;VARB=-0.00126668;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:21:22:0.468085:12:9:13:9:12:10:14:11 chr1 160990878 . C T 222.74 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00195266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.54;QD=18.9565;RBI=0.0310983;REFB=-0.0095445;REVB=0.0310369;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00971763;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:14:11:12:10:14:11 chr1 161009523 . G A 217.69 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0226046;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.886;QD=14.0442;RBI=0.0305302;REFB=-0.0199945;REVB=0.0205213;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459492;STB=0.502616;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0267624;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:14:22:16:10:14:22 chr1 161019040 . G C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.03205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.141;QD=21.7443;RBI=0.0322083;REFB=-0.0115292;REVB=-0.00318902;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232261;STB=0.631997;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0135947;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:6:5:11:4:6:5 chr1 161068835 . CA C,CC 253.11 PASS AF=0.38806,0.0895522;AO=17,12;DP=65;FAO=26,6;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14,5;FSAR=12,1;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.019019,0.00385152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.767,113.733;QD=15.1109;RBI=0.0231425,0.00746825;REFB=-0.0286695,-0.0141143;REVB=-0.0131852,-0.00639848;RO=35;SAF=9,10;SAR=8,2;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181904,0.244916;STB=0.586055,0.673494;STBP=0.295,0.478;TYPE=del,snp;VARB=0.0317222,0.0557043;OID=.,.;OPOS=161068836,161068836;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806,0.0895522:17,12:65:26,6:67:35:14,5:12,1:24:11:99:35:9,10:8,2:24:11 chr1 161130579 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0102999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.478;QD=17.7318;RBI=0.0201673;REFB=-0.00559922;REVB=0.0173387;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00944834;OID=.;OPOS=161130579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:9:9:8:9:9:10 chr1 161141432 . C G 188.19 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00643809;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8271;QD=19.8099;RBI=0.0344566;REFB=-0.00124785;REVB=0.0338498;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000314287;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:7:12:11:8:7:12 chr1 161163037 . T C 822.94 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.796;QD=54.8623;RBI=0.232062;REFB=0;REVB=0.227384;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569037;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:47:60:0:0:45:60:1:21:24:0:0:30:30:0:0 chr1 161168004 . C T 286.01 PASS AF=0.375;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.023408;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.042;QD=13.0003;RBI=0.0253283;REFB=-0.0101623;REVB=0.00967413;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677645;STB=0.503879;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0152695;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:55:55:33:33:0.375:14:19:32:23:14:19:32:23 chr1 161183516 . C T 821.79 PASS AF=0.609756;AO=75;DP=123;FAO=75;FDP=123;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00480251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.922;QD=26.725;RBI=0.00674441;REFB=-0.00711453;REVB=0.00473529;RO=48;SAF=40;SAR=35;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362207;STB=0.519645;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00433059;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:48:48:75:75:0.609756:35:40:28:20:35:40:28:20 chr1 161202605 . G A 99.17 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.013235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.277;QD=14.6911;RBI=0.0354787;REFB=-0.000166467;REVB=-0.0329177;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738293;STB=0.542788;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000162754;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:11:4:4:8:11:4 chr1 161390656 . G A 519.63 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0169909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5153;QD=16.4962;RBI=0.0268751;REFB=-0.0138939;REVB=-0.0208227;RO=69;SAF=36;SAR=19;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949215;STB=0.553399;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0124715;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:70:55:56:0.444444:19:36:39:30:19:37:40:30 chr1 161391870 . G GA 42.75 PASS AF=0.375;AO=13;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0159093;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7044;QD=5.34381;RBI=0.0350862;REFB=0.0239707;REVB=-0.0312719;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.552543;STBP=0.671;TYPE=ins;VARB=-0.0896254;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:13:33:12:32:20:7:5:10:10:42:16:7:6:8:8 chr1 161410044 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.421;QD=40.7629;RBI=0.0393278;REFB=0;REVB=-0.00596007;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220321;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 161479745 . A G 2287.03 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349051;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.057;QD=63.0905;RBI=0.0567739;REFB=0.0236635;REVB=0.0447762;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.503546;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-6.19646e-06;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:0:1:143:144:0.993103:70:73:0:0:70:74:0:1 chr1 161487863 . C T 393.22 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00989889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.49;QD=17.0964;RBI=0.0122698;REFB=0.00611971;REVB=-0.00724979;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273068;STB=0.509549;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00660128;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:21:20:23:27:21:20:24:27 chr1 161488017 . T C 177.96 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0309823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.008;QD=14.8303;RBI=0.0339454;REFB=-0.00497862;REVB=-0.0138705;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193357;STB=0.611854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00799341;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:16:13:12:7:16:13 chr1 161495040 . C T 245.69 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0131836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.083;QD=23.9702;RBI=0.0172847;REFB=-0.0144066;REVB=-0.0111783;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773343;STB=0.524208;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0131476;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:18:23:23:0.560976:9:14:10:4:9:14:10:8 chr1 161495477 . A T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6579;QD=64.4132;RBI=0.00770735;REFB=0;REVB=0.00763862;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39312e-05;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr1 161495885 . T C 420.93 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0129121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3871;QD=49.5208;RBI=0.048472;REFB=-0.0750277;REVB=-0.0467206;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024758;STB=0.513299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00376146;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:31:31:0.911765:15:16:2:1:15:16:2:1 chr1 161496530 . C G 528.12 PASS AF=0.435115;AO=54;DP=130;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.000696476;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.76;QD=16.1258;RBI=0.000865535;REFB=5.61276e-05;REVB=-0.00051388;RO=74;SAF=34;SAR=20;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177877;STB=0.580924;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-6.93628e-05;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:74:74:54:57:0.435115:20:34:34:40:22:35:35:39 chr1 161500130 . A G 316.2 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0502534;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5976;QD=22.5859;RBI=0.050641;REFB=0.00202029;REVB=0.00625341;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824742;STB=0.535692;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00142929;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:24:32:32:0.571429:16:16:14:9:16:16:14:10 chr1 161500975 . A G 259.39 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00598964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9552;QD=11.9258;RBI=0.0604886;REFB=0.0140453;REVB=-0.0601913;RO=56;SAF=11;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242391;STB=0.63979;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0432746;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:20:11:32:24:20:11:32:24 chr1 161501904 . A T 733.54 PASS AF=0.434066;AO=78;DP=182;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.00290181;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.42;QD=16.1217;RBI=0.0161347;REFB=0.00132164;REVB=0.0158717;RO=104;SAF=34;SAR=44;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133704;STB=0.514702;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00168567;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:104:103:78:79:0.434066:44:34:44:60:44:35:43:60 chr1 161514542 . A C 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.942;QD=19.3924;RBI=0.00568327;REFB=0.00803647;REVB=-0.00524854;RO=51;SAF=19;SAR=34;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156598;STB=0.591816;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00839745;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:52:53:53:0.504762:34:19:27:24:34:19:28:24 chr1 161518214 . T C 68.11 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=131;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.0266872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9887;QD=2.07965;RBI=0.11029;REFB=-0.00363564;REVB=0.107012;RO=115;SAF=4;SAR=12;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292673;STB=0.710569;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0535565;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:131:131:115:115:16:16:0.122137:12:4:55:60:12:4:55:60 chr1 161518336 . C T 449.55 PASS AF=0.221212;AO=73;DP=330;FAO=73;FDP=330;FR=.;FRO=257;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=135;FSRR=122;FWDB=-0.00835203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.199;QD=5.44907;RBI=0.0184521;REFB=-0.00266398;REVB=-0.0164537;RO=257;SAF=33;SAR=40;SRF=135;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936238;STB=0.556921;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0180529;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:257:257:73:73:0.221212:40:33:135:122:40:33:135:122 chr1 161559571 . C T 166.05 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0326129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6472;QD=8.09985;RBI=0.0382135;REFB=0.000238753;REVB=0.0199167;RO=59;SAF=7;SAR=16;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215689;STB=0.629804;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=2.94468e-05;OID=.;OPOS=161559571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:16:7:28:31:16:7:28:31 chr1 161565479 . G A 200.96 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0028443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.468;QD=11.821;RBI=0.0236357;REFB=-0.0149099;REVB=-0.0234639;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078624;STB=0.545418;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0176816;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:22:21:14:11:22:21 chr1 161565604 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0778908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.056;QD=14.7421;RBI=0.0780082;REFB=-0.0112255;REVB=-0.00427818;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732477;STB=0.542324;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0158463;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:10:15:9:8:10:15 chr1 161565705 . A G 97.46 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.164;QD=38.9832;RBI=0.19486;REFB=0;REVB=0.192631;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432227;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr1 161574654 . G A 2888.74 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015346;FXX=0.0106946;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.737;QD=62.4592;RBI=0.015502;REFB=-0.122837;REVB=-0.00219426;RO=1;SAF=67;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130547;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:182:185:1:0:181:185:1:114:67:0:1:116:69:0:0 chr1 161582570 . GG AC 707.24 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00783717;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=2;MLLD=293.917;QD=16.7395;RBI=0.00816193;REFB=-0.00777009;REVB=0.00227945;RO=93;SAF=39;SAR=37;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502479;STB=0.527922;STBP=0.52;TYPE=mnp;VARB=0.00909894;OID=.;OPOS=161582570;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:93:93:76:76:0.449704:37:39:43:50:37:39:43:50 chr1 161591542 . G A 989.68 PASS AF=0.985915;AO=57;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0681997;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.253;QD=55.7568;RBI=0.0983724;REFB=-0.0541953;REVB=0.0708938;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.508194;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00156508;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:1:1:57:70:0.985915:32:25:1:0:40:30:1:0 chr1 161591548 . C T 1027.98 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.612;QD=57.9146;RBI=0.0644874;REFB=0;REVB=0.0579258;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106056;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:71:0:0:62:71:1:32:30:0:0:39:32:0:0 chr1 161599693 . T C 601.89 PASS AF=0.875;AO=41;DP=47;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0162008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0827;QD=50.1577;RBI=0.0162648;REFB=-0.0575708;REVB=-0.00144134;RO=6;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.512189;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0118387;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:6:6:41:42:0.875:24:17:2:4:24:18:2:4 chr1 161600904 . C T 552.74 PASS AF=0.328704;AO=71;DP=216;FAO=71;FDP=216;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=0.0182219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4689;QD=10.2359;RBI=0.0182276;REFB=-0.0021246;REVB=0.000455707;RO=144;SAF=37;SAR=34;SRF=79;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321564;STB=0.520607;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00363001;OID=.;OPOS=161600904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:144:145:71:71:0.328704:34:37:79:65:34:37:80:65 chr1 161600995 . C T 1123.5 PASS AF=0.669014;AO=88;DP=136;FAO=95;FDP=142;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0566445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.854;QD=31.648;RBI=0.0573572;REFB=-0.0398979;REVB=-0.00901416;RO=48;SAF=36;SAR=52;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101611;STB=0.533366;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0171802;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:48:47:88:95:0.669014:52:36:27:21:52:43:26:21 chr1 161641291 . C T 628.3 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0246716;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.727;QD=23.4879;RBI=0.031818;REFB=-0.0160867;REVB=0.0200922;RO=45;SAF=38;SAR=23;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141874;STB=0.57338;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.010976;OID=.;OPOS=161641291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:45:46:61:61:0.570093:23:38:20:25:23:38:21:25 chr1 161681780 . A G 769.2 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454012;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.649;QD=64.1002;RBI=0.0888732;REFB=0;REVB=-0.0764014;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437704;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 161695639 . G T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.085;QD=46.8464;RBI=0.0835975;REFB=0;REVB=0.0453417;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195293;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 161696088 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.639;QD=48.7372;RBI=0.0288577;REFB=0;REVB=-0.00612809;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06344e-05;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 161697072 . G C 1376.84 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.167;QD=62.5837;RBI=0.0239338;REFB=0;REVB=-0.0147212;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010299;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr1 161697149 . G T 1308.78 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225569;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.699;QD=62.3231;RBI=0.024803;REFB=0;REVB=-0.0103139;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102286;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:46:36:0:0:47:37:0:0 chr1 161705871 . C G 442.26 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3759;QD=57.0661;RBI=0.0512237;REFB=0;REVB=-0.0503209;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678862;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:21:10:0:0 chr1 161722204 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00698525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.453;QD=12.5695;RBI=0.0340572;REFB=-0.0122047;REVB=-0.0333331;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510671;STB=0.529876;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0212567;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:6:20:11:4:6:20 chr1 161748056 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0467202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7088;QD=14.6478;RBI=0.116899;REFB=-0.0191511;REVB=-0.107157;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.575652;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00962059;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:7:7:11:7:7:7:12:7 chr1 161753802 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00777702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.854;QD=11.336;RBI=0.0155386;REFB=-0.0104797;REVB=0.0134524;RO=43;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178841;STB=0.604077;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0190011;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:8:16:22:21:8:16:22:21 chr1 161753841 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0109496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.517;QD=13.62;RBI=0.0134093;REFB=-0.0295258;REVB=0.00774052;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122349;STB=0.56997;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0352946;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:10:16:19:19:10:16:19:19 chr1 161761276 . G C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0291884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.654;QD=17.167;RBI=0.0383243;REFB=-0.0133699;REVB=0.0248352;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236111;STB=0.617087;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.013789;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:28:29:0.47541:9:19:14:18:10:19:14:18 chr1 161761312 . C T 207.51 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0495848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1951;QD=11.5286;RBI=0.0521108;REFB=-0.0116927;REVB=-0.0160276;RO=46;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206879;STB=0.628161;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0228108;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:46:25:26:0.361111:9:16:21:25:9:17:21:25 chr1 161928327 . A G 469.78 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0016313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.354;QD=23.1989;RBI=0.00421423;REFB=-0.0116105;REVB=-0.00388569;RO=36;SAF=27;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118143;STB=0.568497;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0101173;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:36:44:45:0.555556:17:27:17:19:17:28:17:19 chr1 161953402 . G A 490.52 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00704701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.792;QD=22.2961;RBI=0.0794682;REFB=-0.0372855;REVB=-0.0791551;RO=41;SAF=39;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285253;STB=0.659152;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0259914;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:8:39:24:17:8:39:24:17 chr1 161967681 . A G 1202.99 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824443;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7655;QD=60.1495;RBI=0.0479034;REFB=0;REVB=0.0471886;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874746;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:80:0:0:72:80:1:19:53:0:0:27:53:0:0 chr1 161970046 . A G 726.0 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00336733;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.575;QD=20.5956;RBI=0.00967584;REFB=-0.0189759;REVB=0.00907099;RO=69;SAF=35;SAR=36;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391445;STB=0.524888;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0245645;OID=.;OPOS=161970046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:69:70:71:71:0.503546:36:35:31:38:36:35:31:39 chr1 161976234 . A G 118.8 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000614389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.63;QD=22.6285;RBI=0.0123619;REFB=0.00610646;REVB=-0.0123466;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302693;STB=0.671373;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00323931;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:2:6:4:9:2:6 chr1 161993192 . T C 387.93 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00818886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.692;QD=23.8723;RBI=0.0246616;REFB=-0.0348221;REVB=0.0232624;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573838;STB=0.526978;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0268918;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:26:27:37:38:0.584615:23:14:8:18:23:15:9:18 chr1 162313735 . C T 105.44 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00148915;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.012;QD=10.5436;RBI=0.00354286;REFB=-0.0266261;REVB=-0.0032147;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880921;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0508178;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:27:13:13:0.325:8:5:12:14:8:5:12:15 chr1 162344102 . C T 507.14 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0100946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.141;QD=17.9518;RBI=0.010971;REFB=-0.0275088;REVB=0.0042967;RO=58;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130605;STB=0.567675;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0215541;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:54:54:0.477876:25:29:23:35:25:29:24:35 chr1 162345091 . G A 2593.12 PASS AF=0.988304;AO=170;DP=172;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192357;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.167;QD=60.6578;RBI=0.0874475;REFB=-0.172388;REVB=0.0853056;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506756;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00101636;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:172:171:0:2:170:169:0.988304:74:96:0:0:73:96:0:2 chr1 162354803 . G C 1069.14 PASS AF=0.543011;AO=101;DP=187;FAO=101;FDP=186;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0127847;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.378;QD=22.9923;RBI=0.0369096;REFB=-0.0221125;REVB=-0.0346247;RO=85;SAF=49;SAR=52;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370432;STB=0.520217;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0174876;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:85:85:101:101:0.543011:52:49:45:40:52:49:45:40 chr1 162467014 . C G 641.84 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0532637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.907;QD=20.8728;RBI=0.0536738;REFB=0.000962335;REVB=0.00662211;RO=59;SAF=29;SAR=35;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712029;STB=0.539105;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.000639373;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:59:64:64:0.520325:35:29:22:37:35:29:22:37 chr1 162493009 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0905854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.355;QD=10.7925;RBI=0.0913923;REFB=-0.0115925;REVB=0.0121177;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270717;STB=0.661495;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0212383;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:14:4:15:20:14:4:15:20 chr1 162737116 . C G 422.69 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0102112;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8934;QD=23.4826;RBI=0.0189289;REFB=-0.00460774;REVB=-0.0159385;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677633;STB=0.529517;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00421674;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:21:20:12:18:21:20:13:18 chr1 162740327 . T C 1178.86 PASS AF=0.988636;AO=83;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7142;QD=53.5847;RBI=0.0681091;REFB=-0.204021;REVB=0.0676015;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201455;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00662932;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:2:1:83:87:0.988636:46:37:0:2:50:37:0:1 chr1 162765475 . G C 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00891298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.145;QD=46.3204;RBI=0.0270038;REFB=-0.0167805;REVB=0.0254905;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535684;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000798572;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:23:23:0.92:10:13:0:0:10:13:2:0 chr1 162775267 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.24;QD=53.2765;RBI=0.0896597;REFB=0;REVB=-0.0253038;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809679;OID=.;OPOS=162775267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr1 164529120 . G A 63.67 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00202775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.651;QD=9.09507;RBI=0.00360694;REFB=-0.00267316;REVB=0.00298299;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0072012;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr1 164608825 . G A 1120.46 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093866;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.455;QD=60.5651;RBI=0.00938686;REFB=0;REVB=6.9551e-05;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964913;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 165173216 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0844;QD=57.5439;RBI=0.0496756;REFB=0;REVB=0.0442825;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189169;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:13:45:0:0:13:45:0:0 chr1 165218792 . G A 1017.98 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1663;QD=57.351;RBI=0.0348002;REFB=0.00835344;REVB=0.0299788;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.508769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00111056;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:41:27:1:0:42:28:1:0 chr1 165377552 . G A 435.65 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0217109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9756;QD=18.5382;RBI=0.0224897;REFB=0.0141304;REVB=-0.00586711;RO=50;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216937;STB=0.512095;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0166883;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:23:21:25:25:23:21:25:25 chr1 165389129 . G A 391.64 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00379981;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.681;QD=13.3893;RBI=0.0133562;REFB=-0.00838008;REVB=-0.0128043;RO=71;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133728;STB=0.507572;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0119825;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:26:20:30:41:26:20:30:41 chr1 165398115 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00131084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.819;QD=13.0537;RBI=0.0408184;REFB=-0.00469878;REVB=-0.0407973;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378247;STB=0.52172;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00824296;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:18:17:12:11:18:17 chr1 165601466 . G A 1145.18 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00613018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.067;QD=57.9837;RBI=0.00689608;REFB=-0.0766524;REVB=-0.00315861;RO=2;SAF=23;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114476;STB=0.506051;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000168955;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:54:23:1:1:54:23:1:1 chr1 165630698 . A G 689.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9962;QD=62.6402;RBI=0.071122;REFB=0;REVB=0.01095;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100026;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 165634358 . T C 539.69 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0654291;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.716;QD=24.2559;RBI=0.0663349;REFB=-0.0160147;REVB=0.0109249;RO=39;SAF=29;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441617;STB=0.527767;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00882751;OID=.;OPOS=165634358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:49:50:0.561798:20:29:21:18:20:30:21:18 chr1 165652272 . CA CG,TG 759.01 PASS AF=0.509091,0.490909;AO=28,27;DP=55;FAO=28,27;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18,17;FSAR=10,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374565,0.0204288;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=58.998,64.9346;QD=55.201;RBI=0.0649466,0.0436168;REFB=0,0;REVB=-0.0530573,-0.0385369;RO=0;SAF=18,17;SAR=10,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00502946,-0.00638996;OID=.,.;OPOS=165652273,165652272;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:55:0:0:28,27:28,27:0.509091,0.490909:10,10:18,17:0:0:10,10:18,17:0:0 chr1 165737704 . C G 409.94 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00359928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.813;QD=51.2421;RBI=0.00899761;REFB=-0.0428675;REVB=-0.00824634;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788608;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00254167;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:17:13:1:1:17:13:1:1 chr1 166039898 . C G 702.28 PASS AF=0.393939;AO=77;DP=197;FAO=78;FDP=198;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0108148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.028;QD=14.1875;RBI=0.0286753;REFB=-0.0111846;REVB=-0.0265577;RO=118;SAF=35;SAR=42;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585001;STB=0.501954;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0153498;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:118:120:77:78:0.393939:42:35:53:65:42:36:55:65 chr1 166818566 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.899;QD=63.2867;RBI=0.0341957;REFB=0;REVB=0.0340839;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23024e-05;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 782.66 PASS AF=0.656566;AO=64;DP=102;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.010316;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=309.998;QD=31.6225;RBI=0.011349;REFB=-0.0121211;REVB=0.0047307;RO=37;SAF=27;SAR=37;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170758;STB=0.579677;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.00515199;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.656566:64:102:65:99:34:27:38:22:12:99:37:27:37:25:12 chr1 167095163 . G C 1972.17 PASS AF=0.963235;AO=129;DP=134;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00183009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6773;QD=58.005;RBI=0.0653609;REFB=-0.113035;REVB=0.0653353;RO=5;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362294;STB=0.518794;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00221476;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:136:5:5:129:131:0.963235:63:66:0:5:64:67:0:5 chr1 167095765 . G A 1480.03 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.606;QD=58.6151;RBI=0.028535;REFB=0.0164261;REVB=0.0171798;RO=1;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810947;STB=0.504273;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-9.55754e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:58:42:0:1:58:42:0:1 chr1 167095881 . G A 1731.28 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.881;QD=60.7465;RBI=0.0876007;REFB=0;REVB=0.0343133;RO=0;SAF=44;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222781;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:69:44:0:0:70:44:0:0 chr1 167097739 . C A 272.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.127;QD=51.969;RBI=0.0792074;REFB=0;REVB=0.0789255;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761762;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr1 167408565 . G T 325.37 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00920775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.248;QD=22.4396;RBI=0.0159019;REFB=-0.00958703;REVB=0.0129649;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144038;STB=0.579392;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00673245;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:18:15:16:9:18:15:16:9 chr1 167510996 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.266;QD=57.5451;RBI=0.0434427;REFB=0;REVB=0.0164546;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109366;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr1 167806294 . T C 443.73 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0130798;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.511;QD=15.8476;RBI=0.0134951;REFB=-0.0020077;REVB=0.00332189;RO=54;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113142;STB=0.552409;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00155874;OID=.;OPOS=167806294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:54:63:49:49:0.4375:25:24:20:34:25:24:25:38 chr1 167817639 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.719;QD=58.7813;RBI=0.0199457;REFB=0;REVB=-0.017777;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25865e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr1 167825485 . T C 564.02 PASS AF=0.447761;AO=59;DP=136;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00940344;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0455;QD=16.8364;RBI=0.0116371;REFB=-0.00131435;REVB=-0.00685541;RO=74;SAF=30;SAR=29;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320001;STB=0.522381;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00275245;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:74:74:59:60:0.447761:29:30:40:34:30:30:40:34 chr1 167906239 . A C 1675.2 PASS AF=1;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254773;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.307;QD=60.3675;RBI=0.037211;REFB=0;REVB=0.0371236;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329284;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:109:111:1:57:52:0:0:57:54:0:0 chr1 168013850 . T C 488.98 PASS AF=0.625;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00576607;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.422;QD=27.1656;RBI=0.00730125;REFB=0.013362;REVB=0.00447891;RO=27;SAF=19;SAR=26;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902835;STB=0.549112;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00592729;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:27:27:45:45:0.625:26:19:8:19:26:19:8:19 chr1 168105581 . A AG 307.67 PASS AF=0.494565;AO=73;DP=188;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0824844;FXX=0.00540511;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2802;QD=6.68845;RBI=0.099221;REFB=0.0106607;REVB=-0.0551464;RO=99;SAF=39;SAR=34;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10257;STB=0.543456;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=-0.0333153;OID=.;OPOS=168105582;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494565:73:188:91:184:93:45:46:38:55:99:99:39:34:43:56 chr1 168260609 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00954296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.439;QD=8.81097;RBI=0.0975259;REFB=-0.00947983;REVB=0.0970579;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434685;STB=0.776761;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0242327;OID=.;OPOS=168260609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:5:6:1:5:5:6 chr1 168511284 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.778;QD=44.6898;RBI=0.0205678;REFB=0;REVB=0.0148818;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289729;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 168513129 . C T 1623.7 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.126;QD=60.1371;RBI=0.0459094;REFB=0;REVB=0.0372559;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79466e-05;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:43:62:0:0:43:65:0:0 chr1 169101935 . C T 1205.86 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.413;QD=60.293;RBI=0.00889862;REFB=0;REVB=0.00461212;RO=0;SAF=21;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868874;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:78:80:1:57:21:0:0:57:23:0:0 chr1 169204381 . C G 85.46 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0466706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.349;QD=6.57399;RBI=0.048387;REFB=-0.0118242;REVB=0.0127731;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168924;STB=0.631355;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0652737;OID=.;OPOS=169204381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:40:40:11:12:0.230769:7:4:20:20:8:4:20:20 chr1 169272451 . A T 1365.75 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0219037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.636;QD=58.1171;RBI=0.022698;REFB=-0.0175633;REVB=0.00595216;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.521272;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000122316;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:2:4:90:90:0.957447:45:45:2:0:45:45:4:0 chr1 169272453 . G A 1490.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9851;QD=63.4248;RBI=0.0215298;REFB=0;REVB=-0.00399961;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107644;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:45:47:0:0:45:49:0:0 chr1 169345868 . A G 1347.6 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247439;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5525;QD=61.2545;RBI=0.0257352;REFB=-0.107299;REVB=-0.00707415;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00132724;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:1:0:44:43:1:0 chr1 169366516 . G A 2829.92 PASS AF=1;AO=141;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521826;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.561;QD=63.2384;RBI=0.0638921;REFB=0;REVB=0.036867;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172585;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:141:179:1:82:59:0:0:89:90:0:0 chr1 169388211 . A C 227.59 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0105068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.505;QD=17.507;RBI=0.01315;REFB=-0.00631887;REVB=-0.00790754;RO=27;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289303;STB=0.664194;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00690842;OID=.;OPOS=169388211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:6:19:13:14:6:19:13:14 chr1 169391154 . A G 1587.95 PASS AF=0.948276;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0151158;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.073;QD=54.7571;RBI=0.0159092;REFB=-0.0172776;REVB=-0.00496152;RO=6;SAF=63;SAR=47;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942171;STB=0.50497;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000686818;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:116:116:6:6:110:110:0.948276:47:63:4:2:47:63:4:2 chr1 169435027 . C T 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.647;QD=64.4111;RBI=0.0458424;REFB=0;REVB=-0.0364173;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26822e-05;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr1 169498975 . T C 506.4 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0099184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2967;QD=28.5295;RBI=0.0455495;REFB=0.00844417;REVB=0.0444565;RO=25;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172458;STB=0.593728;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00551172;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:27:19:17:8:27:19:17:8 chr1 169500210 . T C 599.34 PASS AF=0.508333;AO=46;DP=119;FAO=61;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0451138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4578;QD=19.9781;RBI=0.0468497;REFB=-0.0341698;REVB=0.0126347;RO=56;SAF=14;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170746;STB=0.506605;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0802748;OID=.;OPOS=169500210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:56:57:46:61:0.508333:32:14:26:30:34:27:26:31 chr1 169510118 . G A 291.18 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00474628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.453;QD=26.4706;RBI=0.0149503;REFB=-0.037589;REVB=0.0141769;RO=16;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1363;STB=0.588881;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0212196;OID=.;OPOS=169510118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:18:26:26:0.590909:7:19:14:2:7:19:16:2 chr1 169510139 . G A 117.93 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00782549;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.565;QD=10.4828;RBI=0.0413787;REFB=-0.00855;REVB=-0.040632;RO=31;SAF=13;SAR=1;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326006;STB=0.705049;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0177377;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:31:14:14:0.311111:1:13:25:6:1:13:25:6 chr1 169510380 . G A 104.59 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0139736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.799;QD=15.4945;RBI=0.0710961;REFB=-0.0199498;REVB=0.0697094;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190657;STB=0.583803;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0388622;OID=.;OPOS=169510380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:12:13:0.481481:2:10:9:4:3:10:9:5 chr1 169511555 . T C 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0655338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8473;QD=23.1234;RBI=0.0679944;REFB=0.0189598;REVB=0.0181262;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139491;STB=0.576873;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0149304;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:15:15:15:7:15:15:15:7 chr1 169511734 . T C 251.83 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0340074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.365;QD=17.073;RBI=0.0343124;REFB=-0.00293449;REVB=0.00456535;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086543;STB=0.518974;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00272457;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:19:9:7:22:19:9:9:22 chr1 169511755 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0124296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.185;QD=17.6173;RBI=0.0228402;REFB=0.0110951;REVB=0.019162;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192655;STB=0.607956;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0138603;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:7:20:13:11:7:20 chr1 169512027 . T C 629.77 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0273738;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6929;QD=28.9549;RBI=0.0301721;REFB=-0.0210515;REVB=0.0126898;RO=31;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874048;STB=0.553567;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0106163;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:31:32:55:55:0.632184:32:23:17:14:32:23:18:14 chr1 169512093 . A G 462.36 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00863766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.358;QD=24.335;RBI=0.0156365;REFB=-0.0175279;REVB=0.0130343;RO=32;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109834;STB=0.506021;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00764003;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:20:24:17:15:20:24:17:15 chr1 169512120 . G A 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0129886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.88;QD=20.6411;RBI=0.0157818;REFB=-0.00962439;REVB=-0.0089645;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106862;STB=0.559089;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00767349;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:25:16:22:21:25:16 chr1 169519049 . T C 1212.39 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013176;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.585;QD=61.387;RBI=0.0180411;REFB=0;REVB=0.0123237;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36351e-05;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:30:49:0:0:30:49:0:0 chr1 169519112 . C T 380.49 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00195057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.104;QD=14.9213;RBI=0.00640584;REFB=-0.00419928;REVB=0.00610165;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150195;STB=0.592902;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00566516;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:59:43:43:0.421569:23:20:35:22:23:20:37:22 chr1 169566313 . C T 406.21 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0148514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.492;QD=19.8153;RBI=0.0190226;REFB=-0.0168668;REVB=-0.0118868;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100897;STB=0.560946;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0150085;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:22:18:23:18:23:18:23:18 chr1 169578789 . C T 393.22 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00205037;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.14;QD=17.0964;RBI=0.0215694;REFB=-0.0098392;REVB=0.0214717;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122901;STB=0.568832;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00958324;OID=.;OPOS=169578789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:51:41:41:0.445652:19:22:21:30:19:22:21:30 chr1 169673838 . G A 334.26 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0174813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.026;QD=19.3773;RBI=0.0201493;REFB=-0.0150614;REVB=-0.01002;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052795;STB=0.521979;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.012537;OID=.;OPOS=169673838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:34:35:0.507246:17:17:15:19:18:17:15:19 chr1 169677709 . A G 438.43 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0188008;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.262;QD=18.8572;RBI=0.0194837;REFB=-0.014409;REVB=0.00511335;RO=49;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157457;STB=0.587788;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0173799;OID=.;OPOS=169677709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:17:27:22:27:17:27:22:27 chr1 169692522 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000576372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.858;QD=14.2705;RBI=0.0201814;REFB=-0.0128142;REVB=-0.0201732;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219411;STB=0.616642;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0169758;OID=.;OPOS=169692522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:9:15:13:19:9:15:14:19 chr1 169694918 . A G 764.23 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0128968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.103;QD=19.1058;RBI=0.0133628;REFB=-0.0134479;REVB=-0.0034983;RO=80;SAF=47;SAR=32;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653035;STB=0.539521;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0120309;OID=.;OPOS=169694918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:80:81:79:79:0.49375:32:47:42:38:32:47:42:39 chr1 169696946 . G A 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00753041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.41;QD=14.7482;RBI=0.0173016;REFB=-0.00758875;REVB=0.0155769;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512981;STB=0.528834;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0108862;OID=.;OPOS=169696946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:24:22:27:36:24:22:27:36 chr1 169702705 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0114025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9115;QD=15.6449;RBI=0.0344742;REFB=-0.000131466;REVB=-0.0325339;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883814;STB=0.550515;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000226156;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:13:16:14:8:13:16 chr1 169927228 . T TG 481.0 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9002;QD=49.3334;RBI=0.120441;REFB=0;REVB=0.104115;RO=1;SAF=31;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00501127;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:39:39:0:31:8:0:0:8:1:31:7:1:0 chr1 169951997 . C T 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157472;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.925;QD=57.421;RBI=0.0170927;REFB=0;REVB=0.00664727;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02916e-06;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr1 170501385 . A C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.332;QD=62.0199;RBI=0.0467804;REFB=0;REVB=0.0407693;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163272;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 170521376 . G A 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00280344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.124;QD=56.0025;RBI=0.0229184;REFB=-0.113145;REVB=-0.0227463;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000265019;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:31:29:0:0:31:29:0:1 chr1 170705685 . CTATATATATA C,CTATA 511.74 PASS AF=0.617647,0.0735294;AO=35,6;DP=51;FAO=42,5;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=17,3;FSAR=25,2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0771533,0.022317;FXX=0.0555478;HRUN=1,1;LEN=10,6;MLLD=270.468,90.4923;QD=30.1025;RBI=0.0892469,0.0257994;REFB=-0.0489156,-0.0158912;REVB=0.0448596,0.0129444;RO=0;SAF=21,4;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.27896e-08,0;STB=0.617922,0.643568;STBP=0.015,0.614;TYPE=del,del;VARB=0.0167069,0.0918721;OID=.,.;OPOS=170705686,170705686;OREF=TATATATATA,TATATA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647,0.0735294:35,6:51:42,5:68:21:17,3:25,2:16:5:99:0:21,4:14,2:0:0 chr1 170916646 . G T 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0189057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.008;QD=10.4706;RBI=0.018908;REFB=-0.00166168;REVB=-0.000298443;RO=51;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273657;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:11:15:30:21:11:15:30:22 chr1 170928671 . T C 429.74 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0379159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2302;QD=17.3634;RBI=0.0387605;REFB=-0.0226636;REVB=0.00804736;RO=55;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886445;STB=0.549528;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0213035;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:25:19:19:36:25:19:19:36 chr1 171080080 . G A 666.81 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.000237497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.176;QD=21.0018;RBI=0.0054721;REFB=-0.00776792;REVB=0.00546694;RO=61;SAF=28;SAR=38;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453752;STB=0.524956;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0058658;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:38:28:29:32:38:28:29:32 chr1 171112490 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00560965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.723;QD=19.8255;RBI=0.0250762;REFB=-0.00432663;REVB=-0.0244407;RO=24;SAF=2;SAR=25;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34752;STB=0.694261;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00525256;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:25:2:6:18:25:2:6:19 chr1 171168584 . CA TG 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00351059;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=340.677;QD=18.0355;RBI=0.00877891;REFB=-0.00178978;REVB=-0.00804643;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354625;STB=0.702102;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.00202978;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:17:10:16:6:17:10 chr1 171178152 . A G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00262768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.861;QD=18.1597;RBI=0.0208041;REFB=-0.0108147;REVB=0.0206375;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995761;STB=0.562096;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00997624;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:16:20:17:21:16:20:17:22 chr1 171461787 . G A 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.122;QD=62.3369;RBI=0.0355603;REFB=0;REVB=0.0328081;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304026;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 171482616 . A C 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0418455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.356;QD=15.8862;RBI=0.0419199;REFB=-0.00606737;REVB=0.00249643;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323183;STB=0.518208;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00704943;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:19:23:17:16:19:23 chr1 171486912 . G A 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0238252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.102;QD=9.22847;RBI=0.0278672;REFB=-0.000810689;REVB=0.0144547;RO=60;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16743;STB=0.59918;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00217409;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:9:17:31:29:9:17:31:29 chr1 171509327 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6359;QD=45.8042;RBI=0.0810966;REFB=0;REVB=-0.0731127;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00325119;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 171511039 . C G 600.89 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0399441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1536;QD=58.6238;RBI=0.0811527;REFB=-0.0631066;REVB=-0.0706415;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000624373;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr1 171514731 . C A,G 599.28 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,36;DP=40;FAO=4,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343937,-0.0117398;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.5915,237.149;QD=59.9279;RBI=0.0355652,0.0126356;REFB=0,0;REVB=0.00905321,0.00467303;RO=0;SAF=0,23;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.21415e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0512108,-0.00257111;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:40:40:0:0:3,36:4,36:0.1,0.9:3,13:0,23:0:0:4,13:0,23:0:0 chr1 171526570 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.525;QD=42.1799;RBI=0.0334205;REFB=0;REVB=0.00170252;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403302;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 171556165 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.056;QD=62.022;RBI=0.0129817;REFB=0;REVB=-0.0024103;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59843e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 171558516 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.145;QD=58.5878;RBI=0.0701247;REFB=0;REVB=0.0668158;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230142;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 171621695 . C A 126.91 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00947101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.584;QD=19.5238;RBI=0.0183808;REFB=-0.0315872;REVB=0.0157529;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0212948;OID=.;OPOS=171621695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:3:9:10:4:3:9 chr1 171751236 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5147;QD=61.694;RBI=0.0579657;REFB=0;REVB=0.00309909;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330666;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 171753039 . A G 741.25 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438464;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.966;QD=57.0192;RBI=0.0439003;REFB=0;REVB=-0.00217483;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215967;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:12:40:0:0:12:40:0:0 chr1 171755170 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.309;QD=57.1774;RBI=0.027739;REFB=0;REVB=0.0275028;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164677;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr1 171810960 . A G 1071.94 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0472389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.562;QD=57.17;RBI=0.048429;REFB=-0.0780786;REVB=-0.0106705;RO=2;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788676;STB=0.50417;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00261214;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:47:26:1:1:47:26:1:1 chr1 171956803 . C T 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0246795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.781;QD=14.0545;RBI=0.0263228;REFB=-0.00091375;REVB=0.00915478;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151515;STB=0.58614;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00100196;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:22:13:13:12:22:13 chr1 172356437 . A G 743.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.445;QD=56.09;RBI=0.0447417;REFB=0;REVB=-0.00364011;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443938;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:20:33:0:0 chr1 172410967 . G A 879.57 PASS AF=1;AO=52;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730353;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9001;QD=57.6767;RBI=0.144102;REFB=0;REVB=0.124223;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670491;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:52:61:1:19:33:0:0:26:35:0:0 chr1 172412995 . T C 1249.96 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.057687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4635;QD=60.2389;RBI=0.084116;REFB=0.0746384;REVB=-0.0612186;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0201117;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:37:45:1:0:37:45:1:0 chr1 172425640 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0194807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.971;QD=17.7318;RBI=0.0304725;REFB=-0.0156064;REVB=-0.0234324;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499328;STB=0.783803;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0170036;OID=.;OPOS=172425640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:4:15:4:13:4:15 chr1 172434812 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.658;QD=59.4343;RBI=0.0146198;REFB=0;REVB=-0.00814282;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42365e-05;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr1 172437592 . G A 1605.14 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.981;QD=64.2054;RBI=0.0312565;REFB=0;REVB=-0.0115928;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73028e-05;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:46:51:0:0:47:53:0:0 chr1 173429995 . G A 537.82 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0180542;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.605;QD=26.559;RBI=0.018216;REFB=-0.0244708;REVB=-0.00242214;RO=31;SAF=31;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958943;STB=0.510078;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0144592;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:32:49:49:0.604938:18:31:20:11:18:31:21:11 chr1 173457017 . C T 653.94 PASS AF=0.572727;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00502891;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.701;QD=23.7797;RBI=0.00561212;REFB=-0.00794464;REVB=-0.00249116;RO=47;SAF=18;SAR=45;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243997;STB=0.633758;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00643414;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:47:63:63:0.572727:45:18:27:20:45:18:27:20 chr1 173545861 . C T 470.34 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0333052;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.868;QD=26.1299;RBI=0.0333054;REFB=-0.0239785;REVB=9.41422e-05;RO=25;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138205;STB=0.581724;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0118921;OID=.;OPOS=173545861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:28:44:44:0.611111:25:19:16:9:25:19:18:10 chr1 173606012 . GCCCA GCCA,GCCAC 242.95 PASS AF=0.704545,0;AO=18,3;DP=45;FAO=31,0;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=29,0;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.148945,-0.104783;FXX=0.0434688;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.1198,74.5857;QD=22.0859;RBI=0.150283,0.105554;REFB=-0.123095,-0.0195252;REVB=0.0200083,-0.0127307;RO=17;SAF=18,3;SAR=0,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.85213,0.692296;STB=0.87094,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0810747,0;OID=.,.;OPOS=173606013,173606015;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCA,GCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.704545,0:18,3:45:31,0:44:13:29,0:2,0:1:12:64:17:18,3:0,0:5:12 chr1 173878832 . T C 1012.54 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00425397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6548;QD=57.8595;RBI=0.0774709;REFB=0.0176029;REVB=-0.077354;RO=1;SAF=50;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936246;STB=0.504949;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00172588;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:19:50:1:0:19:50:1:0 chr1 173878862 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.461;QD=58.061;RBI=0.0436164;REFB=0;REVB=0.0101857;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13601e-05;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr1 173903737 . G A 435.46 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0204451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.863;QD=23.8607;RBI=0.0622024;REFB=0.0130649;REVB=-0.0587463;RO=31;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116795;STB=0.506411;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0112729;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:17:25:18:13:17:25:18:13 chr1 174959108 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00110623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.268;QD=20.0308;RBI=0.0206679;REFB=-0.0264712;REVB=0.0206383;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105472;STB=0.559274;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0242947;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:17:9:11:13:17:9 chr1 175046789 . A G 285.86 PASS AF=0.557692;AO=30;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000377337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2665;QD=21.9891;RBI=0.0093292;REFB=-0.0264962;REVB=0.00932156;RO=20;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129252;STB=0.542827;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0143867;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:20:23:30:29:0.557692:10:20:10:10:10:19:13:10 chr1 175049379 . G A 255.09 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0452315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9846;QD=22.1821;RBI=0.0452315;REFB=-0.00508446;REVB=-4.5228e-05;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269052;STB=0.65121;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00732836;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:17:7:13:9:17:7:13:9 chr1 175054548 . C T 307.42 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00722542;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.213;QD=22.7718;RBI=0.0110695;REFB=-0.00945676;REVB=-0.0083861;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430673;STB=0.531578;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0069796;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:12:18:15:8:13:18:15:8 chr1 175087884 . CA TG 417.56 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00268931;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.484;QD=17.0432;RBI=0.00274195;REFB=0.000898348;REVB=-0.000534705;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497707;STB=0.536896;STBP=0.55;TYPE=mnp;VARB=-0.00140328;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:55:43:43:0.438776:20:23:31:22:20:23:33:22 chr1 175092674 . C T 237.93 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0156701;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.704;QD=15.602;RBI=0.0164107;REFB=-0.00972387;REVB=-0.00487433;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170017;STB=0.590503;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0115679;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:29:34:27:27:0.442623:10:17:13:16:10:17:16:18 chr1 175113578 . T C 2051.02 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071354;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.449;QD=62.6267;RBI=0.0185964;REFB=0;REVB=0.017173;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8169e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:61:70:0:0:61:70:0:0 chr1 175129946 . C T 429.85 PASS AF=0.5375;AO=37;DP=74;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0229797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.616;QD=21.4927;RBI=0.0448165;REFB=-0.0715707;REVB=0.0384767;RO=37;SAF=26;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185518;STB=0.567187;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0538572;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:37:37:37:43:0.5375:11:26:19:18:15:28:19:18 chr1 175299301 . T C 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0119289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7046;QD=15.1932;RBI=0.0267158;REFB=0.0219432;REVB=0.0239047;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478053;STB=0.782148;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0258227;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:12:2:10:8:12:2:10:8 chr1 175324651 . A G 404.84 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00742174;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.611;QD=21.5913;RBI=0.0201188;REFB=-0.0143668;REVB=-0.0186999;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331911;STB=0.518336;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:35:35:40:40:0.533333:19:21:17:18:19:21:17:18 chr1 175348723 . C T 2207.85 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0109166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9647;QD=58.4862;RBI=0.0335775;REFB=-0.0633777;REVB=-0.0317534;RO=3;SAF=86;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959493;STB=0.505046;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000651451;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:62:86:1:2:62:86:1:2 chr1 175355217 . G A 572.3 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=0.0108057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.27;QD=20.8109;RBI=0.0115786;REFB=-0.0120996;REVB=0.00415932;RO=52;SAF=38;SAR=20;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933859;STB=0.551164;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0133927;OID=.;OPOS=175355217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:20:38:39:13:20:38:39:13 chr1 175355391 . A G 1747.29 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.13;QD=60.7754;RBI=0.0313031;REFB=0;REVB=0.00995777;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116248;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:65:50:0:0:65:50:0:0 chr1 175375469 . C A 835.96 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00488652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.874;QD=21.7132;RBI=0.0062112;REFB=-0.00187086;REVB=-0.00383418;RO=70;SAF=55;SAR=28;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119826;STB=0.569645;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00132432;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:70:71:83:83:0.538961:28:55:37:33:28:55:37:34 chr1 175375683 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000187921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.188;QD=63.0523;RBI=0.0158201;REFB=0;REVB=0.0158189;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62191e-05;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr1 175375802 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.5;QD=62.3506;RBI=0.0420872;REFB=0;REVB=0.0381207;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133349;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 176102974 . T C 568.05 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.011723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.309;QD=24.9692;RBI=0.0118117;REFB=0.000617187;REVB=-0.00144523;RO=39;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095979;STB=0.552466;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000420537;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:25:27:25:14:25:27:25:14 chr1 176103053 . TAC T 189.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00388715;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.398;QD=15.1672;RBI=0.0167064;REFB=-0.0166593;REVB=-0.0162479;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17451;STB=0.600836;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0208321;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:21:51:21:50:29:16:5:18:11:99:29:16:5:18:11 chr1 176118219 . G A 165.58 PASS AF=0.375;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00836578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.597;QD=11.8273;RBI=0.0198151;REFB=-0.0196071;REVB=0.0179625;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10715;STB=0.56404;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0381617;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:35:19:21:0.375:13:6:13:19:14:7:15:20 chr1 176863836 . G C 262.01 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000203495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0888;QD=25.5615;RBI=0.0246177;REFB=0.001818;REVB=-0.0246168;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902844;STB=0.560925;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00126617;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:12:12:6:10:12:12:6:11 chr1 176863867 . T C 189.0 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.069128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5814;QD=20.9999;RBI=0.0759071;REFB=-0.0469428;REVB=-0.0313561;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0306535;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:7:10:9:10:7:10 chr1 176915203 . G T 287.75 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00501359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.807;QD=18.5648;RBI=0.00501473;REFB=-0.00293316;REVB=0.000107303;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866523;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00372667;OID=.;OPOS=176915203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:14:17:14:17:14:17:14:17 chr1 176992553 . A G 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000793903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0539;QD=19.037;RBI=0.00797047;REFB=-0.00735887;REVB=-0.00793083;RO=45;SAF=29;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258671;STB=0.644374;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0122154;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:13:29:19:26:13:29:19:26 chr1 177001896 . C G 178.86 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00527571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.463;QD=18.3445;RBI=0.015962;REFB=-0.0112114;REVB=0.0150649;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428389;STB=0.768912;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0134561;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:20:17:19:0.487179:14:3:11:8:16:3:12:8 chr1 177908852 . C T 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00708459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.284;QD=13.9611;RBI=0.0110667;REFB=-0.00576184;REVB=0.00850178;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078519;STB=0.536062;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00799697;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:13:21:35:16:13:21:35:17 chr1 177915474 . A C 1008.41 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.205;QD=59.318;RBI=0.0220513;REFB=0;REVB=0.0218176;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65013e-05;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:59:68:1:23:36:0:0:32:36:0:0 chr1 177929554 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.733;QD=64.153;RBI=0.0206534;REFB=0;REVB=-0.0200469;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16883e-05;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 177929987 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.671;QD=57.2373;RBI=0.0271533;REFB=0;REVB=0.0237406;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06336e-05;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 177935050 . T A 233.13 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0155772;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.282;QD=13.1342;RBI=0.0214392;REFB=-0.000500907;REVB=0.0147306;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369419;STB=0.521112;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00107502;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:14:14:23:20:14:14:23:20 chr1 178412093 . G A 327.84 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0250231;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2487;QD=19.869;RBI=0.0451047;REFB=-0.0181698;REVB=-0.037527;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132106;STB=0.573433;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0114422;OID=.;OPOS=178412093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:14:18:14:20:14:18 chr1 178483231 . G A 361.0 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00950243;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.167;QD=17.1906;RBI=0.0125054;REFB=-0.0275064;REVB=0.00812953;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11167;STB=0.566895;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0275786;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:46:38:38:0.452381:22:16:14:31:22:16:14:32 chr1 178489978 . T G 506.39 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00532324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.272;QD=19.1089;RBI=0.0124034;REFB=-0.00700052;REVB=-0.011203;RO=50;SAF=31;SAR=22;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246836;STB=0.621045;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00911053;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:53:53:53:0.5:22:31:15:35:22:31:18:35 chr1 178492447 . T A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0192438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.631;QD=13.2307;RBI=0.0221005;REFB=-0.0172831;REVB=0.0108678;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.550961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0297324;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:9:8:16:12:9:8:16:13 chr1 178514165 . C T 353.74 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032262;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=54.4216;RBI=0.0328844;REFB=0;REVB=-0.00636763;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204204;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr1 178514559 . GA AT,GAT 354.65 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=3,25;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332872,-0.205903;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=31.2494,14.2372;QD=40.5314;RBI=0.0422163,0.220213;REFB=0,0;REVB=0.0259649,0.0780878;RO=4;SAF=3,14;SAR=0,11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782218,0.142004;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.105147,-0.00607541;OID=.,.;OPOS=178514559,178514561;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:35:35:4:0:3,25:3,32:0.0857143,0.914286:0,11:3,14:0:4:0,15:3,17:0:0 chr1 178646883 . TCT TT,TTA,TTT 1208.71 PASS AF=0.037037,0.0493827,0.91358;AO=9,5,68;DP=84;FAO=3,4,74;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4,33;FSAR=0,0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364623,0.02723,0.0355963;FXX=0.03571;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=240.613,56.8385,257.473;QD=59.6894;RBI=0.0395267,0.0408345,0.0402017;REFB=0,0,0;REVB=0.0152598,-0.03043,0.0186838;RO=0;SAF=4,5,32;SAR=5,0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.49594e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.105513,0.158216,-0.00138812;OID=.,.,.;OPOS=178646884,178646884,178646884;OREF=C,CT,C;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TT,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.037037,0.0493827,0.91358:9,5,68:84:3,4,74:81:0:3,4,33:0,0,41:0:0:13:0:4,5,32:5,0,36:0:0 chr1 178820159 . C A 1274.47 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1894;QD=61.4204;RBI=0.0162386;REFB=0;REVB=-0.0155472;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588081;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:42:39:0:0:43:40:0:0 chr1 179013143 . C T 431.02 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.008693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.459;QD=17.5924;RBI=0.0151738;REFB=-0.0125698;REVB=0.0124368;RO=54;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102113;STB=0.557255;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.016352;OID=.;OPOS=179013143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:28:16:25:29:28:16:25:29 chr1 179044723 . A G 202.88 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0141883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.087;QD=12.2955;RBI=0.0272266;REFB=-0.00765373;REVB=0.0232375;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255182;STB=0.514694;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.010211;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:14:11:19:22:14:11:19:22 chr1 179055020 . C T 291.84 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0160135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6246;QD=17.1668;RBI=0.0217839;REFB=0.0204103;REVB=-0.0147685;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188399;STB=0.60539;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0236702;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:13:23:14:18:13:23 chr1 179065125 . C T 120.73 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00551214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7767;QD=14.6344;RBI=0.04816;REFB=-0.0150382;REVB=-0.0478435;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0172952;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:14:5:6:8:14:5 chr1 179068851 . A G 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0147119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.92;QD=19.6638;RBI=0.0890984;REFB=0.0209063;REVB=-0.0878754;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0219648;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:11:8:10:9:11:8 chr1 179072728 . T C 306.59 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00139201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.036;QD=13.0465;RBI=0.0098183;REFB=-0.0101388;REVB=0.00971912;RO=59;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156648;STB=0.589692;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0184532;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:14:21:27:32:14:21:27:32 chr1 179095548 . C T 285.24 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00818266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.815;QD=15.4184;RBI=0.00913311;REFB=-0.00225252;REVB=0.00405682;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102843;STB=0.558045;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00344071;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:17:15:24:18:17:15:24:18 chr1 179310262 . C T 317.81 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000759717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3922;QD=15.5028;RBI=0.0304921;REFB=0.0110366;REVB=-0.0304827;RO=47;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123315;STB=0.569744;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0104323;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:13:22:24:23:13:22:24:23 chr1 179312752 . C T 380.97 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00129633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.017;QD=14.3763;RBI=0.00330309;REFB=-0.018351;REVB=-0.00303809;RO=59;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243573;STB=0.513363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0310646;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:62:44:44:0.415094:26:18:24:35:26:18:24:38 chr1 179319541 . C G 480.73 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0112424;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.229;QD=17.8047;RBI=0.0121711;REFB=-0.02049;REVB=-0.00466298;RO=57;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158669;STB=0.588201;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0189003;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:108:57:57:51:51:0.472222:21:30:24:33:21:30:24:33 chr1 179347832 . T C 333.08 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0246929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.684;QD=16.4484;RBI=0.0247643;REFB=-0.000511062;REVB=0.00187911;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170096;STB=0.601171;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000731527;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:20:15:27:18:21:15:27:18 chr1 179363143 . G T 297.81 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0033622;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.519;QD=18.3267;RBI=0.00353081;REFB=-0.00105947;REVB=-0.00107807;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103397;STB=0.571245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00131665;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:33:31:32:0.492308:13:18:16:18:13:19:15:18 chr1 179398730 . T C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0265698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0727;QD=20.8717;RBI=0.0477391;REFB=-0.0167922;REVB=-0.039662;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105504;STB=0.559384;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0138587;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:11:9:12:9:11:9 chr1 179504025 . AAAGAAGAAGAAG AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC 194.74 PASS AF=0.411765,0.588235;AO=5,10;DP=15;FAO=7,10;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166974,0.0242726;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=121.977,58.6046;QD=45.821;RBI=0.0586973,0.060057;REFB=0,0;REVB=0.0562723,0.0549335;RO=0;SAF=0,6;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0399258,-0.024631;OID=.,.;OPOS=179504026,179504037;OREF=AAG,G;OALT=-,C;OMAPALT=AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.411765,0.588235:5,10:15:7,10:17:0:0,6:7,4:0:0:43:0:0,6:5,4:0:0 chr1 179504040 . C G 73.04 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0420148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.405;QD=9.12956;RBI=0.0457159;REFB=-0.0422541;REVB=-0.0180194;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55216;STB=0.817747;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0347691;OID=.;OPOS=179504040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:2:20:4:6:2:20 chr1 179504043 . C G 397.17 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906742;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6723;QD=56.7379;RBI=0.0954996;REFB=0;REVB=0.0299728;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197362;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr1 179504130 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.227;QD=58.6004;RBI=0.0155714;REFB=0;REVB=0.00183745;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0434e-05;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr1 179520151 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.095;QD=61.3756;RBI=0.0138716;REFB=0;REVB=-0.00631414;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41346e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 179520506 . G A 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.737;QD=54.4789;RBI=0.0148107;REFB=-0.00693184;REVB=0.014715;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000180374;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:1:0:16:15:1:0 chr1 179562740 . G C 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00420746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.399;QD=16.7463;RBI=0.00491132;REFB=-0.00710977;REVB=0.00253344;RO=65;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113211;STB=0.563002;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00733142;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:27:27:25:40:27:27:25:40 chr1 179604864 . C T 1529.21 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.119;QD=63.7171;RBI=0.0322929;REFB=0;REVB=0.0320141;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50785e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:64:32:0:0:64:32:0:0 chr1 179852074 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.733;QD=57.1767;RBI=0.0235108;REFB=0;REVB=-0.0195158;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160041;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr1 179858444 . G A 1915.27 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.592;QD=61.7829;RBI=0.022812;REFB=0;REVB=-0.000894406;RO=0;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14089e-05;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:51:72:0:0:52:72:0:0 chr1 179876988 . C G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.684;QD=57.2343;RBI=0.0197377;REFB=0.0170481;REVB=0.0115484;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00023465;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr1 179887125 . G A 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0389858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9147;QD=54.6355;RBI=0.0418182;REFB=-0.0517411;REVB=0.0151282;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000625925;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr1 179989742 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5074;QD=51.1842;RBI=0.0353712;REFB=0;REVB=-0.00645789;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567882;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 180010874 . A G 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00649725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.768;QD=14.8035;RBI=0.00657603;REFB=-0.00103254;REVB=0.00101481;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109651;STB=0.562132;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00140321;OID=.;OPOS=180010874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:21:16:29:25:21:16:29:25 chr1 180063526 . T C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00436393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.884;QD=26.0481;RBI=0.0186738;REFB=0.0121158;REVB=0.0181567;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.588093;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00555138;OID=.;OPOS=180063526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:1:4:6:6:1:4 chr1 180145088 . A G 1914.85 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9292;QD=61.7692;RBI=0.0198378;REFB=0;REVB=-0.00279203;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97626e-05;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr1 180165699 . A C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00117332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.614;QD=12.9139;RBI=0.0054235;REFB=-0.0106819;REVB=-0.00529506;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103021;STB=0.559179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0134764;OID=.;OPOS=180165699;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:18:19:10:14:18:19 chr1 180167414 . C G 1476.53 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00418862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7288;QD=62.1695;RBI=0.0333874;REFB=0.0031681;REVB=0.0331236;RO=1;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810566;STB=0.504273;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=9.00675e-05;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:36:58:1:0:36:58:1:0 chr1 180243524 . A G 1521.18 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340507;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.407;QD=64.0495;RBI=0.035847;REFB=0;REVB=-0.0112053;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134933;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr1 180854067 . A G 990.93 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.008;QD=59.1602;RBI=0.00970099;REFB=0;REVB=0.00963517;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93451e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr1 180885430 . T C 817.02 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.803;QD=57.3345;RBI=0.0125967;REFB=0;REVB=0.00889763;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24533e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 180886063 . G A 177.92 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0100415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9111;QD=14.8267;RBI=0.0301793;REFB=-0.00276331;REVB=0.0284597;RO=29;SAF=3;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237552;STB=0.639832;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00349703;OID=.;OPOS=180886063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:16:3:9:20:16:3:9:20 chr1 180897569 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.079;QD=62.9829;RBI=0.0461396;REFB=0;REVB=0.0460248;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05334e-05;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:31:14:0:0 chr1 180905352 . C T 41.57 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00253979;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.378;QD=13.8582;RBI=0.00749692;REFB=0.0015697;REVB=0.0070536;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219519;OID=.;OPOS=180905352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr1 180905448 . G T 252.23 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0161485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.117;QD=20.5904;RBI=0.0225419;REFB=-0.0141368;REVB=-0.0157277;RO=25;SAF=19;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355173;STB=0.707766;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0117255;OID=.;OPOS=180905448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:4:19:13:12:4:20:13:12 chr1 180913592 . A AG 445.5 PASS AF=0.981132;AO=7;DP=55;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0809268;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1639;QD=33.6224;RBI=0.246176;REFB=-0.0243267;REVB=-0.232494;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258546;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.00126076;OID=.;OPOS=180913593;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981132:7:55:52:53:1:24:28:1:0:6:48:2:5:24:24 chr1 180913597 . A G 773.12 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1368;QD=55.2225;RBI=0.041084;REFB=0;REVB=0.0161105;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231965;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:27:24:0:0:29:27:0:0 chr1 180944532 . T TAA 196.43 PASS AF=0.449275;AO=27;DP=73;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00606563;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=31.4876;QD=11.3872;RBI=0.00759985;REFB=0.0026183;REVB=0.00457886;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197996;STB=0.612118;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=-0.00557523;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:27:73:31:69:38:17:14:13:25:99:41:15:12:15:26 chr1 180953853 . A G 356.16 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0178841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.364;QD=21.9178;RBI=0.0284138;REFB=0.0072564;REVB=0.0220795;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102946;STB=0.556918;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00502832;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:14:15:23:13:14:15 chr1 181024404 . G A 523.45 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0791673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.019;QD=18.6948;RBI=0.0795219;REFB=-0.0205924;REVB=-0.00750148;RO=56;SAF=27;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242999;STB=0.517706;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0227917;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:57:55:55:0.491071:28:27:26:30:28:27:26:31 chr1 181391978 . G A 579.87 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0134238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2995;QD=20.3463;RBI=0.0356334;REFB=-0.00930409;REVB=-0.0330082;RO=55;SAF=38;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139528;STB=0.57698;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00603344;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:21:38:27:28:21:38:27:28 chr1 181702807 . C G 298.48 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0199487;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.381;QD=15.7095;RBI=0.0279956;REFB=-0.000547096;REVB=0.0196418;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340547;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000238323;OID=.;OPOS=181702807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:21:22:18:15:21:22 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=46;DP=83;LEN=5;RO=37;SAF=29;SAR=28;SRF=7;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:83:37:46:28:29:7:19 chr1 182026813 . G C 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00808195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.928;QD=30.5508;RBI=0.0182647;REFB=-0.0313061;REVB=-0.0163793;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158355;STB=0.587064;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0257188;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:1:6:10:8:1:6 chr1 182027022 . C T 290.92 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0223989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5969;QD=13.5309;RBI=0.0244112;REFB=-0.0362742;REVB=0.00970542;RO=48;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034569;STB=0.510911;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.045839;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:48:52:33:34:0.395349:21:12:16:32:21:13:19:33 chr1 182356399 . A G 1168.65 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7952;QD=60.709;RBI=0.0546221;REFB=0;REVB=0.0237978;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258072;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:28:48:0:0:29:48:0:0 chr1 182369078 . G A 762.13 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987464;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.723;QD=62.2147;RBI=0.0266969;REFB=-0.0723302;REVB=0.0248036;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29248e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:1:0:48:49:1:22:26:1:0:22:27:0:0 chr1 182369233 . A G 765.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2291;QD=63.7823;RBI=0.0518242;REFB=0;REVB=0.0508353;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601303;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr1 182443462 . T C 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00637494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4833;QD=25.8973;RBI=0.0397929;REFB=0.0138199;REVB=0.0392789;RO=21;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123717;STB=0.506844;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00939107;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:21:7:5:16:21:7:5:16 chr1 182496829 . A G 344.63 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00544397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1228;QD=19.1461;RBI=0.00677822;REFB=-0.00501978;REVB=0.00403825;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173946;STB=0.596721;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00498996;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:15:21:14:22:15:21:14:22 chr1 182525174 . C T 406.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00127236;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.515;QD=21.9542;RBI=0.0157705;REFB=-0.00784639;REVB=0.0157191;RO=32;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176965;STB=0.585872;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0142582;OID=.;OPOS=182525174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:34:40:40:0.540541:26:14:18:14:26:14:18:16 chr1 182551337 . A C 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000659401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.418;QD=62.005;RBI=0.0192102;REFB=0;REVB=0.0191989;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22779e-05;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 182554557 . C T 2810.82 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.269;QD=61.7763;RBI=0.0246817;REFB=0;REVB=0.0146976;RO=1;SAF=80;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591291;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76485e-06;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:182:1:0:174:182:1:94:80:1:0:99:83:0:0 chr1 182568204 . G C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.921;QD=60.8834;RBI=0.0256532;REFB=0;REVB=0.0160386;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24371e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr1 182569626 . T C 783.77 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387189;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8275;QD=55.9836;RBI=0.0398787;REFB=0;REVB=0.00954768;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538546;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:35:21:0:0 chr1 182640851 . T G 414.55 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=137;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0165165;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.362;QD=12.2831;RBI=0.0299013;REFB=-0.00837457;REVB=-0.0249257;RO=86;SAF=26;SAR=23;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823374;STB=0.504699;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0127954;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:86:86:49:49:0.362963:23:26:45:41:23:26:45:41 chr1 182640864 . T C 413.07 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-2.21012e-05;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7749;QD=11.9731;RBI=0.000806391;REFB=0.00309962;REVB=0.000806088;RO=89;SAF=24;SAR=25;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516931;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00290815;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:89:89:49:49:0.355072:25:24:44:45:25:24:44:45 chr1 182778367 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.526;QD=61.3364;RBI=0.0214194;REFB=0;REVB=0.0120572;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47611e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 182850727 . T C 1884.87 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0260794;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.596;QD=60.8023;RBI=0.107097;REFB=-0.0387581;REVB=0.103874;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00175476;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:120:123:0.991935:65:55:0:0:67:56:0:1 chr1 182993025 . C T 2185.53 PASS AF=0.980132;AO=144;DP=149;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3986;QD=57.8949;RBI=0.0531034;REFB=-0.00213272;REVB=0.0513251;RO=4;SAF=83;SAR=61;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401463;STB=0.501877;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00144436;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:151:4:3:144:148:0.980132:61:83:2:2:63:85:2:1 chr1 183072590 . T C 1584.63 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9079;QD=64.0255;RBI=0.0451876;REFB=0;REVB=0.0211873;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235353;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr1 183085755 . A G 1657.1 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0646046;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.865;QD=57.6383;RBI=0.0678802;REFB=-0.0567728;REVB=0.0208321;RO=3;SAF=46;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.501338;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000861527;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:115:3:2:111:113:0.982609:65:46:2:1:65:48:1:1 chr1 183085946 . G T 65.26 PASS AF=0.127072;AO=23;DP=185;FAO=23;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=158;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=-0.106763;FXX=0.0216205;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.342;QD=1.44225;RBI=0.146936;REFB=-0.0317559;REVB=0.100956;RO=129;SAF=22;SAR=1;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.664836;STB=0.942943;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.156913;OID=.;OPOS=183085946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:185:181:129:158:23:23:0.127072:1:22:59:70:1:22:81:77 chr1 183086559 . C T 337.84 PASS AF=0.48;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0262534;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.345;QD=18.0182;RBI=0.0351615;REFB=-0.0135833;REVB=-0.02339;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162345;STB=0.516786;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00994313;OID=.;OPOS=183086559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:39:35:36:0.48:11:24:26:12:11:25:26:13 chr1 183086757 . A C 1339.17 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.672;QD=62.2869;RBI=0.0137271;REFB=0;REVB=-0.011288;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76588e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr1 183093875 . T C 1840.91 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.983;QD=61.3637;RBI=0.0201671;REFB=0;REVB=0.0149355;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89037e-06;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:68:50:0:0:70:50:0:0 chr1 183094547 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.68;QD=59.1432;RBI=0.0362597;REFB=0;REVB=0.0287738;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42747e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr1 183105534 . T C 248.8 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4829;QD=49.7601;RBI=0.0899308;REFB=0;REVB=0.0544506;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293987;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:5:15:0:0 chr1 183105705 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.135;QD=62.1618;RBI=0.0252511;REFB=0;REVB=0.0214223;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97263e-05;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr1 183112041 . G C 1385.16 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030181;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.428;QD=62.9616;RBI=0.0308725;REFB=0;REVB=-0.00649769;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562175;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr1 183112412 . A G 1263.89 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319149;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.583;QD=59.4772;RBI=0.0343563;REFB=0.000450261;REVB=0.0127199;RO=2;SAF=30;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305258;STB=0.516125;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=1.12228e-05;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:53:30:2:0:53:30:2:0 chr1 183112505 . T C 1435.93 PASS AF=0.919643;AO=103;DP=112;FAO=103;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0166745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.438;QD=51.2831;RBI=0.0231765;REFB=-0.13101;REVB=0.0160969;RO=9;SAF=41;SAR=62;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934855;STB=0.549441;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00244889;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:112:9:9:103:103:0.919643:62:41:9:0:62:41:9:0 chr1 183112566 . T C 1748.76 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.695;QD=60.8265;RBI=0.013099;REFB=0;REVB=0.00210894;RO=0;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30967e-06;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:75:39:0:0:76:39:0:0 chr1 183112764 . A G 988.79 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0179419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.478;QD=50.707;RBI=0.0217773;REFB=-0.0751152;REVB=0.0123426;RO=5;SAF=42;SAR=29;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497826;STB=0.541026;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00086076;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:78:78:5:7:71:71:0.910256:29:42:1:4:29:42:1:6 chr1 183114634 . G A 1562.32 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113944;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.561;QD=63.7684;RBI=0.0136881;REFB=0;REVB=-0.00758496;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109753;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:61:36:0:0:62:36:0:0 chr1 183155482 . C A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00556574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.953;QD=16.5618;RBI=0.021871;REFB=-0.0331308;REVB=-0.021151;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687579;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0281148;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:17:14:12:15:17:14 chr1 183486859 . G A 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.333;QD=63.245;RBI=0.0284162;REFB=0;REVB=0.0196208;RO=0;SAF=50;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65462e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:89:50:0:0:89:50:0:0 chr1 183542387 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000960317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2513;QD=56.9993;RBI=0.00479972;REFB=0;REVB=0.00470267;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80969e-05;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr1 183885657 . ACCCC ACCC,ACCCT 109.64 PASS AF=0.323529,0.0441176;AO=24,3;DP=69;FAO=22,3;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=20,3;FSAR=2,0;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.145836,-0.0540017;FXX=0.0144907;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0037,201.975;QD=6.44945;RBI=0.170917,0.059094;REFB=-0.0590553,-0.00584411;REVB=-0.0891313,-0.0239983;RO=33;SAF=20,3;SAR=4,0;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.650794,0;SSSB=0.514374,0.597696;STB=0.895141,0.997401;STBP=0,0.033;TYPE=del,snp;VARB=-0.0152163,0.171484;OID=.,.;OPOS=183885658,183885661;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0.0441176:24,3:69:22,3:68:43:20,3:2,0:15:28:94:33:20,3:4,0:12:21 chr1 184322912 . C T 86.83 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0817462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.366;QD=14.4712;RBI=0.0824195;REFB=-0.0421663;REVB=-0.010513;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0468182;OID=.;OPOS=184322912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:24:11:13:11:11:0.458333:8:3:2:9:8:3:4:9 chr1 184588806 . C T 212.84 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0256769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.517;QD=20.2707;RBI=0.0304349;REFB=0.00223523;REVB=-0.0163396;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503;STB=0.528428;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00567951;OID=.;OPOS=184588806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:7:14:15:6:7:14 chr1 184660205 . T A 213.07 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00591091;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.137;QD=14.4457;RBI=0.00708065;REFB=-0.00198149;REVB=0.0038983;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196809;STB=0.517336;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00280011;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:34:25:25:0.423729:17:8:10:23:17:8:10:24 chr1 184662181 . C T 339.28 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=63;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0135692;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.73;QD=20.5621;RBI=0.0242235;REFB=-0.00336766;REVB=0.0200662;RO=30;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127961;STB=0.574088;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00361176;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:30:31:33:35:0.530303:24:9:12:18:26:9:12:19 chr1 184663537 . A C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00597832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.114;QD=21.8715;RBI=0.0287678;REFB=-0.00220935;REVB=0.0281397;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151686;STB=0.584086;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00135966;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:8:15:13:15:8:15 chr1 184663581 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0236453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.241;QD=19.3688;RBI=0.0340459;REFB=0.00486027;REVB=0.0244953;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214117;STB=0.624724;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00185928;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:4:3:2:8:4:3 chr1 184675814 . G A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0283281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.849;QD=20.4487;RBI=0.038437;REFB=-0.0103858;REVB=-0.0259792;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300741;STB=0.516668;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00927678;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:27:17:18:25:27:17:18:25 chr1 184677464 . G A 274.04 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.039717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8024;QD=12.8961;RBI=0.0567819;REFB=-0.0113117;REVB=-0.04058;RO=53;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188832;STB=0.60824;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0177031;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:12:20:24:29:12:20:24:29 chr1 184706212 . GT G 322.58 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0241392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3315;QD=12.2888;RBI=0.0645506;REFB=-0.0100905;REVB=-0.0598672;RO=53;SAF=16;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115432;STB=0.563791;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.013214;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:50:105:51:105:54:16:35:23:31:99:53:16:34:23:30 chr1 184792432 . T A 199.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00929459;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.849;QD=19.0178;RBI=0.0102913;REFB=0.0125713;REVB=-0.00441831;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128702;STB=0.573452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0143507;OID=.;OPOS=184792432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:8:14:15:5:8:14 chr1 185069561 . A G 259.86 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00891685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.432;QD=14.4368;RBI=0.0118;REFB=-0.0329443;REVB=0.00772846;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104361;STB=0.566622;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0274903;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:42:29:30:0.416667:13:16:17:21:13:17:19:23 chr1 185069843 . T A 296.77 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00392647;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=301.206;QD=15.6193;RBI=0.00872289;REFB=-0.00607847;REVB=-0.0077892;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212413;STB=0.643052;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00538829;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:43:33:33:0.434211:13:20:15:24:13:20:15:28 chr1 185135745 . A G 148.73 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0518487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.027;QD=19.1909;RBI=0.0520955;REFB=-0.0317163;REVB=-0.00506572;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.580547;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0286121;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:8:7:5:10:8:8:5:10 chr1 185137461 . A T 173.22 PASS AF=0.284091;AO=30;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00750516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.464;QD=7.87389;RBI=0.0145583;REFB=-0.00653576;REVB=0.0124746;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132748;STB=0.54415;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0188674;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:63:30:25:0.284091:15:15:34:21:10:15:34:29 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 163.64 PASS AF=0.0681818,0.215909;AO=6,14;DP=88;FAO=6,19;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=5,10;FSAR=1,9;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0073151,-0.0132704;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=67.9442,40.0341;QD=7.43821;RBI=0.0246566,0.0134754;REFB=-0.00668522,-0.00283765;REVB=-0.0235465,0.00234145;RO=64;SAF=5,7;SAR=1,7;SRF=35;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.33669,-0.0587604;STB=0.7926,0.510298;STBP=0.205,0.918;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0370672,0.000598589;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:88:64:63:6,14:6,19:0.0681818,0.215909:1,7:5,7:35:29:1,9:5,10:34:29 chr1 185143721 . A G 220.43 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00014353;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.364;QD=17.2887;RBI=0.0377757;REFB=-0.013522;REVB=-0.0377754;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.012514;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:16:11:11:13:16:11 chr1 185984517 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.963;QD=58.7817;RBI=0.0462456;REFB=0;REVB=0.00124149;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187151;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 186141181 . C G 254.23 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0408681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2082;QD=13.0373;RBI=0.0415133;REFB=-0.020197;REVB=-0.00729075;RO=48;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160318;STB=0.59162;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0279056;OID=.;OPOS=186141181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:13:17:20:28:13:17:20:28 chr1 186275760 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.702;QD=46.848;RBI=0.0918584;REFB=0;REVB=0.0246856;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368447;OID=.;OPOS=186275760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 186316488 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.289;QD=57.1062;RBI=0.0206223;REFB=0;REVB=0.00265908;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28957e-05;OID=.;OPOS=186316488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr1 186839879 . AAG A 1249.65 PASS AF=1;AO=96;DP=163;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502728;FXX=0.384123;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.727;QD=49.491;RBI=0.0520753;REFB=0;REVB=-0.0135828;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000230596;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:163:101:101:0:50:51:0:0:22:0:46:50:0:0 chr1 186946912 . G A 1909.4 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1273;QD=61.1007;RBI=0.0786119;REFB=0;REVB=-0.0760561;RO=2;SAF=48;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057025;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:2:0:123:125:1:75:48:1:1:76:49:0:0 chr1 187610537 . AC GG 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352124;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=2;MLLD=346.879;QD=62.3201;RBI=0.00450885;REFB=0;REVB=0.00281613;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.72184e-07;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr1 187610852 . A C 514.64 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.761;QD=58.8159;RBI=0.0398236;REFB=0;REVB=0.0330748;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0991e-05;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:19:13:0:0:21:14:0:0 chr1 192316514 . A G 761.69 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00137728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.978;QD=22.078;RBI=0.0156036;REFB=-0.00727094;REVB=0.0155427;RO=65;SAF=35;SAR=38;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419664;STB=0.523006;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00622817;OID=.;OPOS=192316514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:65:73:73:0.528986:38:35:28:37:38:35:28:37 chr1 192781172 . C G 1415.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.48;QD=62.9017;RBI=0.0180991;REFB=0;REVB=-0.01779;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22588e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:52:38:0:0 chr1 192844886 . G A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0198462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.454;QD=28.8058;RBI=0.0205046;REFB=-0.00646387;REVB=0.00515429;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849086;STB=0.546718;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00358369;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:10:7:15:13:10:7 chr1 193054154 . G A 621.17 PASS AF=0.460432;AO=65;DP=140;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0218488;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.892;QD=17.8754;RBI=0.0246973;REFB=-0.00923764;REVB=-0.0115146;RO=73;SAF=41;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959228;STB=0.544076;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0105286;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:73:75:65:64:0.460432:24:41:39:34:24:40:41:34 chr1 193074651 . T A 513.25 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0090352;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5998;QD=18.6636;RBI=0.025396;REFB=-0.0293721;REVB=0.0237344;RO=56;SAF=36;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255969;STB=0.641922;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.026842;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:56:54:54:0.490909:18:36:22:34:18:36:22:34 chr1 193701055 . G C 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.339;QD=62.761;RBI=0.0220012;REFB=0;REVB=-0.00691415;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75449e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr1 193701480 . G A 1413.84 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00572657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.043;QD=59.5302;RBI=0.00823564;REFB=-0.0221015;REVB=0.0059188;RO=3;SAF=45;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305551;STB=0.516126;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0041133;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:47:45:3:0:47:45:3:0 chr1 193701489 . C T 1494.03 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9291;QD=62.2513;RBI=0.0612231;REFB=-0.0632011;REVB=0.059606;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977679;STB=0.505154;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00104689;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:1:0:47:48:1:0 chr1 194457292 . T C 1200.46 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00724818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.608;QD=58.5592;RBI=0.041488;REFB=-0.135394;REVB=0.0408499;RO=2;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115689;STB=0.500611;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000603956;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:38:42:1:1:38:42:1:1 chr1 196227526 . A G 1560.66 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577421;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.426;QD=60.0254;RBI=0.011818;REFB=0;REVB=-0.0103114;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36905e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr1 196309523 . C T 1011.85 PASS AF=0.46875;AO=105;DP=224;FAO=105;FDP=224;FR=.;FRO=119;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00463476;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.478;QD=18.0687;RBI=0.00591345;REFB=0.00362773;REVB=0.00367258;RO=119;SAF=52;SAR=53;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000538824;STB=0.500298;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00415061;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:119:119:105:105:0.46875:53:52:59:60:53:52:59:60 chr1 196392172 . A T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00368229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.372;QD=12.7299;RBI=0.00384686;REFB=-0.019951;REVB=0.00111311;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138405;STB=0.583135;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0150107;OID=.;OPOS=196392172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:8:4:2:7:8:4 chr1 196654324 . A C 1533.85 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4178;QD=58.4323;RBI=0.0559518;REFB=0;REVB=-0.0558767;RO=2;SAF=55;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936269;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:2:0:103:105:1:48:55:2:0:48:57:0:0 chr1 196659237 . C T 1657.46 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.745;QD=60.2711;RBI=0.0197727;REFB=0;REVB=-0.0190443;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26418e-05;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:59:50:0:0:59:51:0:0 chr1 196695742 . A G 2015.68 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00854257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.34;QD=60.6221;RBI=0.0289721;REFB=-0.081001;REVB=0.0276841;RO=0;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.83631e-08;STB=0.507935;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000612188;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:0:2:131:131:0.984962:69:62:0:0:69:62:2:0 chr1 196709774 . G T 1200.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2913;QD=60.8042;RBI=0.036009;REFB=0;REVB=-0.0323286;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204678;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr1 196712586 . C T 281.3 PASS AF=0.241573;AO=43;DP=178;FAO=43;FDP=178;FR=.;FRO=135;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=0.0181751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8746;QD=6.32124;RBI=0.0284757;REFB=0.00934405;REVB=-0.021921;RO=135;SAF=25;SAR=18;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189125;STB=0.613802;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0229967;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:135:135:43:43:0.241573:18:25:58:77:18:25:58:77 chr1 196757392 . C T 1388.01 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157906;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.108;QD=62.3823;RBI=0.0184112;REFB=0;REVB=0.00946718;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167442;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr1 196757874 . G A 918.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.227;QD=58.3304;RBI=0.0409077;REFB=0;REVB=-0.038381;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180544;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:39:23:0:0:39:24:0:0 chr1 196757881 . G T 903.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.069;QD=58.2739;RBI=0.0217494;REFB=0;REVB=-0.00321407;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25609e-05;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:38:24:0:0 chr1 196763707 . T C 73.16 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312317;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8668;QD=32.5156;RBI=0.0784939;REFB=0.0245815;REVB=0.0720129;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00317247;OID=.;OPOS=196763707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr1 196797238 . C T 130.17 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.621;QD=43.3904;RBI=0.050413;REFB=0;REVB=0.0500149;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304665;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr1 196797244 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6841;QD=43.4837;RBI=0.0275824;REFB=0;REVB=0.00898178;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771179;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 196799691 . G A 1644.38 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102561;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.797;QD=60.3444;RBI=0.0328829;REFB=0;REVB=-0.0312425;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112761;OID=.;OPOS=196799691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr1 196801042 . G T 2873.44 PASS AF=0.984043;AO=184;DP=188;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00614694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.968;QD=61.137;RBI=0.0107727;REFB=-0.0526347;REVB=0.00884679;RO=3;SAF=95;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147953;STB=0.507692;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=6.88093e-05;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:188:188:3:3:184:185:0.984043:89:95:3:0:89:96:3:0 chr1 196801078 . A T 2693.0 PASS AF=0.983146;AO=174;DP=178;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00873565;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.161;QD=60.5168;RBI=0.0147189;REFB=-0.107405;REVB=-0.0118463;RO=2;SAF=91;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000498313;STB=0.502382;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=5.77647e-05;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:178:2:3:174:175:0.983146:83:91:1:1:83:92:2:1 chr1 196874356 . G T 3059.77 PASS AF=0.990148;AO=200;DP=205;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109241;FXX=0.0193227;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.689;QD=60.291;RBI=0.0211674;REFB=-0.0140838;REVB=0.0181307;RO=2;SAF=117;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113368;STB=0.505952;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00015284;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:203:2:2:200:201:0.990148:83:117:0:2:83:118:0:2 chr1 196876458 . A G 541.18 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0107576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.67;QD=18.1911;RBI=0.0262895;REFB=-0.0210937;REVB=0.0239878;RO=61;SAF=37;SAR=20;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265409;STB=0.511407;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0251203;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:62:57:57:0.478992:20:37:38:23:20:37:39:23 chr1 196884258 . A T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0312773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.607;QD=21.1301;RBI=0.0337874;REFB=-0.00425831;REVB=-0.0127797;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223046;STB=0.625417;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00226995;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:13:8:14:8:13:8 chr1 196920148 . C T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0206232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.695;QD=19.8666;RBI=0.0373958;REFB=-0.0248423;REVB=-0.031195;RO=34;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473124;STB=0.526301;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0234374;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:12:24:21:13:12:24:21:13 chr1 197009798 . A G 269.53 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0357173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.275;QD=14.1857;RBI=0.037889;REFB=-0.00344429;REVB=0.0126434;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206925;STB=0.517615;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0112775;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:14:17:25:19:14:17:26:19 chr1 197030201 . T C 631.43 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.233;QD=61.6025;RBI=0.00197975;REFB=0;REVB=0.000716915;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96764e-06;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 197031021 . C T 1476.85 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989947;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.972;QD=63.5203;RBI=0.012539;REFB=0;REVB=0.0076959;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304344;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr1 197070442 . G T 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00356109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.646;QD=19.1538;RBI=0.00636651;REFB=0.00278594;REVB=-0.00527741;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21014;STB=0.618934;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00207267;OID=.;OPOS=197070442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:14:9:13:8:14:9 chr1 197070697 . T C 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0449899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1089;QD=25.2863;RBI=0.060723;REFB=0.0114747;REVB=0.0407823;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10851;STB=0.560367;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00300404;OID=.;OPOS=197070697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:2:7:10:6:2:7 chr1 197070707 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00455103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.317;QD=23.0938;RBI=0.00948979;REFB=0.00716407;REVB=0.00832732;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195298;STB=0.608578;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00424418;OID=.;OPOS=197070707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:2:10:10:7:2:10 chr1 197070776 . C T 177.18 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0213906;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.67;QD=20.249;RBI=0.06292;REFB=-0.0160879;REVB=-0.0591723;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0205985;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:7:10:10:8:7:10 chr1 197070815 . T C 552.75 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00015693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.524;QD=56.6925;RBI=0.103947;REFB=-0.131424;REVB=0.103947;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00157768;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:21:16:1:1:22:16:1:0 chr1 197070901 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2902;QD=58.0609;RBI=0.0517707;REFB=0;REVB=0.0489897;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482393;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 197072420 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00784914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.214;QD=17.4233;RBI=0.0229522;REFB=-0.0149503;REVB=0.0215684;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453377;STB=0.525407;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0164881;OID=.;OPOS=197072420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:17:17:14:17:17:17 chr1 197073932 . T C 332.64 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000383794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3162;QD=26.6111;RBI=0.0308929;REFB=-0.0291415;REVB=-0.0308905;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151193;STB=0.583278;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0318667;OID=.;OPOS=197073932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:6:15:15:14:6:15 chr1 197091537 . A T 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.212;QD=64.1441;RBI=0.0534538;REFB=0;REVB=0.0117152;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256213;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr1 197112533 . G A 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00584479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.362;QD=53.0515;RBI=0.0105325;REFB=-0.0671891;REVB=0.00876201;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.517235;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00276922;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:28:26:0:1:28:26:0:2 chr1 197127491 . A C 416.07 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0210876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5544;QD=16.9824;RBI=0.0250117;REFB=0.00225405;REVB=0.0134498;RO=55;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609553;STB=0.53423;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0025215;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:26:17:25:30:26:17:25:30 chr1 197128726 . G A 471.23 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0320992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6343;QD=23.5616;RBI=0.032175;REFB=-0.0144307;REVB=-0.00220755;RO=34;SAF=26;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848398;STB=0.553168;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0117762;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:19:26:16:18:19:26:16:19 chr1 197390368 . A G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.726;QD=62.4639;RBI=0.0117693;REFB=0;REVB=-0.0020973;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01284e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr1 197446702 . G T 373.3 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0121681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2668;QD=12.3404;RBI=0.0197903;REFB=0.00769325;REVB=-0.0156074;RO=76;SAF=20;SAR=25;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147401;STB=0.583905;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0164879;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:25:20:44:32:25:20:44:32 chr1 197742171 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0358941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.231;QD=16.9412;RBI=0.0401977;REFB=-0.00274379;REVB=-0.0180961;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157769;STB=0.590149;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00273068;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:14:10:11:8:14:10 chr1 197874949 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00410763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.886;QD=14.7665;RBI=0.00488733;REFB=-0.0159073;REVB=0.00264828;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130774;STB=0.562451;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0171128;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:14:11:10:22:14:11:11:22 chr1 197890751 . GC G 56.63 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.103899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3642;QD=11.9226;RBI=0.143407;REFB=-0.0708099;REVB=-0.0988465;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.295057;SSSB=0.637019;STB=0.877174;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0595199;OID=.;OPOS=197890752;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:19:9:19:10:8:1:2:8:55:10:8:1:2:8 chr1 197896728 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0139613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.31;QD=15.1008;RBI=0.0463713;REFB=-0.00510473;REVB=0.0442197;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00798668;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:17:14:12:12:17:14 chr1 198671653 . A G 441.47 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4283;QD=55.1837;RBI=0.114125;REFB=0;REVB=0.0552957;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00785216;OID=.;OPOS=198671653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:13:19:0:0 chr1 198703306 . C T 80.47 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00882123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.845;QD=11.9212;RBI=0.0554276;REFB=-0.00457331;REVB=-0.0547211;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.646777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.010028;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:27:15:16:10:11:0.407407:3:7:8:7:3:8:8:8 chr1 198704294 . C T 896.24 PASS AF=0.461165;AO=95;DP=206;FAO=95;FDP=206;FR=.;FRO=111;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.00303645;FXX=0.0373814;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.145;QD=17.4028;RBI=0.0361816;REFB=-0.0141691;REVB=-0.036054;RO=107;SAF=39;SAR=56;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126904;STB=0.570532;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0157991;OID=.;OPOS=198704294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:107:111:95:95:0.461165:56:39:58:49:56:39:60:51 chr1 199977636 . C A 1310.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.304;QD=60.9593;RBI=0.0440975;REFB=0;REVB=0.00861269;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102328;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:35:47:0:0:36:50:0:0 chr1 199977724 . G T 725.37 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0567178;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8593;QD=54.7452;RBI=0.0619385;REFB=-0.0344223;REVB=-0.0248892;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00948329;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:23:28:0:1:24:28:0:1 chr1 200146493 . GAAT GA,GAT,GATT 431.95 PASS AF=0,0.939394,0.0606061;AO=11,18,10;DP=39;FAO=0,31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,2;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0939101,-0.0197571,0.0806913;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=17.205,23.1636,20.6188;QD=52.3577;RBI=0.405773,0.0947955,0.323862;REFB=0,0,0;REVB=-0.394757,-0.0927138,0.313649;RO=0;SAF=3,10,7;SAR=8,8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0461749,0.000747987,-0.0161313;OID=.,.,.;OPOS=200146495,200146494,200146495;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.939394,0.0606061:11,18,10:39:0,31,2:33:0:0,15,2:0,16,0:0:0:10:0:3,10,7:8,8,3:0:0 chr1 200182703 . GGAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGAGAG GGA,GGAG 117.22 PASS AF=0,0.6;AO=11,4;DP=25;FAO=0,15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=0,14;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00884094,0.0498403;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=25,24;MLLD=370.362,374.471;QD=18.7551;RBI=0.0244875,0.0558883;REFB=-0.0150444,-0.0190766;REVB=-0.0228358,-0.0252873;RO=9;SAF=11,3;SAR=0,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.271845,0.271845;SSSB=0.824991,0.422489;STB=0.5,0.844227;STBP=1,0.005;TYPE=del,del;VARB=0,0.0167429;OID=.,.;OPOS=200182706,200182704;OREF=GGACGCCGGAGAGGAGGCCGGAGAG,GAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA;OALT=-,-;OMAPALT=GGA,GGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:11,4:25:0,15:25:10:0,14:0,1:4:6:62:9:11,3:0,1:3:6 chr1 200182834 . A G 458.96 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00275291;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.806;QD=16.1038;RBI=0.00691594;REFB=-0.00769057;REVB=0.00634442;RO=63;SAF=27;SAR=23;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173123;STB=0.581507;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0110647;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:63:63:50:51:0.447368:23:27:23:40:24:27:24:39 chr1 200183398 . C A 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00625754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.141;QD=17.7159;RBI=0.0176831;REFB=-0.0151136;REVB=-0.0165389;RO=40;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556185;STB=0.525811;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0152451;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:27:10:11:29:27:10:13:29 chr1 200311868 . C G 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.010208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8063;QD=18.1505;RBI=0.0126211;REFB=-0.00547505;REVB=-0.0074222;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135467;STB=0.577093;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00784735;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:12:13:8:13:12:13 chr1 200522566 . G C 640.11 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00604757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.511;QD=22.2646;RBI=0.0140704;REFB=-0.0064339;REVB=0.0127044;RO=52;SAF=28;SAR=35;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619987;STB=0.53397;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00562314;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:35:28:27:25:35:28:27:25 chr1 200534248 . C T 1030.03 PASS AF=0.985915;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.282;QD=58.0301;RBI=0.0359795;REFB=-0.0147616;REVB=-0.0130282;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.507461;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000969429;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:71:70:0.985915:34:37:0:0:33:37:0:1 chr1 200558363 . T C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.218;QD=64.0214;RBI=0.0145181;REFB=0;REVB=0.00947648;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37614e-05;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr1 200618238 . T C 1208.77 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.795;QD=61.2035;RBI=0.0318987;REFB=0;REVB=0.0195407;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06798e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr1 200635550 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00145194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.205;QD=17.92;RBI=0.0579533;REFB=0.00354381;REVB=0.0579351;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467004;STB=0.512812;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00318064;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:12:19:21:13:13:19:21:13 chr1 200635560 . T C 297.46 PASS AF=0.478261;AO=30;DP=67;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0101331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.247;QD=17.2439;RBI=0.0101386;REFB=-0.01101;REVB=0.000333335;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768163;STB=0.518061;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0126559;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:34:36:30:33:0.478261:12:18:23:11:13:20:23:13 chr1 200776641 . C T 194.35 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0071386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.846;QD=12.3393;RBI=0.0185384;REFB=-0.018985;REVB=-0.0171088;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851564;STB=0.53716;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0267425;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:13:10:14:25:14:10:14:25 chr1 200817945 . G A 121.79 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0116778;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5616;QD=5.5997;RBI=0.024953;REFB=0.00160116;REVB=0.0220518;RO=69;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132394;STB=0.577537;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00473783;OID=.;OPOS=200817945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:69:68:19:19:0.218391:9:10:29:40:9:10:29:39 chr1 200867552 . C T 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0108116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.404;QD=14.6858;RBI=0.0207925;REFB=0.0014878;REVB=0.0177606;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171112;STB=0.596644;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00182006;OID=.;OPOS=200867552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:15:16:15:28:15:16:15:28 chr1 200880978 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0144;QD=37.4884;RBI=0.132433;REFB=0;REVB=-0.00108896;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00713376;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 200942434 . C T 339.21 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6925;QD=52.1863;RBI=0.0764036;REFB=0;REVB=0.0455675;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258207;OID=.;OPOS=200942434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:16:9:1:0:16:10:0:0 chr1 200957691 . G C 285.46 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.009;QD=49.6444;RBI=0.0512285;REFB=-0.0893636;REVB=0.0396079;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129517;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:7:15:0:1:8:15:0:0 chr1 201009182 . A G 289.98 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0403476;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1159;QD=25.2155;RBI=0.0453556;REFB=0.00582353;REVB=-0.0207171;RO=20;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209425;STB=0.617186;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0044215;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:20:6:9:11:20:6:9:11 chr1 201022376 . G A 649.63 PASS AF=0.478261;AO=65;DP=134;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0143445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2299;QD=18.8297;RBI=0.0204516;REFB=-0.0252905;REVB=0.0145775;RO=69;SAF=29;SAR=36;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659055;STB=0.52691;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0330003;OID=.;OPOS=201022376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:69:72:65:66:0.478261:36:29:26:43:37:29:28:44 chr1 201047075 . A G 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00587725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.312;QD=20.597;RBI=0.0119112;REFB=-0.0230023;REVB=-0.0103603;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373929;STB=0.710451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0109313;OID=.;OPOS=201047075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:5:14:6:14:5:14 chr1 201047135 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00373327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.832;QD=16.4073;RBI=0.0141658;REFB=-0.00789784;REVB=-0.0136651;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275185;STB=0.648505;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0147748;OID=.;OPOS=201047135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:11:17:7:14:12:17 chr1 201060865 . G A 771.83 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2001;QD=61.7465;RBI=0.00314896;REFB=-0.0523992;REVB=9.14543e-05;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000822053;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:0:1 chr1 201112981 . A G 257.57 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0338803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9872;QD=19.8131;RBI=0.0339411;REFB=-0.00838602;REVB=-0.002031;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101816;STB=0.556776;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00974948;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:15:10:14:13:15:10 chr1 201115822 . A G 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.050117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5972;QD=21.9185;RBI=0.09265;REFB=-0.0125157;REVB=-0.077925;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28135;STB=0.646979;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0112991;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:29:36:36:0.553846:22:14:21:7:22:14:21:8 chr1 201115827 . C T 201.6 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0392384;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.558;QD=13.2194;RBI=0.0412312;REFB=-0.0121832;REVB=0.012663;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290598;STB=0.659207;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0211431;OID=.;OPOS=201115827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:36:37:24:24:0.393443:8:16:14:22:8:16:15:22 chr1 201115863 . G A 382.98 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0181064;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=18.457;RBI=0.0203596;REFB=-9.64344e-05;REVB=0.00930967;RO=42;SAF=26;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228695;STB=0.622024;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000327498;OID=.;OPOS=201115863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:14:26:17:25:14:26:18:25 chr1 201122947 . T G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0274;QD=57.5411;RBI=0.0449662;REFB=0;REVB=0.0342688;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55025e-05;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 201166383 . G A 1245.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3158;QD=61.5179;RBI=0.0392624;REFB=0;REVB=0.0177471;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135962;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr1 201166435 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.566;QD=57.8845;RBI=0.0223415;REFB=0;REVB=0.00432092;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84971e-05;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr1 201175274 . A G 1602.23 PASS AF=1;AO=78;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.635;QD=59.3418;RBI=0.0892162;REFB=0;REVB=0.0579763;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222765;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:78:108:1:56:22:0:0:65:43:0:0 chr1 201180340 . A G 80.26 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.733;QD=32.1049;RBI=0.0207308;REFB=-0.00423134;REVB=0.0180554;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00220945;OID=.;OPOS=201180340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:5:3:0:1:5:4:0:1 chr1 201181223 . A G 517.86 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.473;QD=54.5116;RBI=0.0307466;REFB=-0.0384618;REVB=-0.00639555;RO=2;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103497;STB=0.555523;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00221168;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:8:28:0:2:8:28:0:2 chr1 201182599 . G A 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.021619;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.317;QD=16.5725;RBI=0.03165;REFB=-0.015416;REVB=-0.0231159;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046966;STB=0.535433;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0186538;OID=.;OPOS=201182599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:27:20:20:0.425532:13:7:11:17:13:7:11:16 chr1 201187764 . T C 1098.03 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.141;QD=60.1661;RBI=0.0326224;REFB=0;REVB=0.031552;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72191e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:41:30:0:0:43:30:0:0 chr1 201190732 . G A 1967.89 PASS AF=0.978261;AO=118;DP=135;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0518433;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.318;QD=57.0404;RBI=0.0524351;REFB=0.0539862;REVB=0.00785571;RO=0;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25592e-08;STB=0.501825;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00231759;OID=.;OPOS=201190732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:135:138:0:3:118:135:0.978261:75:43:0:0:79:56:1:2 chr1 201252866 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.548;QD=60.0307;RBI=0.0254587;REFB=0;REVB=0.0184792;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76953e-05;OID=.;OPOS=201252866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr1 201285759 . A G 1552.42 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00326485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.411;QD=55.943;RBI=0.0099575;REFB=-0.075371;REVB=0.00940705;RO=4;SAF=37;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485861;STB=0.525636;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000368689;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:4:4:107:107:0.963964:70:37:4:0:70:37:4:0 chr1 201286771 . C T 419.21 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0369444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0459;QD=17.651;RBI=0.0411673;REFB=-0.0321669;REVB=-0.0181619;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200129;STB=0.515304;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0489973;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:27:16:18:33:27:16:18:34 chr1 201288955 . G A 388.45 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0398388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6143;QD=20.7174;RBI=0.114034;REFB=-0.0755585;REVB=0.106849;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370966;STB=0.508357;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0695695;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:35:39:40:0.533333:19:20:20:16:19:21:19:16 chr1 201299263 . A G 1264.24 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.113;QD=61.6701;RBI=0.00846311;REFB=0;REVB=-0.00596224;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39726e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr1 201331554 . T G 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.043835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3155;QD=20.5458;RBI=0.0630173;REFB=0.00313513;REVB=-0.0452733;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20886;STB=0.619441;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00546574;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:19:3:6:16:19:3:6:16 chr1 201334382 . G A 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0261407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1225;QD=19.408;RBI=0.0276931;REFB=-0.000462601;REVB=0.00914153;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150324;STB=0.583867;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=6.54494e-05;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:15:13:19:11:15:13 chr1 201341175 . CAGAAG C 420.27 PASS AF=0.5;AO=39;DP=81;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00699772;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=5;MLLD=244.758;QD=20.0127;RBI=0.0739612;REFB=-0.0209408;REVB=0.0736295;RO=39;SAF=30;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223031;STB=0.581355;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0221164;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:39:81:42:84:42:30:12:24:18:99:39:30:9:22:17 chr1 201355522 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0109164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.628;QD=25.2554;RBI=0.020979;REFB=-0.017336;REVB=-0.0179152;RO=10;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262622;STB=0.514688;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0094186;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:3:14:8:2:3:14:8:2 chr1 201355653 . G T 348.22 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0152468;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1955;QD=22.4659;RBI=0.02106;REFB=-0.0110731;REVB=0.0145279;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259154;STB=0.507038;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00789319;OID=.;OPOS=201355653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:27:35:35:0.564516:15:20:14:12:15:20:15:12 chr1 201355761 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00433935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.072;QD=18.3452;RBI=0.00800213;REFB=0.00122562;REVB=-0.0067234;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00166395;OID=.;OPOS=201355761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr1 201355943 . C T 390.15 PASS AF=0.441176;AO=42;DP=99;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.011161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.926;QD=15.3;RBI=0.0261208;REFB=-0.015538;REVB=-0.0236162;RO=56;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149989;STB=0.561725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0203845;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:56:57:42:45:0.441176:15:27:28:28:18:27:28:29 chr1 201383643 . A C,G 643.37 PASS AF=0.931818,0.0454545;AO=41,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21,2;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135254,-0.0101866;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=196.307,127.292;QD=58.4881;RBI=0.0250733,0.0210354;REFB=0.0450715,0.0800393;REVB=0.0211123,0.0184044;RO=1;SAF=21,2;SAR=20,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218198,0;STB=0.511622,0.5;STBP=0.514,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.13869e-05,0.0887969;OID=.,.;OPOS=201383643,201383643;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:1:1:41,2:41,2:0.931818,0.0454545:20,0:21,2:1:0:20,0:21,2:1:0 chr1 201777568 . C G 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0170156;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=128.835;QD=12.0586;RBI=0.0692614;REFB=-0.0199119;REVB=0.0671388;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15795;STB=0.567288;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0296149;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:42:25:25:0.373134:11:14:16:23:11:14:19:23 chr1 201860626 . A G 162.37 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.116296;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=18.5568;RBI=0.118245;REFB=-0.00355422;REVB=-0.0213776;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914562;STB=0.551667;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00665203;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:3:15:13:4:3:15 chr1 201865763 . A G 324.87 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0784868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.338;QD=23.2048;RBI=0.0790033;REFB=-0.00132965;REVB=0.00901897;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05898;STB=0.532419;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00507409;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:8:15:19:14:8:15 chr1 201869257 . G A 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00655627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.614;QD=9.18825;RBI=0.0294995;REFB=-0.0150952;REVB=0.0287617;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374738;STB=0.533274;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0351629;OID=.;OPOS=201869257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:4:7:16:8:4:7:17:8 chr1 201938995 . C T 1687.12 PASS AF=1;AO=98;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.632;QD=60.7973;RBI=0.0712877;REFB=0;REVB=0.010429;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135101;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:98:111:1:66:32:0:0:65:46:0:0 chr1 201952574 . T C 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0100028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.045;QD=19.1894;RBI=0.0169369;REFB=0.00368075;REVB=-0.0136676;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137508;STB=0.576437;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00354607;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:20:25:20:29:20:25:20:29 chr1 201969082 . G A 559.67 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0555775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.093;QD=23.3195;RBI=0.055578;REFB=-0.0227081;REVB=0.000232155;RO=44;SAF=19;SAR=33;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187437;STB=0.510305;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0174209;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:33:19:17:27:33:19:17:27 chr1 201970562 . T C 1905.94 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0030636;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.973;QD=60.0296;RBI=0.00446012;REFB=-0.129064;REVB=-0.00324145;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.508195;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00034062;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:127:1:2:125:125:0.984252:65:60:1:0:65:60:2:0 chr1 201973565 . G A 518.53 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0012541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.657;QD=18.0359;RBI=0.0109642;REFB=-0.0193407;REVB=-0.0108922;RO=59;SAF=32;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851979;STB=0.551881;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0193533;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:55:55:0.478261:23:32:29:30:23:32:29:31 chr1 201981218 . C G 460.55 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0123587;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.261;QD=20.934;RBI=0.0162424;REFB=0.00190671;REVB=0.0105393;RO=44;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904258;STB=0.555867;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00182803;OID=.;OPOS=201981218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:43:45:45:0.511364:21:24:19:25:21:24:18:25 chr1 201981862 . T C 500.0 PASS AF=1;AO=19;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.504;QD=58.8234;RBI=0.0719371;REFB=0;REVB=0.00850366;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7103e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:19:34:1:11:8:0:0:21:13:0:0 chr1 202092332 . C G 142.33 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5992;QD=43.7947;RBI=0.225123;REFB=0;REVB=0.103351;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00863838;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:1:0:11:13:1:5:6:1:0:6:7:0:0 chr1 202092360 . G A 277.24 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254327;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.947;QD=52.8066;RBI=0.00854009;REFB=0;REVB=0.0081526;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164135;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 202092415 . A G 480.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.192;QD=58.1903;RBI=0.0319875;REFB=0;REVB=0.0317581;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05496e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr1 202092580 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.674;QD=61.3755;RBI=0.0789876;REFB=0;REVB=0.0448497;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36977e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr1 202104616 . T A 346.92 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00519944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.522;QD=14.6073;RBI=0.00618909;REFB=0.00406898;REVB=-0.00335717;RO=57;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278267;STB=0.515781;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0088108;OID=.;OPOS=202104616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:19:19:27:30:19:19:27:30 chr1 202119546 . C G 318.48 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00324764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.234;QD=23.1625;RBI=0.0115621;REFB=-0.00493818;REVB=0.0110966;RO=22;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150767;STB=0.576011;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00352187;OID=.;OPOS=202119546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:22:10:11:11:22:10:11:12 chr1 202129826 . T C 2357.39 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390836;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.968;QD=60.8358;RBI=0.041048;REFB=0;REVB=0.0125466;RO=0;SAF=81;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99432e-05;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:155:0:0:148:155:1:67:81:0:0:68:87:0:0 chr1 202155543 . A C 2319.4 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.349;QD=61.0367;RBI=0.0769563;REFB=0;REVB=0.0422844;RO=0;SAF=77;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12531e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:152:0:0:143:152:1:66:77:0:0:67:85:0:0 chr1 202156628 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.482;QD=57.1773;RBI=0.0146009;REFB=0;REVB=-0.00530069;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51743e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr1 202163261 . G A 447.92 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0212094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1268;QD=23.8892;RBI=0.0571979;REFB=-0.0121751;REVB=0.0531203;RO=32;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397277;STB=0.521811;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0170164;OID=.;OPOS=202163261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:18:25:17:15:18:25:17:15 chr1 202200799 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.595;QD=53.2772;RBI=0.0145476;REFB=0;REVB=0.00129597;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49713e-05;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr1 202276494 . C T 777.28 PASS AF=0.584;AO=54;DP=126;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0523454;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.083;QD=24.8731;RBI=0.058942;REFB=-0.00820655;REVB=0.0270947;RO=49;SAF=21;SAR=33;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243432;STB=0.544834;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00445853;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:49:52:54:73:0.584:33:21:33:16:33:40:34:18 chr1 202287206 . T C 355.35 PASS AF=0.425;AO=26;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00608703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.976;QD=17.7673;RBI=0.0126631;REFB=-0.00752065;REVB=-0.0111041;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134419;STB=0.552208;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0146975;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:41:26:34:0.425:13:13:20:19:19:15:22:19 chr1 202287537 . G A 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000296007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.527;QD=18.0714;RBI=0.0596053;REFB=-0.0140885;REVB=0.0596046;RO=30;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215797;STB=0.632931;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0338703;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:23:7:13:17:23:7:14:17 chr1 202287813 . T C 102.09 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0382132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.4;QD=29.1671;RBI=0.0409186;REFB=-0.0716333;REVB=0.0146315;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0110917;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:2:1:6:5:2:1 chr1 202531741 . C T 1695.92 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.168;QD=60.5686;RBI=0.0215178;REFB=0;REVB=0.0203003;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59236e-06;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:49:62:0:0:50:62:0:0 chr1 202574784 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0242984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.644;QD=17.6171;RBI=0.0339303;REFB=-0.002659;REVB=0.0236824;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909835;STB=0.551344;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00281314;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:12:15:11:13:12:15 chr1 202697547 . C G 190.86 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0057328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.733;QD=13.3935;RBI=0.0449444;REFB=-0.0011153;REVB=-0.0445773;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.593143;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00207936;OID=.;OPOS=202697547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:34:23:23:0.403509:11:12:20:11:11:12:23:11 chr1 202705455 . G C 1510.35 PASS AF=0.946429;AO=105;DP=111;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0479305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7164;QD=53.9412;RBI=0.0892201;REFB=-0.209845;REVB=0.0752522;RO=6;SAF=50;SAR=55;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146727;STB=0.507441;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0114521;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:111:112:6:6:105:106:0.946429:55:50:2:4:56:50:2:4 chr1 202715284 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.673;QD=56.9381;RBI=0.0114323;REFB=0;REVB=-0.0110645;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41687e-05;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr1 202718202 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0550888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.585;QD=11.5762;RBI=0.0609926;REFB=-0.0339539;REVB=-0.0261786;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206105;STB=0.618947;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0329008;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:15:25:10:13:15:25 chr1 202733238 . C T 919.75 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.056;QD=58.3968;RBI=0.0115871;REFB=0;REVB=-0.00938858;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87366e-06;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:38:25:0:0 chr1 202794787 . T C 503.98 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0390719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.922;QD=18.8402;RBI=0.0393171;REFB=-0.0170409;REVB=-0.00438427;RO=54;SAF=34;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065365;STB=0.536223;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0277219;OID=.;OPOS=202794787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:19:34:31:23:19:34:31:23 chr1 202795068 . C T 251.51 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0162232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.962;QD=17.0518;RBI=0.0163307;REFB=-0.0153057;REVB=-0.00187059;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376618;STB=0.529391;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0178866;OID=.;OPOS=202795068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:15:12:15:16:16:12:15:16 chr1 202795437 . T TAGC 196.37 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00109039;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.118;QD=12.6692;RBI=0.00420151;REFB=-0.0149532;REVB=-0.00405755;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100046;STB=0.548347;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=0.0239951;OID=.;OPOS=202795438;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:24:62:24:62:38:12:12:22:16:99:37:12:12:22:15 chr1 202795825 . C T 258.4 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0021424;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1981;QD=18.4574;RBI=0.00716383;REFB=-0.0122024;REVB=-0.00683598;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639916;STB=0.51789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0066681;OID=.;OPOS=202795825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:28:28:28:0.5:13:15:12:14:13:15:14:14 chr1 202795831 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0118973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.096;QD=18.9137;RBI=0.0238653;REFB=-0.0380322;REVB=-0.0206884;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151739;STB=0.508469;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0327605;OID=.;OPOS=202795831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:14:14:14:15:14:14 chr1 202894301 . G A 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0141039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.024;QD=21.7376;RBI=0.0164788;REFB=-0.0145045;REVB=-0.00852236;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849736;STB=0.546938;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0122386;OID=.;OPOS=202894301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:24:16:17:17:24:16:17:17 chr1 202935911 . T C 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.023101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.22;QD=12.318;RBI=0.026585;REFB=-0.00266466;REVB=0.013157;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068908;STB=0.53235;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00498143;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:45:27:27:0.375:13:14:20:24:13:14:21:24 chr1 203003641 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.010056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.303;QD=16.9229;RBI=0.0115052;REFB=-0.00883041;REVB=-0.00558992;RO=32;SAF=25;SAR=5;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175211;STB=0.535689;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00865248;OID=.;OPOS=203003641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:5:25:27:5:5:25:27:7 chr1 203003870 . G A 481.04 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0088;QD=54.9761;RBI=0.136772;REFB=-0.11543;REVB=0.136321;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004942;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:35:0:0:33:35:1:18:15:0:0:19:16:0:0 chr1 203008174 . G C 751.28 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.083;QD=56.7;RBI=0.0324421;REFB=0;REVB=0.0309277;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318071;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:44:53:1:24:20:0:0:32:21:0:0 chr1 203008286 . C G 393.24 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0722309;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.067;QD=19.4194;RBI=0.072268;REFB=-0.0198106;REVB=-0.00231633;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238269;STB=0.521162;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.019945;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:41:40:40:0.493827:25:15:16:24:25:15:17:24 chr1 203040816 . G C 603.18 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00819825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.551;QD=21.9337;RBI=0.010617;REFB=-0.0158687;REVB=0.00674607;RO=50;SAF=31;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360108;STB=0.519738;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.01281;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:29:31:28:22:29:31:28:22 chr1 203053768 . T C 1844.86 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775702;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.467;QD=61.4955;RBI=0.0365004;REFB=0;REVB=0.0356667;RO=0;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15211e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:40:80:0:0:40:80:0:0 chr1 203054852 . C T 211.88 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0598587;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4247;QD=11.3004;RBI=0.0633395;REFB=-0.0111551;REVB=0.0207083;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721008;STB=0.538433;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0396029;OID=.;OPOS=203054852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:48:26:27:0.36:13:13:20:26:13:14:22:26 chr1 203135840 . CT C 510.25 PASS AF=0.540741;AO=69;DP=136;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.059739;FXX=0.0217376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.501;QD=15.1184;RBI=0.109703;REFB=0.0191357;REVB=0.0920108;RO=61;SAF=33;SAR=36;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305842;STB=0.506529;STBP=0.872;TYPE=del;VARB=-0.010349;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540741:69:136:73:135:62:34:39:28:34:99:61:33:36:27:34 chr1 203140671 . G A 434.01 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00486544;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.709;QD=13.8884;RBI=0.0601879;REFB=-0.000109706;REVB=0.0599909;RO=73;SAF=23;SAR=27;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637457;STB=0.536009;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000435884;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:73:75:50:50:0.4:27:23:38:35:27:23:39:36 chr1 203144833 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0100251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.719;QD=17.8275;RBI=0.0336956;REFB=-0.0024636;REVB=0.0321698;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505199;STB=0.793123;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00221375;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:3:8:2:10:3:8 chr1 203148633 . A G 519.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.949;QD=59.4174;RBI=0.0219051;REFB=0;REVB=0.00431798;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027742;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 203155703 . A T 181.47 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00971007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.471;QD=24.1953;RBI=0.0278719;REFB=0.00101693;REVB=-0.0261258;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399999;STB=0.522363;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.000468837;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:6:6:8:10:6:6 chr1 203309880 . G A 340.21 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0106134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.068;QD=12.7182;RBI=0.0107659;REFB=-0.0148172;REVB=0.0018058;RO=65;SAF=21;SAR=20;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179614;STB=0.605178;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0260518;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:66:41:41:0.383178:20:21:44:21:20:21:45:21 chr1 203309966 . G C 1660.02 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7153;QD=60.3643;RBI=0.119259;REFB=0;REVB=-0.0276432;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341516;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:110:0:0:101:110:1:54:47:0:0:54:56:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 375.69 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=7,20;DP=28;FAO=8,20;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,18;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612766,0.00936726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.446,200.804;QD=53.6699;RBI=0.0420363,0.0625397;REFB=0,0;REVB=0.0415872,0.0618342;RO=0;SAF=7,18;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.19193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00740191,0.00270196;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286:7,20:28:8,20:28:0:8,18:0,2:0:0:46:0:7,18:0,2:0:0 chr1 203652444 . A G 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.185;QD=53.2537;RBI=0.0321057;REFB=0.00781485;REVB=-0.0257421;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000601097;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00137834;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:27:28:1:1:27:28:1:1 chr1 203667409 . T C 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2125;QD=63.1938;RBI=0.0118095;REFB=0;REVB=0.00804654;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23099e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr1 203681085 . T C 287.89 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00288945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.227;QD=18.5735;RBI=0.00890111;REFB=-0.00876297;REVB=0.00841907;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294849;STB=0.516461;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00823294;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:18:13:14:17:18:13:14:17 chr1 203712996 . T C 451.17 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0156924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1168;QD=14.6723;RBI=0.0284393;REFB=-0.00235755;REVB=0.0237179;RO=72;SAF=30;SAR=21;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200842;STB=0.511303;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00302468;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:21:30:41:31:21:30:41:31 chr1 203713133 . G A 284.0 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000796734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.191;QD=21.0368;RBI=0.0228691;REFB=-0.0164833;REVB=-0.0228552;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241382;STB=0.507687;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0150559;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:12:17:14:10:12:18:14:10 chr1 203768328 . T C 1417.46 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6999;QD=61.6286;RBI=0.0485354;REFB=-0.0762203;REVB=-0.0427993;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108962;STB=0.505746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00447597;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:48:43:1:0:48:43:1:0 chr1 203769532 . G A 772.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588265;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.353;QD=64.3525;RBI=0.0292498;REFB=0;REVB=0.0286521;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107131;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 203787700 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.067;QD=62.022;RBI=0.00603432;REFB=0;REVB=-0.00459729;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69459e-06;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 204095920 . G T 149.0 PASS AF=0.470588;AO=17;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0121411;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.539;QD=17.5293;RBI=0.0231698;REFB=-0.0328051;REVB=0.019734;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08752;STB=0.576514;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0320739;OID=.;OPOS=204095920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:17:16:0.470588:11:6:8:10:11:5:8:10 chr1 204110334 . A G 803.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0933797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.541;QD=55.4062;RBI=0.107072;REFB=-0.0315497;REVB=0.0523888;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00779133;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:31:26:0:1:31:26:0:1 chr1 204159611 . CT C 63.05 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0261228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.246;QD=22.9263;RBI=0.0300311;REFB=-0.0133535;REVB=-0.0148144;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.00459202;OID=.;OPOS=204159612;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:7:11:8:11:3:5:3:1:2:15:3:5:2:1:2 chr1 204190412 . C G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0409802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.046;QD=18.4834;RBI=0.0412752;REFB=-0.00956855;REVB=-0.00492585;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00800048;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:8:11:11:9:8:11:11:10 chr1 204198209 . A G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0456917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.924;QD=9.1898;RBI=0.0488265;REFB=-0.0216124;REVB=-0.0172133;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083005;STB=0.533933;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0497215;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:5:9:24:10:5:9:24:11 chr1 204199614 . C T 335.87 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0429549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1162;QD=22.391;RBI=0.0432926;REFB=-0.0181436;REVB=-0.00539664;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144404;STB=0.507963;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0113143;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:15:19:15:11:15:19:15:11 chr1 204214053 . A AG,G 54.59 PASS AF=0.309091,0;AO=12,3;DP=64;FAO=17,0;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00624488,-0.0109082;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.31147,126.426;QD=3.97027;RBI=0.0561118,0.0109436;REFB=-0.135103,0.000476843;REVB=0.0557632,0.000878988;RO=45;SAF=2,3;SAR=10,0;SRF=19;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370995,0.523564;STB=0.5066,0.5;STBP=0.962,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.145237,0;OID=.,.;OPOS=204214054,204214053;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:64:55:45:38:12,3:17,0:0.309091,0:10,0:2,3:19:26:10,0:7,0:16:22 chr1 204230581 . G A 529.51 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00439985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.549;QD=19.4314;RBI=0.0176447;REFB=-0.0160145;REVB=0.0170873;RO=53;SAF=28;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835039;STB=0.541138;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.012983;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:54:55:55:0.504587:27:28:22:31:27:28:23:31 chr1 204237416 . C T 522.45 PASS AF=0.486726;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.000740399;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.935;QD=18.4938;RBI=0.00542996;REFB=-0.0317226;REVB=-0.00537924;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398546;STB=0.521899;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0290794;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:58:58:53:55:0.486726:27:26:26:32:28:27:26:32 chr1 204379617 . T C 2030.01 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00340521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.868;QD=61.5155;RBI=0.00535411;REFB=0.0203039;REVB=0.00413171;RO=1;SAF=74;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637955;STB=0.503355;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-6.14293e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:130:131:0.992424:56:74:1:0:57:74:1:0 chr1 204438334 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.658;QD=47.8208;RBI=0.0584082;REFB=0;REVB=-0.0582857;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511203;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 204438643 . G T 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.029;QD=61.3347;RBI=0.0358816;REFB=0;REVB=0.0203331;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192104;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr1 204475645 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0170032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.221;QD=14.2591;RBI=0.0181067;REFB=-0.00571117;REVB=0.00622449;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.621278;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0062847;OID=.;OPOS=204475645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:41:29:29:0.414286:13:16:13:26:13:16:14:27 chr1 204531567 . C T 451.66 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0127951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.04;QD=38.439;RBI=0.0475383;REFB=-0.00891357;REVB=0.045784;RO=11;SAF=13;SAR=22;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120961;STB=0.577455;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00671071;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:11:12:35:35:0.744681:22:13:7:4:22:13:8:4 chr1 204531623 . C T 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00616911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.573;QD=13.0888;RBI=0.00626187;REFB=-0.00210815;REVB=0.00107381;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341752;STB=0.698092;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00377329;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:8:19:6:10:8:19 chr1 204587240 . G A 417.81 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00077254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.188;QD=22.584;RBI=0.0259836;REFB=-0.00435917;REVB=0.0259721;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213802;STB=0.517599;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00253418;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:40:41:0.554054:22:18:14:19:22:19:14:19 chr1 204590044 . G A 1362.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.806;QD=61.9375;RBI=0.0359333;REFB=0;REVB=0.0331888;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04558e-05;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:44:42:0:0:46:42:0:0 chr1 204591237 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.048;QD=58.061;RBI=0.0340033;REFB=0;REVB=0.0275172;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78386e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 204943947 . C A 209.66 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0240776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.572;QD=18.6363;RBI=0.0377933;REFB=-0.0108393;REVB=-0.0291308;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114148;STB=0.565152;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0115215;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:8:16:16:5:8:16 chr1 204966428 . C G 154.14 PASS AF=0.586207;AO=14;DP=26;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.235051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.576;QD=21.26;RBI=0.235861;REFB=-0.0276139;REVB=0.0195302;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108256;STB=0.596174;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0355265;OID=.;OPOS=204966428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:29:12:12:14:17:0.586207:12:2:1:11:13:4:1:11 chr1 204966690 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.214;QD=57.7083;RBI=0.0230206;REFB=0;REVB=0.0208129;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31564e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 204970302 . T C 600.75 PASS AF=0.484375;AO=53;DP=129;FAO=62;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0359829;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.99;QD=18.7734;RBI=0.036617;REFB=-0.00520883;REVB=-0.00678493;RO=44;SAF=21;SAR=32;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889627;STB=0.558804;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00626059;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:44:64:53:62:0.484375:32:21:13:31:38:24:32:32 chr1 204978533 . A G 331.77 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00684982;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.317;QD=21.7554;RBI=0.011916;REFB=-0.0187743;REVB=-0.00975047;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976323;STB=0.550695;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0114208;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:32:34:0.557377:18:14:15:12:19:15:15:12 chr1 204991770 . C T 431.5 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0122335;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5851;QD=19.839;RBI=0.0260103;REFB=-0.0077517;REVB=-0.0229538;RO=44;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220537;STB=0.622463;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00699511;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:16:27:17:27:16:27:17:27 chr1 205027737 . G A 751.77 PASS AF=0.449438;AO=67;DP=165;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.016108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.317;QD=16.8938;RBI=0.0230315;REFB=-0.0189731;REVB=0.0164615;RO=98;SAF=29;SAR=38;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459251;STB=0.516275;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.030408;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:178:98:98:67:80:0.449438:38:29:42:56:48:32:42:56 chr1 205031116 . C T 2854.15 PASS AF=0.983957;AO=183;DP=186;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0373685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1942;QD=61.0512;RBI=0.0414693;REFB=-0.0154277;REVB=0.0179805;RO=3;SAF=116;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121524;STB=0.506328;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000448454;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:186:187:3:3:183:184:0.983957:67:116:3:0:67:117:3:0 chr1 205041158 . C T 794.82 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=198;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00996837;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.538;QD=16.1384;RBI=0.0156108;REFB=-0.0320474;REVB=0.0120138;RO=111;SAF=42;SAR=42;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413928;STB=0.517762;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0401856;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:111:113:84:84:0.426396:42:42:60:51:42:42:60:53 chr1 205052939 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.094;QD=61.684;RBI=0.0242989;REFB=0;REVB=0.0235812;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41597e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 205053219 . C T 1091.43 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00369073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.045;QD=57.4438;RBI=0.00915001;REFB=-0.206192;REVB=0.00837265;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.516125;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00248194;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:0:2:74:74:0.973684:30:44:0:0:30:44:0:2 chr1 205056844 . T A,TTA 126.99 PASS AF=0,0.736842;AO=2,10;DP=21;FAO=0,14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,9;FSAR=0,5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0392427,-0.0202825;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=206.235,243.737;QD=26.7343;RBI=0.0398261,0.0214945;REFB=-0.0457647,-0.0165291;REVB=0.00679173,0.0071157;RO=9;SAF=2,5;SAR=0,5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.323222;STB=0.5,0.546155;STBP=1,0.557;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00388328;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:21:19:9:5:2,10:0,14:0,0.736842:0,5:2,5:8:1:0,5:0,9:4:1 chr1 205113595 . AG CA 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0125018;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.6;QD=15.0642;RBI=0.0184093;REFB=-0.0160364;REVB=0.0135133;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313014;STB=0.517753;STBP=0.808;TYPE=mnp;VARB=0.0139626;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:14:21:17:10:14:21 chr1 205129319 . G A 398.86 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0299902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4485;QD=20.9924;RBI=0.031154;REFB=-0.00133326;REVB=0.00843594;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303509;STB=0.510605;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00179733;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:22:18:17:18:22:18:17:19 chr1 205130413 . A G 1232.17 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.302;QD=60.1059;RBI=0.0361738;REFB=-0.163692;REVB=-0.0315874;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225334;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00112597;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:2:1:80:81:0.987805:39:41:2:0:39:42:1:0 chr1 205275421 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.983;QD=59.1409;RBI=0.0137699;REFB=0;REVB=0.0133951;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57944e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr1 205306590 . G A 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00341587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.282;QD=18.0485;RBI=0.0130411;REFB=-0.0136521;REVB=-0.0125858;RO=56;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193297;STB=0.510725;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0124513;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:24:28:29:27:24:28:29:27 chr1 205353468 . G A 140.35 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0095083;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.985;QD=9.20313;RBI=0.00985712;REFB=-0.00243662;REVB=-0.00259905;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662436;STB=0.545734;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0043324;OID=.;OPOS=205353468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:42:19:19:0.311475:11:8:15:26:11:8:15:27 chr1 205353492 . A C 171.96 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00631623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.431;QD=11.0942;RBI=0.0169969;REFB=-0.0149986;REVB=0.0157797;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168818;STB=0.564458;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0261717;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:40:20:22:0.354839:9:11:16:24:11:11:16:24 chr1 205492755 . T TG 395.05 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596116;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.0074;QD=40.5176;RBI=0.0596136;REFB=0;REVB=-0.000493522;RO=34;SAF=2;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00363383;OID=.;OPOS=205492756;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:39:39:0:18:21:0:0:8:34:2:2:15:19 chr1 205492756 . A G 522.03 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00456995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.105;QD=53.5417;RBI=0.00988402;REFB=-0.096783;REVB=-0.0087641;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735457;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00105751;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:35:36:0.923077:20:15:1:1:20:16:1:1 chr1 205501843 . A G 559.88 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=49;FWDB=0.0117694;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1519;QD=19.1412;RBI=0.0190049;REFB=-0.0174545;REVB=-0.014922;RO=59;SAF=18;SAR=40;SRF=10;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161571;STB=0.58851;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0178461;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:59:59:58:58:0.495726:40:18:10:49:40:18:10:49 chr1 205564196 . T A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00626844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.726;QD=14.3343;RBI=0.0674244;REFB=-0.0407566;REVB=-0.0671324;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225517;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0336336;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:3:7:4:5:3:7 chr1 205588637 . C T 172.17 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0498114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.247;QD=26.4873;RBI=0.0676368;REFB=0.00832124;REVB=-0.0457554;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050836;STB=0.528269;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00505692;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:6:3:7:10:6:3 chr1 205589574 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0228024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8884;QD=23.8192;RBI=0.0246853;REFB=-0.0157859;REVB=0.0094559;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22258;STB=0.62488;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00919159;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:9:8:16:6:9:8 chr1 205626995 . C G 119.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0156833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5445;QD=13.6572;RBI=0.0169198;REFB=0.00179948;REVB=-0.00634945;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26417;STB=0.65647;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00372834;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:9:12:11:3:9:12 chr1 205627101 . AC A 69.36 PASS AF=0.529412;AO=23;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.134766;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.06847;QD=5.43972;RBI=0.14804;REFB=-0.058028;REVB=-0.0612698;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133753;STB=0.543346;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.081843;OID=.;OPOS=205627102;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:23:51:27:51:24:10:17:11:13:68:20:9:14:11:9 chr1 205738166 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.097;QD=60.61;RBI=0.0533286;REFB=0;REVB=-0.00343837;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010624;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 205779231 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.944;QD=57.1774;RBI=0.0264654;REFB=0;REVB=0.0161712;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41764e-05;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 205810947 . C T 269.88 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.013775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2564;QD=9.46957;RBI=0.020466;REFB=-0.00288671;REVB=-0.0151362;RO=77;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195186;STB=0.507882;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00447438;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:78:36:36:0.315789:23:13:29:48:23:13:29:49 chr1 205814497 . T C 996.78 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255641;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2464;QD=57.7842;RBI=0.0265064;REFB=-0.0865507;REVB=-0.00700468;RO=1;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108664;STB=0.505745;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000690854;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:43:25:0:1:43:25:0:1 chr1 205817018 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5671;QD=51.1838;RBI=0.0563871;REFB=0;REVB=0.00824743;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898829;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 205819039 . C T 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=57.6342;RBI=0.0382952;REFB=-0.0994701;REVB=0.0368065;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000950892;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr1 205819104 . G A 1119.99 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846335;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.229;QD=60.54;RBI=0.0188282;REFB=0;REVB=0.0168189;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73079e-06;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr1 205897047 . C T 632.16 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00702285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.009;QD=24.0822;RBI=0.017529;REFB=0.00660354;REVB=0.0160607;RO=44;SAF=35;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10942;STB=0.559717;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00376807;OID=.;OPOS=205897047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:26:35:19:25:26:35:19:25 chr1 206516261 . C T 496.85 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0136789;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4889;QD=16.29;RBI=0.0323358;REFB=-0.0135253;REVB=0.0293;RO=67;SAF=20;SAR=34;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129809;STB=0.510467;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0220239;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:68:54:54:0.442623:34:20:24:43:34:20:24:44 chr1 206566195 . C T 111.86 PASS AF=0.172131;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=73;FWDB=-0.023812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1336;QD=3.66743;RBI=0.0266123;REFB=-0.00118546;REVB=-0.011883;RO=101;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148771;STB=0.595072;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.01143;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:101:101:21:21:0.172131:13:8:28:73:13:8:28:73 chr1 206566904 . T C 913.13 PASS AF=0.546012;AO=89;DP=163;FAO=89;FDP=163;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.024182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.374;QD=22.4081;RBI=0.0305441;REFB=-0.0195339;REVB=0.0186594;RO=74;SAF=39;SAR=50;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405189;STB=0.522134;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.02028;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:74:74:89:89:0.546012:50:39:36:38:50:39:36:38 chr1 206626607 . G A 351.37 PASS AF=0.431818;AO=36;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00774695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2638;QD=15.9712;RBI=0.00974818;REFB=-0.0147389;REVB=-0.00591708;RO=50;SAF=24;SAR=12;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527939;STB=0.540918;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.02708;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:50:36:38:0.431818:12:24:31:19:12:26:31:19 chr1 206635570 . C T 1813.93 PASS AF=0.983607;AO=121;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144408;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.074;QD=59.4731;RBI=0.0214066;REFB=-0.104967;REVB=-0.0158021;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.508063;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000162852;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:1:2:121:120:0.983607:60:61:1:0:59:61:2:0 chr1 206637395 . C T 343.69 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00442771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.06;QD=19.3628;RBI=0.023057;REFB=-0.00350853;REVB=0.0226279;RO=34;SAF=25;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429581;STB=0.528731;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00438532;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:11:25:25:9:11:25:26:9 chr1 206647742 . A G 1301.3 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4246;QD=61.9668;RBI=0.0837292;REFB=0;REVB=-0.0801939;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836492;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:38:45:0:0:38:46:0:0 chr1 206647787 . T C 1553.25 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00529386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.18;QD=62.7578;RBI=0.0289504;REFB=-0.0414725;REVB=0.0284623;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000126415;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:51:47:0:0:51:47:1:0 chr1 206665896 . C G 930.98 PASS AF=0.92;AO=67;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0428777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.109;QD=49.6523;RBI=0.0479176;REFB=-0.142837;REVB=0.0213916;RO=6;SAF=21;SAR=46;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117529;STB=0.559982;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00271973;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:75:75:6:6:67:69:0.92:46:21:6:0:47:22:6:0 chr1 206773659 . A G 1461.32 PASS AF=1;AO=44;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.25;QD=62.8523;RBI=0.128862;REFB=0;REVB=0.124222;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236323;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:44:93:1:28:16:0:0:44:49:0:0 chr1 207015957 . T C 523.74 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0313417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1575;QD=19.9521;RBI=0.03152;REFB=0.00312392;REVB=-0.00334713;RO=51;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678633;STB=0.531396;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00249363;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:51:53:54:0.514286:32:21:24:27:32:22:24:27 chr1 207134036 . C T 295.65 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0647457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.589;QD=13.1398;RBI=0.0662115;REFB=-0.0140911;REVB=0.013855;RO=53;SAF=26;SAR=8;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163305;STB=0.582038;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.022447;OID=.;OPOS=207134036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:56:34:34:0.377778:8:26:34:19:8:26:37:19 chr1 207195389 . A AG,G 32.48 PASS AF=0.288889,0;AO=16,2;DP=50;FAO=13,0;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0849161,0.00559258;FXX=0.0425441;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.88626,71.993;QD=2.88742;RBI=0.1469,0.04426;REFB=-0.153076,-0.0436785;REVB=-0.11987,-0.0439053;RO=32;SAF=4,0;SAR=12,2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334605,-0.461894;STB=0.726906,0.5;STBP=0.068,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.108316,0;OID=.,.;OPOS=207195390,207195389;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:45:32:32:16,2:13,0:0.288889,0:12,2:4,0:17:15:10,0:3,0:17:15 chr1 207195779 . A G 437.65 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0897332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7091;QD=50.0175;RBI=0.116052;REFB=-0.10338;REVB=0.0735944;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716813;STB=0.538438;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00910099;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:18:14:0:3:18:14:0:3 chr1 207263829 . A G 1079.26 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.74;QD=59.9591;RBI=0.0287795;REFB=0;REVB=0.0112184;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34318e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr1 207297680 . T C 747.94 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434822;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.966;QD=63.6548;RBI=0.00719471;REFB=0;REVB=0.00573209;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68166e-06;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr1 207653395 . C A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.269;QD=58.6;RBI=0.0130166;REFB=0;REVB=0.00834182;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12717e-06;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 207679307 . A G 3656.13 PASS AF=0.991489;AO=231;DP=236;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=137;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014697;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.743;QD=62.232;RBI=0.0263672;REFB=-0.040639;REVB=0.0218913;RO=2;SAF=137;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015768;STB=0.500772;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000230534;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:236:235:2:2:231:233:0.991489:94:137:1:1:96:137:1:1 chr1 207753621 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.319;QD=59.8291;RBI=0.0324139;REFB=0;REVB=0.0248573;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84849e-05;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr1 207782916 . A T 1345.81 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000532285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8258;QD=61.173;RBI=0.0439276;REFB=0;REVB=0.0439244;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190403;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:82:88:1:40:42:0:0:45:43:0:0 chr1 207782931 . A G 1269.17 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.725;QD=60.4368;RBI=0.106779;REFB=-0.10338;REVB=0.0199804;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119881;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00214167;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:43:39:1:0:43:40:1:0 chr1 207790088 . C G 2338.87 PASS AF=0.957831;AO=158;DP=167;FAO=159;FDP=166;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=100;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0788278;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.644;QD=56.3583;RBI=0.0789452;REFB=-0.0810118;REVB=-0.00430285;RO=6;SAF=58;SAR=100;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345316;STB=0.515379;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00044162;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:167:166:6:7:158:159:0.957831:100:58:5:1:100:59:5:2 chr1 207795320 . A G 2640.21 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8871;QD=62.1227;RBI=0.0636727;REFB=0;REVB=0.0599821;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204267;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:74:96:0:0:74:96:0:0 chr1 207851611 . A G 726.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.566;QD=56.963;RBI=0.029574;REFB=0;REVB=0.00833665;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.886e-05;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr1 207881557 . A G 2080.02 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000382406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.295;QD=62.557;RBI=0.0152559;REFB=0;REVB=0.0152511;RO=0;SAF=70;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36654e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:63:70:0:0:63:70:0:0 chr1 207884105 . C A 1538.95 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7996;QD=62.1798;RBI=0.0162678;REFB=0.0631003;REVB=0.00616277;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00256031;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:95:98:0.989899:50:45:1:0:50:48:1:0 chr1 207884107 . G A 1421.96 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00110425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.969;QD=58.6376;RBI=0.00690189;REFB=0.00882353;REVB=0.00681299;RO=4;SAF=45;SAR=48;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402924;STB=0.521272;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-6.92013e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:4:4:93:93:0.958763:48:45:4:0:48:45:4:0 chr1 207885881 . C T 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00093872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.618;QD=59.777;RBI=0.0293658;REFB=-0.0961523;REVB=-0.0293508;RO=1;SAF=49;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959259;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-4.87229e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:66:49:1:0:66:49:1:0 chr1 207886150 . C T 3114.5 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.004;QD=63.8871;RBI=0.0253422;REFB=0;REVB=-0.00819787;RO=0;SAF=82;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49503e-06;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:113:82:0:0:113:82:0:0 chr1 207888739 . G T 2332.02 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.008043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.84;QD=60.1811;RBI=0.00948354;REFB=-0.0354149;REVB=-0.0050247;RO=0;SAF=70;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6741e-08;STB=0.503546;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=4.18092e-05;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:155:0:1:152:154:0.993548:82:70:0:0:84:70:1:0 chr1 207941190 . AG A,AT 1171.41 PASS AF=0.240506,0.759494;AO=32,43;DP=79;FAO=19,60;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=14,32;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201949,0.0205537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.511,185.734;QD=59.3117;RBI=0.0203467,0.0228368;REFB=0,0;REVB=-0.00248076,0.00995308;RO=0;SAF=23,23;SAR=9,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02243e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00415125,0.0110037;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.240506,0.759494:32,43:79:19,60:79:0:14,32:5,28:0:0:36:0:23,23:9,20:0:0 chr1 208390086 . G C 234.93 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0227055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.46;QD=10.9268;RBI=0.0227572;REFB=-0.017629;REVB=0.00153373;RO=57;SAF=15;SAR=14;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909758;STB=0.552744;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0285831;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:14:15:34:23:14:15:34:23 chr1 208390155 . C T 359.52 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00391695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.875;QD=23.195;RBI=0.0074376;REFB=-0.011004;REVB=0.00632261;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757729;STB=0.536379;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0127227;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:26:35:36:0.580645:21:14:8:18:22:14:8:18 chr1 208390162 . T C 330.59 PASS AF=0.576271;AO=31;DP=57;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0372034;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.183;QD=22.4131;RBI=0.0446214;REFB=-0.041585;REVB=0.024637;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579039;STB=0.528326;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0344689;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:25:25:31:34:0.576271:19:12:8:17:21:13:8:17 chr1 208391254 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00575808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.327;QD=6.92901;RBI=0.00580149;REFB=-0.006197;REVB=-0.000708396;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542371;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00896667;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:10:5:5:1:10:5 chr1 209782343 . A G 1677.39 PASS AF=1;AO=90;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.811;QD=60.4466;RBI=0.0326117;REFB=0;REVB=-0.0106125;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41616e-05;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:90:111:1:41:49:0:0:49:62:0:0 chr1 209788703 . T C 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0263323;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.815;QD=18.4954;RBI=0.0382533;REFB=-0.0130487;REVB=-0.0277476;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180682;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0132411;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:27:27:27:0.5:16:11:17:11:16:11:16:11 chr1 209790859 . G A 366.39 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0100052;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2974;QD=16.1052;RBI=0.0158996;REFB=-0.0102833;REVB=-0.0123569;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128413;STB=0.572481;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0187355;OID=.;OPOS=209790859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:39:39:0.428571:25:14:25:27:25:14:25:27 chr1 209791929 . G T 364.24 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00536836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.211;QD=11.1217;RBI=0.0284945;REFB=-0.0057709;REVB=-0.0279842;RO=86;SAF=17;SAR=28;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624472;STB=0.535964;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0107386;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:86:86:45:45:0.343511:28:17:37:49:28:17:37:49 chr1 209797198 . A G 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0184403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.743;QD=23.4418;RBI=0.0376961;REFB=-0.0219469;REVB=-0.0328779;RO=21;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171378;STB=0.585641;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0131538;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:12:19:8:13:12:19:9:13 chr1 209797253 . T C 204.87 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0229979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.47;QD=16.3893;RBI=0.0258559;REFB=-0.0354399;REVB=-0.0118163;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190792;STB=0.618934;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0418299;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:20:21:0.42:8:12:12:17:8:13:12:17 chr1 209799205 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0154424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.523;QD=18.7117;RBI=0.0169474;REFB=0.00366182;REVB=-0.00698177;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351237;STB=0.519978;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00493773;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:12:7:6:12:12:7 chr1 209799253 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.532;QD=56.1915;RBI=0.035308;REFB=0;REVB=0.0128307;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604135;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 209800230 . C T 1978.94 PASS AF=0.94964;AO=130;DP=137;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0142579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.825;QD=56.948;RBI=0.02321;REFB=-0.0494627;REVB=0.0183144;RO=7;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577216;STB=0.53043;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000465219;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:137:139:7:7:130:132:0.94964:54:76:0:7:54:78:0:7 chr1 209801519 . C T 128.29 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00598599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.56;QD=12.2181;RBI=0.0327391;REFB=-0.0191184;REVB=0.0321872;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022718;STB=0.552051;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0278554;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:27:15:15:0.357143:11:4:6:18:11:4:9:18 chr1 209807815 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0363263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5753;QD=12.7239;RBI=0.0374932;REFB=0.00938103;REVB=0.00928113;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140428;STB=0.580576;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0142562;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:11:12:14:22:11:12:14:22 chr1 209849406 . T G 278.65 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.000260833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.312;QD=22.292;RBI=0.0439659;REFB=-0.0561967;REVB=0.0439651;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384386;STB=0.542024;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0442131;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:24:24:26:0.52:10:14:15:9:12:14:15:9 chr1 209933528 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00046722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.693;QD=18.785;RBI=0.00623612;REFB=-0.0313708;REVB=-0.00621859;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545227;STB=0.530368;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0267124;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:14:19:17:16:14:19 chr1 209948711 . A C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0176522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.977;QD=9.56958;RBI=0.0232291;REFB=-0.00229731;REVB=0.0150993;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00459337;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:6:9:5:3:6:9 chr1 209950760 . C G 2603.22 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.16;QD=61.9815;RBI=0.0439914;REFB=0;REVB=0.0331889;RO=0;SAF=84;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97674e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:84:84:0:0:84:84:0:0 chr1 209964080 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.666;QD=54.7462;RBI=0.0196453;REFB=-0.0516157;REVB=-0.00306416;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000440713;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:1:0:22:31:1:0 chr1 209968684 . C A 1306.22 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.652;QD=60.7545;RBI=0.0352346;REFB=-0.0891689;REVB=0.0291211;RO=1;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133422;STB=0.507041;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000633899;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:35:50:0:1:35:50:0:1 chr1 210335028 . T C 86.9 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0141155;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=100.614;QD=11.586;RBI=0.0708681;REFB=-0.0122208;REVB=0.0694482;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146881;STB=0.624792;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0396195;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:30:16:19:11:11:0.366667:5:6:11:5:5:6:14:5 chr1 210335066 . G A 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00287619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.321;QD=20.9368;RBI=0.00882434;REFB=-0.0178146;REVB=-0.00834246;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105803;STB=0.558457;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0102435;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:19:10:16:18:19:10 chr1 210337043 . A G 444.6 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0847338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.273;QD=52.3063;RBI=0.0920402;REFB=-0.119487;REVB=0.0359384;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00275441;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:31:32:0.941176:18:13:1:0:18:14:1:1 chr1 210407031 . G T 553.73 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.716;QD=56.793;RBI=0.08357;REFB=-0.15255;REVB=0.0760277;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00740929;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:23:14:0:1:24:14:0:1 chr1 210857457 . A G 358.01 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=55.0788;RBI=0.10237;REFB=0;REVB=0.0129636;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845381;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:18:5:0:0:20:6:0:0 chr1 211447625 . G A 2340.8 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246356;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2954;QD=63.6952;RBI=0.0252696;REFB=0;REVB=-0.00562495;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415834;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:145:147:1:85:60:0:0:86:61:0:0 chr1 211836192 . GAA AAG,AGA,GA 198.06 PASS AF=0.451613,0.16129,0.387097;AO=2,4,4;DP=31;FAO=14,5,12;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=14,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146232,0.0232642,-0.010659;FXX=0;HRUN=1,1,11;LEN=3,2,1;MLLD=53.0413,43.7536,4.1493;QD=25.5554;RBI=0.0194508,0.0234938,0.302905;REFB=-0.0520057,-0.0835834,-0.14153;REVB=-0.0128257,-0.00327701,-0.302718;RO=5;SAF=0,0,4;SAR=2,4,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.78221,-0.804028,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.0234766,-0.148121,0.0634624;OID=.,.,.;OPOS=211836192,211836192,211836193;OREF=GAA,GA,A;OALT=AAG,AG,-;OMAPALT=AAG,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:57:31:31:5:0:2,4,4:14,5,12:0.451613,0.16129,0.387097:2,4,0:0,0,4:5:0:14,5,0:0,0,12:0:0 chr1 211836789 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00218309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.433;QD=15.9146;RBI=0.00540809;REFB=-0.00888181;REVB=0.00494788;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0125858;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:7:8:6:7:7:8 chr1 211840498 . T C 310.35 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0137214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.787;QD=21.4037;RBI=0.0221157;REFB=-0.0113462;REVB=0.0173445;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037232;STB=0.520595;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.010375;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:15:11:15:17:15:11 chr1 211846876 . A G 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00506166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.109;QD=20.8119;RBI=0.00549298;REFB=-0.0127537;REVB=-0.00213363;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193587;STB=0.606881;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00699903;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:21:17:23:11:21:17:23:11 chr1 211922603 . G A 341.33 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0121552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.163;QD=16.8559;RBI=0.0124302;REFB=-0.0214089;REVB=-0.00260026;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554681;STB=0.543032;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0196977;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:35:37:0.45679:14:21:24:20:14:23:24:20 chr1 212273639 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.378;QD=59.3218;RBI=0.0172474;REFB=0;REVB=0.00947281;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96656e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr1 212274413 . A C 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.045;QD=60.1594;RBI=0.0517319;REFB=-0.0844641;REVB=0.0016793;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000337438;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:30:14:0:0:30:14:1:0 chr1 212526288 . C T 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.219;QD=61.8518;RBI=0.0250157;REFB=0;REVB=-0.0236233;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94644e-05;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr1 212534448 . T C 970.28 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052343;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6867;QD=58.8049;RBI=0.05991;REFB=0;REVB=0.0291448;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498041;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:61:66:1:23:38:0:0:23:43:0:0 chr1 212560327 . A G 821.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3819;QD=56.6345;RBI=0.0934233;REFB=0;REVB=-0.0877595;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837398;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:35:23:0:0 chr1 212619339 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.507;QD=60.5105;RBI=0.0461708;REFB=0.0758074;REVB=-0.00705894;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000542207;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:19:26:0:0:19:26:0:1 chr1 212798977 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.04439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.149;QD=12.7388;RBI=0.0452119;REFB=-0.0137277;REVB=0.0085818;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.012864;OID=.;OPOS=212798977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:7:8:0.444444:2:5:5:5:2:6:5:5 chr1 212799870 . A G 1564.91 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5199;QD=63.8738;RBI=0.0697283;REFB=0;REVB=-0.0680542;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365873;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr1 212799949 . C T 533.73 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00770611;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.281;QD=22.9561;RBI=0.0110172;REFB=-0.0151253;REVB=-0.00787373;RO=42;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013015;STB=0.511737;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0146967;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:43:50:50:0.537634:29:21:17:25:29:21:17:26 chr1 212900487 . A G 423.77 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00529502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.747;QD=18.4247;RBI=0.00598752;REFB=-0.00957474;REVB=0.00279519;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154975;STB=0.508643;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0124537;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:23:20:22:27:23:20:22:27 chr1 213009383 . G A 388.22 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.0159438;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.921;QD=15.0764;RBI=0.0188866;REFB=0.0025573;REVB=-0.0101241;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320697;STB=0.672342;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0045483;OID=.;OPOS=213009383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:59:44:44:0.427184:20:24:13:45:20:24:14:45 chr1 213009469 . A G 267.43 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0146066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.357;QD=21.8309;RBI=0.0261421;REFB=-0.00779335;REVB=0.0216808;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106003;STB=0.550733;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00659683;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:16:9:11:12:16:9:11:13 chr1 213031948 . G C 197.46 PASS AF=0.512821;AO=13;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.055221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6607;QD=20.2523;RBI=0.104068;REFB=-0.0263007;REVB=-0.0882086;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0337268;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:13:20:0.512821:8:5:5:8:12:8:6:9 chr1 213068404 . T C 145.46 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0114727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.955;QD=16.1616;RBI=0.0982613;REFB=0.00228448;REVB=0.0975892;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171002;STB=0.598467;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00236632;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:11:9:10:6:11:9 chr1 214492286 . G A 1011.58 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0689287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8321;QD=57.8045;RBI=0.0934038;REFB=-0.0865792;REVB=-0.0630326;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000635103;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:0:1:30:39:0:1 chr1 214504409 . TAA TA,TAT 985.2 PASS AF=0.853659,0.146341;AO=18,12;DP=82;FAO=70,12;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=22,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.11666,0.100122;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.1684,195.414;QD=48.0587;RBI=1.11963,0.107287;REFB=-0.026309,-0.0231473;REVB=-0.0814349,-0.0385499;RO=42;SAF=0,0;SAR=18,12;SRF=42;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.894736,-0.89244;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0357895,0.182378;OID=.,.;OPOS=214504410,214504411;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.853659,0.146341:18,12:82:70,12:82:0:48,0:22,12:0:0:51:42:0,0:18,12:42:0 chr1 214542819 . T C 857.22 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7219;QD=57.148;RBI=0.00567046;REFB=0;REVB=-0.00180039;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29258e-05;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr1 214564340 . T C 785.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.33;QD=57.1147;RBI=0.0117627;REFB=0;REVB=0.00806888;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94099e-07;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr1 214571251 . A C 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0364924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.859;QD=11.1239;RBI=0.0485757;REFB=-0.0116292;REVB=0.0320609;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129954;STB=0.578349;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0158461;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:10:7:3:7:10:7 chr1 214778910 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00575093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.149;QD=17.6438;RBI=0.0140689;REFB=-0.000470736;REVB=0.0128398;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280298;STB=0.726651;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000293384;OID=.;OPOS=214778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:1:8:4:2:1:8:4:3 chr1 214779031 . C A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.068161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.106;QD=16.4201;RBI=0.0741111;REFB=-0.0201426;REVB=0.0290954;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312629;STB=0.517582;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0286374;OID=.;OPOS=214779031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:13:21:17:12:13:21 chr1 214782129 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00910956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.65;QD=21.1692;RBI=0.0302611;REFB=-0.0483156;REVB=0.0288574;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0268197;OID=.;OPOS=214782129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr1 214811244 . C G 120.99 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0146675;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2411;QD=13.8276;RBI=0.0258694;REFB=-0.00270163;REVB=-0.0213094;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112232;STB=0.565939;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00448652;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:10:4:8:13:10:4:8:13 chr1 214813487 . A G 112.25 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0248961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.061;QD=16.629;RBI=0.0249474;REFB=-0.0117819;REVB=-0.00159932;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663315;STB=0.5384;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00952052;OID=.;OPOS=214813487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:4:10:10:3:4:10 chr1 214813782 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0428513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5422;QD=14.6568;RBI=0.0453869;REFB=0.0216385;REVB=0.0149579;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198112;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0263173;OID=.;OPOS=214813782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:7:10:5:8:7:10 chr1 214813941 . C G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0488351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.595;QD=17.8275;RBI=0.050089;REFB=0.00145839;REVB=0.0111374;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00524238;OID=.;OPOS=214813941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:4:6:8:4:5:6 chr1 214814125 . G A 57.81 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0687914;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3636;QD=11.0107;RBI=0.0759141;REFB=-0.0298197;REVB=-0.0321043;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.049245;OID=.;OPOS=214814125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:11:13:8:8:0.380952:4:4:5:6:4:4:6:7 chr1 214814582 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000496397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.35;QD=14.6498;RBI=0.0180085;REFB=-0.0169016;REVB=-0.0180016;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0213647;OID=.;OPOS=214814582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr1 214814733 . T G 134.4 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00353509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.043;QD=16.2914;RBI=0.00587984;REFB=-0.0170715;REVB=0.00469847;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492714;STB=0.744698;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0137125;OID=.;OPOS=214814733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:11:3:13:5:11:4:13:5 chr1 214814778 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0294973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.083;QD=16.1724;RBI=0.0365245;REFB=-0.00963319;REVB=-0.0215394;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262309;STB=0.6505;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0135916;OID=.;OPOS=214814778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:13:7:10:6:13:7 chr1 214814995 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.035987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.157;QD=15.6193;RBI=0.103117;REFB=-0.0247188;REVB=-0.0966331;RO=24;SAF=16;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537423;STB=0.825384;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0253788;OID=.;OPOS=214814995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:2:16:11:13:2:16:11:14 chr1 214815916 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0486864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.461;QD=18.6363;RBI=0.0489566;REFB=-0.00133086;REVB=-0.00513694;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00087895;OID=.;OPOS=214815916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:9:7:8:8:9:7 chr1 214816142 . T G 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00589174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.745;QD=20.6053;RBI=0.0133673;REFB=-0.00360284;REVB=-0.0119989;RO=49;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547683;STB=0.53018;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00343203;OID=.;OPOS=214816142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:32:22:23:26:32:22:23:26 chr1 214816224 . G A 556.53 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.00675234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.775;QD=15.5673;RBI=0.00702112;REFB=-0.0180103;REVB=0.00192405;RO=82;SAF=19;SAR=41;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707417;STB=0.537058;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0167625;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:83:60:60:0.41958:41:19:31:51:41:19:31:52 chr1 214816297 . A G 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.000829211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.426;QD=10.3983;RBI=0.00255623;REFB=-0.00719052;REVB=0.002418;RO=66;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276499;STB=0.516119;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0129331;OID=.;OPOS=214816297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:20:11:22:44:20:11:22:44 chr1 214818215 . G A 212.29 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00390309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.673;QD=19.7482;RBI=0.00755401;REFB=-0.00204107;REVB=0.00646753;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.517225;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00144493;OID=.;OPOS=214818215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:13:7:8:14:14:7:8:14 chr1 214818223 . T A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0106765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.89;QD=21.5109;RBI=0.0106769;REFB=-0.00720373;REVB=9.38888e-05;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167953;STB=0.509425;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00430324;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:6:13:14:7:6:13 chr1 214818846 . A G 372.0 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0238481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.004;QD=25.6549;RBI=0.023967;REFB=-0.0121203;REVB=0.00238423;RO=22;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15545;STB=0.585317;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00729428;OID=.;OPOS=214818846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:24:12:12:10:24:12:12:10 chr1 214818945 . A C 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0139418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.266;QD=20.5421;RBI=0.0181969;REFB=-0.00996115;REVB=0.0116941;RO=36;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533254;STB=0.529568;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00581771;OID=.;OPOS=214818945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:25:14:15:21:25:14:15:21 chr1 214819328 . G A 228.29 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0106093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0138;QD=21.7419;RBI=0.0219987;REFB=-0.0172446;REVB=-0.0192713;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161987;STB=0.591027;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0130557;OID=.;OPOS=214819328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:11:9:14:8:11:9 chr1 214819587 . A G 30.02 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0539782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.109;QD=7.06405;RBI=0.0540478;REFB=-0.0114643;REVB=0.00274175;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059321;STB=0.512146;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0580327;OID=.;OPOS=214819587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:17:11:12:5:5:0.294118:3:2:5:6:3:2:5:7 chr1 214820299 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.118649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5175;QD=10.9408;RBI=0.118743;REFB=0.00135729;REVB=0.00473023;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00406944;OID=.;OPOS=214820299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:11:9:4:7:11:9 chr1 214820494 . G A 62.16 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0102084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6872;QD=7.77056;RBI=0.0106873;REFB=-0.0144029;REVB=-0.00316332;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.645951;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0442519;OID=.;OPOS=214820494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:20:23:9:9:0.28125:4:5:7:13:4:5:8:15 chr1 214820524 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0142185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.316;QD=9.13237;RBI=0.0156658;REFB=-0.00625949;REVB=-0.00657654;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15422;STB=0.593569;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00593647;OID=.;OPOS=214820524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:8:14:5:5:8:14 chr1 214826196 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3466;QD=51.9099;RBI=0.0491784;REFB=0;REVB=-0.0150437;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000951777;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 214830617 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.292;QD=62.0214;RBI=0.0204215;REFB=0;REVB=0.0135032;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84277e-06;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 214837110 . C G 884.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253995;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.749;QD=58.0111;RBI=0.0257163;REFB=0;REVB=0.004024;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532773;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr1 215793834 . G A 207.76 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.001636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.204;QD=17.6818;RBI=0.0274342;REFB=-0.0111062;REVB=0.0273854;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547268;STB=0.53122;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0191074;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:10:16:14:7:10:16 chr1 215848062 . C T 513.01 PASS AF=0.5;AO=52;DP=106;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0377814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7371;QD=19.0004;RBI=0.038357;REFB=-0.0325556;REVB=-0.00662037;RO=53;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428278;STB=0.518563;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0257143;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:54:52:54:0.5:25:27:30:23:26:28:30:24 chr1 215848587 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0126722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.729;QD=13.7477;RBI=0.0174863;REFB=0.00309971;REVB=-0.0120493;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126192;STB=0.50724;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00546293;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:20:12:8:14:20:12 chr1 215848641 . T C 466.46 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00747569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.208;QD=22.4801;RBI=0.00829186;REFB=-0.00429554;REVB=0.00358735;RO=38;SAF=30;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794508;STB=0.54384;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00395651;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:15:30:22:16:15:30:22:16 chr1 215960167 . T G 460.16 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00215496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.698;QD=18.5924;RBI=0.00273965;REFB=-4.00069e-05;REVB=-0.00169169;RO=52;SAF=12;SAR=33;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154006;STB=0.57038;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=4.24279e-05;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:45:46:0.464646:33:12:21:31:33:13:21:32 chr1 215987222 . T C 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0114285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.952;QD=18.1932;RBI=0.0161159;REFB=-0.013287;REVB=-0.0113627;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207292;STB=0.615573;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.013423;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:13:23:14:20:13:23 chr1 216011361 . T C 652.16 PASS AF=0.478261;AO=65;DP=137;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00302921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.093;QD=18.903;RBI=0.0111768;REFB=-0.0290303;REVB=0.0107584;RO=71;SAF=21;SAR=44;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183355;STB=0.608358;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0386433;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:72:65:66:0.478261:44:21:36:35:45:21:37:35 chr1 216051125 . G A 307.65 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0106891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.809;QD=14.8263;RBI=0.0193341;REFB=-0.030951;REVB=0.0161106;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164239;STB=0.588594;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0309204;OID=.;OPOS=216051125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:48:34:35:0.421687:17:17:16:31:18:17:16:32 chr1 216172380 . A G,T 696.14 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=42,3;DP=45;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821685,-0.00277517;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.101,179.292;QD=61.8789;RBI=0.0122276,0.00326678;REFB=0,0;REVB=-0.0090552,-0.00172344;RO=0;SAF=18,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.46497e-06,0.0170368;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:45:45:0:0:42,3:42,3:0.933333,0.0666667:24,3:18,0:0:0:24,3:18,0:0:0 chr1 216270422 . T C 446.09 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0121946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.725;QD=18.2076;RBI=0.0137644;REFB=-0.0220784;REVB=0.00638347;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105629;STB=0.553572;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0298842;OID=.;OPOS=216270422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:21:24:22:30:21:24:23:30 chr1 216348764 . C T 695.08 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.005252;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5495;QD=19.7185;RBI=0.00527767;REFB=0.0270742;REVB=0.000519911;RO=72;SAF=36;SAR=33;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135235;STB=0.574564;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0208594;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:72:72:69:69:0.489362:33:36:27:45:33:36:27:45 chr1 216498911 . A C 482.79 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0268061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.169;QD=26.0969;RBI=0.0274803;REFB=-0.00836131;REVB=0.00605001;RO=29;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858828;STB=0.54694;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00465149;OID=.;OPOS=216498911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:27:18:15:14:27:18:15:14 chr1 216592003 . T C 1709.12 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.517;QD=60.4999;RBI=0.0259096;REFB=0;REVB=0.0115518;RO=0;SAF=35;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1511e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:76:35:0:0:77:36:0:0 chr1 216595306 . C T 1575.18 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621972;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.859;QD=60.0069;RBI=0.00647295;REFB=0;REVB=0.00179281;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53614e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr1 216692669 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.38;QD=62.4651;RBI=0.0476258;REFB=0;REVB=3.08609e-05;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91741e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr1 217804325 . G A 795.43 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0275462;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.8;QD=18.8267;RBI=0.0304878;REFB=-0.0143147;REVB=-0.0130658;RO=86;SAF=35;SAR=47;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685941;STB=0.535096;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.013569;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:87:82:82:0.485207:47:35:43:43:47:35:43:44 chr1 217947738 . G A 414.71 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00391213;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.174;QD=18.2291;RBI=0.0202115;REFB=-0.0113398;REVB=0.0198293;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518316;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0128847;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:49:42:42:0.461538:21:21:25:25:22:20:25:24 chr1 218578685 . T TTTGTTG 112.62 PASS AF=0.5;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0420549;FXX=0.103413;HRUN=3;LEN=6;MLLD=210.032;QD=17.3268;RBI=0.0424055;REFB=-0.032106;REVB=0.00544161;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.0266361;OID=.;OPOS=218578686;OREF=-;OALT=TTGTTG;OMAPALT=TTTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:30:13:26:13:5:8:3:10:97:17:4:7:6:11 chr1 218614839 . G A 393.88 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=-0.0585264;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.691;QD=15.2963;RBI=0.0587457;REFB=0.00376679;REVB=-0.00507067;RO=58;SAF=13;SAR=31;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458234;STB=0.535385;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0054878;OID=.;OPOS=218614839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:44:45:0.436893:31:13:15:43:31:14:15:43 chr1 219383866 . G GC 459.66 PASS AF=1;AO=8;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866158;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.755;QD=57.4569;RBI=0.0877641;REFB=0;REVB=0.0141507;RO=23;SAF=0;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.801773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00299102;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:33:32:32:0:18:14:0:0:4:23:0:8:17:6 chr1 219383867 . T C 220.26 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00296811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.612;QD=24.4732;RBI=0.0471977;REFB=-0.149614;REVB=-0.0471043;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406989;STB=0.690871;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00455693;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:15:20:21:0.583333:6:14:1:11:6:15:4:11 chr1 219383905 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.45;QD=62.0207;RBI=0.019529;REFB=0;REVB=0.015327;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32042e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 220136115 . A G 1683.26 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252085;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1244;QD=60.6581;RBI=0.0252165;REFB=0;REVB=0.000634684;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104474;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr1 220184377 . G A 105.95 PASS AF=0.155556;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=135;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0397297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0168;QD=3.13911;RBI=0.0414118;REFB=-0.00136715;REVB=-0.0116829;RO=114;SAF=5;SAR=16;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306268;STB=0.70657;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00608587;OID=.;OPOS=220184377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:114:114:21:21:0.155556:16:5:53:61:16:5:53:61 chr1 220197625 . G T 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.98;QD=60.8806;RBI=0.0681811;REFB=0;REVB=0.0665165;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217024;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr1 220231180 . CT C 526.52 PASS AF=0.644737;AO=46;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00779418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.133;QD=27.7116;RBI=0.0227343;REFB=-0.0142939;REVB=-0.0213565;RO=26;SAF=30;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807799;STB=0.528998;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.00882903;OID=.;OPOS=220231181;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644737:46:76:49:76:27:31:18:15:12:99:26:30:16:14:12 chr1 220239448 . T C 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.805;QD=54.8815;RBI=0.0553802;REFB=-0.0680872;REVB=0.0294984;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000759644;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:1:0:20:34:1:0 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC 383.42 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=5,7,4;DP=39;FAO=7,21,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,0;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013558,-0.00359698,-0.00776106;FXX=0.281979;HRUN=1,1,3;LEN=3,2,3;MLLD=130.859,137.203,122.18;QD=54.7747;RBI=0.0756023,0.0652366,0.037944;REFB=0,0,0;REVB=0.0755901,0.0651373,0.0371418;RO=0;SAF=5,0,0;SAR=0,7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00219079,0.00195518,0;OID=.,.,.;OPOS=220578919,220578894,220578893;OREF=CAC,AC,AAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75,0:5,7,4:39:7,21,0:28:0:7,0,0:0,21,0:0:0:38:0:5,0,0:0,7,4:0:0 chr1 220607684 . CG AA,CA 174.55 PASS AF=0,0.413043;AO=2,17;DP=46;FAO=0,19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=0,7;FSAR=0,12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00731245,-0.0104774;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=76.8874,69.8813;QD=15.1784;RBI=0.0409759,0.0296189;REFB=0.0177881,0.0140417;REVB=-0.0403182,-0.0277038;RO=24;SAF=0,7;SAR=2,10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.596482,-0.293802;STB=0.5,0.670966;STBP=1,0.066;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0209979;OID=.,.;OPOS=220607684,220607685;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:24:27:2,17:0,19:0,0.413043:2,10:0,7:17:7:0,12:0,7:18:9 chr1 220789355 . ATTTTTTT AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA 774.84 PASS AF=0.142857,0.454545,0.103896,0.298701;AO=3,17,10,18;DP=77;FAO=11,35,8,23;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23,2,5;FSAR=8,12,6,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000969354,-0.0268986,0.0270391,0.0588882;FXX=0.0128189;HRUN=7,7,7,7;LEN=7,2,2,1;MLLD=12.2752,14.4976,14.2122,11.3811;QD=40.2513;RBI=0.0270097,0.0271143,0.0664624,0.140865;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0269923,0.00341319,0.0607136,0.127965;RO=0;SAF=1,12,5,3;SAR=2,5,5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,3.32e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0.0918153,0.00540764,0.0398626,-0.0886418;OID=.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789361,220789362;OREF=TTTTTTT,TT,TT,T;OALT=ATTTTTA,-,AA,A;OMAPALT=AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.142857,0.454545,0.103896,0.298701:3,17,10,18:77:11,35,8,23:77:0:3,23,2,5:8,12,6,18:0:0:99:0:1,12,5,3:2,5,5,15:0:0 chr1 220935081 . G A 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0645685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.147;QD=11.7413;RBI=0.0646835;REFB=-0.0022026;REVB=-0.00385504;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369151;STB=0.718904;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00248696;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:36:21:21:0.368421:14:7:24:11:14:7:25:11 chr1 220970028 . A G 470.53 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00603205;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9466;QD=19.6055;RBI=0.0229991;REFB=-0.00307078;REVB=-0.022194;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959044;STB=0.541649;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00342959;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:48:50:46:46:0.479167:23:23:19:29:23:23:21:29 chr1 221053545 . T C 94.06 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0141651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.458;QD=12.9734;RBI=0.0142003;REFB=-0.00146728;REVB=0.000998717;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104637;STB=0.533276;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00388606;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:29:29:16:17:11:12:0.413793:9:2:4:12:9:3:5:12 chr1 221509332 . G A 1570.56 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.224;QD=59.2664;RBI=0.0429281;REFB=0;REVB=0.0392052;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80145e-05;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:106:0:0:98:106:1:48:50:0:0:54:52:0:0 chr1 221874804 . A G 593.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9498;QD=60.8627;RBI=0.0366676;REFB=0;REVB=0.0104885;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259219;OID=.;OPOS=221874804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr1 221912361 . T C 287.94 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00425126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.985;QD=18.5769;RBI=0.00429747;REFB=-0.00648548;REVB=0.000628523;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133526;STB=0.580593;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00638599;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:17:13:18:13:18:13:18:13 chr1 221912808 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0100136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.477;QD=19.9056;RBI=0.01019;REFB=-0.0128044;REVB=0.00188777;RO=27;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249049;STB=0.639676;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0121038;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:23:7:13:14:23:7:13:14 chr1 222649341 . A C 777.0 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0585;QD=64.7501;RBI=0.271075;REFB=0;REVB=0.270907;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334915;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:36:48:1:16:20:0:0:28:20:0:0 chr1 222649491 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.130602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9347;QD=24.8024;RBI=0.133988;REFB=0.0125479;REVB=-0.0299307;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0146013;OID=.;OPOS=222649491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:1:3:4:6:1:3 chr1 222713503 . C G 955.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.99;QD=58.7864;RBI=0.0580936;REFB=0;REVB=0.0559896;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28405e-05;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:28:37:0:0 chr1 222713631 . G C 989.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3806;QD=59.0802;RBI=0.0184826;REFB=0;REVB=0.0172232;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215918;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr1 222717027 . C T 708.01 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0177072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.197;QD=21.6185;RBI=0.0182671;REFB=0.00233485;REVB=0.004488;RO=62;SAF=46;SAR=23;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233175;STB=0.628234;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00222073;OID=.;OPOS=222717027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:62:69:69:0.526718:23:46:25:37:23:46:25:37 chr1 222798106 . G A 1056.07 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00573465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.449;QD=56.3237;RBI=0.0328698;REFB=0.0104383;REVB=0.0323657;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119714;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000234281;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:71:71:0.946667:32:39:1:0:32:39:1:1 chr1 222802006 . A G 817.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.718;QD=57.3562;RBI=0.0624909;REFB=0;REVB=0.0590149;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311773;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr1 222802803 . T G 310.3 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199305;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.918;QD=53.9644;RBI=0.0249346;REFB=0;REVB=0.0149835;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00069e-06;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 222802926 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.516;QD=53.277;RBI=0.015495;REFB=0;REVB=0.000138442;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0819e-05;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 222823529 . A C,T 1169.51 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=68,9;DP=77;FAO=76,2;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245218,-0.00192171;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.1521,193.618;QD=59.9751;RBI=0.105031,0.0144484;REFB=0,0;REVB=0.102128,-0.01432;RO=0;SAF=35,3;SAR=33,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000342368,0.182225;OID=.,.;OPOS=222823529,222823529;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:77:78:0:0:68,9:76,2:0.974359,0.025641:33,6:35,3:0:0:40,0:36,2:0:0 chr1 222825403 . G A 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.922;QD=62.6542;RBI=0.0712234;REFB=0;REVB=0.0074524;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622762;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr1 222833601 . T C 786.48 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0404074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3918;QD=54.2402;RBI=0.0404156;REFB=-0.13648;REVB=-0.000813848;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000835946;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:55:57:0.982759:28:27:0:0:28:29:1:0 chr1 222838216 . C T 847.39 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289847;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.087;QD=56.4926;RBI=0.0377405;REFB=0;REVB=0.0241709;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7003e-05;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:1:0:51:60:1:27:24:1:0:29:31:0:0 chr1 222886119 . A G 1641.35 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424515;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8752;QD=60.2329;RBI=0.0617232;REFB=0;REVB=-0.0448065;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368618;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr1 222919895 . T G 1079.2 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0196991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.282;QD=56.0621;RBI=0.0385235;REFB=-0.0408042;REVB=0.0331059;RO=3;SAF=29;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464477;STB=0.523803;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00165352;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:77:3:3:73:74:0.961039:44:29:3:0:44:30:3:0 chr1 222923351 . A G 1970.51 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4781;QD=62.0631;RBI=0.0286799;REFB=0;REVB=0.0220347;RO=0;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53855e-05;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:79:47:0:0:80:47:0:0 chr1 223176849 . ATTTTTTT ATTTTTTA,ATTTTTT 64.29 PASS AF=0.0222222,0.422222;AO=4,12;DP=48;FAO=1,19;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=0,12;FSAR=1,7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0575835,-0.1374;FXX=0.062487;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=99.518,8.01909;QD=5.71454;RBI=0.082229,0.261452;REFB=0.00506,-0.0895052;REVB=0.0587005,0.222437;RO=20;SAF=0,10;SAR=4,2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.701226,0.26677;STB=0.992405,0.505149;STBP=0.255,0.978;TYPE=snp,del;VARB=0.0573818,0.058942;OID=.,.;OPOS=223176856,223176850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0222222,0.422222:4,12:48:1,19:45:25:0,12:1,7:16:9:59:20:0,10:4,2:13:7 chr1 223178561 . A C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.254;QD=59.8337;RBI=0.0432894;REFB=0;REVB=0.0289943;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88098e-06;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 223283910 . A G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00368604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.501;QD=54.7462;RBI=0.00657404;REFB=-0.000555737;REVB=0.00544344;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=4.18798e-06;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:0:1:23:30:0:1 chr1 223284528 . A G 465.36 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00867027;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.313;QD=19.3898;RBI=0.00888922;REFB=-0.0041386;REVB=-0.0019608;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126281;STB=0.507019;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00444236;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:27:19:20:30:27:19:20:30 chr1 223284599 . T C 246.61 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0499698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.442;QD=15.9102;RBI=0.0529014;REFB=-0.0159046;REVB=0.0173659;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838719;STB=0.554528;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0205988;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:18:9:14:20:19:9:14:20 chr1 223285200 . G A 398.75 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00935478;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.888;QD=23.4558;RBI=0.00969698;REFB=-0.028819;REVB=-0.00255331;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432887;STB=0.523797;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0158392;OID=.;OPOS=223285200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:18:21:14:15:18:21:14:15 chr1 223285833 . G T 315.17 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0627271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4331;QD=22.5119;RBI=0.0657056;REFB=0.00925254;REVB=0.0195584;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164405;STB=0.590852;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00847096;OID=.;OPOS=223285833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:20:12:14:10:20:12:14:10 chr1 223567267 . C T 210.22 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00570646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.838;QD=11.8433;RBI=0.0148523;REFB=-0.0030786;REVB=0.0137123;RO=44;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477569;STB=0.764998;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113854;OID=.;OPOS=223567267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:8:18:10:34:8:18:11:34 chr1 223567401 . T C 799.8 PASS AF=0.456522;AO=85;DP=184;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.0985582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.26;QD=17.3869;RBI=0.0987938;REFB=-0.0258404;REVB=0.00681825;RO=99;SAF=37;SAR=48;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921365;STB=0.544131;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0327318;OID=.;OPOS=223567401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:99:100:85:84:0.456522:48:37:34:65:48:36:35:65 chr1 223567531 . G A 669.87 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00798979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.518;QD=21.4359;RBI=0.0399739;REFB=-0.0286388;REVB=0.0391672;RO=58;SAF=25;SAR=41;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152044;STB=0.502965;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0275824;OID=.;OPOS=223567531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:59:66:66:0.528:41:25:21:37:41:25:22:37 chr1 223567808 . C T 576.56 PASS AF=0.553398;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0838075;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.551;QD=22.3908;RBI=0.0838115;REFB=-0.0625669;REVB=-0.000821848;RO=46;SAF=27;SAR=29;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750476;STB=0.537024;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0647443;OID=.;OPOS=223567808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:46:46:56:57:0.553398:29:27:18:28:30:27:18:28 chr1 223715248 . GT G 288.25 PASS AF=0.514563;AO=48;DP=105;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0462775;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6463;QD=11.194;RBI=0.0491841;REFB=0.00760238;REVB=-0.0166575;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240955;STB=0.608435;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=-0.00079594;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514563:48:105:53:103:50:30:23:17:33:99:48:28:20:15:33 chr1 223717484 . G A 291.14 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0141854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3941;QD=26.4675;RBI=0.0173028;REFB=0.00854395;REVB=0.00990763;RO=18;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966692;STB=0.558776;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00334785;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:18:25:26:0.590909:18:7:7:11:19:7:7:11 chr1 223718651 . G A 515.7 PASS AF=0.526882;AO=33;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00180641;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.834;QD=22.1808;RBI=0.0179136;REFB=-0.0139035;REVB=0.0178223;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157949;STB=0.58637;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0143413;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:44:33:49:0.526882:14:19:17:24:19:30:19:25 chr1 223718670 . G A 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00177574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.288;QD=22.4817;RBI=0.0105719;REFB=-0.00259336;REVB=0.0104217;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15186;STB=0.583608;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00184998;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:15:23:19:26:15:23 chr1 223722780 . G A 191.7 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0310304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.444;QD=15.6486;RBI=0.0339434;REFB=-0.0149792;REVB=-0.0137576;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309;STB=0.677181;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.024441;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:10:19:7:13:10:19 chr1 223813586 . G T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0241007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5418;QD=23.4328;RBI=0.0246461;REFB=0.01312;REVB=-0.00515632;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0161022;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:10:10:14:10:10:10 chr1 223877789 . T C 1586.81 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619665;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6664;QD=58.7706;RBI=0.0674415;REFB=-0.0380293;REVB=0.0266176;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106631;STB=0.505494;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00114371;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:105:107:0.990741:61:44:1:0:62:45:1:0 chr1 223877820 . TAAAAAAAAAAT AAAAAAAAATAT,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT,TTAAAAAAATAT 62.36 PASS AF=0.4,0,0.6,0;AO=3,2,5,2;DP=21;FAO=8,0,12,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,7,0;FSAR=5,0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623487,0.123348,-0.277129,-0.0953903;FXX=0;HRUN=5,1,10,10;LEN=10,1,1,9;MLLD=135.359,124.426,3.27087,136.225;QD=12.4713;RBI=0.0637307,0.123648,0.306231,0.0960688;REFB=-0.0221927,-0.0121643,-0.0849579,-0.0200999;REVB=0.0131999,0.00861066,0.130296,0.011398;RO=6;SAF=0,0,2,1;SAR=3,2,3,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.711122,-0.658493,-0.231237,-0.168213;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=-0.00120165,0,0.211159,0;OID=.,.,.,.;OPOS=223877820,223877831,223877821,223877821;OREF=TAAAAAAAAA,T,A,AAAAAAAAA;OALT=AAAAAAAAAT,A,-,TAAAAAAAT;OMAPALT=AAAAAAAAATAT,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT,TTAAAAAAATAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:32:21:20:6:0:3,2,5,2:8,0,12,0:0.4,0,0.6,0:3,2,3,1:0,0,2,1:4:2:5,0,5,0:3,0,7,0:0:0 chr1 223900408 . C G 954.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.086;QD=58.738;RBI=0.0330494;REFB=0;REVB=0.0323948;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189695;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr1 223905532 . G A 225.42 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00188331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.79;QD=27.3239;RBI=0.00907292;REFB=-0.0114787;REVB=0.0088753;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246446;STB=0.597618;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00479726;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:33:11:12:21:21:0.636364:6:15:11:0:6:15:11:1 chr1 223933079 . C T 382.93 PASS AF=0.418367;AO=38;DP=95;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00892253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.855;QD=15.6297;RBI=0.0118602;REFB=0.00708428;REVB=-0.0078137;RO=56;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751287;STB=0.528664;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00935594;OID=.;OPOS=223933079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:56:57:38:41:0.418367:19:19:24:32:21:20:25:32 chr1 223934720 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00297867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.861;QD=20.7682;RBI=0.0452633;REFB=-0.00868656;REVB=-0.0451652;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413356;STB=0.52306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00943962;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:14:10:10:17:14:10 chr1 223954080 . A C 1280.65 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0907;QD=60.266;RBI=0.0507065;REFB=-0.0285337;REVB=0.0415783;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0052328;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:48:35:0:1:48:36:0:1 chr1 224484278 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0308547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2547;QD=19.0178;RBI=0.0309064;REFB=-0.00418928;REVB=0.00178767;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197765;STB=0.61098;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00285586;OID=.;OPOS=224484278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:12:2:5:10:12:2 chr1 224492746 . C T 580.39 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273638;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.929;QD=61.0938;RBI=0.0425988;REFB=0;REVB=-0.0326478;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387853;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 224495852 . C T 2350.1 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482966;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3297;QD=63.5162;RBI=0.0688441;REFB=0;REVB=-0.0490606;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033462;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:148:1:0:142:148:1:71:71:1:0:77:71:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA,TAAA 662.84 PASS AF=0.0232558,0.976744,0;AO=2,32,8;DP=49;FAO=1,42,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=1,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312738,-0.166256,-0.111439;FXX=0.0652032;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=218.878,41.9346,28.6664;QD=61.6595;RBI=0.0382515,0.173043,0.115887;REFB=0,0,0;REVB=0.0220256,0.0479876,0.0317983;RO=7;SAF=1,15,8;SAR=1,17,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.224092,-0.0814894,0.764827;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0935696,-0.00492399,0;OID=.,.,.;OPOS=224505570,224505571,224505571;OREF=T,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,TAA,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:43:7:0:2,32,8:1,42,0:0.0232558,0.976744,0:1,17,0:1,15,8:5:2:1,17,0:0,25,0:0:0 chr1 224517842 . C T 544.96 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00710773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4787;QD=57.3641;RBI=0.0071742;REFB=-0.0924364;REVB=0.000974271;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0130445;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:27:10:0:0:27:10:1:0 chr1 224575373 . G A 1032.95 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162253;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.327;QD=59.881;RBI=0.0478817;REFB=0;REVB=0.0478542;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38445e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 225230608 . C T 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0297921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4664;QD=20.7231;RBI=0.0298679;REFB=-0.0115879;REVB=0.00212676;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602593;STB=0.533316;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00850536;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:16:21:21:12:16:21:21:12 chr1 225266966 . C G 374.2 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.000621352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.635;QD=18.0337;RBI=0.0486621;REFB=-0.00769941;REVB=-0.0486581;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646358;STB=0.529397;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0139099;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:20:19:18:25:20:19:19:25 chr1 225268343 . A G 86.53 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.120104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.916;QD=12.8199;RBI=0.12225;REFB=0.00525206;REVB=-0.0228054;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0186942;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:6:10:9:2:6:10 chr1 225268346 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.011514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.208;QD=13.4558;RBI=0.0115291;REFB=-0.000816694;REVB=0.000589503;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.666324;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00123424;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:6:9:9:2:6:9 chr1 225270409 . A T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00263401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.182;QD=17.4533;RBI=0.00288644;REFB=-0.0166297;REVB=0.00118046;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181818;STB=0.519985;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0167496;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:12:15:15:13:12:15:15:14 chr1 225273248 . G T 482.06 PASS AF=0.628571;AO=38;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00578902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.439;QD=27.5461;RBI=0.00713326;REFB=-0.0476906;REVB=0.00416781;RO=25;SAF=25;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193053;STB=0.569689;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0261451;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:38:44:0.628571:13:25:10:15:18:26:10:15 chr1 225288534 . A C 267.38 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00848716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.394;QD=18.44;RBI=0.0101623;REFB=-0.00998848;REVB=0.00558935;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243027;STB=0.635423;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0113669;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:20:9:17:12:20:9 chr1 225328432 . G T 198.92 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.034919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6792;QD=11.3666;RBI=0.0888033;REFB=-0.034096;REVB=-0.0816497;RO=45;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129593;STB=0.575693;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.07546;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:6:19:30:15:6:19:30:15 chr1 225506294 . A G 1377.05 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1457;QD=62.5931;RBI=0.0292348;REFB=0;REVB=0.0276522;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202013;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr1 225533731 . T A 1868.01 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0258391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.016;QD=57.4772;RBI=0.0258432;REFB=0.0321899;REVB=0.000460189;RO=2;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141789;STB=0.504935;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00110334;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:130:130:2:5:125:125:0.961538:66:59:0:2:66:59:3:2 chr1 225541899 . C T 1534.55 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.804;QD=62.0019;RBI=0.0504321;REFB=0.0312742;REVB=-0.0281185;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117088;STB=0.506172;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-3.98229e-05;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:40:57:0:1:40:58:0:1 chr1 225565015 . T C 894.08 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.050364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5065;QD=55.0203;RBI=0.0504982;REFB=-0.000546693;REVB=-0.00367994;RO=2;SAF=36;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025512;STB=0.513509;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000278009;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:27:36:2:0:27:36:2:0 chr1 225565073 . C T 982.0 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162896;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.001;QD=59.5153;RBI=0.0318821;REFB=0;REVB=0.0274065;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20001e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr1 225569241 . T G 1546.5 PASS AF=0.901639;AO=110;DP=126;FAO=110;FDP=122;FR=.;FRO=12;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0167119;FXX=0.0317435;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.919;QD=50.7049;RBI=0.03359;REFB=-0.0901822;REVB=0.0291376;RO=2;SAF=71;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537663;STB=0.558341;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00168356;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:122:2:12:110:110:0.901639:39:71:1:1:39:71:1:11 chr1 225580138 . C T 185.58 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00469329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7104;QD=13.7469;RBI=0.0350318;REFB=-0.0211695;REVB=-0.034716;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753835;STB=0.527002;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0332642;OID=.;OPOS=225580138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:9:12:16:16:10:12:16:16 chr1 225601647 . C T 375.09 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.87;QD=55.5695;RBI=0.0845723;REFB=0;REVB=0.0837053;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488227;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:13:8:0:0:19:8:0:0 chr1 225607144 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.912;QD=57.8849;RBI=0.00860268;REFB=0;REVB=-0.00723725;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9927e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr1 225609884 . A G 2761.96 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.077;QD=62.4172;RBI=0.0126954;REFB=0;REVB=0.0125333;RO=0;SAF=81;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85458e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:94:81:0:0:96:81:0:0 chr1 225611661 . C T 1498.72 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329934;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.964;QD=59.9489;RBI=0.0333556;REFB=0;REVB=0.00490223;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58997e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr1 225682560 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223165;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.448;QD=53.963;RBI=0.033262;REFB=0;REVB=0.0246644;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522921;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 226019633 . T C 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0247799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2795;QD=21.3874;RBI=0.0263302;REFB=-0.0202282;REVB=0.00890168;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.568487;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0247452;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:9:18:17:16:9:18 chr1 226054333 . G A 246.6 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0214978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2509;QD=15.9093;RBI=0.0384334;REFB=-0.0193055;REVB=0.0318586;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134327;STB=0.57588;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0233248;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:18:16:17:11:18:16 chr1 226055595 . G A 205.05 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00635304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.702;QD=17.0871;RBI=0.0113037;REFB=-0.0435601;REVB=-0.0093495;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266346;STB=0.660218;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0493539;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:14:6:15:12:15:6:15:12 chr1 226074563 . T G 325.18 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0260624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.526;QD=22.4261;RBI=0.038102;REFB=-0.0323925;REVB=-0.0277942;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157491;STB=0.587043;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0247834;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:21:12:14:11:21:12:14:11 chr1 226352498 . T G 347.6 PASS AF=0.420455;AO=38;DP=94;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0164719;FXX=0.063823;HRUN=9;LEN=1;MLLD=230.15;QD=15.8002;RBI=0.0181108;REFB=-0.0101685;REVB=0.00752839;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832812;STB=0.517869;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.012165;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:88:45:51:38:37:0.420455:21:17:24:21:20:17:25:26 chr1 226474132 . G A 1097.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.332;QD=60.1511;RBI=0.0271729;REFB=0;REVB=-0.00727481;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98141e-05;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr1 226548951 . CCA C 49.64 PASS AF=0.5;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00802543;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=25.5383;QD=12.4092;RBI=0.153517;REFB=-0.0787414;REVB=0.153307;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783987;STB=0.874061;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0945741;OID=.;OPOS=226548952;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:17:8:16:8:7:1:1:7:49:10:6:0:3:7 chr1 226555302 . A G 497.82 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0472486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4188;QD=21.1836;RBI=0.0486606;REFB=-0.00261194;REVB=-0.0116373;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119471;STB=0.565858;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00306813;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:26:22:15:31:26:22:15:31 chr1 226570840 . T C 240.98 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0458762;FXX=0.0240935;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.042;QD=11.9;RBI=0.0467586;REFB=-0.00793486;REVB=0.00904135;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471702;STB=0.513642;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0128657;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:50:52:29:29:0.358025:15:14:22:28:15:14:24:28 chr1 226573364 . A G 262.11 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00349527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.46;QD=25.5718;RBI=0.0112792;REFB=-0.00917361;REVB=-0.010724;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154173;STB=0.585297;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00625645;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:5:12:12:12:5:12 chr1 226589958 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00631026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.705;QD=26.3129;RBI=0.00656309;REFB=0.0130483;REVB=-0.00180411;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145395;STB=0.580665;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00924646;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:4:8:9:11:4:8 chr1 226923505 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.702;QD=58.2396;RBI=0.0204446;REFB=0;REVB=0.0188769;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70076e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 226923938 . A C 373.8 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0526204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.609;QD=14.804;RBI=0.0527335;REFB=-0.00640509;REVB=-0.00345185;RO=57;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061356;STB=0.54641;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00808328;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:57:59:42:42:0.415842:26:16:25:32:26:16:27:32 chr1 226924642 . C T 167.05 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.027412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3543;QD=17.5845;RBI=0.0834974;REFB=0.00129369;REVB=0.0788696;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020831;STB=0.55026;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0055164;OID=.;OPOS=226924642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:20:17:18:0.473684:6:11:14:7:7:11:14:6 chr1 227069677 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.43;QD=60.2307;RBI=0.0259562;REFB=0;REVB=-0.0133759;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2229e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 227069737 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00201182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.79;QD=19.0177;RBI=0.0118696;REFB=-0.0183143;REVB=-0.0116978;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319546;STB=0.681579;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0236284;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:10:4:10:5:10:4 chr1 227071525 . C T 573.56 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0105315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5445;QD=26.0711;RBI=0.0122127;REFB=0.00148648;REVB=0.00618367;RO=36;SAF=27;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144143;STB=0.507871;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00100078;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:25:27:18:18:25:27:18:18 chr1 227178948 . G A 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0304355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.61;QD=13.0154;RBI=0.052889;REFB=0.00634025;REVB=-0.0432542;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125866;STB=0.5732;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0125313;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:14:6:13:19:14:6:13:19 chr1 227182033 . G A 718.87 PASS AF=0.978723;AO=41;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00418308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.004;QD=61.1807;RBI=0.0832778;REFB=0.038491;REVB=0.0831727;RO=1;SAF=37;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1037;STB=0.526304;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0001307;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:41:46:0.978723:4:37:0:1:9:37:0:1 chr1 227182575 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0169772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.211;QD=17.9428;RBI=0.0169909;REFB=0.00316008;REVB=0.000679991;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14259;STB=0.579563;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00181276;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:9:20:15:13:9:20 chr1 227504794 . T C 329.82 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00224266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.986;QD=15.7059;RBI=0.00443492;REFB=0.00209772;REVB=0.00382609;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395667;STB=0.519989;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00268731;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:48:48:34:36:0.428571:15:19:25:23:16:20:25:23 chr1 227681475 . T C 1035.27 PASS AF=0.412587;AO=113;DP=282;FAO=118;FDP=286;FR=.;FRO=168;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=91;FSRR=77;FWDB=-0.00279132;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5722;QD=14.4792;RBI=0.0682228;REFB=-0.0226132;REVB=0.0681657;RO=147;SAF=59;SAR=54;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397966;STB=0.500418;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.035762;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:286:147:168:113:118:0.412587:54:59:71:76:54:64:91:77 chr1 227920103 . G A 1833.41 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7626;QD=60.1119;RBI=0.054417;REFB=-0.0942397;REVB=0.0363622;RO=1;SAF=77;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109179;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000976629;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:43:77:0:1:44:77:0:1 chr1 227922918 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.09;QD=44.6897;RBI=0.0221522;REFB=0;REVB=0.0219967;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09386e-05;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 227935444 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.062;QD=57.7094;RBI=0.0452229;REFB=0;REVB=0.00583125;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127379;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr1 227963491 . G T 745.32 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.909;QD=53.2372;RBI=0.0246997;REFB=-0.201896;REVB=0.0202361;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95896e-05;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:1:2:54:54:0.964286:27:27:0:1:27:27:1:1 chr1 228003839 . C T 1679.35 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.166;QD=59.4461;RBI=0.0444242;REFB=-0.0683951;REVB=0.0142562;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772026;STB=0.504064;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00012134;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:61:51:0:1:61:51:0:1 chr1 228033197 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.249;QD=60.2035;RBI=0.0351538;REFB=0;REVB=0.0333483;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62386e-05;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 228113163 . A G 463.49 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00795995;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9457;QD=19.1129;RBI=0.0294501;REFB=-0.0197294;REVB=-0.028354;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127146;STB=0.566367;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0235246;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:51:46:46:0.474227:24:22:18:34:24:22:18:33 chr1 228347352 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.655;QD=49.5992;RBI=0.0102197;REFB=0;REVB=-0.0061748;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40158e-05;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 228352160 . T C 74.86 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.582;QD=37.4296;RBI=0.0815023;REFB=0;REVB=0.0803926;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641437;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 228362682 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.049753;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.852;QD=9.47556;RBI=0.0501229;REFB=-0.00917113;REVB=-0.00607829;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465113;STB=0.785697;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0209124;OID=.;OPOS=228362682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:9:1:8:12:9:1:8:13 chr1 228399482 . C G 1046.88 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.492;QD=58.1599;RBI=0.0585261;REFB=0.0727275;REVB=0.0584916;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995636;STB=0.505262;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000175688;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:24:47:1:0:24:47:1:0 chr1 228399766 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0315607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.856;QD=11.4397;RBI=0.0356584;REFB=-0.0133434;REVB=-0.0165965;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.02447;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr1 228402047 . A G 566.11 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=0.00581872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9031;QD=14.2417;RBI=0.0439942;REFB=0.00686106;REVB=-0.0436077;RO=94;SAF=38;SAR=27;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471028;STB=0.526424;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0147776;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:27:38:59:35:27:38:59:35 chr1 228402121 . A G 505.85 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0534509;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.696;QD=14.5567;RBI=0.0537703;REFB=-0.00606559;REVB=-0.0058518;RO=82;SAF=36;SAR=20;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238106;STB=0.518266;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00846638;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:82:83:56:56:0.402878:20:36:51:31:20:36:51:32 chr1 228412227 . TG CA 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00499097;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.544;QD=15.0178;RBI=0.00796923;REFB=-0.0139979;REVB=0.0062128;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170688;STB=0.509665;STBP=0.896;TYPE=mnp;VARB=0.0224633;OID=.;OPOS=228412227;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:22:18:13:17:22:18 chr1 228412308 . G A 430.52 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0108619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.48;QD=17.5724;RBI=0.0248064;REFB=-0.00618118;REVB=-0.0223019;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023961;STB=0.507903;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0070578;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:54:44:44:0.44898:21:23:29:24:21:23:29:25 chr1 228431095 . A G 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0230546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.004;QD=13.8095;RBI=0.0247821;REFB=-0.0127481;REVB=-0.00909075;RO=57;SAF=19;SAR=17;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151974;STB=0.586161;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0191314;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:17:19:38:19:17:19:38:19 chr1 228433217 . A G 453.56 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0115916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.738;QD=22.3982;RBI=0.0129325;REFB=-0.0214137;REVB=-0.00573445;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13785;STB=0.575859;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0271651;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:24:20:23:14:24:20:23:14 chr1 228434395 . T C 436.35 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0217369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.69;QD=21.2852;RBI=0.0272774;REFB=-0.0214216;REVB=0.0164792;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221593;STB=0.623055;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0157516;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:31:12:20:19:31:12:20:19 chr1 228434467 . T C 314.79 PASS AF=0.589286;AO=28;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0258721;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.133;QD=22.4852;RBI=0.0325729;REFB=0.00120121;REVB=0.0197895;RO=19;SAF=4;SAR=24;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262347;STB=0.576021;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000978467;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:19:23:28:33:0.589286:24:4:7:12:26:7:8:15 chr1 228444565 . T A 593.76 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.32;QD=60.8985;RBI=0.0742598;REFB=0;REVB=0.0739754;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196048;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:21:18:0:0 chr1 228456147 . T C 425.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0376269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6755;QD=21.5352;RBI=0.0384592;REFB=0.00545413;REVB=0.00795786;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215985;STB=0.618269;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0117894;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:30:7:18:24:30:7 chr1 228461129 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7539;QD=59.6788;RBI=0.0379669;REFB=0;REVB=-0.0229697;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25891e-05;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:48:21:0:0:48:22:0:0 chr1 228464248 . T G 323.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.051;QD=53.9343;RBI=0.0550706;REFB=0;REVB=0.0415985;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384994;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr1 228464276 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.26;QD=53.9111;RBI=0.0216544;REFB=0;REVB=0.0189359;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120327;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr1 228467711 . G A 479.44 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00989025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.877;QD=15.5914;RBI=0.026292;REFB=-0.0539179;REVB=-0.0243608;RO=64;SAF=16;SAR=37;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237692;STB=0.62088;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0476312;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:123:64:70:53:53:0.430894:37:16:34:30:37:16:35:35 chr1 228468244 . G A 229.21 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0456374;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4608;QD=13.4827;RBI=0.0470854;REFB=0.00610657;REVB=0.0115871;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102211;STB=0.597863;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0132059;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:41:27:27:0.397059:9:18:20:15:9:18:21:20 chr1 228469821 . G A 697.79 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00499197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.677;QD=29.0746;RBI=0.0129357;REFB=0.00629836;REVB=0.0119337;RO=36;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038764;STB=0.502105;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00258955;OID=.;OPOS=228469821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:27:33:20:16:27:33:20:16 chr1 228469870 . C T 527.01 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0254872;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.339;QD=28.1072;RBI=0.0278549;REFB=-0.00584742;REVB=0.0112383;RO=27;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730859;STB=0.546571;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00337159;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:27:28:47:47:0.626667:26:21:15:12:26:21:16:12 chr1 228469903 . AG TT 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000930701;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.584;QD=19.4209;RBI=0.00110044;REFB=-0.00834307;REVB=0.000587163;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289143;STB=0.516118;STBP=0.824;TYPE=mnp;VARB=0.0080597;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:13:14:16:13:13:14 chr1 228471379 . G C 430.07 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0368217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2129;QD=20.0034;RBI=0.0452342;REFB=-0.0249067;REVB=0.0262734;RO=42;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140943;STB=0.58494;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0229353;OID=.;OPOS=228471379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:28:15:21:21:28:15:22:21 chr1 228476366 . GA TT 103.39 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00791805;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.732;QD=10.0866;RBI=0.0151456;REFB=-0.0165137;REVB=0.012911;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191962;STB=0.572411;STBP=0.552;TYPE=mnp;VARB=0.057323;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:12:13:0.317073:6:6:9:18:7:6:10:18 chr1 228476414 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0217198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.355;QD=12.2289;RBI=0.02398;REFB=-0.0449238;REVB=0.0101634;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512308;STB=0.529494;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0726371;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:10:26:15:7:10:26 chr1 228480282 . A G 1568.43 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.581;QD=64.0175;RBI=0.015152;REFB=0;REVB=-0.0150597;RO=1;SAF=65;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29471e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:96:98:1:31:65:1:0:32:66:0:0 chr1 228482028 . G C 989.52 PASS AF=0.45614;AO=103;DP=227;FAO=104;FDP=228;FR=.;FRO=124;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.00678777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.673;QD=17.3599;RBI=0.0282772;REFB=-0.0210173;REVB=0.0274505;RO=122;SAF=37;SAR=66;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069618;STB=0.53111;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0294191;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:122:124:103:104:0.45614:66:37:52:70:66:38:52:72 chr1 228486404 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00442551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4664;QD=19.4775;RBI=0.0441197;REFB=0.00399681;REVB=-0.0438972;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429468;STB=0.517764;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00583879;OID=.;OPOS=228486404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:40:41:0.493976:21:19:18:24:22:19:18:24 chr1 228494696 . G A 1395.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.354;QD=62.7231;RBI=0.0625432;REFB=0;REVB=0.0610628;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7685e-05;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr1 228496014 . G A 169.09 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0768701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0566;QD=21.1366;RBI=0.106541;REFB=-0.0222684;REVB=0.0737695;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.518096;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0261428;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:17:18:0.5625:11:6:5:8:11:7:6:8 chr1 228503677 . A G 892.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.999;QD=57.5534;RBI=0.0476742;REFB=0;REVB=-0.00781968;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117501;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr1 228504472 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7348;QD=62.6694;RBI=0.0343002;REFB=0;REVB=0.0237736;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504652;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 228504591 . C A 228.15 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0136709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0331;QD=21.7285;RBI=0.044649;REFB=-0.0558992;REVB=0.0425045;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282121;STB=0.657978;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0282108;OID=.;OPOS=228504591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:6:14:8:14:6:14 chr1 228504654 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00789024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.503;QD=7.96541;RBI=0.0223304;REFB=-0.019434;REVB=-0.02089;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896548;STB=0.555446;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0505615;OID=.;OPOS=228504654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:15:11:5:5:15:11 chr1 228504669 . G A 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0348427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.854;QD=20.7348;RBI=0.0358357;REFB=-0.0183502;REVB=0.00837767;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196931;STB=0.511099;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0539412;OID=.;OPOS=228504669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:11:5:6:12:11:5 chr1 228505204 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.109;QD=63.5805;RBI=0.0883478;REFB=0;REVB=0.0879463;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115996;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr1 228505668 . C G 632.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.802;QD=61.6814;RBI=0.00996164;REFB=0;REVB=-0.008976;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74094e-05;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr1 228505699 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8013;QD=49.5985;RBI=0.0344245;REFB=0;REVB=0.0305146;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546965;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr1 228505727 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0566116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.007;QD=18.2512;RBI=0.0568291;REFB=-0.020913;REVB=-0.00496741;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981302;STB=0.555487;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0142528;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:2:13:12:3:2:13 chr1 228505739 . G A 147.24 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0199251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.566;QD=17.3218;RBI=0.0416949;REFB=-0.0126012;REVB=0.0366259;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324278;STB=0.518496;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0098271;OID=.;OPOS=228505739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:3:15:13:3:3:15 chr1 228505750 . C T 157.07 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0274308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5565;QD=16.1096;RBI=0.0966333;REFB=-0.00858814;REVB=0.0926582;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717639;STB=0.540938;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.017913;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:3:19:14:3:3:19 chr1 228509427 . A G 827.31 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7229;QD=57.0561;RBI=0.0406718;REFB=0;REVB=0.0360335;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286495;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:23:35:0:0 chr1 228525001 . T TC 30.1 PASS AF=0.19403;AO=31;DP=123;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.242426;FXX=0.44163;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.47883;QD=1.79676;RBI=0.24915;REFB=-0.0949064;REVB=-0.0574935;RO=79;SAF=10;SAR=21;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199739;STB=0.564605;STBP=0.628;TYPE=ins;VARB=0.068459;OID=.;OPOS=228525002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19403:31:123:13:67:54:8:5:29:25:30:79:10:21:38:41 chr1 228525008 . G A 479.03 PASS AF=0.435484;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0525994;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2975;QD=15.4527;RBI=0.0537036;REFB=-0.0439356;REVB=0.0108339;RO=68;SAF=20;SAR=33;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169691;STB=0.595632;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0519394;OID=.;OPOS=228525008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:68:70:53:54:0.435484:33:20:37:31:33:21:39:31 chr1 228526011 . C T 518.49 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0130568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.197;QD=18.0346;RBI=0.0550551;REFB=-0.0129687;REVB=-0.0534844;RO=58;SAF=35;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325888;STB=0.511032;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0143957;OID=.;OPOS=228526011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:60:55:55:0.478261:20:35:35:23:20:35:37:23 chr1 228526665 . T C 988.0 PASS AF=0.542857;AO=95;DP=175;FAO=95;FDP=175;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0249244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.446;QD=22.5829;RBI=0.0351545;REFB=-0.0337147;REVB=-0.0247913;RO=79;SAF=43;SAR=52;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616089;STB=0.53021;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0242428;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:79:80:95:95:0.542857:52:43:30:49:52:43:31:49 chr1 228528563 . C G 322.72 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0366396;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.751;QD=18.7085;RBI=0.0373535;REFB=-0.013724;REVB=0.00726825;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077926;STB=0.550695;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0139542;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:37:35:33:34:0.492754:16:17:16:21:17:17:14:21 chr1 228548197 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00478737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.138;QD=30.5651;RBI=0.0202199;REFB=-0.0167482;REVB=0.019645;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138587;STB=0.576202;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00533839;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:7:3:12:10:7:3 chr1 228550426 . C T 988.37 PASS AF=0.545455;AO=95;DP=172;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00596971;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.5135;QD=22.463;RBI=0.0062112;REFB=-0.0246102;REVB=-0.00171511;RO=77;SAF=45;SAR=50;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506463;STB=0.507592;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0121765;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:77:80:95:96:0.545455:50:45:36:41:50:46:37:43 chr1 228558891 . CCG CC,C 422.94 PASS AF=0.977273,0;AO=32,6;DP=44;FAO=43,0;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213869,-0.23775;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.0264,6.7244;QD=38.4489;RBI=0.0287094,0.23798;REFB=-0.0305694,0.00881284;REVB=0.0191529,-0.0104614;RO=3;SAF=9,6;SAR=23,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0.416667;SSSB=0.0571092,0.804025;STB=0.509087,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=del,del;VARB=0.00547997,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558892;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977273,0:32,6:44:43,0:44:1:16,0:27,0:0:1:5:3:9,6:23,0:0:3 chr1 228559994 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.435;QD=57.8832;RBI=0.0462198;REFB=0;REVB=0.00650796;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215581;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 228560034 . C T 186.76 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0044587;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.417;QD=12.4505;RBI=0.00526565;REFB=-0.0149381;REVB=-0.00280126;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210619;STB=0.62059;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0248776;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:25:12:12:11:25:12 chr1 228560139 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.534;QD=56.1916;RBI=0.0926413;REFB=0;REVB=0.092564;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430094;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr1 228560700 . T C 3037.6 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7872;QD=63.6146;RBI=0.0634566;REFB=0;REVB=-0.0608383;RO=0;SAF=92;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159143;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:99:92:0:0:99:92:0:0 chr1 228612838 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.593;QD=57.3853;RBI=0.00909714;REFB=0;REVB=-0.00389744;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83405e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 228680869 . C G 408.28 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0858554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.322;QD=20.4139;RBI=0.0865349;REFB=-0.0259484;REVB=0.0108228;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107726;STB=0.54892;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0155768;OID=.;OPOS=228680869;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:39:41:41:0.5125:26:15:18:19:26:15:18:21 chr1 228699477 . T C 928.69 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.82;QD=58.0431;RBI=0.0202503;REFB=0;REVB=0.0201123;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821405;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr1 228743499 . C A 1559.35 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.976;QD=59.4039;RBI=0.0706837;REFB=0;REVB=-0.00793885;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165888;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:102:105:1:49:53:0:0:50:55:0:0 chr1 229663064 . GAGGAA G 195.64 PASS AF=0.944444;AO=14;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456262;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=5;MLLD=189.812;QD=43.4757;RBI=0.0566958;REFB=-0.0167565;REVB=0.0336551;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=0.00113147;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:14:19:17:18:1:4:13:1:0:6:0:2:12:0:0 chr1 229730452 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.005989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.325;QD=19.3433;RBI=0.0108227;REFB=-0.0176889;REVB=0.0090146;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979282;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.016;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:8:10:8:10:8:10 chr1 229737680 . C T 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.01553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.189;QD=14.3845;RBI=0.0155338;REFB=-0.0167835;REVB=-0.000344095;RO=50;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960734;STB=0.554424;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0200947;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:18:16:19:31:18:16:19:31 chr1 229738170 . T G 1825.71 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010653;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.156;QD=61.3684;RBI=0.0230354;REFB=0;REVB=0.0204241;RO=0;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2666e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:76:43:0:0:76:43:0:0 chr1 229738236 . G A 1101.75 PASS AF=0.861386;AO=84;DP=97;FAO=87;FDP=101;FR=.;FRO=14;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00149559;FXX=0.00980296;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.92;QD=43.6335;RBI=0.0225173;REFB=-0.102294;REVB=0.0224676;RO=10;SAF=41;SAR=43;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176928;STB=0.510694;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000961016;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:97:101:10:14:84:87:0.861386:43:41:4:6:44:43:8:6 chr1 229772693 . T G 292.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327967;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.109;QD=53.2347;RBI=0.0429065;REFB=0;REVB=0.0276649;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347917;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr1 229772932 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.016336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.13;QD=16.9234;RBI=0.0218827;REFB=-0.0146194;REVB=-0.0145598;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785292;STB=0.549221;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0152434;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:20:14:13:26:20:14:13:27 chr1 229773441 . C T 516.9 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0356344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7513;QD=16.4094;RBI=0.0428709;REFB=0.00131858;REVB=0.0238349;RO=69;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02484;STB=0.509923;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00248641;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:56:56:0.444444:27:29:34:35:27:29:35:35 chr1 229790048 . A G 2817.76 PASS AF=0.994475;AO=179;DP=182;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116287;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1312;QD=62.271;RBI=0.0601325;REFB=-0.0805854;REVB=-0.0589974;RO=1;SAF=79;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598802;STB=0.503105;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00131453;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:181:1:1:179:180:0.994475:100:79:1:0:100:80:1:0 chr1 230384937 . T C 745.62 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213014;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.202;QD=53.2586;RBI=0.024039;REFB=-0.195004;REVB=0.0111413;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378168;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00152355;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:54:54:0.964286:24:30:1:1:24:30:1:1 chr1 230415148 . G A 292.59 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0139548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.791;QD=17.211;RBI=0.0210997;REFB=-0.02274;REVB=-0.0158259;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08181;STB=0.545843;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0206298;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:20:16:17:15:20:16 chr1 230416319 . A C 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0147862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.021;QD=23.7001;RBI=0.0151092;REFB=-0.00728149;REVB=-0.0031074;RO=44;SAF=38;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305873;STB=0.66851;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0088063;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:15:38:16:28:15:38:16:28 chr1 230417557 . T C 421.48 PASS AF=0.967742;AO=23;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00927316;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.659;QD=54.385;RBI=0.0451843;REFB=-0.0979698;REVB=0.0442225;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000798399;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:23:30:0.967742:8:15:0:0:10:20:1:0 chr1 230417560 . A G 435.94 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5919;QD=54.4931;RBI=0.04676;REFB=-0.143594;REVB=0.0417655;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00411453;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr1 230829139 . A G 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0305398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1409;QD=9.88614;RBI=0.0854384;REFB=-0.00106926;REVB=0.0797938;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193668;STB=0.613148;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00542277;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:12:27:10:9:12:27 chr1 230841687 . T C 1587.22 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5578;QD=63.4888;RBI=0.0290312;REFB=0;REVB=-0.0288;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030895;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:54:45:0:0:55:45:0:0 chr1 230845794 . A G 1301.49 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.634;QD=61.9757;RBI=0.021237;REFB=0;REVB=-0.0146297;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17144e-07;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr1 230846219 . G A 65.95 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.017431;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.221;QD=10.146;RBI=0.0215913;REFB=-0.00316337;REVB=-0.0127414;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743536;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00592327;OID=.;OPOS=230846219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:7:9:5:4:7:10 chr1 230895340 . C A 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0170166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.236;QD=14.2328;RBI=0.0177177;REFB=-0.0105446;REVB=-0.0049348;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212775;STB=0.597889;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0145105;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:59:38:38:0.391753:19:19:16:38:19:19:20:39 chr1 230898494 . C T 449.96 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0259737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1951;QD=19.1471;RBI=0.0264436;REFB=0.0107263;REVB=0.00496245;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107988;STB=0.564943;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00953595;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:49:45:45:0.478723:21:24:20:28:21:24:20:29 chr1 230903350 . T C 234.55 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0108443;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.135;QD=17.3738;RBI=0.0132047;REFB=0.00441536;REVB=-0.00753436;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16068;STB=0.630155;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.003315;OID=.;OPOS=230903350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:24:28:25:26:0.481481:11:14:9:15:11:15:9:19 chr1 230914729 . A C 468.27 PASS AF=0.594595;AO=42;DP=75;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00706504;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.082;QD=25.312;RBI=0.00709657;REFB=-0.0129109;REVB=-0.00066827;RO=29;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467467;STB=0.527015;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00514286;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:29:30:42:44:0.594595:20:22:17:12:22:22:17:13 chr1 230933898 . C T 153.99 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0187904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.801;QD=14.3242;RBI=0.0227956;REFB=-0.0264496;REVB=0.0129058;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407541;STB=0.505488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.037724;OID=.;OPOS=230933898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:8:8:12:14:9:8:12:14 chr1 230974609 . C T 1521.73 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.21;QD=59.6758;RBI=0.0208406;REFB=0;REVB=0.0168333;RO=0;SAF=74;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88986e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.314e-06;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:24:74:0:0:25:77:0:0 chr1 231057247 . A T 1561.3 PASS AF=0.990566;AO=84;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857785;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.632;QD=58.9171;RBI=0.0871967;REFB=0;REVB=0.0156622;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105271;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:106:0:0:84:105:0.990566:38:46:0:0:51:54:0:0 chr1 231057248 . C T 86.04 PASS AF=0.168224;AO=16;DP=104;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0594249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.078;QD=3.21631;RBI=0.0612712;REFB=-0.0382343;REVB=-0.0149276;RO=88;SAF=5;SAR=11;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29131;STB=0.725707;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.164992;OID=.;OPOS=231057248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:104:107:88:89:16:18:0.168224:11:5:48:40:13:5:49:40 chr1 231488524 . C T 1185.84 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3794;QD=60.0425;RBI=0.0383569;REFB=0;REVB=0.0153062;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975835;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:41:37:0:1:42:37:0:0 chr1 231502144 . T C 580.08 PASS AF=0.487805;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00664971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.438;QD=18.8642;RBI=0.0107142;REFB=0.00455253;REVB=0.00840097;RO=62;SAF=27;SAR=32;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987679;STB=0.545439;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00468293;OID=.;OPOS=231502144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:62:63:59:60:0.487805:32:27:35:27:32:28:35:28 chr1 231664607 . C T 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0265578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.839;QD=12.12;RBI=0.0265866;REFB=0.00139288;REVB=-0.00123797;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038805;STB=0.50224;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00213006;OID=.;OPOS=231664607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:15:23:14:9:15:23 chr1 231830295 . G A 391.55 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0243273;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.383;QD=21.7527;RBI=0.027873;REFB=-0.0133733;REVB=-0.0136046;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985305;STB=0.554343;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0261322;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:20:19:20:13:20:19:20:13 chr1 231903010 . C T 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0221976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.334;QD=21.7388;RBI=0.0492848;REFB=-0.0187783;REVB=-0.0440029;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138884;STB=0.567505;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0214982;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:14:8:10:9:14:8:10:10 chr1 232144598 . A T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0138269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.075;QD=21.9526;RBI=0.017682;REFB=-0.0153253;REVB=0.0110213;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1597;STB=0.588181;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0159349;OID=.;OPOS=232144598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:9:16:14:18:9:16 chr1 232144887 . A G 300.04 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0522717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4502;QD=19.0501;RBI=0.0535672;REFB=-0.00622331;REVB=-0.0117093;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290032;STB=0.660774;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0117992;OID=.;OPOS=232144887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:23:8:19:13:23:8 chr1 232534957 . T C 1227.07 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.719;QD=61.3533;RBI=0.0488357;REFB=0;REVB=0.044859;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61351e-05;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr1 232539219 . C T 1157.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0090325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.496;QD=59.3571;RBI=0.0109541;REFB=-0.123988;REVB=0.00619723;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000966091;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:48:29:0:0:48:29:0:1 chr1 232574921 . T C 284.26 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0390954;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3409;QD=14.9608;RBI=0.0399058;REFB=0.0164259;REVB=0.00800152;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543121;STB=0.508259;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0303192;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:44:32:32:0.421053:15:17:24:17:15:17:24:20 chr1 232581376 . G A 344.43 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0183397;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.27;QD=13.9162;RBI=0.018487;REFB=-0.0385012;REVB=-0.00232884;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149894;STB=0.545432;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0492284;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:50:59:39:40:0.40404:23:16:28:22:24:16:28:31 chr1 232941354 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00785755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.634;QD=14.1699;RBI=0.0148741;REFB=-0.0192719;REVB=0.0126293;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.028462;OID=.;OPOS=232941354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:8:4:4:6:8:4 chr1 232944569 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0349271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.423;QD=15.101;RBI=0.035034;REFB=-0.0103737;REVB=0.00273514;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104602;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0111481;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:20:11:11:13:20:11 chr1 232944926 . A T 130.11 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0116033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.82;QD=13.011;RBI=0.0143013;REFB=-0.0122386;REVB=0.00836012;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242189;STB=0.643873;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0195955;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:9:5:14:10:10:5:14:11 chr1 232967889 . T C 1043.16 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.569;QD=59.609;RBI=0.0577642;REFB=0;REVB=0.0188406;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7501e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr1 233086456 . T C 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00501122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.338;QD=16.9804;RBI=0.0158213;REFB=-0.00581525;REVB=-0.0150067;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228201;STB=0.504421;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00658292;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:19:7:7:21:19:7:8:21 chr1 233086482 . GGCC GC,GG,GGC,GGGC 346.18 PASS AF=0.0227273,0.136364,0.840909,0;AO=5,8,21,5;DP=47;FAO=1,6,37,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,9,0;FSAR=1,5,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103558,-0.11258,-0.205313,-0.107894;FXX=0.0434688;HRUN=4,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=6.94882,12.3713,10.6232,6.27896;QD=31.471;RBI=0.133638,0.115038,0.210298,0.115222;REFB=-0.114848,-0.0704099,-0.0736387,0.0138132;REVB=-0.0844687,-0.0236553,-0.0455147,0.0404344;RO=3;SAF=1,2,4,2;SAR=4,6,17,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.435374,0,0,0;SSEP=0.30131,0,0,0;SSSB=-0.116878,-0.0509198,-0.0512181,0.0436878;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00535093,-0.0211065,-0.00566019,0.0105027;OID=.,.,.,.;OPOS=233086483,233086484,233086484,233086484;OREF=GC,CC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GC,GG,GGC,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0227273,0.136364,0.840909,0:5,8,21,5:47:1,6,37,0:44:0:0,1,9,0:1,5,28,0:0:0:22:3:1,2,4,2:4,6,17,3:1:2 chr1 233091463 . T A 340.59 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00526374;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.192;QD=15.1373;RBI=0.00913524;REFB=-0.00941454;REVB=0.0074663;RO=49;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135491;STB=0.569993;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0132582;OID=.;OPOS=233091463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:49:53:37:37:0.411111:25:12:22:27:25:12:23:30 chr1 233121791 . G A 224.82 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0216955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2339;QD=17.6326;RBI=0.0277707;REFB=0.0053693;REVB=-0.0173355;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130542;STB=0.573709;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.010841;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:15:12:14:10:15:12 chr1 233122127 . C T 156.33 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00956916;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.762;QD=14.8886;RBI=0.0364303;REFB=-0.0237382;REVB=-0.0351511;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262598;STB=0.642682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0245129;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:13:11:12:5:13:12 chr1 233134086 . C T 522.96 PASS AF=0.411348;AO=57;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0159426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.047;QD=14.8356;RBI=0.0187228;REFB=-0.0184977;REVB=-0.00981721;RO=83;SAF=29;SAR=28;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606754;STB=0.52894;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0306231;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:57:58:0.411348:28:29:47:36:28:30:47:36 chr1 233231571 . T C 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0692239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.439;QD=18.4126;RBI=0.0724546;REFB=-0.00243633;REVB=0.0213944;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776922;STB=0.543451;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00246856;OID=.;OPOS=233231571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:22:11:14:20:22:11:14:20 chr1 233515413 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0130227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.756;QD=25.7315;RBI=0.0144285;REFB=-0.00709787;REVB=0.00621221;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140573;STB=0.577719;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00640354;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:6:13:13:13:6:13 chr1 233518983 . G GT,T 2318.12 PASS AF=1,0;AO=139,7;DP=161;FAO=157,0;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0;FSAR=96,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523904,-0.0325727;FXX=0.0125778;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.3262,3.70081;QD=59.0603;RBI=0.0525128,0.0668129;REFB=0,0;REVB=-0.00358335,-0.0583351;RO=14;SAF=49,2;SAR=90,5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0929211,-0.559951;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000451281,0;OID=.,.;OPOS=233518984,233518983;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:157:14:0:139,7:157,0:1,0:90,5:49,2:12:2:96,0:61,0:0:0 chr1 233518998 . C T 2551.16 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848791;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.4;QD=61.8464;RBI=0.0358586;REFB=0;REVB=-0.0348396;RO=0;SAF=62;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30626e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463883;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:103:62:0:0:103:62:0:0 chr1 233520845 . T C 275.43 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0040041;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.994;QD=21.6023;RBI=0.0229709;REFB=-0.0094048;REVB=0.0226192;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631229;STB=0.542571;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00656877;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:17:11:7:15:17:11:7:16 chr1 233759918 . T C 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0168651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.743;QD=20.6448;RBI=0.0169484;REFB=-0.00358502;REVB=0.00167776;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821373;STB=0.545432;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00269649;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:15:22:20:20:15:22 chr1 233785786 . A C 775.48 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000101719;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.29;QD=27.2099;RBI=0.0037579;REFB=-0.00329991;REVB=0.00375652;RO=42;SAF=40;SAR=31;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222819;STB=0.506916;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00261216;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:42:43:71:71:0.622807:31:40:25:17:31:40:25:18 chr1 234040898 . G A 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00170514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.572;QD=21.1903;RBI=0.00677588;REFB=-0.0226039;REVB=-0.00655782;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386813;STB=0.521269;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0220333;OID=.;OPOS=234040898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:30:25:24:24:30:25:24:24 chr1 234041317 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.040374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.346;QD=10.9733;RBI=0.0416068;REFB=-0.00613189;REVB=0.0100534;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263309;STB=0.533289;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0154228;OID=.;OPOS=234041317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:31:15:15:0.326087:8:7:13:15:8:7:16:15 chr1 234041422 . G C 265.16 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0152715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4851;QD=11.2832;RBI=0.0307582;REFB=-0.0175775;REVB=0.0266992;RO=62;SAF=14;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125943;STB=0.572899;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0163022;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:18:14:34:28:18:14:34:28 chr1 234442257 . A T 573.38 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=100;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00924906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.138;QD=22.7082;RBI=0.0102173;REFB=-0.00980856;REVB=-0.00434148;RO=44;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037009;STB=0.5209;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00767319;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:44:45:55:56:0.554455:30:25:22:22:30:26:23:22 chr1 234509251 . C A 381.42 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0241023;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3016;QD=24.6075;RBI=0.0279164;REFB=-0.0139838;REVB=0.0140856;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193579;STB=0.606269;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00846998;OID=.;OPOS=234509251;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:25:37:37:0.596774:14:23:9:16:14:23:9:16 chr1 234509259 . G C 195.51 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00747241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.967;QD=12.6133;RBI=0.00747426;REFB=-0.0246792;REVB=0.000166086;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228667;STB=0.639884;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0344016;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:14:9:23:15:15:9:23:15 chr1 234529552 . C T 344.18 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00879086;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.597;QD=16.1969;RBI=0.00980099;REFB=-0.0219983;REVB=-0.00433362;RO=48;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263404;STB=0.514831;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0173466;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:48:37:37:0.435294:21:16:22:26:21:16:22:26 chr1 234529570 . G A 251.31 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0331972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.407;QD=17.0379;RBI=0.0383873;REFB=-0.000453977;REVB=-0.0192751;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154061;STB=0.576218;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000465801;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:14:14:10:20:14:14:11:20 chr1 234546245 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0352549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9523;QD=15.6452;RBI=0.0498859;REFB=0.0087627;REVB=-0.0352943;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218082;STB=0.612577;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0324139;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:10:12:9:19:10:12:10:19 chr1 234569192 . T C 332.9 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0130089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.697;QD=19.023;RBI=0.0222515;REFB=-0.010808;REVB=0.0180527;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148261;STB=0.587595;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00583645;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:13:21:16:19:13:22:16:19 chr1 234573025 . T C 141.73 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00464286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7965;QD=13.8278;RBI=0.0365347;REFB=0.00683853;REVB=0.0362384;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127805;STB=0.574375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0110238;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:14:11:9:7:14:11 chr1 234582651 . T C 616.28 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00243841;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.92;QD=24.4071;RBI=0.0115956;REFB=-0.0161318;REVB=0.0113363;RO=41;SAF=29;SAR=30;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521832;STB=0.533188;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00878882;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:41:42:59:59:0.584158:30:29:23:18:30:29:24:18 chr1 234606998 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0536206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.635;QD=15.9176;RBI=0.0576967;REFB=0.0124238;REVB=0.0213011;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25507;STB=0.649101;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00830679;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:7:8:10:3:7:8 chr1 234740141 . G A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0513666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4545;QD=16.5604;RBI=0.0514299;REFB=-0.0128115;REVB=-0.00255126;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738495;STB=0.541636;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0181148;OID=.;OPOS=234740141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:16:15:11:16:16:15 chr1 234740917 . C CAGTTATAAT 202.34 PASS AF=0.329114;AO=24;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0166905;FXX=0.0365809;HRUN=3;LEN=9;MLLD=326.719;QD=10.2449;RBI=0.0187298;REFB=0.00224947;REVB=-0.008499;RO=50;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220194;STB=0.62453;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.00397651;OID=.;OPOS=234740918;OREF=-;OALT=AGTTATAAT;OMAPALT=CAGTTATAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329114:24:79:26:79:53:17:9:25:28:99:50:16:8:24:26 chr1 234744250 . G A 1114.16 PASS AF=0.535354;AO=103;DP=193;FAO=106;FDP=198;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=86;FSRF=25;FSRR=67;FWDB=0.013542;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0977;QD=22.5082;RBI=0.0406138;REFB=-0.0134407;REVB=0.0382896;RO=89;SAF=18;SAR=85;SRF=22;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985079;STB=0.55843;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0102253;OID=.;OPOS=234744250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:198:89:92:103:106:0.535354:85:18:22:67:86:20:25:67 chr1 235040004 . G A 736.08 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.442;QD=61.3403;RBI=0.0249398;REFB=-0.0745206;REVB=0.0125307;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000151974;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:0:1 chr1 235383188 . A G 211.53 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00539511;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.909;QD=14.1019;RBI=0.0151732;REFB=-0.00375213;REVB=-0.0141817;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211344;STB=0.614469;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00265323;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:35:25:25:0.416667:13:12:9:24:13:12:10:25 chr1 235392546 . T C 146.6 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0445726;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8722;QD=24.4328;RBI=0.0628684;REFB=0.0202316;REVB=0.0443363;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512803;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00859882;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:10:9:15:15:0.625:3:12:8:2:3:12:7:2 chr1 235652513 . T C 732.11 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00575087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4851;QD=51.376;RBI=0.0505627;REFB=-0.0270959;REVB=0.0502346;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462903;STB=0.524581;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0122171;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:29:25:0:3:29:25:0:3 chr1 235705001 . G T 1494.86 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503163;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5919;QD=63.611;RBI=0.00988614;REFB=0;REVB=-0.0085099;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44661e-05;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr1 235715523 . A G 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2352;QD=60.8801;RBI=0.00268192;REFB=0;REVB=-0.000997833;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31228e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr1 235954967 . T C 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00707148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.704;QD=22.8804;RBI=0.0228925;REFB=-0.0280635;REVB=0.0217729;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394431;STB=0.533879;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0182618;OID=.;OPOS=235954967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:24:11:9:16:24:11:10:16 chr1 236141174 . T C 1239.25 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000396473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.731;QD=61.1976;RBI=0.0248429;REFB=0;REVB=0.0248398;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909461;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:34:45:0:0:36:45:0:0 chr1 236144951 . A G 901.05 PASS AF=1;AO=43;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5251;QD=58.1322;RBI=0.241375;REFB=0;REVB=-0.0126372;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154944;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:43:62:1:30:13:0:0:33:29:0:0 chr1 236175339 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.059;QD=58.9627;RBI=0.031078;REFB=0;REVB=-0.0214456;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06396e-06;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr1 236208773 . C T 209.35 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00351767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.76;QD=13.7277;RBI=0.00987549;REFB=-0.010436;REVB=-0.00922775;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178465;STB=0.510196;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00919297;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:21:15:10:15:21:15 chr1 236371831 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0607348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5639;QD=21.5105;RBI=0.0703704;REFB=0.0175441;REVB=0.0355426;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00543695;OID=.;OPOS=236371831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:9:10:12:9:9:10 chr1 236381825 . G C 1034.32 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00205314;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1644;QD=58.2713;RBI=0.088757;REFB=0.00374557;REVB=0.0887333;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000986805;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:38:32:0:1:38:32:0:1 chr1 236389999 . C T 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0314689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.306;QD=13.2231;RBI=0.0349804;REFB=-0.00975128;REVB=-0.0152754;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218462;STB=0.512493;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0157029;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:20:15:26:32:20:15:26:32 chr1 236557771 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.723;QD=62.6139;RBI=0.0315435;REFB=0;REVB=0.0301943;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04383e-05;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr1 236687782 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0207033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.247;QD=22.9574;RBI=0.0285704;REFB=0.00478556;REVB=0.0196886;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340571;STB=0.519102;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00307112;OID=.;OPOS=236687782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:3:8:11:5:3:8 chr1 236700807 . T A 762.04 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0093876;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.164;QD=53.4762;RBI=0.0488024;REFB=-0.0592309;REVB=0.047891;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000699586;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:2:2:54:55:0.964912:27:27:1:1:28:27:1:1 chr1 236700823 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000161056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.933;QD=58.7817;RBI=0.012853;REFB=0;REVB=-0.012852;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49904e-05;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr1 236700857 . C T 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101504;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.185;QD=58.8108;RBI=0.0522379;REFB=0;REVB=-0.0512423;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162666;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr1 236702209 . CA TG 1596.81 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113279;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.512;QD=60.2571;RBI=0.0140328;REFB=0;REVB=0.00828251;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.37292e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr1 236702374 . G A 1209.05 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.861;QD=61.2175;RBI=0.0326834;REFB=0;REVB=0.0279318;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72121e-05;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:48:30:0:0:49:30:0:0 chr1 236706780 . C T 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.209;QD=59.9225;RBI=0.0475023;REFB=0;REVB=-0.0417679;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9075e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr1 236706862 . G C 2045.94 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6841;QD=62.4714;RBI=0.0488136;REFB=0;REVB=0.0294111;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43935e-05;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:67:64:0:0:67:64:0:0 chr1 236711323 . T C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1074;QD=59.8289;RBI=0.0703748;REFB=0;REVB=0.0671069;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278277;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr1 236714064 . A C 714.97 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.949;QD=60.8483;RBI=0.109975;REFB=-0.0905825;REVB=0.108926;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00147354;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:1:0 chr1 236716959 . C T 2495.98 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000122766;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.612;QD=61.6291;RBI=0.0335964;REFB=0;REVB=0.0335962;RO=0;SAF=76;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01069e-05;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:86:76:0:0:86:76:0:0 chr1 236717926 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7466;QD=58.7815;RBI=0.0248023;REFB=0;REVB=-0.0157623;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358435;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr1 236718620 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8635;QD=58.2379;RBI=0.0562146;REFB=0;REVB=0.0471526;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166261;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 236719135 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2973;QD=57.1612;RBI=0.0537977;REFB=0;REVB=-0.00200885;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656425;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr1 236719193 . A C,G 350.69 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227171,0.0895545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0165,193.614;QD=53.953;RBI=0.00707601,0.0898677;REFB=0,0;REVB=0.00670144,0.00749598;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86584e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0288657,-0.00100665;OID=.,.;OPOS=236719193,236719193;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,21:0,3:0:0:2,21:0,3:0:0 chr1 236721610 . G A 944.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2388;QD=58.1434;RBI=0.0858888;REFB=0;REVB=0.0835383;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129084;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:31:32:0:0:33:32:0:0 chr1 236721660 . T C 1540.26 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.898;QD=61.6104;RBI=0.044521;REFB=-0.0599303;REVB=0.0417872;RO=2;SAF=47;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019753;STB=0.510415;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00089792;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:51:47:2:0:51:47:2:0 chr1 236721731 . T C 1636.49 PASS AF=0.965517;AO=111;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0447861;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9321;QD=56.4308;RBI=0.0776691;REFB=-0.169131;REVB=0.0634562;RO=3;SAF=53;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946187;STB=0.509241;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00678549;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:117:116:3:4:111:112:0.965517:58:53:2:1:58:54:3:1 chr1 236724504 . G A 304.7 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.347;QD=52.9921;RBI=0.031254;REFB=0;REVB=0.0230864;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55502e-05;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:5:16:0:0:7:16:0:0 chr1 236744712 . C A 483.32 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.162;QD=58.5846;RBI=0.0424216;REFB=0;REVB=0.0166488;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134222;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr1 236746443 . C T 1244.54 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024413;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.362;QD=59.2637;RBI=0.0360622;REFB=-0.101443;REVB=0.0265422;RO=2;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110196;STB=0.500582;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00442501;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:2:2:82:82:0.97619:43:39:1:1:43:39:1:1 chr1 236748505 . T C 715.25 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=60;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0291047;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.547;QD=48.4917;RBI=0.0349162;REFB=-0.0468916;REVB=0.0192888;RO=5;SAF=20;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.555535;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00773476;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:59:5:5:53:54:0.915254:33:20:5:0:34:20:5:0 chr1 236749649 . T C 735.64 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583215;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.183;QD=63.9685;RBI=0.0107842;REFB=0;REVB=-0.00907106;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158509;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 236755837 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9083;QD=61.6835;RBI=0.0133716;REFB=0;REVB=-0.00294588;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114871;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 236758887 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.077;QD=57.0007;RBI=0.0537455;REFB=0;REVB=0.0526053;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20205e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr1 236767330 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.815;QD=62.0075;RBI=0.0208892;REFB=0;REVB=-0.0145971;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62332e-07;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr1 236882303 . T C 1384.55 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00063004;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.517;QD=62.9343;RBI=0.0199253;REFB=0;REVB=0.0199153;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83611e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:53:34:0:0:53:35:0:0 chr1 236883421 . C T 879.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.26;QD=57.6496;RBI=0.0191988;REFB=0;REVB=-0.0171201;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195754;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr1 236925844 . G A 3182.46 PASS AF=0.981308;AO=208;DP=214;FAO=210;FDP=214;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0134256;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.034;QD=59.4853;RBI=0.0137814;REFB=-0.11656;REVB=0.00311125;RO=4;SAF=87;SAR=121;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301553;STB=0.501553;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=6.62849e-05;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:214:214:4:4:208:210:0.981308:121:87:2:2:122:88:2:2 chr1 236926445 . T C 273.0 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.000828823;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.072;QD=12.2695;RBI=0.0300936;REFB=-0.00476808;REVB=0.0300822;RO=57;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958134;STB=0.555204;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00671679;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:57:57:32:32:0.359551:13:19:29:28:13:19:29:28 chr1 237058729 . C T 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0102608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.904;QD=15.0439;RBI=0.0120595;REFB=-0.00868678;REVB=-0.00633621;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282449;STB=0.519834;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00920374;OID=.;OPOS=237058729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:26:21:26:36:26:21:26:37 chr1 237058748 . C T 385.54 PASS AF=0.52;AO=36;DP=71;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0655062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.049;QD=20.562;RBI=0.0911208;REFB=-0.0473774;REVB=0.0633398;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368673;STB=0.543788;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0234009;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:35:36:36:39:0.52:20:16:17:18:23:16:18:18 chr1 237063897 . GTTTTTTAC GTTTTTAC,GTTTTTACT,GTTTTTATC 94.05 PASS AF=0.243902,0.0894309,0;AO=35,9,6;DP=125;FAO=30,11,0;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=22,11,0;FSAR=8,0,0;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=-0.280695,-0.0383829,-0.131105;FXX=0.00806387;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,2;MLLD=8.80068,105.551,161.899;QD=3.05848;RBI=0.280696,0.0384828,0.131139;REFB=-0.180037,-0.015146,-0.0102651;REVB=0.000459266,-0.00277154,0.00298767;RO=64;SAF=26,9,6;SAR=9,0,0;SRF=9;SRR=55;SSEN=0,0,0;SSEP=0.347826,0,0;SSSB=0.607832,0.815658,0.778324;STB=0.797625,0.999316,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.11627,0.181562,-0.00864403;OID=.,.,.;OPOS=237063898,237063903,237063903;OREF=T,TAC,TA;OALT=-,ACT,AT;OMAPALT=GTTTTTAC,GTTTTTACT,GTTTTTATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0.0894309,0:35,9,6:125:30,11,0:123:82:22,11,0:8,0,0:24:58:56:64:26,9,6:9,0,0:9:55 chr1 237066853 . C T 320.73 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0163673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.585;QD=21.3818;RBI=0.039934;REFB=-0.00538191;REVB=-0.0364257;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821256;STB=0.545427;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00640988;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:15:12:18:15:15:12 chr1 237433625 . C T 2907.39 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303824;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.053;QD=63.2042;RBI=0.0334709;REFB=0;REVB=-0.0140431;RO=0;SAF=70;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29911e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13904e-05;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:184:184:1:114:70:0:0:114:70:0:0 chr1 237617757 . C T 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00784505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.298;QD=9.21655;RBI=0.00878378;REFB=-0.0091397;REVB=-0.00395096;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853006;STB=0.551385;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.019309;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:11:5:14:23:11:5:14:23 chr1 237711797 . A G 1120.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499007;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6405;QD=60.5572;RBI=0.0509112;REFB=0;REVB=0.0100929;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296394;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr1 237766753 . A G 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0182317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.024;QD=18.9477;RBI=0.0205312;REFB=-0.0309741;REVB=-0.00944119;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207243;STB=0.6157;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0229842;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:10:17:11:17:10:17 chr1 237801770 . T C 1587.44 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7922;QD=64.1391;RBI=0.053663;REFB=0;REVB=0.0437979;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223298;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:63:36:0:0:63:36:0:0 chr1 237814783 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4145;QD=63.5807;RBI=0.0332932;REFB=0;REVB=-0.00705839;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049254;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 237863718 . T G 727.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.76;QD=63.2536;RBI=0.0394373;REFB=0;REVB=0.0135422;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71231e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr1 237881770 . C T 2409.01 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.18;QD=64.2402;RBI=0.0159274;REFB=0;REVB=-0.0143291;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17735e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:78:72:0:0:78:72:0:0 chr1 237890437 . C T 1442.13 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138821;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.435;QD=62.027;RBI=0.0140588;REFB=-0.0794739;REVB=0.00222202;RO=1;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123114;STB=0.506492;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00251776;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:38:54:0:1:38:54:0:1 chr1 237997087 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.021526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.401;QD=13.4577;RBI=0.0237853;REFB=-0.00545937;REVB=-0.0101177;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329583;STB=0.519207;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0182756;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:17:9:6:10:17:9 chr1 238107035 . C G 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00328481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.071;QD=18.8064;RBI=0.00948437;REFB=-0.00202809;REVB=-0.00889738;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086554;STB=0.548189;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00192358;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:21:16:19:17:21:16 chr1 238114860 . G A 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0249148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.627;QD=12.6465;RBI=0.0253868;REFB=-0.00586683;REVB=0.00487289;RO=59;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066889;STB=0.538439;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00902261;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:21:13:26:33:21:13:26:33 chr1 238114934 . G A 417.43 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.01998;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4073;QD=17.0379;RBI=0.0256554;REFB=-0.00115819;REVB=0.0160934;RO=55;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237328;STB=0.513321;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00141145;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:26:17:23:32:26:17:23:32 chr1 238114936 . A G 368.59 PASS AF=0.40404;AO=42;DP=97;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0103612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.195;QD=14.8924;RBI=0.0103613;REFB=-0.0161708;REVB=4.59504e-05;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270624;STB=0.567591;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0152207;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:54:59:42:40:0.40404:24:18:23:31:26:14:27:32 chr1 240073131 . ATACT A 361.67 PASS AF=0.463415;AO=33;DP=85;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00802589;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.839;QD=17.6424;RBI=0.0163192;REFB=-0.0204231;REVB=-0.0142093;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745245;STB=0.540519;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=0.0199953;OID=.;OPOS=240073132;OREF=TACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:33:85:38:82:44:17:21:23:21:99:40:14:19:20:20 chr1 240073226 . C T 323.74 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0258914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.908;QD=14.3883;RBI=0.0272585;REFB=-0.00111501;REVB=-0.0085241;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495218;STB=0.52221;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00236809;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:18:18:24:29:18:18:25:29 chr1 240073619 . G A 33.64 PASS AF=0.115942;AO=10;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0660889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.499;QD=1.94987;RBI=0.230822;REFB=-0.0191022;REVB=-0.221159;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164437;STB=0.765309;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.141851;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:69:69:58:61:10:8:0.115942:4:6:27:31:2:6:27:34 chr1 240074420 . C G 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00307518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9612;QD=20.0825;RBI=0.0162643;REFB=1.91355e-05;REVB=0.015971;RO=36;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450855;STB=0.525024;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000129231;OID=.;OPOS=240074420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:23:15:16:20:23:15:16:20 chr1 240074981 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0345512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.16;QD=11.1311;RBI=0.0470829;REFB=-0.00374522;REVB=-0.0319845;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48654;STB=0.780388;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00459471;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:2:15:4:6:2:15 chr1 240076608 . A G 238.33 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.026842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.69;QD=16.158;RBI=0.0341417;REFB=-0.0192933;REVB=0.0210988;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490181;STB=0.520624;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0174898;OID=.;OPOS=240076608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:17:10:13:18:17:10:13:19 chr1 240077309 . A G 208.23 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0758747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.957;QD=21.9193;RBI=0.0758856;REFB=-0.0171487;REVB=-0.00128365;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409407;STB=0.529383;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0189818;OID=.;OPOS=240077309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:17:3:3:14:18:3:3:14 chr1 240077669 . A G 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0520899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.074;QD=24.4915;RBI=0.0572402;REFB=-0.0116757;REVB=-0.0237292;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240871;STB=0.633388;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0100136;OID=.;OPOS=240077669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:3:12:10:11:3:12 chr1 240370629 . C G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.559;QD=56.1879;RBI=0.0517738;REFB=0;REVB=0.0339261;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382291;OID=.;OPOS=240370629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 240939104 . G A 1116.13 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443941;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.835;QD=60.3313;RBI=0.00753637;REFB=0;REVB=-0.00609002;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11618e-05;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr1 240939152 . A G 876.81 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.057835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.315;QD=54.8005;RBI=0.0681607;REFB=-0.0624629;REVB=0.0360692;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00382587;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:33:29:0:1:33:29:1:1 chr1 241695792 . T C 453.39 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0131866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.35;QD=19.7127;RBI=0.0274462;REFB=-0.0225191;REVB=0.0240709;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381256;STB=0.521159;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0331754;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:24:21:20:27:24:21:20:27 chr1 241712134 . C T 917.97 PASS AF=0.484211;AO=93;DP=190;FAO=92;FDP=190;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=30;FWDB=-0.0111092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.484;QD=19.3257;RBI=0.0228088;REFB=-0.0117193;REVB=-0.0199205;RO=97;SAF=53;SAR=40;SRF=67;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116627;STB=0.568706;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0110542;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:98:93:92:0.484211:40:53:67:30:40:52:68:30 chr1 241798631 . C T 989.0 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.662;QD=59.0448;RBI=0.00993225;REFB=0;REVB=0.00942221;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52909e-06;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:41:26:0:0 chr1 241907817 . T C 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00782868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.321;QD=19.3911;RBI=0.0191826;REFB=-0.0074209;REVB=0.0175124;RO=50;SAF=28;SAR=26;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857761;STB=0.532491;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00748738;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:53:54:54:0.504673:26:28:21:29:26:28:24:29 chr1 242030151 . A G 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00108977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.436;QD=21.8716;RBI=0.0707602;REFB=0.0117571;REVB=0.0707518;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209685;STB=0.616375;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00843689;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:15:8:17:11:15:8 chr1 242042545 . A G 1047.28 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00931461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.823;QD=58.1824;RBI=0.0162757;REFB=0.0334093;REVB=0.0133468;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000686304;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:0:1:70:71:0.986111:37:33:0:0:38:33:0:1 chr1 242045275 . C T 648.23 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00487824;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.444;QD=19.9457;RBI=0.0125312;REFB=-0.00454303;REVB=-0.0115427;RO=64;SAF=37;SAR=28;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00616835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550499;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:64:65:65:65:0.5:28:37:36:28:28:37:37:28 chr1 242045283 . T A 649.55 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0164076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1587;QD=20.1412;RBI=0.0468552;REFB=-0.0210903;REVB=-0.0438885;RO=63;SAF=37;SAR=28;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165025;STB=0.504503;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0179714;OID=.;OPOS=242045283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:64:65:65:0.503876:28:37:37:26:28:37:37:27 chr1 242048674 . C T 524.24 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0115147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4981;QD=17.3302;RBI=0.0191433;REFB=-0.00462026;REVB=-0.0152931;RO=65;SAF=23;SAR=33;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138757;STB=0.577203;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00512331;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:33:23:36:29:33:23:36:29 chr1 242053030 . ATTTTG ATTTG,ATTTGT 212.82 PASS AF=0.517241,0;AO=27,4;DP=60;FAO=30,0;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11,0;FSAR=19,0;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0783439,-0.0176003;FXX=0.0333278;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.808,18.8432;QD=14.6773;RBI=0.118793,0.0314504;REFB=0.0247955,0.0282553;REVB=0.0892967,-0.0260645;RO=23;SAF=11,0;SAR=16,4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0515799,-0.586756;STB=0.513504,0.5;STBP=0.846,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00937823,0;OID=.,.;OPOS=242053031,242053034;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTG,ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241,0:27,4:60:30,0:58:28:11,0:19,0:11:17:99:23:11,0:16,4:8:15 chr1 242222754 . A G 1518.12 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00613527;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.822;QD=62.6029;RBI=0.0065062;REFB=-0.112305;REVB=-0.00216545;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839387;STB=0.504424;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00105439;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:56:40:0:1:56:40:0:1 chr1 242253024 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00529658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.789;QD=10.3662;RBI=0.00650156;REFB=-0.000995138;REVB=0.00377049;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680723;STB=0.539737;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00163145;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:26:17:10:12:26:17 chr1 243375240 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0150683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.337;QD=14.7985;RBI=0.0207244;REFB=-0.00656906;REVB=-0.0142284;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00987332;OID=.;OPOS=243375240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:7:6:4:7:7:6 chr1 243579112 . G A 488.76 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8359;QD=55.8578;RBI=0.113807;REFB=-0.144942;REVB=0.045337;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00884637;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:35:1:1:33:34:0.971429:16:17:0:1:16:18:0:1 chr1 244219563 . A G 1033.71 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194715;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.223;QD=58.2375;RBI=0.0354036;REFB=-0.129396;REVB=0.0295681;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000239811;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr1 244267292 . T C 37.57 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00632738;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.439;QD=7.51312;RBI=0.0288548;REFB=-0.0195256;REVB=0.0281525;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109988;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.042707;OID=.;OPOS=244267292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:20:13:14:5:6:0.3:2:3:9:4:3:3:9:5 chr1 244724092 . G A 723.78 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00251194;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.699;QD=20.2457;RBI=0.0179549;REFB=-0.0118629;REVB=-0.0177783;RO=72;SAF=41;SAR=30;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715317;STB=0.539463;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0122796;OID=.;OPOS=244724092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:72:71:71:0.496503:30:41:36:36:30:41:36:36 chr1 244735858 . A G 249.85 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00932227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1941;QD=16.6566;RBI=0.00962599;REFB=-0.00223199;REVB=0.00239896;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424893;STB=0.502391;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00365186;OID=.;OPOS=244735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:15:17:15:13:15:17 chr1 244754961 . C A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00827988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.497;QD=9.492;RBI=0.018503;REFB=-0.00174093;REVB=0.016547;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383826;STB=0.736288;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00235552;OID=.;OPOS=244754961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:8:10:2:7:8:10 chr1 244773784 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.569;QD=62.9826;RBI=0.0432071;REFB=0;REVB=0.0256039;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122239;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 244773803 . T C 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0365172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.324;QD=22.5988;RBI=0.0571148;REFB=-0.0104582;REVB=0.0439157;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898561;STB=0.550413;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00953894;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:12:8:7:16:12:8 chr1 245027349 . C T 334.9 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.142342;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.093;QD=26.2666;RBI=0.144262;REFB=-0.0131335;REVB=0.0234565;RO=19;SAF=2;SAR=30;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109716;STB=0.560706;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00813853;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:19:32:32:0.627451:30:2:2:17:30:2:2:17 chr1 245133662 . G C 78.56 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0703174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4503;QD=14.9641;RBI=0.0717397;REFB=-0.0145373;REVB=-0.0142144;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43747;STB=0.749583;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0106895;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:10:1:6:4:10:1 chr1 245245378 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00773106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.538;QD=9.58958;RBI=0.0135922;REFB=-0.00523762;REVB=-0.0111794;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208799;STB=0.626141;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0139587;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:8:5:17:13:8:5:17:13 chr1 245245402 . C T 114.25 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00122481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.407;QD=10.1555;RBI=0.0331813;REFB=-0.00101293;REVB=-0.0331586;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00363981;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:8:6:16:14:8:6:16:15 chr1 245703990 . G T 2410.94 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.765;QD=60.2735;RBI=0.0308246;REFB=0;REVB=0.0292164;RO=0;SAF=80;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13001e-05;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:160:0:0:147:160:1:67:80:0:0:71:89:0:0 chr1 245704130 . G C 901.66 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.645;QD=58.1713;RBI=0.0503802;REFB=0;REVB=0.0203552;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66409e-05;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:41:19:0:0:42:20:0:0 chr1 245851304 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.525;QD=35.5759;RBI=0.0331291;REFB=0;REVB=0.00876565;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377592;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 245861571 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.88;QD=63.2868;RBI=0.0195316;REFB=0;REVB=0.0167276;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90702e-05;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 246021941 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.042314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.305;QD=13.5338;RBI=0.0423199;REFB=-0.0176643;REVB=0.000704737;RO=50;SAF=24;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198567;STB=0.604811;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0311188;OID=.;OPOS=246021941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:9:24:28:22:9:24:30:22 chr1 246670481 . C G 4272.76 PASS AF=0.992754;AO=273;DP=274;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0329785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7312;QD=61.924;RBI=0.0331739;REFB=-0.000490114;REVB=0.0035957;RO=0;SAF=135;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500053;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=1.20077e-05;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:274:276:0:2:273:274:0.992754:138:135:0:0:139:135:1:1 chr1 246720798 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9217;QD=61.6807;RBI=0.0491606;REFB=0;REVB=-0.0467514;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877849;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 246755124 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.505;QD=64.4114;RBI=0.0322508;REFB=0;REVB=0.0132742;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62668e-05;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:31:19:0:0 chr1 246829616 . T C 848.47 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.000129646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.068;QD=20.6944;RBI=0.00165734;REFB=-0.00600654;REVB=0.00165226;RO=78;SAF=30;SAR=55;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100192;STB=0.558743;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00506621;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:79:85:85:0.518293:55:30:36:42:55:30:37:42 chr1 247040483 . A G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00947578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.739;QD=13.7412;RBI=0.00997208;REFB=-0.00378736;REVB=0.00310677;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186507;STB=0.605989;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00613303;OID=.;OPOS=247040483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:27:16:16:13:27:16 chr1 247048834 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0222939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.118;QD=19.0768;RBI=0.0284446;REFB=0.0129739;REVB=0.0176657;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244237;STB=0.635068;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0157173;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:10:29:18:20:10:29 chr1 247150740 . T C 725.81 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7282;QD=52.7863;RBI=0.112763;REFB=0.00551646;REVB=0.10292;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409165;STB=0.521731;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=1.3896e-05;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:31:22:2:0:31:22:2:0 chr1 247162658 . C T 632.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.656;QD=61.7555;RBI=0.0557504;REFB=0;REVB=0.0189064;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188328;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr1 247419509 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.913;QD=62.9827;RBI=0.0172663;REFB=0;REVB=-0.00316434;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27837e-05;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr1 247419664 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.661;QD=45.8068;RBI=0.0189292;REFB=0;REVB=0.00678775;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172804;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 247420421 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00746785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.649;QD=13.2038;RBI=0.018623;REFB=0.00757922;REVB=-0.0170601;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0354476;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr1 247458225 . T C 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00733928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=24.2685;RBI=0.0105546;REFB=0.0144865;REVB=0.0075852;RO=21;SAF=7;SAR=26;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772909;STB=0.547799;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00855541;OID=.;OPOS=247458225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:26:7:3:18:26:7:3:19 chr1 247587408 . C T 258.53 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=0.0138749;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.444;QD=22.9803;RBI=0.0259924;REFB=-0.0112925;REVB=0.0219794;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193376;STB=0.606481;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0108718;OID=.;OPOS=247587408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:21:24:24:0.533333:6:18:19:2:6:18:19:2 chr1 247587531 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.891;QD=60.2307;RBI=0.0381054;REFB=0;REVB=0.000604101;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7035e-05;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 247614617 . C T 220.96 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0423314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8279;QD=12.1076;RBI=0.0732659;REFB=-0.0135188;REVB=-0.0597993;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0254939;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:9:18:30:15:9:18:30:16 chr1 247614693 . C T 580.28 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8878;QD=59.5163;RBI=0.0302851;REFB=0;REVB=-0.0197449;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006037;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:15:24:0:0 chr1 247614896 . A C 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0169109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.834;QD=24.0726;RBI=0.0262069;REFB=-0.0356995;REVB=-0.0200205;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204544;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00745938;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:5:2:8:5:5:2 chr1 247615261 . GA G 500.48 PASS AF=0.401786;AO=91;DP=224;FAO=90;FDP=224;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=63;FWDB=0.0824284;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7779;QD=8.93713;RBI=0.179775;REFB=-0.0138808;REVB=-0.159764;RO=131;SAF=47;SAR=44;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188653;STB=0.504573;STBP=0.911;TYPE=del;VARB=0.0184434;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401786:91:224:90:224:134:47:43:71:63:99:131:47:44:70:61 chr1 247694958 . G A 492.19 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0268987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.418;QD=22.6296;RBI=0.0332821;REFB=-0.00831287;REVB=0.0195999;RO=40;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683469;STB=0.537618;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00701269;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:25:22:22:18:25:22:22:18 chr1 247695612 . G A 794.76 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00877514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.151;QD=53.8817;RBI=0.0092549;REFB=0.0545702;REVB=0.00294111;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-8.74901e-05;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:1:1:57:58:0.983051:33:24:0:1:33:25:0:1 chr1 247695756 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.384;QD=51.9147;RBI=0.0351818;REFB=0;REVB=0.000293103;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371534;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 247752019 . G C 1335.57 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9556;QD=62.1197;RBI=0.0125474;REFB=0;REVB=0.00532645;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24547e-05;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr1 247752161 . T C 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0351244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.326;QD=12.0231;RBI=0.0360146;REFB=-0.00890007;REVB=-0.0079577;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0130745;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:10:10:7:5:10:10 chr1 247752367 . A G 482.77 PASS AF=0.432;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0133845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.299;QD=15.4488;RBI=0.0165403;REFB=-0.00231047;REVB=-0.00971771;RO=69;SAF=22;SAR=31;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794775;STB=0.541374;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0033586;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:69:71:53:54:0.432:31:22:34:35:32:22:34:37 chr1 247769592 . C T 286.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00176177;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7758;QD=17.0898;RBI=0.0220065;REFB=0.00191087;REVB=0.0219359;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644777;STB=0.532447;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00730493;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:67:34:36:31:31:0.462687:13:18:22:12:13:18:23:13 chr1 247769752 . A G 414.89 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0325446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.275;QD=16.7632;RBI=0.0331352;REFB=-0.02533;REVB=0.00622834;RO=56;SAF=18;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118454;STB=0.566541;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0405654;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:25:18:30:26:25:18:30:26 chr1 247835674 . G A 1200.26 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0393224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.864;QD=58.5491;RBI=0.0433863;REFB=-0.0276902;REVB=0.0183337;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236586;STB=0.512497;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000484664;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:39:41:0:2:39:41:0:2 chr1 247835908 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.68;QD=61.3364;RBI=0.01963;REFB=0;REVB=0.0178807;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46732e-05;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 247836008 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.081;QD=60.9774;RBI=0.0256365;REFB=0;REVB=0.0246897;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87268e-05;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 247836207 . T A 744.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.557;QD=55.1676;RBI=0.0213961;REFB=-0.0798008;REVB=0.0149413;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74108e-05;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr1 247875415 . A G 259.35 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0235559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2352;QD=16.4664;RBI=0.0672475;REFB=-0.00905073;REVB=-0.0629869;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204624;STB=0.605989;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00821104;OID=.;OPOS=247875415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:13:16:11:22:13:16:12:22 chr1 247875608 . C G 507.79 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0731584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.833;QD=31.7366;RBI=0.0732359;REFB=-0.0244294;REVB=-0.00336894;RO=19;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605004;STB=0.532696;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0153989;OID=.;OPOS=247875608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:26:19:6:13:26:19:6:13 chr1 247875689 . A G 274.33 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00520126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.718;QD=28.1359;RBI=0.0146359;REFB=-0.0234079;REVB=-0.0136805;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04765;STB=0.518504;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00924412;OID=.;OPOS=247875689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:12:12:6:8:13:12:6:8 chr1 247921352 . C T 538.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.38;QD=59.8869;RBI=0.0404041;REFB=0;REVB=0.0337759;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254062;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr1 247921717 . C A 1150.2 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.542;QD=60.5368;RBI=0.0278439;REFB=0;REVB=0.00769561;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09473e-05;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:49:24:0:0:49:27:0:0 chr1 247921788 . CAGT CA,GTGT 44.43 PASS AF=0.444444,0.222222;AO=3,2;DP=14;FAO=4,2;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2,0;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.109908,-0.0905175;FXX=0.356888;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=49.7047,74.7809;QD=19.7469;RBI=0.140147,0.16426;REFB=-0.12647,-0.0814435;REVB=-0.0869574,-0.137069;RO=2;SAF=1,0;SAR=2,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39997,-0.727176;STB=0.571077,0.991947;STBP=0.794,0.382;TYPE=del,mnp;VARB=0.150217,0.169883;OID=.,.;OPOS=247921790,247921788;OREF=GT,CA;OALT=-,GT;OMAPALT=CA,GTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:14:9:2:3:3,2:4,2:0.444444,0.222222:2,2:1,0:2:0:2,2:2,0:1:2 chr1 247921888 . C T 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6746;QD=55.635;RBI=0.0722874;REFB=0;REVB=-0.0670123;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058996;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 247978319 . A G 1343.54 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.699;QD=61.07;RBI=0.0318523;REFB=-0.0103067;REVB=0.0276474;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=5.74113e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:43:44:1:0:43:44:1:0 chr1 247978541 . AAGG A 239.29 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526014;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.776;QD=50.3771;RBI=0.0271952;REFB=0;REVB=0.0266816;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.91382e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:19:19:0:10:9:0:0:4:0:7:8:0:0 chr1 248004614 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.858;QD=57.3928;RBI=0.0469058;REFB=-0.0939503;REVB=-0.000484923;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00345211;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:1:0:26:11:1:0 chr1 248004686 . GC G,GG 400.24 PASS AF=0.137931,0.862069;AO=5,24;DP=29;FAO=4,25;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456263,0.0423894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.526,282.727;QD=55.2059;RBI=0.0612468,0.05776;REFB=0,0;REVB=0.0408584,0.0392346;RO=0;SAF=2,8;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0216603,-0.00294742;OID=.,.;OPOS=248004687,248004687;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137931,0.862069:5,24:29:4,25:29:0:1,9:3,16:0:0:18:0:2,8:3,16:0:0 chr1 248004775 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.981;QD=56.1915;RBI=0.0470085;REFB=0;REVB=0.021305;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737167;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr1 248004848 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4047;QD=47.8224;RBI=0.0404448;REFB=0;REVB=0.0340419;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340891;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 248004877 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.576;QD=42.1826;RBI=0.0737696;REFB=0;REVB=0.0588985;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106685;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 248004884 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.711;QD=45.8068;RBI=0.0422827;REFB=0;REVB=0.0410568;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027198;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 248005213 . G C 500.15 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190633;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5381;QD=52.6474;RBI=0.0425185;REFB=-0.168154;REVB=0.0380055;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491765;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00435555;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:35:36:0.947368:17:18:2:0:17:19:2:0 chr1 248028219 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.474;QD=40.7629;RBI=0.0357848;REFB=0;REVB=0.0270327;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190573;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 248039451 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.000664457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.079;QD=14.0443;RBI=0.00258899;REFB=0.00358363;REVB=0.00250227;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562629;STB=0.520819;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00296059;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:10:18:27:12:10:18:27:13 chr1 248039713 . A G 302.01 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0150855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3843;QD=19.4845;RBI=0.0165758;REFB=-0.0142568;REVB=0.00686917;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849804;STB=0.547254;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0084627;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:17:13:17:15:17:13 chr1 248059423 . C T 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0561186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.16;QD=17.4082;RBI=0.0563533;REFB=-0.0109958;REVB=0.00513862;RO=48;SAF=17;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133899;STB=0.574962;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0120129;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:23:17:27:21:23:17:27:21 chr1 248059456 . G A 565.21 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00746321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.767;QD=19.8318;RBI=0.0312373;REFB=0.00420223;REVB=0.0303327;RO=55;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482377;STB=0.526307;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00235885;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:55:56:57:58:0.508772:29:28:30:25:29:29:31:25 chr1 248059476 . A C 576.36 PASS AF=0.472441;AO=58;DP=126;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0405784;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.971;QD=18.1529;RBI=0.0504292;REFB=-0.0231514;REVB=-0.0299416;RO=66;SAF=29;SAR=29;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504858;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0267019;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:66:67:58:60:0.472441:29:29:33:33:31:29:33:34 chr1 248059703 . T A 277.71 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00379849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.334;QD=18.5143;RBI=0.0098356;REFB=-0.0136215;REVB=0.00907251;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489716;STB=0.516881;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0157534;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:17:12:14:16:17:13:14:16 chr1 248059712 . T C 213.46 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0187984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.177;QD=16.1104;RBI=0.0258202;REFB=-0.0187955;REVB=0.0177003;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166439;STB=0.509426;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0153449;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:14:15:12:12:14:15 chr1 248059804 . C T 277.75 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00812005;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.557;QD=18.5165;RBI=0.0303125;REFB=-0.0232977;REVB=0.0292046;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329824;STB=0.533311;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0224181;OID=.;OPOS=248059804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:28:30:0.5:15:13:15:15:16:14:16:14 chr1 248059856 . T C 318.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0254219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1231;QD=18.1927;RBI=0.0414283;REFB=0.00356696;REVB=-0.0327113;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052795;STB=0.514277;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00785344;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:36:34:34:0.485714:17:17:15:19:17:17:17:19 chr1 248060029 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.49;QD=56.7057;RBI=0.0317962;REFB=0;REVB=0.0264891;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129376;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 248060230 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00631275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.269;QD=11.9197;RBI=0.00856468;REFB=-0.013584;REVB=0.00578818;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0205509;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr1 248060246 . TA T 41.8 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.17424;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.7345;QD=11.1455;RBI=0.174945;REFB=0.0210241;REVB=0.0156878;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=-0.0167031;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:16:7:15:8:4:3:5:3:40:8:4:3:5:3 chr1 248060279 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0312823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3302;QD=9.4916;RBI=0.0484523;REFB=-0.00168625;REVB=-0.0370005;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00133222;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:11:7:5:4:11:7 chr1 248060380 . C G 102.46 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0304831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3215;QD=7.73273;RBI=0.0321234;REFB=2.53565e-05;REVB=-0.0101337;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916863;STB=0.513793;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00169441;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:6:8:22:16:6:8:23:16 chr1 248084434 . G A 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0220428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.476;QD=17.7376;RBI=0.0220547;REFB=-0.00553897;REVB=0.000724077;RO=50;SAF=29;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138909;STB=0.57798;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00828893;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:13:29:28:22:13:29:28:22 chr1 248084464 . T C 1225.79 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.807;QD=60.5328;RBI=0.0104099;REFB=0;REVB=0.00262373;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190188;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:78:81:1:25:53:0:0:28:53:0:0 chr1 248084511 . T C 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0240819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.359;QD=24.2029;RBI=0.0264646;REFB=-0.0149708;REVB=0.0109742;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20792;STB=0.615266;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00938378;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:10:2:8:10:10:2 chr1 248085011 . C G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.868;QD=39.2018;RBI=0.115396;REFB=0;REVB=-0.0602022;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266888;OID=.;OPOS=248085011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 248085108 . C T 263.45 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=53;FWDB=0.0417695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.677;QD=10.6443;RBI=0.0451589;REFB=-0.00617981;REVB=0.0171649;RO=66;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31095;STB=0.680397;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0194996;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:67:32:32:0.323232:17:15:14:52:17:15:14:53 chr1 248085124 . G A 733.45 PASS AF=0.638095;AO=66;DP=106;FAO=67;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0154445;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0134;QD=27.9411;RBI=0.0463423;REFB=-0.00780422;REVB=-0.043693;RO=37;SAF=13;SAR=53;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27015;STB=0.634341;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00864851;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:37:38:66:67:0.638095:53:13:19:18:53:14:19:19 chr1 248112627 . T C 647.67 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00421891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.634;QD=17.5045;RBI=0.0100296;REFB=-0.0225878;REVB=0.00909913;RO=81;SAF=30;SAR=37;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330051;STB=0.501835;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0267834;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:37:30:36:45:37:30:36:45 chr1 248112745 . G T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.864;QD=59.6795;RBI=0.00931663;REFB=0;REVB=0.00363164;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72391e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr1 248112762 . TG CA 835.16 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730596;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.476;QD=57.5974;RBI=0.0140871;REFB=0;REVB=-0.0120444;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.03536e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr1 248112771 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.077;QD=58.2396;RBI=0.0204026;REFB=0;REVB=0.0202616;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8707e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr1 248112809 . A G 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154077;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.506;QD=59.3347;RBI=0.00173314;REFB=0;REVB=-0.000793596;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06156e-06;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 248112836 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.027;QD=57.3809;RBI=0.0403062;REFB=0;REVB=0.0315924;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268498;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr1 248112915 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00827273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.33;QD=12.7823;RBI=0.00833836;REFB=-0.00528807;REVB=-0.00104407;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00326549;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:4:10:8:2:4:10 chr1 248113026 . T A 943.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281348;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.767;QD=58.9646;RBI=0.0312436;REFB=0;REVB=0.0135866;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69105e-06;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr1 248113040 . A G 1156.96 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9237;QD=59.3313;RBI=0.018499;REFB=-0.0357949;REVB=-0.00151579;RO=1;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868522;STB=0.504586;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000144039;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:54:23:0:1:54:23:0:1 chr1 248128929 . G A 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0214443;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.322;QD=15.3239;RBI=0.0494864;REFB=-0.0202511;REVB=-0.0445987;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300606;STB=0.672868;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0303008;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:7:15:6:10:7:15 chr1 248129240 . G A 478.25 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0285;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4908;QD=21.7385;RBI=0.0357778;REFB=-0.0105005;REVB=0.0216288;RO=42;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216773;STB=0.619729;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00706606;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:42:42:46:46:0.522727:29:17:26:16:29:17:26:16 chr1 248264018 . C T 2180.74 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.758;QD=62.3068;RBI=0.0292402;REFB=-0.0345232;REVB=0.0133752;RO=1;SAF=69;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024511;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:140:1:0:138:140:1:69:69:1:0:70:70:0:0 chr1 248366792 . T C 2238.85 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8794;QD=62.6252;RBI=0.062833;REFB=-0.105711;REVB=0.0313704;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0008078;OID=.;OPOS=248366792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:141:142:0.993007:62:79:0:0:62:80:1:0 chr1 248402758 . C T 1335.33 PASS AF=1;AO=63;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.488;QD=61.3943;RBI=0.0419355;REFB=0;REVB=0.00544069;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691829;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:63:87:1:39:24:0:0:48:39:0:0 chr1 248436611 . G A 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.241;QD=56.673;RBI=0.0651386;REFB=0;REVB=0.0635721;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499949;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 248436616 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.009;QD=56.7049;RBI=0.0633861;REFB=0;REVB=0.0629226;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289511;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 248436805 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.548;QD=44.6898;RBI=0.0152725;REFB=0;REVB=0.00693146;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23371e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 248436972 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.61;QD=60.2046;RBI=0.0148631;REFB=0;REVB=0.0139625;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55258e-06;OID=.;OPOS=248436972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr1 248457979 . C A 1873.35 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.778;QD=60.922;RBI=0.0326993;REFB=0;REVB=0.0309614;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11978e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:1:0:122:123:1:64:58:0:1:65:58:0:0 chr1 248457993 . C G 1999.03 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=135;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0156856;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8011;QD=59.6724;RBI=0.0477091;REFB=-0.0205769;REVB=0.0450569;RO=1;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067414;STB=0.502812;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00137747;OID=.;OPOS=248457993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:134:1:3:130:131:0.977612:70:60:0:1:71:60:1:2 chr1 248458569 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.196;QD=33.4285;RBI=0.0423749;REFB=0;REVB=0.0378167;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168268;OID=.;OPOS=248458569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 248458676 . T C 505.75 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=43;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0036477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.55;QD=45.9776;RBI=0.0412679;REFB=-0.0492926;REVB=0.0411064;RO=7;SAF=12;SAR=24;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032014;STB=0.513362;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0121626;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:7:7:36:37:0.840909:24:12:3:4:24:13:3:4 chr1 248458689 . A G 565.68 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00374707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.65;QD=43.5138;RBI=0.0158506;REFB=-0.0227112;REVB=-0.0154013;RO=7;SAF=17;SAR=28;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135382;STB=0.507243;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00329927;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:28:17:3:4:28:17:3:4 chr1 248458717 . C G 888.46 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174243;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.863;QD=58.2599;RBI=0.0202149;REFB=0;REVB=-0.0102487;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72353e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:40:20:0:0:40:21:0:0 chr1 248458736 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.444;QD=60.5473;RBI=0.010864;REFB=0;REVB=0.00608856;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49885e-05;OID=.;OPOS=248458736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr1 248458760 . C A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.557;QD=62.1621;RBI=0.00590924;REFB=0;REVB=-0.00512431;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06067e-06;OID=.;OPOS=248458760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr1 248458875 . CT C 844.46 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167846;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.44;QD=57.2517;RBI=0.0302467;REFB=0;REVB=0.0251623;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.11921e-05;OID=.;OPOS=248458876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:59:59:0:30:29:0:0:5:0:30:28:0:0 chr1 248487016 . C T 1114.52 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000284085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.978;QD=60.2442;RBI=0.0273725;REFB=0;REVB=0.027371;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59453e-05;OID=.;OPOS=248487016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr1 248487338 . C A 5639.57 PASS AF=1;AO=359;DP=359;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.684;QD=62.8365;RBI=0.0323672;REFB=0;REVB=0.0302765;RO=0;SAF=184;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71962e-06;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:359:359:0:0:359:359:1:175:184:0:0:175:184:0:0 chr1 248487638 . A G 2879.44 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161316;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.145;QD=62.5965;RBI=0.0230371;REFB=-0.108982;REVB=0.0164463;RO=1;SAF=71;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522265;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:183:184:1:0:182:184:1:111:71:0:1:113:71:0:0 chr1 248487768 . A G 958.29 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0584326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5782;QD=57.2114;RBI=0.123664;REFB=-0.0928628;REVB=-0.108989;RO=1;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219643;STB=0.511624;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=7.90836e-05;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:21:45:0:1:21:45:0:1 chr1 248512498 . A G 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018426;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.27;QD=62.0386;RBI=0.0200587;REFB=0;REVB=-0.00792692;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0509e-05;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 248525135 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000939083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.199;QD=8.25517;RBI=0.0438881;REFB=-0.00483539;REVB=-0.0438781;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.014215;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr1 248525138 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0434092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.504;QD=7.76204;RBI=0.0481885;REFB=0.00798231;REVB=-0.0209232;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00919239;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr1 248525146 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00861928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4583;QD=25.7112;RBI=0.0239852;REFB=0.000175348;REVB=-0.022383;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216875;STB=0.512176;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00191126;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:3:3:7:6:3:3 chr1 248525193 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0566713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.362;QD=19.1082;RBI=0.0699814;REFB=0.0185495;REVB=-0.0410579;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.571265;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0126605;OID=.;OPOS=248525193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:3:3:6:3:3:3 chr1 248525285 . T C 215.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0232169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1961;QD=45.3076;RBI=0.0239041;REFB=-0.136887;REVB=-0.0056908;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00287072;OID=.;OPOS=248525285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr1 248525290 . CG TC 221.63 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158271;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.7769;QD=49.2518;RBI=0.0497852;REFB=0;REVB=-0.0472024;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000661809;OID=.;OPOS=248525290;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 248525330 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.676;QD=58.142;RBI=0.0270559;REFB=0;REVB=-0.0170397;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48471e-05;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 248525647 . C A 931.13 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0657274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.207;QD=56.4323;RBI=0.0659834;REFB=-0.0771643;REVB=-0.00580655;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.509801;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000563609;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:25:39:0:0:25:40:0:1 chr1 248525650 . C T 911.68 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0551112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.318;QD=55.2533;RBI=0.0599338;REFB=-0.146041;REVB=0.0235544;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.512816;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00113235;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:26:38:1:0:26:38:2:0 chr1 248525657 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.96;QD=58.5976;RBI=0.0247886;REFB=0;REVB=-0.0247027;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75239e-05;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr1 248525780 . C T 1807.56 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.783;QD=60.252;RBI=0.0544748;REFB=-0.104556;REVB=0.0414342;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.503448;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000234562;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:47:72:0:0:47:72:1:0 chr1 248550970 . A G 1120.67 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0481;QD=58.9828;RBI=0.0330202;REFB=0.0886718;REVB=-0.00239817;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0007806;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:45:30:1:0:45:30:1:0 chr1 248550976 . T G 1204.37 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.423;QD=60.9807;RBI=0.0205316;REFB=0;REVB=0.00817326;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154988;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:48:30:0:0:48:31:0:0 chr1 248551203 . T C 751.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3085;QD=62.5936;RBI=0.182091;REFB=0;REVB=-0.00119108;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179256;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 248551560 . C T 1517.09 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0168197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0439;QD=55.673;RBI=0.0170589;REFB=-0.0130315;REVB=0.00284708;RO=2;SAF=30;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305833;STB=0.520501;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0034736;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:2:4:105:105:0.963303:75:30:2:0:75:30:3:1 chr1 248551636 . T G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.052;QD=61.3642;RBI=0.0402567;REFB=0;REVB=0.0273462;RO=0;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55797e-05;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:78:42:0:0:78:42:0:0 chr1 248616401 . G A 383.38 PASS AF=0.204334;AO=66;DP=323;FAO=66;FDP=323;FR=.;FRO=257;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=133;FSRR=124;FWDB=-0.00970569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.9;QD=4.74775;RBI=0.0101423;REFB=-0.00370604;REVB=0.00294393;RO=254;SAF=27;SAR=39;SRF=132;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142542;STB=0.586385;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0145337;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:254:257:66:66:0.204334:39:27:132:122:39:27:133:124 chr1 248616408 . C T 369.13 PASS AF=0.196375;AO=65;DP=331;FAO=65;FDP=331;FR=.;FRO=266;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=135;FSRR=131;FWDB=0.00918449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0144;QD=4.46077;RBI=0.0289233;REFB=0.00232386;REVB=-0.0274263;RO=266;SAF=27;SAR=38;SRF=135;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119381;STB=0.574284;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0102383;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:266:266:65:65:0.196375:38:27:135:131:38:27:135:131 chr1 248637046 . G A 56.69 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00746201;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.93;QD=22.6751;RBI=0.0148804;REFB=-0.0168916;REVB=0.0128742;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0153103;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:10:3:3:7:7:0.7:2:5:1:2:2:5:1:2 chr1 248637362 . C T 208.18 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0148452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4383;QD=9.35651;RBI=0.020867;REFB=-0.0156881;REVB=-0.0146647;RO=62;SAF=23;SAR=4;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254592;STB=0.653615;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0425933;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:4:23:44:18:4:23:44:18 chr1 248637416 . GC CT 313.52 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=-0.00390426;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.829;QD=11.612;RBI=0.0322015;REFB=-0.0169466;REVB=-0.031964;RO=69;SAF=29;SAR=10;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671201;STB=0.538625;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.0252807;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:10:29:48:21:10:29:48:21 chr1 248637543 . C T 308.38 PASS AF=0.264706;AO=45;DP=170;FAO=45;FDP=170;FR=.;FRO=125;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=29;FWDB=-0.00645273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.907;QD=7.25607;RBI=0.0168161;REFB=-0.00597984;REVB=0.0155288;RO=124;SAF=29;SAR=16;SRF=96;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189072;STB=0.605102;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0144399;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:124:125:45:45:0.264706:16:29:96:28:16:29:96:29 chr1 248637597 . C T 375.97 PASS AF=0.276596;AO=52;DP=189;FAO=52;FDP=188;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=49;FWDB=-0.00212312;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.982;QD=7.99937;RBI=0.015172;REFB=-0.0152578;REVB=-0.0150227;RO=136;SAF=41;SAR=11;SRF=87;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227064;STB=0.63593;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0332662;OID=.;OPOS=248637597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:136:136:52:52:0.276596:11:41:87:49:11:41:87:49 chr1 248685253 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.459;QD=60.3762;RBI=0.0299367;REFB=0;REVB=0.0287983;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71725e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr1 248685719 . A T 450.93 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.000245858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.403;QD=19.1884;RBI=0.00529824;REFB=-0.0227663;REVB=0.00529253;RO=49;SAF=27;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524582;STB=0.529135;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0236729;OID=.;OPOS=248685719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:18:27:32:17:18:27:32:17 chr1 248722611 . C G 87.58 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=38.9244;RBI=0.0881363;REFB=0;REVB=0.0457269;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338124;OID=.;OPOS=248722611;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr1 248722613 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3931;QD=39.2067;RBI=0.0871561;REFB=0;REVB=-0.0425446;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00763979;OID=.;OPOS=248722613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 248722671 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.218;QD=59.0187;RBI=0.0336115;REFB=0;REVB=-0.0277805;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30697e-05;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 248722739 . G C 485.73 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0648643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3681;QD=49.8187;RBI=0.0678152;REFB=0.0406406;REVB=-0.0197868;RO=4;SAF=20;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350455;STB=0.518786;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00676135;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:15:20:3:1:15:20:3:1 chr1 248722752 . A G 471.87 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00921025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3168;QD=46.0361;RBI=0.0120074;REFB=-0.0620197;REVB=0.00770384;RO=5;SAF=20;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679353;STB=0.514278;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0128952;OID=.;OPOS=248722752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:41:5:6:35:35:0.853659:15:20:3:2:15:20:4:2 chr1 248722756 . T A 457.19 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0326621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.283;QD=45.7195;RBI=0.0327874;REFB=-0.0366467;REVB=-0.00286344;RO=6;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226601;STB=0.512188;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00760881;OID=.;OPOS=248722756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:14:20:4:2:14:20:4:2 chr1 248722767 . T C 448.38 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0013067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.494;QD=42.7033;RBI=0.00381982;REFB=-0.017571;REVB=-0.00358937;RO=8;SAF=20;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134288;STB=0.507242;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0233852;OID=.;OPOS=248722767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:8:8:34:34:0.809524:14:20:5:3:14:20:5:3 chr1 248722777 . T A 565.22 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000674836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6174;QD=53.8308;RBI=0.00277031;REFB=0.081821;REVB=0.00268686;RO=3;SAF=22;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597422;STB=0.531899;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00396554;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:17:22:3:0:17:22:3:0 chr1 248722788 . G T 431.18 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00808715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3863;QD=42.0663;RBI=0.0332494;REFB=-0.0566946;REVB=0.032251;RO=8;SAF=19;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182625;STB=0.509857;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0133097;OID=.;OPOS=248722788;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:14:19:5:3:14:19:5:3 chr1 248737343 . C T 96.92 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0185935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.435;QD=4.72795;RBI=0.0579915;REFB=-0.0139345;REVB=-0.0549299;RO=64;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1875;STB=0.626055;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0496517;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:80:82:64:66:16:16:0.195122:9:7:19:45:9:7:19:47 chr1 248737348 . G A 91.46 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=-0.00473175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5139;QD=4.0648;RBI=0.0171966;REFB=-0.000206746;REVB=-0.0165328;RO=74;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247907;STB=0.656721;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000361942;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:9:7:19:55:9:7:19:55 chr1 248737595 . A G 132.81 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00838385;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.14;QD=14.3575;RBI=0.00910097;REFB=-0.0161178;REVB=-0.003541;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.628382;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.019272;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:8:14:12:3:8:14 chr1 248789504 . T C 758.74 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255998;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.452;QD=57.2636;RBI=0.0324352;REFB=0;REVB=0.0199171;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224172;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:17:36:0:0 chr1 248790075 . A G 388.24 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.25;QD=55.463;RBI=0.085366;REFB=0;REVB=0.039329;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933158;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:14:14:0:0 chr1 248801592 . C T 715.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.36;QD=60.9353;RBI=0.0501257;REFB=-0.189808;REVB=0.0372459;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00300762;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr1 248801602 . T A,TCA 683.37 PASS AF=0,0.978723;AO=2,44;DP=47;FAO=0,46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00246114,0.0128104;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.495,135.902;QD=58.1591;RBI=0.010632,0.0612144;REFB=-0.0909643,-0.168921;REVB=0.0103432,0.0598589;RO=1;SAF=0,29;SAR=2,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0302851;STB=0.5,0.514279;STBP=1,0.283;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00411344;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:47:47:1:1:2,44:0,46:0,0.978723:2,15:0,29:0:1:0,17:0,29:0:1 chr1 248801610 . GC AT 721.2 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167328;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.515;QD=62.7131;RBI=0.0347418;REFB=0;REVB=0.0304468;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00307165;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr1 248801633 . A G 661.28 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433114;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.411;QD=60.1167;RBI=0.0441485;REFB=-0.0031189;REVB=-0.00855663;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=9.68484e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:17:26:1:0:17:26:1:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T 64.45 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0302829;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=7;MLLD=312.17;QD=21.4819;RBI=0.0334538;REFB=-0.020447;REVB=0.0142165;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=del;VARB=0.0102174;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:13:8:12:4:2:6:2:2:23:4:1:6:2:2 chr1 248814052 . T A 326.45 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00220187;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.466;QD=35.2918;RBI=0.0428271;REFB=-0.0149859;REVB=0.0427704;RO=10;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107982;STB=0.558839;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00572157;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:10:10:27:27:0.72973:13:14:3:7:13:14:3:7 chr1 248814079 . A AC 717.52 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601922;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.525;QD=59.7936;RBI=0.0732421;REFB=0;REVB=-0.041729;RO=44;SAF=3;SAR=2;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.92622e-05;OID=.;OPOS=248814080;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:48:48:0:20:28:0:0:4:44:3:2:18:26 chr1 248814080 . A C 659.95 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0146763;FXX=0.040808;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.559;QD=56.1662;RBI=0.0344695;REFB=-0.169928;REVB=0.031189;RO=3;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720805;STB=0.538444;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0011975;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:47:3:3:44:44:0.93617:26:18:3:0:26:18:3:0 chr1 248814126 . G A 749.88 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317299;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.08;QD=63.8197;RBI=0.0107573;REFB=0;REVB=0.0102787;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41272e-05;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr1 248845097 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.466;QD=33.4277;RBI=0.0581545;REFB=0;REVB=0.0108621;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148112;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 248845411 . G A 956.08 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0334097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.57;QD=54.633;RBI=0.0364829;REFB=-0.241915;REVB=0.0146557;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325587;STB=0.525416;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000991369;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:70:2:3:67:67:0.957143:28:39:0:2:28:39:0:3 chr1 248845458 . C T 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6495;QD=56.944;RBI=0.0429505;REFB=0;REVB=0.0412777;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249452;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 248845471 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.434;QD=57.2345;RBI=0.0235855;REFB=0;REVB=0.0181441;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0388e-06;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr1 248845499 . A G 690.15 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311742;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.313;QD=55.212;RBI=0.072369;REFB=-0.117222;REVB=0.0653103;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354282;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:50:1:0:49:50:1:24:25:0:1:25:25:0:0 chr1 249105163 . T C 572.77 PASS AF=0.48;AO=58;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0186131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1263;QD=18.3286;RBI=0.0229999;REFB=-0.0151861;REVB=-0.0135111;RO=62;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142963;STB=0.582017;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0137318;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:65:58:60:0.48:23:35:28:34:23:37:30:35 chr1 249142169 . C T 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0271156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2862;QD=13.8502;RBI=0.0298615;REFB=-0.00456351;REVB=-0.0125082;RO=25;SAF=14;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632313;STB=0.869095;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0232403;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:2:14:7:18:2:14:7:18 chr1 249144933 . T C 267.18 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0438379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9167;QD=18.4259;RBI=0.0443378;REFB=0.00847257;REVB=-0.0066388;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303384;STB=0.668107;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0146908;OID=.;OPOS=249144933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:6:23:13:16:6:23 chr1 249150116 . G C 321.01 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0509719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.371;QD=13.8068;RBI=0.0510187;REFB=-0.0156917;REVB=0.00218317;RO=56;SAF=23;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17562;STB=0.601446;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0259848;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:57:35:36:0.387097:12:23:28:28:12:24:29:28 chr1 249168107 . G C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00524625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.749;QD=15.7728;RBI=0.034303;REFB=-0.00724662;REVB=0.0338995;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164456;STB=0.598934;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.007003;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:13:14:22:10:13:14:23:10 chr1 249168516 . A G 1891.97 PASS AF=0.977099;AO=121;DP=123;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0622062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1483;QD=57.7702;RBI=0.0910446;REFB=0.0706153;REVB=-0.0664794;RO=2;SAF=60;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155693;STB=0.503288;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.002554;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:131:2:3:121:128:0.977099:61:60:2:0:61:67:2:1 chr1 249208772 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00858794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.11;QD=11.0826;RBI=0.0115433;REFB=-0.0140057;REVB=0.00771326;RO=42;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324809;STB=0.688933;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0253201;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:16:7:25:17:16:7:25:17 chr2 242800 . T C 198.48 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0286262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.285;QD=44.1057;RBI=0.0367674;REFB=-0.137062;REVB=0.0230733;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0019816;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:1:0:12:5:1:0 chr2 243504 . C T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.622;QD=43.0151;RBI=0.0197003;REFB=0.138863;REVB=-0.00843301;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00425295;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr2 269352 . G A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.746;QD=60.3737;RBI=0.0144707;REFB=0;REVB=-0.00286163;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5805e-06;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr2 676177 . C G 738.39 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433154;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.335;QD=56.7993;RBI=0.0455789;REFB=0;REVB=0.0141849;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13152e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr2 1079320 . C T 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00573961;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2107;QD=56.4081;RBI=0.00748365;REFB=-0.107206;REVB=-0.00480229;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00190496;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr2 1099076 . TAT CTT,TCT,TTC,TTT 1408.36 PASS AF=0.0721649,0.783505,0.0824742,0.0618557;AO=7,47,9,9;DP=88;FAO=7,76,8,6;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=5,60,0,1;FSAR=2,16,8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231091,0.0225385,0.0243153,0.0106595;FXX=0.0202;HRUN=11,1,1,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=104.155,97.6337,110.245,120.598;QD=58.0766;RBI=0.0695724,0.0824058,0.0515002,0.0320111;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0656223,0.0792637,0.0453986,0.0301841;RO=0;SAF=5,38,2,1;SAR=2,9,7,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=3.27427e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp,snp;VARB=0.0106641,0.000818794,-0.00180156,0.0280515;OID=.,.,.,.;OPOS=1099076,1099077,1099077,1099077;OREF=TA,A,AT,A;OALT=CT,C,TC,T;OMAPALT=CTT,TCT,TTC,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:40:88:97:0:0:7,47,9,9:7,76,8,6:0.0721649,0.783505,0.0824742,0.0618557:2,9,7,8:5,38,2,1:0:0:2,16,8,5:5,60,0,1:0:0 chr2 1271230 . A G 124.55 PASS AF=0.224719;AO=19;DP=88;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0269744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=5.59791;RBI=0.0335437;REFB=-0.017459;REVB=-0.0199391;RO=69;SAF=8;SAR=11;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231705;STB=0.621145;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.048316;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:69:69:19:20:0.224719:11:8:42:27:11:9:42:27 chr2 1320143 . C T 889.23 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679252;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.153;QD=58.3105;RBI=0.068263;REFB=0;REVB=-0.00678204;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373804;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr2 1418192 . C G 50.5 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0462899;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8186;QD=2.21981;RBI=0.0504872;REFB=0.000645221;REVB=-0.0201547;RO=80;SAF=3;SAR=8;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240363;STB=0.676198;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0113133;OID=.;OPOS=1418192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:91:80:80:11:11:0.120879:8:3:37:43:8:3:37:43 chr2 1460004 . G T 1268.72 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.1713;QD=60.4154;RBI=0.0166803;REFB=-0.144342;REVB=-0.012314;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000175071;OID=.;OPOS=1460004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:51:32:0:0:51:32:0:1 chr2 1488544 . C T 149.21 PASS AF=0.223301;AO=22;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0179157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.843;QD=5.79446;RBI=0.0321631;REFB=-0.00865307;REVB=0.0267113;RO=80;SAF=11;SAR=11;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015717;STB=0.526559;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0409119;OID=.;OPOS=1488544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:80:22:23:0.223301:11:11:41:39:12:11:41:39 chr2 1497803 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.162;QD=62.9826;RBI=0.0305371;REFB=0;REVB=0.0227093;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93041e-06;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr2 1499899 . C T 1000.18 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.006;QD=56.3479;RBI=0.0141039;REFB=-0.130513;REVB=0.0075717;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-2.96306e-05;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:39:30:0:0:39:30:2:0 chr2 1499927 . A C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.684;QD=59.5018;RBI=0.0425197;REFB=0;REVB=0.0309252;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28545e-06;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr2 1520676 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.413;QD=58.1399;RBI=0.0320637;REFB=0;REVB=0.0112824;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530325;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr2 1544617 . G A 73.25 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.010584;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.159;QD=4.88348;RBI=0.0202532;REFB=-0.00227778;REVB=0.0172676;RO=47;SAF=1;SAR=11;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481375;STB=0.824318;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00727936;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:47:48:12:12:0.2:11:1:17:30:11:1:17:31 chr2 1647171 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.295;QD=64.4127;RBI=0.00536026;REFB=0;REVB=-0.00462813;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21556e-06;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr2 1652822 . T G 1417.7 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237034;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.807;QD=63.0088;RBI=0.024163;REFB=0;REVB=0.00469036;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25539e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr2 1664654 . A G 994.19 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106857;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.682;QD=59.3549;RBI=0.0606068;REFB=0;REVB=0.0596574;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32802e-06;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 1842968 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.48;QD=58.419;RBI=0.0128915;REFB=0;REVB=-0.00627744;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22701e-06;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:43:19:0:0:44:19:0:0 chr2 1893133 . C T 92.53 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00343506;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.128;QD=8.04565;RBI=0.00447022;REFB=-0.00529785;REVB=0.00286063;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834237;STB=0.56194;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0400038;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:48:46:35:34:12:12:0.26087:7:5:17:18:7:5:17:17 chr2 1926290 . C T 517.55 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0153487;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.754;QD=39.0601;RBI=0.0215013;REFB=-0.00431149;REVB=0.0150574;RO=10;SAF=20;SAR=23;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122976;STB=0.506605;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00101416;OID=.;OPOS=1926290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:10:10:43:43:0.811321:23:20:5:5:23:20:5:5 chr2 1926437 . G T 836.81 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00811246;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.843;QD=53.1308;RBI=0.0154794;REFB=-0.183805;REVB=0.0131833;RO=3;SAF=31;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134849;STB=0.507152;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00105989;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:29:31:2:1:29:31:2:1 chr2 3212704 . C A 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00746312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.521;QD=28.1387;RBI=0.00998845;REFB=-0.0269829;REVB=0.0066386;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496334;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154031;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:3:4:9:7:3:4 chr2 3392075 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.799;QD=50.4134;RBI=0.0922851;REFB=0;REVB=-0.0859192;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615914;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 3392295 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.267;QD=54.5177;RBI=0.0289024;REFB=0;REVB=0.0281518;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2445e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr2 3392513 . TT CA 334.75 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041286;FXX=0.11107;HRUN=3;LEN=2;MLLD=144.278;QD=55.7922;RBI=0.00415304;REFB=0;REVB=-0.000449892;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.39471e-05;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr2 3425514 . G C 1123.66 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.825;QD=59.9285;RBI=0.0168165;REFB=0;REVB=-0.01386;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9212e-05;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr2 3470115 . T C 145.12 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.041995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9578;QD=8.79525;RBI=0.0425291;REFB=-0.00986009;REVB=-0.006719;RO=43;SAF=4;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396457;STB=0.757896;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0166053;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:46:20:20:0.30303:16:4:22:21:16:4:25:21 chr2 3488502 . A G 84.97 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00759667;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.987;QD=3.99881;RBI=0.0103417;REFB=-0.00427387;REVB=-0.00701719;RO=70;SAF=8;SAR=7;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103703;STB=0.56748;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0225724;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:85:70:70:15:15:0.176471:7:8:43:27:7:8:43:27 chr2 3504687 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00968627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.781;QD=11.628;RBI=0.0122391;REFB=0.00119284;REVB=-0.00748148;RO=46;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200244;STB=0.616345;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00289614;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:18:8:22:24:18:8:22:24 chr2 3518643 . T C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000427181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.826;QD=5.21424;RBI=0.0102184;REFB=-0.00337667;REVB=-0.0102094;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203973;STB=0.626526;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0179262;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:2:6:18:12:2:6:19:12 chr2 3605468 . A G 693.14 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168862;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.891;QD=63.0129;RBI=0.169139;REFB=0;REVB=0.00967823;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601403;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 3652616 . G C 1538.74 PASS AF=0.990476;AO=100;DP=102;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00133496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.081;QD=58.6186;RBI=0.0180324;REFB=-0.0771584;REVB=0.0179829;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000335501;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:105:1:1:100:104:0.990476:45:55:1:0:49:55:1:0 chr2 3653844 . T C 465.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.975;QD=58.1928;RBI=0.0312896;REFB=0;REVB=0.0266981;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157533;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:20:12:0:0 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 147.16 PASS AF=0.075,0.2875;AO=9,18;DP=80;FAO=6,23;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=0,11;FSAR=6,12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0187048,0.0011975;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=24.8288,222.053;QD=7.35792;RBI=0.184746,0.0251582;REFB=-0.0216293,-0.010123;REVB=-0.183797,0.0251297;RO=47;SAF=0,9;SAR=9,9;SRF=29;SRR=18;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736109,-0.140694;STB=0.998366,0.562007;STBP=0.003,0.503;TYPE=del,del;VARB=0.124212,0.0289993;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.075,0.2875:9,18:80:6,23:80:51:0,11:6,12:29:22:99:47:0,9:9,9:29:18 chr2 3800383 . C T 590.57 PASS AF=0.746269;AO=50;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00446574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.868;QD=35.2578;RBI=0.0590275;REFB=-0.00902571;REVB=-0.0588583;RO=17;SAF=29;SAR=21;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162062;STB=0.587219;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00135277;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:50:50:0.746269:21:29:4:13:21:29:4:13 chr2 5835512 . TGGGGC TGG,TGGC,TGGG,TGGGG 248.18 PASS AF=0,0.037037,0.962963,0;AO=4,5,6,4;DP=27;FAO=0,1,26,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14,0;FSAR=0,1,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181906,0.241396,0.205561,-0.0786124;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=3,2,2,1;MLLD=13.9324,9.41875,19.1166,9.93908;QD=36.767;RBI=0.212248,0.345667,0.207454,0.417681;REFB=-0.131406,-0.127301,-0.117225,-0.034469;REVB=-0.10936,-0.247413,-0.0279616,0.410217;RO=2;SAF=0,0,4,4;SAR=4,5,2,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.445161,0.445161,0.445161,0.435897;SSEP=0,0,0,0.466667;SSSB=-0.767801,-0.78221,-0.173071,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0366677,0.07445,0.0110045,-0.0339446;OID=.,.,.,.;OPOS=5835515,5835513,5835516,5835517;OREF=GGC,GG,GC,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGC,TGGG,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0.037037,0.962963,0:4,5,6,4:27:0,1,26,0:27:0:0,0,14,0:0,1,12,0:0:0:3:2:0,0,4,4:4,5,2,0:2:0 chr2 6990020 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0102456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.364;QD=10.3776;RBI=0.0119264;REFB=-0.00518916;REVB=-0.00610461;RO=50;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141266;STB=0.582714;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00855995;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:16:9:24:26:16:9:24:26 chr2 7137067 . A G 79.13 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00424212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.712;QD=3.16513;RBI=0.0241756;REFB=-0.00188134;REVB=0.0238005;RO=85;SAF=5;SAR=10;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190736;STB=0.62996;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0109913;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:10:5:41:44:10:5:41:44 chr2 7154632 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.582;QD=60.5471;RBI=0.0197444;REFB=0;REVB=0.0196048;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38188e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr2 9491017 . C T 595.92 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=70;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00147042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0404;QD=33.5728;RBI=0.00272077;REFB=0.0178917;REVB=0.0022892;RO=19;SAF=24;SAR=27;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809362;STB=0.550394;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00296963;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:19:20:51:51:0.71831:27:24:12:7:27:24:13:7 chr2 9528536 . G C 167.7 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0197491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.84;QD=6.70805;RBI=0.0197495;REFB=-0.0110104;REVB=0.000119981;RO=74;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234188;STB=0.629618;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0308354;OID=.;OPOS=9528536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:74:76:24:24:0.24:11:13:26:48:11:13:28:48 chr2 9880827 . A G 129.5 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0338851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.451;QD=5.6923;RBI=0.05339;REFB=-0.0131353;REVB=-0.0412589;RO=69;SAF=12;SAR=8;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990164;STB=0.562437;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0458935;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:69:71:20:20:0.21978:8:12:36:33:8:12:37:34 chr2 9983686 . G T 1234.38 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.614;QD=60.9572;RBI=0.0807327;REFB=0;REVB=-0.00447271;RO=0;SAF=5;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361767;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:75:5:0:0:76:5:0:0 chr2 9983716 . A C 844.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.321;QD=57.2669;RBI=0.0437786;REFB=0;REVB=0.0437474;RO=0;SAF=3;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82698e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:52:3:0:0:56:3:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1499.51 PASS AF=0.219048,0.780952;AO=21,81;DP=103;FAO=23,82;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=13,41;FSAR=10,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195245,0.0119777;FXX=0.0186898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.025,81.4663;QD=57.1241;RBI=0.00611016,0.0413748;REFB=0,0;REVB=0.00578982,-0.0396032;RO=0;SAF=12,40;SAR=9,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.17427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.109424,0.000500404;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:105:0:0:21,81:23,82:0.219048,0.780952:9,41:12,40:0:0:10,41:13,41:0:0 chr2 10045024 . G A 1730.91 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.544;QD=60.7335;RBI=0.0172567;REFB=0;REVB=0.00467545;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94678e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr2 10050946 . CT C,CA,CC 1475.32 PASS AF=0.980392,0,0.0196078;AO=12,7,83;DP=102;FAO=100,0,2;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0,0;FSAR=53,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145984,-0.0492087,-0.0680371;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=86.164,78.7932,79.2381;QD=57.8556;RBI=0.16442,0.150397,0.229265;REFB=0,0,0;REVB=-0.163771,-0.142119,-0.218937;RO=0;SAF=11,5,31;SAR=1,2,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.23983e-08,3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0024011,0,0.159084;OID=.,.,.;OPOS=10050947,10050947,10050947;OREF=T,T,T;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.980392,0,0.0196078:12,7,83:102:100,0,2:102:0:47,0,0:53,0,2:0:0:8:0:11,5,31:1,2,52:0:0 chr2 10050960 . A G 1321.43 PASS AF=0.914286;AO=96;DP=105;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00792171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.6784;QD=50.3402;RBI=0.00871729;REFB=-0.242711;REVB=0.00363837;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542848;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00796587;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:105:105:0:9:96:96:0.914286:48:48:0:0:48:48:0:9 chr2 10053412 . C T 1182.01 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2619;QD=59.8485;RBI=0.0235838;REFB=-0.0575208;REVB=-0.0141182;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226666;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:79:1:0:78:79:1:36:42:0:1:37:42:0:0 chr2 10059770 . G T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.388;QD=61.6801;RBI=0.0522131;REFB=0;REVB=0.0521399;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403899;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr2 10094992 . A G 255.41 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.763;QD=51.0811;RBI=0.168292;REFB=0;REVB=-0.0279908;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208573;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 10126330 . G A 656.94 PASS AF=0.797101;AO=52;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0177034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.683;QD=38.0833;RBI=0.0251953;REFB=-0.0183099;REVB=0.0179274;RO=14;SAF=31;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192537;STB=0.512774;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00712413;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:69:69:14:14:52:55:0.797101:21:31:9:5:23:32:9:5 chr2 10262920 . T C,G 616.55 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=3,38;DP=41;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549276,0.0168057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.5543,162;QD=60.151;RBI=0.0108163,0.0350829;REFB=0,0;REVB=0.00931781,0.0307958;RO=0;SAF=3,19;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137505,-0.0034803;OID=.,.;OPOS=10262920,10262920;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:41:41:0:0:3,38:3,38:0.0731707,0.926829:0,19:3,19:0:0:0,19:3,19:0:0 chr2 10267211 . T C 866.83 PASS AF=0.747253;AO=68;DP=92;FAO=68;FDP=91;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0178022;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.632;QD=38.1024;RBI=0.0301936;REFB=-0.00482491;REVB=0.0243872;RO=23;SAF=32;SAR=36;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375886;STB=0.52015;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00221415;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:23:23:68:68:0.747253:36:32:9:14:36:32:9:14 chr2 10295277 . C T 502.07 PASS AF=0.767857;AO=42;DP=57;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0215086;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6338;QD=35.8624;RBI=0.0288142;REFB=0.0276529;REVB=-0.0191738;RO=14;SAF=15;SAR=27;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00684205;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:57:56:14:13:42:43:0.767857:27:15:5:9:27:16:4:9 chr2 10332738 . G A 284.89 PASS AF=0.230366;AO=44;DP=191;FAO=44;FDP=191;FR=.;FRO=147;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=98;FWDB=0.00972882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.61;QD=5.96636;RBI=0.021511;REFB=-0.00690325;REVB=0.0191853;RO=147;SAF=16;SAR=28;SRF=49;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421437;STB=0.525536;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0254354;OID=.;OPOS=10332738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:147:147:44:44:0.230366:28:16:49:98:28:16:49:98 chr2 10712278 . C T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8413;QD=62.4642;RBI=0.0906156;REFB=0;REVB=0.090337;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554266;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr2 10784491 . A G 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8777;QD=63.5684;RBI=0.0773084;REFB=0;REVB=0.0665458;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356059;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr2 10808776 . C A,CAA 1234.79 PASS AF=0.0609756,0.939024;AO=7,74;DP=85;FAO=5,77;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=4,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697704,0.0308983;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=36.2105,192.19;QD=60.2335;RBI=0.0736523,0.0373068;REFB=0,0;REVB=-0.0235954,0.0209069;RO=3;SAF=3,34;SAR=4,40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.288883,-0.0399257;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00751802,0.000885908;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:85:82:3:0:7,74:5,77:0.0609756,0.939024:4,40:3,34:3:0:4,40:1,37:0:0 chr2 10908893 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9765;QD=51.1839;RBI=0.0110645;REFB=0;REVB=0.00715041;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03442e-05;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 11053020 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.69;QD=63.2836;RBI=0.020339;REFB=0;REVB=-0.0181339;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1234e-05;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 11053740 . C T 1358.46 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.803;QD=62.4582;RBI=0.0225129;REFB=0;REVB=-0.00754571;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145563;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr2 11054041 . G A 119.92 PASS AF=0.178862;AO=21;DP=123;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00843818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5594;QD=3.89986;RBI=0.00844887;REFB=0.0028797;REVB=0.000424933;RO=101;SAF=9;SAR=12;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723324;STB=0.571044;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0190985;OID=.;OPOS=11054041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:101:101:21:22:0.178862:12:9:49:52:13:9:50:51 chr2 11264830 . G A 1465.68 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385887;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8594;QD=58.6271;RBI=0.0569838;REFB=-0.0632877;REVB=0.0419292;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870378;STB=0.504586;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00280244;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:45:54:1:0:45:54:1:0 chr2 11702661 . A C 1307.92 PASS AF=0.721854;AO=111;DP=151;FAO=109;FDP=151;FR=.;FRO=42;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0331397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7549;QD=34.6469;RBI=0.041518;REFB=0.00199282;REVB=-0.0250101;RO=38;SAF=58;SAR=53;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270322;STB=0.529349;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00055847;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:38:42:111:109:0.721854:53:58:22:16:53:56:26:16 chr2 11738091 . T C 655.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315839;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.947;QD=62.458;RBI=0.0316245;REFB=0;REVB=0.0016013;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196312;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr2 11752635 . T C 1410.14 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276782;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9915;QD=61.3103;RBI=0.027819;REFB=-0.00857835;REVB=-0.00279465;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0018695;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:51:39:0:1:51:40:0:1 chr2 11774324 . G A 585.88 PASS AF=0.793651;AO=47;DP=60;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.000958822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.439;QD=37.1987;RBI=0.00732601;REFB=0.0339266;REVB=0.00726299;RO=13;SAF=21;SAR=26;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254351;STB=0.507508;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00592582;OID=.;OPOS=11774324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:60:63:13:13:47:50:0.793651:26:21:5:8:29:21:5:8 chr2 11853913 . G A 767.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2713;QD=56.8499;RBI=0.0815758;REFB=0;REVB=-0.0806397;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729883;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr2 11965541 . A G 931.61 PASS AF=0.735849;AO=78;DP=111;FAO=78;FDP=106;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0205427;FXX=0.045041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.582;QD=35.1552;RBI=0.0205476;REFB=-0.00567314;REVB=0.000448447;RO=21;SAF=21;SAR=57;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120483;STB=0.561723;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00334012;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:106:21:28:78:78:0.735849:57:21:11:10:57:21:13:15 chr2 12864766 . C T 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0241235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.486;QD=7.58752;RBI=0.030441;REFB=-0.00651742;REVB=-0.0185665;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339223;STB=0.703612;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0195624;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:6:11:16:29:6:11:16:29 chr2 12877501 . G A,GA 1274.24 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=4,77;DP=85;FAO=2,82;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=2,43;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296081,0.0321469;FXX=0.0117633;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=72.8266,95.2786;QD=60.6781;RBI=0.0320115,0.0326987;REFB=0,0;REVB=0.0121693,0.00598208;RO=1;SAF=4,40;SAR=0,37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0126197;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0468115,0.00191581;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:85:84:1:0:4,77:2,82:0.0238095,0.97619:0,37:4,40:0:1:0,39:2,43:0:0 chr2 12882822 . ATC A 1738.09 PASS AF=1;AO=107;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000713706;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=2;MLLD=323.583;QD=60.4553;RBI=0.00807791;REFB=0;REVB=0.00804632;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.78372e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:118:115:115:0:54:61:0:0:10:0:49:58:0:0 chr2 15470848 . C T 947.83 PASS AF=0.78;AO=77;DP=101;FAO=78;FDP=100;FR=.;FRO=22;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0189707;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5045;QD=37.9133;RBI=0.0512104;REFB=-0.0345843;REVB=0.047567;RO=22;SAF=55;SAR=22;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389367;STB=0.517918;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00855555;OID=.;OPOS=15470848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:22:22:77:78:0.78:22:55:14:8:23:55:14:8 chr2 15533779 . G A 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00556892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.678;QD=42.7832;RBI=0.00576941;REFB=0.00528544;REVB=-0.00150773;RO=3;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893034;STB=0.548345;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00188595;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:14:8:0:3:14:8:0:3 chr2 15542337 . C G 661.37 PASS AF=0.815385;AO=53;DP=66;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0214897;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7054;QD=40.6998;RBI=0.0227963;REFB=-0.0353459;REVB=-0.00760675;RO=12;SAF=33;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740258;STB=0.539658;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00772779;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:66:65:12:12:53:53:0.815385:20:33:5:7:20:33:5:7 chr2 15555762 . C G 443.14 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0544702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9388;QD=35.4515;RBI=0.0607309;REFB=-0.0335621;REVB=0.026856;RO=15;SAF=18;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474052;STB=0.525759;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0164519;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:17:18:9:6:17:18:9:6 chr2 15555832 . A G 289.04 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.119517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.752;QD=32.1151;RBI=0.119556;REFB=-0.0204957;REVB=0.00302862;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142137;STB=0.507789;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00782942;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:6:5:12:13:6:5 chr2 15601441 . C T 923.3 PASS AF=0.797753;AO=70;DP=89;FAO=71;FDP=89;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00235844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.833;QD=41.4968;RBI=0.0124749;REFB=-0.00765106;REVB=0.0122499;RO=18;SAF=32;SAR=38;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113356;STB=0.558665;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00296951;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:18:18:70:71:0.797753:38:32:3:15:39:32:3:15 chr2 15613460 . T C 320.17 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0334926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3524;QD=40.0215;RBI=0.0335958;REFB=-0.0123005;REVB=-0.00263037;RO=6;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031925;STB=0.517313;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00373306;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:11:15:4:2:11:15:4:2 chr2 15614404 . T C 558.49 PASS AF=0.738462;AO=45;DP=62;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.015342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.152;QD=34.3687;RBI=0.0216165;REFB=-0.0688597;REVB=0.0152281;RO=17;SAF=17;SAR=28;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139831;STB=0.566747;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0245168;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:17:17:45:48:0.738462:28:17:11:6:29:19:11:6 chr2 15618339 . G A 417.88 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0170795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.068;QD=42.8598;RBI=0.0234041;REFB=0.00356408;REVB=0.0160013;RO=6;SAF=16;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000594524;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:6:7:32:32:0.820513:16:16:3:3:16:16:3:4 chr2 15698746 . G C 1269.14 PASS AF=0.713287;AO=102;DP=143;FAO=102;FDP=143;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0135427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.114;QD=35.5004;RBI=0.0135451;REFB=0.0104436;REVB=0.000256573;RO=41;SAF=46;SAR=56;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196797;STB=0.510542;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00396295;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:41:41:102:102:0.713287:56:46:17:24:56:46:17:24 chr2 15747393 . C T 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00991002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.17;QD=5.64856;RBI=0.0103869;REFB=-0.00193951;REVB=0.00311129;RO=58;SAF=2;SAR=15;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462588;STB=0.795505;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00572831;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:59:17:17:0.223684:15:2:24:34:15:2:24:35 chr2 15840522 . G T 568.46 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00893438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.097;QD=45.4768;RBI=0.00915226;REFB=-0.0267058;REVB=0.00198514;RO=9;SAF=17;SAR=24;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282038;STB=0.515144;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00476107;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:24:17:3:6:24:17:3:6 chr2 15840623 . A G 61.69 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0249052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.241;QD=3.08453;RBI=0.0254965;REFB=0.00195366;REVB=-0.00545928;RO=68;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12173;STB=0.583927;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0121015;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:68:68:12:12:0.15:8:4:29:39:8:4:29:39 chr2 15840645 . T C 814.52 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=79;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0160453;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7093;QD=41.77;RBI=0.0358172;REFB=-0.0193914;REVB=0.0320221;RO=15;SAF=26;SAR=37;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296252;STB=0.515824;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0107011;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:78:15:15:63:63:0.807692:37:26:5:10:37:26:5:10 chr2 16090820 . T C 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.024326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0254;QD=9.19515;RBI=0.0360211;REFB=-0.016833;REVB=0.0265662;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473679;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0333193;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:7:6:6:1:7:6 chr2 17304295 . A G 90.54 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00596891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8106;QD=5.1739;RBI=0.0506768;REFB=-0.0121936;REVB=-0.050324;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277527;STB=0.509566;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0503328;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:70:70:54:55:15:15:0.214286:8:7:24:30:8:7:25:30 chr2 17696573 . C T 1917.66 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.94;QD=60.8781;RBI=0.0242835;REFB=-0.105154;REVB=-0.0184656;RO=1;SAF=71;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664556;STB=0.503496;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00118627;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:54:71:1:0:54:71:1:0 chr2 17698678 . A G 1565.11 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000684169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.948;QD=59.6233;RBI=0.00674438;REFB=0;REVB=-0.00670959;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6817e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:53:51:0:0:53:52:0:0 chr2 17942775 . T A 728.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9593;QD=57.1675;RBI=0.0727307;REFB=0;REVB=0.00711838;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000597552;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr2 17954027 . G A 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4646;QD=57.2313;RBI=0.102054;REFB=0;REVB=-0.049388;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141785;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr2 17954421 . C G 1029.48 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352471;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3311;QD=59.6801;RBI=0.0555938;REFB=0;REVB=0.0429921;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327286;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 17962450 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3414;QD=58.7757;RBI=0.0139443;REFB=0;REVB=-0.00461197;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145137;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 17962518 . C T 505.79 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236763;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.448;QD=59.5042;RBI=0.0223124;REFB=0;REVB=-0.0221864;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331451;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr2 18112473 . G A 2319.05 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6976;QD=63.5356;RBI=0.130203;REFB=0;REVB=0.129079;RO=0;SAF=56;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531512;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:146:0:0:140:146:1:84:56:0:0:90:56:0:0 chr2 18113508 . G A 536.24 PASS AF=0.754098;AO=46;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0333382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.999;QD=35.163;RBI=0.0334037;REFB=-0.0151179;REVB=0.00209097;RO=15;SAF=21;SAR=25;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957717;STB=0.551579;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00275714;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:15:15:46:46:0.754098:25:21:10:5:25:21:10:5 chr2 18113623 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.832;QD=53.9073;RBI=0.0254051;REFB=0;REVB=0.0243417;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149819;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 18113789 . G A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00569487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.471;QD=6.5063;RBI=0.0057538;REFB=-0.00693275;REVB=0.000821387;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149821;STB=0.605924;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0216147;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:46:15:15:0.245902:7:8:18:26:7:8:18:28 chr2 20131079 . T C 544.49 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=59;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0243329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7131;QD=36.9146;RBI=0.0272543;REFB=0.00584421;REVB=0.0122762;RO=13;SAF=27;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204028;STB=0.510972;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00182403;OID=.;OPOS=20131079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:13:13:46:46:0.779661:19:27:7:6:19:27:7:6 chr2 20178592 . C T 105.47 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0224649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8368;QD=8.11331;RBI=0.0383134;REFB=-0.0193593;REVB=-0.0310361;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855672;STB=0.552411;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0506275;OID=.;OPOS=20178592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:6:8:19:19:6:8:19:19 chr2 20240668 . C A 84.98 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0289018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3635;QD=4.04648;RBI=0.0673479;REFB=-0.00950954;REVB=-0.0608311;RO=69;SAF=5;SAR=10;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20412;STB=0.633964;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0312359;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:69:69:15:15:0.178571:10:5:34:35:10:5:34:35 chr2 20375332 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0119676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.81;QD=9.18854;RBI=0.0130724;REFB=-0.00691455;REVB=0.00525948;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744983;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0177968;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:13:12:6:5:13:12 chr2 20403794 . A T 582.57 PASS AF=1;AO=27;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816432;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.356;QD=61.3233;RBI=0.0300247;REFB=0;REVB=-0.0288933;RO=0;SAF=26;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524921;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:27:38:1:1:26:0:0:12:26:0:0 chr2 20648211 . G T 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197951;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.666;QD=52.6728;RBI=0.0418043;REFB=0;REVB=0.0368205;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208122;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 20680665 . C A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.026;QD=49.5961;RBI=0.0434062;REFB=0;REVB=0.0433538;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178739;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 20680693 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.74;QD=51.1832;RBI=0.0292472;REFB=0;REVB=-0.0241987;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117042;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr2 20818454 . T A 365.51 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.123;QD=52.2154;RBI=0.0382723;REFB=-0.210171;REVB=0.0140232;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00229067;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:9:18:0:0:9:18:0:1 chr2 20818517 . T C 69.93 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0115732;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.466;QD=3.49668;RBI=0.017013;REFB=-0.00134305;REVB=-0.0124701;RO=66;SAF=2;SAR=11;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392089;STB=0.776287;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00901103;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:66:67:13:13:0.1625:11:2:28:38:11:2:29:38 chr2 20823724 . T C,G 492.27 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361155,-0.0100743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.269,87.0926;QD=57.9136;RBI=0.0136819,0.0101177;REFB=0,0;REVB=0.0131966,-0.000935865;RO=0;SAF=10,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000646982,0.0734824;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:22,1:10,1:0:0:22,1:10,1:0:0 chr2 20824498 . C T 116.61 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00302087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.727;QD=7.40354;RBI=0.0239928;REFB=0.000701488;REVB=0.0238019;RO=46;SAF=3;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367876;STB=0.728205;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00250366;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:14:3:20:26:14:3:20:26 chr2 20939786 . T C 91.49 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00455533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8442;QD=5.15416;RBI=0.097373;REFB=-0.00872164;REVB=0.0972664;RO=56;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414725;STB=0.526281;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0580575;OID=.;OPOS=20939786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:7:8:28:28:7:8:28:28 chr2 21229868 . C T 168.98 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00516726;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.176;QD=8.34458;RBI=0.0866909;REFB=0.00303191;REVB=-0.0865367;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129078;STB=0.576857;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00574401;OID=.;OPOS=21229868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:58:58:23:23:0.283951:11:12:24:34:11:12:24:34 chr2 21231387 . T G 483.14 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0359498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.938;QD=38.6513;RBI=0.0362599;REFB=-0.0523788;REVB=0.00473202;RO=10;SAF=13;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103793;STB=0.591877;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0183871;OID=.;OPOS=21231387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:10:13:37:37:0.74:24:13:6:4:24:13:9:4 chr2 21231524 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000643797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.191;QD=59.1432;RBI=0.0362052;REFB=0;REVB=0.0361995;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50431e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr2 21232803 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.327;QD=54.5175;RBI=0.042772;REFB=0;REVB=0.0293783;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280416;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr2 21235475 . T C 1587.39 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.05;QD=64.1372;RBI=0.068655;REFB=0;REVB=0.0624021;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142232;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr2 21250914 . G A 901.73 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.724;QD=58.1762;RBI=0.0273242;REFB=0;REVB=-0.0245769;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65062e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr2 21360550 . A G 291.49 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00787922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9316;QD=33.3126;RBI=0.0514484;REFB=0.00653085;REVB=-0.0508415;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343656;STB=0.518782;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00284131;OID=.;OPOS=21360550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:16:9:3:7:16:9:3:7 chr2 21360583 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.013564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.408;QD=7.62906;RBI=0.0158208;REFB=-0.00769701;REVB=-0.00814333;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454775;STB=0.794592;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0226738;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:9:11:7:1:9:11 chr2 21366324 . G C 475.85 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00273085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7156;QD=41.3778;RBI=0.0703683;REFB=-0.0384517;REVB=0.0703153;RO=10;SAF=22;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874319;STB=0.547237;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00888893;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:14:22:4:6:14:22:4:6 chr2 23865260 . T C 2300.98 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.545;QD=60.1564;RBI=0.0312829;REFB=-0.0080715;REVB=0.0183091;RO=0;SAF=93;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9094e-08;STB=0.504273;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=8.86119e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:0:1:151:152:0.993464:58:93:0:0:58:94:0:1 chr2 23919375 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.553;QD=64.4154;RBI=0.0271153;REFB=0;REVB=0.0113549;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77054e-05;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr2 23926659 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.548;QD=64.1529;RBI=0.00958136;REFB=0;REVB=-0.00685639;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61548e-05;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr2 23973799 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5103;QD=59.6775;RBI=0.0451684;REFB=0;REVB=-0.0389234;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139111;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr2 24055058 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7594;QD=55.098;RBI=0.0100491;REFB=0;REVB=-0.00367193;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117471;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 24108652 . T C 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.935;QD=58.2322;RBI=0.0294082;REFB=0;REVB=0.0254301;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47732e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr2 24223572 . AT A,TA 33.06 PASS AF=0.146341,0;AO=34,10;DP=129;FAO=18,0;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=35;FSRR=70;FWDB=-0.218773,-0.0817496;FXX=0.046508;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.13953,20.1268;QD=1.075;RBI=0.230578,0.163952;REFB=-0.0628512,-0.0304322;REVB=-0.0728331,-0.142117;RO=71;SAF=14,1;SAR=20,9;SRF=22;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126137,-0.360864;STB=0.618904,0.5;STBP=0.329,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0614232,0.0974601;OID=.,.;OPOS=24223573,24223572;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:129:123:71:105:34,10:18,0:0.146341,0:20,9:14,1:22:49:14,0:4,0:35:70 chr2 24268721 . C T 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0126995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1591;QD=27.592;RBI=0.0290936;REFB=-0.00692403;REVB=-0.0261755;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109637;STB=0.561697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00212372;OID=.;OPOS=24268721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:2:3:10:3:2:3 chr2 24342505 . T C 572.68 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00954752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.516;QD=28.6337;RBI=0.0108423;REFB=-0.0126469;REVB=0.0051382;RO=29;SAF=23;SAR=28;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112927;STB=0.561345;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00893124;OID=.;OPOS=24342505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:28:23:18:11:28:23:18:11 chr2 24344060 . T G 786.56 PASS AF=0.684211;AO=64;DP=94;FAO=65;FDP=95;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00388228;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.653;QD=33.1184;RBI=0.0376808;REFB=-0.0323318;REVB=0.0374803;RO=30;SAF=26;SAR=38;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135299;STB=0.569174;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0260262;OID=.;OPOS=24344060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:30:30:64:65:0.684211:38:26:19:11:38:27:19:11 chr2 24369674 . C T 658.69 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000618124;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.5;QD=61.2731;RBI=0.000642397;REFB=0;REVB=-0.000174916;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78557e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr2 24384424 . T C 448.56 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.069149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9635;QD=48.4931;RBI=0.0716867;REFB=-0.111186;REVB=0.0189049;RO=4;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533005;STB=0.528624;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0138805;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:37:37:4:4:33:33:0.891892:16:17:1:3:16:17:1:3 chr2 24387178 . G GC 496.93 PASS AF=1;AO=41;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957031;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3312;QD=45.1753;RBI=0.13373;REFB=0;REVB=0.0934055;RO=3;SAF=22;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00532474;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:45:44:44:0:24:20:0:0:9:3:22:19:3:0 chr2 24390517 . G A 191.58 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0402943;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.818;QD=7.81947;RBI=0.0403728;REFB=-0.00247601;REVB=0.00251741;RO=71;SAF=20;SAR=6;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441891;STB=0.769024;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0304861;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:71:72:26:26:0.265306:6:20:29:42:6:20:29:43 chr2 24402127 . C A,CAA 483.87 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=3,30;DP=35;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369457,-0.00369507;FXX=0.0571265;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=35.5801,193.888;QD=58.6513;RBI=0.0441864,0.0288652;REFB=0,0;REVB=-0.0242374,0.0286278;RO=2;SAF=2,14;SAR=1,16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272699,-0.0620412;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0420031,-0.000715433;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:33:2:0:3,30:1,32:0.030303,0.969697:1,16:2,14:2:0:1,16:0,16:0:0 chr2 24413298 . A G 449.44 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0356747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.83;QD=29.9629;RBI=0.0413456;REFB=-0.0410867;REVB=0.0208991;RO=18;SAF=22;SAR=19;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206501;STB=0.519958;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.016563;OID=.;OPOS=24413298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:19:41:41:0.683333:19:22:9:9:19:22:9:10 chr2 24431184 . C T 754.71 PASS AF=0.688889;AO=62;DP=91;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0656154;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.011;QD=33.5427;RBI=0.0700294;REFB=-0.0263267;REVB=0.0244692;RO=28;SAF=26;SAR=36;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473322;STB=0.525539;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0131755;OID=.;OPOS=24431184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:28:28:62:62:0.688889:36:26:14:14:36:26:14:14 chr2 24432839 . A G 641.48 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=69;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0159811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.582;QD=37.1871;RBI=0.0159897;REFB=-0.0269111;REVB=-0.000524229;RO=16;SAF=22;SAR=31;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460181;STB=0.524693;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0102652;OID=.;OPOS=24432839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:16:16:53:53:0.768116:31:22:5:11:31:22:5:11 chr2 24524958 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0460193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.219;QD=21.1726;RBI=0.046433;REFB=-0.00456318;REVB=-0.00618406;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391185;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:4:4:6:6:4:4 chr2 24587571 . A G 824.53 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510356;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.135;QD=56.8643;RBI=0.0511194;REFB=0;REVB=0.00292664;RO=0;SAF=14;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334575;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:43:14:0:0:43:15:0:0 chr2 24905927 . G C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.389;QD=64.1508;RBI=0.0203163;REFB=0;REVB=0.0133134;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144917;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 24974945 . T G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.745;QD=63.2828;RBI=0.0263199;REFB=0;REVB=0.0106417;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142488;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr2 24991569 . C G 695.06 PASS AF=0.75;AO=57;DP=76;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00775465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.796;QD=36.582;RBI=0.00794907;REFB=0.0219434;REVB=0.00174736;RO=19;SAF=20;SAR=37;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112097;STB=0.560311;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0060591;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:19:57:57:0.75:37:20:11:8:37:20:11:8 chr2 25047408 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0371791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.43;QD=7.95467;RBI=0.0409325;REFB=-0.00612696;REVB=-0.0171226;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323091;STB=0.709513;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0145936;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:6:13:7:1:6:13 chr2 25050977 . T C 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0103483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.537;QD=3.76494;RBI=0.0325539;REFB=-0.00831464;REVB=-0.0308654;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309522;STB=0.713606;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.044738;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:12:18:2:4:12:18 chr2 25064193 . G A 129.09 PASS AF=0.215054;AO=18;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00317011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.952;QD=5.55209;RBI=0.0991679;REFB=-0.0293733;REVB=-0.0991172;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182841;STB=0.569824;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0660488;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:73:18:20:0.215054:9:9:30:16:10:10:30:43 chr2 25141538 . A G 323.18 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0020886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9695;QD=41.701;RBI=0.00220933;REFB=0.00533018;REVB=-0.000720345;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18421;STB=0.592522;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0013967;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:31:5:5:25:26:0.83871:10:15:0:5:11:15:0:5 chr2 25181488 . T C 30.21 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0167406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9186;QD=15.1074;RBI=0.072046;REFB=-0.0488857;REVB=0.0700741;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0582151;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr2 25194741 . G A 309.72 PASS AF=0.325203;AO=39;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0259466;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.988;QD=10.0721;RBI=0.0596235;REFB=-0.0342177;REVB=-0.0536818;RO=62;SAF=21;SAR=18;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153556;STB=0.508616;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0582973;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:82:39:40:0.325203:18:21:42:20:19:21:42:40 chr2 25281086 . A T 511.35 PASS AF=0.714286;AO=44;DP=62;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0365139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9001;QD=32.4668;RBI=0.0374564;REFB=-0.00747089;REVB=0.00834955;RO=18;SAF=12;SAR=32;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142341;STB=0.569087;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00138276;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:18:18:44:45:0.714286:32:12:9:9:32:13:9:9 chr2 25314186 . T C 434.68 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.04299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.588;QD=37.798;RBI=0.0717989;REFB=-0.0220901;REVB=-0.0575061;RO=12;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133822;STB=0.572477;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00362161;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:16:18:3:9:16:18:3:9 chr2 25376564 . CGT C 206.23 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00668232;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=313.42;QD=31.7269;RBI=0.00731799;REFB=-0.0204078;REVB=-0.00298322;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308678;STB=0.649838;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.00669655;OID=.;OPOS=25376565;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769:18:25:19:26:7:13:6:1:6:44:7:13:5:1:6 chr2 25377176 . T C 467.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687888;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8528;QD=58.4612;RBI=0.0806474;REFB=0;REVB=0.0803535;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600802;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr2 25384169 . G A 307.5 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0583544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.727;QD=34.1667;RBI=0.0585274;REFB=-0.022511;REVB=-0.00449673;RO=10;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118791;STB=0.564684;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00426989;OID=.;OPOS=25384169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:15:11:2:8:15:11:2:8 chr2 25536827 . G A 81.24 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00671844;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.699;QD=5.32715;RBI=0.0150399;REFB=-0.00296428;REVB=0.0134559;RO=47;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149004;STB=0.579995;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0112834;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:47:48:13:13:0.213115:8:5:13:34:8:5:14:34 chr2 26149968 . C T 595.62 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00989645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.004;QD=56.7254;RBI=0.0105068;REFB=-0.0338064;REVB=0.00352901;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00082032;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:39:41:0.97619:22:17:1:0:23:18:1:0 chr2 26321526 . T C 563.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.754;QD=57.8156;RBI=0.0166395;REFB=-0.0549962;REVB=0.00829879;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00156317;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:12:26:1:0:12:26:1:0 chr2 26358110 . G C 130.39 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0407;QD=43.4622;RBI=0.0417004;REFB=0;REVB=-0.0360584;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026731;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr2 26399214 . G A,C 1406.69 PASS AF=0.9375,0.03125;AO=83,4;DP=90;FAO=90,3;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48,3;FSAR=42,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0125334,-0.0176454;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=163.413,101.743;QD=58.6119;RBI=0.0452048,0.046045;REFB=-0.0723769,-0.0680066;REVB=0.0434325,0.0425298;RO=2;SAF=48,3;SAR=35,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0193241,-0.210252;STB=0.515148,0.5;STBP=0.117,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000561166,0.102861;OID=.,.;OPOS=26399214,26399214;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:96:2:3:83,4:90,3:0.9375,0.03125:35,1:48,3:2:0:42,0:48,3:3:0 chr2 26507076 . A T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00282189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.492;QD=6.57182;RBI=0.00873655;REFB=0.0012549;REVB=-0.00826827;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271609;STB=0.51721;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00400964;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:16:21:6:5:16:21 chr2 26534801 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.853;QD=50.4131;RBI=0.11067;REFB=0;REVB=0.105399;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867508;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 26536299 . C G 214.83 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.170287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6275;QD=26.8535;RBI=0.191377;REFB=-0.0683807;REVB=0.0873352;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609152;STB=0.877357;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0190249;OID=.;OPOS=26536299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:32:10:11:11:13:0.40625:10:1:7:3:12:1:8:3 chr2 26536694 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0115539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.546;QD=13.0911;RBI=0.0133872;REFB=-0.0306324;REVB=-0.00676198;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688296;STB=0.908415;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0208603;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:12:1:14:6:12:1:14:6 chr2 26590084 . T G 809.74 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=78;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0363598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3394;QD=41.5252;RBI=0.0365332;REFB=-0.0128095;REVB=0.00355472;RO=15;SAF=40;SAR=23;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389495;STB=0.520827;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00213302;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:15:15:63:63:0.807692:23:40:8:7:23:40:8:7 chr2 26606154 . T C 83.31 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.000347116;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.988;QD=4.56496;RBI=0.0379407;REFB=0.00211961;REVB=0.0379391;RO=59;SAF=10;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2849;STB=0.685212;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00711728;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:73:73:59:59:14:14:0.191781:4:10:29:30:4:10:29:30 chr2 26607992 . T C 947.08 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.32;QD=55.7106;RBI=0.0628058;REFB=0.0703366;REVB=0.0508409;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00367846;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:1:1:64:67:0.985294:39:25:1:0:42:25:1:0 chr2 26613056 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.398;QD=60.2018;RBI=0.0620837;REFB=0;REVB=-0.060978;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264877;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr2 26613329 . A G 501.88 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0893859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0054;QD=30.4169;RBI=0.0910631;REFB=-0.0135481;REVB=0.0173967;RO=21;SAF=21;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561069;STB=0.503041;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00746105;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:45:45:0.681818:24:21:10:11:24:21:10:11 chr2 26667615 . T C 799.77 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291945;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.821;QD=52.4442;RBI=0.0780831;REFB=-0.122014;REVB=0.0724199;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463215;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00598342;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:61:3:1:57:60:0.983607:29:28:0:3:32:28:1:0 chr2 26676322 . A G 804.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6741;QD=64.3719;RBI=0.0322674;REFB=0;REVB=-0.0108076;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551656;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr2 26676395 . G T 543.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174437;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.599;QD=60.354;RBI=0.0310822;REFB=0;REVB=0.0310332;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104436;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr2 26693967 . C T 407.32 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0351016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.243;QD=33.2507;RBI=0.0364698;REFB=-0.0034724;REVB=-0.00989541;RO=15;SAF=22;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23544;STB=0.619644;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.002117;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:16:33:33:0.673469:11:22:4:11:11:22:5:11 chr2 26699126 . C G 1490.39 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.997;QD=63.421;RBI=0.06265;REFB=0;REVB=0.0581363;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022014;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr2 26699855 . G C 538.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.184;QD=59.8018;RBI=0.023336;REFB=0;REVB=0.00922507;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138135;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:6:29:0:0:6:30:0:0 chr2 26700700 . G A 1134.36 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00536415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.86;QD=56.7179;RBI=0.0212617;REFB=-0.0667696;REVB=0.0205739;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205689;STB=0.516125;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000778346;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:2:3:77:77:0.9625:45:32:0:2:45:32:0:3 chr2 26739423 . T C 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0354708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.299;QD=7.81232;RBI=0.0441032;REFB=-0.00361964;REVB=-0.0262091;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146345;STB=0.58962;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0108551;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:10:5:18:22:10:5:18:22 chr2 26750769 . G A 302.57 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0277179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4509;QD=31.8489;RBI=0.0458921;REFB=-0.0245211;REVB=0.0365761;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172108;STB=0.594638;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00813363;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:18:8:7:5:18:8:7:5 chr2 26798893 . A T 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0896279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.76;QD=46.9562;RBI=0.0932032;REFB=-0.0409065;REVB=-0.0255672;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0049355;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:0:1:8:12:0:1 chr2 26799031 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9676;QD=35.5758;RBI=0.103013;REFB=0;REVB=-0.0585574;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0107846;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr2 26804218 . G A 1768.85 PASS AF=0.991667;AO=115;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320029;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.39;QD=58.9617;RBI=0.0320029;REFB=-0.132991;REVB=1.17902e-05;RO=2;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160915;STB=0.504064;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00184759;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:120:2:1:115:119:0.991667:58:57:0:2:61:58:0:1 chr2 26804247 . T C 1866.09 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1559;QD=61.1832;RBI=0.0188877;REFB=0;REVB=-0.00225543;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240163;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:119:122:1:60:59:0:0:61:61:0:0 chr2 26951449 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.072;QD=59.0137;RBI=0.0910006;REFB=0;REVB=-0.0896886;RO=0;SAF=32;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343553;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:2:32:0:0:2:32:0:0 chr2 27169842 . C A 85.64 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0729879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.623;QD=6.01015;RBI=0.0730844;REFB=-0.00410668;REVB=-0.00375433;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404901;STB=0.74715;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0308046;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:5:8:12:32:5:8:12:32 chr2 27246285 . C A,T 755.52 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204278,0.0414023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.0504,198.719;QD=55.9645;RBI=0.0365323,0.0432111;REFB=0,0;REVB=-0.0302872,-0.0123715;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.93989e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.173246,-0.000383657;OID=.,.;OPOS=27246285,27246285;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,21:2,31:0:0:0,21:2,31:0:0 chr2 27261329 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.576;QD=57.1934;RBI=0.00769571;REFB=0;REVB=-0.00591851;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03274e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr2 27290525 . A G 1459.01 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280695;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7673;QD=62.7533;RBI=0.0317236;REFB=0;REVB=-0.0147814;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68419e-05;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr2 27303755 . A G 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.685;QD=55.0833;RBI=0.0395188;REFB=0;REVB=0.00777422;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210066;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr2 27324036 . G A 601.07 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.013;QD=58.6413;RBI=0.0604006;REFB=-0.0931688;REVB=0.0591314;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000301071;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:17:23:0:0:17:23:1:0 chr2 27324724 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.072;QD=55.0987;RBI=0.0171805;REFB=0;REVB=-0.0171423;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61433e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 27324751 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6483;QD=51.9137;RBI=0.083098;REFB=0;REVB=0.0694162;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191704;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 27351948 . T G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.716;QD=62.6692;RBI=0.0761887;REFB=0;REVB=0.00692461;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341174;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr2 27360534 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0347881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0619;QD=4.41824;RBI=0.0675003;REFB=-0.0136906;REVB=-0.0578452;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181045;STB=0.621882;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0640053;OID=.;OPOS=27360534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:18:13:4:3:18:13 chr2 27361222 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00626682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.16;QD=5.83311;RBI=0.0089374;REFB=-0.00884218;REVB=-0.00637214;RO=40;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533243;STB=0.851257;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0236994;OID=.;OPOS=27361222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:10:1:18:22:10:1:18:23 chr2 27424636 . G A 443.13 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.164834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5039;QD=35.45;RBI=0.204056;REFB=-0.0494391;REVB=0.120286;RO=13;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407332;STB=0.502875;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0251732;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:15:35:35:0.7:16:19:6:7:16:19:8:7 chr2 27428295 . A G 1111.9 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0522346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5908;QD=58.5209;RBI=0.0813128;REFB=-0.0294727;REVB=0.0623162;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00563932;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:34:40:0:1:34:41:0:1 chr2 27429367 . T C 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0458604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0986;QD=3.76491;RBI=0.0502438;REFB=-0.00213954;REVB=0.0205247;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160576;STB=0.610759;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00281422;OID=.;OPOS=27429367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:19:11:3:3:19:11 chr2 27435250 . A G 1039.88 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910337;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.952;QD=59.4219;RBI=0.0547307;REFB=0;REVB=0.0539683;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356246;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:27:39:0:0:31:39:0:0 chr2 27440784 . C CT 323.15 PASS AF=1;AO=6;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040531;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.167;QD=44.5721;RBI=0.0405349;REFB=0;REVB=-0.0005564;RO=24;SAF=0;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0144891;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:30:29:29:0:14:15:0:0:4:24:0:6:15:9 chr2 27440785 . C T 268.43 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.029649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.623;QD=35.7906;RBI=0.0601122;REFB=-0.148624;REVB=0.0522916;RO=7;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256544;STB=0.63988;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00589137;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:30:30:7:7:23:23:0.766667:9:14:0:7:9:14:0:7 chr2 27462076 . C T 49.17 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0285024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.107;QD=4.01383;RBI=0.0302043;REFB=-0.00540659;REVB=-0.00999543;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307311;STB=0.706839;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0282098;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:26:15:5:3:26:15 chr2 27550967 . A G 61.61 PASS AF=0.169231;AO=10;DP=64;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00262317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.114;QD=3.79128;RBI=0.0647488;REFB=-0.00601581;REVB=-0.0646956;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111981;STB=0.61452;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.037653;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:64:65:51:54:10:11:0.169231:6:4:25:26:7:4:27:27 chr2 27667297 . A G 48.29 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0380032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9127;QD=3.78763;RBI=0.0487334;REFB=0.00572427;REVB=0.0305074;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993026;STB=0.568459;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0376075;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:25:18:4:4:25:18 chr2 27715207 . T A 120.28 PASS AF=0.189189;AO=20;DP=111;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0190189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7944;QD=4.3345;RBI=0.0289015;REFB=-0.0204084;REVB=0.0217619;RO=90;SAF=10;SAR=10;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519295;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0816684;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:90:90:20:21:0.189189:10:10:45:45:11:10:45:45 chr2 27730940 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.298;QD=60.2307;RBI=0.00864261;REFB=0;REVB=0.000947198;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72249e-05;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr2 27789861 . T A 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0118725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.714;QD=39.8677;RBI=0.0118808;REFB=-0.0175675;REVB=-0.000443659;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130869;STB=0.571354;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0049856;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:9:10:0:3:9:10:0:3 chr2 27801403 . C G 382.59 PASS AF=0.861111;AO=29;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0652135;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9019;QD=42.5096;RBI=0.0714372;REFB=-0.071598;REVB=-0.0291629;RO=6;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279986;STB=0.507242;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0274564;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:36:36:6:5:29:31:0.861111:17:12:3:3:17:14:2:3 chr2 27801418 . C A 354.03 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0144967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.265;QD=41.6509;RBI=0.0323666;REFB=0.000479587;REVB=0.0289386;RO=6;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133668;STB=0.504584;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-3.73724e-05;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:27:28:0.823529:17:10:2:4:18:10:2:4 chr2 27802805 . A G 177.15 PASS AF=0.68;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0359997;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.412;QD=28.3435;RBI=0.036348;REFB=-0.0501151;REVB=-0.00502012;RO=8;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982288;STB=0.554393;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0244568;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:8:8:17:17:0.68:7:10:6:2:7:10:6:2 chr2 27838058 . C A 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0121086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.727;QD=35.7565;RBI=0.0128542;REFB=-0.0269003;REVB=0.0043142;RO=14;SAF=24;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241112;STB=0.631498;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0174737;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:10:24:4:10:10:24:4:10 chr2 27874045 . C A 181.95 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0298894;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.283;QD=23.4769;RBI=0.0340752;REFB=0.00086985;REVB=0.016363;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144203;STB=0.580558;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000501339;OID=.;OPOS=27874045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:4:9:9:9:4:9 chr2 27930837 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0318425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.711;QD=26.5988;RBI=0.0319858;REFB=0.00300503;REVB=-0.00302446;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.749246;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000944452;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:7:1:1:0:7:1:2:0 chr2 28824793 . C G 101.8 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4891;QD=40.7178;RBI=0.11635;REFB=0;REVB=0.114198;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052548;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 29092679 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00569864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.226;QD=61.5112;RBI=0.0065336;REFB=0.0908739;REVB=0.00319583;RO=1;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125485;STB=0.506664;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0024577;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:37:11:0:1:37:11:0:1 chr2 29092850 . G T 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.358;QD=58.7476;RBI=0.0319687;REFB=0.0643785;REVB=0.0280109;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391372;STB=0.520824;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0006503;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:23:23:0:2:23:23:0:2 chr2 29129418 . A G 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4971;QD=63.5683;RBI=0.0438465;REFB=0;REVB=0.0430046;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459916;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr2 29135468 . C G 795.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.762;QD=56.8351;RBI=0.0183274;REFB=0;REVB=0.00977086;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74648e-05;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr2 29149417 . A G 145.87 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=0.0226033;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6;QD=5.11838;RBI=0.0233615;REFB=0.00198449;REVB=-0.00590334;RO=88;SAF=10;SAR=14;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854856;STB=0.559768;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00324725;OID=.;OPOS=29149417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:88:90:24:24:0.210526:14:10:31:57:14:10:31:59 chr2 29169612 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5328;QD=39.203;RBI=0.0355556;REFB=0;REVB=0.0355556;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166251;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr2 29170623 . G T 1804.2 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.272;QD=61.1593;RBI=0.0382449;REFB=0;REVB=0.00786232;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93214e-05;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:50:67:0:0:50:68:0:0 chr2 29222070 . G A 408.22 PASS AF=0.820513;AO=27;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0476695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.939;QD=41.8684;RBI=0.0598957;REFB=-0.0566931;REVB=-0.0362645;RO=7;SAF=18;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977374;STB=0.560936;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00917636;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:7:7:27:32:0.820513:9:18:3:4:9:23:3:4 chr2 29226498 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0151367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1653;QD=26.6375;RBI=0.0280523;REFB=0.00469885;REVB=-0.0236181;RO=6;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.683952;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00285547;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:6:8:15:16:0.666667:12:3:3:3:13:3:5:3 chr2 29226512 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0274688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.344;QD=26.6377;RBI=0.0274717;REFB=-0.0063613;REVB=0.000402178;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3259;STB=0.683952;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00125606;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:5:3:13:3:5:3 chr2 29240060 . A G 1478.87 PASS AF=0.754717;AO=119;DP=158;FAO=120;FDP=159;FR=.;FRO=39;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00917512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.947;QD=37.2044;RBI=0.0452286;REFB=-0.0436782;REVB=0.0442882;RO=38;SAF=45;SAR=74;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469995;STB=0.506337;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0143429;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:38:39:119:120:0.754717:74:45:14:24:74:46:14:25 chr2 29240673 . G A 1503.99 PASS AF=0.817518;AO=111;DP=135;FAO=112;FDP=137;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.00681439;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.473;QD=43.9121;RBI=0.0117216;REFB=-0.0354967;REVB=0.00953724;RO=24;SAF=20;SAR=91;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319683;STB=0.51865;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00627899;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:24:25:111:112:0.817518:91:20:3:21:92:20:3:22 chr2 29240686 . A C 1246.33 PASS AF=0.801653;AO=96;DP=120;FAO=97;FDP=121;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0317531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.262;QD=41.201;RBI=0.0329703;REFB=-0.0286205;REVB=-0.00887603;RO=24;SAF=19;SAR=77;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710592;STB=0.537019;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00738091;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:24:24:96:97:0.801653:77:19:2:22:78:19:2:22 chr2 29240783 . A G 597.41 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0478118;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.526;QD=48.7684;RBI=0.048259;REFB=0.0223714;REVB=-0.00655431;RO=4;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536429;STB=0.528559;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00286722;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:49:4:4:45:45:0.918367:33:12:0:4:33:12:0:4 chr2 29286509 . T C 551.49 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.033569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6073;QD=35.5803;RBI=0.0338871;REFB=0.00352692;REVB=-0.00463214;RO=15;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739503;STB=0.539756;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00078932;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:27:20:4:11:27:20:4:11 chr2 29287926 . C CGCT 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00432615;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.893;QD=24.0668;RBI=0.0399152;REFB=-0.0656776;REVB=0.0396801;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277495;STB=0.615248;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.0414486;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:16:29:16:26:10:8:8:8:2:75:13:8:8:11:2 chr2 29294629 . C T 425.55 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00813674;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.789;QD=29.8628;RBI=0.0257569;REFB=-0.0130906;REVB=-0.0244379;RO=17;SAF=20;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928609;STB=0.504048;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00869587;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:18:39:39:0.684211:19:20:9:8:19:20:9:9 chr2 29294754 . G C 262.42 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0171317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.046;QD=32.803;RBI=0.0227797;REFB=-0.00899427;REVB=-0.015014;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963805;STB=0.5528;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00386528;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:11:12:3:6:11:12:3:6 chr2 29295016 . A G 322.61 PASS AF=0.72973;AO=26;DP=36;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.017397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6411;QD=34.8768;RBI=0.0174026;REFB=-0.0561215;REVB=-0.000442796;RO=8;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016685;STB=0.522072;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0102293;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:36:37:8:10:26:27:0.72973:14:12:4:4:14:13:4:6 chr2 29295676 . G A 346.52 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0197792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3328;QD=26.6555;RBI=0.0268438;REFB=-0.0313245;REVB=0.0181487;RO=19;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904019;STB=0.549551;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0181552;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:13:20:9:10:13:20:9:10 chr2 29296870 . C T 497.62 PASS AF=0.721311;AO=43;DP=60;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0477432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1335;QD=32.631;RBI=0.0562464;REFB=-0.00475443;REVB=-0.0297363;RO=15;SAF=26;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232844;STB=0.524464;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0056054;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:15:17:43:44:0.721311:17:26:9:6:17:27:9:8 chr2 29297068 . C T 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0263197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.579;QD=39.3298;RBI=0.0267622;REFB=-0.0100788;REVB=0.00484677;RO=9;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723075;STB=0.539206;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00159116;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:12:19:4:5:12:19:4:5 chr2 29356669 . A G 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.023671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.178;QD=2.58022;RBI=0.0237277;REFB=-0.00241215;REVB=0.00163952;RO=78;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401164;STB=0.528255;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0126196;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:7:5:35:43:7:5:35:43 chr2 29416025 . C CATTG 1522.99 PASS AF=0.93913;AO=102;DP=117;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0169676;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.034;QD=52.9736;RBI=0.0252076;REFB=0.00503123;REVB=-0.018642;RO=7;SAF=60;SAR=42;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552865;STB=0.528048;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=-0.000155128;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93913:102:117:108:115:7:64:44:1:6:19:7:60:42:1:6 chr2 29416366 . G C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7102;QD=63.6133;RBI=0.0374405;REFB=0;REVB=-0.00632309;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195721;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr2 29416481 . T C 1425.29 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106548;FXX=0.0416623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0674;QD=61.9692;RBI=0.112398;REFB=0;REVB=0.0357888;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115202;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:84:92:1:47:37:0:0:48:44:0:0 chr2 29416572 . T C 779.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.145;QD=63.6273;RBI=0.0330338;REFB=0;REVB=0.0284515;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590811;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr2 29430942 . GTC G 863.03 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656923;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.583;QD=57.5356;RBI=0.0161002;REFB=0;REVB=-0.014699;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.58605e-06;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:60:60:60:0:22:38:0:0:5:0:22:34:0:0 chr2 29444076 . G T 787.07 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.904;QD=55.2326;RBI=0.039602;REFB=-0.176339;REVB=-0.00343016;RO=1;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119389;STB=0.506327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000715475;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:39:17:0:1:39:17:0:1 chr2 29444095 . C T 730.95 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164148;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.361;QD=63.5613;RBI=0.016437;REFB=0;REVB=0.000854807;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45527e-05;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr2 29445458 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.646;QD=57.6806;RBI=0.0686958;REFB=0;REVB=0.0541828;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400654;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr2 29543663 . T C 1424.07 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0213129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.202;QD=60.5986;RBI=0.0218107;REFB=0.00186895;REVB=0.00463297;RO=2;SAF=71;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154068;STB=0.508131;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.000120614;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:21:71:1:1:21:71:1:1 chr2 29903931 . T A 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8834;QD=64.1435;RBI=0.155889;REFB=0;REVB=0.15505;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168356;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 29940529 . A T 463.43 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00561483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.666;QD=52.9633;RBI=0.0106365;REFB=-0.085102;REVB=-0.00903373;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.56246;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000735828;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:26:7:0:0:26:7:2:0 chr2 30381505 . T C 808.75 PASS AF=0.790123;AO=63;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.012406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.004;QD=39.9382;RBI=0.0803713;REFB=0.00415436;REVB=0.0794081;RO=16;SAF=33;SAR=30;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903102;STB=0.512757;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00102079;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:16:17:63:64:0.790123:30:33:8:8:30:34:8:9 chr2 30957326 . A G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00367659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.721;QD=6.66154;RBI=0.0125408;REFB=-0.00305596;REVB=-0.0119898;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212959;STB=0.63608;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00979078;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:15:17:7:3:15:17 chr2 30976058 . C T 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5994;QD=61.208;RBI=0.0114492;REFB=0;REVB=0.0113934;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47543e-05;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr2 30980940 . C T 365.12 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.728;QD=52.1597;RBI=0.042543;REFB=-0.0846114;REVB=0.0405169;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000971336;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:1:0:18:9:1:0 chr2 31135184 . G T 93.02 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00458647;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.854;QD=4.27696;RBI=0.0051837;REFB=0.00268861;REVB=0.00241558;RO=72;SAF=8;SAR=8;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50574;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0136497;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:88:87:72:71:16:16:0.183908:8:8:36:36:8:8:35:36 chr2 31414807 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00055982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.669;QD=58.061;RBI=0.021319;REFB=0;REVB=-0.0213116;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12827e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr2 31451224 . G C 109.27 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=11;FWDB=0.0605865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2919;QD=4.75094;RBI=0.0606547;REFB=0.00611821;REVB=0.00287647;RO=74;SAF=14;SAR=4;SRF=63;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152328;STB=0.594503;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0220534;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:74:74:18:18:0.195652:4:14:63:11:4:14:63:11 chr2 31490716 . C G 784.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.911;QD=57.0645;RBI=0.0859436;REFB=0;REVB=-0.0600858;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9143e-05;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr2 31571786 . A G 679.09 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=49;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0392633;FXX=0.119976;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.861;QD=61.7357;RBI=0.039266;REFB=-0.174511;REVB=0.000464923;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00399891;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:44:0:1:40:43:0.977273:22:18:0:0:24:19:0:1 chr2 31589847 . G A 81.45 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.000569642;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.362;QD=6.03326;RBI=0.00513166;REFB=-0.00740737;REVB=-0.00509995;RO=42;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241201;STB=0.657595;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0112222;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:10:2:13:29:10:2:13:29 chr2 31805880 . A AG 381.09 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.77;QD=44.8341;RBI=0.234031;REFB=0;REVB=0.0348342;RO=5;SAF=16;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0102427;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:35:34:34:0:19:15:0:0:7:5:16:14:4:1 chr2 32342508 . A T 4292.92 PASS AF=1;AO=274;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347531;FXX=0.010791;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.422;QD=62.4425;RBI=0.0370375;REFB=-0.023024;REVB=0.0128062;RO=2;SAF=121;SAR=153;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220569;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:276:275:2:0:274:275:1:153:121:2:0:153:122:0:0 chr2 32640420 . C T 454.58 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00386332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.19;QD=33.6728;RBI=0.0353779;REFB=-0.0423066;REVB=0.0351663;RO=14;SAF=27;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16258;STB=0.588073;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0140576;OID=.;OPOS=32640420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:13:27:5:9:13:27:5:9 chr2 32667182 . G C 820.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235207;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.113;QD=57.5863;RBI=0.0294203;REFB=0;REVB=0.0176727;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70884e-06;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr2 32718692 . G C 332.35 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0307928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7994;QD=32.4246;RBI=0.0352212;REFB=0.0195185;REVB=0.017098;RO=13;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164724;STB=0.590483;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00483694;OID=.;OPOS=32718692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:20:8:7:6:20:8:7:6 chr2 32843292 . TTTA T,TT,TTT,TTTT 407.31 PASS AF=0.666667,0.1,0.166667,0.0666667;AO=5,4,4,11;DP=32;FAO=20,3,5,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,3,1;FSAR=9,3,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040345,-0.00397606,-0.00389729,-0.00380331;FXX=0.0322477;HRUN=4,4,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=121.916,122.966,122.606,121.454;QD=54.3085;RBI=0.180178,0.181636,0.166692,0.149788;REFB=0,0,0,0;REVB=0.180133,0.181592,0.166646,0.14974;RO=3;SAF=1,0,3,10;SAR=4,4,1,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.23409,0,0.490704,0.518879;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00583507,-0.000879124,-0.00381511,0.00201267;OID=.,.,.,.;OPOS=32843293,32843294,32843295,32843295;OREF=TTA,TA,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.666667,0.1,0.166667,0.0666667:5,4,4,11:32:20,3,5,2:30:0:11,0,3,1:9,3,2,1:0:0:14:3:1,0,3,10:4,4,1,1:0:3 chr2 32855615 . A G 769.24 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.382;QD=56.9806;RBI=0.0722339;REFB=0;REVB=0.024297;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830835;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr2 32983480 . G A 114.66 PASS AF=0.162963;AO=14;DP=136;FAO=22;FDP=135;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.00623399;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.949;QD=3.39732;RBI=0.0340767;REFB=-0.000564151;REVB=0.0335016;RO=101;SAF=2;SAR=12;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329191;STB=0.525216;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00322796;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:101:113:14:22:0.162963:12:2:36:65:12:10:48:65 chr2 33534543 . G T 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0141395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.66;QD=1.84559;RBI=0.017043;REFB=0.00117842;REVB=-0.00951519;RO=68;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478435;STB=0.868188;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0224136;OID=.;OPOS=33534543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:7:1:36:32:7:1:36:32 chr2 33557974 . A G 492.07 PASS AF=0.76087;AO=34;DP=47;FAO=35;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0197836;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7009;QD=42.7887;RBI=0.0738722;REFB=-0.0333455;REVB=0.0711738;RO=8;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104085;STB=0.508017;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0191122;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:47:46:8:8:34:35:0.76087:18:16:4:4:19:16:4:4 chr2 33585796 . T C,G 1911.14 PASS AF=0.952756,0.0472441;AO=120,6;DP=126;FAO=121,6;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=54,6;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424893,-0.00921469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.6841,177.134;QD=60.1935;RBI=0.0449585,0.00928404;REFB=0,0;REVB=0.0146944,-0.00113263;RO=0;SAF=54,6;SAR=66,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00232358,0.256387;OID=.,.;OPOS=33585796,33585796;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:126:127:0:0:120,6:121,6:0.952756,0.0472441:66,0:54,6:0:0:67,0:54,6:0:0 chr2 33764286 . T C 1219.47 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494864;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3432;QD=60.9736;RBI=0.0520578;REFB=0;REVB=0.016159;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034875;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:43:37:0:0 chr2 33787773 . A G 424.12 PASS AF=0.716981;AO=37;DP=52;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0218741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.972;QD=32.0086;RBI=0.0406289;REFB=0.00135873;REVB=0.0342378;RO=15;SAF=7;SAR=30;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161454;STB=0.589992;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-5.79157e-05;OID=.;OPOS=33787773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:15:15:37:38:0.716981:30:7:6:9:31:7:6:9 chr2 33952413 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3916;QD=55.0962;RBI=0.0418723;REFB=0;REVB=-0.00597471;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729578;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr2 33952456 . C G 423.53 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.355;QD=54.6485;RBI=0.0588656;REFB=-0.106469;REVB=0.0296179;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109772;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:31:1:0:29:31:1:17:12:1:0:18:13:0:0 chr2 33952621 . G A 49.89 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0286912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.409;QD=4.53551;RBI=0.0383169;REFB=-0.00683738;REVB=0.0253969;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152974;STB=0.603188;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0529101;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:5:3:18:18:5:3:18:18 chr2 36756288 . T C 1476.05 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00480934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.522;QD=57.3223;RBI=0.0152005;REFB=-0.0671629;REVB=0.0144196;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.500096;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00025494;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:50:51:0:0:50:51:1:1 chr2 36781401 . T C 1120.28 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5532;QD=58.962;RBI=0.0440402;REFB=-0.0496966;REVB=0.0418481;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00133718;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:30:45:0:0:30:45:0:1 chr2 36783127 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00449999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.199;QD=54.4809;RBI=0.0419998;REFB=-0.00769323;REVB=0.041758;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000734929;OID=.;OPOS=36783127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:1:0:17:14:1:0 chr2 36785664 . GTTTA GTTAA,GTTA,GTTT 102.4 PASS AF=0.0322581,0.290323,0.322581;AO=3,4,5;DP=31;FAO=1,9,10;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=0,3,2;FSAR=1,6,8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.480249,0.251275,-0.701881;FXX=0;HRUN=3,3,11;LEN=1,1,1;MLLD=27.3492,25.5622,4.26049;QD=13.2122;RBI=0.514301,0.255879,0.757151;REFB=0.082438,0.0426712,-0.131861;REVB=-0.184029,-0.0483188,0.283974;RO=7;SAF=0,1,3;SAR=3,3,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.590815,0.158242,0.413035;STB=0.986937,0.518477,0.615131;STBP=0.531,0.919,0.383;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0134224,-0.0479682,0.0775243;OID=.,.,.;OPOS=36785667,36785665,36785668;OREF=T,T,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=GTTAA,GTTA,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.290323,0.322581:3,4,5:31:1,9,10:31:11:0,3,2:1,6,8:4:7:41:7:0,1,3:3,3,2:1:6 chr2 36808731 . TTA GAT,TGA 438.5 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=2,27;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415949,0.0723662;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=47.1144,113.454;QD=56.5808;RBI=0.0441939,0.0734158;REFB=0,0;REVB=-0.0149322,0.0123699;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.113505,-0.000822878;OID=.,.;OPOS=36808731,36808732;OREF=TTA,T;OALT=GAT,G;OMAPALT=GAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:31:31:0:0:2,27:1,30:0.0322581,0.967742:0,13:2,14:0:0:0,15:1,15:0:0 chr2 36810586 . T C 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=3.59842e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.418;QD=5.99319;RBI=0.0364698;REFB=-0.0087542;REVB=0.0364698;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209519;STB=0.513486;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0484823;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:15:21:6:4:15:21 chr2 37094945 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=15;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454214;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.391;QD=46.0577;RBI=0.0718535;REFB=0.148755;REVB=0.0556761;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00223701;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:15:19:0.95:6:9:0:0:8:11:0:1 chr2 37232879 . A C 528.72 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0110891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.239;QD=43.1608;RBI=0.012571;REFB=-0.0134092;REVB=0.00592134;RO=10;SAF=20;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485881;STB=0.502616;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0021259;OID=.;OPOS=37232879;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:10:10:39:39:0.795918:19:20:5:5:19:20:5:5 chr2 37306343 . G A 2862.38 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.871;QD=62.9094;RBI=0.00753691;REFB=0;REVB=0.00717819;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90111e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:182:0:0:180:182:1:93:87:0:0:94:88:0:0 chr2 37317869 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.331;QD=60.3767;RBI=0.044176;REFB=0;REVB=-0.0437891;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69278e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:28:45:0:0:28:46:0:0 chr2 37365640 . G A 568.98 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162364;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.474;QD=61.5116;RBI=0.0302045;REFB=0;REVB=0.0254695;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81071e-05;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 37406644 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.955;QD=56.9346;RBI=0.0913196;REFB=0;REVB=0.0103952;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182309;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr2 37406679 . GCA AGG,GAA,GGA 732.57 PASS AF=0.0188679,0.0566038,0.924528;AO=2,3,44;DP=53;FAO=1,3,49;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,22;FSAR=1,2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237987,0.0086895,0.00991266;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=80.6387,165.951,199.031;QD=55.2886;RBI=0.00672484,0.0307733,0.0203755;REFB=0,0,0;REVB=-0.00628965,0.0295209,0.0178016;RO=0;SAF=0,1,21;SAR=2,2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.2717e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.00698593,0.015499,-0.00103833;OID=.,.,.;OPOS=37406679,37406680,37406680;OREF=GCA,C,C;OALT=AGG,A,G;OMAPALT=AGG,GAA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:53:53:0:0:2,3,44:1,3,49:0.0188679,0.0566038,0.924528:2,2,23:0,1,21:0:0:1,2,27:0,1,22:0:0 chr2 37438993 . G A 332.43 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00874059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.357;QD=32.4319;RBI=0.0185563;REFB=-0.0334891;REVB=0.0163688;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412649;STB=0.522588;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0219;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:17:11:6:7:17:11:6:7 chr2 37456032 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8951;QD=39.2067;RBI=0.121105;REFB=0;REVB=-0.0523568;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00540135;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 37458711 . G A 506.64 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0302913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.858;QD=34.3487;RBI=0.0432833;REFB=-0.0195754;REVB=0.0309173;RO=15;SAF=21;SAR=23;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890631;STB=0.548018;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00407521;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:23:21:10:5:23:21:10:5 chr2 37477794 . C A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8611;QD=56.185;RBI=0.0328949;REFB=0;REVB=-0.0315611;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173704;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 37494591 . A G 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00256684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.087;QD=5.70343;RBI=0.0227976;REFB=-0.000528713;REVB=-0.0226526;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308211;STB=0.6996;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00195773;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:17:21:3:7:17:21 chr2 37518045 . G C 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0402167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.796;QD=26.1243;RBI=0.0403783;REFB=-0.0161541;REVB=-0.00360839;RO=22;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979396;STB=0.55346;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00608505;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:17:20:15:7:17:20:15:7 chr2 37558980 . A C 1534.21 PASS AF=0.711864;AO=126;DP=177;FAO=126;FDP=177;FR=.;FRO=51;FSAF=80;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.015575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5772;QD=34.6715;RBI=0.0229911;REFB=-0.00123964;REVB=0.0169118;RO=51;SAF=80;SAR=46;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380482;STB=0.520372;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000443198;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:51:51:126:126:0.711864:46:80:29:22:46:80:29:22 chr2 37872314 . GTAA AGTA,GTA,GT 199.92 PASS AF=0,0.491228,0.0175439;AO=5,25,21;DP=122;FAO=0,56,2;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=0,11,0;FSAR=0,45,2;FSRF=50;FSRR=6;FWDB=-0.0139643,0.0754669,0.0384298;FXX=0.0655684;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=176.772,11.2821,20.3915;QD=7.0146;RBI=0.0676928,0.298417,0.157951;REFB=-0.00343785,-0.108485,-0.0541124;REVB=-0.0662368,-0.288716,-0.153205;RO=52;SAF=0,9,0;SAR=5,16,21;SRF=49;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.840039,-0.619328,-0.885626;STB=0.5,0.830197,0.998621;STBP=1,0,0.001;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0340674,0.0587043;OID=.,.,.;OPOS=37872314,37872316,37872316;OREF=GTA,A,AA;OALT=AGT,-,-;OMAPALT=AGTA,GTA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:122:114:52:56:5,25,21:0,56,2:0,0.491228,0.0175439:5,16,21:0,9,0:49:3:0,45,2:0,11,0:50:6 chr2 37872508 . G A 884.59 PASS AF=0.721649;AO=69;DP=96;FAO=70;FDP=97;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0423889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.212;QD=36.4778;RBI=0.0427497;REFB=-0.00439814;REVB=-0.00554193;RO=26;SAF=34;SAR=35;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121191;STB=0.5605;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00108227;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:26:27:69:70:0.721649:35:34:19:7:36:34:19:8 chr2 37873629 . C T 946.87 PASS AF=0.757009;AO=78;DP=104;FAO=81;FDP=107;FR=.;FRO=26;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0103146;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2724;QD=35.3972;RBI=0.0600785;REFB=-0.0214557;REVB=-0.0591865;RO=25;SAF=43;SAR=35;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143133;STB=0.50752;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00927244;OID=.;OPOS=37873629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:25:26:78:81:0.757009:35:43:13:12:38:43:13:13 chr2 37873931 . T A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0195106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1136;QD=7.32288;RBI=0.0480196;REFB=0.00141436;REVB=-0.0438773;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00557354;OID=.;OPOS=37873931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr2 38179134 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.682;QD=57.7122;RBI=0.0280263;REFB=0;REVB=-0.0137923;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194333;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr2 38201357 . G A 71.01 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.108987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.837;QD=7.67682;RBI=0.119164;REFB=0.0229693;REVB=0.0481844;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116071;STB=0.581242;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0602045;OID=.;OPOS=38201357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:26:27:10:10:0.27027:6:4:8:18:6:4:8:19 chr2 38298150 . A G 139.39 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0122464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.442;QD=9.1404;RBI=0.0148276;REFB=-0.00256501;REVB=-0.00835957;RO=42;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31205;STB=0.708422;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00836416;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:17:19:0.311475:4:13:22:20:4:15:22:20 chr2 38298203 . C G 125.9 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0209412;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3265;QD=10.2777;RBI=0.021181;REFB=0.012757;REVB=-0.00317851;RO=34;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38385;STB=0.733606;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0368931;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:3:12:17:17:3:12:17:17 chr2 38916970 . A T 140.63 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00988678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.563;QD=5.20849;RBI=0.00988712;REFB=-0.00426858;REVB=-8.23315e-05;RO=85;SAF=7;SAR=16;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260361;STB=0.663204;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0130084;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:85:23:23:0.212963:16:7:43:42:16:7:43:42 chr2 39008949 . G A 62.56 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0200875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.779;QD=4.46874;RBI=0.0236966;REFB=0.00313395;REVB=0.0125708;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975059;STB=0.565086;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0270653;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:56:46:46:10:10:0.178571:4:6:24:22:4:6:24:22 chr2 39025555 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.436;QD=57.2373;RBI=0.0540424;REFB=0;REVB=-0.000248609;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175314;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr2 39050141 . A C 501.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.206;QD=58.9688;RBI=0.0138302;REFB=0;REVB=0.0084373;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70915e-05;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr2 39082344 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.16;QD=64.1533;RBI=0.0167797;REFB=0;REVB=-0.0167461;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02507e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr2 39156956 . G A 71.9 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0230063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.199;QD=15.978;RBI=0.0235358;REFB=-0.0105173;REVB=-0.00496424;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00995288;OID=.;OPOS=39156956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:6:9:9:9:0.5:4:5:4:2:4:5:7:2 chr2 39209426 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0112665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.386;QD=20.8978;RBI=0.0252629;REFB=0.0176771;REVB=0.0226114;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31147;STB=0.681335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0191099;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:3:1:6:2:3:1 chr2 39212637 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00523774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.292;QD=34.6655;RBI=0.0118861;REFB=-0.0137187;REVB=0.0106698;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00198568;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr2 39250000 . A C 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0169392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.563;QD=32.2578;RBI=0.0169996;REFB=0.00297203;REVB=-0.00143226;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119634;STB=0.506573;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.000869184;OID=.;OPOS=39250000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:10:11:4:4:10:11:4:4 chr2 39406320 . G A 718.16 PASS AF=0.634615;AO=66;DP=104;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00458353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.815;QD=27.6216;RBI=0.0083128;REFB=-5.71388e-05;REVB=0.00693497;RO=38;SAF=31;SAR=35;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735778;STB=0.53986;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=3.26585e-05;OID=.;OPOS=39406320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:38:38:66:66:0.634615:35:31:22:16:35:31:22:16 chr2 39477170 . T C 278.21 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00777556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.871;QD=33.722;RBI=0.0283972;REFB=-0.0210136;REVB=0.0273119;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125104;STB=0.56847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00930134;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:14:10:6:3:14:10:6:3 chr2 39507417 . T A 135.11 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00674577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.248;QD=21.6181;RBI=0.00685371;REFB=-0.0692753;REVB=0.0012116;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379925;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:6:8:6:4:6:9:6:4 chr2 39583446 . A G 481.36 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0270654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1437;QD=28.7379;RBI=0.0321127;REFB=0.0141761;REVB=0.0172828;RO=23;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18572;STB=0.601061;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00603197;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:28:16:15:8:28:16:15:8 chr2 39996230 . G A 448.44 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0220187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.026;QD=42.7085;RBI=0.0263555;REFB=0.0156859;REVB=-0.014484;RO=8;SAF=13;SAR=21;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501326;STB=0.527011;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00634463;OID=.;OPOS=39996230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:8:8:34:34:0.809524:21:13:2:6:21:13:2:6 chr2 40403104 . A G 602.27 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.172;QD=58.7576;RBI=0.034441;REFB=0.0467711;REVB=0.0107774;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000445953;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:1:1:37:40:0.97561:15:22:0:1:15:25:0:1 chr2 42396722 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.03;QD=54.5172;RBI=0.0598369;REFB=0;REVB=-0.0177276;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14939e-05;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr2 42510018 . A G 1579.45 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0888779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3113;QD=54.9372;RBI=0.110773;REFB=0.0144005;REVB=-0.0661162;RO=5;SAF=48;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340629;STB=0.502001;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00173195;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:115:5:5:109:110:0.956522:61:48:2:3:61:49:2:3 chr2 42990101 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.726;QD=57.2376;RBI=0.0225582;REFB=0;REVB=0.0224955;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31594e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr2 42990336 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.378;QD=59.0187;RBI=0.0325649;REFB=0;REVB=0.00550374;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45931e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 42990522 . C T 941.91 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.912;QD=57.0851;RBI=0.116495;REFB=-0.148594;REVB=0.026357;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00172956;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr2 43015704 . T A 734.32 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.623;QD=61.1935;RBI=0.0446623;REFB=-0.148046;REVB=0.040243;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00167565;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:0:1:26:21:0:1 chr2 43015719 . T C 752.2 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730914;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.914;QD=64.017;RBI=0.0138949;REFB=0;REVB=0.0118172;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733768;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr2 43015757 . G A 563.75 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.408;QD=57.8202;RBI=0.0262014;REFB=-0.112983;REVB=0.0232491;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00136937;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:37:38:0.974359:23:14:0:0:24:14:1:0 chr2 43451244 . TAA ATA,T 41.04 PASS AF=0.666667,0.222222;AO=4,3;DP=9;FAO=6,2;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0;FSAR=4,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00332256,0.0211176;FXX=0;HRUN=1,11;LEN=2,2;MLLD=9.13728,6.78575;QD=18.2382;RBI=0.0155345,0.167103;REFB=-0.112083,-0.0611356;REVB=0.015175,-0.165763;RO=0;SAF=2,0;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599655,0.993266;STBP=0.252,0.232;TYPE=mnp,del;VARB=0.119401,-0.0708914;OID=.,.;OPOS=43451244,43451245;OREF=TA,AA;OALT=AT,-;OMAPALT=ATA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:9:9:0:1:4,3:6,2:0.666667,0.222222:2,3:2,0:0:0:4,2:2,0:1:0 chr2 43458358 . C T 436.13 PASS AF=0.772727;AO=30;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0110306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.745;QD=39.6484;RBI=0.0132073;REFB=-0.00822259;REVB=-0.00726356;RO=6;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146479;STB=0.51612;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0014003;OID=.;OPOS=43458358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:6:10:30:34:0.772727:16:14:0:6:18:16:4:6 chr2 43902511 . G C 406.77 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0174901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9914;QD=38.7403;RBI=0.0397155;REFB=0.0177755;REVB=0.0356569;RO=10;SAF=19;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865665;STB=0.54694;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0166486;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:13:19:4:6:13:19:4:6 chr2 43903066 . A G 434.29 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00353072;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.081;QD=42.3698;RBI=0.00462682;REFB=0.000325542;REVB=-0.00299023;RO=8;SAF=21;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988763;STB=0.553455;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000383572;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:41:8:8:33:33:0.804878:12:21:3:5:12:21:3:5 chr2 43903354 . T C 1163.84 PASS AF=0.88172;AO=82;DP=93;FAO=82;FDP=93;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=1.40444e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.071;QD=50.0575;RBI=0.0115461;REFB=0.0212101;REVB=0.0115461;RO=11;SAF=39;SAR=43;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05606;STB=0.529744;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00320691;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:11:11:82:82:0.88172:43:39:8:3:43:39:8:3 chr2 43926943 . T A 610.41 PASS AF=0.806452;AO=50;DP=62;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0183556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.325;QD=39.381;RBI=0.0184894;REFB=-0.0119233;REVB=-0.00222023;RO=12;SAF=27;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446284;STB=0.523923;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00454249;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:12:12:50:50:0.806452:23:27:5:7:23:27:5:7 chr2 43927459 . C G 389.44 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00361758;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.699;QD=28.8475;RBI=0.00610595;REFB=0.0199707;REVB=0.00491891;RO=16;SAF=23;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188428;STB=0.585939;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0079957;OID=.;OPOS=43927459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:16:18:36:36:0.666667:13:23:5:11:13:23:7:11 chr2 43931176 . T C 456.65 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00582018;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.529;QD=39.7082;RBI=0.057758;REFB=-0.048605;REVB=0.057464;RO=11;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922478;STB=0.549768;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00788167;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:11:11:35:35:0.76087:13:22:9:2:13:22:9:2 chr2 43993448 . G C 370.57 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000787495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.488;QD=42.3509;RBI=0.0127953;REFB=-0.0220689;REVB=0.012771;RO=6;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121695;STB=0.56577;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00301035;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:16:13:5:1:16:13:5:1 chr2 44004010 . T C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.024791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.688;QD=29.965;RBI=0.0266616;REFB=-0.00224268;REVB=0.00981063;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125094;STB=0.573856;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00149043;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:14:10:3:10:14:11:3:10 chr2 44021826 . T A 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000754285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.612;QD=31.0186;RBI=0.00905076;REFB=-0.0198447;REVB=0.00901928;RO=17;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622153;STB=0.533726;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00862353;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:19:21:7:10:19:21:7:10 chr2 44036922 . T C 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0318303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.629;QD=24.2684;RBI=0.0331983;REFB=0.000451643;REVB=0.00943157;RO=22;SAF=21;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169231;STB=0.593163;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000118763;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:12:21:9:13:12:21:9:13 chr2 44040401 . G C 597.88 PASS AF=0.769231;AO=50;DP=65;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0164115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.137;QD=36.7927;RBI=0.0167249;REFB=-0.0284614;REVB=0.00322283;RO=15;SAF=15;SAR=35;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113143;STB=0.56095;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0109785;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:15:15:50:50:0.769231:35:15:8:7:35:15:8:7 chr2 44066174 . T G 974.91 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112723;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4595;QD=58.2033;RBI=0.120915;REFB=0;REVB=0.0437489;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511547;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:67:0:0:51:67:1:19:32:0:0:24:43:0:0 chr2 44071743 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.503;QD=60.6069;RBI=0.045204;REFB=0;REVB=0.0234715;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253261;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 44101538 . C T 1419.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.286;QD=62.3927;RBI=0.0201534;REFB=0;REVB=0.012076;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65112e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:81:91:0:0:81:91:1:38:43:0:0:41:50:0:0 chr2 44104925 . T C 717.21 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.529;QD=61.0392;RBI=0.061339;REFB=-0.0741586;REVB=0.00803781;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00158541;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:47:1:1:42:46:0.978723:22:20:0:1:22:24:0:1 chr2 44201376 . T C 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00795477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.864;QD=4.67771;RBI=0.0131534;REFB=0.000637991;REVB=-0.0104754;RO=53;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245331;STB=0.657299;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00197206;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:8:5:31:22:8:5:31:22 chr2 45149003 . C T 302.38 PASS AF=0.787879;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.016008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.281;QD=36.6522;RBI=0.0284957;REFB=0.00183768;REVB=0.0235743;RO=7;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724893;STB=0.54542;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000175044;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:33:7:7:24:26:0.787879:11:13:5:2:13:13:5:2 chr2 45149373 . G T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.555;QD=28.5377;RBI=0.0393265;REFB=-0.0685582;REVB=0.036478;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00370342;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr2 45171842 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.057;QD=62.9773;RBI=0.0129859;REFB=0;REVB=0.00298713;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59562e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:11:33:0:0:11:34:0:0 chr2 45640374 . C A 115.73 PASS AF=0.185185;AO=19;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0014322;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.632;QD=4.28633;RBI=0.021377;REFB=-0.012223;REVB=-0.021329;RO=89;SAF=14;SAR=5;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375779;STB=0.756626;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0514509;OID=.;OPOS=45640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:89:88:19:20:0.185185:5:14:39:50:5:15:38:50 chr2 45645512 . C T 80.25 PASS AF=0.177215;AO=12;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00584129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.049;QD=4.06343;RBI=0.0184113;REFB=0.00139568;REVB=0.0174602;RO=50;SAF=10;SAR=2;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326054;STB=0.770197;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.011303;OID=.;OPOS=45645512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:50:64:12:14:0.177215:2:10:31:19:2:12:38:26 chr2 45796468 . C G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00985274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.737;QD=3.7649;RBI=0.018048;REFB=-0.00351844;REVB=0.0151213;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359652;STB=0.759901;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0313418;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:17:13:1:5:17:13 chr2 45796479 . C T 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00579227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.766;QD=3.76554;RBI=0.00749418;REFB=-0.0144552;REVB=-0.00475525;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359652;STB=0.759901;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0538487;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:17:13:1:5:17:13 chr2 46413161 . C T 108.94 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00913115;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.08;QD=7.14347;RBI=0.070352;REFB=-4.65495e-05;REVB=-0.0697569;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853141;STB=0.57368;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000348983;OID=.;OPOS=46413161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:42:45:16:16:0.262295:8:8:18:24:8:8:18:27 chr2 46414742 . C A,CA 51.69 PASS AF=0,0.481481;AO=2,7;DP=28;FAO=0,13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0308613,0.0514214;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=16.5958,9.29911;QD=7.65721;RBI=0.0851658,0.166619;REFB=-0.089975,-0.116151;REVB=0.0793775,0.158486;RO=19;SAF=1,4;SAR=1,3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0256614,0.0520582;STB=0.5,0.519969;STBP=1,0.796;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.144807;OID=.,.;OPOS=46414742,46414743;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:28:27:19:14:2,7:0,13:0,0.481481:1,3:1,4:10:9:0,6:0,7:7:7 chr2 46707851 . G A 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0415842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.451;QD=15.9147;RBI=0.0418279;REFB=-0.0382633;REVB=0.00450831;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465152;STB=0.768816;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0495088;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:4:11:3:10:4:11 chr2 46707886 . G A 84.72 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.058;QD=24.2046;RBI=0.0270998;REFB=-0.0712187;REVB=0.0270998;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442761;OID=.;OPOS=46707886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:14:14:3:4:7:9:0.642857:7:0:0:3:9:0:0:4 chr2 46799852 . G T 34.5 PASS AF=0.09;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0568142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6724;QD=1.38004;RBI=0.123729;REFB=0.003962;REVB=-0.109914;RO=90;SAF=8;SAR=1;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445493;STB=0.866595;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0486134;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:100:90:91:9:9:0.09:1:8:47:43:1:8:47:44 chr2 46987300 . T G 224.21 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7767;QD=42.7075;RBI=0.0226099;REFB=-0.0343192;REVB=0.015568;RO=2;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764328;STB=0.541624;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00549069;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:18:19:0.904762:7:11:2:0:8:11:2:0 chr2 47045309 . C T 376.57 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0951374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5081;QD=51.9406;RBI=0.104908;REFB=0.0239055;REVB=0.0442106;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0025525;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:26:28:0.965517:12:14:0:1:13:15:0:1 chr2 47201797 . A T 701.77 PASS AF=0.893939;AO=53;DP=63;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.139697;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.1389;QD=42.5317;RBI=0.139741;REFB=-0.056127;REVB=0.00352276;RO=10;SAF=25;SAR=28;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972476;STB=0.523606;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.016732;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:63:66:10:7:53:59:0.893939:28:25:8:2:30:29:5:2 chr2 47220622 . G A 463.36 PASS AF=0.72;AO=34;DP=49;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.103962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6551;QD=37.0688;RBI=0.106401;REFB=0.0126277;REVB=0.0226535;RO=15;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181546;STB=0.572357;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00314771;OID=.;OPOS=47220622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:15:14:34:36:0.72:22:12:10:5:22:14:9:5 chr2 47251469 . G C 524.68 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0233765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4488;QD=41.9743;RBI=0.0288766;REFB=-0.00412969;REVB=0.0169528;RO=11;SAF=19;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878156;STB=0.547301;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00120271;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:11:11:39:39:0.78:20:19:3:8:20:19:3:8 chr2 47278901 . G A 1216.8 PASS AF=0.780488;AO=96;DP=123;FAO=96;FDP=123;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0170535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.13;QD=39.5706;RBI=0.0242182;REFB=-0.0240537;REVB=0.0171959;RO=27;SAF=36;SAR=60;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108438;STB=0.557882;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00465534;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:27:27:96:96:0.780488:60:36:17:10:60:36:17:10 chr2 47301029 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.592;QD=61.3364;RBI=0.0196327;REFB=0;REVB=0.0155125;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010151;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 577.03 PASS AF=0.0517241,0.793103;AO=10,38;DP=62;FAO=3,46;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=1,23;FSAR=2,23;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00906992,-0.0113217;FXX=0.0169463;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=152.991,211.651;QD=39.7949;RBI=0.00975062,0.0157062;REFB=-0.0166937,-0.0488218;REVB=0.00357926,0.0108859;RO=11;SAF=4,21;SAR=6,17;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.20973,-0.0353685;STB=0.735389,0.527261;STBP=0.465,0.396;TYPE=snp,ins;VARB=0.00715201,0.00731832;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:62:58:11:9:10,38:3,46:0.0517241,0.793103:6,17:4,21:7:4:2,23:1,23:6:3 chr2 47601106 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.383;QD=60.2287;RBI=0.0519483;REFB=0;REVB=0.043784;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489983;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr2 47739551 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.739;QD=57.8835;RBI=0.0146839;REFB=0;REVB=0.00933677;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46151e-06;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr2 48030692 . T A 54.76 PASS AF=0.105263;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=133;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=82;FWDB=-0.0131122;FXX=0.00746213;HRUN=7;LEN=1;MLLD=78.9758;QD=1.64704;RBI=0.0150503;REFB=-0.00713172;REVB=-0.00738799;RO=113;SAF=5;SAR=9;SRF=35;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648779;STB=0.546155;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0570744;OID=.;OPOS=48030692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:127:133:113:119:14:14:0.105263:9:5:35:78:9:5:37:82 chr2 48033981 . T TTTGA 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000392658;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=272.071;QD=20.8931;RBI=0.0131553;REFB=-0.00648414;REVB=-0.0131494;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=0.00315407;OID=.;OPOS=48033982;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:10:16:10:16:6:4:6:4:2:37:6:4:6:4:2 chr2 48602252 . C T 783.48 PASS AF=0.741176;AO=63;DP=85;FAO=63;FDP=85;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00766907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.874;QD=36.8698;RBI=0.00845961;REFB=-0.0273773;REVB=0.00357077;RO=22;SAF=31;SAR=32;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382535;STB=0.502054;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00971358;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:22:63:63:0.741176:32:31:11:11:32:31:11:11 chr2 48756682 . C G 1961.48 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741532;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4297;QD=61.2962;RBI=0.0960772;REFB=-0.0419136;REVB=0.0610911;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150913;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:128:128:0:0:126:128:1:67:59:0:0:68:60:0:0 chr2 48822381 . G A 518.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.777;QD=59.2917;RBI=0.0507999;REFB=0;REVB=0.0472039;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92511e-05;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:13:22:0:0 chr2 48825650 . C G 487.78 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229731;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1973;QD=59.1247;RBI=0.0483685;REFB=0;REVB=0.0425646;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616253;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr2 48873978 . A G 494.76 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0444242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5363;QD=38.8044;RBI=0.0648778;REFB=-0.00306694;REVB=0.0472823;RO=10;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131272;STB=0.570576;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000852071;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:18:23:2:8:18:23:2:8 chr2 48898798 . T A 2054.55 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0276706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5987;QD=60.8756;RBI=0.033342;REFB=0.00270318;REVB=-0.0186018;RO=2;SAF=57;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163832;STB=0.508619;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=4.1081e-05;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:135:2:2:133:133:0.985185:76:57:2:0:76:57:2:0 chr2 48915871 . A G 919.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6558;QD=58.4056;RBI=0.036456;REFB=0;REVB=0.0330764;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121579;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr2 48921375 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.057;QD=60.6091;RBI=0.0599134;REFB=0;REVB=0.0153913;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002837;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 48960032 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0442132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.503;QD=22.9153;RBI=0.0568668;REFB=-0.0101595;REVB=0.0357635;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228994;STB=0.63128;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00315981;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:3:1:6:3:3:1 chr2 49189921 . C T 1507.78 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.26;QD=59.7141;RBI=0.019969;REFB=0;REVB=0.0179866;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7898e-06;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:53:47:0:0:53:48:0:0 chr2 49191041 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.424;QD=46.96;RBI=0.0245596;REFB=-0.0152336;REVB=0.0135226;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00012686;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr2 50148972 . C T 510.31 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00675119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.037;QD=52.3397;RBI=0.0368256;REFB=0.0111088;REVB=0.0362014;RO=3;SAF=17;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279652;STB=0.51497;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00118953;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:19:17:2:1:19:17:2:1 chr2 50149386 . T G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0529916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3379;QD=4.55542;RBI=0.0554033;REFB=0.0195904;REVB=0.0161683;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515481;STB=0.849375;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0873138;OID=.;OPOS=50149386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:17:13:6:1:17:13 chr2 50201110 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.36;QD=59.4352;RBI=0.0567693;REFB=0;REVB=0.0557446;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118227;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr2 51125707 . C G 651.2 PASS AF=0.736842;AO=36;DP=73;FAO=56;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0785209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4684;QD=34.2739;RBI=0.163195;REFB=-0.0288579;REVB=0.143063;RO=20;SAF=28;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224786;STB=0.519077;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0255289;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:20:20:36:56:0.736842:8:28:10:10:24:32:10:10 chr2 54035508 . G C 929.63 PASS AF=0.788889;AO=71;DP=90;FAO=71;FDP=90;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0221906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3151;QD=41.3167;RBI=0.0380532;REFB=0.0119158;REVB=-0.0309132;RO=19;SAF=32;SAR=39;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329414;STB=0.517597;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00484661;OID=.;OPOS=54035508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:19:19:71:71:0.788889:39:32:7:12:39:32:7:12 chr2 54081923 . T G 365.75 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000884859;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.379;QD=33.2497;RBI=0.0175667;REFB=0.00534782;REVB=-0.0175444;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194624;STB=0.510631;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00250221;OID=.;OPOS=54081923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:14:16:7:7:14:16:7:7 chr2 54120820 . G A 439.65 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0388608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0304;QD=45.0918;RBI=0.0446673;REFB=0.052207;REVB=-0.0220229;RO=6;SAF=13;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314674;STB=0.516953;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0279486;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:20:13:3:3:20:13:3:3 chr2 54127041 . C T 1003.5 PASS AF=0.724138;AO=84;DP=116;FAO=84;FDP=116;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0270051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6795;QD=34.6036;RBI=0.0692159;REFB=0.0150233;REVB=-0.0637304;RO=31;SAF=43;SAR=41;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346291;STB=0.52261;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00479724;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:31:32:84:84:0.724138:41:43:18:13:41:43:19:13 chr2 54135936 . T C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0028442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.856;QD=6.85028;RBI=0.0539922;REFB=-0.00389877;REVB=0.0539173;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101508;STB=0.564227;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0178564;OID=.;OPOS=54135936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:15:16:6:4:15:16 chr2 54150237 . A G 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.014179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.972;QD=31.7189;RBI=0.022785;REFB=-0.0244631;REVB=0.0178357;RO=17;SAF=11;SAR=21;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353322;STB=0.519301;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0104294;OID=.;OPOS=54150237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:21:11:5:12:21:11:5:12 chr2 54362645 . T C 181.82 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.125882;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.7344;QD=25.0787;RBI=0.12852;REFB=-0.0930711;REVB=0.0259051;RO=10;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748035;STB=0.547478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0590292;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:18:19:0.655172:7:11:6:4:7:12:5:5 chr2 54482553 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0563003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3244;QD=3.63727;RBI=0.0628557;REFB=-0.00147863;REVB=-0.0279485;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111923;STB=0.579472;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0102286;OID=.;OPOS=54482553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:14:24:5:2:14:24 chr2 54482964 . C T 33.28 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00640443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.968;QD=3.32824;RBI=0.0189261;REFB=0.00131918;REVB=0.0178095;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974865;STB=0.568413;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0154751;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:9:25:4:2:9:25 chr2 54482989 . C T 438.96 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0282967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.752;QD=34.4283;RBI=0.0290624;REFB=-0.0235134;REVB=-0.00662753;RO=12;SAF=15;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101659;STB=0.502701;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00735306;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:12:13:38:38:0.745098:23:15:5:7:23:15:5:8 chr2 54494448 . G A 950.97 PASS AF=0.8;AO=71;DP=90;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000571136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.251;QD=42.2656;RBI=0.00879047;REFB=-0.0296095;REVB=-0.0087719;RO=18;SAF=35;SAR=36;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00673118;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:18:18:71:72:0.8:36:35:9:9:36:36:9:9 chr2 54587596 . C T 190.93 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0398387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4151;QD=30.5483;RBI=0.0820009;REFB=-0.0338281;REVB=0.0716731;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558019;STB=0.530772;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0147584;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:2:5:11:7:2:5 chr2 54587659 . G C 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0162396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.691;QD=30.1501;RBI=0.0331927;REFB=-0.0149975;REVB=-0.0289488;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532503;STB=0.529381;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0104982;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:3:5:10:9:3:5 chr2 54756740 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.066;QD=55.0985;RBI=0.0177568;REFB=0;REVB=-0.00227694;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19929e-05;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 54858511 . C T 158.31 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.101437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.035;QD=25.3292;RBI=0.107208;REFB=-0.00233824;REVB=0.0347019;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516109;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00179219;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:10:5:3:6:10:6:3:6 chr2 54886347 . G A 671.1 PASS AF=0.818182;AO=54;DP=66;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0106873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.334;QD=40.6729;RBI=0.0711087;REFB=-0.0257424;REVB=0.0703009;RO=12;SAF=27;SAR=27;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283104;STB=0.515146;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0081191;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:66:66:12:12:54:54:0.818182:27:27:7:5:27:27:7:5 chr2 55040426 . A G,T 804.79 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231474,0.0214633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.0465,125.216;QD=56.4765;RBI=0.053888,0.023243;REFB=0,0;REVB=0.0486633,-0.00892004;RO=0;SAF=29,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00221117,0.139257;OID=.,.;OPOS=55040426,55040426;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:26,2:29,0:0:0:26,2:29,0:0:0 chr2 55186394 . A C 740.12 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.183;QD=56.9321;RBI=0.0302383;REFB=0;REVB=0.00120923;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61971e-05;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr2 55252524 . G A 406.44 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0104591;FXX=0.0526223;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.867;QD=30.1063;RBI=0.0104597;REFB=0.00374106;REVB=-0.000114988;RO=15;SAF=12;SAR=25;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054504;STB=0.510199;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00129372;OID=.;OPOS=55252524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:15:17:37:37:0.685185:25:12:5:10:25:12:6:11 chr2 55407754 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.631;QD=57.1774;RBI=0.0723545;REFB=0;REVB=0.0584771;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299405;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr2 55449464 . T C 757.36 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.26;QD=61.8251;RBI=0.0513271;REFB=-0.132035;REVB=0.0385435;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851385;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:0:0:47:49:1:31:16:0:0:32:17:0:0 chr2 55516723 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.293;QD=57.1775;RBI=0.026291;REFB=0;REVB=-0.0261421;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35071e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr2 55522422 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.5;QD=62.1622;RBI=0.00734525;REFB=0;REVB=0.00115119;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40845e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr2 55805440 . T C 458.04 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0555363;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2422;QD=55.5199;RBI=0.0568647;REFB=-0.0397265;REVB=0.0122194;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00675813;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:1:0 chr2 55873592 . G A 335.84 PASS AF=0.682927;AO=29;DP=42;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0625897;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.763;QD=32.7647;RBI=0.0627286;REFB=-0.00268987;REVB=0.00417164;RO=13;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997628;STB=0.560933;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00260609;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:13:13:29:28:0.682927:15:14:4:9:14:14:4:9 chr2 56093960 . T G 194.57 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00829713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.825;QD=10.377;RBI=0.0101473;REFB=-0.000691317;REVB=0.00584169;RO=50;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100005;STB=0.558637;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.001996;OID=.;OPOS=56093960;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:17:8:20:30:17:8:20:30 chr2 56411817 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.053;QD=35.5759;RBI=0.0705422;REFB=0;REVB=0.0414323;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831159;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 56420006 . A T 72.94 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8023;QD=36.4687;RBI=0.0855868;REFB=0;REVB=0.085574;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499734;OID=.;OPOS=56420006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr2 56420296 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.725;QD=58.2387;RBI=0.0469785;REFB=0;REVB=0.0333495;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138928;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr2 58388696 . A G 162.32 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.862;QD=38.1933;RBI=0.039964;REFB=-0.00410602;REVB=0.0225347;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000917324;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:2:2:14:15:0.882353:6:8:1:1:6:9:1:1 chr2 60687959 . A G 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.814;QD=62.6511;RBI=0.0144519;REFB=0;REVB=0.00477443;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51966e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 60867976 . C T 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2097;QD=60.5908;RBI=0.0578825;REFB=0;REVB=-0.0280023;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386892;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 61304271 . A G 409.05 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0734792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2162;QD=39.907;RBI=0.073491;REFB=-0.0336263;REVB=0.00131672;RO=9;SAF=12;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121806;STB=0.565996;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0155266;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:9:9:32:32:0.780488:20:12:6:3:20:12:6:3 chr2 61385100 . G A 325.97 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0108537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5977;QD=29.634;RBI=0.0129594;REFB=0.0312729;REVB=0.00708134;RO=16;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478359;STB=0.526297;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0262574;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:16:12:8:8:16:12:8:8 chr2 61385105 . G C 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0170906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.804;QD=29.6346;RBI=0.017743;REFB=-0.00340206;REVB=0.00476705;RO=16;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478359;STB=0.526297;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00185304;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:16:12:8:8:16:12:8:8 chr2 61389737 . T G 605.86 PASS AF=0.702703;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0489711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1478;QD=32.7492;RBI=0.064347;REFB=0.0438381;REVB=0.0417417;RO=22;SAF=20;SAR=32;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912932;STB=0.549337;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.014383;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:22:52:52:0.702703:32:20:12:10:32:20:12:10 chr2 61415492 . A G 493.36 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0178837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.949;QD=41.9881;RBI=0.0889428;REFB=-0.0171001;REVB=0.0871263;RO=10;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536471;STB=0.52891;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00620998;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:37:37:0.787234:16:21:7:3:16:21:7:3 chr2 61450454 . A G 99.78 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0225446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3652;QD=4.33831;RBI=0.026818;REFB=-0.00327736;REVB=-0.014524;RO=75;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103461;STB=0.566931;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00683814;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:10:7:37:38:10:7:37:38 chr2 61522123 . T C 791.74 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3871;QD=53.6773;RBI=0.0526218;REFB=-0.084206;REVB=0.0402224;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0127585;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:2:2:56:57:0.966102:27:29:1:1:28:29:1:1 chr2 61575308 . A G 1087.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.856;QD=59.5657;RBI=0.039564;REFB=0;REVB=-0.0112386;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252305;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:46:26:0:0:46:27:0:0 chr2 61647901 . A G 109.82 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0588568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.785;QD=7.32102;RBI=0.072227;REFB=-0.0164031;REVB=-0.0418644;RO=43;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180452;STB=0.523779;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0550293;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:44:16:16:0.266667:5:11:29:14:5:11:29:15 chr2 62066927 . A G 1444.55 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9594;QD=62.1311;RBI=0.0306219;REFB=-0.0433627;REVB=0.0177253;RO=1;SAF=34;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151749;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:93:1:0:92:93:1:58:34:1:0:58:35:0:0 chr2 62081012 . A C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.493;QD=59.143;RBI=0.00482749;REFB=0;REVB=0.000718888;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48862e-06;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr2 62450631 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0182836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.388;QD=21.4743;RBI=0.0313161;REFB=-0.0397872;REVB=0.0254246;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176915;STB=0.597875;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0459359;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:13:18:9:16:13:18:9:16 chr2 62450743 . T C 1158.47 PASS AF=0.676056;AO=92;DP=139;FAO=96;FDP=142;FR=.;FRO=46;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00954678;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.784;QD=32.6331;RBI=0.041258;REFB=0.0188767;REVB=0.0401383;RO=42;SAF=49;SAR=43;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879567;STB=0.504304;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00824943;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:42:46:92:96:0.676056:43:49:23:19:43:53:26:20 chr2 62451422 . A G 319.29 PASS AF=0.75;AO=26;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.023618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.039;QD=35.4762;RBI=0.0323084;REFB=-0.0619472;REVB=0.0220459;RO=9;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295404;STB=0.509547;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.012647;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:36:36:9:9:26:27:0.75:16:10:4:5:16:11:4:5 chr2 62718333 . C T 301.39 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00735653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.423;QD=37.6734;RBI=0.0202417;REFB=-0.0377722;REVB=0.0188576;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809703;STB=0.559952;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0115367;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:32:32:6:7:25:25:0.78125:11:14:2:4:11:14:2:5 chr2 62729653 . A G 74.06 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00374018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.004;QD=4.17229;RBI=0.0197452;REFB=-0.00161688;REVB=0.0193877;RO=57;SAF=2;SAR=11;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543547;STB=0.85631;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0208379;OID=.;OPOS=62729653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:71:57:58:13:13:0.183099:11:2:34:23:11:2:35:23 chr2 62729674 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00013803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.856;QD=58.7814;RBI=0.100184;REFB=0;REVB=0.100184;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224876;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 62733189 . C T 3709.01 PASS AF=0.705607;AO=302;DP=429;FAO=302;FDP=428;FR=.;FRO=126;FSAF=160;FSAR=142;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=0.000643617;FXX=0.00233095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.506;QD=34.6637;RBI=0.00605515;REFB=-0.0268307;REVB=-0.00602084;RO=124;SAF=160;SAR=142;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748365;STB=0.504113;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0136754;OID=.;OPOS=62733189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:428:124:126:302:302:0.705607:142:160:64:60:142:160:65:61 chr2 62733253 . C T 3989.16 PASS AF=0.963636;AO=262;DP=276;FAO=265;FDP=275;FR=.;FRO=10;FSAF=126;FSAR=139;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0926863;FXX=0.010791;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.519;QD=58.0241;RBI=0.0996952;REFB=-0.0971177;REVB=0.0367205;RO=9;SAF=124;SAR=138;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192926;STB=0.508177;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00226781;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:276:275:9:10:262:265:0.963636:138:124:7:2:139:126:7:3 chr2 62738931 . G C 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1482;QD=61.5315;RBI=0.0196807;REFB=0;REVB=-0.0107902;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77201e-05;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr2 63849491 . T C 170.58 PASS AF=0.230769;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0023843;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.689;QD=5.83188;RBI=0.00263623;REFB=-0.0101213;REVB=0.00112464;RO=90;SAF=14;SAR=13;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326155;STB=0.519985;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0355081;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:90:90:27:27:0.230769:13:14:49:41:13:14:49:41 chr2 64069732 . G A 374.97 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.082;QD=49.9959;RBI=0.0455629;REFB=-0.183532;REVB=0.0357254;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.53331;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00207361;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:14:14:0:1:14:14:0:2 chr2 64120082 . AAAT AAAA,A 234.21 PASS AF=0,0.313725;AO=4,22;DP=104;FAO=0,32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=0,22;FSAR=0,10;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00720862,0.000222235;FXX=0.0097078;HRUN=1,7;LEN=1,3;MLLD=234.982,233.345;QD=9.18479;RBI=0.00976449,0.00887256;REFB=-0.00232548,-0.00372555;REVB=-0.00658642,-0.00886978;RO=58;SAF=2,15;SAR=2,7;SRF=37;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.139873,0.0592105;STB=0.5,0.555975;STBP=1,0.493;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0086661;OID=.,.;OPOS=64120085,64120083;OREF=T,AAT;OALT=A,-;OMAPALT=AAAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.313725:4,22:104:0,32:102:70:0,22:0,10:43:27:99:58:2,15:2,7:37:21 chr2 64199312 . A G 55.31 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00704817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.572;QD=2.87303;RBI=0.00817149;REFB=-0.0046798;REVB=-0.0041348;RO=66;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624474;STB=0.543005;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0277914;OID=.;OPOS=64199312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:7:4:21:45:7:4:21:45 chr2 64327544 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.388;QD=58.2396;RBI=0.0360073;REFB=0;REVB=-0.0309431;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96555e-05;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr2 64327592 . T C 1000.79 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330612;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9824;QD=58.8699;RBI=0.0642197;REFB=0;REVB=0.0641346;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100364;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr2 64779509 . G A 164.57 PASS AF=0.355932;AO=22;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00329176;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.116;QD=11.1573;RBI=0.00532068;REFB=0.00106061;REVB=0.00418019;RO=38;SAF=5;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330603;STB=0.686751;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00161915;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:22:21:0.355932:17:5:19:19:16:5:19:19 chr2 65044680 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.481;QD=64.1532;RBI=0.0173518;REFB=0;REVB=-0.00199685;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75158e-05;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 65296657 . A G 378.59 PASS AF=0.789474;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0102593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.491;QD=39.8512;RBI=0.0381875;REFB=-0.0375707;REVB=0.0367836;RO=8;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207833;STB=0.507038;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00621122;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:8:8:29:30:0.789474:13:16:4:4:14:16:4:4 chr2 65298839 . A G 310.94 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=34;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0467459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.674;QD=35.5359;RBI=0.0525268;REFB=-0.0427259;REVB=-0.0239558;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214865;STB=0.608615;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0109156;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:9:9:25:26:0.742857:14:11:8:1:14:12:8:1 chr2 65299766 . T C 171.87 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0345897;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0793;QD=23.7064;RBI=0.0480908;REFB=0.0100485;REVB=0.0334108;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942134;STB=0.553126;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0118676;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:4:8:13:4:4:8 chr2 65300752 . C T 1171.68 PASS AF=0.781513;AO=92;DP=118;FAO=93;FDP=119;FR=.;FRO=26;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0183325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.878;QD=39.3842;RBI=0.0202506;REFB=-0.0199739;REVB=0.00860284;RO=26;SAF=54;SAR=38;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205674;STB=0.509432;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00469944;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:26:26:92:93:0.781513:38:54:14:12:39:54:14:12 chr2 65311555 . C T 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00432416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.124;QD=3.07297;RBI=0.00802823;REFB=0.00144038;REVB=0.00676418;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179148;STB=0.627509;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0129585;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:13:24:3:3:13:24 chr2 65315711 . G A 334.91 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00853189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3888;QD=25.7626;RBI=0.0272819;REFB=0.00781825;REVB=-0.0259134;RO=19;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056949;STB=0.522374;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00350472;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:32:33:0.634615:21:11:8:11:21:12:8:11 chr2 65495887 . G A 1774.08 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719996;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.505;QD=61.1752;RBI=0.0199559;REFB=0;REVB=0.0186118;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87553e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr2 65496018 . C G 964.76 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00843078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.338;QD=56.7506;RBI=0.00942628;REFB=-0.0057418;REVB=-0.00421624;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=7.55524e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:31:35:0:0:32:35:1:0 chr2 65496144 . A G 973.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252553;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5557;QD=58.1256;RBI=0.0279822;REFB=0;REVB=0.0120489;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442805;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr2 65496187 . G A 926.44 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409305;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.436;QD=58.8217;RBI=0.00997161;REFB=0;REVB=0.00909286;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161414;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr2 65497571 . C A 515.19 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.805;QD=58.8785;RBI=0.00785501;REFB=0;REVB=0.00366878;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05675e-05;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr2 65540905 . C G 689.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.513;QD=62.7227;RBI=0.00830158;REFB=0;REVB=-0.00479943;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12612e-06;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr2 65561392 . C T 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00632652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.107;QD=5.39764;RBI=0.00652222;REFB=-0.00750057;REVB=0.00158571;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3479;STB=0.724169;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0331599;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:3:6:13:22:3:6:13:22 chr2 67630980 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=49.5991;RBI=0.0446696;REFB=0;REVB=-0.0122156;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000693037;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 67631831 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.153;QD=47.8192;RBI=0.0544932;REFB=0;REVB=0.0420824;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137536;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 67632125 . C T 724.06 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0693542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1695;QD=54.6463;RBI=0.0722681;REFB=-0.00821018;REVB=0.0203143;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.507244;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00326864;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:34:18:0:0:34:18:0:1 chr2 68385097 . A G 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8531;QD=51.9013;RBI=0.0194445;REFB=0;REVB=-0.0159336;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95056e-05;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 68388823 . A G 715.38 PASS AF=0.94;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00344653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4295;QD=57.2302;RBI=0.0258288;REFB=-0.215844;REVB=-0.0255978;RO=2;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890967;STB=0.503155;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0135684;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:50:2:3:46:47:0.94:28:18:1:1:29:18:1:2 chr2 68407926 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.786;QD=55.0985;RBI=0.0630049;REFB=0;REVB=-0.0068719;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417641;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr2 68415767 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.044;QD=64.1521;RBI=0.0429735;REFB=0;REVB=0.00270361;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130985;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr2 68511584 . A G 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00574553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.174;QD=33.9183;RBI=0.00825334;REFB=-0.00271641;REVB=0.00592508;RO=4;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358207;STB=0.699719;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000327454;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:3:13:0:4:3:13:0:4 chr2 68607947 . G T 626.07 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.131;QD=61.0795;RBI=0.0135405;REFB=0;REVB=0.00959045;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517416;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:31:9:0:0:31:10:0:0 chr2 68622914 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.606;QD=59.8394;RBI=0.0385918;REFB=0;REVB=0.0194115;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126614;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 68882468 . T C 516.91 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0195436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.647;QD=39.0118;RBI=0.0217521;REFB=-0.00520238;REVB=0.00954996;RO=9;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861116;STB=0.554552;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0015856;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:9:10:43:43:0.811321:22:21:2:7:22:21:2:8 chr2 69002760 . C T 61.23 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00332689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.922;QD=6.80375;RBI=0.0388502;REFB=-0.00440103;REVB=-0.0387075;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130762;STB=0.58264;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0123693;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:12:15:4:5:12:15 chr2 69040500 . G A 907.86 PASS AF=0.739583;AO=71;DP=96;FAO=71;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00485394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.022;QD=37.8273;RBI=0.0338198;REFB=-0.0209567;REVB=0.0334697;RO=25;SAF=33;SAR=38;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513457;STB=0.527523;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00451591;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:25:25:71:71:0.739583:38:33:9:16:38:33:9:16 chr2 69049939 . G T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00708582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.143;QD=19.6456;RBI=0.00895414;REFB=-0.0127273;REVB=0.00547428;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115478;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:5:3:4:7:5:3 chr2 69173520 . C T 137.84 PASS AF=0.195122;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0126302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.018;QD=4.48261;RBI=0.0183636;REFB=-0.00823498;REVB=-0.0133304;RO=98;SAF=6;SAR=18;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342026;STB=0.714708;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0278809;OID=.;OPOS=69173520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:98:99:24:24:0.195122:18:6:50:48:18:6:50:49 chr2 69659126 . A T 60.29 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00177354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.825;QD=3.59951;RBI=0.0372097;REFB=-0.00069999;REVB=-0.0371674;RO=52;SAF=3;SAR=8;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268573;STB=0.696262;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00304534;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:52:56:11:11:0.164179:8:3:25:27:8:3:28:28 chr2 69691687 . C T 601.65 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0260971;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9921;QD=28.6501;RBI=0.0313226;REFB=-0.0427346;REVB=0.0173218;RO=31;SAF=31;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113244;STB=0.561571;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.025995;OID=.;OPOS=69691687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:31:31:53:53:0.630952:22:31:13:18:22:31:13:18 chr2 69693006 . C T 83.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0281734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.626;QD=10.3757;RBI=0.0359672;REFB=-0.0489573;REVB=-0.0223584;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367135;STB=0.666296;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0580143;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:31:32:13:20:10:10:0.3125:2:8:6:7:2:8:12:8 chr2 69698158 . G A 221.68 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0026004;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.037;QD=29.5579;RBI=0.0319061;REFB=-0.00387937;REVB=0.0318;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156202;STB=0.596811;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00282323;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:33:30:9:10:20:20:0.666667:7:13:8:1:7:13:9:1 chr2 69700684 . A G 136.44 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0109019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2398;QD=8.52754;RBI=0.0157675;REFB=-0.0103518;REVB=0.0113914;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557783;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0496546;OID=.;OPOS=69700684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:45:18:19:0.296875:9:9:23:19:9:10:24:21 chr2 69702628 . C T 661.36 PASS AF=0.782609;AO=54;DP=69;FAO=54;FDP=69;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000409942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.568;QD=38.3396;RBI=0.00903877;REFB=-0.0190122;REVB=-0.00902947;RO=15;SAF=31;SAR=23;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441718;STB=0.523697;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00440568;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:15:15:54:54:0.782609:23:31:7:8:23:31:7:8 chr2 69741609 . C T 39.23 PASS AF=0.625;AO=3;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.014757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.109;QD=19.6139;RBI=0.0185468;REFB=-0.0303539;REVB=0.0112347;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39997;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00450291;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:3:5:0.625:1:2:0:2:3:2:0:2 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 314.29 PASS AF=0.65625,0.15625;AO=19,4;DP=31;FAO=21,5;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=12,4;FSAR=9,1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0275151,0.0382071;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=105.62,80.6774;QD=39.2865;RBI=0.0567677,0.0478994;REFB=-0.0660616,-0.00850486;REVB=0.0496537,-0.0288889;RO=6;SAF=12,3;SAR=7,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165312,0.0959372;STB=0.521719,0.599562;STBP=0.706,0.674;TYPE=del,snp;VARB=0.018512,0.0250326;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65625,0.15625:19,4:31:21,5:32:6:12,4:9,1:4:2:41:6:12,3:7,1:4:2 chr2 69741854 . T G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.353;QD=62.67;RBI=0.0536868;REFB=0;REVB=0.0178764;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175028;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 70015181 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00372232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.687;QD=5.70344;RBI=0.00702559;REFB=-0.00740008;REVB=-0.00595846;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327838;STB=0.713903;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0204591;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:4:6:12:25:4:6:12:26 chr2 70162534 . T G 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0281475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6296;QD=4.2224;RBI=0.0583214;REFB=-0.00735158;REVB=0.0510794;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232929;STB=0.657875;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0378923;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:3:6:21:23:3:6:21:23 chr2 70463259 . T C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0141124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.613;QD=24.0732;RBI=0.0186817;REFB=-0.024091;REVB=0.0122411;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00894145;OID=.;OPOS=70463259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr2 70677994 . G A 349.23 PASS AF=0.707317;AO=28;DP=40;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0364515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.449;QD=34.0707;RBI=0.0380999;REFB=-0.0256012;REVB=0.0110857;RO=12;SAF=18;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174598;STB=0.597833;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.015561;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:12:12:28:29:0.707317:10:18:4:8:10:19:4:8 chr2 71012604 . G A 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5558;QD=62.4753;RBI=0.0117559;REFB=0;REVB=0.00402696;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20609e-05;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:64:67:0:0:64:67:0:0 chr2 71012734 . C G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8173;QD=57.1986;RBI=0.0526901;REFB=0;REVB=0.0334715;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159275;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 71043461 . C T 470.14 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0307958;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.191;QD=34.1918;RBI=0.0403076;REFB=-0.0400032;REVB=-0.0260061;RO=14;SAF=11;SAR=30;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010395;STB=0.505615;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00888922;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:14:14:41:41:0.745455:30:11:4:10:30:11:4:10 chr2 71044211 . C T 470.28 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0149076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5023;QD=44.7882;RBI=0.0204392;REFB=0.0209797;REVB=0.0139829;RO=7;SAF=19;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891479;STB=0.504798;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00348437;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:16:19:4:3:16:19:4:3 chr2 71058226 . C T 98.94 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00950046;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.68;QD=4.16584;RBI=0.0096671;REFB=0.00176902;REVB=-0.00178722;RO=77;SAF=6;SAR=11;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195622;STB=0.622495;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00722299;OID=.;OPOS=71058226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:77:78:17:17:0.178947:11:6:39:38:11:6:39:39 chr2 71058835 . A G 442.95 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00432269;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6409;QD=31.0838;RBI=0.0976814;REFB=-0.0376688;REVB=-0.0975857;RO=17;SAF=15;SAR=25;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184215;STB=0.599949;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0108467;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:17:17:40:40:0.701754:25:15:12:5:25:15:12:5 chr2 71062833 . G GC 630.46 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291652;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9714;QD=47.5821;RBI=0.0992877;REFB=0;REVB=0.0949075;RO=4;SAF=19;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00315206;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:57:53:53:0:19:34:0:0:11:4:19:33:4:0 chr2 71190384 . C T 618.28 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954574;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.254;QD=61.8276;RBI=0.0954976;REFB=0;REVB=-0.00277324;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100253;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 71211815 . G A 881.98 PASS AF=0.707071;AO=70;DP=98;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0322238;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.619;QD=35.6356;RBI=0.0353203;REFB=-0.0296884;REVB=0.0144621;RO=27;SAF=32;SAR=38;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511137;STB=0.537829;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0113624;OID=.;OPOS=71211815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:27:29:70:70:0.707071:38:32:15:12:38:32:17:12 chr2 71211989 . A G 293.26 PASS AF=0.757576;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00174222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.668;QD=35.5461;RBI=0.0224567;REFB=0.0103552;REVB=0.022389;RO=8;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184523;STB=0.599927;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00708848;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:24:25:0.757576:16:8:0:8:16:9:0:8 chr2 71212129 . A T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0847931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4249;QD=28.6819;RBI=0.126307;REFB=-0.0216898;REVB=-0.0936141;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00682533;OID=.;OPOS=71212129;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:0:2:4:5:0:2 chr2 71212405 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.808;QD=20.8975;RBI=0.00953413;REFB=-0.0230681;REVB=0.00953413;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142624;OID=.;OPOS=71212405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:8:0:0:4:8:0:0:4 chr2 71221822 . A G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00412824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.958;QD=26.3127;RBI=0.00894955;REFB=-0.0637584;REVB=0.00794054;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0434556;OID=.;OPOS=71221822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:6:6:10:10:6:6 chr2 71297695 . T C 41.67 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0207458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.475;QD=4.16729;RBI=0.0294684;REFB=-0.00806187;REVB=0.0209285;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316367;STB=0.521677;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0358066;OID=.;OPOS=71297695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:15:18:4:3:15:18 chr2 71305456 . C T 723.2 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.707;QD=56.7216;RBI=0.0484877;REFB=0;REVB=0.00302434;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33341e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:31:18:0:0:31:20:0:0 chr2 71351403 . C A 131.43 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00304274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.488;QD=6.04283;RBI=0.0711883;REFB=-0.00205515;REVB=-0.0711232;RO=67;SAF=14;SAR=6;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213598;STB=0.633113;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00324177;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:6:14:36:31:6:14:36:31 chr2 71351487 . G A 564.48 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.014732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9114;QD=29.7095;RBI=0.0338851;REFB=-0.0270803;REVB=-0.030515;RO=25;SAF=29;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381335;STB=0.526133;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0128421;OID=.;OPOS=71351487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:26:50:50:0.657895:21:29:16:9:21:29:17:9 chr2 71360282 . G A 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0134467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2515;QD=4.15504;RBI=0.0341151;REFB=-0.0107713;REVB=-0.0313533;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219554;STB=0.515101;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.080058;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:13:14:3:3:13:14 chr2 71415479 . T C 287.88 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9326;QD=52.3412;RBI=0.0454524;REFB=0;REVB=0.0204342;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340978;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr2 71417065 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.914;QD=57.385;RBI=0.0163872;REFB=0;REVB=0.0135136;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26834e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 71417134 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00362852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2093;QD=7.62882;RBI=0.041148;REFB=-0.00260005;REVB=0.0409877;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291917;STB=0.678182;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00892211;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:15:5:4:4:15:5 chr2 71615534 . C T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0108079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.162;QD=6.20621;RBI=0.0271893;REFB=-0.00477365;REVB=0.0249489;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143807;STB=0.581631;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0226247;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:3:6:16:13:3:6:17:13 chr2 71615571 . C T 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3818;QD=60.1857;RBI=0.0612605;REFB=0;REVB=-0.0132255;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497137;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr2 71620563 . A G 114.81 PASS AF=0.225;AO=17;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.000960413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.158;QD=5.74048;RBI=0.00181667;REFB=-0.00221051;REVB=-0.00154204;RO=61;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234158;STB=0.622792;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00689017;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:61:62:17:18:0.225:11:6:33:28:11:7:34:28 chr2 71631109 . A G 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00596693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.488;QD=6.02914;RBI=0.0116031;REFB=-0.0101101;REVB=-0.00995127;RO=49;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335379;STB=0.502089;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0341296;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:7:8:26:23:7:8:26:23 chr2 71633275 . T C 959.98 PASS AF=0.723214;AO=80;DP=112;FAO=81;FDP=112;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0230396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.048;QD=34.2849;RBI=0.031439;REFB=-0.0122741;REVB=0.0213913;RO=30;SAF=43;SAR=37;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213036;STB=0.50487;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00503749;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:30:31:80:81:0.723214:37:43:16:14:38:43:17:14 chr2 71633389 . C T 676.3 PASS AF=0.774648;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00179685;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.96;QD=38.1013;RBI=0.00583778;REFB=-0.00386543;REVB=-0.00555437;RO=16;SAF=29;SAR=26;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677925;STB=0.536346;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00123345;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:16:16:55:55:0.774648:26:29:11:5:26:29:11:5 chr2 71654175 . G A 78.38 PASS AF=0.136;AO=17;DP=125;FAO=17;FDP=125;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0368892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.445;QD=2.50816;RBI=0.0403561;REFB=-0.00710263;REVB=-0.0163648;RO=108;SAF=8;SAR=9;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483322;STB=0.533357;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0366776;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:125:125:108:108:17:17:0.136:9:8:55:53:9:8:55:53 chr2 71658541 . C T 93.51 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0643146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4208;QD=4.40062;RBI=0.0695481;REFB=-0.0091963;REVB=-0.0264684;RO=68;SAF=4;SAR=12;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278281;STB=0.68765;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0262743;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:68:69:16:16:0.188235:12:4:31:37:12:4:32:37 chr2 71708047 . C T 143.43 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00685834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.195;QD=6.82988;RBI=0.0152255;REFB=0.00101863;REVB=-0.0135934;RO=63;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116821;STB=0.571039;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0041003;OID=.;OPOS=71708047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:10:11:27:36:10:11:27:36 chr2 71838597 . C A 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0248526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.385;QD=7.6697;RBI=0.0249272;REFB=-0.0132089;REVB=0.00192789;RO=56;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043638;STB=0.526291;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.03372;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:9:12:30:26:9:12:30:26 chr2 72359518 . A G 386.98 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00386411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.125;QD=36.8553;RBI=0.0137247;REFB=0.00744896;REVB=0.0131695;RO=11;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120339;STB=0.565177;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00280685;OID=.;OPOS=72359518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:13:18:9:2:13:18:9:2 chr2 72361960 . A G 1081.71 PASS AF=0.758621;AO=88;DP=116;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0175789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5037;QD=37.3003;RBI=0.0501953;REFB=0.000902244;REVB=-0.0470165;RO=28;SAF=43;SAR=45;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513299;STB=0.502743;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00056147;OID=.;OPOS=72361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:28:28:88:88:0.758621:45:43:14:14:45:43:14:14 chr2 72692272 . A AAG 1025.39 PASS AF=1;AO=67;DP=73;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899282;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=2;MLLD=280.941;QD=59.4427;RBI=0.0405103;REFB=0;REVB=0.0394996;RO=5;SAF=45;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00034662;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:73:69:69:0:46:23:0:0:6:5:45:22:2:3 chr2 73302656 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00859623;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=357.24;QD=12.7389;RBI=0.00877036;REFB=-0.010404;REVB=-0.001739;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38401;STB=0.721775;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0178851;OID=.;OPOS=73302656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:9:1:4:4:9:1 chr2 73339708 . G A 102.43 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0576182;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.0183;QD=7.06415;RBI=0.0576726;REFB=-0.0043501;REVB=0.00250462;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127831;STB=0.57768;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0106853;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:43:43:15:15:0.258621:6:9:30:13:6:9:30:13 chr2 73441424 . C T 385.07 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0640155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2298;QD=26.1067;RBI=0.0714415;REFB=-0.0157266;REVB=0.0317159;RO=22;SAF=21;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108245;STB=0.559197;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0152088;OID=.;OPOS=73441424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:16:21:9:13:16:21:9:13 chr2 73454344 . T G 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00661841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.234;QD=3.83189;RBI=0.0145404;REFB=-0.000864928;REVB=-0.0129468;RO=67;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411049;STB=0.766313;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00402048;OID=.;OPOS=73454344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:4:10:25:42:4:10:25:42 chr2 73461483 . C A 615.26 PASS AF=0.753623;AO=51;DP=69;FAO=52;FDP=69;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0111347;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3444;QD=35.6675;RBI=0.027863;REFB=-0.0285855;REVB=0.0255415;RO=17;SAF=28;SAR=23;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918707;STB=0.507047;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00923702;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:17:17:51:52:0.753623:23:28:9:8:23:29:9:8 chr2 73478461 . A T 765.75 PASS AF=0.7625;AO=61;DP=81;FAO=61;FDP=80;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0575544;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.848;QD=38.2874;RBI=0.0581678;REFB=-0.027824;REVB=0.00842486;RO=19;SAF=22;SAR=39;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372311;STB=0.501997;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0116835;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:19:19:61:61:0.7625:39:22:7:12:39:22:7:12 chr2 73490412 . A G 175.47 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0654977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9786;QD=29.2448;RBI=0.0661654;REFB=-0.0172905;REVB=-0.00937649;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039064;STB=0.529377;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00430933;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:7:7:16:17:0.708333:8:8:3:4:8:9:3:4 chr2 73518867 . G A 543.69 PASS AF=0.734375;AO=45;DP=62;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.054773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.511;QD=33.9804;RBI=0.0687558;REFB=-0.0627522;REVB=0.0415605;RO=17;SAF=11;SAR=34;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334515;STB=0.513368;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0268462;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:17:17:45:47:0.734375:34:11:5:12:35:12:5:12 chr2 73675227 . T TCTC 267.74 PASS AF=0.273381;AO=35;DP=144;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=69;FWDB=-0.0164269;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.05;QD=7.70483;RBI=0.0174731;REFB=-0.0103095;REVB=-0.00595556;RO=103;SAF=10;SAR=25;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371255;STB=0.520654;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=0.0278664;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.273381:35:144:38:139:101:13:25:32:69:99:103:10:25:32:71 chr2 73675844 . C T 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00342484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.151;QD=11.4409;RBI=0.00760931;REFB=-0.0188301;REVB=-0.006795;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0183833;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr2 73716810 . G A 356.1 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00423038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2788;QD=24.5583;RBI=0.011078;REFB=-0.0295431;REVB=-0.0102385;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802385;STB=0.543975;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0198875;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:15:8:16:19:15:8 chr2 73717103 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00324716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.593;QD=22.5809;RBI=0.0134817;REFB=-0.0128366;REVB=0.0130848;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101303;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0151723;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:4:3:7:5:4:3 chr2 73718037 . ATTTT ATTT,ATTTC 33.47 PASS AF=0.181818,0.0909091;AO=7,2;DP=31;FAO=6,3;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2,1;FSAR=4,2;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.023584,0.0502902;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.7464,23.2609;QD=4.05659;RBI=0.202759,0.0879486;REFB=-0.106139,-0.061233;REVB=-0.201383,-0.0721516;RO=20;SAF=2,1;SAR=5,1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0.449456,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.146512,0.0981437;STB=0.536461,0.540266;STBP=0.844,0.905;TYPE=del,snp;VARB=0.140429,0.121114;OID=.,.;OPOS=73718038,73718041;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTT,ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0909091:7,2:31:6,3:33:24:2,1:4,2:9:15:21:20:2,1:5,1:8:12 chr2 73927931 . A G 69.29 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.015337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.942;QD=2.69102;RBI=0.0155843;REFB=-0.00491095;REVB=-0.00276517;RO=83;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555975;STB=0.561874;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0271854;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:83:89:14:14:0.135922:8:6:32:51:8:6:32:57 chr2 73928098 . C G 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0287461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.865;QD=7.40592;RBI=0.0333218;REFB=-0.0148757;REVB=-0.0168526;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259718;STB=0.65946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0419004;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:5:9:17:23:5:9:17:23 chr2 73957124 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0158012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.271;QD=5.90501;RBI=0.0223669;REFB=-0.000845679;REVB=-0.0158303;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129007;STB=0.583729;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0015999;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:14:13:3:5:14:13 chr2 74007136 . T C 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0429596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.091;QD=7.74698;RBI=0.047011;REFB=-0.0126196;REVB=-0.019092;RO=60;SAF=9;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171613;STB=0.614187;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0236005;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:62:23:23:0.270588:14:9:32:28:14:9:34:28 chr2 74185876 . A T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0183222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.913;QD=8.64039;RBI=0.0257958;REFB=-0.00438796;REVB=-0.0181582;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952699;STB=0.558052;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0111829;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:21:13:6:7:21:13 chr2 74362090 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.852;QD=46.8418;RBI=0.0224962;REFB=0;REVB=-0.00542141;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325301;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000265659;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.196;QD=48.8659;RBI=0.0118513;REFB=-0.0262849;REVB=0.0118483;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398964;STB=0.521458;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.00282809;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:30:33:30:33:3:17:13:1:2:14:3:17:13:1:2 chr2 74448655 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0397197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.624;QD=4.15613;RBI=0.0591308;REFB=-0.00148365;REVB=0.043804;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112425;STB=0.564994;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00808769;OID=.;OPOS=74448655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:2:4:15:11:2:4:16:11 chr2 74451993 . CTTTTTT CCTTTTT,CTTTTTC,CTTTTT 50.32 PASS AF=0,0.114286,0.314286;AO=3,3,5;DP=33;FAO=0,4,11;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=0,4,7;FSAR=0,0,4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0958567,0.00668833,0.156156;FXX=0.0277701;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=11.1878,191.755,7.31201;QD=5.75092;RBI=0.100116,0.0358633,0.198762;REFB=-0.0870711,-0.00526238,-0.077939;REVB=0.0288898,-0.0352341,-0.12297;RO=16;SAF=1,3,4;SAR=2,0,1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.375222,0.55716,0.167591;STB=0.5,0.996055,0.582641;STBP=1,0.171,0.538;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,0.0845078,0.0459475;OID=.,.,.;OPOS=74451994,74451999,74451994;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTTTTT,CTTTTTC,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.114286,0.314286:3,3,5:33:0,4,11:35:20:0,4,7:0,0,4:15:5:28:16:1,3,4:2,0,1:11:5 chr2 74466594 . G A 117.23 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00275575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.754;QD=8.5259;RBI=0.0214823;REFB=-0.0183842;REVB=0.0213048;RO=38;SAF=4;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285206;STB=0.682926;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0303019;OID=.;OPOS=74466594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:12:4:18:20:12:4:19:20 chr2 74641624 . G C 159.96 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0243161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.26;QD=8.53091;RBI=0.0247653;REFB=-0.0041305;REVB=-0.00469573;RO=52;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301371;STB=0.523367;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00888702;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:52:53:22:22:0.293333:13:9:20:32:13:9:20:33 chr2 74682512 . C T 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0153681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.12;QD=2.83754;RBI=0.0153681;REFB=-0.00329998;REVB=1.73154e-05;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463214;STB=0.533251;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0180691;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:4:4:28:24:4:4:28:24 chr2 74687542 . GCCCCCCCT GCCCCCCCA,GCCCCCCCC 46.5 PASS AF=0,0.0961538;AO=2,2;DP=52;FAO=0,5;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=39;FSAF=0,4;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0710305,0.145669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.932,159.783;QD=3.57668;RBI=0.0969731,0.145738;REFB=-0.00603353,0.00767613;REVB=-0.0660185,0.00447816;RO=23;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592955,0.196736;STB=0.5,0.768104;STBP=1,0.28;TYPE=snp,snp;VARB=0,0.073843;OID=.,.;OPOS=74687550,74687550;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=GCCCCCCCA,GCCCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.0961538:2,2:52:0,5:52:39:0,4:0,1:20:19:31:23:2,1:0,1:7:16 chr2 74690039 . G A 203.52 PASS AF=0.24031;AO=30;DP=120;FAO=31;FDP=129;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=34;FWDB=-0.000132093;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.746;QD=6.31079;RBI=0.0292861;REFB=-0.0122444;REVB=-0.0292858;RO=83;SAF=13;SAR=17;SRF=64;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406495;STB=0.649909;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0293172;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:129:83:98:30:31:0.24031:17:13:64:19:17:14:64:34 chr2 74690378 . C T 112.74 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.016595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5224;QD=7.64365;RBI=0.0338567;REFB=-0.00610506;REVB=0.0295107;RO=41;SAF=13;SAR=3;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138509;STB=0.617048;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0385072;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:43:16:16:0.271186:3:13:30:11:3:13:30:13 chr2 74699778 . C A 171.75 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0160869;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.938;QD=16.3574;RBI=0.0180259;REFB=-0.00897982;REVB=-0.00813293;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373159;STB=0.538173;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00974995;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:26:24:18:18:0.428571:13:5:8:18:13:5:8:16 chr2 74710491 . C T 41.51 PASS AF=0.175;AO=6;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00332356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.492;QD=4.15143;RBI=0.00337053;REFB=-0.00779807;REVB=0.000560728;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315521;STB=0.642965;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0527569;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:33:33:6:7:0.175:4:2:20:13:4:3:20:13 chr2 74725144 . T C 887.71 PASS AF=1;AO=47;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6627;QD=58.2105;RBI=0.159728;REFB=0;REVB=0.158023;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219545;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:47:61:1:21:26:0:0:33:28:0:0 chr2 74725178 . G A 87.33 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0380083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.604;QD=5.45826;RBI=0.136996;REFB=0.0103185;REVB=0.131618;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653823;STB=0.515603;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.029263;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:47:50:14:14:0.21875:7:7:26:21:7:7:26:24 chr2 74758666 . G A 172.8 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=130;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0108297;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.179;QD=5.35811;RBI=0.0248035;REFB=-0.00746397;REVB=-0.0223144;RO=100;SAF=12;SAR=16;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240744;STB=0.510197;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.039861;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:100:101:28:28:0.217054:16:12:41:59:16:12:42:59 chr2 74763258 . C G 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0166287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9948;QD=3.96474;RBI=0.0200117;REFB=0.000262548;REVB=-0.0111336;RO=49;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193442;STB=0.631495;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00313141;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:7:3:22:27:7:3:22:27 chr2 75113657 . C T 344.85 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456178;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.355;QD=55.1757;RBI=0.0666661;REFB=0;REVB=-0.0486147;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140938;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr2 75113789 . C G 734.07 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0856408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7701;QD=56.4671;RBI=0.09089;REFB=0;REVB=0.0304407;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466584;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:27:24:1:0:27:25:0:0 chr2 75115108 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.895;QD=60.376;RBI=0.00965372;REFB=0;REVB=0.00207931;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58299e-05;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr2 75118737 . C T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6071;QD=60.606;RBI=0.0529788;REFB=0;REVB=-0.00249399;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686728;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 75124037 . C T 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179231;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.912;QD=58.0834;RBI=0.029013;REFB=0;REVB=-0.0289576;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217483;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr2 75185856 . G T 115.34 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0206457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.485;QD=8.23844;RBI=0.0209837;REFB=-0.0109441;REVB=-0.00375148;RO=40;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307687;STB=0.689678;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0342235;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:3:13:24:16:3:13:24:16 chr2 75915035 . C T 228.01 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00993278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.506;QD=9.50021;RBI=0.00995145;REFB=-0.00918081;REVB=0.000609306;RO=66;SAF=15;SAR=14;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05609;STB=0.537994;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0224158;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:67:29:29:0.302083:14:15:31:35:14:15:31:36 chr2 75923413 . T C 79.15 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0185927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.824;QD=6.73634;RBI=0.0292122;REFB=-0.00287367;REVB=0.0225314;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101466;STB=0.564397;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0161548;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:16:20:7:4:16:20 chr2 79254261 . T C 132.83 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=106;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0119334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3879;QD=4.96541;RBI=0.0132126;REFB=-0.0132725;REVB=0.00567146;RO=84;SAF=12;SAR=10;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332129;STB=0.524934;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0376343;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:84:85:22:22:0.205607:10:12:48:36:10:12:49:36 chr2 79312414 . G A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000152432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.77;QD=28.1268;RBI=0.00308559;REFB=-0.0192996;REVB=-0.00308183;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915725;STB=0.550418;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0073428;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:4:10:14:10:4:10 chr2 79350347 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8795;QD=57.6754;RBI=0.0319487;REFB=0;REVB=0.00816181;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690219;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr2 79864080 . G C 409.9 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0533953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.517;QD=51.2379;RBI=0.0691751;REFB=0.0586173;REVB=0.0439789;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517385;STB=0.527759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000921486;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:17:13:0:2:17:13:0:2 chr2 79914689 . G A 359.26 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0344414;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.332;QD=36.8468;RBI=0.0458945;REFB=-0.00471434;REVB=-0.030333;RO=9;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163662;STB=0.598865;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000415253;OID=.;OPOS=79914689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:39:9:10:29:29:0.74359:15:14:1:8:15:14:1:9 chr2 80101321 . T G 750.86 PASS AF=0.73494;AO=61;DP=82;FAO=61;FDP=83;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0218594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9299;QD=36.186;RBI=0.0461904;REFB=-0.00763633;REVB=-0.0406906;RO=21;SAF=45;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.518791;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00186301;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:21:22:61:61:0.73494:16:45:14:7:16:45:15:7 chr2 80529956 . T C 393.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.725;QD=56.1621;RBI=0.0194184;REFB=0;REVB=0.0190465;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47359e-05;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr2 80801346 . T C 41.08 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0590035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3062;QD=3.82185;RBI=0.0961652;REFB=0.0237885;REVB=-0.0759364;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536917;STB=0.861728;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.111239;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:1:6:14:21:1:6:15:21 chr2 83042810 . GGAAC G 52.7 PASS AF=0.184783;AO=15;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00898179;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=342.748;QD=2.29129;RBI=0.00982333;REFB=0.00108034;REVB=-0.00397809;RO=69;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278418;STB=0.636904;STBP=0.23;TYPE=del;VARB=-0.00593353;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184783:15:92:17:92:75:6:11:39:36:52:69:4:11:33:36 chr2 84756049 . G A 1492.42 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.027;QD=58.5261;RBI=0.027117;REFB=0.0582017;REVB=0.024483;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=8.65141e-05;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:52:49:0:0:52:49:0:1 chr2 84771480 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.481;QD=57.7109;RBI=0.0725938;REFB=0;REVB=0.0403198;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106557;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 84771567 . C T 676.89 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.541;QD=60.1678;RBI=0.0260941;REFB=-0.102817;REVB=0.0158049;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000455952;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr2 84800605 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.809;QD=56.9569;RBI=0.0401041;REFB=0;REVB=0.0117869;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86263e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 84897517 . A G 267.34 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0417357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0506;QD=42.7743;RBI=0.0741727;REFB=0.0761844;REVB=0.0613165;RO=3;SAF=4;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248595;STB=0.636224;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0031905;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:18:4:3:0:18:4:3:0 chr2 85282879 . A G 505.31 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0439417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.045;QD=36.7497;RBI=0.0609298;REFB=0.00779237;REVB=0.0422086;RO=12;SAF=22;SAR=21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471429;STB=0.502537;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00109695;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:12:12:43:43:0.781818:21:22:6:6:21:22:6:6 chr2 85283329 . CTT C,CCT 279.66 PASS AF=0.733333,0.0666667;AO=22,2;DP=30;FAO=22,2;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15,1;FSAR=7,1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0163931,0.0583972;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=262.069,36.9924;QD=37.2879;RBI=0.0188089,0.0608762;REFB=-0.00955088,-0.0941876;REVB=0.00922165,0.0171955;RO=6;SAF=15,1;SAR=7,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212435,0.359974;STB=0.616329,0.748118;STBP=0.029,0.721;TYPE=del,snp;VARB=0.00724357,-0.0641581;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333,0.0666667:22,2:30:22,2:30:6:15,1:7,1:1:5:36:6:15,1:7,1:1:5 chr2 85283395 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0186104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.392;QD=27.1536;RBI=0.0261622;REFB=-0.00974172;REVB=-0.0183879;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222221;STB=0.624812;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00192058;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:2:4:4:10:2:4 chr2 85546615 . C T 785.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.038;QD=64.0879;RBI=0.0243509;REFB=0;REVB=0.0192167;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80875e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr2 85549527 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.01;QD=62.981;RBI=0.0502647;REFB=0;REVB=0.0309755;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281141;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr2 85549547 . C T 591.85 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0225119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.476;QD=56.3665;RBI=0.0297435;REFB=-0.16985;REVB=0.0194394;RO=2;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275854;STB=0.514699;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000780118;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:33:7:0:2:33:7:0:2 chr2 85553784 . C T 754.26 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2146;QD=56.9255;RBI=0.217512;REFB=0;REVB=0.209288;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325454;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:43:53:1:16:27:0:0:24:29:0:0 chr2 85554080 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.063;QD=39.2068;RBI=0.015393;REFB=0;REVB=0.00749461;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120914;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 85554401 . TGG TGA,TG 31.28 PASS AF=0.0689655,0.137931;AO=2,4;DP=27;FAO=2,4;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2,1;FSAR=0,3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0433349,-0.176077;FXX=0.0333222;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=271.877,15.797;QD=4.31393;RBI=0.0468114,0.176106;REFB=-0.005625,-0.0509675;REVB=-0.017703,0.00320098;RO=21;SAF=2,1;SAR=0,3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.46;SSSB=0.442452,-0.449397;STB=0.992878,0.83468;STBP=0.31,0.277;TYPE=snp,del;VARB=0.0869142,0.0760432;OID=.,.;OPOS=85554403,85554402;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGA,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0689655,0.137931:2,4:27:2,4:29:23:2,1:0,3:16:7:21:21:2,1:0,3:14:7 chr2 85570849 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0114495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.897;QD=6.06086;RBI=0.0119451;REFB=-0.00966339;REVB=-0.00340496;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198462;STB=0.624792;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0463169;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:6:5:12:28:6:5:12:28 chr2 85570857 . G A 81.51 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00302759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.388;QD=6.03803;RBI=0.00870216;REFB=-0.00584605;REVB=-0.00815851;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140589;STB=0.588097;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0128584;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:7:5:13:29:7:5:13:29 chr2 85573033 . G A 1054.11 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3721;QD=56.9791;RBI=0.06329;REFB=-0.0745098;REVB=0.0608103;RO=2;SAF=43;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515698;STB=0.502727;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00256707;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:29:43:1:1:29:43:1:1 chr2 85573049 . G A 1084.92 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204619;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.736;QD=60.2732;RBI=0.0321499;REFB=0;REVB=0.0247978;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19931e-05;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr2 85771669 . C G 33.47 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.00254714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.085;QD=1.0883;RBI=0.00890101;REFB=-0.000737401;REVB=-0.00852878;RO=113;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328666;STB=0.760623;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00860534;OID=.;OPOS=85771669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:113:113:10:10:0.0813008:3:7:45:68:3:7:45:68 chr2 85771763 . G A 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00662965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.125;QD=2.10341;RBI=0.0184398;REFB=0.000315168;REVB=0.0172068;RO=83;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255135;STB=0.683889;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00155141;OID=.;OPOS=85771763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:83:83:11:11:0.117021:4:7:35:48:4:7:35:48 chr2 85781318 . T G 314.95 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.789;QD=52.4917;RBI=0.0468554;REFB=0;REVB=0.0422888;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172409;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr2 85818883 . G A 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0198735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.347;QD=4.39337;RBI=0.0292879;REFB=-0.0103031;REVB=-0.0215133;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159643;STB=0.609201;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0372863;OID=.;OPOS=85818883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:51:52:12:12:0.1875:6:6:19:32:6:6:19:33 chr2 85893741 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.772;QD=53.9111;RBI=0.0831387;REFB=0;REVB=0.0697564;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954347;OID=.;OPOS=85893741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr2 85922121 . T TA,TAA 276.88 PASS AF=1,0;AO=34,9;DP=74;FAO=69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129461,0.061628;FXX=0.0416609;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.91484,8.41697;QD=16.0511;RBI=0.248576,0.122104;REFB=0.0627821,0.0465927;REVB=0.212202,0.10541;RO=29;SAF=16,8;SAR=18,1;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0673696,0.487551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00808163,-0.0508443;OID=.,.;OPOS=85922122,85922122;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:34,9:74:69,0:69:0:40,0:29,0:0:0:3:29:16,8:18,1:16:13 chr2 85924729 . C T 287.63 PASS AF=0.316667;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=120;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=57;FWDB=-0.00433299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.337;QD=9.58762;RBI=0.0126561;REFB=-0.0172063;REVB=-0.0118913;RO=82;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144545;STB=0.583522;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0264394;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:82:38:38:0.316667:22:16:25:57:22:16:25:57 chr2 85925529 . A G 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0127169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.011;QD=8.11959;RBI=0.0464297;REFB=-0.00967238;REVB=-0.0446542;RO=57;SAF=12;SAR=11;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17647;STB=0.601202;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0293408;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:59:23:23:0.280488:11:12:38:19:11:12:39:20 chr2 85925756 . C G 120.8 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0328295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9005;QD=14.6429;RBI=0.0517732;REFB=0.0148926;REVB=0.0400336;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406953;STB=0.773743;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0294468;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:2:12:9:8:2:12:9:10 chr2 85925848 . C G 190.52 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0350733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.046;QD=11.5465;RBI=0.0355065;REFB=-0.0104266;REVB=0.00552905;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683243;STB=0.539441;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0190954;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:27:15:10:14:27:15 chr2 86260785 . C T 621.07 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0331439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.667;QD=27.603;RBI=0.0348004;REFB=-0.0229204;REVB=0.0106088;RO=34;SAF=34;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127168;STB=0.575292;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0195517;OID=.;OPOS=86260785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:35:55:55:0.611111:21:34:15:19:21:34:15:20 chr2 86315741 . C T 67.25 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0117378;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.792;QD=4.63777;RBI=0.0178424;REFB=-0.00396607;REVB=-0.0134378;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905916;STB=0.559001;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0229951;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:47:47:11:11:0.189655:6:5:18:29:6:5:18:29 chr2 86317037 . G C 1143.55 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.627;QD=59.4052;RBI=0.0253048;REFB=-0.112219;REVB=-0.00312301;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275146;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:44:33:0:0 chr2 86344237 . A G 411.18 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0279323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.434;QD=29.3699;RBI=0.0301351;REFB=-0.0230329;REVB=-0.0113098;RO=18;SAF=21;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313259;STB=0.517036;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0112027;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:17:21:9:9:17:21:9:9 chr2 86363074 . A G 232.53 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0375197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.297;QD=10.451;RBI=0.0484005;REFB=-0.0190557;REVB=-0.0305758;RO=60;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981408;STB=0.557236;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0411976;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:16:13:32:28:16:13:32:28 chr2 86364653 . A G 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0347447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.731;QD=28.048;RBI=0.0351479;REFB=0.00844946;REVB=0.00530891;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342074;STB=0.518854;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00367514;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:6:10:15:11:6:10 chr2 86371648 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0358825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3756;QD=6.5736;RBI=0.041367;REFB=-0.012799;REVB=-0.0205835;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467764;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.042402;OID=.;OPOS=86371648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:9:7:5:1:9:7 chr2 86400791 . T C 984.53 PASS AF=0.829545;AO=72;DP=89;FAO=73;FDP=88;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000780032;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.405;QD=44.7513;RBI=0.0554424;REFB=0.00762666;REVB=0.055437;RO=15;SAF=35;SAR=37;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368241;STB=0.518202;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00234684;OID=.;OPOS=86400791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:89:88:15:15:72:73:0.829545:37:35:9:6:37:36:9:6 chr2 86400824 . G A 116.91 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00129081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.647;QD=4.82081;RBI=0.0229291;REFB=-0.00907334;REVB=-0.0228927;RO=78;SAF=12;SAR=7;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198778;STB=0.626634;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0214453;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:78:19:19:0.195876:7:12:37:41:7:12:37:41 chr2 86420201 . G C 78.79 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0153706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.903;QD=17.5097;RBI=0.0155761;REFB=-0.0191782;REVB=-0.00252205;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371898;STB=0.71747;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0620549;OID=.;OPOS=86420201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:5:3:8:2:5:3 chr2 86440718 . T C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0153387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.723;QD=10.7924;RBI=0.01912;REFB=0.00970448;REVB=0.0114148;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204393;STB=0.619706;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0122433;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:22:13:10:8:22:13 chr2 86481835 . C T 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00419479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.565;QD=1.68347;RBI=0.00552623;REFB=5.04364e-05;REVB=-0.00359764;RO=63;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491804;STB=0.869216;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000549098;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:63:65:7:7:0.0972222:1:6:26:37:1:6:28:37 chr2 86507135 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00778452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.599;QD=21.944;RBI=0.00778452;REFB=-0.0235387;REVB=0;RO=12;SAF=16;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182993;OID=.;OPOS=86507135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:0:16:12:0:0:16:12:0 chr2 86507205 . C T 98.58 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00337976;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2191;QD=23.1946;RBI=0.00337976;REFB=-0.00389377;REVB=0;RO=6;SAF=11;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049717;OID=.;OPOS=86507205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:0:11:6:0:0:11:6:0 chr2 86683642 . A G 326.82 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9131;QD=52.2917;RBI=0.17894;REFB=0;REVB=0.0170759;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00491556;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr2 86691250 . G A 2186.09 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.552;QD=61.5799;RBI=0.0267137;REFB=-0.0470488;REVB=0.02449;RO=2;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137771;STB=0.507245;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000711068;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:68:72:0:2:68:72:0:2 chr2 86979093 . G A 1194.13 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00733186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.35;QD=59.7065;RBI=0.0381759;REFB=-0.047543;REVB=0.0374652;RO=1;SAF=55;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853079;STB=0.504503;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000820322;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:24:55:1:0:24:55:1:0 chr2 87015633 . T TGA 397.51 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0194286;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.008;QD=46.7657;RBI=0.0220547;REFB=-0.0224548;REVB=0.0104373;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103179;STB=0.54214;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.00296945;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:30:34:30:34:4:12:18:3:1:19:3:12:18:3:0 chr2 87042825 . T C 59.41 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0129444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8279;QD=4.09707;RBI=0.0129444;REFB=-0.00334204;REVB=-5.77822e-06;RO=48;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634956;STB=0.916436;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0159433;OID=.;OPOS=87042825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:1:9:17:31:1:9:17:31 chr2 87049443 . C T 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0440601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.077;QD=4.0047;RBI=0.0440734;REFB=-0.00301715;REVB=0.00108235;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119105;STB=0.508176;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.014737;OID=.;OPOS=87049443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:15:26:5:3:15:26 chr2 87069379 . G A 161.43 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.055867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5651;QD=40.3567;RBI=0.0890286;REFB=0.07803;REVB=-0.069318;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00945145;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:5:9:1:0:5:10:1:0 chr2 87069431 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.457;QD=40.7628;RBI=0.0363916;REFB=0;REVB=0.0355794;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465628;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 87073852 . C T 119.03 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0209617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.117;QD=5.17515;RBI=0.0220705;REFB=-0.00336783;REVB=-0.00690756;RO=73;SAF=7;SAR=12;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17563;STB=0.610993;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0247357;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:12:7:37:36:12:7:37:36 chr2 87276811 . T C 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0299277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.896;QD=41.6801;RBI=0.101938;REFB=-0.0276114;REVB=-0.0974453;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338663;STB=0.518498;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00223176;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:6:12:1:1:6:12:1:1 chr2 88315954 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000819478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=380.791;QD=49.5992;RBI=0.00837042;REFB=0;REVB=0.00833021;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44469e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 88315993 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3112;QD=48.736;RBI=0.0195366;REFB=0;REVB=-0.0158084;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015575;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr2 88387402 . GC AG,GA 545.74 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,25;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251687,0.0245079;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=53.5465,102.413;QD=58.9991;RBI=0.0507276,0.0331233;REFB=0,0;REVB=0.0440434,0.0222827;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.20334e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0200478,0.000510248;OID=.,.;OPOS=88387402,88387403;OREF=GC,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,25:2,35:0.0540541,0.945946:2,1:0,24:0:0:2,11:0,24:0:0 chr2 88407959 . T C 774.36 PASS AF=0.753086;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=81;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0326018;FXX=0.0795364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9448;QD=38.2398;RBI=0.0484875;REFB=-0.025818;REVB=0.0358909;RO=19;SAF=36;SAR=25;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994667;STB=0.559947;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00794908;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:81:19:20:61:61:0.753086:25:36:7:12:25:36:7:13 chr2 88411605 . A T 541.71 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0103812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4698;QD=28.8911;RBI=0.0152054;REFB=-0.0491977;REVB=0.0111102;RO=24;SAF=29;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132447;STB=0.559204;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0229848;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:26:49:49:0.653333:20:29:9:15:20:29:11:15 chr2 88424066 . T C 38.68 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00857482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.278;QD=2.91958;RBI=0.0087354;REFB=-0.000903609;REVB=-0.00166726;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336751;STB=0.52452;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00944538;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:4:3:21:25:4:3:21:25 chr2 88472791 . G A 808.87 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.6;QD=53.9248;RBI=0.0281552;REFB=-0.216766;REVB=-0.00211259;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.529401;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000776859;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:16:42:0:0:16:42:0:2 chr2 88913273 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.979;QD=59.1432;RBI=0.0236087;REFB=0;REVB=0.0162626;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11667e-06;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr2 89156948 . C G 1782.86 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379739;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9993;QD=60.436;RBI=0.00379766;REFB=-0.0661715;REVB=-4.47306e-05;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102872;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:118:0:0:116:118:1:47:69:0:0:48:70:0:0 chr2 89197190 . C T 3610.35 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017997;FXX=0.00858332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.879;QD=62.5168;RBI=0.0188629;REFB=-0.0469219;REVB=0.00564952;RO=2;SAF=132;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017276;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:232:231:2:0:230:231:1:98:132:0:2:99:132:0:0 chr2 89246951 . C T 1821.82 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9905;QD=61.2378;RBI=0.0637912;REFB=0;REVB=-0.0594871;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352114;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:56:63:0:0:56:63:0:0 chr2 89278103 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.781;QD=40.7612;RBI=0.0631068;REFB=0;REVB=0.0575919;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448005;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 89278489 . A C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.331;QD=62.3143;RBI=0.0463522;REFB=0;REVB=0.0381078;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08269e-05;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:30:56:0:0:30:56:0:0 chr2 89292182 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.818;QD=57.2369;RBI=0.0452122;REFB=0;REVB=0.031195;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328897;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr2 89292201 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.775;QD=63.5827;RBI=0.0279965;REFB=0;REVB=0.0277312;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9414e-05;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr2 89292401 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.781;QD=61.6837;RBI=0.0157702;REFB=0;REVB=0.00610887;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54916e-05;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr2 89309542 . T G 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3774;QD=62.3073;RBI=0.00986476;REFB=0;REVB=0.00950175;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16803e-05;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr2 89309554 . T A 1107.34 PASS AF=0.986667;AO=68;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123584;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2325;QD=59.0583;RBI=0.143498;REFB=-0.125371;REVB=0.0729293;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00387094;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:1:1:68:74:0.986667:34:34:0:1:35:39:0:1 chr2 89309735 . A G 244.31 PASS AF=0.952381;AO=15;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5339;QD=46.5353;RBI=0.258095;REFB=-0.0865239;REVB=0.257724;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0140404;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:15:20:0.952381:4:11:0:1:9:11:0:1 chr2 89309762 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000288596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.886;QD=53.9111;RBI=0.036116;REFB=0;REVB=0.0361149;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228004;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr2 89512959 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00811934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.214;QD=3.78997;RBI=0.0141492;REFB=-0.00162584;REVB=-0.0115878;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260448;STB=0.518089;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00777033;OID=.;OPOS=89512959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:17:26:5:3:17:26 chr2 89513004 . A G 116.21 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0237984;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4856;QD=10.33;RBI=0.0420594;REFB=-0.012173;REVB=0.0346789;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108006;STB=0.506484;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0369227;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:13:18:8:6:13:18 chr2 89513036 . T C 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00334739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5142;QD=23.5264;RBI=0.0110823;REFB=-0.0118244;REVB=-0.0105646;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144798;STB=0.580568;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00910761;OID=.;OPOS=89513036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:4:11:11:9:4:11 chr2 89533687 . T C,G 545.62 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226792,0.0252235;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0929,199.158;QD=58.9857;RBI=0.0282435,0.0442383;REFB=0,0;REVB=0.016833,0.0363429;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.03206e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0699132,0.00208399;OID=.,.;OPOS=89533687,89533687;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:2,10:0,25:0:0:2,10:0,25:0:0 chr2 89533810 . C T 1424.41 PASS AF=0.961538;AO=97;DP=101;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0153325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.346;QD=54.785;RBI=0.0492802;REFB=-0.0511245;REVB=0.0468343;RO=4;SAF=54;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232437;STB=0.511626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00180362;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:104:4:4:97:100:0.961538:43:54:1:3:45:55:1:3 chr2 89986921 . C T 253.19 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00586035;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.349;QD=48.2258;RBI=0.0549521;REFB=-0.156765;REVB=0.0546388;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0039285;OID=.;OPOS=89986921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr2 90008103 . G A 559.64 PASS AF=0.783333;AO=47;DP=60;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0143694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.746;QD=37.3094;RBI=0.0171333;REFB=-0.0117422;REVB=0.00933115;RO=13;SAF=27;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108035;STB=0.558065;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00416024;OID=.;OPOS=90008103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:13:13:47:47:0.783333:20:27:4:9:20:27:4:9 chr2 90025275 . G C 563.75 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00953853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.196;QD=57.8206;RBI=0.00973251;REFB=0.00399723;REVB=0.00193345;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00022508;OID=.;OPOS=90025275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr2 90121675 . T C 223.4 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.635;QD=49.6453;RBI=0.0743839;REFB=0;REVB=0.0682794;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993129;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr2 90121845 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0271204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.701;QD=12.8691;RBI=0.0281445;REFB=0.000315461;REVB=-0.0075231;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227405;STB=0.632052;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000723021;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:15:6:16:17:15:6:16:17 chr2 90121849 . A G 159.39 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0179805;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.653;QD=11.5919;RBI=0.0190556;REFB=0.00782165;REVB=-0.0063103;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18546;STB=0.608582;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0079195;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:35:20:20:0.363636:14:6:16:19:14:6:16:19 chr2 90121926 . G T 435.43 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00822013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2351;QD=18.5289;RBI=0.0164863;REFB=-0.00163675;REVB=0.0142908;RO=50;SAF=14;SAR=30;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865116;STB=0.548365;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00163806;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:30:14:20:30:30:14:20:30 chr2 90121985 . A G 316.63 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0425112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.274;QD=11.013;RBI=0.0425176;REFB=-0.00093186;REVB=0.000732823;RO=74;SAF=10;SAR=29;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179777;STB=0.606161;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00274673;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:39:40:0.347826:29:10:29:45:30:10:29:46 chr2 90139116 . G A 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.000694086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.544;QD=12.4558;RBI=0.0638538;REFB=-0.014417;REVB=-0.06385;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375939;STB=0.521719;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0244912;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:15:19:11:10:15:19 chr2 90212050 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.184;QD=44.6898;RBI=0.0214254;REFB=0;REVB=0.0151184;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211996;OID=.;OPOS=90212050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 90259760 . A T 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.00219805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.965;QD=2.37876;RBI=0.0241741;REFB=0.00170933;REVB=0.024074;RO=58;SAF=2;SAR=6;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456429;STB=0.821224;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0220449;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:6:2:38:20:6:2:38:20 chr2 92129749 . T C 766.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.006;QD=63.8413;RBI=0.0563054;REFB=0;REVB=0.0549696;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060093;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 95537572 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.733;QD=56.0116;RBI=0.0648434;REFB=-0.0430367;REVB=0.0567006;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00150195;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:1:0:23:11:1:0 chr2 95537622 . A G 473.56 PASS AF=0.918919;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0306505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0531;QD=51.1963;RBI=0.0855603;REFB=0.053067;REVB=0.0798818;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797785;STB=0.542832;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00420493;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:37:3:3:31:34:0.918919:15:16:3:0:18:16:3:0 chr2 95542363 . C G 52.63 PASS AF=0.15873;AO=9;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0146569;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.344;QD=3.34174;RBI=0.0342788;REFB=-0.00973888;REVB=-0.0309873;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229047;STB=0.679247;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0453403;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:63:63:50:53:9:10:0.15873:6:3:26:24:7:3:27:26 chr2 95542376 . GC TT 62.53 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0101847;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.913;QD=3.20668;RBI=0.0318436;REFB=-0.00314041;REVB=-0.0301709;RO=66;SAF=3;SAR=9;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351455;STB=0.739855;STBP=0.095;TYPE=mnp;VARB=0.0144916;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:9:3:35:31:9:3:35:31 chr2 95542415 . CA CG,TG 45.21 PASS AF=0.0795455,0.0454545;AO=7,4;DP=88;FAO=7,4;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=1,1;FSAR=6,3;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.015388,0.0240883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=137.598,133.784;QD=2.05493;RBI=0.017997,0.0241489;REFB=-0.00163906,-0.00392279;REVB=-0.00933283,0.00170878;RO=77;SAF=1,1;SAR=6,3;SRF=36;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379951,-0.199706;STB=0.824279,0.715013;STBP=0.112,0.422;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00575174,0.0377288;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:88:88:77:77:7,4:7,4:0.0795455,0.0454545:6,3:1,1:36:41:6,3:1,1:36:41 chr2 95542419 . G A 51.42 PASS AF=0.125;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00200968;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4347;QD=2.33727;RBI=0.00490029;REFB=0.00575872;REVB=0.00446923;RO=75;SAF=2;SAR=9;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360409;STB=0.764994;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0465357;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:89:88:75:77:11:11:0.125:9:2:34:41:9:2:35:42 chr2 95542476 . C T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0643746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.791;QD=2.28984;RBI=0.0694125;REFB=-0.00361966;REVB=-0.0259616;RO=64;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280687;STB=0.704208;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0189565;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:64:65:9:9:0.121622:7:2:28:36:7:2:28:37 chr2 95713709 . CG CC,C 147.74 PASS AF=0,0.5;AO=5,14;DP=57;FAO=0,30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=0,19;FSAR=0,11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00772367,0.0294185;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=18.8011,12.8062;QD=9.84927;RBI=0.0529194,0.0811253;REFB=0.0178237,-0.0371593;REVB=-0.0523527,0.0756034;RO=30;SAF=1,8;SAR=4,6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507515,-0.11335;STB=0.5,0.536562;STBP=1,0.613;TYPE=snp,del;VARB=0.0195929,0.0597527;OID=.,.;OPOS=95713710,95713710;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:5,14:57:0,30:60:30:0,19:0,11:21:9:99:30:1,8:4,6:20:10 chr2 95847040 . TGCG T 175.03 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945059;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.417;QD=46.6742;RBI=0.0180428;REFB=0;REVB=0.0153697;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.69432e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:6:0:0 chr2 95848354 . G A 559.64 PASS AF=0.783333;AO=47;DP=60;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0653649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6144;QD=37.3091;RBI=0.0782618;REFB=-0.00498089;REVB=-0.0430389;RO=13;SAF=18;SAR=29;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965986;STB=0.551954;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000545167;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:13:13:47:47:0.783333:29:18:8:5:29:18:8:5 chr2 95947085 . A G 770.26 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00422852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.937;QD=37.121;RBI=0.0100107;REFB=-0.0369222;REVB=0.00907379;RO=20;SAF=24;SAR=38;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765156;STB=0.548061;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0135783;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:21:62:62:0.746988:38:24:11:9:38:24:12:9 chr2 96195632 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.826;QD=56.9981;RBI=0.0150304;REFB=0;REVB=0.0116124;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72789e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr2 96517502 . A C 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=5;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0134341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.795;QD=1.39741;RBI=0.013805;REFB=-0.00036119;REVB=0.00317828;RO=81;SAF=4;SAR=1;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338103;STB=0.660765;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.005267;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:5:8:0.0898876:1:4:36:45:3:5:36:45 chr2 96517518 . A G 74.84 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0509341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3582;QD=3.44085;RBI=0.0536798;REFB=-0.0128195;REVB=0.0169481;RO=72;SAF=7;SAR=7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052245;STB=0.528695;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0716825;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:87:87:72:73:14:14:0.16092:7:7:33:39:7:7:34:39 chr2 96517882 . G A 288.65 PASS AF=0.255952;AO=43;DP=169;FAO=43;FDP=168;FR=.;FRO=125;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=-0.0289958;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.795;QD=6.8726;RBI=0.0298458;REFB=-0.0086812;REVB=0.00707187;RO=123;SAF=21;SAR=22;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715974;STB=0.548007;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0149308;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:123:125:43:43:0.255952:22:21:53:70:22:21:53:72 chr2 96517885 . G A 408.31 PASS AF=0.32716;AO=53;DP=162;FAO=53;FDP=162;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0163577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.683;QD=10.0816;RBI=0.025576;REFB=-0.00485812;REVB=-0.0196611;RO=105;SAF=27;SAR=26;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104348;STB=0.558685;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0182919;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:105:109:53:53:0.32716:26:27:44:61:26:27:46:63 chr2 96521406 . C T 32.68 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0142089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0745;QD=2.84176;RBI=0.0290171;REFB=-0.0103621;REVB=-0.0253002;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571785;STB=0.894018;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0520263;OID=.;OPOS=96521406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:1:5:12:28:1:5:12:28 chr2 96521438 . A G 37.4 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0142332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5052;QD=2.67173;RBI=0.0783479;REFB=0.0159067;REVB=0.0770442;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35281;STB=0.755407;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0897611;OID=.;OPOS=96521438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:2:5:20:29:2:5:20:29 chr2 96521455 . A G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0174936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.856;QD=2.21226;RBI=0.028319;REFB=-0.00213228;REVB=0.0222697;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825858;STB=0.563428;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0118867;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:3:3:21:28:3:3:21:28 chr2 96521486 . G A 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.000572286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.501;QD=1.96316;RBI=0.021125;REFB=-0.000773155;REVB=-0.0211173;RO=67;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291743;STB=0.703563;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00360953;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:67:72:9:9:0.111111:3:6:28:39:3:6:31:41 chr2 96521512 . A C 104.38 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.00427277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2286;QD=4.09321;RBI=0.00984893;REFB=0.00436805;REVB=0.00887383;RO=82;SAF=7;SAR=11;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179028;STB=0.513652;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0293651;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:82:84:18:18:0.176471:11:7:33:49:11:7:34:50 chr2 96521548 . G A 61.17 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0076716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.917;QD=1.83976;RBI=0.0151877;REFB=-0.000849224;REVB=-0.0131078;RO=113;SAF=3;SAR=12;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340508;STB=0.755338;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00757048;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:133:113:118:15:15:0.112782:12:3:52:61:12:3:55:63 chr2 96521556 . T C 46.42 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.00367995;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.437;QD=1.33583;RBI=0.00824877;REFB=-0.003871;REVB=-0.00738242;RO=124;SAF=3;SAR=10;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298542;STB=0.728186;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0314129;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:124:126:13:13:0.0935252:10:3:59:65:10:3:59:67 chr2 96521563 . G A 39.46 PASS AF=0.0851064;AO=11;DP=140;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.00728452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.698;QD=1.11948;RBI=0.00880113;REFB=-0.00122794;REVB=-0.0049392;RO=125;SAF=3;SAR=8;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230229;STB=0.707504;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0528234;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:140:141:125:129:11:12:0.0851064:8:3:59:66:9:3:60:69 chr2 96521607 . GGT CAC 47.12 PASS AF=0.0880503;AO=14;DP=159;FAO=14;FDP=159;FR=.;FRO=145;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=-0.0107342;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.814;QD=1.18551;RBI=0.021783;REFB=0.00462706;REVB=0.0189546;RO=144;SAF=3;SAR=11;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376389;STB=0.791588;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=-0.0378701;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:159:159:144:145:14:14:0.0880503:11:3:78:66:11:3:78:67 chr2 96523096 . T C 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00139337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.247;QD=25.1997;RBI=0.00553077;REFB=-0.00452442;REVB=-0.00535237;RO=31;SAF=30;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215452;STB=0.618128;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00384374;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:15:30:12:19:15:30:12:19 chr2 96525652 . T C 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00444649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.62;QD=2.51701;RBI=0.0101098;REFB=-0.00417188;REVB=0.0090795;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428673;STB=0.80366;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0213445;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:2:6:21:35:2:6:21:35 chr2 96525723 . C T 34.94 PASS AF=0.0927835;AO=7;DP=96;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.00460005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.853;QD=1.44071;RBI=0.00776876;REFB=-1.60246e-05;REVB=-0.00626044;RO=87;SAF=3;SAR=4;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705696;STB=0.54014;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00289013;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:96:97:87:88:7:9:0.0927835:4:3:43:44:5:4:43:45 chr2 96593000 . A G 63.39 PASS AF=0.0989011;AO=18;DP=182;FAO=18;FDP=182;FR=.;FRO=164;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=71;FWDB=-0.0284713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.598;QD=1.39323;RBI=0.0298121;REFB=-0.00158169;REVB=-0.0088403;RO=163;SAF=6;SAR=12;SRF=93;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279361;STB=0.704407;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0699958;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:182:182:163:164:18:18:0.0989011:12:6:93:70:12:6:93:71 chr2 96593016 . C A 110.32 PASS AF=0.130653;AO=27;DP=201;FAO=26;FDP=199;FR=.;FRO=173;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=73;FWDB=-0.0706449;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.375;QD=2.21743;RBI=0.0964964;REFB=-0.0159428;REVB=-0.0657331;RO=165;SAF=12;SAR=15;SRF=97;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180989;STB=0.600231;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0735537;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:165:173:27:26:0.130653:15:12:97:68:14:12:100:73 chr2 96593025 . C T 117.1 PASS AF=0.129808;AO=27;DP=209;FAO=27;FDP=208;FR=.;FRO=181;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=110;FSRR=71;FWDB=-0.0341113;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.612;QD=2.25191;RBI=0.0386682;REFB=-0.00172573;REVB=-0.0182112;RO=180;SAF=12;SAR=15;SRF=109;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202045;STB=0.639315;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0232453;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:180:181:27:27:0.129808:15:12:109:71:15:12:110:71 chr2 96593100 . G A 85.88 PASS AF=0.124224;AO=19;DP=161;FAO=20;FDP=161;FR=.;FRO=141;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=-0.0409265;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5017;QD=2.13373;RBI=0.0544565;REFB=-0.00812267;REVB=-0.035924;RO=141;SAF=10;SAR=9;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010632;STB=0.528356;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0309789;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:161:161:141:141:19:20:0.124224:9:10:73:68:9:11:73:68 chr2 96593108 . T G 119.33 PASS AF=0.15528;AO=25;DP=161;FAO=25;FDP=161;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=0.0617015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6741;QD=2.96481;RBI=0.0751584;REFB=0.001075;REVB=0.0429152;RO=136;SAF=12;SAR=13;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722886;STB=0.547805;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00575197;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:136:136:25:25:0.15528:13:12:73:63:13:12:73:63 chr2 96593118 . T A 109.25 PASS AF=0.147651;AO=22;DP=149;FAO=22;FDP=149;FR=.;FRO=127;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.0157722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7276;QD=2.93283;RBI=0.0250907;REFB=0.00278481;REVB=0.0195136;RO=126;SAF=11;SAR=11;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503353;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0207093;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:126:127:22:22:0.147651:11:11:63:63:11:11:64:63 chr2 96594958 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00875591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.277;QD=9.1331;RBI=0.0168159;REFB=0.00463897;REVB=-0.0143565;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414787;STB=0.75621;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00740488;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:10:12:2:8:10:12 chr2 96594966 . T G 123.95 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0638084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4237;QD=17.097;RBI=0.0823441;REFB=0.00186078;REVB=0.0520484;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56069;STB=0.829284;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0013096;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:2:11:4:11:2:12:4:11 chr2 96595032 . A T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0239394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.284;QD=28.1411;RBI=0.0245249;REFB=-0.00865324;REVB=0.00532681;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353289;STB=0.697414;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0100483;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:4:12:1:6:4:12:1:6 chr2 96601240 . G A 35.19 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0828282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8037;QD=5.21346;RBI=0.0831667;REFB=0.00825823;REVB=0.00749636;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473602;STB=0.7992;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0211073;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:16:5:4:2:16:5 chr2 96601345 . T C 92.85 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.000264661;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.99;QD=10.0381;RBI=0.104949;REFB=0.00208898;REVB=0.104949;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467971;STB=0.745391;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00614487;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:37:24:25:11:12:0.324324:8:3:17:7:8:4:18:7 chr2 96601364 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00773819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.265;QD=7.03215;RBI=0.02699;REFB=-0.00305969;REVB=-0.0258569;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324668;STB=0.703267;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0123369;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:16:10:6:3:16:10 chr2 96604591 . A G 1329.48 PASS AF=0.60396;AO=121;DP=200;FAO=122;FDP=202;FR=.;FRO=80;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0163242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.636;QD=26.3264;RBI=0.0208494;REFB=-0.0201851;REVB=0.0129698;RO=78;SAF=70;SAR=51;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483975;STB=0.524621;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0115922;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:78:80:121:122:0.60396:51:70:40:38:52:70:41:39 chr2 96604606 . C A 53.1 PASS AF=0.0854271;AO=17;DP=199;FAO=17;FDP=199;FR=.;FRO=182;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=100;FSRR=82;FWDB=-0.0230739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.134;QD=1.06739;RBI=0.0334933;REFB=0.00225369;REVB=-0.0242775;RO=182;SAF=8;SAR=9;SRF=100;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912373;STB=0.571681;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0269203;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:199:199:182:182:17:17:0.0854271:9:8:100:82:9:8:100:82 chr2 96604632 . A T 964.54 PASS AF=0.5;AO=95;DP=190;FAO=95;FDP=190;FR=.;FRO=95;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.00356288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7671;QD=20.306;RBI=0.0128476;REFB=-0.0206748;REVB=0.0123437;RO=95;SAF=55;SAR=40;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486517;STB=0.526755;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0282702;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:95:95:95:95:0.5:40:55:50:45:40:55:50:45 chr2 96604730 . T C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0265065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.734;QD=8.56752;RBI=0.0265935;REFB=-0.0101885;REVB=-0.0021494;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450402;STB=0.76712;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0155182;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:9:28:5:9:9:28 chr2 96606944 . C T 94.22 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0445485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1783;QD=10.4691;RBI=0.0598453;REFB=-0.0123673;REVB=-0.0399611;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248787;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:6:18:9:3:6:18 chr2 96610399 . C A 96.89 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00211879;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.62;QD=3.58841;RBI=0.00213068;REFB=-0.00260755;REVB=0.000224807;RO=90;SAF=8;SAR=10;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423852;STB=0.527919;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0106811;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:108:90:90:18:18:0.166667:10:8:43:47:10:8:43:47 chr2 96610410 . T A 75.83 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00910607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.153;QD=2.88867;RBI=0.0116957;REFB=0.00933729;REVB=0.00733949;RO=90;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124654;STB=0.585008;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0180641;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:90:90:15:15:0.142857:7:8:39:51:7:8:39:51 chr2 96610420 . G T 96.59 PASS AF=0.168317;AO=16;DP=100;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00871272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.649;QD=3.82527;RBI=0.0134085;REFB=-0.00214237;REVB=0.010192;RO=84;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422597;STB=0.55523;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0139334;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:101:84:84:16:17:0.168317:9:7:34:50:9:8:34:50 chr2 96610899 . T C 710.11 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0366999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.915;QD=23.6703;RBI=0.039759;REFB=-0.00993006;REVB=0.0152936;RO=49;SAF=29;SAR=39;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468172;STB=0.527265;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00855153;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:52:68:68:0.566667:39:29:18:31:39:29:19:33 chr2 96610921 . T G 821.56 PASS AF=0.609756;AO=75;DP=123;FAO=75;FDP=123;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0268057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.26;QD=26.7174;RBI=0.0280783;REFB=-0.00746491;REVB=0.00835748;RO=48;SAF=34;SAR=41;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571947;STB=0.531008;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00639166;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:48:48:75:75:0.609756:41:34:18:30:41:34:18:30 chr2 96610923 . C G 249.82 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0305904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.003;QD=8.05876;RBI=0.0369344;REFB=-0.00760011;REVB=-0.0206972;RO=88;SAF=15;SAR=20;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100421;STB=0.509429;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0122684;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:89:35:35:0.282258:20:15:37:51:20:15:37:52 chr2 96616485 . C G 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0120059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.944;QD=4.67769;RBI=0.062055;REFB=-0.0130346;REVB=0.0608825;RO=53;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955719;STB=0.506163;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0187516;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:5:8:33:20:5:8:33:20 chr2 96616506 . GC CA 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00646166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.285;QD=5.18113;RBI=0.0144756;REFB=-0.0116853;REVB=-0.0129534;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040939;STB=0.502614;STBP=0.995;TYPE=mnp;VARB=0.0396988;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:5:8:30:19:5:8:30:19 chr2 96616532 . T G 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0119964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.455;QD=5.84503;RBI=0.0123764;REFB=-0.00170562;REVB=-0.00304339;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519728;STB=0.553086;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00525725;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:35:37:10:10:0.212766:5:5:19:16:5:5:21:16 chr2 96617090 . A G 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0219946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.241;QD=3.7912;RBI=0.0234165;REFB=-0.000857221;REVB=0.00803565;RO=54;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12614;STB=0.584857;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00476682;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:7:4:25:29:7:4:25:29 chr2 96617106 . A C 57.1 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0099798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.849;QD=3.12891;RBI=0.0119015;REFB=-0.0106751;REVB=-0.0064846;RO=62;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150779;STB=0.603869;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0510353;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:7:4:30:32:7:4:30:32 chr2 96617111 . G A 62.97 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0523994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9764;QD=3.27111;RBI=0.0535109;REFB=-0.000477382;REVB=-0.01085;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460413;STB=0.538397;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.000102164;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:76:77:64:65:12:12:0.155844:7:5:29:35:7:5:30:35 chr2 96617113 . G A 62.34 PASS AF=0.15;AO=11;DP=79;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0102564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.297;QD=3.11677;RBI=0.0226081;REFB=0.000427351;REVB=-0.0201477;RO=68;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198328;STB=0.546336;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00513818;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:80:68:68:11:12:0.15:6:5:32:36:7:5:32:36 chr2 96617125 . T C 68.77 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0216908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5311;QD=3.35484;RBI=0.0337878;REFB=0.00756018;REVB=0.0259061;RO=69;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118481;STB=0.580028;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0408538;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:8:5:33:36:8:5:33:36 chr2 96617132 . T C 58.72 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00191927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.482;QD=2.66918;RBI=0.0144405;REFB=-0.00391155;REVB=-0.0143124;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221089;STB=0.515478;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0252718;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:76:76:12:12:0.136364:7:5:33:43:7:5:33:43 chr2 96617155 . A G 63.65 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00908443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.83;QD=2.65225;RBI=0.0356567;REFB=3.51545e-05;REVB=0.03448;RO=82;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993557;STB=0.564759;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000627691;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:82:83:13:13:0.135417:8:5:38:44:8:5:38:45 chr2 96619687 . CT CG,TG 100.15 PASS AF=0.257143,0.114286;AO=9,4;DP=35;FAO=9,4;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2,3;FSAR=7,1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00868956,-0.0277175;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=182.254,226.596;QD=11.4458;RBI=0.0442703,0.0566302;REFB=-0.000593556,-0.000100968;REVB=0.0434091,0.0493834;RO=22;SAF=2,3;SAR=7,1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427134,0.199848;STB=0.765821,0.651362;STBP=0.08,0.578;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00292853,0.00262383;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:35:22:22:9,4:9,4:0.257143,0.114286:7,1:2,3:13:9:7,1:2,3:13:9 chr2 96619734 . CA TA,TG 158.95 PASS AF=0.325581,0.0930233;AO=14,4;DP=44;FAO=14,4;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6,1;FSAR=8,3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0237805,0.0449168;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.7385,81.6376;QD=14.7864;RBI=0.0337334,0.044918;REFB=0.0263631,0.00496237;REVB=0.0239255,-0.000324134;RO=24;SAF=6,1;SAR=8,3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.077004,-0.290777;STB=0.558739,0.735642;STBP=0.581,0.399;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0547377,0.0471725;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:25:14,4:14,4:0.325581,0.0930233:8,3:6,1:12:12:8,3:6,1:13:12 chr2 96626292 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.554;QD=54.5176;RBI=0.0330005;REFB=0;REVB=0.016543;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178581;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 96780716 . T C,G 527.32 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000292308,0.00780431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.306,154.927;QD=58.5909;RBI=0.0199318,0.0838781;REFB=0,0;REVB=-0.0199297,-0.0835142;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0926843,0.000565177;OID=.,.;OPOS=96780716,96780716;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:0,16:2,18:0:0:0,16:2,18:0:0 chr2 96780986 . C CTCCTCCTCT,T 99.78 PASS AF=0.26087,0.26087;AO=6,6;DP=24;FAO=6,6;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2,4;FSAR=4,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0655445,0.0288842;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=9,1;MLLD=169.965,54.4818;QD=17.3523;RBI=0.0734324,0.0843892;REFB=-0.0652862,-0.00663823;REVB=-0.0331094,0.0792921;RO=12;SAF=2,4;SAR=4,2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420034,-0.104655;STB=0.784921,0.6187;STBP=0.123,0.573;TYPE=ins,snp;VARB=0.0753179,0.0135253;OID=.,.;OPOS=96780987,96780986;OREF=-,C;OALT=TCCTCCTCT,T;OMAPALT=CTCCTCCTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:12:11:6,6:6,6:0.26087,0.26087:4,2:2,4:9:3:4,2:2,4:9:2 chr2 96795857 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.689;QD=52.6091;RBI=0.0627905;REFB=0;REVB=0.0612329;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383748;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr2 96809331 . T C 62.45 PASS AF=0.155844;AO=11;DP=76;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=-0.0357611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2715;QD=3.24427;RBI=0.0443678;REFB=-0.0196558;REVB=-0.026261;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229124;STB=0.611838;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0904796;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:76:77:64:65:11:12:0.155844:5:6:46:18:5:7:46:19 chr2 96874589 . CTT CCC 58.17 PASS AF=0.16129;AO=8;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0972292;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=58.4603;QD=3.75305;RBI=0.127731;REFB=-0.0110584;REVB=-0.0828357;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425188;STB=0.758613;STBP=0.132;TYPE=mnp;VARB=0.0516522;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:8:62:10:62:52:4:6:38:14:57:31:2:6:19:12 chr2 96917588 . T G 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00540718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.814;QD=2.5857;RBI=0.0114612;REFB=-0.00353647;REVB=0.0101055;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862153;STB=0.562357;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0281907;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:24:36:6:3:24:36 chr2 96937296 . G C 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0491455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2531;QD=28.9922;RBI=0.0492674;REFB=0.00874349;REVB=-0.00346374;RO=14;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202024;STB=0.501113;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00664387;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:16:9:5:9:16:9:5:9 chr2 96952601 . G A 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.00442023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.725;QD=2.66937;RBI=0.0165507;REFB=-0.0043317;REVB=-0.0159496;RO=54;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543422;STB=0.86234;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0336553;OID=.;OPOS=96952601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:2:6:14:40:2:6:14:40 chr2 96952833 . A G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0236425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.086;QD=24.8177;RBI=0.0567069;REFB=-0.0071493;REVB=-0.0515433;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337672;STB=0.687346;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0157747;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:14:4:16:8:14:4 chr2 96993757 . C T 144.19 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0391767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.808;QD=24.0312;RBI=0.0400615;REFB=-0.0251346;REVB=-0.00837324;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279526;STB=0.655546;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0167627;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:8:1:8:7:8:1 chr2 96993884 . A G 250.19 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0194948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5895;QD=26.3362;RBI=0.0268766;REFB=-0.0143354;REVB=0.0185014;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774579;STB=0.543042;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0105218;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:6:9:16:7:6:9 chr2 97020049 . T C 436.56 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0144065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.728;QD=32.3378;RBI=0.0206079;REFB=-0.0383451;REVB=0.0147356;RO=15;SAF=15;SAR=24;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180253;STB=0.597651;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00963438;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:24:15:11:4:24:15:11:4 chr2 97030247 . T C 368.93 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.013437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.561;QD=27.3284;RBI=0.0336375;REFB=-0.029413;REVB=0.0308371;RO=18;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162159;STB=0.581267;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0151787;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:19:35:35:0.648148:24:11:10:8:24:11:10:9 chr2 97166204 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.61;QD=58.1345;RBI=0.0437244;REFB=0;REVB=-0.00396583;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160056;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr2 97498896 . C T 143.49 PASS AF=0.208333;AO=26;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.107864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.93;QD=4.78299;RBI=0.108427;REFB=-0.0102904;REVB=-0.011042;RO=91;SAF=17;SAR=9;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268043;STB=0.639888;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0587736;OID=.;OPOS=97498896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:91:95:26:25:0.208333:9:17:40:51:9:16:44:51 chr2 97559759 . G A 536.88 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4749;QD=59.6527;RBI=0.033577;REFB=0;REVB=0.0332488;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281268;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 97613616 . T C 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.026275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.162;QD=8.24638;RBI=0.0282412;REFB=0.00948811;REVB=-0.0103534;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0366059;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:4:10:4:3:5:10 chr2 97643576 . T C 96.77 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00286947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8615;QD=4.96259;RBI=0.00328017;REFB=0.00342789;REVB=-0.00158924;RO=62;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808096;STB=0.551219;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0135877;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:8:8:35:27:8:8:35:27 chr2 97766551 . G A 104.31 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0102891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.8;QD=6.32154;RBI=0.0272881;REFB=-0.0171672;REVB=0.025274;RO=50;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22512;STB=0.638925;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0376371;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:10:6:28:22:10:6:28:22 chr2 97766574 . G A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0267858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.733;QD=10.1573;RBI=0.0381363;REFB=-0.00771907;REVB=-0.0271458;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100565;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0147823;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:16:15:8:6:16:15 chr2 97808349 . T C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.065487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1045;QD=6.80717;RBI=0.0656242;REFB=-0.010302;REVB=-0.00424237;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23435;STB=0.644875;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0329045;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:7:20:5:4:7:20 chr2 97808394 . C G 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00304243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.733;QD=3.67736;RBI=0.0037227;REFB=-0.00484153;REVB=-0.00214526;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187311;STB=0.632977;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0282478;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:6:2:17:27:6:2:17:27 chr2 97820417 . T G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0054805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.966;QD=2.42284;RBI=0.00580127;REFB=0.00196648;REVB=-0.00190233;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259921;STB=0.707541;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.010019;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:1:5:30:16:1:5:30:16 chr2 97820430 . CC TA 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00835041;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.105;QD=2.21198;RBI=0.039208;REFB=0.000427304;REVB=-0.0383085;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227912;STB=0.707868;STBP=0.348;TYPE=mnp;VARB=-0.00621854;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:47:49:6:6:0.109091:1:5:32:15:1:5:32:17 chr2 97820434 . T G 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.000825135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.62;QD=2.14547;RBI=0.000987155;REFB=-0.00076615;REVB=-0.000541873;RO=50;SAF=5;SAR=1;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24793;STB=0.702352;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00426357;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:1:5:33:17:1:5:33:17 chr2 97820478 . G A 32.58 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0121717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8396;QD=2.77279;RBI=0.0134665;REFB=0.00959548;REVB=0.0057618;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240181;STB=0.678927;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0731083;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:1:5:27:13:1:5:28:13 chr2 97820489 . C G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.036888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.113;QD=2.70734;RBI=0.0455226;REFB=-0.00845495;REVB=-0.0266756;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15418;STB=0.672418;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0610239;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:39:42:6:6:0.125:1:5:29:10:1:5:29:13 chr2 97820493 . T C 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0145001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4497;QD=2.70673;RBI=0.0452345;REFB=-0.00189368;REVB=-0.0428474;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220769;STB=0.672418;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0294327;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:1:5:29:13:1:5:29:13 chr2 97827839 . G A 125.56 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0147491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0793;QD=9.65868;RBI=0.0455114;REFB=0.00685095;REVB=0.0430552;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170272;STB=0.510191;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0136957;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:14:22:10:6:14:22 chr2 97830053 . A G 115.65 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0200961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.803;QD=8.89585;RBI=0.0210077;REFB=-0.0134118;REVB=0.00612128;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277858;STB=0.549931;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0373657;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:37:15:15:0.288462:4:11:25:10:4:11:25:12 chr2 97833342 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0194227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.941;QD=9.13264;RBI=0.0232107;REFB=-0.00030734;REVB=-0.012708;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511128;STB=0.531188;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=6.79188e-05;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:10:12:5:5:10:12 chr2 97833466 . C T 132.67 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.030461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.364;QD=15.1623;RBI=0.030582;REFB=-0.0186072;REVB=0.00271785;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251865;STB=0.646851;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0230856;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:10:10:11:4:10:10 chr2 97833468 . G A 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0227524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.947;QD=4.85445;RBI=0.0362234;REFB=-0.0107528;REVB=-0.0281862;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202188;STB=0.624625;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0339836;OID=.;OPOS=97833468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:5:2:12:15:5:2:12:16 chr2 97849219 . T C 112.39 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0117689;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.672;QD=5.22749;RBI=0.0132355;REFB=-0.00117091;REVB=-0.0060557;RO=68;SAF=8;SAR=10;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697591;STB=0.532431;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00401721;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:68:68:18:18:0.209302:10:8:34:34:10:8:33:35 chr2 97851069 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0208814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.655;QD=6.26142;RBI=0.0235135;REFB=-0.00707354;REVB=0.0108098;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164658;STB=0.605762;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0182622;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:12:9:4:3:12:9 chr2 97860487 . T C 64.35 PASS AF=0.104294;AO=17;DP=163;FAO=17;FDP=163;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=-0.0277682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.259;QD=1.57926;RBI=0.0278435;REFB=-0.00428443;REVB=-0.00204702;RO=146;SAF=8;SAR=9;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355157;STB=0.526323;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0294479;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:163:163:146:146:17:17:0.104294:9:8:73:73:9:8:73:73 chr2 97864333 . CC AT 243.86 PASS AF=0.308411;AO=32;DP=104;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00196354;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.172;QD=9.11638;RBI=0.0226866;REFB=-0.00555739;REVB=-0.0226014;RO=72;SAF=18;SAR=14;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589039;STB=0.534462;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.0115852;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:72:74:32:33:0.308411:14:18:44:28:15:18:44:30 chr2 97864374 . G T 130.96 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00548284;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.846;QD=7.27542;RBI=0.0055281;REFB=-0.00387269;REVB=-0.000705873;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543601;STB=0.529381;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00930752;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:49:53:19:19:0.263889:9:10:28:21:9:10:30:23 chr2 97877292 . C A 105.05 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0185077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.193;QD=6.46464;RBI=0.0188519;REFB=-0.000564643;REVB=-0.00358644;RO=47;SAF=4;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396439;STB=0.755408;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00127032;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:49:16:16:0.246154:12:4:27:20:12:4:29:20 chr2 97877399 . T C 255.47 PASS AF=0.262411;AO=36;DP=141;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.0206842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.862;QD=7.2475;RBI=0.0212552;REFB=-0.00679764;REVB=-0.00489358;RO=102;SAF=26;SAR=10;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196224;STB=0.601794;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0157476;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:102:104:36:37:0.262411:10:26:59:43:11:26:60:44 chr2 97877440 . T C 97.05 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=167;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=63;FWDB=0.000569894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.303;QD=2.32459;RBI=0.00998539;REFB=0.000259856;REVB=0.00996912;RO=144;SAF=11;SAR=11;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876477;STB=0.556835;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00166354;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:167:167:144:145:22:22:0.131737:11:11:82:62:11:11:82:63 chr2 97877478 . G A 106.29 PASS AF=0.140244;AO=23;DP=163;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0189944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9438;QD=2.59247;RBI=0.0203235;REFB=0.00491198;REVB=0.00722887;RO=140;SAF=18;SAR=5;SRF=69;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377671;STB=0.756406;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0292527;OID=.;OPOS=97877478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:140:141:23:23:0.140244:5:18:69:71:5:18:70:71 chr2 97884763 . T C 489.92 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00215369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.836;QD=30.6197;RBI=0.0752537;REFB=-0.0462058;REVB=0.0752229;RO=20;SAF=22;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026704;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:22:22:10:10:22:22:10:10 chr2 98128172 . C A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0139273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0487;QD=7.12495;RBI=0.0185123;REFB=-0.00164968;REVB=0.0121958;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463469;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00605348;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:7:11:4:3:7:11 chr2 98128194 . GGT CAC 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000316384;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.414;QD=12.4824;RBI=0.000328206;REFB=0.00812327;REVB=-8.72935e-05;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=mnp;VARB=-0.0165478;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:9:9:5:7:9:10 chr2 98128256 . C T 92.29 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00805006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.189;QD=18.459;RBI=0.0190598;REFB=-0.0554076;REVB=-0.0172764;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0126545;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr2 98128258 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0145251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.434;QD=18.4438;RBI=0.0262609;REFB=-0.00635936;REVB=0.0218782;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00768004;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr2 98164020 . CT TC 33.37 PASS AF=0.0947368;AO=5;DP=92;FAO=9;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0736038;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.9483;QD=1.4049;RBI=0.0903937;REFB=0.0130705;REVB=-0.0524739;RO=62;SAF=2;SAR=3;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221386;STB=0.641902;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=-0.17258;OID=.;OPOS=98164020;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:92:95:62:86:5:9:0.0947368:3:2:38:24:5:4:52:34 chr2 98164084 . T A 81.03 PASS AF=0.130435;AO=18;DP=138;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=-0.0125782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.929;QD=2.34858;RBI=0.0159102;REFB=-0.00299298;REVB=-0.00974291;RO=120;SAF=8;SAR=10;SRF=73;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203412;STB=0.639663;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0210794;OID=.;OPOS=98164084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:138:138:120:120:18:18:0.130435:10:8:73:47:10:8:73:47 chr2 98164184 . C G 96.63 PASS AF=0.144928;AO=20;DP=138;FAO=20;FDP=138;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=0.0187019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.032;QD=2.80083;RBI=0.0216172;REFB=-0.00159953;REVB=-0.0108417;RO=118;SAF=10;SAR=10;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967336;STB=0.565153;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00661701;OID=.;OPOS=98164184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:138:138:118:118:20:20:0.144928:10:10:68:50:10:10:68:50 chr2 98177124 . T G 188.79 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0773355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.822;QD=7.33167;RBI=0.0777525;REFB=0.000841166;REVB=0.0080418;RO=76;SAF=12;SAR=15;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843346;STB=0.550718;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00394474;OID=.;OPOS=98177124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:15:12:39:37:15:12:39:37 chr2 98274527 . G C 48.67 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0602745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4176;QD=4.74791;RBI=0.101011;REFB=0.00223362;REVB=-0.0810569;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987684;STB=0.56587;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0147446;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:18:15:3:5:18:15 chr2 98382991 . G C 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0323624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.476;QD=8.88606;RBI=0.0382584;REFB=-0.00687006;REVB=0.0204055;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184538;STB=0.612743;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0214308;OID=.;OPOS=98382991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:4:11:22:15:4:11:22:15 chr2 98709684 . T C 280.48 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0216364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9147;QD=28.0483;RBI=0.0554605;REFB=-0.0112499;REVB=0.051066;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126433;STB=0.569666;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00555076;OID=.;OPOS=98709684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:13:12:10:5:13:12:10:5 chr2 98795792 . C G 612.03 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0182848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.19;QD=34.0015;RBI=0.0325948;REFB=-0.0151298;REVB=0.0269831;RO=20;SAF=27;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158857;STB=0.508562;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00680411;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:20:52:52:0.722222:25:27:11:9:25:27:11:9 chr2 98844674 . C G 132.67 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00877662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5332;QD=9.14932;RBI=0.0376728;REFB=-0.00651761;REVB=-0.0366362;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178735;STB=0.605945;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0145008;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:8:10:16:24:8:10:16:24 chr2 98853173 . G A 147.59 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0639205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9039;QD=5.36697;RBI=0.0711411;REFB=-0.0114783;REVB=-0.0312285;RO=86;SAF=12;SAR=12;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586072;STB=0.536334;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0390332;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:12:12:39:47:12:12:39:47 chr2 98928494 . G A 690.24 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0380492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4741;QD=49.3032;RBI=0.0441178;REFB=-0.116233;REVB=0.0223303;RO=4;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547426;STB=0.529143;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00927744;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:56:56:4:4:52:52:0.928571:19:33:1:3:19:33:1:3 chr2 98948224 . C A 561.4 PASS AF=0.738462;AO=46;DP=64;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00691356;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.21;QD=34.5478;RBI=0.00721964;REFB=-0.0243328;REVB=0.00207989;RO=17;SAF=21;SAR=25;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153134;STB=0.579585;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00424738;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:17:17:46:48:0.738462:25:21:13:4:26:22:13:4 chr2 99013259 . C T 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0578724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6066;QD=26.4112;RBI=0.0764492;REFB=-0.00402146;REVB=-0.0499527;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323669;STB=0.679772;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00316623;OID=.;OPOS=99013259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:5:12:7:18:5:12 chr2 99438345 . C T 39.47 PASS AF=0.142857;AO=4;DP=51;FAO=7;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00404949;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.35;QD=3.22185;RBI=0.00851031;REFB=-0.00694806;REVB=-0.00748512;RO=35;SAF=1;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264696;STB=0.561228;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0407081;OID=.;OPOS=99438345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:49:35:42:4:7:0.142857:3:1:17:18:4:3:21:21 chr2 99438521 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0211337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.447;QD=8.62758;RBI=0.0426825;REFB=-0.0165859;REVB=-0.0370833;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296417;STB=0.683071;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0380348;OID=.;OPOS=99438521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:13:14:3:8:13:14 chr2 99804642 . T C 673.71 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118957;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.661;QD=62.671;RBI=0.0398393;REFB=0;REVB=0.0380219;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92949e-05;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 99995804 . T C 648.84 PASS AF=0.771429;AO=52;DP=68;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0242996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.965;QD=37.0765;RBI=0.0331793;REFB=-0.0259421;REVB=0.0225919;RO=16;SAF=20;SAR=32;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00445153;STB=0.507689;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00901649;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:16:16:52:54:0.771429:32:20:6:10:32:22:6:10 chr2 100019495 . C CG 198.99 PASS AF=0.741935;AO=4;DP=34;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0326603;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.881;QD=25.6765;RBI=0.0326695;REFB=-0.0184203;REVB=-0.00077548;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163269;STB=0.575154;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.00563214;OID=.;OPOS=100019496;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:4:34:23:31:8:15:8:3:5:45:29:3:1:18:11 chr2 100019496 . A G 196.42 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0127686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.408;QD=25.345;RBI=0.0834142;REFB=-0.00258044;REVB=-0.0824312;RO=11;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598289;STB=0.553135;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000144914;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:31:11:12:19:19:0.612903:7:12:6:5:7:12:6:6 chr2 100055506 . A G 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0180223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.492;QD=27.2324;RBI=0.0192265;REFB=0.00196499;REVB=-0.00669755;RO=21;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678793;STB=0.537051;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0013361;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:16:22:10:11:16:22:10:11 chr2 100058870 . C T 307.2 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0273427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8334;QD=21.5577;RBI=0.0444522;REFB=-0.00729342;REVB=-0.0350483;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552909;STB=0.522489;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00305551;OID=.;OPOS=100058870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:31:32:0.561404:17:14:13:12:17:15:13:12 chr2 100343557 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.569;QD=64.1524;RBI=0.0137653;REFB=0;REVB=0.0133296;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2234e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr2 100897573 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.254;QD=56.9561;RBI=0.0193239;REFB=0;REVB=0.00627774;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88316e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr2 100915772 . A G 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6697;QD=62.3403;RBI=0.0424802;REFB=0;REVB=-0.0360689;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082529;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr2 100916306 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000616662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.433;QD=59.1429;RBI=0.023885;REFB=0;REVB=-0.023877;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21846e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr2 100916315 . A G 488.1 PASS AF=0.728814;AO=42;DP=58;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0093707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.698;QD=33.0918;RBI=0.0559256;REFB=0.00610897;REVB=0.0551349;RO=14;SAF=32;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298423;STB=0.551123;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.001917;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:14:16:42:43:0.728814:10:32:10:4:10:33:10:6 chr2 100917109 . C T 1143.37 PASS AF=0.760331;AO=92;DP=121;FAO=92;FDP=121;FR=.;FRO=29;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0179659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.144;QD=37.7975;RBI=0.0180513;REFB=-0.0317126;REVB=0.0017541;RO=28;SAF=38;SAR=54;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229819;STB=0.517123;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00899144;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:28:29:92:92:0.760331:54:38:13:15:54:38:14:15 chr2 101010043 . G A 472.37 PASS AF=0.763636;AO=39;DP=52;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0171762;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.206;QD=34.3542;RBI=0.0404246;REFB=-0.00655397;REVB=0.036594;RO=13;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495314;STB=0.534724;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00711224;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:52:55:13:13:39:42:0.763636:16:23:9:4:19:23:9:4 chr2 101010082 . G C 706.08 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=73;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.014115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.688;QD=38.6891;RBI=0.0142797;REFB=0.00260164;REVB=-0.00216238;RO=16;SAF=27;SAR=30;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618136;STB=0.53313;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000532019;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:16:16:57:57:0.780822:30:27:10:6:30:27:10:6 chr2 101031561 . G T 324.09 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0465913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0481;QD=30.148;RBI=0.0540718;REFB=-0.0238405;REVB=-0.0274411;RO=15;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152024;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238886;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:15:13:7:8:15:13:7:8 chr2 101086966 . C T 388.45 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0347726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6848;QD=30.4667;RBI=0.0926672;REFB=-0.0446645;REVB=0.0858957;RO=14;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164876;STB=0.611495;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0231926;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:14:16:35:35:0.686275:23:12:9:5:23:12:11:5 chr2 101096960 . C T 1120.49 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501092;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.084;QD=60.567;RBI=0.02391;REFB=0;REVB=0.023379;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49863e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr2 101186088 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.921;QD=60.0289;RBI=0.0331539;REFB=0;REVB=-0.013153;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252818;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr2 101437561 . G A 1024.78 PASS AF=0.793814;AO=76;DP=96;FAO=77;FDP=97;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00236046;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.43;QD=42.2591;RBI=0.0110795;REFB=0.00492676;REVB=0.0108251;RO=20;SAF=36;SAR=40;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028876;STB=0.514005;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.000673957;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:20:20:76:77:0.793814:40:36:8:12:41:36:8:12 chr2 101437601 . C G 869.05 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=84;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0211076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.853;QD=41.3833;RBI=0.0221682;REFB=-0.0370237;REVB=0.00677479;RO=17;SAF=29;SAR=38;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030953;STB=0.516535;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00929698;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:17:17:67:67:0.797619:38:29:6:11:38:29:6:11 chr2 101587455 . C T 870.77 PASS AF=0.764045;AO=68;DP=89;FAO=68;FDP=89;FR=.;FRO=21;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.000185393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.699;QD=39.1358;RBI=0.00255455;REFB=-0.0118633;REVB=0.00254781;RO=21;SAF=38;SAR=30;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484898;STB=0.525953;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00300356;OID=.;OPOS=101587455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:21:21:68:68:0.764045:30:38:14:7:30:38:14:7 chr2 101591304 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2293;QD=58.4174;RBI=0.0658303;REFB=0;REVB=-0.00929312;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527091;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr2 101609827 . C T 293.94 PASS AF=0.251429;AO=44;DP=175;FAO=44;FDP=175;FR=.;FRO=131;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=83;FSRR=48;FWDB=0.00501572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.416;QD=6.71867;RBI=0.0189931;REFB=-0.0050313;REVB=-0.0183188;RO=120;SAF=23;SAR=21;SRF=72;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961527;STB=0.583756;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0154305;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:120:131:44:44:0.251429:21:23:72:48:21:23:83:48 chr2 101624384 . T C 368.04 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0250296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.294;QD=29.4435;RBI=0.0255335;REFB=-0.00669074;REVB=0.00504762;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538495;STB=0.502957;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00440058;OID=.;OPOS=101624384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:21:10:6:13:21:10:6:13 chr2 101624471 . T C 47.07 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0302863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8483;QD=11.0749;RBI=0.0690811;REFB=-0.0304828;REVB=0.0620882;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.041972;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr2 101638888 . A G 149.55 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0002444;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.76;QD=6.3637;RBI=0.016157;REFB=-0.00499988;REVB=-0.0161552;RO=72;SAF=13;SAR=9;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130831;STB=0.580509;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0178046;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:72:72:22:22:0.234043:9:13:35:37:9:13:35:37 chr2 101656726 . T C 208.72 PASS AF=0.231884;AO=32;DP=138;FAO=32;FDP=138;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00359269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.695;QD=6.04975;RBI=0.0205874;REFB=-0.00985481;REVB=-0.0202715;RO=105;SAF=25;SAR=7;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342323;STB=0.715217;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0292181;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:106:32:32:0.231884:7:25:56:49:7:25:56:50 chr2 101869588 . G T 157.07 PASS AF=0.894737;AO=7;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201014;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.092;QD=33.0675;RBI=0.0975713;REFB=-0.142253;REVB=0.0954782;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00495562;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:19:1:2:7:17:0.894737:0:7:1:0:5:12:2:0 chr2 101898412 . G C 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.677;QD=55.5191;RBI=0.0158923;REFB=0.0738946;REVB=0.0014505;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00477149;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr2 102038849 . T A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3528;QD=64.1524;RBI=0.0560077;REFB=0;REVB=0.0301095;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499112;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 102038936 . T G 33.55 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0712178;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.581;QD=3.1208;RBI=0.0712309;REFB=-0.00194996;REVB=0.00136834;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129355;STB=0.634463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0142692;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:43:32:37:6:6:0.139535:4:2:14:18:4:2:18:19 chr2 102067083 . T C 534.75 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00617058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.978;QD=31.9255;RBI=0.00664839;REFB=-0.0025712;REVB=0.00247488;RO=20;SAF=17;SAR=30;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805391;STB=0.543605;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00100112;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:30:17:10:10:30:17:10:10 chr2 102625022 . G A 55.75 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0543799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7027;QD=3.59697;RBI=0.101235;REFB=0.00694731;REVB=0.0853896;RO=51;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261766;STB=0.661001;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0272936;OID=.;OPOS=102625022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:51:52:10:10:0.16129:5:5:15:36:5:5:16:36 chr2 102955468 . C A 493.36 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00979745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.406;QD=41.9883;RBI=0.0236598;REFB=-0.025017;REVB=0.0215359;RO=10;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220264;STB=0.618926;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00663186;OID=.;OPOS=102955468;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:37:37:0.787234:13:24:1:9:13:24:1:9 chr2 102957716 . C T 823.75 PASS AF=0.764706;AO=65;DP=85;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00287572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.08;QD=38.7648;RBI=0.0119664;REFB=-0.0250331;REVB=0.0116158;RO=20;SAF=29;SAR=36;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429413;STB=0.522996;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00818476;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:20:20:65:65:0.764706:36:29:7:13:36:29:7:13 chr2 103048738 . G A 1105.15 PASS AF=0.635135;AO=92;DP=146;FAO=94;FDP=148;FR=.;FRO=54;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.016012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.973;QD=29.8689;RBI=0.0196087;REFB=-0.0256748;REVB=0.0113189;RO=53;SAF=48;SAR=44;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815666;STB=0.546549;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.014665;OID=.;OPOS=103048738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:53:54:92:94:0.635135:44:48:34:19:45:49:35:19 chr2 103095531 . T C 644.57 PASS AF=0.59375;AO=56;DP=94;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0183232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.223;QD=26.8571;RBI=0.0220837;REFB=-0.0153778;REVB=-0.0123268;RO=38;SAF=23;SAR=33;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790225;STB=0.504503;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0176273;OID=.;OPOS=103095531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:38:39:56:57:0.59375:33:23:16:22:33:24:16:23 chr2 103149100 . G A 436.84 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0344281;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.895;QD=29.6162;RBI=0.034532;REFB=-0.0139861;REVB=-0.00267581;RO=19;SAF=10;SAR=30;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760359;STB=0.541157;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00817448;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:19:19:40:40:0.677966:30:10:3:16:30:10:3:16 chr2 103334969 . G A 220.91 PASS AF=0.244444;AO=33;DP=135;FAO=33;FDP=135;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.00123183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3426;QD=6.54545;RBI=0.0356364;REFB=-0.0100582;REVB=0.0356151;RO=101;SAF=24;SAR=9;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268559;STB=0.660767;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0244647;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:101:102:33:33:0.244444:9:24:53:48:9:24:54:48 chr2 103431404 . T C 1542.02 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563035;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5857;QD=59.8844;RBI=0.0578076;REFB=0;REVB=0.0131012;RO=0;SAF=32;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026673;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:71:32:0:0:71:32:0:0 chr2 104995800 . C T 1163.3 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.057666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.113;QD=58.1648;RBI=0.064463;REFB=0.0423426;REVB=0.0288116;RO=2;SAF=56;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410959;STB=0.521733;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00231939;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:22:56:0:2:22:56:0:2 chr2 105709023 . T C 591.59 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.844;QD=60.6759;RBI=0.0378961;REFB=0;REVB=0.00803598;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188933;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr2 105883492 . C G 32.87 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0534643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.482;QD=5.71591;RBI=0.237398;REFB=-0.00282288;REVB=0.231299;RO=14;SAF=4;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.839498;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0250226;OID=.;OPOS=105883492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:23:14:17:4:6:0.26087:0:4:14:0:2:4:17:0 chr2 105885961 . T C 52.76 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0551727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.039;QD=3.14958;RBI=0.0596187;REFB=-0.0117525;REVB=-0.0225913;RO=56;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660059;STB=0.552136;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0901774;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:56:57:10:10:0.149254:5:5:31:25:5:5:32:25 chr2 105897003 . G A 187.24 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0042081;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.39;QD=6.13884;RBI=0.00720257;REFB=-0.00260654;REVB=0.00584541;RO=91;SAF=13;SAR=16;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714619;STB=0.551688;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00796049;OID=.;OPOS=105897003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:93:29:29:0.237705:16:13:46:45:16:13:48:45 chr2 105924510 . A G 44.04 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0242682;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.75;QD=2.98568;RBI=0.12702;REFB=0.000571596;REVB=-0.124681;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140089;STB=0.600604;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00613106;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:60:59:51:51:8:8:0.135593:3:5:26:25:3:5:26:25 chr2 105953938 . G GC 67.67 PASS AF=0.204082;AO=11;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0506352;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.531;QD=5.52437;RBI=0.0658404;REFB=-0.019193;REVB=-0.0420836;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388813;STB=0.530551;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.064261;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:11:49:10:49:39:5:5:21:18:67:37:6:5:19:18 chr2 106013147 . C T 60.15 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00573133;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.331;QD=4.22096;RBI=0.0168231;REFB=-0.00214443;REVB=-0.0158168;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148835;STB=0.591366;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0105384;OID=.;OPOS=106013147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:57:48:47:10:10:0.175439:4:6:23:25:4:6:23:24 chr2 106510455 . G A,GCACA 273.97 PASS AF=0.0571429,0.657143;AO=2,23;DP=42;FAO=2,23;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=0,14;FSAR=2,9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.111402,0.0508207;FXX=0.0540395;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=76.0165,108.819;QD=31.3111;RBI=0.119827,0.0632803;REFB=-0.0395582,-0.166094;REVB=0.0441378,0.0377048;RO=15;SAF=0,14;SAR=2,9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.61514,-0.0438122;STB=0.995847,0.529387;STBP=0.099,0.679;TYPE=snp,ins;VARB=0.0135484,0.0767505;OID=.,.;OPOS=106510455,106510456;OREF=G,-;OALT=A,CACA;OMAPALT=A,GCACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:42:35:15:10:2,23:2,23:0.0571429,0.657143:2,9:0,14:10:5:2,9:0,14:7:3 chr2 106510500 . G T 41.91 PASS AF=0.123288;AO=6;DP=71;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00498096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.11;QD=2.2964;RBI=0.0579085;REFB=-0.00419471;REVB=-0.0576939;RO=64;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463582;STB=0.905684;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0875184;OID=.;OPOS=106510500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:71:73:64:64:6:9:0.123288:1:5:25:39:1:8:25:39 chr2 106710108 . C T 837.93 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.353;QD=56.8089;RBI=0.0194205;REFB=0;REVB=0.0179938;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07707e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr2 106742139 . C T 485.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.012;QD=57.0948;RBI=0.0621424;REFB=0;REVB=0.0393907;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903495;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr2 107032417 . A G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0235302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.216;QD=25.2873;RBI=0.0251031;REFB=-0.01595;REVB=0.00874611;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945429;STB=0.553004;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0174331;OID=.;OPOS=107032417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:5:4:5:11:5:4 chr2 107049604 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.014236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.914;QD=25.4671;RBI=0.0428681;REFB=0.026937;REVB=0.0404352;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240503;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00647215;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:3:0:5:4:3:0 chr2 107073469 . T A 124.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.065198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.201;QD=38.1976;RBI=0.0944052;REFB=-0.127224;REVB=0.0682757;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0167134;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr2 107073501 . C T 116.16 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.323;QD=42.2384;RBI=0.0757574;REFB=0;REVB=-0.0109499;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066792;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr2 107084739 . A G 1489.88 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0221752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.873;QD=60.1973;RBI=0.0349475;REFB=-0.0307094;REVB=0.0270108;RO=3;SAF=37;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369009;STB=0.518983;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00105912;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:95:96:0.969697:58:37:3:0:58:38:3:0 chr2 107107511 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0108044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.227;QD=25.4984;RBI=0.0154867;REFB=0.000530693;REVB=-0.0110952;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169457;STB=0.593147;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000216169;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:2:14:16:7:2:14 chr2 107107567 . G C 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00210902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7413;QD=57.3935;RBI=0.0598473;REFB=-0.11862;REVB=-0.0598101;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00378284;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr2 107450525 . T C 1399.43 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000336823;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.101;QD=62.8959;RBI=0.0179081;REFB=0;REVB=0.017905;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29446e-05;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr2 107450589 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.35;QD=59.6785;RBI=0.016569;REFB=0;REVB=0.00800055;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4061e-05;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr2 108443511 . C G 336.75 PASS AF=0.320896;AO=43;DP=134;FAO=43;FDP=134;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0389669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1383;QD=10.0521;RBI=0.0578661;REFB=-0.00466634;REVB=0.0427793;RO=91;SAF=27;SAR=16;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952406;STB=0.555369;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0103689;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:91:91:43:43:0.320896:16:27:50:41:16:27:50:41 chr2 108475958 . A G 192.78 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.0390582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7974;QD=5.97751;RBI=0.0431651;REFB=0.000245591;REVB=-0.0183761;RO=98;SAF=11;SAR=19;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281664;STB=0.514071;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00066207;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:98:99:30:30:0.232558:19:11:38:60:19:11:38:61 chr2 108496435 . T A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0161458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.692;QD=5.44272;RBI=0.0163417;REFB=0.000876137;REVB=-0.00252261;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581081;STB=0.538334;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00486436;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:9:11:3:3:9:11 chr2 108863767 . A C 199.76 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0431866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1052;QD=9.51217;RBI=0.0443124;REFB=-0.000176269;REVB=0.00992479;RO=57;SAF=5;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376637;STB=0.720842;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00170183;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:58:26:26:0.309524:21:5:27:30:21:5:27:31 chr2 108875198 . G A 96.94 PASS AF=0.17;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.00670971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.153;QD=3.87755;RBI=0.0166725;REFB=0.000313296;REVB=-0.0152627;RO=80;SAF=7;SAR=10;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188615;STB=0.607351;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00281244;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:97:100:80:83:17:17:0.17:10:7:45:35:10:7:45:38 chr2 108875244 . T C 62.72 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0146686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.158;QD=2.50869;RBI=0.0154202;REFB=-0.000300016;REVB=-0.00475573;RO=87;SAF=5;SAR=8;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204127;STB=0.643182;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00334374;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:100:87:87:13:13:0.13:8:5:48:39:8:5:48:39 chr2 108875471 . G T 232.03 PASS AF=0.231788;AO=36;DP=151;FAO=35;FDP=151;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-0.0391645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7571;QD=6.14648;RBI=0.066289;REFB=0.00439636;REVB=-0.0534825;RO=115;SAF=21;SAR=15;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563573;STB=0.52206;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0167426;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:115:116:36:35:0.231788:15:21:62:53:15:20:63:53 chr2 108877062 . T A 137.07 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00750132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.164;QD=5.65227;RBI=0.0125837;REFB=-0.00353155;REVB=-0.0101035;RO=76;SAF=7;SAR=14;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289404;STB=0.680102;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0154331;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:76:21:21:0.216495:14:7:43:33:14:7:43:33 chr2 109099572 . C G 623.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.96;QD=60.7923;RBI=0.0333543;REFB=0;REVB=-0.0128451;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597488;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr2 109106381 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.892;QD=63.583;RBI=0.0154999;REFB=0;REVB=-0.00853548;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06494e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr2 109336056 . C T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00658042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.77;QD=3.06107;RBI=0.0232542;REFB=-0.0184579;REVB=-0.0223038;RO=62;SAF=9;SAR=2;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441536;STB=0.809427;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0562009;OID=.;OPOS=109336056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:62:63:11:11:0.148649:2:9:29:33:2:9:29:34 chr2 109389463 . G A 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6487;QD=56.0026;RBI=0.0363671;REFB=0.048578;REVB=-3.3061e-05;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.013852;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:0:1:36:24:0:1 chr2 109429146 . T A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5981;QD=61.6804;RBI=0.0609283;REFB=0;REVB=-0.0180795;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108735;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr2 109510937 . G A 1824.96 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9665;QD=60.3292;RBI=0.0240427;REFB=-0.0517492;REVB=-0.00479566;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000377834;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:74:46:0:0:74:46:1:0 chr2 109512234 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.195;QD=44.6893;RBI=0.0480472;REFB=0;REVB=-0.0312701;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653033;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr2 109513601 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.336;QD=64.0213;RBI=0.0365138;REFB=0;REVB=0.0266882;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73512e-06;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr2 109513654 . G A 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.253;QD=62.4638;RBI=0.0458601;REFB=0;REVB=0.045707;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85474e-05;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr2 109526969 . G A 1164.88 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185976;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.994;QD=58.981;RBI=0.0206807;REFB=0.000795968;REVB=-0.00904556;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000249285;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:32:45:0:1:33:45:0:1 chr2 109527373 . A G 714.79 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0262314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4459;QD=57.1829;RBI=0.0345065;REFB=-0.0358566;REVB=-0.022419;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.52829;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0126197;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:1:3:47:47:0.94:25:22:0:1:25:22:0:3 chr2 109745176 . G A 1011.48 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0484817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.125;QD=53.2357;RBI=0.057538;REFB=0.0549402;REVB=0.0309862;RO=5;SAF=26;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826765;STB=0.534473;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000511551;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:5:4:71:72:0.947368:45:26:5:0:45:27:4:0 chr2 110015249 . C T 204.32 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00197139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.245;QD=7.78369;RBI=0.0168135;REFB=-0.0184017;REVB=0.0166975;RO=75;SAF=14;SAR=15;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450764;STB=0.531474;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0366248;OID=.;OPOS=110015249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:76:29:29:0.27619:15:14:39:36:15:14:40:36 chr2 110259769 . TG T 35.28 PASS AF=0.407407;AO=3;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.203428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6236;QD=5.22664;RBI=0.272329;REFB=-0.0691856;REVB=0.181052;RO=14;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545187;STB=0.76877;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0881698;OID=.;OPOS=110259770;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:3:27:11:27:16:8:3:4:12:35:14:0:3:3:11 chr2 110373197 . G A 233.61 PASS AF=0.284553;AO=32;DP=118;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0236585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2462;QD=7.59713;RBI=0.0656805;REFB=-0.0264926;REVB=-0.0612716;RO=86;SAF=16;SAR=16;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530709;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0680247;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:86:88:32:35:0.284553:16:16:43:43:16:19:44:44 chr2 110373938 . T G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0147393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.76;QD=10.3783;RBI=0.022137;REFB=-0.0173187;REVB=0.0165167;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124735;STB=0.576289;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0614795;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:5:11:7:2:5:11 chr2 110374215 . T C 61.63 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0201536;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4958;QD=6.48691;RBI=0.0824609;REFB=-0.00119499;REVB=0.0799602;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666862;STB=0.529346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0141356;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:38:30:29:9:9:0.236842:5:4:15:15:5:4:14:15 chr2 110375025 . C T 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.00363415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.921;QD=2.82983;RBI=0.0641483;REFB=-0.00128745;REVB=-0.0640453;RO=86;SAF=2;SAR=12;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516605;STB=0.856633;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0185505;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:12:2:48:38:12:2:48:38 chr2 110855123 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.481;QD=57.6807;RBI=0.0783959;REFB=0;REVB=0.0771188;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172205;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr2 110922703 . C T 85.76 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0298512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.841;QD=6.59686;RBI=0.0460594;REFB=-0.0193695;REVB=-0.0350766;RO=38;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394655;STB=0.741731;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0469809;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:38:40:12:12:0.230769:2:10:21:17:2:10:23:17 chr2 111907691 . T C 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0256776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9113;QD=6.68523;RBI=0.0390718;REFB=-0.00844023;REVB=-0.0294494;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028349;STB=0.517459;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0167064;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:6:9:28:17:6:9:28:17 chr2 111908262 . G A 91.07 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0390001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.912;QD=4.00289;RBI=0.0415837;REFB=-0.00648098;REVB=-0.0144289;RO=75;SAF=4;SAR=12;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319171;STB=0.710708;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0303523;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:75:75:16:16:0.175824:12:4:37:38:12:4:37:38 chr2 112582766 . CTT C 80.49 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-4.6225e-05;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=2;MLLD=295.675;QD=7.15489;RBI=0.00426372;REFB=0.000742419;REVB=-0.00426347;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.593621;STBP=0.4;TYPE=del;VARB=-0.00113763;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:47:15:45:30:10:5:16:14:80:30:10:5:16:14 chr2 112605302 . C T 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.198;QD=54.479;RBI=0.0387996;REFB=-0.0613953;REVB=-0.0189348;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00807291;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:12:19:0:0:12:19:0:1 chr2 112641256 . GA AG 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098973;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.711;QD=39.2062;RBI=0.103769;REFB=0;REVB=0.0311808;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00368104;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 112641283 . A G 74.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.586;QD=37.4382;RBI=0.042264;REFB=0;REVB=-0.0333373;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119398;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 112751928 . G A 414.93 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00415382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.426;QD=36.0806;RBI=0.0384456;REFB=-0.0244628;REVB=0.0382206;RO=13;SAF=24;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812996;STB=0.544016;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00876076;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:9:24:11:2:9:24:11:2 chr2 112754828 . G T 434.75 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00285112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.869;QD=37.8047;RBI=0.0147045;REFB=-0.00540158;REVB=0.0144255;RO=11;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143833;STB=0.56518;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00150859;OID=.;OPOS=112754828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:11:12:34:34:0.73913:17:17:9:2:17:17:9:3 chr2 112755001 . A G 315.85 PASS AF=0.75;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0352768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.89;QD=35.0941;RBI=0.0401301;REFB=-0.0380708;REVB=0.0191305;RO=8;SAF=2;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313331;STB=0.714081;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00845869;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:8:9:26:27:0.75:24:2:3:5:25:2:4:5 chr2 112765973 . A G 472.35 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00226869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.018;QD=40.2003;RBI=0.0257379;REFB=-0.0523632;REVB=0.0256377;RO=10;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469905;STB=0.51604;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0184768;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:10:11:36:36:0.765957:22:14:4:6:22:14:5:6 chr2 112776979 . C A 307.63 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0123722;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9862;QD=24.1275;RBI=0.0204822;REFB=-0.0421185;REVB=-0.0163233;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076945;STB=0.52816;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0286141;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:20:30:31:0.607843:17:13:7:14:18:13:7:13 chr2 112786523 . A AT 166.81 PASS AF=0.69697;AO=20;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0481256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2629;QD=20.219;RBI=0.0629518;REFB=0.0341279;REVB=-0.0405814;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127709;STB=0.516115;STBP=0.819;TYPE=ins;VARB=-0.0161961;OID=.;OPOS=112786524;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697:20:34:23:33:10:8:15:3:7:45:13:6:14:6:7 chr2 113089267 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8705;QD=60.5471;RBI=0.0105352;REFB=0;REVB=0.00870652;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18817e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr2 113090047 . T C 944.17 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320232;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0628;QD=57.2222;RBI=0.0325047;REFB=-0.0142985;REVB=-0.00557427;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154862;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=1.52532e-05;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:1:0:35:30:1:0 chr2 113090475 . CTT C 42.39 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0293161;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.424;QD=4.58237;RBI=0.0309966;REFB=-0.00294111;REVB=0.0100678;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23803;STB=0.654301;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.0105979;OID=.;OPOS=113090476;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:9:39:9:37:28:7:2:17:11:42:28:7:2:17:11 chr2 113091685 . T G 700.43 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0734565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5766;QD=50.9405;RBI=0.0766267;REFB=-0.151031;REVB=0.0218127;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00836018;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:2:3:52:52:0.945455:26:26:1:1:26:26:2:1 chr2 113277949 . T C 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0179725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.371;QD=25.7524;RBI=0.02721;REFB=-0.0250515;REVB=0.0204297;RO=26;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260396;STB=0.514237;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.014314;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:19:22:13:13:19:22:13:13 chr2 113289032 . A G 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0503553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4291;QD=56.6202;RBI=0.0532749;REFB=-0.0760168;REVB=-0.0173942;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00111329;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr2 113332421 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0171817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4249;QD=5.00553;RBI=0.0424767;REFB=0.0151234;REVB=0.0388467;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0470395;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:11:11:3:3:11:11 chr2 113479614 . G A 84.25 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0279634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.466;QD=5.71212;RBI=0.028353;REFB=-0.0178918;REVB=0.00468433;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12169;STB=0.513491;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0482841;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:59:59:40:44:12:12:0.20339:8:4:10:30:8:4:14:30 chr2 113482779 . A C 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6326;QD=54.5043;RBI=0.0830315;REFB=0;REVB=-0.0783746;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331343;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 113483037 . A T 500.87 PASS AF=0.767857;AO=41;DP=53;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0776024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7608;QD=35.7763;RBI=0.0785534;REFB=0.000394333;REVB=0.012186;RO=12;SAF=19;SAR=22;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504279;STB=0.517061;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000128206;OID=.;OPOS=113483037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:53:56:12:13:41:43:0.767857:22:19:7:5:23:20:7:6 chr2 113484319 . G A 208.42 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00840101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.624;QD=41.6836;RBI=0.0252508;REFB=-0.0306682;REVB=0.0238123;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303544;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:9:9:1:1:9:9:1:1 chr2 113513825 . T C 1232.15 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.09;QD=60.105;RBI=0.063316;REFB=-0.0584055;REVB=0.0605954;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000902433;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:80:81:0.987805:32:48:0:0:32:49:0:1 chr2 113763575 . A G 794.49 PASS AF=1;AO=41;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.892;QD=56.7493;RBI=0.0694498;REFB=0;REVB=0.0422582;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628539;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:41:56:1:15:26:0:0:25:31:0:0 chr2 113870663 . G A 1659.58 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.257;QD=60.3485;RBI=0.0353562;REFB=0;REVB=0.0349777;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51634e-05;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr2 113940681 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9317;QD=56.1915;RBI=0.0586651;REFB=0;REVB=-0.0291183;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170599;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr2 113940839 . G C 799.46 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0165732;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=338.841;QD=49.966;RBI=0.0210749;REFB=-0.212741;REVB=0.0130184;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.520336;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000826902;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:64:64:0:5:59:59:0.921875:32:27:0:0:32:27:1:4 chr2 113943469 . GA G,GG 278.23 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,18;DP=22;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141688,-0.00951156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.8107,70.0227;QD=50.5868;RBI=0.0592212,0.0733047;REFB=0,0;REVB=-0.0575012,0.072685;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0066379,0.00126253;OID=.,.;OPOS=113943470,113943470;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:3,18:22:1,21:22:0:1,7:0,14:0:0:5:0:1,6:2,12:0:0 chr2 113955074 . G A 87.84 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00796365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.476;QD=5.57735;RBI=0.0303122;REFB=-0.0169964;REVB=-0.0292474;RO=49;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785105;STB=0.549227;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.057481;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:63:49:49:14:14:0.222222:8:6:18:31:8:6:18:31 chr2 113975066 . T G 470.69 PASS AF=0.782609;AO=34;DP=44;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0374406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4768;QD=40.9294;RBI=0.0687071;REFB=-0.098475;REVB=0.0576096;RO=10;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722905;STB=0.543454;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0287671;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:44:46:10:10:34:36:0.782609:16:18:7:3:18:18:7:3 chr2 113975104 . T G 409.91 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0462803;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2155;QD=38.1312;RBI=0.0487945;REFB=-0.0426119;REVB=0.0154608;RO=10;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130086;STB=0.559609;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00883233;OID=.;OPOS=113975104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:45:43:10:11:32:32:0.744186:19:13:7:3:19:13:7:4 chr2 114220055 . T C 1838.02 PASS AF=0.65272;AO=155;DP=238;FAO=156;FDP=239;FR=.;FRO=83;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.0186263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.892;QD=30.7618;RBI=0.0373925;REFB=-0.029772;REVB=0.0324232;RO=83;SAF=76;SAR=79;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111677;STB=0.56078;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0209636;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:83:83:155:156:0.65272:79:76:55:28:80:76:55:28 chr2 114256840 . C T 166.56 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.090083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6374;QD=31.726;RBI=0.0904195;REFB=-0.00898898;REVB=-0.0077938;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430179;STB=0.52378;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00630268;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:8:8:2:3:8:8:2:3 chr2 114256859 . C T 79.75 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0132465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6966;QD=21.2669;RBI=0.0330643;REFB=-0.11125;REVB=-0.0302948;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0951545;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:15:5:5:7:7:0.466667:5:2:2:3:5:2:2:3 chr2 114391721 . T C 807.31 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.163;QD=56.6533;RBI=0.068402;REFB=0;REVB=0.00352347;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286885;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr2 114391754 . C T 87.7 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0128279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.806;QD=4.49751;RBI=0.0532115;REFB=0.000204826;REVB=0.0516421;RO=63;SAF=5;SAR=10;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382506;STB=0.741641;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000836263;OID=.;OPOS=114391754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:10:5:41:22:10:5:41:22 chr2 114392640 . CG AC,C 187.6 PASS AF=0,0.488889;AO=2,20;DP=45;FAO=0,22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0162034,0.0529988;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=27.9025,24.0918;QD=16.6755;RBI=0.101052,0.151992;REFB=-0.00658357,0.0167755;REVB=0.0997448,0.142452;RO=20;SAF=1,10;SAR=1,10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150169,-0.133037;STB=0.5,0.555506;STBP=1,0.487;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00327206;OID=.,.;OPOS=114392640,114392641;OREF=CG,G;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:20:23:2,20:0,22:0,0.488889:1,10:1,10:13:7:0,11:0,11:14:9 chr2 114392716 . C T 548.23 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.671;QD=59.268;RBI=0.0181246;REFB=0;REVB=2.9546e-05;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97052e-05;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr2 114763169 . C G 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.069336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.48;QD=4.28124;RBI=0.0717539;REFB=-0.000900379;REVB=-0.0184698;RO=52;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324575;STB=0.529976;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00881333;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:52:53:12:12:0.184615:7:5:23:29:7:5:24:29 chr2 116510817 . G C 1189.36 PASS AF=0.76;AO=94;DP=124;FAO=95;FDP=125;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00401849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.355;QD=38.0595;RBI=0.0102398;REFB=-0.0207843;REVB=-0.00941835;RO=30;SAF=45;SAR=49;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964704;STB=0.506328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00497784;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:30:30:94:95:0.76:49:45:15:15:50:45:15:15 chr2 116525960 . G A 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.004;QD=60.8811;RBI=0.00393213;REFB=0;REVB=-0.00300661;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28355e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr2 116600388 . A G 434.74 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.073772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2329;QD=37.8034;RBI=0.0760355;REFB=-0.0299609;REVB=0.0184145;RO=12;SAF=12;SAR=22;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103596;STB=0.505615;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00796782;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:22:12:4:8:22:12:4:8 chr2 118583940 . C T 59.75 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0070687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.938;QD=2.81193;RBI=0.0142438;REFB=-0.00217969;REVB=-0.012366;RO=73;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101309;STB=0.50703;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0114075;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:73:73:12:12:0.141176:7:5:31:42:7:5:31:42 chr2 118731573 . G A 768.15 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000262164;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.713;QD=64.0128;RBI=0.0115358;REFB=0;REVB=0.0115328;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19196e-05;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr2 118774025 . C T 232.35 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00556538;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.46;QD=38.7244;RBI=0.0136204;REFB=-0.0433194;REVB=-0.0124314;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048209;STB=0.52629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00917379;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:1:3:12:8:1:3 chr2 118774082 . T C 510.61 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00497793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.689;QD=52.37;RBI=0.0190323;REFB=-0.229331;REVB=0.0183698;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.534865;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0047547;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:0:3:36:36:0.923077:20:16:0:0:20:16:0:3 chr2 118774177 . A AC 545.99 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366605;FXX=0.040808;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.6651;QD=46.4673;RBI=0.0793594;REFB=0;REVB=0.0703841;RO=44;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00481722;OID=.;OPOS=118774178;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:47:47:0:18:29:0:0:3:44:5:0:13:31 chr2 118774178 . G C 645.1 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.010679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0406;QD=52.6615;RBI=0.0116991;REFB=-0.168383;REVB=-0.00477798;RO=5;SAF=13;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150503;STB=0.580607;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110323;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:49:49:5:5:44:44:0.897959:31:13:5:0:31:13:5:0 chr2 119600067 . C CT 88.1 PASS AF=0.769231;AO=8;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00520884;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=335.812;QD=27.1063;RBI=0.00520884;REFB=0.0117963;REVB=0;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0030169;OID=.;OPOS=119600068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:8:13:10:13:3:10:0:3:0:15:4:8:0:4:0 chr2 119927405 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.809;QD=43.4862;RBI=0.0296392;REFB=0;REVB=0.0187008;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355968;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr2 119927411 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4993;QD=44.6898;RBI=0.120571;REFB=0;REVB=0.116276;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661534;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 119988565 . G A 738.4 PASS AF=0.701149;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0185603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.714;QD=33.9495;RBI=0.0494589;REFB=-0.0177864;REVB=0.0458442;RO=26;SAF=32;SAR=29;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986904;STB=0.553158;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00532079;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:26:26:61:61:0.701149:29:32:9:17:29:32:9:17 chr2 120021785 . T C 1017.81 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0741;QD=59.0036;RBI=0.0295839;REFB=0;REVB=0.00491945;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254736;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:46:22:0:0:47:22:0:0 chr2 120125029 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.508;QD=51.1747;RBI=0.1163;REFB=0;REVB=0.115177;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457696;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC 952.49 PASS AF=1;AO=61;DP=82;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176091;FXX=0.085702;HRUN=0;LEN=6;MLLD=332.244;QD=59.5305;RBI=0.0176233;REFB=0;REVB=0.000707254;RO=14;SAF=9;SAR=52;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.46937e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:82:64:64:0:11:53:0:0:5:14:9:52:12:2 chr2 120199140 . A G 243.27 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.8;QD=48.6543;RBI=0.157419;REFB=0;REVB=-0.00380298;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573697;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr2 120303820 . A T 517.85 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0308977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.877;QD=54.5102;RBI=0.043635;REFB=0.00391368;REVB=0.0308114;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147385;STB=0.507882;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00224201;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:23:13:1:1:23:13:1:1 chr2 120369300 . T C 759.05 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.9;QD=56.2258;RBI=0.0198262;REFB=0;REVB=0.000462209;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134985;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:36:17:0:0:36:18:0:0 chr2 120388412 . G A 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.496;QD=60.0248;RBI=0.0528487;REFB=0;REVB=-0.0517822;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038187;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr2 120438523 . A G 907.44 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.882;QD=56.7147;RBI=0.0267153;REFB=-0.15821;REVB=0.0210421;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000126986;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:1:0:36:27:1:0 chr2 120438696 . A G 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.267;QD=59.1414;RBI=0.0236741;REFB=0;REVB=0.00626644;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124609;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr2 120439230 . C G 753.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3369;QD=56.8874;RBI=0.0322421;REFB=0;REVB=-0.0272788;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71045e-05;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr2 120439459 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.677;QD=59.0187;RBI=0.043112;REFB=0;REVB=-0.0186071;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394932;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 120692458 . T C 51.21 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0294498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4346;QD=2.96863;RBI=0.0449491;REFB=-0.0086331;REVB=-0.0339579;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293427;STB=0.524342;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0245339;OID=.;OPOS=120692458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:53:59:10:10:0.144928:4:6:33:20:4:6:37:22 chr2 120704166 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.417;QD=63.2868;RBI=0.0168226;REFB=0;REVB=0.0154116;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70578e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 120830815 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0856922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.864;QD=33.9778;RBI=0.0865929;REFB=0.00781029;REVB=0.0124569;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571312;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00154041;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:6:6:0:2:6:6:0:2 chr2 120885310 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.66;QD=54.7459;RBI=0.04131;REFB=0.0339844;REVB=0.00254068;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00119293;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:0:1:25:28:0:1 chr2 120980428 . G C 896.13 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6058;QD=56.0079;RBI=0.167381;REFB=0;REVB=0.152944;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028341;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:54:64:1:18:36:0:1:26:38:0:0 chr2 121106850 . C T 1692.1 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344645;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.703;QD=60.9766;RBI=0.0351677;REFB=0;REVB=-0.00699753;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202527;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr2 121726447 . G A 455.25 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0716115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.647;QD=53.5586;RBI=0.077438;REFB=-0.110877;REVB=0.0294693;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00209715;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:0:1:16:17:0:1 chr2 121747782 . C T 180.12 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0227233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4005;QD=23.241;RBI=0.0288502;REFB=-0.0019688;REVB=0.017776;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239703;STB=0.63366;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000730002;OID=.;OPOS=121747782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:10:3:10:8:10:3 chr2 121948235 . C G 56.51 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.843;QD=32.2913;RBI=0.0797905;REFB=0;REVB=0.0794724;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290085;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:1:3:0:0:4:3:0:0 chr2 121948239 . A C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297056;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=99.3995;QD=35.572;RBI=0.0262006;REFB=0;REVB=0.0260317;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042448;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 121948307 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0229704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5424;QD=16.1989;RBI=0.0239741;REFB=-0.0488223;REVB=-0.00686401;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0202373;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr2 121980405 . TC T 103.63 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0283751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.787;QD=20.7256;RBI=0.0965106;REFB=-0.0173272;REVB=-0.092245;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276816;STB=0.66637;STBP=0.099;TYPE=del;VARB=0.00139496;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:11:20:12:20:8:3:9:5:3:55:8:3:8:5:3 chr2 121981950 . A G 431.17 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0282869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.451;QD=42.0655;RBI=0.0355431;REFB=-0.00111434;REVB=-0.0215211;RO=8;SAF=16;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547647;STB=0.502957;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.000447052;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:17:16:4:4:17:16:4:4 chr2 125192068 . T C 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.448;QD=57.169;RBI=0.0572926;REFB=0;REVB=0.0538738;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207824;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:12:39:0:0:12:39:0:0 chr2 125746817 . A G 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0232954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.806;QD=28.5591;RBI=0.0412196;REFB=-0.00749874;REVB=0.0340056;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602408;STB=0.5333;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00518603;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:10:10:4:6:10:10:4:6 chr2 127453664 . A C 371.82 PASS AF=1;AO=14;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5756;QD=55.0847;RBI=0.0873925;REFB=0;REVB=0.0861312;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173658;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:14:27:1:2:12:0:0:15:12:0:0 chr2 127826533 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.613;QD=59.0083;RBI=0.0155651;REFB=0;REVB=0.0145981;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19702e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 128064928 . TA T,TT 252.08 PASS AF=0.410526,0.284211;AO=21,19;DP=99;FAO=39,27;FDP=95;FR=.;FRO=29;FSAF=14,18;FSAR=25,9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.317383,-0.213384;FXX=0.0404;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.05053,21.5103;QD=10.6137;RBI=0.318515,0.213599;REFB=-0.0529287,-0.0129986;REVB=-0.0268303,-0.00958119;RO=28;SAF=8,13;SAR=13,6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0643206,0.367183;STB=0.506576,0.666543;STBP=0.912,0.023;TYPE=del,snp;VARB=0.0760668,-0.0630413;OID=.,.;OPOS=128064929,128064929;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.410526,0.284211:21,19:99:39,27:95:29:14,18:25,9:10:19:99:28:8,13:13,6:9:19 chr2 128176040 . A T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00623417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.839;QD=6.66111;RBI=0.0133456;REFB=-0.000858418;REVB=0.0118001;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379268;STB=0.738077;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00315522;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:3:7:12:20:3:7:12:20 chr2 128180872 . G T 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0145842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.266;QD=35.4817;RBI=0.0697897;REFB=-0.0130756;REVB=0.0682488;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583112;STB=0.531885;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00203376;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:11:10:2:4:11:10:2:4 chr2 128321770 . G A 562.27 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00724269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.236;QD=26.4595;RBI=0.0102144;REFB=-0.0205938;REVB=0.00720258;RO=34;SAF=22;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029155;STB=0.515911;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0100917;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:29:22:16:18:29:22:16:18 chr2 128381808 . C T 1332.32 PASS AF=0.63388;AO=116;DP=183;FAO=116;FDP=183;FR=.;FRO=67;FSAF=72;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.00935879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.826;QD=29.1217;RBI=0.0106904;REFB=-0.0127829;REVB=-0.00516709;RO=51;SAF=72;SAR=44;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886018;STB=0.597237;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00746729;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:51:67:116:116:0.63388:44:72:24:27:44:72:24:43 chr2 128385224 . C G 444.28 PASS AF=0.672131;AO=40;DP=60;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0403976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0206;QD=29.1328;RBI=0.0403985;REFB=-0.0435473;REVB=0.000272037;RO=20;SAF=24;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321513;STB=0.521981;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0205573;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:20:20:40:41:0.672131:16:24:13:7:17:24:13:7 chr2 128385244 . T C 392.08 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=9.16184e-05;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.649;QD=28.0057;RBI=0.00664216;REFB=-0.0155004;REVB=0.00664153;RO=18;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514194;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00644703;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:18:19:36:37:0.660714:16:20:10:8:16:21:10:9 chr2 128390835 . CGGGG TGGGC,TGGGG 419.48 PASS AF=0,0.644068;AO=2,7;DP=49;FAO=0,38;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=0,26;FSAR=0,12;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0209203,-0.0569119;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=62.1972,72.1403;QD=28.4393;RBI=0.0766831,0.0582191;REFB=-0.0673541,-0.0313292;REVB=-0.0737743,0.0122681;RO=4;SAF=0,5;SAR=2,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.687939,-0.0275654;STB=0.5,0.609649;STBP=1,0.074;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0403268;OID=.,.;OPOS=128390835,128390835;OREF=CGGGG,C;OALT=TGGGC,T;OMAPALT=TGGGC,TGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:59:4:19:2,7:0,38:0,0.644068:2,2:0,5:3:1:0,12:0,26:18:1 chr2 128394758 . T C 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0270733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.1;QD=31.2236;RBI=0.0369601;REFB=0.00794247;REVB=0.0251611;RO=8;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533158;STB=0.529382;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00315596;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:12:8:4:4:12:8:4:4 chr2 128394877 . C T 391.77 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00780787;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.713;QD=38.2211;RBI=0.00783337;REFB=-0.0162311;REVB=0.00063151;RO=9;SAF=17;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300456;STB=0.512731;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00381099;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:41:41:9:10:31:31:0.756098:14:17:5:4:14:17:6:4 chr2 128396037 . CAACA C 233.53 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0296288;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=299.271;QD=22.2407;RBI=0.0322866;REFB=-0.0243227;REVB=0.012828;RO=8;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809595;STB=0.547911;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=0.00977852;OID=.;OPOS=128396038;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:28:39:28:42:14:16:12:6:8:77:8:16:12:3:5 chr2 128396059 . C G 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0219164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.677;QD=39.3298;RBI=0.0356025;REFB=0.00331304;REVB=0.0280573;RO=9;SAF=20;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883158;STB=0.547914;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000342015;OID=.;OPOS=128396059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:11:20:4:5:11:20:4:5 chr2 128400608 . C T 162.09 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0399041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2454;QD=12.0069;RBI=0.0669813;REFB=-0.0262004;REVB=-0.0537974;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185824;STB=0.591914;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0287941;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:12:8:8:25:12:8:9:25 chr2 128401091 . A G 412.19 PASS AF=0.702128;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00255032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.04;QD=35.0796;RBI=0.00260163;REFB=-0.00624534;REVB=0.000514185;RO=13;SAF=21;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110003;STB=0.553813;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00499244;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:13:14:32:33:0.702128:11:21:6:7:11:22:7:7 chr2 128460956 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.579;QD=59.0177;RBI=0.012453;REFB=0;REVB=0.000409993;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68149e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr2 128526579 . T TTAAA 48.68 PASS AF=0.5;AO=5;DP=31;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0292534;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=95.0352;QD=13.9077;RBI=0.0348761;REFB=-0.089297;REVB=0.0189891;RO=25;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0862542;OID=.;OPOS=128526580;OREF=-;OALT=TAAA;OMAPALT=TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:31:7:14:7:5:2:5:2:45:25:4:1:14:11 chr2 128849114 . T C 687.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.052;QD=62.5439;RBI=0.0762453;REFB=0;REVB=0.0435966;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203232;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:20:24:0:0 chr2 128870808 . T C 494.34 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154681;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.799;QD=56.4958;RBI=0.0335256;REFB=-0.00633765;REVB=-0.029744;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000892522;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:13:20:0:1:14:20:0:1 chr2 128878014 . G A 664.25 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0814609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5009;QD=57.7607;RBI=0.082167;REFB=-0.00241455;REVB=0.0107486;RO=2;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975376;STB=0.505195;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00083537;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:27:17:1:1:27:17:1:1 chr2 129023282 . G C 784.75 PASS AF=0.920635;AO=50;DP=64;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00334007;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0692;QD=49.8251;RBI=0.014148;REFB=-0.0598418;REVB=0.0137481;RO=3;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552805;STB=0.515146;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00592295;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:63:3:5:50:58:0.920635:24:26:0:3:24:34:2:3 chr2 130738163 . G A 415.31 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0153159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.738;QD=36.1139;RBI=0.0235181;REFB=-0.00668995;REVB=0.0178472;RO=13;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777204;STB=0.53682;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00927923;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:13:32:33:0.717391:15:17:5:8:16:17:5:8 chr2 130738329 . C A 41.8 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.013232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6482;QD=4.28682;RBI=0.122355;REFB=0.00811809;REVB=0.121637;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264214;STB=0.681285;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0250319;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:16:16:5:2:16:16 chr2 130739164 . A G 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.013234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.565;QD=2.28978;RBI=0.0132778;REFB=-0.00358011;REVB=0.0010772;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575908;STB=0.542075;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0289967;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:4:5:33:32:4:5:33:32 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 206.13 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=13,2;DP=17;FAO=14,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198698,0.0105135;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=243.643,381.241;QD=48.502;RBI=0.0220938,0.027587;REFB=0,0;REVB=0.00966062,-0.0255051;RO=0;SAF=4,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00500795,0.0264403;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.823529,0.176471:13,2:17:14,3:17:0:4,1:10,2:0:0:15:0:4,1:9,1:0:0 chr2 130739802 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00181784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8128;QD=8.28233;RBI=0.0173787;REFB=-0.00656727;REVB=0.0172834;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117318;STB=0.571317;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0224852;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:8:4:8:24:8:4:8:24 chr2 130739891 . T A 440.52 PASS AF=0.714286;AO=31;DP=46;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0337565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.486;QD=35.9605;RBI=0.0342006;REFB=-0.0162108;REVB=0.00549402;RO=13;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06019;STB=0.504378;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00712332;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:13:14:31:35:0.714286:22:9:5:8:22:13:5:9 chr2 130740230 . C T 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0049312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.836;QD=3.96496;RBI=0.0210587;REFB=-0.00368127;REVB=-0.0204732;RO=49;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351327;STB=0.733976;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0159953;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:7:3:29:20:7:3:29:20 chr2 130832531 . A G 89.18 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0170113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.22;QD=14.8636;RBI=0.0175829;REFB=-0.021453;REVB=0.00444694;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0147791;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:8:5:6:5:8:5 chr2 130866805 . C G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.278;QD=22.9576;RBI=0.0379492;REFB=-0.000453278;REVB=0.0307477;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11353;STB=0.56402;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00129594;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:6:5:5:11:6:5 chr2 130900701 . C A 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00242763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.432;QD=45.3099;RBI=0.035869;REFB=0.0495455;REVB=0.0357868;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369702;STB=0.519984;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00424872;OID=.;OPOS=130900701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:13:12:2:1:13:12:2:1 chr2 130949411 . G T 67.46 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446156;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.745;QD=38.55;RBI=0.0638124;REFB=0;REVB=0.0456232;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519405;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 130951548 . G A 1507.43 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.976;QD=58.5411;RBI=0.0535783;REFB=-0.0774347;REVB=0.052623;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117132;STB=0.506172;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000250527;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:40:62:0:1:40:62:0:1 chr2 130951566 . G A 1545.17 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00233433;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.931;QD=62.4313;RBI=0.0853663;REFB=-0.101206;REVB=0.0853344;RO=1;SAF=65;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150502;STB=0.507461;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000566628;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:96:98:0.989899:31:65:0:1:33:65:0:1 chr2 131097236 . G A 122.13 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0287849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.256;QD=8.42279;RBI=0.043073;REFB=-0.00920101;REVB=0.0320423;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449124;STB=0.515771;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0263489;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:41:17:17:0.293103:10:7:15:25:10:7:16:25 chr2 131128207 . G A 71.65 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0234515;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1281;QD=2.92433;RBI=0.0236045;REFB=-0.00230365;REVB=0.00268291;RO=85;SAF=5;SAR=9;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241388;STB=0.670249;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0219143;OID=.;OPOS=131128207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:99:98:85:84:14:14:0.142857:9:5:47:38:9:5:47:37 chr2 131266530 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.962;QD=39.2067;RBI=0.0952427;REFB=0;REVB=0.0510911;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215869;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr2 131369330 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0219603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.196;QD=9.1996;RBI=0.0695226;REFB=-0.0301642;REVB=-0.0659632;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0549951;OID=.;OPOS=131369330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:7:6:3:4:7:6 chr2 131414176 . C T 135.61 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0554155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8976;QD=9.68635;RBI=0.126845;REFB=-0.0200527;REVB=-0.1141;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602805;STB=0.535675;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0381358;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:21:17:9:9:21:17 chr2 131414338 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=3;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0183985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6215;QD=12.3961;RBI=0.032611;REFB=-0.016524;REVB=0.0269254;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584388;STB=0.855915;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0229138;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:3:5:0.5:1:2:0:5:1:4:0:5 chr2 131487673 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.082;QD=63.583;RBI=0.0254677;REFB=0;REVB=-0.0199389;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8529e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr2 131520663 . T C 728.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.371;QD=57.1564;RBI=0.00882849;REFB=0;REVB=0.00689295;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84004e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr2 131672950 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.451;QD=53.9112;RBI=0.058579;REFB=0;REVB=0.0348584;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213624;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 131674285 . A G 898.77 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.422;QD=57.9853;RBI=0.0326576;REFB=0;REVB=0.0296565;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131994;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr2 131981279 . T C 40.27 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00361925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.063;QD=14.6443;RBI=0.168804;REFB=-0.0118971;REVB=0.168766;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00412256;OID=.;OPOS=131981279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:1:3:4:2:1:4 chr2 132137239 . C T 2068.23 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064418;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.966;QD=62.6738;RBI=0.02697;REFB=0;REVB=0.0261894;RO=0;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58698e-06;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:80:52:0:0:80:52:0:0 chr2 132140090 . A C 2320.85 PASS AF=0.981366;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1883;QD=57.661;RBI=0.13013;REFB=-0.182337;REVB=0.129529;RO=5;SAF=88;SAR=68;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217865;STB=0.504217;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00448096;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:161:161:5:3:156:158:0.981366:68:88:1:4:70:88:1:2 chr2 132140200 . C A 2810.62 PASS AF=0.968254;AO=183;DP=192;FAO=183;FDP=189;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00239793;FXX=0.0156242;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.639;QD=59.4841;RBI=0.00726919;REFB=-0.0269605;REVB=0.00686229;RO=4;SAF=76;SAR=107;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139909;STB=0.502765;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-1.24846e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:192:189:4:6:183:183:0.968254:107:76:3:1:107:76:3:3 chr2 132141767 . A G 953.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.12;QD=58.651;RBI=0.0316068;REFB=0;REVB=0.026429;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110297;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 132200256 . T C 435.79 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.279;QD=54.4737;RBI=0.0366926;REFB=0.0212882;REVB=-0.0341253;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00188836;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:15:17:0:0:15:16:1:0 chr2 132200307 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.902;QD=62.6704;RBI=0.0427987;REFB=0;REVB=0.0246807;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155277;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr2 132200345 . C T 919.98 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.226;QD=58.4117;RBI=0.056872;REFB=0;REVB=0.0324828;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129753;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr2 132200529 . A G 869.93 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00805181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9329;QD=55.2338;RBI=0.113538;REFB=-0.0890205;REVB=-0.113252;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00154057;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:25:35:1:0:25:37:1:0 chr2 132200935 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.91;QD=45.8068;RBI=0.0589706;REFB=0;REVB=-0.00722767;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465592;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr2 132201288 . A G 293.67 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205822;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.08;QD=53.3951;RBI=0.0335025;REFB=0;REVB=0.0264347;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13812e-07;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr2 132201468 . G A 1279.12 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7859;QD=60.1938;RBI=0.0277924;REFB=-0.0875618;REVB=-0.0125456;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00186113;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:83:84:0.988235:41:42:0:1:41:43:0:1 chr2 132201582 . A G 1189.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1208;QD=61.0067;RBI=0.0648518;REFB=0;REVB=-0.0388441;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24415e-05;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr2 132201663 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.492;QD=63.8558;RBI=0.0184183;REFB=0;REVB=-0.018132;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4321e-05;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr2 132201718 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.909;QD=62.3503;RBI=0.0159138;REFB=0;REVB=0.000870109;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82784e-05;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 132201736 . C G 772.47 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2959;QD=56.1797;RBI=0.162719;REFB=0;REVB=0.0900102;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418668;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:22:24:0:0:26:29:0:0 chr2 132201862 . C G 1523.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.191;QD=59.7491;RBI=0.0754329;REFB=0;REVB=-0.00462034;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010244;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:40:62:0:0:40:62:0:0 chr2 132201889 . C A 1573.05 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9572;QD=59.9256;RBI=0.0367759;REFB=0;REVB=0.0298711;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013722;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:40:64:0:0:40:65:0:0 chr2 132201930 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.678;QD=59.8534;RBI=0.0199786;REFB=0;REVB=0.0183989;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130276;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:26:44:0:0:26:45:0:0 chr2 132229720 . T C 313.09 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.699;QD=50.095;RBI=0.0328709;REFB=0.0536635;REVB=0.0208802;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000995105;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr2 132237983 . A G 130.32 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.878;QD=43.4406;RBI=0.0178137;REFB=0;REVB=0.0159768;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414702;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:2:8:0:0:3:9:0:0 chr2 132248379 . T G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1792;QD=62.6703;RBI=0.0577195;REFB=0;REVB=-0.0576363;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395185;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr2 132248584 . T C 272.47 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5782;QD=49.5397;RBI=0.0981806;REFB=0;REVB=-0.0850047;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120439;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:8:8:0:0:10:12:0:0 chr2 132266142 . G C 88.16 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0164139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.497;QD=3.562;RBI=0.0166476;REFB=-0.00273886;REVB=-0.00277922;RO=79;SAF=7;SAR=9;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102528;STB=0.547469;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0188087;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:99:99:79:83:16:16:0.161616:9:7:41:38:9:7:41:42 chr2 132274474 . G A 207.49 PASS AF=0.351351;AO=24;DP=72;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00959237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.283;QD=11.2158;RBI=0.0255842;REFB=-0.0206535;REVB=0.0237179;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170113;STB=0.589651;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0313631;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:45:48:24:26:0.351351:11:13:31:14:11:15:34:14 chr2 132275343 . G T 155.77 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00619219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5952;QD=7.69233;RBI=0.0654739;REFB=-0.00542129;REVB=0.0651804;RO=59;SAF=13;SAR=9;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289402;STB=0.501741;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0148258;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:9:13:35:24:9:13:35:24 chr2 132275396 . T C 166.46 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00990644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.201;QD=8.11993;RBI=0.0109011;REFB=-0.0080248;REVB=0.00454926;RO=59;SAF=12;SAR=11;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660005;STB=0.539412;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0219242;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:11:12:34:25:11:12:34:25 chr2 132277686 . C T 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0506035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0088;QD=4.70035;RBI=0.0525842;REFB=0.00977026;REVB=-0.0142965;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389378;STB=0.771383;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0196508;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:6:1:12:17:6:1:12:17 chr2 132277962 . T C 62.97 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0641049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5499;QD=3.27094;RBI=0.0656172;REFB=-0.0124016;REVB=-0.0140063;RO=65;SAF=11;SAR=1;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645537;STB=0.928918;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0544095;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:1:11:24:41:1:11:24:41 chr2 132277984 . G A 63.69 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0353635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.037;QD=4.10912;RBI=0.0354105;REFB=-0.00428883;REVB=0.00182276;RO=50;SAF=10;SAR=1;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623585;STB=0.908348;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0442729;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:50:51:11:11:0.177419:1:10:20:30:1:10:21:30 chr2 132287100 . A G 31.03 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0420692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0917;QD=2.43361;RBI=0.0584773;REFB=-0.00820528;REVB=-0.0406175;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490854;STB=0.82671;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.12394;OID=.;OPOS=132287100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:40:45:6:6:0.117647:5:1:24:16:5:1:24:21 chr2 132287820 . TGGGC TGGC,TGGGT 404.46 PASS AF=0.583333,0.375;AO=6,15;DP=46;FAO=28,18;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=15,9;FSAR=13,9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.344448,0.00199174;FXX=0.039992;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=9.8925,139.405;QD=33.7053;RBI=0.348049,0.0127389;REFB=-0.134954,-0.00483014;REVB=-0.0499383,0.0125822;RO=11;SAF=2,8;SAR=4,7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0.588832,0;SSEP=0.239875,0;SSSB=-0.471991,-0.219625;STB=0.502391,0.5;STBP=0.883,1;TYPE=del,snp;VARB=0.132123,0.0513562;OID=.,.;OPOS=132287821,132287824;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.583333,0.375:6,15:46:28,18:48:2:15,9:13,9:1:1:99:11:2,8:4,7:9:2 chr2 132909843 . T C 2266.76 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00146107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.93;QD=60.0467;RBI=0.004552;REFB=0.0702914;REVB=-0.00431114;RO=1;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647135;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000266447;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:73:77:0:1:73:77:0:1 chr2 133010778 . CG C 51.96 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00897084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9825;QD=2.6992;RBI=0.0911586;REFB=-0.00185132;REVB=-0.0907161;RO=65;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244503;STB=0.677967;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.00537408;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:11:77:11:77:66:3:8:31:35:51:65:3:8:30:35 chr2 133010783 . A T 69.6 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00251618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.844;QD=3.48004;RBI=0.0381122;REFB=-0.0056881;REVB=-0.0380291;RO=67;SAF=3;SAR=10;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325757;STB=0.72129;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0953572;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:10:3:32:35:10:3:32:35 chr2 133010786 . C T 104.93 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00365079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0867;QD=5.2467;RBI=0.0387724;REFB=-0.00452171;REVB=-0.0386002;RO=63;SAF=5;SAR=12;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237805;STB=0.650978;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0158641;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:12:5:30:33:12:5:30:33 chr2 133010796 . C T 77.24 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0318922;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.37;QD=3.7225;RBI=0.032915;REFB=-0.000599248;REVB=0.00814125;RO=69;SAF=4;SAR=10;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23408;STB=0.656701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00120761;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:84:83:69:69:14:14:0.168675:10:4:32:37:10:4:32:37 chr2 133010802 . T C 111.89 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0141163;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4952;QD=5.14455;RBI=0.0234745;REFB=0.00318561;REVB=0.0187559;RO=70;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196343;STB=0.618912;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0098927;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:70:69:18:18:0.206897:12:6:34:36:12:6:33:36 chr2 133010834 . TG CA 113.86 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0241841;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.124;QD=5.55392;RBI=0.0247924;REFB=-0.00938137;REVB=-0.00545803;RO=63;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145301;STB=0.586108;STBP=0.406;TYPE=mnp;VARB=0.031246;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:64:18:18:0.219512:12:6:28:35:12:6:28:36 chr2 133010838 . G C 113.85 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0217894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.53;QD=5.5538;RBI=0.0275942;REFB=-0.00703852;REVB=0.0169311;RO=61;SAF=6;SAR=12;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122377;STB=0.586108;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0524642;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:64:18:18:0.219512:12:6:26:35:12:6:28:36 chr2 133010847 . CA TG 118.07 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0194991;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.347;QD=6.21422;RBI=0.0352673;REFB=-0.00611696;REVB=-0.0293865;RO=57;SAF=7;SAR=11;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106393;STB=0.559813;STBP=0.561;TYPE=mnp;VARB=0.026382;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:57:58:18:18:0.236842:11:7:27:30:11:7:27:31 chr2 133011929 . C T 172.28 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0779702;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4105;QD=11.115;RBI=0.0780501;REFB=-0.0255358;REVB=0.00353168;RO=41;SAF=19;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477339;STB=0.776659;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0430603;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:40:22:22:0.354839:3:19:21:20:3:19:21:19 chr2 133011933 . G A 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0175548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.831;QD=6.17967;RBI=0.0181642;REFB=-0.00111816;REVB=0.00466548;RO=51;SAF=10;SAR=6;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291921;STB=0.51805;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0149941;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:6:10:33:18:6:10:33:18 chr2 133011947 . C G 75.33 PASS AF=0.180556;AO=12;DP=73;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0110848;FXX=0.0649266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3052;QD=4.18505;RBI=0.0229138;REFB=0.00061303;REVB=0.0200542;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606321;STB=0.639154;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.016362;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:73:72:13:59:12:13:0.180556:3:9:0:13:3:10:37:22 chr2 133011953 . T C 215.79 PASS AF=0.3375;AO=32;DP=78;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0341048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0899;QD=10.7893;RBI=0.0351844;REFB=0.00178572;REVB=-0.00864862;RO=46;SAF=28;SAR=4;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585941;STB=0.801232;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0115756;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:46:53:32:27:0.3375:4:28:17:29:4:23:24:29 chr2 133011994 . T C 155.81 PASS AF=0.244681;AO=21;DP=93;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00278106;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.783;QD=6.63006;RBI=0.0225974;REFB=-0.00488038;REVB=-0.0224256;RO=71;SAF=18;SAR=3;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545375;STB=0.848642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186373;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:71:71:21:23:0.244681:3:18:31:40:3:20:31:40 chr2 133012005 . C T 100.18 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0572453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.859;QD=4.4036;RBI=0.057333;REFB=-0.0120643;REVB=-0.00316905;RO=72;SAF=8;SAR=9;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544686;STB=0.534843;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0659772;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:74:17:17:0.186813:9:8:37:35:9:8:38:36 chr2 133012007 . T C 220.97 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0170188;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.211;QD=9.93135;RBI=0.042527;REFB=-0.0108316;REVB=-0.0389731;RO=59;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341153;STB=0.700181;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0340678;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:59:61:28:28:0.314607:8:20:25:34:8:20:26:35 chr2 133012012 . C A 173.86 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0144755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.717;QD=7.99351;RBI=0.0221947;REFB=-0.00576368;REVB=0.0168244;RO=63;SAF=6;SAR=18;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439719;STB=0.762497;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0328046;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:18:6:39:24:18:6:39:24 chr2 133012019 . A C 85.39 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0609988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.122;QD=4.11537;RBI=0.0622527;REFB=-0.00177928;REVB=-0.0124318;RO=67;SAF=11;SAR=4;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373828;STB=0.746912;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0317054;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:67:68:15:15:0.180723:4:11:29:38:4:11:29:39 chr2 133012022 . G A 52.96 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0274419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.468;QD=2.55244;RBI=0.0486858;REFB=-0.00486919;REVB=-0.040215;RO=72;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895223;STB=0.563204;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0328435;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:5:6:34:38:5:6:34:38 chr2 133012026 . T C 54.9 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00444161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.874;QD=2.8152;RBI=0.0208244;REFB=-0.00333274;REVB=-0.0203452;RO=67;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372083;STB=0.756309;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.018064;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:3:8:28:39:3:8:28:39 chr2 133012032 . A G 80.42 PASS AF=0.186667;AO=22;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00371725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.795;QD=4.28894;RBI=0.00941882;REFB=-0.00189721;REVB=0.00865426;RO=43;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286145;STB=0.603627;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00777255;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:43:61:22:14:0.186667:16:6:22:21:6:8:27:34 chr2 133012034 . C G 337.39 PASS AF=0.294118;AO=31;DP=74;FAO=20;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.011952;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.715;QD=19.8464;RBI=0.0826273;REFB=0.00159314;REVB=0.0817583;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203265;STB=0.723565;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.174486;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:68:27:28:31:20:0.294118:19:12:17:10:16:4:15:13 chr2 133012039 . T C 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0450042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.744;QD=2.60626;RBI=0.0475434;REFB=-0.00259561;REVB=-0.0153298;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222295;STB=0.655949;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0376694;OID=.;OPOS=133012039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:4:6:27:38:4:6:27:38 chr2 133012061 . C T 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0108763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.387;QD=2.97054;RBI=0.0223459;REFB=0.000368573;REVB=-0.0195203;RO=70;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369902;STB=0.747718;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00260122;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:4:8:25:45:4:8:25:45 chr2 133012078 . C T 63.54 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00328459;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7334;QD=3.34417;RBI=0.0272942;REFB=0.000645099;REVB=-0.0270958;RO=63;SAF=9;SAR=3;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425347;STB=0.778038;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00923398;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:77:76:63:64:12:12:0.157895:3:9:25:38:3:9:26:38 chr2 133012079 . G A 207.24 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00314138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.538;QD=11.0526;RBI=0.0241874;REFB=-0.00410006;REVB=0.0239826;RO=49;SAF=6;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409365;STB=0.744486;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0171384;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:49:25:26:0.346667:19:6:29:20:20:6:29:20 chr2 133012080 . A AC 278.03 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0236873;FXX=0.106652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.8224;QD=16.5986;RBI=0.0240044;REFB=0.069537;REVB=0.00388934;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134202;STB=0.587331;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=-0.0570897;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552239:37:75:37:67:30:15:22:18:12:99:36:15:22:20:16 chr2 133012099 . G A 176.64 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00837485;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.495;QD=10.0939;RBI=0.0182086;REFB=-0.00264251;REVB=-0.0161683;RO=47;SAF=6;SAR=17;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427027;STB=0.749786;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.011652;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:47:47:23:23:0.328571:17:6:30:17:17:6:30:17 chr2 133012111 . T C 91.76 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0131701;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.938;QD=5.09776;RBI=0.013237;REFB=-0.000452419;REVB=-0.00132903;RO=52;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300543;STB=0.699147;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00213577;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:73:72:52:57:15:15:0.208333:4:11:26:26:4:11:28:29 chr2 133012126 . A C 76.88 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.013048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.405;QD=4.95994;RBI=0.0143879;REFB=-0.00774962;REVB=-0.00606299;RO=47;SAF=10;SAR=2;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453993;STB=0.818628;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.103357;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:60:62:47:49:12:13:0.209677:2:10:23:24:2:11:23:26 chr2 133012130 . C T 64.7 PASS AF=0.180328;AO=9;DP=59;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00026016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.374;QD=4.24234;RBI=0.00508359;REFB=-0.00410008;REVB=-0.00507693;RO=50;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352085;STB=0.780806;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0191797;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:59:61:50:50:9:11:0.180328:2:7:25:25:2:9:25:25 chr2 133012170 . CC AA 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00924022;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=179.967;QD=9.85817;RBI=0.0103271;REFB=-0.00229421;REVB=-0.00461174;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40587;STB=0.749643;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.00422847;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:9:4:19:9:9:4:20:9 chr2 133012182 . C T 148.09 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00728754;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.216;QD=12.877;RBI=0.00898253;REFB=-0.0278505;REVB=0.00525144;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452231;STB=0.764394;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0408982;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:29:16:17:0.369565:12:4:20:10:13:4:19:10 chr2 133012234 . G A 81.31 PASS AF=0.131387;AO=18;DP=137;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=92;FWDB=0.0114867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9018;QD=2.37403;RBI=0.0492134;REFB=-0.00637234;REVB=-0.0478541;RO=119;SAF=4;SAR=14;SRF=27;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836221;STB=0.505821;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0439281;OID=.;OPOS=133012234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:137:137:119:119:18:18:0.131387:14:4:27:92:14:4:27:92 chr2 133012250 . T C 119.21 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=93;FWDB=-0.0219975;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.743;QD=3.26605;RBI=0.0368895;REFB=-0.00445995;REVB=-0.0296132;RO=123;SAF=5;SAR=18;SRF=30;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474196;STB=0.531617;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0392555;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:123:123:23:23:0.157534:18:5:30:93:18:5:30:93 chr2 133012267 . T C 1107.36 PASS AF=0.664336;AO=89;DP=139;FAO=95;FDP=143;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00660104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.96;QD=30.975;RBI=0.0128087;REFB=-0.0174842;REVB=0.0109768;RO=48;SAF=18;SAR=71;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138437;STB=0.56689;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00879088;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:48:48:89:95:0.664336:71:18:17:31:75:20:17:31 chr2 133012274 . T C 1113.42 PASS AF=0.648276;AO=93;DP=146;FAO=94;FDP=145;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=74;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0138275;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.937;QD=30.7151;RBI=0.0145074;REFB=-0.00490205;REVB=0.00438926;RO=51;SAF=19;SAR=74;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152353;STB=0.576491;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00384;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:51:51:93:94:0.648276:74:19:19:32:74:20:19:32 chr2 133012309 . A G 1062.25 PASS AF=0.727273;AO=87;DP=124;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0137104;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.028;QD=35.1158;RBI=0.0255881;REFB=-0.0270255;REVB=-0.0216051;RO=35;SAF=22;SAR=65;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424113;STB=0.52481;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0141154;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:35:33:87:88:0.727273:65:22:11:24:65:23:11:22 chr2 133012317 . G A 76.1 PASS AF=0.136;AO=16;DP=124;FAO=17;FDP=125;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=79;FWDB=-0.0217215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.192;QD=2.43527;RBI=0.0261087;REFB=-0.00716751;REVB=-0.0144859;RO=106;SAF=3;SAR=13;SRF=29;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148033;STB=0.538222;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0530044;OID=.;OPOS=133012317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:124:125:106:108:16:17:0.136:13:3:29:77:13:4:29:79 chr2 133012321 . G A 40.88 PASS AF=0.0932203;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=77;FWDB=-0.00813146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.473;QD=1.38586;RBI=0.00845873;REFB=-0.00267755;REVB=0.00233011;RO=105;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104826;STB=0.585222;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.023682;OID=.;OPOS=133012321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:105:107:11:11:0.0932203:7:4:30:75:7:4:30:77 chr2 133012350 . T C 50.61 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00113085;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.234;QD=4.60095;RBI=0.0110455;REFB=8.57351e-05;REVB=0.0109875;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451034;STB=0.797189;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000465061;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:44:36:36:8:8:0.181818:2:6:13:23:2:6:13:23 chr2 133012354 . G A 98.1 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00903972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.336;QD=9.1257;RBI=0.0090842;REFB=-0.0021541;REVB=-0.000897855;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607495;STB=0.797884;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0362226;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:42:43:30:30:12:13:0.302326:11:1:16:14:11:2:16:14 chr2 133012358 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00410761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.256;QD=19.0583;RBI=0.0181142;REFB=-0.0282329;REVB=-0.0176424;RO=20;SAF=2;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590912;STB=0.841168;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0203308;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:17:2:13:7:17:2:13:7 chr2 133012361 . CCA CGG 176.28 PASS AF=0.393939;AO=10;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0177025;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.395;QD=21.367;RBI=0.031903;REFB=-0.00572082;REVB=-0.026541;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583385;STB=0.763427;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=-0.00186031;OID=.;OPOS=133012362;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:10:31:13:33:14:2:11:8:6:99:13:1:9:8:5 chr2 133012369 . A G 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00407518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1016;QD=11.3315;RBI=0.00890709;REFB=-0.00974396;REVB=0.00792018;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43447;STB=0.759614;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0184303;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:11:3:16:11:11:3:16:11 chr2 133012401 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0396351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7927;QD=12.8971;RBI=0.0434697;REFB=-0.00326909;REVB=-0.0178513;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528849;STB=0.816881;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00951294;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:14:3:19:10:14:3:20:10 chr2 133012414 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0211446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.394;QD=11.1268;RBI=0.0217244;REFB=-0.00217822;REVB=-0.00498525;RO=34;SAF=3;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578244;STB=0.839616;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00356961;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:14:3:24:10:14:3:24:10 chr2 133012432 . G C 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0326456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.482;QD=1.92301;RBI=0.0333065;REFB=0.000739115;REVB=-0.00660188;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216173;STB=0.669142;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0155096;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:2:5:32:28:2:5:32:28 chr2 133012439 . A AGAAC,C 287.89 PASS AF=0.234694,0.132653;AO=22,13;DP=99;FAO=23,13;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=21,13;FSAR=2,0;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00726529,-0.00705895;FXX=0.0101;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=249.44,81.6966;QD=11.7507;RBI=0.0201093,0.0077799;REFB=0.00508672,-0.00907666;REVB=-0.018751,0.0032708;RO=62;SAF=21,13;SAR=1,0;SRF=33;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.667845,0.715401;STB=0.857336,0.999057;STBP=0.003,0;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0161922,-0.0034011;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:62:62:22,13:23,13:0.234694,0.132653:1,0:21,13:33:29:2,0:21,13:33:29 chr2 133012457 . C T 90.4 PASS AF=0.0952381;AO=28;DP=293;FAO=28;FDP=294;FR=.;FRO=266;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=161;FSRR=105;FWDB=0.0108981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.908;QD=1.22989;RBI=0.0154707;REFB=-0.00123676;REVB=-0.0109806;RO=262;SAF=10;SAR=18;SRF=159;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294211;STB=0.714342;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00544748;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:293:294:262:266:28:28:0.0952381:18:10:159:103:18:10:161:105 chr2 133012458 . GT AC 3109.36 PASS AF=0.792517;AO=233;DP=293;FAO=233;FDP=294;FR=.;FRO=61;FSAF=140;FSAR=93;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00194069;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.276;QD=42.3042;RBI=0.00712125;REFB=-0.0142664;REVB=0.00685171;RO=60;SAF=140;SAR=93;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270141;STB=0.512882;STBP=0.411;TYPE=mnp;VARB=0.00319369;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:60:61:233:233:0.792517:93:140:32:28:93:140:33:28 chr2 133012465 . C T 70.47 PASS AF=0.0767123;AO=28;DP=365;FAO=28;FDP=365;FR=.;FRO=337;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=203;FSRR=134;FWDB=0.0248191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.476;QD=0.772286;RBI=0.0286306;REFB=-0.000521256;REVB=-0.0142732;RO=337;SAF=10;SAR=18;SRF=203;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274068;STB=0.715957;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00791711;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:365:365:337:337:28:28:0.0767123:18:10:203:134:18:10:203:134 chr2 133012504 . A G 5164.74 PASS AF=0.849658;AO=370;DP=437;FAO=373;FDP=439;FR=.;FRO=66;FSAF=242;FSAR=131;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0171376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.338;QD=47.0591;RBI=0.0209537;REFB=-0.00389235;REVB=-0.0120566;RO=65;SAF=242;SAR=128;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310123;STB=0.516874;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000594418;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:439:65:66:370:373:0.849658:128:242:36:29:131:242:36:30 chr2 133012508 . TG CA,CG 5623.31 PASS AF=0.0597701,0.855172;AO=20,363;DP=428;FAO=26,372;FDP=435;FR=.;FRO=37;FSAF=9,242;FSAR=17,130;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00726077,0.00428573;FXX=0.0136051;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.19,206.342;QD=51.7086;RBI=0.013841,0.0577755;REFB=-0.00362681,-0.00253416;REVB=0.0117837,0.0576163;RO=36;SAF=9,240;SAR=11,123;SRF=26;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296148,-0.0117353;STB=0.715634,0.507915;STBP=0.006,0.351;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0131536,-0.000321866;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:428:435:36:37:20,363:26,372:0.0597701,0.855172:11,123:9,240:26:10:17,130:9,242:27:10 chr2 133012516 . T G 4999.42 PASS AF=0.84633;AO=353;DP=415;FAO=369;FDP=436;FR=.;FRO=67;FSAF=240;FSAR=129;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0712907;FXX=0.0090907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3353;QD=45.8662;RBI=0.0713863;REFB=-0.0153713;REVB=-0.00369192;RO=61;SAF=240;SAR=113;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589013;STB=0.51889;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00291499;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:436:61:67:353:369:0.84633:113:240:30:31:129:240:36:31 chr2 133012523 . A G 5422.38 PASS AF=0.863229;AO=385;DP=447;FAO=385;FDP=446;FR=.;FRO=61;FSAF=252;FSAR=133;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0219518;FXX=0.00223709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.342;QD=48.6312;RBI=0.0277955;REFB=-0.0393743;REVB=0.0170501;RO=60;SAF=252;SAR=133;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246335;STB=0.514561;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00229723;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:446:60:61:385:385:0.863229:133:252:34:26:133:252:34:27 chr2 133012541 . C A 44.58 PASS AF=0.0580357;AO=26;DP=448;FAO=26;FDP=448;FR=.;FRO=422;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=280;FSRR=142;FWDB=0.00735865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4798;QD=0.398006;RBI=0.00736999;REFB=0.00309124;REVB=0.000408712;RO=421;SAF=8;SAR=18;SRF=280;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36264;STB=0.801788;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00990823;OID=.;OPOS=133012541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:448:448:421:422:26:26:0.0580357:18:8:280:141:18:8:280:142 chr2 133012542 . T C 5579.37 PASS AF=0.876957;AO=391;DP=446;FAO=392;FDP=447;FR=.;FRO=55;FSAF=259;FSAR=133;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00251892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.853;QD=49.9272;RBI=0.0101613;REFB=-0.00496338;REVB=-0.00984414;RO=54;SAF=259;SAR=132;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365601;STB=0.518097;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000549747;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:447:54:55:391:392:0.876957:132:259:28:26:133:259:29:26 chr2 133012571 . T C 5854.77 PASS AF=0.904867;AO=408;DP=454;FAO=409;FDP=452;FR=.;FRO=43;FSAF=283;FSAR=126;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00648592;FXX=0.00877174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.876;QD=51.8121;RBI=0.00802104;REFB=-0.0122;REVB=0.0047191;RO=46;SAF=283;SAR=125;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043049;STB=0.524823;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000910389;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:452:46:43:408:409:0.904867:125:283:23:23:126:283:20:23 chr2 133012612 . T C 2978.89 PASS AF=0.886555;AO=193;DP=223;FAO=211;FDP=238;FR=.;FRO=27;FSAF=135;FSAR=76;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0406649;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.505;QD=50.0654;RBI=0.0417288;REFB=-0.0112435;REVB=-0.00936279;RO=30;SAF=119;SAR=74;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487204;STB=0.528148;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00164377;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:238:30:27:193:211:0.886555:74:119:13:17:76:135:11:16 chr2 133012633 . AC ACT,ACTT,GC,TT 208.45 PASS AF=0,0.5,0.0588235,0.0882353;AO=6,10,2,3;DP=35;FAO=0,17,2,3;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2,2,0;FSAR=0,15,0,3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00361138,-0.00202345,-0.00833415,0.00473244;FXX=0.0285633;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=23.3392,41.9416,103.561,230.466;QD=24.5229;RBI=0.0306755,0.0159016,0.0167747,0.0103479;REFB=0.0785339,0.0423144,-0.0163953,0.000423018;REVB=0.0304622,0.0157724,-0.0145579,-0.00920231;RO=13;SAF=0,1,2,0;SAR=6,9,0,3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.71561,-0.424961,0.601607,-0.597541;STB=0.5,0.661538,0.995732,0.99513;STBP=1,0.121,0.094,0.169;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=0,-0.0176628,0.121801,0.0141007;OID=.,.,.,.;OPOS=133012635,133012635,133012633,133012633;OREF=-,-,A,AC;OALT=T,TT,G,TT;OMAPALT=ACT,ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:35:34:13:12:6,10,2,3:0,17,2,3:0,0.5,0.0588235,0.0882353:6,9,0,3:0,1,2,0:5:8:0,15,0,3:0,2,2,0:4:8 chr2 133012642 . TT CC 246.86 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0171545;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=265.965;QD=20.5719;RBI=0.0273974;REFB=-0.0174063;REVB=0.0213622;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117379;STB=0.565641;STBP=0.416;TYPE=mnp;VARB=0.0169193;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:7:17:14:10:7:17 chr2 133012655 . A G 707.97 PASS AF=0.74359;AO=58;DP=78;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0249169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.019;QD=36.3063;RBI=0.0254912;REFB=0.00222826;REVB=0.00538053;RO=20;SAF=17;SAR=41;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396192;STB=0.502129;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000595072;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:20:58:58:0.74359:41:17:6:14:41:17:6:14 chr2 133012674 . A G 1103.74 PASS AF=0.868132;AO=79;DP=91;FAO=79;FDP=91;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0011042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.205;QD=48.5159;RBI=0.00932975;REFB=-0.0464601;REVB=-0.00926417;RO=12;SAF=25;SAR=54;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483169;STB=0.502567;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0066641;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:12:12:79:79:0.868132:54:25:4:8:54:25:4:8 chr2 133012680 . A G 998.96 PASS AF=0.797872;AO=75;DP=94;FAO=75;FDP=94;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00213345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0536;QD=42.5091;RBI=0.0270716;REFB=-0.023729;REVB=-0.0269874;RO=19;SAF=24;SAR=51;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183283;STB=0.500978;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00821517;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:19:19:75:75:0.797872:51:24:6:13:51:24:6:13 chr2 133012688 . A G 1076.87 PASS AF=0.831579;AO=78;DP=94;FAO=79;FDP=95;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000649151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.525;QD=45.3419;RBI=0.0263503;REFB=-0.00417083;REVB=0.0263423;RO=16;SAF=26;SAR=52;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148972;STB=0.508696;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000850986;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:95:16:16:78:79:0.831579:52:26:6:10:53:26:6:10 chr2 133012691 . T C 1275.57 PASS AF=0.915789;AO=87;DP=95;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0119789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.017;QD=53.7081;RBI=0.0143057;REFB=-0.0151818;REVB=0.0078204;RO=8;SAF=28;SAR=59;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320439;STB=0.516973;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00119733;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:95:95:8:8:87:87:0.915789:59:28:4:4:59:28:4:4 chr2 133012712 . T C 1531.23 PASS AF=0.946903;AO=106;DP=112;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00423795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6494;QD=54.203;RBI=0.0325015;REFB=-0.0387869;REVB=0.032224;RO=6;SAF=38;SAR=68;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155362;STB=0.507732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00275912;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:112:113:6:6:106:107:0.946903:68:38:3:3:68:39:3:3 chr2 133012716 . A G 1490.61 PASS AF=0.90678;AO=106;DP=118;FAO=107;FDP=118;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0114466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.79;QD=50.5292;RBI=0.0131389;REFB=-0.00966287;REVB=-0.00645034;RO=11;SAF=41;SAR=65;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434319;STB=0.502826;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00149592;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:11:11:106:107:0.90678:65:41:4:7:65:42:4:7 chr2 133012797 . C CCG 406.15 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0332111;FXX=0.175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.8638;QD=34.566;RBI=0.0470251;REFB=-0.0391047;REVB=0.0332924;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241372;STB=0.503648;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=0.0290475;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.744681:35:83:35:47:12:17:18:6:6:87:47:17:18:34:13 chr2 133012798 . T C 44.51 PASS AF=0.140351;AO=7;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0173319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.52;QD=3.12351;RBI=0.0182395;REFB=-0.000888408;REVB=-0.00568175;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595362;STB=0.616447;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00514282;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:46:49:7:8:0.140351:4:3:22:24:5:3:25:24 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 453.07 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00680515;FXX=0.124978;HRUN=3;LEN=5;MLLD=226.062;QD=36.985;RBI=0.012269;REFB=-0.0082694;REVB=0.0102087;RO=10;SAF=16;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365161;STB=0.519762;STBP=0.661;TYPE=mnp;VARB=-0.000399046;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:49:10:10:33:33:0.673469:17:16:4:6:17:16:4:6 chr2 133012807 . A G 474.86 PASS AF=0.68254;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0134303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.964;QD=30.1498;RBI=0.0150531;REFB=-0.0203407;REVB=0.00679871;RO=20;SAF=23;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117055;STB=0.565924;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0151775;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:42:43:0.68254:19:23:7:13:19:24:7:13 chr2 133012832 . T C 580.8 PASS AF=0.714286;AO=49;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0404021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.012;QD=33.1886;RBI=0.0552232;REFB=-0.0113284;REVB=-0.0376467;RO=20;SAF=28;SAR=21;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171501;STB=0.593819;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00428916;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:20:49:50:0.714286:21:28:5:15:21:29:5:15 chr2 133012839 . T C 662.85 PASS AF=0.743243;AO=55;DP=74;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000497367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.178;QD=35.8299;RBI=0.0132825;REFB=-0.00773902;REVB=0.0132731;RO=19;SAF=32;SAR=23;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152103;STB=0.581788;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00117537;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:19:19:55:55:0.743243:23:32:5:14:23:32:5:14 chr2 133012901 . T C 279.75 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0222808;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.959;QD=33.9091;RBI=0.0271369;REFB=-0.0321117;REVB=0.0154913;RO=9;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158125;STB=0.586395;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00530438;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:9:9:24:24:0.727273:11:13:2:7:11:13:2:7 chr2 133012903 . T C 184.71 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0238461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5293;QD=22.3889;RBI=0.0246775;REFB=-0.0112843;REVB=0.00635158;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330708;STB=0.687265;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.015003;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:16:16:0.484848:5:11:4:10:5:11:4:10 chr2 133012923 . A T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00379367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.712;QD=9.91711;RBI=0.01734;REFB=-0.00823279;REVB=0.01692;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606259;STB=0.871851;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00753965;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:6:11:1:8:6:11 chr2 133012930 . A G 76.4 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00280399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.132;QD=12.2243;RBI=0.0222319;REFB=-0.00648896;REVB=0.0220544;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644613;STB=0.891752;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0311254;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:1:8:4:11:1:9:4:11 chr2 133012945 . T C 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00815637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.633;QD=12.1806;RBI=0.0165227;REFB=-0.0025004;REVB=-0.0143691;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641046;STB=0.891752;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00832245;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:1:9:4:10:1:9:4:11 chr2 133013144 . A G 471.9 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00229927;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2898;QD=28.5997;RBI=0.0269942;REFB=-0.0636511;REVB=0.0268961;RO=23;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064791;STB=0.503524;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0417661;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:23:23:43:43:0.651515:22:21:11:12:22:21:11:12 chr2 133013145 . C T 67.74 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0041168;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.022;QD=3.98453;RBI=0.0521876;REFB=-0.00287361;REVB=-0.0520249;RO=51;SAF=3;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224002;STB=0.690141;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0232715;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:51:56:12:12:0.176471:9:3:21:30:9:3:26:30 chr2 133013165 . G T 67.08 PASS AF=0.152941;AO=12;DP=84;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0139836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.675;QD=3.15673;RBI=0.0163552;REFB=-0.00267518;REVB=-0.0084824;RO=69;SAF=3;SAR=9;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264353;STB=0.699671;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0176816;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:84:85:69:72:12:13:0.152941:9:3:31:38:10:3:32:40 chr2 133013175 . T G 1012.38 PASS AF=0.911392;AO=72;DP=80;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0295164;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4531;QD=51.2598;RBI=0.0308722;REFB=-0.00984619;REVB=-0.00904852;RO=6;SAF=27;SAR=45;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192395;STB=0.505049;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00252225;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:80:79:6:7:72:72:0.911392:45:27:3:3:45:27:3:4 chr2 133013183 . A G 639.55 PASS AF=0.662651;AO=55;DP=84;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0149017;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.493;QD=30.8218;RBI=0.0206409;REFB=-0.00308314;REVB=-0.0142824;RO=27;SAF=23;SAR=32;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535941;STB=0.533898;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00268797;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:27:28:55:55:0.662651:32:23:9:18:32:23:9:19 chr2 133013189 . A G 577.24 PASS AF=0.604651;AO=53;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0368586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7642;QD=26.8484;RBI=0.0440313;REFB=-0.0126827;REVB=0.0240873;RO=29;SAF=23;SAR=30;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083078;STB=0.572323;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00724266;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:29:34:53:52:0.604651:30:23:9:20:29:23:9:25 chr2 133013201 . C G 1174.7 PASS AF=0.920455;AO=79;DP=87;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.016791;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.1;QD=53.3956;RBI=0.0169699;REFB=-0.0167097;REVB=-0.00245746;RO=7;SAF=27;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386713;STB=0.518268;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00112807;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:87:88:7:7:79:81:0.920455:52:27:4:3:52:29:4:3 chr2 133013224 . A C,T 1138.45 PASS AF=0.731183,0.16129;AO=67,14;DP=92;FAO=68,15;FDP=93;FR=.;FRO=10;FSAF=26,4;FSAR=42,11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0114348,0.0119611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.444,125.995;QD=48.9655;RBI=0.0184056,0.0168205;REFB=-0.0392633,-0.0572245;REVB=0.0144226,0.0118263;RO=10;SAF=26,4;SAR=41,10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0285547,-0.175524;STB=0.515843,0.60721;STBP=0.473,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=0.00238439,-0.00428158;OID=.,.;OPOS=133013224,133013224;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:92:93:10:10:67,14:68,15:0.731183,0.16129:41,10:26,4:5:5:42,11:26,4:5:5 chr2 133013250 . C T 152.48 PASS AF=0.227723;AO=22;DP=100;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0409923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.042;QD=6.03884;RBI=0.0410014;REFB=-0.00155181;REVB=-0.000865315;RO=78;SAF=9;SAR=13;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344671;STB=0.500875;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288472;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:78:78:22:23:0.227723:13:9:34:44:13:10:34:44 chr2 133013260 . TC T 57.82 PASS AF=0.21875;AO=23;DP=95;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0884042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6594;QD=2.40916;RBI=0.209957;REFB=-0.00346833;REVB=0.190438;RO=67;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=0.0211518;STB=0.598444;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=-0.0198361;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:23:95:21:96:75:7:14:34:41:57:67:10:13:28:39 chr2 133013266 . T G 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0118812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.541;QD=19.5835;RBI=0.0193944;REFB=0.00114029;REVB=-0.015329;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771941;STB=0.542948;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000401707;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:29:17:22:27:29:17:22:27 chr2 133013270 . A G 342.89 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00655537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.338;QD=16.1359;RBI=0.0278419;REFB=-0.00431484;REVB=-0.0270592;RO=48;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543583;STB=0.530622;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00379278;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:22:15:22:26:22:15:22:26 chr2 133013286 . AG CA 170.11 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.016515;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.358;QD=11.9378;RBI=0.0181367;REFB=-0.00335507;REVB=-0.00749651;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172053;STB=0.510192;STBP=0.953;TYPE=mnp;VARB=0.00979053;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:17:17:0.298246:8:9:18:17:8:9:18:17 chr2 133013318 . A G 376.47 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0021825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.285;QD=32.7368;RBI=0.0201617;REFB=-0.0138336;REVB=-0.0200433;RO=15;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291319;STB=0.515923;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00256963;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:11:20:9:6:11:20:9:6 chr2 133013324 . C A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0199225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.375;QD=9.09218;RBI=0.023444;REFB=-0.000651718;REVB=0.0123578;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878944;STB=0.553761;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00273007;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:20:12:4:9:20:12 chr2 133013327 . G T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0195636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.014;QD=8.28249;RBI=0.0216217;REFB=0.00255679;REVB=0.0092065;RO=32;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173136;STB=0.607916;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0102331;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:3:9:20:12:3:9:20:12 chr2 133013332 . T C 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0638323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0274;QD=9.85752;RBI=0.0925942;REFB=-0.00920473;REVB=0.0670755;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161962;STB=0.598914;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0207851;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:3:10:19:10:3:10:19:10 chr2 133013343 . T C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0162936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.358;QD=8.12771;RBI=0.0249172;REFB=0.00728147;REVB=0.0188516;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996605;STB=0.562044;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0252766;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:3:8:19:10:3:8:19:10 chr2 133013351 . G A 103.96 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0182211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9362;QD=10.1424;RBI=0.0222559;REFB=0.00305245;REVB=0.0127796;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792852;STB=0.538401;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0061078;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:13:13:0.317073:4:9:17:10:4:9:18:10 chr2 133013378 . A G 249.31 PASS AF=0.487805;AO=17;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0212732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.482;QD=24.3231;RBI=0.0212955;REFB=-0.0432353;REVB=0.000974392;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.586736;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0337966;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:17:20:0.487805:5:12:9:8:6:14:9:8 chr2 133013388 . C T 91.83 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00453969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.887;QD=8.74549;RBI=0.0312549;REFB=-0.00244443;REVB=-0.0309235;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20142;STB=0.624777;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00793962;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:18:12:3:9:18:12 chr2 133013418 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00423668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.282;QD=20.7381;RBI=0.019761;REFB=-0.0123677;REVB=-0.0193015;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226244;STB=0.616651;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0156787;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:5:13:7:8:5:13:8:8 chr2 133013449 . G A 45.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0497459;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.427;QD=6.67459;RBI=0.05022;REFB=0.0032054;REVB=-0.00688396;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0171729;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:13:7:2:5:13:7 chr2 133013461 . C T 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-5.50135e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.008;QD=6.26091;RBI=0.00274435;REFB=-0.000371103;REVB=0.00274379;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180464;STB=0.617624;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00251284;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:12:9:2:5:12:9 chr2 133013475 . A G 99.71 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0144956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3717;QD=15.3406;RBI=0.0213486;REFB=-0.0154446;REVB=0.015673;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319896;STB=0.687169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0195429;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:6:8:3:9:6:8 chr2 133013513 . A C 95.31 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.020382;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1494;QD=18.1544;RBI=0.0457666;REFB=-0.0489562;REVB=-0.0409775;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.624791;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0363441;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:21:7:10:10:11:0.52381:5:5:2:5:6:5:2:8 chr2 133013541 . G A 34.23 PASS AF=0.25;AO=4;DP=22;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0139021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.9;QD=5.70451;RBI=0.0144432;REFB=-0.0121748;REVB=0.00391618;RO=18;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449394;STB=0.736115;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0501943;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:24:18:18:4:6:0.25:1:3:6:12:2:4:6:12 chr2 133013556 . C T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0136721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.55;QD=7.83744;RBI=0.0265977;REFB=-0.0130976;REVB=-0.0228147;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0344104;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:8:8:4:3:8:8 chr2 133013567 . T C 158.67 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0266797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.259;QD=28.8498;RBI=0.0272011;REFB=0.00746768;REVB=0.00530016;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236461;STB=0.631404;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000217198;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:22:5:5:12:14:0.636364:7:5:0:5:7:7:0:5 chr2 133013590 . A C,G 364.29 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=6,21;DP=27;FAO=6,21;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504871,0.0361159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.751,155.944;QD=53.9695;RBI=0.0526969,0.0365266;REFB=0,0;REVB=0.0151002,0.00546166;RO=0;SAF=0,10;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0154171,-0.00858401;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:27:27:0:0:6,21:6,21:0.222222,0.777778:6,11:0,10:0:0:6,11:0,10:0:0 chr2 133013631 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0265529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2665;QD=7.25964;RBI=0.0336094;REFB=-0.00169889;REVB=0.0206043;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102398;STB=0.563977;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00611969;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:12:17:5:5:12:17 chr2 133013644 . G A 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.010326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.49;QD=8.50796;RBI=0.0416486;REFB=-0.00620533;REVB=-0.0403482;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391671;STB=0.74077;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00897948;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:3:9:13:18:3:9:13:18 chr2 133013680 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0150067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.595;QD=15.6432;RBI=0.0263994;REFB=0.00521267;REVB=-0.0217193;RO=29;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457511;STB=0.764938;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00877646;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:4:16:11:18:4:16:11:18 chr2 133013687 . T C 89.69 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0279509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.129;QD=7.32141;RBI=0.0317103;REFB=-0.00501894;REVB=-0.0149764;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190305;STB=0.619514;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0215942;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:4:8:19:18:4:8:19:18 chr2 133013695 . CA CG,TG 291.33 PASS AF=0.355556,0.244444;AO=16,11;DP=47;FAO=16,11;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11,8;FSAR=5,3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00248351,0.00556671;FXX=0.0425441;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=185.99,149.29;QD=25.8963;RBI=0.00373127,0.0268546;REFB=0.00319672,-0.0111282;REVB=0.0027847,-0.0262713;RO=18;SAF=11,8;SAR=5,3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.327332,0.405501;STB=0.687265,0.74031;STBP=0.056,0.058;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00976856,-0.00467359;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:18:18:16,11:16,11:0.355556,0.244444:5,3:11,8:6:12:5,3:11,8:6:12 chr2 133013704 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00878603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.016;QD=10.4293;RBI=0.0352026;REFB=-0.00725683;REVB=-0.0340885;RO=30;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500871;STB=0.805485;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0176726;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:2:12:14:16:2:12:14:16 chr2 133013706 . A G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0170832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.647;QD=3.73334;RBI=0.0232835;REFB=-0.00212601;REVB=-0.0158204;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188652;STB=0.633403;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0351727;OID=.;OPOS=133013706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:2:5:21:16:2:5:21:16 chr2 133013756 . G A 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0208593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4163;QD=10.4381;RBI=0.043073;REFB=-0.00155675;REVB=-0.0376852;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31196;STB=0.689341;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00348045;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:14:13:3:10:14:13 chr2 133014602 . G C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00355614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.109;QD=11.13;RBI=0.0307812;REFB=0.00108902;REVB=-0.0305751;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00297899;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:10:7:5:5:10:7 chr2 133014612 . A C 63.99 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00412318;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.356;QD=9.84397;RBI=0.0114423;REFB=-0.0280245;REVB=-0.0106736;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.061049;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:17:17:8:9:0.346154:3:5:9:8:4:5:9:8 chr2 133014651 . A AC 46.36 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0264637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8022;QD=6.39466;RBI=0.0295958;REFB=-0.0494893;REVB=-0.013251;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=ins;VARB=0.0845069;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:5:5:11:8:46:19:5:5:11:8 chr2 133036254 . T C 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00800425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.822;QD=3.67714;RBI=0.0112153;REFB=-0.00428405;REVB=0.00785584;RO=43;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22501;STB=0.66976;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0145448;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:51:52:43:44:8:8:0.153846:2:6:25:18:2:6:25:19 chr2 133036257 . TG CA 49.48 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0172814;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=336.988;QD=3.88098;RBI=0.0251689;REFB=0.00241691;REVB=-0.0182983;RO=43;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250961;STB=0.676949;STBP=0.339;TYPE=mnp;VARB=-0.0121048;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:52:51:43:43:8:8:0.156863:2:6:24:19:2:6:24:19 chr2 133036263 . A G 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0212794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.615;QD=4.72329;RBI=0.0293207;REFB=-0.00659557;REVB=0.0201716;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20004;STB=0.63358;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0134103;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:3:7:24:20:3:7:24:20 chr2 133036280 . A C 87.74 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00487832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8109;QD=6.88156;RBI=0.012214;REFB=-0.00574957;REVB=-0.0111975;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378737;STB=0.534825;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0164538;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:50:51:38:39:12:12:0.235294:5:7:21:17:5:7:21:18 chr2 133036337 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00332688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.997;QD=9.4953;RBI=0.0410976;REFB=-0.0249108;REVB=-0.0409628;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430506;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338431;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:13:11:5:6:13:11 chr2 133036343 . C T 83.87 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0903138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.375;QD=10.1662;RBI=0.107618;REFB=0.0143183;REVB=0.0585234;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0219857;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:12:10:5:6:12:10 chr2 133036364 . G A 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0351318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9379;QD=10.2352;RBI=0.0470794;REFB=-0.00731107;REVB=0.0313406;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813642;STB=0.549196;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0198992;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:10:9:4:6:10:9 chr2 133036571 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.01988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.358;QD=5.21557;RBI=0.0201867;REFB=-0.00919237;REVB=-0.00350583;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4812;STB=0.821684;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0435155;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:9:12:1:5:9:12 chr2 133036619 . CC TG 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.014583;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.103;QD=9.53624;RBI=0.0170104;REFB=-0.00545556;REVB=0.0087573;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368418;STB=0.720964;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0117863;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:9:18:4:8:9:18 chr2 133036630 . A G 142.87 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00583767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.986;QD=9.85297;RBI=0.0220985;REFB=-0.0187572;REVB=0.0213135;RO=38;SAF=3;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426988;STB=0.751376;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0506069;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:16:3:18:20:16:3:18:21 chr2 133036632 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00599229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.512;QD=10.853;RBI=0.00892771;REFB=-0.00384623;REVB=-0.00661789;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280194;STB=0.665291;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0267998;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:16:5:18:21:16:5:18:21 chr2 133036650 . T G 441.8 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00400021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7309;QD=25.6113;RBI=0.0161061;REFB=-0.0411264;REVB=0.0156014;RO=27;SAF=17;SAR=24;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615121;STB=0.529313;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0569423;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:41:42:0.608696:24:17:9:18:25:17:9:18 chr2 133036661 . A AT 369.11 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0261082;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=73.7501;QD=19.6857;RBI=0.0325857;REFB=-0.00178873;REVB=-0.0194984;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915226;STB=0.547971;STBP=0.427;TYPE=ins;VARB=0.00106341;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506667:38:77:38:75:37:13:25:16:21:99:39:13:25:17:22 chr2 133036666 . AC A 366.32 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0266005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3924;QD=19.0294;RBI=0.0321921;REFB=-0.0105301;REVB=-0.0181312;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500406;STB=0.532653;STBP=0.568;TYPE=del;VARB=0.00347201;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506494:38:77:39:77:38:14:25:16:22:99:38:14:24:16:22 chr2 133036669 . G T 394.47 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00353301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.755;QD=19.9733;RBI=0.0527427;REFB=-0.0150328;REVB=-0.0526242;RO=39;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331184;STB=0.518385;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0149956;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:25:15:16:23:25:15:16:23 chr2 133036693 . T G 770.26 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0194411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.956;QD=37.1208;RBI=0.0304403;REFB=-0.0570755;REVB=0.0234234;RO=21;SAF=28;SAR=34;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566287;STB=0.530377;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0165287;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:21:62:62:0.746988:34:28:7:14:34:28:7:14 chr2 133036695 . C A 68.43 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00743052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.583;QD=3.29772;RBI=0.0348059;REFB=-0.000155888;REVB=-0.0340035;RO=68;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157636;STB=0.615214;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0017858;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:83:68:70:13:13:0.156627:6:7:28:40:6:7:28:42 chr2 133036697 . A G 747.32 PASS AF=0.72619;AO=62;DP=84;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0286826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.365;QD=35.5866;RBI=0.0290866;REFB=-0.016067;REVB=0.00483119;RO=22;SAF=28;SAR=34;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020972;STB=0.518717;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00888703;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:22:23:62:61:0.72619:34:28:9:13:33:28:9:14 chr2 133036704 . T C 513.64 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00903647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.797;QD=24.459;RBI=0.0102286;REFB=-0.00525987;REVB=-0.00479228;RO=35;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069904;STB=0.50302;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0023728;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:27:21:15:20:27:21:16:20 chr2 133036714 . A G 511.85 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00167377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7576;QD=24.0873;RBI=0.0358669;REFB=-0.0062273;REVB=0.0358279;RO=37;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176521;STB=0.509683;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0112641;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:27:21:17:20:27:21:17:20 chr2 133036716 . G T 511.9 PASS AF=0.564706;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00565933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.536;QD=24.0894;RBI=0.00936662;REFB=-0.031023;REVB=-0.00746361;RO=36;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152469;STB=0.509683;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0245893;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:37:47:48:0.564706:27:20:16:20:27:21:17:20 chr2 133036720 . T C 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0311336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.42;QD=3.97913;RBI=0.033114;REFB=5.21179e-05;REVB=-0.0112801;RO=70;SAF=8;SAR=7;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113332;STB=0.574005;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-5.28957e-05;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:7:8:31:39:7:8:31:39 chr2 133036742 . T C 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0237856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.07;QD=17.2223;RBI=0.0338396;REFB=-0.0232325;REVB=0.0240701;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147228;STB=0.582654;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00833865;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:17:19:12:20:17:19 chr2 133036787 . C A 118.35 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0116244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.285;QD=14.3456;RBI=0.0132932;REFB=-0.0153299;REVB=-0.00644838;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123637;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0241151;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:7:6:9:10:8:6:9:10 chr2 133036797 . A AAGC 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0235081;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=274.642;QD=10.6682;RBI=0.0243086;REFB=-0.00201592;REVB=-0.00618701;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902872;STB=0.565086;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.00262703;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:33:10:28:18:4:6:9:9:74:23:4:6:11:12 chr2 133036812 . T C 43.95 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00732837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.895;QD=6.06213;RBI=0.0138194;REFB=-0.00256554;REVB=-0.0117163;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259708;STB=0.6696;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0139162;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:11:11:5:2:11:11 chr2 133037140 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00499155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.481;QD=10.0338;RBI=0.0304451;REFB=-0.0199425;REVB=0.0300331;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0317055;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr2 133037153 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.014018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.807;QD=11.0924;RBI=0.0426816;REFB=0.0131853;REVB=-0.0403139;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320004;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0161509;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:4:5:0.454545:1:3:2:3:1:4:3:3 chr2 133037226 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0118907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.933;QD=24.1269;RBI=0.024409;REFB=-0.00292613;REVB=-0.0213169;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818522;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00356111;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:7:4:6:11:7:4 chr2 133037311 . C A 235.72 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0122981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6439;QD=26.1911;RBI=0.0330826;REFB=-0.00502519;REVB=-0.0307119;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154276;STB=0.566951;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00329467;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:10:12:10:3:10:12:10:4 chr2 133037397 . C T 212.34 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00768693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7608;QD=27.3982;RBI=0.0287188;REFB=-0.00365614;REVB=0.0276709;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118873;STB=0.565851;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00344261;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:7:4:11:9:7:4 chr2 133037512 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=-0.0122291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.981;QD=2.64362;RBI=0.0125313;REFB=-0.00224114;REVB=-0.00273565;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50312;STB=0.81429;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00802489;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:3:40:4:2:3:40 chr2 133037568 . T C 600.35 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00429086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1565;QD=45.3097;RBI=0.0244595;REFB=-0.0162832;REVB=0.0240802;RO=5;SAF=1;SAR=46;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532598;STB=0.789515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00959235;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:5:6:47:47:0.886792:46:1:3:2:46:1:3:3 chr2 133037812 . A G 638.32 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.236;QD=60.7924;RBI=0.040971;REFB=0;REVB=0.0157427;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272316;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr2 133038166 . T C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.000986499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.81;QD=14.3335;RBI=0.0936942;REFB=0.100446;REVB=0.093689;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225517;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0187751;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:3:7:4:5:3:7 chr2 133038179 . AG CT 136.37 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00655155;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.427;QD=20.9801;RBI=0.00703814;REFB=-0.0291217;REVB=0.00257152;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336491;STB=0.692012;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.00866091;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:26:11:11:13:13:0.5:4:9:3:8:4:9:3:8 chr2 133038188 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0550233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7136;QD=20.1573;RBI=0.0571239;REFB=0.0246098;REVB=-0.0153486;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440943;STB=0.749687;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0243974;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:4:12:3:11:4:12:3:11 chr2 133038228 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0120149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.266;QD=23.5979;RBI=0.0193286;REFB=-0.0156995;REVB=-0.0151406;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322199;STB=0.678978;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0138194;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:5:16:9:16:5:16 chr2 133038234 . C T 253.97 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0398067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.067;QD=21.6144;RBI=0.0494656;REFB=-0.0223248;REVB=0.0293645;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34749;STB=0.694286;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00811571;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:6:17:8:16:6:17 chr2 133038264 . G A 227.8 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0476122;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.719;QD=20.7093;RBI=0.0641578;REFB=0.0409873;REVB=0.0430035;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406499;STB=0.719808;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0206111;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:22:22:22:0.5:7:15:5:18:7:15:5:17 chr2 133038275 . C T 184.63 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.012054;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.455;QD=17.5838;RBI=0.0124033;REFB=-0.00105723;REVB=-0.00292292;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382123;STB=0.715782;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000946078;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:5:18:7:12:5:18 chr2 133038280 . A C 197.28 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0280736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=18.7885;RBI=0.0323508;REFB=-0.0132147;REVB=-0.0160762;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441353;STB=0.73177;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00281539;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:22:19:20:0.47619:7:12:2:17:7:13:4:18 chr2 133038365 . G T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0284662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.4953;QD=5.68923;RBI=0.0346275;REFB=0.00908552;REVB=-0.0197165;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074592;STB=0.562303;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0258599;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:4:2:5:13:4:2:5:14 chr2 133038366 . C T 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0254875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=29.3738;RBI=0.0370592;REFB=-0.0137335;REVB=0.026903;RO=7;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129623;STB=0.572237;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00561584;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:13:4:3:4:13:4:3:4 chr2 133038378 . A G 52.53 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0338383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.216;QD=11.0579;RBI=0.0342139;REFB=-9.65767e-05;REVB=-0.00505549;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046104;STB=0.5996;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0104709;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:19:19:9:9:5:5:0.263158:3:2:4:5:3:2:5:4 chr2 133038491 . T C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0361439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.587;QD=8.37073;RBI=0.0385088;REFB=0.00281192;REVB=-0.0132872;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278723;STB=0.672938;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0139661;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:14:14:3:8:14:14 chr2 133038501 . G A 60.75 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00925551;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.104;QD=5.65084;RBI=0.0156321;REFB=-0.00254599;REVB=0.0125976;RO=34;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325474;STB=0.715396;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00736422;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:43:34:34:9:9:0.209302:2:7:18:16:2:7:18:16 chr2 133038515 . A G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00242994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.369;QD=7.04963;RBI=0.0565149;REFB=-0.00332049;REVB=0.0564626;RO=30;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501306;STB=0.82816;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00666436;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:1:9:17:13:1:9:17:13 chr2 133038530 . A G 70.52 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0105984;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.572;QD=6.56007;RBI=0.0200986;REFB=-0.0116391;REVB=-0.0170771;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38777;STB=0.741746;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0635401;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:43:32:33:10:10:0.232558:2:8:16:16:2:8:17:16 chr2 133038543 . A G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0249848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.643;QD=4.76325;RBI=0.0253539;REFB=-0.00172484;REVB=-0.00431077;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380036;STB=0.755283;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0152554;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:2:7:19:21:2:7:19:21 chr2 133038569 . T C 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0122658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.955;QD=4.85922;RBI=0.0248574;REFB=-0.00617089;REVB=-0.0216204;RO=55;SAF=10;SAR=4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244203;STB=0.65766;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0238941;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:4:10:29:26:4:10:29:26 chr2 133038580 . C T 107.9 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0038497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.451;QD=5.75444;RBI=0.0119956;REFB=-0.0069028;REVB=0.0113611;RO=56;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878296;STB=0.568639;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.023824;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:58:17:17:0.226667:7:10:29:27:7:10:29:29 chr2 133038625 . G A 145.46 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00461066;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.975;QD=8.6844;RBI=0.0217345;REFB=-0.0100339;REVB=-0.0212398;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106564;STB=0.563572;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0267646;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:47:47:20:20:0.298507:12:8:23:24:12:8:23:24 chr2 133038681 . T C 63.03 PASS AF=0.10241;AO=17;DP=166;FAO=17;FDP=166;FR=.;FRO=149;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=131;FWDB=0.00445015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.494;QD=1.51885;RBI=0.00535487;REFB=-0.000527619;REVB=0.00297839;RO=149;SAF=3;SAR=14;SRF=18;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136125;STB=0.59661;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0226578;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:166:166:149:149:17:17:0.10241:14:3:18:131:14:3:18:131 chr2 133038686 . A G 1553.88 PASS AF=0.778481;AO=123;DP=163;FAO=123;FDP=158;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=118;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.026389;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.981;QD=39.3386;RBI=0.0280653;REFB=-0.0135936;REVB=0.00955402;RO=33;SAF=5;SAR=118;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524064;STB=0.783368;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00297812;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:158:33:35:123:123:0.778481:118:5:16:17:118:5:16:19 chr2 133038693 . A T 1313.91 PASS AF=0.691358;AO=112;DP=162;FAO=112;FDP=162;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=111;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0251892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.606;QD=32.4423;RBI=0.0263995;REFB=0.00382883;REVB=0.00790173;RO=49;SAF=1;SAR=111;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.791512;STB=0.94283;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00103033;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:49:50:112:112:0.691358:111:1:20:29:111:1:20:30 chr2 133038724 . T C 623.62 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=54;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0344316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.567;QD=25.454;RBI=0.0359568;REFB=-0.0200527;REVB=-0.0103612;RO=34;SAF=2;SAR=54;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672283;STB=0.866364;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0288961;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:34:42:56:56:0.571429:54:2:17:17:54:2:17:25 chr2 133038728 . CT CG,GG 584.1 PASS AF=0.609756,0.292683;AO=25,12;DP=43;FAO=25,12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=12,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197395,0.00335366;FXX=0.0465008;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=77.2232,76.4752;QD=56.9853;RBI=0.00990041,0.00787025;REFB=0,0;REVB=0.00970163,0.00711996;RO=0;SAF=13,2;SAR=12,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0262331,0.00923768;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:41:0:0:25,12:25,12:0.609756,0.292683:12,10:13,2:0:0:12,10:13,2:0:0 chr2 133038740 . G A 64.55 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0756351;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.965;QD=8.90337;RBI=0.0797383;REFB=0.00333772;REVB=0.0252495;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385455;STB=0.739278;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00569941;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:11:9:7:2:11:9 chr2 133038745 . T C 78.33 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00104655;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.351;QD=13.055;RBI=0.0204583;REFB=0.0160005;REVB=-0.0204315;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435168;STB=0.771361;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0188597;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:24:14:14:9:10:0.416667:7:2:9:5:8:2:9:5 chr2 133038886 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.664;QD=39.2067;RBI=0.0117025;REFB=0;REVB=0.00956891;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475097;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 133038998 . A G 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.016346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.436;QD=6.5439;RBI=0.0168229;REFB=0.0045226;REVB=-0.00397731;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980232;STB=0.562346;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0164148;OID=.;OPOS=133038998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:14:10:4:4:14:10 chr2 133039014 . A G 98.74 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00181481;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.459;QD=13.1654;RBI=0.00378817;REFB=-0.0107248;REVB=-0.00332517;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178516;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:6:6:9:9:6:6:9:9 chr2 133039048 . A G 95.21 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00184139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.953;QD=13.6017;RBI=0.00879142;REFB=-0.0118508;REVB=0.00859641;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0197976;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:28:15:16:10:12:0.428571:4:6:9:6:5:7:9:7 chr2 133039061 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00554209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.356;QD=13.5764;RBI=0.00575221;REFB=-0.0144521;REVB=-0.00154051;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.522578;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0242358;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:12:13:0.40625:4:8:10:8:5:8:11:8 chr2 133039063 . T C 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0464034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.895;QD=11.594;RBI=0.0477111;REFB=-0.00956707;REVB=-0.0110937;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130519;STB=0.59558;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0218451;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:4:8:11:9:4:8:11:10 chr2 133039074 . AT GC 96.51 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00563395;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.359;QD=11.3537;RBI=0.00975921;REFB=-0.0151915;REVB=-0.00796873;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.679;TYPE=mnp;VARB=0.0190948;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:13:9:4:8:13:9 chr2 133039087 . A G 81.76 PASS AF=0.323529;AO=9;DP=38;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0229196;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.969;QD=9.61898;RBI=0.0230816;REFB=-0.0137228;REVB=0.0027299;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072486;STB=0.682383;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0273173;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:34:23:23:9:11:0.323529:3:6:14:9:2:9:14:9 chr2 133039090 . T C 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0143034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.498;QD=18.709;RBI=0.0147537;REFB=-0.00626094;REVB=0.00361728;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168817;STB=0.596783;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00774905;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:4:14:12:7:4:14:12:7 chr2 133039101 . A G 132.68 PASS AF=0.405405;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0156227;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7354;QD=14.3441;RBI=0.0466581;REFB=-0.021893;REVB=-0.0439649;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537726;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0305152;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:22:12:15:0.405405:4:8:14:7:4:11:15:7 chr2 133039105 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0657908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7728;QD=12.6375;RBI=0.0710402;REFB=-0.00403115;REVB=0.026801;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213639;STB=0.628346;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00669148;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:15:6:2:11:15:6 chr2 133039128 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0268345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4637;QD=7.04772;RBI=0.0270118;REFB=0.00560117;REVB=-0.00308992;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259258;STB=0.666222;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0139166;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:12:10:2:6:12:10 chr2 133039132 . T C 52.97 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0107543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.003;QD=7.30688;RBI=0.0141924;REFB=-0.0229504;REVB=-0.00926115;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280468;STB=0.67877;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0527952;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:11:10:2:6:11:10 chr2 133039135 . G T 63.87 PASS AF=0.3;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0255023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1941;QD=8.51564;RBI=0.0383202;REFB=0.00581554;REVB=-0.028602;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251243;STB=0.669154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0178443;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:30:20:21:8:9:0.3:2:6:11:9:2:7:12:9 chr2 133039137 . A G 54.4 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.118505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1594;QD=7.25376;RBI=0.121715;REFB=0.0295956;REVB=-0.0277686;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.634255;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00313853;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:30:17:22:7:8:0.266667:2:5:8:9:2:6:13:9 chr2 133039143 . C T 33.72 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0007984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.016;QD=3.64532;RBI=0.0200679;REFB=-0.00792831;REVB=-0.020052;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175342;STB=0.621241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.097822;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:20:11:3:3:20:11 chr2 133039156 . TG CA,CG 309.53 PASS AF=0.159091,0.5;AO=7,20;DP=44;FAO=7,22;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=4,17;FSAR=3,5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0162385,-0.00976016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.47,173.685;QD=28.1393;RBI=0.0182463,0.0124641;REFB=-0.00800995,-0.00527591;REVB=0.00832098,-0.00775191;RO=15;SAF=4,15;SAR=3,5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319978,0.140251;STB=0.519943,0.589818;STBP=0.935,0.23;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00608115,0.00487847;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:15:15:7,20:7,22:0.159091,0.5:3,5:4,15:9:6:3,5:4,17:9:6 chr2 133039164 . C T 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00167744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.132;QD=3.6377;RBI=0.0106894;REFB=-0.00604794;REVB=0.010557;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219445;STB=0.648278;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.033657;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:28:10:3:4:28:10 chr2 133039166 . T C 259.09 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0528492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4846;QD=24.1016;RBI=0.0829919;REFB=-0.00375638;REVB=-0.0639892;RO=19;SAF=19;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217081;STB=0.622054;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00200159;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:5:19:11:8:5:19:11:8 chr2 133039171 . C G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00617646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.599;QD=19.9932;RBI=0.016503;REFB=0.00219091;REVB=0.0153036;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199395;STB=0.605494;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000987385;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:5:17:13:9:5:17:14:9 chr2 133039176 . A G 217.43 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00648226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.747;QD=20.226;RBI=0.0220369;REFB=0.00354617;REVB=0.0210619;RO=21;SAF=17;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272377;STB=0.62129;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00288199;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:4:17:12:9:5:17:12:9 chr2 133039199 . AC TG 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0195171;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.467;QD=17.56;RBI=0.0195416;REFB=-0.00286488;REVB=0.000977105;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326113;STB=0.689413;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.00689704;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:12:9:3:15:12:9 chr2 133039208 . AC GT 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00914975;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=325.434;QD=17.56;RBI=0.00997034;REFB=0.00387609;REVB=0.00396102;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326113;STB=0.689413;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=-0.00339398;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:12:9:3:15:12:9 chr2 133039221 . C T 60.44 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0324761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.153;QD=6.19866;RBI=0.0340956;REFB=-0.00112476;REVB=0.0103833;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214304;STB=0.642575;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0122818;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:4:5:21:8:4:5:22:8 chr2 133039222 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00467789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.027;QD=3.64932;RBI=0.0100254;REFB=-0.00846245;REVB=-0.00886718;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258196;STB=0.675163;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0102296;OID=.;OPOS=133039222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:22:9:3:3:22:9 chr2 133175168 . A C 611.09 PASS AF=0.658537;AO=50;DP=75;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0154816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.358;QD=29.8093;RBI=0.0187295;REFB=-0.0147205;REVB=-0.0105411;RO=25;SAF=19;SAR=31;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039584;STB=0.511581;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0103546;OID=.;OPOS=133175168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:82:25:28:50:54:0.658537:31:19:8:17:31:23:11:17 chr2 133281214 . A G 706.19 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000325992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.205;QD=62.7727;RBI=0.0213458;REFB=0;REVB=0.0213433;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117077;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr2 133402862 . C G 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0292967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.198;QD=6.88077;RBI=0.0524702;REFB=-0.0155929;REVB=-0.0435295;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849746;STB=0.573647;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0400351;OID=.;OPOS=133402862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:37:39:12:12:0.235294:5:7:19:18:5:7:19:20 chr2 133538651 . C T 628.06 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.015056;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.446;QD=33.4962;RBI=0.0160349;REFB=-0.0094543;REVB=0.00551671;RO=22;SAF=28;SAR=25;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935718;STB=0.505049;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00404599;OID=.;OPOS=133538651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:22:22:53:53:0.706667:25:28:12:10:25:28:12:10 chr2 133539566 . G A 935.39 PASS AF=0.765957;AO=72;DP=94;FAO=72;FDP=94;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0120445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.778;QD=39.8036;RBI=0.0132959;REFB=-0.00488891;REVB=0.00563122;RO=22;SAF=31;SAR=41;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308104;STB=0.516492;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0016381;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:22:22:72:72:0.765957:41:31:11:11:41:31:11:11 chr2 133540634 . G C 497.68 PASS AF=0.754386;AO=42;DP=56;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0366969;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1281;QD=34.9247;RBI=0.0401392;REFB=-0.00877584;REVB=0.0162634;RO=14;SAF=15;SAR=27;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104417;STB=0.558031;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00413082;OID=.;OPOS=133540634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:57:14:14:42:43:0.754386:27:15:8:6:28:15:8:6 chr2 133541422 . T A 1406.82 PASS AF=0.846774;AO=105;DP=124;FAO=105;FDP=124;FR=.;FRO=19;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0186068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.912;QD=45.3814;RBI=0.0186069;REFB=-0.0218767;REVB=-4.77241e-05;RO=19;SAF=45;SAR=60;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744712;STB=0.539527;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00448476;OID=.;OPOS=133541422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:19:19:105:105:0.846774:60:45:13:6:60:45:13:6 chr2 133541444 . T C 1118.91 PASS AF=0.836538;AO=87;DP=104;FAO=87;FDP=104;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00620372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.287;QD=43.0351;RBI=0.016888;REFB=0.00788678;REVB=0.0157073;RO=17;SAF=40;SAR=47;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576489;STB=0.530655;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00193979;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:17:17:87:87:0.836538:47:40:11:6:47:40:11:6 chr2 133541454 . A G 1112.2 PASS AF=0.828571;AO=87;DP=105;FAO=87;FDP=105;FR=.;FRO=18;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00944526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.262;QD=42.3694;RBI=0.0109533;REFB=0.0205423;REVB=-0.00554642;RO=18;SAF=39;SAR=48;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705594;STB=0.537541;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00589948;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:18:18:87:87:0.828571:48:39:12:6:48:39:12:6 chr2 133541575 . C T 372.21 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0116225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.838;QD=31.0177;RBI=0.0152499;REFB=-0.0269765;REVB=0.00987306;RO=17;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435059;STB=0.523794;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0149267;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:11:20:12:5:11:20:12:5 chr2 133542014 . T C 559.35 PASS AF=0.783333;AO=34;DP=59;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0281485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0256;QD=37.2899;RBI=0.119953;REFB=-0.0163663;REVB=0.116604;RO=11;SAF=27;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153724;STB=0.524827;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00653918;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:60:11:13:34:47:0.783333:7:27:6:5:20:27:6:7 chr2 133542545 . G A 86.62 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0320991;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.064;QD=21.6546;RBI=0.0321178;REFB=0.0156206;REVB=-0.0010958;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.624765;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0288724;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:5:6:10:10:0.625:5:5:1:4:5:5:1:5 chr2 133554288 . A G 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.138646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9017;QD=35.4813;RBI=0.139067;REFB=0.0486303;REVB=0.0108072;RO=6;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947303;STB=0.551677;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00751441;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:13:8:1:5:13:8:1:5 chr2 135710322 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6334;QD=62.0191;RBI=0.115409;REFB=0;REVB=0.00771897;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177842;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 135711516 . C A,T 100.72 PASS AF=0.3,0.7;AO=2,7;DP=9;FAO=3,7;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380063,0.050905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.988,76.8745;QD=40.2859;RBI=0.0454926,0.0511293;REFB=0,0;REVB=0.0250019,0.00478391;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.102897,0.00597102;OID=.,.;OPOS=135711516,135711516;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:9:10:0:0:2,7:3,7:0.3,0.7:1,5:1,2:0:0:2,5:1,2:0:0 chr2 135711657 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.235;QD=58.1421;RBI=0.0280165;REFB=0;REVB=0.00696959;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81964e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 135740876 . A G 334.77 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0368331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.485;QD=33.4773;RBI=0.0371135;REFB=0.0131422;REVB=0.00455356;RO=12;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205816;STB=0.611043;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00371723;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:21:7:0:12:21:7:0:12 chr2 135745392 . G A 340.4 PASS AF=0.622642;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00814308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.129;QD=25.6903;RBI=0.0114981;REFB=-0.0238036;REVB=-0.00811765;RO=20;SAF=26;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24724;STB=0.639715;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0161189;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:32:33:0.622642:6:26:11:9:6:27:11:9 chr2 135745545 . C T 390.26 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0265878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1022;QD=33.2136;RBI=0.0270144;REFB=-0.0164385;REVB=0.00478214;RO=15;SAF=20;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261906;STB=0.514277;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00619384;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:12:20:10:5:12:20:10:5 chr2 135745722 . A G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0388391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.074;QD=25.4946;RBI=0.0403163;REFB=-0.00389565;REVB=-0.0108133;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.547876;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-6.58639e-05;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:6:7:14:14:0.666667:8:6:4:2:8:6:4:3 chr2 135781035 . C T 88.84 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00583638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8286;QD=5.73147;RBI=0.0441348;REFB=-0.00111276;REVB=0.0437472;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198318;STB=0.62886;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0104675;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:62:62:47:48:14:14:0.225806:7:7:31:16:7:7:32:16 chr2 135893372 . A G 153.57 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0325223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.932;QD=21.9382;RBI=0.0336166;REFB=-0.0382868;REVB=0.00850757;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279744;STB=0.642704;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0291035;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:15:16:0.571429:9:6:1:11:10:6:1:11 chr2 135911422 . T C 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.135;QD=57.5358;RBI=0.0556569;REFB=0;REVB=0.0465319;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044987;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr2 135965376 . T C 65.22 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0267272;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1111;QD=5.43489;RBI=0.0668984;REFB=-0.0204193;REVB=0.0613275;RO=36;SAF=8;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435209;STB=0.705429;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.061856;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:48:48:36:38:9:10:0.208333:1:8:22:14:2:8:22:16 chr2 135988127 . T A 108.49 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=106;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0183386;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.714;QD=4.13281;RBI=0.0409044;REFB=-0.00127343;REVB=-0.0365632;RO=86;SAF=3;SAR=16;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465165;STB=0.805787;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0104266;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:86:86:19:19:0.180952:16:3:43:43:16:3:43:43 chr2 135988186 . G A 317.24 PASS AF=0.264368;AO=46;DP=174;FAO=46;FDP=174;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=0.00586483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.7;QD=7.29294;RBI=0.00644042;REFB=-0.00491914;REVB=0.00266135;RO=128;SAF=17;SAR=29;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173238;STB=0.603202;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0111925;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:128:128:46:46:0.264368:29:17:65:63:29:17:65:63 chr2 135988235 . C T 416.52 PASS AF=0.285714;AO=55;DP=195;FAO=56;FDP=196;FR=.;FRO=140;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.015872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.044;QD=8.50049;RBI=0.0586886;REFB=-0.00485222;REVB=-0.0565016;RO=139;SAF=19;SAR=36;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18891;STB=0.618244;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.028712;OID=.;OPOS=135988235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:139:140:55:56:0.285714:36:19:69:70:37:19:70:70 chr2 135988416 . C T 41.46 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0105764;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.575;QD=3.68576;RBI=0.0124529;REFB=-0.000468377;REVB=-0.00657386;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229244;STB=0.538351;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00247954;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:21:17:3:4:20:18 chr2 136393658 . A G 594.79 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0307005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.341;QD=39.0026;RBI=0.0314166;REFB=-0.0330697;REVB=0.00666984;RO=12;SAF=26;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418223;STB=0.522429;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00504001;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:12:12:49:49:0.803279:23:26:5:7:23:26:5:7 chr2 136396300 . T C 562.41 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000695888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.968;QD=32.138;RBI=0.0260846;REFB=0.00969106;REVB=0.0260753;RO=21;SAF=24;SAR=25;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716556;STB=0.538715;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00666553;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:25:24:13:8:25:24:13:8 chr2 136407479 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000489436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=57.5449;RBI=0.0173694;REFB=0;REVB=0.0173625;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64186e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:13:45:0:0:13:45:0:0 chr2 136546110 . A G 524.66 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.041889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.263;QD=38.1574;RBI=0.0418891;REFB=0.0265551;REVB=-8.06662e-05;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339905;STB=0.518264;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00606248;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:24:20:6:5:24:20:6:5 chr2 136555659 . T C 424.9 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00777598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8576;QD=47.2116;RBI=0.0236297;REFB=-0.0318133;REVB=0.0223136;RO=4;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434222;STB=0.52446;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00701878;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:31:32:0.888889:14:17:3:1:15:17:3:1 chr2 136561557 . G A 923.33 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00396679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.481;QD=56.8201;RBI=0.00406164;REFB=-0.033174;REVB=-0.000872653;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000282128;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:0:1:29:35:0:1 chr2 136562472 . G A 103.22 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00562089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.897;QD=6.1621;RBI=0.010509;REFB=-0.00360566;REVB=-0.0088794;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254936;STB=0.682684;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0181956;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:51:16:16:0.238806:12:4:19:24:12:4:24:27 chr2 136575199 . G T 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0382296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.05;QD=40.4236;RBI=0.0547063;REFB=0.0572767;REVB=0.0391315;RO=4;SAF=19;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184135;STB=0.601162;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00577077;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:3:19:2:2:3:19:2:2 chr2 136575534 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.272;QD=39.2067;RBI=0.0484995;REFB=0;REVB=0.0484155;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564503;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr2 136590746 . C T 146.34 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0204732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.566;QD=7.40972;RBI=0.0228187;REFB=-0.000580258;REVB=-0.0100768;RO=58;SAF=7;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341002;STB=0.70473;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00085349;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:14:7:36:22:14:7:36:22 chr2 136594158 . G A 884.82 PASS AF=0.87013;AO=66;DP=77;FAO=67;FDP=77;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0275743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.797;QD=45.9647;RBI=0.0330258;REFB=-0.0345532;REVB=0.0181759;RO=11;SAF=30;SAR=36;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08973e-08;STB=0.506847;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00508207;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:77:77:11:10:66:67:0.87013:36:30:5:6:37:30:5:5 chr2 137814138 . T C 735.63 PASS AF=0.693182;AO=61;DP=88;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0143777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.366;QD=33.4379;RBI=0.034456;REFB=-0.0267495;REVB=0.0313129;RO=27;SAF=32;SAR=29;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045586;STB=0.524582;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00898015;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:27:61:61:0.693182:29:32:12:15:29:32:12:15 chr2 137814258 . T C 546.86 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0161484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.133;QD=28.782;RBI=0.0171751;REFB=-0.0311866;REVB=0.00584934;RO=27;SAF=23;SAR=26;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793064;STB=0.504309;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0222848;OID=.;OPOS=137814258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:26:23:13:14:26:23:13:14 chr2 138237038 . C T 397.9 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0852614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6925;QD=53.0526;RBI=0.11012;REFB=0.0360474;REVB=-0.069691;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0144873;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:0:1:29:29:0.966667:9:20:0:0:9:20:1:0 chr2 138373779 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.034049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3877;QD=13.2306;RBI=0.0682068;REFB=-0.00982048;REVB=-0.0591001;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15086;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0137167;OID=.;OPOS=138373779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:16:13:10:7:16:13 chr2 138420996 . A G 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00275665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.929;QD=5.86392;RBI=0.00771155;REFB=-0.0130726;REVB=0.00720201;RO=57;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112061;STB=0.569539;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0405706;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:8:9:25:32:8:9:25:32 chr2 138773229 . G A 854.36 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.704;QD=56.9576;RBI=0.0522208;REFB=0;REVB=-0.0515663;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37438e-05;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:30:27:0:0:30:30:0:0 chr2 139045852 . A G 378.01 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00685904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.658;QD=27.0003;RBI=0.0194026;REFB=-0.0144133;REVB=0.0181497;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653827;STB=0.535695;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00822564;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:18:18:12:8:18:18:12:8 chr2 139045855 . C T 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0101781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.791;QD=11.1845;RBI=0.0118521;REFB=-0.0117012;REVB=-0.00607276;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406245;STB=0.523784;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0261389;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:19:16:8:11:19:16 chr2 139045929 . C T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00655939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8361;QD=6.10427;RBI=0.0401477;REFB=-0.00811655;REVB=-0.0396082;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984378;STB=0.562355;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.029698;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:21:5:2:6:21:5 chr2 139045972 . T C 581.1 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0642768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6051;QD=58.11;RBI=0.104237;REFB=-0.0584589;REVB=-0.0820599;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000997221;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:11:28:0:1:11:28:0:1 chr2 139045987 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0148954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.194;QD=4.63866;RBI=0.0521722;REFB=-0.00434925;REVB=-0.0500007;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233907;STB=0.51566;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0192819;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:4:5:22:19:4:5:22:19 chr2 139326879 . G C 692.82 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850758;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.104;QD=62.984;RBI=0.0105134;REFB=0;REVB=-0.00617672;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82928e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr2 139621319 . A ATCT 85.23 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=68;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0323353;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.599;QD=5.24463;RBI=0.0369394;REFB=-0.00630399;REVB=-0.0178591;RO=54;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684066;STB=0.502239;STBP=0.997;TYPE=ins;VARB=0.0183659;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215385:13:68:14:65:51:6:8:22:29:85:54:6:7:22:32 chr2 139621326 . G A 102.6 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0458053;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.717;QD=7.0755;RBI=0.0542913;REFB=6.65835e-05;REVB=-0.0291448;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114244;STB=0.503592;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.000269338;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:44:43:15:15:0.258621:9:6:18:26:9:6:17:26 chr2 140979107 . C T 100.81 PASS AF=0.15625;AO=20;DP=127;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.000636661;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.349;QD=3.15019;RBI=0.0494976;REFB=-0.00868996;REVB=-0.0494935;RO=104;SAF=10;SAR=10;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122733;STB=0.562439;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0383043;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:104:108:20:20:0.15625:10:10:62:42:10:10:62:46 chr2 141032088 . C T 773.62 PASS AF=0.756098;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=82;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0119847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.943;QD=37.7376;RBI=0.012214;REFB=-0.0294276;REVB=-0.00235567;RO=20;SAF=35;SAR=27;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164425;STB=0.508818;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0124838;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:20:20:62:62:0.756098:27:35:12:8:27:35:12:8 chr2 141260668 . A G 464.61 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.056398;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2675;QD=33.1865;RBI=0.0565324;REFB=-0.00939668;REVB=-0.00389622;RO=14;SAF=24;SAR=17;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206759;STB=0.619564;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0068531;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:14:15:41:41:0.732143:17:24:2:12:17:24:2:13 chr2 141274576 . T C 620.02 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.108;QD=59.0499;RBI=0.0416997;REFB=-0.0677093;REVB=0.018204;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00036597;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr2 141299403 . G A 209.59 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00240601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.947;QD=8.13955;RBI=0.0179198;REFB=-0.00328518;REVB=0.0177575;RO=74;SAF=17;SAR=12;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104919;STB=0.562414;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00531514;OID=.;OPOS=141299403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:12:17:37:37:12:17:37:37 chr2 141571329 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.146;QD=61.2122;RBI=0.025224;REFB=0;REVB=0.0175536;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97271e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr2 141707868 . G T 2009.54 PASS AF=0.970588;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0134037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.131;QD=59.104;RBI=0.0162671;REFB=-0.0231455;REVB=0.00921729;RO=4;SAF=61;SAR=71;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161527;STB=0.508504;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-3.43353e-06;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:4:4:132:132:0.970588:71:61:3:1:71:61:3:1 chr2 141751592 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.666;QD=60.7162;RBI=0.0117698;REFB=0;REVB=0.00829605;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22985e-08;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr2 141816621 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.551;QD=63.2867;RBI=0.0371303;REFB=0;REVB=0.0207904;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110628;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 141946094 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0208063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.548;QD=9.83035;RBI=0.0428188;REFB=0.0239221;REVB=-0.0374239;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305305;STB=0.681923;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0226831;OID=.;OPOS=141946094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:8:18:5:7:8:18 chr2 142567910 . T C 478.22 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00100815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.367;QD=30.8531;RBI=0.0217132;REFB=-0.01006;REVB=-0.0216898;RO=18;SAF=26;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.589082;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00388465;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:19:43:43:0.693548:17:26:6:12:17:26:6:13 chr2 144899559 . C A 428.53 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0200099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5343;QD=30.6091;RBI=0.0416136;REFB=-0.0322949;REVB=-0.0364869;RO=15;SAF=23;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198651;STB=0.589698;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00972368;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:17:39:39:0.696429:16:23:3:12:16:23:5:12 chr2 148657117 . G A 862.95 PASS AF=0.855263;AO=64;DP=75;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0112472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.632;QD=45.4186;RBI=0.0161914;REFB=-0.0423433;REVB=0.0116474;RO=11;SAF=20;SAR=44;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125865;STB=0.563833;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00544589;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:76:11:11:64:65:0.855263:44:20:8:3:44:21:8:3 chr2 148716428 . T C 427.41 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.010303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.312;QD=40.7057;RBI=0.02725;REFB=-0.0393553;REVB=0.0252272;RO=8;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112936;STB=0.544883;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00235279;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:42:8:9:33:33:0.785714:19:14:1:7:19:14:2:7 chr2 150432976 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.135;QD=57.2026;RBI=0.0326773;REFB=0;REVB=0.0301572;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118064;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr2 151219315 . C T 1175.91 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.296;QD=59.5396;RBI=0.027667;REFB=-0.145291;REVB=0.002422;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00115832;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:29:49:0:0:29:49:1:0 chr2 152118271 . G A 1058.67 PASS AF=0.821782;AO=83;DP=101;FAO=83;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000567128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6836;QD=41.9274;RBI=0.0118297;REFB=-0.0238856;REVB=0.0118161;RO=17;SAF=32;SAR=51;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671519;STB=0.541605;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0139317;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:17:18:83:83:0.821782:51:32:10:7:51:32:11:7 chr2 152118275 . A G 1062.08 PASS AF=0.808081;AO=77;DP=96;FAO=80;FDP=99;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0315264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1951;QD=42.9124;RBI=0.0463826;REFB=-0.0164214;REVB=-0.0340211;RO=19;SAF=27;SAR=50;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901824;STB=0.540887;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00618163;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:19:19:77:80:0.808081:50:27:11:8:50:30:11:8 chr2 152132130 . A G 194.91 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0135938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.288;QD=6.96113;RBI=0.0153597;REFB=-0.000315254;REVB=0.00715034;RO=82;SAF=22;SAR=7;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363989;STB=0.716923;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00140455;OID=.;OPOS=152132130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:83:29:29:0.258929:7:22:39:43:7:22:40:43 chr2 152138522 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.117;QD=60.9786;RBI=0.0209694;REFB=0;REVB=-0.00197723;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86791e-05;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr2 152139416 . G A 1929.87 PASS AF=0.740566;AO=154;DP=209;FAO=157;FDP=212;FR=.;FRO=55;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0189793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.321;QD=36.4126;RBI=0.0325712;REFB=-0.0143405;REVB=0.0264702;RO=54;SAF=65;SAR=89;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191902;STB=0.504248;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00495705;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:54:55:154:157:0.740566:89:65:23:31:91:66:24:31 chr2 152226570 . A G 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00274199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.531;QD=9.1434;RBI=0.0421598;REFB=0.00298409;REVB=0.0420705;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526616;STB=0.531217;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00671288;OID=.;OPOS=152226570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:24:18:9:10:24:18 chr2 152228757 . A G 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0109169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.281;QD=34.4523;RBI=0.0124678;REFB=-0.015296;REVB=-0.00602234;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113775;STB=0.562437;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0049786;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:12:8:4:2:12:8:4:2 chr2 152235888 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0142327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.233;QD=5.60022;RBI=0.0462119;REFB=0.00216396;REVB=0.0439656;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252138;STB=0.661873;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0108479;OID=.;OPOS=152235888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:7:4:24:18:7:4:24:18 chr2 152266473 . T C,G 1011.17 PASS AF=0.971014,0.0289855;AO=65,3;DP=68;FAO=67,2;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230466,-0.0251836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.764,108.169;QD=58.6184;RBI=0.0655815,0.0555633;REFB=0,0;REVB=0.0613986,0.0495285;RO=0;SAF=31,3;SAR=34,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.90682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00195859,0.0951642;OID=.,.;OPOS=152266473,152266473;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:68:69:0:0:65,3:67,2:0.971014,0.0289855:34,0:31,3:0:0:35,0:32,2:0:0 chr2 152311570 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.28;QD=60.2307;RBI=0.0218306;REFB=0;REVB=0.0193361;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122833;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 152317669 . G A 80.42 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0095154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.082;QD=4.28894;RBI=0.0165955;REFB=-0.00288462;REVB=0.0135966;RO=61;SAF=2;SAR=12;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386818;STB=0.760543;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0196736;OID=.;OPOS=152317669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:12:2:24:37:12:2:24:37 chr2 152320118 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.99314e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.221;QD=59.8377;RBI=0.0101382;REFB=0;REVB=0.0101379;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05217e-05;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr2 152322095 . A T 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.321;QD=44.6826;RBI=0.166421;REFB=0;REVB=0.13494;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102825;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr2 152331418 . C G 669.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.648;QD=62.3107;RBI=0.0588722;REFB=0;REVB=0.0011708;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255096;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 152346979 . T C 372.74 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0086221;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.544;QD=26.157;RBI=0.00865657;REFB=-0.0118539;REVB=0.000771781;RO=21;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260784;STB=0.508767;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0103353;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:35:36:0.631579:17:18:10:11:18:18:10:11 chr2 152352843 . C G 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.073;QD=62.3433;RBI=0.0369402;REFB=0;REVB=-0.036824;RO=0;SAF=80;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7161e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:93:80:0:0:93:80:0:0 chr2 152387553 . T C 1061.89 PASS AF=0.75;AO=87;DP=116;FAO=87;FDP=116;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0014232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.665;QD=36.6169;RBI=0.00313746;REFB=-0.00622527;REVB=0.0027961;RO=29;SAF=31;SAR=56;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116649;STB=0.50624;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00189229;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:29:29:87:87:0.75:56:31:11:18:56:31:11:18 chr2 152387592 . G A 878.41 PASS AF=0.721154;AO=75;DP=104;FAO=75;FDP=104;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0527491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7121;QD=33.785;RBI=0.0634667;REFB=0.0055331;REVB=0.0352925;RO=29;SAF=24;SAR=51;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348812;STB=0.518739;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00168932;OID=.;OPOS=152387592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:29:29:75:75:0.721154:51:24:11:18:51:24:11:18 chr2 152398045 . G C 79.91 PASS AF=0.226415;AO=10;DP=51;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0259883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8813;QD=6.03126;RBI=0.0271933;REFB=-0.0130674;REVB=0.00800536;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930913;STB=0.605083;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.038395;OID=.;OPOS=152398045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:51:53:40:41:10:12:0.226415:6:4:19:21:8:4:19:22 chr2 152404218 . T A 64.47 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00467927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1995;QD=3.53235;RBI=0.0299177;REFB=-0.00474166;REVB=0.0295495;RO=61;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921095;STB=0.561543;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0155454;OID=.;OPOS=152404218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:6:6:35:26:6:6:35:26 chr2 152422076 . C G 716.75 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194231;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.417;QD=63.7114;RBI=0.0449646;REFB=0;REVB=-0.0405532;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002255;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr2 152432811 . A T 82.21 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00161344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7938;QD=5.48083;RBI=0.00233155;REFB=-0.00628818;REVB=0.00168313;RO=47;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666471;STB=0.501353;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226905;OID=.;OPOS=152432811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:12:13:0.216667:4:8:29:18:5:8:29:18 chr2 152476028 . C G 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00440248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.751;QD=28.1767;RBI=0.0123152;REFB=-0.00298142;REVB=0.0115014;RO=18;SAF=24;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526157;STB=0.528747;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00162524;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:11:24:11:7:11:24:11:7 chr2 152476130 . C T 94.4 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0111471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.975;QD=4.54942;RBI=0.0117732;REFB=-0.000628734;REVB=-0.0037881;RO=66;SAF=12;SAR=4;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126241;STB=0.577675;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00270766;OID=.;OPOS=152476130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:66:67:16:16:0.192771:4:12:44:22:4:12:45:22 chr2 152490219 . A G 1551.16 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.231;QD=59.6599;RBI=0.0213671;REFB=0;REVB=0.020333;RO=0;SAF=65;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8424e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:38:65:0:0:39:65:0:0 chr2 152490458 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.271;QD=61.1578;RBI=0.0281245;REFB=0;REVB=0.0234563;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25218e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr2 152496526 . A G 611.51 PASS AF=0.722222;AO=50;DP=70;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0937444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.782;QD=33.9727;RBI=0.0969306;REFB=-0.0304275;REVB=-0.0246483;RO=20;SAF=25;SAR=25;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505346;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0182729;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:20:20:50:52:0.722222:25:25:10:10:25:27:10:10 chr2 152500413 . C T 166.99 PASS AF=0.240741;AO=25;DP=109;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0120345;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.109;QD=6.18479;RBI=0.0167198;REFB=-0.00571035;REVB=0.011607;RO=84;SAF=15;SAR=10;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520396;STB=0.533307;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0160593;OID=.;OPOS=152500413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:84:82:25:26:0.240741:10:15:47:37:10:16:47:35 chr2 152500449 . C G 163.71 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0456942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3448;QD=5.79508;RBI=0.055717;REFB=0.00302478;REVB=-0.0318813;RO=87;SAF=18;SAR=8;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172929;STB=0.606952;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0127748;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:8:18:49:38:8:18:49:38 chr2 152515683 . G A 534.02 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.039679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.266;QD=49.6763;RBI=0.0406886;REFB=-0.0434884;REVB=0.00900785;RO=5;SAF=1;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592642;STB=0.53163;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00551067;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:37:1:0:5:37:1:0:5 chr2 152521096 . C T 340.05 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0660745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4841;QD=35.795;RBI=0.0693066;REFB=0.0301043;REVB=-0.0209181;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350094;STB=0.51907;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00888089;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:16:12:5:5:16:12:5:5 chr2 152527572 . C T 162.3 PASS AF=0.207692;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0248695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.013;QD=4.99388;RBI=0.0250413;REFB=-0.00361629;REVB=-0.00292882;RO=103;SAF=8;SAR=19;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249289;STB=0.656614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.010723;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:103:103:27:27:0.207692:19:8:50:53:19:8:50:53 chr2 152527608 . C T 1212.53 PASS AF=0.791667;AO=95;DP=119;FAO=95;FDP=120;FR=.;FRO=25;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00524302;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.206;QD=40.4176;RBI=0.0159149;REFB=-0.0220816;REVB=-0.0150265;RO=23;SAF=44;SAR=51;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265037;STB=0.513253;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00618826;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:23:25:95:95:0.791667:51:44:9:14:51:44:10:15 chr2 152531077 . A G 153.5 PASS AF=0.304348;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0123622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.581;QD=8.8984;RBI=0.0131152;REFB=-0.00528862;REVB=-0.00437978;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993266;STB=0.512454;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.012222;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:48:20:21:0.304348:9:11:26:22:10:11:26:22 chr2 152536498 . T A 316.18 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-8.92861e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0558;QD=9.80402;RBI=0.0571752;REFB=0.00137087;REVB=0.0571751;RO=88;SAF=22;SAR=19;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104724;STB=0.506085;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00203392;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:88:41:41:0.317829:19:22:48:40:19:22:48:40 chr2 152573981 . A G 224.03 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0148855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.88;QD=8.78547;RBI=0.0316674;REFB=-0.000465637;REVB=-0.0279508;RO=72;SAF=13;SAR=17;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145419;STB=0.585769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00126379;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:17:13:40:32:17:13:40:32 chr2 152698480 . C T 410.56 PASS AF=0.661017;AO=38;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00675997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.818;QD=27.8344;RBI=0.0136237;REFB=-0.0011532;REVB=-0.0118282;RO=20;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114283;STB=0.509086;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000544123;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:38:39:0.661017:9:29:15:5:9:30:15:5 chr2 152988610 . C CT 506.4 PASS AF=1;AO=43;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103599;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4428;QD=44.0349;RBI=0.04884;REFB=0;REVB=-0.0477285;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00516741;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:47:46:46:0:22:24:0:0:10:2:20:23:1:1 chr2 153378459 . T C 743.25 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.004;QD=56.0945;RBI=0.052596;REFB=0;REVB=0.0129348;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125511;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr2 153405594 . G A 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.027;QD=59.1415;RBI=0.0149592;REFB=0;REVB=-0.0035674;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37096e-05;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 153476066 . G GCCA 164.95 PASS AF=1;AO=5;DP=24;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=235.138;QD=41.2387;RBI=0.0694062;REFB=0;REVB=0.0694062;RO=18;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000387783;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:24:16:16:0:0:16:0:0:4:18:0:5:6:12 chr2 153476069 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.856;QD=16.3861;RBI=0.00275353;REFB=-0.031035;REVB=0.00275353;RO=8;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197777;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:9:0:0:8:9:0:0:8 chr2 153476072 . T C 78.14 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.17;QD=19.5344;RBI=0.0574599;REFB=-0.0900036;REVB=0.0574599;RO=6;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.120326;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:6:6:10:10:0.625:10:0:0:6:10:0:0:6 chr2 153511027 . T C 1679.12 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.115;QD=58.4042;RBI=0.0497085;REFB=0.0114919;REVB=0.0457085;RO=2;SAF=45;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350267;STB=0.501845;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=4.31682e-05;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:68:45:1:1:68:45:1:1 chr2 153577013 . G A 741.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248193;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.726;QD=57.0278;RBI=0.0289237;REFB=0;REVB=0.0148519;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196248;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr2 155265623 . G A 317.27 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0555681;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.495;QD=30.2163;RBI=0.0563203;REFB=-0.0597218;REVB=0.00917352;RO=15;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111438;STB=0.561507;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0200334;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:15:15:27:27:0.642857:20:7:6:9:20:7:6:9 chr2 155307336 . G C,T 955.3 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=63,3;DP=66;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639467,-0.0007482;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.81,169.294;QD=57.8967;RBI=0.0138087,0.00492475;REFB=0,0;REVB=0.0122388,0.00486758;RO=0;SAF=27,2;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.31521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.39721e-05,0.00234763;OID=.,.;OPOS=155307336,155307336;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:66:66:0:0:63,3:64,2:0.969697,0.030303:36,1:27,2:0:0:36,1:28,1:0:0 chr2 155712137 . T A 31.33 PASS AF=0.190476;AO=4;DP=22;FAO=4;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0242735;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.979;QD=5.9679;RBI=0.0246348;REFB=-0.0094968;REVB=0.00420335;RO=14;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188413;STB=0.639432;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0356645;OID=.;OPOS=155712137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:22:21:14:15:4:4:0.190476:3:1:2:12:3:1:2:13 chr2 156120552 . A G 789.92 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169355;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.045;QD=64.4831;RBI=0.0253303;REFB=0;REVB=0.0188365;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26251e-05;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 156168039 . T G 687.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.834;QD=62.4811;RBI=0.03404;REFB=0;REVB=-0.000844062;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112891;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:21:23:0:0 chr2 157189011 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=55.656;RBI=0.0415852;REFB=0;REVB=-0.00779809;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411533;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 157257361 . G A 1226.55 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.736;QD=61.3274;RBI=0.0603867;REFB=0;REVB=-0.0535291;RO=0;SAF=21;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1616e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:57:21:0:0:57:23:0:0 chr2 157406249 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0174;QD=62.6688;RBI=0.0325313;REFB=0;REVB=0.0312785;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360971;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr2 157439561 . A G 201.59 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0235024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9187;QD=9.95528;RBI=0.065125;REFB=-0.00475073;REVB=0.0607363;RO=55;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117822;STB=0.568945;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0108948;OID=.;OPOS=157439561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:12:14:24:31:12:14:24:31 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 659.44 PASS AF=0.681818,0.318182;AO=22,10;DP=39;FAO=30,14;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,8;FSAR=17,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299119,0.0304851;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=219.75,275.55;QD=59.9489;RBI=0.0332413,0.0311831;REFB=0,0;REVB=0.0145005,-0.00656072;RO=0;SAF=9,7;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00959935,0.00128616;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.681818,0.318182:22,10:39:30,14:44:0:13,8:17,6:0:0:99:0:9,7:13,3:0:0 chr2 158155480 . A G 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0135769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.339;QD=5.7034;RBI=0.0567855;REFB=-0.00953362;REVB=-0.0551386;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444616;STB=0.780274;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.030257;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:12:26:3:7:12:26 chr2 158155576 . G A 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176684;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.925;QD=58.6503;RBI=0.0192676;REFB=-0.103368;REVB=0.00768564;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00037417;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:26:14:0:0:26:14:0:1 chr2 158157361 . C T 2780.93 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000732212;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.315;QD=62.4928;RBI=0.00259259;REFB=-0.105269;REVB=0.00248705;RO=1;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12803e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:178:1:0:178:178:1:100:78:0:1:100:78:0:0 chr2 158290914 . G C 466.01 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00326558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.83;QD=38.0412;RBI=0.00398509;REFB=-0.027762;REVB=0.00228407;RO=12;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513108;STB=0.537918;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0109449;OID=.;OPOS=158290914;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:12:13:36:36:0.734694:19:17:7:5:19:17:8:5 chr2 158386938 . C T 1190.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.639;QD=61.0441;RBI=0.0318859;REFB=0;REVB=-0.0312416;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22107e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr2 158626980 . C T 1000.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.618;QD=58.841;RBI=0.0059176;REFB=0;REVB=-0.00452066;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5926e-07;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:35:33:0:0 chr2 158636910 . G A 1054.45 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00592516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.255;QD=56.9975;RBI=0.041778;REFB=-0.101554;REVB=0.0413557;RO=2;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201187;STB=0.510635;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000944802;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:46:26:0:2:46:26:0:2 chr2 158958551 . G GA 129.15 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00638519;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=290.406;QD=12.014;RBI=0.00706232;REFB=-0.00282291;REVB=-0.00301759;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225815;STB=0.542799;STBP=0.686;TYPE=ins;VARB=0.00493099;OID=.;OPOS=158958552;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:14:44:15:43:28:9:6:15:13:99:29:8:6:16:13 chr2 158958605 . G T 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0436821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5089;QD=11.6657;RBI=0.0651327;REFB=-0.0164415;REVB=-0.048313;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160666;STB=0.595449;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0342122;OID=.;OPOS=158958605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:13:13:5:9:13:13 chr2 159166069 . T C 632.84 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8165;QD=61.7404;RBI=0.071912;REFB=0;REVB=0.0709272;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926224;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:29:12:0:0 chr2 159537868 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.902;QD=60.9774;RBI=0.0484434;REFB=0;REVB=0.0479005;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127032;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr2 159663599 . T C 969.81 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.843;QD=58.7761;RBI=0.0334558;REFB=0;REVB=-0.0230573;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011636;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr2 160019863 . A G 803.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164648;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.553;QD=57.3809;RBI=0.00739934;REFB=0;REVB=-0.00721383;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010034;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr2 160035195 . C T 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0148824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.892;QD=5.54316;RBI=0.0231869;REFB=-0.00549023;REVB=0.0177805;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645979;STB=0.542277;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0305765;OID=.;OPOS=160035195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:6:3:13:21:6:3:13:21 chr2 160035207 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.225;QD=63.8719;RBI=0.0369222;REFB=0;REVB=0.00327497;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25073e-05;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr2 160035552 . C T 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00300896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.147;QD=7.32361;RBI=0.00665339;REFB=0.000333815;REVB=-0.00593412;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207316;STB=0.512642;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.000905955;OID=.;OPOS=160035552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:20:24:9:7:20:24 chr2 160136337 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.382;QD=49.5992;RBI=0.0223313;REFB=0;REVB=0.0211655;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121122;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 160294779 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00545809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.345;QD=4.42085;RBI=0.00600577;REFB=-0.00525576;REVB=-0.0025057;RO=37;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364571;STB=0.758914;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0178083;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:1:7:24:13:1:7:24:13 chr2 160294842 . A G 124.05 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0201335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2962;QD=7.51823;RBI=0.0219409;REFB=0.00421657;REVB=0.0087203;RO=47;SAF=14;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230742;STB=0.636198;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00598889;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:47:48:18:18:0.272727:4:14:29:18:4:14:30:18 chr2 160604452 . C T 720.55 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.424;QD=56.514;RBI=0.0645756;REFB=0;REVB=0.064161;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337078;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr2 160605268 . T C 760.07 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.673;QD=56.3012;RBI=0.017262;REFB=0;REVB=0.00597876;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46378e-05;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:32:17:0:0:36:18:0:0 chr2 160673526 . A G 234.47 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4911;QD=49.3612;RBI=0.0516;REFB=0;REVB=0.0446626;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303239;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr2 160676427 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.843;QD=57.8844;RBI=0.00844531;REFB=0;REVB=-0.00729862;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00166e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr2 160710922 . T C 1812.99 PASS AF=0.747368;AO=140;DP=190;FAO=142;FDP=190;FR=.;FRO=48;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0158009;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.449;QD=38.1683;RBI=0.0381056;REFB=-0.0154945;REVB=0.0346752;RO=47;SAF=70;SAR=70;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150418;STB=0.512302;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00524303;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:47:48:140:142:0.747368:70:70:25:22:72:70:26:22 chr2 160711045 . G C 141.93 PASS AF=0.18797;AO=25;DP=133;FAO=25;FDP=133;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=0.00657782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.819;QD=4.26868;RBI=0.0066443;REFB=-0.00420442;REVB=-0.000937597;RO=108;SAF=11;SAR=14;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547183;STB=0.534742;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0182701;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:108:108:25:25:0.18797:14:11:43:65:14:11:43:65 chr2 160729005 . C T 466.46 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0582373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7971;QD=35.8818;RBI=0.0597024;REFB=-0.0214065;REVB=0.0131449;RO=12;SAF=19;SAR=21;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970987;STB=0.5523;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00590275;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:21:19:3:9:21:19:3:9 chr2 160737621 . C T 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00384173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.037;QD=6.81795;RBI=0.00537032;REFB=0.00112822;REVB=-0.00375253;RO=56;SAF=3;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525438;STB=0.823174;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00184535;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:16:3:32:24:16:3:32:24 chr2 160738677 . G A 205.86 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0183725;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.151;QD=10.694;RBI=0.0183744;REFB=0.000123636;REVB=0.000269277;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223949;STB=0.518805;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.000289501;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:52:51:26:26:0.337662:15:11:23:29:15:11:23:28 chr2 160743040 . T A 504.59 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0164654;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.16;QD=38.8144;RBI=0.0164686;REFB=-0.00848924;REVB=0.000324044;RO=9;SAF=15;SAR=27;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490557;STB=0.512043;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0021187;OID=.;OPOS=160743040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:52:9:10:42:42:0.807692:27:15:2:7:27:15:3:7 chr2 160833188 . A G 2263.11 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237829;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.222;QD=61.1651;RBI=0.0239046;REFB=0;REVB=0.00240956;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160853;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:148:0:0:144:148:1:65:79:0:0:65:83:0:0 chr2 160885418 . G C 420.78 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0275187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.425;QD=38.2527;RBI=0.0290861;REFB=-0.00351432;REVB=0.00941924;RO=11;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984234;STB=0.553366;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0013479;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:19:14:7:4:19:14:7:4 chr2 160885442 . T C 268.12 PASS AF=0.705882;AO=21;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0737842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.882;QD=31.5433;RBI=0.0883463;REFB=-0.0564941;REVB=-0.0485897;RO=10;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303171;STB=0.600456;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0653605;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:10:10:21:24:0.705882:17:4:6:4:17:7:6:4 chr2 160901517 . A G 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4509;QD=57.7073;RBI=0.0197992;REFB=0;REVB=-0.0188688;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238476;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr2 160968628 . A G 89.44 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00309873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.443;QD=7.30151;RBI=0.00345487;REFB=-0.00765582;REVB=0.00152773;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18114;STB=0.612067;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0283428;OID=.;OPOS=160968628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:6:6:13:24:6:6:13:24 chr2 160983060 . G C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0319838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.619;QD=25.2873;RBI=0.044159;REFB=0.00184806;REVB=0.0304476;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237771;STB=0.633335;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00127376;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:6:3:11:5:6:3 chr2 161029218 . G A 374.99 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0195798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.353;QD=44.1169;RBI=0.0196213;REFB=0.0103351;REVB=0.00127531;RO=5;SAF=19;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165227;STB=0.508922;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00113924;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:10:19:3:2:10:19:3:2 chr2 161174693 . C T 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0283436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.377;QD=42.2068;RBI=0.0283744;REFB=-0.00357483;REVB=0.00132288;RO=4;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739843;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:12:12:2:2:12:12:2:2 chr2 162696414 . C T 121.2 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0943653;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9872;QD=4.0065;RBI=0.119103;REFB=-0.0182822;REVB=-0.0726691;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145319;STB=0.533102;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0647171;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:121:88:99:22:22:0.181818:12:10:39:49:12:10:49:50 chr2 163005674 . G A 328.56 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0827545;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5225;QD=29.8686;RBI=0.0827545;REFB=-0.0110299;REVB=9.94612e-06;RO=15;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968415;STB=0.545422;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00824759;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:27:28:0.636364:13:14:10:5:14:14:10:6 chr2 163078195 . T A 475.52 PASS AF=0.784314;AO=39;DP=50;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00212998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.783;QD=37.2959;RBI=0.0115868;REFB=-0.0607171;REVB=0.0113893;RO=11;SAF=22;SAR=17;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821683;STB=0.540255;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.013575;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:11:11:39:40:0.784314:17:22:4:7:18:22:4:7 chr2 163080982 . A G 537.8 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00778476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5529;QD=32.5939;RBI=0.0119285;REFB=-0.0325228;REVB=0.0090381;RO=19;SAF=28;SAR=19;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794349;STB=0.542839;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0145796;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:19:28:14:5:19:28:14:5 chr2 163124051 . C T 84.15 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0116028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.143;QD=3.91379;RBI=0.0193098;REFB=-0.0070061;REVB=0.0154352;RO=70;SAF=11;SAR=4;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363283;STB=0.742012;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.023779;OID=.;OPOS=163124051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:70:71:15:15:0.174419:4:11:31:39:4:11:31:40 chr2 163128824 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.142;QD=59.018;RBI=0.0157804;REFB=0;REVB=-0.000720615;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124194;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 163137871 . C G 1022.16 PASS AF=0.796117;AO=82;DP=105;FAO=82;FDP=103;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0218213;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7516;QD=39.6955;RBI=0.0218442;REFB=-0.0100032;REVB=0.000999748;RO=21;SAF=44;SAR=38;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595171;STB=0.531746;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00197336;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:21:21:82:82:0.796117:38:44:8:13:38:44:8:13 chr2 163137983 . T C 1034.14 PASS AF=0.722689;AO=86;DP=120;FAO=86;FDP=119;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0197327;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6758;QD=34.7609;RBI=0.0456349;REFB=0.00680743;REVB=0.0411481;RO=32;SAF=40;SAR=46;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300072;STB=0.511406;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00180968;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:32:33:86:86:0.722689:46:40:13:19:46:40:14:19 chr2 163175656 . A C 301.43 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=37;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0308653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.966;QD=31.7298;RBI=0.0675123;REFB=-0.0434926;REVB=0.0600436;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137163;STB=0.56785;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0193384;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:12:12:25:26:0.684211:13:12:3:9:14:12:3:9 chr2 163213381 . A G 517.53 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0165558;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.08;QD=39.0585;RBI=0.0179296;REFB=-0.0334989;REVB=0.00688309;RO=10;SAF=15;SAR=28;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587107;STB=0.531482;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00884966;OID=.;OPOS=163213381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:10:10:43:43:0.811321:28:15:2:8:28:15:2:8 chr2 163217273 . ATC AC,ACT 450.79 PASS AF=0.605634,0;AO=38,4;DP=74;FAO=43,0;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=15,0;FSAR=28,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00183883,-0.00224088;FXX=0.0405351;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=176.954,172.672;QD=25.3963;RBI=0.0166713,0.0127118;REFB=-0.0111839,-0.0133478;REVB=-0.0165696,-0.0125127;RO=28;SAF=13,2;SAR=25,2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0128204,0.16402;STB=0.511977,0.5;STBP=0.842,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00830249,0.00567983;OID=.,.;OPOS=163217274,163217274;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605634,0:38,4:74:43,0:71:28:15,0:28,0:9:19:99:28:13,2:25,2:10:18 chr2 163227849 . C T 409.33 PASS AF=0.780488;AO=31;DP=40;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0173589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.671;QD=39.9345;RBI=0.022944;REFB=-0.0119055;REVB=-0.0150032;RO=9;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199059;STB=0.598986;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00330494;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:41:9:9:31:32:0.780488:10:21:2:7:11:21:2:7 chr2 163256949 . G T 1148.51 PASS AF=0.810811;AO=90;DP=113;FAO=90;FDP=111;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0282815;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.55;QD=41.3879;RBI=0.0282899;REFB=-0.00696813;REVB=0.000689989;RO=21;SAF=44;SAR=46;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553775;STB=0.529476;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00150268;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:21:21:90:90:0.810811:46:44:7:14:46:44:7:14 chr2 163291981 . G A 540.54 PASS AF=0.671233;AO=46;DP=68;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0420057;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4341;QD=29.6185;RBI=0.0431276;REFB=-0.000156961;REVB=-0.00977305;RO=22;SAF=17;SAR=29;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108962;STB=0.545756;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00359085;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:22:24:46:49:0.671233:29:17:12:10:31:18:12:12 chr2 164145582 . C A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0024016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.483;QD=8.24621;RBI=0.0147616;REFB=0.00573764;REVB=-0.014565;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519455;STB=0.81321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0104406;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:3:12:2:5:3:12 chr2 165353712 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.511;QD=59.1415;RBI=0.0656051;REFB=0;REVB=-0.0650329;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505671;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:44:22:0:0:45:22:0:0 chr2 165476253 . A T 376.7 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00562062;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9956;QD=32.0598;RBI=0.0327282;REFB=-0.0010399;REVB=-0.032242;RO=17;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229429;STB=0.635271;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-2.05911e-05;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:16:31:31:0.659574:20:11:12:5:20:11:12:4 chr2 165698547 . G A 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00648181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.34;QD=38.3352;RBI=0.0321016;REFB=-0.0259532;REVB=0.0314404;RO=5;SAF=16;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529226;STB=0.528899;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00396965;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:6:16:3:2:6:16:3:2 chr2 165987772 . T G 127.72 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0148831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.106;QD=5.37779;RBI=0.0177537;REFB=0.00109719;REVB=0.00967919;RO=75;SAF=13;SAR=7;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495338;STB=0.531183;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00470344;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:75:20:20:0.210526:7:13:46:29:7:13:46:29 chr2 165996107 . T A 1227.28 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.773;QD=61.364;RBI=0.10464;REFB=0;REVB=0.0139216;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294993;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr2 166003479 . G A 95.98 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0842737;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.133;QD=10.9697;RBI=0.0843436;REFB=0.000393232;REVB=-0.00343243;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266686;STB=0.656907;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00169549;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:6:17:6:6:6:17 chr2 166152389 . G A 49.05 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00907625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9956;QD=4.00426;RBI=0.0252007;REFB=0.0139906;REVB=0.0235096;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802812;STB=0.555415;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0695302;OID=.;OPOS=166152389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:23:18:3:5:23:18 chr2 166170127 . T C 2783.43 PASS AF=1;AO=179;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207373;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5887;QD=61.5124;RBI=0.0417739;REFB=-0.153043;REVB=0.0362633;RO=2;SAF=101;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233961;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:182:181:2:0:179:181:1:78:101:1:1:79:102:0:0 chr2 166248047 . G A 777.25 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=81;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0248176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.344;QD=38.3825;RBI=0.0252246;REFB=-0.00915396;REVB=0.00451296;RO=19;SAF=28;SAR=34;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603964;STB=0.532352;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0034458;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:19:19:62:62:0.765432:34:28:6:13:34:28:6:13 chr2 166535918 . C T 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00543697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.455;QD=8.45109;RBI=0.0343616;REFB=0.000871347;REVB=0.0339288;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224471;STB=0.634087;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0014796;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:25:18:11:7:25:18 chr2 166605010 . A T 559.54 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.657;QD=58.8986;RBI=0.0694767;REFB=0;REVB=0.0195111;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228383;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:31:38:1:17:14:0:0:17:21:0:0 chr2 166618262 . C T 728.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.583;QD=63.3403;RBI=0.027841;REFB=0;REVB=0.00901092;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125889;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr2 166770120 . A G 373.01 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0263621;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7365;QD=26.6434;RBI=0.0276552;REFB=-0.000243069;REVB=-0.0083576;RO=19;SAF=25;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207774;STB=0.609311;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00981982;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:19:20:35:36:0.642857:10:25:8:11:10:26:9:11 chr2 166773971 . G A 500.95 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0514046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5226;QD=44.529;RBI=0.052645;REFB=-0.035761;REVB=-0.0113605;RO=8;SAF=25;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064471;STB=0.53474;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00940676;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:12:25:4:4:12:25:4:4 chr2 166788336 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.089;QD=57.1775;RBI=0.0180802;REFB=0;REVB=0.015498;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33369e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 166797646 . C T 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00241932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.332;QD=4.85278;RBI=0.0250721;REFB=2.90631e-05;REVB=-0.0249551;RO=59;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242537;STB=0.652294;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000721142;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:7:8:20:39:7:8:20:39 chr2 166810159 . C T 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0231599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.389;QD=13.488;RBI=0.0301932;REFB=-0.03523;REVB=-0.0193713;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0555367;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr2 166892788 . C T 1135.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.649;QD=60.5798;RBI=0.0659277;REFB=0;REVB=0.00214567;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129145;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr2 166897864 . A G 1320.8 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7458;QD=62.1551;RBI=0.0563614;REFB=0;REVB=0.0443734;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284642;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr2 166903445 . T C 1418.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000501844;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2371;QD=63.0355;RBI=0.0215631;REFB=0;REVB=-0.0215572;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104971;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr2 167099158 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.082;QD=60.8833;RBI=0.014067;REFB=0;REVB=0.00620797;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15786e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr2 167144974 . A T 644.13 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=79;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0155777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3733;QD=32.2065;RBI=0.0536425;REFB=-0.0532522;REVB=-0.0513308;RO=24;SAF=24;SAR=31;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597064;STB=0.526379;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0318044;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:24:25:55:55:0.6875:31:24:13:11:31:24:13:12 chr2 167144995 . T C 651.97 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00391378;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.62;QD=30.681;RBI=0.0255512;REFB=-0.0218691;REVB=0.0252497;RO=29;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121185;STB=0.565633;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0106126;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:32:24:18:11:32:24:18:11 chr2 167145142 . A G 391.51 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0164165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.952;QD=33.3203;RBI=0.0174116;REFB=-0.0300505;REVB=-0.00580202;RO=14;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174945;STB=0.510632;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0146539;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:15:32:32:0.680851:15:17:7:7:16:16:8:7 chr2 167160565 . A G 944.54 PASS AF=0.720721;AO=80;DP=111;FAO=80;FDP=111;FR=.;FRO=31;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00383211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.152;QD=34.0375;RBI=0.0264843;REFB=-0.0137163;REVB=0.0262056;RO=30;SAF=42;SAR=38;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725482;STB=0.533748;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00332277;OID=.;OPOS=167160565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:30:31:80:80:0.720721:38:42:20:10:38:42:20:11 chr2 167163043 . T C 540.95 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0423648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8711;QD=33.2895;RBI=0.0522918;REFB=-0.0208834;REVB=0.0306538;RO=18;SAF=28;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135706;STB=0.573284;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0192047;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:19:28:6:12:19:28:6:12 chr2 167168093 . C T 708.76 PASS AF=0.702381;AO=59;DP=83;FAO=59;FDP=84;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0162302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.29;QD=33.7506;RBI=0.0194235;REFB=-0.0160534;REVB=-0.0106702;RO=23;SAF=35;SAR=24;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128944;STB=0.58165;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00479756;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:23:25:59:59:0.702381:24:35:8:15:24:35:8:17 chr2 167279922 . C A 526.62 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2845;QD=56.9314;RBI=0.0642637;REFB=-0.127952;REVB=-0.0629915;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00428198;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:21:14:0:1:21:15:0:1 chr2 167313451 . T C 136.17 PASS AF=0.190476;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.00176611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.455;QD=4.32271;RBI=0.0243256;REFB=-0.00240668;REVB=-0.0242614;RO=102;SAF=13;SAR=11;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943196;STB=0.505995;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0117062;OID=.;OPOS=167313451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:102:102:24:24:0.190476:11:13:56:46:11:13:56:46 chr2 167334085 . G T 1556.26 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00366781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.082;QD=58.7268;RBI=0.00641259;REFB=0.109346;REVB=-0.00526009;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-1.58002e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:54:51:0:1:54:51:0:1 chr2 168099738 . T C 131.79 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000773933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8075;QD=14.6432;RBI=0.0281568;REFB=-0.0124882;REVB=0.0281461;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359446;STB=0.713945;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171767;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:13:2:8:13:13:2:8:13 chr2 168100443 . C A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00498174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=378.192;QD=7.46507;RBI=0.00546368;REFB=-0.00147482;REVB=-0.00224367;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305792;STB=0.689165;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00404875;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:5:12:3:4:5:12 chr2 168101142 . T G 43.35 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0353964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.701;QD=4.563;RBI=0.0379991;REFB=-0.0168377;REVB=-0.0138212;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278798;STB=0.703049;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0409032;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:38:38:28:29:6:6:0.157895:2:4:12:16:2:4:12:17 chr2 168107617 . A G 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0187443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2377;QD=5.99282;RBI=0.0462434;REFB=0.000127215;REVB=0.0422742;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368572;STB=0.734843;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00207237;OID=.;OPOS=168107617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:14:22:3:7:14:22 chr2 168108357 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0543646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2234;QD=14.0964;RBI=0.0557996;REFB=-0.0133354;REVB=-0.0125732;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.604131;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0151966;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:9:5:6:5:9:5 chr2 168115325 . A G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00931419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.414;QD=4.76346;RBI=0.020561;REFB=-0.0014968;REVB=-0.0183304;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277188;STB=0.688664;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00540104;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:7:2:17:23:7:2:17:23 chr2 168726659 . A C 1607.06 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.195;QD=64.2825;RBI=0.010181;REFB=0;REVB=0.00997025;RO=0;SAF=31;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74917e-05;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:69:31:0:0:69:31:0:0 chr2 168810906 . T G 630.86 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0377713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.653;QD=40.7006;RBI=0.0417163;REFB=-0.0240224;REVB=0.0177081;RO=11;SAF=16;SAR=35;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518747;STB=0.527726;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00592742;OID=.;OPOS=168810906;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:11:11:51:51:0.822581:35:16:2:9:35:16:2:9 chr2 169707428 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1397;QD=57.1061;RBI=0.0332266;REFB=0;REVB=-0.0326479;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212819;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr2 169721377 . G A 732.6 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6003;QD=56.3538;RBI=0.040932;REFB=0;REVB=0.0398208;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466225;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:23:28:0:1:24:28:0:0 chr2 169789016 . T C 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0200679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.462;QD=4.65901;RBI=0.0265401;REFB=-0.00908511;REVB=0.0173683;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868535;STB=0.557996;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0350014;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:4:4:20:15:4:4:20:15 chr2 169826877 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0350565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.948;QD=28.9921;RBI=0.0391455;REFB=0.00437028;REVB=-0.0174188;RO=14;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060325;STB=0.533306;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0018678;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:18:7:5:9:18:7:5:9 chr2 169830328 . A G 948.9 PASS AF=0.760417;AO=73;DP=96;FAO=73;FDP=96;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0420151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.266;QD=39.5375;RBI=0.042862;REFB=-0.0287734;REVB=-0.00847815;RO=23;SAF=30;SAR=43;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506742;STB=0.527138;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00978359;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:23:23:73:73:0.760417:43:30:12:11:43:30:12:11 chr2 169847412 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-3.81344e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.041;QD=9.13236;RBI=0.000390532;REFB=-0.0233497;REVB=-0.000388666;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281769;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0524288;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:12:10:7:3:12:10 chr2 169870855 . A G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00497692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.663;QD=8.43005;RBI=0.0129608;REFB=-0.00736808;REVB=0.0119671;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741742;STB=0.545386;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0299544;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:14:21:7:6:14:21 chr2 169952233 . T C 805.75 PASS AF=0.871429;AO=61;DP=70;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000778278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.853;QD=46.0428;RBI=0.0157832;REFB=-0.0259609;REVB=0.015764;RO=9;SAF=28;SAR=33;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103534;STB=0.555122;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00534367;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:9:9:61:61:0.871429:33:28:8:1:33:28:8:1 chr2 169985117 . TA AT 31.35 PASS AF=0.0930233;AO=5;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=-0.00575562;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.8988;QD=1.45833;RBI=0.0523751;REFB=-0.0043254;REVB=-0.0520579;RO=50;SAF=0;SAR=5;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710225;STB=0.928116;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.00137031;OID=.;OPOS=169985117;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:86:86:50:78:5:8:0.0930233:5:0:38:12:7:1:55:23 chr2 170044574 . G A 72.56 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0198751;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.298;QD=2.66279;RBI=0.0299257;REFB=0.0021091;REVB=0.0223726;RO=93;SAF=9;SAR=6;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144775;STB=0.595461;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0123986;OID=.;OPOS=170044574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:93:94:15:15:0.137615:6:9:45:48:6:9:46:48 chr2 170053505 . C T 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.68;QD=55.631;RBI=0.0433893;REFB=0;REVB=-0.0369937;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100604;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 170058290 . C T 678.72 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00744028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.141;QD=44.5064;RBI=0.0384144;REFB=-0.000897337;REVB=0.037687;RO=8;SAF=42;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141442;STB=0.575805;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000238958;OID=.;OPOS=170058290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:8:8:53:53:0.868852:11:42:3:5:11:42:3:5 chr2 170129528 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.538;QD=58.9603;RBI=0.0515309;REFB=0;REVB=-0.0514947;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466667;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr2 170218847 . C G 374.8 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.614;QD=55.5259;RBI=0.0330084;REFB=0;REVB=0.0171414;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295853;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:13:14:0:0 chr2 170403030 . T C 1418.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.531;QD=63.0564;RBI=0.00630608;REFB=0;REVB=0.00539832;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05152e-06;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr2 170411693 . T C 256.44 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00549696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.103;QD=44.5984;RBI=0.00901228;REFB=-0.0533668;REVB=-0.00714175;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709089;STB=0.538425;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00360457;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:9:12:2:0:9:12:2:0 chr2 170605981 . C T 770.53 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7911;QD=55.0378;RBI=0.0200547;REFB=-0.128899;REVB=-0.00116651;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00311387;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr2 170938659 . G A 218.84 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0408786;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.85;QD=38.0593;RBI=0.0424579;REFB=-0.0909213;REVB=-0.0114725;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837554;STB=0.504582;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.014207;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:24:23:4:4:19:19:0.826087:9:10:2:2:9:10:2:2 chr2 170976589 . CA CG,GT 357.71 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=20,2;DP=28;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034383,-0.00868556;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.337,103.514;QD=52.9939;RBI=0.039558,0.0130581;REFB=0,0;REVB=0.0195613,-0.00975068;RO=0;SAF=5,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00622477,0.140894;OID=.,.;OPOS=170976590,170976589;OREF=A,CA;OALT=G,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:27:0:0:20,2:25,2:0.925926,0.0740741:15,2:5,0:0:0:17,2:8,0:0:0 chr2 171055772 . A G 578.34 PASS AF=0.867925;AO=45;DP=52;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.040028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0988;QD=43.6484;RBI=0.0977009;REFB=-0.00318935;REVB=0.0891248;RO=7;SAF=19;SAR=26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382076;STB=0.521401;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00184352;OID=.;OPOS=171055772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:7:7:45:46:0.867925:26:19:4:3:27:19:4:3 chr2 171070912 . T C 741.09 PASS AF=0.769231;AO=59;DP=79;FAO=60;FDP=78;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.015609;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.017;QD=38.0048;RBI=0.0167439;REFB=-0.031924;REVB=0.00605944;RO=16;SAF=35;SAR=24;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883846;STB=0.53683;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0079686;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:16:18:59:60:0.769231:24:35:6:10:24:36:8:10 chr2 171073887 . G A 894.26 PASS AF=0.744681;AO=70;DP=94;FAO=70;FDP=94;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0240946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.022;QD=38.0537;RBI=0.0240969;REFB=-0.0127273;REVB=0.000337908;RO=24;SAF=33;SAR=37;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730295;STB=0.539151;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00454143;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:24:24:70:70:0.744681:37:33:15:9:37:33:15:9 chr2 171225841 . A G 725.31 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.030105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5563;QD=29.0124;RBI=0.0328187;REFB=0.0196603;REVB=0.0130672;RO=38;SAF=25;SAR=37;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031853;STB=0.517305;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0118659;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:37:25:17:21:37:25:17:21 chr2 171240249 . C T 837.08 PASS AF=0.72043;AO=67;DP=93;FAO=67;FDP=93;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0119643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1627;QD=36.0036;RBI=0.0367812;REFB=-0.0179149;REVB=-0.0347809;RO=26;SAF=22;SAR=45;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23674;STB=0.627451;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00701709;OID=.;OPOS=171240249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:26:26:67:67:0.72043:45:22:20:6:45:22:20:6 chr2 171260787 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.074;QD=54.5175;RBI=0.0460726;REFB=0;REVB=0.0202061;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161404;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 171260820 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5546;QD=57.6784;RBI=0.0522435;REFB=0;REVB=0.0310479;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022385;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 171355198 . A G 422.95 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.991;QD=52.8693;RBI=0.0865721;REFB=-0.0623532;REVB=-0.00777436;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109355;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr2 171356269 . C CA 520.01 PASS AF=1;AO=11;DP=85;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.296814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.42533;QD=26.0004;RBI=0.3;REFB=0;REVB=0.0436028;RO=73;SAF=10;SAR=1;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00231915;OID=.;OPOS=171356270;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:85:80:80:0:40:40:0:0:13:73:10:1:33:40 chr2 171356274 . G A 1189.84 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0613;QD=59.4918;RBI=0.0680893;REFB=0;REVB=0.0168743;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697674;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:80:1:0:75:80:1:36:39:1:0:40:40:0:0 chr2 171570488 . C G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00110471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.763;QD=24.3281;RBI=0.0326838;REFB=-0.0241707;REVB=0.0326651;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00423721;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr2 171572940 . G A 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0140288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2162;QD=35.4632;RBI=0.0286219;REFB=-0.102025;REVB=-0.0249481;RO=9;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169128;STB=0.591861;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0107191;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:12:14:8:1:12:14:8:1 chr2 171649402 . C T 478.29 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0351659;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.401;QD=32.9852;RBI=0.0431489;REFB=-0.0329157;REVB=-0.0250037;RO=16;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172129;STB=0.592707;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00417975;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:16:16:42:42:0.724138:23:19:2:14:23:19:2:14 chr2 171678625 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.094088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.432;QD=42.1821;RBI=0.100374;REFB=0;REVB=0.0349614;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121524;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr2 171822465 . C CT 92.68 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048931;FXX=0.230592;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.347;QD=37.0735;RBI=0.0511675;REFB=0;REVB=-0.0149621;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0111099;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:10:10:0:4:6:0:0:3:11:0:2:4:7 chr2 171822466 . C T 89.19 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0378969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.268;QD=27.4434;RBI=0.0387376;REFB=-0.192389;REVB=0.00802683;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00843402;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:13:2:3:10:10:0.769231:6:4:0:2:6:4:0:3 chr2 171822576 . C T 560.77 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0943342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2369;QD=57.5149;RBI=0.148218;REFB=0.0871426;REVB=0.114322;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000153266;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:36:38:0.974359:20:16:1:0:21:17:1:0 chr2 171850329 . T G 938.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.957;QD=57.771;RBI=0.0181391;REFB=0;REVB=0.00492483;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103061;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr2 171854232 . TA T 53.23 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00847126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8273;QD=10.139;RBI=0.0708065;REFB=-0.0992432;REVB=-0.070298;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499266;STB=0.790802;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.123085;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:3:7:10:1:52:11:3:6:10:1 chr2 172174150 . AA GC 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269529;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=184.54;QD=55.0987;RBI=0.00415002;REFB=0;REVB=0.00315564;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.49936e-06;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr2 172180771 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.759;QD=63.6149;RBI=0.020043;REFB=0;REVB=0.0157343;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84434e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr2 172180842 . C T 795.04 PASS AF=0.684211;AO=65;DP=96;FAO=65;FDP=95;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0038526;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.122;QD=33.4752;RBI=0.00518008;REFB=-0.0118157;REVB=-0.00346276;RO=30;SAF=27;SAR=38;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010794;STB=0.505822;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00602049;OID=.;OPOS=172180842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:30:30:65:65:0.684211:38:27:13:17:38:27:13:17 chr2 172378818 . A G 362.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516612;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1157;QD=55.6933;RBI=0.056306;REFB=0;REVB=0.0223941;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001881;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr2 172379781 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.606;QD=58.5868;RBI=0.0402399;REFB=0;REVB=0.0351481;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75955e-05;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 172411273 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0403492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6541;QD=22.341;RBI=0.0520145;REFB=0.00912176;REVB=-0.0328246;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.583246;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0133985;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:3:11:11:7:3:11 chr2 172964203 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.634;QD=58.1398;RBI=0.024376;REFB=0;REVB=0.00959719;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16831e-05;OID=.;OPOS=172964203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 172964638 . C A 207.07 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.492;QD=48.7219;RBI=0.00905755;REFB=0;REVB=0.00574674;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51264e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr2 173352157 . A T 373.73 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-6.88595e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.616;QD=37.373;RBI=0.0341548;REFB=-0.0450068;REVB=0.0341548;RO=10;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613332;STB=0.533311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0251164;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:40:40:10:10:30:30:0.75:16:14:6:4:16:14:6:4 chr2 173686663 . G T 638.16 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00438287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.008;QD=44.7833;RBI=0.0210578;REFB=-0.0578838;REVB=-0.0205966;RO=7;SAF=33;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139816;STB=0.50746;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00179706;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:57:57:7:7:50:50:0.877193:17:33:5:2:17:33:5:2 chr2 173917425 . G A 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0415;QD=57.7105;RBI=0.0190026;REFB=0;REVB=-0.0120567;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77416e-05;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr2 174068513 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000311544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.253;QD=57.1774;RBI=0.00160977;REFB=0;REVB=0.00157933;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50902e-06;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr2 174091088 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4387;QD=57.2347;RBI=0.0367479;REFB=0;REVB=0.0363163;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317478;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 174097106 . A G 83.81 PASS AF=0.24;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00189142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.782;QD=6.70491;RBI=0.0210503;REFB=-0.00789875;REVB=-0.0209652;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200087;STB=0.602479;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0386835;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:49:50:34:38:11:12:0.24:4:7:16:18:5:7:17:21 chr2 174103160 . T C 56.17 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.041124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0559;QD=2.99585;RBI=0.0413838;REFB=-0.000504158;REVB=-0.00462927;RO=64;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169657;STB=0.617431;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00636862;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:64:64:11:11:0.146667:4:7:32:32:4:7:32:32 chr2 174820750 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.921;QD=63.583;RBI=0.00897692;REFB=0;REVB=0.0075581;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17811e-06;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 174939983 . G GA 65.84 PASS AF=0.888889;AO=3;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147174;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=225.931;QD=29.2635;RBI=0.0693401;REFB=0.0154182;REVB=-0.0677602;RO=6;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637446;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=-0.0073063;OID=.;OPOS=174939984;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:3:9:8:9:1:6:2:1:0:6:6:3:0:4:2 chr2 175201299 . C G 1746.66 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.733;QD=60.2295;RBI=0.0733172;REFB=0;REVB=0.0730466;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385281;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:105:116:1:44:61:0:0:53:63:0:0 chr2 175424779 . T G 654.54 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257876;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.151;QD=62.3371;RBI=0.0316952;REFB=0;REVB=0.0184279;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79895e-05;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 175425476 . G A 920.51 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.916;QD=58.4453;RBI=0.0310856;REFB=0;REVB=0.0308665;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3555e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:28:35:0:0 chr2 175426274 . C G 930.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172528;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9671;QD=59.1038;RBI=0.0173488;REFB=0;REVB=0.00182231;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014849;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr2 175436940 . G A 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0193418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.379;QD=51.8353;RBI=0.0584352;REFB=-0.0908481;REVB=0.0551413;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00191358;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:2:0:16:15:2:0 chr2 176032376 . G A 1007.69 PASS AF=0.770642;AO=79;DP=105;FAO=84;FDP=109;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00827567;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3501;QD=36.9795;RBI=0.0737615;REFB=-0.0341086;REVB=0.0732957;RO=24;SAF=37;SAR=42;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682145;STB=0.53678;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.016596;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:24:25:79:84:0.770642:42:37:15:9:47:37:15:10 chr2 176794417 . T C 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0158558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9186;QD=7.47118;RBI=0.0532366;REFB=-0.00590847;REVB=0.0508206;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238669;STB=0.647052;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0207414;OID=.;OPOS=176794417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:21:11:6:5:21:11 chr2 176984194 . A T 296.92 PASS AF=0.611111;AO=16;DP=32;FAO=22;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0251902;FXX=0.199956;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.582;QD=32.9908;RBI=0.038028;REFB=-0.0194454;REVB=-0.0284883;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393622;STB=0.750719;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0211388;OID=.;OPOS=176984194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:36:8:9:16:22:0.611111:13:3:6:2:19:3:7:2 chr2 177036754 . T C 97.66 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0320783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2668;QD=24.4139;RBI=0.0421379;REFB=-0.034354;REVB=-0.0273237;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.556863;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00452259;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:4:5:11:11:0.6875:4:7:3:1:4:7:4:1 chr2 178085137 . G A 138.38 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0097888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.948;QD=11.777;RBI=0.0106504;REFB=-0.000413991;REVB=-0.00419651;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257493;STB=0.634303;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000636452;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:31:16:16:0.340426:7:9:9:19:7:9:11:20 chr2 178095124 . AT A 49.15 PASS AF=0.23913;AO=18;DP=82;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0995583;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.66214;QD=2.13683;RBI=0.206847;REFB=-0.0608182;REVB=0.181312;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=31;SRR=25;SSEN=0.475962;SSEP=0;SSSB=0.224044;STB=0.816423;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.103861;OID=.;OPOS=178095125;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:18:82:22:92:70:19:3:35:35:49:56:13:5:31:25 chr2 178417142 . C G,T 1548.15 PASS AF=0.0505051,0.949495;AO=5,94;DP=99;FAO=5,94;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=2,52;FSAR=3,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015624,0.0406112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.775,74.1128;QD=62.5516;RBI=0.0218762,0.042685;REFB=0,0;REVB=-0.0153121,0.0131428;RO=0;SAF=2,52;SAR=3,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0677337,-0.00293517;OID=.,.;OPOS=178417142,178417142;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:99:99:0:0:5,94:5,94:0.0505051,0.949495:3,42:2,52:0:0:3,42:2,52:0:0 chr2 178417225 . C T 1019.53 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8098;QD=59.1033;RBI=0.0785004;REFB=0;REVB=-0.00779077;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310628;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr2 178481818 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.931;QD=57.3858;RBI=0.020864;REFB=0;REVB=0.0103529;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05445e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr2 178491217 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.072;QD=56.9381;RBI=0.026927;REFB=0;REVB=0.000116425;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197761;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr2 178493301 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.481;QD=54.5176;RBI=0.0266212;REFB=0;REVB=-0.00454842;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93424e-05;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 1342.68 PASS AF=0.884956;AO=93;DP=118;FAO=100;FDP=113;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0165353;FXX=0.0258598;HRUN=4;LEN=3;MLLD=296.982;QD=47.5284;RBI=0.0167341;REFB=-0.0633346;REVB=-0.00257184;RO=20;SAF=43;SAR=50;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458788;STB=0.545606;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.00494361;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884956:93:118:100:113:13:45:55:11:2:55:20:43:50:12:8 chr2 178936373 . T G 270.7 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.254;QD=51.5617;RBI=0.0409899;REFB=0;REVB=0.034286;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156445;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:6:13:0:0:8:13:0:0 chr2 178936614 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.116;QD=55.0987;RBI=0.0423368;REFB=0;REVB=0.0398567;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125764;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 179203797 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1632;QD=55.656;RBI=0.0285801;REFB=0;REVB=0.00854085;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542135;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr2 179260382 . A G 66.92 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0143807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.537;QD=3.07679;RBI=0.0243612;REFB=0.000734101;REVB=0.0196638;RO=74;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260454;STB=0.501777;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289871;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:74:74:13:13:0.149425:6:7:40:34:6:7:40:34 chr2 179296511 . C T 75.65 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0569133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1565;QD=4.44981;RBI=0.057444;REFB=0.000815221;REVB=-0.00779069;RO=55;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111617;STB=0.572635;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00392057;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:5:8:29:26:5:8:29:26 chr2 179296626 . G A 66.16 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0403531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.708;QD=5.08955;RBI=0.0505336;REFB=-0.00256951;REVB=-0.0304183;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749177;STB=0.538385;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.010697;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:41:42:10:10:0.192308:5:5:18:23:5:5:19:23 chr2 179296666 . T C 51.46 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00460861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.402;QD=5.71748;RBI=0.0216602;REFB=-0.0169095;REVB=0.0211642;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275222;STB=0.681336;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0330592;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:2:6:15:13:2:6:15:13 chr2 179296821 . G A 73.22 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00368726;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.853;QD=4.01193;RBI=0.0140063;REFB=-0.00248239;REVB=-0.0135122;RO=59;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.504231;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0125119;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:74:73:59:60:13:13:0.178082:7:6:28:31:7:6:28:32 chr2 179300971 . G A 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0232638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.053;QD=2.72596;RBI=0.0245688;REFB=-0.00076209;REVB=-0.00790057;RO=61;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420077;STB=0.794985;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00430688;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:61:63:10:10:0.136986:2:8:28:33:2:8:29:34 chr2 179300979 . A T 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0194555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.508;QD=2.66495;RBI=0.0288499;REFB=-6.82853e-05;REVB=-0.0213025;RO=63;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432;STB=0.799401;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=5.44836e-05;OID=.;OPOS=179300979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:63:64:10:10:0.135135:2:8:28:35:2:8:29:35 chr2 179309165 . G A 61.28 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00284444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9776;QD=3.02617;RBI=0.00353845;REFB=-0.00540994;REVB=-0.00210471;RO=69;SAF=10;SAR=2;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479044;STB=0.829322;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0288498;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:2:10:31:38:2:10:31:38 chr2 179312235 . A G 54.44 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00292947;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.048;QD=2.135;RBI=0.00292978;REFB=-0.000536783;REVB=-4.27065e-05;RO=85;SAF=6;SAR=6;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793335;STB=0.539151;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00442236;OID=.;OPOS=179312235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:102:85:90:12:12:0.117647:6:6:48:37:6:6:49:41 chr2 179315734 . GGC G 57.71 PASS AF=0.5;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0217173;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.46;QD=14.4264;RBI=0.0321819;REFB=-0.00708546;REVB=-0.0237494;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00640947;OID=.;OPOS=179315735;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:16:8:16:8:3:5:3:5:55:7:3:3:3:4 chr2 179315757 . T G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0340834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1453;QD=14.6549;RBI=0.0355921;REFB=-0.0996537;REVB=0.0102525;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201432;OID=.;OPOS=179315757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr2 179358665 . A G 1090.55 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3052;QD=57.3974;RBI=0.0362564;REFB=-0.116944;REVB=0.0100694;RO=2;SAF=22;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118296;STB=0.505784;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00274929;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:2:2:73:74:0.973684:51:22:1:1:51:23:1:1 chr2 179367086 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8996;QD=42.1728;RBI=0.118525;REFB=0;REVB=-0.024926;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00729306;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr2 179393111 . A G 101.05 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0140405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.088;QD=4.54148;RBI=0.0153428;REFB=-0.003919;REVB=-0.00618582;RO=72;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176605;STB=0.612438;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0216357;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:72:72:17:17:0.191011:8:9:28:44:8:9:28:44 chr2 179393344 . T G 74.43 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00536053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.717;QD=3.34533;RBI=0.0469615;REFB=-0.00161217;REVB=-0.0466545;RO=71;SAF=10;SAR=4;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202045;STB=0.660778;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00832741;OID=.;OPOS=179393344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:71:75:14:14:0.157303:4:10:40:31:4:10:40:35 chr2 179395560 . G A 140.76 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0177747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.933;QD=6.32647;RBI=0.0311036;REFB=-0.00255897;REVB=0.0255244;RO=68;SAF=9;SAR=12;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231669;STB=0.64138;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0134439;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:12:9:42:26:12:9:42:26 chr2 179395760 . G A 431.3 PASS AF=0.337423;AO=55;DP=163;FAO=55;FDP=163;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.00778619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.684;QD=10.584;RBI=0.00778625;REFB=-0.000693864;REVB=2.99665e-05;RO=108;SAF=28;SAR=27;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851569;STB=0.54888;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00144423;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:108:108:55:55:0.337423:27:28:47:61:27:28:47:61 chr2 179395958 . T C 906.16 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.885;QD=57.5342;RBI=0.0755341;REFB=0;REVB=0.0748542;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207405;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:24:38:0:1:25:38:0:0 chr2 179396354 . G A 293.94 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00230436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9223;QD=35.6289;RBI=0.0735869;REFB=0.0271827;REVB=-0.0735508;RO=8;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.525527;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0105658;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:12:13:5:3:12:13:5:3 chr2 179397561 . C T 953.77 PASS AF=0.692308;AO=81;DP=122;FAO=81;FDP=117;FR=.;FRO=36;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0105903;FXX=0.0409802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.721;QD=32.6076;RBI=0.0105967;REFB=-0.0255536;REVB=0.000366618;RO=36;SAF=47;SAR=34;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144603;STB=0.507777;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0116952;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:117:36:36:81:81:0.692308:34:47:20:16:34:47:20:16 chr2 179398509 . C A 139.72 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0040976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.775;QD=5.42616;RBI=0.0267106;REFB=-0.00206559;REVB=-0.0263944;RO=80;SAF=9;SAR=13;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191367;STB=0.614071;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0111506;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:80:81:22:22:0.213592:13:9:45:35:13:9:45:36 chr2 179398823 . G A 112.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00294294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.524;QD=28.2263;RBI=0.0647977;REFB=-0.00776274;REVB=-0.0647309;RO=4;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493696;STB=0.7851;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000788955;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:1:11:1:3:1:11:1:3 chr2 179400895 . C T 84.36 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0117301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.435;QD=2.95998;RBI=0.0150799;REFB=-0.00392893;REVB=-0.00947672;RO=96;SAF=6;SAR=11;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223995;STB=0.646886;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.022193;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:113:114:96:97:17:17:0.149123:11:6:51:45:11:6:51:46 chr2 179406191 . C T 606.09 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0238947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.43;QD=27.2399;RBI=0.0273949;REFB=-0.00598699;REVB=-0.0133986;RO=35;SAF=31;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195129;STB=0.501063;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00333311;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:23:31:20:15:23:31:20:15 chr2 179412628 . C T 171.87 PASS AF=0.245283;AO=25;DP=105;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0127119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2843;QD=6.48578;RBI=0.0127151;REFB=0.00211516;REVB=0.000284685;RO=78;SAF=17;SAR=8;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288011;STB=0.645143;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00537074;OID=.;OPOS=179412628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:78:80:25:26:0.245283:8:17:35:43:9:17:37:43 chr2 179413110 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0456402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.443;QD=21.0155;RBI=0.0467533;REFB=-0.0326797;REVB=-0.0101412;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0221577;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:8:5:8:8:8:5 chr2 179421694 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.941;QD=58.4168;RBI=0.049197;REFB=0;REVB=0.00599774;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244967;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr2 179427186 . A G 1357.02 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0424;QD=61.6828;RBI=0.0334537;REFB=0;REVB=0.0219763;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240365;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr2 179427536 . T C 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.634;QD=53.4664;RBI=0.0560298;REFB=0.0139662;REVB=0.0541322;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=1.68819e-05;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:56:56:0.965517:25:31:0:0:25:31:0:2 chr2 179428778 . G C 459.92 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00104362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.029;QD=34.7106;RBI=0.00965653;REFB=-0.0268075;REVB=-0.00959997;RO=13;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524135;STB=0.528288;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00888633;OID=.;OPOS=179428778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:20:20:8:5:20:20:8:5 chr2 179430997 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.532;QD=60.2044;RBI=0.0132943;REFB=0;REVB=-0.000709613;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86859e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr2 179431797 . A T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0137403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.52;QD=5.37737;RBI=0.01382;REFB=-0.00651639;REVB=0.00148197;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404629;STB=0.762011;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0350384;OID=.;OPOS=179431797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:9:16:2:5:9:16 chr2 179436020 . G A 494.84 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0102577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.536;QD=38.8108;RBI=0.0104332;REFB=-0.000774378;REVB=-0.00190535;RO=9;SAF=25;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201278;STB=0.502007;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0002518;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:9:10:41:41:0.803922:16:25:6:3:16:25:6:4 chr2 179437122 . C T 472.26 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0285119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6317;QD=29.5164;RBI=0.0655431;REFB=-0.0237634;REVB=0.0590167;RO=21;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214074;STB=0.511622;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0102259;OID=.;OPOS=179437122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:22:21:11:10:22:21:11:10 chr2 179444768 . C G 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177653;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.687;QD=63.3406;RBI=0.0179226;REFB=0;REVB=0.00236915;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18625e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr2 179444939 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0867;QD=40.7625;RBI=0.0828784;REFB=0;REVB=-0.0821506;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0053838;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr2 179447848 . T C 902.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.09;QD=58.2308;RBI=0.0387251;REFB=0;REVB=0.026264;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117284;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr2 179451420 . G A 1478.68 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348278;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2639;QD=63.5991;RBI=0.0409334;REFB=0;REVB=-0.0215075;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188414;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:40:52:0:0:41:52:0:0 chr2 179454394 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.276;QD=57.1771;RBI=0.039315;REFB=0;REVB=0.0258979;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125943;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr2 179455207 . T C 1608.61 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241786;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6945;QD=60.1351;RBI=0.0913347;REFB=0;REVB=0.0880762;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251007;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr2 179457147 . G A 208.3 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0159979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2045;QD=33.3278;RBI=0.0215625;REFB=0.00365189;REVB=-0.0144571;RO=6;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107776;STB=0.559259;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00374808;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:8:11:2:4:8:11:2:4 chr2 179458591 . C T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0117554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.466;QD=30.5522;RBI=0.0125603;REFB=-0.00286707;REVB=0.00442409;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158355;STB=0.587064;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000776931;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:1:6:10:8:1:6 chr2 179463527 . G A 903.52 PASS AF=0.76087;AO=70;DP=93;FAO=70;FDP=92;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0015777;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9902;QD=39.2837;RBI=0.0196225;REFB=-0.0109524;REVB=-0.019559;RO=21;SAF=36;SAR=34;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410935;STB=0.507461;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00396829;OID=.;OPOS=179463527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:21:22:70:70:0.76087:34:36:11:10:34:36:12:10 chr2 179464527 . T C 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.202;QD=61.8497;RBI=0.0537052;REFB=0;REVB=0.0175199;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178677;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr2 179543217 . C T 1491.57 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3266;QD=63.4709;RBI=0.0789983;REFB=0;REVB=-0.0561325;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058125;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr2 179558366 . T C 854.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010467;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.549;QD=57.9074;RBI=0.00437384;REFB=0;REVB=0.00424675;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08841e-06;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr2 179578730 . G A 1680.09 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.931;QD=59.4722;RBI=0.0399071;REFB=-0.124579;REVB=0.027352;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000237349;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:0:1:112:112:0.99115:52:60:0:0:52:60:0:1 chr2 179579093 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.572;QD=61.1862;RBI=0.0208382;REFB=-0.0371619;REVB=-0.014825;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-2.05448e-07;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:1:0:17:30:1:0 chr2 179579212 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.789;QD=63.195;RBI=0.0252322;REFB=0;REVB=0.0249276;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67237e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:39:52:0:0:39:53:0:0 chr2 179579822 . T A 1500.16 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0343964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1807;QD=61.2311;RBI=0.0418313;REFB=-0.143907;REVB=0.0238065;RO=2;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144776;STB=0.509613;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0116973;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:95:96:0.979592:51:44:1:1:51:45:0:2 chr2 179582327 . C T 887.17 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00364532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.751;QD=56.3285;RBI=0.0376577;REFB=-0.0359459;REVB=0.0374808;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000615853;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:28:33:1:0:29:33:1:0 chr2 179582537 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.376;QD=59.4356;RBI=0.0211523;REFB=0;REVB=-0.0201764;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013385;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr2 179583496 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.393;QD=63.5819;RBI=0.0199905;REFB=0;REVB=0.0199409;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71691e-05;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 179585266 . C T 1029.97 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.042;QD=58.0264;RBI=0.012924;REFB=-0.0137107;REVB=-0.00883571;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00170217;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:31:39:0:1:31:39:0:1 chr2 179585393 . A G 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.838;QD=48.6303;RBI=0.0418253;REFB=-0.0535582;REVB=0.0405288;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000418017;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:12:10:0:0:12:10:1:0 chr2 179587130 . C G 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0670233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.036;QD=55.2207;RBI=0.0675713;REFB=-0.0539075;REVB=-0.00858819;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000227573;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:33:23:0:0:33:23:0:1 chr2 179599473 . C T 681.62 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00240825;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.557;QD=38.9498;RBI=0.0267449;REFB=-0.0152002;REVB=-0.0266363;RO=14;SAF=16;SAR=39;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917967;STB=0.559786;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00502434;OID=.;OPOS=179599473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:14:15:55:55:0.785714:39:16:7:7:39:16:8:7 chr2 179600563 . G A 1507.25 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.927;QD=58.5339;RBI=0.022725;REFB=0.0901583;REVB=-0.0201607;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.505262;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-1.11669e-05;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:47:55:0:1:47:55:0:1 chr2 179605180 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6626;QD=55.0982;RBI=0.0543326;REFB=0;REVB=0.0459007;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208765;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 179614952 . A G 1083.87 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411616;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.851;QD=60.2151;RBI=0.0105742;REFB=0;REVB=0.00974017;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51274e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr2 179615887 . T C 518.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6403;QD=59.3057;RBI=0.0820537;REFB=0;REVB=0.0697677;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114055;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 179615931 . C G 665.85 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00147727;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.512;QD=60.5314;RBI=0.0203555;REFB=0.227365;REVB=-0.0203018;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=7.7499e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:21:22:0:0:21:22:0:1 chr2 179615994 . T C 867.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.742;QD=57.8314;RBI=0.00222669;REFB=0;REVB=-0.00144356;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37465e-07;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 179620951 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.187;QD=61.3364;RBI=0.0144016;REFB=0;REVB=0.00919715;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4444e-05;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr2 179621477 . C T 1103.89 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.982;QD=59.6697;RBI=0.0369122;REFB=0;REVB=0.0113733;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267441;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr2 179623758 . C T 1587.34 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.851;QD=64.135;RBI=0.0317719;REFB=0;REVB=-0.013145;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97757e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr2 179629363 . T C 804.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.123;QD=64.3708;RBI=0.019787;REFB=0;REVB=0.0105925;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32828e-05;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr2 179629461 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.783;QD=60.2306;RBI=0.0422597;REFB=0;REVB=0.00614709;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190387;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr2 179641445 . G A 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0141191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.991;QD=32.2578;RBI=0.0390509;REFB=-0.00556341;REVB=0.0364091;RO=8;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125357;STB=0.568957;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0018304;OID=.;OPOS=179641445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:8:13:3:5:8:13:3:5 chr2 179644035 . G A 1044.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.733;QD=59.6681;RBI=0.035707;REFB=0;REVB=0.0168124;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72629e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:39:31:0:0 chr2 179659912 . G A 803.76 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106679;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.698;QD=57.4114;RBI=0.0438856;REFB=0;REVB=0.0425693;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277625;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr2 179702268 . A G 442.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.14;QD=57.1139;RBI=0.0106398;REFB=0;REVB=0.00813299;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6698e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:11:20:0:0 chr2 179839833 . A G 530.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0818168;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4112;QD=57.3697;RBI=0.0855911;REFB=-0.0203356;REVB=0.0251364;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00107332;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:0:1:26:10:0:1 chr2 180047908 . T C 372.94 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0553841;FXX=0.0512689;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4905;QD=40.3174;RBI=0.0595455;REFB=-0.0875363;REVB=0.0218693;RO=8;SAF=11;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182491;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304403;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:18:11:3:5:18:11:3:5 chr2 180810180 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.139;QD=63.5781;RBI=0.00706139;REFB=0;REVB=0.00565876;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50414e-06;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 180810264 . A T 399.6 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.192;QD=53.2798;RBI=0.00830406;REFB=-0.0480324;REVB=-0.00814283;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000489605;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:0:1 chr2 180835792 . T A 732.6 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.759;QD=56.354;RBI=0.027053;REFB=0;REVB=-0.0100586;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144449;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:27:23:0:0:28:24:0:0 chr2 182374534 . A G 579.37 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0408313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.253;QD=41.3836;RBI=0.0438727;REFB=-0.00748505;REVB=-0.0160505;RO=9;SAF=18;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540061;STB=0.528933;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00240823;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:29:18:5:4:29:18:5:4 chr2 182395345 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.047;QD=57.4361;RBI=0.0219602;REFB=-0.0441191;REVB=-0.0160562;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113879;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000103051;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:41:26:0:1:41:26:0:1 chr2 182399097 . T C 176.2 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0303055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.619;QD=29.3673;RBI=0.0310388;REFB=-0.00205103;REVB=0.00670718;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983499;STB=0.554392;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00255273;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:2:5:9:8:2:5 chr2 182399638 . A G,T 1516.19 PASS AF=0.95283,0.0377358;AO=101,4;DP=106;FAO=101,4;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53,3;FSAR=48,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04925,0.00726351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.0769,187.43;QD=57.2147;RBI=0.0524217,0.0240944;REFB=-0.132362,-0.108401;REVB=0.0179577,-0.0229735;RO=1;SAF=53,3;SAR=48,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00978143,0.272709;STB=0.505154,0.665771;STBP=0.301,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=-7.6597e-05,0.128064;OID=.,.;OPOS=182399638,182399638;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:106:106:1:1:101,4:101,4:0.95283,0.0377358:48,1:53,3:0:1:48,1:53,3:0:1 chr2 182400905 . T G 1529.83 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.836;QD=63.7428;RBI=0.0539734;REFB=0;REVB=0.0103127;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19478e-05;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:55:41:0:0:55:41:0:0 chr2 182401116 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00298168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.828;QD=6.0609;RBI=0.0430867;REFB=-0.00563325;REVB=-0.0429834;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408176;STB=0.526267;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0397912;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:8:3:12:28:8:3:12:28 chr2 182403851 . G A 953.59 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.918;QD=58.6821;RBI=0.0200325;REFB=0;REVB=0.016739;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17879e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 182413259 . A G 364.74 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0035381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.657;QD=41.685;RBI=0.0198369;REFB=-0.0026846;REVB=0.0195188;RO=6;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318486;STB=0.514276;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00113876;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:35:6:6:28:29:0.828571:12:16:4:2:12:17:4:2 chr2 182468803 . T G 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00690645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0988;QD=7.79816;RBI=0.0188482;REFB=-0.0135311;REVB=0.0175372;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382767;STB=0.523758;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0452551;OID=.;OPOS=182468803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:16:7:3:6:16:7 chr2 182521578 . G A 818.32 PASS AF=0.8;AO=59;DP=75;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0158284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.578;QD=40.9161;RBI=0.0529926;REFB=-0.0339176;REVB=0.0505734;RO=15;SAF=28;SAR=31;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474907;STB=0.518773;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0103662;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:75:80:15:16:59:64:0.8:31:28:9:6:34:30:9:7 chr2 182543455 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.787;QD=60.9785;RBI=0.0163031;REFB=0;REVB=0.0162521;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.567e-05;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 182925120 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0195271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.604;QD=10.6342;RBI=0.0212659;REFB=-0.0205733;REVB=0.00842209;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442988;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0281707;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:7:6:1:7:7:6 chr2 182926144 . T C 583.92 PASS AF=0.724638;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00190678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.213;QD=33.8505;RBI=0.0147229;REFB=-0.00162155;REVB=0.0145989;RO=19;SAF=23;SAR=27;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607867;STB=0.532779;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00114905;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:19:19:50:50:0.724638:27:23:11:8:27:23:11:8 chr2 183007502 . A G 648.3 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00832632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1049;QD=50.8473;RBI=0.0276255;REFB=-0.0416701;REVB=0.0263409;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512435;STB=0.527261;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00321559;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:51:51:3:3:48:48:0.941176:26:22:0:3:26:22:0:3 chr2 183584755 . G A 81.78 PASS AF=0.22807;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0187302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6276;QD=5.73916;RBI=0.0531656;REFB=-0.015147;REVB=-0.0497571;RO=44;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208923;STB=0.653389;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0122934;OID=.;OPOS=183584755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:56:57:44:44:12:13:0.22807:8:4:22:22:9:4:22:22 chr2 183593697 . C T 107.09 PASS AF=0.172414;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.0362467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.583;QD=3.69284;RBI=0.0403938;REFB=0.000609438;REVB=-0.0178279;RO=95;SAF=7;SAR=13;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644043;STB=0.534782;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00300982;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:95:96:20:20:0.172414:13:7:29:66:13:7:30:66 chr2 183622547 . T G 188.84 PASS AF=0.243697;AO=29;DP=118;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00220467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.803;QD=6.34764;RBI=0.00235636;REFB=-0.00664003;REVB=-0.000831772;RO=89;SAF=7;SAR=22;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272711;STB=0.664356;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0193572;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:89:90:29:29:0.243697:22:7:39:50:22:7:39:51 chr2 183789649 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.37;QD=58.1421;RBI=0.0129126;REFB=0;REVB=-0.00349372;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48334e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 183799558 . G C 1750.61 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562736;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.379;QD=59.8498;RBI=0.0603133;REFB=-0.0131389;REVB=0.0217019;RO=1;SAF=51;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922029;STB=0.504853;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0002014;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:115:116:0.991453:64:51:1:0:65:51:1:0 chr2 183961650 . A C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.79;QD=59.7163;RBI=0.0398354;REFB=-0.0481548;REVB=0.0165571;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111373;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000868494;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:42:36:0:1:43:36:0:1 chr2 183961668 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.578;QD=60.3762;RBI=0.00719296;REFB=0;REVB=-0.00271361;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77751e-06;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr2 184814072 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.47;QD=58.5877;RBI=0.0378567;REFB=0;REVB=-0.000318518;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181591;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr2 185469503 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.856;QD=62.9829;RBI=0.035059;REFB=0;REVB=0.0107609;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116818;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr2 185800905 . A T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.01582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.325;QD=9.67067;RBI=0.021944;REFB=-0.00916485;REVB=-0.0152073;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172318;STB=0.510296;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0203797;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:13:23:10:6:13:23 chr2 185801747 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.026001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.423;QD=7.03211;RBI=0.0295113;REFB=0.00157029;REVB=-0.0139594;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226365;STB=0.624732;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00994229;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:4:5:9:16:4:5:10:16 chr2 185801755 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0114649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.524;QD=6.80721;RBI=0.0375718;REFB=-0.0113712;REVB=-0.0357799;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199261;STB=0.636074;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0309701;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:4:5:10:16:4:5:10:17 chr2 185802363 . A G 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0131627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.026;QD=7.30282;RBI=0.0132548;REFB=-0.00466036;REVB=0.00155972;RO=42;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178144;STB=0.609606;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0120733;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:5:10:22:20:5:10:22:20 chr2 186526579 . G A 101.79 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=1.24713e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5371;QD=3.91513;RBI=0.0424677;REFB=-0.00235563;REVB=-0.0424677;RO=86;SAF=9;SAR=9;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589029;STB=0.538419;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00853733;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:86:86:18:18:0.173077:9:9:47:39:9:9:47:39 chr2 186603605 . AG A,AGG 46.88 PASS AF=0,0.392857;AO=4,10;DP=28;FAO=0,11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.128536,0.134377;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.9139,12.4337;QD=6.69742;RBI=0.278114,0.284137;REFB=-0.099399,0.103728;REVB=-0.246629,0.250353;RO=14;SAF=3,9;SAR=1,1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=0.0508503,0.330288;STB=0.5,0.550922;STBP=1,0.721;TYPE=del,ins;VARB=0.0773222,-0.0667962;OID=.,.;OPOS=186603606,186603606;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.392857:4,10:28:0,11:28:17:0,9:0,2:13:4:47:14:3,9:1,1:10:4 chr2 186625770 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00492796;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=286.301;QD=19.0006;RBI=0.0107841;REFB=-0.000693864;REVB=0.0095923;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000523517;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:7:10:9:8:7:10 chr2 186627943 . T C 837.22 PASS AF=0.833333;AO=63;DP=76;FAO=65;FDP=78;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00807351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.592;QD=42.9342;RBI=0.0115332;REFB=-0.0138874;REVB=-0.00823604;RO=12;SAF=33;SAR=30;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935739;STB=0.556505;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00393097;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:76:78:12:13:63:65:0.833333:30:33:10:2:32:33:11:2 chr2 186654592 . A G 438.94 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00146916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0349;QD=34.4268;RBI=0.0426514;REFB=-0.0410671;REVB=0.0426261;RO=13;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611209;STB=0.533091;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0166627;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:13:13:38:38:0.745098:25:13:6:7:25:13:6:7 chr2 186654867 . G C 456.48 PASS AF=0.694915;AO=40;DP=60;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0111957;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6566;QD=30.948;RBI=0.0205476;REFB=-0.0264765;REVB=0.0172296;RO=18;SAF=26;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12367;STB=0.560315;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0128614;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:18:18:40:41:0.694915:14:26:8:10:15:26:8:10 chr2 186655726 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9951;QD=57.177;RBI=0.0408404;REFB=0;REVB=-0.0405198;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338244;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 186656657 . C T 739.75 PASS AF=0.772152;AO=58;DP=77;FAO=61;FDP=79;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00378076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.8;QD=37.4554;RBI=0.0533063;REFB=-0.016997;REVB=-0.053172;RO=18;SAF=21;SAR=37;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137844;STB=0.510654;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0119;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:18:18:58:61:0.772152:37:21:6:12:38:23:6:12 chr2 186656956 . T C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0193407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.036;QD=28.7633;RBI=0.0328711;REFB=-0.0229214;REVB=0.0265791;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215022;STB=0.618204;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00819091;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:1:8:10:9:1:8 chr2 186657089 . C A 608.42 PASS AF=0.712329;AO=52;DP=73;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00366508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.64;QD=33.3382;RBI=0.0140928;REFB=-0.0141794;REVB=-0.0136079;RO=21;SAF=26;SAR=26;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634815;STB=0.534233;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00432923;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:21:21:52:52:0.712329:26:26:8:13:26:26:8:13 chr2 186658056 . G A 417.76 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0142284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.089;QD=37.1343;RBI=0.0455939;REFB=0.0034981;REVB=-0.043317;RO=12;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102487;STB=0.555523;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00126449;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:12:12:33:33:0.733333:18:15:3:9:18:15:3:9 chr2 186658438 . C T 203.97 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00653432;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.367;QD=29.1383;RBI=0.0129526;REFB=-0.00703359;REVB=-0.0111836;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475086;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00146901;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:5:4:10:9:5:4 chr2 186658565 . G T 513.78 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00831501;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.106;QD=42.8151;RBI=0.0180108;REFB=-0.0355526;REVB=-0.0159765;RO=9;SAF=16;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321758;STB=0.526064;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00796809;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:49:48:9:10:38:38:0.791667:22:16:3:6:22:16:3:7 chr2 186659359 . G T 484.48 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0132746;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.409;QD=43.0649;RBI=0.0168029;REFB=-0.00205432;REVB=-0.0103017;RO=9;SAF=20;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645792;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:16:20:5:4:16:20:5:4 chr2 186661673 . A G 436.36 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0243586;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.029;QD=32.3232;RBI=0.0243604;REFB=-0.0231924;REVB=-0.000297717;RO=15;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791713;STB=0.542835;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0167644;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:15:15:39:39:0.722222:19:20:10:5:19:20:10:5 chr2 186664473 . T C 1159.46 PASS AF=0.708955;AO=93;DP=132;FAO=95;FDP=134;FR=.;FRO=39;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00998219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.026;QD=34.6108;RBI=0.0100295;REFB=0.0094405;REVB=-0.000973278;RO=39;SAF=43;SAR=50;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278714;STB=0.511406;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00376214;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:39:39:93:95:0.708955:50:43:20:19:50:45:20:19 chr2 186664963 . C A 294.13 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0885082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.916;QD=34.6039;RBI=0.0887711;REFB=-0.00453905;REVB=-0.00682655;RO=9;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234305;STB=0.627806;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00434315;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:10:15:1:8:10:15:1:8 chr2 186665432 . G A 259.28 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00516438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0173;QD=16.728;RBI=0.00825844;REFB=-0.0233811;REVB=0.00644446;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265085;STB=0.50823;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0112582;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:11:18:19:13:11:18:20:13 chr2 186665824 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0172946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.884;QD=27.2218;RBI=0.0172951;REFB=0.0207534;REVB=0.000127704;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116021;STB=0.56405;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0116899;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:5:10:12:12:5:10 chr2 186667121 . T C 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00684344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.687;QD=46.0591;RBI=0.0104445;REFB=-0.00906372;REVB=0.00789018;RO=4;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132388;STB=0.571379;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00141157;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:12:17:0:4:12:17:0:4 chr2 186668935 . A G 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0678989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.819;QD=2.95725;RBI=0.0690721;REFB=-0.00129134;REVB=0.0126762;RO=54;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464729;STB=0.844662;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00373027;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:54:55:9:9:0.140625:8:1:24:30:8:1:25:30 chr2 186670104 . A C 1007.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1606;QD=59.2839;RBI=0.01883;REFB=0;REVB=0.0136194;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240542;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr2 186670780 . T A 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0141794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.569;QD=32.2578;RBI=0.019073;REFB=-0.0212255;REVB=0.0127563;RO=8;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893954;STB=0.549307;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00642724;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:16:5:3:5:16:5:3:5 chr2 186670979 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.948;QD=53.3625;RBI=0.0460564;REFB=-0.0137135;REVB=0.0376705;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000521385;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr2 186671357 . G A 419.9 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0128666;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.49;QD=31.1037;RBI=0.0329808;REFB=-0.010428;REVB=-0.0303675;RO=17;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176603;STB=0.510758;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0046382;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:17:16:38:38:0.703704:18:20:9:8:18:20:9:7 chr2 186671912 . G A 804.72 PASS AF=0.744186;AO=64;DP=87;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00204488;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.601;QD=37.4286;RBI=0.0112995;REFB=-0.022505;REVB=0.0111129;RO=21;SAF=36;SAR=28;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105676;STB=0.56248;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.012765;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:21:22:64:64:0.744186:28:36:7:14:28:36:7:15 chr2 186697876 . A G 1174.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2584;QD=59.4856;RBI=0.0463466;REFB=-0.0760764;REVB=0.00643495;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000513899;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:0:1:38:40:0:1 chr2 187370673 . G C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.024779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.555;QD=4.30362;RBI=0.0267301;REFB=-0.0120215;REVB=-0.010025;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112425;STB=0.577511;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0617127;OID=.;OPOS=187370673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:11:15:4:2:11:15 chr2 187487160 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.582;QD=60.5468;RBI=0.011546;REFB=0;REVB=-0.00716039;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39498e-06;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr2 187532417 . G A 1302.1 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5607;QD=62.0048;RBI=0.00800367;REFB=0;REVB=0.00742934;RO=0;SAF=59;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37851e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:24:59:0:0:24:60:0:0 chr2 187558960 . G A 102.04 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0379108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.572;QD=29.1547;RBI=0.0446414;REFB=-0.0124446;REVB=-0.0235717;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901728;STB=0.550922;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00372524;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:2:1:2:9:2:1 chr2 187559047 . G A,GCAA 399.95 PASS AF=0.153846,0.576923;AO=11,16;DP=57;FAO=8,30;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=5,13;FSAR=3,17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0185073,0.030667;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=76.94,118.761;QD=30.7657;RBI=0.0239259,0.0431238;REFB=-0.0972395,-0.0806124;REVB=0.0151634,0.0303182;RO=29;SAF=5,7;SAR=6,9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.113535,-0.124746;STB=0.666263,0.524828;STBP=0.268,0.679;TYPE=snp,ins;VARB=0.0542653,0.0320802;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:52:29:14:11,16:8,30:0.153846,0.576923:6,9:5,7:16:13:3,17:5,13:5:9 chr2 187698751 . G A 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0169846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.629;QD=5.56795;RBI=0.0212995;REFB=-0.00140715;REVB=-0.0128526;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531778;STB=0.534415;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0101888;OID=.;OPOS=187698751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:14:25:6:4:14:25 chr2 187987389 . G A 531.1 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00895992;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3856;QD=33.7206;RBI=0.0123136;REFB=-0.0454781;REVB=0.0084466;RO=17;SAF=27;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294859;STB=0.515917;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0173773;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:17:17:46:46:0.730159:19:27:9:8:19:27:9:8 chr2 187987519 . C T 1060.01 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7796;QD=59.7187;RBI=0.0569077;REFB=0;REVB=0.0460114;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111043;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr2 187987557 . A G 406.82 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0348827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.159;QD=30.7032;RBI=0.0362254;REFB=-0.0441612;REVB=0.00977094;RO=16;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828915;STB=0.544961;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0126588;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:20:17:5:11:20:17:5:11 chr2 188208120 . A G 122.95 PASS AF=0.167883;AO=23;DP=140;FAO=23;FDP=137;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.0107858;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.094;QD=3.58973;RBI=0.0109954;REFB=-0.00561346;REVB=0.00213692;RO=112;SAF=14;SAR=9;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161448;STB=0.598129;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0620257;OID=.;OPOS=188208120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:112:114:23:23:0.167883:9:14:54:58:9:14:56:58 chr2 188208130 . A G 1600.62 PASS AF=0.819444;AO=117;DP=143;FAO=118;FDP=144;FR=.;FRO=26;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0110287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.795;QD=44.4616;RBI=0.0117418;REFB=0.00041069;REVB=-0.00402962;RO=26;SAF=56;SAR=61;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204934;STB=0.510008;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-7.31079e-05;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:26:26:117:118:0.819444:61:56:14:12:61:57:14:12 chr2 188250301 . T A 1555.59 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128301;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.69;QD=62.8522;RBI=0.0152569;REFB=0.0481664;REVB=0.00825606;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.506665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000829777;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:97:98:0.989899:61:36:0:0:61:37:1:0 chr2 189460553 . T C 1444.64 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00570217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.647;QD=60.8271;RBI=0.00836842;REFB=-0.0680724;REVB=0.00612501;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108981;STB=0.500796;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000158145;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:50:43:1:0:50:43:1:1 chr2 189860429 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.017686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.54;QD=12.3389;RBI=0.0176905;REFB=-0.00781567;REVB=0.000396768;RO=39;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306738;STB=0.678103;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00966726;OID=.;OPOS=189860429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:18:6:20:19:18:6:20:19 chr2 189866199 . T A 2296.92 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.324;QD=60.8455;RBI=0.0315175;REFB=0;REVB=0.031392;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98756e-06;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:69:80:0:0:70:81:0:0 chr2 189875421 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.466;QD=63.8719;RBI=0.083388;REFB=0;REVB=0.0833553;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191142;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr2 189907937 . A G 1178.61 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571088;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.576;QD=61.2264;RBI=0.0571592;REFB=0;REVB=-0.00239836;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028831;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr2 189932831 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.00713e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.528;QD=58.9627;RBI=0.00256994;REFB=0;REVB=0.00256898;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03143e-06;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr2 189932993 . C T 432.24 PASS AF=0.709091;AO=38;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00768818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3769;QD=31.4354;RBI=0.0103656;REFB=-0.0476117;REVB=0.00695255;RO=16;SAF=16;SAR=22;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975651;STB=0.548995;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0218287;OID=.;OPOS=189932993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:38:39:0.709091:22:16:4:12:23:16:4:12 chr2 189974958 . G T 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000485965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9634;QD=51.9012;RBI=0.0729786;REFB=0;REVB=-0.072977;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210521;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 189997837 . CG C,CA 303.56 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=5,19;DP=24;FAO=4,20;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=4,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440133,-0.0729232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.5777,41.9218;QD=50.5929;RBI=0.0461614,0.091863;REFB=0,0;REVB=0.0139176,0.0558661;RO=0;SAF=0,14;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0784015,0.0121067;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:5,19:24:4,20:24:0:0,14:4,6:0:0:18:0:0,14:5,5:0:0 chr2 190323530 . A G 1197.45 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010988;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.81;QD=61.4075;RBI=0.0164518;REFB=0;REVB=-0.0122444;RO=0;SAF=55;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03278e-05;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:23:55:0:0:23:55:0:0 chr2 190430177 . A G 1555.94 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3034;QD=59.8439;RBI=0.00969371;REFB=0;REVB=0.00904703;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09636e-05;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr2 190531426 . G A 926.34 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186003;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.028;QD=58.8154;RBI=0.019227;REFB=0;REVB=-0.0048691;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16716e-06;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr2 190595258 . G T 1153.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7181;QD=60.71;RBI=0.094548;REFB=0;REVB=-0.0176536;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862289;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr2 190602513 . T C 894.08 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0365167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.9275;QD=53.378;RBI=0.0603886;REFB=-0.141174;REVB=0.048097;RO=2;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325365;STB=0.505415;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00444245;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:67:2:3:63:64:0.955224:28:35:0:2:29:35:2:1 chr2 190617643 . A G,T 1043.47 PASS AF=0.791667,0.208333;AO=55,17;DP=72;FAO=57,15;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=24,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527801,-0.0934506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.715,35.1127;QD=57.9708;RBI=0.0168064,0.0935698;REFB=0,0;REVB=0.0159562,0.00472068;RO=0;SAF=31,3;SAR=24,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00181803,0.132607;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:72:72:0:0:55,17:57,15:0.791667,0.208333:24,14:31,3:0:0:24,14:33,1:0:0 chr2 190618249 . T A 374.35 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.021;QD=55.4596;RBI=0.0281002;REFB=0;REVB=0.0227104;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260877;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:16:11:0:0 chr2 190636411 . C G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.372;QD=64.4126;RBI=0.0193384;REFB=0;REVB=0.0091816;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53729e-05;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr2 190788844 . T TC 291.85 PASS AF=1;AO=11;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237902;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.0538;QD=50.7566;RBI=0.121039;REFB=0;REVB=0.118678;RO=12;SAF=11;SAR=0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.84306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0012952;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:24:23:23:0:13:10:0:0:4:12:11:0:2:10 chr2 190788845 . G C 89.43 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0135873;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.2754;QD=14.9053;RBI=0.094557;REFB=0.00294183;REVB=0.0935757;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672737;STB=0.88179;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00391852;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:13:0:9:2:13:0 chr2 190815211 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.664;QD=55.0986;RBI=0.0169489;REFB=0;REVB=-0.0131866;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77438e-06;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 191064753 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.406;QD=57.6804;RBI=0.0468971;REFB=0;REVB=0.0262193;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566862;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr2 191065236 . TTTTG T,TT 386.52 PASS AF=0.880952,0.0238095;AO=30,5;DP=37;FAO=37,1;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=19,1;FSAR=18,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.01698,0.0186139;FXX=0.0232504;HRUN=5,5;LEN=4,3;MLLD=272.915,264.713;QD=36.8117;RBI=0.0175582,0.0193806;REFB=-0.0318817,-0.0119781;REVB=-0.00446883,-0.00539694;RO=0;SAF=16,2;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.523105,0.98415;STBP=0.371,0.538;TYPE=del,del;VARB=0.000167807,0.0111041;OID=.,.;OPOS=191065237,191065238;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952,0.0238095:30,5:37:37,1:42:4:19,1:18,0:3:1:12:0:16,2:14,3:0:0 chr2 191065595 . G T 707.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.773;QD=61.5573;RBI=0.00334033;REFB=0;REVB=0.00289027;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162454;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:24:22:0:0 chr2 191065781 . CA AT,CAGAT 386.74 PASS AF=0.0645161,0.870968;AO=2,27;DP=33;FAO=2,27;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=0,11;FSAR=2,16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00431297,0.0073003;FXX=0.0312402;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=165.35,247.736;QD=49.9025;RBI=0.00542464,0.0227788;REFB=0.000199945,-0.023108;REVB=0.00329015,0.0215773;RO=3;SAF=0,11;SAR=2,16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666583,-0.0492297;STB=0.992443,0.506591;STBP=0.326,0.859;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0256647,0.00187437;OID=.,.;OPOS=191065781,191065783;OREF=CA,-;OALT=AT,GAT;OMAPALT=AT,CAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:33:31:3:2:2,27:2,27:0.0645161,0.870968:2,16:0,11:2:1:2,16:0,11:1:1 chr2 191066683 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.412;QD=58.0611;RBI=0.0276247;REFB=0;REVB=-0.0191117;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11907e-05;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 191066769 . C T 239.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.412;QD=50.333;RBI=0.063755;REFB=0;REVB=0.0637003;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468338;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr2 191066913 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.673;QD=44.0923;RBI=0.0545713;REFB=0.0821824;REVB=0.0108568;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000912522;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr2 191066970 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1877;QD=57.2023;RBI=0.0955331;REFB=0;REVB=0.00906258;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209756;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 191067233 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.892;QD=62.3463;RBI=0.0576462;REFB=0;REVB=0.0572346;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320054;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:22:16:0:0:22:21:0:0 chr2 191067766 . T TTC 487.74 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151584;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=2;MLLD=105.417;QD=57.3811;RBI=0.0189546;REFB=0;REVB=0.0113798;RO=8;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944591;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000176583;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:38:34:34:0:24:10:0:0:4:8:20:10:7:1 chr2 191068061 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2637;QD=48.7366;RBI=0.0217473;REFB=0;REVB=-0.0152222;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06111e-05;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr2 191224981 . G T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0148587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2605;QD=23.8244;RBI=0.0279709;REFB=0.0162219;REVB=-0.0236979;RO=28;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499383;STB=0.527458;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00860023;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:26:13:11:17:26:13:11:17 chr2 191231458 . G A 710.68 PASS AF=0.705882;AO=58;DP=83;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0161973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8377;QD=33.4437;RBI=0.0456938;REFB=-0.0157884;REVB=0.0427267;RO=25;SAF=31;SAR=27;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143312;STB=0.512766;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0093524;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:25:25:58:60:0.705882:27:31:14:11:29:31:14:11 chr2 191231503 . G A 760.05 PASS AF=0.712644;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0287152;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0895;QD=34.945;RBI=0.0288552;REFB=-0.00105498;REVB=-0.00283905;RO=25;SAF=33;SAR=29;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279504;STB=0.515045;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000250937;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:25:25:62:62:0.712644:29:33:12:13:29:33:12:13 chr2 191235901 . A C 1140.71 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000730642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3114;QD=58.4979;RBI=0.0899446;REFB=0;REVB=0.0899417;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312455;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:39:33:0:0:45:33:0:0 chr2 191301368 . A G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0470722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9398;QD=15.8344;RBI=0.0924748;REFB=-0.00100033;REVB=0.0795977;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00925547;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:3:4:7:1:3:4 chr2 191302045 . G T 469.77 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.789;QD=28.9092;RBI=0.00572691;REFB=0.00852771;REVB=0.00552151;RO=22;SAF=24;SAR=19;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148668;STB=0.580746;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00480704;OID=.;OPOS=191302045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:19:24:7:15:19:24:7:15 chr2 191354491 . T C 553.65 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=68;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0117528;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.252;QD=33.0535;RBI=0.0455623;REFB=-0.0053296;REVB=0.0440204;RO=19;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477674;STB=0.525775;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00294125;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:19:19:48:48:0.716418:22:26:12:7:22:26:12:7 chr2 191366579 . T G 229.95 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.022395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.868;QD=9.89044;RBI=0.0225503;REFB=-0.00396387;REVB=-0.00264212;RO=64;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837631;STB=0.549177;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00689165;OID=.;OPOS=191366579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:17:12:31:33:17:12:31:33 chr2 191379268 . G A 281.33 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.08;QD=51.1511;RBI=0.0351132;REFB=0;REVB=0.00468305;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020611;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr2 191402654 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.028197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6573;QD=15.626;RBI=0.070316;REFB=0.00799657;REVB=-0.0644148;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864659;STB=0.54994;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0191505;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:10:13:11:6:10:13 chr2 191402685 . A C 822.99 PASS AF=0.683673;AO=64;DP=95;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0133401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9666;QD=33.5912;RBI=0.0194788;REFB=-0.000104354;REVB=-0.0141939;RO=30;SAF=47;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162303;STB=0.566245;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-1.61985e-05;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:30:31:64:67:0.683673:17:47:15:15:20:47:16:15 chr2 191402698 . A C 776.78 PASS AF=0.686275;AO=43;DP=101;FAO=70;FDP=102;FR=.;FRO=32;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0232474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1229;QD=30.4618;RBI=0.0346041;REFB=0.0135673;REVB=-0.0256321;RO=27;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544642;STB=0.566323;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00480563;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:27:32:43:70:0.686275:19:24:13:14:20:50:17:15 chr2 191402702 . T C 824.25 PASS AF=0.70297;AO=71;DP=101;FAO=71;FDP=101;FR=.;FRO=30;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0163442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9489;QD=32.6435;RBI=0.0317465;REFB=-0.00220706;REVB=-0.0272159;RO=30;SAF=51;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138718;STB=0.574857;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0018895;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:30:30:71:71:0.70297:20:51:15:15:20:51:15:15 chr2 191402710 . T C 829.91 PASS AF=0.688679;AO=73;DP=106;FAO=73;FDP=106;FR=.;FRO=33;FSAF=54;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00444495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.584;QD=31.3172;RBI=0.0122806;REFB=-0.0138434;REVB=0.011448;RO=33;SAF=54;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154439;STB=0.583489;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0088567;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:33:33:73:73:0.688679:19:54:17:16:19:54:17:16 chr2 191402712 . TA CG 857.08 PASS AF=0.704762;AO=74;DP=106;FAO=74;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00828962;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=2;MLLD=138.879;QD=32.6506;RBI=0.0204242;REFB=0.0104328;REVB=0.0186662;RO=31;SAF=55;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149893;STB=0.580903;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=-0.00393047;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:31:31:74:74:0.704762:19:55:16:15:19:55:16:15 chr2 191402748 . A T 852.46 PASS AF=0.698113;AO=74;DP=107;FAO=74;FDP=106;FR=.;FRO=32;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00811006;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.308;QD=32.1682;RBI=0.00832084;REFB=-0.0163562;REVB=0.00186098;RO=31;SAF=57;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13491;STB=0.580845;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0111718;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:31:32:74:74:0.698113:17:57:18:13:17:57:18:14 chr2 191402761 . G A 839.99 PASS AF=0.686869;AO=65;DP=96;FAO=68;FDP=99;FR=.;FRO=31;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0333341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.248;QD=33.9389;RBI=0.0343246;REFB=-0.019637;REVB=-0.00818653;RO=31;SAF=53;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199716;STB=0.60106;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00499413;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:31:31:65:68:0.686869:12:53:18:13:13:55:18:13 chr2 191402775 . T C 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0297993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.477;QD=26.4869;RBI=0.0376706;REFB=-0.02654;REVB=-0.0230451;RO=31;SAF=43;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390418;STB=0.717219;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00316909;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:5:43:18:13:5:43:18:13 chr2 191402778 . T C 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0189252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.389;QD=25.2001;RBI=0.021466;REFB=-0.0172315;REVB=0.0101304;RO=31;SAF=43;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601414;STB=0.840724;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00393761;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:2:43:18:13:2:43:18:13 chr2 191555331 . C T 633.57 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0317923;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.356;QD=43.6942;RBI=0.033652;REFB=-0.0407985;REVB=0.0110319;RO=8;SAF=16;SAR=34;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121307;STB=0.564928;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00655419;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:58:8:8:50:50:0.862069:34:16:6:2:34:16:6:2 chr2 191872307 . G A 70.57 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00567897;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.112;QD=4.41057;RBI=0.0174878;REFB=0.00106932;REVB=0.01654;RO=45;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51077;STB=0.849442;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0102633;OID=.;OPOS=191872307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:66:64:45:52:12:12:0.1875:2:10:19:26:2:10:20:32 chr2 192160839 . A T 938.33 PASS AF=0.737374;AO=73;DP=99;FAO=73;FDP=99;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0192978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.965;QD=37.9124;RBI=0.0203744;REFB=0.00347747;REVB=-0.00653521;RO=26;SAF=37;SAR=36;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221827;STB=0.511895;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00110092;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:26:26:73:73:0.737374:36:37:12:14:36:37:12:14 chr2 192160875 . C T 926.77 PASS AF=0.735849;AO=78;DP=106;FAO=78;FDP=106;FR=.;FRO=28;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00200818;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.902;QD=34.9723;RBI=0.00471855;REFB=-0.0110595;REVB=0.00426988;RO=28;SAF=41;SAR=37;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004978;STB=0.502668;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00411098;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:28:28:78:78:0.735849:37:41:15:13:37:41:15:13 chr2 192214966 . T C 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0669342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9626;QD=8.24035;RBI=0.0709537;REFB=0.0106866;REVB=0.0235423;RO=52;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522862;STB=0.531305;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0244519;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:13:8:22:30:13:8:22:30 chr2 192250726 . G A 695.12 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0597109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.008;QD=54.5192;RBI=0.0640672;REFB=0.00129473;REVB=0.0232211;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=9.81637e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:51:1:1:47:50:0.980392:31:16:1:0:32:18:1:0 chr2 192279327 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.837;QD=58.6006;RBI=0.032362;REFB=0;REVB=0.0317225;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29683e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:40:23:0:0:41:23:0:0 chr2 192699639 . A AG 1394.29 PASS AF=1;AO=113;DP=120;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826186;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9731;QD=48.9225;RBI=0.0854498;REFB=0;REVB=0.0218139;RO=5;SAF=49;SAR=64;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00139194;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:120:114:114:0:50:64:0:0:25:5:49:64:5:0 chr2 192701393 . A G 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.699;QD=59.8324;RBI=0.0327592;REFB=0;REVB=0.00256479;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79769e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:42:60:0:0:42:60:0:0 chr2 192711271 . C A 516.84 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0429272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.464;QD=30.8563;RBI=0.0443786;REFB=-0.0220985;REVB=0.0112567;RO=20;SAF=21;SAR=25;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604692;STB=0.539154;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0225828;OID=.;OPOS=192711271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:21:46:46:0.686567:25:21:7:13:25:21:7:14 chr2 195523141 . G T 693.8 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0590908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0849;QD=57.8168;RBI=0.0838615;REFB=0.0200499;REVB=0.0595066;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00760802;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:2:2:45:46:0.958333:20:25:1:1:21:25:1:1 chr2 196602089 . T TATCA 267.23 PASS AF=0.631579;AO=25;DP=41;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0116154;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=162.387;QD=28.1297;RBI=0.0129643;REFB=-0.0158446;REVB=-0.0057582;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127451;STB=0.592513;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.0197745;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:25:41:24:38:14:16:8:6:8:99:14:17:8:7:7 chr2 196602132 . GTGAT G 394.02 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0162234;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.298;QD=47.76;RBI=0.0370133;REFB=-0.0657869;REVB=0.0332683;RO=4;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117333;STB=0.512187;STBP=0.72;TYPE=del;VARB=0.00414536;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:29:34:30:33:3:16:14:2:1:14:4:16:13:2:2 chr2 196673530 . CAAA CAA,CAAG 500.02 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=6,27;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180637,-0.0177566;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.0321,38.9806;QD=57.1456;RBI=0.0752306,0.245719;REFB=0,0;REVB=0.0730297,0.245077;RO=0;SAF=0,20;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.090196,0.00694907;OID=.,.;OPOS=196673531,196673533;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:6,27:35:1,34:35:0:0,21:1,13:0:0:5:0:0,20:6,7:0:0 chr2 196791276 . T G 559.37 PASS AF=0.783333;AO=47;DP=60;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0458622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5497;QD=37.2913;RBI=0.0493852;REFB=0.00488072;REVB=-0.0183181;RO=13;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147999;STB=0.579552;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000942913;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:13:13:47:47:0.783333:28:19:10:3:28:19:10:3 chr2 196851911 . G A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.536;QD=59.4264;RBI=0.0251565;REFB=0;REVB=-0.0073267;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113541;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 196866420 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.553;QD=59.996;RBI=0.0164856;REFB=0;REVB=-0.00196805;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22917e-06;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr2 196915991 . A G 720.77 PASS AF=0.673913;AO=56;DP=87;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0114537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5422;QD=31.338;RBI=0.0253494;REFB=0.00194106;REVB=-0.0226143;RO=28;SAF=24;SAR=32;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445757;STB=0.526752;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00541577;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:28:30:56:62:0.673913:32:24:14:14:34:28:16:14 chr2 197004439 . A G 793.76 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00795956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.553;QD=29.6735;RBI=0.00819834;REFB=-0.029634;REVB=0.00196421;RO=36;SAF=34;SAR=37;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994799;STB=0.553674;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0133391;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:36:71:71:0.663551:37:34:23:13:37:34:23:13 chr2 197021276 . T C 672.03 PASS AF=0.678571;AO=54;DP=81;FAO=57;FDP=84;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0523466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.048;QD=32.0016;RBI=0.0527672;REFB=-0.000773982;REVB=-0.00664955;RO=27;SAF=24;SAR=30;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698995;STB=0.540045;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000497525;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:27:27:54:57:0.678571:30:24:9:18:31:26:9:18 chr2 197021372 . T A 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.000299675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.231;QD=32.2105;RBI=0.00657822;REFB=-0.0277279;REVB=0.0065714;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204989;STB=0.611578;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00871679;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:15:14:2:12:15:14:2:12 chr2 197065221 . A G 795.55 PASS AF=0.691489;AO=65;DP=94;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0107845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.151;QD=33.853;RBI=0.0270598;REFB=-0.0252984;REVB=0.024818;RO=29;SAF=33;SAR=32;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152323;STB=0.581948;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0100176;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:29:29:65:65:0.691489:32:33:7:22:32:33:7:22 chr2 197118729 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.667;QD=56.1915;RBI=0.0234089;REFB=0;REVB=-0.00518598;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152605;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 197154234 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.734;QD=57.2024;RBI=0.0172009;REFB=0;REVB=0.0120834;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45467e-07;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr2 197184321 . C T 699.15 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00953481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.158;QD=52.7658;RBI=0.0204349;REFB=-0.208486;REVB=-0.0180741;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.507039;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00162304;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:53:1:2:51:51:0.962264:34:17:1:0:34:17:1:1 chr2 197297980 . C T 142.66 PASS AF=0.244186;AO=20;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00242836;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.212;QD=6.63512;RBI=0.0208282;REFB=-0.013929;REVB=-0.0206862;RO=66;SAF=8;SAR=12;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198047;STB=0.640612;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0406491;OID=.;OPOS=197297980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:66:65:20:21:0.244186:12:8:37:29:13:8:37:28 chr2 197504545 . C G 1135.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.819;QD=60.5784;RBI=0.10494;REFB=0;REVB=0.0953776;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211463;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:50:24:0:0:51:24:0:0 chr2 197540913 . T C 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.037461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9314;QD=7.48125;RBI=0.0405581;REFB=-0.00691874;REVB=0.0155446;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267056;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0160077;OID=.;OPOS=197540913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:4:8:16:20:4:8:16:20 chr2 198572076 . A ATTC,C 554.55 PASS AF=0.853659,0.097561;AO=34,4;DP=42;FAO=35,4;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13,3;FSAR=22,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215895,-0.0703835;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=209.144,59.2772;QD=54.1026;RBI=0.0242613,0.0778141;REFB=-0.0209299,-0.00298178;REVB=-0.0110683,-0.0331843;RO=3;SAF=13,3;SAR=21,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0449576,0.0725463;STB=0.507409,0.599463;STBP=0.769,0.601;TYPE=ins,snp;VARB=0.0078603,0.0359634;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:42:41:3:2:34,4:35,4:0.853659,0.097561:21,1:13,3:2:1:22,1:13,3:1:1 chr2 200136583 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.491;QD=63.8714;RBI=0.0341;REFB=0;REVB=-0.0177621;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84627e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr2 200792881 . C T 1110.42 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.445;QD=60.0228;RBI=0.0102206;REFB=0;REVB=-0.00992875;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26474e-06;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr2 200873221 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.112;QD=55.6542;RBI=0.0531235;REFB=0;REVB=0.010042;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374881;OID=.;OPOS=200873221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr2 201253956 . A G 466.46 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0246171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.235;QD=35.8818;RBI=0.0252852;REFB=-0.0177833;REVB=0.00577378;RO=12;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215492;STB=0.511622;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00426928;OID=.;OPOS=201253956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:22:18:6:6:22:18:6:6 chr2 201344434 . A G 149.76 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00581413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.041;QD=28.5249;RBI=0.0110951;REFB=0.000403586;REVB=0.00944977;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925989;STB=0.551653;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000186315;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:5:10:3:3:5:10:3:3 chr2 201344491 . G A 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00770369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7317;QD=39.1881;RBI=0.00790459;REFB=-0.0204515;REVB=-0.00177078;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387354;STB=0.521036;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00407212;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:4:2:11:14:4:2 chr2 201344732 . C T 641.72 PASS AF=0.8125;AO=52;DP=64;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0298271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.977;QD=40.1075;RBI=0.0321152;REFB=-0.0241447;REVB=-0.0119053;RO=12;SAF=27;SAR=25;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224928;STB=0.512044;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00629807;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:12:12:52:52:0.8125:25:27:7:5:25:27:7:5 chr2 201437328 . C A 972.3 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8626;QD=57.194;RBI=0.024399;REFB=-0.0744597;REVB=0.00838789;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-8.6567e-05;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:25:41:0:0:25:42:1:0 chr2 201437334 . T C 1080.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.008;QD=60.0241;RBI=0.0157395;REFB=0;REVB=-0.00329132;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76121e-06;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:25:46:0:0:26:46:0:0 chr2 201485461 . T A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00674095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.816;QD=3.99858;RBI=0.0178988;REFB=-0.00116762;REVB=-0.0165809;RO=58;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604292;STB=0.537257;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00513824;OID=.;OPOS=201485461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:58:60:13:13:0.178082:6:7:34:24:6:7:35:25 chr2 201499608 . C T 501.93 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00219046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.448;QD=30.42;RBI=0.0151694;REFB=-0.00435913;REVB=0.0150104;RO=20;SAF=18;SAR=27;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115279;STB=0.555531;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00273712;OID=.;OPOS=201499608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:21:45:45:0.681818:27:18:12:8:27:18:12:9 chr2 202025621 . A G 274.82 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00747917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=39.2599;RBI=0.0104794;REFB=0.002005;REVB=0.00734023;RO=5;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116246;STB=0.506324;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-9.3638e-05;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:10:13:3:2:10:13:3:2 chr2 202050677 . A G 713.19 PASS AF=0.791667;AO=57;DP=72;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0139065;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.751;QD=39.6218;RBI=0.0142952;REFB=0.0174025;REVB=0.0033109;RO=15;SAF=37;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758908;STB=0.540695;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00233475;OID=.;OPOS=202050677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:72:72:15:15:57:57:0.791667:20:37:7:8:20:37:7:8 chr2 202082459 . T A 341.3 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.105332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8225;QD=25.7588;RBI=0.105685;REFB=-0.025039;REVB=-0.00862953;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181995;STB=0.599487;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0178829;OID=.;OPOS=202082459;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:16:17:5:15:16:17:5:15 chr2 202122995 . A G 526.58 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.000286012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.31;QD=27.0039;RBI=0.0161471;REFB=-0.00465491;REVB=0.0161446;RO=29;SAF=33;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298602;STB=0.505616;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00293529;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:15:33:21:8:15:33:21:9 chr2 202215492 . C G 290.35 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0121647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.801;QD=34.1583;RBI=0.0164855;REFB=-0.0264205;REVB=-0.0111262;RO=9;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222843;STB=0.518504;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00948174;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:24:25:0.735294:15:9:3:6:15:10:3:6 chr2 202245244 . A G 434.75 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00281885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.314;QD=37.8047;RBI=0.00282465;REFB=0.0141076;REVB=0.000180949;RO=12;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243199;STB=0.501319;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00527568;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:14:20:7:5:14:20:7:5 chr2 202252539 . G A 201.59 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.018754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4462;QD=8.0636;RBI=0.0195324;REFB=0.015312;REVB=0.00545937;RO=73;SAF=16;SAR=11;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658088;STB=0.539271;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.017918;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:11:16:47:26:11:16:47:26 chr2 202260049 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.989;QD=56.7064;RBI=0.0305939;REFB=0;REVB=0.000638929;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01691e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 202264156 . C T 825.91 PASS AF=0.690722;AO=66;DP=96;FAO=67;FDP=97;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0143218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.92;QD=34.058;RBI=0.0143976;REFB=0.0105766;REVB=-0.00147465;RO=30;SAF=24;SAR=42;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179498;STB=0.597947;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0042766;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:30:30:66:67:0.690722:42:24:20:10:43:24:20:10 chr2 202337730 . A G 695.56 PASS AF=0.75;AO=58;DP=77;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0200681;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.634;QD=36.6083;RBI=0.0220653;REFB=-0.0319626;REVB=0.00917319;RO=19;SAF=31;SAR=27;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762244;STB=0.539405;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0157158;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:19:19:58:57:0.75:27:31:7:12:27:30:7:12 chr2 202342402 . G T 562.42 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00839821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.342;QD=32.1383;RBI=0.020456;REFB=-0.0309766;REVB=0.0186525;RO=21;SAF=25;SAR=24;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980322;STB=0.552947;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.012252;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:24:25:7:14:24:25:7:14 chr2 202357949 . A C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7625;QD=52.609;RBI=0.0292665;REFB=0;REVB=0.0229297;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111326;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr2 202410300 . A T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.378;QD=62.6689;RBI=0.0283984;REFB=0;REVB=-0.0257375;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114957;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr2 202469361 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0916923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.674;QD=51.9146;RBI=0.0952231;REFB=0;REVB=0.0256896;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225299;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:18:21:1:16:2:0:0:18:3:0:0 chr2 202528830 . A AT 680.53 PASS AF=0.867188;AO=90;DP=132;FAO=111;FDP=128;FR=.;FRO=17;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.061016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6985;QD=21.2666;RBI=0.0817318;REFB=-0.000542961;REVB=0.0543796;RO=33;SAF=43;SAR=47;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187415;STB=0.504504;STBP=0.813;TYPE=ins;VARB=0.0364566;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.867188:90:132:111:128:17:55:56:9:8:13:33:43:47:17:16 chr2 202557702 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.56;QD=59.839;RBI=0.0284095;REFB=0;REVB=-0.000320533;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245413;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr2 202565372 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0124107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.989;QD=3.54005;RBI=0.0269126;REFB=-0.00217627;REVB=-0.0238802;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371121;STB=0.526228;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0134961;OID=.;OPOS=202565372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:17:15:3:3:17:15 chr2 202575821 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3817;QD=51.9156;RBI=0.0335829;REFB=0;REVB=0.0244228;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7516e-05;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr2 202598113 . C T 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.767;QD=54.8222;RBI=0.0158041;REFB=0.0316388;REVB=-0.0112062;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017117;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000415071;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:1:0:23:27:1:0 chr2 202625615 . C T 888.48 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00152557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.709;QD=56.4113;RBI=0.0502265;REFB=-0.146666;REVB=-0.0502033;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000302576;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:1:0:33:29:1:0 chr2 202741247 . G C 822.41 PASS AF=0.8;AO=64;DP=80;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.000722072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.325;QD=41.1203;RBI=0.00355763;REFB=-0.0289317;REVB=0.00348358;RO=16;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15;STB=0.579976;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00959531;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:16:16:64:64:0.8:35:29:1:15:35:29:1:15 chr2 202741256 . A T 1088.85 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0039547;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.792;QD=58.857;RBI=0.0169331;REFB=-0.0600971;REVB=-0.0164649;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.509088;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000601629;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:46:27:0:0:46:27:1:0 chr2 202741269 . G A 983.36 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245885;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.139;QD=57.8444;RBI=0.0355327;REFB=-0.130987;REVB=0.0256511;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00074896;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:41:26:0:0:41:26:0:1 chr2 202939654 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9613;QD=58.4194;RBI=0.0182326;REFB=0;REVB=-0.0134923;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133517;OID=.;OPOS=202939654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr2 202962243 . G A 75.87 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00503053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3562;QD=5.95031;RBI=0.0493979;REFB=-0.00217082;REVB=0.0491411;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470911;STB=0.530247;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0120137;OID=.;OPOS=202962243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:24:16:4:7:24:16 chr2 202964517 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.845;QD=47.8217;RBI=0.0665474;REFB=0;REVB=-0.0210113;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193329;OID=.;OPOS=202964517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 203072663 . T TC 36.41 PASS AF=0.473684;AO=6;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.102969;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.2752;QD=7.66533;RBI=0.150617;REFB=-0.0455451;REVB=-0.109922;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770459;STB=0.822687;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0367837;OID=.;OPOS=203072664;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:6:19:9:19:10:1:8:6:4:36:11:0:6:7:4 chr2 203164972 . C T 211.85 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0156082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.74;QD=35.3078;RBI=0.0355918;REFB=-0.0156285;REVB=0.0319869;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178192;STB=0.5045;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00451884;OID=.;OPOS=203164972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:24:5:5:18:19:0.791667:8:10:3:2:8:11:3:2 chr2 203640713 . T C 178.62 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00284503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.523;QD=31.065;RBI=0.041765;REFB=0.00849026;REVB=0.041668;RO=6;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101573;STB=0.505611;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00197009;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:6:11:4:2:6:11:4:2 chr2 204009369 . A G 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00382362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.357;QD=31.6313;RBI=0.0121212;REFB=-0.0131564;REVB=0.0115024;RO=13;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090267;STB=0.504947;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00658843;OID=.;OPOS=204009369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:10:17:8:5:10:17:8:5 chr2 204062061 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.565;QD=59.9371;RBI=0.013514;REFB=0;REVB=0.0130896;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01521e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:38:63:0:0:38:63:0:0 chr2 204090887 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.865;QD=61.3364;RBI=0.0245929;REFB=0;REVB=0.00990138;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80932e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 204116690 . C T 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.73;QD=57.2273;RBI=0.0571107;REFB=0;REVB=-0.0516298;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206737;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr2 204206977 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.043;QD=62.9828;RBI=0.0426422;REFB=0;REVB=-0.0282481;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65393e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr2 204298783 . A C 573.17 PASS AF=0.886792;AO=44;DP=54;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0756248;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6663;QD=43.2584;RBI=0.180925;REFB=-0.111989;REVB=0.164362;RO=8;SAF=24;SAR=20;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131392;STB=0.517677;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0334603;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:54:53:8:6:44:47:0.886792:20:24:4:4:23:24:4:2 chr2 204298785 . A C 32.15 PASS AF=0.132075;AO=8;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.058734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7641;QD=2.42629;RBI=0.101949;REFB=-0.0279429;REVB=-0.0833302;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675084;STB=0.52452;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.188564;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:53:45:46:8:7:0.132075:4:4:25:20:3:4:25:21 chr2 204298787 . A C 64.67 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0574448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2377;QD=4.88082;RBI=0.0653181;REFB=-0.0311868;REVB=-0.0310893;RO=42;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389945;STB=0.767437;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.14228;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:42:43:10:10:0.188679:2:8:21:21:2:8:21:22 chr2 204299540 . A G 126.47 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00108115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.56;QD=8.0295;RBI=0.00500667;REFB=-0.013941;REVB=-0.00488854;RO=44;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191664;STB=0.518052;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0306457;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:45:17:18:0.285714:5:12:31:13:6:12:31:14 chr2 204732714 . A G 546.26 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.269431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.637;QD=56.0268;RBI=0.270441;REFB=0;REVB=0.023354;RO=2;SAF=5;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141552;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:2:0:35:39:1:30:5:2:0:31:8:0:0 chr2 205829991 . C T 791.99 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0177451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.344;QD=53.694;RBI=0.0189682;REFB=-0.0939881;REVB=0.00670101;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.512191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000971267;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:17:40:0:0:17:40:2:0 chr2 205912403 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.291;QD=59.0178;RBI=0.0179536;REFB=0;REVB=0.0153454;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49231e-05;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr2 205969220 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000809827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.771;QD=61.684;RBI=0.00190476;REFB=0;REVB=-0.00172403;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11427e-06;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr2 205990353 . C T 555.42 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00862713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.544;QD=43.5626;RBI=0.0134517;REFB=-0.0072143;REVB=0.0103209;RO=7;SAF=28;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217276;STB=0.511623;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00116725;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:16:28:5:2:16:28:5:2 chr2 206218963 . G A 395.49 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0109501;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.212;QD=33.6586;RBI=0.0212484;REFB=-0.0146362;REVB=0.0182096;RO=15;SAF=4;SAR=28;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278384;STB=0.654092;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00454199;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:28:4:6:9:28:4:6:9 chr2 206219012 . TA CC 448.86 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0134481;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.075;QD=37.4052;RBI=0.0476692;REFB=0.0103289;REVB=-0.045733;RO=13;SAF=3;SAR=32;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263974;STB=0.645433;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=-0.00620287;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:32:3:4:9:32:3:4:9 chr2 206364737 . T C 116.85 PASS AF=0.225;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0145874;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.009;QD=5.84247;RBI=0.0237133;REFB=0.00275533;REVB=-0.0186957;RO=66;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158177;STB=0.571347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00762848;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:80:66:62:18:18:0.225:12:6:30:36:12:6:26:36 chr2 206581033 . G A 1456.0 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00974085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8323;QD=61.9575;RBI=0.0154943;REFB=0.00765818;REVB=0.0120494;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011421;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000150415;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:1:1:91:93:0.989362:41:50:0:1:41:52:0:1 chr2 206592695 . T C 2370.33 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.295;QD=64.0629;RBI=0.0204517;REFB=0;REVB=0.00653971;RO=0;SAF=62;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74958e-05;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:86:62:0:0:86:62:0:0 chr2 206608039 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9375;QD=53.9109;RBI=0.0713418;REFB=0;REVB=-0.0639218;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196721;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 206610502 . T G 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.013948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.544;QD=9.41521;RBI=0.0139856;REFB=-0.00335199;REVB=0.0010243;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163484;STB=0.59985;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00896768;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:4:10:20:14:4:10:20:14 chr2 206863874 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.115941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.286;QD=7.04737;RBI=0.120866;REFB=-0.0205112;REVB=-0.0341499;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0425282;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:11:11:4:4:11:11 chr2 206874339 . G A 195.25 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=16;FWDB=0.0142262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.775;QD=8.58238;RBI=0.018118;REFB=0.00325166;REVB=-0.0112196;RO=65;SAF=19;SAR=7;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360099;STB=0.521342;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00938432;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:7:19:49:16:7:19:49:16 chr2 206921451 . G A 82.21 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00184955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.804;QD=5.48047;RBI=0.00366972;REFB=0.000638526;REVB=0.00316954;RO=47;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206751;STB=0.632222;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00257218;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:9:4:22:25:9:4:22:25 chr2 207008763 . C A 465.08 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000750025;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.949;QD=33.22;RBI=0.013612;REFB=-0.0228316;REVB=0.0135913;RO=14;SAF=21;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617284;STB=0.541465;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0114531;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:14:15:41:41:0.732143:20:21:9:5:20:21:10:5 chr2 207012483 . A G 534.2 PASS AF=0.847826;AO=36;DP=43;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0462483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.183;QD=46.4518;RBI=0.114874;REFB=-0.0582705;REVB=0.105153;RO=7;SAF=22;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572491;STB=0.520846;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00928671;OID=.;OPOS=207012483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:43:46:7:7:36:39:0.847826:14:22:3:4:17:22:3:4 chr2 207041053 . T C 604.49 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0296541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9292;QD=40.9822;RBI=0.0736843;REFB=-0.0333074;REVB=0.0674537;RO=10;SAF=28;SAR=21;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747775;STB=0.539984;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0053139;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:49:49:0.830508:21:28:8:2:21:28:8:2 chr2 207041441 . G A 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0277159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2252;QD=27.3906;RBI=0.0520067;REFB=0.000346649;REVB=0.044006;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243745;STB=0.5135;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000187147;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:8:12:7:4:8:12:7:4 chr2 207086148 . T C 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0212668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.98;QD=12.0714;RBI=0.0295163;REFB=-0.00966627;REVB=0.0204679;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25561;STB=0.63942;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0120886;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:9:15:15:24:9:15:16:24 chr2 207172525 . TA T 109.96 PASS AF=0.641026;AO=21;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0682949;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.58547;QD=11.2781;RBI=0.133594;REFB=-0.0309372;REVB=0.114818;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111381;STB=0.526294;STBP=0.678;TYPE=del;VARB=0.0567161;OID=.;OPOS=207172526;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641026:21:39:25:39:14:16:9:8:6:30:13:13:8:6:7 chr2 207172627 . A G 146.26 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00641277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.536;QD=7.40578;RBI=0.0489377;REFB=-0.00764876;REVB=0.0485157;RO=57;SAF=17;SAR=4;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386269;STB=0.732718;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0159934;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:58:21:21:0.265823:4:17:30:27:4:17:31:27 chr2 207174316 . T C 96.71 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0146813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.942;QD=8.23052;RBI=0.0204307;REFB=-0.00598005;REVB=-0.0142082;RO=34;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356851;STB=0.739071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0259866;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:46:47:34:34:12:13:0.276596:2:10:20:14:2:11:20:14 chr2 207459467 . C T 1672.74 PASS AF=0.693878;AO=136;DP=196;FAO=136;FDP=196;FR=.;FRO=60;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00713056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.93;QD=34.1375;RBI=0.0205537;REFB=-0.0241882;REVB=0.0192772;RO=59;SAF=64;SAR=72;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750109;STB=0.542367;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0124009;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:59:60:136:136:0.693878:72:64:20:39:72:64:20:40 chr2 207472683 . C CTA 1604.46 PASS AF=0.940678;AO=110;DP=122;FAO=111;FDP=118;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00392895;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.331;QD=54.3886;RBI=0.022026;REFB=-0.0018799;REVB=0.0216727;RO=7;SAF=70;SAR=40;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252498;STB=0.512776;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=1.51141e-05;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.940678:110:122:111:118:7:70:41:3:4:19:7:70:40:3:4 chr2 207603234 . T G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0321899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3169;QD=19.0178;RBI=0.0424036;REFB=0.0326086;REVB=0.0276021;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204528;STB=0.616284;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0133611;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:5:9:6:9:5:9 chr2 207621759 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.444;QD=58.6002;RBI=0.0338411;REFB=0;REVB=0.0249926;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243443;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr2 207631461 . G A 66.3 PASS AF=0.115108;AO=15;DP=137;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.00941446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.225;QD=1.90788;RBI=0.0258869;REFB=-0.00573142;REVB=-0.0241143;RO=121;SAF=8;SAR=7;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536851;STB=0.530334;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0371967;OID=.;OPOS=207631461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:137:139:121:123:15:16:0.115108:7:8:64:57:7:9:65:58 chr2 207647981 . C T 42.25 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0407744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0898;QD=18.7769;RBI=0.100686;REFB=-0.102123;REVB=0.0920605;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0200463;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr2 207820276 . G A 751.54 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0441883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.625;QD=39.0408;RBI=0.0443261;REFB=0.0130633;REVB=-0.00349137;RO=17;SAF=21;SAR=39;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255222;STB=0.513665;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00485186;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:17:60:60:0.779221:39:21:5:12:39:21:5:12 chr2 207824384 . T G 436.68 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0273302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.879;QD=32.347;RBI=0.0464885;REFB=0.000815401;REVB=0.0376064;RO=15;SAF=23;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643561;STB=0.534866;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000238736;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:16:23:7:8:16:23:7:8 chr2 207825656 . A T 477.69 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0343336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8757;QD=33.5221;RBI=0.0360992;REFB=0.0108143;REVB=0.0111515;RO=15;SAF=22;SAR=20;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372693;STB=0.520125;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00264815;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:20:22:9:6:20:22:9:6 chr2 207833983 . A G 1353.95 PASS AF=0.732877;AO=105;DP=144;FAO=107;FDP=146;FR=.;FRO=39;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00108715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.135;QD=37.0944;RBI=0.00664847;REFB=0.00561238;REVB=-0.00655898;RO=38;SAF=52;SAR=53;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761867;STB=0.534012;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00207709;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:38:39:105:107:0.732877:53:52:13:25:55:52:14:25 chr2 207945785 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.105;QD=35.5759;RBI=0.0611848;REFB=0;REVB=0.0541101;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151555;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr2 207988613 . C T 1603.73 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.724;QD=64.1493;RBI=0.0235361;REFB=0;REVB=-0.000532559;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41873e-05;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:43:57:0:0:43:57:0:0 chr2 207998800 . C T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0024341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.154;QD=29.1641;RBI=0.0180704;REFB=-0.000852627;REVB=0.0179057;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.526268;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000422862;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:1:2:6:5:1:2 chr2 208477852 . G A 1084.02 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.829;QD=58.5956;RBI=0.0190386;REFB=-0.0132377;REVB=0.0162102;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000224992;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:42:30:0:1:43:30:0:1 chr2 208477956 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.942;QD=59.8559;RBI=0.0125234;REFB=0;REVB=-0.00242758;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4278e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr2 208478055 . A G 140.87 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0999981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6385;QD=6.33102;RBI=0.104046;REFB=-0.00100866;REVB=0.0287411;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427854;STB=0.521152;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0067101;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:68:21:21:0.235955:12:9:31:36:12:9:31:37 chr2 208633627 . C T 204.33 PASS AF=0.22069;AO=31;DP=144;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0175731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.584;QD=5.63673;RBI=0.0176004;REFB=-0.00790789;REVB=0.000979032;RO=110;SAF=13;SAR=18;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683115;STB=0.54283;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0267966;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:110:113:31:32:0.22069:18:13:52:58:19:13:52:61 chr2 208811097 . C T 954.04 PASS AF=0.847059;AO=67;DP=80;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00140598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2125;QD=44.8958;RBI=0.0600837;REFB=-0.0242195;REVB=0.0600672;RO=13;SAF=25;SAR=42;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771951;STB=0.535849;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00491068;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:80:85:13:13:67:72:0.847059:42:25:8:5:44:28:8:5 chr2 208841964 . A G 64.85 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0207209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.82;QD=3.55323;RBI=0.0284619;REFB=-0.0107471;REVB=-0.0195121;RO=60;SAF=9;SAR=3;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229188;STB=0.66383;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0351501;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:60:61:12:12:0.164384:3:9:35:25:3:9:35:26 chr2 208918917 . C T 82.93 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0660987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0023;QD=3.72731;RBI=0.10373;REFB=-0.000535389;REVB=-0.0799431;RO=71;SAF=9;SAR=6;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449093;STB=0.530765;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00273397;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:86:89:71:74:15:15:0.168539:6:9:45:26:6:9:47:27 chr2 208938866 . G T 708.58 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.718;QD=62.9852;RBI=0.0631461;REFB=0;REVB=0.058344;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231559;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:22:23:0:0 chr2 208986637 . T C 400.67 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00926266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.29;QD=42.1754;RBI=0.0275034;REFB=-0.0245195;REVB=0.0258967;RO=7;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114098;STB=0.561699;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00563192;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:19:12:5:2:19:12:5:2 chr2 208989037 . A G 916.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.823;QD=58.1827;RBI=0.0433724;REFB=0;REVB=-0.0278492;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245115;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr2 209007559 . T G 681.56 PASS AF=0.746667;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00551247;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8782;QD=36.3499;RBI=0.0263572;REFB=-0.00259674;REVB=-0.0257743;RO=18;SAF=26;SAR=30;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414006;STB=0.529065;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000160887;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:18:19:56:56:0.746667:30:26:10:8:30:26:11:8 chr2 209030050 . T A 218.55 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00678106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8516;QD=23.6265;RBI=0.0470906;REFB=-0.027976;REVB=0.0465998;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0220613;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:10:6:9:12:10:6 chr2 209033173 . A G 70.84 PASS AF=0.2;AO=10;DP=54;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0426236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.417;QD=5.15169;RBI=0.0540079;REFB=-0.00714021;REVB=-0.0331676;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684197;STB=0.575203;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0373503;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:54:55:44:44:10:11:0.2:6:4:20:24:7:4:20:24 chr2 209036712 . T C 101.42 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00699933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.033;QD=5.79515;RBI=0.0202057;REFB=-0.000659616;REVB=-0.0189547;RO=54;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194987;STB=0.622483;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00191899;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:5:11:29:25:5:11:29:25 chr2 209036778 . A G 919.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.546;QD=58.3958;RBI=0.049791;REFB=0;REVB=0.0453484;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204134;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 209184980 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.825;QD=62.6696;RBI=0.0125481;REFB=0;REVB=-0.0115712;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5141e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr2 209184999 . C T 558.1 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0137242;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.566;QD=55.8095;RBI=0.0137671;REFB=0.111812;REVB=0.00108584;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183767;STB=0.508716;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000335444;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:25:13:0:1:25:13:1:1 chr2 209190330 . T C 1020.96 PASS AF=0.852273;AO=75;DP=88;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0144827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7868;QD=46.4073;RBI=0.0392714;REFB=-0.11923;REVB=0.0365033;RO=12;SAF=22;SAR=53;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124408;STB=0.516043;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0352363;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:12:13:75:75:0.852273:53:22:4:8:53:22:5:8 chr2 209190519 . A T 553.44 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.278;QD=58.257;RBI=0.0596008;REFB=0;REVB=0.0583327;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238409;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:24:13:0:1:25:13:0:0 chr2 209190528 . C G 418.57 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278157;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4002;QD=57.7339;RBI=0.0344524;REFB=0;REVB=0.0203288;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409203;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr2 209191082 . C A 239.04 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0533;QD=50.3248;RBI=0.0693025;REFB=0;REVB=-0.0492961;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46171e-05;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr2 209191099 . T C 188.44 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0898;QD=47.1097;RBI=0.0920569;REFB=0;REVB=0.0371807;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234526;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr2 209209827 . G A 410.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.636;QD=56.5982;RBI=0.0237834;REFB=0;REVB=-0.000579775;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191634;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr2 209212707 . G A 1376.04 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.028886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5484;QD=59.1844;RBI=0.0381489;REFB=-0.160188;REVB=0.0249187;RO=3;SAF=44;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108641;STB=0.505735;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00235812;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:46:44:2:1:46:44:2:1 chr2 209214770 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186;QD=56.9564;RBI=0.0644459;REFB=0;REVB=0.0632397;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211089;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:34:17:0:0:35:17:0:0 chr2 209215586 . A G 825.44 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9587;QD=54.1273;RBI=0.0295492;REFB=-0.0149493;REVB=0.000540669;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371819;STB=0.501971;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00368503;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:1:1:26:33:1:1 chr2 209220157 . G T 2140.38 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.637;QD=62.9524;RBI=0.0186013;REFB=0;REVB=-0.0057333;RO=0;SAF=38;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07898e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:98:38:0:0:98:38:0:0 chr2 209220238 . G C 2123.61 PASS AF=0.985612;AO=133;DP=135;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.104145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8544;QD=61.1111;RBI=0.119198;REFB=-0.0685633;REVB=0.0579827;RO=2;SAF=34;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899599;STB=0.504831;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00159385;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:139:2:2:133:137:0.985612:99:34:1:1:103:34:1:1 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 689.0 PASS AF=0.901961,0.0980392;AO=45,6;DP=51;FAO=46,5;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14,5;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299814,-0.00586229;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6555,9.84894;QD=54.0396;RBI=0.0404164,0.0287213;REFB=0,0;REVB=-0.0271035,-0.0281167;RO=0;SAF=13,6;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00428418,0.0881832;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901961,0.0980392:45,6:51:46,5:51:0:14,5:32,0:0:0:25:0:13,6:32,0:0:0 chr2 209358027 . C T 756.34 PASS AF=0.830986;AO=59;DP=71;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0324054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.151;QD=42.6109;RBI=0.0349979;REFB=-0.0250463;REVB=-0.0132189;RO=11;SAF=29;SAR=30;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693531;STB=0.543619;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0034801;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:11:12:59:59:0.830986:30:29:8:3:30:29:9:3 chr2 209785278 . A G 2021.15 PASS AF=0.77;AO=153;DP=199;FAO=154;FDP=200;FR=.;FRO=46;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.00699631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=40.423;RBI=0.00909057;REFB=0.00337789;REVB=0.00580432;RO=46;SAF=75;SAR=78;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12683;STB=0.567785;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000596581;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:46:46:153:154:0.77:78:75:36:10:79:75:36:10 chr2 210586685 . T C 1390.25 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398672;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.657;QD=62.4832;RBI=0.0150919;REFB=0;REVB=0.0145558;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63187e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:87:89:1:49:38:0:0:50:39:0:0 chr2 210843383 . G A 102.09 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0366893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.227;QD=5.918;RBI=0.0370007;REFB=-0.00943851;REVB=-0.00479084;RO=52;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978509;STB=0.555484;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0210651;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:53:16:16:0.231884:11:5:20:32:11:5:20:33 chr2 211098113 . C T 1273.08 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.051;QD=61.3532;RBI=0.0236864;REFB=0;REVB=-0.0134536;RO=0;SAF=54;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44699e-06;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:23:54:0:0:24:59:0:0 chr2 211296239 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.921;QD=56.1915;RBI=0.0120395;REFB=0;REVB=-0.00889906;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140848;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 211342502 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.591;QD=57.1762;RBI=0.0304333;REFB=0;REVB=-0.00821462;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17747e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr2 211421452 . A ATCT 147.81 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0130633;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.211;QD=7.58004;RBI=0.0145501;REFB=-0.00337933;REVB=-0.0064073;RO=57;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39053;STB=0.734549;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00830549;OID=.;OPOS=211421453;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:21:79:21:78:57:15:6:22:35:99:57:15:6:22:35 chr2 211456637 . A G 181.26 PASS AF=0.198718;AO=31;DP=156;FAO=31;FDP=156;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.013667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.781;QD=4.64759;RBI=0.0137509;REFB=-0.00197753;REVB=-0.00151678;RO=117;SAF=12;SAR=19;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223025;STB=0.654544;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0123375;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:117:125:31:31:0.198718:19:12:66:51:19:12:73:52 chr2 211456639 . C T 173.72 PASS AF=0.193548;AO=30;DP=155;FAO=30;FDP=155;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.0149652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.001;QD=4.48308;RBI=0.027555;REFB=-0.0043112;REVB=-0.023137;RO=125;SAF=11;SAR=19;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273302;STB=0.671324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0230589;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:125:125:30:30:0.193548:19:11:73:52:19:11:73:52 chr2 211481168 . C T 433.3 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00861614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4548;QD=37.6782;RBI=0.0635246;REFB=0.0565447;REVB=-0.0629376;RO=12;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141802;STB=0.507688;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0183395;OID=.;OPOS=211481168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:46:46:12:12:34:34:0.73913:18:16:6:6:18:16:6:6 chr2 212241725 . C T 724.12 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.689;QD=54.6506;RBI=0.0475791;REFB=0.0528233;REVB=0.0407552;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00111253;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:30:21:0:1:31:21:0:1 chr2 212242745 . G C 401.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.131;QD=55.3213;RBI=0.0500214;REFB=0;REVB=0.0317986;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455967;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:17:11:0:1:18:11:0:0 chr2 212244403 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.536;QD=60.0308;RBI=0.0136207;REFB=0;REVB=0.00196394;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37278e-05;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr2 212522651 . A G 611.94 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00605843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8003;QD=33.9966;RBI=0.0151057;REFB=-0.016001;REVB=-0.0138376;RO=19;SAF=26;SAR=26;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653771;STB=0.541651;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0106196;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:20:52:52:0.722222:26:26:12:7:26:26:13:7 chr2 213866714 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.603;QD=62.4653;RBI=0.0229215;REFB=0;REVB=0.00960422;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52897e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr2 213886454 . A T 459.69 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00126728;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.725;QD=32.2589;RBI=0.0225409;REFB=-0.0188862;REVB=0.0225053;RO=16;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672573;STB=0.536354;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00728901;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:18:23:11:5:18:23:11:5 chr2 214012405 . A C 812.67 PASS AF=0.907692;AO=37;DP=66;FAO=59;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0557408;FXX=0.0151492;HRUN=9;LEN=1;MLLD=177.328;QD=50.0106;RBI=0.0557445;REFB=-0.0329116;REVB=-0.000641873;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515342;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00712219;OID=.;OPOS=214012405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:66:65:0:4:37:59:0.907692:25:12:0:0:29:30:3:1 chr2 214014932 . GCTT G 317.28 PASS AF=0.787879;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00695121;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.124;QD=38.4585;RBI=0.00996526;REFB=-0.014323;REVB=-0.00714052;RO=6;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114127;STB=0.571373;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.00430418;OID=.;OPOS=214014933;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.787879:25:33:26:33:7:10:16:5:2:39:6:9:16:4:2 chr2 214637044 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00618534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.475;QD=24.0732;RBI=0.0148097;REFB=-0.0109131;REVB=-0.0134561;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.614009;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0077334;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:1:6:7:6:1:6 chr2 214727221 . A C 188.56 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0380212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0155;QD=9.08741;RBI=0.0411439;REFB=-0.0127084;REVB=-0.0157228;RO=57;SAF=18;SAR=7;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301236;STB=0.684532;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0289893;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:58:25:25:0.301205:7:18:27:30:7:18:27:31 chr2 214794743 . A C 784.78 PASS AF=0.78481;AO=62;DP=79;FAO=62;FDP=79;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0149158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.198;QD=39.7359;RBI=0.0149409;REFB=-0.0228944;REVB=-0.000865566;RO=17;SAF=29;SAR=33;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720075;STB=0.538543;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00629304;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:17:17:62:62:0.78481:33:29:11:6:33:29:11:6 chr2 215102884 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0165257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.136;QD=5.00556;RBI=0.016857;REFB=-0.00612548;REVB=-0.00332569;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199028;STB=0.633691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0199029;OID=.;OPOS=215102884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:11:11:4:2:11:11 chr2 215102929 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000279041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.101;QD=55.0987;RBI=0.00800968;REFB=0;REVB=0.00800482;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74166e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr2 215595645 . C T 455.08 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000671131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.428;QD=39.5719;RBI=0.0431578;REFB=-0.0320943;REVB=-0.0431526;RO=11;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115619;STB=0.500625;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122832;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:46:11:11:35:35:0.76087:16:19:6:5:16:19:6:5 chr2 215632255 . CA CG,TG 1200.66 PASS AF=0.395062,0.604938;AO=32,49;DP=82;FAO=32,49;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=13,22;FSAR=19,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216303,0.0250289;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.3518,170.229;QD=59.2921;RBI=0.0229958,0.038907;REFB=0,0;REVB=0.00780636,0.0297877;RO=0;SAF=13,22;SAR=19,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0101015,0.008594;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:81:0:0:32,49:32,49:0.395062,0.604938:19,27:13,22:0:0:19,27:13,22:0:0 chr2 215645464 . C G 843.69 PASS AF=0.8125;AO=65;DP=79;FAO=65;FDP=80;FR=.;FRO=15;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0131271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.687;QD=42.1847;RBI=0.0133801;REFB=-0.0178092;REVB=0.0025899;RO=14;SAF=35;SAR=30;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110197;STB=0.500967;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00417168;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:79:80:14:15:65:65:0.8125:30:35:8:6:30:35:8:7 chr2 215645545 . C G 40.79 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0102883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8501;QD=2.58981;RBI=0.0114245;REFB=-0.00292622;REVB=-0.00496695;RO=55;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118857;STB=0.586824;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00736071;OID=.;OPOS=215645545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:5:3:26:29:5:3:26:29 chr2 215674224 . G A 580.82 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0208543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.695;QD=33.1894;RBI=0.0224542;REFB=-0.0202592;REVB=0.00832414;RO=20;SAF=28;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320764;STB=0.517314;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00792361;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:20:50:50:0.714286:22:28:10:10:22:28:10:10 chr2 215796568 . T C 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0217069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.703;QD=25.34;RBI=0.0223182;REFB=-0.00411997;REVB=0.00518775;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175659;STB=0.59643;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00243907;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:14:6:17:14:14:6 chr2 215876166 . A T 621.65 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00589329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.526;QD=48.7568;RBI=0.0265605;REFB=0.0177939;REVB=-0.0258984;RO=4;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562811;STB=0.530013;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00394209;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:18:29:1:3:18:29:1:3 chr2 215901774 . C T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0177013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2268;QD=5.26742;RBI=0.033338;REFB=-0.0271641;REVB=0.0282504;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108699;STB=0.571285;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0495039;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:21:20:4:6:21:20 chr2 215940242 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.689;QD=60.9786;RBI=0.00771582;REFB=0;REVB=0.00300186;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02838e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 216190020 . C G 573.93 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000276549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.761;QD=40.2758;RBI=0.0227902;REFB=-0.00672785;REVB=-0.0227885;RO=10;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855765;STB=0.504585;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00140496;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:10:10:47:47:0.824561:27:20:4:6:27:20:4:6 chr2 216212339 . T C 587.08 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.038394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.743;QD=34.5344;RBI=0.0415687;REFB=0.0100589;REVB=0.0159331;RO=18;SAF=25;SAR=25;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136642;STB=0.573501;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0107348;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:50:50:0.735294:25:25:4:14:25:25:4:14 chr2 216229692 . A G 468.9 PASS AF=0.75;AO=35;DP=47;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.154359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.268;QD=39.0751;RBI=0.156084;REFB=-0.0626689;REVB=0.0231429;RO=12;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591329;STB=0.528286;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0152331;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:48:12:12:35:36:0.75:16:19:8:4:16:20:8:4 chr2 216235089 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.277;QD=59.3227;RBI=0.0356494;REFB=0;REVB=-0.0342045;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101243;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr2 216242917 . T A 766.74 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6838;QD=55.7628;RBI=0.0733987;REFB=0;REVB=0.0577551;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707322;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:34:19:0:0:34:21:0:0 chr2 216249587 . C T 949.18 PASS AF=0.985294;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.671;QD=55.834;RBI=0.123087;REFB=-0.0507384;REVB=0.121527;RO=0;SAF=57;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00338979;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:68:0:1:62:67:0.985294:5:57:0:0:10:57:1:0 chr2 216272900 . T G 447.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.786;QD=57.7364;RBI=0.0232649;REFB=0;REVB=0.023242;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52205e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:14:17:0:0 chr2 216272907 . A T 467.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.993;QD=56.6849;RBI=0.0169526;REFB=0;REVB=0.0153038;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41149e-05;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:14:19:0:0 chr2 216300482 . T A 681.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4237;QD=61.9713;RBI=0.0702348;REFB=0;REVB=0.025561;RO=0;SAF=5;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38655e-05;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:38:5:0:0:39:5:0:0 chr2 216878008 . C G 407.13 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0247161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.48;QD=33.2352;RBI=0.0312291;REFB=-0.0374941;REVB=0.0190886;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810579;STB=0.504422;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0183847;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:19:14:7:9:19:14:7:9 chr2 217012900 . C CG 732.5 PASS AF=1;AO=7;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668381;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.6157;QD=54.259;RBI=0.0802286;REFB=0;REVB=0.0443768;RO=44;SAF=7;SAR=0;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000376523;OID=.;OPOS=217012901;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:53:54:54:0:31:23:0:0:4:44:7:0:22:22 chr2 217012901 . A G 554.54 PASS AF=0.851852;AO=44;DP=52;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0107955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.2133;QD=41.0771;RBI=0.0765571;REFB=-0.103248;REVB=0.0757921;RO=8;SAF=22;SAR=22;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143759;STB=0.574043;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00706725;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:52:54:8:8:44:46:0.851852:22:22:8:0:23:23:8:0 chr2 217541582 . T C 1234.74 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00174451;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.424;QD=60.2311;RBI=0.02349;REFB=-0.076882;REVB=-0.0234251;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000167328;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:44:37:0:1:44:37:0:1 chr2 218577819 . C G 423.83 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0159871;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=310.801;QD=33.9061;RBI=0.0162574;REFB=0.00122039;REVB=-0.0029521;RO=14;SAF=18;SAR=16;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205934;STB=0.60833;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000705622;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:16:34:34:0.68:16:18:2:12:16:18:3:13 chr2 218604247 . A C 260.47 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134085;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.76;QD=52.0938;RBI=0.138182;REFB=0;REVB=0.0333974;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272978;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 218683154 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000283603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.341;QD=21.0138;RBI=0.00328665;REFB=-0.0288466;REVB=-0.00327439;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238684;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0311235;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:2:5:4:7:2:5 chr2 218695102 . G A 428.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.02;QD=57.1741;RBI=0.0791123;REFB=0;REVB=-0.0153378;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073263;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr2 218706857 . T C 186.78 PASS AF=0.254545;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0245291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.176;QD=6.79187;RBI=0.0307641;REFB=-0.00802676;REVB=-0.0185674;RO=82;SAF=20;SAR=8;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316003;STB=0.69135;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0225938;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:82:28:28:0.254545:8:20:38:44:8:20:38:44 chr2 218712306 . C T 50.07 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=2;FWDB=0.00580773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.979;QD=4.65738;RBI=0.0405686;REFB=-0.00423942;REVB=-0.0401507;RO=34;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434954;STB=0.764328;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0134615;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:2:6:32:2:2:6:33:2 chr2 218712606 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0115977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.43;QD=10.81;RBI=0.0191865;REFB=-0.0161223;REVB=0.0152845;RO=36;SAF=14;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255302;STB=0.650994;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0361127;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:5:14:19:17:5:14:19:17 chr2 218712726 . A G 82.21 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0082534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5697;QD=5.4804;RBI=0.0303732;REFB=-0.0126396;REVB=-0.0292303;RO=47;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155963;STB=0.59984;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0548982;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:4:9:27:20:4:9:27:20 chr2 218712918 . C T 39.01 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0300653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6621;QD=12.0021;RBI=0.0669959;REFB=0.00131838;REVB=-0.0598709;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0103902;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr2 218713282 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0583641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.674;QD=9.18851;RBI=0.0825703;REFB=-0.00710836;REVB=0.058408;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631833;STB=0.538393;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0164936;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:15:10:5:6:15:10 chr2 218745685 . G A 751.87 PASS AF=0.819444;AO=58;DP=71;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.119956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.284;QD=41.7707;RBI=0.120594;REFB=0.0158828;REVB=0.0123883;RO=13;SAF=21;SAR=37;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833368;STB=0.502262;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0029505;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:71:72:13:13:58:59:0.819444:37:21:5:8:37:22:5:8 chr2 218937172 . C T 143.07 PASS AF=0.225;AO=15;DP=78;FAO=18;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0264088;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.052;QD=7.15369;RBI=0.104351;REFB=-0.022208;REVB=-0.100954;RO=47;SAF=12;SAR=3;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537133;STB=0.832963;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0642116;OID=.;OPOS=218937172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:47:58:15:18:0.225:3:12:16:31:3:15:23:35 chr2 219029955 . T C 88.94 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.417;QD=27.3658;RBI=0.0153563;REFB=-0.0178796;REVB=0.0153563;RO=3;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013946;OID=.;OPOS=219029955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:10:0:0:3:10:0:0:3 chr2 219110555 . A G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0185462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.417;QD=5.71697;RBI=0.0187423;REFB=-0.00672548;REVB=0.00270437;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309358;STB=0.694032;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00645351;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:21:7:4:4:21:7 chr2 219110625 . G A 390.5 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00911193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.529;QD=50.3866;RBI=0.049284;REFB=0.00456167;REVB=0.0484344;RO=2;SAF=23;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038781;STB=0.520819;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-9.81566e-05;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:5:23:2:0:6:23:2:0 chr2 219128506 . C T 3434.36 PASS AF=0.982379;AO=223;DP=227;FAO=223;FDP=227;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00109263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.592;QD=60.5174;RBI=0.00669701;REFB=0.0180869;REVB=0.00660728;RO=4;SAF=95;SAR=128;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604612;STB=0.503174;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=3.05814e-06;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:227:227:4:4:223:223:0.982379:128:95:1:3:128:95:1:3 chr2 219140288 . G C 782.63 PASS AF=0.824324;AO=61;DP=72;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0893914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6592;QD=42.3041;RBI=0.143702;REFB=0.00619455;REVB=-0.112514;RO=11;SAF=33;SAR=28;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509042;STB=0.54097;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00363885;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:72:74:11:13:61:61:0.824324:28:33:4:7:28:33:4:9 chr2 219143229 . G A 491.88 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00314238;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.929;QD=41.8618;RBI=0.0445895;REFB=1.15664e-06;REVB=-0.0444787;RO=10;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402571;STB=0.518423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000201557;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:47:10:10:36:37:0.787234:18:18:4:6:19:18:4:6 chr2 219144089 . G A 181.7 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0111535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.433;QD=24.2259;RBI=0.0117582;REFB=-0.0327952;REVB=-0.0037222;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596025;STB=0.533296;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0164138;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:5:7:9:9:5:7 chr2 219144815 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.184;QD=56.9567;RBI=0.0220797;REFB=0;REVB=0.0220497;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60368e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr2 219146803 . G A 37.49 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0295459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.601;QD=8.8213;RBI=0.0304016;REFB=-0.0190612;REVB=-0.00716216;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0357863;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr2 219221846 . G A 893.18 PASS AF=0.868421;AO=66;DP=76;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00632954;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.259;QD=47.0095;RBI=0.0171228;REFB=0.0067944;REVB=0.0159099;RO=9;SAF=36;SAR=30;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730018;STB=0.532364;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000823797;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:76:76:9:10:66:66:0.868421:30:36:2:7:30:36:3:7 chr2 219231807 . C T 403.72 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312908;FXX=0.0937207;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.311;QD=55.6861;RBI=0.0397462;REFB=0;REVB=0.024508;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957939;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:29:1:0:28:29:1:15:13:0:1:16:13:0:0 chr2 219249013 . C T 85.0 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0239751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7591;QD=22.6657;RBI=0.0543335;REFB=0.00394773;REVB=0.0487578;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.000582965;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:1:4:7:3:1:4 chr2 219254622 . A G 958.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010235;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.832;QD=58.9979;RBI=0.0105669;REFB=0;REVB=0.00262776;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212529;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr2 219259732 . G A 49.2 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0205039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5321;QD=4.10015;RBI=0.0226913;REFB=-0.000474373;REVB=0.00972045;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319522;STB=0.521923;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00447469;OID=.;OPOS=219259732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:3:5:24:16:3:5:24:16 chr2 219265094 . T C 625.21 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.247909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0461;QD=60.9962;RBI=0.247968;REFB=0;REVB=-0.00543015;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00379451;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:34:41:1:28:6:0:0:29:12:0:0 chr2 219266399 . GCC GC,GCG 747.9 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=30,9;DP=78;FAO=69,9;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32,9;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.245089,-0.115723;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.2641,158.115;QD=38.3537;RBI=0.658937,0.116936;REFB=-0.00850387,0.0137186;REVB=0.611661,0.0168003;RO=27;SAF=19,9;SAR=11,0;SRF=2;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.288889,0;SSSB=0.450758,0.858713;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0167283,0.0403059;OID=.,.;OPOS=219266400,219266401;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.884615,0.115385:30,9:78:69,9:78:0:32,9:37,0:0:0:41:27:19,9:11,0:2:25 chr2 219266423 . C A 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.463;QD=55.6059;RBI=0.0386829;REFB=-0.0518821;REVB=0.0115901;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000390102;OID=.;OPOS=219266423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:1:0 chr2 219319657 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.19;QD=57.7124;RBI=0.00752001;REFB=0;REVB=-0.00314768;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80945e-06;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr2 219508372 . A T 1212.41 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044983;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.046;QD=61.3877;RBI=0.0475074;REFB=0;REVB=0.0152801;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86241e-05;OID=.;OPOS=219508372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:49:30:0:0:49:30:0:0 chr2 219508644 . G A 477.71 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00972496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.315;QD=33.5232;RBI=0.0590991;REFB=-0.0198186;REVB=0.0582935;RO=15;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141964;STB=0.576755;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00746337;OID=.;OPOS=219508644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:26:16:10:5:26:16:10:5 chr2 219555262 . G A 993.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013354;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.575;QD=59.3193;RBI=0.0133626;REFB=0;REVB=-0.000481485;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41111e-06;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 219562675 . G A 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.377;QD=59.6768;RBI=0.0643165;REFB=0;REVB=0.0178876;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150027;OID=.;OPOS=219562675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr2 219602499 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9889;QD=53.2763;RBI=0.0469162;REFB=0;REVB=0.0418488;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388579;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 219602819 . G A 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.511;QD=60.5872;RBI=0.0211786;REFB=0;REVB=0.0101421;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01373e-05;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 219610433 . A G 327.77 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200566;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.639;QD=54.6281;RBI=0.0208353;REFB=0;REVB=0.00564291;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97168e-06;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 219692696 . G C 123.49 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0504192;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4462;QD=5.9514;RBI=0.0546071;REFB=-0.0105144;REVB=-0.0209724;RO=63;SAF=4;SAR=15;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234389;STB=0.643713;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0288865;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:63:64:19:19:0.228916:15:4:23:40:15:4:23:41 chr2 219695487 . G C 60.15 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0143333;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4105;QD=4.22087;RBI=0.0154594;REFB=-0.00354343;REVB=0.00579217;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204412;STB=0.645455;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0154358;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:57:48:47:10:10:0.175439:7:3:22:26:7:3:22:25 chr2 219887984 . C T 330.07 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0626532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.724;QD=31.435;RBI=0.0634523;REFB=-0.00270713;REVB=0.0100381;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153461;STB=0.584132;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00120617;OID=.;OPOS=219887984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:11:17:5:9:11:17:5:9 chr2 219920037 . A G 116.59 PASS AF=0.181102;AO=21;DP=125;FAO=23;FDP=127;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0203751;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.122;QD=3.67212;RBI=0.0218458;REFB=-0.00719115;REVB=0.00787998;RO=103;SAF=11;SAR=10;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856662;STB=0.556947;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0400608;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:103:104:21:23:0.181102:10:11:47:56:11:12:47:57 chr2 219940484 . C T 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.402;QD=60.5086;RBI=0.0221962;REFB=-0.0720934;REVB=-0.0174679;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000720555;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:17:28:1:0:17:28:1:0 chr2 219967380 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8937;QD=56.706;RBI=0.0174335;REFB=0;REVB=0.0166426;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021754;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr2 220033830 . A G 280.32 PASS AF=0.714286;AO=21;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0976855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8831;QD=32.0362;RBI=0.1388;REFB=-0.0160251;REVB=0.0986054;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243157;STB=0.641393;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00748831;OID=.;OPOS=220033830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:10:10:21:25:0.714286:13:8:8:2:17:8:8:2 chr2 220037393 . A G 299.83 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.628;QD=52.1449;RBI=0.045556;REFB=0;REVB=0.0451552;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665933;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr2 220037666 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00452044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.655;QD=17.2298;RBI=0.0194912;REFB=-0.0366125;REVB=-0.0189597;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0339314;OID=.;OPOS=220037666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr2 220037756 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0152314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.006;QD=19.3688;RBI=0.0230616;REFB=0.000865548;REVB=-0.017316;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214117;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000645184;OID=.;OPOS=220037756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:3:4:8:2:3:4 chr2 220038939 . C T 103.6 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.020724;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.238;QD=9.00851;RBI=0.021591;REFB=-0.0053501;REVB=-0.00605694;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299549;STB=0.673199;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0118564;OID=.;OPOS=220038939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:32:33:13:13:0.282609:9:4:18:14:9:4:18:15 chr2 220040330 . A G 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00413626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.962;QD=40.7001;RBI=0.0288203;REFB=-0.0207264;REVB=0.0285219;RO=8;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294051;STB=0.515903;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00288456;OID=.;OPOS=220040330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:17:14:3:5:17:14:3:5 chr2 220045454 . G A 169.54 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.0281687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7123;QD=5.74727;RBI=0.0328164;REFB=0.000927034;REVB=0.0168357;RO=91;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357259;STB=0.717239;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00347818;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:91:27:27:0.228814:9:18:34:57:9:18:34:57 chr2 220046975 . C A 435.4 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0910342;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.914;QD=32.252;RBI=0.134187;REFB=-0.0222296;REVB=0.0985841;RO=12;SAF=9;SAR=30;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150002;STB=0.583896;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0121052;OID=.;OPOS=220046975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:12:15:39:39:0.722222:30:9:6:6:30:9:7:8 chr2 220072766 . G T 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.093;QD=57.876;RBI=0.0591109;REFB=0;REVB=0.0421617;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919641;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 220083279 . C T 734.51 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381527;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.254;QD=54.4083;RBI=0.0451523;REFB=-0.11964;REVB=0.0241475;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00103894;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:24:28:1:0:24:29:0:1 chr2 220084902 . G A 710.31 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.293;QD=54.6394;RBI=0.0381541;REFB=-0.162156;REVB=0.0272046;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000575486;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:22:29:0:0:22:29:1:0 chr2 220085845 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3806;QD=55.6527;RBI=0.0831388;REFB=0;REVB=-0.0818066;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130499;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr2 220113242 . T G 3454.68 PASS AF=1;AO=221;DP=226;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820746;FXX=0.0221229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.965;QD=62.5282;RBI=0.0203947;REFB=-0.0331727;REVB=0.0186703;RO=0;SAF=119;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22803e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:221:0:0:221:221:1:102:119:0:0:102:119:0:0 chr2 220118531 . G C 601.22 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.103;QD=58.656;RBI=0.114607;REFB=-0.00967097;REVB=0.0170168;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000238806;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:0:1:13:27:0:1 chr2 220136155 . T C 1083.88 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199691;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7895;QD=60.2158;RBI=0.0103536;REFB=0;REVB=-0.0101592;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31674e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr2 220136346 . G GA 805.31 PASS AF=1;AO=11;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115359;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3712;QD=31.2741;RBI=0.278819;REFB=-0.00588549;REVB=-0.253835;RO=94;SAF=1;SAR=10;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00932851;OID=.;OPOS=220136347;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:105:103:103:0:49:54:0:0:9:94:1:10:49:45 chr2 220136351 . G A 1514.35 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3707;QD=57.1453;RBI=0.051512;REFB=0;REVB=-0.02992;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161333;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:106:0:0:95:106:1:53:42:0:0:56:50:0:0 chr2 220136371 . T C 1079.71 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0686485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.571;QD=56.0887;RBI=0.0698285;REFB=0.035399;REVB=0.012783;RO=3;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103191;STB=0.505458;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000706654;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:35:39:2:1:35:39:2:1 chr2 220250147 . A G 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.756;QD=59.4276;RBI=0.0255753;REFB=0;REVB=-0.0179097;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56758e-06;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr2 220283259 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8386;QD=42.1824;RBI=0.0752219;REFB=0;REVB=-0.0751607;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017026;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 220283277 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.606;QD=45.8067;RBI=0.0799009;REFB=0;REVB=0.0154479;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151425;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr2 220315970 . G A 751.69 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.124;QD=55.6804;RBI=0.0659516;REFB=0;REVB=0.00250239;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362162;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:39:14:0:0:39:15:0:0 chr2 220330804 . T C 238.74 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.926;QD=50.2606;RBI=0.0169949;REFB=0;REVB=0.00888865;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94813e-05;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 220333950 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000760838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.947;QD=62.9829;RBI=0.018129;REFB=0;REVB=0.0181131;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37751e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 220362899 . C G 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6731;QD=56.6882;RBI=0.103795;REFB=0;REVB=-0.00959436;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202232;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr2 220379560 . C G 910.01 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00488604;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.279;QD=52.7539;RBI=0.0134338;REFB=-0.0174342;REVB=0.0125138;RO=2;SAF=23;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393134;STB=0.509211;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000224897;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:2:4:65:65:0.942029:42:23:2:0:42:23:2:2 chr2 220402671 . G T 479.36 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00721451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.847;QD=53.2617;RBI=0.0153959;REFB=0.00499711;REVB=0.0136009;RO=2;SAF=26;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346005;STB=0.517847;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.000296886;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:7:26:2:0:7:27:2:0 chr2 220402680 . T C,G 459.57 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=30,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115751,-0.0053783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.0574,175.844;QD=54.0674;RBI=0.0562906,0.00851724;REFB=-0.165865,-0.0912057;REVB=0.0550877,-0.00660434;RO=1;SAF=24,2;SAR=6,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.019036,0;STB=0.510198,0.5;STBP=0.645,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00221185,0.0067983;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:34:1:1:30,2:31,2:0.911765,0.0588235:6,0:24,2:1:0:7,0:24,2:1:0 chr2 220404381 . A G 294.73 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289559;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.017;QD=53.5873;RBI=0.0548305;REFB=0;REVB=-0.0465611;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843071;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr2 220404648 . C T 106.24 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0241058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.955;QD=4.38081;RBI=0.05418;REFB=-0.00555875;REVB=-0.0485219;RO=69;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873768;STB=0.511615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.033256;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:79:18:18:0.185567:8:10:43:26:8:10:45:34 chr2 220404726 . G A 100.53 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0103657;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.93;QD=5.58522;RBI=0.014483;REFB=-0.0161722;REVB=0.0101148;RO=56;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178874;STB=0.610979;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0423983;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:56:56:16:16:0.222222:8:8:20:36:8:8:20:36 chr2 220405230 . G A 147.53 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=-0.0100507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.526;QD=6.08349;RBI=0.0115925;REFB=-0.000884741;REVB=0.00577666;RO=75;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425603;STB=0.755898;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00482849;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:75:75:22:22:0.226804:8:14:21:54:8:14:21:54 chr2 220405321 . T C 1055.44 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194573;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.496;QD=59.4613;RBI=0.0370871;REFB=0;REVB=-0.0315732;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03743e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:46:24:0:0:47:24:0:0 chr2 220406722 . T C 119.86 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00506391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.324;QD=23.9729;RBI=0.00904241;REFB=-0.0221758;REVB=-0.00749146;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280329;STB=0.636165;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0247591;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:5:7:1:6:6:7:1:6 chr2 220412256 . T C 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5424;QD=60.2236;RBI=0.139831;REFB=0;REVB=-0.0349634;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00282944;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr2 220412778 . A AG 32.16 PASS AF=0.275;AO=12;DP=42;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0387259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.3298;QD=3.21602;RBI=0.0878789;REFB=-0.0979996;REVB=0.078886;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145619;STB=0.542638;STBP=0.779;TYPE=ins;VARB=0.199571;OID=.;OPOS=220412779;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:12:42:11:40:29:4:7:9:20:32:30:5:7:9:21 chr2 220414016 . C T 499.6 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.986;QD=54.011;RBI=0.0420042;REFB=-0.1358;REVB=0.0400765;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00346866;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:0:2:35:35:0.945946:21:14:0:0:21:14:1:1 chr2 220417266 . C T 70.4 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0713065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5494;QD=6.70462;RBI=0.075846;REFB=-0.0048952;REVB=-0.0258457;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29915;STB=0.679247;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0141251;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:42:42:31:32:10:10:0.238095:7:3:17:14:7:3:17:15 chr2 220419236 . T C 1630.97 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313075;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.352;QD=60.4064;RBI=0.0313867;REFB=0;REVB=0.00222789;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26011e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:64:44:0:0 chr2 220419339 . T C 1832.53 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.19;QD=60.0829;RBI=0.0414696;REFB=0.0196415;REVB=-0.0391003;RO=1;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703742;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-9.09931e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:67:53:0:1:67:54:0:1 chr2 220420785 . G A 200.73 PASS AF=0.25641;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0109502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.015;QD=6.86268;RBI=0.0583579;REFB=-0.0129338;REVB=0.0573214;RO=87;SAF=14;SAR=16;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372085;STB=0.522373;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0434278;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:87:87:30:30:0.25641:16:14:38:49:16:14:38:49 chr2 220420956 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.975;QD=59.4335;RBI=0.0333533;REFB=0;REVB=0.0332864;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194452;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr2 220421417 . C G 507.27 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00629272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.349;QD=41.4096;RBI=0.0111381;REFB=0.000840988;REVB=-0.0091902;RO=10;SAF=19;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386433;STB=0.530596;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000313501;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:49:10:11:38:38:0.77551:19:19:4:6:19:19:4:7 chr2 220424111 . C T 71.42 PASS AF=0.2;AO=11;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0946308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.216;QD=4.76111;RBI=0.0950324;REFB=-0.00769383;REVB=0.00872677;RO=48;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219249;STB=0.599283;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0277122;OID=.;OPOS=220424111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:60:60:48:48:11:12:0.2:7:4:26:22:7:5:26:22 chr2 220430203 . C T 907.48 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8179;QD=56.7177;RBI=0.117961;REFB=-0.149985;REVB=0.117393;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00532214;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:1:0:30:33:1:0 chr2 220432657 . G A 102.0 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.0185663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.185;QD=5.91295;RBI=0.0304823;REFB=-0.0146828;REVB=0.0241757;RO=50;SAF=13;SAR=3;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159472;STB=0.58609;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0567127;OID=.;OPOS=220432657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:53:16:16:0.231884:3:13:36:14:3:13:39:14 chr2 220435034 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.437;QD=60.9786;RBI=0.0169896;REFB=0;REVB=-0.0141485;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35901e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 220435375 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.616;QD=37.4885;RBI=0.0946894;REFB=0;REVB=0.0819517;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030654;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 220462640 . G T 1200.45 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.114;QD=58.5585;RBI=0.0237609;REFB=-0.123485;REVB=0.0140747;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515148;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000339174;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:32:48:0:0:32:48:0:2 chr2 220466199 . G T 460.76 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351464;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.756;QD=55.8496;RBI=0.0456549;REFB=-0.0790789;REVB=0.0291392;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509085;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000505901;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:33:0:1:32:32:0.969697:5:27:0:0:5:27:1:0 chr2 220471116 . C G 675.98 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.785;QD=60.0872;RBI=0.0291586;REFB=-0.0350625;REVB=2.1617e-05;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407921;STB=0.521729;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=4.91487e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:33:11:1:0:33:11:1:0 chr2 220476443 . C T 818.58 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.889;QD=57.4445;RBI=0.0516786;REFB=0;REVB=0.0167388;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118215;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:20:34:0:0:20:37:0:0 chr2 220479312 . T C 642.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000572915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.908;QD=61.1824;RBI=0.013861;REFB=0;REVB=0.0138492;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741072;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr2 220494118 . A C 227.09 PASS AF=1;AO=11;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629994;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.053;QD=50.4651;RBI=0.0651;REFB=0;REVB=0.0164037;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119822;OID=.;OPOS=220494118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:11:18:1:6:5:0:0:8:10:0:0 chr2 220500423 . A G 1525.32 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.612;QD=59.8163;RBI=0.0241384;REFB=0;REVB=-0.00329547;RO=1;SAF=62;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180175;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:101:102:1:39:62:1:0:39:63:0:0 chr2 220500425 . C CG 1077.44 PASS AF=1;AO=12;DP=102;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288404;FXX=0.0392118;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.4309;QD=43.9771;RBI=0.0663673;REFB=0;REVB=-0.0597734;RO=88;SAF=12;SAR=0;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00174817;OID=.;OPOS=220500426;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:102:98:98:0:61:37:0:0:8:88:12:0:50:38 chr2 220500426 . A G 1451.67 PASS AF=0.980392;AO=95;DP=100;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0026214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.693;QD=56.9282;RBI=0.0262073;REFB=0.0493502;REVB=-0.0260759;RO=2;SAF=58;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160697;STB=0.508063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000350538;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:102:2:2:95:100:0.980392:37:58:2:0:39:61:2:0 chr2 220502343 . AGGGGG AGGGGC,AGGGG,AGGGGGC 34.62 PASS AF=0,0.204082,0.0408163;AO=3,9,10;DP=52;FAO=0,10,2;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=0,8,2;FSAR=0,2,0;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.116273,-0.0818566,-0.142566;FXX=0.0576812;HRUN=5,5,3;LEN=1,1,1;MLLD=21.1934,13.8723,14.5411;QD=2.82616;RBI=0.175572,0.0835599,0.274495;REFB=-0.0234309,-0.0379283,-0.0087494;REVB=-0.131553,-0.0167858,-0.234569;RO=24;SAF=0,8,3;SAR=3,1,7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.364532,0;SSSB=-0.515717,0.632776,-0.0442781;STB=0.5,0.854349,0.996683;STBP=1,0.024,0.054;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0552112,0.094155,-0.0487496;OID=.,.,.;OPOS=220502348,220502344,220502349;OREF=G,G,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG,AGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.204082,0.0408163:3,9,10:52:0,10,2:49:37:0,8,2:0,2,0:11:26:32:24:0,8,3:3,1,7:8:16 chr2 220502523 . TG T 30.63 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0773322;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.7128;QD=6.12673;RBI=0.213202;REFB=-0.00912018;REVB=-0.198682;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.494118;SSSB=-0.478256;STB=0.788742;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.00663679;OID=.;OPOS=220502524;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:2:5:10:3:30:13:2:5:10:3 chr2 220771223 . C T 1541.65 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188321;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.143;QD=58.7297;RBI=0.0195731;REFB=0.0808085;REVB=0.00533447;RO=1;SAF=53;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088696;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=1.28513e-06;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:51:53:1:0:51:53:1:0 chr2 220771290 . G A 1597.6 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126196;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.805;QD=60.287;RBI=0.0049304;REFB=0;REVB=0.00476616;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21617e-05;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr2 222282765 . C T 362.51 PASS AF=0.214286;AO=60;DP=279;FAO=60;FDP=280;FR=.;FRO=220;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=106;FSRR=114;FWDB=-0.00154221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.076;QD=5.17875;RBI=0.00257314;REFB=-0.00439845;REVB=0.00205977;RO=218;SAF=37;SAR=23;SRF=105;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173687;STB=0.606449;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0170657;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:218:220:60:60:0.214286:23:37:105:113:23:37:106:114 chr2 222283000 . A T 115.71 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0207615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.356;QD=7.23177;RBI=0.0244728;REFB=-0.0144183;REVB=-0.0129569;RO=47;SAF=3;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44139;STB=0.772658;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0340319;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:14:3:24:23:14:3:24:23 chr2 222290027 . T G 102.46 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00237484;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.821;QD=5.93989;RBI=0.0176502;REFB=-0.00440336;REVB=0.0174897;RO=53;SAF=6;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211607;STB=0.631605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.021089;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:53:53:16:16:0.231884:10:6:29:24:10:6:29:24 chr2 223086020 . C A 30.04 PASS AF=0.0967742;AO=6;DP=61;FAO=6;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0476847;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.0123;QD=1.93816;RBI=0.0518322;REFB=-0.0159134;REVB=0.0203163;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322688;STB=0.75853;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0734119;OID=.;OPOS=223086020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:62:44:56:6:6:0.0967742:5:1:18:26:5:1:23:33 chr2 223161889 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000996698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1684;QD=57.5427;RBI=0.07741;REFB=0;REVB=-0.0774036;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546055;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr2 223169150 . G T 575.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.014;QD=60.564;RBI=0.0178691;REFB=0;REVB=0.0157302;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78696e-05;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 223423362 . A G 709.99 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.198;QD=54.6145;RBI=0.0944403;REFB=-0.0781313;REVB=0.0450923;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00144572;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:1:0:25:26:1:0 chr2 223436607 . C T 844.35 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104673;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4462;QD=56.29;RBI=0.0245711;REFB=0.0493024;REVB=-0.02223;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00169182;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr2 223785740 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.281;QD=62.0219;RBI=0.0549959;REFB=0;REVB=0.0272014;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419113;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:31:11:0:0 chr2 223807380 . C A 1231.5 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00777793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.737;QD=60.0731;RBI=0.00889403;REFB=-0.117954;REVB=0.00431365;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.506023;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=3.03641e-06;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:41:40:0:0:41:40:0:1 chr2 223917629 . C T 712.19 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309566;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2098;QD=63.3053;RBI=0.031648;REFB=0;REVB=0.00657893;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188044;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 223917812 . T C 1320.71 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.97;QD=62.1511;RBI=0.0351609;REFB=0;REVB=0.0268536;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55891e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:1:0:82:85:1:51:31:1:0:53:32:0:0 chr2 223917983 . T G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.035;QD=59.0174;RBI=0.00816573;REFB=0;REVB=-0.0053703;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50775e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr2 223918080 . C G 214.14 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2944;QD=45.0826;RBI=0.0217721;REFB=-0.0735607;REVB=0.0117362;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0432363;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr2 223918363 . T C 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3727;QD=44.0967;RBI=0.015339;REFB=-0.183762;REVB=-0.0100326;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00669034;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr2 224765956 . C T 336.79 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00916148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.353;QD=40.823;RBI=0.043249;REFB=0.00843591;REVB=0.0422675;RO=6;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747445;STB=0.54051;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00135899;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:33:6:6:27:27:0.818182:15:12:4:2:15:12:4:2 chr2 224856650 . G A 869.15 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=84;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00216123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.997;QD=41.388;RBI=0.0127908;REFB=-0.023618;REVB=-0.0126069;RO=17;SAF=33;SAR=34;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306065;STB=0.516354;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00626705;OID=.;OPOS=224856650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:17:17:67:67:0.797619:34:33:7:10:34:33:7:10 chr2 224866576 . C A 89.23 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0854749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.488;QD=4.75919;RBI=0.0865465;REFB=-0.0121191;REVB=-0.0135774;RO=60;SAF=3;SAR=12;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347879;STB=0.726942;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0349062;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:12:3:27:33:12:3:27:33 chr2 225630233 . C T 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8254;QD=59.0046;RBI=0.13345;REFB=0;REVB=-0.100022;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323438;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr2 225798838 . T C 1779.75 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0379951;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0217;QD=59.3252;RBI=0.074115;REFB=-0.187938;REVB=0.063635;RO=1;SAF=69;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683429;STB=0.501453;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00376177;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:120:120:1:2:118:118:0.983333:49:69:1:0:49:69:1:1 chr2 225811581 . T A 1568.3 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0883;QD=64.0122;RBI=0.0666992;REFB=0;REVB=0.0455283;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575261;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr2 226273689 . T C 1035.46 PASS AF=0.817204;AO=76;DP=94;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0147878;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.699;QD=44.5359;RBI=0.0218493;REFB=-0.00768084;REVB=0.0160845;RO=17;SAF=36;SAR=40;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106457;STB=0.500567;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00161797;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:17:17:76:76:0.817204:40:36:8:9:40:36:8:9 chr2 226447735 . C T 353.32 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0242919;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7886;QD=26.1715;RBI=0.0276321;REFB=0.00782015;REVB=-0.0131695;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561371;STB=0.521965;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00245485;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:19:20:34:34:0.62963:15:19:9:10:15:19:10:10 chr2 226491770 . A C 919.65 PASS AF=1;AO=52;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5971;QD=55.7366;RBI=0.138979;REFB=0;REVB=-0.0205405;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189084;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:52:66:1:37:15:0:0:38:28:0:0 chr2 226516913 . A G 475.6 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00629302;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.984;QD=55.9529;RBI=0.0210589;REFB=-0.0248787;REVB=0.0200966;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00110544;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chr2 227661043 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0179861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.308;QD=10.1418;RBI=0.0253447;REFB=-0.00768853;REVB=-0.0178565;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214241;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0175535;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:13:12:8:4:13:12 chr2 228102752 . C A 992.73 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3116;QD=57.5496;RBI=0.0611017;REFB=0;REVB=0.0475286;RO=3;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786719;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:3:0:63:69:1:35:28:2:1:38:31:0:0 chr2 228111435 . T C 1544.54 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.63;QD=63.0424;RBI=0.04428;REFB=0;REVB=-0.0415923;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875459;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:95:98:1:58:37:0:0:59:39:0:0 chr2 228111600 . G T 441.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5213;QD=56.9712;RBI=0.0864509;REFB=0;REVB=0.0346666;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000634911;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr2 228113175 . A G 1138.96 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0573013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6036;QD=59.1668;RBI=0.0594358;REFB=0.0803661;REVB=0.0157851;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137144;STB=0.507244;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00182934;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:42:34:1:0:42:34:1:0 chr2 228121101 . G T 659.38 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0472904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7836;QD=35.1671;RBI=0.0514862;REFB=-0.0142235;REVB=-0.020358;RO=19;SAF=24;SAR=31;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590225;STB=0.5373;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00675965;OID=.;OPOS=228121101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:19:20:55:55:0.733333:31:24:6:13:31:24:6:14 chr2 228128540 . C T 295.43 PASS AF=0.225352;AO=48;DP=213;FAO=48;FDP=213;FR=.;FRO=165;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.0370038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4235;QD=5.548;RBI=0.0513517;REFB=0.00348261;REVB=-0.035605;RO=162;SAF=23;SAR=25;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186156;STB=0.518482;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0133218;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:162:165:48:48:0.225352:25:23:80:82:25:23:83:82 chr2 228128568 . G A 250.98 PASS AF=0.207547;AO=43;DP=212;FAO=44;FDP=212;FR=.;FRO=168;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=0.0050883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4702;QD=4.73537;RBI=0.0340486;REFB=-0.00187611;REVB=0.0336663;RO=164;SAF=24;SAR=19;SRF=77;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113204;STB=0.577382;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00790882;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:164:168:43:44:0.207547:19:24:77:87:19:25:79:89 chr2 228131169 . A G 214.23 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00972748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.554;QD=10.7114;RBI=0.026236;REFB=-0.00542207;REVB=-0.0243661;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631323;STB=0.530703;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0127546;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:12:15:26:26:12:15:27:26 chr2 228131752 . G A 109.7 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0619261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4398;QD=6.09456;RBI=0.0639652;REFB=-0.00154732;REVB=0.0160221;RO=55;SAF=10;SAR=7;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864102;STB=0.553204;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00749081;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:7:10:36:19:7:10:36:19 chr2 228177479 . C T 671.31 PASS AF=0.678571;AO=57;DP=84;FAO=57;FDP=84;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000886143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.161;QD=31.9673;RBI=0.00974792;REFB=0.000839906;REVB=-0.00970756;RO=27;SAF=24;SAR=33;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588102;STB=0.531795;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.000377415;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:27:27:57:57:0.678571:33:24:14:13:33:24:14:13 chr2 228177825 . C G 400.71 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00941905;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.875;QD=31.4284;RBI=0.0700341;REFB=-0.0368849;REVB=0.0693978;RO=14;SAF=13;SAR=23;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427497;STB=0.530596;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0128801;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:15:36:36:0.705882:23:13:4:10:23:13:4:11 chr2 228179238 . G A 1607.33 PASS AF=0.821192;AO=124;DP=152;FAO=124;FDP=151;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=82;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0247025;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5945;QD=42.5782;RBI=0.0327827;REFB=-0.0602834;REVB=-0.0215521;RO=27;SAF=42;SAR=82;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391816;STB=0.513588;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0100454;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:27:27:124:124:0.821192:82:42:12:15:82:42:11:16 chr2 228197238 . G A 161.78 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0383743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8418;QD=6.34416;RBI=0.0398402;REFB=-0.0212113;REVB=-0.0107075;RO=78;SAF=11;SAR=13;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679155;STB=0.541632;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0395754;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:78:24:24:0.235294:13:11:40:38:13:11:40:38 chr2 228243905 . G A 357.95 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0279037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6302;QD=43.3873;RBI=0.0370374;REFB=-0.041707;REVB=0.0243546;RO=5;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749276;STB=0.540453;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00777658;OID=.;OPOS=228243905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:15:13:1:4:15:13:1:4 chr2 228416712 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.068;QD=51.1826;RBI=0.0471938;REFB=0;REVB=-0.0106092;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390262;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 228476253 . C G 1208.74 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.025;QD=61.2019;RBI=0.0757596;REFB=0;REVB=-0.0238109;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000733056;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:29:49:0:0:29:50:0:0 chr2 228493211 . G A 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0176643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.555;QD=4.75431;RBI=0.0279675;REFB=-0.00243013;REVB=0.021683;RO=55;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339406;STB=0.514265;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00776042;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:7:7:26:29:7:7:27:29 chr2 228882970 . T C 420.6 PASS AF=0.785714;AO=32;DP=41;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00575917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.198;QD=40.0569;RBI=0.0263375;REFB=-0.0127714;REVB=0.0257001;RO=9;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101162;STB=0.556488;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00228948;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:42:9:9:32:33:0.785714:17:15:2:7:17:16:2:7 chr2 228883029 . A C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0206583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.883;QD=10.8099;RBI=0.0208152;REFB=-0.00181753;REVB=-0.00255013;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578512;STB=0.533945;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00411052;OID=.;OPOS=228883029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:19:17:8:11:19:17 chr2 228883721 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.573;QD=60.9773;RBI=0.0445304;REFB=0;REVB=0.0219304;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78628e-05;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 230045542 . C G 1692.38 PASS AF=0.682464;AO=144;DP=212;FAO=144;FDP=211;FR=.;FRO=67;FSAF=108;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0395361;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2719;QD=32.083;RBI=0.0399067;REFB=0.0164121;REVB=-0.00542543;RO=67;SAF=108;SAR=36;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182514;STB=0.598276;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00610937;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:67:67:144:144:0.682464:36:108:33:34:36:108:33:34 chr2 230045545 . T C 1775.29 PASS AF=0.696262;AO=149;DP=214;FAO=149;FDP=214;FR=.;FRO=65;FSAF=114;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00922895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.798;QD=33.1829;RBI=0.012963;REFB=-0.0262756;REVB=-0.00910312;RO=64;SAF=114;SAR=35;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174597;STB=0.597498;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00664095;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:64:65:149:149:0.696262:35:114:33:31:35:114:33:32 chr2 230045554 . G C 1861.24 PASS AF=0.725118;AO=153;DP=211;FAO=153;FDP=211;FR=.;FRO=58;FSAF=122;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.016077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.323;QD=35.2842;RBI=0.0164402;REFB=-0.0106119;REVB=0.00343692;RO=58;SAF=122;SAR=31;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204653;STB=0.609933;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00345543;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:58:58:153:153:0.725118:31:122:29:29:31:122:29:29 chr2 230045564 . T C 1949.2 PASS AF=0.751196;AO=156;DP=208;FAO=157;FDP=209;FR=.;FRO=52;FSAF=126;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0183516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.542;QD=37.3052;RBI=0.0344132;REFB=-0.0198725;REVB=0.0291117;RO=52;SAF=125;SAR=31;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203771;STB=0.609543;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160999;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:52:52:156:157:0.751196:31:125:25:27:31:126:25:27 chr2 230045568 . T C 1880.26 PASS AF=0.755;AO=151;DP=201;FAO=151;FDP=200;FR=.;FRO=49;FSAF=127;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0111346;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.349;QD=37.6051;RBI=0.0206044;REFB=-0.0168463;REVB=-0.0173367;RO=49;SAF=127;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257172;STB=0.63817;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00578941;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:49:49:151:151:0.755:24:127:23:26:24:127:23:26 chr2 230045615 . G A 1749.81 PASS AF=0.817073;AO=134;DP=164;FAO=134;FDP=164;FR=.;FRO=30;FSAF=123;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00340043;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.244;QD=42.6783;RBI=0.0183509;REFB=-0.0213648;REVB=0.0180331;RO=30;SAF=123;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412866;STB=0.722664;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00320635;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:30:30:134:134:0.817073:11:123:10:20:11:123:10:20 chr2 230092723 . G A 99.39 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0545342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0706;QD=5.44599;RBI=0.0652755;REFB=-0.0300909;REVB=-0.0358735;RO=56;SAF=10;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690887;STB=0.537587;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0367432;OID=.;OPOS=230092723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:56:57:16:16:0.219178:6:10:32:24:6:10:33:24 chr2 230135711 . G C,GC 1491.63 PASS AF=0,0.990826;AO=11,80;DP=118;FAO=0,108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=0,58;FSAR=0,50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0992327,-0.213809;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.30985,22.6737;QD=54.7386;RBI=0.119631,0.245492;REFB=0.182678,0.0933456;REVB=0.0668168,0.120631;RO=19;SAF=7,40;SAR=4,40;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0642199,-0.028418;STB=0.5,0.504273;STBP=1,0.508;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00198546;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:118:109:19:1:11,80:0,108:0,0.990826:4,40:7,40:11:8:0,50:0,58:1:0 chr2 230650536 . C T 337.47 PASS AF=0.7;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0483574;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.906;QD=33.7468;RBI=0.0484737;REFB=-0.000655432;REVB=0.00335683;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276597;STB=0.507457;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000436551;OID=.;OPOS=230650536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:12:12:27:28:0.7:17:10:5:7:17:11:5:7 chr2 231050715 . A G 1580.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0349;QD=63.8569;RBI=0.051781;REFB=0;REVB=0.0325669;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321504;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:39:59:0:0:40:59:0:0 chr2 231072709 . C T 563.39 PASS AF=0.865385;AO=44;DP=51;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0142697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9002;QD=43.338;RBI=0.0528251;REFB=-0.0253756;REVB=-0.0508612;RO=7;SAF=18;SAR=26;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116045;STB=0.558873;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0324831;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:7:7:44:45:0.865385:26:18:6:1:26:19:6:1 chr2 231077110 . C T 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.0219847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.67;QD=3.07246;RBI=0.022477;REFB=-3.97597e-05;REVB=0.00467866;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263181;STB=0.676162;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.000889903;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:5:5:17:41:5:5:17:41 chr2 231077725 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.229;QD=51.9161;RBI=0.0776426;REFB=0;REVB=0.0419059;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394097;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr2 231149108 . G A 984.53 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2014;QD=58.7778;RBI=0.108606;REFB=0;REVB=0.101341;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927263;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:58:67:1:25:33:0:0:31:36:0:0 chr2 231331896 . G A 58.47 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0121711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.186;QD=3.96419;RBI=0.0214544;REFB=-0.00174253;REVB=-0.0176679;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184769;STB=0.623916;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0113249;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:4:6:22:27:4:6:22:27 chr2 231683487 . CTT C,CTC 564.08 PASS AF=0.657143,0.0571429;AO=45,4;DP=71;FAO=46,4;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=23,4;FSAR=23,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0137979,-0.0110116;FXX=0.0140825;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=170.868,159.648;QD=32.2331;RBI=0.0221119,0.0168856;REFB=-0.0470083,-0.0138114;REVB=0.0172787,0.0128011;RO=19;SAF=23,4;SAR=22,0;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106999,0.717469;STB=0.56058,0.99792;STBP=0.155,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0217051,0.0318941;OID=.,.;OPOS=231683488,231683489;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657143,0.0571429:45,4:71:46,4:70:20:23,4:23,0:6:14:99:19:23,4:22,0:6:13 chr2 231738168 . G A 740.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461649;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=272.733;QD=54.884;RBI=0.0569224;REFB=-0.107929;REVB=0.0333012;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000248891;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:20:33:0:0:20:33:0:1 chr2 231738263 . C T 800.69 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314086;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2855;QD=57.1918;RBI=0.0318091;REFB=0;REVB=0.00503212;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029888;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:2:0:54:56:1:28:26:1:1:29:27:0:0 chr2 231738269 . G A 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.416;QD=56.9525;RBI=0.0676275;REFB=0;REVB=0.0528616;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282978;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 231861044 . C T 322.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531799;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.841;QD=47.7193;RBI=0.0739427;REFB=0;REVB=0.0513752;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226826;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:27:0:0:23:27:1:8:15:0:0:11:16:0:0 chr2 231861071 . T C 157.8 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0123329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.158;QD=25.2475;RBI=0.0337624;REFB=-0.0197756;REVB=-0.0314293;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386461;STB=0.71404;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0275089;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:0:9:6:10:0:9 chr2 231865144 . G C 2538.97 PASS AF=1;AO=102;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000162346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9254;QD=61.5507;RBI=0.0229004;REFB=0;REVB=-0.0228998;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36597e-05;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:102:165:1:41:61:0:0:101:64:0:0 chr2 232035429 . G A 297.03 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0552992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1477;QD=36.0039;RBI=0.0669923;REFB=-0.0541889;REVB=-0.0378148;RO=8;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294244;STB=0.516037;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0149704;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:14:11:3:5:14:11:3:5 chr2 232087474 . AT AA,GA 729.67 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=2,48;DP=50;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12008,0.115651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=278.925,256.134;QD=57.2287;RBI=0.145648,0.124049;REFB=0,0;REVB=0.0824273,0.0448667;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00851725,0.0028422;OID=.,.;OPOS=232087475,232087474;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:51:0:0:2,48:50,1:0.980392,0.0196078:2,24:0,24:0:0:26,0:24,1:0:0 chr2 232196564 . C T 300.43 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.277;QD=52.2486;RBI=0.0821929;REFB=0;REVB=0.0786262;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129965;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:3:16:0:0:7:16:0:0 chr2 232196597 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.376;QD=51.1846;RBI=0.0132096;REFB=0;REVB=-0.00972631;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189048;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr2 232225535 . C CG 1177.35 PASS AF=1;AO=92;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203417;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3366;QD=35.9496;RBI=0.231489;REFB=0;REVB=-0.110492;RO=38;SAF=30;SAR=62;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00165514;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:133:131:131:0:55:76:0:0:23:38:30:62:24:14 chr2 232263127 . G A 71.35 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0098495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.953;QD=7.71381;RBI=0.0114072;REFB=-0.0105753;REVB=0.00575434;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16099;STB=0.612679;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.030018;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:4:6:12:14:4:6:12:15 chr2 232326417 . C T 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0262855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4544;QD=12.1188;RBI=0.0446552;REFB=-0.0431361;REVB=-0.0360992;RO=38;SAF=20;SAR=3;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20398;STB=0.620035;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0727441;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:3:20:29:9:3:20:29:9 chr2 232378231 . T C 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000913572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3405;QD=6.27787;RBI=0.00926073;REFB=-0.00195392;REVB=0.00921556;RO=57;SAF=14;SAR=4;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356267;STB=0.722317;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0100402;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:4:14:29:28:4:14:29:28 chr2 232458443 . T C 785.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.651;QD=64.1064;RBI=0.0233743;REFB=0;REVB=-0.0222786;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97752e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr2 232672932 . C T 541.64 PASS AF=1;AO=16;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165126;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.732;QD=58.5558;RBI=0.0259642;REFB=0;REVB=0.0200369;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074776;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:16:37:1:13:3:0:0:23:14:0:0 chr2 232672933 . G T 96.02 PASS AF=0.325;AO=11;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00583233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5807;QD=9.60185;RBI=0.0162193;REFB=-0.0269458;REVB=0.0151344;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392614;STB=0.766975;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00559165;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:40:27:27:11:13:0.325:9:2:13:14:11:2:13:14 chr2 233201328 . A G 156.41 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.020828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.372;QD=24.0635;RBI=0.0249191;REFB=-0.0460231;REVB=-0.0136805;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0222721;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:5:5:7:9:5:5 chr2 233243981 . A T 776.31 PASS AF=0.802632;AO=61;DP=76;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00392186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.122;QD=40.8582;RBI=0.0172509;REFB=-0.0135541;REVB=0.0167991;RO=15;SAF=28;SAR=33;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468978;STB=0.525068;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00402869;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:76:76:15:15:61:61:0.802632:33:28:5:10:33:28:5:10 chr2 233244586 . C G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5869;QD=52.7676;RBI=0.0552287;REFB=0.0204741;REVB=-0.032601;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00593121;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr2 233245141 . T C 48.18 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0763265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.616;QD=12.8484;RBI=0.0780098;REFB=-0.0151667;REVB=0.0161183;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0257754;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr2 233271676 . T TC 55.41 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0224254;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.4397;QD=5.40593;RBI=0.0231891;REFB=-0.0437105;REVB=0.00590221;RO=24;SAF=1;SAR=14;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.763124;STB=0.935736;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.17626;OID=.;OPOS=233271677;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:15:41:15:41:26:1:14:20:6:55:24:1:14:20:4 chr2 233345474 . C T 310.3 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0134454;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6553;QD=34.4781;RBI=0.0391015;REFB=-0.053658;REVB=0.0367172;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120744;STB=0.565907;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0128088;OID=.;OPOS=233345474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:10:10:26:26:0.722222:14:12:7:3:14:12:7:3 chr2 233349588 . G A 658.15 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=59.8314;RBI=0.0145506;REFB=-0.164714;REVB=0.00818401;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00230035;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr2 233385396 . G A 129.46 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0312018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4526;QD=5.02755;RBI=0.0719426;REFB=-0.00962227;REVB=0.0648243;RO=71;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126051;STB=0.538283;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.04934;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:82:21:21:0.203883:10:11:30:41:10:11:39:43 chr2 233386583 . T C 109.28 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00168394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.8;QD=4.75141;RBI=0.0131942;REFB=-0.00544733;REVB=-0.0130863;RO=73;SAF=12;SAR=6;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331191;STB=0.713061;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0169179;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:74:18:18:0.195652:6:12:29:44:6:12:29:45 chr2 233391303 . C G 1243.52 PASS AF=0.740741;AO=99;DP=135;FAO=100;FDP=135;FR=.;FRO=35;FSAF=77;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0217322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7442;QD=36.8449;RBI=0.0642177;REFB=0.0459009;REVB=-0.0604286;RO=35;SAF=76;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124268;STB=0.56737;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0151057;OID=.;OPOS=233391303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:35:35:99:100:0.740741:23:76:20:15:23:77:20:15 chr2 233438786 . G A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0123775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.667;QD=3.99853;RBI=0.0245063;REFB=-0.00296856;REVB=-0.0211508;RO=60;SAF=9;SAR=4;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206578;STB=0.63695;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.01764;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:4:9:32:28:4:9:32:28 chr2 233470843 . G A 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0554833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6048;QD=4.65888;RBI=0.0580123;REFB=-0.00410616;REVB=-0.0169422;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519968;STB=0.534797;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0170881;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:4:4:16:19:4:4:16:19 chr2 233498669 . G T 317.86 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0234087;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.456;QD=12.9738;RBI=0.0237757;REFB=-0.00898568;REVB=0.00416154;RO=62;SAF=13;SAR=23;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068017;STB=0.53904;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0143738;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:62:62:36:36:0.367347:23:13:26:36:23:13:26:36 chr2 233514636 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.407;QD=58.1421;RBI=0.0437682;REFB=0;REVB=0.00987249;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08237e-05;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 233514638 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.215;QD=58.1417;RBI=0.0142473;REFB=0;REVB=0.0115455;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15356e-05;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 233543682 . C T 304.95 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0149919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.476;QD=32.9678;RBI=0.0161535;REFB=-0.00689551;REVB=0.00601492;RO=11;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174469;STB=0.509547;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0114044;OID=.;OPOS=233543682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:15:11:5:6:15:11:5:6 chr2 233543689 . T C 304.56 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0180579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.465;QD=32.9251;RBI=0.020319;REFB=-0.0299497;REVB=0.00931527;RO=11;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174469;STB=0.509547;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0115687;OID=.;OPOS=233543689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:15:11:5:6:15:11:5:6 chr2 233620962 . T C 214.18 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.062674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7322;QD=28.5577;RBI=0.112365;REFB=0.0139317;REVB=0.0932622;RO=10;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334927;STB=0.5185;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00253751;OID=.;OPOS=233620962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:7:13:7:3:7:13:7:3 chr2 233659553 . C A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5861;QD=58.0609;RBI=0.0141325;REFB=0;REVB=0.0140071;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125832;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 233693426 . A G 68.65 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0201907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.582;QD=5.84253;RBI=0.0202776;REFB=0.000416668;REVB=-0.00187596;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824745;STB=0.553086;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00169409;OID=.;OPOS=233693426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:16:21:5:5:16:21 chr2 233708806 . A G 276.94 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130749;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.023;QD=52.7508;RBI=0.0627579;REFB=0;REVB=0.0613808;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39715e-05;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 233712227 . A AG,G 150.76 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=4,26;DP=30;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283545,0.0187579;FXX=0.190386;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=21.7898,26.3224;QD=35.4722;RBI=0.132616,0.378796;REFB=0,0;REVB=0.12955,-0.378332;RO=0;SAF=0,6;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.14057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00662955,0.0197249;OID=.,.;OPOS=233712228,233712227;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:30:17:0:0:4,26:15,2:0.882353,0.117647:4,20:0,6:0:0:13,0:2,2:0:0 chr2 233723182 . G A 499.12 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392339;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.128;QD=58.7204;RBI=0.0529539;REFB=0;REVB=0.0355642;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20635e-05;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:30:34:1:11:19:0:0:14:20:0:0 chr2 233740227 . A G 376.01 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.428;QD=55.705;RBI=0.0289929;REFB=0;REVB=0.0285013;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136808;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:12:12:0:0:15:12:0:0 chr2 233744021 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2798;QD=61.6824;RBI=0.0363805;REFB=0;REVB=-0.0131605;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237816;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 233757679 . G A 1208.49 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.983;QD=61.1893;RBI=0.0367511;REFB=0;REVB=0.0363836;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18899e-05;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr2 233757697 . A G 982.32 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6078;QD=56.1326;RBI=0.0231955;REFB=-0.0445421;REVB=0.00601067;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794477;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00341327;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:35:33:1:1:35:33:1:1 chr2 233834975 . A G 1691.05 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.274;QD=60.3945;RBI=0.0295833;REFB=0;REVB=-0.0028076;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51138e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:58:51:0:0:58:54:0:0 chr2 234055004 . T C 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0186824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5742;QD=9.14312;RBI=0.0220759;REFB=0.00120237;REVB=-0.0117605;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141045;STB=0.584178;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00664221;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:13:6:18:24:13:6:18:24 chr2 234066969 . C G 730.53 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4776;QD=63.5244;RBI=0.107936;REFB=0;REVB=0.107718;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136797;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:42:46:1:22:20:0:0:26:20:0:0 chr2 234113057 . G A 300.04 PASS AF=0.627907;AO=25;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0119412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.248;QD=27.9109;RBI=0.0150842;REFB=-0.0310478;REVB=0.00921644;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130191;STB=0.566961;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0227228;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:25:27:0.627907:11:14:6:10:12:15:6:10 chr2 234113301 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0296022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.266;QD=28.6826;RBI=0.0665142;REFB=0.0189227;REVB=0.0595639;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000326163;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:0:2:4:5:0:2 chr2 234227523 . A G 79.46 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0453282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.598;QD=5.04481;RBI=0.0464572;REFB=-0.00726153;REVB=-0.0101798;RO=49;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639265;STB=0.526276;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0229206;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:9:4:13:36:9:4:14:36 chr2 234247508 . C G 164.38 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.00162079;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.847;QD=7.38787;RBI=0.00618537;REFB=-0.00375964;REVB=-0.00596924;RO=66;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261697;STB=0.667165;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0122384;OID=.;OPOS=234247508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:66:66:23:23:0.258427:10:13:23:43:10:13:22:44 chr2 234354320 . C T 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.019129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.777;QD=5.0445;RBI=0.0228803;REFB=-0.0153127;REVB=-0.0125534;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156208;STB=0.607677;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0436984;OID=.;OPOS=234354320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:8:5:25:24:8:5:26:24 chr2 234386134 . A G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0465904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.255;QD=8.74516;RBI=0.0791169;REFB=-0.00684209;REVB=-0.0639438;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393415;STB=0.749583;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0225522;OID=.;OPOS=234386134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:9:3:17:12:9:3:18:12 chr2 234394487 . G A 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0343056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.331;QD=4.28857;RBI=0.0343731;REFB=0.0011341;REVB=0.00215434;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102478;STB=0.506657;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00686089;OID=.;OPOS=234394487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:7:7:30:31:7:7:30:31 chr2 234394569 . A G 80.42 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0332479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.71;QD=4.28892;RBI=0.0401179;REFB=-0.00349303;REVB=-0.0224503;RO=59;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162201;STB=0.59078;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0139368;OID=.;OPOS=234394569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:59:61:14:14:0.186667:6:8:26:33:6:8:28:33 chr2 234432017 . A G 127.8 PASS AF=0.208333;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00784598;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.177;QD=5.32499;RBI=0.0464234;REFB=-0.00634706;REVB=-0.0457556;RO=77;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577552;STB=0.502103;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0242533;OID=.;OPOS=234432017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:77:76:20:20:0.208333:11:9:35:42:11:9:34:42 chr2 234449316 . G A 349.62 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0169258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3965;QD=39.957;RBI=0.0222698;REFB=0.0131876;REVB=0.0144728;RO=7;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041846;STB=0.522662;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0010455;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:11:17:5:2:11:17:5:2 chr2 234469664 . T C 718.6 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.011207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1962;QD=38.3256;RBI=0.0157799;REFB=0.00475839;REVB=0.0111089;RO=17;SAF=26;SAR=32;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345215;STB=0.518512;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00154342;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:17:17:58:58:0.773333:32:26:9:8:32:26:9:8 chr2 234474077 . C T 1093.68 PASS AF=0.778761;AO=88;DP=113;FAO=88;FDP=113;FR=.;FRO=25;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.000483638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.435;QD=38.7143;RBI=0.016226;REFB=0.0164096;REVB=-0.0162188;RO=25;SAF=51;SAR=37;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430528;STB=0.522963;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00540481;OID=.;OPOS=234474077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:25:25:88:88:0.778761:37:51:17:8:37:51:17:8 chr2 234590616 . C A 771.95 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0168967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.615;QD=53.2379;RBI=0.0215189;REFB=-0.0142553;REVB=0.0133253;RO=2;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825585;STB=0.503865;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000534448;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:55:56:0.965517:21:34:1:1:22:34:1:1 chr2 234590970 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.77;QD=60.5472;RBI=0.0286748;REFB=0;REVB=0.0270538;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25767e-05;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr2 234590974 . CG AA,CA 1083.34 PASS AF=0.906667,0.0933333;AO=68,7;DP=75;FAO=68,7;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33,4;FSAR=35,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801731,-0.0155203;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=154.477,111.438;QD=57.7781;RBI=0.00921315,0.0403761;REFB=0,0;REVB=-0.00453926,0.037274;RO=0;SAF=33,4;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00494865,-0.0449366;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:75:75:0:0:68,7:68,7:0.906667,0.0933333:35,3:33,4:0:0:35,3:33,4:0:0 chr2 234591205 . T C 1460.71 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.194;QD=62.8263;RBI=0.0429961;REFB=0;REVB=0.0373366;RO=0;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139881;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:62:29:0:0:63:30:0:0 chr2 234601669 . T G 1410.26 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00744656;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.624;QD=60.6564;RBI=0.0118985;REFB=-0.140538;REVB=0.00928027;RO=2;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270634;STB=0.514283;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=9.22739e-05;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:93:2:2:91:91:0.978495:34:57:0:2:34:57:0:2 chr2 234601965 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5441;QD=63.2855;RBI=0.0707075;REFB=0;REVB=0.0310935;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342743;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr2 234602191 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.108;QD=57.7122;RBI=0.0226507;REFB=0;REVB=0.00735446;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13436e-05;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr2 234602202 . A C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000353808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.726;QD=54.7462;RBI=0.00496253;REFB=-0.0516928;REVB=0.0049499;RO=1;SAF=13;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348586;STB=0.518511;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00281479;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:40:13:1:0:40:13:1:0 chr2 234627608 . T G 481.42 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000384372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.956;QD=31.5685;RBI=0.0171091;REFB=-0.0134418;REVB=-0.0171047;RO=18;SAF=9;SAR=34;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171426;STB=0.593382;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00526707;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:34:9:8:10:34:9:8:10 chr2 234627937 . T C 2212.48 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211803;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6083;QD=63.2137;RBI=0.051826;REFB=0;REVB=0.0473004;RO=0;SAF=88;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467527;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:138:140:1:50:88:0:0:50:90:0:0 chr2 234669144 . G A 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.432;QD=62.4749;RBI=0.0224328;REFB=0;REVB=0.0204551;RO=0;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6665e-05;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:71:60:0:0:71:60:0:0 chr2 234688036 . C A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.32;QD=57.8843;RBI=0.0423145;REFB=0;REVB=-0.041203;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249592;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr2 234702459 . T C 1408.98 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.127;QD=62.6214;RBI=0.041037;REFB=0;REVB=0.0409782;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53509e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:58:31:0:0:59:31:0:0 chr2 234703136 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6394;QD=62.0148;RBI=0.0221409;REFB=0;REVB=1.90797e-05;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232597;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 234704318 . A G 400.1 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00514724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3541;QD=53.3463;RBI=0.0610501;REFB=0.00431455;REVB=-0.0608327;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00164177;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr2 234704690 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.087;QD=51.9167;RBI=0.0641595;REFB=0;REVB=0.0362605;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361099;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 234725502 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2753;QD=60.2034;RBI=0.029987;REFB=0;REVB=0.0258363;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348126;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr2 234727333 . C G 552.94 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.030044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.754;QD=33.0113;RBI=0.0868898;REFB=-0.00561663;REVB=0.0815303;RO=19;SAF=28;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261885;STB=0.514133;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00235823;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:20:28:12:7:20:28:12:7 chr2 234727986 . C T 104.0 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0365888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3289;QD=5.07329;RBI=0.146173;REFB=-0.00903194;REVB=-0.141519;RO=65;SAF=11;SAR=6;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121321;STB=0.577119;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0249907;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:6:11:36:29:6:11:36:29 chr2 234728078 . T C 1227.46 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1491;QD=61.373;RBI=0.0885323;REFB=0;REVB=-0.026951;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000726934;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chr2 234749258 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0248751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.293;QD=21.8421;RBI=0.0340742;REFB=-0.0279084;REVB=0.0232868;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00692873;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:1:1:1:5:1:1 chr2 234749269 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00636463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.444;QD=26.6016;RBI=0.0156816;REFB=-0.0127308;REVB=0.0143319;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0030926;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr2 234749354 . G A 257.49 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0222272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2716;QD=30.2929;RBI=0.0377416;REFB=0.00855739;REVB=0.0305021;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428187;STB=0.52354;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00740695;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:13:10:4:7:13:10:4:7 chr2 234749780 . G C 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00120823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.449;QD=35.1218;RBI=0.0163318;REFB=-2.42071e-05;REVB=-0.0162871;RO=8;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84836e-05;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:9:15:5:3:9:15:5:3 chr2 234750542 . G C 77.17 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00402667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.981;QD=3.76422;RBI=0.0180105;REFB=-0.00558762;REVB=0.0175546;RO=68;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385344;STB=0.747246;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0241557;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:5:9:22:46:5:9:22:46 chr2 234750831 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.313;QD=59.0186;RBI=0.046206;REFB=0;REVB=0.0198785;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12481e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 234761225 . C T 64.36 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00650772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.617;QD=3.06496;RBI=0.00673179;REFB=-0.00258209;REVB=-0.00172236;RO=68;SAF=10;SAR=3;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491213;STB=0.80851;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0299445;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:84:84:68:71:13:13:0.154762:3:10:24:44:3:10:27:44 chr2 234762480 . A C,T 1039.37 PASS AF=0.0410959,0.945205;AO=4,68;DP=74;FAO=3,69;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=0,40;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00260222,0.00929;FXX=0.0135117;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.0066,154.28;QD=56.9519;RBI=0.0119856,0.0108298;REFB=-0.0291284,-0.0205594;REVB=-0.0116997,-0.00556596;RO=0;SAF=0,40;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.508472;STBP=1,0.286;TYPE=snp,snp;VARB=0.187781,0.000640019;OID=.,.;OPOS=234762480,234762480;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:74:73:0:1:4,68:3,69:0.0410959,0.945205:4,28:0,40:0:0:3,29:0,40:0:1 chr2 234854547 . A T 514.44 PASS AF=0.823529;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00219413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8036;QD=40.348;RBI=0.00766217;REFB=0.0164058;REVB=-0.0073413;RO=9;SAF=25;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134894;STB=0.507243;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00448355;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:9:9:42:42:0.823529:17:25:5:4:17:25:5:4 chr2 234863788 . G A 726.69 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.278;QD=63.1903;RBI=0.0178883;REFB=0;REVB=-0.0124365;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011275;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr2 235402279 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.934;QD=59.0186;RBI=0.0443513;REFB=0;REVB=0.0288194;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280276;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 235949877 . T C 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0266934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.114;QD=10.6983;RBI=0.0321137;REFB=-0.00916753;REVB=0.0178536;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115212;STB=0.568873;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0171841;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:9:6:16:16:9:6:16:16 chr2 235949920 . A G 127.13 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00472653;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.652;QD=9.97136;RBI=0.00835668;REFB=-0.000923303;REVB=0.00689159;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120795;STB=0.572037;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00196851;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:19:16:9:7:19:16 chr2 235950002 . G A 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0092486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.232;QD=2.7074;RBI=0.0495214;REFB=-0.0104177;REVB=-0.0486501;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558195;STB=0.541529;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0551333;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:3:3:23:19:3:3:23:19 chr2 235950187 . T C 1000.07 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.446;QD=57.975;RBI=0.0147365;REFB=-0.0288858;REVB=0.00817039;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05604e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:1:0:68:69:1:44:24:0:1:45:24:0:0 chr2 235950284 . A C 162.33 PASS AF=0.18543;AO=28;DP=151;FAO=28;FDP=151;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=-0.0229005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.9;QD=4.30006;RBI=0.0229388;REFB=-0.00170512;REVB=-0.00132494;RO=119;SAF=13;SAR=15;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135041;STB=0.507372;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00600232;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:119:123:28:28:0.18543:15:13:54:65:15:13:56:67 chr2 235951819 . A G 1394.02 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00734507;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4313;QD=61.2758;RBI=0.0101226;REFB=-0.0754798;REVB=0.00696545;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0034903;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:89:90:0.989011:42:47:0:0:42:48:1:0 chr2 235964277 . T C 593.67 PASS AF=0.757576;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.012836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.167;QD=35.9801;RBI=0.0253183;REFB=-0.00775693;REVB=0.0218232;RO=15;SAF=15;SAR=35;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499381;STB=0.521268;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00344132;OID=.;OPOS=235964277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:15:16:50:50:0.757576:35:15:6:9:35:15:6:10 chr2 236691982 . A G 150.75 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0398357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.012;QD=6.7002;RBI=0.0496549;REFB=-0.00949752;REVB=0.0296433;RO=68;SAF=11;SAR=11;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109396;STB=0.566607;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0297697;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:11:11:40:28:11:11:40:28 chr2 236708166 . C T 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.065335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.381;QD=3.32308;RBI=0.0718999;REFB=-0.00695676;REVB=-0.0300155;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205655;STB=0.655903;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0254743;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:54:55:10:10:0.153846:8:2:18:36:8:2:19:36 chr2 236761396 . C T 601.92 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0269541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.674;QD=52.3406;RBI=0.0346576;REFB=-0.0710307;REVB=-0.0217859;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520454;STB=0.528288;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00408619;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:2:4:41:42:0.913043:24:17:2:0:24:18:3:1 chr2 236957822 . G A 1329.41 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101864;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.738;QD=62.5605;RBI=0.0150938;REFB=0;REVB=0.0111383;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218032;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr2 237032607 . T G 831.4 PASS AF=0.705263;AO=67;DP=95;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00485739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.421;QD=35.0065;RBI=0.0719651;REFB=-0.0489342;REVB=-0.071801;RO=28;SAF=36;SAR=31;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400773;STB=0.521568;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0214693;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:28:67:67:0.705263:31:36:13:15:31:36:13:15 chr2 237032703 . T C 832.73 PASS AF=0.712766;AO=65;DP=93;FAO=67;FDP=94;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000731113;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.945;QD=35.4352;RBI=0.0277203;REFB=-0.0106217;REVB=-0.0277107;RO=26;SAF=34;SAR=31;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326937;STB=0.522381;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00326768;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:26:27:65:67:0.712766:31:34:12:14:32:35:12:15 chr2 237061782 . A G 345.13 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0645805;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6903;QD=27.6101;RBI=0.0807129;REFB=-0.0427892;REVB=0.0484142;RO=18;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892925;STB=0.548783;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.020414;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:13:19:13:5:13:19:13:5 chr2 237119051 . T C 587.18 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0144025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0246;QD=34.5397;RBI=0.0214758;REFB=-0.0179705;REVB=-0.0159304;RO=17;SAF=27;SAR=23;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229233;STB=0.518995;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00443459;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:18:50:50:0.735294:23:27:10:7:23:27:11:7 chr2 237119074 . A G 665.4 PASS AF=0.743243;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0308812;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0821;QD=35.9674;RBI=0.0314979;REFB=0.00368901;REVB=-0.00620237;RO=19;SAF=30;SAR=25;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161476;STB=0.508682;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0016755;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:19:19:55:55:0.743243:25:30:11:8:25:30:11:8 chr2 237119104 . G A 692.72 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0101319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.064;QD=33.3842;RBI=0.0362246;REFB=-0.013469;REVB=0.0347788;RO=25;SAF=32;SAR=26;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402876;STB=0.521732;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00479711;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:25:25:58:58:0.698795:26:32:12:13:26:32:12:13 chr2 237119178 . T C 660.73 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0135814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.107;QD=32.6285;RBI=0.0156788;REFB=-0.0310608;REVB=0.00783401;RO=25;SAF=23;SAR=33;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109316;STB=0.559051;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0151279;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:25:56:56:0.691358:33:23:15:10:33:23:15:10 chr2 237149941 . C T 67.61 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00386846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.909;QD=3.97677;RBI=0.00403436;REFB=-0.00228802;REVB=-0.00114499;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104023;STB=0.56885;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00918464;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:7:5:28:28:7:5:28:28 chr2 237150166 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.129;QD=57.1761;RBI=0.0298932;REFB=0;REVB=0.00840739;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78773e-05;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr2 237232855 . A T 411.45 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00742459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.501;QD=35.7782;RBI=0.00785405;REFB=-0.0103289;REVB=0.00256155;RO=12;SAF=9;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805784;STB=0.538437;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00409485;OID=.;OPOS=237232855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:12:13:32:33:0.717391:23:9:5:7:24:9:5:8 chr2 237233400 . A G 35.63 PASS AF=0.206897;AO=3;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0157127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.786;QD=4.91386;RBI=0.0485873;REFB=-0.00618215;REVB=-0.0459765;RO=14;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287373;STB=0.822428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0367377;OID=.;OPOS=237233400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:29:14:23:3:6:0.206897:1:2:9:5:1:5:10:13 chr2 237923852 . G A 515.27 PASS AF=0.808511;AO=36;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0221707;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.454;QD=43.8525;RBI=0.0221924;REFB=-0.00993795;REVB=0.000982524;RO=11;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984549;STB=0.536893;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00276052;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:47:47:11:9:36:38:0.808511:18:18:3:8:18:20:3:6 chr2 238166147 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.525;QD=47.8224;RBI=0.0320718;REFB=0;REVB=0.019425;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34776e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 238233410 . C G 68.79 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0149468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.442;QD=3.35572;RBI=0.0297723;REFB=-0.00325019;REVB=-0.0257484;RO=65;SAF=8;SAR=5;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227815;STB=0.67128;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0203975;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:78:82:65:69:13:13:0.158537:5:8:28:37:5:8:28:41 chr2 238243292 . G A 597.89 PASS AF=0.769231;AO=50;DP=65;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.013425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.573;QD=36.7935;RBI=0.0240737;REFB=-0.0232362;REVB=0.0199829;RO=15;SAF=23;SAR=27;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550148;STB=0.529546;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00804653;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:15:15:50:50:0.769231:27:23:5:10:27:23:5:10 chr2 238243462 . AGC AGG,GAG 801.07 PASS AF=0.932203,0.0508475;AO=54,3;DP=59;FAO=55,3;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26,3;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00658476,-0.0126685;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=44.8643,65.7446;QD=54.3095;RBI=0.0515149,0.0128245;REFB=-0.0371041,-0.0516955;REVB=-0.0510923,-0.00199418;RO=0;SAF=26,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52846e-08,0;STB=0.508471,0.994936;STBP=0.522,0.122;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00117617,0.0614363;OID=.,.;OPOS=238243464,238243462;OREF=C,AGC;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:59:0:1:54,3:55,3:0.932203,0.0508475:28,0:26,3:0:0:29,0:26,3:0:1 chr2 238244963 . A G 727.95 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000181172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.879;QD=34.6644;RBI=0.00813354;REFB=-0.00747422;REVB=-0.00813152;RO=24;SAF=41;SAR=19;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154232;STB=0.5083;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00273121;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:60:60:0.714286:19:41:17:7:19:41:17:7 chr2 238249630 . C T 487.78 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00697341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.156;QD=45.375;RBI=0.00868267;REFB=-0.0536322;REVB=-0.00517304;RO=7;SAF=17;SAR=19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132565;STB=0.50713;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.010548;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:19:17:3:4:19:17:3:4 chr2 238253065 . C T 183.64 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00497126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.489;QD=6.50039;RBI=0.00588474;REFB=-0.00963683;REVB=-0.00314908;RO=82;SAF=15;SAR=13;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140331;STB=0.522467;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0309352;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:82:85:28:28:0.247788:13:15:43:39:13:15:43:42 chr2 238258814 . C G 863.4 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=73;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00212412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.396;QD=47.3098;RBI=0.0155437;REFB=-0.209711;REVB=0.0153979;RO=8;SAF=22;SAR=42;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910848;STB=0.546174;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00110721;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:73:73:8:8:64:65:0.890411:42:22:6:2:42:23:6:2 chr2 238267717 . C T 193.84 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0155061;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.989;QD=10.0696;RBI=0.016085;REFB=-0.000129669;REVB=-0.00427648;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244656;STB=0.642746;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000234143;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:52:52:25:25:0.324675:10:15:20:32:10:15:20:32 chr2 238277573 . C A 32.77 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=41;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0721431;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9595;QD=2.91252;RBI=0.0909116;REFB=-0.0186928;REVB=-0.0553199;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207424;STB=0.577525;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0310057;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:45:34:39:7:6:0.133333:4:3:14:20:3:3:16:23 chr2 238277795 . A G 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0327069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0474;QD=13.5812;RBI=0.0483175;REFB=0.0161309;REVB=0.0355646;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209137;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0248016;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:11:17:10:7:11:17 chr2 238283472 . T G 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0156789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1338;QD=4.5118;RBI=0.0530921;REFB=-8.12765e-05;REVB=-0.0507242;RO=51;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676534;STB=0.544162;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00139096;OID=.;OPOS=238283472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:5:7:27:24:5:7:27:24 chr2 238287288 . C A 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0188928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3857;QD=3.616;RBI=0.0587566;REFB=-0.010463;REVB=0.0556364;RO=52;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111909;STB=0.507618;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0499648;OID=.;OPOS=238287288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:3:7:36:16:3:7:36:16 chr2 238287357 . C T 93.08 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0242081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.201;QD=4.32954;RBI=0.0261773;REFB=0.000977926;REVB=0.00996089;RO=70;SAF=10;SAR=6;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014287;STB=0.509248;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00666426;OID=.;OPOS=238287357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:6:10:43:27:6:10:43:27 chr2 238443226 . A G 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0021749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.986;QD=8.37064;RBI=0.00589133;REFB=-0.00561695;REVB=-0.00547518;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139783;STB=0.608104;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0141268;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:26:28:11:11:0.282051:5:6:11:15:5:6:11:17 chr2 238449007 . T C 76.55 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00267718;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.766;QD=4.56987;RBI=0.00330192;REFB=-0.00974403;REVB=-0.00193272;RO=53;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107032;STB=0.574655;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0328794;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:53:54:13:13:0.19403:7:6:20:33:7:6:20:34 chr2 238449023 . T C 73.48 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0255788;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.789;QD=4.08241;RBI=0.0286501;REFB=-0.00846624;REVB=-0.0129057;RO=59;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134783;STB=0.588607;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0368456;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:73:72:59:59:13:13:0.180556:8:5:29:30:8:5:29:30 chr2 238449107 . A G 67.46 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0503816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1118;QD=4.65267;RBI=0.0547336;REFB=-0.00550195;REVB=-0.0213885;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069263;STB=0.545372;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0267811;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:6:5:24:23:6:5:24:23 chr2 238503559 . C G 99.33 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0214336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.685;QD=5.44266;RBI=0.0232665;REFB=-0.0143752;REVB=-0.00905151;RO=56;SAF=13;SAR=3;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383138;STB=0.740337;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0317042;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:57:16:16:0.219178:3:13:30:26:3:13:31:26 chr2 238643907 . G A 167.37 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0202914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3816;QD=23.0854;RBI=0.0381915;REFB=-0.0234436;REVB=0.032355;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165672;STB=0.592488;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0159476;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:3:9:9:8:3:9 chr2 238733016 . G A 415.37 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00253949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0667;QD=36.1187;RBI=0.0141414;REFB=0.00598619;REVB=0.0139115;RO=13;SAF=11;SAR=21;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675789;STB=0.529394;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00212155;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:13:32:33:0.717391:21:11:6:7:21:12:6:7 chr2 238990388 . G A 254.24 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.030687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.079;QD=10.8188;RBI=0.0313517;REFB=-0.00970422;REVB=0.00642188;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649804;STB=0.537802;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0259538;OID=.;OPOS=238990388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:14:17:31:32:14:17:31:32 chr2 238991796 . C T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.466;QD=63.3362;RBI=0.00775449;REFB=0;REVB=-0.00323595;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36789e-05;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr2 238999883 . T C 705.8 PASS AF=0.780822;AO=56;DP=72;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0140791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.072;QD=38.674;RBI=0.0775224;REFB=-0.00206883;REVB=0.0762332;RO=16;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899399;STB=0.545883;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000438253;OID=.;OPOS=238999883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:16:16:56:57:0.780822:30:26:4:12:31:26:4:12 chr2 239007997 . A G 621.72 PASS AF=0.742857;AO=51;DP=69;FAO=52;FDP=70;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00313186;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.648;QD=35.5268;RBI=0.00653697;REFB=0.0118844;REVB=0.0057379;RO=18;SAF=23;SAR=28;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304703;STB=0.51884;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0041159;OID=.;OPOS=239007997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:18:18:51:52:0.742857:28:23:7:11:28:24:7:11 chr2 239016514 . C T 1096.65 PASS AF=0.824742;AO=79;DP=96;FAO=80;FDP=97;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0209174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.63;QD=45.2227;RBI=0.0220831;REFB=-0.0348466;REVB=-0.00707985;RO=17;SAF=44;SAR=35;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289807;STB=0.514015;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00556869;OID=.;OPOS=239016514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:96:97:17:17:79:80:0.824742:35:44:8:9:36:44:8:9 chr2 239016539 . C G 1156.74 PASS AF=0.8125;AO=90;DP=111;FAO=91;FDP=112;FR=.;FRO=21;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0151194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9114;QD=41.3122;RBI=0.0177587;REFB=-0.0278571;REVB=0.00931521;RO=21;SAF=44;SAR=46;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124081;STB=0.505493;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00652883;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:21:21:90:91:0.8125:46:44:11:10:46:45:11:10 chr2 239039637 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.928;QD=33.4282;RBI=0.023002;REFB=0;REVB=0.0126524;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305891;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 239039896 . G C 1127.96 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0142839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7997;QD=54.3594;RBI=0.0481072;REFB=0.0604264;REVB=-0.0459377;RO=4;SAF=41;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207655;STB=0.517322;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.011355;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:4:5:78:78:0.939759:37:41:3:1:38:40:4:1 chr2 239040187 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.852;QD=53.9092;RBI=0.0643929;REFB=0;REVB=0.0420592;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12482e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:19:24:1:8:11:0:0:9:15:0:0 chr2 239050033 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.471;QD=45.8062;RBI=0.0300828;REFB=0;REVB=0.0154365;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388661;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr2 239051550 . T C 2303.17 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0277334;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3459;QD=63.1004;RBI=0.0418193;REFB=-0.105138;REVB=0.0313004;RO=0;SAF=67;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000269092;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:146:0:1:145:145:0.993151:78:67:0:0:78:67:0:1 chr2 239059484 . T C 1189.89 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.905;QD=61.0198;RBI=0.0556531;REFB=0;REVB=0.0515423;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187003;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:39:39:0:0 chr2 239075935 . A G 650.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4038;QD=61.9816;RBI=0.112436;REFB=0;REVB=-0.0939276;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241464;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 239147490 . C T 1130.47 PASS AF=0.764706;AO=91;DP=119;FAO=91;FDP=119;FR=.;FRO=28;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00881083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.591;QD=37.9991;RBI=0.0108449;REFB=-0.0109967;REVB=-0.00632313;RO=26;SAF=50;SAR=41;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461849;STB=0.505227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00390367;OID=.;OPOS=239147490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:26:28:91:91:0.764706:41:50:14:12:41:50:16:12 chr2 239155053 . C T 1104.73 PASS AF=0.81;AO=81;DP=100;FAO=81;FDP=100;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0233464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9399;QD=44.189;RBI=0.053173;REFB=-0.00510598;REVB=0.0477736;RO=19;SAF=38;SAR=43;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172247;STB=0.509179;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00111069;OID=.;OPOS=239155053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:19:19:81:81:0.81:43:38:8:11:43:38:8:11 chr2 239229372 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.181;QD=37.4884;RBI=0.0331871;REFB=0;REVB=0.033115;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431849;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 239237953 . G T 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0676635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8243;QD=40.1594;RBI=0.118003;REFB=-0.0629478;REVB=0.0966766;RO=5;SAF=4;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120717;STB=0.565978;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0175383;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:20:4:2:3:20:4:2:3 chr2 239253224 . A T 192.89 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.00926091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7577;QD=8.12159;RBI=0.0109346;REFB=-0.0148048;REVB=-0.0058138;RO=69;SAF=19;SAR=7;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13184;STB=0.579535;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.042062;OID=.;OPOS=239253224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:7:19:44:25:7:19:44:25 chr2 239321367 . A T 1122.74 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.40006e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.634;QD=59.8794;RBI=0.00213651;REFB=0;REVB=-0.00213606;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08165e-06;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:38:31:0:0:43:32:0:0 chr2 239969974 . G C 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0239691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4555;QD=9.99241;RBI=0.0317194;REFB=-0.0168448;REVB=0.0207751;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109682;STB=0.565342;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.03048;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:6:11:20:16:6:11:20:16 chr2 239972883 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.233;QD=59.8335;RBI=0.00511245;REFB=0;REVB=-0.00311474;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36403e-06;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:27:36:1:15:12:0:0:17:19:0:0 chr2 240003870 . G A 732.93 PASS AF=0.685393;AO=61;DP=89;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00519289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.802;QD=32.9405;RBI=0.0613438;REFB=0.0100374;REVB=0.0611236;RO=28;SAF=29;SAR=32;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138688;STB=0.574756;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00548912;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:28:28:61:61:0.685393:32:29:20:8:32:29:20:8 chr2 240323905 . T TG 451.61 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5641;QD=41.0555;RBI=0.111313;REFB=0;REVB=-0.110848;RO=2;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00236354;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:44:44:0:27:17:0:0:9:2:27:15:1:1 chr2 240500173 . T C 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0143181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.07;QD=6.25201;RBI=0.0179569;REFB=0.000149696;REVB=-0.0108371;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141619;STB=0.576075;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000512044;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:6:5:13:25:6:5:14:25 chr2 240500413 . A G 93.07 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0230281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.564;QD=4.329;RBI=0.0285012;REFB=-0.00365859;REVB=-0.0167936;RO=70;SAF=5;SAR=11;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207423;STB=0.635084;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0124377;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:11:5:33:37:11:5:33:37 chr2 240500437 . C T 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0157122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.676;QD=4.12597;RBI=0.0209044;REFB=-0.00211142;REVB=-0.0137884;RO=63;SAF=5;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171436;STB=0.612313;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0190653;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:9:5:31:32:9:5:31:32 chr2 240684619 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.001;QD=58.9626;RBI=0.0209614;REFB=0;REVB=0.0202427;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54927e-05;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr2 240900607 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA 175.8 PASS AF=0.604651,0.116279;AO=22,5;DP=43;FAO=26,5;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=8,3;FSAR=18,2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00830867,0.0480248;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.9665,11.6193;QD=16.3534;RBI=0.01336,0.0650414;REFB=0.059727,0.00478807;REVB=-0.010462,0.0438635;RO=10;SAF=7,3;SAR=15,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0522814,0.205781;STB=0.53914,0.627403;STBP=0.536,0.576;TYPE=del,snp;VARB=0.00197641,-0.0927706;OID=.,.;OPOS=240900608,240900612;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604651,0.116279:22,5:43:26,5:43:12:8,3:18,2:5:7:56:10:7,3:15,2:4:6 chr2 240912983 . G T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00849195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.764;QD=5.60017;RBI=0.00892394;REFB=0.000432452;REVB=-0.00274289;RO=42;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585256;STB=0.573247;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000907873;OID=.;OPOS=240912983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:10:11:0.207547:5:5:19:23:5:6:19:23 chr2 240923050 . C T 879.42 PASS AF=0.675439;AO=77;DP=114;FAO=77;FDP=114;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0264015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.463;QD=30.857;RBI=0.0272434;REFB=-0.0196464;REVB=0.00672051;RO=36;SAF=32;SAR=45;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505801;STB=0.530798;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00961416;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:36:37:77:77:0.675439:45:32:12:24:45:32:12:25 chr2 240946766 . T C 601.66 PASS AF=0.78125;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0192441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4601;QD=37.6038;RBI=0.025084;REFB=-0.041173;REVB=0.0160896;RO=14;SAF=23;SAR=27;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719379;STB=0.538592;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00992152;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:64:14:14:50:50:0.78125:27:23:4:10:27:23:4:10 chr2 240961728 . T C 1056.94 PASS AF=1;AO=54;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.187;QD=54.9061;RBI=0.107145;REFB=0;REVB=0.0996453;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160067;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:54:77:1:21:33:0:0:44:33:0:0 chr2 241066201 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0243657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1645;QD=6.39449;RBI=0.0389992;REFB=0.00780801;REVB=-0.0304508;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275721;STB=0.656817;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0270761;OID=.;OPOS=241066201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:9:19:4:5:10:19 chr2 241066313 . C T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00717822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.213;QD=4.15606;RBI=0.0118838;REFB=-0.000826423;REVB=-0.00947085;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405372;STB=0.785481;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0026297;OID=.;OPOS=241066313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:14:13:1:5:14:13 chr2 241404317 . C T 64.79 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00603649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.203;QD=3.08507;RBI=0.0145506;REFB=0.00334128;REVB=0.0132394;RO=69;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337456;STB=0.509211;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0119015;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:84:84:69:71:13:13:0.154762:6:7:39:30:6:7:39:32 chr2 241405528 . A G 89.6 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00450725;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2563;QD=3.73326;RBI=0.0452068;REFB=-0.00204562;REVB=-0.0449815;RO=80;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314974;STB=0.510404;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0120366;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:97:96:80:80:16:16:0.166667:8:8:38:42:8:8:39:41 chr2 241439537 . G A 620.45 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0219962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.262;QD=50.6493;RBI=0.0253876;REFB=-0.0540004;REVB=0.0126766;RO=5;SAF=15;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093686;STB=0.562784;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00531059;OID=.;OPOS=241439537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:49:49:5:6:43:43:0.877551:28:15:4:1:28:15:5:1 chr2 241451351 . G A 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.000366499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.604;QD=4.47275;RBI=0.00467927;REFB=-0.0051733;REVB=0.0046649;RO=73;SAF=10;SAR=7;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103155;STB=0.566456;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0305305;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:7:10:37:36:7:10:37:36 chr2 241492255 . G A,T 719.38 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,49;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488205,0.0155336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.505,97.8068;QD=56.4217;RBI=0.0507161,0.0443227;REFB=0,0;REVB=-0.0504806,-0.0415116;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0331892,-0.00446177;OID=.,.;OPOS=241492255,241492255;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:2,49:1,50:0.0196078,0.980392:1,27:1,22:0:0:0,28:1,22:0:0 chr2 241534092 . C T 115.44 PASS AF=0.225;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.021591;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.813;QD=5.77175;RBI=0.0219076;REFB=-0.00690826;REVB=0.00371104;RO=63;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162203;OID=.;OPOS=241534092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:63:62:18:18:0.225:9:9:32:31:9:9:31:31 chr2 241537421 . G A 687.53 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0066811;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.142;QD=55.0022;RBI=0.0149155;REFB=-0.0578288;REVB=0.0133354;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00063307;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr2 241538074 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.318;QD=56.0119;RBI=0.0576002;REFB=-0.00280779;REVB=-0.0431865;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000397882;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr2 241558397 . G A 501.87 PASS AF=0.681818;AO=44;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0187948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.74;QD=30.4163;RBI=0.0354562;REFB=-0.0137184;REVB=0.0300649;RO=21;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993077;STB=0.556427;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00998582;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:44:45:0.681818:22:22:14:7:23:22:14:7 chr2 241570249 . A C 293.48 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847001;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.208;QD=53.3601;RBI=0.0323905;REFB=0;REVB=-0.0312634;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164574;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr2 241570391 . A G 576.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.487;QD=60.6426;RBI=0.0408394;REFB=0;REVB=0.022904;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144808;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr2 241621799 . GC G 188.75 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0132794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7336;QD=39.7373;RBI=0.0303013;REFB=-0.138643;REVB=-0.0272365;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091435;STB=0.549942;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=0.0149504;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:17:19:17:19:2:8:9:0:2:5:2:8:9:0:2 chr2 241622002 . C A 65.34 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0947626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1369;QD=10.4552;RBI=0.104187;REFB=-0.0297396;REVB=0.0433017;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547878;STB=0.807293;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0580725;OID=.;OPOS=241622002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:0:16:5:4:0:16 chr2 241622009 . C G 64.91 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0745676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.67;QD=9.98659;RBI=0.0749084;REFB=-0.00963697;REVB=0.00713766;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390725;STB=0.77024;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0380409;OID=.;OPOS=241622009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:1:15:5:4:1:16 chr2 241622195 . T C 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.739;QD=37.8908;RBI=0.0642547;REFB=-0.101616;REVB=0.0394245;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0168603;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr2 241622209 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7989;QD=42.1823;RBI=0.0664887;REFB=0;REVB=0.0218923;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239465;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr2 241627213 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00695149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.231;QD=6.8503;RBI=0.022357;REFB=-0.0430831;REVB=-0.0212488;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139321;STB=0.588058;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0700212;OID=.;OPOS=241627213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:15:16:4:6:15:16 chr2 241627928 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.159;QD=57.2375;RBI=0.0187935;REFB=0;REVB=-0.00562937;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46837e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr2 241628022 . G A 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0104262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.744;QD=2.99308;RBI=0.0121798;REFB=-0.00742833;REVB=-0.00629618;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153616;STB=0.602822;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0520587;OID=.;OPOS=241628022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:2:4:20:17:2:4:21:17 chr2 241631390 . G A 154.26 PASS AF=0.153465;AO=31;DP=202;FAO=31;FDP=202;FR=.;FRO=171;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=94;FWDB=-0.0190973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.43;QD=3.05469;RBI=0.0343364;REFB=-0.00616414;REVB=-0.0285356;RO=171;SAF=19;SAR=12;SRF=77;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206536;STB=0.636047;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0496604;OID=.;OPOS=241631390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:171:171:31:31:0.153465:12:19:77:94:12:19:77:94 chr2 241631459 . T C 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0482965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.22;QD=3.11671;RBI=0.0681308;REFB=-0.0137812;REVB=-0.0480547;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314095;STB=0.522662;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0671548;OID=.;OPOS=241631459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:3:4:24:20:3:4:24:20 chr2 241631476 . C G 552.63 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.79;QD=59.7438;RBI=0.0963598;REFB=0;REVB=-0.0256971;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201862;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr2 241664801 . C T 81.2 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.00394711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7678;QD=8.11971;RBI=0.00617799;REFB=-0.0126266;REVB=-0.00475268;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411586;STB=0.741304;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0575336;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:5:6:25:4:5:6:25:4 chr2 241667783 . C T 62.29 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00406532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.411;QD=7.78624;RBI=0.00829433;REFB=-0.0362867;REVB=-0.00722974;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138392;STB=0.586017;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0618685;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:13:10:5:4:13:10 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 624.01 PASS AF=0.152174,0.630435,0.217391;AO=7,15,9;DP=54;FAO=7,29,10;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5,0;FSAR=0,24,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092981,0.0912618,0.0726124;FXX=0.148121;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=105.291,109.557,63.0082;QD=54.2613;RBI=0.111114,0.112675,0.115171;REFB=0,0,0;REVB=0.0608346,0.0660824,0.0893966;RO=0;SAF=7,0,0;SAR=0,15,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00208674,0.0313203,0.0197816;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:70:54:46:0:0:7,15,9:7,29,10:0.152174,0.630435,0.217391:0,15,9:7,0,0:0:0:0,24,10:7,5,0:0:0 chr2 241722445 . G A 67.8 PASS AF=0.196078;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0428584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2112;QD=5.31784;RBI=0.0440868;REFB=-0.00697818;REVB=0.0103343;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135515;STB=0.532193;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0549201;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:51:41:41:9:10:0.196078:3:6:23:18:4:6:23:18 chr2 241808759 . T TG 63.17 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0818683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.0546;QD=8.15113;RBI=0.0929082;REFB=-0.121532;REVB=0.0439262;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.549291;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.147962;OID=.;OPOS=241808760;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:13:33:15:31:16:8:7:7:9:63:20:7:6:8:12 chr2 241826517 . C T 125.05 PASS AF=0.276923;AO=15;DP=62;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0160863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.245;QD=7.69507;RBI=0.0191843;REFB=-0.00707267;REVB=0.0104531;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966885;STB=0.630634;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0140213;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:46:47:15:18:0.276923:9:6:15:31:9:9:15:32 chr2 241828033 . CA C,CG 227.9 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,18;DP=20;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314416,0.0823758;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.818,129.316;QD=47.9789;RBI=0.0325532,0.0824928;REFB=0,0;REVB=0.00843403,-0.00439017;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00236785,-0.00116203;OID=.,.;OPOS=241828034,241828034;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,18:20:2,17:19:0:2,8:0,9:0:0:10:0:2,9:0,9:0:0 chr2 241865156 . T C 262.26 PASS AF=0.204545;AO=45;DP=220;FAO=45;FDP=220;FR=.;FRO=175;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=-0.0132368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.745;QD=4.76842;RBI=0.0378998;REFB=-0.00165284;REVB=-0.0355131;RO=175;SAF=22;SAR=23;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260985;STB=0.516174;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00694588;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:175:175:45:45:0.204545:23:22:82:93:23:22:82:93 chr2 241870395 . T TC 77.31 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0128974;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.9497;QD=4.41777;RBI=0.0334281;REFB=-0.0138888;REVB=-0.0308398;RO=52;SAF=16;SAR=1;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675684;STB=0.922519;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.216166;OID=.;OPOS=241870396;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242857:17:70:17:70:53:16:1:24:29:77:52:16:1:23:29 chr2 241872722 . G A 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0215088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.061;QD=8.28187;RBI=0.0479489;REFB=-0.0137012;REVB=-0.0428541;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0559512;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:16:16:6:6:16:16 chr2 241888407 . A T 1577.12 PASS AF=0.708791;AO=128;DP=182;FAO=129;FDP=182;FR=.;FRO=53;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0139711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7942;QD=34.6619;RBI=0.0218572;REFB=-0.0190764;REVB=-0.0168092;RO=52;SAF=56;SAR=72;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291236;STB=0.511258;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00769192;OID=.;OPOS=241888407;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:52:53:128:129:0.708791:72:56:20:32:73:56:21:32 chr2 241922430 . T C 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.321;QD=56.2102;RBI=0.026653;REFB=0.0109285;REVB=-0.00837338;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000256678;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr2 241929228 . A G 1587.19 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.369;QD=64.129;RBI=0.00237281;REFB=0;REVB=0.00161033;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76821e-06;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:43:56:0:0 chr2 241991875 . G A 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.050578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.71;QD=33.4782;RBI=0.060698;REFB=-0.0201864;REVB=0.0335575;RO=12;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351547;STB=0.519217;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0120208;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:18:10:5:7:18:10:5:7 chr2 242002263 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0423874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.446;QD=5.90485;RBI=0.0423897;REFB=-0.00536;REVB=-0.000434196;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32155;STB=0.713796;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0293718;OID=.;OPOS=242002263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:26:27:8:8:0.228571:3:5:9:17:3:5:9:18 chr2 242002306 . G A 279.0 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00758763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.791;QD=41.3331;RBI=0.0631089;REFB=0.00376425;REVB=0.0626511;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072556;STB=0.533304;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000458657;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:3:4:23:23:0.851852:16:7:1:2:16:7:2:2 chr2 242003487 . C T 1160.56 PASS AF=0.721805;AO=93;DP=131;FAO=96;FDP=133;FR=.;FRO=37;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0692617;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.231;QD=34.9041;RBI=0.0764522;REFB=-0.0574927;REVB=0.0323692;RO=34;SAF=51;SAR=42;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538039;STB=0.525904;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0210169;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:34:37:93:96:0.721805:42:51:15:19:43:53:17:20 chr2 242004866 . A G 230.95 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0122755;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.725;QD=28.8688;RBI=0.0289953;REFB=-0.0252999;REVB=-0.0262686;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090917;STB=0.560921;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.010459;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:10:11:21:21:0.65625:14:7:2:8:14:7:2:9 chr2 242021742 . G T 884.04 PASS AF=0.681416;AO=77;DP=113;FAO=77;FDP=113;FR=.;FRO=36;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0227561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2778;QD=31.2934;RBI=0.0242186;REFB=-0.0205758;REVB=0.00828877;RO=33;SAF=40;SAR=37;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145221;STB=0.502647;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00882527;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:33:36:77:77:0.681416:37:40:18:15:37:40:19:17 chr2 242033696 . T C 506.22 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0234611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2081;QD=28.5196;RBI=0.0943862;REFB=-0.0115439;REVB=-0.0914239;RO=25;SAF=34;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109704;STB=0.559853;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00355593;OID=.;OPOS=242033696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:12:34:15:10:12:34:15:10 chr2 242035544 . G C 94.86 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0346698;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5242;QD=19.9711;RBI=0.038289;REFB=-0.120427;REVB=0.0162497;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353742;STB=0.672611;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0450193;OID=.;OPOS=242035544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:19:8:8:10:11:0.578947:6:4:7:1:6:5:7:1 chr2 242039198 . T C 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00927849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.911;QD=35.7987;RBI=0.0244476;REFB=-0.0110448;REVB=0.0226184;RO=10;SAF=11;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361214;STB=0.501967;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00382781;OID=.;OPOS=242039198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:17:11:4:6:17:11:4:6 chr2 242063448 . G A 597.07 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=69;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00376396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0704;QD=33.6379;RBI=0.0184031;REFB=-0.0261258;REVB=0.018014;RO=18;SAF=26;SAR=25;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761668;STB=0.539553;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00866443;OID=.;OPOS=242063448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:18:20:51:51:0.71831:25:26:12:6:25:26:13:7 chr2 242066314 . T C 163.71 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00132437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.486;QD=20.4633;RBI=0.0237223;REFB=-0.0297935;REVB=0.0236853;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.564981;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0198247;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:16:17:0.53125:8:8:9:5:8:9:10:5 chr2 242066830 . G A 501.36 PASS AF=0.8;AO=25;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00810521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6521;QD=44.565;RBI=0.0115404;REFB=-0.00325708;REVB=-0.00821503;RO=8;SAF=5;SAR=20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338769;STB=0.536063;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000672108;OID=.;OPOS=242066830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:8:8:25:36:0.8:20:5:2:6:20:16:2:6 chr2 242077496 . C T 353.68 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0066508;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.547;QD=34.5057;RBI=0.0199809;REFB=-0.00943525;REVB=-0.0188415;RO=12;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136139;STB=0.574273;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00201533;OID=.;OPOS=242077496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:12:12:29:29:0.707317:12:17:4:8:12:17:4:8 chr2 242082262 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.444;QD=57.6805;RBI=0.0408542;REFB=0;REVB=0.0175223;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280136;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr2 242089110 . C A 686.04 PASS AF=0.767123;AO=55;DP=72;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0117564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.845;QD=37.5909;RBI=0.0471089;REFB=-0.0186046;REVB=0.0456184;RO=17;SAF=22;SAR=33;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584822;STB=0.53285;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00854829;OID=.;OPOS=242089110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:17:17:55:56:0.767123:33:22:9:8:34:22:9:8 chr2 242122386 . C T 384.14 PASS AF=0.815789;AO=30;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00340137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5976;QD=40.4355;RBI=0.00340943;REFB=-0.172762;REVB=-0.000234339;RO=7;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307609;STB=0.51401;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0331547;OID=.;OPOS=242122386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:38:38:7:7:30:31:0.815789:19:11:2:5:20:11:2:5 chr2 242122391 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.621;QD=58.5877;RBI=0.0287229;REFB=0;REVB=-0.027718;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89477e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 242129515 . G A 159.62 PASS AF=0.18239;AO=28;DP=159;FAO=29;FDP=159;FR=.;FRO=130;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=0.0244207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.929;QD=4.01554;RBI=0.0252633;REFB=-0.00847183;REVB=0.00646994;RO=129;SAF=14;SAR=14;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12471;STB=0.595277;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0235014;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:129:130:28:29:0.18239:14:14:52:77:14:15:52:78 chr2 242168976 . T C,G 889.48 PASS AF=0.909091,0.0606061;AO=59,5;DP=66;FAO=60,4;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33,0;FSAR=27,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127029,-0.0383837;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=146.013,22.5177;QD=53.9082;RBI=0.0128986,0.0416067;REFB=-0.0771441,-0.0302398;REVB=-0.00223792,-0.0160564;RO=1;SAF=32,1;SAR=27,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0171544,0.0951258;STB=0.501628,0.995773;STBP=0.877,0.167;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000551101,0.124359;OID=.,.;OPOS=242168976,242168976;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:66:66:1:2:59,5:60,4:0.909091,0.0606061:27,4:32,1:0:1:27,4:33,0:1:1 chr2 242203916 . A C 987.2 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.082;QD=57.229;RBI=0.0102005;REFB=0;REVB=0.0101406;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146747;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:69:0:0:63:69:1:24:39:0:0:30:39:0:0 chr2 242434602 . A G 243.03 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0514064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.924;QD=31.3583;RBI=0.0571137;REFB=-0.0197925;REVB=-0.0248869;RO=9;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192277;STB=0.510564;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00724269;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:9:13:5:4:9:13:5:4 chr2 242572846 . A G 104.0 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00437358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.735;QD=7.29847;RBI=0.00998703;REFB=-0.0132951;REVB=-0.00897845;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150223;STB=0.592466;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0376698;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:10:5:19:23:10:5:19:23 chr2 242573211 . T C 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0150249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.895;QD=30.1498;RBI=0.0203594;REFB=-0.0181133;REVB=0.0137388;RO=8;SAF=16;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269768;STB=0.65098;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00882237;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:3:16:4:4:3:16:4:4 chr2 242576777 . C T 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0230568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.182;QD=39.1879;RBI=0.106099;REFB=0.0176311;REVB=0.103563;RO=5;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132075;STB=0.583271;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000528345;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:5:6:25:25:0.806452:15:10:0:5:15:10:0:6 chr2 242577022 . C T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0191211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.359;QD=26.0471;RBI=0.0963899;REFB=-0.045922;REVB=0.0944743;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147448;STB=0.58319;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0379421;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:3:2:8:4:3:2 chr2 242606036 . G C 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0326718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.273;QD=3.63771;RBI=0.062327;REFB=0.00438449;REVB=-0.0530774;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109752;STB=0.575951;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0571631;OID=.;OPOS=242606036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:25:13:3:4:25:13 chr2 242606133 . C T 708.78 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=73;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00539022;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.513;QD=38.8372;RBI=0.00567539;REFB=-0.00964195;REVB=0.0017764;RO=16;SAF=36;SAR=21;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134644;STB=0.572254;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00653025;OID=.;OPOS=242606133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:16:16:57:57:0.780822:21:36:5:11:21:36:5:11 chr2 242607924 . A G 465.91 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0371966;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4361;QD=30.5512;RBI=0.0371979;REFB=-0.00236069;REVB=0.000307879;RO=19;SAF=7;SAR=35;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912901;STB=0.504948;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00124924;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:19:42:42:0.688525:35:7:3:16:35:7:3:16 chr2 242610738 . T C 691.7 PASS AF=0.74026;AO=57;DP=77;FAO=57;FDP=77;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0174166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.654;QD=35.9325;RBI=0.0555597;REFB=-0.0535775;REVB=0.0527593;RO=19;SAF=30;SAR=27;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123835;STB=0.5586;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00792514;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:20:57:57:0.74026:27:30:15:4:27:30:15:5 chr2 242610773 . T A 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.349;QD=64.2836;RBI=0.0905711;REFB=0;REVB=0.0684539;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303831;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr2 242611934 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.004;QD=61.3325;RBI=0.00815476;REFB=0;REVB=0.00799462;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12071e-05;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 242613089 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.463;QD=57.5439;RBI=0.0304437;REFB=0;REVB=0.00152007;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03834e-05;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:33:25:0:0 chr2 242613133 . T G 794.93 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.967;QD=63.5947;RBI=0.0928801;REFB=0;REVB=0.090014;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511813;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr2 242618050 . A G 81.19 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00506103;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.992;QD=5.32363;RBI=0.00542468;REFB=-0.00715845;REVB=0.00195271;RO=47;SAF=3;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339055;STB=0.725441;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0307054;OID=.;OPOS=242618050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:62:61:47:48:13:13:0.213115:10:3:23:24:10:3:24:24 chr2 242695112 . A C 42.62 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00132877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.397;QD=5.87877;RBI=0.0106252;REFB=-0.0088044;REVB=-0.0105418;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648388;STB=0.529326;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0425087;OID=.;OPOS=242695112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:29:21:22:6:7:0.241379:2:4:15:6:2:5:15:7 chr2 242695114 . A T 53.52 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0111704;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.297;QD=7.38251;RBI=0.0797712;REFB=0.00833458;REVB=-0.0789852;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525008;STB=0.533247;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00965014;OID=.;OPOS=242695114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:15:6:2:6:15:6 chr2 242695126 . G A 92.67 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0243366;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8477;QD=16.8499;RBI=0.0282263;REFB=0.058474;REVB=0.0142987;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208353;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0227491;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:10:11:11:11:0.5:3:8:5:5:3:8:5:6 chr2 242695131 . T C 116.76 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0111392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.263;QD=16.6793;RBI=0.0171907;REFB=-0.0197612;REVB=0.0130934;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361503;STB=0.651947;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.018663;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:13:14:0.5:3:10:5:8:4:10:6:8 chr2 242695138 . C T 253.41 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0186255;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.986;QD=27.3955;RBI=0.0280818;REFB=-0.00175636;REVB=0.0210161;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615279;STB=0.54606;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000847347;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:12:11:5:8:12:11:5:9 chr2 242695144 . C T 327.25 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.02879;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2222;QD=29.7503;RBI=0.0320951;REFB=-0.0416297;REVB=-0.0141855;RO=16;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794759;STB=0.543594;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0119914;OID=.;OPOS=242695144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:16:12:5:11:16:12:5:11 chr2 242695151 . T A 366.7 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00612368;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1523;QD=28.7608;RBI=0.0148517;REFB=-0.00404874;REVB=-0.0135305;RO=17;SAF=13;SAR=21;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579816;STB=0.53158;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00184046;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:21:13:5:12:21:13:5:12 chr2 242716380 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.075;QD=48.7365;RBI=0.0993384;REFB=0;REVB=0.061886;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220296;OID=.;OPOS=242716380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr2 242755374 . C G 589.93 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.087086;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.22;QD=45.3792;RBI=0.0910832;REFB=-0.162406;REVB=0.0266866;RO=3;SAF=18;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072129;STB=0.538895;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0031594;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:53:52:3:5:46:47:0.903846:28:18:3:0:28:19:4:1 chr2 242758326 . G A 52.72 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=46;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0294837;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.704;QD=4.79285;RBI=0.0295088;REFB=-0.0060039;REVB=-0.00121597;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248376;STB=0.581189;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0280987;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:46:44:33:36:9:8:0.181818:5:4:14:19:5:3:17:19 chr2 242793273 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.421;QD=59.8545;RBI=0.0375884;REFB=0;REVB=-0.0252187;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07301e-06;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:38:33:0:0 chr2 242793433 . G A 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4797;QD=49.3935;RBI=0.039371;REFB=-0.0740953;REVB=0.0123;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0117458;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:1:0:13:10:1:0 chr2 242813124 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.463;QD=61.329;RBI=0.0973824;REFB=0;REVB=0.0947543;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579814;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr2 242814283 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8912;QD=64.1536;RBI=0.114105;REFB=0;REVB=0.075317;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208692;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr2 242814360 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.441;QD=60.7157;RBI=0.0356125;REFB=0;REVB=-0.00447697;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23742e-05;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:37:39:0:0 chr2 242814463 . A G,T 951.33 PASS AF=0.0447761,0.955224;AO=3,62;DP=66;FAO=3,64;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247215,0.0276848;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.0176,97.8868;QD=56.796;RBI=0.0250593,0.0282927;REFB=0,0;REVB=0.00410039,0.0058334;RO=1;SAF=3,29;SAR=0,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0140928;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.139949,-0.00172029;OID=.,.;OPOS=242814463,242814463;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:67:1:0:3,62:3,64:0.0447761,0.955224:0,33:3,29:0:1:0,34:3,30:0:0 chr2 242814639 . T C 192.34 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.585;QD=48.0857;RBI=0.197958;REFB=0;REVB=-0.0186341;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571741;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:11:16:1:10:1:0:0:9:7:0:0 chr2 242815059 . C T 1025.79 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321889;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3352;QD=59.466;RBI=0.0401168;REFB=0;REVB=0.0239423;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00607862;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:36:33:0:0 chr2 242839363 . G C 1084.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229166;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4015;QD=60.2386;RBI=0.0324955;REFB=0;REVB=-0.0230388;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540637;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr3 361508 . C T 67.92 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0641341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6086;QD=5.43327;RBI=0.064609;REFB=-0.00363364;REVB=-0.00781881;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246556;STB=0.655949;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00686129;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:38:40:10:10:0.2:6:4:23:15:6:4:24:16 chr3 391100 . A G 1490.18 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.873;QD=57.8713;RBI=0.0191615;REFB=-0.12225;REVB=0.0121832;RO=2;SAF=52;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178954;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000145053;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:49:52:2:0:49:53:1:0 chr3 439963 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9878;QD=58.6002;RBI=0.0544868;REFB=0;REVB=-0.0408969;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2694e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr3 440028 . T C 869.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.369;QD=57.9352;RBI=0.0208898;REFB=0;REVB=0.0163179;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48134e-06;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:37:21:0:0:38:22:0:0 chr3 450391 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.698;QD=56.1896;RBI=0.0289824;REFB=0;REVB=0.0122064;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335502;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr3 450534 . T C 1145.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7185;QD=59.531;RBI=0.0571753;REFB=0;REVB=0.0560886;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105278;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr3 1107455 . T C 805.96 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000464906;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.858;QD=54.6412;RBI=0.00996462;REFB=-0.050281;REVB=0.00995376;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000412789;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:56:58:0.983051:25:31:0:1:26:32:0:1 chr3 1107550 . A T 215.96 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00664881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8271;QD=29.788;RBI=0.00989665;REFB=-0.0833029;REVB=-0.00733056;RO=9;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121516;STB=0.567204;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0345612;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:13:7:5:4:13:7:5:4 chr3 1262474 . T C 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0692143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.081;QD=11.2596;RBI=0.0693032;REFB=0.0037124;REVB=-0.00350882;RO=54;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159014;STB=0.586147;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0071361;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:12:17:24:30:12:17:25:30 chr3 1337479 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.016706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6273;QD=14.851;RBI=0.0279396;REFB=-0.0222309;REVB=-0.0223949;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345175;STB=0.519979;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0312931;OID=.;OPOS=1337479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:6:13:19:10:6:13:19:10 chr3 1415649 . G C 82.12 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00707182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.839;QD=3.73251;RBI=0.0662857;REFB=-0.009756;REVB=-0.0659074;RO=61;SAF=4;SAR=10;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507016;STB=0.767103;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0500166;OID=.;OPOS=1415649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:88:61:73:14:15:0.170455:10:4:44:17:11:4:44:29 chr3 1424850 . T G 1479.45 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.162;QD=62.9553;RBI=0.0186415;REFB=0;REVB=0.0105613;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51167e-05;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:47:43:0:0:48:46:0:0 chr3 3067850 . A G 264.91 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00620215;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.207;QD=10.5964;RBI=0.0251678;REFB=0.0101319;REVB=0.0243916;RO=66;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86155e-08;STB=0.504584;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0383599;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:67:33:33:0.33:18:15:30:36:18:15:30:37 chr3 3067853 . G A 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0181135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.332;QD=11.5434;RBI=0.0181823;REFB=-1.59453e-05;REVB=0.00158019;RO=66;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154227;STB=0.508923;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.000175267;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:19:15:30:36:19:15:30:36 chr3 3076443 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0146683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.047;QD=13.5765;RBI=0.0249374;REFB=-0.00949134;REVB=0.0201672;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696731;STB=0.540919;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00843472;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:7:12:9:4:7:12 chr3 3081750 . A T 691.27 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00470355;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.552;QD=19.202;RBI=0.0116224;REFB=0.000208085;REVB=0.0106281;RO=75;SAF=42;SAR=27;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160121;STB=0.58864;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-7.79346e-05;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:75:75:69:69:0.479167:27:42:33:42:27:42:33:42 chr3 3081825 . T C 790.65 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0286649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.437;QD=22.59;RBI=0.0607274;REFB=-0.0183478;REVB=0.0535363;RO=64;SAF=46;SAR=29;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137035;STB=0.571853;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0141401;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:64:65:75:75:0.535714:29:46:29:35:29:46:30:35 chr3 3098041 . G C 416.54 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0130992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.648;QD=19.602;RBI=0.0149847;REFB=-0.00530677;REVB=-0.00727679;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03477;STB=0.519321;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00432713;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:25:17:19:24:25:17:19:24 chr3 3115478 . T C 270.58 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0338379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.579;QD=25.7694;RBI=0.0377864;REFB=-0.0167105;REVB=-0.0168168;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297043;STB=0.66654;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0188993;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:24:25:0.595238:10:14:3:14:10:15:3:14 chr3 3139957 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0153137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.59;QD=21.3769;RBI=0.0168693;REFB=-0.0111469;REVB=0.00707544;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295977;STB=0.666518;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00941408;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:14:8:16:7:14:8 chr3 3170792 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3223;QD=57.1057;RBI=0.028612;REFB=0;REVB=0.00822124;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134014;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr3 3189279 . A G 545.74 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0199422;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.506;QD=51.9753;RBI=0.02118;REFB=-0.195499;REVB=-0.0071345;RO=4;SAF=11;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143218;STB=0.576881;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00204765;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:42:4:4:38:38:0.904762:27:11:4:0:27:11:4:0 chr3 3197918 . A G 368.03 PASS AF=0.6;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0127815;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.03;QD=24.5355;RBI=0.0249169;REFB=-0.00959654;REVB=0.0213889;RO=24;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617059;STB=0.533879;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00431999;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:24:24:36:36:0.6:21:15:12:12:21:15:12:12 chr3 3886580 . A G 813.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.766;QD=57.0579;RBI=0.026552;REFB=0;REVB=0.0227255;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57908e-05;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr3 3886721 . C A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00665458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.838;QD=14.6539;RBI=0.02372;REFB=-0.0325279;REVB=-0.0227674;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0188846;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr3 3886847 . G C 88.21 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0144373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9566;QD=8.60561;RBI=0.0193614;REFB=-0.0351445;REVB=-0.0129007;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25814;STB=0.61828;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0433378;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:41:41:29:29:11:12:0.292683:4:7:12:17:5:7:12:17 chr3 3886919 . C T 223.04 PASS AF=0.308511;AO=28;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0138264;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.603;QD=9.49101;RBI=0.0273886;REFB=-0.00191042;REVB=-0.0236424;RO=64;SAF=15;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606203;STB=0.551688;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00499608;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:65:28:29:0.308511:13:15:31:33:13:16:31:34 chr3 3887093 . A G 751.9 PASS AF=0.696629;AO=62;DP=89;FAO=62;FDP=89;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0033928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.03;QD=33.7932;RBI=0.0219494;REFB=-0.0154582;REVB=0.0216856;RO=27;SAF=28;SAR=34;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378457;STB=0.520402;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00725677;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:27:27:62:62:0.696629:34:28:14:13:34:28:14:13 chr3 3889222 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.234;QD=51.1833;RBI=0.0349916;REFB=0;REVB=-0.0278696;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338168;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr3 4354697 . G A 275.31 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0178421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2692;QD=11.2371;RBI=0.0238732;REFB=-0.00823742;REVB=0.0158617;RO=65;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133398;STB=0.566772;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0180221;OID=.;OPOS=4354697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:32:33:0.336735:16:16:25:40:17:16:25:40 chr3 4358210 . A G 206.79 PASS AF=0.290323;AO=26;DP=94;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00572648;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.657;QD=8.8944;RBI=0.0182399;REFB=-0.00782733;REVB=-0.0173176;RO=66;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13688;STB=0.59235;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0191898;OID=.;OPOS=4358210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:66:66:26:27:0.290323:14:12:38:28:15:12:38:28 chr3 4403837 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.64;QD=60.2289;RBI=0.0161664;REFB=0;REVB=-0.00178812;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47317e-05;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr3 4726852 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0114802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.765;QD=4.30362;RBI=0.0288742;REFB=-0.00678128;REVB=0.0264939;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179101;STB=0.511589;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.026073;OID=.;OPOS=4726852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:2:4:17:8:2:4:17:9 chr3 4817057 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.511;QD=57.712;RBI=0.0399847;REFB=0;REVB=0.0341359;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168357;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr3 4829732 . A G 221.12 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00825606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.939;QD=32.758;RBI=0.0733744;REFB=-0.0624479;REVB=0.0729085;RO=7;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139813;STB=0.507685;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.015138;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:8:12:4:3:8:12:4:3 chr3 4842231 . C T 302.69 PASS AF=0.35514;AO=37;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0021332;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.063;QD=11.3156;RBI=0.0026052;REFB=-0.00149599;REVB=0.00149549;RO=70;SAF=13;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109262;STB=0.573176;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00258263;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:69:37:38:0.35514:24:13:31:39:25:13:31:38 chr3 4856180 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.100654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3426;QD=9.67058;RBI=0.106794;REFB=0.0144212;REVB=0.0356893;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341205;STB=0.703541;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0388429;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:5:11:14:22:5:11:14:22 chr3 4856234 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.826;QD=53.9108;RBI=0.0103931;REFB=0;REVB=0.00950394;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53759e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr3 4942300 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0311979;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=340.288;QD=14.4906;RBI=0.0322247;REFB=-0.00819358;REVB=-0.00807014;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153015;STB=0.596916;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0127589;OID=.;OPOS=4942300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:10:9:18:11:10:9:19:11 chr3 5021403 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.041212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.528;QD=22.831;RBI=0.0517714;REFB=-0.0261507;REVB=0.0313345;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465572;STB=0.542318;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0174014;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:5:9:7:3:6:9:7:3 chr3 5024771 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0213404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.388;QD=23.0011;RBI=0.0216233;REFB=-0.0306283;REVB=-0.00348663;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347831;STB=0.519218;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0151469;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:20:9:6:16:20:9:6:16 chr3 5025645 . G C 375.41 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00396992;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=279.497;QD=15.8069;RBI=0.00401581;REFB=-0.00506511;REVB=-0.000605316;RO=55;SAF=11;SAR=29;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167468;STB=0.595001;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0101512;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:29:11:23:32:29:11:23:32 chr3 5025650 . G T 442.73 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0185675;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.384;QD=17.7091;RBI=0.0201992;REFB=0.00176867;REVB=-0.00795325;RO=55;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973943;STB=0.554647;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00390345;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:31:14:22:33:31:14:22:33 chr3 5025654 . G A 412.95 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0228385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2208;QD=16.3546;RBI=0.0270056;REFB=-0.00374518;REVB=0.014412;RO=56;SAF=14;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109304;STB=0.561401;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00382723;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:31:14:23:33:31:14:23:33 chr3 5241309 . C A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.278;QD=58.6486;RBI=0.0126913;REFB=-0.110588;REVB=-0.000693278;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00304598;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:1:0:19:21:1:0 chr3 6828364 . A G 296.33 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.584;QD=49.3887;RBI=0.0323611;REFB=-0.0547647;REVB=-0.0101014;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00393341;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr3 6903297 . C T 233.86 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=0.0122966;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0648;QD=6.82796;RBI=0.0123313;REFB=0.00248545;REVB=-0.000924499;RO=100;SAF=10;SAR=24;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079737;STB=0.548134;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00660816;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:100:103:34:34:0.248175:24:10:35:65:24:10:36:67 chr3 7620789 . T C 373.87 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0127286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.357;QD=32.5107;RBI=0.0568126;REFB=-0.0496946;REVB=0.0553684;RO=15;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207368;STB=0.517034;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0219959;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:30:31:0.673913:13:17:9:6:14:17:9:6 chr3 8556671 . T G 635.51 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00565652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.772;QD=24.4427;RBI=0.00645369;REFB=0.0114842;REVB=0.00310706;RO=43;SAF=26;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477671;STB=0.526055;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00853877;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:43:61:61:0.586538:35:26:21:22:35:26:21:22 chr3 8676204 . A G 793.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.51;QD=56.6528;RBI=0.0517915;REFB=0;REVB=0.0515543;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276196;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr3 8705555 . T C 367.96 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0141147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.021;QD=27.2565;RBI=0.0151395;REFB=0.0107127;REVB=0.00547535;RO=18;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104391;STB=0.568499;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00386081;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:18:19:35:35:0.648148:12:23:9:9:12:23:9:10 chr3 8712725 . C T 512.29 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00675914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.78;QD=26.9624;RBI=0.0190302;REFB=-0.00650707;REVB=-0.0177894;RO=29;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477097;STB=0.526027;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00375725;OID=.;OPOS=8712725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:18:29:16:13:18:29:16:13 chr3 8775661 . C T 436.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.397;QD=56.3633;RBI=0.048816;REFB=0;REVB=-0.0204857;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283058;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr3 8809222 . C T 1152.45 PASS AF=0.569892;AO=106;DP=186;FAO=106;FDP=186;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00924137;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.356;QD=24.7839;RBI=0.0494911;REFB=-0.0191088;REVB=0.0486206;RO=80;SAF=51;SAR=55;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445717;STB=0.52423;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0163419;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:80:80:106:106:0.569892:55:51:43:37:55:51:43:37 chr3 8809703 . G A 219.67 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00230466;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.768;QD=11.5617;RBI=0.0127813;REFB=-0.0197841;REVB=-0.0125718;RO=47;SAF=6;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217194;STB=0.631662;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0411173;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:49:27:27:0.355263:21:6:18:29:21:6:19:30 chr3 9026818 . G A 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.927;QD=57.2335;RBI=0.0445508;REFB=0;REVB=0.042171;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41392e-05;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr3 9091151 . C G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0401383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.653;QD=27.4991;RBI=0.0465548;REFB=-0.0229008;REVB=-0.0235853;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.525665;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0129114;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:17:19:0.655172:11:6:3:7:12:7:3:7 chr3 9122948 . A G 1295.91 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.227;QD=61.7099;RBI=0.0414726;REFB=0;REVB=0.0208392;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112225;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:42:40:0:0:42:42:0:0 chr3 9290585 . A G 274.45 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0085549;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.054;QD=19.9602;RBI=0.00869285;REFB=-0.0096404;REVB=-0.0015425;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112359;STB=0.562457;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00645901;OID=.;OPOS=9290585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:10:16:14:15:10:16 chr3 9406836 . T C 130.46 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0138833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9717;QD=5.86314;RBI=0.0308285;REFB=-0.00372437;REVB=0.0275254;RO=69;SAF=12;SAR=8;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990164;STB=0.561582;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0180864;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:69:69:20:20:0.224719:8:12:36:33:8:12:36:33 chr3 9422210 . T C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0163572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.08;QD=8.86106;RBI=0.0264017;REFB=-0.000550534;REVB=-0.0207242;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188846;STB=0.615207;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000995792;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:15:18:5:8:15:18 chr3 9425911 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00522128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.58;QD=18.1541;RBI=0.00532576;REFB=-0.0268263;REVB=0.00104973;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37679;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0279215;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:6:15:8:17:6:15:8:17 chr3 9438487 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0263985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.399;QD=22.7947;RBI=0.0383385;REFB=-0.00910997;REVB=0.0278022;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208682;STB=0.511102;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00782392;OID=.;OPOS=9438487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:12:12:10:9:12:12:10:11 chr3 9540366 . C G 250.85 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0132265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.133;QD=12.2365;RBI=0.024456;REFB=-0.0021414;REVB=-0.0205708;RO=52;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250802;STB=0.64453;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00354123;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:10:20:23:29:10:20:23:29 chr3 9768336 . C G 867.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126075;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.097;QD=57.8394;RBI=0.0246778;REFB=0;REVB=0.0212142;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613343;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:21:39:0:0 chr3 9798773 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.044;QD=59.8394;RBI=0.0106376;REFB=0;REVB=-0.00899534;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51203e-05;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 9896259 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.17;QD=33.4285;RBI=0.0316781;REFB=0;REVB=0.0311561;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352136;OID=.;OPOS=9896259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 9908749 . G C 747.59 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0277683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.087;QD=49.8391;RBI=0.115042;REFB=-0.189071;REVB=0.11164;RO=4;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696566;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0151724;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:60:4:2:55:58:0.966667:25:30:0:4:28:30:0:2 chr3 9934605 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.417;QD=43.4856;RBI=0.0440467;REFB=0;REVB=0.0302548;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674041;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr3 9970030 . C CG 159.5 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115823;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.2558;QD=42.5332;RBI=0.0337302;REFB=0;REVB=0.0316792;RO=13;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00167813;OID=.;OPOS=9970031;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:15:15:0:7:8:0:0:4:13:1:1:6:7 chr3 9970031 . A G 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.978;QD=35.4888;RBI=0.0354064;REFB=-0.0190392;REVB=-0.0242809;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929408;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00318891;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:1:1:7:6:1:1 chr3 9970103 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0397655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.385;QD=25.4671;RBI=0.0630303;REFB=-0.0249794;REVB=0.0489032;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240503;STB=0.636074;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00654492;OID=.;OPOS=9970103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:0:3:4:5:0:3 chr3 9975247 . C G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.767;QD=44.6853;RBI=0.00911129;REFB=0;REVB=-0.00734433;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85737e-06;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr3 9976159 . A G 1072.77 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171836;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1546;QD=60.4379;RBI=0.0179865;REFB=0;REVB=-0.00531404;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50829e-05;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr3 9979713 . C G 328.17 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1679;QD=52.5063;RBI=0.123446;REFB=0;REVB=0.113711;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201851;OID=.;OPOS=9979713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr3 9991388 . G C 1513.36 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.113;QD=59.935;RBI=0.0200756;REFB=0;REVB=0.0197297;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43696e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr3 10088266 . G T 142.7 PASS AF=0.217822;AO=21;DP=100;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00928671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.094;QD=5.65147;RBI=0.0142136;REFB=-0.00141086;REVB=0.0107603;RO=79;SAF=11;SAR=10;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989419;STB=0.51086;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00475011;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:79:79:21:22:0.217822:10:11:42:37:10:12:42:37 chr3 10088299 . C T 156.82 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00360758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.54;QD=6.2727;RBI=0.0147942;REFB=-0.00207583;REVB=0.0143476;RO=76;SAF=12;SAR=11;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107167;STB=0.511739;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00280225;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:77:23:23:0.23:11:12:39:37:11:12:39:38 chr3 10088308 . T C 157.76 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0153741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.737;QD=6.43896;RBI=0.0153812;REFB=0.00175539;REVB=0.000468396;RO=74;SAF=12;SAR=11;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270436;STB=0.511535;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00409744;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:75:23:23:0.234694:11:12:37:37:11:12:38:37 chr3 10088343 . A G 153.07 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0291064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5761;QD=7.1197;RBI=0.0304377;REFB=0.00305989;REVB=-0.00890351;RO=64;SAF=11;SAR=11;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383124;STB=0.523235;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.023266;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:11:11:34:30:11:11:34:30 chr3 10089723 . G A 146.56 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0597231;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.426;QD=8.8821;RBI=0.0650833;REFB=-0.00679687;REVB=0.0258649;RO=46;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159392;STB=0.594502;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0125813;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:46:46:20:20:0.30303:9:11:19:27:9:11:19:27 chr3 10089738 . A G 90.94 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0728522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3144;QD=6.06247;RBI=0.0760227;REFB=-0.0103561;REVB=0.0217255;RO=46;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342281;STB=0.71398;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0411861;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:60:46:46:14:14:0.233333:4:10:20:26:4:10:20:26 chr3 10175109 . G GT 90.45 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0697616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2345;QD=13.3998;RBI=0.071085;REFB=-0.0625531;REVB=0.0136525;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.0735442;OID=.;OPOS=10175110;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:14:27:14:27:13:5:9:9:4:78:13:5:9:9:4 chr3 10183274 . C T 134.48 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211027;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0271;QD=44.8273;RBI=0.0405225;REFB=0;REVB=0.034594;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266889;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr3 10276163 . T A 1025.21 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.632;QD=59.4326;RBI=0.0212064;REFB=0;REVB=0.0201597;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03344e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:42:25:0:0:44:25:0:0 chr3 10302045 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.253;QD=46.8475;RBI=0.0304035;REFB=0;REVB=-0.0149496;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49431e-05;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr3 10302056 . A G 178.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107345;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.709;QD=47.6421;RBI=0.147189;REFB=0;REVB=0.100706;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706697;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 10302172 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.381;QD=47.8217;RBI=0.0604119;REFB=0;REVB=0.0154056;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014873;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr3 10368948 . G A 210.4 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00440405;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.973;QD=9.67351;RBI=0.00470588;REFB=-0.00103519;REVB=0.00165821;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104633;STB=0.572466;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00299658;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:58:60:27:27:0.310345:12:15:27:31:12:15:27:33 chr3 10379923 . C T 1090.69 PASS AF=0.636986;AO=93;DP=146;FAO=93;FDP=146;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0116939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.623;QD=29.8818;RBI=0.0302555;REFB=-0.0351991;REVB=0.0279043;RO=53;SAF=44;SAR=49;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000957403;STB=0.500517;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0204754;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:53:53:93:93:0.636986:49:44:25:28:49:44:25:28 chr3 10413601 . G A 292.26 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.000784023;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1578;QD=10.2548;RBI=0.0127923;REFB=-0.00682198;REVB=0.0127683;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197461;STB=0.508882;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0129662;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:76:37:38:0.333333:20:17:31:16:21:17:33:43 chr3 10413715 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0370055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.922;QD=6.10493;RBI=0.0408399;REFB=0.00527295;REVB=0.0172769;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.568009;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0147441;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:12:14:5:3:12:14 chr3 10420087 . T C 632.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.639;QD=61.6733;RBI=0.0380249;REFB=0;REVB=0.0331619;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170936;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr3 10885920 . T C 268.86 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00785238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.311;QD=9.35149;RBI=0.0610281;REFB=4.12898e-05;REVB=-0.0605208;RO=78;SAF=18;SAR=18;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150399;STB=0.513036;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000604612;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:78:79:36:36:0.313043:18:18:38:40:18:18:38:41 chr3 10967712 . G A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00143542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.889;QD=7.86318;RBI=0.00321896;REFB=-0.0120373;REVB=0.00288119;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284477;STB=0.678255;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0312897;OID=.;OPOS=10967712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:3:9:18:16:3:9:18:16 chr3 11302933 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=62.9811;RBI=0.0486379;REFB=0;REVB=0.0472904;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116137;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 11303874 . T C 1113.36 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.409;QD=60.1816;RBI=0.00486101;REFB=0;REVB=0.00453383;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2074e-06;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr3 11596302 . T C 92.14 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0254665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.312;QD=6.24693;RBI=0.0258467;REFB=-0.00845948;REVB=0.00441687;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135729;STB=0.508462;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0279423;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:7:7:22:23:7:7:22:23 chr3 11643465 . T C 731.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974376;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.526;QD=63.5865;RBI=0.0555776;REFB=0;REVB=0.0547168;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9156e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 163.93 PASS AF=0.76;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00260684;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=286.846;QD=26.2289;RBI=0.0123435;REFB=-0.00580214;REVB=-0.0120651;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.0802258;STB=0.553434;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.00210316;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76:18:25:19:25:6:7:12:1:5:30:5:7:11:1:4 chr3 11848968 . AG A,GA 36.88 PASS AF=0.171429,0.0571429;AO=6,2;DP=34;FAO=6,2;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0498172,-0.0613746;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=17.148,28.6037;QD=4.21437;RBI=0.136335,0.0618869;REFB=-0.0144682,-0.0161667;REVB=-0.126907,0.00794691;RO=25;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0656237,-0.380083;STB=0.526225,0.991821;STBP=0.994,0.391;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0255189,0.171315;OID=.,.;OPOS=11848969,11848968;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:34:35:25:27:6,2:6,2:0.171429,0.0571429:5,2:1,0:5:20:5,2:1,0:5:22 chr3 11880760 . T C 605.65 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0271127;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.496;QD=55.0592;RBI=0.0296186;REFB=-0.0986888;REVB=0.0119232;RO=3;SAF=9;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791258;STB=0.542351;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00515202;OID=.;OPOS=11880760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:32:9:2:1:32:9:2:1 chr3 11887991 . C G 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.395;QD=62.6128;RBI=0.0500039;REFB=0;REVB=0.0168447;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010662;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:59:29:0:0:59:29:0:0 chr3 12046076 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5965;QD=33.4282;RBI=0.0461644;REFB=0;REVB=-0.0455714;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346497;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 12229015 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0296648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7742;QD=19.3855;RBI=0.0367338;REFB=-0.0727865;REVB=-0.0216651;RO=20;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939731;STB=0.559531;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0584265;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:17:3:2:18:17:3:2:19 chr3 12232074 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.608;QD=56.4877;RBI=0.0264061;REFB=0.00849563;REVB=0.00764619;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=1.58673e-06;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:0:1 chr3 12475557 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00140098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.25;QD=7.32293;RBI=0.00854504;REFB=-0.0050654;REVB=-0.00842941;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468168;STB=0.787084;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.032921;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:3:11:2:4:3:11 chr3 12848822 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0155615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.748;QD=18.6439;RBI=0.0180692;REFB=-0.0331414;REVB=0.00918349;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10776;STB=0.56195;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.043915;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:4:9:11:3:4:9 chr3 12856856 . A G 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0146704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.688;QD=28.7638;RBI=0.0179464;REFB=-0.0158277;REVB=0.0103369;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170336;STB=0.509424;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0064443;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:5:4:9:10:5:4 chr3 12858028 . T C 712.1 PASS AF=0.634615;AO=64;DP=102;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00116041;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.958;QD=27.3883;RBI=0.00580015;REFB=-0.0197393;REVB=0.00568289;RO=37;SAF=24;SAR=40;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409017;STB=0.510325;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0107859;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:37:38:64:66:0.634615:40:24:16:21:40:26:16:22 chr3 12858822 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0419539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7078;QD=18.7852;RBI=0.0675893;REFB=-0.0048684;REVB=-0.0529923;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155662;STB=0.595685;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00489238;OID=.;OPOS=12858822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:22:11:16:16:22:11:17:16 chr3 12859004 . A C 474.97 PASS AF=0.637681;AO=41;DP=66;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00409126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.446;QD=27.5346;RBI=0.0187032;REFB=-0.0262032;REVB=0.0182502;RO=25;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183112;STB=0.597853;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.01656;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:25:25:41:44:0.637681:24:17:17:8:26:18:17:8 chr3 12872995 . C T 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00923119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.315;QD=7.23095;RBI=0.0383578;REFB=-0.00552771;REVB=-0.0372304;RO=47;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201616;STB=0.621681;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0140913;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:8:9:17:30:8:9:17:30 chr3 12875443 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0402722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.393;QD=24.2461;RBI=0.0417254;REFB=0.0258002;REVB=-0.0109159;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956004;STB=0.553149;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0120634;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:12:8:13:12:12:8 chr3 12962074 . G A 428.31 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00761875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.684;QD=30.5935;RBI=0.00844172;REFB=-0.000199593;REVB=0.00363556;RO=17;SAF=28;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856798;STB=0.546613;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=9.56993e-05;OID=.;OPOS=12962074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:11:28:10:7:11:28:10:7 chr3 13358204 . G A 385.57 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0453454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0099;QD=28.5606;RBI=0.0950984;REFB=-0.0430047;REVB=0.0835913;RO=16;SAF=25;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140748;STB=0.585258;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0225927;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:16:18:35:36:0.666667:10:25:8:8:10:26:9:9 chr3 13361287 . C T 1105.42 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173359;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.277;QD=58.9555;RBI=0.0392662;REFB=-0.0119289;REVB=0.0392279;RO=1;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219909;STB=0.511625;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00015549;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:21:53:0:1:21:53:0:1 chr3 13361391 . A G 1541.56 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0040073;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.753;QD=58.7262;RBI=0.0171898;REFB=0.01626;REVB=0.0167162;RO=1;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759185;STB=0.503999;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000136237;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:102:104:0.990476:62:40:0:1:62:42:0:1 chr3 13364876 . G T 994.65 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8704;QD=57.6607;RBI=0.109956;REFB=-0.134336;REVB=0.101523;RO=1;SAF=45;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010389;STB=0.505493;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00410745;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:23:45:1:0:23:45:1:0 chr3 13367406 . C T 1377.23 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.997;QD=62.6015;RBI=0.0471801;REFB=0;REVB=0.0333064;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103507;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr3 13383540 . A G 182.5 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00878502;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.453;QD=9.60547;RBI=0.0246303;REFB=-0.00230411;REVB=-0.0230103;RO=51;SAF=20;SAR=4;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377081;STB=0.733474;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00500053;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:4:20:29:22:4:20:29:23 chr3 13395579 . C A 156.58 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00605816;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0112;QD=13.9182;RBI=0.0273164;REFB=0.00284194;REVB=-0.0266361;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235602;STB=0.533294;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0075031;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:23:28:17:17:0.377778:10:7:10:13:10:7:13:15 chr3 13407556 . T C 284.95 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00497215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.658;QD=15.4026;RBI=0.0162795;REFB=-0.0172054;REVB=0.0155016;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125588;STB=0.569295;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0257066;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:31:32:0.432432:21:10:9:32:21:11:10:32 chr3 13612020 . T C 429.42 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0421461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1359;QD=28.1587;RBI=0.0431609;REFB=-0.0502277;REVB=0.00930411;RO=21;SAF=30;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067458;STB=0.536823;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0386335;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:10:30:14:7:10:30:14:7 chr3 13612296 . C T 227.12 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0339589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7074;QD=36.3391;RBI=0.0380371;REFB=-0.0342882;REVB=-0.0171352;RO=4;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.61893;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00732602;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:4:5:20:20:0.8:8:12:0:4:8:12:0:5 chr3 13612936 . A G 426.69 PASS AF=0.696429;AO=37;DP=55;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000246337;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.012;QD=30.478;RBI=0.00251393;REFB=-0.0468995;REVB=-0.00250183;RO=18;SAF=23;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109739;STB=0.536862;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0192854;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:18:17:37:39:0.696429:14:23:8:10:16:23:8:9 chr3 13670481 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8126;QD=60.2254;RBI=0.0237062;REFB=0;REVB=0.0211911;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171926;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 13670536 . A G 598.2 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178565;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0169;QD=61.3535;RBI=0.179146;REFB=0;REVB=0.0144118;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187193;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:21:18:0:0 chr3 13670776 . T C 365.15 PASS AF=1;AO=14;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643411;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.945;QD=50.3649;RBI=0.0352063;REFB=0;REVB=0.0346133;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387453;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:29:0:0:14:29:1:9:5:0:0:16:13:0:0 chr3 13679203 . G A 272.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00357126;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.368;QD=22.2292;RBI=0.016618;REFB=-0.00643121;REVB=0.0162297;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333577;STB=0.508315;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00847246;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:14:13:11:10:14:13:11:11 chr3 13679335 . C T 356.2 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0233411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.095;QD=21.9203;RBI=0.0236863;REFB=-0.0156178;REVB=-0.00402889;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292885;STB=0.501729;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00912039;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:29:36:36:0.553846:20:16:11:16:20:16:13:16 chr3 13833957 . C T 695.03 PASS AF=0.710843;AO=57;DP=81;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0529282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2778;QD=33.4953;RBI=0.0704979;REFB=-0.0221216;REVB=0.0465679;RO=24;SAF=22;SAR=35;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177078;STB=0.513439;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00896931;OID=.;OPOS=13833957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:24:24:57:59:0.710843:35:22:10:14:37:22:10:14 chr3 13896140 . A G 214.12 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0266972;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.934;QD=10.4448;RBI=0.0296325;REFB=-0.00255913;REVB=-0.0128587;RO=53;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327011;STB=0.542618;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00575625;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:53:55:27:27:0.329268:13:14:29:24:13:14:32:23 chr3 13896284 . C T 2182.37 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.423;QD=62.3534;RBI=0.0199817;REFB=-0.115672;REVB=0.0147099;RO=1;SAF=56;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841423;STB=0.504424;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000120058;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:1:1:139:139:0.992857:83:56:1:0:83:56:1:0 chr3 14106499 . G A 170.53 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0272909;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.994;QD=16.2414;RBI=0.0273577;REFB=-0.0044206;REVB=0.00191102;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896712;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00454601;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:11:7:11:12:11:7:12:12 chr3 14123156 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00832838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.999;QD=22.5346;RBI=0.00835221;REFB=0.00326849;REVB=-0.000630457;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00280309;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:7:8:9:10:7:8 chr3 14175262 . T C 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0226197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.456;QD=14.7402;RBI=0.0588953;REFB=-0.0119106;REVB=0.0543783;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113674;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0178958;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:25:17:17:0.404762:7:10:16:7:7:10:17:8 chr3 14184056 . AAAAACAAAAC AAAAAC,AAAAACAAAACA 68.31 PASS AF=0.44,0;AO=6,4;DP=27;FAO=11,0;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00852967,-0.167938;FXX=0.0740466;HRUN=4,8;LEN=5,1;MLLD=236.403,5.80672;QD=10.93;RBI=0.020806,0.196581;REFB=-0.0142151,-0.00779247;REVB=-0.0189772,-0.102181;RO=6;SAF=5,2;SAR=1,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202122,-0.156622;STB=0.716372,0.5;STBP=0.103,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0152694,0.0290754;OID=.,.;OPOS=14184057,14184067;OREF=AAAAC,-;OALT=-,A;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0:6,4:27:11,0:25:14:9,0:2,0:7:7:67:6:5,2:1,2:4:2 chr3 14187449 . G T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000882404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.709;QD=8.92394;RBI=0.0120127;REFB=-0.0102856;REVB=-0.0119803;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292682;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195897;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:11:8:18:25:11:8:18:25 chr3 14197987 . A T 220.16 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.687;QD=48.9246;RBI=0.0239546;REFB=0;REVB=0.0217045;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39751e-05;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr3 14199887 . G A 43.17 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0123378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7294;QD=5.57089;RBI=0.180979;REFB=-0.0127283;REVB=-0.180558;RO=24;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644707;STB=0.903817;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0251538;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:1:6:6:18:1:6:6:18 chr3 14485484 . C A 340.24 PASS AF=0.931034;AO=18;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.076595;FXX=0.0333222;HRUN=9;LEN=1;MLLD=250.456;QD=46.9298;RBI=0.0766026;REFB=-0.0144412;REVB=0.00107659;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512811;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-9.90131e-06;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:29:29:0:2:18:27:0.931034:16:2:0:0:18:9:1:1 chr3 14526538 . G A 509.28 PASS AF=0.335106;AO=63;DP=188;FAO=63;FDP=188;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=0.04389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.076;QD=10.8358;RBI=0.0439447;REFB=0.00251611;REVB=-0.00219303;RO=125;SAF=23;SAR=40;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429601;STB=0.5247;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00512326;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:125:125:63:63:0.335106:40:23:50:75:40:23:50:75 chr3 14526656 . A G 47.64 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.024323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5167;QD=11.9109;RBI=0.0261724;REFB=-0.0112035;REVB=-0.00966344;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0129986;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:2:7:5:2:2:7 chr3 14551444 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.529;QD=59.4999;RBI=0.0137629;REFB=0;REVB=0.000165731;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37822e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr3 14552994 . A G 351.85 PASS AF=0.964286;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420309;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.7664;QD=50.2639;RBI=0.0479838;REFB=-0.0676568;REVB=-0.0231485;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0052878;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:28:0:1:23:27:0.964286:12:11:0:0:12:15:1:0 chr3 14555216 . T C,G 713.66 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377754,-0.0293948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6538,110.797;QD=62.0573;RBI=0.0427245,0.0348207;REFB=0,0;REVB=0.01996,0.0186661;RO=0;SAF=25,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00126696,0.191789;OID=.,.;OPOS=14555216,14555216;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:19,2:25,0:0:0:19,2:25,0:0:0 chr3 14555811 . A G 175.27 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5345;QD=46.7374;RBI=0.036943;REFB=0;REVB=0.0323062;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925086;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr3 14561627 . A AG 556.69 PASS AF=1;AO=54;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5494;QD=34.7934;RBI=0.210587;REFB=0;REVB=-0.0262653;RO=8;SAF=23;SAR=31;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00772587;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:63:64:64:0:28:36:0:0:11:8:23:31:4:4 chr3 14563258 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0399;QD=53.2767;RBI=0.0329613;REFB=0;REVB=-0.0321555;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102621;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr3 14745857 . G A 69.65 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0121736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.736;QD=16.3878;RBI=0.0736041;REFB=-0.0153303;REVB=0.0725904;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0138079;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr3 14755572 . A G 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000978973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.471;QD=21.0638;RBI=0.00669416;REFB=0.0074703;REVB=-0.00662219;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136694;STB=0.507556;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00571746;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:23:18:20:24:23:18 chr3 14755617 . C G 347.56 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0625934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.299;QD=19.8608;RBI=0.0631002;REFB=-0.0236125;REVB=0.00798106;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488821;STB=0.527141;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0215792;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:17:17:16:20:17:17 chr3 14768534 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00140271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.004;QD=17.4272;RBI=0.0107461;REFB=-0.0198429;REVB=-0.0106542;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378354;STB=0.718061;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0251977;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:13:10:15:4:13:10 chr3 14798976 . G A 967.48 PASS AF=0.664062;AO=83;DP=126;FAO=85;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.012063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.998;QD=30.2336;RBI=0.0303771;REFB=-0.0238311;REVB=0.0278793;RO=43;SAF=27;SAR=56;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332695;STB=0.511465;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00901924;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:43:43:83:85:0.664062:56:27:16:27:56:29:16:27 chr3 14801487 . G A 792.37 PASS AF=0.679612;AO=70;DP=103;FAO=70;FDP=103;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0128414;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.615;QD=30.7716;RBI=0.0200338;REFB=-0.0125835;REVB=-0.015377;RO=32;SAF=41;SAR=29;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509011;STB=0.532909;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00564648;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:32:33:70:70:0.679612:29:41:16:16:29:41:16:17 chr3 14939479 . G T 738.91 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0839124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8727;QD=52.779;RBI=0.0843566;REFB=-0.153026;REVB=0.00864625;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029429;STB=0.515619;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0070662;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:56:2:2:53:54:0.964286:22:31:2:0:23:31:2:0 chr3 15084879 . ATA AAA,AA,AAT,AT 432.34 PASS AF=0,0.4375,0,0.53125;AO=15,9,4,21;DP=71;FAO=0,28,0,34;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18,0,16;FSAR=0,10,0,18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0276364,-0.0267524,-0.166262,0.0906123;FXX=0.0302984;HRUN=1,1,1,6;LEN=1,1,2,1;MLLD=193.729,193.078,18.2536,7.79323;QD=27.0213;RBI=0.0341643,0.0421592,0.173715,0.101652;REFB=0.00184216,-0.00185164,-0.0227102,-0.14339;REVB=0.0200855,0.0325839,-0.050338,0.0460713;RO=15;SAF=11,5,4,7;SAR=4,4,0,14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.255473,0.0920876,0.681029,-0.10729;STB=0.5,0.526297,0.5,0.529394;STBP=1,0.433,1,0.242;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.0103168,0.00580969,0,0.214738;OID=.,.,.,.;OPOS=15084880,15084880,15084880,15084881;OREF=T,T,TA,A;OALT=A,-,AT,-;OMAPALT=AAA,AA,AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.4375,0,0.53125:15,9,4,21:71:0,28,0,34:64:2:0,18,0,16:0,10,0,18:2:0:99:15:11,5,4,7:4,4,0,14:7:8 chr3 15113519 . C T 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0111629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.116;QD=11.8836;RBI=0.0298696;REFB=-0.011194;REVB=-0.0277053;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125487;STB=0.57223;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0211486;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:14:13:28:19:14:13:28:19 chr3 15216429 . C T 1025.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5683;QD=59.4405;RBI=0.026283;REFB=0;REVB=-0.0255538;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176833;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr3 15216703 . A T 850.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.109;QD=57.6687;RBI=0.0465577;REFB=0;REVB=-0.0267395;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45972e-05;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr3 15492150 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0188;QD=61.6806;RBI=0.032952;REFB=0;REVB=0.0127394;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122452;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 15492786 . T A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.233;QD=57.1767;RBI=0.0105506;REFB=0;REVB=-0.00593862;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41238e-05;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr3 15492807 . G A 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7912;QD=57.7108;RBI=0.0756612;REFB=0;REVB=0.0743602;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006542;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr3 15509327 . C G 1362.56 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00319998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.747;QD=61.2387;RBI=0.035734;REFB=-0.08772;REVB=0.0355904;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00121569;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:45:43:0:1:45:43:0:1 chr3 15515695 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6793;QD=60.2271;RBI=0.0268386;REFB=0;REVB=-0.0260406;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294992;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr3 15516481 . T C 671.71 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0319639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7747;QD=52.6832;RBI=0.034589;REFB=-0.0249038;REVB=0.0132176;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.519992;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00059149;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:2:0:25:24:2:0 chr3 15548131 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.523;QD=56.0119;RBI=0.0182427;REFB=-0.01119;REVB=-0.0061352;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=7.61286e-05;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr3 15610070 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.753;QD=59.8559;RBI=0.0277951;REFB=0;REVB=-0.0268648;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45268e-05;OID=.;OPOS=15610070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr3 15643043 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.868;QD=54.8228;RBI=0.0440623;REFB=-0.00672023;REVB=0.0358134;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0001511;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:1:0:20:30:1:0 chr3 15710011 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.429;QD=53.2768;RBI=0.0277313;REFB=0;REVB=0.0276964;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51068e-05;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 15756173 . G A 71.25 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.164124;FXX=0.0416493;HRUN=8;LEN=1;MLLD=19.3996;QD=12.3908;RBI=0.164316;REFB=-0.103832;REVB=-0.00794025;RO=10;SAF=0;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.765437;STB=0.743945;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.134549;OID=.;OPOS=15756173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:23:10:9:7:8:0.347826:7:0:5:5:7:1:4:5 chr3 16261420 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00675668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.49;QD=24.204;RBI=0.0724509;REFB=-0.0245664;REVB=0.0721352;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157894;STB=0.588138;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0167967;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:8:4:10:8:8:4 chr3 16305674 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0286757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.05;QD=16.2713;RBI=0.0350484;REFB=-0.0148312;REVB=-0.0201516;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133398;STB=0.507682;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00855883;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:5:13:11:4:5:13 chr3 16312564 . C T 618.86 PASS AF=0.697368;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0240427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.662;QD=32.5717;RBI=0.0278662;REFB=0.00809324;REVB=0.0140879;RO=23;SAF=31;SAR=22;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647215;STB=0.534907;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0027973;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:23:53:53:0.697368:22:31:16:7:22:31:16:7 chr3 16327855 . T G 724.9 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00764551;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.183;QD=23.7671;RBI=0.0299747;REFB=-0.0130741;REVB=-0.0289833;RO=52;SAF=35;SAR=34;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111657;STB=0.55633;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00656367;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:52:53:69:69:0.565574:34:35:19:33:34:35:20:33 chr3 16358584 . T C 212.09 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00859625;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.905;QD=9.86474;RBI=0.00935409;REFB=-0.0115597;REVB=-0.00368828;RO=59;SAF=9;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265725;STB=0.656133;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.028674;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:59:59:27:27:0.313953:18:9:33:26:18:9:33:26 chr3 16364919 . A C 239.66 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0185908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9614;QD=11.9828;RBI=0.0534279;REFB=-0.0178457;REVB=0.0500891;RO=50;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739106;STB=0.545843;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0295452;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:51:28:29:0.3625:10:18:29:21:10:19:30:21 chr3 16368293 . C T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00381752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.025;QD=12.1358;RBI=0.00406884;REFB=-0.011631;REVB=0.00140785;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262401;STB=0.509427;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.015226;OID=.;OPOS=16368293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:48:27:28:0.368421:12:15:25:22:13:15:25:23 chr3 16535229 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0212161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.061;QD=25.2871;RBI=0.0225289;REFB=0.00451007;REVB=-0.00757814;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00262122;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:3:6:11:5:3:6 chr3 16646745 . C G 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6423;QD=54.5055;RBI=0.00430025;REFB=0;REVB=-0.000681404;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23955e-05;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr3 17051328 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.968;QD=51.9166;RBI=0.00512961;REFB=0;REVB=0.00304795;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10599e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 17053499 . A G 820.45 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9548;QD=56.5828;RBI=0.0292563;REFB=0;REVB=0.0067983;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00767403;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:30:28:0:0 chr3 17741409 . C G 975.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408066;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3004;QD=59.1381;RBI=0.0761203;REFB=0;REVB=0.0642582;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012858;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:21:43:0:0:22:44:0:0 chr3 18055231 . A C 866.08 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.79;QD=56.7923;RBI=0.0469294;REFB=0;REVB=0.00508755;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093391;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:31:27:0:0:31:30:0:0 chr3 18427924 . G T 1395.32 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00520517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.721;QD=53.1549;RBI=0.0221191;REFB=-0.0627964;REVB=0.0214979;RO=5;SAF=59;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000381986;STB=0.50568;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000212414;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:5:6:99:99:0.942857:40:59:3:2:40:59:3:3 chr3 19388116 . T A 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0162501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.333;QD=20.7238;RBI=0.0163667;REFB=-0.00642751;REVB=-0.00194985;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105137;STB=0.558109;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00584237;OID=.;OPOS=19388116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:18:19:21:12:18:19:21:12 chr3 19490425 . C T 403.32 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00665656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.488;QD=25.2078;RBI=0.0390205;REFB=-0.0195685;REVB=-0.0384485;RO=25;SAF=26;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112588;STB=0.561765;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00924059;OID=.;OPOS=19490425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:13:26:13:12:13:26:13:12 chr3 20216519 . T A 317.26 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0587142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.874;QD=25.8985;RBI=0.0588717;REFB=0.00342502;REVB=-0.00430434;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210992;STB=0.616753;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00430797;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:11:17:7:14:11:17:7:14 chr3 21462754 . A G 374.43 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0218429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.846;QD=15.6011;RBI=0.0256049;REFB=-0.0218265;REVB=-0.0133605;RO=56;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1068;STB=0.560261;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0216473;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:22:18:31:25:22:18:31:25 chr3 21462787 . G A 1655.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.036;QD=60.2148;RBI=0.0631347;REFB=0;REVB=0.0458536;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165364;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:55:55:0:0 chr3 23312442 . C G 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0514824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5141;QD=11.5623;RBI=0.0538006;REFB=0.0066776;REVB=-0.0156226;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205681;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0224903;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:13:16:8:7:13:16 chr3 24006477 . T A 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7697;QD=53.3534;RBI=0.0373098;REFB=-0.0305309;REVB=-0.0316678;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00748979;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr3 24562877 . G T 1545.27 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850098;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.911;QD=58.8674;RBI=0.087364;REFB=0;REVB=0.0201444;RO=0;SAF=5;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80722e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497139;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:105:0:0:95:105:1:90:5:0:0:90:15:0:0 chr3 25393837 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00379512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.773;QD=22.5343;RBI=0.00801309;REFB=-0.0616095;REVB=0.00705738;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740321;STB=0.541622;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0313089;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:6:9:13:6:6:9 chr3 25393860 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00666766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.826;QD=22.1873;RBI=0.010913;REFB=-0.00604464;REVB=0.0086392;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468048;STB=0.52629;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00449352;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:15:6:6:12:15:6:6:12 chr3 25904828 . A G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00713137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.926;QD=6.71697;RBI=0.0220723;REFB=-0.000438588;REVB=0.0208885;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307615;STB=0.692012;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00112606;OID=.;OPOS=25904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:4:9:18:23:4:9:18:23 chr3 26751493 . A T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0266416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8907;QD=8.30758;RBI=0.0554213;REFB=-0.00425661;REVB=0.0485978;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141447;STB=0.588012;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0110424;OID=.;OPOS=26751493;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:9:9:3:5:9:9 chr3 26752237 . A G 171.58 PASS AF=0.234783;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0100473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.009;QD=5.96804;RBI=0.0102708;REFB=-0.01156;REVB=-0.00213068;RO=87;SAF=12;SAR=15;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193226;STB=0.507807;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0468369;OID=.;OPOS=26752237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:87:88:27:27:0.234783:15:12:40:47:15:12:40:48 chr3 27424718 . A G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6492;QD=60.2545;RBI=0.0493574;REFB=0;REVB=0.00798339;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247632;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr3 27444657 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0114998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.032;QD=18.7768;RBI=0.0115044;REFB=-0.0184129;REVB=-0.000325494;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.539846;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0223293;OID=.;OPOS=27444657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:14:12:10:16:14:12 chr3 28520417 . T A 1822.45 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.709;QD=61.2589;RBI=0.0260566;REFB=0;REVB=0.000814207;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22522e-05;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr3 28533658 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0158651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.413;QD=6.8134;RBI=0.01596;REFB=-0.00763485;REVB=0.00173832;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483664;STB=0.799262;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0157056;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:5:14:2:5:5:14 chr3 29628639 . C T 270.91 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0185479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7483;QD=12.1759;RBI=0.0230921;REFB=0.00993478;REVB=-0.0137558;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683457;STB=0.539301;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0198602;OID=.;OPOS=29628639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:16:16:25:32:16:16:25:32 chr3 31270257 . G GC 517.01 PASS AF=1;AO=29;DP=53;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571187;FXX=0.150915;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.424;QD=45.9566;RBI=0.0658757;REFB=0;REVB=0.0328186;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00042858;OID=.;OPOS=31270258;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:53:45:45:0:16:29:0:0:3:24:16:13:6:18 chr3 31270258 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000442637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.181;QD=16.1155;RBI=0.0294106;REFB=-0.0149994;REVB=0.0294073;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315996;STB=0.680253;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0287404;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:16:13:18:6:16:13 chr3 31712392 . AC A,AT 1113.63 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=40,39;DP=80;FAO=6,70;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=6,33;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913789,-0.0293604;FXX=0.0617208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.243,115.149;QD=58.612;RBI=0.0124667,0.0297284;REFB=0,0;REVB=-0.00848039,0.00466309;RO=0;SAF=0,38;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.023203,0.00747282;OID=.,.;OPOS=31712393,31712393;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0789474,0.921053:40,39:80:6,70:76:0:6,33:0,37:0:0:27:0:0,38:40,1:0:0 chr3 31725316 . G A 1976.59 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323733;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6726;QD=61.2896;RBI=0.0388232;REFB=-0.0106108;REVB=0.021429;RO=1;SAF=48;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979681;STB=0.505154;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000222224;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:80:48:1:0:80:48:1:0 chr3 31789582 . T C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0812587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0847;QD=22.437;RBI=0.0843149;REFB=0.0525551;REVB=0.0224947;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13722;STB=0.575712;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0389108;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:19:14:15:10:19:14:15:10 chr3 31839242 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.072;QD=56.7066;RBI=0.0364655;REFB=0;REVB=0.0305254;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023977;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr3 32031135 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00768859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.095;QD=16.4081;RBI=0.0243091;REFB=-0.00522736;REVB=0.0230612;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880321;STB=0.550249;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00888959;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:19:10:9:12:19:10 chr3 32031615 . A C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0248172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.008;QD=6.25134;RBI=0.0335812;REFB=-0.0137269;REVB=0.0226231;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.039098;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr3 32031622 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0278627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.776;QD=5.68927;RBI=0.0286725;REFB=-0.00455638;REVB=0.00676626;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0189945;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chr3 32031643 . A G 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0193306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.523;QD=8.50921;RBI=0.0369599;REFB=-0.0224303;REVB=0.0315018;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193506;STB=0.620003;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0479895;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:11:13:7:3:11:13 chr3 32031895 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0104252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.413;QD=6.31789;RBI=0.0338402;REFB=-0.00977057;REVB=-0.0321944;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310598;STB=0.51995;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0297452;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:10:15:5:3:10:15 chr3 32032951 . CTT C 86.94 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00214115;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=310.709;QD=6.4402;RBI=0.00548844;REFB=4.23208e-05;REVB=0.00505355;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290349;STB=0.657342;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=-8.91767e-05;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:17:53:17:54:37:5:12:19:18:86:35:5:12:19:16 chr3 32815231 . A T 501.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.816;QD=55.6681;RBI=0.0443039;REFB=0;REVB=0.03904;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261504;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:28:5:0:0:29:7:0:0 chr3 32927509 . G T 613.73 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0603883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.082;QD=57.0908;RBI=0.0733199;REFB=0.031752;REVB=0.041582;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000345249;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:43:1:1:41:42:0.976744:22:19:0:1:22:20:0:1 chr3 32933036 . G A 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0110651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.705;QD=24.9762;RBI=0.0112253;REFB=-0.0104063;REVB=0.00188962;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027583;STB=0.515142;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00605068;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:17:16:11:10:17:16:11:10 chr3 32996509 . C T 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00936933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5602;QD=31.6306;RBI=0.025963;REFB=-0.0209544;REVB=-0.0242135;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032986;STB=0.518082;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0135751;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:6:7:16:11:6:7 chr3 32997029 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAATA 430.16 PASS AF=0.0357143,0.125,0.392857,0,0.446429;AO=7,8,6,2,2;DP=56;FAO=2,7,22,0,25;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0,25;FSAR=2,7,22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.36071,-0.704762,-0.472984,-0.118972,-0.0869201;FXX=0.0344768;HRUN=18,18,18,18,18;LEN=1,2,3,1,1;MLLD=2.15079,4.2121,5.7759,142.06,140.196;QD=30.726;RBI=1.43622,0.743595,0.49901,0.127033,0.0993375;REFB=0.102128,0.108777,0.0917135,-0.00650289,-0.00729495;REVB=0.459561,0.237157,0.159051,0.0445294,0.048092;RO=4;SAF=0,0,0,2,2;SAR=7,8,6,0,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.767801,0.767801;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,snp;VARB=0.164992,-0.00182787,0.089265,-0.116517,0.0221506;OID=.,.,.,.,.;OPOS=32997030,32997030,32997030,32997042,32997041;OREF=A,AA,AAA,A,A;OALT=-,-,-,T,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0.0357143,0.125,0.392857,0,0.446429:7,8,6,2,2:56:2,7,22,0,25:56:0:0,0,0,0,25:2,7,22,0,0:0:0:69:4:0,0,0,2,2:7,8,6,0,0:0:4 chr3 33055721 . A G 1249.36 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.70445e-05;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.608;QD=61.6967;RBI=0.0195959;REFB=0;REVB=0.0195959;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02255e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:48:32:0:0:48:33:0:0 chr3 33118631 . G A 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.01054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.401;QD=12.3838;RBI=0.0629011;REFB=-0.0178171;REVB=0.0620117;RO=48;SAF=24;SAR=5;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244656;STB=0.638675;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0168545;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:49:29:29:0.371795:5:24:32:16:5:24:33:16 chr3 33138544 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.253;QD=58.6006;RBI=0.0476402;REFB=0;REVB=0.035801;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12073e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr3 33138549 . G A 447.76 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00784085;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0777;QD=28.4294;RBI=0.0545106;REFB=-0.100097;REVB=-0.0539437;RO=13;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131995;STB=0.557661;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0139781;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:13:16:36:36:0.571429:18:18:10:3:18:18:11:5 chr3 33161898 . C T 328.63 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0067389;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.104;QD=15.1093;RBI=0.0401444;REFB=-0.00507851;REVB=-0.0395748;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914727;STB=0.551696;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00770194;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:18:18:30:21:18:18:30:21 chr3 33174156 . T G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0190456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.703;QD=11.8142;RBI=0.0239439;REFB=0.000888336;REVB=0.0145113;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000957273;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:9:14:5:8:9:14 chr3 33174168 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0184511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.083;QD=12.0244;RBI=0.0191391;REFB=-0.00685109;REVB=0.00508542;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191599;STB=0.613216;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0140626;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:8:12:5:7:8:12 chr3 33194990 . C A 170.14 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0196652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.1616;QD=17.0141;RBI=0.0401339;REFB=-0.00534693;REVB=0.0349858;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.511615;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0153118;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:7:11:13:8:7:11:13:9 chr3 33195284 . G A 267.36 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0117609;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9136;QD=25.4625;RBI=0.0254734;REFB=-0.0240411;REVB=0.0225959;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541937;STB=0.530096;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0109515;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:11:7:11:13:11:7 chr3 33195309 . A G 370.24 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00578923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.51;QD=30.224;RBI=0.0439083;REFB=-0.0471938;REVB=-0.043525;RO=17;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444516;STB=0.511526;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0223277;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:17:18:31:31:0.632653:13:18:11:6:13:18:11:7 chr3 33255592 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000452725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.045;QD=49.597;RBI=0.0109123;REFB=0;REVB=0.0109029;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25563e-05;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr3 33434831 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.608;QD=60.5817;RBI=0.0231094;REFB=-0.0388668;REVB=0.0175566;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=9.48268e-05;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:42:42:0:1:42:42:0:1 chr3 33458266 . T C 605.54 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366217;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.429;QD=59.0766;RBI=0.0390531;REFB=-0.200757;REVB=0.0135645;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00118593;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:0:1:18:22:0:1 chr3 33879770 . G A 67.77 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0190716;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.813;QD=5.31546;RBI=0.0215422;REFB=0.00475376;REVB=0.0100171;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315666;STB=0.512171;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0156432;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:51:40:41:10:10:0.196078:4:6:23:17:4:6:24:17 chr3 35725250 . C T 1216.38 PASS AF=0.670886;AO=106;DP=158;FAO=106;FDP=158;FR=.;FRO=52;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0216936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.699;QD=30.7943;RBI=0.0251241;REFB=-0.000427832;REVB=-0.0126731;RO=52;SAF=53;SAR=53;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117702;STB=0.506328;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.000184783;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:52:52:106:106:0.670886:53:53:25:27:53:53:25:27 chr3 36897812 . T C 54.5 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00519615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.924;QD=24.221;RBI=0.0704756;REFB=0.0096549;REVB=0.0702838;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000509295;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:9:2:2:6:7:0.777778:3:3:1:1:4:3:1:1 chr3 36940741 . G T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00713987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.824;QD=18.4438;RBI=0.0117383;REFB=0.00639967;REVB=0.0093172;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335498;STB=0.689958;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0016912;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:1:8:5:6:1:8 chr3 37100367 . C T 140.8 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00317815;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.599;QD=12.5152;RBI=0.0102659;REFB=-0.00735942;REVB=-0.00976151;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194375;STB=0.635191;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0116351;OID=.;OPOS=37100367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:13:16:6:10:12:17 chr3 37163039 . G A 1067.39 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.624;QD=59.2996;RBI=0.0336495;REFB=0;REVB=-0.000359142;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178696;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:66:72:1:50:16:0:0:53:19:0:0 chr3 37365657 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0086294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3218;QD=3.88759;RBI=0.034728;REFB=0.00415193;REVB=0.0336388;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405181;STB=0.788431;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0271716;OID=.;OPOS=37365657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:15:14:1:5:15:14 chr3 37368576 . A G 89.77 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0112719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.442;QD=4.85241;RBI=0.0150652;REFB=-0.00174647;REVB=-0.00999526;RO=59;SAF=6;SAR=9;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338297;STB=0.711087;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0122794;OID=.;OPOS=37368576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:9:6:40:19:9:6:40:19 chr3 37535984 . C G 398.65 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023711;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.042;QD=51.4381;RBI=0.0817792;REFB=0.178998;REVB=-0.0782664;RO=1;SAF=28;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163549;STB=0.51723;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000474948;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:30:31:1:2:29:29:0.935484:1:28:1:0:1:28:2:0 chr3 37574951 . G A 1026.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9554;QD=59.4939;RBI=0.0457246;REFB=0;REVB=0.00611014;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362201;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr3 38009749 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0192041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8273;QD=22.5998;RBI=0.0267182;REFB=-0.023128;REVB=-0.0185758;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10094;STB=0.556403;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0204004;OID=.;OPOS=38009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:12:8:12:11:12:8 chr3 38025750 . CA C 460.53 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000938993;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.541;QD=23.6169;RBI=0.00696226;REFB=-0.0183798;REVB=0.00689865;RO=34;SAF=30;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224073;STB=0.623414;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0159874;OID=.;OPOS=38025751;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:44:80:44:78:34:30:14:14:20:99:34:30:14:14:20 chr3 38038982 . T C 96.14 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0901393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2888;QD=12.0178;RBI=0.0901769;REFB=-0.0304747;REVB=-0.00260299;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155219;STB=0.583181;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0438194;OID=.;OPOS=38038982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:2:10:14:5:2:10:15:5 chr3 38043904 . T C 269.08 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0148229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3954;QD=25.0305;RBI=0.0806936;REFB=-0.0104713;REVB=-0.0793205;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154786;STB=0.604656;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00958742;OID=.;OPOS=38043904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:24:25:0.581395:8:16:8:9:8:17:8:10 chr3 38047680 . G A 302.24 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00553797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3714;QD=27.476;RBI=0.0233411;REFB=-0.0436736;REVB=0.0226746;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297502;STB=0.664912;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0226881;OID=.;OPOS=38047680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:26:27:0.613636:12:14:2:15:12:15:2:15 chr3 38047954 . G C 433.63 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.017877;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.192;QD=23.1267;RBI=0.0186004;REFB=-0.0152019;REVB=-0.00513716;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526271;STB=0.522948;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00694459;OID=.;OPOS=38047954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:33:42:42:0.56:22:20:14:20:22:20:14:19 chr3 38049029 . TG T 180.72 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0282116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3184;QD=24.9262;RBI=0.182862;REFB=0.0332706;REVB=0.180673;RO=8;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27463;STB=0.651017;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=-0.00220304;OID=.;OPOS=38049030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.724138:21:29:21:29:8:7:14:7:1:40:8:7:14:7:1 chr3 38051941 . T C 533.74 PASS AF=0.723077;AO=46;DP=64;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0151078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.705;QD=32.8458;RBI=0.0204219;REFB=-0.0230887;REVB=0.0137407;RO=18;SAF=26;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343563;STB=0.520949;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00744915;OID=.;OPOS=38051941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:18:18:46:47:0.723077:20:26:9:9:20:27:9:9 chr3 38080952 . T G 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4722;QD=57.1578;RBI=0.111626;REFB=0;REVB=0.0984774;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010172;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:12:39:0:0:12:39:0:0 chr3 38081031 . A T 806.56 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135244;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0864;QD=57.6116;RBI=0.026922;REFB=0;REVB=0.0232784;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115948;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr3 38125705 . G A,C 1439.38 PASS AF=0.956989,0.0430108;AO=89,4;DP=93;FAO=89,4;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460604,-0.0197251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.8519,195.98;QD=61.9087;RBI=0.0206498,0.0246299;REFB=0,0;REVB=-0.0201295,-0.0147496;RO=0;SAF=55,3;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58117e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000115873,0.135502;OID=.,.;OPOS=38125705,38125705;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:93:93:0:0:89,4:89,4:0.956989,0.0430108:34,1:55,3:0:0:34,1:55,3:0:0 chr3 38151731 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2034;QD=56.9987;RBI=0.0110318;REFB=0;REVB=-0.0109606;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30298e-05;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr3 38170810 . C G 166.31 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0247823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.991;QD=11.4695;RBI=0.0248188;REFB=0.00530808;REVB=-0.001346;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912352;STB=0.516392;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0114747;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:14:22:13:8:15:22 chr3 38350479 . T C 2184.84 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200537;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.772;QD=62.4239;RBI=0.0201573;REFB=-0.0887734;REVB=0.00204103;RO=0;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62054e-08;STB=0.504761;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=1.65496e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:86:53:0:0:87:52:1:0 chr3 38350519 . G A 2367.5 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964252;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.18;QD=61.0967;RBI=0.0979308;REFB=0;REVB=0.0171063;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01763e-05;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:151:155:1:89:62:0:0:90:65:0:0 chr3 38350543 . A G 2154.49 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.744;QD=62.9048;RBI=0.0255375;REFB=0;REVB=-0.018852;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98993e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:133:137:1:74:59:0:0:78:59:0:0 chr3 38355324 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00266543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.716;QD=10.6295;RBI=0.0256799;REFB=-0.0042796;REVB=-0.0255412;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109741;STB=0.563705;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00773359;OID=.;OPOS=38355324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:10:13:29:15:10:13:29:15 chr3 38401839 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00144756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.503;QD=54.7459;RBI=0.0406935;REFB=-0.0272444;REVB=0.0406678;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0010768;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:0:1:22:31:0:1 chr3 38404472 . C A 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0257094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.104;QD=20.9984;RBI=0.0277237;REFB=-0.0195295;REVB=0.0103744;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466773;STB=0.531235;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.013891;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:17:23:22:13:17:23:23:13 chr3 38406773 . G T 416.05 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716915;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.746;QD=57.3859;RBI=0.0791497;REFB=0;REVB=0.033541;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468571;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr3 38408361 . G A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000698535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.127;QD=58.7788;RBI=0.0241411;REFB=0;REVB=0.024131;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04478e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr3 38442490 . G A 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0223566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.826;QD=11.9716;RBI=0.0227768;REFB=-0.00392575;REVB=0.00435514;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258522;STB=0.653278;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00804906;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:12:5:17:16:12:5:17:16 chr3 38519424 . A G 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0176279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.343;QD=6.46275;RBI=0.0232823;REFB=-0.0100194;REVB=-0.0152092;RO=58;SAF=6;SAR=13;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151453;STB=0.601046;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0286315;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:59:19:19:0.24359:13:6:25:33:13:6:26:33 chr3 38524742 . C T 341.96 PASS AF=0.300654;AO=46;DP=153;FAO=46;FDP=153;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.00466018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.678;QD=8.94007;RBI=0.0345254;REFB=-0.00717313;REVB=-0.0342094;RO=106;SAF=21;SAR=25;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038681;STB=0.525442;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0227123;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:106:107:46:46:0.300654:25:21:45:61:25:21:45:62 chr3 38525567 . T C 155.98 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0188407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6289;QD=7.70267;RBI=0.0223089;REFB=-0.0162555;REVB=-0.0119464;RO=57;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195904;STB=0.631456;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0270925;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:59:22:22:0.271605:15:7:27:30:15:7:29:30 chr3 38529818 . C T 124.73 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0073299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.019;QD=10.1823;RBI=0.0168263;REFB=-0.00984611;REVB=-0.0151459;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134148;STB=0.580007;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0244275;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:22:12:7:8:22:12 chr3 38529825 . C T 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0112307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.969;QD=10.6982;RBI=0.0231767;REFB=-0.00526515;REVB=-0.0202739;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205912;STB=0.628828;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00735119;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:22:9:7:8:23:9 chr3 38532511 . G A 372.67 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0367326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.351;QD=14.3334;RBI=0.0372921;REFB=-0.0131362;REVB=-0.00643531;RO=61;SAF=11;SAR=32;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186969;STB=0.606263;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0151971;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:32:11:25:36:32:11:25:36 chr3 38534142 . T A 290.97 PASS AF=0.487805;AO=24;DP=61;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0392086;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.747;QD=28.387;RBI=0.0394346;REFB=-0.0186336;REVB=-0.00421642;RO=20;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233968;STB=0.577698;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0239797;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:41:20:13:24:20:0.487805:18:6:10:10:13:7:7:6 chr3 38534144 . T A 40.07 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0314143;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.16;QD=2.76369;RBI=0.0314788;REFB=-0.00549388;REVB=-0.00201464;RO=49;SAF=0;SAR=7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612883;STB=0.798044;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0212605;OID=.;OPOS=38534144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:56:58:49:50:7:8:0.137931:7:0:19:30:7:1:20:30 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 131.91 PASS AF=0.636364;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0301098;FXX=0;HRUN=3;LEN=25;MLLD=491.334;QD=23.9838;RBI=0.0359798;REFB=-0.0249756;REVB=0.0196963;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.633602;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=0.00769385;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:11:23:14:22:8:4:10:5:3:55:9:4:7:5:4 chr3 38622467 . T C 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0659;QD=56.948;RBI=0.0199622;REFB=0;REVB=0.00695305;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316265;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 38645420 . T C 232.83 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0152419;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0579;QD=18.2609;RBI=0.0348425;REFB=-0.0122717;REVB=-0.0313318;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226777;STB=0.626654;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0110635;OID=.;OPOS=38645420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:19:7:13:12:19:7 chr3 38647640 . C CT 96.24 PASS AF=0.432432;AO=4;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0643445;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9435;QD=10.4047;RBI=0.083315;REFB=-0.00385183;REVB=0.0529262;RO=35;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492742;STB=0.586366;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.0169733;OID=.;OPOS=38647641;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:4:39:16:37:21:6:10:5:16:96:35:1:3:10:25 chr3 38647642 . G T 101.98 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0627729;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2328;QD=11.6544;RBI=0.0693368;REFB=-0.0198518;REVB=0.0294475;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264459;STB=0.631383;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00500247;OID=.;OPOS=38647642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:17:22:12:12:0.342857:7:5:3:14:7:5:5:17 chr3 38674712 . T C 1098.64 PASS AF=0.634615;AO=99;DP=156;FAO=99;FDP=156;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0228459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.421;QD=28.1702;RBI=0.0234382;REFB=-0.0219526;REVB=0.00523591;RO=57;SAF=50;SAR=49;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568264;STB=0.530669;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0124736;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:57:57:99:99:0.634615:49:50:24:33:49:50:24:33 chr3 38739574 . T C 1617.21 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2577;QD=59.3472;RBI=0.086196;REFB=0;REVB=0.0859746;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627827;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:109:0:0:103:109:1:49:54:0:0:55:54:0:0 chr3 38739845 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.523;QD=56.9364;RBI=0.0365099;REFB=0;REVB=-0.00543461;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157972;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 38740001 . C T 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00246482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.17;QD=7.95197;RBI=0.0086558;REFB=-0.00709394;REVB=-0.00829745;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316254;STB=0.675254;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0350088;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:3:5:6:12:3:5:7:12 chr3 38748833 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0201319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7133;QD=14.2587;RBI=0.0201974;REFB=-0.00790795;REVB=-0.00162574;RO=41;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427401;STB=0.74011;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.015733;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:10:19:9:32:10:19:9:32 chr3 38763863 . G C 526.72 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0159781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.369;QD=24.4987;RBI=0.0163833;REFB=-0.0181309;REVB=0.003621;RO=37;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398133;STB=0.521813;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0196479;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:25:24:20:17:25:24:20:17 chr3 38764998 . A G 329.85 PASS AF=0.589286;AO=28;DP=51;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0606601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.94;QD=23.5604;RBI=0.0609565;REFB=-0.0400627;REVB=-0.00600455;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201977;STB=0.5263;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0258779;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:21:23:28:33:0.589286:18:10:7:14:18:15:9:14 chr3 38766675 . A G 573.41 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.706;QD=60.3588;RBI=0.0564438;REFB=0;REVB=0.00900739;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103472;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr3 38768247 . G A 309.11 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00750529;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.783;QD=27.4768;RBI=0.0234652;REFB=-0.0259165;REVB=0.0222326;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912786;STB=0.576214;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0132272;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:18:27:27:0.6:17:10:8:8:17:10:10:8 chr3 38768300 . T C 411.18 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00773988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=29.3698;RBI=0.0220915;REFB=0.0273252;REVB=0.0206913;RO=18;SAF=17;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174733;STB=0.50095;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0159258;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:21:17:8:10:21:17:8:10 chr3 38768334 . T C 174.41 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0194162;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.632;QD=11.4366;RBI=0.0403175;REFB=-0.00824557;REVB=-0.0353343;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19629;STB=0.585722;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0102858;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:36:39:22:22:0.360656:10:12:13:23:10:12:16:23 chr3 38793989 . G A 188.27 PASS AF=0.85;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0914252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8961;QD=37.6536;RBI=0.0952872;REFB=-0.0374136;REVB=0.026853;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.588131;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0112665;OID=.;OPOS=38793989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:20:3:3:16:17:0.85:6:10:0:3:7:10:0:3 chr3 38798171 . C T 457.95 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0317799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.781;QD=29.0759;RBI=0.0604277;REFB=-0.0461465;REVB=0.051396;RO=21;SAF=21;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145987;STB=0.507933;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0246945;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:21:21:11:10:21:21:11:10 chr3 38802251 . A G 661.17 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0303675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4611;QD=48.9754;RBI=0.0306129;REFB=-0.0344639;REVB=0.00386857;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626232;STB=0.543461;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0109388;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:54:54:3:4:50:50:0.925926:29:21:3:0:29:21:4:0 chr3 38805069 . T C 72.21 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0192979;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.075;QD=3.85128;RBI=0.0193197;REFB=0.000438876;REVB=0.000915916;RO=62;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128141;STB=0.597414;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00238041;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:76:75:62:62:13:13:0.173333:6:7:27:35:6:7:26:36 chr3 38945560 . A G 564.75 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00722389;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.154;QD=29.3374;RBI=0.0129433;REFB=-0.0117515;REVB=-0.0107399;RO=26;SAF=20;SAR=30;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877023;STB=0.552466;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00652697;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:27:50:50:0.649351:30:20:7:19:30:20:7:20 chr3 39077433 . T C 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0167778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.754;QD=9.85716;RBI=0.0184448;REFB=-0.00335908;REVB=0.00766277;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02941e-08;STB=0.510194;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00537464;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:20:20:0.327869:8:12:24:16:8:12:24:17 chr3 39077530 . T C 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00598809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9593;QD=12.3035;RBI=0.00881269;REFB=0.00156692;REVB=0.00646577;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208287;STB=0.625592;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00224838;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:15:11:26:16:15:11:27:16 chr3 39111140 . C A 209.63 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0128851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4946;QD=8.14105;RBI=0.043638;REFB=-0.00391428;REVB=-0.0416923;RO=73;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553084;STB=0.536663;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0121835;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:74:29:29:0.281553:17:12:27:46:17:12:27:47 chr3 39138082 . C T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0404374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.594;QD=13.9111;RBI=0.0466504;REFB=0.0019048;REVB=-0.0232611;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932069;STB=0.553455;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00663407;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:12:19:11:10:12:19 chr3 39152345 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0353103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8935;QD=12.2288;RBI=0.0411488;REFB=0.0199681;REVB=0.0211283;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298274;STB=0.517226;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0461333;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:17:19:11:11:17:19 chr3 39161456 . G A 116.91 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00667768;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8432;QD=11.6912;RBI=0.035402;REFB=0.00966627;REVB=-0.0347665;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179997;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.039454;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:9:5:13:12:9:5:12:14 chr3 39161464 . G A 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0164293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.557;QD=13.9467;RBI=0.0464916;REFB=-0.0157367;REVB=0.0434919;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178843;STB=0.60427;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0287212;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:14:13:11:6:14:13 chr3 39180099 . T C 412.99 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00203575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2588;QD=24.2937;RBI=0.0133088;REFB=0.0337216;REVB=-0.0131522;RO=28;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536192;STB=0.529397;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0245285;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:20:20:16:12:20:20:16:12 chr3 39180263 . G A 424.42 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0441669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7933;QD=29.7835;RBI=0.0465738;REFB=-0.0220353;REVB=-0.0147788;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248674;STB=0.513507;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0274983;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:19:20:10:8:19:20:10:8 chr3 39184959 . C T 300.27 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00531393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.945;QD=23.5502;RBI=0.0154109;REFB=-0.02465;REVB=-0.0144657;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200086;STB=0.600971;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0117746;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:29:30:0.588235:13:16:6:15:14:16:6:15 chr3 39185077 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0218281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.864;QD=16.898;RBI=0.0296209;REFB=-0.0237929;REVB=0.0200233;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510683;STB=0.805219;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0280824;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:4:5:1:9:4:5 chr3 39185248 . A G 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0048759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.593;QD=37.4112;RBI=0.0196948;REFB=0.000307859;REVB=-0.0190817;RO=6;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778771;STB=0.542337;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000421043;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:8:15:5:1:8:15:5:1 chr3 39186728 . C T 494.07 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000434567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.234;QD=28.6415;RBI=0.0162886;REFB=-0.0377981;REVB=0.0162828;RO=24;SAF=19;SAR=26;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235696;STB=0.512815;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0171021;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:26:19:11:13:26:19:11:13 chr3 39226127 . C T 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00861001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.461;QD=6.87323;RBI=0.0294269;REFB=-0.00998997;REVB=-0.0281392;RO=42;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188601;STB=0.6178;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0330013;OID=.;OPOS=39226127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:10:4:18:24:10:4:18:24 chr3 39229044 . C T 454.39 PASS AF=0.462963;AO=46;DP=105;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.000736555;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.093;QD=16.8292;RBI=0.00253345;REFB=-0.0125244;REVB=0.00242402;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233218;STB=0.504503;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0146838;OID=.;OPOS=39229044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:55:58:46:50:0.462963:19:27:31:24:22:28:32:26 chr3 39229900 . T C 969.93 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.024;QD=58.7838;RBI=0.0244853;REFB=0;REVB=0.00585587;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019644;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chr3 39230610 . G A 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00563509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.935;QD=7.78048;RBI=0.00585556;REFB=-0.0130464;REVB=-0.00159163;RO=44;SAF=14;SAR=3;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386292;STB=0.738219;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235298;OID=.;OPOS=39230610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:3:14:24:20:3:14:24:20 chr3 39230997 . A G 157.75 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0215968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.735;QD=6.43881;RBI=0.0389968;REFB=-0.00683908;REVB=-0.0324704;RO=72;SAF=15;SAR=8;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175823;STB=0.623761;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0235416;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:75:23:23:0.234694:8:15:37:35:8:15:37:38 chr3 39307545 . G A 238.07 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.077164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2094;QD=20.2608;RBI=0.0784765;REFB=-0.0624787;REVB=0.0142929;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511101;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0314989;OID=.;OPOS=39307545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:12:11:11:12:12:12 chr3 39323163 . A C 618.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327853;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.865;QD=61.803;RBI=0.0406473;REFB=0;REVB=0.0240276;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483335;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr3 39431081 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0277374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.987;QD=10.7535;RBI=0.030518;REFB=-0.0191784;REVB=-0.0127272;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0312361;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:14:12:7:6:14:12 chr3 40085658 . C T 412.46 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00426135;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.693;QD=20.8838;RBI=0.0228861;REFB=-0.00666719;REVB=0.0224859;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220748;STB=0.62819;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00849498;OID=.;OPOS=40085658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:26:15:23:14:26:15:24:14 chr3 40231882 . AC A,AT 1166.33 PASS AF=0.125,0.875;AO=12,67;DP=80;FAO=10,70;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=10,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498673,0.0806531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.9669,70.9194;QD=58.3167;RBI=0.00975484,0.0881997;REFB=0,0;REVB=0.00838388,0.035697;RO=0;SAF=1,31;SAR=11,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0120709,-0.0055984;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:12,67:80:10,70:80:0:0,32:10,38:0:0:40:0:1,31:11,36:0:0 chr3 40286017 . T C 1524.06 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285277;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.236;QD=58.0595;RBI=0.0367623;REFB=0;REVB=0.0231871;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166273;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:105:0:0:94:105:1:49:45:0:0:51:54:0:0 chr3 40286018 . G C 41.91 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.106779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9439;QD=1.58168;RBI=0.125151;REFB=-0.0679571;REVB=-0.0652767;RO=94;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257408;STB=0.691629;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.109385;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:104:106:94:96:10:10:0.0943396:3:7:45:49:3:7:47:49 chr3 40351484 . C T 534.09 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8058;QD=57.7392;RBI=0.165112;REFB=-0.0724339;REVB=0.00831583;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482887;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:13:23:1:0:13:24:0:0 chr3 40435890 . A G 224.07 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9827;QD=49.7921;RBI=0.248569;REFB=0;REVB=-0.0197091;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00801422;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:8:7:0:0:8:10:0:0 chr3 40468896 . C T 1153.29 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.147;QD=60.6995;RBI=0.0193045;REFB=0;REVB=-0.00545257;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28053e-05;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr3 40519429 . T C 593.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2851;QD=60.8747;RBI=0.0660095;REFB=0;REVB=0.0078202;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000892301;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr3 40559078 . G C 789.31 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366755;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.457;QD=64.4336;RBI=0.0387883;REFB=0;REVB=0.012627;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68916e-05;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 41841716 . A C 232.48 PASS AF=0.329545;AO=28;DP=86;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.000316638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9469;QD=10.5672;RBI=0.0838222;REFB=-0.0160741;REVB=0.0838216;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120405;STB=0.574052;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.035738;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:58:59:28:29:0.329545:15:13:33:25:16:13:33:26 chr3 41910571 . T C 208.05 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0349426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.836;QD=17.3372;RBI=0.0396387;REFB=-0.00439037;REVB=0.0187149;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405342;STB=0.684758;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00415714;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:27:19:21:0.4375:7:12:4:18:7:14:9:18 chr3 41925398 . C T 1396.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.669;QD=62.7507;RBI=0.013407;REFB=0;REVB=0.012805;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44151e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:38:51:0:0 chr3 41925423 . T C 1415.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.551;QD=62.8952;RBI=0.0301636;REFB=0;REVB=0.0221605;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.101e-05;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr3 41937000 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.417;QD=57.5452;RBI=0.0230892;REFB=0;REVB=0.000249765;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3406e-05;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr3 41939993 . T A 788.69 PASS AF=1;AO=37;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875387;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4087;QD=55.3466;RBI=0.164816;REFB=0;REVB=0.164583;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786819;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:37:57:1:19:18:0:0:28:29:0:0 chr3 41957466 . T G 714.71 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00972223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.752;QD=60.8259;RBI=0.0577048;REFB=-0.122527;REVB=0.0568799;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00111001;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:20:25:0:1:20:26:0:1 chr3 41960006 . T C 313.35 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.384;QD=50.1356;RBI=0.0655565;REFB=-0.178502;REVB=0.0645665;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0038722;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:13:11:0:0:13:11:0:1 chr3 41996136 . T C 913.72 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.697;QD=55.3768;RBI=0.0269134;REFB=-0.241062;REVB=0.0225672;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000788057;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:35:29:0:1:35:29:1:1 chr3 42236415 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.75;QD=59.4353;RBI=0.0879926;REFB=0;REVB=-0.067157;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219633;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr3 42244321 . G A 1307.07 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.535;QD=60.7939;RBI=0.036022;REFB=-0.134068;REVB=0.029564;RO=1;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809884;STB=0.504273;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000314721;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:58:27:0:1:58:27:0:1 chr3 42304784 . A G 265.0 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0393846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5807;QD=20.3849;RBI=0.0465776;REFB=0.00924336;REVB=-0.0248661;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388939;STB=0.719837;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00645625;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:7:20:7:17:7:21:7:17 chr3 42438754 . T C 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194102;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5976;QD=58.9783;RBI=0.0194623;REFB=0;REVB=-0.00142379;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126049;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr3 42448471 . G A 700.31 PASS AF=0.674157;AO=59;DP=88;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0179902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.219;QD=31.4745;RBI=0.0307373;REFB=-0.0139822;REVB=0.0249225;RO=28;SAF=33;SAR=26;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569759;STB=0.533247;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00787885;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:28:29:59:60:0.674157:26:33:13:15:27:33:13:16 chr3 42599091 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.567;QD=53.9112;RBI=0.0155076;REFB=0;REVB=0.00938661;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01719e-05;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 42610374 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.869;QD=58.1421;RBI=0.0200771;REFB=0;REVB=0.0162648;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77559e-05;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 42610515 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.672;QD=50.412;RBI=0.027537;REFB=0;REVB=-0.00820471;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183251;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr3 42636141 . G A 289.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.278;QD=52.5773;RBI=0.0300279;REFB=0;REVB=-0.00298843;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199695;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 42688237 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0417748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.848;QD=8.11468;RBI=0.0451223;REFB=-0.000402564;REVB=0.0170554;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677712;STB=0.541093;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00102418;OID=.;OPOS=42688237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:23:16:7:8:23:16 chr3 42700150 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0228928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.247;QD=25.2442;RBI=0.0272809;REFB=-0.00126275;REVB=-0.0148379;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908685;STB=0.550261;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00117613;OID=.;OPOS=42700150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:7:15:16:12:7:15 chr3 42700456 . C T 773.28 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195941;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.237;QD=55.2344;RBI=0.0416822;REFB=-0.136837;REVB=0.0367896;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000281317;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:0:1:23:32:0:1 chr3 42700630 . A G 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.98;QD=58.2335;RBI=0.0318942;REFB=0;REVB=-0.0183126;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36766e-06;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr3 42717840 . G C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0241662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.358;QD=15.9138;RBI=0.0255834;REFB=0.00528523;REVB=-0.00839668;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540016;STB=0.503997;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00712072;OID=.;OPOS=42717840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:16:14:17:19:16:14:17:20 chr3 42728144 . A G 327.53 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898051;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.164;QD=54.5886;RBI=0.0096809;REFB=0;REVB=0.00361528;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122253;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 42733468 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.914;QD=61.6834;RBI=0.122293;REFB=0;REVB=0.00890121;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000893471;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr3 42735150 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.576;QD=44.6897;RBI=0.0230191;REFB=0;REVB=-0.0217773;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98581e-05;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr3 42735274 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.865;QD=43.0155;RBI=0.0280006;REFB=-0.0969817;REVB=-0.0255671;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00174924;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:7:9:0:0:7:9:1:0 chr3 42738342 . C A 336.03 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00594496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4112;QD=19.7665;RBI=0.00700404;REFB=-0.0207391;REVB=-0.00370325;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036036;STB=0.519989;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0265607;OID=.;OPOS=42738342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:11:22:22:13:11:22 chr3 42740284 . C T 388.51 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0709521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7587;QD=31.7154;RBI=0.0736289;REFB=-0.0125175;REVB=0.019673;RO=17;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166156;STB=0.509085;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00810229;OID=.;OPOS=42740284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:18:14:7:10:18:14:7:10 chr3 42826168 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.441;QD=39.2057;RBI=0.0328083;REFB=0;REVB=0.00720387;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514603;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 42907112 . A C 572.32 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.239;QD=60.2443;RBI=0.0272179;REFB=0;REVB=0.0232533;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15086e-05;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr3 42908775 . A C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.663;QD=47.8134;RBI=0.107778;REFB=0;REVB=-0.00412365;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412766;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr3 42917047 . A G 1842.45 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.03;QD=60.9073;RBI=0.025932;REFB=0;REVB=0.0256416;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03893e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:121:0:0:115:121:1:59:56:0:0:62:59:0:0 chr3 42956273 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.914;QD=51.1834;RBI=0.126114;REFB=0;REVB=0.121855;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136006;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr3 43073761 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7584;QD=59.4346;RBI=0.0264606;REFB=0;REVB=0.0262713;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252934;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:5:30:0:0:5:30:0:0 chr3 43074430 . A G 305.45 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.19;QD=53.1211;RBI=0.03786;REFB=0;REVB=0.0227233;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014044;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr3 43074434 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.12;QD=51.1841;RBI=0.054325;REFB=0;REVB=0.0537443;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166711;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr3 43074871 . A G 1450.46 PASS AF=1;AO=82;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.48;QD=61.7216;RBI=0.0248049;REFB=0;REVB=0.0109772;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04782e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:82:94:1:40:42:0:0:45:49:0:0 chr3 43074872 . C G 48.68 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0212091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2546;QD=2.00761;RBI=0.0217288;REFB=-0.0411385;REVB=-0.00472389;RO=85;SAF=5;SAR=6;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118151;STB=0.58086;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0455293;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:97:85:86:11:11:0.113402:6:5:47:38:6:5:47:39 chr3 43095101 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.661;QD=62.9829;RBI=0.025231;REFB=0;REVB=0.00853068;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56584e-05;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr3 43097710 . A G 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.128;QD=57.2318;RBI=0.0161307;REFB=0;REVB=-0.00457484;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84765e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr3 43121559 . C T 761.97 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255935;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.709;QD=63.4978;RBI=0.0104037;REFB=0;REVB=0.010084;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119333;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr3 43122966 . G A 774.46 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.10254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7146;QD=53.4109;RBI=0.103579;REFB=-0.0826183;REVB=-0.0146316;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.515619;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00394226;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:25:31:1:0:25:31:2:0 chr3 43389466 . GGC G,GG 42.91 PASS AF=0,0.473684;AO=3,4;DP=20;FAO=0,9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0,3;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.157775,-0.0544671;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=16.0017,11.3946;QD=9.03409;RBI=0.20614,0.135778;REFB=-0.0200758,-0.133233;REVB=-0.132669,0.124374;RO=10;SAF=0,2;SAR=3,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0.509542,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.597037,0.217427;STB=0.5,0.519956;STBP=1,0.902;TYPE=del,del;VARB=0,0.146557;OID=.,.;OPOS=43389467,43389468;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684:3,4:20:0,9:19:10:0,3:0,6:3:7:40:10:0,2:3,2:3:7 chr3 43414318 . A G 1572.23 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.493;QD=59.8944;RBI=0.0315394;REFB=0;REVB=0.00519363;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58699e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:61:42:0:0:61:44:0:0 chr3 43602803 . C T 279.66 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0314078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8746;QD=14.1601;RBI=0.0323645;REFB=-0.000327765;REVB=0.00781101;RO=47;SAF=4;SAR=28;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435035;STB=0.753173;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00116505;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:28:4:20:27:28:4:20:27 chr3 43607136 . T C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000307083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.791;QD=6.8134;RBI=0.000679941;REFB=-0.00507979;REVB=0.000606646;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0155467;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:9:10:3:4:9:10 chr3 44283808 . C A 198.51 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0191261;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.335;QD=18.466;RBI=0.0192874;REFB=-0.0322143;REVB=0.00248879;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516895;STB=0.812522;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0332479;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:23:20:20:0.465116:18:2:11:11:18:2:12:11 chr3 44284584 . G A 334.9 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.010132;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.117;QD=26.2669;RBI=0.0124379;REFB=0.00576922;REVB=-0.00721424;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101961;STB=0.560402;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00332111;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:31:32:0.627451:15:16:7:12:15:17:7:12 chr3 44540791 . TTC T 692.11 PASS AF=0.966102;AO=52;DP=55;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00634535;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=2;MLLD=307.967;QD=46.9225;RBI=0.0181746;REFB=0.00677545;REVB=-0.0170309;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=-9.32645e-05;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.966102:52:55:57:59:2:30:27:2:0:4:0:27:25:0:0 chr3 44612050 . C T 297.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.994;QD=51.6907;RBI=0.137355;REFB=0;REVB=0.0320001;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276189;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:13:10:0:0 chr3 44692564 . C G 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7622;QD=60.1982;RBI=0.0112094;REFB=0;REVB=0.00404555;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126456;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr3 44763037 . A C 268.17 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.463;QD=46.6379;RBI=0.0494974;REFB=-0.0648577;REVB=0.0372505;RO=2;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759449;STB=0.555502;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000659407;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:1:21:22:0.956522:4:17:1:1:4:18:0:1 chr3 44775962 . A G 783.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.274;QD=63.98;RBI=0.012512;REFB=0;REVB=0.00780821;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65768e-05;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 44777795 . CT TC 464.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017692;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.317;QD=58.0804;RBI=0.0435514;REFB=0;REVB=0.0397959;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00017306;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr3 44854564 . A G 54.01 PASS AF=0.129412;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0486385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7322;QD=2.54187;RBI=0.0486431;REFB=-0.0149195;REVB=-0.000667776;RO=73;SAF=1;SAR=9;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599264;STB=0.927741;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0375596;OID=.;OPOS=44854564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:83:85:73:74:10:11:0.129412:9:1:46:27:10:1:47:27 chr3 44869026 . A T 2128.88 PASS AF=0.980132;AO=145;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00413728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5311;QD=56.3942;RBI=0.0650951;REFB=-0.149644;REVB=0.0649635;RO=4;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250085;STB=0.502914;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00853629;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:151:151:4:3:145:148:0.980132:74:71:0:4:77:71:1:2 chr3 44884647 . C A 817.72 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.719;QD=57.3841;RBI=0.0280087;REFB=0;REVB=0.0205846;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88601e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr3 44929287 . G C 635.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0287;QD=60.4794;RBI=0.0153045;REFB=0;REVB=0.0066789;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547981;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:29:11:0:0:30:12:0:0 chr3 44943069 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.596;QD=49.5992;RBI=0.0142746;REFB=0;REVB=0.00922275;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13618e-06;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr3 44943389 . G A 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6148;QD=57.3902;RBI=0.049452;REFB=-0.0381456;REVB=0.0471872;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000856613;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:1:0 chr3 44948479 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.733;QD=63.2868;RBI=0.00997326;REFB=0;REVB=0.00617792;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30324e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 44948590 . G A 710.81 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00881356;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.087;QD=54.678;RBI=0.0125102;REFB=-0.00121623;REVB=-0.00887844;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=4.48939e-06;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:49:51:0.980769:31:18:0:1:32:19:0:1 chr3 44968319 . CT C 313.04 PASS AF=0.793103;AO=26;DP=51;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00602315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0533;QD=21.5891;RBI=0.17284;REFB=-0.137229;REVB=0.172735;RO=17;SAF=23;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352937;STB=0.518127;STBP=0.642;TYPE=del;VARB=0.0637439;OID=.;OPOS=44968320;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.793103:26:51:46:58:12:31:15:9:3:17:17:23:3:10:7 chr3 45052775 . G C 1940.11 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000799692;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.928;QD=62.0837;RBI=0.0202275;REFB=0;REVB=0.0202117;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46177e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:57:67:0:0:57:68:0:0 chr3 45077122 . G GA 517.52 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103328;FXX=0.019604;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.846;QD=41.4017;RBI=0.132372;REFB=0;REVB=-0.0827381;RO=47;SAF=0;SAR=6;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00527449;OID=.;OPOS=45077123;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:50:50:0:23:27:0:0:4:47:0:6:25:22 chr3 45077123 . G A 586.1 PASS AF=0.9;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.03145;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.026;QD=46.8878;RBI=0.0316616;REFB=-0.109764;REVB=0.00365423;RO=5;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955734;STB=0.550998;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00138976;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:50:5:5:45:45:0.9:22:23:0:5:22:23:0:5 chr3 45127515 . T C 1135.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0784;QD=60.5334;RBI=0.0523806;REFB=0;REVB=0.0381714;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602984;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr3 45132921 . G A 597.17 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0170203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2521;QD=31.0219;RBI=0.0219976;REFB=-0.0341697;REVB=0.0139358;RO=25;SAF=33;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475315;STB=0.525747;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0247212;OID=.;OPOS=45132921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:25:52:52:0.675325:19:33:14:11:19:33:14:11 chr3 45134822 . T C 1093.35 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.545;QD=59.9096;RBI=0.0154191;REFB=0;REVB=-0.0137174;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49619e-06;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:23:48:0:0:25:48:0:0 chr3 45527218 . T C 759.22 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00220257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.092;QD=53.2784;RBI=0.017877;REFB=-0.0809499;REVB=0.0177408;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.521731;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000305955;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:1:2:54:55:0.964912:22:32:0:1:22:33:0:2 chr3 45533224 . G A 871.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165124;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.906;QD=58.0812;RBI=0.0172551;REFB=0;REVB=-0.00500793;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1486e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr3 45559519 . T C 1365.81 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.104;QD=62.0823;RBI=0.0313181;REFB=0;REVB=0.0312047;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24748e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:44:41:0:0:45:43:0:0 chr3 45565554 . A G 1494.92 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069275;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.353;QD=63.6136;RBI=0.0741301;REFB=0;REVB=-0.0263866;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268633;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr3 45637253 . C T 253.66 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0103221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.145;QD=12.8433;RBI=0.013048;REFB=-0.00304624;REVB=0.00798148;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250829;STB=0.514373;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00465422;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:14:16:25:24:14:16:25:24 chr3 45637439 . T C 469.21 PASS AF=0.293578;AO=60;DP=217;FAO=64;FDP=218;FR=.;FRO=154;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=-0.0394451;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.713;QD=8.60943;RBI=0.04171;REFB=-0.0245181;REVB=-0.0135577;RO=155;SAF=34;SAR=26;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124993;STB=0.535805;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0557368;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:155:154:60:64:0.293578:26:34:72:83:30:34:74:80 chr3 45722654 . C G 118.93 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0235115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1525;QD=6.51677;RBI=0.037293;REFB=-0.0161195;REVB=-0.0289479;RO=54;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484191;STB=0.520172;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0461521;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:55:18:18:0.246575:11:7:19:35:11:7:20:35 chr3 45730482 . C G 159.26 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0376535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1199;QD=8.38213;RBI=0.0811337;REFB=-0.00667419;REVB=0.0718672;RO=54;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980164;STB=0.55842;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0219114;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:10:12:25:29:10:12:25:29 chr3 45779136 . A T 910.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.292;QD=57.8231;RBI=0.0381766;REFB=0;REVB=0.0380573;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168759;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:32:31:0:0 chr3 45799922 . T C 198.08 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0207735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4319;QD=11.1594;RBI=0.0277719;REFB=0.0126106;REVB=0.018432;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241485;STB=0.646348;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0269461;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:9:16:19:26:9:16:19:27 chr3 45817418 . A G 840.06 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223258;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.837;QD=57.935;RBI=0.0476794;REFB=0;REVB=-0.0421293;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112196;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr3 45959515 . A T 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.512;QD=64.1537;RBI=0.024944;REFB=0;REVB=0.0135522;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186909;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr3 45959757 . CCT C,CC,CCC 948.36 PASS AF=0.0153846,0.0307692,0.953846;AO=10,15,39;DP=65;FAO=1,2,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22;FSAR=1,2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965859,0.108016,0.112585;FXX=0.0151492;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=218.456,233.492,241.137;QD=58.3607;RBI=0.0969132,0.108275,0.112801;REFB=0,0,0;REVB=0.00795861,0.00749075,0.00697858;RO=0;SAF=10,8,4;SAR=0,7,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318777,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0120874,-0.0111811,0.00810505;OID=.,.,.;OPOS=45959758,45959759,45959759;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0153846,0.0307692,0.953846:10,15,39:65:1,2,62:65:0:0,0,22:1,2,40:0:0:8:0:10,8,4:0,7,35:0:0 chr3 45989044 . T G 708.07 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121948;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.569;QD=62.9396;RBI=0.0402221;REFB=0;REVB=0.0383289;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225198;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr3 45996761 . G A 2353.15 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00967507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.665;QD=63.1719;RBI=0.00967508;REFB=0.014686;REVB=-1.47604e-05;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-6.13586e-06;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:149:0:1:148:148:0.993289:74:74:0:0:74:74:1:0 chr3 46008790 . G A 1625.92 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1492;QD=59.1245;RBI=0.108041;REFB=-0.152175;REVB=0.0231582;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00203841;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:59:50:0:0:59:50:0:1 chr3 46009864 . C G 789.0 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0737;QD=56.3568;RBI=0.113741;REFB=0;REVB=0.085086;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183202;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:27:28:0:1:28:28:0:0 chr3 46010077 . C T 1198.44 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0311123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.555;QD=56.3971;RBI=0.038325;REFB=-0.207052;REVB=0.0223792;RO=2;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230849;STB=0.512051;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00262187;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:85:85:2:4:81:81:0.952941:41:40:2:0:41:40:3:1 chr3 46021218 . G T 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331344;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.281;QD=59.1579;RBI=0.0352214;REFB=0;REVB=0.0119438;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21728e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr3 46244920 . A G 309.81 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0108295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5047;QD=28.8196;RBI=0.0237838;REFB=0.00101165;REVB=-0.0211752;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738106;STB=0.550228;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.000739811;OID=.;OPOS=46244920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:15:12:5:10:15:12:5:11 chr3 46416470 . G T 218.2 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0531498;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1859;QD=30.0967;RBI=0.0559132;REFB=-0.00859733;REVB=0.0173604;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393933;STB=0.521718;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00600436;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:29:9:9:20:20:0.689655:8:12:6:3:8:12:6:3 chr3 46417312 . G T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00117606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.229;QD=20.4561;RBI=0.0316342;REFB=-0.021306;REVB=-0.0316123;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0195745;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:8:7:9:8:8:7 chr3 46449978 . A C 414.41 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00870353;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.6;QD=24.0238;RBI=0.00907573;REFB=-0.0240696;REVB=0.00257243;RO=28;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640348;STB=0.536214;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0179008;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:29:39:40:0.57971:19:20:12:16:20:20:12:17 chr3 46450070 . T A 360.8 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00379214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.034;QD=23.2772;RBI=0.0329632;REFB=-0.0387281;REVB=0.0327444;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212048;STB=0.511663;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0294978;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:13:13:19:17:13:13 chr3 46480801 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.591;QD=62.022;RBI=0.0260852;REFB=0;REVB=0.0249392;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81254e-05;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr3 46484964 . G A 1034.09 PASS AF=1;AO=52;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1283;QD=59.0909;RBI=0.0595846;REFB=0;REVB=0.0476574;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051352;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:52:70:1:40:12:0:0:40:30:0:0 chr3 46488854 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0107314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.426;QD=11.3692;RBI=0.0112301;REFB=-0.0247797;REVB=-0.00330973;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0292936;OID=.;OPOS=46488854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr3 46490366 . G A 335.51 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00705077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=13.2875;RBI=0.0398829;REFB=-0.0100793;REVB=-0.0392547;RO=61;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001958;STB=0.502761;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0144218;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:25:14:22:39:25:14:22:40 chr3 46490474 . G A 348.26 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0229376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.438;QD=13.7925;RBI=0.0298208;REFB=-0.00584545;REVB=0.0190564;RO=60;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624402;STB=0.54075;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00701594;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:40:40:0.39604:23:17:29:31:23:17:30:31 chr3 46501213 . T C 1212.86 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00670642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.62;QD=59.8944;RBI=0.0307929;REFB=-0.0898276;REVB=0.0300537;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000304457;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:48:32:0:1:48:32:0:1 chr3 46501268 . C T 1158.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00432925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.791;QD=59.4083;RBI=0.00794815;REFB=-0.127929;REVB=0.00666564;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=3.85508e-05;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:0:1:41:36:0:1 chr3 46501284 . C CCTT 923.46 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141843;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.933;QD=58.6326;RBI=0.0384762;REFB=0;REVB=0.0357663;RO=5;SAF=32;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.4423e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:68:63:63:0:33:30:0:0:5:5:32:29:3:2 chr3 46509712 . A G 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00902647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.268;QD=8.11471;RBI=0.0141025;REFB=-0.00639407;REVB=-0.0108353;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115296;STB=0.569932;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0172213;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:22:17:8:7:22:17 chr3 46580591 . G T 292.78 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0192623;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.934;QD=26.0245;RBI=0.0363308;REFB=-0.0326709;REVB=-0.030804;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031099;STB=0.517228;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0253999;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:8:11:14:12:8:11 chr3 46620614 . T C 1146.58 PASS AF=0.701493;AO=94;DP=137;FAO=94;FDP=134;FR=.;FRO=40;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0165296;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8809;QD=34.2264;RBI=0.0208333;REFB=0.00747558;REVB=0.0126806;RO=43;SAF=53;SAR=41;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986498;STB=0.541671;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0029234;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:43:40:94:94:0.701493:41:53:17:26:41:53:17:23 chr3 46654132 . G A 1320.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.92;QD=62.1586;RBI=0.0233531;REFB=0;REVB=0.0230375;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09953e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:39:46:0:0 chr3 46658737 . A G,T 1043.88 PASS AF=0.971831,0.028169;AO=68,3;DP=71;FAO=69,2;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373346,-0.00587121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.581,207.591;QD=58.8101;RBI=0.0812109,0.0191682;REFB=0,0;REVB=0.0721203,0.0182469;RO=0;SAF=32,1;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.49594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000513572,0.0920559;OID=.,.;OPOS=46658737,46658737;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:71:71:0:0:68,3:69,2:0.971831,0.028169:36,2:32,1:0:0:36,2:33,0:0:0 chr3 46714821 . C G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00325811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.76;QD=11.4396;RBI=0.0128719;REFB=-0.0129633;REVB=-0.0124527;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175995;STB=0.605213;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0216842;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:11:13:9:4:11:13 chr3 46723551 . G A 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0249587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7786;QD=11.0179;RBI=0.0250291;REFB=-0.0390383;REVB=-0.00187626;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0523463;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr3 46904812 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0185739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.826;QD=7.62907;RBI=0.0295174;REFB=0.000303445;REVB=0.0229409;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196171;STB=0.624665;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000225248;OID=.;OPOS=46904812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:12:8:2:6:12:8 chr3 46933960 . C G 435.23 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0378826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0453;QD=43.5233;RBI=0.0384568;REFB=-0.0435081;REVB=-0.00662055;RO=7;SAF=12;SAR=21;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275449;STB=0.514843;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0103244;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:21:12:2:5:21:12:2:5 chr3 46944016 . GA G,GC 139.83 PASS AF=0.666667,0;AO=21,2;DP=39;FAO=26,0;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=24,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.193783,-0.0606676;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.8212,85.7854;QD=14.3412;RBI=0.208354,0.0609066;REFB=-0.114708,-0.00915333;REVB=-0.0765483,0.0053905;RO=15;SAF=19,2;SAR=2,0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.657815,0.736637;STB=0.882007,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0898228,0;OID=.,.;OPOS=46944017,46944017;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:21,2:39:26,0:39:13:24,0:2,0:0:13:99:15:19,2:2,0:2:13 chr3 46944274 . T C 342.99 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00521823;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.832;QD=23.6545;RBI=0.0266562;REFB=-0.0201098;REVB=0.0261405;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940416;STB=0.551694;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00968584;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:24:34:34:0.586207:17:17:15:9:17:17:15:9 chr3 47018214 . T C 806.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.06;QD=56.614;RBI=0.0353991;REFB=0;REVB=-0.0144711;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93553e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:37:20:0:0 chr3 47036756 . C G 199.17 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0260626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2284;QD=19.9167;RBI=0.086599;REFB=-0.0126929;REVB=-0.082584;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00655316;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:10:10:11:9:10:10 chr3 47043538 . C T 329.7 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00882917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3;QD=20.9331;RBI=0.00887768;REFB=0.0282976;REVB=0.000926792;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118408;STB=0.553161;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0170028;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:34:34:0.539683:21:13:7:21:21:13:8:21 chr3 47043622 . G A 236.08 PASS AF=0.628571;AO=18;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0868208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.442;QD=26.981;RBI=0.0893302;REFB=-0.0370268;REVB=0.0210244;RO=13;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456068;STB=0.571358;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0207769;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:18:22:0.628571:17:1:4:9:18:4:4:9 chr3 47045739 . C G 244.86 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0215836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5863;QD=23.889;RBI=0.0221632;REFB=-0.0189142;REVB=-0.00503529;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265991;STB=0.514838;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0271344;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:6:12:16:7:6:12 chr3 47125385 . G A 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=-0.0163894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.685;QD=21.227;RBI=0.0191359;REFB=-0.00945271;REVB=-0.00987763;RO=24;SAF=26;SAR=3;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156518;STB=0.585607;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00618259;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:3:26:23:1:3:26:23:1 chr3 47161214 . T C 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.026228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.266;QD=22.9153;RBI=0.0268499;REFB=-0.00475709;REVB=0.00574505;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107529;STB=0.561271;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00113474;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:3:1:4:5:3:1 chr3 47162661 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0224754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.888;QD=16.8984;RBI=0.0229598;REFB=-0.000792545;REVB=-0.00469177;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000439999;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr3 47282303 . G A 276.85 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0321812;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.225;QD=15.5972;RBI=0.0350599;REFB=0.00876263;REVB=0.013913;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954333;STB=0.570838;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0099971;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:20:11:17:21:20:11:19:21 chr3 47322496 . C T 261.67 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0570224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2797;QD=24.9212;RBI=0.0933294;REFB=0.00246263;REVB=0.0738838;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360994;STB=0.541632;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00197624;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:25:24:0.571429:13:12:9:8:13:11:10:8 chr3 47385585 . C A 200.72 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.030481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.736;QD=20.5864;RBI=0.076987;REFB=0.0167321;REVB=0.0706959;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0124246;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:10:9:9:11:10:9 chr3 47386059 . TG CC 656.37 PASS AF=1;AO=3;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17583;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=2;MLLD=57.6827;QD=57.0755;RBI=0.222712;REFB=0;REVB=0.13669;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00284381;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:3:46:1:2:1:0:0:31:15:0:0 chr3 47449058 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.343;QD=47.8224;RBI=0.0332092;REFB=0;REVB=0.0160976;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176753;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr3 47451294 . G A 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00460196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.74;QD=10.3656;RBI=0.0514923;REFB=-0.0119328;REVB=0.0512862;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101256;STB=0.559264;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0223191;OID=.;OPOS=47451294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:10:10:23:16:10:10:23:16 chr3 47452786 . G A 135.14 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0509649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.725;QD=17.4373;RBI=0.0523929;REFB=-0.014181;REVB=-0.0121486;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.519973;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.015223;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:5:9:9:7:6:9:9:7 chr3 47454344 . C T 42.65 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0328929;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.513;QD=8.97814;RBI=0.0329249;REFB=0.00378394;REVB=0.00145059;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180994;STB=0.528223;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00522443;OID=.;OPOS=47454344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:12:12:5:7:0.368421:3:2:3:9:5:2:3:9 chr3 47454399 . G A 106.76 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8159;QD=42.7054;RBI=0.020612;REFB=0;REVB=0.020612;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199008;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr3 47454494 . T TC 34.21 PASS AF=0.183673;AO=12;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0323734;FXX=0.039208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.8741;QD=2.79282;RBI=0.159104;REFB=0.000157153;REVB=-0.155776;RO=38;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236158;STB=0.883925;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=-0.0142241;OID=.;OPOS=47454495;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673:12:50:9:49:40:8:1:17:23:34:38:8:4:18:20 chr3 47459679 . C T 385.83 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0381683;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.52;QD=25.7221;RBI=0.0523573;REFB=-0.0081644;REVB=0.0358395;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055064;STB=0.530137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00714661;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:37:37:0.616667:19:18:13:10:19:18:13:10 chr3 47462200 . T C 575.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.111;QD=60.5297;RBI=0.0213559;REFB=0;REVB=0.0113346;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17598e-05;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr3 47539702 . T C 142.53 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0288131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.122;QD=14.2525;RBI=0.029928;REFB=-0.0180842;REVB=0.00809243;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.049981;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:11:13:8:8:11:13 chr3 47539751 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.832;QD=58.9616;RBI=0.0144516;REFB=0;REVB=-0.0114262;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74527e-05;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr3 47544925 . T A 47.25 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.120734;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.3753;QD=7.26846;RBI=0.12667;REFB=-0.0940136;REVB=-0.0383238;RO=15;SAF=0;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757216;STB=0.813055;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.171557;OID=.;OPOS=47544925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:26:15:18:7:8:0.307692:7:0:8:7:7:1:9:9 chr3 47618953 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.886;QD=58.1421;RBI=0.0149523;REFB=0;REVB=0.0147904;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29158e-05;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr3 47645933 . A T 342.83 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00852509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6524;QD=16.1334;RBI=0.0569697;REFB=0.00307857;REVB=-0.0563282;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407621;STB=0.522947;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00509895;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:20:17:24:24:20:17:24:24 chr3 47712202 . T C 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0121455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7682;QD=30.5517;RBI=0.0800999;REFB=0.0190798;REVB=-0.0791738;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166128;STB=0.591825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0100778;OID=.;OPOS=47712202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:7:11:2:5:7:11:2:5 chr3 47894488 . G C 467.29 PASS AF=0.745455;AO=40;DP=52;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0254715;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8623;QD=33.9845;RBI=0.0715552;REFB=-0.0769497;REVB=0.0668681;RO=12;SAF=10;SAR=30;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901407;STB=0.528039;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0231457;OID=.;OPOS=47894488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:52:55:12:14:40:41:0.745455:30:10:5:7:30:11:5:9 chr3 48419897 . C T 125.42 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00063513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0421;QD=8.95875;RBI=0.006337;REFB=0.00869843;REVB=-0.00630509;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491499;STB=0.529377;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0313185;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:8:9:19:20:8:9:19:20 chr3 48421387 . G T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0149824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.162;QD=24.4132;RBI=0.0550592;REFB=-0.0170386;REVB=0.0529815;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240587;STB=0.636115;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00269619;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:1:4:4:7:1:4 chr3 48422235 . T A 248.59 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0266824;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.771;QD=24.859;RBI=0.034841;REFB=-0.0162285;REVB=0.0224041;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217862;STB=0.62059;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0109008;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:12:11:13:4:12:11:13:4 chr3 48474249 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0190789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8186;QD=25.3612;RBI=0.0667616;REFB=0.0441909;REVB=-0.0639774;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251479;STB=0.639824;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0266093;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:7:1:8:7:7:1 chr3 48476431 . C G 1337.52 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.65;QD=62.2104;RBI=0.034385;REFB=0;REVB=0.0223025;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14687e-05;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr3 48508585 . C T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00513254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.781;QD=27.3142;RBI=0.010508;REFB=-0.0522008;REVB=-0.00916919;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600218;STB=0.533301;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0462634;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:7:14:7:5:7:14:7:5 chr3 48599944 . C A 368.36 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000473264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.207;QD=29.4684;RBI=0.0296005;REFB=-0.0180064;REVB=0.0295967;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121293;STB=0.580593;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00964582;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:30:31:0.62:17:13:11:7:18:13:12:7 chr3 48605075 . GAA GA,G 207.09 PASS AF=0.835821,0;AO=36,10;DP=70;FAO=56,0;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=40,0;FSAR=16,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0687647,-0.0355844;FXX=0.042851;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.95814,9.67988;QD=12.3637;RBI=0.098279,0.0511133;REFB=0.123975,0.0667076;REVB=0.0702153,0.0366922;RO=17;SAF=23,9;SAR=13,1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0825215,0.276077;STB=0.502617,0.5;STBP=0.957,1;TYPE=del,del;VARB=0.00147223,-0.109388;OID=.,.;OPOS=48605076,48605076;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.835821,0:36,10:70:56,0:67:11:40,0:16,0:8:3:11:17:23,9:13,1:13:4 chr3 48625266 . T C 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0123154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.487;QD=17.6398;RBI=0.0125367;REFB=-0.001648;REVB=0.00234503;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286547;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000959554;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:5:2:6:3:5:2 chr3 48668049 . G GC 36.58 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0491597;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2323;QD=5.04553;RBI=0.115679;REFB=-0.0299153;REVB=0.104714;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207919;STB=0.510617;STBP=0.988;TYPE=ins;VARB=0.0574008;OID=.;OPOS=48668050;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:8:32:10:29:19:2:8:4:15:36:22:1:7:5:17 chr3 48672773 . CGGGG CGGG,CGGGC 55.42 PASS AF=0.232877,0.0410959;AO=14,5;DP=72;FAO=17,3;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=6,1;FSAR=11,2;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0462634,-0.0549572;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.3229,27.227;QD=3.03682;RBI=0.0876722,0.0569131;REFB=-0.0689321,-0.0436223;REVB=-0.0744723,-0.0147921;RO=49;SAF=4,2;SAR=10,3;SRF=20;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16635,-0.00930892;STB=0.535093,0.563666;STBP=0.779,0.904;TYPE=del,snp;VARB=0.153542,0.191466;OID=.,.;OPOS=48672774,48672777;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232877,0.0410959:14,5:72:17,3:73:53:6,1:11,2:21:32:42:49:4,2:10,3:20:29 chr3 48693212 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00463573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.766;QD=15.172;RBI=0.00466023;REFB=-0.0082005;REVB=0.000477236;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126155;STB=0.573438;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0116921;OID=.;OPOS=48693212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:8:16:13:4:8:16 chr3 48727112 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00715899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.443;QD=55.0444;RBI=0.0165461;REFB=-0.00950095;REVB=0.0149172;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000160245;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr3 48986546 . CATTTATTT C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0103005;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=276.222;QD=16.8229;RBI=0.0146999;REFB=-0.00593416;REVB=0.0104874;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=0.00424568;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:7:8:7:12:5:3:4:2:3:30:0:3:4:0:0 chr3 48995487 . C T 180.34 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108652;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.517;QD=48.0918;RBI=0.0191087;REFB=0;REVB=-0.0157191;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349654;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr3 49053219 . A G 1039.02 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.009;QD=58.5364;RBI=0.0190355;REFB=0;REVB=-0.00622442;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120613;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:60:71:1:31:29:0:0:31:40:0:0 chr3 49054692 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.563;QD=57.6805;RBI=0.0220969;REFB=0;REVB=-0.0175131;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190073;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr3 49200627 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.812;QD=45.8066;RBI=0.0391691;REFB=0;REVB=0.00229458;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293805;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 49200692 . T A 143.29 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.895;QD=44.0906;RBI=0.26898;REFB=0;REVB=0.265797;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00793754;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:1:11:0:0:2:11:0:0 chr3 49273996 . C T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.439;QD=44.0921;RBI=0.0263032;REFB=-0.100663;REVB=-0.0184588;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00776678;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr3 49298139 . G A 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.98;QD=59.0128;RBI=0.0418384;REFB=0;REVB=0.0298885;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26471e-06;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr3 49298205 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142;QD=57.1998;RBI=0.0708025;REFB=0;REVB=0.0380569;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104425;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr3 49548008 . C G 623.67 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.135;QD=60.8459;RBI=0.0783596;REFB=0;REVB=-0.0352279;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:19:21:1:0:19:22:0:0 chr3 49570882 . T C 1200.29 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.98;QD=58.5509;RBI=0.0225953;REFB=0.0181359;REVB=0.00726075;RO=2;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416352;STB=0.502199;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000571307;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:33:47:1:1:33:47:1:1 chr3 49690199 . G A,C 1108.45 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495255,0.0359578;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.961,8.35472;QD=59.1172;RBI=0.0640083,0.04639;REFB=0,0;REVB=0.0405498,0.0293099;RO=0;SAF=27,3;SAR=45,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.27032e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000394431,0.164772;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:45,0:27,3:0:0:45,0:27,3:0:0 chr3 49701298 . G A 889.91 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5419;QD=57.4137;RBI=0.0299762;REFB=0;REVB=-0.0100772;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202026;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:40:22:0:0 chr3 49708769 . T C 200.9 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0149286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1574;QD=9.79984;RBI=0.0524801;REFB=-0.00737852;REVB=0.050312;RO=56;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207692;STB=0.512186;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0175446;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:13:13:29:27:13:13:29:27 chr3 49723784 . C A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.942;QD=40.7599;RBI=0.0753324;REFB=0;REVB=0.0679865;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371171;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr3 49724808 . T C 1422.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122891;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5968;QD=61.8427;RBI=0.0209381;REFB=-0.0293275;REVB=-0.0169523;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000100699;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:0:1:91:91:0.98913:48:43:0:0:48:43:0:1 chr3 49726028 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00982155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.786;QD=5.57499;RBI=0.0363002;REFB=-0.000210126;REVB=-0.0349462;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655922;STB=0.542737;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00369569;OID=.;OPOS=49726028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:15:9:3:4:15:9 chr3 49726070 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00932235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.123;QD=5.37736;RBI=0.00955062;REFB=-0.00864305;REVB=-0.00207563;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847761;STB=0.555401;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0281113;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:16:9:3:4:16:9 chr3 49736172 . C A 200.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0209066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.228;QD=20.5961;RBI=0.0466751;REFB=-0.0212015;REVB=-0.041731;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134987;STB=0.5877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0134205;OID=.;OPOS=49736172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:9:11:7:11:9:11:7:12 chr3 49738945 . C T 426.79 PASS AF=0.645161;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00972128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5134;QD=27.5349;RBI=0.0960465;REFB=-0.0128923;REVB=0.0955533;RO=22;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128534;STB=0.565486;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00838982;OID=.;OPOS=49738945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:22:39:40:0.645161:23:16:5:17:24:16:5:17 chr3 49739507 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4881;QD=55.0985;RBI=0.020547;REFB=0;REVB=0.00374745;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032178;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 49751585 . C T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0397844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9533;QD=27.6516;RBI=0.0627852;REFB=-0.00846597;REVB=-0.0485714;RO=8;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.588127;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.012201;OID=.;OPOS=49751585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:8:9:18:18:0.666667:15:3:3:5:15:3:3:6 chr3 49758764 . A G 68.24 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0083353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.068;QD=19.4974;RBI=0.0339623;REFB=-0.00253468;REVB=0.0329235;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.666348;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000220075;OID=.;OPOS=49758764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:7:9:0.642857:5:2:0:5:5:4:0:5 chr3 49760039 . T C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.413;QD=55.6487;RBI=0.0482621;REFB=0;REVB=-0.0170822;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146253;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr3 49829326 . G A 325.2 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0373892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6793;QD=28.9068;RBI=0.0437957;REFB=0.02677;REVB=0.022806;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746571;STB=0.53331;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0133414;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:13:14:7:10:14:14:7:10 chr3 49836707 . G A 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00306436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.053;QD=29.2201;RBI=0.0186706;REFB=0.00842176;REVB=0.0184174;RO=12;SAF=19;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331522;STB=0.685062;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00252691;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:4:19:5:7:4:19:5:7 chr3 49846454 . T TG 38.03 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.143291;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.1144;QD=8.00665;RBI=0.152282;REFB=-0.0869923;REVB=-0.0515512;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74148;STB=0.680363;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.102133;OID=.;OPOS=49846455;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:7:19:9:19:10:1:8:3:7:35:11:0:7:4:7 chr3 49898273 . A G 288.37 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0247201;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.893;QD=30.3546;RBI=0.0303103;REFB=-0.0284902;REVB=0.0175395;RO=13;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357115;STB=0.519615;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00983968;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:25:25:0.657895:9:16:9:4:9:16:9:4 chr3 49899795 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00964243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.342;QD=23.2628;RBI=0.0124768;REFB=-0.00720429;REVB=-0.00791802;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179283;STB=0.506324;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00808795;OID=.;OPOS=49899795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:19:23:23:0.547619:10:13:10:7:10:13:11:8 chr3 49901060 . A T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0182199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.208;QD=26.6377;RBI=0.0250191;REFB=-0.00291087;REVB=0.0171462;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19624;STB=0.608569;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000831846;OID=.;OPOS=49901060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:7:1:7:9:7:1 chr3 49924940 . T C 308.12 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0398581;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.594;QD=26.7928;RBI=0.0405661;REFB=-0.000586534;REVB=-0.0075458;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000406291;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:9:10:16:11:9:10 chr3 49928691 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3962;QD=40.7574;RBI=0.0313101;REFB=0;REVB=0.0268093;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376646;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 49936102 . T C 38.5 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0155491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.847;QD=10.9999;RBI=0.0279898;REFB=0.0128446;REVB=-0.0232734;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0239882;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr3 49949071 . A G 446.33 PASS AF=0.85;AO=30;DP=37;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.126573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.973;QD=44.6326;RBI=0.126592;REFB=-0.0208744;REVB=-0.00217257;RO=5;SAF=6;SAR=24;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00355716;OID=.;OPOS=49949071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:40:5:6:30:34:0.85:24:6:1:4:24:10:2:4 chr3 50114515 . C T 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0124801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.74;QD=4.3093;RBI=0.0187182;REFB=-0.00613321;REVB=-0.0139506;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551168;STB=0.874064;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0213037;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:1:7:16:22:1:7:16:22 chr3 50129399 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00869025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.044;QD=12.4822;RBI=0.0993612;REFB=0.0101318;REVB=-0.0989804;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0147417;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr3 50144951 . T C 110.19 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0140253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7219;QD=15.198;RBI=0.0285464;REFB=-0.017503;REVB=0.0248634;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0297983;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:9:4:7:8:9:4:8:8 chr3 50153356 . T C 124.68 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00635807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6783;QD=10.3904;RBI=0.010998;REFB=-0.0117555;REVB=0.00897384;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.593102;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0186477;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:33:14:15:0.3125:8:6:11:21:8:7:11:22 chr3 50197092 . C T 112.96 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0124383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8166;QD=9.41357;RBI=0.0482063;REFB=-0.00118366;REVB=0.046574;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524133;STB=0.531868;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00815685;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:10:4:11:23:10:4:11:23 chr3 50222926 . T A 430.87 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00361313;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.367;QD=53.8584;RBI=0.0552981;REFB=-0.143661;REVB=0.0551799;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00357107;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:17:13:1:0:17:14:1:0 chr3 50251833 . A AG 278.36 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106792;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3626;QD=42.8252;RBI=0.127842;REFB=0;REVB=0.0702791;RO=3;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00846776;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:27:26:26:0:14:12:0:0:5:3:14:10:0:3 chr3 50253227 . C T 103.65 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0973801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2035;QD=10.3653;RBI=0.137447;REFB=0.00831709;REVB=0.0969995;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170118;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0071286;OID=.;OPOS=50253227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:10:17:8:5:10:17 chr3 50311900 . C T 176.34 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00152847;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.94;QD=14.3948;RBI=0.0229215;REFB=-0.0121028;REVB=-0.0228705;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190675;STB=0.560022;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.020326;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:29:18:20:0.408163:7:11:13:17:9:11:13:16 chr3 50326020 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0264331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.063;QD=15.6188;RBI=0.0283424;REFB=-0.0110371;REVB=0.0102268;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.554315;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0134056;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:11:13:11:7:12:13 chr3 50329826 . A G 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00296657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.937;QD=6.39528;RBI=0.0178814;REFB=-0.0157995;REVB=-0.0176336;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167972;STB=0.606704;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0428614;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:12:17:4:5:12:17 chr3 50336661 . T C 128.99 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00195903;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.021;QD=11.9989;RBI=0.0222616;REFB=-0.00687852;REVB=-0.0221753;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173186;STB=0.612749;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0172045;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:28:15:15:0.348837:5:10:15:14:5:10:14:14 chr3 50355730 . T G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.020043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.746;QD=6.73535;RBI=0.0209231;REFB=0.00303402;REVB=0.00600466;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372871;STB=0.735208;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0119786;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:3:8:15:21:3:8:15:21 chr3 50357869 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0413229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6641;QD=14.1384;RBI=0.0854838;REFB=-0.0249292;REVB=-0.0748325;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.544489;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0296942;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:13:7:4:10:13:7 chr3 50367867 . A C 115.71 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00597934;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.494;QD=15.9606;RBI=0.0428798;REFB=0.000784912;REVB=-0.0424608;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514683;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00107934;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:12:13:0.448276:3:9:12:4:3:10:12:4 chr3 50380770 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0118007;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=344.314;QD=6.59527;RBI=0.0119078;REFB=-0.00325645;REVB=-0.00159345;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999731;STB=0.564364;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0107058;OID=.;OPOS=50380770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:8:20:7:2:8:20 chr3 50396014 . C T 159.1 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.015612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9107;QD=22.7278;RBI=0.105931;REFB=-0.0346404;REVB=0.104774;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314298;STB=0.6522;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0700644;OID=.;OPOS=50396014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:28:12:11:15:17:0.607143:7:8:11:1:8:9:10:1 chr3 50401841 . G A 201.91 PASS AF=0.47619;AO=15;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.283126;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0993;QD=19.2299;RBI=0.2867;REFB=-0.0441701;REVB=0.0451323;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136752;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:9:20:15:20:0.47619:12:3:1:8:15:5:5:15 chr3 50597092 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.286;QD=53.2772;RBI=0.0656818;REFB=0;REVB=0.0611113;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296753;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr3 50609624 . T G 806.07 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00670183;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4188;QD=55.5911;RBI=0.0241188;REFB=-0.106842;REVB=-0.023169;RO=1;SAF=13;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348923;STB=0.518512;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00115432;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:44:13:1:0:44:13:1:0 chr3 51273773 . T C 1153.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.262;QD=60.704;RBI=0.0535087;REFB=0;REVB=0.00232564;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46672e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr3 51432895 . T C 435.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.769;QD=56.2547;RBI=0.0193528;REFB=0;REVB=0.0187122;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263086;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr3 51433034 . G A 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00995715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.929;QD=32.1189;RBI=0.0255611;REFB=-0.0098744;REVB=0.023542;RO=11;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267738;STB=0.647358;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.001962;OID=.;OPOS=51433034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:7:18:3:8:7:18:3:8 chr3 51434215 . A C 261.07 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000946247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.625;QD=26.7763;RBI=0.0130219;REFB=-5.90717e-05;REVB=0.0129874;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229993;STB=0.503223;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00022171;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:13:10:7:8:13:11:7:8 chr3 51728573 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.22;QD=57.0007;RBI=0.0317714;REFB=0;REVB=0.00213348;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102676;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr3 51978220 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.719;QD=55.0985;RBI=0.0238832;REFB=0;REVB=0.0165593;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74813e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 51990930 . G C 105.14 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0871653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4405;QD=11.0676;RBI=0.106373;REFB=0.021091;REVB=0.0609703;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355057;STB=0.717003;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0437348;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:2:11:15:10:2:11:15:10 chr3 52291078 . G A 2583.01 PASS AF=1;AO=164;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327234;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5734;QD=61.8684;RBI=0.0468303;REFB=0;REVB=0.0335002;RO=0;SAF=106;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16362e-06;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:164:167:1:58:106:0:0:59:108:0:0 chr3 52407025 . G A 254.94 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0168937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0936;QD=10.965;RBI=0.0211387;REFB=-0.00268199;REVB=-0.0127063;RO=62;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275308;STB=0.659692;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00559651;OID=.;OPOS=52407025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:11:20:25:37:11:20:25:37 chr3 52430526 . G A 396.66 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2529;QD=54.7111;RBI=0.0244455;REFB=0;REVB=0.00491783;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481184;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr3 52430698 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.583;QD=53.2772;RBI=0.0229618;REFB=0;REVB=-0.00935384;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04713e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr3 52453893 . C T 818.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.313;QD=57.4266;RBI=0.0561098;REFB=0;REVB=0.0548122;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100005;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:31:26:0:0 chr3 52477080 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.036;QD=57.6805;RBI=0.0105184;REFB=0;REVB=-0.00317486;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61751e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr3 52492707 . T C 1482.64 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376116;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.391;QD=63.0912;RBI=0.039299;REFB=0;REVB=-0.0113923;RO=0;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113222;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:31:61:0:0:32:62:0:0 chr3 52510592 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.361;QD=57.2019;RBI=0.0322135;REFB=0;REVB=0.00995997;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294739;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr3 52514519 . A G 116.17 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.022968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1711;QD=20.2033;RBI=0.0859911;REFB=0.00730336;REVB=-0.082867;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483496;STB=0.779045;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0101394;OID=.;OPOS=52514519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:3:7:2:11:3:7 chr3 52523405 . C T 300.23 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.249092;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.336;QD=50.0386;RBI=0.249092;REFB=-0.139082;REVB=2.85421e-06;RO=1;SAF=23;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148463;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:0:23:1:0:0:23:1:0 chr3 52540773 . T C 1606.96 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.366;QD=64.2784;RBI=0.0539295;REFB=0;REVB=0.00400983;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33867e-05;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr3 52544470 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00012757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.461;QD=60.2232;RBI=0.00847202;REFB=0;REVB=-0.00847106;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29057e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr3 52554304 . G C 774.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8359;QD=63.2323;RBI=0.0254454;REFB=0;REVB=-0.00173676;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027688;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:33:15:1:0:33:16:0:0 chr3 52658962 . G A 149.7 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0161838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3368;QD=28.5142;RBI=0.114074;REFB=0.0477674;REVB=-0.112921;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100199;STB=0.555485;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0248214;OID=.;OPOS=52658962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:5:10:5:1:5:10:5:1 chr3 52745087 . T C 643.04 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0035238;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.268;QD=55.917;RBI=0.0037478;REFB=-0.0311383;REVB=-0.00127625;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.508643;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000300401;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:46:3:3:43:43:0.934783:20:23:2:1:20:23:2:1 chr3 52867715 . G C 1291.52 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.234;QD=61.5012;RBI=0.012084;REFB=0;REVB=-0.00555044;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25673e-06;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr3 52874446 . C T 430.76 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4352;QD=55.5821;RBI=0.100661;REFB=0;REVB=0.0969228;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00809617;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr3 53125922 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0093;QD=60.6093;RBI=0.0175957;REFB=0;REVB=-0.00570058;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186251;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 53215875 . A C 822.16 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016072;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.986;QD=57.6956;RBI=0.0231929;REFB=0;REVB=0.0167213;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71718e-05;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr3 53222761 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.095;QD=56.9379;RBI=0.0152258;REFB=0;REVB=-0.0141039;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04276e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr3 53223927 . C G 753.31 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0216;QD=54.7864;RBI=0.0169662;REFB=-0.00968423;REVB=-0.01057;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00274888;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr3 53224002 . T C 801.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4388;QD=57.2276;RBI=0.0742611;REFB=0;REVB=-0.0420758;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113668;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:23:32:1:0:23:33:0:0 chr3 53700550 . T C 616.36 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0091615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.395;QD=24.9034;RBI=0.0309059;REFB=-0.0259625;REVB=0.0295168;RO=43;SAF=20;SAR=36;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146255;STB=0.580181;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.01701;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:36:20:23:20:36:20:23:20 chr3 53752378 . G A 683.89 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0169813;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.651;QD=31.0861;RBI=0.0311903;REFB=-0.063331;REVB=0.0261624;RO=30;SAF=28;SAR=30;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101479;STB=0.505493;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0380826;OID=.;OPOS=53752378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:30:30:58:58:0.659091:30:28:14:16:30:28:14:16 chr3 53766026 . T C 472.63 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7332;QD=57.289;RBI=0.007994;REFB=0;REVB=0.00578174;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129747;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr3 53845918 . C A 271.79 PASS AF=0.34;AO=33;DP=102;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00373923;FXX=0.0196059;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.347;QD=10.8717;RBI=0.00827644;REFB=-0.00259587;REVB=0.0073836;RO=66;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521689;STB=0.519988;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00528833;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:66:66:33:34:0.34:16:17:31:35:17:17:31:35 chr3 53856653 . C T 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0254473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.113;QD=30.2187;RBI=0.0278931;REFB=-0.00961605;REVB=0.0114218;RO=17;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467417;STB=0.514503;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00665359;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:31:31:0.632653:16:15:7:10:16:15:8:10 chr3 53857803 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.425;QD=58.5871;RBI=0.118307;REFB=0;REVB=0.0582068;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232338;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr3 53882663 . G A 493.25 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0102001;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.726;QD=28.1856;RBI=0.0120795;REFB=-0.00556316;REVB=0.00647085;RO=25;SAF=32;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245403;STB=0.513363;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00263835;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:25:25:45:45:0.642857:13:32:17:8:13:32:17:8 chr3 53882673 . G GT 57.2 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0059731;FXX=0.0144907;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.86865;QD=3.36478;RBI=0.0818623;REFB=-0.0640829;REVB=-0.0816441;RO=41;SAF=20;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373695;STB=0.6128;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=0.0409218;OID=.;OPOS=53882674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:23:70:24:68:44:19:5:29:15:57:41:20:3:26:15 chr3 53883722 . C G 967.42 PASS AF=0.625;AO=85;DP=137;FAO=85;FDP=136;FR=.;FRO=51;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00583563;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0071;QD=28.4536;RBI=0.0396358;REFB=0.00610891;REVB=-0.0392038;RO=50;SAF=49;SAR=36;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134673;STB=0.569257;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00340673;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:50:51:85:85:0.625:36:49:19:31:36:49:20:31 chr3 53886912 . C T 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00124574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.246;QD=29.1429;RBI=0.00548251;REFB=-0.00347515;REVB=0.0053391;RO=16;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100314;STB=0.562879;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00172749;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:17:35:35:0.673077:17:18:11:5:17:18:12:5 chr3 53899276 . C T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0163938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=5.12632;RBI=0.0199878;REFB=-0.00366188;REVB=-0.0114347;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841328;STB=0.555432;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0183547;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:19:18:5:4:19:18 chr3 53905308 . T C 985.5 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8371;QD=56.3145;RBI=0.0306945;REFB=0.0121593;REVB=-0.00645884;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00326891;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:68:69:0.985714:36:32:0:0:37:32:1:0 chr3 53906513 . G A 1132.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.865;QD=60.4263;RBI=0.0408815;REFB=0;REVB=-0.0403503;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13105e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:37:36:0:0:37:38:0:0 chr3 53916130 . A G 210.25 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0155196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.907;QD=21.5641;RBI=0.018518;REFB=0.00776527;REVB=-0.0101022;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182786;STB=0.587297;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00777736;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:10:11:5:12:10:11:6:12 chr3 53925775 . C T 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00403253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.644;QD=7.81247;RBI=0.00458022;REFB=-0.0146896;REVB=-0.0021719;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090909;STB=0.555481;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0365042;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:21:19:6:9:21:19 chr3 53925849 . C T 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0385507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.287;QD=8.02174;RBI=0.0388053;REFB=-0.0024186;REVB=0.00443804;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186681;STB=0.615207;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00937254;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:5:8:17:20:5:8:17:20 chr3 54798258 . G A 565.66 PASS AF=0.557895;AO=45;DP=87;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0446465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.817;QD=23.8172;RBI=0.0447632;REFB=-0.00273793;REVB=0.00322966;RO=42;SAF=14;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21809;STB=0.577034;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00214968;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:95:42:42:45:53:0.557895:31:14:23:19:33:20:23:19 chr3 54880461 . A G 495.44 PASS AF=0.585366;AO=45;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00386025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.377;QD=24.1679;RBI=0.00445126;REFB=-0.00042832;REVB=0.00221635;RO=36;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825854;STB=0.513883;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000299721;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:34:45:48:0.585366:27:18:18:18:27:21:16:18 chr3 54961949 . C T 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9172;QD=61.3293;RBI=0.0550103;REFB=0;REVB=-0.00752633;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073268;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 55018619 . T TG 33.43 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0147896;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=265.207;QD=19.1019;RBI=0.0174732;REFB=-0.0465379;REVB=0.00930482;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.0185314;OID=.;OPOS=55018620;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:4:7:5:7:2:4:1:2:0:10:3:3:1:3:0 chr3 55501002 . G C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.125;QD=61.6795;RBI=0.055488;REFB=0;REVB=0.00491975;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164909;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr3 56106226 . C T 423.75 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0448522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0929;QD=33.8999;RBI=0.0508453;REFB=-0.0451421;REVB=0.0239484;RO=16;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715345;STB=0.538984;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0223685;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:19:15:9:7:19:15:9:7 chr3 56114861 . T C 198.85 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0565135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.486;QD=7.3648;RBI=0.0571338;REFB=0.000332734;REVB=0.00839636;RO=79;SAF=17;SAR=12;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830957;STB=0.549771;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000494996;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:12:17:41:38:12:17:41:38 chr3 56219210 . T C 1227.14 PASS AF=0.988095;AO=79;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00506719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7091;QD=58.4354;RBI=0.0433119;REFB=-0.00146375;REVB=0.0430145;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000899995;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:79:83:0.988095:37:42:0:1:38:45:0:1 chr3 56591298 . T A 30.28 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=57;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.013252;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.939;QD=2.16317;RBI=0.0635196;REFB=-0.00189343;REVB=-0.0621218;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198226;STB=0.642421;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0189274;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:56:48:50:6:6:0.107143:3:3:32:16:3:3:33:17 chr3 56597954 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.018297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.67;QD=18.4438;RBI=0.0191905;REFB=-0.0183872;REVB=-0.00578772;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0146497;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:4:5:7:4:4:5 chr3 56627048 . A G 545.38 PASS AF=0.390244;AO=63;DP=164;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=0.0127976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.423;QD=13.3019;RBI=0.0128108;REFB=0.00345389;REVB=0.000583032;RO=100;SAF=30;SAR=33;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833752;STB=0.551649;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00492027;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:100:100:63:64:0.390244:33:30:40:60:33:31:40:60 chr3 56627598 . A G 1564.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.236;QD=63.8698;RBI=0.0646461;REFB=0;REVB=0.0137618;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178994;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:46:49:0:0:46:52:0:0 chr3 56628055 . A G 435.43 PASS AF=0.630769;AO=40;DP=64;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0136164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.775;QD=26.7954;RBI=0.01362;REFB=-0.0417017;REVB=0.000313354;RO=24;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577298;STB=0.501886;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0229199;OID=.;OPOS=56628055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:24:24:40:41:0.630769:22:18:11:13:22:19:11:13 chr3 56650012 . G C 512.97 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00619666;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3752;QD=32.5692;RBI=0.00945166;REFB=-0.0140104;REVB=0.00713689;RO=18;SAF=23;SAR=22;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529487;STB=0.528609;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.010258;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:18:18:45:45:0.714286:22:23:11:7:22:23:11:7 chr3 56650051 . A ACTT 110.81 PASS AF=0.239437;AO=15;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0106773;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.484;QD=6.2429;RBI=0.012459;REFB=-0.0103955;REVB=-0.00642056;RO=54;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360024;STB=0.653286;STBP=0.158;TYPE=ins;VARB=0.0329643;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437:15:71:17:71:54:11:6:24:30:99:54:11:4:24:30 chr3 56650054 . T TCTC 490.85 PASS AF=0.625;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0107115;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.35;QD=27.2697;RBI=0.0231201;REFB=-0.0219482;REVB=0.020489;RO=27;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183378;STB=0.599956;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0159264;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:45:74:45:72:27:18:27:18:9:99:27:18:27:18:9 chr3 56658871 . T C 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00924819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.332;QD=18.4776;RBI=0.0273563;REFB=-0.00989793;REVB=0.0257456;RO=37;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118766;STB=0.574061;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0123714;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:13:23:19:18:13:23:19:19 chr3 56667682 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9666;QD=58.2394;RBI=0.0123181;REFB=0;REVB=0.0111463;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95009e-05;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 56703746 . A C 137.16 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0122677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.884;QD=18.919;RBI=0.0132625;REFB=-0.0112421;REVB=0.00503961;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190444;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0351632;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:5:9:6:8:6:9:6:8 chr3 56716922 . T G 545.66 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.023951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1267;QD=53.2346;RBI=0.0417153;REFB=0.00396326;REVB=-0.0341543;RO=2;SAF=21;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042533;STB=0.506593;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00302724;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:41:2:3:37:38:0.926829:16:21:2:0:16:22:2:1 chr3 56763316 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.813;QD=60.6103;RBI=0.0352099;REFB=0;REVB=-0.0236207;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78538e-06;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr3 56763328 . T C 501.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.145;QD=58.9971;RBI=0.0646176;REFB=0;REVB=0.0061688;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00080874;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr3 56771251 . A C 427.41 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00750409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3454;QD=14.2469;RBI=0.0179964;REFB=-0.0107564;REVB=0.0163572;RO=70;SAF=28;SAR=21;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11943;STB=0.56322;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0124182;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:71:49:49:0.408333:21:28:32:38:21:28:33:38 chr3 56835761 . G A 532.73 PASS AF=0.741935;AO=46;DP=62;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0235764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.41;QD=34.3696;RBI=0.0364085;REFB=-0.0106758;REVB=0.0277441;RO=16;SAF=22;SAR=24;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11014;STB=0.559297;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00401618;OID=.;OPOS=56835761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:16:46:46:0.741935:24:22:4:12:24:22:4:12 chr3 57108551 . C A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000367985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.967;QD=59.7968;RBI=0.0206682;REFB=-0.0210465;REVB=0.0206649;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000203616;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr3 57139972 . A G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00561557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5843;QD=13.7412;RBI=0.0311696;REFB=0.00843997;REVB=-0.0306596;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114548;STB=0.546401;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0107381;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:43:28:29:0.402778:15:13:15:27:16:13:16:27 chr3 57323170 . A G 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.067173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.746;QD=53.3639;RBI=0.0672996;REFB=-0.0818169;REVB=-0.00412592;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000613219;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr3 57335876 . C T 2132.18 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.256;QD=62.2535;RBI=0.0197077;REFB=0;REVB=0.0140013;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17586e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:137:0:0:136:137:1:81:55:0:0:82:55:0:0 chr3 57563120 . GAAAAA GAAAA,GAAAAT 544.15 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=36,2;DP=45;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102999,-0.0647612;FXX=0.0217344;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=17.1185,6.39385;QD=48.3692;RBI=0.279203,0.159465;REFB=0,0;REVB=0.25951,0.145723;RO=4;SAF=21,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.109654,0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00107433,-0.0184485;OID=.,.;OPOS=57563121,57563125;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977778,0.0222222:36,2:45:44,1:45:0:24,1:20,0:0:0:5:4:21,2:15,0:0:4 chr3 58081888 . T C 822.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552345;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.607;QD=57.7267;RBI=0.0628315;REFB=0;REVB=0.0299492;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035489;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 58109162 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3131;QD=58.0587;RBI=0.0875907;REFB=0;REVB=0.0208995;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107469;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr3 58112440 . A G 541.05 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814123;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1943;QD=60.117;RBI=0.0210579;REFB=0;REVB=0.0194205;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221679;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr3 58112488 . C T 255.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.788;QD=51.1307;RBI=0.0394586;REFB=0;REVB=-0.00140309;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187445;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 58118555 . G A 807.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.914;QD=56.647;RBI=0.048712;REFB=0;REVB=0.0399883;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616344;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:41:15:0:0:41:16:0:0 chr3 58145395 . G A 353.64 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0293202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7129;QD=41.6044;RBI=0.092196;REFB=-0.0436136;REVB=0.0874096;RO=6;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139042;STB=0.574949;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00622672;OID=.;OPOS=58145395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:11:17:6:0:11:17:6:0 chr3 58154327 . C T 1227.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.8;QD=61.37;RBI=0.0201416;REFB=0;REVB=0.00852012;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18125e-05;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr3 58179028 . T C 48.73 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.060012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0598;QD=6.96151;RBI=0.074853;REFB=-0.0505426;REVB=-0.0447385;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.659573;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0851584;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:27:28:19:20:7:8:0.285714:2:5:10:9:2:6:11:9 chr3 58191266 . C T 228.88 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0157453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.507;QD=11.7376;RBI=0.0157453;REFB=0.00706106;REVB=4.81622e-05;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397543;STB=0.515671;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.012626;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:15:13:21:28:15:13:22:28 chr3 58280206 . TTA T,TTT 118.73 PASS AF=0.681818,0;AO=10,6;DP=30;FAO=15,0;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0215731,-0.100875;FXX=0.119952;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.723,12.6473;QD=21.5875;RBI=0.0740912,0.139158;REFB=-0.110066,-0.0199888;REVB=0.0708809,0.0958605;RO=11;SAF=2,0;SAR=8,6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483458,-0.78856;STB=0.734354,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0831875,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818,0:10,6:30:15,0:22:7:3,0:12,0:6:1:34:11:2,0:8,6:8:3 chr3 58305033 . A C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00994482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.593;QD=11.2612;RBI=0.0316808;REFB=-0.00605328;REVB=-0.0300794;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221887;STB=0.631407;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0118818;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:18:12:9:6:18:12 chr3 58305079 . T C 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0059373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.847;QD=10.5941;RBI=0.0273574;REFB=-0.0119795;REVB=0.0267054;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207143;STB=0.620678;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0186854;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:13:9:25:17:13:9:25:17 chr3 58305235 . G T 135.15 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0174608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.156;QD=16.8943;RBI=0.026753;REFB=0.00578892;REVB=0.0202693;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142626;STB=0.610008;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00636329;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:17:14:15:0.46875:11:3:5:10:12:3:6:11 chr3 58395891 . C G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0622729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.837;QD=19.1803;RBI=0.0662519;REFB=-0.0174207;REVB=-0.0226143;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151439;STB=0.571326;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0224031;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:8:4:2:9:9:4:2:9 chr3 58409173 . A T 302.85 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.010103;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.753;QD=31.0615;RBI=0.0216962;REFB=-0.0167939;REVB=-0.0192004;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909643;STB=0.564054;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0154418;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:13:26:26:0.666667:13:13:9:5:13:13:9:4 chr3 58416538 . T C 1244.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.27;QD=61.4453;RBI=0.0279167;REFB=0;REVB=0.019713;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15386e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:35:43:0:0:35:46:0:0 chr3 58520306 . G C 941.99 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1319;QD=57.0903;RBI=0.0347075;REFB=0;REVB=-0.00110976;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041913;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:26:36:0:0:26:40:0:0 chr3 58572577 . C G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.014641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.676;QD=3.76495;RBI=0.0282956;REFB=-0.00652196;REVB=-0.0242132;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794293;STB=0.555373;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0340494;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:17:13:3:3:17:13 chr3 58834824 . A G 392.5 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0900571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2541;QD=25.3225;RBI=0.109738;REFB=0.012973;REVB=-0.0627069;RO=24;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161545;STB=0.508845;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0173381;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:15:23:14:10:15:23:14:10 chr3 58834890 . C T 656.03 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00978053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.141;QD=24.2973;RBI=0.0125795;REFB=-0.0149898;REVB=-0.0079111;RO=45;SAF=32;SAR=31;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315205;STB=0.517185;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00903973;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:45:63:63:0.583333:31:32:21:24:31:32:21:24 chr3 60519224 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5879;QD=60.2295;RBI=0.0845237;REFB=0;REVB=0.0255764;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853758;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 62189189 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.505;QD=49.5992;RBI=0.0291394;REFB=0;REVB=0.0274995;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001687;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr3 62229553 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5994;QD=59.4319;RBI=0.0404715;REFB=0;REVB=-0.0366651;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107876;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 62384314 . A G 316.49 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.204;QD=52.7487;RBI=0.0144937;REFB=0;REVB=0.0144932;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488327;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:17:24:1:5:12:0:0:11:13:0:0 chr3 62431415 . T C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.979;QD=40.7536;RBI=0.0649985;REFB=0;REVB=0.0177989;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229858;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 62556622 . A G 508.43 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00706531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.578;QD=56.4921;RBI=0.0260353;REFB=-0.12593;REVB=0.0250583;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000472619;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:14:20:1:0:14:21:1:0 chr3 64133350 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.569;QD=37.4885;RBI=0.0804322;REFB=0;REVB=0.0335181;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195264;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr3 64497464 . TG CA,CG 760.55 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=2,53;DP=56;FAO=2,53;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314618,0.0358916;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=114.866,167.557;QD=54.3248;RBI=0.0319785,0.0424607;REFB=-0.0655151,-0.147848;REVB=0.00572553,0.0226869;RO=1;SAF=0,25;SAR=2,28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0165303;STB=0.5,0.508769;STBP=1,0.524;TYPE=mnp,snp;VARB=0.025652,0.00148902;OID=.,.;OPOS=64497464,64497464;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:1:1:2,53:2,53:0.0357143,0.946429:2,28:0,25:0:1:2,28:0,25:0:1 chr3 64502188 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5401;QD=57.0004;RBI=0.0304796;REFB=0;REVB=0.00764446;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019009;OID=.;OPOS=64502188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr3 64532476 . G C,GC 1253.71 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=76,10;DP=87;FAO=80,6;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44,6;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210986,-0.00497821;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=53.5292,76.9435;QD=58.3122;RBI=0.0264903,0.018933;REFB=0,0;REVB=0.0160182,-0.0182668;RO=1;SAF=40,10;SAR=36,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.011684,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.013121,-0.0136787;OID=.,.;OPOS=64532476,64532477;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:87:86:1:0:76,10:80,6:0.930233,0.0697674:36,0:40,10:1:0:36,0:44,6:0:0 chr3 64536648 . C T 459.73 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0635929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.192;QD=23.8819;RBI=0.0639981;REFB=-0.0276039;REVB=0.00719017;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141392;STB=0.513121;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0231077;OID=.;OPOS=64536648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:43:44:0.571429:24:19:14:19:24:20:14:19 chr3 65425560 . T TCTG 61.1 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0870009;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=3;MLLD=172.386;QD=16.2922;RBI=0.113683;REFB=-0.0321993;REVB=0.0731763;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78856;STB=0.858706;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0390828;OID=.;OPOS=65425561;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:17:8:15:7:1:7:6:1:50:11:0:6:8:3 chr3 66287056 . G A 355.94 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0122677;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0065;QD=12.3806;RBI=0.0442664;REFB=-0.00540252;REVB=-0.0425326;RO=69;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497616;STB=0.525328;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0127038;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:72:43:43:0.373913:25:18:32:37:25:18:33:39 chr3 66293688 . A G 391.64 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0274681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.201;QD=22.0641;RBI=0.0399163;REFB=-0.024832;REVB=0.0289624;RO=32;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144608;STB=0.579958;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0197059;OID=.;OPOS=66293688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:26:13:16:16:26:13:16:16 chr3 66354911 . G C 1198.64 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556278;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.748;QD=59.9318;RBI=0.0606652;REFB=-0.0500235;REVB=0.0242038;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00165234;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:47:32:0:1:47:32:0:1 chr3 66374361 . G C,GC 773.76 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=44,5;DP=49;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585367,0.05194;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=49.8609,27.6198;QD=63.1638;RBI=0.0924294,0.0982508;REFB=0,0;REVB=0.0922438,0.0833994;RO=0;SAF=10,0;SAR=34,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.74446e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00476253,-0.00563003;OID=.,.;OPOS=66374361,66374362;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:49:0:0:44,5:48,1:0.979592,0.0204082:34,5:10,0:0:0:38,1:10,0:0:0 chr3 66396845 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.669;QD=50.4099;RBI=0.0588896;REFB=0;REVB=-0.00129572;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664607;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr3 66419956 . C T 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152123;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.793;QD=57.0098;RBI=0.0152922;REFB=0;REVB=0.00156079;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04845e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr3 66433676 . A G 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7826;QD=60.374;RBI=0.0694845;REFB=0;REVB=-0.0639649;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837975;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr3 66434643 . T C 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.35;QD=63.7505;RBI=0.0463412;REFB=0;REVB=0.0459433;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62907e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:55:41:0:0:55:41:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC,GG 551.0 PASS AF=0.179487,0.769231,0.0512821;AO=5,28,4;DP=37;FAO=7,30,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=7,15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662122,0.0123007,-0.0103564;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=101.443,116.851,82.6595;QD=56.5125;RBI=0.0757651,0.0368356,0.0253655;REFB=0,0,0;REVB=0.0368278,0.0347211,0.023155;RO=0;SAF=0,15,0;SAR=5,13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0200345,-0.00846367,0.186987;OID=.,.,.;OPOS=67048762,67048762,67048762;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.179487,0.769231,0.0512821:5,28,4:37:7,30,2:39:0:0,15,0:7,15,2:0:0:27:0:0,15,0:5,13,4:0:0 chr3 67411103 . C T 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0151141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.245;QD=20.4038;RBI=0.0194162;REFB=-0.0116921;REVB=-0.0121883;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181131;STB=0.609607;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0112883;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:21:11:15:12:21:11:16:12 chr3 67411166 . A G 222.28 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00179645;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.003;QD=16.465;RBI=0.0263578;REFB=-0.00179603;REVB=-0.0262966;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295361;STB=0.668197;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00487827;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:29:29:25:25:0.462963:19:6:15:14:19:6:15:14 chr3 68594319 . G A 284.76 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.212;QD=29.9747;RBI=0.0219585;REFB=0.00367808;REVB=-0.0106553;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00342206;OID=.;OPOS=68594319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:12:13:24:25:0.657895:12:12:6:6:12:13:6:7 chr3 69024687 . C CTT,CTTT,T 398.58 PASS AF=0.903226,0.0967742,0;AO=18,6,3;DP=32;FAO=28,3,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3,0;FSAR=12,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290765,-0.0201067,0.0105859;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=2,3,1;MLLD=22.6529,18.7642,137.27;QD=51.4297;RBI=0.098243,0.0616733,0.0144845;REFB=0,0,0;REVB=0.0938416,0.0583037,-0.00988643;RO=2;SAF=14,3,2;SAR=4,3,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.070175,0,0.111102;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0352694,0.0258043,0;OID=.,.,.;OPOS=69024688,69024688,69024687;OREF=-,-,C;OALT=TT,TTT,T;OMAPALT=CTT,CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:32:31:2:0:18,6,3:28,3,0:0.903226,0.0967742,0:4,3,1:14,3,2:1:1:12,0,0:16,3,0:0:0 chr3 69038088 . A G 297.18 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0289994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.973;QD=18.2882;RBI=0.0300896;REFB=-0.0115901;REVB=-0.00802608;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0152519;OID=.;OPOS=69038088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:20:13:16:16:20:13 chr3 69091716 . T C 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00606995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.119;QD=24.8186;RBI=0.0110116;REFB=0.0197028;REVB=0.00918757;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417304;STB=0.735072;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.019194;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:20:4:11:7:20:4:11:7 chr3 69151152 . C A 2754.64 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0452638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5487;QD=61.902;RBI=0.0453001;REFB=-0.0176351;REVB=0.00181205;RO=1;SAF=79;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483303;STB=0.502538;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-2.17251e-05;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:177:177:0.994382:98:79:0:1:98:79:0:1 chr3 69154386 . T A 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00745159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=353.039;QD=58.6115;RBI=0.00958861;REFB=-0.0155619;REVB=-0.00603451;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=5.60534e-07;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:0:1:39:34:0:1 chr3 69158231 . T C 704.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508243;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.538;QD=57.4719;RBI=0.0508393;REFB=0;REVB=0.00123592;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100555;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr3 69168864 . C T 364.36 PASS AF=0.481013;AO=39;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=3.63241e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.019;QD=18.4487;RBI=0.0759938;REFB=-0.00466279;REVB=-0.0759938;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829193;STB=0.562085;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00312658;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:39:38:0.481013:16:23:20:20:15:23:20:21 chr3 69220042 . G A 137.77 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00908514;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.908;QD=10.8056;RBI=0.0164499;REFB=0.00476027;REVB=0.0137135;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114096;STB=0.566855;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00511466;OID=.;OPOS=69220042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:9:25:11:6:9:25 chr3 69245454 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.918;QD=56.9566;RBI=0.00670623;REFB=0;REVB=0.00660445;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20015e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr3 69932550 . C T 297.38 PASS AF=0.28777;AO=42;DP=139;FAO=40;FDP=139;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.00775615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1695;QD=8.55768;RBI=0.0194854;REFB=0.0118743;REVB=-0.0178752;RO=96;SAF=18;SAR=24;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105366;STB=0.552871;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0301364;OID=.;OPOS=69932550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:96:99:42:40:0.28777:24:18:33:63:23:17:35:64 chr3 70016904 . C T 98.42 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0119303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.29;QD=6.3495;RBI=0.0257815;REFB=-0.00683119;REVB=-0.0228551;RO=47;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782401;STB=0.506016;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0212204;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:62:47:47:14:15:0.241935:10:4:16:31:10:5:16:31 chr3 71005344 . TCCCCCA TCCCCA,TCCCC,TCCCCCAA 69.63 PASS AF=0.125,0.333333,0.0833333;AO=5,4,4;DP=24;FAO=3,8,2;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4,0;FSAR=3,4,2;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.209276,0.138098,-0.0335479;FXX=0;HRUN=5,5,6;LEN=1,2,1;MLLD=12.248,23.182,9.48347;QD=11.6047;RBI=0.215828,0.160407,0.220959;REFB=-0.176298,-0.0794617,-0.0295863;REVB=-0.0527786,0.0816048,-0.218397;RO=7;SAF=0,3,0;SAR=5,1,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.65061,0;STB=0.5,0.788991,0.5;STBP=1,0.124,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.125334,0.11252,-0.00758044;OID=.,.,.;OPOS=71005345,71005349,71005350;OREF=C,CA,-;OALT=-,-,A;OMAPALT=TCCCCA,TCCCC,TCCCCCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.333333,0.0833333:5,4,4:24:3,8,2:24:11:0,4,0:3,4,2:0:11:51:7:0,3,0:5,1,4:0:7 chr3 71021303 . T C 222.48 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.037724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.454;QD=10.348;RBI=0.0391576;REFB=-0.00566616;REVB=0.0104985;RO=57;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203718;STB=0.614426;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00966855;OID=.;OPOS=71021303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:58:28:28:0.325581:19:9:28:29:19:9:28:30 chr3 71821929 . G A 205.19 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0318881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6313;QD=8.73166;RBI=0.0347784;REFB=-0.00127473;REVB=-0.013881;RO=67;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935059;STB=0.555514;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00474243;OID=.;OPOS=71821929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:67:27:27:0.287234:12:15:32:35:12:15:32:35 chr3 71823582 . C T 101.39 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00273165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3786;QD=5.79384;RBI=0.0195312;REFB=0.00222841;REVB=-0.0193392;RO=54;SAF=13;SAR=3;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323038;STB=0.706233;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0111967;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:3:13:32:22:3:13:32:22 chr3 72426901 . A G 5225.8 PASS AF=1;AO=329;DP=329;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3526;QD=63.343;RBI=0.116566;REFB=0;REVB=0.050229;RO=0;SAF=159;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225353;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:329:330:0:0:329:330:1:170:159:0:0:170:160:0:0 chr3 72495777 . C G 600.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8604;QD=60.099;RBI=0.0597752;REFB=0;REVB=0.0447418;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110599;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 72495945 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.563;QD=47.8224;RBI=0.0658957;REFB=0;REVB=0.0397328;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048595;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr3 73024350 . C A 997.78 PASS AF=0.656489;AO=86;DP=131;FAO=86;FDP=131;FR=.;FRO=45;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0102177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4645;QD=30.4665;RBI=0.0920541;REFB=-0.00594689;REVB=-0.0914853;RO=45;SAF=47;SAR=39;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226884;STB=0.512236;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00231056;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:45:45:86:86:0.656489:39:47:23:22:39:47:23:22 chr3 73111973 . A G 60.71 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0819533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.119;QD=6.39041;RBI=0.0819895;REFB=-0.00571928;REVB=-0.00243662;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462376;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288725;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:16:13:4:5:16:13 chr3 73290979 . G T 101.07 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0209903;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.251;QD=10.1072;RBI=0.0227008;REFB=-0.0108129;REVB=0.00864495;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360835;STB=0.726963;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0273346;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:12:13:0.325:7:5:20:7:8:5:20:7 chr3 73433369 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.020163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8233;QD=24.1265;RBI=0.0457598;REFB=-0.0153456;REVB=0.0410781;RO=10;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287151;STB=0.688273;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0109501;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:14:3:5:5:14:3:6:5 chr3 73433494 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.294;QD=45.8068;RBI=0.0283422;REFB=0;REVB=-0.0183299;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01791e-05;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 73453325 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.693;QD=64.1537;RBI=0.023636;REFB=0;REVB=-0.000797075;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57176e-05;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:7:42:0:0:7:42:0:0 chr3 74413676 . T C 122.31 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00599234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.981;QD=8.43531;RBI=0.0582304;REFB=-0.0329204;REVB=0.0579212;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3568;STB=0.700176;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0405125;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:7:10:11:29:7:10:12:29 chr3 75232044 . C T 147.09 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0247417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.828;QD=11.3149;RBI=0.0248236;REFB=-0.0194758;REVB=-0.00201427;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318053;STB=0.681627;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0214497;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:32:34:18:18:0.346154:11:7:22:10:11:7:23:11 chr3 75475670 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.107;QD=52.6131;RBI=0.0140075;REFB=0;REVB=-0.00962595;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146268;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr3 75475685 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0339233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.611;QD=28.1411;RBI=0.0339536;REFB=0.000681375;REVB=-0.00143396;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-5.7081e-05;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:4:3:9:7:4:3 chr3 75679937 . G A 213.2 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00180189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.579;QD=10.4;RBI=0.0314536;REFB=-0.00276152;REVB=-0.031402;RO=54;SAF=11;SAR=16;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169038;STB=0.592524;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00886132;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:16:11:30:24:16:11:30:25 chr3 75679944 . C T 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00288386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.066;QD=2.28947;RBI=0.00758402;REFB=-0.00331079;REVB=-0.00701433;RO=78;SAF=6;SAR=5;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553162;STB=0.539805;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0185183;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:78:78:11:11:0.123596:5:6:39:39:5:6:39:39 chr3 75679945 . C G 42.27 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00107956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.099;QD=1.89959;RBI=0.015417;REFB=-0.00339475;REVB=0.0153791;RO=79;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262504;STB=0.694868;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0223245;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:89:89:79:79:10:10:0.11236:3:7:38:41:3:7:38:41 chr3 75679958 . C T 239.02 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0131033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.093;QD=9.75573;RBI=0.0160827;REFB=-0.00912543;REVB=0.00932492;RO=68;SAF=12;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170136;STB=0.599933;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0202288;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:30:30:0.306122:18:12:37:31:18:12:37:31 chr3 75679973 . A G 237.05 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0173237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.377;QD=9.03037;RBI=0.0173951;REFB=-0.00627331;REVB=0.00157374;RO=73;SAF=13;SAR=19;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120048;STB=0.570526;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.018442;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:73:73:32:32:0.304762:19:13:37:36:19:13:37:36 chr3 75679975 . C T 32.25 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0303599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.441;QD=1.19447;RBI=0.0309286;REFB=-0.00234176;REVB=-0.00590377;RO=98;SAF=3;SAR=6;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1668;STB=0.641191;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.026778;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:98:99:9:9:0.0833333:6:3:47:51:6:3:48:51 chr3 75679988 . A G 31.95 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.0790744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.103;QD=1.17264;RBI=0.0791574;REFB=0.00333026;REVB=-0.00362543;RO=100;SAF=3;SAR=6;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16645;STB=0.63719;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0338758;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:100:100:9:9:0.0825688:6:3:48:52:6:3:48:52 chr3 75680006 . T C 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00105272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.95;QD=1.77403;RBI=0.0183853;REFB=-0.0010736;REVB=-0.0183551;RO=97;SAF=7;SAR=5;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167148;STB=0.625894;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00882258;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:97:100:12:12:0.107143:5:7:43:54:5:7:44:56 chr3 75680010 . T C 260.53 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00673451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9048;QD=9.30474;RBI=0.0132576;REFB=0.010839;REVB=0.0114197;RO=76;SAF=14;SAR=21;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880519;STB=0.556331;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0188371;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:76:77:35:35:0.3125:21:14:36:40:21:14:37:40 chr3 75714298 . A G 478.78 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00246464;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.881;QD=16.3686;RBI=0.0146806;REFB=-0.00115064;REVB=0.0144722;RO=65;SAF=34;SAR=18;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415663;STB=0.523255;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00154765;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:18:34:40:25:18:34:40:25 chr3 75714311 . G A 62.42 PASS AF=0.116279;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=39;FWDB=0.00430069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0089;QD=1.93554;RBI=0.00437655;REFB=0.000311435;REVB=0.000811333;RO=109;SAF=7;SAR=8;SRF=72;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240719;STB=0.665789;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000496173;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:129:129:109:114:15:15:0.116279:8:7:72:37:8:7:75:39 chr3 75714337 . T G 878.96 PASS AF=0.562914;AO=84;DP=150;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.000353816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.494;QD=23.2837;RBI=0.00439097;REFB=-0.0128917;REVB=0.00437669;RO=66;SAF=54;SAR=30;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762466;STB=0.50768;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00873509;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:66:66:84:85:0.562914:30:54:43:23:31:54:43:23 chr3 75714345 . G T 288.03 PASS AF=0.268456;AO=40;DP=151;FAO=40;FDP=149;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=-0.00778232;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.846;QD=7.73227;RBI=0.0123778;REFB=-0.00237667;REVB=0.0096253;RO=109;SAF=29;SAR=11;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154597;STB=0.592701;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00438486;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:109:109:40:40:0.268456:11:29:67:42:11:29:67:42 chr3 75714702 . A G 295.5 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000470005;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.438;QD=17.6419;RBI=0.0133328;REFB=0.00469295;REVB=0.0133245;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133228;STB=0.507458;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0037495;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:17:18:16:16:17:18 chr3 75714825 . G A 753.56 PASS AF=0.423645;AO=83;DP=197;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.000831051;FXX=0.0193227;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6997;QD=14.8484;RBI=0.00568095;REFB=-0.0297524;REVB=-0.00561984;RO=114;SAF=44;SAR=39;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312327;STB=0.520793;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0422164;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:114:117:83:86:0.423645:39:44:57:57:41:45:57:60 chr3 75714831 . G A 38.05 PASS AF=0.0694444;AO=15;DP=212;FAO=15;FDP=216;FR=.;FRO=201;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=101;FSRR=100;FWDB=-0.0249386;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.161;QD=0.70469;RBI=0.0250011;REFB=-0.00299468;REVB=0.00176752;RO=195;SAF=8;SAR=7;SRF=97;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394247;STB=0.528683;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0343419;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:212:216:195:201:15:15:0.0694444:7:8:97:98:7:8:101:100 chr3 75714835 . C T 51.03 PASS AF=0.079646;AO=18;DP=226;FAO=18;FDP=226;FR=.;FRO=208;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=108;FSRR=100;FWDB=0.00888873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.735;QD=0.903151;RBI=0.010416;REFB=-0.00153541;REVB=-0.00542983;RO=208;SAF=10;SAR=8;SRF=108;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415266;STB=0.533559;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.020434;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:226:226:208:208:18:18:0.079646:8:10:108:100:8:10:108:100 chr3 75714840 . A G 1212.13 PASS AF=0.508547;AO=118;DP=235;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0131409;FXX=0.00847422;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0641;QD=20.7202;RBI=0.0133884;REFB=-0.00347003;REVB=-0.00256285;RO=116;SAF=66;SAR=52;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695238;STB=0.537662;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00372984;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:116:115:118:119:0.508547:52:66:56:60:53:66:55:60 chr3 75714843 . T A 834.03 PASS AF=0.393305;AO=93;DP=237;FAO=94;FDP=239;FR=.;FRO=145;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=-0.0135485;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6627;QD=13.9587;RBI=0.0167751;REFB=-0.00341883;REVB=0.00989162;RO=142;SAF=55;SAR=38;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121978;STB=0.569255;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0040675;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:142:145:93:94:0.393305:38:55:68:74:38:56:70:75 chr3 75714853 . G A 776.48 PASS AF=0.368;AO=92;DP=251;FAO=92;FDP=250;FR=.;FRO=158;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=0.0130882;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4558;QD=12.4236;RBI=0.01315;REFB=-0.0178615;REVB=0.0012735;RO=156;SAF=54;SAR=38;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111805;STB=0.559523;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0235131;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:156:158:92:92:0.368:38:54:76:80:38:54:78:80 chr3 75714898 . G A 251.05 PASS AF=0.180077;AO=47;DP=260;FAO=47;FDP=261;FR=.;FRO=214;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=116;FSRR=98;FWDB=-0.0298855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0397;QD=3.84749;RBI=0.0902557;REFB=-0.00505391;REVB=0.0851642;RO=211;SAF=27;SAR=20;SRF=114;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447012;STB=0.526948;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0245932;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:211:214:47:47:0.180077:20:27:114:97:20:27:116:98 chr3 75714917 . G A 613.52 PASS AF=0.339286;AO=73;DP=223;FAO=76;FDP=224;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=-0.0133817;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.672;QD=10.9557;RBI=0.0135848;REFB=-0.011064;REVB=-0.00234008;RO=98;SAF=43;SAR=30;SRF=71;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148531;STB=0.529725;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0227796;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:98:146:73:76:0.339286:30:43:71:27:31:45:80:66 chr3 75714929 . G A 529.42 PASS AF=0.32093;AO=69;DP=216;FAO=69;FDP=215;FR=.;FRO=146;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=-0.0424627;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.44;QD=9.8497;RBI=0.0542788;REFB=-0.0246417;REVB=-0.0338099;RO=146;SAF=37;SAR=32;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104466;STB=0.506024;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0420167;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:146:146:69:69:0.32093:32:37:77:69:32:37:77:69 chr3 75714950 . C A 407.03 PASS AF=0.306818;AO=54;DP=176;FAO=54;FDP=176;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.00161617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.272;QD=9.25078;RBI=0.00217534;REFB=-0.0165428;REVB=-0.00145606;RO=122;SAF=33;SAR=21;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143812;STB=0.583728;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0320656;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:122:122:54:54:0.306818:21:33:60:62:21:33:60:62 chr3 75714976 . C T 332.19 PASS AF=0.304965;AO=42;DP=141;FAO=43;FDP=141;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0469599;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.157;QD=9.42374;RBI=0.0491244;REFB=-0.0120105;REVB=0.0144213;RO=98;SAF=25;SAR=17;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126988;STB=0.564005;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0334501;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:98:98:42:43:0.304965:17:25:48:50:18:25:48:50 chr3 75714980 . C A 200.52 PASS AF=0.233083;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=133;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00619044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.442;QD=6.03073;RBI=0.041204;REFB=-0.0128123;REVB=0.0407363;RO=98;SAF=18;SAR=13;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138938;STB=0.584248;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0205317;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:98:102:31:31:0.233083:13:18:46:52:13:18:48:54 chr3 75715118 . G A 69.83 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0078246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.913;QD=4.988;RBI=0.0103108;REFB=-0.010564;REVB=-0.00671479;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622354;STB=0.544475;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0446596;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:42:45:11:11:0.196429:5:6:25:17:5:6:27:18 chr3 75715124 . C T 88.66 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0232211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3428;QD=5.72024;RBI=0.025736;REFB=-0.0129415;REVB=0.0110961;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836404;STB=0.531973;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0422513;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:59:62:45:48:14:14:0.225806:5:9:26:19:5:9:29:19 chr3 75715173 . CT TG 162.92 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00199815;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.495;QD=7.24081;RBI=0.0042086;REFB=-0.0131507;REVB=-0.00370402;RO=66;SAF=14;SAR=9;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418086;STB=0.520585;STBP=0.845;TYPE=mnp;VARB=0.0375601;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:67:23:23:0.255556:9:14:38:28:9:14:39:28 chr3 75715181 . G A 172.92 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0229743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.392;QD=7.68511;RBI=0.0247264;REFB=-0.0172043;REVB=0.00914183;RO=66;SAF=15;SAR=9;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436284;STB=0.526294;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0423525;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:66:24:24:0.266667:9:15:39:27:9:15:39:27 chr3 75779719 . T C 218.84 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0203956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.746;QD=7.23448;RBI=0.0359027;REFB=0.000270429;REVB=0.029547;RO=85;SAF=22;SAR=10;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333558;STB=0.697933;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0016397;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:85:89:32:32:0.264463:10:22:35:50:10:22:37:52 chr3 75779724 . T C 676.62 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0326547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.632;QD=22.3675;RBI=0.0355438;REFB=-0.0231861;REVB=0.0140366;RO=55;SAF=36;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135162;STB=0.573969;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0306542;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:30:36:21:34:30:36:21:34 chr3 75779727 . A G 691.24 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0604223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1298;QD=22.8508;RBI=0.0627177;REFB=-0.032846;REVB=-0.0168123;RO=51;SAF=36;SAR=31;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114509;STB=0.565935;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0192991;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:51:54:67:67:0.553719:31:36:20:31:31:36:21:33 chr3 75779742 . G A 183.22 PASS AF=0.228346;AO=28;DP=126;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0175197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.969;QD=5.77088;RBI=0.0283634;REFB=-0.00541835;REVB=-0.0223056;RO=96;SAF=9;SAR=19;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230398;STB=0.643965;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0426599;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:96:98:28:29:0.228346:19:9:48:48:20:9:48:50 chr3 75779762 . G T 172.59 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0453432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5967;QD=5.35174;RBI=0.0470266;REFB=-0.0165163;REVB=0.0124699;RO=100;SAF=7;SAR=21;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.690233;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0536494;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:101:28:28:0.217054:21:7:47:53:21:7:48:53 chr3 75779769 . C G 599.49 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0163938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.894;QD=19.8178;RBI=0.019328;REFB=-0.0155715;REVB=0.0102379;RO=58;SAF=30;SAR=31;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115219;STB=0.553879;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0119748;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:58:60:61:61:0.504132:31:30:21:37:31:30:23:37 chr3 75779777 . TA T 206.51 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=112;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0768841;FXX=0.0446389;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6441;QD=7.72013;RBI=0.115154;REFB=0.0388489;REVB=0.0857277;RO=58;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.000808188;STB=0.505261;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=-0.0168338;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420561:44:112:45:107:62:20:25:27:35:99:58:19:25:25:33 chr3 75781222 . C T 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0253319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3337;QD=20.0727;RBI=0.0867488;REFB=-0.00392124;REVB=0.0829677;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908018;STB=0.550429;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00518891;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:14:20:15:16:14:20:15:16 chr3 75781243 . T C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00471295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.474;QD=7.2034;RBI=0.0230668;REFB=-6.61018e-05;REVB=0.0225802;RO=50;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229508;STB=0.639842;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000470356;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:6:12:24:26:6:12:24:26 chr3 75781257 . T C 163.27 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0106703;FXX=0.268617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3854;QD=13.3283;RBI=0.0307409;REFB=-0.000483678;REVB=0.0288296;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142499;STB=0.582693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00104717;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:15:15:7:12:15:15 chr3 75781263 . T C 344.77 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0166158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7118;QD=21.8904;RBI=0.0183722;REFB=0.0313199;REVB=-0.00783922;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581019;STB=0.532092;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0290556;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:14:14:15:20:14:14 chr3 75781272 . C A 101.45 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0228349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7695;QD=6.87765;RBI=0.0987509;REFB=0.0112591;REVB=-0.0960744;RO=44;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128795;STB=0.507926;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0403689;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:8:7:21:23:8:7:21:23 chr3 75786031 . A C 35.41 PASS AF=0.075;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=-0.0106994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1928;QD=0.885222;RBI=0.0150203;REFB=-3.12387e-08;REVB=0.010542;RO=148;SAF=10;SAR=2;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403693;STB=0.836221;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000851147;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:160:148:148:12:12:0.075:2:10:69:79:2:10:69:79 chr3 75786036 . A G 189.14 PASS AF=0.207792;AO=32;DP=161;FAO=32;FDP=154;FR=.;FRO=122;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=72;FWDB=-0.0240296;FXX=0.0666626;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.8074;QD=4.91281;RBI=0.0361794;REFB=0.00392891;REVB=0.0270467;RO=118;SAF=20;SAR=12;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272521;STB=0.666566;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0251316;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:154:118:122:32:32:0.207792:12:20:48:70:12:20:50:72 chr3 75786042 . G A 914.33 PASS AF=0.532967;AO=81;DP=167;FAO=97;FDP=182;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0137261;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.384;QD=20.0951;RBI=0.0194053;REFB=-0.0256987;REVB=0.0137172;RO=86;SAF=45;SAR=36;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737658;STB=0.525128;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0231809;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:182:86:85:81:97:0.532967:36:45:41:45:45:52:41:44 chr3 75786059 . CA TA,TG 1205.72 PASS AF=0.12963,0.430556;AO=28,93;DP=218;FAO=28,93;FDP=216;FR=.;FRO=95;FSAF=18,53;FSAR=10,40;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00821071,0.000808852;FXX=0.00917389;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=133.251,229.217;QD=22.3281;RBI=0.00826321,0.0163675;REFB=-0.0141072,-0.0156019;REVB=-0.000929929,-0.0163475;RO=93;SAF=18,53;SAR=10,40;SRF=39;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.276783,0.136703;STB=0.675646,0.580275;STBP=0.044,0.036;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00397943,0.019411;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:218:216:93:95:28,93:28,93:0.12963,0.430556:10,40:18,53:39:54:10,40:18,53:39:56 chr3 75786071 . C A 186.21 PASS AF=0.153846;AO=38;DP=247;FAO=38;FDP=247;FR=.;FRO=209;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=102;FSRR=107;FWDB=0.00247953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.302;QD=3.01559;RBI=0.00425916;REFB=-0.00250991;REVB=-0.003463;RO=209;SAF=19;SAR=19;SRF=102;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153715;STB=0.510116;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0148358;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:209:209:38:38:0.153846:19:19:102:107:19:19:102:107 chr3 75786073 . C G 62.39 PASS AF=0.0846774;AO=21;DP=247;FAO=21;FDP=248;FR=.;FRO=227;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=107;FSRR=120;FWDB=0.0174994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4649;QD=1.00628;RBI=0.0179284;REFB=0.0023196;REVB=-0.00389875;RO=226;SAF=15;SAR=6;SRF=107;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279143;STB=0.720615;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.035569;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:247:248:226:227:21:21:0.0846774:6:15:107:119:6:15:107:120 chr3 75786079 . CG CA,TA 1573.4 PASS AF=0.462451,0.142292;AO=115,39;DP=256;FAO=117,36;FDP=253;FR=.;FRO=100;FSAF=63,20;FSAR=54,16;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.000995875,-0.0101184;FXX=0.0155636;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=175.425,126.484;QD=24.8759;RBI=0.0173707,0.0221143;REFB=-0.00602681,-0.00740714;REVB=0.0173421,-0.0196637;RO=99;SAF=62,20;SAR=53,19;SRF=43;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0886916,0.095211;STB=0.549885,0.591522;STBP=0.102,0.207;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00549721,-0.00012367;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:253:99:100:115,39:117,36:0.462451,0.142292:53,19:62,20:43:56:54,16:63,20:43:57 chr3 75786132 . T C 269.11 PASS AF=0.181818;AO=50;DP=276;FAO=50;FDP=275;FR=.;FRO=225;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=109;FSRR=116;FWDB=-0.0178289;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.414;QD=3.91439;RBI=0.0224233;REFB=-0.000896041;REVB=-0.0135991;RO=223;SAF=21;SAR=29;SRF=108;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837083;STB=0.55317;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00554898;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:223:225:50:50:0.181818:29:21:108:115:29:21:109:116 chr3 75786163 . C T 300.67 PASS AF=0.21875;AO=50;DP=222;FAO=49;FDP=224;FR=.;FRO=175;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=84;FSRR=91;FWDB=-0.00698317;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.459;QD=5.36919;RBI=0.0303676;REFB=-0.00222051;REVB=-0.0295538;RO=170;SAF=21;SAR=29;SRF=83;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873675;STB=0.540524;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0126146;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:170:175:50:49:0.21875:29:21:83:87:28:21:84:91 chr3 75786175 . C A 46.03 PASS AF=0.0780488;AO=16;DP=204;FAO=16;FDP=205;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=97;FWDB=0.01579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4956;QD=0.898075;RBI=0.0218841;REFB=-0.00034891;REVB=-0.0151522;RO=188;SAF=9;SAR=7;SRF=91;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885562;STB=0.569603;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00336365;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:204:205:188:189:16:16:0.0780488:7:9:91:97:7:9:92:97 chr3 75786211 . A G 199.88 PASS AF=0.226277;AO=31;DP=138;FAO=31;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00768428;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.945;QD=5.83588;RBI=0.0204636;REFB=-0.00540618;REVB=-0.018966;RO=105;SAF=13;SAR=18;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723716;STB=0.533694;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0135108;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:105:106:31:31:0.226277:18:13:50:55:18:13:49:57 chr3 75786225 . G A 383.38 PASS AF=0.435185;AO=35;DP=102;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0138301;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.239;QD=14.1991;RBI=0.0201321;REFB=-0.0279201;REVB=0.0146298;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821728;STB=0.577719;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0924142;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:55:61:35:47:0.435185:19:16:21:34:22:25:24:37 chr3 75786243 . C T 111.02 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00993778;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.719;QD=4.98977;RBI=0.0352257;REFB=-0.00191243;REVB=-0.0337948;RO=71;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188287;STB=0.620018;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0224153;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:71:71:18:18:0.202247:12:6:34:37:12:6:34:37 chr3 75786244 . A T 174.06 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0298418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.606;QD=7.91178;RBI=0.0343331;REFB=-0.0018847;REVB=-0.0169773;RO=63;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204131;STB=0.626762;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00438572;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:64:24:24:0.272727:10:14:26:37:10:14:26:38 chr3 75786245 . T A 101.66 PASS AF=0.197674;AO=18;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00608093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.66;QD=4.72844;RBI=0.00631263;REFB=-0.00141982;REVB=-0.00169456;RO=68;SAF=6;SAR=12;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195555;STB=0.603252;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00764556;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:69:18:17:0.197674:12:6:33:35:11:6:33:36 chr3 75786251 . GG AT,GT 131.47 PASS AF=0.0704225,0.211268;AO=5,15;DP=71;FAO=5,15;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=1,5;FSAR=4,10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0138835,-0.0110592;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=222.632,242.695;QD=7.40673;RBI=0.0139398,0.0122973;REFB=-0.00251222,-0.002788;REVB=-0.00125168,-0.00537759;RO=51;SAF=1,5;SAR=4,10;SRF=29;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392963,-0.287803;STB=0.820693,0.679763;STBP=0.186,0.13;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0253691,0.0190204;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:71:71:51:51:5,15:5,15:0.0704225,0.211268:4,10:1,5:29:22:4,10:1,5:29:22 chr3 75786256 . T A 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00984899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.342;QD=5.329;RBI=0.0133295;REFB=-0.0066476;REVB=-0.0089818;RO=51;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281364;STB=0.677173;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.02294;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:9:5:30:21:9:5:30:21 chr3 75786261 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00520718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.94;QD=16.5274;RBI=0.00569709;REFB=-0.0141406;REVB=0.00231131;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112975;STB=0.563858;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0120043;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:14:15:10:15:14:15 chr3 75786278 . A C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0216228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.598;QD=21.5108;RBI=0.0222406;REFB=-0.00252771;REVB=0.00520562;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807503;STB=0.545404;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00197158;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:6:9:9:9:6:9 chr3 75786288 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00607528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.007;QD=9.47563;RBI=0.012606;REFB=0.00972909;REVB=-0.0110455;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.645287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0137036;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:8:13:4:6:8:13 chr3 75786298 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0111676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0069;QD=6.7877;RBI=0.0280191;REFB=0.0030036;REVB=0.0256974;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372017;STB=0.737102;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00534407;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:10:13:2:6:10:13 chr3 75786337 . G A 40.77 PASS AF=0.14;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0123777;FXX=0.0740604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2636;QD=3.26168;RBI=0.0358677;REFB=-0.0123747;REVB=0.0336643;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441299;STB=0.531701;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0238331;OID=.;OPOS=75786337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:54:50:43:43:7:7:0.14:4:3:20:23:4:3:20:23 chr3 75786354 . G A 64.88 PASS AF=0.186441;AO=7;DP=55;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0173461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.527;QD=4.3985;RBI=0.0202339;REFB=-0.013445;REVB=0.0104175;RO=48;SAF=7;SAR=0;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660375;STB=0.628249;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.112168;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:55:59:48:48:7:11:0.186441:0:7:23:25:4:7:23:25 chr3 75786355 . T A 50.0 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0109588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.077;QD=3.33347;RBI=0.0138883;REFB=-0.0103405;REVB=-0.0085317;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39906;STB=0.777161;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.029831;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:60:60:51:51:9:9:0.15:7:2:28:23:7:2:28:23 chr3 75786379 . T C 95.1 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00270844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.072;QD=5.76333;RBI=0.0194483;REFB=-0.00687039;REVB=0.0192587;RO=49;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335379;STB=0.503039;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0401282;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:66:66:49:51:15:15:0.227273:7:8:26:23:7:8:27:24 chr3 75786381 . T C 645.25 PASS AF=0.779412;AO=53;DP=68;FAO=53;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00293669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.805;QD=37.9561;RBI=0.037309;REFB=0.0352439;REVB=0.0371933;RO=15;SAF=29;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057339;STB=0.503077;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00446677;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:15:15:53:53:0.779412:24:29:8:7:24:29:8:7 chr3 75786385 . C G 199.8 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00523481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.78;QD=11.5825;RBI=0.0278678;REFB=-0.000908029;REVB=0.0273717;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235111;STB=0.647613;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0150498;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:44:25:25:0.362319:15:10:26:16:15:10:28:16 chr3 75786387 . T C 37.44 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00185192;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.114;QD=2.13924;RBI=0.0253686;REFB=-0.00132628;REVB=0.0253009;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445986;STB=0.799315;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0143863;OID=.;OPOS=75786387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:70:56:62:8:8:0.114286:6:2:36:20:6:2:38:24 chr3 75786403 . A T 49.04 PASS AF=0.135135;AO=9;DP=73;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00949893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.027;QD=2.65076;RBI=0.0124171;REFB=-0.00321836;REVB=-0.0079972;RO=64;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475559;STB=0.846675;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.049274;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:74:64:64:9:10:0.135135:7:2:41:23:8:2:41:23 chr3 75786415 . C T 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0200714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.451;QD=2.34455;RBI=0.036204;REFB=-0.00732359;REVB=-0.0301309;RO=70;SAF=2;SAR=8;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479338;STB=0.836592;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0397785;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:8:2:43:27:8:2:43:27 chr3 75786417 . T C 115.91 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0273207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6672;QD=5.94384;RBI=0.0312907;REFB=0.000484143;REVB=-0.0152541;RO=60;SAF=11;SAR=7;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777404;STB=0.548333;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00297651;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:60:18:18:0.230769:7:11:33:27:7:11:33:27 chr3 75786438 . G A 79.72 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0131036;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.266;QD=4.14104;RBI=0.0374595;REFB=-0.002954;REVB=-0.0350929;RO=61;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102602;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:78:77:61:63:14:14:0.181818:6:8:35:26:6:8:36:27 chr3 75786440 . C T 167.05 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.041437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4724;QD=8.14892;RBI=0.0735924;REFB=-0.0310618;REVB=-0.060818;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248568;STB=0.635683;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0647806;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:54:59:23:23:0.280488:13:10:35:19:13:10:37:22 chr3 75786449 . C T 44.21 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0432205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.026;QD=2.00932;RBI=0.0440135;REFB=-0.00967624;REVB=-0.00831685;RO=76;SAF=2;SAR=8;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478237;STB=0.839719;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.019107;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:76:78:10:10:0.113636:8:2:47:29:8:2:48:30 chr3 75786450 . G A 92.24 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0190942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.411;QD=4.19286;RBI=0.0291995;REFB=-0.00738611;REVB=-0.0220912;RO=71;SAF=10;SAR=6;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802191;STB=0.558749;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0314014;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:71:72:16:16:0.181818:6:10:40:31:6:10:40:32 chr3 75786453 . C T 196.59 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00609631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=8.93596;RBI=0.0307361;REFB=-0.0115001;REVB=-0.0301254;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170886;STB=0.605457;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0221188;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:62:26:26:0.295455:14:12:37:24:14:12:38:24 chr3 75786500 . AT GA,GT 182.77 PASS AF=0.0581395,0.244186;AO=5,20;DP=85;FAO=5,21;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=1,12;FSAR=4,9;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.000917775,-0.00304695;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=273.831,222.273;QD=8.50068;RBI=0.00271982,0.00993491;REFB=-0.00475717,-0.00233724;REVB=-0.0025603,0.00945614;RO=58;SAF=1,11;SAR=4,9;SRF=34;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.397047,-0.0449798;STB=0.822303,0.503594;STBP=0.198,0.985;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00705052,0.00760558;OID=.,.;OPOS=75786500,75786500;OREF=AT,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:85:86:58:60:5,20:5,21:0.0581395,0.244186:4,9:1,11:34:24:4,9:1,12:34:26 chr3 75786506 . T C 93.34 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00234894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.888;QD=4.34145;RBI=0.0152713;REFB=-0.00414587;REVB=-0.0150896;RO=65;SAF=12;SAR=4;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284544;STB=0.683301;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00792498;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:82:86:65:70:16:16:0.186047:4:12:35:30:4:12:38:32 chr3 75786515 . G A 199.48 PASS AF=0.303371;AO=24;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00558424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.887;QD=8.96545;RBI=0.0169801;REFB=-0.00209576;REVB=-0.0160356;RO=62;SAF=15;SAR=9;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261531;STB=0.538434;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00621505;OID=.;OPOS=75786515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:24:27:0.303371:9:15:40:22:11:16:40:22 chr3 75786518 . A C 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=-0.0330142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9265;QD=1.31843;RBI=0.0531736;REFB=-0.00277128;REVB=-0.0416832;RO=83;SAF=2;SAR=6;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465297;STB=0.842167;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0391603;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:83:84:8:8:0.0869565:6:2:57:26:6:2:57:27 chr3 75786521 . G A 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=-0.012904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.633;QD=1.39746;RBI=0.046591;REFB=-0.00219977;REVB=-0.0447684;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471808;STB=0.848094;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0212595;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:6:2:56:25:6:2:56:25 chr3 75786533 . T G 120.4 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00296033;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=5.35102;RBI=0.0309106;REFB=-0.0186928;REVB=-0.0307685;RO=72;SAF=13;SAR=6;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822263;STB=0.556359;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0359654;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:72:71:19:19:0.211111:6:13:45:27:6:13:44:27 chr3 75786555 . C CTG 263.68 PASS AF=0.367816;AO=25;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00201913;FXX=0.0113623;HRUN=0;LEN=2;MLLD=246.969;QD=12.1231;RBI=0.0253512;REFB=-0.00325459;REVB=0.0252706;RO=54;SAF=17;SAR=8;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845668;STB=0.608633;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.0036211;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367816:25:88:32:87:55:18:14:40:15:99:54:17:8:40:14 chr3 75786572 . T C 129.05 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.00708233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.455;QD=5.61102;RBI=0.0140223;REFB=-0.00916091;REVB=0.0121023;RO=70;SAF=11;SAR=9;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100949;STB=0.571201;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0334595;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:72:20:20:0.217391:9:11:44:26:9:11:46:26 chr3 75786597 . C T 118.18 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.000200123;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.37;QD=5.02897;RBI=0.0242698;REFB=-0.00152425;REVB=0.024269;RO=73;SAF=10;SAR=9;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010003;STB=0.505612;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0110443;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:73:75:19:19:0.202128:9:10:39:34:9:10:40:35 chr3 75786607 . C T 107.29 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00876028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.552;QD=4.42417;RBI=0.0120386;REFB=-0.0110546;REVB=-0.00825741;RO=79;SAF=8;SAR=10;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109837;STB=0.570698;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.01739;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:79:79:18:18:0.185567:10:8:42:37:10:8:42:37 chr3 75786610 . T G 116.13 PASS AF=0.191919;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0546706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7518;QD=4.69191;RBI=0.0569066;REFB=3.10371e-05;REVB=0.015795;RO=80;SAF=9;SAR=10;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647475;STB=0.541358;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0022628;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:80:80:19:19:0.191919:10:9:42:38:10:9:42:38 chr3 75786619 . T C 134.57 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00350754;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.522;QD=5.43721;RBI=0.00384869;REFB=-0.00305798;REVB=0.00158416;RO=79;SAF=7;SAR=14;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2363;STB=0.643697;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00543376;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:79:78:21:21:0.212121:14:7:41:38:14:7:40:38 chr3 75786623 . G T 152.78 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.015355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.732;QD=5.7651;RBI=0.0493642;REFB=0.00326577;REVB=-0.0469153;RO=82;SAF=8;SAR=16;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227762;STB=0.640906;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0180525;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:82:24:24:0.226415:16:8:42:40:16:8:42:40 chr3 75786628 . G C 491.81 PASS AF=0.490566;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00914769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.044;QD=18.5588;RBI=0.0105704;REFB=-0.0125559;REVB=0.00529643;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20499;STB=0.623069;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0102641;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:51:54:50:52:0.490566:21:29:18:33:21:31:19:35 chr3 75786670 . G A 144.67 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0118481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.972;QD=5.72933;RBI=0.0140639;REFB=-0.006839;REVB=-0.00757724;RO=77;SAF=7;SAR=15;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226071;STB=0.641728;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0127135;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:77:79:22:22:0.217822:15:7:38:39:15:7:39:40 chr3 75786681 . G A 553.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00109555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.816;QD=24.5802;RBI=0.00350578;REFB=-0.0152169;REVB=-0.0033302;RO=39;SAF=18;SAR=33;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172285;STB=0.594557;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0147789;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:33:18:22:17:33:18:22:17 chr3 75786687 . A T 36.45 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0168217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.139;QD=1.58494;RBI=0.020477;REFB=-0.000507425;REVB=-0.0116763;RO=82;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141513;STB=0.605819;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00444534;OID=.;OPOS=75786687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:82:83:9:9:0.0978261:6:3:37:45:6:3:37:46 chr3 75786737 . A T 275.66 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0153166;FXX=0.126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.921;QD=15.9803;RBI=0.0153723;REFB=0.00216255;REVB=0.00130704;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226899;STB=0.536562;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00720399;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:69:37:39:29:30:0.434783:19:10:12:25:19:11:12:27 chr3 75786740 . CA CG,GG 358.5 PASS AF=0.233766,0.272727;AO=18,21;DP=77;FAO=18,21;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=6,7;FSAR=12,14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00113587,0.0029051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=161.76,158.257;QD=18.6233;RBI=0.00116358,0.00362233;REFB=0.0056505,-0.000528915;REVB=0.000252391,0.00216372;RO=38;SAF=6,7;SAR=12,14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0442773,-0.0427981;STB=0.526286,0.524976;STBP=0.812,0.777;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00818773,0.00313119;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:77:38:38:18,21:18,21:0.233766,0.272727:12,14:6,7:14:24:12,14:6,7:14:24 chr3 75786743 . TA T 48.05 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0140712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.743;QD=2.49602;RBI=0.015285;REFB=-0.00463609;REVB=-0.00596946;RO=66;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469916;STB=0.538386;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=0.029647;OID=.;OPOS=75786744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12987:10:77:10:77:67:4:6:24:43:48:66:4:6:24:42 chr3 75786748 . C T 54.74 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0703036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2211;QD=2.80707;RBI=0.0806108;REFB=0.00945247;REVB=-0.03944;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142791;STB=0.597918;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0629864;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:6:5:23:44:6:5:23:44 chr3 75786753 . C T 230.51 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0067079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.758;QD=12.1321;RBI=0.00715566;REFB=-0.0169228;REVB=-0.00249147;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355754;STB=0.502048;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0159042;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:18:10:17:31:18:10:17:31 chr3 75786754 . G T 138.27 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00120424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.555;QD=7.37453;RBI=0.0114203;REFB=-0.0108387;REVB=-0.0113566;RO=54;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267305;STB=0.510906;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0279722;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:55:20:20:0.266667:13:7:20:34:13:7:20:35 chr3 75786759 . T C 318.41 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0132256;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.192;QD=18.1949;RBI=0.0178916;REFB=-0.0153062;REVB=-0.0120496;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719755;STB=0.537361;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0147014;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:33:34:0.485714:23:10:13:22:23:11:14:22 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC 149.76 PASS AF=0.274194,0.177419;AO=17,9;DP=63;FAO=17,11;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=5,5;FSAR=12,6;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0361466,-0.0734948;FXX=0.0312451;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=132.527,17.8803;QD=9.66198;RBI=0.0361839,0.0750399;REFB=0.0068287,0.0321391;REVB=-0.00164196,0.0151491;RO=34;SAF=5,4;SAR=12,5;SRF=11;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0390415,0.153736;STB=0.523133,0.601486;STBP=0.802,0.458;TYPE=ins,del;VARB=0.00344675,-0.042047;OID=.,.;OPOS=75786765,75786761;OREF=-,C;OALT=T,-;OMAPALT=TCCCCT,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194,0.177419:17,9:63:17,11:62:34:5,5:12,6:11:23:89:34:5,4:12,5:11:23 chr3 75786773 . T A 109.08 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0192693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.097;QD=5.97716;RBI=0.0204808;REFB=-0.00528154;REVB=0.00693951;RO=55;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383163;STB=0.518303;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0305744;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:11:6:21:34:11:6:21:35 chr3 75786784 . T C 113.2 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00468202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.278;QD=6.75849;RBI=0.0149699;REFB=-0.00552765;REVB=-0.0142188;RO=48;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288556;STB=0.537549;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0157096;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:50:17:17:0.253731:11:6:18:30:11:6:20:30 chr3 75786802 . G A 99.15 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0100591;FXX=0.11266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.842;QD=6.29505;RBI=0.0260447;REFB=-0.00181289;REVB=-0.0240238;RO=48;SAF=4;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276098;STB=0.673227;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0095703;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:63:48:48:15:15:0.238095:11:4:23:25:11:4:23:25 chr3 75786827 . A T 381.11 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00833604;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.691;QD=21.1726;RBI=0.0161406;REFB=-0.024901;REVB=0.0138214;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514616;STB=0.514971;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0182301;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:33:36:39:0.541667:18:18:15:19:20:19:15:18 chr3 75786832 . C T 323.33 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0157598;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.508;QD=16.1665;RBI=0.0168098;REFB=-0.0170248;REVB=-0.00584792;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578488;STB=0.532543;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0149803;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:18:27:19:16:18:27 chr3 75786833 . G A 68.23 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.00964166;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.865;QD=3.2491;RBI=0.00964207;REFB=-0.00167547;REVB=8.96626e-05;RO=71;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303715;STB=0.701468;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00690383;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:5:8:26:45:5:8:26:45 chr3 75786845 . T C 883.89 PASS AF=0.737864;AO=68;DP=95;FAO=76;FDP=103;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0207744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.294;QD=34.3256;RBI=0.0334981;REFB=-0.0491613;REVB=0.0262783;RO=27;SAF=32;SAR=36;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930893;STB=0.540375;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0168132;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:103:27:27:68:76:0.737864:36:32:8:19:42:34:8:19 chr3 75786854 . A T 109.13 PASS AF=0.176991;AO=20;DP=113;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.0405279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.163;QD=3.86302;RBI=0.0471969;REFB=-0.00515164;REVB=-0.0241874;RO=91;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129339;STB=0.580304;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0304417;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:93:20:20:0.176991:11:9:32:59:11:9:33:60 chr3 75786866 . G T 454.71 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0064979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.188;QD=15.1569;RBI=0.0211636;REFB=-0.0331448;REVB=-0.0201414;RO=69;SAF=19;SAR=32;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112451;STB=0.506309;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0378911;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:32:19:25:44:32:19:25:44 chr3 75786888 . C T 36.5 PASS AF=0.0827068;AO=10;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=74;FWDB=0.00316058;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.778;QD=1.09781;RBI=0.0350516;REFB=-0.00148082;REVB=-0.0349088;RO=122;SAF=5;SAR=5;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119009;STB=0.636861;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0130691;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:122:122:10:11:0.0827068:5:5:48:74:5:6:48:74 chr3 75786892 . A C 633.67 PASS AF=0.477941;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0123242;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.603;QD=18.6374;RBI=0.0135936;REFB=-0.00728321;REVB=0.005736;RO=70;SAF=30;SAR=34;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517813;STB=0.527991;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00722866;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:71:64:65:0.477941:34:30:29:41:35:30:29:42 chr3 75786899 . T C 671.47 PASS AF=0.48855;AO=56;DP=136;FAO=64;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.106982;FXX=0.036762;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.6329;QD=20.5029;RBI=0.131547;REFB=0.0148157;REVB=-0.0765472;RO=45;SAF=25;SAR=31;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113;STB=0.540549;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0190703;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:131:45:57:56:64:0.48855:31:25:14:31:35:29:21:36 chr3 75786916 . C A 743.28 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=150;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00270073;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.068;QD=19.6896;RBI=0.00925033;REFB=-0.00573632;REVB=-0.0088473;RO=75;SAF=32;SAR=43;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246291;STB=0.509638;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0104612;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:75:75:75:76:0.503311:43:32:34:41:43:33:34:41 chr3 75786919 . A T 750.27 PASS AF=0.503268;AO=79;DP=154;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00594573;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.006;QD=19.6148;RBI=0.00653988;REFB=-0.00203736;REVB=-0.00272367;RO=71;SAF=36;SAR=43;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434539;STB=0.509529;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00245042;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:71:76:79:77:0.503268:43:36:32:39:43:34:35:41 chr3 75786921 . G A 117.56 PASS AF=0.153333;AO=23;DP=150;FAO=23;FDP=150;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.00477521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.544;QD=3.13502;RBI=0.00881565;REFB=-0.00218513;REVB=0.00741034;RO=127;SAF=9;SAR=14;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104685;STB=0.56985;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00849042;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:127:127:23:23:0.153333:14:9:60:67:14:9:60:67 chr3 75786942 . C A 164.93 PASS AF=0.185185;AO=30;DP=162;FAO=30;FDP=162;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0132369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.963;QD=4.07238;RBI=0.0173757;REFB=-0.012887;REVB=-0.0112561;RO=128;SAF=14;SAR=16;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736702;STB=0.508665;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0486846;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:128:132:30:30:0.185185:16:14:59:69:16:14:63:69 chr3 75786965 . C T 176.95 PASS AF=0.191358;AO=33;DP=163;FAO=31;FDP=162;FR=.;FRO=131;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0212514;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.044;QD=4.36912;RBI=0.022573;REFB=-0.00189739;REVB=-0.0076103;RO=125;SAF=17;SAR=16;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854604;STB=0.514755;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00534028;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:125:131:33:31:0.191358:16:17:56:69:16:15:61:70 chr3 75786991 . C T 171.37 PASS AF=0.192308;AO=30;DP=156;FAO=30;FDP=156;FR=.;FRO=126;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0632113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3439;QD=4.39404;RBI=0.0646545;REFB=-0.00092591;REVB=-0.0135844;RO=124;SAF=15;SAR=15;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00914925;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:124:126:30:30:0.192308:15:15:63:61:15:15:63:63 chr3 75786993 . T A 249.0 PASS AF=0.24359;AO=38;DP=156;FAO=38;FDP=156;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0347277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0327;QD=6.38459;RBI=0.0556471;REFB=-0.00401908;REVB=0.0434809;RO=118;SAF=17;SAR=21;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871311;STB=0.552604;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0121556;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:118:118:38:38:0.24359:21:17:61:57:21:17:61:57 chr3 75787015 . C T 655.62 PASS AF=0.455782;AO=66;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00839334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.52;QD=17.8399;RBI=0.0107707;REFB=-0.00892978;REVB=0.00674976;RO=80;SAF=31;SAR=35;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103415;STB=0.560888;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00822953;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:66:67:0.455782:35:31:46:34:36:31:46:34 chr3 75787032 . T C 157.21 PASS AF=0.191489;AO=27;DP=141;FAO=27;FDP=141;FR=.;FRO=114;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00040864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.039;QD=4.45982;RBI=0.0149596;REFB=-0.0041134;REVB=0.014954;RO=114;SAF=15;SAR=12;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931932;STB=0.559011;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0370833;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:114:114:27:27:0.191489:12:15:55:59:12:15:55:59 chr3 75787043 . G A 607.68 PASS AF=0.496;AO=75;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0231457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6546;QD=19.4459;RBI=0.0231568;REFB=0.0145225;REVB=-0.000716447;RO=50;SAF=38;SAR=37;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245561;STB=0.503875;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0198318;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:50:63:75:62:0.496:37:38:27:23:30:32:33:30 chr3 75787047 . G GACTTATA 202.05 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.0167866;FXX=0.124989;HRUN=1;LEN=7;MLLD=280.63;QD=8.24709;RBI=0.0178401;REFB=-0.0114441;REVB=-0.00603971;RO=87;SAF=7;SAR=21;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461297;STB=0.806407;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0253009;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:28:116:28:98:70:7:21:50:20:99:87:7:21:55:32 chr3 75787049 . C A 55.8 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0171948;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.924;QD=1.97508;RBI=0.0173719;REFB=-0.00229431;REVB=0.0024745;RO=99;SAF=5;SAR=8;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217554;STB=0.644077;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0186993;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:115:113:99:100:13:13:0.115044:8:5:56:43:8:5:55:45 chr3 75787057 . G A 739.6 PASS AF=0.670213;AO=57;DP=88;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00900981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.792;QD=31.4724;RBI=0.0453627;REFB=-0.00410537;REVB=0.044459;RO=29;SAF=21;SAR=36;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202405;STB=0.607372;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00855658;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:94:29:31:57:63:0.670213:36:21:20:9:42:21:20:11 chr3 75787081 . A T 328.64 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00901409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.842;QD=13.1456;RBI=0.0090443;REFB=-0.0099443;REVB=-0.000738599;RO=63;SAF=12;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210216;STB=0.6207;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0115916;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:25:12:32:31:25:12:32:31 chr3 75787098 . CCT C 40.08 PASS AF=0.157895;AO=14;DP=98;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0337613;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=2;MLLD=226.521;QD=1.68773;RBI=0.0375737;REFB=-0.00203153;REVB=-0.0164912;RO=82;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609582;STB=0.514105;STBP=0.913;TYPE=del;VARB=0.0363058;OID=.;OPOS=75787099;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:14:98:15:95:80:7:8:36:44:40:82:7:7:37:45 chr3 75787116 . T G 209.6 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0145268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.452;QD=8.13991;RBI=0.0201365;REFB=-0.00219005;REVB=0.0139446;RO=74;SAF=12;SAR=17;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104919;STB=0.562414;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00751574;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:17:12:37:37:17:12:37:37 chr3 75787127 . G T 139.67 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00854253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0879;QD=5.42399;RBI=0.0358889;REFB=-0.0048202;REVB=-0.0348574;RO=81;SAF=10;SAR=12;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804567;STB=0.550219;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0169179;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:81:22:22:0.213592:12:10:42:39:12:10:42:39 chr3 75787145 . T C 149.43 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00432587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.015;QD=6.42699;RBI=0.00432591;REFB=-0.00380398;REVB=-1.88902e-05;RO=70;SAF=14;SAR=8;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205579;STB=0.621191;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0104984;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:71:22:22:0.236559:8:14:33:37:8:14:34:37 chr3 75787159 . C T 243.51 PASS AF=0.326087;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0131693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.781;QD=10.5872;RBI=0.0184041;REFB=-0.000863305;REVB=-0.0128562;RO=62;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239086;STB=0.64696;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00339212;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:62:29:30:0.326087:10:19:28:34:10:20:28:34 chr3 75787169 . G A 346.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00148497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.61;QD=14.4192;RBI=0.00311716;REFB=-0.00878248;REVB=-0.00274072;RO=56;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837508;STB=0.537758;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0114427;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:58:38:38:0.395833:16:22:28:28:16:22:30:28 chr3 75787186 . C T 374.42 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.017398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0693;QD=15.6009;RBI=0.0425088;REFB=-0.0235114;REVB=-0.0387854;RO=55;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113087;STB=0.57014;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0183041;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:40:40:0.416667:14:26:30:25:14:26:30:26 chr3 75787221 . C T 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=6;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.016298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.496;QD=1.54667;RBI=0.0381977;REFB=8.28366e-05;REVB=-0.0345462;RO=76;SAF=3;SAR=3;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098465;STB=0.583131;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00641489;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:6:8:0.0952381:3:3:45:31:4:4:45:31 chr3 75787222 . A G 123.82 PASS AF=0.231707;AO=17;DP=80;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00254216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.111;QD=6.04007;RBI=0.0208302;REFB=-0.00942108;REVB=-0.0206745;RO=62;SAF=12;SAR=5;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208793;STB=0.61724;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0206931;OID=.;OPOS=75787222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:62:63:17:19:0.231707:5:12:34:28:6:13:34:29 chr3 75787224 . C T 210.27 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0230324;FXX=0.0722804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.666;QD=10.923;RBI=0.0441338;REFB=-0.023491;REVB=-0.037647;RO=50;SAF=18;SAR=8;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227865;STB=0.627805;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0140695;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:77:50:51:26:26:0.337662:8:18:25:25:8:18:26:25 chr3 75787240 . A G 154.95 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0293239;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.072;QD=9.11447;RBI=0.0314918;REFB=-0.0179023;REVB=-0.0114824;RO=44;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172546;STB=0.597842;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0459827;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:47:21:21:0.308824:7:14:23:21:7:14:25:22 chr3 75787279 . A T 34.41 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00138654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1226;QD=3.12847;RBI=0.0284857;REFB=-0.016718;REVB=-0.028452;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264483;STB=0.703978;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0567419;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:44:35:38:6:6:0.136364:3:3:10:25:3:3:10:28 chr3 75787288 . T C 40.66 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0022077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.341;QD=3.46001;RBI=0.0442709;REFB=-0.0212271;REVB=-0.0442158;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239065;STB=0.661941;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.074682;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:10:30:4:3:10:30 chr3 75787372 . A T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.000583272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.183;QD=16.0627;RBI=0.0242501;REFB=-0.0347017;REVB=-0.0242431;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294101;STB=0.666502;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0352595;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:5:19:9:9:5:19 chr3 75787382 . T C 216.98 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0808769;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.972;QD=21.6977;RBI=0.0818478;REFB=-0.0257312;REVB=0.0125691;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220723;STB=0.632632;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0267987;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:16:5:8:9:16:5:9:10 chr3 75787405 . C T 248.39 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.00165975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.976;QD=16.2879;RBI=0.0126314;REFB=-0.0129809;REVB=-0.0125219;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36416;STB=0.702574;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0307174;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:6:27:12:16:6:27 chr3 75787416 . C T 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00470159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4831;QD=9.46384;RBI=0.0966516;REFB=-0.0193575;REVB=-0.0965372;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297424;STB=0.672683;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.025282;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:12:33:10:11:12:33 chr3 75787424 . C G 313.04 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0172012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.218;QD=18.4142;RBI=0.0172302;REFB=-0.000919594;REVB=-0.000999701;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334517;STB=0.671234;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00208782;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:32:33:33:35:0.514706:14:19:6:26:16:19:6:27 chr3 75787427 . T C 242.86 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0123451;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.843;QD=14.7188;RBI=0.0144941;REFB=-0.00555738;REVB=-0.00759461;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291986;STB=0.686071;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00569985;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:38:28:28:0.424242:12:16:9:25:12:16:9:29 chr3 75787458 . G A 130.46 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0159699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.781;QD=5.86345;RBI=0.01702;REFB=-0.00970225;REVB=0.00588595;RO=67;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508899;STB=0.546171;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0281075;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:69:20:20:0.224719:13:7:26:41:13:7:28:41 chr3 75787464 . C T 516.83 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0183286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.516;QD=22.4709;RBI=0.0202336;REFB=0.0205921;REVB=0.008571;RO=43;SAF=27;SAR=22;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247149;STB=0.635518;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0331312;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:22:27:11:32:22:27:11:32 chr3 75787476 . C T 62.43 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0146943;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.887;QD=2.47234;RBI=0.0289523;REFB=-0.000151751;REVB=-0.0249462;RO=87;SAF=8;SAR=5;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258138;STB=0.683091;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000686466;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:105:101:87:88:13:13:0.128713:5:8:35:52:5:8:35:53 chr3 75787486 . C T 611.9 PASS AF=0.544643;AO=56;DP=108;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00488278;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.412;QD=21.8535;RBI=0.0120796;REFB=-0.0153132;REVB=0.0110487;RO=52;SAF=31;SAR=25;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196127;STB=0.579414;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0127648;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:52:51:56:61:0.544643:25:31:17:35:30:31:17:34 chr3 75787516 . C G 682.91 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=131;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00246489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.699;QD=20.3852;RBI=0.00398504;REFB=-0.00524924;REVB=-0.00313127;RO=63;SAF=32;SAR=35;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293226;STB=0.507934;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00554129;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:63:66:67:68:0.507463:35:32:28:35:36:32:30:36 chr3 75787519 . CT AG,CG 828.87 PASS AF=0.507576,0.0909091;AO=67,12;DP=132;FAO=67,12;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=33,6;FSAR=34,6;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.000805585,-0.0103279;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=129.057,161.502;QD=25.1172;RBI=0.0117445,0.0108727;REFB=0.0114082,0.00345251;REVB=0.0117168,-0.00339849;RO=53;SAF=33,6;SAR=34,6;SRF=24;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0321025,0.0586591;STB=0.517545,0.538398;STBP=0.675,0.772;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00580301,0.0104697;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:53:53:67,12:67,12:0.507576,0.0909091:34,6:33,6:24:29:34,6:33,6:24:29 chr3 75787576 . A G 52.2 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.00543477;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.071;QD=1.47034;RBI=0.0133512;REFB=-0.00434092;REVB=-0.012195;RO=127;SAF=8;SAR=6;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098842;STB=0.578202;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0192219;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:144:142:127:128:14:14:0.0985915:6:8:62:65:6:8:62:66 chr3 75787583 . AC GA 58.63 PASS AF=0.104167;AO=14;DP=144;FAO=15;FDP=144;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.0265703;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.114;QD=1.62868;RBI=0.0367779;REFB=-0.00490114;REVB=-0.0254289;RO=128;SAF=10;SAR=4;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28208;STB=0.672582;STBP=0.177;TYPE=mnp;VARB=0.0343772;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:144:144:128:129:14:15:0.104167:4:10:61:67:5:10:61:68 chr3 75787620 . T C 105.45 PASS AF=0.154412;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=136;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.0425786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7388;QD=3.10154;RBI=0.0470119;REFB=-0.00720246;REVB=0.0199294;RO=113;SAF=10;SAR=11;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214382;STB=0.505613;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0513808;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:113:115:21:21:0.154412:11:10:54:59:11:10:54:61 chr3 75787637 . C T 634.46 PASS AF=0.503876;AO=62;DP=125;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00384273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.521;QD=19.673;RBI=0.0222969;REFB=-0.0226456;REVB=-0.0219633;RO=61;SAF=23;SAR=39;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170586;STB=0.581225;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0199869;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:61:64:62:65:0.503876:39:23:34:27:39:26:36:28 chr3 75787645 . GAA G 346.08 PASS AF=0.491667;AO=40;DP=121;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0723473;FXX=0.0163921;HRUN=4;LEN=2;MLLD=30.6825;QD=11.536;RBI=0.0723539;REFB=0.0108071;REVB=-0.000976362;RO=49;SAF=13;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229432;STB=0.56976;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=-0.0124097;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491667:40:121:59:120:61:23:36:32:29:99:49:13:27:27:22 chr3 75787679 . T C 713.63 PASS AF=0.5;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00134785;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.28;QD=20.3894;RBI=0.00826128;REFB=-0.0188624;REVB=0.00815058;RO=67;SAF=36;SAR=34;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193313;STB=0.507144;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0142667;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:67:70:70:70:0.5:34:36:33:34:34:36:35:35 chr3 75787688 . T A 694.64 PASS AF=0.511278;AO=64;DP=136;FAO=68;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0265;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2093;QD=20.8915;RBI=0.0867797;REFB=-0.0395217;REVB=0.0826346;RO=49;SAF=28;SAR=36;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237324;STB=0.51788;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.049211;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:49:65:64:68:0.511278:36:28:20:29:37:31:32:33 chr3 75787702 . C G 1152.58 PASS AF=0.653846;AO=102;DP=157;FAO=102;FDP=156;FR=.;FRO=54;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0108212;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2285;QD=29.5533;RBI=0.0421978;REFB=-0.0122685;REVB=-0.0407868;RO=53;SAF=52;SAR=50;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000235011;STB=0.503018;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0058642;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:53:54:102:102:0.653846:50:52:27:26:50:52:28:26 chr3 75787726 . G A 2248.98 PASS AF=0.840206;AO=163;DP=194;FAO=163;FDP=194;FR=.;FRO=31;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0104437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.711;QD=46.3708;RBI=0.0120952;REFB=-0.00108233;REVB=-0.0061011;RO=31;SAF=86;SAR=77;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013227;STB=0.507004;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000941644;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:31:31:163:163:0.840206:77:86:15:16:77:86:15:16 chr3 75787728 . C T 86.94 PASS AF=0.111675;AO=23;DP=197;FAO=22;FDP=197;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=82;FWDB=0.00759343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5889;QD=1.76519;RBI=0.0420671;REFB=-0.00437508;REVB=-0.0413761;RO=174;SAF=10;SAR=13;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123161;STB=0.567953;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00457912;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:197:197:174:175:23:22:0.111675:13:10:93:81:12:10:93:82 chr3 75787732 . A C 291.14 PASS AF=0.225;AO=45;DP=200;FAO=45;FDP=200;FR=.;FRO=155;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=0.00239733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.183;QD=5.82272;RBI=0.00346246;REFB=-0.00171537;REVB=-0.00249828;RO=153;SAF=23;SAR=22;SRF=80;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149405;STB=0.508893;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00529518;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:153:155:45:45:0.225:22:23:80:73:22:23:81:74 chr3 75787739 . A T 3257.55 PASS AF=1;AO=183;DP=214;FAO=211;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132666;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.101;QD=61.7545;RBI=0.035085;REFB=0;REVB=0.03248;RO=0;SAF=95;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981739;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:211:0:0:183:211:1:88:95:0:0:106:105:0:0 chr3 75787770 . C T 647.25 PASS AF=0.326693;AO=82;DP=251;FAO=82;FDP=251;FR=.;FRO=169;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=77;FSRR=92;FWDB=-0.00918972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.111;QD=10.3147;RBI=0.012242;REFB=-0.0131561;REVB=-0.00808799;RO=169;SAF=43;SAR=39;SRF=77;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804568;STB=0.546193;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0269979;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:169:169:82:82:0.326693:39:43:77:92:39:43:77:92 chr3 75787794 . A G 2302.91 PASS AF=0.692029;AO=191;DP=276;FAO=191;FDP=276;FR=.;FRO=85;FSAF=90;FSAR=101;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0133521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.147;QD=33.3756;RBI=0.0281396;REFB=-0.0257789;REVB=0.0247701;RO=85;SAF=90;SAR=101;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040312;STB=0.521565;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0110367;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:85:85:191:191:0.692029:101:90:46:39:101:90:46:39 chr3 75787809 . T C 40.79 PASS AF=0.0641892;AO=19;DP=296;FAO=19;FDP=296;FR=.;FRO=277;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=143;FSRR=134;FWDB=-0.00589358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.329;QD=0.551261;RBI=0.0177012;REFB=-0.00041405;REVB=0.0166912;RO=274;SAF=6;SAR=13;SRF=142;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216639;STB=0.686927;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00570408;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:296:296:274:277:19:19:0.0641892:13:6:142:132:13:6:143:134 chr3 75787829 . C G 31.72 PASS AF=0.057047;AO=17;DP=297;FAO=17;FDP=298;FR=.;FRO=281;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=138;FSRR=143;FWDB=0.0131664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.335;QD=0.425717;RBI=0.0167929;REFB=-0.000263225;REVB=-0.0104234;RO=280;SAF=8;SAR=9;SRF=138;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228049;STB=0.519345;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0134141;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:297:298:280:281:17:17:0.057047:9:8:138:142:9:8:138:143 chr3 75787840 . C A 41.32 PASS AF=0.0648464;AO=19;DP=293;FAO=19;FDP=293;FR=.;FRO=274;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=135;FSRR=139;FWDB=-0.0233524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.847;QD=0.564092;RBI=0.0246133;REFB=-0.00119096;REVB=-0.00777694;RO=272;SAF=11;SAR=8;SRF=135;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888279;STB=0.580526;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0262657;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:293:293:272:274:19:19:0.0648464:8:11:135:137:8:11:135:139 chr3 75787869 . CA TG 1920.98 PASS AF=0.620438;AO=170;DP=274;FAO=170;FDP=274;FR=.;FRO=104;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00367563;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.654;QD=28.0435;RBI=0.032824;REFB=-0.0181186;REVB=-0.0326175;RO=103;SAF=73;SAR=97;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466072;STB=0.523454;STBP=0.301;TYPE=mnp;VARB=0.00814018;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:103:104:170:170:0.620438:97:73:51:52:97:73:51:53 chr3 75787876 . G T 1993.16 PASS AF=0.635036;AO=174;DP=275;FAO=174;FDP=274;FR=.;FRO=100;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.00353595;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.153;QD=29.0972;RBI=0.00522657;REFB=-0.0251719;REVB=-0.00384891;RO=98;SAF=77;SAR=97;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031952;STB=0.513813;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.015996;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:98:100:174:174:0.635036:97:77:48:50:97:77:48:52 chr3 75787880 . A G 1244.68 PASS AF=0.467391;AO=129;DP=275;FAO=129;FDP=276;FR=.;FRO=147;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=-0.00468546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.117;QD=18.0388;RBI=0.0163023;REFB=-0.00407822;REVB=-0.0156145;RO=144;SAF=59;SAR=70;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039391;STB=0.519157;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00526182;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:144:147:129:129:0.467391:70:59:60:84:70:59:62:85 chr3 75787897 . T C 108.39 PASS AF=0.114754;AO=28;DP=242;FAO=28;FDP=244;FR=.;FRO=216;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=105;FSRR=111;FWDB=-0.00585379;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.953;QD=1.77694;RBI=0.0112077;REFB=0.00102729;REVB=0.00955754;RO=213;SAF=7;SAR=21;SRF=105;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310491;STB=0.717788;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00597391;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:213:216:28:28:0.114754:21:7:105:108:21:7:105:111 chr3 75787918 . C T 46.47 PASS AF=0.0788177;AO=16;DP=203;FAO=16;FDP=203;FR=.;FRO=187;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=100;FWDB=-0.0356455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.249;QD=0.91574;RBI=0.0437011;REFB=0.000749345;REVB=-0.0252821;RO=187;SAF=8;SAR=8;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394009;STB=0.53198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0260297;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:203:203:187:187:16:16:0.0788177:8:8:87:100:8:8:87:100 chr3 75787926 . T C 34.91 PASS AF=0.0710383;AO=13;DP=183;FAO=13;FDP=183;FR=.;FRO=170;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=86;FWDB=-0.00606307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.547;QD=0.76298;RBI=0.00668418;REFB=-0.000684543;REVB=-0.0028138;RO=162;SAF=8;SAR=5;SRF=78;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147693;STB=0.612621;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0590869;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:183:183:162:170:13:13:0.0710383:5:8:78:84:5:8:84:86 chr3 75787927 . A G 961.12 PASS AF=0.531073;AO=89;DP=172;FAO=94;FDP=177;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.00165795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.817;QD=21.7202;RBI=0.00571958;REFB=-0.0112178;REVB=0.00547401;RO=79;SAF=36;SAR=53;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14273;STB=0.555463;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.010365;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:177:79:83:89:94:0.531073:53:36:45:34:53:41:46:37 chr3 75787949 . C T 1060.76 PASS AF=0.636364;AO=86;DP=141;FAO=91;FDP=143;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0166526;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.156;QD=29.6717;RBI=0.0167126;REFB=-0.0381965;REVB=-0.0014145;RO=54;SAF=36;SAR=50;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852713;STB=0.529187;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0169387;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:54:52:86:91:0.636364:50:36:29:25:51:40:27:25 chr3 75787961 . A G 81.36 PASS AF=0.131387;AO=18;DP=137;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0198611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.079;QD=2.37554;RBI=0.0266103;REFB=-0.00375497;REVB=-0.01771;RO=111;SAF=5;SAR=13;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229019;STB=0.688598;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0164781;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:137:137:111:119:18:18:0.131387:13:5:50:61:13:5:58:61 chr3 75787962 . G C 521.95 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0128586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=15.4653;RBI=0.0129559;REFB=-0.00738249;REVB=0.00158508;RO=78;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559943;STB=0.50314;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0280569;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:31:26:36:42:31:26:36:42 chr3 75787996 . C T 236.4 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0155687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9586;QD=11.2571;RBI=0.0594537;REFB=-0.00580228;REVB=0.0573791;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892137;STB=0.551688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0144067;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:26:29:13:16:26:29 chr3 75788010 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.48;QD=59.8558;RBI=0.0522735;REFB=0;REVB=0.00189921;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20489e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr3 75788023 . C T 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0274544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7027;QD=19.4982;RBI=0.0562817;REFB=-0.00620955;REVB=-0.0491313;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197056;STB=0.609687;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00358781;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:20:12:18:12:20:12:18:12 chr3 75788028 . G C 84.22 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.021529;FXX=0.0793525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.742;QD=5.80794;RBI=0.0478792;REFB=-0.001646;REVB=-0.0427659;RO=43;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254915;STB=0.66187;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0138796;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:62:58:43:45:13:13:0.224138:9:4:22:21:9:4:23:22 chr3 75788033 . A T 41.84 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0282109;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.136;QD=2.74357;RBI=0.0282563;REFB=0.000180831;REVB=0.00160121;RO=55;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297101;STB=0.730502;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00137771;OID=.;OPOS=75788033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:64:61:55:53:8:8:0.131148:6:2:27:28:6:2:27:26 chr3 75788068 . A C 103.56 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0102737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.645;QD=6.18236;RBI=0.0151919;REFB=-0.0101134;REVB=0.0111912;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767545;STB=0.555071;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0465685;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:51:16:16:0.238806:9:7:25:25:9:7:26:25 chr3 75788076 . A C 534.8 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00577288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.249;QD=31.9282;RBI=0.0554011;REFB=0.00976412;REVB=0.0550995;RO=20;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494042;STB=0.526706;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00367891;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:23:24:12:8:23:24:12:8 chr3 75788088 . C T 122.38 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00282537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3792;QD=7.19873;RBI=0.0433146;REFB=-0.00688648;REVB=-0.0432223;RO=50;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112109;STB=0.568256;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0166794;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:7:11:26:24:7:11:26:24 chr3 75788115 . G A 763.05 PASS AF=0.707865;AO=62;DP=88;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00575548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6841;QD=34.2945;RBI=0.00593201;REFB=0.0129615;REVB=-0.00143636;RO=26;SAF=34;SAR=28;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587773;STB=0.533732;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00436389;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:26:26:62:63:0.707865:28:34:17:9:29:34:17:9 chr3 75788130 . C A 159.14 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00302786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.351;QD=6.70041;RBI=0.00571693;REFB=-0.00364195;REVB=-0.00484927;RO=72;SAF=14;SAR=9;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326636;STB=0.519982;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0129602;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:9:14:42:30:9:14:42:30 chr3 75788152 . T C,G 896.49 PASS AF=0.327103,0.411215;AO=35,44;DP=107;FAO=35,44;FDP=107;FR=.;FRO=28;FSAF=20,19;FSAR=15,25;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00096321,0.00532664;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.556,184.823;QD=33.5136;RBI=0.0296968,0.0272168;REFB=0.000432687,0.00625469;REVB=0.0296811,0.0266904;RO=28;SAF=20,19;SAR=15,25;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0894409,-0.174473;STB=0.549268,0.595195;STBP=0.438,0.057;TYPE=snp,snp;VARB=0.0115921,-0.00471925;OID=.,.;OPOS=75788152,75788152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:107:107:28:28:35,44:35,44:0.327103,0.411215:15,25:20,19:19:9:15,25:20,19:19:9 chr3 75788156 . C T 102.58 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0104043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.18;QD=3.6967;RBI=0.010432;REFB=-0.00936516;REVB=-0.000758969;RO=92;SAF=10;SAR=9;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218497;STB=0.514271;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0174062;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:92:92:19:19:0.171171:9:10:50:42:9:10:50:42 chr3 75788158 . G C 192.99 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00288395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.912;QD=6.77155;RBI=0.017326;REFB=-0.000530477;REVB=-0.0170843;RO=83;SAF=20;SAR=9;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261925;STB=0.658682;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00274537;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:85:29:29:0.254386:9:20:40:43:9:20:41:44 chr3 75788165 . T C 112.44 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0104308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.232;QD=3.7169;RBI=0.02744;REFB=-0.0051168;REVB=-0.0253802;RO=100;SAF=12;SAR=9;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531493;STB=0.534573;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0253888;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:100:21:21:0.173554:9:12:53:47:9:12:53:47 chr3 75788199 . T C 341.61 PASS AF=0.333333;AO=43;DP=129;FAO=43;FDP=129;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00611429;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.22;QD=10.5926;RBI=0.0846707;REFB=-0.00694027;REVB=0.0844497;RO=86;SAF=23;SAR=20;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269076;STB=0.515539;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0168687;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:86:43:43:0.333333:20:23:44:42:20:23:44:42 chr3 75788217 . G A 78.14 PASS AF=0.134921;AO=17;DP=125;FAO=17;FDP=126;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00304066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.958;QD=2.48064;RBI=0.0146866;REFB=-0.000266834;REVB=-0.0143684;RO=106;SAF=9;SAR=8;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132286;STB=0.513548;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00191583;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:125:126:106:109:17:17:0.134921:8:9:55:51:8:9:56:53 chr3 75788226 . CA AG,GG 941.34 PASS AF=0.35,0.35;AO=42,42;DP=121;FAO=42,42;FDP=120;FR=.;FRO=36;FSAF=21,19;FSAR=21,23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00818206,-0.01066;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=237.396,234.227;QD=31.3781;RBI=0.00979181,0.0119147;REFB=-0.0176818,-0.0124477;REVB=-0.00537898,-0.00532207;RO=36;SAF=21,19;SAR=21,23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0464776,-0.0862941;STB=0.525629,0.547596;STBP=0.651,0.413;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00760102,0.00489394;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:121:120:36:36:42,42:42,42:0.35,0.35:21,23:21,19:20:16:21,23:21,19:20:16 chr3 75788230 . C T 64.93 PASS AF=0.121951;AO=15;DP=123;FAO=15;FDP=123;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0537396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.692;QD=2.11151;RBI=0.0538553;REFB=0.00284546;REVB=-0.00352878;RO=107;SAF=2;SAR=13;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514987;STB=0.864287;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0134015;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:123:123:107:108:15:15:0.121951:13:2:59:48:13:2:59:49 chr3 75788245 . C T 271.0 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0154174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.716;QD=9.59273;RBI=0.0163246;REFB=-0.0115702;REVB=-0.00536616;RO=77;SAF=15;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105755;STB=0.56163;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.021562;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:36:36:0.318584:21:15:39:38:21:15:39:38 chr3 75788258 . C A 702.05 PASS AF=0.633663;AO=63;DP=100;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.109;QD=27.8038;RBI=0.00658959;REFB=-0.00582878;REVB=0.00629446;RO=37;SAF=26;SAR=37;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699368;STB=0.540101;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00355685;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:37:37:63:64:0.633663:37:26:19:18:38:26:19:18 chr3 75788273 . G T 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00960026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.639;QD=2.28944;RBI=0.0114058;REFB=0.000462722;REVB=-0.00615846;RO=77;SAF=2;SAR=9;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372483;STB=0.77773;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00374247;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:77:78:11:11:0.123596:9:2:36:41:9:2:37:41 chr3 75788281 . T C 562.26 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0143752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.216;QD=26.4593;RBI=0.0195171;REFB=0.00569118;REVB=0.0132011;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440935;STB=0.52407;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00758607;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:30:21:16:18:30:21:16:18 chr3 75788291 . AT AA,GA 351.22 PASS AF=0.208333,0.319444;AO=14,23;DP=72;FAO=15,23;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=7,6;FSAR=8,17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.023291,0.0161661;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=121.816,220.605;QD=19.5125;RBI=0.0251922,0.0165916;REFB=-0.00591421,0.000686421;REVB=0.0096007,-0.00373362;RO=34;SAF=7,6;SAR=7,17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0343684,-0.242733;STB=0.502729,0.640281;STBP=0.976,0.098;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00466503,-0.00560342;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:72:34:34:14,23:15,23:0.208333,0.319444:7,17:7,6:16:18:8,17:7,6:16:18 chr3 75788314 . T C 49.99 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0104942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.473;QD=3.33266;RBI=0.0108196;REFB=-0.0100034;REVB=-0.00263375;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391186;STB=0.762375;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0410524;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:17:34:3:6:17:34 chr3 75788316 . C T 167.54 PASS AF=0.375;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0582185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.085;QD=11.9674;RBI=0.0589473;REFB=-0.0265113;REVB=0.00924088;RO=35;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31663;STB=0.702264;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0584221;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:35:35:19:21:0.375:15:4:16:19:17:4:16:19 chr3 75790444 . G A 439.2 PASS AF=0.372263;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-8.26265e-05;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.381;QD=12.8233;RBI=0.00624331;REFB=-0.0152942;REVB=-0.00624276;RO=85;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110514;STB=0.565549;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0147594;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:86:51:51:0.372263:28:23:30:55:28:23:30:56 chr3 75790446 . GG TA 192.07 PASS AF=0.227273;AO=30;DP=133;FAO=30;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=-0.0135474;FXX=0.0149243;HRUN=4;LEN=2;MLLD=294.049;QD=5.82026;RBI=0.0136115;REFB=-0.00752077;REVB=-0.00131978;RO=100;SAF=16;SAR=14;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254954;STB=0.659287;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0270363;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:100:102:30:30:0.227273:14:16:33:67:14:16:33:69 chr3 75790466 . G T 186.76 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0616603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.994;QD=5.33603;RBI=0.0623118;REFB=-0.00130992;REVB=0.00898721;RO=110;SAF=13;SAR=17;SRF=38;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116487;STB=0.571594;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00801518;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:110:110:30:30:0.214286:17:13:38:72:17:13:38:72 chr3 75790472 . C T 79.42 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=81;FWDB=-0.00510312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.281;QD=2.22152;RBI=0.0135523;REFB=-0.00664857;REVB=-0.0125548;RO=125;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252513;STB=0.673046;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0524938;OID=.;OPOS=75790472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:125:125:18:18:0.125874:8:10:44:81:8:10:44:81 chr3 75790479 . C T 419.14 PASS AF=0.34965;AO=50;DP=143;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.025473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.063;QD=11.7243;RBI=0.0279233;REFB=0.00121955;REVB=-0.0114385;RO=93;SAF=11;SAR=39;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303801;STB=0.676076;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00358711;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:93:93:50:50:0.34965:39:11:42:51:39:11:42:51 chr3 75790513 . T C 1922.04 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188847;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.587;QD=62.0013;RBI=0.0281514;REFB=0;REVB=0.0208774;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8547e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:80:44:0:0:80:44:0:0 chr3 75790822 . A G 367.73 PASS AF=0.911765;AO=25;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.183725;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.127;QD=43.2622;RBI=0.18495;REFB=-0.0524005;REVB=-0.0212514;RO=7;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531612;STB=0.548356;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0135701;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:34:34:7:3:25:31:0.911765:14:11:4:3:14:17:0:3 chr3 75986663 . C A 1326.22 PASS AF=0.466667;AO=126;DP=288;FAO=140;FDP=300;FR=.;FRO=160;FSAF=84;FSAR=56;FSRF=96;FSRR=64;FWDB=0.00472717;FXX=0.00990066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.793;QD=17.6829;RBI=0.0275244;REFB=-0.0293016;REVB=0.0271155;RO=160;SAF=80;SAR=46;SRF=96;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271502;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:300:160:160:126:140:0.466667:46:80:96:64:56:84:96:64 chr3 75986686 . A G 1357.53 PASS AF=0.46129;AO=143;DP=310;FAO=143;FDP=310;FR=.;FRO=167;FSAF=85;FSAR=58;FSRF=101;FSRR=66;FWDB=0.00429892;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9143;QD=17.5166;RBI=0.0151172;REFB=-0.0187073;REVB=-0.0144931;RO=166;SAF=85;SAR=58;SRF=100;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809288;STB=0.505813;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0224405;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:166:167:143:143:0.46129:58:85:100:66:58:85:101:66 chr3 75986695 . G A 421.06 PASS AF=0.219436;AO=70;DP=315;FAO=70;FDP=319;FR=.;FRO=249;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=147;FSRR=102;FWDB=-0.00624368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.532;QD=5.2798;RBI=0.0118693;REFB=-0.00566841;REVB=0.0100944;RO=245;SAF=38;SAR=32;SRF=143;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529683;STB=0.537585;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.020472;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:319:245:249:70:70:0.219436:32:38:143:102:32:38:147:102 chr3 75986717 . G A 31.5 PASS AF=0.0553846;AO=18;DP=325;FAO=18;FDP=325;FR=.;FRO=307;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=174;FSRR=133;FWDB=-0.00172873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.206;QD=0.387681;RBI=0.00446855;REFB=-0.0041176;REVB=-0.00412061;RO=304;SAF=7;SAR=11;SRF=171;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17505;STB=0.663713;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0536338;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:325:325:304:307:18:18:0.0553846:11:7:171:133:11:7:174:133 chr3 75986719 . G C 1350.15 PASS AF=0.453968;AO=142;DP=317;FAO=143;FDP=315;FR=.;FRO=172;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=99;FSRR=73;FWDB=-0.000589519;FXX=0.0217385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.223;QD=17.1448;RBI=0.0219344;REFB=-0.00712907;REVB=0.0219264;RO=159;SAF=77;SAR=65;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023018;STB=0.516635;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0035822;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:315:159:172:142:143:0.453968:65:77:90:69:65:78:99:73 chr3 80677187 . T C 345.89 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129002;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.956;QD=55.3426;RBI=0.0491403;REFB=0;REVB=-0.0474168;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107555;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr3 81548277 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0173202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.17;QD=2.21227;RBI=0.0173461;REFB=-0.000205481;REVB=-0.000946088;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117315;STB=0.509061;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00176666;OID=.;OPOS=81548277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:3:3:25:24:3:3:25:24 chr3 81558726 . C T 431.13 PASS AF=0.868421;AO=29;DP=36;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00398737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1355;QD=45.3817;RBI=0.0597839;REFB=-0.00791305;REVB=-0.0596508;RO=5;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171274;STB=0.545427;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0328602;OID=.;OPOS=81558726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:38:5:5:29:33:0.868421:18:11:5:0:18:15:4:1 chr3 81643167 . T C 778.95 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0176584;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.169;QD=48.6845;RBI=0.0217605;REFB=0.0104102;REVB=0.0127161;RO=6;SAF=17;SAR=41;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140619;STB=0.574973;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=5.61263e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:64:64:6:6:58:58:0.90625:41:17:6:0:41:17:6:0 chr3 81698130 . T C 438.05 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-1.20808e-05;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.558;QD=24.6787;RBI=0.00945207;REFB=-0.0113309;REVB=0.00945206;RO=28;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128444;STB=0.509799;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00910777;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:41:42:0.591549:27:14:10:18:27:15:11:18 chr3 81792730 . G A 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0611701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5424;QD=8.23918;RBI=0.0769978;REFB=-0.00803329;REVB=-0.0467641;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363632;STB=0.714361;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0153592;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:9:7:30:10:9:7:30:10 chr3 81810702 . A AG 375.96 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3259;QD=46.9946;RBI=0.0839794;REFB=0;REVB=0.0652342;RO=3;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00468349;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:32:32:0:18:14:0:0:7:3:18:14:1:2 chr3 81810725 . C T 121.47 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0618192;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6787;QD=23.1366;RBI=0.0618219;REFB=0.0228071;REVB=0.000568221;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00448407;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr3 86411414 . G A 113.72 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0169926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.919;QD=9.88845;RBI=0.0275494;REFB=-0.00946117;REVB=-0.0216846;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153585;STB=0.565126;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0149604;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:32:32:13:14:0.304348:7:6:19:13:7:7:19:13 chr3 86411485 . A G 255.24 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0289606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.918;QD=36.4623;RBI=0.029133;REFB=-0.00456572;REVB=-0.00316475;RO=6;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309247;STB=0.516877;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00116151;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:9:13:4:2:9:13:4:2 chr3 86995839 . T TC 82.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.000696316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9745;QD=12.1753;RBI=0.0837655;REFB=-0.0238571;REVB=0.0837626;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320938;STB=0.670362;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.0361568;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:13:28:13:27:14:6:7:2:12:82:15:6:7:2:13 chr3 87276699 . C T 1463.5 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00260017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.081;QD=60.9791;RBI=0.00260034;REFB=0.0645151;REVB=-2.9655e-05;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.507935;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-1.38699e-05;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:0:2:94:94:0.979167:32:62:0:0:32:62:2:0 chr3 87295049 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.822;QD=56.9944;RBI=0.0197058;REFB=0;REVB=0.00781012;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119465;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr3 87299075 . A C 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5103;QD=54.4978;RBI=0.0804875;REFB=0;REVB=0.0765988;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263564;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 87791778 . C T 176.06 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00415084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2954;QD=10.2065;RBI=0.051769;REFB=-0.0170194;REVB=-0.0516024;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494647;STB=0.528942;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0317672;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:24:22:12:11:24:22 chr3 88041023 . A C 406.84 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00241488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.839;QD=33.2115;RBI=0.0515643;REFB=-0.00985275;REVB=0.0515078;RO=16;SAF=24;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157243;STB=0.586152;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00280875;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:9:24:8:8:9:24:8:8 chr3 88041650 . G A 815.55 PASS AF=0.558824;AO=76;DP=137;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0172877;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.846;QD=23.9868;RBI=0.0172981;REFB=-0.0222345;REVB=-0.000600119;RO=60;SAF=38;SAR=38;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176883;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:60:60:76:76:0.558824:38:38:30:30:38:38:30:30 chr3 88101694 . G T 560.96 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0105751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6271;QD=16.1428;RBI=0.015531;REFB=0.01115;REVB=-0.0113744;RO=76;SAF=21;SAR=39;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10315;STB=0.563476;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0154902;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:76:79:60:60:0.431655:39:21:34:42:39:21:36:43 chr3 88105264 . A C 169.73 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00917618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.415;QD=8.81701;RBI=0.0116741;REFB=-0.00171107;REVB=0.00721676;RO=54;SAF=11;SAR=12;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222486;STB=0.630765;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00415786;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:12:11:36:18:12:11:36:18 chr3 88105818 . T C 52.73 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0331713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1852;QD=7.03126;RBI=0.0733202;REFB=-0.000499243;REVB=-0.0653875;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374078;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00158055;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:2:6:9:12:2:6:9:13 chr3 88105879 . TACTTC T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0092549;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=319.075;QD=7.04851;RBI=0.0152531;REFB=-0.00527534;REVB=-0.0121245;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62025;STB=0.887967;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0175234;OID=.;OPOS=88105880;OREF=ACTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:30:8:30:22:7:1:7:15:52:22:7:1:7:15 chr3 88189341 . T C 143.32 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0232835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9363;QD=9.88443;RBI=0.064106;REFB=0.00356083;REVB=0.0597282;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356755;STB=0.70813;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0059916;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:12:27:7:12:12:27 chr3 88190768 . C A 696.79 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00448412;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.415;QD=54.6506;RBI=0.0113327;REFB=-0.0584674;REVB=-0.0104078;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000659902;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:1:0:27:23:1:0 chr3 88190809 . C T 1156.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923353;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.573;QD=60.8927;RBI=0.0149768;REFB=0;REVB=-0.0117917;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52914e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr3 88191144 . A G,T 415.93 PASS AF=0.454545,0.515152;AO=14,16;DP=32;FAO=15,17;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12,12;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00676958,-0.00612115;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=204.413,193.376;QD=50.4158;RBI=0.0109546,0.0112084;REFB=-0.116039,-0.0822305;REVB=0.00861258,0.00938935;RO=1;SAF=12,11;SAR=2,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.179609,0.0828326;STB=0.571326,0.545399;STBP=0.165,0.263;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0170416,0.00196995;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:32:33:1:1:14,16:15,17:0.454545,0.515152:2,5:12,11:0:1:3,5:12,12:0:1 chr3 88191170 . TGGGGAG TGGGAG,TGGGGA 100.45 PASS AF=0.558824,0;AO=10,4;DP=37;FAO=19,0;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.105541,-0.152634;FXX=0.0810592;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=18.9403,10.5539;QD=11.817;RBI=0.164922,0.947936;REFB=-0.0102296,0.0769288;REVB=-0.12673,-0.935567;RO=10;SAF=8,1;SAR=2,3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0.833333;SSEP=0,0.65;SSSB=-0.344822,-0.706729;STB=0.603178,0.5;STBP=0.231,1;TYPE=del,del;VARB=0.00182511,0;OID=.,.;OPOS=88191171,88191176;OREF=G,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGAG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824,0:10,4:37:19,0:34:15:11,0:8,0:12:3:87:10:8,1:2,3:10:0 chr3 88192423 . A G 42.53 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0229154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.004;QD=5.15557;RBI=0.0278443;REFB=-0.0204655;REVB=-0.0158174;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613722;STB=0.52624;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0602998;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:4:3:12:13:4:3:12:14 chr3 88192484 . T C 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3972;QD=59.8245;RBI=0.0693422;REFB=0;REVB=0.0488803;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904396;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 88199298 . T C 41.57 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0113046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.22;QD=5.73412;RBI=0.0123081;REFB=-0.00419647;REVB=0.00486765;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239764;STB=0.529326;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.013183;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:28:29:22:22:6:7:0.241379:1:5:15:7:2:5:15:7 chr3 93593119 . T C 308.05 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000155927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.417;QD=24.1605;RBI=0.0430302;REFB=-0.0153457;REVB=0.0430299;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048884;STB=0.517869;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0142216;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:17:13:10:10:17:13:10:11 chr3 96327750 . C T 58.65 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0168883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.045;QD=14.6624;RBI=0.0177498;REFB=0.0126623;REVB=0.00546256;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0128932;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr3 97167522 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0607126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8972;QD=10.9729;RBI=0.0607506;REFB=-0.00259259;REVB=0.00214982;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177104;STB=0.605915;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00388759;OID=.;OPOS=97167522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:15:16:10:5:15:16 chr3 97365038 . G A 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0103598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.407;QD=22.0563;RBI=0.020103;REFB=0.000344339;REVB=-0.017228;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663659;STB=0.536569;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000420512;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:22:22:16:22:22:22:16:22 chr3 97365074 . A G 375.98 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0108647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9077;QD=21.1818;RBI=0.0112484;REFB=-0.00220003;REVB=-0.00291285;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161454;STB=0.589056;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00390696;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:18:20:11:22:18:20:11:22 chr3 97591153 . C T 357.78 PASS AF=0.614035;AO=32;DP=54;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00735104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.997;QD=25.1075;RBI=0.00735648;REFB=-0.0284744;REVB=0.00028289;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231642;STB=0.527903;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0180076;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:22:22:32:35:0.614035:17:15:11:11:20:15:11:11 chr3 97593485 . C T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0592261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1641;QD=29.5805;RBI=0.0638965;REFB=0.0118264;REVB=-0.0239798;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188335;STB=0.603563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00631667;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:10:11:2:8:10:11:2:8 chr3 97607290 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0572832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.202;QD=19.4398;RBI=0.0605202;REFB=0.000346382;REVB=-0.0195279;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144804;STB=0.580593;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000937751;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:13:18:12:17:13:18:12:17 chr3 97660106 . A C 736.17 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587215;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.102;QD=61.3476;RBI=0.0590583;REFB=-0.0772915;REVB=0.00629836;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000558775;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:24:22:0:0:25:22:0:1 chr3 97663686 . A C 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0258305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.506;QD=5.6002;RBI=0.0271081;REFB=-0.00204539;REVB=-0.00822401;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123321;STB=0.578809;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00593165;OID=.;OPOS=97663686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:5:6:27:15:5:6:27:15 chr3 97664725 . C T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0552578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.768;QD=6.6608;RBI=0.0560644;REFB=0.000196051;REVB=-0.00947566;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135742;STB=0.571289;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000764928;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:12:19:5:5:13:19 chr3 97673268 . A C 1460.43 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372515;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.907;QD=63.4968;RBI=0.0195616;REFB=0;REVB=0.0192036;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36817e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr3 97726747 . T A 1279.27 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156658;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.44;QD=61.6517;RBI=0.0364158;REFB=0;REVB=0.0328739;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62785e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:41:42:0:0 chr3 97851998 . A C 682.35 PASS AF=0.7125;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=80;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0318367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2445;QD=34.1175;RBI=0.0353501;REFB=0.0113794;REVB=-0.0153641;RO=23;SAF=30;SAR=27;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141005;STB=0.57589;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00676898;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:23:23:57:57:0.7125:27:30:6:17:27:30:6:17 chr3 97852058 . A G 53.36 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0184025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.014;QD=3.23395;RBI=0.0214966;REFB=-0.00443124;REVB=0.0111108;RO=56;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309081;STB=0.712156;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0320234;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:3:7:25:31:3:7:25:31 chr3 97852066 . T C 60.32 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0105351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.874;QD=3.60101;RBI=0.028188;REFB=-0.00397434;REVB=-0.0261453;RO=56;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382909;STB=0.755458;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0359343;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:3:8:23:33:3:8:23:33 chr3 97852083 . C T 469.87 PASS AF=0.704918;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.014763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.184;QD=30.8109;RBI=0.0289282;REFB=-0.0298441;REVB=-0.0248776;RO=19;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151077;STB=0.519808;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00543969;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:18:42:43:0.704918:21:21:9:10:21:22:8:10 chr3 97868419 . G A 741.88 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00523752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.582;QD=19.5231;RBI=0.0356145;REFB=0.0117659;REVB=-0.0352273;RO=76;SAF=49;SAR=27;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148704;STB=0.582051;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0100532;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:27:49:37:39:27:49:37:39 chr3 97868616 . C T 482.44 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.020303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2166;QD=23.2501;RBI=0.0207119;REFB=0.00794754;REVB=-0.00409557;RO=37;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193909;STB=0.501066;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00479468;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:20:26:21:16:20:26:21:16 chr3 97868795 . A G 424.66 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0747358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.974;QD=29.8008;RBI=0.0748553;REFB=-0.0151592;REVB=0.00422897;RO=18;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699767;STB=0.538024;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00927544;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:17:22:8:10:17:22:8:10 chr3 97868970 . T A 773.98 PASS AF=0.642202;AO=70;DP=109;FAO=70;FDP=109;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0442895;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7993;QD=28.4028;RBI=0.0462607;REFB=-0.0259857;REVB=-0.0133598;RO=39;SAF=36;SAR=34;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517898;STB=0.528017;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0106021;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:39:39:70:70:0.642202:34:36:17:22:34:36:17:22 chr3 97887865 . G A 684.64 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0227099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.104;QD=31.8436;RBI=0.0231416;REFB=-0.0165718;REVB=0.00444862;RO=28;SAF=28;SAR=30;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327149;STB=0.517679;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0100568;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:30:28:12:16:30:28:12:16 chr3 97887985 . T A 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0215894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.782;QD=26.2139;RBI=0.0295499;REFB=-0.00251429;REVB=0.0201765;RO=26;SAF=27;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132212;STB=0.572333;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00149114;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:15:27:12:14:15:27:12:14 chr3 97888042 . A T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00458037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.725;QD=21.0081;RBI=0.00875421;REFB=-0.00518494;REVB=0.00746032;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191226;STB=0.590299;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00304041;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:8:21:13:12:9:21:13:12 chr3 97888197 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00569523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.95;QD=19.2749;RBI=0.0507865;REFB=-0.0151474;REVB=-0.0504662;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138051;STB=0.591357;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.013088;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:7:16:14:11:7:16:14:12 chr3 97888337 . C T 443.16 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0344872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.1;QD=35.4531;RBI=0.0359065;REFB=-0.0276988;REVB=0.00999537;RO=15;SAF=16;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528951;STB=0.502875;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0191906;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:19:16:7:8:19:16:7:8 chr3 97957349 . G A 608.16 PASS AF=0.654321;AO=44;DP=82;FAO=53;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0321324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.193;QD=30.0327;RBI=0.0322806;REFB=-0.0167442;REVB=-0.00308953;RO=29;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374821;STB=0.515597;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00963333;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:29:28:44:53:0.654321:25:19:14:15:26:27:13:15 chr3 97983257 . C G 602.13 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00261694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.935;QD=26.4673;RBI=0.0096978;REFB=-0.00970051;REVB=-0.00933804;RO=37;SAF=25;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377454;STB=0.520596;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00701396;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:37:54:54:0.593407:29:25:19:18:29:25:19:18 chr3 97983265 . C A 671.46 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.023446;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.615;QD=28.5728;RBI=0.0249618;REFB=-0.0113866;REVB=0.00856588;RO=37;SAF=27;SAR=31;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150605;STB=0.51324;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00511266;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:37:36:58:58:0.617021:31:27:18:19:31:27:18:18 chr3 97983374 . A G 927.64 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00364969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.265;QD=25.0713;RBI=0.0104868;REFB=-0.00367715;REVB=-0.00983121;RO=64;SAF=44;SAR=40;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560626;STB=0.530539;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00342737;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:64:64:84:84:0.567568:40:44:29:35:40:44:29:35 chr3 97983391 . C G 933.3 PASS AF=0.574194;AO=89;DP=155;FAO=89;FDP=155;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0113107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.311;QD=24.0853;RBI=0.0171531;REFB=0.00237091;REVB=-0.0128957;RO=66;SAF=47;SAR=42;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811311;STB=0.544129;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00159918;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:66:66:89:89:0.574194:42:47:28:38:42:47:28:38 chr3 97983561 . G C 727.68 PASS AF=0.722892;AO=59;DP=82;FAO=60;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0420143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.602;QD=35.0689;RBI=0.0424019;REFB=-0.00893918;REVB=0.0057202;RO=21;SAF=29;SAR=30;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540694;STB=0.537674;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00345946;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:21:23:59:60:0.722892:30:29:8:13:31:29:8:15 chr3 97983711 . T C 318.41 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0101849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.264;QD=23.1568;RBI=0.0167551;REFB=-0.0144335;REVB=0.0133042;RO=23;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235096;STB=0.629988;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0248238;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:22:10:14:9:22:10:14:9 chr3 97983942 . A G 631.18 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=102;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00151692;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.552;QD=24.9971;RBI=0.00538437;REFB=-0.014504;REVB=0.00516627;RO=41;SAF=29;SAR=30;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947631;STB=0.554437;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0129244;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:41:41:59:60:0.594059:30:29:15:26:30:30:15:26 chr3 98001777 . G C 181.97 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00528737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.083;QD=7.13624;RBI=0.0128679;REFB=-0.000842928;REVB=-0.0117314;RO=76;SAF=14;SAR=12;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127938;STB=0.577153;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00283529;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:76:76:26:26:0.254902:12:14:33:43:12:14:33:43 chr3 98002419 . A G 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00274241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.45;QD=7.6679;RBI=0.0326081;REFB=0.00132873;REVB=0.0324925;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206268;STB=0.631331;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00801557;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:2:10:25:10:2:10:25:10 chr3 98002587 . A G 803.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000964962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.26;QD=64.2875;RBI=0.0234988;REFB=0;REVB=0.023479;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84091e-05;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr3 98304467 . T C 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0211225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.752;QD=19.5193;RBI=0.0211239;REFB=-0.0039468;REVB=-0.000246504;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00360178;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:7:5:6:8:7:5 chr3 98503792 . A G 389.85 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0174949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9603;QD=16.4148;RBI=0.0236821;REFB=-0.0141378;REVB=-0.0159615;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839167;STB=0.541796;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0233759;OID=.;OPOS=98503792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:19:22:24:29:19:22:25:29 chr3 98512540 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00609318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.346;QD=16.0643;RBI=0.0101891;REFB=-0.0105817;REVB=0.0081664;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279734;STB=0.515806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00967948;OID=.;OPOS=98512540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:17:14:11:15:17:14 chr3 98517843 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00153506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.872;QD=11.1978;RBI=0.00855079;REFB=-0.00224782;REVB=-0.00841187;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158836;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00269324;OID=.;OPOS=98517843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:7:12:0.352941:5:2:9:13:5:7:9:13 chr3 98540982 . A G 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.024916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.036;QD=28.7634;RBI=0.026134;REFB=-0.00280137;REVB=0.00788534;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274747;STB=0.652345;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00147213;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:6:13:2:7:6:13:2:7 chr3 98541012 . G A 487.93 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119935;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.895;QD=59.1432;RBI=0.0120109;REFB=0;REVB=0.000645665;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541275;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr3 98541116 . G A 317.58 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0223635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9924;QD=23.0966;RBI=0.023595;REFB=0.00189624;REVB=0.00752328;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592342;STB=0.532626;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000745255;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:9:14:17:15:9:14 chr3 98600385 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0240022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.866;QD=6.929;RBI=0.0280825;REFB=0.000515566;REVB=0.0145782;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370512;STB=0.52373;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00135695;OID=.;OPOS=98600385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:7:8:3:3:7:8 chr3 99568272 . G T 117.94 PASS AF=0.319149;AO=10;DP=43;FAO=15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.000688204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.844;QD=10.0372;RBI=0.128898;REFB=-0.00736809;REVB=0.128896;RO=21;SAF=0;SAR=10;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844836;STB=0.945945;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0622045;OID=.;OPOS=99568272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:43:47:21:28:10:15:0.319149:10:0:18:3:14:1:23:5 chr3 99860401 . G A 381.38 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.029445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1166;QD=27.7366;RBI=0.0496407;REFB=0.0242953;REVB=-0.0399649;RO=18;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157469;STB=0.577966;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0166152;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:19:36:36:0.654545:23:13:11:7:23:13:11:8 chr3 100084203 . C G 191.43 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0110586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.615;QD=15.6269;RBI=0.0117891;REFB=-0.000972137;REVB=-0.00408546;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122888;STB=0.580042;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00123618;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:11:9:16:12:11:9:17:12 chr3 100084432 . G A 613.75 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00343788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.704;QD=26.117;RBI=0.0218053;REFB=-0.0348036;REVB=-0.0215326;RO=39;SAF=44;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19009;STB=0.604609;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0162733;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:11:44:24:15:11:44:24:15 chr3 100170628 . A G 143.18 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0474939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2611;QD=9.87412;RBI=0.0679096;REFB=-0.00042438;REVB=0.0485391;RO=39;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662242;STB=0.882767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00487751;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:3:16:8:31:3:16:8:31 chr3 100170634 . T C 122.31 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0406844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5774;QD=8.43544;RBI=0.0495893;REFB=0.00213113;REVB=0.0283527;RO=41;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692287;STB=0.907831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00279293;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:2:15:10:31:2:15:10:31 chr3 100174722 . G A 804.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.188;QD=64.3583;RBI=0.0342693;REFB=0;REVB=0.0322391;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88228e-05;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr3 100374740 . T C 314.31 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0409458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9083;QD=17.2224;RBI=0.0658169;REFB=-0.0152839;REVB=0.0515296;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557845;STB=0.538439;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.016501;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:19:19:19:15:20:19 chr3 100468407 . C CAGTT 130.3 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0105725;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.34;QD=8.68684;RBI=0.0106086;REFB=-0.0123177;REVB=-0.00087418;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374174;STB=0.522363;STBP=0.851;TYPE=ins;VARB=0.0281534;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:61:18:60:42:8:10:20:22:99:42:8:10:20:22 chr3 100539887 . C T 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0106059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.142;QD=21.9196;RBI=0.0107031;REFB=0.00501567;REVB=-0.00143926;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264431;STB=0.645877;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00275926;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:20:9:23:13:20:9 chr3 100558404 . T C 137.59 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0315169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.235;QD=7.24136;RBI=0.032039;REFB=-0.00769394;REVB=-0.00576047;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216945;STB=0.625541;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0176589;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:56:20:20:0.263158:13:7:29:26:13:7:29:27 chr3 100558416 . T C 603.33 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00698125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.634;QD=32.1776;RBI=0.00729498;REFB=-0.0295069;REVB=-0.00211632;RO=22;SAF=29;SAR=23;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820388;STB=0.537852;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0114362;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:22:23:52:52:0.693333:23:29:9:13:23:29:10:13 chr3 100560860 . G A 268.8 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0145767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8691;QD=10.5413;RBI=0.099235;REFB=-0.0195651;REVB=-0.0981586;RO=66;SAF=27;SAR=7;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330226;STB=0.704687;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0370156;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:68:34:34:0.333333:7:27:36:30:7:27:36:32 chr3 100581767 . C T 144.02 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0636121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1586;QD=6.94054;RBI=0.0762774;REFB=-0.000298546;REVB=-0.0420921;RO=62;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943498;STB=0.505742;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00199616;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:11:10:30:32:11:10:30:32 chr3 100617680 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.467;QD=61.3755;RBI=0.0228621;REFB=0;REVB=0.0143084;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76425e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:32:47:0:0:33:47:0:0 chr3 100949842 . G A 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0426649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4845;QD=10.6967;RBI=0.0427314;REFB=0.0177625;REVB=0.00238284;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230414;STB=0.630388;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0349644;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:4:11:17:14:4:11:18:14 chr3 101283792 . C G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.025837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.03;QD=25.2874;RBI=0.0297211;REFB=0.0159595;REVB=-0.0146898;RO=2;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963741;STB=0.708799;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00946232;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:2:9:16:16:0.64:13:3:1:1:13:3:6:3 chr3 101334753 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.4;QD=61.6838;RBI=0.0016063;REFB=0;REVB=-0.000972714;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17627e-06;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 101484335 . G A 1900.17 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356596;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3832;QD=60.3229;RBI=0.0381259;REFB=0.201803;REVB=-0.0134901;RO=2;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01218;STB=0.503184;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00034192;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:2:1:124:125:0.992063:77:47:0:2:78:47:0:1 chr3 101571550 . A G 266.28 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00231986;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5326;QD=26.628;RBI=0.0496815;REFB=-0.0276273;REVB=0.0496273;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081814;STB=0.545416;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0444594;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:16:8:7:9:16:8:7:9 chr3 101576175 . T C 551.72 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00563083;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4979;QD=23.9879;RBI=0.0101536;REFB=0.00577338;REVB=-0.00844918;RO=42;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050751;STB=0.533719;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00490764;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:41:51:51:0.554348:25:26:24:18:25:26:24:17 chr3 103879569 . G A 3179.62 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.496;QD=63.9119;RBI=0.0681879;REFB=0;REVB=-0.00634324;RO=0;SAF=73;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33192e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:199:0:0:191:199:1:118:73:0:0:121:78:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 996.2 PASS AF=0.661972,0.338028;AO=13,39;DP=68;FAO=47,24;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26,8;FSAR=21,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930123,0.0914566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.21,213.888;QD=56.1237;RBI=0.0930215,0.0915439;REFB=0,0;REVB=0.00131097,-0.00399724;RO=15;SAF=4,11;SAR=9,28;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.581833,-0.373752;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000512064,0.00379892;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.661972,0.338028:13,39:68:47,24:71:0:26,8:21,16:0:0:38:15:4,11:9,28:15:0 chr3 105260596 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.102;QD=60.6102;RBI=0.0187184;REFB=0;REVB=0.0170516;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37849e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 105377515 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00438496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.339;QD=24.2461;RBI=0.00839616;REFB=-0.00770919;REVB=-0.00716015;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193815;STB=0.608197;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00274632;OID=.;OPOS=105377515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:8:17:9:11:8:17:9:11 chr3 105389153 . A G 448.35 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00693166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.096;QD=23.9119;RBI=0.00716371;REFB=0.0135729;REVB=-0.00180852;RO=31;SAF=20;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145591;STB=0.579674;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00659242;OID=.;OPOS=105389153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:32:42:43:0.573333:22:20:9:22:23:20:9:23 chr3 105422844 . C T 237.36 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00813581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2068;QD=13.7599;RBI=0.0247403;REFB=-2.12551e-05;REVB=-0.0233643;RO=39;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31931;STB=0.697526;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00024844;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:7:21:18:21:7:21:18:23 chr3 105438957 . T G 686.22 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0257882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.733;QD=29.5147;RBI=0.0317133;REFB=-0.0243268;REVB=-0.018458;RO=33;SAF=28;SAR=31;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268658;STB=0.509307;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0275567;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:34:59:59:0.634409:31:28:17:16:31:28:17:17 chr3 105439026 . G A 661.24 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0127314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.053;QD=24.9523;RBI=0.014492;REFB=-0.00369211;REVB=0.0069231;RO=42;SAF=32;SAR=31;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233256;STB=0.51736;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00272421;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:43:63:63:0.59434:31:32:20:22:31:32:20:23 chr3 106617500 . C T 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.901;QD=59.0016;RBI=0.0534374;REFB=0;REVB=-0.0166692;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99514e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 107096547 . G A 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00560095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.35;QD=54.0129;RBI=0.00567656;REFB=-0.0357539;REVB=0.000923452;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00269161;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:17:18:0:2:17:18:0:2 chr3 107097080 . CAAATG C 37.51 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0297146;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=313.966;QD=8.82697;RBI=0.0356783;REFB=-0.0184138;REVB=-0.019748;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=del;VARB=0.0292823;OID=.;OPOS=107097081;OREF=AAATG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:2:4:6:5:37:9:2:4:6:3 chr3 107646728 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.986;QD=52.6132;RBI=0.0769678;REFB=0;REVB=0.0758737;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312683;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr3 107646807 . G T 377.93 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0213354;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.342;QD=38.7619;RBI=0.0226971;REFB=-0.00214364;REVB=0.00774314;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378588;STB=0.520534;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000708381;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:9:9:30:30:0.769231:16:14:5:4:16:14:5:4 chr3 107646895 . T C 318.22 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0542662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8408;QD=32.6374;RBI=0.106624;REFB=0.00276042;REVB=-0.0917815;RO=11;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435878;STB=0.534858;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00612759;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:11:12:27:27:0.692308:15:12:4:7:15:12:4:8 chr3 107940924 . AGGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC A 458.03 PASS AF=0.532787;AO=62;DP=124;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0210106;FXX=0.0468713;HRUN=2;LEN=24;MLLD=525.062;QD=15.0173;RBI=0.0230676;REFB=-0.018067;REVB=-0.009522;RO=39;SAF=21;SAR=41;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.202067;SSSB=0.0248256;STB=0.502679;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=0.0156881;OID=.;OPOS=107940925;OREF=GGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532787:62:124:65:122:57:22:43:19:38:99:39:21:41:12:27 chr3 108072425 . C T 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.271;QD=62.4749;RBI=0.0258899;REFB=0;REVB=-0.0255462;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41078e-05;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:63:68:0:0:63:68:0:0 chr3 108072524 . G A 976.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692496;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.639;QD=59.1734;RBI=0.0704579;REFB=0;REVB=-0.0129927;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76668e-05;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr3 108135680 . C T 153.99 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00306999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.846;QD=11.6219;RBI=0.00453105;REFB=-0.0207133;REVB=-0.0033325;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422414;STB=0.741665;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0502564;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:19:19:0.358491:4:15:14:19:4:15:15:19 chr3 108159977 . G A 186.24 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00846793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2677;QD=12.4159;RBI=0.0217733;REFB=-0.0171498;REVB=0.0200592;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183761;STB=0.587822;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0305306;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:35:37:22:23:0.383333:10:12:13:22:11:12:14:23 chr3 108403086 . T C 1024.13 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.001;QD=59.3696;RBI=0.034665;REFB=0;REVB=-0.0160487;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53144e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:32:37:0:0 chr3 108557820 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.651;QD=59.4325;RBI=0.0309988;REFB=0;REVB=-0.00577554;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014286;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr3 108634973 . C A 1014.63 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0474945;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7198;QD=57.9788;RBI=0.0588112;REFB=-0.134;REVB=-0.0346847;RO=1;SAF=22;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00746401;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:47:22:1:0:47:22:1:0 chr3 108639423 . C T 296.33 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0479386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8757;QD=28.9097;RBI=0.0491324;REFB=0.00313123;REVB=0.010765;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245595;STB=0.526296;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00110802;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:14:12:7:7:14:12:8:7 chr3 108677821 . C A 623.31 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0153663;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.266;QD=24.2063;RBI=0.0159762;REFB=-0.00519445;REVB=-0.00437213;RO=43;SAF=30;SAR=30;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133653;STB=0.572792;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0032616;OID=.;OPOS=108677821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:43:43:60:60:0.582524:30:30:29:14:30:30:29:14 chr3 108703548 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0319199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4234;QD=25.3155;RBI=0.0319237;REFB=-0.0565191;REVB=0.000497706;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113643;STB=0.506323;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0216786;OID=.;OPOS=108703548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:5:8:12:8:5:8 chr3 108703587 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0112903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.327;QD=13.753;RBI=0.0188258;REFB=0.00870914;REVB=0.0150645;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964467;STB=0.52171;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0240161;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:9:13:9:6:10:13 chr3 108725862 . T C 443.72 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0142632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.9;QD=17.2319;RBI=0.0292094;REFB=-0.00804986;REVB=0.0254901;RO=55;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154914;STB=0.586213;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00441193;OID=.;OPOS=108725862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:21:27:22:33:21:27:22:33 chr3 108737868 . G A 414.52 PASS AF=0.690909;AO=35;DP=52;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0187188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.6;QD=30.1466;RBI=0.0201142;REFB=-0.000522685;REVB=0.00736129;RO=17;SAF=23;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118821;STB=0.572288;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000351693;OID=.;OPOS=108737868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:17:17:35:38:0.690909:12:23:8:9:12:26:8:9 chr3 108737939 . A C 234.34 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.014708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9012;QD=27.5688;RBI=0.0453425;REFB=0.0104058;REVB=0.0428908;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150404;STB=0.573706;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00277096;OID=.;OPOS=108737939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:11:10:3:9:12:10:3:9 chr3 108754214 . T C 277.24 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000955999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.357;QD=26.4039;RBI=0.00932623;REFB=-0.00538886;REVB=0.0092771;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637471;STB=0.536369;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00415275;OID=.;OPOS=108754214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:17:25:25:0.595238:11:14:7:8:11:14:8:9 chr3 108754238 . A T 746.19 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.602;QD=62.1826;RBI=0.0136182;REFB=0;REVB=0.00891027;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62377e-05;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr3 108754260 . A G 338.61 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0409869;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.733;QD=28.8176;RBI=0.0413572;REFB=0.00123;REVB=-0.00552252;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891404;STB=0.549015;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00350552;OID=.;OPOS=108754260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:18:29:29:0.617021:14:15:7:11:14:15:7:11 chr3 108867128 . A G 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0302806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6327;QD=10.8314;RBI=0.0343131;REFB=0.00419428;REVB=-0.0161392;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247235;STB=0.643438;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0094322;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:15:26:9:13:15:26 chr3 109049531 . C G 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0141556;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.9829;QD=17.2423;RBI=0.0149735;REFB=0.00243863;REVB=-0.00488097;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237614;STB=0.636861;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00602202;OID=.;OPOS=109049531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:16:5:12:15:16:5:12:15 chr3 109052732 . T C 995.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000290244;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.575;QD=59.4366;RBI=0.00730463;REFB=0;REVB=-0.00729886;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307392;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr3 109178707 . C G 221.79 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00625269;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.622;QD=46.6927;RBI=0.00679537;REFB=-0.0784523;REVB=0.002661;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000517962;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:19:0:1:18:18:0.947368:9:9:0:0:9:9:1:0 chr3 109178758 . C T 229.54 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481319;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9009;QD=51.008;RBI=0.0802018;REFB=0;REVB=0.0800573;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228271;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr3 110611137 . G A 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00688647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9273;QD=53.9356;RBI=0.0329671;REFB=0.0282738;REVB=-0.0322398;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00107817;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr3 110793050 . G A 1213.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695364;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.601;QD=61.4196;RBI=0.0097527;REFB=0;REVB=0.00683828;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70303e-05;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr3 110866337 . T C 647.59 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.0400045;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.138;QD=27.5569;RBI=0.0449236;REFB=-0.0203867;REVB=0.0204394;RO=36;SAF=23;SAR=34;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205356;STB=0.602546;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0131455;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:36:37:57:57:0.606383:34:23:5:31:34:23:6:31 chr3 111286375 . G C 525.91 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0205361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.639;QD=32.8695;RBI=0.0205905;REFB=-0.00632199;REVB=-0.00149608;RO=18;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650548;STB=0.535109;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00260566;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:21:25:12:6:21:25:12:6 chr3 111313457 . T C 654.95 PASS AF=0.666667;AO=55;DP=85;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0250556;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5507;QD=31.1879;RBI=0.0376655;REFB=-0.0235643;REVB=0.0281231;RO=29;SAF=34;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00169258;STB=0.506327;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0181863;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:29:28:55:56:0.666667:21:34:18:11:21:35:17:11 chr3 111313854 . C T 72.91 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0142372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.784;QD=20.8326;RBI=0.0157493;REFB=-0.0363167;REVB=-0.00673372;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0535305;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:9:9:0.642857:4:5:1:3:4:5:2:3 chr3 111356082 . CG C,CC 1555.82 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=23,84;DP=108;FAO=2,106;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=2,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345302,0.063566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.7124,58.2291;QD=57.6229;RBI=0.0346895,0.0652002;REFB=0,0;REVB=-0.00331994,0.0145063;RO=0;SAF=14,34;SAR=9,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84921e-08,-3.06517e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.052061,0.019222;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:23,84:108:2,106:108:0:0,48:2,58:0:0:3:0:14,34:9,50:0:0 chr3 111604541 . G C 620.98 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000565432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.151;QD=55.1981;RBI=0.00582717;REFB=-0.0318154;REVB=-0.00579967;RO=3;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092751;STB=0.504948;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00193391;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:25:17:1:2:25:17:1:2 chr3 111677526 . G A 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.699;QD=58.4164;RBI=0.0681884;REFB=0;REVB=-0.0680616;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184413;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr3 111694438 . T C 1065.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385337;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.834;QD=60.055;RBI=0.0621648;REFB=0;REVB=0.0487814;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340206;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr3 111732608 . G A 726.09 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0483882;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.64;QD=25.2554;RBI=0.0492656;REFB=-0.0121789;REVB=-0.00925618;RO=47;SAF=35;SAR=33;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449812;STB=0.524474;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00481325;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:47:47:68:68:0.591304:33:35:27:20:33:35:27:20 chr3 111760771 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.07;QD=60.0308;RBI=0.0164168;REFB=0;REVB=0.0110188;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61519e-05;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:29:43:0:0 chr3 111765834 . G A 676.86 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.173;QD=60.1652;RBI=0.0203806;REFB=-0.138268;REVB=0.00568642;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-2.04124e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:16:28:0:0:16:28:1:0 chr3 111799845 . A T 3046.57 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0665293;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6456;QD=62.4937;RBI=0.0665535;REFB=-0.123821;REVB=0.00179401;RO=0;SAF=80;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504386;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000471582;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:195:0:2:193:193:0.989744:113:80:0:0:113:80:0:2 chr3 111828423 . G A 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.613;QD=63.0525;RBI=0.0369424;REFB=0;REVB=0.00271202;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60847e-05;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr3 111918215 . CA CG,TG 1028.17 PASS AF=0.816901,0.183099;AO=56,13;DP=73;FAO=58,13;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=27,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053994,0.001846;FXX=0.0273935;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=97.2973,173.404;QD=57.9248;RBI=0.0368559,0.0049537;REFB=0,0;REVB=-0.0364583,0.0045969;RO=0;SAF=30,3;SAR=26,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.29784e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000413122,-0.00374502;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:73:71:0:0:56,13:58,13:0.816901,0.183099:26,10:30,3:0:0:27,10:31,3:0:0 chr3 111921116 . C A 194.26 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0437676;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4947;QD=8.26629;RBI=0.0440546;REFB=-0.0185232;REVB=-0.0050201;RO=67;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139379;STB=0.504115;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0508003;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:67:68:26:26:0.276596:14:12:31:36:14:12:31:37 chr3 111921225 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000513135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.486;QD=57.3858;RBI=0.0333623;REFB=0;REVB=0.0333584;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05013e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr3 111923123 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.627;QD=58.5992;RBI=0.00647434;REFB=0;REVB=-0.00133779;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06855e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr3 111962851 . T C 193.46 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0076421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.186;QD=8.14558;RBI=0.0211596;REFB=-0.00515234;REVB=0.0197314;RO=69;SAF=11;SAR=15;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119869;STB=0.571721;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0168936;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:15:11:36:33:15:11:36:33 chr3 111981849 . C T 646.9 PASS AF=0.909091;AO=48;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.113747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6679;QD=47.047;RBI=0.113748;REFB=-0.211169;REVB=-0.000473296;RO=3;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491682;STB=0.517503;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0173902;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:55:55:3:5:48:50:0.909091:30:18:1:2:31:19:1:4 chr3 111981878 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.11;QD=56.9517;RBI=0.0296045;REFB=0;REVB=0.0284439;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107492;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr3 111981924 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.031;QD=57.676;RBI=0.00922658;REFB=0;REVB=0.00886461;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05595e-05;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr3 111985107 . T C 443.84 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.018831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.938;QD=11.454;RBI=0.0298401;REFB=-0.0040746;REVB=0.0231479;RO=100;SAF=30;SAR=25;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062047;STB=0.503545;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00574234;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:100:100:55:55:0.354839:25:30:54:46:25:30:54:46 chr3 111996554 . T C 167.09 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0103939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.583;QD=10.1268;RBI=0.0279446;REFB=-0.0308134;REVB=0.0259397;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527769;STB=0.530958;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0489827;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:20:24:13:9:20:24 chr3 112059768 . C G 617.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392927;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.454;QD=61.7029;RBI=0.0395111;REFB=0;REVB=0.00414863;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60465e-05;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr3 112066562 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00873751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.741;QD=21.43;RBI=0.0111473;REFB=0.00152983;REVB=0.00692224;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141633;STB=0.565182;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00107608;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:22:13:6:22:22:13:7:22 chr3 112081560 . T A,TTA 1138.61 PASS AF=0,0.862745;AO=5,78;DP=125;FAO=0,88;FDP=102;FR=.;FRO=14;FSAF=0,50;FSAR=0,38;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.000494514,0.0290316;FXX=0.0377323;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=127.919,156.227;QD=44.6513;RBI=0.0770978,0.0876574;REFB=-0.10806,-0.155669;REVB=0.0770963,0.0827103;RO=37;SAF=5,47;SAR=0,31;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590103,0.00496286;STB=0.5,0.530671;STBP=1,0.126;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0206897;OID=.,.;OPOS=112081560,112081561;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:125:102:37:14:5,78:0,88:0,0.862745:0,31:5,47:22:15:0,38:0,50:11:3 chr3 112188609 . T G 1806.23 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7173;QD=57.7995;RBI=0.166982;REFB=-0.048317;REVB=0.0350114;RO=4;SAF=44;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486537;OID=.;OPOS=112188609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:125:4:0:112:125:1:68:44:1:3:71:54:0:0 chr3 112190137 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.982;QD=62.6711;RBI=0.0475963;REFB=0;REVB=0.0449654;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144919;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 112262957 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00184058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.768;QD=24.7082;RBI=0.0066888;REFB=-0.0119698;REVB=-0.00643058;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18562;STB=0.60368;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.014676;OID=.;OPOS=112262957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:9:8:16:7:9:8 chr3 112289505 . C T 268.69 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0348905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4375;QD=22.3908;RBI=0.0401172;REFB=-0.0277234;REVB=-0.0198001;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388652;STB=0.521722;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0317846;OID=.;OPOS=112289505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:13:10:12:13:13:10 chr3 112358486 . T C 137.22 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.043629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.035;QD=8.71209;RBI=0.0453715;REFB=-0.0132305;REVB=-0.0124533;RO=44;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198485;STB=0.618918;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0382221;OID=.;OPOS=112358486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:6:13:23:21:6:13:23:21 chr3 112546473 . G A 621.69 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=75;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00593366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.098;QD=33.1569;RBI=0.0307355;REFB=-0.0191271;REVB=0.0301573;RO=22;SAF=23;SAR=30;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363255;STB=0.519605;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00923393;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:22:22:53:53:0.706667:30:23:11:11:30:23:11:11 chr3 112642568 . C G 1719.36 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00138686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1693;QD=58.7816;RBI=0.0474555;REFB=-0.0755958;REVB=-0.0474352;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.509432;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000896588;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:52:63:0:0:52:63:0:2 chr3 112647832 . A C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.266;QD=62.3483;RBI=0.0256155;REFB=0;REVB=0.0249382;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102136;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr3 112647988 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.149;QD=59.1432;RBI=0.0152532;REFB=0;REVB=0.00885746;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28741e-05;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr3 112648125 . G T 1629.45 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.078;QD=59.2528;RBI=0.0116217;REFB=-0.11092;REVB=0.0106464;RO=1;SAF=54;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174068;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:1:0:109:110:1:55:54:1:0:55:55:0:0 chr3 112648127 . T G 1481.87 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.708;QD=53.8861;RBI=0.19857;REFB=0;REVB=0.116639;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00598417;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr3 112648222 . T C 1569.57 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2621;QD=58.6756;RBI=0.0650159;REFB=0;REVB=0.0297539;RO=2;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000846349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102835;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:107:2:0:105:107:1:50:55:1:1:51:56:0:0 chr3 112727184 . A T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00305907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.323;QD=55.4105;RBI=0.0052489;REFB=0.0412725;REVB=-0.00426533;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000259743;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr3 112935113 . G C 123.85 PASS AF=0.234568;AO=18;DP=80;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0424803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5602;QD=6.11611;RBI=0.0866582;REFB=-0.0010513;REVB=0.0755319;RO=62;SAF=12;SAR=6;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230421;STB=0.614052;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0045566;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:62:62:18:19:0.234568:6:12:30:32:7:12:30:32 chr3 112935138 . C G 1102.18 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923783;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.08;QD=60.3932;RBI=0.0589459;REFB=0;REVB=-0.0582175;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00614e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr3 112991312 . C T 463.02 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0392086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2968;QD=52.9163;RBI=0.0445145;REFB=-0.0480901;REVB=0.0210768;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.545426;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00551559;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:1:2:33:33:0.942857:23:10:1:0:23:10:2:0 chr3 112991959 . C T 1309.8 PASS AF=0.92233;AO=95;DP=103;FAO=95;FDP=103;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0906625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5556;QD=50.8661;RBI=0.0924214;REFB=-0.193974;REVB=-0.0179454;RO=2;SAF=54;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272441;STB=0.514426;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0135865;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:103:103:2:8:95:95:0.92233:41:54:1:1:41:54:6:2 chr3 112997554 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6206;QD=63.5775;RBI=0.0523246;REFB=0;REVB=-0.0343006;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000770964;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 112998265 . A G 1174.72 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111359;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.059;QD=61.0244;RBI=0.0112487;REFB=0;REVB=-0.00158919;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82194e-06;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr3 113010466 . T C 2469.54 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.432;QD=61.355;RBI=0.0162709;REFB=0;REVB=0.0148076;RO=0;SAF=87;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66452e-05;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:73:87:0:0:74:87:0:0 chr3 113015660 . G A 1245.72 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162236;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.074;QD=60.7668;RBI=0.0150323;REFB=0;REVB=-0.0149445;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106203;OID=.;OPOS=113015660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:45:35:0:0:47:35:0:0 chr3 113022870 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000759803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9918;QD=59.6767;RBI=0.000861001;REFB=0;REVB=0.000404996;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0816e-06;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr3 113145006 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.948;QD=64.4153;RBI=0.0106808;REFB=0;REVB=0.00947865;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70004e-06;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr3 113146130 . T C 820.14 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00765918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.437;QD=55.6025;RBI=0.00805648;REFB=-0.0402127;REVB=0.00249878;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000331211;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr3 113164109 . A G 267.65 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.111;QD=48.6635;RBI=0.199783;REFB=0;REVB=0.199739;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00772159;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:17:22:1:7:10:0:1:11:11:0:0 chr3 113179464 . C G 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0156345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.5;QD=23.4832;RBI=0.0159381;REFB=0.0122052;REVB=-0.00309594;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839896;STB=0.504613;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00978729;OID=.;OPOS=113179464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:23:20:15:18:23:20:15:18 chr3 113233563 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7977;QD=44.6894;RBI=0.0221777;REFB=0;REVB=-0.00340796;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813072;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 113286405 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.649;QD=62.3486;RBI=0.0300349;REFB=0;REVB=-0.0295085;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3715e-05;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr3 113325890 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00110484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.441;QD=12.4025;RBI=0.00167438;REFB=-0.00395429;REVB=-0.00125812;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158041;STB=0.593102;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0058522;OID=.;OPOS=113325890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:15:14:10:6:15:14 chr3 113331039 . T C 406.69 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00669593;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.014;QD=30.6938;RBI=0.0316586;REFB=-0.037914;REVB=0.0309424;RO=16;SAF=20;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226256;STB=0.512288;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.012026;OID=.;OPOS=113331039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:17:20:8:8:17:20:8:8 chr3 113351719 . T C 69.68 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.011119;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.239;QD=6.33446;RBI=0.0112361;REFB=-0.0108001;REVB=-0.00161799;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115129;STB=0.590733;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0320619;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:9:10:0.227273:5:4:12:22:5:5:13:21 chr3 113371382 . AG A,AA 234.51 PASS AF=0.435484,0;AO=23,3;DP=62;FAO=27,0;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13,0;FSAR=14,0;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00740675,0.00390327;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.336,264.124;QD=15.1297;RBI=0.0101535,0.00585483;REFB=-0.00880375,-0.0070002;REVB=-0.00694508,-0.00436389;RO=36;SAF=11,2;SAR=12,1;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0230551,0.166769;STB=0.518505,0.5;STBP=0.836,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00981461,0.0348076;OID=.,.;OPOS=113371383,113371383;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435484,0:23,3:62:27,0:62:35:13,0:14,0:18:17:99:36:11,2:12,1:18:18 chr3 113373930 . A G 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5012;QD=54.7475;RBI=0.0350173;REFB=-0.108852;REVB=0.0293508;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00375189;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:35:18:0:0:35:18:0:1 chr3 113374633 . C A 107.08 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00902538;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.993;QD=10.9823;RBI=0.0205833;REFB=-0.00914404;REVB=-0.018499;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212865;STB=0.626273;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0101697;OID=.;OPOS=113374633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:9:17:6:7:9:17 chr3 113376110 . TTGCTGC T,TTGC 301.94 PASS AF=0.32,0.64;AO=3,10;DP=27;FAO=8,16;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=3,4;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285527,0.063782;FXX=0.0740466;HRUN=2,1;LEN=6,3;MLLD=63.2788,87.9956;QD=48.3106;RBI=0.0734717,0.0896698;REFB=-0.143833,-0.208037;REVB=-0.0676966,0.0630279;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.545344,0.519975;STBP=0.621,0.629;TYPE=del,del;VARB=0.105928,0.0696875;OID=.,.;OPOS=113376111,113376111;OREF=TGCTGC,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.32,0.64:3,10:27:8,16:25:1:3,4:5,12:0:1:55:0:0,1:3,9:0:0 chr3 113377505 . T G 390.58 PASS AF=0.653061;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0213913;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.687;QD=31.884;RBI=0.0249625;REFB=-0.030869;REVB=0.0128663;RO=17;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850425;STB=0.550989;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0188612;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:17:31:32:0.653061:16:15:6:11:16:16:6:11 chr3 113557787 . AGCC A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794136;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=397.753;QD=33.4285;RBI=0.0127417;REFB=0;REVB=-0.00996424;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000139132;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:3:3:0:0:4:0:3:3:0:0 chr3 113594377 . A G 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00141756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.806;QD=8.10348;RBI=0.0106915;REFB=-0.00261858;REVB=-0.0105971;RO=49;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310025;STB=0.523862;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00704645;OID=.;OPOS=113594377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:13:7:16:33:13:7:16:34 chr3 113655207 . C T 286.89 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0147029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.086;QD=11.3619;RBI=0.0147869;REFB=0.00482593;REVB=-0.00157339;RO=66;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000981075;STB=0.500566;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00824173;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:66:66:35:35:0.346535:18:17:32:34:18:17:32:34 chr3 113673125 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.099;QD=57.6784;RBI=0.065114;REFB=0;REVB=-0.0321188;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443975;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr3 113679589 . C A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0125011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.239;QD=19.3438;RBI=0.0169519;REFB=0.00560681;REVB=-0.0114495;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241673;STB=0.636219;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0033887;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:13:5:10:8:13:5 chr3 113801826 . C T 107.91 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0418197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4357;QD=9.18358;RBI=0.0418238;REFB=-0.0146377;REVB=-0.000592023;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483821;STB=0.549767;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0351555;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:5:8:19:14:5:9:19:14 chr3 113858350 . C T 1187.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.731;QD=59.3904;RBI=0.0336506;REFB=0;REVB=0.0334312;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188887;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:80:0:0:74:80:1:25:49:0:0:27:53:0:0 chr3 113890815 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0184429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.632;QD=16.0718;RBI=0.0184523;REFB=-0.00178792;REVB=-0.000587128;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708212;STB=0.53995;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00201758;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:17:18:17:12:17:18 chr3 113955164 . T G 305.63 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.663;QD=53.1529;RBI=0.0202223;REFB=0;REVB=-0.00307979;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76358e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr3 113955187 . A C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0264713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.036;QD=6.59591;RBI=0.0502834;REFB=-0.00757968;REVB=-0.0427515;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393572;STB=0.745268;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0106186;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:9:19:3:6:9:19 chr3 113955265 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.136;QD=64.4153;RBI=0.0160024;REFB=0;REVB=0.00154705;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00804e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr3 113955320 . C T 758.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.792;QD=60.7018;RBI=0.050831;REFB=0;REVB=0.0381773;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179435;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:30:15:0:0:34:16:0:0 chr3 113955820 . G C 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00150867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.398;QD=24.7802;RBI=0.00715082;REFB=-0.00654751;REVB=-0.00698986;RO=27;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477578;STB=0.502617;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00435016;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:19:21:14:13:19:21:14:13 chr3 115382655 . C T 167.95 PASS AF=0.238532;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00510196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.002;QD=6.16328;RBI=0.00892684;REFB=0.000144155;REVB=-0.00732519;RO=81;SAF=16;SAR=10;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18207;STB=0.610947;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00046965;OID=.;OPOS=115382655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:81:83:26:26:0.238532:10:16:38:43:10:16:39:44 chr3 115571364 . C T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00324203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.354;QD=22.8672;RBI=0.0235886;REFB=0.00380868;REVB=-0.0233648;RO=27;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147416;STB=0.585767;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00253413;OID=.;OPOS=115571364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:13:24:22:5:13:24:23:5 chr3 116301660 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.677;QD=42.1826;RBI=0.0203879;REFB=0;REVB=0.012107;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585798;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr3 116683964 . G C 4722.25 PASS AF=1;AO=300;DP=302;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122006;FXX=0.00983574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.398;QD=62.5463;RBI=0.0212222;REFB=0;REVB=0.0173645;RO=0;SAF=123;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.80634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5306e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:302:0:0:300:302:1:177:123:0:0:178:124:0:0 chr3 118269774 . A G 695.58 PASS AF=0.655556;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=90;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0852095;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.568;QD=30.9145;RBI=0.0852454;REFB=-0.0146562;REVB=0.00247505;RO=30;SAF=36;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282758;STB=0.522141;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00639076;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:30:31:59:59:0.655556:23:36:17:13:23:36:17:14 chr3 118381320 . C A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0153652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.824;QD=10.3902;RBI=0.0240753;REFB=-0.023784;REVB=0.0185346;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0283984;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr3 118621664 . C A 230.63 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00481091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.698;QD=10.0272;RBI=0.00689108;REFB=-0.0108559;REVB=-0.00493378;RO=62;SAF=6;SAR=23;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219151;STB=0.626363;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0194391;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:63:29:29:0.315217:23:6:22:40:23:6:22:41 chr3 118649060 . G T 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.017317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.175;QD=4.75432;RBI=0.018159;REFB=-6.93483e-05;REVB=0.00546543;RO=56;SAF=12;SAR=2;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500225;STB=0.826165;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000240715;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:2:12:27:29:2:12:27:29 chr3 118865801 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0142946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.437;QD=16.7271;RBI=0.0146503;REFB=-0.0125129;REVB=0.00320862;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240418;STB=0.639157;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0119391;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:9:10:12:4:9:10 chr3 118866376 . C T 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00379992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.847;QD=26.4914;RBI=0.00826886;REFB=-0.0458112;REVB=0.00734402;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527584;STB=0.529377;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0319084;OID=.;OPOS=118866376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:5:4:9:8:5:4 chr3 118867047 . C G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00714308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.472;QD=10.4362;RBI=0.0084723;REFB=-0.00885107;REVB=0.0045559;RO=33;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456379;STB=0.780483;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0212158;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:2:13:18:15:2:13:18:15 chr3 118909159 . A G 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9214;QD=60.5818;RBI=0.0289339;REFB=0;REVB=-0.015625;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5073e-05;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr3 118945796 . G C 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0125989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.799;QD=19.5868;RBI=0.0139481;REFB=-0.00576737;REVB=0.00598472;RO=46;SAF=30;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158224;STB=0.588194;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00667073;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:14:30:24:22:14:30:24:22 chr3 118948716 . G A 753.9 PASS AF=0.633028;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00811109;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.467;QD=27.6662;RBI=0.0106364;REFB=0.00455861;REVB=0.00688065;RO=40;SAF=40;SAR=29;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316643;STB=0.517142;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00305779;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:40:40:69:69:0.633028:29:40:25:15:29:40:25:15 chr3 119118104 . A G 594.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7436;QD=60.9379;RBI=0.123409;REFB=0;REVB=0.117782;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111374;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr3 119128398 . G A 432.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129372;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.507;QD=57.7091;RBI=0.0324179;REFB=0;REVB=0.0297246;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41543e-05;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr3 119133183 . G A 888.53 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.756;QD=56.4148;RBI=0.0278134;REFB=0.0165191;REVB=0.0161026;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00051218;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:1:0:30:32:1:0 chr3 119197285 . A G 976.25 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0278;QD=57.4267;RBI=0.0268594;REFB=-0.0902454;REVB=0.0108631;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00179669;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:1:0:33:34:1:0 chr3 119222456 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.942;QD=58.2396;RBI=0.0414946;REFB=0;REVB=0.0409438;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123341;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr3 119248301 . G A 3813.15 PASS AF=1;AO=237;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410893;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6671;QD=63.2888;RBI=0.0477044;REFB=0;REVB=-0.024236;RO=0;SAF=98;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11282e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095913;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:241:0:0:237:241:1:139:98:0:0:140:101:0:0 chr3 119248321 . A G 2951.17 PASS AF=1;AO=98;DP=199;FAO=202;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398183;FXX=0.0334912;HRUN=9;LEN=1;MLLD=266.146;QD=58.439;RBI=0.0323659;REFB=0;REVB=-0.0321201;RO=0;SAF=70;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5977e-05;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:202:0:0:98:202:1:28:70:0:0:109:93:0:0 chr3 119301139 . C T 309.76 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0534805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4734;QD=16.303;RBI=0.0565937;REFB=-0.04159;REVB=-0.0185118;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309836;STB=0.693584;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0349349;OID=.;OPOS=119301139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:42:34:34:0.447368:22:12:25:11:22:12:30:12 chr3 119305379 . T A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.505;QD=60.8833;RBI=0.0465289;REFB=0;REVB=-0.0357441;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9627e-05;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr3 119327653 . T C 251.52 PASS AF=0.289256;AO=34;DP=121;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00763322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.487;QD=8.31469;RBI=0.050542;REFB=-0.00500591;REVB=0.0499622;RO=85;SAF=22;SAR=12;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508375;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0160114;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:85:86:34:35:0.289256:12:22:55:30:13:22:55:31 chr3 119331874 . C T 165.11 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00230576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.173;QD=12.4611;RBI=0.0449138;REFB=0.00860198;REVB=-0.0448546;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350188;STB=0.696762;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0276417;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:15:5:18:14:15:5:18:15 chr3 119331892 . C G 171.24 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0116251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.237;QD=12.4538;RBI=0.0515095;REFB=-0.000912008;REVB=-0.0501805;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390624;STB=0.727047;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00186039;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:16:5:20:14:16:5:20:14 chr3 119338956 . A G 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402638;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.799;QD=62.9126;RBI=0.00514071;REFB=0;REVB=0.00319611;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88182e-07;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr3 119361415 . A G 834.61 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5475;QD=55.6408;RBI=0.0290049;REFB=0.0527012;REVB=0.00229726;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00133773;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:1:0:40:19:1:0 chr3 119367390 . T C 851.62 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.121;QD=57.7369;RBI=0.0266182;REFB=0;REVB=0.0261965;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24167e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr3 119378872 . G A 1868.46 PASS AF=0.984;AO=121;DP=128;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000403215;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2719;QD=59.7906;RBI=0.023078;REFB=-0.0328164;REVB=0.0230744;RO=1;SAF=58;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812005;STB=0.508473;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000181654;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:125:1:2:121:123:0.984:63:58:1:0:65:58:2:0 chr3 119379186 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.363;QD=58.142;RBI=0.0381617;REFB=0;REVB=0.0377495;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271721;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 119395799 . A C 1283.66 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.397;QD=61.1265;RBI=0.0640024;REFB=0;REVB=-0.0168892;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187342;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:34:44:0:0:34:50:0:0 chr3 119426307 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.666;QD=57.6792;RBI=0.0713535;REFB=0;REVB=0.0517954;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792579;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr3 119434527 . G C 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.972;QD=63.615;RBI=0.0267656;REFB=0;REVB=0.000422671;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10979e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr3 119533910 . T C 1073.1 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189446;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.778;QD=59.6169;RBI=0.0395459;REFB=0;REVB=0.0347129;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284673;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr3 119886548 . G C 557.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9051;QD=60.2704;RBI=0.0627652;REFB=0;REVB=0.0243747;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361531;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr3 119886776 . T A 1479.85 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147848;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.963;QD=62.3095;RBI=0.0375831;REFB=0.108293;REVB=0.0345529;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.507041;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000272634;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:0:1:94:94:0.989474:59:35:0:0:59:35:1:0 chr3 120050139 . C T 233.41 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0309828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3272;QD=10.6096;RBI=0.0369783;REFB=-0.0175946;REVB=-0.0201856;RO=58;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137575;STB=0.574052;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0382657;OID=.;OPOS=120050139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:58:59:29:29:0.329545:16:13:33:25:16:13:33:26 chr3 120976169 . T C 564.26 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00824354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1094;QD=29.6977;RBI=0.0520571;REFB=0.00730387;REVB=-0.0514002;RO=26;SAF=35;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213937;STB=0.616429;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00542809;OID=.;OPOS=120976169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:15:35:10:16:15:35:10:16 chr3 121100283 . G A 753.78 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.024644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1881;QD=23.0161;RBI=0.0264604;REFB=-0.00644714;REVB=-0.00963456;RO=59;SAF=37;SAR=35;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446067;STB=0.502439;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00706705;OID=.;OPOS=121100283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:59:72:72:0.549618:35:37:30:29:35:37:30:29 chr3 121137976 . C T 123.28 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.012332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.183;QD=7.3601;RBI=0.0209382;REFB=-0.00252001;REVB=-0.0169213;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751561;STB=0.537272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.01489;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:49:18:18:0.268657:9:9:27:21:9:9:27:22 chr3 121138015 . C T 164.06 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0104793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.037;QD=12.8671;RBI=0.0196031;REFB=-0.0106749;REVB=-0.016567;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858387;STB=0.549947;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0240575;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:16:16:8:11:16:16 chr3 121143384 . C CT 87.38 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0659433;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4136;QD=3.0931;RBI=0.0787888;REFB=0.0132165;REVB=-0.043118;RO=90;SAF=8;SAR=17;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137935;STB=0.602026;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=-0.0441756;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221239:25:116:25:113:88:8:17:39:49:87:90:8:17:38:52 chr3 121154974 . T C 197.27 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0100207;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.672;QD=8.86586;RBI=0.0102159;REFB=-0.00337149;REVB=-0.00198794;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149291;STB=0.588269;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00627849;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:63:63:26:26:0.292135:12:14:26:37:12:14:26:37 chr3 121208176 . T C 170.58 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0681293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5999;QD=10.8306;RBI=0.0946123;REFB=-0.00213646;REVB=0.0656497;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996532;STB=0.505809;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00761815;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:22:19:10:12:22:19 chr3 121208833 . G C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00633516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.621;QD=5.57594;RBI=0.00655996;REFB=-0.00488376;REVB=-0.00170258;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173364;STB=0.611357;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0136155;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:17:7:3:4:17:7 chr3 121238749 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.059;QD=58.2389;RBI=0.074042;REFB=0;REVB=-0.0727658;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034163;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 121263720 . C A 1147.06 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123983;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4702;QD=61.1763;RBI=0.0256776;REFB=0;REVB=0.022486;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185197;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr3 121340536 . T C 694.62 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0741833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9064;QD=24.8077;RBI=0.0770686;REFB=-0.0129162;REVB=-0.0208903;RO=46;SAF=30;SAR=36;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344339;STB=0.518754;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00688564;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:36:30:23:23:36:30:23:23 chr3 121350966 . C G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.708;QD=47.819;RBI=0.084713;REFB=0;REVB=0.0686102;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106014;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 121353254 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.777;QD=45.8059;RBI=0.0327052;REFB=0;REVB=0.0155615;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016997;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr3 121354583 . G A 322.26 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0172045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.8;QD=28.0222;RBI=0.0245053;REFB=-0.0176639;REVB=0.0174504;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836358;STB=0.545924;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.011164;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:19:9:4:14:19:9:4:14 chr3 121361787 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0278124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.008;QD=8.51169;RBI=0.0340123;REFB=0.0028753;REVB=-0.0195782;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682721;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00892047;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:13:11:4:6:13:11 chr3 121372875 . A G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00950185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2276;QD=53.9331;RBI=0.0355117;REFB=-0.115064;REVB=-0.0342169;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00508406;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr3 121373058 . T C 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0158912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4716;QD=23.0913;RBI=0.0169517;REFB=-0.012879;REVB=0.00590151;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245494;STB=0.637293;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00886204;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:3:9:7:10:3:9 chr3 121373111 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00921294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.148;QD=47.8146;RBI=0.0363891;REFB=-0.0218878;REVB=0.0352035;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000385078;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr3 121374361 . G A 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00102357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.59;QD=32.2584;RBI=0.0477933;REFB=0.00535632;REVB=0.0477823;RO=8;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162952;STB=0.590072;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00121157;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:5:16:4:4:5:16:4:4 chr3 121414061 . C T 315.6 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00786655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.571;QD=22.5429;RBI=0.00966528;REFB=-0.0203541;REVB=0.0056156;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081517;STB=0.537359;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0159411;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:12:20:12:11:12:20:13:11 chr3 121415720 . T C 470.26 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0123601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.458;QD=26.1256;RBI=0.0243895;REFB=-0.0288399;REVB=0.0210256;RO=27;SAF=30;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972182;STB=0.562471;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.017036;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:14:30:15:12:14:30:15:13 chr3 121435621 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6501;QD=42.1819;RBI=0.0444779;REFB=0;REVB=0.0182021;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115199;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 121435624 . C T 116.03 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.478;QD=42.1916;RBI=0.0224078;REFB=0;REVB=-0.008627;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27553e-05;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr3 121563355 . T C 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1026;QD=64.1531;RBI=0.0521261;REFB=0;REVB=0.0478589;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410075;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr3 121641693 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.535;QD=62.6694;RBI=0.0339421;REFB=0;REVB=0.0164682;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27541e-05;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr3 121642048 . A T 801.2 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7941;QD=57.2283;RBI=0.0832875;REFB=0;REVB=-0.0825685;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000745959;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr3 121643170 . A T 685.91 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000679492;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.052;QD=54.8725;RBI=0.0138889;REFB=-0.151144;REVB=-0.0138722;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000611976;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr3 121643804 . C T 1001.82 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.119773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0316;QD=54.1522;RBI=0.131768;REFB=-0.129354;REVB=-0.0549283;RO=3;SAF=26;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243674;STB=0.512241;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00649773;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:3:3:70:71:0.959459:44:26:2:1:44:27:2:1 chr3 121646641 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.638;QD=57.2373;RBI=0.0389339;REFB=0;REVB=-0.0137354;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03469e-05;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr3 121647286 . C T 1194.56 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.377;QD=59.7282;RBI=0.0242231;REFB=0.0222063;REVB=0.0145576;RO=1;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019311;STB=0.509801;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000363153;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:24:54:0:1:25:54:0:1 chr3 121648168 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000591651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.519;QD=57.6807;RBI=0.0111223;REFB=0;REVB=-0.0111066;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80764e-05;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 121712051 . A C 457.47 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526817;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.674;QD=57.1838;RBI=0.0377959;REFB=-0.0809458;REVB=0.037427;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421443;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr3 121825197 . G A 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.652;QD=63.8859;RBI=0.0444374;REFB=0;REVB=-0.0382756;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50937e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr3 121836966 . TGA T 520.51 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494898;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.784;QD=59.4866;RBI=0.0065453;REFB=0;REVB=0.00428352;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.1683e-05;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:35:35:0:19:16:0:0:4:0:19:14:0:0 chr3 121838319 . G A 345.22 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000688612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.369;QD=20.0126;RBI=0.00129213;REFB=-0.012231;REVB=-0.00109335;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167415;STB=0.604707;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00848392;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:35:36:0.521739:13:22:14:18:13:23:14:19 chr3 122003045 . G C 1629.21 PASS AF=1;AO=93;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.658;QD=59.7874;RBI=0.0347342;REFB=0;REVB=0.0274197;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810779;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:93:109:1:41:52:0:0:55:54:0:0 chr3 122003769 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.239;QD=60.6092;RBI=0.0369127;REFB=0;REVB=0.0134492;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119641;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr3 122003832 . G C 728.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000287552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.879;QD=57.1652;RBI=0.0421906;REFB=0;REVB=-0.0421897;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189773;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr3 122004218 . T A,TA 162.06 PASS AF=0,0.902439;AO=4,25;DP=43;FAO=0,37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=0,15;FSAR=0,22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.132468,0.169924;FXX=0;HRUN=2,8;LEN=1,1;MLLD=25.8571,7.11484;QD=15.8106;RBI=0.153983,0.228315;REFB=-0.0174346,-0.022133;REVB=0.0785046,0.152492;RO=13;SAF=3,11;SAR=1,14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.396905,0.0351143;STB=0.5,0.509532;STBP=1,0.737;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0591748;OID=.,.;OPOS=122004218,122004219;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:43:41:13:4:4,25:0,37:0,0.902439:1,14:3,11:5:8:0,22:0,15:2:2 chr3 122140919 . T C 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0101188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.913;QD=39.1882;RBI=0.0109945;REFB=0.00684022;REVB=0.00429989;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100193;STB=0.554334;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000832193;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:5:1:11:14:5:1 chr3 122144347 . C G 529.37 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00986722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.524;QD=27.8616;RBI=0.0182632;REFB=0.00205701;REVB=0.0153682;RO=28;SAF=18;SAR=30;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632761;STB=0.534468;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00158681;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:30:18:13:15:30:18:13:15 chr3 122144873 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0328975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.459;QD=33.9776;RBI=0.0766467;REFB=0.00252177;REVB=0.0692277;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.526271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000128739;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:1:2:12:12:0.857143:4:8:1:0:4:8:1:1 chr3 122145470 . C A 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000689578;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=352.702;QD=24.8132;RBI=0.000792017;REFB=0.00423896;REVB=0.000389581;RO=26;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947916;STB=0.551973;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00284781;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:16:23:12:14:16:23:12:14 chr3 122186188 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.071;QD=63.5823;RBI=0.032289;REFB=0;REVB=0.0195395;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170937;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr3 122259606 . T C 506.19 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00501943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.404;QD=25.6298;RBI=0.0174503;REFB=-0.0328507;REVB=0.0167128;RO=32;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118582;STB=0.564858;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0338645;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:28:19:18:14:28:19:18:14 chr3 122259640 . T C 387.09 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0254304;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.359;QD=23.4602;RBI=0.0587226;REFB=0.0128479;REVB=0.0529305;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163677;STB=0.593602;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00344036;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:21:16:18:10:22:16:18:10 chr3 122288210 . G A 326.31 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0214387;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7043;QD=28.3749;RBI=0.10685;REFB=-0.0134675;REVB=-0.104677;RO=16;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114294;STB=0.586145;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00665095;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:18:28:28:0.608696:11:17:7:9:11:17:7:11 chr3 122290579 . C A,T 1717.86 PASS AF=0.0347826,0.965217;AO=6,107;DP=114;FAO=4,111;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=2,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522172,-0.0118937;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.2948,184.897;QD=59.7515;RBI=0.0775559,0.0129348;REFB=0,0;REVB=-0.0573435,0.00508415;RO=0;SAF=5,38;SAR=1,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.183864,-0.000368584;OID=.,.;OPOS=122290579,122290579;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:114:115:0:0:6,107:4,111:0.0347826,0.965217:1,69:5,38:0:0:2,70:2,41:0:0 chr3 122354037 . A G 92.61 PASS AF=0.346154;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0186296;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.783;QD=14.2472;RBI=0.0693925;REFB=-0.0341122;REVB=-0.066845;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0446376;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:26:10:14:7:9:0.346154:3:4:6:4:5:4:6:8 chr3 122354792 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00728159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.615;QD=5.83279;RBI=0.00972864;REFB=0.00301575;REVB=0.00645175;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014912;STB=0.522347;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0123526;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:7:4:15:25:7:4:16:25 chr3 122437321 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8967;QD=61.2126;RBI=0.027975;REFB=0;REVB=0.0269149;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180833;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr3 122843110 . G T 724.62 PASS AF=0.618182;AO=66;DP=107;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0294411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1361;QD=26.3498;RBI=0.0338312;REFB=-0.00725056;REVB=0.0166665;RO=41;SAF=25;SAR=41;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009724;STB=0.510236;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00576903;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:41:42:66:68:0.618182:41:25:15:26:42:26:15:27 chr3 122864436 . G A 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.166;QD=64.1449;RBI=0.025919;REFB=0;REVB=0.00987735;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013793;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr3 122991021 . A T 969.61 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.664;QD=58.7644;RBI=0.0188355;REFB=0;REVB=-0.0152112;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00547e-05;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr3 122991038 . C T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.501;QD=59.8534;RBI=0.0205874;REFB=0;REVB=-0.0040549;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27434e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr3 123022992 . G T 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.302;QD=57.6636;RBI=0.0712065;REFB=0;REVB=0.0108529;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460841;OID=.;OPOS=123022992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr3 123046573 . G A 693.37 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185818;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.607;QD=63.0332;RBI=0.0232576;REFB=0;REVB=0.0139869;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253447;OID=.;OPOS=123046573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr3 123331774 . T TTAAG,TTTAAG 80.63 PASS AF=0.6,0;AO=7,2;DP=17;FAO=9,0;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00450606,-0.00747951;FXX=0.166574;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=267.001,262.329;QD=21.5004;RBI=0.0121643,0.0141521;REFB=0.00135154,0.000930563;REVB=-0.0112989,-0.0120141;RO=8;SAF=5,1;SAR=2,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206125,0;STB=0.636055,0.5;STBP=0.225,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000934879,-0.0650836;OID=.,.;OPOS=123331775,123331775;OREF=-,-;OALT=TAAG,TTAAG;OMAPALT=TTAAG,TTTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:7,2:17:9,0:15:6:6,0:3,0:2:4:33:8:5,1:2,1:4:4 chr3 123331775 . TA T 35.83 PASS AF=0.375;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.052831;FXX=0.111049;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.876;QD=8.95782;RBI=0.116833;REFB=-0.0143556;REVB=0.104205;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357304;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=0.0623478;OID=.;OPOS=123331776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:18:6:16:10:2:4:7:3:35:10:2:4:7:3 chr3 123357037 . A G 1088.57 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117839;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.976;QD=60.476;RBI=0.0119913;REFB=0;REVB=0.00222071;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250984;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr3 123368013 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.767;QD=54.5172;RBI=0.02865;REFB=0;REVB=0.0274021;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233048;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr3 123418913 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00075993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.914;QD=62.6711;RBI=0.008696;REFB=0;REVB=0.00866274;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35607e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 261.63 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00781165;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=3;MLLD=268.261;QD=11.1333;RBI=0.0082045;REFB=-0.0199143;REVB=0.00250837;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151825;STB=0.547127;STBP=0.464;TYPE=del;VARB=0.0252943;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43617:40:95:41:94:53:22:19:24:29:99:51:21:19:26:25 chr3 123419288 . C T 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0128687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.389;QD=10.9364;RBI=0.0182453;REFB=-0.010327;REVB=-0.0129339;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182215;STB=0.603429;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0172508;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:13:3:10:23:13:3:10:24 chr3 123419573 . G T 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0490628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7964;QD=4.39338;RBI=0.0492569;REFB=0.00166155;REVB=-0.00436851;RO=52;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117986;STB=0.577644;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00955383;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:4:8:30:22:4:8:30:22 chr3 123419733 . A G 122.57 PASS AF=0.293103;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0312502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.8;QD=8.45297;RBI=0.0380712;REFB=-0.016027;REVB=-0.0217449;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107965;STB=0.537146;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0536681;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:41:16:17:0.293103:10:6:19:22:10:7:19:22 chr3 123451773 . G C 987.13 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.202;QD=58.9332;RBI=0.0514464;REFB=0;REVB=0.0463767;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260306;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:27:40:0:0 chr3 123452838 . G A 1141.79 PASS AF=0.95122;AO=77;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.024495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.981;QD=55.6973;RBI=0.0261479;REFB=-0.12727;REVB=0.00914915;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.501254;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00126093;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:1:4:77:78:0.95122:36:41:0:1:37:41:2:2 chr3 123457893 . G A 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4836;QD=52.6027;RBI=0.0715291;REFB=0;REVB=-0.0545483;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219404;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr3 123634046 . G A 1607.0 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.189;QD=64.2801;RBI=0.0208712;REFB=0;REVB=0.0142719;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12371e-06;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr3 123699299 . G A 906.0 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6786;QD=56.6248;RBI=0.0219704;REFB=-0.0988125;REVB=0.0167548;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000541591;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:40:23:0:0:40:23:0:1 chr3 123988039 . T C 329.78 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0051279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.602;QD=15.7039;RBI=0.0181555;REFB=-0.0168306;REVB=0.0174163;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195925;STB=0.610033;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0226273;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:16:32:17:19:16:32 chr3 124044949 . C T 277.53 PASS AF=0.346939;AO=28;DP=92;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.0331574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.371;QD=11.3277;RBI=0.0331976;REFB=-0.019879;REVB=0.00163203;RO=64;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587431;STB=0.586908;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0350458;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:64:64:28:34:0.346939:18:10:20:44:19:15:20:44 chr3 124181454 . C T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0336648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7608;QD=4.16592;RBI=0.0336897;REFB=0.0141147;REVB=-0.00129513;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316367;STB=0.521677;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0613559;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:15:18:4:3:15:18 chr3 124196094 . A T 590.47 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0118792;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.459;QD=26.2429;RBI=0.0383366;REFB=-0.0085474;REVB=0.0364497;RO=36;SAF=33;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906829;STB=0.51219;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00842503;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:36:37:53:53:0.588889:20:33:22:14:20:33:22:15 chr3 124351316 . G A 1089.35 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019185;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9135;QD=59.6905;RBI=0.0264667;REFB=0;REVB=0.0182325;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210985;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:33:40:0:0 chr3 124351424 . T C 894.35 PASS AF=0.90411;AO=64;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.012893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.843;QD=49.0053;RBI=0.0192624;REFB=-0.0339892;REVB=0.0143112;RO=7;SAF=32;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397529;STB=0.519129;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0020672;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:7:7:64:66:0.90411:32:32:5:2:32:34:5:2 chr3 124376653 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.086;QD=58.5997;RBI=0.00456166;REFB=0;REVB=0.00244794;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31012e-06;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr3 124379748 . G C 210.91 PASS AF=0.317647;AO=28;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00301211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.038;QD=9.92524;RBI=0.0312541;REFB=-0.00600174;REVB=-0.0311086;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132279;STB=0.51895;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0117067;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:58:28:27:0.317647:11:17:34:21:10:17:35:23 chr3 124379817 . T C 317.73 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.01898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5535;QD=10.0071;RBI=0.0571852;REFB=-0.00273467;REVB=0.0539436;RO=85;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213374;STB=0.619298;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00719963;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:86:41:41:0.322835:17:24:34:51:17:24:35:51 chr3 124412634 . G T 332.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.418;QD=53.1573;RBI=0.00722426;REFB=0;REVB=-0.00596016;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570652;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr3 124418846 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00371615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.677;QD=13.7478;RBI=0.0037168;REFB=-0.020564;REVB=6.9636e-05;RO=32;SAF=3;SAR=19;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154654;STB=0.589971;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0284096;OID=.;OPOS=124418846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:19:3:7:25:19:3:7:25 chr3 124451284 . T C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00218162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.248;QD=19.3697;RBI=0.00402598;REFB=0.0065827;REVB=0.00338365;RO=15;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128236;STB=0.573669;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0046156;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:2:14:12:3:2:14:12:3 chr3 124646703 . GGA AAG,GAA,GGAAAG 461.32 PASS AF=0,0,1;AO=3,2,15;DP=35;FAO=0,0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194991,0.0902843,0.020966;FXX=0.0302939;HRUN=3,3,3;LEN=3,1,3;MLLD=164.468,13.8996,235.403;QD=57.6652;RBI=0.0679791,0.0905179,0.092089;REFB=0,0,0;REVB=0.0651225,-0.00649856,0.0896706;RO=3;SAF=0,0,8;SAR=3,2,7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.160058;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.000300275;OID=.,.,.;OPOS=124646703,124646704,124646706;OREF=GGA,G,-;OALT=AAG,A,AAG;OMAPALT=AAG,GAA,GGAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:35:32:3:0:3,2,15:0,0,32:0,0,1:3,2,7:0,0,8:0:3:0,0,23:0,0,9:0:0 chr3 124688787 . A AT 197.02 PASS AF=0.958333;AO=6;DP=29;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.118234;FXX=0.0768935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4281;QD=32.8364;RBI=0.157063;REFB=-0.0395935;REVB=-0.10339;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648388;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=ins;VARB=-2.22472e-05;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:6:29:23:24:1:8:15:0:1:3:21:2:4:6:15 chr3 124688791 . A T 161.1 PASS AF=0.692308;AO=15;DP=23;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0205707;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=37.4818;QD=24.7839;RBI=0.0425914;REFB=-0.147622;REVB=0.0372944;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.51427;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0252351;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:26:8:8:15:18:0.692308:10:5:3:5:12:6:3:5 chr3 124692689 . C T 1222.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629964;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.853;QD=60.3635;RBI=0.0098925;REFB=0;REVB=0.00762733;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859802;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:45:32:0:0:47:34:0:0 chr3 124728626 . A G 547.12 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0109581;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5628;QD=26.0532;RBI=0.0267588;REFB=-0.0138907;REVB=0.0244122;RO=33;SAF=26;SAR=24;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185886;STB=0.503815;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0101723;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:34:50:50:0.595238:24:26:18:15:24:26:18:16 chr3 124731485 . C G 715.63 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145522;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.155;QD=63.6119;RBI=0.0215143;REFB=0;REVB=0.015846;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116593;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr3 124731689 . T A 400.46 PASS AF=0.333333;AO=51;DP=153;FAO=51;FDP=153;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.00479097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.902;QD=10.4695;RBI=0.0149917;REFB=-0.00700056;REVB=-0.0142056;RO=101;SAF=18;SAR=33;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100632;STB=0.555352;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0124043;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:102:51:51:0.333333:33:18:44:57:33:18:44:58 chr3 124732618 . A G 191.68 PASS AF=0.513514;AO=21;DP=39;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0129943;FXX=0.0512689;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.959;QD=20.7226;RBI=0.0259965;REFB=-0.00566013;REVB=-0.0225159;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.566301;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00357776;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:18:18:21:19:0.513514:7:14:9:9:7:12:9:9 chr3 124733649 . T G 1548.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.977;QD=59.5546;RBI=0.0162411;REFB=0;REVB=0.0155225;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9676e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:57:44:0:0:58:46:0:0 chr3 124738107 . C T 444.37 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00238386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6271;QD=23.0842;RBI=0.0221095;REFB=0.0119361;REVB=-0.0219807;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519257;STB=0.519736;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0110932;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:17:26:22:11:17:26:22:12 chr3 124739892 . G A 631.12 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00660741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.754;QD=21.0373;RBI=0.0137094;REFB=-0.00437313;REVB=0.012012;RO=57;SAF=27;SAR=36;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129929;STB=0.571406;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00399046;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:36:27:33:24:36:27:33:24 chr3 124746049 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00289248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.762;QD=20.9187;RBI=0.0102278;REFB=0.0127493;REVB=0.00981028;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126829;STB=0.570393;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0122848;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:14:12:19:12:14:12 chr3 124746182 . C A 560.29 PASS AF=0.62963;AO=49;DP=80;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000752581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.363;QD=27.6684;RBI=0.00489302;REFB=-0.0200965;REVB=0.0048348;RO=27;SAF=24;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543792;STB=0.501457;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0103955;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:27:30:49:51:0.62963:25:24:13:14:27:24:14:16 chr3 124746347 . T C 937.42 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00060983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.999;QD=58.5889;RBI=0.0148338;REFB=0;REVB=0.0148213;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97437e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr3 124748226 . G A 327.38 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0109336;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.923;QD=26.1905;RBI=0.0162356;REFB=-0.00248066;REVB=0.0120022;RO=17;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123612;STB=0.511742;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00211711;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:19:31:31:0.62:17:14:8:9:17:14:8:11 chr3 124826408 . T C 101.8 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0241874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3248;QD=8.85232;RBI=0.0363394;REFB=0.00386789;REVB=-0.0271206;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449609;STB=0.516753;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0162136;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:7:6:16:16:7:6:16:17 chr3 124837684 . T C 1230.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123675;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.571;QD=61.5468;RBI=0.016474;REFB=0;REVB=0.0108828;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58035e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:28:50:0:0:29:51:0:0 chr3 124839469 . CG AG,CA 1465.97 PASS AF=0.0208333,0.96875;AO=4,74;DP=97;FAO=2,93;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=1,48;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0054038,0.0075372;FXX=0.0103082;HRUN=3,5;LEN=1,1;MLLD=206.481,239.575;QD=61.0822;RBI=0.0195111,0.0218892;REFB=-0.15003,-0.0655883;REVB=0.0187479,0.0205506;RO=0;SAF=2,39;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.80413e-08;STB=0.665164,0.505493;STBP=0.662,0.304;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0250286,0.00064734;OID=.,.;OPOS=124839469,124839470;OREF=C,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:97:96:0:1:4,74:2,93:0.0208333,0.96875:2,35:2,39:0:0:1,45:1,48:0:1 chr3 124950979 . T C 138.67 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00818615;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9404;QD=7.29851;RBI=0.0356833;REFB=-0.00527219;REVB=0.0347316;RO=52;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228154;STB=0.64152;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0125909;OID=.;OPOS=124950979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:56:20:20:0.263158:14:6:25:27:14:6:27:29 chr3 124951821 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00339227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.429;QD=8.30758;RBI=0.010465;REFB=-0.000597515;REVB=-0.00989995;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677072;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00131634;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:16:18:8:8:0.307692:4:4:7:9:4:4:8:10 chr3 125235852 . A ATTTAT 240.29 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00216318;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=305.794;QD=15.2567;RBI=0.00239548;REFB=-0.00692786;REVB=-0.00102908;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161309;STB=0.563591;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.00922537;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:26:66:28:63:35:12:16:19:16:99:38:11:15:22:16 chr3 125726048 . G C 258.12 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=60;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0309059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.536;QD=15.6434;RBI=0.0333832;REFB=-0.0184865;REVB=0.01262;RO=36;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205947;STB=0.503266;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0257496;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:36:36:24:30:0.454545:19:5:13:23:19:11:13:23 chr3 125769757 . C T 336.49 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0388202;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.987;QD=27.4684;RBI=0.0400914;REFB=-0.0127472;REVB=-0.0100158;RO=20;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753453;STB=0.541579;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0128359;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:13:16:9:11:13:16:9:11 chr3 125775227 . CT C,CC 716.74 PASS AF=0.468085,0.531915;AO=22,25;DP=48;FAO=22,25;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208604,-0.0125301;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.524,151.255;QD=60.9989;RBI=0.0318986,0.0225538;REFB=0,0;REVB=0.0241323,0.0187529;RO=0;SAF=1,24;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62339e-08,3.20334e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00101161,0.00790975;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.468085,0.531915:22,25:48:22,25:47:0:1,24:21,1:0:0:99:0:1,24:21,1:0:0 chr3 125786879 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6127;QD=63.2852;RBI=0.0819558;REFB=0;REVB=0.00424926;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105882;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 126169230 . C T 899.34 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128405;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.099;QD=55.3438;RBI=0.0143682;REFB=-0.0331715;REVB=0.00644739;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.51562;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000726155;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:31:32:0:1:31:32:0:2 chr3 126169472 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.323;QD=45.8067;RBI=0.063333;REFB=0;REVB=0.0285947;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539412;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 126194076 . T C 622.81 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.567;QD=60.7617;RBI=0.0767016;REFB=0;REVB=0.0220957;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131667;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:29:12:0:0 chr3 126202257 . G A 4845.72 PASS AF=0.990476;AO=312;DP=317;FAO=312;FDP=315;FR=.;FRO=3;FSAF=156;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.016062;FXX=0.00630895;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.086;QD=61.5329;RBI=0.0189766;REFB=0.0037249;REVB=0.0101055;RO=3;SAF=156;SAR=156;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302773;STB=0.501587;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-9.26728e-06;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:317:315:3:3:312:312:0.990476:156:156:1:2:156:156:1:2 chr3 126218167 . G A 195.35 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0105451;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6057;QD=10.2813;RBI=0.0117353;REFB=-0.00232431;REVB=-0.00514954;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353395;STB=0.506324;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0043952;OID=.;OPOS=126218167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:51:25:25:0.328947:13:12:22:27:13:12:24:27 chr3 126260608 . G T 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00994207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9524;QD=12.3936;RBI=0.0123188;REFB=-0.0206913;REVB=0.00727385;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436554;STB=0.75505;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0291299;OID=.;OPOS=126260608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:7:17:4:10:7:17 chr3 126329910 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0186976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.896;QD=24.1268;RBI=0.0302913;REFB=-0.0260514;REVB=0.023832;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0099797;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:5:6:9:8:5:6 chr3 126385067 . C T 158.11 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0370465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1983;QD=9.88167;RBI=0.0471143;REFB=-0.0116995;REVB=0.0291087;RO=43;SAF=6;SAR=15;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408242;STB=0.738909;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0265246;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:15:6:28:15:15:6:28:15 chr3 126385070 . G A 148.24 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00494305;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0548;QD=9.26497;RBI=0.0480102;REFB=-0.00514529;REVB=0.047755;RO=41;SAF=5;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413156;STB=0.761281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0236366;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:44:20:20:0.3125:15:5:25:16:15:5:28:16 chr3 126451937 . G T 91.03 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0120707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.717;QD=6.0685;RBI=0.0265036;REFB=-0.00715088;REVB=0.0235953;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741463;STB=0.554945;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.027107;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:60:45:46:14:14:0.233333:6:8:23:22:6:8:23:23 chr3 126708453 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0268728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.978;QD=16.6272;RBI=0.029935;REFB=-0.0122513;REVB=-0.0131892;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395365;STB=0.718516;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00803667;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:0:14:9:4:0:14 chr3 126708459 . C T 85.46 PASS AF=0.392857;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.189628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.98;QD=12.209;RBI=0.191892;REFB=-0.0391283;REVB=0.0293874;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294962;STB=0.571311;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0165464;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:16:17:12:11:0.392857:9:3:1:15:9:2:2:15 chr3 126722304 . C T 315.83 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00484482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.892;QD=24.2944;RBI=0.0289628;REFB=0.000467849;REVB=0.0285547;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099584;STB=0.567523;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000381272;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:21:10:9:11:21:10:10:11 chr3 126736392 . G A 564.46 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00708249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5774;QD=19.8056;RBI=0.0273684;REFB=-0.0218181;REVB=0.0264362;RO=55;SAF=29;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240802;STB=0.517538;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0263807;OID=.;OPOS=126736392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:56:58:58:0.508772:29:29:29:26:29:29:30:26 chr3 126737268 . C A 162.13 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0443893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3256;QD=10.6315;RBI=0.0444314;REFB=-0.0149903;REVB=0.00193381;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252985;STB=0.643362;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0268008;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:40:21:21:0.344262:16:5:17:22:16:5:17:23 chr3 126737349 . C T 174.39 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0094168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.821;QD=24.0543;RBI=0.0115032;REFB=0.0119359;REVB=0.00660664;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.531216;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00641463;OID=.;OPOS=126737349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:11:11:17:18:0.62069:10:7:4:7:10:8:4:7 chr3 126741674 . G A 499.38 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0518916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.41;QD=32.7464;RBI=0.0552759;REFB=-0.0259236;REVB=0.0190443;RO=17;SAF=14;SAR=30;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543282;STB=0.529398;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00847806;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:30:14:7:10:30:14:7:10 chr3 126746690 . A G 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00340337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.491;QD=20.7526;RBI=0.0174454;REFB=-0.000290906;REVB=0.0171102;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220688;STB=0.624232;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000340223;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:9:3:8:7:9:3 chr3 126746731 . T G 88.02 PASS AF=0.44;AO=7;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.134859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9177;QD=14.0825;RBI=0.190686;REFB=-0.0398598;REVB=0.134812;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328854;STB=0.717975;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0424077;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:25:9:14:7:11:0.44:3:4:8:1:6:5:12:2 chr3 126754711 . G A 552.94 PASS AF=0.888889;AO=38;DP=43;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0753248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.045;QD=49.1504;RBI=0.136178;REFB=-0.0832712;REVB=0.113449;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216885;STB=0.511106;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0161278;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:45:5:5:38:40:0.888889:19:19:3:2:20:20:3:2 chr3 126916371 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6918;QD=55.0955;RBI=0.228657;REFB=0;REVB=-0.0376935;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431338;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 85.23 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067947;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=260.677;QD=37.8819;RBI=0.0607946;REFB=0;REVB=0.0604137;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0249113;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:9:9:9:0:2:7:0:0:4:2:1:5:1:1 chr3 127399205 . G T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0521121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.727;QD=7.95464;RBI=0.0526217;REFB=0.00603076;REVB=0.00730587;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0108563;OID=.;OPOS=127399205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chr3 127641968 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.731;QD=49.5992;RBI=0.0172796;REFB=0;REVB=0.00950957;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57143e-05;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 127703085 . G A 264.0 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0788131;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6107;QD=18.857;RBI=0.080468;REFB=-0.0370102;REVB=-0.0162359;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190309;STB=0.589748;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.032131;OID=.;OPOS=127703085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:28:29:0.517857:20:8:13:14:20:9:13:14 chr3 127983495 . T C 798.8 PASS AF=1;AO=36;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725638;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.636;QD=65.2079;RBI=0.074544;REFB=0;REVB=0.0170676;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420897;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:36:49:1:22:14:0:0:22:27:0:0 chr3 128181537 . C T 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00540255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.985;QD=7.37394;RBI=0.0225962;REFB=0.00462901;REVB=0.0219408;RO=55;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227959;STB=0.513798;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0178859;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:12:8:23:32:12:8:23:32 chr3 128181582 . G A 434.51 PASS AF=0.677966;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0119692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.322;QD=29.4582;RBI=0.0397759;REFB=-0.0107259;REVB=0.0379323;RO=14;SAF=12;SAR=27;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671913;STB=0.503386;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00323977;OID=.;OPOS=128181582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:14:19:39:40:0.677966:27:12:6:8:27:13:6:13 chr3 128181777 . A G 329.17 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0187265;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.5345;QD=24.3833;RBI=0.0406476;REFB=0.000174593;REVB=-0.036077;RO=21;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551242;STB=0.524926;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000846153;OID=.;OPOS=128181777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:21:32:33:0.611111:19:13:7:14:20:13:7:14 chr3 128182074 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.042899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.384;QD=10.1678;RBI=0.0442433;REFB=-0.0110885;REVB=0.0108235;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299435;STB=0.670469;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0125797;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:14:5:19:18:14:5:19:19 chr3 128182378 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000337194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.938;QD=24.2038;RBI=0.0272442;REFB=0.00521849;REVB=0.0272421;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140939;STB=0.578859;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00371663;OID=.;OPOS=128182378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:5:7:7:11:5:7 chr3 128205860 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7324;QD=40.7628;RBI=0.114347;REFB=0;REVB=0.0272335;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505111;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr3 128292213 . A G 924.22 PASS AF=0.56;AO=84;DP=150;FAO=84;FDP=150;FR=.;FRO=66;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00952009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.577;QD=24.6459;RBI=0.0195749;REFB=-0.00609799;REVB=0.0171039;RO=65;SAF=49;SAR=35;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738693;STB=0.537237;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00558116;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:65:66:84:84:0.56:35:49:32:33:35:49:33:33 chr3 128292844 . A G 272.61 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4533;QD=51.926;RBI=0.0829361;REFB=0;REVB=0.082927;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890826;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr3 128292858 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0267473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.917;QD=23.0941;RBI=0.0507174;REFB=-0.0296634;REVB=0.0430911;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422618;STB=0.740069;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149163;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:8:4:14:3:8:4 chr3 128344786 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0513242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.156;QD=23.8368;RBI=0.0513956;REFB=0.00158642;REVB=0.00270914;RO=22;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672708;STB=0.537014;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00118841;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:16:16:9:13:16:16:9:13 chr3 128356852 . C T 504.67 PASS AF=0.533333;AO=46;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00983692;FXX=0.0721575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3362;QD=22.4299;RBI=0.0247599;REFB=-0.0242916;REVB=-0.022722;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033638;STB=0.514013;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0392103;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:41:42:46:48:0.533333:24:22:18:23:26:22:18:24 chr3 128392630 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00540692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.931;QD=16.8993;RBI=0.0187234;REFB=-0.00564864;REVB=-0.0179257;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276935;STB=0.516096;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00647741;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:2:7:8:2:2:7 chr3 128433476 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0241011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3855;QD=21.0062;RBI=0.0651578;REFB=-0.00219589;REVB=-0.0605365;RO=17;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35067;STB=0.70095;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000730739;OID=.;OPOS=128433476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:16:3:8:9:16:3:8:9 chr3 128580574 . T C 1401.08 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00738026;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.937;QD=61.5861;RBI=0.0300899;REFB=-0.0205719;REVB=0.0291708;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108952;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000318763;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:43:47:0:1:43:47:0:1 chr3 128580585 . C A 1524.66 PASS AF=1;AO=87;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.326;QD=58.0824;RBI=0.0064372;REFB=0;REVB=0.0052574;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123963;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:87:105:1:36:51:0:0:54:51:0:0 chr3 128614185 . A C 382.47 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00501162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8966;QD=52.7539;RBI=0.036714;REFB=-0.0366493;REVB=-0.0363703;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00215103;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr3 128627021 . A G 358.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.26;QD=55.1388;RBI=0.0500735;REFB=0;REVB=0.0498838;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262421;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr3 128627933 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.365;QD=59.0186;RBI=0.0227105;REFB=0;REVB=-0.00928405;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34642e-05;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr3 128890350 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.043;QD=48.7354;RBI=0.030258;REFB=0;REVB=-0.0297339;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004983;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr3 129034578 . G A 267.08 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00282321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0135;QD=28.1133;RBI=0.0244675;REFB=-0.0144779;REVB=0.0243041;RO=14;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226278;STB=0.624896;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0129957;OID=.;OPOS=129034578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:9:15:4:10:9:15:4:10 chr3 129130197 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.438;QD=57.2014;RBI=0.0326904;REFB=0;REVB=0.032647;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239592;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 129134242 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.387;QD=57.0004;RBI=0.0808078;REFB=0;REVB=0.00399188;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212974;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr3 129137127 . G A 1127.35 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774294;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.637;QD=60.9376;RBI=0.00941818;REFB=0;REVB=0.00536181;RO=0;SAF=54;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446803;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:19:54:0:0:19:55:0:0 chr3 129140498 . CT C,CC 969.44 PASS AF=0.0597015,0.940299;AO=7,60;DP=67;FAO=4,63;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086863,0.00531985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.338,256.737;QD=57.8767;RBI=0.0161471,0.012406;REFB=0,0;REVB=0.0136116,0.0112075;RO=0;SAF=5,25;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-5.89445e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0195845,0.00355865;OID=.,.;OPOS=129140499,129140499;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0597015,0.940299:7,60:67:4,63:67:0:3,27:1,36:0:0:12:0:5,25:2,35:0:0 chr3 129155451 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.187;QD=60.7153;RBI=0.0714972;REFB=0;REVB=-0.00469131;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120239;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr3 129210977 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.895;QD=55.0987;RBI=0.0315201;REFB=0;REVB=0.0248331;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58965e-05;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr3 129268116 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCA 137.59 PASS AF=0.3125,0.171875;AO=20,11;DP=67;FAO=20,11;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14,11;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0989752,0.104421;FXX=0.0447694;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.60727,25.938;QD=8.59922;RBI=0.151341,0.124933;REFB=-0.117905,-0.0757478;REVB=0.11449,0.0685898;RO=33;SAF=14,11;SAR=6,0;SRF=8;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.714286,0;SSSB=0.465644,0.820116;STB=0.766542,0.999215;STBP=0.006,0;TYPE=del,snp;VARB=0.147622,0.103118;OID=.,.;OPOS=129268117,129268122;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0.171875:20,11:67:20,11:64:33:14,11:6,0:8:25:68:33:14,11:6,0:8:25 chr3 129274363 . G A 274.98 PASS AF=0.305785;AO=37;DP=121;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00345812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.436;QD=9.09029;RBI=0.0223703;REFB=-0.00470974;REVB=-0.0221014;RO=83;SAF=18;SAR=19;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482904;STB=0.523711;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0124334;OID=.;OPOS=129274363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:83:84:37:37:0.305785:19:18:37:46:19:18:38:46 chr3 129275206 . C T 149.61 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0645903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2406;QD=8.08705;RBI=0.064967;REFB=-0.00913287;REVB=0.00698672;RO=53;SAF=13;SAR=8;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533233;STB=0.531826;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0254309;OID=.;OPOS=129275206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:8:13:35:18:8:13:35:18 chr3 129279570 . T C 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00109363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4604;QD=10.2377;RBI=0.0110792;REFB=-0.000197024;REVB=0.0110251;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450546;STB=0.77351;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00192254;OID=.;OPOS=129279570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:9:1:7:11:9:1:7:12 chr3 129279597 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.873;QD=55.098;RBI=0.0127531;REFB=0;REVB=0.0120024;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50017e-05;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr3 129281718 . C T 159.26 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0787334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.35;QD=8.38222;RBI=0.0799302;REFB=-0.00603424;REVB=-0.01378;RO=54;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926406;STB=0.555504;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0161327;OID=.;OPOS=129281718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:15:7:21:33:15:7:21:33 chr3 129281980 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.1;QD=57.1049;RBI=0.0330979;REFB=0;REVB=0.0216802;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317657;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr3 129286413 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8147;QD=60.9779;RBI=0.0301454;REFB=0;REVB=-0.0169205;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526505;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr3 129286635 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.013266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.347;QD=12.3961;RBI=0.0139494;REFB=0.0113693;REVB=0.0043126;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0121752;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:3:2:1:3:3:2:2:3 chr3 129290087 . G A 202.23 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0120194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.432;QD=10.9313;RBI=0.0172913;REFB=-8.48287e-05;REVB=0.0124307;RO=47;SAF=8;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309503;STB=0.680532;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00106425;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:48:25:26:0.351351:17:8:28:19:18:8:28:20 chr3 129291751 . T C 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.019933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.671;QD=31.2356;RBI=0.0251736;REFB=-0.0285091;REVB=0.0153748;RO=11;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694702;STB=0.503814;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00737543;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:9:15:7:4:9:15:7:4 chr3 129293183 . T C 825.82 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.009;QD=56.9532;RBI=0.0528654;REFB=0;REVB=-0.0512418;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71524e-05;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr3 129293256 . T C 684.99 PASS AF=0.623762;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0171975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5311;QD=27.1284;RBI=0.0283973;REFB=-0.0257188;REVB=-0.0225976;RO=38;SAF=37;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116165;STB=0.563074;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.013964;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:63:63:0.623762:26:37:16:22:26:37:16:22 chr3 129297223 . C G 249.19 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0385736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7734;QD=26.9397;RBI=0.0435704;REFB=-0.0526517;REVB=0.0202598;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.558203;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0264999;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:10:4:10:13:10:4 chr3 129308209 . G A 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00665464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.752;QD=8.11972;RBI=0.00668746;REFB=-0.00369856;REVB=0.000661736;RO=59;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235324;STB=0.640902;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0125752;OID=.;OPOS=129308209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:8:15:27:32:8:15:27:32 chr3 129366963 . G T 484.92 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0482389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9822;QD=26.5712;RBI=0.0718329;REFB=0.000517805;REVB=0.0532257;RO=27;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529946;STB=0.502856;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00089204;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:27:28:45:45:0.616438:18:27:16:11:18:27:17:11 chr3 129367024 . T A 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.489;QD=60.1987;RBI=0.0136279;REFB=0;REVB=0.0117588;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39125e-05;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr3 129538635 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.103;QD=57.8247;RBI=0.0308294;REFB=-0.0831039;REVB=0.012334;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000649094;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:1:0:20:18:1:0 chr3 129546729 . T C 673.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000534097;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.609;QD=62.6915;RBI=0.00789742;REFB=0;REVB=-0.00787934;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52574e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr3 129695954 . T C 526.59 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7593;QD=56.929;RBI=0.0594184;REFB=-0.0334055;REVB=0.0567497;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00639173;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:19:17:1:0 chr3 129696041 . A G 868.54 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.809;QD=57.9029;RBI=0.0207371;REFB=0;REVB=0.0181375;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97382e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr3 129800823 . T G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.000536777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.613;QD=6.07083;RBI=0.0204173;REFB=-0.0101213;REVB=0.0204103;RO=46;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116794;STB=0.57366;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0239682;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:10:4:17:29:10:4:17:29 chr3 129800888 . G A 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0111046;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.214;QD=5.64863;RBI=0.0128729;REFB=-0.00597767;REVB=-0.00651153;RO=59;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367023;STB=0.522952;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0141299;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:10:7:26:33:10:7:26:33 chr3 129800895 . G A 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00912729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.541;QD=5.97734;RBI=0.0092931;REFB=-0.00277053;REVB=-0.00174764;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814374;STB=0.513229;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0279745;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:10:7:23:32:10:7:24:32 chr3 130098349 . G A 813.76 PASS AF=0.651786;AO=73;DP=112;FAO=73;FDP=112;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0300462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8638;QD=29.0628;RBI=0.0451948;REFB=0.0156106;REVB=0.0337609;RO=36;SAF=29;SAR=44;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778209;STB=0.532997;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00732564;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:36:39:73:73:0.651786:44:29:10:26:44:29:12:27 chr3 130103709 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0458173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8571;QD=19.4206;RBI=0.0492383;REFB=0.0725117;REVB=-0.0180329;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587761;STB=0.532796;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.064019;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:12:15:18:11:12:15 chr3 130103723 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00173555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.767;QD=18.9982;RBI=0.00438037;REFB=-0.00883547;REVB=-0.00402188;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551135;STB=0.523689;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00688039;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:19:12:13:16:19:12:13:17 chr3 130104062 . T C 489.32 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0197862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.012;QD=27.5671;RBI=0.0201389;REFB=-0.00210081;REVB=-0.00375231;RO=26;SAF=17;SAR=28;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794172;STB=0.543149;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00140948;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:28:17:7:19:28:17:7:19 chr3 130104206 . A G 375.84 PASS AF=0.616667;AO=29;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0260276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.08;QD=25.056;RBI=0.0480863;REFB=-0.00863678;REVB=0.0404333;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142709;STB=0.556766;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00371593;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:23:29:37:0.616667:19:10:11:10:23:14:12:11 chr3 130110550 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00921884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.892;QD=13.5054;RBI=0.00953989;REFB=-0.00392357;REVB=-0.00245405;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00529989;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr3 130114082 . C G 733.05 PASS AF=0.618182;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0130365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.14;QD=26.6562;RBI=0.0297923;REFB=0.00849077;REVB=-0.0267887;RO=42;SAF=24;SAR=44;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214136;STB=0.511624;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00457581;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:42:42:68:68:0.618182:44:24:16:26:44:24:16:26 chr3 130124491 . G A 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0140268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.775;QD=12.834;RBI=0.0197348;REFB=0.00490371;REVB=0.0138821;RO=49;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877402;STB=0.550424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00740964;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:20:10:20:29:20:10:20:29 chr3 130124989 . C T 130.41 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0358258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.077;QD=5.86107;RBI=0.0517778;REFB=-0.0203989;REVB=-0.0373824;RO=67;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12674;STB=0.580411;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0658684;OID=.;OPOS=130124989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:67:69:20:20:0.224719:13:7:30:37:13:7:31:38 chr3 130125024 . G C 147.86 PASS AF=0.229167;AO=21;DP=95;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.011951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.77;QD=6.16079;RBI=0.0174791;REFB=-0.00855191;REVB=-0.0127552;RO=72;SAF=7;SAR=14;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111064;STB=0.573278;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0260385;OID=.;OPOS=130125024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:72:74:21:22:0.229167:14:7:30:42:15:7:30:44 chr3 130125116 . G C 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0375168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7587;QD=4.94963;RBI=0.0427652;REFB=-0.0110453;REVB=0.0205269;RO=58;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226638;STB=0.647669;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.02211;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:12:3:20:38:12:3:20:38 chr3 130134492 . T C 127.27 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0394207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4063;QD=9.256;RBI=0.0425978;REFB=-0.0115065;REVB=-0.0161426;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157176;STB=0.520319;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.039891;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:37:38:16:17:0.309091:8:8:19:18:9:8:19:19 chr3 130134563 . G A 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00158443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.187;QD=8.22828;RBI=0.00362188;REFB=0.000428809;REVB=0.00325693;RO=36;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735718;STB=0.545384;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00167484;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:5:8:20:16:5:8:20:16 chr3 130162395 . A G 684.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240728;FXX=0.0652032;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.2001;QD=63.7;RBI=0.0306995;REFB=0;REVB=-0.0190515;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00612681;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 130174334 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.163;QD=60.5463;RBI=0.0110077;REFB=0;REVB=-0.00298022;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01817e-06;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr3 130187817 . T C 1157.45 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292047;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.796;QD=60.9185;RBI=0.0227219;REFB=0;REVB=0.0225334;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42591e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:26:49:0:0:27:49:0:0 chr3 130190630 . G A 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.565;QD=55.221;RBI=0.035967;REFB=-0.055719;REVB=-0.0324384;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00270105;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:25:31:0:0:25:31:0:1 chr3 130284284 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0186369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.062;QD=11.5633;RBI=0.029057;REFB=-0.013096;REVB=-0.0222929;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550721;STB=0.532666;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0246566;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:16:13:6:9:16:13 chr3 130287194 . AGG A,AG 326.98 PASS AF=0,0.843137;AO=5,31;DP=48;FAO=0,43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=0,15;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.10566,-0.199318;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=11.4783,14.1847;QD=25.6451;RBI=0.11373,0.215569;REFB=0.0270742,0.0484937;REVB=-0.042078,-0.0821123;RO=9;SAF=2,12;SAR=3,19;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.221239,0.221239;SSSB=0.518874,0.177682;STB=0.5,0.562472;STBP=1,0.079;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0167461;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.843137:5,31:48:0,43:51:8:0,15:0,28:0:8:15:9:2,12:3,19:0:9 chr3 130300650 . T C 138.11 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0160916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7201;QD=12.2762;RBI=0.0179657;REFB=-0.0105073;REVB=0.00798917;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13133;STB=0.551467;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0210397;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:15:14:9:7:15:14 chr3 130311398 . C T 742.09 PASS AF=0.659574;AO=62;DP=91;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00194397;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.619;QD=31.5785;RBI=0.0184593;REFB=-0.0137791;REVB=0.0183567;RO=29;SAF=32;SAR=30;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619466;STB=0.537178;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0081629;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:29:32:62:62:0.659574:30:32:18:11:30:32:20:12 chr3 130368069 . A G 436.67 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0115675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=32.3458;RBI=0.0318746;REFB=-0.0585534;REVB=0.0297016;RO=15;SAF=12;SAR=27;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249668;STB=0.513507;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.020128;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:27:12:4:11:27:12:4:11 chr3 130733085 . A G 116.65 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00072577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.253;QD=11.665;RBI=0.00509274;REFB=0.000948347;REVB=-0.00504076;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524915;STB=0.815506;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00457927;OID=.;OPOS=130733085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:12:2:15:11:12:2:15:11 chr3 130743812 . G A 102.65 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0146354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.728;QD=7.07917;RBI=0.0358771;REFB=-0.0136149;REVB=-0.0327563;RO=43;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187896;STB=0.501153;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326757;OID=.;OPOS=130743812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:8:7:20:23:8:7:20:23 chr3 130852185 . TG CA 200.09 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0325402;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.673;QD=27.5986;RBI=0.0328464;REFB=-0.0128683;REVB=0.00447498;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11678;STB=0.564451;STBP=0.387;TYPE=mnp;VARB=0.00761618;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:29:10:10:19:19:0.655172:12:7:2:8:12:7:2:8 chr3 130992385 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5475;QD=57.2355;RBI=0.0139038;REFB=0;REVB=0.00953375;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105764;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr3 131102053 . A G 642.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.714;QD=61.1679;RBI=0.0324448;REFB=0;REVB=0.0230738;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015508;OID=.;OPOS=131102053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chr3 131136797 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.31;QD=58.061;RBI=0.0359567;REFB=0;REVB=0.0137686;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001143;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr3 131947937 . A G 1227.35 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6924;QD=61.3673;RBI=0.0357884;REFB=0;REVB=0.0213895;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54442e-05;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr3 132218623 . G T 1722.65 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.191;QD=60.4439;RBI=0.0339619;REFB=0;REVB=0.0272949;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109993;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:112:114:1:60:52:0:0:61:53:0:0 chr3 132360883 . C T 994.1 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031586;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.993;QD=59.349;RBI=0.0317423;REFB=0;REVB=0.00314677;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105415;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr3 132401600 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7999;QD=55.0092;RBI=0.0415267;REFB=-0.0397432;REVB=0.0213347;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00285724;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr3 132436967 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3085;QD=50.4134;RBI=0.060236;REFB=0;REVB=0.048823;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278792;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 133099245 . G A 557.43 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.000830713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.543;QD=28.2242;RBI=0.00898146;REFB=-0.00572529;REVB=0.00894296;RO=29;SAF=36;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293423;STB=0.660127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00430763;OID=.;OPOS=133099245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:14:36:9:20:14:36:9:20 chr3 133114893 . C T 515.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.549;QD=58.947;RBI=0.0149271;REFB=0;REVB=0.00929753;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90296e-05;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr3 133329943 . G A 197.04 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00383711;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.016;QD=10.6506;RBI=0.0145131;REFB=-0.0186524;REVB=0.0139967;RO=49;SAF=4;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422035;STB=0.750765;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0473195;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:49:49:25:25:0.337838:21:4:23:26:21:4:23:26 chr3 133368362 . T G 150.94 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00268403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.117;QD=6.7084;RBI=0.0291101;REFB=-0.00295997;REVB=0.0289861;RO=66;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134276;STB=0.583256;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00899107;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:68:22:22:0.244444:14:8:31:35:14:8:32:36 chr3 133465283 . A G 93.37 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.113853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.674;QD=6.43909;RBI=0.130522;REFB=-0.00677273;REVB=-0.0638237;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101084;STB=0.571327;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0164963;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:8:6:22:21:8:6:23:21 chr3 133467318 . A G 170.57 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.017389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9769;QD=6.37648;RBI=0.0636106;REFB=-0.00464461;REVB=-0.0611877;RO=80;SAF=20;SAR=6;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287986;STB=0.674197;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0100821;OID=.;OPOS=133467318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:80:81:26:26:0.242991:6:20:45:35:6:20:46:35 chr3 133475722 . C T 170.43 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0139206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7299;QD=9.21243;RBI=0.01451;REFB=-0.00645823;REVB=-0.00409372;RO=51;SAF=9;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270641;STB=0.658879;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.02009;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:14:9:32:19:14:9:32:19 chr3 133485133 . A G 923.87 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790372;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1416;QD=58.6583;RBI=0.016384;REFB=0;REVB=0.0143515;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103789;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr3 133494354 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0462642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.777;QD=28.7634;RBI=0.0474699;REFB=-0.0640303;REVB=-0.0106308;RO=9;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997563;STB=0.555494;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0171659;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:15:4:3:6:15:4:3:6 chr3 133524717 . G C 846.0 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.000329662;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0283;QD=19.2273;RBI=0.00983852;REFB=-0.00818593;REVB=-0.009833;RO=90;SAF=48;SAR=38;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186277;STB=0.602487;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0085644;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:90:90:86:86:0.488636:38:48:32:58:38:48:32:58 chr3 133547245 . G A 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0193928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1661;QD=10.8842;RBI=0.0273846;REFB=-0.0417057;REVB=-0.0193349;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0600829;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:7:8:5:4:7:8 chr3 133547692 . G A 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0209021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.375;QD=7.64995;RBI=0.021295;REFB=-0.0149002;REVB=0.00407174;RO=53;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111789;STB=0.50674;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0411248;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:13:7:19:34:13:7:19:34 chr3 133941320 . C T 119.51 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00690504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2297;QD=10.3921;RBI=0.0308158;REFB=-0.00300045;REVB=0.0300322;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108006;STB=0.513495;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00815932;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:8:6:13:18:9:6:13:18 chr3 134075522 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.622;QD=59.8554;RBI=0.0270523;REFB=0;REVB=-0.000603563;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52949e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:34:37:0:0 chr3 134077470 . C G 1593.37 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142412;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.787;QD=59.0139;RBI=0.0179694;REFB=-0.0826917;REVB=0.0109585;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=7.20174e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:55:52:0:0:55:52:0:1 chr3 134278270 . C T 43.64 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00507329;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.342;QD=5.28952;RBI=0.0141758;REFB=-0.0132533;REVB=-0.0132369;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219554;STB=0.55636;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0419128;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:33:27:26:6:7:0.212121:3:3:14:13:3:4:13:13 chr3 134280395 . T A 740.47 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.661;QD=56.9594;RBI=0.0233302;REFB=0;REVB=-0.00695062;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81847e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr3 134322163 . C A 97.48 PASS AF=0.264151;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0105171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.094;QD=7.35689;RBI=0.015157;REFB=-0.00239536;REVB=-0.0109144;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388276;STB=0.7478;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00526369;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:52:53:39:39:13:14:0.264151:8:5:28:11:9:5:28:11 chr3 134322814 . G C 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000641101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.41;QD=30.5651;RBI=0.0354936;REFB=-0.0115575;REVB=0.0354878;RO=9;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192277;STB=0.502939;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00519883;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:9:10:22:22:0.6875:9:13:5:4:9:13:6:4 chr3 134323156 . A G 582.48 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00960653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2188;QD=58.2483;RBI=0.0297113;REFB=-0.0872324;REVB=-0.0281155;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00136248;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr3 134499419 . G A 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00965894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5567;QD=6.87356;RBI=0.00974074;REFB=-0.00364274;REVB=-0.00125972;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103224;STB=0.556369;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00708262;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:41:42:14:14:0.25:5:9:23:18:5:9:24:18 chr3 134898742 . C T 972.01 PASS AF=0.661417;AO=84;DP=126;FAO=84;FDP=127;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0065891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.925;QD=30.6145;RBI=0.0222984;REFB=-0.0170754;REVB=0.0213026;RO=41;SAF=34;SAR=50;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126099;STB=0.568381;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00926477;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:41:43:84:84:0.661417:50:34:25:16:50:34:26:17 chr3 136573440 . A G 804.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8722;QD=64.3938;RBI=0.0602287;REFB=0;REVB=0.0190234;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044268;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr3 136574501 . A G 1552.74 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.078322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4538;QD=62.1095;RBI=0.07893;REFB=-0.0131278;REVB=0.0097775;RO=2;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019753;STB=0.505154;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000619682;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:2:1:98:99:0.99:47:51:0:2:48:51:0:1 chr3 136574578 . T TTAA 702.03 PASS AF=1;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387469;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=289.366;QD=57.3086;RBI=0.0518575;REFB=0;REVB=0.0344655;RO=10;SAF=20;SAR=29;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000198794;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:60:49:49:0:20:29:0:0:4:10:20:29:8:2 chr3 136649463 . C T 1153.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.76;QD=60.7067;RBI=0.0251716;REFB=0;REVB=-0.00418606;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60035e-05;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:45:29:0:0:45:31:0:0 chr3 137786442 . T C 43.64 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00065302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.803;QD=6.01892;RBI=0.00801942;REFB=-0.00229683;REVB=-0.00799279;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116335;STB=0.587392;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0110156;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:7:14:4:3:7:15 chr3 137787047 . C T 173.85 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00378901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.153;QD=16.1721;RBI=0.0125423;REFB=-0.00556243;REVB=0.0119562;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29884;STB=0.666455;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0209214;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:24:16:18:0.418605:3:13:12:9:3:15:15:9 chr3 137787192 . T C 104.74 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0242389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1283;QD=10.7423;RBI=0.0264769;REFB=-0.040232;REVB=0.0106536;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429136;STB=0.525652;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.042396;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:13:13:6:7:13:13 chr3 137787963 . T G 137.51 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.00460535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.561;QD=5.72965;RBI=0.0126726;REFB=0.00153172;REVB=-0.0118061;RO=74;SAF=11;SAR=10;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106953;STB=0.559944;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00515269;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:75:21:21:0.21875:10:11:45:29:10:11:45:30 chr3 137807259 . G A 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0332439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.742;QD=5.62067;RBI=0.0365118;REFB=-0.0155605;REVB=0.0150981;RO=51;SAF=9;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150403;STB=0.503101;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0498953;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:67:51:52:15:15:0.223881:6:9:30:21:6:9:31:21 chr3 137843106 . T C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00937974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.353;QD=8.86108;RBI=0.0470506;REFB=-0.00394157;REVB=-0.0461062;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115194;STB=0.507031;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00954576;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:20:13:5:8:20:13 chr3 137843476 . G T 127.27 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0636621;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.746;QD=8.08081;RBI=0.0643277;REFB=0.00305379;REVB=-0.00922954;RO=45;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171938;STB=0.603424;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00618015;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:45:45:18:18:0.285714:11:7:24:21:11:7:24:21 chr3 137849765 . C A 148.14 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0180418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5882;QD=7.79656;RBI=0.0880206;REFB=-0.0196252;REVB=-0.0861517;RO=55;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296846;STB=0.678093;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0392915;OID=.;OPOS=137849765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:7:14:23:32:7:14:23:32 chr3 137850003 . A G 68.23 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00195822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.331;QD=5.56976;RBI=0.0331173;REFB=-0.0150131;REVB=-0.0330593;RO=39;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207523;STB=0.636081;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0508095;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:3:7:21:18:3:7:21:18 chr3 137881265 . T A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0171115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.652;QD=6.25149;RBI=0.0361192;REFB=0.00238002;REVB=0.0318086;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00488808;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:9:8:3:3:9:8 chr3 138033181 . C T 433.92 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6862;QD=55.9898;RBI=0.0937415;REFB=0;REVB=-0.0054341;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153144;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:10:20:1:0:10:21:0:0 chr3 138187568 . C T 2273.17 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.16;QD=62.7082;RBI=0.0177028;REFB=0.00336239;REVB=0.00880663;RO=1;SAF=96;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980329;STB=0.505154;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=4.7782e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:48:96:0:1:48:96:0:1 chr3 138191448 . A T 1029.28 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651019;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.191;QD=59.6685;RBI=0.0652853;REFB=0;REVB=-0.00489036;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133298;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr3 138218994 . T C 2312.43 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6354;QD=63.791;RBI=0.0281251;REFB=0;REVB=-0.0130644;RO=0;SAF=87;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85796e-05;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:58:87:0:0:58:87:0:0 chr3 138289221 . C T 1300.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3472;QD=61.9351;RBI=0.0382053;REFB=0;REVB=0.0190802;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231607;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:31:51:0:0:32:52:0:0 chr3 138329862 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000960259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.631;QD=56.936;RBI=0.0212665;REFB=0;REVB=0.0212449;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80366e-05;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr3 138663179 . A G 163.02 PASS AF=0.882353;AO=11;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0981352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.123;QD=38.3585;RBI=0.0987376;REFB=0.139518;REVB=-0.01089;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221917;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00229169;OID=.;OPOS=138663179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:11:15:0.882353:8:3:2:0:8:7:2:0 chr3 138668582 . T C 161.68 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0071365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.124;QD=19.0217;RBI=0.0651878;REFB=0.00641575;REVB=0.0647959;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.673269;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0051873;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:10:6:12:5:11:6:12:5 chr3 138668692 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00855752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.778;QD=20.2679;RBI=0.025454;REFB=-0.00675636;REVB=0.0239724;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126199;STB=0.571039;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00723194;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:13:8:11:10:13:8 chr3 138724757 . C G 51.1 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0471012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3844;QD=6.1937;RBI=0.0518379;REFB=-0.00932272;REVB=0.0216482;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.610409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0460086;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:13:12:5:3:13:12 chr3 138762707 . C G 268.83 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0166479;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.127;QD=16.2927;RBI=0.0389889;REFB=-0.000152884;REVB=-0.035256;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984948;STB=0.555518;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.000187331;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:18:12:18:18:18:12:18:18 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 864.34 PASS AF=0,1;AO=7,46;DP=63;FAO=0,61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218292,0.017595;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=279.667,294.229;QD=56.6779;RBI=0.0425461,0.0460543;REFB=0,0;REVB=0.0365192,0.0425607;RO=0;SAF=3,30;SAR=4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.31553e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0133801,-5.48769e-05;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,46:63:0,61:61:0:0,39:0,22:0:0:5:0:3,30:4,16:0:0 chr3 139102120 . C A 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0143947;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.77;QD=11.2658;RBI=0.0144089;REFB=-0.00329891;REVB=-0.0006406;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147673;STB=0.586864;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00560812;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:13:23:15:5:13:23 chr3 139257603 . A G 195.83 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0172889;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5744;QD=11.6916;RBI=0.0366527;REFB=-0.00875521;REVB=-0.0323189;RO=43;SAF=5;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305216;STB=0.690478;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0334399;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:42:24:25:0.373134:19:5:19:24:20:5:19:23 chr3 139303248 . G A 564.29 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.601;QD=55.053;RBI=0.0303706;REFB=-0.147863;REVB=0.0257368;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119175;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:0:37:41:1:20:17:0:0:24:17:0:0 chr3 139318241 . A T 196.32 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.024114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.406;QD=18.2618;RBI=0.0249389;REFB=-0.00386785;REVB=-0.00636106;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231994;STB=0.538423;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0033329;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:23:19:20:0.465116:9:10:11:10:9:11:11:12 chr3 139328739 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0437;QD=47.8219;RBI=0.0312333;REFB=0;REVB=-0.0194764;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199271;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr3 140167536 . A G 1212.85 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.676;QD=59.8937;RBI=0.0145198;REFB=-0.0822354;REVB=0.001366;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000107923;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:50:30:0:1:50:30:0:1 chr3 140178485 . G A 915.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.294;QD=58.1478;RBI=0.0661208;REFB=0;REVB=0.00392763;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105796;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:25:36:0:0:26:37:0:0 chr3 140401693 . A G 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3191;QD=53.8964;RBI=0.0394841;REFB=0;REVB=0.0159655;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000557231;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 140406889 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000237985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8465;QD=26.3126;RBI=0.011247;REFB=-0.00844607;REVB=-0.0112445;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108339;STB=0.559942;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00310441;OID=.;OPOS=140406889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:3:9:12:8:3:9 chr3 141774125 . T C 861.24 PASS AF=0.77907;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00185533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.626;QD=40.0575;RBI=0.00593201;REFB=-0.0262615;REVB=0.0056344;RO=19;SAF=27;SAR=40;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148749;STB=0.507957;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.007881;OID=.;OPOS=141774125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:19:19:67:67:0.77907:40:27:7:12:40:27:7:12 chr3 141906601 . T C 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0252659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3513;QD=2.56822;RBI=0.0331213;REFB=-0.00461298;REVB=0.0214162;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383805;STB=0.796043;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0492307;OID=.;OPOS=141906601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:5:1:21:23:5:1:21:23 chr3 141923506 . C A,T 540.36 PASS AF=0.1,0.85;AO=3,34;DP=38;FAO=4,34;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=2,14;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00456619,0.0238007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.705,140.674;QD=54.0361;RBI=0.00472286,0.023987;REFB=0.0488025,0.0490994;REVB=0.00120637,-0.00298388;RO=0;SAF=1,14;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.66592,0.523796;STBP=0.397,0.292;TYPE=snp,snp;VARB=0.080404,-0.00202398;OID=.,.;OPOS=141923506,141923506;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:38:40:0:2:3,34:4,34:0.1,0.85:2,20:1,14:0:0:2,20:2,14:0:2 chr3 141932356 . G A 709.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.129;QD=63.0449;RBI=0.0225527;REFB=0;REVB=-0.0151821;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67951e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr3 142168331 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0117632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.468;QD=11.4184;RBI=0.0361137;REFB=0.0132112;REVB=0.0341442;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267507;STB=0.657425;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0240868;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:13:13:34:12:13:13:35:12 chr3 142503605 . G A 252.14 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00892569;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.967;QD=9.79181;RBI=0.00894758;REFB=-0.00893031;REVB=-0.000625543;RO=69;SAF=16;SAR=17;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076592;STB=0.500589;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0198112;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:70:33:33:0.320388:17:16:33:36:17:16:34:36 chr3 142523349 . G A 160.1 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.015249;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.449;QD=8.31692;RBI=0.0180433;REFB=-0.00399154;REVB=-0.00964515;RO=54;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206205;STB=0.506693;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0112285;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:54:55:22:22:0.285714:13:9:23:31:13:9:23:32 chr3 142524858 . G A 155.12 PASS AF=0.223214;AO=27;DP=113;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.023887;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6803;QD=5.53984;RBI=0.024139;REFB=0.000467183;REVB=0.00347908;RO=86;SAF=14;SAR=13;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810142;STB=0.506795;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00255617;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:86:87:27:25:0.223214:13:14:39:47:13:12:41:46 chr3 142670616 . A G 44.51 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0389615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.951;QD=3.1795;RBI=0.0393727;REFB=-0.00220433;REVB=-0.00567542;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128806;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:56:56:48:48:8:8:0.142857:4:4:24:24:4:4:24:24 chr3 142730774 . T G 68.38 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0331964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4202;QD=5.69807;RBI=0.0370237;REFB=0.00303877;REVB=-0.0163937;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307815;STB=0.69564;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0141889;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:6:4:25:13:6:4:25:13 chr3 142779294 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0225569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.71;QD=18.6427;RBI=0.0232968;REFB=-0.00200475;REVB=-0.00582451;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345766;STB=0.695471;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00109696;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:17:7:14:7:17:7 chr3 143692018 . C G 150.87 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00289531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2217;QD=20.1161;RBI=0.0147077;REFB=-0.00645524;REVB=0.0144199;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00714199;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr3 143704516 . C T 730.93 PASS AF=0.612613;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00769453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.83;QD=26.3396;RBI=0.0149101;REFB=-0.0205143;REVB=-0.0127712;RO=43;SAF=18;SAR=50;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149236;STB=0.58137;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00791001;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:43:43:68:68:0.612613:50:18:19:24:50:18:19:24 chr3 145782812 . T C 301.53 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.018971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.544;QD=32.5976;RBI=0.0208169;REFB=-0.0477026;REVB=0.00856999;RO=11;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396784;STB=0.521722;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0114568;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:16:10:5:6:16:10:5:6 chr3 145783440 . T C 584.03 PASS AF=0.33945;AO=73;DP=218;FAO=74;FDP=218;FR=.;FRO=144;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.0059012;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.415;QD=10.7161;RBI=0.00602053;REFB=-0.00698311;REVB=0.00119275;RO=141;SAF=29;SAR=44;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131925;STB=0.577047;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0171925;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:141:144:73:74:0.33945:44:29:72:69:45:29:73:71 chr3 145803138 . T C 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0646517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6599;QD=25.2859;RBI=0.0658574;REFB=0.0184693;REVB=0.0125438;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.566925;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00720693;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:5:4:10:6:5:4 chr3 145803142 . T A 133.83 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00939971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.864;QD=25.492;RBI=0.0115677;REFB=-0.0230681;REVB=0.00674221;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214765;STB=0.620515;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00819906;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:5:2:9:5:5:2 chr3 146177815 . C T 728.03 PASS AF=0.647059;AO=66;DP=102;FAO=66;FDP=102;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0271379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6279;QD=28.5502;RBI=0.0533819;REFB=-0.0167064;REVB=-0.0459691;RO=35;SAF=30;SAR=36;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353703;STB=0.513509;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00894553;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:35:36:66:66:0.647059:36:30:14:21:36:30:15:21 chr3 146234853 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0481815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.477;QD=16.1562;RBI=0.0536008;REFB=-0.00312371;REVB=-0.0234858;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122563;STB=0.506913;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00490503;OID=.;OPOS=146234853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:17:15:13:14:17:15 chr3 146243369 . G T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0219543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.563;QD=20.4853;RBI=0.0219543;REFB=-0.0205441;REVB=-2.38681e-05;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0152095;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:5:6:6:8:5:6 chr3 146289323 . T C 196.14 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0245683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3092;QD=25.308;RBI=0.0283386;REFB=-0.0172662;REVB=0.0141235;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.510193;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.011667;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:11:12:18:19:0.612903:9:9:5:6:10:9:6:6 chr3 148459395 . C T 321.03 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00173602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0879;QD=33.793;RBI=0.0340788;REFB=-0.0700638;REVB=-0.0340345;RO=11;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338799;STB=0.518505;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0271919;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:11:11:27:27:0.710526:14:13:6:5:14:13:6:5 chr3 148460467 . C A 1825.02 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.929;QD=60.3312;RBI=0.0255473;REFB=0.107503;REVB=0.0251632;RO=1;SAF=62;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760015;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.72757e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:58:62:1:0:58:62:1:0 chr3 148460700 . G A 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0152555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.762;QD=21.1702;RBI=0.0572163;REFB=-0.10519;REVB=0.055145;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0356364;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr3 148562310 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0253105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.61;QD=9.93216;RBI=0.0262771;REFB=-0.00502861;REVB=-0.00706177;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838656;STB=0.550655;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.010256;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:21:14:5:10:21:14 chr3 148597612 . C T 707.96 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.157;QD=62.9294;RBI=0.013875;REFB=0;REVB=-0.00945737;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1657e-06;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 148786108 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0153768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.777;QD=19.9672;RBI=0.0258532;REFB=0.000560364;REVB=-0.0207832;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170827;STB=0.601703;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000533158;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:14:15:18:7:14:15:19:7 chr3 148872987 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.029901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3289;QD=4.01757;RBI=0.0332182;REFB=-0.00206013;REVB=-0.0144698;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760936;STB=0.55301;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00932918;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:17:11:2:4:17:11 chr3 148881673 . C T 115.55 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0128249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.215;QD=8.88861;RBI=0.0180125;REFB=-0.00706628;REVB=-0.0126479;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104465;STB=0.55548;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0120938;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:10:5:15:21:10:5:15:22 chr3 148916235 . T A 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.378;QD=54.7427;RBI=0.0231728;REFB=0.0389106;REVB=-0.00275174;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000602365;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:33:20:0:0:33:20:1:0 chr3 149093238 . A G 1044.5 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.075;QD=59.686;RBI=0.0224527;REFB=0;REVB=0.0217166;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33614e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr3 149216629 . C T 824.48 PASS AF=0.584615;AO=76;DP=130;FAO=76;FDP=130;FR=.;FRO=54;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00179809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.845;QD=25.3685;RBI=0.00179998;REFB=-0.0291895;REVB=-8.22941e-05;RO=54;SAF=47;SAR=29;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646466;STB=0.535208;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0204298;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:54:54:76:76:0.584615:29:47:29:25:29:47:29:25 chr3 149238595 . C A,CTTAA 359.74 PASS AF=0.157895,0.473684;AO=9,25;DP=62;FAO=9,27;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=3,11;FSAR=6,16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00487258,0.000390055;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,4;MLLD=142.696,158.181;QD=25.245;RBI=0.0132253,0.0177472;REFB=-0.0196021,-0.0304222;REVB=-0.0122949,0.0177429;RO=25;SAF=3,11;SAR=6,14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306948,-0.141918;STB=0.604412,0.530783;STBP=0.487,0.646;TYPE=snp,ins;VARB=0.0470392,0.0124422;OID=.,.;OPOS=149238595,149238596;OREF=C,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,CTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:57:25:21:9,25:9,27:0.157895,0.473684:6,14:3,11:15:10:6,16:3,11:10:11 chr3 149459341 . A G 1211.38 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422313;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.34;QD=61.3356;RBI=0.0121486;REFB=0;REVB=-0.011391;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33891e-05;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr3 149459413 . C T 201.75 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00701794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.965;QD=8.06992;RBI=0.033308;REFB=-0.00721382;REVB=-0.0325603;RO=73;SAF=17;SAR=10;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152379;STB=0.591459;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0179217;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:10:17:37:36:10:17:37:36 chr3 149469159 . C G 85.63 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0352648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9982;QD=6.58692;RBI=0.0578595;REFB=0.010543;REVB=0.0458706;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.506568;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0308989;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:5:7:23:17:5:7:23:17 chr3 149479301 . C T 140.36 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.013595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.944;QD=6.23823;RBI=0.0318103;REFB=0.000837922;REVB=-0.0287589;RO=67;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13052;STB=0.582596;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00425561;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:67:69:21:21:0.233333:14:7:29:38:14:7:30:39 chr3 149678534 . C T 718.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145306;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.358;QD=57.4531;RBI=0.0194722;REFB=0;REVB=-0.0129625;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202064;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr3 150280445 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9383;QD=61.6786;RBI=0.0307991;REFB=0;REVB=0.0228948;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33973e-05;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 150421419 . G A 160.46 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00276087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.679;QD=14.5874;RBI=0.0102901;REFB=-0.0335631;REVB=0.00991279;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.512806;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0359862;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:8:9:15:11:8:10:15:11 chr3 150690439 . T A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0224372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.946;QD=12.9421;RBI=0.0224444;REFB=-0.0275033;REVB=-0.000571028;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5401;STB=0.815126;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0674616;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:3:12:7:18:3:12:7:18 chr3 150903122 . G A 599.93 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00453543;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.956;QD=22.8545;RBI=0.0265323;REFB=-0.0125719;REVB=0.0261418;RO=43;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418137;STB=0.537629;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00987743;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:46:59:59:0.561905:32:27:22:21:32:27:25:21 chr3 150905972 . A G 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0148162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.648;QD=19.6554;RBI=0.0152045;REFB=-0.00117896;REVB=0.00341408;RO=40;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12973;STB=0.5716;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00110925;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:26:14:9:31:26:14:9:31 chr3 150911405 . T C 557.5 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0116625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.433;QD=28.228;RBI=0.0116641;REFB=-0.0042829;REVB=-0.000192045;RO=28;SAF=28;SAR=22;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179711;STB=0.590919;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00303337;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:29:50:50:0.632911:22:28:8:20:22:28:9:20 chr3 150916327 . T C 613.19 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0431233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.2;QD=31.4454;RBI=0.0474845;REFB=-0.0163432;REVB=0.0198786;RO=24;SAF=29;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210858;STB=0.504151;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00638988;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:25:53:53:0.679487:24:29:14:10:24:29:14:11 chr3 151011969 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.933;QD=55.6548;RBI=0.0406894;REFB=0;REVB=-0.0405908;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644856;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr3 151012497 . T C 1396.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4151;QD=62.7579;RBI=0.0285618;REFB=0;REVB=0.0205255;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2964e-06;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:40:48:0:0:40:49:0:0 chr3 151046308 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.006;QD=57.2026;RBI=0.0278452;REFB=0;REVB=0.0183377;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023083;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr3 151082923 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.95;QD=57.0006;RBI=0.0125702;REFB=0;REVB=0.0124384;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92624e-05;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr3 151131077 . C T 244.75 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.144421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2414;QD=13.4108;RBI=0.156648;REFB=-0.0185804;REVB=0.0606736;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126403;STB=0.51056;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0370726;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:28:29:0.39726:20:8:13:31:20:9:13:31 chr3 151143447 . G T 53.75 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0124209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.454;QD=8.26953;RBI=0.0418124;REFB=-0.00602387;REVB=-0.0399249;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0266967;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:5:3:7:10:5:3:8:10 chr3 151150968 . T G 437.33 PASS AF=0.942857;AO=15;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00888903;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=185.182;QD=49.9805;RBI=0.0804191;REFB=0.00785109;REVB=-0.0799264;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000748182;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:15:33:0.942857:11:4:0:0:21:12:1:1 chr3 151154666 . T C 1588.27 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.618;QD=59.9346;RBI=0.0324878;REFB=0;REVB=0.0307687;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45641e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:37:68:0:0:37:69:0:0 chr3 151155207 . T A 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0150118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9515;QD=20.8108;RBI=0.0164933;REFB=0.0124625;REVB=0.00683177;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419051;STB=0.523593;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0127183;OID=.;OPOS=151155207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:14:9:8:15:14:9 chr3 151155620 . G A 192.03 PASS AF=0.338028;AO=22;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0447489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4008;QD=10.8186;RBI=0.0732654;REFB=-0.00348212;REVB=-0.0580117;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124333;STB=0.513147;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0119615;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:46:22:24:0.338028:11:11:21:13:13:11:22:24 chr3 151155758 . A C 282.26 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0104808;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.362;QD=22.5805;RBI=0.0171878;REFB=0.000902307;REVB=0.0136225;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589591;STB=0.545421;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000604615;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:22:28:28:0.56:10:18:12:9:10:18:12:10 chr3 151164174 . A C 418.26 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00454369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.671;QD=37.1785;RBI=0.00456971;REFB=-0.00774186;REVB=-0.00048696;RO=11;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250228;STB=0.647795;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00319632;OID=.;OPOS=151164174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:44:45:11:12:33:33:0.733333:23:10:9:2:23:10:10:2 chr3 151165678 . T C 84.4 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0174182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.988;QD=10.5503;RBI=0.017487;REFB=-0.0203907;REVB=-0.0015497;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226644;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0235966;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:12:9:7:4:12:9 chr3 151166422 . C T 125.51 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0125034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.028;QD=10.6818;RBI=0.013084;REFB=-0.0189575;REVB=-0.0038545;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273214;STB=0.694192;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0427376;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:32:14:15:0.319149:9:5:18:12:10:5:20:12 chr3 151171439 . A C 230.51 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00169979;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.05;QD=11.1091;RBI=0.0217431;REFB=-0.00930828;REVB=-0.0216765;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426128;STB=0.549215;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0188862;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:47:54:28:29:0.349398:15:13:20:27:15:14:22:32 chr3 151171542 . A G 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00533996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.291;QD=18.1548;RBI=0.00586398;REFB=0.00532834;REVB=-0.00242304;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172714;STB=0.598232;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0149791;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:14:11:13:8:14:11 chr3 151283691 . C A 216.7 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0254629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.624;QD=13.3356;RBI=0.0259849;REFB=-0.0176643;REVB=0.00518209;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162858;STB=0.593229;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0253949;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:16:10:21:18:16:10:21:18 chr3 151463421 . G T 442.19 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00158902;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.243;QD=19.2256;RBI=0.0042202;REFB=-0.00488923;REVB=0.00390962;RO=49;SAF=14;SAR=30;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153884;STB=0.579362;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00495712;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:48:44:44:0.478261:30:14:23:26:30:14:22:26 chr3 151545601 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.762;QD=57.106;RBI=0.0427877;REFB=0;REVB=-0.000720566;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131055;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr3 151598469 . C T 307.41 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0272558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6047;QD=9.45864;RBI=0.0684048;REFB=-0.0074653;REVB=-0.0627402;RO=88;SAF=15;SAR=26;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29847;STB=0.669037;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0162344;OID=.;OPOS=151598469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:88:89:41:41:0.315385:26:15:55:33:26:15:55:34 chr3 151986434 . GCC GC,GCG 692.65 PASS AF=0.709677,0.290323;AO=14,18;DP=62;FAO=44,18;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14,18;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250801,-0.0390869;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.9858,176.707;QD=44.6871;RBI=0.715023,0.0391199;REFB=-0.0185081,-0.0340623;REVB=0.714583,0.00160578;RO=27;SAF=11,18;SAR=3,0;SRF=1;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.707375,0.882436;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0231314,0.0789662;OID=.,.;OPOS=151986435,151986436;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.709677,0.290323:14,18:62:44,18:62:0:14,18:30,0:0:0:99:27:11,18:3,0:1:26 chr3 152883036 . G A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0293499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.625;QD=4.36794;RBI=0.0293517;REFB=-0.000508442;REVB=0.000322219;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536636;STB=0.871853;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00247896;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:8:1:22:20:8:1:23:20 chr3 152885599 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.65;QD=63.583;RBI=0.032383;REFB=0;REVB=0.0175531;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66649e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr3 152917590 . C T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0254849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.404;QD=35.274;RBI=0.0258612;REFB=-0.027045;REVB=-0.00439584;RO=5;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123429;STB=0.567615;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00574479;OID=.;OPOS=152917590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:9:10:1:4:9:10:1:4 chr3 153202348 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0201961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.303;QD=10.8531;RBI=0.0203573;REFB=-0.00374991;REVB=0.00255626;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941638;STB=0.554971;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00706448;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:20:19:12:9:20:19 chr3 153725166 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.224;QD=62.0083;RBI=0.0116567;REFB=0;REVB=-0.0116115;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03576e-05;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr3 153725172 . C G,T 1277.52 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=3,81;DP=84;FAO=2,82;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=2,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172792,-0.000535707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.1726,61.4842;QD=60.8343;RBI=0.0714776,0.0535791;REFB=0,0;REVB=-0.0693576,-0.0535764;RO=0;SAF=0,39;SAR=3,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.226377,-0.0037164;OID=.,.;OPOS=153725172,153725172;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:84:84:0:0:3,81:2,82:0.0238095,0.97619:3,42:0,39:0:0:2,43:0,39:0:0 chr3 153725251 . T C 1504.15 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2737;QD=58.4137;RBI=0.0204807;REFB=0.031303;REVB=0.0042901;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958391;STB=0.50505;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00260312;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:49:52:0:1:49:53:0:1 chr3 153839866 . G C 1517.42 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0262847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.428;QD=55.6852;RBI=0.0265307;REFB=-0.0154409;REVB=0.0036045;RO=4;SAF=41;SAR=64;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440712;STB=0.523251;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000364231;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:64:41:4:0:64:41:4:0 chr3 153839960 . T C 483.19 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.907;QD=58.5682;RBI=0.0665859;REFB=0;REVB=-0.00231671;RO=0;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146983;OID=.;OPOS=153839960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:28:4:0:0:29:4:0:0 chr3 153840162 . C T 115.55 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0957556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.319;QD=8.88843;RBI=0.0975666;REFB=-0.00826081;REVB=0.0187111;RO=37;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487758;STB=0.80201;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0129155;OID=.;OPOS=153840162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:13:2:18:19:13:2:18:19 chr3 153840389 . T C 1997.32 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000680789;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.663;QD=62.4163;RBI=0.0141599;REFB=0;REVB=0.0141435;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31625e-06;OID=.;OPOS=153840389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr3 154018887 . G C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00845983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.317;QD=16.9307;RBI=0.0173672;REFB=0.00182548;REVB=0.0151675;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245037;STB=0.642602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00303405;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:6:6:3:9:6:6 chr3 154146835 . G A 346.25 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0173764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.818;QD=16.8902;RBI=0.0192499;REFB=-0.0137992;REVB=-0.00828362;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.558791;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0145416;OID=.;OPOS=154146835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:15:22:21:23:15:22:22:23 chr3 154146922 . A G 87.55 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00421361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4088;QD=12.5072;RBI=0.0347231;REFB=-0.0180878;REVB=-0.0344665;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769493;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218342;OID=.;OPOS=154146922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:28:14:16:7:7:0.25:3:4:7:7:3:4:9:7 chr3 155241740 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00438496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.104;QD=6.48202;RBI=0.0066136;REFB=-0.00249205;REVB=-0.00495094;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115627;STB=0.580144;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00719393;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:31:33:10:10:0.232558:3:7:19:12:3:7:20:13 chr3 155271862 . T TC 46.38 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0261952;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.2558;QD=4.4173;RBI=0.0481301;REFB=-0.0215767;REVB=0.0403772;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344776;STB=0.776956;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.210478;OID=.;OPOS=155271863;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:7:42:8:42:34:7:1:21:13:46:35:6:1:22:13 chr3 155314034 . A G,T 811.28 PASS AF=0.913793,0.0862069;AO=52,4;DP=57;FAO=53,5;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429175,-0.0116405;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.06,14.7578;QD=55.9506;RBI=0.0608722,0.117715;REFB=0,0;REVB=0.0431684,-0.117138;RO=0;SAF=35,2;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.31071e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000485301,0.228425;OID=.,.;OPOS=155314034,155314034;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:57:58:0:0:52,4:53,5:0.913793,0.0862069:17,2:35,2:0:0:18,2:35,3:0:0 chr3 155481609 . G A,T 659.25 PASS AF=0.911111,0.0666667;AO=41,3;DP=44;FAO=41,3;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00513381,-0.0264823;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.8383,15.4892;QD=58.6;RBI=0.0240717,0.0693581;REFB=-0.0303298,0.0101681;REVB=0.0235179,-0.0641033;RO=0;SAF=23,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.513507,0.5;STBP=0.316,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00254668,0.177361;OID=.,.;OPOS=155481609,155481609;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:44:45:0:1:41,3:41,3:0.911111,0.0666667:18,3:23,0:0:0:18,3:23,0:0:1 chr3 155485302 . C T 490.73 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.7;QD=57.7332;RBI=0.0525921;REFB=0;REVB=0.00382185;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182376;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr3 156249214 . T C 346.8 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00514877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.409;QD=22.3743;RBI=0.0090995;REFB=-0.00498035;REVB=-0.00750273;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180662;STB=0.599204;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00748807;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:18:17:7:20:18:17:7:20 chr3 156266774 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0386577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0422;QD=24.0298;RBI=0.0388747;REFB=0.0283926;REVB=-0.00410249;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0159082;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr3 156544584 . C T 1695.2 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3607;QD=60.543;RBI=0.0678022;REFB=0;REVB=0.0600815;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525731;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:69:42:0:0:70:42:0:0 chr3 156763279 . C T 702.91 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0038823;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7919;QD=25.795;RBI=0.0556225;REFB=-0.0320004;REVB=0.0554868;RO=41;SAF=23;SAR=43;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068664;STB=0.539575;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0327896;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:41:43:66:66:0.605505:43:23:18:23:43:23:19:24 chr3 156877276 . CAA C 100.7 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0466579;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=194.347;QD=9.1549;RBI=0.0466607;REFB=-0.0103148;REVB=-0.000506927;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113338;STB=0.56596;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.0147901;OID=.;OPOS=156877277;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:44:17:44:27:7:10:14:13:99:27:7:10:14:13 chr3 156983414 . T C 241.67 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.011633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.275;QD=8.0556;RBI=0.037424;REFB=-0.00463278;REVB=-0.0355701;RO=85;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164797;STB=0.601718;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0112798;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:85:86:34:34:0.283333:13:21:41:44:13:21:41:45 chr3 157081324 . A G 252.83 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0100148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0712;QD=10.5347;RBI=0.0144323;REFB=-0.00795723;REVB=0.0103921;RO=64;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820538;STB=0.543605;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0176675;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:65:31:31:0.322917:20:11:27:37:20:11:27:38 chr3 157155314 . C A 954.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000233605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.552;QD=58.7508;RBI=0.0141503;REFB=0;REVB=0.0141484;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64318e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr3 157161198 . A AAT,AT,T 586.92 PASS AF=0,0.95,0.05;AO=5,22,17;DP=46;FAO=0,38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,2;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010933,0.0157957,0.0181981;FXX=0.0243843;HRUN=8,0,8;LEN=2,1,1;MLLD=153.813,159.605,156.075;QD=58.6923;RBI=0.0908036,0.0889828,0.0713988;REFB=0,0,0;REVB=0.090143,0.0875696,0.0690407;RO=2;SAF=5,15,11;SAR=0,7,6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.749526,0.0317672,0.0306173;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0270002,-0.00113702,0.0222266;OID=.,.,.;OPOS=157161199,157161199,157161198;OREF=-,-,A;OALT=AT,T,T;OMAPALT=AAT,AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:46:40:2:0:5,22,17:0,38,2:0,0.95,0.05:0,7,6:5,15,11:1:1:0,13,0:0,25,2:0:0 chr3 157815088 . G A 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.772;QD=61.6944;RBI=0.0547763;REFB=0;REVB=0.0352017;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90624e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr3 157815217 . A T 229.36 PASS AF=0.647059;AO=20;DP=30;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0258521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.1158;QD=26.9839;RBI=0.155776;REFB=0.00688634;REVB=-0.153616;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00795814;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:34:10:12:20:22:0.647059:6:14:7:3:6:16:8:4 chr3 159744438 . C T 783.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.401;QD=63.9699;RBI=0.0196803;REFB=0;REVB=-0.0049868;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43776e-05;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:29:20:0:0 chr3 159744440 . C T 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.916;QD=64.1437;RBI=0.0261317;REFB=0;REVB=0.0174341;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119101;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr3 160414759 . G A 220.55 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00143908;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.17;QD=7.35162;RBI=0.0450299;REFB=-0.00572556;REVB=-0.0450069;RO=83;SAF=21;SAR=11;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215242;STB=0.633249;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0104592;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:83:88:32:32:0.266667:11:21:40:43:11:21:42:46 chr3 160436316 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.01881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.549;QD=12.7368;RBI=0.0216717;REFB=-0.00537121;REVB=0.0107631;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182212;STB=0.607964;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00584248;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:11:17:12:4:11:17 chr3 160967354 . G A 976.01 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110539;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3569;QD=59.1523;RBI=0.0138117;REFB=0;REVB=-0.00828092;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135585;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr3 161221705 . A C 771.54 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147724;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9563;QD=57.1512;RBI=0.016642;REFB=0;REVB=-0.00766365;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80805e-05;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 164714532 . C T 1541.8 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013046;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1897;QD=59.8756;RBI=0.0132968;REFB=0;REVB=-0.00257067;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6945e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:55:48:0:0:55:48:0:0 chr3 164764719 . C A 711.86 PASS AF=0.603604;AO=66;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0373193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3239;QD=25.6526;RBI=0.0424856;REFB=-0.0115156;REVB=-0.0203051;RO=44;SAF=39;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101538;STB=0.551072;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00510742;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:44:66:67:0.603604:27:39:20:24:28:39:20:24 chr3 164773057 . G A 296.86 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00267938;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.785;QD=23.7485;RBI=0.0188537;REFB=-0.0315535;REVB=0.0186623;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311816;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0155215;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:14:15:10:11:14:15:10:11 chr3 164783165 . T C 645.3 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.011336;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.788;QD=21.1572;RBI=0.0150748;REFB=-0.00249629;REVB=0.00993699;RO=58;SAF=31;SAR=33;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136705;STB=0.574939;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00163153;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:58:58:64:64:0.52459:33:31:19:39:33:31:19:39 chr3 164793758 . C A 687.53 PASS AF=0.375566;AO=77;DP=219;FAO=83;FDP=221;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.00917634;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.121;QD=12.4439;RBI=0.0107965;REFB=-0.00929008;REVB=-0.00568849;RO=142;SAF=36;SAR=41;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124603;STB=0.551869;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0138786;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:142:138:77:83:0.375566:41:36:82:60:43:40:78:60 chr3 164906212 . C T 178.33 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.056553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4904;QD=22.2913;RBI=0.056799;REFB=-0.0179137;REVB=0.00528093;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424398;STB=0.523784;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0151905;OID=.;OPOS=164906212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:4:10:12:6:4:10 chr3 165951073 . C A 407.76 PASS AF=0.666667;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0220943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7113;QD=28.6145;RBI=0.0312847;REFB=-0.00730514;REVB=-0.022149;RO=19;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123748;STB=0.570183;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00495309;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:37:38:0.666667:11:26:10:9:11:27:10:9 chr3 166900401 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.01;QD=52.6127;RBI=0.0266688;REFB=0;REVB=-0.0262504;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457846;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 166966436 . C T 2345.09 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338257;FXX=0.0189861;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.234;QD=60.5185;RBI=0.0351576;REFB=0.0141412;REVB=0.00958529;RO=1;SAF=88;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537533;STB=0.502793;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=9.3583e-05;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:1:1:153:154:0.993548:65:88:1:0:65:89:1:0 chr3 167000256 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.905;QD=55.0987;RBI=0.014816;REFB=0;REVB=0.00969138;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32313e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 167051726 . A G 1408.85 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007085;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.573;QD=59.32;RBI=0.0260624;REFB=0;REVB=0.0250809;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0058033;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:79:95:1:35:44:0:0:51:44:0:0 chr3 167077691 . T A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.333;QD=57.7124;RBI=0.0219936;REFB=0;REVB=-0.00220568;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98404e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 167284676 . G A 1410.5 PASS AF=0.643617;AO=121;DP=188;FAO=121;FDP=188;FR=.;FRO=67;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00530025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.172;QD=30.0106;RBI=0.0110679;REFB=-0.0261082;REVB=0.00971622;RO=67;SAF=69;SAR=52;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061911;STB=0.533357;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0141177;OID=.;OPOS=167284676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:67:67:121:121:0.643617:52:69:32:35:52:69:32:35 chr3 167320010 . T C 512.15 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00763292;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.778;QD=26.6049;RBI=0.00805451;REFB=-0.0160609;REVB=-0.00257172;RO=30;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111877;STB=0.56095;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00969123;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:24:23:10:20:24:23:10:20 chr3 168538993 . A G 1251.6 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.219;QD=60.318;RBI=0.031616;REFB=-0.0190032;REVB=0.0233091;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160447;STB=0.508195;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=4.09223e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:29:51:0:1:30:52:0:1 chr3 168546914 . C T 1441.68 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146343;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.225;QD=62.0079;RBI=0.0228168;REFB=-0.13008;REVB=0.0175056;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000242238;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:0:1:92:92:0.989247:47:45:0:0:47:45:1:0 chr3 169492101 . C T 853.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000840275;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.295;QD=57.8866;RBI=0.000867767;REFB=0;REVB=0.000216699;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94251e-05;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr3 169514585 . A T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.98;QD=63.5814;RBI=0.0785781;REFB=0;REVB=-0.0780001;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516035;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 169514601 . G GT 50.87 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0554218;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.30734;QD=3.98959;RBI=0.0777512;REFB=-0.112387;REVB=-0.0545314;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156566;STB=0.609651;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.127067;OID=.;OPOS=169514602;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:20:51:21:51:30:13:8:13:17:50:29:12:8:13:16 chr3 169518455 . T C 738.73 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.762;QD=56.8252;RBI=0.0598937;REFB=0;REVB=0.0356937;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452295;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr3 169540397 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0582589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5959;QD=28.5376;RBI=0.0631318;REFB=-0.0140194;REVB=0.0243213;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00895329;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr3 169558025 . C T 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.316;QD=54.8209;RBI=0.027247;REFB=-0.0712983;REVB=-0.00873019;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-5.21872e-05;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:29:21:0:0:29:21:0:1 chr3 169643955 . C T 398.14 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00878666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.249;QD=35.3906;RBI=0.0137007;REFB=-0.0316105;REVB=-0.0105121;RO=13;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227411;STB=0.622574;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0169407;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:12:20:13:0:12:20:13:0 chr3 169644381 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00829696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.743;QD=12.4668;RBI=0.0156619;REFB=-0.0166858;REVB=-0.0132836;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179928;STB=0.603674;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0235584;OID=.;OPOS=169644381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:11:22:10:10:11:22 chr3 169644710 . G C 252.04 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0160948;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2503;QD=33.6052;RBI=0.085137;REFB=-0.0448699;REVB=0.0836018;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121691;STB=0.566607;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.028497;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:6:2:11:11:6:2 chr3 169654216 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00956767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.205;QD=13.4416;RBI=0.0232029;REFB=0.00206286;REVB=-0.0211384;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133539;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0114955;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:6:7:4:6:6:7 chr3 169703671 . A C 457.8 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0432642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.117;QD=26.1603;RBI=0.0462883;REFB=-0.00826954;REVB=0.0164564;RO=27;SAF=17;SAR=26;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103148;STB=0.556163;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00936986;OID=.;OPOS=169703671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:26:17:7:20:26:17:7:20 chr3 169713483 . C T 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0383732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5347;QD=20.8103;RBI=0.038627;REFB=-0.0264845;REVB=-0.00442088;RO=23;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379986;STB=0.716767;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.011829;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:19:4:12:11:19:4:12:11 chr3 169775097 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0158149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.607;QD=10.1074;RBI=0.0175866;REFB=0.00352756;REVB=-0.0076926;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221408;STB=0.630308;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00892149;OID=.;OPOS=169775097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:7:14:20:22:7:14:20:22 chr3 169806170 . G A 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000424564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9482;QD=35.7565;RBI=0.00162575;REFB=-0.0193617;REVB=-0.00156933;RO=13;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422003;STB=0.514167;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00568884;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:14:34:34:0.708333:21:13:6:7:21:13:6:8 chr3 169894680 . G A 750.69 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000273649;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.647;QD=63.8889;RBI=0.0101984;REFB=0;REVB=0.0101947;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76133e-05;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr3 169896591 . G C 136.2 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0318339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3766;QD=8.51275;RBI=0.0558523;REFB=-0.01546;REVB=0.0458921;RO=45;SAF=12;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664134;STB=0.53975;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0489524;OID=.;OPOS=169896591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:7:12:26:19:7:12:26:19 chr3 169999670 . A G 268.23 PASS AF=0.402597;AO=29;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00663916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.094;QD=13.9338;RBI=0.00840887;REFB=-0.012628;REVB=0.0051605;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986497;STB=0.55552;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0176175;OID=.;OPOS=169999670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:46:29:31:0.402597:14:15:28:18:15:16:28:18 chr3 170078232 . C T 271.51 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00497999;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.229;QD=29.3525;RBI=0.0196557;REFB=-0.0339833;REVB=-0.0190144;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886948;STB=0.548978;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0248326;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:16:8:6:7:16:8:6:7 chr3 170151548 . C A 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000937822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.793;QD=11.6168;RBI=0.00846678;REFB=-0.0159777;REVB=-0.00841468;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344712;STB=0.692107;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0181459;OID=.;OPOS=170151548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:13:6:21:12:13:6:21:13 chr3 170715830 . G A 310.27 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0263207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.92;QD=23.4168;RBI=0.0265139;REFB=-0.00747925;REVB=0.00319473;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043411;STB=0.523914;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00134649;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:18:13:8:14:18:13:8:14 chr3 170825905 . C G 1436.0 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418339;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.548;QD=63.1209;RBI=0.0426232;REFB=0;REVB=0.00816455;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147119;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:48:43:0:0 chr3 170893070 . G A 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.00500013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.82;QD=13.4581;RBI=0.073328;REFB=-0.00219081;REVB=-0.0731573;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284283;STB=0.624869;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00744602;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:4:12:23:2:4:12:23:3 chr3 171065031 . G C 74.92 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.847;QD=37.4608;RBI=0.0134189;REFB=0;REVB=0.0134189;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39526e-05;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr3 171338237 . T G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0214802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8309;QD=5.19184;RBI=0.0255389;REFB=-0.0185673;REVB=0.0138144;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131509;STB=0.587971;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0693492;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:10:16:5:2:10:16 chr3 171395468 . A G 437.29 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0079153;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4652;QD=23.6375;RBI=0.00934262;REFB=0.00496114;REVB=-0.00496313;RO=31;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156831;STB=0.593175;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00344344;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:32:42:42:0.567568:26:16:18:13:26:16:19:13 chr3 171510238 . C T 1059.07 PASS AF=0.681818;AO=89;DP=132;FAO=90;FDP=132;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00469575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.069;QD=32.093;RBI=0.00547137;REFB=-0.0185636;REVB=-0.00280817;RO=41;SAF=34;SAR=55;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253634;STB=0.507005;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00781813;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:41:42:89:90:0.681818:55:34:14:27:56:34:15:27 chr3 171510841 . C T 424.72 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0318881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.708;QD=29.8045;RBI=0.0330583;REFB=-0.0120548;REVB=0.00871777;RO=18;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100006;STB=0.505432;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0049874;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:18:21:10:8:18:21:10:8 chr3 171510898 . A G 383.81 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00332986;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.22;QD=22.5772;RBI=0.00608398;REFB=-0.015197;REVB=-0.00509184;RO=29;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157912;STB=0.59243;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00935939;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:30:38:38:0.558824:20:18:8:21:20:18:8:22 chr3 171511020 . T G 337.41 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0074379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2138;QD=24.993;RBI=0.0337523;REFB=-0.0267374;REVB=0.0329226;RO=21;SAF=8;SAR=25;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418276;STB=0.502296;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0156624;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:25:8:5:16:25:8:5:16 chr3 171511139 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.016618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.891;QD=12.7913;RBI=0.0211448;REFB=0.00448293;REVB=-0.0130746;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115187;STB=0.567473;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00492924;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:9:14:7:7:9:14 chr3 171511355 . G A 573.78 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.081893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.107;QD=23.6609;RBI=0.0834076;REFB=-0.0301621;REVB=-0.0158227;RO=44;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391387;STB=0.521493;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0177019;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:29:24:22:22:29:24:22:22 chr3 171844787 . A T 632.19 PASS AF=0.674699;AO=50;DP=76;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0220686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.638;QD=30.4671;RBI=0.0603014;REFB=-0.061372;REVB=0.056118;RO=26;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737168;STB=0.566146;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0204861;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:26:27:50:56:0.674699:27:23:15:11:34:22:16:11 chr3 171969077 . C G 466.19 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0321642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6197;QD=25.1993;RBI=0.0332068;REFB=-0.0181914;REVB=-0.00825558;RO=30;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757126;STB=0.541441;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00841075;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:19:25:14:16:19:25:14:16 chr3 172046861 . T C 534.07 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0485518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.305;QD=28.8685;RBI=0.0724168;REFB=0.0014808;REVB=0.05373;RO=26;SAF=18;SAR=30;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745733;STB=0.540425;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000796702;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:30:18:7:19:30:18:7:19 chr3 172165727 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.493;QD=57.2026;RBI=0.0281702;REFB=0;REVB=0.0219152;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01726e-05;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr3 172166033 . G A 713.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144918;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8163;QD=63.4293;RBI=0.056553;REFB=0;REVB=0.0546647;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121344;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr3 172766822 . G A 86.67 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0210125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.409;QD=9.12354;RBI=0.0347258;REFB=-0.0202979;REVB=0.027647;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265869;STB=0.633404;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0327877;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:37:38:25:26:11:12:0.315789:4:7:10:15:5:7:10:16 chr3 174814738 . G A 207.48 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0135029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.31;QD=11.2153;RBI=0.0345778;REFB=-0.00360672;REVB=-0.0318323;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176547;STB=0.602431;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00464211;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:10:16:22:26:10:16:22:26 chr3 174814920 . A G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00615578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.758;QD=8.74514;RBI=0.00884914;REFB=0.0030936;REVB=0.00635716;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388855;STB=0.52377;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.011881;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:14:16:6:6:14:16 chr3 175165079 . C T 474.59 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.253;QD=55.8346;RBI=0.0204157;REFB=-0.0776004;REVB=0.0044971;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000854251;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:0:1:33:33:0.970588:11:22:0:0:11:22:0:1 chr3 175189447 . G A 200.57 PASS AF=0.526316;AO=17;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0146803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.99;QD=21.1125;RBI=0.0146909;REFB=-0.0162227;REVB=-0.000556643;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.521717;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0144437;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:16:18:17:20:0.526316:8:9:9:7:8:12:10:8 chr3 175327309 . G A 2770.76 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3722;QD=62.6161;RBI=0.0314098;REFB=0;REVB=-0.0292122;RO=0;SAF=55;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12429e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:122:55:0:0:122:55:0:0 chr3 175345143 . C G 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.643;QD=59.3562;RBI=0.0197935;REFB=0.0210878;REVB=0.012322;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=2.11956e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:38:39:0:0:38:39:0:1 chr3 175473047 . T C 1459.56 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851466;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7042;QD=63.4593;RBI=0.0202386;REFB=0;REVB=0.0183603;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224155;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr3 175521611 . A G 142.08 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00564436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.204;QD=8.23624;RBI=0.00690752;REFB=-0.00248447;REVB=-0.00398183;RO=48;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049261;STB=0.521717;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00654122;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:10:10:22:26:10:10:23:26 chr3 176765269 . T C 465.6 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00626458;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9151;QD=53.2112;RBI=0.0384802;REFB=-0.0544536;REVB=0.0379668;RO=2;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716814;STB=0.538438;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00165784;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:12:21:0:2:12:21:0:2 chr3 176838514 . C G 543.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.637;QD=58.7641;RBI=0.0404996;REFB=0;REVB=0.0126517;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96615e-05;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:16:18:0:0:18:19:0:0 chr3 178546026 . T C 608.08 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00912319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.749;QD=27.6398;RBI=0.0119094;REFB=-0.000134727;REVB=0.00765514;RO=34;SAF=24;SAR=30;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397096;STB=0.52162;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=8.85613e-05;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:30:24:17:17:30:24:17:17 chr3 178560581 . A C 758.03 PASS AF=0.712644;AO=62;DP=87;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.018096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3086;QD=34.852;RBI=0.0316389;REFB=-0.029373;REVB=-0.025953;RO=25;SAF=26;SAR=36;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972711;STB=0.552378;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0118985;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:25:25:62:62:0.712644:36:26:15:10:36:26:15:10 chr3 178742690 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.86;QD=63.5829;RBI=0.0547096;REFB=0;REVB=0.0162676;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154908;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr3 178815528 . G A 833.93 PASS AF=0.705882;AO=71;DP=102;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00717918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8485;QD=32.7031;RBI=0.0230322;REFB=0.00487535;REVB=0.0218847;RO=25;SAF=33;SAR=38;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268791;STB=0.511485;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00258818;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:25:30:71:72:0.705882:38:33:13:12:38:34:13:17 chr3 178957783 . C T 195.58 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0180905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4207;QD=17.7801;RBI=0.0366839;REFB=0.00332147;REVB=0.031913;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125132;STB=0.565053;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00526648;OID=.;OPOS=178957783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:11:9:7:15:11:9:8:16 chr3 178968634 . C T 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0225103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0104;QD=9.37462;RBI=0.0306773;REFB=0.000298952;REVB=0.0208419;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12669;STB=0.574511;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00115331;OID=.;OPOS=178968634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:13:28:11:8:13:28 chr3 178976777 . C T 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5177;QD=59.0002;RBI=0.0453647;REFB=0;REVB=0.0123987;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117579;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr3 179096508 . C G 909.59 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.021514;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9532;QD=51.9765;RBI=0.0362444;REFB=0.0629635;REVB=0.0291686;RO=4;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571439;STB=0.52307;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00510596;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:72:70:4:5:65:65:0.928571:31:34:0:4:31:34:1:4 chr3 179298999 . C T 1895.49 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.672;QD=61.642;RBI=0.0507162;REFB=0;REVB=-0.0505905;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1963e-05;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:68:54:0:0:68:55:0:0 chr3 180327501 . C T 442.44 PASS AF=0.7;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0143672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5413;QD=35.3953;RBI=0.0192404;REFB=-0.00972058;REVB=0.0127976;RO=15;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937857;STB=0.554131;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00447157;OID=.;OPOS=180327501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:15:15:34:35:0.7:17:17:5:10:17:18:5:10 chr3 180633382 . A AT,T 44.92 PASS AF=0.181818,0;AO=15,4;DP=69;FAO=12,0;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=11,0;FSAR=1,0;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.215095,-0.0115669;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.774,282.591;QD=2.72263;RBI=0.287124,0.0320477;REFB=-0.0781287,0.000440928;REVB=-0.190196,-0.0298875;RO=48;SAF=12,0;SAR=3,4;SRF=28;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.310079,-0.578122;STB=0.869526,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0314476,0;OID=.,.;OPOS=180633383,180633382;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:69:66:48:54:15,4:12,0:0.181818,0:3,4:12,0:28:20:1,0:11,0:30:24 chr3 180666557 . A T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000428663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.736;QD=9.14898;RBI=0.00833375;REFB=-0.00617888;REVB=-0.00832272;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115207;STB=0.560716;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0120898;OID=.;OPOS=180666557;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:7:11:20:19:7:11:21:19 chr3 182554163 . A G 587.44 PASS AF=0.48;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.00114414;FXX=0.0530263;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.743;QD=18.7981;RBI=0.00511399;REFB=-0.00667248;REVB=-0.00498436;RO=56;SAF=22;SAR=38;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607253;STB=0.533595;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00709892;OID=.;OPOS=182554163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:125:56:65:60:60:0.48:38:22:17:39:38:22:20:45 chr3 182631792 . C A 245.19 PASS AF=0.337079;AO=29;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0237783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7718;QD=11.0197;RBI=0.0260608;REFB=-0.00823656;REVB=-0.0106657;RO=59;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929463;STB=0.539144;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0234875;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:59:59:29:30:0.337079:18:11:27:32:18:12:27:32 chr3 182681740 . C T 505.8 PASS AF=0.618421;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0435705;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.85;QD=26.6212;RBI=0.0467736;REFB=-0.027188;REVB=0.0170113;RO=28;SAF=26;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951254;STB=0.548512;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.013585;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:28:29:46:47:0.618421:20:26:12:16:20:27:13:16 chr3 182755209 . T G 1090.11 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.46;QD=59.7319;RBI=0.0638699;REFB=0;REVB=0.0183998;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115361;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:35:35:0:0:38:35:0:0 chr3 182790249 . G A 1116.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.64;QD=60.3638;RBI=0.0291139;REFB=0;REVB=0.0267725;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90587e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:42:32:0:0 chr3 182853670 . T C 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00209268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.991;QD=17.9384;RBI=0.0129061;REFB=-0.00878577;REVB=0.0127353;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.590698;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00953502;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:9:13:8:11:9:13 chr3 182871962 . C T 136.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0468605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.731;QD=18.2471;RBI=0.047614;REFB=-0.0566424;REVB=0.0084371;RO=14;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400648;STB=0.736425;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0209666;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:15:14:15:0.5:13:1:4:10:14:1:4:11 chr3 182925403 . GT G,GC 681.9 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=5,39;DP=45;FAO=5,40;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=5,26;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244196,0.00465631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.5944,68.3607;QD=60.6137;RBI=0.0414089,0.0646501;REFB=0,0;REVB=0.0334422,0.0644822;RO=0;SAF=5,25;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.070056,-0.00359217;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:5,39:45:5,40:45:0:5,26:0,14:0:0:20:0:5,25:0,14:0:0 chr3 183027542 . T G 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00643443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.712;QD=10.4283;RBI=0.0124172;REFB=0.0132245;REVB=0.01062;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193054;STB=0.615223;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0294895;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:18:12:8:6:18:12 chr3 183211906 . A G 214.24 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.013776;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.562;QD=10.3248;RBI=0.0140871;REFB=0.0111152;REVB=-0.0029445;RO=54;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447079;STB=0.528725;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0203771;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:54:56:27:27:0.325301:17:10:22:32:17:10:23:33 chr3 183476685 . G A 398.76 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0435892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8031;QD=20.9875;RBI=0.0509855;REFB=-0.0183159;REVB=-0.0264481;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237836;STB=0.513151;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.017214;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:20:20:19:17:20:20:19:17 chr3 183521133 . A G 436.86 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0421066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.116;QD=24.2698;RBI=0.0446662;REFB=0.00936446;REVB=0.0149031;RO=30;SAF=26;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168459;STB=0.592449;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0119414;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:16:26:12:18:16:26:12:18 chr3 183524193 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0581525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7565;QD=20.7539;RBI=0.0606829;REFB=-0.0143057;REVB=0.0173408;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144746;STB=0.581979;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0102884;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:7:5:9:6:7:5 chr3 183533964 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0108287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.885;QD=19.6459;RBI=0.0633429;REFB=0.0401561;REVB=-0.0624104;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0491265;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr3 183558402 . C G 767.28 PASS AF=0.636364;AO=68;DP=108;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0188413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1947;QD=27.9011;RBI=0.0219709;REFB=-0.00363388;REVB=0.0113015;RO=38;SAF=41;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122245;STB=0.579216;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00146473;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:38:40:68:70:0.636364:27:41:16:22:27:43:16:24 chr3 183560195 . A G 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000768249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.969;QD=21.8706;RBI=0.0052402;REFB=-0.01615;REVB=-0.00518358;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189408;STB=0.596471;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00674911;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:10:18:9:13:10:18:10:13 chr3 183637722 . T G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0684879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2811;QD=4.85456;RBI=0.0719229;REFB=0.0210116;REVB=0.0219615;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597468;STB=0.887902;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0586227;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:6:1:19:9:6:1:19:9 chr3 183660585 . G A 790.26 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000772313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4466;QD=38.0849;RBI=0.0259536;REFB=-0.0161746;REVB=0.0259421;RO=20;SAF=28;SAR=35;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252631;STB=0.501355;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0113312;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:20:63:63:0.759036:35:28:9:11:35:28:9:11 chr3 183682960 . G A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0284339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.707;QD=16.0415;RBI=0.0289691;REFB=0.00120727;REVB=0.00554249;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122546;STB=0.507035;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00158461;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:14:12:9:10:14:12 chr3 183685534 . A G 707.08 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060578;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6258;QD=56.5665;RBI=0.08688;REFB=0;REVB=0.0622772;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336115;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr3 183696402 . A G 767.42 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.559;QD=62.6462;RBI=0.0651117;REFB=0;REVB=-0.00985402;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037342;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:1:0:44:49:1:27:17:1:0:28:21:0:0 chr3 183754294 . G C 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101456;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.242;QD=58.7983;RBI=0.0256514;REFB=0;REVB=-0.0235597;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175339;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr3 183754585 . C T 58.71 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0340834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7236;QD=4.99633;RBI=0.0341121;REFB=-0.0123091;REVB=0.00140097;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553416;STB=0.83898;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.034668;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:3:6:7:31:3:6:7:31 chr3 183755822 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6025;QD=56.1915;RBI=0.0466804;REFB=0;REVB=0.0460861;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785951;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr3 183756391 . C G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0262447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5255;QD=8.30714;RBI=0.0412341;REFB=0.00278793;REVB=-0.0318036;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021884;STB=0.526252;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0276424;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:6:2:4:13:6:2:4:14 chr3 183756637 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00948215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.278;QD=11.7419;RBI=0.011513;REFB=-0.0142479;REVB=0.00652983;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861574;STB=0.549953;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0222289;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:20:16:11:10:20:16 chr3 183756702 . G A 301.54 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0119033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.557;QD=21.9304;RBI=0.0212856;REFB=-0.00924792;REVB=0.0176462;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115205;STB=0.553811;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00553155;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:30:31:0.563636:12:18:11:13:13:18:11:13 chr3 183756742 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0535049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.939;QD=17.7318;RBI=0.0546349;REFB=-0.0130448;REVB=-0.0110542;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211913;STB=0.621118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0253753;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:8:11:6:11:8:11 chr3 183774762 . C A 1303.82 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3965;QD=60.6429;RBI=0.0293524;REFB=-0.167512;REVB=0.0175537;RO=2;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172162;STB=0.504424;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00361697;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:2:1:82:85:0.988372:54:28:0:2:56:29:0:1 chr3 183778010 . G C 1011.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374004;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.556;QD=59.5149;RBI=0.0428961;REFB=0;REVB=0.0210067;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72874e-05;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr3 183818416 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=59.4351;RBI=0.0174111;REFB=0;REVB=-0.00690471;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25992e-05;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr3 183823729 . G T 644.98 PASS AF=0.6;AO=56;DP=94;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0113718;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.927;QD=27.1569;RBI=0.0181847;REFB=0.00384196;REVB=0.0141904;RO=37;SAF=31;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885288;STB=0.54906;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00193111;OID=.;OPOS=183823729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:37:38:56:57:0.6:25:31:16:21:26:31:16:22 chr3 183861243 . A G 82.92 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0200764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.076;QD=5.62144;RBI=0.0200956;REFB=-0.00601351;REVB=0.000878792;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220183;STB=0.638964;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0191951;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:59:46:46:13:13:0.220339:8:5:26:20:8:5:26:20 chr3 183863084 . AAG A 58.09 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0223336;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=256.66;QD=6.63877;RBI=0.024507;REFB=-0.00966275;REVB=-0.0100898;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0.0182291;STB=0.559478;STBP=0.666;TYPE=del;VARB=0.0203548;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:9:35:11:35:24:6:5:11:13:58:21:4:5:9:12 chr3 183900680 . G C 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000913369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0147;QD=7.11824;RBI=0.0665441;REFB=-0.0061035;REVB=0.0665378;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251324;STB=0.648398;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0249554;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:37:38:12:12:0.24:4:8:17:20:4:8:18:20 chr3 183900729 . T C 63.45 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0103322;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.962;QD=7.93127;RBI=0.0133979;REFB=-0.00296051;REVB=-0.00852934;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424743;STB=0.777161;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00632398;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:24:23:9:9:0.28125:2:7:10:14:2:7:9:14 chr3 183901843 . C T 331.83 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0662779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.491;QD=16.1867;RBI=0.0693466;REFB=-0.0103769;REVB=-0.020401;RO=45;SAF=8;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193368;STB=0.618976;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.014589;OID=.;OPOS=183901843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:28:8:17:28:28:8:18:28 chr3 183904049 . A G 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0456023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9091;QD=25.2726;RBI=0.0921098;REFB=0.0104274;REVB=-0.080029;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138976;STB=0.577693;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00843927;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:13:6:6:6:13:6:6:6 chr3 183907032 . G C 264.65 PASS AF=0.274809;AO=35;DP=135;FAO=36;FDP=131;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.00736261;FXX=0.0642811;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.148;QD=8.08086;RBI=0.0193295;REFB=-0.00468469;REVB=0.0178724;RO=88;SAF=17;SAR=18;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353678;STB=0.526703;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00822996;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:88:95:35:36:0.274809:18:17:43:45:18:18:44:51 chr3 183954203 . G A 157.35 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0334137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.985;QD=9.83433;RBI=0.0523567;REFB=-0.0203248;REVB=0.0403082;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815802;STB=0.540502;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.055263;OID=.;OPOS=183954203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:12:9:21:21:12:9:21:22 chr3 183975365 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.976;QD=55.0961;RBI=0.0789777;REFB=0;REVB=0.0786459;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450102;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr3 183976108 . T C 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0216046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.346;QD=14.8154;RBI=0.0313672;REFB=-0.016087;REVB=-0.0227408;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313776;STB=0.501778;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0275035;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:9:20:27:12:9:20:27:12 chr3 183996068 . C T 702.46 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0257438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.605;QD=24.2229;RBI=0.0257509;REFB=-0.0245394;REVB=-0.000602466;RO=49;SAF=27;SAR=40;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528063;STB=0.528812;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0164965;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:67:67:0.577586:40:27:23:26:40:27:23:26 chr3 184037533 . A G 731.37 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139306;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4192;QD=63.5972;RBI=0.0326282;REFB=0;REVB=-0.0325984;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101898;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr3 184039666 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0420301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6029;QD=24.0663;RBI=0.046832;REFB=0.0319519;REVB=0.0206569;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514688;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0234221;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:15:16:0.615385:9:6:4:6:9:7:4:6 chr3 184075047 . A G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00247048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.105;QD=23.0011;RBI=0.0048171;REFB=-0.0144289;REVB=0.00413536;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325014;STB=0.517993;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00892395;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:12:10:12:17:12:10 chr3 184090809 . C CG 46.04 PASS AF=0.132075;AO=16;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0717614;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.2292;QD=1.73728;RBI=0.0904739;REFB=-0.011253;REVB=-0.0550982;RO=88;SAF=1;SAR=15;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668333;STB=0.932822;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0108786;OID=.;OPOS=184090810;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132075:16:106:14:106:92:1:13:54:38:46:88:1:15:54:34 chr3 184102396 . C T 666.8 PASS AF=0.581818;AO=58;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.013189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9013;QD=24.2472;RBI=0.017933;REFB=-0.0160396;REVB=-0.0121508;RO=39;SAF=36;SAR=22;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570311;STB=0.510413;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00669284;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:46:58:64:0.581818:22:36:27:12:28:36:27:19 chr3 184103903 . A C 295.14 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00441665;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.94;QD=20.3543;RBI=0.00446308;REFB=-0.00791148;REVB=0.000642087;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290587;STB=0.660769;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00495415;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:12:19:7:20:12:19:7:20 chr3 184144585 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0301202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8772;QD=12.973;RBI=0.0596771;REFB=-0.00929546;REVB=-0.0515182;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0170562;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:7:11:7:5:7:11 chr3 184289152 . A G 551.13 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000293858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.539;QD=26.8844;RBI=0.0334319;REFB=-0.00807911;REVB=-0.0334306;RO=32;SAF=25;SAR=25;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00503197;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:25:25:16:16:25:25:16:16 chr3 184300041 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC 100.92 PASS AF=0.8,0.2;AO=5,2;DP=12;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100154,0.101653;FXX=0.230592;HRUN=1,1;LEN=6,5;MLLD=79.6044,234.913;QD=40.3681;RBI=0.134299,0.104471;REFB=0,0;REVB=0.0894733,-0.0241032;RO=0;SAF=1,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0107956,0.0669;OID=.,.;OPOS=184300042,184300061;OREF=GTGTGT,TGTGT;OALT=-,CGCGC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:5,2:12:8,2:10:0:1,0:7,2:0:0:12:0:1,0:4,2:0:0 chr3 184550501 . A G 156.06 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0313972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7093;QD=9.45844;RBI=0.0361384;REFB=-0.00817577;REVB=0.0178942;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368322;STB=0.521719;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0134867;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:25:20:10:11:25:20 chr3 184573555 . C T 105.79 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0274246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.493;QD=11.4367;RBI=0.0291364;REFB=-0.00221783;REVB=0.0098398;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404072;STB=0.725472;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00424266;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:4:9:7:16:4:9:8:16 chr3 184633247 . A C 332.36 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00625401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.416;QD=32.4255;RBI=0.0698158;REFB=-0.013701;REVB=0.0695351;RO=13;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175461;STB=0.595788;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00713238;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:15:13:10:3:15:13:10:3 chr3 184647413 . T A,C 932.43 PASS AF=0.107692,0.892308;AO=7,58;DP=65;FAO=7,58;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=4,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001298,-0.00110803;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.414,254.275;QD=57.38;RBI=0.022856,0.0112659;REFB=0,0;REVB=-0.0228192,-0.0112112;RO=0;SAF=3,28;SAR=4,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0466332,-0.00462981;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:65:65:0:0:7,58:7,58:0.107692,0.892308:4,30:3,28:0:0:4,30:3,28:0:0 chr3 184700356 . A C 256.89 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.443;QD=51.3783;RBI=0.0553802;REFB=0;REVB=0.055354;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268282;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:8:9:0:0:11:9:0:0 chr3 184700426 . C T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0418538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6847;QD=4.15617;RBI=0.0422222;REFB=-0.00245012;REVB=-0.00556577;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201684;STB=0.635943;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0062387;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:9:18:3:3:9:18 chr3 184766325 . G A 142.91 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00411326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.249;QD=6.72513;RBI=0.0042521;REFB=-0.0082465;REVB=0.00107772;RO=64;SAF=11;SAR=10;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048554;STB=0.529647;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0264803;OID=.;OPOS=184766325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:64:21:21:0.247059:10:11:31:33:10:11:31:33 chr3 184795895 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.742;QD=56.9569;RBI=0.0405387;REFB=0;REVB=0.0289844;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73189e-05;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr3 184798067 . T C 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.848;QD=54.8239;RBI=0.0385934;REFB=-0.0300137;REVB=0.0364941;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000160753;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:0:1:26:24:0:1 chr3 185046975 . T C 771.94 PASS AF=0.648148;AO=70;DP=108;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00364517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.996;QD=28.5902;RBI=0.0169315;REFB=-0.00638282;REVB=0.0165344;RO=37;SAF=42;SAR=28;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392655;STB=0.52671;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00319497;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:37:38:70:70:0.648148:28:42:20:17:28:42:20:18 chr3 185226396 . A G 343.06 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00784608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.19;QD=37.087;RBI=0.00904807;REFB=-0.0173681;REVB=-0.00450628;RO=9;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136789;STB=0.574063;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00827918;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:9:9:28:28:0.756757:17:11:1:8:17:11:1:8 chr3 185229464 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00865635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.632;QD=14.3999;RBI=0.01376;REFB=-0.0250559;REVB=0.0106961;RO=34;SAF=19;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26626;STB=0.652993;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0329886;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:6:19:18:16:6:19:18:16 chr3 185300589 . T C 125.15 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0201122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.656;QD=9.27046;RBI=0.0202375;REFB=-0.0241661;REVB=0.00224783;RO=37;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280334;STB=0.618896;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0433675;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:37:16:17:0.314815:13:3:14:23:13:4:14:23 chr3 185866733 . T C 504.13 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0398134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.656;QD=28.0074;RBI=0.040084;REFB=-0.00491361;REVB=0.00464962;RO=26;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039937;STB=0.52173;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00241788;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:24:22:14:12:24:22:14:12 chr3 185867550 . G C 526.87 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.749;QD=56.9589;RBI=0.0113548;REFB=-0.128771;REVB=0.00103706;RO=1;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170248;STB=0.509086;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000306766;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:27:9:0:1:27:9:0:1 chr3 185990095 . TC T,TT 972.88 PASS AF=0.0447761,0.955224;AO=8,59;DP=67;FAO=3,64;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968054,0.0120226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.539,299.752;QD=58.0822;RBI=0.0328729,0.0301113;REFB=0,0;REVB=0.0314152,0.027607;RO=0;SAF=2,35;SAR=6,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0425274,0.000878812;OID=.,.;OPOS=185990096,185990096;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0447761,0.955224:8,59:67:3,64:67:0:0,37:3,27:0:0:6:0:2,35:6,24:0:0 chr3 186006566 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.809;QD=56.1915;RBI=0.0280218;REFB=0;REVB=0.0185929;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28384e-06;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr3 186337713 . T C 520.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7848;QD=59.4879;RBI=0.0627949;REFB=0;REVB=0.0276193;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798793;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr3 186338382 . G C 708.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.432;QD=62.955;RBI=0.0432588;REFB=0;REVB=0.000316474;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142333;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chr3 186338425 . A C 671.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.785;QD=62.4308;RBI=0.0434896;REFB=0;REVB=-0.025506;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1619e-06;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:31:10:0:0:31:12:0:0 chr3 186358366 . A C 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0346418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.455;QD=10.4167;RBI=0.0393246;REFB=-0.0106196;REVB=-0.0186111;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111033;STB=0.506488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.019103;OID=.;OPOS=186358366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:20:25:13:10:20:25 chr3 186370333 . G T 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0066;QD=64.3953;RBI=0.0429021;REFB=0;REVB=0.00772322;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041503;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr3 186370350 . A G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0018627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.408;QD=24.5166;RBI=0.0066393;REFB=-0.00643877;REVB=-0.00637265;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154093;STB=0.585523;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00473858;OID=.;OPOS=186370350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:14:8:15:12:14:8 chr3 186390627 . C T 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00495885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.012;QD=6.04298;RBI=0.0211032;REFB=-0.00866107;REVB=0.0205123;RO=42;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455095;STB=0.528799;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0280573;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:5:7:26:16:5:7:26:16 chr3 186395180 . T C 403.86 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5789;QD=53.848;RBI=0.145632;REFB=0;REVB=0.0242915;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252703;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:1:0:23:30:1:15:8:1:0:14:16:0:0 chr3 186395436 . C T 204.04 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00640685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.003;QD=30.2276;RBI=0.076345;REFB=-0.0223737;REVB=0.0760757;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619832;STB=0.519979;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00928624;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:27:27:7:8:19:19:0.703704:13:6:3:4:13:6:3:5 chr3 186395572 . A T 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3712;QD=51.4968;RBI=0.0559058;REFB=-0.15229;REVB=0.0245215;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00984176;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:0:1:19:7:0:1 chr3 186435370 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.572;QD=59.829;RBI=0.0457655;REFB=0;REVB=0.0451894;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20021e-05;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:47:55:0:0:47:56:0:0 chr3 186437944 . T C 213.23 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00333518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.534;QD=10.4014;RBI=0.00372161;REFB=-0.00693428;REVB=0.00165134;RO=55;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243981;STB=0.531473;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0112681;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:26:27:0.329268:17:9:18:37:17:10:18:37 chr3 186443018 . T C 109.21 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0121419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.573;QD=8.56572;RBI=0.0122703;REFB=-0.0166899;REVB=0.00177007;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218676;STB=0.633611;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0418875;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:17:20:5:9:17:20 chr3 186445052 . T G 564.49 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0297491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.888;QD=29.7097;RBI=0.0335814;REFB=-0.0101895;REVB=0.0155788;RO=25;SAF=36;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217631;STB=0.613348;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0043037;OID=.;OPOS=186445052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:26:50:50:0.657895:14:36:10:15:14:36:11:15 chr3 186489724 . T C 432.72 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027914;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5564;QD=57.6964;RBI=0.0596945;REFB=0;REVB=0.0527659;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164036;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 186507757 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.747;QD=56.7066;RBI=0.0126343;REFB=0;REVB=0.00335069;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57135e-05;OID=.;OPOS=186507757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr3 186570892 . T G 764.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.147;QD=63.7326;RBI=0.00704106;REFB=0;REVB=0.0066554;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38966e-05;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:15:30:0:0:16:32:0:0 chr3 186795924 . C T 634.2 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00284515;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.821;QD=21.1401;RBI=0.00503657;REFB=-0.0102723;REVB=-0.00415599;RO=57;SAF=30;SAR=33;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124803;STB=0.568434;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0135821;OID=.;OPOS=186795924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:33:30:19:38:33:30:19:38 chr3 186937548 . C T 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00496054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.571;QD=9.64347;RBI=0.0299087;REFB=-0.0186706;REVB=-0.0294944;RO=49;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122744;STB=0.572455;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0321901;OID=.;OPOS=186937548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:15:8:22:27:15:8:22:27 chr3 186937568 . A G 925.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132806;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.6;QD=58.737;RBI=0.0248859;REFB=0;REVB=0.0210459;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168488;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr3 186953808 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00410155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.759;QD=10.4723;RBI=0.0172145;REFB=-0.0035743;REVB=-0.0167187;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974616;STB=0.558158;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00908893;OID=.;OPOS=186953808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:16:8:5:7:16:8 chr3 186954285 . A G 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.983;QD=58.7721;RBI=0.0801669;REFB=0;REVB=0.0741528;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403066;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr3 187088812 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0390648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.269;QD=11.2148;RBI=0.0418214;REFB=-0.0197586;REVB=-0.0149322;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881381;STB=0.545395;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0299875;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:12:4:10:22:12:4:10:23 chr3 187088903 . C A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0040593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9142;QD=14.7939;RBI=0.0114718;REFB=-0.0215637;REVB=0.0107296;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104216;STB=0.559936;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.031571;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:8:19:11:7:8:19 chr3 187088926 . G A 593.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.453;QD=60.9151;RBI=0.0608042;REFB=0;REVB=0.0605967;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342697;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 187416634 . C A 999.03 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0109931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9872;QD=55.5016;RBI=0.0195904;REFB=-0.0693184;REVB=0.0162153;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000750534;STB=0.514702;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00279929;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:72:2:2:70:70:0.972222:36:34:1:1:37:33:2:0 chr3 187416719 . TG CA,CG 450.38 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,29;DP=31;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970828,-0.00163109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=75.1692,175.075;QD=56.2979;RBI=0.0324802,0.00805938;REFB=0,0;REVB=-0.0309953,-0.0078926;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.017046,0.00162689;OID=.,.;OPOS=187416719,187416719;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:32:0:0:2,29:2,30:0.0625,0.9375:2,9:0,20:0:0:2,10:0,20:0:0 chr3 187447032 . G A 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.285;QD=36.3419;RBI=0.0677781;REFB=-0.0369584;REVB=0;RO=1;SAF=11;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237907;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:0:11:1:0:0:11:1:0 chr3 187897059 . G A 202.02 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0406889;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9405;QD=18.3652;RBI=0.0418726;REFB=0.0019626;REVB=0.00988545;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137543;STB=0.599891;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000908884;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:23:24:20:20:0.454545:16:4:7:16:16:4:8:16 chr3 187897424 . A C 321.09 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0512128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.344;QD=33.799;RBI=0.0549035;REFB=0.00794757;REVB=-0.0197898;RO=11;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10164;STB=0.555514;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00476567;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:12:15:4:7:12:15:4:7 chr3 187897614 . C G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00393973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.584;QD=19.9285;RBI=0.0217427;REFB=-0.0193575;REVB=-0.0213828;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463907;STB=0.774057;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00965972;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:1:11:5:4:1:11:5:4 chr3 187897954 . T A 884.12 PASS AF=0.574468;AO=83;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=0.0390227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8903;QD=25.0814;RBI=0.0518957;REFB=-0.0115157;REVB=0.034211;RO=55;SAF=33;SAR=50;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226933;STB=0.646962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00923839;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:55:60:83:81:0.574468:50:33:39:16:50:31:44:16 chr3 187898593 . G A 77.95 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.109764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5226;QD=14.1735;RBI=0.110058;REFB=-0.0239514;REVB=-0.00802824;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242655;STB=0.639755;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.024827;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:10:2:4:6:10:2 chr3 188327461 . C T 512.5 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00533888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.132;QD=26.9738;RBI=0.00548245;REFB=-0.00697246;REVB=0.00124643;RO=28;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124669;STB=0.574436;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00452746;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:28:29:47:47:0.618421:27:20:17:11:27:20:18:11 chr3 188464248 . G GT 1385.89 PASS AF=1;AO=114;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640026;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4368;QD=46.5846;RBI=0.111426;REFB=0;REVB=-0.0912107;RO=3;SAF=69;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00180588;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:121:119:119:0:71:48:0:0:26:3:69:45:3:0 chr3 188868715 . A C 349.71 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.000664284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.058;QD=11.755;RBI=0.00177676;REFB=-0.0057677;REVB=-0.00164791;RO=76;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327481;STB=0.518746;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0108197;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:43:43:0.361345:25:18:34:42:25:18:34:42 chr3 188868753 . A G 332.59 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0107262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.879;QD=11.8781;RBI=0.0142392;REFB=-0.0008166;REVB=-0.00936507;RO=71;SAF=14;SAR=27;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127912;STB=0.57337;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00160754;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:27:14:32:39:27:14:32:39 chr3 189033292 . C G 1115.64 PASS AF=0.713178;AO=92;DP=129;FAO=92;FDP=129;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0328022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.987;QD=34.5934;RBI=0.0388012;REFB=-0.0424124;REVB=0.0207256;RO=37;SAF=40;SAR=52;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085884;STB=0.54606;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0141199;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:37:37:92:92:0.713178:52:40:22:15:52:40:22:15 chr3 190024457 . A G 364.96 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00584465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.648;QD=33.9502;RBI=0.0304513;REFB=0.00754923;REVB=0.0298851;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822649;STB=0.544862;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0027369;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:16:14:8:5:16:14:8:5 chr3 190030680 . A C,G 1091.99 PASS AF=0.038961,0.948052;AO=3,68;DP=72;FAO=3,73;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=1,33;FSAR=2,40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126889,0.0110941;FXX=0.0374953;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.6,119.345;QD=56.727;RBI=0.0153651,0.0573865;REFB=-0.113023,-0.102722;REVB=-0.00866477,0.056304;RO=1;SAF=1,30;SAR=2,38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.0154939;STB=0.665547,0.507461;STBP=0.558,0.32;TYPE=snp,snp;VARB=0.0843166,0.000717076;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:72:77:1:1:3,68:3,73:0.038961,0.948052:2,38:1,30:1:0:2,40:1,33:1:0 chr3 190333162 . TG T,TT 1091.48 PASS AF=1,0;AO=69,3;DP=72;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138096,-0.0131581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=357.189,341.3;QD=59.8071;RBI=0.0138455,0.0132864;REFB=0,0;REVB=-0.000996376,-0.00184199;RO=0;SAF=27,3;SAR=42,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56939e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-5.65554e-06,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:69,3:72:73,0:73:0:30,0:43,0:0:0:6:0:27,3:42,0:0:0 chr3 190360102 . G A 137.47 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0145887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4884;QD=11.2216;RBI=0.0378493;REFB=0.00017147;REVB=-0.0349248;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185385;STB=0.594054;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0024088;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:9:23:9:7:10:23 chr3 190578566 . A G 690.61 PASS AF=0.641304;AO=55;DP=87;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00678859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.736;QD=30.0266;RBI=0.0421527;REFB=-0.0274638;REVB=0.0416024;RO=32;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106694;STB=0.561337;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0179668;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:32:33:55:59:0.641304:31:24:19:13:35:24:19:14 chr3 190999917 . C A 154.52 PASS AF=0.365385;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00812359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2329;QD=11.8864;RBI=0.0142679;REFB=-0.030092;REVB=-0.0117295;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27647;STB=0.649143;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0462937;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:32:33:16:19:0.365385:10:6:20:12:12:7:20:13 chr3 191047532 . A G 1160.15 PASS AF=0.952381;AO=74;DP=77;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0464926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.446;QD=55.2454;RBI=0.095348;REFB=-0.17369;REVB=0.0832447;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255553;STB=0.523804;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00449768;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:84:2:4:74:80:0.952381:36:38:0:2:40:40:0:4 chr3 191074873 . C G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.399;QD=64.4137;RBI=0.0505517;REFB=0;REVB=0.0280759;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127075;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr3 191075902 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0186408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.372;QD=21.0649;RBI=0.0187201;REFB=-0.013011;REVB=0.00172109;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933852;STB=0.564461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0174289;OID=.;OPOS=191075902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:11:12:15:9:12:12 chr3 191093053 . T C 242.36 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0107511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.454;QD=29.3765;RBI=0.0625475;REFB=-0.00520181;REVB=0.0616166;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241665;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:5:6:12:10:5:6 chr3 191093175 . T A 165.92 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0443892;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6343;QD=39.0402;RBI=0.0444734;REFB=0.0228215;REVB=0.00273518;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160058;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00480619;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:17:3:2:15:15:0.882353:8:7:3:0:8:7:2:0 chr3 191093310 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00838702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.284;QD=24.1271;RBI=0.0277796;REFB=-0.0171019;REVB=-0.0264832;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115872;STB=0.564778;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0157132;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:7:4:9:8:7:4 chr3 191097966 . T C 738.77 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000441129;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.113;QD=54.7236;RBI=0.0130833;REFB=-0.162194;REVB=0.0130758;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000697743;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:21:32:0:0:21:32:0:1 chr3 191100561 . C A 714.67 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8183;QD=60.8226;RBI=0.0564242;REFB=0.0391898;REVB=-0.0552525;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00249535;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:26:19:1:0:26:20:1:0 chr3 191179193 . A G 481.0 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0826086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4172;QD=54.9718;RBI=0.0888487;REFB=-0.186634;REVB=0.0327096;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0101505;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:35:1:1:33:34:0.971429:21:12:1:0:22:12:1:0 chr3 191810914 . TA CG 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063106;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.788;QD=60.6103;RBI=0.0353725;REFB=0;REVB=0.034805;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000277627;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 192447403 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.283;QD=58.4196;RBI=0.008126;REFB=0;REVB=-0.00739512;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42395e-05;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 192447418 . A G 936.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=58.5287;RBI=0.0222513;REFB=0;REVB=0.0222271;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76891e-05;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:25:37:0:0:26:38:0:0 chr3 192515557 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.746;QD=57.8847;RBI=0.0349414;REFB=0;REVB=-0.0318978;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23058e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr3 193036783 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3115;QD=52.6087;RBI=0.0306446;REFB=0;REVB=0.021152;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830902;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 193036794 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.296;QD=53.9105;RBI=0.0368525;REFB=0;REVB=-0.0172207;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101894;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 193042776 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.107;QD=60.9769;RBI=0.0120256;REFB=0;REVB=-0.01013;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53211e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 193080344 . C T 435.51 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00183239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.256;QD=23.8635;RBI=0.00842912;REFB=0.00467756;REVB=-0.00822754;RO=31;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258529;STB=0.514185;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0057727;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:19:23:18:13:19:23:18:13 chr3 193080414 . C G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00201935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.499;QD=14.2704;RBI=0.0119828;REFB=-0.00919146;REVB=-0.0118114;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672294;STB=0.538429;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0127307;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:20:13:8:16:20:13 chr3 193081122 . G T 769.09 PASS AF=0.576;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0192231;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4348;QD=24.6107;RBI=0.0250512;REFB=-0.0113789;REVB=-0.0160635;RO=53;SAF=30;SAR=42;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145714;STB=0.579417;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00551842;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:53:53:72:72:0.576:42:30:32:21:42:30:32:21 chr3 193096529 . C T 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00107087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.182;QD=10.2903;RBI=0.00701678;REFB=-0.00113734;REVB=-0.00693458;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238477;STB=0.513942;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00136197;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:11:13:25:23:11:13:25:23 chr3 193209178 . T C 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00552745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.962;QD=18.2463;RBI=0.0239289;REFB=0.0040561;REVB=0.0232818;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00345806;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:7:8:7:8:7:8 chr3 193210768 . A G 424.72 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0140842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.374;QD=29.8046;RBI=0.0338239;REFB=-0.00207335;REVB=0.0307521;RO=18;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699767;STB=0.538024;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00229736;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:17:22:8:10:17:22:8:10 chr3 193355074 . T C 1535.64 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.834;QD=62.679;RBI=0.0282362;REFB=0;REVB=0.0241527;RO=0;SAF=24;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10422e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:71:24:0:0:73:25:0:0 chr3 193385059 . G A 660.87 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00518452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.73;QD=21.8469;RBI=0.0106034;REFB=-0.00853038;REVB=0.00924948;RO=55;SAF=34;SAR=31;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187685;STB=0.505863;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00773331;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:55:56:65:65:0.53719:31:34:30:25:31:34:30:26 chr3 193863706 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0151349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9846;QD=12.0517;RBI=0.0384773;REFB=0.00623997;REVB=-0.0353756;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0031325;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr3 194061826 . C T 412.55 PASS AF=0.702128;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0973458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.452;QD=35.111;RBI=0.101302;REFB=-0.0437215;REVB=0.0280346;RO=14;SAF=10;SAR=22;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175384;STB=0.516119;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0179804;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:14:32:33:0.702128:22:10:4:10:22:11:4:10 chr3 194061906 . TG CA,CG 606.91 PASS AF=0.341463,0.658537;AO=13,27;DP=40;FAO=14,27;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=11,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175279,-0.0141278;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=229.087,74.2054;QD=59.2109;RBI=0.0209716,0.0331064;REFB=0,0;REVB=0.0115144,-0.0299406;RO=0;SAF=2,10;SAR=11,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00647241,-0.00443898;OID=.,.;OPOS=194061906,194061906;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:41:0:0:13,27:14,27:0.341463,0.658537:11,17:2,10:0:0:11,17:3,10:0:0 chr3 194062565 . C T 120.22 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000182669;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8964;QD=43.7176;RBI=0.0455411;REFB=0;REVB=0.0455407;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014648;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 194063153 . G A 269.14 PASS AF=0.421053;AO=20;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0148874;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.748;QD=18.8868;RBI=0.0158395;REFB=-0.00654265;REVB=-0.00540895;RO=9;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264438;STB=0.690651;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00298444;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:9:24:20:24:0.421053:15:5:6:3:17:7:16:8 chr3 194063300 . T C,G 1037.17 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=66,5;DP=71;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=33,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688523,-0.0134432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.8065,224.754;QD=58.4323;RBI=0.00849143,0.0175277;REFB=0,0;REVB=-0.0049697,-0.0112472;RO=0;SAF=33,0;SAR=33,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00542099,0.124664;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:71:71:0:0:66,5:66,5:0.929577,0.0704225:33,5:33,0:0:0:33,5:33,0:0:0 chr3 194118874 . T C 616.42 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592882;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.217;QD=61.6419;RBI=0.0103554;REFB=0;REVB=0.00849017;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01917e-05;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr3 194124427 . C T 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00796826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.646;QD=18.7851;RBI=0.0502411;REFB=-0.0103442;REVB=-0.0496052;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560909;STB=0.53129;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00818791;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:13:20:18:15:13:20:18:15 chr3 194313832 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.514;QD=52.6131;RBI=0.0280165;REFB=0;REVB=-0.0120038;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90674e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:6:16:0:0 chr3 194337901 . T C 135.81 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0176058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.654;QD=8.35768;RBI=0.0263238;REFB=0.00829928;REVB=-0.0195697;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22661;STB=0.624875;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0104573;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:10:9:30:15:10:9:30:16 chr3 194338423 . C T 169.83 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0173564;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.525;QD=10.2928;RBI=0.0350505;REFB=-0.0100909;REVB=-0.0304515;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252269;STB=0.662936;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0175417;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:44:22:22:0.333333:10:12:13:28:10:12:13:31 chr3 194349178 . C T 108.92 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0425594;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.062;QD=5.88772;RBI=0.0512779;REFB=-0.000678664;REVB=0.0286029;RO=56;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300197;STB=0.511169;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00402647;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:56:57:17:17:0.22973:9:8:25:31:9:8:26:31 chr3 194353875 . G T 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00572886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9352;QD=30.5904;RBI=0.0237797;REFB=-0.0607986;REVB=0.0230793;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0115522;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:1:1:6:4:1:1 chr3 194373832 . TG CA 1719.85 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380381;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=2;MLLD=367.699;QD=60.8798;RBI=0.039334;REFB=0;REVB=0.0100133;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.43341e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:61:52:0:0 chr3 194387300 . C T 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.020428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.38;QD=35.7566;RBI=0.0211386;REFB=-0.014685;REVB=0.00543489;RO=14;SAF=10;SAR=24;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544167;STB=0.502957;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00610101;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:24:10:4:10:24:10:4:10 chr3 194842785 . C G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1732;QD=59.014;RBI=0.0568698;REFB=0;REVB=-0.0530576;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028436;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr3 194842877 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.839;QD=57.1775;RBI=0.032754;REFB=0;REVB=-0.0192366;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2513e-06;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr3 194842911 . A G 641.62 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013349;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.88;QD=62.5975;RBI=0.024041;REFB=0;REVB=0.0199944;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271035;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr3 195242526 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.359;QD=44.6897;RBI=0.113633;REFB=0;REVB=0.0154095;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847971;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 195345828 . AG GA 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456461;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.361;QD=52.6111;RBI=0.0459946;REFB=0;REVB=-0.00565116;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000381503;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 195345953 . C T 206.67 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0671487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.878;QD=31.796;RBI=0.0688585;REFB=-0.0697804;REVB=0.0152495;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151457;STB=0.590073;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0112107;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:26:6:7:18:19:0.730769:9:9:5:1:9:10:6:1 chr3 195346477 . C T 271.25 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0608914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0614;QD=30.1384;RBI=0.0749892;REFB=-0.0466228;REVB=0.0437678;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756913;STB=0.541632;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0262904;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:36:12:12:24:24:0.666667:13:11:7:5:13:11:7:5 chr3 195346861 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0204235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.721;QD=9.14914;RBI=0.0238484;REFB=0.000398144;REVB=0.0123137;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798483;STB=0.547274;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00130774;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:11:7:13:27:11:7:13:27 chr3 195399505 . C T 104.45 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0344222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.8;QD=10.713;RBI=0.0398861;REFB=-0.0133789;REVB=-0.0201498;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290827;STB=0.525857;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0427104;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:26:13:13:0.333333:6:7:13:10:6:7:15:11 chr3 195400799 . G A 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00927101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.899;QD=3.24458;RBI=0.0319744;REFB=-0.000246634;REVB=-0.0306008;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215425;STB=0.655216;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00487506;OID=.;OPOS=195400799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:18:17:4:2:18:17 chr3 195400822 . G A 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.025713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.738;QD=3.88733;RBI=0.0486045;REFB=0.000828419;REVB=0.0412461;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.627018;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0105301;OID=.;OPOS=195400822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:14:15:4:2:14:15 chr3 195400841 . C A 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000942501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.849;QD=5.21555;RBI=0.0197497;REFB=-0.00754474;REVB=0.0197272;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027839;OID=.;OPOS=195400841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:7:14:4:2:7:14 chr3 195400848 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0316462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.341;QD=5.21553;RBI=0.032424;REFB=-0.00152733;REVB=0.00705936;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154013;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:4:2:6:14:4:2:7:14 chr3 195404649 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7824;QD=33.428;RBI=0.082405;REFB=0;REVB=-0.0709741;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101958;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 195447886 . G C 849.04 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0287187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6675;QD=22.7931;RBI=0.0395668;REFB=-0.0301447;REVB=0.0272171;RO=69;SAF=53;SAR=27;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760459;STB=0.541694;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0285159;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:69:80:80:0.536913:27:53:40:29:27:53:40:29 chr3 195451880 . AG GA 168.9 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150711;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.7024;QD=48.2571;RBI=0.0172778;REFB=0;REVB=-0.00844889;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000142912;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr3 195452770 . G A 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.01141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.363;QD=12.5781;RBI=0.0216202;REFB=-0.00300672;REVB=-0.0183642;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280176;STB=0.661487;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00338374;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:7:24:9:8:7:24 chr3 195452799 . C T 200.48 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0725384;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6139;QD=13.5917;RBI=0.0768697;REFB=0.00485096;REVB=0.0254387;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111945;STB=0.563747;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00427213;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:11:24:14:10:11:24 chr3 195452951 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7916;QD=57.1775;RBI=0.0922382;REFB=0;REVB=-0.0847505;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133208;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr3 195452987 . G A 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0194177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6709;QD=21.9989;RBI=0.0364623;REFB=-0.0181062;REVB=-0.0308618;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.011516;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:8:15:15:14:8:15 chr3 195452991 . C T 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0384399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6399;QD=21.9987;RBI=0.0501321;REFB=0.0202628;REVB=0.0321807;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0146469;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:8:15:15:14:8:15 chr3 195453014 . G A 376.76 PASS AF=0.649123;AO=34;DP=54;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00388928;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.022;QD=26.4395;RBI=0.00588227;REFB=-0.0218184;REVB=0.004413;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133947;STB=0.530402;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0132996;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:19:20:34:37:0.649123:19:15:8:11:19:18:8:12 chr3 195453064 . T G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3484;QD=58.5957;RBI=0.0406017;REFB=0;REVB=-0.037409;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212018;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr3 195453243 . C T 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0225117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.509;QD=12.7898;RBI=0.0279314;REFB=-0.010099;REVB=0.0165344;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222816;STB=0.635159;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0158883;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:19:9:23:21:19:9:24:21 chr3 195453257 . G A 249.52 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0735862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2134;QD=14.2585;RBI=0.0736489;REFB=-0.038631;REVB=-0.00303869;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530162;STB=0.523274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0575902;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:16:13:20:20:16:13:20:21 chr3 195453406 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.000482523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.14;QD=16.3859;RBI=0.0123598;REFB=-0.00931386;REVB=0.0123504;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51159;STB=0.79683;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00416276;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:1:7:2:7:1:7 chr3 195453412 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0195657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.143;QD=16.3859;RBI=0.0331532;REFB=-0.0259875;REVB=-0.0267641;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51159;STB=0.79683;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0267162;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:1:7:2:7:1:7 chr3 195456561 . C G 238.0 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00122335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.805;QD=20.2551;RBI=0.0146248;REFB=-0.00716411;REVB=-0.0145736;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094985;STB=0.553459;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00609394;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:10:14:11:12:10:14 chr3 195477791 . G A 1735.56 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.72;QD=60.3675;RBI=0.0386195;REFB=0;REVB=0.0226621;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45529e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:107:115:0:0:107:115:1:47:60:0:0:52:63:0:0 chr3 195479256 . T C 500.76 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7868;QD=58.9132;RBI=0.0990855;REFB=0;REVB=0.0670775;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108679;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 195489009 . C A 2335.68 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.311;QD=61.0634;RBI=0.0448575;REFB=0;REVB=0.0313088;RO=0;SAF=72;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23167e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:81:72:0:0:81:72:0:0 chr3 195489067 . C G 2641.54 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0540004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9007;QD=61.4311;RBI=0.0648348;REFB=-0.108986;REVB=-0.0358819;RO=1;SAF=77;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614115;STB=0.503225;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000160934;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:172:1:1:170:171:0.994186:93:77:1:0:94:77:1:0 chr3 195495916 . G C 868.51 PASS AF=0.866667;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0359367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.814;QD=46.3207;RBI=0.0364637;REFB=-0.0908758;REVB=-0.00617685;RO=6;SAF=31;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830984;STB=0.516415;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00212792;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:6:10:65:65:0.866667:34:31:6:0:34:31:6:4 chr3 195497174 . C G 870.78 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5886;QD=56.1796;RBI=0.0556942;REFB=0.0522056;REVB=0.0114997;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000216113;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:32:29:0:0:32:29:1:0 chr3 195497743 . T C 726.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.832;QD=63.1545;RBI=0.0196512;REFB=0;REVB=0.0132221;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07006e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr3 195501149 . C T 1061.48 PASS AF=0.927711;AO=72;DP=79;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0986502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7985;QD=51.1554;RBI=0.108754;REFB=-0.137292;REVB=0.0457769;RO=7;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680995;STB=0.529404;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0107628;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:79:83:7:6:72:77:0.927711:45:27:0:7:48:29:0:6 chr3 195505664 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.743;QD=57.6764;RBI=0.0177205;REFB=0;REVB=-0.0176825;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3038e-05;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr3 195505788 . G C 59.34 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.842;QD=29.6688;RBI=0.0557983;REFB=-0.200377;REVB=0.0162722;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00490313;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr3 195512107 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.705;QD=33.4285;RBI=0.0201921;REFB=0;REVB=0.0191417;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105543;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr3 195513102 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.160349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5415;QD=9.44177;RBI=0.180103;REFB=-0.00899531;REVB=-0.0820077;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00818172;OID=.;OPOS=195513102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:3:7:4:2:3:7 chr3 195515594 . C G 515.39 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0273169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.388;QD=24.8382;RBI=0.0299625;REFB=-0.0135977;REVB=0.0123101;RO=33;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124382;STB=0.578281;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00778462;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:35:48:48:0.578313:24:24:22:11:24:24:24:11 chr3 195515617 . G C 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0903;QD=63.0472;RBI=0.140941;REFB=0;REVB=0.13992;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111396;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr3 195516630 . G T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00353505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.184;QD=53.9324;RBI=0.0119433;REFB=0.104623;REVB=0.0114081;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000590795;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:25:5:0:0:25:5:1:0 chr3 195516878 . T C 342.53 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.545;QD=54.8051;RBI=0.182076;REFB=0;REVB=0.0718241;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162802;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:21:25:1:14:7:0:0:17:8:0:0 chr3 195517258 . G A 674.02 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236783;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.516;QD=62.699;RBI=0.0112976;REFB=0;REVB=0.0110467;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106037;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr3 195517321 . G A 421.69 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156215;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.377;QD=54.4112;RBI=0.0196976;REFB=-0.00228139;REVB=0.0119985;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000190149;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:4:26:0:0:4:26:1:0 chr3 195517553 . A C 375.67 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0382106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.072;QD=50.0892;RBI=0.0718645;REFB=-0.114432;REVB=0.0608642;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535689;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00278784;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:0:2:28:28:0.933333:13:15:0:0:13:15:0:2 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 642.25 PASS AF=0.141026,0.576923;AO=11,43;DP=84;FAO=11,45;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=9,20;FSAR=2,25;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0116283,0.00640666;FXX=0.0249969;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=111.917,428.687;QD=32.9358;RBI=0.0271961,0.0105867;REFB=0.00410319,-0.0100631;REVB=0.0245848,0.0084281;RO=27;SAF=9,20;SAR=2,23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233973,-0.141601;STB=0.589985,0.592065;STBP=0.553,0.037;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000801153,0.00602331;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:78:27:22:11,43:11,45:0.141026,0.576923:2,23:9,20:18:9:2,25:9,20:16:6 chr3 195518330 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.709;QD=49.5982;RBI=0.0151929;REFB=0;REVB=-0.0120447;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69787e-05;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr3 195611844 . G A 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00657053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.447;QD=35.799;RBI=0.0146681;REFB=-0.0516035;REVB=-0.0131142;RO=10;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803336;STB=0.543695;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0186381;OID=.;OPOS=195611844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:15:13:3:7:15:13:3:7 chr3 195647997 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.388;QD=37.4885;RBI=0.136736;REFB=0;REVB=0.00674949;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253934;OID=.;OPOS=195647997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr3 195668478 . A G 527.35 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262249;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2141;QD=60.2688;RBI=0.0380279;REFB=0;REVB=-0.0379373;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315254;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr3 195690216 . T C 58.38 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0092828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1484;QD=2.62395;RBI=0.0277832;REFB=-0.000879346;REVB=0.0261866;RO=77;SAF=7;SAR=5;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792604;STB=0.555672;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00684048;OID=.;OPOS=195690216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:77:77:12:12:0.134831:5:7:40:37:5:7:40:37 chr3 195690233 . A G 58.38 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00279518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.376;QD=2.62378;RBI=0.00374075;REFB=-5.87222e-05;REVB=-0.00248599;RO=77;SAF=7;SAR=5;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792604;STB=0.555672;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00514377;OID=.;OPOS=195690233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:77:77:12:12:0.134831:5:7:40:37:5:7:40:37 chr3 195690251 . A G 65.2 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0326652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.517;QD=2.8346;RBI=0.0326954;REFB=0.000821691;REVB=0.00140355;RO=77;SAF=8;SAR=5;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888525;STB=0.573265;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00536805;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:77:79:13:13:0.141304:5:8:42:35:5:8:42:37 chr3 195692347 . G A 30.08 PASS AF=0.0625;AO=13;DP=208;FAO=13;FDP=208;FR=.;FRO=195;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=100;FSRR=95;FWDB=0.00268757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.503;QD=0.578515;RBI=0.0125555;REFB=-0.00102478;REVB=-0.0122645;RO=195;SAF=9;SAR=4;SRF=100;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190137;STB=0.671172;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0247084;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:208:208:195:195:13:13:0.0625:4:9:100:95:4:9:100:95 chr3 195701278 . C T 209.43 PASS AF=0.217949;AO=34;DP=156;FAO=34;FDP=156;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0224419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.581;QD=5.3699;RBI=0.0225149;REFB=-0.00110207;REVB=0.0018117;RO=120;SAF=15;SAR=19;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113158;STB=0.514092;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0141935;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:120:122:34:34:0.217949:19:15:54:66:19:15:56:66 chr3 195701285 . G T 249.63 PASS AF=0.223464;AO=41;DP=179;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=0.0161885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.828;QD=5.57829;RBI=0.0178147;REFB=0.00187437;REVB=-0.0074362;RO=138;SAF=21;SAR=20;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612509;STB=0.525127;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00621667;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:138:139:41:40:0.223464:20:21:64:74:20:20:65:74 chr3 195701304 . C T 315.82 PASS AF=0.237864;AO=49;DP=206;FAO=49;FDP=206;FR=.;FRO=157;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=0.0209026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.764;QD=6.13244;RBI=0.0364212;REFB=0.000571186;REVB=0.0298259;RO=157;SAF=26;SAR=23;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667056;STB=0.540257;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00300061;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:157:157:49:49:0.237864:23:26:75:82:23:26:75:82 chr3 195701310 . C CAA 173.83 PASS AF=0.23445;AO=46;DP=211;FAO=49;FDP=209;FR=.;FRO=160;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=-0.00125411;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.8649;QD=3.32694;RBI=0.0178646;REFB=0.0164516;REVB=-0.0178205;RO=160;SAF=24;SAR=22;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035598;STB=0.532982;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=-0.0539045;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23445:46:211:49:209:160:26:23:78:82:99:160:24:22:79:81 chr3 195701331 . G A 439.73 PASS AF=0.268085;AO=63;DP=234;FAO=63;FDP=235;FR=.;FRO=172;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=86;FSRR=86;FWDB=-0.0187904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.749;QD=7.48479;RBI=0.0686808;REFB=0.00028738;REVB=0.0660604;RO=171;SAF=33;SAR=30;SRF=85;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330718;STB=0.505807;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000997748;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:171:172:63:63:0.268085:30:33:85:86:31:32:86:86 chr3 195701388 . GC AA 559.7 PASS AF=0.321429;AO=72;DP=227;FAO=72;FDP=224;FR=.;FRO=152;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=86;FWDB=-6.84698e-05;FXX=0.0132153;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.66;QD=9.99457;RBI=0.0183482;REFB=-0.00942893;REVB=0.018348;RO=150;SAF=35;SAR=37;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621647;STB=0.535305;STBP=0.476;TYPE=mnp;VARB=0.0233312;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:224:150:152:72:72:0.321429:37:35:65:85:37:35:66:86 chr3 195702731 . G C 80.33 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.019354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.15;QD=16.9123;RBI=0.0235911;REFB=-0.0220691;REVB=0.0134894;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.588044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.021034;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:7:2:3:6:8:2:3:6 chr3 195710989 . G A 711.89 PASS AF=0.401042;AO=49;DP=190;FAO=77;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0248434;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.656;QD=14.8311;RBI=0.0305056;REFB=-0.0089002;REVB=0.0177031;RO=62;SAF=11;SAR=38;SRF=6;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209879;STB=0.506573;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0461389;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:62:115:49:77:0.401042:38:11:6:56:40:37:54:61 chr3 195710993 . A G 692.29 PASS AF=0.39604;AO=79;DP=200;FAO=80;FDP=202;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.000797819;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.04;QD=13.7087;RBI=0.0118508;REFB=-0.00501358;REVB=-0.0118239;RO=120;SAF=38;SAR=41;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645782;STB=0.502353;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00597408;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:120:122:79:80:0.39604:41:38:57:63:41:39:59:63 chr3 195711016 . G A 1228.61 PASS AF=0.533632;AO=119;DP=223;FAO=119;FDP=223;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.00555699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.522;QD=22.0378;RBI=0.0152932;REFB=0.000509521;REVB=-0.0142479;RO=104;SAF=57;SAR=62;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589574;STB=0.532183;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000743679;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:104:104:119:119:0.533632:62:57:57:47:62:57:57:47 chr3 195938177 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0661919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1631;QD=12.9735;RBI=0.0780375;REFB=-0.0135029;REVB=-0.0413338;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.562391;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0120521;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:6:12:9:3:6:12 chr3 195941216 . C G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.686;QD=62.0077;RBI=0.0386576;REFB=0;REVB=0.0384715;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58352e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr3 195955762 . G A 1844.08 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015921;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.659;QD=61.4692;RBI=0.0209304;REFB=0;REVB=0.0135869;RO=0;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25605e-05;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:44:76:0:0:44:76:0:0 chr3 195956827 . T C 1082.97 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231164;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0104;QD=60.165;RBI=0.0243954;REFB=0;REVB=-0.00779529;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20328e-05;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr3 196050627 . GA G 34.81 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.179525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2948;QD=5.15686;RBI=0.196561;REFB=-0.0269588;REVB=-0.080043;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0.309735;SSEP=0;SSSB=-0.512194;STB=0.827038;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0679858;OID=.;OPOS=196050628;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:8:27:8:27:19:1:7:10:9:34:19:1:7:10:9 chr3 196054439 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.607;QD=55.6561;RBI=0.0118811;REFB=0;REVB=0.0115327;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20316e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr3 196199204 . G T 1456.63 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6138;QD=61.9844;RBI=0.0715467;REFB=0.018003;REVB=-0.0573231;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0033267;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:42:51:0:1:42:51:0:1 chr3 196281208 . T C 527.7 PASS AF=0.555556;AO=32;DP=91;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0043132;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.868;QD=23.4535;RBI=0.0147899;REFB=0.0024651;REVB=0.014147;RO=39;SAF=4;SAR=28;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575835;STB=0.592556;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00218233;OID=.;OPOS=196281208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:39:40:32:50:0.555556:28:4:25:14:28:22:26:14 chr3 196294104 . C G 723.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709546;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.853;QD=56.7774;RBI=0.0197158;REFB=0;REVB=0.0183948;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361116;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:16:35:0:0 chr3 196386964 . C G 791.21 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.855;QD=55.5239;RBI=0.0410573;REFB=-0.114807;REVB=0.0372036;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692619;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:26:30:1:0:26:31:0:0 chr3 196435534 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.312;QD=56.9998;RBI=0.1091;REFB=0;REVB=0.0140322;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227528;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr3 196438826 . G T 557.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9691;QD=60.2605;RBI=0.0819363;REFB=0;REVB=0.0655511;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196478;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:23:14:0:0 chr3 196443803 . T C 4976.07 PASS AF=0.987768;AO=313;DP=320;FAO=323;FDP=327;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.100319;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4028;QD=60.8694;RBI=0.106657;REFB=-0.0976773;REVB=0.0362193;RO=4;SAF=121;SAR=192;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983202;STB=0.505025;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00184775;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:320:327:4:4:313:323:0.987768:192:121:0:4:197:126:0:4 chr3 196448103 . C T 545.26 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.564;QD=57.3962;RBI=0.00854662;REFB=-0.124311;REVB=-0.0084409;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-3.92877e-05;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:10:27:0:0:10:27:1:0 chr3 196511870 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.397;QD=49.5992;RBI=0.0922683;REFB=0;REVB=0.0653579;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64276e-06;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr3 196511920 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.939;QD=47.8224;RBI=0.0294851;REFB=0;REVB=0.0117897;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209303;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 196674749 . C T 527.02 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0769788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.895;QD=56.9755;RBI=0.0808101;REFB=-0.185626;REVB=0.0245873;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00387409;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr3 196674879 . A G 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3608;QD=64.4012;RBI=0.0588543;REFB=0;REVB=-0.0136216;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848901;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr3 196674916 . A C 670.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.052;QD=62.3264;RBI=0.0145794;REFB=0;REVB=-0.00288062;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20383e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 196674972 . CT TC 386.04 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106464;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.776;QD=55.1485;RBI=0.0125735;REFB=0;REVB=0.00668929;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.5401e-05;OID=.;OPOS=196674972;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 659.9 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=141;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00709907;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=4;MLLD=195.537;QD=19.1275;RBI=0.00862908;REFB=-0.0261535;REVB=-0.00490553;RO=56;SAF=38;SAR=44;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127714;STB=0.506935;STBP=0.834;TYPE=del;VARB=0.0171809;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594203:82:141:82:138:56:38:44:25:31:99:56:38:44:25:31 chr3 196771245 . G A 396.7 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.024703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.196;QD=29.3851;RBI=0.0247034;REFB=0.0130368;REVB=-0.000136273;RO=17;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674316;STB=0.539856;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00764418;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:36:37:0.685185:15:21:8:9:15:22:8:9 chr3 197020780 . G A,GA 138.01 PASS AF=0.0549451,0.384615;AO=6,30;DP=107;FAO=5,35;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=1,16;FSAR=4,19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00619425,-0.0708146;FXX=0.0215031;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=239.657,8.62312;QD=6.06647;RBI=0.0386806,0.145702;REFB=0.00334368,-0.073841;REVB=-0.0381815,-0.127336;RO=65;SAF=1,14;SAR=5,16;SRF=39;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454454,-0.155097;STB=0.809975,0.554346;STBP=0.202,0.411;TYPE=snp,ins;VARB=0.0142651,0.0196616;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:91:65:51:6,30:5,35:0.0549451,0.384615:5,16:1,14:39:26:4,19:1,16:28:23 chr3 197495334 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.69633e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7904;QD=58.7816;RBI=0.0190441;REFB=0;REVB=0.0190441;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164497;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr3 197566254 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.014221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.13;QD=16.0716;RBI=0.0251198;REFB=-0.0175905;REVB=-0.0207068;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1633;STB=0.591505;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0318863;OID=.;OPOS=197566254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:10:25:16:13:10:25 chr3 197579466 . C T 677.83 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0176298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.122;QD=27.9519;RBI=0.0198333;REFB=-0.0276979;REVB=0.00908571;RO=37;SAF=27;SAR=32;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961457;STB=0.545923;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0120732;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:38:59:59:0.608247:32:27:12:25:32:27:13:25 chr3 197659160 . C G 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00209167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.552;QD=33.3165;RBI=0.0084334;REFB=-0.00666709;REVB=0.0081699;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343656;STB=0.518782;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00248681;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:16:9:3:7:16:9:3:7 chr3 197665599 . G T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0239572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.976;QD=19.0233;RBI=0.0421398;REFB=-0.00815333;REVB=-0.0346672;RO=35;SAF=10;SAR=25;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341053;STB=0.690265;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135293;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:25:10:23:12:25:10:23:12 chr4 53428 . G A 1189.9 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.146;QD=61.0205;RBI=0.0613012;REFB=0;REVB=0.0447282;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95941e-05;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr4 60303 . G A 44.82 PASS AF=0.0843373;AO=14;DP=166;FAO=14;FDP=166;FR=.;FRO=152;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=86;FWDB=-0.0417931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.566;QD=1.07994;RBI=0.0452437;REFB=-0.00486454;REVB=-0.01733;RO=150;SAF=6;SAR=8;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00558005;STB=0.505256;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0404807;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:166:166:150:152:14:14:0.0843373:8:6:65:85:8:6:66:86 chr4 85800 . G A 307.12 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=53;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0122924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.673;QD=21.9374;RBI=0.0128383;REFB=-0.0644987;REVB=0.00370391;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125356;STB=0.53123;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0319275;OID=.;OPOS=85800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:24:24:28:32:0.571429:17:11:13:11:17:15:13:11 chr4 85995 . C CA 161.03 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3279;QD=42.9407;RBI=0.287096;REFB=0;REVB=-0.286058;RO=2;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0240465;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:16:15:15:0:10:5:0:0:4:2:10:3:1:1 chr4 86040 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7051;QD=33.4277;RBI=0.127582;REFB=0;REVB=-0.00788332;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737023;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr4 86738 . A G 613.16 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.113;QD=61.3157;RBI=0.0446311;REFB=0;REVB=0.0419529;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63477e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:18:22:0:0 chr4 86798 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0307908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.517;QD=15.196;RBI=0.0326099;REFB=0.00774853;REVB=-0.0107391;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17581;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0136905;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:11:7:8:6:11:7 chr4 87277 . G C 320.94 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0377325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9406;QD=47.5461;RBI=0.0398669;REFB=-0.00708802;REVB=0.0128696;RO=2;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661048;STB=0.535686;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00431191;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:2:2:24:25:0.925926:13:11:0:2:13:12:0:2 chr4 87313 . G GA 347.07 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0417;QD=46.2753;RBI=0.075006;REFB=0;REVB=-0.0340881;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00389921;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:30:30:30:0:13:17:0:0:6:0:13:17:0:0 chr4 264941 . A G 197.3 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0206669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.599;QD=26.3068;RBI=0.0210631;REFB=-0.0324983;REVB=-0.00406641;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277419;STB=0.65451;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00887385;OID=.;OPOS=264941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:3:8:6:13:3:8 chr4 265228 . G C 66.33 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00644435;FXX=0.133244;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1342;QD=20.4084;RBI=0.100798;REFB=0.0182216;REVB=0.100591;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0279896;OID=.;OPOS=265228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr4 436300 . TGGGG TGGG,TGGGT 74.16 PASS AF=0.405405,0;AO=11,2;DP=37;FAO=15,0;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.01553,-0.0124093;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.3072,26.0618;QD=8.01751;RBI=0.134467,0.153872;REFB=-0.0638953,-0.00539912;REVB=-0.133567,-0.15337;RO=20;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296904,-0.471211;STB=0.628382,0.5;STBP=0.243,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0832131,0;OID=.,.;OPOS=436301,436304;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405,0:11,2:37:15,0:37:22:3,0:12,0:8:14:74:20:2,0:9,2:8:12 chr4 533097 . T C 124.78 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00922659;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.581;QD=7.56266;RBI=0.0194928;REFB=-0.00729466;REVB=-0.0171709;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141063;STB=0.58519;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0171539;OID=.;OPOS=533097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:48:48:18:18:0.272727:10:8:27:21:10:8:27:21 chr4 648643 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.299;QD=43.4862;RBI=0.0467662;REFB=0;REVB=0.0119223;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618057;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr4 663908 . A G 425.35 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.010468;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.476;QD=32.102;RBI=0.0104682;REFB=-0.00249568;REVB=-5.85318e-05;RO=14;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839478;STB=0.554427;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0022087;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:15:38:38:0.716981:20:18:9:5:20:18:10:5 chr4 761850 . T C 173.97 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00575044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.291;QD=11.998;RBI=0.0562785;REFB=-0.000150089;REVB=0.055984;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717508;STB=0.541364;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00189522;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:14:22:12:10:14:22 chr4 780286 . C G 331.28 PASS AF=0.555556;AO=31;DP=59;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0275922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.176;QD=21.0336;RBI=0.0297534;REFB=-0.0456231;REVB=0.0111327;RO=28;SAF=22;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226068;STB=0.57512;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0363324;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:28:28:31:35:0.555556:9:22:13:15:13:22:13:15 chr4 843695 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.222;QD=56.7062;RBI=0.0270131;REFB=0;REVB=0.0188428;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26234e-06;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 853222 . G A 508.92 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0329899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0266;QD=29.0812;RBI=0.0497497;REFB=0.0113282;REVB=0.0372383;RO=24;SAF=31;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172178;STB=0.593749;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00522196;OID=.;OPOS=853222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:15:31:10:14:15:31:10:14 chr4 858941 . T C 575.74 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3921;QD=57.574;RBI=0.0177672;REFB=-0.112373;REVB=0.0102498;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00261263;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chr4 860192 . A G 691.41 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767451;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.025;QD=62.8554;RBI=0.0226401;REFB=0;REVB=0.0212996;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442377;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 957073 . C CG 33.21 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.083033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.0567;QD=4.28452;RBI=0.091948;REFB=-0.0503296;REVB=-0.0394964;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576075;STB=0.846483;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.123334;OID=.;OPOS=957074;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:9:31:9:31:22:7:2:5:17:33:22:7:2:5:17 chr4 1050653 . G A 361.07 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00287737;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.693;QD=49.8028;RBI=0.00339912;REFB=-0.0234053;REVB=0.00180963;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531227;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000102036;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:0:2:27:27:0.931034:15:12:0:0:15:12:0:2 chr4 1052100 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0241698;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=307.305;QD=25.4671;RBI=0.0241717;REFB=-0.0423605;REVB=0.00030051;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0112092;OID=.;OPOS=1052100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:1:3:8:9:0.75:3:5:1:0:4:5:2:1 chr4 1052125 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4362;QD=46.8412;RBI=0.0159859;REFB=0;REVB=0.0132596;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174261;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr4 1052165 . CA C,CC 235.36 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,16;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000339429,0.0118462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.832,218.886;QD=49.5503;RBI=0.0423555,0.0434992;REFB=0,0;REVB=0.0423541,0.0418551;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0249269,0.00306315;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:3,16:19:1,18:19:0:0,7:1,11:0:0:4:0:1,6:2,10:0:0 chr4 1075271 . C T 319.5 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00311511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.912;QD=18.2571;RBI=0.0358207;REFB=-0.00421982;REVB=0.035685;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291947;STB=0.527087;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00679058;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:36:34:34:0.485714:22:12:11:23:22:12:11:25 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 191.13 PASS AF=0.3125,0.6875;AO=5,10;DP=17;FAO=5,11;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,10;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019189,0.0121742;FXX=0.0587889;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=231.162,647.615;QD=47.7817;RBI=0.00192001,0.086736;REFB=0,0;REVB=-6.5254e-05,0.0858774;RO=0;SAF=5,10;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0110268,-0.00121704;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:17:16:0:0:5,10:5,11:0.3125,0.6875:0,0:5,10:0:0:0,1:5,10:0:0 chr4 1087329 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.573;QD=50.4132;RBI=0.0167141;REFB=0;REVB=0.0166582;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118122;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:1:18:0:0:1:18:0:0 chr4 1087338 . C T 473.75 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.965;QD=55.7347;RBI=0.0639591;REFB=-0.116527;REVB=0.0631514;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00104882;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chr4 1090625 . G A 490.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.973;QD=57.7248;RBI=0.0162178;REFB=0;REVB=0.0141963;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125481;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr4 1164277 . C G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0115254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.92;QD=10.8832;RBI=0.0200836;REFB=-0.00694996;REVB=-0.0164474;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0167183;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:10:5:4:5:10:5 chr4 1164552 . A G 344.7 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.991;QD=53.0304;RBI=0.075963;REFB=0;REVB=0.0091135;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178388;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:26:0:0:22:26:1:4:18:0:0:5:21:0:0 chr4 1165130 . G T 43.16 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00318591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.07;QD=5.56913;RBI=0.0402181;REFB=-0.0191324;REVB=0.0400917;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347447;STB=0.726633;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0386948;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:10:14:2:5:10:14 chr4 1165741 . A G 1127.54 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.419;QD=60.1357;RBI=0.0302189;REFB=0;REVB=0.0165275;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34716e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr4 1194630 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.943;QD=58.5857;RBI=0.01018;REFB=0;REVB=0.00744661;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07348e-06;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr4 1244416 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.82;QD=59.1432;RBI=0.0309286;REFB=0;REVB=-0.0307549;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05687e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:50:17:0:0:50:17:0:0 chr4 1330759 . T C 557.82 PASS AF=0.975;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4428;QD=55.7818;RBI=0.0349326;REFB=-0.142779;REVB=0.00102836;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00327235;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:0:1:37:39:0.975:15:22:0:0:15:24:0:1 chr4 1343405 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.592;QD=58.78;RBI=0.0477289;REFB=0;REVB=0.0425641;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89506e-05;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr4 1349029 . G A 191.16 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5885;QD=47.7889;RBI=0.131114;REFB=0;REVB=0.130298;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00525028;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 1374695 . C A 810.76 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.569;QD=54.9669;RBI=0.0418086;REFB=-0.104253;REVB=0.0394861;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000741945;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:0:1:57:58:0.983051:24:33:0:0:25:33:0:1 chr4 1374774 . C T 699.14 PASS AF=0.978261;AO=39;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00626301;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.531;QD=60.795;RBI=0.0188047;REFB=-0.0377734;REVB=-0.0177311;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00201531;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:39:45:0.978261:16:23:0:1:21:24:0:1 chr4 1377615 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.529;QD=56.1915;RBI=0.0256639;REFB=0;REVB=0.0164414;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164586;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 1685211 . T C 854.57 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297482;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=57.9366;RBI=0.0237234;REFB=0;REVB=0.0235361;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01765e-05;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:34:23:0:0:35:24:0:0 chr4 1701317 . G A 857.73 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.587;QD=57.1818;RBI=0.00877917;REFB=0;REVB=-0.000945727;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389079;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr4 1737502 . C T 655.93 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6912;QD=59.6302;RBI=0.038324;REFB=-0.0837277;REVB=0.0291016;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00149083;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:24:18:0:1:25:18:0:1 chr4 1739592 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.538;QD=57.6804;RBI=0.0681322;REFB=0;REVB=-0.0676073;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424766;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr4 1746445 . C T 126.78 PASS AF=0.764706;AO=8;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0198967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.646;QD=29.8311;RBI=0.0199195;REFB=-0.0598629;REVB=0.000952036;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379258;STB=0.644918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0230672;OID=.;OPOS=1746445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:3:4:8:13:0.764706:1:7:1:2:3:10:1:3 chr4 1807894 . G A 612.68 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3768;QD=61.2681;RBI=0.0353925;REFB=0;REVB=0.0304612;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699758;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1206.48 PASS AF=0.975,0.025;AO=65,10;DP=83;FAO=78,2;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=69,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264557,-0.0352247;FXX=0.0588166;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=87.059,82.1373;QD=60.3238;RBI=0.0428263,0.0711932;REFB=0,0;REVB=0.0336777,-0.0618683;RO=0;SAF=8,2;SAR=57,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.67081e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00771666,0.118855;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:83:80:0:0:65,10:78,2:0.975,0.025:57,8:8,2:0:0:69,1:9,1:0:0 chr4 1815990 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.281;QD=56.1915;RBI=0.0290503;REFB=0;REVB=0.0277875;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75821e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr4 1818594 . C T 1286.77 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.085;QD=60.5537;RBI=0.0284554;REFB=-0.0823148;REVB=0.00220809;RO=1;SAF=45;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104059;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000392783;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:85:1:1:80:84:0.988235:35:45:1:0:35:49:1:0 chr4 1954945 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=63.6145;RBI=0.0223686;REFB=0;REVB=-0.00787469;RO=0;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25105e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:34:61:0:0:34:61:0:0 chr4 1986542 . C T 213.34 PASS AF=0.625;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0279561;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.685;QD=26.6679;RBI=0.0284366;REFB=-0.0132055;REVB=0.00520513;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217363;STB=0.620896;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00875418;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:12:12:20:20:0.625:7:13:4:8:7:13:4:8 chr4 2160894 . C T 432.09 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=65;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00284423;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.418;QD=27.0057;RBI=0.0284916;REFB=-0.0143614;REVB=-0.0283492;RO=21;SAF=25;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283269;STB=0.507004;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00599784;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:21:23:40:41:0.640625:15:25:14:7:15:26:15:8 chr4 2175733 . A G 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0161855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7778;QD=21.5362;RBI=0.019706;REFB=0.00304537;REVB=0.0112408;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545338;STB=0.530106;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00199967;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:20:22:17:20:20:22:17:20 chr4 2176454 . G A 304.99 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00493745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.432;QD=26.5212;RBI=0.0282966;REFB=-0.0119772;REVB=-0.0278625;RO=19;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219314;STB=0.60416;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00555817;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:26:27:0.586957:7:19:9:10:8:19:9:10 chr4 2181080 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00852658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.817;QD=20.5464;RBI=0.0109951;REFB=0.00966755;REVB=0.00694188;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172067;STB=0.597253;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00609263;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:11:11:15:7:11:11 chr4 2194946 . C T 364.99 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00525922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.014;QD=33.9524;RBI=0.00580619;REFB=0.00582122;REVB=-0.00246017;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166603;STB=0.59071;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00127054;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:16:14:10:3:16:14:10:3 chr4 2194953 . G A 384.16 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00299031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.485;QD=35.7355;RBI=0.0218043;REFB=0.0135879;REVB=-0.0215983;RO=12;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193917;STB=0.605275;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00742742;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:17:14:10:2:17:14:10:2 chr4 2195024 . T G 557.6 PASS AF=0.849057;AO=44;DP=52;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0409368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.902;QD=42.0831;RBI=0.0456832;REFB=-0.00037728;REVB=0.0202766;RO=8;SAF=21;SAR=23;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781698;STB=0.539346;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00015518;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:8:8:44:45:0.849057:23:21:6:2:23:22:6:2 chr4 2209922 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0377058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8984;QD=9.75972;RBI=0.0395524;REFB=-0.0101268;REVB=-0.0119444;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734487;STB=0.61501;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0167227;OID=.;OPOS=2209922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:6:1:2:9:6:1:3:9 chr4 2252975 . T TG 151.06 PASS AF=0.412698;AO=16;DP=146;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.176438;FXX=0.0802861;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7701;QD=4.7954;RBI=0.263622;REFB=0.00599666;REVB=-0.195873;RO=128;SAF=4;SAR=12;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261338;STB=0.541957;STBP=0.471;TYPE=ins;VARB=-0.00184254;OID=.;OPOS=2252976;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:16:146:52:126:74:23:29:38:36:99:128:4:12:58:70 chr4 2341194 . T C 600.18 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000847959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.311;QD=22.8639;RBI=0.017151;REFB=0.00638252;REVB=0.01713;RO=46;SAF=37;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700916;STB=0.538396;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00808361;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:22:37:25:21:22:37:25:21 chr4 2451694 . T C 311.7 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000333775;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.558;QD=54.2092;RBI=0.00553137;REFB=0;REVB=-0.00552129;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114338;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 2460571 . C T 342.24 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0305918;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9499;QD=29.76;RBI=0.0400643;REFB=-0.0449413;REVB=0.0258707;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015774;STB=0.521457;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0246948;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:16:17:29:29:0.630435:17:12:7:9:17:12:8:9 chr4 2461888 . A G 483.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.629;QD=58.5594;RBI=0.0665369;REFB=0;REVB=0.0664881;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327618;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 2828630 . G T 500.63 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.19;QD=58.8971;RBI=0.0766992;REFB=0;REVB=0.0133838;RO=0;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010786;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:31:2:0:0:32:2:0:0 chr4 2906707 . G T 466.78 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0124743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.735;QD=25.2313;RBI=0.0299359;REFB=-0.0111119;REVB=-0.027213;RO=29;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547066;STB=0.537577;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0075496;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:30:44:44:0.594595:18:26:15:14:18:26:15:15 chr4 2916762 . C G 371.5 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00267395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.779;QD=20.0808;RBI=0.052085;REFB=-0.0451811;REVB=-0.0520163;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243561;STB=0.513506;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0379665;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:19:17:19:19:19:17 chr4 2928413 . T C 94.73 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0332634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.932;QD=6.64798;RBI=0.0408073;REFB=-0.0133821;REVB=0.0236385;RO=42;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482204;STB=0.802501;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0189164;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:42:43:14:14:0.245614:11:3:26:16:11:3:27:16 chr4 2943361 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0260996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1211;QD=13.091;RBI=0.101753;REFB=-0.00208511;REVB=-0.0983489;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418346;STB=0.75789;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00242638;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:10:3:12:7:10:3:13:7 chr4 2951804 . A G 368.25 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0115035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.135;QD=12.921;RBI=0.0198874;REFB=-0.0134462;REVB=-0.0162227;RO=70;SAF=30;SAR=14;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32003;STB=0.681736;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0139548;OID=.;OPOS=2951804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:14:30:27:43:14:30:27:43 chr4 2966987 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0153078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.069;QD=12.8199;RBI=0.0340298;REFB=0.0100583;REVB=0.0303925;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112649;STB=0.558789;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0138585;OID=.;OPOS=2966987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:58:34:34:0.369565:15:19:25:30:15:19:27:31 chr4 2967062 . A G 757.1 PASS AF=0.638889;AO=69;DP=109;FAO=69;FDP=108;FR=.;FRO=39;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0202286;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.771;QD=28.0407;RBI=0.020736;REFB=-0.0282319;REVB=0.00455886;RO=39;SAF=42;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833166;STB=0.54514;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00917525;OID=.;OPOS=2967062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:39:39:69:69:0.638889:27:42:19:20:27:42:19:20 chr4 2967210 . C T 253.02 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00529996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.401;QD=15.1056;RBI=0.00704644;REFB=-0.00890872;REVB=0.00464357;RO=38;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115558;STB=0.545085;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0130148;OID=.;OPOS=2967210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:21:7:13:25:21:8:13:25 chr4 3006043 . C T 206.55 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0235274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0202;QD=10.73;RBI=0.0236339;REFB=-0.005643;REVB=0.00224053;RO=50;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648703;STB=0.5322;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00295124;OID=.;OPOS=3006043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:10:16:28:22:10:16:29:22 chr4 3039150 . T C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0478904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=4.36796;RBI=0.0496117;REFB=0.00146164;REVB=-0.0129549;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437869;STB=0.529348;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00555703;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:6:3:13:30:6:3:13:30 chr4 3045837 . G C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00379397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.201;QD=13.957;RBI=0.0522461;REFB=-0.0182994;REVB=-0.0521081;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0230855;OID=.;OPOS=3045837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr4 3162056 . C T 391.54 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00255467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8929;QD=24.8597;RBI=0.0361753;REFB=0.000973103;REVB=-0.036085;RO=25;SAF=15;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398218;STB=0.502182;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0012561;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:23:15:10:15:23:15:10:15 chr4 3213832 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0142304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.897;QD=23.8986;RBI=0.0149239;REFB=-0.0148065;REVB=-0.00449647;RO=25;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547158;STB=0.530103;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0107802;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:24:12:10:15:24:12:10:15 chr4 3215835 . T C 474.73 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0140694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.481;QD=27.9252;RBI=0.0158506;REFB=-0.0219019;REVB=0.00730031;RO=23;SAF=5;SAR=26;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39664;STB=0.722058;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109074;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:31:31:0.455882:26:5:13:10:26:5:13:10 chr4 3219613 . A C 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00903032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.603;QD=59.0187;RBI=0.0564736;REFB=-0.10662;REVB=0.0557469;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085524;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000873008;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:55:53:0:1:55:53:0:1 chr4 3257593 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0749105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.989;QD=26.6378;RBI=0.0758225;REFB=-0.0356324;REVB=0.0117247;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443367;STB=0.524661;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0142027;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:11:5:2:6:11:5:2:6 chr4 3263138 . G A 433.7 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00856605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.476;QD=23.443;RBI=0.0252448;REFB=-0.0320757;REVB=0.023747;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498479;STB=0.539472;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.021181;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:41:42:0.567568:25:16:14:17:26:16:15:17 chr4 3318413 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0313655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.792;QD=19.9759;RBI=0.0314221;REFB=0.0096882;REVB=-0.00188496;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206463;STB=0.617521;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0141117;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:9:11:15:5:9:11 chr4 3319553 . C T 120.43 PASS AF=0.257143;AO=17;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0106525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7214;QD=6.88163;RBI=0.0159207;REFB=-0.00930376;REVB=0.0118319;RO=52;SAF=5;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261274;STB=0.627306;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0310666;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:17:18:0.257143:12:5:26:26:12:6:26:26 chr4 3417845 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.245;QD=60.2307;RBI=0.0320486;REFB=0;REVB=0.0155147;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160242;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr4 3446132 . C G 608.61 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.106;QD=60.8608;RBI=0.0351782;REFB=0;REVB=0.034349;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51049e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:35:40:1:17:18:0:0:20:20:0:0 chr4 3475252 . T C 2862.23 PASS AF=0.978836;AO=186;DP=189;FAO=185;FDP=189;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0454089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6918;QD=60.5763;RBI=0.0535323;REFB=-0.000633275;REVB=-0.0283504;RO=3;SAF=94;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519892;STB=0.500057;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000147587;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:189:3:4:186:185:0.978836:92:94:1:2:92:93:2:2 chr4 3494600 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.557;QD=62.0212;RBI=0.00971139;REFB=0;REVB=0.00608061;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07905e-05;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr4 3494826 . A C 305.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.889;QD=53.1405;RBI=0.0557085;REFB=0;REVB=0.0272008;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279979;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr4 3494847 . G A 271.93 PASS AF=1;AO=6;DP=20;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.528;QD=45.3208;RBI=0.0685098;REFB=0;REVB=0.0627179;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343038;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:24:0:0:6:24:1:6:0:0:0:11:13:0:0 chr4 3494898 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.368;QD=44.0939;RBI=0.0104093;REFB=-0.0783555;REVB=-0.000603053;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00122965;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr4 3526786 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.714;QD=58.5994;RBI=0.0263545;REFB=0;REVB=0.0105247;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54544e-05;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr4 3589689 . C A 253.57 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0245945;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.07;QD=19.1377;RBI=0.0248515;REFB=-0.0333498;REVB=0.00356465;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141832;STB=0.507931;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0301757;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:11:15:16:11:11:15 chr4 3589719 . CA C 181.94 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00752557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.498;QD=13.4769;RBI=0.0647491;REFB=-0.0158812;REVB=-0.0643103;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0121001;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:54:27:54:27:13:14:13:14:99:27:13:14:13:14 chr4 3590683 . T G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0325455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.816;QD=13.7844;RBI=0.0369327;REFB=-0.00172766;REVB=0.0174589;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224511;STB=0.627587;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00314361;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:10:23:11:12:10:23 chr4 3590711 . G T 191.55 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00598924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0699;QD=15.6368;RBI=0.00685569;REFB=-0.0168504;REVB=0.0033361;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219375;STB=0.63253;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0256668;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:10:10:8:20:10:10:8:21 chr4 3590730 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0111993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.619;QD=14.3352;RBI=0.0195057;REFB=-0.00529608;REVB=0.0159702;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.599888;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00568848;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:8:18:9:8:8:18 chr4 3590817 . T C 156.97 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0144956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.284;QD=16.0993;RBI=0.0417548;REFB=-0.043287;REVB=-0.0391579;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258849;STB=0.649499;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0490823;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:10:12:5:12:10:12 chr4 3590823 . GACAC CACAG,G,GAC 360.95 PASS AF=0,0.692308,0.307692;AO=2,15,8;DP=31;FAO=0,18,8;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,3;FSAR=0,7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346802,0.0852522,0.0852362;FXX=0.161238;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=71.4332,83.75,47.3058;QD=55.5301;RBI=0.0465698,0.11714,0.0976899;REFB=0,0,0;REVB=0.031081,0.0803353,0.0477296;RO=1;SAF=1,9,3;SAR=1,6,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.25849,-0.0479918,-0.125393;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0552918,0.0855289;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,-,-;OMAPALT=CACAG,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:59:31:26:1:0:2,15,8:0,18,8:0,0.692308,0.307692:1,6,5:1,9,3:1:0:0,7,5:0,11,3:0:0 chr4 3590878 . C T 393.23 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00365841;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.707;QD=19.4186;RBI=0.0704732;REFB=-0.027723;REVB=0.0703782;RO=41;SAF=27;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112729;STB=0.562846;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0241159;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:13:27:23:18:13:27:23:18 chr4 3590911 . A C 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00215247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.735;QD=15.4986;RBI=0.0264889;REFB=-0.00633625;REVB=0.0264013;RO=67;SAF=33;SAR=18;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702358;STB=0.53943;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00791497;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:18:33:39:28:18:33:39:28 chr4 3591015 . A C 680.69 PASS AF=0.407609;AO=75;DP=188;FAO=75;FDP=184;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0295296;FXX=0.0212755;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5368;QD=14.7976;RBI=0.0295296;REFB=0.00228885;REVB=-7.66009e-07;RO=98;SAF=42;SAR=33;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757424;STB=0.544349;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00534075;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:184:98:109:75:75:0.407609:33:42:62:36:33:42:69:40 chr4 3591049 . C T 604.16 PASS AF=0.406977;AO=68;DP=167;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=36;FWDB=0.0183853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.9353;QD=14.0503;RBI=0.0597036;REFB=-0.00334074;REVB=0.0568023;RO=99;SAF=33;SAR=35;SRF=64;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16983;STB=0.595212;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00290788;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:99:102:68:70:0.406977:35:33:64:35:36:34:66:36 chr4 3591069 . C T 527.27 PASS AF=0.4;AO=61;DP=154;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.0234275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.355;QD=13.6069;RBI=0.028244;REFB=-0.0033286;REVB=-0.0157757;RO=89;SAF=31;SAR=30;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152337;STB=0.593519;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00573188;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:89:93:61:62:0.4:30:31:58:31:31:31:61:32 chr4 4199634 . A T 1016.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.11;QD=58.9243;RBI=0.026297;REFB=0;REVB=-0.0123974;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15847e-06;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr4 4204299 . T C 497.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.617;QD=58.4906;RBI=0.0144865;REFB=0;REVB=0.012543;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79715e-05;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr4 4239587 . G T 237.0 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0405819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5796;QD=9.02853;RBI=0.0414247;REFB=0.00144676;REVB=0.00831375;RO=72;SAF=12;SAR=20;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117881;STB=0.565069;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00237219;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:73:32:32:0.304762:20:12:34:38:20:12:34:39 chr4 4249297 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0203852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.145;QD=25.2532;RBI=0.0268183;REFB=-0.0348096;REVB=-0.017426;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085039;STB=0.547274;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.020965;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:3:8:11:7:3:8 chr4 4249300 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0203056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8858;QD=26.3408;RBI=0.0314235;REFB=-0.0309475;REVB=-0.0239816;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102358;STB=0.556719;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0171706;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:3:8:11:8:3:8 chr4 4249855 . G A 188.27 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0417495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.325;QD=37.6541;RBI=0.0629022;REFB=-0.0623928;REVB=0.0470497;RO=3;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148648;STB=0.581986;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0177491;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:13:4:2:1:13:4:2:1 chr4 4249909 . C T 86.79 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.154358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7792;QD=24.798;RBI=0.164296;REFB=-0.0401343;REVB=0.0562726;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0184787;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:3:1:6:4:3:1 chr4 4276132 . T C 545.18 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.92;QD=57.3869;RBI=0.0642179;REFB=-0.128129;REVB=0.0215625;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00175474;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:17:19:1:0:17:20:1:0 chr4 4304337 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.687;QD=46.848;RBI=0.0209906;REFB=0;REVB=0.00820242;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178523;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 4304605 . G A 72.88 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00390289;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.81;QD=18.2195;RBI=0.0167833;REFB=-0.0102009;REVB=0.0163232;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00773222;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:8:7:9:9:0.5625:4:5:5:3:4:5:4:3 chr4 4322570 . G A 358.03 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00610659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6862;QD=31.1335;RBI=0.00812222;REFB=0.00893916;REVB=-0.00535536;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212131;STB=0.51162;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00599093;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:14:16:8:8:14:16:8:8 chr4 4322665 . T C 292.65 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00371436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.368;QD=27.2234;RBI=0.0312559;REFB=-0.0214721;REVB=0.0310344;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486192;STB=0.526861;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0134334;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:8:9:12:14:8:9 chr4 4322770 . T C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00762556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.62;QD=22.1884;RBI=0.0216907;REFB=-0.0047692;REVB=-0.0203061;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593836;STB=0.533301;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00330455;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:9:9:9:12:9:9 chr4 5448429 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.366;QD=63.5828;RBI=0.0297252;REFB=0;REVB=-0.0268135;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53535e-05;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr4 5570221 . G A 1472.33 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.364;QD=63.3259;RBI=0.0102732;REFB=0;REVB=-0.00740098;RO=0;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70667e-07;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:30:63:0:0:30:63:0:0 chr4 5721021 . A C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0565199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.983;QD=18.9016;RBI=0.0655442;REFB=-0.00192775;REVB=0.0331896;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052795;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00245857;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:19:15:17:17:19:15 chr4 5743509 . C T 1560.7 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.306;QD=63.7018;RBI=0.0207516;REFB=0;REVB=0.0123961;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29488e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:59:38:0:0:60:38:0:0 chr4 5743512 . T C 478.14 PASS AF=0.494737;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0238846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.61;QD=20.1322;RBI=0.0320522;REFB=-0.0160467;REVB=0.0213744;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239166;STB=0.610125;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00983766;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:48:46:47:0.494737:22:24:11:33:23:24:14:34 chr4 5749904 . T C 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8742;QD=58.5545;RBI=0.0541605;REFB=0;REVB=0.0353148;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153717;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr4 5749961 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.656;QD=53.9103;RBI=0.083307;REFB=0;REVB=0.0817408;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170534;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr4 5755542 . C A 1032.86 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394159;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.471;QD=59.0207;RBI=0.0191247;REFB=0;REVB=0.0187141;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301304;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:28:42:0:0 chr4 5838513 . C G 415.33 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0514784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1252;QD=19.3177;RBI=0.0518426;REFB=0.0101901;REVB=-0.00613429;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891078;STB=0.549582;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00910692;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:17:25:22:22:17:25:22:22 chr4 5975538 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.014;QD=57.2361;RBI=0.0277767;REFB=0;REVB=0.010641;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04887e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr4 5990110 . C A 1180.99 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00787349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.292;QD=58.3205;RBI=0.00852588;REFB=-0.0435217;REVB=0.0032709;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500469;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000825709;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:0:2:79:79:0.975309:38:41:0:0:38:41:1:1 chr4 5990339 . G A 801.54 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.535;QD=57.253;RBI=0.00952602;REFB=0;REVB=0.00581471;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5651e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr4 5990551 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.107;QD=62.0166;RBI=0.0450131;REFB=0;REVB=-0.0190046;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235764;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr4 5990599 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.647;QD=47.8148;RBI=0.0301469;REFB=-0.00233111;REVB=-0.00999167;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000205584;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:1:0 chr4 5990791 . A G 692.84 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138761;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.378;QD=62.9852;RBI=0.0295003;REFB=0;REVB=0.0260331;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120789;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr4 5991384 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.793;QD=57.2025;RBI=0.0508107;REFB=0;REVB=-0.00760065;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334135;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr4 5991476 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.899;QD=40.7629;RBI=0.069164;REFB=0;REVB=0.0371081;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017113;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr4 6290847 . C T 124.69 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0400228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0498;QD=8.31282;RBI=0.0670027;REFB=-0.0212591;REVB=-0.0537358;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186076;STB=0.616544;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0472628;OID=.;OPOS=6290847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:9:9:14:27:9:9:14:28 chr4 6293696 . C G 2714.92 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.218;QD=62.4119;RBI=0.0601221;REFB=0;REVB=0.00322474;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78377e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:90:83:0:0:91:83:0:0 chr4 6302519 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000320203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.053;QD=53.9107;RBI=0.0101739;REFB=0;REVB=-0.0101688;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124138;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 6302669 . C T 98.48 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.122975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.408;QD=14.0682;RBI=0.124641;REFB=-0.00944741;REVB=-0.0203095;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448575;STB=0.526271;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0149258;OID=.;OPOS=6302669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:6:10:8:4:6:10 chr4 6302707 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.558;QD=55.0986;RBI=0.0302421;REFB=0;REVB=0.0134558;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145529;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr4 6303022 . C T 699.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450079;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.451;QD=55.9302;RBI=0.0164594;REFB=0;REVB=-0.0158321;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224272;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:17:33:0:0 chr4 6303955 . G A 687.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.103;QD=62.5182;RBI=0.0281499;REFB=0;REVB=0.0147635;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28902e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:26:18:0:0 chr4 6304087 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.519;QD=59.0185;RBI=0.088326;REFB=0;REVB=-0.0875609;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321689;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr4 6304242 . T C 481.07 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.115104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8941;QD=53.4518;RBI=0.127834;REFB=-0.152169;REVB=-0.0556115;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776698;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0083973;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:0:2:11:23:0:2 chr4 6304286 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9464;QD=59.8386;RBI=0.0459306;REFB=0;REVB=0.0290128;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786362;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 6304344 . G A 197.57 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00531743;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.29;QD=14.6345;RBI=0.0122559;REFB=-0.0194489;REVB=-0.0110423;RO=31;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444605;STB=0.752948;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145835;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:6:17:9:22:6:17:9:22 chr4 6325086 . G A 1518.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.41;QD=59.5337;RBI=0.0399579;REFB=0;REVB=0.0370954;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62198e-05;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:60:40:0:0:62:40:0:0 chr4 6536979 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.743;QD=57.2026;RBI=0.0478572;REFB=0;REVB=0.0476852;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290285;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 6594947 . A C 483.26 PASS AF=0.676923;AO=42;DP=62;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00480723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3557;QD=29.739;RBI=0.0764596;REFB=0.0287308;REVB=-0.0763083;RO=20;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103469;STB=0.537786;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0141848;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:20:21:42:44:0.676923:26:16:11:9:26:18:11:10 chr4 6596360 . G A 508.92 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.00769263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.371;QD=13.848;RBI=0.0189872;REFB=-0.0157207;REVB=0.0173591;RO=89;SAF=31;SAR=26;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173261;STB=0.600627;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0286232;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:89:90:57:57:0.387755:26:31:34:55:26:31:34:56 chr4 6600012 . A G 1352.09 PASS AF=0.718121;AO=106;DP=148;FAO=107;FDP=149;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0343078;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.871;QD=36.2976;RBI=0.0343503;REFB=-0.0406579;REVB=0.00170862;RO=42;SAF=35;SAR=71;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713645;STB=0.539552;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0186264;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:42:42:106:107:0.718121:71:35:9:33:71:36:9:33 chr4 6606864 . A G 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-9.62034e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.361;QD=24.3822;RBI=0.0431514;REFB=-0.0247121;REVB=0.0431513;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144333;STB=0.579941;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.017409;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:15:6:12:14:15:6 chr4 6619165 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.318;QD=51.9164;RBI=0.0248791;REFB=0;REVB=0.00879489;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305858;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr4 6619204 . G A 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=58.5833;RBI=0.0655538;REFB=0;REVB=0.0570008;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734612;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 6698667 . T C 707.51 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162326;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.293;QD=62.8899;RBI=0.0252858;REFB=0;REVB=0.0193874;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9641e-05;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr4 6698706 . A C 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0039;QD=57.3795;RBI=0.013774;REFB=0;REVB=0.00661763;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13428e-05;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr4 6718775 . G T 66.13 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0169009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.082;QD=5.62842;RBI=0.0234106;REFB=-0.0105276;REVB=-0.0161993;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134523;STB=0.553086;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0317113;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:46:47:36:37:9:10:0.212766:4:5:16:20:5:5:16:21 chr4 6884329 . T C 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000180391;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.416;QD=51.2392;RBI=0.00628872;REFB=-0.0896756;REVB=0.00628614;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00248928;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:14:16:0:2:14:16:0:2 chr4 6925237 . C G 238.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0238893;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.599;QD=11.4802;RBI=0.0259497;REFB=-0.000381904;REVB=0.0101335;RO=54;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970091;STB=0.556305;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000959935;OID=.;OPOS=6925237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:54:29:29:0.349398:19:10:23:31:19:10:23:31 chr4 7044357 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.3;QD=35.5757;RBI=0.0406054;REFB=0;REVB=-0.0267805;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06506e-05;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 7044600 . G A 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6597;QD=60.7126;RBI=0.113085;REFB=0;REVB=0.0541031;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619158;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr4 7057106 . G C 378.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533228;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5736;QD=56.0896;RBI=0.0573481;REFB=0;REVB=-0.0211065;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837915;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr4 7114091 . C T 189.95 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00249682;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.845;QD=19.4822;RBI=0.0153426;REFB=0.0011978;REVB=-0.015138;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431894;STB=0.748865;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000881834;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:20:20:19:19:0.487179:16:3:11:9:16:3:11:9 chr4 7325840 . G T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.384;QD=60.3763;RBI=0.0496605;REFB=0;REVB=-0.000445015;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107076;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr4 7398094 . C G 761.72 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0207019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9505;QD=23.8037;RBI=0.0240106;REFB=-0.0187292;REVB=0.0121631;RO=56;SAF=30;SAR=42;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124598;STB=0.568044;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0146855;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:56:56:72:72:0.5625:42:30:32:24:42:30:32:24 chr4 7435379 . A G 1367.46 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.025116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3994;QD=60.1081;RBI=0.0454445;REFB=-0.0803452;REVB=-0.0378733;RO=2;SAF=43;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215303;STB=0.511361;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00126246;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:46:43:2:0:46:43:2:0 chr4 7461826 . C CCCA 332.58 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357962;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=3;MLLD=254.037;QD=49.2715;RBI=0.0377071;REFB=-0.0261937;REVB=0.0118515;RO=6;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172839;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=0.00297931;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925926:24:31:25:27:2:14:11:2:0:10:6:13:11:6:0 chr4 7655855 . C T 1212.79 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.205;QD=59.8907;RBI=0.0713105;REFB=-0.0848158;REVB=0.0637131;RO=1;SAF=58;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809447;STB=0.504272;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0018739;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:22:58:1:0:22:58:1:0 chr4 7714490 . T C 1175.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6568;QD=59.5339;RBI=0.0335847;REFB=-0.0669901;REVB=-0.0126807;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000636681;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:1:0:46:32:1:0 chr4 7716932 . T C 595.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.565;QD=61.0367;RBI=0.0334013;REFB=0;REVB=0.0316068;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53588e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:20:16:0:0:23:16:0:0 chr4 7761211 . C T 584.84 PASS AF=0.68;AO=50;DP=76;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0162434;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2836;QD=31.1916;RBI=0.0281768;REFB=-0.00494251;REVB=-0.0230236;RO=24;SAF=19;SAR=31;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317937;STB=0.500838;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00300298;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:24:24:50:51:0.68:31:19:9:15:32:19:9:15 chr4 7761275 . T TAAGA 95.73 PASS AF=0.25;AO=13;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.021188;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=348.625;QD=6.8375;RBI=0.0233366;REFB=-0.00429581;REVB=-0.00978098;RO=43;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772747;STB=0.560263;STBP=0.656;TYPE=ins;VARB=0.0128881;OID=.;OPOS=7761276;OREF=-;OALT=AAGA;OMAPALT=TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:57:14:56:42:5:9:12:30:95:43:4:9:13:30 chr4 7761286 . T C 467.95 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0449845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7634;QD=34.0328;RBI=0.0602709;REFB=0.0410959;REVB=0.040112;RO=14;SAF=12;SAR=29;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360441;STB=0.519485;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0139528;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:14:14:41:41:0.745455:29:12:5:9:29:12:5:9 chr4 7765495 . G T 639.04 PASS AF=0.474453;AO=62;DP=132;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.010726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.782;QD=18.658;RBI=0.0126417;REFB=-0.0138935;REVB=0.00669075;RO=69;SAF=30;SAR=32;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533479;STB=0.503257;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0126541;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:69:72:62:65:0.474453:32:30:33:36:33:32:35:37 chr4 7770723 . G T 1083.06 PASS AF=0.703125;AO=90;DP=128;FAO=90;FDP=128;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0594785;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.89;QD=33.8457;RBI=0.0621535;REFB=-0.00968793;REVB=0.018038;RO=38;SAF=39;SAR=51;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668773;STB=0.535859;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00578805;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:38:38:90:90:0.703125:51:39:12:26:51:39:12:26 chr4 7774610 . C T 981.25 PASS AF=0.709402;AO=83;DP=117;FAO=83;FDP=117;FR=.;FRO=34;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.066001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1946;QD=33.547;RBI=0.0663092;REFB=-0.0192924;REVB=0.00638622;RO=34;SAF=51;SAR=32;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315143;STB=0.516925;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00730549;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:34:34:83:83:0.709402:32:51:19:15:32:51:19:15 chr4 7783163 . G A 387.55 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0432763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.616;QD=21.2355;RBI=0.0454883;REFB=-0.039278;REVB=0.0140125;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138856;STB=0.576532;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.042972;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:11:23:20:19:11:23 chr4 7783286 . G A 409.79 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00969897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.133;QD=20.749;RBI=0.010668;REFB=0.00722937;REVB=0.00444252;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150605;STB=0.583087;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00664337;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:21:20:12:26:21:20:12:26 chr4 7941901 . A C 486.45 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0132733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.809;QD=39.7104;RBI=0.0232001;REFB=-0.0185812;REVB=0.0190281;RO=11;SAF=22;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184507;STB=0.518423;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0069359;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:11:12:37:37:0.755102:15:22:7:4:15:22:8:4 chr4 8021417 . A G 137.3 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00787123;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=275.557;QD=15.6914;RBI=0.0571644;REFB=-0.0121751;REVB=-0.0566199;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.538411;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0164143;OID=.;OPOS=8021417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:20:14:15:0.428571:7:7:7:6:8:7:8:12 chr4 8031471 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.669;QD=56.9379;RBI=0.0448974;REFB=0;REVB=-0.0433362;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110017;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr4 8062689 . T C 825.5 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0381508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.784;QD=54.1311;RBI=0.0382951;REFB=-0.167745;REVB=-0.0033222;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371819;STB=0.501971;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=2.00777e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:1:1:33:26:1:1 chr4 8228731 . T C 1512.88 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.412;QD=59.3286;RBI=0.0621841;REFB=0;REVB=0.00271799;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138813;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:60:39:0:0:60:42:0:0 chr4 8228894 . T C 1286.76 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156703;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.482;QD=62.0126;RBI=0.0205252;REFB=0;REVB=0.0132561;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6353e-06;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr4 8229218 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.563;QD=60.7139;RBI=0.0305481;REFB=0;REVB=-0.0138326;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15127e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr4 8229326 . T C 359.82 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.968;QD=55.3569;RBI=0.0581091;REFB=0;REVB=-0.0263649;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343235;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:22:26:1:15:7:0:0:15:11:0:0 chr4 8230070 . T C 102.4 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0145181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.953;QD=9.10239;RBI=0.0232183;REFB=-0.0184798;REVB=-0.0181194;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299549;STB=0.682475;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0273973;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:14:18:4:9:14:18 chr4 8242466 . A G 2255.73 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.748;QD=63.5416;RBI=0.0382486;REFB=0;REVB=0.0145099;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47114e-05;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:69:71:0:0:70:72:0:0 chr4 8358361 . G A 257.43 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0571844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9604;QD=23.403;RBI=0.0687649;REFB=0.0119497;REVB=0.0381911;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540033;STB=0.541632;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00719389;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:13:11:10:9:13:11:11:9 chr4 8394836 . G C 163.25 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0216845;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.123;QD=10.8835;RBI=0.0221622;REFB=0.0101474;REVB=-0.00457649;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204749;STB=0.617988;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.011118;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:9:12:29:10:9:12:29:10 chr4 8443041 . C T 501.81 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=159;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.00739819;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.819;QD=12.704;RBI=0.0653019;REFB=-0.00164975;REVB=0.0648814;RO=99;SAF=24;SAR=36;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502078;STB=0.524796;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00301627;OID=.;OPOS=8443041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:99:98:60:60:0.379747:36:24:44:55:36:24:43:55 chr4 8454639 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.573;QD=60.9786;RBI=0.0216014;REFB=0;REVB=-0.010128;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55417e-05;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 8594574 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.797;QD=37.4884;RBI=0.0180417;REFB=0;REVB=-0.015557;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52213e-05;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr4 8602884 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5603;QD=56.706;RBI=0.0670664;REFB=0;REVB=-0.0508389;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183643;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr4 8602935 . A G 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1875;QD=64.1481;RBI=0.0880777;REFB=0;REVB=-0.0832481;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351673;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr4 8613786 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0171635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.432;QD=9.88524;RBI=0.0235504;REFB=-0.00569975;REVB=0.0161256;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105007;STB=0.561978;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0105696;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:19:20:8:11:19:20 chr4 8613867 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0284203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.277;QD=8.30826;RBI=0.0287313;REFB=-0.00851158;REVB=0.00421555;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.719432;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0124263;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:18:18:7:8:0.307692:5:2:10:8:6:2:10:8 chr4 8616096 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6887;QD=64.1523;RBI=0.0955127;REFB=0;REVB=-0.0950485;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481616;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr4 8616179 . T C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000800793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7466;QD=59.6774;RBI=0.0106082;REFB=0;REVB=0.0105779;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14674e-05;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr4 8621194 . A G 605.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.162;QD=60.5341;RBI=0.0451269;REFB=0;REVB=0.0218956;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21045e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 8951816 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.439;QD=49.5951;RBI=0.00865718;REFB=0;REVB=0.00184553;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92776e-05;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr4 9387462 . C T 828.76 PASS AF=0.562044;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0210335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.669;QD=24.1974;RBI=0.0211106;REFB=-0.0151231;REVB=-0.00180312;RO=60;SAF=32;SAR=44;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183839;STB=0.596249;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00933847;OID=.;OPOS=9387462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:60:60:76:77:0.562044:44:32:39:21:44:33:39:21 chr4 9388888 . A G 175.45 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.443;QD=46.786;RBI=0.0659486;REFB=0;REVB=0.0280507;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442528;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:1:0:13:15:1:6:7:1:0:6:9:0:0 chr4 9390660 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.901;QD=33.4285;RBI=0.0978149;REFB=0;REVB=0.0318469;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307001;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 9446325 . AG A,AA 427.23 PASS AF=0.528571,0.0714286;AO=36,6;DP=72;FAO=37,5;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=15,4;FSAR=22,1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000835799,0.000985921;FXX=0.0277739;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=295.962,294.002;QD=24.4134;RBI=0.000843418,0.00577929;REFB=-0.00612455,-0.0054848;REVB=0.000113109,-0.00569457;RO=28;SAF=15,4;SAR=21,2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00969383,0.278798;STB=0.510304,0.808311;STBP=0.842,0.179;TYPE=del,snp;VARB=0.00345735,0.00250993;OID=.,.;OPOS=9446326,9446326;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528571,0.0714286:36,6:72:37,5:70:28:15,4:22,1:12:16:99:28:15,4:21,2:12:16 chr4 9909923 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.020299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.142;QD=5.71688;RBI=0.0212041;REFB=0.00539069;REVB=0.00612868;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27181;STB=0.673587;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0147138;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:3:24:6:2:3:25 chr4 9922130 . C T 565.36 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0415889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2892;QD=32.7743;RBI=0.0442738;REFB=-0.0320236;REVB=0.0151831;RO=20;SAF=19;SAR=30;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116423;STB=0.562928;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0115682;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:20:49:49:0.710145:30:19:12:8:30:19:12:8 chr4 9982330 . A G 490.05 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7078;QD=56.0053;RBI=0.0584804;REFB=-0.0237128;REVB=-0.0556373;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00228689;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:0:1 chr4 9987324 . G A 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2771;QD=59.8327;RBI=0.0245267;REFB=0;REVB=-0.0188725;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77188e-05;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 9998493 . A G 1331.14 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.166;QD=59.8265;RBI=0.0268886;REFB=0.0114762;REVB=0.0198976;RO=2;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255931;STB=0.51351;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000182349;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:36:51:0:2:36:51:0:2 chr4 10090178 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.841;QD=57.1059;RBI=0.0149414;REFB=0;REVB=-0.0133807;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44526e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr4 10099340 . T C 1116.13 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.64;QD=60.3314;RBI=0.0195027;REFB=0;REVB=0.00663413;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3352e-05;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:39:33:0:0:40:34:0:0 chr4 10442602 . C CTACTT 86.28 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=54;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0114193;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=5;MLLD=298.037;QD=6.63659;RBI=0.0257225;REFB=-0.005101;REVB=0.0230488;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137959;STB=0.649099;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=0.0149058;OID=.;OPOS=10442603;OREF=-;OALT=TACTT;OMAPALT=CTACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:10:54:12:52:40:4:8:21:19:86:41:4:6:21:20 chr4 10446385 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.175;QD=57.5434;RBI=0.0107147;REFB=0;REVB=0.00852308;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64484e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 10446906 . A G 519.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.195;QD=59.3579;RBI=0.0452625;REFB=0;REVB=-5.57393e-05;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170849;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr4 10447168 . C G 404.76 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.00107307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.171;QD=11.0138;RBI=0.0335246;REFB=-0.0122465;REVB=-0.0335074;RO=97;SAF=38;SAR=11;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29122;STB=0.673682;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0265027;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:97:98:49:49:0.333333:11:38:54:43:11:38:54:44 chr4 10447985 . AT AA,A 230.57 PASS AF=0,0.560976;AO=2,22;DP=41;FAO=0,23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=0,8;FSAR=0,15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.149925,-0.168695;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6117,27.1012;QD=22.495;RBI=0.162055,0.169864;REFB=0.0047961,-0.018193;REVB=-0.061515,-0.0198931;RO=17;SAF=2,7;SAR=0,15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.516333,-0.175807;STB=0.5,0.594629;STBP=1,0.192;TYPE=snp,del;VARB=0.0409903,0.000143095;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.560976:2,22:41:0,23:41:18:0,8:0,15:10:8:99:17:2,7:0,15:9:8 chr4 10502937 . T G 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9541;QD=54.6482;RBI=0.0402921;REFB=0.022015;REVB=0.00535646;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000462278;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:28:24:0:0:28:24:1:0 chr4 10567732 . T C 385.98 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00227706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1632;QD=26.6192;RBI=0.0227151;REFB=0.000756322;REVB=-0.0226007;RO=20;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188804;STB=0.611051;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000519109;OID=.;OPOS=10567732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:21:37:37:0.637931:22:15:14:6:22:15:15:6 chr4 10669522 . A C 227.38 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00868387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.299;QD=9.37633;RBI=0.00933223;REFB=-0.012778;REVB=0.00341773;RO=68;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584021;STB=0.534497;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0276329;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:18:11:29:39:18:11:29:39 chr4 13548796 . T G 306.03 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.704;QD=53.2228;RBI=0.0504174;REFB=0;REVB=0.0503919;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049971;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 13606576 . A T 906.08 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00393763;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8174;QD=49.6482;RBI=0.0118601;REFB=0.0113028;REVB=-0.0111874;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.528214;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00701588;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:2:7:66:66:0.90411:28:38:1:1:28:38:2:5 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 506.34 PASS AF=0.545455;AO=46;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0144874;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=9;MLLD=286.887;QD=23.0154;RBI=0.0152778;REFB=-0.0180139;REVB=-0.00485043;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198785;STB=0.602232;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.00726716;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:46:89:48:88:40:24:24:29:11:99:41:23:23:30:11 chr4 15095629 . G A 237.24 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0305298;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.642;QD=11.4331;RBI=0.0321076;REFB=-0.0011326;REVB=-0.00994128;RO=54;SAF=22;SAR=7;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354032;STB=0.706362;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00128372;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:54:29:29:0.349398:7:22:25:29:7:22:25:29 chr4 15656905 . C A 473.48 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0247444;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.929;QD=25.9442;RBI=0.0249656;REFB=-0.0406067;REVB=-0.00331586;RO=27;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975399;STB=0.543706;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0230254;OID=.;OPOS=15656905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:29:43:44:0.60274:25:18:15:12:26:18:15:14 chr4 15689632 . G A 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00426692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5319;QD=12.4546;RBI=0.0185605;REFB=-0.00987678;REVB=-0.0180633;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454545;STB=0.526291;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0157521;OID=.;OPOS=15689632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:16:18:12:9:16:18 chr4 15690233 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.318;QD=40.763;RBI=0.0551719;REFB=0;REVB=0.0449146;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396982;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr4 15737722 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00373814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.672;QD=11.8451;RBI=0.00637411;REFB=-0.0148466;REVB=-0.00516291;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854634;STB=0.549258;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.025113;OID=.;OPOS=15737722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:13:13:19:26:13:13:19:26 chr4 15737732 . G A 186.85 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0269935;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.067;QD=10.5265;RBI=0.0321717;REFB=-0.00153454;REVB=-0.0175035;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298309;STB=0.521927;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0060657;OID=.;OPOS=15737732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:47:24:24:0.338028:13:11:19:25:13:11:20:27 chr4 15739390 . T G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0101814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.825;QD=10.4722;RBI=0.0292358;REFB=0.00968427;REVB=0.0274057;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.588084;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0267727;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:8:4:11:12:8:4:11:13 chr4 15818391 . G A 203.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0161996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.602;QD=21.9729;RBI=0.0209619;REFB=-0.0249994;REVB=-0.0133032;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221985;STB=0.613916;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0224056;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:6:14:7:9:6:14:8:9 chr4 15937731 . T C 1112.04 PASS AF=0.987805;AO=70;DP=73;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0821623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8445;QD=54.246;RBI=0.104202;REFB=-0.100985;REVB=0.0640889;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00789873;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:82:1:1:70:81:0.987805:35:35:0:1:36:45:0:1 chr4 15964426 . GGCCCCCT GCCCCT,GGCCCCCC,GGCCCCT 129.4 PASS AF=0,0,1;AO=2,2,11;DP=17;FAO=0,0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102935,-0.0564358,0.112533;FXX=0;HRUN=4,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.36673,137.763,12.4554;QD=34.5076;RBI=0.103084,0.0641522,0.280307;REFB=0,0,0;REVB=-0.00554307,-0.0305041,0.256726;RO=2;SAF=0,0,7;SAR=2,2,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.435374,0,0;SSEP=0,0,0.30137;SSSB=0,0,0.178335;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0,0.0545749;OID=.,.,.;OPOS=15964427,15964433,15964428;OREF=GC,T,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=GCCCCT,GGCCCCCC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:2,2,11:17:0,0,15:15:0:0,0,7:0,0,8:0:0:3:2:0,0,7:2,2,4:0:2 chr4 15964485 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.233;QD=48.737;RBI=0.0218129;REFB=0;REVB=0.0176701;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313448;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr4 15964573 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.979;QD=59.0186;RBI=0.0563063;REFB=0;REVB=-0.0519138;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174057;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr4 15985944 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0811941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.335;QD=10.3778;RBI=0.0838373;REFB=0.00382449;REVB=-0.0208854;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520563;STB=0.797861;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0144698;OID=.;OPOS=15985944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:1:15:4:5:1:15 chr4 16675898 . C A 330.72 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.116;QD=50.8806;RBI=0.0485864;REFB=-0.0820674;REVB=0.0254069;RO=1;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000895921;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:7:18:0:1:7:18:0:1 chr4 17488286 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.533;QD=47.8198;RBI=0.0373747;REFB=0;REVB=0.0369356;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235957;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr4 17488346 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.009;QD=49.5992;RBI=0.0124799;REFB=0;REVB=0.0119012;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95306e-05;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr4 17488351 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6706;QD=49.5991;RBI=0.0484248;REFB=0;REVB=0.0169011;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765376;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr4 17503433 . C T 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000660478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.179;QD=61.5101;RBI=0.0115539;REFB=-0.0114612;REVB=-0.011535;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00103107;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:33:15:0:0:33:15:0:1 chr4 17517099 . A G 206.67 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0639;QD=48.6288;RBI=0.0278637;REFB=0;REVB=-0.0167307;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137455;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr4 17586703 . T C 884.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.316;QD=57.9873;RBI=0.00761416;REFB=0;REVB=0.00215414;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69511e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr4 17627294 . A G 616.72 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104476;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.756;QD=61.6718;RBI=0.0140758;REFB=0;REVB=0.00943265;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160927;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 17627332 . T C 360.83 PASS AF=0.823529;AO=29;DP=36;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00337768;FXX=0.0555401;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.552;QD=42.4501;RBI=0.00357656;REFB=-0.0148778;REVB=-0.00117601;RO=4;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00387867;STB=0.529391;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00179918;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:34:4:6:29:28:0.823529:14:15:2:2:14:14:2:4 chr4 17634213 . A G 1092.3 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5035;QD=59.8523;RBI=0.131452;REFB=0;REVB=0.12942;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134302;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:69:73:1:25:44:0:0:29:44:0:0 chr4 17660082 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.576;QD=61.3358;RBI=0.0111851;REFB=0;REVB=0.0101702;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012238;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr4 17694943 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0708;QD=62.0197;RBI=0.0333903;REFB=0;REVB=-0.0333192;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046221;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 20492417 . G T 1149.79 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246726;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.827;QD=60.5152;RBI=0.0329881;REFB=0;REVB=0.0218969;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557899;OID=.;OPOS=20492417;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:76:0:0:70:76:1:33:37:0:0:32:44:0:0 chr4 20520993 . T C 732.19 PASS AF=0.964286;AO=50;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0107962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2058;QD=52.299;RBI=0.10978;REFB=-0.0992202;REVB=0.109248;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00183948;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:0:2:50:54:0.964286:23:27:0:0:26:28:2:0 chr4 20544184 . C T 566.35 PASS AF=0.343434;AO=68;DP=197;FAO=68;FDP=198;FR=.;FRO=130;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=-0.0183472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.688;QD=11.4415;RBI=0.026152;REFB=-0.00436793;REVB=-0.0186362;RO=129;SAF=23;SAR=45;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1873;STB=0.605256;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00808718;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:129:130:68:68:0.343434:45:23:64:65:45:23:64:66 chr4 21950258 . TA T,TG 2946.54 PASS AF=0.0473684,0.952632;AO=25,162;DP=191;FAO=9,181;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=0,85;FSAR=9,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023875,-0.0705788;FXX=0.00523533;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.227,133.369;QD=62.0325;RBI=0.0359514,0.0736005;REFB=0,0;REVB=0.0268791,0.0208728;RO=0;SAF=3,79;SAR=22,83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.65945e-08,-3.21923e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000384807,0.0106328;OID=.,.;OPOS=21950259,21950259;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0473684,0.952632:25,162:191:9,181:190:0:0,85:9,96:0:0:7:0:3,79:22,83:0:0 chr4 22416195 . C G 803.8 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807004;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9514;QD=57.4144;RBI=0.1335;REFB=0;REVB=0.106348;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160281;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr4 22425877 . A G 322.03 PASS AF=0.55;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0414308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.425;QD=21.4686;RBI=0.0435471;REFB=-0.0507481;REVB=-0.0134104;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134469;STB=0.581441;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0328794;OID=.;OPOS=22425877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:27:33:33:0.55:16:17:9:17:16:17:9:18 chr4 22439914 . A C 411.86 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.00577823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.779;QD=14.8419;RBI=0.00596457;REFB=-0.00541371;REVB=0.00147925;RO=62;SAF=17;SAR=30;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755029;STB=0.511273;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00810552;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:64:47:47:0.423423:30:17:22:40:30:17:22:42 chr4 22444692 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.81;QD=37.4883;RBI=0.0735373;REFB=0;REVB=0.0272486;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100803;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 22457478 . C T 207.65 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0426298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4179;QD=9.22868;RBI=0.064294;REFB=-0.00791632;REVB=-0.0481292;RO=63;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01899;STB=0.511214;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0107524;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:15:12:29:34:15:12:29:34 chr4 22820504 . A T 1153.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.884;QD=60.71;RBI=0.0354823;REFB=0;REVB=-0.000365821;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07981e-05;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr4 23815522 . C T 249.26 PASS AF=0.4;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00322243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.661;QD=13.2938;RBI=0.00481344;REFB=-0.0228023;REVB=-0.00357564;RO=45;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212396;STB=0.588819;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0244655;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:28:30:0.4:19:9:23:22:19:11:23:22 chr4 23815662 . C T 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00378795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.939;QD=15.1655;RBI=0.0201229;REFB=-0.00261657;REVB=-0.0197632;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652416;STB=0.537158;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00433515;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:15:15:10:13:15:15 chr4 23815924 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.661;QD=60.3762;RBI=0.0326942;REFB=0;REVB=0.0308154;RO=1;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10957e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:30:42:0:1:32:42:0:0 chr4 23886323 . G T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00816076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.333;QD=11.6207;RBI=0.00843341;REFB=-0.00308611;REVB=0.00212709;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184;STB=0.607367;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00469763;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:17:18:7:13:17:18 chr4 24578097 . C T 1002.91 PASS AF=0.635036;AO=87;DP=138;FAO=87;FDP=137;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00438978;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.085;QD=29.282;RBI=0.0270184;REFB=-0.0175209;REVB=-0.0266594;RO=50;SAF=36;SAR=51;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431598;STB=0.502332;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0127475;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:50:50:87:87:0.635036:51:36:21:29:51:36:21:29 chr4 24802323 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.578;QD=51.9167;RBI=0.0289719;REFB=0;REVB=0.0252493;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76054e-05;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr4 24810094 . G A 356.85 PASS AF=0.305732;AO=48;DP=157;FAO=48;FDP=157;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.00352836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.164;QD=9.09175;RBI=0.024745;REFB=-0.0169209;REVB=0.0244921;RO=108;SAF=26;SAR=22;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038973;STB=0.519027;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0391344;OID=.;OPOS=24810094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:108:109:48:48:0.305732:22:26:62:46:22:26:62:47 chr4 25001439 . T C 761.34 PASS AF=0.64486;AO=71;DP=109;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00402131;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5254;QD=28.4614;RBI=0.0395341;REFB=-0.0343593;REVB=-0.039329;RO=37;SAF=34;SAR=37;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813741;STB=0.544209;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0127647;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:37:38:71:69:0.64486:37:34:13:24:35:34:14:24 chr4 25005193 . G A 1507.32 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615601;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.51;QD=59.6958;RBI=0.0228521;REFB=0;REVB=-0.0220073;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6751e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:37:64:0:0:37:64:0:0 chr4 25032135 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0118491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.355;QD=23.0939;RBI=0.0290873;REFB=-0.0308289;REVB=0.0265644;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014906;STB=0.50837;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0236562;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:9:3:4:13:9:3 chr4 25253995 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.551;QD=59.5017;RBI=0.0278625;REFB=0;REVB=-0.0169365;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101697;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr4 25278988 . T C 1008.4 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626327;FXX=0.0563301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1038;QD=60.2031;RBI=0.0653392;REFB=0;REVB=0.0186107;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250475;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr4 25363901 . T A 1364.11 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0607975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3012;QD=59.3092;RBI=0.0706492;REFB=-0.12733;REVB=0.0359857;RO=3;SAF=35;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388984;STB=0.513511;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.003074;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:3:2:89:90:0.978261:54:35:3:0:54:36:2:0 chr4 25408516 . T A 105.23 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00620462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.648;QD=11.0772;RBI=0.00725897;REFB=0.00784004;REVB=-0.00376766;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357746;STB=0.71013;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0133136;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:7:18:5:8:7:18 chr4 25419283 . T C 1520.39 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.423;QD=61.43;RBI=0.0334276;REFB=-0.000736061;REVB=0.0306464;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886502;STB=0.500945;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-8.56001e-06;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:44:53:1:0:44:53:1:1 chr4 25419908 . G T 430.21 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00101006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.466;QD=22.6427;RBI=0.0197849;REFB=-0.0328335;REVB=0.0197591;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189935;STB=0.596969;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0337042;OID=.;OPOS=25419908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:41:42:0.552632:24:17:22:12:24:18:22:12 chr4 25678199 . A G 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.721;QD=57.8762;RBI=0.0238041;REFB=0;REVB=0.014971;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012411;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr4 25749303 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.459;QD=54.5177;RBI=0.0170748;REFB=0;REVB=0.00971077;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58728e-05;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr4 25915858 . C A 870.97 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7855;QD=56.1914;RBI=0.106815;REFB=-0.0974846;REVB=0.0906751;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00180686;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:59:61:0.983871:26:33:0:0:27:34:0:1 chr4 26274274 . T A 41.78 PASS AF=0.179487;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00550412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7347;QD=4.2852;RBI=0.0292747;REFB=-0.00190454;REVB=0.0287526;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270417;STB=0.627578;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0335216;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:32:32:6:7:0.179487:3:3:23:9:3:4:23:9 chr4 26417136 . T C 90.05 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0245984;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2511;QD=7.3508;RBI=0.0246056;REFB=-0.0221257;REVB=0.000595088;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303482;STB=0.713994;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0587105;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:49:36:37:11:12:0.244898:6:5:8:28:6:6:8:29 chr4 26673761 . T A 2058.56 PASS AF=0.73617;AO=167;DP=232;FAO=173;FDP=235;FR=.;FRO=62;FSAF=90;FSAR=83;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.00536085;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.0358;QD=35.0393;RBI=0.00878581;REFB=-0.0745437;REVB=0.00696073;RO=43;SAF=85;SAR=82;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090938;STB=0.541674;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0152068;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:43:62:167:173:0.73617:82:85:32:11:83:90:42:20 chr4 26673787 . A G 3829.17 PASS AF=0.976834;AO=251;DP=258;FAO=253;FDP=259;FR=.;FRO=6;FSAF=129;FSAR=124;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0561124;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.7;QD=59.1378;RBI=0.0568181;REFB=-0.115445;REVB=0.00892752;RO=2;SAF=129;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733251;STB=0.511363;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000297602;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:258:259:2:6:251:253:0.976834:122:129:2:0:124:129:6:0 chr4 27004011 . G A 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0310254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0981;QD=48.608;RBI=0.0316205;REFB=0.00808589;REVB=0.0061054;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.533308;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00587259;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:1:2:26:26:0.928571:14:12:0:1:14:12:0:2 chr4 28712912 . C G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1321;QD=60.6045;RBI=0.0139253;REFB=0;REVB=0.00469839;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142931;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 28712968 . A G 651.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9518;QD=62.0153;RBI=0.0174544;REFB=0;REVB=0.00968015;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31785e-05;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr4 30724579 . GCCC GCC,GTCT 689.88 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=49,6;DP=62;FAO=56,6;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954816,-0.0804565;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=15.1866,116.821;QD=44.5085;RBI=0.235667,0.11202;REFB=0,0;REVB=0.215458,0.0779443;RO=2;SAF=49,0;SAR=0,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.794076;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000369218,0.00080627;OID=.,.;OPOS=30724580,30724580;OREF=C,CCC;OALT=-,TCT;OMAPALT=GCC,GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.903226,0.0967742:49,6:62:56,6:62:0:56,0:0,6:0:0:27:2:49,0:0,6:2:0 chr4 30725987 . G A 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00508246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.447;QD=16.1148;RBI=0.016746;REFB=-0.0179963;REVB=-0.0159561;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.565984;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0226831;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:11:18:12:12:11:18 chr4 31146018 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.724;QD=58.142;RBI=0.0536137;REFB=0;REVB=0.0526374;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080699;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr4 31147272 . A C 1601.15 PASS AF=0.956522;AO=112;DP=117;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0180483;FXX=0.0170926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.116;QD=55.692;RBI=0.0210837;REFB=-0.0274271;REVB=0.0108987;RO=5;SAF=56;SAR=56;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243109;STB=0.513434;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000548334;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:117:115:5:5:112:110:0.956522:56:56:4:1:56:54:4:1 chr4 31147691 . A C 741.56 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293888;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.205;QD=57.0428;RBI=0.00834882;REFB=0;REVB=0.00781446;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459111;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr4 34967868 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7471;QD=59.0181;RBI=0.0760922;REFB=0;REVB=-0.0760831;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791716;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr4 36081878 . C T 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.687;QD=62.9779;RBI=0.0467625;REFB=0;REVB=-0.013474;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012711;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 36118703 . C T 337.67 PASS AF=0.634615;AO=30;DP=49;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00803396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9919;QD=25.9748;RBI=0.037588;REFB=-0.0406328;REVB=0.0367194;RO=17;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638335;STB=0.504082;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0280837;OID=.;OPOS=36118703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:17:19:30:33:0.634615:13:17:8:9:16:17:10:9 chr4 36163128 . G A 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000909716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.848;QD=20.2461;RBI=0.0254557;REFB=0.00165045;REVB=-0.0254395;RO=33;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172744;STB=0.596274;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00261763;OID=.;OPOS=36163128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:26:10:15:18:26:10:15:18 chr4 36258197 . T C 3083.02 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243623;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.769;QD=61.3536;RBI=0.0489343;REFB=-0.0395811;REVB=0.0424387;RO=1;SAF=95;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02969e-05;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:201:1:0:201:201:1:106:95:0:1:106:95:0:0 chr4 36292018 . T A 820.07 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1558;QD=55.5981;RBI=0.0600538;REFB=-0.00130517;REVB=0.0430572;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125806;STB=0.506664;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00068681;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:37:21:0:1:37:21:0:1 chr4 36345377 . G A 675.13 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-7.86467e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=35.5331;RBI=0.020531;REFB=-0.0146356;REVB=0.0205308;RO=20;SAF=22;SAR=34;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103565;STB=0.555749;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0046554;OID=.;OPOS=36345377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:20:20:56:56:0.736842:34:22:12:8:34:22:12:8 chr4 37445587 . T C 285.31 PASS AF=0.625;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0037152;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.958;QD=28.531;RBI=0.00570994;REFB=-0.00485481;REVB=-0.00433597;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085196;STB=0.567794;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0044633;OID=.;OPOS=37445587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:17:15:25:25:0.625:9:16:9:8:9:16:7:8 chr4 37445885 . T C 277.36 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0495965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8341;QD=20.5451;RBI=0.0533473;REFB=-0.0167347;REVB=-0.0196502;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205873;STB=0.523606;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0265252;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:24:28:30:0.555556:11:17:14:10:11:19:14:10 chr4 37446874 . C T 341.77 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00931077;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.888;QD=23.5702;RBI=0.0214246;REFB=0.000887814;REVB=0.0192957;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210815;STB=0.512188;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000688639;OID=.;OPOS=37446874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:22:24:34:34:0.586207:18:16:11:11:18:16:12:12 chr4 37448299 . C T 601.37 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0107343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0908;QD=28.9815;RBI=0.0589269;REFB=-0.0406991;REVB=-0.057941;RO=30;SAF=28;SAR=25;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129232;STB=0.57011;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0141756;OID=.;OPOS=37448299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:25:28:10:20:25:28:10:20 chr4 37593173 . G A 308.57 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00929106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.704;QD=24.2012;RBI=0.0121172;REFB=0.000362138;REVB=0.00777832;RO=20;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829995;STB=0.559959;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000120156;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:30:30:0.588235:21:9:8:12:21:9:9:12 chr4 37612486 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.819;QD=60.2307;RBI=0.0471598;REFB=0;REVB=0.0464765;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219096;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr4 37612526 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0545398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7798;QD=20.7688;RBI=0.102778;REFB=-0.000728827;REVB=-0.0871136;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657263;STB=0.536559;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00203954;OID=.;OPOS=37612526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:8:16:16:11:8:16 chr4 37636532 . C T 370.84 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0665649;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3076;QD=23.5457;RBI=0.0718712;REFB=0.0263128;REVB=-0.0271031;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504782;STB=0.521429;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0167227;OID=.;OPOS=37636532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:26:36:37:0.587302:19:17:14:12:19:18:14:12 chr4 37636542 . C T 453.22 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0187705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2846;QD=25.179;RBI=0.0343667;REFB=-0.0187003;REVB=-0.0287878;RO=28;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509548;STB=0.521026;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0131393;OID=.;OPOS=37636542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:23:20:15:13:23:20:15:14 chr4 37836302 . T C 428.45 PASS AF=0.346939;AO=50;DP=146;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0569366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.741;QD=11.6585;RBI=0.0883757;REFB=0.00352048;REVB=0.0675906;RO=96;SAF=23;SAR=27;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100683;STB=0.511686;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0055952;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:96:96:50:51:0.346939:27:23:45:51:28:23:45:51 chr4 37851856 . A C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0198518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.322;QD=12.1357;RBI=0.0198717;REFB=7.72765e-05;REVB=0.0008892;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069278;STB=0.539971;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-8.25641e-05;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:18:10:20:28:18:10:20:28 chr4 37903756 . T C 415.5 PASS AF=0.594203;AO=34;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0443209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5599;QD=24.087;RBI=0.0739034;REFB=0.00543236;REVB=-0.0591386;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758153;STB=0.533882;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00358981;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:28:34:41:0.594203:15:19:11:13:20:21:12:16 chr4 37962133 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.477;QD=55.6561;RBI=0.0317586;REFB=0;REVB=0.0277576;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74823e-05;OID=.;OPOS=37962133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr4 37962186 . G C 594.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5321;QD=60.9695;RBI=0.0221919;REFB=0;REVB=0.0214274;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189429;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:9:29:0:0:10:29:0:0 chr4 38016372 . G A 239.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0233743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.804;QD=21.7884;RBI=0.0311016;REFB=-0.0230641;REVB=-0.0205171;RO=21;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240549;STB=0.513502;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0339193;OID=.;OPOS=38016372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:19:4:4:17:19:4:4:17 chr4 38016395 . T G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0147781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.664;QD=21.2932;RBI=0.0159182;REFB=-0.0222684;REVB=-0.00591579;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227337;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:9:16:16:9:9:16 chr4 38062233 . T A 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000314166;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.572;QD=12.5802;RBI=0.00410209;REFB=-0.00485859;REVB=-0.00409004;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251434;STB=0.646886;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0141938;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:29:31:17:17:0.354167:6:11:12:17:6:11:13:18 chr4 38138856 . G A 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0429727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.994;QD=21.4716;RBI=0.0451679;REFB=-0.0152381;REVB=0.0139098;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354459;STB=0.519618;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0110321;OID=.;OPOS=38138856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:15:16:14:11:15:16:14:11 chr4 38139024 . C T 79.99 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00996378;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=6.80739;RBI=0.0667719;REFB=-0.0151891;REVB=0.0660243;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289077;STB=0.678952;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0588742;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:47:36:36:11:11:0.234043:6:5:25:11:6:5:25:11 chr4 38258908 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0589981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2529;QD=14.0964;RBI=0.0668837;REFB=-0.0242367;REVB=0.0315064;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299689;STB=0.676588;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0297823;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:8:6:8:3:8:6 chr4 38259005 . T G 54.92 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0264181;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=84.0816;QD=9.55168;RBI=0.0327199;REFB=-0.00209987;REVB=-0.0193047;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477517;STB=0.787884;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00561475;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:14:15:8:8:0.347826:7:1:7:7:7:1:7:8 chr4 38259310 . T C 107.33 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0969551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2587;QD=12.6272;RBI=0.100333;REFB=-0.00597073;REVB=-0.025816;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397392;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00405414;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:10:10:7:6:10:11 chr4 38774785 . A G 300.38 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.000756123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.209;QD=30.8081;RBI=0.0146233;REFB=-0.00673248;REVB=-0.0146037;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301283;STB=0.665236;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0069016;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:17:9:11:2:17:9:11:2 chr4 38775040 . A G 628.94 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0423915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1354;QD=31.8448;RBI=0.0540903;REFB=0.0114107;REVB=0.0335964;RO=25;SAF=26;SAR=28;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925984;STB=0.550028;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00418338;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:25:54:54:0.683544:28:26:16:9:28:26:16:9 chr4 38776070 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0636999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6197;QD=11.4399;RBI=0.106503;REFB=0.0166079;REVB=-0.0853533;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0355016;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:9:14:7:6:10:14 chr4 38776107 . T G 147.06 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0148094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.558;QD=26.7374;RBI=0.0297147;REFB=-0.0256308;REVB=-0.0257613;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143879;STB=0.580534;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0116591;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:4:3:10:5:4:3 chr4 38776180 . C A 108.83 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0366604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.573;QD=24.1852;RBI=0.0747955;REFB=0.00281149;REVB=-0.065195;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096601;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00989598;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:5:6:12:12:0.666667:7:5:3:2:7:5:3:3 chr4 38776235 . A G 180.9 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00097331;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5443;QD=30.1494;RBI=0.0453126;REFB=-0.0164801;REVB=0.0453022;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222069;STB=0.512301;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00410149;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:3:4:9:8:3:4 chr4 38776320 . C T 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0113511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.597;QD=37.4117;RBI=0.0130861;REFB=-0.03866;REVB=0.00651138;RO=6;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634848;STB=0.534516;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00856964;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:16:7:1:5:16:7:1:5 chr4 38776491 . T G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00778056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.566;QD=25.2443;RBI=0.0168236;REFB=-0.0215725;REVB=0.0149163;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231108;STB=0.627109;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0157871;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:4:18:15:13:4:18 chr4 38776725 . C A 273.25 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0276121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.644;QD=31.229;RBI=0.0575571;REFB=-0.00279687;REVB=-0.0505014;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200068;STB=0.609053;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00184107;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:1:10:14:10:1:10 chr4 38777059 . C T 448.73 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0334474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6396;QD=37.3941;RBI=0.0401969;REFB=-0.0577548;REVB=0.022295;RO=13;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131655;STB=0.571388;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0116841;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:20:15:9:4:20:15:9:4 chr4 38777173 . A T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00719864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.333;QD=24.8185;RBI=0.00721895;REFB=-0.0117281;REVB=-0.00054114;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211594;STB=0.602323;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0127253;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:15:8:11:7:15:9:11:7 chr4 38777236 . T G 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0200213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.923;QD=11.6347;RBI=0.0316164;REFB=0.00481219;REVB=0.0244693;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00497979;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:8:8:5:5:8:8 chr4 38798515 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0112866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.366;QD=25.3158;RBI=0.0135353;REFB=-0.0118881;REVB=-0.00747098;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033284;STB=0.5185;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00900862;OID=.;OPOS=38798515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:9:4:7:13:9:4 chr4 38798648 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.578;QD=61.684;RBI=0.00955998;REFB=0;REVB=0.00911163;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88373e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr4 38798935 . C T 227.46 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0106005;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.733;QD=34.9939;RBI=0.0195863;REFB=-0.0354696;REVB=0.0164697;RO=6;SAF=15;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129507;STB=0.571353;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0235115;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:27:26:6:6:20:20:0.769231:5:15:3:3:5:15:3:3 chr4 38799710 . T C 147.65 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0411436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9155;QD=26.8461;RBI=0.0460307;REFB=0.00100913;REVB=-0.0206403;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128708;STB=0.571339;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000173743;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:6:1:5:10:6:1 chr4 38800323 . A G 1073.52 PASS AF=0.723577;AO=86;DP=122;FAO=89;FDP=123;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0181792;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.626;QD=34.9112;RBI=0.0186844;REFB=-0.0270481;REVB=-0.0043151;RO=35;SAF=43;SAR=43;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115609;STB=0.561371;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0097321;OID=.;OPOS=38800323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:35:34:86:89:0.723577:43:43:25:10:46:43:24:10 chr4 38830012 . G C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00476917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.532;QD=8.56751;RBI=0.0115112;REFB=-0.0038907;REVB=-0.0104767;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692539;STB=0.542312;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0091569;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:6:8:19:18:6:8:19:18 chr4 38830350 . A G 714.74 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0782714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0194;QD=60.8286;RBI=0.0835483;REFB=-0.113876;REVB=-0.0292215;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00459962;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr4 38937372 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8841;QD=53.2751;RBI=0.0432732;REFB=0;REVB=0.0194266;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500608;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 38995374 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.779;QD=63.4764;RBI=0.0417126;REFB=0;REVB=-0.00185432;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92965e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr4 39000305 . A G 142.86 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0286025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.747;QD=14.6526;RBI=0.0289644;REFB=-0.0106792;REVB=0.00456451;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.588123;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0189814;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:11:12:6:10:11:12 chr4 39064162 . A C 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.000296307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0831;QD=31.631;RBI=0.0617492;REFB=-0.0180835;REVB=0.0617485;RO=12;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538304;STB=0.538434;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00599318;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:13:27:27:0.675:9:18:9:3:9:18:10:3 chr4 39094738 . G A 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.022935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.775;QD=24.3892;RBI=0.0248164;REFB=-0.0118809;REVB=-0.00947836;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.50892;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00962884;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:6:8:11:9:6:8 chr4 39116911 . T C 251.06 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00254218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.406;QD=19.6913;RBI=0.0167928;REFB=-0.0124502;REVB=0.0165992;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211372;STB=0.605891;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0116496;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:11:14:8:17:12:14:8:17 chr4 39122697 . C T 190.3 PASS AF=0.396552;AO=24;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00850313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.778;QD=13.1243;RBI=0.00916307;REFB=-0.00018765;REVB=-0.00341448;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161331;STB=0.562556;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-2.81518e-05;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:24:23:0.396552:15:9:8:26:15:8:9:26 chr4 39207318 . A G 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0297974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4886;QD=7.81053;RBI=0.0306113;REFB=0.00677901;REVB=0.00701175;RO=48;SAF=10;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433885;STB=0.532676;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0147161;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:9:10:27:21:9:10:28:21 chr4 39216221 . C T 330.6 PASS AF=0.276471;AO=47;DP=170;FAO=47;FDP=170;FR=.;FRO=123;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0131079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.818;QD=7.77884;RBI=0.0737955;REFB=-0.0135084;REVB=-0.072622;RO=120;SAF=22;SAR=25;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287974;STB=0.526041;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0424057;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:120:123:47:47:0.276471:25:22:59:61:25:22:62:61 chr4 39299266 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0104477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2198;QD=16.6273;RBI=0.0498137;REFB=0.0252939;REVB=0.0487058;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361503;STB=0.726905;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0116269;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:10:3:8:5:10:3:9:5 chr4 39302029 . T C 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0388985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=33.3754;RBI=0.0389036;REFB=0.0161166;REVB=0.000634313;RO=6;SAF=16;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12882;STB=0.571347;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0203658;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:3:16:4:2:3:16:4:2 chr4 39448542 . C G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.908;QD=51.5079;RBI=0.0458136;REFB=-0.047291;REVB=0.00116928;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000976468;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:10:15:0:1:10:16:0:1 chr4 39450229 . C A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.322;QD=56.1894;RBI=0.0527452;REFB=0;REVB=0.0123509;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149571;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 39458051 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.074;QD=58.5863;RBI=0.112265;REFB=0;REVB=0.108128;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518392;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 39459724 . T C 864.04 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0209373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.125;QD=53.1716;RBI=0.02101;REFB=-0.0247006;REVB=-0.00174597;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782079;STB=0.502617;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00152323;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:61:62:0.953846:23:38:1:1:24:38:2:1 chr4 39460490 . C G 1194.19 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.843;QD=59.7096;RBI=0.0213323;REFB=-0.0656961;REVB=0.00883096;RO=0;SAF=19;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6391e-08;STB=0.504131;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=8.53748e-05;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:0:1:78:79:0.9875:59:19:0:0:60:19:0:1 chr4 39472842 . T A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.806;QD=39.3181;RBI=0.0288406;REFB=-0.0849731;REVB=0.028459;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00268155;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr4 39501086 . G A 689.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6902;QD=62.6472;RBI=0.106685;REFB=0;REVB=0.0342845;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101184;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 39921942 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.594;QD=47.8223;RBI=0.0471479;REFB=0;REVB=0.0272286;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379654;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 40121562 . G A 767.02 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201695;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.691;QD=56.8162;RBI=0.059667;REFB=0;REVB=-0.0561546;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125473;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr4 40138626 . C T 594.63 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0283366;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.699;QD=27.3393;RBI=0.0769697;REFB=-0.00721663;REVB=-0.0715637;RO=34;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266234;STB=0.514506;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00421512;OID=.;OPOS=40138626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:34:34:53:53:0.609195:30:23:16:18:30:23:16:18 chr4 40245990 . A C 215.78 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0142835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8547;QD=29.7627;RBI=0.0148634;REFB=0.0212913;REVB=-0.00411122;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234759;STB=0.587695;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0104543;OID=.;OPOS=40245990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:10:9:19:20:0.689655:14:5:6:4:14:6:5:4 chr4 40337523 . C T 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0131422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.637;QD=31.138;RBI=0.0140477;REFB=-0.0226068;REVB=-0.00496189;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100231;STB=0.554877;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0168099;OID=.;OPOS=40337523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:14:16:6:10:14:16:6:10 chr4 40337908 . T C 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.31;QD=60.2026;RBI=0.0241194;REFB=0;REVB=-0.00433369;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79968e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr4 40337944 . C T 352.45 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0251777;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3497;QD=20.7325;RBI=0.0253054;REFB=0.0438337;REVB=-0.00253923;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154458;STB=0.508557;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0394924;OID=.;OPOS=40337944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:19:13:14:22:19:13 chr4 40356422 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9352;QD=55.6546;RBI=0.0444746;REFB=0;REVB=0.0442205;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067965;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr4 40428010 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.064;QD=62.1595;RBI=0.0343541;REFB=0;REVB=0.0288897;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86176e-05;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:49:35:0:0:50:35:0:0 chr4 40438576 . A G 643.22 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000542895;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.453;QD=25.9888;RBI=0.0147457;REFB=-0.0108895;REVB=0.0147357;RO=42;SAF=23;SAR=34;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113315;STB=0.561962;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00941995;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:34:23:23:19:34:23:23:19 chr4 40440215 . T C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00207522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.963;QD=19.967;RBI=0.0168962;REFB=-0.0310131;REVB=-0.0167683;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236845;STB=0.631233;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0237707;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:7:19:13:16:7:19 chr4 40440854 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5209;QD=33.4267;RBI=0.0962567;REFB=0;REVB=0.0962567;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00994009;OID=.;OPOS=40440854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 40752822 . GA G 48.99 PASS AF=0.269663;AO=26;DP=81;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.000616724;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.12983;QD=2.20196;RBI=0.14704;REFB=-0.0791097;REVB=-0.147038;RO=49;SAF=7;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0.309524;SSEP=0;SSSB=-0.288615;STB=0.763947;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.0218443;OID=.;OPOS=40752823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269663:26:81:24:89:65:4:20:31:34:48:49:7:19:25:24 chr4 40778146 . C T 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00947365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.313;QD=57.436;RBI=0.0174842;REFB=-0.0563398;REVB=0.0146951;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000899141;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:34:33:0:0:35:32:1:0 chr4 40778162 . T G 748.21 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0281291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.131;QD=49.0629;RBI=0.0328953;REFB=-0.115713;REVB=0.0170545;RO=5;SAF=27;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181716;STB=0.509663;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0014861;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:5:5:56:56:0.918033:29:27:3:2:29:27:3:2 chr4 40778256 . T C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0583636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1754;QD=5.01785;RBI=0.0776325;REFB=0.0306914;REVB=0.0511908;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197999;STB=0.565044;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.101098;OID=.;OPOS=40778256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:34:21:27:6:7:0.205882:5:1:6:15:5:2:6:21 chr4 40810747 . A G 770.79 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.737;QD=61.6631;RBI=0.0134576;REFB=0.0975382;REVB=0.0132514;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000785808;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:19:30:1:0:19:30:1:0 chr4 41015823 . G T 433.59 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00588362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.686;QD=26.2783;RBI=0.010595;REFB=-0.02075;REVB=-0.00881119;RO=25;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346349;STB=0.518897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0121032;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:26:15:8:17:26:15:8:17 chr4 41015899 . C T 395.05 PASS AF=0.622951;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00197972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.991;QD=25.9053;RBI=0.0137454;REFB=-0.0348843;REVB=0.0136021;RO=23;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174155;STB=0.514724;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0254562;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:37:38:0.622951:20:17:10:13:20:18:10:13 chr4 41016484 . T C 177.5 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00650877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.067;QD=21.5154;RBI=0.010107;REFB=-0.0162643;REVB=0.00773226;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244069;STB=0.636223;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0206643;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:12:3:9:9:12:3 chr4 41258970 . A G 169.72 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0205623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6546;QD=10.7757;RBI=0.0537205;REFB=-0.0128675;REVB=-0.0496295;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947196;STB=0.567624;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0451356;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:21:22:0.349206:12:9:21:20:13:9:21:20 chr4 41258978 . C T 132.73 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00459503;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.667;QD=7.6945;RBI=0.0358432;REFB=-0.00195984;REVB=-0.0355475;RO=48;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143425;STB=0.57179;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0067217;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:48:50:19:19:0.275362:11:8:26:22:11:8:26:24 chr4 41259633 . C A 192.93 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=44;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0176107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1063;QD=16.0775;RBI=0.104652;REFB=-0.00801454;REVB=0.103159;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899355;STB=0.583252;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0149213;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:28:28:16:20:0.416667:7:9:18:10:10:10:18:10 chr4 41526503 . C T 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00353559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.24;QD=12.3834;RBI=0.0268226;REFB=-0.01003;REVB=-0.0265885;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678144;STB=0.53898;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0148576;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:13:16:24:25:13:16:24:25 chr4 41628818 . A G 610.2 PASS AF=0.62069;AO=53;DP=86;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.012394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.466;QD=28.0551;RBI=0.0165729;REFB=-0.00437094;REVB=0.0110023;RO=33;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288361;STB=0.512446;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00280348;OID=.;OPOS=41628818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:33:33:53:54:0.62069:23:30:20:13:23:31:20:13 chr4 41631718 . C T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0035028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.254;QD=23.2345;RBI=0.0196119;REFB=-0.0140521;REVB=-0.0192965;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166068;STB=0.592495;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0247502;OID=.;OPOS=41631718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:3:10:10:8:3:10 chr4 41633322 . C A 450.23 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00411753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.39;QD=27.2864;RBI=0.0220213;REFB=-0.0355224;REVB=0.0216329;RO=24;SAF=22;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713612;STB=0.538886;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0208055;OID=.;OPOS=41633322;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:20:22:10:14:20:22:10:14 chr4 41673554 . C CT,T 38.34 PASS AF=0.191919,0;AO=30,4;DP=100;FAO=19,0;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=7,0;FSAR=12,0;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0479483,0.000762609;FXX=0.0198;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.59367,220.255;QD=1.54899;RBI=0.142386,0.00497046;REFB=-0.0803509,0.000871127;REVB=-0.13407,-0.00491161;RO=63;SAF=10,0;SAR=20,4;SRF=35;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.26022,-0.520989;STB=0.597945,0.5;STBP=0.359,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.147947,0;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:100:99:63:80:30,4:19,0:0.191919,0:20,4:10,0:35:28:12,0:7,0:39:41 chr4 41749668 . C T 365.9 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0334366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.608;QD=11.3458;RBI=0.0357902;REFB=-0.0125376;REVB=-0.0127646;RO=84;SAF=27;SAR=18;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128162;STB=0.573635;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0258253;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:45:45:0.348837:18:27:41:43:18:27:41:43 chr4 41984118 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.638;QD=60.9784;RBI=0.0179385;REFB=0;REVB=0.0044948;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01273e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr4 41985101 . A G 2766.04 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500289;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.115;QD=62.1582;RBI=0.0538952;REFB=0;REVB=0.0200451;RO=0;SAF=93;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134601;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:83:93:0:0:83:95:0:0 chr4 41985478 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.763;QD=64.4152;RBI=0.0376131;REFB=0;REVB=0.02036;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160642;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr4 41985689 . C T 902.45 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5244;QD=58.2224;RBI=0.189859;REFB=0;REVB=-0.0700657;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178117;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:49:62:1:31:18:0:0:32:30:0:0 chr4 41986857 . A G 1083.03 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8761;QD=58.5421;RBI=0.0510723;REFB=-0.0773901;REVB=0.0485532;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00159947;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:41:32:0:1:41:32:0:1 chr4 41987892 . G A 508.43 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000606192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.238;QD=56.4925;RBI=0.0248564;REFB=-0.131756;REVB=0.024849;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000778785;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr4 41988385 . TAC T 680.81 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322131;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.293;QD=63.3307;RBI=0.00710965;REFB=0;REVB=-0.00633801;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.45725e-06;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:43:43:0:20:23:0:0:4:0:19:23:0:0 chr4 41992677 . C G 3009.23 PASS AF=0.980861;AO=201;DP=209;FAO=205;FDP=209;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.080793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3917;QD=57.5929;RBI=0.0922732;REFB=-0.20413;REVB=0.0445739;RO=2;SAF=106;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00051504;STB=0.500704;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00386343;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:209:2:4:201:205:0.980861:95:106:1:1:95:110:2:2 chr4 42003671 . A G 543.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277884;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.813;QD=60.4257;RBI=0.0278783;REFB=0;REVB=-0.00223643;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102123;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr4 42020142 . A G 1732.63 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3439;QD=58.2397;RBI=0.0306074;REFB=-0.0646579;REVB=0.0265118;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887625;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00101834;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:116:117:0.983193:63:53:1:0:63:54:1:1 chr4 42022464 . C A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.408;QD=64.1514;RBI=0.0114181;REFB=0;REVB=0.00924801;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94119e-06;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr4 42400112 . G T 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0221839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0831;QD=7.47118;RBI=0.02226;REFB=-0.00915207;REVB=0.00183898;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355442;STB=0.726812;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0278213;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:18:14:2:9:18:14 chr4 42414273 . A G 174.0 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00374526;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.91;QD=11.41;RBI=0.0186875;REFB=-0.000573446;REVB=0.0183083;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596837;STB=0.524568;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000984552;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:36:39:22:22:0.360656:11:11:16:20:11:11:18:21 chr4 42895308 . G A 407.04 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00326511;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.368;QD=19.8558;RBI=0.00708631;REFB=-0.0112427;REVB=0.00628927;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21779;STB=0.608542;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00954517;OID=.;OPOS=42895308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:19:22:12:29:19:22:13:28 chr4 42895423 . C T 193.74 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0161777;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5769;QD=9.80966;RBI=0.0904318;REFB=-0.0120829;REVB=-0.088973;RO=52;SAF=6;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305502;STB=0.67146;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0339569;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:54:25:25:0.316456:19:6:25:27:19:6:25:29 chr4 44626641 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.479;QD=57.6804;RBI=0.0164427;REFB=0;REVB=0.0154897;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110984;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 44680720 . CCCGG C,CC,CCG 179.02 PASS AF=0,0,1;AO=7,5,3;DP=21;FAO=0,0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,17;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609081,0.0059552,-0.109563;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=13.1637,9.80756,14.9809;QD=34.0982;RBI=0.15952,0.149928,0.284366;REFB=-0.105284,-0.117527,-0.0934075;REVB=0.147435,0.14981,0.262412;RO=3;SAF=7,4,2;SAR=0,1,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.771117,0.116878,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.0165352;OID=.,.,.;OPOS=44680721,44680722,44680722;OREF=CCGG,CGG,CG;OALT=-,-,-;OMAPALT=C,CC,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:7,5,3:21:0,0,21:21:0:0,0,17:0,0,4:0:0:3:3:7,4,2:0,1,1:2:1 chr4 44704757 . C T 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019872;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.844;QD=62.3662;RBI=0.0212917;REFB=0;REVB=-0.00764463;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82196e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr4 46086060 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.148;QD=64.1509;RBI=0.0217968;REFB=0;REVB=0.0172784;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90842e-05;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr4 46314593 . T C 936.66 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00535858;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.475;QD=54.2991;RBI=0.00635961;REFB=-0.0589393;REVB=0.00342495;RO=3;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162046;STB=0.508584;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-8.21904e-06;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:31:35:1:2:31:35:1:2 chr4 46334702 . A G 849.45 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0477489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6819;QD=53.0906;RBI=0.0512453;REFB=-0.0424294;REVB=0.0186043;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409966;STB=0.521732;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0104584;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:33:28:0:3:33:28:0:3 chr4 46928746 . A T 113.97 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.027441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6929;QD=18.2355;RBI=0.0342765;REFB=-0.0361762;REVB=-0.0205394;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0204677;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:8:4:6:6:8:5:6:6 chr4 46928834 . C T 315.31 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0135512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.752;QD=25.2247;RBI=0.0216755;REFB=-0.0044937;REVB=-0.0169173;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572719;STB=0.531769;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00408861;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:11:11:16:12:11:11 chr4 46967137 . A C 126.39 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0142425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.614;QD=5.15861;RBI=0.0212616;REFB=-0.00684637;REVB=0.0157863;RO=78;SAF=7;SAR=13;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969942;STB=0.561492;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0348334;OID=.;OPOS=46967137;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:78:20:20:0.204082:13:7:33:45:13:7:33:45 chr4 46995366 . G T 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0112142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.468;QD=18.5404;RBI=0.0124775;REFB=-0.0168876;REVB=0.00547079;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185887;STB=0.610713;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0162413;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:21:13:20:14:21:13:21:14 chr4 47034626 . C G 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0114576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.931;QD=11.0826;RBI=0.0200026;REFB=-0.0165881;REVB=0.016396;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331469;STB=0.51927;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0279493;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:12:10:17:23:12:10:17:23 chr4 47322190 . T C 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8418;QD=59.0086;RBI=0.0480214;REFB=0;REVB=0.0466965;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372688;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 47578971 . G A 322.59 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00654325;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.747;QD=12.5277;RBI=0.00708942;REFB=-0.000407362;REVB=-0.00272867;RO=64;SAF=17;SAR=22;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154129;STB=0.572029;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000605793;OID=.;OPOS=47578971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:64:64:39:39:0.378641:22:17:37:27:21:18:37:27 chr4 47584046 . G A 1698.33 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000457022;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.31;QD=60.6546;RBI=0.00118417;REFB=0;REVB=-0.00109242;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10568e-05;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr4 47589203 . G A 776.45 PASS AF=0.680851;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00549226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.362;QD=33.0403;RBI=0.00621896;REFB=-0.00908504;REVB=-0.00291729;RO=30;SAF=27;SAR=37;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693651;STB=0.503743;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00469001;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:30:30:64:64:0.680851:37:27:13:17:37:27:13:17 chr4 47597654 . C G 210.15 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0450867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2719;QD=15.5665;RBI=0.0458301;REFB=-0.0326016;REVB=0.00822127;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820371;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0414229;OID=.;OPOS=47597654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:14:16:13:11:14:16 chr4 47667063 . AT AC,GC 638.42 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261587,-0.0173175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.8747,93.1466;QD=60.8018;RBI=0.0688424,0.0173332;REFB=0,0;REVB=0.0687927,-0.000737796;RO=0;SAF=24,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00505367,0.0195853;OID=.,.;OPOS=47667064,47667063;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:16,0:24,2:0:0:16,0:24,2:0:0 chr4 47936972 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.612;QD=37.4875;RBI=0.0958792;REFB=0;REVB=0.0151625;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108877;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 48037926 . A G 341.0 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00320292;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.33;QD=15.5;RBI=0.00465234;REFB=-0.000951241;REVB=0.00337425;RO=51;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364994;STB=0.520604;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00127562;OID=.;OPOS=48037926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:19:18:23:28:19:18:23:28 chr4 48170669 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.724;QD=53.276;RBI=0.0316406;REFB=0;REVB=0.0276475;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12622e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 48172266 . G A 618.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316563;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.142;QD=61.8237;RBI=0.0176396;REFB=0;REVB=-0.0173532;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8232e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 48426066 . A T 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0128904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.098;QD=16.2772;RBI=0.012911;REFB=-0.0269963;REVB=0.000729099;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468319;STB=0.532445;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.029968;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:18:10:10:22:18:10:10:23 chr4 48492434 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.157;QD=37.4884;RBI=0.140673;REFB=0;REVB=0.0180466;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253088;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 48582909 . G A 101.9 PASS AF=0.228571;AO=15;DP=69;FAO=16;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0238368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.562;QD=5.82303;RBI=0.0268932;REFB=6.65082e-05;REVB=-0.0124519;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112693;STB=0.571341;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=9.12157e-05;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:54:15:16:0.228571:8:7:13:22:8:8:32:22 chr4 48588742 . C T 400.5 PASS AF=0.633333;AO=39;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00148627;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=310.571;QD=26.6998;RBI=0.00243089;REFB=-0.0110668;REVB=-0.0019236;RO=22;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355533;STB=0.526806;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00481225;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:22:22:39:38:0.633333:25:14:9:13:25:13:9:13 chr4 48604082 . T TA 86.07 PASS AF=0.625;AO=19;DP=48;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0404567;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.07789;QD=8.60716;RBI=0.215156;REFB=-0.137567;REVB=0.211318;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389417;STB=0.56039;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.151475;OID=.;OPOS=48604083;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:19:48:25:40:15:8:17:7:8:29:27:7:12:9:18 chr4 48625212 . AC A,AA 367.16 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=6,18;DP=24;FAO=7,20;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299717,0.030006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.517,271.589;QD=54.3942;RBI=0.0332534,0.0330769;REFB=0,0;REVB=0.0144044,0.0139185;RO=0;SAF=2,9;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00974127,0.00826497;OID=.,.;OPOS=48625213,48625213;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.740741:6,18:24:7,20:27:0:3,10:4,10:0:0:19:0:2,9:4,9:0:0 chr4 52714354 . A ATTTC,C 698.93 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=43,3;DP=54;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119169,0.0130504;FXX=0.0188644;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=201.707,125.451;QD=53.7639;RBI=0.0149365,0.0139743;REFB=0,0;REVB=-0.00900484,0.00499674;RO=4;SAF=24,3;SAR=19,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0494577,0.729277;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000470295,-0.144462;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:52:4:0:43,3:50,2:0.961538,0.0384615:19,0:24,3:1:3:23,0:27,2:0:0 chr4 52752812 . A T 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.122;QD=62.314;RBI=0.0286468;REFB=0;REVB=0.0243765;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55925e-05;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr4 52780048 . G C 1450.44 PASS AF=0.95;AO=94;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000877524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.346;QD=58.0177;RBI=0.0102898;REFB=0.0191109;REVB=0.0102523;RO=5;SAF=50;SAR=44;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653912;STB=0.503176;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000375233;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:94:95:0.95:44:50:3:2:44:51:3:2 chr4 52938243 . T C 269.08 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0614937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8948;QD=29.0893;RBI=0.0615348;REFB=-0.00705883;REVB=0.00224902;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998667;STB=0.55501;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00459991;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:11:13:5:8:11:13:5:8 chr4 53361058 . G C 83.51 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0121811;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1614;QD=18.5583;RBI=0.0370485;REFB=-0.017698;REVB=-0.0349887;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40672;STB=0.71747;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171329;OID=.;OPOS=53361058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:18:7:8:10:10:0.555556:2:8:2:5:2:8:3:5 chr4 53652758 . A T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00456955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.062;QD=16.1724;RBI=0.01672;REFB=-0.00121222;REVB=0.0160834;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00162372;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:9:11:8:8:9:11 chr4 53729429 . G A 168.44 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00585816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.85;QD=10.3655;RBI=0.0304427;REFB=-0.00029625;REVB=0.0298737;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411717;STB=0.524058;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000984302;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:18:25:12:10:18:25 chr4 53732943 . T A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00920164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.711;QD=9.85815;RBI=0.0141983;REFB=0.00162072;REVB=0.010813;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265503;STB=0.65926;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00341341;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:18:11:8:5:18:11 chr4 54011526 . A G 1007.42 PASS AF=0.609589;AO=88;DP=145;FAO=89;FDP=146;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00785855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.413;QD=27.6005;RBI=0.00815515;REFB=-0.0208424;REVB=0.00217935;RO=57;SAF=41;SAR=47;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692197;STB=0.534904;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.012057;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:57:57:88:89:0.609589:47:41:32:25:47:42:32:25 chr4 54011603 . C T 486.44 PASS AF=0.352941;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=170;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0219349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.207;QD=11.4457;RBI=0.0299638;REFB=0.00405557;REVB=-0.020413;RO=107;SAF=29;SAR=31;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102797;STB=0.548231;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0102238;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:107:110:60:60:0.352941:31:29:42:65:31:29:45:65 chr4 54232108 . TGG TGA,TG 348.4 PASS AF=0.387755,0.326531;AO=19,17;DP=49;FAO=19,16;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=10,0;FSAR=9,16;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0277049,0.125474;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=131.81,17.9022;QD=28.4408;RBI=0.0294556,0.134503;REFB=0.00188388,-0.0942043;REVB=-0.0100034,0.0484483;RO=12;SAF=10,0;SAR=9,17;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341801,-0.873708;STB=0.642721,0.99925;STBP=0.095,0;TYPE=snp,del;VARB=-0.00602052,0.0850416;OID=.,.;OPOS=54232110,54232109;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGA,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.387755,0.326531:19,17:49:19,16:49:14:10,0:9,16:12:2:99:12:10,0:9,17:12:0 chr4 54310281 . T G 268.68 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.052796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.051;QD=22.3896;RBI=0.0678299;REFB=-0.0224971;REVB=0.0425848;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777152;STB=0.504344;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0120791;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:9:14:15:10:9:14 chr4 54352468 . GC G 60.88 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0479696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4116;QD=6.95768;RBI=0.111463;REFB=0.0702372;REVB=0.100613;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.545384;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=-0.0647775;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:11:35:13:35:22:8:5:12:10:60:19:7:4:10:9 chr4 54966667 . C T 647.1 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0686587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.29;QD=48.8379;RBI=0.0692734;REFB=-0.193617;REVB=0.00920782;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144816;STB=0.532876;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00220051;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:53:53:1:4:49:49:0.924528:32:17:0:1:32:17:3:1 chr4 54966830 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.527;QD=53.9324;RBI=0.0242598;REFB=-0.0146382;REVB=-0.00120616;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000612341;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr4 54966919 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.768;QD=33.4285;RBI=0.0071443;REFB=0;REVB=-0.0071443;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119743;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 55013580 . T C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0252463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.965;QD=8.2823;RBI=0.0252515;REFB=-0.00736883;REVB=0.00051316;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136043;STB=0.605089;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0160971;OID=.;OPOS=55013580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:30:32:12:12:0.272727:5:7:14:16:5:7:14:18 chr4 55130078 . T C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0308119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.089;QD=8.12759;RBI=0.0310067;REFB=0.00863225;REVB=0.00347024;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143044;STB=0.588621;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0234099;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:14:15:7:4:14:15 chr4 55133726 . T G 121.85 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0281751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8016;QD=7.06375;RBI=0.0301349;REFB=-0.00296492;REVB=-0.0106901;RO=50;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12136;STB=0.579624;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00658029;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:51:18:18:0.26087:9:9:20:30:9:9:20:31 chr4 55139771 . T C 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000810892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.773;QD=8.23787;RBI=0.0167598;REFB=-0.00345087;REVB=-0.0167402;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280731;STB=0.665746;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00780833;OID=.;OPOS=55139771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:55:22:22:0.285714:8:14:21:32:8:14:22:33 chr4 55141055 . A G 1576.52 PASS AF=1;AO=74;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159584;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.368;QD=60.0578;RBI=0.0253279;REFB=0;REVB=0.0196681;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04202e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:74:105:1:42:32:0:0:62:43:0:0 chr4 55143577 . G A 266.52 PASS AF=0.256579;AO=39;DP=152;FAO=39;FDP=152;FR=.;FRO=113;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=0.000487076;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.11;QD=7.01378;RBI=0.00582468;REFB=-0.00315808;REVB=0.00580428;RO=107;SAF=18;SAR=21;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212729;STB=0.615943;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.011567;OID=.;OPOS=55143577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:107:113:39:39:0.256579:21:18:68:39:21:18:70:43 chr4 55152040 . C T 221.52 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0134242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1169;QD=10.1848;RBI=0.0146163;REFB=0.0172109;REVB=-0.00578159;RO=59;SAF=22;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40632;STB=0.739641;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0362139;OID=.;OPOS=55152040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:6:22:27:32:6:22:27:32 chr4 55161391 . T C 2335.62 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.692;QD=61.0619;RBI=0.0401978;REFB=0;REVB=0.0378926;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31303e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:151:153:1:74:77:0:0:74:79:0:0 chr4 55161517 . A G 2640.26 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.556;QD=62.1238;RBI=0.013526;REFB=0;REVB=0.0127543;RO=0;SAF=81;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30976e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:88:81:0:0:89:81:0:0 chr4 55593464 . A C 221.75 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0131558;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.481;QD=12.1508;RBI=0.0136597;REFB=0.00107845;REVB=0.00367602;RO=45;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132228;STB=0.570178;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00204782;OID=.;OPOS=55593464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:46:27:27:0.369863:10:17:23:22:10:17:24:22 chr4 55599436 . T C 218.01 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0187797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9162;QD=22.9483;RBI=0.025861;REFB=0.0156064;REVB=-0.0177796;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175953;STB=0.504583;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00919751;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:17:21:21:0.552632:15:6:4:11:15:6:5:12 chr4 55602765 . G C 125.63 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0126276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.769;QD=5.02513;RBI=0.032662;REFB=0.00903934;REVB=-0.0301222;RO=80;SAF=16;SAR=4;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377682;STB=0.743101;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.021719;OID=.;OPOS=55602765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:80:20:20:0.2:4:16:42:38:4:16:42:38 chr4 55606427 . G T 626.11 PASS AF=0.434783;AO=69;DP=161;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00128542;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.419;QD=15.5554;RBI=0.00140201;REFB=0.00752788;REVB=-0.000559741;RO=92;SAF=32;SAR=37;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260069;STB=0.514974;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00853043;OID=.;OPOS=55606427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:91:69:70:0.434783:37:32:45:47:38:32:44:47 chr4 55930179 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0135217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.046;QD=14.6525;RBI=0.0719361;REFB=0.0136677;REVB=0.0706539;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00992042;OID=.;OPOS=55930179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr4 55946081 . A G 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.436;QD=63.3355;RBI=0.0124144;REFB=0;REVB=0.0109854;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4923e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr4 55972974 . T A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000166857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.64;QD=56.9476;RBI=0.0427235;REFB=-0.0912488;REVB=0.0427232;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00428301;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:1:0:13:23:1:0 chr4 55981531 . C T 547.13 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0733841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7898;QD=26.0538;RBI=0.0865123;REFB=-0.0214765;REVB=-0.0458165;RO=34;SAF=18;SAR=32;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178654;STB=0.50976;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0117483;OID=.;OPOS=55981531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:32:18:13:21:32:18:13:21 chr4 56291620 . CAA C 420.31 PASS AF=0.607143;AO=47;DP=87;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0165951;FXX=0.115777;HRUN=2;LEN=2;MLLD=80.4772;QD=20.0146;RBI=0.0169891;REFB=-0.00887569;REVB=0.00363748;RO=33;SAF=17;SAR=30;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143216;STB=0.5882;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.00739357;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:47:87:51:84:33:17:34:18:15:99:33:17:30:18:15 chr4 56300685 . C T 300.53 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0217847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.961;QD=30.8236;RBI=0.0241223;REFB=-0.0183661;REVB=0.0103593;RO=13;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960925;STB=0.552804;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00679595;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:16:10:7:6:16:10:7:6 chr4 56301049 . G GA 292.21 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0177468;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8006;QD=19.1614;RBI=0.0425927;REFB=0.0133782;REVB=-0.0387194;RO=25;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243712;STB=0.50922;STBP=0.867;TYPE=ins;VARB=-0.0108811;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622951:38:63:38:61:23:24:14:14:9:99:25:24:14:15:10 chr4 56306111 . G A 405.19 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0154143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.556;QD=25.3245;RBI=0.0179909;REFB=-0.0315207;REVB=-0.00927756;RO=25;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160244;STB=0.58808;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0150855;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:28:11:12:13:28:11:12:13 chr4 56309992 . A G 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0324793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.681;QD=25.3394;RBI=0.0328081;REFB=-0.0220065;REVB=-0.00463349;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207237;STB=0.614286;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00906888;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:21:10:12:8:21:10:12:8 chr4 56318462 . G A 184.68 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0158766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4324;QD=18.4679;RBI=0.0188131;REFB=-0.00822132;REVB=0.010093;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131428;STB=0.574392;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0228997;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:7:14:10:9:7:14 chr4 56367796 . T G 164.19 PASS AF=0.386364;AO=13;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00422178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.907;QD=14.9259;RBI=0.0161756;REFB=-0.019504;REVB=0.0156149;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24905;STB=0.692322;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0308552;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:13:17:0.386364:10:3:11:15:14:3:11:15 chr4 56835309 . T C 1121.69 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223734;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.711;QD=60.6317;RBI=0.0370575;REFB=0;REVB=0.0295413;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224506;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr4 56963592 . G A 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00281881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.237;QD=8.43607;RBI=0.0028308;REFB=-0.00843562;REVB=-0.000260282;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142643;STB=0.584511;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0234187;OID=.;OPOS=56963592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:11:9:16:32:11:9:16:32 chr4 57154737 . T C 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0328749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.416;QD=25.8982;RBI=0.0330907;REFB=-0.0266577;REVB=-0.00377268;RO=20;SAF=21;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218957;STB=0.63519;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0297011;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:7:21:10:10:7:21:10:11 chr4 57180563 . G C 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00381552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.371;QD=16.881;RBI=0.0234297;REFB=-0.0287326;REVB=0.023117;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.571326;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0418129;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:5:12:12:3:5:12 chr4 57181629 . C T 280.6 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=0.00715458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.232;QD=9.75986;RBI=0.0292788;REFB=-0.00792923;REVB=0.0283912;RO=78;SAF=6;SAR=31;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210216;STB=0.624385;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0101073;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:78:78:37:37:0.321739:31:6:22:56:31:6:22:56 chr4 57181632 . G C 288.58 PASS AF=0.356522;AO=39;DP=117;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0145992;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.168;QD=10.0374;RBI=0.0384293;REFB=-0.030307;REVB=0.0355482;RO=76;SAF=7;SAR=32;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217957;STB=0.641822;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0755902;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:76:74:39:41:0.356522:32:7:24:52:34:7:24:50 chr4 57181887 . C T 508.78 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0146585;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.099;QD=23.1264;RBI=0.0180502;REFB=-0.0222549;REVB=-0.0105327;RO=39;SAF=29;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118199;STB=0.571056;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0204387;OID=.;OPOS=57181887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:40:48:48:0.545455:19:29:18:21:19:29:18:22 chr4 57181995 . C T 386.47 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0487153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9796;QD=18.1869;RBI=0.05624;REFB=0.0279172;REVB=0.0281025;RO=44;SAF=4;SAR=36;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342124;STB=0.707295;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0234295;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:36:4:13:31:36:4:14:31 chr4 57182647 . G A 79.92 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0180112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.328;QD=5.81239;RBI=0.0180355;REFB=-0.00735364;REVB=0.000934549;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203801;STB=0.609429;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0277042;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:53:55:41:43:12:12:0.218182:7:5:24:17:7:5:24:19 chr4 57182758 . C T 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00841894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.241;QD=10.29;RBI=0.009732;REFB=-0.0277298;REVB=-0.00488194;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947938;STB=0.555381;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0708314;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:13:11:26:22:13:11:26:22 chr4 57194329 . G T 436.61 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0832759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3409;QD=19.4049;RBI=0.117489;REFB=0.0264327;REVB=-0.0828786;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804353;STB=0.544535;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0290321;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:27:18:22:23:27:18 chr4 57196155 . C T 203.52 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0236665;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2369;QD=20.8739;RBI=0.0361278;REFB=-0.0186716;REVB=-0.0272968;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385902;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0179607;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:19:20:20:0.512821:8:12:10:8:8:12:10:9 chr4 57197402 . T C 123.71 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=63;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00746216;FXX=0.0602337;HRUN=13;LEN=1;MLLD=147.117;QD=6.3439;RBI=0.020302;REFB=-0.00645277;REVB=-0.0188808;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197751;STB=0.512806;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0102182;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:78:4:60:9:18:0.230769:2:7:4:0:9:9:29:31 chr4 57204777 . A C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0343063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6759;QD=23.3815;RBI=0.081916;REFB=-0.0130771;REVB=0.0743862;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321207;STB=0.681608;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00944911;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:6:8:4:15:6:8 chr4 57211352 . T C 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0204692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.033;QD=20.5435;RBI=0.0347086;REFB=0.00937623;REVB=-0.0280303;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00741484;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:10:12:11:11:10:12 chr4 57219592 . G A 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00765388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.356;QD=20.9361;RBI=0.0271816;REFB=-0.00853057;REVB=-0.0260818;RO=29;SAF=25;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289501;STB=0.661141;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0227957;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:9:25:12:17:9:25:12:17 chr4 57219613 . C T 392.75 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0211012;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.019;QD=22.1265;RBI=0.0219207;REFB=-0.0165687;REVB=0.00593783;RO=32;SAF=23;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150248;STB=0.582868;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0305968;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:16:23:13:19:16:23:13:19 chr4 57248591 . A G 193.46 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0288896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.317;QD=32.2431;RBI=0.0398962;REFB=-0.0209192;REVB=-0.0275155;RO=6;SAF=16;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316458;STB=0.677727;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0123604;OID=.;OPOS=57248591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:2:16:3:3:2:16:3:3 chr4 57259856 . C T 463.85 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0257354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.781;QD=43.1485;RBI=0.0257389;REFB=-0.0176344;REVB=-0.000419292;RO=8;SAF=24;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720549;STB=0.538899;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00531407;OID=.;OPOS=57259856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:11:24:4:4:11:24:4:4 chr4 57265428 . T C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00465229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.844;QD=13.9954;RBI=0.0212153;REFB=-0.00174355;REVB=0.0206989;RO=42;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231962;STB=0.632558;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00410989;OID=.;OPOS=57265428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:20:9:22:20:20:9:22:20 chr4 57270197 . T C 302.43 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00350356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.744;QD=18.3289;RBI=0.0244456;REFB=-0.0205844;REVB=0.0241932;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006628;STB=0.516214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0212031;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:31:33:0.5:19:12:13:20:21:12:13:20 chr4 57333822 . G T 1231.73 PASS AF=0.619792;AO=61;DP=198;FAO=119;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0181817;FXX=0.0303015;HRUN=7;LEN=1;MLLD=176.949;QD=25.6611;RBI=0.0424264;REFB=-0.0254362;REVB=0.0383331;RO=43;SAF=60;SAR=1;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737807;STB=0.513135;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0137313;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:192:43:69:61:119:0.619792:1:60:27:16:51:68:37:32 chr4 57368807 . C T 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0110014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.515;QD=27.6972;RBI=0.0236958;REFB=-0.0275851;REVB=-0.0209872;RO=20;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570348;STB=0.523631;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0116123;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:23:16:10:10:23:16:10:11 chr4 57516896 . G A 699.09 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235583;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.543;QD=60.7905;RBI=0.0281172;REFB=-0.0551141;REVB=0.0153488;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000346448;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:23:21:0:1:24:21:0:1 chr4 57796900 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.013474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.566;QD=10.3792;RBI=0.0199699;REFB=-0.0125755;REVB=-0.0147393;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0211477;OID=.;OPOS=57796900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:8:8:4:5:8:8 chr4 57797414 . C T 129.05 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00256141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7064;QD=32.2628;RBI=0.00355605;REFB=-0.0379771;REVB=0.00246671;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182594;STB=0.602239;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00623746;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:10:3:2:1:10:3:2:1 chr4 57798174 . C G 96.67 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0206621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.231;QD=12.4737;RBI=0.0235726;REFB=-0.0131334;REVB=-0.0113466;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613062;STB=0.858029;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0280713;OID=.;OPOS=57798174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:15:4:10:2:15:4 chr4 57798189 . G A 255.66 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.035107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.529;QD=29.2186;RBI=0.035399;REFB=-0.0244309;REVB=0.00453784;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318163;STB=0.674554;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0244936;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:9:14:1:11:9:14:1:11 chr4 57830663 . T C 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0149586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.134;QD=12.2754;RBI=0.0227064;REFB=0.00518032;REVB=-0.0170827;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173968;STB=0.603048;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00792612;OID=.;OPOS=57830663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:12:5:14:18:12:5:14:18 chr4 57889677 . C T 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345998;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.462;QD=63.8828;RBI=0.0555019;REFB=0;REVB=0.0433972;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28346e-05;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr4 62452980 . C T 175.84 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0366958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8964;QD=8.27481;RBI=0.0470219;REFB=-0.00947462;REVB=-0.0294021;RO=61;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000826306;STB=0.500493;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208112;OID=.;OPOS=62452980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:11:13:33:28:11:13:33:28 chr4 62598689 . C T 1290.06 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02714;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.661;QD=62.1715;RBI=0.0291503;REFB=0;REVB=-0.0106377;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25165e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr4 62845388 . G C 1597.85 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00352737;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.954;QD=55.5776;RBI=0.00805843;REFB=-0.0383219;REVB=0.00724541;RO=5;SAF=60;SAR=50;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012075;STB=0.506368;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000167369;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:5:5:110:110:0.956522:50:60:2:3:50:60:2:3 chr4 66197804 . C T 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.000292058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.691;QD=30.5113;RBI=0.0256266;REFB=0.0138616;REVB=0.0256249;RO=15;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171772;STB=0.593845;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00558446;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:15:13:3:12:15:13:3:12 chr4 66231686 . C T 243.2 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00451858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0097;QD=8.24417;RBI=0.0141907;REFB=-0.00280875;REVB=-0.0134521;RO=84;SAF=16;SAR=18;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106866;STB=0.563022;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00641904;OID=.;OPOS=66231686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:18:16:47:37:18:16:47:37 chr4 67142620 . G A 761.34 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2224;QD=62.15;RBI=0.0135787;REFB=-0.0678117;REVB=0.0120144;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00637942;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr4 68374597 . C T 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7038;QD=58.9546;RBI=0.0379646;REFB=0;REVB=-0.0308958;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037394;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr4 68376708 . T C 673.4 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349897;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.168;QD=62.6422;RBI=0.0372063;REFB=0;REVB=0.0126503;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339912;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr4 68380215 . G A 1258.94 PASS AF=0.976744;AO=80;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00172821;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4217;QD=58.5552;RBI=0.0410243;REFB=-0.0557806;REVB=0.0409879;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122965;STB=0.500835;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0131607;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:1:2:80:84:0.976744:42:38:1:0:45:39:1:1 chr4 68384008 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00048319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.062;QD=60.6102;RBI=0.0356115;REFB=0;REVB=0.0356082;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4798e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr4 68424532 . T C 151.81 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0189946;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.605;QD=9.95458;RBI=0.0211533;REFB=-0.011307;REVB=0.00930961;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541842;STB=0.524566;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0254702;OID=.;OPOS=68424532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:41:19:20:0.327869:10:9:14:19:10:10:22:19 chr4 68693224 . C T 490.15 PASS AF=0.770833;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00256241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0165;QD=40.8456;RBI=0.0177341;REFB=0.0147778;REVB=-0.017548;RO=11;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440227;STB=0.519763;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00602095;OID=.;OPOS=68693224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:11:11:36:37:0.770833:20:16:6:5:20:17:6:5 chr4 68749618 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.06;QD=62.0175;RBI=0.0179597;REFB=0;REVB=0.0160565;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52609e-05;OID=.;OPOS=68749618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 68784774 . T C 1348.92 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.731;QD=62.0192;RBI=0.0172526;REFB=0;REVB=-0.0128025;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184905;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:48:39:0:0 chr4 68812283 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.566;QD=62.6699;RBI=0.0475176;REFB=0;REVB=0.0243966;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147023;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr4 68995529 . C T 186.69 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0301697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7517;QD=8.78525;RBI=0.0359502;REFB=-0.00443856;REVB=0.0195501;RO=59;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205198;STB=0.516398;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0133438;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:60:25:25:0.294118:17:8:18:41:17:8:18:42 chr4 69078113 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.832;QD=63.2867;RBI=0.0379201;REFB=0;REVB=0.0378004;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142893;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr4 69094507 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.498;QD=62.3505;RBI=0.0117018;REFB=0;REVB=-0.0065235;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23401e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr4 69094575 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.285;QD=58.5869;RBI=0.0438899;REFB=0;REVB=0.0406845;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331797;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr4 69095197 . T C 670.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6831;QD=62.3402;RBI=0.0315151;REFB=0;REVB=0.0257124;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262721;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:28:15:0:0 chr4 69179300 . GTTTTTT GTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTTA 81.56 PASS AF=0,1,0;AO=4,5,2;DP=16;FAO=0,17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226162,0.238517,-0.299203;FXX=0;HRUN=6,6,7;LEN=1,1,1;MLLD=4.49419,7.02802,6.40182;QD=19.1911;RBI=0.235934,0.272504,0.415405;REFB=-0.0565364,-0.0268388,-0.0343512;REVB=0.234847,0.13179,0.288164;RO=3;SAF=4,4,2;SAR=0,1,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.782218,0.496916,0.74993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,0.0293745,0;OID=.,.,.;OPOS=69179306,69179301,69179307;OREF=T,T,-;OALT=A,-,A;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:4,5,2:16:0,17,0:17:0:0,11,0:0,6,0:0:0:4:3:4,4,2:0,1,0:0:3 chr4 69203551 . A T 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=60.2308;RBI=0.0282957;REFB=0;REVB=0.0225774;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139698;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr4 69340500 . A G 1428.39 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03738;FXX=0.0212743;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.236;QD=62.1037;RBI=0.0373816;REFB=-0.065074;REVB=-0.000344529;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000352984;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:49:41:0:1:49:42:0:1 chr4 69536084 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.291;QD=57.5448;RBI=0.00866685;REFB=0;REVB=0.00366587;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72549e-05;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr4 69683875 . C G 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0116817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.747;QD=10.5939;RBI=0.0134318;REFB=0.0150037;REVB=-0.00662957;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011266;STB=0.506573;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.021875;OID=.;OPOS=69683875;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:7:15:29:13:7:15:29:13 chr4 69687987 . C A 960.21 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000904643;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.323;QD=59.0897;RBI=0.00244984;REFB=0;REVB=0.00227669;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41871e-05;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr4 69795626 . C T 822.09 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336058;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2947;QD=57.6903;RBI=0.049159;REFB=0;REVB=-0.0358784;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121137;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 69817080 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00644523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.597;QD=17.4002;RBI=0.0109726;REFB=-0.0170626;REVB=-0.00888012;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0187735;OID=.;OPOS=69817080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:7:6:7:6:7:6 chr4 69870721 . A G 405.69 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0166792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.261;QD=17.2635;RBI=0.0167403;REFB=-0.0101783;REVB=0.00142886;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991472;STB=0.547596;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0141337;OID=.;OPOS=69870721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:41:42:0.446809:18:23:24:28:19:23:24:28 chr4 69964337 . AT TC 654.36 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279644;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.683;QD=60.8709;RBI=0.0287011;REFB=0;REVB=0.00646132;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000391421;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chr4 69972949 . C G 2809.21 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.458;QD=62.7756;RBI=0.00557052;REFB=0;REVB=-0.0052996;RO=0;SAF=112;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06381e-06;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:67:112:0:0:67:112:0:0 chr4 70078385 . C T 173.55 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.029782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.298;QD=9.6419;RBI=0.0618618;REFB=-0.0128789;REVB=-0.054221;RO=49;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180094;STB=0.605644;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0260249;OID=.;OPOS=70078385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:10:13:20:29:10:13:20:29 chr4 70079963 . G A 678.43 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0215354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.253;QD=24.2297;RBI=0.0221373;REFB=-0.007941;REVB=0.0051269;RO=47;SAF=34;SAR=31;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958575;STB=0.505227;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00506661;OID=.;OPOS=70079963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:31:34:24:23:31:34:24:23 chr4 70080093 . C T 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0169009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8131;QD=27.2325;RBI=0.0321299;REFB=0.0221903;REVB=-0.0273256;RO=20;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651316;STB=0.544213;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00789579;OID=.;OPOS=70080093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:21:38:38:0.644068:21:17:11:9:21:17:12:9 chr4 70146230 . G A 193.71 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.000590498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4064;QD=10.1951;RBI=0.011239;REFB=-0.00137496;REVB=0.0112234;RO=51;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802646;STB=0.546953;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00346641;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:14:11:26:25:14:11:26:25 chr4 70146704 . G A 301.32 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0171904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.406;QD=9.06239;RBI=0.0303248;REFB=-0.0107886;REVB=-0.0249816;RO=92;SAF=16;SAR=24;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947965;STB=0.552121;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0273639;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:92:93:40:40:0.300752:24:16:44:48:24:16:44:49 chr4 70156313 . T A 197.63 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00701213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.263;QD=9.08632;RBI=0.0292047;REFB=-0.0146943;REVB=-0.0283504;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162982;STB=0.595598;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0358585;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:14:12:20:41:14:12:20:41 chr4 70156392 . A G 100.74 PASS AF=0.191489;AO=16;DP=93;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00142962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.621;QD=4.28685;RBI=0.00198781;REFB=-0.00760641;REVB=-0.00138115;RO=74;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137107;STB=0.62777;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.051873;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:74:76:16:18:0.191489:8:8:29:45:8:10:30:46 chr4 70160277 . T G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0206938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.557;QD=20.16;RBI=0.0327784;REFB=-0.0243003;REVB=-0.0254202;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0113131;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:5:9:8:8:5:9 chr4 70160309 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0199671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.718;QD=18.8287;RBI=0.0388663;REFB=-0.018531;REVB=-0.0333453;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168539;STB=0.595146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0319305;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:7:15:10:10:7:15 chr4 70296603 . A G 295.94 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8375;QD=51.468;RBI=0.090015;REFB=0;REVB=-0.0611235;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015904;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr4 70296618 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0257273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.579;QD=9.82136;RBI=0.0409565;REFB=-0.00427512;REVB=-0.0318675;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472042;STB=0.805754;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0118619;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:11:11:0.323529:1:10:13:8:1:10:14:9 chr4 70296641 . A G 96.74 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0247939;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.066;QD=11.0564;RBI=0.0396115;REFB=-0.0416087;REVB=0.0308923;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560941;STB=0.833787;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0388669;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:35:21:23:12:12:0.342857:1:11:11:10:1:11:13:10 chr4 70296644 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.01498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.47;QD=11.8134;RBI=0.0214096;REFB=-0.0163226;REVB=0.0152961;RO=22;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53087;STB=0.840101;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00572322;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:1:12:13:9:1:12:13:10 chr4 70296648 . T G 106.29 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00539136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.24;QD=11.8097;RBI=0.0304191;REFB=0.0023376;REVB=-0.0299375;RO=23;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551489;STB=0.840101;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0117361;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:1:12:13:10:1:12:13:10 chr4 70296653 . GCCT TGGG 74.44 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0163347;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.69;QD=9.02343;RBI=0.027463;REFB=0.0031606;REVB=-0.022077;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451524;STB=0.817411;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=-0.0089002;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:35:33:22:23:9:10:0.30303:1:8:13:9:1:9:13:10 chr4 70296660 . A G 118.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00266935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0224;QD=12.7921;RBI=0.0137302;REFB=0.00730627;REVB=-0.0134683;RO=22;SAF=13;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575553;STB=0.84552;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00516257;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:1:13:12:10:1:13:13:10 chr4 70296662 . C T 208.05 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0007579;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.56;QD=23.7775;RBI=0.0027698;REFB=-0.00718495;REVB=-0.00266409;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311694;STB=0.671495;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00480027;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:14:1:9:11:14:1 chr4 70296734 . T C 73.2 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00150697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.562;QD=9.14948;RBI=0.00264216;REFB=-0.00861045;REVB=-0.00217027;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584169;STB=0.87418;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0143232;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:22:22:9:10:0.3125:1:8:9:13:1:9:9:13 chr4 70355211 . T C 1212.71 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.252;QD=59.887;RBI=0.0219489;REFB=-0.0372627;REVB=-0.0151285;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-6.8327e-05;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:40:40:1:0:40:40:1:0 chr4 70391429 . G A 33.9 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0476742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.696;QD=3.76662;RBI=0.0531094;REFB=-0.00338549;REVB=-0.0234046;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447513;STB=0.816215;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0103527;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:5:1:16:14:5:1:16:14 chr4 70391454 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00354071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.774;QD=4.01789;RBI=0.00791766;REFB=0.00114719;REVB=0.00708186;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480192;STB=0.832224;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00741993;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:16:12:5:1:16:12 chr4 70513139 . C T 734.13 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00181474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7425;QD=61.1775;RBI=0.0773007;REFB=0.141869;REVB=-0.0772794;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00553954;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:18:29:0:0:18:29:0:1 chr4 70807771 . C T 264.76 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0528209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3581;QD=27.1548;RBI=0.0546822;REFB=-0.0711453;REVB=-0.0141454;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173099;STB=0.595665;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0436988;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:5:10:10:14:5:10 chr4 70821025 . A G 217.56 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0349547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0606;QD=16.7352;RBI=0.0379812;REFB=0.00504822;REVB=0.0148573;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927919;STB=0.552197;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00462164;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:7:21:16:8:7:21 chr4 70898907 . C T 471.45 PASS AF=0.5625;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00459181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.047;QD=23.5725;RBI=0.00579695;REFB=-0.0210712;REVB=0.00353836;RO=35;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.573999;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0178662;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:35:44:45:0.5625:27:17:19:16:28:17:19:16 chr4 70898953 . C T 208.44 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00814536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1029;QD=11.4215;RBI=0.0339868;REFB=0.00721197;REVB=-0.0329963;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167377;STB=0.596785;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0154249;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:20:27:11:15:20:27 chr4 70944452 . G A 2242.66 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.253;QD=63.6215;RBI=0.0104928;REFB=0;REVB=0.0101233;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20276e-06;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:141:141:1:67:74:0:0:67:74:0:0 chr4 71064282 . CT C 42.45 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0516833;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.46651;QD=6.28838;RBI=0.0516911;REFB=-0.0773323;REVB=0.000898508;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208455;STB=0.548308;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0818313;OID=.;OPOS=71064283;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:27:12:27:15:7:5:10:5:41:13:7:4:8:5 chr4 71067150 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 31.1 PASS AF=0.125,0.208333;AO=5,5;DP=26;FAO=3,5;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1,4;FSAR=2,1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0446154,0.0386705;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=16.7715,10.1295;QD=5.18407;RBI=0.290075,0.18304;REFB=-0.0430393,-0.106613;REVB=-0.286624,-0.178908;RO=12;SAF=1,5;SAR=4,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.554501,0.666427;STB=0.810898,0.55532;STBP=0.438,0.859;TYPE=del,del;VARB=0.14537,0.1404;OID=.,.;OPOS=71067156,71067151;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.208333:5,5:26:3,5:24:16:1,4:2,1:12:4:15:12:1,5:4,0:9:3 chr4 71201388 . C T 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7021;QD=58.572;RBI=0.0731248;REFB=0;REVB=0.072406;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872159;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr4 71232388 . G A 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170718;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.222;QD=63.3004;RBI=0.0172301;REFB=0;REVB=-0.00232999;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58235e-05;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr4 71232430 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.726;QD=50.4118;RBI=0.012072;REFB=0;REVB=-0.00210322;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158469;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 71275232 . C T 271.2 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00741297;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.586;QD=16.9502;RBI=0.0108223;REFB=-0.0123091;REVB=0.00788486;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206372;STB=0.614831;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0138761;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:34:29:30:0.46875:17:12:22:13:18:12:21:13 chr4 71339723 . G A 271.68 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00649663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0695;QD=31.9621;RBI=0.00866997;REFB=-0.0383908;REVB=0.00574127;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199353;STB=0.599433;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0181448;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:10:10:23:24:0.705882:13:10:8:2:13:11:8:2 chr4 71339728 . C T 291.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00321018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.29;QD=33.3158;RBI=0.0128415;REFB=-0.00381245;REVB=0.0124338;RO=10;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186226;STB=0.60173;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0024728;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:14:11:8:2:14:11:8:2 chr4 71346701 . C G 171.32 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0132773;FXX=0.0344709;HRUN=7;LEN=1;MLLD=267.121;QD=24.4741;RBI=0.0147349;REFB=-0.0104403;REVB=-0.00638978;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100177;STB=0.535171;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00347796;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:28:10:11:16:17:0.607143:11:5:3:7:11:6:3:8 chr4 71384488 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.973;QD=63.872;RBI=0.0239167;REFB=0;REVB=0.00196146;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00187e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr4 71384537 . C T 70.31 PASS AF=0.2;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00229785;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.474;QD=5.11339;RBI=0.03626;REFB=-0.00126035;REVB=-0.0361871;RO=46;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501432;STB=0.850304;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00516398;OID=.;OPOS=71384537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:57:55:46:44:11:11:0.2:1:10:27:19:1:10:25:19 chr4 71554644 . GC G 33.1 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0624425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.143;QD=3.0788;RBI=0.0846596;REFB=-0.0321633;REVB=-0.057168;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0.268519;SSEP=0;SSSB=0.247858;STB=0.752107;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0748927;OID=.;OPOS=71554645;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:10:43:9:43:34:7:2:16:18:33:32:7:3:16:16 chr4 71657772 . G A 744.04 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189691;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.093;QD=57.2341;RBI=0.0323813;REFB=0;REVB=0.0323257;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439291;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 71704965 . C T 728.55 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.675;QD=57.141;RBI=0.113654;REFB=0;REVB=0.0951757;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065833;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr4 71849697 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.491;QD=62.022;RBI=0.0162353;REFB=0;REVB=0.00883712;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22362e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr4 71849888 . G T 1008.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.259;QD=59.3314;RBI=0.0527119;REFB=0;REVB=0.0190357;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45192e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr4 72425863 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00678912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.002;QD=13.6609;RBI=0.0402001;REFB=-0.0169759;REVB=-0.0396226;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10403;STB=0.568538;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.021122;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:11:3:3:17:11:3:3:18 chr4 72433642 . TG T 84.49 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=70;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00925755;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.158;QD=4.89819;RBI=0.0107991;REFB=-0.000509053;REVB=0.0055605;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163793;STB=0.630435;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.00293057;OID=.;OPOS=72433643;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202899:13:70:14:69:55:4:10:24:31:84:51:4:9:22:29 chr4 72436804 . G A 246.03 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0353329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.13;QD=8.55755;RBI=0.0359415;REFB=-0.00694254;REVB=0.00658595;RO=79;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119911;STB=0.579942;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0188961;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:81:34:34:0.295652:13:21:41:38:13:21:41:40 chr4 72618296 . T C 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.369;QD=60.7472;RBI=0.0362887;REFB=0;REVB=0.0209022;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131796;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr4 72618323 . G T 616.64 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.018746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4544;QD=22.2211;RBI=0.0550541;REFB=0.0069865;REVB=0.0517643;RO=50;SAF=26;SAR=35;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221262;STB=0.512117;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00535507;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:35:26:20:30:35:26:20:30 chr4 73414286 . C T 801.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.775;QD=57.2468;RBI=0.0538831;REFB=0;REVB=0.0536706;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06281e-05;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:29:22:0:0:34:22:0:0 chr4 73433122 . GAAA GAA,GAAG,GGAA 619.86 PASS AF=0.978261,0,0;AO=36,6,2;DP=45;FAO=45,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0,0;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.123578,-0.0513755,-0.0484552;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=22.8449,7.03449,4.77198;QD=53.9004;RBI=0.124663,0.0630663,0.0659173;REFB=-0.0338431,-0.00606957,-0.0590958;REVB=-0.0164128,-0.0365775,-0.0446898;RO=1;SAF=21,0,0;SAR=15,6,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0301788,0,0;STB=0.5102,0.5,0.5;STBP=0.514,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000123901,0.0292714,0.0698846;OID=.,.,.;OPOS=73433123,73433125,73433123;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GAA,GAAG,GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978261,0,0:36,6,2:45:45,0,0:46:1:21,0,0:24,0,0:0:1:3:1:21,0,0:15,6,2:0:1 chr4 73930552 . G A 772.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.288;QD=63.0812;RBI=0.01584;REFB=0;REVB=-0.0155984;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11454e-05;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr4 73956736 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.288;QD=46.8474;RBI=0.0179627;REFB=0;REVB=-0.00385926;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157578;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr4 73991006 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000717947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.005;QD=63.8708;RBI=0.00165101;REFB=0;REVB=0.00148673;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15936e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr4 74285239 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9772;QD=42.1826;RBI=0.0509969;REFB=0;REVB=-0.0368867;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183411;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr4 74302071 . T A 673.92 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.356;QD=61.2652;RBI=0.0171417;REFB=0;REVB=0.0130494;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271114;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:20:20:0:0:22:22:0:0 chr4 74318330 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.543;QD=59.8339;RBI=0.0572848;REFB=0;REVB=0.0310587;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366504;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr4 74347503 . TA T 288.49 PASS AF=0.93617;AO=30;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0208108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2646;QD=24.5524;RBI=0.289646;REFB=-0.00444311;REVB=0.288898;RO=13;SAF=18;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.203666;STB=0.536569;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0203486;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93617:30:46:44:47:3:19:25:3:0:8:13:18:12:3:10 chr4 74352723 . C T 374.18 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0106768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.972;QD=31.8452;RBI=0.0108188;REFB=-0.018858;REVB=-0.0017469;RO=16;SAF=17;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107652;STB=0.558866;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0143088;OID=.;OPOS=74352723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:14:17:6:10:14:17:6:10 chr4 74447510 . A C 1510.41 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00138859;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.544;QD=57.5396;RBI=0.00264438;REFB=0.0131202;REVB=-0.00225046;RO=2;SAF=47;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197603;STB=0.510415;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-2.70704e-05;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:2:2:103:103:0.980952:56:47:2:0:56:47:2:0 chr4 74714098 . G A 1382.01 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516614;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.053;QD=62.8186;RBI=0.0518793;REFB=0;REVB=0.00474958;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144691;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr4 74770221 . A T 85.62 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0048645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.336;QD=6.58647;RBI=0.00695681;REFB=-0.00268957;REVB=0.00497331;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207399;STB=0.631355;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0090983;OID=.;OPOS=74770221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:4:8:20:20:4:8:20:20 chr4 74863997 . T C 862.12 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.080476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8563;QD=54.7381;RBI=0.108077;REFB=-0.000444013;REVB=0.0721401;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.516124;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-6.63019e-05;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:63:2:2:60:61:0.968254:29:31:0:2:30:31:0:2 chr4 75023609 . T C 770.18 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.146018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.621;QD=53.1156;RBI=0.146027;REFB=0.089893;REVB=-0.00161359;RO=2;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598535;STB=0.503175;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0124509;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:23:33:1:1:23:33:1:1 chr4 75023709 . C T 489.63 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00515917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.753;QD=24.7913;RBI=0.00847202;REFB=-0.0302084;REVB=0.00671998;RO=33;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181355;STB=0.509929;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0198558;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:24:22:15:18:24:22:15:18 chr4 75046465 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.841;QD=62.6705;RBI=0.0169198;REFB=0;REVB=0.0166357;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143468;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr4 75168785 . A G 89.19 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0410299;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=5.75414;RBI=0.042784;REFB=-0.00327165;REVB=0.0121249;RO=48;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772127;STB=0.54871;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0213249;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:48:48:14:14:0.225806:5:9:28:20:5:9:28:20 chr4 75248434 . A G 710.7 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00629915;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.9;QD=54.6692;RBI=0.0148114;REFB=-0.0922271;REVB=0.0134052;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00381431;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr4 75254282 . G A 1494.6 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00365084;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.005;QD=58.6117;RBI=0.0149777;REFB=-0.0912712;REVB=0.014526;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.503999;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000333179;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:101:101:0.990196:62:39:0:0:62:39:0:1 chr4 76407217 . A ACT,T 1400.46 PASS AF=0.89011,0.10989;AO=78,10;DP=96;FAO=81,10;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44,7;FSAR=37,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209419,0.0366098;FXX=0.0520779;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=239.933,102.121;QD=61.5588;RBI=0.0257571,0.0431358;REFB=0,0;REVB=-0.0149956,0.0228127;RO=4;SAF=44,7;SAR=34,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0524907,0.351867;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000981407,-0.00521838;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:96:91:4:0:78,10:81,10:0.89011,0.10989:34,3:44,7:0:4:37,3:44,7:0:0 chr4 76407219 . T C 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.000915986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.659;QD=16.7689;RBI=0.00370588;REFB=-0.00841633;REVB=-0.00359089;RO=56;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16024;STB=0.590029;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00889276;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:17:26:25:31:17:26:25:31 chr4 76455189 . G GA 222.04 PASS AF=0.588235;AO=34;DP=71;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.138895;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9855;QD=13.0613;RBI=0.213809;REFB=-0.0137771;REVB=0.16255;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119754;STB=0.560531;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0279134;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:34:71:40:68:28:23:17:12:16:99:33:19:15:18:15 chr4 76720885 . T C 753.97 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00446065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.717;QD=54.8342;RBI=0.00452608;REFB=-0.0537883;REVB=-0.00076681;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-1.50034e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:1:0 chr4 76722353 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4836;QD=47.819;RBI=0.0801506;REFB=0;REVB=-0.0372249;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129259;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr4 76787673 . T C 823.26 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0444238;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7453;QD=55.8141;RBI=0.107186;REFB=-0.0565754;REVB=0.0975469;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00239129;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:1:0:34:24:1:0 chr4 76793228 . A G 1224.86 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.404;QD=61.2431;RBI=0.175006;REFB=0;REVB=-0.174581;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175456;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr4 76794345 . T G 1413.93 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.012931;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.806;QD=59.5339;RBI=0.0149111;REFB=-0.00581075;REVB=0.00742493;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108971;STB=0.51685;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000410945;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:95:1:3:92:92:0.968421:49:43:1:0:49:43:3:0 chr4 76805902 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.066;QD=57.5449;RBI=0.0220932;REFB=0;REVB=-0.0219292;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63533e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 76807218 . C G 1411.06 PASS AF=0.910714;AO=102;DP=112;FAO=102;FDP=112;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=88;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00532969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0099;QD=50.395;RBI=0.0394899;REFB=0.010576;REVB=-0.0391286;RO=10;SAF=14;SAR=88;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117078;STB=0.562193;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00377944;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:112:10:10:102:102:0.910714:88:14:5:5:88:14:5:5 chr4 76807249 . C G 1283.97 PASS AF=0.872727;AO=96;DP=111;FAO=96;FDP=110;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=84;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00446238;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7075;QD=46.6899;RBI=0.0420197;REFB=-0.00486244;REVB=-0.0417821;RO=13;SAF=12;SAR=84;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180612;STB=0.593728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00193963;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:110:13:14:96:96:0.872727:84:12:7:6:84:12:7:7 chr4 76807252 . C A 1261.63 PASS AF=0.863636;AO=95;DP=111;FAO=95;FDP=110;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=83;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0292154;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2207;QD=45.8775;RBI=0.0405636;REFB=-0.0761404;REVB=0.0281402;RO=15;SAF=12;SAR=83;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197936;STB=0.605814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122807;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:111:110:15:15:95:95:0.863636:83:12:8:7:83:12:8:7 chr4 76807270 . C T 1264.71 PASS AF=0.843478;AO=96;DP=114;FAO=97;FDP=115;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=84;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0394617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.255;QD=43.99;RBI=0.0412155;REFB=-0.0241418;REVB=0.0118951;RO=17;SAF=13;SAR=83;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247486;STB=0.630166;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00344164;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:114:115:17:18:96:97:0.843478:83:13:11:6:84:13:11:7 chr4 76807288 . A G 1247.2 PASS AF=0.848214;AO=94;DP=111;FAO=95;FDP=112;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=83;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00624298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.579;QD=44.5427;RBI=0.0260427;REFB=-0.0475756;REVB=0.0252834;RO=17;SAF=11;SAR=83;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304466;STB=0.653505;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00393697;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:111:112:17:17:94:95:0.848214:83:11:12:5:83:12:12:5 chr4 76807302 . A G 1221.32 PASS AF=0.831858;AO=94;DP=114;FAO=94;FDP=113;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=82;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0406217;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5273;QD=43.2326;RBI=0.0535788;REFB=0.00768142;REVB=-0.0349366;RO=19;SAF=12;SAR=82;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275995;STB=0.648184;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00343551;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:19:19:94:94:0.831858:82:12:12:7:82:12:12:7 chr4 76807304 . A G 1236.41 PASS AF=0.833333;AO=95;DP=114;FAO=95;FDP=114;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=83;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=3.12011e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.624;QD=43.3829;RBI=0.0160658;REFB=0.00833733;REVB=0.0160658;RO=19;SAF=12;SAR=83;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276431;STB=0.648401;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00159783;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:19:19:95:95:0.833333:83:12:12:7:83:12:12:7 chr4 76807313 . C A 1188.48 PASS AF=0.808696;AO=93;DP=115;FAO=93;FDP=115;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=81;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00687604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.648;QD=41.3384;RBI=0.0082237;REFB=-0.0169989;REVB=0.00451102;RO=22;SAF=12;SAR=81;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323826;STB=0.674331;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00124085;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:22:22:93:93:0.808696:81:12:15:7:81:12:15:7 chr4 76807325 . T A 860.46 PASS AF=0.73913;AO=68;DP=92;FAO=68;FDP=92;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.010337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.109;QD=37.4112;RBI=0.0115418;REFB=-0.0180654;REVB=0.00513431;RO=24;SAF=12;SAR=56;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336659;STB=0.682292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00396772;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:24:24:68:68:0.73913:56:12:17:7:56:12:17:7 chr4 76807334 . T C 467.31 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0307961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.751;QD=28.3218;RBI=0.0312712;REFB=-0.00459878;REVB=-0.00543058;RO=23;SAF=11;SAR=32;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332716;STB=0.681798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00710725;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:32:11:17:6:32:11:17:6 chr4 76809386 . A G 1693.69 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0231;QD=60.4888;RBI=0.0281055;REFB=0;REVB=-0.0160424;RO=0;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78233e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:46:66:0:0:46:66:0:0 chr4 76836137 . A G 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1156;QD=64.3851;RBI=0.0344539;REFB=0;REVB=0.0163864;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172339;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr4 76897076 . C A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0329755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.883;QD=18.902;RBI=0.0331857;REFB=-0.011131;REVB=0.00372906;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119169;STB=0.573869;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0114413;OID=.;OPOS=76897076;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:20:14:18:15:20:14:19:15 chr4 76942943 . C G 1197.38 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250847;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6456;QD=61.4039;RBI=0.0263141;REFB=0;REVB=-0.00794919;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459032;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr4 76943137 . G C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8176;QD=59.1421;RBI=0.0648881;REFB=0;REVB=0.0464191;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868409;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr4 76955914 . T C 484.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.615;QD=56.9453;RBI=0.0336544;REFB=0;REVB=0.00417042;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584171;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr4 76956188 . T C 895.72 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00926788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.23;QD=55.1211;RBI=0.0120401;REFB=-0.213912;REVB=0.00768571;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.516661;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000757039;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:1:2:63:63:0.969231:34:29:1:0:34:29:2:0 chr4 77055474 . A G 1474.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.351;QD=63.4008;RBI=0.053702;REFB=0;REVB=0.0219406;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130466;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:58:32:0:0:58:35:0:0 chr4 77057501 . A G 1061.09 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0029879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.266;QD=57.3562;RBI=0.0062289;REFB=-0.0127344;REVB=0.0054655;RO=2;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000710194;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000177946;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:37:35:1:1:37:36:0:1 chr4 77065318 . C CTGT,T 1329.91 PASS AF=0.850575,0.149425;AO=71,14;DP=96;FAO=74,13;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32,4;FSAR=42,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032836,-0.0318081;FXX=0.0543419;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=175.926,171.878;QD=61.1453;RBI=0.0343624,0.0333801;REFB=0,0;REVB=0.0101279,0.0101231;RO=9;SAF=30,4;SAR=41,10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00474933,-0.125864;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00420438,0.0238079;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:96:87:9:0:71,14:74,13:0.850575,0.149425:41,10:30,4:4:5:42,9:32,4:0:0 chr4 77065580 . T C 716.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981724;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.337;QD=57.3432;RBI=0.0167463;REFB=0;REVB=0.0135669;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984662;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr4 77081813 . AG AC,CA 437.8 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327776,-0.024376;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=265.487,235.081;QD=56.49;RBI=0.0329354,0.0248039;REFB=0,0;REVB=-0.00322018,-0.00458756;RO=0;SAF=14,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00232625,-0.0432884;OID=.,.;OPOS=77081814,77081813;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:15,1:14,1:0:0:15,1:14,1:0:0 chr4 77105948 . AAAAA AAATT,TTAAA 222.49 PASS AF=0.652174,0.217391;AO=2,3;DP=24;FAO=15,5;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=4,5;FSAR=11,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.161456,0.0278055;FXX=0.0416493;HRUN=14,14;LEN=2,2;MLLD=23.0553,182.702;QD=38.6931;RBI=0.384411,0.0449471;REFB=-0.230834,-0.0517064;REVB=0.348861,0.0353143;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.63617,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.09697,0.0300563;OID=.,.;OPOS=77105951,77105948;OREF=AA,AA;OALT=TT,TT;OMAPALT=AAATT,TTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:24:23:0:3:2,3:15,5:0.652174,0.217391:2,0:0,3:0:0:11,0:4,5:3:0 chr4 77192868 . G A 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0306817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8151;QD=27.2638;RBI=0.0505542;REFB=0.0338056;REVB=0.040179;RO=13;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158719;STB=0.588152;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0193684;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:15:7:7:6:15:7:7:6 chr4 77201487 . C T 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0287496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.357;QD=28.0794;RBI=0.0313043;REFB=-0.0175917;REVB=-0.0123863;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122641;STB=0.567794;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0168464;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:16:9:8:7:16:9:8:7 chr4 77631425 . T A 397.26 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000432394;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.817;QD=56.7507;RBI=0.00400673;REFB=0;REVB=-0.00398333;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3036e-05;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 77637502 . A C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.634;QD=59.6793;RBI=0.0102596;REFB=0;REVB=0.00915383;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22982e-05;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr4 77660162 . G C 631.8 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00565285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8196;QD=53.7702;RBI=0.0240105;REFB=-0.0470954;REVB=-0.0233356;RO=4;SAF=27;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216722;STB=0.511574;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0159388;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:16:27:2:2:16:27:2:2 chr4 77675505 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.821;QD=62.9829;RBI=0.0345182;REFB=0;REVB=0.0150433;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156925;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr4 78638730 . T C 886.65 PASS AF=0.970588;AO=62;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154237;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.864;QD=52.1561;RBI=0.141306;REFB=-0.150319;REVB=0.140461;RO=4;SAF=52;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156165;STB=0.533323;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00446985;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:4:2:62:66:0.970588:10:52:0:4:14:52:0:2 chr4 78669454 . A G 748.8 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0284204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.317;QD=51.6416;RBI=0.0297198;REFB=-0.153016;REVB=-0.00869181;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.504514;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000600451;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:0:3:55:55:0.948276:32:23:0:0:32:23:1:2 chr4 79186171 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.811;QD=54.823;RBI=0.0158073;REFB=-0.0314819;REVB=-0.00503429;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000328241;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr4 79372930 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.652;QD=57.2375;RBI=0.0321915;REFB=0;REVB=-0.0277979;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19926e-05;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr4 79385719 . G A 312.59 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0123419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.176;QD=9.33093;RBI=0.0124829;REFB=-0.00680708;REVB=0.00187102;RO=93;SAF=18;SAR=23;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040853;STB=0.523868;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0149791;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:93:41:41:0.30597:23:18:44:49:23:18:44:49 chr4 79387442 . C T 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0370311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.89;QD=20.0727;RBI=0.0373411;REFB=-0.0258668;REVB=0.00480178;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240242;STB=0.639352;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0255647;OID=.;OPOS=79387442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:20:14:21:9:20:14:22:9 chr4 79387464 . A G 958.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6978;QD=58.0768;RBI=0.0692742;REFB=0;REVB=-0.0505626;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000941215;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:30:34:0:0:31:35:0:0 chr4 79400868 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00220644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.979;QD=11.9922;RBI=0.00509161;REFB=-0.0150076;REVB=0.00458869;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022643;STB=0.51326;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0288068;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:19:14:8:10:19:14 chr4 79437155 . C T 577.23 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0149558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9746;QD=24.3042;RBI=0.0158391;REFB=0.00671292;REVB=-0.00521553;RO=42;SAF=21;SAR=32;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467717;STB=0.525658;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00557414;OID=.;OPOS=79437155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:32:21:19:23:32:21:19:23 chr4 79447763 . T C 523.91 PASS AF=0.661972;AO=46;DP=70;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0074634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.115;QD=29.5161;RBI=0.0142635;REFB=-0.0213768;REVB=0.0121551;RO=24;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315866;STB=0.511975;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0106111;OID=.;OPOS=79447763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:24:24:46:47:0.661972:29:17:10:14:29:18:10:14 chr4 79455714 . C G 425.1 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0070484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.831;QD=24.2912;RBI=0.00876339;REFB=-0.000287277;REVB=0.00520741;RO=29;SAF=25;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249356;STB=0.636548;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000437308;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:16:25:8:21:16:25:8:21 chr4 79455733 . C T 411.38 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0258131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1426;QD=23.8483;RBI=0.0296883;REFB=-0.00805508;REVB=-0.0146656;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260162;STB=0.63422;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0103551;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:29:39:40:0.57971:15:24:8:21:16:24:8:21 chr4 79845007 . C A 192.26 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00718801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.702;QD=16.0214;RBI=0.00749777;REFB=-0.0154797;REVB=-0.00213287;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180969;STB=0.604436;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0197394;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:15:13:6:14:15:13 chr4 80246927 . G A 86.58 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0142997;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5118;QD=4.22358;RBI=0.0509931;REFB=-3.90655e-05;REVB=-0.0489471;RO=65;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.55746;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00370492;OID=.;OPOS=80246927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:83:82:65:67:15:15:0.182927:7:8:29:36:7:8:31:36 chr4 80827062 . T C 832.55 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0106495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.816;QD=50.4577;RBI=0.0106942;REFB=-0.135759;REVB=-0.000976491;RO=5;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043937;STB=0.523329;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000993912;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:5:5:61:61:0.924242:30:31:1:4:30:31:1:4 chr4 80828555 . G A 466.02 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00159705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.266;QD=43.351;RBI=0.0163434;REFB=-0.0243128;REVB=-0.0162652;RO=8;SAF=24;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162562;STB=0.587844;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00458399;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:11:24:2:6:11:24:2:6 chr4 80905990 . C G 287.31 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.578;QD=52.2385;RBI=0.0281254;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36221e-05;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:0:20:0:0:0:22:0:0 chr4 80977078 . T G 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0208579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.773;QD=4.94982;RBI=0.0310823;REFB=-0.0103408;REVB=0.0230447;RO=58;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201065;STB=0.512803;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0591163;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:8:7:28:30:8:7:28:30 chr4 81124596 . G C 1178.34 PASS AF=0.864583;AO=83;DP=99;FAO=83;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0366455;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1066;QD=49.0976;RBI=0.0576687;REFB=-0.00275856;REVB=0.0445285;RO=16;SAF=45;SAR=38;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319301;STB=0.500505;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00100885;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:99:96:16:13:83:83:0.864583:38:45:7:9:38:45:7:6 chr4 81208411 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00495546;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.359;QD=18.444;RBI=0.014035;REFB=-0.00312842;REVB=0.013131;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3166;STB=0.681098;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00246808;OID=.;OPOS=81208411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:7:2:7:4:7:2 chr4 81529518 . T C 750.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.869;QD=56.6158;RBI=0.0400759;REFB=0;REVB=0.0396837;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093508;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr4 81884722 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.128;QD=56.9569;RBI=0.0251643;REFB=0;REVB=-0.0211605;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60934e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 81967187 . AC A,AT 554.87 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=9,27;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795388,0.0922851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.614,279.935;QD=59.9864;RBI=0.0798018,0.0927451;REFB=0,0;REVB=-0.0064737,-0.00922634;RO=0;SAF=9,10;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0338551,0.00263599;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:9,27:37:1,36:37:0:1,19:0,17:0:0:4:0:9,10:0,17:0:0 chr4 81974809 . T C 231.3 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0830628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.195;QD=38.5498;RBI=0.0902784;REFB=0.00171615;REVB=0.0353661;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520434;STB=0.54995;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000252938;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:24:3:4:20:20:0.833333:11:9:2:1:11:9:3:1 chr4 81975088 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.568;QD=47.8214;RBI=0.0419892;REFB=0;REVB=0.0418487;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354915;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr4 81977690 . C T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.471;QD=56.954;RBI=0.0334592;REFB=0;REVB=0.0232485;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54838e-05;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr4 81977730 . A T 732.4 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0189736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.6;QD=48.8265;RBI=0.0211327;REFB=-0.217694;REVB=0.00930548;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00360279;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:60:60:0:5:55:55:0.916667:30:25:0:0:30:25:3:2 chr4 83345740 . ATT A,AT 145.61 PASS AF=0,1;AO=2,14;DP=19;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217362,0.0382019;FXX=0.0526039;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=12.369,14.3178;QD=32.3575;RBI=0.0907494,0.164885;REFB=-0.0752516,-0.0758352;REVB=-0.0881078,-0.160398;RO=1;SAF=0,6;SAR=2,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.480916,0.480916;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0534678;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0338269,0.00282857;OID=.,.;OPOS=83345741,83345741;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,14:19:0,18:18:0:0,6:0,12:0:0:4:1:0,6:2,8:0:1 chr4 83788344 . A T 888.94 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266424;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.284;QD=58.2909;RBI=0.0499877;REFB=0;REVB=0.042296;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138613;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr4 83838217 . G A 813.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771737;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.017;QD=57.0682;RBI=0.0159108;REFB=0;REVB=-0.0139139;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499922;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr4 83839799 . A G 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267403;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.983;QD=62.6861;RBI=0.0267565;REFB=0;REVB=-0.000933481;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94669e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr4 83849057 . G A 833.63 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.9013;QD=57.492;RBI=0.0251303;REFB=0;REVB=-0.0125346;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230246;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr4 83900043 . A G 696.79 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123333;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.922;QD=54.6506;RBI=0.0163939;REFB=-0.0191941;REVB=-0.0108004;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014486;STB=0.507689;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=4.38371e-06;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:0:1:32:18:0:1 chr4 84191031 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0549;QD=55.6559;RBI=0.0686357;REFB=0;REVB=0.00357657;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101951;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:6:21:0:0 chr4 84230619 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9729;QD=53.2744;RBI=0.0804931;REFB=0;REVB=-0.00186986;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222018;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr4 84240515 . T G 1462.17 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0420369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7616;QD=53.6575;RBI=0.132905;REFB=-0.0893193;REVB=0.126082;RO=4;SAF=58;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224759;STB=0.512809;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0059582;OID=.;OPOS=84240515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:109:109:4:6:103:103:0.944954:45:58:1:3:45:58:2:4 chr4 84364751 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00496872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.828;QD=4.81087;RBI=0.0557164;REFB=-0.00285362;REVB=0.0554945;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073651;STB=0.54983;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00905899;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:14:9:2:4:14:9 chr4 84370091 . A G 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0173296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.894;QD=5.06439;RBI=0.0173301;REFB=-0.00171672;REVB=0.000137888;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259676;STB=0.67032;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0050039;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:5:3:19:13:5:3:19:13 chr4 84374480 . C T 42.84 PASS AF=0.107527;AO=11;DP=92;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0840642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7858;QD=1.84252;RBI=0.0873111;REFB=0.00135265;REVB=-0.0235889;RO=81;SAF=6;SAR=5;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121966;STB=0.548291;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0109797;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:93:81:83:11:10:0.107527:5:6:36:45:5:5:37:46 chr4 84376743 . A T 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.271;QD=59.0144;RBI=0.0453399;REFB=0;REVB=-0.00605908;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148189;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr4 84382552 . A T 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0185908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.729;QD=3.12357;RBI=0.0265098;REFB=0.00160571;REVB=0.0188985;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866312;STB=0.561252;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00738506;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:4:4:21:28:4:4:21:28 chr4 84383810 . C T 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0205709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.258;QD=1.87064;RBI=0.0400938;REFB=-0.00625606;REVB=-0.0344144;RO=76;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135884;STB=0.568144;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0515624;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:92:76:82:10:10:0.108696:6:4:39:37:6:4:39:43 chr4 85762385 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.758;QD=62.3145;RBI=0.0263843;REFB=0;REVB=0.0236528;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10261e-05;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr4 86021740 . TC T,TT 663.46 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=5,38;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257862,0.0284806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=291.715,307.545;QD=61.717;RBI=0.026296,0.0285316;REFB=0,0;REVB=-0.00515266,-0.00170456;RO=0;SAF=2,16;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0439779,-0.000398184;OID=.,.;OPOS=86021741,86021741;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:5,38:43:1,42:43:0:0,18:1,24:0:0:4:0:2,16:3,22:0:0 chr4 86021765 . C T 757.25 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7324;QD=63.1045;RBI=0.105727;REFB=0;REVB=0.0412902;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179756;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:25:22:0:1:26:22:0:0 chr4 86021800 . A T 653.57 PASS AF=0.83871;AO=51;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00119766;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5753;QD=42.1655;RBI=0.0445033;REFB=-0.0409597;REVB=0.0444872;RO=10;SAF=25;SAR=26;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583876;STB=0.532246;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00776074;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:10:10:51:52:0.83871:26:25:3:7:26:26:3:7 chr4 86021967 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.812;QD=63.583;RBI=0.0242236;REFB=0;REVB=0.015985;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84574e-06;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr4 86844835 . A G 390.03 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0220905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.547;QD=38.0521;RBI=0.0246604;REFB=-0.00782648;REVB=0.0109612;RO=10;SAF=19;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142828;STB=0.577549;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00262322;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:12:19:3:7:12:19:3:7 chr4 86915848 . T C 588.82 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.042802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8145;QD=51.2014;RBI=0.0479021;REFB=0.013349;REVB=0.0215081;RO=5;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954419;STB=0.550996;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00274955;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:22:19:0:5:22:19:0:5 chr4 86915923 . G A 485.67 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000747528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.894;QD=49.8125;RBI=0.00265743;REFB=-0.0605726;REVB=0.00255012;RO=3;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622689;STB=0.51612;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00901985;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:21:14:0:3:21:14:1:3 chr4 86922187 . A T 381.5 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0058476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.8;QD=34.6813;RBI=0.0205566;REFB=0.0130027;REVB=-0.0197074;RO=13;SAF=7;SAR=24;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383748;STB=0.502091;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00601;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:24:7:3:10:24:7:3:10 chr4 87684031 . A G 547.5 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000536581;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6946;QD=60.8333;RBI=0.00151168;REFB=0;REVB=-0.00141325;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123485;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr4 87706506 . T G 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0563488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2535;QD=3.06114;RBI=0.0563586;REFB=-0.00348061;REVB=0.00105248;RO=63;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261354;STB=0.681827;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.016713;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:8:3:30:33:8:3:30:33 chr4 87809020 . C G 521.97 PASS AF=0.826087;AO=37;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00885234;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.103;QD=45.3888;RBI=0.0155936;REFB=0.100189;REVB=0.0128373;RO=8;SAF=16;SAR=21;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105161;STB=0.557573;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00480859;OID=.;OPOS=87809020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:46:8:8:37:38:0.826087:21:16:6:2:22:16:6:2 chr4 87809387 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.258;QD=57.2023;RBI=0.0295067;REFB=0;REVB=0.00141489;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188074;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 88056925 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.968;QD=48.7371;RBI=0.00517973;REFB=0;REVB=0.00474551;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19628e-05;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr4 88058340 . C G 301.75 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0847006;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3807;QD=43.1071;RBI=0.0903265;REFB=-0.12096;REVB=-0.0313794;RO=4;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110334;STB=0.505983;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0208709;OID=.;OPOS=88058340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:30:28:4:4:24:24:0.857143:13:11:2:2:13:11:2:2 chr4 88258483 . T C 368.37 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115347;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.215;QD=47.532;RBI=0.0125202;REFB=-0.188714;REVB=-0.0048689;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138614;STB=0.527426;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00255576;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:2:3:28:28:0.903226:11:17:1:1:11:17:1:2 chr4 88333389 . G A 391.96 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0250257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7894;QD=50.576;RBI=0.0562571;REFB=-0.0633433;REVB=0.0503843;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.50823;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00404542;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:1:2:29:29:0.935484:18:11:0:1:18:11:1:1 chr4 88333400 . A T 386.57 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0076775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.065;QD=49.8794;RBI=0.0774961;REFB=0.0851779;REVB=0.0771149;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.50823;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00302143;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:28:29:0.935484:17:11:1:1:18:11:1:1 chr4 88394758 . TGTTAAATACCTG T 203.52 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00266456;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=346.764;QD=30.151;RBI=0.0264322;REFB=-0.00460966;REVB=-0.0262976;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619832;STB=0.519979;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.00200058;OID=.;OPOS=88394759;OREF=GTTAAATACCTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704:19:27:19:27:8:13:6:5:3:53:7:13:6:4:3 chr4 88401616 . A G 1220.01 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341533;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.534;QD=61.7727;RBI=0.046656;REFB=0;REVB=0.0317858;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185229;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr4 88412806 . T C 345.29 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00837942;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.731;QD=36.3458;RBI=0.00839781;REFB=-0.00742418;REVB=-0.000555434;RO=9;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408776;STB=0.509427;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00253075;OID=.;OPOS=88412806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:37:38:9:10:28:28:0.736842:15:13:5:4:15:13:5:5 chr4 88415636 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.072;QD=50.4135;RBI=0.0257045;REFB=0;REVB=-0.0101964;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29178e-05;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 88416188 . G T 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.333;QD=61.211;RBI=0.0334707;REFB=0;REVB=-0.00534742;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93459e-05;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr4 88416223 . A G 1263.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9462;QD=61.6429;RBI=0.0222119;REFB=0;REVB=-0.0112755;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33159e-05;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:49:33:0:0 chr4 88583135 . A T 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0585028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.66;QD=33.9186;RBI=0.0619533;REFB=-0.0399783;REVB=0.0203869;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.562422;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00735428;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:7:9:1:3:7:9:1:3 chr4 88732531 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.714;QD=39.2068;RBI=0.0889614;REFB=0;REVB=0.0887126;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202923;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 88732746 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.572;QD=46.8479;RBI=0.0909951;REFB=0;REVB=0.0634272;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024058;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 88732763 . A G 187.79 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0687847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8158;QD=37.5569;RBI=0.0688141;REFB=-0.0933024;REVB=0.00201377;RO=3;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115735;STB=0.56368;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.021998;OID=.;OPOS=88732763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:12:5:2:1:12:5:2:1 chr4 88732911 . C T 256.91 PASS AF=0.875;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0145866;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0279;QD=42.8187;RBI=0.0690711;REFB=-0.0426828;REVB=-0.0675133;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398736;STB=0.523787;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00704772;OID=.;OPOS=88732911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:24:3:3:20:21:0.875:10:10:1:2:10:11:1:2 chr4 88813503 . T C 1102.16 PASS AF=0.743802;AO=87;DP=118;FAO=90;FDP=121;FR=.;FRO=31;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00320281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.539;QD=36.4352;RBI=0.0280996;REFB=-0.00696887;REVB=0.0279165;RO=30;SAF=45;SAR=42;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03976;STB=0.528919;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00236689;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:30:31:87:90:0.743802:42:45:18:12:45:45:19:12 chr4 88898941 . C T 545.4 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0105234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6562;QD=48.4797;RBI=0.0196985;REFB=-0.00218115;REVB=-0.016652;RO=6;SAF=16;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649978;STB=0.534866;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000386046;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:23:16:4:2:23:16:4:2 chr4 88902692 . T C 455.5 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.672;QD=55.2118;RBI=0.0943133;REFB=-0.202474;REVB=0.0915613;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00514104;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:1:0:20:12:1:0 chr4 88903853 . C T 523.98 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298014;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.913;QD=59.8836;RBI=0.0276866;REFB=0;REVB=0.0275258;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144145;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr4 89182518 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.851;QD=56.7034;RBI=0.0476863;REFB=0;REVB=0.0410918;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550835;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr4 89319296 . T C 95.64 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000160821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1938;QD=34.7776;RBI=0.0288721;REFB=-0.16741;REVB=-0.0288716;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0195492;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr4 89397091 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.966;QD=57.8837;RBI=0.0458895;REFB=0;REVB=0.0439373;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410379;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr4 89415396 . T C 753.56 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00874059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5737;QD=50.2375;RBI=0.0258209;REFB=0.0214195;REVB=0.0242966;RO=4;SAF=35;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168032;STB=0.508925;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0212177;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:21:35:3:1:21:35:3:1 chr4 89577214 . A T 641.22 PASS AF=0.85;AO=51;DP=60;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00102113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.43;QD=42.7483;RBI=0.00123246;REFB=-0.0295856;REVB=0.000690119;RO=8;SAF=21;SAR=30;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552619;STB=0.52208;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00643414;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:8:9:51:51:0.85:30:21:5:3:30:21:5:4 chr4 89607932 . G A 615.1 PASS AF=0.819672;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0177877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.521;QD=40.3345;RBI=0.027486;REFB=0.00673218;REVB=-0.0209542;RO=11;SAF=30;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813715;STB=0.543607;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00126638;OID=.;OPOS=89607932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:11:11:50:50:0.819672:20:30:4:7:20:30:4:7 chr4 89617387 . A G 659.82 PASS AF=0.828125;AO=52;DP=64;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0386363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.626;QD=41.2389;RBI=0.0512376;REFB=-0.0328062;REVB=0.0336531;RO=12;SAF=23;SAR=29;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136413;STB=0.562587;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0045538;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:12:11:52:53:0.828125:29:23:10:2:29:24:9:2 chr4 89618837 . T C 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00704937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.062;QD=39.8678;RBI=0.0145001;REFB=-0.0678371;REVB=-0.0126712;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505478;STB=0.50276;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00379555;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:6:13:2:1:6:13:2:1 chr4 89619276 . A G 398.81 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0112341;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.252;QD=30.6779;RBI=0.0143167;REFB=-0.0191911;REVB=0.00887479;RO=15;SAF=9;SAR=27;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183094;STB=0.613569;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00787682;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:15:16:36:36:0.692308:27:9:8:7:27:9:9:7 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AA,A 237.09 PASS AF=0,0.444444,0.333333;AO=6,12,6;DP=32;FAO=0,12,9;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=0,5,5;FSAR=0,7,4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00602928,0.0102949,0.0190023;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=1,2,3;MLLD=318.693,331.972,331.954;QD=35.125;RBI=0.0134481,0.017595,0.0244514;REFB=-0.0157247,-0.0189365,-0.020606;REVB=0.0120208,0.0142688,0.0153876;RO=5;SAF=0,6,2;SAR=6,6,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.731761,0.157187,0.120202;STB=0.5,0.588097,0.651856;STBP=1,0.352,0.23;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0144188,0.00439013;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647799,89647798;OREF=C,AC,AAC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.444444,0.333333:6,12,6:32:0,12,9:27:6:0,5,5:0,7,4:1:5:29:5:0,6,2:6,6,4:1:4 chr4 89670155 . C T 725.17 PASS AF=0.861538;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00213466;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.651;QD=44.6255;RBI=0.00465856;REFB=-0.00568959;REVB=-0.0041407;RO=8;SAF=21;SAR=35;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05294e-08;STB=0.506171;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000803804;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:8:9:56:56:0.861538:35:21:3:5:35:21:3:6 chr4 90168415 . A T 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0152136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.767;QD=29.8325;RBI=0.0229983;REFB=-0.0205937;REVB=0.0172473;RO=8;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306118;STB=0.685127;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0105771;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:8:9:20:20:0.689655:6:14:1:7:6:14:1:8 chr4 90168566 . C A 491.8 PASS AF=0.741379;AO=42;DP=57;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0230975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9794;QD=33.9173;RBI=0.0262043;REFB=-0.0578667;REVB=0.0123763;RO=15;SAF=15;SAR=27;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906813;STB=0.550874;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0233458;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:15:15:42:43:0.741379:27:15:8:7:28:15:8:7 chr4 90168572 . C T 516.88 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0275377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5384;QD=39.0096;RBI=0.0317332;REFB=-0.0348511;REVB=0.0157694;RO=10;SAF=15;SAR=28;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164751;STB=0.588623;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00770055;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:28:15:8:2:28:15:8:2 chr4 90169925 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.681;QD=55.6561;RBI=0.0575695;REFB=0;REVB=0.016757;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430173;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 90857479 . G A 550.46 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0218463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.542;QD=40.775;RBI=0.0228971;REFB=-0.0331797;REVB=0.00685688;RO=9;SAF=27;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216951;STB=0.511623;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0080155;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:18:27:6:3:18:27:6:3 chr4 90874879 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.646;QD=59.4353;RBI=0.104395;REFB=0;REVB=0.000972177;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464371;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr4 91230579 . G A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0227321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.724;QD=5.39744;RBI=0.0228061;REFB=-0.0119746;REVB=-0.00183578;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369547;STB=0.744113;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0397307;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:7:2:18:17:7:2:18:17 chr4 91291407 . C T 683.27 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00911656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.927;QD=47.9486;RBI=0.0257613;REFB=-0.0163681;REVB=0.0240943;RO=5;SAF=29;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406646;STB=0.521641;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00175588;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:5:5:52:52:0.912281:23:29:4:1:23:29:4:1 chr4 91584992 . A G 1207.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2077;QD=61.1617;RBI=0.0350636;REFB=0;REVB=-0.00343101;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183582;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr4 91585003 . T C 759.53 PASS AF=0.8;AO=60;DP=75;FAO=60;FDP=75;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0937921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.154;QD=40.5082;RBI=0.106037;REFB=0.0041296;REVB=0.0494662;RO=15;SAF=36;SAR=24;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793055;STB=0.542359;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000112717;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:15:15:60:60:0.8:24:36:12:3:24:36:12:3 chr4 91585060 . A T 73.13 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00164592;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.311;QD=5.04317;RBI=0.00293999;REFB=-0.0145885;REVB=-0.00243609;RO=47;SAF=10;SAR=1;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525886;STB=0.766174;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0439734;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:58:58:47:46:11:12:0.206897:1:10:26:21:2:10:25:21 chr4 91832437 . G T 738.74 PASS AF=0.786667;AO=59;DP=75;FAO=59;FDP=75;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0377423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4598;QD=39.3997;RBI=0.0445258;REFB=0.0221394;REVB=0.0236235;RO=14;SAF=24;SAR=35;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807983;STB=0.50704;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00805524;OID=.;OPOS=91832437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:14:16:59:59:0.786667:35:24:6:8:35:24:6:10 chr4 92240278 . A T 1318.49 PASS AF=0.988764;AO=54;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0606274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3836;QD=59.258;RBI=0.144477;REFB=-0.0386175;REVB=0.131141;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.505746;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00182034;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:54:88:0.988764:23:31:0:1:43:45:0:1 chr4 92240802 . C T 828.66 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013701;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.108;QD=57.1492;RBI=0.040211;REFB=0;REVB=-0.0378049;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180313;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr4 92246344 . G A 1301.15 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0383496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.17;QD=58.4785;RBI=0.0469797;REFB=-0.0500235;REVB=0.0271366;RO=2;SAF=40;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023097;STB=0.506819;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00112217;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:46:40:2:0:46:40:2:1 chr4 94316763 . T G 181.13 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0397685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5915;QD=11.3207;RBI=0.044951;REFB=0.00116431;REVB=-0.0209537;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112306;STB=0.565161;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00154912;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:22:19:13:10:22:19 chr4 95170839 . G A 52.75 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0291816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.291;QD=3.14953;RBI=0.0361578;REFB=-0.00211545;REVB=-0.0213499;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279251;STB=0.693304;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0188936;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:3:7:27:30:3:7:27:30 chr4 95173779 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000919111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7531;QD=8.62712;RBI=0.0162723;REFB=-0.00256146;REVB=0.0162463;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554208;STB=0.533919;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0065214;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:11:16:6:5:11:16 chr4 95197520 . C T 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0407342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.694;QD=4.5053;RBI=0.0412885;REFB=-0.00617307;REVB=-0.00674325;RO=48;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471668;STB=0.5031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218485;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:5:6:26:22:5:6:26:22 chr4 95496882 . C T 125.53 PASS AF=0.764706;AO=10;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0138765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.913;QD=29.5364;RBI=0.0187406;REFB=-0.0231279;REVB=0.0125957;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125976;STB=0.567464;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.011167;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:10:13:0.764706:5:5:1:3:6:7:1:3 chr4 95531417 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.445;QD=62.0213;RBI=0.0523859;REFB=0;REVB=-0.0125846;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140727;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr4 95539267 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.851;QD=62.6709;RBI=0.0137745;REFB=0;REVB=0.0136466;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25538e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr4 95578588 . G A 1170.58 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3461;QD=60.8095;RBI=0.0315638;REFB=0;REVB=0.0284013;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193543;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr4 95588075 . G A 588.28 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0257503;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.921;QD=39.8837;RBI=0.0311652;REFB=-0.0151632;REVB=-0.0175555;RO=11;SAF=24;SAR=24;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110722;STB=0.559298;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0100964;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:59:11:11:48:48:0.813559:24:24:9:2:24:24:9:2 chr4 96123981 . C T 626.05 PASS AF=0.809524;AO=51;DP=63;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.043114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1476;QD=39.7492;RBI=0.0431399;REFB=-0.0613435;REVB=0.00149689;RO=12;SAF=30;SAR=21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.517235;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0107695;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:12:12:51:51:0.809524:21:30:6:6:21:30:6:6 chr4 96127869 . T G 399.5 PASS AF=0.815789;AO=29;DP=37;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0114891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.094;QD=42.0531;RBI=0.0265464;REFB=-0.0404722;REVB=0.0239314;RO=6;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081288;STB=0.554759;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00493863;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:6:7:29:31:0.815789:12:17:2:4:13:18:2:5 chr4 96169733 . G T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.393;QD=59.8328;RBI=0.0181924;REFB=0;REVB=-0.0149728;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66636e-05;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 96256616 . A G 837.0 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427818;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9153;QD=57.7241;RBI=0.0428244;REFB=0;REVB=0.00191039;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168301;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr4 96256673 . G A 834.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.357;QD=57.5343;RBI=0.070219;REFB=0;REVB=-0.0699501;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343361;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr4 97270159 . C G 133.57 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0643518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2447;QD=33.392;RBI=0.0665681;REFB=-0.0460314;REVB=-0.0170339;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905744;STB=0.545392;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00875767;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:16:16:2:2:13:14:0.875:9:4:0:2:10:4:0:2 chr4 98902409 . C T 45.12 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.057654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1673;QD=3.2229;RBI=0.0607596;REFB=-0.00513571;REVB=-0.0191766;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176274;STB=0.624688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0347814;OID=.;OPOS=98902409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:25:23:5:3:25:23 chr4 99218108 . G GA 245.93 PASS AF=0.675;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00469328;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.119;QD=24.593;RBI=0.00542602;REFB=-0.0132908;REVB=-0.00272302;RO=15;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531219;STB=0.531575;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.00539712;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675:27:42:27:40:13:13:14:5:8:72:15:13:14:6:9 chr4 99850126 . A G 50.17 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0442906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2914;QD=4.77766;RBI=0.0564753;REFB=-0.00628001;REVB=-0.03504;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505415;STB=0.78342;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0145706;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:30:34:8:8:0.190476:6:2:21:9:6:2:21:13 chr4 100045574 . T C 218.31 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.023;QD=48.5132;RBI=0.0762107;REFB=0;REVB=0.0127068;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106911;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:13:5:0:0 chr4 100045616 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.335;QD=52.6132;RBI=0.0112092;REFB=0;REVB=-0.0106733;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133533;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr4 100045647 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.385;QD=50.4133;RBI=0.0581681;REFB=0;REVB=0.0529955;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653174;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr4 100048414 . T C 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.034;QD=59.8291;RBI=0.0198865;REFB=0;REVB=0.0154931;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134795;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 100052733 . C A 552.63 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.41;QD=59.7437;RBI=0.0258883;REFB=0;REVB=0.0195524;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95001e-06;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:9:22:0:0:15:22:0:0 chr4 100062819 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.259;QD=55.5199;RBI=0.0250215;REFB=0.0912741;REVB=0.0152263;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000687843;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:24:9:0:0:24:9:0:1 chr4 100064247 . G T 46.74 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0679397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5645;QD=2.87653;RBI=0.0739989;REFB=0.00669068;REVB=-0.0293263;RO=56;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132075;STB=0.593016;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.047612;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:4:5:25:31:4:5:25:31 chr4 100064305 . C G 857.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.175;QD=57.134;RBI=0.0242363;REFB=0;REVB=-0.0020889;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204584;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:34:24:0:0:34:26:0:0 chr4 100140306 . A T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.057;QD=57.1048;RBI=0.0231309;REFB=0;REVB=0.0159857;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62516e-06;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr4 100235053 . A G 2169.86 PASS AF=0.992857;AO=137;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0961;QD=61.9961;RBI=0.0488691;REFB=-0.0717877;REVB=-0.036357;RO=2;SAF=66;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141864;STB=0.503649;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00062483;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:2:1:137:139:0.992857:71:66:2:0:71:68:1:0 chr4 100266133 . T C 1520.58 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.104;QD=63.3575;RBI=0.0446366;REFB=0;REVB=0.00453777;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45183e-05;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:56:38:0:0:56:40:0:0 chr4 100268190 . A C 1724.14 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0543605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.382;QD=59.4531;RBI=0.0585363;REFB=-0.0491142;REVB=-0.0217123;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000710357;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:56:58:1:0:56:59:1:0 chr4 100356179 . C T 329.33 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0350095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.099;QD=37.6374;RBI=0.0476336;REFB=-0.0246218;REVB=0.0323;RO=8;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695524;STB=0.53775;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00425064;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:16:11:2:6:16:11:2:6 chr4 100443720 . G A 59.12 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0271683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1596;QD=3.42726;RBI=0.0331199;REFB=0.00585602;REVB=0.0189425;RO=57;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240287;STB=0.671942;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0271444;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:57:58:11:11:0.15942:3:8:31:26:3:8:31:27 chr4 100443782 . T C 31.54 PASS AF=0.12069;AO=4;DP=55;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0314925;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.245;QD=2.17491;RBI=0.032638;REFB=-0.00930375;REVB=-0.008571;RO=50;SAF=2;SAR=2;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125312;STB=0.604083;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.069495;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:58:50:51:4:7:0.12069:2:2:31:19:2:5:31:20 chr4 100457117 . A ACAGT 183.65 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809493;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.195;QD=48.9732;RBI=0.0446737;REFB=0;REVB=0.0439341;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000151857;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:15:15:0:10:5:0:0:3:0:10:5:0:0 chr4 100504575 . G C 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0417647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4534;QD=35.4628;RBI=0.0557139;REFB=-0.0724383;REVB=0.0368747;RO=9;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632285;STB=0.534494;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0183271;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:11:15:4:5:11:15:4:5 chr4 100510859 . T C 766.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.682;QD=63.837;RBI=0.0486086;REFB=0;REVB=0.018742;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267901;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr4 100510903 . A G 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0147242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.208;QD=25.6496;RBI=0.0358438;REFB=0.0108648;REVB=0.03268;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11158;STB=0.561749;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00383953;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:12:6:12:13:12:6 chr4 100512412 . T C 696.0 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0363788;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.331;QD=46.4003;RBI=0.0371093;REFB=-0.0151594;REVB=0.00732678;RO=6;SAF=25;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689558;STB=0.528291;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00177014;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:63:60:6:7:53:53:0.883333:28:25:5:1:28:25:5:2 chr4 100516022 . C G 715.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183896;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.43;QD=57.2401;RBI=0.0206998;REFB=0;REVB=0.00950285;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79877e-05;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr4 100574195 . A G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0246759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.608;QD=4.04952;RBI=0.0492206;REFB=0.00195045;REVB=-0.0425883;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295322;STB=0.703637;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0111495;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:2:5:16:18:2:5:16:18 chr4 100575398 . C T 560.17 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0134208;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.369;QD=36.7325;RBI=0.0221823;REFB=-0.0614814;REVB=-0.0176617;RO=14;SAF=24;SAR=23;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00453951;STB=0.502441;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0113123;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:14:14:47:47:0.770492:23:24:7:7:23:24:7:7 chr4 100575483 . G T 413.81 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0447832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5825;QD=41.3812;RBI=0.0944562;REFB=0.0133887;REVB=0.0831651;RO=7;SAF=22;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675588;STB=0.545086;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00109715;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:7:8:32:32:0.8:10:22:6:1:10:22:7:1 chr4 100575711 . C T 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00327636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.903;QD=3.23065;RBI=0.0487234;REFB=-0.00389966;REVB=-0.0486131;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406718;STB=0.78277;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0398315;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:7:2:29:23:7:2:29:23 chr4 100575714 . C T 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0285069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0852;QD=3.13454;RBI=0.0411044;REFB=-0.00724137;REVB=-0.0296129;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39906;STB=0.777161;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0342728;OID=.;OPOS=100575714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:61:62:51:53:9:9:0.145161:7:2:28:23:7:2:29:24 chr4 100790675 . G A 551.68 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0118285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3895;QD=50.1529;RBI=0.0399204;REFB=-0.0781352;REVB=-0.0381277;RO=5;SAF=12;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227464;STB=0.512189;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00274863;OID=.;OPOS=100790675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:27:12:2:3:27:12:2:3 chr4 101401161 . TAAC T 1136.83 PASS AF=0.979798;AO=94;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0097352;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.748;QD=45.9326;RBI=0.00992559;REFB=-0.0844632;REVB=0.00193472;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.500104;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.00194932;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979798:94:100:97:99:2:48:49:1:1:8:0:46:48:0:0 chr4 102251501 . T C 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0173693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.148;QD=1.94693;RBI=0.0295607;REFB=-0.00137413;REVB=0.0239195;RO=95;SAF=8;SAR=4;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196788;STB=0.645324;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0155667;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:4:8:48:47:4:8:48:47 chr4 102965043 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.346;QD=60.9771;RBI=0.0158896;REFB=0;REVB=-0.015107;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80643e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr4 103514658 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.028;QD=62.3501;RBI=0.0157893;REFB=0;REVB=0.00596488;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4007e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:7:36:0:0:7:36:0:0 chr4 103555992 . A G 599.12 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.084918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2192;QD=46.9899;RBI=0.109624;REFB=-0.00774665;REVB=-0.0693286;RO=5;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884268;STB=0.54715;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00101604;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:24:22:0:5:24:22:0:5 chr4 103557077 . G A 267.39 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.038288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.133;QD=42.7819;RBI=0.0397177;REFB=-0.0216702;REVB=0.0105606;RO=3;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038499;STB=0.50209;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00443737;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:15:7:1:2:15:7:1:2 chr4 103808862 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.01228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.79;QD=8.30811;RBI=0.0185036;REFB=-0.0145495;REVB=0.0138415;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0331579;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr4 103866480 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.139;QD=48.7367;RBI=0.0651796;REFB=0;REVB=0.0404435;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134324;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 103911069 . C A 380.38 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677609;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.37;QD=56.352;RBI=0.0689809;REFB=0;REVB=-0.0129161;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401758;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr4 104066461 . A G 33.53 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0323283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.658;QD=3.43909;RBI=0.0323404;REFB=-0.00252085;REVB=0.000883581;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447209;STB=0.799201;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0276411;OID=.;OPOS=104066461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:9:24:2:4:9:24 chr4 104082349 . C T 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00405498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.618;QD=3.07292;RBI=0.0279384;REFB=-0.000505019;REVB=-0.0276426;RO=57;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279589;STB=0.694557;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00307815;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:57:58:10:10:0.147059:4:6:21:36:4:6:21:37 chr4 106159644 . T A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.712;QD=45.8068;RBI=0.030902;REFB=0;REVB=-0.0029402;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95422e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr4 106317429 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.254;QD=53.2772;RBI=0.03803;REFB=0;REVB=0.0213907;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307031;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr4 106328200 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.126;QD=40.7629;RBI=0.0221729;REFB=0;REVB=0.0126001;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1136e-05;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr4 106474096 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.977;QD=57.6806;RBI=0.0389201;REFB=0;REVB=-0.0281437;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322891;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr4 106861730 . A G 803.59 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.894;QD=56.3924;RBI=0.108425;REFB=0;REVB=0.00126511;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490301;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:53:57:1:38:15:0:0:38:19:0:0 chr4 106924931 . G A 718.24 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495138;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.767;QD=57.4592;RBI=0.0506358;REFB=0;REVB=0.0106005;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798661;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr4 107133919 . A G 359.66 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00461988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.453;QD=37.8593;RBI=0.00469302;REFB=-0.015416;REVB=0.000825328;RO=9;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016884;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509648;OID=.;OPOS=107133919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:13:16:5:4:13:16:5:4 chr4 107156462 . C T 1140.65 PASS AF=0.846154;AO=88;DP=104;FAO=88;FDP=104;FR=.;FRO=16;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0223933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.515;QD=43.8713;RBI=0.0238946;REFB=-0.0120149;REVB=0.00833615;RO=16;SAF=41;SAR=47;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099069;STB=0.505264;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00183548;OID=.;OPOS=107156462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:104:104:16:16:88:88:0.846154:47:41:8:8:47:41:8:8 chr4 107168431 . G C 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481169;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4635;QD=57.7382;RBI=0.0540191;REFB=0;REVB=0.0538044;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473476;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr4 107171637 . TAAATA T 711.16 PASS AF=0.808989;AO=70;DP=94;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0108481;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=5;MLLD=234.485;QD=31.9622;RBI=0.0177776;REFB=-7.28104e-05;REVB=0.0140841;RO=18;SAF=34;SAR=36;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691917;STB=0.539315;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=1.45666e-05;OID=.;OPOS=107171638;OREF=AAATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.808989:70:94:72:89:17:36:36:12:5:56:18:34:36:12:6 chr4 107279450 . C T 737.05 PASS AF=0.816901;AO=58;DP=71;FAO=58;FDP=71;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0100841;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.248;QD=41.5237;RBI=0.0109528;REFB=0.00970013;REVB=0.00427506;RO=13;SAF=36;SAR=22;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262273;STB=0.514014;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00151568;OID=.;OPOS=107279450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:13:13:58:58:0.816901:22:36:9:4:22:36:9:4 chr4 107279482 . T A 843.64 PASS AF=0.8125;AO=65;DP=80;FAO=65;FDP=80;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0122919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.781;QD=42.1821;RBI=0.0142348;REFB=-0.0309356;REVB=0.00717911;RO=15;SAF=33;SAR=32;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793651;STB=0.54236;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0055282;OID=.;OPOS=107279482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:15:15:65:65:0.8125:32:33:11:4:32:33:11:4 chr4 108356274 . G A 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0680076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2317;QD=46.9511;RBI=0.0735483;REFB=0.0112951;REVB=-0.0280056;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00340097;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:6:14:0:1:6:14:0:1 chr4 108641300 . T C 48.46 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00599368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.238;QD=2.5505;RBI=0.0447565;REFB=0.00217999;REVB=-0.0443534;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578144;STB=0.903848;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0267654;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:76:65:66:10:10:0.131579:9:1:38:27:9:1:38:28 chr4 108641317 . G A 56.35 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0166543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4706;QD=3.00509;RBI=0.064223;REFB=-0.00401216;REVB=-0.062026;RO=61;SAF=1;SAR=10;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586444;STB=0.896676;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0292892;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:72:75:61:64:11:11:0.146667:10:1:34:27:10:1:34:30 chr4 108931039 . T C 773.11 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5061;QD=61.849;RBI=0.116351;REFB=-0.0365695;REVB=-0.0276863;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0100703;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:26:22:0:1:26:23:0:1 chr4 108969883 . G A 47.89 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.043945;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3677;QD=1.71046;RBI=0.0441319;REFB=-0.00130349;REVB=-0.00405778;RO=96;SAF=7;SAR=5;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255921;STB=0.530252;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0226149;OID=.;OPOS=108969883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:113:112:96:100:12:12:0.107143:5:7:54:42:5:7:55:45 chr4 109478108 . C G 789.39 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628796;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8762;QD=64.44;RBI=0.016361;REFB=0;REVB=-0.0151044;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365621;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 109541499 . C T 1450.23 PASS AF=1;AO=77;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7903;QD=63.0536;RBI=0.146625;REFB=0;REVB=0.0348867;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142076;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:77:92:1:45:32:0:0:49:43:0:0 chr4 109541603 . T A 223.39 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.421;QD=49.6426;RBI=0.0533177;REFB=0;REVB=-0.000197771;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446025;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr4 109674116 . A G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0234176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.413;QD=7.04963;RBI=0.0269803;REFB=-0.00436318;REVB=0.0133997;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.623518;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0128536;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:6:4:17:12:6:4:17:13 chr4 109735133 . T C 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.993;QD=55.0081;RBI=0.0456537;REFB=-0.00594982;REVB=0.0416762;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000473474;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr4 109769899 . C T 529.56 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0151543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0872;QD=36.5214;RBI=0.0177632;REFB=-0.0336007;REVB=-0.00926706;RO=13;SAF=24;SAR=21;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125512;STB=0.567476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00642478;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:13:13:45:45:0.775862:21:24:3:10:21:24:3:10 chr4 109969337 . G T 452.69 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00562793;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.66;QD=44.1644;RBI=0.0108423;REFB=-0.0200244;REVB=-0.00926727;RO=6;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163895;STB=0.599941;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00195349;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:6:7:34:34:0.829268:14:20:0:6:14:20:0:7 chr4 110603784 . T C 413.19 PASS AF=0.820513;AO=31;DP=38;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00929846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7631;QD=42.3787;RBI=0.0189779;REFB=0.0128797;REVB=0.0165439;RO=6;SAF=10;SAR=21;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368974;STB=0.516685;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00247129;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:6:7:31:32:0.820513:21:10:2:4:21:11:3:4 chr4 110661937 . G A 217.73 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.543;QD=48.3838;RBI=0.00827961;REFB=0;REVB=-0.00188018;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15981e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr4 110678925 . T C 630.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0308;QD=61.5513;RBI=0.137708;REFB=0;REVB=0.0164729;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114418;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:24:13:0:0:24:17:0:0 chr4 110681505 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0244883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.371;QD=24.0735;RBI=0.0260272;REFB=0.0249321;REVB=-0.00881689;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845065;STB=0.54775;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0290461;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:4:3:4:9:4:3 chr4 110737389 . T C 392.36 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.006;QD=56.0507;RBI=0.0209317;REFB=0;REVB=-0.0180617;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24711e-05;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr4 110757224 . G A 980.22 PASS AF=0.848837;AO=71;DP=85;FAO=73;FDP=86;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00258072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.222;QD=45.5915;RBI=0.0028098;REFB=-0.0160871;REVB=-0.00111126;RO=12;SAF=33;SAR=38;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960479;STB=0.513146;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00351784;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:86:12:13:71:73:0.848837:38:33:6:6:40:33:7:6 chr4 110757287 . G A 662.78 PASS AF=0.828125;AO=53;DP=64;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00402265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.674;QD=41.424;RBI=0.0373216;REFB=0.0136241;REVB=-0.0371042;RO=11;SAF=21;SAR=32;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495188;STB=0.526498;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00485216;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:11:11:53:53:0.828125:32:21:6:5:32:21:6:5 chr4 110773067 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0182734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.864;QD=8.69793;RBI=0.0222041;REFB=-0.0197151;REVB=0.0126136;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.70519;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.014902;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:4:9:6:1:5:9 chr4 110790911 . A T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.418;QD=3.4482;RBI=0.0221649;REFB=0.00254486;REVB=-0.0138906;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242124;STB=0.673009;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0327435;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:2:6:26:20:2:6:26:20 chr4 110791361 . G A 223.89 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0336757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4212;QD=34.4447;RBI=0.0601688;REFB=0.0269056;REVB=-0.0498622;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294061;STB=0.516113;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00928644;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:8:12:4:2:8:12:4:2 chr4 110791413 . C T 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00276812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.902;QD=29.8323;RBI=0.0112052;REFB=0.0317163;REVB=0.0108579;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150775;STB=0.583249;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00649005;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:6:3:12:8:6:3 chr4 110791543 . C T 584.11 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00750132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.646;QD=39.6008;RBI=0.0295182;REFB=0.0111436;REVB=-0.0285491;RO=11;SAF=29;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117341;STB=0.506289;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00154062;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:11:11:48:48:0.813559:19:29:7:4:19:29:7:4 chr4 110883121 . G A 651.64 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.909;QD=62.0604;RBI=0.0511474;REFB=0;REVB=0.0450161;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31491e-05;OID=.;OPOS=110883121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr4 110901198 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.23;QD=62.3146;RBI=0.0134419;REFB=0;REVB=0.0102552;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98402e-05;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr4 110902111 . A T 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2244;QD=60.0264;RBI=0.0193028;REFB=0;REVB=-0.0190833;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71246e-05;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr4 110914427 . A T 799.7 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015113;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3913;QD=57.1215;RBI=0.0159291;REFB=0;REVB=-0.0158572;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337932;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:18:37:0:0:19:37:0:0 chr4 110971030 . G T 505.71 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0244079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9146;QD=45.9732;RBI=0.0313927;REFB=-0.113029;REVB=-0.0197423;RO=7;SAF=16;SAR=21;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838758;STB=0.545093;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0149985;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:7:7:37:37:0.840909:21:16:5:2:21:16:5:2 chr4 111398208 . A G 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0159726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.486;QD=6.14763;RBI=0.0242298;REFB=0.000291176;REVB=0.0182197;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182212;STB=0.630061;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=2.77469e-05;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:45:34:35:10:10:0.222222:7:3:15:19:7:3:16:19 chr4 111409705 . T C 457.2 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0298477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3747;QD=45.7198;RBI=0.0302532;REFB=-0.0262378;REVB=0.00493684;RO=6;SAF=9;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.572138;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00425917;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:25:9:4:2:25:9:4:2 chr4 113178894 . ATTTGT A 248.7 PASS AF=0.632653;AO=27;DP=47;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00115568;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=259.234;QD=20.3016;RBI=0.0446628;REFB=-0.0141557;REVB=0.0446479;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132424;STB=0.578484;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.0079202;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.632653:27:47:31:49:18:14:17:12:6:99:17:14:13:12:5 chr4 113198805 . G C 291.34 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0637779;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.067;QD=44.8218;RBI=0.0644998;REFB=-0.00176706;REVB=0.00962293;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079247;STB=0.542821;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000801752;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:28:26:3:3:23:23:0.884615:16:7:0:3:16:7:0:3 chr4 113198889 . AC TT 391.06 PASS AF=0.909091;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.259338;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.377;QD=47.4015;RBI=0.290892;REFB=-0.173474;REVB=0.131764;RO=3;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067961;STB=0.533312;STBP=0.314;TYPE=mnp;VARB=0.0391473;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:33:3:3:27:30:0.909091:19:8:0:3:21:9:0:3 chr4 113199075 . A G 559.7 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00569568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8993;QD=47.6336;RBI=0.0187774;REFB=-0.0372049;REVB=-0.0178927;RO=7;SAF=29;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520176;STB=0.527944;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00629905;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:11:29:4:3:11:29:4:3 chr4 113344925 . C T 500.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.128;QD=58.9395;RBI=0.0269173;REFB=0;REVB=-0.00769431;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16794e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr4 113352397 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.921;QD=60.2307;RBI=0.0176098;REFB=0;REVB=0.00910647;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101725;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr4 113352628 . A G 200.99 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.015;QD=47.2917;RBI=0.0648939;REFB=0;REVB=0.00480188;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138935;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr4 113352899 . G A 735.57 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136977;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.57;QD=55.5144;RBI=0.0187764;REFB=0;REVB=0.0128423;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013822;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:33:18:0:0:33:20:0:0 chr4 113353285 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.345;QD=57.1991;RBI=0.0431828;REFB=0;REVB=-0.0323523;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408063;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 113359703 . A G 937.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.207;QD=58.5794;RBI=0.0277152;REFB=0;REVB=0.0226001;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111914;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr4 113360925 . G A 76.49 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00120511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.78;QD=4.56662;RBI=0.0110326;REFB=-0.000458171;REVB=0.0109666;RO=52;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249872;STB=0.519201;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00136924;OID=.;OPOS=113360925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:52:54:13:13:0.19403:8:5:21:31:8:5:22:32 chr4 113362622 . C G 866.22 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00318301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7147;QD=54.998;RBI=0.0138832;REFB=-0.0892991;REVB=0.0135133;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00251954;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:59:62:0.984127:29:30:0:1:32:30:0:1 chr4 114081490 . A G 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0109249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.912;QD=28.7634;RBI=0.0171905;REFB=0.00677696;REVB=-0.0132725;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111661;STB=0.561733;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00151283;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:3:6:9:10:3:6 chr4 114304662 . C CT 58.21 PASS AF=0.512195;AO=17;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.256101;FXX=0.0238039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.65787;QD=5.67892;RBI=0.270278;REFB=-0.0898553;REVB=0.0863841;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.606796;STBP=0.202;TYPE=ins;VARB=0.115495;OID=.;OPOS=114304663;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:17:42:21:41:20:12:9:7:13:58:23:9:8:10:13 chr4 114309839 . C T 111.86 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00462823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.289;QD=4.06783;RBI=0.0249453;REFB=-0.0067019;REVB=-0.0245122;RO=89;SAF=10;SAR=10;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272927;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:89:90:20:20:0.181818:10:10:45:44:10:10:45:45 chr4 114341210 . T C 337.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.108;QD=54.018;RBI=0.0456718;REFB=0;REVB=0.0210524;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212365;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr4 114341631 . T C 273.48 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0698854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.606;QD=45.5793;RBI=0.0717603;REFB=-0.10438;REVB=0.0162964;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.57136;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0027766;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:22:22:0.916667:16:6:0:0:16:6:2:0 chr4 114582860 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0408996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.99;QD=26.0262;RBI=0.063361;REFB=0.00744109;REVB=-0.0483926;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00468572;OID=.;OPOS=114582860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr4 114823316 . A C 200.99 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0866983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9355;QD=28.7135;RBI=0.087813;REFB=-0.0161942;REVB=-0.0139476;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302563;STB=0.679825;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00194471;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:7:9:18:19:0.678571:7:11:0:7:8:11:0:9 chr4 115544714 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000154769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.868;QD=56.9364;RBI=0.00714864;REFB=0;REVB=0.00714696;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66537e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr4 115589302 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000292889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.947;QD=62.6711;RBI=0.0171387;REFB=0;REVB=0.0171361;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113485;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 119161795 . G A 657.46 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0415085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.377;QD=50.5735;RBI=0.0415168;REFB=0.00834075;REVB=-0.00083111;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237789;STB=0.512653;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-1.34451e-05;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:27:22:2:1:27:22:2:1 chr4 119234489 . G A 98.66 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0178559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.105;QD=4.1542;RBI=0.0179919;REFB=0.000972271;REVB=0.00220842;RO=76;SAF=7;SAR=10;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176428;STB=0.623329;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00293523;OID=.;OPOS=119234489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:76:78:17:17:0.178947:10:7:42:34:10:7:44:34 chr4 119237357 . A C 638.24 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0139733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.559;QD=51.0588;RBI=0.0324091;REFB=0.00136563;REVB=0.029242;RO=6;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849794;STB=0.545434;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000217501;OID=.;OPOS=119237357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:20:24:1:5:20:24:1:5 chr4 119435079 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7136;QD=62.6703;RBI=0.00937114;REFB=0;REVB=-0.0012496;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146312;OID=.;OPOS=119435079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr4 119736796 . A C 43.65 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0188586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8035;QD=2.45937;RBI=0.019026;REFB=-0.000208831;REVB=-0.00251853;RO=62;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328989;STB=0.74116;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-6.83707e-05;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:7:2:30:32:7:2:30:32 chr4 119944611 . G T 554.7 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00819051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2502;QD=46.2252;RBI=0.0774731;REFB=-0.0459825;REVB=-0.0770389;RO=7;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13335;STB=0.579961;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00882788;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:48:48:7:8:40:40:0.833333:19:21:7:0:19:21:8:0 chr4 119947961 . AAAG A 696.65 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112918;FXX=0.0793525;HRUN=3;LEN=3;MLLD=186.22;QD=48.0449;RBI=0.0237007;REFB=0;REVB=-0.0208379;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.81132e-05;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:62:58:58:0:41:17:0:0:13:0:39:15:0:0 chr4 119947985 . G C 828.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6098;QD=57.1701;RBI=0.0407798;REFB=0;REVB=-0.0345197;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570506;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:16:42:0:0:16:42:0:0 chr4 119951647 . A G 491.62 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1011;QD=57.8371;RBI=0.199178;REFB=0;REVB=0.197494;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401831;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:6:25:0:0:9:25:0:0 chr4 120158685 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.913;QD=56.1916;RBI=0.0306385;REFB=0;REVB=0.0289064;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0996e-05;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 120214030 . T G 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4358;QD=62.6636;RBI=0.0372715;REFB=0;REVB=0.0173209;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606108;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 120215314 . A G 1144.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.868;QD=60.246;RBI=0.0286156;REFB=0;REVB=0.0249173;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62318e-05;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:44:30:0:0:46:30:0:0 chr4 120216418 . T A,TA,TTA 152.21 PASS AF=0,0.933333,0;AO=2,4,8;DP=18;FAO=0,14,0;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,0;FSAR=0,13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0859857,-0.22536,-0.214759;FXX=0.062461;HRUN=5,0,5;LEN=1,1,2;MLLD=164.498,183.571,175.056;QD=40.5903;RBI=0.086059,0.225798,0.216795;REFB=0.137458,-0.0575243,-0.08985;REVB=0.00355348,-0.0140488,-0.029646;RO=4;SAF=1,0,0;SAR=1,4,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.237547,-0.755207,-0.808488;STB=0.5,0.666367,0.5;STBP=1,0.051,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0633851,-0.000185381,-0.000811434;OID=.,.,.;OPOS=120216418,120216419,120216419;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:18:15:4:1:2,4,8:0,14,0:0,0.933333,0:1,4,8:1,0,0:3:1:0,13,0:0,1,0:1:0 chr4 120239831 . A G 133.15 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0166934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.611;QD=35.5067;RBI=0.0187377;REFB=-0.0447447;REVB=-0.00851086;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00169096;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:2:0:8:5:2:0 chr4 120239878 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.58;QD=53.9111;RBI=0.0141246;REFB=0;REVB=-0.0128672;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180404;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr4 120240238 . T C 464.37 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.918;QD=58.0458;RBI=0.0608945;REFB=0;REVB=0.0371163;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691256;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr4 120241849 . A G 329.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186313;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.778;QD=54.8782;RBI=0.0201174;REFB=0;REVB=-0.00758844;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815256;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 120241902 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.113;QD=58.1421;RBI=0.0537833;REFB=0;REVB=-0.00210157;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15577e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr4 120325630 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.031;QD=53.9111;RBI=0.0439041;REFB=0;REVB=-0.0159707;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14218e-05;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr4 120325654 . GCCCCTG GCCCTG,GCCCTGC 310.52 PASS AF=1,0;AO=22,5;DP=28;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055166,0.0279713;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=18.6607,4.68552;QD=46.0029;RBI=0.0418343,0.0777491;REFB=0,0;REVB=0.041469,-0.0725433;RO=1;SAF=9,0;SAR=13,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0342405,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00208735,0;OID=.,.;OPOS=120325655,120325658;OREF=C,CTG;OALT=-,TGC;OMAPALT=GCCCTG,GCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,5:28:27,0:27:0:9,0:18,0:0:0:4:1:9,0:13,5:0:1 chr4 120325732 . C A,G 737.26 PASS AF=0.938776,0.0408163;AO=45,3;DP=49;FAO=46,2;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21,2;FSAR=25,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126824,-0.0204465;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=248.163,178.415;QD=60.1842;RBI=0.0208604,0.022901;REFB=-0.0163942,-0.0247839;REVB=0.0165623,0.0103149;RO=1;SAF=20,3;SAR=25,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229174,0;STB=0.511623,0.5;STBP=0.313,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000687948,0.222677;OID=.,.;OPOS=120325732,120325732;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:1:1:45,3:46,2:0.938776,0.0408163:25,0:20,3:1:0:25,0:21,2:1:0 chr4 120325820 . T A 559.06 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0118549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.869;QD=39.9326;RBI=0.0165743;REFB=-0.0333333;REVB=0.0115831;RO=10;SAF=34;SAR=12;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722092;STB=0.538606;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0076761;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:10:10:46:46:0.821429:12:34:9:1:12:34:9:1 chr4 120330155 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7013;QD=49.5989;RBI=0.101421;REFB=0;REVB=-0.0979367;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185498;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr4 120330272 . C G 87.69 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.998;QD=38.9735;RBI=0.0354942;REFB=0;REVB=0.0298389;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734095;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr4 120330448 . GC AA 175.03 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272598;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.98;QD=43.7578;RBI=0.0667841;REFB=-0.0563564;REVB=0.0609674;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=mnp;VARB=0.00345694;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:0:1:4:11:0:1 chr4 120330539 . G A 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172822;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8168;QD=48.8432;RBI=0.0905989;REFB=0;REVB=0.0889353;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419089;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:16:16:1:6:10:1:0:6:10:0:0 chr4 120423729 . T C 598.22 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553001;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=61.3563;RBI=0.104122;REFB=0;REVB=0.0882233;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572656;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr4 120474859 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.816;QD=58.0608;RBI=0.0548404;REFB=0;REVB=0.0146968;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016089;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr4 120528327 . G A 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.154;QD=53.3634;RBI=0.0291133;REFB=-0.032631;REVB=0.0215731;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000473708;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:0:1 chr4 120868354 . C T 272.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.872;QD=51.9743;RBI=0.0490658;REFB=0;REVB=0.0438941;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019243;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr4 121774616 . T G 565.36 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0574021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.109;QD=43.4889;RBI=0.0575364;REFB=0.0404362;REVB=-0.00392887;RO=7;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301548;STB=0.516122;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00640189;OID=.;OPOS=121774616;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:27:18:2:5:27:18:2:5 chr4 121957051 . C T 2102.62 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.445;QD=62.7647;RBI=0.0550452;REFB=0;REVB=-0.0540145;RO=0;SAF=81;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79855e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:53:81:0:0:53:81:0:0 chr4 121957734 . T C 631.91 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.547;QD=61.6497;RBI=0.0307612;REFB=0;REVB=0.030696;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111565;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr4 121958091 . T G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.104;QD=52.1517;RBI=0.0792142;REFB=-0.0651539;REVB=0.0407739;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00093295;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr4 121958187 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000635141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.415;QD=58.5874;RBI=0.00559898;REFB=0;REVB=0.00556284;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6571e-05;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr4 121958697 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.308;QD=48.7365;RBI=0.0458155;REFB=0;REVB=0.00386425;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310534;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 121966807 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.871;QD=58.1421;RBI=0.0289368;REFB=0;REVB=0.0246751;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71475e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr4 122137662 . T A,G 309.29 PASS AF=0.208333,0.791667;AO=6,15;DP=23;FAO=5,19;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5,6;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143125,0.00540375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.569,86.8513;QD=51.5479;RBI=0.0143593,0.0494378;REFB=0,0;REVB=-0.0011582,0.0491416;RO=0;SAF=3,6;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0200924,-0.00264653;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:23:24:0:0:6,15:5,19:0.208333,0.791667:3,9:3,6:0:0:0,13:5,6:0:0 chr4 122250733 . C CG 885.13 PASS AF=1;AO=13;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765275;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.7868;QD=56.1985;RBI=0.0950532;REFB=0;REVB=0.0563795;RO=48;SAF=10;SAR=3;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00198494;OID=.;OPOS=122250734;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:63:63:63:0:35:28:0:0:5:48:10:3:25:23 chr4 122250734 . A G 583.47 PASS AF=0.777778;AO=48;DP=62;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0496706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7044;QD=37.0458;RBI=0.0602374;REFB=-0.161989;REVB=0.0340789;RO=14;SAF=25;SAR=23;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817412;STB=0.545436;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0441537;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:62:63:14:14:48:49:0.777778:23:25:10:4:24:25:10:4 chr4 122254119 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1148;QD=57.1751;RBI=0.0864297;REFB=0;REVB=-0.0290635;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056813;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 122683007 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.161;QD=57.1774;RBI=0.0365622;REFB=0;REVB=-0.0324358;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115186;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr4 122687238 . A G 53.49 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.012229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.342;QD=2.64141;RBI=0.0307943;REFB=-0.00369355;REVB=-0.028262;RO=70;SAF=5;SAR=6;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906775;STB=0.563643;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0416869;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:6:5:37:33:6:5:37:33 chr4 122687491 . G C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7041;QD=59.6784;RBI=0.0260833;REFB=0;REVB=-0.0127804;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315179;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr4 122735142 . A G 622.18 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00309842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.49;QD=48.7981;RBI=0.0354253;REFB=0.0201728;REVB=0.0352895;RO=4;SAF=25;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695121;STB=0.537021;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000523539;OID=.;OPOS=122735142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:22:25:4:0:22:25:4:0 chr4 122737965 . G C 321.22 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0135909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8168;QD=41.4475;RBI=0.0421898;REFB=-0.0841106;REVB=0.0399408;RO=5;SAF=6;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206751;STB=0.613402;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0190762;OID=.;OPOS=122737965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:25:26:0.83871:19:6:4:1:20:6:4:1 chr4 122741807 . C T 419.87 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.012521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.199;QD=49.3966;RBI=0.0125455;REFB=-0.0501693;REVB=-0.000782937;RO=3;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536801;STB=0.525675;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00223982;OID=.;OPOS=122741807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:3:3:30:31:0.911765:19:11:2:1:19:12:2:1 chr4 122742217 . T C 854.33 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0896;QD=56.0216;RBI=0.0689224;REFB=-0.0839333;REVB=0.0341247;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00141743;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:21:37:0:1:22:38:0:1 chr4 122824052 . C T 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0195604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.036;QD=2.34407;RBI=0.0285751;REFB=0.00113607;REVB=0.0208309;RO=63;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207072;STB=0.649389;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00922046;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:73:63:64:9:9:0.123288:4:5:45:18:4:5:46:18 chr4 122872719 . G A 54.44 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282893;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.985;QD=36.2957;RBI=0.0282893;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289363;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr4 123246852 . AGAAG A 163.92 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00781203;FXX=0.173837;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.323;QD=34.5103;RBI=0.0116554;REFB=-0.0450136;REVB=-0.00864991;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.546039;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.0117059;OID=.;OPOS=123246853;OREF=GAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:14:21:15:19:4:8:7:3:1:24:4:7:7:3:1 chr4 123280860 . T C 240.27 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0079332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.553;QD=43.6859;RBI=0.0186233;REFB=-0.00606671;REVB=0.0168491;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000250899;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:2:0:11:9:2:0 chr4 123536963 . G A 868.88 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.527;QD=57.9256;RBI=0.0295413;REFB=0;REVB=0.0241598;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02476e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:55:60:1:34:21:0:0:37:23:0:0 chr4 123664204 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0346045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.659;QD=25.467;RBI=0.0369407;REFB=-0.0026538;REVB=-0.0129284;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000391502;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:0:3:5:4:0:3 chr4 123664445 . C T 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00851122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2164;QD=35.1211;RBI=0.011854;REFB=0.0205069;REVB=0.0082508;RO=8;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621293;STB=0.533871;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00266327;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:9:15:6:2:9:15:6:2 chr4 123665991 . C G 577.83 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0211052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.051;QD=48.1522;RBI=0.0214076;REFB=0.0193638;REVB=0.00358528;RO=7;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773037;STB=0.541381;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00177459;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:41:41:0.854167:24:17:1:6:24:17:1:6 chr4 123838758 . A G 951.81 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.736;QD=58.5726;RBI=0.0354573;REFB=0;REVB=0.0246205;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37352e-07;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr4 123949556 . G A 169.64 PASS AF=0.9375;AO=12;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0023607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.632;QD=42.4093;RBI=0.0103661;REFB=-0.211036;REVB=-0.0100938;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00279412;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:16:16:1:1:12:15:0.9375:8:4:0:1:8:7:0:1 chr4 124323738 . T C 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00977505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.198;QD=36.8927;RBI=0.0130343;REFB=-0.0062442;REVB=0.00862213;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180146;STB=0.59985;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000655198;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:10:4:2:0:10:4:2:0 chr4 124324242 . CCTT C 310.75 PASS AF=0.767442;AO=31;DP=49;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0106875;FXX=0.122424;HRUN=2;LEN=3;MLLD=279.641;QD=28.9068;RBI=0.0160249;REFB=-0.0580427;REVB=0.0119404;RO=10;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186459;STB=0.590018;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0117521;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.767442:31:49:33:43:10:16:17:1:9:43:10:16:15:1:9 chr4 125590478 . T C 74.08 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.035008;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.427;QD=4.17337;RBI=0.0350451;REFB=-0.0131954;REVB=-0.00161274;RO=58;SAF=4;SAR=9;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205217;STB=0.63532;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0401277;OID=.;OPOS=125590478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:72:71:58:58:13:13:0.183099:9:4:27:31:9:4:27:31 chr4 125591687 . A G 751.47 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111404;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.219;QD=63.9548;RBI=0.112329;REFB=0;REVB=0.0143904;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120098;OID=.;OPOS=125591687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr4 125592065 . C A 760.04 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.298404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5667;QD=57.3613;RBI=0.298888;REFB=0;REVB=0.0169938;RO=0;SAF=3;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169762;OID=.;OPOS=125592065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:41:53:1:38:3:0:0:36:17:0:0 chr4 125592440 . T C 413.3 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0424444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.287;QD=41.3303;RBI=0.0436623;REFB=-0.0304788;REVB=0.0102408;RO=8;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173367;STB=0.593691;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00148774;OID=.;OPOS=125592440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:32:32:0.8:13:19:1:7:13:19:1:7 chr4 126240510 . T C 548.85 PASS AF=0.849057;AO=44;DP=52;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0318865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.838;QD=41.4224;RBI=0.0327765;REFB=0.00220224;REVB=0.00758597;RO=8;SAF=16;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041745;STB=0.523455;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00148283;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:8:8:44:45:0.849057:28:16:4:4:29:16:4:4 chr4 126241335 . C G 533.91 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0185226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.576;QD=49.6657;RBI=0.0187928;REFB=-0.0711119;REVB=-0.00317549;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216885;STB=0.511622;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00436776;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:19:19:2:3:19:19:2:3 chr4 126241871 . C T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.057;QD=32.822;RBI=0.0352751;REFB=-0.024846;REVB=-0.0210725;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00170612;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr4 126329789 . T C 1004.63 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355876;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.618;QD=58.2396;RBI=0.0350336;REFB=-0.135086;REVB=0.0348524;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272957;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:69:1:0:68:69:1:40:28:0:1:41:28:0:0 chr4 126336703 . T C 740.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.314;QD=56.9975;RBI=0.0259977;REFB=0;REVB=0.0184287;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05734e-05;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:34:18:0:0 chr4 126369872 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.338;QD=58.239;RBI=0.0130357;REFB=0;REVB=-0.0024723;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18809e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr4 126370647 . G A 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0495864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.337;QD=37.4168;RBI=0.0498736;REFB=0.017184;REVB=-0.00534523;RO=4;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255889;STB=0.514004;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0025433;OID=.;OPOS=126370647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:11:8:2:2:11:8:2:2 chr4 126372742 . G A 62.72 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00581279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.544;QD=8.09254;RBI=0.0137681;REFB=-0.00168738;REVB=0.0124809;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.592398;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0038879;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:15:6:4:5:15:7 chr4 126373789 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.755;QD=63.5826;RBI=0.0180099;REFB=0;REVB=-0.00789178;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94374e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr4 126412575 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0603;QD=48.7364;RBI=0.0308642;REFB=0;REVB=-0.00159884;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111643;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr4 128565000 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.098;QD=50.4131;RBI=0.0163444;REFB=0;REVB=0.00371551;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102904;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr4 128584580 . G A 327.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548982;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.799;QD=54.5637;RBI=0.0435541;REFB=0;REVB=0.0432067;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172289;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr4 128689936 . A G 622.79 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.556;QD=57.9337;RBI=0.0198516;REFB=-0.0454035;REVB=0.00094361;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00058719;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:22:19:0:0:22:20:1:0 chr4 128723042 . T C 976.31 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0710133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8108;QD=57.4301;RBI=0.088789;REFB=-0.091331;REVB=0.0532972;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00915934;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr4 128807219 . T A 508.42 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.72;QD=56.4912;RBI=0.0317687;REFB=-0.269037;REVB=0.0289033;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00109631;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:23:12:1:0:23:12:1:0 chr4 128814964 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2399;QD=52.6132;RBI=0.00882725;REFB=0;REVB=-0.00820732;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120857;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr4 129012181 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.223;QD=60.2303;RBI=0.0194637;REFB=0;REVB=8.53452e-05;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99614e-05;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr4 129012637 . CA CG,TG 675.73 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609642,0.0109655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=75.0718,90.331;QD=61.4299;RBI=0.0662009,0.0197369;REFB=0,0;REVB=0.0258054,-0.0164104;RO=0;SAF=18,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-7.93503e-05,0.0192386;OID=.,.;OPOS=129012638,129012637;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:24,0:18,2:0:0:24,0:18,2:0:0 chr4 129029009 . G GA 180.53 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104539;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.13256;QD=24.9007;RBI=0.155045;REFB=-0.0389575;REVB=-0.114502;RO=3;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00117931;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:29:29:0:16:13:0:0:3:3:14:11:2:1 chr4 129043204 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.408;QD=63.8716;RBI=0.08377;REFB=0;REVB=0.0239643;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013328;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr4 129043286 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.807;QD=60.9784;RBI=0.0155743;REFB=0;REVB=-0.00313809;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85974e-05;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr4 129043614 . G T 61.62 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.32;QD=35.2094;RBI=0.142983;REFB=0;REVB=0.0821399;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761286;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr4 129043617 . T G 57.21 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113829;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=214.819;QD=28.6069;RBI=0.0291092;REFB=-0.011743;REVB=0.0267913;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=5.04863e-05;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr4 129100643 . G A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3815;QD=57.1741;RBI=0.0168801;REFB=0;REVB=0.0101897;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20243e-05;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 129677184 . C A 460.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.803;QD=57.5975;RBI=0.0497151;REFB=0;REVB=0.0414534;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532855;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:12:20:0:0 chr4 129677239 . T C 288.37 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.461;QD=52.4312;RBI=0.142095;REFB=0;REVB=0.0400922;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293625;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:11:5:0:0:11:11:0:0 chr4 129867280 . T A 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0407873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.987;QD=45.3488;RBI=0.0480389;REFB=-0.0270601;REVB=0.0253798;RO=4;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884659;STB=0.547586;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00196266;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:19:9:0:4:19:9:0:4 chr4 129924977 . C A 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2882;QD=62.0185;RBI=0.0660748;REFB=0;REVB=-0.0199818;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127215;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr4 129964616 . T TA 59.87 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0195193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.89673;QD=10.8856;RBI=0.180373;REFB=-0.145892;REVB=0.179314;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284972;STB=0.519972;STBP=0.86;TYPE=ins;VARB=0.159163;OID=.;OPOS=129964617;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:14:25:14:22:8:8:6:5:3:28:11:10:4:4:7 chr4 130030652 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.561;QD=58.5845;RBI=0.0600613;REFB=0;REVB=0.049414;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510541;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr4 132641497 . G GA 793.77 PASS AF=0.853333;AO=15;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0395751;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.573;QD=42.3343;RBI=0.042866;REFB=-0.035298;REVB=0.0164715;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113207;STB=0.545249;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0139121;OID=.;OPOS=132641498;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.853333:15:75:64:75:11:27:37:8:3:56:53:6:9:26:27 chr4 132641498 . T A 480.98 PASS AF=0.625;AO=43;DP=70;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00641778;FXX=0.0399947;HRUN=7;LEN=1;MLLD=204.539;QD=26.721;RBI=0.0102554;REFB=-0.00571425;REVB=0.00799912;RO=27;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544642;STB=0.519472;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00247857;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:27:27:43:45:0.625:24:19:14:13:24:21:14:13 chr4 133367588 . T C 601.2 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00574371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.505;QD=58.6532;RBI=0.0536621;REFB=-0.155508;REVB=0.0533539;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0022875;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:0:1 chr4 134072264 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.819;QD=43.486;RBI=0.0315306;REFB=0;REVB=-0.00641559;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012492;OID=.;OPOS=134072264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr4 134076153 . T C 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025278;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.333;QD=59.4596;RBI=0.0257533;REFB=0;REVB=-0.0049252;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106522;OID=.;OPOS=134076153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr4 134082967 . T C,G 3807.38 PASS AF=0.956,0.044;AO=236,12;DP=248;FAO=239,11;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=116,8;FSAR=123,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193188,-0.0193221;FXX=0.0118572;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.664,114.303;QD=60.918;RBI=0.0747557,0.0441211;REFB=0,0;REVB=0.0722163,0.0396652;RO=0;SAF=113,10;SAR=123,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.10131e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00131003,0.0308321;OID=.,.;OPOS=134082967,134082967;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:248:250:0:0:236,12:239,11:0.956,0.044:123,2:113,10:0:0:123,3:116,8:0:0 chr4 134085017 . A T 32.38 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.110747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.447;QD=4.98087;RBI=0.113256;REFB=-0.00949039;REVB=0.0237034;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.821752;STB=0.917421;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0588275;OID=.;OPOS=134085017;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:24:26:19:20:5:6:0.230769:5:0:17:2:5:1:17:3 chr4 134710268 . G A 55.94 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0286059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.695;QD=4.22213;RBI=0.0289282;REFB=0.0033746;REVB=-0.00430601;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2517;STB=0.673117;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0228278;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:53:43:44:9:9:0.169811:5:4:28:15:5:4:29:15 chr4 138449683 . A G 889.16 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0624236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.289;QD=56.4544;RBI=0.0631779;REFB=-0.16335;REVB=0.00973334;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.512816;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0008902;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:19:43:0:0:19:43:0:1 chr4 139100372 . C T 386.09 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.294;QD=55.1558;RBI=0.0184546;REFB=0;REVB=0.0165709;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617796;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr4 139135799 . T C 2836.72 PASS AF=0.813688;AO=213;DP=270;FAO=214;FDP=263;FR=.;FRO=49;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=5;FSRR=44;FWDB=0.0293121;FXX=0.033087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.987;QD=43.144;RBI=0.0305249;REFB=-0.0268617;REVB=0.00851876;RO=49;SAF=100;SAR=113;SRF=5;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131485;STB=0.569672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00532105;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:263:49:49:213:214:0.813688:113:100:5:44:113:101:5:44 chr4 140005294 . A G 803.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7385;QD=64.2797;RBI=0.0488472;REFB=0;REVB=-0.0474718;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706377;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr4 140058849 . A T 188.23 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00536468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.535;QD=37.6464;RBI=0.00826292;REFB=0.106893;REVB=-0.0062846;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222221;STB=0.512181;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00564696;OID=.;OPOS=140058849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:1:2:10:7:1:2 chr4 140310520 . T C 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00609832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.872;QD=3.51285;RBI=0.0124877;REFB=-0.0028929;REVB=-0.0108974;RO=53;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291844;STB=0.694763;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.031379;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:6:4:34:19:6:4:34:19 chr4 140417671 . G C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.973;QD=54.4806;RBI=0.0234205;REFB=-0.135507;REVB=-0.00225437;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00338046;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr4 140606425 . G A 78.43 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0070599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1669;QD=6.53609;RBI=0.0579511;REFB=-0.0132494;REVB=0.0575195;RO=36;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317581;STB=0.509417;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0477011;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:2:9:30:6:2:9:30:7 chr4 140606447 . G T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0213038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.941;QD=3.24566;RBI=0.0390765;REFB=-0.00619863;REVB=0.0327585;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653034;STB=0.547776;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0334346;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:1:5:28:7:1:5:28:7 chr4 140640703 . G T 67.13 PASS AF=0.217391;AO=8;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00281517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.169;QD=5.83725;RBI=0.0329814;REFB=-0.0233439;REVB=-0.032861;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723403;STB=0.565089;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.069723;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:46:46:23:36:8:10:0.217391:3:5:13:10:5:5:15:21 chr4 140810334 . T C 490.15 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00495985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.11;QD=56.0174;RBI=0.00856268;REFB=-0.0071367;REVB=-0.00697993;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=6.05936e-06;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr4 140810637 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.547;QD=44.689;RBI=0.0593211;REFB=0;REVB=0.0409881;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156948;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr4 140811135 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.295;QD=33.4285;RBI=0.0706626;REFB=0;REVB=0.0706626;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183388;OID=.;OPOS=140811135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 141264871 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0357366;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.419;QD=21.0139;RBI=0.0363541;REFB=-0.0142386;REVB=0.00667182;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834624;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr4 141317068 . G A 915.49 PASS AF=0.831325;AO=58;DP=83;FAO=69;FDP=83;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0324386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7006;QD=44.1201;RBI=0.0493986;REFB=0.00847101;REVB=0.0372553;RO=14;SAF=26;SAR=32;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189546;STB=0.501222;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0017121;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:14:14:58:69:0.831325:32:26:7:7:35:34:7:7 chr4 141364579 . CTTAT C 164.21 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0038683;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=4;MLLD=292.655;QD=28.5576;RBI=0.0151013;REFB=-0.00196573;REVB=0.0145974;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130661;STB=0.521715;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.000478665;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609:18:22:18:23:5:9:9:3:2:25:3:9:9:3:0 chr4 141499166 . G A 329.71 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00113407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.299;QD=37.6808;RBI=0.0162281;REFB=-0.0110085;REVB=0.0161884;RO=8;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142668;STB=0.576872;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00382927;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:22:5:0:8:22:5:0:8 chr4 141543997 . G A 64.98 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.045644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.472;QD=4.90415;RBI=0.0604624;REFB=-0.00344586;REVB=-0.0396527;RO=42;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510629;STB=0.844264;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0346423;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:42:43:10:10:0.188679:9:1:19:23:9:1:19:24 chr4 141600320 . A G 414.59 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6899;QD=55.279;RBI=0.0430385;REFB=0;REVB=0.0414998;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486877;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr4 142143531 . TA T 47.5 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.13766;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.59382;QD=8.63638;RBI=0.141268;REFB=-0.124716;REVB=-0.0317243;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.571317;STBP=0.47;TYPE=del;VARB=0.132816;OID=.;OPOS=142143532;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:11:22:13:22:9:5:8:5:4:27:9:5:6:5:4 chr4 142640637 . A G 1038.48 PASS AF=0.924051;AO=74;DP=80;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0245705;FXX=0.0124984;HRUN=8;LEN=1;MLLD=242.54;QD=52.5812;RBI=0.0246195;REFB=-0.0761728;REVB=-0.00155352;RO=6;SAF=29;SAR=45;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159858;STB=0.509307;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000383258;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:79:6:6:74:73:0.924051:45:29:3:3:45:28:3:3 chr4 143235865 . C G 129.31 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.00234561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.282;QD=4.7021;RBI=0.0148422;REFB=0.00580145;REVB=-0.0146557;RO=88;SAF=20;SAR=2;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633499;STB=0.902519;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0203029;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:88:88:22:22:0.2:2:20:37:51:2:20:37:51 chr4 143268702 . A G 118.65 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0191722;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.799;QD=5.04895;RBI=0.0280033;REFB=0.000173662;REVB=-0.0204111;RO=75;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426962;STB=0.526999;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000459105;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:75:75:19:19:0.202128:9:10:42:33:9:10:42:33 chr4 144135718 . G A 286.22 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.02455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4084;QD=30.9427;RBI=0.0407464;REFB=-0.0418658;REVB=-0.0325202;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998667;STB=0.533451;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0295782;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:13:12:24:25:0.675676:11:13:5:8:12:13:5:7 chr4 144442611 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.833;QD=37.4885;RBI=0.020361;REFB=0;REVB=0.000997828;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346398;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr4 144442735 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6859;QD=44.689;RBI=0.0838553;REFB=0;REVB=0.0613535;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163666;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr4 144467104 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.905;QD=54.5177;RBI=0.0473288;REFB=0;REVB=-0.0189069;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87885e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr4 144507034 . G A 702.28 PASS AF=0.77027;AO=57;DP=74;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00465863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.277;QD=37.9611;RBI=0.0354977;REFB=-0.00550348;REVB=0.0351907;RO=17;SAF=33;SAR=24;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408124;STB=0.502189;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00189539;OID=.;OPOS=144507034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:17:57:57:0.77027:24:33:10:7:24:33:10:7 chr4 144618610 . G C 871.04 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864975;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.229;QD=58.0693;RBI=0.0241356;REFB=0;REVB=-0.0225324;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14343e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr4 144619056 . G C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00983626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.216;QD=2.7073;RBI=0.0644732;REFB=-0.000998624;REVB=-0.0637185;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180126;STB=0.645389;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0083395;OID=.;OPOS=144619056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:40:42:6:6:0.125:3:3:14:26:3:3:14:28 chr4 144801662 . C G,T 735.38 PASS AF=0.0754717,0.924528;AO=4,48;DP=54;FAO=4,49;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697632,0.0135821;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.442,47.0946;QD=55.5006;RBI=0.0610199,0.0198731;REFB=0,0;REVB=-0.0606198,-0.0145075;RO=0;SAF=3,21;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.023243,0.000988775;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:54:53:0:0:4,48:4,49:0.0754717,0.924528:1,27:3,21:0:0:1,28:3,21:0:0 chr4 145041686 . A G 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0656;QD=59.421;RBI=0.0105358;REFB=0;REVB=0.00725803;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25691e-06;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr4 145041741 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.53;QD=59.435;RBI=0.0598188;REFB=0;REVB=-0.0107004;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018798;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 146048735 . G C 530.36 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0342516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.252;QD=39.2857;RBI=0.0405645;REFB=-0.000418288;REVB=-0.0217326;RO=10;SAF=12;SAR=32;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537801;STB=0.528912;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000197338;OID=.;OPOS=146048735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:10:10:44:44:0.814815:32:12:4:6:32:12:4:6 chr4 146054799 . G C 66.16 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00666989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7049;QD=5.08898;RBI=0.0152322;REFB=0.00468243;REVB=0.0136942;RO=42;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117553;STB=0.576773;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0131625;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:5:5:17:25:5:5:17:25 chr4 147561195 . T A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00468357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.785;QD=16.3855;RBI=0.0259599;REFB=-0.0114082;REVB=0.0255339;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.631235;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0109754;OID=.;OPOS=147561195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:2:6:8:1:2:6 chr4 147788709 . C T 1201.88 PASS AF=0.729323;AO=96;DP=132;FAO=97;FDP=133;FR=.;FRO=36;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00070895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.709;QD=36.1466;RBI=0.00680526;REFB=-0.0024199;REVB=0.00676824;RO=36;SAF=52;SAR=44;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354984;STB=0.517329;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00095743;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:36:36:96:97:0.729323:44:52:17:19:45:52:17:19 chr4 147824864 . G A 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0137813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9475;QD=38.3354;RBI=0.0297444;REFB=-0.0228973;REVB=-0.0263591;RO=5;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105368;STB=0.557567;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00343214;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:15:7:3:2:15:7:3:2 chr4 148461037 . T C 646.64 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0932927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.412;QD=41.0564;RBI=0.104181;REFB=-0.0592183;REVB=0.046369;RO=11;SAF=19;SAR=33;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310604;STB=0.516628;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0135246;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:11:11:52:52:0.825397:33:19:5:6:33:19:5:6 chr4 148461073 . G A 599.5 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0142975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.043;QD=39.9665;RBI=0.0147146;REFB=-0.0148219;REVB=0.00347855;RO=11;SAF=14;SAR=35;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683878;STB=0.536708;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00327515;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:11:11:49:49:0.816667:35:14:5:6:35:14:5:6 chr4 148944467 . A G 837.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356272;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.074;QD=57.7318;RBI=0.0356597;REFB=0;REVB=-0.00152028;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136893;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr4 149000024 . C T 626.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.068;QD=61.1426;RBI=0.0401839;REFB=0;REVB=-0.0030798;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67383e-05;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:25:13:0:0:25:16:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA 234.19 PASS AF=0.903226,0,0.0645161;AO=21,2,3;DP=32;FAO=28,0,2;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0,0;FSAR=14,0,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010507,-0.0453901,-0.0661274;FXX=0.0312402;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.7615,9.36971,12.0964;QD=30.2178;RBI=0.20179,0.138067,0.0861111;REFB=0.11052,0.172664,0.130901;REVB=0.201516,0.130393,0.0551568;RO=5;SAF=10,2,0;SAR=11,0,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0269129,0.64233,-0.658479;STB=0.517229,0.5,0.993266;STBP=0.505,1,0.232;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0172724,0,0.0314149;OID=.,.,.;OPOS=149002017,149002023,149002016;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:32:31:5:1:21,2,3:28,0,2:0.903226,0,0.0645161:11,0,3:10,2,0:2:3:14,0,2:14,0,0:1:0 chr4 149356516 . A G 888.81 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855288;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.189;QD=58.2829;RBI=0.0166711;REFB=0;REVB=-0.0143099;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018926;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr4 149357475 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.688;QD=48.7372;RBI=0.118637;REFB=0;REVB=0.118324;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115052;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr4 149358014 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.461;QD=45.8068;RBI=0.0267829;REFB=0;REVB=0.0236611;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338592;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr4 151000257 . GGC G,GG 87.28 PASS AF=0.6875,0;AO=4,5;DP=16;FAO=11,0;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.256062,-0.108128;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=31.7178,14.665;QD=21.8193;RBI=0.25625,0.122493;REFB=-0.0646093,-0.0452958;REVB=-0.00982559,0.0575578;RO=6;SAF=1,5;SAR=3,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0.509542,0;SSEP=0,0.375;SSSB=0.113038,0.791225;STB=0.726859,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,del;VARB=0.0541528,0;OID=.,.;OPOS=151000258,151000259;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875,0:4,5:16:11,0:16:5:8,0:3,0:0:5:29:6:1,5:3,0:1:5 chr4 151177340 . CC TG 114.49 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=300.931;QD=41.6339;RBI=0.015781;REFB=0;REVB=0.015781;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.64735e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:10:0:0:0:11:0:0:0 chr4 151505322 . T A 501.28 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0655213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.255;QD=44.5585;RBI=0.0785871;REFB=0.00372899;REVB=-0.0433923;RO=8;SAF=12;SAR=25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283221;STB=0.515227;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00139545;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:25:12:2:6:25:12:2:6 chr4 151773593 . G C 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0269153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6151;QD=7.32035;RBI=0.0465881;REFB=0.00471669;REVB=-0.0380266;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.74925;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.018806;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:10:4:4:2:10:4 chr4 151792589 . T G 231.21 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.548;QD=48.6761;RBI=0.0105952;REFB=0;REVB=0.00176717;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969952;OID=.;OPOS=151792589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr4 151829824 . T C 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00337023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.012;QD=3.55393;RBI=0.00382743;REFB=-0.00509591;REVB=-0.00181404;RO=49;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278776;STB=0.696497;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0275992;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:2:7:28:21:2:7:28:21 chr4 152041502 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.126;QD=46.848;RBI=0.044776;REFB=0;REVB=-0.0330089;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10967e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr4 152070633 . T A 788.16 PASS AF=0.768293;AO=63;DP=82;FAO=63;FDP=82;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00440425;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.162;QD=38.4468;RBI=0.00464562;REFB=-0.0276159;REVB=0.00147796;RO=19;SAF=33;SAR=30;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115951;STB=0.562042;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00770142;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:19:19:63:63:0.768293:30:33:15:4:30:33:15:4 chr4 153564305 . G A 34.92 PASS AF=0.2;AO=7;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0956215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5711;QD=4.65624;RBI=0.0956602;REFB=-1.09612e-05;REVB=0.00272221;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109374;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00409131;OID=.;OPOS=153564305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:7:6:0.2:4:3:12:11:4:2:13:11 chr4 153896358 . C T 960.48 PASS AF=0.747664;AO=80;DP=107;FAO=80;FDP=107;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0231223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.691;QD=35.9057;RBI=0.0258861;REFB=-0.0157095;REVB=0.0116382;RO=27;SAF=30;SAR=50;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210705;STB=0.511275;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00425777;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:27:27:80:80:0.747664:50:30:9:18:50:30:9:18 chr4 153897770 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.011324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.318;QD=21.0155;RBI=0.0163421;REFB=-0.0225781;REVB=0.0117827;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0175973;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:8:5:8:8:8:5 chr4 153898178 . A G 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0513589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1928;QD=39.3185;RBI=0.0571039;REFB=-0.0633798;REVB=-0.0249623;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00358133;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:12:1:0:0:12:1:0:1 chr4 154478222 . C T 439.66 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0393248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6938;QD=45.0937;RBI=0.0606085;REFB=-0.0211124;REVB=-0.0461189;RO=6;SAF=19;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763123;STB=0.541038;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00230159;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:14:19:5:1:14:19:5:1 chr4 154479430 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.964;QD=48.626;RBI=0.0188286;REFB=-0.00214451;REVB=-0.0153916;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000184613;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:1:0:9:13:1:0 chr4 154513627 . A G 534.05 PASS AF=0.846154;AO=41;DP=49;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0115754;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.532;QD=41.0805;RBI=0.0255433;REFB=-0.0320725;REVB=0.0227699;RO=8;SAF=19;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270947;STB=0.508925;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00633604;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:49:52:8:8:41:44:0.846154:22:19:3:5:25:19:3:5 chr4 154513722 . C T 504.55 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0576785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.204;QD=38.8114;RBI=0.058323;REFB=0.0103689;REVB=0.00864683;RO=10;SAF=15;SAR=27;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166012;STB=0.508924;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00107065;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:10:10:42:42:0.807692:27:15:4:6:27:15:4:6 chr4 154514965 . T C 516.86 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00172852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.827;QD=39.0086;RBI=0.00349342;REFB=-0.0387272;REVB=0.00303582;RO=10;SAF=25;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292024;STB=0.515688;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0133829;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:18:25:5:5:18:25:5:5 chr4 154631543 . A T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.635;QD=62.9809;RBI=0.0220344;REFB=0;REVB=-0.0102544;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41322e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 154631563 . T C 644.43 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0113261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.503;QD=52.6061;RBI=0.0222562;REFB=0.00451446;REVB=0.0191588;RO=5;SAF=19;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325612;STB=0.517396;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000490249;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:25:19:3:2:25:19:3:2 chr4 154709856 . A C 362.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105457;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.944;QD=55.7333;RBI=0.0220614;REFB=0;REVB=0.0193776;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025756;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr4 155156207 . G A 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00284913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.516;QD=45.1799;RBI=0.0102847;REFB=-0.043459;REVB=-0.00988214;RO=6;SAF=26;SAR=20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969432;STB=0.551702;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00197904;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:20:26:6:0:20:26:6:0 chr4 155157015 . T C 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0263435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.275;QD=2.75781;RBI=0.033612;REFB=-0.00584797;REVB=-0.0208754;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236363;STB=0.675159;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0539847;OID=.;OPOS=155157015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:5:2:23:25:5:2:23:25 chr4 155241572 . G A 718.4 PASS AF=0.814286;AO=57;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0121576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.975;QD=41.0512;RBI=0.0122421;REFB=-0.0339222;REVB=0.00143629;RO=13;SAF=23;SAR=34;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101879;STB=0.554517;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00575017;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:13:13:57:57:0.814286:34:23:9:4:34:23:9:4 chr4 155243573 . C T 788.83 PASS AF=0.869565;AO=60;DP=69;FAO=60;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0175542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4019;QD=45.7293;RBI=0.0250668;REFB=-0.025604;REVB=-0.017894;RO=9;SAF=21;SAR=39;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110836;STB=0.55912;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00210908;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:9:9:60:60:0.869565:39:21:7:2:39:21:7:2 chr4 155243604 . T C 609.93 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00921759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.448;QD=42.0642;RBI=0.00994375;REFB=-0.000355612;REVB=0.00373017;RO=9;SAF=18;SAR=31;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908634;STB=0.548652;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000186884;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:9:9:49:49:0.844828:31:18:6:3:31:18:6:3 chr4 155244475 . G T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0453497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.016;QD=20.8979;RBI=0.0463658;REFB=-0.0117373;REVB=0.00965338;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00627513;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:1:3:3:5:1:3 chr4 155256177 . A G 494.7 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0405283;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.738;QD=46.0184;RBI=0.041457;REFB=-0.0884775;REVB=0.00872552;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216076;STB=0.511621;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00797367;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:43:43:7:7:36:36:0.837209:18:18:3:4:18:18:3:4 chr4 155256205 . G A 660.39 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.048;QD=61.4317;RBI=0.0630419;REFB=0;REVB=0.0485642;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302802;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:21:19:0:0:23:20:0:0 chr4 155407680 . A G 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2355;QD=47.8138;RBI=0.0427751;REFB=0;REVB=0.0283567;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226657;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr4 155410822 . G A 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.14;QD=59.8449;RBI=0.0133577;REFB=0;REVB=0.0131802;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87354e-05;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr4 155411065 . T C 1032.96 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972326;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.192;QD=59.8819;RBI=0.0291526;REFB=0;REVB=-0.0274834;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35388e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr4 155411104 . A C 1091.73 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00716074;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2963;QD=59.0122;RBI=0.0125177;REFB=-0.160584;REVB=0.0102672;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00659098;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:0:1:36:37:0:1 chr4 155459194 . A T 485.25 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0188054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.525;QD=37.3272;RBI=0.0190773;REFB=-0.017531;REVB=0.00320904;RO=11;SAF=25;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110108;STB=0.505926;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0050094;OID=.;OPOS=155459194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:16:25:7:4:16:25:7:4 chr4 155461113 . T C 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0161576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.767;QD=49.4975;RBI=0.023653;REFB=-0.0546635;REVB=0.0172742;RO=3;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797785;STB=0.54283;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00557823;OID=.;OPOS=155461113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:16:15:0:3:16:15:0:3 chr4 155488821 . C T 33.65 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0232366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.233;QD=3.54253;RBI=0.0447219;REFB=0.00338011;REVB=-0.0382113;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309522;STB=0.711191;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0249228;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:30:32:6:6:0.157895:4:2:18:12:4:2:19:13 chr4 155490832 . C T 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00437938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.965;QD=2.37877;RBI=0.0179864;REFB=-0.00241821;REVB=-0.0174451;RO=58;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389508;STB=0.781939;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0346899;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:6:2:34:24:6:2:34:24 chr4 155491759 . G A 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0278753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8174;QD=1.82119;RBI=0.0420078;REFB=-0.000108274;REVB=0.0314264;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210993;STB=0.660858;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00608767;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:3:4:24:38:3:4:24:38 chr4 155719189 . T G 84.29 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00846494;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.475;QD=4.74885;RBI=0.022198;REFB=-0.00426612;REVB=0.0205206;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507032;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0166786;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:72:71:56:57:14:14:0.197183:7:7:28:28:7:7:28:29 chr4 155720274 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.661;QD=53.9112;RBI=0.00221185;REFB=0;REVB=0.00118259;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54805e-06;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr4 155720349 . C A 64.34 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0312224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.274;QD=6.77228;RBI=0.0314857;REFB=-0.00299718;REVB=-0.00406282;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293136;STB=0.56871;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00996815;OID=.;OPOS=155720349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:16:28:9:9:0.236842:5:4:3:13:5:4:15:13 chr4 156135676 . C T 43.48 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00216341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2088;QD=2.44985;RBI=0.0342678;REFB=-0.00274631;REVB=0.0341994;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144153;STB=0.60349;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0139214;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:5:4:35:27:5:4:35:27 chr4 156136027 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00988012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.364;QD=3.33871;RBI=0.0300046;REFB=0.00398316;REVB=0.0283313;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241613;STB=0.674489;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0155629;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:3:3:10:23:3:3:10:24 chr4 156273768 . T C 403.73 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109933;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.015;QD=53.831;RBI=0.0204897;REFB=-0.116061;REVB=0.0172909;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000700511;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr4 156276289 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.595;QD=53.2769;RBI=0.0271783;REFB=0;REVB=0.0219985;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290814;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr4 156276317 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000710688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.187;QD=51.9166;RBI=0.00649222;REFB=0;REVB=0.0064532;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44057e-05;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 156281371 . T C 88.85 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.0164517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.072;QD=3.66402;RBI=0.018635;REFB=-0.00097216;REVB=-0.00875237;RO=81;SAF=11;SAR=5;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128888;STB=0.586143;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00509249;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:16:16:0.164948:5:11:48:33:5:11:48:33 chr4 156289900 . C T 773.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.542;QD=56.2857;RBI=0.0609456;REFB=0;REVB=0.0194887;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102215;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:30:21:0:0:31:24:0:0 chr4 156289917 . G A 517.16 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=44;FAO=32;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0037769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2369;QD=43.0968;RBI=0.0213592;REFB=0.0159386;REVB=0.0210227;RO=8;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230748;STB=0.617574;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000190501;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:44:48:8:8:29:32:0.666667:12:17:0:8:13:19:0:8 chr4 156380807 . T G 921.92 PASS AF=0.771739;AO=71;DP=92;FAO=71;FDP=92;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00112418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.966;QD=40.0836;RBI=0.0109153;REFB=-0.0159775;REVB=-0.0108572;RO=21;SAF=35;SAR=36;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478281;STB=0.525583;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0056777;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:21:21:71:71:0.771739:36:35:8:13:36:35:8:13 chr4 156382707 . T A 508.57 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0111232;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.827;QD=34.4792;RBI=0.0129788;REFB=-0.0539909;REVB=0.00668759;RO=15;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141765;STB=0.576445;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0153287;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:15:15:44:44:0.745763:25:19:11:4:25:19:11:4 chr4 156632391 . A G 528.55 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0193929;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=325.559;QD=52.8549;RBI=0.0247788;REFB=-0.0959431;REVB=0.0154242;RO=3;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104975;STB=0.505615;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000648593;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:22:15:1:2:22:15:1:2 chr4 156706412 . C T 224.24 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0770274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3035;QD=42.7126;RBI=0.0778802;REFB=-0.0152036;REVB=0.0114938;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000648178;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:0:2:9:10:0:2 chr4 156706482 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.095;QD=46.8479;RBI=0.0144848;REFB=0;REVB=-0.0111634;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9633e-05;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr4 156787340 . G A 642.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.483;QD=61.2252;RBI=0.0199769;REFB=0;REVB=-0.0147672;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495296;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr4 156847230 . A G 453.84 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570935;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=38.6048;QD=53.3931;RBI=0.0677698;REFB=-0.0981978;REVB=-0.0365112;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00849637;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:0:31:34:1:17:14:0:1:19:15:0:0 chr4 156847236 . AAG AAA,AA,A 309.71 PASS AF=0.0322581,0,0.967742;AO=8,18,4;DP=31;FAO=1,0,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=1,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138021,-0.00642943,-0.0210263;FXX=0;HRUN=2,2,8;LEN=1,1,2;MLLD=4.21431,9.49808,14.6295;QD=39.9623;RBI=0.0139547,0.0300371,0.0331849;REFB=0,0,0;REVB=-0.0020575,-0.0293409,-0.0256736;RO=0;SAF=3,6,3;SAR=5,12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.46938e-08,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.142787,-0.0018891,0.00242992;OID=.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847237;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0322581,0,0.967742:8,18,4:31:1,0,30:31:0:0,0,12:1,0,18:0:0:4:0:3,6,3:5,12,1:0:0 chr4 157557726 . A G 753.6 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0327;QD=61.5179;RBI=0.0528942;REFB=-0.143213;REVB=-0.0420824;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0029319;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:1:0 chr4 157684248 . T C 549.68 PASS AF=0.886364;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00017322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.054;QD=49.9704;RBI=0.00948611;REFB=-0.0362497;REVB=0.00948452;RO=5;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124285;STB=0.552798;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00332992;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:44:5:5:35:39:0.886364:11:24:1:4:14:25:1:4 chr4 158043559 . C T 116.51 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0451963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8738;QD=6.05226;RBI=0.0526673;REFB=-0.00590383;REVB=-0.0270395;RO=58;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639102;STB=0.532432;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0144592;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:59:18:18:0.233766:9:9:26:32:9:9:27:32 chr4 158065038 . T C 752.8 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.256;QD=64.0682;RBI=0.0629513;REFB=0;REVB=0.00625267;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107507;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:40:47:1:22:18:0:0:22:25:0:0 chr4 158238830 . T C 2622.12 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262892;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.471;QD=62.062;RBI=0.0294628;REFB=0;REVB=0.0133017;RO=0;SAF=105;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17052e-05;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:64:105:0:0:64:105:0:0 chr4 159076826 . C T 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0106045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.756;QD=3.1348;RBI=0.0169558;REFB=0.000196136;REVB=0.0132304;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258793;STB=0.680454;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00144627;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:3:6:24:29:3:6:24:29 chr4 159092633 . A G 58.72 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0194108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1752;QD=2.6691;RBI=0.0364851;REFB=0.00282429;REVB=-0.030893;RO=76;SAF=3;SAR=9;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330037;STB=0.732163;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0343372;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:76:76:12:12:0.136364:9:3:39:37:9:3:39:37 chr4 159601676 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.199;QD=55.6555;RBI=0.0552729;REFB=0;REVB=0.0502604;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707798;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr4 159826773 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.3;QD=47.8224;RBI=0.020694;REFB=0;REVB=0.0161513;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69387e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr4 159894250 . C T 573.17 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0065218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.282;QD=55.9189;RBI=0.0109298;REFB=0.010334;REVB=0.00877079;RO=2;SAF=30;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339175;STB=0.518125;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-4.02925e-06;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:9:30:1:1:9:30:1:1 chr4 159894277 . T C 49.05 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00706735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.106;QD=4.00396;RBI=0.0319883;REFB=-0.00955323;REVB=0.0311978;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443281;STB=0.530312;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.032003;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:27:14:3:5:27:14 chr4 159894305 . T C 727.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.142;QD=63.2612;RBI=0.034368;REFB=0;REVB=0.0268219;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73494e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr4 159894391 . G A 438.2 PASS AF=0.829268;AO=32;DP=41;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0131131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=42.7512;RBI=0.0132581;REFB=-0.00749352;REVB=0.00195569;RO=6;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399218;STB=0.502182;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00115177;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:6:7:32:34:0.829268:17:15:2:4:19:15:3:4 chr4 160159949 . C A,T 546.11 PASS AF=0.64,0.2;AO=33,7;DP=47;FAO=32,10;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=21,1;FSAR=11,9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0105931,0.0224866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.335,128.532;QD=43.6891;RBI=0.0124591,0.0243024;REFB=-0.00654376,-0.00489371;REVB=0.0065585,-0.00921743;RO=7;SAF=21,1;SAR=12,6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0225933,-0.439386;STB=0.533877,0.775174;STBP=0.397,0.047;TYPE=snp,snp;VARB=0.00453628,0.236594;OID=.,.;OPOS=160159949,160159949;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:47:50:7:8:33,7:32,10:0.64,0.2:12,6:21,1:4:3:11,9:21,1:4:4 chr4 160428588 . G A 429.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.961;QD=57.2413;RBI=0.0407192;REFB=0;REVB=0.0406827;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113733;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr4 162307060 . G T 1208.85 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.565;QD=61.2074;RBI=0.0087238;REFB=0;REVB=-0.00217389;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2627e-06;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr4 164048199 . G C 754.13 PASS AF=0.890625;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0244059;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9899;QD=47.1331;RBI=0.0250644;REFB=-0.0486954;REVB=-0.00570733;RO=7;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016471;STB=0.508769;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0111108;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:64:7:7:57:57:0.890625:28:29:3:4:28:29:3:4 chr4 164085425 . T C 820.12 PASS AF=0.692308;AO=70;DP=102;FAO=72;FDP=104;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0363743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.459;QD=31.5431;RBI=0.0374159;REFB=-0.0316359;REVB=0.00876706;RO=32;SAF=27;SAR=43;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125719;STB=0.50111;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0132947;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:32:32:70:72:0.692308:43:27:13:19:43:29:13:19 chr4 164393117 . T A 501.88 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0165232;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.859;QD=48.9641;RBI=0.0611371;REFB=-0.0855183;REVB=-0.058862;RO=5;SAF=25;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125086;STB=0.567283;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00615427;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:41:41:5:5:36:36:0.878049:11:25:1:4:11:25:1:4 chr4 165118652 . C T 993.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.643;QD=58.447;RBI=0.0336222;REFB=0;REVB=-0.00418402;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358389;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:35:29:0:0:35:33:0:0 chr4 165118796 . G A 671.84 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.361;QD=52.6933;RBI=0.0577588;REFB=-0.0990675;REVB=0.0563276;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313537;STB=0.51666;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00347312;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:20:29:2:0:20:29:2:0 chr4 165878335 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4513;QD=62.0194;RBI=0.0601485;REFB=0;REVB=0.00922297;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521727;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:12:24:0:0:18:24:0:0 chr4 166000195 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.903;QD=51.9155;RBI=0.0563595;REFB=0;REVB=0.0562441;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255747;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 166021811 . G C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00343482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5341;QD=7.96562;RBI=0.0561313;REFB=0.000312055;REVB=0.0560261;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204008;STB=0.626125;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00106029;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:15:11:6:4:15:11 chr4 166264119 . A G 1101.29 PASS AF=0.824742;AO=80;DP=99;FAO=80;FDP=97;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00735401;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.345;QD=45.4139;RBI=0.0101006;REFB=-0.016844;REVB=-0.00692388;RO=17;SAF=47;SAR=33;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784167;STB=0.541776;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00484593;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:99:97:17:17:80:80:0.824742:33:47:6:11:33:47:6:11 chr4 166405584 . C T 85.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00879614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.773;QD=4.11586;RBI=0.0107424;REFB=0.00295543;REVB=0.00616656;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494168;STB=0.503222;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0149327;OID=.;OPOS=166405584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:68:68:15:15:0.180723:7:8:36:32:7:8:36:32 chr4 167012381 . G A 2026.78 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7067;QD=62.3624;RBI=0.0281612;REFB=0;REVB=-0.00989107;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4172e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:60:69:0:0:61:69:0:0 chr4 167012480 . T C 1208.65 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.083;QD=61.1973;RBI=0.0649877;REFB=0;REVB=0.0379788;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219413;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr4 167020644 . A G 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.368;QD=61.3988;RBI=0.0546033;REFB=-0.0443771;REVB=0.00239053;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00170619;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:43:46:1:0:43:46:1:0 chr4 167023255 . A G 1013.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150841;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.883;QD=59.6276;RBI=0.0156778;REFB=0;REVB=0.00427385;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784347;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr4 167654960 . C G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00341142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.718;QD=25.7107;RBI=0.0236307;REFB=-0.0160311;REVB=-0.0233832;RO=6;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332361;STB=0.691932;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0090227;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:1:12:4:2:1:12:4:2 chr4 168584259 . T A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6952;QD=40.7607;RBI=0.140589;REFB=0;REVB=-0.0317502;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00970968;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr4 169141748 . T A 38.3 PASS AF=0.0717703;AO=19;DP=211;FAO=15;FDP=209;FR=.;FRO=194;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=107;FSRR=87;FWDB=-0.0275517;FXX=0.0141503;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.131;QD=0.732941;RBI=0.0365598;REFB=-0.00170641;REVB=-0.0240317;RO=180;SAF=5;SAR=14;SRF=99;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337055;STB=0.756643;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.167326;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:211:209:180:194:19:15:0.0717703:14:5:99:81:11:4:107:87 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 133.71 PASS AF=0.272727,0.0606061,0;AO=38,8,28;DP=169;FAO=45,10,0;FDP=165;FR=.;FRO=110;FSAF=9,0,0;FSAR=36,10,0;FSRF=70;FSRR=40;FWDB=0.15754,-0.0115239,0.0753527;FXX=0.00602373;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.917,136.872,23.8771;QD=3.24144;RBI=0.272305,0.063432,0.112204;REFB=-0.173062,-0.0103734,-0.0859331;REVB=-0.222107,-0.0623764,-0.0831368;RO=81;SAF=8,0,1;SAR=30,8,27;SRF=62;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.599142,-0.730863,-0.80587;STB=0.805988,0.999167,0.5;STBP=0,0.001,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.178005,0.0265314,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.0606061,0:38,8,28:169:45,10,0:165:110:9,0,0:36,10,0:70:40:90:81:8,0,1:30,8,27:62:19 chr4 169158471 . T G 1497.7 PASS AF=0.989691;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00489769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0541;QD=61.7606;RBI=0.0398477;REFB=-0.0344337;REVB=0.0395455;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00125889;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:1:1:93:96:0.989691:42:51:0:1:43:53:0:1 chr4 169158489 . G C 1518.1 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120205;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3194;QD=62.6021;RBI=0.0252926;REFB=-0.0253247;REVB=-0.0222536;RO=1;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000114608;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:45:50:0:1:45:51:0:1 chr4 169158531 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.15;QD=62.908;RBI=0.0272636;REFB=0;REVB=0.0162345;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24155e-05;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:36:54:0:0:36:54:0:0 chr4 169176996 . G A,T 1111.3 PASS AF=0.96,0.04;AO=68,3;DP=73;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591046,0.00677785;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.275,123.051;QD=59.2691;RBI=0.00643094,0.00727611;REFB=0,0;REVB=0.00253444,-0.00264623;RO=0;SAF=36,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.49594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00102407,0.0855271;OID=.,.;OPOS=169176996,169176996;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:75:0:0:68,3:72,3:0.96,0.04:32,1:36,2:0:0:35,1:37,2:0:0 chr4 169195109 . C A 1102.35 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0911562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6509;QD=58.7918;RBI=0.091284;REFB=-0.0518745;REVB=0.00482917;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141198;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00891434;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:41:33:1:0:41:33:1:0 chr4 169197297 . C T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.164;QD=61.333;RBI=0.0685436;REFB=0;REVB=-0.0684679;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402962;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr4 169227623 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0174614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.447;QD=42.7092;RBI=0.01771;REFB=0.0212261;REVB=-0.00295698;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00712662;OID=.;OPOS=169227623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:2:0:10:9:2:0 chr4 169299528 . T C 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.000319555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.414;QD=2.41666;RBI=0.00923175;REFB=0.00161361;REVB=0.00922622;RO=82;SAF=7;SAR=5;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494897;STB=0.534998;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00814724;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:5:7:51:31:5:7:51:31 chr4 169315760 . C A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.125;QD=58.5849;RBI=0.0424151;REFB=0;REVB=0.0318998;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37544e-05;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 169327191 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.864;QD=60.2307;RBI=0.0248819;REFB=0;REVB=0.0178158;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18699e-05;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr4 169336662 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3249;QD=46.8477;RBI=0.0379323;REFB=0;REVB=-0.0310668;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301083;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 169341435 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.41007e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.89;QD=60.7153;RBI=0.00361527;REFB=0;REVB=-0.00361524;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15077e-06;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr4 169362557 . C G 784.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.042;QD=64.069;RBI=0.0533277;REFB=0;REVB=-0.0405288;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05863e-05;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:31:18:0:0 chr4 169369820 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.673;QD=58.1421;RBI=0.0234682;REFB=0;REVB=0.0144048;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74596e-05;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr4 169369853 . A T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.625;QD=59.0185;RBI=0.0428447;REFB=0;REVB=0.01768;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317353;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr4 169369920 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.818;QD=51.9167;RBI=0.0585515;REFB=0;REVB=-0.055095;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673244;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 169393595 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5578;QD=60.9785;RBI=0.046904;REFB=0;REVB=0.0262174;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990149;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr4 169432673 . C T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00654085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.213;QD=31.0673;RBI=0.0237936;REFB=-0.0484182;REVB=0.0228769;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338358;STB=0.687275;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0297742;OID=.;OPOS=169432673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:5:12:0:6:5:12:0:6 chr4 169432841 . G A 562.74 PASS AF=0.82;AO=36;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00184506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2148;QD=45.0194;RBI=0.060222;REFB=-0.0242422;REVB=0.0601937;RO=9;SAF=16;SAR=20;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843743;STB=0.532209;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00721827;OID=.;OPOS=169432841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:50:9:9:36:41:0.82:20:16:2:7:25:16:2:7 chr4 169433326 . TG CA 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0235079;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.419;QD=41.3352;RBI=0.0235853;REFB=-0.0108936;REVB=-0.00190944;RO=4;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180349;STB=0.509795;STBP=0.896;TYPE=mnp;VARB=0.00109406;OID=.;OPOS=169433326;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:13:10:2:2:13:10:2:2 chr4 169433333 . C T 258.75 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0320137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.706;QD=38.3339;RBI=0.0367857;REFB=-0.0664051;REVB=0.0181192;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661024;STB=0.536049;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0160094;OID=.;OPOS=169433333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:13:9:3:2:13:9:3:2 chr4 169846359 . GCT G 618.34 PASS AF=0.976744;AO=37;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0756133;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.255;QD=57.5202;RBI=0.0942863;REFB=-0.020584;REVB=0.0563253;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=0.00265851;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.976744:37:43:42:43:1:16:26:0:1:5:1:14:23:0:1 chr4 169928842 . G T 2733.81 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.771;QD=62.4871;RBI=0.0599768;REFB=0;REVB=-0.000484655;RO=0;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91695e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:87:88:0:0:87:88:0:0 chr4 170028045 . G A 77.73 PASS AF=0.2;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0095362;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6783;QD=4.78343;RBI=0.0424567;REFB=-0.0171173;REVB=0.0413719;RO=53;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129379;STB=0.591411;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0702183;OID=.;OPOS=170028045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:65:53:52:13:13:0.2:6:7:23:30:6:7:22:30 chr4 170581570 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.017;QD=57.5441;RBI=0.0646246;REFB=0;REVB=-0.0128002;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208808;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr4 170663235 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.019;QD=53.2772;RBI=0.0150736;REFB=0;REVB=0.0123982;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52429e-05;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 170678993 . T C 239.61 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.675;QD=50.4442;RBI=0.109655;REFB=0;REVB=0.0393491;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326568;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:14:3:0:0:14:5:0:0 chr4 170987636 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.698;QD=61.3355;RBI=0.0242183;REFB=0;REVB=0.00811437;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80889e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr4 170994374 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCT 68.54 PASS AF=0.289474,0;AO=10,2;DP=38;FAO=11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0402164,0.0294757;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=19.4308,27.8076;QD=7.21497;RBI=0.043915,0.0777026;REFB=-0.0234731,-0.00527376;REVB=0.0176399,-0.071895;RO=24;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34352,-0.411833;STB=0.69736,0.5;STBP=0.182,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0536623,0.0485687;OID=.,.;OPOS=170994375,170994379;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474,0:10,2:38:11,0:38:27:6,0:5,0:7:20:67:24:6,0:4,2:7:17 chr4 172735851 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0148674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.697;QD=28.5593;RBI=0.0151407;REFB=-0.0332145;REVB=0.00286347;RO=10;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241498;STB=0.634471;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0272353;OID=.;OPOS=172735851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:5:15:4:6:5:15:4:6 chr4 174062875 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2717;QD=53.9111;RBI=0.036103;REFB=0;REVB=-0.0185455;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260716;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr4 174090004 . G A 582.0 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.109;QD=58.2004;RBI=0.0580814;REFB=-0.0922613;REVB=0.0557114;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0012131;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:16:23:0:0:16:23:0:1 chr4 174458022 . T A 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0310953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.074;QD=3.5498;RBI=0.0355945;REFB=-0.000248792;REVB=0.0173221;RO=66;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410584;STB=0.767325;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00111595;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:4:9:23:43:4:9:23:43 chr4 175237408 . T C 579.69 PASS AF=0.867925;AO=45;DP=52;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00560368;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.514;QD=43.75;RBI=0.0232575;REFB=-0.0361482;REVB=0.0225724;RO=7;SAF=24;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264191;STB=0.515245;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00611205;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:7:7:45:46:0.867925:21:24:3:4:21:25:3:4 chr4 175598334 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.963;QD=58.9612;RBI=0.0204188;REFB=0;REVB=0.0164918;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66969e-06;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr4 175688138 . A G 821.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000991822;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.057;QD=57.6615;RBI=0.0200751;REFB=0;REVB=-0.0200505;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406799;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr4 176555585 . A C 741.58 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00928453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3387;QD=59.3267;RBI=0.0113832;REFB=-0.107267;REVB=-0.00658594;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375989;STB=0.519992;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0208869;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:2:0:24:24:2:0 chr4 177073026 . G A 757.6 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.394;QD=63.1337;RBI=0.0360903;REFB=0;REVB=0.0314054;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40501e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:25:15:0:0:25:23:0:0 chr4 177087322 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.16;QD=60.2291;RBI=0.0490177;REFB=0;REVB=0.0112352;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305006;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr4 177113779 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.802;QD=60.9786;RBI=0.0212419;REFB=0;REVB=0.00490681;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2397e-05;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr4 177113956 . A G 76.62 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.14057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.244;QD=2.94691;RBI=0.143458;REFB=0.00101374;REVB=-0.0286399;RO=88;SAF=6;SAR=9;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836717;STB=0.55287;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00476058;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:88:89:15:15:0.144231:9:6:41:47:9:6:41:48 chr4 177137988 . C T 676.4 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0486216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9839;QD=60.1243;RBI=0.123571;REFB=0.00697057;REVB=-0.113603;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00550404;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr4 177605081 . CTCA C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112599;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.25;QD=59.8394;RBI=0.0166979;REFB=0;REVB=-0.0123302;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.28227e-05;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:36:36:36:0:21:15:0:0:4:0:21:15:0:0 chr4 178102691 . C G 1054.11 PASS AF=0.972973;AO=74;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0330354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7953;QD=56.9788;RBI=0.0459682;REFB=0.0267163;REVB=0.0319645;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000791261;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:0:2:74:72:0.972973:34:40:0:0:34:38:2:0 chr4 178272700 . A G 844.92 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.066013;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3329;QD=49.7009;RBI=0.0717517;REFB=-0.0899843;REVB=0.0281175;RO=6;SAF=22;SAR=40;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390432;STB=0.502074;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00795472;OID=.;OPOS=178272700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:69:68:6:6:62:62:0.911765:40:22:2:4:40:22:2:4 chr4 178274565 . A G 572.99 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00913839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.1728;QD=55.9012;RBI=0.0375084;REFB=-0.116192;REVB=0.0363782;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00263675;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:41:1:1:36:40:0.97561:19:17:0:1:20:20:0:1 chr4 178274694 . T G 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.001;QD=60.5096;RBI=0.0298834;REFB=0.0123249;REVB=0.0211028;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000138679;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr4 178274750 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.843;QD=56.191;RBI=0.0102633;REFB=0;REVB=-0.000193708;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56411e-05;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr4 178281754 . G A 427.68 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0196049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.004;QD=51.8405;RBI=0.0612884;REFB=-0.159821;REVB=0.0580682;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715886;STB=0.538436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00187414;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:12:19:0:2:12:19:0:2 chr4 178359960 . G C 670.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0008;QD=62.3497;RBI=0.0354744;REFB=0;REVB=-0.0287189;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90695e-05;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:17:26:0:0 chr4 178378317 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.302;QD=48.7367;RBI=0.0405182;REFB=0;REVB=0.0393527;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475236;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:9:6:0:0:10:7:0:0 chr4 178881982 . G T 199.23 PASS AF=0.72;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00444325;FXX=0.107105;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.722;QD=31.8763;RBI=0.00587566;REFB=-0.00563229;REVB=-0.0038446;RO=6;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162657;STB=0.57638;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00432449;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:28:25:6:7:18:18:0.72:4:14:3:3:4:14:4:3 chr4 179037926 . C G 199.61 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0411089;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.995;QD=34.715;RBI=0.0502349;REFB=-0.0383627;REVB=0.0288723;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178192;STB=0.509793;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0029994;OID=.;OPOS=179037926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:3:2:8:10:3:2 chr4 179037990 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0127077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.872;QD=5.21556;RBI=0.0149411;REFB=-0.000970791;REVB=-0.00785808;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22433;STB=0.649495;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00268795;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:11:10:4:2:11:10 chr4 179327856 . G A 1283.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1863;QD=61.8449;RBI=0.0529677;REFB=0;REVB=-0.0468078;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141939;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr4 183601847 . T C 1120.38 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236431;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1745;QD=60.5609;RBI=0.0953301;REFB=0;REVB=0.0923516;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689917;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:40:31:0:0:41:33:0:0 chr4 183652175 . T C 1595.01 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161532;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.629;QD=60.189;RBI=0.0353407;REFB=0;REVB=0.0314331;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12791e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr4 183815688 . A G 675.77 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0214447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9872;QD=57.5123;RBI=0.0410758;REFB=-0.148536;REVB=0.0350335;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426567;STB=0.522717;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00759401;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:47:2:2:44:45:0.957447:21:23:0:2:21:24:0:2 chr4 184203886 . G C 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.35;QD=57.8233;RBI=0.0740013;REFB=0.0533368;REVB=0.0662624;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000487851;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr4 184237192 . CA AC,CAC 684.87 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,51;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02345,0.0146343;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=6.51332,20.2091;QD=48.9191;RBI=0.0686216,0.0685689;REFB=0,0;REVB=0.0644905,0.0669891;RO=2;SAF=2,28;SAR=0,23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727176,0.0391953;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0652395,0.00119808;OID=.,.;OPOS=184237192,184237194;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:56:2:0:2,51:1,55:0.0178571,0.982143:0,23:2,28:0:2:0,26:1,29:0:0 chr4 184238670 . C G 421.5 PASS AF=0.888889;AO=30;DP=35;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-4.23143e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4099;QD=46.8338;RBI=0.0157865;REFB=-0.0362889;REVB=-0.0157864;RO=4;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978515;STB=0.549969;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00476727;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:36:4:4:30:32:0.888889:17:13:0:4:18:14:0:4 chr4 184242959 . C G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00327112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.681;QD=5.90494;RBI=0.0215776;REFB=-0.0024637;REVB=-0.0213282;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29284;STB=0.691801;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00604059;OID=.;OPOS=184242959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:14:13:2:6:14:13 chr4 184243528 . G A 272.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.61;QD=51.9552;RBI=0.0354555;REFB=0;REVB=0.0251458;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65529e-06;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:16:4:0:0:17:4:0:0 chr4 184250520 . C T 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0125575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=361.921;QD=2.99309;RBI=0.0157042;REFB=-6.07373e-05;REVB=0.00943039;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833327;STB=0.562276;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000502197;OID=.;OPOS=184250520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:5:1:8:30:5:1:8:30 chr4 184366145 . C T 880.66 PASS AF=0.781609;AO=68;DP=87;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0677592;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9234;QD=40.4899;RBI=0.103587;REFB=0.0251346;REVB=0.0783518;RO=18;SAF=39;SAR=29;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292764;STB=0.522136;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0035247;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:18:19:68:68:0.781609:29:39:9:9:29:39:9:10 chr4 184368714 . T C 482.28 PASS AF=0.8;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0253166;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.298;QD=38.582;RBI=0.045437;REFB=-0.0199317;REVB=0.0377306;RO=10;SAF=12;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125165;STB=0.567532;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00324844;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:51:50:10:10:40:40:0.8:28:12:6:4:28:12:6:4 chr4 184426387 . C T 1361.95 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029208;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.966;QD=62.6185;RBI=0.0420095;REFB=0;REVB=0.0419078;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2924e-05;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:47:40:0:0 chr4 184570715 . T G 218.55 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0724359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4022;QD=39.7356;RBI=0.0909085;REFB=-0.0160411;REVB=0.0549307;RO=3;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130869;STB=0.571354;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00443184;OID=.;OPOS=184570715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:10:9:3:0:10:9:3:0 chr4 184600601 . A G 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0272827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.736;QD=6.20597;RBI=0.03147;REFB=-0.0144648;REVB=-0.0156848;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277614;STB=0.677574;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0414874;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:3:6:13:17:3:6:13:17 chr4 185012398 . T C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0181903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.145;QD=32.3678;RBI=0.0624083;REFB=-0.00638162;REVB=0.0596984;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100906;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00195913;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:4:9:2:1:4:9:2:1 chr4 185587165 . A G 963.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.433;QD=58.3874;RBI=0.0504416;REFB=0;REVB=-0.00875497;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73476e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr4 185655171 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.675;QD=62.6686;RBI=0.0243295;REFB=0;REVB=0.00141216;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37852e-05;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr4 185655190 . C G 496.33 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.123;QD=58.3922;RBI=0.0682981;REFB=0;REVB=0.0237365;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203551;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:20:14:0:0 chr4 185678110 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.291;QD=59.6789;RBI=0.0317611;REFB=0;REVB=0.00160791;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61977e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 185678118 . C G 1052.97 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466127;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.376;QD=60.1695;RBI=0.0143116;REFB=0;REVB=0.0135313;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164408;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr4 185686032 . C T 539.1 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3971;QD=59.8996;RBI=0.156248;REFB=0;REVB=0.155954;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156606;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr4 185735054 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.912;QD=59.8393;RBI=0.0454345;REFB=0;REVB=0.0357911;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333226;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr4 185940952 . C G 524.6 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0324104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6455;QD=38.1528;RBI=0.0333712;REFB=0.0500101;REVB=-0.00794988;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339905;STB=0.518264;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00792553;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:24:20:6:5:24:20:6:5 chr4 186091487 . G A 457.24 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0186861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.557;QD=45.7236;RBI=0.0200037;REFB=-0.03769;REVB=0.00713978;RO=6;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384798;STB=0.520698;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00381348;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:18:16:2:4:18:16:2:4 chr4 186097045 . C T 639.69 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0214769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.913;QD=55.6248;RBI=0.0259939;REFB=0.0205012;REVB=-0.0146434;RO=3;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134713;STB=0.507183;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00171787;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:19:24:2:1:19:24:2:1 chr4 186111639 . T C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0173498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=3.8336;RBI=0.0238784;REFB=-0.000544746;REVB=0.0164062;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034789;STB=0.536807;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00286851;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:16:19:4:3:17:19 chr4 186294198 . C T 108.46 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0675048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5347;QD=5.8625;RBI=0.0925471;REFB=-0.00464161;REVB=0.0633092;RO=57;SAF=13;SAR=4;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425124;STB=0.764395;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.021887;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:4:13:24:33:4:13:24:33 chr4 186320880 . A G 605.36 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0189463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.165;QD=44.8416;RBI=0.019448;REFB=0.00475712;REVB=0.00438887;RO=7;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494692;STB=0.537022;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000670053;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:7:6:47:48:0.888889:24:23:2:5:24:24:1:5 chr4 186320906 . C G 546.85 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0113925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.08;QD=53.3516;RBI=0.0116169;REFB=-0.0282742;REVB=-0.00227219;RO=3;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652474;STB=0.534865;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00268641;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:20:18:0:3:20:18:0:3 chr4 186339584 . A G 126.91 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.539;QD=42.3041;RBI=0.102261;REFB=0;REVB=0.0819114;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380843;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr4 186357523 . C G 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841105;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.057;QD=59.4598;RBI=0.039551;REFB=0;REVB=-0.0386463;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221897;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr4 186361876 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.626;QD=56.1914;RBI=0.0274861;REFB=0;REVB=0.00378962;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55651e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr4 186379371 . G A 788.36 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767483;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0005;QD=57.3352;RBI=0.0166791;REFB=0;REVB=-0.0148084;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229853;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr4 186379735 . T C 490.8 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0308204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.197;QD=51.6629;RBI=0.0513113;REFB=-0.0453941;REVB=0.0410238;RO=3;SAF=11;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111716;STB=0.559965;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00689404;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:24:11:3:0:24:11:3:0 chr4 186391868 . T C 695.94 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.418;QD=60.5162;RBI=0.0770211;REFB=-0.139999;REVB=0.0330459;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000798072;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:1:0:29:16:1:0 chr4 186391898 . C T 642.28 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00539361;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.696;QD=59.7471;RBI=0.020214;REFB=-0.000517761;REVB=0.0194812;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=4.17671e-05;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:1:0:27:15:1:0 chr4 186423637 . G A 453.27 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429183;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4514;QD=58.4866;RBI=0.0448189;REFB=0;REVB=-0.0129133;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228811;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 186528433 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.235;QD=57.2012;RBI=0.013836;REFB=0;REVB=0.00595679;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.354e-05;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr4 186533029 . C T 76.0 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0504825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4642;QD=2.89539;RBI=0.0664771;REFB=-0.00192538;REVB=-0.0432519;RO=89;SAF=14;SAR=1;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613755;STB=0.92656;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0087373;OID=.;OPOS=186533029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:105:89:90:15:15:0.142857:1:14:41:48:1:14:41:49 chr4 186599992 . A T 1487.0 PASS AF=1;AO=76;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934217;FXX=0.0103082;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.0105;QD=61.9585;RBI=0.181838;REFB=0;REVB=0.156004;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316283;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:96:2:0:76:96:1:44:32:1:1:56:40:0:0 chr4 187004216 . TC T,TT 232.64 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,15;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577201,-0.0218104;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.433,53.7143;QD=48.9769;RBI=0.0585083,0.02376;REFB=0,0;REVB=-0.00957176,-0.00942553;RO=0;SAF=3,11;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0258302,0.0370531;OID=.,.;OPOS=187004217,187004217;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:4,15:19:2,17:19:0:1,13:1,4:0:0:7:0:3,11:1,4:0:0 chr4 187074833 . A G 34.61 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00220549;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.182;QD=1.77498;RBI=0.00281842;REFB=-0.00366716;REVB=0.0017548;RO=70;SAF=7;SAR=1;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42105;STB=0.836028;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0228299;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:78:70:70:8:8:0.102564:1:7:38:32:1:7:38:32 chr4 187078785 . A G 150.7 PASS AF=0.172619;AO=29;DP=168;FAO=29;FDP=168;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=-0.0170141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.012;QD=3.58804;RBI=0.0183838;REFB=-0.0059229;REVB=0.00696312;RO=138;SAF=10;SAR=19;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201554;STB=0.627681;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0424039;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:138:139:29:29:0.172619:19:10:69:69:19:10:69:70 chr4 187120211 . C A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0427687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.563;QD=36.3422;RBI=0.0777823;REFB=0.0147356;REVB=-0.0649686;RO=5;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122967;STB=0.567497;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00364172;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:6:14:2:3:6:14:2:3 chr4 187122319 . T G 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0131881;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.415;QD=25.5782;RBI=0.0219873;REFB=-0.0238917;REVB=-0.017593;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470885;STB=0.510193;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00559627;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:13:12:19:19:0.612903:9:10:6:7:9:10:6:6 chr4 187122355 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00449364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.483;QD=11.5637;RBI=0.0202263;REFB=-0.0181788;REVB=-0.0197208;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550721;STB=0.532666;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.02943;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:13:16:9:6:13:16 chr4 187133576 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.434;QD=56.7066;RBI=0.0419889;REFB=0;REVB=0.03099;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272481;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr4 187158034 . G A 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00770674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3376;QD=40.519;RBI=0.00782079;REFB=-0.000683986;REVB=-0.00133075;RO=9;SAF=18;SAR=26;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829093;STB=0.544482;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000134172;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:26:18:6:3:26:18:6:3 chr4 187179210 . T C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00443086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.989;QD=25.4944;RBI=0.0413528;REFB=0.0151492;REVB=0.0411147;RO=7;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00526353;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:12:2:1:6:12:2:1:6 chr4 187422331 . C A 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.012106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0701;QD=2.77425;RBI=0.0598067;REFB=0.0021281;REVB=0.0585686;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42224;STB=0.794075;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00881681;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:12:29:2:4:12:29 chr4 187454951 . T C 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000665641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.539;QD=4.23811;RBI=0.0073323;REFB=-0.0109162;REVB=-0.00730203;RO=47;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468747;STB=0.828705;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0405451;OID=.;OPOS=187454951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:1:9:28:19:1:9:28:19 chr4 187518256 . G T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00469163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.141;QD=21.1692;RBI=0.0112673;REFB=-0.0389117;REVB=-0.010244;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.016932;OID=.;OPOS=187518256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr4 187519206 . C G 944.39 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.661;QD=58.1162;RBI=0.0512894;REFB=0;REVB=0.0510873;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54593e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:35:30:0:0 chr4 187531022 . A G 31.26 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00511978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.01;QD=2.04998;RBI=0.0270957;REFB=0.00162287;REVB=-0.0266076;RO=54;SAF=6;SAR=1;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375316;STB=0.794631;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.012992;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:61:61:54:54:7:7:0.114754:1:6:31:23:1:6:31:23 chr4 187534363 . G A 91.41 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0210204;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.915;QD=4.01781;RBI=0.026093;REFB=0.000895499;REVB=0.0154592;RO=74;SAF=11;SAR=5;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346904;STB=0.719361;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00744002;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:74:75:16:16:0.175824:5:11:30:44:5:11:31:44 chr4 187538942 . T G 78.02 PASS AF=0.145455;AO=17;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00451728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8496;QD=2.837;RBI=0.0493296;REFB=-0.0135761;REVB=-0.0491223;RO=87;SAF=7;SAR=10;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104664;STB=0.544465;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0208075;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:110:110:87:94:17:16:0.145455:10:7:43:44:9:7:46:48 chr4 187557893 . T C 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0165422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7807;QD=2.20841;RBI=0.091041;REFB=-0.00743212;REVB=0.0895256;RO=73;SAF=9;SAR=1;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435278;STB=0.835117;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0405765;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:1:9:44:29:1:9:44:29 chr4 187584697 . G A 773.07 PASS AF=0.833333;AO=60;DP=72;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00242532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.563;QD=42.9482;RBI=0.00483171;REFB=-0.0115899;REVB=0.0041789;RO=12;SAF=28;SAR=32;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419392;STB=0.522381;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00315606;OID=.;OPOS=187584697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:12:12:60:60:0.833333:32:28:4:8:32:28:4:8 chr4 187627792 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=50.8365;RBI=0.0446034;REFB=-0.0022519;REVB=-0.0370433;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-6.0989e-05;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr4 187628345 . G A 583.09 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00087297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6621;QD=49.6248;RBI=0.0306935;REFB=-0.0775796;REVB=-0.030681;RO=6;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142984;STB=0.507655;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0101935;OID=.;OPOS=187628345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:25:16:2:4:25:16:2:4 chr4 187628398 . C G 568.28 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.017261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0066;QD=52.8636;RBI=0.0429015;REFB=-0.0532927;REVB=0.0392759;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597422;STB=0.530597;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00351548;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:3:3:39:40:0.930233:22:17:0:3:23:17:0:3 chr4 187629140 . G C 265.24 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000562183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5268;QD=25.2611;RBI=0.00998021;REFB=0.00251885;REVB=-0.00996437;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244554;STB=0.63606;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00451344;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:7:10:7:18:7:10 chr4 187630590 . G A 489.69 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0225472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.852;QD=40.8073;RBI=0.0278638;REFB=0.00367445;REVB=0.0163712;RO=10;SAF=25;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572393;STB=0.538239;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00194707;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:10:11:37:37:0.770833:12:25:8:2:12:25:9:2 chr4 188924979 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0264515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.777;QD=21.1692;RBI=0.0295758;REFB=0.000560092;REVB=-0.0132306;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000394792;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr4 188925174 . ATT ATTGAC,GAC 331.16 PASS AF=0.78125,0.0625;AO=24,2;DP=33;FAO=25,2;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=7,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000640325,0.00306027;FXX=0.0302939;HRUN=0,3;LEN=3,3;MLLD=312.433,245.949;QD=41.3943;RBI=0.0044574,0.00344397;REFB=0.0359406,0.0408915;REVB=-0.00441117,0.00157977;RO=5;SAF=7,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118539,0.78221;STB=0.56093,0.997126;STBP=0.252,0.014;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00573031,-0.0393788;OID=.,.;OPOS=188925177,188925174;OREF=-,ATT;OALT=GAC,GAC;OMAPALT=ATTGAC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:33:32:5:5:24,2:25,2:0.78125,0.0625:17,0:7,2:0:5:18,0:7,2:0:5 chr4 189012728 . G C 630.47 PASS AF=1;AO=31;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.013;QD=60.045;RBI=0.00692336;REFB=0;REVB=-0.000458859;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392221;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:31:42:1:20:11:0:0:27:15:0:0 chr4 189018486 . A G 166.6 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0153734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5127;QD=31.7339;RBI=0.0153954;REFB=-0.0719417;REVB=0.000821832;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702821;STB=0.538873;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0227916;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:9:7:3:2:9:7:3:2 chr4 189022324 . C T 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00492631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.796;QD=5.42448;RBI=0.0130958;REFB=-0.00304704;REVB=0.0121338;RO=40;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365703;STB=0.742839;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0119747;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:2:8:21:19:2:8:21:19 chr4 189026524 . C G 240.23 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7208;QD=43.6777;RBI=0.0557779;REFB=0.0518991;REVB=-0.034331;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102025;STB=0.555499;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00239844;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:2:0:12:8:2:0 chr4 189061106 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0103105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.86;QD=5.57562;RBI=0.0199521;REFB=-0.00654309;REVB=-0.0170816;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168956;STB=0.611908;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0166626;OID=.;OPOS=189061106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:10:14:5:2:10:14 chr4 190630720 . C G 121.21 PASS AF=0.151515;AO=25;DP=165;FAO=25;FDP=165;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=0.0189384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.522;QD=2.9385;RBI=0.0390422;REFB=-0.00425479;REVB=-0.0341413;RO=138;SAF=17;SAR=8;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207228;STB=0.633325;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0337432;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:138:140:25:25:0.151515:8:17:72:66:8:17:74:66 chr4 190630778 . GC AT 1876.18 PASS AF=0.728571;AO=152;DP=216;FAO=153;FDP=210;FR=.;FRO=57;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00728111;FXX=0.0277765;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.727;QD=35.7368;RBI=0.00861504;REFB=-0.0448755;REVB=-0.00460481;RO=47;SAF=82;SAR=70;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128563;STB=0.516944;STBP=0.421;TYPE=mnp;VARB=0.0204184;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:210:47:57:152:153:0.728571:70:82:24:23:71:82:27:30 chr4 190630782 . C T 197.42 PASS AF=0.172727;AO=38;DP=221;FAO=38;FDP=220;FR=.;FRO=182;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=91;FWDB=0.0245103;FXX=0.00452468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4664;QD=3.58936;RBI=0.0277903;REFB=0.00499052;REVB=-0.0130975;RO=182;SAF=23;SAR=15;SRF=90;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143304;STB=0.587707;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0246071;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:182:182:38:38:0.172727:15:23:90:92:15:23:91:91 chr4 190630786 . A G 1948.36 PASS AF=0.722727;AO=159;DP=220;FAO=159;FDP=220;FR=.;FRO=61;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0266424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.649;QD=35.4248;RBI=0.0273952;REFB=-0.0210655;REVB=-0.00637784;RO=61;SAF=86;SAR=73;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426273;STB=0.522763;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00753683;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:61:61:159:159:0.722727:73:86:28:33:73:86:28:33 chr4 190630805 . G C 141.74 PASS AF=0.136752;AO=32;DP=233;FAO=32;FDP=234;FR=.;FRO=202;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=105;FSRR=97;FWDB=-0.0139989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5321;QD=2.42298;RBI=0.0673068;REFB=1.02242e-05;REVB=0.0658349;RO=201;SAF=11;SAR=21;SRF=104;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221532;STB=0.652288;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000933057;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:201:202:32:32:0.136752:21:11:104:97:21:11:105:97 chr4 190815066 . CA C 30.38 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0704449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.022;QD=11.0484;RBI=0.071702;REFB=-0.0132785;REVB=0.0133673;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=del;VARB=0.0237252;OID=.;OPOS=190815067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:11:5:11:6:2:3:1:5:29:6:2:3:1:5 chr4 190862155 . T G 544.62 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0242171;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9422;QD=47.3585;RBI=0.0272383;REFB=0.0137309;REVB=-0.0124683;RO=7;SAF=26;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621851;STB=0.533317;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00360245;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:7:7:39:39:0.847826:13:26:6:1:13:26:6:1 chr4 190862182 . C T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00962155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.988;QD=60.8523;RBI=0.0153613;REFB=-0.0316899;REVB=-0.0119748;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.507933;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=9.84028e-05;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:15:31:1:0:15:31:1:0 chr4 190874206 . T A 139.7 PASS AF=0.206897;AO=23;DP=115;FAO=24;FDP=116;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00130565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.015;QD=4.81739;RBI=0.0178052;REFB=0.00690682;REVB=-0.0177573;RO=89;SAF=15;SAR=8;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175206;STB=0.618946;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0101492;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:89:92:23:24:0.206897:8:15:46:43:8:16:48:44 chr4 190874207 . G C 77.27 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.00161088;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.056;QD=2.73511;RBI=0.00242709;REFB=-0.00147594;REVB=-0.00181544;RO=84;SAF=7;SAR=9;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196915;STB=0.60119;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00690961;OID=.;OPOS=190874207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:115:113:84:97:16:16:0.141593:9:7:50:34:9:7:54:43 chr4 190874234 . C T 168.64 PASS AF=0.20438;AO=28;DP=137;FAO=28;FDP=137;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00592815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.859;QD=4.92383;RBI=0.00593561;REFB=-0.00264913;REVB=0.000297501;RO=109;SAF=17;SAR=11;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120184;STB=0.575303;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0113477;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:109:109:28:28:0.20438:11:17:56:53:11:17:56:53 chr4 190874255 . A T 114.43 PASS AF=0.158273;AO=22;DP=139;FAO=22;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.0172837;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.909;QD=3.29286;RBI=0.0179903;REFB=-0.0022809;REVB=0.0049924;RO=116;SAF=12;SAR=10;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140383;STB=0.513146;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0155104;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:116:117:22:22:0.158273:10:12:62:54:10:12:62:55 chr4 190874256 . C T 46.15 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.00978456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.227;QD=1.3187;RBI=0.0208781;REFB=-0.000712459;REVB=-0.0184434;RO=127;SAF=7;SAR=6;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355868;STB=0.502758;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0087332;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:127:127:13:13:0.0928571:6:7:68:59:6:7:68:59 chr4 190874290 . T A 206.21 PASS AF=0.222222;AO=32;DP=143;FAO=32;FDP=144;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.0157561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.934;QD=5.728;RBI=0.0171385;REFB=-0.0037148;REVB=0.00674341;RO=111;SAF=18;SAR=14;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039483;STB=0.528003;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0158366;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:111:112:32:32:0.222222:14:18:59:52:14:18:59:53 chr4 190876192 . A C 87.31 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=110;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00606606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.689;QD=3.17507;RBI=0.00764793;REFB=0.000739977;REVB=0.00465766;RO=93;SAF=13;SAR=4;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372889;STB=0.751062;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00740237;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:93:93:17:17:0.154545:4:13:44:49:4:13:44:49 chr4 190876195 . C T 885.44 PASS AF=0.6875;AO=77;DP=111;FAO=77;FDP=112;FR=.;FRO=35;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0351626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.075;QD=31.623;RBI=0.0354276;REFB=-0.00295233;REVB=-0.00432485;RO=34;SAF=44;SAR=33;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747994;STB=0.544975;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000978804;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:34:35:77:77:0.6875:33:44:15:19:33:44:15:20 chr4 190876196 . G A 62.86 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0227359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.646;QD=2.22505;RBI=0.0280999;REFB=-0.00046217;REVB=-0.0165131;RO=97;SAF=3;SAR=11;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417447;STB=0.799829;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0133639;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:97:99:14:14:0.123894:11:3:54:43:11:3:56:43 chr4 190876204 . G A 803.47 PASS AF=0.672897;AO=61;DP=109;FAO=72;FDP=107;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0137188;FXX=0.100832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.513;QD=30.0363;RBI=0.0711698;REFB=-0.0196592;REVB=0.0698351;RO=35;SAF=37;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461192;STB=0.523753;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0162804;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:35:35:61:72:0.672897:24:37:21:14:34:38:21:14 chr4 190876242 . G A 1445.14 PASS AF=0.765517;AO=111;DP=145;FAO=111;FDP=145;FR=.;FRO=34;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0415856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3602;QD=39.8659;RBI=0.0469115;REFB=-0.0117035;REVB=-0.0217101;RO=34;SAF=62;SAR=49;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000118098;STB=0.500063;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307611;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:34:34:111:111:0.765517:49:62:19:15:49:62:19:15 chr4 190876256 . C T 65.25 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=-0.0406634;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.205;QD=1.82522;RBI=0.0407269;REFB=-0.00135888;REVB=0.00227343;RO=127;SAF=6;SAR=10;SRF=76;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267402;STB=0.691174;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00908126;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:144:143:127:127:16:16:0.111888:10:6:76:51:10:6:76:51 chr4 190876263 . A T 39.23 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=54;FWDB=-7.46408e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.951;QD=1.08984;RBI=0.0148049;REFB=-0.00213939;REVB=-0.0148048;RO=132;SAF=3;SAR=9;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375064;STB=0.793664;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0286679;OID=.;OPOS=190876263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:144:132:132:12:12:0.0833333:9:3:78:54:9:3:78:54 chr4 190876278 . G A 65.84 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0201277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.228;QD=1.8811;RBI=0.0218428;REFB=-0.000533093;REVB=-0.00848415;RO=123;SAF=6;SAR=10;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234432;STB=0.670526;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00430037;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:123:124:16:16:0.114286:10:6:70:53:10:6:71:53 chr4 190876293 . C A 66.13 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.037588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5116;QD=1.90314;RBI=0.043393;REFB=0.00101489;REVB=-0.0216818;RO=122;SAF=6;SAR=10;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230568;STB=0.661179;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.010089;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:122:123:16:16:0.115108:10:6:69:53:10:6:69:54 chr4 190878563 . C A 76.07 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0342678;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1152;QD=5.85121;RBI=0.0357194;REFB=-0.00793392;REVB=-0.0100793;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201488;STB=0.620478;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0431896;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:53:52:37:41:11:11:0.211538:5:6:14:23:5:6:16:25 chr4 190878597 . C T 229.44 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0132134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.115;QD=14.1191;RBI=0.0251096;REFB=-0.0309884;REVB=-0.0213518;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202378;STB=0.62912;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.03515;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:11:15:14:23:11:16:14:24 chr4 190878654 . C G 117.24 PASS AF=0.265625;AO=16;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0432467;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5258;QD=7.32754;RBI=0.0502212;REFB=-0.00870442;REVB=-0.0255323;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12784;STB=0.544901;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.025851;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:16:17:0.265625:7:9:21:25:8:9:22:25 chr4 190884225 . T TTTC,TTTTC 198.31 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=19;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015735,0.00796747;FXX=0.111049;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=300.6,291.926;QD=49.5775;RBI=0.0166106,0.0132445;REFB=0,0;REVB=-0.00532166,-0.01058;RO=4;SAF=3,0;SAR=10,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.257639,-0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-9.85301e-05,0;OID=.,.;OPOS=190884226,190884226;OREF=-,-;OALT=TTC,TTTC;OMAPALT=TTTC,TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:19:16,0:16:0:3,0:13,0:0:0:3:4:3,0:10,2:3:1 chr4 190903688 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0596442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4642;QD=23.2182;RBI=0.119691;REFB=0.0742777;REVB=0.103771;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0141422;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr4 190903938 . C T 551.83 PASS AF=0.836364;AO=44;DP=54;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0173647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.593;QD=40.1329;RBI=0.0391951;REFB=0.0135338;REVB=-0.0351386;RO=9;SAF=26;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619817;STB=0.535699;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00349211;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:55:9:9:44:46:0.836364:18:26:7:2:20:26:7:2 chr4 190903950 . A G 544.49 PASS AF=0.833333;AO=43;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0234943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.612;QD=40.3327;RBI=0.027269;REFB=-0.00360971;REVB=0.0138426;RO=9;SAF=25;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658671;STB=0.537799;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00137369;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:43:45:0.833333:18:25:7:2:20:25:7:2 chr4 190904645 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.907;QD=50.4135;RBI=0.0296168;REFB=0;REVB=0.0295274;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256355;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 190905506 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0057216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5933;QD=19.134;RBI=0.0252447;REFB=-0.0401252;REVB=-0.0245877;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0169745;OID=.;OPOS=190905506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr4 190906025 . G A 575.86 PASS AF=0.836735;AO=40;DP=50;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0075279;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.372;QD=47.0088;RBI=0.0342684;REFB=0.0204031;REVB=0.0334313;RO=8;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218544;STB=0.611056;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000513561;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:49:8:8:40:41:0.836735:13:27:0:8:14:27:0:8 chr5 163260 . A C 237.5 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.887;QD=49.9992;RBI=0.0430075;REFB=0;REVB=-0.000419263;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113778;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:7:8:0:0:8:11:0:0 chr5 169677 . C T 31.39 PASS AF=0.0530973;AO=6;DP=116;FAO=6;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0348696;FXX=0.0258598;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7837;QD=1.11109;RBI=0.0497373;REFB=-0.0332922;REVB=-0.035467;RO=90;SAF=5;SAR=1;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332431;STB=0.785678;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.13596;OID=.;OPOS=169677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:116:113:90:100:6:6:0.0530973:1:5:46:44:1:5:56:44 chr5 174106 . G A 558.17 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0095863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.803;QD=23.0175;RBI=0.0216857;REFB=-0.00818752;REVB=0.0194518;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103177;STB=0.556679;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00821581;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:26:26:17:28:26:26:17:28 chr5 181660 . T G 282.19 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0245521;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.513;QD=31.3546;RBI=0.056721;REFB=-0.0577297;REVB=0.0511318;RO=11;SAF=20;SAR=0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.834865;STB=0.740427;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0377939;OID=.;OPOS=181660;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:37:36:11:11:20:21:0.583333:0:20:8:3:1:20:8:3 chr5 181730 . C G 315.35 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0146852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5616;QD=24.2576;RBI=0.0169543;REFB=0.014519;REVB=-0.00847303;RO=18;SAF=24;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481883;STB=0.581527;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00247619;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:21:31:31:0.596154:7:24:13:5:7:24:13:8 chr5 181762 . A G 358.29 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0121868;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.592;QD=30.4928;RBI=0.0296665;REFB=0.00588556;REVB=0.0270478;RO=18;SAF=22;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563321;STB=0.538435;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00449963;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:17:30:30:0.638298:8:22:12:6:8:22:11:6 chr5 231111 . T C 656.93 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0584545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.068;QD=29.1968;RBI=0.0590651;REFB=-0.0100475;REVB=0.00847093;RO=33;SAF=32;SAR=25;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133217;STB=0.572292;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00520679;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:33:57:57:0.633333:25:32:12:21:25:32:12:21 chr5 311478 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0420079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.336;QD=26.3154;RBI=0.0446712;REFB=-0.00757362;REVB=0.015194;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379631;STB=0.521034;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00673782;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:9:5:9:13:9:5 chr5 422955 . C G 175.06 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0135741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2044;QD=20.5947;RBI=0.0417058;REFB=0.0386064;REVB=-0.039435;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118771;STB=0.582689;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0361081;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:18:18:0.529412:7:11:7:8:7:11:7:9 chr5 436265 . G C 82.89 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00364556;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.166;QD=4.66964;RBI=0.0355011;REFB=-0.00208674;REVB=-0.0353134;RO=57;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21155;STB=0.636168;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00860318;OID=.;OPOS=436265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:71:57:57:14:14:0.197183:5:9:27:30:5:9:27:30 chr5 442790 . G A 196.39 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0100207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.065;QD=7.55356;RBI=0.0124193;REFB=-0.0024251;REVB=-0.00733646;RO=76;SAF=11;SAR=17;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844961;STB=0.550668;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00837494;OID=.;OPOS=442790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:76:28:28:0.269231:17:11:35:41:17:11:35:41 chr5 453567 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.818;QD=42.1823;RBI=0.119754;REFB=0;REVB=-0.0155133;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015216;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 462465 . C A 1681.91 PASS AF=0.982609;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0229705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.5;QD=58.5013;RBI=0.0408252;REFB=-0.0451254;REVB=0.0337498;RO=1;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736047;STB=0.507461;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000127073;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:1:2:110:113:0.982609:64:46:0:1:66:47:0:2 chr5 472951 . T C 218.29 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-2.53105e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.417;QD=16.7917;RBI=0.0398635;REFB=0.0011409;REVB=-0.0398635;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849899;STB=0.541163;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00155642;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:23:24:0.461538:6:17:18:9:7:17:18:10 chr5 475104 . A G 494.37 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.433;QD=58.1613;RBI=0.0320388;REFB=0;REVB=0.0317888;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214295;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr5 482186 . C G 668.92 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7242;QD=60.8109;RBI=0.126166;REFB=0;REVB=0.0612033;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387705;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:39:44:1:14:25:0:0:15:29:0:0 chr5 482744 . A G 1493.14 PASS AF=0.617512;AO=132;DP=216;FAO=134;FDP=217;FR=.;FRO=83;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00307025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1397;QD=27.5233;RBI=0.0252772;REFB=-0.0160478;REVB=0.02509;RO=83;SAF=63;SAR=69;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463747;STB=0.524683;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0110564;OID=.;OPOS=482744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:83:83:132:134:0.617512:69:63:45:38:70:64:45:38 chr5 601966 . T A 948.1 PASS AF=0.672131;AO=81;DP=121;FAO=82;FDP=122;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0176311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0017;QD=31.0852;RBI=0.0310778;REFB=-0.00633945;REVB=0.0255924;RO=40;SAF=36;SAR=45;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650269;STB=0.532483;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00319575;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:40:40:81:82:0.672131:45:36:22:18:45:37:22:18 chr5 640705 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00687356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.312;QD=18.4266;RBI=0.00795797;REFB=-0.0368937;REVB=-0.00401042;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130023;STB=0.572489;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0400094;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:9:19:15:13:9:19 chr5 665280 . T C 278.37 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0156704;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.513;QD=14.8462;RBI=0.017172;REFB=-0.00111825;REVB=-0.00702246;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165367;STB=0.582039;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00216086;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:43:31:32:0.426667:18:13:25:18:18:14:25:18 chr5 678062 . A G 354.1 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0420898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.315;QD=11.0657;RBI=0.0442381;REFB=-0.00587868;REVB=-0.0136182;RO=84;SAF=17;SAR=27;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171423;STB=0.598667;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00860867;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:84:44:44:0.34375:27:17:45:39:27:17:45:39 chr5 766910 . C T 2351.05 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.518;QD=63.9742;RBI=0.0125219;REFB=0;REVB=0.0124418;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01255e-05;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:62:85:0:0:62:85:0:0 chr5 767033 . A C 821.21 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.457;QD=57.6287;RBI=0.0654835;REFB=0;REVB=0.0349043;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301512;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:48:57:1:21:27:0:0:27:30:0:0 chr5 795933 . C G 121.16 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0691846;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7667;QD=13.4627;RBI=0.0701873;REFB=-0.0121214;REVB=0.0118219;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197408;STB=0.617164;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0439099;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:8:14:11:3:8:14 chr5 795947 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00854308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.115;QD=15.2621;RBI=0.00873939;REFB=-0.0103084;REVB=-0.00184191;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412888;STB=0.534832;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0192573;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:3:12:10:3:3:13 chr5 840342 . A G 389.35 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.00190816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=13.1982;RBI=0.0436773;REFB=-0.0211606;REVB=-0.0436356;RO=71;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225328;STB=0.62259;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0345691;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:72:46:46:0.389831:20:26:25:46:20:26:26:46 chr5 840506 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0439978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=6.48199;RBI=0.0445639;REFB=0.00242909;REVB=0.0070803;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243371;STB=0.658471;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0094469;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:12:21:8:2:12:21 chr5 843723 . C A 244.25 PASS AF=0.322581;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0218022;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.434;QD=10.5054;RBI=0.0219841;REFB=-0.0209964;REVB=-0.00282217;RO=62;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976686;STB=0.538656;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0365738;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:62:63:29:30:0.322581:16:13:33:29:16:14:33:30 chr5 843815 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00699624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.66;QD=11.6672;RBI=0.0120075;REFB=-0.0198255;REVB=0.00975869;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201192;STB=0.619392;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0279579;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:14:12:9:5:14:12 chr5 878525 . T A 238.93 PASS AF=0.230769;AO=38;DP=168;FAO=39;FDP=169;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0532268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.738;QD=5.65513;RBI=0.0537111;REFB=-0.00518829;REVB=-0.00719671;RO=129;SAF=11;SAR=27;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280308;STB=0.675248;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0153403;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:129:130:38:39:0.230769:27:11:65:64:28:11:65:65 chr5 1009145 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.002;QD=39.2068;RBI=0.0370155;REFB=0;REVB=0.0370155;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054305;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr5 1036962 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7322;QD=53.277;RBI=0.0575794;REFB=0;REVB=0.0514517;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117395;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr5 1038666 . G A 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00193654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.224;QD=12.2168;RBI=0.010989;REFB=-0.000994542;REVB=-0.010817;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167897;STB=0.597817;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00522894;OID=.;OPOS=1038666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:7:20:9:6:7:20 chr5 1052360 . C T 969.44 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739938;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8221;QD=57.8767;RBI=0.0869352;REFB=0;REVB=0.045636;RO=1;SAF=40;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478369;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:59:67:1:19:40:1:0:25:42:0:0 chr5 1057615 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0473175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.284;QD=15.5687;RBI=0.0473365;REFB=-0.00502204;REVB=-0.00134178;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353863;STB=0.519986;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00531286;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:20:15:13:15:20:15 chr5 1065399 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.509;QD=61.3364;RBI=0.0189168;REFB=0;REVB=0.0149163;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84638e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr5 1074818 . C T 184.98 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000923315;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7938;QD=17.2072;RBI=0.00818906;REFB=-0.000174169;REVB=-0.00813684;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370151;STB=0.521175;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00205589;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:13:11:8:11:13:11 chr5 1078086 . G A 369.87 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0263112;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.666;QD=27.3976;RBI=0.0263215;REFB=-0.0178936;REVB=0.000736856;RO=18;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613262;STB=0.524402;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0103693;OID=.;OPOS=1078086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:19:35:35:0.648148:16:19:8:10:16:19:9:10 chr5 1081767 . C T 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474775;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.088;QD=59.3348;RBI=0.048523;REFB=0;REVB=0.0100182;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265586;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr5 1216775 . A G 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.033803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.78;QD=17.2385;RBI=0.057206;REFB=-0.0253589;REVB=-0.0461506;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126451;STB=0.570713;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0318586;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:29:18:20:19:29:18 chr5 1225613 . G A 86.57 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0130177;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.947;QD=6.18374;RBI=0.0355566;REFB=-0.00842556;REVB=-0.033088;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183532;STB=0.615207;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0350572;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:57:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:23:20:8:5:23:20 chr5 1225626 . T A 105.89 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0181611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.396;QD=6.61801;RBI=0.0545165;REFB=0.00238048;REVB=-0.0514026;RO=48;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126444;STB=0.577724;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0109992;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:9:7:26:22:9:7:26:22 chr5 1225687 . CT TC 154.02 PASS AF=0.25;AO=21;DP=92;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0167065;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.8;QD=7.00089;RBI=0.0173339;REFB=-0.00501724;REVB=0.00462134;RO=65;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146455;STB=0.55934;STBP=0.521;TYPE=mnp;VARB=0.016115;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:65:66:21:22:0.25:14:7:29:36:14:8:29:37 chr5 1225703 . A G 193.31 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0211216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.324;QD=8.22613;RBI=0.0280313;REFB=-0.0111895;REVB=-0.018429;RO=68;SAF=7;SAR=19;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228553;STB=0.637819;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0219;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:19:7:30:38:19:7:30:38 chr5 1294086 . C T 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.259;QD=55.5993;RBI=0.0369035;REFB=-0.0890942;REVB=0.017014;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00169225;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:20:38:0:0:20:38:1:0 chr5 1364617 . G C 128.07 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.133541;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4522;QD=8.98766;RBI=0.134761;REFB=-0.0230038;REVB=-0.0180899;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.568511;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.049555;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:38:39:17:18:0.315789:6:11:19:19:7:11:20:19 chr5 1463203 . A T 273.65 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0203318;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.2843;QD=35.31;RBI=0.0584787;REFB=0.0270728;REVB=0.0548304;RO=6;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644306;STB=0.534927;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00719254;OID=.;OPOS=1463203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:31:31:6:6:25:25:0.806452:8:17:5:1:8:17:5:1 chr5 1466919 . G A 369.48 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0113451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.577;QD=16.9877;RBI=0.0115007;REFB=-0.0105465;REVB=-0.00188527;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109782;STB=0.561612;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0127828;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:23:16:25:23:23:16:25:23 chr5 1467004 . A G 245.67 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00199356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.916;QD=20.9083;RBI=0.0204864;REFB=-0.0150958;REVB=-0.0203892;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136655;STB=0.514274;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0155912;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:23:23:24:0.510638:15:8:7:14:15:9:8:15 chr5 1880865 . T C 106.23 PASS AF=0.25;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00706437;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.632;QD=6.63923;RBI=0.0239009;REFB=-0.000958829;REVB=-0.022833;RO=48;SAF=13;SAR=3;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331194;STB=0.70824;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00164052;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:48:48:16:16:0.25:3:13:28:20:3:13:28:20 chr5 2184901 . C T 344.85 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00795243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.657;QD=14.3689;RBI=0.0210321;REFB=-0.0115895;REVB=-0.0194706;RO=58;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167613;STB=0.595214;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.018207;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:15:23:26:32:15:23:26:32 chr5 3599376 . AC A 125.43 PASS AF=0.941176;AO=7;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.147789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6876;QD=29.5133;RBI=0.27918;REFB=0.00483295;REVB=0.236855;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=del;VARB=0.031417;OID=.;OPOS=3599377;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:7:16:16:17:1:9:7:1:0:4:5:4:3:3:2 chr5 3600334 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.528;QD=57.1774;RBI=0.0256227;REFB=0;REVB=0.00894411;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06013e-05;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr5 3610658 . T C 1152.67 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8399;QD=60.667;RBI=0.0349895;REFB=0;REVB=0.0242406;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242698;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr5 5126260 . C CATCT 107.77 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0202456;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.722;QD=5.67225;RBI=0.0233501;REFB=-0.0081907;REVB=-0.0116336;RO=59;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109885;STB=0.568487;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=0.0265752;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223684:17:76:17:76:59:9:8:26:33:99:59:9:8:26:33 chr5 5146335 . C G 404.8 PASS AF=0.661017;AO=38;DP=57;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0346357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0723;QD=27.4441;RBI=0.0763744;REFB=-0.1014;REVB=-0.0680693;RO=19;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491694;STB=0.512405;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0496771;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:19:20:38:39:0.661017:17:21:12:7:17:22:12:8 chr5 5146377 . T C 877.93 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.394;QD=57.5693;RBI=0.0370557;REFB=0;REVB=0.036745;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380644;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:29:29:0:0:31:30:0:0 chr5 5200280 . GCA AGT,GTA 550.45 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,34;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846024,-0.00512366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=98.1845,127.766;QD=59.5076;RBI=0.0484311,0.00518677;REFB=0,0;REVB=-0.0476865,0.000806643;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0383318,0.000162132;OID=.,.;OPOS=5200280,5200281;OREF=GCA,C;OALT=AGT,T;OMAPALT=AGT,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:2,34:1,36:0.027027,0.972973:2,21:0,13:0:0:1,22:0,14:0:0 chr5 5209210 . G A 397.99 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0426499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.56;QD=28.9446;RBI=0.0430984;REFB=-0.0483065;REVB=0.00620131;RO=18;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140927;STB=0.576342;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0148427;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:14:23:15:3:14:23:15:3 chr5 5436609 . G A 4573.36 PASS AF=1;AO=286;DP=290;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648141;FXX=0.0103089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.992;QD=63.5188;RBI=0.0234882;REFB=0;REVB=-0.0225763;RO=0;SAF=125;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22705e-06;OID=.;OPOS=5436609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:288:0:0:286:288:1:161:125:0:0:163:125:0:0 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,CATTTTT 137.79 PASS AF=0.0377358,0,0.641509,0;AO=2,6,16,4;DP=54;FAO=2,0,34,0;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=2,0,7,0;FSAR=0,0,27,0;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0149721,0.137433,0.255927,0.164373;FXX=0.0701631;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=168.743,12.029,6.94857,16.3642;QD=10.3989;RBI=0.0366818,0.141508,0.263942,0.165002;REFB=-0.0178011,-0.0686405,-0.128781,-0.0946045;REVB=-0.0334872,-0.0337153,-0.0645497,0.0143942;RO=18;SAF=2,3,1,0;SAR=0,3,15,4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.666653,0.331721,-0.371345,-0.580913;STB=0.99737,0.5,0.515252,0.5;STBP=0.021,1,0.827,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.149425,0.0622144,0.0631219,0;OID=.,.,.,.;OPOS=5457730,5457725,5457725,5457724;OREF=T,TT,T,AT;OALT=A,-,-,CA;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,CATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:36:54:53:18:17:2,6,16,4:2,0,34,0:0.0377358,0,0.641509,0:0,3,15,4:2,3,1,0:4:14:0,0,27,0:2,0,7,0:3:14 chr5 5463668 . C T 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00175225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.15;QD=25.8113;RBI=0.00599791;REFB=-0.0167604;REVB=0.00573625;RO=25;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356681;STB=0.519491;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0085043;OID=.;OPOS=5463668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:18:22:15:10:18:22:15:10 chr5 6337241 . T A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0162763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.433;QD=10.2709;RBI=0.0175953;REFB=-0.0248292;REVB=-0.00668403;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148199;STB=0.587682;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0400889;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:24:11:7:9:24:11 chr5 6602544 . T C 993.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518874;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3698;QD=59.3089;RBI=0.0486558;REFB=0;REVB=0.0483783;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148505;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:68:67:1:36:32:0:0:36:31:0:0 chr5 6604329 . C T 531.33 PASS AF=0.730159;AO=45;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0573394;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.89;QD=33.7355;RBI=0.0598714;REFB=-0.0331733;REVB=-0.017227;RO=17;SAF=24;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199894;STB=0.50382;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00719666;OID=.;OPOS=6604329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:17:45:46:0.730159:21:24:9:8:21:25:9:8 chr5 6604787 . C T 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.854;QD=54.8792;RBI=0.0333524;REFB=-0.062619;REVB=-0.0189114;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00140336;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr5 6748659 . T C 179.59 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0442324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.047;QD=10.4112;RBI=0.0453531;REFB=0.00515983;REVB=0.0100198;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364872;STB=0.533142;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.013153;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:45:23:24:0.347826:10:13:24:21:10:14:24:21 chr5 6827963 . A C 665.76 PASS AF=0.7;AO=29;DP=81;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00958329;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2285;QD=33.288;RBI=0.0258262;REFB=-0.0282127;REVB=0.0239823;RO=24;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962398;STB=0.577102;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0176597;OID=.;OPOS=6827963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:24:24:29:56:0.7:22:7:8:16:23:33:8:16 chr5 7396466 . G A 227.96 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00685401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2085;QD=30.394;RBI=0.0394593;REFB=-0.0552871;REVB=0.0388595;RO=9;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.587013;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0282421;OID=.;OPOS=7396466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:8:13:3:6:8:13:3:6 chr5 7802363 . C T 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8317;QD=55.221;RBI=0.0427449;REFB=-0.0124285;REVB=-0.0319286;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-2.47327e-05;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:1:0:32:24:1:0 chr5 7826680 . T C 689.77 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00630622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.89;QD=55.1814;RBI=0.0207227;REFB=-0.156573;REVB=0.0197399;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.543459;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000633807;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:50:50:1:4:46:46:0.92:21:25:0:1:21:25:0:4 chr5 7866821 . T C 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0222019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9466;QD=7.24238;RBI=0.0276789;REFB=0.00705809;REVB=-0.0165287;RO=55;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.612454;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.02192;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:56:20:20:0.263158:8:12:25:30:8:12:25:31 chr5 7866967 . G C 176.42 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0384185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.474;QD=8.40078;RBI=0.0404003;REFB=-0.0147967;REVB=-0.012498;RO=60;SAF=7;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223614;STB=0.634211;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0327341;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:17:7:28:32:17:7:28:32 chr5 7868030 . T C 280.03 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0123508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.516;QD=11.9159;RBI=0.0190184;REFB=-0.000139015;REVB=0.0144622;RO=61;SAF=10;SAR=23;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15179;STB=0.588013;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000353214;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:23:10:26:35:23:10:26:35 chr5 7878424 . T A 133.35 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0546588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9234;QD=15.6885;RBI=0.0583194;REFB=-0.0238207;REVB=-0.0203365;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.512179;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.026478;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:7:11:9:6:8:11 chr5 7889216 . G A 174.96 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00851949;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.107;QD=11.6643;RBI=0.00853726;REFB=0.00854132;REVB=0.000550576;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427807;STB=0.524822;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0147804;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:21:17:9:13:21:17 chr5 7889304 . C T 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0137924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.91;QD=7.86752;RBI=0.0178306;REFB=-0.00768404;REVB=-0.0113003;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834511;STB=0.549957;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0195694;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:11:12:36:25:11:12:36:25 chr5 7891506 . C G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00506659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.859;QD=6.92898;RBI=0.0057958;REFB=-0.00389452;REVB=0.00281443;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.644671;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00713355;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:8:7:4:2:8:7 chr5 9041924 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=52.6132;RBI=0.0262687;REFB=0;REVB=0.0238023;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224135;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr5 9041935 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.442;QD=51.1846;RBI=0.0241386;REFB=0;REVB=-0.021712;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06309e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr5 9041971 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0665114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3844;QD=15.8388;RBI=0.0691313;REFB=-0.0335957;REVB=0.0188513;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359217;STB=0.717291;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0461953;OID=.;OPOS=9041971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:4:3:1:7:4:3 chr5 9053945 . C T 220.64 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1472;QD=49.0307;RBI=0.13994;REFB=0;REVB=-0.0841513;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208744;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:13:5:0:0 chr5 9154659 . G C 618.64 PASS AF=0.697368;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0426197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0135;QD=32.56;RBI=0.0470877;REFB=-0.048336;REVB=-0.0200203;RO=23;SAF=22;SAR=31;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113319;STB=0.50612;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0137064;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:23:53:53:0.697368:31:22:10:13:31:22:10:13 chr5 9265602 . C T 376.29 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0245949;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.803;QD=12.6485;RBI=0.0530534;REFB=-0.0130974;REVB=-0.047008;RO=74;SAF=30;SAR=15;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116037;STB=0.566235;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0213703;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:74:74:45:45:0.378151:15:30:42:32:15:30:42:32 chr5 9280957 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.064;QD=61.6836;RBI=0.0311127;REFB=0;REVB=-0.00828688;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105041;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 9379979 . G C 708.87 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0364617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7127;QD=25.0928;RBI=0.045134;REFB=-0.015537;REVB=0.0266013;RO=46;SAF=29;SAR=38;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131358;STB=0.571483;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00973728;OID=.;OPOS=9379979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:38:29:28:18:38:29:28:18 chr5 9629813 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00752313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.088;QD=13.4417;RBI=0.0157268;REFB=-0.017506;REVB=0.0138107;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825183;STB=0.548295;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0222546;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:10:3:3:7:10:3 chr5 9630187 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00701501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.637;QD=14.6652;RBI=0.055412;REFB=0.00573603;REVB=0.0549662;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00784377;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:9:11:7:8:10:11 chr5 9761013 . C A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00355194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.78;QD=7.03163;RBI=0.0237741;REFB=-0.00417454;REVB=-0.0235073;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530852;STB=0.545355;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00699573;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:5:4:10:15:5:4:10:16 chr5 9761022 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00267128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.719;QD=7.96587;RBI=0.0163719;REFB=-0.00653602;REVB=0.0161525;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665872;STB=0.541096;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0385188;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:9:17:6:4:9:17 chr5 10237036 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0188459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.66;QD=4.28882;RBI=0.0218275;REFB=0.00176081;REVB=0.0110123;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195002;STB=0.634517;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00871372;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:14:18:5:2:14:18 chr5 10239261 . G A 175.77 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0139257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.223;QD=11.1598;RBI=0.0217613;REFB=-0.00266896;REVB=0.0167221;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128322;STB=0.552236;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00540909;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:22:23:0.365079:7:15:23:17:8:15:23:17 chr5 10239278 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0176975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.147;QD=10.3431;RBI=0.0338109;REFB=-0.00470223;REVB=-0.0288093;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.556206;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00947305;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:22:19:8:13:22:19 chr5 10250430 . G A 277.78 PASS AF=0.318966;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=116;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.062515;FXX=0.00854628;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.1196;QD=9.57877;RBI=0.0649579;REFB=0.00577144;REVB=0.0176464;RO=76;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168133;STB=0.582129;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0103173;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:76:79:37:37:0.318966:18:19:28:48:18:19:31:48 chr5 10250443 . T C 312.44 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0210787;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.327;QD=10.4146;RBI=0.0291484;REFB=-0.00873308;REVB=-0.0201324;RO=78;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145609;STB=0.591015;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0179776;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:80:40:40:0.333333:19:21:31:47:19:21:31:49 chr5 10254817 . A G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00504573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.268;QD=9.26207;RBI=0.0198407;REFB=-0.0129292;REVB=-0.0191884;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162581;STB=0.596901;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0278391;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:21:17:10:7:21:17 chr5 10256161 . T C 330.86 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0290301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.042;QD=15.9451;RBI=0.0295792;REFB=-0.0127821;REVB=0.00567289;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162585;STB=0.58506;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.02074;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:16:20:18:28:16:20:19:28 chr5 10261966 . G A 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0317239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5812;QD=13.0891;RBI=0.0321024;REFB=0.0134095;REVB=0.00491515;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329526;STB=0.519264;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0293471;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:11:16:9:7:11:16 chr5 10564846 . C T 853.9 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0649701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0379;QD=55.9932;RBI=0.092443;REFB=-0.0117792;REVB=0.0657616;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219308;STB=0.511107;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00160862;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:37:21:1:0:38:22:1:0 chr5 10624887 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.856;QD=61.6951;RBI=0.0232742;REFB=0;REVB=-0.0190259;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20724e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr5 11117583 . C T 103.85 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0707223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2162;QD=7.28763;RBI=0.0823606;REFB=-0.0037013;REVB=0.0422093;RO=42;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149243;STB=0.591427;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0151287;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:9:6:22:20:9:6:22:20 chr5 13701525 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0225011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.863;QD=23.4329;RBI=0.0258744;REFB=-0.0315393;REVB=-0.0127745;RO=20;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425454;STB=0.740514;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0129393;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:20:4:12:8:20:4:12:8 chr5 13701536 . T C 221.09 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0484327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.033;QD=24.5653;RBI=0.0543235;REFB=-0.029855;REVB=0.0246032;RO=14;SAF=1;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610144;STB=0.784783;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0168723;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:15:20:21:0.583333:19:1:7:7:19:2:8:7 chr5 13708284 . C T 861.43 PASS AF=0.666667;AO=76;DP=113;FAO=76;FDP=114;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0610475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.233;QD=30.2255;RBI=0.0610536;REFB=-0.0254581;REVB=-0.000863096;RO=37;SAF=36;SAR=40;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124985;STB=0.56196;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0144076;OID=.;OPOS=13708284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:37:38:76:76:0.666667:40:36:10:27:40:36:11:27 chr5 13717471 . T C 188.01 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00126735;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.355;QD=6.16422;RBI=0.00800853;REFB=0.0024991;REVB=0.00790761;RO=93;SAF=21;SAR=8;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274157;STB=0.668347;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00795232;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:93:93:29:29:0.237705:8:21:48:45:8:21:48:45 chr5 13719018 . G A 257.83 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00101198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.521;QD=19.8328;RBI=0.0118225;REFB=-0.00479558;REVB=0.0117791;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16577;STB=0.592524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0033345;OID=.;OPOS=13719018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:10:15:11:16:10:15 chr5 13719022 . T G 252.94 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.11662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2394;QD=19.0894;RBI=0.126514;REFB=-0.0451812;REVB=-0.0490465;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170582;STB=0.601596;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0450303;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:11:15:10:16:11:16:10:16 chr5 13719089 . G A 345.8 PASS AF=0.580645;AO=34;DP=60;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0195113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.686;QD=22.3096;RBI=0.0197436;REFB=-0.0253957;REVB=-0.00301985;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375394;STB=0.53224;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0213882;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:26:26:34:36:0.580645:18:16:11:15:18:18:11:15 chr5 13737444 . G A 585.86 PASS AF=0.634146;AO=51;DP=81;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0241599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.072;QD=28.5785;RBI=0.0258479;REFB=-0.0201574;REVB=0.00918765;RO=30;SAF=28;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335697;STB=0.521278;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00885645;OID=.;OPOS=13737444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:30:30:51:52:0.634146:23:28:15:15:23:29:15:15 chr5 13788886 . C A 711.42 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2532;QD=52.6976;RBI=0.0356049;REFB=0.0297637;REVB=-0.0338002;RO=2;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00358225;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:21:31:1:1:21:31:1:1 chr5 13811775 . T C 499.49 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.017875;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0428;QD=26.6394;RBI=0.0200739;REFB=-0.00403151;REVB=0.00913494;RO=29;SAF=21;SAR=25;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156407;STB=0.585027;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00264344;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:29:29:46:46:0.613333:25:21:7:22:25:21:7:22 chr5 13829799 . G A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0238149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.599;QD=23.3696;RBI=0.0241648;REFB=-0.0105124;REVB=0.00409711;RO=26;SAF=24;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193485;STB=0.606681;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00734441;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:12:24:11:15:12:24:11:15 chr5 13845045 . G A 776.58 PASS AF=0.680851;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0033992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.466;QD=33.0457;RBI=0.00543376;REFB=-0.0195304;REVB=-0.00423925;RO=30;SAF=32;SAR=32;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591506;STB=0.531905;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00996702;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:30:30:64:64:0.680851:32:32:12:18:32:32:12:18 chr5 13865980 . T C 307.28 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0215212;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.887;QD=22.7614;RBI=0.0597813;REFB=-0.028113;REVB=0.0557731;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379454;STB=0.520945;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0220451;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:10:13:16:15:10:13 chr5 13882841 . A G 324.11 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0103084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8177;QD=28.8096;RBI=0.0129253;REFB=-0.00432701;REVB=0.00779745;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15317;STB=0.584553;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00268464;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:9:19:8:9:9:19:8:9 chr5 13894894 . T A 353.77 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0697665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5833;QD=18.6194;RBI=0.074712;REFB=-0.0625763;REVB=0.0267305;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461188;STB=0.524931;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0548361;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:39:36:37:0.486842:21:15:14:24:22:15:14:25 chr5 13900345 . A G 2097.28 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128408;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.099;QD=62.6055;RBI=0.0224581;REFB=0;REVB=0.018425;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23814e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:73:60:0:0:73:61:0:0 chr5 13902220 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0231454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.584;QD=9.56962;RBI=0.0293999;REFB=0.0203708;REVB=-0.0181285;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0105074;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr5 13913885 . A G 1952.13 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.731;QD=61.9723;RBI=0.0268103;REFB=0;REVB=-0.0266414;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95693e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:68:58:0:0:68:58:0:0 chr5 13931340 . C T 488.68 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150251;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8302;QD=59.2334;RBI=0.0234739;REFB=0;REVB=0.0180353;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664057;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr5 13944512 . A C 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8929;QD=46.0619;RBI=0.0468403;REFB=-0.126663;REVB=-0.0368524;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515136;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00699713;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:3:16:0:0:3:16:1:0 chr5 14184022 . G A 1121.94 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387345;FXX=0.0749906;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.181;QD=60.6452;RBI=0.00973997;REFB=0;REVB=-0.00893663;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301555;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:44:27:0:0:46:28:0:0 chr5 14184023 . T A 33.69 PASS AF=0.1;AO=7;DP=79;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00846332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.6528;QD=1.68457;RBI=0.00901371;REFB=-0.00844632;REVB=0.00310148;RO=72;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352652;STB=0.703121;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0346988;OID=.;OPOS=14184023;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:80:72:72:7:8:0.1:2:5:28:44:3:5:28:44 chr5 14184079 . G A 1090.32 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0597631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.093;QD=57.3854;RBI=0.0626127;REFB=0.0245281;REVB=-0.0186742;RO=2;SAF=30;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.516125;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000629793;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:44:30:2:0:44:30:2:0 chr5 14420027 . A C 1009.8 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0591427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5344;QD=57.7027;RBI=0.0698417;REFB=0.0275131;REVB=0.0371484;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00378639;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:1:0:38:31:1:0 chr5 14709412 . A AT,ATT 247.0 PASS AF=1,0;AO=20,3;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615184,-0.0360542;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.8595,8.31033;QD=41.1668;RBI=0.0616653,0.0360935;REFB=0,0;REVB=0.00425319,0.00168389;RO=1;SAF=10,2;SAR=10,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0438656,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00505499,0.0436788;OID=.,.;OPOS=14709413,14709413;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,3:24:24,0:24:0:13,0:11,0:0:0:5:1:10,2:10,1:1:0 chr5 16666180 . A G 142.54 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0625292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2971;QD=22.8066;RBI=0.0625788;REFB=-0.0234023;REVB=-0.00249074;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.592472;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0183562;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:7:3:8:7:7:3 chr5 16673975 . C G 719.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479949;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.638;QD=62.5399;RBI=0.0481721;REFB=0;REVB=0.00412721;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836519;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:19:27:0:0 chr5 16766192 . T C 479.33 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00873045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.517;QD=28.1958;RBI=0.0289324;REFB=-0.0254449;REVB=-0.0275838;RO=24;SAF=29;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547723;STB=0.502979;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0149294;OID=.;OPOS=16766192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:15:29:16:8:15:29:16:8 chr5 16769273 . G A 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.016866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2941;QD=26.5678;RBI=0.026938;REFB=-0.00583379;REVB=-0.0210046;RO=20;SAF=4;SAR=24;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338276;STB=0.690106;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00283863;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:24:4:9:11:24:4:9:11 chr5 16794916 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.110103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.864;QD=21.1726;RBI=0.111807;REFB=0.0175638;REVB=0.0194436;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396222;STB=0.732834;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00344214;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:11:1:3:5:11:1:3:5 chr5 18547640 . A G 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0717375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8885;QD=10.851;RBI=0.0842973;REFB=0.00828142;REVB=-0.0442691;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671449;STB=0.539039;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0150917;OID=.;OPOS=18547640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:25:18:11:12:25:18 chr5 19721490 . T C 1664.29 PASS AF=0.95082;AO=109;DP=118;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0112625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2501;QD=54.5669;RBI=0.0167369;REFB=-0.0518868;REVB=0.0123806;RO=5;SAF=37;SAR=72;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042059;STB=0.516068;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0279245;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:118:122:5:6:109:116:0.95082:72:37:4:1:74:42:4:2 chr5 21751367 . CTT C 299.02 PASS AF=0.679245;AO=27;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0265553;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=37.049;QD=22.5676;RBI=0.0449799;REFB=-0.00305975;REVB=0.0363043;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11505;STB=0.574091;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.00217901;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.679245:27:53:36:53:17:15:21:11:6:88:16:14:13:11:5 chr5 21752050 . A G 769.03 PASS AF=0.580645;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=124;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00691829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.102;QD=24.8075;RBI=0.00802118;REFB=-0.00385324;REVB=-0.00405913;RO=52;SAF=30;SAR=42;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109384;STB=0.559604;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00183376;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:52:52:72:72:0.580645:42:30:29:23:42:30:29:23 chr5 21752056 . A G 740.01 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0156171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.946;QD=24.2628;RBI=0.0174019;REFB=0.0038381;REVB=-0.00767685;RO=51;SAF=29;SAR=41;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120139;STB=0.561626;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00406271;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:51:52:70:70:0.57377:41:29:29:22:41:29:29:23 chr5 24910721 . C G 336.17 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0341362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3422;QD=28.0144;RBI=0.035792;REFB=0.000934703;REVB=-0.0107602;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120816;STB=0.566429;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000104668;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:14:15:13:6:14:15:13:6 chr5 24910799 . C A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00507424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.385;QD=16.1198;RBI=0.0279889;REFB=-0.0207432;REVB=-0.027525;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346521;STB=0.701774;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0150121;OID=.;OPOS=24910799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:5:8:3:9:5:8 chr5 26198575 . G T 276.6 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0340879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.924;QD=16.0349;RBI=0.03427;REFB=0.0116371;REVB=-0.00352806;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344308;STB=0.695929;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0259109;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:13:17:8:30:13:18:8:30 chr5 26198591 . C T 1116.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.627;QD=60.3678;RBI=0.0236361;REFB=0;REVB=0.0140686;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53288e-06;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr5 26988328 . G A 778.02 PASS AF=0.517241;AO=73;DP=144;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0812075;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5913;QD=21.4627;RBI=0.0814927;REFB=-0.00964745;REVB=-0.00681178;RO=70;SAF=31;SAR=42;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677936;STB=0.542488;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0122091;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:70:70:73:75:0.517241:42:31:35:35:44:31:35:35 chr5 26988424 . T C 485.3 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00826002;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3627;QD=18.8468;RBI=0.0641545;REFB=-0.0583351;REVB=0.0636205;RO=52;SAF=21;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028562;STB=0.51582;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0627017;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:52:51:51:0.495146:30:21:23:29:30:21:23:29 chr5 31302288 . C T 195.22 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00824105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0433;QD=8.97581;RBI=0.0484167;REFB=-0.0138096;REVB=-0.0477102;RO=61;SAF=9;SAR=17;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17769;STB=0.605397;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.035295;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:17:9:30:31:17:9:30:31 chr5 31317494 . C T 121.7 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0152655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3748;QD=7.05507;RBI=0.0203005;REFB=0.00103263;REVB=-0.0133818;RO=50;SAF=3;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430636;STB=0.773146;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00364593;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:51:18:18:0.26087:15:3:24:26:15:3:25:26 chr5 31317529 . A G 128.29 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00978359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.33;QD=6.93481;RBI=0.0168105;REFB=-0.00548506;REVB=-0.0136703;RO=54;SAF=5;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28314;STB=0.668534;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0233053;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:54:55:19:19:0.256757:14:5:26:28:14:5:26:29 chr5 31317952 . T C 194.53 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0171038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.34;QD=10.3751;RBI=0.0305328;REFB=-0.00418609;REVB=0.0252926;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804922;STB=0.553149;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.009583;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:50:25:25:0.333333:13:12:27:22:13:12:28:22 chr5 31409252 . A G 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0115267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.662;QD=33.4781;RBI=0.0117556;REFB=-0.0162633;REVB=0.00230886;RO=12;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136498;STB=0.507457;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00548218;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:17:11:5:7:17:11:5:7 chr5 31423007 . T C 1491.97 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.873;QD=63.488;RBI=0.00877413;REFB=0;REVB=0.00836787;RO=0;SAF=28;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85941e-06;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:64:28:0:0:64:30:0:0 chr5 31515657 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0484719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.586;QD=14.702;RBI=0.0505253;REFB=-0.0129951;REVB=-0.0142577;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256705;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00312176;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:9:6:8:4:9:6 chr5 32058115 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.554;QD=62.0217;RBI=0.0465472;REFB=0;REVB=0.00319446;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160482;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr5 32074509 . G A 372.62 PASS AF=0.527778;AO=35;DP=69;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00120808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.751;QD=20.7012;RBI=0.124735;REFB=-0.00871869;REVB=0.124729;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206343;STB=0.63237;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0107106;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:33:34:35:38:0.527778:22:13:20:13:25:13:21:13 chr5 32087253 . A G 757.04 PASS AF=0.660194;AO=68;DP=103;FAO=68;FDP=103;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0117429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.351;QD=29.3997;RBI=0.0121058;REFB=-0.0448893;REVB=-0.00294212;RO=35;SAF=39;SAR=29;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037835;STB=0.520447;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0199633;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:35:35:68:68:0.660194:29:39:18:17:29:39:18:17 chr5 32087374 . A G 665.81 PASS AF=0.708861;AO=56;DP=79;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0120051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.571;QD=33.712;RBI=0.0151587;REFB=-0.0410529;REVB=-0.00925543;RO=23;SAF=27;SAR=29;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448313;STB=0.524167;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00824439;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:23:23:56:56:0.708861:29:27:13:10:29:27:13:10 chr5 32087802 . A G 157.72 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.915;QD=45.0618;RBI=0.0220665;REFB=0;REVB=0.009381;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110341;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 32090294 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00134435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.409;QD=6.929;RBI=0.0253219;REFB=-0.014106;REVB=0.0252862;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239465;STB=0.618673;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0393846;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:3:3:10:4:3:3:10:5 chr5 32093070 . G A 92.74 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0346123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.977;QD=5.37613;RBI=0.036479;REFB=-0.00415283;REVB=-0.01152;RO=50;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209581;STB=0.64686;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0148257;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:69:50:54:15:15:0.217391:10:5:25:25:10:5:28:26 chr5 32229677 . G A 178.52 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.003469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.541;QD=17.4162;RBI=0.0674549;REFB=-0.0394462;REVB=-0.0673657;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.518305;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0409742;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:7:11:12:10:8:11:12:10 chr5 32403346 . C T 952.9 PASS AF=0.622222;AO=84;DP=135;FAO=84;FDP=135;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0621952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4202;QD=28.2342;RBI=0.0698412;REFB=-0.0324408;REVB=-0.0317735;RO=51;SAF=33;SAR=51;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699788;STB=0.537907;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0143484;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:51:51:84:84:0.622222:51:33:25:26:51:33:25:26 chr5 32789852 . T C 632.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.74;QD=61.7233;RBI=0.0307518;REFB=0;REVB=-0.00103275;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189675;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr5 32790616 . T C 1933.59 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.735;QD=61.8749;RBI=0.00922411;REFB=0;REVB=-0.00683144;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57949e-07;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr5 33278049 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.8;QD=64.4146;RBI=0.0209176;REFB=0;REVB=0.0121703;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50563e-05;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr5 33535060 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.048;QD=62.3471;RBI=0.0595302;REFB=0;REVB=-0.0225271;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835144;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr5 33751454 . A T 206.94 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0156538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.022;QD=24.3459;RBI=0.156383;REFB=-0.00468119;REVB=0.155597;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527047;STB=0.529382;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00669888;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:8:6:10:10:8:6 chr5 33938447 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.56;QD=56.9481;RBI=0.0508802;REFB=-0.063276;REVB=0.0483312;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000542435;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr5 33954511 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.098;QD=64.1539;RBI=0.0312103;REFB=0;REVB=0.0283613;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48339e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr5 33963870 . C T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.029678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.349;QD=13.9658;RBI=0.0329379;REFB=0.00113453;REVB=-0.0142872;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823579;STB=0.54693;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00170039;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:18:12:21:23:18:12:21:23 chr5 33989518 . C T 769.77 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.532;QD=57.0198;RBI=0.0540042;REFB=0;REVB=0.00103899;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97263e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr5 33994116 . A T 633.93 PASS AF=0.662651;AO=52;DP=80;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00626448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.286;QD=30.5509;RBI=0.0119853;REFB=-0.0144877;REVB=0.0102178;RO=24;SAF=20;SAR=32;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166549;STB=0.5893;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00933611;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:24:28:52:55:0.662651:32:20:16:8:34:21:18:10 chr5 33998768 . C A 244.17 PASS AF=0.290598;AO=33;DP=117;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0213881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7506;QD=8.34756;RBI=0.0554334;REFB=-0.014302;REVB=0.051141;RO=83;SAF=20;SAR=13;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150937;STB=0.5972;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0443959;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:83:33:34:0.290598:13:20:40:43:13:21:40:43 chr5 33998883 . A G 1184.59 PASS AF=0.931034;AO=80;DP=86;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0145329;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.311;QD=54.4637;RBI=0.0194765;REFB=-0.0283089;REVB=-0.0129665;RO=6;SAF=32;SAR=48;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363068;STB=0.518384;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00695976;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:87:6:6:80:81:0.931034:48:32:4:2:48:33:4:2 chr5 34004707 . C T 371.78 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=44;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.095538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7272;QD=33.0471;RBI=0.114434;REFB=-0.0121229;REVB=0.0629899;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808549;STB=0.537332;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00797856;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:14:30:31:0.688889:17:13:8:6:17:14:8:6 chr5 34008100 . C T 428.28 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.161597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9154;QD=30.5916;RBI=0.162378;REFB=-0.00994925;REVB=0.0159021;RO=17;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116619;STB=0.563347;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00876733;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:24:15:10:7:24:15:10:7 chr5 34038537 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.73;QD=59.8389;RBI=0.018648;REFB=0;REVB=-0.0182437;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0548e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr5 34802384 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0379869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.236;QD=19.2766;RBI=0.0398633;REFB=0.0116632;REVB=-0.0120863;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012651;STB=0.507038;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0114215;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:16:17:18:16:16:17 chr5 34807928 . C T 1339.39 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.752;QD=62.2973;RBI=0.0454435;REFB=0;REVB=0.0012416;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62118e-05;OID=.;OPOS=34807928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr5 34811137 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.236;QD=60.2307;RBI=0.0313999;REFB=0;REVB=0.0229479;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105813;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 34824555 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.918;QD=42.1826;RBI=0.0487656;REFB=0;REVB=0.0486879;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816842;OID=.;OPOS=34824555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 34840841 . A G 64.37 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0236734;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.391;QD=8.58296;RBI=0.0247658;REFB=-0.0156773;REVB=-0.00727403;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114753;STB=0.571265;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0352254;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:21:21:9:9:0.3:6:3:9:12:6:3:9:12 chr5 34862125 . C T 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.248;QD=60.4121;RBI=0.0233173;REFB=-0.0464795;REVB=0.00670428;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000740228;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:44:39:0:1:44:39:0:1 chr5 34922892 . G T 272.33 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0324174;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.318;QD=11.9705;RBI=0.0325069;REFB=-0.0115262;REVB=-0.00241115;RO=62;SAF=10;SAR=22;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290953;STB=0.66329;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.024573;OID=.;OPOS=34922892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:62:59:32:32:0.351648:22:10:35:27:22:10:33:26 chr5 35010138 . A G 1759.91 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.998;QD=60.6864;RBI=0.0461126;REFB=0;REVB=-0.0107063;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93516e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:104:116:1:39:65:0:0:40:76:0:0 chr5 35033605 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000391144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.988;QD=62.0219;RBI=0.0319388;REFB=0;REVB=0.0319364;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119579;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr5 35037115 . C T 211.18 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00418952;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.789;QD=13.848;RBI=0.0226387;REFB=-0.00851214;REVB=-0.0222477;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641949;STB=0.544467;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0191383;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:36:25:25:0.409836:12:13:16:19:12:13:16:20 chr5 35039437 . A G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00874571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8031;QD=23.0006;RBI=0.0387276;REFB=-0.0069115;REVB=0.0377272;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406212;STB=0.522457;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00253007;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:8:14:17:12:8:14 chr5 35039486 . C T 373.47 PASS AF=0.542857;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0028759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.286;QD=21.3411;RBI=0.0381757;REFB=-0.0188068;REVB=0.0380672;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329935;STB=0.506952;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0172735;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:32:32:36:38:0.542857:20:16:13:19:22:16:13:19 chr5 35641582 . A C 577.77 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0112823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.514;QD=24.3269;RBI=0.0165085;REFB=-0.0196191;REVB=0.0120515;RO=41;SAF=23;SAR=30;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758746;STB=0.534871;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0139408;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:41:42:53:53:0.557895:30:23:14:27:30:23:15:27 chr5 35643634 . A G 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00793598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.895;QD=31.6313;RBI=0.0123945;REFB=-0.0126091;REVB=-0.00952066;RO=13;SAF=6;SAR=21;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610078;STB=0.53331;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00730505;OID=.;OPOS=35643634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:21:6:2:11:21:6:2:11 chr5 35644621 . TG CA,CG 806.48 PASS AF=0.0508475,0.932203;AO=3,53;DP=60;FAO=3,55;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=0,28;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173521,-0.010027;FXX=0.0166639;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=21.0439,63.3023;QD=54.6764;RBI=0.0191236,0.0530245;REFB=-0.0168878,-0.098475;REVB=-0.00803854,0.0520678;RO=1;SAF=0,26;SAR=3,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0171308;STB=0.5,0.509088;STBP=1,0.545;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170659,0.00109743;OID=.,.;OPOS=35644621,35644621;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:60:59:1:1:3,53:3,55:0.0508475,0.932203:3,27:0,26:0:1:3,27:0,28:0:1 chr5 35654711 . C T 911.45 PASS AF=0.556962;AO=88;DP=158;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0307603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.959;QD=23.0748;RBI=0.0310935;REFB=0.00278024;REVB=-0.00453985;RO=70;SAF=44;SAR=44;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929075;STB=0.550622;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00286338;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:70:88:88:0.556962:44:44:27:43:44:44:27:43 chr5 35691318 . A G 372.79 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0171469;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.907;QD=19.6204;RBI=0.0172518;REFB=0.00953538;REVB=-0.0018994;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166203;STB=0.592058;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00780969;OID=.;OPOS=35691318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:38:38:38:38:0.5:19:19:26:12:19:19:26:12 chr5 35702306 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0356365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.926;QD=18.251;RBI=0.0357925;REFB=0.00295414;REVB=-0.00333855;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.631406;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00390409;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:5:10:6:9:5:10 chr5 35709095 . C T 999.25 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.303;QD=58.7795;RBI=0.00971584;REFB=0;REVB=0.00306008;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113542;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:33:33:0:0:35:33:0:0 chr5 35709184 . G C 715.14 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0186798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7888;QD=57.2113;RBI=0.0254074;REFB=0.00115806;REVB=0.017222;RO=3;SAF=19;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686471;STB=0.53657;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00168697;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:28:19:3:0:28:19:3:0 chr5 35764696 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.794;QD=54.5159;RBI=0.0246204;REFB=0;REVB=0.013012;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25766e-05;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr5 35788565 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0116667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.701;QD=14.1955;RBI=0.0270065;REFB=-0.0215129;REVB=-0.0243564;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0303792;OID=.;OPOS=35788565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:7:15:10:5:7:15 chr5 35910529 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.193;QD=50.4128;RBI=0.0349776;REFB=0;REVB=0.0183612;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187049;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr5 35962984 . A G 145.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0942937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.259;QD=44.665;RBI=0.0983881;REFB=0;REVB=0.0280874;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442825;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr5 35965970 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.965;QD=56.7066;RBI=0.0229205;REFB=0;REVB=0.00588793;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91894e-05;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr5 36103574 . C T 63.81 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.011208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.647;QD=4.11706;RBI=0.014468;REFB=0.00199758;REVB=-0.00914896;RO=51;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287107;STB=0.685413;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0105505;OID=.;OPOS=36103574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:6:5:35:16:6:5:35:16 chr5 36155318 . C CTT 84.31 PASS AF=0.390244;AO=10;DP=44;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0971329;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.3843;QD=8.22578;RBI=0.183009;REFB=-0.000647098;REVB=-0.155104;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200274;STB=0.613354;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=-0.014857;OID=.;OPOS=36155319;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:10:44:16:41:25:6:10:14:11:84:28:4:6:16:12 chr5 36193223 . CAG C 105.68 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0256372;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.657;QD=19.2149;RBI=0.0268945;REFB=-0.0129606;REVB=-0.00812682;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198673;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.0163849;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:12:23:12:22:10:3:9:4:6:79:11:3:9:5:6 chr5 36193232 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0150244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.73;QD=16.4266;RBI=0.0151913;REFB=-0.033252;REVB=-0.00224563;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0360354;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr5 36257018 . A G 398.99 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0242744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2488;QD=24.1813;RBI=0.0359561;REFB=0.0070501;REVB=0.0265253;RO=27;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819846;STB=0.545;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00418126;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:23:16:14:13:23:16:14:13 chr5 36269551 . G C 771.45 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948234;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.234;QD=57.1441;RBI=0.0221128;REFB=0;REVB=0.0199765;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01232e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr5 37294473 . T C 171.95 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00673773;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.782;QD=9.17075;RBI=0.00791772;REFB=-0.00530532;REVB=0.00415853;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604976;STB=0.535684;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0116824;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:52:23:23:0.306667:13:10:20:32:13:10:20:32 chr5 37309371 . TAGA T 36.28 PASS AF=0.2;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00255731;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.788;QD=4.83745;RBI=0.0154973;REFB=-0.00616407;REVB=-0.0152849;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141693;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.0305414;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:6:31:6:30:24:4:2:11:13:36:20:4:2:11:9 chr5 37364443 . C T 314.4 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137902;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.27;QD=54.6776;RBI=0.00883319;REFB=0;REVB=-0.00872488;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306093;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr5 37688010 . A G 471.7 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0223772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.731;QD=29.4813;RBI=0.0223817;REFB=-0.0137558;REVB=-0.000447831;RO=21;SAF=27;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469462;STB=0.519621;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00835613;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:21:42:43:0.671875:15:27:12:9:16:27:12:9 chr5 37688094 . C T 364.43 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000175457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.283;QD=23.897;RBI=0.0068788;REFB=-0.020864;REVB=0.00687657;RO=24;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632623;STB=0.541288;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0183109;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:15:21:16:8:15:21:17:8 chr5 37700516 . C T 1533.33 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479549;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.173;QD=63.8887;RBI=0.0103;REFB=0;REVB=-0.00911557;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65619e-05;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:61:35:0:0 chr5 38904514 . A G 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.024376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.706;QD=7.62958;RBI=0.0282465;REFB=0.0101774;REVB=-0.0142715;RO=63;SAF=10;SAR=13;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202633;STB=0.621411;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0240615;OID=.;OPOS=38904514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:13:10:38:25:13:10:38:25 chr5 38921788 . G A 3155.31 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.502;QD=61.567;RBI=0.0229718;REFB=0;REVB=0.012455;RO=0;SAF=75;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63075e-06;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:129:75:0:0:129:76:0:0 chr5 38938664 . A G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00465842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.854;QD=13.6197;RBI=0.0263771;REFB=-0.0123403;REVB=0.0259624;RO=38;SAF=7;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286066;STB=0.664375;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00978288;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:19:7:20:18:19:7:20:18 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1263.29 PASS AF=0.0675676,0.932432;AO=12,42;DP=149;FAO=10,138;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=10,42;FSAR=0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708785,-0.0562133;FXX=0.00671096;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=206.042,10.5387;QD=34.1429;RBI=0.144176,0.927338;REFB=0.0654949,0.0416125;REVB=0.125551,0.925632;RO=83;SAF=12,32;SAR=0,10;SRF=2;SRR=81;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.888116,0.719723;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.119075,-0.00848481;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0675676,0.932432:12,42:149:10,138:148:0:10,42:0,96:0:0:26:83:12,32:0,10:2:81 chr5 38941426 . TGT TG,TT,TTG,TTT 176.61 PASS AF=0.0638298,0.382979,0.0212766,0;AO=5,12,2,4;DP=48;FAO=3,18,1,0;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=1,7,0,0;FSAR=2,11,1,0;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0291676,0.00757758,0.0655363,0.00728732;FXX=0;HRUN=8,1,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=8.43882,188.543,22.5597,189.913;QD=15.0307;RBI=0.0942081,0.0211938,0.0690645,0.0250505;REFB=0.00574849,-0.00449012,-0.00337063,-0.00412729;REVB=0.0895791,-0.0197929,0.0217921,-0.0239671;RO=21;SAF=3,5,1,1;SAR=2,7,1,3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.250532,0.0396511,0.116694,-0.169317;STB=0.599317,0.530796,0.988695,0.5;STBP=0.703,0.763,0.46,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=-0.155757,0.00818998,0.129053,-0.00597354;OID=.,.,.,.;OPOS=38941428,38941427,38941427,38941427;OREF=T,G,GT,G;OALT=-,-,TG,T;OMAPALT=TG,TT,TTG,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0638298,0.382979,0.0212766,0:5,12,2,4:48:3,18,1,0:47:25:1,7,0,0:2,11,1,0:11:14:99:21:3,5,1,1:2,7,1,3:8:13 chr5 38942090 . T C 1136.03 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117583;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.144;QD=60.588;RBI=0.0845656;REFB=0;REVB=0.0837442;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4102e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr5 38950776 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.017;QD=63.5819;RBI=0.0308378;REFB=0;REVB=-0.0026347;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56937e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr5 38955796 . G A 242.22 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00296212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9949;QD=9.40669;RBI=0.00496892;REFB=0.00140911;REVB=-0.00398949;RO=71;SAF=13;SAR=19;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197625;STB=0.511577;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.003079;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:71:32:32:0.31068:19:13:30:41:19:13:30:41 chr5 39108309 . A G 443.17 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0125003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.059;QD=35.4534;RBI=0.0139112;REFB=-0.00503277;REVB=-0.00610454;RO=15;SAF=22;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055329;STB=0.530103;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00173012;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:13:22:8:7:13:22:8:7 chr5 39108322 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.072;QD=63.2868;RBI=0.0146821;REFB=0;REVB=-0.00734671;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99165e-06;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr5 39119723 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00197819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.681;QD=22.831;RBI=0.00246389;REFB=-0.0056279;REVB=-0.00146885;RO=9;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126109;STB=0.608537;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00380864;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:9:10:15:15:0.6:3:12:6:3:3:12:6:4 chr5 40692940 . G A 224.49 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.000369099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4108;QD=10.8188;RBI=0.000531323;REFB=0.0115117;REVB=0.000382192;RO=55;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929778;STB=0.554146;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0366604;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:17:11:26:29:17:11:26:29 chr5 40852451 . C G 1151.48 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0206506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6688;QD=56.8634;RBI=0.0477164;REFB=-0.0735662;REVB=-0.0430164;RO=3;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265257;STB=0.514015;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0103651;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:52:26:0:3:52:26:0:3 chr5 40955561 . G C 111.1 PASS AF=0.193878;AO=18;DP=98;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0500212;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3221;QD=4.53468;RBI=0.0571544;REFB=-0.00247792;REVB=0.0276496;RO=77;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409851;STB=0.546575;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0132007;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:77:79:18:19:0.193878:9:9:41:36:10:9:42:37 chr5 40972111 . C T 2372.83 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00983308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.58;QD=63.2754;RBI=0.0187298;REFB=-0.121803;REVB=-0.015941;RO=1;SAF=96;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492919;STB=0.50259;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-4.07612e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:53:96:1:0:53:96:1:0 chr5 40998196 . T C 34.73 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0132595;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.265;QD=4.08621;RBI=0.0238778;REFB=-0.00860286;REVB=-0.0198579;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317106;STB=0.716296;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0582995;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:17:11:4:2:17:11 chr5 40998235 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0316494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.482;QD=7.25935;RBI=0.0323941;REFB=-0.0118353;REVB=0.00690611;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.636097;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0333597;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:17:12:6:4:17:12 chr5 41008780 . A G 552.1 PASS AF=0.662162;AO=48;DP=73;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00420571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.194;QD=29.843;RBI=0.00500312;REFB=-0.0246123;REVB=0.00270984;RO=25;SAF=22;SAR=26;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062862;STB=0.537249;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0113185;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:25:25:48:49:0.662162:26:22:9:16:26:23:9:16 chr5 41018452 . A T 403.06 PASS AF=0.609375;AO=36;DP=61;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.131488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.374;QD=25.1913;RBI=0.132026;REFB=0.0153973;REVB=-0.0119099;RO=25;SAF=12;SAR=24;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080868;STB=0.551946;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00999933;OID=.;OPOS=41018452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:25:25:36:39:0.609375:24:12:6:19:25:14:6:19 chr5 41042204 . T A 529.28 PASS AF=0.623377;AO=46;DP=80;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00287241;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.131;QD=27.4951;RBI=0.0295522;REFB=0.00483969;REVB=0.0294123;RO=28;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159457;STB=0.597897;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00433766;OID=.;OPOS=41042204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:28:29:46:48:0.623377:27:19:18:10:29:19:19:10 chr5 41158863 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.727;QD=58.9625;RBI=0.0207271;REFB=0;REVB=-0.0132436;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121493;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 41161953 . T C 549.24 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00950254;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.671;QD=31.8401;RBI=0.0524903;REFB=-0.0160817;REVB=0.051623;RO=21;SAF=12;SAR=36;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183893;STB=0.599955;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0134538;OID=.;OPOS=41161953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:21:21:48:48:0.695652:36:12:11:10:36:12:11:10 chr5 41310957 . C G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0875341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0063;QD=23.0939;RBI=0.0901061;REFB=0.0210038;REVB=-0.021375;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125513;STB=0.507034;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0062022;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:2:10:14:3:2:10 chr5 41312164 . A C 466.12 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0157424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.84;QD=16.797;RBI=0.0158718;REFB=-0.0275959;REVB=-0.00202204;RO=58;SAF=38;SAR=13;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179122;STB=0.603383;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0464342;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:60:51:51:0.459459:13:38:34:24:13:38:35:25 chr5 41312207 . A T 70.4 PASS AF=0.15493;AO=8;DP=70;FAO=11;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00367398;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.985;QD=3.96592;RBI=0.0329673;REFB=-0.00418814;REVB=-0.0327619;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105751;STB=0.549906;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0390678;OID=.;OPOS=41312207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:42:59:8:11:0.15493:2:6:34:8:3:8:40:19 chr5 42700044 . A G 741.17 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.436;QD=55.9371;RBI=0.0677852;REFB=0;REVB=0.0614728;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513251;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:27:23:0:0:30:23:0:0 chr5 42719239 . A C 727.38 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.319;QD=60.6154;RBI=0.0191964;REFB=0.0838923;REVB=-0.0126196;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00126956;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:22:24:0:0:22:25:0:1 chr5 42720068 . T TA 484.48 PASS AF=0.9;AO=44;DP=54;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0110567;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.387;QD=38.7584;RBI=0.0205597;REFB=-0.0552511;REVB=0.0173335;RO=8;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858916;STB=0.543841;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.00232552;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:44:54:45:50:5:19:26:0:5:12:8:18:26:1:7 chr5 43120098 . A G 95.39 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0347822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1534;QD=34.689;RBI=0.0347989;REFB=-0.168314;REVB=0.00108079;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0131117;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr5 43290244 . T A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00997502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.307;QD=11.4398;RBI=0.0140879;REFB=0.00108962;REVB=0.00994831;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175766;STB=0.605818;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00135868;OID=.;OPOS=43290244;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:7:7:3:6:7:7 chr5 43492978 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.748;QD=59.0186;RBI=0.0261024;REFB=0;REVB=0.0259935;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75577e-05;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr5 43509348 . T A 1122.29 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2154;QD=59.8553;RBI=0.0759326;REFB=0;REVB=0.0690929;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307903;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:32:41:0:0:34:41:0:0 chr5 43527135 . A C 718.39 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00324539;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.574;QD=61.1395;RBI=0.0219516;REFB=-0.0523303;REVB=0.0217104;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00446562;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:23:22:0:0:24:22:1:0 chr5 44066732 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.1;QD=63.5822;RBI=0.0165113;REFB=0;REVB=0.00119786;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18683e-05;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr5 44388710 . CAAAAAG ACAAAAG,CAAAAG,CAAAAGC 80.19 PASS AF=0,0.518519,0;AO=2,7,2;DP=27;FAO=0,14,0;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4,0;FSAR=0,10,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.17562,0.294701,0.190598;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=24.5084,12.0194,21.7636;QD=11.8804;RBI=0.203084,0.297208,0.194817;REFB=-0.0375461,-0.100888,-0.0472171;REVB=-0.101983,-0.0385229,-0.0403247;RO=15;SAF=0,2,0;SAR=2,5,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.583083,-0.342331,-0.583083;STB=0.5,0.631986,0.5;STBP=1,0.161,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.12527,0;OID=.,.,.;OPOS=44388710,44388711,44388715;OREF=CA,A,AG;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=ACAAAAG,CAAAAG,CAAAAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:27:27:15:13:2,7,2:0,14,0:0,0.518519,0:2,5,2:0,2,0:9:6:0,10,0:0,4,0:7:6 chr5 44809162 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.073;QD=44.6898;RBI=0.00787425;REFB=0;REVB=0.00715879;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84627e-05;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr5 50045967 . G T 683.64 PASS AF=1;AO=31;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586328;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.032;QD=60.7678;RBI=0.0728429;REFB=0;REVB=0.0432236;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124949;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:45:0:0:31:45:1:12:19:0:0:17:28:0:0 chr5 50053015 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.508;QD=54.5174;RBI=0.0216702;REFB=0;REVB=-0.00461377;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06258e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr5 50057726 . AGGG AGGA,AGG 653.2 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=34,8;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260819,-0.145261;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=203.681,21.3415;QD=60.7625;RBI=0.0319447,0.149741;REFB=0,0;REVB=0.0184445,-0.0363541;RO=0;SAF=21,0;SAR=13,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.662921;SSEP=0,0.325771;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00104339,-0.0305325;OID=.,.;OPOS=50057729,50057727;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976744,0.0232558:34,8:43:42,1:43:0:21,0:21,1:0:0:4:0:21,0:13,8:0:0 chr5 50689580 . A T 196.26 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0160447;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.494;QD=24.5318;RBI=0.0402642;REFB=-0.0133591;REVB=-0.0369293;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556201;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0153175;OID=.;OPOS=50689580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:8:11:6:6:8:11:7:6 chr5 52087584 . T TCA 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681649;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=307.667;QD=40.7629;RBI=0.0682332;REFB=0;REVB=-0.00305245;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000413927;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:1:9:0:0:4:0:1:9:0:0 chr5 52096889 . C A 1020.16 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00248543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.421;QD=57.4736;RBI=0.0302269;REFB=-0.0343702;REVB=0.0301246;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000352583;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:34:35:1:0:35:35:1:0 chr5 52193287 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3469;QD=50.4131;RBI=0.0671206;REFB=0;REVB=-0.0617451;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747061;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 52201722 . C T 641.74 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=96;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0364402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.515;QD=26.4635;RBI=0.0370795;REFB=-0.0239879;REVB=-0.00685529;RO=40;SAF=30;SAR=26;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688918;STB=0.533908;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00899368;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:40:40:56:57:0.587629:26:30:25:15:26:31:25:15 chr5 52214581 . G A 694.78 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0222425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4516;QD=24.8135;RBI=0.0241602;REFB=0.00515718;REVB=0.00943327;RO=46;SAF=26;SAR=40;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208148;STB=0.501133;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00349027;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:40:26:18:28:40:26:18:28 chr5 52216217 . C T 196.61 PASS AF=0.366197;AO=20;DP=66;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0122053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.892;QD=11.0764;RBI=0.013078;REFB=-0.00996572;REVB=0.00469725;RO=45;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255811;STB=0.581434;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0245982;OID=.;OPOS=52216217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:45:45:20:26:0.366197:6:14:22:23:10:16:22:23 chr5 52229745 . T G 1621.78 PASS AF=0.588235;AO=150;DP=255;FAO=150;FDP=255;FR=.;FRO=105;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.00359866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.618;QD=25.4397;RBI=0.00735617;REFB=-0.00121787;REVB=-0.00641584;RO=104;SAF=63;SAR=87;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172645;STB=0.507627;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000800202;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:104:105:150:150:0.588235:87:63:46:58:87:63:46:59 chr5 52248291 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00260417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.884;QD=10.1418;RBI=0.0179615;REFB=-0.000288373;REVB=0.0177717;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.629409;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00193352;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:12:13:4:8:12:13 chr5 52347369 . C T 437.73 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0148217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0855;QD=38.9092;RBI=0.0283243;REFB=-0.0854847;REVB=0.0241367;RO=11;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076312;STB=0.541359;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0178471;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:21:13:6:5:21:13:6:5 chr5 52351413 . G A 746.71 PASS AF=0.619469;AO=65;DP=108;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0387987;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.885;QD=26.432;RBI=0.0528334;REFB=-0.0200674;REVB=0.0358614;RO=36;SAF=27;SAR=38;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750641;STB=0.543466;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0118432;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:36:43:65:70:0.619469:38:27:19:17:42:28:22:21 chr5 52379277 . C T 446.04 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0196624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.491;QD=23.4759;RBI=0.0203159;REFB=-0.0108452;REVB=-0.0051115;RO=33;SAF=27;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277305;STB=0.652104;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110535;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:16:27:9:24:16:27:9:24 chr5 52389428 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0607909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.292;QD=19.3697;RBI=0.0709686;REFB=0.0151484;REVB=0.0366198;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0135465;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:15:16:0.516129:8:7:7:7:9:7:8:7 chr5 52389455 . A G 557.83 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.923;QD=60.3061;RBI=0.0231083;REFB=0;REVB=0.00461133;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31434e-05;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr5 52389811 . T TAAAG 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412202;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=301.382;QD=55.0987;RBI=0.013385;REFB=0;REVB=0.0127345;RO=2;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.22826e-05;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:26:26:0:4:22:0:0:4:2:4:22:0:2 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 93.13 PASS AF=0.263158,0.0789474;AO=8,3;DP=49;FAO=10,3;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3,3;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0181339,-0.0173741;FXX=0.0499875;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=813.631,448.815;QD=9.80285;RBI=0.0225562,0.0194541;REFB=-0.00479631,-0.00225115;REVB=-0.0134143,-0.00875239;RO=36;SAF=3,3;SAR=5,0;SRF=25;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.375679,0.449144;STB=0.711446,0.99574;STBP=0.161,0.12;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131577,-0.00712904;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:49:38:36:25:8,3:10,3:0.263158,0.0789474:5,0:3,3:25:11:7,0:3,3:15:10 chr5 52778870 . CG AC,C 118.88 PASS AF=0,0.446809;AO=6,16;DP=51;FAO=0,21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=0,2;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0136744,0.0407041;FXX=0.129606;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=22.2168,11.0396;QD=10.1176;RBI=0.0361734,0.0545839;REFB=-0.0473376,-0.0558164;REVB=0.0334892,-0.0363673;RO=22;SAF=0,2;SAR=6,14;SRF=1;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602888,0.22239;STB=0.5,0.606813;STBP=1,0.509;TYPE=mnp,del;VARB=0.0176712,0.0626313;OID=.,.;OPOS=52778870,52778871;OREF=CG,G;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:47:22:26:6,16:0,21:0,0.446809:6,14:0,2:1:21:0,19:0,2:1:25 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 437.96 PASS AF=0.886792,0.0943396;AO=30,5;DP=51;FAO=47,5;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0;FSAR=45,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.265508,0.00490859;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.7297,206.76;QD=33.0534;RBI=0.305357,0.0236699;REFB=-0.054599,0.0342071;REVB=0.150826,-0.0231553;RO=10;SAF=0,0;SAR=30,5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.854997,-0.653638;STB=0.505492,0.5;STBP=0.647,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0230762,0.0164214;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.886792,0.0943396:30,5:51:47,5:53:1:2,0:45,5:0:1:25:10:0,0:30,5:1:9 chr5 52856504 . G C 175.88 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00964639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7369;QD=11.9243;RBI=0.0503091;REFB=-0.0223756;REVB=0.0493756;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145895;STB=0.577816;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0459236;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:7:15:20:16:7:15:21:16 chr5 52942083 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.096;QD=55.6561;RBI=0.0606872;REFB=0;REVB=-0.0102073;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274379;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr5 52942197 . A G 902.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.635;QD=58.2103;RBI=0.0482573;REFB=0;REVB=0.0471565;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29125e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr5 52979097 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0340899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.121;QD=16.6156;RBI=0.0348757;REFB=-0.0115653;REVB=-0.00736157;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339264;STB=0.683324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0180752;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:5:12:7:13:5:12:8:13 chr5 53344135 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.018724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.571;QD=24.0275;RBI=0.0251085;REFB=-0.00955973;REVB=0.0167287;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230493;STB=0.630942;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00366973;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:4:4:11:3:4:4 chr5 53606295 . T C 1573.04 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0616301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.604;QD=58.8051;RBI=0.0977573;REFB=0.0432217;REVB=-0.0758829;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00249276;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:59:47:0:1:59:47:0:1 chr5 53751901 . G A 415.31 PASS AF=0.804878;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00671869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=40.5183;RBI=0.032281;REFB=-0.0373463;REVB=0.0315741;RO=8;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.565572;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00763145;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:41:8:8:32:33:0.804878:18:14:1:7:18:15:1:7 chr5 53751988 . T C 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0261352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.168;QD=27.0654;RBI=0.0264501;REFB=-0.0234413;REVB=0.00406948;RO=22;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427911;STB=0.523352;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00969166;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:22:17:11:11:22:17:11:11 chr5 53815066 . C A 707.98 PASS AF=0.74359;AO=58;DP=78;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0340845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.823;QD=36.3065;RBI=0.0341279;REFB=-0.0392242;REVB=0.00171943;RO=20;SAF=32;SAR=26;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048774;STB=0.526213;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0114612;OID=.;OPOS=53815066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:20:58:58:0.74359:26:32:9:11:26:32:9:11 chr5 53815495 . A C 277.62 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0263642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.481;QD=20.5641;RBI=0.0288126;REFB=-0.0251992;REVB=0.011623;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325014;STB=0.531228;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0165817;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:25:29:29:0.537037:12:17:12:10:12:17:13:12 chr5 53815722 . G A 291.19 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0334439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.389;QD=26.4713;RBI=0.0334554;REFB=-0.0361528;REVB=0.00087716;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345809;STB=0.508922;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0152987;OID=.;OPOS=53815722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:15:11:8:9:15:11:8:10 chr5 53815918 . A C 174.2 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00309747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.994;QD=27.872;RBI=0.00716221;REFB=-0.00486936;REVB=-0.00645778;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530245;STB=0.549238;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00156625;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:7:8:17:17:0.68:8:9:3:4:8:9:3:5 chr5 53816782 . T C 360.5 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0297311;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=133.905;QD=22.889;RBI=0.0299615;REFB=-0.0245618;REVB=0.00370838;RO=23;SAF=13;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557191;STB=0.521235;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0135367;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:23:27:36:36:0.571429:23:13:10:13:23:13:11:16 chr5 53840239 . GA G,TG 81.09 PASS AF=0.657895,0;AO=15,2;DP=35;FAO=25,0;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14,0;FSAR=11,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0742879,-0.106201;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=6.9885,8.58286;QD=8.53628;RBI=0.156914,0.147083;REFB=0.0614367,0.0377306;REVB=0.138214,0.101758;RO=10;SAF=8,0;SAR=7,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0237195,-0.57573;STB=0.507457,0.5;STBP=0.909,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0134024,0;OID=.,.;OPOS=53840240,53840239;OREF=A,GA;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:35:38:10:13:15,2:25,0:0.657895,0:7,2:8,0:5:5:11,0:14,0:7:6 chr5 54252345 . T C 909.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433964;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.243;QD=56.8651;RBI=0.0499227;REFB=-0.0441591;REVB=0.0246784;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116608;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000165237;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:0:1:40:23:0:1 chr5 54253555 . A G 223.94 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0264071;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.401;QD=24.882;RBI=0.0291378;REFB=-0.00483667;REVB=-0.0123157;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.537154;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00272019;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:15:21:21:0.583333:13:8:7:9:13:8:7:8 chr5 54253581 . A G 250.13 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0161539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5449;QD=26.3299;RBI=0.0163326;REFB=0.0166458;REVB=0.00240932;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559846;STB=0.531008;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0159746;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:6:9:12:11:6:9 chr5 54326399 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0070591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.821;QD=20.7383;RBI=0.00714645;REFB=-0.0236036;REVB=-0.00111395;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0203096;OID=.;OPOS=54326399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr5 54403957 . T C 573.97 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8466;QD=60.4182;RBI=0.0922753;REFB=0;REVB=0.0913071;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550492;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr5 54404015 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.057;QD=61.335;RBI=0.0116118;REFB=0;REVB=0.00977705;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84481e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr5 54404057 . C G 551.52 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.721;QD=59.6237;RBI=0.0528429;REFB=0;REVB=0.04034;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133408;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:13:18:0:0:19:18:0:0 chr5 54410120 . A C 726.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2006;QD=63.1992;RBI=0.00941137;REFB=0;REVB=0.00353467;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61404e-05;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:32:13:0:0:33:13:0:0 chr5 54442491 . A T 797.2 PASS AF=0.669811;AO=71;DP=106;FAO=71;FDP=106;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0173938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.273;QD=30.083;RBI=0.0187479;REFB=-0.00622819;REVB=0.00699578;RO=34;SAF=42;SAR=29;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143965;STB=0.582377;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00287127;OID=.;OPOS=54442491;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:34:35:71:71:0.669811:29:42:12:22:29:42:12:23 chr5 54459961 . A G 742.66 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0254423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3679;QD=53.0472;RBI=0.03727;REFB=0.0197083;REVB=-0.027235;RO=2;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505778;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0046332;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:19:35:1:1:19:35:1:1 chr5 54466544 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.992;QD=56.7065;RBI=0.0579529;REFB=0;REVB=0.0576531;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507842;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 54572163 . T C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0223751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.987;QD=9.93204;RBI=0.0283896;REFB=-0.0121282;REVB=-0.0174735;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189318;STB=0.627447;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0263354;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:35:15:15:0.3:11:4:14:20:11:4:15:20 chr5 54645411 . G A 87.98 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0114545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.117;QD=14.663;RBI=0.011775;REFB=-0.00866831;REVB=0.00272862;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00761733;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:8:5:7:4:8:5 chr5 54674296 . A G 83.49 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00984276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.386;QD=6.30105;RBI=0.0179735;REFB=-0.008695;REVB=-0.0150388;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165267;STB=0.603608;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.029563;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:15:26:6:6:15:26 chr5 54830380 . A G 239.02 PASS AF=0.605263;AO=19;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0324769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0877;QD=25.1604;RBI=0.0682684;REFB=-0.0280055;REVB=0.0600486;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275822;STB=0.612002;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0835053;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:19:23:0.605263:9:10:13:2:9:14:13:2 chr5 55058992 . C A 202.46 PASS AF=0.329114;AO=24;DP=77;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0290922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7462;QD=10.2513;RBI=0.0300806;REFB=-0.01816;REVB=0.00764776;RO=52;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134328;STB=0.547247;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.060071;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:53:24:26:0.329114:16:8:23:29:16:10:24:29 chr5 55062756 . G A 106.6 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0486606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.725;QD=6.99021;RBI=0.100008;REFB=-0.0261847;REVB=0.0873715;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355142;STB=0.521712;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0745729;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:24:21:7:9:24:21 chr5 55062764 . T C 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0132632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.08;QD=8.04985;RBI=0.0133053;REFB=-0.00670168;REVB=-0.00105731;RO=45;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105343;STB=0.56331;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0156167;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:8:10:21:24:8:10:21:24 chr5 55082474 . C T 171.16 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0566854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.224;QD=7.36174;RBI=0.0567444;REFB=-0.0104023;REVB=0.00258816;RO=68;SAF=15;SAR=9;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137624;STB=0.578446;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0375292;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:69:24:24:0.258065:9:15:35:33:9:15:36:33 chr5 55149407 . T C 400.62 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0155167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.231;QD=24.2801;RBI=0.0163553;REFB=-0.00730258;REVB=0.00517001;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596377;STB=0.532694;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00740134;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:19:20:16:11:19:20:16:11 chr5 55155402 . C T 473.48 PASS AF=0.763636;AO=40;DP=54;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0929872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0666;QD=34.435;RBI=0.113013;REFB=-0.0489788;REVB=0.0642288;RO=14;SAF=24;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151758;STB=0.592938;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.020436;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:55:14:13:40:42:0.763636:16:24:4:10:16:26:3:10 chr5 55206444 . G A 727.65 PASS AF=0.67033;AO=61;DP=91;FAO=61;FDP=91;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0345625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9091;QD=31.9845;RBI=0.0349298;REFB=-0.00630058;REVB=0.00505247;RO=30;SAF=26;SAR=35;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585146;STB=0.531588;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00376459;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:30:61:61:0.67033:35:26:10:20:35:26:10:20 chr5 55246001 . A G 110.48 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.10695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0285;QD=16.3679;RBI=0.134322;REFB=-0.0333506;REVB=0.0812658;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.027956;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:12:14:13:13:0.481481:6:7:6:6:6:7:8:6 chr5 56161787 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.712;QD=58.5878;RBI=0.0209681;REFB=0;REVB=0.0207512;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44113e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr5 56168712 . C T 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0330282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3817;QD=12.6182;RBI=0.0330595;REFB=-0.0155873;REVB=-0.00143895;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444893;STB=0.525585;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0302086;OID=.;OPOS=56168712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:19:19:13:11:19:19 chr5 56177443 . G A 117.74 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00831987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.173;QD=12.3938;RBI=0.0206701;REFB=-0.0102384;REVB=0.0189218;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827774;STB=0.566831;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0145112;OID=.;OPOS=56177443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:13:14:0.368421:5:8:13:11:5:9:13:11 chr5 56177743 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.095;QD=57.2366;RBI=0.0247123;REFB=0;REVB=-0.00156192;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146378;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105628;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.228;QD=37.4885;RBI=0.0704817;REFB=0;REVB=0.0696857;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00105102;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:5:3:0:0:4:0:5:3:0:0 chr5 56178217 . A C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.389;QD=51.1829;RBI=0.0211364;REFB=0;REVB=0.0086455;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32326e-05;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr5 56191803 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAT,TACAAAAAAAAAATA 206.48 PASS AF=0.772727,0.0227273,0.204545;AO=8,2,2;DP=44;FAO=34,1,9;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1,9;FSAR=26,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.05473,-0.231913,-0.14881;FXX=0.0222173;HRUN=18,18,1;LEN=2,1,14;MLLD=3.52613,134.154,151.139;QD=18.7706;RBI=1.05533,0.232054,0.149066;REFB=-0.301253,-0.00218771,-0.0713538;REVB=0.0356411,0.00808647,0.00874114;RO=3;SAF=0,2,2;SAR=8,0,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.74993,0.74993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.532797,0.000963177,0.35602;OID=.,.,.;OPOS=56191804,56191817,56191803;OREF=AA,A,CAAAAAAAAAAAAA;OALT=-,T,TACAAAAAAAAAAT;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAT,TACAAAAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:62:44:44:3:0:8,2,2:34,1,9:0.772727,0.0227273,0.204545:8,0,0:0,2,2:0:3:26,0,0:8,1,9:0:0 chr5 56207123 . T A 357.25 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00761286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.767;QD=16.8115;RBI=0.00761397;REFB=0.000250096;REVB=-0.000130341;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501168;STB=0.538633;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000375372;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:18:20:26:19:18:20:28:19 chr5 56242774 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0117765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.453;QD=12.8974;RBI=0.0186196;REFB=-0.0112515;REVB=0.0144223;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145476;STB=0.575512;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0156107;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:16:17:0.361702:7:9:20:9:7:10:21:9 chr5 56526565 . G T 794.76 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.548;QD=63.5807;RBI=0.0555145;REFB=0;REVB=0.0344312;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485735;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:33:17:0:0 chr5 56526783 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.135;QD=59.6779;RBI=0.0124096;REFB=0;REVB=-0.00614396;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68419e-06;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr5 57750267 . A C 975.34 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00566262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7875;QD=57.3729;RBI=0.0171066;REFB=0.0124997;REVB=0.0161422;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00170042;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr5 57750350 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.877;QD=56.9569;RBI=0.0136079;REFB=0;REVB=0.00789797;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55115e-05;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 57754004 . C T 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0209204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.742;QD=33.4782;RBI=0.0441762;REFB=-0.043723;REVB=0.0389085;RO=12;SAF=10;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014299;STB=0.507807;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00430899;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:18:10:4:8:18:10:4:8 chr5 57754132 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.761;QD=54.5175;RBI=0.0345253;REFB=0;REVB=-0.0268209;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03743e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr5 57754808 . G A 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480463;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8016;QD=57.1425;RBI=0.0545652;REFB=0;REVB=-0.0258633;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804703;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr5 57755703 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0997779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.916;QD=8.81088;RBI=0.0999143;REFB=-0.0065377;REVB=0.00521845;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164673;STB=0.599715;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0115583;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:1:10:5:1:1:10 chr5 58267557 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1269;QD=63.1952;RBI=0.0394294;REFB=0;REVB=-0.0380376;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13065e-05;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr5 58267723 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.481;QD=46.848;RBI=0.0144167;REFB=0;REVB=-0.0036375;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44846e-05;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr5 59984897 . A T 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260485;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.248;QD=64.1654;RBI=0.0281245;REFB=0;REVB=0.0106049;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45845e-05;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr5 60241142 . G A 1015.18 PASS AF=0.986111;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00375331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.588;QD=56.3991;RBI=0.15793;REFB=-0.0147582;REVB=0.157886;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00613111;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:72:1:1:67:71:0.986111:32:35:1:0:36:35:1:0 chr5 61645870 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00825059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.201;QD=6.78766;RBI=0.0460701;REFB=-0.000621039;REVB=0.0453253;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201057;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00305391;OID=.;OPOS=61645870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:9:14:5:3:9:14 chr5 61694379 . T C 805.71 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257358;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.847;QD=57.5503;RBI=0.0134164;REFB=0;REVB=0.0131673;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123117;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 61697859 . C T 464.25 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.616;QD=58.0316;RBI=0.03761;REFB=0;REVB=0.0228709;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74922e-05;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:28:32:1:14:14:0:0:15:17:0:0 chr5 61772591 . T C 290.36 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0121601;FXX=0.0394685;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.4375;QD=15.91;RBI=0.0121607;REFB=-0.00751413;REVB=-0.00012123;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301486;STB=0.520283;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00609295;OID=.;OPOS=61772591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:32:41:32:32:0.438356:20:12:11:21:20:12:14:27 chr5 61847073 . G C 117.58 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0174315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.645;QD=7.58596;RBI=0.0219928;REFB=-0.013542;REVB=0.01341;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119471;STB=0.572433;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0354932;OID=.;OPOS=61847073;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:10:7:23:22:10:7:23:22 chr5 63905068 . A G 2081.68 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325735;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8089;QD=62.607;RBI=0.00776979;REFB=0;REVB=0.00705403;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273301;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:68:65:0:0:68:65:0:0 chr5 63907999 . TC T 46.98 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0416417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8768;QD=8.94855;RBI=0.0443119;REFB=0.0316156;REVB=0.0151497;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.602151;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=-0.0476687;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:7:21:8:21:13:5:3:6:7:46:13:4:3:6:7 chr5 63991473 . G C 163.97 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00921595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0119;QD=13.6641;RBI=0.0235118;REFB=0.0205794;REVB=0.0216303;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426907;STB=0.754193;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0425297;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:5:13:9:20:5:13:9:21 chr5 64015361 . G C 149.39 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0354031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.59;QD=8.07517;RBI=0.0555727;REFB=-0.0276192;REVB=-0.0428362;RO=52;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175085;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0650356;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:53:21:21:0.283784:11:10:24:28:11:10:25:28 chr5 64023924 . C A 172.75 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00486767;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.22;QD=6.45804;RBI=0.00858796;REFB=-0.00198488;REVB=-0.00707523;RO=73;SAF=17;SAR=9;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845889;STB=0.568767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00377728;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:81:26:26:0.242991:9:17:43:30:9:17:46:35 chr5 64023981 . C T 228.93 PASS AF=0.268293;AO=34;DP=124;FAO=33;FDP=123;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.00544258;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.04;QD=7.44481;RBI=0.00903064;REFB=-0.00325504;REVB=-0.00720631;RO=85;SAF=22;SAR=12;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294191;STB=0.711919;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0114852;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:85:90:34:33:0.268293:12:22:34:51:11:22:33:57 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=53;DP=89;LEN=9;RO=36;SAF=22;SAR=39;SRF=13;SRR=15;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:89:36:53:39:22:13:15 chr5 64097145 . C G 504.79 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0268794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.475;QD=31.0641;RBI=0.0361429;REFB=-0.027126;REVB=0.024162;RO=20;SAF=13;SAR=32;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063373;STB=0.534232;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0109195;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:45:45:0.692308:32:13:4:16:32:13:4:16 chr5 64267595 . T C 231.81 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0158772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.098;QD=23.1813;RBI=0.0269244;REFB=-0.0905179;REVB=-0.0217449;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312154;STB=0.578873;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0523061;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:40:9:15:20:21:0.525:10:10:5:4:10:11:5:10 chr5 64273018 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00695261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.614;QD=19.4667;RBI=0.00697757;REFB=4.07033e-05;REVB=0.00058969;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178316;STB=0.60117;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-2.69118e-05;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:12:12:15:7:12:12 chr5 64537950 . G C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0218862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.316;QD=7.52637;RBI=0.0504471;REFB=0.016413;REVB=-0.0454523;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448843;STB=0.528237;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0399932;OID=.;OPOS=64537950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:18:6:2:7:18:6 chr5 64881936 . A G 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.052736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.656;QD=11.491;RBI=0.0536586;REFB=-0.0020949;REVB=-0.00990765;RO=32;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397641;STB=0.739192;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00295474;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:13:3:16:16:13:3:16:16 chr5 64926315 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00333232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.864;QD=16.4079;RBI=0.0070759;REFB=-0.000491345;REVB=-0.00624212;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124183;STB=0.571359;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.000714555;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:13:16:14:7:13:16 chr5 65108215 . A G 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0112777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.584;QD=7.62958;RBI=0.0126634;REFB=-0.00594078;REVB=-0.00575974;RO=63;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702987;STB=0.504234;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0184135;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:14:9:25:38:14:9:25:38 chr5 65167288 . G T 214.49 PASS AF=0.23741;AO=29;DP=135;FAO=33;FDP=139;FR=.;FRO=106;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.00242771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.122;QD=6.17244;RBI=0.0103846;REFB=-0.0063408;REVB=0.0100969;RO=106;SAF=14;SAR=15;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074249;STB=0.500223;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191656;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:106:106:29:33:0.23741:15:14:45:61:19:14:45:61 chr5 65317181 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0108028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.542;QD=27.3903;RBI=0.0342399;REFB=-0.0033695;REVB=-0.0324911;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866655;STB=0.547899;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00165854;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:8:12:8:3:8:12:8:3 chr5 65350374 . A G 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0333941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.397;QD=8.09016;RBI=0.0338667;REFB=0.0125895;REVB=-0.00563807;RO=53;SAF=8;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198647;STB=0.618934;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0314733;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:13:8:29:24:13:8:29:24 chr5 66283374 . C T 919.96 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.528;QD=58.4103;RBI=0.0341846;REFB=0;REVB=0.0339776;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145871;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr5 66459878 . G C 480.32 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4725;QD=56.5086;RBI=0.0199834;REFB=0;REVB=0.0133023;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194376;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:12:21:1:0:12:22:0:0 chr5 66480004 . T C 581.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720481;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.342;QD=61.2143;RBI=0.00952549;REFB=0;REVB=-0.00623103;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434969;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr5 67494070 . A T 123.75 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0174143;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9217;QD=8.68439;RBI=0.0205028;REFB=-0.00240259;REVB=0.0108215;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161335;STB=0.596594;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00371762;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:40:17:17:0.298246:7:10:18:22:7:10:18:22 chr5 67522722 . C T 870.99 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290418;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.905;QD=58.0658;RBI=0.023709;REFB=0;REVB=-0.0235304;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84413e-05;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr5 68266553 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.647;QD=60.9785;RBI=0.0652723;REFB=0;REVB=-0.0252722;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227883;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr5 68411954 . C T 91.01 PASS AF=0.5;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0102877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.59;QD=16.5474;RBI=0.0441765;REFB=-0.0397033;REVB=0.0429619;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0296412;OID=.;OPOS=68411954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:8:11:0.5:4:4:7:4:6:5:7:4 chr5 68417643 . C T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00926482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.642;QD=55.0447;RBI=0.0306047;REFB=0.0583794;REVB=0.0291687;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000166058;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr5 68419054 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.106;QD=57.2025;RBI=0.0412308;REFB=0;REVB=-0.0402788;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116175;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 68525027 . C T 164.07 PASS AF=0.372549;AO=20;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0603238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8415;QD=12.868;RBI=0.0604002;REFB=0.0082251;REVB=-0.00303595;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174079;STB=0.658373;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0375721;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:32:20:19:0.372549:8:12:12:16:7:12:12:20 chr5 68531253 . C T 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00613941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.141;QD=12.3838;RBI=0.0137181;REFB=0.00223474;REVB=-0.0122676;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299822;STB=0.517229;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00322176;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:15:14:25:24:15:14:25:24 chr5 68546706 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0193677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.962;QD=14.1389;RBI=0.02022;REFB=0.0013643;REVB=0.00580889;RO=20;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446063;STB=0.765518;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0014223;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:12:2:10:10:12:2:10:10 chr5 68551507 . T G 45.36 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0444075;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.412;QD=6.97913;RBI=0.0455987;REFB=0.0111616;REVB=-0.0103548;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.533238;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0172718;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:9:10:4:3:9:10 chr5 68609885 . G T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0151175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.017;QD=8.08959;RBI=0.0160727;REFB=0.00158811;REVB=0.00545819;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.571271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00456089;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:5:4:11:10:5:4:12:10 chr5 68616331 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0719287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.617;QD=27.3903;RBI=0.079017;REFB=0.0070487;REVB=-0.0327101;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158079;STB=0.588141;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00355298;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:5:6:15:5:5:6 chr5 68688608 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00485721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0707;QD=14.096;RBI=0.0263752;REFB=0.00425753;REVB=-0.0259241;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326299;STB=0.689811;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0104963;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:4:10:4:7:4:10 chr5 68695940 . T G 125.92 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0641991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7819;QD=10.9495;RBI=0.0712542;REFB=-0.014651;REVB=0.0309133;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330078;STB=0.697612;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0306741;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:14:17:4:11:14:17 chr5 68715310 . C T 58.25 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00415989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.024;QD=8.9622;RBI=0.0130973;REFB=-0.0122072;REVB=0.0124191;RO=17;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.744471;STB=0.77973;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0466388;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:26:26:17:17:8:9:0.346154:8:0:7:10:8:1:7:10 chr5 68720419 . T G 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-5.13243e-06;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.823;QD=25.2766;RBI=0.0137555;REFB=-0.00121106;REVB=0.0137555;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188515;STB=0.604215;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00107845;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:2:10:11:8:2:10 chr5 68775065 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.056;QD=44.6898;RBI=0.0196129;REFB=0;REVB=0.0111616;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76129e-05;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr5 70308251 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.466;QD=58.6003;RBI=0.022914;REFB=0;REVB=-0.00612986;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2062e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr5 70751818 . T G 284.14 PASS AF=0.274648;AO=39;DP=142;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.031658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9362;QD=8.00392;RBI=0.0321879;REFB=-0.0115053;REVB=-0.00581655;RO=99;SAF=15;SAR=24;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374293;STB=0.539305;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0268047;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:99:103:39:39:0.274648:24:15:41:58:24:15:45:58 chr5 70800475 . C T 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0466189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.546;QD=7.86439;RBI=0.0566125;REFB=-0.0161625;REVB=-0.0321193;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117699;STB=0.570856;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0188581;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:10:8:25:21:10:8:25:21 chr5 70806958 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00196816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.145;QD=8.40206;RBI=0.0288393;REFB=-0.0116387;REVB=-0.0287721;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466663;STB=0.7992;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0213914;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:9:12:8:1:9:12 chr5 70807016 . CT C 42.18 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.109849;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.8565;QD=8.88061;RBI=0.164247;REFB=0.0698253;REVB=-0.122108;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0.471698;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.627605;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=-0.0900902;OID=.;OPOS=70807017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:9:19:10:19:9:1:9:2:7:41:8:1:8:2:6 chr5 70834926 . T C 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00828171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.841;QD=7.32694;RBI=0.0185529;REFB=-0.00336572;REVB=0.0166019;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275046;STB=0.671854;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.023024;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:8:13:3:5:8:13 chr5 70837295 . A C 64.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00782846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.834;QD=9.48519;RBI=0.0215526;REFB=-0.0136176;REVB=0.0200806;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244923;STB=0.649663;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0195099;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:8:10:3:6:8:10 chr5 70858194 . C T 193.42 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00435808;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0324;QD=9.91911;RBI=0.0284829;REFB=-0.0112126;REVB=-0.0281475;RO=53;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037012;STB=0.521722;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0236703;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:53:53:25:25:0.320513:11:14:28:25:11:14:28:25 chr5 70932002 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0462196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.953;QD=9.49153;RBI=0.0629439;REFB=-0.0126206;REVB=-0.042728;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0193066;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:9:9:6:3:9:9 chr5 70945075 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.878;QD=59.4355;RBI=0.0714492;REFB=0;REVB=0.0586808;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590175;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr5 71146741 . T G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.969;QD=34.6655;RBI=0.0175691;REFB=0.120273;REVB=0;RO=1;SAF=10;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00423284;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:0:10:1:0:0:10:1:0 chr5 71146757 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.223;QD=56.9377;RBI=0.0503258;REFB=0;REVB=-0.0476789;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723575;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr5 71146882 . T C 3920.62 PASS AF=1;AO=252;DP=255;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065405;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.022;QD=62.2321;RBI=0.0136196;REFB=0;REVB=0.0119463;RO=0;SAF=167;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30007e-05;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:252:0:0:252:252:1:85:167:0:0:85:167:0:0 chr5 71146889 . A G 3800.13 PASS AF=0.992;AO=244;DP=247;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=168;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00594165;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.016;QD=60.802;RBI=0.0232298;REFB=-0.172596;REVB=0.0224571;RO=2;SAF=165;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574223;STB=0.502958;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000811674;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:247:250:2:2:244:248:0.992:79:165:2:0:80:168:2:0 chr5 71412292 . A G 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.014397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.193;QD=43.8423;RBI=0.0145525;REFB=-0.0724588;REVB=-0.00212181;RO=4;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168067;STB=0.509084;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00200464;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:18:8:1:3:18:8:1:3 chr5 71489082 . G GT 251.16 PASS AF=1;AO=20;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21773;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7889;QD=27.9072;RBI=0.218359;REFB=-0.0384364;REVB=0.0165592;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.020915;OID=.;OPOS=71489083;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:37:36:36:0:25:11:0:0:4:15:14:6:11:4 chr5 71490962 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7378;QD=48.6223;RBI=0.0428228;REFB=-0.141349;REVB=0.0284369;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00926856;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:1:0 chr5 71495041 . T C 589.85 PASS AF=0.589744;AO=40;DP=77;FAO=46;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.014055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5998;QD=30.2489;RBI=0.0144124;REFB=0.00495789;REVB=-0.00318958;RO=19;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263604;STB=0.626815;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0107515;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:19:20:40:46:0.589744:16:24:19:0:21:25:19:1 chr5 71524160 . C G 379.18 PASS AF=0.678571;AO=33;DP=52;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0345795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.647;QD=27.0846;RBI=0.0346832;REFB=-0.00779256;REVB=-0.00267999;RO=18;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133042;STB=0.509429;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00895567;OID=.;OPOS=71524160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:18:18:33:38:0.678571:19:14:8:10:20:18:8:10 chr5 71756102 . G A 299.93 PASS AF=0.296296;AO=40;DP=135;FAO=40;FDP=135;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0293265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0912;QD=8.88668;RBI=0.0596538;REFB=0.0123638;REVB=0.0519474;RO=95;SAF=14;SAR=26;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153604;STB=0.590408;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0168697;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:95:95:40:40:0.296296:26:14:45:50:26:14:45:50 chr5 71756670 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0171279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.634;QD=9.49163;RBI=0.0222562;REFB=-0.00460648;REVB=0.0142118;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00729843;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:8:10:6:3:8:10 chr5 72174432 . C G 217.38 PASS AF=0.304348;AO=27;DP=90;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0103321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7924;QD=9.45139;RBI=0.0602733;REFB=-0.0120882;REVB=-0.0593812;RO=62;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692502;STB=0.553043;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0371744;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:62:64:27:28:0.304348:18:9:24:38:19:9:25:39 chr5 72184098 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000699641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.692;QD=9.85811;RBI=0.00142162;REFB=-0.0107717;REVB=0.00123754;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927648;STB=0.56918;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0154363;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:8:5:13:15:8:5:14:15 chr5 72347223 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0090243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.573;QD=10.4722;RBI=0.0114866;REFB=0.00327302;REVB=0.00710662;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524889;STB=0.81676;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0153916;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:15:9:10:2:15:9 chr5 72348272 . A G 368.01 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0241709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.299;QD=29.4409;RBI=0.0254394;REFB=-0.038201;REVB=0.00793312;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213865;STB=0.511742;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.024561;OID=.;OPOS=72348272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:17:14:8:11:17:14:8:11 chr5 72385914 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0115008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8252;QD=14.8335;RBI=0.0504588;REFB=-0.0339346;REVB=0.0491306;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174802;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:15:15:11:11:15:15 chr5 72395915 . G A 518.92 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0122291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.527;QD=28.434;RBI=0.0161821;REFB=-0.0193471;REVB=0.0105977;RO=24;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800744;STB=0.507278;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0126497;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:24:26:47:47:0.643836:28:19:10:14:28:19:10:16 chr5 72419410 . A G 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.126;QD=58.0557;RBI=0.0152208;REFB=0;REVB=0.00915358;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60395e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr5 72419456 . C G 414.87 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0265273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0541;QD=36.0759;RBI=0.040145;REFB=0.0301504;REVB=-0.0301317;RO=13;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2706;STB=0.646744;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0207456;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:13:20:1:12:13:20:1:12 chr5 72419617 . C A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0163799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.987;QD=20.5629;RBI=0.0164126;REFB=-0.00591442;REVB=0.00103571;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171578;STB=0.50953;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00526389;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:9:16:18:11:9:16 chr5 72742882 . T C 349.45 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.00422556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.328;QD=27.9562;RBI=0.00690139;REFB=-0.0192707;REVB=0.00545654;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347349;STB=0.689184;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0252077;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:14:16:1:19:14:16:1:19 chr5 72795160 . AATCTC A 97.0 PASS AF=0.339623;AO=15;DP=51;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0129453;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=284.102;QD=7.32101;RBI=0.0142994;REFB=-0.00731607;REVB=-0.00607401;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134148;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=0.0171904;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623:15:51:18:53:35:7:11:13:22:97:34:7:8:12:22 chr5 72795176 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0172655;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.437;QD=14.132;RBI=0.0181912;REFB=-0.00674478;REVB=-0.00572902;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535825;STB=0.531002;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00743676;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:10:21:12:7:10:21 chr5 72798845 . A G 116.12 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0148525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0329;QD=21.1128;RBI=0.0352171;REFB=-0.0374901;REVB=0.0319319;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.608515;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0325139;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:21:22:8:9:13:13:0.590909:3:10:4:4:3:10:5:4 chr5 72868447 . T C 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0117741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.491;QD=38.7904;RBI=0.0893304;REFB=-0.0544137;REVB=0.088551;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434848;STB=0.523783;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00550005;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:9:9:2:1:9:9:2:1 chr5 73076511 . C A 514.17 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0418582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7893;QD=43.759;RBI=0.0425692;REFB=0.0593611;REVB=-0.00774803;RO=9;SAF=23;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098818;STB=0.553236;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.01462;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:15:23:3:6:15:23:3:6 chr5 73090261 . T C 370.59 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0140038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.957;QD=42.3528;RBI=0.0140102;REFB=-0.0386893;REVB=0.000423279;RO=6;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165354;STB=0.50894;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00800456;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:16:13:3:3:16:13:3:3 chr5 73091149 . C T 303.33 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0273452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.667;QD=26.3761;RBI=0.0359776;REFB=-0.0125425;REVB=0.02338;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929348;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00872087;OID=.;OPOS=73091149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:26:27:0.586957:14:12:9:10:14:13:9:10 chr5 73144845 . A G 557.21 PASS AF=0.824561;AO=45;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0209486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.209;QD=39.1026;RBI=0.0492649;REFB=-0.00661252;REVB=0.0445891;RO=11;SAF=26;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220415;STB=0.522665;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00182202;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:57:57:11:10:45:47:0.824561:19:26:7:4:20:27:7:3 chr5 73164038 . CTTTC CTTC,CTTCA 116.8 PASS AF=0.404762,0.0238095;AO=14,2;DP=42;FAO=17,1;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=16,1;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0618672,-0.10811;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.9185,24.6784;QD=11.1234;RBI=0.0936853,0.112557;REFB=-0.0407499,-0.0250307;REVB=-0.0703519,-0.0313233;RO=22;SAF=14,2;SAR=0,0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.812497,0.518239;STB=0.891854,0.990558;STBP=0.001,0.264;TYPE=del,mnp;VARB=0.0310959,0.110917;OID=.,.;OPOS=73164039,73164041;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=CTTC,CTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762,0.0238095:14,2:42:17,1:42:24:16,1:1,0:11:13:99:22:14,2:0,0:10:12 chr5 73179672 . C T 564.34 PASS AF=0.851852;AO=44;DP=51;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00386292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.464;QD=41.8033;RBI=0.0071521;REFB=-0.00529478;REVB=0.00601917;RO=7;SAF=24;SAR=20;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812878;STB=0.528041;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00129189;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:51:54:7:8:44:46:0.851852:20:24:6:1:20:26:6:2 chr5 73471334 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7477;QD=56.9378;RBI=0.0286604;REFB=0;REVB=-0.0279214;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184696;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr5 73930751 . C T 246.81 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0318502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8985;QD=31.8467;RBI=0.0324896;REFB=0.0229382;REVB=-0.00641368;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266071;STB=0.64504;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0066578;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:11:11:0:9:11:11:0:9 chr5 73931246 . T C 191.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.335;QD=47.7617;RBI=0.150474;REFB=0;REVB=0.010154;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894889;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 73932315 . T C 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00962018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.437;QD=44.5057;RBI=0.0237378;REFB=-0.0257649;REVB=-0.0217011;RO=3;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042859;STB=0.5232;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00183552;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:11:13:1:2:11:13:1:2 chr5 73981270 . T C 97.12 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.423;QD=38.8499;RBI=0.084548;REFB=0;REVB=0.079365;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184356;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr5 74326561 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 202.26 PASS AF=0.875,0;AO=25,2;DP=41;FAO=35,0;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=21,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.195841,-0.169329;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.10192,49.9117;QD=20.2262;RBI=0.26491,0.169371;REFB=-0.120035,-0.00339674;REVB=0.178391,-0.00376705;RO=9;SAF=15,2;SAR=10,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.182949,0.694553;STB=0.550991,0.5;STBP=0.089,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.102155,0;OID=.,.;OPOS=74326562,74326566;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875,0:25,2:41:35,0:40:5:21,0:14,0:1:4:16:9:15,2:10,0:2:7 chr5 74442410 . G A 419.24 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00598174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1217;QD=38.1129;RBI=0.0180145;REFB=0.0199262;REVB=0.0169924;RO=11;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459457;STB=0.524872;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00749152;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:11:11:33:33:0.75:21:12:3:8:21:12:3:8 chr5 74442920 . A G 621.47 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.015574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.035;QD=55.2413;RBI=0.0169944;REFB=-0.0110053;REVB=0.00680133;RO=3;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197437;STB=0.50955;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000661837;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:3:3:41:42:0.933333:21:20:1:2:22:20:1:2 chr5 74443132 . C T 469.89 PASS AF=0.897436;AO=33;DP=37;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0183469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.291;QD=48.1939;RBI=0.041537;REFB=-0.0492197;REVB=0.0372655;RO=4;SAF=23;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746209;STB=0.537017;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00465726;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:39:4:4:33:35:0.897436:10:23:4:0:10:25:4:0 chr5 74491715 . TTCA T 418.58 PASS AF=0.923077;AO=33;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00934815;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=3;MLLD=296.63;QD=42.9309;RBI=0.0445687;REFB=0.00477662;REVB=0.0435773;RO=2;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000122092;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:33:39:36:39:3:24:12:2:1:7:2:22:11:1:1 chr5 74491956 . T C 742.27 PASS AF=0.903226;AO=55;DP=61;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00058154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.04;QD=47.8884;RBI=0.0345797;REFB=-0.016611;REVB=0.0345748;RO=5;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528935;STB=0.532597;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0010219;OID=.;OPOS=74491956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:61:62:5:6:55:56:0.903226:42:13:0:5:43:13:0:6 chr5 74681773 . T C 1204.95 PASS AF=0.893617;AO=82;DP=92;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0296679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3834;QD=51.2746;RBI=0.0761414;REFB=-0.0327651;REVB=0.0701237;RO=10;SAF=43;SAR=39;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459811;STB=0.522526;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00433392;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:94:10:10:82:84:0.893617:39:43:3:7:41:43:3:7 chr5 74877266 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0295573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.268;QD=43.6826;RBI=0.029599;REFB=0.0162694;REVB=-0.00157005;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708106;STB=0.538424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00157496;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:0:2:12:8:0:2 chr5 74921686 . G A 493.08 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00290966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.855;QD=41.9647;RBI=0.0203893;REFB=-0.0430056;REVB=-0.0201806;RO=10;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118356;STB=0.560753;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00562606;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:10:10:36:37:0.787234:23:13:1:9:24:13:1:9 chr5 74970024 . T C 443.19 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00263113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.715;QD=35.4555;RBI=0.0265824;REFB=-0.0369407;REVB=-0.0264519;RO=15;SAF=25;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228915;STB=0.624925;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00816479;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:10:25:5:10:10:25:5:10 chr5 74998606 . G A 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.027657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.413;QD=45.3101;RBI=0.0283073;REFB=-0.0395777;REVB=0.00603297;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102757;STB=0.555511;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00248115;OID=.;OPOS=74998606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:12:13:0:3:12:13:0:3 chr5 75003678 . T C 887.9 PASS AF=0.868421;AO=66;DP=77;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=4.66041e-05;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.929;QD=46.7317;RBI=0.0323319;REFB=-0.0178099;REVB=0.0323318;RO=10;SAF=32;SAR=34;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210092;STB=0.511179;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00252465;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:76:10:10:66:66:0.868421:34:32:4:6:34:32:4:6 chr5 75008193 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.026;QD=45.8053;RBI=0.0284128;REFB=0;REVB=0.0261742;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594212;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 75427935 . G A 529.67 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2609;QD=57.2618;RBI=0.077345;REFB=-0.141046;REVB=0.074311;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00643611;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:23:13:1:0:23:14:0:0 chr5 75906851 . T C 669.09 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0246055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.13;QD=45.3617;RBI=0.0463465;REFB=-0.0397487;REVB=0.0392756;RO=6;SAF=31;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014254;STB=0.51463;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00549653;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:6:7:52:52:0.881356:21:31:4:2:21:31:5:2 chr5 75906923 . C G 724.35 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=6.92652e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.036;QD=47.4981;RBI=0.0163916;REFB=-0.0314564;REVB=0.0163915;RO=5;SAF=27;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483844;STB=0.517276;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00429991;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:5:6:55:55:0.901639:28:27:4:1:28:27:4:2 chr5 75923294 . T G 712.27 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.936;QD=63.3132;RBI=0.0379233;REFB=0;REVB=0.000473989;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401675;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:10:28:0:0:10:35:0:0 chr5 75923307 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.844;QD=63.583;RBI=0.0112959;REFB=0;REVB=0.0111399;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86342e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chr5 75960865 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.044;QD=45.8066;RBI=0.0402483;REFB=0;REVB=0.0362766;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271236;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr5 76171252 . A C 365.54 PASS AF=0.789474;AO=23;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0146385;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.206;QD=38.478;RBI=0.0202321;REFB=-0.10102;REVB=0.0139661;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308551;STB=0.546069;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0267385;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:4:8:23:30:0.789474:9:14:2:2:16:14:2:6 chr5 76343999 . T C 369.13 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.010082;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.819;QD=43.4274;RBI=0.0251407;REFB=-0.00022423;REVB=0.0230305;RO=4;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297872;STB=0.530783;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000232353;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:35:34:4:5:26:27:0.794118:10:16:2:2:11:16:2:3 chr5 76704849 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.695;QD=57.2026;RBI=0.0072614;REFB=0;REVB=0.00432047;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44881e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr5 76707980 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.361;QD=43.016;RBI=0.0297248;REFB=0.036389;REVB=0.0217122;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00293389;OID=.;OPOS=76707980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr5 76708987 . A G,T 1296.88 PASS AF=0.85567,0.0721649;AO=83,8;DP=97;FAO=83,7;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=37,1;FSAR=46,6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0145235,-0.0218464;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=113.625,25.4889;QD=53.4795;RBI=0.0170205,0.0660076;REFB=-0.00514868,-0.0433793;REVB=-0.00887493,-0.0622875;RO=6;SAF=36,2;SAR=47,6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00858081,-0.21129;STB=0.501355,0.705189;STBP=0.955,0.254;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000357954,0.107925;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:97:97:6:7:83,8:83,7:0.85567,0.0721649:47,6:36,2:3:3:46,6:37,1:3:4 chr5 76722443 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8665;QD=56.7047;RBI=0.0284135;REFB=0;REVB=-0.0280471;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267782;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 76722895 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.089;QD=33.4285;RBI=0.0640448;REFB=0;REVB=0.032115;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789544;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 76734084 . C T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689204;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.449;QD=59.8621;RBI=0.0310907;REFB=0;REVB=0.0303172;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79352e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr5 76916335 . G GC 462.11 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477855;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2195;QD=48.6429;RBI=0.081379;REFB=0;REVB=0.0658718;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000865549;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:38:38:0:17:21:0:0:8:2:17:21:1:1 chr5 76926578 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152307;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.384;QD=58.1412;RBI=0.015343;REFB=0;REVB=-0.00185304;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67744e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr5 77011066 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.659;QD=63.5812;RBI=0.0395897;REFB=0;REVB=0.0387568;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.788e-05;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr5 77298617 . C CT 160.97 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396522;FXX=0.205822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.2058;QD=23.8475;RBI=0.0655937;REFB=0;REVB=0.0522517;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0244594;OID=.;OPOS=77298618;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:34:27:27:0:21:6:0:0:4:30:3:1:20:10 chr5 77298619 . A C,T 487.08 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=4,30;DP=34;FAO=4,30;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164962,0.0333448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7719,97.7151;QD=57.3037;RBI=0.0264937,0.0427056;REFB=0,0;REVB=0.0207314,0.0266813;RO=0;SAF=3,20;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0253685,0.00663264;OID=.,.;OPOS=77298619,77298619;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:34:34:0:0:4,30:4,30:0.117647,0.882353:1,10:3,20:0:0:1,10:3,20:0:0 chr5 77318835 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0755291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.701;QD=36.3483;RBI=0.0771371;REFB=-0.00985977;REVB=0.0156684;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00305948;OID=.;OPOS=77318835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr5 77425028 . A T 1259.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.297;QD=61.4598;RBI=0.0264015;REFB=0;REVB=0.00273545;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19657e-05;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:78:82:1:43:35:0:0:44:38:0:0 chr5 77745853 . C CA 118.04 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.38146;QD=29.51;RBI=0.0348974;REFB=0;REVB=0.00895499;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00889827;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:16:16:16:0:10:6:0:0:3:4:9:3:2:2 chr5 77781785 . C CT 377.82 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4586;QD=35.9825;RBI=0.168065;REFB=-0.0323267;REVB=0.140348;RO=10;SAF=16;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0227049;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:44:42:42:0:17:25:0:0:6:10:16:18:3:7 chr5 77784738 . A G 714.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.601;QD=62.1088;RBI=0.0581779;REFB=0;REVB=0.0578984;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00649792;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:19:24:0:0:22:24:0:0 chr5 78181477 . C T 629.29 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0118441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.847;QD=45.7665;RBI=0.0200354;REFB=-0.0549325;REVB=0.0161597;RO=6;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058727;STB=0.531308;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00373148;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:27:22:1:5:27:22:1:5 chr5 78340257 . C G 919.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.861;QD=58.3732;RBI=0.00782426;REFB=0;REVB=0.00771741;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9571e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr5 78340286 . A G 961.07 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022114;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.4;QD=59.1426;RBI=0.0333324;REFB=0;REVB=0.0332589;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475254;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr5 78347298 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0594212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4514;QD=28.537;RBI=0.0794046;REFB=0.00524249;REVB=-0.0526708;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0110467;OID=.;OPOS=78347298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr5 78351635 . GA G,GC 523.45 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=4,30;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255565,0.0417392;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8001,68.7925;QD=58.1614;RBI=0.0261075,0.0788606;REFB=0,0;REVB=0.00533559,-0.0669091;RO=0;SAF=4,10;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0304164,0.0109341;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:4,30:36:2,34:36:0:2,12:0,22:0:0:6:0:4,10:0,20:0:0 chr5 78373431 . C T 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0032324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.235;QD=60.855;RBI=0.00323242;REFB=-0.0372171;REVB=-9.50863e-06;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144681;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000205367;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:32:14:0:1:32:14:0:1 chr5 78421959 . G A 817.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.988;QD=57.3906;RBI=0.0049733;REFB=0;REVB=0.00299236;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5627e-06;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr5 78423621 . C T 1078.81 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.476;QD=59.934;RBI=0.0157899;REFB=0;REVB=-0.00861998;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34389e-06;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr5 78573790 . A T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.451;QD=62.9797;RBI=0.0118771;REFB=0;REVB=0.0109098;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84175e-05;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr5 78596044 . T C 1323.4 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00106121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.248;QD=60.8458;RBI=0.0125079;REFB=-0.0841146;REVB=0.0124628;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000268792;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:44:41:0:0:45:41:0:1 chr5 78617534 . T G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00711407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.478;QD=57.3933;RBI=0.0181331;REFB=-0.00120173;REVB=0.0166793;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=3.86102e-05;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:1:0 chr5 79024779 . A G 1072.6 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.204;QD=57.2055;RBI=0.0279858;REFB=-0.110629;REVB=0.0194736;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.511625;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000811945;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:31:41:1:0:31:42:2:0 chr5 79025317 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.591;QD=44.6895;RBI=0.0211998;REFB=0;REVB=0.0167711;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284691;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr5 79025634 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.196;QD=45.8068;RBI=0.0219726;REFB=0;REVB=-0.0214464;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438698;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr5 79026360 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.9;QD=58.1421;RBI=0.0210071;REFB=0;REVB=0.0143654;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78721e-05;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr5 79026539 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.448;QD=42.1826;RBI=0.0425747;REFB=0;REVB=-0.0126029;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896672;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 79027605 . T C 68.05 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.204;QD=34.0247;RBI=0.0810506;REFB=0;REVB=0.081028;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167479;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:1:4:0:0:4:4:0:0 chr5 79027700 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.2108;QD=55.6514;RBI=0.0392626;REFB=0;REVB=-0.0198344;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675078;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr5 79028472 . C T 174.02 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.152;QD=46.4064;RBI=0.0599929;REFB=0;REVB=0.0599812;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045095;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr5 79028513 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.125;QD=45.8067;RBI=0.0670984;REFB=0;REVB=0.0375577;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128235;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 79028586 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.303;QD=42.1826;RBI=0.0431288;REFB=0;REVB=-0.0146734;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691771;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 79029288 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.684;QD=54.5176;RBI=0.0108444;REFB=0;REVB=0.00383854;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17249e-05;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr5 79029383 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.134;QD=46.8476;RBI=0.0429468;REFB=0;REVB=-0.031427;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106207;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 79029749 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5175;QD=35.5757;RBI=0.0910562;REFB=0;REVB=0.038679;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00951996;OID=.;OPOS=79029749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr5 79030045 . A G 361.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.644;QD=53.5651;RBI=0.0145054;REFB=0;REVB=0.0131115;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94753e-05;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr5 79030338 . A G 160.61 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.554;QD=45.8884;RBI=0.0758174;REFB=0;REVB=0.0715991;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777945;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:8:4:0:0:10:4:0:0 chr5 79030346 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.35;QD=49.5992;RBI=0.0290505;REFB=0;REVB=0.0265433;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42079e-05;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 79031372 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.245;QD=50.4135;RBI=0.0168288;REFB=0;REVB=-0.00817476;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20339e-05;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr5 79032666 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.844;QD=46.848;RBI=0.018652;REFB=0;REVB=0.00867682;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4321e-05;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 79032711 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.543;QD=44.6897;RBI=0.0253925;REFB=0;REVB=-0.0151367;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07326e-05;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 79033306 . A C 323.4 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00608209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.883;QD=47.9112;RBI=0.00701505;REFB=-0.171378;REVB=0.00349558;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507686;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00163268;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:25:25:0.925926:15:10:0:0:15:10:1:1 chr5 79034662 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.866;QD=48.7365;RBI=0.068456;REFB=0;REVB=0.0657739;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529731;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr5 79048562 . C T 411.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.598;QD=56.7371;RBI=0.0127634;REFB=0;REVB=-0.00333725;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9754e-05;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:12:15:0:0:13:16:0:0 chr5 79286831 . C G 83.79 PASS AF=0.15534;AO=14;DP=101;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0969411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.59;QD=3.25392;RBI=0.0975099;REFB=0.00106512;REVB=-0.0105168;RO=86;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202743;STB=0.572726;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00988949;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:101:103:86:87:14:16:0.15534:6:8:35:51:8:8:36:51 chr5 79616083 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.904;QD=54.5173;RBI=0.0594853;REFB=0;REVB=-0.0457211;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76713e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 79617616 . G T 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5874;QD=40.5902;RBI=0.0227946;REFB=0.0431382;REVB=-0.0199686;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306173;STB=0.516759;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00665026;OID=.;OPOS=79617616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:11:6:1:1:11:6:1:1 chr5 79735858 . A G 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0136353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.77;QD=2.66496;RBI=0.0148294;REFB=0.00063727;REVB=0.00583014;RO=63;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240963;STB=0.683802;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00157862;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:63:64:10:10:0.135135:8:2:23:40:8:2:24:40 chr5 79745469 . A G 31.3 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0227571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5741;QD=1.98761;RBI=0.0340509;REFB=-0.00972104;REVB=0.0253293;RO=55;SAF=2;SAR=4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218418;STB=0.720096;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0286111;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:63:55:56:6:7:0.111111:4:2:29:26:5:2:30:26 chr5 79815658 . T C 700.26 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0184323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.034;QD=43.0932;RBI=0.0460759;REFB=0.00494801;REVB=0.0422284;RO=9;SAF=21;SAR=34;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173949;STB=0.502958;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0010317;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:9:10:55:55:0.846154:34:21:4:5:34:21:4:6 chr5 79855372 . A G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.287;QD=45.1017;RBI=0.0440385;REFB=0.0343069;REVB=0.0181772;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000158232;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr5 80149981 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.237;QD=53.9079;RBI=0.0912246;REFB=0;REVB=-0.00265679;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275217;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr5 80168937 . G A 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3073;QD=57.6694;RBI=0.031501;REFB=0;REVB=0.0312072;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509042;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr5 80383190 . G A 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0107586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.022;QD=39.1881;RBI=0.0335806;REFB=0.0177095;REVB=-0.0318105;RO=6;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216022;STB=0.51174;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0120951;OID=.;OPOS=80383190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:14:11:3:3:14:11:3:3 chr5 80502736 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000613408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.893;QD=11.4398;RBI=0.0200897;REFB=-0.00893761;REVB=0.0200804;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0136504;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr5 81549216 . C T 202.73 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.583;QD=47.7013;RBI=0.0234347;REFB=0;REVB=0.0167536;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506868;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr5 81549240 . C A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1051;QD=46.837;RBI=0.0134138;REFB=0;REVB=0.0106275;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58491e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr5 81572184 . G C 493.03 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706807;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.383;QD=58.004;RBI=0.0709868;REFB=0;REVB=-0.00658498;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773403;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr5 82648943 . G A 595.01 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027199;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2142;QD=61.0263;RBI=0.0573899;REFB=0;REVB=0.0505352;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146678;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr5 82648977 . T A,G 657.45 PASS AF=0.113636,0.886364;AO=5,36;DP=41;FAO=5,39;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193464,-0.0166254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.882,190.462;QD=59.7678;RBI=0.0391712,0.0522225;REFB=0,0;REVB=0.0340603,0.0495054;RO=0;SAF=2,20;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00191582,0.0016493;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:41:44:0:0:5,36:5,39:0.113636,0.886364:3,16:2,20:0:0:3,16:2,23:0:0 chr5 82815408 . G A 532.64 PASS AF=0.8;AO=40;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0547567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.806;QD=42.6108;RBI=0.0550694;REFB=-0.0512293;REVB=-0.0058606;RO=10;SAF=21;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930552;STB=0.505008;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00928703;OID=.;OPOS=82815408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:50:10:10:40:40:0.8:19:21:5:5:19:21:5:5 chr5 82875800 . C T 752.26 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000510996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.5;QD=56.7741;RBI=0.011122;REFB=0;REVB=-0.0111103;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48386e-05;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:36:17:0:0 chr5 82940273 . C G 79.27 PASS AF=0.181818;AO=13;DP=78;FAO=14;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.11543;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.2257;QD=4.11795;RBI=0.116669;REFB=-0.0209305;REVB=-0.0169563;RO=49;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156494;STB=0.58415;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0755289;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:78:77:49:62:13:14:0.181818:7:6:22:27:8:6:33:29 chr5 82999358 . T G 112.36 PASS AF=0.75;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0150331;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.672;QD=28.0895;RBI=0.0447429;REFB=-0.0186758;REVB=0.0421418;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448164;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:17:16:2:4:11:12:0.75:5:6:1:1:6:6:2:2 chr5 85582712 . T C 144.24 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0120503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.269;QD=33.9395;RBI=0.126941;REFB=-0.128152;REVB=0.126368;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.599859;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00678564;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:16:17:1:3:14:14:0.823529:6:8:0:1:6:8:0:3 chr5 85583507 . T G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.39;QD=40.7611;RBI=0.0369495;REFB=0;REVB=-0.0299637;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184901;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr5 85586831 . C T 1135.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.939;QD=60.5418;RBI=0.0340585;REFB=0;REVB=0.00757555;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123654;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr5 86513974 . A G 711.32 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0946797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.294;QD=52.6904;RBI=0.0960081;REFB=-0.00153485;REVB=-0.0159152;RO=2;SAF=9;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937833;STB=0.54998;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000643596;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:43:9:2:0:43:9:2:0 chr5 86708529 . C A 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00498285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.421;QD=54.9957;RBI=0.00516567;REFB=-0.0261343;REVB=0.00136213;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939152;STB=0.505019;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00216415;OID=.;OPOS=86708529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:15:22:1:1:15:22:1:1 chr5 87497977 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.958;QD=54.5175;RBI=0.0461506;REFB=0;REVB=0.00762216;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030998;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 87498849 . G A 1100.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.879;QD=59.506;RBI=0.0434971;REFB=0;REVB=0.0256927;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848536;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:28:39:0:0:30:44:0:0 chr5 87502324 . GG AA,G,GA 481.99 PASS AF=0,0.365854,0.634146;AO=2,9,17;DP=43;FAO=0,15,26;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,18;FSAR=0,7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763192,0.060013,0.15075;FXX=0.0465008;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.52992,15.7879,17.2064;QD=47.0238;RBI=0.0879012,0.0646167,0.168579;REFB=0,0,0;REVB=-0.0436119,0.023953,-0.0754534;RO=12;SAF=0,5,12;SAR=2,4,5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.718987,-0.286527,-0.120225;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.116842,-0.0197628,0.0622767;OID=.,.,.;OPOS=87502324,87502324,87502325;OREF=GG,G,G;OALT=AA,-,A;OMAPALT=AA,G,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:43:41:12:0:2,9,17:0,15,26:0,0.365854,0.634146:2,4,5:0,5,12:10:2:0,7,8:0,8,18:0:0 chr5 87968864 . A G 146.89 PASS AF=0.181818;AO=26;DP=143;FAO=26;FDP=143;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.0218954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.209;QD=4.10869;RBI=0.0222362;REFB=-0.0066893;REVB=0.00387816;RO=117;SAF=19;SAR=7;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240511;STB=0.655813;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0301515;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:117:117:26:26:0.181818:7:19:65:52:7:19:65:52 chr5 89769728 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3698;QD=39.2038;RBI=0.054475;REFB=0;REVB=0.0476989;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135327;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 89810077 . G A 219.02 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3742;QD=48.6699;RBI=0.0396165;REFB=0;REVB=-0.0165641;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862012;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr5 89816299 . C A 463.41 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0360156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.423;QD=52.9613;RBI=0.0361451;REFB=-0.0374039;REVB=-0.00305734;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05184;STB=0.527761;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00201795;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:17:16:0:2:17:16:0:2 chr5 89816309 . A AT 218.6 PASS AF=0.878788;AO=27;DP=35;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0460871;FXX=0.0571265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0666;QD=26.4974;RBI=0.21824;REFB=-0.0511518;REVB=0.213318;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129993;STB=0.532337;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.0564923;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878788:27:35:29:33:4:15:14:1:3:8:6:15:12:1:5 chr5 89820984 . T C 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00870833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.921;QD=40.1062;RBI=0.0113607;REFB=-0.0104062;REVB=0.00729596;RO=9;SAF=22;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833708;STB=0.513267;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00317269;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:9:10:34:34:0.772727:12:22:6:3:12:22:7:3 chr5 89943433 . A G 434.75 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0390329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1697;QD=37.8041;RBI=0.0570437;REFB=-0.000930861;REVB=-0.0415983;RO=12;SAF=7;SAR=27;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961269;STB=0.551839;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00021484;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:27:7:1:11:27:7:1:11 chr5 89979698 . C T 35.85 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0528558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3863;QD=2.43055;RBI=0.0669789;REFB=0.00221256;REVB=-0.0411393;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246439;STB=0.692508;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0292475;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:5:2:25:26:5:2:26:26 chr5 89989779 . G A 119.34 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0436404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6296;QD=4.77359;RBI=0.165507;REFB=-0.0212767;REVB=-0.15965;RO=61;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15138;STB=0.510111;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0942072;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:80:20:20:0.2:11:9:35:26:11:9:35:45 chr5 90020923 . T G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0022951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.441;QD=1.61383;RBI=0.00456243;REFB=0.000574092;REVB=-0.00394313;RO=68;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411601;STB=0.815974;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0515979;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:68:74:8:8:0.097561:2:6:26:42:2:6:27:47 chr5 90052289 . G A 58.2 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00932183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4659;QD=4.75079;RBI=0.0104698;REFB=-0.00615148;REVB=0.00476653;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266078;STB=0.675288;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0302397;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:38:40:9:9:0.183673:6:3:21:17:6:3:22:18 chr5 90052372 . C T 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00547571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.691;QD=3.02623;RBI=0.0198262;REFB=-0.000122046;REVB=-0.0190551;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915394;STB=0.565533;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000630653;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:16:29:4:3:16:29 chr5 90107108 . A G 775.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.588;QD=56.4331;RBI=0.061969;REFB=0;REVB=0.0562092;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120553;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:25:26:0:0:27:28:0:0 chr5 90119324 . G A 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0306612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.184;QD=56.7848;RBI=0.0345471;REFB=0.00307795;REVB=0.0159184;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125541;STB=0.506696;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00024922;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:15:26:1:1:15:26:1:1 chr5 90151589 . G A 50.68 PASS AF=0.140845;AO=9;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.036819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.847;QD=2.85532;RBI=0.0426261;REFB=-0.00467979;REVB=-0.0214791;RO=59;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636386;STB=0.928025;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.042316;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:59:61:9:10:0.140845:1:8:18:41:1:9:20:41 chr5 90445954 . C G 66.29 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.000603474;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.227;QD=4.49434;RBI=0.00541239;REFB=-0.00157508;REVB=-0.00537864;RO=45;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386248;STB=0.746006;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0102326;OID=.;OPOS=90445954;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:45:48:11:11:0.186441:7:4:31:14:7:4:33:15 chr5 93731985 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.324;QD=54.883;RBI=0.0128656;REFB=0.00242638;REVB=0.00740338;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=2.97757e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:55:54:0.981818:30:25:0:0:30:24:1:0 chr5 93752765 . T C 158.44 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0749759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6859;QD=35.209;RBI=0.129888;REFB=-0.0360395;REVB=0.106064;RO=3;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298628;STB=0.666419;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0169702;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:18:18:3:3:15:15:0.833333:3:12:0:3:3:12:0:3 chr5 93812885 . C T 620.1 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0380985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0015;QD=41.3399;RBI=0.0395386;REFB=-0.0164334;REVB=-0.0105738;RO=10;SAF=27;SAR=23;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437018;STB=0.523386;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00200063;OID=.;OPOS=93812885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:23:27:4:6:23:27:4:6 chr5 93872821 . TC T 35.26 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.131378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1666;QD=5.87742;RBI=0.169777;REFB=-0.0628296;REVB=-0.107536;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.703911;SSSB=0.570485;STB=0.832408;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0539002;OID=.;OPOS=93872822;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:24:8:24:16:7:1:7:9:35:15:8:1:6:9 chr5 93987532 . C A 194.91 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0257559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.58;QD=32.4854;RBI=0.0298288;REFB=-0.0193613;REVB=-0.0150462;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174886;STB=0.596225;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00359849;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:24:24:6:6:18:18:0.75:8:10:1:5:8:10:1:5 chr5 94230358 . C T 568.83 PASS AF=0.810345;AO=48;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0118955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.973;QD=39.2296;RBI=0.0257964;REFB=0.00609194;REVB=-0.0228899;RO=10;SAF=27;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452449;STB=0.512043;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00186678;OID=.;OPOS=94230358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:10:11:48:47:0.810345:21:27:7:3:20:27:7:4 chr5 94278129 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9893;QD=47.8219;RBI=0.0603671;REFB=0;REVB=0.0128785;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146632;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr5 94772540 . C T 629.99 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0804703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3876;QD=58.6039;RBI=0.111842;REFB=-0.0992158;REVB=-0.0776728;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00364722;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:0:1:21:21:0:1 chr5 95084131 . G A 539.91 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0107196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.813;QD=51.4198;RBI=0.0107197;REFB=-0.0185051;REVB=3.34123e-05;RO=4;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783311;STB=0.541983;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00397514;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:25:13:3:1:25:13:3:1 chr5 95091194 . C T 637.6 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00884941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.595;QD=44.744;RBI=0.0186169;REFB=0.0439576;REVB=0.0163792;RO=7;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492967;STB=0.526305;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00564761;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:7:7:50:50:0.877193:25:25:2:5:25:25:2:5 chr5 95091201 . A G 594.61 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00640672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.551;QD=41.7267;RBI=0.0069768;REFB=-0.00332886;REVB=-0.00276217;RO=9;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940928;STB=0.550344;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00108851;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:22:26:2:7:22:26:2:7 chr5 95194571 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0434;QD=60.9738;RBI=0.0770352;REFB=0;REVB=-0.0235462;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126948;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr5 95234350 . A G 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00579475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.01;QD=15.8383;RBI=0.0123828;REFB=-0.0177637;REVB=-0.0109433;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.665802;STB=0.887966;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.027833;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:0:7:1:7:0:7 chr5 95234377 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0255778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7818;QD=16.3857;RBI=0.0305636;REFB=-0.0201698;REVB=-0.0167306;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51159;STB=0.79683;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0167278;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:1:7:2:7:1:7 chr5 95234392 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0112756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.695;QD=24.03;RBI=0.0144722;REFB=-0.0111519;REVB=-0.00907218;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262065;STB=0.666444;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0146251;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:5:10:2:6:5:10:2:7 chr5 95236415 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0479342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3736;QD=37.3622;RBI=0.0588468;REFB=-0.0132942;REVB=-0.0341358;RO=5;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113615;STB=0.561985;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00340447;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:11:10:4:1:11:10:4:1 chr5 95236459 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.437;QD=48.6259;RBI=0.0183454;REFB=0.0660213;REVB=-0.0145969;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-2.00701e-05;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr5 95728898 . C G 588.49 PASS AF=0.816667;AO=47;DP=59;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00469156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2105;QD=39.2329;RBI=0.0099023;REFB=-0.0814943;REVB=-0.00872037;RO=11;SAF=22;SAR=25;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123279;STB=0.56366;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00849628;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:60:11:11:47:49:0.816667:25:22:9:2:26:23:9:2 chr5 95728974 . G C 203.64 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.71;QD=38.7885;RBI=0.0616985;REFB=-0.03929;REVB=0.0592984;RO=3;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582612;STB=0.531879;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00662158;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:10:8:2:1:10:8:2:1 chr5 95733112 . A G 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.018154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5921;QD=4.78694;RBI=0.0222481;REFB=-0.000968731;REVB=0.0128613;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31426;STB=0.731116;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00355108;OID=.;OPOS=95733112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:32:34:8:8:0.190476:6:2:16:16:6:2:18:16 chr5 95764961 . T G 35.38 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0117556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.656;QD=1.88671;RBI=0.0121397;REFB=0.00116788;REVB=0.00302958;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177704;STB=0.50665;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00806175;OID=.;OPOS=95764961;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:66:67:8:8:0.106667:4:4:32:34:4:4:33:34 chr5 95865526 . G A 508.13 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9367;QD=56.4589;RBI=0.0920948;REFB=-0.00719515;REVB=0.0527776;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00412506;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr5 96079387 . C T 397.51 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0473685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1196;QD=53.0014;RBI=0.0508213;REFB=0.0173347;REVB=0.0184127;RO=1;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555514;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000713828;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:24:4:1:0:25:4:1:0 chr5 96079402 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00343927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.737;QD=51.5083;RBI=0.0166447;REFB=-0.0362373;REVB=-0.0162855;RO=1;SAF=2;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18366;STB=0.59991;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000693791;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:24:2:1:0:24:2:1:0 chr5 96093222 . G A 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.012398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8682;QD=2.0479;RBI=0.0127356;REFB=0.00339234;REVB=-0.00291301;RO=70;SAF=3;SAR=6;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263032;STB=0.693794;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0285518;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:6:3:39:31:6:3:39:31 chr5 96121524 . C T 40.83 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00946764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.202;QD=2.59208;RBI=0.0182785;REFB=-0.0061462;REVB=-0.0156354;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881156;STB=0.563168;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.031306;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:38:17:3:5:38:17 chr5 96124330 . T C 92.4 PASS AF=0.157025;AO=16;DP=118;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0166507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8966;QD=3.05468;RBI=0.0807621;REFB=-0.00424115;REVB=0.079027;RO=102;SAF=5;SAR=11;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203357;STB=0.685563;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0277523;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:118:121:102:102:16:19:0.157025:11:5:48:54:14:5:48:54 chr5 96126308 . A G 30.09 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0131417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0115;QD=2.27071;RBI=0.119687;REFB=-0.00595641;REVB=-0.118963;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390123;STB=0.804295;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.100998;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:53:47:47:6:6:0.113208:5:1:23:24:5:1:23:24 chr5 96129512 . A G 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00172017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.19;QD=3.56264;RBI=0.0072015;REFB=-0.00396727;REVB=-0.00699304;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675084;STB=0.547053;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0218964;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:4:4:20:25:4:4:20:25 chr5 96130769 . T G 357.94 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00806041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.33;QD=43.3871;RBI=0.0536149;REFB=0.00574788;REVB=0.0530056;RO=5;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17115;STB=0.592526;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=3.60118e-05;OID=.;OPOS=96130769;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:11:17:0:5:11:17:0:5 chr5 96139250 . C G 34.79 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00226323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.594;QD=1.61836;RBI=0.0608623;REFB=1.90061e-05;REVB=-0.0608202;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355674;STB=0.534797;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00275073;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:86:86:66:78:8:8:0.0930233:4:4:35:31:4:4:42:36 chr5 96231000 . G T 1556.42 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00609879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.785;QD=58.7329;RBI=0.0121644;REFB=-0.063454;REVB=-0.0105251;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855071;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=4.84296e-05;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:50:55:1:0:50:55:1:0 chr5 96232142 . T A 789.84 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574182;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.761;QD=64.477;RBI=0.0575437;REFB=0;REVB=0.00379777;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178154;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:39:9:0:0:39:10:0:0 chr5 96235896 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.066;QD=53.911;RBI=0.0226248;REFB=0;REVB=0.0177595;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170258;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr5 96237326 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6467;QD=58.2382;RBI=0.0479405;REFB=0;REVB=0.0471774;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589633;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr5 96245343 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.892;QD=61.6828;RBI=0.0568559;REFB=0;REVB=-0.0553536;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198598;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr5 96245439 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.272;QD=61.6833;RBI=0.0311045;REFB=0;REVB=-0.00049893;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19113e-05;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 96249115 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.663;QD=56.9382;RBI=0.0104271;REFB=0;REVB=-0.0050486;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15772e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr5 96350710 . G A 744.46 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00240264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=45.8131;RBI=0.00877907;REFB=-0.0128683;REVB=-0.0084439;RO=8;SAF=29;SAR=28;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268641;STB=0.514312;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00162396;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:8:8:57:57:0.876923:28:29:5:3:28:29:5:3 chr5 96511780 . C CT 454.1 PASS AF=0.903226;AO=48;DP=64;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.11143;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.799;QD=29.2967;RBI=0.118815;REFB=0.0829714;REVB=-0.0412355;RO=9;SAF=27;SAR=21;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208016;STB=0.50704;STBP=0.746;TYPE=ins;VARB=-0.0134972;OID=.;OPOS=96511781;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226:48:64:56:62:6:32:24:3:3:11:9:27:21:5:4 chr5 96512865 . T A 576.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.189;QD=60.651;RBI=0.0352548;REFB=0;REVB=0.0339678;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20037e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr5 96512871 . T A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150246;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.542;QD=60.6305;RBI=0.0206546;REFB=0;REVB=-0.0141731;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181642;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr5 97014421 . T C 492.88 PASS AF=0.787234;AO=32;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00122006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.4047;QD=41.9475;RBI=0.0247911;REFB=-0.0109333;REVB=-0.0247611;RO=7;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449323;STB=0.524125;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00967093;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:7:10:32:37:0.787234:14:18:3:4:18:19:4:6 chr5 98131505 . A G 375.08 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0567879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.982;QD=50.0109;RBI=0.0625089;REFB=-0.0938676;REVB=0.0261247;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164699;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:14:14:0:1:14:14:1:1 chr5 99871306 . T C 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0490612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.18;QD=44.5056;RBI=0.0560462;REFB=-0.0427389;REVB=0.0270957;RO=3;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176421;STB=0.509546;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00605946;OID=.;OPOS=99871306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:14:10:1:2:14:10:1:2 chr5 100068875 . C T 958.64 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0064487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5572;QD=57.2322;RBI=0.0133867;REFB=-0.0826792;REVB=0.0117311;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=4.27587e-05;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:0:1:32:34:0:1 chr5 100145388 . A C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6062;QD=54.5141;RBI=0.0593521;REFB=0;REVB=0.0485261;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012203;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 33.85 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0203002;FXX=0.153728;HRUN=2;LEN=4;MLLD=198.278;QD=12.3096;RBI=0.0357867;REFB=-0.0614161;REVB=0.0294719;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33255;STB=0.723349;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.0948404;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:15:5:11:6:2:3:5:1:33:8:2:3:6:2 chr5 100146447 . G T 833.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.659;QD=57.5059;RBI=0.0361906;REFB=0;REVB=0.00079466;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56385e-05;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr5 101466768 . C G 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00474834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8281;QD=3.63751;RBI=0.0697827;REFB=-0.00184283;REVB=0.069621;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30553;STB=0.706796;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0295639;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:26:12:4:3:26:12 chr5 102365186 . G A 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8114;QD=57.6716;RBI=0.0335488;REFB=0;REVB=-0.0329984;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779777;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr5 102365426 . C CAG 644.51 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=50;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0203762;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.219;QD=52.6133;RBI=0.0472732;REFB=-0.0215681;REVB=0.0426564;RO=5;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172358;STB=0.507903;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=0.00193226;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897959:43:50:44:49:5:21:23:2:3:25:5:21:22:2:3 chr5 102512570 . C CA 660.92 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6374;QD=47.2085;RBI=0.093461;REFB=0;REVB=-0.0795974;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00216364;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:56:56:0:28:28:0:0:12:2:25:27:2:0 chr5 102614327 . C T 31.26 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=156;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=95;FWDB=-0.0917161;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3657;QD=0.806663;RBI=0.0993416;REFB=0.00280842;REVB=0.0381694;RO=145;SAF=7;SAR=4;SRF=50;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311432;STB=0.755327;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0453606;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:156:155:145:144:11:11:0.0709677:4:7:50:95:4:7:49:95 chr5 102891695 . A G 818.6 PASS AF=0.828947;AO=63;DP=76;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0651039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.698;QD=43.0843;RBI=0.0682512;REFB=-0.0448592;REVB=0.0204868;RO=11;SAF=21;SAR=42;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191497;STB=0.509801;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00860477;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:11:13:63:63:0.828947:42:21:3:8:42:21:5:8 chr5 105889172 . C T 158.33 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0274996;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.153;QD=15.8327;RBI=0.0280908;REFB=-0.0156469;REVB=0.00573272;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252351;STB=0.514506;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0237733;OID=.;OPOS=105889172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:13:4:5:18:13:4:5:18 chr5 107197420 . G A 710.69 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0854369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9294;QD=48.1825;RBI=0.0947815;REFB=-0.142147;REVB=0.0410374;RO=4;SAF=23;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980514;STB=0.502247;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0142648;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:4:5:54:54:0.915254:31:23:2:2:31:23:2:3 chr5 107197502 . G A 748.72 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0254784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.983;QD=51.6357;RBI=0.0622669;REFB=-0.087619;REVB=0.0568157;RO=3;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111579;STB=0.506327;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00339175;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:54:55:0.948276:30:24:1:2:30:25:1:2 chr5 108227209 . CCTT C 140.13 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00966651;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.319;QD=26.6913;RBI=0.0136993;REFB=-0.0423406;REVB=-0.00970713;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135303;STB=0.575066;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0129848;OID=.;OPOS=108227210;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:16:23:16:21:5:5:11:3:2:30:5:5:11:3:2 chr5 108436197 . C T 510.29 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.021223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3835;QD=52.3375;RBI=0.0330284;REFB=0.0118685;REVB=0.0253073;RO=3;SAF=20;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651857;STB=0.534865;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000336943;OID=.;OPOS=108436197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:16:20:3:0:16:20:3:0 chr5 108672755 . T A 1126.43 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00174617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.056;QD=57.7656;RBI=0.00279788;REFB=0.0128954;REVB=0.0021861;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79157e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:38:38:1:1:38:38:1:1 chr5 108672946 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0206578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.186;QD=52.4081;RBI=0.0580341;REFB=-0.131642;REVB=-0.0542329;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845287;STB=0.54164;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00550658;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:31:32:0.941176:10:21:0:2:11:21:0:2 chr5 108713970 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0171813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7788;QD=2.49546;RBI=0.0278882;REFB=0.00747984;REVB=0.0219671;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530354;STB=0.548858;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0515223;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:3:3:20:24:3:3:20:25 chr5 109035302 . T TAAAG 555.96 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109978;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=4;MLLD=310.107;QD=58.5224;RBI=0.0328556;REFB=0.00145864;REVB=0.0309603;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=1.61928e-06;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:36:38:37:38:1:14:23:0:1:5:1:14:22:0:1 chr5 109035496 . A G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0538;QD=52.7677;RBI=0.0254964;REFB=0.0257584;REVB=0.00924162;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0116434;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr5 109117171 . A G 1200.0 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5049;QD=60.7596;RBI=0.0541144;REFB=0;REVB=0.0540468;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025537;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:0:76:78:0.987342:26:50:0:0:28:50:0:0 chr5 109181682 . A T 833.83 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.652;QD=57.5055;RBI=0.0436577;REFB=0;REVB=0.0380738;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90986e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:30:25:0:0:32:26:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1027.7 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119322;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=3;MLLD=161.375;QD=59.5767;RBI=0.0216358;REFB=0;REVB=-0.018048;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.50765e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:69:69:0:30:39:0:0:5:0:29:38:0:0 chr5 109220192 . G A 34.0 PASS AF=0.15;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0301993;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4838;QD=3.40021;RBI=0.0302007;REFB=0.00146076;REVB=-0.000289427;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199948;STB=0.643582;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0101684;OID=.;OPOS=109220192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:41:40:34:34:6:6:0.15:2:4:17:17:2:4:17:17 chr5 109864483 . T C 753.2 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.329;QD=61.4859;RBI=0.0189601;REFB=0.0531178;REVB=0.0156928;RO=1;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030326;STB=0.516122;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000281793;OID=.;OPOS=109864483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:15:33:0:1:15:33:0:1 chr5 110096939 . G A 787.29 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0116332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.09;QD=50.7931;RBI=0.0168485;REFB=-0.0104779;REVB=0.0121877;RO=4;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108279;STB=0.501113;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0003588;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:62:4:4:57:58:0.935484:28:29:2:2:28:30:2:2 chr5 110784822 . A G 1249.81 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386333;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0298;QD=61.719;RBI=0.0402386;REFB=0;REVB=0.0112524;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272567;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr5 110819753 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.874;QD=53.2772;RBI=0.00777929;REFB=0;REVB=0.00300447;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08122e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0224707;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=284.327;QD=3.83362;RBI=0.0333605;REFB=-0.00400158;REVB=-0.0246574;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184532;STB=0.642431;STBP=0.474;TYPE=ins;VARB=0.0197403;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:7:42:7:43:36:5:2:20:16:41:35:5:2:20:15 chr5 111496598 . G T 835.68 PASS AF=0.756098;AO=47;DP=82;FAO=62;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0299568;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.208;QD=40.7647;RBI=0.0335256;REFB=-0.0258996;REVB=0.0150519;RO=16;SAF=26;SAR=21;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025272;STB=0.506637;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0227668;OID=.;OPOS=111496598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:82:82:16:16:47:62:0.756098:21:26:8:8:33:29:8:8 chr5 111500816 . C CTAAAA 358.06 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00815152;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=293.461;QD=19.6197;RBI=0.00943075;REFB=-0.0110394;REVB=-0.00474256;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294052;STB=0.657314;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0123945;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506849:37:73:37:73:36:12:25:23:13:99:35:12:25:23:12 chr5 111504479 . C T 1175.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039447;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.896;QD=61.063;RBI=0.0399519;REFB=0;REVB=0.00633127;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109751;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr5 111506069 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.925;QD=61.684;RBI=0.0527514;REFB=0;REVB=0.0216073;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98357e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr5 111519740 . T C 1463.09 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0255402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.302;QD=60.962;RBI=0.0374563;REFB=-0.0554835;REVB=0.0273984;RO=2;SAF=48;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193441;STB=0.510202;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000388343;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:46:48:2:0:46:48:2:0 chr5 111530284 . A G 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0649419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4836;QD=49.4001;RBI=0.0850729;REFB=-0.15866;REVB=0.0549541;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555504;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0111124;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:19:4:0:0:19:4:1:0 chr5 111531348 . GTTTTTTTA GTTTTTTA,GTTTTTTAC,GTTTTTTTTA 40.46 PASS AF=0.025,0.125,0.2;AO=9,5,8;DP=39;FAO=1,5,8;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1,5,2;FSAR=0,0,6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.20919,-0.104894,0.207772;FXX=0.0476077;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=8.30547,28.3714,6.82028;QD=4.04619;RBI=0.261531,0.158872,0.262059;REFB=-0.0767201,-0.0330089,0.0863576;REVB=0.156965,0.119321,-0.159705;RO=14;SAF=9,5,1;SAR=0,0,7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.760435,0.677099,-0.57291;STB=0.984857,0.996783,0.845465;STBP=0.511,0.147,0.051;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.220878,0.0315351,0.139533;OID=.,.,.;OPOS=111531349,111531355,111531349;OREF=T,TA,-;OALT=-,AC,T;OMAPALT=GTTTTTTA,GTTTTTTAC,GTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.025,0.125,0.2:9,5,8:39:1,5,8:40:26:1,5,2:0,0,6:20:6:18:14:9,5,1:0,0,7:9:5 chr5 111545670 . C G 871.29 PASS AF=0.983871;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00157746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.41;QD=56.212;RBI=0.00435811;REFB=-0.0935412;REVB=0.0040626;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000412888;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:62:61:0.983871:42:20:0:0:41:20:0:1 chr5 112162854 . T C 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0156866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.908;QD=2.0928;RBI=0.044674;REFB=-0.000910303;REVB=0.0418294;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126251;STB=0.593016;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0235082;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:4:5:31:38:4:5:31:38 chr5 112164561 . G A 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9418;QD=57.8768;RBI=0.0955543;REFB=0;REVB=0.0941064;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422212;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr5 112175255 . G T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00247248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.061;QD=22.9154;RBI=0.00554476;REFB=0.00117909;REVB=0.00496298;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000627891;OID=.;OPOS=112175255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr5 112175770 . G A 243.57 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000945065;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.011;QD=51.2769;RBI=0.00111532;REFB=0;REVB=0.000592271;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9207e-05;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr5 112176325 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.367;QD=53.9112;RBI=0.0214644;REFB=0;REVB=0.00830582;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78024e-05;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr5 112176559 . T G 436.64 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.332;QD=56.3401;RBI=0.0601315;REFB=0;REVB=0.0271633;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108967;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:14:17:0:0 chr5 112176756 . T A 520.04 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5589;QD=59.4335;RBI=0.0653073;REFB=0;REVB=0.060652;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130262;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr5 112177171 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00828647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.301;QD=39.3178;RBI=0.0328573;REFB=0.0808446;REVB=-0.0317953;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0010084;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr5 112179909 . C A 382.52 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.224;QD=52.7607;RBI=0.0387503;REFB=-0.0277932;REVB=0.0126535;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00024211;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:1:0:16:12:1:0 chr5 112180257 . C T 208.39 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0224972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5351;QD=41.6781;RBI=0.0383177;REFB=0.0765764;REVB=-0.0310181;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0111136;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:2:0:8:10:2:0 chr5 112200098 . A G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0635297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8183;QD=3.1572;RBI=0.0752225;REFB=-0.00092966;REVB=0.040279;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707917;STB=0.551548;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0148242;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:14:22:4:2:14:22 chr5 112203564 . T A 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00936585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.675;QD=3.78998;RBI=0.0206711;REFB=-0.000744151;REVB=0.0184276;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993026;STB=0.568459;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00418556;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:25:18:4:4:25:18 chr5 112227409 . AG A 91.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.104418;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.8913;QD=9.10587;RBI=0.170414;REFB=-0.142185;REVB=-0.134678;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.54995;STBP=0.546;TYPE=del;VARB=0.150296;OID=.;OPOS=112227410;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:40:20:40:20:10:10:8:12:88:20:9:9:8:12 chr5 112228670 . G A 599.63 PASS AF=0.816667;AO=24;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0354381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0886;QD=39.9755;RBI=0.0601101;REFB=-0.112761;REVB=0.0485527;RO=7;SAF=3;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166428;STB=0.538446;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0317337;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:60:60:7:11:24:49:0.816667:21:3:1:6:21:28:4:7 chr5 112228765 . C A 475.46 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0264285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0504;QD=42.2629;RBI=0.0391062;REFB=0.0213713;REVB=-0.0288241;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648427;STB=0.511105;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00881086;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:45:45:7:9:36:36:0.8:18:18:2:5:18:18:4:5 chr5 112312528 . T C 303.08 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0140539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5909;QD=39.1074;RBI=0.0390783;REFB=-0.0908166;REVB=0.0364637;RO=6;SAF=19;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443044;STB=0.524118;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0255521;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:6:19:4:2:6:19:4:2 chr5 112312676 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.713;QD=62.671;RBI=0.0215597;REFB=0;REVB=0.018834;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89335e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr5 112349379 . T C 32.53 PASS AF=0.12;AO=5;DP=48;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0106839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.561;QD=2.60258;RBI=0.0122898;REFB=-0.0052041;REVB=0.00607403;RO=43;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187356;STB=0.587035;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0243087;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:50:43:44:5:6:0.12:3:2:11:32:4:2:11:33 chr5 112351785 . TTA T,TT 32.2 PASS AF=0.222222,0;AO=5,7;DP=47;FAO=10,0;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.000246833,0.0712179;FXX=0.0217344;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=22.22,11.9915;QD=2.86234;RBI=0.0123353,0.136458;REFB=-0.024265,0.000435948;REVB=-0.0123328,-0.1164;RO=28;SAF=1,2;SAR=4,5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612724,-0.551018;STB=0.856531,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,del;VARB=0.113141,-0.0125267;OID=.,.;OPOS=112351786,112351787;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0:5,7:47:10,0:45:35:2,0:8,0:25:10:30:28:1,2:4,5:22:6 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 98.45 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00917197;FXX=0;HRUN=2;LEN=11;MLLD=347.099;QD=14.5846;RBI=0.0341459;REFB=-0.0206255;REVB=-0.032891;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21872;STB=0.595095;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.016976;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:14:25:14:27:13:10:4:7:6:87:11:10:4:5:6 chr5 112384802 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0531;QD=60.608;RBI=0.0741943;REFB=0;REVB=0.0464008;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109261;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr5 112406862 . G A 647.65 PASS AF=0.87931;AO=50;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0371518;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.247;QD=44.6654;RBI=0.0478326;REFB=-0.0509335;REVB=0.030128;RO=7;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551553;STB=0.530091;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00832712;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:7:7:50:51:0.87931:32:18:1:6:32:19:1:6 chr5 112439941 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9744;QD=63.8654;RBI=0.090202;REFB=0;REVB=0.0897785;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100724;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr5 112479004 . T C 655.29 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151588;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.939;QD=62.4082;RBI=0.0268092;REFB=0;REVB=0.0221121;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240029;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr5 112769541 . T C 269.13 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0474991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.637;QD=43.06;RBI=0.0746799;REFB=-0.0905303;REVB=0.0576275;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.509083;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00361335;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:25:25:2:3:22:22:0.88:16:6:1:1:16:6:1:2 chr5 112769997 . C T 235.11 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0444227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.386;QD=40.8883;RBI=0.0559914;REFB=-0.0411427;REVB=0.0340833;RO=3;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520434;STB=0.528356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0040465;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:9:11:1:2:9:11:1:2 chr5 112770015 . G T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.834;QD=50.134;RBI=0.0151658;REFB=-0.0432127;REVB=-0.00831484;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000362662;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr5 112823998 . C T 946.48 PASS AF=0.8;AO=69;DP=87;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0188493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.055;QD=42.0658;RBI=0.0247014;REFB=-0.0242465;REVB=0.0159645;RO=18;SAF=30;SAR=39;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624134;STB=0.533996;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00584358;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:18:18:69:72:0.8:39:30:5:13:40:32:5:13 chr5 112824039 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.437;QD=53.9111;RBI=0.0573592;REFB=0;REVB=0.047575;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795773;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr5 112868693 . C A 1133.34 PASS AF=0.869565;AO=80;DP=94;FAO=80;FDP=92;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00950729;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.08;QD=49.2757;RBI=0.026835;REFB=-0.0944655;REVB=0.0250944;RO=12;SAF=34;SAR=46;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601051;STB=0.53193;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00762373;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:94:92:12:12:80:80:0.869565:46:34:8:4:46:34:8:4 chr5 112884728 . G A 610.41 PASS AF=0.806452;AO=50;DP=62;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.067059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.752;QD=39.3813;RBI=0.0670774;REFB=-0.0613501;REVB=-0.00156928;RO=12;SAF=16;SAR=34;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724447;STB=0.538889;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0036391;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:12:12:50:50:0.806452:34:16:6:6:34:16:6:6 chr5 112888875 . C T 45.11 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0844009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2015;QD=22.5564;RBI=0.109577;REFB=-0.0248386;REVB=0.0698833;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000528365;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:7:8:2:2:5:6:0.75:2:3:0:2:2:4:0:2 chr5 112888882 . A T 101.22 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00576565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.068;QD=31.1444;RBI=0.0939159;REFB=-0.0511636;REVB=0.0937387;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.562391;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0104358;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:6:4:0:2:7:4:0:2 chr5 112889370 . G C 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0341186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7807;QD=2.02121;RBI=0.0396938;REFB=0.00119026;REVB=0.020286;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429043;STB=0.53145;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00848725;OID=.;OPOS=112889370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:7:5:42:51:7:5:42:51 chr5 112889374 . G A 1202.04 PASS AF=0.882353;AO=90;DP=102;FAO=90;FDP=102;FR=.;FRO=12;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00722755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9361;QD=47.1388;RBI=0.0126785;REFB=-0.00312201;REVB=-0.0104167;RO=12;SAF=41;SAR=49;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870435;STB=0.504614;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000326779;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:12:12:90:90:0.882353:49:41:5:7:49:41:5:7 chr5 112899702 . A G 669.08 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00721214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.118;QD=45.3612;RBI=0.00893517;REFB=-0.0425959;REVB=-0.00527468;RO=7;SAF=31;SAR=21;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274449;STB=0.51463;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00466997;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:21:31:5:2:21:31:5:2 chr5 112926755 . G A 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00111905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8878;QD=49.9765;RBI=0.027933;REFB=-0.0122471;REVB=-0.0279106;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000309854;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:1:1:17:11:1:1 chr5 112929013 . T A 240.22 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0568311;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3107;QD=41.7765;RBI=0.0620966;REFB=-0.00845949;REVB=0.0250242;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438788;STB=0.50239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00773564;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:7:13:2:1:7:13:2:1 chr5 112930952 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.967;QD=50.134;RBI=0.0200562;REFB=-0.0200824;REVB=0.00764951;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000302484;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr5 113589389 . T A 918.15 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00367255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.846;QD=54.8147;RBI=0.0182478;REFB=-0.131136;REVB=0.0178744;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000469312;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:64:65:0.970149:32:32:0:0:32:33:2:0 chr5 113698544 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.332;QD=37.4885;RBI=0.0434347;REFB=0;REVB=0.0183409;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546668;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC,TGCCC 140.6 PASS AF=0.0588235,0.764706,0;AO=2,11,2;DP=20;FAO=1,13,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=1,8,0;FSAR=0,5,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0199454,-0.0312482,-0.0542634;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,4;MLLD=116.504,148.641,141.162;QD=33.0816;RBI=0.0258271,0.0513979,0.061456;REFB=0.0116179,0.00766135,0.011146;REVB=0.0164079,0.0408079,0.0288499;RO=5;SAF=2,6,2;SAR=0,5,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.544828,-0.144298,0.544828;STB=0.5,0.578833,0.5;STBP=1,0.256,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.126951,-0.000700982,0;OID=.,.,.;OPOS=113698631,113698632,113698632;OREF=T,-,-;OALT=C,GCC,GCCC;OMAPALT=C,TGCC,TGCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:20:17:5:3:2,11,2:1,13,0:0.0588235,0.764706,0:0,5,0:2,6,2:4:1:0,5,0:1,8,0:3:0 chr5 113829121 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.62;QD=59.0186;RBI=0.044248;REFB=0;REVB=0.0434993;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219624;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 114480364 . C T 959.6 PASS AF=0.818182;AO=72;DP=88;FAO=72;FDP=88;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00119096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.258;QD=43.618;RBI=0.00320173;REFB=0.001182;REVB=0.00297199;RO=15;SAF=28;SAR=44;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135288;STB=0.566991;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000342223;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:15:16:72:72:0.818182:44:28:12:3:44:28:12:4 chr5 115110090 . A C 519.56 PASS AF=0.785714;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0449504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8249;QD=37.1116;RBI=0.0505045;REFB=0.0186818;REVB=0.0230254;RO=12;SAF=25;SAR=19;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275522;STB=0.51482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00287061;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:12:12:44:44:0.785714:19:25:6:6:19:25:6:6 chr5 115249153 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0038345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.65;QD=5.32572;RBI=0.0210569;REFB=-0.0029366;REVB=-0.0207048;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686008;STB=0.543413;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0038735;OID=.;OPOS=115249153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:16:32:8:5:16:32 chr5 115249271 . G A 370.86 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00802943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9875;QD=13.2451;RBI=0.0125638;REFB=0.0109856;REVB=0.00966318;RO=68;SAF=21;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714741;STB=0.5405;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0171016;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:23:21:37:31:23:21:37:31 chr5 115298232 . G C 52.52 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0324476;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.038;QD=6.00232;RBI=0.0471161;REFB=-0.00798963;REVB=-0.0341626;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27214;STB=0.689207;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0127837;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:28:27:8:8:0.228571:5:3:17:11:5:3:17:10 chr5 115298977 . C T 71.62 PASS AF=0.117241;AO=17;DP=145;FAO=17;FDP=145;FR=.;FRO=128;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.100058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0959;QD=1.97577;RBI=0.113553;REFB=0.00375581;REVB=0.0536908;RO=128;SAF=7;SAR=10;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146365;STB=0.604716;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.022481;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:145:145:128:128:17:17:0.117241:10:7:68:60:10:7:68:60 chr5 115341611 . G T 75.0 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0133796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.22;QD=2.56421;RBI=0.0336845;REFB=-0.00672379;REVB=-0.0309134;RO=100;SAF=14;SAR=2;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520872;STB=0.864871;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0341034;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:117:117:100:101:16:16:0.136752:2:14:47:53:2:14:47:54 chr5 115341638 . G C 86.98 PASS AF=0.155963;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0195407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0536;QD=3.19184;RBI=0.0207945;REFB=-0.00311974;REVB=0.0071114;RO=91;SAF=13;SAR=4;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340023;STB=0.733349;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0225111;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:109:109:91:92:17:17:0.155963:4:13:46:45:4:13:46:46 chr5 115346245 . T G 503.74 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.027866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.118;QD=50.3743;RBI=0.0289792;REFB=-0.0163464;REVB=-0.00795482;RO=4;SAF=24;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176009;STB=0.509429;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00192269;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:12:24:3:1:12:24:3:1 chr5 115362148 . A G 701.15 PASS AF=0.885246;AO=53;DP=60;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0477119;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.442;QD=45.9772;RBI=0.0512482;REFB=-0.0393189;REVB=0.0187072;RO=5;SAF=22;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251778;STB=0.50031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425345;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:61:5:7:53:54:0.885246:31:22:2:3:31:23:3:4 chr5 115394626 . G A 673.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100143;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.629;QD=62.6836;RBI=0.0167913;REFB=0;REVB=0.0134782;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82537e-05;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 115428334 . G T 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.634;QD=61.5314;RBI=0.0371863;REFB=0;REVB=-0.00682345;RO=0;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100091;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:60:21:0:0:60:21:0:0 chr5 115469773 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.52;QD=64.4153;RBI=0.0134164;REFB=0;REVB=-0.0113643;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0337e-05;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr5 115813726 . A G 505.84 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10371;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5677;QD=59.5107;RBI=0.120327;REFB=0;REVB=0.0610142;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268635;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 118484804 . G A 620.05 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052606;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.397;QD=62.0046;RBI=0.052752;REFB=0;REVB=0.00392145;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744472;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr5 118691784 . T C 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0186538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.533;QD=4.09687;RBI=0.0487186;REFB=0.0014002;REVB=-0.045006;RO=48;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513848;STB=0.534414;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00579329;OID=.;OPOS=118691784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:5:5:26:22:5:5:26:22 chr5 118811533 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.494;QD=61.6825;RBI=0.016035;REFB=0;REVB=-0.00155201;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31141e-05;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 118845139 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.191;QD=33.4285;RBI=0.0431973;REFB=0;REVB=0.0250629;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594746;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 118861713 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.558;QD=53.2771;RBI=0.0190117;REFB=0;REVB=-0.00959056;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16574e-05;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 180.45 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=13,32;DP=90;FAO=10,30;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=0,8;FSAR=10,22;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0153257,-0.0194225;FXX=0.0109878;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=227.498,10.3765;QD=8.01984;RBI=0.0675778,0.101079;REFB=-0.0168702,-0.181728;REVB=-0.065817,-0.0991958;RO=43;SAF=0,10;SAR=13,22;SRF=32;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.819261,-0.421329;STB=0.999167,0.761507;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.113342,0.115808;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.333333:13,32:90:10,30:90:50:0,8:10,22:35:15:99:43:0,10:13,22:32:11 chr5 120021819 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.615;QD=50.4117;RBI=0.042545;REFB=0;REVB=0.0304146;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295056;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 121402406 . T C 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.037;QD=59.4462;RBI=0.019956;REFB=0.00290124;REVB=0.0167284;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=4.39443e-05;OID=.;OPOS=121402406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:22:26:2:0:22:26:2:0 chr5 121488203 . G A 133.07 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6391;QD=35.4855;RBI=0.0523287;REFB=-0.0318225;REVB=0.0464217;RO=2;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824044;STB=0.545388;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00858404;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:10:3:0:2:10:3:0:2 chr5 121488506 . C G 62.37 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.59;QD=35.6412;RBI=0.105481;REFB=0;REVB=0.0209897;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383601;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr5 121489083 . C T 235.11 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000903988;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1658;QD=39.1857;RBI=0.00110173;REFB=-0.0271218;REVB=0.000629773;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153754;STB=0.508395;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0114331;OID=.;OPOS=121489083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:24:4:4:20:20:0.833333:11:9:2:2:11:9:2:2 chr5 121489122 . T C 211.07 PASS AF=0.826087;AO=16;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.141203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=36.7072;RBI=0.142482;REFB=-0.0356929;REVB=0.0190462;RO=4;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163264;STB=0.536044;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00584044;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:23:23:4:4:16:19:0.826087:13:3:2:2:13:6:2:2 chr5 121518309 . G A 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00190502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.697;QD=2.99719;RBI=0.0520582;REFB=-0.00478235;REVB=-0.0520234;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510995;STB=0.535642;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.02558;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:4:6:33:26:4:6:33:26 chr5 122165470 . TACACACACACACAC T 100.37 PASS AF=0.625;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0308728;FXX=0.304216;HRUN=1;LEN=14;MLLD=321.995;QD=25.0929;RBI=0.0316117;REFB=-0.00184231;REVB=0.00679495;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.649755;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.00052729;OID=.;OPOS=122165471;OREF=ACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:10:12:10:16:6:7:3:6:0:46:0:7:3:0:0 chr5 122435627 . G A 664.29 PASS AF=0.898305;AO=50;DP=57;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0253143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5685;QD=45.0367;RBI=0.0253154;REFB=-0.236155;REVB=0.00023544;RO=7;SAF=20;SAR=30;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139405;STB=0.55767;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0230978;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:59:7:6:50:53:0.898305:30:20:7:0:30:23:6:0 chr5 122681834 . C T 34.71 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0372006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2306;QD=1.803;RBI=0.0544833;REFB=-0.00342296;REVB=-0.0398064;RO=69;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430115;STB=0.815875;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0214588;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:2:6:25:44:2:6:25:44 chr5 122685727 . C G 106.43 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=-0.00890479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.685;QD=3.97881;RBI=0.0412938;REFB=-0.00398667;REVB=0.0403223;RO=88;SAF=9;SAR=10;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221107;STB=0.64126;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0212233;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:88:88:19:19:0.17757:10:9:57:31:10:9:57:31 chr5 122718736 . G C 92.34 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=151;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0218978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4854;QD=2.44616;RBI=0.0226287;REFB=-0.0105542;REVB=0.00570463;RO=131;SAF=14;SAR=6;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224293;STB=0.656391;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0491317;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:151:151:131:131:20:20:0.13245:6:14:69:62:6:14:69:62 chr5 122727026 . G A 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00194114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.572;QD=6.25228;RBI=0.010929;REFB=-0.00438134;REVB=-0.0107552;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460969;STB=0.810106;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156457;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:10:1:14:25:10:1:14:25 chr5 122758268 . G C 581.04 PASS AF=1;AO=24;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.047;QD=61.1623;RBI=0.152577;REFB=0;REVB=0.00565702;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874771;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:24:38:1:17:7:0:0:18:20:0:0 chr5 122950330 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3744;QD=51.1845;RBI=0.0551022;REFB=0;REVB=0.0393531;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026591;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr5 122950911 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.387;QD=57.1996;RBI=0.0329367;REFB=0;REVB=0.0104649;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011095;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 122990902 . A T 299.26 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.489;QD=52.0447;RBI=0.0213004;REFB=0;REVB=-0.013958;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000796787;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr5 123973360 . T TTA 70.53 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.086992;FXX=0.153728;HRUN=3;LEN=2;MLLD=174.172;QD=25.6467;RBI=0.0933356;REFB=-0.0960819;REVB=0.0338218;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484322;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=0.028919;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:6:27:8:11:3:3:5:1:2:17:18:3:3:2:16 chr5 124045952 . C T 538.17 PASS AF=0.754098;AO=46;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00431895;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.855;QD=35.2897;RBI=0.0151389;REFB=0.00998726;REVB=-0.0145098;RO=15;SAF=15;SAR=31;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103215;STB=0.555704;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00474783;OID=.;OPOS=124045952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:15:15:46:46:0.754098:31:15:8:7:31:15:8:7 chr5 124686757 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.114;QD=59.4348;RBI=0.0363276;REFB=0;REVB=-0.00618023;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205524;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr5 125696140 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.919;QD=49.5992;RBI=0.0187711;REFB=0;REVB=-0.00508862;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71089e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 125828803 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.109;QD=63.5829;RBI=0.023576;REFB=0;REVB=0.0130767;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17512e-06;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 125887715 . T G 535.81 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0498786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7766;QD=45.6012;RBI=0.0498786;REFB=-0.0314747;REVB=4.2878e-05;RO=6;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198383;STB=0.515687;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0289281;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:6:8:39:39:0.829787:23:16:2:4:23:16:4:4 chr5 126171999 . T C 619.59 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0418139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5414;QD=59.0084;RBI=0.0471796;REFB=-0.0115508;REVB=-0.021852;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000284935;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr5 126746277 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0997;QD=55.0899;RBI=0.0513752;REFB=0;REVB=0.0254143;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015492;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 126887569 . G A 536.18 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0313815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.46;QD=54.9925;RBI=0.0323015;REFB=0.0447948;REVB=0.00765428;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00153643;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:0:2:23:14:0:2 chr5 126890472 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4916;QD=57.202;RBI=0.0640354;REFB=0;REVB=-0.0568144;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397564;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr5 126890541 . T C 239.7 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.5;QD=50.463;RBI=0.0703955;REFB=0;REVB=0.0300091;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511711;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr5 126993249 . G C 728.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.479;QD=63.369;RBI=0.0211643;REFB=0;REVB=-0.0198113;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56721e-05;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:29:17:0:0 chr5 126993263 . A T 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.476;QD=62.6614;RBI=0.00532791;REFB=0;REVB=-0.00289996;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80181e-06;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr5 126993282 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.003;QD=56.9565;RBI=0.0607821;REFB=0;REVB=0.0169489;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215112;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr5 126993958 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000729279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.168;QD=62.9829;RBI=0.000981113;REFB=0;REVB=0.000656304;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9113e-06;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr5 127614472 . A G 707.86 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8258;QD=62.9212;RBI=0.0260259;REFB=0;REVB=-0.0198756;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381645;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr5 127622491 . T C 538.18 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.107;QD=59.7974;RBI=0.0300287;REFB=0;REVB=-0.0171355;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125427;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr5 127685135 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.871;QD=62.022;RBI=0.0244006;REFB=0;REVB=-0.0184919;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47572e-06;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr5 128430757 . T C 382.64 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0727877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.41;QD=52.7774;RBI=0.0809181;REFB=-0.130161;REVB=0.0353509;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.54542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00157864;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:1:0:23:5:1:0 chr5 128863471 . A G 557.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.386;QD=60.2721;RBI=0.0339323;REFB=0;REVB=0.0205779;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125249;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr5 129072943 . G T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2381;QD=52.6075;RBI=0.119336;REFB=0;REVB=-0.0144934;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373845;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr5 129521126 . A G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0162808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.464;QD=38.2053;RBI=0.0195209;REFB=-0.0758132;REVB=-0.0107703;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.571332;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00267873;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:2:0:9:6:2:0 chr5 129521440 . C T 63.01 PASS AF=0.131313;AO=12;DP=98;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00257106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.226;QD=2.54588;RBI=0.0259306;REFB=-0.0011654;REVB=-0.0258029;RO=86;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151559;STB=0.561308;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00924965;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:99:86:86:12:13:0.131313:8:4:39:47:8:5:39:47 chr5 130766662 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.806;QD=59.838;RBI=0.0415952;REFB=0;REVB=0.0415769;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155326;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr5 130805475 . C T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.104;QD=61.3329;RBI=0.0355684;REFB=0;REVB=-0.0229265;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30875e-05;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr5 131008194 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.828;QD=51.1809;RBI=0.0389958;REFB=0;REVB=-0.0381976;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244046;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr5 131066725 . C A 715.13 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.777;QD=60.8621;RBI=0.0270425;REFB=-0.128772;REVB=0.0217774;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00121705;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:1:0 chr5 131283376 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.643;QD=60.977;RBI=0.00598106;REFB=0;REVB=0.00381632;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49063e-06;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 131396478 . C T 801.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.355;QD=64.0925;RBI=0.0329041;REFB=0;REVB=0.0121546;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351726;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr5 131411460 . T C 1249.88 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.109;QD=60.2352;RBI=0.0581;REFB=-0.092169;REVB=0.0563752;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00204597;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:47:35:0:1:47:35:0:1 chr5 131602166 . T C 373.14 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8716;QD=55.2794;RBI=0.0974354;REFB=0;REVB=0.0938972;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275256;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr5 131607080 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4695;QD=58.1379;RBI=0.039357;REFB=0;REVB=0.00632213;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269847;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr5 131607297 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.524;QD=45.8046;RBI=0.027442;REFB=0;REVB=0.00471455;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427304;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr5 131607588 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.309;QD=37.4885;RBI=0.0619912;REFB=0;REVB=0.0603093;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193696;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr5 131701279 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.094;QD=58.1405;RBI=0.0194859;REFB=0;REVB=0.000569852;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159745;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 131705949 . T C 425.21 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0487785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7301;QD=53.1512;RBI=0.0647044;REFB=-0.0831322;REVB=-0.0425126;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0104645;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:16:14:0:1:17:14:0:1 chr5 131721174 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.955;QD=58.2356;RBI=0.0339926;REFB=0;REVB=-0.00881654;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011154;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr5 131731304 . A T 331.58 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0935694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.104;QD=51.0128;RBI=0.0947062;REFB=-0.191492;REVB=0.0146294;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000966535;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:14:11:0:1 chr5 131796498 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.961;QD=40.763;RBI=0.0390518;REFB=0;REVB=-0.0298138;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0572e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr5 131819126 . C T 538.29 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.635;QD=59.8096;RBI=0.0396022;REFB=0;REVB=0.0287072;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84576e-06;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:26:10:0:0 chr5 131822055 . T C 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660294;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.773;QD=54.5648;RBI=0.0118072;REFB=0;REVB=0.00978836;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198044;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr5 131822072 . A G 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6805;QD=49.5799;RBI=0.0234419;REFB=0;REVB=-0.00615038;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000960617;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 131822133 . T C 88.48 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.003;QD=39.326;RBI=0.0781798;REFB=0;REVB=0.0159443;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502071;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr5 131822224 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=388.765;QD=43.4862;RBI=0.0251931;REFB=0;REVB=0.00980476;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010795;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr5 131892357 . C T 255.75 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5167;QD=51.1492;RBI=0.0504695;REFB=0;REVB=-0.0266271;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355311;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:4:16:0:0 chr5 131995964 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0319397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.829;QD=5.57561;RBI=0.0366563;REFB=-0.000804201;REVB=-0.0179872;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143824;STB=0.509407;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00510289;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:10:14:4:3:10:14 chr5 132030414 . T A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6554;QD=55.0952;RBI=0.0507835;REFB=0;REVB=-0.0209175;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631825;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 132031972 . T C 274.75 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3443;QD=49.9552;RBI=0.147504;REFB=0;REVB=0.145802;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636895;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:21:22:1:9:12:0:1:10:12:0:0 chr5 132042146 . C T 1374.78 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.104;QD=62.49;RBI=0.0102189;REFB=0;REVB=0.00793347;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09748e-05;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:43:43:0:0:44:44:0:0 chr5 132098242 . A G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1072;QD=58.5954;RBI=0.0383393;REFB=0;REVB=-0.0125584;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139418;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr5 132099999 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.282;QD=61.6949;RBI=0.0324303;REFB=0;REVB=0.0116068;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16956e-05;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr5 132150948 . T G 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0502504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.046;QD=56.5625;RBI=0.0512132;REFB=0.139242;REVB=0.00988401;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214826;STB=0.51136;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000448462;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:43:27:0:2:43:27:0:2 chr5 133186592 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0381;QD=37.891;RBI=0.0497074;REFB=0.0354452;REVB=0.0192798;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0004352;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:1:0:6:6:1:0 chr5 133186603 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.551;QD=44.6895;RBI=0.100789;REFB=0;REVB=-0.100779;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772919;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 133477802 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.447;QD=57.177;RBI=0.0718968;REFB=0;REVB=-0.0676851;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115744;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr5 133481467 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.912;QD=55.6561;RBI=0.0247603;REFB=0;REVB=-0.0105906;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46177e-05;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 526.88 PASS AF=1,0,0;AO=27,15,35;DP=95;FAO=98,0,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=74,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076563,0.0385575,-0.362849;FXX=0.019998;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.67371,9.03907,4.63038;QD=21.5054;RBI=0.220496,0.111866,0.397179;REFB=0.0585303,0.0581762,0.114484;REVB=-0.206777,-0.105011,-0.16153;RO=12;SAF=0,0,18;SAR=27,15,17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.854448,-0.814761,0.0851423;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00692024,-0.0290648,0.0447162;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:27,15,35:95:98,0,0:98:0:24,0,0:74,0,0:0:0:3:12:0,0,18:27,15,17:4:8 chr5 133909475 . G A 397.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373907;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5853;QD=56.7368;RBI=0.0586263;REFB=0;REVB=0.0451551;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167696;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 134193187 . T A 489.05 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0141734;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.529;QD=50.1588;RBI=0.0141741;REFB=-0.0321993;REVB=-0.00013918;RO=4;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329496;STB=0.518786;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00418302;OID=.;OPOS=134193187;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:34:35:0.897436:20:14:1:3:20:15:1:3 chr5 134262271 . C A 649.12 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3824;QD=61.8211;RBI=0.0614233;REFB=0;REVB=0.00313668;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577642;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr5 134343661 . C T 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.957;QD=54.9958;RBI=0.0248834;REFB=-0.0271196;REVB=-0.000154566;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049227;STB=0.526302;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00229376;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:2:0:19:18:2:0 chr5 134781197 . G A 1197.59 PASS AF=0.844037;AO=92;DP=109;FAO=92;FDP=109;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00813932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.185;QD=43.9482;RBI=0.0111371;REFB=-0.0146152;REVB=0.00760176;RO=16;SAF=44;SAR=48;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640102;STB=0.538083;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00284055;OID=.;OPOS=134781197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:109:16:17:92:92:0.844037:48:44:4:12:48:44:4:13 chr5 134782414 . G T 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271744;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.488;QD=55.696;RBI=0.0133685;REFB=0;REVB=-0.0130894;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37828e-05;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 134782450 . T A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.13;QD=57.2014;RBI=0.0395821;REFB=0;REVB=0.0309275;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061684;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr5 134782510 . T C 657.02 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234742;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.748;QD=62.5736;RBI=0.0466161;REFB=0;REVB=-0.0402744;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5986e-05;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr5 134782576 . T G 840.63 PASS AF=0.983607;AO=56;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193102;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9797;QD=55.1232;RBI=0.0971188;REFB=-0.0651174;REVB=0.0951798;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00220845;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:1:1:56:60:0.983607:26:30:1:0:29:31:1:0 chr5 134986196 . C T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0519277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.285;QD=31.0672;RBI=0.0525288;REFB=0.00855662;REVB=0.00792417;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996633;STB=0.554851;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00280078;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:1:5:11:6:1:5 chr5 135188341 . G A 133.62 PASS AF=0.198276;AO=23;DP=116;FAO=23;FDP=116;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.00341381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.469;QD=4.60742;RBI=0.00470363;REFB=-0.00408468;REVB=0.00323575;RO=92;SAF=13;SAR=10;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164166;STB=0.598727;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0240876;OID=.;OPOS=135188341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:92:93:23:23:0.198276:10:13:40:52:10:13:41:52 chr5 135231229 . A G 613.25 PASS AF=0.86;AO=44;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0256773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.866;QD=49.0596;RBI=0.0442227;REFB=-0.0229866;REVB=0.0360045;RO=5;SAF=24;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492706;STB=0.522265;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00417646;OID=.;OPOS=135231229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:50:5:7:44:43:0.86:20:24:4:1:19:24:5:2 chr5 135258105 . G A 572.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.958;QD=60.2112;RBI=0.0227688;REFB=0;REVB=0.0225481;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41732e-05;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr5 135276201 . AGTT A 596.42 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238313;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.054;QD=59.6422;RBI=0.0241746;REFB=0;REVB=0.00405929;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000244134;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:41:40:40:0:17:23:0:0:4:0:13:18:0:0 chr5 135276314 . C A,T 786.07 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105761,-0.0351643;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.3628,197.771;QD=56.1477;RBI=0.107206,0.0359334;REFB=0,0;REVB=-0.0175462,0.00739495;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.08382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.124773,-0.000233248;OID=.,.;OPOS=135276314,135276314;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:2,37:0,17:0:0:2,37:0,17:0:0 chr5 135276847 . T C 1417.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224468;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.071;QD=62.9936;RBI=0.0192435;REFB=0;REVB=0.0191121;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43169e-05;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:56:32:0:0:58:32:0:0 chr5 135282630 . C T 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8809;QD=57.3808;RBI=0.0235955;REFB=0;REVB=0.00215303;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135233;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr5 135287029 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.138;QD=56.9568;RBI=0.0224173;REFB=0;REVB=-0.0222544;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101669;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr5 135382989 . G C 462.24 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0113383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.212;QD=47.4091;RBI=0.0531487;REFB=-0.000537151;REVB=-0.0519252;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650502;STB=0.534934;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00010323;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:1:4:18:16:1:4 chr5 135399452 . T G 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0100994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.476;QD=1.93787;RBI=0.0402704;REFB=-0.0023401;REVB=-0.0389834;RO=80;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268438;STB=0.6996;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0227927;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:7:3:42:38:7:3:42:38 chr5 135513085 . T TC 786.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470984;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.2096;QD=56.19;RBI=0.0475249;REFB=0;REVB=0.00635272;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000534759;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:56:56:56:0:25:31:0:0:4:0:25:31:0:0 chr5 135514055 . A G 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0051801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.599;QD=4.63809;RBI=0.0176368;REFB=-0.00147484;REVB=0.016859;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330212;STB=0.716558;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0146719;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:50:40:41:9:9:0.18:2:7:21:19:2:7:22:19 chr5 135517740 . T G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.019701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.333;QD=2.99308;RBI=0.0259639;REFB=-0.00612998;REVB=-0.0169113;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468324;STB=0.844475;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.022082;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:5:1:21:16:5:1:22:16 chr5 136313330 . A AG 315.51 PASS AF=0.843137;AO=30;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.131278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1158;QD=24.7458;RBI=0.148485;REFB=-0.00223501;REVB=0.0693816;RO=18;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883566;STB=0.564488;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0430259;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.843137:30:51:43:51:8:16:27:0:8:10:18:10:20:4:14 chr5 136953577 . T C 111.56 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.905;QD=40.5656;RBI=0.0613511;REFB=0;REVB=0.0612506;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107006;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr5 136954719 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00202466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.411;QD=52.7689;RBI=0.0822341;REFB=0.0301869;REVB=0.0822092;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00125376;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:1:0:12:16:1:0 chr5 136955382 . TG T,TA,TT 987.07 PASS AF=0,0.057971,0.942029;AO=10,4,55;DP=69;FAO=0,4,65;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,19;FSAR=0,0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146388,-0.0150395,0.0269293;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=179.316,169.342,201.617;QD=57.2217;RBI=0.0261323,0.0309564,0.0346306;REFB=0,0,0;REVB=0.0216472,0.0270576,0.0217737;RO=0;SAF=1,4,18;SAR=9,0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,0,-3.85968e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00765799,0.163965,8.60602e-05;OID=.,.,.;OPOS=136955383,136955383,136955383;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.057971,0.942029:10,4,55:69:0,4,65:69:0:0,4,19:0,0,46:0:0:7:0:1,4,18:9,0,37:0:0 chr5 136955384 . A T 45.28 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0156622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.9314;QD=2.55075;RBI=0.0205181;REFB=-0.0112065;REVB=0.0132547;RO=61;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417955;STB=0.811005;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.17051;OID=.;OPOS=136955384;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:71:71:61:61:10:10:0.140845:9:1:22:39:9:1:22:39 chr5 136969793 . C T 202.85 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.332;QD=47.7304;RBI=0.0190576;REFB=0;REVB=-0.00190611;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00881015;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr5 137028029 . T C 784.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1028;QD=57.0275;RBI=0.0202659;REFB=0;REVB=0.0175747;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92108e-05;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr5 137206560 . A C 471.29 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00018967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8207;QD=55.4457;RBI=0.0222078;REFB=0.0849071;REVB=0.0222069;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0159386;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:13:19:0:1:13:20:0:1 chr5 137244517 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.051;QD=56.1915;RBI=0.0204457;REFB=0;REVB=-0.007633;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69609e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr5 137259179 . T C 1336.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2254;QD=62.1788;RBI=0.01811;REFB=0;REVB=0.0163014;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26769e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr5 137347498 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.763;QD=62.3504;RBI=0.0342947;REFB=0;REVB=0.0339342;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96335e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 137372207 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.773;QD=56.1908;RBI=0.0340363;REFB=0;REVB=0.0338075;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183922;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 137476416 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1306;QD=63.87;RBI=0.0462617;REFB=0;REVB=-0.000264545;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477878;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 137622939 . C T 492.73 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0591129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.223;QD=46.9268;RBI=0.0591433;REFB=0.00977007;REVB=-0.00189652;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389696;STB=0.512288;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00173486;OID=.;OPOS=137622939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:5:6:36:36:0.857143:21:15:2:3:21:15:2:4 chr5 137665323 . G A 276.25 PASS AF=0.727273;AO=22;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.050277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.546;QD=33.4842;RBI=0.0502914;REFB=-0.00480568;REVB=0.00120496;RO=7;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547568;STB=0.513584;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000173479;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:7:9:22:24:0.727273:7:15:4:3:7:17:6:3 chr5 137708434 . C T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.274;QD=57.5397;RBI=0.0225469;REFB=0;REVB=-0.00338192;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78258e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr5 137717213 . G A 33.39 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00888436;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.249;QD=2.90383;RBI=0.0160186;REFB=-0.00399392;REVB=-0.0133291;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305857;STB=0.721526;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0295673;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:16:24:2:4:16:24 chr5 137717265 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.798;QD=61.6811;RBI=0.0316524;REFB=0;REVB=-0.0161427;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83505e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 137754695 . T C 1102.46 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00541739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3561;QD=58.798;RBI=0.00622612;REFB=-0.00190156;REVB=0.00306863;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=9.16728e-06;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:31:43:0:1:31:43:0:1 chr5 137781792 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.155;QD=33.4283;RBI=0.0288506;REFB=0;REVB=0.0287449;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120513;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr5 137849394 . G GA 42.56 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0166896;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.067;QD=5.87063;RBI=0.0311828;REFB=-0.00331667;REVB=-0.0263405;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.0760563;OID=.;OPOS=137849395;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:9:30:9:29:20:4:5:10:10:42:21:4:5:11:10 chr5 137892170 . G A 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0156444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.133;QD=37.5265;RBI=0.0172893;REFB=-0.0396325;REVB=0.00736014;RO=7;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483619;STB=0.526295;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0110446;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:15:10:2:5:15:10:2:5 chr5 137902339 . T C 346.24 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00045035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.262;QD=44.6766;RBI=0.00514519;REFB=-0.0924716;REVB=0.00512544;RO=4;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142252;STB=0.576866;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00219566;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:31:31:4:4:27:27:0.870968:11:16:0:4:11:16:0:4 chr5 138456815 . T C 609.89 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0405867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.895;QD=42.0611;RBI=0.0417505;REFB=-0.0807195;REVB=0.00978895;RO=9;SAF=16;SAR=33;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038289;STB=0.520496;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0156334;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:9:9:49:49:0.844828:33:16:4:5:33:16:4:5 chr5 138705188 . C CATT,T 526.92 PASS AF=0.804348,0.0434783;AO=35,2;DP=46;FAO=37,2;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=17,2;FSAR=20,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0177668,-0.0104044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=264.423,107.875;QD=45.8193;RBI=0.025539,0.108765;REFB=-0.0211209,-0.0330046;REVB=-0.0183462,-0.108266;RO=7;SAF=17,2;SAR=18,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0706537,0.539624;STB=0.540519,0.992254;STBP=0.265,0.347;TYPE=ins,snp;VARB=0.00549519,-0.0973981;OID=.,.;OPOS=138705189,138705188;OREF=-,C;OALT=ATT,T;OMAPALT=CATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:46:7:7:35,2:37,2:0.804348,0.0434783:18,0:17,2:5:2:20,0:17,2:5:2 chr5 138713959 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.716;QD=53.2767;RBI=0.0394186;REFB=0;REVB=0.0173272;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420734;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr5 139097627 . A C 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.872;QD=48.2095;RBI=0.016815;REFB=0.0117182;REVB=-0.00208282;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.538436;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000584276;OID=.;OPOS=139097627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:11:18:3:0:11:18:3:0 chr5 139217320 . G C 657.38 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0394943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.217;QD=50.5676;RBI=0.0406674;REFB=0.00153874;REVB=-0.00969731;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575129;STB=0.5306;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-3.02906e-05;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:23:26:0:3:23:26:0:3 chr5 139712548 . TAA TA,TAC 319.69 PASS AF=0.153846,0.807692;AO=4,21;DP=26;FAO=4,21;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=4,7;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536628,-0.027635;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.2015,54.307;QD=49.1832;RBI=0.0551277,0.0469226;REFB=-0.0313036,-0.0371814;REVB=-0.0126238,0.0379214;RO=1;SAF=4,7;SAR=0,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0614156;STB=0.5,0.533301;STBP=1,0.291;TYPE=del,snp;VARB=0.0611652,-0.00890942;OID=.,.;OPOS=139712549,139712550;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.807692:4,21:26:4,21:26:1:4,7:0,14:1:0:20:1:4,7:0,14:1:0 chr5 139725844 . CG C 33.42 PASS AF=0.409091;AO=10;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0057371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3813;QD=6.07585;RBI=0.186924;REFB=-0.127444;REVB=-0.186836;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.344828;SSSB=0.0654152;STB=0.517204;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.13427;OID=.;OPOS=139725845;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:10:22:9:22:13:6:3:9:4:33:11:7:3:7:4 chr5 139745154 . T C 387.0 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.02613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.487;QD=36.8568;RBI=0.0291398;REFB=0.0145887;REVB=0.0128977;RO=11;SAF=21;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161712;STB=0.58808;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00808051;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:10:21:4:7:10:21:4:7 chr5 139936760 . G T 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.742;QD=47.1162;RBI=0.0914628;REFB=-0.112147;REVB=0.084292;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.541632;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0115689;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:11:13:0:1:11:13:0:2 chr5 139936980 . A G 255.88 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00818363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.841;QD=44.5004;RBI=0.0201438;REFB=0.00499399;REVB=0.0184066;RO=2;SAF=16;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558186;STB=0.530357;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000328348;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:5:16:1:1:5:16:1:1 chr5 139940233 . G A 479.98 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0143311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.161;QD=47.9978;RBI=0.0209237;REFB=-0.00501537;REVB=-0.0152453;RO=5;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103591;STB=0.555688;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00111982;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:13:22:1:4:13:22:1:4 chr5 139940302 . G A 457.06 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00152256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.311;QD=45.7062;RBI=0.010237;REFB=-0.00283803;REVB=0.0101232;RO=6;SAF=22;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441882;STB=0.523795;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000222273;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:12:22:3:3:12:22:3:3 chr5 139941228 . A G 169.55 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.2406;QD=45.2139;RBI=0.126373;REFB=0;REVB=-0.00132791;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577363;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr5 140048267 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.753;QD=60.2301;RBI=0.0138483;REFB=0;REVB=0.0126013;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83346e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr5 140167463 . C T 397.31 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0602728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.524;QD=46.7427;RBI=0.0627474;REFB=-0.00831187;REVB=0.0174477;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117651;STB=0.512187;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00129982;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:3:4:30:30:0.882353:18:12:1:2:18:12:2:2 chr5 140168070 . A G 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0291728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4198;QD=33.9177;RBI=0.0795091;REFB=-0.105676;REVB=-0.0739638;RO=4;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165516;STB=0.590801;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00879924;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:9:7:0:4:9:7:0:4 chr5 140168151 . G T 191.97 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0474633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.119;QD=23.2695;RBI=0.0474917;REFB=-0.013065;REVB=0.00164236;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131062;STB=0.572881;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0108355;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:3:11:12:7:3:11 chr5 140174622 . G A 559.29 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0865621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3171;QD=39.9491;RBI=0.0985917;REFB=-0.128955;REVB=0.0471944;RO=9;SAF=17;SAR=29;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946648;STB=0.543141;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0275363;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:56:56:9:10:46:46:0.821429:29:17:6:3:29:17:6:4 chr5 140174865 . G C 726.8 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6155;QD=52.8581;RBI=0.0413129;REFB=-0.028547;REVB=0.00759084;RO=2;SAF=19;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470366;STB=0.52499;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00139198;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:34:19:2:0:34:19:2:0 chr5 140176000 . C T 165.54 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0137337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3668;QD=11.4163;RBI=0.0201206;REFB=-0.0261391;REVB=0.0147046;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129463;STB=0.575093;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0340776;OID=.;OPOS=140176000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:22:15:11:10:22:15 chr5 140181734 . A G 300.42 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0138298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.729;QD=44.5062;RBI=0.028642;REFB=-0.0053594;REVB=-0.0250819;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578777;STB=0.545418;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000647688;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:2:3:24:24:0.888889:9:15:2:0:9:15:3:0 chr5 140181892 . T C 592.42 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00825287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.166;QD=56.4207;RBI=0.0110995;REFB=0.0163908;REVB=0.00742219;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594803;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000686218;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:2:2:39:40:0.952381:17:22:1:1:17:23:1:1 chr5 140182101 . G T 550.32 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0715579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7561;QD=44.9244;RBI=0.0725208;REFB=0.0427618;REVB=0.0117785;RO=9;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087033;STB=0.54674;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00638073;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:19:21:7:2:19:21:7:2 chr5 140183058 . G A 347.3 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0617238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5798;QD=51.4519;RBI=0.064684;REFB=-0.0552014;REVB=0.0193442;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00186063;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr5 140186937 . G T 186.21 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00833797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.826;QD=28.6483;RBI=0.0236192;REFB=-0.0540732;REVB=0.0220985;RO=8;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113405;STB=0.563144;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0451585;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:18:18:0.692308:14:4:3:5:14:4:3:5 chr5 140187048 . G C 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00933086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.341;QD=28.7636;RBI=0.0307632;REFB=-0.0111206;REVB=0.029314;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205016;STB=0.613265;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0042961;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:8:11:2:7:8:11:2:7 chr5 140187061 . C G 291.5 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0164984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7468;QD=33.3141;RBI=0.110174;REFB=-0.0271596;REVB=-0.108932;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114515;STB=0.562593;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00495365;OID=.;OPOS=140187061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:3:7:12:13:3:7 chr5 140187102 . A G 483.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00718983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.367;QD=43.9643;RBI=0.0387859;REFB=-0.00495338;REVB=-0.0381136;RO=8;SAF=19;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515548;STB=0.527762;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000462738;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:17:19:3:5:17:19:3:5 chr5 140187322 . C T 733.14 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0148202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.249;QD=43.7694;RBI=0.0184376;REFB=0.00785709;REVB=0.0109684;RO=10;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583414;STB=0.531125;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00138311;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:10:10:57:57:0.850746:28:29:3:7:28:29:3:7 chr5 140188383 . T G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00585176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.24;QD=29.7802;RBI=0.0322332;REFB=-0.0546719;REVB=0.0316976;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199112;STB=0.611472;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0124285;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:4:9:1:3:4:9:1:3 chr5 140188401 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0174857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.222;QD=35.1468;RBI=0.0235801;REFB=-0.0452325;REVB=-0.01582;RO=4;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143128;STB=0.578852;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00361536;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:6:11:1:3:6:11:1:3 chr5 140188575 . G C 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0671485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.302;QD=51.2612;RBI=0.0687795;REFB=0.0229313;REVB=-0.0148894;RO=3;SAF=11;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578848;STB=0.531065;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00133619;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:23:11:2:1:23:11:2:1 chr5 140201420 . T C 657.75 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00505808;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.832;QD=50.5965;RBI=0.0214678;REFB=-0.0451585;REVB=0.0208635;RO=3;SAF=30;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622161;STB=0.50331;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0031557;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:3:3:49:49:0.942308:19:30:2:1:19:30:2:1 chr5 140203431 . G GT 71.49 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11118;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.618;QD=35.7446;RBI=0.143493;REFB=0;REVB=0.0907164;RO=6;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00242372;OID=.;OPOS=140203432;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:8:8:8:0:6:2:0:0:4:6:1:1:5:1 chr5 140203432 . C T 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0182559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.16;QD=21.8431;RBI=0.0270918;REFB=-0.0423754;REVB=-0.0200172;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00281794;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:1:1:1:5:1:1 chr5 140209467 . T G 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0460734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9415;QD=51.2384;RBI=0.0838061;REFB=-0.0380133;REVB=-0.070005;RO=2;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120839;STB=0.506489;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00512897;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:12:18:1:1:12:18:1:1 chr5 140214381 . G A 316.08 PASS AF=0.8125;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0748944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4179;QD=39.5101;RBI=0.123467;REFB=0.0366566;REVB=-0.0981582;RO=6;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229508;STB=0.624902;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.008664;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:6:6:24:26:0.8125:9:15:0:6:9:17:0:6 chr5 140221139 . G A 307.46 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0129082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.635;QD=40.994;RBI=0.0375905;REFB=0.00225882;REVB=0.0353048;RO=5;SAF=5;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304347;STB=0.666518;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000931026;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:20:5:5:0:20:5:5:0 chr5 140222157 . A C 379.92 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0389704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.37;QD=39.9919;RBI=0.0518649;REFB=-0.0450968;REVB=0.0342239;RO=8;SAF=9;SAR=21;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887184;STB=0.54816;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00923645;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:8:8:30:30:0.789474:21:9:4:4:21:9:4:4 chr5 140222641 . A G 49.61 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00595042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.21;QD=15.2652;RBI=0.0909174;REFB=-0.00810613;REVB=-0.0907224;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0121152;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr5 140229526 . T G 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0195565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.57;QD=1.77338;RBI=0.0391068;REFB=-0.00514346;REVB=-0.0338657;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549591;STB=0.543086;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0440782;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:3:4:33:30:3:4:33:30 chr5 140230370 . AA CC 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0234668;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.534;QD=3.33189;RBI=0.0246621;REFB=-0.00540695;REVB=-0.0075847;RO=49;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331718;STB=0.709231;STBP=0.23;TYPE=mnp;VARB=0.0318898;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:58:60:49:51:9:9:0.15:3:6:19:30:3:6:21:30 chr5 140231237 . T C 665.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5236;QD=61.9389;RBI=0.064772;REFB=0;REVB=0.0535319;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108123;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 140231252 . T C 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0453641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2608;QD=5.21366;RBI=0.0761543;REFB=-0.0011318;REVB=0.0611684;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151767;STB=0.61262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0114341;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:5:3:15:15:5:3:16:15 chr5 140307284 . G A 537.61 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8475;QD=59.7343;RBI=0.0521625;REFB=0;REVB=-0.0294178;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479111;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 140307746 . C G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.287;QD=44.0924;RBI=0.0345425;REFB=-0.067029;REVB=-0.0148877;RO=1;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181061;STB=0.599866;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000877765;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:2:15:0:1:2:15:0:1 chr5 140307969 . C G 792.94 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6324;QD=63.4355;RBI=0.0637037;REFB=0;REVB=0.0311117;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901298;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:21:29:0:0 chr5 140309016 . C T 732.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339804;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.464;QD=63.6912;RBI=0.0352364;REFB=0;REVB=-0.0093241;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555434;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 140309124 . G A 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0500284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8873;QD=52.1505;RBI=0.0875518;REFB=0.0985559;REVB=-0.0718504;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0082216;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr5 140346468 . T A 513.89 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0436669;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.749;QD=46.7177;RBI=0.0586546;REFB=-0.0646545;REVB=0.0391608;RO=7;SAF=21;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116365;STB=0.500625;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103187;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:16:21:4:3:16:21:4:3 chr5 140346712 . T C 870.33 PASS AF=0.835443;AO=66;DP=76;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0101306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6671;QD=44.0675;RBI=0.025439;REFB=-0.0515334;REVB=-0.0233348;RO=10;SAF=35;SAR=31;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422298;STB=0.501347;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0089027;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:76:79:10:13:66:66:0.835443:31:35:7:3:31:35:7:6 chr5 140347053 . C T 310.88 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.032127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5894;QD=42.88;RBI=0.0447488;REFB=-0.103206;REVB=0.0311499;RO=4;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131958;STB=0.571372;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0136498;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:29:4:4:25:25:0.862069:12:13:0:4:12:13:0:4 chr5 140482483 . G A 375.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.669;QD=55.6919;RBI=0.0793487;REFB=0;REVB=0.0793246;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549505;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr5 140517173 . CT C,CC 284.49 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,19;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909129,0.0848571;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.587,225.064;QD=51.7256;RBI=0.0935939,0.0878935;REFB=0,0;REVB=0.022241,0.0229028;RO=0;SAF=3,9;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0827989,-0.00191329;OID=.,.;OPOS=140517174,140517174;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:3,19:22:2,20:22:0:2,10:0,10:0:0:7:0:3,9:0,10:0:0 chr5 140531174 . GT G,GC 280.97 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=8,14;DP=22;FAO=8,14;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289427,0.0236432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.5569,89.6156;QD=51.0859;RBI=0.0292904,0.0294377;REFB=0,0;REVB=-0.00449984,-0.0175378;RO=0;SAF=8,3;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0123353,-0.0297778;OID=.,.;OPOS=140531175,140531175;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364:8,14:22:8,14:22:0:8,3:0,11:0:0:46:0:8,3:0,11:0:0 chr5 140536838 . C G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.049318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.793;QD=45.1026;RBI=0.0625279;REFB=0.0204344;REVB=0.038438;RO=1;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00130123;OID=.;OPOS=140536838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:14:4:0:1:14:4:0:1 chr5 140537157 . G C 370.61 PASS AF=0.90625;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0318639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.849;QD=46.3256;RBI=0.0522078;REFB=-0.0425958;REVB=0.0413564;RO=3;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473738;STB=0.520593;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0148555;OID=.;OPOS=140537157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:32:3:3:26:29:0.90625:15:11:2:1:16:13:2:1 chr5 140553581 . G C 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.034529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.618;QD=3.20592;RBI=0.0348088;REFB=0.0026462;REVB=-0.00440435;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322033;STB=0.729692;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0174633;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:2:5:19:24:2:5:19:24 chr5 140554606 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0931433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3701;QD=8.62748;RBI=0.117902;REFB=0.000167957;REVB=-0.0722855;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333898;STB=0.723682;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00959881;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:2:9:15:11:2:9:15:12 chr5 140554808 . T A 34.77 PASS AF=0.121212;AO=6;DP=64;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00787432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8407;QD=2.10707;RBI=0.0385278;REFB=-0.00325434;REVB=-0.0377146;RO=55;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199301;STB=0.725981;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0831664;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:66:55:58:6:8:0.121212:2:4:27:28:2:6:29:29 chr5 140559596 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.444;QD=45.8068;RBI=0.0190701;REFB=0;REVB=0.0101226;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155939;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr5 140567608 . C T 528.98 PASS AF=0.95;AO=25;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.11783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2071;QD=52.8975;RBI=0.120324;REFB=-0.0610437;REVB=-0.0243714;RO=2;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00934133;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:40:2:2:25:38:0.95:20:5:0:2:23:15:0:2 chr5 140568026 . T C 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00684702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.367;QD=4.63819;RBI=0.0132367;REFB=0.00023075;REVB=0.0113282;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263458;STB=0.666297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0012146;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:6:3:22:18:6:3:22:19 chr5 140568034 . C CA 468.38 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900204;FXX=0.111086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4313;QD=46.8379;RBI=0.10982;REFB=0;REVB=-0.10945;RO=11;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00278666;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:49:40:40:0:22:18:0:0:9:11:21:17:3:8 chr5 140568483 . TG T 57.95 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.106319;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.5758;QD=12.8788;RBI=0.17005;REFB=-0.049513;REVB=-0.132715;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437865;STB=0.701759;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.0109304;OID=.;OPOS=140568484;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:9:19:10:18:8:6:4:1:7:45:6:6:3:0:6 chr5 140572156 . C T 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0245433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9008;QD=38.7568;RBI=0.0554765;REFB=-0.0354412;REVB=-0.0497521;RO=9;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112737;STB=0.571385;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00763249;OID=.;OPOS=140572156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:9:10:32:32:0.761905:16:16:7:2:16:16:8:2 chr5 140572668 . C T 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0955597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.346;QD=5.37677;RBI=0.105754;REFB=-0.00464623;REVB=0.0453024;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657525;STB=0.531822;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0129869;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:5:2:8:16:5:2:8:17 chr5 140572729 . C A 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0222396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.835;QD=45.3488;RBI=0.0236755;REFB=-0.0167021;REVB=-0.00811964;RO=4;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191043;STB=0.510302;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00184388;OID=.;OPOS=140572729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:19:9:1:3:19:9:1:3 chr5 140573439 . G C 34.08 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0624732;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5818;QD=3.58778;RBI=0.0635488;REFB=-0.00882104;REVB=-0.0116428;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417551;STB=0.800819;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0382436;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:16:16:5:1:16:16 chr5 140573442 . C G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0160974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.255;QD=4.55548;RBI=0.0170689;REFB=-0.00614155;REVB=0.00567623;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489882;STB=0.835054;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0352495;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:16:14:6:1:16:14 chr5 140581510 . G T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00331978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.086;QD=5.25842;RBI=0.00825832;REFB=-0.00872748;REVB=-0.00756167;RO=36;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382812;STB=0.753263;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.018067;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:2:7:17:19:2:7:17:19 chr5 140683527 . A T 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0199823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8144;QD=11.0862;RBI=0.109661;REFB=-0.0391499;REVB=0.107825;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0271243;OID=.;OPOS=140683527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr5 140699057 . G C 658.49 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0540048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0604;QD=56.0413;RBI=0.0802969;REFB=-0.01893;REVB=-0.0594228;RO=3;SAF=35;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233144;STB=0.512439;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000183889;OID=.;OPOS=140699057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:9:35:2:1:9:35:2:1 chr5 140710705 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.573;QD=46.8476;RBI=0.0194026;REFB=0;REVB=-0.0153472;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156811;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr5 140731369 . C T 70.56 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0227589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6192;QD=17.6402;RBI=0.0525505;REFB=0.0140285;REVB=0.0473665;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470049;STB=0.768712;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00342254;OID=.;OPOS=140731369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:5:3:7:0:6:3:7:0 chr5 140750044 . T C 1632.75 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.044551;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.9;QD=58.3126;RBI=0.0481682;REFB=-0.000734134;REVB=0.0183134;RO=2;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182502;STB=0.509614;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=6.44181e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:2:2:110:110:0.982143:51:59:0:2:51:59:0:2 chr5 140773870 . AG A 64.18 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=44;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0700027;FXX=0.0454442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3652;QD=6.11228;RBI=0.123044;REFB=-0.00515714;REVB=0.10119;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324718;STB=0.646878;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=-0.0132554;OID=.;OPOS=140773871;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:14:44:16:42:26:10:6:10:16:64:22:10:4:9:13 chr5 140773877 . GCCCC GCCCG,GCCC 49.44 PASS AF=0.04,0.26;AO=2,14;DP=50;FAO=2,13;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=2,6;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0535873,-0.143967;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=91.973,14.1104;QD=3.95518;RBI=0.0536617,0.16107;REFB=-0.00437965,-0.0572189;REVB=-0.00282537,0.0722288;RO=32;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0.435897;SSSB=0.447722,0.0828475;STB=0.994379,0.559015;STBP=0.18,0.646;TYPE=snp,del;VARB=-0.0437895,0.131049;OID=.,.;OPOS=140773881,140773878;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.26:2,14:50:2,13:50:35:2,6:0,7:19:16:40:32:2,8:0,6:16:16 chr5 140774288 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.567;QD=49.5992;RBI=0.0115971;REFB=0;REVB=0.00670653;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.083e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr5 141014494 . T C 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.000275847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.61;QD=2.34454;RBI=0.011392;REFB=-0.00274726;REVB=-0.0113886;RO=70;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261475;STB=0.689012;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0297588;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:7:3:36:34:7:3:36:34 chr5 141036337 . A G 328.85 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1434;QD=50.5926;RBI=0.0233846;REFB=-0.0205498;REVB=-0.0055312;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0265983;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:2:1:24:25:0.961538:12:12:1:1:12:13:0:1 chr5 141059158 . CG C,GC 96.2 PASS AF=0.571429,0;AO=9,6;DP=35;FAO=20,0;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.209518,0.00347424;FXX=0.0277701;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.6016,140.406;QD=10.9941;RBI=0.210482,0.122466;REFB=-0.0948788,-0.0113273;REVB=-0.0201212,-0.122417;RO=16;SAF=2,0;SAR=7,6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.340909,0;SSSB=-0.529645,-0.789149;STB=0.662728,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.155464,0;OID=.,.;OPOS=141059159,141059158;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:35:35:16:15:9,6:20,0:0.571429,0:7,6:2,0:12:4:13,0:7,0:11:4 chr5 141059868 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.396;QD=52.6124;RBI=0.0838536;REFB=0;REVB=0.0838158;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000962146;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr5 141242842 . G A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0561303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.91;QD=27.3828;RBI=0.073744;REFB=-0.0771603;REVB=0.0478286;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0262696;OID=.;OPOS=141242842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:1:2:5:5:1:2 chr5 141243646 . A G 76.63 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0116873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.35;QD=2.94727;RBI=0.0146661;REFB=-0.00489607;REVB=-0.00886021;RO=89;SAF=4;SAR=11;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304943;STB=0.709858;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0290064;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:89:89:15:15:0.144231:11:4:45:44:11:4:45:44 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 215.84 PASS AF=0.791045,0.104478;AO=19,5;DP=67;FAO=53,7;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=50,7;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0271958,-0.0360033;FXX=0.0147037;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=76.229,169.363;QD=12.886;RBI=0.0278163,0.077964;REFB=-0.06813,-0.0110743;REVB=-0.00584249,-0.0691531;RO=38;SAF=16,5;SAR=3,0;SRF=38;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497207,0;STB=0.602364,0.997535;STBP=0.048,0.111;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0149681,0.0375266;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:67:67:38:7:19,5:53,7:0.791045,0.104478:3,0:16,5:38:0:3,0:50,7:5:2 chr5 141325249 . T C 1365.64 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145385;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.612;QD=62.788;RBI=0.0297311;REFB=0;REVB=0.025934;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72309e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr5 141335241 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.686;QD=46.848;RBI=0.0173943;REFB=0;REVB=0.014661;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206134;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr5 141335284 . G A 328.89 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00458136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.954;QD=50.5985;RBI=0.057093;REFB=-0.10042;REVB=0.0569089;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00289895;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:5:20:0:1:5:20:0:1 chr5 141336264 . G T 630.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.691;QD=61.529;RBI=0.0437989;REFB=0;REVB=-0.00584711;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9459e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:19:22:0:0 chr5 141337126 . C T 363.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323516;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.056;QD=55.9486;RBI=0.0324089;REFB=0;REVB=0.0019257;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442163;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr5 141337225 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2834;QD=48.7369;RBI=0.0491996;REFB=0;REVB=-0.00866122;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733832;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 141391532 . G A 718.51 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.034732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8407;QD=38.3204;RBI=0.0357193;REFB=0.0415071;REVB=0.00833999;RO=17;SAF=19;SAR=39;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746459;STB=0.539933;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0104561;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:17:17:58:58:0.773333:39:19:3:14:39:19:3:14 chr5 141531735 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.854;QD=61.3364;RBI=0.0120567;REFB=0;REVB=0.0115327;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90432e-06;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:26:14:0:0 chr5 141973349 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.142;QD=56.9555;RBI=0.0200579;REFB=0;REVB=0.0153985;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132061;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr5 141973501 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.602;QD=57.3846;RBI=0.0231287;REFB=0;REVB=0.0193278;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6984e-05;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr5 142254679 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.496;QD=61.3354;RBI=0.0314559;REFB=0;REVB=-0.0230935;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33606e-06;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 142421415 . T G 429.41 PASS AF=0.888889;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0144114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.352;QD=47.7122;RBI=0.0149692;REFB=0.00148872;REVB=-0.00404833;RO=4;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060003;STB=0.52776;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00010788;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:36:4:4:29:32:0.888889:15:14:3:1:16:16:3:1 chr5 142593652 . C T 528.39 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.899;QD=58.7099;RBI=0.0048799;REFB=0;REVB=-0.00264734;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468164;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:6:29:0:0:6:30:0:0 chr5 143539785 . T C 607.15 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00746348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.075;QD=44.1564;RBI=0.0107148;REFB=0.00164539;REVB=0.00768795;RO=6;SAF=21;SAR=27;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827442;STB=0.535454;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-9.85005e-05;OID=.;OPOS=143539785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:6:7:48:48:0.872727:27:21:5:1:27:21:5:2 chr5 145246085 . T G 1455.9 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.404;QD=61.9532;RBI=0.0427621;REFB=-0.112428;REVB=-0.0134094;RO=1;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013351;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000107201;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:35:57:0:1:36:57:0:1 chr5 145393364 . C T 508.6 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00085262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.198;QD=56.5108;RBI=0.0599828;REFB=-0.183579;REVB=0.0599767;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00114297;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:13:22:0:0:13:22:0:1 chr5 145439647 . T C 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365579;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.086;QD=58.6144;RBI=0.00512883;REFB=0;REVB=-0.00359723;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2754e-06;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr5 145442133 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00893313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.583;QD=27.592;RBI=0.0125269;REFB=-0.0111864;REVB=-0.00878196;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686393;STB=0.538402;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00475005;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:2:3:6:7:2:3 chr5 145442203 . G C 323.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.155;QD=53.882;RBI=0.0185411;REFB=0;REVB=-0.0132069;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654578;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr5 145890028 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000121977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.337;QD=62.022;RBI=0.0225275;REFB=0;REVB=0.0225272;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90725e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 145894896 . G C 462.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.63;QD=57.8594;RBI=0.0673383;REFB=0;REVB=0.0377993;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710347;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 145935658 . G A 849.76 PASS AF=0.844156;AO=63;DP=76;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0048644;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.779;QD=44.1432;RBI=0.0124533;REFB=-0.0178796;REVB=-0.011464;RO=11;SAF=20;SAR=43;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125156;STB=0.572149;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00986427;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:77:11:12:63:65:0.844156:43:20:8:3:44:21:9:3 chr5 147012303 . T C 823.57 PASS AF=0.84;AO=63;DP=75;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0746973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9104;QD=43.9239;RBI=0.0870434;REFB=0.010588;REVB=0.0446864;RO=12;SAF=28;SAR=35;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669363;STB=0.535703;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000742399;OID=.;OPOS=147012303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:12:12:63:63:0.84:35:28:8:4:35:28:8:4 chr5 147024476 . C A 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00641374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.312;QD=3.47854;RBI=0.0104246;REFB=-0.000481831;REVB=0.00821803;RO=62;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213016;STB=0.645893;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0018558;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:3:9:37:25:3:9:37:25 chr5 147024509 . C T 33.04 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0229816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4741;QD=2.0332;RBI=0.0463012;REFB=0.00139859;REVB=-0.040195;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278725;STB=0.726511;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0201183;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:1:6:39:19:1:6:39:19 chr5 147286013 . A T 203.61 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0386293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7006;QD=38.782;RBI=0.11016;REFB=-0.0665622;REVB=-0.103165;RO=2;SAF=15;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574158;STB=0.540493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0213825;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:21:2:3:18:18:0.857143:3:15:2:0:3:15:2:1 chr5 147468614 . A G 924.27 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00804945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0199;QD=56.8782;RBI=0.0547239;REFB=-0.161391;REVB=0.0541286;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00416592;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:20:44:0:0:20:44:1:0 chr5 147480080 . G A 676.17 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8023;QD=60.1041;RBI=0.0691594;REFB=0.00524226;REVB=-0.0656421;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000546612;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:0:1:28:16:0:1 chr5 147498019 . G A 74.78 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.000377061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.245;QD=3.39923;RBI=0.0113117;REFB=0.00063384;REVB=-0.0113054;RO=74;SAF=7;SAR=7;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338495;STB=0.522695;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00360207;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:7:7:35:39:7:7:35:39 chr5 147499891 . G T 320.63 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0562123;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2966;QD=45.8036;RBI=0.0813554;REFB=-0.0700935;REVB=0.0588122;RO=3;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00670188;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:28:3:3:25:25:0.892857:18:7:0:3:18:7:0:3 chr5 147505116 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0223748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.586;QD=4.62989;RBI=0.0408988;REFB=0.0011052;REVB=-0.0342356;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104477;STB=0.571184;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00737303;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:10:14:4:2:10:14 chr5 147510866 . T C 92.14 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0078469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.057;QD=5.26487;RBI=0.0220083;REFB=-0.00212315;REVB=0.0205619;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184125;STB=0.519059;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00772361;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:7:8:28:26:7:8:28:27 chr5 147516598 . T C 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.022324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.045;QD=36.4672;RBI=0.0271251;REFB=-0.0278583;REVB=0.0154081;RO=6;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179352;STB=0.509795;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00782609;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:12:10:3:3:12:10:3:3 chr5 147554889 . A C 1195.11 PASS AF=0.815789;AO=93;DP=116;FAO=93;FDP=114;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0345828;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.231;QD=41.9338;RBI=0.0423241;REFB=-0.0441015;REVB=0.0244;RO=21;SAF=44;SAR=49;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486723;STB=0.525891;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00853471;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:21:21:93:93:0.815789:49:44:7:14:49:44:7:14 chr5 147593497 . C A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000380886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.583;QD=62.1623;RBI=0.0121315;REFB=0;REVB=-0.0121255;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04973e-06;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr5 147778631 . A G 64.8 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0209267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4293;QD=2.78726;RBI=0.0687536;REFB=-0.00716722;REVB=-0.0654915;RO=80;SAF=5;SAR=8;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218177;STB=0.650181;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0652184;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:80:80:13:13:0.139785:8:5:45:35:8:5:45:35 chr5 148206440 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.529;QD=53.2772;RBI=0.0251374;REFB=0;REVB=0.0156287;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55076e-05;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr5 148206472 . G GC 202.68 PASS AF=1;AO=5;DP=25;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279081;FXX=0.279888;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.405;QD=45.0407;RBI=0.0284472;REFB=0;REVB=-0.00551201;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00367854;OID=.;OPOS=148206473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:25:18:18:0:0:18:0:0:3:19:0:5:7:12 chr5 148206473 . G C 224.04 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0063813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.196;QD=34.4674;RBI=0.0665625;REFB=-0.148297;REVB=0.0662559;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183453;STB=0.599908;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00631972;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:26:6:6:20:20:0.769231:12:8:0:6:12:8:0:6 chr5 148407708 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.308;QD=58.5867;RBI=0.0187371;REFB=0;REVB=0.0186309;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166486;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr5 148610276 . C A 2653.83 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.942;QD=61.717;RBI=0.0357032;REFB=0;REVB=0.0160273;RO=0;SAF=69;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254685;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:172:0:0:166:172:1:97:69:0:0:101:71:0:0 chr5 148627252 . G A 703.65 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.246;QD=55.1886;RBI=0.0140548;REFB=-0.114443;REVB=-0.00230659;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159767;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:50:51:1:31:19:1:0:31:20:0:0 chr5 148632373 . C T 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00577182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.926;QD=46.3204;RBI=0.00835499;REFB=-0.0456339;REVB=-0.00604085;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10243;STB=0.555506;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00461746;OID=.;OPOS=148632373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:2:0:15:8:2:0 chr5 148989122 . C T 376.19 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0317875;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.544;QD=38.5833;RBI=0.0373101;REFB=-0.0120441;REVB=0.0195345;RO=10;SAF=17;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415182;STB=0.536817;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00442364;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:10:9:29:30:0.769231:12:17:5:5:12:18:4:5 chr5 149006837 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.396;QD=36.3483;RBI=0.0443074;REFB=0.0139121;REVB=0.000804085;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0021552;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr5 149008403 . A G 594.55 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0121849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.087;QD=41.7226;RBI=0.0301668;REFB=-0.0667911;REVB=-0.0275965;RO=9;SAF=23;SAR=25;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102641;STB=0.505492;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00554792;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:25:23:4:5:25:23:4:5 chr5 149008467 . C A 669.24 PASS AF=0.756757;AO=55;DP=74;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00338087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.002;QD=36.175;RBI=0.0124905;REFB=-0.0180508;REVB=0.0120243;RO=17;SAF=29;SAR=26;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249562;STB=0.517851;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00370986;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:18:55:56:0.756757:26:29:8:9:27:29:8:10 chr5 149008521 . A G 444.95 PASS AF=0.703704;AO=37;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0172049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4782;QD=32.9592;RBI=0.0186101;REFB=0.0487688;REVB=0.00709419;RO=13;SAF=21;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882973;STB=0.56005;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00915381;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:13:14:37:38:0.703704:16:21:5:8:16:22:5:9 chr5 149101810 . T C 53.96 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0102138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.054;QD=2.09567;RBI=0.0103198;REFB=-6.51669e-05;REVB=-0.00147517;RO=90;SAF=3;SAR=9;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355006;STB=0.753203;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000272233;OID=.;OPOS=149101810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:102:103:90:91:12:12:0.116505:9:3:49:41:9:3:49:42 chr5 149360877 . T C 805.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0874;QD=64.4474;RBI=0.0393287;REFB=0;REVB=0.0389164;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349323;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr5 149374879 . CT C 396.28 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0225543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2392;QD=39.6281;RBI=0.0233795;REFB=0.0209983;REVB=0.00615669;RO=4;SAF=13;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278198;STB=0.514917;STBP=0.568;TYPE=del;VARB=-0.00178452;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:36:40:36:40:4:13:23:2:2:11:4:13:23:2:2 chr5 149374932 . T C 414.75 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00578155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.404;QD=47.3995;RBI=0.0103351;REFB=-0.0538723;REVB=-0.00856666;RO=4;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498038;STB=0.526785;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0086007;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:16:15:1:3:16:15:1:3 chr5 149375758 . T C 56.62 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0695947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.495;QD=2.69631;RBI=0.0696167;REFB=-0.00347555;REVB=-0.00175234;RO=72;SAF=3;SAR=9;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360856;STB=0.749584;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.054195;OID=.;OPOS=149375758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:84:84:72:72:12:12:0.142857:9:3:39:33:9:3:39:33 chr5 149406271 . C T 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00121752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.474;QD=44.8241;RBI=0.0219217;REFB=-0.0721032;REVB=0.0218878;RO=5;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899694;STB=0.504851;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00896083;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:13:17:3:2:13:17:3:2 chr5 149432863 . T C 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00846045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.222;QD=2.02128;RBI=0.0158582;REFB=-0.00125905;REVB=0.0134128;RO=91;SAF=8;SAR=4;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185179;STB=0.644916;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0104876;OID=.;OPOS=149432863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:91:93:12:12:0.114286:4:8:47:44:4:8:47:46 chr5 149433400 . G GC 144.27 PASS AF=0.727273;AO=5;DP=26;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0286847;FXX=0.153787;HRUN=0;LEN=1;MLLD=203.431;QD=26.2312;RBI=0.041935;REFB=-0.0651695;REVB=-0.0305897;RO=20;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153324;STB=0.529374;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.0250947;OID=.;OPOS=149433401;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:5:26:16:22:6:12:4:4:2:41:20:4:1:14:6 chr5 149433401 . G C 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00316625;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=178.686;QD=15.3798;RBI=0.0127802;REFB=-0.0281302;REVB=0.0123818;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131584;STB=0.57564;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0187452;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:11:3:4:8:11:3 chr5 149456771 . CT AA 927.71 PASS AF=0.905405;AO=67;DP=76;FAO=67;FDP=74;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00176139;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.439;QD=50.1466;RBI=0.0288162;REFB=-0.0283023;REVB=0.0287623;RO=7;SAF=36;SAR=31;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575709;STB=0.530553;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.00437099;OID=.;OPOS=149456771;OREF=CT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:76:74:7:7:67:67:0.905405:31:36:6:1:31:36:6:1 chr5 149457678 . G A 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.834;QD=45.4844;RBI=0.0426581;REFB=-0.0208168;REVB=0.021954;RO=2;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430223;STB=0.523343;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00162862;OID=.;OPOS=149457678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:6:16:1:1:6:16:1:1 chr5 149460553 . A G 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00308332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.799;QD=36.8919;RBI=0.0247766;REFB=-0.0569394;REVB=0.024584;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00307312;OID=.;OPOS=149460553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:6:8:1:1:6:8:1:1 chr5 149493472 . C T 598.53 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120663;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.608;QD=61.3875;RBI=0.0136907;REFB=0;REVB=-0.00646847;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93319e-05;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 149495050 . T C 2181.6 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00452841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.238;QD=62.3314;RBI=0.0127165;REFB=-0.0561128;REVB=0.0118829;RO=1;SAF=66;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714908;STB=0.503703;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=4.12333e-05;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:72:66:1:0:72:67:1:0 chr5 149563715 . T C 455.01 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0343328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6883;QD=52.0015;RBI=0.0407101;REFB=0.0468945;REVB=-0.0218762;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0212674;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:1:1:16:17:1:1 chr5 149585025 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.421;QD=63.2868;RBI=0.0157857;REFB=0;REVB=-0.00345221;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38027e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr5 149597160 . A G 363.0 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0317256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8803;QD=39.2436;RBI=0.0354179;REFB=-0.0485834;REVB=0.0157451;RO=8;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10109;STB=0.554875;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.012849;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:18:11:5:3:18:11:5:3 chr5 149602280 . T C 669.84 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00613067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.424;QD=54.6807;RBI=0.0107822;REFB=-0.0561693;REVB=0.00886971;RO=4;SAF=21;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043402;STB=0.52315;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00486216;OID=.;OPOS=149602280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:24:21:3:1:24:21:3:1 chr5 149602608 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.98;QD=53.2765;RBI=0.0325947;REFB=0;REVB=0.0294049;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41842e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 149644597 . T G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.757;QD=59.9957;RBI=0.0256947;REFB=0;REVB=0.021182;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74205e-06;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr5 149677851 . A G 772.76 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00332058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.345;QD=61.8211;RBI=0.0256651;REFB=-0.0741551;REVB=0.0254494;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00054045;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:1:0:24:25:1:0 chr5 149825159 . G C 509.0 PASS AF=0.823529;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00435419;FXX=0.0377287;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.9529;QD=39.9216;RBI=0.0375995;REFB=-0.0686338;REVB=-0.0373465;RO=6;SAF=28;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847622;STB=0.542836;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0196061;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:51:6:9:42:42:0.823529:14:28:2:4:14:28:4:5 chr5 149932822 . C T 874.94 PASS AF=0.846154;AO=66;DP=78;FAO=66;FDP=78;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0222873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.261;QD=44.8684;RBI=0.0409086;REFB=-0.0330045;REVB=0.0343044;RO=12;SAF=34;SAR=32;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438474;STB=0.523357;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00654096;OID=.;OPOS=149932822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:12:12:66:66:0.846154:32:34:8:4:32:34:8:4 chr5 150051958 . T C 1611.82 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.387;QD=59.6969;RBI=0.0275917;REFB=0;REVB=0.0139864;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47926e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:62:43:0:0:63:45:0:0 chr5 150088565 . TG T 30.01 PASS AF=0.272727;AO=7;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.049893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4584;QD=3.63757;RBI=0.296493;REFB=-0.0187388;REVB=-0.292265;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627232;STB=0.893881;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=-0.0139595;OID=.;OPOS=150088566;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:7:33:9:33:24:1:8:16:8:30:22:1:6:16:6 chr5 150158164 . C G 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0140099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.828;QD=1.68357;RBI=0.0363776;REFB=-0.000960321;REVB=-0.0335716;RO=63;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455068;STB=0.856124;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00576581;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:63:65:7:7:0.0972222:1:6:29:34:1:6:30:35 chr5 150311773 . T C 732.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3596;QD=56.3398;RBI=0.0436597;REFB=0;REVB=-0.0377964;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174825;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr5 150407456 . T C 1524.66 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.473;QD=59.2101;RBI=0.0525151;REFB=0;REVB=0.0522254;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65154e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:1:0:100:103:1:52:48:0:1:53:50:0:0 chr5 150409477 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.192;QD=55.0982;RBI=0.0434708;REFB=0;REVB=0.0240844;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239371;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr5 150480520 . C T 414.38 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0377366;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0131;QD=31.8752;RBI=0.0377467;REFB=-0.0148405;REVB=-0.000877029;RO=15;SAF=20;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144799;STB=0.57847;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00909032;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:15:15:37:37:0.711538:17:20:4:11:17:20:4:11 chr5 150484787 . C T 1075.0 PASS AF=0.847826;AO=78;DP=92;FAO=78;FDP=92;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00509994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.252;QD=46.739;RBI=0.0148997;REFB=-0.00113261;REVB=0.0139997;RO=11;SAF=38;SAR=40;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500173;STB=0.508926;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00040667;OID=.;OPOS=150484787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:11:14:78:78:0.847826:40:38:3:8:40:38:6:8 chr5 150489390 . A G 537.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.048;QD=59.7287;RBI=0.0207181;REFB=0;REVB=0.0206574;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89966e-05;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr5 150512740 . G A 622.29 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00891525;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.324;QD=59.266;RBI=0.0277797;REFB=-0.0187925;REVB=0.0263102;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000978418;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:17:24:0:1:17:24:0:1 chr5 150565008 . C T 374.75 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5293;QD=49.9664;RBI=0.10046;REFB=-0.00201057;REVB=0.0904982;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312307;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:1:1:14:14:1:1 chr5 150632832 . G A 70.55 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0375187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7881;QD=17.6367;RBI=0.0401475;REFB=-0.0493354;REVB=0.0142888;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11124;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0444508;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:2:7:9:9:0.5625:7:2:0:2:7:2:3:4 chr5 150639439 . A G 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6529;QD=63.8563;RBI=0.0656425;REFB=0;REVB=0.0444686;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78279e-05;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 150647156 . T C 236.51 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00185311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.139;QD=33.7865;RBI=0.00982934;REFB=-0.0202893;REVB=-0.00965308;RO=7;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18176;STB=0.599902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00572052;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:14:7:5:2:14:7:5:2 chr5 150666843 . A C 388.27 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0773143;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.434;QD=48.5336;RBI=0.0808064;REFB=0.0568483;REVB=-0.0234986;RO=3;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796686;STB=0.542828;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0102718;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:32:3:3:29:29:0.90625:13:16:3:0:13:16:3:0 chr5 150666933 . C A 63.17 PASS AF=0.155844;AO=11;DP=78;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00642316;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4048;QD=3.28181;RBI=0.0125917;REFB=0.00465904;REVB=0.0108302;RO=66;SAF=9;SAR=2;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437275;STB=0.813935;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0229688;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:78:77:66:65:11:12:0.155844:2:9:31:35:2:10:31:34 chr5 150666962 . G A 831.13 PASS AF=0.820513;AO=64;DP=78;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0200228;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.956;QD=42.6218;RBI=0.0328562;REFB=0.00128671;REVB=0.0260502;RO=14;SAF=28;SAR=36;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933152;STB=0.549824;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000244444;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:14:14:64:64:0.820513:36:28:10:4:36:28:10:4 chr5 150667016 . T C 785.46 PASS AF=0.835616;AO=60;DP=72;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0112653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.21;QD=43.039;RBI=0.011805;REFB=-0.0156861;REVB=-0.00352852;RO=12;SAF=20;SAR=40;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112171;STB=0.556603;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00241764;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:72:73:12:12:60:61:0.835616:40:20:8:4:40:21:8:4 chr5 150695279 . A C 367.56 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0781306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8149;QD=44.5529;RBI=0.104354;REFB=0.0097639;REVB=0.069177;RO=4;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425055;STB=0.524399;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00347496;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:33:4:4:28:29:0.878788:16:12:1:3:16:13:1:3 chr5 150695791 . G T 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0326509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9203;QD=35.4632;RBI=0.0447316;REFB=-0.0362775;REVB=-0.0305751;RO=9;SAF=4;SAR=22;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217021;STB=0.619614;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0107859;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:22:4:4:5:22:4:4:5 chr5 150696447 . C T 52.17 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0522433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.333;QD=3.06861;RBI=0.057174;REFB=-0.0107591;REVB=-0.0232273;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259985;STB=0.674343;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.060512;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:57:58:10:10:0.147059:3:7:28:29:3:7:29:29 chr5 150696540 . C T 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0288133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.246;QD=5.40477;RBI=0.0339836;REFB=0.000839924;REVB=-0.0180189;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179873;STB=0.613855;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00449717;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:6:6:29:16:6:6:29:16 chr5 150723747 . C T 732.45 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00806471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.559;QD=51.4001;RBI=0.0147834;REFB=0.07234;REVB=-0.0123899;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448139;STB=0.534871;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00154344;OID=.;OPOS=150723747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:34:20:2:0:34:20:3:0 chr5 150723806 . G A 593.0 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0125812;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3972;QD=56.4763;RBI=0.0222358;REFB=0.00664044;REVB=-0.0183342;RO=2;SAF=9;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933926;STB=0.549974;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00135301;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:31:9:2:0:31:9:2:0 chr5 150886725 . G A 365.7 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6666;QD=52.2423;RBI=0.132205;REFB=-0.202298;REVB=-0.129428;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00531538;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr5 150886882 . G A 1293.43 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00949304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.968;QD=59.4681;RBI=0.0102102;REFB=0.0305225;REVB=0.00375906;RO=2;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178708;STB=0.509432;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000134625;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:52:33:0:2:52:33:0:2 chr5 150891733 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.164;QD=50.4127;RBI=0.0440694;REFB=0;REVB=-0.0259487;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52037e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr5 150901111 . A G 868.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.079;QD=56.9447;RBI=0.0197677;REFB=0;REVB=0.00978858;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291134;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:33:28:0:0 chr5 150901261 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7124;QD=47.8214;RBI=0.0306937;REFB=0;REVB=0.0232249;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108282;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 150901300 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.41;QD=35.5756;RBI=0.0665666;REFB=0;REVB=0.0282287;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268437;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 150901612 . C CG 162.7 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268475;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.3858;QD=43.3855;RBI=0.0491395;REFB=0;REVB=0.0411571;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00220907;OID=.;OPOS=150901613;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:15:15:0:10:5:0:0:4:12:2:0:8:4 chr5 150901613 . A G 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0306259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0134;QD=35.4872;RBI=0.0371019;REFB=-0.0322891;REVB=0.0209429;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00437376;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:2:0:5:8:2:0 chr5 150905485 . C T 888.52 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00742738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.377;QD=56.4138;RBI=0.0218005;REFB=-0.0352442;REVB=0.0204963;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506022;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00190701;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:40:21:0:1:41:21:0:1 chr5 150914184 . A T 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4304;QD=55.5192;RBI=0.0183575;REFB=-0.100443;REVB=0.00240522;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0020915;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chr5 150923405 . A G 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5241;QD=58.9806;RBI=0.0485829;REFB=0;REVB=-0.0397466;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125477;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr5 150925144 . A G 151.97 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0046284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.386;QD=40.524;RBI=0.0274232;REFB=0.00451337;REVB=0.0270298;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000242227;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:4:9:0:1:5:9:0:1 chr5 150930186 . C T 366.6 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0217029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.702;QD=40.7328;RBI=0.0379782;REFB=-0.0162912;REVB=0.0311662;RO=7;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829683;STB=0.544902;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00386115;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:15:14:5:2:15:14:5:2 chr5 150930345 . C T 877.48 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00958349;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.586;QD=47.4315;RBI=0.0299823;REFB=0.0105081;REVB=-0.0284094;RO=9;SAF=30;SAR=35;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553036;STB=0.529403;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00326063;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:74:9:9:65:65:0.878378:35:30:2:7:35:30:2:7 chr5 150942919 . A G 632.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.83;QD=61.7008;RBI=0.0172334;REFB=0;REVB=0.0171306;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00769e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr5 151167380 . A T 252.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.803;QD=50.4415;RBI=0.0364244;REFB=0;REVB=0.0360659;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125407;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr5 151248069 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.834;QD=59.8381;RBI=0.0572974;REFB=0;REVB=0.0346912;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38989e-05;OID=.;OPOS=151248069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr5 151771817 . C T 933.81 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.792;QD=58.3631;RBI=0.0298045;REFB=0;REVB=0.0271531;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67495e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:25:39:0:0 chr5 153413390 . C T 602.32 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00257263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.499;QD=54.756;RBI=0.00787056;REFB=0.0331533;REVB=0.00743823;RO=3;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454086;STB=0.52426;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00186146;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:14:27:1:2:14:27:1:2 chr5 153429459 . T C 790.25 PASS AF=0.835616;AO=59;DP=71;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00368981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7656;QD=43.3012;RBI=0.0318501;REFB=-0.0279562;REVB=0.0316357;RO=12;SAF=21;SAR=38;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765287;STB=0.542359;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0111267;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:71:73:12:12:59:61:0.835616:38:21:7:5:40:21:7:5 chr5 153432733 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000652984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.483;QD=51.9147;RBI=0.0176747;REFB=0;REVB=0.0176626;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125062;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr5 153432970 . C T 383.26 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00443295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2518;QD=41.4332;RBI=0.0346653;REFB=-0.00589744;REVB=-0.0343807;RO=7;SAF=19;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125894;STB=0.568178;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00196612;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:11:19:2:5:11:19:2:5 chr5 153788991 . G C 1225.73 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00931089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.252;QD=55.7148;RBI=0.00941156;REFB=-0.00522904;REVB=-0.00137286;RO=5;SAF=42;SAR=41;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113883;STB=0.506023;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00026699;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:5:5:83:83:0.943182:41:42:2:3:41:42:2:3 chr5 154199786 . G GTCT 70.63 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.000262917;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=215.861;QD=3.62198;RBI=0.00784562;REFB=-0.00433778;REVB=0.00784121;RO=63;SAF=6;SAR=7;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216211;STB=0.638634;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.0207739;OID=.;OPOS=154199787;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:13:78:13:78:65:6:7:41:24:70:63:6:7:40:23 chr5 154209024 . A G 78.08 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0288673;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.127;QD=3.85585;RBI=0.0333982;REFB=-0.00950097;REVB=-0.0167964;RO=66;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013793;STB=0.503592;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0350951;OID=.;OPOS=154209024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:82:81:66:67:14:14:0.17284:6:8:37:29:6:8:38:29 chr5 154268902 . C T 706.09 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8505;QD=55.3793;RBI=0.0370041;REFB=0;REVB=0.033603;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132479;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:51:1:0:49:51:1:29:20:1:0:30:21:0:0 chr5 154271948 . G A 649.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.759;QD=61.8976;RBI=0.0335869;REFB=0;REVB=-0.0324495;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146414;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:12:29:0:0:12:30:0:0 chr5 154291409 . C T 565.21 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00763588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.149;QD=53.8291;RBI=0.0339519;REFB=0.0757111;REVB=0.0330821;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440361;STB=0.523548;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00703796;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:25:14:2:1:25:14:2:1 chr5 154300940 . A C 332.9 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0220882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8052;QD=39.1651;RBI=0.0353217;REFB=-0.061469;REVB=0.0275633;RO=6;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574782;STB=0.521723;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.010736;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:34:6:7:26:27:0.794118:17:9:3:3:18:9:3:4 chr5 154306972 . T C 563.34 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00349162;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9981;QD=40.2388;RBI=0.0543233;REFB=0.00942901;REVB=0.0542109;RO=10;SAF=26;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220166;STB=0.511806;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00124825;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:56:10:10:46:46:0.821429:20:26:5:5:20:26:5:5 chr5 154395158 . G T 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.884;QD=60.9571;RBI=0.0243195;REFB=0;REVB=0.00142619;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60546e-05;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 154788247 . A G 75.7 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.018175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3509;QD=6.30806;RBI=0.0185428;REFB=-0.000529628;REVB=-0.00367493;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305803;STB=0.691975;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00579943;OID=.;OPOS=154788247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:48:48:37:37:11:11:0.229167:4:7:14:23:4:7:14:23 chr5 155511486 . T A,C 775.13 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=2,47;DP=49;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135894,0.0135668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.874,161.019;QD=63.2759;RBI=0.0276224,0.0334289;REFB=0,0;REVB=0.0240484,0.0305521;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0162088,6.84179e-05;OID=.,.;OPOS=155511486,155511486;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:49:0:0:2,47:1,48:0.0204082,0.979592:0,20:2,27:0:0:0,20:1,28:0:0 chr5 155771579 . T C 997.47 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0040547;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.094;QD=57.8244;RBI=0.0266715;REFB=-0.0663117;REVB=0.0263615;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000134235;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:0:1:67:68:0.985507:35:32:0:0:35:33:1:0 chr5 156376703 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.848;QD=28.5382;RBI=0.0276651;REFB=-0.126922;REVB=-0.0220878;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00899498;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr5 156479424 . A C 1433.45 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.957;QD=63.0086;RBI=0.0337008;REFB=0;REVB=0.0322507;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011397;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:37:53:0:0:38:53:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 831.18 PASS AF=0.81;AO=80;DP=98;FAO=81;FDP=100;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0173572;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=278.399;QD=33.2471;RBI=0.0174193;REFB=-0.0320317;REVB=0.00146884;RO=10;SAF=47;SAR=33;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244185;STB=0.50769;STBP=0.776;TYPE=del;VARB=0.00756895;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.81:80:98:81:100:19:48:33:12:7:58:10:47:33:7:3 chr5 156479509 . A G 1312.69 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158508;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.204;QD=62.5089;RBI=0.0166465;REFB=0;REVB=0.0165708;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400101;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr5 156479568 . C CGTT,T 776.99 PASS AF=0.828571,0.0285714;AO=54,3;DP=72;FAO=58,2;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=16,0;FSAR=42,2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00594984,-0.0893731;FXX=0.0540468;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=198.047,58.5698;QD=44.3994;RBI=0.0225027,0.0984875;REFB=-0.0393791,0.0105049;REVB=0.0217018,-0.0413793;RO=12;SAF=15,0;SAR=39,3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152173,-0.693733;STB=0.588753,0.996669;STBP=0.002,0.051;TYPE=ins,snp;VARB=0.00838945,-0.0597385;OID=.,.;OPOS=156479569,156479568;OREF=-,C;OALT=GTT,T;OMAPALT=CGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:70:12:10:54,3:58,2:0.828571,0.0285714:39,3:15,0:8:4:42,2:16,0:8:2 chr5 156482459 . G T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8319;QD=63.5763;RBI=0.0567411;REFB=0;REVB=0.000467286;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680713;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr5 156531736 . C A 714.76 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.274;QD=60.8306;RBI=0.0309748;REFB=0.0401843;REVB=0.0293565;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000222551;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:28:18:0:0:28:18:0:1 chr5 156715652 . G C 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0327623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.206;QD=1.92302;RBI=0.0350537;REFB=-0.00408049;REVB=0.0124655;RO=60;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101662;STB=0.578499;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0277807;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:3:4:29:31:3:4:29:31 chr5 156721863 . T C,TC 1074.27 PASS AF=0,1;AO=5,71;DP=83;FAO=0,79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725967,-0.0800226;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=6.2154,23.1086;QD=54.3932;RBI=0.073868,0.0879944;REFB=0,0;REVB=-0.0136452,0.0365977;RO=7;SAF=1,35;SAR=4,36;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.378245,-0.0132708;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000172416;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:83:79:7:0:5,71:0,79:0,1:4,36:1,35:4:3:0,42:0,37:0:0 chr5 156747669 . A G 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0381595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.629;QD=3.60162;RBI=0.0437135;REFB=-0.00721922;REVB=0.0213241;RO=56;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447897;STB=0.803901;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0216277;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:9:2:30:26:9:2:30:26 chr5 156770209 . G A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00337557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.96;QD=2.84379;RBI=0.0598863;REFB=-0.00414837;REVB=-0.0597911;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110897;STB=0.50817;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.021195;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:27:13:2:4:27:13 chr5 156898690 . A G 589.23 PASS AF=0.842105;AO=44;DP=54;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00242846;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.206;QD=41.3493;RBI=0.00799658;REFB=-0.0213482;REVB=0.00761891;RO=10;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929323;STB=0.543867;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00508217;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:54:57:10:9:44:48:0.842105:25:19:7:3:29:19:6:3 chr5 156899869 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.544;QD=42.1826;RBI=0.0275129;REFB=0;REVB=0.0233779;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225904;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr5 156904633 . C T 389.68 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0538434;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.338;QD=37.1121;RBI=0.0538439;REFB=-0.00264409;REVB=0.000231417;RO=11;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132283;STB=0.571819;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00143647;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:11:11:31:31:0.738095:14:17:3:8:14:17:3:8 chr5 157158553 . C T 100.92 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=13;FWDB=0.0148065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.868;QD=4.58726;RBI=0.0187901;REFB=-0.00373617;REVB=-0.0115688;RO=70;SAF=12;SAR=5;SRF=58;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213348;STB=0.618255;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0200097;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:71:17:17:0.193182:5:12:58:12:5:12:58:13 chr5 157213497 . A G 1269.94 PASS AF=0.87156;AO=93;DP=110;FAO=95;FDP=109;FR=.;FRO=14;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.107535;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.937;QD=46.6034;RBI=0.109158;REFB=-0.0131987;REVB=0.0187555;RO=14;SAF=59;SAR=34;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224742;STB=0.501557;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00221377;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:109:14:14:93:95:0.87156:34:59:9:5:35:60:9:5 chr5 158204425 . A G 855.79 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183327;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.463;QD=58.0196;RBI=0.0183895;REFB=0;REVB=-0.00144448;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121912;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr5 159344461 . G A 841.32 PASS AF=0.913043;AO=62;DP=70;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0128581;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.686;QD=48.772;RBI=0.024951;REFB=-0.0495305;REVB=0.0213828;RO=6;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528336;STB=0.528319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00341387;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:70:69:6:6:62:63:0.913043:32:30:1:5:32:31:1:5 chr5 159505208 . C A 392.21 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0272227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.927;QD=44.8239;RBI=0.0378898;REFB=-0.0199123;REVB=-0.0263545;RO=5;SAF=17;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387309;STB=0.504851;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00371431;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:29:30:0.857143:12:17:3:2:13:17:3:2 chr5 159659273 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0383702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.859;QD=53.3621;RBI=0.0385618;REFB=-0.0116433;REVB=0.00383906;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-3.71979e-05;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr5 159665599 . G A 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00903006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3918;QD=3.33821;RBI=0.0398827;REFB=-0.0149463;REVB=0.038847;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167012;STB=0.620278;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0541607;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:18:16:2:4:18:16 chr5 159679636 . C T 578.55 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0183389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.685;QD=43.664;RBI=0.0210781;REFB=0.014016;REVB=-0.0103909;RO=7;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477562;STB=0.525524;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00292493;OID=.;OPOS=159679636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:7:7:46:46:0.867925:24:22:2:5:24:22:2:5 chr5 159680046 . T C 333.02 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0435215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0774;QD=39.179;RBI=0.0547975;REFB=-0.0302439;REVB=0.0332964;RO=7;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117534;STB=0.563829;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0104101;OID=.;OPOS=159680046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:16:11:5:2:16:11:5:2 chr5 159686503 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.971;QD=37.8929;RBI=0.0590363;REFB=6.65093e-05;REVB=0.0491981;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000593423;OID=.;OPOS=159686503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr5 159696554 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0209;QD=58.1418;RBI=0.0496614;REFB=0;REVB=0.00542889;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484122;OID=.;OPOS=159696554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 159831803 . A G 47.6 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0164019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.003;QD=2.44126;RBI=0.0221349;REFB=-0.00163369;REVB=-0.0148637;RO=68;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372703;STB=0.502668;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0170377;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:4:6:41:27:4:6:41:27 chr5 159990279 . G A 1472.55 PASS AF=0.879032;AO=108;DP=124;FAO=109;FDP=124;FR=.;FRO=15;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0139651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1871;QD=47.5017;RBI=0.0228951;REFB=-0.134513;REVB=-0.0181429;RO=14;SAF=53;SAR=55;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600287;STB=0.534712;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00932968;OID=.;OPOS=159990279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:124:124:14:15:108:109:0.879032:55:53:3:11:56:53:3:12 chr5 159992655 . T C 397.31 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0546766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.014;QD=46.743;RBI=0.0628304;REFB=-0.0680027;REVB=0.0309536;RO=4;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775741;STB=0.54164;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00987625;OID=.;OPOS=159992655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:22:8:0:4:22:8:0:4 chr5 159992754 . T G 336.82 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00165654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.552;QD=40.8272;RBI=0.037089;REFB=-0.0272196;REVB=0.037052;RO=6;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11768;STB=0.563712;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0136095;OID=.;OPOS=159992754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:14:13:5:1:14:13:5:1 chr5 160097496 . A G 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0234765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.41;QD=2.4226;RBI=0.035532;REFB=-0.000218686;REVB=-0.0266716;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334453;STB=0.746244;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000477444;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:2:4:17:29:2:4:17:29 chr5 161119071 . G T 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7935;QD=59.3206;RBI=0.0233163;REFB=0;REVB=0.0201435;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33555e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr5 161128761 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9559;QD=55.0978;RBI=0.0471252;REFB=0;REVB=-0.0240947;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151469;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 161325934 . A C 523.61 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0208652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.278;QD=46.5429;RBI=0.0269576;REFB=-0.0468849;REVB=0.0170692;RO=6;SAF=23;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016388;STB=0.505492;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00784158;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:6:7:38:38:0.844444:15:23:4:2:15:23:4:3 chr5 161522556 . C T 415.14 PASS AF=0.8;AO=31;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00757177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.222;QD=41.5143;RBI=0.0131113;REFB=-0.08613;REVB=-0.0107039;RO=7;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114098;STB=0.576874;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0175021;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:40:40:7:8:31:32:0.8:12:19:2:5:12:20:2:6 chr5 161528280 . C T 39.22 PASS AF=0.132075;AO=6;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0166932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.507;QD=2.96026;RBI=0.0167659;REFB=-0.00153072;REVB=0.00155939;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122661;STB=0.505479;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0101191;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:53:46:46:6:7:0.132075:2:4:26:20:3:4:26:20 chr5 161904930 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.959;QD=40.7629;RBI=0.0666855;REFB=0;REVB=0.0190636;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012003;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr5 162210532 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.236;QD=56.7065;RBI=0.0353084;REFB=0;REVB=0.0272447;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17024e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 162890953 . GC AC,CA 586.62 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=32,2;DP=39;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529836,-0.0289293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=127.514,89.8179;QD=60.1665;RBI=0.0243251,0.0292;REFB=0,0;REVB=0.0237411,0.00396733;RO=0;SAF=17,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00145994,0.000317334;OID=.,.;OPOS=162890953,162890953;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:32,2:38,1:0.974359,0.025641:15,1:17,1:0:0:19,0:19,1:0:0 chr5 162902516 . T C 154.93 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00813747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.758;QD=32.6166;RBI=0.00975442;REFB=-0.0444722;REVB=-0.00537868;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107372;STB=0.559362;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00507023;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:7:8:1:3:7:8:1:3 chr5 167674370 . C T 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0302052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.983;QD=3.0722;RBI=0.0791572;REFB=0.00521143;REVB=0.0731677;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183999;STB=0.634463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0218601;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:18:19:4:2:18:19 chr5 167850748 . A G 1318.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.816;QD=62.0546;RBI=0.0386036;REFB=0;REVB=0.0234169;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123057;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:45:36:0:0:46:39:0:0 chr5 167868779 . A G 61.59 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0636121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.9;QD=3.79024;RBI=0.0670575;REFB=-0.00649049;REVB=-0.0212182;RO=53;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214248;STB=0.507029;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0311873;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:53:54:11:11:0.169231:6:5:24:29:6:5:25:29 chr5 167868809 . C T 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0976571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=2.35119;RBI=0.0977226;REFB=0.00156928;REVB=-0.00357921;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.750939;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00545742;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:5:1:19:28:5:1:19:28 chr5 167895953 . T C 891.44 PASS AF=0.88;AO=66;DP=75;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00152818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.456;QD=47.5436;RBI=0.0184673;REFB=-0.0091394;REVB=-0.018404;RO=9;SAF=29;SAR=37;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516767;STB=0.527487;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0012867;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:9:9:66:66:0.88:37:29:6:3:37:29:6:3 chr5 167913510 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.522;QD=47.8224;RBI=0.0579371;REFB=0;REVB=0.0541814;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335635;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 167943827 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175;QD=64.415;RBI=0.0273937;REFB=0;REVB=0.0171175;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46641e-05;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr5 167957055 . G A 614.34 PASS AF=0.86;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00754673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.44;QD=49.1469;RBI=0.0200449;REFB=-0.017884;REVB=0.01857;RO=6;SAF=1;SAR=42;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423202;STB=0.78485;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00322123;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:50:6:7:43:43:0.86:42:1:2:4:42:1:3:4 chr5 168098463 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.496;QD=46.8472;RBI=0.0260525;REFB=0;REVB=0.0209569;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84986e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr5 168176517 . A G 42.08 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0645552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5376;QD=4.54895;RBI=0.0850699;REFB=-0.0238234;REVB=-0.0554033;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489882;STB=0.835054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.081819;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:1:6:14:16:1:6:14:16 chr5 168180081 . C T 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00453669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.084;QD=3.64916;RBI=0.00771273;REFB=-0.00106661;REVB=-0.00623736;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357909;STB=0.745021;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0081559;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:11:20:2:4:11:20 chr5 168212951 . A G 379.44 PASS AF=0.965517;AO=22;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.253509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6546;QD=52.3367;RBI=0.256627;REFB=-0.141404;REVB=0.0398865;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.511103;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00565447;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:22:28:0.965517:6:16:1:0:6:22:1:0 chr5 168690612 . A G 115.62 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=131;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.0180386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.689;QD=3.50363;RBI=0.0187253;REFB=-0.00564387;REVB=-0.00502459;RO=109;SAF=10;SAR=12;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121608;STB=0.575275;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0221235;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:109:110:22:22:0.166667:12:10:60:49:12:10:60:50 chr5 169021610 . C T 207.39 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1139;QD=48.7971;RBI=0.0433057;REFB=0;REVB=0.0422569;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689603;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr5 169028481 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.976;QD=57.676;RBI=0.106365;REFB=0;REVB=0.105941;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765494;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 169031150 . T C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.181;QD=63.4756;RBI=0.0292882;REFB=0;REVB=0.027498;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16539e-05;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr5 169129422 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.802;QD=59.4356;RBI=0.0262305;REFB=0;REVB=0.0185189;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43881e-08;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr5 169435713 . A C 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00276821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.731;QD=2.85575;RBI=0.0363107;REFB=-0.00245572;REVB=-0.036205;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194703;STB=0.633555;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0106124;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:5:5:21:40:5:5:21:40 chr5 169461547 . C T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0101561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9829;QD=4.1559;RBI=0.0501091;REFB=-0.0091598;REVB=-0.0490691;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110448;STB=0.575511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0273572;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:11:16:3:3:11:16 chr5 169510392 . G A 463.13 PASS AF=0.833333;AO=34;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0275862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2055;QD=44.1078;RBI=0.0610523;REFB=0.0107006;REVB=0.0544645;RO=7;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152881;STB=0.582936;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000170991;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:34:35:0.833333:21:13:6:1:22:13:6:1 chr5 169533240 . G A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.272;QD=30.592;RBI=0.0785483;REFB=-0.0583022;REVB=0.0691044;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0175048;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:1:1:7:3:1:1 chr5 169535522 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.887;QD=56.9349;RBI=0.00651904;REFB=0;REVB=0.00162158;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79383e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr5 169910062 . A G 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00790007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.855;QD=54.0129;RBI=0.0149502;REFB=-0.0105687;REVB=0.0126924;RO=2;SAF=11;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077714;STB=0.541642;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000513168;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:24:11:2:0:24:11:2:0 chr5 169910084 . G T 508.91 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0043337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0514;QD=56.5452;RBI=0.0306856;REFB=-0.164668;REVB=-0.0303781;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00623772;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:23:12:0:1:23:12:0:1 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 675.8 PASS AF=0,0,0,0.902439,0.0853659;AO=6,12,12,23,9;DP=81;FAO=0,0,0,74,7;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0,35,0;FSAR=0,0,0,39,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.307803,-0.699649,0.0101284,0.713706,0.0360121;FXX=0.0120467;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=7.28376,13.1555,5.20736,11.9832,155.363;QD=32.9659;RBI=0.374255,0.69971,0.0512877,0.718313,0.0604055;REFB=0.0508545,-0.039313,0.00210147,0.0408121,0.0316095;REVB=-0.212894,0.00925747,-0.0502777,-0.0812245,-0.0484969;RO=12;SAF=0,12,12,0,0;SAR=6,0,0,23,9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.811405,0.778772,0.778772,-0.871372,-0.833573;STB=0.5,0.5,0.5,0.506327,0.5;STBP=1,1,1,0.529,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,0,-0.0197008,0.0514523;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:27:81:82:12:1:6,12,12,23,9:0,0,0,74,7:0,0,0,0.902439,0.0853659:6,0,0,23,9:0,12,12,0,0:10:2:0,0,0,39,7:0,0,0,35,0:0:1 chr5 170294132 . G A 453.89 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00976715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.979;QD=55.0163;RBI=0.0172337;REFB=-0.0711128;REVB=0.0141987;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000468242;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:1:0:14:18:1:0 chr5 170395512 . A T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.538;QD=63.2851;RBI=0.0495287;REFB=0;REVB=0.0494747;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216104;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 171472417 . A G 224.2 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0368841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.179;QD=42.7052;RBI=0.0382323;REFB=-0.0996304;REVB=-0.0100637;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0058174;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:1:1:8:11:1:1 chr5 171533629 . A G 383.31 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0284606;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.584;QD=46.4618;RBI=0.0310503;REFB=-0.0484452;REVB=0.0124142;RO=4;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052492;STB=0.528282;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00544278;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:33:4:4:29:29:0.878788:14:15:3:1:14:15:3:1 chr5 171533656 . C T 644.39 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0219718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.424;QD=52.6031;RBI=0.0336828;REFB=0.0110924;REVB=0.0255298;RO=5;SAF=21;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234566;STB=0.512529;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00128776;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:23:21:3:2:23:21:3:2 chr5 171723736 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0389441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.74;QD=26.0261;RBI=0.0389441;REFB=-0.0109548;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045444;OID=.;OPOS=171723736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr5 171723739 . T C 38.55 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.10604;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.925;QD=25.703;RBI=0.10604;REFB=-0.0880471;REVB=0;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0457615;OID=.;OPOS=171723739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:4:5:0.833333:0:4:1:0:0:5:1:0 chr5 171724082 . T C 74.6 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.689;QD=37.2977;RBI=0.042624;REFB=0;REVB=0.0399782;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411506;OID=.;OPOS=171724082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:2:4:0:0:3:5:0:0 chr5 171760569 . A G 471.84 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00192657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.982;QD=55.5108;RBI=0.00851139;REFB=-0.0312942;REVB=-0.00829048;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000134907;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:1:0:11:22:1:0 chr5 171849471 . G A 444.65 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0263139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.289;QD=46.8049;RBI=0.0344734;REFB=-0.0110743;REVB=-0.022271;RO=5;SAF=15;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134675;STB=0.507242;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00135528;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:38:5:5:33:33:0.868421:18:15:2:3:18:15:2:3 chr5 172113235 . C T 113.63 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0167462;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.093;QD=4.20849;RBI=0.0200116;REFB=0.00413154;REVB=0.0109559;RO=88;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191675;STB=0.622145;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0175536;OID=.;OPOS=172113235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:88:20:20:0.185185:9:11:35:53:9:11:35:53 chr5 172196711 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.219;QD=50.4127;RBI=0.0763637;REFB=0;REVB=0.0468047;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774421;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr5 172294194 . G T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.142;QD=60.5105;RBI=0.0362515;REFB=-0.100554;REVB=0.0286563;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000851526;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:20:25:0:0:20:25:0:1 chr5 172341917 . T C 460.96 PASS AF=0.782609;AO=35;DP=45;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0070599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=40.0836;RBI=0.0333819;REFB=-0.00874793;REVB=0.0326268;RO=10;SAF=21;SAR=14;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874384;STB=0.549216;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00438462;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:46:10:10:35:36:0.782609:14:21:8:2:15:21:8:2 chr5 172342029 . G GT 151.54 PASS AF=0.697674;AO=20;DP=46;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0289118;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.0289;QD=14.0964;RBI=0.134981;REFB=0.0908669;REVB=-0.131848;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133037;STB=0.501557;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=-0.0468127;OID=.;OPOS=172342030;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697674:20:46:30:43:13:16:14:7:6:44:20:10:10:13:7 chr5 172381973 . A AGGT 59.3 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0176284;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.745;QD=5.04709;RBI=0.0269185;REFB=-0.00209994;REVB=-0.0203432;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996894;STB=0.565892;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.0156165;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:9:48:9:47:38:4:5:20:18:59:38:4:5:20:18 chr5 172384294 . GT TG 30.48 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=70.409;QD=10.1602;RBI=0.187884;REFB=-0.1339;REVB=0.187884;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0400626;OID=.;OPOS=172384294;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:12:12:6:6:5:6:0.5:5:0:0:6:6:0:0:6 chr5 172447762 . G A 322.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.761;QD=53.6898;RBI=0.0321137;REFB=0;REVB=-0.0276988;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76017e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr5 172631051 . T G 160.14 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.238;QD=45.7537;RBI=0.0755329;REFB=0;REVB=0.069397;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431124;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 172660526 . AT A,AA 72.06 PASS AF=0.75,0.25;AO=3,4;DP=7;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605848,-0.00508753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.293,248.66;QD=36.0279;RBI=0.0108327,0.00753503;REFB=0,0;REVB=0.00898015,0.00555821;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000217314,0.00564056;OID=.,.;OPOS=172660527,172660527;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:3,4:7:6,2:8:0:2,0:4,2:0:0:8:0:0,1:3,3:0:0 chr5 172662024 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.163;QD=33.4285;RBI=0.0127636;REFB=0;REVB=-0.00107714;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026539;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 172750436 . G A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00882456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9091;QD=3.3386;RBI=0.0340699;REFB=-0.00075974;REVB=-0.0329072;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359373;STB=0.749251;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.005213;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:22:12:4:2:22:12 chr5 173376506 . A G 48.55 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000730376;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3889;QD=3.80766;RBI=0.0143859;REFB=0.00524272;REVB=-0.0143674;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166411;STB=0.615473;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0328262;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:53:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:22:21:5:3:22:21 chr5 174156168 . T C 428.14 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1178;QD=57.0849;RBI=0.00505303;REFB=0;REVB=-0.00446342;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55561e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr5 174422374 . C T 729.42 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871817;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3387;QD=55.0508;RBI=0.0112148;REFB=-0.00518482;REVB=-0.00705439;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175058;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr5 174868840 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.884;QD=61.3359;RBI=0.0165271;REFB=0;REVB=0.0134336;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37301e-06;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr5 174870150 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.46;QD=57.6783;RBI=0.0139069;REFB=0;REVB=0.0071719;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134506;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr5 175511992 . C T 246.66 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0127078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7234;QD=39.4661;RBI=0.0274657;REFB=-0.0173592;REVB=-0.024349;RO=4;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970789;STB=0.552585;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00200478;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:17:4:0:4:17:4:0:4 chr5 175811094 . C CAT,CGT,T 499.0 PASS AF=0.675676,0.243243,0.0540541;AO=23,8,3;DP=42;FAO=25,9,2;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11,9,2;FSAR=14,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116926,0.0173568,0.00673401;FXX=0.0749813;HRUN=0,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=177.921,158.651,142.976;QD=53.9459;RBI=0.0242433,0.020706,0.0224721;REFB=-0.0368216,-0.0467829,0.0518103;REVB=-0.0212373,-0.0112908,-0.0214395;RO=5;SAF=10,8,3;SAR=13,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119766,0.766998,0.622974;STB=0.521722,0.5,0.5;STBP=0.312,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.000765053,0.0246221,0.0224188;OID=.,.,.;OPOS=175811095,175811095,175811094;OREF=-,-,C;OALT=AT,GT,T;OMAPALT=CAT,CGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:42:37:5:1:23,8,3:25,9,2:0.675676,0.243243,0.0540541:13,0,0:10,8,3:4:1:14,0,0:11,9,2:1:0 chr5 175956271 . A C 317.15 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0134723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.054;QD=45.3067;RBI=0.0135618;REFB=0.00811968;REVB=-0.0015558;RO=3;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11091;STB=0.559952;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00119266;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:11:14:0:3:11:14:0:3 chr5 175998246 . T C 455.05 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00444342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.581;QD=39.5698;RBI=0.0212927;REFB=0.0408565;REVB=0.0208239;RO=11;SAF=16;SAR=19;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391592;STB=0.521185;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00450554;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:11:11:35:35:0.76087:19:16:6:5:19:16:6:5 chr5 176002144 . A C 329.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.401;QD=52.7557;RBI=0.0584903;REFB=0;REVB=-0.0518688;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392537;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:4:20:0:0:4:21:0:0 chr5 176004476 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8213;QD=33.4285;RBI=0.121228;REFB=0;REVB=0.0489147;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138809;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 176011264 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00190383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.012;QD=5.95778;RBI=0.0466276;REFB=0.00250259;REVB=0.0465887;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590023;STB=0.873907;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00873244;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:13:5:5:1:13:5 chr5 176017639 . C A 612.75 PASS AF=0.806452;AO=50;DP=63;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0309345;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.419;QD=39.5319;RBI=0.0383062;REFB=-0.0378176;REVB=0.0225925;RO=11;SAF=17;SAR=33;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254625;STB=0.519643;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0105391;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:62:11:12:50:50:0.806452:33:17:3:8:33:17:3:9 chr5 176024880 . C T 404.09 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0199912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.499;QD=48.98;RBI=0.0343354;REFB=-0.0970442;REVB=0.0279154;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619954;STB=0.551964;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000841498;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:33:33:1:3:30:30:0.909091:23:7:1:0:23:7:2:1 chr5 176025938 . T C 314.83 PASS AF=0.9;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00203485;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7876;QD=41.9769;RBI=0.0462771;REFB=-0.0537883;REVB=-0.0462323;RO=3;SAF=19;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130045;STB=0.542824;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.009761;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:28:30:3:3:24:27:0.9:5:19:1:2:8:19:1:2 chr5 176053622 . G A 207.15 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.093;QD=41.43;RBI=0.0314914;REFB=-0.0292635;REVB=0.0250852;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.583236;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00697134;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:2:0:13:5:2:0 chr5 176069831 . G A 874.88 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.382;QD=57.3691;RBI=0.0143954;REFB=0;REVB=-0.00729353;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45508e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:33:28:0:0 chr5 176295922 . C T 60.11 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=120;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0370924;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=2.03767;RBI=0.038602;REFB=-0.00302622;REVB=-0.0106894;RO=104;SAF=8;SAR=6;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289434;STB=0.52937;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0243153;OID=.;OPOS=176295922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:120:118:104:104:14:14:0.118644:6:8:57:47:6:8:56:48 chr5 176314459 . G A 243.66 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.865;QD=48.7313;RBI=0.123797;REFB=0;REVB=0.12277;RO=1;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500512;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:1:0:18:20:1:3:15:0:1:5:15:0:0 chr5 176314639 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.565;QD=54.5174;RBI=0.0592007;REFB=0;REVB=0.00743173;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290272;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 176397657 . C T 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00804853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.318;QD=44.5056;RBI=0.009698;REFB=-0.0225402;REVB=0.00541039;RO=3;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091406;STB=0.504946;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00240998;OID=.;OPOS=176397657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:9:15:2:1:9:15:2:1 chr5 176402401 . G A 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00701894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.509;QD=4.91256;RBI=0.0384566;REFB=-0.0039808;REVB=-0.0378107;RO=48;SAF=8;SAR=4;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285473;STB=0.518487;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0167885;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:4:8:31:17:4:8:31:17 chr5 176516631 . G A 515.75 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0180416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.698;QD=47.9771;RBI=0.0494773;REFB=-0.117982;REVB=0.0460706;RO=5;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443585;STB=0.502511;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00179592;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:43:43:5:5:37:38:0.883721:15:22:2:3:16:22:3:2 chr5 176517170 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.932;QD=33.4285;RBI=0.0135299;REFB=0;REVB=0.00340006;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361089;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 176517292 . A G 379.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136678;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.795;QD=56.1917;RBI=0.07155;REFB=0;REVB=-0.0702324;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195735;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr5 176517326 . T C,G 299.58 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795927,0.00754284;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=243.045,182.332;QD=52.1003;RBI=0.0195621,0.00840986;REFB=0,0;REVB=0.0178697,0.00371904;RO=0;SAF=8,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000163884,0.111719;OID=.,.;OPOS=176517326,176517326;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:13,1:8,1:0:0:13,1:8,1:0:0 chr5 176517461 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.61;QD=42.1826;RBI=0.0594256;REFB=0;REVB=0.0537015;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344504;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 176517797 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.048;QD=60.5101;RBI=0.0158751;REFB=0.0397605;REVB=0.00575908;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00141136;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr5 176518784 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.607;QD=56.9382;RBI=0.0124025;REFB=0;REVB=0.00873185;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4709e-07;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr5 176721198 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.261;QD=48.7372;RBI=0.0497375;REFB=0;REVB=0.0496974;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685682;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr5 176728400 . G A 856.21 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0528825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9485;QD=54.3627;RBI=0.0530988;REFB=-0.0582133;REVB=0.00478725;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294805;STB=0.51562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0206292;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:0:2:31:30:0:2 chr5 176728458 . G T 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.188;QD=57.6866;RBI=0.0539537;REFB=0;REVB=0.0053235;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222208;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr5 176733116 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.25;QD=62.9821;RBI=0.0108423;REFB=0;REVB=0.00920718;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5382e-05;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr5 176733616 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.111;QD=57.6768;RBI=0.059443;REFB=0;REVB=0.042712;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260735;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr5 176737720 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.937;QD=53.9112;RBI=0.052788;REFB=0;REVB=0.0523845;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196901;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr5 176831826 . C G 943.22 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00674921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.711;QD=57.165;RBI=0.0364611;REFB=-0.0668675;REVB=0.035831;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00015441;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:66:0:1:63:65:0.984848:35:28:0:0:37:28:1:0 chr5 176863519 . G C 622.63 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0137283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.675;QD=51.8855;RBI=0.0155137;REFB=-0.0247751;REVB=0.00722551;RO=5;SAF=26;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00094753;STB=0.500506;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00518894;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:17:26:3:2:17:26:3:2 chr5 176867943 . A G 227.07 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00762905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3139;QD=36.3314;RBI=0.0484041;REFB=-0.0266552;REVB=-0.0477991;RO=5;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170137;STB=0.593265;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00454034;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:13:7:4:1:13:7:4:1 chr5 176885178 . A G 219.99 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.888;QD=48.887;RBI=0.113856;REFB=0;REVB=-0.0307904;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010043;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr5 176885499 . T C 661.37 PASS AF=0.782609;AO=54;DP=69;FAO=54;FDP=69;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0141711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.15;QD=38.3404;RBI=0.0142331;REFB=-0.0115578;REVB=0.00132647;RO=15;SAF=26;SAR=28;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101833;STB=0.554584;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00338564;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:15:15:54:54:0.782609:28:26:11:4:28:26:11:4 chr5 176894756 . C T 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0238266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.644;QD=29.3742;RBI=0.02439;REFB=-0.014473;REVB=0.00521206;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151063;STB=0.583241;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00776966;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:10:7:1:6:10:7:1:6 chr5 176916516 . C T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0631944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.474;QD=35.1474;RBI=0.0721966;REFB=-0.0225703;REVB=-0.0349115;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165813;STB=0.590807;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0129768;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:9:8:0:4:9:8:0:4 chr5 176917078 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.521;QD=57.6805;RBI=0.0276462;REFB=0;REVB=-0.0234682;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54878e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr5 176930135 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.299;QD=59.434;RBI=0.0506017;REFB=0;REVB=0.0503977;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225998;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 376.66 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0116541;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.607;QD=43.0469;RBI=0.0569743;REFB=-0.0690762;REVB=0.0557696;RO=6;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119813;STB=0.56577;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828571:28:34:29:35:6:13:16:5:1:35:6:13:15:5:1 chr5 176936590 . T C 341.01 PASS AF=0.84375;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0453915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.105;QD=42.6259;RBI=0.0464102;REFB=-0.00601276;REVB=-0.00967003;RO=5;SAF=18;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097666;STB=0.54542;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=1.78753e-05;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:32:5:5:26:27:0.84375:8:18:2:3:9:18:2:3 chr5 176936650 . T C 288.3 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9082;QD=52.4188;RBI=0.0133788;REFB=0;REVB=0.012596;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259683;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr5 176936819 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.548;QD=33.4262;RBI=0.0987091;REFB=0;REVB=0.0935793;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530804;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 176951275 . GA G,GG 354.14 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=5,21;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293967,0.0278368;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.666,204.54;QD=54.4832;RBI=0.032065,0.029204;REFB=0,0;REVB=-0.0128061,-0.00883106;RO=0;SAF=2,11;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00434405,0.00599571;OID=.,.;OPOS=176951276,176951276;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:5,21:26:1,25:26:0:1,12:0,13:0:0:5:0:2,11:3,10:0:0 chr5 177022652 . A G 61.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119782;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7372;QD=30.5314;RBI=0.0508084;REFB=-0.0191762;REVB=-0.0493763;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0255116;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr5 177023098 . A T 452.7 PASS AF=0.923077;AO=16;DP=27;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0162474;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=71.6495;QD=46.4306;RBI=0.0622429;REFB=-0.0375977;REVB=0.0600849;RO=3;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945622;STB=0.527258;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00332118;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:27:39:3:3:16:36:0.923077:13:3:0:3:26:10:0:3 chr5 177035964 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.696;QD=57.2376;RBI=0.018795;REFB=0;REVB=0.016015;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0669e-05;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 177180236 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.466;QD=60.6103;RBI=0.0695213;REFB=0;REVB=-0.0695043;RO=0;SAF=31;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010711;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:7:31:0:0:7:31:0:0 chr5 177422823 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.707;QD=63.5808;RBI=0.0393718;REFB=0;REVB=0.0392915;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08871e-05;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 177422876 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.851;QD=56.9379;RBI=0.0222488;REFB=0;REVB=-0.0075125;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06471e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr5 177547247 . T C 491.91 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.265;QD=57.8714;RBI=0.0283722;REFB=0;REVB=-0.00858055;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671357;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:27:6:0:0:27:7:0:0 chr5 177547335 . C A,CA 85.96 PASS AF=0,0.833333;AO=2,2;DP=14;FAO=0,10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0550425,0.0585406;FXX=0.142755;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=116.839,127.742;QD=28.652;RBI=0.0659683,0.0668763;REFB=-0.0360886,-0.0348162;REVB=0.0363612,0.0323333;RO=9;SAF=1,0;SAR=1,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174857,-0.532037;STB=0.5,0.571275;STBP=1,0.366;TYPE=snp,ins;VARB=0.0563245,0.0123299;OID=.,.;OPOS=177547335,177547336;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:14:12:9:2:2,2:0,10:0,0.833333:1,2:1,0:3:6:0,8:0,2:1:1 chr5 177547336 . G A 45.6 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0302953;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1278;QD=14.0304;RBI=0.0313855;REFB=-0.0269731;REVB=-0.00820032;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0159291;OID=.;OPOS=177547336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:6:7:0.538462:5:1:2:3:5:2:2:4 chr5 177551169 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.511;QD=55.6537;RBI=0.0291309;REFB=0;REVB=0.020503;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18325e-06;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr5 177551176 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0654166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.732;QD=52.1522;RBI=0.0664703;REFB=0.0773157;REVB=0.0117887;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00349271;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:1:0:19:8:1:0 chr5 177612734 . T C 1216.5 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0103035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.003;QD=56.5814;RBI=0.0150294;REFB=-0.0810772;REVB=0.0109416;RO=4;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429887;STB=0.522722;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000468534;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:42:40:0:4:42:40:0:4 chr5 177612739 . G T 109.07 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0555712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.445;QD=4.90213;RBI=0.0697467;REFB=0.00215363;REVB=-0.0421479;RO=71;SAF=11;SAR=7;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250761;STB=0.65795;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0125301;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:7:11:29:42:7:11:29:42 chr5 177612744 . A G 1357.99 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.923;QD=62.4362;RBI=0.0314058;REFB=0;REVB=-0.0103311;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15004e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr5 177612983 . G A 602.32 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00711564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.19;QD=54.7565;RBI=0.0181778;REFB=-0.00268509;REVB=0.0167273;RO=3;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239422;STB=0.501278;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00034032;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:28:13:1:2:28:13:1:2 chr5 177613123 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.222;QD=54.4807;RBI=0.0279326;REFB=-0.073439;REVB=0.00672047;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00100782;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr5 177613168 . C T 533.92 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0249165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3436;QD=49.6672;RBI=0.0262716;REFB=0.022482;REVB=0.00832871;RO=5;SAF=26;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209456;STB=0.51123;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00930588;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:12:26:3:2:12:26:3:2 chr5 177669413 . T G 514.44 PASS AF=0.823529;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0210553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.965;QD=40.3481;RBI=0.0366002;REFB=-0.00376898;REVB=-0.0299374;RO=9;SAF=23;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263229;STB=0.501413;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.000987894;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:9:9:42:42:0.823529:19:23:5:4:19:23:5:4 chr5 177683905 . G A 80.3 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0179572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.58;QD=7.46989;RBI=0.0287315;REFB=-0.00651865;REVB=0.0224285;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139321;STB=0.603258;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0276447;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:10:11:0.255814:6:4:16:15:7:4:16:16 chr5 177715580 . CT C,CC 500.51 PASS AF=0.512195,0.390244;AO=10,12;DP=40;FAO=21,16;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=9,12;FSAR=12,4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0413157,0.0381915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.574,176.051;QD=48.8298;RBI=0.0437345,0.0393921;REFB=-0.0666799,-0.0565931;REVB=0.0143427,0.00965096;RO=4;SAF=6,9;SAR=4,3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.222789,-0.164015;STB=0.590823,0.571347;STBP=0.052,0.336;TYPE=del,snp;VARB=0.0275926,0.000263612;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.512195,0.390244:10,12:40:21,16:41:4:9,12:12,4:4:0:78:4:6,9:4,3:4:0 chr5 178310446 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.428;QD=44.6064;RBI=0.0491161;REFB=-0.0483864;REVB=-0.0178034;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767822;STB=0.541627;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00355278;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:2:0:10:11:2:0 chr5 178359136 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.11903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.825;QD=32.8251;RBI=0.122292;REFB=-0.089571;REVB=0.0280565;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00136917;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:6:3:0:0:6:3:1:0 chr5 178391860 . G A 639.69 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0392433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2255;QD=55.6256;RBI=0.0526607;REFB=-0.0218568;REVB=-0.0351157;RO=3;SAF=25;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107279;STB=0.505721;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00071197;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:18:25:2:1:18:25:2:1 chr5 178395850 . G C 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=72;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0579079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.142;QD=58.2262;RBI=0.0585935;REFB=0.10615;REVB=0.00893701;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.507934;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000136643;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:72:71:0.986111:32:40:0:0:31:40:0:1 chr5 178410151 . C T 515.09 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0768221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.145;QD=49.056;RBI=0.0771779;REFB=-0.0780183;REVB=0.00740167;RO=5;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694945;STB=0.537255;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0104607;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:18:19:1:4:18:19:1:4 chr5 178412761 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.365;QD=39.2068;RBI=0.0648829;REFB=0;REVB=0.0466265;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85629e-05;OID=.;OPOS=178412761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr5 178413815 . CT C,CC,CG 524.73 PASS AF=0.0277778,0.916667,0.0555556;AO=5,29,2;DP=36;FAO=1,33,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24,1;FSAR=0,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077547,0.0682554,0.0656078;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=124.898,142.852,112.557;QD=58.3031;RBI=0.0801195,0.0991293,0.123109;REFB=0,0,0;REVB=-0.0201393,-0.0718876,-0.104171;RO=0;SAF=5,20,1;SAR=0,9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0349026,-0.00151646,-0.0125627;OID=.,.,.;OPOS=178413816,178413816,178413816;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0277778,0.916667,0.0555556:5,29,2:36:1,33,2:36:0:1,24,1:0,9,1:0:0:9:0:5,20,1:0,9,1:0:0 chr5 178413947 . T C 560.83 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137977;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.544;QD=60.6306;RBI=0.0180823;REFB=0;REVB=0.0116873;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39815e-06;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:38:37:1:14:24:0:0:13:24:0:0 chr5 178415937 . A G 272.11 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.879;QD=51.8303;RBI=0.0227703;REFB=0;REVB=-0.0170745;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00935e-05;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 178415982 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00614397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.291;QD=57.8246;RBI=0.0139778;REFB=-0.0579631;REVB=-0.0125551;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00124346;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:17:21:0:0:17:21:0:1 chr5 178416063 . G A 526.29 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00958287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.018;QD=56.8965;RBI=0.0150521;REFB=-0.144239;REVB=0.0116075;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000969652;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:16:19:0:0:17:19:1:0 chr5 178416288 . G A 703.64 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.567;QD=61.1862;RBI=0.0629146;REFB=0;REVB=0.0604375;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656229;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:15:30:0:1:16:30:0:0 chr5 178459283 . A G 466.02 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.026778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6028;QD=43.351;RBI=0.0299658;REFB=-0.0219833;REVB=0.0134495;RO=8;SAF=18;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493196;STB=0.502658;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00925411;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:17:18:4:4:17:18:4:4 chr5 178459426 . A C 620.11 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00755283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.317;QD=41.3406;RBI=0.0302804;REFB=0.0128478;REVB=0.0293233;RO=10;SAF=25;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311377;STB=0.51666;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00220626;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:25:25:6:4:25:25:6:4 chr5 178507069 . T C 294.37 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00517578;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.647;QD=40.6029;RBI=0.0246669;REFB=0.0167688;REVB=0.0241177;RO=5;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544238;STB=0.502956;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00290686;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:29:5:5:24:24:0.827586:14:10:2:3:14:10:2:3 chr5 178507090 . G A 295.49 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0322038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.609;QD=43.7759;RBI=0.0344998;REFB=-0.0244117;REVB=0.0123754;RO=3;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254583;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:27:3:3:23:24:0.888889:15:8:1:2:16:8:1:2 chr5 178555045 . G A 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00258412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.733;QD=4.46138;RBI=0.0204326;REFB=-0.0110941;REVB=0.0202686;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167716;STB=0.612546;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0370944;OID=.;OPOS=178555045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:16:9:3:3:16:9 chr5 178562967 . G A 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0245038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.339;QD=5.64851;RBI=0.0290319;REFB=0.000255483;REVB=0.0155697;RO=59;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161704;STB=0.510097;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00232957;OID=.;OPOS=178562967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:8:9:32:27:8:9:32:27 chr5 178634619 . C T 404.57 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015634;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.354;QD=53.9423;RBI=0.0156363;REFB=-0.0472695;REVB=0.000271889;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000760278;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:28:29:0.966667:11:17:1:0:11:18:1:0 chr5 178634672 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.438;QD=57.199;RBI=0.0381373;REFB=0;REVB=0.00850682;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275887;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 178634683 . C T 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.117838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7637;QD=37.361;RBI=0.120155;REFB=-0.020201;REVB=0.0234824;RO=5;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709078;STB=0.503872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00939928;OID=.;OPOS=178634683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:13:8:2:3:13:8:2:3 chr5 178770981 . A G 788.75 PASS AF=0.794872;AO=62;DP=78;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0140115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.86;QD=40.4488;RBI=0.0199182;REFB=-0.0219075;REVB=-0.0141568;RO=16;SAF=38;SAR=24;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823731;STB=0.543986;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00358443;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:16:16:62:62:0.794872:24:38:13:3:24:38:13:3 chr5 179069468 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4314;QD=53.2723;RBI=0.164834;REFB=0;REVB=-0.162945;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308029;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr5 179071866 . A G 724.12 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7385;QD=54.6509;RBI=0.0204821;REFB=0.143934;REVB=-0.00703894;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000101122;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:23:28:1:0:24:28:1:0 chr5 179078940 . T C 347.71 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.807;QD=51.5125;RBI=0.0282678;REFB=-0.0700547;REVB=0.0218964;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000978603;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:26:26:0.962963:12:14:0:0:12:14:1:0 chr5 179193598 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0709227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8062;QD=41.8666;RBI=0.104787;REFB=0.0335913;REVB=0.0771379;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00213188;OID=.;OPOS=179193598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr5 179201847 . G A 465.33 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0239401;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.517;QD=47.726;RBI=0.0393792;REFB=-0.00827467;REVB=0.0312664;RO=5;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858027;STB=0.546115;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00629199;OID=.;OPOS=179201847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:40:39:5:5:34:34:0.871795:15:19:1:4:15:19:1:4 chr5 179203933 . A G 442.99 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0492372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.047;QD=46.6303;RBI=0.0541349;REFB=0.0111521;REVB=0.0225008;RO=5;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474858;STB=0.523546;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000160902;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:32:33:0.868421:20:12:1:4:21:12:1:4 chr5 179218842 . G A 537.36 PASS AF=0.829787;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0239594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.129;QD=45.7325;RBI=0.0247563;REFB=-0.0425383;REVB=0.0062307;RO=8;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495573;STB=0.524463;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0058013;OID=.;OPOS=179218842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:8:8:38:39:0.829787:23:15:2:6:24:15:2:6 chr5 179226227 . C T 675.85 PASS AF=0.896552;AO=50;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0327274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.062;QD=46.6101;RBI=0.0329083;REFB=-0.0180776;REVB=0.00344563;RO=6;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100495;STB=0.553551;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00183663;OID=.;OPOS=179226227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:58:6:6:50:52:0.896552:25:25:0:6:25:27:0:6 chr5 179260153 . C T 50.65 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000711053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.054;QD=4.94193;RBI=0.107511;REFB=-0.00706867;REVB=-0.107509;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443855;STB=0.758397;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0659559;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:41:30:33:8:8:0.195122:6:2:19:11:6:2:19:14 chr5 179260213 . G A 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0730604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.254;QD=4.28843;RBI=0.0893508;REFB=0.0171992;REVB=0.0514368;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297403;STB=0.703116;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.066074;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:17:15:5:2:17:15 chr5 179267949 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.13;QD=57.1716;RBI=0.0166085;REFB=0;REVB=-0.00528282;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75227e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr5 179280379 . T C 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00167371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.532;QD=2.14553;RBI=0.014367;REFB=0.00194148;REVB=0.0142692;RO=50;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343529;STB=0.776015;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0237415;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:5:1:22:28:5:1:22:28 chr5 179287576 . C G 323.58 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.283;QD=53.9302;RBI=0.0192061;REFB=0;REVB=0.0190067;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451676;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:14:10:0:0 chr5 179287585 . GC CT 351.23 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109242;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.619;QD=54.0356;RBI=0.0738844;REFB=0;REVB=0.0730723;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00073688;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:15:11:0:0 chr5 179287597 . C G 35.35 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.02466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8786;QD=5.43897;RBI=0.0263865;REFB=0.0172804;REVB=0.00938795;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0505105;OID=.;OPOS=179287597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:9:11:4:2:9:11 chr5 179287622 . G GTA 423.89 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310399;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.857;QD=56.5182;RBI=0.0519502;REFB=0;REVB=0.0416575;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000256262;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:16:14:0:0:4:0:15:14:0:0 chr5 179290845 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.487;QD=61.3364;RBI=0.0294016;REFB=0;REVB=0.0290044;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68013e-05;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr5 179297268 . G A 283.78 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00224703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.813;QD=43.6583;RBI=0.112738;REFB=-0.0102585;REVB=0.112716;RO=3;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079247;STB=0.542821;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00229497;OID=.;OPOS=179297268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:7:16:3:0:7:16:3:0 chr5 179302921 . C T 742.71 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.100151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.974;QD=53.0504;RBI=0.101088;REFB=0.00131117;REVB=0.0137263;RO=2;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644039;STB=0.503419;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000215166;OID=.;OPOS=179302921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:32:22:1:1:32:22:1:1 chr5 179529124 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=55.6552;RBI=0.0464179;REFB=0;REVB=0.0310757;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21238e-05;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr5 179563435 . T C 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8155;QD=52.5947;RBI=0.0751679;REFB=0;REVB=0.0151792;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166056;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr5 179729519 . A G 791.96 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0265244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0783;QD=53.6922;RBI=0.0602116;REFB=-0.0414187;REVB=0.0540545;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398104;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00478859;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:32:25:1:1:32:25:1:1 chr5 179740827 . T C 940.45 PASS AF=0.738318;AO=79;DP=107;FAO=79;FDP=107;FR=.;FRO=28;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00211767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2081;QD=35.157;RBI=0.0245123;REFB=-0.0299202;REVB=0.0244207;RO=27;SAF=43;SAR=36;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300215;STB=0.511658;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00796572;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:27:28:79:79:0.738318:36:43:13:14:36:43:14:14 chr5 179996111 . C T 251.07 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.448;QD=47.8231;RBI=0.0152515;REFB=-0.106692;REVB=0.014152;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146521;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr5 180043388 . G A 107.86 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0195859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.101;QD=22.7074;RBI=0.0353506;REFB=-0.0963627;REVB=-0.0294289;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776539;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00723097;OID=.;OPOS=180043388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:4:7:12:12:0.631579:7:5:1:3:7:5:2:5 chr5 180046344 . G C 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0729843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.599;QD=4.17456;RBI=0.0781638;REFB=-0.00604441;REVB=-0.0279798;RO=53;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44571;STB=0.782162;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0667656;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:53:54:12:12:0.181818:3:9:20:33:3:9:21:33 chr5 180048056 . C T 213.66 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0203178;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.007;QD=42.7319;RBI=0.0253621;REFB=-0.029153;REVB=-0.0151797;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0112126;OID=.;OPOS=180048056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:2:0:10:8:2:0 chr5 180120192 . G T 137.84 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.084014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.632;QD=39.3818;RBI=0.0912205;REFB=-0.0286452;REVB=0.0355363;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293687;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00107475;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:11:1:1:0:11:2:1:0 chr5 180166461 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.551;QD=51.9167;RBI=0.03417;REFB=0;REVB=0.0151152;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137733;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr5 180218668 . A G 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0327482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.49;QD=3.29603;RBI=0.0330214;REFB=-0.00700442;REVB=0.00423825;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348;STB=0.76033;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0392136;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:6:1:16:26:6:1:16:26 chr5 180276402 . C T 754.61 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00176137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7186;QD=54.8806;RBI=0.0218602;REFB=-0.00872971;REVB=0.0217891;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000270942;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr5 180278393 . C G 223.15 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.38;QD=49.5885;RBI=0.0716738;REFB=0;REVB=-0.00363356;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070984;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:4:14:0:0 chr5 180329359 . T C 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8426;QD=49.3974;RBI=0.0574398;REFB=-0.0151859;REVB=0.0399367;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00188417;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:1:0:15:8:1:0 chr5 180336849 . C T 724.07 PASS AF=0.848485;AO=56;DP=68;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0156205;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.4;QD=43.8829;RBI=0.0363643;REFB=0.00456457;REVB=-0.0328384;RO=10;SAF=23;SAR=33;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833975;STB=0.544538;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00102494;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:68:66:10:10:56:56:0.848485:33:23:7:3:33:23:7:3 chr5 180338368 . A G 774.91 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0998615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.137;QD=48.432;RBI=0.101682;REFB=-0.0201679;REVB=0.0191558;RO=6;SAF=25;SAR=33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071489;STB=0.53803;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00111815;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:64:64:6:6:58:58:0.90625:33:25:5:1:33:25:5:1 chr5 180374534 . G A 937.44 PASS AF=0.762376;AO=76;DP=101;FAO=77;FDP=101;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00585457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0107;QD=37.1265;RBI=0.0146241;REFB=-0.00449498;REVB=0.0134011;RO=24;SAF=32;SAR=44;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360721;STB=0.520499;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00121937;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:24:24:76:77:0.762376:44:32:12:12:45:32:12:12 chr5 180432416 . C T 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00760997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.618;QD=29.7802;RBI=0.0296121;REFB=-0.00737014;REVB=0.0286176;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506274;STB=0.528258;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00337018;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:8:5:2:2:8:5:2:2 chr5 180472498 . C T 474.15 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0401268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.258;QD=51.2598;RBI=0.0748466;REFB=0.0304568;REVB=-0.063181;RO=3;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510379;STB=0.527381;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00341926;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:12:22:1:2:12:22:1:2 chr5 180472513 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0415866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.455;QD=54.9957;RBI=0.0562478;REFB=0.0103085;REVB=-0.0378731;RO=2;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123575;STB=0.506604;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.000736913;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:14:23:1:1:14:23:1:1 chr5 180486247 . G T 344.65 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190632;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.826;QD=55.1432;RBI=0.024649;REFB=0;REVB=0.0156259;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127913;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 180582604 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.956;QD=44.6847;RBI=0.0316715;REFB=0;REVB=0.0254816;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108582;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 180591141 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4185;QD=33.428;RBI=0.0716502;REFB=0;REVB=0.0231957;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00478729;OID=.;OPOS=180591141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 180596597 . A G 341.02 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0245262;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6603;QD=22.7345;RBI=0.0542638;REFB=-0.0246026;REVB=0.0484049;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844015;STB=0.555523;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0210415;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:34:34:0.566667:14:20:12:13:14:20:12:14 chr5 180600638 . T C 1078.4 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00203164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.015;QD=58.2917;RBI=0.10657;REFB=-0.08937;REVB=0.10655;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437595;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00046282;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:42:30:1:1:43:30:1:0 chr5 180618713 . A AC 531.22 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2382;QD=40.0923;RBI=0.186943;REFB=0;REVB=-0.148495;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000241305;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:53:53:0:29:24:0:0:10:3:25:23:3:0 chr5 180729067 . T A 50.54 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.3037;QD=16.8462;RBI=0.0358488;REFB=0.0127279;REVB=-0.0358488;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0114226;OID=.;OPOS=180729067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:3:5:7:7:0.583333:7:0:0:3:7:0:0:5 chr6 203878 . C T 440.89 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.454;QD=56.8891;RBI=0.044508;REFB=0;REVB=0.0409323;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357062;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:7:23:0:0:8:23:0:0 chr6 203909 . A G 521.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03715;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.991;QD=59.5451;RBI=0.0371916;REFB=0;REVB=0.00175894;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090227;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:9:26:0:0 chr6 204072 . G T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.194;QD=56.9333;RBI=0.0329359;REFB=0;REVB=0.013991;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112726;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr6 335175 . A T 752.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.241;QD=62.7295;RBI=0.0344019;REFB=0;REVB=0.0342897;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60728e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:20:26:0:0:21:27:0:0 chr6 348906 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0186704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.257;QD=17.1671;RBI=0.019772;REFB=-0.00918792;REVB=0.00650753;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864879;STB=0.548618;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00867451;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:11:18:17:15:11:18:17:15 chr6 350829 . G A 517.77 PASS AF=0.375758;AO=62;DP=165;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=-0.00138054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.883;QD=12.5519;RBI=0.00260446;REFB=0.00142709;REVB=0.00220846;RO=103;SAF=29;SAR=33;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110412;STB=0.562419;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00194904;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:103:103:62:62:0.375758:33:29:38:65:33:29:38:65 chr6 350940 . T TA 566.41 PASS AF=0.571429;AO=75;DP=141;FAO=76;FDP=133;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0777925;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3876;QD=17.0347;RBI=0.0891574;REFB=0.00769972;REVB=0.0435588;RO=65;SAF=27;SAR=48;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168734;STB=0.57645;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=-0.00837218;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:75:141:76:133:57:27:49:30:27:99:65:27:48:36:29 chr6 393359 . G C 387.33 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0248914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.056;QD=29.7943;RBI=0.0502285;REFB=-0.0340616;REVB=0.043627;RO=16;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261815;STB=0.53198;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0249702;OID=.;OPOS=393359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:24:32:0.615385:5:19:8:8:13:19:8:8 chr6 408012 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.785;QD=58.4197;RBI=0.0649042;REFB=0;REVB=0.0492361;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67533e-05;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr6 656143 . C A 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1342;QD=59.8485;RBI=0.0414535;REFB=0;REVB=-0.0347216;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310066;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr6 1395043 . T C 426.54 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0168238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.376;QD=12.7326;RBI=0.0168239;REFB=-5.90377e-05;REVB=4.46213e-05;RO=84;SAF=27;SAR=23;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021695;STB=0.512337;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=4.84116e-05;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:84:84:50:50:0.373134:23:27:47:37:23:27:47:37 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 267.43 PASS AF=0,0,0.982143,0.0178571;AO=8,9,23,3;DP=55;FAO=0,0,55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,20,1;FSAR=0,0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986117,0.0748574,0.147237,0.078204;FXX=0;HRUN=8,8,8,8;LEN=1,2,1,2;MLLD=9.76878,8.50912,6.80831,12.2269;QD=19.1019;RBI=0.15282,0.131766,0.257758,0.175453;REFB=-0.0150181,0.0671074,0.0821907,0.0120613;REVB=-0.116746,-0.108437,-0.211567,-0.15706;RO=7;SAF=4,1,9,1;SAR=4,8,14,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.170899,-0.550555,-0.139785,-0.371415;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0226651,0.00373576,0.0106988,-0.0624874;OID=.,.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395806,1395813;OREF=T,TT,T,TC;OALT=A,-,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.982143,0.0178571:8,9,23,3:55:0,0,55,1:56:0:0,0,20,1:0,0,35,0:0:0:4:7:4,1,9,1:4,8,14,2:5:2 chr6 1507626 . G A 942.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551579;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.691;QD=58.8756;RBI=0.0117928;REFB=0;REVB=0.0104234;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141268;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 1507808 . G T 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.734;QD=64.1515;RBI=0.0449314;REFB=0;REVB=0.039137;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55003e-05;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr6 1523145 . C CG,G 786.04 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=11,47;DP=58;FAO=10,48;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=10,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879766,-0.0432269;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=30.5544,56.9033;QD=54.2094;RBI=0.117399,0.0573681;REFB=0,0;REVB=-0.0777344,-0.0377164;RO=0;SAF=0,40;SAR=11,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0359819,0.00308979;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:58:58:0:0:11,47:10,48:0.172414,0.827586:11,7:0,40:0:0:10,8:0,40:0:0 chr6 1742794 . A G 792.71 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2772;QD=63.4166;RBI=0.0799211;REFB=0;REVB=-0.0147772;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544998;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:28:22:0:0 chr6 2623820 . G A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0300881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9779;QD=12.8702;RBI=0.0766479;REFB=-0.000364625;REVB=0.0704954;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358412;STB=0.711936;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00153755;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:6:10:3:8:6:10 chr6 2623930 . G A 433.71 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0393792;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.822;QD=23.1313;RBI=0.0542131;REFB=-0.00816901;REVB=0.0372605;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055361;STB=0.530442;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00552323;OID=.;OPOS=2623930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:33:42:42:0.56:22:20:18:15:22:20:18:15 chr6 2664375 . C A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0224895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.178;QD=10.1693;RBI=0.0233211;REFB=-0.0145276;REVB=0.00617213;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554187;STB=0.533274;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0309777;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:15:7:4:7:15:7 chr6 2667031 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.681;QD=44.6898;RBI=0.0287219;REFB=0;REVB=0.0286348;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214312;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr6 2667864 . T A 35.4 PASS AF=0.34375;AO=6;DP=27;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0354845;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.9457;QD=4.42445;RBI=0.0768117;REFB=-0.0325879;REVB=0.0681241;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.674367;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0667592;OID=.;OPOS=2667864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:32:21:21:6:11:0.34375:5:1:11:10:8:3:11:10 chr6 2668071 . G C 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00318608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.442;QD=18.2491;RBI=0.0202318;REFB=-0.00217759;REVB=0.0199793;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00126557;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:5:10:8:7:5:10 chr6 2679676 . G A 90.91 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00287813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.083;QD=5.05078;RBI=0.00793945;REFB=-0.00463415;REVB=0.00739941;RO=57;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306245;STB=0.519455;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0162073;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:8:7:28:29:8:7:28:29 chr6 2749381 . C T 115.91 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.000557311;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.234;QD=4.37384;RBI=0.040124;REFB=-0.000985695;REVB=-0.0401202;RO=86;SAF=14;SAR=6;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162217;STB=0.604829;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00388013;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:86:86:20:20:0.188679:6:14:50:36:6:14:50:36 chr6 2889071 . A C 118.44 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00322224;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.659;QD=20.5987;RBI=0.0230063;REFB=-0.0138977;REVB=0.0227796;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00687849;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:4:6:8:5:4:6 chr6 2953394 . C T 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00933423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.849;QD=26.4619;RBI=0.00969803;REFB=-0.0206473;REVB=0.00263136;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460959;STB=0.525528;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0119929;OID=.;OPOS=2953394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:10:8:10:16:10:8 chr6 2959513 . C T 435.91 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00371709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9808;QD=26.8251;RBI=0.0119472;REFB=-0.00958898;REVB=-0.0113542;RO=24;SAF=15;SAR=26;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366127;STB=0.51999;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00468851;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:26:15:10:14:26:15:10:14 chr6 2994218 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.642;QD=46.848;RBI=0.0920293;REFB=0;REVB=0.0919742;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125266;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 3010390 . C T 758.34 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00744672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0679;QD=53.217;RBI=0.0169967;REFB=-0.14591;REVB=-0.0152786;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376688;STB=0.519993;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0049834;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:24:31:0:2:24:31:0:2 chr6 3015790 . A G 1569.55 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.196;QD=59.7925;RBI=0.0306605;REFB=0;REVB=-0.0049295;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234302;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:68:36:0:0:68:37:0:0 chr6 3015865 . C T 753.39 PASS AF=0.663366;AO=67;DP=101;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0164075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.038;QD=29.837;RBI=0.0164087;REFB=0.000687521;REVB=0.000199585;RO=32;SAF=22;SAR=45;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122689;STB=0.560346;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000400825;OID=.;OPOS=3015865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:32:34:67:67:0.663366:45:22:5:27:45:22:6:28 chr6 3019744 . T C 254.04 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.024511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9256;QD=22.0903;RBI=0.0474592;REFB=-0.0129858;REVB=0.0406398;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185143;STB=0.646935;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00859116;OID=.;OPOS=3019744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:22:24:24:0.521739:15:9:12:8:16:8:14:8 chr6 3077141 . T C 1305.68 PASS AF=0.945652;AO=78;DP=94;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0125932;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.043;QD=56.7687;RBI=0.0460159;REFB=0.0461517;REVB=-0.0442592;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.522271;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00398824;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:92:0:5:78:87:0.945652:32:46:0:0:35:52:1:4 chr6 3118998 . G T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00141262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.732;QD=11.2146;RBI=0.00451168;REFB=-0.0198249;REVB=-0.00428483;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171651;STB=0.510191;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0369379;OID=.;OPOS=3118998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:17:16:8:8:17:16 chr6 3255327 . G A 131.31 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00981593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0973;QD=8.90211;RBI=0.016112;REFB=-0.00288247;REVB=0.0127767;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246415;STB=0.645603;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00444515;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:8:10:14:27:8:10:14:27 chr6 3255340 . A C 158.72 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0139632;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.709;QD=9.92001;RBI=0.0237743;REFB=-0.00516189;REVB=-0.0192418;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209608;STB=0.616413;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00946611;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:44:43:21:21:0.328125:10:11:15:29:10:11:15:28 chr6 3264440 . C G 253.47 PASS AF=0.322917;AO=32;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00224095;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0233;QD=10.5614;RBI=0.00915547;REFB=-0.0217978;REVB=-0.00887698;RO=65;SAF=13;SAR=19;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203901;STB=0.632405;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.031793;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:65:65:32:31:0.322917:19:13:38:27:19:12:38:27 chr6 3264487 . T C 273.95 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0713318;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.154;QD=11.2969;RBI=0.0739571;REFB=-0.0144136;REVB=0.0195302;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176908;STB=0.600684;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0154202;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:64:33:33:0.340206:19:14:35:25:19:14:37:27 chr6 3264502 . G C 367.12 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00582706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.715;QD=14.3968;RBI=0.00969307;REFB=-0.00908802;REVB=0.00774603;RO=60;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168604;STB=0.595193;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00754829;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:25:17:34:26:25:17:34:26 chr6 3264527 . T C 273.43 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0630673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5224;QD=12.7175;RBI=0.0658173;REFB=-0.0231151;REVB=-0.0188264;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000679258;STB=0.515341;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0405075;OID=.;OPOS=3264527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:49:54:32:32:0.372093:15:17:26:23:15:17:30:24 chr6 3273457 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0186097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.813;QD=19.3861;RBI=0.0191539;REFB=0.0115328;REVB=0.00453342;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.536047;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0113397;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:7:14:12:8:7:14 chr6 3287118 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00724837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3826;QD=21.2665;RBI=0.0280425;REFB=-0.027952;REVB=0.0270895;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137296;STB=0.577269;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0106788;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:9:5:9:8:9:5 chr6 3438738 . G A 613.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.014;QD=61.3063;RBI=0.0559378;REFB=0;REVB=0.0557036;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214004;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 3439595 . G GA 343.85 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7934;QD=42.9814;RBI=0.161185;REFB=0;REVB=-0.116033;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00036764;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:32:32:0:13:19:0:0:6:1:12:18:1:0 chr6 3727811 . C G 625.42 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000657657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.216;QD=25.7906;RBI=0.0128693;REFB=-0.017885;REVB=0.0128525;RO=40;SAF=22;SAR=34;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12194;STB=0.561961;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0170126;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:40:41:56:56:0.57732:34:22:22:18:34:22:22:19 chr6 3851193 . C G 341.46 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00385898;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.47;QD=23.15;RBI=0.0125815;REFB=-0.0162744;REVB=-0.0119751;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626601;STB=0.542348;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0124596;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:24:25:34:34:0.576271:17:17:14:10:17:17:15:10 chr6 4031998 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.345;QD=37.4885;RBI=0.0364226;REFB=0;REVB=0.00307482;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250128;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 4069166 . C T 582.27 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0653133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0245;QD=58.2272;RBI=0.0692103;REFB=-0.0197371;REVB=0.0228963;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=8.23302e-05;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:28:11:1:0:28:11:1:0 chr6 4074612 . A C 2335.06 PASS AF=0.952096;AO=156;DP=165;FAO=159;FDP=167;FR=.;FRO=8;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.040282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.857;QD=55.9295;RBI=0.0406388;REFB=-0.0916944;REVB=0.00537371;RO=2;SAF=71;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132108;STB=0.519988;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000496802;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:165:167:2:8:156:159:0.952096:85:71:2:0:86:73:7:1 chr6 4716016 . A G 67.15 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0848712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.06;QD=12.7899;RBI=0.0848936;REFB=-0.00135026;REVB=0.00195061;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345943;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0100596;OID=.;OPOS=4716016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:12:12:8:9:0.428571:2:6:5:7:2:7:5:7 chr6 4716037 . T C 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0169469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4007;QD=9.19504;RBI=0.0231036;REFB=-0.013613;REVB=0.0157028;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.671134;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0296139;OID=.;OPOS=4716037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:6:7:2:5:6:7 chr6 4735035 . T C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0621836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8491;QD=11.8119;RBI=0.0624279;REFB=-0.0628853;REVB=-0.00551735;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611352;STB=0.536029;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0742824;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:6:17:9:4:6:17 chr6 4735071 . C G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0131434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.196;QD=11.8143;RBI=0.015903;REFB=-0.00493775;REVB=-0.00895297;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423692;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722539;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:7:16:9:4:7:16 chr6 5086211 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.504;QD=35.5759;RBI=0.0899032;REFB=0;REVB=0.0878297;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012559;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 5086558 . C A 286.45 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00777132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.29;QD=24.3789;RBI=0.0181045;REFB=-0.0319131;REVB=0.0163517;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225518;STB=0.625311;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0360628;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:7:14:10:16:7:14 chr6 5139012 . C A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0291;QD=42.1794;RBI=0.163975;REFB=0;REVB=0.0588434;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00487678;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 5260936 . A C 1513.32 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.362;QD=59.9335;RBI=0.0575879;REFB=0;REVB=0.0548678;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195376;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr6 6003985 . C T 861.01 PASS AF=0.969231;AO=59;DP=63;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0591073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.13;QD=52.9854;RBI=0.0659687;REFB=-0.10023;REVB=0.0292948;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.516661;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00197845;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:65:1:2:59:63:0.969231:33:26:1:0:34:29:2:0 chr6 6320808 . T G 1263.21 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6184;QD=60.8777;RBI=0.09554;REFB=0;REVB=-0.092039;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685467;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:48:35:0:0 chr6 6321128 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.799;QD=40.7618;RBI=0.0106906;REFB=0;REVB=0.0106906;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528641;OID=.;OPOS=6321128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr6 6938928 . C T 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.414;QD=58.6435;RBI=0.0355829;REFB=-0.108029;REVB=0.0251431;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00211948;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:0:1 chr6 7182798 . T C 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00311595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.928;QD=32.2105;RBI=0.0197219;REFB=-0.0178287;REVB=0.0194742;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102633;STB=0.505614;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00612345;OID=.;OPOS=7182798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:15:14:7:7:15:14:7:7 chr6 7211818 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.466;QD=59.5373;RBI=0.0331851;REFB=-0.00571553;REVB=0.031816;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.17733e-05;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:1:0:35:43:1:0 chr6 7230680 . G T 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.7733;QD=39.197;RBI=0.106089;REFB=0;REVB=0.0324755;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778705;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 7231770 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0426147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2232;QD=11.2564;RBI=0.0698563;REFB=-0.0612178;REVB=-0.0553524;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.048764;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:3:9:6:2:3:9 chr6 7246679 . T A 889.09 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0403029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.852;QD=26.942;RBI=0.0430064;REFB=-0.0214091;REVB=0.0150074;RO=52;SAF=38;SAR=42;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519595;STB=0.528173;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0209374;OID=.;OPOS=7246679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:52:80:80:0.606061:42:38:21:31:42:38:21:31 chr6 7246998 . G A 365.36 PASS AF=0.909091;AO=25;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0511783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.894;QD=44.2861;RBI=0.0766695;REFB=-0.161154;REVB=0.0570875;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518206;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00243868;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:33:0:3:25:30:0.909091:13:12:0:0:14:16:1:2 chr6 7247248 . T C 268.2 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.171;QD=51.085;RBI=0.0242142;REFB=0;REVB=0.0224167;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513044;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:13:8:0:0 chr6 7248925 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00918802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.527;QD=27.2343;RBI=0.0102628;REFB=-0.0297349;REVB=-0.00457223;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034087;STB=0.518852;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.02705;OID=.;OPOS=7248925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:8:6:11:12:8:6 chr6 7251037 . C T 194.63 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.000221598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.858;QD=7.70801;RBI=0.057279;REFB=0.00112343;REVB=-0.0572786;RO=74;SAF=11;SAR=16;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481455;STB=0.528904;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00335769;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:74:27:27:0.267327:16:11:33:41:16:11:33:41 chr6 7288540 . G GC 97.11 PASS AF=0.733333;AO=3;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00820327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.2983;QD=12.9476;RBI=0.0920114;REFB=0.00656375;REVB=0.091645;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.533303;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.00623577;OID=.;OPOS=7288541;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:3:30:22:30:8:11:11:5:3:33:27:2:1:14:13 chr6 7288544 . A C 244.34 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0470055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9498;QD=31.5272;RBI=0.149616;REFB=0.0159053;REVB=0.142041;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103448;STB=0.548343;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00169814;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:21:22:0.709677:11:10:6:3:11:11:6:3 chr6 7289957 . CCA C 294.64 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0121816;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.058;QD=24.0525;RBI=0.0154788;REFB=-0.022541;REVB=-0.00954991;RO=13;SAF=10;SAR=24;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395957;STB=0.535694;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.00933605;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.693878:34:48:34:49:15:10:24:3:12:75:13:10:24:3:10 chr6 7295283 . T A 178.76 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0131699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.998;QD=22.3447;RBI=0.0544648;REFB=-0.0301461;REVB=0.0528485;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192786;STB=0.608571;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0244717;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:8:6:12:6:8:6 chr6 7310259 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0215915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2295;QD=17.8266;RBI=0.0411859;REFB=-0.044848;REVB=0.0350726;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581219;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0494774;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:3:8:8:4:3:8 chr6 7387236 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.95;QD=62.0219;RBI=0.0227275;REFB=0;REVB=0.0216046;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73579e-05;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 7563983 . T G 1556.47 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0783;QD=59.8641;RBI=0.00836173;REFB=0;REVB=0.00393584;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21814e-05;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:65:38:0:0:66:38:0:0 chr6 7572262 . A G 293.84 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00204626;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.646;QD=27.3337;RBI=0.00400345;REFB=-0.0213488;REVB=-0.00344099;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116251;STB=0.542463;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0114901;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:16:17:25:26:0.604651:15:10:9:7:15:11:9:8 chr6 7576527 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0226112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.442;QD=24.8187;RBI=0.109506;REFB=-0.00873524;REVB=-0.107146;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159514;STB=0.58851;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00193455;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:12:6:13:11:12:6 chr6 7577260 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00746427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.767;QD=13.4589;RBI=0.0221061;REFB=0.0179901;REVB=-0.0208078;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407541;STB=0.52378;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0211361;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:14:12:8:8:14:12 chr6 7581636 . G A 167.63 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000851926;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0885;QD=12.1909;RBI=0.0130936;REFB=0.000734153;REVB=0.0130659;RO=34;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364487;STB=0.712217;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000515026;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:34:34:21:21:0.381818:5:16:15:19:5:16:15:19 chr6 7585411 . G A 106.78 PASS AF=0.6;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0132197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.535;QD=21.3558;RBI=0.0209524;REFB=-0.0194783;REVB=0.0162555;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101303;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0101477;OID=.;OPOS=7585411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:19:20:7:8:12:12:0.6:5:7:3:4:5:7:4:4 chr6 7585967 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0168705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.437;QD=18.7442;RBI=0.0207521;REFB=-0.00503873;REVB=0.0120845;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346644;STB=0.699489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00225682;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:0:4:3:4:0:4 chr6 7601720 . C T 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0135794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6083;QD=5.04472;RBI=0.0530909;REFB=0.00222894;REVB=-0.0513249;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955013;STB=0.561308;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0101137;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:8:5:23:27:8:5:23:27 chr6 7727828 . A G 743.94 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.015133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.909;QD=35.0089;RBI=0.0333261;REFB=0.0157551;REVB=0.0296921;RO=24;SAF=29;SAR=32;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100075;STB=0.553829;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00810391;OID=.;OPOS=7727828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:24:61:61:0.717647:32:29:16:8:32:29:16:8 chr6 7862631 . G C 440.32 PASS AF=0.565789;AO=39;DP=71;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0263799;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.53;QD=23.1746;RBI=0.0267732;REFB=-0.0229799;REVB=-0.00457216;RO=31;SAF=10;SAR=29;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15633;STB=0.547147;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0189341;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:31:33:39:43:0.565789:29:10:13:18:29:14:14:19 chr6 7884652 . C T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.012089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.458;QD=20.5631;RBI=0.0155173;REFB=-0.0151212;REVB=0.00972845;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626248;STB=0.572741;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0142924;OID=.;OPOS=7884652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:31:35:35:0.530303:19:16:13:11:19:16:19:12 chr6 7986847 . G A 294.64 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0159029;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9623;QD=14.9185;RBI=0.0181248;REFB=-0.0210223;REVB=0.00869518;RO=46;SAF=6;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282667;STB=0.662466;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0208426;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:46:33:33:0.417722:27:6:18:28:27:6:18:28 chr6 7988189 . T C 193.15 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00188474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.136;QD=9.7795;RBI=0.00202772;REFB=-0.0092924;REVB=-0.000747941;RO=51;SAF=17;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137495;STB=0.565356;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.016792;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:51:54:25:25:0.316456:8:17:29:22:8:17:32:22 chr6 8015129 . T C 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0412434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.359;QD=10.4346;RBI=0.0415123;REFB=-0.00657474;REVB=-0.00471737;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159727;STB=0.594477;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.024729;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:9:24:9:6:9:24 chr6 8015821 . T C 484.26 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00166321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3979;QD=23.6225;RBI=0.0247755;REFB=-0.0110191;REVB=0.0247196;RO=36;SAF=31;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256059;STB=0.640851;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00632352;OID=.;OPOS=8015821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:15:31:13:23:15:31:13:23 chr6 8413890 . A G 193.48 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0274117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.682;QD=32.247;RBI=0.0275903;REFB=-0.00551352;REVB=-0.00313499;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652751;STB=0.541621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00367066;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:9:8:2:4:9:9:2:4 chr6 8428137 . A AAAGT,AAGT 284.5 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=4,16;DP=23;FAO=1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112466,0.00929251;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=232.559,246.927;QD=54.1894;RBI=0.0120877,0.0290211;REFB=0,0;REVB=0.00443012,0.0274931;RO=0;SAF=0,6;SAR=4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0380662,-0.00118298;OID=.,.;OPOS=8428138,8428138;OREF=-,-;OALT=AAGT,AGT;OMAPALT=AAAGT,AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:4,16:23:1,20:21:0:0,6:1,14:0:0:4:0:0,6:4,10:0:0 chr6 8430049 . G A 1748.46 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8291;QD=60.8159;RBI=0.0383159;REFB=0;REVB=0.00452046;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107123;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:60:54:0:0:61:54:0:0 chr6 9776058 . G A 139.56 PASS AF=0.273973;AO=19;DP=72;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0252329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6422;QD=7.64726;RBI=0.0511636;REFB=-0.0344498;REVB=-0.0445086;RO=52;SAF=14;SAR=5;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932684;STB=0.579747;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0491561;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:52:53:19:20:0.273973:5:14:35:17:5:15:35:18 chr6 9900599 . T TGAG 167.56 PASS AF=0.245098;AO=24;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.0181329;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.025;QD=6.57108;RBI=0.0189125;REFB=-0.00371557;REVB=0.00537427;RO=78;SAF=13;SAR=11;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161054;STB=0.579825;STBP=0.396;TYPE=ins;VARB=0.0092076;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245098:24:102:25:102:77:14:11:51:26:99:78:13:11:52:26 chr6 9933492 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00898966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.629;QD=9.41571;RBI=0.0696968;REFB=-0.0124886;REVB=-0.0691146;RO=38;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15208;STB=0.602529;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0213411;OID=.;OPOS=9933492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:5:13:23:15:5:13:23:16 chr6 10587038 . C G 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00877537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3349;QD=20.8919;RBI=0.0104578;REFB=-0.0167739;REVB=0.00568853;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037232;STB=0.528264;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0095922;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:11:15:17:15:11:16 chr6 10729020 . C T 334.48 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0869051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2042;QD=14.3861;RBI=0.0869116;REFB=-0.00175759;REVB=0.00106801;RO=55;SAF=11;SAR=26;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389555;STB=0.724569;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00115647;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:37:37:0.397849:26:11:37:18:26:11:38:18 chr6 10753107 . T A 545.57 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6797;QD=57.4288;RBI=0.0550473;REFB=-0.18048;REVB=0.0537877;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00266755;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:0:1 chr6 10763312 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000379943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.603;QD=53.9112;RBI=0.00110102;REFB=0;REVB=0.00103338;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58943e-06;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 10764727 . A G 1080.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.634;QD=60.0233;RBI=0.0111004;REFB=0;REVB=-0.00471061;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17607e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr6 10891781 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00700176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.745;QD=50.8368;RBI=0.0430818;REFB=-0.136137;REVB=-0.042509;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00244018;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:13:12:0:0:13:12:0:1 chr6 10955408 . C T 896.84 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0472177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5252;QD=53.5428;RBI=0.0482286;REFB=-0.0267527;REVB=0.00982269;RO=3;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196116;STB=0.510394;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00793486;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:28:36:1:2:28:36:1:2 chr6 10981053 . G A 427.3 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.837;QD=56.9732;RBI=0.019708;REFB=0;REVB=-0.00866777;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26222e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:17:11:0:0:18:12:0:0 chr6 11005686 . G A 833.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.893;QD=57.4529;RBI=0.0398045;REFB=0;REVB=-0.0241597;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44396e-05;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr6 11105763 . C T 255.7 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00472404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.224;QD=29.2229;RBI=0.00642656;REFB=-0.00785587;REVB=0.00435707;RO=12;SAF=20;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404594;STB=0.727036;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00529399;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:3:20:5:7:3:20:5:7 chr6 11185257 . A T 558.05 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.037936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9113;QD=50.7321;RBI=0.0384129;REFB=-0.251928;REVB=0.00603402;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425724;STB=0.541646;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00998542;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:44:2:4:39:40:0.909091:18:21:2:0:18:22:4:0 chr6 11185533 . G A 275.14 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00747865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.305;QD=10.8965;RBI=0.0186532;REFB=8.05981e-06;REVB=0.0170883;RO=67;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110246;STB=0.563768;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=5.64695e-05;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:16:18:29:38:16:18:29:38 chr6 11190626 . A G 1334.26 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00581113;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.905;QD=59.9669;RBI=0.00765949;REFB=-0.119649;REVB=-0.00498984;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-5.01411e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:2:2:87:87:0.977528:48:39:1:1:48:39:1:1 chr6 11192575 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8498;QD=62.9811;RBI=0.0581847;REFB=0;REVB=0.0219635;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300886;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr6 11538534 . C T 199.58 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00677412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.932;QD=15.0623;RBI=0.0494417;REFB=-0.00444081;REVB=0.0489755;RO=30;SAF=21;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605059;STB=0.773067;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00680594;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:1:21:19:11:2:21:19:11 chr6 11576130 . T C 1319.83 PASS AF=0.956522;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0792948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4439;QD=57.3841;RBI=0.0911943;REFB=-0.133207;REVB=0.0450414;RO=1;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885716;STB=0.505196;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00386157;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:1:4:87:88:0.956522:53:34:0:1:54:34:2:2 chr6 11644302 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9044;QD=45.8068;RBI=0.0103962;REFB=0;REVB=-0.00565256;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000649763;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:9:4:0:1:10:4:0:0 chr6 11644518 . C T 423.92 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0456134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4052;QD=39.4342;RBI=0.0497582;REFB=-0.0179908;REVB=0.0198821;RO=10;SAF=11;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031807;STB=0.517231;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0061071;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:22:11:4:6:22:11:4:6 chr6 11723636 . C T 321.07 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0201056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.358;QD=33.7968;RBI=0.0219448;REFB=-0.0363247;REVB=-0.00879432;RO=11;SAF=6;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377299;STB=0.520645;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0182298;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:21:6:3:8:21:6:3:8 chr6 12122645 . A G 726.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022953;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.727;QD=57.0095;RBI=0.030855;REFB=0;REVB=0.0206203;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013305;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:31:20:0:0 chr6 12122773 . T C 63.45 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00789676;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.173;QD=7.93126;RBI=0.0222677;REFB=-0.0040777;REVB=0.0208204;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255346;STB=0.67532;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00961417;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:24:23:9:9:0.28125:4:5:8:16:4:5:7:16 chr6 12123049 . G A 608.0 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=80;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000558041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.676;QD=30.0244;RBI=0.00944358;REFB=-0.00817196;REVB=-0.00942708;RO=28;SAF=18;SAR=34;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328767;STB=0.527262;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00592505;OID=.;OPOS=12123049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:28:27:52:54:0.666667:34:18:11:17:36:18:11:16 chr6 12123249 . A G 307.64 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.020781;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.031;QD=21.2165;RBI=0.0295593;REFB=-0.00570642;REVB=0.0210215;RO=25;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742446;STB=0.554533;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00420944;OID=.;OPOS=12123249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:26:32:32:0.551724:23:9:9:16:23:9:10:16 chr6 12123538 . G T 95.27 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00444286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.451;QD=34.6435;RBI=0.0304027;REFB=-0.0257492;REVB=0.0300763;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126211;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0078727;OID=.;OPOS=12123538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:3:6:0:1:3:7:0:1 chr6 12125772 . A G 431.81 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=6.22173e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.364;QD=36.7501;RBI=0.011027;REFB=-0.0146054;REVB=0.0110269;RO=13;SAF=16;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736587;STB=0.539976;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.010996;OID=.;OPOS=12125772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:18:16:8:5:18:16:8:5 chr6 12164612 . C G 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.019984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.676;QD=35.2739;RBI=0.0217726;REFB=0.0164795;REVB=0.00864204;RO=5;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687825;STB=0.537738;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00410442;OID=.;OPOS=12164612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:8:11:2:3:8:11:2:3 chr6 12294258 . A G 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00387945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.267;QD=56.1362;RBI=0.0174123;REFB=0.0132944;REVB=-0.0169746;RO=2;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286232;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000277831;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:32:36:0:2:32:36:0:2 chr6 13321097 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0127811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.881;QD=25.5725;RBI=0.0127829;REFB=-0.0380661;REVB=-0.000215994;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.565982;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0202607;OID=.;OPOS=13321097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:9:8:15:9:9:8 chr6 13361088 . A G 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022653;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.415;QD=57.0098;RBI=0.0236079;REFB=0;REVB=-0.00664617;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38968e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr6 13470113 . A T 724.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1499;QD=63.0094;RBI=0.0417473;REFB=0;REVB=0.0358328;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579625;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr6 13547958 . C T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4813;QD=63.2777;RBI=0.0134799;REFB=0;REVB=-0.00389987;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121478;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr6 13548165 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.439;QD=57.6807;RBI=0.0265529;REFB=0;REVB=0.0261447;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69125e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 13615851 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0262049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.369;QD=27.2773;RBI=0.0613972;REFB=-0.0419604;REVB=0.055524;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690968;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0222456;OID=.;OPOS=13615851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:9:10:15:13:9:10 chr6 13620981 . T TA 52.43 PASS AF=0.173333;AO=12;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0143805;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.056;QD=2.79618;RBI=0.0894536;REFB=-0.0017788;REVB=-0.0882902;RO=62;SAF=0;SAR=12;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693746;STB=0.876594;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0345683;OID=.;OPOS=13620982;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173333:12:75:13:75:62:1:12:27:35:52:62:0:12:27:35 chr6 13794110 . C A 519.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.304;QD=59.3522;RBI=0.0232948;REFB=0;REVB=-0.0226446;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013199;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr6 13801615 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8184;QD=44.0922;RBI=0.0740659;REFB=-0.0743142;REVB=0.056381;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0104986;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:5:12:0:0:5:12:0:1 chr6 13978854 . G T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00795817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.321;QD=57.8246;RBI=0.0159974;REFB=0.0232022;REVB=-0.0138775;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-5.15234e-05;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr6 13979526 . A G 558.42 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00510989;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=293.984;QD=51.9463;RBI=0.0055523;REFB=-0.0272615;REVB=0.00217187;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312062;STB=0.529467;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000127485;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:3:4:39:39:0.906977:22:17:2:1:22:17:3:1 chr6 13979929 . TTAA TA,T,TTA,TTTA 139.46 PASS AF=1,0,0,0;AO=3,3,4,2;DP=20;FAO=19,0,0,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0,0;FSAR=9,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727655,0.104636,0.335162,0.301408;FXX=0.049975;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,3,1,1;MLLD=11.7538,10.3103,6.49921,3.82743;QD=29.3609;RBI=0.0733139,0.142012,0.551537,0.564558;REFB=-0.0442839,-0.0661997,-0.0477097,-0.0425064;REVB=-0.0089507,-0.0960147,-0.438018,-0.477366;RO=4;SAF=2,0,0,1;SAR=1,3,4,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.413613,-0.782218,-0.794086,-0.532453;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.015567,-0.135253,0.0651825,0;OID=.,.,.,.;OPOS=13979930,13979930,13979931,13979931;OREF=TA,TAA,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TA,T,TTA,TTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0,0:3,3,4,2:20:19,0,0,0:19:0:10,0,0,0:9,0,0,0:0:0:3:4:2,0,0,1:1,3,4,1:4:0 chr6 13980527 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.236;QD=59.8291;RBI=0.0343379;REFB=0;REVB=0.0315197;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67574e-05;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:43:60:0:0:43:60:0:0 chr6 14646772 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3288;QD=62.0219;RBI=0.0162562;REFB=0;REVB=-0.0103294;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342635;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 15496662 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.899;QD=44.6898;RBI=0.0410615;REFB=0;REVB=0.0314687;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463475;OID=.;OPOS=15496662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 15513482 . G A 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0174133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8599;QD=19.7005;RBI=0.0282736;REFB=-0.006492;REVB=0.022275;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.574537;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00572453;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:8:8:6:11:8:8 chr6 15520911 . GAC G,GAG 166.3 PASS AF=0.421053,0.0526316;AO=15,2;DP=39;FAO=16,2;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10,0;FSAR=6,2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0444703,-0.0422991;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.85,158.774;QD=17.5053;RBI=0.0790687,0.0546657;REFB=-0.0374203,-0.0348537;REVB=-0.0653778,-0.0346283;RO=19;SAF=10,0;SAR=5,2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192548,-0.604807;STB=0.514907,0.995931;STBP=0.873,0.09;TYPE=del,snp;VARB=0.0533979,0.0865862;OID=.,.;OPOS=15520912,15520913;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0.0526316:15,2:39:16,2:38:20:10,0:6,2:13:7:99:19:10,0:5,2:13:6 chr6 15580046 . G A,GA 51.45 PASS AF=0,0.285714;AO=4,7;DP=50;FAO=0,14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00585779,0.0171138;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=185.811,9.91052;QD=4.19981;RBI=0.0201079,0.147672;REFB=-0.0104171,-0.0714503;REVB=0.0192358,0.146677;RO=36;SAF=4,3;SAR=0,4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.593544,-0.0529396;STB=0.5,0.651958;STBP=1,0.208;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.127093;OID=.,.;OPOS=15580046,15580047;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:50:49:36:35:4,7:0,14:0,0.285714:0,4:4,3:17:19:0,5:0,9:15:20 chr6 15586009 . G T 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.898;QD=58.4158;RBI=0.0518543;REFB=0;REVB=0.0127961;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137599;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr6 16145325 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.243;QD=58.7815;RBI=0.0150835;REFB=0;REVB=0.0132202;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59277e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr6 16148089 . A AT 35.4 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0240398;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.636;QD=6.43596;RBI=0.024349;REFB=-0.00245807;REVB=0.00386831;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603731;STB=0.895582;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.0906856;OID=.;OPOS=16148090;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:1:6:12:3:35:16:1:5:12:4 chr6 16148176 . G A 130.74 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00828137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.859;QD=7.36554;RBI=0.0106326;REFB=-0.00527562;REVB=-0.00666869;RO=49;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999208;STB=0.542011;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0140384;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:49:52:19:19:0.267606:12:7:22:27:12:7:22:30 chr6 16290761 . T A 1174.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221398;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.887;QD=61.0354;RBI=0.0284454;REFB=0;REVB=0.0178598;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2799e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0136458;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=319.872;QD=5.32584;RBI=0.0148398;REFB=-0.00689271;REVB=0.00583198;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242039;STB=0.653235;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.0269767;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213115:13:61:13:61:48:8:5:20:28:81:48:8:5:20:28 chr6 16327372 . C T 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.393;QD=45.7894;RBI=0.0611997;REFB=0;REVB=0.0554451;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169455;OID=.;OPOS=16327372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 16327615 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.964;QD=53.907;RBI=0.0611997;REFB=0;REVB=0.059152;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499571;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:2:21:0:0:2:22:0:0 chr6 16328068 . T C 179.82 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119097;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.427;QD=47.9523;RBI=0.0119097;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021001;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr6 17421855 . A G 339.15 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00927226;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.241;QD=17.618;RBI=0.00971928;REFB=-0.00840492;REVB=0.0029137;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160576;STB=0.5831;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00844734;OID=.;OPOS=17421855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:41:36:36:0.467532:13:23:20:22:13:23:20:21 chr6 17543302 . A G 775.39 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174677;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.439;QD=53.4751;RBI=0.0212142;REFB=-0.0648037;REVB=-0.0120384;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376775;STB=0.519993;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000184881;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:32:24:2:0:32:24:2:0 chr6 17629616 . G A 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00335922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.691;QD=8.50798;RBI=0.00572171;REFB=-0.0022011;REVB=-0.00463181;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563249;STB=0.834589;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00905149;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:3:9:7:24:3:9:7:24 chr6 17633061 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.602;QD=62.3486;RBI=0.103086;REFB=0;REVB=0.0132558;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521884;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr6 17665479 . G C 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0229762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.485;QD=24.3362;RBI=0.0271648;REFB=-0.000788189;REVB=-0.0144921;RO=25;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816496;STB=0.552604;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000525524;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:17:21:11:14:17:21:11:15 chr6 17688798 . G A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.021673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.186;QD=7.51874;RBI=0.0218524;REFB=-0.00101728;REVB=-0.00279446;RO=47;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356979;STB=0.709661;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00242775;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:47:48:18:18:0.272727:5:13:20:27:5:13:21:27 chr6 17737690 . T A 535.74 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597628;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.3981;QD=57.9175;RBI=0.118722;REFB=0;REVB=0.118572;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276071;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:32:37:1:15:17:0:1:20:17:0:0 chr6 17764530 . C T 752.38 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4623;QD=61.419;RBI=0.0179226;REFB=-0.0864898;REVB=0.00539579;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00091135;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr6 17773796 . A G 443.17 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0114654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.698;QD=35.4533;RBI=0.0114674;REFB=-0.0210718;REVB=-0.000215521;RO=15;SAF=20;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058432;STB=0.531774;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0067673;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:15:20:7:8:15:20:7:8 chr6 17794494 . G A 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.188;QD=64.0208;RBI=0.0198499;REFB=0;REVB=0.0115947;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55339e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr6 18134021 . C A 37.37 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0263437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1952;QD=11.4973;RBI=0.118257;REFB=-0.0409002;REVB=-0.115285;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366604;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0135435;OID=.;OPOS=18134021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:13:7:7:4:6:0.461538:2:2:1:6:2:4:1:6 chr6 18161562 . AG A,AA 586.6 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=5,34;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612977,-0.0142071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.233,270.021;QD=60.1645;RBI=0.0280108,0.0275539;REFB=0,0;REVB=0.0273319,0.0236088;RO=0;SAF=0,22;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0174188,0.000779242;OID=.,.;OPOS=18161563,18161563;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:5,34:39:1,38:39:0:0,22:1,16:0:0:5:0:0,22:5,12:0:0 chr6 18215303 . T C 2222.92 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030567;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.324;QD=62.6176;RBI=0.0312061;REFB=-0.0932818;REVB=-0.00628341;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.503936;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000153112;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:78:63:0:0:78:63:1:0 chr6 18466677 . A T 610.74 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0040594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7226;QD=49.8565;RBI=0.0569458;REFB=-0.0247215;REVB=-0.0568009;RO=5;SAF=20;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652484;STB=0.56815;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.037928;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:5:6:43:43:0.877551:23:20:4:1:24:19:6:0 chr6 20492995 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.021;QD=57.8828;RBI=0.00972659;REFB=0;REVB=0.009528;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14004e-05;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr6 20599628 . C T 1282.49 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.127;QD=61.807;RBI=0.0413832;REFB=0;REVB=0.0319856;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28286e-06;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr6 22136879 . G T 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0114384;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.099;QD=13.0792;RBI=0.0340506;REFB=-0.0216844;REVB=-0.0320719;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.542032;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0346786;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:25:15:15:0.375:8:7:11:15:8:7:10:15 chr6 22287745 . C T 136.28 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.000734006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.862;QD=6.98869;RBI=0.0291444;REFB=-0.0128289;REVB=-0.0291351;RO=58;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142219;STB=0.585555;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0330522;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:12:8:17:41:12:8:17:41 chr6 22570064 . C T 315.49 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.011314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.676;QD=22.5348;RBI=0.0113227;REFB=0.00396853;REVB=-0.000442079;RO=23;SAF=8;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531914;STB=0.523241;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00233745;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:24:8:7:16:24:8:7:17 chr6 24147483 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.685;QD=58.6006;RBI=0.0637357;REFB=0;REVB=0.00918367;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225892;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr6 24174955 . G C 1162.23 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126194;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6642;QD=60.3755;RBI=0.0128589;REFB=0;REVB=0.00247004;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230491;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:74:77:1:35:39:0:0:37:40:0:0 chr6 24291203 . T C 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.022;QD=64.404;RBI=0.0184259;REFB=0;REVB=0.0177216;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117387;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr6 24418348 . G A 1201.89 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.627;QD=60.8554;RBI=0.0238954;REFB=0;REVB=-0.0166057;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22847e-06;OID=.;OPOS=24418348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr6 24437445 . G A 741.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181415;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.569;QD=57.0334;RBI=0.040092;REFB=0;REVB=0.0357526;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601238;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr6 24463020 . G C 664.2 PASS AF=0.647727;AO=56;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.051607;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.307;QD=30.191;RBI=0.0517624;REFB=-0.00775112;REVB=-0.00400759;RO=31;SAF=27;SAR=29;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113639;STB=0.502592;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00514785;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:56:57:0.647727:29:27:15:16:29:28:15:16 chr6 24596478 . T G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0798365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.549;QD=6.39452;RBI=0.0808668;REFB=-0.00559906;REVB=0.0128673;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799301;STB=0.550788;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0139338;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:11:18:5:4:11:18 chr6 24653273 . G C 147.65 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0147267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.339;QD=7.66996;RBI=0.0148054;REFB=-0.00857494;REVB=0.00152451;RO=54;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382684;STB=0.534793;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.01657;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:56:21:21:0.272727:11:10:24:30:11:10:24:32 chr6 24653376 . G A 779.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.895;QD=56.6727;RBI=0.0194159;REFB=0;REVB=-0.0139096;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31697e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr6 24698215 . G A 261.87 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0348596;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.028;QD=19.045;RBI=0.0349008;REFB=-0.00570335;REVB=-0.00169403;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363196;STB=0.714498;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00468471;OID=.;OPOS=24698215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:27:28:28:0.509091:10:18:5:20:10:18:5:22 chr6 24780892 . A C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00638771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.366;QD=22.1881;RBI=0.0860169;REFB=-0.0249173;REVB=0.0857794;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238952;STB=0.523538;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0150947;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:8:13:11:6:8:13:12:6 chr6 24805826 . GA G,GT 672.96 PASS AF=0.80597,0;AO=51,4;DP=68;FAO=54,0;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=20,0;FSAR=34,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00984004,0.0102601;FXX=0.0289813;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.19,160.083;QD=40.1769;RBI=0.0126366,0.010288;REFB=-0.0194569,-0.0172416;REVB=0.00792824,0.000757;RO=13;SAF=20,1;SAR=31,3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.033829,-0.0795218;STB=0.513122,0.5;STBP=0.697,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00478786,0;OID=.,.;OPOS=24805827,24805827;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.80597,0:51,4:68:54,0:67:13:20,0:34,0:4:9:76:13:20,1:31,3:4:9 chr6 24825511 . A G 585.44 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337666;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6657;QD=58.5438;RBI=0.0361915;REFB=-0.188525;REVB=-0.0130247;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00595049;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr6 24828490 . C T 124.0 PASS AF=0.24359;AO=18;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.153648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4536;QD=6.3588;RBI=0.155766;REFB=-0.0157188;REVB=0.0255973;RO=51;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371775;STB=0.677875;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0398257;OID=.;OPOS=24828490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:59:18:19:0.24359:7:11:15:36:7:12:23:36 chr6 24869300 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.473;QD=59.0187;RBI=0.0153356;REFB=0;REVB=0.0152929;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65477e-05;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr6 25031372 . C T 550.04 PASS AF=0.705882;AO=48;DP=68;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0271206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.841;QD=32.3554;RBI=0.0271273;REFB=-0.00634492;REVB=-0.000601098;RO=20;SAF=27;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616438;STB=0.533319;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00320032;OID=.;OPOS=25031372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:20:20:48:48:0.705882:21:27:9:11:21:27:9:11 chr6 25084718 . A G 1472.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3026;QD=63.3336;RBI=0.0661859;REFB=0;REVB=0.0543354;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584567;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr6 25106745 . A G 937.51 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.432;QD=58.5945;RBI=0.0228939;REFB=0;REVB=0.020946;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21254e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr6 25106783 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.158;QD=57.6806;RBI=0.0402798;REFB=0;REVB=-0.0117304;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306728;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr6 25113931 . G A 592.34 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0956338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.786;QD=27.875;RBI=0.0990454;REFB=-0.0265948;REVB=-0.0257715;RO=32;SAF=15;SAR=38;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754287;STB=0.541123;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0135686;OID=.;OPOS=25113931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:38:15:12:20:38:15:12:20 chr6 25420344 . C G 739.1 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00346803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.424;QD=54.748;RBI=0.0217627;REFB=-0.0672675;REVB=-0.0214846;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-8.83853e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:1:0:28:25:1:0 chr6 25420350 . A C 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0204736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.784;QD=24.0852;RBI=0.0268105;REFB=-0.0151506;REVB=-0.0173099;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105191;STB=0.557883;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00688105;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:12:11:21:13:12:11 chr6 25435552 . G A 216.65 PASS AF=0.288462;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0177081;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.185;QD=8.33284;RBI=0.0210058;REFB=-0.0160538;REVB=-0.0112989;RO=74;SAF=16;SAR=14;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760415;STB=0.504502;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0353988;OID=.;OPOS=25435552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:74:74:30:30:0.288462:14:16:39:35:14:16:39:35 chr6 25511008 . C CAT 137.61 PASS AF=0.372093;AO=13;DP=46;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0240261;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=204.052;QD=12.8006;RBI=0.0292243;REFB=0.00735777;REVB=0.0166375;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1722;STB=0.568775;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=-0.0106288;OID=.;OPOS=25511009;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:13:46:16:43:27:10:6:14:13:99:28:8:5:13:15 chr6 25605091 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0261939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0137;QD=10.4289;RBI=0.0464305;REFB=0.013295;REVB=0.0383363;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256909;STB=0.654941;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0264331;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:15:15:10:4:15:15 chr6 25726675 . G A 258.54 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0163725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.931;QD=16.4153;RBI=0.0170488;REFB=-0.00903203;REVB=0.00475415;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904385;STB=0.550985;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0126296;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:16:18:18:11:16:18 chr6 25727265 . C T 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00134361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.151;QD=7.49963;RBI=0.0370677;REFB=-0.011816;REVB=-0.0370434;RO=51;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994391;STB=0.559878;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0326188;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:10:9:20:31:10:9:20:31 chr6 25727334 . C T 180.49 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0408544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3917;QD=9.25572;RBI=0.0663444;REFB=0.00129832;REVB=-0.0522733;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579927;STB=0.503422;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0031698;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:15:9:20:34:15:9:20:34 chr6 25727517 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00993265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.674;QD=7.46499;RBI=0.0111308;REFB=0.00289563;REVB=-0.00502371;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.650753;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0169747;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:6:11:3:4:6:11 chr6 25769349 . T C 541.4 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0231805;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4685;QD=55.5279;RBI=0.0273061;REFB=0.0211299;REVB=-0.014432;RO=2;SAF=11;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777959;STB=0.541644;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0131482;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:39:2:2:37:37:0.948718:26:11:2:0:26:11:2:0 chr6 25776949 . G A 853.53 PASS AF=0.606299;AO=77;DP=129;FAO=77;FDP=127;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0268007;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.4;QD=26.883;RBI=0.0335334;REFB=-0.0150956;REVB=0.0201547;RO=49;SAF=40;SAR=37;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137903;STB=0.578156;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0107981;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:49:50:77:77:0.606299:37:40:16:33:37:40:16:34 chr6 25813150 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0110553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1551;QD=12.4665;RBI=0.0172935;REFB=0.000353145;REVB=-0.0132984;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492397;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.000617988;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:18:15:9:11:18:15 chr6 25849620 . A G 109.62 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0473774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0479;QD=7.308;RBI=0.0735662;REFB=0.00257374;REVB=0.0562794;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269452;STB=0.666481;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00278634;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:44:16:16:0.266667:8:8:12:31:8:8:12:32 chr6 25914801 . G A 149.09 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000993156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8612;QD=9.61892;RBI=0.078021;REFB=-0.00459922;REVB=-0.0780146;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142498;STB=0.584331;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0130838;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:42:20:20:0.322581:12:8:21:19:12:8:22:20 chr6 25914901 . G A 190.61 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0162364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.086;QD=15.2491;RBI=0.0217489;REFB=0.00236289;REVB=-0.0144705;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559353;STB=0.532295;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00388489;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:12:18:13:7:12:18 chr6 25916979 . C T 75.47 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=70;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00137112;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.001;QD=4.43927;RBI=0.0389025;REFB=-0.00379182;REVB=-0.0388783;RO=53;SAF=1;SAR=11;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683116;STB=0.880383;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0506901;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:70:68:53:55:12:13:0.191176:11:1:36:17:11:2:37:18 chr6 26027394 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0747949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4606;QD=6.3952;RBI=0.0749557;REFB=0.00163235;REVB=0.00490729;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356403;STB=0.711415;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000155396;OID=.;OPOS=26027394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:3:6:10:18:3:6:11:18 chr6 26027433 . G A 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00474824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.679;QD=7.71519;RBI=0.00903532;REFB=0.00101741;REVB=-0.00768708;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398134;STB=0.753373;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00340419;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:9:17:3:7:9:18 chr6 26033506 . G A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00756292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.768;QD=14.8056;RBI=0.00918683;REFB=0.00169936;REVB=0.00521538;RO=56;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214412;STB=0.621557;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00238932;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:14:24:24:32:14:24:24:32 chr6 26044369 . A G 191.27 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0143035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.909;QD=9.68472;RBI=0.0229714;REFB=-0.0120123;REVB=-0.0179749;RO=54;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415085;STB=0.524371;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0251186;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:13:12:24:30:13:12:24:30 chr6 26045929 . T C 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0710168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5505;QD=12.6185;RBI=0.0721101;REFB=-0.000630985;REVB=-0.0125092;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687746;STB=0.539477;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00068127;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:15:23:13:11:15:23 chr6 26056549 . A G 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.01617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.532;QD=7.05538;RBI=0.0166211;REFB=0.00337012;REVB=0.00384575;RO=51;SAF=12;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14989;STB=0.591732;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0114613;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:6:12:28:23:6:12:28:23 chr6 26056603 . GG AG,AT 197.69 PASS AF=0.288889,0;AO=22,4;DP=90;FAO=26,0;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=17,0;FSAR=9,0;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00528146,-0.0118044;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=267.114,229.958;QD=8.7861;RBI=0.00674683,0.0123258;REFB=-0.0186491,-0.0109263;REVB=-0.00419833,-0.00354714;RO=64;SAF=13,4;SAR=9,0;SRF=33;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0933176,0.48546;STB=0.60169,0.5;STBP=0.233,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0487012,0;OID=.,.;OPOS=26056603,26056603;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:22,4:26,0:0.288889,0:9,0:13,4:33:31:9,0:17,0:33:31 chr6 26091179 . C G 177.86 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00777821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7207;QD=6.52685;RBI=0.018589;REFB=0.00163752;REVB=0.0168834;RO=82;SAF=13;SAR=14;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376577;STB=0.522819;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00579026;OID=.;OPOS=26091179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:82:82:27:27:0.247706:14:13:37:45:14:13:37:45 chr6 26104448 . A G 308.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0040436;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.511;QD=20.5361;RBI=0.0176491;REFB=0.00474303;REVB=0.0171797;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115952;STB=0.564276;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00238147;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:11:17:15:17:11:17 chr6 26107790 . G T 757.95 PASS AF=0.64486;AO=66;DP=105;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00639265;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.351;QD=28.3347;RBI=0.0107656;REFB=-0.0297082;REVB=0.00866213;RO=39;SAF=33;SAR=33;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114286;STB=0.548637;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0181519;OID=.;OPOS=26107790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:39:38:66:69:0.64486:33:33:26:13:33:36:25:13 chr6 26108282 . C G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00500778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4057;QD=23.0881;RBI=0.0186817;REFB=-0.00210233;REVB=0.017998;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114165;STB=0.563922;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00370212;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:9:9:8:14:9:9 chr6 26158520 . T C 514.11 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00776782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.573;QD=30.2419;RBI=0.020192;REFB=0.0016643;REVB=0.0186381;RO=22;SAF=26;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12025;STB=0.565189;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000656459;OID=.;OPOS=26158520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:22:46:46:0.676471:20:26:8:14:20:26:8:14 chr6 26184102 . G A 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.379;QD=63.8873;RBI=0.0965582;REFB=0;REVB=0.0888872;RO=0;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163621;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:33:64:0:0:33:64:0:0 chr6 26200083 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.962;QD=57.0005;RBI=0.0330183;REFB=0;REVB=0.000697165;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148488;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 26200677 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8357;QD=53.2771;RBI=0.0474224;REFB=0;REVB=0.0466604;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699106;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr6 26205293 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.314;QD=44.6898;RBI=0.0371341;REFB=0;REVB=0.0147501;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355197;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 26285560 . A G 1301.18 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.79;QD=61.9609;RBI=0.0322519;REFB=0;REVB=0.00580944;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31866e-05;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr6 26285683 . T C 467.51 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.15;QD=58.4387;RBI=0.0946251;REFB=0;REVB=0.0209771;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879318;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:23:32:1:15:8:0:0:15:17:0:0 chr6 26286744 . C T 714.71 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9858;QD=60.8263;RBI=0.0339579;REFB=0.00745641;REVB=-0.0294055;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000629815;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr6 26286838 . TTCT TT,TTC,TTCC,TTT,TTTC,TTTT 748.83 PASS AF=0,0,0.06,0.94,0,0;AO=9,5,4,10,5,3;DP=49;FAO=0,0,3,47,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3,13,0,0;FSAR=0,0,0,34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475545,0.0461766,0.0441327,0.0494603,0.0474067,0.0496539;FXX=0;HRUN=1,1,1,1,1,1;LEN=2,1,1,1,2,1;MLLD=215.484,211.306,205.063,219.521,215.347,215.929;QD=59.9061;RBI=0.0574615,0.054659,0.0511553,0.0584071,0.0552732,0.0579108;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.032255,0.029246,0.0258683,0.0310656,0.0284206,0.0298019;RO=0;SAF=0,0,4,3,0,1;SAR=9,5,0,7,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del,mnp,snp;VARB=0.012139,0,-0.0234353,0.000469922,0,-0.00730102;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286841,26286840,26286840,26286840;OREF=TC,T,T,C,CT,C;OALT=-,-,C,-,TC,T;OMAPALT=TT,TTC,TTCC,TTT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.06,0.94,0,0:9,5,4,10,5,3:49:0,0,3,47,0,0:50:0:0,0,3,13,0,0:0,0,0,34,0,0:0:0:15:0:0,0,4,3,0,1:9,5,0,7,5,2:0:0 chr6 26299900 . C G,T 2894.12 PASS AF=0.071066,0.923858;AO=14,178;DP=193;FAO=14,182;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=13,116;FSAR=1,66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873756,0.0100524;FXX=0.0198995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.266,53.1009;QD=58.7638;RBI=0.0188889,0.0916474;REFB=-0.0787605,-0.114722;REVB=-0.0167465,-0.0910945;RO=0;SAF=13,114;SAR=1,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.79352e-08;STB=0.518492,0.502146;STBP=0.655,0.513;TYPE=snp,snp;VARB=0.0582809,0.00305546;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:193:197:0:1:14,178:14,182:0.071066,0.923858:1,64:13,114:0:0:1,66:13,116:1:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0122701;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=404.935;QD=25.0397;RBI=0.0158807;REFB=-0.00280365;REVB=0.0100817;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.675196;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.00153125;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:26:46:26:46:20:10:16:16:4:99:20:10:16:16:4 chr6 26305796 . C T 437.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0753308;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4109;QD=54.7337;RBI=0.0755042;REFB=0.00785738;REVB=0.0051131;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00483733;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:32:0:1:31:31:0.96875:19:12:0:0:19:12:0:1 chr6 26305801 . C G 523.73 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000679476;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.272;QD=59.8547;RBI=0.0143504;REFB=0;REVB=0.0143343;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6767e-05;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr6 26327814 . T C 1537.47 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.728;QD=59.7075;RBI=0.00778296;REFB=0;REVB=0.00467883;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46972e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:53:48:0:0:55:48:0:0 chr6 26328365 . A G 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.903;QD=61.4665;RBI=0.0420895;REFB=0;REVB=-0.0354391;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37061e-06;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:50:71:0:0:50:71:0:0 chr6 26448976 . A G 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00162005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0701;QD=4.72368;RBI=0.00404217;REFB=0.00248805;REVB=-0.00370332;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177906;STB=0.617414;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0124687;OID=.;OPOS=26448976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:20:24:4:6:20:24 chr6 26466225 . A C 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5981;QD=64.2834;RBI=0.0336218;REFB=0;REVB=-0.0229682;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236551;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr6 26501897 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000882569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.968;QD=60.031;RBI=0.0090827;REFB=0;REVB=0.00903972;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25062e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr6 26505362 . G A 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.07895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.821;QD=59.0051;RBI=0.082322;REFB=0;REVB=-0.0233198;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125071;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr6 26505403 . C A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.935;QD=56.1896;RBI=0.0110535;REFB=0;REVB=0.00989501;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001011;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 26508729 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0190553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.529;QD=7.52632;RBI=0.0293025;REFB=-0.00405619;REVB=0.0222605;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261076;STB=0.666263;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.010056;OID=.;OPOS=26508729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:14:10:2:7:14:10 chr6 26509330 . C G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8527;QD=60.2036;RBI=0.00891338;REFB=0;REVB=0.00405421;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32303e-05;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr6 26521435 . C G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.305;QD=61.0492;RBI=0.0236292;REFB=0;REVB=0.023029;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00994e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:26:52:0:0:26:52:0:0 chr6 26521520 . T C 1553.28 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.111;QD=62.7589;RBI=0.0196548;REFB=-0.134367;REVB=0.0119734;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104228;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000769835;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:45:52:0:1:45:53:0:1 chr6 26537732 . G A 460.87 PASS AF=0.777778;AO=35;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00176605;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.287;QD=40.9661;RBI=0.0151424;REFB=-0.0283547;REVB=0.015039;RO=10;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111914;STB=0.560475;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00559748;OID=.;OPOS=26537732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:10:10:35:35:0.777778:20:15:7:3:20:15:7:3 chr6 26538268 . T C 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.041;QD=60.2181;RBI=0.0855323;REFB=0;REVB=0.0836759;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191152;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr6 26545632 . G A 603.97 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0476114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3565;QD=53.6861;RBI=0.0618974;REFB=-0.0739235;REVB=0.0395531;RO=4;SAF=13;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803563;STB=0.551699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00956254;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:4:3:41:42:0.933333:28:13:3:1:29:13:3:0 chr6 26546048 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.658;QD=62.022;RBI=0.0199702;REFB=0;REVB=-0.0155592;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72996e-06;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 26546808 . T C 526.87 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7964;QD=56.9589;RBI=0.0300185;REFB=-0.130985;REVB=0.0281746;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00273504;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:0:1:19:17:0:1 chr6 26553815 . C G 619.56 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7299;QD=59.0057;RBI=0.0159126;REFB=-0.0918958;REVB=0.00877426;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000172468;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:28:12:0:0:29:12:0:1 chr6 26555484 . A G 1120.26 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.395;QD=58.9611;RBI=0.0326191;REFB=-0.0878032;REVB=0.029518;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010633;STB=0.505616;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000405554;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:31:44:1:0:31:44:1:0 chr6 26556769 . G T 1904.06 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0386238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.074;QD=59.9705;RBI=0.0508518;REFB=-0.0868843;REVB=0.0330773;RO=1;SAF=71;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664556;STB=0.501091;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00099597;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:1:2:125:125:0.984252:54:71:1:0:54:71:1:1 chr6 26569180 . C A 347.12 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00731965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.702;QD=21.3614;RBI=0.0123457;REFB=0.0164967;REVB=-0.00994183;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120322;STB=0.563105;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0205211;OID=.;OPOS=26569180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:34:36:0.553846:19:15:17:12:20:16:17:12 chr6 26572160 . T C 767.89 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00506169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.325;QD=38.3942;RBI=0.0132618;REFB=0.00183445;REVB=-0.0122578;RO=14;SAF=14;SAR=48;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154223;STB=0.580414;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000912722;OID=.;OPOS=26572160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:14:18:62:62:0.775:48:14:8:6:48:14:9:9 chr6 26572165 . G T 1145.16 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.041017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.677;QD=57.9829;RBI=0.043469;REFB=0.00324508;REVB=-0.0143929;RO=1;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837783;STB=0.507203;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-8.32484e-05;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:56:21:0:1:56:21:1:1 chr6 26575798 . CT CC,C 2077.08 PASS AF=0.0340136,0.965986;AO=6,132;DP=147;FAO=5,142;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=2,75;FSAR=3,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975953,-0.132554;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.67617,23.0034;QD=56.5191;RBI=0.114891,0.187337;REFB=0,0;REVB=-0.0606216,-0.132381;RO=0;SAF=3,67;SAR=3,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.83182e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0201328,-0.00259703;OID=.,.;OPOS=26575799,26575799;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0340136,0.965986:6,132:147:5,142:147:0:2,75:3,67:0:0:5:0:3,67:3,65:0:0 chr6 26577326 . C A 2270.92 PASS AF=0.986486;AO=143;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00738214;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7978;QD=61.3763;RBI=0.056094;REFB=0.0424581;REVB=0.0556061;RO=3;SAF=80;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894792;STB=0.500749;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=4.14771e-05;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:3:2:143:146:0.986486:63:80:1:2:65:81:1:1 chr6 26577370 . C T 2962.49 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.804;QD=63.3687;RBI=0.0359856;REFB=0;REVB=0.0310855;RO=0;SAF=105;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90255e-05;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:187:0:0:184:187:1:79:105:0:0:81:106:0:0 chr6 26595168 . T C 2172.59 PASS AF=1;AO=113;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786478;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6095;QD=62.9736;RBI=0.0787248;REFB=0;REVB=0.00347934;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00828143;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:138:0:0:113:138:1:64:49:0:0:64:74:0:0 chr6 26597333 . A G 1213.03 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0188255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.376;QD=59.9025;RBI=0.0239648;REFB=-0.106909;REVB=0.0148294;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000252135;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:33:47:0:0:33:47:0:1 chr6 26598188 . A G 1297.79 PASS AF=0.988889;AO=69;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319733;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.4588;QD=57.6796;RBI=0.0598019;REFB=0.222734;REVB=0.0505369;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-9.69521e-06;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:1:1:69:89:0.988889:38:31:0:1:46:43:0:1 chr6 26687523 . G A 405.84 PASS AF=0.264574;AO=59;DP=223;FAO=59;FDP=223;FR=.;FRO=164;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=111;FSRR=53;FWDB=-0.0334751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3506;QD=7.2796;RBI=0.080624;REFB=-0.00029214;REVB=-0.0733461;RO=163;SAF=30;SAR=29;SRF=111;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217101;STB=0.624331;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-7.82865e-07;OID=.;OPOS=26687523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:163:164:59:59:0.264574:29:30:111:52:29:30:111:53 chr6 26745250 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.891;QD=39.2068;RBI=0.064673;REFB=0;REVB=0.0634261;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795301;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 26745257 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.979;QD=37.4884;RBI=0.00428461;REFB=0;REVB=0.00411048;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32183e-05;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 26745260 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.796;QD=37.4885;RBI=0.0403676;REFB=0;REVB=-0.0401596;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100374;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 26745262 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.842;QD=37.4881;RBI=0.0527208;REFB=0;REVB=0.0505744;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299264;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 26745286 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.945;QD=43.4856;RBI=0.0253244;REFB=0;REVB=-0.0156072;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76592e-05;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 26745312 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.904;QD=45.8068;RBI=0.0039797;REFB=0;REVB=-0.00343028;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32307e-05;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 26752650 . G A 34.85 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.397;QD=23.2342;RBI=0.0380176;REFB=-0.0912923;REVB=0.0380176;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519645;OID=.;OPOS=26752650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:5:0:0:0:5:0:0:1 chr6 26752665 . CT C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.951;QD=33.4285;RBI=0.0168384;REFB=0;REVB=-0.0168384;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000248758;OID=.;OPOS=26752666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:0:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr6 26752682 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.127;QD=33.4285;RBI=0.01631;REFB=0;REVB=0.01631;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300777;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 26752711 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.671;QD=33.4285;RBI=0.0141114;REFB=0;REVB=-0.0141114;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161468;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 26758631 . AT GC 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189398;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.019;QD=45.1041;RBI=0.023941;REFB=0.0265038;REVB=0.0146442;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=-0.00328588;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr6 26758634 . ATGC TCAA 215.03 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246635;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=4;MLLD=232.929;QD=50.5949;RBI=0.0257216;REFB=0;REVB=0.00730169;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00024109;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 27181610 . G A 282.95 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.999;QD=51.4451;RBI=0.051059;REFB=0;REVB=0.0284124;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31276e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr6 27181701 . T C 463.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6517;QD=56.2295;RBI=0.0437267;REFB=0;REVB=-0.0362998;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130149;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:18:14:1:0:18:15:0:0 chr6 27228786 . A G 1386.11 PASS AF=0.711656;AO=116;DP=163;FAO=116;FDP=163;FR=.;FRO=47;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00215306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.416;QD=34.015;RBI=0.00537383;REFB=0.00171769;REVB=0.00492365;RO=47;SAF=64;SAR=52;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591308;STB=0.531635;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000607507;OID=.;OPOS=27228786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:47:47:116:116:0.711656:52:64:31:16:52:64:31:16 chr6 27265830 . G A 82.96 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00845732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.937;QD=3.72868;RBI=0.0140329;REFB=-0.00162541;REVB=0.011198;RO=74;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126306;STB=0.583598;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00890208;OID=.;OPOS=27265830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:74:74:15:15:0.168539:9:6:37:37:9:6:37:37 chr6 27277402 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.747;QD=45.8068;RBI=0.031556;REFB=0;REVB=0.00139476;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205213;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr6 27279852 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.359;QD=59.0186;RBI=0.0239723;REFB=0;REVB=0.0207801;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37905e-05;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr6 27300755 . T A,TA 884.09 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=4,57;DP=83;FAO=3,78;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486237,0.0565666;FXX=0.0121936;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=50.6837,15.2324;QD=43.6589;RBI=0.0911896,0.215429;REFB=0,0;REVB=0.0910598,0.207869;RO=18;SAF=4,19;SAR=0,38;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.757217,0.057101;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0661816,0.00638525;OID=.,.;OPOS=27300755,27300756;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:83:81:18:0:4,57:3,78:0.037037,0.962963:0,38:4,19:4:14:0,52:3,26:0:0 chr6 27327349 . C G 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9464;QD=63.4754;RBI=0.00731548;REFB=0;REVB=-0.00321369;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63174e-05;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr6 27356867 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.13;QD=59.6792;RBI=0.00459866;REFB=0;REVB=0.00447356;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97092e-06;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr6 27515585 . C T 212.32 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0159846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.914;QD=27.3966;RBI=0.0188718;REFB=0.0197517;REVB=0.0100319;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020981;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00875482;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:6:14:8:3:6:14:8:3 chr6 27559590 . G C 192.13 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0119707;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4081;QD=13.483;RBI=0.0173076;REFB=-0.0194385;REVB=0.0125002;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531464;STB=0.530461;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0290996;OID=.;OPOS=27559590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:18:16:12:11:18:16 chr6 27559650 . A C 417.17 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0407271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7102;QD=25.2828;RBI=0.0411109;REFB=-0.00208307;REVB=-0.0056039;RO=26;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638256;STB=0.534937;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0017775;OID=.;OPOS=27559650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:22:18:14:12:22:18:14:12 chr6 27586122 . T C 216.27 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0230539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8035;QD=29.8304;RBI=0.0525382;REFB=0.0736057;REVB=-0.0472099;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393933;STB=0.521718;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0343989;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:8:12:6:3:8:12:6:3 chr6 27586181 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000898402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.525;QD=24.493;RBI=0.00359902;REFB=-0.0201125;REVB=0.00348509;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0153321;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:9:6:6:15:9:6 chr6 27618731 . G T 200.46 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00424735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.433;QD=9.66068;RBI=0.00921794;REFB=-0.0043215;REVB=0.0081811;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552005;STB=0.532443;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.010429;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:14:12:29:28:14:12:29:28 chr6 27636354 . A G 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00413942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0467;QD=9.62165;RBI=0.0513519;REFB=-0.00440056;REVB=-0.0511847;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138664;STB=0.591143;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00891411;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:7:12:20:19:7:12:20:20 chr6 27636378 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.021227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.864;QD=10.343;RBI=0.0228121;REFB=-0.00930617;REVB=-0.00835489;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13679;STB=0.555502;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0185875;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:41:21:21:0.33871:9:12:17:21:9:12:20:21 chr6 27648894 . C T 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0209583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.095;QD=3.8936;RBI=0.0215803;REFB=-0.00348059;REVB=-0.0051435;RO=53;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20735;STB=0.636636;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0207807;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:5:6:20:33:5:6:20:33 chr6 27648908 . C G 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00641178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.833;QD=4.39342;RBI=0.0150608;REFB=-0.00232277;REVB=0.0136278;RO=51;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233929;STB=0.657111;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00951317;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:51:52:12:12:0.1875:5:7:20:31:5:7:20:32 chr6 27650521 . C T 124.5 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00732737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8253;QD=7.66123;RBI=0.0899104;REFB=-0.00302621;REVB=-0.0896113;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793063;STB=0.547892;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0116099;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:24:23:10:8:24:23 chr6 27655994 . T G 255.48 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0222606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.702;QD=8.73435;RBI=0.0283519;REFB=-0.00444048;REVB=-0.0175584;RO=82;SAF=15;SAR=20;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566846;STB=0.533314;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0107062;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:82:35:35:0.299145:20:15:39:43:20:15:39:43 chr6 27688927 . G A 631.72 PASS AF=0.692308;AO=54;DP=78;FAO=54;FDP=78;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0657936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8837;QD=32.396;RBI=0.069665;REFB=-0.0289042;REVB=0.0229;RO=24;SAF=30;SAR=24;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891639;STB=0.548087;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00932351;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:24:54:54:0.692308:24:30:17:7:24:30:17:7 chr6 27688930 . C T 634.61 PASS AF=0.701299;AO=54;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0214811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.953;QD=32.967;RBI=0.0217458;REFB=-0.0198545;REVB=-0.00338261;RO=23;SAF=30;SAR=24;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793238;STB=0.542757;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0109589;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:23:54:54:0.701299:24:30:16:7:24:30:16:7 chr6 27694460 . A G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.020512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.62;QD=11.3325;RBI=0.0457405;REFB=0.016544;REVB=0.0408835;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178774;STB=0.510623;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00923604;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:15:12:6:8:15:12 chr6 27775674 . A G 466.16 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0419353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.548;QD=25.1977;RBI=0.0421912;REFB=-0.00378626;REVB=0.00463946;RO=30;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168521;STB=0.509221;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00281781;OID=.;OPOS=27775674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:23:21:15:15:23:21:15:15 chr6 27775697 . G C 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0386102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7168;QD=20.8894;RBI=0.0402735;REFB=-0.0258955;REVB=-0.0114544;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104649;STB=0.550629;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0198729;OID=.;OPOS=27775697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:20:12:13:13:20:12:13:14 chr6 27782528 . T C 53.6 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00813489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.844;QD=7.94057;RBI=0.00843753;REFB=-0.00482802;REVB=0.00223956;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.518472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0226011;OID=.;OPOS=27782528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:19:19:7:8:0.296296:3:4:9:10:4:4:9:10 chr6 27782535 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00154263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.084;QD=7.95465;RBI=0.00893749;REFB=-0.00202399;REVB=0.00880336;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296329;STB=0.518472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0126166;OID=.;OPOS=27782535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:9:10:4:4:9:10 chr6 27782538 . T A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000131958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.965;QD=8.30757;RBI=0.0311467;REFB=-0.00888517;REVB=-0.0311464;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0220472;OID=.;OPOS=27782538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:8:10:4:4:8:10 chr6 27792163 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00707517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.186;QD=15.8821;RBI=0.00745283;REFB=-0.00617211;REVB=-0.00234236;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00606753;OID=.;OPOS=27792163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr6 27792221 . C T 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0421997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7484;QD=16.422;RBI=0.0440316;REFB=0.00339952;REVB=-0.0125688;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00184281;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:5:6:5:6:5:6 chr6 27792228 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00883871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.647;QD=16.4269;RBI=0.010905;REFB=-0.0113685;REVB=-0.00638727;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00684313;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:5:6:5:6:5:6 chr6 27792232 . T C 90.49 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0144864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7515;QD=16.4521;RBI=0.0150579;REFB=-0.0366904;REVB=0.0041092;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00593125;OID=.;OPOS=27792232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr6 27799045 . C T 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00117661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.6;QD=38.3179;RBI=0.00163301;REFB=-0.0188476;REVB=0.00113239;RO=6;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170984;STB=0.593142;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00358807;OID=.;OPOS=27799045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:9:15:1:5:9:15:1:5 chr6 27833174 . A G 248.85 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0119149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9292;QD=33.18;RBI=0.0534672;REFB=-0.00488453;REVB=-0.0521227;RO=8;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193836;STB=0.606794;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000638597;OID=.;OPOS=27833174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:16:6:5:3:16:6:5:3 chr6 27839746 . T C 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0157485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.263;QD=24.269;RBI=0.0307936;REFB=-0.0282679;REVB=0.0264619;RO=22;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101214;STB=0.555523;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0106082;OID=.;OPOS=27839746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:18:15:7:15:18:15:7:15 chr6 27858421 . A G 216.27 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0116931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9919;QD=29.83;RBI=0.0335616;REFB=-0.030014;REVB=-0.0314588;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13157;STB=0.572368;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0097872;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:7:2:9:11:7:2 chr6 27879551 . C G 53.62 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00875039;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.316;QD=16.4971;RBI=0.058955;REFB=-0.00137076;REVB=0.058302;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00439098;OID=.;OPOS=27879551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:3:3:1:6:3:3 chr6 27925456 . T C 410.31 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0130045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.503;QD=40.0306;RBI=0.0150167;REFB=-0.00648427;REVB=-0.00750904;RO=9;SAF=12;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121806;STB=0.565996;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00118241;OID=.;OPOS=27925456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:9:9:32:32:0.780488:20:12:6:3:20:12:6:3 chr6 27925827 . A G 1198.47 PASS AF=0.79661;AO=93;DP=118;FAO=94;FDP=118;FR=.;FRO=24;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00311259;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.959;QD=40.6262;RBI=0.0175466;REFB=-0.000776095;REVB=0.0172684;RO=24;SAF=47;SAR=46;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460787;STB=0.525418;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00031018;OID=.;OPOS=27925827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:24:24:93:94:0.79661:46:47:15:9:47:47:15:9 chr6 28059020 . G A 678.47 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=95;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0140463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1391;QD=28.2694;RBI=0.0156109;REFB=0.00662642;REVB=0.00681186;RO=37;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164837;STB=0.585519;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00535408;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:37:37:58:59:0.614583:29:29:27:10:29:30:27:10 chr6 28059217 . G C 618.51 PASS AF=0.742857;AO=52;DP=70;FAO=52;FDP=70;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00717911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.04;QD=35.3435;RBI=0.0327897;REFB=-0.00759968;REVB=0.0319941;RO=18;SAF=21;SAR=31;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200479;STB=0.510791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00299985;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:18:18:52:52:0.742857:31:21:8:10:31:21:8:10 chr6 28104634 . G T 1139.85 PASS AF=0.673759;AO=94;DP=140;FAO=95;FDP=141;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0218422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.197;QD=32.336;RBI=0.0337749;REFB=-0.0336816;REVB=0.0257617;RO=46;SAF=36;SAR=58;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127391;STB=0.56964;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0163361;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:46:46:94:95:0.673759:58:36:27:19:59:36:27:19 chr6 28120898 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00182724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.78;QD=29.0928;RBI=0.0210962;REFB=-0.0141439;REVB=0.021017;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.55501;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00709366;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:11:13:5:7:11:13:5:8 chr6 28134582 . C T 302.62 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=37;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0224659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.036;QD=31.8543;RBI=0.0236264;REFB=-0.0239046;REVB=0.00731377;RO=12;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109915;STB=0.550981;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0250955;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:12:12:25:26:0.684211:15:10:7:5:15:11:7:5 chr6 28180818 . G C 352.42 PASS AF=0.307692;AO=45;DP=154;FAO=48;FDP=156;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.0387341;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8266;QD=9.03645;RBI=0.0781451;REFB=-0.00623654;REVB=0.0678699;RO=109;SAF=21;SAR=24;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431583;STB=0.516174;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0179082;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:109:108:45:48:0.307692:24:21:47:62:26:22:47:61 chr6 28180870 . A C 273.06 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=68;FWDB=0.0320871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.393;QD=7.85785;RBI=0.0709286;REFB=-0.0130925;REVB=-0.0632557;RO=98;SAF=14;SAR=24;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559137;STB=0.552828;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0335692;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:98:101:38:38:0.273381:24:14:32:66:23:15:33:68 chr6 28180904 . A G 326.82 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.0141719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.369;QD=11.1735;RBI=0.0165555;REFB=-0.00822472;REVB=-0.00855826;RO=76;SAF=14;SAR=27;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00080616;STB=0.500463;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0171688;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:76:41:41:0.350427:27:14:26:50:27:14:26:50 chr6 28213239 . T C 112.72 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00530183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.939;QD=9.39362;RBI=0.0317335;REFB=-0.00279834;REVB=0.0312875;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245088;STB=0.640815;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00987451;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:10:4:16:17:10:4:16:18 chr6 28219270 . G A 1556.06 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2785;QD=59.8485;RBI=0.029261;REFB=0;REVB=-0.0193078;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5214e-05;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:48:56:0:0 chr6 28219661 . G A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0619933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4206;QD=26.4129;RBI=0.0802346;REFB=0.055706;REVB=0.0509355;RO=17;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988402;STB=0.554414;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0335747;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:18:7:3:14:18:7:3:14 chr6 28227436 . A G 306.59 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0141046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.755;QD=13.0463;RBI=0.0297135;REFB=-0.00828413;REVB=-0.0261525;RO=58;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134103;STB=0.581772;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00957982;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:59:35:35:0.37234:15:20:26:32:15:20:26:33 chr6 28227633 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0160917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.665;QD=22.9153;RBI=0.13566;REFB=-0.0323459;REVB=0.134702;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187655;STB=0.608433;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00433383;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:2:2:2:7:2:2 chr6 28228342 . A G 76.41 PASS AF=0.218182;AO=11;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00871846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.289;QD=5.55736;RBI=0.0097654;REFB=-0.00871072;REVB=0.00439903;RO=43;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126819;STB=0.545379;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0314552;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:54:55:43:43:11:12:0.218182:5:6:19:24:6:6:19:24 chr6 28239873 . A G 92.55 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00882007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8347;QD=9.25546;RBI=0.0116728;REFB=-0.0201164;REVB=0.00764591;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030363;STB=0.518487;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0197913;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:10:18:8:4:10:18 chr6 28239915 . G A 386.99 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0279426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.428;QD=36.8564;RBI=0.0370793;REFB=0.0344081;REVB=0.0243739;RO=11;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970628;STB=0.552811;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00224126;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:20:11:6:5:20:11:6:5 chr6 28239932 . T TG 393.44 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.0717;QD=47.6891;RBI=0.0744912;REFB=0;REVB=-0.0224915;RO=5;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00330889;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:38:33:33:0:12:21:0:0:7:5:12:21:3:2 chr6 28264681 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000215098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.737;QD=9.335;RBI=0.0208934;REFB=-0.0142307;REVB=-0.0208923;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3491;STB=0.711021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0310483;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:19:12:9:4:19:12 chr6 28269407 . G A 97.09 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0188121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.424;QD=6.26393;RBI=0.0426542;REFB=-0.00490378;REVB=-0.0382817;RO=46;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436491;STB=0.720226;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0285486;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:61:62:46:47:14:15:0.241935:3:11:20:26:4:11:21:26 chr6 28269663 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.077;QD=58.7805;RBI=0.0538146;REFB=0;REVB=0.0472638;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346132;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 28270064 . T A 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0850282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.042;QD=33.4775;RBI=0.0859568;REFB=-0.0281594;REVB=0.0126008;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110741;STB=0.560455;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0082774;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:13:15:4:8:13:15:4:8 chr6 28294550 . T C 1250.19 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.089;QD=60.25;RBI=0.0294655;REFB=-0.132657;REVB=0.0034872;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.506848;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000212057;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:36:46:0:0:36:46:0:1 chr6 28297313 . T A 906.85 PASS AF=0.675214;AO=79;DP=117;FAO=79;FDP=117;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0250887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0239;QD=31.0033;RBI=0.0356039;REFB=-0.0215768;REVB=-0.0252625;RO=37;SAF=35;SAR=44;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984165;STB=0.501424;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0100841;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:37:38:79:79:0.675214:44:35:17:20:44:35:17:21 chr6 28327371 . G C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0242721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.933;QD=16.6251;RBI=0.0424305;REFB=-0.00698562;REVB=0.0348024;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0148791;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr6 28328791 . CAA CA,CAT 651.7 PASS AF=0.651685,0;AO=53,4;DP=90;FAO=58,0;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=29,0;FSAR=29,0;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0596876,0.00142525;FXX=0.0219756;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.2123,20.2039;QD=29.2901;RBI=0.0661239,0.075261;REFB=0.00935307,0.00447189;REVB=0.0284563,-0.0752475;RO=29;SAF=29,0;SAR=24,4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0196332,-0.616246;STB=0.505616,0.5;STBP=0.881,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00373182,0;OID=.,.;OPOS=28328792,28328793;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CA,CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651685,0:53,4:90:58,0:89:31:29,0:29,0:15:16:99:29:29,0:24,4:15:14 chr6 28331094 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0146369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.371;QD=26.6376;RBI=0.0175486;REFB=0.00946861;REVB=-0.00968059;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161363;STB=0.590785;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00371875;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:3:5:13:3:3:5 chr6 28331127 . AA GC 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0416488;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=236.291;QD=24.0275;RBI=0.0420604;REFB=-0.0130689;REVB=0.00586983;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241575;STB=0.63807;STBP=0.169;TYPE=mnp;VARB=0.00731224;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:3:5:12:2:3:5 chr6 28358320 . A G 668.72 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.01232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.467;QD=26.484;RBI=0.0157496;REFB=-0.0191653;REVB=-0.00981161;RO=38;SAF=40;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215522;STB=0.622125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0117744;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:39:62:62:0.613861:22:40:13:25:22:40:13:26 chr6 28358335 . G C 588.19 PASS AF=0.595506;AO=52;DP=88;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00426103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.48;QD=26.4357;RBI=0.00792658;REFB=-0.0287041;REVB=-0.00668389;RO=35;SAF=37;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28615;STB=0.653629;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0065607;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:35:36:52:53:0.595506:15:37:12:23:15:38:13:23 chr6 28359170 . A G 888.5 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216047;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.202;QD=58.2623;RBI=0.0221335;REFB=0;REVB=-0.00480948;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81224e-05;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 28359186 . C T 148.66 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0162102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8049;QD=9.59108;RBI=0.0596774;REFB=0.0121208;REVB=-0.0574336;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15346;STB=0.58165;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0360024;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:9:11:17:24:9:11:18:24 chr6 28483482 . A C 204.6 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00715281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.621;QD=8.61475;RBI=0.0117982;REFB=-0.00567925;REVB=-0.00938266;RO=68;SAF=13;SAR=14;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459203;STB=0.50273;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0130808;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:68:27:27:0.284211:14:13:33:35:14:13:33:35 chr6 28542424 . G A 700.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1485;QD=62.269;RBI=0.0603781;REFB=0;REVB=0.0277421;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157118;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:14:28:0:0:16:29:0:0 chr6 28542520 . C T 1087.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.252;QD=59.59;RBI=0.0294485;REFB=0;REVB=0.0286785;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154883;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:29:44:0:0 chr6 28543264 . C T 123.46 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.016305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.665;QD=17.6376;RBI=0.02341;REFB=-0.00774804;REVB=-0.016798;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00564843;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:10:14:12:14:0.5:5:7:4:6:6:8:4:10 chr6 28601934 . A T 458.45 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0416797;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0864;QD=52.3944;RBI=0.0434978;REFB=-0.19647;REVB=0.0124444;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.524985;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0057171;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:1:2:32:33:0.942857:14:18:1:0:14:19:2:0 chr6 28616066 . T A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.935;QD=62.6693;RBI=0.0439967;REFB=0;REVB=0.040762;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140282;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr6 28626098 . G A 590.77 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.743;QD=60.5919;RBI=0.0123874;REFB=0;REVB=-0.00954293;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85516e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr6 28641689 . A G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00187348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1792;QD=8.12761;RBI=0.0364729;REFB=-0.00703247;REVB=-0.0364247;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734822;STB=0.545372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0163591;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:15:14:6:5:15:14 chr6 28663716 . A G 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0696128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.406;QD=57.3893;RBI=0.0708804;REFB=-0.0926539;REVB=-0.0133451;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00074999;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr6 28663754 . T C 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.748;QD=63.5752;RBI=0.0288135;REFB=0;REVB=0.0216447;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63604e-05;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 28678357 . T C 757.7 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.251;QD=61.8532;RBI=0.0128587;REFB=-0.0961205;REVB=0.000569385;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389687;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:1:0:48:49:1:31:17:0:1:32:17:0:0 chr6 28687469 . G A 150.24 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0312282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6176;QD=15.8148;RBI=0.0823443;REFB=-0.0687246;REVB=0.076193;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174822;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0761211;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:21:14:17:0.447368:5:9:10:11:7:10:10:11 chr6 28687489 . A G 228.45 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00316357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.648;QD=21.7573;RBI=0.0080576;REFB=-0.0245847;REVB=-0.00741059;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262197;STB=0.523788;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0244944;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:18:20:21:22:0.52381:10:11:10:8:11:11:11:9 chr6 28687542 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.043;QD=61.3346;RBI=0.0393258;REFB=0;REVB=-0.0317127;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214632;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr6 28697086 . C T 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00545136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.014;QD=27.7403;RBI=0.0488708;REFB=-0.015224;REVB=-0.0485658;RO=19;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122746;STB=0.566704;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00643822;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:14:22:15:4:14:22:15:4 chr6 28703244 . T C 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.678;QD=60.7486;RBI=0.0363366;REFB=-0.0458653;REVB=0.0314579;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00105063;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:38:47:1:0:38:47:1:0 chr6 28703281 . T C 242.22 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00285298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.163;QD=10.418;RBI=0.00782855;REFB=-0.0081518;REVB=0.00729018;RO=61;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289886;STB=0.527958;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.016198;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:63:30:30:0.322581:16:14:30:31:16:14:32:31 chr6 28715516 . C G 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00281489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.925;QD=20.0828;RBI=0.0333274;REFB=-0.0239571;REVB=0.0332083;RO=36;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142501;STB=0.579095;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0222388;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:15:23:16:20:15:23:16:20 chr6 28715537 . T C 387.97 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00975071;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.383;QD=20.4195;RBI=0.0213599;REFB=-0.00991181;REVB=0.0190044;RO=37;SAF=26;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212559;STB=0.61812;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0148304;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:37:37:39:39:0.513158:13:26:16:21:13:26:16:21 chr6 28715564 . C G 424.8 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00330556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.553;QD=21.5089;RBI=0.0156214;REFB=-0.0137404;REVB=-0.0152677;RO=36;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119983;STB=0.57677;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00759385;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:37:41:42:0.531646:17:24:16:20:17:25:16:21 chr6 28715583 . C T 444.36 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00589169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2499;QD=23.0839;RBI=0.00653954;REFB=0.0108471;REVB=0.00283787;RO=34;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176228;STB=0.597006;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00872667;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:16:27:14:20:16:27:14:20 chr6 28715604 . G C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.621;QD=61.0482;RBI=0.0590874;REFB=0;REVB=0.0160122;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256263;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr6 28726163 . CG CC,C 151.63 PASS AF=0.111111,0.518519;AO=3,14;DP=27;FAO=3,14;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=3,7;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0632085,-0.0781007;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.9779,23.9279;QD=22.4638;RBI=0.0812632,0.0931958;REFB=-0.00239674,-0.045264;REVB=-0.0510724,-0.0508501;RO=10;SAF=3,7;SAR=0,7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.747687,0.222321;STB=0.997436,0.624832;STBP=0.01,0.163;TYPE=snp,del;VARB=0.0268906,0.0127753;OID=.,.;OPOS=28726164,28726164;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.518519:3,14:27:3,14:27:10:3,7:0,7:2:8:75:10:3,7:0,7:2:8 chr6 28732209 . G A 751.91 PASS AF=0.696629;AO=62;DP=89;FAO=62;FDP=89;FR=.;FRO=27;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00319123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.47;QD=33.7936;RBI=0.0121466;REFB=-0.00519555;REVB=0.0117199;RO=27;SAF=39;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107799;STB=0.558173;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00187614;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:27:27:62:62:0.696629:23:39:12:15:23:39:12:15 chr6 28758580 . TTTG T 653.64 PASS AF=0.949153;AO=53;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0142118;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=251.224;QD=44.3147;RBI=0.0144937;REFB=-0.0480681;REVB=-0.0028447;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.716;TYPE=del;VARB=0.00156453;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.949153:53:58:56:59:3:28:28:1:2:3:0:27:26:0:0 chr6 28770596 . A AC 619.84 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0984;QD=42.7478;RBI=0.18362;REFB=0;REVB=-0.0937993;RO=7;SAF=24;SAR=24;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00174955;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:58:58:58:0:32:26:0:0:12:7:24:24:7:0 chr6 28775664 . C T 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0182981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.736;QD=14.3909;RBI=0.0225664;REFB=-0.00434577;REVB=0.013207;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146005;STB=0.582663;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00634979;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:16:17:18:30:16:17:18:30 chr6 28779887 . C G 446.25 PASS AF=0.694915;AO=40;DP=58;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0144242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.809;QD=30.2542;RBI=0.0211366;REFB=-0.0267002;REVB=-0.0154499;RO=18;SAF=22;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320863;STB=0.505821;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0100818;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:18:18:40:41:0.694915:18:22:10:8:19:22:10:8 chr6 28779933 . G A 109.1 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0264932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.509;QD=5.97789;RBI=0.0265248;REFB=-0.0101468;REVB=0.00129328;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034839;STB=0.518617;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0274127;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:56:17:17:0.232877:9:8:23:29:9:8:25:31 chr6 28785085 . C T 733.85 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2516;QD=62.4553;RBI=0.0809435;REFB=0;REVB=0.00304509;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442671;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr6 28791134 . G A 417.3 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0125782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.181;QD=25.2907;RBI=0.0141489;REFB=-0.0230066;REVB=0.00647934;RO=25;SAF=22;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105328;STB=0.549975;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0162851;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:26:40:40:0.606061:18:22:10:15:18:22:11:15 chr6 28806218 . G A 390.61 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0488;QD=50.4007;RBI=0.0590921;REFB=0.00696512;REVB=0.0574463;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00237404;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:15:14:0:0:15:14:1:1 chr6 28831535 . A G 405.37 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0365654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4516;QD=25.3358;RBI=0.051774;REFB=-0.00598011;REVB=0.036654;RO=25;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117061;STB=0.56407;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00677156;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:17:22:10:15:17:22:10:15 chr6 28849157 . T C 203.87 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0222023;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4698;QD=7.7666;RBI=0.0797647;REFB=-0.00181077;REVB=-0.0766124;RO=75;SAF=11;SAR=18;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124546;STB=0.570032;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00148929;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:75:76:29:29:0.27619:18:11:36:39:18:11:36:40 chr6 28864100 . C T 437.73 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.058815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4937;QD=38.9089;RBI=0.0658163;REFB=0.0657957;REVB=0.0295394;RO=11;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225186;STB=0.512188;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.022392;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:20:14:4:7:20:14:4:7 chr6 28911802 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.705;QD=64.1519;RBI=0.061482;REFB=0;REVB=0.0530761;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108272;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 28912076 . C T 195.28 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0103192;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.583;QD=8.30975;RBI=0.0103248;REFB=-0.00497828;REVB=0.00034116;RO=68;SAF=15;SAR=11;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582042;STB=0.534799;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0123073;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:68:68:26:26:0.276596:11:15:36:32:11:15:36:32 chr6 28912345 . G C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00754857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0525;QD=18.6754;RBI=0.00906936;REFB=0.00751445;REVB=0.00502716;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112187;STB=0.562461;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0097026;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:20:12:16:16:20:12 chr6 28912437 . T C 484.92 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00553159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.9736;QD=26.5709;RBI=0.0076649;REFB=-0.00924815;REVB=-0.00530587;RO=27;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216586;STB=0.610795;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0031409;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:26:19:20:7:26:19:20:8 chr6 28945522 . C T 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00488161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.906;QD=7.34083;RBI=0.0145903;REFB=-0.00711951;REVB=-0.0137494;RO=73;SAF=7;SAR=18;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391466;STB=0.735982;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0291173;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:18:7:44:29:18:7:44:29 chr6 28963248 . T G 2774.84 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766648;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7651;QD=62.7083;RBI=0.0243536;REFB=0;REVB=0.0231154;RO=0;SAF=98;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100832;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:79:98:0:0:79:98:0:0 chr6 28964086 . G A 439.16 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0127819;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.074;QD=24.3976;RBI=0.0139064;REFB=-0.00471053;REVB=0.00547823;RO=30;SAF=24;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801757;STB=0.543979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00124236;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:30:42:42:0.583333:18:24:14:16:18:24:14:16 chr6 28964329 . CT CC,C 34.39 PASS AF=0.0181818,0.163636;AO=3,9;DP=57;FAO=1,9;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0457042,-0.0397763;FXX=0.0517152;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=26.8598,14.647;QD=2.50123;RBI=0.0524283,0.126562;REFB=-0.045988,-0.0690694;REVB=-0.0256877,-0.120149;RO=39;SAF=0,1;SAR=3,8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.463457,-0.429466;STB=0.986855,0.77035;STBP=0.492,0.127;TYPE=snp,del;VARB=0.15245,0.107214;OID=.,.;OPOS=28964330,28964330;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0181818,0.163636:3,9:57:1,9:55:45:0,1:1,8:15:30:29:39:0,1:3,8:15:24 chr6 29012067 . C T 258.3 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=145;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0124402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2846;QD=7.02857;RBI=0.0912813;REFB=0.00348204;REVB=-0.0904296;RO=107;SAF=12;SAR=25;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240206;STB=0.635599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0140324;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:107:110:37:37:0.251701:25:12:55:52:25:12:55:55 chr6 29012116 . G A 308.95 PASS AF=0.278481;AO=44;DP=158;FAO=44;FDP=158;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.0110903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.866;QD=7.82157;RBI=0.0301061;REFB=-0.00929789;REVB=-0.027989;RO=112;SAF=13;SAR=31;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165765;STB=0.599889;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0245058;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:112:114:44:44:0.278481:31:13:47:65:31:13:48:66 chr6 29068759 . C A 1185.28 PASS AF=0.753968;AO=95;DP=126;FAO=95;FDP=126;FR=.;FRO=31;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0396616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4318;QD=37.628;RBI=0.0604852;REFB=-0.00578049;REVB=-0.0456664;RO=30;SAF=53;SAR=42;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130507;STB=0.573482;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0011624;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:30:31:95:95:0.753968:42:53:8:22:42:53:8:23 chr6 29069337 . A T 1336.42 PASS AF=0.596154;AO=118;DP=202;FAO=124;FDP=208;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00268661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.272;QD=25.7004;RBI=0.0129893;REFB=-0.00932929;REVB=0.0127084;RO=83;SAF=54;SAR=64;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644644;STB=0.545504;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00678642;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:208:83:84:118:124:0.596154:64:54:45:38:70:54:46:38 chr6 29080004 . A G 1753.57 PASS AF=0.628099;AO=152;DP=242;FAO=152;FDP=242;FR=.;FRO=90;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0087944;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.021;QD=28.9847;RBI=0.0106017;REFB=-0.00748923;REVB=-0.00592074;RO=90;SAF=68;SAR=84;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570958;STB=0.503077;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00563891;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:90:90:152:152:0.628099:84:68:41:49:84:68:41:49 chr6 29080344 . G A 1528.03 PASS AF=0.666667;AO=132;DP=200;FAO=132;FDP=198;FR=.;FRO=66;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00817462;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6355;QD=30.8693;RBI=0.0139407;REFB=0.00124776;REVB=0.0112924;RO=67;SAF=77;SAR=55;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123029;STB=0.56355;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000549032;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:67:66:132:132:0.666667:55:77:26:41:55:77:26:40 chr6 29080349 . A G 1531.64 PASS AF=0.648241;AO=129;DP=199;FAO=129;FDP=199;FR=.;FRO=70;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.011371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.335;QD=30.7867;RBI=0.0195802;REFB=-0.01167;REVB=0.0159401;RO=70;SAF=73;SAR=56;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901405;STB=0.548521;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00636147;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:70:70:129:129:0.648241:56:73:30:40:56:73:30:40 chr6 29080450 . G A 1160.07 PASS AF=0.585635;AO=106;DP=181;FAO=106;FDP=181;FR=.;FRO=75;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0224646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.065;QD=25.6369;RBI=0.025836;REFB=-0.0229881;REVB=-0.012761;RO=75;SAF=52;SAR=54;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100044;STB=0.554222;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0175313;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:75:75:106:106:0.585635:54:52:27:48:54:52:27:48 chr6 29141743 . A G 3664.63 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.383;QD=62.9121;RBI=0.0613269;REFB=0;REVB=0.015021;RO=2;SAF=86;SAR=145;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162258;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:233:2:0:231:233:1:145:86:2:0:145:88:0:0 chr6 29141772 . A G 1840.74 PASS AF=0.658228;AO=155;DP=237;FAO=156;FDP=237;FR=.;FRO=81;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0192763;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.35;QD=31.0673;RBI=0.0193008;REFB=-0.0208077;REVB=-0.00097268;RO=81;SAF=68;SAR=87;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527317;STB=0.529389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0123323;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:81:81:155:156:0.658228:87:68:29:52:87:69:29:52 chr6 29275507 . T C 372.34 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0116379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.224;QD=25.6788;RBI=0.0506603;REFB=-0.0140863;REVB=0.0493054;RO=21;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831652;STB=0.528556;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00609573;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:22:35:36:0.62069:14:21:15:6:14:22:15:7 chr6 29323258 . AG A,AA 744.6 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=8,45;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106113,-0.0111107;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.667,248.439;QD=56.1959;RBI=0.0732009,0.0657861;REFB=0,0;REVB=0.0724277,0.0648411;RO=0;SAF=0,24;SAR=8,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0868191,-0.000700841;OID=.,.;OPOS=29323259,29323259;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0377358,0.962264:8,45:53:2,51:53:0:0,24:2,27:0:0:6:0:0,24:8,21:0:0 chr6 29342236 . A G 349.73 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0387381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.972;QD=11.7558;RBI=0.0407084;REFB=-0.0053773;REVB=-0.0125114;RO=76;SAF=12;SAR=31;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192682;STB=0.610984;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00699018;OID=.;OPOS=29342236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:43:43:0.361345:31:12:33:43:31:12:33:43 chr6 29364615 . G T 2062.23 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.065;QD=62.4918;RBI=0.0390564;REFB=0;REVB=0.0268308;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25456e-05;OID=.;OPOS=29364615;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:132:0:0:124:132:1:62:62:0:0:66:66:0:0 chr6 29364643 . T C 1578.79 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9061;QD=63.1517;RBI=0.127191;REFB=0;REVB=0.126854;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759424;OID=.;OPOS=29364643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:1:0:94:100:1:43:51:0:1:48:52:0:0 chr6 29364787 . C T 1933.49 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6031;QD=61.8718;RBI=0.0803189;REFB=0;REVB=0.0130641;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445288;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr6 29364815 . C G 2029.67 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219847;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.915;QD=62.4513;RBI=0.0249634;REFB=0;REVB=-0.0118256;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89305e-06;OID=.;OPOS=29364815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:73:56:0:0:72:58:0:0 chr6 29364835 . T G 2021.38 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.617;QD=61.7216;RBI=0.0757731;REFB=0;REVB=0.0114137;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52686e-05;OID=.;OPOS=29364835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:68:62:0:0:69:62:0:0 chr6 29364838 . C G 376.14 PASS AF=0.348485;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=132;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0210554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5984;QD=11.3982;RBI=0.0221137;REFB=0.00815565;REVB=-0.00675898;RO=86;SAF=22;SAR=24;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114897;STB=0.506593;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.018796;OID=.;OPOS=29364838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:86:86:46:46:0.348485:24:22:42:44:24:22:42:44 chr6 29364951 . G A 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.273;QD=62.1768;RBI=0.00280928;REFB=0;REVB=0.00203418;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50982e-07;OID=.;OPOS=29364951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:67:61:0:0:67:61:0:0 chr6 29365241 . T C 1539.04 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.167;QD=58.6303;RBI=0.0134567;REFB=0.00944523;REVB=-0.00618736;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114328;STB=0.506023;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=3.41286e-06;OID=.;OPOS=29365241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:41:63:0:1:41:63:0:1 chr6 29365423 . A T 1133.38 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.603;QD=60.4468;RBI=0.023282;REFB=0;REVB=0.0147379;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2305e-05;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:42:33:0:0 chr6 29385237 . T C 1593.56 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4949;QD=57.9475;RBI=0.0145206;REFB=-0.00182039;REVB=0.00661324;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.508619;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000142058;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:0:2:108:108:0.981818:51:57:0:0:51:57:2:0 chr6 29394926 . C T 385.32 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0160367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.678;QD=26.1232;RBI=0.016694;REFB=-0.0186148;REVB=-0.00463851;RO=22;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543291;STB=0.529734;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0116038;OID=.;OPOS=29394926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:23:14:10:12:23:14:10:12 chr6 29407970 . T C 600.39 PASS AF=0.540541;AO=59;DP=110;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0118063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4791;QD=21.6356;RBI=0.0166788;REFB=-0.0394003;REVB=-0.011781;RO=51;SAF=38;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118713;STB=0.567878;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0436217;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:51:51:59:60:0.540541:21:38:26:25:21:39:26:25 chr6 29408313 . C A 648.13 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00180831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.573;QD=30.1455;RBI=0.0162678;REFB=-0.0222093;REVB=0.016167;RO=30;SAF=39;SAR=17;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548001;STB=0.529638;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0107976;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:17:39:23:7:17:39:23:7 chr6 29408528 . A G 715.61 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=96;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0125559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=29.8172;RBI=0.0128468;REFB=-0.032677;REVB=0.002718;RO=33;SAF=35;SAR=26;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187006;STB=0.511478;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0203143;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:35:61:61:0.635417:26:35:18:15:26:35:19:16 chr6 29431698 . A G 659.62 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.096778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4255;QD=35.1796;RBI=0.0994821;REFB=-0.0330907;REVB=0.0230371;RO=20;SAF=36;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107822;STB=0.558118;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0146769;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:20:20:55:55:0.733333:19:36:9:11:19:36:9:11 chr6 29523676 . C G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1424;QD=62.9793;RBI=0.0659338;REFB=0;REVB=-0.0443561;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28776e-05;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr6 29555809 . C T 2179.25 PASS AF=0.972414;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0681789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6627;QD=60.1172;RBI=0.0874531;REFB=-0.0276722;REVB=0.0547693;RO=3;SAF=90;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155837;STB=0.503342;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00396406;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:3:4:141:141:0.972414:51:90:3:0:51:90:3:1 chr6 29555864 . C T 2368.82 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.582;QD=64.0222;RBI=0.0274529;REFB=0;REVB=0.0188603;RO=0;SAF=96;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16747e-05;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:52:96:0:0:52:96:0:0 chr6 29570841 . A G 204.89 PASS AF=0.356164;AO=24;DP=71;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.017143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.758;QD=11.2271;RBI=0.0186184;REFB=-0.018962;REVB=-0.00726384;RO=47;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125543;STB=0.555229;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0288366;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:47:47:24:26:0.356164:18:6:16:31:19:7:16:31 chr6 29576393 . A G 105.57 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0711352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.64;QD=7.54077;RBI=0.071137;REFB=-0.0158015;REVB=0.000505185;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259718;STB=0.666444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0457495;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:40:41:14:15:0.267857:9:5:23:17:10:5:23:18 chr6 29581041 . A G 385.45 PASS AF=0.302326;AO=53;DP=172;FAO=52;FDP=172;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.0122748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2339;QD=8.96401;RBI=0.0722505;REFB=-0.00267718;REVB=-0.0712002;RO=119;SAF=26;SAR=27;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262185;STB=0.525024;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0060237;OID=.;OPOS=29581041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:119:120:53:52:0.302326:27:26:61:58:27:25:62:58 chr6 29581110 . A G 433.19 PASS AF=0.3;AO=57;DP=190;FAO=57;FDP=190;FR=.;FRO=133;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=0.0077155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.65;QD=9.11974;RBI=0.0333317;REFB=-0.00274221;REVB=-0.0324265;RO=132;SAF=30;SAR=27;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149118;STB=0.588852;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00709167;OID=.;OPOS=29581110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:132:133:57:57:0.3:27:30:53:79:27:30:53:80 chr6 29581113 . A G 431.28 PASS AF=0.295337;AO=57;DP=193;FAO=57;FDP=193;FR=.;FRO=136;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=-0.00279126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.857;QD=8.93835;RBI=0.00467484;REFB=-0.00194214;REVB=-0.00375007;RO=135;SAF=30;SAR=27;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151636;STB=0.585337;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00477958;OID=.;OPOS=29581113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:135:136:57:57:0.295337:27:30:54:81:27:30:55:81 chr6 29625001 . A G 563.92 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00719267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0843;QD=57.8374;RBI=0.00719561;REFB=-0.133241;REVB=0.000205546;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00436322;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr6 29634003 . G C 392.6 PASS AF=0.692308;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0185147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.947;QD=30.1997;RBI=0.0219552;REFB=-0.0413286;REVB=0.0117998;RO=16;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954179;STB=0.545429;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0177855;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:35:36:0.692308:14:21:7:9:15:21:7:9 chr6 29634012 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.1;QD=57.1773;RBI=0.0236794;REFB=0;REVB=0.0198637;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0356e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr6 29691303 . G A 77.21 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0143255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.123;QD=6.05553;RBI=0.0174416;REFB=-0.00440973;REVB=0.00994936;RO=39;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382549;STB=0.743312;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0276194;OID=.;OPOS=29691303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:39:40:11:11:0.215686:2:9:21:18:2:9:22:18 chr6 29691857 . C G 229.24 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.014821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.711;QD=29.5792;RBI=0.0163703;REFB=-0.0267127;REVB=0.00695163;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115971;STB=0.5637;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0101661;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:8:13:8:2:8:13:8:2 chr6 29693011 . C T 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1259;QD=61.3087;RBI=0.0715437;REFB=0;REVB=0.060033;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034163;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr6 29694680 . AA CT 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0068166;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=202.061;QD=5.60025;RBI=0.0068227;REFB=-0.00164137;REVB=-0.000288617;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322986;STB=0.520796;STBP=0.882;TYPE=mnp;VARB=0.0050347;OID=.;OPOS=29694680;OREF=AA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:5:6:24:18:5:6:24:18 chr6 29695808 . A G 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0177143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.504;QD=9.81302;RBI=0.0187591;REFB=-0.0151562;REVB=0.00617319;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277419;STB=0.649334;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0270053;OID=.;OPOS=29695808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:56:26:26:0.317073:10:16:20:34:10:16:22:34 chr6 29695854 . G A 581.31 PASS AF=0.619048;AO=53;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.06964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3944;QD=27.6814;RBI=0.0710975;REFB=0.0177495;REVB=0.0143218;RO=30;SAF=17;SAR=36;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129594;STB=0.580613;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00988208;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:32:53:52:0.619048:36:17:15:15:36:16:16:16 chr6 29718220 . G A 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0430796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3361;QD=29.1428;RBI=0.0478091;REFB=-0.0124673;REVB=-0.0207331;RO=17;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786118;STB=0.542833;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0156061;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:16:19:7:10:16:19:7:10 chr6 29760029 . G C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00732978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.47;QD=6.57337;RBI=0.0188295;REFB=-0.0212069;REVB=-0.0173443;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291501;OID=.;OPOS=29760029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:5:6:0.272727:3:2:8:8:3:3:8:8 chr6 29794860 . C T 197.1 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.000610638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=7.80611;RBI=0.0291019;REFB=-0.00633556;REVB=-0.0290955;RO=74;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081282;STB=0.548808;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0135155;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:74:27:27:0.267327:16:11:35:39:16:11:35:39 chr6 29795636 . G A 151.53 PASS AF=0.28;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00450635;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2545;QD=8.08137;RBI=0.020894;REFB=0.00208596;REVB=0.0204023;RO=52;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206291;STB=0.629217;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00667739;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:52:54:21:21:0.28:16:5:20:32:16:5:21:33 chr6 29795657 . G A 135.33 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0149434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4341;QD=8.32824;RBI=0.0169806;REFB=-0.00612606;REVB=-0.00806447;RO=46;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602939;STB=0.536251;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0335882;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:14:5:14:32:14:5:14:32 chr6 29795993 . G A 182.14 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00994769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.5;QD=16.9429;RBI=0.0184387;REFB=-0.0308035;REVB=-0.0155251;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211944;STB=0.629411;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0270347;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:9:10:7:16:9:10:7:17 chr6 29796369 . A T 154.98 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0111595;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1654;QD=9.1165;RBI=0.0468765;REFB=0.000318061;REVB=-0.0455288;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649087;STB=0.538425;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00164632;OID=.;OPOS=29796369;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:47:21:21:0.308824:11:10:25:22:11:10:25:22 chr6 29797696 . A G 282.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00508236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6148;QD=12.5438;RBI=0.114161;REFB=-0.0279431;REVB=-0.114048;RO=54;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768306;STB=0.540516;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0434965;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:54:57:33:33:0.366667:20:13:25:29:20:13:26:31 chr6 29798140 . A G 172.75 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00906422;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.812;QD=9.2132;RBI=0.022958;REFB=-0.00236225;REVB=-0.0210929;RO=48;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132935;STB=0.595583;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00595244;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:48:52:23:23:0.306667:8:15:26:22:8:15:27:25 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 924.78 PASS AF=0.686567,0.208955,0.104478;AO=45,13,3;DP=65;FAO=46,14,7;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=6,6,5;FSAR=40,8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183134,0.044247,-0.0823117;FXX=0.042851;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=270.643,78.8845,160.781;QD=55.2108;RBI=0.0194808,0.0446097,0.0838182;REFB=0,0,0;REVB=-0.00664227,-0.00567665,-0.01582;RO=0;SAF=5,7,2;SAR=40,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00174477,0.0330314,0.00329422;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.686567,0.208955,0.104478:45,13,3:65:46,14,7:67:0:6,6,5:40,8,2:0:0:92:0:5,7,2:40,6,1:0:0 chr6 29855849 . A C 234.33 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0286259;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6456;QD=31.2435;RBI=0.0887494;REFB=-0.0121075;REVB=-0.084006;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129629;STB=0.57136;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00323654;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:9:9:21:21:0.7:9:12:3:6:9:12:3:6 chr6 29855856 . T C 200.91 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.244363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8147;QD=25.9236;RBI=0.284073;REFB=-0.209952;REVB=0.144859;RO=8;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106145;STB=0.549253;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.29531;OID=.;OPOS=29855856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:30:31:8:8:22:23:0.741935:9:13:3:5:10:13:3:5 chr6 29855858 . C A 246.85 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0120386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.993;QD=31.8514;RBI=0.021839;REFB=-0.0338651;REVB=-0.0182212;RO=9;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136763;STB=0.575152;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0141164;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:9:13:3:6:9:13:3:6 chr6 29855860 . A AG 119.68 PASS AF=0.741935;AO=4;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0520754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.1563;QD=15.4423;RBI=0.0576388;REFB=-0.0414921;REVB=0.0247059;RO=27;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305563;STB=0.549253;STBP=0.374;TYPE=ins;VARB=0.089267;OID=.;OPOS=29855861;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:4:31:23:31:8:13:10:3:5:11:27:3:1:13:14 chr6 29855862 . AGA ATG,GAT 235.22 PASS AF=0.0645161,0.612903;AO=2,18;DP=31;FAO=2,19;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1,11;FSAR=1,8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00848072,0.010547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=147.794,177.988;QD=30.3505;RBI=0.012261,0.0141322;REFB=-0.031852,-0.0342312;REVB=0.00885488,-0.00940628;RO=9;SAF=1,10;SAR=1,8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174857,0.132849;STB=0.635105,0.578864;STBP=0.738,0.252;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.049283,0.00704749;OID=.,.;OPOS=29855863,29855862;OREF=GA,AGA;OALT=TG,GAT;OMAPALT=ATG,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:31:31:9:9:2,18:2,19:0.0645161,0.612903:1,8:1,10:3:6:1,8:1,11:3:6 chr6 29855901 . A G 257.89 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000227842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.425;QD=30.3403;RBI=0.00993525;REFB=-0.00801003;REVB=0.00993263;RO=11;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14572;STB=0.58024;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00131794;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:34:11:11:23:23:0.676471:9:14:4:7:9:14:4:7 chr6 29855902 . G A 83.09 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00122283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.557;QD=9.49578;RBI=0.0402358;REFB=0.0391439;REVB=0.0402172;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246225;STB=0.649215;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00505918;OID=.;OPOS=29855902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:14:10:7:4:14:10 chr6 29856330 . G A 397.25 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0125549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.891;QD=27.3963;RBI=0.0677617;REFB=-0.0301162;REVB=0.0665884;RO=19;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18785;STB=0.586442;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0186162;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:20:37:38:0.655172:21:16:14:5:21:17:14:6 chr6 29856347 . C T 418.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00648838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.06;QD=28.3618;RBI=0.0130637;REFB=-0.0168283;REVB=0.0113385;RO=20;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179831;STB=0.59787;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0109877;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:23:16:14:6:23:16:14:6 chr6 29856427 . G A 503.99 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0305374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3869;QD=27.9995;RBI=0.0323647;REFB=-0.0312735;REVB=0.0107211;RO=26;SAF=12;SAR=34;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1005;STB=0.554871;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0264291;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:34:12:10:16:34:12:10:16 chr6 29856439 . T G 196.02 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.020832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.981;QD=10.7408;RBI=0.0245717;REFB=-0.0175908;REVB=-0.0130306;RO=47;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170364;STB=0.576413;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0356248;OID=.;OPOS=29856439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:48:24:25:0.342466:14:10:13:34:15:10:14:34 chr6 29856445 . C T 201.07 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0191593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.066;QD=11.8277;RBI=0.0697034;REFB=-0.0150874;REVB=-0.0670186;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186851;STB=0.565987;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0175889;OID=.;OPOS=29856445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:43:25:25:0.367647:15:10:13:21:15:10:13:30 chr6 29856546 . G T 262.07 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0165075;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.206;QD=17.1852;RBI=0.0275049;REFB=-0.00106894;REVB=0.0220005;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743881;STB=0.541732;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00109791;OID=.;OPOS=29856546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:18:14:15:14:18:14 chr6 29856550 . C G 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0510478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.369;QD=18.6749;RBI=0.0530787;REFB=-0.0207996;REVB=-0.0145418;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564203;STB=0.531476;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0153911;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:16:16:14:18:16:16 chr6 29856633 . T C 405.13 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00539663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1025;QD=19.7626;RBI=0.00571286;REFB=0.00403069;REVB=-0.00187434;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660865;STB=0.536655;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00390935;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:20:21:24:17:20:21:24:17 chr6 29856686 . C G 420.41 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0102835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.12;QD=17.8897;RBI=0.0170614;REFB=-0.0201201;REVB=-0.013614;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937765;STB=0.552333;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0374417;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:21:22:31:20:21:22:31:20 chr6 29856693 . C T 462.97 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.000275686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.561;QD=20.5766;RBI=0.00663759;REFB=-0.0090073;REVB=-0.00663187;RO=44;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724554;STB=0.54517;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0109098;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:44:45:46:0.511111:21:24:27:17:22:24:27:17 chr6 29856718 . G C 491.87 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00234526;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2195;QD=22.1064;RBI=0.023096;REFB=-0.00615986;REVB=0.0229767;RO=41;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426253;STB=0.528723;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00478071;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:42:47:47:0.52809:23:24:23:18:23:24:24:18 chr6 29910324 . G C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00521773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.128;QD=8.28249;RBI=0.00557292;REFB=-0.00269509;REVB=0.00195771;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360085;STB=0.5078;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00722259;OID=.;OPOS=29910324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:7:5:12:19:7:5:13:19 chr6 29910358 . C G 318.38 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0193661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4964;QD=32.6543;RBI=0.0529629;REFB=-0.0314604;REVB=0.0492953;RO=11;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932894;STB=0.561359;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0191317;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:11:12:27:27:0.692308:15:12:3:8:15:12:3:9 chr6 29910378 . C T 291.53 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00991557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.097;QD=33.3172;RBI=0.00999816;REFB=-0.00200333;REVB=-0.00128247;RO=9;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.518782;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000637894;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:9:10:25:25:0.714286:16:9:3:6:16:9:3:7 chr6 29910604 . C A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.052602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.593;QD=9.20001;RBI=0.0541747;REFB=-0.0112907;REVB=-0.0129589;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0146807;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:7:6:3:4:7:6 chr6 29910700 . G T 148.95 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0561062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.056;QD=18.6185;RBI=0.0564071;REFB=-0.0224731;REVB=-0.00581852;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248496;STB=0.642666;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0262529;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:8:8:12:4:8:8 chr6 29910716 . CA GG 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0308836;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.499;QD=17.9561;RBI=0.0313488;REFB=-0.0166529;REVB=0.00538043;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228247;STB=0.631402;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.021431;OID=.;OPOS=29910716;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:8:9:12:4:8:9 chr6 29910730 . T A 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00441829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.792;QD=16.1713;RBI=0.0106631;REFB=0.00256986;REVB=-0.00970465;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00113749;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:8:12:12:4:8:12 chr6 29910742 . G C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00615156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4243;QD=16.1707;RBI=0.0701528;REFB=-0.00426339;REVB=0.0698826;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0118311;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:8:12:12:4:8:12 chr6 29910752 . G C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0174078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.208;QD=17.3211;RBI=0.0174082;REFB=-0.00312537;REVB=-0.00011677;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.589167;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0045763;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:7:11:12:4:7:11 chr6 29910801 . C A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.052704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4479;QD=22.5805;RBI=0.0679402;REFB=-0.0329853;REVB=0.0428739;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353093;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0284198;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:2:5:8:4:2:5 chr6 29911056 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0192604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.446;QD=12.1823;RBI=0.0476856;REFB=-0.0110249;REVB=-0.0436228;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.023909;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:8:7:6:4:8:7 chr6 29911063 . TA GG 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0406488;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.328;QD=11.6341;RBI=0.0709825;REFB=0.019381;REVB=-0.058191;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=mnp;VARB=-0.0338562;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:7:9:6:4:7:9 chr6 29911086 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0379817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9437;QD=20.1579;RBI=0.0384544;REFB=-0.00842348;REVB=-0.00601054;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0144754;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:5:9:9:7:5:9 chr6 29911092 . G T 87.59 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0303816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3281;QD=13.475;RBI=0.0473815;REFB=-0.0432381;REVB=0.0363589;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0362121;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:15:15:10:11:0.423077:7:3:7:8:8:3:7:8 chr6 29911114 . GG AC 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0409559;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.419;QD=15.3789;RBI=0.040976;REFB=-0.00964429;REVB=0.00128395;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=mnp;VARB=0.0137315;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr6 29911119 . G T 112.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0105216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.024;QD=16.619;RBI=0.018308;REFB=0.0175248;REVB=0.0149826;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0080695;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr6 29911154 . C A 105.75 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.118455;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9685;QD=19.2269;RBI=0.136338;REFB=0.0034262;REVB=0.0675009;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0060766;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:11:10:11:12:0.545455:8:3:6:5:9:3:5:5 chr6 29911190 . G A 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00851299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.16;QD=46.9587;RBI=0.010761;REFB=-0.0266438;REVB=-0.00658247;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000973865;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr6 29911198 . T C 154.93 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0234381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.874;QD=22.952;RBI=0.0582589;REFB=-0.00378571;REVB=-0.0533362;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323044;STB=0.683952;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0038061;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:6:5:13:3:6:5 chr6 29911207 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00980004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2268;QD=26.3061;RBI=0.0822043;REFB=-0.0196262;REVB=0.081618;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.636227;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0165286;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:15:6:8:5:15:6:8:5 chr6 29911228 . A C,T 404.69 PASS AF=0.184211,0.657895;AO=7,25;DP=38;FAO=7,25;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=4,8;FSAR=3,17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00182141,0.0136098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.95,59.394;QD=42.5992;RBI=0.0029318,0.0318661;REFB=-0.0057494,-0.031608;REVB=0.00229737,0.0288135;RO=6;SAF=4,8;SAR=3,17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.183473,-0.00543968;STB=0.60839,0.502956;STBP=0.483,0.959;TYPE=snp,snp;VARB=0.0403456,-0.00606175;OID=.,.;OPOS=29911228,29911228;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:38:38:6:6:7,25:7,25:0.184211,0.657895:3,17:4,8:2:4:3,17:4,8:2:4 chr6 29911239 . TT CA 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.012359;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.728;QD=11.0866;RBI=0.0215797;REFB=0.014006;REVB=0.0176901;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111091;STB=0.545783;STBP=0.725;TYPE=mnp;VARB=-0.0286585;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:7:17:8:5:8:17 chr6 29911256 . T G 539.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.043;QD=59.9052;RBI=0.0461638;REFB=0;REVB=0.0328366;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130531;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chr6 29911296 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0118024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.647;QD=8.62782;RBI=0.0505715;REFB=-0.00106873;REVB=0.049175;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426234;STB=0.765433;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00294362;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:14:13:9:2:14:13 chr6 29911306 . C T 81.93 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0138282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.891;QD=8.62376;RBI=0.022051;REFB=-0.00466771;REVB=-0.0171764;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474018;STB=0.801414;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0342755;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:9:2:15:11:9:2:16:11 chr6 29911319 . G T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0221043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.16;QD=8.74354;RBI=0.065057;REFB=-0.0103893;REVB=0.0611867;RO=30;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518965;STB=0.819123;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0504398;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:10:2:18:12:10:2:18:12 chr6 29912108 . G C 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0100343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.657;QD=25.7104;RBI=0.0142014;REFB=-0.0165695;REVB=0.0100495;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166735;STB=0.564417;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00730707;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:6:7:1:4:6:7:2:4 chr6 29912147 . C T 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00447225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.768;QD=29.8325;RBI=0.021296;REFB=-0.0238257;REVB=0.0208211;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150775;STB=0.583249;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00835322;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:8:12:3:6:8:12:3:6 chr6 29912280 . T C 197.89 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0257434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4872;QD=15.5206;RBI=0.0259781;REFB=-0.00887636;REVB=-0.00348361;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348503;STB=0.697425;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00816341;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:8:21:8:14:8:21 chr6 29912333 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0123479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7742;QD=10.2703;RBI=0.0469702;REFB=0.0170927;REVB=-0.0453181;RO=35;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57651;STB=0.840249;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0486881;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:3:13:10:25:3:13:10:25 chr6 29912368 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0287913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.675;QD=8.8455;RBI=0.0549993;REFB=-0.00813061;REVB=-0.0468613;RO=38;SAF=13;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406985;STB=0.748352;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0151918;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:3:13:19:19:3:13:19:19 chr6 29912398 . A G 86.74 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00459851;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.904;QD=6.19595;RBI=0.00820486;REFB=-0.00358157;REVB=-0.00679511;RO=44;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466698;STB=0.792606;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0118289;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:57:56:44:43:13:13:0.232143:2:11:22:22:2:11:22:21 chr6 29912410 . G A 368.8 PASS AF=0.693878;AO=28;DP=47;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0828288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5791;QD=30.1062;RBI=0.201307;REFB=-0.0322544;REVB=0.183478;RO=19;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204378;STB=0.613341;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0255393;OID=.;OPOS=29912410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:19:15:28:34:0.693878:8:20:14:5:14:20:14:1 chr6 29912413 . TG T 45.11 PASS AF=0.26087;AO=9;DP=42;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.136612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8163;QD=3.92232;RBI=0.138024;REFB=-0.00429281;REVB=-0.0196946;RO=28;SAF=9;SAR=0;SRF=21;SRR=7;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=0.692051;STB=0.638037;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=-0.00600032;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:9:42:12:46:34:10:2:24:10:45:28:9:0:21:7 chr6 29912830 . T C 801.78 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.775;QD=57.2698;RBI=0.0381311;REFB=0;REVB=-0.013926;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27015e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr6 29912852 . T C 523.91 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00325129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.479;QD=29.5161;RBI=0.0219725;REFB=-0.0040365;REVB=0.0217306;RO=24;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17445;STB=0.594491;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00287349;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:25:22:18:6:25:22:18:6 chr6 29912856 . A T 534.07 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0134398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.686;QD=28.8686;RBI=0.0152075;REFB=-0.00940575;REVB=0.00711602;RO=25;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198166;STB=0.594827;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0143072;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:25:26:47:48:0.648649:26:21:19:6:26:22:19:7 chr6 29913042 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.324;QD=64.1539;RBI=0.0321418;REFB=0;REVB=0.025917;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87724e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr6 29913067 . T C 648.97 PASS AF=0.651163;AO=55;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0136814;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1314;QD=30.1848;RBI=0.0597142;REFB=0.020316;REVB=0.0581258;RO=31;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123728;STB=0.564133;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0103511;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:30:55:56:0.651163:28:27:21:10:29:27:20:10 chr6 29913074 . A G 1134.21 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832173;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.658;QD=59.6953;RBI=0.0320876;REFB=0;REVB=0.0309898;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107824;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:31:41:0:0:35:41:0:0 chr6 29913078 . A G 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.483;QD=60.5459;RBI=0.0120627;REFB=0;REVB=0.00693147;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94469e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:34:41:0:0 chr6 29976838 . A G 532.07 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0252647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5879;QD=25.6421;RBI=0.0253973;REFB=0.000461713;REVB=0.00259215;RO=34;SAF=34;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893909;STB=0.548977;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000129913;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:15:34:20:14:15:34:20:14 chr6 30025281 . C T 313.97 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0247028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.018;QD=30.6309;RBI=0.0247177;REFB=-0.0240227;REVB=0.000859028;RO=14;SAF=6;SAR=21;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074964;STB=0.540955;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0150028;OID=.;OPOS=30025281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:21:6:2:12:21:6:2:12 chr6 30075843 . T C 823.48 PASS AF=0.9375;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0227317;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=144.295;QD=51.4675;RBI=0.0227566;REFB=-0.00346168;REVB=0.00106332;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.504236;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=4.6994e-06;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:0:4:59:60:0.9375:26:33:0:0:26:34:2:2 chr6 30075864 . A G 926.37 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013209;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9533;QD=58.8172;RBI=0.0269547;REFB=0;REVB=0.0269223;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141184;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr6 30075903 . C T 398.01 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0252228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.285;QD=28.9461;RBI=0.0256898;REFB=-0.0164937;REVB=0.00487584;RO=17;SAF=27;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274316;STB=0.642775;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0072807;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:18:37:37:0.672727:10:27:5:12:10:27:6:12 chr6 30114845 . T C 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00766924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.215;QD=28.0295;RBI=0.00984589;REFB=-0.0221669;REVB=0.0061745;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115686;STB=0.563712;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0185378;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:13:14:6:11:13:14:6:11 chr6 30114955 . C T 427.39 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0104002;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.733;QD=34.1912;RBI=0.0136831;REFB=0.00420125;REVB=0.00889177;RO=13;SAF=20;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363031;STB=0.51964;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00108179;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:17:20:8:5:17:20:8:5 chr6 30115542 . G A 496.52 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0231906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0608;QD=29.2071;RBI=0.0332481;REFB=-0.00968254;REVB=-0.023825;RO=23;SAF=31;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11532;STB=0.562789;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0112132;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:14:31:12:11:14:31:12:11 chr6 30121460 . C T 499.65 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0318814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.83;QD=27.008;RBI=0.0330718;REFB=-0.00954066;REVB=0.00879335;RO=28;SAF=23;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149008;STB=0.581047;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00536519;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:23:23:8:20:23:23:8:20 chr6 30121752 . G T 341.94 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0144828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.03;QD=30.3943;RBI=0.022627;REFB=-0.00872778;REVB=0.0173848;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293866;STB=0.516118;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00657188;OID=.;OPOS=30121752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:7:9:15:14:7:9 chr6 30122153 . G GC 582.16 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000122212;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.207;QD=50.6223;RBI=0.0658767;REFB=0;REVB=0.0658765;RO=41;SAF=3;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.46016e-06;OID=.;OPOS=30122154;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:46:46:0:26:20:0:0:4:41:3:2:23:18 chr6 30122154 . T C 625.81 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0109344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.455;QD=52.1512;RBI=0.054474;REFB=-0.0071027;REVB=0.0533653;RO=5;SAF=25;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372621;STB=0.501991;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00129466;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:18:25:3:2:18:25:3:2 chr6 30131546 . A G 161.07 PASS AF=0.283951;AO=22;DP=79;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.013555;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7243;QD=7.95381;RBI=0.0182338;REFB=-0.0176231;REVB=-0.0121956;RO=55;SAF=17;SAR=5;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126215;STB=0.558423;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0463539;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:55:58:22:23:0.283951:5:17:38:17:6:17:39:19 chr6 30139699 . G A 664.79 PASS AF=0.647727;AO=55;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00526677;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.183;QD=30.2176;RBI=0.0221179;REFB=-0.0414985;REVB=0.0214817;RO=31;SAF=33;SAR=22;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542403;STB=0.529944;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0187764;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:55:57:0.647727:22:33:21:10:23:34:21:10 chr6 30140040 . T G 399.83 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0306581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.63;QD=29.6167;RBI=0.0354211;REFB=-0.0402877;REVB=0.0177408;RO=16;SAF=10;SAR=26;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197848;STB=0.501198;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.018784;OID=.;OPOS=30140040;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:16:17:36:37:0.685185:26:10:4:12:26:11:5:12 chr6 30140342 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.799;QD=57.5446;RBI=0.0249122;REFB=0;REVB=0.0206952;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142427;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr6 30154199 . T C 262.42 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00546799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.551;QD=32.803;RBI=0.0336128;REFB=-0.0256027;REVB=-0.033165;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127673;STB=0.5528;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0112336;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:8:9:23:23:0.71875:12:11:6:2:12:11:6:3 chr6 30228230 . A C 168.75 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00312808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.711;QD=10.5469;RBI=0.00568952;REFB=-0.0226754;REVB=0.00475244;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137149;STB=0.56516;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0388919;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:42:21:22:0.34375:11:10:15:27:12:10:15:27 chr6 30228379 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00935196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.968;QD=6.016;RBI=0.0736676;REFB=-0.0178776;REVB=-0.0730716;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385107;STB=0.758634;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0466673;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:13:9:1:6:13:9 chr6 30229013 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0172639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.377;QD=8.2825;RBI=0.017991;REFB=-0.00778891;REVB=-0.00506303;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107932;STB=0.557279;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0171649;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:8:4:13:18:8:4:13:19 chr6 30229034 . C CT 45.9 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0502087;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.1729;QD=4.37128;RBI=0.0797983;REFB=0.0208746;REVB=0.062023;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339417;STB=0.710647;STBP=0.168;TYPE=ins;VARB=-0.0444842;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:10:43:10:42:32:2:8:14:18:45:31:2:8:14:17 chr6 30229457 . C T 318.78 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0499981;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9789;QD=23.1839;RBI=0.0635546;REFB=-0.0503288;REVB=-0.0392349;RO=23;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121687;STB=0.567122;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.052941;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:19:13:13:10:19:13:13:10 chr6 30229463 . G A 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0153967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.162;QD=24.976;RBI=0.0160309;REFB=-0.00591762;REVB=-0.00446444;RO=21;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137915;STB=0.575712;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00600891;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:19:14:13:8:19:14:13:8 chr6 30230085 . T C 94.4 PASS AF=0.214286;AO=7;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0401292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.596;QD=5.39411;RBI=0.0407441;REFB=-0.0364814;REVB=0.00705206;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274129;STB=0.613706;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.13413;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:70:70:54:55:7:15:0.214286:5:2:28:26:5:10:29:26 chr6 30230128 . T C,G,TG 44.13 PASS AF=0.130435,0,0.347826;AO=2,2,5;DP=27;FAO=3,0,8;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2,0,7;FSAR=1,0,1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0167827,-0.0263061,-0.101489;FXX=0.079968;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,1;MLLD=63.6437,104.455,6.8651;QD=7.67543;RBI=0.0240198,0.0264196,0.109216;REFB=0.00825716,0.00391764,-0.118797;REVB=0.0171841,-0.00244661,0.04035;RO=18;SAF=1,2,4;SAR=1,0,1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.170612,0.461523,0.194673;STB=0.5,0.5,0.699399;STBP=1,1,0.235;TYPE=snp,snp,ins;VARB=-0.00646454,0,0.115582;OID=.,.,.;OPOS=30230128,30230128,30230129;OREF=T,T,-;OALT=C,G,G;OMAPALT=C,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:27:23:18:12:2,2,5:3,0,8:0.130435,0,0.347826:1,0,1:1,2,4:12:6:1,0,1:2,0,7:8:4 chr6 30231071 . G A 80.73 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.015621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0354;QD=3.39912;RBI=0.0178236;REFB=-0.00612943;REVB=0.00858273;RO=78;SAF=9;SAR=6;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020263;STB=0.522095;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0505658;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:95:78:80:15:15:0.157895:6:9:48:30:6:9:50:30 chr6 30231108 . G T 125.04 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.051283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0252;QD=4.7184;RBI=0.0732828;REFB=-0.00736511;REVB=-0.052349;RO=84;SAF=12;SAR=9;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309365;STB=0.523523;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0303428;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:84:85:21:21:0.198113:9:12:50:34:9:12:51:34 chr6 30297529 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0382213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.968;QD=9.53625;RBI=0.0384534;REFB=-0.0154181;REVB=-0.00421872;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211317;STB=0.512799;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0237314;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:13:14:6:6:13:14 chr6 30309508 . T C 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00254979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.387;QD=9.29731;RBI=0.0226753;REFB=0.000791263;REVB=0.0225314;RO=51;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278604;STB=0.664194;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00179498;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:15:8:30:21:15:8:30:21 chr6 30313268 . G A 594.46 PASS AF=0.78125;AO=49;DP=66;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0329998;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.398;QD=37.1539;RBI=0.0330577;REFB=-0.0230531;REVB=0.00195562;RO=13;SAF=16;SAR=33;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255248;STB=0.521283;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00551295;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:66:64:13:14:49:50:0.78125:33:16:5:8:33:17:6:8 chr6 30314566 . TC GA 110.13 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0130096;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.741;QD=4.89465;RBI=0.0287336;REFB=-0.0145869;REVB=-0.0256197;RO=72;SAF=15;SAR=3;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47716;STB=0.806727;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0414411;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:72:18:18:0.2:3:15:34:38:3:15:34:38 chr6 30457732 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.725;QD=57.7109;RBI=0.0374753;REFB=0;REVB=0.0335052;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71868e-05;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:49:59:1:24:25:0:0:32:27:0:0 chr6 30458064 . G A 317.14 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0178111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7829;QD=15.102;RBI=0.019639;REFB=-0.0142275;REVB=-0.00827378;RO=48;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930641;STB=0.512104;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0215954;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:15:20:27:21:15:20:27:22 chr6 30460232 . C T 200.87 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0269258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3859;QD=12.1738;RBI=0.0664881;REFB=-0.0110918;REVB=-0.060792;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218638;STB=0.512573;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0185312;OID=.;OPOS=30460232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:9:16:27:14:9:16:27:14 chr6 30521137 . G A 246.12 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00281396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.5;QD=13.4859;RBI=0.0111385;REFB=-0.0192302;REVB=0.0107772;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153673;STB=0.587835;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0353498;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:18:11:23:21:18:11:23:21 chr6 30530245 . T C 1586.81 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.279;QD=59.8797;RBI=0.0317246;REFB=0;REVB=-0.00905246;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19454e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:63:41:0:0:63:43:0:0 chr6 30558477 . G GA 1435.89 PASS AF=1;AO=111;DP=133;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11459;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0334;QD=44.5237;RBI=0.191958;REFB=0;REVB=0.154004;RO=22;SAF=52;SAR=59;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902892;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00211771;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:133:129:129:0:53:76:0:0:27:22:52:59:4:18 chr6 30569951 . G A 169.67 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00271607;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.423;QD=32.3178;RBI=0.0286111;REFB=0.00143283;REVB=0.0284819;RO=5;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691072;STB=0.53841;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.000161666;OID=.;OPOS=30569951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:21:5:5:16:16:0.761905:14:2:1:4:14:2:1:4 chr6 30575603 . A G 364.96 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0561779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2915;QD=33.9495;RBI=0.0669668;REFB=-0.0185962;REVB=0.03645;RO=13;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189966;STB=0.603988;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00796112;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:21:9:8:5:21:9:8:5 chr6 30680916 . C T 509.92 PASS AF=0.661972;AO=46;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0349181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1274;QD=28.7279;RBI=0.0590981;REFB=-0.0479648;REVB=-0.0476793;RO=23;SAF=23;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133492;STB=0.517668;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0246021;OID=.;OPOS=30680916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:24:46:47:0.661972:23:23:12:11:23:24:11:13 chr6 30711805 . C G 571.07 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.3;QD=60.1124;RBI=0.0371531;REFB=0;REVB=0.0370257;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85732e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:21:17:0:0 chr6 30781985 . A G 436.68 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0281691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4837;QD=32.3463;RBI=0.0296951;REFB=-0.0127248;REVB=0.0093967;RO=15;SAF=18;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369152;STB=0.51999;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.010702;OID=.;OPOS=30781985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:21:18:8:7:21:18:8:7 chr6 30782105 . T C 1062.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.482;QD=59.8457;RBI=0.0189438;REFB=0;REVB=-0.0160481;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10553e-05;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 339.6 PASS AF=0.576271;AO=31;DP=61;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0226569;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.529;QD=23.0238;RBI=0.0261217;REFB=-0.0118869;REVB=0.0130002;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309146;STB=0.517756;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.00889838;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576271:31:61:34:59:25:19:15:15:10:99:26:19:12:15:11 chr6 30782235 . G A 742.55 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.04;QD=53.0392;RBI=0.0258024;REFB=-0.0895386;REVB=0.0116433;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378168;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00128834;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:24:30:1:1:24:30:1:1 chr6 30782303 . C T 293.43 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.728;QD=48.9056;RBI=0.0530282;REFB=-0.0336415;REVB=0.0316745;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00221927;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:21:23:0.958333:13:8:0:1:15:8:0:1 chr6 30782360 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0685185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4568;QD=12.1818;RBI=0.0709697;REFB=0.0231015;REVB=0.018491;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20027;STB=0.618812;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0218945;OID=.;OPOS=30782360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:9:6:6:4:9:6 chr6 30782361 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0278319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.255;QD=20.4855;RBI=0.0281039;REFB=0.00117356;REVB=-0.00390034;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160162;STB=0.59078;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00103601;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:4:7:6:8:4:7 chr6 30782407 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.461;QD=55.5196;RBI=0.0333908;REFB=-0.0132112;REVB=0.0231111;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000550395;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:1:0:21:12:1:0 chr6 30832063 . C T 243.77 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0251935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.494;QD=10.7152;RBI=0.0263736;REFB=-0.00402166;REVB=-0.00780109;RO=61;SAF=11;SAR=19;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255333;STB=0.648413;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00812435;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:19:11:36:25:19:11:36:25 chr6 30832119 . T C 256.31 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0389483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7402;QD=13.49;RBI=0.058723;REFB=-0.0150505;REVB=-0.0439479;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339023;STB=0.692251;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0215151;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:19:11:32:14:19:11:32:14 chr6 30857072 . G C 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00643454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.187;QD=27.3082;RBI=0.02189;REFB=0.00528547;REVB=-0.0209229;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546235;STB=0.53017;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00426382;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:11:9:11:18:11:9 chr6 30858857 . C T 929.38 PASS AF=0.669421;AO=80;DP=122;FAO=81;FDP=121;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0229648;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.661;QD=30.7233;RBI=0.0291564;REFB=-0.0441605;REVB=0.0179643;RO=40;SAF=45;SAR=35;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100658;STB=0.551458;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0128779;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:40:40:80:81:0.669421:35:45:16:24:36:45:16:24 chr6 30862423 . C T 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00774054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.148;QD=24.7057;RBI=0.00777788;REFB=-0.00454821;REVB=0.000761291;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163236;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00262486;OID=.;OPOS=30862423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:7:10:14:9:7:10 chr6 30864506 . AG A 95.01 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.101631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5163;QD=14.617;RBI=0.101931;REFB=-0.110065;REVB=-0.00782169;RO=12;SAF=0;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.220994;SSSB=-0.838023;STB=0.851818;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.132536;OID=.;OPOS=30864507;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:14:26:14:26:12:1:13:7:5:46:12:0:14:8:4 chr6 30864829 . T C 739.49 PASS AF=0.650485;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0207951;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1437;QD=28.7182;RBI=0.0428424;REFB=-0.00319883;REVB=0.0374571;RO=35;SAF=27;SAR=40;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722387;STB=0.534749;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00211528;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:35:36:67:67:0.650485:40:27:18:17:40:27:18:18 chr6 30882203 . T C 56.38 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0217992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1305;QD=11.8684;RBI=0.0747505;REFB=-0.0308255;REVB=-0.0715013;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474209;STB=0.567382;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0422815;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:12:11:7:8:0.421053:1:6:10:2:1:7:9:2 chr6 30882634 . C T 228.94 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0239799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9394;QD=14.0886;RBI=0.0256286;REFB=-0.0439352;REVB=-0.00904365;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24025;STB=0.636675;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0965479;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:15:23:10:17:15:23 chr6 30882781 . G T 79.98 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0133391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.22;QD=7.2708;RBI=0.013988;REFB=-0.000172516;REVB=-0.00421087;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316871;STB=0.689387;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-6.22574e-05;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:28:5:4:7:28:5 chr6 30887988 . C T 315.18 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0166121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.318;QD=12.607;RBI=0.0221781;REFB=0.00314497;REVB=-0.0146938;RO=64;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110926;STB=0.563723;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00439863;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:15:21:31:33:15:21:31:33 chr6 30888161 . T C 296.31 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0253186;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.635;QD=12.8831;RBI=0.0267428;REFB=-0.00793317;REVB=0.00861089;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132241;STB=0.558789;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00918325;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:58:33:34:0.369565:14:19:25:30:15:19:27:31 chr6 30888169 . G A 284.05 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00725752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.65;QD=12.7663;RBI=0.0229645;REFB=-0.00421974;REVB=0.0217875;RO=55;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166011;STB=0.589794;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00683434;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:13:20:25:30:13:20:26:30 chr6 30890195 . A G 272.67 PASS AF=0.517241;AO=12;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00292267;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.811;QD=18.8046;RBI=0.00317966;REFB=0.00909569;REVB=0.00125228;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503811;STB=0.529392;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00728129;OID=.;OPOS=30890195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:17:26:12:30:0.517241:5:7:10:7:18:12:12:14 chr6 30890206 . T C 167.13 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.000123608;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4097;QD=9.97794;RBI=0.0263471;REFB=-0.015283;REVB=-0.0263468;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215794;STB=0.614428;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0118333;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:12:10:12:32:12:10:13:32 chr6 30892322 . C T 76.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00474335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.9186;QD=10.5893;RBI=0.00477261;REFB=-0.0174595;REVB=0.000527682;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502668;STB=0.760267;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0238904;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:29:13:18:11:11:0.37931:10:1:6:7:10:1:6:12 chr6 30893428 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00220955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1362;QD=7.04758;RBI=0.100452;REFB=-0.0147022;REVB=0.100428;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140986;STB=0.508906;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0296162;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:8:14:5:3:8:14 chr6 30893728 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0417;QD=56.9368;RBI=0.0979569;REFB=0;REVB=0.0347809;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961541;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr6 30893941 . G A 550.72 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0553958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.323;QD=44.9566;RBI=0.0559573;REFB=-0.0120657;REVB=-0.00790694;RO=8;SAF=16;SAR=24;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715451;STB=0.529397;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00146496;OID=.;OPOS=30893941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:49:8:9:40:40:0.816327:24:16:5:3:24:16:5:4 chr6 30900427 . T G 803.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.19;QD=64.2658;RBI=0.034403;REFB=0;REVB=0.0320591;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212188;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr6 30920890 . G A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0111622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.516;QD=18.6421;RBI=0.0112797;REFB=0.0171154;REVB=0.00162411;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0178906;OID=.;OPOS=30920890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:14:10:8:13:14:10 chr6 30954245 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.55;QD=35.5759;RBI=0.00712428;REFB=0;REVB=0.00712428;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226396;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 30955201 . GC AT 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000682882;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=190.374;QD=14.6525;RBI=0.0141841;REFB=0.00475429;REVB=-0.0141676;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=mnp;VARB=-0.0258502;OID=.;OPOS=30955201;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr6 30955209 . T A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00305403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4272;QD=20.8373;RBI=0.0710147;REFB=-0.0796123;REVB=-0.070949;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0224616;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr6 30955211 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0301115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.833;QD=19.1086;RBI=0.0577012;REFB=-0.0621651;REVB=0.0492212;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20145;STB=0.615147;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.037669;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:1:5:5:4:1:5 chr6 30955359 . G A 777.92 PASS AF=0.633929;AO=69;DP=109;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0389664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1423;QD=27.7827;RBI=0.0989713;REFB=-0.0170299;REVB=0.0909776;RO=40;SAF=25;SAR=44;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275953;STB=0.524831;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00811197;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:40:41:69:71:0.633929:44:25:13:27:44:27:13:28 chr6 30955929 . C A 863.73 PASS AF=0.694444;AO=75;DP=109;FAO=75;FDP=108;FR=.;FRO=33;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0281614;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.026;QD=31.9901;RBI=0.0306399;REFB=-0.00721261;REVB=0.0120722;RO=33;SAF=43;SAR=32;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509145;STB=0.527402;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00338644;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:33:33:75:75:0.694444:32:43:16:17:32:43:16:17 chr6 30993313 . C T 262.09 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00901793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.558;QD=31.768;RBI=0.0451028;REFB=-0.0557632;REVB=0.0441921;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747707;STB=0.523789;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0213418;OID=.;OPOS=30993313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:33:33:9:10:23:23:0.69697:11:12:6:3:11:12:6:4 chr6 30993377 . T A 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8295;QD=56.1649;RBI=0.0114769;REFB=0;REVB=-0.00706929;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201591;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr6 30993499 . C T 266.49 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0355907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2491;QD=24.2264;RBI=0.036108;REFB=-0.0311626;REVB=0.00608974;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116908;STB=0.570765;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0223411;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:7:17:11:8:7:18:11:8 chr6 30993533 . A G 251.81 PASS AF=0.55814;AO=20;DP=40;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0305035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.018;QD=23.4244;RBI=0.0496922;REFB=-0.043814;REVB=0.0392282;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483382;STB=0.51275;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0189044;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:16:19:20:24:0.55814:6:14:12:4:7:17:13:6 chr6 30993590 . A G 252.61 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0531466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2133;QD=21.0507;RBI=0.0532699;REFB=-0.0505221;REVB=-0.00362217;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937155;STB=0.558778;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0584642;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:6:18:19:4:6:18:20:4 chr6 30994253 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.288;QD=50.4124;RBI=0.0304253;REFB=0;REVB=0.0304041;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318937;OID=.;OPOS=30994253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 30994412 . G A 144.14 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.553;QD=44.3492;RBI=0.0523836;REFB=0;REVB=-0.032968;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183741;OID=.;OPOS=30994412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr6 30994730 . G A 134.77 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372416;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6001;QD=44.922;RBI=0.0515839;REFB=0;REVB=0.0356926;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146295;OID=.;OPOS=30994730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 30995178 . C T 143.54 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0284873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.738;QD=14.354;RBI=0.0475829;REFB=-0.0230174;REVB=-0.0381131;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297515;STB=0.675753;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0399347;OID=.;OPOS=30995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:3:13:14:10:3:13:14:10 chr6 30995187 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00323636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=11.0159;RBI=0.0302834;REFB=-0.0212076;REVB=-0.0301099;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172672;STB=0.705536;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0492214;OID=.;OPOS=30995187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:28:15:14:0.333333:3:12:17:8:2:12:18:10 chr6 30995297 . A G 127.33 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0182078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6242;QD=9.26064;RBI=0.0185082;REFB=0.0043062;REVB=0.00332142;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138046;STB=0.508226;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00857151;OID=.;OPOS=30995297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:6:11:25:13:6:11:25:13 chr6 30995532 . T C 67.6 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0418444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0168;QD=4.58307;RBI=0.102853;REFB=0.00706527;REVB=-0.0939567;RO=44;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30454;STB=0.69727;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0569134;OID=.;OPOS=30995532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:59:44:48:11:11:0.186441:2:9:27:17:2:9:30:18 chr6 30995786 . A G 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0167145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.012;QD=32.2483;RBI=0.0177539;REFB=0.0215981;REVB=0.00598555;RO=6;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522441;STB=0.528814;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00678884;OID=.;OPOS=30995786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:11:7:3:3:11:7:3:3 chr6 30996132 . C T 55.78 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0599681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8143;QD=10.6243;RBI=0.0609805;REFB=-0.0271261;REVB=-0.0110658;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0837505;OID=.;OPOS=30996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr6 30996314 . A G 353.42 PASS AF=0.725;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0486113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.088;QD=35.3415;RBI=0.0578416;REFB=-0.0199757;REVB=0.0313463;RO=11;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247424;STB=0.516887;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00365212;OID=.;OPOS=30996314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:11:11:28:29:0.725:9:19:7:4:9:20:7:4 chr6 30996490 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0211736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.081;QD=18.7445;RBI=0.054541;REFB=-0.135038;REVB=0.0502633;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0500708;OID=.;OPOS=30996490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr6 30997078 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0276353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.09;QD=8.40076;RBI=0.0457673;REFB=-0.0111957;REVB=-0.036482;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114753;STB=0.571265;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0351691;OID=.;OPOS=30997078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:12:9:3:6:12:9 chr6 30997334 . A G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.00859341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1458;QD=5.37255;RBI=0.0117056;REFB=-0.00578004;REVB=-0.00794816;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22324;STB=0.639717;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0133313;OID=.;OPOS=30997334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:26:4:2:6:26:4 chr6 30997352 . A G 59.37 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=0.00361277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.831;QD=6.59699;RBI=0.0183038;REFB=-0.0196439;REVB=-0.0179437;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347813;STB=0.713945;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0766076;OID=.;OPOS=30997352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:36:26:27:9:9:0.25:3:6:23:3:3:6:24:3 chr6 30997692 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.512;QD=57.2014;RBI=0.0365077;REFB=0;REVB=0.00283604;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011337;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr6 30997816 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.987;QD=61.3336;RBI=0.0272305;REFB=0;REVB=-0.00552465;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09913e-05;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr6 30997824 . T C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0031811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.45;QD=4.78732;RBI=0.0245002;REFB=-0.00431503;REVB=-0.0242928;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096868;STB=0.545344;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0182143;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:3:5:23:10:3:5:23:11 chr6 30999997 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.898;QD=60.3767;RBI=0.0175962;REFB=0;REVB=-0.0168946;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26297e-05;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr6 31000139 . C T 159.97 PASS AF=0.293333;AO=21;DP=74;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0811323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2564;QD=8.53192;RBI=0.0834099;REFB=-0.0134267;REVB=0.0193586;RO=50;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154549;STB=0.578243;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0401288;OID=.;OPOS=31000139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:50:53:21:22:0.293333:12:9:28:22:12:10:30:23 chr6 31002452 . A G 604.81 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606593;FXX=0.0714116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.496;QD=62.0318;RBI=0.00900884;REFB=0;REVB=-0.00666061;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4178e-05;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr6 31002527 . A G 1506.33 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8081;QD=63.4242;RBI=0.0758357;REFB=0;REVB=-0.0191572;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540673;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:58:35:0:0:60:35:0:0 chr6 31002616 . C T 638.8 PASS AF=0.622222;AO=55;DP=89;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0103461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1974;QD=28.391;RBI=0.0296707;REFB=-0.00285008;REVB=-0.0278084;RO=33;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584842;STB=0.540002;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00307961;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:33:34:55:56:0.622222:27:28:14:19:27:29:14:20 chr6 31079889 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.813;QD=50.4135;RBI=0.0346523;REFB=0;REVB=0.0179838;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313453;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr6 31079894 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0244831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.24;QD=16.4266;RBI=0.054419;REFB=0.0049873;REVB=0.0486005;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.603574;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00196962;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:6:5:3:8:6:5 chr6 31079994 . C T 172.29 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0136615;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.708;QD=11.1156;RBI=0.0136658;REFB=-0.0211016;REVB=0.000339447;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899686;STB=0.552192;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0408237;OID=.;OPOS=31079994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:25:15:10:12:25:15 chr6 31080320 . C T 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.101413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6811;QD=33.2495;RBI=0.105643;REFB=0.0433165;REVB=0.0295941;RO=8;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.588152;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0131325;OID=.;OPOS=31080320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:15:7:5:3:15:7:5:3 chr6 31084942 . GCTT G 56.24 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177754;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.492;QD=28.1221;RBI=0.0445112;REFB=-0.0317286;REVB=0.0408079;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.00606222;OID=.;OPOS=31084943;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:6:8:7:8:1:3:4:0:1:6:1:2:4:0:1 chr6 31097453 . T G 431.96 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0442602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0993;QD=20.3273;RBI=0.0519991;REFB=-0.0577749;REVB=-0.0272937;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12617;STB=0.575442;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0357526;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:19:24:17:24:19:24:17:25 chr6 31105891 . A G 58.74 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00896174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.756;QD=16.7839;RBI=0.0320757;REFB=-0.016918;REVB=-0.0307983;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000898063;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:6:6:6:6:0.428571:2:4:6:0:2:4:6:0 chr6 31106268 . A G 130.98 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00528825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.724;QD=10.2726;RBI=0.0279381;REFB=-0.00157961;REVB=0.0274331;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237924;STB=0.646891;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0027155;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:8:8:10:24:8:8:10:25 chr6 31106459 . C A 79.2 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0369242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5062;QD=6.88731;RBI=0.0720022;REFB=-0.0135799;REVB=0.0618136;RO=34;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316824;STB=0.53839;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0479246;OID=.;OPOS=31106459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:34:35:11:11:0.23913:8:3:10:24:8:3:11:24 chr6 31107648 . C T 766.8 PASS AF=0.738095;AO=62;DP=84;FAO=62;FDP=84;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.012748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.958;QD=36.5145;RBI=0.0139505;REFB=-0.0271973;REVB=0.00566603;RO=21;SAF=23;SAR=39;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503299;STB=0.510635;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00890825;OID=.;OPOS=31107648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:22:62:62:0.738095:39:23:8:13:39:23:9:13 chr6 31107723 . AC A 432.63 PASS AF=0.689655;AO=57;DP=87;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0966283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.7331;QD=19.8909;RBI=0.154433;REFB=0.126159;REVB=0.120468;RO=24;SAF=12;SAR=45;SRF=8;SRR=16;SSEN=0.366197;SSEP=0;SSSB=-0.0950625;STB=0.526526;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=-0.0462576;OID=.;OPOS=31107724;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:57:87:60:87:27:14:46:8:19:99:24:12:45:8:16 chr6 31110391 . G C 187.35 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.016683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.084;QD=8.81652;RBI=0.0204551;REFB=0.00410229;REVB=0.0118359;RO=60;SAF=14;SAR=11;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486852;STB=0.528823;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00849852;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:60:25:25:0.294118:11:14:36:24:11:14:36:24 chr6 31110786 . T A 982.4 PASS AF=0.576687;AO=90;DP=161;FAO=94;FDP=163;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0342079;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.853;QD=24.1079;RBI=0.0360395;REFB=-0.0135418;REVB=-0.011343;RO=69;SAF=43;SAR=47;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576535;STB=0.539869;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00947145;OID=.;OPOS=31110786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:69:69:90:94:0.576687:47:43:28:41:47:47:28:41 chr6 31111180 . T C,G 882.47 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=55,6;DP=61;FAO=56,6;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356827,-0.0199538;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.081,82.2456;QD=56.9333;RBI=0.041553,0.055115;REFB=0,0;REVB=-0.0212931,-0.0513761;RO=0;SAF=33,0;SAR=22,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00079177,0.0942735;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:61:62:0:0:55,6:56,6:0.903226,0.0967742:22,6:33,0:0:0:22,6:34,0:0:0 chr6 31112484 . C T 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0307851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.035;QD=7.11854;RBI=0.0441859;REFB=-0.0188501;REVB=-0.0316966;RO=38;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113095;STB=0.571306;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0522628;OID=.;OPOS=31112484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:4:8:22:16:4:8:22:16 chr6 31112602 . G C 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.011586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.691;QD=7.97603;RBI=0.0123569;REFB=-0.00567926;REVB=-0.00429602;RO=47;SAF=7;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242928;STB=0.638353;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0132149;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:12:7:27:20:12:7:27:21 chr6 31112701 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.180833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.204;QD=15.9164;RBI=0.180963;REFB=-0.011184;REVB=-0.00687382;RO=15;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349226;STB=0.692113;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0157911;OID=.;OPOS=31112701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:12:1:0:15:12:1:0:15 chr6 31113030 . A G 923.38 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.883;QD=56.8235;RBI=0.0281042;REFB=0.0345707;REVB=0.00232869;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.510201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000550709;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:24:40:0:0:24:40:0:1 chr6 31113052 . G A 999.44 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00745492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.875;QD=56.3067;RBI=0.0381703;REFB=-0.198517;REVB=0.0374352;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504709;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00174564;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:0:2:69:69:0.971831:24:45:0:0:24:45:1:1 chr6 31113274 . GAG GGA 287.83 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192757;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.3001;QD=50.0565;RBI=0.0350643;REFB=0;REVB=-0.0292908;RO=2;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000910548;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:23:23:0:4:19:0:0:4:2:2:19:0:2 chr6 31116210 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0198616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.848;QD=6.39525;RBI=0.0262042;REFB=-0.0051525;REVB=0.0170931;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311435;STB=0.69101;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0204019;OID=.;OPOS=31116210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:6:23:5:4:6:23 chr6 31116246 . G A 223.45 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00222291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.62;QD=13.1438;RBI=0.0461578;REFB=-0.0108725;REVB=0.0461042;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.599929;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0142919;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:41:26:27:0.397059:13:13:13:24:14:13:13:28 chr6 31118565 . C G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0176719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.862;QD=9.37555;RBI=0.0176732;REFB=-0.0131323;REVB=0.000211671;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240726;STB=0.641109;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0220678;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:28:13:10:9:28:13 chr6 31118898 . A T 79.73 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0480878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0935;QD=7.08726;RBI=0.0598192;REFB=0.00204863;REVB=-0.0355795;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546862;STB=0.53435;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00597948;OID=.;OPOS=31118898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:17:17:6:5:17:17 chr6 31122502 . C T 349.76 PASS AF=0.74359;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0420724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.331;QD=35.8723;RBI=0.0435411;REFB=-0.0347526;REVB=-0.0112132;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166958;STB=0.591925;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0177174;OID=.;OPOS=31122502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:28:29:0.74359:16:12:1:9:16:13:1:9 chr6 31125158 . C T 213.07 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=118;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00394743;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.292;QD=7.34738;RBI=0.0122281;REFB=-0.0121197;REVB=-0.0115734;RO=87;SAF=15;SAR=16;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111581;STB=0.559031;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0312327;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:87:85:31:31:0.267241:16:15:50:37:16:15:48:37 chr6 31125257 . C A 166.06 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0339952;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3658;QD=6.77797;RBI=0.0347297;REFB=-0.00791897;REVB=-0.00710491;RO=74;SAF=15;SAR=9;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908589;STB=0.555509;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0382072;OID=.;OPOS=31125257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:74:24:24:0.244898:9:15:41:33:9:15:41:33 chr6 31129616 . A G 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0118985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8997;QD=5.22802;RBI=0.0119462;REFB=1.37821e-05;REVB=0.00106655;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324505;STB=0.520799;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000118886;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:7:5:18:28:7:5:18:28 chr6 31129642 . A C,G 858.5 PASS AF=0.213115,0.786885;AO=12,48;DP=61;FAO=13,48;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=5,19;FSAR=8,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120984,0.0343544;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.772,115.894;QD=56.2953;RBI=0.0182736,0.0385398;REFB=0,0;REVB=-0.0182335,-0.0174668;RO=0;SAF=5,19;SAR=7,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.02886,0.000362944;OID=.,.;OPOS=31129642,31129642;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:61:61:0:0:12,48:13,48:0.213115,0.786885:7,29:5,19:0:0:8,29:5,19:0:0 chr6 31129707 . C T 48.53 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0387713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6323;QD=3.08112;RBI=0.0503037;REFB=-0.00161929;REVB=0.0320508;RO=53;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396162;STB=0.771633;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0163001;OID=.;OPOS=31129707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:63:63:53:54:9:9:0.142857:2:7:24:29:2:7:25:29 chr6 31132956 . G C 95.48 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00594578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.468;QD=7.345;RBI=0.0360254;REFB=-0.010389;REVB=-0.0355314;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134771;STB=0.584281;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0377569;OID=.;OPOS=31132956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:4:9:23:16:4:9:23:16 chr6 31133870 . G A 102.5 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00482467;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.019;QD=5.61663;RBI=0.007448;REFB=0.00443971;REVB=-0.00567409;RO=57;SAF=9;SAR=7;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065901;STB=0.527112;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0195695;OID=.;OPOS=31133870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:7:9:35:22:7:9:34:23 chr6 31134118 . C CGAG 474.32 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=42;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0222519;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.548;QD=49.9288;RBI=0.0230831;REFB=-0.0375949;REVB=0.00613863;RO=7;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947606;STB=0.532691;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.00652706;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:33:42:34:38:4:19:15:1:3:20:7:19:14:2:5 chr6 31165566 . T C 1472.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5642;QD=63.3253;RBI=0.0595842;REFB=0;REVB=0.0576239;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208084;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:33:59:0:0:34:59:0:0 chr6 31165597 . AT A 153.66 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.00525568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7648;QD=6.3364;RBI=0.00532078;REFB=-0.0130609;REVB=0.000829811;RO=73;SAF=11;SAR=12;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257577;STB=0.658864;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.0266029;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237113:23:98:23:97:74:11:12:51:23:99:73:11:12:50:23 chr6 31165653 . G A 608.77 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0313697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.74;QD=30.4382;RBI=0.0349412;REFB=-0.0276978;REVB=-0.0153892;RO=23;SAF=36;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972285;STB=0.585333;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0198443;OID=.;OPOS=31165653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:23:27:53:53:0.6625:17:36:12:11:17:36:12:15 chr6 31165962 . G A 854.24 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.069;QD=56.0159;RBI=0.0238291;REFB=-0.0490382;REVB=0.00807256;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000145707;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:1:0 chr6 31170228 . G C 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00929314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.204;QD=6.50657;RBI=0.00941021;REFB=-0.0205251;REVB=-0.00147977;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703197;STB=0.543565;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.053876;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:9:6:21:25:9:6:21:25 chr6 31170514 . A G 160.1 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0274015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3028;QD=12.5566;RBI=0.0327924;REFB=-0.00446699;REVB=-0.0180137;RO=32;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428707;STB=0.769663;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0044716;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:17:1:7:25:18:1:7:25 chr6 31170528 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0178528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.308;QD=12.8733;RBI=0.0235136;REFB=-0.00825196;REVB=-0.0153026;RO=32;SAF=1;SAR=18;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440973;STB=0.769663;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0127956;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:18:1:7:25:18:1:7:25 chr6 31236853 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8292;QD=57.6799;RBI=0.110837;REFB=0;REVB=-0.0260441;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239892;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr6 31237124 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5466;QD=58.142;RBI=0.0426288;REFB=0;REVB=0.0363048;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256332;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr6 31237162 . C G 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6018;QD=51.9066;RBI=0.0171889;REFB=0;REVB=0.0156747;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254164;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 31237255 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.933;QD=59.0186;RBI=0.00499867;REFB=0;REVB=-0.00337494;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44702e-06;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr6 31237323 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9142;QD=51.1796;RBI=0.0532915;REFB=0;REVB=-0.0212154;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396316;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 31237333 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.175;QD=49.5991;RBI=0.0194316;REFB=0;REVB=-0.0178104;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20528e-05;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr6 31237723 . G A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.266;QD=40.7577;RBI=0.0536801;REFB=0;REVB=-0.0492851;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425236;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 31237727 . T C 69.22 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.17587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3284;QD=30.7662;RBI=0.183831;REFB=-0.0348401;REVB=-0.0535133;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00304848;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr6 31237833 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5589;QD=35.5758;RBI=0.0765423;REFB=0;REVB=0.0459153;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122858;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31238010 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7527;QD=33.4279;RBI=0.159213;REFB=0;REVB=-0.04487;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0193728;OID=.;OPOS=31238010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31238029 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0152;QD=37.4884;RBI=0.0320895;REFB=0;REVB=-0.0246621;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178063;OID=.;OPOS=31238029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 31238053 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.976;QD=40.7629;RBI=0.0546846;REFB=0;REVB=-0.0485064;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00231876;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31238135 . G A 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.261;QD=34.6734;RBI=0.0196131;REFB=-0.0837242;REVB=-0.0120156;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00140024;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr6 31238138 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.989;QD=37.4885;RBI=0.0415996;REFB=0;REVB=0.027794;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057908;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31238230 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3895;QD=37.487;RBI=0.119393;REFB=0;REVB=-0.117528;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00709446;OID=.;OPOS=31238230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31238234 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.714;QD=37.4878;RBI=0.0101074;REFB=0;REVB=0.00690662;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62486e-06;OID=.;OPOS=31238234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31238259 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235151;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.478;QD=39.2068;RBI=0.0274231;REFB=0;REVB=-0.014109;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37894e-05;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 31238490 . T C 487.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353333;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.379;QD=59.0433;RBI=0.0361765;REFB=0;REVB=0.00776506;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168632;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:34:33:1:20:14:0:0:19:14:0:0 chr6 31238492 . C A 471.98 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00440425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.003;QD=55.5265;RBI=0.0188104;REFB=-0.0903628;REVB=0.0182876;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000713671;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:0:1 chr6 31238851 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.693;QD=57.6803;RBI=0.0505219;REFB=0;REVB=0.0332295;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514267;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr6 31238942 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.541;QD=50.4133;RBI=0.0416356;REFB=0;REVB=0.0294297;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519233;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr6 31238957 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9361;QD=53.2767;RBI=0.0943243;REFB=0;REVB=-0.0795901;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082047;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr6 31238983 . G C 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0667218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3905;QD=47.813;RBI=0.0668203;REFB=0.0270139;REVB=0.00362648;RO=1;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00431075;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:16:5:0:1:16:5:0:1 chr6 31238992 . G A 80.54 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0444152;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0183;QD=15.3414;RBI=0.0444232;REFB=0.00664099;REVB=0.000838941;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00189786;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:1:10:7:3:1:10 chr6 31239010 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00278162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.819;QD=14.7986;RBI=0.0263459;REFB=-0.00128437;REVB=0.0261986;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276261;STB=0.666295;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00185314;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:3:10:10:1:3:10 chr6 31239050 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0384956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2605;QD=16.6267;RBI=0.0620986;REFB=-0.00716805;REVB=0.0487271;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211741;STB=0.512177;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0107227;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:3:11:10:3:3:11 chr6 31239057 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0383929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.909;QD=16.6271;RBI=0.0459839;REFB=0.00335509;REVB=0.0253082;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211741;STB=0.512177;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00871265;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:3:11:10:3:3:11 chr6 31239082 . G C 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0777361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4227;QD=17.8381;RBI=0.0884807;REFB=0.0226281;REVB=-0.0422604;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0264459;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:3:11:11:3:3:11 chr6 31239100 . AG AA,GT 397.51 PASS AF=0.551724,0.448276;AO=15,13;DP=29;FAO=16,13;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=13,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128232,0.0652798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.198,202.339;QD=54.8289;RBI=0.0384739,0.0652803;REFB=0,0;REVB=0.0362741,0.000255302;RO=0;SAF=3,3;SAR=12,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0142391,0.00860858;OID=.,.;OPOS=31239101,31239100;OREF=G,AG;OALT=A,GT;OMAPALT=AA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:29:29:0:0:15,13:16,13:0.551724,0.448276:12,10:3,3:0:0:13,10:3,3:0:0 chr6 31239378 . T G 129.52 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0214504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1967;QD=21.5865;RBI=0.0821278;REFB=-0.0172077;REVB=0.0792771;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160224;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:10:10:13:14:0.583333:7:6:5:5:7:7:5:5 chr6 31239407 . G T 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0071231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3796;QD=16.7183;RBI=0.0429726;REFB=-0.00914267;REVB=0.0423781;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00742519;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:10:9:9:7:10:9 chr6 31239417 . C T 219.21 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0116611;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.066;QD=21.9213;RBI=0.0117972;REFB=-0.0105503;REVB=-0.00178655;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0105135;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:19:21:21:0.525:9:12:10:8:9:12:10:9 chr6 31239501 . G T 99.39 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0266438;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1285;QD=13.7093;RBI=0.0394172;REFB=-0.0325448;REVB=0.0290486;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0239004;OID=.;OPOS=31239501;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:7:9:5:7:8:9 chr6 31239518 . C T 442.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.944;QD=57.1344;RBI=0.242177;REFB=0;REVB=0.0334977;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101271;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:15:14:0:0:15:16:0:0 chr6 31239577 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8031;QD=51.1837;RBI=0.039894;REFB=0;REVB=0.0052332;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673738;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 31239621 . TC GA,TA 100.32 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,8;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116923,0.0343869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=76.5324,75.6459;QD=40.1274;RBI=0.014044,0.0455662;REFB=0,0;REVB=-0.00777977,0.0298969;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0216502,0.000282367;OID=.,.;OPOS=31239621,31239622;OREF=TC,C;OALT=GA,A;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:2,8:2,8:0.2,0.8:0,3:2,5:0:0:0,3:2,5:0:0 chr6 31239752 . C T 222.83 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.531;QD=49.5176;RBI=0.0911787;REFB=0;REVB=0.0891007;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059942;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr6 31239776 . A C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00598228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.036;QD=10.1418;RBI=0.0333766;REFB=-0.00705115;REVB=-0.0328362;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.629409;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00966746;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:12:13:4:8:12:13 chr6 31239821 . G T 677.78 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0392894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.514;QD=56.482;RBI=0.0863537;REFB=-0.193395;REVB=0.076898;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469262;STB=0.536569;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00187376;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:48:2:3:45:45:0.9375:19:26:0:2:19:26:0:3 chr6 31239827 . C T 764.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.622;QD=63.7239;RBI=0.0949307;REFB=0;REVB=0.0940019;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214402;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:20:25:0:0:22:26:0:0 chr6 31322303 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.73;QD=35.5757;RBI=0.0610178;REFB=0;REVB=-0.0498859;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116628;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31322470 . C G 410.81 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.225;QD=56.6637;RBI=0.0343383;REFB=0;REVB=0.0336497;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13036e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr6 31322888 . A G 464.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9801;QD=58.09;RBI=0.0526471;REFB=0;REVB=0.00357494;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448308;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 31322911 . C T 657.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.233;QD=59.79;RBI=0.0949148;REFB=-0.0469963;REVB=0.0683209;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164792;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00153051;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:0:1:28:15:0:1 chr6 31322980 . C T 774.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.304;QD=56.3102;RBI=0.0463916;REFB=0;REVB=0.0265546;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013376;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr6 31322996 . C T 784.73 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.492;QD=57.0716;RBI=0.0348232;REFB=0;REVB=0.0346774;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016336;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr6 31323233 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0225198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.638;QD=8.73789;RBI=0.0512127;REFB=-0.00179351;REVB=-0.0459957;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239525;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:9:10:5:4:9:11 chr6 31323296 . A G 414.17 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238805;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.186;QD=51.7714;RBI=0.0239755;REFB=-0.123705;REVB=0.00213239;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774676;STB=0.541638;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000837595;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:32:2:2:30:30:0.9375:19:11:2:0:19:11:2:0 chr6 31323337 . T C 279.81 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00235678;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.043;QD=37.308;RBI=0.0387441;REFB=-0.0539187;REVB=0.0386724;RO=7;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827611;STB=0.545151;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0120638;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:32:30:7:7:23:23:0.766667:12:11:2:5:12:11:2:5 chr6 31323353 . G A 61.86 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00631522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8661;QD=7.27751;RBI=0.0081331;REFB=-0.00112701;REVB=-0.00512496;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261076;STB=0.69189;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00395634;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:25:25:8:9:0.264706:5:3:15:10:6:3:15:10 chr6 31323945 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.449;QD=46.848;RBI=0.0391495;REFB=0;REVB=0.033724;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265686;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 31323953 . C G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.878;QD=46.8459;RBI=0.0802533;REFB=0;REVB=0.0618594;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165944;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 31323958 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00065224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.455;QD=46.8466;RBI=0.00962809;REFB=0;REVB=-0.00960597;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111138;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 31323960 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.731;QD=46.848;RBI=0.0254455;REFB=0;REVB=0.00803628;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177735;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 31323980 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00768945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.431;QD=9.56962;RBI=0.00772616;REFB=-0.00116521;REVB=-0.000752282;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.683772;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00220338;OID=.;OPOS=31323980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:10:5:5:3:10:5 chr6 31324003 . TC AG,GT 314.14 PASS AF=0.75,0.25;AO=17,6;DP=23;FAO=18,6;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,5;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103943,-0.0039519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=134.529,73.9179;QD=52.3572;RBI=0.0345955,0.0121893;REFB=0,0;REVB=0.0329971,0.0115309;RO=0;SAF=9,5;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00338903,0.0207916;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:23:24:0:0:17,6:18,6:0.75,0.25:8,1:9,5:0:0:9,1:9,5:0:0 chr6 31324024 . C A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0238586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0904;QD=5.78797;RBI=0.0944028;REFB=0.00942727;REVB=0.0913381;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607209;STB=0.885966;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0233229;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:16:7:6:1:16:7 chr6 31324025 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0126878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.233;QD=24.2041;RBI=0.0479365;REFB=0.00282176;REVB=0.0462269;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404869;STB=0.727731;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000348072;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:4:14:3:9:4:14:3:9 chr6 31324086 . G C 299.14 PASS AF=0.75;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0447464;FXX=0.179441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4304;QD=37.3931;RBI=0.0468119;REFB=0.0137156;REVB=0.013752;RO=8;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599209;STB=0.532759;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0119609;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:39:32:8:8:24:24:0.75:15:9:4:4:15:9:4:4 chr6 31324100 . G T 208.48 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0266471;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.216;QD=23.8258;RBI=0.0300641;REFB=-0.0269065;REVB=0.0139206;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192542;STB=0.63675;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0330875;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:15:20:20:0.571429:13:7:8:5:13:7:10:5 chr6 31324104 . G A 34.78 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00622138;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9302;QD=4.09133;RBI=0.00669472;REFB=0.00230656;REVB=-0.00247258;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200756;STB=0.639526;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0063894;OID=.;OPOS=31324104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:14:14:4:2:14:14 chr6 31324144 . T A,G 270.01 PASS AF=0.148148,0.703704;AO=4,19;DP=27;FAO=4,19;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=0,9;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00315731,-0.00455261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.665,165.338;QD=40.0017;RBI=0.00436374,0.00455567;REFB=-0.0298355,-0.00825647;REVB=-0.00301224,0.000166901;RO=4;SAF=0,9;SAR=4,10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.152641;STB=0.5,0.583249;STBP=1,0.096;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000120617,-0.000572816;OID=.,.;OPOS=31324144,31324144;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:27:27:4:4:4,19:4,19:0.148148,0.703704:4,10:0,9:0:4:4,10:0,9:0:4 chr6 31324200 . G C 262.46 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.344;QD=49.9915;RBI=0.0567744;REFB=0;REVB=0.0539889;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221308;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:17:21:1:10:7:0:0:13:8:0:0 chr6 31324666 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0522;QD=37.4885;RBI=0.0385686;REFB=0;REVB=0.0378886;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285259;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31324702 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.731;QD=33.4285;RBI=0.0514373;REFB=0;REVB=0.0248735;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151742;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324705 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.531;QD=33.4286;RBI=0.0505571;REFB=0;REVB=0.0124407;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558206;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324829 . GG CA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000939773;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.268;QD=37.4885;RBI=0.00763032;REFB=0;REVB=0.00757223;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.96756e-05;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31324887 . GG CT 62.02 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00771314;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=273.895;QD=20.6726;RBI=0.0215087;REFB=-0.0254005;REVB=-0.0200782;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=mnp;VARB=0.0017512;OID=.;OPOS=31324887;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:3:4:6:6:0.5:3:3:3:0:3:3:3:1 chr6 31324891 . CG CC,TC 127.52 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=7,4;DP=12;FAO=8,4;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214727,-0.0286083;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=214.938,89.1453;QD=42.508;RBI=0.0411232,0.039953;REFB=0,0;REVB=0.035072,0.0278892;RO=0;SAF=2,3;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00919388,0.031785;OID=.,.;OPOS=31324892,31324891;OREF=G,CG;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:12:12:0:0:7,4:8,4:0.666667,0.333333:5,1:2,3:0:0:5,1:3,3:0:0 chr6 31324895 . G C 59.14 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0177938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0645;QD=18.1966;RBI=0.0208634;REFB=-0.0393775;REVB=0.0108932;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151251;STB=0.588011;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00465373;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:3:2:5:3:3:2 chr6 31324925 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5957;QD=40.7573;RBI=0.0852894;REFB=0;REVB=0.0265667;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013374;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 31324931 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=42.1815;RBI=0.0452931;REFB=0;REVB=0.0235041;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299958;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 31371430 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5491;QD=53.2766;RBI=0.0904632;REFB=0;REVB=-0.0656441;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364033;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr6 31378335 . G C 78.49 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.199431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8538;QD=6.40712;RBI=0.200776;REFB=-0.00362757;REVB=0.0232038;RO=38;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241505;STB=0.6608;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00857999;OID=.;OPOS=31378335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:10:1:7:31:10:1:7:31 chr6 31378956 . C G 559.56 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0183925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2971;QD=31.5244;RBI=0.0229453;REFB=-0.00651638;REVB=-0.0137188;RO=22;SAF=22;SAR=27;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321926;STB=0.501741;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00113722;OID=.;OPOS=31378956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:22:49:49:0.690141:27:22:10:12:27:22:10:12 chr6 31379115 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00751181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.102;QD=54.8231;RBI=0.0176729;REFB=0.0331796;REVB=-0.0159971;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000225538;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr6 31379817 . T C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0277787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.456;QD=28.7488;RBI=0.0277787;REFB=-0.0189961;REVB=7.43182e-06;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233052;STB=0.512812;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00926045;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:7:12:18:12:7:12 chr6 31379931 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0317704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.319;QD=20.5426;RBI=0.0349023;REFB=-0.0152663;REVB=-0.0144505;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170033;STB=0.595774;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0191209;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:11:14:9:15:11:14 chr6 31380160 . TG T,TGCT 360.18 PASS AF=0.241379,0.758621;AO=6,20;DP=31;FAO=7,22;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414756,0.0206489;FXX=0.0333222;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=23.6185,222.947;QD=49.6806;RBI=0.0598254,0.0717554;REFB=0,0;REVB=0.0431144,0.0687201;RO=2;SAF=3,7;SAR=3,13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.215133,-0.11466;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.135945,0.015636;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.758621:6,20:31:7,22:29:0:3,8:4,14:0:0:42:2:3,7:3,13:2:0 chr6 31382911 . A G 1193.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591765;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3624;QD=61.2179;RBI=0.0688848;REFB=0;REVB=-0.0352598;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171699;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr6 31473546 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.495;QD=60.031;RBI=0.0440429;REFB=0;REVB=0.0144857;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88475e-05;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr6 31477681 . A G 923.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775506;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7599;QD=58.6498;RBI=0.0924364;REFB=0;REVB=-0.0503029;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774044;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr6 31496925 . G A 723.96 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232581;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.358;QD=62.9534;RBI=0.0414596;REFB=0;REVB=0.0343215;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003255;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr6 31497706 . C T 1561.25 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.101831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.545;QD=56.2612;RBI=0.10194;REFB=-0.229639;REVB=-0.0047062;RO=4;SAF=38;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473745;STB=0.512193;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00181704;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:4:2:107:109:0.981982:69:38:4:0:69:40:2:0 chr6 31506624 . T C 600.5 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141294;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.538;QD=61.5897;RBI=0.0269528;REFB=0;REVB=0.0269158;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887145;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr6 31506648 . G T 655.46 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505074;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5765;QD=62.4244;RBI=0.0741013;REFB=0;REVB=0.0542218;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219051;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 31506691 . G A 742.08 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3674;QD=61.8398;RBI=0.0343506;REFB=0;REVB=-0.0333007;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377107;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:47:48:1:20:27:1:0:20:28:0:0 chr6 31509432 . G A 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.598;QD=57.5414;RBI=0.0103347;REFB=0;REVB=0.00864889;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93747e-05;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr6 31510105 . A G 1414.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.971;QD=62.8608;RBI=0.0474183;REFB=0;REVB=-0.0448917;RO=0;SAF=63;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104242;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:26:63:0:0:26:64:0:0 chr6 31525912 . C T 688.79 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.013535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.097;QD=55.1035;RBI=0.0269833;REFB=-0.04797;REVB=0.0233431;RO=4;SAF=20;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852018;STB=0.545435;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000463027;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:4:4:46:46:0.92:26:20:4:0:26:20:4:0 chr6 31528326 . G C 847.45 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0350957;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1235;QD=52.9654;RBI=0.0351369;REFB=-0.0345797;REVB=-0.00170148;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184435;STB=0.509781;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00497456;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:64:3:3:61:61:0.953125:33:28:2:1:33:28:2:1 chr6 31540784 . C A 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0153;QD=42.1696;RBI=0.127494;REFB=0;REVB=0.0949396;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100819;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr6 31555130 . A G 1540.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.901;QD=59.825;RBI=0.0629958;REFB=0;REVB=0.061603;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41849e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:56:44:0:0:58:45:0:0 chr6 31583155 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8145;QD=49.5991;RBI=0.0597337;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964119;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:0:18:0:0:0:18:0:0 chr6 31590898 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.096;QD=60.0308;RBI=0.0638502;REFB=0;REVB=-0.000836694;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002722;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr6 31594628 . T A 762.1 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4275;QD=55.4254;RBI=0.010237;REFB=0;REVB=0.00492798;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293194;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:18:35:0:0:20:35:0:0 chr6 31595882 . C A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.878;QD=60.6103;RBI=0.0635011;REFB=0;REVB=0.0169718;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227429;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr6 31601344 . T C 554.28 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0205372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6139;QD=55.4276;RBI=0.0440731;REFB=0.00912591;REVB=0.0389957;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0166426;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:2:0:19:19:2:0 chr6 31604010 . C G 513.59 PASS AF=1;AO=26;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449768;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.8282;QD=55.5227;RBI=0.164784;REFB=0;REVB=0.158527;RO=3;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783946;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:3:0:26:37:1:20:6:0:3:31:6:0:0 chr6 31604044 . T G 770.53 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0899557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5585;QD=61.6425;RBI=0.095173;REFB=-0.0790845;REVB=-0.0310784;RO=1;SAF=6;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721289;STB=0.538445;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00896867;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:42:6:1:0:43:6:1:0 chr6 31610686 . A C,G 1672.34 PASS AF=0.0438596,0.95614;AO=5,106;DP=111;FAO=5,109;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=5,52;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187304,0.0142311;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3171,123.421;QD=58.6785;RBI=0.00801242,0.014289;REFB=0,0;REVB=0.00779042,0.00128476;RO=0;SAF=5,51;SAR=0,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0719668,-0.00174375;OID=.,.;OPOS=31610686,31610686;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:111:114:0:0:5,106:5,109:0.0438596,0.95614:0,55:5,51:0:0:0,57:5,52:0:0 chr6 31617054 . AGGGGGGGA AGGGGGGAG 168.49 PASS AF=0.428571;AO=3;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0325999;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=2;MLLD=126.73;QD=13.7544;RBI=0.102002;REFB=-0.0043126;REVB=-0.0966526;RO=5;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.888395;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0704478;OID=.;OPOS=31617061;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:3:49:21:49:21:20:1:10:11:99:5:3:0:5:0 chr6 31617063 . TCCCCC GTCCCC,TCCCC,TCCCCG 88.03 PASS AF=0,0.557692,0;AO=4,17,2;DP=52;FAO=0,29,0;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=0,19,0;FSAR=0,10,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0327068,-0.217922,-0.153601;FXX=0.0545355;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=129.441,7.39233,30.2538;QD=6.77182;RBI=0.0411014,0.217923,0.155742;REFB=0.000806853,-0.149272,-0.0200046;REVB=-0.0248917,-0.000642671,-0.0257342;RO=15;SAF=4,8,2;SAR=0,9,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.381818,0;SSSB=0.770385,0.230545,0.691135;STB=0.5,0.601029,0.5;STBP=1,0.118,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.114704,0.110997,0;OID=.,.,.;OPOS=31617063,31617064,31617068;OREF=TC,C,C;OALT=GT,-,G;OMAPALT=GTCCCC,TCCCC,TCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:52:52:15:23:4,17,2:0,29,0:0,0.557692,0:0,9,0:4,8,2:3:12:0,10,0:0,19,0:10:13 chr6 31627523 . C T 2131.44 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00166326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.1949;QD=60.4663;RBI=0.0367221;REFB=-0.114506;REVB=0.0366844;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509433;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00096115;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:0:3:138:138:0.978723:60:78:0:0:60:78:3:0 chr6 31634758 . G A 1673.32 PASS AF=1;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982023;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.431;QD=60.2998;RBI=0.0235623;REFB=0;REVB=0.0214184;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30075e-06;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:109:111:1:51:58:0:0:53:58:0:0 chr6 31657413 . T C 890.77 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323022;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=58.4109;RBI=0.085838;REFB=0;REVB=0.0795282;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627375;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:36:25:0:0 chr6 31746821 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0267298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.996;QD=9.09999;RBI=0.0290516;REFB=-0.0217082;REVB=-0.0113806;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256909;STB=0.659988;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0429368;OID=.;OPOS=31746821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:8:11:7:2:8:11 chr6 31747555 . C T 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00955038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.212;QD=24.5875;RBI=0.0234945;REFB=-0.0147632;REVB=-0.0214658;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537781;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00988281;OID=.;OPOS=31747555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:17:15:10:11:17:15:10:11 chr6 31762843 . GG CT 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546439;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=255.242;QD=43.4862;RBI=0.00546439;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.29754e-05;OID=.;OPOS=31762843;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr6 31777946 . C T 1280.04 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7557;QD=61.6886;RBI=0.0171079;REFB=0;REVB=-0.00159533;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122629;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:52:30:0:0:53:30:0:0 chr6 31778272 . G A 613.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.614;QD=61.3864;RBI=0.100789;REFB=0;REVB=0.00445818;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485539;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:26:14:0:0 chr6 31797587 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.926;QD=59.4356;RBI=0.0293509;REFB=0;REVB=0.0290154;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89122e-05;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 31838441 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.826;QD=57.5448;RBI=0.0449141;REFB=0;REVB=0.0291722;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69919e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr6 31838713 . G A 716.32 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144504;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.205;QD=55.1015;RBI=0.0263626;REFB=-0.0183931;REVB=0.0220493;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226315;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:52:1:0:51:52:1:30:21:0:1:31:21:0:0 chr6 31839309 . C T 1178.18 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182435;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7584;QD=61.2044;RBI=0.0298292;REFB=0;REVB=0.0236;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153978;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr6 31839331 . C T 866.77 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0428372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.717;QD=53.3399;RBI=0.0434443;REFB=-0.143776;REVB=-0.00723791;RO=3;SAF=32;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131216;STB=0.506956;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00301493;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:30:32:2:1:30:32:2:1 chr6 31842598 . T A 397.6 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00629741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2336;QD=27.4208;RBI=0.0426776;REFB=-0.0428397;REVB=0.0422104;RO=20;SAF=25;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248675;STB=0.626092;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0220988;OID=.;OPOS=31842598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:20:37:38:0.655172:12:25:6:14:13:25:6:14 chr6 31860337 . T C 789.66 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223223;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.511;QD=64.4616;RBI=0.00544772;REFB=0;REVB=0.00496939;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321777;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr6 31864547 . G T 465.31 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.049987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.2785;QD=40.4621;RBI=0.0531173;REFB=-0.0318412;REVB=-0.0179652;RO=5;SAF=20;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102351;STB=0.554426;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0312929;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:46:46:5:10:36:36:0.782609:16:20:3:2:16:20:8:2 chr6 31914179 . C T 613.43 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0114908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.925;QD=31.4579;RBI=0.0159452;REFB=0.00214577;REVB=0.0110549;RO=25;SAF=26;SAR=27;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101392;STB=0.554781;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00106106;OID=.;OPOS=31914179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:25:53:53:0.679487:27:26:8:17:27:26:8:17 chr6 31928799 . T C 266.32 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0167942;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2311;QD=17.7545;RBI=0.0238565;REFB=0.0138242;REVB=-0.0169436;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130852;STB=0.507338;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.011049;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:9:20:21:10:9:20:21:10 chr6 31929014 . A C 618.1 PASS AF=0.635294;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0168899;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3369;QD=29.087;RBI=0.0238584;REFB=-0.0578792;REVB=0.0168509;RO=31;SAF=28;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160621;STB=0.500872;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0305875;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:31:31:54:54:0.635294:26:28:16:15:26:28:16:15 chr6 31936668 . T C 297.56 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0260953;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.024;QD=29.7556;RBI=0.0271142;REFB=-0.0200535;REVB=-0.00736342;RO=13;SAF=22;SAR=4;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968922;STB=0.507457;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00968411;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:14:26:26:0.65:4:22:12:1:4:22:12:2 chr6 31936679 . C T 380.73 PASS AF=0.6875;AO=29;DP=46;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00554331;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1365;QD=31.7272;RBI=0.0273109;REFB=-0.0688499;REVB=0.0267425;RO=15;SAF=23;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732983;STB=0.566;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0414728;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:15:15:29:33:0.6875:6:23:13:2:10:23:13:2 chr6 31974849 . C G 205.89 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0053918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9489;QD=17.1572;RBI=0.00713498;REFB=-0.0330464;REVB=-0.00467294;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650418;STB=0.537154;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0381059;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:12:15:13:8:12:15 chr6 31975151 . T G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00728706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.889;QD=15.4183;RBI=0.0292619;REFB=-0.0250954;REVB=-0.0283401;RO=37;SAF=22;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135935;STB=0.577371;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0441051;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:7:22:24:13:7:22:24:13 chr6 31977391 . C T 295.32 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0179143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.738;QD=18.1737;RBI=0.0462162;REFB=-0.0254729;REVB=0.042603;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110518;STB=0.506169;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0303136;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:21:12:12:20:21:12 chr6 31977528 . C G 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00148434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.538;QD=3.96498;RBI=0.0133843;REFB=-0.00349025;REVB=0.0133017;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310188;STB=0.720499;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0205435;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:47:49:10:10:0.169492:7:3:26:21:7:3:28:21 chr6 31977552 . C G 35.04 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00319503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.558;QD=2.45908;RBI=0.0146523;REFB=-0.00510355;REVB=-0.0142997;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21463;STB=0.660897;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0398431;OID=.;OPOS=31977552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:57:57:50:50:7:7:0.122807:2:5:27:23:2:5:27:23 chr6 31978746 . G A 344.93 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0159103;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.076;QD=41.8097;RBI=0.0161303;REFB=0.000923171;REVB=-0.0026552;RO=5;SAF=19;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352864;STB=0.508015;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00118896;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:34:33:5:6:27:27:0.818182:8:19:3:2:8:19:4:2 chr6 32006858 . C A 920.38 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.14776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.737;QD=55.7805;RBI=0.21213;REFB=-0.136115;REVB=0.152204;RO=2;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219605;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0061601;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:42:22:0:2:43:22:0:1 chr6 32007849 . G C 1114.41 PASS AF=0.649351;AO=99;DP=153;FAO=100;FDP=154;FR=.;FRO=54;FSAF=71;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0144831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.883;QD=28.9457;RBI=0.0624682;REFB=-0.0122242;REVB=0.0607661;RO=50;SAF=71;SAR=28;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100175;STB=0.569335;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00641536;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:50:54:99:100:0.649351:28:71:29:21:29:71:29:25 chr6 32008500 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0114075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.812;QD=7.95464;RBI=0.0251845;REFB=-0.0250047;REVB=-0.0224528;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921344;STB=0.557987;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0344354;OID=.;OPOS=32008500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:13:6:2:6:13:6 chr6 32011644 . A G 455.64 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=70;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0350857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.856;QD=25.3134;RBI=0.0387122;REFB=-0.0175264;REVB=-0.0163593;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446796;STB=0.531482;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.013088;OID=.;OPOS=32011644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:28:28:42:44:0.611111:17:25:15:13:17:27:15:13 chr6 32012987 . A G 780.47 PASS AF=0.393805;AO=89;DP=229;FAO=89;FDP=226;FR=.;FRO=137;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=88;FWDB=-0.0231188;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.35;QD=13.8136;RBI=0.0249992;REFB=-0.0204338;REVB=-0.00951219;RO=139;SAF=37;SAR=52;SRF=52;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468837;STB=0.536668;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0277962;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:139:137:89:89:0.393805:52:37:52:87:52:37:49:88 chr6 32026107 . C T 45.06 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0118075;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.302;QD=20.028;RBI=0.0239307;REFB=-0.0019039;REVB=0.0208149;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000298976;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr6 32029183 . C T 151.21 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00648236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.923;QD=20.1618;RBI=0.020578;REFB=-0.031293;REVB=0.0195303;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0217996;OID=.;OPOS=32029183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr6 32029226 . A G 406.82 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00326486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.514;QD=30.7034;RBI=0.00327311;REFB=-0.0236896;REVB=-0.000232308;RO=16;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326746;STB=0.517736;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00798486;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:16:21:10:6:16:21:10:6 chr6 32029415 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00621823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.047;QD=24.4133;RBI=0.00675772;REFB=0.0511907;REVB=0.00264583;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0169762;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr6 32035603 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0372398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.508;QD=24.7081;RBI=0.0445888;REFB=-0.0306071;REVB=0.0245225;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355354;STB=0.69845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0185079;OID=.;OPOS=32035603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:17:6:12:5:17:6:12:5 chr6 32036357 . G A 591.16 PASS AF=0.69863;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000780657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.286;QD=32.3923;RBI=0.0060117;REFB=-0.0236075;REVB=0.0059608;RO=21;SAF=28;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907789;STB=0.555772;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00844671;OID=.;OPOS=32036357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:21:22:51:51:0.69863:23:28:8:13:23:28:8:14 chr6 32050067 . T C 504.34 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000939415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.875;QD=25.2169;RBI=0.0131729;REFB=-0.00249377;REVB=0.0131394;RO=30;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621345;STB=0.543531;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00180535;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:33:47:47:0.5875:18:29:16:14:18:29:17:16 chr6 32056580 . A C 356.37 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.024533;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7318;QD=35.637;RBI=0.0559859;REFB=0.00333068;REVB=-0.0503245;RO=11;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434083;STB=0.523627;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00335618;OID=.;OPOS=32056580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:40:11:11:29:29:0.725:16:13:4:7:16:13:4:7 chr6 32063681 . C T 646.06 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0342125;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.827;QD=30.403;RBI=0.035112;REFB=-0.0218764;REVB=0.00789665;RO=30;SAF=32;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322156;STB=0.517476;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0131895;OID=.;OPOS=32063681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:30:30:55:55:0.647059:23:32:16:14:23:32:16:14 chr6 32064098 . C T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0786873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6289;QD=26.0253;RBI=0.0834374;REFB=0.0299561;REVB=-0.0277507;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00208681;OID=.;OPOS=32064098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr6 32065023 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0601588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.828;QD=24.3282;RBI=0.0681253;REFB=-0.0895789;REVB=0.0319683;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.019471;OID=.;OPOS=32065023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr6 32119898 . T C 3250.33 PASS AF=0.947826;AO=216;DP=230;FAO=218;FDP=230;FR=.;FRO=12;FSAF=91;FSAR=127;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0165426;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.61;QD=56.5275;RBI=0.0216413;REFB=-0.0141523;REVB=0.013953;RO=12;SAF=90;SAR=126;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509948;STB=0.52654;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00211603;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:230:230:12:12:216:218:0.947826:126:90:11:1:127:91:11:1 chr6 32122386 . C G 917.07 PASS AF=1;AO=50;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.702;QD=58.2264;RBI=0.063124;REFB=0;REVB=0.0580654;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996376;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:50:63:1:21:29:0:0:32:31:0:0 chr6 32130329 . C G 591.41 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00634066;FXX=0.00961446;HRUN=6;LEN=1;MLLD=328.128;QD=22.9675;RBI=0.00635945;REFB=-0.0100035;REVB=-0.000488461;RO=39;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727408;STB=0.54605;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00706623;OID=.;OPOS=32130329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:39:45:58:58:0.563107:28:30:24:15:28:30:28:17 chr6 32151994 . A T 773.54 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.43;QD=63.1459;RBI=0.033332;REFB=0;REVB=-0.0224317;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146879;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr6 32172065 . T G 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137199;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.932;QD=62.3201;RBI=0.024585;REFB=0;REVB=-0.0204006;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120854;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr6 32184705 . G A 324.01 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0486887;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2095;QD=31.6107;RBI=0.0548409;REFB=-0.0079352;REVB=0.0252376;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108259;STB=0.571873;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00552667;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:14:13:28:28:0.682927:13:15:5:9:13:15:4:9 chr6 32188297 . G C 260.41 PASS AF=0.431818;AO=14;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0281479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.936;QD=23.6736;RBI=0.0294349;REFB=-0.0179586;REVB=-0.00860848;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.52783;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0423847;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:19:14:19:0.431818:6:8:9:8:7:12:11:8 chr6 32188383 . T C 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0746872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6349;QD=24.0723;RBI=0.0747273;REFB=-0.00727881;REVB=-0.002447;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0056007;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr6 32188603 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00988767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.248;QD=25.3678;RBI=0.0184315;REFB=-0.00367217;REVB=0.0155549;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118149;STB=0.565972;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00238651;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:8:6:6:15:8:6 chr6 32188640 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0151054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.977;QD=24.7078;RBI=0.0167411;REFB=-0.00751436;REVB=-0.00721745;RO=16;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.578242;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00439194;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:7:16:9:7:7:16:9:8 chr6 32188642 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0100948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.804;QD=23.2625;RBI=0.0117983;REFB=-0.00628731;REVB=0.00610695;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757648;STB=0.559387;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00505538;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:7:16:11:7:7:16:11:8 chr6 32189032 . T C 1359.26 PASS AF=0.729032;AO=113;DP=155;FAO=113;FDP=155;FR=.;FRO=42;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0292426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.521;QD=35.0776;RBI=0.0343139;REFB=-0.0141774;REVB=-0.0179531;RO=42;SAF=47;SAR=66;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308357;STB=0.516481;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00257586;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:42:42:113:113:0.729032:66:47:15:27:66:47:15:27 chr6 32190406 . A G 422.51 PASS AF=0.716981;AO=37;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0238032;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.434;QD=31.8873;RBI=0.0251608;REFB=-0.0358836;REVB=-0.00815333;RO=15;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319111;STB=0.513588;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0180715;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:37:38:0.716981:20:17:6:9:21:17:6:9 chr6 32190871 . T A 347.04 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0148285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.683;QD=30.1777;RBI=0.0245503;REFB=-0.0232061;REVB=-0.0195661;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135558;STB=0.565175;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0218611;OID=.;OPOS=32190871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:29:30:0.652174:14:15:11:4:15:15:11:5 chr6 32191620 . C T 511.25 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0272495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5277;QD=27.2664;RBI=0.0351879;REFB=-0.0423269;REVB=-0.0222633;RO=25;SAF=32;SAR=15;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291392;STB=0.514506;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0351512;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:28:47:47:0.626667:15:32:18:7:15:32:20:8 chr6 32191658 . TAGC T 436.54 PASS AF=0.759259;AO=33;DP=58;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0191301;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.253;QD=32.3361;RBI=0.0518486;REFB=-0.0912044;REVB=0.0481905;RO=12;SAF=23;SAR=10;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135894;STB=0.574099;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0275551;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.759259:33:58:41:54:13:27:14:12:1:90:12:23:10:11:1 chr6 32223531 . A C 626.74 PASS AF=1;AO=22;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.71;QD=62.6735;RBI=0.213268;REFB=0;REVB=0.0313415;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096638;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:22:40:1:21:1:0:0:21:19:0:0 chr6 32261770 . GA GG,GT 702.89 PASS AF=0.723404,0.276596;AO=25,14;DP=47;FAO=34,13;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=19,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000406646,0.00104881;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.776,204.267;QD=59.8208;RBI=0.0426875,0.0341094;REFB=0,0;REVB=0.0426856,0.0340932;RO=0;SAF=12,6;SAR=13,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00140888,0.0145416;OID=.,.;OPOS=32261771,32261771;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.723404,0.276596:25,14:47:34,13:47:0:15,6:19,7:0:0:73:0:12,6:13,8:0:0 chr6 32268501 . A T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.201;QD=57.7112;RBI=0.0315387;REFB=0;REVB=0.0149894;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52913e-05;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr6 32290927 . G T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.33536e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9102;QD=61.5352;RBI=0.00295298;REFB=0;REVB=-0.0029523;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71424e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr6 32291270 . CAG CAC,C 636.53 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,39;DP=41;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101081,-0.0166015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.639,217.9;QD=60.6222;RBI=0.0562376,0.0553068;REFB=0,0;REVB=0.0553218,0.0527564;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00230095,-0.000428478;OID=.,.;OPOS=32291272,32291271;OREF=G,AG;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:2,39:41:2,40:42:0:1,12:1,28:0:0:9:0:1,12:1,27:0:0 chr6 32291359 . T G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1058;QD=57.5428;RBI=0.0282658;REFB=0;REVB=-0.0182506;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440595;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr6 32298372 . A G 365.43 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0878539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.388;QD=52.2044;RBI=0.0883893;REFB=-0.149866;REVB=0.00971351;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00238596;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr6 32301804 . G C 946.09 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860254;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.389;QD=59.1308;RBI=0.00939746;REFB=0;REVB=0.00378266;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670046;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 32303672 . T A 348.12 PASS AF=0.6;AO=27;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0124808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.34;QD=27.8496;RBI=0.0374253;REFB=-0.0484435;REVB=0.0352829;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169679;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:27:30:0.6:15:12:8:12:18:12:8:12 chr6 32307260 . T G 854.28 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251839;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.928;QD=57.9172;RBI=0.0817786;REFB=0;REVB=0.0778043;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242803;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr6 32307382 . G A 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2377;QD=61.8126;RBI=0.0944436;REFB=0.0545456;REVB=-0.0589174;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00260625;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chr6 32310986 . C G 753.74 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.31;QD=61.5301;RBI=0.0489126;REFB=-0.0887513;REVB=-0.0338002;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000299099;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:1:0 chr6 32317922 . TTTTCTTTC TTTTC,TTTTCTGTT 728.43 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=41,2;DP=43;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347004,0.0302839;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=266.74,128.11;QD=61.9939;RBI=0.0414986,0.0352761;REFB=0,0;REVB=0.0227598,-0.0180912;RO=0;SAF=24,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000496788,0.0299998;OID=.,.;OPOS=32317923,32317928;OREF=TTTC,TTC;OALT=-,GTT;OMAPALT=TTTTC,TTTTCTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.957447,0.0425532:41,2:43:45,2:47:0:27,0:18,2:0:0:9:0:24,0:17,2:0:0 chr6 32333093 . A G 1162.26 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459526;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.179;QD=59.6033;RBI=0.0459793;REFB=-0.132454;REVB=-0.00156685;RO=1;SAF=26;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178528;STB=0.509431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000380878;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:78:1:1:77:77:0.987179:51:26:1:0:51:26:1:0 chr6 32333098 . C T 1085.48 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0104395;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.408;QD=56.3885;RBI=0.0140061;REFB=-0.10894;REVB=0.00933744;RO=3;SAF=24;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000756587;STB=0.5004;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000309762;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:3:3:74:74:0.961039:50:24:1:2:50:24:1:2 chr6 32333341 . A G 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0273191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.334;QD=6.50661;RBI=0.0331235;REFB=-0.0178072;REVB=-0.0187305;RO=45;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968475;STB=0.554301;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0521682;OID=.;OPOS=32333341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:46:15:15:0.245902:11:4:15:30:11:4:15:31 chr6 32333955 . T C 815.0 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431335;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9578;QD=57.193;RBI=0.165057;REFB=0;REVB=0.159321;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186201;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:2:0:54:57:1:34:20:0:2:36:21:0:0 chr6 32334224 . C G 227.69 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448309;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.504;QD=50.5979;RBI=0.011362;REFB=0;REVB=0.0104401;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980778;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 32336586 . A G 2394.2 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125365;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.397;QD=64.2738;RBI=0.0159546;REFB=0;REVB=0.00986836;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332304;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:80:68:0:0:81:68:0:0 chr6 32337686 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.474;QD=59.8387;RBI=0.0144764;REFB=0;REVB=0.0126515;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110644;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 32363816 . T C 96.2 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0307942;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3184;QD=5.91998;RBI=0.0344642;REFB=0.00542839;REVB=-0.0154758;RO=52;SAF=12;SAR=3;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29686;STB=0.700434;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0169961;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:67:65:52:50:15:15:0.230769:3:12:31:21:3:12:29:21 chr6 32363844 . C T 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0223831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3616;QD=5.88655;RBI=0.0305696;REFB=0.0115222;REVB=-0.0208205;RO=50;SAF=12;SAR=3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396958;STB=0.751319;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0454381;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:3:12:25:25:3:12:25:25 chr6 32363955 . T C 194.56 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=5.19313e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.75;QD=10.3763;RBI=0.000198377;REFB=0.000340532;REVB=-0.000191459;RO=50;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160099;STB=0.593508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00084918;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:10:15:23:27:10:15:23:27 chr6 32370835 . T C 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0104749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.923;QD=9.19051;RBI=0.0105965;REFB=0.00278521;REVB=0.0016008;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215837;STB=0.626098;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00653753;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:9:11:32:12:9:11:32:12 chr6 32410987 . A G 1076.03 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00027537;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4247;QD=57.3882;RBI=0.0098157;REFB=-0.146283;REVB=0.00981183;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103772;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000443608;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:38:35:1:1:38:35:1:1 chr6 32411035 . A C 1575.3 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943326;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.511;QD=60.0114;RBI=0.0147511;REFB=0;REVB=0.0113406;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.902e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr6 32411646 . T G 1641.43 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7293;QD=60.2359;RBI=0.0477235;REFB=0;REVB=0.0126338;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105874;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:61:48:0:0:61:48:0:0 chr6 32412435 . G A 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000206728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.655;QD=24.3827;RBI=0.0202028;REFB=-0.0110834;REVB=0.0202017;RO=25;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215882;STB=0.618602;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0113844;OID=.;OPOS=32412435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:24:13:16:9:24:13:16:9 chr6 32412480 . G A 1119.48 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678036;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.119;QD=60.5126;RBI=0.0110201;REFB=0;REVB=-0.00868734;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72059e-06;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr6 32487170 . G A 37.55 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0129352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.257;QD=8.83453;RBI=0.0268668;REFB=0.00836311;REVB=0.0235479;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0117169;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr6 32487174 . C G 100.47 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0100596;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.611;QD=25.1177;RBI=0.0410522;REFB=0.000830058;REVB=0.0398006;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000303464;OID=.;OPOS=32487174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:4:1:6:5:4:1 chr6 32487214 . TC CC,CT 60.19 PASS AF=0.571429,0;AO=8,6;DP=14;FAO=8,0;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0130077,-0.0363034;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=150.619,212.797;QD=17.1962;RBI=0.0626806,0.0663863;REFB=-0.0019259,0.0135316;REVB=-0.0613161,-0.0555806;RO=0;SAF=4,5;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.642528,0.5;STBP=0.279,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00458054,0;OID=.,.;OPOS=32487214,32487214;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:0:6:8,6:8,0:0.571429,0:4,1:4,5:0:0:4,0:4,0:5:1 chr6 32487268 . A G 222.85 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.854;QD=49.5221;RBI=0.0960482;REFB=0;REVB=0.0925123;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218904;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:1:0:16:18:1:3:13:0:1:5:13:0:0 chr6 32487277 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00707689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.04;QD=14.9784;RBI=0.0392277;REFB=-0.0068337;REVB=-0.038584;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4878;STB=0.781906;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0120558;OID=.;OPOS=32487277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:1:9:5:5:1:9:6:5 chr6 32487294 . C T 192.66 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0313556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6954;QD=40.5606;RBI=0.0405822;REFB=-0.151399;REVB=0.0257632;RO=2;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465783;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0114042;OID=.;OPOS=32487294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:5:12:1:1:5:12:1:1 chr6 32487309 . T C 221.56 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.552;QD=49.236;RBI=0.0481587;REFB=0;REVB=0.0417495;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675775;OID=.;OPOS=32487309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr6 32487390 . T G 74.76 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5113;QD=37.3789;RBI=0.0551548;REFB=0;REVB=0.0549604;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013988;OID=.;OPOS=32487390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:2:3:0:0:4:4:0:0 chr6 32487398 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3819;QD=35.5756;RBI=0.046632;REFB=0;REVB=-0.0195709;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193195;OID=.;OPOS=32487398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32489749 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.66;QD=40.7625;RBI=0.0311562;REFB=0;REVB=-0.00504721;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728894;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 32489755 . GTCT CCGC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763913;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=231.605;QD=39.2068;RBI=0.0764048;REFB=0;REVB=-0.00143827;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00110477;OID=.;OPOS=32489755;OREF=GTCT;OALT=CCGC;OMAPALT=CCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 32489766 . A G 88.12 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7143;QD=39.1643;RBI=0.0597388;REFB=0;REVB=0.0595476;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430848;OID=.;OPOS=32489766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 32489791 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.584;QD=35.5754;RBI=0.037271;REFB=0;REVB=-0.0155244;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404188;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32489794 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.386;QD=35.5758;RBI=0.0274224;REFB=0;REVB=0.00798468;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815222;OID=.;OPOS=32489794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32497905 . G T 60.92 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250027;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.533;QD=30.4618;RBI=0.0284378;REFB=-0.0888975;REVB=0.0135489;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00259242;OID=.;OPOS=32497905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr6 32497917 . C A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0541358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6673;QD=18.7665;RBI=0.068675;REFB=-0.0234668;REVB=-0.0422561;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.713466;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0124484;OID=.;OPOS=32497917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:2:1:5:1:2:1 chr6 32497943 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00992216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.437;QD=28.5377;RBI=0.0125061;REFB=0.00173728;REVB=-0.00761264;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-3.31107e-05;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr6 32517812 . C A 229.98 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.776;QD=45.9962;RBI=0.0300812;REFB=0.0395868;REVB=-0.0156054;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000549854;OID=.;OPOS=32517812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:11:7:1:0:11:8:1:0 chr6 32546743 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.91;QD=44.6898;RBI=0.0355123;REFB=0;REVB=-0.0302604;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114859;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 32546783 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.458;QD=49.5987;RBI=0.0664568;REFB=0;REVB=0.0607419;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010765;OID=.;OPOS=32546783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 32546795 . T A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000889309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.398;QD=48.7293;RBI=0.0157135;REFB=0;REVB=-0.0156884;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231312;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr6 32546800 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0137;QD=49.5972;RBI=0.10513;REFB=0;REVB=0.0805285;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00555448;OID=.;OPOS=32546800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 32546805 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.599;QD=49.5992;RBI=0.0179215;REFB=0;REVB=0.0172043;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60355e-05;OID=.;OPOS=32546805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 32546828 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.4;QD=45.1038;RBI=0.0193754;REFB=0.0891894;REVB=0.000746725;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000901732;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr6 32546835 . G GT 174.41 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575363;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.5177;QD=38.7585;RBI=0.0982505;REFB=0;REVB=-0.0796413;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00648147;OID=.;OPOS=32546836;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:18:18:0:7:11:0:0:4:18:2:0:7:11 chr6 32546836 . A T 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8331;QD=39.4353;RBI=0.0676585;REFB=-0.0363731;REVB=-0.0663323;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.583225;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00316016;OID=.;OPOS=32546836;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:11:5:2:0:11:5:2:0 chr6 32546837 . AA AG,GG 219.04 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=16,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288473,-0.0129911;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=58.2498,46.0313;QD=48.6751;RBI=0.039167,0.0174229;REFB=0,0;REVB=-0.0264932,-0.01161;RO=0;SAF=5,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00813712,0.101161;OID=.,.;OPOS=32546838,32546837;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:18:18:0:0:16,2:16,2:0.888889,0.111111:11,0:5,2:0:0:11,0:5,2:0:0 chr6 32546866 . T C 239.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6157;QD=50.399;RBI=0.0212422;REFB=0;REVB=-0.00197867;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541206;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr6 32547988 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.214;QD=43.4862;RBI=0.0648052;REFB=0;REVB=-0.03206;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146989;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 32547991 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.887;QD=43.4862;RBI=0.0345858;REFB=0;REVB=-0.00307101;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316753;OID=.;OPOS=32547991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 32548032 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.621;QD=43.4861;RBI=0.0228578;REFB=0;REVB=0.0219586;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297913;OID=.;OPOS=32548032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 32548058 . GAGGAA G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=417.291;QD=39.2068;RBI=0.00674014;REFB=0;REVB=0.00674014;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.73788e-05;OID=.;OPOS=32548059;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:9:9:0:0:9:0:0:4:0:0:9:0:0 chr6 32548544 . TG GA 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0221118;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.546;QD=4.65882;RBI=0.0236806;REFB=-0.00163227;REVB=-0.00847598;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23526;STB=0.656759;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.00530352;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:5:3:20:15:5:3:20:15 chr6 32548581 . A G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00676887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.785;QD=8.99483;RBI=0.0122702;REFB=-0.00552488;REVB=0.0102343;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599727;STB=0.536525;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0106407;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:13:16:6:6:13:16 chr6 32549396 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.729;QD=35.5759;RBI=0.0137157;REFB=0;REVB=-9.6133e-05;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260286;OID=.;OPOS=32549396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32549399 . C T 61.26 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.187164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7459;QD=27.2287;RBI=0.23984;REFB=-0.190488;REVB=0.149977;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.156911;OID=.;OPOS=32549399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr6 32549401 . TC CT 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141365;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.489;QD=39.2068;RBI=0.0206936;REFB=0;REVB=0.0151124;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.00314e-05;OID=.;OPOS=32549401;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 32549464 . T C 155.24 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000611482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.691;QD=9.2683;RBI=0.012996;REFB=-0.00739088;REVB=-0.0129816;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184615;STB=0.510907;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0130696;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:9:12:27:19:9:12:27:19 chr6 32549475 . T C 1064.32 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103938;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.497;QD=59.9619;RBI=0.0201219;REFB=0;REVB=0.0172296;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92306e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:30:39:0:0:31:40:0:0 chr6 32549481 . C T 191.12 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0636335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4688;QD=9.92821;RBI=0.0718573;REFB=-0.0163092;REVB=-0.0333804;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917103;STB=0.55229;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.108749;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:43:52:25:25:0.324675:13:12:21:22:13:12:29:23 chr6 32549497 . G A 218.39 PASS AF=0.297872;AO=26;DP=92;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00390456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.583;QD=9.2933;RBI=0.0169353;REFB=-0.00383335;REVB=-0.0164791;RO=66;SAF=9;SAR=17;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324196;STB=0.680884;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0133687;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:66:66:26:28:0.297872:17:9:41:25:18:10:41:25 chr6 32549501 . A C,T 1401.05 PASS AF=0.655914,0.344086;AO=59,32;DP=91;FAO=61,32;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37,11;FSAR=24,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000375129,-0.0464918;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.786,129.514;QD=60.26;RBI=0.00761677,0.047412;REFB=0,0;REVB=0.00760753,0.00929565;RO=0;SAF=36,11;SAR=23,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0117334,-0.0102358;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:93:0:0:59,32:61,32:0.655914,0.344086:23,21:36,11:0:0:24,21:37,11:0:0 chr6 32549525 . C G 73.29 PASS AF=0.121429;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=140;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.0146627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7147;QD=2.09391;RBI=0.091958;REFB=-0.00952029;REVB=-0.0907815;RO=114;SAF=11;SAR=6;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225677;STB=0.685035;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0554913;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:132:140:114:123:17:17:0.121429:6:11:53:61:6:11:53:70 chr6 32549531 . T C 79.43 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.0123847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.119;QD=2.22172;RBI=0.0195785;REFB=0.00215591;REVB=0.0151636;RO=125;SAF=11;SAR=7;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220005;STB=0.6533;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0136929;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:125:125:18:18:0.125874:7:11:54:71:7:11:54:71 chr6 32549540 . C T 1030.87 PASS AF=0.622517;AO=91;DP=148;FAO=94;FDP=151;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00193305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.677;QD=27.3079;RBI=0.012661;REFB=-0.0290092;REVB=0.0125125;RO=55;SAF=46;SAR=45;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607838;STB=0.523174;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0166878;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:55:57:91:94:0.622517:45:46:23:32:47:47:25:32 chr6 32549548 . G A 571.87 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0083547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.068;QD=14.6632;RBI=0.00925739;REFB=-0.020482;REVB=-0.00398727;RO=90;SAF=28;SAR=37;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607766;STB=0.531091;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0263178;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:91:65:65:0.416667:37:28:44:46:37:28:44:47 chr6 32549582 . GTC TCT 122.35 PASS AF=0.154839;AO=24;DP=157;FAO=24;FDP=155;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.0100394;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=3;MLLD=49.7519;QD=3.15746;RBI=0.0102749;REFB=-0.00290811;REVB=0.00218757;RO=122;SAF=5;SAR=19;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338613;STB=0.737869;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.017337;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:122:131:24:24:0.154839:19:5:55:67:19:5:61:70 chr6 32549588 . G A 61.32 PASS AF=0.103226;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=82;FWDB=-0.0139583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.436;QD=1.58257;RBI=0.0141745;REFB=-0.0011608;REVB=0.00246611;RO=137;SAF=9;SAR=7;SRF=57;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.634043;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00966814;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:155:155:137:139:16:16:0.103226:7:9:57:80:7:9:57:82 chr6 32549596 . T C 2274.13 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.188;QD=63.6121;RBI=0.0181982;REFB=0;REVB=-0.0157388;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61796e-05;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:83:60:0:0:83:60:0:0 chr6 32549611 . T A 64.67 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=78;FWDB=-0.0178176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.382;QD=1.79645;RBI=0.0178819;REFB=-0.00187349;REVB=-0.00151593;RO=128;SAF=9;SAR=7;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208191;STB=0.649229;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0212415;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:144:128:128:16:16:0.111111:7:9:50:78:7:9:50:78 chr6 32549614 . G A 651.16 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0600486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5656;QD=18.8741;RBI=0.0618592;REFB=0.00645129;REVB=0.0148569;RO=72;SAF=25;SAR=41;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037508;STB=0.520779;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00809389;OID=.;OPOS=32549614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:41:25:30:42:41:25:30:42 chr6 32551948 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.964;QD=50.4133;RBI=0.0207699;REFB=0;REVB=0.0130224;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462627;OID=.;OPOS=32551948;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr6 32551957 . GC CT 203.15 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337597;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.326;QD=50.7875;RBI=0.033782;REFB=0;REVB=-0.0012274;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000812406;OID=.;OPOS=32551957;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr6 32551970 . T G 230.41 PASS AF=0.95;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9006;QD=46.081;RBI=0.0175396;REFB=-0.0135891;REVB=0.00784544;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00491328;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:17:19:0.95:6:11:0:1:8:11:0:1 chr6 32551995 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0372288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.211;QD=36.4494;RBI=0.0374124;REFB=-0.0329267;REVB=-0.00370242;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661342;STB=0.536378;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00252693;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:7:9:1:2:7:9:1:2 chr6 32551998 . G A 154.93 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0148945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.831;QD=32.6164;RBI=0.0416667;REFB=-0.0647918;REVB=0.0389136;RO=4;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134333;STB=0.574368;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00345078;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:6:9:1:3:6:9:1:3 chr6 32552029 . A T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00128134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.697;QD=39.3175;RBI=0.00627551;REFB=0.0285936;REVB=0.00614331;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0103866;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr6 32552067 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.626;QD=40.7605;RBI=0.171448;REFB=0;REVB=-0.0677347;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519939;OID=.;OPOS=32552067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32552072 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.983;QD=40.7629;RBI=0.0496241;REFB=0;REVB=-0.0143115;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765443;OID=.;OPOS=32552072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32557435 . A C 114.75 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1938;QD=41.7272;RBI=0.0926242;REFB=0;REVB=-0.0320947;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00619682;OID=.;OPOS=32557435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 32557478 . CG AA,AG 46.22 PASS AF=0.166667,0.222222;AO=3,4;DP=19;FAO=3,4;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2,2;FSAR=1,2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0011808,0.0165881;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=200.258,168.02;QD=10.2709;RBI=0.00548397,0.0166001;REFB=-0.0146529,-0.0141181;REVB=0.00535533,0.00063226;RO=11;SAF=2,2;SAR=1,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318673,0.14919;STB=0.725859,0.59952;STBP=0.461,0.666;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000492586,0.0597796;OID=.,.;OPOS=32557478,32557478;OREF=CG,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:19:18:11:11:3,4:3,4:0.166667,0.222222:1,2:2,2:4:7:1,2:2,2:4:7 chr6 32557483 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3157;QD=50.4129;RBI=0.0490473;REFB=0;REVB=-0.0483711;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103134;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 32557506 . T C 90.37 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0180715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6946;QD=20.0817;RBI=0.0597326;REFB=-0.0692105;REVB=-0.0569333;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871479;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0466646;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:10:11:0.611111:6:4:2:5:6:5:2:5 chr6 32605257 . C A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.01084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.791;QD=7.34895;RBI=0.0136717;REFB=-0.00777328;REVB=-0.00833134;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260877;STB=0.522934;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.014372;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:38:39:13:13:0.25:9:4:11:27:9:4:11:28 chr6 32605274 . T C 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.005516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.166;QD=8.20278;RBI=0.00994932;REFB=-0.00540235;REVB=0.00828025;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193089;STB=0.614438;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0193127;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:10:7:11:31:10:7:11:31 chr6 32605284 . G A 507.73 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0155003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=31.733;RBI=0.0155017;REFB=-0.0225823;REVB=-0.000213196;RO=18;SAF=12;SAR=33;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112843;STB=0.55553;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00608791;OID=.;OPOS=32605284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:19:45:45:0.703125:33:12:8:10:33:12:8:11 chr6 32605295 . C T 134.06 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0107264;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6245;QD=8.0036;RBI=0.0226903;REFB=0.0167349;REVB=-0.0199949;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241893;STB=0.64786;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0427826;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:47:48:19:19:0.283582:10:9:13:34:10:9:13:35 chr6 32605309 . A G 504.44 PASS AF=0.692308;AO=44;DP=64;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0462222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5987;QD=31.0423;RBI=0.0474523;REFB=-0.0141703;REVB=-0.0107348;RO=20;SAF=13;SAR=31;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101857;STB=0.557377;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00549794;OID=.;OPOS=32605309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:20:20:44:45:0.692308:31:13:9:11:32:13:9:11 chr6 32606695 . T C 1509.34 PASS AF=0.698324;AO=124;DP=179;FAO=125;FDP=179;FR=.;FRO=54;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0335384;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.646;QD=33.7283;RBI=0.0544092;REFB=-0.0586373;REVB=0.0428432;RO=55;SAF=70;SAR=54;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110918;STB=0.50382;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0155616;OID=.;OPOS=32606695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:55:54:124:125:0.698324:54:70:30:25:54:71:30:24 chr6 32606701 . A G 1631.88 PASS AF=0.7;AO=132;DP=190;FAO=133;FDP=190;FR=.;FRO=57;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0425433;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8586;QD=34.3554;RBI=0.0452808;REFB=-0.0381554;REVB=0.0155055;RO=55;SAF=77;SAR=55;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314949;STB=0.516108;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00596649;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:55:57:132:133:0.7:55:77:29:26:56:77:30:27 chr6 32606732 . G A 375.88 PASS AF=0.255708;AO=56;DP=219;FAO=56;FDP=219;FR=.;FRO=163;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=0.00111551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.435;QD=6.86546;RBI=0.0364281;REFB=-0.00568944;REVB=-0.036411;RO=161;SAF=24;SAR=32;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123772;STB=0.578097;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0168747;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:161:163:56:56:0.255708:32:24:85:76:32:24:87:76 chr6 32609173 . C G 1457.22 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497318;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.934;QD=63.3576;RBI=0.0512188;REFB=0;REVB=0.0122519;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07759e-06;OID=.;OPOS=32609173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:51:39:0:0:51:41:0:0 chr6 32610008 . CC TG 130.29 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=-0.00884406;FXX=0.0267833;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.156;QD=4.78139;RBI=0.0329781;REFB=-0.00289927;REVB=-0.03177;RO=87;SAF=14;SAR=8;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569771;STB=0.503594;STBP=0.981;TYPE=mnp;VARB=0.0113561;OID=.;OPOS=32610008;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:87:87:22:22:0.201835:8:14:55:32:8:14:55:32 chr6 32610047 . T C 170.88 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=116;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.00427878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7694;QD=5.89238;RBI=0.0282056;REFB=0.0106356;REVB=-0.0278792;RO=89;SAF=15;SAR=12;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124838;STB=0.575883;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.011593;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:89:27:27:0.232759:12:15:58:31:12:15:58:31 chr6 32610059 . T G 164.8 PASS AF=0.232143;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=112;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.00709618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.391;QD=5.88564;RBI=0.0109592;REFB=-0.00982721;REVB=0.00835149;RO=82;SAF=14;SAR=12;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137801;STB=0.58817;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0189838;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:82:86:26:26:0.232143:12:14:53:29:12:14:56:30 chr6 32610099 . TC T 66.9 PASS AF=0.25;AO=19;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0762029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1533;QD=3.34487;RBI=0.0788872;REFB=-0.00489202;REVB=-0.0204039;RO=52;SAF=11;SAR=8;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17182;STB=0.594507;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=-0.00117941;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:19:80:20:80:60:12:8:43:17:66:52:11:8:37:15 chr6 32610109 . A C 110.37 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0081689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.3524;QD=5.66018;RBI=0.0369082;REFB=-0.00119945;REVB=0.0359928;RO=58;SAF=11;SAR=7;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130215;STB=0.588693;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0103662;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:58:60:18:18:0.230769:7:11:41:17:7:11:43:17 chr6 32610403 . C A 36.9 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000637423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.45;QD=2.58916;RBI=0.0105156;REFB=0.000157903;REVB=-0.0104963;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401207;STB=0.786309;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000932689;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:32:18:5:2:32:18 chr6 32610436 . T C 906.04 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0659988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.768;QD=56.6273;RBI=0.0881118;REFB=-0.0436784;REVB=0.0583767;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000556761;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:29:34:0:0:29:34:1:0 chr6 32610461 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.469;QD=57.8836;RBI=0.0141434;REFB=0;REVB=0.00957828;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40557e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr6 32610478 . C G 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.034094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.548;QD=2.5891;RBI=0.0342967;REFB=-0.00533675;REVB=-0.00372364;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34002;STB=0.748114;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0253181;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:29:21:5:2:29:21 chr6 32610481 . T C 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0346247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4155;QD=2.50906;RBI=0.0364026;REFB=0.00379301;REVB=-0.0112375;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327688;STB=0.740961;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00918119;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:5:2:29:22:5:2:29:22 chr6 32610487 . C G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0332233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7606;QD=2.43213;RBI=0.0337068;REFB=0.00265115;REVB=0.00568832;RO=52;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315789;STB=0.733944;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0206067;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:5:2:29:23:5:2:29:23 chr6 32610704 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.649;QD=58.1419;RBI=0.0218165;REFB=0;REVB=0.00106932;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125067;OID=.;OPOS=32610704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr6 32610757 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.811;QD=53.911;RBI=0.0483693;REFB=0;REVB=0.0170615;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953814;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 32610769 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.232;QD=52.6132;RBI=0.0279195;REFB=0;REVB=0.0256021;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103028;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 32627988 . A G 230.26 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00508718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.19;QD=46.0513;RBI=0.00508718;REFB=-0.0030065;REVB=1.3646e-06;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000153149;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:9:9:1:0:10:9:1:0 chr6 32627991 . C T 179.19 PASS AF=0.85;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0105714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6945;QD=35.8376;RBI=0.0254595;REFB=-0.00705727;REVB=0.0231609;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.529377;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.023935;OID=.;OPOS=32627991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:19:20:2:3:17:17:0.85:10:7:2:0:9:8:2:1 chr6 32628001 . T C 253.31 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.242;QD=46.0559;RBI=0.123264;REFB=-0.0950422;REVB=0.110515;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00586395;OID=.;OPOS=32628001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:12:8:1:0:13:8:1:0 chr6 32628045 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.471;QD=59.8394;RBI=0.0284297;REFB=0;REVB=0.0234709;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115621;OID=.;OPOS=32628045;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:27:8:0:0:27:9:0:0 chr6 32629129 . T C 356.6 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00384932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.934;QD=36.5742;RBI=0.01051;REFB=-0.0187408;REVB=0.0097797;RO=10;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391089;STB=0.521262;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00589486;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:15:14:4:6:15:14:4:6 chr6 32629137 . T G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0317449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.037;QD=6.85053;RBI=0.031837;REFB=-0.00651975;REVB=-0.0024199;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101508;STB=0.564227;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0124077;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:15:16:6:4:15:16 chr6 32629141 . C T 70.39 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000239232;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.757;QD=6.7035;RBI=0.0390139;REFB=-0.00300469;REVB=-0.0390132;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204008;STB=0.55329;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0022786;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:26:32:10:10:0.238095:6:4:15:11:6:4:15:17 chr6 32629146 . G A 69.69 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0169552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.035;QD=6.48249;RBI=0.0187926;REFB=0.00515989;REVB=0.00810459;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103404;STB=0.565904;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0227745;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:16:17:6:4:16:17 chr6 32629155 . C A 373.2 PASS AF=0.75;AO=29;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0222967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0922;QD=37.3205;RBI=0.0521653;REFB=-0.0311407;REVB=0.0471601;RO=11;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211039;STB=0.508498;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0124527;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:11:10:29:30:0.75:17:12:5:6:17:13:4:6 chr6 32629161 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0202635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.633;QD=6.48208;RBI=0.0223093;REFB=-0.00126869;REVB=0.00933251;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103404;STB=0.565904;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00590493;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:16:17:6:4:16:17 chr6 32629193 . C T 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0117352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.387;QD=4.53683;RBI=0.0257964;REFB=0.00830878;REVB=0.0229726;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237548;STB=0.674535;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0135903;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:6:2:15:20:6:2:16:20 chr6 32629755 . G A 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0261757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.385;QD=7.79571;RBI=0.0356012;REFB=-0.00602626;REVB=-0.0241304;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474198;STB=0.806526;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0205929;OID=.;OPOS=32629755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:1:8:13:10:1:8:13:10 chr6 32629764 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0121922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.737;QD=10.4723;RBI=0.019913;REFB=0.000729849;REVB=-0.0157441;RO=24;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5545;STB=0.845444;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00176217;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:1:11:13:11:1:11:13:11 chr6 32629802 . A G 179.04 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00248114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.39;QD=12.5643;RBI=0.0183766;REFB=-0.0126661;REVB=-0.0182083;RO=35;SAF=18;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407878;STB=0.738565;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0190988;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:4:18:17:18:4:18:17:18 chr6 32629847 . A G 1108.11 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4803;QD=59.8979;RBI=0.0694848;REFB=0;REVB=-0.0529222;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804756;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr6 32629859 . A G 1198.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160884;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.487;QD=61.4398;RBI=0.0176178;REFB=0;REVB=-0.00717981;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596078;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr6 32629867 . T TG 398.09 PASS AF=0.691358;AO=12;DP=80;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0274776;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.7;QD=19.6587;RBI=0.0275192;REFB=-0.00155262;REVB=0.00151325;RO=68;SAF=4;SAR=8;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391367;STB=0.587709;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.000733652;OID=.;OPOS=32629868;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.691358:12:80:56:81:25:29:27:20:5:99:68:4:8:45:23 chr6 32629868 . A G 437.75 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0124308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.929;QD=21.6171;RBI=0.0326208;REFB=0.00470565;REVB=0.0301595;RO=37;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586051;STB=0.524365;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0119397;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:18:25:24:13:18:25:24:14 chr6 32629869 . A G 69.46 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00681274;FXX=0.0493766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.456;QD=3.60819;RBI=0.023666;REFB=-0.00215389;REVB=0.0226642;RO=56;SAF=4;SAR=8;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390872;STB=0.737341;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.145784;OID=.;OPOS=32629869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:80:77:56:65:12:12:0.155844:8:4:37:19:8:4:41:24 chr6 32629889 . G A 165.86 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0120278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.359;QD=7.9934;RBI=0.0151265;REFB=0.0143836;REVB=-0.00917293;RO=60;SAF=19;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453731;STB=0.775702;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0183758;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:4:19:29:31:4:19:29:31 chr6 32629891 . C T 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0142353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.883;QD=7.99173;RBI=0.0369403;REFB=0.00633368;REVB=-0.0340873;RO=60;SAF=19;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453731;STB=0.775702;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0562962;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:4:19:29:31:4:19:29:31 chr6 32629904 . A G 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00835955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.263;QD=7.70349;RBI=0.00845025;REFB=-0.0156232;REVB=-0.00123474;RO=59;SAF=18;SAR=4;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418047;STB=0.755471;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0164932;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:4:18:30:29:4:18:30:29 chr6 32629935 . C G 211.25 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00964457;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.032;QD=9.7125;RBI=0.0171088;REFB=-0.00268173;REVB=-0.0141312;RO=60;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238489;STB=0.640519;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0413558;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:60:27:27:0.310345:9:18:28:32:9:18:28:32 chr6 32629936 . C T 732.51 PASS AF=0.685393;AO=60;DP=88;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0163277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.952;QD=32.9218;RBI=0.0254561;REFB=-0.00900087;REVB=-0.01953;RO=28;SAF=28;SAR=32;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103526;STB=0.557659;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0254314;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:28:28:60:61:0.685393:32:28:18:10:33:28:18:10 chr6 32629955 . C T 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0110461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.297;QD=10.1468;RBI=0.0111696;REFB=0.000555453;REVB=0.00165606;RO=65;SAF=23;SAR=7;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406501;STB=0.739061;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00190904;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:65:30:30:0.315789:7:23:28:37:7:23:28:37 chr6 32629963 . C T 666.24 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0195782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2194;QD=30.9881;RBI=0.0459162;REFB=-0.00943183;REVB=-0.041533;RO=29;SAF=26;SAR=31;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186836;STB=0.600935;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00500771;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:29:29:57:57:0.662791:31:26:22:7:31:26:22:7 chr6 32630028 . G A 487.98 PASS AF=0.6875;AO=43;DP=63;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0378047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.344;QD=30.499;RBI=0.041484;REFB=-0.0183257;REVB=0.0170801;RO=20;SAF=15;SAR=28;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941627;STB=0.544889;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00431514;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:20:20:43:44:0.6875:28:15:10:10:28:16:10:10 chr6 32632587 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4782;QD=50.1326;RBI=0.027659;REFB=-0.0515315;REVB=0.0233388;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00450804;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr6 32632598 . A T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.977;QD=50.1327;RBI=0.0398908;REFB=-0.0402212;REVB=0.0105568;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0019154;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr6 32632628 . G C 297.46 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=30;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0293394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0031;QD=38.3815;RBI=0.050058;REFB=-0.0849492;REVB=-0.0405587;RO=6;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503873;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00647748;OID=.;OPOS=32632628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:30:31:6:6:24:25:0.806452:12:12:3:3:12:13:3:3 chr6 32632637 . TC GA 184.29 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00954687;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.411;QD=27.3022;RBI=0.0683951;REFB=-0.0155863;REVB=0.0677255;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107386;STB=0.559926;STBP=0.447;TYPE=mnp;VARB=0.0077604;OID=.;OPOS=32632637;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:27:9:9:16:16:0.592593:8:8:6:3:8:8:6:3 chr6 32632647 . T C 245.19 PASS AF=0.6875;AO=19;DP=29;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0313343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.672;QD=30.6486;RBI=0.0348642;REFB=-0.0671634;REVB=0.0152865;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147618;STB=0.545413;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00397207;OID=.;OPOS=32632647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:32:10:10:19:22:0.6875:12:7:6:4:12:10:6:4 chr6 32632650 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00486928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.604;QD=9.82172;RBI=0.00624831;REFB=-0.0120368;REVB=0.00391554;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0312312;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:11:12:4:7:11:12 chr6 32632687 . AT AA,GG 522.59 PASS AF=0.605263,0.368421;AO=23,14;DP=38;FAO=23,14;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9,10;FSAR=14,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031401,-0.00171403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=186.14,162.795;QD=55.0093;RBI=0.03296,0.00563679;REFB=0.0126406,-0.0410864;REVB=0.0100168,-0.00536988;RO=1;SAF=9,10;SAR=14,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0486633,-0.0433252;STB=0.526293,0.523776;STBP=0.297,0.622;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00469023,0.0209221;OID=.,.;OPOS=32632688,32632687;OREF=T,AT;OALT=A,GG;OMAPALT=AA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:38:1:1:23,14:23,14:0.605263,0.368421:14,4:9,10:1:0:14,4:9,10:1:0 chr6 32632694 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0402934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1495;QD=12.7908;RBI=0.0408462;REFB=0.00298288;REVB=0.00669746;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344765;STB=0.702832;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00239839;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:9:14:4:10:9:14 chr6 32632700 . T A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0204921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.382;QD=14.139;RBI=0.0251033;REFB=-0.00780863;REVB=0.0144999;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324157;STB=0.689378;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00551783;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:8:12:4:10:8:12 chr6 32632711 . C T 165.66 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0111018;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.723;QD=21.3762;RBI=0.0412725;REFB=-0.0154834;REVB=0.0397513;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340244;STB=0.692078;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.018284;OID=.;OPOS=32632711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:10:4:12:5:10:4 chr6 32632714 . G C 465.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.255;QD=58.192;RBI=0.0223092;REFB=0;REVB=-0.0222823;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08727e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:16:15:1:0:16:16:0:0 chr6 32632717 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0024352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.633;QD=15.1969;RBI=0.0240389;REFB=-0.00712834;REVB=0.0239152;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439832;STB=0.713979;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.015225;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:3:10:6:12:4:10:6:12 chr6 32632744 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0128955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.64;QD=15.7841;RBI=0.0325162;REFB=-0.0215634;REVB=-0.0298498;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270067;STB=0.64335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0333568;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:7:9:4:10:8:9 chr6 32632745 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00398162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.529;QD=19.3693;RBI=0.0363882;REFB=-0.00572383;REVB=-0.0361697;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2482;STB=0.640149;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0100981;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:11:4:9:7:11:4 chr6 32632770 . A G 110.77 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.012244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6243;QD=15.2788;RBI=0.0123523;REFB=-0.0204689;REVB=-0.00163198;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145117;STB=0.58366;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0311593;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:11:5:6:7:11:5 chr6 32632781 . AGA CCC 88.09 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00849121;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.661;QD=13.552;RBI=0.0106407;REFB=-0.0101533;REVB=-0.00641273;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327049;STB=0.657268;STBP=0.195;TYPE=mnp;VARB=0.0179006;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AGA;OALT=CCC;OMAPALT=CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:11:4:6:5:11:4 chr6 32632818 . T G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00439759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.41;QD=16.8984;RBI=0.0197452;REFB=-0.0246874;REVB=0.0192493;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0120465;OID=.;OPOS=32632818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr6 32632832 . A T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.194;QD=40.6384;RBI=0.0647697;REFB=-0.107251;REVB=-0.063689;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00206145;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr6 32634300 . GTAG CCGG,GTGA 575.9 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=4,34;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427097,0.0150521;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=186.014,128.42;QD=59.0662;RBI=0.018884,0.0167431;REFB=0,0;REVB=-0.0183947,-0.00733248;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.020625,0.00174018;OID=.,.;OPOS=32634300,32634302;OREF=GTA,AG;OALT=CCG,GA;OMAPALT=CCGG,GTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:39:0:0:4,34:4,35:0.102564,0.897436:3,21:1,13:0:0:3,22:1,13:0:0 chr6 32634313 . C G 515.9 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0103438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.036;QD=49.1331;RBI=0.0259846;REFB=-0.0262798;REVB=-0.0238371;RO=5;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373122;STB=0.519989;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.003987;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:24:13:1:4:24:13:1:4 chr6 32634369 . C A 576.69 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0304328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.673;QD=52.4265;RBI=0.0306517;REFB=0.00858875;REVB=0.00365687;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668789;STB=0.535697;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00167961;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:26:14:0:4:26:14:0:4 chr6 32634387 . C T 453.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.093;QD=56.7154;RBI=0.0164716;REFB=0;REVB=0.011575;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181466;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr6 32636040 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000230767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2728;QD=52.6129;RBI=0.0911622;REFB=0;REVB=0.0911619;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140196;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 32636073 . A G 444.52 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0201123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3849;QD=52.2965;RBI=0.0258391;REFB=0.0394859;REVB=0.016222;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00275245;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:12:20:2:0:12:20:2:0 chr6 32636263 . T A 507.68 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.806;QD=53.4404;RBI=0.0153214;REFB=0.00133768;REVB=0.00249626;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=8.00123e-05;OID=.;OPOS=32636263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:17:18:0:2:17:19:0:2 chr6 32636364 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.1;QD=47.8221;RBI=0.046404;REFB=0;REVB=0.0458786;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530799;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 32636385 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.026;QD=44.6883;RBI=0.0228367;REFB=0;REVB=0.00428074;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438616;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr6 32636392 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0200841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=14.6523;RBI=0.0288275;REFB=-0.00316579;REVB=-0.0206798;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391876;STB=0.726669;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00606626;OID=.;OPOS=32636392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:5:0:3:3:5:0 chr6 32709309 . A G 288.45 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00589635;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.077;QD=18.9145;RBI=0.00745087;REFB=-0.0266368;REVB=-0.00455505;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175317;STB=0.604537;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0254608;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:14:17:10:19:14:17:10:20 chr6 32713827 . C T 52.07 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0017916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.347;QD=1.94649;RBI=0.0114537;REFB=0.000921138;REVB=-0.0113127;RO=95;SAF=6;SAR=6;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10874;STB=0.57931;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0114733;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:6:6:56:39:6:6:56:39 chr6 32726838 . C T 864.87 PASS AF=0.614173;AO=78;DP=127;FAO=78;FDP=127;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0017675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.089;QD=27.24;RBI=0.0293822;REFB=0.00309533;REVB=0.029329;RO=49;SAF=34;SAR=44;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387716;STB=0.521024;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0016847;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:49:49:78:78:0.614173:44:34:24:25:44:34:24:25 chr6 32796653 . C A 608.78 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00744898;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.868;QD=26.7597;RBI=0.0119978;REFB=-0.0265751;REVB=0.00940531;RO=35;SAF=39;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208269;STB=0.630162;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0124075;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:37:53:54:0.593407:14:39:17:18:14:40:17:20 chr6 32796685 . A G 562.39 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0167207;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.097;QD=20.8292;RBI=0.0316579;REFB=-0.0110132;REVB=-0.0268819;RO=49;SAF=46;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31224;STB=0.685388;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0121302;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:49:51:57:57:0.527778:11:46:25:24:11:46:25:26 chr6 32796751 . T C 1159.16 PASS AF=0.695652;AO=94;DP=136;FAO=96;FDP=138;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0306614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1073;QD=33.5988;RBI=0.0313645;REFB=-0.0469129;REVB=0.00660416;RO=42;SAF=36;SAR=58;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275244;STB=0.517238;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0157483;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:42:42:94:96:0.695652:58:36:18:24:60:36:18:24 chr6 32796793 . G A 274.22 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.00218681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.918;QD=8.99077;RBI=0.0185561;REFB=-0.00277506;REVB=-0.0184268;RO=85;SAF=16;SAR=21;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981745;STB=0.557257;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00506209;OID=.;OPOS=32796793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:85:37:37:0.303279:21:16:30:55:21:16:30:55 chr6 32797297 . T C 208.66 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0382036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3857;QD=25.2919;RBI=0.0442749;REFB=0.000619601;REVB=-0.0223775;RO=13;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15139;STB=0.583259;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00278774;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:16:4:1:12:16:4:1:12 chr6 32800224 . C A 724.09 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00399029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.344;QD=59.1091;RBI=0.0406764;REFB=-0.0938967;REVB=0.0404802;RO=2;SAF=32;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000430246;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:15:32:2:0:15:32:2:0 chr6 32823948 . G A 895.3 PASS AF=0.615385;AO=80;DP=130;FAO=80;FDP=130;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.012233;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2265;QD=27.5476;RBI=0.0124717;REFB=0.00574502;REVB=0.00242863;RO=49;SAF=42;SAR=38;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471189;STB=0.521247;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00424437;OID=.;OPOS=32823948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:49:50:80:80:0.615385:38:42:29:20:38:42:29:21 chr6 32826233 . A G 114.36 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00939893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.764;QD=5.64736;RBI=0.0101092;REFB=-0.0106725;REVB=0.00372229;RO=63;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206197;STB=0.62843;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.021832;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:7:11:28:35:7:11:28:35 chr6 32904981 . G A 1257.38 PASS AF=0.706667;AO=106;DP=150;FAO=106;FDP=150;FR=.;FRO=44;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0041544;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.481;QD=33.5301;RBI=0.00418661;REFB=-0.0020875;REVB=-0.000518335;RO=44;SAF=66;SAR=40;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314335;STB=0.516854;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000964488;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:44:44:106:106:0.706667:40:66:25:19:40:66:25:19 chr6 32939894 . G T 141.13 PASS AF=0.777778;AO=12;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4058;QD=31.362;RBI=0.113964;REFB=0.0475797;REVB=-0.0226375;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150535;STB=0.583225;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00435422;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:12:14:0.777778:10:2:0:4:10:4:0:4 chr6 32948607 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00731323;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=271.298;QD=15.259;RBI=0.0076209;REFB=-0.0210263;REVB=-0.00214354;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0102232;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:3:6:7:7:0.538462:4:3:1:2:4:3:3:3 chr6 32948804 . C T 689.94 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00755417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6007;QD=32.8542;RBI=0.0159414;REFB=0.00869492;REVB=-0.0140379;RO=26;SAF=29;SAR=29;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220513;STB=0.511901;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00403788;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:29:29:12:14:29:29:12:14 chr6 32974934 . G A 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00608702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3901;QD=5.99308;RBI=0.00687062;REFB=-0.00182876;REVB=0.00318647;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355449;STB=0.521696;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0149321;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:34:36:10:10:0.217391:5:5:18:16:5:5:19:17 chr6 32975014 . T C 145.3 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00951009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6411;QD=8.80606;RBI=0.0173391;REFB=-0.00405799;REVB=0.0144983;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141355;STB=0.592672;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00952255;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:7:13:24:21:7:13:24:22 chr6 32975257 . C T 190.69 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0402246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1663;QD=7.70456;RBI=0.0467867;REFB=0.00245597;REVB=-0.0238951;RO=73;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121822;STB=0.57277;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00419208;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:15:11:24:49:15:11:24:49 chr6 32975869 . G A 234.66 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=73;FAO=30;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.037573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.539;QD=12.0339;RBI=0.137558;REFB=-0.0174809;REVB=0.132328;RO=34;SAF=4;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489778;STB=0.720961;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0716294;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:34:48:25:30:0.384615:21:4:20:14:21:9:32:16 chr6 32977315 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0187829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2754;QD=24.4127;RBI=0.0247517;REFB=-0.035575;REVB=0.0161197;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0186762;OID=.;OPOS=32977315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr6 33036505 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00362586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.941;QD=11.9709;RBI=0.0736652;REFB=0.00211432;REVB=0.0735759;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672013;STB=0.549238;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00140337;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:8:9:15:17:8:9:15:18 chr6 33036853 . A C 141.74 PASS AF=0.244186;AO=20;DP=85;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00567311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.536;QD=6.59237;RBI=0.0413139;REFB=-0.00780161;REVB=-0.0409225;RO=64;SAF=8;SAR=12;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672212;STB=0.550924;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0305556;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:64:65:20:21:0.244186:12:8:29:35:13:8:29:36 chr6 33036951 . A G 163.74 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0230167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.883;QD=5.79608;RBI=0.0301699;REFB=-0.00309982;REVB=-0.0195053;RO=86;SAF=13;SAR=13;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875009;STB=0.548635;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0346723;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:87:26:26:0.230088:13:13:49:37:13:13:49:38 chr6 33036959 . G A 170.95 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0099414;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.682;QD=5.89483;RBI=0.0112854;REFB=-0.00593982;REVB=-0.00534117;RO=87;SAF=13;SAR=14;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876238;STB=0.561381;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0128456;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:87:89:27:27:0.232759:14:13:48:39:14:13:50:39 chr6 33036971 . C T 166.83 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0128339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.311;QD=5.46995;RBI=0.0350516;REFB=-0.00652217;REVB=-0.0326176;RO=95;SAF=13;SAR=14;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829538;STB=0.551143;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0309817;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:95:95:27:27:0.221311:14:13:52:43:14:13:52:43 chr6 33036977 . G A 159.8 PASS AF=0.220339;AO=26;DP=118;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0058447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.337;QD=5.41678;RBI=0.0127898;REFB=-0.00315249;REVB=-0.0113763;RO=91;SAF=12;SAR=14;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137745;STB=0.58025;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0165105;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:92:26:26:0.220339:14:12:52:39:14:12:52:40 chr6 33036999 . T C 109.9 PASS AF=0.179487;AO=20;DP=116;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0046349;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.852;QD=3.75727;RBI=0.0144931;REFB=-0.00174891;REVB=0.013732;RO=96;SAF=10;SAR=10;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795105;STB=0.570436;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0097375;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:96:96:20:21:0.179487:10:10:54:42:11:10:54:42 chr6 33037061 . G C 66.17 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0760129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1552;QD=2.97407;RBI=0.0838074;REFB=0.00183732;REVB=0.0352948;RO=76;SAF=10;SAR=3;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27641;STB=0.693322;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0158241;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:3:10:43:33:3:10:43:33 chr6 33037080 . G A 61.69 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00215897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.154;QD=3.08454;RBI=0.00604941;REFB=-0.00289814;REVB=0.00565104;RO=68;SAF=9;SAR=3;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255598;STB=0.677767;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0165034;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:68:68:12:12:0.15:3:9:38:30:3:9:38:30 chr6 33037419 . G A 252.83 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0076844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.058;QD=9.27812;RBI=0.0221457;REFB=-0.0081141;REVB=-0.0207697;RO=73;SAF=13;SAR=21;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147608;STB=0.586798;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0196109;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:75:34:34:0.311927:21:13:37:36:21:13:38:37 chr6 33037424 . T C 244.18 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00640456;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1707;QD=8.7206;RBI=0.015061;REFB=-0.0233711;REVB=0.0136314;RO=78;SAF=13;SAR=21;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126825;STB=0.574526;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0689694;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:78:78:34:34:0.303571:21:13:38:40:21:13:38:40 chr6 33037522 . T C 274.21 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0123818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.731;QD=8.99058;RBI=0.019865;REFB=-0.00126236;REVB=0.0155342;RO=85;SAF=17;SAR=20;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273244;STB=0.516006;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00318111;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:85:37:37:0.303279:20:17:41:44:20:17:41:44 chr6 33037579 . AT TG 171.81 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0149722;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.213;QD=7.46978;RBI=0.0150608;REFB=-0.0125698;REVB=0.00163151;RO=68;SAF=15;SAR=9;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137624;STB=0.583263;STBP=0.381;TYPE=mnp;VARB=0.0365096;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:68:68:24:24:0.26087:9:15:35:33:9:15:35:33 chr6 33037611 . C T 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0348309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.982;QD=5.49699;RBI=0.0349121;REFB=-0.0072589;REVB=-0.00237923;RO=53;SAF=12;SAR=3;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3885;STB=0.748032;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0285887;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:3:12:27:26:3:12:27:26 chr6 33037626 . C G 79.22 PASS AF=0.218182;AO=11;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0290558;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.583;QD=5.76167;RBI=0.0314961;REFB=-0.000148326;REVB=-0.012156;RO=44;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313894;STB=0.728581;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000788392;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:44:43:11:12:0.218182:3:8:21:23:3:9:20:23 chr6 33037639 . GC AT,GT 55.6 PASS AF=0.169811,0;AO=9,2;DP=53;FAO=9,0;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0276573,0.00667736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.435,48.8996;QD=4.19645;RBI=0.0654035,0.170492;REFB=-0.00369043,-0.014825;REVB=-0.059268,-0.170361;RO=42;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.234197,-0.396223;STB=0.674614,0.5;STBP=0.27,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0176986,0;OID=.,.;OPOS=33037639,33037640;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:42:44:9,2:9,0:0.169811,0:3,2:6,0:20:22:3,0:6,0:20:24 chr6 33048538 . T C 158.67 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.000930424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.289;QD=8.24281;RBI=0.0107949;REFB=-0.00890234;REVB=0.0107547;RO=54;SAF=12;SAR=10;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196284;STB=0.620337;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.015446;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:54:55:22:22:0.285714:10:12:38:16:10:12:39:16 chr6 33048542 . C T 160.68 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0291325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.955;QD=8.68551;RBI=0.0291465;REFB=-0.0124203;REVB=0.000903573;RO=51;SAF=12;SAR=10;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221761;STB=0.634407;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0366992;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:52:22:22:0.297297:10:12:37:14:10:12:38:14 chr6 33048599 . CT AG 116.06 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0107647;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.991;QD=7.25363;RBI=0.0375666;REFB=-0.0126259;REVB=-0.0359913;RO=47;SAF=12;SAR=5;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929103;STB=0.556893;STBP=0.641;TYPE=mnp;VARB=0.0329163;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:47:47:17:17:0.265625:5:12:30:17:5:12:30:17 chr6 33052736 . G A 41.35 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0041981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0308;QD=2.66774;RBI=0.0294153;REFB=-0.00124934;REVB=-0.0291142;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129291;STB=0.594024;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00620653;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:26:28:5:3:26:28 chr6 33052743 . T C 62.91 PASS AF=0.174603;AO=10;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00179816;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.574;QD=3.99438;RBI=0.029086;REFB=0.000479525;REVB=0.0290303;RO=52;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293662;STB=0.720526;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0167825;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:10:11:0.174603:7:3:28:24:8:3:28:24 chr6 33052768 . T C 78.57 PASS AF=0.164835;AO=14;DP=90;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0367027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5771;QD=3.45361;RBI=0.0404495;REFB=-0.00635576;REVB=0.0170022;RO=76;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238714;STB=0.540486;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0522634;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:90:91:76:76:14:15:0.164835:8:6:34:42:9:6:34:42 chr6 33052803 . G A 124.69 PASS AF=0.2;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.035807;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.607;QD=4.98742;RBI=0.0433147;REFB=-0.00324961;REVB=0.0243727;RO=80;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163509;STB=0.510363;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.012664;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:80:80:20:20:0.2:12:8:33:47:12:8:33:47 chr6 33052950 . T C 171.81 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0261211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.92;QD=7.46984;RBI=0.0279425;REFB=-0.00617955;REVB=-0.0099233;RO=67;SAF=7;SAR=17;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239683;STB=0.641077;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0201532;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:68:24:24:0.26087:17:7:32:35:17:7:32:36 chr6 33052958 . C T 184.86 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0246553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.162;QD=8.30816;RBI=0.0252739;REFB=0.00170979;REVB=0.00555763;RO=64;SAF=7;SAR=18;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189004;STB=0.613746;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00423271;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:18:7:27:37:18:7:27:37 chr6 33052986 . T C 153.64 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0146917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.705;QD=7.22991;RBI=0.0156949;REFB=0.00368741;REVB=-0.00552112;RO=63;SAF=7;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273778;STB=0.666153;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0145185;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:15:7:34:29:15:7:34:29 chr6 33053609 . G A 249.14 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0175625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.717;QD=11.8639;RBI=0.0223051;REFB=-0.0167794;REVB=-0.0137505;RO=54;SAF=6;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378677;STB=0.72115;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0154941;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:24:6:27:27:24:6:27:27 chr6 33053682 . G A 112.09 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0230224;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.107;QD=6.49772;RBI=0.0542418;REFB=0.00199966;REVB=0.0491136;RO=53;SAF=3;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407991;STB=0.749674;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00322207;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:53:52:17:17:0.246377:14:3:25:28:14:3:24:28 chr6 33053982 . G C 56.0 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.05124;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.891;QD=3.61315;RBI=0.0520591;REFB=-0.00220655;REVB=-0.00919849;RO=49;SAF=9;SAR=1;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354171;STB=0.741155;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.031481;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:49:52:10:10:0.16129:1:9:35:14:1:9:38:14 chr6 33054046 . T G 47.81 PASS AF=0.12987;AO=9;DP=76;FAO=10;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=67;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.00180903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.448;QD=2.48342;RBI=0.0520141;REFB=0.00269636;REVB=0.0519826;RO=46;SAF=9;SAR=0;SRF=42;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595229;STB=0.79238;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0130405;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:77:46:67:9:10:0.12987:0:9:42:4:1:9:45:22 chr6 33054057 . G A 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0126576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.157;QD=2.06902;RBI=0.0180181;REFB=0.000528381;REVB=-0.0128233;RO=84;SAF=9;SAR=2;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353327;STB=0.765434;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.004456;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:84:84:11:11:0.115789:2:9:46:38:2:9:46:38 chr6 33080359 . CT TG 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00521423;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.308;QD=4.55128;RBI=0.00869122;REFB=-0.00364603;REVB=0.00695335;RO=45;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123857;STB=0.581659;STBP=0.622;TYPE=mnp;VARB=0.0188425;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:5:5:27:18:5:5:27:18 chr6 33086249 . C T 467.85 PASS AF=0.522727;AO=31;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.000263326;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.04;QD=21.2659;RBI=0.00366557;REFB=-0.0151038;REVB=-0.0036561;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130524;STB=0.530733;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0143862;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:42:31:46:0.522727:13:18:18:22:27:19:20:22 chr6 33138677 . G A 327.5 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00459035;FXX=0.0856898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.406;QD=40.9379;RBI=0.0728393;REFB=-0.008694;REVB=-0.0726945;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105831;STB=0.531226;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00240483;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:32:4:6:26:26:0.8125:17:9:3:1:17:9:3:3 chr6 33138955 . G A 795.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.691;QD=56.8175;RBI=0.0761376;REFB=0;REVB=0.0726125;RO=0;SAF=43;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011687;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:8:43:0:0:11:45:0:0 chr6 33139328 . C T 627.79 PASS AF=0.726027;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0925853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6044;QD=34.3995;RBI=0.0937864;REFB=0.0066964;REVB=-0.0149621;RO=20;SAF=32;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105615;STB=0.55694;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0031872;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:20:53:53:0.726027:21:32:8:12:21:32:8:12 chr6 33141161 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.623;QD=56.7055;RBI=0.0366828;REFB=0;REVB=-0.0217282;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55069e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:10:13:0:0:10:19:0:0 chr6 33141475 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.231;QD=42.1795;RBI=0.0436521;REFB=0;REVB=0.0373563;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130888;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 33141920 . G C 207.42 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.459;QD=48.8052;RBI=0.0775744;REFB=0;REVB=0.0345789;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740059;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:12:2:0:0:13:4:0:0 chr6 33144243 . T A 131.31 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0392838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1958;QD=8.90241;RBI=0.0393984;REFB=-0.0147401;REVB=-0.00300303;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115207;STB=0.58657;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0309031;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:41:18:18:0.305085:7:11:20:19:7:11:20:21 chr6 33152835 . A T 100.78 PASS AF=0.916667;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0967;QD=33.5923;RBI=0.0985865;REFB=0.0117115;REVB=0.0948303;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0033757;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:9:11:0.916667:0:9:1:0:1:10:1:0 chr6 33153528 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00845758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.611;QD=14.0966;RBI=0.0142175;REFB=-0.00712097;REVB=0.0114284;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.639731;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0138793;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:7:7:8:3:7:7 chr6 33163451 . G A 614.83 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.431;QD=61.4829;RBI=0.0550734;REFB=0;REVB=0.0470082;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248465;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:21:15:0:0:24:16:0:0 chr6 33169895 . C G 760.67 PASS AF=0.7625;AO=61;DP=80;FAO=61;FDP=80;FR=.;FRO=19;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00943881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.874;QD=38.0335;RBI=0.016926;REFB=0.00313623;REVB=0.0140498;RO=19;SAF=35;SAR=26;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234398;STB=0.501257;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000834687;OID=.;OPOS=33169895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:19:19:61:61:0.7625:26:35:11:8:26:35:11:8 chr6 33179689 . C T 57.67 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00330873;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.892;QD=25.6308;RBI=0.162549;REFB=-0.0172803;REVB=-0.162515;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.571243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00447745;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:2:0:1:6:2:0 chr6 33235755 . G A 184.86 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0045155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.262;QD=8.30831;RBI=0.01678;REFB=-0.00787859;REVB=-0.0161611;RO=61;SAF=8;SAR=17;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116406;STB=0.590658;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0183778;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:64:25:25:0.280899:17:8:25:36:17:8:28:36 chr6 33239905 . A G 347.4 PASS AF=0.638298;AO=24;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0141554;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.518;QD=29.5663;RBI=0.0146196;REFB=-0.0169922;REVB=0.003655;RO=17;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291139;STB=0.561258;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0104634;OID=.;OPOS=33239905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:24:30:0.638298:5:19:8:9:11:19:8:9 chr6 33240506 . A G 572.75 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0334615;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.77;QD=36.9513;RBI=0.034097;REFB=-0.00764424;REVB=0.00655215;RO=14;SAF=18;SAR=30;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801727;STB=0.504309;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00296066;OID=.;OPOS=33240506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:14:14:48:48:0.774194:30:18:5:9:30:18:5:9 chr6 33246518 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=7;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0287995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.655;QD=14.6525;RBI=0.0289271;REFB=-0.00224642;REVB=0.00271315;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0028338;OID=.;OPOS=33246518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:7:6:0.545455:4:3:1:3:4:2:2:3 chr6 33254665 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0328396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.476;QD=22.5342;RBI=0.0348905;REFB=0.00268845;REVB=0.0117861;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182151;STB=0.602537;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00400179;OID=.;OPOS=33254665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:8:7:13:6:8:7 chr6 33256397 . G A 140.46 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00049812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.643;QD=23.4097;RBI=0.00295632;REFB=-0.015172;REVB=0.00291406;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203306;STB=0.578836;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0180899;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:14:15:0.625:3:11:5:4:4:11:5:4 chr6 33256471 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.373;QD=52.6132;RBI=0.0285838;REFB=0;REVB=0.0214662;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5771e-06;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 33260065 . A G 92.18 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00531123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.778;QD=6.24973;RBI=0.0313789;REFB=-0.00401841;REVB=-0.0309261;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01642;STB=0.504943;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0110464;OID=.;OPOS=33260065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:43:45:14:14:0.237288:8:6:19:24:8:6:19:26 chr6 33263097 . T TC 38.65 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00283179;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.4559;QD=2.34261;RBI=0.0566801;REFB=-0.00400877;REVB=-0.0566093;RO=53;SAF=1;SAR=10;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657489;STB=0.858715;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.0395525;OID=.;OPOS=33263098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:11:66:11:66:55:2:9:36:19:38:53:1:10:35:18 chr6 33263981 . T C,TC 145.04 PASS AF=0,0.315789;AO=8,60;DP=134;FAO=0,42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=0,2;FSAR=0,40;FSRF=21;FSRR=70;FWDB=-0.044689,0.154179;FXX=0.00746213;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=32.9356,9.86989;QD=4.36219;RBI=0.0765281,0.160468;REFB=-0.0322607,-0.171307;REVB=-0.0621244,-0.0444823;RO=64;SAF=3,1;SAR=5,59;SRF=18;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126534,-0.708719;STB=0.5,0.806813;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.145722;OID=.,.;OPOS=33263981,33263982;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:134:133:64:91:8,60:0,42:0,0.315789:5,59:3,1:18:46:0,40:0,2:21:70 chr6 33272855 . G C 516.81 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00459815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5226;QD=30.8542;RBI=0.0329956;REFB=-0.0308008;REVB=0.0326736;RO=20;SAF=23;SAR=23;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279903;STB=0.522378;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00986671;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:21:46:46:0.686567:23:23:9:11:23:23:9:12 chr6 33283766 . T C 450.22 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00744579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.319;QD=24.6697;RBI=0.00750098;REFB=-0.0237347;REVB=0.000908187;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482671;STB=0.520147;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0161816;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:30:30:42:43:0.589041:17:25:16:14:18:25:16:14 chr6 33333564 . G A 373.19 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0194554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7869;QD=37.3194;RBI=0.0289826;REFB=-0.000122486;REVB=0.021482;RO=10;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847769;STB=0.545926;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000569912;OID=.;OPOS=33333564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:19:11:2:8:19:11:2:8 chr6 33333916 . G T 53.53 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00777517;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.518;QD=5.78693;RBI=0.0214102;REFB=0.00330982;REVB=-0.0199485;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134362;STB=0.586265;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0101147;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:38:37:29:29:8:8:0.216216:3:5:21:8:3:5:21:8 chr6 33368220 . A T 370.28 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0111999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.483;QD=36.1246;RBI=0.0295727;REFB=-0.0164899;REVB=0.0273699;RO=11;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118157;STB=0.564313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0046143;OID=.;OPOS=33368220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:18:12:7:4:18:12:7:4 chr6 33382288 . G A,C 782.63 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=49,3;DP=52;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715348,0.00674522;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.6208,59.3798;QD=54.9215;RBI=0.0715932,0.0372721;REFB=0,0;REVB=0.00289175,-0.0366566;RO=0;SAF=16,1;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00258407,0.115641;OID=.,.;OPOS=33382288,33382288;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:57:0:0:49,3:55,2:0.964912,0.0350877:33,2:16,1:0:0:34,1:21,1:0:0 chr6 33385953 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0034341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.298;QD=24.0667;RBI=0.011723;REFB=-0.0162793;REVB=0.0112087;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0136805;OID=.;OPOS=33385953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:5:5:9:7:5:5 chr6 33399712 . TC T 30.97 PASS AF=0.206349;AO=15;DP=61;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=43;FWDB=-0.0893645;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8616;QD=1.96618;RBI=0.092944;REFB=-0.0541076;REVB=-0.0255454;RO=44;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.254431;STB=0.63551;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.060753;OID=.;OPOS=33399713;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:15:61:13:63:50:1:12:7:43:30:44:3:12:4:40 chr6 33405515 . A AC,C 42.53 PASS AF=0.333333,0.0416667;AO=8,3;DP=24;FAO=8,1;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=6,1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000709802,-0.0399547;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=58.4227,77.2443;QD=7.08873;RBI=0.00547924,0.040075;REFB=0.001341,0.00472799;REVB=0.00543307,-0.00310298;RO=13;SAF=1,1;SAR=7,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550504,-0.300774;STB=0.697155,0.99016;STBP=0.208,0.477;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0360754,-0.0250929;OID=.,.;OPOS=33405516,33405515;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:24:24:13:15:8,3:8,1:0.333333,0.0416667:7,2:1,1:8:5:6,1:2,0:8:7 chr6 33408542 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000892075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.353;QD=11.215;RBI=0.0129404;REFB=0.0139551;REVB=0.0129096;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705854;STB=0.532093;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0274833;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:16:16:9:7:16:17 chr6 33408680 . G A 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=9.46397e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.736;QD=42.6302;RBI=0.013728;REFB=-0.00919597;REVB=-0.0137277;RO=9;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618124;STB=0.533315;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00155899;OID=.;OPOS=33408680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:18:18:3:6:18:18:3:6 chr6 33422976 . T G 182.79 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0997358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9399;QD=43.0093;RBI=0.112549;REFB=-0.124127;REVB=0.0521542;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0165895;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:13:3:0:1:13:3:0:1 chr6 33508476 . G A 38.54 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0093627;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.218;QD=25.6916;RBI=0.0329415;REFB=-0.100616;REVB=-0.031583;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0204724;OID=.;OPOS=33508476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr6 33508531 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0535655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.367;QD=25.7109;RBI=0.0547409;REFB=-0.0488366;REVB=-0.011283;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169984;STB=0.594902;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0224425;OID=.;OPOS=33508531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:1:5:7:6:1:5 chr6 33541507 . A G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-2.65497e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.593;QD=28.1265;RBI=3.15835e-05;REFB=-0.040311;REVB=-1.71065e-05;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34397;STB=0.6895;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0237223;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:16:8:12:2:16:8:12:2 chr6 33545340 . G A 338.87 PASS AF=0.647059;AO=31;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00946536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9894;QD=26.5778;RBI=0.12753;REFB=-0.0591344;REVB=0.127179;RO=17;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504101;STB=0.507277;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0366431;OID=.;OPOS=33545340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:31:33:0.647059:18:13:7:10:19:14:8:10 chr6 33631640 . C T 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00336835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.85;QD=8.52685;RBI=0.014823;REFB=-0.00472499;REVB=0.0144352;RO=56;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123056;STB=0.573515;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0146204;OID=.;OPOS=33631640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:8:15:31:25:8:15:31:25 chr6 33636907 . C T 60.32 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00161476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.385;QD=17.2344;RBI=0.00438983;REFB=-0.023705;REVB=-0.00408206;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0198907;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr6 33641379 . T C 320.65 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00212952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.222;QD=28.5018;RBI=0.00213859;REFB=0.00892536;REVB=0.000196748;RO=17;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179143;STB=0.584553;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00557463;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:8:19:8:9:9:19:8:9 chr6 33643558 . G A 1359.44 PASS AF=0.651934;AO=72;DP=182;FAO=118;FDP=181;FR=.;FRO=63;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0647814;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1511;QD=30.043;RBI=0.0901037;REFB=-0.0353204;REVB=0.0626262;RO=63;SAF=9;SAR=63;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442071;STB=0.509065;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0185991;OID=.;OPOS=33643558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:63:63:72:118:0.651934:63:9:31:32:63:55:31:32 chr6 33648144 . C T 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0221095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.311;QD=9.33426;RBI=0.0226215;REFB=-0.000241893;REVB=-0.00478551;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115958;STB=0.507031;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00083698;OID=.;OPOS=33648144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:14:17:7:6:14:17 chr6 33648228 . C T 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0221162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.637;QD=56.1361;RBI=0.0410066;REFB=-0.0263885;REVB=0.0345314;RO=2;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269901;STB=0.514282;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000273964;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:34:34:0:2:34:34:0:2 chr6 33659472 . C G 42.81 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00317882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3729;QD=2.34552;RBI=0.0454836;REFB=0.00124134;REVB=0.0453724;RO=63;SAF=8;SAR=1;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38864;STB=0.795888;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0142033;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:73:63:64:9:9:0.123288:1:8:40:23:1:8:41:23 chr6 33690597 . T G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00584886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.247;QD=12.0839;RBI=0.00584894;REFB=-0.0179955;REVB=-2.9588e-05;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832618;STB=0.539722;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.033865;OID=.;OPOS=33690597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:6:10:16:13:6:10:17:13 chr6 33690749 . A G 144.99 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0108243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2362;QD=8.78711;RBI=0.0239663;REFB=-0.00406373;REVB=-0.0213826;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209351;STB=0.622407;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00772627;OID=.;OPOS=33690749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:12:8:11:35:12:8:11:35 chr6 33690797 . A G 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0217405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.684;QD=9.14312;RBI=0.03131;REFB=-0.00256147;REVB=-0.0225315;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815328;STB=0.564789;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00951513;OID=.;OPOS=33690797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:42:19:19:0.311475:13:6:10:29:13:6:10:32 chr6 33690807 . G A 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0176616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.433;QD=7.86438;RBI=0.0209269;REFB=-0.0149555;REVB=-0.0112252;RO=43;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328566;STB=0.504306;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0330609;OID=.;OPOS=33690807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:46:18:18:0.28125:13:5:11:32:13:5:13:33 chr6 33739960 . A G 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8886;QD=60.5354;RBI=0.0467344;REFB=0;REVB=0.00894929;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404672;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr6 33768897 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.698;QD=60.6103;RBI=0.0261904;REFB=0;REVB=0.0214725;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23069e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr6 33990447 . T C 44.06 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0170638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.084;QD=6.52668;RBI=0.0441115;REFB=-0.0192779;REVB=-0.0406774;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357767;STB=0.728523;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0297766;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:8:12:2:5:8:12 chr6 34003685 . T C 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.012884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.227;QD=6.30298;RBI=0.0139909;REFB=-0.017704;REVB=-0.00545404;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207399;STB=0.640787;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0191034;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:8:4:20:20:8:4:21:20 chr6 34008006 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0054694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4811;QD=9.49156;RBI=0.00555752;REFB=0.00289134;REVB=0.000985712;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4213;STB=0.747591;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00600573;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:3:15:4:5:3:15 chr6 34212743 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4962;QD=59.4349;RBI=0.0300461;REFB=0;REVB=-0.0300461;RO=0;SAF=0;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327691;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:35:0:0:0:35:0:0:0 chr6 34213296 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.767;QD=60.6093;RBI=0.0197752;REFB=0;REVB=0.0149115;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62374e-06;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 34213868 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00878046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.29;QD=32.8186;RBI=0.0265739;REFB=0.00164451;REVB=-0.0250814;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000179446;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr6 34214322 . C G 284.37 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0236422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.438;QD=43.7496;RBI=0.0309447;REFB=-0.210226;REVB=-0.0199654;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.507036;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00404449;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:26:26:1:3:23:23:0.884615:9:14:0:1:9:14:2:1 chr6 34214348 . C T 144.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00949092;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.334;QD=23.1498;RBI=0.0161483;REFB=-0.0101392;REVB=-0.0130648;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00606879;OID=.;OPOS=34214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:6:9:6:4:6:9:6:4 chr6 34502687 . T C 1646.41 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248338;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.908;QD=60.4189;RBI=0.0239236;REFB=0;REVB=0.0237944;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79112e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr6 34557374 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.088;QD=49.5992;RBI=0.0227195;REFB=0;REVB=-0.00496408;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66573e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr6 34949607 . C T 464.21 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00610796;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.541;QD=26.9106;RBI=0.00900099;REFB=-0.00456949;REVB=-0.0066114;RO=25;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868675;STB=0.553728;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00303285;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:25:26:43:43:0.623188:21:22:16:9:21:22:17:9 chr6 35027927 . T C 1712.62 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.987;QD=59.5695;RBI=0.0473164;REFB=-0.0675544;REVB=-0.0432303;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.505617;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000132362;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:70:44:0:0:70:44:1:0 chr6 35050506 . G A 782.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8188;QD=56.9095;RBI=0.0184074;REFB=0;REVB=0.0181013;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171042;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr6 35203203 . T G 281.86 PASS AF=0.595745;AO=26;DP=51;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00133835;FXX=0.078416;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.542;QD=23.9877;RBI=0.0112694;REFB=-0.0135057;REVB=-0.0111896;RO=14;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185558;STB=0.524982;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0139637;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:14:19:26:28:0.595745:10:16:9:5:12:16:12:7 chr6 35260503 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0206618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.833;QD=19.9408;RBI=0.0224952;REFB=0.000966984;REVB=-0.00889507;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175597;STB=0.596958;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000640742;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:18:14:7:22:18:14:7:22 chr6 35260530 . C T 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0381212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5278;QD=28.8056;RBI=0.0401236;REFB=-0.00796954;REVB=0.0125172;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202794;STB=0.610947;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00579923;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:3:14:15:13:3:14 chr6 35263555 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0334163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1011;QD=22.7236;RBI=0.0353403;REFB=0.0228477;REVB=0.0115015;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.541136;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0186162;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:5:11:12:8:5:11 chr6 35285720 . A C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9505;QD=52.605;RBI=0.0479827;REFB=0;REVB=-0.0340141;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204259;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 35391787 . C T 276.83 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239334;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.541;QD=52.7301;RBI=0.0314839;REFB=0;REVB=0.0204555;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221034;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr6 35395010 . C T 876.97 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0479087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.24;QD=54.8105;RBI=0.0518055;REFB=-0.0231236;REVB=0.019712;RO=2;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269626;STB=0.514281;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000119305;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:34:28:0:2:34:28:0:2 chr6 35395794 . CGA CA,CAC,CCA 904.78 PASS AF=0.0307692,0.0153846,0.953846;AO=13,3,48;DP=65;FAO=2,1,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,32;FSAR=0,0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725919,0.00775987,0.0202015;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=83.1208,69.0847,96.8405;QD=55.6788;RBI=0.0542661,0.00943197,0.108701;REFB=0,0,0;REVB=0.0537784,-0.00536157,0.106807;RO=1;SAF=7,1,27;SAR=6,2,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0695995,0.163246,0.0218744;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0346964,-0.0814102,0.00537388;OID=.,.,.;OPOS=35395795,35395795,35395795;OREF=G,GA,G;OALT=-,AC,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0307692,0.0153846,0.953846:13,3,48:65:2,1,62:65:0:2,1,32:0,0,30:0:0:5:1:7,1,27:6,2,21:0:1 chr6 35430686 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00910508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.302;QD=10.973;RBI=0.0147218;REFB=-0.00681503;REVB=0.0115685;RO=31;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528232;STB=0.820123;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.010354;OID=.;OPOS=35430686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:13:2:17:14:13:2:17:14 chr6 35436571 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0104428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.697;QD=17.9406;RBI=0.0170552;REFB=-0.00286637;REVB=0.0134844;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447561;STB=0.525398;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00391987;OID=.;OPOS=35436571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:5:17:14:5:5:17 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 271.59 PASS AF=0.669565,0.0434783;AO=61,6;DP=120;FAO=77,5;FDP=115;FR=.;FRO=33;FSAF=23,3;FSAR=54,2;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.259782,-0.147809;FXX=0.0495827;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.94859,189.537;QD=9.44648;RBI=0.278505,0.151628;REFB=-0.12341,-0.00515894;REVB=-0.100393,-0.0338172;RO=32;SAF=15,4;SAR=46,2;SRF=6;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0515881,0.544126;STB=0.543296,0.827712;STBP=0.237,0.32;TYPE=del,snp;VARB=0.0763363,0.0522947;OID=.,.;OPOS=35441517,35441522;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.669565,0.0434783:61,6:120:77,5:115:33:23,3:54,2:6:27:97:32:15,4:46,2:6:26 chr6 35465786 . A C 167.61 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.049852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2567;QD=8.82149;RBI=0.0506522;REFB=-0.0132582;REVB=0.00896824;RO=51;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133634;STB=0.57804;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0335131;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:53:22:23:0.302632:10:12:22:29:10:13:24:29 chr6 35474073 . C G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0953764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.367;QD=15.1965;RBI=0.0961954;REFB=-0.0309156;REVB=-0.0125264;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323285;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0321873;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:11:7:10:4:11:7 chr6 35477025 . C G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0313984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6302;QD=8.69135;RBI=0.034024;REFB=-0.009889;REVB=0.0131062;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293402;STB=0.68796;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0378384;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:5:12:7:1:5:12 chr6 35477032 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0271825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.56;QD=7.95467;RBI=0.0278008;REFB=-0.00563382;REVB=-0.00583095;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323091;STB=0.709513;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0172981;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:6:13:7:1:6:13 chr6 35479574 . G C 38.13 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0269834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.848;QD=11.7313;RBI=0.0317528;REFB=-0.0172242;REVB=0.0167373;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0165304;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:3:2:4:3:4:2:4:3 chr6 35705892 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.306;QD=54.517;RBI=0.0398478;REFB=0;REVB=0.0178569;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136235;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr6 35745655 . C T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.992;QD=60.9728;RBI=0.010237;REFB=0;REVB=-0.00967679;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74453e-05;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 35748929 . CTT CT,CTC 811.48 PASS AF=0.135593,0.864407;AO=7,50;DP=58;FAO=8,51;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8,23;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158492,0.0573044;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.7786,60.9624;QD=55.0156;RBI=0.0535217,0.0637258;REFB=0,0;REVB=-0.0511211,-0.0278779;RO=0;SAF=7,23;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.060357,-0.0127231;OID=.,.;OPOS=35748930,35748931;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135593,0.864407:7,50:58:8,51:59:0:8,23:0,28:0:0:41:0:7,23:0,27:0:0 chr6 35755658 . A G 845.8 PASS AF=0.853333;AO=64;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00447317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.72;QD=45.1095;RBI=0.00447428;REFB=-0.0307051;REVB=-9.95405e-05;RO=11;SAF=28;SAR=36;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300547;STB=0.516015;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00337467;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:11:11:64:64:0.853333:36:28:6:5:36:28:6:5 chr6 35773558 . C T 129.52 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00369075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.162;QD=5.69318;RBI=0.012819;REFB=-0.00669976;REVB=-0.0122762;RO=71;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711573;STB=0.544189;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.022878;OID=.;OPOS=35773558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:71:20:20:0.21978:11:9:28:43:11:9:28:43 chr6 35923246 . T C 698.58 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00108737;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.445;QD=54.7904;RBI=0.0110527;REFB=0.0456761;REVB=0.0109991;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00049622;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:19:31:0:0:19:31:0:1 chr6 35928780 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.014179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.933;QD=8.0678;RBI=0.0155888;REFB=-0.00103764;REVB=-0.00647814;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140429;STB=0.571306;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00318145;OID=.;OPOS=35928780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:29:33:12:12:0.266667:4:8:16:13:4:8:19:14 chr6 36098410 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.668;QD=39.2068;RBI=0.0525181;REFB=0;REVB=0.0525181;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428402;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr6 36198421 . T C 134.21 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.040911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.09;QD=25.5637;RBI=0.0424717;REFB=-0.0458942;REVB=0.0114079;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023532;OID=.;OPOS=36198421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:6:7:4:3:6:8:4:3 chr6 36198577 . G C 87.88 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00682607;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.565;QD=6.39144;RBI=0.0620783;REFB=-0.00908058;REVB=-0.0617018;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026063;STB=0.571317;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0322915;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:55:37:42:13:13:0.236364:5:8:22:15:5:8:22:20 chr6 36260858 . C T 550.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1677;QD=59.5072;RBI=0.0653491;REFB=0;REVB=0.0646729;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509447;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:28:9:0:0 chr6 36341294 . C T 337.21 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0482321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3956;QD=20.1321;RBI=0.0495223;REFB=-0.0185287;REVB=0.0112305;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115091;STB=0.563995;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00660075;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:23:12:15:17:23:12:15:17 chr6 36463627 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.856;QD=58.5878;RBI=0.0658225;REFB=0;REVB=-0.0592723;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50777e-05;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr6 36645696 . A G 318.39 PASS AF=0.28481;AO=43;DP=157;FAO=45;FDP=158;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.0109101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.546;QD=8.06043;RBI=0.010917;REFB=-0.00445741;REVB=-0.00038811;RO=112;SAF=29;SAR=14;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2998;STB=0.655893;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.01828;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:112:113:43:45:0.28481:14:29:48:64:16:29:48:65 chr6 36651971 . C A 400.34 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.398;QD=53.3788;RBI=0.0244975;REFB=0.0404399;REVB=0.00701635;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000598897;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr6 36653597 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.927;QD=62.6707;RBI=0.0397531;REFB=0;REVB=0.0380534;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5345e-05;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr6 36713263 . A G 1981.36 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1855;QD=60.9649;RBI=0.0206638;REFB=-0.0996789;REVB=-0.00564459;RO=1;SAF=75;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629447;STB=0.503268;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000248816;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:128:129:0.992308:53:75:1:0:53:76:1:0 chr6 36733132 . G A 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.117;QD=58.7771;RBI=0.0251897;REFB=0;REVB=0.0104677;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118684;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr6 36766292 . C G,T 870.97 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=3,55;DP=60;FAO=3,59;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596979,0.0699334;FXX=0.0312451;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.4676,89.3922;QD=56.1919;RBI=0.0638733,0.0719258;REFB=0,0;REVB=-0.0227146,0.016812;RO=0;SAF=0,27;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193677,0.00550055;OID=.,.;OPOS=36766292,36766292;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:60:62:0:0:3,55:3,59:0.0483871,0.951613:3,28:0,27:0:0:3,30:0,29:0:0 chr6 36882353 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.531;QD=58.419;RBI=0.0483323;REFB=0;REVB=-0.0450332;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000584483;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr6 36895835 . C T 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.769;QD=61.5567;RBI=0.0135989;REFB=-0.065539;REVB=0.00157045;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108952;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-1.97033e-05;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:43:47:0:1:43:47:0:1 chr6 36922684 . A C 873.97 PASS AF=0.729167;AO=69;DP=96;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00166804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6605;QD=36.4154;RBI=0.00398004;REFB=0.0795625;REVB=0.00361364;RO=26;SAF=32;SAR=37;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185293;STB=0.511666;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0246264;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:26:26:69:70:0.729167:37:32:13:13:38:32:13:13 chr6 36931162 . A G 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0381386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7075;QD=22.6302;RBI=0.0381689;REFB=0.00543604;REVB=0.00152005;RO=8;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325197;STB=0.687164;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00249145;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:11:2:4:4:11:2:4:4 chr6 36976637 . G C 652.41 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263455;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.702;QD=51.1694;RBI=0.040211;REFB=-0.100854;REVB=0.0303783;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044741;STB=0.522718;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00134978;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:48:49:0.960784:28:20:2:0:28:21:2:0 chr6 36978834 . A G 182.31 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360248;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.94;QD=48.6158;RBI=0.0299721;REFB=0;REVB=0.0297548;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434082;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 36988364 . C T 165.37 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00444058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.432;QD=14.074;RBI=0.00556936;REFB=-0.00313888;REVB=-0.00336139;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133661;STB=0.585275;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00500895;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:8:10:19:9:8:10:20:9 chr6 37013127 . G A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0153398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.075;QD=3.88751;RBI=0.0193135;REFB=-0.015003;REVB=-0.0117346;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102922;STB=0.571196;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0486922;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:12:17:3:3:12:17 chr6 37138909 . C T 142.37 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0108993;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.523;QD=7.90968;RBI=0.0537459;REFB=-0.0190509;REVB=-0.0526291;RO=51;SAF=9;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141114;STB=0.577271;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0519734;OID=.;OPOS=37138909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:51:52:20:20:0.277778:11:9:29:22:11:9:29:23 chr6 37180237 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000374238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.113;QD=9.99288;RBI=0.00759461;REFB=0.00545023;REVB=0.00758539;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114127;STB=0.557455;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00663811;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:9:8:20:15:9:8:20:16 chr6 37180355 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0112956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.807;QD=11.1268;RBI=0.0216567;REFB=-0.0134488;REVB=-0.0184776;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033353;STB=0.519698;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0247324;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:19:15:8:9:19:15 chr6 37180523 . A G 151.17 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00290434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0239;QD=8.39853;RBI=0.0358414;REFB=-0.00241966;REVB=-0.0357235;RO=50;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329173;STB=0.690871;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00300584;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:6:15:22:28:6:15:23:28 chr6 37250112 . A G 77.71 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0689625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.018;QD=14.1289;RBI=0.0745245;REFB=-0.00503913;REVB=0.0282503;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294979;STB=0.521233;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0226384;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:3:8:7:3:4:8 chr6 37252210 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00747743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.261;QD=11.9922;RBI=0.00749221;REFB=-0.0036172;REVB=0.000470383;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167152;STB=0.509793;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00646472;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:16:17:9:9:16:17 chr6 37288036 . A G 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0321505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.823;QD=5.70343;RBI=0.0345625;REFB=-0.00774821;REVB=-0.0126851;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36366;STB=0.733422;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0340301;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:15:23:3:7:15:23 chr6 37349033 . G A 1418.84 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236101;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.036;QD=63.0594;RBI=0.0253039;REFB=0;REVB=-0.00910217;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128514;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr6 37603102 . TG AG,CA 691.07 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,42;DP=45;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369007,0.0311554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=43.3588,168.118;QD=61.428;RBI=0.0521796,0.0721912;REFB=0,0;REVB=0.0368924,0.0651223;RO=0;SAF=3,28;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.011457,-0.00048041;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=T,TG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:45:0:0:3,42:3,42:0.0666667,0.933333:0,14:3,28:0:0:0,14:3,28:0:0 chr6 37623566 . C G,T 491.28 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000346889,0.0614418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.598,94.2778;QD=57.7981;RBI=0.00632362,0.0622885;REFB=0,0;REVB=0.0063141,-0.0102354;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.165246,0.00243695;OID=.,.;OPOS=37623566,37623566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:1,14:1,18:0:0:1,14:1,18:0:0 chr6 38650628 . T G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0279315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.861;QD=14.6656;RBI=0.02799;REFB=-0.0104708;REVB=-0.00180791;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.599867;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0155159;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:9:12:6:9:9:12 chr6 38670837 . G A 1571.3 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5483;QD=59.859;RBI=0.0706505;REFB=0;REVB=0.0527877;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577947;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:66:38:0:0:66:39:0:0 chr6 38705727 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00655375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7304;QD=7.78046;RBI=0.0187867;REFB=0.00362844;REVB=0.0176065;RO=44;SAF=1;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5648;STB=0.8602;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0127752;OID=.;OPOS=38705727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:16:1:16:28:16:1:16:28 chr6 38750888 . A G 951.32 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.428;QD=58.5426;RBI=0.00949228;REFB=0;REVB=-0.00191773;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374311;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:20:43:0:0:20:45:0:0 chr6 38754694 . A G 179.46 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0426522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7833;QD=23.1561;RBI=0.0813496;REFB=-0.0238605;REVB=-0.0692715;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.507238;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0131577;OID=.;OPOS=38754694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:6:7:10:8:6:7 chr6 38773293 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5938;QD=57.2354;RBI=0.0690439;REFB=0;REVB=-0.0621223;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00097455;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr6 38781866 . C G 600.19 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379545;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.614;QD=61.5579;RBI=0.0440066;REFB=0;REVB=0.0222718;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378424;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr6 38800164 . G A 292.44 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0288778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1938;QD=27.204;RBI=0.0375136;REFB=0.0274154;REVB=0.0239446;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122015;STB=0.567222;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0174539;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:5:12:14:12:5:12 chr6 38825329 . C T 1139.07 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00631178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6481;QD=57.6743;RBI=0.0304912;REFB=0.0179327;REVB=0.0298307;RO=2;SAF=31;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295456;STB=0.515148;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-9.16452e-05;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:79:2:2:75:77:0.974684:44:31:2:0:45:32:2:0 chr6 38841101 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.599;QD=51.1846;RBI=0.0176101;REFB=0;REVB=0.0161568;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74738e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 38843426 . C T 1812.8 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6321;QD=60.4267;RBI=0.0415675;REFB=0;REVB=-0.0374352;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134632;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:118:120:1:68:50:0:0:68:52:0:0 chr6 38851669 . C T 404.85 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0106135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.649;QD=32.3883;RBI=0.0300117;REFB=-0.0324576;REVB=-0.0280723;RO=17;SAF=8;SAR=25;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885846;STB=0.548559;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0120869;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:25:8:6:11:25:8:6:11 chr6 39024225 . G A 944.44 PASS AF=0.633588;AO=83;DP=131;FAO=83;FDP=131;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00723298;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=28.8379;RBI=0.0159761;REFB=-0.0266154;REVB=0.014245;RO=46;SAF=52;SAR=31;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144417;STB=0.571303;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0148587;OID=.;OPOS=39024225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:46:48:83:83:0.633588:31:52:19:27:31:52:21:27 chr6 39033602 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.098;QD=59.8384;RBI=0.0418643;REFB=0;REVB=0.0267392;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48985e-05;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 39282806 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00310037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.212;QD=16.8229;RBI=0.0208564;REFB=-0.0118757;REVB=-0.0206247;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00746282;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr6 39283083 . G A 316.99 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.070173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7723;QD=25.8767;RBI=0.0711122;REFB=-0.0187174;REVB=-0.0115193;RO=20;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326774;STB=0.692163;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0131569;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:21:7:13:7:21:7:14:7 chr6 39284050 . G T 393.07 PASS AF=0.7;AO=34;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.020535;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.159;QD=31.4454;RBI=0.048417;REFB=-0.0187615;REVB=0.0438465;RO=14;SAF=8;SAR=26;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256819;STB=0.65489;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0103775;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:15:34:35:0.7:26:8:9:5:27:8:10:5 chr6 39284184 . A G 939.77 PASS AF=0.626866;AO=82;DP=132;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.000277965;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.312;QD=28.053;RBI=0.00569427;REFB=-0.0311158;REVB=-0.00568748;RO=50;SAF=57;SAR=25;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124068;STB=0.500611;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0195671;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:50:50:82:84:0.626866:25:57:34:16:27:57:34:16 chr6 39290200 . C T 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.018232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.64;QD=19.172;RBI=0.0291082;REFB=-0.0122687;REVB=-0.0226909;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156207;STB=0.602692;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00867833;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:5:8:8:2:5:8:9:2 chr6 39330207 . C G 113.67 PASS AF=0.265625;AO=16;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00764988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.68;QD=7.10435;RBI=0.0208872;REFB=0.00224777;REVB=-0.0194359;RO=45;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376208;STB=0.70564;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.012176;OID=.;OPOS=39330207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:47:16:17:0.265625:4:12:20:25:5:12:20:27 chr6 39507889 . C T 463.75 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0206677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9542;QD=30.4099;RBI=0.0208253;REFB=-0.0253614;REVB=-0.0025572;RO=19;SAF=36;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744024;STB=0.54052;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0109856;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:6:36:15:4:6:36:15:4 chr6 39828862 . A C 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0113903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.777;QD=18.7944;RBI=0.0144849;REFB=0.0044012;REVB=-0.00894845;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100106;STB=0.556505;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00627966;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:9:18:13:10:9:18 chr6 39851818 . G A 724.55 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=397.95;QD=63.0042;RBI=0.0341324;REFB=0;REVB=0.0107084;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327375;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:30:8:0:0:33:13:0:0 chr6 39855288 . C A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0202489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.803;QD=9.99261;RBI=0.0218208;REFB=-0.00454975;REVB=0.00813215;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549197;STB=0.820438;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0199544;OID=.;OPOS=39855288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:27:9:13:4:27:9 chr6 39865047 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.629;QD=53.9112;RBI=0.0366108;REFB=0;REVB=0.0343829;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182888;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 39872504 . C A 189.7 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0342966;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=13.0829;RBI=0.0701259;REFB=-0.00646904;REVB=0.0611669;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00940494;OID=.;OPOS=39872504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:14:21:11:12:14:21 chr6 39881120 . G A 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0348135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.172;QD=8.25046;RBI=0.0421435;REFB=-0.00366553;REVB=0.0237506;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127392;OID=.;OPOS=39881120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr6 40360465 . A G 790.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384903;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0741;QD=64.5314;RBI=0.0425035;REFB=0;REVB=-0.0180289;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481847;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr6 41166149 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000808407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.308;QD=5.95779;RBI=0.016689;REFB=-0.0016139;REVB=-0.0166694;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0018143;OID=.;OPOS=41166149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:9:9:4:2:9:9 chr6 41166151 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00315862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3871;QD=5.95741;RBI=0.0251118;REFB=-0.00269478;REVB=-0.0249124;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00407496;OID=.;OPOS=41166151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:9:9:4:2:9:9 chr6 41166154 . GT CC 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00824575;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.426;QD=5.95777;RBI=0.00968519;REFB=-0.00584792;REVB=0.00508041;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=mnp;VARB=0.02002;OID=.;OPOS=41166154;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:9:9:4:2:9:9 chr6 41196156 . C T 539.21 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.893;QD=59.9122;RBI=0.0348279;REFB=0;REVB=0.0265481;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31477e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr6 41196605 . T C 816.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549023;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.777;QD=57.3116;RBI=0.00993431;REFB=0;REVB=-0.00827936;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17978e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr6 41196727 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.547;QD=60.2307;RBI=0.0158542;REFB=0;REVB=-0.010962;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79684e-06;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr6 41197785 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.888;QD=57.0008;RBI=0.0486285;REFB=0;REVB=0.0427818;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111288;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 41197857 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.196;QD=64.4145;RBI=0.0555813;REFB=0;REVB=0.0435965;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285247;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 41270223 . C T 121.89 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0146203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6092;QD=11.0808;RBI=0.0905414;REFB=0.00116178;REVB=-0.0893532;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220646;STB=0.599867;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00571537;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:9:5:16:13:9:6:16:13 chr6 41303592 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.03;QD=50.4089;RBI=0.0149623;REFB=0;REVB=-0.00691923;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8263e-05;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 41309552 . T C 555.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.534;QD=60.0202;RBI=0.0296441;REFB=0;REVB=-0.0262859;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41894e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr6 41318438 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.914;QD=57.7124;RBI=0.0375727;REFB=0;REVB=0.00588454;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53232e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr6 41533579 . C A 857.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478456;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.216;QD=56.2037;RBI=0.0560795;REFB=0.0969672;REVB=0.0292526;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000190444;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr6 41568064 . G A 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0169222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.072;QD=13.015;RBI=0.0266682;REFB=-0.00764971;REVB=0.0206114;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23617;STB=0.63623;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0102306;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:20:12:12:8:20:12 chr6 41621618 . A G 126.87 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.041078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6536;QD=19.5182;RBI=0.041078;REFB=-0.0330014;REVB=0;RO=12;SAF=14;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175149;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:0:14:12:0:0:14:12:0 chr6 41621625 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0124021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.63;QD=11.1312;RBI=0.0124021;REFB=-0.0252604;REVB=0;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296642;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:12:17:8:10:0.37037:0:8:12:0:0:10:17:0 chr6 41708938 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000368105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.039;QD=58.061;RBI=0.00855671;REFB=0;REVB=0.00854879;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65621e-05;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr6 41709537 . C A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.000754505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.017;QD=6.10445;RBI=0.00689924;REFB=-0.00402172;REVB=-0.00685786;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851702;STB=0.55541;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00985526;OID=.;OPOS=41709537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:8:18:6:2:8:18 chr6 41739088 . G A 147.45 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0219728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.031;QD=36.8615;RBI=0.0897723;REFB=-0.0381772;REVB=0.0870417;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555478;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00560583;OID=.;OPOS=41739088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:5:8:2:0:6:8:2:0 chr6 41754573 . C CCTT 218.22 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235228;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.736;QD=48.4934;RBI=0.0364029;REFB=0;REVB=0.0277822;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000221049;OID=.;OPOS=41754574;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:19:18:18:0:10:8:0:0:4:0:9:8:0:0 chr6 41773576 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6404;QD=54.5174;RBI=0.0339639;REFB=0;REVB=0.0272072;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754105;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr6 42044945 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.331;QD=58.2394;RBI=0.00762471;REFB=0;REVB=-0.0071031;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39319e-05;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr6 42072989 . G A 457.35 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00252414;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.186;QD=18.8598;RBI=0.0149955;REFB=-0.0137038;REVB=0.0147816;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541829;STB=0.534288;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0150464;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:51:45:46:0.474227:20:25:30:19:21:25:31:20 chr6 42073958 . C T 145.65 PASS AF=0.404255;AO=13;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0311814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2204;QD=12.3954;RBI=0.031529;REFB=-0.050428;REVB=0.00466877;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207719;STB=0.660627;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0717332;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:28:13:19:0.404255:7:6:7:18:7:12:10:18 chr6 42074106 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0268115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.909;QD=11.6672;RBI=0.0282975;REFB=-0.0128261;REVB=-0.00904923;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0258759;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:13:13:7:7:13:13 chr6 42123317 . A C 1588.19 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000877692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.283;QD=59.9317;RBI=0.00949436;REFB=0;REVB=0.0094537;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65971e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:51:54:0:0:52:54:0:0 chr6 42162388 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.059;QD=62.3143;RBI=0.043993;REFB=0;REVB=0.022377;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77808e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:48:38:0:0 chr6 42224546 . A T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0711508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.833;QD=31.4405;RBI=0.0712257;REFB=-0.0179413;REVB=-0.0032653;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110722;STB=0.56072;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.011484;OID=.;OPOS=42224546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:11:17:6:8:11:17:6:8 chr6 42532102 . C T 204.48 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00206072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.392;QD=16.3587;RBI=0.0121132;REFB=-0.00459414;REVB=0.0119366;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331703;STB=0.698344;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0122233;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:15:5:16:13:16:5:16:13 chr6 42600319 . A G 1433.84 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.74;QD=63.026;RBI=0.0323646;REFB=0;REVB=-0.00466618;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95986e-05;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:49:41:0:0:49:42:0:0 chr6 42627430 . C T 81.69 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00938364;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.827;QD=7.59885;RBI=0.0295736;REFB=-0.00479586;REVB=-0.0280454;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324797;STB=0.708149;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.027965;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:43:31:32:11:11:0.255814:7:4:20:11:7:4:21:11 chr6 42627434 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0768221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1465;QD=8.06776;RBI=0.0768247;REFB=0.00652609;REVB=-0.000637212;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381117;STB=0.732035;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0180816;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:22:11:8:4:22:11 chr6 42666061 . T C 357.94 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4403;QD=55.0669;RBI=0.0696248;REFB=0;REVB=0.0641312;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117942;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 42666145 . C T 638.72 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0742684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6473;QD=59.4159;RBI=0.0833666;REFB=-0.14728;REVB=0.0378708;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.508471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0355194;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:0:1:29:13:0:1 chr6 42666164 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.634;QD=61.6837;RBI=0.0456649;REFB=0;REVB=0.0446354;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119852;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr6 42689755 . A G 324.03 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0280394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6429;QD=28.8024;RBI=0.0425191;REFB=-0.0244323;REVB=-0.0319635;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123429;STB=0.568057;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0160953;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:10:18:8:9:10:18:8:9 chr6 42713618 . A G 1227.35 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.336;QD=61.3675;RBI=0.0222779;REFB=0;REVB=0.0178382;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27494e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:31:49:0:0 chr6 42835808 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTC CTTTTTCTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTTTTC 70.7 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=2,3;DP=15;FAO=7,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548744,0.0688168;FXX=0.266489;HRUN=17,17;LEN=13,3;MLLD=197.197,5.41852;QD=25.7092;RBI=0.0141782,0.0714686;REFB=-0.0678065,-0.179948;REVB=-0.0130732,-0.0192878;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.000740955,0.137894;OID=.,.;OPOS=42835814,42835809;OREF=TTTTTTTTTTTTC,TTT;OALT=CTTTTTTTTTTCT,-;OMAPALT=CTTTTTCTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.636364,0.363636:2,3:15:7,4:11:0:5,3:2,1:0:0:23:0:2,2:0,1:0:0 chr6 42930838 . GAAAAAC GAAAAC,GAAAACG 37.23 PASS AF=0.333333,0;AO=12,2;DP=33;FAO=11,0;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0611313,-0.0263647;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.3167,81.1658;QD=4.5132;RBI=0.117564,0.0323639;REFB=-0.109369,-0.013135;REVB=0.10042,0.0187704;RO=18;SAF=5,1;SAR=7,1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0292886,0.111109;STB=0.563101,0.5;STBP=0.656,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.181193,0;OID=.,.;OPOS=42930839,42930843;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=GAAAAC,GAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:12,2:33:11,0:33:22:4,0:7,0:10:12:37:18:5,1:7,1:7:11 chr6 42931312 . CT C 94.16 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.178032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8055;QD=11.7694;RBI=0.199935;REFB=-0.107747;REVB=-0.0909872;RO=15;SAF=15;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696332;STB=0.836463;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.101402;OID=.;OPOS=42931313;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:16:32:17:32:15:15:2:4:11:75:15:15:1:4:11 chr6 42989057 . T C 380.38 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.93;QD=54.3403;RBI=0.0538261;REFB=0;REVB=0.0169381;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624655;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:15:13:0:0 chr6 43014298 . TT CC 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203949;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=122.434;QD=48.7373;RBI=0.0288658;REFB=0;REVB=0.0204276;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.30577e-07;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 43044620 . A G 299.15 PASS AF=0.294118;AO=37;DP=134;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0133673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.771;QD=8.79846;RBI=0.0174355;REFB=-0.0134617;REVB=-0.0111943;RO=96;SAF=20;SAR=17;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124994;STB=0.56878;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0407918;OID=.;OPOS=43044620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:96:96:37:40:0.294118:17:20:42:54:19:21:41:55 chr6 43148987 . G C 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0193778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.155;QD=9.62222;RBI=0.0247765;REFB=-0.0114265;REVB=0.0154393;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587583;STB=0.534723;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.021472;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:10:9:21:19:10:9:21:19 chr6 43152573 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0267889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.322;QD=10.8826;RBI=0.0553147;REFB=-0.00189213;REVB=-0.048395;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00123848;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:6:8:6:3:6:9 chr6 43154091 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.332;QD=59.8394;RBI=0.0459987;REFB=0;REVB=0.045778;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100328;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 43184132 . A C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00837017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.309;QD=17.8403;RBI=0.0222562;REFB=-0.0329712;REVB=-0.0206223;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732887;STB=0.542107;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.040133;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:5:9:10:4:5:9 chr6 43270097 . T C 784.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.908;QD=57.0508;RBI=0.0203427;REFB=0;REVB=0.0171709;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155211;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 43273604 . A G 1084.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.695;QD=58.6104;RBI=0.02326;REFB=0.0290217;REVB=0.0117661;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0001072;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:42:31:0:0:42:31:0:1 chr6 43306346 . A G 1105.47 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.656;QD=59.7551;RBI=0.0382412;REFB=0;REVB=0.027855;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8169e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:18:55:0:0:18:56:0:0 chr6 43488144 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.017354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.481;QD=19.3688;RBI=0.0179226;REFB=-0.0244148;REVB=-0.00447872;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0222424;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:6:9:7:9:6:9 chr6 43492578 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.667;QD=51.9167;RBI=0.0256429;REFB=0;REVB=0.0136859;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002124;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 43582161 . A G 472.07 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0118754;FXX=0.054787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.688;QD=27.3662;RBI=0.0303376;REFB=-0.00780837;REVB=0.0279167;RO=22;SAF=29;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578028;STB=0.538938;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00951864;OID=.;OPOS=43582161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:22:25:43:44:0.637681:14:29:13:9:15:29:14:11 chr6 43596716 . CG C 41.91 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000632161;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.34012;QD=9.86071;RBI=0.158155;REFB=-0.124414;REVB=-0.158154;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.648649;SSSB=0.300057;STB=0.559875;STBP=0.617;TYPE=del;VARB=0.104528;OID=.;OPOS=43596717;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:7:16:10:17:7:7:3:4:3:29:8:6:1:5:3 chr6 43753325 . G A 429.4 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000217836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.337;QD=28.1573;RBI=0.00395789;REFB=-0.0102145;REVB=0.00395189;RO=19;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491138;STB=0.507459;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00452107;OID=.;OPOS=43753325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:21:40:40:0.655738:18:22:12:7:18:22:12:9 chr6 44081718 . G A 1055.21 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3747;QD=58.6227;RBI=0.229786;REFB=0;REVB=0.229662;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214282;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:1:0:61:72:1:25:36:0:1:35:37:0:0 chr6 44115169 . G A,C 659.46 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906451,-0.0139925;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.954,51.9304;QD=61.3448;RBI=0.0227555,0.0140631;REFB=0,0;REVB=-0.0208722,0.0014077;RO=0;SAF=21,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000262462,0.0533525;OID=.,.;OPOS=44115169,44115169;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:20,2:21,0:0:0:20,2:21,0:0:0 chr6 44117607 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6584;QD=40.7627;RBI=0.084503;REFB=0;REVB=0.0472334;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00681858;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr6 44117664 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.537;QD=39.2066;RBI=0.0338496;REFB=0;REVB=0.0254466;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110698;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 44119676 . A G 447.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3532;QD=57.6861;RBI=0.0993655;REFB=0;REVB=0.00593055;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199252;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:22:7:0:0:22:9:0:0 chr6 44223010 . G T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0144567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.739;QD=16.4266;RBI=0.0147049;REFB=-0.0125255;REVB=-0.00269045;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0118175;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:4:7:4:7:4:7 chr6 44247951 . T G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.919;QD=58.9626;RBI=0.0458931;REFB=0;REVB=-0.03098;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4793e-06;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr6 44250165 . A G 561.35 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320099;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.882;QD=60.6867;RBI=0.0465519;REFB=0;REVB=0.0338001;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619139;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 44253749 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.293;QD=55.0982;RBI=0.0272193;REFB=0;REVB=0.0269077;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321366;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 44255459 . G A 1854.0 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0348008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.466;QD=58.8572;RBI=0.0514163;REFB=-0.129505;REVB=0.0378489;RO=3;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018382;STB=0.509676;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000817902;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:126:3:3:123:123:0.97619:76:47:0:3:76:47:0:3 chr6 44268135 . C T 594.37 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.177;QD=60.9613;RBI=0.0283177;REFB=0;REVB=0.0197269;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253635;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr6 44268371 . T C 817.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.833;QD=57.3778;RBI=0.040642;REFB=0;REVB=0.0395338;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136451;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:38:17:0:0:38:19:0:0 chr6 44269192 . TC T,TT 402.14 PASS AF=0.206897,0.793103;AO=7,20;DP=27;FAO=6,23;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638906,0.0612251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=318.525,322.655;QD=55.4681;RBI=0.0695543,0.0659418;REFB=0,0;REVB=0.0274915,0.0244908;RO=0;SAF=2,5;SAR=5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0121078,-0.000492916;OID=.,.;OPOS=44269193,44269193;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.206897,0.793103:7,20:27:6,23:29:0:2,7:4,16:0:0:22:0:2,5:5,15:0:0 chr6 44275011 . T C 731.36 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125251;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.654;QD=63.5964;RBI=0.0082676;REFB=0;REVB=-0.00817217;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32896e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr6 44310854 . G A 255.45 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00519799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.061;QD=15.7203;RBI=0.0167295;REFB=-0.0131221;REVB=0.0159014;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433469;STB=0.524417;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0158979;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:10:19:25:11:10:19:25:11 chr6 44320548 . T A 902.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.296;QD=58.2252;RBI=0.0435519;REFB=0;REVB=-0.00881738;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285953;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr6 44360533 . G A 118.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0459451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.524;QD=13.2142;RBI=0.0461704;REFB=-0.0124239;REVB=0.00455556;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374395;STB=0.724896;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0136021;OID=.;OPOS=44360533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:9:13:12:2:9:13 chr6 44371714 . C T 337.57 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0555384;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.422;QD=25.005;RBI=0.0584683;REFB=-0.00334063;REVB=-0.0182763;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107921;STB=0.559153;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0033038;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:21:21:33:33:0.611111:17:16:7:14:17:16:7:14 chr6 44403438 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.978;QD=51.1846;RBI=0.0152098;REFB=0;REVB=0.014534;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09769e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 44413463 . T A 774.84 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=105;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00352873;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.766;QD=30.0908;RBI=0.00355998;REFB=-0.0274573;REVB=-0.000470673;RO=27;SAF=42;SAR=27;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.566246;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0091099;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:27:34:69:69:0.669903:27:42:10:17:27:42:14:20 chr6 45513026 . CT C 40.83 PASS AF=0.317073;AO=15;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0988922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9988;QD=3.98328;RBI=0.125669;REFB=-0.0180395;REVB=0.077543;RO=25;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.314815;SSSB=0.556521;STB=0.814189;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.0452559;OID=.;OPOS=45513027;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:15:41:13:41:28:12:1:18:10:40:25:14:1:15:10 chr6 45866361 . A T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00226541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.545;QD=21.9524;RBI=0.010897;REFB=-0.0192225;REVB=-0.0106589;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015863;STB=0.508766;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0138023;OID=.;OPOS=45866361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:13:12:16:16:13:12 chr6 46107752 . C G 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00714137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8918;QD=6.31953;RBI=0.00798835;REFB=-0.011551;REVB=-0.00357975;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767545;STB=0.547469;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0344847;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:7:9:25:25:7:9:25:25 chr6 46108083 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0173631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.362;QD=10.2403;RBI=0.0242906;REFB=0.00631656;REVB=-0.016987;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354334;STB=0.710148;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0176461;OID=.;OPOS=46108083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:5:14:4:6:5:14 chr6 46128688 . G C 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0184476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.261;QD=16.4794;RBI=0.0239744;REFB=-0.00164438;REVB=-0.0153121;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00202537;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:14:11:11:8:14:11 chr6 46128745 . C T 224.87 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0192859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7243;QD=19.9885;RBI=0.0195064;REFB=-0.0147589;REVB=0.00292505;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200242;STB=0.601518;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0151119;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:14:8:13:9:14:9 chr6 46129345 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00160247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.873;QD=10.8508;RBI=0.0125405;REFB=-0.0128768;REVB=-0.0124377;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.609282;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0310008;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:13:10:26:17:13:10:26:17 chr6 46135489 . T C 79.3 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0131947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.124;QD=15.8591;RBI=0.0170443;REFB=-0.00677542;REVB=0.0107891;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00997667;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr6 46135984 . G T 128.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0321669;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2183;QD=9.5268;RBI=0.0321867;REFB=0.0178854;REVB=0.00112825;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172299;STB=0.601656;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0384478;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:12:25:9:8:12:25 chr6 46190377 . A C 352.39 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0153587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.111;QD=30.6425;RBI=0.0375857;REFB=0.0171647;REVB=0.0343045;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811182;STB=0.548599;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0039745;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:16:29:30:0.652174:11:18:8:8:11:19:8:8 chr6 46563817 . A T 817.45 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.383;QD=57.3646;RBI=0.047458;REFB=0;REVB=-0.031843;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21748e-06;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr6 46623698 . T C 1008.13 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343055;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.406;QD=59.3018;RBI=0.0412801;REFB=0;REVB=0.0411373;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2405e-05;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:40:26:0:0:41:27:0:0 chr6 46657057 . A G 1026.82 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.219;QD=59.526;RBI=0.0345483;REFB=0;REVB=0.0340882;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01067e-05;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr6 46657273 . G A 485.99 PASS AF=0.816327;AO=39;DP=52;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00487808;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.77;QD=39.673;RBI=0.00871688;REFB=0.000728833;REVB=0.00722415;RO=13;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165715;STB=0.550995;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0001155;OID=.;OPOS=46657273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:52:49:13:9:39:40:0.816327:19:20:2:11:20:20:2:7 chr6 46658892 . A T 80.58 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0164918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.598;QD=7.67471;RBI=0.0181329;REFB=-0.00693171;REVB=-0.00753806;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182714;STB=0.613826;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0322657;OID=.;OPOS=46658892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:16:15:7:4:16:15 chr6 46658905 . C G 80.87 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.019642;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6379;QD=7.03235;RBI=0.0399792;REFB=0.00345288;REVB=-0.0348214;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148171;STB=0.615787;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0149069;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:33:35:11:11:0.23913:7:4:16:17:7:4:18:17 chr6 46672943 . A G 1896.38 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.325;QD=61.671;RBI=0.0290946;REFB=0;REVB=0.0290255;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7183e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:71:51:0:0:72:51:0:0 chr6 46684222 . C T 232.22 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0528527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8796;QD=10.4369;RBI=0.139139;REFB=-0.0421162;REVB=-0.12871;RO=59;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559836;STB=0.540106;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0842915;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:60:29:29:0.325843:19:10:23:36:19:10:24:36 chr6 46766315 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA,CTTTTTTT,TTCTTTTTT 364.17 PASS AF=0.983051,0,0,0,0;AO=15,8,6,6,4;DP=60;FAO=58,0,0,0,0;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0,0,0,0;FSAR=25,0,0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.150506,0.211292,0.0927726,0.0724764,-0.00238988;FXX=0.0166639;HRUN=7,7,7,8,1;LEN=2,1,1,1,9;MLLD=10.0119,6.02277,3.85799,5.33461,17.5187;QD=24.6894;RBI=0.158211,0.359547,0.267799,0.201124,0.249799;REFB=0.0232167,0.0454916,0.0387651,-0.012789,0.0962071;REVB=0.0487694,0.290912,0.251216,-0.187611,-0.249788;RO=10;SAF=13,7,6,4,0;SAR=2,1,0,2,4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.299871,0.3708,0.731324,0.0726992,-0.71899;STB=0.50746,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=0.509,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del,mnp;VARB=0.0034099,0.0171919,0,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=46766322,46766316,46766322,46766323,46766315;OREF=TA,T,T,A,CTTTTTTTA;OALT=-,-,A,-,TTCTTTTTT;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA,CTTTTTTT,TTCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:59:10:1:15,8,6,6,4:58,0,0,0,0:0.983051,0,0,0,0:2,1,0,2,4:13,7,6,4,0:6:4:25,0,0,0,0:33,0,0,0,0:1:0 chr6 46802370 . G A 285.67 PASS AF=0.25;AO=43;DP=173;FAO=43;FDP=172;FR=.;FRO=129;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=56;FWDB=-0.0271146;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.99;QD=6.64357;RBI=0.0281855;REFB=0.00195921;REVB=0.0076958;RO=129;SAF=29;SAR=14;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144192;STB=0.587003;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00682741;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:129:129:43:43:0.25:14:29:73:56:14:29:73:56 chr6 46803018 . A T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0486298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2061;QD=13.7528;RBI=0.0492248;REFB=0.00159912;REVB=-0.00763062;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390899;STB=0.53329;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00736275;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:8:14:9:6:8:15 chr6 46803102 . A G 64.95 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0428328;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0242;QD=9.27919;RBI=0.0457167;REFB=-0.00043467;REVB=0.0159803;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220547;STB=0.513484;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00389548;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:6:13:6:3:6:13 chr6 46824448 . A G 299.88 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0188264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.6581;QD=44.426;RBI=0.0575869;REFB=-0.00130599;REVB=0.0544226;RO=2;SAF=18;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461548;STB=0.558089;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000658305;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:2:3:24:24:0.888889:6:18:1:1:6:18:1:2 chr6 46826508 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.238;QD=55.0981;RBI=0.0319531;REFB=0;REVB=-0.0150151;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202657;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 46826715 . T A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.125;QD=61.3986;RBI=0.0128491;REFB=-0.0431266;REVB=0.00117693;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000453355;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:50:39:0:0:50:39:1:0 chr6 46826844 . T C 1556.4 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.416;QD=58.7322;RBI=0.0270815;REFB=-0.0827926;REVB=0.021088;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000201872;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:58:47:0:0:58:47:1:0 chr6 46826910 . G A 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.057;QD=61.9768;RBI=0.0172641;REFB=0;REVB=0.0149592;RO=0;SAF=78;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01561e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:48:78:0:0:48:78:0:0 chr6 46826979 . A G 518.58 PASS AF=0.368421;AO=62;DP=170;FAO=63;FDP=171;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.00249729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.543;QD=12.1304;RBI=0.00272235;REFB=-0.00600665;REVB=-0.00108386;RO=107;SAF=36;SAR=26;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126557;STB=0.562794;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0114466;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:107:108:62:63:0.368421:26:36:50:57:27:36:51:57 chr6 46827073 . A G 735.15 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00484309;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.443;QD=21.7822;RBI=0.0136109;REFB=-0.0142473;REVB=0.0127202;RO=64;SAF=20;SAR=51;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248036;STB=0.636736;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00979994;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:64:64:71:71:0.525926:51:20:35:29:51:20:35:29 chr6 46827126 . C T 1587.67 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.047;QD=64.1482;RBI=0.0232617;REFB=0;REVB=0.00745544;RO=0;SAF=30;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88909e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:69:30:0:0:69:30:0:0 chr6 46827239 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00423626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.76;QD=16.8984;RBI=0.00946554;REFB=0.00572694;REVB=-0.00846466;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.683891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.012797;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:1:8:5:5:1:8 chr6 46832813 . G A 649.19 PASS AF=0.658824;AO=55;DP=84;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00905176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.892;QD=30.5502;RBI=0.0137453;REFB=-0.019659;REVB=0.010344;RO=29;SAF=28;SAR=27;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491932;STB=0.529401;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00906996;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:29:29:55:56:0.658824:27:28:17:12:28:28:17:12 chr6 46834685 . G A 1190.22 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.136;QD=60.2643;RBI=0.0108215;REFB=0;REVB=0.00757868;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43737e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:39:39:1:0:39:40:0:0 chr6 46856100 . G A 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00642985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.158;QD=59.3559;RBI=0.0210317;REFB=-0.0148802;REVB=0.0200247;RO=1;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160389;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000210049;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:29:48:0:1:29:48:0:1 chr6 46976812 . T C 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0210475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.651;QD=6.57181;RBI=0.0223603;REFB=-0.00927419;REVB=-0.00754876;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600637;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0347771;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:5:6:20:17:5:6:20:17 chr6 46977458 . T C 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0156912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5378;QD=8.62818;RBI=0.0165667;REFB=-0.00432825;REVB=0.00531436;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116427;STB=0.5713;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0123366;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:15:12:6:5:15:12 chr6 47563692 . C T 1058.61 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3512;QD=58.0061;RBI=0.0284292;REFB=0;REVB=0.0267693;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220204;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:67:73:1:44:23:0:0:45:28:0:0 chr6 47594302 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.404;QD=59.8559;RBI=0.00680524;REFB=0;REVB=-0.000527941;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08963e-06;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr6 47594722 . G A 398.93 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0123571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.536;QD=26.5956;RBI=0.0124973;REFB=-0.0192969;REVB=-0.00186723;RO=21;SAF=26;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481434;STB=0.519989;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0125522;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:22:38:38:0.633333:12:26:13:8:12:26:14:8 chr6 47649265 . T A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.184;QD=57.0003;RBI=0.0099407;REFB=0;REVB=-0.00849717;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19747e-05;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr6 47682604 . A C 1193.29 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582893;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.101;QD=61.1942;RBI=0.00990167;REFB=0;REVB=0.00800417;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016976;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:52:26:0:0:52:26:0:0 chr6 47791205 . G A 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0591769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.185;QD=35.3907;RBI=0.0591817;REFB=0.0178404;REVB=0.000751785;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946455;STB=0.5515;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00569546;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:18:14:8:5:18:14:8:5 chr6 47847179 . A G 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0322162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.659;QD=57.8341;RBI=0.0345475;REFB=-0.0029955;REVB=0.0124758;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=2.94812e-05;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr6 47847401 . A G 458.26 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.544;QD=57.283;RBI=0.0143214;REFB=0;REVB=0.012202;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22984e-05;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr6 49459978 . A G 455.75 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.62;QD=56.9693;RBI=0.0588164;REFB=0;REVB=0.012639;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840851;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:18:14:0:0 chr6 49460152 . A G 313.49 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00259544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4062;QD=50.1589;RBI=0.0266485;REFB=-0.136993;REVB=0.0265218;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00779302;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr6 49479750 . T C 968.79 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0217529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.866;QD=24.2197;RBI=0.0229021;REFB=0.00873618;REVB=0.00716366;RO=68;SAF=48;SAR=44;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399641;STB=0.521734;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00597949;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:68:68:92:92:0.575:44:48:32:36:44:48:32:36 chr6 49479775 . A T 868.03 PASS AF=0.555556;AO=80;DP=145;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0449396;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9747;QD=24.112;RBI=0.0449556;REFB=-0.022705;REVB=0.00120072;RO=60;SAF=41;SAR=39;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491307;STB=0.526364;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0214017;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:60:64:80:80:0.555556:39:41:27:33:39:41:29:35 chr6 49485266 . C A 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.00527627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.224;QD=13.1015;RBI=0.00527734;REFB=-0.00929972;REVB=0.000106507;RO=63;SAF=12;SAR=28;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417821;STB=0.523797;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.010804;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:28:12:21:42:28:12:21:42 chr6 49489397 . C A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.015555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.072;QD=19.8666;RBI=0.0580059;REFB=0.0116558;REVB=-0.0558814;RO=34;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199949;STB=0.511105;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0101926;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:23:13:13:21:23:13:13:21 chr6 49494241 . A G 310.08 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00148948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.764;QD=35.4379;RBI=0.0296983;REFB=0.00983887;REVB=0.0296609;RO=9;SAF=19;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157099;STB=0.586048;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00300642;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:7:19:4:5:7:19:4:5 chr6 49518914 . C G 1200.65 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102551;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.532;QD=61.5717;RBI=0.0163442;REFB=0;REVB=-0.0127265;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030889;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr6 49701439 . C A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0083265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.803;QD=10.4293;RBI=0.00837499;REFB=0.00127471;REVB=0.000899952;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194423;STB=0.522695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00270227;OID=.;OPOS=49701439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:7:7:14:15:7:7:14:16 chr6 49701523 . A G 128.48 PASS AF=0.348837;AO=13;DP=41;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.000668721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.349;QD=11.9516;RBI=0.0252397;REFB=-0.0211546;REVB=0.0252308;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123651;STB=0.535668;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0365056;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:28:28:13:15:0.348837:8:5:8:20:10:5:8:20 chr6 49755030 . G C 93.56 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0655611;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6787;QD=9.12741;RBI=0.0661946;REFB=0.00442787;REVB=-0.00913575;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373364;STB=0.522783;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0288503;OID=.;OPOS=49755030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:16:13:5:7:16:13 chr6 50815229 . T C 395.08 PASS AF=0.329032;AO=51;DP=155;FAO=51;FDP=155;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.0029949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.024;QD=10.1956;RBI=0.00875701;REFB=-0.00237106;REVB=0.00822897;RO=104;SAF=23;SAR=28;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903596;STB=0.55198;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00545489;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:104:104:51:51:0.329032:28:23:39:65:28:23:39:65 chr6 51480486 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.641;QD=61.6839;RBI=0.126548;REFB=0;REVB=-0.123892;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526048;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr6 51483961 . T C 837.21 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114099;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.213;QD=57.7385;RBI=0.0114895;REFB=0;REVB=0.00134982;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13999e-06;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr6 51491884 . T C 1046.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803445;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.002;QD=59.8206;RBI=0.0199352;REFB=0;REVB=0.0182444;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12367e-05;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:40:30:0:0 chr6 51586771 . G A 328.58 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331683;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.534;QD=54.7634;RBI=0.0347246;REFB=0;REVB=0.0345659;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102714;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 51613177 . C T 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8043;QD=57.1804;RBI=0.041679;REFB=0;REVB=0.0362124;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978861;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 51720838 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.161;QD=56.6223;RBI=0.0162488;REFB=0.0549233;REVB=0.0107756;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000133265;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:1:0 chr6 51875250 . A C 731.54 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173193;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.3;QD=63.6123;RBI=0.0201082;REFB=0;REVB=-0.0102168;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147469;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr6 51890823 . G A 277.07 PASS AF=0.262821;AO=39;DP=155;FAO=41;FDP=156;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.011035;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.295;QD=7.10424;RBI=0.0157728;REFB=-0.00920563;REVB=0.0112699;RO=116;SAF=14;SAR=25;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219634;STB=0.622106;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0327226;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:116:115:39:41:0.262821:25:14:62:54:26:15:61:54 chr6 51914956 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.016353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.978;QD=8.99472;RBI=0.0214248;REFB=-0.0028133;REVB=-0.013842;RO=29;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353973;STB=0.721228;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00723408;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:2:10:17:12:2:10:17:12 chr6 51924774 . A G 785.99 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128428;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1763;QD=57.1631;RBI=0.0154973;REFB=0;REVB=-0.00867354;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410974;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr6 51947237 . G A 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00272332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.376;QD=28.1765;RBI=0.038382;REFB=-0.0166542;REVB=0.0382852;RO=18;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08078;STB=0.543975;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00603904;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:14:21:13:5:14:21:13:5 chr6 52051274 . G A 251.68 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0324305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.176;QD=20.5453;RBI=0.0333854;REFB=-0.00440201;REVB=0.00792757;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584059;STB=0.532743;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00343999;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:7:17:19:6:7:17:19:6 chr6 52101739 . T C 325.94 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0313632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0389;QD=29.6313;RBI=0.108528;REFB=-0.0303993;REVB=0.103897;RO=15;SAF=20;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259107;STB=0.655057;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0156112;OID=.;OPOS=52101739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:28:28:0.636364:8:20:5:10:8:20:5:11 chr6 52269046 . C G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0208946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.356;QD=7.25972;RBI=0.0254339;REFB=-0.00462952;REVB=-0.0145017;RO=29;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388269;STB=0.755662;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0128311;OID=.;OPOS=52269046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:1:9:20:9:1:9:20:9 chr6 52270925 . G T 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00778554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1416;QD=15.5743;RBI=0.0669254;REFB=-0.00151343;REVB=-0.066471;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211506;STB=0.625967;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0008032;OID=.;OPOS=52270925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:12:13:9:21:12:13:9:22 chr6 52272033 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6402;QD=56.9339;RBI=0.0490298;REFB=0;REVB=-0.0429171;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230178;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr6 52272310 . A G 173.53 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00782957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.229;QD=9.64036;RBI=0.017845;REFB=-0.00518917;REVB=-0.0160357;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250223;STB=0.52172;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.012488;OID=.;OPOS=52272310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:11:12:24:24:11:12:24:25 chr6 52272313 . A G 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0042641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.284;QD=5.97742;RBI=0.0183703;REFB=-0.00270663;REVB=0.0178685;RO=56;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246924;STB=0.653111;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00728709;OID=.;OPOS=52272313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:6:11:25:31:6:11:25:31 chr6 52272467 . C CTTGA 259.09 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00830717;FXX=0.249911;HRUN=2;LEN=4;MLLD=267.936;QD=49.3511;RBI=0.0184817;REFB=-0.0100185;REVB=0.0165096;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25187;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.00145332;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:19:32:20:21:1:7:13:1:0:8:12:6:13:8:4 chr6 52272471 . C A 51.55 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00375527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.938;QD=7.11056;RBI=0.0309406;REFB=-0.00258673;REVB=-0.0307119;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275046;STB=0.671854;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0238858;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:8:13:3:5:8:13 chr6 52288586 . G C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0184497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.023;QD=8.89997;RBI=0.0700484;REFB=-0.0144515;REVB=-0.067575;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191978;STB=0.618556;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0311951;OID=.;OPOS=52288586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:15:11:3:8:15:11 chr6 52303291 . C T 55.8 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0102245;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.001;QD=4.21126;RBI=0.0111968;REFB=0.00163024;REVB=-0.00456373;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969516;STB=0.58315;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00525659;OID=.;OPOS=52303291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:42:44:9:9:0.169811:5:4:22:20:5:4:24:20 chr6 52360283 . T A 230.34 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00406998;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.615;QD=20.94;RBI=0.0182886;REFB=-0.000104588;REVB=0.01783;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100952;STB=0.523686;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000780322;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:22:21:22:0.5:8:13:14:9:9:13:14:8 chr6 52360331 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00289251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.372;QD=16.9796;RBI=0.00471932;REFB=0.00723122;REVB=-0.00372899;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681198;STB=0.538431;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00939651;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:12:17:17:9:12:17 chr6 52374319 . T TAC 710.72 PASS AF=0.622449;AO=60;DP=99;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=4.61687e-05;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.592;QD=29.009;RBI=0.00500043;REFB=-0.0288111;REVB=0.00500022;RO=37;SAF=32;SAR=28;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896198;STB=0.544894;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.014209;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622449:60:99:61:98:37:32:29:15:22:99:37:32:28:15:22 chr6 52617731 . C G 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.055;QD=62.177;RBI=0.00313376;REFB=0;REVB=0.000748747;RO=0;SAF=47;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08608e-06;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:81:47:0:0:81:47:0:0 chr6 52701143 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.828;QD=57.0001;RBI=0.027133;REFB=0;REVB=-0.0263883;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45575e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 52843131 . G T 867.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0102;QD=57.8563;RBI=0.11454;REFB=0;REVB=0.109313;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014511;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr6 52844045 . G A 1029.65 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129626;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.755;QD=59.6897;RBI=0.0643546;REFB=0;REVB=0.0630356;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03981e-05;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr6 52930188 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.877;QD=42.1824;RBI=0.0814926;REFB=0;REVB=0.0693764;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140904;OID=.;OPOS=52930188;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 52963071 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.129;QD=53.274;RBI=0.0226363;REFB=0;REVB=0.0110692;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114351;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr6 53514946 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.526;QD=63.2858;RBI=0.0784996;REFB=0;REVB=0.0738278;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216853;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 53516876 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.387;QD=57.1774;RBI=0.0409281;REFB=0;REVB=-0.0320378;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08197e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 53517035 . G A 1990.89 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110417;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.15;QD=62.2152;RBI=0.126887;REFB=0;REVB=0.0625183;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289437;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:76:52:0:0:76:52:0:0 chr6 53518922 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0090966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.945;QD=12.7913;RBI=0.00911633;REFB=-0.0160491;REVB=0.000599475;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23312;STB=0.636176;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.033316;OID=.;OPOS=53518922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:15:8:8:6:15:8 chr6 53519605 . C T 1688.78 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196215;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.339;QD=60.8568;RBI=0.0196221;REFB=0;REVB=-0.000154354;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023551;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr6 53989526 . G A 631.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000385946;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.001;QD=61.5786;RBI=0.0519767;REFB=0;REVB=0.0519752;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924001;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 54054686 . T A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.07;QD=56.9968;RBI=0.0314497;REFB=0;REVB=0.011538;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001402;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr6 54079968 . G A 1733.5 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.305;QD=59.776;RBI=0.0154027;REFB=-0.0795365;REVB=0.00140437;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00023278;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:64:51:0:0:64:51:0:1 chr6 54130846 . A G 335.18 PASS AF=0.736842;AO=27;DP=37;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0410048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.134;QD=35.2821;RBI=0.0411958;REFB=-0.00267029;REVB=-0.00396261;RO=10;SAF=19;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114428;STB=0.565169;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00104347;OID=.;OPOS=54130846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:10:10:27:28:0.736842:8:19:5:5:8:20:5:5 chr6 54186147 . T C 451.85 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0860272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4938;QD=24.759;RBI=0.0863186;REFB=0.00905395;REVB=0.00708625;RO=30;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202955;STB=0.61113;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00461477;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:26:17:20:10:26:17:20:10 chr6 54191970 . T A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.056635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7;QD=21.7452;RBI=0.0571579;REFB=-0.0055633;REVB=-0.00771341;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771309;STB=0.543339;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00234834;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:11:9:8:14:11:9 chr6 54735122 . A G 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0116429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.229;QD=35.7993;RBI=0.0120699;REFB=-0.0354389;REVB=-0.00318209;RO=10;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803336;STB=0.543695;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0135699;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:15:13:3:7:15:13:3:7 chr6 55142337 . A G 1470.99 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00765423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.519;QD=60.0404;RBI=0.00872827;REFB=-0.189856;REVB=-0.00419469;RO=3;SAF=51;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270751;STB=0.514283;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00151197;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:44:51:3:0:44:51:3:0 chr6 55266625 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2628;QD=44.6876;RBI=0.0384732;REFB=0;REVB=-0.00345245;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192677;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 55428658 . A C 48.68 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00753739;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.685;QD=12.9802;RBI=0.0613795;REFB=-0.0290291;REVB=0.0609149;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434068;STB=0.749497;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0103547;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:15:15:8:8:5:7:0.466667:1:4:8:0:3:4:8:0 chr6 56044578 . T C 1589.83 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.761;QD=59.9934;RBI=0.0117125;REFB=0;REVB=0.0052241;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1579e-05;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr6 56327849 . C T 181.89 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0222311;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.341;QD=11.3684;RBI=0.0364369;REFB=-0.00598402;REVB=-0.0288691;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374353;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.011486;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:20:21:11:12:20:21 chr6 56417282 . C T 870.77 PASS AF=0.764045;AO=68;DP=89;FAO=68;FDP=89;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00814698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.583;QD=39.1356;RBI=0.0237377;REFB=-0.0442515;REVB=-0.0222958;RO=21;SAF=30;SAR=38;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563423;STB=0.503017;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0135719;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:21:21:68:68:0.764045:38:30:9:12:38:30:9:12 chr6 56417545 . T C 287.93 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00909705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.349;QD=25.0371;RBI=0.00951842;REFB=-0.0201172;REVB=-0.00280075;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909265;STB=0.505047;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0167861;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:11:9:12:14:11:9 chr6 56420538 . C T 234.68 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0477355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.403;QD=11.0439;RBI=0.0545623;REFB=0.00382105;REVB=-0.0264266;RO=55;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715648;STB=0.545647;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00718821;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:56:28:29:0.341176:12:16:28:27:12:17:29:27 chr6 56810539 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.694;QD=41.8679;RBI=0.0139553;REFB=0.00524812;REVB=-0.00770107;RO=1;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314901;STB=0.517219;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000275318;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:14:1:0:1:14:1:0:1 chr6 57244780 . G A 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0306334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.376;QD=12.318;RBI=0.0307654;REFB=0.00218482;REVB=-0.00284621;RO=45;SAF=21;SAR=6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326749;STB=0.689988;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0190051;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:6:21:23:22:6:21:23:22 chr6 57246884 . A G 691.36 PASS AF=0.39604;AO=80;DP=204;FAO=80;FDP=202;FR=.;FRO=122;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=-0.00182111;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.938;QD=13.6904;RBI=0.0128379;REFB=-0.0032865;REVB=-0.012708;RO=123;SAF=42;SAR=38;SRF=78;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118913;STB=0.564669;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00482643;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:202:123:122:80:80:0.39604:38:42:78:45:38:42:77:45 chr6 57246969 . G A 553.06 PASS AF=0.341584;AO=68;DP=201;FAO=69;FDP=202;FR=.;FRO=133;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=-0.029726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.372;QD=10.9517;RBI=0.0300939;REFB=-0.00842094;REVB=-0.00469093;RO=132;SAF=25;SAR=43;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239214;STB=0.642203;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0176565;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:132:133:68:69:0.341584:43:25:76:56:44:25:77:56 chr6 57246982 . G T 448.15 PASS AF=0.311828;AO=56;DP=186;FAO=58;FDP=186;FR=.;FRO=128;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=-0.0593853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.672;QD=9.63759;RBI=0.0597366;REFB=-0.00722286;REVB=0.00646861;RO=125;SAF=18;SAR=38;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311705;STB=0.677073;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0100704;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:125:128:56:58:0.311828:38:18:73:52:39:19:75:53 chr6 57254927 . A G 274.19 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00419325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.333;QD=12.903;RBI=0.007793;REFB=-0.0090185;REVB=0.00656868;RO=52;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18391;STB=0.610596;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0234268;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:13:19:22:30:13:19:22:31 chr6 57254950 . A AT 119.44 PASS AF=0.346667;AO=23;DP=84;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.149381;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7525;QD=6.36987;RBI=0.169585;REFB=-0.0470986;REVB=-0.0802765;RO=58;SAF=8;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22583;STB=0.570176;STBP=0.378;TYPE=ins;VARB=0.0628255;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346667:23:84:26:75:49:10:16:24:25:99:58:8:15:31:27 chr6 57254955 . G A 139.47 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00521768;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.821;QD=7.43844;RBI=0.0391739;REFB=-0.00455452;REVB=-0.0388249;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125164;STB=0.50666;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0297924;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:47:55:20:20:0.266667:10:10:24:23:10:10:27:28 chr6 57254986 . G A 128.85 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0521974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.381;QD=8.44887;RBI=0.0533738;REFB=-0.00840337;REVB=-0.0111443;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301334;STB=0.678824;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0219121;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:7:11:15:28:7:11:15:28 chr6 57255001 . C A 114.52 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0107431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7599;QD=10.1796;RBI=0.0557754;REFB=0.0110199;REVB=-0.0547309;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037906;STB=0.533286;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0520083;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:14:16:7:7:14:17 chr6 57372361 . C A 839.84 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0141091;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3542;QD=23.8251;RBI=0.0345209;REFB=-0.00980335;REVB=-0.031506;RO=63;SAF=43;SAR=35;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166864;STB=0.509112;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00771452;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:63:63:78:78:0.553191:35:43:36:27:35:43:36:27 chr6 57372365 . A G 52.16 PASS AF=0.1;AO=14;DP=140;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.0263628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7303;QD=1.49029;RBI=0.0276267;REFB=-0.00704185;REVB=0.00826058;RO=126;SAF=8;SAR=6;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019178;STB=0.514502;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.069927;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:140:140:126:126:14:14:0.1:6:8:70:56:6:8:70:56 chr6 57393112 . T C 128.11 PASS AF=0.215054;AO=19;DP=92;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0107345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.808;QD=5.50987;RBI=0.0108457;REFB=0.00338096;REVB=-0.00154892;RO=72;SAF=8;SAR=11;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116723;STB=0.584331;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00856953;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:72:73:19:20:0.215054:11:8:37:35:12:8:37:36 chr6 57393125 . A G 637.02 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0236106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.514;QD=23.3768;RBI=0.0239028;REFB=-0.00683152;REVB=0.00372654;RO=46;SAF=32;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012586;STB=0.511542;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00549456;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:47:62:62:0.568807:30:32:23:23:30:32:23:24 chr6 57393160 . G A 186.18 PASS AF=0.235772;AO=29;DP=123;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0243951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.988;QD=6.05465;RBI=0.0326636;REFB=-0.00277539;REVB=-0.0217207;RO=92;SAF=14;SAR=15;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350962;STB=0.513171;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00969334;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:92:94:29:29:0.235772:15:14:47:45:15:14:47:47 chr6 57398154 . T C 719.33 PASS AF=0.490066;AO=75;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00460999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9099;QD=19.0552;RBI=0.0166163;REFB=-0.00282974;REVB=-0.015964;RO=76;SAF=33;SAR=42;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421985;STB=0.529243;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00270935;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:77:75:74:0.490066:42:33:30:46:41:33:30:47 chr6 57398157 . A G 717.35 PASS AF=0.490196;AO=74;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0119878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.938;QD=18.7543;RBI=0.0202817;REFB=-0.0238241;REVB=0.0163598;RO=78;SAF=33;SAR=41;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704036;STB=0.535571;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0217261;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:74:75:0.490196:41:33:29:49:42:33:29:49 chr6 57398163 . A G 771.48 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.00738607;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.016;QD=19.6556;RBI=0.0140915;REFB=-0.0124649;REVB=-0.0120006;RO=78;SAF=36;SAR=43;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889149;STB=0.54884;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0190216;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:79:79:0.503185:43:36:28:50:43:36:28:50 chr6 57398186 . G GA 80.56 PASS AF=0.189744;AO=35;DP=197;FAO=37;FDP=195;FR=.;FRO=158;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=98;FWDB=0.135493;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.636;QD=1.65261;RBI=0.135505;REFB=-0.00216058;REVB=0.00177474;RO=154;SAF=16;SAR=19;SRF=59;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973091;STB=0.565673;STBP=0.42;TYPE=ins;VARB=0.00774199;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189744:35:197:37:195:158:17:20:60:98:80:154:16:19:59:95 chr6 57398201 . T C 1025.79 PASS AF=0.504854;AO=103;DP=206;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=-0.00574071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5061;QD=19.9183;RBI=0.0108685;REFB=-0.00350381;REVB=0.0092287;RO=102;SAF=46;SAR=57;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684906;STB=0.539966;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00345314;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:102:102:103:104:0.504854:57:46:38:64:57:47:38:64 chr6 57398207 . G T 338.48 PASS AF=0.245283;AO=52;DP=213;FAO=52;FDP=212;FR=.;FRO=160;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=101;FWDB=-0.000380509;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4748;QD=6.38648;RBI=0.0160742;REFB=0.00640622;REVB=0.0160697;RO=160;SAF=29;SAR=23;SRF=59;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234755;STB=0.639806;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0197623;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:160:160:52:52:0.245283:23:29:59:101:23:29:59:101 chr6 57398226 . T G 522.85 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=207;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=-0.0144698;FXX=0.257131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1903;QD=13.4063;RBI=0.0444267;REFB=-0.0120855;REVB=0.0420042;RO=95;SAF=22;SAR=38;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263766;STB=0.512336;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0219181;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:156:95:96:60:60:0.384615:38:22:37:58:38:22:37:59 chr6 57398264 . A G 1077.33 PASS AF=0.536842;AO=101;DP=190;FAO=102;FDP=190;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0174859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.853;QD=22.6806;RBI=0.0207724;REFB=-0.00583453;REVB=-0.0112133;RO=88;SAF=46;SAR=55;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498346;STB=0.525021;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0046169;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:88:88:101:102:0.536842:55:46:35:53:56:46:35:53 chr6 57398270 . C T 266.43 PASS AF=0.225806;AO=42;DP=186;FAO=42;FDP=186;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=90;FWDB=0.00488626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4106;QD=5.72965;RBI=0.0374266;REFB=-0.00919605;REVB=-0.0371063;RO=144;SAF=25;SAR=17;SRF=54;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274026;STB=0.665679;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0322389;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:144:144:42:42:0.225806:17:25:54:90:17:25:54:90 chr6 57467084 . A G 268.56 PASS AF=0.230769;AO=42;DP=182;FAO=42;FDP=182;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=87;FWDB=-0.00897509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.571;QD=5.90247;RBI=0.00927709;REFB=-0.00142605;REVB=0.00234779;RO=140;SAF=17;SAR=25;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347064;STB=0.521063;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0049381;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:140:140:42:42:0.230769:25:17:53:87:25:17:53:87 chr6 57467093 . A G 266.11 PASS AF=0.224599;AO=42;DP=187;FAO=42;FDP=187;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=92;FWDB=0.00138663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.365;QD=5.69214;RBI=0.0131482;REFB=0.0031825;REVB=0.0130749;RO=144;SAF=16;SAR=26;SRF=53;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174459;STB=0.512759;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00673506;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:144:145:42:42:0.224599:26:16:53:91:26:16:53:92 chr6 57467100 . G C 1174.41 PASS AF=0.602273;AO=106;DP=177;FAO=106;FDP=176;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00411844;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.177;QD=26.6912;RBI=0.0058478;REFB=-0.0132378;REVB=-0.00415152;RO=69;SAF=43;SAR=63;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552985;STB=0.526151;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0100074;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:69:70:106:106:0.602273:63:43:23:46:63:43:24:46 chr6 57467107 . C T 271.45 PASS AF=0.237288;AO=42;DP=177;FAO=42;FDP=177;FR=.;FRO=135;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=84;FWDB=-0.00732897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.015;QD=6.13439;RBI=0.0440223;REFB=-0.00855279;REVB=-0.0434079;RO=135;SAF=15;SAR=27;SRF=51;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279856;STB=0.516963;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0343444;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:135:135:42:42:0.237288:27:15:51:84:27:15:51:84 chr6 57467175 . A G 355.28 PASS AF=0.314685;AO=45;DP=143;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=-0.00593103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.118;QD=9.93783;RBI=0.011524;REFB=-0.00615124;REVB=-0.00988055;RO=98;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118727;STB=0.568661;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.014496;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:98:98:45:45:0.314685:25:20:34:64:25:20:34:64 chr6 57512476 . G A 1772.23 PASS AF=0.550336;AO=164;DP=299;FAO=164;FDP=298;FR=.;FRO=134;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=0.00520556;FXX=0.00334437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.614;QD=23.7883;RBI=0.00875286;REFB=-0.00756179;REVB=-0.00703666;RO=133;SAF=87;SAR=77;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468157;STB=0.52714;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00596793;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:133:134:164:164:0.550336:77:87:63:70:77:87:63:71 chr6 57512510 . T G 1817.85 PASS AF=0.5387;AO=174;DP=323;FAO=174;FDP=323;FR=.;FRO=149;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.00988878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.119;QD=22.512;RBI=0.017946;REFB=-0.0164154;REVB=0.0149757;RO=148;SAF=91;SAR=83;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308334;STB=0.51835;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0128779;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:148:149:174:174:0.5387:83:91:72:76:83:91:72:77 chr6 57512529 . C A 430.26 PASS AF=0.223642;AO=69;DP=314;FAO=70;FDP=313;FR=.;FRO=243;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=119;FSRR=124;FWDB=-0.00918723;FXX=0.006349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.154;QD=5.49847;RBI=0.0312626;REFB=-0.00071222;REVB=-0.0298822;RO=244;SAF=31;SAR=38;SRF=120;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546055;STB=0.536539;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00267507;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:313:244:243:69:70:0.223642:38:31:120:124:39:31:119:124 chr6 57512565 . T C 1275.65 PASS AF=0.538136;AO=102;DP=212;FAO=127;FDP=236;FR=.;FRO=109;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0495544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.163;QD=21.6212;RBI=0.0509392;REFB=-0.0062499;REVB=-0.011797;RO=109;SAF=32;SAR=70;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17375;STB=0.517401;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00572613;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:236:109:109:102:127:0.538136:70:32:53:56:70:57:53:56 chr6 57512678 . G A 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0546803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2219;QD=18.9975;RBI=0.059621;REFB=-0.0294784;REVB=0.023764;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332681;STB=0.509085;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0215188;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:17:14:12:17:17:14:13:17 chr6 58141869 . C T 99.47 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00505441;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.43;QD=4.23258;RBI=0.0185136;REFB=-0.00205192;REVB=-0.0178103;RO=75;SAF=15;SAR=2;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609327;STB=0.894547;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00469107;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:75:77:17:17:0.180851:2:15:29:46:2:15:29:48 chr6 58141876 . C T 1055.89 PASS AF=0.8125;AO=78;DP=96;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00230015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.254;QD=43.9953;RBI=0.00302637;REFB=0.00423094;REVB=0.00196678;RO=18;SAF=30;SAR=48;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178971;STB=0.595445;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00296714;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:18:18:78:78:0.8125:48:30:16:2:48:30:16:2 chr6 58141878 . A G 107.25 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0130672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.109;QD=4.42276;RBI=0.0131323;REFB=-0.00199338;REVB=-0.00130641;RO=78;SAF=16;SAR=2;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621077;STB=0.894427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0127176;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:2:16:30:48:2:16:31:48 chr6 58141886 . G C 1224.58 PASS AF=0.886598;AO=86;DP=97;FAO=86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0120101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.024;QD=50.4982;RBI=0.0301486;REFB=-0.0494826;REVB=0.0276532;RO=11;SAF=42;SAR=44;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723827;STB=0.503838;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00157073;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:11:11:86:86:0.886598:44:42:5:6:44:42:5:6 chr6 58141920 . G C 94.35 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0102798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.976;QD=3.66414;RBI=0.0103495;REFB=-0.00473374;REVB=0.00119925;RO=86;SAF=15;SAR=2;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614104;STB=0.898921;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.029311;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:86:86:17:17:0.165049:2:15:32:54:2:15:32:54 chr6 58141946 . C T 375.69 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0109841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4361;QD=18.5527;RBI=0.0962283;REFB=-0.0169664;REVB=0.0955993;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264395;STB=0.525411;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0197613;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:42:37:39:0.481481:23:14:17:25:25:14:17:25 chr6 58164635 . T C 337.68 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.085193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7188;QD=14.8431;RBI=0.085528;REFB=0.00332989;REVB=0.00756233;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990077;STB=0.508017;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00453403;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:36:37:0.406593:18:18:26:27:18:19:27:27 chr6 58182701 . C T 429.79 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=146;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00327374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.478;QD=11.775;RBI=0.00467895;REFB=-0.011326;REVB=-0.00334293;RO=93;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829993;STB=0.553275;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0210558;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:93:95:51:51:0.349315:27:24:37:56:27:24:37:58 chr6 58196684 . G A 174.88 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0149781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.254;QD=5.59618;RBI=0.0209813;REFB=-0.00420697;REVB=-0.0146926;RO=97;SAF=18;SAR=10;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151455;STB=0.593571;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0213499;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:97:97:28:28:0.224:10:18:51:46:10:18:51:46 chr6 62282965 . C T 1012.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0745117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4167;QD=57.863;RBI=0.0790256;REFB=0.00897584;REVB=0.0263258;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000477453;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr6 62283016 . T G 563.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0805531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.797;QD=57.8289;RBI=0.0888055;REFB=-0.156322;REVB=0.0373847;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374416;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00300517;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:26:12:1:0:26:12:1:0 chr6 62284247 . T G 1342.73 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378395;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3332;QD=61.7345;RBI=0.0413984;REFB=0;REVB=-0.0167928;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526373;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:85:87:1:44:41:1:0:45:42:0:0 chr6 62284487 . C T 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.401;QD=62.4618;RBI=0.02428;REFB=0;REVB=0.015524;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69259e-06;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr6 62284512 . T C 1324.34 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941681;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.074;QD=62.322;RBI=0.0222723;REFB=0;REVB=0.0201837;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25554e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr6 62390916 . T C 1362.62 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00475327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.86;QD=61.2413;RBI=0.00929153;REFB=-0.133974;REVB=0.00798367;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000276173;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:45:43:0:0:45:43:0:1 chr6 63921853 . A G 468.1 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0208531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.037;QD=22.8343;RBI=0.0213325;REFB=-0.0132858;REVB=-0.00449709;RO=36;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407321;STB=0.515541;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00877096;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:37:45:45:0.54878:21:24:21:15:21:24:21:16 chr6 63921873 . A T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00864959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.577;QD=17.0949;RBI=0.00900289;REFB=-0.0085814;REVB=-0.00249733;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450288;STB=0.525231;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0139168;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:23:18:17:18:23:18 chr6 63921924 . A G 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0296309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.391;QD=18.4242;RBI=0.0327558;REFB=-0.0202017;REVB=-0.0139626;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.571379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0162624;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:18:10:14:14:18:10 chr6 63922023 . C T 203.87 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0172322;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.892;QD=21.4605;RBI=0.0279724;REFB=-0.0115804;REVB=0.0220342;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592807;STB=0.548338;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0121727;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:8:9:12:8:9:9 chr6 63922916 . T C 213.17 PASS AF=0.714286;AO=18;DP=26;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0655536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0081;QD=30.4529;RBI=0.0866786;REFB=-0.0535962;REVB=0.056709;RO=8;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331858;STB=0.694865;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0568208;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:28:8:8:18:20:0.714286:17:1:2:6:19:1:2:6 chr6 65016977 . TGA T 362.8 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116837;FXX=0.193486;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.485;QD=58.0487;RBI=0.162116;REFB=0;REVB=0.112387;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00242162;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:29:25:25:0:9:16:0:0:3:0:8:15:0:0 chr6 65301504 . A G 263.75 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0111779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.886;QD=12.866;RBI=0.0112539;REFB=-0.00948849;REVB=-0.00130599;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493876;STB=0.528284;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0142988;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:15:16:24:27:15:16:24:27 chr6 65622463 . A G 628.82 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000235302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9273;QD=57.1657;RBI=0.0512652;REFB=-0.114455;REVB=0.0512647;RO=1;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140164;STB=0.514699;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0190124;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:42:42:0.954545:33:9:0:1:33:9:0:2 chr6 66005857 . T A 1214.69 PASS AF=0.725926;AO=98;DP=135;FAO=98;FDP=135;FR=.;FRO=37;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0108785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.917;QD=35.9907;RBI=0.0297045;REFB=-0.0321609;REVB=0.0276409;RO=37;SAF=48;SAR=50;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432621;STB=0.523156;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0122252;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:37:37:98:98:0.725926:50:48:15:22:50:48:15:22 chr6 66005888 . C T 195.96 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0222681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.141;QD=7.06178;RBI=0.0427393;REFB=-0.00557333;REVB=-0.0364798;RO=82;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995557;STB=0.55961;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.014706;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:82:29:29:0.261261:15:14:33:49:15:14:33:49 chr6 66005970 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00625957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.352;QD=9.62218;RBI=0.0145271;REFB=0.00235979;REVB=-0.0131094;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10499;STB=0.568155;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00628831;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:11:8:13:26:11:8:13:27 chr6 66063513 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0132306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.373;QD=6.8134;RBI=0.0135221;REFB=-0.00390084;REVB=-0.00279254;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00943944;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:8:11:4:3:8:11 chr6 66112409 . A G 219.01 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0202171;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.825;QD=11.5268;RBI=0.0212726;REFB=-0.0157098;REVB=0.00661759;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140763;STB=0.581336;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0364321;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:49:49:27:27:0.355263:12:15:21:28:12:15:21:28 chr6 69666684 . A G 881.73 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00752962;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.183;QD=55.9827;RBI=0.0300014;REFB=-0.144861;REVB=-0.0290412;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00147958;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr6 70071173 . G A 715.49 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000474666;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.447;QD=57.2396;RBI=0.0265738;REFB=0;REVB=0.0265696;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136527;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 70407465 . A T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.772;QD=60.0277;RBI=0.0417089;REFB=0;REVB=0.000834183;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20856e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr6 70733547 . C G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0251174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.994;QD=9.26747;RBI=0.026323;REFB=-0.0024213;REVB=-0.00787514;RO=46;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995458;STB=0.559082;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00570821;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:14:7:19:27:14:7:19:27 chr6 70778378 . GC CT 437.22 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413258;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.471;QD=58.2964;RBI=0.0502971;REFB=0;REVB=0.0286702;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000556619;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 70812123 . A G 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00484738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.37;QD=26.1397;RBI=0.00804896;REFB=-0.0160276;REVB=0.00642562;RO=20;SAF=11;SAR=23;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938911;STB=0.551528;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0117682;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:23:11:9:11:23:11:9:11 chr6 70916888 . A C 685.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.542;QD=62.2778;RBI=0.0181903;REFB=0;REVB=-0.000271823;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00632e-05;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:23:18:0:0:25:19:0:0 chr6 70917550 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0245044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.182;QD=15.5715;RBI=0.0276824;REFB=0.00623081;REVB=0.0128784;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190272;STB=0.60957;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00447579;OID=.;OPOS=70917550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:9:3:5:6:9:3 chr6 70917559 . A AT 219.61 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584447;FXX=0.0951928;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.088;QD=46.2338;RBI=0.132459;REFB=0;REVB=-0.13233;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000143601;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:19:19:0:13:6:0:0:4:2:12:6:1:1 chr6 70981786 . A G 310.25 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0323172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0082;QD=21.3963;RBI=0.0526389;REFB=-0.0176191;REVB=0.0415507;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459175;STB=0.525426;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0137686;OID=.;OPOS=70981786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:19:13:12:14:19:13:12:14 chr6 70984436 . A G 754.39 PASS AF=0.642857;AO=62;DP=98;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.058495;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.743;QD=30.7916;RBI=0.0591377;REFB=0.00363309;REVB=-0.00869487;RO=35;SAF=21;SAR=41;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065144;STB=0.530595;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00160525;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:35:35:62:63:0.642857:41:21:15:20:41:22:15:20 chr6 70989703 . A G 1059.26 PASS AF=0.666667;AO=88;DP=133;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0169599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.867;QD=31.3854;RBI=0.0212701;REFB=-0.0215726;REVB=0.0128365;RO=43;SAF=34;SAR=54;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858536;STB=0.548377;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00490533;OID=.;OPOS=70989703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:43:45:88:90:0.666667:54:34:11:32:56:34:11:34 chr6 71162209 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00667928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.507;QD=13.343;RBI=0.0190264;REFB=-0.00897675;REVB=-0.0178154;RO=62;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1355;STB=0.572483;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0148468;OID=.;OPOS=71162209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:25:16:32:30:25:16:32:31 chr6 71238105 . A G 849.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.127;QD=57.5761;RBI=0.0436106;REFB=0;REVB=-0.00319787;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120611;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:35:24:0:0 chr6 71508369 . GA G,GG 606.57 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=69,12;DP=175;FAO=159,12;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83,2;FSAR=76,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.381684,0.203519;FXX=0.0393236;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=5.49284,18.2826;QD=14.1888;RBI=0.391778,0.228842;REFB=0.0871301,0.0788204;REVB=0.0883588,0.104637;RO=58;SAF=35,4;SAR=34,8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0515313,-0.28919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0167531,-0.156057;OID=.,.;OPOS=71508370,71508370;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929825,0.0701754:69,12:175:159,12:171:0:83,2:76,10:0:0:22:58:35,4:34,8:33:25 chr6 71546702 . C T 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00104199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4326;QD=13.4908;RBI=0.00408607;REFB=-0.00650395;REVB=-0.00395098;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230445;STB=0.513149;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00971992;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:15:15:24:22:15:15:24:22 chr6 71547572 . A T 209.03 PASS AF=0.306818;AO=28;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.068722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.072;QD=9.50137;RBI=0.069195;REFB=0.00247716;REVB=-0.0080768;RO=59;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244415;STB=0.516982;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00788364;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:61:28:27:0.306818:17:11:22:37:17:10:24:37 chr6 71569090 . T C 187.11 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00853369;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.649;QD=19.1907;RBI=0.0130173;REFB=0.00303477;REVB=0.00982986;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511099;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0038132;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:20:19:19:0.487179:11:8:8:11:11:8:8:12 chr6 71570464 . AT TA 303.26 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0248138;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=30.7616;QD=16.3923;RBI=0.101355;REFB=-0.0780759;REVB=0.0982709;RO=34;SAF=1;SAR=33;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78896;STB=0.946687;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.091991;OID=.;OPOS=71570464;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:40:34:34:0.459459:33:1:24:10:33:1:25:15 chr6 71665986 . G A 167.46 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.415;QD=44.6564;RBI=0.146285;REFB=0;REVB=0.1451;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202809;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr6 72889472 . A G 392.13 PASS AF=0.465909;AO=34;DP=91;FAO=41;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.161103;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.72;QD=17.824;RBI=0.161222;REFB=-0.00998915;REVB=0.00619794;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162385;STB=0.525251;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0119976;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:28:47:34:41:0.465909:19:15:7:21:22:19:24:23 chr6 72892257 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.681;QD=40.7628;RBI=0.0271214;REFB=0;REVB=-0.021671;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128647;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 74073531 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.306;QD=62.9825;RBI=0.0377438;REFB=0;REVB=0.0313534;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138857;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr6 74079024 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.074;QD=57.8842;RBI=0.0465148;REFB=0;REVB=0.0389417;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13839e-05;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr6 74079041 . A C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2779;QD=57.5434;RBI=0.0419539;REFB=0;REVB=0.0155582;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573447;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr6 74125875 . A G 697.93 PASS AF=0.978261;AO=38;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0610931;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.81;QD=60.6895;RBI=0.0693188;REFB=-0.0576137;REVB=0.0327525;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000290345;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:38:45:0.978261:24:14:0:0:27:18:1:0 chr6 74125888 . A G 621.0 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0242087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.731;QD=55.2;RBI=0.0261425;REFB=0.109524;REVB=-0.00986775;RO=2;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719707;STB=0.551699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00180075;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:2:3:41:42:0.933333:29:12:2:0:29:13:3:0 chr6 74135016 . C T 575.08 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9173;QD=60.5348;RBI=0.0469797;REFB=0;REVB=-0.0126132;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797991;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr6 74155346 . G T 255.08 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0207058;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.098;QD=10.0031;RBI=0.0453835;REFB=-0.000337802;REVB=-0.0403848;RO=69;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146508;STB=0.585257;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000388458;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:69:69:33:33:0.323529:14:19:31:38:14:19:31:38 chr6 74161503 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.043;QD=44.6898;RBI=0.0332046;REFB=0;REVB=0.0275422;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154471;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 74161801 . G T 273.64 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6755;QD=49.7518;RBI=0.0759006;REFB=0;REVB=0.0752614;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579497;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr6 74331619 . C T 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.011758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.559;QD=21.3972;RBI=0.017688;REFB=-0.0228508;REVB=-0.0132141;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464896;STB=0.525677;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0127611;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:14:20:18:10:14:20:18:10 chr6 74354175 . C T 438.92 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00117678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3159;QD=34.4251;RBI=0.0557084;REFB=-0.0135243;REVB=-0.055696;RO=13;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156449;STB=0.5847;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00400516;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:13:13:38:38:0.745098:24:14:9:4:24:14:9:4 chr6 74466377 . C T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=33;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00492153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.793;QD=23.1584;RBI=0.0405328;REFB=-0.0309633;REVB=-0.0402329;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122059;STB=0.581768;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0217133;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:33:32:0.581818:17:16:7:15:16:16:7:16 chr6 74493432 . A C 830.95 PASS AF=0.562044;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00774849;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.9;QD=24.2612;RBI=0.0332467;REFB=-0.00170767;REVB=-0.0323311;RO=58;SAF=43;SAR=34;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153941;STB=0.583469;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000777675;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:58:60:77:77:0.562044:34:43:21:37:34:43:22:38 chr6 74497009 . A G 281.07 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0192744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7671;QD=21.2129;RBI=0.105692;REFB=-0.0130226;REVB=0.103919;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241382;STB=0.50134;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211309;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:14:10:12:17:14:10 chr6 74497152 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0258864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.73;QD=19.0179;RBI=0.0283942;REFB=-0.00633683;REVB=0.0116672;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157376;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00387435;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:14:15:0.517241:9:5:7:6:9:6:8:6 chr6 74521947 . C T 127.92 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00982488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.479;QD=11.8992;RBI=0.0150467;REFB=-0.0030906;REVB=-0.0113963;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774181;STB=0.545397;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00531225;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:22:6:4:11:22:6 chr6 74533192 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.899;QD=56.7065;RBI=0.0332874;REFB=0;REVB=0.0071551;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268153;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr6 75797302 . C T 480.38 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00796097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3663;QD=25.6202;RBI=0.0225073;REFB=-0.0113579;REVB=0.0210523;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214213;STB=0.609923;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0164507;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:19:26:8:21:19:26:9:21 chr6 75841722 . A T 1301.01 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.319;QD=61.224;RBI=0.00603235;REFB=0;REVB=0.00408589;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17153e-05;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr6 76138146 . C CAG 108.23 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0152438;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=334.335;QD=6.98258;RBI=0.015519;REFB=-0.006929;REVB=-0.00290945;RO=46;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209483;STB=0.62907;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=0.0193407;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:16:63:16:62:46:5:11:22:24:99:46:5:11:22:24 chr6 76369054 . A G 642.1 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0106494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.026;QD=26.4783;RBI=0.0216115;REFB=-0.00430734;REVB=0.0188055;RO=40;SAF=23;SAR=34;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042406;STB=0.523116;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00329379;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:34:23:14:26:34:23:14:26 chr6 76425594 . A C 728.18 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522622;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.755;QD=57.1121;RBI=0.0113585;REFB=0;REVB=0.0100847;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71824e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr6 76564953 . A G 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0069515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.123;QD=14.1671;RBI=0.00705381;REFB=-0.00374239;REVB=-0.00119707;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694568;STB=0.53946;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00482568;OID=.;OPOS=76564953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:16:17:22:27:16:17:22:27 chr6 76625079 . T C 419.86 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0124002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.558;QD=19.7579;RBI=0.0157855;REFB=0.000192393;REVB=0.00976818;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=2.18211e-05;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:42:43:0.505882:23:19:19:23:23:20:19:23 chr6 76627599 . GGTT GG,GGT,GT 222.11 PASS AF=0,0,1;AO=4,8,6;DP=24;FAO=0,0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.321941,-0.601913,0.074137;FXX=0.0370233;HRUN=11,11,2;LEN=2,1,2;MLLD=6.58283,3.38406,13.2062;QD=34.1701;RBI=0.329245,0.619967,0.18954;REFB=0,0,0;REVB=0.0689654,0.148524,0.17444;RO=0;SAF=3,6,0;SAR=1,2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.00964591;OID=.,.,.;OPOS=76627601,76627601,76627600;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GG,GGT,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:4,8,6:24:0,0,26:26:0:0,0,11:0,0,15:0:0:5:0:3,6,0:1,2,6:0:0 chr6 76631823 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00878118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.274;QD=21.971;RBI=0.0176911;REFB=-0.00759377;REVB=-0.015358;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258163;STB=0.645997;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00785345;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:9:8:15:5:9:8 chr6 76640781 . C T 262.8 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0337177;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7841;QD=12.3669;RBI=0.0716391;REFB=0.000640219;REVB=0.0632082;RO=54;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058655;STB=0.533716;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.000580632;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:54:31:31:0.364706:15:16:25:29:15:16:25:29 chr6 76660397 . T C 73.82 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00567288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9637;QD=10.1822;RBI=0.00570738;REFB=0.0107724;REVB=-0.000626605;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403168;STB=0.741262;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0191419;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:13:6:7:3:13:6 chr6 76660551 . G C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0392728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1076;QD=10.2708;RBI=0.0396561;REFB=-0.0123803;REVB=-0.00550018;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441186;STB=0.526283;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0493851;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:14:21:9:7:14:21 chr6 78172260 . C G 400.72 PASS AF=0.66;AO=32;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00509413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3888;QD=32.0572;RBI=0.0157692;REFB=0.0161514;REVB=-0.0149237;RO=17;SAF=28;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201561;STB=0.614038;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00485442;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:32:33:0.66:4:28:12:5:4:29:12:5 chr6 78172992 . G A 602.38 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0271228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.06;QD=22.1056;RBI=0.0271316;REFB=-0.016754;REVB=0.000693539;RO=48;SAF=36;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176431;STB=0.603536;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0172717;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:48:49:59:60:0.550459:23:36:19:29:23:37:19:30 chr6 79595167 . A ACTTAT 231.14 PASS AF=0.8;AO=18;DP=26;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0248285;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=5;MLLD=282.838;QD=36.983;RBI=0.0271482;REFB=-0.048211;REVB=-0.0109803;RO=6;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182989;STB=0.58057;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.0100591;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:18:26:20:25:5:13:7:5:0:28:6:12:6:6:0 chr6 79612800 . G A 708.79 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.745;QD=63.0038;RBI=0.0291284;REFB=0;REVB=-0.0117405;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18429e-05;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:20:25:0:0 chr6 79657391 . G A 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.451;QD=59.1724;RBI=0.0533874;REFB=-0.0607454;REVB=-0.0528776;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108787;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000323086;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:0:1:43:33:0:1 chr6 79679577 . A G 582.32 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262439;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.23;QD=61.2963;RBI=0.0265819;REFB=0;REVB=0.00422556;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341925;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr6 79708000 . A C 786.86 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7515;QD=55.2181;RBI=0.065587;REFB=-0.135518;REVB=-0.0416497;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00314005;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:20:36:0:0:20:36:1:0 chr6 79918309 . G A 1120.52 PASS AF=1;AO=64;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.3349;QD=58.2091;RBI=0.136979;REFB=0;REVB=0.0308657;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268129;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:1:0:64:77:1:39:25:0:1:46:31:0:0 chr6 80196498 . T C 903.33 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3597;QD=56.4584;RBI=0.0833146;REFB=-0.0582242;REVB=0.0822945;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0281623;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:1:0:28:35:1:0 chr6 80228541 . A G 2857.77 PASS AF=0.983957;AO=184;DP=187;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0251374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.35;QD=61.1289;RBI=0.0346064;REFB=-0.156066;REVB=0.0237847;RO=0;SAF=81;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50909;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000549834;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:187:187:0:3:184:184:0.983957:103:81:0:0:103:81:3:0 chr6 80411572 . C A 68.17 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0468599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7695;QD=5.56512;RBI=0.0631942;REFB=-0.00693619;REVB=-0.0423989;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24027;STB=0.652784;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0360521;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:5:5:27:12:5:5:27:12 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 51.75 PASS AF=0.2;AO=7;DP=43;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00837829;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=17;MLLD=485.522;QD=5.17513;RBI=0.00887423;REFB=-0.0083185;REVB=0.00292511;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415777;STB=0.692317;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.0317622;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:43:8:40:32:3:5:20:12:51:34:2:5:22:12 chr6 80580038 . T G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.765;QD=59.679;RBI=0.0248326;REFB=0;REVB=0.0133428;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117924;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr6 80715838 . T G 543.49 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00812428;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.412;QD=24.988;RBI=0.032923;REFB=-0.0192219;REVB=0.0319048;RO=36;SAF=20;SAR=30;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12321;STB=0.571401;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00883362;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:37:50:50:0.574713:30:20:9:27:30:20:9:28 chr6 80837253 . G T 247.5 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4026;QD=49.4998;RBI=0.236672;REFB=0;REVB=0.236668;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00902097;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:20:0:0:11:20:1:4:7:0:0:11:9:0:0 chr6 82900811 . G A 398.58 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00188303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.433;QD=23.7956;RBI=0.0119176;REFB=-0.0115232;REVB=-0.0117679;RO=28;SAF=29;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150901;STB=0.569654;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0132619;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:38:39:0.58209:9:29:17:11:10:29:17:11 chr6 82933309 . C T 311.07 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0301275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4874;QD=28.2793;RBI=0.0302507;REFB=-0.00900747;REVB=0.00272689;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223062;STB=0.603096;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00542815;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:17:27:27:0.613636:9:18:5:10:9:18:7:10 chr6 83075914 . G A 334.02 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00016163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7013;QD=28.427;RBI=0.0084055;REFB=-0.0417099;REVB=0.00840394;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197952;STB=0.600526;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00996096;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:18:28:29:0.617021:14:14:14:4:14:15:14:4 chr6 83076314 . GA G 35.97 PASS AF=0.276596;AO=11;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0151627;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.3866;QD=3.06118;RBI=0.0234565;REFB=-0.0359876;REVB=0.017897;RO=34;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589185;STB=0.802412;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.0723746;OID=.;OPOS=83076315;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:11:47:13:47:34:2:11:18:16:35:34:1:10:18:16 chr6 83080386 . C CTTTG 331.25 PASS AF=0.425287;AO=30;DP=90;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0049808;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=4;MLLD=246.016;QD=15.2297;RBI=0.0209595;REFB=0.000626846;REVB=0.0203591;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276282;STB=0.606581;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=-0.00078211;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425287:30:90:37:87:50:16:21:31:19:99:46:11:19:29:17 chr6 83904237 . T C 144.23 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0295649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.414;QD=8.61066;RBI=0.0463302;REFB=-0.0117302;REVB=-0.0356708;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126738;STB=0.600821;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0328491;OID=.;OPOS=83904237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:44:47:20:20:0.298507:13:7:20:24:13:7:23:24 chr6 83905790 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0688775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.915;QD=13.0884;RBI=0.0773655;REFB=-0.0233687;REVB=-0.0352323;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126225;STB=0.573821;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.041303;OID=.;OPOS=83905790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:12:15:7:9:12:15 chr6 84234144 . C T 347.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.496;QD=51.5118;RBI=0.0474809;REFB=-0.132503;REVB=0.0442309;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00174173;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr6 84234421 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0240822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.065;QD=6.25168;RBI=0.039764;REFB=-0.00528804;REVB=0.0316421;RO=39;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187558;STB=0.617779;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0188875;OID=.;OPOS=84234421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:5:6:27:12:5:6:27:12 chr6 84300997 . A G 2361.74 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.691;QD=60.1716;RBI=0.0559909;REFB=-0.0815403;REVB=0.0381427;RO=0;SAF=78;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000392842;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:78:78:0:0:78:78:0:1 chr6 84303342 . T C,G 745.89 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=45,3;DP=48;FAO=44,4;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660442,-0.00677627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.901,123.878;QD=62.1573;RBI=0.0356989,0.023849;REFB=0,0;REVB=0.0350827,0.022866;RO=0;SAF=20,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00491245,0.1012;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:45,3:44,4:0.916667,0.0833333:25,0:20,3:0:0:25,0:19,4:0:0 chr6 84388513 . C T 111.17 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00511536;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8086;QD=8.23487;RBI=0.0552103;REFB=-0.000492562;REVB=-0.0549728;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238795;STB=0.651978;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-8.64795e-06;OID=.;OPOS=84388513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:14:15:0.277778:6:8:14:24:6:9:15:24 chr6 85457739 . C T 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00980493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3924;QD=15.7806;RBI=0.0223369;REFB=-0.0151689;REVB=-0.0200699;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0316031;OID=.;OPOS=85457739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:14:15:13:10:14:15 chr6 86199233 . A G 248.97 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0005892;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.153;QD=8.89162;RBI=0.0623153;REFB=-0.00430284;REVB=0.0623125;RO=78;SAF=17;SAR=17;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152157;STB=0.508923;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0121861;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:78:78:34:34:0.303571:17:17:38:40:17:17:38:40 chr6 86205323 . T G 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.000816444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.901;QD=5.79495;RBI=0.0441732;REFB=-0.00710942;REVB=0.0441657;RO=50;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384242;STB=0.716137;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0149878;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:54:16:16:0.228571:4:12:22:28:4:12:26:28 chr6 86303091 . G A 442.12 PASS AF=0.608696;AO=39;DP=67;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.074211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8318;QD=25.6301;RBI=0.0747891;REFB=0.00770762;REVB=-0.00928139;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528299;STB=0.541647;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00387973;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:28:27:39:42:0.608696:21:18:11:17:22:20:10:17 chr6 87796233 . G A 121.04 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033099;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.794;QD=44.0129;RBI=0.0748778;REFB=0;REVB=-0.0748046;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521548;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr6 87965528 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0128353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.576;QD=12.8369;RBI=0.0173244;REFB=-0.0140991;REVB=-0.0116358;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213406;STB=0.622935;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0208636;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:17:8:20:19:17:8:20:19 chr6 87968565 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0357035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6962;QD=16.4156;RBI=0.0364983;REFB=0.00680837;REVB=0.00757537;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0151754;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:8:7:7:7:8:8 chr6 87970301 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0186692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.687;QD=8.25467;RBI=0.0328168;REFB=-0.00716815;REVB=0.0269889;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0214195;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:4:8:2:4:4:8 chr6 87994015 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0312458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.488;QD=5.01754;RBI=0.1391;REFB=0.00775349;REVB=0.135545;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131509;STB=0.576694;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0143377;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:5:2:10:16:5:2:10:17 chr6 87994572 . G A 36.35 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0459405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6201;QD=8.55277;RBI=0.0472602;REFB=-0.016578;REVB=-0.0110905;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.594243;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0252394;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:17:10:11:5:5:0.294118:3:2:3:7:3:2:3:8 chr6 88108048 . AGAT A 102.61 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0146859;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=255.765;QD=16.4174;RBI=0.0155835;REFB=-0.0169641;REVB=-0.00521255;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=del;VARB=0.0185523;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:12:26:12:25:13:4:8:4:9:99:13:4:8:4:9 chr6 88221892 . T G 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-7.58558e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.707;QD=10.3639;RBI=0.0202118;REFB=-0.0195107;REVB=-0.0202116;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198954;STB=0.608;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0281613;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:12:8:22:16:12:8:22:17 chr6 88231226 . T C 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00287106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4573;QD=32.2575;RBI=0.0471376;REFB=-0.0448024;REVB=0.0470501;RO=8;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221988;STB=0.512184;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0298221;OID=.;OPOS=88231226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:15:6:2:6:15:6:2:6 chr6 88315741 . TA T 66.02 PASS AF=0.225;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0662599;FXX=0.0243883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9865;QD=2.20076;RBI=0.097192;REFB=0.00134238;REVB=-0.071105;RO=89;SAF=14;SAR=13;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402849;STB=0.505614;STBP=0.951;TYPE=del;VARB=-0.00290885;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:27:123:27:120:93:15:12:51:42:66:89:14:13:49:40 chr6 88366708 . C T 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0369238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.115;QD=30.2994;RBI=0.0375334;REFB=-0.026876;REVB=0.00673739;RO=17;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13767;STB=0.575706;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.012835;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:20:10:9:8:20:10:9:8 chr6 88852609 . A C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0153072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.618;QD=23.3812;RBI=0.0424138;REFB=-0.0231347;REVB=0.0395553;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147905;STB=0.583241;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0344864;OID=.;OPOS=88852609;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:6:8:14:5:6:8 chr6 89793894 . G C 785.45 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.767;QD=57.1239;RBI=0.0164145;REFB=0;REVB=0.0163452;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35418e-06;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr6 89806689 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.332;QD=58.7807;RBI=0.0589;REFB=0;REVB=0.0236595;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241994;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr6 89806992 . A C 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143396;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.145;QD=56.9835;RBI=0.0225374;REFB=0;REVB=-0.0173871;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35431e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 89888744 . C T 754.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7755;QD=56.9224;RBI=0.0271628;REFB=0;REVB=0.0126317;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102828;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr6 89907873 . G A 1283.54 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.209;QD=61.8572;RBI=0.0217641;REFB=0;REVB=0.00253307;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04732e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:36:45:0:0:37:46:0:0 chr6 89913209 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.658;QD=63.2863;RBI=0.0203594;REFB=0;REVB=0.013626;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87118e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 89913218 . T A 594.72 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0150653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.629;QD=52.8639;RBI=0.0260504;REFB=-0.0242361;REVB=0.0212523;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137229;STB=0.517119;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00487755;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:3:4:41:41:0.911111:23:18:1:2:23:18:1:3 chr6 89981413 . T C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0157239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.435;QD=10.9363;RBI=0.0648514;REFB=-0.0111572;REVB=-0.0629163;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381143;STB=0.522699;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0236122;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:18:16:7:9:18:16 chr6 90039670 . G C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0134694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.75;QD=18.0355;RBI=0.0152074;REFB=-0.00492721;REVB=0.00705982;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463131;STB=0.526292;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.008668;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:16:11:10:12:16:11 chr6 90315789 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.348;QD=59.0164;RBI=0.0608451;REFB=0;REVB=-0.00777601;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488557;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr6 90327873 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5871;QD=59.8536;RBI=0.0745436;REFB=0;REVB=0.0675371;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279544;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr6 90333599 . A C,G,T 672.58 PASS AF=0.0612245,0.918367,0.0204082;AO=3,43,3;DP=49;FAO=3,45,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14,0;FSAR=1,31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295636,0.0398634,-0.0117261;FXX=0.039208;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=98.4029,150.032,97.8596;QD=54.9047;RBI=0.0296691,0.050335,0.0249873;REFB=0,0,0;REVB=0.0295214,0.030733,0.022065;RO=0;SAF=3,12,1;SAR=0,31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.41862e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0.190666,0.000145091,0.0713765;OID=.,.,.;OPOS=90333599,90333599,90333599;OREF=A,A,A;OALT=C,G,T;OMAPALT=C,G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:49:49:0:0:3,43,3:3,45,1:0.0612245,0.918367,0.0204082:0,31,2:3,12,1:0:0:1,31,1:2,14,0:0:0 chr6 90338863 . C T 167.11 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0355489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7662;QD=8.25237;RBI=0.102274;REFB=-0.00435056;REVB=-0.0958966;RO=58;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396614;STB=0.502368;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0153414;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:15:8:20:38:15:8:20:38 chr6 90340187 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0226288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.546;QD=17.791;RBI=0.0227135;REFB=-0.0151256;REVB=0.00195938;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125129;STB=0.570175;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0139079;OID=.;OPOS=90340187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:20:11:16:17:20:11:16:17 chr6 90340276 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.935;QD=63.2866;RBI=0.00439256;REFB=0;REVB=-0.0040884;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99573e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 90371202 . G A 1130.07 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215116;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1699;QD=60.2703;RBI=0.0337025;REFB=0;REVB=-0.0259443;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30001e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:29:46:0:0 chr6 90382295 . G C 434.04 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00716175;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1105;QD=28.9359;RBI=0.00737894;REFB=-0.0407294;REVB=-0.00177708;RO=20;SAF=24;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173382;OID=.;OPOS=90382295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:20:20:40:40:0.666667:16:24:12:8:16:24:12:8 chr6 90390442 . G GA 142.02 PASS AF=1;AO=5;DP=27;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107474;FXX=0.481303;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.7948;QD=40.5768;RBI=0.107474;REFB=0;REVB=-9.02198e-07;RO=22;SAF=5;SAR=0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.706636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0150989;OID=.;OPOS=90390443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:27:14:14:0:14:0:0:0:4:22:5:0:9:13 chr6 90390443 . C A 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0349041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.173;QD=38.3353;RBI=0.0367339;REFB=-0.125639;REVB=0.0114492;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199396;STB=0.608598;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00842363;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:27:27:5:5:22:22:0.814815:13:9:5:0:13:9:5:0 chr6 90402482 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.934;QD=62.3509;RBI=0.041411;REFB=0;REVB=0.037802;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165663;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr6 90402840 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.265;QD=48.7373;RBI=0.0427885;REFB=0;REVB=0.040617;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108935;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 90408742 . C T 83.92 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00606141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.381;QD=11.5756;RBI=0.0314577;REFB=-0.00199278;REVB=0.0308682;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.506318;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00396743;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:29:18:18:9:11:0.37931:4:5:8:10:6:5:8:10 chr6 90418262 . C T 1644.73 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337823;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.601;QD=60.3571;RBI=0.00983097;REFB=0;REVB=0.00923231;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82019e-06;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr6 90448092 . C T 756.1 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828746;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.675;QD=57.0641;RBI=0.012735;REFB=0;REVB=0.00966946;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010133;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr6 90455084 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.935;QD=61.6809;RBI=0.0578579;REFB=0;REVB=0.00379752;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616569;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr6 90459454 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.273;QD=59.0187;RBI=0.0260819;REFB=0;REVB=0.0155432;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112031;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 90461123 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00408743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.238;QD=16.2717;RBI=0.00491482;REFB=0.00579438;REVB=-0.00272917;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125057;STB=0.571339;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00563576;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:14:4:5:10:14:4 chr6 90482397 . T C 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.000345411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.281;QD=6.81793;RBI=0.0109298;REFB=-0.0101464;REVB=-0.0109244;RO=56;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567573;STB=0.534773;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0275464;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:13:6:20:36:13:6:20:36 chr6 90497589 . A C 65.73 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0198065;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.5984;QD=11.4314;RBI=0.0309087;REFB=0.0256608;REVB=0.0237287;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0340306;OID=.;OPOS=90497589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:4:9:6:3:5:9 chr6 90638390 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7024;QD=54.5173;RBI=0.0363293;REFB=0;REVB=-0.00986837;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614291;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr6 90638553 . T A,G 598.15 PASS AF=0.075,0.925;AO=3,37;DP=40;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013941,0.0350729;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.967,57.1709;QD=59.8145;RBI=0.0240863,0.0373955;REFB=0,0;REVB=-0.0196418,-0.0129736;RO=0;SAF=3,18;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.104083,0.00339952;OID=.,.;OPOS=90638553,90638553;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:40:0:0:3,37:3,37:0.075,0.925:0,19:3,18:0:0:0,19:3,18:0:0 chr6 90641522 . T A,C 1813.91 PASS AF=0.0243902,0.96748;AO=5,117;DP=123;FAO=3,119;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=0,56;FSAR=3,63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159796,-0.00347351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.1757,104.24;QD=58.9888;RBI=0.0730121,0.014994;REFB=-0.0544635,-0.10844;REVB=-0.071242,0.0145861;RO=0;SAF=0,56;SAR=5,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.503936;STBP=1,0.487;TYPE=snp,snp;VARB=0.101561,0.00096809;OID=.,.;OPOS=90641522,90641522;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:123:123:0:1:5,117:3,119:0.0243902,0.96748:5,61:0,56:0:0:3,63:0,56:0:1 chr6 90660754 . G A 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00646813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.055;QD=15.254;RBI=0.027996;REFB=-0.0276373;REVB=0.0272386;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0542067;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr6 93967851 . C T 216.02 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00571625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.082;QD=7.71492;RBI=0.0272567;REFB=0.000655568;REVB=-0.0266505;RO=75;SAF=23;SAR=8;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383568;STB=0.741779;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00349644;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:75:81:31:31:0.276786:8:23:32:43:8:23:33:48 chr6 93982124 . A G 195.23 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0521362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.365;QD=12.5954;RBI=0.0521977;REFB=-0.00889856;REVB=0.00253245;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687746;STB=0.539477;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0135317;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:23:15:11:13:23:15 chr6 94067981 . C T 910.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000744448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.932;QD=57.8019;RBI=0.0449064;REFB=0;REVB=0.0449003;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348916;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:21:42:0:0 chr6 96034881 . A G 1507.44 PASS AF=0.377551;AO=75;DP=235;FAO=74;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0121505;FXX=0.132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1112;QD=30.764;RBI=0.0184251;REFB=-0.0608028;REVB=-0.013851;RO=96;SAF=29;SAR=46;SRF=71;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344666;STB=0.593523;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0478815;OID=.;OPOS=96034881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:196:96:62:75:74:0.377551:46:29:71:25:46:28:36:26 chr6 96035175 . T C 1766.82 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120897;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.463;QD=60.4041;RBI=0.0492619;REFB=0;REVB=0.0477554;RO=1;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779633;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:117:1:0:116:117:1:49:67:0:1:50:67:0:0 chr6 96055915 . G C 4847.9 PASS AF=1;AO=309;DP=309;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341188;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.717;QD=62.5535;RBI=0.0702183;REFB=0;REVB=0.0613719;RO=0;SAF=118;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84163e-05;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:310:0:0:309:310:1:191:118:0:0:191:119:0:0 chr6 96386052 . G C 531.98 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0676511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9487;QD=28.7555;RBI=0.0909135;REFB=-0.0260207;REVB=0.0607337;RO=25;SAF=31;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110141;STB=0.567938;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0134921;OID=.;OPOS=96386052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:26:48:48:0.648649:17:31:12:13:17:31:12:14 chr6 96386151 . G A 1489.9 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00812112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.709;QD=60.1978;RBI=0.0187163;REFB=-0.0878108;REVB=0.0168626;RO=3;SAF=52;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120346;STB=0.506349;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00455139;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:44:52:1:2:44:52:1:2 chr6 96651740 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5047;QD=58.1408;RBI=0.0346028;REFB=0;REVB=0.0317447;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240452;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 96652371 . T C 480.79 PASS AF=0.95122;AO=32;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0017603;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=145.758;QD=46.9059;RBI=0.0472786;REFB=-0.0397788;REVB=0.0472458;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519221;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00120336;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:41:41:0:2:32:39:0.95122:8:24:0:0:14:25:2:0 chr6 96652582 . G T 789.42 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126115;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.597;QD=64.4422;RBI=0.00402024;REFB=0;REVB=0.00381731;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87591e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 96652706 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.097;QD=63.2865;RBI=0.0275392;REFB=0;REVB=0.0228385;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25422e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 96653037 . GT G,GC 2838.69 PASS AF=1,0;AO=40,154;DP=208;FAO=206,0;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=107,0;FSAR=99,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251743,-0.414526;FXX=0.00483068;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.4904,26.0805;QD=55.1202;RBI=0.0266066,0.420552;REFB=0,0;REVB=0.00861207,-0.0709384;RO=0;SAF=0,95;SAR=40,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00226081,0.0233992;OID=.,.;OPOS=96653038,96653038;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:40,154:208:206,0:206:0:107,0:99,0:0:0:17:0:0,95:40,59:0:0 chr6 96653208 . C G 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4872;QD=56.9932;RBI=0.0276347;REFB=0;REVB=-0.0215853;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67051e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr6 96661315 . T C 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.29;QD=42.1717;RBI=0.0497966;REFB=0;REVB=0.0391411;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113152;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 96661410 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.232;QD=57.68;RBI=0.0608127;REFB=0;REVB=0.0524685;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377022;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 97058574 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.613;QD=58.9624;RBI=0.0275083;REFB=0;REVB=-0.0100773;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40708e-05;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr6 97339078 . A G 1324.78 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.242;QD=60.9095;RBI=0.058935;REFB=0.0451506;REVB=0.0473248;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.05096e-05;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:42:44:1:0:42:44:1:0 chr6 97339088 . C T 1353.86 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0368456;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2892;QD=60.1716;RBI=0.0434405;REFB=-0.0570619;REVB=-0.0230104;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108931;STB=0.510867;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00640164;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:90:1:2:88:88:0.977778:43:45:0:1:43:45:2:0 chr6 97533027 . A G 104.31 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0199274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.073;QD=7.31993;RBI=0.0213249;REFB=-0.00282527;REVB=0.00759293;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868546;STB=0.524557;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00832428;OID=.;OPOS=97533027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:42:42:14:15:0.263158:6:8:21:21:7:8:21:21 chr6 99284532 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.737;QD=63.2857;RBI=0.0284191;REFB=0;REVB=-0.00896383;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06956e-05;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr6 99724713 . G A 741.02 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023751;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.631;QD=54.8904;RBI=0.024697;REFB=-0.0526066;REVB=0.00676996;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00126352;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:52:53:0.981481:30:22:1:0:30:23:1:0 chr6 99728442 . A G 792.98 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=106;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00342455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.059;QD=29.6442;RBI=0.00369768;REFB=0.00678419;REVB=-0.00139474;RO=33;SAF=41;SAR=30;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373381;STB=0.526477;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00352516;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:33:36:71:71:0.663551:30:41:17:16:30:41:18:18 chr6 99771540 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.029;QD=62.022;RBI=0.0198734;REFB=0;REVB=0.00636648;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44465e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 99817419 . T TC 760.56 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110138;FXX=0.0181785;HRUN=0;LEN=1;MLLD=292.231;QD=56.3375;RBI=0.0153614;REFB=0;REVB=0.0107084;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000153458;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:55:54:54:0:23:31:0:0:4:1:22:30:1:0 chr6 99817601 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.997;QD=58.5857;RBI=0.0262736;REFB=0;REVB=0.0256769;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263627;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr6 99819379 . T C 358.19 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7657;QD=55.1058;RBI=0.0405942;REFB=0;REVB=0.0379005;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809362;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr6 99825348 . T C 390.87 PASS AF=0.619048;AO=33;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0742316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.3548;QD=24.8173;RBI=0.083836;REFB=-0.0632008;REVB=-0.0389632;RO=21;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313503;STB=0.556477;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0427373;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:24:33:39:0.619048:19:14:9:12:25:14:12:12 chr6 99842056 . C A 269.03 PASS AF=0.676471;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0390492;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.257;QD=31.6503;RBI=0.0390666;REFB=-0.0493958;REVB=0.00116804;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756942;STB=0.573709;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0161593;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:35:34:7:10:22:23:0.676471:10:12:5:2:10:13:8:2 chr6 99883694 . T C 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0155313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.202;QD=33.0923;RBI=0.0170663;REFB=-0.011656;REVB=0.00707391;RO=14;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026372;STB=0.514278;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00335163;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:17:21:7:7:17:21:7:7 chr6 99883704 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.394;QD=64.4092;RBI=0.0261704;REFB=0;REVB=0.0258416;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105529;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr6 99893938 . T C 1190.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.507;QD=61.0632;RBI=0.0131619;REFB=0;REVB=-0.00265754;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48709e-05;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr6 99956560 . T C 683.27 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00911537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.407;QD=47.9486;RBI=0.0222209;REFB=0.0231012;REVB=0.0202652;RO=2;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285316;STB=0.517235;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00096163;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:2:5:52:52:0.912281:32:20:0:2:32:20:1:4 chr6 100868721 . G A 155.39 PASS AF=0.206349;AO=26;DP=128;FAO=26;FDP=126;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=0.0286735;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5595;QD=4.93291;RBI=0.0293013;REFB=0.00409784;REVB=0.00603314;RO=81;SAF=9;SAR=17;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369797;STB=0.715634;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0181576;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:81:100:26:26:0.206349:17:9:53:28:17:9:63:37 chr6 100868779 . G T 254.38 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.082615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.065;QD=8.62292;RBI=0.10277;REFB=-0.0035234;REVB=0.0611257;RO=80;SAF=11;SAR=24;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200735;STB=0.624098;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0118646;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:80:83:35:35:0.29661:24:11:38:42:24:11:40:43 chr6 100964147 . G C 534.09 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=1.81393e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.345;QD=28.8696;RBI=0.0103093;REFB=-0.0138537;REVB=0.0103092;RO=25;SAF=28;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116384;STB=0.556794;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00661152;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:26:48:48:0.648649:20:28:10:15:20:28:11:15 chr6 101094554 . A G 153.89 PASS AF=0.275;AO=20;DP=78;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0457701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.873;QD=7.6943;RBI=0.0459221;REFB=-0.0101574;REVB=0.00373261;RO=55;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617734;STB=0.522492;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.031555;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:55:58:20:22:0.275:11:9:22:33:13:9:22:36 chr6 101166095 . G A 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.000929438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.614;QD=22.3061;RBI=0.0144069;REFB=-0.0107066;REVB=-0.0143769;RO=40;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208152;STB=0.506414;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0102531;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:20:27:22:18:20:27:23:18 chr6 101296389 . G A 264.26 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00332526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.885;QD=12.8907;RBI=0.00708665;REFB=0.000729825;REVB=-0.00625805;RO=51;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335877;STB=0.690794;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00117824;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:12:19:15:36:12:19:15:36 chr6 101405050 . T G 102.73 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0354877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.197;QD=9.339;RBI=0.0356815;REFB=-0.00346539;REVB=0.00371439;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968897;STB=0.571317;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00740854;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:5:8:16:14:5:8:16:15 chr6 102503317 . G A 439.49 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00483786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.513;QD=25.1137;RBI=0.0253312;REFB=-0.0411208;REVB=0.024865;RO=28;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911247;STB=0.55735;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0244092;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:28:28:40:42:0.6:22:18:16:12:24:18:16:12 chr6 102511905 . A C 37.42 PASS AF=0.125;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00958361;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.234;QD=2.6729;RBI=0.0116427;REFB=-2.95534e-05;REVB=-0.00661105;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347052;STB=0.768345;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000180294;OID=.;OPOS=102511905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:56:49:49:7:7:0.125:1:6:30:19:1:6:30:19 chr6 105300250 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00149402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.053;QD=17.2298;RBI=0.0402179;REFB=0.010847;REVB=0.0401902;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260084;STB=0.655787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0089405;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:4:2:1:7:4:2 chr6 105530994 . GTA G,GTG 148.43 PASS AF=0.24359,0.0384615;AO=19,3;DP=78;FAO=19,3;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=9,1;FSAR=10,2;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0182671,0.0395922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=268.104,57.0531;QD=7.61172;RBI=0.0197047,0.0408137;REFB=-0.00480359,-0.00948502;REVB=-0.00738847,-0.00991041;RO=53;SAF=9,1;SAR=10,2;SRF=34;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203055,-0.274002;STB=0.637867,0.781931;STBP=0.193,0.462;TYPE=del,snp;VARB=0.0178548,0.00714222;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24359,0.0384615:19,3:78:19,3:78:56:9,1:10,2:37:19:99:53:9,1:10,2:34:19 chr6 106352349 . T C 937.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.847;QD=58.59;RBI=0.0777775;REFB=0;REVB=0.0728993;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037667;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr6 106987370 . A C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000410169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.831;QD=63.051;RBI=0.0127792;REFB=0;REVB=0.0127726;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64989e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr6 106992464 . A G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000708775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.587;QD=59.1731;RBI=0.0151114;REFB=0.0301193;REVB=0.0150947;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000353325;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:1:0:41:35:1:0 chr6 107016731 . T C 326.74 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0130963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.274;QD=15.0226;RBI=0.0133504;REFB=-0.00725836;REVB=-0.00259244;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075341;STB=0.54925;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00777138;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:22:14:23:27:22:14:24:27 chr6 107076783 . A T 923.37 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103055;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.831;QD=58.6268;RBI=0.0118642;REFB=0;REVB=-0.00587842;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107239;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 107113715 . G A 863.46 PASS AF=0.641667;AO=77;DP=120;FAO=77;FDP=120;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0338316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.645;QD=28.782;RBI=0.033903;REFB=0.00168886;REVB=-0.00219921;RO=42;SAF=23;SAR=54;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113542;STB=0.567292;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00158796;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:43:77:77:0.641667:54:23:19:23:54:23:20:23 chr6 107351293 . G T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7572;QD=60.2262;RBI=0.0476063;REFB=0;REVB=-0.0467059;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325562;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr6 107565060 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.715;QD=61.3362;RBI=0.0791476;REFB=0;REVB=-0.0085756;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048671;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 107980406 . A T 1250.22 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138673;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.424;QD=61.739;RBI=0.0409447;REFB=0;REVB=0.0385248;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155399;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr6 108026146 . C T 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00132931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.591;QD=26.3422;RBI=0.0255773;REFB=0.00551891;REVB=-0.0255427;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.574392;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00360416;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:3:8:10:9:3:8 chr6 108026317 . G T 1038.37 PASS AF=0.666667;AO=83;DP=128;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.688;QD=30.7664;RBI=0.0183678;REFB=-0.0227628;REVB=0.0161116;RO=45;SAF=38;SAR=45;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878614;STB=0.511142;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0142959;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:45:45:83:90:0.666667:45:38:20:25:47:43:20:25 chr6 108026402 . A C 661.01 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.01135;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.338;QD=24.9439;RBI=0.0113509;REFB=0.00550802;REVB=-0.000142258;RO=39;SAF=34;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370643;STB=0.511428;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00272016;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:39:43:63:63:0.59434:29:34:19:20:29:34:22:21 chr6 108026455 . A G 524.82 PASS AF=0.681159;AO=46;DP=68;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00677394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.144;QD=30.4241;RBI=0.00679287;REFB=-0.0357956;REVB=-0.000506801;RO=21;SAF=27;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927689;STB=0.560324;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0152518;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:21:22:46:47:0.681159:19:27:9:12:19:28:9:13 chr6 108233929 . G A 224.1 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0116003;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.198;QD=21.3432;RBI=0.0352032;REFB=-0.0070422;REVB=-0.033237;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145815;STB=0.624896;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00972942;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:17:20:20:22:0.52381:8:12:13:4:10:12:16:4 chr6 108277287 . C A 1893.5 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.518;QD=61.5771;RBI=0.0123358;REFB=0;REVB=-0.00421573;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05736e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:79:43:0:0:80:43:0:0 chr6 108364582 . T C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00213401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.812;QD=25.2443;RBI=0.0156009;REFB=-0.0329513;REVB=0.0154542;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631229;STB=0.53493;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0248692;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:7:15:17:11:7:15 chr6 109197379 . T C 418.3 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00274624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.392;QD=28.3591;RBI=0.00951881;REFB=-0.0185349;REVB=-0.00911405;RO=19;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078941;STB=0.549271;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00981954;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:20:39:39:0.661017:15:24:14:5:15:24:15:5 chr6 109233725 . T C 605.94 PASS AF=0.6;AO=52;DP=91;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00893596;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.108;QD=26.9308;RBI=0.0166476;REFB=0.0044395;REVB=0.0140461;RO=36;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116629;STB=0.51521;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00238171;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:36:36:52:54:0.6:31:21:14:22:31:23:14:22 chr6 109583186 . A G 433.56 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00611545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.785;QD=26.2766;RBI=0.0191237;REFB=-0.0046482;REVB=-0.0181195;RO=25;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129486;STB=0.570537;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00336387;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:19:22:18:7:19:22:18:7 chr6 109752451 . T C 424.19 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0017082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.295;QD=26.9326;RBI=0.017813;REFB=-0.00590795;REVB=0.0177309;RO=22;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327433;STB=0.526303;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00347618;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:23:40:40:0.634921:22:18:11:11:22:18:12:11 chr6 109837229 . C T 228.79 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0432024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.287;QD=11.7328;RBI=0.0448755;REFB=-0.0155367;REVB=-0.0121392;RO=50;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022193;STB=0.512811;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.027761;OID=.;OPOS=109837229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:14:14:24:26:14:14:24:26 chr6 109850103 . T A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00868662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.681;QD=10.1727;RBI=0.0159381;REFB=-0.00653934;REVB=-0.0133628;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0314109;OID=.;OPOS=109850103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr6 109935484 . G A 308.89 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0110429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.372;QD=10.0453;RBI=0.0184449;REFB=-0.0140297;REVB=0.0147739;RO=83;SAF=20;SAR=20;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350474;STB=0.520315;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0293842;OID=.;OPOS=109935484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:20:20:44:39:20:20:44:39 chr6 109935606 . A G 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00315164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.331;QD=11.8835;RBI=0.0232198;REFB=-0.0146502;REVB=-0.0230049;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692239;STB=0.539848;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0281126;OID=.;OPOS=109935606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:12:15:29:18:12:15:29:18 chr6 109954252 . C T 165.37 PASS AF=0.25;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00808165;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.897;QD=7.18998;RBI=0.0333315;REFB=-0.00888304;REVB=-0.0323369;RO=64;SAF=7;SAR=16;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13622;STB=0.594955;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0341709;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:92:64:69:23:23:0.25:16:7:26:38:16:7:29:40 chr6 110074396 . G A 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0246479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.569;QD=11.1013;RBI=0.0394912;REFB=-0.0424258;REVB=-0.0308552;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619383;STB=0.856421;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00666326;OID=.;OPOS=110074396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:0:10:2:5:0:10 chr6 110107517 . T C 97.51 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00903523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1354;QD=7.09166;RBI=0.029649;REFB=-0.0122006;REVB=0.0282388;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14538;STB=0.580196;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0514384;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:6:8:18:22:6:8:19:22 chr6 110146303 . G A 294.83 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0493691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.992;QD=18.7194;RBI=0.0494136;REFB=-0.0115871;REVB=0.0020966;RO=24;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155279;STB=0.509798;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0117285;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:31:31:32:0.507937:19:12:5:19:19:13:12:19 chr6 110301081 . G A 240.05 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0207264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.502;QD=16.5548;RBI=0.0269477;REFB=-0.0314929;REVB=0.017222;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901007;STB=0.550669;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0328331;OID=.;OPOS=110301081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:12:19:14:13:12:19 chr6 110301661 . A G 650.43 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347507;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.136;QD=61.9456;RBI=0.0254171;REFB=0;REVB=0.0251784;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271574;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:32:8:0:0:32:10:0:0 chr6 110421361 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.807;QD=60.2304;RBI=0.0618355;REFB=0;REVB=-0.056299;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297318;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr6 110746526 . T C 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4991;QD=58.4121;RBI=0.00374288;REFB=0;REVB=0.00231315;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93353e-06;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr6 110746545 . T G 580.46 PASS AF=0.746269;AO=49;DP=66;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0198991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7176;QD=34.6546;RBI=0.0249531;REFB=-0.0235873;REVB=0.015056;RO=17;SAF=30;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984265;STB=0.554574;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00731592;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:17:17:49:50:0.746269:19:30:7:10:19:31:7:10 chr6 110777962 . A G 203.22 PASS AF=0.273585;AO=28;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00527019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5655;QD=7.66855;RBI=0.0211477;REFB=-0.00683101;REVB=0.0204805;RO=74;SAF=12;SAR=16;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871902;STB=0.542344;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0174147;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:77:28:29:0.273585:16:12:37:37:16:13:39:38 chr6 110778128 . T C 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0047316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.132;QD=12.2917;RBI=0.00523155;REFB=-0.00338167;REVB=0.00223183;RO=53;SAF=8;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21927;STB=0.63439;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0077774;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:23:8:23:30:23:8:24:30 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 249.29 PASS AF=0.75,0.25;AO=15,5;DP=20;FAO=15,5;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297837,0.0321159;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=206.181,172.675;QD=49.8569;RBI=0.0299997,0.0326704;REFB=0,0;REVB=0.00359278,0.00599351;RO=0;SAF=6,2;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00413064,-0.00120211;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:20:20:0:0:15,5:15,5:0.75,0.25:9,3:6,2:0:0:9,3:6,2:0:0 chr6 110797713 . C T 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00800855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.963;QD=30.429;RBI=0.0138604;REFB=-0.0106097;REVB=0.0113125;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185596;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:2:3:9:6:2:3 chr6 111280038 . C T 90.3 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.111986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.651;QD=16.4176;RBI=0.113577;REFB=-0.0232509;REVB=0.0189486;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283618;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:6:5:5:6:6:5 chr6 111283592 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.039;QD=53.2762;RBI=0.037587;REFB=0;REVB=-0.0305666;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118613;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr6 111587266 . T C 549.12 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-5.49303e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.308;QD=26.4634;RBI=0.0049365;REFB=-0.00662147;REVB=0.0049362;RO=33;SAF=35;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237037;STB=0.629766;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00382169;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:15:35:13:20:15:35:13:20 chr6 111589293 . A C 181.14 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0346997;FXX=0.0555401;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5728;QD=21.3102;RBI=0.106173;REFB=-0.0423068;REVB=0.100342;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113292;STB=0.540151;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0169735;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:15:18:19:0.558824:10:8:5:11:11:8:5:10 chr6 111620758 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.407;QD=62.022;RBI=0.0193858;REFB=0;REVB=0.0170902;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95634e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr6 111628708 . A G 251.52 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0227955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.905;QD=20.5318;RBI=0.0371443;REFB=-0.00368784;REVB=0.0293269;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165647;STB=0.593143;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00465128;OID=.;OPOS=111628708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:10:15:10:14:10:15 chr6 111695073 . C T 291.8 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00628872;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.381;QD=32.4219;RBI=0.0064009;REFB=0.0134889;REVB=-0.00119312;RO=11;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111867;STB=0.561051;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00510561;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:25:25:0.694444:9:16:9:2:9:16:9:2 chr6 111695268 . C T 526.4 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0146732;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.264;QD=29.6564;RBI=0.016194;REFB=-0.0287224;REVB=0.00685152;RO=23;SAF=23;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672854;STB=0.503596;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0158873;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:24:47:47:0.661972:24:23:11:12:24:23:12:12 chr6 111695887 . G A 67.42 PASS AF=0.727273;AO=5;DP=12;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0474282;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.213;QD=24.5148;RBI=0.0488679;REFB=-0.0115721;REVB=0.0117746;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794084;STB=0.666261;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00777291;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:11:3:3:5:8:0.727273:0:5:0:3:3:5:0:3 chr6 111696257 . G A 736.79 PASS AF=0.673913;AO=61;DP=90;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0462014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3849;QD=32.0343;RBI=0.0569763;REFB=0.0206213;REVB=-0.0333426;RO=29;SAF=26;SAR=35;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715619;STB=0.540469;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0102941;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:29:30:61:62:0.673913:35:26:9:20:36:26:9:21 chr6 111696852 . T C 427.17 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.108743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0451;QD=28.4778;RBI=0.11016;REFB=-0.0424021;REVB=-0.0176104;RO=20;SAF=23;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119115;STB=0.567533;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0232198;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:20:39:40:0.666667:16:23:8:12:16:24:8:12 chr6 111901453 . G T 791.97 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.439;QD=56.5689;RBI=0.00301661;REFB=0;REVB=0.00273339;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0197e-05;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr6 112382313 . G T 298.99 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00196205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.327;QD=16.1617;RBI=0.0111815;REFB=-0.0108441;REVB=0.011008;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211259;STB=0.618821;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0232893;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:20:13:25:16:20:13:25:16 chr6 112408610 . T C 229.2 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0198103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.291;QD=9.75321;RBI=0.0242438;REFB=-0.0197263;REVB=-0.0139755;RO=64;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580231;STB=0.54111;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0438281;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:64:65:29:29:0.308511:19:10:25:39:19:10:26:39 chr6 112435912 . A T 225.5 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0425239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0009;QD=11.0001;RBI=0.0436441;REFB=0.00224568;REVB=0.00982478;RO=53;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323696;STB=0.683319;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00364945;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:54:28:28:0.341463:8:20:23:30:8:20:24:30 chr6 112440489 . C A 559.51 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0393143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1971;QD=47.6175;RBI=0.0398702;REFB=-0.0152934;REVB=0.00663508;RO=7;SAF=21;SAR=19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267891;STB=0.51437;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00170618;OID=.;OPOS=112440489;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:19:21:3:4:19:21:3:4 chr6 112457383 . G C 165.56 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0271745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6797;QD=9.59744;RBI=0.0718018;REFB=-0.024637;REVB=-0.0664609;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394316;STB=0.536199;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0198483;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:43:47:22:22:0.318841:11:11:20:23:11:11:21:26 chr6 112457390 . C T 993.9 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012221;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.86;QD=59.3372;RBI=0.0153742;REFB=0;REVB=-0.00932814;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35009e-07;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr6 112471688 . G C 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0398447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5205;QD=11.7582;RBI=0.0398448;REFB=-0.00378813;REVB=7.05611e-05;RO=62;SAF=29;SAR=4;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334269;STB=0.698284;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00445199;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:4:29:43:19:4:29:43:19 chr6 112493872 . A G 1535.76 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947208;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.104;QD=63.9898;RBI=0.0101151;REFB=0;REVB=0.00354889;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149438;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr6 112508697 . A C 697.78 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0245805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.47;QD=29.0739;RBI=0.0248775;REFB=-0.0267544;REVB=0.00383278;RO=36;SAF=33;SAR=27;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11103;STB=0.560271;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0139055;OID=.;OPOS=112508697;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:27:33:14:22:27:33:14:22 chr6 112508769 . TG GT 263.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112581;FXX=0.19604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.651;QD=25.7418;RBI=0.154004;REFB=0;REVB=0.105084;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00339365;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:41:0:0:51:41:1:26:25:0:0:26:15:0:0 chr6 112512905 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.55;QD=63.583;RBI=0.0115436;REFB=0;REVB=0.000156723;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39077e-05;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 116262976 . G A 335.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.93;QD=53.732;RBI=0.017929;REFB=0;REVB=-0.0102856;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054397;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr6 116263181 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.168;QD=58.1421;RBI=0.0599696;REFB=0;REVB=0.0570234;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224817;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr6 116325142 . C T 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00105195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.316;QD=61.8144;RBI=0.016808;REFB=-0.00732449;REVB=-0.016775;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-4.16285e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:0:1:29:20:0:1 chr6 116441646 . C G 107.22 PASS AF=0.220779;AO=18;DP=78;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.000292201;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.511;QD=5.56978;RBI=0.00143843;REFB=-0.00237973;REVB=0.00140844;RO=60;SAF=8;SAR=10;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211423;STB=0.612581;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00739379;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:60:60:18:17:0.220779:10:8:37:23:9:8:37:23 chr6 116446576 . A G 562.86 PASS AF=0.360215;AO=67;DP=186;FAO=67;FDP=186;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=-0.0103583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.721;QD=12.1045;RBI=0.0253454;REFB=-0.00636386;REVB=-0.0231321;RO=117;SAF=19;SAR=48;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149662;STB=0.581472;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0129092;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:117:119:67:67:0.360215:48:19:47:70:48:19:47:72 chr6 116571255 . G A 780.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.306;QD=56.7436;RBI=0.0238114;REFB=0;REVB=-0.023338;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105605;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr6 116574455 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2153;QD=48.737;RBI=0.013823;REFB=0;REVB=0.00484655;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030379;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 116575083 . C A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.713;QD=57.7086;RBI=0.0569431;REFB=0;REVB=-0.00306095;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134911;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr6 116600453 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0201524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.605;QD=16.3856;RBI=0.0215212;REFB=-0.0537546;REVB=-0.00755243;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219741;STB=0.631235;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0390172;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:6:2:1:8:6:2 chr6 116600465 . T TCAC 128.6 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139308;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.85;QD=39.5685;RBI=0.0584749;REFB=-0.0983309;REVB=0.0567913;RO=2;SAF=10;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818657;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=ins;VARB=0.00229851;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:11:14:12:13:1:10:2:1:0:4:2:10:1:2:0 chr6 116600774 . C G 60.28 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0116523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.964;QD=16.0739;RBI=0.0203861;REFB=-0.0630624;REVB=0.0167278;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0248155;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:14:15:7:7:7:8:0.533333:5:2:3:4:6:2:3:4 chr6 116600810 . G A 112.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0989513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8227;QD=17.3738;RBI=0.156014;REFB=-0.0109198;REVB=0.120619;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265234;STB=0.650946;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.020338;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:10:3:7:6:10:3 chr6 116757557 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.116;QD=45.8067;RBI=0.0712627;REFB=0;REVB=0.0175705;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129484;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr6 116783330 . G A 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00443681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.339;QD=24.125;RBI=0.0208232;REFB=-0.000349094;REVB=0.0203451;RO=10;SAF=2;SAR=15;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289363;STB=0.526286;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000295276;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:10:11:17:17:0.607143:15:2:1:9:15:2:1:10 chr6 116875427 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.485;QD=64.154;RBI=0.040644;REFB=0;REVB=0.0202315;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35303e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr6 116875493 . T C 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0110109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7115;QD=16.5597;RBI=0.0110228;REFB=0.00341895;REVB=-0.0005121;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429834;STB=0.524228;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00506582;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:16:11:14:17:16:11:14:17 chr6 116950734 . G A 263.72 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0247447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7366;QD=26.3717;RBI=0.0336517;REFB=0.0173522;REVB=-0.0228064;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204022;STB=0.50854;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0111427;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:23:24:0.6:13:10:7:9:14:10:7:9 chr6 116950833 . T C 269.28 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0293825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3321;QD=18.2564;RBI=0.0294256;REFB=-0.00682346;REVB=-0.00159216;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137259;STB=0.509797;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00377282;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:28:30:0.508475:16:12:12:17:17:13:12:17 chr6 116973182 . T C 433.58 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0248695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1884;QD=26.2775;RBI=0.0298682;REFB=0.0160454;REVB=0.0165413;RO=25;SAF=28;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06454;STB=0.535311;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0113579;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:13:28:15:10:13:28:15:10 chr6 117113653 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.011;QD=54.5177;RBI=0.00962226;REFB=0;REVB=-0.00951028;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51426e-05;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr6 117114025 . G A 460.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8809;QD=57.6141;RBI=0.102079;REFB=0;REVB=-0.0852683;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049955;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr6 117114223 . T A 680.3 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774659;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.633;QD=60.4708;RBI=0.0116353;REFB=0.0197439;REVB=-0.00868156;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000407215;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:0:1:18:26:0:1 chr6 117114403 . G A 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0248;QD=58.0552;RBI=0.0134613;REFB=0;REVB=-0.0131953;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30127e-05;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr6 117121894 . G A 987.37 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.844;QD=58.9477;RBI=0.0503325;REFB=0;REVB=-0.0486482;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112143;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:40:27:0:0 chr6 117130704 . G A 757.33 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324311;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3684;QD=55.0785;RBI=0.0372975;REFB=-0.0208046;REVB=0.0184209;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.50746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000562936;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:33:21:0:0:33:21:0:1 chr6 117591755 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0233658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.791;QD=17.6434;RBI=0.0385938;REFB=-0.0121837;REVB=-0.0307169;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00814667;OID=.;OPOS=117591755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:3:6:2:4:3:6:3:4 chr6 117620574 . AG A 243.86 PASS AF=0.594203;AO=39;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0791867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2252;QD=14.1365;RBI=0.0912096;REFB=-0.0804448;REVB=-0.045262;RO=28;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0.56051;SSEP=0;SSSB=0.00567115;STB=0.505811;STBP=0.911;TYPE=del;VARB=0.0582042;OID=.;OPOS=117620575;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594203:39:69:41:69:28:17:24:12:16:99:28:17:22:12:16 chr6 117622184 . G C 404.8 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00725856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.053;QD=32.3837;RBI=0.0112798;REFB=-0.0195473;REVB=0.00863401;RO=17;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824374;STB=0.544985;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0116413;OID=.;OPOS=117622184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:17:16:6:11:17:16:6:11 chr6 117622188 . T G 426.41 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0228724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.699;QD=34.8092;RBI=0.0639806;REFB=-0.000559012;REVB=0.0597526;RO=15;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399413;STB=0.521726;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000354725;OID=.;OPOS=117622188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:18:16:6:9:18:16:6:9 chr6 117622233 . C T 371.36 PASS AF=0.731707;AO=29;DP=42;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0142781;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3408;QD=36.2306;RBI=0.0298494;REFB=-0.0360979;REVB=0.026213;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316368;STB=0.512187;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0189233;OID=.;OPOS=117622233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:11:11:29:30:0.731707:14:15:5:6:15:15:5:6 chr6 117631431 . T G 793.46 PASS AF=0.637168;AO=72;DP=113;FAO=72;FDP=113;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0229249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.04;QD=28.0872;RBI=0.026367;REFB=0.0134091;REVB=-0.0130257;RO=41;SAF=27;SAR=45;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655178;STB=0.503545;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00900478;OID=.;OPOS=117631431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:41:41:72:72:0.637168:45:27:15:26:45:27:15:26 chr6 117639419 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00176567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.917;QD=21.5111;RBI=0.00196753;REFB=-0.00791407;REVB=-0.000868092;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00943402;OID=.;OPOS=117639419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:11:8:11:10:11:8 chr6 117649988 . T C 562.9 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000136064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.133;QD=23.9532;RBI=0.0210894;REFB=-0.00269503;REVB=0.0210889;RO=41;SAF=17;SAR=35;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118712;STB=0.560973;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00205078;OID=.;OPOS=117649988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:42:52:52:0.553191:35:17:19:22:35:17:19:23 chr6 117710661 . T C 386.49 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0323808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.433;QD=18.1879;RBI=0.0326123;REFB=-0.00544215;REVB=0.00387892;RO=44;SAF=13;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173919;STB=0.592429;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00664309;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:27:13:22:22:27:13:22:23 chr6 117725448 . T G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.681;QD=57.5444;RBI=0.0290907;REFB=0;REVB=-0.0118349;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150012;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr6 117725578 . T A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.216;QD=63.2859;RBI=0.0181297;REFB=0;REVB=-0.00712451;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4619e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 117842698 . A G 495.34 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0124594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.567;QD=26.0707;RBI=0.0124594;REFB=0.00600829;REVB=2.5336e-05;RO=29;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458735;STB=0.517788;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00806455;OID=.;OPOS=117842698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:30:46:46:0.605263:22:24:17:12:22:24:17:13 chr6 117869491 . G A 123.12 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00415587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.444;QD=15.8859;RBI=0.0245264;REFB=-0.0318014;REVB=-0.0241717;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263617;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0254617;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:16:13:13:0.419355:8:5:9:4:8:5:9:7 chr6 118786486 . T C 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0230436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.814;QD=33.0924;RBI=0.0308485;REFB=0.00686135;REVB=-0.0205091;RO=14;SAF=21;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619082;STB=0.533519;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00286457;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:17:21:6:8:17:21:6:8 chr6 118880640 . T G 725.83 PASS AF=0.586207;AO=67;DP=114;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0124872;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.813;QD=25.0285;RBI=0.0332841;REFB=-0.00519324;REVB=0.0308529;RO=45;SAF=27;SAR=40;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194302;STB=0.515785;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00249966;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:45:48:67:68:0.586207:40:27:17:28:40:28:18:30 chr6 118881822 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00374335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.054;QD=18.5395;RBI=0.0169663;REFB=-0.0119202;REVB=-0.0165481;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845503;STB=0.547157;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0109046;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:25:19:26:24:25:19:26:24 chr6 118886961 . G T 313.18 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0190728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.967;QD=19.5739;RBI=0.0255744;REFB=-0.00734646;REVB=-0.0170375;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190823;STB=0.60594;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0042836;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:20:11:19:14:20:11 chr6 118887303 . T C 666.21 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0178817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.896;QD=28.3493;RBI=0.0181573;REFB=-0.00209961;REVB=0.00315132;RO=35;SAF=30;SAR=28;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218413;STB=0.517235;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00140852;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:35:36:58:58:0.617021:28:30:17:18:28:30:17:19 chr6 118973953 . A G 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00500425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.53;QD=23.8368;RBI=0.00826382;REFB=-0.00780605;REVB=-0.00657634;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367198;STB=0.520225;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00586394;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:12:10:13:19:12:10 chr6 119149149 . C G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.902;QD=60.0309;RBI=0.00800201;REFB=0;REVB=0.00671017;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11003e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:52:20:0:0:52:20:0:0 chr6 119510941 . C A 136.72 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000994547;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.211;QD=10.9372;RBI=0.00784127;REFB=0.00567307;REVB=-0.00777794;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539783;STB=0.53995;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00850447;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:34:16:16:0.32:8:8:14:17:8:8:15:19 chr6 120583498 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00628258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.133;QD=4.30365;RBI=0.00669717;REFB=-0.0180607;REVB=0.00231975;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242818;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0109873;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:2:4:12:14:2:4:12:14 chr6 120583501 . T G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0178266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.573;QD=4.30362;RBI=0.0178369;REFB=-0.00091412;REVB=-0.000606301;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242818;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00511927;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:2:4:12:14:2:4:12:14 chr6 121451095 . C T 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0046918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4644;QD=8.24331;RBI=0.0842281;REFB=-0.000853033;REVB=-0.0840973;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00470297;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr6 121602785 . T A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0442153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.56;QD=16.755;RBI=0.0442913;REFB=-0.00239538;REVB=-0.00259236;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132695;STB=0.575278;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00529132;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:8:16:15:13:8:16:15:13 chr6 121602795 . C T 250.26 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00270526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.642;QD=20.0205;RBI=0.00578585;REFB=-0.0184622;REVB=-0.00511446;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896956;STB=0.550681;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0152212;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:15:11:8:16:15:11 chr6 121620608 . G T 732.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00092175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.431;QD=62.3693;RBI=0.00304313;REFB=0;REVB=-0.00290017;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32046e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:19:24:0:0:20:27:0:0 chr6 121629167 . G A 551.13 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.084365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9797;QD=26.8842;RBI=0.0961613;REFB=-0.00180401;REVB=-0.0461471;RO=32;SAF=27;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629788;STB=0.503433;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.000442993;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:23:27:17:15:23:27:17:15 chr6 121632008 . T A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.026;QD=60.3758;RBI=0.0516821;REFB=0;REVB=0.0434554;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102143;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr6 121638666 . G A 123.95 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00135904;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.914;QD=8.69805;RBI=0.0251997;REFB=-0.0253031;REVB=-0.025163;RO=43;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344473;STB=0.69831;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0664018;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:43:40:16:17:0.298246:5:11:17:26:5:12:17:23 chr6 121638682 . G A 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0135718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.272;QD=6.31907;RBI=0.0258592;REFB=-0.00599409;REVB=-0.0220115;RO=50;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316106;STB=0.693203;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0180187;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:6:10:18:32:6:10:18:32 chr6 121642790 . T C 331.48 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0868028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8325;QD=10.6072;RBI=0.0869151;REFB=0.00468918;REVB=0.00441611;RO=83;SAF=17;SAR=25;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342879;STB=0.519802;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00772065;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:83:42:42:0.336:25:17:36:47:25:17:36:47 chr6 121642916 . C T 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0592639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.096;QD=13.3048;RBI=0.0594656;REFB=-0.0152639;REVB=-0.00489268;RO=51;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278066;STB=0.515894;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0212789;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:19:13:22:29:19:13:22:29 chr6 121901599 . A G 726.35 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158174;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8513;QD=56.9687;RBI=0.177814;REFB=0;REVB=0.0812312;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202054;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:39:51:1:25:14:0:0:26:25:0:0 chr6 122532808 . G A 151.6 PASS AF=0.213675;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=117;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.00577087;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4312;QD=5.18287;RBI=0.016698;REFB=-0.0122168;REVB=0.0156691;RO=91;SAF=10;SAR=15;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227349;STB=0.636257;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0465346;OID=.;OPOS=122532808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:91:92:25:25:0.213675:15:10:53:38:15:10:53:39 chr6 122766138 . G A 52.14 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00546047;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.437;QD=4.63467;RBI=0.0115604;REFB=-0.00387185;REVB=0.0101895;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527636;STB=0.526249;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0211541;OID=.;OPOS=122766138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:45:45:36:37:8:8:0.177778:3:5:21:15:3:5:22:15 chr6 123066514 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.022;QD=58.7817;RBI=0.0286522;REFB=0;REVB=0.0279141;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20823e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr6 123066585 . G A 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1801;QD=59.007;RBI=0.0269022;REFB=0;REVB=-0.0266729;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042086;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr6 123101646 . GA G,GG 56.79 PASS AF=0.21875,0.0625;AO=5,3;DP=37;FAO=7,2;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1,2;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0210615,-0.0190845;FXX=0.0856898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.263,233.411;QD=7.09918;RBI=0.0218876,0.02323;REFB=-0.017911,-0.0142;REVB=0.00595633,0.0132443;RO=27;SAF=0,3;SAR=5,0;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.619168,0.61764;STB=0.719261,0.996021;STBP=0.264,0.096;TYPE=del,snp;VARB=0.0409351,0.0301978;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875,0.0625:5,3:37:7,2:32:23:1,2:6,0:8:15:38:27:0,3:5,0:10:17 chr6 123594510 . T TA 1924.79 PASS AF=1;AO=176;DP=231;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109226;FXX=0.0439003;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3982;QD=39.2814;RBI=0.0349145;REFB=0;REVB=0.0331621;RO=51;SAF=69;SAR=107;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000578446;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:176:231:196:196:0:75:121:0:0:34:51:69:107:25:26 chr6 123658825 . G T 536.14 PASS AF=0.284091;AO=75;DP=264;FAO=75;FDP=264;FR=.;FRO=189;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=104;FSRR=85;FWDB=-0.0544203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8162;QD=8.12333;RBI=0.0661166;REFB=-0.0227107;REVB=-0.0375478;RO=188;SAF=31;SAR=44;SRF=103;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163897;STB=0.59762;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0503694;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:188:189:75:75:0.284091:44:31:103:85:44:31:104:85 chr6 123687288 . A C,T 1346.57 PASS AF=0.834951,0.116505;AO=85,13;DP=103;FAO=86,12;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=38,0;FSAR=48,12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0327292,0.0366004;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.149,25.5347;QD=52.2941;RBI=0.0331064,0.039047;REFB=0.00524429,0.0155215;REVB=-0.00498273,-0.0136044;RO=0;SAF=38,0;SAR=47,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.83693e-08,0;STB=0.524747,0.5;STBP=0.055,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000201111,0.0853626;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:103:103:0:5:85,13:86,12:0.834951,0.116505:47,13:38,0:0:0:48,12:38,0:0:5 chr6 123699042 . T C 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.010904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.638;QD=36.1272;RBI=0.0165601;REFB=-0.0379255;REVB=0.0124636;RO=11;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118157;STB=0.564313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0120123;OID=.;OPOS=123699042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:18:12:7:4:18:12:7:4 chr6 123702499 . G A 217.1 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.028244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.413;QD=9.23842;RBI=0.0316564;REFB=-0.00956464;REVB=-0.014297;RO=66;SAF=13;SAR=15;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239114;STB=0.639876;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0287842;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:15:13:44:22:15:13:44:22 chr6 123758492 . C T 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0116893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.048;QD=5.90449;RBI=0.0175069;REFB=-0.0028285;REVB=-0.0130327;RO=46;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301775;STB=0.679385;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0181032;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:46:47:14:14:0.229508:5:9:18:28:5:9:19:28 chr6 123833457 . G C 1737.58 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253868;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.701;QD=60.9676;RBI=0.0333268;REFB=0;REVB=0.0215913;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94744e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:53:61:0:0 chr6 123869607 . G C 217.44 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0233931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7087;QD=22.8885;RBI=0.0603487;REFB=-0.0542231;REVB=-0.0556303;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0413278;OID=.;OPOS=123869607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:7:10:12:9:7:10 chr6 124603390 . A G 147.61 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0251171;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.8029;QD=17.3654;RBI=0.0269665;REFB=-0.000716229;REVB=0.00981458;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00128913;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:18:16:16:0.470588:10:6:5:12:10:6:6:12 chr6 125144352 . T G 675.96 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00488598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.703;QD=53.0161;RBI=0.0261131;REFB=-0.229073;REVB=0.0256519;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00123494;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:2:1:49:50:0.980392:24:25:1:1:24:26:0:1 chr6 125284457 . T C 960.54 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00255042;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.748;QD=54.8877;RBI=0.0245364;REFB=-0.0737032;REVB=0.0244034;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277783;STB=0.521733;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000674579;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:34:33:2:0:34:33:3:0 chr6 125475139 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.135;QD=62.3496;RBI=0.0353174;REFB=0;REVB=0.0240457;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169413;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr6 125573194 . A G 868.47 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.958;QD=57.8981;RBI=0.0237267;REFB=0;REVB=-0.0110138;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69218e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr6 125614100 . C A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00998397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.839;QD=23.4881;RBI=0.0103759;REFB=-0.0194457;REVB=0.00282469;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208408;STB=0.614838;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0194598;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:22:12:15:9:22:12:15:9 chr6 125614121 . C A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.017058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.603;QD=18.7769;RBI=0.0179983;REFB=-0.00853903;REVB=-0.00574142;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17285;STB=0.59694;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00951153;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:15:11:16:10:15:11 chr6 126249914 . T G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00987814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.34;QD=12.3948;RBI=0.0167381;REFB=-0.0071301;REVB=0.0135124;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325021;STB=0.692027;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0156585;OID=.;OPOS=126249914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:10:14:4:10:10:14 chr6 126278230 . G C 727.45 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0957588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2041;QD=52.9057;RBI=0.0958463;REFB=-0.0293116;REVB=-0.00409535;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.519224;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00393543;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:25:28:0:1:25:28:0:2 chr6 127476516 . G A 244.53 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0638952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2573;QD=30.5657;RBI=0.064206;REFB=0.0190343;REVB=0.00630999;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194261;STB=0.606647;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00975912;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:8:2:12:10:8:2 chr6 127768472 . G A 362.37 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0180457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.777;QD=27.8745;RBI=0.0285548;REFB=-0.00496626;REVB=-0.0221298;RO=17;SAF=18;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10746;STB=0.567528;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00108116;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:16:18:6:11:16:18:6:12 chr6 127797179 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00782809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.482;QD=14.7022;RBI=0.0304367;REFB=-0.00096595;REVB=0.0294129;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00134995;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:9:6:3:9:9:6 chr6 127797374 . G A 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00598141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.871;QD=13.287;RBI=0.00598178;REFB=-0.00477179;REVB=6.70444e-05;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474072;STB=0.540452;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0064274;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:41:27:27:0.397059:14:13:17:22:14:13:17:24 chr6 128312033 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.013088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.131;QD=13.3133;RBI=0.0166543;REFB=-0.00209993;REVB=0.010299;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345868;STB=0.519838;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00304291;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:11:22:14:8:11:22 chr6 128321491 . A G 62.8 PASS AF=0.571429;AO=9;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00723248;FXX=0.0666222;HRUN=10;LEN=1;MLLD=193.989;QD=17.9429;RBI=0.0204487;REFB=-0.0414926;REVB=-0.019127;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0107749;OID=.;OPOS=128321491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:14:5:6:9:8:0.571429:3:6:4:1:3:5:4:2 chr6 128403745 . A G 1267.83 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.013606;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3381;QD=58.9687;RBI=0.0200307;REFB=-0.075906;REVB=-0.0147005;RO=3;SAF=39;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350394;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00199031;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:3:2:82:84:0.976744:43:39:3:0:43:41:2:0 chr6 128934390 . G C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00275484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.042;QD=10.6988;RBI=0.00851975;REFB=0.000408127;REVB=-0.00806207;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385646;STB=0.725543;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00296666;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:8:24:6:9:8:24 chr6 129381026 . C A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.693;QD=63.8684;RBI=0.0158784;REFB=0;REVB=0.0157042;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76279e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr6 129807629 . C T 616.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847134;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.433;QD=61.6886;RBI=0.0146228;REFB=0;REVB=-0.0119191;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54094e-05;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr6 129807699 . G C 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138202;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.061;QD=63.2998;RBI=0.0251096;REFB=0;REVB=-0.0250715;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118034;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 129927014 . A G 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0193445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.752;QD=19.2104;RBI=0.0239071;REFB=-0.0167147;REVB=0.0140477;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15286;STB=0.584584;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.011789;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:22:17:11:29:22:17:11:29 chr6 130031215 . T C 374.2 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00981711;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7147;QD=15.4309;RBI=0.0670976;REFB=-0.00584294;REVB=0.0663756;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891701;STB=0.505152;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0110382;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:59:57:40:40:0.412371:20:20:29:30:20:20:29:28 chr6 130152452 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0233117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.483;QD=24.5996;RBI=0.0247405;REFB=-0.0286608;REVB=0.00828589;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699798;STB=0.538989;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0189427;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:8:8:13:9:8:8 chr6 130154667 . T C 218.57 PASS AF=0.714286;AO=21;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0203526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9031;QD=31.2245;RBI=0.0685029;REFB=0.0111698;REVB=-0.0654096;RO=7;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433861;STB=0.54995;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0156225;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:21:20:0.714286:11:10:4:3:11:9:5:3 chr6 130154686 . A G 229.77 PASS AF=0.75;AO=15;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.133704;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.998;QD=32.8244;RBI=0.13436;REFB=-0.0215631;REVB=0.0132593;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245929;STB=0.523787;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00796803;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:8:7:15:21:0.75:11:4:5:3:11:10:4:3 chr6 130374102 . C A 466.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4288;QD=56.5951;RBI=0.0634033;REFB=0;REVB=-0.0504152;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208466;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr6 130381246 . T C 1246.12 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.215;QD=61.5368;RBI=0.0229711;REFB=0;REVB=0.0223437;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3041e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chr6 130537005 . G A 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0127057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.225;QD=6.33852;RBI=0.0279735;REFB=-0.00133751;REVB=-0.0249215;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776637;STB=0.547883;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00709649;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:9:6:16:31:9:6:16:31 chr6 130761798 . T C 317.11 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0100257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.717;QD=11.9665;RBI=0.021266;REFB=-0.0125655;REVB=0.0187544;RO=67;SAF=11;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233888;STB=0.634614;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0193367;OID=.;OPOS=130761798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:28:11:32:35:28:11:32:35 chr6 130761957 . A G 72.82 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0114419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.467;QD=8.56722;RBI=0.0263243;REFB=0.00450273;REVB=0.0237076;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255346;STB=0.681478;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00726879;OID=.;OPOS=130761957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:24:24:9:10:0.294118:5:4:16:8:6:4:16:8 chr6 130764061 . G A 202.57 PASS AF=0.321429;AO=22;DP=82;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0184883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2508;QD=9.646;RBI=0.0185281;REFB=-0.00123141;REVB=-0.00121423;RO=52;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121418;STB=0.629534;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00421375;OID=.;OPOS=130764061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:52:57:22:27:0.321429:10:12:23:29:10:17:25:32 chr6 131148737 . G A 412.63 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00184274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.522;QD=13.6407;RBI=0.00631985;REFB=-0.0140282;REVB=0.00604523;RO=72;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223856;STB=0.517234;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0280004;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:73:48:48:0.396694:27:21:33:39:27:21:34:39 chr6 131156102 . G T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00707601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=371.007;QD=11.9168;RBI=0.0181494;REFB=0.00375985;REVB=-0.0167132;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073233;STB=0.542335;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00655867;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:21:16:11:11:21:16 chr6 131160876 . G T 728.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.159;QD=57.1381;RBI=0.0592346;REFB=0;REVB=0.0578765;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44021e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:16:33:0:0:18:33:0:0 chr6 131603366 . AGT A 1161.05 PASS AF=1;AO=74;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400475;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.242;QD=60.3142;RBI=0.0533432;REFB=0;REVB=0.0531926;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.29824e-05;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:80:77:77:0:44:33:0:0:6:0:42:32:0:0 chr6 131999001 . C T 298.13 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0313729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.121;QD=18.3464;RBI=0.0334014;REFB=-0.024849;REVB=-0.0114625;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155969;STB=0.573076;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0330055;OID=.;OPOS=131999001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:31:33:32:32:0.492308:20:12:17:14:20:12:17:16 chr6 132172368 . A C 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0203621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9946;QD=20.0709;RBI=0.0212514;REFB=0.00622147;REVB=0.00608321;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667685;STB=0.537049;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0129322;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:18:16:17:14:18:16:17:14 chr6 132212742 . A C 188.67 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00142143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.635;QD=9.09241;RBI=0.01016;REFB=-0.000982935;REVB=-0.0100601;RO=58;SAF=10;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198399;STB=0.617132;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00210946;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:15:10:33:25:15:10:33:25 chr6 132212808 . C T 146.98 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00436593;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2463;QD=10.4986;RBI=0.0189565;REFB=-0.00190576;REVB=-0.0184468;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121951;STB=0.579357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00615555;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:37:19:19:0.339286:10:9:21:15:10:9:22:15 chr6 132271952 . G C 483.19 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.162;QD=58.5678;RBI=0.0733419;REFB=0;REVB=0.0673886;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007169;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr6 132271959 . T G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0324;QD=59.018;RBI=0.0533457;REFB=0;REVB=0.0172513;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386173;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 132271979 . AT A,AG 473.13 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=7,25;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027498,0.0207598;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.4087,108.661;QD=57.3492;RBI=0.0443424,0.0390217;REFB=0,0;REVB=0.0347867,0.0330412;RO=0;SAF=5,10;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.006488,0.0415061;OID=.,.;OPOS=132271980,132271980;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:7,25:33:1,32:33:0:0,16:1,16:0:0:5:0:5,10:2,15:0:0 chr6 132859609 . T A 1711.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.581;QD=60.5752;RBI=0.0445734;REFB=0;REVB=0.0207092;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31032e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:60:51:0:0:60:53:0:0 chr6 132892332 . G A 551.13 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0335745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.971;QD=26.8843;RBI=0.0415956;REFB=-0.0322295;REVB=-0.0245551;RO=32;SAF=27;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117672;STB=0.564114;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0216331;OID=.;OPOS=132892332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:23:27:12:20:23:27:12:20 chr6 132910612 . G A 440.14 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0591638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6117;QD=22.007;RBI=0.0878369;REFB=-0.0233694;REVB=0.0649227;RO=37;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131273;STB=0.572095;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0214647;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:25:18:10:27:25:18:10:27 chr6 132966279 . T C 230.68 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0253523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.081;QD=14.4177;RBI=0.0354853;REFB=-0.000685445;REVB=0.0248287;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668972;STB=0.528946;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000699108;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:37:26:27:0.421875:16:10:12:25:17:10:12:25 chr6 133015271 . T C 1559.48 PASS AF=0.955752;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00709184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.517;QD=55.2028;RBI=0.00711743;REFB=0.0569381;REVB=-0.000603037;RO=3;SAF=59;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603107;STB=0.510976;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000516315;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:113:3:5:107:108:0.955752:48:59:2:1:48:60:4:1 chr6 133045005 . C T 82.03 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0234708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.013;QD=4.55711;RBI=0.0249065;REFB=0.00117316;REVB=-0.008334;RO=58;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261245;STB=0.667733;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00407559;OID=.;OPOS=133045005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:58:58:14:14:0.194444:9:5:33:25:9:5:33:25 chr6 133045812 . G A 1073.83 PASS AF=0.717742;AO=89;DP=124;FAO=89;FDP=124;FR=.;FRO=35;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00857687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.041;QD=34.6395;RBI=0.00885651;REFB=-0.00469563;REVB=-0.00220795;RO=35;SAF=41;SAR=48;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103177;STB=0.555302;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00163424;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:35:35:89:89:0.717742:48:41:23:12:48:41:23:12 chr6 133045902 . A G 838.57 PASS AF=0.708333;AO=65;DP=93;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00856271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8156;QD=34.9405;RBI=0.0376055;REFB=-0.0161839;REVB=0.0366177;RO=27;SAF=32;SAR=33;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142873;STB=0.514702;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00948033;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:27:28:65:68:0.708333:33:32:14:13:35:33:15:13 chr6 133052616 . C T 819.84 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156029;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.621;QD=57.5327;RBI=0.0156177;REFB=0;REVB=0.0006788;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53833e-05;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr6 133070995 . G T 1197.11 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0905459;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.324;QD=61.3901;RBI=0.091561;REFB=0;REVB=0.0135966;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170148;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr6 133072650 . A G 373.4 PASS AF=0.660377;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0139124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.158;QD=28.1812;RBI=0.014728;REFB=0.00977248;REVB=0.00483303;RO=18;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150025;STB=0.503935;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00576567;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:34:35:0.660377:20:14:7:11:21:14:7:11 chr6 133074645 . A G 452.61 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0728787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.424;QD=30.6856;RBI=0.073436;REFB=0.0140073;REVB=0.00902987;RO=18;SAF=17;SAR=24;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149584;STB=0.508109;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00596344;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:24:17:7:11:24:17:7:11 chr6 133074663 . T C 706.05 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6301;QD=51.3491;RBI=0.0588561;REFB=-0.191389;REVB=-0.0487972;RO=3;SAF=18;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354517;STB=0.505574;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00706046;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:3:2:51:53:0.963636:33:18:2:1:34:19:1:1 chr6 133077063 . T C 642.75 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0154107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.361;QD=21.0737;RBI=0.0219993;REFB=-0.00164326;REVB=0.0156997;RO=58;SAF=45;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191549;STB=0.605686;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00230222;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:19:45:29:29:19:45:29:29 chr6 133594108 . A G 32.04 PASS AF=0.0941176;AO=7;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0122583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6858;QD=1.50766;RBI=0.0725919;REFB=-0.0033269;REVB=-0.0715494;RO=77;SAF=3;SAR=4;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100157;STB=0.630174;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0367349;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:85:77:77:7:8:0.0941176:4:3:40:37:5:3:40:37 chr6 133789728 . G A 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.012519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.135;QD=13.015;RBI=0.0127291;REFB=0.00391555;REVB=-0.00230328;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746874;STB=0.543263;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00633671;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:15:17:12:8:15:17 chr6 133849966 . C T 837.31 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010612;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.566;QD=57.7457;RBI=0.0160213;REFB=0;REVB=0.0159861;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52456e-05;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:36:22:0:0 chr6 133850246 . AC A 613.66 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.8733;QD=48.1303;RBI=0.0582914;REFB=0;REVB=-0.0359799;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000237278;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:51:51:51:0:29:22:0:0:11:0:29:22:0:0 chr6 134323136 . C T 398.98 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0024929;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.238;QD=20.7264;RBI=0.0236119;REFB=0.00627898;REVB=-0.0234799;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334349;STB=0.518509;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00374333;OID=.;OPOS=134323136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:19:21:18:19:19:21:18:19 chr6 134350658 . T C 33.34 PASS AF=0.125;AO=5;DP=47;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0110524;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.657;QD=2.77833;RBI=0.012604;REFB=-0.00145721;REVB=-0.00605845;RO=42;SAF=3;SAR=2;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515369;STB=0.522999;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00931383;OID=.;OPOS=134350658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:48:42:42:5:6:0.125:2:3:27:15:2:4:27:15 chr6 134493397 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00547301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.516;QD=8.30756;RBI=0.0106111;REFB=-0.00236543;REVB=0.00909069;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141447;STB=0.588012;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00594588;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:9:9:3:5:9:9 chr6 135263557 . C A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00514576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.856;QD=11.4185;RBI=0.00611534;REFB=-0.0111124;REVB=0.00330433;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.545228;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0160567;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:47:26:26:0.356164:14:12:23:17:14:12:25:22 chr6 135286230 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0387891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.856;QD=11.8143;RBI=0.039275;REFB=-0.0188179;REVB=0.00615898;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282588;STB=0.667859;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0299767;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:10:13:4:9:10:13 chr6 135358567 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00248131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.871;QD=9.82172;RBI=0.00416211;REFB=-0.00907835;REVB=-0.00334159;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218937;STB=0.631351;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0181431;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:15:8:6:5:15:8 chr6 135358916 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0173249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1563;QD=10.1073;RBI=0.0173484;REFB=0.0035008;REVB=0.000901342;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.010016;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:9:12:24:18:9:12:24:18 chr6 135375762 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00110604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.069;QD=13.0146;RBI=0.00842637;REFB=0.00752092;REVB=0.00835347;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282042;STB=0.661505;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00964672;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:23:9:11:9:23:9 chr6 135539395 . A T 70.58 PASS AF=0.0843373;AO=7;DP=94;FAO=7;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0146233;FXX=0.117009;HRUN=8;LEN=1;MLLD=181.248;QD=3.40165;RBI=0.0182673;REFB=-0.00248317;REVB=-0.0109477;RO=68;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519683;STB=0.890912;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00283107;OID=.;OPOS=135539395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:94:83:68:69:7:7:0.0843373:1:6:25:43:1:6:26:43 chr6 135749889 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0411078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.552;QD=10.715;RBI=0.0419035;REFB=-0.000235499;REVB=-0.00812759;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047539;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000153812;OID=.;OPOS=135749889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:10:4:9:19:10:4:9:20 chr6 136359280 . C CG 136.43 PASS AF=0.532258;AO=26;DP=64;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.114126;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.91906;QD=8.80164;RBI=0.119184;REFB=0.0173578;REVB=-0.0343506;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944744;STB=0.5263;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=-0.0235714;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532258:26:64:33:62:29:13:20:13:16:91:29:10:16:14:15 chr6 136359446 . A C 93.33 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0268752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.58;QD=19.6492;RBI=0.0287874;REFB=-0.01552;REVB=-0.010317;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00695695;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr6 136582417 . G A 73.95 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0340831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.004;QD=5.58104;RBI=0.0341535;REFB=-0.00810009;REVB=0.0021919;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123321;STB=0.578809;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0283001;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:53:53:42:42:11:11:0.207547:5:6:27:15:5:6:27:15 chr6 136582497 . G T 431.1 PASS AF=0.356643;AO=48;DP=139;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00451355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.283;QD=12.0588;RBI=0.0142412;REFB=-0.00615941;REVB=-0.013507;RO=91;SAF=33;SAR=15;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241396;STB=0.632658;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.013904;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:91:92:48:51:0.356643:15:33:44:47:16:35:45:47 chr6 136590640 . A C 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00371526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.384;QD=1.39746;RBI=0.0242905;REFB=-0.000820022;REVB=-0.0240047;RO=80;SAF=4;SAR=4;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569517;STB=0.550437;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00715209;OID=.;OPOS=136590640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:80:81:8:8:0.0898876:4:4:44:36:4:4:45:36 chr6 136590698 . C T 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00303747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9303;QD=2.66952;RBI=0.119142;REFB=-0.0383514;REVB=-0.119103;RO=54;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892893;STB=0.564358;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0848936;OID=.;OPOS=136590698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:4:4:23:31:4:4:23:31 chr6 136590712 . C T 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0667153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.546;QD=2.83773;RBI=0.0716684;REFB=0.00143544;REVB=-0.0261808;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696006;STB=0.549876;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00957059;OID=.;OPOS=136590712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:4:4:23:29:4:4:23:29 chr6 136597004 . A G 105.29 PASS AF=0.17094;AO=18;DP=116;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00331576;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=3.59952;RBI=0.051354;REFB=-0.0028578;REVB=0.0512468;RO=98;SAF=7;SAR=11;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14115;STB=0.630171;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0408584;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:98:97:18:20:0.17094:11:7:49:49:13:7:49:48 chr6 136597262 . T C 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0177044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.195;QD=14.1792;RBI=0.0184473;REFB=-0.00620634;REVB=0.00518234;RO=53;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165815;STB=0.509429;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00682432;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:14:21:31:22:14:21:31:22 chr6 136597281 . A T 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00554165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.027;QD=11.8202;RBI=0.00762516;REFB=-0.00589293;REVB=0.00523767;RO=42;SAF=18;SAR=7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690488;STB=0.534625;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00824199;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:7:18:28:14:7:18:29:14 chr6 136597288 . A C 176.02 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00420385;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.662;QD=11.9338;RBI=0.011422;REFB=-0.00184097;REVB=0.0106202;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164075;STB=0.595653;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.026354;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:22:15:6:16:22:15 chr6 136599393 . G C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0038902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.298;QD=15.6506;RBI=0.0122136;REFB=-0.0160994;REVB=-0.0115775;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384175;STB=0.522156;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0250461;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:11:10:7:9:11:10 chr6 136599404 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0155129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.186;QD=16.0653;RBI=0.0159841;REFB=-0.00734088;REVB=-0.00385262;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0204267;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:14:10:9:9:14:10 chr6 136599822 . C G 151.97 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00421594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.924;QD=6.90784;RBI=0.0042352;REFB=-0.0125171;REVB=0.000403444;RO=66;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112706;STB=0.568687;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0400612;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:66:22:22:0.25:9:13:33:33:9:13:33:33 chr6 136599836 . G A 113.37 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0334751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.322;QD=5.46341;RBI=0.0414375;REFB=-0.0106953;REVB=-0.024423;RO=64;SAF=13;SAR=5;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270085;STB=0.676308;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0429378;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:65:18:18:0.216867:5:13:33:31:5:13:33:32 chr6 136599842 . G A 104.19 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0509859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8151;QD=5.08252;RBI=0.0605877;REFB=-0.0119703;REVB=-0.0327309;RO=64;SAF=13;SAR=4;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347992;STB=0.727406;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0472382;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:65:17:17:0.207317:4:13:32:32:4:13:32:33 chr6 136682172 . G A 669.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.956;QD=62.3213;RBI=0.15188;REFB=0;REVB=0.151048;RO=0;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919539;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:9:34:0:0:9:34:0:0 chr6 137026266 . T G 2358.64 PASS AF=0.963636;AO=159;DP=169;FAO=159;FDP=165;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0182813;FXX=0.0236672;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.698;QD=57.1792;RBI=0.0203308;REFB=-0.0457455;REVB=0.00889582;RO=3;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166864;STB=0.51114;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0025263;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:169:165:3:6:159:159:0.963636:84:75:0:3:84:75:1:5 chr6 137325847 . C T 597.32 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472315;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5015;QD=59.7323;RBI=0.0509522;REFB=0;REVB=0.0191131;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0065134;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:24:13:0:0:25:15:0:0 chr6 137814509 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0979473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.119;QD=14.6528;RBI=0.0980436;REFB=-0.0158361;REVB=-0.00434432;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.760088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00850656;OID=.;OPOS=137814509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:4:4:7:1:4:4 chr6 138413269 . A G 902.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0086;QD=58.2296;RBI=0.083393;REFB=0;REVB=0.00397442;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782234;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr6 138413333 . G C 625.82 PASS AF=0.94;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0149372;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.11;QD=50.0656;RBI=0.0489896;REFB=-0.154074;REVB=0.0466569;RO=3;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039712;STB=0.521118;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00241124;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:51:50:3:3:47:47:0.94:34:13:0:3:34:13:0:3 chr6 138539183 . A AG 181.68 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0795958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1416;QD=22.71;RBI=0.151698;REFB=0.00962119;REVB=0.129139;RO=9;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105832;STB=0.547444;STBP=0.39;TYPE=ins;VARB=0.0123192;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:22:32:23:32:9:14:9:4:5:36:9:14:8:4:5 chr6 138539315 . A G 976.35 PASS AF=0.75;AO=75;DP=100;FAO=75;FDP=100;FR=.;FRO=25;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0134938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1955;QD=39.054;RBI=0.0248342;REFB=-0.00201126;REVB=0.0208484;RO=25;SAF=47;SAR=28;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716485;STB=0.538408;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000513816;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:25:25:75:75:0.75:28:47:12:13:28:47:12:13 chr6 138539556 . T C 322.43 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0385986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.997;QD=25.2885;RBI=0.0637235;REFB=-0.00601238;REVB=0.0507034;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127182;STB=0.569678;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00617039;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:18:13:5:15:18:13:5:15 chr6 138584685 . T G 276.74 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0348735;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.919;QD=15.5911;RBI=0.0405007;REFB=-0.0234593;REVB=-0.0205948;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563365;STB=0.531835;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0222695;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:19:21:18:13:19:21 chr6 138753337 . C T 358.29 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.335;QD=55.1216;RBI=0.0394585;REFB=0;REVB=0.021236;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136049;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr6 138754323 . A G 1087.85 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00954257;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.503;QD=58.8025;RBI=0.0100935;REFB=-0.166963;REVB=0.00328905;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000533447;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:29:44:0:0:29:44:1:0 chr6 139017815 . A G 562.76 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0278832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.187;QD=28.1382;RBI=0.0776136;REFB=-0.0269865;REVB=-0.0724321;RO=29;SAF=22;SAR=29;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114679;STB=0.506232;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.01559;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:29:22:13:16:29:22:13:16 chr6 139180200 . T C 701.95 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3443;QD=62.3955;RBI=0.0399604;REFB=0;REVB=-0.00803676;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685502;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr6 139206937 . A G 536.41 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.137;QD=55.0168;RBI=0.0213317;REFB=-0.0799714;REVB=0.0186389;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584216;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000269738;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:15:22:0:2:15:22:0:2 chr6 139266402 . G A 1180.81 PASS AF=0.975309;AO=80;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0313942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3362;QD=58.3118;RBI=0.0345684;REFB=-0.100325;REVB=0.0144701;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504329;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00468543;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:0:2:80:79:0.975309:28:52:0:0:27:52:1:1 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 1498.74 PASS AF=0.863636,0.0909091,0.0454545;AO=78,12,18;DP=116;FAO=95,10,5;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51,9,4;FSAR=44,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634581,0.0164915,-0.0903556;FXX=0.0090082;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=30.4445,12.7508,11.9282;QD=54.4996;RBI=0.0652592,0.0450756,0.0976371;REFB=0,0,0;REVB=0.015226,0.0419504,0.0369981;RO=7;SAF=35,12,16;SAR=43,0,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0415127,0.805606,0.185163;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0140543,0.0320388,0.00107489;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:116:110:7:0:78,12,18:95,10,5:0.863636,0.0909091,0.0454545:43,0,2:35,12,16:5:2:44,1,1:51,9,4:0:0 chr6 142688811 . C T 974.92 PASS AF=0.582278;AO=92;DP=159;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0202522;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.147;QD=24.6815;RBI=0.0224396;REFB=-0.0186004;REVB=0.00966355;RO=66;SAF=34;SAR=58;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686432;STB=0.53734;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00952645;OID=.;OPOS=142688811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:66:66:92:92:0.582278:58:34:30:36:58:34:30:36 chr6 142688827 . C T 1039.47 PASS AF=0.603774;AO=96;DP=160;FAO=96;FDP=159;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00872977;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.196;QD=26.1502;RBI=0.0115296;REFB=-0.00128876;REVB=-0.00753141;RO=62;SAF=38;SAR=58;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537599;STB=0.52641;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000659556;OID=.;OPOS=142688827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:62:63:96:96:0.603774:58:38:29:33:58:38:29:34 chr6 142718801 . G A 923.4 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00171191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.71;QD=56.8247;RBI=0.00661059;REFB=0.0100838;REVB=0.00638508;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.17415e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:1:0:39:25:1:0 chr6 142758631 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9502;QD=63.8682;RBI=0.0223642;REFB=0;REVB=-0.021925;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105297;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr6 143074700 . T C 1206.85 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.603;QD=61.1064;RBI=0.0379887;REFB=0;REVB=0.0378669;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130424;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr6 143091263 . A G 819.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.146;QD=56.4985;RBI=0.0447632;REFB=0;REVB=0.0447462;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17629e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:25:31:0:0:27:31:0:0 chr6 143745915 . A G 1330.68 PASS AF=0.977528;AO=88;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.041068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9764;QD=59.8059;RBI=0.0492035;REFB=0.00681957;REVB=0.0271;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-1.96979e-05;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:0:2:88:87:0.977528:51:37:0:0:51:36:2:0 chr6 143770944 . T G 274.95 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00310487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2306;QD=13.0928;RBI=0.0797398;REFB=0.00754168;REVB=-0.0796793;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498169;STB=0.528468;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0143725;OID=.;OPOS=143770944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:17:15:22:30:17:15:22:30 chr6 143792675 . T C 151.04 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00136926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.145;QD=20.1384;RBI=0.00488365;REFB=0.0128006;REVB=0.00468777;RO=14;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424239;STB=0.749582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00368064;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:15:1:4:10:15:1:4:10 chr6 143816859 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00176548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.325;QD=20.5629;RBI=0.00348299;REFB=0.0287729;REVB=0.00300238;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136756;STB=0.575785;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0118919;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:17:8:14:15:17:8 chr6 144537771 . T C 875.72 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0382363;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.278;QD=53.8904;RBI=0.0388021;REFB=-0.106603;REVB=0.00660188;RO=2;SAF=8;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046775;STB=0.509088;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00201513;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:2:2:62:63:0.969231:54:8:1:1:54:9:0:2 chr6 144665357 . T C 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0280374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=8.52488;RBI=0.0281697;REFB=-0.0112497;REVB=-0.00272597;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193642;STB=0.65004;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0211989;OID=.;OPOS=144665357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:39:16:16:0.290909:6:10:16:19:6:10:16:23 chr6 144758799 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1958;QD=64.1498;RBI=0.0439437;REFB=0;REVB=0.0113785;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723454;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr6 144759887 . C T 303.16 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0156473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.81;QD=25.8011;RBI=0.022177;REFB=-0.0251252;REVB=-0.0157156;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220304;STB=0.523792;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0258945;OID=.;OPOS=144759887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:12:15:10:9:12:15:10:10 chr6 144904655 . G A 430.96 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00100548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.413;QD=14.7336;RBI=0.013474;REFB=-0.00222843;REVB=0.0134364;RO=67;SAF=31;SAR=18;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264548;STB=0.644432;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00223232;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:18:31:25:42:18:31:26:42 chr6 145051594 . G A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.352;QD=56.9948;RBI=0.0243915;REFB=0;REVB=-0.000617087;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04701e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:45:9:0:0:45:9:0:0 chr6 145172505 . A G 1176.5 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.758;QD=59.5696;RBI=0.0123661;REFB=-0.0612766;REVB=-0.00014315;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111359;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000487259;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:35:42:1:0:35:43:1:0 chr6 145822992 . A G 253.35 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0630818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0084;QD=12.8278;RBI=0.0644099;REFB=0.00233074;REVB=-0.013012;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105401;STB=0.560399;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00396312;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:13:17:23:26:13:17:23:26 chr6 145823642 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0395014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.436;QD=7.71669;RBI=0.0395024;REFB=0.00369847;REVB=-0.00026831;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152803;STB=0.594412;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00713159;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:17:10:5:5:17:10 chr6 146125793 . A T 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0249539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9997;QD=6.5753;RBI=0.0505709;REFB=0.0105747;REVB=-0.0439854;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467764;STB=0.805374;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0308553;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:7:9:1:5:7:9 chr6 146125915 . T C 105.61 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00837502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.112;QD=7.54372;RBI=0.0136596;REFB=-0.0082562;REVB=-0.0107909;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170617;STB=0.603639;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0237691;OID=.;OPOS=146125915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:16:25:7:8:16:25 chr6 146126419 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00429421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.074;QD=11.5972;RBI=0.0121316;REFB=-0.00289723;REVB=0.0113462;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.533277;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00427282;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:4:8:13:7:4:8:13:8 chr6 146207563 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0364104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.639;QD=14.262;RBI=0.0390563;REFB=-0.025891;REVB=0.0141306;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30138;STB=0.681611;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0566647;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:7:9:6:17:7:9:6:18 chr6 146234644 . G A 300.16 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0288817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6907;QD=30.7856;RBI=0.0359088;REFB=-0.0297779;REVB=0.0213375;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140272;STB=0.564307;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.015231;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:13:26:26:0.666667:11:15:4:8:11:15:5:8 chr6 146243916 . T C 245.79 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.000491336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.741;QD=13.2862;RBI=0.0241627;REFB=0.00593323;REVB=0.0241577;RO=44;SAF=2;SAR=27;SRF=8;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308225;STB=0.678237;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00820836;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:27:2:8:36:27:2:8:37 chr6 146755515 . T G 87.08 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0211951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.991;QD=7.91651;RBI=0.0216113;REFB=-0.01198;REVB=-0.00422083;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400658;STB=0.666389;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.030023;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:42:44:29:32:11:12:0.272727:3:8:11:18:4:8:14:18 chr6 146755566 . G A 84.12 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000369239;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.391;QD=8.20672;RBI=0.0325034;REFB=-0.00787794;REVB=-0.0325013;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279152;STB=0.690656;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0230884;OID=.;OPOS=146755566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:43:41:28:30:11:11:0.268293:4:7:11:17:4:7:11:19 chr6 147049868 . G A 397.77 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130957;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.825;QD=56.8242;RBI=0.0157623;REFB=0;REVB=0.00877227;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336807;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 147136212 . A T 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.41;QD=60.5455;RBI=0.0410481;REFB=0;REVB=0.00724804;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51137e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr6 147136244 . A G 1438.39 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0673896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4471;QD=61.8661;RBI=0.0676694;REFB=-0.109722;REVB=-0.00614669;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.504201;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00159765;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:59:33:0:0:59:33:0:1 chr6 147635385 . C G 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00548944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.361;QD=20.6459;RBI=0.0353575;REFB=-0.00288417;REVB=-0.0349288;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568313;STB=0.531457;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00271906;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:20:17:21:19:20:17 chr6 147635413 . A G 442.77 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0139886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.928;QD=22.706;RBI=0.0165399;REFB=-0.0126568;REVB=0.00882552;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549386;STB=0.524423;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0112459;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:42:43:0.551282:22:20:19:16:22:21:19:16 chr6 147680359 . A G 668.74 PASS AF=0.670588;AO=57;DP=85;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0222895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0106;QD=31.47;RBI=0.039691;REFB=-0.00155455;REVB=-0.0328413;RO=28;SAF=33;SAR=24;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859028;STB=0.546376;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000773488;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:28:57:57:0.670588:24:33:20:8:24:33:20:8 chr6 147705831 . CT C 44.57 PASS AF=0.38806;AO=14;DP=63;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0250127;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.22517;QD=2.66092;RBI=0.0272854;REFB=-0.0830066;REVB=0.0109021;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215246;STB=0.519216;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=0.049271;OID=.;OPOS=147705832;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:14:63:26:67:41:10:16:17:24:44:30:3:11:11:19 chr6 148599813 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0434623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.938;QD=7.46507;RBI=0.0472579;REFB=-0.0205332;REVB=-0.0185564;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.834432;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0435577;OID=.;OPOS=148599813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:7:10:1:6:7:10 chr6 149700491 . G A 692.89 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348351;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.046;QD=62.9903;RBI=0.0352554;REFB=0;REVB=0.00542775;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171724;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr6 149721690 . G A 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.292;QD=56.6838;RBI=0.0093323;REFB=0;REVB=-0.00476255;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02311e-05;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr6 149721965 . T C 410.46 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00164818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8459;QD=51.3077;RBI=0.0645684;REFB=-0.0720092;REVB=0.0645474;RO=2;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774676;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0171848;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:32:2:1:30:31:0.96875:11:19:0:2:12:19:0:1 chr6 149722040 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2835;QD=55.0984;RBI=0.0366326;REFB=0;REVB=0.0252485;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831524;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 149730846 . G A 895.88 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198331;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0165;QD=56.8813;RBI=0.0287082;REFB=-0.141755;REVB=0.0207559;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00115857;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:63:0:1:62:62:0.984127:28:34:0:0:28:34:0:1 chr6 149953981 . C T 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.092;QD=60.4126;RBI=0.0174359;REFB=-0.0164155;REVB=0.0119445;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137257;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-5.67375e-07;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:1:0:49:34:1:0 chr6 149983216 . G A 802.62 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000426152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5683;QD=55.3529;RBI=0.0508397;REFB=-0.0404208;REVB=-0.0508379;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00519315;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:37:20:0:1:37:20:0:1 chr6 150004779 . A G 893.68 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.818;QD=57.657;RBI=0.013838;REFB=0;REVB=0.0113705;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36869e-06;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:31:31:0:0 chr6 150067675 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.99;QD=60.6058;RBI=0.0242019;REFB=0;REVB=0.018072;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184264;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 150093678 . C T 269.22 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.597;QD=51.2805;RBI=0.0193507;REFB=0;REVB=0.00135458;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96223e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr6 150093682 . C T 289.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3395;QD=52.57;RBI=0.027509;REFB=0;REVB=0.00153682;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480372;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 150114745 . G A 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.27;QD=56.0084;RBI=0.019791;REFB=-0.0125318;REVB=0.0108757;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00227351;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:11:23:0:0:11:23:1:0 chr6 150209717 . C G 219.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00570182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7409;QD=17.5851;RBI=0.00855344;REFB=-0.0163974;REVB=0.00637577;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323503;STB=0.676755;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.019996;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:16:6:16:11:16:6:16:12 chr6 150210681 . G A 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.000923065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.789;QD=9.41596;RBI=0.0102734;REFB=-0.00426466;REVB=0.0102318;RO=53;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136761;STB=0.581126;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00789074;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:17:7:21:32:17:7:21:32 chr6 150210685 . C T 169.76 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0148546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.051;QD=8.81873;RBI=0.0166821;REFB=-0.00758809;REVB=0.00759168;RO=54;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11117;STB=0.566312;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0229499;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:16:7:21:33:16:7:21:33 chr6 150211123 . A T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00138877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.902;QD=6.2176;RBI=0.00471478;REFB=-0.00272929;REVB=-0.0045056;RO=54;SAF=7;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197753;STB=0.62179;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0100143;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:10:7:31:23:10:7:31:23 chr6 150212003 . C T 113.73 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0232225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6158;QD=8.74811;RBI=0.023981;REFB=-0.00653311;REVB=0.00598355;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572157;STB=0.866178;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0206186;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:37:15:15:0.288462:13:2:20:13:13:2:24:13 chr6 150239330 . C T 143.95 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00778626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8512;QD=12.5171;RBI=0.0136962;REFB=2.52276e-06;REVB=0.0112677;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284778;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00513673;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:29:16:17:0.369565:5:11:12:16:6:11:12:17 chr6 150240829 . G C 265.08 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00281943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5352;QD=8.9103;RBI=0.03204;REFB=-0.00312258;REVB=-0.0319157;RO=83;SAF=21;SAR=15;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121053;STB=0.570987;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00882365;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:83:36:36:0.302521:15:21:40:43:15:21:40:43 chr6 150267527 . A C 901.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.686;QD=58.1838;RBI=0.103065;REFB=0;REVB=0.102844;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117865;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:31:31:0:0 chr6 150290222 . GC CG 35.66 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.000529711;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.0088;QD=2.64143;RBI=0.0986374;REFB=-0.0246819;REVB=-0.0986359;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465705;STB=0.791511;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.174961;OID=.;OPOS=150290222;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:54:39:47:7:7:0.12963:6:1:20:19:6:1:20:27 chr6 150342232 . G A 487.24 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0281905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.794;QD=15.2262;RBI=0.0323568;REFB=-0.00129057;REVB=-0.0158824;RO=73;SAF=32;SAR=22;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130833;STB=0.569735;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00212407;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:22:32:34:39:22:32:35:39 chr6 150346532 . T C 84.69 PASS AF=0.234043;AO=9;DP=45;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0272375;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.038;QD=7.20768;RBI=0.0526831;REFB=-0.0165182;REVB=-0.0450957;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382812;STB=0.626228;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0605077;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:45:47:36:36:9:11:0.234043:7:2:19:17:7:4:19:17 chr6 150385730 . T G 303.85 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0104493;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.208;QD=14.4688;RBI=0.0314582;REFB=-0.000694677;REVB=0.0296721;RO=49;SAF=24;SAR=10;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105874;STB=0.510198;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00100779;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:10:24:35:14:10:24:36:14 chr6 150716696 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00341965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.388;QD=15.8822;RBI=0.0158665;REFB=0.00749084;REVB=-0.0154936;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4878;STB=0.79339;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00797427;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:5:5:9:1:5:5 chr6 150722187 . T C 366.82 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.016346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.47;QD=24.4549;RBI=0.0163479;REFB=-0.0198467;REVB=-0.000249212;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773177;STB=0.549973;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0160583;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:24:36:36:0.6:18:18:9:14:18:18:9:15 chr6 151055189 . C G 87.23 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0251976;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7175;QD=12.0313;RBI=0.0260294;REFB=0.0254201;REVB=0.00652766;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0385887;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:19:18:11:11:0.37931:5:6:8:11:5:6:8:10 chr6 151121915 . G A 567.05 PASS AF=0.666667;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0155062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.966;QD=30.2424;RBI=0.0189526;REFB=-0.0294005;REVB=0.0108977;RO=25;SAF=27;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123616;STB=0.5067;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0108462;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:25:50:50:0.666667:23:27:13:12:23:27:13:12 chr6 151152059 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0470798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1744;QD=11.6665;RBI=0.0579531;REFB=-0.00159281;REVB=-0.0337944;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650817;STB=0.549929;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00360879;OID=.;OPOS=151152059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:7:7:11:14:7:7:11:15 chr6 151152257 . A G 777.34 PASS AF=0.707865;AO=61;DP=90;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0184416;FXX=0.0326052;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.349;QD=34.9366;RBI=0.019141;REFB=-0.0161207;REVB=-0.00512711;RO=24;SAF=32;SAR=29;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309437;STB=0.500359;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547914;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:24:26:61:63:0.707865:29:32:14:10:29:34:14:12 chr6 151152656 . T C 1153.42 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.693;QD=60.7064;RBI=0.0165976;REFB=0;REVB=-0.0140153;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7954e-05;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:44:32:0:0 chr6 151161018 . A G 168.39 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00677345;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.599;QD=10.2051;RBI=0.00829899;REFB=-0.011812;REVB=0.00479518;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825111;STB=0.515222;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.02427;OID=.;OPOS=151161018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:21:22:0.333333:12:9:22:22:12:10:21:23 chr6 151198895 . T C 185.45 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0237453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.535;QD=8.42962;RBI=0.0292958;REFB=-0.00279718;REVB=-0.0171583;RO=62;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393595;STB=0.728892;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0126656;OID=.;OPOS=151198895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:7:18:24:38:7:18:25:38 chr6 151336739 . C G 222.43 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0677333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5559;QD=8.31499;RBI=0.0691527;REFB=0.00832081;REVB=-0.0139394;RO=73;SAF=17;SAR=14;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000531257;STB=0.506379;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0296314;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:76:31:31:0.28972:14:17:40:33:14:17:41:35 chr6 151362895 . CTTG C 123.68 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0220021;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.877;QD=10.0963;RBI=0.0279972;REFB=-0.0212433;REVB=-0.0173133;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.582006;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.0272559;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:19:48:20:49:29:13:7:15:14:99:22:13:6:13:9 chr6 151362942 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.011125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.74;QD=19.1095;RBI=0.0218303;REFB=-0.00210208;REVB=-0.0187829;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181821;STB=0.601596;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00202462;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:10:16:11:16:10:16 chr6 151640835 . G A 181.09 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0040751;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.097;QD=15.7472;RBI=0.00828685;REFB=-0.0117736;REVB=0.00721564;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153533;STB=0.590068;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0187119;OID=.;OPOS=151640835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:27:19:19:0.413043:7:12:12:13:7:12:13:14 chr6 151766822 . C A 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00636825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.678;QD=26.7675;RBI=0.0184721;REFB=-0.0348495;REVB=-0.0173397;RO=21;SAF=24;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213003;STB=0.616492;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0196129;OID=.;OPOS=151766822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:13:24:7:14:13:24:7:14 chr6 151789868 . G A 107.23 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0157533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6003;QD=22.5741;RBI=0.024864;REFB=-0.00181469;REVB=-0.0192367;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.000555035;OID=.;OPOS=151789868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:5:2:6:6:5:2 chr6 151859314 . A G 300.39 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0295524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.592;QD=30.8096;RBI=0.0309737;REFB=-0.00792889;REVB=0.00927473;RO=11;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192143;STB=0.626366;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00654554;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:11:13:26:26:0.666667:12:14:2:9:12:14:2:11 chr6 151894505 . T C 657.51 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0329035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5274;QD=59.7736;RBI=0.0779881;REFB=-0.102045;REVB=-0.0707071;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0143043;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:26:17:0:1:26:17:0:1 chr6 151936677 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.046841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2866;QD=9.49524;RBI=0.0495212;REFB=0.0111268;REVB=-0.0160707;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433385;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0327217;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:14:10:5:6:14:10 chr6 151939181 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.917;QD=62.3501;RBI=0.0781661;REFB=0;REVB=-0.0730655;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262834;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr6 152201875 . T C 930.91 PASS AF=0.985075;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00145982;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.454;QD=55.5765;RBI=0.0216849;REFB=-0.136452;REVB=0.0216358;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00143353;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:67:0:1:62:66:0.985075:32:30:0:0:32:34:0:1 chr6 152265522 . G C 744.12 PASS AF=0.647059;AO=53;DP=102;FAO=66;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00232702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.141;QD=29.1813;RBI=0.0411195;REFB=-0.0376203;REVB=0.0410536;RO=34;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110792;STB=0.561562;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0253218;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:53:66:0.647059:30:23:20:14:39:27:20:14 chr6 152420095 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0193553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.585;QD=20.8122;RBI=0.0230308;REFB=-0.0309695;REVB=0.0124816;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128525;STB=0.572566;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.023782;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:7:16:13:10:7:16:13:10 chr6 152422335 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.47;QD=59.8557;RBI=0.0240404;REFB=0;REVB=0.0209948;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106236;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr6 152423984 . G A 279.82 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0146701;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1954;QD=9.56633;RBI=0.0184203;REFB=-0.0110556;REVB=-0.0111398;RO=78;SAF=22;SAR=15;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365485;STB=0.522553;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0160902;OID=.;OPOS=152423984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:78:80:37:37:0.316239:15:22:44:34:15:22:45:35 chr6 152443756 . C T 755.73 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851604;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9183;QD=57.036;RBI=0.0858498;REFB=0;REVB=-0.010858;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300731;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr6 152446487 . C T 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000231892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2713;QD=60.3652;RBI=0.024051;REFB=0;REVB=-0.0240499;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020397;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr6 152489294 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.801;QD=57.2026;RBI=0.0576293;REFB=0;REVB=0.0570612;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414755;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr6 152529260 . G A 396.85 PASS AF=0.382114;AO=46;DP=122;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0254735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1602;QD=12.9055;RBI=0.02552;REFB=-0.0118679;REVB=0.00154078;RO=76;SAF=22;SAR=24;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238108;STB=0.506572;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0273254;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:76:76:46:47:0.382114:24:22:38:38:24:23:38:38 chr6 152540278 . A C 1127.6 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=88;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0132417;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.154;QD=51.8438;RBI=0.0138785;REFB=-0.0670782;REVB=-0.00415553;RO=7;SAF=32;SAR=47;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709794;STB=0.53249;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00135987;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:88:87:7:8:79:79:0.908046:47:32:6:1:47:32:6:2 chr6 152629631 . C T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00591177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.529;QD=12.059;RBI=0.0270857;REFB=-0.00459338;REVB=-0.0264326;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396552;STB=0.522873;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00955373;OID=.;OPOS=152629631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:20:22:14:11:20:22 chr6 152647681 . A T 1323.93 PASS AF=0.988506;AO=87;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00210215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.324;QD=60.8704;RBI=0.0142789;REFB=-0.00600225;REVB=-0.0141234;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-1.9069e-05;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:87:86:0.988506:43:44:0:0:42:44:0:1 chr6 152651759 . C G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.488;QD=56.6994;RBI=0.073397;REFB=0;REVB=0.00970854;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715007;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr6 152652034 . A T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.196;QD=60.2042;RBI=0.0105399;REFB=0;REVB=0.00194138;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14535e-05;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr6 152658142 . T C 399.96 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8824;QD=53.3274;RBI=0.0731225;REFB=0.0180533;REVB=0.0674164;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00119788;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr6 152665261 . C A 66.45 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00819671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.024;QD=4.50522;RBI=0.0230818;REFB=-0.000535719;REVB=-0.0215773;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06563;STB=0.513993;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00234444;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:10:11:0.186441:5:5:26:21:5:6:27:21 chr6 152683413 . G T 470.03 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-6.17484e-05;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.355;QD=25.7552;RBI=0.00903428;REFB=-0.00325523;REVB=-0.00903407;RO=29;SAF=17;SAR=27;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046835;STB=0.525621;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00185683;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:29:44:44:0.60274:27:17:13:16:27:17:13:16 chr6 152772264 . A G 658.05 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00972938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.772;QD=32.0999;RBI=0.0218153;REFB=0.0236261;REVB=0.0195256;RO=26;SAF=26;SAR=30;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700901;STB=0.537839;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00777215;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:26:56:56:0.682927:30:26:9:17:30:26:9:17 chr6 152777819 . G A 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00185362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.827;QD=25.2853;RBI=0.0301493;REFB=-0.0052553;REVB=0.0300923;RO=26;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823401;STB=0.545084;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00443236;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:23:17:14:12:23:17:14:12 chr6 153019099 . GAGAT G 180.4 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0127589;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.895;QD=10.3084;RBI=0.0207822;REFB=-0.00280412;REVB=0.0164045;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307155;STB=0.660886;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.00511187;OID=.;OPOS=153019100;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328571:23:75:23:70:47:10:13:32:15:99:45:10:13:32:13 chr6 153296541 . G C 240.49 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0516713;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.701;QD=19.239;RBI=0.051676;REFB=0.00377745;REVB=-0.000696979;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282561;STB=0.659826;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00541054;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:6:19:12:13:6:19:12:13 chr6 153315921 . G A 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.689;QD=61.6715;RBI=0.0440171;REFB=0;REVB=0.00566047;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158523;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr6 153323594 . C T 310.61 PASS AF=0.330579;AO=40;DP=121;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0298367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1424;QD=10.2682;RBI=0.0341654;REFB=-0.00806521;REVB=0.0166447;RO=81;SAF=16;SAR=24;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193335;STB=0.611786;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00751449;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:81:81:40:40:0.330579:24:16:46:35:24:16:46:35 chr6 153323709 . T C 42.81 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.132889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5767;QD=5.18945;RBI=0.132986;REFB=-0.00430553;REVB=-0.00507737;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100548;STB=0.555391;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0334678;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:5:2:9:16:5:2:9:17 chr6 153365100 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.583;QD=56.9383;RBI=0.0262588;REFB=0;REVB=0.0154129;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81316e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr6 153741613 . G C 1557.12 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6788;QD=59.8893;RBI=0.0532599;REFB=0;REVB=0.0485038;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364508;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:56:48:0:0 chr6 153987576 . G A 80.9 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0111129;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6188;QD=7.35487;RBI=0.0482335;REFB=0.00151291;REVB=-0.0469358;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166334;STB=0.614851;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00777769;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:34:33:11:11:0.25:4:7:17:17:4:7:16:17 chr6 153989702 . T G 715.93 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0328502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3454;QD=22.728;RBI=0.0685323;REFB=-0.0317796;REVB=0.060146;RO=55;SAF=38;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191796;STB=0.511128;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0379836;OID=.;OPOS=153989702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:57:69:69:0.547619:31:38:29:26:31:38:30:27 chr6 154360797 . A G 987.8 PASS AF=0.721739;AO=83;DP=115;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000808583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.735;QD=34.3581;RBI=0.0438046;REFB=0.00354458;REVB=-0.0437971;RO=32;SAF=35;SAR=48;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822163;STB=0.504408;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00129923;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:32:32:83:83:0.721739:48:35:13:19:48:35:13:19 chr6 154414446 . A T 2274.22 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.033;QD=63.6146;RBI=0.0518331;REFB=0;REVB=-0.0440099;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61918e-05;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:65:78:0:0:65:78:0:0 chr6 154414563 . A G 952.43 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.703;QD=58.6107;RBI=0.0296708;REFB=0;REVB=0.0137098;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37483e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:59:65:1:31:28:0:0:33:32:0:0 chr6 154414573 . C T 712.65 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0591042;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1075;QD=52.789;RBI=0.060774;REFB=-0.0159399;REVB=0.0141481;RO=3;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532292;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00400436;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:3:2:52:52:0.962963:27:25:3:0:27:25:2:0 chr6 154771277 . A G 754.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4423;QD=56.9307;RBI=0.0339079;REFB=0;REVB=0.0263429;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269204;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:20:33:0:0 chr6 155485554 . G A 175.79 PASS AF=0.202797;AO=29;DP=142;FAO=29;FDP=143;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0129729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6641;QD=4.91712;RBI=0.0628036;REFB=-0.00348972;REVB=-0.0614492;RO=111;SAF=14;SAR=15;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161962;STB=0.500241;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124879;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:111:114:29:29:0.202797:15:14:55:56:15:14:55:59 chr6 155561760 . T C 1246.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.449;QD=61.5492;RBI=0.0696308;REFB=0;REVB=0.0695607;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134029;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:46:34:0:0:47:34:0:0 chr6 155577823 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.334;QD=59.4356;RBI=0.0195955;REFB=0;REVB=0.0194437;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001667;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr6 155578592 . A AT 414.21 PASS AF=1;AO=13;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11946;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.98598;QD=25.1039;RBI=0.292133;REFB=-0.032784;REVB=-0.266591;RO=52;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0103891;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:67:66:66:0:36:30:0:0:8:52:5:8:31:21 chr6 155578599 . A T 856.07 PASS AF=0.928571;AO=62;DP=69;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0489696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.5052;QD=48.9181;RBI=0.110115;REFB=-0.137811;REVB=-0.0986275;RO=7;SAF=34;SAR=28;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230163;STB=0.525423;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0102797;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:69:70:7:5:62:65:0.928571:28:34:3:4:29:36:1:4 chr6 155578756 . A T 726.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1412;QD=54.8039;RBI=0.034453;REFB=-0.0585569;REVB=-0.0226038;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00106244;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:1:0:26:26:1:0 chr6 155596901 . T C,G 732.84 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952883,-0.00855156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=321.586,277.227;QD=62.3694;RBI=0.016965,0.020235;REFB=0,0;REVB=0.0140361,0.0183392;RO=0;SAF=25,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00214408,0.0530104;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:20,0:25,2:0:0:20,0:25,2:0:0 chr6 155597147 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.494;QD=60.076;RBI=0.0128294;REFB=0;REVB=0.0089093;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92098e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr6 155606325 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.241;QD=56.9999;RBI=0.0662666;REFB=0;REVB=0.0102424;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02687e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr6 155750035 . C T 484.17 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0529768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4764;QD=29.3435;RBI=0.0655109;REFB=-0.00203551;REVB=0.0385375;RO=21;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196118;STB=0.516509;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00332642;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:22:44:44:0.666667:16:28:14:7:16:28:15:7 chr6 155761246 . G T 323.01 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.738;QD=53.8356;RBI=0.0495701;REFB=0;REVB=0.0468754;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267906;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:16:6:0:0:18:6:0:0 chr6 157405930 . G A 793.45 PASS AF=0.613445;AO=72;DP=119;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00712478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.74;QD=26.6707;RBI=0.00762367;REFB=-0.0148921;REVB=0.00271254;RO=46;SAF=29;SAR=43;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194105;STB=0.606728;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00570871;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:46:46:72:73:0.613445:43:29:31:15:44:29:31:15 chr6 157522382 . AGGGCG AGGCG,AGGCGC 509.76 PASS AF=1,0;AO=31,2;DP=41;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223118,0.135857;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=18.5602,7.36113;QD=49.7328;RBI=0.299804,0.135876;REFB=0,0;REVB=0.200252,0.00226616;RO=6;SAF=17,1;SAR=14,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.201149,0;SSSB=0.0647611,0.168213;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0133639,0;OID=.,.;OPOS=157522383,157522385;OREF=G,GCG;OALT=-,CGC;OMAPALT=AGGCG,AGGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,2:41:41,0:41:0:20,0:21,0:0:0:3:6:17,1:14,1:2:4 chr6 157801040 . T A 661.43 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195232;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.528;QD=62.9937;RBI=0.0227253;REFB=0;REVB=0.0116311;RO=0;SAF=1;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011645;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:40:1:0:0:41:1:0:0 chr6 157801186 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.532;QD=60.6103;RBI=0.00408566;REFB=0;REVB=-0.00315216;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22664e-06;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr6 157801516 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.38;QD=61.0492;RBI=0.00590491;REFB=0;REVB=0.00288635;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85173e-06;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr6 157963743 . G A 86.24 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00603793;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.79;QD=6.05182;RBI=0.0248817;REFB=-0.00198112;REVB=-0.0241379;RO=42;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323421;STB=0.707624;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0134598;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:59:57:42:44:13:13:0.22807:10:3:20:22:10:3:21:23 chr6 158132992 . G A 292.43 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00471313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9339;QD=12.3129;RBI=0.0622722;REFB=0.0023853;REVB=0.0620935;RO=61;SAF=25;SAR=9;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324211;STB=0.687508;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00308479;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:9:25:28:33:9:25:28:33 chr6 158133074 . A AT 71.31 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0361852;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2518;QD=3.75318;RBI=0.0361989;REFB=-0.00210754;REVB=0.000993014;RO=66;SAF=9;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53943;STBP=0.739;TYPE=ins;VARB=0.00612063;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:18:85:18:76:58:9:9:26:32:71:66:9:9:33:33 chr6 158294184 . G C 44.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0314621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3017;QD=6.52077;RBI=0.0541642;REFB=-0.0140977;REVB=-0.0440897;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251837;STB=0.659364;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0283852;OID=.;OPOS=158294184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:7:13:3:4:7:13 chr6 158330765 . G A 395.17 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00832126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9342;QD=12.5449;RBI=0.0560482;REFB=0.0356358;REVB=-0.055427;RO=76;SAF=22;SAR=25;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049042;STB=0.523992;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0483636;OID=.;OPOS=158330765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:79:47:47:0.373016:25:22:39:37:25:22:40:39 chr6 158497717 . T C 126.63 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0174937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7637;QD=11.2556;RBI=0.0198131;REFB=-0.00101279;REVB=-0.00930213;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241842;STB=0.651978;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00184718;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:6:9:11:18:6:9:11:19 chr6 158499302 . G T 215.97 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00512461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.397;QD=10.9354;RBI=0.00541168;REFB=-0.00869214;REVB=-0.00173918;RO=52;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066795;STB=0.527201;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0176353;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:52:26:27:0.341772:12:14:31:21:12:15:31:21 chr6 158505088 . A G 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00838369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.516;QD=8.1147;RBI=0.0111659;REFB=0.000586551;REVB=-0.00737497;RO=39;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278658;STB=0.670848;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00187314;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:11:4:19:20:11:4:19:20 chr6 158507981 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0794642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9435;QD=11.4393;RBI=0.0820167;REFB=-0.00566835;REVB=0.0203025;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1951;STB=0.631369;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0170874;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:9:4:11:12:9:4:12:12 chr6 158509750 . A G 300.12 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0432863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6137;QD=16.445;RBI=0.0653028;REFB=-0.0115138;REVB=-0.0488953;RO=40;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032848;STB=0.518434;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0138623;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:23:10:11:29:23:10:11:29 chr6 158571501 . G A 757.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062799;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1993;QD=57.1708;RBI=0.069164;REFB=0;REVB=-0.0688783;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284972;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr6 158735087 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00408187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2714;QD=54.7458;RBI=0.0461048;REFB=-0.0839185;REVB=-0.0459238;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00172145;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:0:1:27:26:0:1 chr6 158735090 . T C 756.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275527;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.459;QD=57.1087;RBI=0.00371816;REFB=0;REVB=0.00249663;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06389e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr6 158870081 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000896289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7409;QD=20.156;RBI=0.0330499;REFB=0.0330708;REVB=-0.0330377;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041376;STB=0.52306;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.03079;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:14:11:11:17:14:11 chr6 158923434 . G C 1151.86 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.735;QD=60.6244;RBI=0.0223881;REFB=0;REVB=0.00635025;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49214e-05;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr6 158924088 . T C 695.92 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.375;QD=60.5143;RBI=0.0601522;REFB=-0.0765852;REVB=0.0570931;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000360532;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:18:27:0:0:18:27:0:1 chr6 158927651 . A G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00510157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.915;QD=23.8198;RBI=0.00607157;REFB=-0.0109596;REVB=0.00329212;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104181;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0105945;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:10:7:12:10:10:7 chr6 158932817 . G C 289.44 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0105261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9844;QD=25.7282;RBI=0.0914808;REFB=-0.063166;REVB=0.0908732;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391783;STB=0.521722;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0389831;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:10:9:11:15:10:9 chr6 159058767 . C A 489.18 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0181567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6638;QD=18.287;RBI=0.0595697;REFB=-0.0221136;REVB=-0.0567352;RO=55;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051615;STB=0.523356;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.030876;OID=.;OPOS=159058767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:55:51:52:0.485981:26:25:30:25:26:26:30:25 chr6 159065758 . C G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0267972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.922;QD=16.1065;RBI=0.0294917;REFB=-0.032618;REVB=-0.0123155;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0336511;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:13:9:10:7:13:9 chr6 159184462 . A G 445.44 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00380587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6572;QD=52.4043;RBI=0.034475;REFB=-0.0340682;REVB=-0.0342643;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00449443;OID=.;OPOS=159184462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:0:1:14:18:1:1 chr6 159185563 . T A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.275;QD=60.9777;RBI=0.0506337;REFB=0;REVB=0.0434595;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419085;OID=.;OPOS=159185563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 159205668 . G A 727.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228099;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.281;QD=57.0222;RBI=0.0424745;REFB=0;REVB=0.03583;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41495e-05;OID=.;OPOS=159205668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr6 159398633 . T C 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0117412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.625;QD=22.0088;RBI=0.0197391;REFB=-0.0303004;REVB=0.0158674;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444881;STB=0.524527;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0262492;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:18:13:18:20:18:13 chr6 159398700 . C T 411.41 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00157631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.039;QD=21.0978;RBI=0.0116525;REFB=0.0080249;REVB=-0.0115454;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860555;STB=0.533317;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00726877;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:36:37:40:41:0.525641:16:24:25:11:16:25:25:12 chr6 159398764 . G A 425.33 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00462514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.451;QD=21.5359;RBI=0.0106821;REFB=0.00267713;REVB=0.00962885;RO=37;SAF=30;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165494;STB=0.591791;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00250983;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:12:30:20:17:12:30:20:17 chr6 159399348 . A G 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0181191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.958;QD=32.8033;RBI=0.0181895;REFB=-0.00942349;REVB=-0.00159878;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535404;STB=0.529386;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0022578;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:15:8:4:5:15:8:4:5 chr6 159407446 . C T 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00519429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.653;QD=20.904;RBI=0.00549699;REFB=0.012577;REVB=-0.00179897;RO=35;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674292;STB=0.537315;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0108014;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:22:17:18:17:22:17:18:17 chr6 159414899 . T C 362.56 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0109906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.26;QD=32.9602;RBI=0.0166699;REFB=-0.0182334;REVB=0.0125336;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194624;STB=0.510631;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00831094;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:14:16:7:7:14:16:7:7 chr6 159414937 . A G 386.95 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0327937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.052;QD=36.8526;RBI=0.0399223;REFB=-0.0268358;REVB=0.0227676;RO=11;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141524;STB=0.507687;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00651752;OID=.;OPOS=159414937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:15:16:6:5:15:16:6:5 chr6 159420574 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0354504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.145;QD=21.0139;RBI=0.0517118;REFB=-0.0359186;REVB=-0.0376481;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0121204;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr6 159650978 . A G 1713.03 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.808;QD=60.6381;RBI=0.0323404;REFB=0;REVB=-0.0224883;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17786e-06;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:52:61:0:0:52:61:0:0 chr6 159652931 . G C 674.02 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185811;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1233;QD=62.6999;RBI=0.0567072;REFB=0;REVB=0.0535766;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565597;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 159654487 . G C,T 645.96 PASS AF=0.139535,0.860465;AO=6,37;DP=43;FAO=6,37;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5,17;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230451,0.0424023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.637,83.0938;QD=60.0892;RBI=0.0202328,0.0627098;REFB=0,0;REVB=-0.0201011,0.0462013;RO=0;SAF=5,17;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0950583,0.0009736;OID=.,.;OPOS=159654487,159654487;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:43:43:0:0:6,37:6,37:0.139535,0.860465:1,20:5,17:0:0:1,20:5,17:0:0 chr6 159654551 . C G 181.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9216;QD=42.7781;RBI=0.0696091;REFB=-0.023349;REVB=0.065236;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.571332;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00486244;OID=.;OPOS=159654551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:13:3:1:0:13:3:1:0 chr6 159654829 . G A 247.47 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.15758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9254;QD=47.1368;RBI=0.209314;REFB=-0.14887;REVB=0.137772;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0126167;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr6 159654913 . C T 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.019;QD=51.9002;RBI=0.0954929;REFB=0;REVB=0.0754007;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149451;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 159654994 . A C 387.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.071;QD=55.3287;RBI=0.0190798;REFB=0;REVB=0.000371627;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107731;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr6 159655084 . C G 3218.62 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023026;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4529;QD=61.6004;RBI=0.023624;REFB=-0.0370073;REVB=0.00528192;RO=1;SAF=103;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97819e-05;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:1:0:209:209:1:106:103:0:1:106:103:0:0 chr6 159655102 . A G 3316.15 PASS AF=1;AO=159;DP=225;FAO=220;FDP=220;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162576;FXX=0.0222212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.012;QD=60.2936;RBI=0.040395;REFB=0;REVB=0.036979;RO=1;SAF=74;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164983;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:225:220:1:0:159:220:1:85:74:1:0:114:106:0:0 chr6 159655103 . T G 186.46 PASS AF=0.185345;AO=43;DP=220;FAO=43;FDP=232;FR=.;FRO=189;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=104;FWDB=-0.00170377;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.1148;QD=3.2148;RBI=0.0283523;REFB=-0.0248337;REVB=-0.0283011;RO=177;SAF=30;SAR=13;SRF=78;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328531;STB=0.662746;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.106073;OID=.;OPOS=159655103;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:232:177:189:43:43:0.185345:13:30:78:99:15:28:85:104 chr6 159655326 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.819;QD=45.8068;RBI=0.0184992;REFB=0;REVB=0.0135959;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242115;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 159655383 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.332;QD=49.5992;RBI=0.0441987;REFB=0;REVB=-0.0376088;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111076;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr6 159655402 . A G 314.63 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.399;QD=52.4383;RBI=0.0462711;REFB=0;REVB=0.0298452;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619918;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:16:24:1:12:4:0:0:13:11:0:0 chr6 159672419 . G C 920.42 PASS AF=0.61194;AO=82;DP=134;FAO=82;FDP=134;FR=.;FRO=52;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0374515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.341;QD=27.4751;RBI=0.0375823;REFB=-0.0221876;REVB=0.00313237;RO=52;SAF=45;SAR=37;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644541;STB=0.503493;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0129467;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:52:52:82:82:0.61194:37:45:29:23:37:45:29:23 chr6 159672455 . C T 310.5 PASS AF=0.330579;AO=40;DP=121;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0408373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.162;QD=10.2643;RBI=0.0408848;REFB=-0.012559;REVB=-0.00197041;RO=81;SAF=21;SAR=19;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643621;STB=0.537196;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0275761;OID=.;OPOS=159672455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:81:81:40:40:0.330579:19:21:47:34:19:21:47:34 chr6 159672542 . C T 308.35 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000751438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.28;QD=28.0314;RBI=0.00758137;REFB=-0.0276129;REVB=0.00754404;RO=15;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109713;STB=0.563652;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0105518;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:17:27:27:0.613636:10:17:7:8:10:17:8:9 chr6 160114168 . T C 193.48 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.152455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.71;QD=16.8242;RBI=0.187305;REFB=0.00010837;REVB=-0.108815;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169932;STB=0.579364;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00833389;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:8:12:19:6:8:12:19:7 chr6 160169258 . G T 314.37 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=71;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0189274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.931;QD=17.2256;RBI=0.021222;REFB=-0.0196962;REVB=-0.00959825;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951091;STB=0.561188;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0251555;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:39:32:34:0.465753:12:20:19:17:12:22:21:18 chr6 160182617 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00789831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.34;QD=9.85814;RBI=0.00826629;REFB=-0.0226024;REVB=0.0024389;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26506;STB=0.671373;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0748211;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:4:9:13:15:4:9:13:16 chr6 160198359 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0209001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4267;QD=15.8609;RBI=0.023664;REFB=-0.00280351;REVB=-0.0110983;RO=50;SAF=27;SAR=11;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147981;STB=0.579433;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00438425;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:11:27:29:21:11:27:30:21 chr6 160201295 . C A 117.24 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0260217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.17;QD=12.0243;RBI=0.028681;REFB=-0.0229028;REVB=0.0120612;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179668;STB=0.589619;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0258232;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:7:7:16:8:7:7:16:9 chr6 160206716 . T C 63.91 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0266591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9721;QD=7.98815;RBI=0.06671;REFB=-0.0204114;REVB=0.0611516;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337792;STB=0.719538;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0517316;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:22:23:9:9:0.28125:6:3:14:8:6:3:15:8 chr6 160211636 . G A 446.65 PASS AF=0.257812;AO=65;DP=256;FAO=66;FDP=256;FR=.;FRO=190;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=92;FSRR=98;FWDB=-0.00517828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.741;QD=6.9789;RBI=0.0298621;REFB=-0.00674081;REVB=0.0294097;RO=190;SAF=18;SAR=47;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274306;STB=0.667625;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0153802;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:190:190:65:66:0.257812:47:18:92:98:48:18:92:98 chr6 160211645 . GGTT G 251.33 PASS AF=0.262948;AO=49;DP=257;FAO=66;FDP=251;FR=.;FRO=185;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=89;FSRR=96;FWDB=0.00583502;FXX=0.0118106;HRUN=5;LEN=3;MLLD=292.119;QD=4.00529;RBI=0.0121848;REFB=0.00434657;REVB=0.0106969;RO=186;SAF=15;SAR=34;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2234;STB=0.678099;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.00902706;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262948:49:257:66:251:185:17:49:89:96:99:186:15:34:88:98 chr6 160224346 . T C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0287569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.757;QD=13.8496;RBI=0.0401487;REFB=-0.021915;REVB=0.0280171;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0370976;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:15:10:6:10:15:10 chr6 160234625 . G C 759.22 PASS AF=0.619469;AO=70;DP=113;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0136247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1379;QD=26.8751;RBI=0.0523615;REFB=-0.00405698;REVB=0.0505578;RO=43;SAF=46;SAR=24;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464647;STB=0.50252;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00285779;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:43:43:70:70:0.619469:24:46:28:15:24:46:28:15 chr6 160453978 . A G 133.27 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0143797;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.333;QD=13.0022;RBI=0.0186084;REFB=-0.0131638;REVB=-0.0118109;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.021222;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:25:15:16:0.390244:10:5:11:13:10:6:12:13 chr6 160464289 . G A 543.45 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0158369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.678;QD=25.2766;RBI=0.0158683;REFB=-0.0280774;REVB=0.00099766;RO=34;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436148;STB=0.521813;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0159623;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:36:50:50:0.581395:28:22:13:21:28:22:14:22 chr6 160468278 . A G 124.46 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00247895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7464;QD=7.65897;RBI=0.033334;REFB=-0.00472342;REVB=0.0332417;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119157;STB=0.577382;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0128221;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:46:47:18:18:0.276923:10:8:16:30:10:8:16:31 chr6 160484555 . G A 745.23 PASS AF=0.656863;AO=67;DP=102;FAO=67;FDP=102;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0150335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.426;QD=29.2248;RBI=0.0205468;REFB=-0.00318792;REVB=0.014006;RO=35;SAF=31;SAR=36;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770279;STB=0.541593;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00160434;OID=.;OPOS=160484555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:35:35:67:67:0.656863:36:31:12:23:36:31:12:23 chr6 160493834 . G A 182.16 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.01005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.891;QD=6.87387;RBI=0.011537;REFB=-0.00569002;REVB=0.00566567;RO=78;SAF=10;SAR=17;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222262;STB=0.638285;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0171454;OID=.;OPOS=160493834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:79:27:27:0.254717:17:10:43:35:17:10:44:35 chr6 160494409 . A G 120.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0191893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.879;QD=6.77571;RBI=0.0195061;REFB=-0.015398;REVB=-0.00350131;RO=53;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829913;STB=0.550962;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0365559;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:12:6:21:32:12:6:21:32 chr6 160505199 . C G 819.65 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=55.5697;RBI=0.0168403;REFB=-0.14527;REVB=-0.00717727;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000766353;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr6 160517481 . C T 253.33 PASS AF=0.320388;AO=32;DP=102;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00787923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.511;QD=9.83797;RBI=0.0293764;REFB=-0.0175137;REVB=-0.0283;RO=70;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502906;STB=0.539342;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0208873;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:70:70:32:33:0.320388:16:16:32:38:16:17:32:38 chr6 160551204 . G C 229.58 PASS AF=0.301887;AO=31;DP=107;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0126267;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.543;QD=8.66319;RBI=0.0214129;REFB=-0.00679496;REVB=0.0172939;RO=73;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159726;STB=0.525519;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0109153;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:73:74:31:32:0.301887:17:14:32:41:17:15:32:42 chr6 160557643 . C T 269.27 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0226289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0246;QD=16.5706;RBI=0.0255091;REFB=-0.0138762;REVB=0.0117749;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136806;STB=0.577266;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0160609;OID=.;OPOS=160557643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:21:9:15:20:21:9:15:20 chr6 160560845 . A G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0532255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.879;QD=15.6935;RBI=0.0564277;REFB=-0.0134229;REVB=0.0187384;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146493;STB=0.582572;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0102055;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:24:17:18:14:24:17 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 73.62 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00193831;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=8;MLLD=286.293;QD=7.74932;RBI=0.00584296;REFB=-0.000747767;REVB=0.00551208;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251805;STB=0.699558;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=-0.00336248;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:10:36:10:38:28:2:8:12:16:73:18:2:8:7:11 chr6 160645832 . C T 601.29 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.496;QD=58.6623;RBI=0.0328847;REFB=-0.0931349;REVB=0.00495829;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523797;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00115023;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:30:10:0:0:30:10:1:0 chr6 160670282 . A C 3420.45 PASS AF=0.982301;AO=222;DP=226;FAO=222;FDP=226;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=145;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0289344;FXX=0.00440509;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.361;QD=60.539;RBI=0.0512395;REFB=-0.0548261;REVB=0.0422881;RO=4;SAF=77;SAR=145;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149238;STB=0.507836;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000177065;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:226:226:4:4:222:222:0.982301:145:77:3:1:145:77:3:1 chr6 160679400 . C A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.013508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.489;QD=17.3782;RBI=0.0325332;REFB=0.00263511;REVB=0.0295963;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00280933;OID=.;OPOS=160679400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:5:5:4:7:5:5 chr6 160858188 . G A 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0163637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.348;QD=12.3758;RBI=0.0176597;REFB=0.000908268;REVB=0.00664021;RO=65;SAF=19;SAR=20;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897189;STB=0.551155;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00129832;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:20:19:37:28:20:19:37:28 chr6 160872151 . C T 147.63 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0129397;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.655;QD=7.57053;RBI=0.0415933;REFB=-0.00341715;REVB=-0.0395293;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286738;STB=0.517313;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0226691;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:13:8:23:34:13:8:23:34 chr6 160961137 . T C 158.52 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00206625;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.471;QD=5.81707;RBI=0.0290168;REFB=0.0016542;REVB=0.0289432;RO=84;SAF=11;SAR=14;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298111;STB=0.51831;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00552366;OID=.;OPOS=160961137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:84:84:25:25:0.229358:14:11:35:49:14:11:35:49 chr6 161085267 . C T 1008.14 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.568;QD=59.3024;RBI=0.0296541;REFB=0;REVB=0.0192156;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09605e-05;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr6 161137779 . T C 322.11 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0257017;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6005;QD=23.8601;RBI=0.0406993;REFB=0.0172104;REVB=-0.0315572;RO=21;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396823;STB=0.518298;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00833432;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:9:23:15:6:9:23:15:7 chr6 161139480 . C T 329.52 PASS AF=0.578947;AO=31;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0677943;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0811;QD=23.1241;RBI=0.126989;REFB=0.0528186;REVB=0.107379;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108582;STB=0.551917;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0259646;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:24:31:33:0.578947:14:17:17:8:15:18:16:8 chr6 161173946 . T G 3086.8 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.105;QD=61.4289;RBI=0.0151457;REFB=0;REVB=0.0144315;RO=0;SAF=93;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160415;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:201:0:0:194:201:1:101:93:0:0:102:99:0:0 chr6 161469774 . G A 708.41 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9139;QD=62.9697;RBI=0.0255754;REFB=0;REVB=-0.0120302;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127581;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr6 161519350 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC 153.11 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=5,4;DP=12;FAO=10,4;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200231,0.093616;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=156.017,140.109;QD=43.745;RBI=0.0747041,0.112358;REFB=0,0;REVB=0.0719707,-0.062132;RO=0;SAF=2,4;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0369712,-0.0272932;OID=.,.;OPOS=161519351,161519381;OREF=CTG,CTGT;OALT=-,TTGC;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:5,4:12:10,4:14:0:4,4:6,0:0:0:22:0:2,4:3,0:0:0 chr6 161538250 . G A 1963.26 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442569;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.347;QD=61.8349;RBI=0.0400906;REFB=-0.0492333;REVB=0.0398456;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112184;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:130:127:0:0:127:127:1:70:57:0:0:70:57:0:0 chr6 161557662 . G A 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00568097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.212;QD=38.3354;RBI=0.00873316;REFB=-0.00933407;REVB=0.00663285;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133547;STB=0.572815;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00254769;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:9:13:1:4:9:13:1:4 chr6 162137099 . CATCTT C 360.78 PASS AF=0.580645;AO=33;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00292971;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=295.453;QD=23.2761;RBI=0.00388236;REFB=-0.001805;REVB=0.00254745;RO=26;SAF=24;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319861;STB=0.667203;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.00182377;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:33:62:36:62:26:26:10:9:17:99:26:24:9:9:17 chr6 162622197 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0339819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.553;QD=11.9922;RBI=0.0342464;REFB=-0.0191521;REVB=-0.00424784;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415639;STB=0.740496;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0282696;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:6:12:9:24:6:12:9:24 chr6 163587146 . C G 1274.31 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1379;QD=59.9674;RBI=0.0602769;REFB=0;REVB=0.0476592;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639079;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:85:0:0:77:85:1:37:40:0:0:41:44:0:0 chr6 163612783 . C A 382.4 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1728;QD=52.7442;RBI=0.124029;REFB=-0.00533488;REVB=0.0145079;RO=1;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216544;STB=0.51162;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00248212;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:21:7:0:1:21:7:0:1 chr6 163736204 . T C 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.448;QD=59.8298;RBI=0.0414966;REFB=0;REVB=-0.0223854;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0042e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 165895824 . T C 493.79 PASS AF=0.546512;AO=48;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.112665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.465;QD=22.9668;RBI=0.113708;REFB=-0.0166788;REVB=0.0153633;RO=38;SAF=25;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167787;STB=0.50099;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0135295;OID=.;OPOS=165895824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:48:47:0.546512:23:25:19:19:23:24:20:19 chr6 166307718 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.264;QD=60.3759;RBI=0.0220351;REFB=0;REVB=0.0183157;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23181e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr6 166308090 . AT TC 2327.25 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000623242;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.533;QD=60.4481;RBI=0.0645596;REFB=0;REVB=0.0645566;RO=0;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.83411e-05;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:154:0:0:146:154:1:65:81:0:0:71:83:0:0 chr6 166308584 . C A 1480.45 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.128414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1951;QD=58.6315;RBI=0.128417;REFB=-0.0971082;REVB=0.000748999;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.504347;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00212444;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:43:56:1:0:43:57:1:0 chr6 166308611 . G C 1211.98 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0238074;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.981;QD=56.3713;RBI=0.0315032;REFB=-0.0443042;REVB=0.0206315;RO=3;SAF=43;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318953;STB=0.522217;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000989922;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:87:86:3:4:82:82:0.953488:39:43:3:0:39:43:4:0 chr6 166308682 . G GAAAT 396.98 PASS AF=0.65;AO=34;DP=61;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0175039;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=4;MLLD=315.889;QD=26.465;RBI=0.0180144;REFB=-0.0104724;REVB=-0.00425818;RO=22;SAF=28;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306629;STB=0.595693;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.00380482;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:34:61:39:60:21:28:11:10:11:99:22:28:6:11:11 chr6 166308924 . G A 811.78 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.352;QD=55.9846;RBI=0.0343542;REFB=0;REVB=0.0343096;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036266;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:39:19:0:0 chr6 166309167 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.005;QD=56.1914;RBI=0.053953;REFB=0;REVB=-0.0431217;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59625e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 166309245 . A T 180.06 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206321;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.491;QD=42.3679;RBI=0.021132;REFB=0.0193526;REVB=-0.0045693;RO=1;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338159;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00030021;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:15:16:0.941176:2:13:1:0:2:14:1:0 chr6 166309249 . G T 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8244;QD=46.841;RBI=0.100452;REFB=0;REVB=-0.092564;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00467474;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr6 166309288 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.963;QD=55.6561;RBI=0.0216182;REFB=0;REVB=0.0124855;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55339e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 166571157 . G A 342.76 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000109472;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.995;QD=29.1708;RBI=0.0300741;REFB=-0.000224566;REVB=-0.0300739;RO=18;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218766;STB=0.51204;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000461526;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:18:18:29:29:0.617021:17:12:8:10:17:12:8:10 chr6 166571164 . T G 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0248256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.173;QD=26.5504;RBI=0.0251055;REFB=-0.00731988;REVB=-0.00373847;RO=18;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713992;STB=0.551872;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0056792;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:19:32:32:0.627451:21:11:8:10:21:11:9:10 chr6 166572005 . T C 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0175558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.612;QD=21.7443;RBI=0.0393722;REFB=-0.0175513;REVB=-0.0352416;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257597;STB=0.644625;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0205949;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:11:5:12:7:11:5 chr6 166736362 . C T 1048.07 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200011;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.75;QD=59.8898;RBI=0.0200098;REFB=0;REVB=-0.000590514;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52072e-05;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr6 166739684 . G A 175.21 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.949;QD=46.7214;RBI=0.0182456;REFB=0;REVB=-0.00786061;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159581;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 166755975 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.913;QD=58.1379;RBI=0.0538332;REFB=0;REVB=-0.0526418;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183457;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 166755979 . A C 409.55 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.281;QD=56.4899;RBI=0.0415938;REFB=0;REVB=-4.49466e-05;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154814;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr6 166778679 . T G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0113735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5471;QD=17.9404;RBI=0.0768686;REFB=0.0196152;REVB=0.0760226;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210695;STB=0.620028;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0107886;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:13:9:12:7:13:9 chr6 166826255 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.594;QD=50.4135;RBI=0.0580419;REFB=0;REVB=0.0518899;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366546;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr6 166826304 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.931;QD=48.7373;RBI=0.0540898;REFB=0;REVB=-0.0519453;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477837;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr6 166889281 . T A 201.92 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.024496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.5;QD=9.97134;RBI=0.0292874;REFB=-0.0221801;REVB=0.0160531;RO=53;SAF=6;SAR=20;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435777;STB=0.746366;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0430471;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:55:26:26:0.320988:20:6:32:21:20:6:32:23 chr6 166889331 . CAG C 296.79 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0355126;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.638;QD=13.0456;RBI=0.0463013;REFB=-0.0380159;REVB=-0.0297096;RO=56;SAF=7;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363718;STB=0.706673;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0426079;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373626:34:90:34:91:57:7:27:28:29:99:56:7:27:28:28 chr6 166952264 . G A 294.31 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0416896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3884;QD=28.0299;RBI=0.0432523;REFB=-0.0252126;REVB=-0.0115213;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381501;STB=0.521056;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0206953;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:16:10:7:9:16:10:7:9 chr6 167271711 . T C 1306.7 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170647;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.432;QD=62.224;RBI=0.038755;REFB=0;REVB=0.0347958;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51344e-05;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr6 167271716 . T C 1264.94 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.361;QD=61.7046;RBI=0.0267858;REFB=0;REVB=0.0188673;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12372e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:47:34:0:0:47:35:0:0 chr6 167352104 . C A 128.65 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0206374;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.229;QD=9.5294;RBI=0.039496;REFB=-0.00409336;REVB=0.0336754;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127291;STB=0.563803;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0176122;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:37:17:17:0.314815:8:9:23:13:8:9:23:14 chr6 167435928 . C T 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0147154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.695;QD=28.5594;RBI=0.0598951;REFB=-0.0211363;REVB=-0.0580593;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181347;STB=0.599904;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0152158;OID=.;OPOS=167435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:10:10:8:2:10:10:8:2 chr6 167438276 . G T 279.0 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00366971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.098;QD=21.0566;RBI=0.0066688;REFB=-0.0160906;REVB=0.00556832;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541011;STB=0.530006;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0161178;OID=.;OPOS=167438276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:14:10:14:15:14:10 chr6 167438364 . T C 370.12 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00733199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7485;QD=30.2141;RBI=0.0450856;REFB=-0.0382618;REVB=-0.0444854;RO=18;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102455;STB=0.556291;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0129777;OID=.;OPOS=167438364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:20:11:9:9:20:11:9:9 chr6 167453718 . C T 417.55 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0270995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1394;QD=20.62;RBI=0.058171;REFB=-0.0277602;REVB=-0.0514732;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932266;STB=0.54576;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0163222;OID=.;OPOS=167453718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:39:41:42:0.518519:22:19:14:25:23:19:14:25 chr6 167453800 . G A 336.66 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.030836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.064;QD=17.4889;RBI=0.0310249;REFB=-0.00565499;REVB=-0.00341847;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028825;STB=0.51612;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0153212;OID=.;OPOS=167453800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:20:16:17:24:20:16:17:24 chr6 167571048 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8507;QD=58.0606;RBI=0.0203789;REFB=0;REVB=-0.0117054;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60308e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr6 167571430 . A T 1556.42 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.593;QD=59.8625;RBI=0.0361581;REFB=0;REVB=0.0355987;RO=0;SAF=65;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73636e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:38:65:0:0:39:65:0:0 chr6 167590541 . G A 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0114125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4648;QD=4.22236;RBI=0.0115339;REFB=-0.000843837;REVB=-0.00166914;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483568;STB=0.849372;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0104259;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:42:44:9:9:0.169811:8:1:19:23:8:1:21:23 chr6 167590574 . G C 415.24 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392314;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.602;QD=57.2747;RBI=0.0441682;REFB=0;REVB=0.0202909;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011265;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr6 167591954 . G A 57.51 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0240639;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.054;QD=3.83371;RBI=0.03017;REFB=-0.00731441;REVB=-0.0181977;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186275;STB=0.608497;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0237172;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:6:4:13:36:6:4:14:36 chr6 167592524 . T C 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00789823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.55;QD=15.6534;RBI=0.0424821;REFB=-0.00861098;REVB=0.0417415;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15281;STB=0.586143;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0116028;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:21:11:13:13:21:11 chr6 167592576 . G A 369.14 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0480941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6235;QD=22.0382;RBI=0.0520877;REFB=-0.00354477;REVB=-0.0200021;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220565;STB=0.628548;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000456487;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:23:14:19:10:23:14:20:10 chr6 167711559 . G C 70.8 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0194591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.333;QD=7.26125;RBI=0.0429222;REFB=-0.00391526;REVB=0.0382578;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365293;STB=0.735121;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0115023;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:27:29:10:10:0.25641:8:2:13:14:8:2:14:15 chr6 167719436 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00686087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.657;QD=22.5341;RBI=0.0307444;REFB=-0.0245139;REVB=0.0299691;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.513414;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0227746;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:12:12:15:17:12:12 chr6 167728774 . TG CA 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0207433;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.355;QD=7.25972;RBI=0.054021;REFB=-0.00621837;REVB=-0.0498798;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300493;STB=0.688737;STBP=0.175;TYPE=mnp;VARB=0.0152044;OID=.;OPOS=167728774;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:13:16:3:7:13:16 chr6 167754661 . A G 429.6 PASS AF=0.567568;AO=40;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00108756;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.793;QD=23.2215;RBI=0.00173002;REFB=-0.0169338;REVB=0.00134544;RO=33;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824401;STB=0.547596;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00987879;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:32:40:42:0.567568:21:19:19:14:23:19:18:14 chr6 167789493 . T C 235.27 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00136437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0432;QD=12.8914;RBI=0.0131727;REFB=-0.0343105;REVB=0.0131018;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243502;STB=0.501474;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0517572;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:27:28:0.383562:12:15:24:21:13:15:24:21 chr6 167796280 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000726877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.239;QD=18.413;RBI=0.030857;REFB=0.00407847;REVB=0.0308485;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182661;STB=0.510198;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00366131;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:12:21:21:13:12:21:21:13 chr6 167796309 . C T 249.88 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0262345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.777;QD=14.279;RBI=0.0358478;REFB=-0.0180763;REVB=0.0244298;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975015;STB=0.550985;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0218767;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:41:29:29:0.414286:11:18:20:18:11:18:22:19 chr6 167796319 . T C 250.53 PASS AF=0.42029;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0374824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.812;QD=14.5233;RBI=0.0475669;REFB=-0.00762512;REVB=0.0292863;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839576;STB=0.515598;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0487651;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:40:27:29:0.42029:11:16:20:19:13:16:21:19 chr6 168323664 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3339;QD=56.9355;RBI=0.0743088;REFB=0;REVB=-0.0225635;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110941;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr6 168343838 . T C 1093.98 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728548;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7128;QD=59.134;RBI=0.0768184;REFB=-0.0459701;REVB=0.0243566;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549941;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:74:0:0:73:74:1:48:25:0:0:48:26:0:0 chr6 168349011 . C T 357.15 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0187058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2166;QD=49.2626;RBI=0.0397052;REFB=-0.0785567;REVB=0.0350228;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662949;STB=0.535688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00790532;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:13:14:0:2:13:14:0:2 chr6 168376866 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.27;QD=42.1826;RBI=0.0911739;REFB=0;REVB=0.0379903;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137653;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr6 168376869 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.598;QD=42.1826;RBI=0.0248165;REFB=0;REVB=0.0216574;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233916;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr6 168376881 . TGG GTT 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=143.226;QD=28.5377;RBI=0.00787847;REFB=-0.0513291;REVB=-0.00787847;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0100591;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr6 168376892 . A G 74.81 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4718;QD=37.4027;RBI=0.0423278;REFB=0;REVB=-0.0423278;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00284804;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr6 168457801 . A G 767.17 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.111;QD=63.9312;RBI=0.0260574;REFB=0;REVB=0.019233;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09648e-06;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr6 168457966 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0443252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.12;QD=9.49165;RBI=0.0481371;REFB=-0.00549548;REVB=-0.0187738;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330452;STB=0.713832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0154636;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:6:11:3:6:6:12 chr6 168459790 . GGG TGA 225.35 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00167305;FXX=0.0888691;HRUN=7;LEN=3;MLLD=226.133;QD=21.9853;RBI=0.0472493;REFB=-0.0250339;REVB=-0.0472197;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22438;STB=0.584217;STBP=0.306;TYPE=mnp;VARB=0.0230058;OID=.;OPOS=168459790;OREF=GGG;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:10:20:21:21:0.512195:10:11:9:1:11:10:13:7 chr6 168459845 . G C 994.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369519;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.392;QD=59.3784;RBI=0.0649932;REFB=0;REVB=0.0534666;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20371e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr6 168479604 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.397;QD=59.5018;RBI=0.0383456;REFB=0;REVB=0.0357012;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22475e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr6 168482110 . C T 856.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519005;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.338;QD=54.3676;RBI=0.128833;REFB=0;REVB=0.117916;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189499;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:57:63:1:19:38:0:0:25:38:0:0 chr6 168694594 . C T 1568.27 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1952;QD=64.0111;RBI=0.0711056;REFB=0;REVB=-0.00408529;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000423017;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr6 168695309 . C T 1451.01 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8153;QD=63.0873;RBI=0.0549553;REFB=0;REVB=-0.0525699;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256897;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:91:92:1:34:57:0:1:35:57:0:0 chr6 168695345 . G A 1887.61 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3021;QD=60.8905;RBI=0.0693233;REFB=0;REVB=0.0693038;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576728;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:124:0:0:123:124:1:64:59:0:0:65:59:0:0 chr6 169617726 . A C 789.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221894;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8005;QD=64.419;RBI=0.0715705;REFB=0;REVB=0.0715361;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445839;OID=.;OPOS=169617726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr6 169619933 . T C,TTTCCTTCC 118.86 PASS AF=0.0909091,0.545455;AO=2,11;DP=26;FAO=2,12;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=2,9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.119713,-0.0468889;FXX=0.0434594;HRUN=3,3;LEN=1,8;MLLD=44.2656,212.012;QD=21.6117;RBI=0.127674,0.0473918;REFB=0.0119403,-0.0179206;REVB=-0.0443775,-0.00688597;RO=13;SAF=0,2;SAR=2,9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.601607,-0.443837;STB=0.994034,0.617437;STBP=0.194,0.24;TYPE=snp,ins;VARB=0.0489078,0.0095373;OID=.,.;OPOS=169619933,169619934;OREF=T,-;OALT=C,TTCCTTCC;OMAPALT=C,TTTCCTTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:26:22:13:8:2,11:2,12:0.0909091,0.545455:2,9:0,2:8:5:2,9:0,3:4:4 chr6 170033086 . G A 1287.67 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320326;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.241;QD=62.0566;RBI=0.0326407;REFB=0;REVB=0.00627134;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06824e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr6 170059627 . G A 538.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.299;QD=59.8083;RBI=0.032811;REFB=0;REVB=0.0301638;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103996;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:27:9:0:0 chr6 170068180 . A G 1476.33 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5593;QD=62.8226;RBI=0.0647724;REFB=0;REVB=-0.0360012;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000955798;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:44:48:0:0:46:48:0:0 chr6 170070723 . A G 503.91 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.272;QD=59.2832;RBI=0.0877663;REFB=0;REVB=0.0492837;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711909;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:14:16:0:0:14:20:0:0 chr6 170102267 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5227;QD=55.0956;RBI=0.0716921;REFB=0;REVB=-0.0377646;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552372;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr6 170103165 . C CAT 88.57 PASS AF=0.236364;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0317124;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.981;QD=6.44179;RBI=0.0321673;REFB=-0.00805797;REVB=-0.00539022;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180552;STB=0.635079;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0214286;OID=.;OPOS=170103166;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364:12:56:13:55:42:4:9:20:22:88:42:4:8:20:22 chr6 170103508 . G GT 460.76 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236076;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5195;QD=44.9524;RBI=0.027512;REFB=0;REVB=-0.0141277;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00206052;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:41:41:0:20:21:0:0:9:3:19:19:1:2 chr6 170190200 . G A 1419.29 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.069205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4567;QD=61.7081;RBI=0.0751126;REFB=-0.0639498;REVB=0.0291988;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854135;STB=0.504503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000803102;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:36:55:1:0:36:55:1:0 chr6 170190659 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.199;QD=59.0186;RBI=0.0358832;REFB=0;REVB=0.00709894;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464035;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr6 170591923 . T G 685.44 PASS AF=0.606061;AO=58;DP=97;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00744916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.59;QD=27.6944;RBI=0.0114826;REFB=-0.00585341;REVB=0.00873848;RO=39;SAF=35;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105353;STB=0.511155;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00321292;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:39:39:58:60:0.606061:23:35:23:16:23:37:23:16 chr6 170592945 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00309491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.099;QD=5.37736;RBI=0.0157238;REFB=-0.00535294;REVB=-0.0154162;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216323;STB=0.659901;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0144784;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:5:2:11:13:5:2:12:13 chr6 170597305 . C T 126.47 PASS AF=0.326531;AO=11;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0100577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5387;QD=10.3243;RBI=0.0238509;REFB=-0.00276042;REVB=0.0216265;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201677;STB=0.513497;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00635942;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:11:16:0.326531:5:6:12:20:10:6:13:20 chr6 170626943 . T C 228.1 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0122594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8318;QD=22.2535;RBI=0.013797;REFB=0.0416269;REVB=-0.00632981;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139244;STB=0.57824;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0379213;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:10:9:7:15:10:9 chr6 170627586 . G T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0146803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0777;QD=13.4416;RBI=0.0180747;REFB=-0.00594872;REVB=0.0105444;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133539;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00931847;OID=.;OPOS=170627586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:6:7:4:6:6:7 chr6 170627614 . T C 38.04 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.233228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.233;QD=10.1434;RBI=0.233231;REFB=-0.0147562;REVB=0.00108786;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.66622;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0321187;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:1:7:4:2:1:8 chr6 170627761 . A G 71.7 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0383984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.282;QD=19.119;RBI=0.0389474;REFB=-0.0672237;REVB=0.00651633;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00759353;OID=.;OPOS=170627761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:5:6:9:9:0.6:6:3:2:3:6:3:2:4 chr6 170628009 . T G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000550646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.094;QD=24.073;RBI=0.0438712;REFB=-0.0126921;REVB=0.0438677;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118466;STB=0.566825;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0101729;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:3:4:5:8:3:4 chr6 170845354 . A G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00241096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3812;QD=8.74492;RBI=0.00796529;REFB=-0.013213;REVB=0.00759165;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277756;STB=0.66642;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0299785;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:8:22:6:6:8:22 chr6 170862300 . G C 171.88 PASS AF=0.234783;AO=27;DP=115;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0939003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.449;QD=5.97848;RBI=0.0939397;REFB=-0.00101103;REVB=0.00272057;RO=87;SAF=9;SAR=18;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927858;STB=0.562452;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00259636;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:87:88:27:27:0.234783:18:9:35:52:18:9:36:52 chr6 170878793 . T C 320.81 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0178595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.083;QD=10.4329;RBI=0.0178657;REFB=-0.0110585;REVB=-0.000470042;RO=80;SAF=16;SAR=25;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14171;STB=0.574328;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.022911;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:82:41:41:0.333333:25:16:41:39:25:16:41:41 chr6 170887693 . G C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0285035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.293;QD=8.69805;RBI=0.0435126;REFB=0.000293036;REVB=-0.0328771;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500057;STB=0.801729;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00194696;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:11:3:5:2:11:3 chr7 470281 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.185;QD=59.8394;RBI=0.00435063;REFB=0;REVB=0.00216491;RO=0;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47995e-06;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:32:4:0:0:32:4:0:0 chr7 624221 . T G 3859.64 PASS AF=0.980392;AO=203;DP=257;FAO=250;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=130;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197869;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.47;QD=60.5433;RBI=0.0283103;REFB=0;REVB=0.0202473;RO=0;SAF=100;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280969;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:257:255:0:0:203:250:0.980392:103:100:0:0:120:130:0:0 chr7 624222 . A G 195.27 PASS AF=0.167315;AO=36;DP=247;FAO=43;FDP=257;FR=.;FRO=214;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=109;FWDB=0.0156009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.2277;QD=3.03923;RBI=0.0404745;REFB=-0.0234602;REVB=-0.0373469;RO=211;SAF=21;SAR=15;SRF=105;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109998;STB=0.63502;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.19434;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:257:211:214:36:43:0.167315:15:21:105:106:15:28:105:109 chr7 772174 . G A 1011.5 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.522;QD=57.8002;RBI=0.0449726;REFB=-0.0239399;REVB=0.00432558;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000100034;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:0:1:68:69:0.985714:38:30:0:0:38:31:0:1 chr7 808810 . C G 497.02 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0055956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=53.7314;RBI=0.05828;REFB=-0.04214;REVB=0.0580108;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825435;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0029828;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:2:2:33:35:0.945946:14:19:1:1:16:19:1:1 chr7 810219 . T C 2023.86 PASS AF=0.944056;AO=134;DP=142;FAO=135;FDP=143;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0762121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3005;QD=56.6114;RBI=0.0784238;REFB=-0.00746886;REVB=0.0184937;RO=8;SAF=60;SAR=74;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564111;STB=0.502717;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000646111;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:142:143:8:8:134:135:0.944056:74:60:4:4:74:61:4:4 chr7 814788 . G A 643.52 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0176382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2331;QD=45.9653;RBI=0.0225187;REFB=-0.00892865;REVB=-0.0139995;RO=6;SAF=25;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334769;STB=0.51785;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000838226;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:50:50:0.892857:25:25:4:2:25:25:4:2 chr7 881668 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.019;QD=62.022;RBI=0.060396;REFB=0;REVB=-0.0084183;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154029;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 882895 . C G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.753;QD=63.5767;RBI=0.0229151;REFB=0;REVB=0.00994713;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209222;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr7 909048 . G A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00985417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.119;QD=5.26793;RBI=0.0248471;REFB=-0.00879829;REVB=-0.0228095;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135547;STB=0.588064;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0381037;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:5:5:25:16:5:5:25:16 chr7 923935 . G A 61.28 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00835503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.01;QD=3.02615;RBI=0.015583;REFB=-0.00660634;REVB=0.0131538;RO=69;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41455;STB=0.78062;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.054025;OID=.;OPOS=923935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:3:9:28:41:3:9:28:41 chr7 926827 . T C 1177.02 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141815;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.633;QD=61.144;RBI=0.0175306;REFB=0;REVB=0.0103056;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679044;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:45:32:0:0 chr7 930689 . C T 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00381162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.797;QD=1.87101;RBI=0.0163459;REFB=-0.00732709;REVB=-0.0158953;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091778;STB=0.571225;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0578553;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:4:3:31:30:4:3:31:30 chr7 940181 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.358;QD=57.6802;RBI=0.0603771;REFB=0;REVB=0.0576383;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148912;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 249.37 PASS AF=0.533333;AO=20;DP=47;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00480392;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=10;MLLD=293.021;QD=22.1659;RBI=0.0190384;REFB=-0.0269584;REVB=-0.0184223;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453878;STB=0.679846;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0256718;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:20:47:24:45:21:17:7:7:14:99:23:16:4:8:15 chr7 1023013 . C T 415.85 PASS AF=0.941176;AO=24;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0837868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2047;QD=48.924;RBI=0.0890266;REFB=0.00702622;REVB=0.0300917;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.562459;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00610515;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:24:32:0.941176:18:6:1:0:25:7:2:0 chr7 1098404 . C T 1045.83 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0189908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.511;QD=51.6461;RBI=0.0270331;REFB=-0.00270806;REVB=0.019239;RO=7;SAF=34;SAR=40;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183361;STB=0.509722;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000429857;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:81:7:7:74:74:0.91358:40:34:4:3:40:34:4:3 chr7 1132691 . C T 145.3 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.059681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2832;QD=25.2699;RBI=0.0628382;REFB=-0.046135;REVB=0.0196679;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188703;STB=0.605915;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0672798;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:5:10:3:5:5:10:3:5 chr7 1132824 . TTC T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.037836;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=226.017;QD=24.4133;RBI=0.048741;REFB=0.0361264;REVB=-0.0307266;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=del;VARB=-0.0113251;OID=.;OPOS=1132825;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:11:16:11:16:5:5:6:2:3:28:5:5:6:2:3 chr7 1133305 . C G 1311.52 PASS AF=0.930693;AO=93;DP=101;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0774974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7107;QD=51.9412;RBI=0.0775079;REFB=-0.0296931;REVB=0.00127763;RO=7;SAF=35;SAR=58;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734907;STB=0.504159;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00214595;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:101:101:7:7:93:94:0.930693:58:35:3:4:59:35:3:4 chr7 1481919 . C A 912.07 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.513;QD=55.2767;RBI=0.0283604;REFB=-0.0631667;REVB=0.0244697;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.512496;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000196937;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:64:64:0.969697:39:25:0:0:39:25:0:2 chr7 1484572 . A G 203.86 PASS AF=1;AO=6;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3585;QD=47.9668;RBI=0.153435;REFB=0;REVB=0.0156095;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526059;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:6:17:1:2:4:0:0:7:10:0:0 chr7 1484573 . C G 36.43 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0922175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.846;QD=6.93828;RBI=0.0938114;REFB=-0.066986;REVB=0.0172191;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677355;STB=0.908098;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00392507;OID=.;OPOS=1484573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:13:2:5:1:13:2 chr7 1533513 . A G 1394.03 PASS AF=0.960784;AO=97;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00130498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.816;QD=54.668;RBI=0.0107484;REFB=-0.00329425;REVB=-0.0106689;RO=4;SAF=37;SAR=60;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094018;STB=0.504625;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=6.24842e-05;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:4:4:97:98:0.960784:60:37:2:2:60:38:2:2 chr7 1535838 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.55;QD=46.848;RBI=0.0445736;REFB=0;REVB=0.0368661;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011389;OID=.;OPOS=1535838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr7 1538614 . G A 913.76 PASS AF=0.985294;AO=57;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.945;QD=53.7507;RBI=0.0286874;REFB=-0.0834978;REVB=0.022473;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.505745;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00220785;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:57:67:0.985294:17:40:0:0:24:43:1:0 chr7 1542697 . G A 770.87 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.684;QD=55.0622;RBI=0.0551823;REFB=-0.0142849;REVB=0.0480677;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000158152;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:1:0:36:19:1:0 chr7 1542814 . T C 189.76 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.888;QD=47.4395;RBI=0.0395764;REFB=0;REVB=0.0363487;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346355;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr7 1543981 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.377;QD=55.0986;RBI=0.0491236;REFB=0;REVB=0.0181931;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449125;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr7 1588391 . A G 266.32 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286014;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6;QD=50.728;RBI=0.0292674;REFB=-0.0760996;REVB=-0.0062083;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334669;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr7 1588549 . G A 235.57 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.7;QD=47.1136;RBI=0.012117;REFB=-0.100069;REVB=0.0100684;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440316;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:1:0:19:20:1:9:10:0:1:10:10:0:0 chr7 1588768 . G A 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0154;QD=51.5045;RBI=0.0667112;REFB=-0.112491;REVB=0.0436381;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226687;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00569047;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:0:1:20:6:0:1 chr7 1594986 . GGC G,GG,GGG 244.15 PASS AF=0.714286,0.0238095,0;AO=16,7,4;DP=41;FAO=30,1,0;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=13,0,0;FSAR=17,1,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.105026,-0.254703,-0.16278;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.4714,9.30787,9.19107;QD=23.2523;RBI=0.185215,0.26454,0.179423;REFB=-0.188795,-0.173742,-0.0025471;REVB=-0.152559,-0.0714681,0.0754671;RO=10;SAF=7,5,0;SAR=9,2,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.30137,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.0432421,0.22218,-0.694591;STB=0.554613,0.991762,0.5;STBP=0.264,0.269,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0798692,0.0787615,0;OID=.,.,.;OPOS=1594987,1594988,1594988;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0.0238095,0:16,7,4:41:30,1,0:42:11:13,0,0:17,1,0:7:4:51:10:7,5,0:9,2,4:5:5 chr7 1733102 . G T 785.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9537;QD=64.1145;RBI=0.032258;REFB=0;REVB=0.00663407;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194121;OID=.;OPOS=1733102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr7 1785738 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.184;QD=56.9379;RBI=0.0126865;REFB=0;REVB=0.00739456;RO=0;SAF=44;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57045e-05;OID=.;OPOS=1785738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:9:44:0:0:9:44:0:0 chr7 1878377 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.119;QD=57.1774;RBI=0.0109627;REFB=0;REVB=-0.00991804;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36599e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr7 2297006 . A G 1381.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145589;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.324;QD=62.7854;RBI=0.0182564;REFB=0;REVB=-0.0110151;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173917;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr7 2303986 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4939;QD=57.1992;RBI=0.083759;REFB=0;REVB=0.0829439;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131847;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr7 2404085 . TGGGGGGGA ATGGGGGGA,TGGGGGGA,TGGGGGGAG 43.0 PASS AF=0,0.218182,0.0545455;AO=2,14,2;DP=56;FAO=0,12,3;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=0,4,2;FSAR=0,8,1;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.10425,0.203368,0.0865165;FXX=0.017854;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=28.4174,8.81358,23.9466;QD=3.12695;RBI=0.106336,0.240102,0.104738;REFB=-0.0559386,-0.114051,-0.0684233;REVB=-0.0209632,-0.127634,-0.0590332;RO=33;SAF=2,2,1;SAR=0,12,1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.412208,-0.537455,-0.0660139;STB=0.5,0.666389,0.612135;STBP=1,0.223,0.7;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0337022,0.0914423,0.211582;OID=.,.,.;OPOS=2404085,2404086,2404092;OREF=TG,G,GA;OALT=AT,-,AG;OMAPALT=ATGGGGGGA,TGGGGGGA,TGGGGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:56:55:33:40:2,14,2:0,12,3:0,0.218182,0.0545455:0,12,1:2,2,1:19:14:0,8,1:0,4,2:22:18 chr7 2472429 . C A 670.92 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00975212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.445;QD=50.6352;RBI=0.0253269;REFB=-0.0435626;REVB=0.023374;RO=3;SAF=27;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00383714;OID=.;OPOS=2472429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:49:50:0.943396:22:27:3:0:23:27:3:0 chr7 2472455 . A T 685.35 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0435491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2595;QD=50.7669;RBI=0.0452931;REFB=-0.0360656;REVB=0.0124476;RO=3;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143996;STB=0.507656;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00305558;OID=.;OPOS=2472455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:24:27:2:1:24:27:2:1 chr7 2552881 . AGATG A 621.57 PASS AF=1;AO=36;DP=47;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380316;FXX=0.20404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=209.301;QD=63.7509;RBI=0.0770206;REFB=0;REVB=0.0669759;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000310995;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:47:39:39:0:17:22:0:0:3:0:16:20:0:0 chr7 2578246 . C T 349.77 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.018099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.396;QD=39.9734;RBI=0.110727;REFB=-0.00546031;REVB=0.109237;RO=7;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120476;STB=0.565172;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00283051;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:13:15:6:1:13:15:6:1 chr7 2627489 . G A 298.59 PASS AF=0.888889;AO=21;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.124209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7903;QD=44.2353;RBI=0.133417;REFB=-0.0462651;REVB=0.0487068;RO=3;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083361;STB=0.548345;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0107098;OID=.;OPOS=2627489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:21:24:0.888889:7:14:1:2:7:17:1:2 chr7 2748758 . G A 532.38 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0396811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7693;QD=44.3649;RBI=0.0404818;REFB=-0.0900621;REVB=0.00801167;RO=9;SAF=10;SAR=29;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169905;STB=0.591787;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.01437;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:9:9:39:39:0.8125:29:10:6:3:29:10:6:3 chr7 2946461 . T C 86.59 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.181182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.459;QD=24.7405;RBI=0.182801;REFB=-0.0256235;REVB=-0.0242694;RO=4;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787382;STB=0.599769;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0104418;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:9:0:1:3:9:1:1:3 chr7 2957005 . T C 540.79 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00804955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.221;QD=51.5039;RBI=0.0205778;REFB=0.0566226;REVB=0.0189381;RO=4;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812383;STB=0.543456;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00173188;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:42:4:4:37:38:0.904762:21:16:0:4:21:17:0:4 chr7 4026944 . C G 838.09 PASS AF=0.898551;AO=61;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0314289;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2933;QD=48.585;RBI=0.0315523;REFB=-0.0413721;REVB=-0.00278868;RO=7;SAF=28;SAR=33;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593488;STB=0.503991;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00424281;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:7:7:61:62:0.898551:33:28:3:4:33:29:3:4 chr7 4189075 . G C 658.11 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00378381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3268;QD=56.0093;RBI=0.0323675;REFB=-0.0507776;REVB=0.0321455;RO=3;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172786;STB=0.50921;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00435318;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:23:21:1:2:23:21:1:2 chr7 4213877 . T C 1272.3 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220887;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.711;QD=62.0636;RBI=0.00442744;REFB=0;REVB=-0.00383707;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13431e-05;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:33:49:0:0 chr7 4213940 . T C 1011.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777981;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.013;QD=59.5214;RBI=0.0205989;REFB=0;REVB=0.0190733;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62203e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr7 4213975 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.155;QD=56.9382;RBI=0.00718205;REFB=0;REVB=-0.00566275;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06512e-06;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr7 4714912 . C T 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00940414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1985;QD=1.93528;RBI=0.0443939;REFB=0.0034;REVB=-0.0433864;RO=64;SAF=6;SAR=2;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184776;STB=0.645763;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0449973;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:64:66:8:8:0.108108:2:6:39:25:2:6:40:26 chr7 4802029 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.299;QD=57.6807;RBI=0.0519124;REFB=0;REVB=0.0159803;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114477;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr7 4841470 . T C 674.22 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00948987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.824;QD=51.8632;RBI=0.0129821;REFB=0.0165161;REVB=0.00885871;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335788;STB=0.51666;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000714826;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:48:50:0.961538:27:21:0:2:29:21:0:2 chr7 4900341 . G A 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0150501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.325;QD=1.37029;RBI=0.0160069;REFB=-0.00130436;REVB=-0.00545128;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168259;STB=0.635023;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0126544;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:5:3:43:39:5:3:43:39 chr7 4959807 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0066227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.265;QD=41.6803;RBI=0.033598;REFB=0.0180472;REVB=0.0329388;RO=2;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612241;STB=0.533298;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00218189;OID=.;OPOS=4959807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:4:14:2:0:4:14:2:0 chr7 5254227 . C G 1835.58 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3615;QD=61.186;RBI=0.0859067;REFB=0;REVB=0.051438;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94898e-05;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:59:61:0:0:59:61:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 747.33 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00219382;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=5;MLLD=204.056;QD=49.8221;RBI=0.00975119;REFB=-0.0528076;REVB=0.00950121;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525733;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.00552876;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:54:60:55:60:5:27:28:4:1:18:0:29:25:0:0 chr7 5346735 . T C 92.31 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.022;QD=33.5688;RBI=0.0465628;REFB=0.0172165;REVB=-0.0339489;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666259;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00091661;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:9:10:0.909091:1:8:0:1:1:9:0:1 chr7 5427517 . G A 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.612;QD=46.3184;RBI=0.0617483;REFB=-0.0128768;REVB=0.0571397;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167852;STB=0.509083;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000699417;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:1:1:9:14:1:1 chr7 5427652 . G A 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0518224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.745;QD=3.93884;RBI=0.0518307;REFB=0.00459122;REVB=0.000928437;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248463;STB=0.673247;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0453813;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:18:17:2:5:18:17 chr7 5427720 . A G 327.06 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440594;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1687;QD=54.5099;RBI=0.0448689;REFB=0;REVB=-0.044652;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000993668;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 5434135 . A G 341.8 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0664112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0493;QD=50.6362;RBI=0.0664805;REFB=0.085773;REVB=0.00303431;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00393588;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:11:14:0:0:12:14:1:0 chr7 5460550 . C T 2023.52 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00691765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.655;QD=59.956;RBI=0.0224841;REFB=0.0155623;REVB=0.0213935;RO=3;SAF=67;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735748;STB=0.503872;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000136103;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:65:67:1:2:65:67:1:2 chr7 5487423 . C G 469.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4743;QD=56.9649;RBI=0.0626397;REFB=0;REVB=0.0593066;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797552;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:33:0:0:29:33:1:3:26:0:0:4:29:0:0 chr7 5487457 . CT AC 500.3 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00740943;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.781;QD=54.0862;RBI=0.0457943;REFB=-0.0824799;REVB=0.0451909;RO=1;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715886;STB=0.538439;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.000290837;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:32:36:0.972973:6:26:0:1:6:30:0:1 chr7 5515624 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.291;QD=58.4197;RBI=0.00911219;REFB=0;REVB=0.00421539;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16598e-06;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr7 5518331 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2797;QD=50.4085;RBI=0.0204298;REFB=0;REVB=-0.00292152;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681709;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr7 5518333 . A T 225.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.962;QD=47.4653;RBI=0.0628432;REFB=0;REVB=0.0247568;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176754;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:16:2:0:0:17:2:0:0 chr7 5521552 . C T 1205.43 PASS AF=0.912088;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0440642;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.594;QD=52.9858;RBI=0.0530927;REFB=-0.0314129;REVB=0.0296173;RO=8;SAF=48;SAR=35;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132908;STB=0.507041;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00443765;OID=.;OPOS=5521552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:91:8:8:83:83:0.912088:35:48:4:4:35:48:4:4 chr7 5528883 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.927;QD=59.4356;RBI=0.022122;REFB=0;REVB=0.00501296;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28774e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr7 5529758 . G A 154.0 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.021;QD=43.9997;RBI=0.0563117;REFB=0;REVB=0.025063;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147483;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr7 5540769 . A C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1796;QD=59.321;RBI=0.0219788;REFB=0;REVB=-0.0189967;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95171e-05;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr7 5541657 . G A 293.85 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046294;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8654;QD=53.4273;RBI=0.0554975;REFB=0;REVB=0.0306078;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012685;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr7 5983012 . A G 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00356013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.423;QD=45.3101;RBI=0.0482558;REFB=-0.0522816;REVB=0.0481243;RO=3;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574147;STB=0.503103;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00365802;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:16:9:1:2:16:9:1:2 chr7 6026775 . T C 627.95 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00439143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.376;QD=57.0866;RBI=0.00481093;REFB=-0.0903159;REVB=0.00196479;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.507039;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0038598;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:27:15:0:0:27:15:1:1 chr7 6026942 . G T 1131.27 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.021;QD=60.3345;RBI=0.0505843;REFB=0;REVB=0.0479598;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102581;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:37:36:0:0:38:37:0:0 chr7 6036980 . G C 162.27 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0799124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8909;QD=40.5668;RBI=0.081488;REFB=-0.0505921;REVB=0.0159466;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0181207;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:8:6:0:1:9:6:0:1 chr7 6043386 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.031;QD=64.1537;RBI=0.0230272;REFB=0;REVB=-0.00327183;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40062e-05;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr7 6056530 . G A 885.19 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000410051;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.537;QD=51.3153;RBI=0.0848426;REFB=0.016763;REVB=-0.0848416;RO=5;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036402;STB=0.519593;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00107762;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:69:5:5:63:64:0.927536:34:29:1:4:34:30:1:4 chr7 6066450 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7918;QD=58.2387;RBI=0.0238199;REFB=0;REVB=0.0206144;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334133;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr7 6066461 . T C 868.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.688;QD=57.8801;RBI=0.0244804;REFB=0;REVB=0.0187229;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27187e-05;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr7 6087389 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.987;QD=51.1846;RBI=0.0315584;REFB=0;REVB=0.0299718;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017697;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr7 6087400 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000683946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.944;QD=51.916;RBI=0.0175686;REFB=0;REVB=0.0175553;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17463e-05;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr7 6087566 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.787;QD=36.3478;RBI=0.0641764;REFB=0.0572928;REVB=0.0311599;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00361534;OID=.;OPOS=6087566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr7 6088420 . A G 493.02 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6872;QD=56.3446;RBI=0.0577837;REFB=0.000848966;REVB=0.0452128;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321919;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:1:0:33:35:1:14:19:1:0:15:20:0:0 chr7 6189780 . T C 646.8 PASS AF=0.825397;AO=50;DP=61;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0158476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8551;QD=41.0669;RBI=0.0853329;REFB=-0.0320915;REVB=-0.0838484;RO=10;SAF=23;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437018;STB=0.52714;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00581477;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:61:63:10:11:50:52:0.825397:27:23:6:4:27:25:7:4 chr7 6193464 . T G 971.96 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0220706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.572;QD=52.5381;RBI=0.0227925;REFB=0.0149355;REVB=-0.00569121;RO=4;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265966;STB=0.507244;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0011523;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:4:5:69:69:0.932432:34:35:1:3:34:35:2:3 chr7 6193521 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.236;QD=51.9167;RBI=0.0382077;REFB=0;REVB=-0.000251279;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99518e-05;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 6194274 . T C 637.14 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140358;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.513;QD=62.1602;RBI=0.0149383;REFB=0;REVB=-0.00511339;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98022e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr7 6204999 . A C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.849;QD=57.1975;RBI=0.0315441;REFB=0;REVB=0.0215189;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3499e-06;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr7 6370144 . G A 621.19 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0124614;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.86;QD=48.7204;RBI=0.0176763;REFB=0.0374395;REVB=0.0125366;RO=4;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104047;STB=0.555531;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00137238;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:51:4:4:47:47:0.921569:16:31:0:4:16:31:0:4 chr7 6370194 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.466;QD=57.1774;RBI=0.0164678;REFB=0;REVB=-0.0126194;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76176e-05;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr7 6370305 . C G 621.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2793;QD=60.6387;RBI=0.0374835;REFB=0;REVB=-0.00975848;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264359;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr7 6370406 . C T 504.02 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.676;QD=54.4881;RBI=0.0440505;REFB=-0.134975;REVB=0.0249604;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000986982;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:37:0:1:35:36:0.972973:18:17:0:0:18:18:1:0 chr7 6442433 . C T 1126.71 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.441;QD=57.78;RBI=0.0210512;REFB=-0.0487747;REVB=0.0168419;RO=2;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684319;STB=0.503617;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000245975;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:48:28:1:1:48:28:1:1 chr7 6452461 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.269;QD=63.2855;RBI=0.0329511;REFB=0;REVB=-0.00965979;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9623e-05;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr7 6502367 . T C 203.59 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0108598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9069;QD=38.7796;RBI=0.0610405;REFB=0.0201046;REVB=0.0600666;RO=3;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00380854;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:12:6:1:2:12:6:1:2 chr7 6505901 . T C 998.26 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0204206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.764;QD=53.96;RBI=0.0359207;REFB=-0.0340224;REVB=0.0295515;RO=4;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173272;STB=0.509175;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0020372;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:70:70:0.945946:41:29:1:3:41:29:1:3 chr7 6537821 . G C 1102.94 PASS AF=0.896552;AO=78;DP=87;FAO=78;FDP=87;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00426547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7799;QD=50.7097;RBI=0.0253901;REFB=-0.0513787;REVB=0.0250292;RO=8;SAF=24;SAR=54;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382379;STB=0.524307;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0022057;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:8:9:78:78:0.896552:54:24:1:7:54:24:1:8 chr7 6566322 . T G 306.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.374;QD=53.3326;RBI=0.0807499;REFB=0;REVB=0.0622507;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372333;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:8:13:0:0:10:13:0:0 chr7 6628514 . A G 695.94 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000459851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.453;QD=56.8116;RBI=0.00941798;REFB=-0.0759706;REVB=0.00940674;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262932;STB=0.514382;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00479647;OID=.;OPOS=6628514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:45:46:0.938776:20:25:1:2:20:26:1:2 chr7 6639791 . C T 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.788;QD=51.8344;RBI=0.0361507;REFB=0.0136627;REVB=-0.00061993;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933164;STB=0.505007;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000646972;OID=.;OPOS=6639791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:18:13:1:1:18:13:1:1 chr7 6647738 . T C 336.78 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0133335;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2716;QD=42.0974;RBI=0.112303;REFB=-0.0679558;REVB=-0.111508;RO=5;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670032;STB=0.543094;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0149107;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:33:32:5:5:23:23:0.71875:14:9:1:4:13:10:1:4 chr7 6656830 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.697;QD=56.9569;RBI=0.022289;REFB=0;REVB=0.0123205;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44392e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr7 6656897 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4576;QD=63.579;RBI=0.122889;REFB=0;REVB=-0.122003;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017078;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr7 6660790 . G A 725.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214348;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.337;QD=56.8672;RBI=0.0515566;REFB=0;REVB=0.0468896;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300699;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr7 6661256 . C G 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.173698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.477;QD=28.5323;RBI=0.175039;REFB=-0.0380679;REVB=0.0216293;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0109969;OID=.;OPOS=6661256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr7 6713985 . A G 517.75 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0327346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.633;QD=54.4995;RBI=0.037335;REFB=-0.143256;REVB=0.0179542;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00434963;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:19:17:1:1:19:17:1:1 chr7 7476098 . T C 441.85 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00970012;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.478;QD=50.4971;RBI=0.0579679;REFB=-0.0150111;REVB=0.0571506;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316373;STB=0.516984;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00298633;OID=.;OPOS=7476098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:17:15:2:1:17:15:2:1 chr7 7493097 . C G 2605.4 PASS AF=0.905;AO=162;DP=181;FAO=181;FDP=200;FR=.;FRO=19;FSAF=66;FSAR=115;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00316054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.512;QD=52.108;RBI=0.0167393;REFB=-0.0141923;REVB=0.0164383;RO=19;SAF=56;SAR=106;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725707;STB=0.532185;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0019634;OID=.;OPOS=7493097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:181:200:19:19:162:181:0.905:106:56:13:6:115:66:13:6 chr7 7495735 . T C 1573.26 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022424;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.49;QD=64.2148;RBI=0.0230913;REFB=0;REVB=0.00551125;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13019e-05;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr7 7514235 . C G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5467;QD=61.5347;RBI=0.0636364;REFB=0;REVB=0.00424569;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256097;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr7 7545691 . G C 1167.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.093;QD=60.6613;RBI=0.0184345;REFB=0;REVB=-0.0149096;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42297e-05;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr7 7551443 . A T 997.77 PASS AF=0.922078;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.012574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.463;QD=51.8321;RBI=0.0131705;REFB=-0.0391379;REVB=0.00391881;RO=6;SAF=36;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284249;STB=0.513529;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0025754;OID=.;OPOS=7551443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:75:77:6:6:69:71:0.922078:33:36:2:4:35:36:2:4 chr7 7571094 . G C 1785.03 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.196;QD=61.0267;RBI=0.0319462;REFB=0;REVB=0.0318225;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93356e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:63:52:0:0:64:53:0:0 chr7 7613039 . C T 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0224334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.755;QD=1.37032;RBI=0.023391;REFB=-0.000663186;REVB=-0.00662429;RO=82;SAF=6;SAR=2;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175785;STB=0.64518;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00779481;OID=.;OPOS=7613039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:2:6:50:32:2:6:50:32 chr7 7646651 . G T 1142.35 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00050727;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.514;QD=60.9256;RBI=0.0187222;REFB=0;REVB=0.0187153;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508539;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr7 7646687 . A G 1363.86 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00793115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.899;QD=54.0142;RBI=0.0141401;REFB=-0.00880232;REVB=0.0117064;RO=5;SAF=36;SAR=60;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223571;STB=0.511809;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000349036;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:5:5:96:96:0.950495:60:36:3:2:60:36:3:2 chr7 8125964 . C T 59.06 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00321924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.682;QD=2.71562;RBI=0.014582;REFB=-0.0026374;REVB=-0.0142223;RO=75;SAF=8;SAR=4;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200403;STB=0.640387;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0164429;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:4:8:38:37:4:8:38:37 chr7 8132252 . T C 31.25 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00110726;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.675;QD=1.40444;RBI=0.0263257;REFB=-0.00149492;REVB=-0.0263024;RO=83;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613424;STB=0.539228;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0168939;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:91:89:83:81:8:8:0.0898876:4:4:37:46:4:4:37:44 chr7 8153053 . T C 582.63 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8259;QD=58.2628;RBI=0.0272413;REFB=-0.151303;REVB=0.0064458;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00232445;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:24:15:0:0:24:15:1:0 chr7 8196529 . A T 820.21 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.07;QD=55.6076;RBI=0.0250801;REFB=-0.0334049;REVB=-0.0215304;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=7.46328e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr7 8792148 . T C 1024.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.311;QD=59.3743;RBI=0.0625853;REFB=0;REVB=0.0315683;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353557;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr7 11414586 . G A 565.7 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0230534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=353.079;QD=43.5152;RBI=0.0230572;REFB=0.0167253;REVB=0.00041397;RO=7;SAF=25;SAR=20;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040449;STB=0.502164;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00275706;OID=.;OPOS=11414586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:20:25:4:3:20:25:4:3 chr7 11581109 . C A 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0237035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4593;QD=4.85288;RBI=0.0243893;REFB=0.00865242;REVB=-0.00574297;RO=59;SAF=8;SAR=7;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541709;STB=0.5345;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.037974;OID=.;OPOS=11581109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:7:8:34:25:7:8:34:25 chr7 11581121 . T C 1046.48 PASS AF=0.935897;AO=72;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0126822;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.283;QD=53.6659;RBI=0.0181122;REFB=-0.0387293;REVB=0.012931;RO=5;SAF=43;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249815;STB=0.51349;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00416745;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:72:73:0.935897:29:43:2:3:29:44:2:3 chr7 11581134 . T C 839.34 PASS AF=0.802469;AO=65;DP=81;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0154305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.123;QD=41.4489;RBI=0.0205723;REFB=-0.040247;REVB=-0.0136058;RO=15;SAF=36;SAR=29;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642595;STB=0.539523;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0126924;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:15:16:65:65:0.802469:29:36:11:4:29:36:12:4 chr7 12269417 . C G 964.61 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00581428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.799;QD=55.9196;RBI=0.02391;REFB=0.000249339;REVB=0.0231922;RO=2;SAF=30;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304568;STB=0.516124;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=5.70214e-05;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:66:67:0.971014:36:30:2:0:37:30:2:0 chr7 12271997 . G A 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7805;QD=60.213;RBI=0.0242043;REFB=0;REVB=0.00272323;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364057;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr7 12370794 . T C 1139.53 PASS AF=0.870968;AO=81;DP=93;FAO=81;FDP=93;FR=.;FRO=12;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0168401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4216;QD=49.012;RBI=0.0950051;REFB=-0.000270871;REVB=0.0935007;RO=11;SAF=41;SAR=40;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320988;STB=0.522287;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000640155;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:93:93:11:12:81:81:0.870968:40:41:4:7:40:41:4:8 chr7 12376811 . A C 1030.31 PASS AF=0.852273;AO=74;DP=87;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000550204;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.001;QD=46.8321;RBI=0.00368969;REFB=0.00296345;REVB=0.00364843;RO=13;SAF=27;SAR=47;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517612;STB=0.528148;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000349414;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:88:13:13:74:75:0.852273:47:27:7:6:48:27:7:6 chr7 12391319 . G T 675.84 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00948412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.244;QD=46.6096;RBI=0.0139254;REFB=-0.00275177;REVB=-0.0101964;RO=6;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127759;STB=0.568155;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000274714;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:58:6:6:52:52:0.896552:19:33:0:6:19:33:0:6 chr7 12393966 . A G 1494.6 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020558;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8739;QD=63.6001;RBI=0.0974798;REFB=0;REVB=0.0952873;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743366;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:32:62:0:0:32:62:0:0 chr7 12393974 . A C 1583.55 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.095;QD=63.9819;RBI=0.017725;REFB=0;REVB=-0.010471;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56945e-06;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:35:62:0:0:35:64:0:0 chr7 12394053 . G T 1301.76 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.208;QD=61.9884;RBI=0.0215496;REFB=0;REVB=0.0093426;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14258e-05;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:29:54:0:0:30:54:0:0 chr7 12395813 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8415;QD=58.2391;RBI=0.0211333;REFB=0;REVB=-0.0165145;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228452;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr7 12409882 . G A 645.25 PASS AF=0.779412;AO=53;DP=68;FAO=53;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00923737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.388;QD=37.9557;RBI=0.0117422;REFB=-0.00423644;REVB=0.00724922;RO=12;SAF=16;SAR=37;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214275;STB=0.508172;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00124713;OID=.;OPOS=12409882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:12:15:53:53:0.779412:37:16:3:9:37:16:5:10 chr7 12428608 . C A 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00775814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.756;QD=56.3579;RBI=0.0152469;REFB=0.0261312;REVB=0.0131255;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00117628;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:1:1:17:23:1:1 chr7 12428803 . G A 1178.55 PASS AF=0.902174;AO=78;DP=87;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0085592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.875;QD=51.2412;RBI=0.00856089;REFB=-0.0146764;REVB=0.000169888;RO=9;SAF=37;SAR=41;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375186;STB=0.51572;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00193786;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:87:92:9:9:78:83:0.902174:41:37:6:3:41:42:6:3 chr7 12611252 . T C 1708.74 PASS AF=0.876812;AO=121;DP=140;FAO=121;FDP=138;FR=.;FRO=17;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0292556;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.187;QD=49.5286;RBI=0.0494483;REFB=-0.0448704;REVB=0.0398653;RO=17;SAF=46;SAR=75;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213696;STB=0.511305;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00563623;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:140:138:17:17:121:121:0.876812:75:46:5:12:75:46:5:12 chr7 12636026 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.16;QD=55.6552;RBI=0.0755913;REFB=0;REVB=0.0755218;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101086;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr7 12728977 . G A 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0380047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1834;QD=4.09681;RBI=0.0444406;REFB=0.00045789;REVB=-0.0230351;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204412;STB=0.638398;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00110683;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:7:3:22:26:7:3:22:26 chr7 12729269 . C G 30.72 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0078075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.192;QD=1.70661;RBI=0.0302678;REFB=-0.00991699;REVB=-0.0292435;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336538;STB=0.526456;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.055533;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:39:26:3:4:39:26 chr7 12730503 . T G 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00118546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.931;QD=2.08398;RBI=0.00640229;REFB=-0.00189761;REVB=-0.00629158;RO=63;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136556;STB=0.604762;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0146176;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:6:2:22:41:6:2:22:41 chr7 13934358 . A T 622.92 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0147718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.701;QD=47.0129;RBI=0.0200103;REFB=0.0502486;REVB=0.0134984;RO=5;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661372;STB=0.535197;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00167984;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:33:15:0:5:33:15:0:5 chr7 13978809 . T C 904.32 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00968189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.228;QD=49.5517;RBI=0.00968199;REFB=-0.0146186;REVB=4.50633e-05;RO=7;SAF=26;SAR=40;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332823;STB=0.517682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000950733;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:7:7:66:66:0.90411:40:26:4:3:40:26:4:3 chr7 14025727 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.178;QD=57.2376;RBI=0.0250992;REFB=0;REVB=-0.0240349;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77643e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr7 14025766 . T A 1086.9 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7493;QD=59.5564;RBI=0.0320531;REFB=0;REVB=-0.00348385;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408592;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr7 14187931 . T C 1755.73 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0155336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3467;QD=59.0161;RBI=0.0170545;REFB=-0.0183911;REVB=0.00704007;RO=2;SAF=68;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137626;STB=0.507245;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000943683;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:49:68:2:0:49:68:2:0 chr7 14217673 . G A 45.51 PASS AF=0.145455;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0305327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.286;QD=3.3095;RBI=0.0372834;REFB=-0.020077;REVB=-0.0213964;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224908;STB=0.581189;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0765032;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:47:47:7:8:0.145455:5:2:22:25:5:3:22:25 chr7 14758273 . C T 1505.45 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0422677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5357;QD=58.4641;RBI=0.0424144;REFB=-0.0392519;REVB=-0.00352423;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958391;STB=0.50505;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000181314;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:52:49:1:0:53:49:1:0 chr7 15651692 . T C 57.61 PASS AF=0.169811;AO=8;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0831103;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.799;QD=4.3478;RBI=0.0846177;REFB=-0.0116542;REVB=-0.0159005;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549494;STB=0.657875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0665019;OID=.;OPOS=15651692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:53:29:44:8:9:0.169811:5:3:11:18:6:3:23:21 chr7 15651770 . C T 392.49 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6453;QD=56.0703;RBI=0.0508189;REFB=0;REVB=0.0507978;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105849;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 15652021 . C T 156.04 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.00676314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8934;QD=5.62312;RBI=0.0634318;REFB=-0.00725803;REVB=-0.0630702;RO=86;SAF=12;SAR=13;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156403;STB=0.595914;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0249562;OID=.;OPOS=15652021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:13:12:52:34:13:12:52:34 chr7 15652068 . T G 31.77 PASS AF=0.0718954;AO=11;DP=153;FAO=11;FDP=153;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=84;FSRR=58;FWDB=-0.0186696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.438;QD=0.830518;RBI=0.0316703;REFB=-0.00480234;REVB=0.0255823;RO=142;SAF=7;SAR=4;SRF=84;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510522;STB=0.543779;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0465609;OID=.;OPOS=15652068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:153:153:142:142:11:11:0.0718954:4:7:84:58:4:7:84:58 chr7 16128994 . TG CA,TGTACA 114.26 PASS AF=0.272727,0.409091;AO=6,6;DP=22;FAO=6,9;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6,6;FSAR=0,3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000921696,-0.0325321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=123.463,117.103;QD=20.7745;RBI=0.0010806,0.0464772;REFB=-0.0565383,-0.0607146;REVB=0.000564073,-0.0331932;RO=9;SAF=6,4;SAR=0,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.760258,0.219799;STB=0.997947,0.666296;STBP=0.006,0.181;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0445658,0.0832741;OID=.,.;OPOS=16128994,16128996;OREF=TG,-;OALT=CA,TACA;OMAPALT=CA,TGTACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:22:22:9:7:6,6:6,9:0.272727,0.409091:0,2:6,4:4:5:0,3:6,6:2:5 chr7 16129153 . C T 492.0 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=53;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0086725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.064;QD=36.4445;RBI=0.0157617;REFB=-0.00434109;REVB=0.0131613;RO=11;SAF=13;SAR=29;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591179;STB=0.51565;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0013436;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:53:54:11:12:42:42:0.777778:29:13:2:9:29:13:3:9 chr7 16129172 . A G 689.15 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.294;QD=62.6497;RBI=0.160779;REFB=0;REVB=0.0470362;RO=1;SAF=12;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859828;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:31:12:1:0:31:13:0:0 chr7 16129214 . G A 195.76 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0329547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7979;QD=34.0453;RBI=0.033794;REFB=-0.113906;REVB=-0.00748477;RO=5;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390915;STB=0.502955;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0611575;OID=.;OPOS=16129214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:23:23:5:4:18:19:0.826087:13:5:1:4:14:5:1:3 chr7 16639615 . A C 1250.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401527;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6854;QD=61.7687;RBI=0.0782095;REFB=0;REVB=0.0781064;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714125;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr7 16834551 . C A 1988.99 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.148;QD=62.1559;RBI=0.0130425;REFB=0;REVB=-0.0123219;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53265e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:60:67:0:0:61:67:0:0 chr7 16872913 . G A 1197.99 PASS AF=0.844037;AO=91;DP=108;FAO=92;FDP=109;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0232754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2096;QD=43.9628;RBI=0.0251086;REFB=-0.000382738;REVB=-0.009418;RO=17;SAF=47;SAR=44;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738296;STB=0.539668;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-5.93302e-05;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:108:109:17:17:91:92:0.844037:44:47:13:4:45:47:13:4 chr7 16913394 . A G 924.27 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2506;QD=56.8784;RBI=0.0523192;REFB=-0.162844;REVB=0.0128758;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00349011;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:33:31:0:0:33:31:1:0 chr7 17379110 . G A 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0241297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.212;QD=2.55267;RBI=0.025376;REFB=-0.00455451;REVB=-0.00785483;RO=72;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118879;STB=0.584494;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0261123;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:7:4:33:39:7:4:33:39 chr7 17831806 . C T 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.942;QD=59.3134;RBI=0.0257344;REFB=0;REVB=0.00249941;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32849e-05;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr7 17854532 . G T 866.91 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00266494;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.265;QD=54.182;RBI=0.0215845;REFB=-0.0412813;REVB=0.0214193;RO=2;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224705;STB=0.511901;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000200201;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:2:2:61:62:0.96875:41:20:0:2:41:21:0:2 chr7 18767343 . A G 42.61 PASS AF=0.0916031;AO=12;DP=131;FAO=12;FDP=131;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.0020097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.352;QD=1.30109;RBI=0.00257273;REFB=0.00206252;REVB=0.00160625;RO=118;SAF=5;SAR=7;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874115;STB=0.572038;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0240843;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:131:131:118:119:12:12:0.0916031:7:5:58:60:7:5:59:60 chr7 18977653 . G A 1136.45 PASS AF=0.836735;AO=82;DP=98;FAO=82;FDP=98;FR=.;FRO=16;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0336486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1395;QD=46.3859;RBI=0.0629569;REFB=-0.0331282;REVB=0.0532104;RO=16;SAF=47;SAR=35;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422467;STB=0.522481;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00605783;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:16:16:82:82:0.836735:35:47:7:9:35:47:7:9 chr7 18993870 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.181;QD=60.6103;RBI=0.0124558;REFB=0;REVB=-0.0113254;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04575e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr7 19184732 . C A 1070.99 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0958697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2862;QD=52.8882;RBI=0.099433;REFB=0.0587154;REVB=0.02638;RO=6;SAF=42;SAR=33;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084996;STB=0.504503;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00352688;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:33:42:3:3:33:42:3:3 chr7 19760985 . A G 637.86 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.10539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.113;QD=51.0286;RBI=0.106463;REFB=-0.031006;REVB=0.0150818;RO=6;SAF=27;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266979;STB=0.514279;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0100738;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:17:27:3:3:17:27:3:3 chr7 20178175 . C T 977.43 PASS AF=1;AO=43;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.063;QD=57.4956;RBI=0.0193605;REFB=0;REVB=0.0188691;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248639;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:43:68:1:18:25:0:0:34:34:0:0 chr7 20180717 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.016;QD=59.6793;RBI=0.0358581;REFB=0;REVB=0.000444083;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09828e-05;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr7 20198440 . G A 1925.05 PASS AF=0.976923;AO=125;DP=128;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0304688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.03;QD=59.2324;RBI=0.0379523;REFB=0.00189335;REVB=0.0226281;RO=3;SAF=62;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224321;STB=0.511809;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-1.54633e-05;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:130:3:3:125:127:0.976923:63:62:3:0:65:62:3:0 chr7 20201395 . G C 712.09 PASS AF=0.8;AO=55;DP=74;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0171587;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.207;QD=40.691;RBI=0.0430581;REFB=0.00265054;REVB=-0.0394915;RO=13;SAF=35;SAR=20;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520949;STB=0.519224;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00127315;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:74:70:13:14:55:56:0.8:20:35:10:3:21:35:10:4 chr7 20421475 . GA AG,G 147.34 PASS AF=0,0.375;AO=6,52;DP=145;FAO=0,54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=0,8;FSAR=0,46;FSRF=60;FSRR=30;FWDB=-0.00290826,0.0630969;FXX=0.00689608;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=51.4512,9.61755;QD=4.09264;RBI=0.146268,0.203033;REFB=-0.0213569,-0.144812;REVB=-0.146239,-0.19298;RO=77;SAF=1,7;SAR=5,45;SRF=59;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.582731,-0.65833;STB=0.5,0.83713;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0282184,0.162622;OID=.,.;OPOS=20421475,20421476;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:145:144:77:90:6,52:0,54:0,0.375:5,45:1,7:59:18:0,46:0,8:60:30 chr7 20698270 . A G 1692.98 PASS AF=0.921875;AO=118;DP=128;FAO=118;FDP=128;FR=.;FRO=10;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0288533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.553;QD=52.9056;RBI=0.0385275;REFB=-0.0854317;REVB=0.0255315;RO=10;SAF=70;SAR=48;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142451;STB=0.507523;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00449538;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:128:128:10:10:118:118:0.921875:48:70:5:5:48:70:5:5 chr7 20822196 . A AC 581.68 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4032;QD=41.5485;RBI=0.186282;REFB=0;REVB=0.128939;RO=6;SAF=24;SAR=26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00507118;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:57:56:56:0:28:28:0:0:11:6:24:26:4:2 chr7 20822304 . C CA 236.9 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.715;QD=45.1245;RBI=0.0738884;REFB=0;REVB=0.0728545;RO=7;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00342561;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:28:21:21:0:10:11:0:0:4:7:10:11:3:4 chr7 20824614 . C T 328.74 PASS AF=0.866667;AO=18;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0190994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.571;QD=43.832;RBI=0.0349183;REFB=-0.0297712;REVB=0.0292319;RO=4;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12193;STB=0.523791;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00523257;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:18:26:0.866667:7:11:1:3:15:11:1:3 chr7 20826452 . T G 595.7 PASS AF=0.708333;AO=47;DP=69;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00429858;FXX=0.0136968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.28;QD=33.0945;RBI=0.0117975;REFB=-0.0077982;REVB=0.0109865;RO=4;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448752;STB=0.55978;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00220209;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:4:21:47:51:0.708333:21:26:1:3:25:26:15:6 chr7 21553621 . T G 778.92 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0703935;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.227;QD=51.0767;RBI=0.0709377;REFB=0.0252867;REVB=0.00877004;RO=4;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297977;STB=0.515826;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.000376958;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:63:61:4:4:57:57:0.934426:28:29:3:1:28:29:3:1 chr7 21599233 . C T 687.86 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00495688;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.353;QD=45.8572;RBI=0.0212221;REFB=-0.0124065;REVB=-0.0206351;RO=7;SAF=32;SAR=21;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738163;STB=0.503936;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00263646;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:53:53:0.883333:21:32:4:3:21:32:4:3 chr7 21603886 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.602;QD=60.9752;RBI=0.0503322;REFB=0;REVB=0.026818;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307748;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr7 21628237 . C T 2348.86 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.261;QD=63.9147;RBI=0.0335229;REFB=0;REVB=-0.00264063;RO=0;SAF=65;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24342e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:80:65:0:0:82:65:0:0 chr7 21630982 . A G 1160.24 PASS AF=0.941176;AO=78;DP=84;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0495628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7363;QD=54.5996;RBI=0.0495687;REFB=-0.00806838;REVB=0.000768473;RO=5;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058311;STB=0.530113;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000249109;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:84:85:5:5:78:80:0.941176:38:40:0:5:39:41:0:5 chr7 21640405 . A G 1305.1 PASS AF=0.859649;AO=98;DP=114;FAO=98;FDP=114;FR=.;FRO=16;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0247804;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5252;QD=45.7929;RBI=0.0669027;REFB=-0.0190441;REVB=0.0621442;RO=15;SAF=48;SAR=50;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609102;STB=0.536473;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0031102;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:15:16:98:98:0.859649:50:48:11:4:50:48:12:4 chr7 21641129 . A G 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0132577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7956;QD=3.67407;RBI=0.0248553;REFB=-0.00967104;REVB=0.0210243;RO=48;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25378;STB=0.674034;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.054505;OID=.;OPOS=21641129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:3:6:22:26:3:6:22:26 chr7 21641218 . G A 468.88 PASS AF=0.813953;AO=34;DP=44;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0246885;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5903;QD=43.6164;RBI=0.0332667;REFB=-0.0321287;REVB=0.0222968;RO=9;SAF=12;SAR=22;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382929;STB=0.506604;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00572685;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:43:9:8:34:35:0.813953:22:12:4:5:23:12:3:5 chr7 21659645 . T C 1254.83 PASS AF=0.887755;AO=87;DP=98;FAO=87;FDP=98;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.028379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1363;QD=51.2176;RBI=0.0511371;REFB=-0.00554631;REVB=0.0425398;RO=10;SAF=43;SAR=44;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205671;STB=0.515944;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00185268;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:10:11:87:87:0.887755:44:43:6:4:44:43:7:4 chr7 21744219 . G T 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0195916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.021;QD=13.6756;RBI=0.0199925;REFB=-0.0104119;REVB=-0.00398321;RO=69;SAF=16;SAR=30;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660871;STB=0.537443;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0142356;OID=.;OPOS=21744219;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:30:16:28:41:30:16:28:41 chr7 21765497 . G A 56.39 PASS AF=0.125;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0138381;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2043;QD=2.34979;RBI=0.109981;REFB=-0.00494791;REVB=-0.109107;RO=84;SAF=5;SAR=7;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144935;STB=0.603277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0354766;OID=.;OPOS=21765497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:97:96:84:84:12:12:0.125:7:5:45:39:7:5:45:39 chr7 21775443 . G A 633.26 PASS AF=0.914894;AO=40;DP=45;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0706643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.947;QD=53.8947;RBI=0.0710019;REFB=-0.0788622;REVB=0.0069161;RO=4;SAF=18;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857492;STB=0.502981;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00723738;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:47:4:4:40:43:0.914894:22:18:2:2:23:20:2:2 chr7 21824122 . G A 567.5 PASS AF=0.854167;AO=40;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0425382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.155;QD=47.2919;RBI=0.0427525;REFB=-0.00937122;REVB=0.00427496;RO=8;SAF=7;SAR=33;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391163;STB=0.512309;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00174455;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:8:7:40:41:0.854167:33:7:2:6:33:8:1:6 chr7 21856151 . G A 30.84 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.00788365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.577;QD=0.927442;RBI=0.059188;REFB=7.49774e-06;REVB=-0.0586606;RO=122;SAF=3;SAR=7;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2051;STB=0.677059;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00100341;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:122:123:10:10:0.075188:7:3:59:63:7:3:60:63 chr7 21893993 . G T 1508.61 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.418;QD=59.747;RBI=0.0300565;REFB=0;REVB=-0.00526314;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64894e-05;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:53:47:0:0:54:47:0:0 chr7 21901566 . T C 1289.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.881;QD=61.383;RBI=0.0534118;REFB=0;REVB=0.0291313;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192521;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr7 21924014 . A G 1267.06 PASS AF=0.924731;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0543197;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.985;QD=54.497;RBI=0.0560369;REFB=-0.0155699;REVB=0.0137662;RO=7;SAF=38;SAR=48;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191617;STB=0.501014;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0018956;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:94:93:7:7:86:86:0.924731:48:38:3:4:48:38:3:4 chr7 21939032 . C A 623.6 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00456862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9934;QD=51.9664;RBI=0.0292098;REFB=-0.0511472;REVB=0.0288503;RO=5;SAF=22;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172358;STB=0.50921;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00482656;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:21:22:3:2:21:22:3:2 chr7 21940960 . A G 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00990836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.099;QD=51.809;RBI=0.0357027;REFB=0.00124376;REVB=0.0343002;RO=3;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266553;STB=0.514278;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=8.07584e-05;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:17:18:1:2:17:18:1:2 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1116.01 PASS AF=0.826531;AO=77;DP=90;FAO=81;FDP=98;FR=.;FRO=17;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0177782;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=7;MLLD=323.017;QD=45.5513;RBI=0.0281298;REFB=-0.0354012;REVB=0.0217996;RO=10;SAF=37;SAR=40;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690818;STB=0.56123;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00701683;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826531:77:90:81:98:17:38:43:14:3:97:10:37:40:8:2 chr7 21941669 . A C 839.39 PASS AF=0.925373;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0165469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.244;QD=50.113;RBI=0.0193712;REFB=-0.00959564;REVB=0.010072;RO=5;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331668;STB=0.517948;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00110394;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:67:5:5:61:62:0.925373:35:26:1:4:35:27:1:4 chr7 22158386 . G A 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9238;QD=57.1901;RBI=0.0110283;REFB=0;REVB=0.00995156;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29517e-05;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr7 22197507 . A G 1357.82 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4517;QD=62.4283;RBI=0.0243692;REFB=0;REVB=0.00211184;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158352;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:45:41:0:1:46:41:0:0 chr7 22202117 . G A 1170.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000444065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.983;QD=60.8091;RBI=0.00141548;REFB=0;REVB=0.00134402;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19623e-06;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr7 22330783 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.288;QD=55.0095;RBI=0.0346796;REFB=-0.0146098;REVB=-0.0154613;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-4.54929e-05;OID=.;OPOS=22330783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr7 22478207 . G T 95.16 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=125;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.00384681;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0214;QD=3.09454;RBI=0.0137648;REFB=0.00368396;REVB=-0.0132163;RO=106;SAF=9;SAR=10;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943173;STB=0.502144;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.02053;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:125:123:106:104:19:19:0.154472:10:9:51:55:10:9:49:55 chr7 22787205 . G T 1861.85 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1893;QD=60.548;RBI=0.0475826;REFB=-0.084592;REVB=-0.0475608;RO=1;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714392;STB=0.503759;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000214699;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:66:56:0:1:66:56:0:1 chr7 23004127 . C T 983.63 PASS AF=0.789474;AO=74;DP=94;FAO=75;FDP=95;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0090298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.502;QD=41.4159;RBI=0.0213932;REFB=-0.0204836;REVB=-0.0193941;RO=20;SAF=27;SAR=47;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570433;STB=0.528082;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00602884;OID=.;OPOS=23004127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:20:20:74:75:0.789474:47:27:10:10:47:28:10:10 chr7 23164526 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5621;QD=63.5826;RBI=0.0342193;REFB=0;REVB=-0.0324856;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054348;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr7 23313171 . T C 1468.78 PASS AF=0.898305;AO=106;DP=119;FAO=106;FDP=118;FR=.;FRO=12;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0151324;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0531;QD=49.7891;RBI=0.0346099;REFB=0.0600806;REVB=0.0311265;RO=12;SAF=67;SAR=39;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024541;STB=0.512978;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00277335;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:119:118:12:12:106:106:0.898305:39:67:9:3:39:67:9:3 chr7 23357321 . C T 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00231656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.36;QD=1.6835;RBI=0.00764501;REFB=-0.00542504;REVB=0.00728558;RO=65;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107574;STB=0.584739;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0348044;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:4:3:34:31:4:3:34:31 chr7 23775454 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.436;QD=46.8478;RBI=0.00856443;REFB=0;REVB=-0.000923499;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45179e-05;OID=.;OPOS=23775454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 23775477 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.983;QD=44.6897;RBI=0.0422398;REFB=0;REVB=0.040747;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312671;OID=.;OPOS=23775477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr7 23811795 . T G 1181.73 PASS AF=0.873684;AO=83;DP=97;FAO=83;FDP=95;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0328729;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8021;QD=49.7569;RBI=0.0687143;REFB=-0.000283273;REVB=0.0603409;RO=12;SAF=46;SAR=37;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130327;STB=0.506918;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000584113;OID=.;OPOS=23811795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:97:95:12:12:83:83:0.873684:37:46:6:6:37:46:6:6 chr7 23811800 . G T 1267.76 PASS AF=0.88;AO=87;DP=99;FAO=88;FDP=100;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00924994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.908;QD=50.7104;RBI=0.0190686;REFB=-0.00331468;REVB=0.0166749;RO=12;SAF=51;SAR=36;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202207;STB=0.509761;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00046066;OID=.;OPOS=23811800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:100:12:12:87:88:0.88:36:51:6:6:37:51:6:6 chr7 23854838 . G GA 552.62 PASS AF=0.985915;AO=55;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.189188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.9695;QD=31.1335;RBI=0.189198;REFB=-0.00494486;REVB=0.00190895;RO=16;SAF=24;SAR=31;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796194;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=ins;VARB=0.0193484;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985915:55:71:70:71:1:34:36:0:1:7:16:24:31:10:6 chr7 23934657 . A C 333.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0301941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.224;QD=39.1876;RBI=0.0326446;REFB=-0.0153766;REVB=0.0124092;RO=7;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129456;STB=0.570125;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00681942;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:14:13:1:6:14:13:1:6 chr7 24329133 . C T 49.0 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00722477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.285;QD=4.35524;RBI=0.0294495;REFB=-0.00858853;REVB=-0.0285495;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571258;STB=0.896531;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0315793;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:45:45:37:37:7:8:0.177778:1:6:13:24:1:7:13:24 chr7 24703298 . G A 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.00970573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.894;QD=1.08961;RBI=0.0141152;REFB=-0.00338019;REVB=0.0102487;RO=103;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405638;STB=0.503304;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.037234;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:103:104:9:9:0.079646:6:3:34:69:6:3:35:69 chr7 24742436 . T C 789.79 PASS AF=0.835616;AO=61;DP=73;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00336608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8656;QD=43.2762;RBI=0.0198224;REFB=-0.0207659;REVB=0.0195346;RO=12;SAF=29;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758761;STB=0.504049;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0035181;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:12:12:61:61:0.835616:32:29:6:6:32:29:6:6 chr7 24756841 . A G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00444788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.736;QD=8.88634;RBI=0.0129691;REFB=-0.00649599;REVB=-0.0121825;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345753;STB=0.71772;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0200244;OID=.;OPOS=24756841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:4:11:16:20:4:11:16:21 chr7 24758795 . T C 850.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0324;QD=57.6453;RBI=0.124292;REFB=0;REVB=-0.0146435;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154339;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr7 24854765 . G A 1291.31 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0116471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5314;QD=55.54;RBI=0.0150331;REFB=-0.051006;REVB=0.00950476;RO=6;SAF=49;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128459;STB=0.506793;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00213706;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:93:93:6:6:87:87:0.935484:38:49:4:2:38:49:4:2 chr7 24911357 . T G 103.4 PASS AF=0.128342;AO=24;DP=187;FAO=24;FDP=187;FR=.;FRO=163;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=-0.0295201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.144;QD=2.21175;RBI=0.0296755;REFB=0.000232525;REVB=0.00303325;RO=163;SAF=17;SAR=7;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206271;STB=0.64473;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00221493;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:163:163:24:24:0.128342:7:17:90:73:7:17:90:73 chr7 25181912 . T C 1414.08 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213316;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.744;QD=62.1572;RBI=0.0380971;REFB=0;REVB=0.0315651;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120461;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:46:45:0:0 chr7 25194665 . G C 1864.9 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00142276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.756;QD=59.6769;RBI=0.0225293;REFB=0.028493;REVB=0.0224843;RO=2;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162404;STB=0.500855;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000387247;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:55:68:1:1:55:68:1:1 chr7 25194753 . C T 2405.77 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00068037;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.328;QD=61.2935;RBI=0.0337618;REFB=0;REVB=0.0337549;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34006e-05;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:154:157:1:88:66:0:0:89:68:0:0 chr7 25267934 . T C 616.2 PASS AF=0.859649;AO=48;DP=57;FAO=49;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0167986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3838;QD=43.2422;RBI=0.0931542;REFB=0.0160185;REVB=0.091627;RO=8;SAF=18;SAR=30;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698335;STB=0.538097;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00127732;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:8:8:48:49:0.859649:30:18:5:3:31:18:5:3 chr7 25267963 . G C 885.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6892;QD=58.0507;RBI=0.0237582;REFB=0;REVB=0.0233989;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155677;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr7 25304395 . A G 1148.98 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.433;QD=60.4724;RBI=0.0172364;REFB=0;REVB=0.0164974;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81484e-05;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:75:76:1:42:33:1:0:42:34:0:0 chr7 26778406 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.286;QD=56.4872;RBI=0.0536761;REFB=0.0687798;REVB=0.0436397;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000216924;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr7 27135314 . C T 487.71 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236163;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.44;QD=59.1162;RBI=0.00351944;REFB=0;REVB=-0.00260943;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00915708;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:7:25:0:0:7:26:0:0 chr7 27147138 . T C 49.24 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.015248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.118;QD=2.21305;RBI=0.0171837;REFB=-0.000944132;REVB=-0.00792338;RO=69;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647481;STB=0.562006;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00783913;OID=.;OPOS=27147138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:89:89:69:78:11:11:0.123596:5:6:34:35:5:6:37:41 chr7 27169093 . T G 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00620969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.938;QD=58.8218;RBI=0.0067567;REFB=-0.0890228;REVB=0.00266323;RO=1;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109089;STB=0.505746;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000251447;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:43:63:0:1:43:63:0:1 chr7 27196069 . A C 2704.68 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=180;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504605;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3241;QD=61.8213;RBI=0.0571144;REFB=-0.00874334;REVB=0.0267544;RO=1;SAF=69;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451215;STB=0.502369;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=3.18106e-05;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:175:1:1:174:174:0.994286:105:69:0:1:105:69:0:1 chr7 27196113 . C T 2764.88 PASS AF=0.929648;AO=185;DP=199;FAO=185;FDP=199;FR=.;FRO=14;FSAF=80;FSAR=105;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0377589;FXX=0.00499975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.2809;QD=55.5755;RBI=0.0483953;REFB=-0.134624;REVB=0.0302715;RO=14;SAF=80;SAR=105;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477324;STB=0.525142;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00807588;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:199:199:14:14:185:185:0.929648:105:80:11:3:105:80:11:3 chr7 27202289 . A G 468.84 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130421;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.05;QD=58.6055;RBI=0.0330889;REFB=0;REVB=0.0304102;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157801;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 27702390 . C A 31.36 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0520029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.961;QD=1.13021;RBI=0.0523267;REFB=-0.00112888;REVB=-0.00581279;RO=102;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147926;STB=0.512168;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0129102;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:111:102:102:9:9:0.0810811:5:4:44:58:5:4:44:58 chr7 27886171 . A G 1517.63 PASS AF=0.990385;AO=92;DP=93;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3269;QD=58.3704;RBI=0.094346;REFB=-0.100617;REVB=0.0855696;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0044396;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:104:0:1:92:103:0.990385:44:48:0:0:55:48:1:0 chr7 28319007 . T A 771.79 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0105994;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.081;QD=47.4947;RBI=0.0111752;REFB=-0.0233351;REVB=-0.00354096;RO=6;SAF=31;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234484;STB=0.503999;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00303755;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:66:65:6:7:58:58:0.892308:27:31:4:2:27:31:4:3 chr7 28319234 . A C 659.73 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.034432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0892;QD=46.2971;RBI=0.0363117;REFB=0.0630225;REVB=0.0115316;RO=6;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387437;STB=0.520653;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00797684;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:57:6:6:51:51:0.894737:24:27:2:4:24:27:2:4 chr7 28995800 . G A 147.6 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0933609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.388;QD=36.9;RBI=0.109368;REFB=0.0420609;REVB=0.0569651;RO=2;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21035e-05;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:7:7:1:1:7:7:1:1 chr7 28996557 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0384238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.049;QD=44.6066;RBI=0.0545029;REFB=-0.0622316;REVB=0.0386546;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00359483;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:10:11:1:0:10:11:1:1 chr7 28996944 . T C 234.02 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00481328;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.682;QD=46.8031;RBI=0.036386;REFB=0.0755237;REVB=0.0360662;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0014617;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:11:8:1:0:11:8:1:0 chr7 28997141 . G C 883.49 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.023838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.671;QD=51.2166;RBI=0.0255507;REFB=-0.0180793;REVB=-0.00919711;RO=5;SAF=35;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732254;STB=0.503885;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0023776;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:29:35:3:2:29:35:3:2 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 587.39 PASS AF=0.97561,0.0243902,0;AO=36,2,3;DP=41;FAO=40,1,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1,0;FSAR=22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110123,-0.0514025,-0.0596965;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=25.0777,5.60907,6.23605;QD=57.3062;RBI=0.0332746,0.0790392,0.126148;REFB=0,0,0;REVB=-0.0313995,-0.0600415,-0.111129;RO=0;SAF=16,2,1;SAR=20,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.9376e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00201044,-0.0154329,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97561,0.0243902,0:36,2,3:41:40,1,0:41:0:18,1,0:22,0,0:0:0:4:0:16,2,1:20,0,2:0:0 chr7 29070320 . C G,T 788.49 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416373,0.0207962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3022,79.7775;QD=63.0791;RBI=0.0464594,0.028952;REFB=0,0;REVB=-0.0206111,-0.020143;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137303,-0.00378593;OID=.,.;OPOS=29070320,29070320;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:0,29:2,19:0:0:0,29:2,19:0:0 chr7 29160604 . C T 118.17 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0288849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=5.02846;RBI=0.0303447;REFB=-0.0038187;REVB=0.00929862;RO=75;SAF=7;SAR=12;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207611;STB=0.63144;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0115711;OID=.;OPOS=29160604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:75:19:19:0.202128:12:7:40:35:12:7:40:35 chr7 29186576 . A G 1453.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.187;QD=63.1907;RBI=0.0191717;REFB=0;REVB=0.0181588;RO=0;SAF=25;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46667e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:66:25:0:0:67:25:0:0 chr7 29523563 . G A 1257.05 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00596011;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.094;QD=57.1385;RBI=0.00873355;REFB=-0.00477037;REVB=-0.00638372;RO=4;SAF=42;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429976;STB=0.522722;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000559011;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:84:84:0.954545:42:42:4:0:42:42:4:0 chr7 29552213 . T C 1134.34 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=56.7169;RBI=0.057998;REFB=-0.0226175;REVB=0.051168;RO=3;SAF=38;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122783;STB=0.506492;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00268355;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:39:38:2:1:39:38:2:1 chr7 29720404 . A G 213.51 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.028807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.552;QD=25.1182;RBI=0.0330033;REFB=-0.0139599;REVB=0.0161051;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52848;STB=0.814906;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0504872;OID=.;OPOS=29720404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:13:13:0.382353:1:12:7:6:1:12:7:6 chr7 29952207 . C G 1212.34 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551145;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1944;QD=61.3842;RBI=0.0568806;REFB=0;REVB=0.0140639;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299226;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr7 30177278 . C T 2333.67 PASS AF=0.941176;AO=160;DP=169;FAO=160;FDP=170;FR=.;FRO=10;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0051325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3682;QD=54.9099;RBI=0.0289509;REFB=0.00521131;REVB=-0.0284924;RO=9;SAF=62;SAR=98;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176848;STB=0.505434;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000817328;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:169:170:9:10:160:160:0.941176:98:62:2:7:98:62:3:7 chr7 30492550 . G A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0559583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.346;QD=3.88751;RBI=0.0563098;REFB=0.000598792;REVB=0.00628205;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341703;STB=0.7462;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000180684;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:5:1:12:17:5:1:12:17 chr7 30538651 . T C 899.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.576;QD=57.0854;RBI=0.0519379;REFB=0;REVB=0.0243672;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065343;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:37:26:0:0 chr7 30695202 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0604458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.11;QD=5.69656;RBI=0.0612389;REFB=0.00244507;REVB=0.00982378;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560724;STB=0.849819;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.025635;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:2:7:9:24:2:7:9:24 chr7 30795288 . A G 1820.98 PASS AF=0.939394;AO=124;DP=132;FAO=124;FDP=132;FR=.;FRO=8;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0115696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.55;QD=55.1813;RBI=0.0632556;REFB=0.0136447;REVB=-0.0621885;RO=7;SAF=72;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000958752;STB=0.505009;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00061413;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:132:132:7:8:124:124:0.939394:52:72:4:3:52:72:4:4 chr7 30795331 . A G 1821.83 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182495;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.424;QD=61.2379;RBI=0.0364765;REFB=0;REVB=0.031583;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24815e-06;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:51:65:0:0:53:66:0:0 chr7 30795436 . T G 741.17 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00428672;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.592;QD=54.9018;RBI=0.00430248;REFB=0.164781;REVB=-0.000367898;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-5.94607e-05;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:26:26:0:0:27:26:1:0 chr7 30831082 . C T 38.32 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.0253907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5717;QD=1.41925;RBI=0.0277828;REFB=-0.00389088;REVB=-0.0112782;RO=97;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353382;STB=0.531189;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0583331;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:97:98:10:10:0.0925926:6:4:36:61:6:4:36:62 chr7 31117634 . G A 724.19 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000517666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.706;QD=54.6557;RBI=0.0593533;REFB=-0.0666684;REVB=0.059351;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000651289;OID=.;OPOS=31117634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:0:1:32:20:0:1 chr7 31592733 . C A 65.53 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0430185;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.412;QD=2.91242;RBI=0.0432529;REFB=-0.00896381;REVB=-0.00449722;RO=67;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225283;STB=0.583204;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0555893;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:90:67:77:13:13:0.144444:8:5:38:29:8:5:37:40 chr7 31611758 . G T 1172.82 PASS AF=0.849057;AO=90;DP=107;FAO=90;FDP=106;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.014062;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.135;QD=44.2572;RBI=0.0159835;REFB=-0.0201403;REVB=-0.00759808;RO=16;SAF=35;SAR=55;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105165;STB=0.555901;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00401372;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:106:16:16:90:90:0.849057:55:35:12:4:55:35:12:4 chr7 31617733 . T C 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0328829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5937;QD=52.7016;RBI=0.0620249;REFB=-0.142519;REVB=-0.0525908;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.502914;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00217854;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:22:30:1:0:22:30:1:1 chr7 31618008 . A G 175.06 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.261;QD=46.6825;RBI=0.180374;REFB=0;REVB=0.00147436;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358926;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr7 31682453 . C T 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4307;QD=61.8509;RBI=0.0602976;REFB=0;REVB=0.0448104;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384616;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr7 31683410 . G A 1511.33 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113538;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.397;QD=62.3229;RBI=0.0206659;REFB=-0.104716;REVB=0.0172675;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080477;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:97:1:0:95:97:1:47:48:1:0:47:50:0:0 chr7 31848706 . A G 1350.0 PASS AF=0.933333;AO=95;DP=105;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.076081;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3339;QD=51.4287;RBI=0.0772585;REFB=-0.0332606;REVB=-0.0134371;RO=7;SAF=29;SAR=66;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187159;STB=0.507691;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00128727;OID=.;OPOS=31848706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:105:105:7:7:95:98:0.933333:66:29:3:4:66:32:3:4 chr7 31855578 . G A,T 1110.35 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=71,4;DP=75;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41,4;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179409,-0.0165018;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.7318,37.8511;QD=57.6804;RBI=0.0431327,0.0363102;REFB=0,0;REVB=0.0392244,0.0323438;RO=0;SAF=40,4;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.18246e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00080654,0.127062;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:75:77:0:0:71,4:73,4:0.948052,0.0519481:31,0:40,4:0:0:32,0:41,4:0:0 chr7 32209425 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.676;QD=62.9081;RBI=0.0277539;REFB=0;REVB=0.027226;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97237e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr7 32209459 . C T 1535.62 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.406;QD=59.6358;RBI=0.0251094;REFB=0;REVB=0.0247;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164525;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:37:61:0:0:41:62:0:0 chr7 32338337 . G A 1248.06 PASS AF=0.976471;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0533411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.476;QD=58.7323;RBI=0.0631123;REFB=-0.119095;REVB=0.0337325;RO=2;SAF=31;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295669;STB=0.515148;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00874124;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:81:83:0.976471:50:31:2:0:51:32:2:0 chr7 32529936 . G C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3097;QD=59.429;RBI=0.0328706;REFB=0;REVB=0.00883992;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213089;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr7 32530105 . G C 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0420218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.781;QD=57.2341;RBI=0.0441874;REFB=-0.0388754;REVB=0.0136636;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000226681;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:0:1:33:33:0:1 chr7 32530198 . AA TC 1212.42 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326328;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.082;QD=61.3882;RBI=0.0132092;REFB=0;REVB=-0.0127998;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.12004e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr7 32613020 . A G 878.48 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0254058;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8853;QD=50.1987;RBI=0.0254122;REFB=-0.0149776;REVB=0.000573202;RO=6;SAF=25;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973342;STB=0.505168;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00150079;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:71:70:6:6:64:64:0.914286:39:25:2:4:39:25:2:4 chr7 32623796 . C T 793.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.496;QD=56.6961;RBI=0.0284097;REFB=0;REVB=0.00773368;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87176e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:31:25:0:0 chr7 32908287 . T C 727.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.812;QD=63.2442;RBI=0.0164515;REFB=0;REVB=0.0127977;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43395e-06;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr7 33003171 . G A 576.72 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00701403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.921;QD=52.4287;RBI=0.032357;REFB=-0.0104941;REVB=0.0315876;RO=4;SAF=13;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124383;STB=0.566632;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00368189;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:27:13:4:0:27:13:4:0 chr7 33385852 . C T 1067.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142192;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.396;QD=60.1148;RBI=0.042589;REFB=0;REVB=-0.0401452;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30921e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr7 34192762 . G C 1733.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032156;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.376;QD=60.8177;RBI=0.0471995;REFB=0;REVB=0.0345511;RO=0;SAF=78;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162916;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:36:78:0:0:36:78:0:0 chr7 34193025 . T G 37.58 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0505578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3027;QD=4.06293;RBI=0.0573333;REFB=-0.044865;REVB=0.0270373;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190123;STB=0.629862;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.196017;OID=.;OPOS=34193025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:13:17:5:2:13:17 chr7 34193029 . TTCA T,TATC,TTC 125.97 PASS AF=0,0.263158,0.447368;AO=8,3,5;DP=40;FAO=0,10,17;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2,6;FSAR=0,8,11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0190626,-0.00972915,0.337917;FXX=0;HRUN=2,2,5;LEN=3,3,1;MLLD=46.3301,80.3806,6.57371;QD=13.2595;RBI=0.308255,0.248219,0.543325;REFB=-0.0482598,-0.039314,-0.136573;REVB=-0.307665,-0.248028,-0.425458;RO=16;SAF=0,0,1;SAR=8,3,4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.798869,-0.687676,-0.522492;STB=0.5,0.710646,0.578852;STBP=1,0.096,0.297;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0.238373,0.142359;OID=.,.,.;OPOS=34193030,34193030,34193032;OREF=TCA,TCA,A;OALT=-,ATC,-;OMAPALT=T,TATC,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.263158,0.447368:8,3,5:40:0,10,17:38:11:0,2,6:0,8,11:6:5:63:16:0,0,1:8,3,4:11:5 chr7 35293193 . A G 422.21 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00292588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.078;QD=44.4433;RBI=0.0475438;REFB=-0.0305317;REVB=0.0474537;RO=6;SAF=14;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675186;STB=0.536401;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00552663;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:18:14:4:2:18:14:4:2 chr7 35709842 . C T 1512.2 PASS AF=0.893443;AO=109;DP=122;FAO=109;FDP=122;FR=.;FRO=13;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00775585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6682;QD=49.5804;RBI=0.034086;REFB=0.00578596;REVB=-0.0331919;RO=13;SAF=61;SAR=48;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355844;STB=0.51883;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000584993;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:122:13:13:109:109:0.893443:48:61:5:8:48:61:5:8 chr7 35840898 . G C,GC 1329.28 PASS AF=0.0340909,0.965909;AO=6,80;DP=89;FAO=3,85;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=3,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592162,0.0309041;FXX=0.0112347;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=114.558,128.337;QD=60.4217;RBI=0.0789598,0.0537773;REFB=0,0;REVB=-0.0522311,-0.0440106;RO=2;SAF=0,36;SAR=6,44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0210329;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00706897,0.0166986;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:89:88:2:0:6,80:3,85:0.0340909,0.965909:6,44:0,36:0:2:3,48:0,37:0:0 chr7 36124292 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.272;QD=58.061;RBI=0.00490861;REFB=0;REVB=0.00294308;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66354e-06;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr7 36194769 . CCG CCC,CC,C 142.26 PASS AF=0,0.0243902,0.463415;AO=10,8,7;DP=48;FAO=0,1,19;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,1;FSAR=0,1,18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0148417,0.120765,0.117891;FXX=0.108672;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=15.6114,12.2847,23.4362;QD=13.8791;RBI=0.104146,0.169463,0.118156;REFB=0.00494785,-0.063414,-0.0665023;REVB=-0.103083,-0.118884,-0.00790849;RO=22;SAF=0,0,0;SAR=10,8,7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.756707,-0.727266,-0.707717;STB=0.5,0.985811,0.792027;STBP=1,0.503,0.024;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.150149,0.0815924;OID=.,.,.;OPOS=36194771,36194771,36194770;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0243902,0.463415:10,8,7:48:0,1,19:41:21:0,0,1:0,1,18:6:15:99:22:0,0,0:10,8,7:9:13 chr7 36320821 . G A 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.647;QD=61.8751;RBI=0.0136385;REFB=0;REVB=0.00393181;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82226e-06;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr7 36338749 . T C 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.646;QD=61.0545;RBI=0.0232267;REFB=0;REVB=0.0190552;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91875e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:66:51:0:0:66:51:0:0 chr7 36339269 . C G 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0303497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.974;QD=5.21372;RBI=0.0416126;REFB=-0.00674117;REVB=0.0284694;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600919;STB=0.889991;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0346246;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:1:7:11:20:1:7:11:20 chr7 36396480 . A G 813.4 PASS AF=0.924242;AO=51;DP=65;FAO=61;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0601016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0454;QD=49.297;RBI=0.138484;REFB=-0.0472566;REVB=0.124763;RO=5;SAF=32;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402949;STB=0.5134;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0135756;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:66:5:5:51:61:0.924242:19:32:2:3:26:35:2:3 chr7 36445856 . G A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.739;QD=62.9081;RBI=0.0264819;REFB=0;REVB=-0.00691426;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3951e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr7 36447349 . A ACTT,T 843.5 PASS AF=0.904762,0.0634921;AO=54,6;DP=64;FAO=57,4;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0268443,0.0491679;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=242.455,59.9994;QD=53.5555;RBI=0.0540761,0.0514559;REFB=-0.0521993,0.0653122;REVB=0.0469426,0.0151733;RO=2;SAF=30,5;SAR=24,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0376599,0.418591;STB=0.519993,0.996649;STBP=0.162,0.028;TYPE=ins,snp;VARB=0.00567065,-0.0158948;OID=.,.;OPOS=36447350,36447349;OREF=-,A;OALT=CTT,T;OMAPALT=ACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:64:63:2:2:54,6:57,4:0.904762,0.0634921:24,1:30,5:0:2:24,0:33,4:0:2 chr7 36458979 . T A 1502.08 PASS AF=0.929825;AO=104;DP=112;FAO=106;FDP=114;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00685715;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.782;QD=52.7044;RBI=0.0418906;REFB=-0.0572835;REVB=0.0413255;RO=8;SAF=36;SAR=68;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043009;STB=0.502762;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00356442;OID=.;OPOS=36458979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:112:114:8:8:104:106:0.929825:68:36:3:5:70:36:3:5 chr7 36552790 . G GT,T 1388.63 PASS AF=1,0;AO=87,8;DP=102;FAO=100,0;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696027,0.108933;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=21.843,5.26921;QD=55.5451;RBI=0.0896292,0.177075;REFB=0,0;REVB=-0.05647,-0.139603;RO=5;SAF=62,1;SAR=25,7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0110202,-0.528386;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000297875,0;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:5:0:87,8:100,0:1,0:25,7:62,1:4:1:35,0:65,0:0:0 chr7 36763688 . C T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0038263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.091;QD=3.80251;RBI=0.0444682;REFB=-0.00329909;REVB=-0.0443032;RO=47;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58145;STB=0.894899;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0173926;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:1:8:19:28:1:8:19:28 chr7 36894142 . GCAAAAAAAAAAAAAA AAGCAAAAAAAAAAAC,GCAAAAAAAAAAAACA 383.53 PASS AF=0.0857143,0.885714;AO=2,2;DP=35;FAO=3,31;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0759672,-0.083413;FXX=0.29994;HRUN=1,17;LEN=16,1;MLLD=151.402,174.945;QD=43.8319;RBI=0.0790118,0.0876696;REFB=-0.123888,-0.00629411;REVB=0.0217221,0.0269857;RO=0;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.59939,0.514277;STBP=0.681,0.519;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0360298,-0.0103757;OID=.,.;OPOS=36894142,36894156;OREF=GCAAAAAAAAAAAAAA,A;OALT=AAGCAAAAAAAAAAAC,C;OMAPALT=AAGCAAAAAAAAAAAC,GCAAAAAAAAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:35:35:0:1:2,2:3,31:0.0857143,0.885714:0,1:2,1:0:0:2,17:1,14:0:1 chr7 36894420 . C T 1465.8 PASS AF=0.878049;AO=106;DP=123;FAO=108;FDP=123;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00646642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.591;QD=47.6684;RBI=0.0103159;REFB=-0.0584051;REVB=-0.0080376;RO=14;SAF=42;SAR=64;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901678;STB=0.500936;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00852062;OID=.;OPOS=36894420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:123:123:14:15:106:108:0.878049:64:42:5:9:64:44:6:9 chr7 37209284 . G A 283.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.179;QD=51.5539;RBI=0.00846284;REFB=0;REVB=-0.00445986;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85175e-06;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr7 37355590 . C CT 551.29 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706744;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9087;QD=45.9408;RBI=0.103412;REFB=0;REVB=-0.0754927;RO=2;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00364565;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:48:48:0:16:32:0:0:10:2:16:30:0:2 chr7 37780799 . C A 1739.07 PASS AF=0.9375;AO=119;DP=129;FAO=120;FDP=128;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00852153;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.674;QD=54.346;RBI=0.0108869;REFB=-0.00529843;REVB=0.00677553;RO=7;SAF=51;SAR=68;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308707;STB=0.519289;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000369271;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:129:128:7:8:119:120:0.9375:68:51:1:6:69:51:1:7 chr7 37907304 . T C 1431.95 PASS AF=0.98;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0488865;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.573;QD=57.2781;RBI=0.0575389;REFB=-0.098885;REVB=0.0303453;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.500204;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000889;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:100:1:2:98:98:0.98:48:50:1:0:48:50:1:1 chr7 37916455 . A G 1145.66 PASS AF=0.880435;AO=79;DP=92;FAO=81;FDP=92;FR=.;FRO=11;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00969203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.408;QD=49.8111;RBI=0.0523123;REFB=0.0171064;REVB=0.0514066;RO=11;SAF=39;SAR=40;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328352;STB=0.517034;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00279215;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:92:11:11:79:81:0.880435:40:39:7:4:41:40:7:4 chr7 37947164 . G T 2038.2 PASS AF=0.934641;AO=142;DP=153;FAO=143;FDP=153;FR=.;FRO=10;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0448936;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.188;QD=53.2861;RBI=0.0469147;REFB=-0.0669855;REVB=-0.0136218;RO=9;SAF=77;SAR=65;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111291;STB=0.502527;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00179111;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:153:153:9:10:142:143:0.934641:65:77:4:5:66:77:5:5 chr7 37951726 . G A 64.93 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=143;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=-0.0162734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.237;QD=1.81621;RBI=0.018728;REFB=-0.00491503;REVB=-0.00926906;RO=127;SAF=9;SAR=7;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236396;STB=0.51722;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0493102;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:143:143:127:127:16:16:0.111888:7:9:69:58:7:9:69:58 chr7 37953840 . C T 1926.18 PASS AF=0.893333;AO=133;DP=149;FAO=134;FDP=150;FR=.;FRO=16;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00251598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7357;QD=51.3647;RBI=0.0380559;REFB=-0.0111753;REVB=-0.0379726;RO=16;SAF=61;SAR=72;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212044;STB=0.510688;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000720491;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:150:16:16:133:134:0.893333:72:61:9:7:72:62:9:7 chr7 37961001 . C A 1303.22 PASS AF=0.866071;AO=97;DP=116;FAO=97;FDP=112;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0287876;FXX=0.0344798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.18;QD=46.5437;RBI=0.0405587;REFB=-0.0620137;REVB=0.0285706;RO=14;SAF=48;SAR=49;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327754;STB=0.521639;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0113101;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:116:112:14:15:97:97:0.866071:49:48:5:9:49:48:5:10 chr7 37988589 . C G,T 1146.36 PASS AF=0.11236,0.820225;AO=10,70;DP=86;FAO=10,73;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=3,40;FSAR=7,33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00309743,0.0657207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.246,159.247;QD=51.5216;RBI=0.00349972,0.0662089;REFB=-0.0476107,-0.027924;REVB=-0.00162909,0.00802538;RO=3;SAF=3,37;SAR=7,33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157689,0.0410576;STB=0.562382,0.529056;STBP=0.618,0.088;TYPE=snp,snp;VARB=0.0106829,0.00881683;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:86:89:3:6:10,70:10,73:0.11236,0.820225:7,33:3,37:0:3:7,33:3,40:1:5 chr7 37991129 . C A 1472.81 PASS AF=0.928571;AO=104;DP=115;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00260094;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.23;QD=52.6002;RBI=0.00567543;REFB=0.00423989;REVB=-0.00504436;RO=7;SAF=62;SAR=42;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146929;STB=0.511459;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.000366466;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:115:112:7:8:104:104:0.928571:42:62:5:2:42:62:6:2 chr7 38268395 . C T 564.81 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00676309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.635;QD=41.077;RBI=0.0110907;REFB=-0.0324041;REVB=0.00878999;RO=9;SAF=23;SAR=23;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.545435;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00643607;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:23:23:7:2:23:23:7:2 chr7 38269675 . T C 805.74 PASS AF=0.871429;AO=61;DP=70;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00731048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.943;QD=46.0424;RBI=0.0102675;REFB=-0.00463312;REVB=0.00720958;RO=9;SAF=34;SAR=27;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811487;STB=0.543219;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000494868;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:9:9:61:61:0.871429:27:34:2:7:27:34:2:7 chr7 38299727 . T C 68.02 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0415886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.765;QD=4.06079;RBI=0.0453795;REFB=-0.0114977;REVB=0.0181573;RO=43;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821185;STB=0.646218;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0545582;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:43:55:12:12:0.179104:8:4:17:26:8:4:28:27 chr7 38331420 . G GT 49.18 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.013566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.1152;QD=2.52197;RBI=0.0382953;REFB=-0.0529191;REVB=0.035812;RO=59;SAF=1;SAR=18;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609931;STB=0.894099;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.133879;OID=.;OPOS=38331421;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24359:19:78:19:78:59:1:18:24:35:49:59:1:18:24:35 chr7 38356849 . C T 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.099;QD=58.529;RBI=0.0264415;REFB=-0.0821595;REVB=0.00831132;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000191523;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:46:55:0:0:46:55:0:1 chr7 38388735 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.782;QD=33.4274;RBI=0.014656;REFB=0;REVB=0.0138726;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294571;OID=.;OPOS=38388735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 38388895 . A T 754.74 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.968;QD=61.6116;RBI=0.0253511;REFB=-0.061003;REVB=0.00964139;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.516122;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000407131;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:1:0:33:15:1:0 chr7 38389410 . G C 1680.22 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03481;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1056;QD=60.5484;RBI=0.0411455;REFB=0;REVB=0.0219367;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03158e-06;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr7 38393319 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00071954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9078;QD=59.0172;RBI=0.00697704;REFB=0;REVB=-0.00693984;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110623;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr7 38393343 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0096119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.285;QD=54.6368;RBI=0.0160445;REFB=0.0596304;REVB=0.0128467;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=4.00872e-05;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:51:51:0.980769:24:27:0:0:24:27:0:1 chr7 38393390 . T G 1015.4 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00612462;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.081;QD=58.0227;RBI=0.0111349;REFB=-0.0374574;REVB=0.00929925;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000124275;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:0:1:37:32:0:1 chr7 38393424 . G A 1294.94 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.396;QD=60.2296;RBI=0.018599;REFB=-0.04902;REVB=0.0100183;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059555;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:86:1:0:81:86:1:46:35:0:1:50:36:0:0 chr7 38393448 . G C 1506.93 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.454;QD=63.4498;RBI=0.0282678;REFB=0;REVB=-0.00744028;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9061e-05;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:59:34:0:0:59:36:0:0 chr7 38393524 . C T 1352.87 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0461749;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.398;QD=60.1275;RBI=0.046442;REFB=0.0268243;REVB=0.00497328;RO=2;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182178;STB=0.509613;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=7.00601e-05;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:87:88:0.977778:51:36:0:2:51:37:0:2 chr7 38393534 . C T 1272.77 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.010298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6936;QD=59.1986;RBI=0.0105371;REFB=-0.0661865;REVB=-0.00223194;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292721;STB=0.510202;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00711193;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:3:2:83:84:0.976744:47:36:0:3:48:36:0:2 chr7 38393592 . C A 837.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227235;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.601;QD=57.7419;RBI=0.0341578;REFB=0;REVB=0.0255028;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202994;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr7 38393713 . A G 619.97 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0109604;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.483;QD=53.9103;RBI=0.0148538;REFB=-0.00195421;REVB=-0.0100252;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.555529;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=3.45386e-05;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:46:0:4:41:42:0.913043:16:25:0:0:16:26:0:4 chr7 38393798 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.272;QD=51.9167;RBI=0.0206865;REFB=0;REVB=-0.000929034;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52713e-05;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 38397930 . A G 60.7 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.092;QD=34.6843;RBI=0.079459;REFB=0;REVB=0.0370093;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377185;OID=.;OPOS=38397930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:0:5:0:0:1:6:0:0 chr7 38398565 . G C 1491.6 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2542;QD=63.4725;RBI=0.034562;REFB=0;REVB=0.0223861;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40038e-05;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:47:46:0:0:47:47:0:0 chr7 38402496 . A G 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.096;QD=62.3197;RBI=0.0335096;REFB=0.0334698;REVB=0.00486537;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-3.86045e-05;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:0:1:51:44:0:1 chr7 38467842 . A G 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6064;QD=57.5359;RBI=0.0558323;REFB=0;REVB=-0.00051844;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552058;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr7 38467923 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.44;QD=62.3499;RBI=0.044278;REFB=0;REVB=0.0436489;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295057;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr7 38468463 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.705;QD=58.6003;RBI=0.00961749;REFB=0;REVB=-0.00830381;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82692e-06;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:18:46:0:0:18:46:0:0 chr7 38468695 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.031;QD=43.4831;RBI=0.0132393;REFB=0;REVB=0.0102696;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299985;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 38469039 . C A 954.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4513;QD=58.7345;RBI=0.0974266;REFB=0;REVB=0.00381998;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106354;OID=.;OPOS=38469039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr7 38725804 . C T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0351332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.88;QD=2.25306;RBI=0.0352037;REFB=0.00195516;REVB=0.00222716;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442999;STB=0.845838;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00596525;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:58:60:8:8:0.117647:7:1:27:31:7:1:29:31 chr7 38780883 . C T 2739.17 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000668152;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.344;QD=61.9021;RBI=0.00171457;REFB=-0.0609274;REVB=-0.00157903;RO=1;SAF=76;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0047842;STB=0.502487;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=8.26015e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:1:1:175:176:0.99435:99:76:0:1:100:76:0:1 chr7 38780924 . T C 3655.57 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166864;FXX=0.0127654;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.766;QD=63.0271;RBI=0.0306527;REFB=0.0782947;REVB=0.0257129;RO=1;SAF=99;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4451e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:232:1:0:231:232:1:132:99:0:1:133:99:0:0 chr7 38796570 . G A 1368.7 PASS AF=0.925926;AO=99;DP=108;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0627927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.479;QD=50.6926;RBI=0.0628041;REFB=-0.00807207;REVB=0.00119448;RO=9;SAF=46;SAR=53;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208284;STB=0.516384;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000769446;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:108:108:9:8:99:100:0.925926:53:46:3:6:53:47:2:6 chr7 39472708 . A G 57.47 PASS AF=0.146341;AO=10;DP=80;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0223363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.182;QD=2.80343;RBI=0.0227397;REFB=-0.0077024;REVB=-0.00426417;RO=63;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941471;STB=0.535065;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0366774;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:80:82:63:70:10:12:0.146341:4:6:33:30:5:7:38:32 chr7 39472846 . G A 48.7 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0757125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0801;QD=5.26515;RBI=0.0893123;REFB=-0.0501819;REVB=-0.0473742;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279233;STB=0.594367;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.133897;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:34:37:26:29:8:8:0.216216:5:3:16:10:4:4:18:11 chr7 39649275 . G A 69.26 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.026714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.159;QD=3.42009;RBI=0.027096;REFB=-0.0028269;REVB=-0.00453384;RO=68;SAF=4;SAR=9;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261204;STB=0.676026;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0124978;OID=.;OPOS=39649275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:9:4:35:33:9:4:35:33 chr7 40314165 . G A 743.02 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0680635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.973;QD=59.4418;RBI=0.0862802;REFB=-0.0282023;REVB=0.0530249;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315391;STB=0.501677;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00039391;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:26:22:1:1:26:22:1:1 chr7 40899967 . G C 779.78 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.361;QD=56.7112;RBI=0.0705349;REFB=0;REVB=0.0186514;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106805;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:42:55:1:23:19:0:0:28:27:0:0 chr7 42950640 . C T 1376.88 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1269;QD=62.5853;RBI=0.0385259;REFB=0;REVB=0.00149885;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119014;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr7 42970733 . C T 1018.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5344;QD=59.0257;RBI=0.0384355;REFB=0;REVB=0.0335066;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119052;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr7 42976789 . A G 1770.3 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.161;QD=60.01;RBI=0.0538616;REFB=-0.0357218;REVB=0.0524744;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000236352;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:116:117:0.991525:65:51:0:0:66:51:0:1 chr7 42977091 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.689;QD=60.2038;RBI=0.0371453;REFB=0;REVB=0.0338238;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34843e-05;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr7 43635671 . A C 1312.24 PASS AF=0.917526;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0361396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.913;QD=54.1129;RBI=0.040969;REFB=-0.0261058;REVB=0.0192974;RO=8;SAF=35;SAR=54;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298283;STB=0.501578;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00232473;OID=.;OPOS=43635671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:97:97:8:8:89:89:0.917526:54:35:3:5:54:35:3:5 chr7 43664280 . A G 2049.19 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.958;QD=61.6299;RBI=0.0215339;REFB=-0.101167;REVB=0.00902768;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000113226;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:130:132:0.992481:60:70:0:0:62:70:0:1 chr7 43664625 . G T 508.61 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.044;QD=56.5127;RBI=0.0307326;REFB=-0.048146;REVB=0.0237254;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000338127;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr7 43664785 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.514;QD=62.0215;RBI=0.0130711;REFB=0;REVB=-0.000259469;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16765e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr7 43810764 . G A 1415.38 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.46;QD=62.9056;RBI=0.028817;REFB=0;REVB=0.013237;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21217e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chr7 43846603 . A G 1633.94 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.816;QD=59.9611;RBI=0.00967766;REFB=0;REVB=0.00179025;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90984e-05;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:105:109:1:55:50:0:0:57:52:0:0 chr7 43916128 . C CCT 1352.06 PASS AF=1;AO=79;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219184;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=2;MLLD=304.902;QD=61.4571;RBI=0.0245384;REFB=0;REVB=0.0110324;RO=6;SAF=31;SAR=48;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000309443;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:91:88:88:0:35:53:0:0:7:6:31:48:3:3 chr7 43916138 . C G 1435.0 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.378;QD=61.7204;RBI=0.0464015;REFB=-0.0211584;REVB=0.0085986;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.504503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.46603e-05;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:0:1:55:37:0:1 chr7 43916727 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8983;QD=58.1419;RBI=0.0365512;REFB=0;REVB=-0.0283186;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415288;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr7 43917013 . G A 2315.79 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.768;QD=63.0146;RBI=0.0233622;REFB=-0.0502092;REVB=0.0148035;RO=1;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674542;STB=0.503546;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=6.73042e-05;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:1:1:145:146:0.993197:70:75:0:1:70:76:0:1 chr7 43917274 . A G 473.09 PASS AF=1;AO=21;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358858;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2414;QD=59.1361;RBI=0.0360521;REFB=0;REVB=-0.00345956;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11286e-05;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:21:32:1:5:16:0:0:10:22:0:0 chr7 43982482 . A C 1897.02 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.875;QD=61.6916;RBI=0.0152746;REFB=0;REVB=0.014919;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21296e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:58:64:0:0:59:64:0:0 chr7 44027348 . A G 1606.87 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1685;QD=60.07;RBI=0.0330909;REFB=0;REVB=-0.0230214;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270314;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr7 44047066 . T C 404.93 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0208021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.615;QD=43.7764;RBI=0.0284513;REFB=-0.0589483;REVB=-0.01941;RO=6;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09316;STB=0.54997;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00683874;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:27:4:0:6:27:4:0:6 chr7 44099664 . T C 122.09 PASS AF=0.138462;AO=27;DP=193;FAO=27;FDP=195;FR=.;FRO=168;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=91;FWDB=-0.0187445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5163;QD=2.50432;RBI=0.0434139;REFB=-0.00442014;REVB=0.0391588;RO=164;SAF=16;SAR=11;SRF=75;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170836;STB=0.614605;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0380291;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:164:168:27:27:0.138462:11:16:75:89:11:16:77:91 chr7 44112694 . C T 130.26 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.014863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3829;QD=4.34211;RBI=0.0148655;REFB=-0.00287199;REVB=0.000273029;RO=97;SAF=16;SAR=7;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174523;STB=0.61192;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00600506;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:97:23:23:0.191667:7:16:55:42:7:16:55:42 chr7 44112873 . G T 40.65 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0345088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3561;QD=3.53436;RBI=0.0490457;REFB=0.00332836;REVB=-0.0348513;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229244;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0193512;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:38:39:7:7:0.152174:4:3:17:21:4:3:17:22 chr7 44148957 . A AG 51.8 PASS AF=0.4;AO=6;DP=36;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.104863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6387;QD=6.90679;RBI=0.114961;REFB=-0.081335;REVB=-0.0471161;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0764166;OID=.;OPOS=44148958;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:36:12:30:18:8:4:12:6:51:27:5:1:13:14 chr7 44152611 . T A 40.8 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.00686604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.131;QD=2.59057;RBI=0.0498037;REFB=-0.00265374;REVB=0.0493281;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802171;STB=0.563168;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0371927;OID=.;OPOS=44152611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:54:55:8:8:0.126984:3:5:37:17:3:5:38:17 chr7 44180079 . A AG 264.25 PASS AF=1;AO=24;DP=36;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5916;QD=34.0966;RBI=0.0734772;REFB=0;REVB=-0.0733488;RO=11;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00268736;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:36:31:31:0:4:27:0:0:5:11:4:20:3:8 chr7 44258964 . G T 110.42 PASS AF=0.305085;AO=7;DP=51;FAO=18;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=0;FWDB=0.0102567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.483;QD=7.48578;RBI=0.0633167;REFB=-0.000215853;REVB=0.0624805;RO=36;SAF=7;SAR=0;SRF=36;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.790882;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0254306;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:59:36:39:7:18:0.305085:0:7:36:0:4:14:39:0 chr7 44442296 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.803;QD=56.9382;RBI=0.0036204;REFB=0;REVB=0.00018621;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36502e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr7 44579180 . G C 536.84 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0119392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5829;QD=40.5165;RBI=0.105184;REFB=0.0164622;REVB=0.104505;RO=9;SAF=24;SAR=20;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672546;STB=0.536066;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00130977;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:20:24:3:6:20:24:3:6 chr7 44606098 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.725;QD=39.2068;RBI=0.0507929;REFB=0;REVB=0.00408547;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826095;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 44620836 . C A 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0192691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.105;QD=40.7001;RBI=0.0199586;REFB=-0.00925108;REVB=0.00520084;RO=8;SAF=8;SAR=23;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560415;STB=0.530378;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00259103;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:23:8:3:5:23:8:3:5 chr7 44747514 . C T 514.15 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0452879;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.406;QD=52.7336;RBI=0.0453751;REFB=-0.0817179;REVB=0.00281189;RO=3;SAF=17;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279652;STB=0.51497;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00755837;OID=.;OPOS=44747514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:39:3:3:36:36:0.923077:19:17:2:1:19:17:2:1 chr7 44747578 . G A 576.73 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0284982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.86;QD=52.4295;RBI=0.030938;REFB=-0.0434027;REVB=-0.0120422;RO=3;SAF=20;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217618;STB=0.522716;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00758237;OID=.;OPOS=44747578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:3:4:40:40:0.909091:20:20:2:1:20:20:3:1 chr7 44747589 . C T 556.61 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.083542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.888;QD=51.7775;RBI=0.0835517;REFB=-0.00294012;REVB=-0.00127814;RO=4;SAF=18;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050221;STB=0.526868;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00109726;OID=.;OPOS=44747589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:21:18:3:1:21:18:3:1 chr7 44748451 . G A 198.2 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00290909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.77;QD=44.0452;RBI=0.0262761;REFB=-0.0530446;REVB=0.0261146;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00838966;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:15:17:0.944444:11:4:1:0:12:5:1:0 chr7 44836314 . A G 35.17 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.0202569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.122;QD=1.45034;RBI=0.0238447;REFB=-0.0027764;REVB=0.012579;RO=88;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326054;STB=0.747889;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0376028;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:88:88:9:9:0.0927835:3:6:33:55:3:6:33:55 chr7 44919200 . G A 379.93 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0466367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3487;QD=46.0527;RBI=0.0480227;REFB=0.00879022;REVB=0.0114541;RO=3;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052353;STB=0.515408;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-1.93888e-05;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:18:11:2:1:18:11:2:2 chr7 45004063 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.155;QD=60.0301;RBI=0.0236811;REFB=0;REVB=0.0236217;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80223e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr7 45009325 . G A 1063.49 PASS AF=0.914634;AO=75;DP=83;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0268071;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.22;QD=51.8775;RBI=0.0449888;REFB=-0.0661347;REVB=0.0361299;RO=7;SAF=28;SAR=47;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151386;STB=0.508023;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00705296;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:83:82:7:7:75:75:0.914634:47:28:2:5:47:28:2:5 chr7 45009341 . A G 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7649;QD=62.4608;RBI=0.0365825;REFB=0;REVB=-0.017421;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368908;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr7 45009723 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.048906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.814;QD=33.8157;RBI=0.0514132;REFB=-0.0127231;REVB=-0.0158592;RO=3;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183949;STB=0.510189;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00477414;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:4:10:2:1:4:10:2:1 chr7 45756997 . C G 31.51 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=-0.0071513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.716;QD=0.716081;RBI=0.012073;REFB=-8.97433e-05;REVB=-0.00972705;RO=163;SAF=4;SAR=8;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120569;STB=0.602998;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00146566;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:176:163:164:12:12:0.0681818:8:4:72:91:8:4:72:92 chr7 45765234 . G T 297.03 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.04478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4511;QD=36.0039;RBI=0.0553275;REFB=-0.0184617;REVB=0.0324945;RO=8;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457865;STB=0.52498;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00524624;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:10:15:4:4:10:15:4:4 chr7 45883240 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00625643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.555;QD=36.8927;RBI=0.0175836;REFB=-0.0686644;REVB=0.0164329;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576353;STB=0.531868;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0133247;OID=.;OPOS=45883240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:10:4:1:1:10:4:1:1 chr7 46732428 . A G 1824.66 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00375305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.153;QD=60.3195;RBI=0.00411746;REFB=-0.0661725;REVB=0.00169355;RO=1;SAF=72;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655229;STB=0.503448;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000171443;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:48:72:1:0:48:72:1:0 chr7 47323456 . A G 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00644158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.76;QD=46.059;RBI=0.00645665;REFB=-0.00522595;REVB=-0.00044099;RO=4;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973126;STB=0.552536;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00142886;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:19:10:3:1:19:10:3:1 chr7 47408029 . A G 1123.39 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189334;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.348;QD=60.7236;RBI=0.0197336;REFB=0;REVB=-0.00556237;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2488e-05;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:72:74:1:44:28:0:0:45:29:0:0 chr7 47408443 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.581;QD=49.5991;RBI=0.0115029;REFB=0;REVB=0.0089771;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284317;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr7 47408974 . T A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.272;QD=57.1747;RBI=0.0308208;REFB=0;REVB=0.00520566;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83839e-05;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr7 47568718 . C T 1074.71 PASS AF=0.904762;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0908462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.189;QD=51.1768;RBI=0.0910868;REFB=0.00218472;REVB=0.00661615;RO=8;SAF=26;SAR=50;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184895;STB=0.509801;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000302217;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:8:8:76:76:0.904762:50:26:2:6:50:26:2:6 chr7 47852837 . C T 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=0.00684892;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.749;QD=1.08963;RBI=0.00856755;REFB=0.0011016;REVB=-0.00514735;RO=98;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537364;STB=0.565515;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.010482;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:98:104:9:9:0.079646:5:4:39:59:5:4:39:65 chr7 47854956 . C T 49.85 PASS AF=0.0805687;AO=17;DP=211;FAO=17;FDP=211;FR=.;FRO=194;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=101;FWDB=0.00684183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.047;QD=0.945059;RBI=0.0110517;REFB=-0.0033142;REVB=-0.00867931;RO=173;SAF=6;SAR=11;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201758;STB=0.618258;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0700226;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:211:211:173:194:17:17:0.0805687:11:6:91:82:11:6:93:101 chr7 47872845 . A G 1196.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2585;QD=60.5965;RBI=0.0567684;REFB=0;REVB=0.056758;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350505;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:43:32:0:0:46:33:0:0 chr7 47879049 . G A 61.83 PASS AF=0.100592;AO=17;DP=169;FAO=17;FDP=169;FR=.;FRO=152;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=94;FSRR=58;FWDB=-0.00323753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.019;QD=1.46336;RBI=0.0104169;REFB=-0.00131567;REVB=-0.00990097;RO=152;SAF=6;SAR=11;SRF=94;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310683;STB=0.726308;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00584118;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:169:169:152:152:17:17:0.100592:11:6:94:58:11:6:94:58 chr7 47913579 . T C 1261.73 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.437;QD=59.3755;RBI=0.0136937;REFB=-0.179597;REVB=0.0118157;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249103;STB=0.506492;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-4.74599e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:46:37:2:0:46:38:1:0 chr7 47971575 . A G 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00375054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.959;QD=2.10325;RBI=0.0436008;REFB=-0.00542271;REVB=-0.0434392;RO=83;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105548;STB=0.576785;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0394308;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:83:83:11:11:0.117021:5:6:38:45:5:6:38:45 chr7 47971626 . G A 1194.88 PASS AF=0.902174;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0312135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.935;QD=51.9511;RBI=0.0432966;REFB=-0.000733126;REVB=0.0300052;RO=9;SAF=36;SAR=47;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189139;STB=0.510022;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=5.99635e-05;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:9:9:83:83:0.902174:47:36:3:6:47:36:3:6 chr7 48018103 . G C 1194.85 PASS AF=0.902174;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0106614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.342;QD=51.9501;RBI=0.0206852;REFB=-0.0153943;REVB=0.0177261;RO=9;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750023;STB=0.539739;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00290388;OID=.;OPOS=48018103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:9:9:83:83:0.902174:40:43:1:8:40:43:1:8 chr7 48285485 . C T 1894.35 PASS AF=0.906667;AO=136;DP=151;FAO=136;FDP=150;FR=.;FRO=14;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00776731;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.939;QD=50.5159;RBI=0.00777415;REFB=-0.0148115;REVB=0.000326139;RO=14;SAF=74;SAR=62;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176193;STB=0.509302;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0012843;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:151:150:14:14:136:136:0.906667:62:74:9:5:62:74:9:5 chr7 48312674 . G A 1234.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258031;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.892;QD=60.2258;RBI=0.0260769;REFB=0;REVB=0.00376867;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110449;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:46:32:0:0:46:36:0:0 chr7 48315796 . C A 1061.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.596;QD=59.7828;RBI=0.0211111;REFB=0;REVB=0.0207301;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23631e-05;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr7 48318811 . C T 560.89 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107787;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.557;QD=60.6371;RBI=0.0114627;REFB=0;REVB=-0.0114119;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8481e-05;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr7 48336844 . C T 1190.42 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112;QD=61.0469;RBI=0.069779;REFB=0;REVB=0.0134212;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102393;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:51:26:0:0:52:26:0:0 chr7 48349647 . C T 1873.88 PASS AF=0.8125;AO=139;DP=179;FAO=143;FDP=176;FR=.;FRO=33;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.011234;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.561;QD=42.5883;RBI=0.0481049;REFB=-0.0357179;REVB=-0.0467748;RO=31;SAF=67;SAR=72;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228139;STB=0.513125;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0075788;OID=.;OPOS=48349647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:31:33:139:143:0.8125:72:67:17:14:75:68:18:15 chr7 48443570 . G A 783.3 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3222;QD=56.9676;RBI=0.029617;REFB=0;REVB=-0.0290718;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130775;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:38:16:0:0:38:17:0:0 chr7 48450157 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.58;QD=59.996;RBI=0.0199982;REFB=0;REVB=0.00981185;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02747e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr7 48506566 . A G 1801.09 PASS AF=0.895105;AO=125;DP=141;FAO=128;FDP=143;FR=.;FRO=15;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00104144;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.033;QD=50.3802;RBI=0.00224742;REFB=-0.0111492;REVB=-0.00199156;RO=15;SAF=59;SAR=66;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282398;STB=0.515076;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000780983;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:141:143:15:15:125:128:0.895105:66:59:5:10:67:61:5:10 chr7 48506642 . A G 1133.95 PASS AF=0.861702;AO=81;DP=94;FAO=81;FDP=94;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00222839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.4;QD=48.253;RBI=0.00287006;REFB=-0.0235013;REVB=0.00180874;RO=13;SAF=28;SAR=53;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109692;STB=0.505826;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00304432;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:13:13:81:81:0.861702:53:28:4:9:53:28:4:9 chr7 48545976 . A G 1135.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.65;QD=60.5376;RBI=0.0133431;REFB=0;REVB=0.0131783;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08815e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr7 48964322 . G T 1602.64 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.905;QD=58.2779;RBI=0.0343156;REFB=0;REVB=0.0033932;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551258;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:110:0:0:100:110:1:62:38:0:0:67:43:0:0 chr7 48964751 . G A 805.65 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0139041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.845;QD=51.152;RBI=0.0241082;REFB=0.0724458;REVB=-0.0196948;RO=4;SAF=33;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224919;STB=0.511328;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00571729;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:58:59:0.936508:25:33:3:1:25:34:3:1 chr7 48965000 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.704;QD=54.823;RBI=0.033029;REFB=-0.0445357;REVB=0.0176019;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00144887;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:0:1:20:30:0:1 chr7 48965427 . A G 102.73 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.022;QD=41.0909;RBI=0.228486;REFB=0;REVB=0.0177764;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623007;OID=.;OPOS=48965427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:5:10:1:5:0:0:0:5:5:0:0 chr7 49815390 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00654222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.992;QD=26.0262;RBI=0.0179117;REFB=-0.0199829;REVB=0.0166742;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00409834;OID=.;OPOS=49815390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr7 50173777 . A G 622.36 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0070373;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.394;QD=48.8126;RBI=0.035704;REFB=-0.0584565;REVB=0.0350036;RO=3;SAF=32;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183686;STB=0.516122;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00367852;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:3:4:47:47:0.921569:15:32:2:1:15:32:2:2 chr7 50175681 . C T 1846.94 PASS AF=0.94697;AO=125;DP=132;FAO=125;FDP=132;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00935635;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.63;QD=55.9677;RBI=0.025346;REFB=0.00535504;REVB=0.0235559;RO=7;SAF=66;SAR=59;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438284;STB=0.502311;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000536387;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:132:132:7:7:125:125:0.94697:59:66:4:3:59:66:4:3 chr7 50611735 . T C 1919.46 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9862;QD=60.4553;RBI=0.0185251;REFB=-0.00751508;REVB=-0.0128675;RO=2;SAF=77;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01218;STB=0.503184;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.93915e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:2:1:124:126:0.992126:47:77:2:0:48:78:1:0 chr7 50660438 . T C 1066.29 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774227;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.441;QD=60.0725;RBI=0.013094;REFB=0;REVB=0.0105598;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130284;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr7 50673029 . T C 1215.93 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289756;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.761;QD=61.5658;RBI=0.0343046;REFB=0;REVB=0.0183635;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102411;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr7 51093013 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6119;QD=40.7626;RBI=0.106591;REFB=0;REVB=-0.00121963;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00701061;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 51096036 . G C 457.51 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00986954;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3683;QD=55.4554;RBI=0.0442312;REFB=0.078776;REVB=0.043116;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00277841;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr7 51096974 . C T 2256.9 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137564;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.19;QD=63.5745;RBI=0.0178581;REFB=0;REVB=0.0113874;RO=0;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05646e-05;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:81:60:0:0:81:61:0:0 chr7 51097063 . T G 1333.79 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.883;QD=60.627;RBI=0.0327596;REFB=-0.0511812;REVB=0.00707624;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116972;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000400405;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:40:46:0:1:40:47:0:1 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 1636.65 PASS AF=0.929204,0.0707965;AO=100,10;DP=115;FAO=105,8;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=59,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125439,0.0184841;FXX=0.0173898;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=209.795,106.051;QD=57.9345;RBI=0.0125477,0.0418613;REFB=0,0;REVB=0.000309907,-0.0375593;RO=0;SAF=43,3;SAR=57,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000315527,0.0445053;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929204,0.0707965:100,10:115:105,8:113:0:46,3:59,5:0:0:21:0:43,3:57,7:0:0 chr7 51287470 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3328;QD=61.6825;RBI=0.0183995;REFB=0;REVB=-0.0177112;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011045;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr7 53103425 . C A 2098.33 PASS AF=0.883041;AO=148;DP=167;FAO=151;FDP=171;FR=.;FRO=20;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00447946;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4964;QD=49.0838;RBI=0.0565952;REFB=-0.0290302;REVB=0.0564177;RO=19;SAF=80;SAR=68;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312282;STB=0.520022;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00385938;OID=.;OPOS=53103425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:167:171:19:20:148:151:0.883041:68:80:13:6:71:80:14:6 chr7 53103794 . C T 1317.1 PASS AF=0.9;AO=90;DP=100;FAO=90;FDP=100;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0212984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.867;QD=52.684;RBI=0.0337359;REFB=-0.0589913;REVB=0.0261628;RO=10;SAF=45;SAR=45;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377562;STB=0.519996;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00493826;OID=.;OPOS=53103794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:10:10:90:90:0.9:45:45:7:3:45:45:7:3 chr7 53433863 . G A 40.78 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00765781;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.526;QD=2.58946;RBI=0.00901748;REFB=-0.00385128;REVB=0.00476161;RO=56;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485727;STB=0.8556;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.017303;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:63:56:55:8:8:0.126984:7:1:29:27:7:1:28:27 chr7 53557963 . A G 1412.61 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310908;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.387;QD=63.4881;RBI=0.0341812;REFB=0;REVB=0.0142027;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679467;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr7 53558015 . G T 1512.1 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277289;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.134;QD=59.8852;RBI=0.0434105;REFB=0;REVB=0.0433218;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124732;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:53:48:0:0 chr7 55238874 . T A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0074907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8732;QD=2.21996;RBI=0.0330211;REFB=0.00160491;REVB=0.0321602;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322114;STB=0.721923;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0124824;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:50:55:7:7:0.112903:4:3:35:15:4:3:38:17 chr7 55248926 . T C 853.5 PASS AF=0.822785;AO=65;DP=81;FAO=65;FDP=79;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0279176;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.631;QD=43.2153;RBI=0.0315664;REFB=0.000644477;REVB=-0.0147326;RO=14;SAF=35;SAR=30;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838277;STB=0.544733;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000231571;OID=.;OPOS=55248926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:81:79:14:14:65:65:0.822785:30:35:4:10:30:35:4:10 chr7 55249063 . G A 962.48 PASS AF=0.855422;AO=69;DP=81;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0458564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.338;QD=46.3846;RBI=0.0479466;REFB=-0.037271;REVB=0.0140024;RO=12;SAF=45;SAR=24;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704774;STB=0.535847;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0105003;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:81:83:12:12:69:71:0.855422:24:45:5:7:25:46:5:7 chr7 55266417 . T C 1339.58 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.073;QD=62.3059;RBI=0.0174985;REFB=0;REVB=0.0155811;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07925e-06;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr7 55459563 . A G 600.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846288;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.581;QD=61.6266;RBI=0.0911385;REFB=0;REVB=0.0907447;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573236;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 55499058 . A G 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00613619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.94;QD=58.6503;RBI=0.035746;REFB=-0.0968443;REVB=0.0352154;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000703464;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr7 55759146 . C T 2230.93 PASS AF=0.917647;AO=156;DP=170;FAO=156;FDP=170;FR=.;FRO=14;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00745014;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8564;QD=52.4926;RBI=0.028467;REFB=-0.0319141;REVB=-0.0274748;RO=14;SAF=75;SAR=81;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305449;STB=0.516105;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00179721;OID=.;OPOS=55759146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:170:170:14:14:156:156:0.917647:81:75:4:10:81:75:4:10 chr7 56087319 . T G 37.0 PASS AF=0.145455;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0395489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3821;QD=2.69076;RBI=0.0409269;REFB=-0.0096161;REVB=-0.0105309;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122416;STB=0.527205;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0636877;OID=.;OPOS=56087319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:54:55:47:47:7:8:0.145455:3:4:22:25:4:4:22:25 chr7 56087374 . C T 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0138374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.879;QD=5.8226;RBI=0.0144575;REFB=-0.00583776;REVB=0.0041889;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439357;STB=0.521244;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00345199;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:43:45:13:13:0.224138:7:6:20:23:7:6:22:23 chr7 56087379 . T C 87.17 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0186536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.105;QD=6.22621;RBI=0.0210471;REFB=-0.0130471;REVB=-0.00974798;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328539;STB=0.520629;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.030263;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:7:6:21:22:7:6:21:22 chr7 56087399 . G A 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00203806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.103;QD=5.59747;RBI=0.065283;REFB=-0.000270346;REVB=0.0652512;RO=44;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.565758;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00305965;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:7:5:22:22:7:5:22:22 chr7 56087409 . G A 33.57 PASS AF=0.125;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0200086;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9582;QD=2.79776;RBI=0.0691214;REFB=0.0052969;REVB=0.0661621;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396738;STB=0.807743;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.050018;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:48:41:42:6:6:0.125:5:1:20:21:5:1:21:21 chr7 56087423 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0186233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.099;QD=3.44846;RBI=0.0203235;REFB=-0.00204952;REVB=-0.00813742;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152449;STB=0.607206;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0144738;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:23:23:5:3:23:23 chr7 56088786 . A T 278.52 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00628371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.178;QD=8.43995;RBI=0.0155326;REFB=-0.00941109;REVB=-0.0142048;RO=94;SAF=18;SAR=20;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446277;STB=0.526302;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0141332;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:94:94:38:38:0.287879:20:18:48:46:20:18:48:46 chr7 56088789 . G A 277.82 PASS AF=0.285714;AO=38;DP=133;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00056888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.15;QD=8.35534;RBI=0.0186608;REFB=-0.00130649;REVB=-0.0186522;RO=88;SAF=18;SAR=20;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449015;STB=0.522553;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00387334;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:95:38:38:0.285714:20:18:45:43:20:18:48:47 chr7 56088811 . T C 289.68 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=135;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0197533;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4383;QD=8.64723;RBI=0.0304537;REFB=-0.00149139;REVB=0.0231783;RO=95;SAF=16;SAR=23;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115266;STB=0.567866;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00335893;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:95:95:39:39:0.291045:23:16:48:47:23:16:48:47 chr7 56088825 . T A 295.2 PASS AF=0.28169;AO=40;DP=142;FAO=40;FDP=142;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00965781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.123;QD=8.31537;RBI=0.0407399;REFB=-0.00446806;REVB=0.0395786;RO=102;SAF=17;SAR=23;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560828;STB=0.53315;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0117694;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:102:102:40:40:0.28169:23:17:48:54:23:17:48:54 chr7 56088902 . C T 126.03 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0447339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.13;QD=6.46329;RBI=0.0473653;REFB=-0.0124292;REVB=0.0155675;RO=58;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229255;STB=0.638681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0341146;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:58:59:19:19:0.24359:15:4:21:37:15:4:21:38 chr7 56088907 . GC CT 124.87 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0445702;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.245;QD=7.68441;RBI=0.0472885;REFB=-0.00350299;REVB=-0.0158018;RO=45;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166042;STB=0.501065;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00889321;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:47:18:18:0.276923:13:5:12:33:13:5:13:34 chr7 56126360 . T C 673.6 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123191;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7059;QD=62.6605;RBI=0.125191;REFB=0;REVB=0.0222879;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127608;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr7 56136260 . C A 1894.91 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.984;QD=61.6232;RBI=0.0514191;REFB=0;REVB=0.0512295;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30839e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:55:67:0:0:56:67:0:0 chr7 56149939 . G A 414.92 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969467;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6168;QD=57.2309;RBI=0.10881;REFB=0;REVB=0.0494052;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103128;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr7 56174115 . A C 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.07;QD=58.5725;RBI=0.0605793;REFB=0;REVB=0.00858839;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271333;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr7 56407936 . C T 139.39 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00505202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.96;QD=34.8476;RBI=0.0480821;REFB=0.00863843;REVB=-0.0478159;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029065;STB=0.519203;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.000781785;OID=.;OPOS=56407936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:5:8:1:1:5:9:1:1 chr7 57257162 . A C 42.47 PASS AF=0.106383;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0158901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.309;QD=1.80709;RBI=0.0165434;REFB=-0.00250411;REVB=-0.00460335;RO=84;SAF=9;SAR=1;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472496;STB=0.868746;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.034433;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:94:84:84:10:10:0.106383:1:9:45:39:1:9:45:39 chr7 57528996 . GT G,GC 92.67 PASS AF=0.272727,0.636364;AO=4,6;DP=10;FAO=3,7;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010476,-0.0115179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.106,188.045;QD=33.6992;RBI=0.024516,0.0229397;REFB=-0.0731533,-0.143539;REVB=-0.022165,-0.0198386;RO=0;SAF=0,6;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.666107;STBP=1,0.137;TYPE=del,snp;VARB=0.00349334,0.0106611;OID=.,.;OPOS=57528997,57528997;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.636364:4,6:10:3,7:11:1:0,6:3,1:0:1:7:0:0,6:4,0:0:0 chr7 57529392 . A C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2864;QD=42.1729;RBI=0.0400542;REFB=0;REVB=0.0246856;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291672;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr7 63225682 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.175;QD=46.848;RBI=0.074498;REFB=0;REVB=0.0688834;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553238;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr7 63225725 . C T 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0596651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.408;QD=44.0969;RBI=0.068959;REFB=-0.049546;REVB=-0.0345749;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.571337;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000665985;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:3:14:0:0:3:14:0:1 chr7 63225803 . T A,G 717.67 PASS AF=0.916667,0.0625;AO=44,3;DP=49;FAO=44,3;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13,0;FSAR=31,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000307187,0.0192598;FXX=0.020404;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=185.334,106.515;QD=59.8056;RBI=0.0383127,0.0456771;REFB=0.0185079,0.0500041;REVB=0.0383114,-0.0414181;RO=1;SAF=13,0;SAR=31,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.034762,-0.727144;STB=0.51851,0.994936;STBP=0.186,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00172546,0.194878;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:49:48:1:1:44,3:44,3:0.916667,0.0625:31,3:13,0:1:0:31,3:13,0:1:0 chr7 63225821 . A T 648.5 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00885731;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8495;QD=49.8845;RBI=0.0168808;REFB=-0.156904;REVB=-0.0143704;RO=3;SAF=16;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000837936;STB=0.500446;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00501414;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:3:3:49:49:0.942308:33:16:1:2:33:16:1:2 chr7 63225842 . A T 914.85 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373358;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8198;QD=58.0857;RBI=0.0376161;REFB=0;REVB=-0.00458384;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123638;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:44:18:0:0:45:18:0:0 chr7 63225873 . C T 945.59 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0799252;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.122;QD=57.3083;RBI=0.080326;REFB=-0.178204;REVB=0.00801464;RO=1;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974189;STB=0.505153;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000610111;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:48:17:0:1:48:17:0:1 chr7 63225986 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=389.092;QD=40.7629;RBI=0.000819659;REFB=0;REVB=0.000819659;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12437e-06;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr7 63529956 . G A 655.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189737;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.232;QD=62.4238;RBI=0.0270444;REFB=0;REVB=0.0192717;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70191e-05;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr7 63537720 . T C 1059.85 PASS AF=0.883721;AO=76;DP=86;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00842111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.692;QD=49.2954;RBI=0.0331584;REFB=-0.027087;REVB=0.0320713;RO=10;SAF=39;SAR=37;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409942;STB=0.52176;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00607542;OID=.;OPOS=63537720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:86:10:10:76:76:0.883721:37:39:7:3:37:39:7:3 chr7 63537849 . G A 1391.43 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.893;QD=62.5363;RBI=0.00543377;REFB=0;REVB=0.00442523;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08372e-06;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:45:42:0:0:46:43:0:0 chr7 63565953 . A C 1162.2 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.09;QD=59.5999;RBI=0.0548303;REFB=-0.0943303;REVB=0.0496597;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917752;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr7 63566387 . A ATGT 739.75 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00782137;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.835;QD=50.1525;RBI=0.0293989;REFB=-0.0486225;REVB=0.0283394;RO=6;SAF=30;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226294;STB=0.503104;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.000838833;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932203:55:61:55:59:4:30:25:2:2:16:6:30:25:4:2 chr7 63568887 . A ATAACT 903.79 PASS AF=0.85;AO=64;DP=87;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0228882;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=5;MLLD=299.491;QD=45.1895;RBI=0.0228907;REFB=-0.055052;REVB=0.000341383;RO=15;SAF=32;SAR=32;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118443;STB=0.529403;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.00561519;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85:64:87:68:80:12:32:36:8:4:62:15:32:32:8:7 chr7 63570733 . T C 1444.43 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0376304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.38;QD=60.818;RBI=0.0376409;REFB=-0.0802026;REVB=-0.000890181;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220383;STB=0.511625;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000545805;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:42:51:0:2:42:51:0:2 chr7 63679733 . A G 1578.79 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000280504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.796;QD=56.8934;RBI=0.040102;REFB=-0.0666615;REVB=0.040101;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513511;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000747604;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:111:0:3:106:108:0.972973:53:53:0:0:54:54:0:3 chr7 63680133 . T A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.776;QD=51.1783;RBI=0.0258612;REFB=0;REVB=0.0254852;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025804;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr7 63796744 . T C 1864.32 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.135;QD=60.6283;RBI=0.0495535;REFB=-0.0586263;REVB=0.044714;RO=0;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430376;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:123:0:0:122:123:1:75:47:0:0:76:47:0:0 chr7 63808867 . C A 167.81 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.13;QD=44.7481;RBI=0.0919105;REFB=0;REVB=0.0239651;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129365;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr7 63981563 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4317;QD=61.6826;RBI=0.00880903;REFB=0;REVB=0.00130695;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113009;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr7 64152353 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.234;QD=53.2772;RBI=0.0715349;REFB=0;REVB=0.0580393;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460965;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr7 64169019 . G A 329.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392747;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.613;QD=54.8995;RBI=0.064033;REFB=0;REVB=0.050574;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101196;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr7 64254901 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3586;QD=57.6763;RBI=0.0621698;REFB=0;REVB=0.0196579;RO=0;SAF=28;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645617;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:3:28:0:0:3:28:0:0 chr7 64291333 . T A 1343.06 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300035;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.883;QD=62.468;RBI=0.0323545;REFB=0;REVB=-0.0121079;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63549e-06;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr7 64291991 . T A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=33;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00286528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.625;QD=58.6486;RBI=0.0202191;REFB=-0.00948977;REVB=0.0200151;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000310321;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:33:40:0.97561:18:15:0:0:25:15:0:1 chr7 64438667 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00174393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.928;QD=43.016;RBI=0.0414626;REFB=0.01032;REVB=0.041426;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397692;STB=0.521712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.000999531;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:1:0:5:11:1:0 chr7 64439613 . T G 541.37 PASS AF=0.851064;AO=39;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0414988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8582;QD=46.0744;RBI=0.0564392;REFB=-0.0431545;REVB=0.0382522;RO=8;SAF=17;SAR=22;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603505;STB=0.518192;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00873843;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:47:8:7:39:40:0.851064:22:17:5:3:22:18:4:3 chr7 64439701 . C T 1056.48 PASS AF=0.903614;AO=75;DP=83;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0161269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.412;QD=50.9146;RBI=0.0161286;REFB=-0.0403603;REVB=0.000231702;RO=8;SAF=37;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239169;STB=0.512685;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00513763;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:8:8:75:75:0.903614:38:37:5:3:38:37:5:3 chr7 64451656 . G A 1540.12 PASS AF=0.93913;AO=107;DP=114;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0185498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5122;QD=53.5694;RBI=0.0594913;REFB=-0.0409546;REVB=0.0565254;RO=7;SAF=49;SAR=58;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299402;STB=0.515948;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00522792;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:114:115:7:7:107:108:0.93913:58:49:5:2:59:49:5:2 chr7 64451699 . T C 1834.8 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00206962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.358;QD=58.7137;RBI=0.0147629;REFB=-0.020578;REVB=0.0146171;RO=3;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207935;STB=0.510947;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00129116;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:122:122:0.976:67:55:0:3:67:55:0:3 chr7 64451963 . T C 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.538;QD=58.2268;RBI=0.0326095;REFB=-0.0471455;REVB=0.0293652;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000601226;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr7 64453136 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.955;QD=64.4152;RBI=0.0170687;REFB=0;REVB=0.0167976;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53585e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr7 64453615 . T C 686.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138532;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4777;QD=62.3843;RBI=0.0512781;REFB=0;REVB=0.0493713;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126761;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr7 64483597 . T C 748.93 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0346913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3998;QD=51.6506;RBI=0.0930295;REFB=-0.158495;REVB=0.0863192;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129237;STB=0.506327;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0110444;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:58:3:3:54:55:0.948276:29:25:1:2:30:25:1:2 chr7 64865118 . A G 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00886985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.648;QD=1.8034;RBI=0.0089455;REFB=-0.00355576;REVB=-0.0011609;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27483;STB=0.71373;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0316369;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:6:2:33:36:6:2:33:36 chr7 64865280 . G A 41.95 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0265999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.947;QD=1.06891;RBI=0.0268833;REFB=0.000488958;REVB=-0.00389349;RO=143;SAF=3;SAR=10;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315122;STB=0.752615;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0100812;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:143:144:13:13:0.0828025:10:3:72:71:10:3:72:72 chr7 65279676 . A T 745.23 PASS AF=0.394495;AO=86;DP=218;FAO=86;FDP=218;FR=.;FRO=132;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=0.00775512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.075;QD=13.674;RBI=0.058834;REFB=-0.0179709;REVB=-0.0583206;RO=132;SAF=63;SAR=23;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294662;STB=0.666626;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0259064;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:132:132:86:86:0.394495:23:63:63:69:23:63:63:69 chr7 65279757 . A T 584.02 PASS AF=0.242424;AO=36;DP=178;FAO=40;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00545178;FXX=0.0730296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.255;QD=14.1579;RBI=0.0138229;REFB=-0.00819027;REVB=0.0127024;RO=80;SAF=30;SAR=6;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401941;STB=0.743112;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0110309;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:165:80:91:36:40:0.242424:6:30:44:36:8:32:44:47 chr7 65425894 . A G 798.39 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00424817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3248;QD=49.8991;RBI=0.00955555;REFB=-0.016431;REVB=0.0085593;RO=5;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295455;STB=0.51569;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00186416;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:5:5:59:59:0.921875:36:23:1:4:36:23:1:4 chr7 65579838 . A G 290.5 PASS AF=0.92;AO=19;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0193836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.607;QD=46.4805;RBI=0.0833526;REFB=-0.150247;REVB=0.0810675;RO=2;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.859572;STB=0.599904;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0277617;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:19:23:0.92:0:19:0:2:4:19:0:2 chr7 65842543 . C CAT,T 643.32 PASS AF=0.733333,0.133333;AO=42,9;DP=62;FAO=44,8;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=25,1;FSAR=19,7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00174077,0.0290678;FXX=0.0163908;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=190.526,66.6741;QD=42.8882;RBI=0.0241811,0.0313657;REFB=0.00967984,0.0521025;REVB=0.0241184,-0.0117844;RO=10;SAF=25,1;SAR=17,8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0350794,-0.47116;STB=0.510652,0.760088;STBP=0.726,0.102;TYPE=ins,snp;VARB=0.0090934,-0.0387335;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:62:60:10:8:42,9:44,8:0.733333,0.133333:17,8:25,1:5:5:19,7:25,1:4:4 chr7 65842545 . T C 665.36 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0144663;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0537;QD=44.3572;RBI=0.014701;REFB=-0.00754507;REVB=0.002616;RO=7;SAF=26;SAR=26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016827;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:60:7:8:52:52:0.866667:26:26:4:3:26:26:4:4 chr7 65860213 . T G,TAGAG 395.99 PASS AF=0.0625,0.625;AO=3,29;DP=48;FAO=3,30;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=1,22;FSAR=2,8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0428222,-0.00688267;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=69.3545,263.054;QD=32.9991;RBI=0.05416,0.00906338;REFB=0.00331805,0.0026284;REVB=0.0331597,-0.00589693;RO=15;SAF=1,21;SAR=2,8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423019,-0.00718443;STB=0.798402,0.5;STBP=0.441,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00370002,-0.00126898;OID=.,.;OPOS=65860213,65860214;OREF=T,-;OALT=G,AGAG;OMAPALT=G,TAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:15:15:3,29:3,30:0.0625,0.625:2,8:1,21:11:4:2,8:1,22:11:4 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 311.92 PASS AF=0,0.795455;AO=14,17;DP=44;FAO=0,35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=0,23;FSAR=0,12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0209801,0.0226671;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=227.349,244.811;QD=28.3568;RBI=0.0239482,0.0226814;REFB=-0.0569417,-0.0601699;REVB=-0.0115477,0.000804089;RO=9;SAF=12,10;SAR=2,7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.311305,0.0208503;STB=0.5,0.522714;STBP=1,0.575;TYPE=del,del;VARB=0,0.0116862;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.795455:14,17:44:0,35:44:9:0,23:0,12:5:4:37:9:12,10:2,7:5:4 chr7 66105163 . C G 51.35 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=110;FWDB=-0.0166243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.653;QD=1.42644;RBI=0.0179519;REFB=-0.00374465;REVB=0.00677537;RO=129;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404498;STB=0.772672;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0166941;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:143:144:129:130:14:14:0.0972222:8:6:20:109:8:6:20:110 chr7 66147057 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.376;QD=60.2042;RBI=0.0158968;REFB=0;REVB=0.00991694;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9137e-06;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr7 66147149 . A G 184.51 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0151426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.386;QD=35.1456;RBI=0.0152024;REFB=-0.0583389;REVB=-0.00134719;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517221;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0219669;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:0:4:17:17:0.809524:7:10:0:0:7:10:2:2 chr7 68796377 . G A 2159.41 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.947;QD=63.0484;RBI=0.0151865;REFB=0;REVB=0.00968658;RO=0;SAF=52;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54993e-06;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:84:52:0:0:85:52:0:0 chr7 70254788 . G A 54.67 PASS AF=0.0815451;AO=19;DP=233;FAO=19;FDP=233;FR=.;FRO=214;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=124;FSRR=90;FWDB=-0.03785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.834;QD=0.938461;RBI=0.0391397;REFB=0.000792406;REVB=0.00996483;RO=214;SAF=9;SAR=10;SRF=124;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12172;STB=0.596314;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00981756;OID=.;OPOS=70254788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:233:233:214:214:19:19:0.0815451:10:9:124:90:10:9:124:90 chr7 70597522 . C A 2134.5 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959948;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9659;QD=62.7794;RBI=0.132697;REFB=0;REVB=0.091616;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243078;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:136:0:0:133:136:1:76:57:0:0:78:58:0:0 chr7 70597675 . T C 505.74 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0195011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9528;QD=45.9762;RBI=0.0195011;REFB=0.00522272;REVB=2.35239e-05;RO=7;SAF=15;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503916;STB=0.527097;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00137204;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:22:15:4:3:22:15:4:3 chr7 70597884 . G A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00434308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.312;QD=3.37566;RBI=0.018489;REFB=-0.00949279;REVB=0.0179716;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127465;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0526968;OID=.;OPOS=70597884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:18:23:4:3:18:23 chr7 71150706 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.184;QD=59.4354;RBI=0.0456702;REFB=0;REVB=-0.00915694;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255909;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr7 71248676 . C T 953.9 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2403;QD=57.8124;RBI=0.0942805;REFB=0;REVB=0.0515748;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208086;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:34:31:0:1:35:31:0:0 chr7 71252189 . A AG 273.02 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.0401;QD=40.4477;RBI=0.257176;REFB=0;REVB=-0.182555;RO=6;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000498959;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:32:27:27:0:12:15:0:0:5:6:11:15:2:4 chr7 72178756 . C A 30.31 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0104897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.598;QD=1.68385;RBI=0.0398421;REFB=-0.00101818;REVB=-0.0384364;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262898;STB=0.51216;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00701378;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:72:64:65:7:7:0.0972222:3:4:38:26:3:4:38:27 chr7 72413443 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0326598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.796;QD=21.8414;RBI=0.186295;REFB=-0.0745539;REVB=0.18341;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00987104;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr7 72413487 . G A 74.63 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00712901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5786;QD=10.6614;RBI=0.0616653;REFB=0.00878055;REVB=0.0612518;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359952;STB=0.67826;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0138358;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:9:10:0.357143:4:5:4:14:5:5:4:14 chr7 72413494 . G A 66.67 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00289268;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.897;QD=9.19612;RBI=0.00289399;REFB=-0.00139758;REVB=-8.72112e-05;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10141;STB=0.60296;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0041372;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:30:29:17:20:9:9:0.310345:5:4:6:11:5:4:6:14 chr7 72413581 . G A 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0115009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.402;QD=5.15556;RBI=0.011678;REFB=-0.000256342;REVB=-0.00202613;RO=54;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416249;STB=0.759666;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000960748;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:54:56:15:15:0.211268:11:4:33:21:11:4:34:22 chr7 72413593 . T C 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0308902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.946;QD=5.26476;RBI=0.0336341;REFB=-0.00458371;REVB=-0.0133061;RO=55;SAF=4;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423647;STB=0.76523;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0158208;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:11:4:34:21:11:4:34:21 chr7 72413874 . T C 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000774716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.104;QD=27.8572;RBI=0.00181985;REFB=-0.021329;REVB=-0.00164672;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554389;STB=0.53077;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00533595;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:9:8:3:5:9:8:3:5 chr7 72418963 . T C 510.6 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0521232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2566;QD=35.2139;RBI=0.0968511;REFB=-0.0320661;REVB=-0.0816291;RO=14;SAF=24;SAR=20;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768815;STB=0.541383;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0111718;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:20:24:10:4:20:24:10:4 chr7 72418992 . C T 72.74 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0471872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5665;QD=4.76958;RBI=0.0552547;REFB=-0.00474828;REVB=0.0287481;RO=49;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198142;STB=0.628994;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0271241;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:4:8:25:24:4:8:25:24 chr7 72738749 . A G 429.54 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8507;QD=57.272;RBI=0.0836112;REFB=0;REVB=-0.0432531;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326573;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:8:21:0:0:8:22:0:0 chr7 72738762 . CA TG 433.45 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427261;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=2;MLLD=135.858;QD=57.7936;RBI=0.0450614;REFB=0;REVB=0.014318;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000454606;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:11:19:0:0 chr7 72891754 . C T 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.705;QD=54.8823;RBI=0.0353213;REFB=-0.00723686;REVB=0.0197998;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00014834;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr7 73020301 . T C 1513.12 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.925;QD=59.9256;RBI=0.0225536;REFB=0;REVB=-0.0217627;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5368e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr7 73096993 . T C 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.768;QD=51.1649;RBI=0.0147414;REFB=0;REVB=-0.00521398;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97431e-05;OID=.;OPOS=73096993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr7 73097654 . C T 3118.33 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7319;QD=61.7492;RBI=0.01944;REFB=0;REVB=-0.00523493;RO=0;SAF=105;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85987e-05;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:97:105:0:0:97:105:0:0 chr7 73117765 . G A 392.46 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00790297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.315;QD=50.6394;RBI=0.00816494;REFB=-0.00491306;REVB=0.00205166;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000285211;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:17:12:0:1:17:12:0:2 chr7 73122923 . A G 577.74 PASS AF=0.824561;AO=43;DP=53;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0271658;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.766;QD=40.5429;RBI=0.0274134;REFB=-0.0196446;REVB=0.00367612;RO=10;SAF=18;SAR=25;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671947;STB=0.512007;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00366399;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:53:57:10:10:43:47:0.824561:25:18:4:6:25:22:4:6 chr7 73245888 . C T 273.51 PASS AF=0.916667;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.539;QD=45.5849;RBI=0.131275;REFB=-0.0555266;REVB=0.130184;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390562;STB=0.512184;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00538892;OID=.;OPOS=73245888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:24:2:2:20:22:0.916667:6:14:1:1:8:14:1:1 chr7 73246461 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.045;QD=57.3848;RBI=0.0478074;REFB=0;REVB=0.0230837;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023004;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr7 73246496 . C T 1264.23 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.828;QD=61.6697;RBI=0.0268027;REFB=0;REVB=0.0264984;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44294e-05;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr7 73246555 . C G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.512;QD=63.7517;RBI=0.0213816;REFB=0;REVB=0.0180837;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04174e-05;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr7 73249165 . T A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.487;QD=58.5857;RBI=0.0252092;REFB=0;REVB=0.00737431;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022356;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 73249299 . G C 537.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.527;QD=59.7056;RBI=0.0813307;REFB=0;REVB=-0.0551566;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86192e-05;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr7 73254812 . T C,G 245.21 PASS AF=0.85,0.15;AO=16,3;DP=19;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484126,0.0370618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.842,85.9714;QD=49.0413;RBI=0.0766674,0.0646905;REFB=0,0;REVB=0.0594484,0.0530215;RO=0;SAF=6,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00621032,0.0380946;OID=.,.;OPOS=73254812,73254812;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:19:20:0:0:16,3:17,3:0.85,0.15:10,2:6,1:0:0:11,2:6,1:0:0 chr7 73275565 . T A 392.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.286;QD=56.0387;RBI=0.0409715;REFB=0;REVB=0.0401615;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257641;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:16:12:0:0 chr7 73279482 . T C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.609;QD=48.7261;RBI=0.0323978;REFB=0;REVB=0.0245898;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213751;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr7 73280020 . C T 610.64 PASS AF=0.806452;AO=50;DP=62;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0393802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6579;QD=39.3959;RBI=0.0860525;REFB=-0.0692772;REVB=0.076513;RO=10;SAF=27;SAR=23;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437018;STB=0.523923;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0173655;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:62:62:10:12:50:50:0.806452:23:27:4:6:23:27:5:7 chr7 73753250 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00306387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.285;QD=56.0118;RBI=0.0239595;REFB=-0.0781642;REVB=-0.0237628;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0015487;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr7 73814749 . G C 2253.64 PASS AF=0.993631;AO=139;DP=145;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126911;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6075;QD=57.4175;RBI=0.128469;REFB=-0.172365;REVB=-0.0199516;RO=4;SAF=79;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234614;STB=0.50259;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00704239;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:145:157:4:1:139:156:0.993631:60:79:4:0:60:96:1:0 chr7 74193668 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0265383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.798;QD=14.0784;RBI=0.0545709;REFB=0.00509811;REVB=-0.0476833;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.666349;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0174274;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:2:10:10:6:2:10:10:6 chr7 74994595 . CCTGGAGCT C 50.0 PASS AO=46;DP=232;LEN=8;RO=186;SAF=21;SAR=35;SRF=90;SRR=86;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=74994596;OREF=CTGGAGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:232:186:46:35:21:90:86 chr7 75045363 . A T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.116523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.337;QD=3.43642;RBI=0.141075;REFB=-0.00587884;REVB=-0.0795257;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302526;STB=0.720617;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0201784;OID=.;OPOS=75045363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:4:2:19:13:4:2:20:13 chr7 75051189 . G C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0154807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5292;QD=4.28774;RBI=0.087764;REFB=-0.00257429;REVB=0.0863879;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195002;STB=0.634517;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0216275;OID=.;OPOS=75051189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:14:18:5:2:14:18 chr7 75051207 . T C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00126926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.637;QD=5.01787;RBI=0.0102747;REFB=0.00295202;REVB=-0.010196;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243322;STB=0.663232;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0138801;OID=.;OPOS=75051207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:13:14:5:2:13:14 chr7 75185453 . G A,C 495.53 PASS AF=0.916667,0.0555556;AO=33,2;DP=36;FAO=33,2;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22,2;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413217,-0.00536188;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=186.621,26.6365;QD=55.0589;RBI=0.0441987,0.00799965;REFB=-0.0899138,-0.0240893;REVB=0.0156858,0.00593672;RO=1;SAF=22,2;SAR=11,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0207674,0;STB=0.511104,0.5;STBP=0.603,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000945152,0.0940871;OID=.,.;OPOS=75185453,75185453;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:1:1:33,2:33,2:0.916667,0.0555556:11,0:22,2:1:0:11,0:22,2:1:0 chr7 75441111 . G T 184.4 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00994234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.907;QD=43.3877;RBI=0.0640028;REFB=-0.175169;REVB=0.0632259;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00233366;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:17:17:0:1:16:16:0.941176:10:6:0:0:10:6:0:1 chr7 75442730 . T G 1359.25 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3831;QD=62.4943;RBI=0.0797576;REFB=0;REVB=-0.0682483;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177593;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:52:33:0:0:52:35:0:0 chr7 75513062 . A G 807.8 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362366;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.986;QD=57.6997;RBI=0.0362971;REFB=0;REVB=0.00209614;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72473e-05;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr7 75597545 . C G,T 892.64 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,59;DP=62;FAO=3,60;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=3,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272167,0.011657;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.791,55.3535;QD=56.6753;RBI=0.00787387,0.0165312;REFB=0,0;REVB=-0.00738853,0.0117216;RO=0;SAF=0,23;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0587636,0.0091532;OID=.,.;OPOS=75597545,75597545;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:62:63:0:0:3,59:3,60:0.047619,0.952381:3,36:0,23:0:0:3,37:0,23:0:0 chr7 75609677 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.616;QD=63.583;RBI=0.0144216;REFB=0;REVB=0.00836335;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02334e-05;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr7 75614953 . T C 1029.94 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0254658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9568;QD=58.0246;RBI=0.0587513;REFB=-0.0301172;REVB=0.0529454;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000546323;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:37:31:0:1:39:31:0:1 chr7 75621827 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.296;QD=61.6766;RBI=0.0242007;REFB=0;REVB=0.0227601;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6717e-05;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 75629778 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.549;QD=57.1062;RBI=0.0308851;REFB=0;REVB=0.0301739;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86316e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr7 75630274 . T C 480.67 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0915594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4283;QD=51.9638;RBI=0.110329;REFB=-0.0160993;REVB=0.0615584;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466996;STB=0.523796;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0124735;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:19:15:0:2:20:15:0:2 chr7 75659815 . T C 1621.54 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.253;QD=57.9121;RBI=0.0247033;REFB=-0.0916819;REVB=0.0220742;RO=2;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172535;STB=0.50877;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000458177;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:108:110:0.982143:54:54:0:2:56:54:0:2 chr7 75716765 . C T 98.91 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.00218151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.566;QD=2.99723;RBI=0.00708651;REFB=-0.00249876;REVB=0.00674237;RO=112;SAF=8;SAR=12;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149169;STB=0.5999;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.01004;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:132:112:112:20:20:0.151515:12:8:58:54:12:8:58:54 chr7 75716781 . G A 74.26 PASS AF=0.125;AO=17;DP=136;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.0345512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.506;QD=2.18414;RBI=0.035103;REFB=-0.00150879;REVB=-0.00619957;RO=117;SAF=8;SAR=9;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524142;STB=0.53669;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0267123;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:136:136:117:119:17:17:0.125:9:8:60:57:9:8:61:58 chr7 75716789 . C A 74.42 PASS AF=0.125;AO=17;DP=137;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.00735865;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.356;QD=2.18883;RBI=0.0231221;REFB=-0.00182476;REVB=-0.0219199;RO=120;SAF=8;SAR=9;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570317;STB=0.53669;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0138811;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:137:136:120:119:17:17:0.125:9:8:62:58:9:8:61:58 chr7 75716799 . A G 47.83 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.00325681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.005;QD=1.42771;RBI=0.038188;REFB=-9.56481e-05;REVB=-0.0380489;RO=120;SAF=8;SAR=5;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136777;STB=0.608128;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000275649;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:133:134:120:121:13:13:0.0970149:5:8:60:60:5:8:60:61 chr7 75716804 . G A 40.96 PASS AF=0.0875912;AO=12;DP=137;FAO=12;FDP=137;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.0134735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.819;QD=1.19595;RBI=0.0147845;REFB=-0.00209793;REVB=-0.00608662;RO=125;SAF=7;SAR=5;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914535;STB=0.572528;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0252822;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:137:137:125:125:12:12:0.0875912:5:7:63:62:5:7:63:62 chr7 75914934 . G GC 1295.91 PASS AF=1;AO=106;DP=137;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101698;FXX=0.0909027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2817;QD=39.8742;RBI=0.219332;REFB=0;REVB=0.19433;RO=24;SAF=50;SAR=56;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00241199;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:137:130:130:0:66:64:0:0:26:24:50:56:16:8 chr7 76029673 . G A 643.57 PASS AF=0.864407;AO=50;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0793904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0132;QD=43.6317;RBI=0.131386;REFB=-0.044002;REVB=0.104688;RO=9;SAF=33;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211997;STB=0.515413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00942209;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:9:8:50:51:0.864407:17:33:6:3:18:33:6:2 chr7 76069811 . T C 709.39 PASS AF=0.791667;AO=56;DP=71;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00435777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.438;QD=39.4107;RBI=0.0214634;REFB=-0.0328968;REVB=0.0210163;RO=15;SAF=18;SAR=38;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146851;STB=0.574231;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00698603;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:15:15:56:57:0.791667:38:18:10:5:38:19:10:5 chr7 76112060 . C T 340.5 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.961;QD=48.6424;RBI=0.0454094;REFB=-0.0228514;REVB=0.0374315;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.531226;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00113177;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:28:2:2:24:26:0.928571:10:14:2:0:11:15:2:0 chr7 76131645 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.239;QD=57.0003;RBI=0.0320976;REFB=0;REVB=-0.0319384;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53131e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr7 76131650 . G A 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00297103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.612;QD=3.22854;RBI=0.011076;REFB=0.00227561;REVB=0.0106701;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2534;STB=0.660354;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0169851;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:4:4:33:14:4:4:33:15 chr7 76131695 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.413;QD=57.2345;RBI=0.0502028;REFB=0;REVB=0.00332272;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214214;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr7 76140023 . G A 421.31 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0128568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4347;QD=49.5659;RBI=0.0488861;REFB=0.0258937;REVB=0.0471652;RO=3;SAF=24;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548081;STB=0.528284;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00104177;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:3:3:30:31:0.911765:6:24:3:0:6:25:3:0 chr7 76144455 . A C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.443;QD=58.5821;RBI=0.0305458;REFB=0;REVB=-0.000948587;RO=0;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91437e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:31:2:0:0:31:2:0:0 chr7 76144560 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.309;QD=40.7629;RBI=0.143214;REFB=0;REVB=-0.0062488;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175015;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr7 76240888 . A G 56.12 PASS AF=0.104478;AO=13;DP=133;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=0.0272117;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.692;QD=1.67522;RBI=0.0272149;REFB=-0.00179641;REVB=-0.000417638;RO=119;SAF=11;SAR=2;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36964;STB=0.724362;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0235056;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:133:134:119:120:13:14:0.104478:2:11:67:52:3:11:67:53 chr7 76891485 . A G 766.42 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=69;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0184049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.918;QD=44.43;RBI=0.0187089;REFB=-0.0229896;REVB=0.00335915;RO=10;SAF=26;SAR=33;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163126;STB=0.508699;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00470011;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:10:10:59:59:0.855072:33:26:5:5:33:26:5:5 chr7 76984572 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.87;QD=62.9821;RBI=0.0597496;REFB=0;REVB=0.0549142;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415199;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 412.66 PASS AF=0.8,0.2;AO=21,7;DP=30;FAO=24,6;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220098,0.0449482;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=251.273,66.9846;QD=55.0215;RBI=0.0292181,0.0449754;REFB=0,0;REVB=0.0192163,-0.00156476;RO=0;SAF=6,5;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00595132,-0.0116501;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:21,7:30:24,6:30:0:7,4:17,2:0:0:35:0:6,5:15,2:0:0 chr7 77033937 . A G 1406.76 PASS AF=0.939394;AO=94;DP=100;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00045553;FXX=0.009999;HRUN=8;LEN=1;MLLD=328.558;QD=56.839;RBI=0.00371948;REFB=-0.0136717;REVB=-0.00369148;RO=4;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169481;STB=0.507872;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=4.62096e-05;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:100:99:4:6:94:93:0.939394:50:44:1:3:50:43:2:4 chr7 77035392 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.812;QD=56.9981;RBI=0.0448871;REFB=0;REVB=0.0321468;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159287;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr7 77053084 . T C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0373578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0714;QD=44.0916;RBI=0.0409511;REFB=0.0376203;REVB=0.0167745;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00201523;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr7 77247821 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5077;QD=60.7161;RBI=0.0273588;REFB=0;REVB=-0.0259937;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170934;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr7 77256713 . A G 246.56 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.919;QD=46.9635;RBI=0.0657133;REFB=-0.131058;REVB=0.0119359;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00268011;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:10:10:0:0:10:10:1:0 chr7 77365770 . A G 162.34 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.464;QD=38.1982;RBI=0.0418394;REFB=0.0176828;REVB=0.0237987;RO=2;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934623;STB=0.551651;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000170215;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:12:3:1:1:12:3:1:1 chr7 77408774 . TATA T,TAT 150.24 PASS AF=1,0;AO=7,3;DP=23;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310031,0.185857;FXX=0.133244;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=121.292,16.0913;QD=46.2269;RBI=0.170176,0.251702;REFB=0,0;REVB=0.167329,0.169738;RO=9;SAF=1,0;SAR=6,3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.52739,-0.703681;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00213499,0;OID=.,.;OPOS=77408775,77408777;OREF=ATA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,3:23:13,0:13:0:5,0:8,0:0:0:3:9:1,0:6,3:6:3 chr7 77423574 . G A 1061.58 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.010806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.286;QD=55.8726;RBI=0.0249994;REFB=-0.0228564;REVB=0.0225433;RO=3;SAF=42;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325921;STB=0.517237;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000263281;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:31:42:3:0:31:42:3:0 chr7 77525199 . T C 807.94 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0174143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0099;QD=48.966;RBI=0.045731;REFB=-0.0300633;REVB=0.0422855;RO=5;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662162;STB=0.528898;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00366068;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:66:5:6:60:60:0.909091:22:38:1:4:22:38:2:4 chr7 77531113 . T C 2217.93 PASS AF=0.856383;AO=159;DP=186;FAO=161;FDP=188;FR=.;FRO=27;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0275068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6562;QD=47.1899;RBI=0.0487804;REFB=0.0167983;REVB=-0.0402853;RO=27;SAF=71;SAR=88;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211911;STB=0.505786;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00353036;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:27:27:159:161:0.856383:88:71:10:17:89:72:11:16 chr7 77552127 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.171;QD=57.1773;RBI=0.0194071;REFB=0;REVB=0.0158043;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9378e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 77648671 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7438;QD=33.4285;RBI=0.116443;REFB=0;REVB=0.087167;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145557;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 77756580 . T C 837.16 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174713;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.147;QD=57.735;RBI=0.0807995;REFB=0;REVB=0.078888;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186689;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr7 77756724 . C T 926.74 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218123;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.557;QD=57.0302;RBI=0.0334207;REFB=0.0350895;REVB=0.0253213;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-9.12667e-06;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:38:26:1:0:38:26:1:0 chr7 78119109 . C T 54.68 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0361958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2511;QD=2.1656;RBI=0.0568434;REFB=-0.0213554;REVB=-0.0438296;RO=82;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1783;STB=0.634906;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0371477;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:82:89:12:12:0.118812:8:4:39:43:8:4:43:46 chr7 80374342 . A G 2526.04 PASS AF=0.982249;AO=166;DP=171;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201194;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4087;QD=59.7878;RBI=0.0214601;REFB=-0.0926377;REVB=0.00746649;RO=2;SAF=78;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120445;STB=0.503504;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=2.91288e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:171:169:2:3:166:166:0.982249:88:78:2:0:88:78:2:1 chr7 80374438 . T C 1911.85 PASS AF=0.924138;AO=125;DP=144;FAO=134;FDP=145;FR=.;FRO=11;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0265828;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.365;QD=52.7406;RBI=0.0376364;REFB=0.0126385;REVB=0.0266431;RO=11;SAF=65;SAR=60;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100386;STB=0.504014;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000415399;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:145:11:11:125:134:0.924138:60:65:5:6:66:68:5:6 chr7 80378319 . G C 1746.88 PASS AF=0.867133;AO=124;DP=144;FAO=124;FDP=143;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00251225;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.918;QD=48.8637;RBI=0.0150194;REFB=-0.00199956;REVB=-0.0148078;RO=17;SAF=48;SAR=76;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224514;STB=0.517486;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000350985;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:144:143:17:19:124:124:0.867133:76:48:5:12:76:48:5:14 chr7 80962963 . A T 2686.48 PASS AF=1;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362138;FXX=0.0170445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.317;QD=62.1151;RBI=0.00792844;REFB=-0.0089143;REVB=0.00705307;RO=1;SAF=96;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14795e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:173:1:0:173:173:1:77:96:1:0:77:96:0:0 chr7 81380476 . T A 207.86 PASS AF=0.229814;AO=36;DP=151;FAO=37;FDP=161;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=80;FWDB=-0.0190745;FXX=0.00617246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.0489;QD=5.16423;RBI=0.0482731;REFB=-0.0173661;REVB=-0.0443448;RO=106;SAF=34;SAR=2;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735501;STB=0.947583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0939872;OID=.;OPOS=81380476;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:161:106:124:36:37:0.229814:2:34:38:68:2:35:44:80 chr7 82453708 . A C 1515.59 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.983;QD=63.1496;RBI=0.0273402;REFB=0;REVB=0.0264535;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802496;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:46:50:0:0 chr7 82455895 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000602264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.449;QD=60.2046;RBI=0.00951948;REFB=0;REVB=0.00950041;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82463e-06;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr7 82544987 . A G 863.08 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0497363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.166;QD=47.9489;RBI=0.050063;REFB=-0.0161156;REVB=0.00571039;RO=8;SAF=25;SAR=39;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310926;STB=0.516524;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00164431;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:8:8:64:64:0.888889:39:25:2:6:39:25:2:6 chr7 82581488 . T TCA,TTCA 407.87 PASS AF=0,0.861111;AO=6,25;DP=37;FAO=0,31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=0,25;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000391381,0.00210269;FXX=0.0270197;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=222.298,231.897;QD=45.319;RBI=0.00215595,0.00506805;REFB=-0.0177654,-0.0162037;REVB=0.00212013,0.00461127;RO=6;SAF=5,21;SAR=1,4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202122,0.105181;STB=0.5,0.543449;STBP=1,0.307;TYPE=ins,ins;VARB=0.0545596,0.00457226;OID=.,.;OPOS=82581489,82581489;OREF=-,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=TCA,TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.861111:6,25:37:0,31:36:5:0,25:0,6:3:2:26:6:5,21:1,4:4:2 chr7 82581859 . C T 100.48 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0369593;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.834;QD=25.1187;RBI=0.0415664;REFB=0.0233055;REVB=0.0190206;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0147808;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr7 82582846 . C T 562.92 PASS AF=0.851064;AO=34;DP=48;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0137459;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.096;QD=47.9081;RBI=0.0183054;REFB=0.00795149;REVB=0.0120887;RO=7;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196683;STB=0.606006;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00176551;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:48:47:7:7:34:40:0.851064:21:13:7:0:27:13:7:0 chr7 82764425 . C G 840.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.019;QD=56.9762;RBI=0.035276;REFB=0;REVB=0.0316415;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130435;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:25:29:0:0:30:29:0:0 chr7 82784832 . C G 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0361221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3522;QD=36.312;RBI=0.0571158;REFB=-0.0299732;REVB=-0.0442425;RO=4;SAF=15;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273812;STB=0.651981;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00991585;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:3:15:1:3:3:15:1:3 chr7 82993568 . T C 1525.24 PASS AF=0.868217;AO=108;DP=125;FAO=112;FDP=129;FR=.;FRO=17;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00885177;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.044;QD=47.2942;RBI=0.0168805;REFB=-0.00908646;REVB=0.0143735;RO=16;SAF=65;SAR=43;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723244;STB=0.536031;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00106936;OID=.;OPOS=82993568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:125:129:16:17:108:112:0.868217:43:65:5:11:43:69:6:11 chr7 82996706 . A T 2128.01 PASS AF=0.816425;AO=165;DP=201;FAO=169;FDP=207;FR=.;FRO=38;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0371213;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.6864;QD=41.121;RBI=0.0526984;REFB=-0.0271183;REVB=-0.037405;RO=36;SAF=76;SAR=89;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133758;STB=0.505994;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00631031;OID=.;OPOS=82996706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:207:36:38:165:169:0.816425:89:76:18:18:90:79:19:19 chr7 83023587 . TAC T 930.12 PASS AF=1;AO=59;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608138;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.434;QD=58.1326;RBI=0.112695;REFB=0;REVB=0.094878;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000384262;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:65:64:64:0:35:29:0:0:5:0:34:25:0:0 chr7 83037731 . C G 572.44 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00604885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.852;QD=53.25;RBI=0.0284987;REFB=0.0110213;REVB=0.0278494;RO=3;SAF=23;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106425;STB=0.506552;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-3.34864e-05;OID=.;OPOS=83037731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:3:3:39:40:0.930233:16:23:2:1:17:23:2:1 chr7 83590852 . T C 1032.25 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163808;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3244;QD=59.8405;RBI=0.032856;REFB=0;REVB=0.0284813;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242232;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr7 83606518 . G A 1151.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.889;QD=60.6002;RBI=0.0249298;REFB=0;REVB=0.00575935;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06924e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:44:32:0:0 chr7 83636809 . T C 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.0047932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.996;QD=1.54681;RBI=0.0180953;REFB=0.000838191;REVB=0.0174489;RO=76;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411759;STB=0.532179;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0114955;OID=.;OPOS=83636809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:5:3:26:50:5:3:26:50 chr7 84624924 . T C 670.26 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00316916;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.166;QD=58.2837;RBI=0.0145346;REFB=-0.0126422;REVB=0.0141849;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.516122;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00013779;OID=.;OPOS=84624924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:1:2:44:44:0.956522:30:14:0:1:30:14:0:2 chr7 84628989 . T G 1263.13 PASS AF=0.842105;AO=96;DP=116;FAO=96;FDP=114;FR=.;FRO=18;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0281506;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.228;QD=44.3205;RBI=0.0327998;REFB=-0.0318732;REVB=0.0168336;RO=17;SAF=41;SAR=55;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630375;STB=0.529427;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00607975;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:116:114:17:18:96:96:0.842105:55:41:11:6:55:41:11:7 chr7 84644500 . C T 977.8 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00111963;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.229;QD=50.7947;RBI=0.00326217;REFB=0.00797185;REVB=-0.00306401;RO=7;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227886;STB=0.512089;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000732902;OID=.;OPOS=84644500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:77:7:7:70:70:0.909091:41:29:2:5:41:29:2:5 chr7 86577142 . AAT A,ATT 87.36 PASS AF=0.291667,0;AO=14,3;DP=56;FAO=14,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.085626,-0.0327582;FXX=0.111091;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.1021,20.4492;QD=7.28037;RBI=0.0994799,0.0387784;REFB=-0.0922258,0.00137259;REVB=-0.0506402,0.0207524;RO=32;SAF=9,3;SAR=5,0;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202992,0.551015;STB=0.550825,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=del,snp;VARB=0.191658,0;OID=.,.;OPOS=86577143,86577143;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0:14,3:56:14,0:48:34:8,0:6,0:17:17:88:32:9,3:5,0:15:17 chr7 86800351 . A G 1198.8 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0403374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.346;QD=54.4907;RBI=0.0403611;REFB=-0.0111193;REVB=0.00138472;RO=6;SAF=45;SAR=37;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037158;STB=0.519658;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000835602;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:88:6:6:82:82:0.931818:37:45:5:1:37:45:5:1 chr7 87022264 . C A 51.12 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00120521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.638;QD=1.64888;RBI=0.0510512;REFB=-0.000555042;REVB=-0.051037;RO=110;SAF=5;SAR=8;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637709;STB=0.544219;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00508355;OID=.;OPOS=87022264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:110:111:13:13:0.104839:8:5:48:62:8:5:48:63 chr7 87138645 . A G 1267.84 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00839718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1259;QD=60.3733;RBI=0.0084403;REFB=0.0701833;REVB=-0.000852047;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00216438;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:40:42:0:1:40:43:0:1 chr7 87160618 . A C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.525;QD=58.8006;RBI=0.0283803;REFB=-0.0245755;REVB=0.0252248;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00185084;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:1:0:35:39:1:0 chr7 87229501 . T C 1048.32 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0658395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.572;QD=56.6657;RBI=0.0719701;REFB=0.0694781;REVB=-0.0290665;RO=2;SAF=9;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941485;STB=0.549985;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00277806;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:71:72:0.972973:62:9:2:0:63:9:2:0 chr7 87774727 . T C 555.8 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0440762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.875;QD=33.6846;RBI=0.0442459;REFB=-0.0335368;REVB=0.00387148;RO=18;SAF=20;SAR=28;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429672;STB=0.523186;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0145741;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:28:20:9:9:28:20:9:9 chr7 87813635 . C T 1380.49 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.797;QD=61.3549;RBI=0.0309269;REFB=-0.0270027;REVB=0.0268355;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.506023;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00050423;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:48:41:1:0:48:41:1:0 chr7 87913361 . C T 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1603;QD=62.6648;RBI=0.0612888;REFB=0;REVB=-0.0496495;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184104;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr7 88423881 . T C 45.64 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0051097;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.744;QD=2.72473;RBI=0.00570319;REFB=-0.00210625;REVB=-0.00253323;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362629;STB=0.750287;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0194724;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:67:49:58:9:9:0.134328:7:2:25:24:7:2:29:29 chr7 88956699 . A G 4737.04 PASS AF=1;AO=295;DP=295;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.582;QD=64.0141;RBI=0.0339099;REFB=0;REVB=0.0215021;RO=0;SAF=132;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87441e-05;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:296:0:0:295:296:1:163:132:0:0:163:133:0:0 chr7 88963039 . G A 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.164776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.595;QD=47.8127;RBI=0.167232;REFB=-0.0815739;REVB=0.0285555;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00514183;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:0:1:14:7:0:1 chr7 88964000 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.717;QD=63.2856;RBI=0.0101007;REFB=0;REVB=-0.00578368;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68437e-05;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr7 88964196 . T A 1332.7 PASS AF=0.956989;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0116912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.648;QD=57.3205;RBI=0.0145086;REFB=-0.12805;REVB=0.00859149;RO=2;SAF=41;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225522;STB=0.501212;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00045298;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:92:93:2:4:88:89:0.956989:47:41:2:0:47:42:2:2 chr7 88965021 . G A 40.2 PASS AF=0.1125;AO=10;DP=81;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00913004;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.931;QD=2.00994;RBI=0.0109782;REFB=-0.00401863;REVB=-0.00609625;RO=70;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10457;STB=0.51973;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0319222;OID=.;OPOS=88965021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:81:80:70:71:10:9:0.1125:5:5:41:29:4:5:41:30 chr7 89797144 . G T 1979.62 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202561;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.999;QD=61.8632;RBI=0.0240595;REFB=0;REVB=0.0129827;RO=0;SAF=90;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108185;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:126:128:1:36:90:0:0:37:91:0:0 chr7 89861890 . G T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1389;QD=64.4138;RBI=0.0503604;REFB=0;REVB=0.004634;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591406;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr7 89867422 . G A 1075.44 PASS AF=0.9375;AO=73;DP=82;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000675876;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.05;QD=53.7721;RBI=0.0629807;REFB=-0.0075455;REVB=0.0629771;RO=5;SAF=44;SAR=29;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507773;STB=0.526875;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000899488;OID=.;OPOS=89867422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:82:80:5:5:73:75:0.9375:29:44:5:0:31:44:5:0 chr7 89881239 . G C 594.76 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00983073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.603;QD=52.8679;RBI=0.028155;REFB=0.0326083;REVB=-0.026383;RO=4;SAF=21;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396095;STB=0.521162;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00604356;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:20:21:3:1:20:21:3:1 chr7 89906609 . C T 1804.11 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.313;QD=61.1562;RBI=0.00945049;REFB=0;REVB=-0.00634445;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21539e-07;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:62:55:0:0:62:56:0:0 chr7 89912301 . G A 823.19 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120622;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.741;QD=57.7678;RBI=0.0223237;REFB=0;REVB=0.0187843;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30556e-05;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr7 89938588 . C G 1122.15 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7785;QD=57.5463;RBI=0.0693747;REFB=-0.0245943;REVB=0.0626469;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255586;STB=0.513154;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0189612;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:75:76:0.974359:39:36:2:0:39:37:2:0 chr7 89982132 . T C 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00761732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.684;QD=2.83776;RBI=0.00920426;REFB=0.000442217;REVB=0.0051667;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241272;STB=0.533251;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00161307;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:50:52:8:8:0.133333:4:4:26:24:4:4:28:24 chr7 89983808 . T G 718.74 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.19;QD=56.3714;RBI=0.0295541;REFB=0;REVB=0.0271619;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88848e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:14:34:0:0:16:35:0:0 chr7 89984409 . A G 1052.15 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.001081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.759;QD=54.657;RBI=0.029091;REFB=-0.0360024;REVB=0.0290709;RO=3;SAF=40;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894647;STB=0.502512;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000783928;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:3:4:73:73:0.948052:33:40:2:1:33:40:2:2 chr7 90042857 . G T 685.7 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00693987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.858;QD=58.3573;RBI=0.0159378;REFB=-0.034834;REVB=-0.0143475;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391242;STB=0.520824;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00182614;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:22:23:2:0:22:23:2:0 chr7 90043182 . A G 869.92 PASS AF=0.835443;AO=65;DP=78;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00312605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.467;QD=44.0466;RBI=0.00439669;REFB=-0.00645626;REVB=-0.00309172;RO=12;SAF=32;SAR=33;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221257;STB=0.518982;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00166476;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:79:12:13:65:66:0.835443:33:32:5:7:33:33:5:8 chr7 90043304 . C T 914.7 PASS AF=0.881579;AO=67;DP=78;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0335671;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.36;QD=48.1418;RBI=0.0342546;REFB=-0.0743663;REVB=-0.0068283;RO=8;SAF=22;SAR=45;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471156;STB=0.514384;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00396236;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:78:76:8:9:67:67:0.881579:45:22:1:7:45:22:2:7 chr7 90043314 . C T 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239073;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.735;QD=62.3201;RBI=0.0248258;REFB=0;REVB=-0.00669032;RO=0;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82093e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:56:29:0:0:56:29:0:0 chr7 90044945 . G A 67.04 PASS AF=0.104651;AO=18;DP=172;FAO=18;FDP=172;FR=.;FRO=154;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=-0.0204851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6634;QD=1.55906;RBI=0.0204989;REFB=-0.00141665;REVB=-0.000751953;RO=153;SAF=6;SAR=12;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207276;STB=0.656075;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.013842;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:172:172:153:154:18:18:0.104651:12:6:77:76:12:6:78:76 chr7 90236415 . A G 881.55 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136565;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.744;QD=55.0968;RBI=0.0273876;REFB=-0.093903;REVB=0.0237399;RO=2;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105753;STB=0.505604;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000886079;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:41:21:1:1:41:21:1:1 chr7 90741929 . G A 44.23 PASS AF=0.0878378;AO=13;DP=144;FAO=13;FDP=148;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.0632573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9524;QD=1.19537;RBI=0.0634831;REFB=-0.00963916;REVB=-0.00534892;RO=130;SAF=11;SAR=2;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421172;STB=0.823265;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0847971;OID=.;OPOS=90741929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:144:148:130:135:13:13:0.0878378:2:11:64:66:2:11:69:66 chr7 90837216 . G A 794.77 PASS AF=0.882353;AO=59;DP=67;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00965632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.693;QD=46.7509;RBI=0.023853;REFB=-0.0347075;REVB=0.0218111;RO=8;SAF=28;SAR=31;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337461;STB=0.518658;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00228524;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:68:8:8:59:60:0.882353:31:28:5:3:32:28:5:3 chr7 90837491 . C A 67.14 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0365794;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3476;QD=3.89193;RBI=0.068734;REFB=-0.00972076;REVB=-0.058192;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278463;STB=0.503716;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0381417;OID=.;OPOS=90837491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:70:69:57:57:12:12:0.173913:5:7:32:25:5:7:33:24 chr7 90838869 . G C 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2723;QD=57.8799;RBI=0.017538;REFB=0;REVB=0.011041;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189995;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr7 90896715 . GCCCCCT CGCCCCT,GCCCC,GCCCCT 113.48 PASS AF=0.0645161,0,0.709677;AO=2,5,11;DP=29;FAO=2,0,22;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,13;FSAR=2,0,9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0503212,-0.0336816,-0.0914201;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=54.2353,188.833,9.19654;QD=14.6423;RBI=0.0503732,0.0346093,0.119828;REFB=-0.0305413,-0.00995161,-0.100558;REVB=-0.0022893,0.0079596,0.0774667;RO=9;SAF=0,3,8;SAR=2,2,3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.476258,0.480172,0.463875;STB=0.992254,0.5,0.574065;STBP=0.385,1,0.207;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.101274,0,0.10496;OID=.,.,.;OPOS=90896715,90896720,90896716;OREF=GC,CT,C;OALT=CG,-,-;OMAPALT=CGCCCCT,GCCCC,GCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:29:29:31:9:7:2,5,11:2,0,22:0.0645161,0,0.709677:2,2,3:0,3,8:1:8:2,0,9:0,0,13:2:5 chr7 90896831 . T C 576.87 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0126422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.605;QD=52.4426;RBI=0.018574;REFB=-0.0530878;REVB=0.0136077;RO=4;SAF=19;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890459;STB=0.547595;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00764049;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:4:4:40:40:0.909091:21:19:4:0:21:19:4:0 chr7 90897731 . A C 724.31 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0169774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.215;QD=47.4959;RBI=0.0243464;REFB=-0.0434183;REVB=0.0174504;RO=5;SAF=25;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229172;STB=0.52095;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00618566;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:5:6:55:55:0.901639:30:25:3:2:30:25:4:2 chr7 91503228 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.59;QD=49.5989;RBI=0.091842;REFB=0;REVB=0.00785111;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619523;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 91632306 . C T 660.88 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00122512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.431;QD=48.9537;RBI=0.0120764;REFB=-0.0254556;REVB=0.0120141;RO=4;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243754;STB=0.512972;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00267973;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:29:21:1:3:29:21:1:3 chr7 91714911 . C T 1446.15 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0158145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.96;QD=56.1613;RBI=0.0165564;REFB=0.0113536;REVB=0.00490068;RO=3;SAF=73;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442583;STB=0.502334;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-5.43679e-05;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:27:73:2:1:27:73:2:1 chr7 91726216 . AC A 54.7 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.10274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5792;QD=5.7582;RBI=0.11403;REFB=-0.0529623;REVB=-0.04947;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0.293478;SSEP=0;SSSB=0.574032;STB=0.860288;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.112664;OID=.;OPOS=91726217;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:10:38:11:38:27:9:2:7:20:54:26:8:2:7:19 chr7 91774220 . C T 1338.88 PASS AF=0.927835;AO=90;DP=97;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0235179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3462;QD=55.2114;RBI=0.0524787;REFB=0.0406689;REVB=-0.046914;RO=7;SAF=52;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000887458;STB=0.500469;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262589;OID=.;OPOS=91774220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:97:97:7:7:90:90:0.927835:38:52:4:3:38:52:4:3 chr7 92028039 . C A 262.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.217;QD=50.0347;RBI=0.0391584;REFB=0;REVB=0.0158746;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117361;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr7 92029302 . G A 1446.22 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1494;QD=62.8793;RBI=0.00328024;REFB=0;REVB=0.000866016;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57066e-05;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:34:56:0:0:35:57:0:0 chr7 92131289 . G T 923.23 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391523;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.235;QD=58.6178;RBI=0.0398831;REFB=0;REVB=-0.00760028;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85003e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr7 92600509 . T C 528.86 PASS AF=0.886364;AO=37;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0226045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.997;QD=48.0779;RBI=0.0326652;REFB=-0.0479733;REVB=0.0235807;RO=5;SAF=18;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251881;STB=0.515781;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00570045;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:37:39:0.886364:19:18:3:2:21:18:3:2 chr7 92844960 . AGG AGA,AG 1506.76 PASS AF=0.0514706,0.948529;AO=7,61;DP=138;FAO=7,129;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=1,54;FSAR=6,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954646,0.822991;FXX=0.0144917;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=235.507,15.5215;QD=44.3164;RBI=0.0989421,0.822993;REFB=-0.028813,-0.0156277;REVB=-0.026001,-0.00179722;RO=57;SAF=1,3;SAR=6,58;SRF=51;SRR=6;SSEN=0,0.683616;SSEP=0,0;SSSB=-0.756814,-0.797643;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0364749,0.00563172;OID=.,.;OPOS=92844962,92844961;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0514706,0.948529:7,61:138:7,129:136:0:1,54:6,75:0:0:16:57:1,3:6,58:51:6 chr7 93054827 . C CTCTT,T 927.42 PASS AF=0.742857,0.00952381;AO=70,5;DP=112;FAO=78,1;FDP=105;FR=.;FRO=26;FSAF=66,1;FSAR=12,0;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00312431,0.000201042;FXX=0.0277752;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=178.11,203.699;QD=35.3303;RBI=0.0305836,0.0293217;REFB=-0.0153008,-0.0120137;REVB=-0.0304236,-0.0293211;RO=32;SAF=62,4;SAR=8,1;SRF=26;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962659,-0.0232467;STB=0.551437,0.985565;STBP=0.18,0.502;TYPE=ins,snp;VARB=0.00399832,0.0577199;OID=.,.;OPOS=93054828,93054827;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:105:32:26:70,5:78,1:0.742857,0.00952381:8,1:62,4:26:6:12,0:66,1:19:7 chr7 93055650 . G A 1191.37 PASS AF=0.865979;AO=84;DP=97;FAO=84;FDP=97;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00493997;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.234;QD=49.1289;RBI=0.00518901;REFB=-0.0251789;REVB=-0.00158826;RO=13;SAF=47;SAR=37;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540808;STB=0.528697;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00301162;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:13:13:84:84:0.865979:37:47:10:3:37:47:10:3 chr7 93055753 . A G 600.58 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00762364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.69;QD=42.8984;RBI=0.0149844;REFB=-0.00820231;REVB=0.0129001;RO=8;SAF=22;SAR=26;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224622;STB=0.512007;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00114626;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:26:22:3:5:26:22:3:5 chr7 93116299 . A G,T 563.17 PASS AF=0.925,0.075;AO=33,3;DP=36;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163159,-0.00418503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.298,122.305;QD=56.3169;RBI=0.0163191,0.00439851;REFB=0,0;REVB=0.000325452,0.00135366;RO=0;SAF=14,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00347208,-0.0095688;OID=.,.;OPOS=93116299,93116299;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:40:0:0:33,3:37,3:0.925,0.075:19,3:14,0:0:0:20,3:17,0:0:0 chr7 93515993 . T G 448.4 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00354291;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.152;QD=36.6042;RBI=0.00356039;REFB=-0.0085612;REVB=0.000352409;RO=9;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134024;STB=0.591835;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00155293;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:9:14:35:35:0.714286:16:19:8:1:16:19:12:2 chr7 94027699 . T C 86.52 PASS AF=0.0764331;AO=35;DP=470;FAO=36;FDP=471;FR=.;FRO=435;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=228;FSRR=207;FWDB=-0.0166809;FXX=0.00422824;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.683;QD=0.734796;RBI=0.0232218;REFB=-0.00255883;REVB=-0.0161555;RO=432;SAF=22;SAR=13;SRF=225;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123572;STB=0.581394;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0292583;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:470:471:432:435:35:36:0.0764331:13:22:225:207:14:22:228:207 chr7 94030899 . T C 166.69 PASS AF=0.111922;AO=46;DP=411;FAO=46;FDP=411;FR=.;FRO=365;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=201;FSRR=164;FWDB=-0.00548079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.56;QD=1.6223;RBI=0.0163932;REFB=-0.000460903;REVB=-0.0154499;RO=360;SAF=26;SAR=20;SRF=197;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227596;STB=0.513079;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00354475;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:411:360:365:46:46:0.111922:20:26:197:163:20:26:201:164 chr7 94038934 . C T 78.32 PASS AF=0.0987124;AO=23;DP=233;FAO=23;FDP=233;FR=.;FRO=210;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=106;FSRR=104;FWDB=-0.0488769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4049;QD=1.34463;RBI=0.0613906;REFB=-0.00432264;REVB=-0.0371464;RO=210;SAF=18;SAR=5;SRF=106;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343586;STB=0.759643;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0476311;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:233:233:210:210:23:23:0.0987124:5:18:106:104:5:18:106:104 chr7 94039032 . C T 72.95 PASS AF=0.121429;AO=17;DP=140;FAO=17;FDP=140;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.018498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.645;QD=2.08435;RBI=0.0185361;REFB=-0.0033638;REVB=-0.00118676;RO=121;SAF=9;SAR=8;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199709;STB=0.506322;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0259723;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:140:140:121:123:17:17:0.121429:8:9:66:55:8:9:66:57 chr7 94043239 . C G 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.02099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=351.094;QD=1.40164;RBI=0.0221151;REFB=-0.000219409;REVB=0.00696404;RO=90;SAF=5;SAR=4;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139304;STB=0.609518;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00282844;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:4:5:39:51:4:5:39:51 chr7 94296769 . T C 47.65 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0045115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.966;QD=2.44348;RBI=0.0348396;REFB=-0.00360269;REVB=0.0345463;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312286;STB=0.735122;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0204209;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:10:10:0.128205:2:8:38:29:2:8:38:30 chr7 94539536 . C T 889.55 PASS AF=0.890411;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0204508;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.779;QD=48.7425;RBI=0.0267167;REFB=-0.0154261;REVB=0.0171915;RO=8;SAF=28;SAR=37;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382149;STB=0.520305;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00158952;OID=.;OPOS=94539536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:75:73:8:8:65:65:0.890411:37:28:2:6:37:28:2:6 chr7 94937446 . T C 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0276315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.6;QD=2.55261;RBI=0.0281732;REFB=0.00162255;REVB=0.00549793;RO=72;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387667;STB=0.527423;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0156239;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:6:5:35:37:6:5:35:37 chr7 95001555 . C T 1541.09 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438957;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.144;QD=59.848;RBI=0.0481385;REFB=0;REVB=0.0197608;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29694e-05;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr7 95024045 . AAC AGC,CAG 1318.24 PASS AF=0.965116,0.0348837;AO=70,3;DP=85;FAO=83,3;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=56,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056214,0.0597142;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=104.757,67.0338;QD=61.3135;RBI=0.0622727,0.0645188;REFB=0,0;REVB=0.0267933,-0.0244312;RO=0;SAF=26,2;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00413787,-0.0426063;OID=.,.;OPOS=95024046,95024045;OREF=A,AAC;OALT=G,CAG;OMAPALT=AGC,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:85:86:0:0:70,3:83,3:0.965116,0.0348837:44,1:26,2:0:0:56,1:27,2:0:0 chr7 95025600 . G A 2304.46 PASS AF=0.9;AO=162;DP=180;FAO=162;FDP=180;FR=.;FRO=18;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00506123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4263;QD=51.2101;RBI=0.0134457;REFB=-0.0430589;REVB=0.0124567;RO=17;SAF=83;SAR=79;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498374;STB=0.528985;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00742954;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:180:180:17:18:162:162:0.9:79:83:4:13:79:83:4:14 chr7 95034252 . G GTTA 332.91 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0112464;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=276.244;QD=33.291;RBI=0.0187403;REFB=-0.00612281;REVB=0.0149906;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782699;STB=0.535689;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=0.00300419;OID=.;OPOS=95034253;OREF=-;OALT=TTA;OMAPALT=GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:27:40:28:40:12:13:15:7:5:92:12:12:15:7:5 chr7 95034775 . G C 887.15 PASS AF=0.8375;AO=67;DP=80;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00591266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.453;QD=44.3574;RBI=0.019701;REFB=-0.0328889;REVB=0.0187928;RO=13;SAF=26;SAR=41;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071641;STB=0.538212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0039952;OID=.;OPOS=95034775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:13:13:67:67:0.8375:41:26:8:5:41:26:8:5 chr7 95041016 . G C 1200.39 PASS AF=0.866667;AO=91;DP=105;FAO=91;FDP=105;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0027706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.995;QD=45.7292;RBI=0.00728319;REFB=-0.0114005;REVB=-0.00673562;RO=14;SAF=41;SAR=50;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485384;STB=0.525757;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00146685;OID=.;OPOS=95041016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:14:14:91:91:0.866667:50:41:9:5:50:41:9:5 chr7 95213059 . G A 1085.08 PASS AF=1;AO=48;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.916;QD=60.2823;RBI=0.0593704;REFB=0;REVB=0.059354;RO=0;SAF=41;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166609;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:48:72:1:7:41:0:0:31:41:0:0 chr7 95213953 . A C 1322.82 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00225151;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.118;QD=58.792;RBI=0.0513344;REFB=0.0107152;REVB=0.051285;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.503875;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000108347;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:90:1:3:87:87:0.966667:48:39:0:1:48:39:1:2 chr7 95216394 . T G 843.8 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3415;QD=56.2533;RBI=0.0423185;REFB=-0.0210468;REVB=0.0236653;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531843;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:27:32:1:0:27:33:0:0 chr7 95224412 . G C 1632.71 PASS AF=0.892308;AO=116;DP=131;FAO=116;FDP=130;FR=.;FRO=14;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0248508;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.165;QD=50.2372;RBI=0.0657133;REFB=-0.034642;REVB=0.0608332;RO=14;SAF=51;SAR=65;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563173;STB=0.529792;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00429515;OID=.;OPOS=95224412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:131:130:14:14:116:116:0.892308:65:51:10:4:65:51:10:4 chr7 95818951 . C T 382.19 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0103187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.621;QD=41.3173;RBI=0.010319;REFB=0.00783691;REVB=-8.20582e-05;RO=7;SAF=22;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847382;STB=0.504584;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00228887;OID=.;OPOS=95818951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:8:22:5:2:8:22:5:2 chr7 95864178 . AG A 58.88 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.104044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5429;QD=3.86126;RBI=0.106365;REFB=-0.0487212;REVB=-0.0220977;RO=42;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.665025;SSSB=0.615621;STB=0.862295;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.128036;OID=.;OPOS=95864179;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:17:61:17:61:44:14:3:12:32:58:42:14:3:11:31 chr7 97488569 . A T 1010.81 PASS AF=0.815217;AO=75;DP=93;FAO=75;FDP=92;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00412514;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.977;QD=43.9481;RBI=0.031133;REFB=-0.00534598;REVB=0.0308585;RO=17;SAF=44;SAR=31;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644244;STB=0.534312;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00139446;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:17:17:75:75:0.815217:31:44:13:4:31:44:13:4 chr7 97821855 . T C 55.65 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0066427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2181;QD=2.92917;RBI=0.0737384;REFB=-0.0112533;REVB=-0.0734386;RO=58;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330555;STB=0.755588;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0840497;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:69:76:58:65:11:11:0.144737:2:9:34:24:2:9:36:29 chr7 97822115 . T A 652.2 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00355758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.907;QD=47.4325;RBI=0.0104978;REFB=-0.00367357;REVB=0.00987664;RO=5;SAF=30;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035253;STB=0.518789;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000371943;OID=.;OPOS=97822115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:20:30:2:3:20:30:2:3 chr7 97822210 . G A 676.49 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0120856;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.535;QD=49.1989;RBI=0.012426;REFB=-0.0163495;REVB=0.00288853;RO=4;SAF=28;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278102;STB=0.514796;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000729256;OID=.;OPOS=97822210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:55:4:4:51:51:0.927273:23:28:3:1:23:28:3:1 chr7 97823125 . G A 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0124593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.957;QD=2.70666;RBI=0.0153374;REFB=-0.00358698;REVB=-0.00894438;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222763;STB=0.666112;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0602715;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:4:2:22:20:4:2:22:20 chr7 97823629 . A G 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0221218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.183;QD=3.19947;RBI=0.0416449;REFB=-0.0120615;REVB=-0.0352835;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166971;STB=0.613267;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0382928;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:5:6:25:36:5:6:25:36 chr7 97852399 . G A 33.44 PASS AF=0.0625;AO=15;DP=236;FAO=15;FDP=240;FR=.;FRO=225;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=114;FSRR=111;FWDB=-0.00506004;FXX=0.00826412;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.984;QD=0.557257;RBI=0.00663042;REFB=-0.000758958;REVB=0.00428468;RO=221;SAF=11;SAR=4;SRF=114;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234182;STB=0.71642;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0122041;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:236:240:221:225:15:15:0.0625:4:11:114:107:4:11:114:111 chr7 97854393 . G A 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0156934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.74;QD=41.3344;RBI=0.0383171;REFB=-0.0263341;REVB=0.034956;RO=4;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180349;STB=0.509795;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00574149;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:10:13:2:2:10:13:2:2 chr7 97863145 . G A 462.45 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.571;QD=52.8518;RBI=0.0285115;REFB=-0.0494488;REVB=0.00644305;RO=2;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365765;STB=0.519618;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00150426;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:25:8:1:1:25:8:1:1 chr7 97933601 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0704071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.772;QD=2.2124;RBI=0.0704176;REFB=-0.00752894;REVB=-0.0012173;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408002;STB=0.805376;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0190632;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:47:49:6:6:0.109091:5:1:24:23:5:1:24:25 chr7 98258736 . G A 1154.77 PASS AF=0.863158;AO=82;DP=95;FAO=82;FDP=95;FR=.;FRO=13;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.037824;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8645;QD=48.6218;RBI=0.0814099;REFB=-0.0257513;REVB=0.0720897;RO=12;SAF=49;SAR=33;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105284;STB=0.561589;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00401535;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:12:13:82:82:0.863158:33:49:2:10:33:49:2:11 chr7 98559980 . C T 1558.75 PASS AF=0.947826;AO=108;DP=115;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00194379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.07;QD=54.2173;RBI=0.0115607;REFB=0.0201321;REVB=-0.0113961;RO=6;SAF=56;SAR=52;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350892;STB=0.518592;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00135657;OID=.;OPOS=98559980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:115:115:6:6:108:109:0.947826:52:56:1:5:52:57:1:5 chr7 98650051 . G C 501.58 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506912;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7372;QD=59.0097;RBI=0.0561666;REFB=0;REVB=0.0241888;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130107;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr7 98782750 . C T 996.94 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0264137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.393;QD=46.9147;RBI=0.0419328;REFB=-0.0741709;REVB=-0.032568;RO=12;SAF=47;SAR=26;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410627;STB=0.521854;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0110742;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:12:12:73:73:0.858824:26:47:6:6:26:47:6:6 chr7 99306685 . C G 1767.56 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6981;QD=60.9502;RBI=0.0232009;REFB=0;REVB=0.00428132;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121961;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr7 99569394 . G A 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.242;QD=63.7505;RBI=0.0412647;REFB=0;REVB=-0.0216557;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80633e-05;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr7 99578411 . T C 604.42 PASS AF=0.403509;AO=69;DP=170;FAO=69;FDP=171;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=0.00176436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.761;QD=14.1384;RBI=0.00662363;REFB=-0.00661489;REVB=0.00638432;RO=101;SAF=28;SAR=41;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326568;STB=0.514574;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00735936;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:101:102:69:69:0.403509:41:28:38:63:41:28:39:63 chr7 99580907 . C G 753.44 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.283;QD=61.5053;RBI=0.0190143;REFB=0.0939011;REVB=0.00194103;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=7.02399e-05;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr7 99632426 . AG A 61.45 PASS AF=0.448276;AO=9;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0444412;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7789;QD=8.4758;RBI=0.265312;REFB=-0.0257621;REVB=-0.261563;RO=13;SAF=0;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.811976;STB=0.79468;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0100209;OID=.;OPOS=99632427;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:9:30:13:29:16:2:11:10:6:61:13:0:9:9:4 chr7 99654689 . G A 464.26 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0792;QD=56.274;RBI=0.0600653;REFB=0;REVB=0.0555017;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369406;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:16:16:0:1:17:16:0:0 chr7 99669620 . TCTC T 929.98 PASS AF=0.851852;AO=69;DP=82;FAO=69;FDP=81;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0567312;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.956;QD=45.9249;RBI=0.0579645;REFB=-0.0103646;REVB=-0.0118935;RO=12;SAF=36;SAR=33;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605738;STB=0.503225;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.00130931;OID=.;OPOS=99669621;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852:69:82:69:81:12:36:33:6:6:61:12:36:33:6:6 chr7 99693078 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0469;QD=58.2389;RBI=0.0807226;REFB=0;REVB=0.0608544;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742571;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr7 99772298 . A C 1185.71 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.23;QD=60.8055;RBI=0.076901;REFB=0;REVB=0.030496;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68923e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:66:78:1:48:18:0:0:53:25:0:0 chr7 99796146 . A C 71.67 PASS AF=0.129032;AO=15;DP=121;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.0207726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.168;QD=2.31183;RBI=0.0411218;REFB=0.00182934;REVB=-0.0354895;RO=103;SAF=8;SAR=7;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616886;STB=0.510254;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00880277;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:121:124:103:108:15:16:0.129032:7:8:60:43:7:9:62:46 chr7 99799845 . T A 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00260698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.548;QD=1.34427;RBI=0.0160734;REFB=-0.000225639;REVB=-0.0158606;RO=101;SAF=5;SAR=5;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170472;STB=0.513487;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00199379;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:5:5:49:52:5:5:49:52 chr7 99816256 . C A 108.89 PASS AF=0.916667;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.997;QD=36.2962;RBI=0.128083;REFB=-0.168914;REVB=0.00128743;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00699335;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:9:11:0.916667:5:4:0:0:7:4:0:1 chr7 99816272 . A G 74.94 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.250872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7581;QD=37.4702;RBI=0.251348;REFB=0;REVB=-0.0154613;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00878342;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:7:0:0:0:7:1:0:0 chr7 99816285 . A T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2234;QD=35.5711;RBI=0.130958;REFB=0;REVB=-0.00466806;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103971;OID=.;OPOS=99816285;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr7 99817859 . A G 258.74 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0441981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0395;QD=38.332;RBI=0.0460846;REFB=-0.0902532;REVB=-0.0130506;RO=5;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199961;STB=0.595578;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0355758;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:27:5:5:21:22:0.814815:6:15:1:4:7:15:1:4 chr7 99821685 . C T 598.9 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.060832;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.59;QD=42.0282;RBI=0.0626691;REFB=-0.0538985;REVB=0.0150627;RO=9;SAF=17;SAR=31;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130784;STB=0.570085;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00903503;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:59:57:9:9:48:48:0.842105:31:17:7:2:31:17:7:2 chr7 99971313 . T C 1300.51 PASS AF=0.942308;AO=89;DP=96;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0530147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7471;QD=50.0196;RBI=0.0561468;REFB=-0.0762461;REVB=0.0184907;RO=6;SAF=44;SAR=45;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000671056;STB=0.501772;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0133747;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:96:104:6:6:89:98:0.942308:45:44:3:3:46:52:3:3 chr7 99971834 . A G 2545.11 PASS AF=0.939891;AO=170;DP=181;FAO=172;FDP=183;FR=.;FRO=11;FSAF=68;FSAR=104;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00145801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.354;QD=55.6308;RBI=0.0174205;REFB=-0.0292025;REVB=0.0173594;RO=11;SAF=67;SAR=103;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147177;STB=0.507732;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00150603;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:181:183:11:11:170:172:0.939891:103:67:3:8:104:68:3:8 chr7 100065639 . A AC 48.71 PASS AF=0.171642;AO=26;DP=136;FAO=23;FDP=134;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=74;FWDB=-0.011466;FXX=0.00740686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.9074;QD=1.45417;RBI=0.0952067;REFB=-0.000846186;REVB=-0.0945137;RO=105;SAF=6;SAR=20;SRF=34;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147485;STB=0.621595;STBP=0.256;TYPE=ins;VARB=0.037545;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171642:26:136:23:134:111:5:18:37:74:48:105:6:20:34:71 chr7 100175472 . GT G,GC,GG 462.26 PASS AF=0.030303,0.878788,0.0909091;AO=7,22,3;DP=33;FAO=1,29,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21,0;FSAR=0,8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301373,0.0298636,0.0378148;FXX=0.0294031;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=121.644,132.703,109.012;QD=56.032;RBI=0.0604886,0.079262,0.0570344;REFB=0,0,0;REVB=0.0524463,0.0734209,0.0426961;RO=0;SAF=2,20,0;SAR=5,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,-3.80459e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00335306,-0.00688407,0.0363049;OID=.,.,.;OPOS=100175473,100175473,100175473;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.030303,0.878788,0.0909091:7,22,3:33:1,29,3:33:0:1,21,0:0,8,3:0:0:14:0:2,20,0:5,2,3:0:0 chr7 100175478 . G C 92.3 PASS AF=0.388889;AO=11;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=0.106602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.5001;QD=10.2556;RBI=0.113693;REFB=-0.0347587;REVB=0.0395247;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70841;STB=0.879594;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0737765;OID=.;OPOS=100175478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:35:36:24:22:11:14:0.388889:9:2:22:2:11:3:21:1 chr7 100275195 . T TG 43.12 PASS AF=0.6;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0835309;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.59785;QD=11.4999;RBI=0.15911;REFB=-0.135022;REVB=0.13542;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=ins;VARB=0.113881;OID=.;OPOS=100275196;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:7:15:9:15:6:2:7:1:5:21:8:2:5:1:7 chr7 100278657 . A G 727.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.046;QD=63.2681;RBI=0.0148746;REFB=0;REVB=-0.00566729;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87866e-05;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr7 100281768 . T C 97.99 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.884;QD=39.1979;RBI=0.0593141;REFB=0;REVB=0.058941;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011389;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr7 100285476 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.216;QD=57.5451;RBI=0.0496565;REFB=0;REVB=0.00325378;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222297;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr7 100334556 . G C 53.6 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=52;FWDB=0.0383579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.894;QD=3.2484;RBI=0.0417628;REFB=-0.00948606;REVB=-0.0165167;RO=56;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113345;STB=0.57534;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0797125;OID=.;OPOS=100334556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:9:1:4:52:9:1:4:52 chr7 100348327 . C T 62.52 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00185727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.184;QD=3.20622;RBI=0.0203874;REFB=-0.00472853;REVB=-0.0203026;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132848;STB=0.589599;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0131121;OID=.;OPOS=100348327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:6:6:40:26:6:6:40:26 chr7 100348384 . T C 857.75 PASS AF=0.844156;AO=65;DP=77;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0225604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9263;QD=44.5585;RBI=0.0418769;REFB=-0.00349704;REVB=-0.0352804;RO=12;SAF=41;SAR=24;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148193;STB=0.5079;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000537028;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:12:12:65:65:0.844156:24:41:7:5:24:41:7:5 chr7 100371100 . C A 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0589107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.772;QD=3.45891;RBI=0.0599918;REFB=-0.000799812;REVB=0.0113377;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085884;STB=0.560801;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00851458;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:20:20:4:3:20:20 chr7 100371114 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00305764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.968;QD=3.54006;RBI=0.0103798;REFB=0.00196922;REVB=0.00991923;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165316;STB=0.617779;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0111873;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:4:2:15:17:4:2:15:17 chr7 100371358 . G A 540.01 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0263406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.753;QD=51.4296;RBI=0.0709831;REFB=-0.0729331;REVB=0.0659149;RO=4;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03999;STB=0.521399;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00583278;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:20:18:1:3:20:18:1:3 chr7 100371474 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.222;QD=45.1045;RBI=0.0364866;REFB=-0.0899045;REVB=0.0233343;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00216388;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:1:0:13:5:1:0 chr7 100371476 . T TG 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376927;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.497;QD=44.0922;RBI=0.0399734;REFB=-0.120577;REVB=0.0133092;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465783;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=0.00848785;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:17:19:17:18:1:5:12:1:0:6:2:5:12:1:1 chr7 100373077 . C G 485.35 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0247713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9676;QD=51.0895;RBI=0.0300624;REFB=-0.027116;REVB=0.0170333;RO=3;SAF=9;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749298;STB=0.535693;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00167079;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:34:35:0.921053:25:9:2:1:25:10:2:1 chr7 100373367 . G C 578.44 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00166434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.424;QD=43.6558;RBI=0.00632779;REFB=-0.0472674;REVB=-0.00610499;RO=7;SAF=26;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341546;STB=0.518264;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00815076;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:7:7:46:46:0.867925:20:26:3:4:20:26:3:4 chr7 100385714 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0671841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.626;QD=5.37731;RBI=0.0672501;REFB=0.00133775;REVB=-0.00298069;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448574;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00529087;OID=.;OPOS=100385714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:12:13:6:1:12:13 chr7 100386900 . T C 826.95 PASS AF=0.983871;AO=56;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1408;QD=53.3513;RBI=0.0347136;REFB=0.0277656;REVB=0.00914126;RO=2;SAF=33;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277204;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.012323;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:62:2:1:56:61:0.983871:23:33:2:0:23:38:1:0 chr7 100391644 . T C 2020.44 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247441;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.123;QD=62.1674;RBI=0.0275165;REFB=0;REVB=-0.012037;RO=0;SAF=88;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255436;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:40:88:0:0:41:89:0:0 chr7 100411278 . T C 804.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0395;QD=64.3766;RBI=0.0545138;REFB=0;REVB=-0.0051887;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279165;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:34:15:0:0:34:16:0:0 chr7 100416139 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.058;QD=57.0004;RBI=0.00807196;REFB=0;REVB=0.00118525;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74011e-05;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr7 100416250 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.778;QD=61.3754;RBI=0.0272338;REFB=0;REVB=-0.00792979;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76768e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr7 100424586 . CG C,CC 1235.38 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=16,65;DP=81;FAO=2,80;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845435,0.103522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.147,215.066;QD=60.2626;RBI=0.0845469,0.103527;REFB=0,0;REVB=0.000761087,0.00100634;RO=0;SAF=8,4;SAR=8,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.29895e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000657107,0.00189027;OID=.,.;OPOS=100424587,100424587;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:16,65:81:2,80:82:0:0,13:2,67:0:0:7:0:8,4:8,61:0:0 chr7 100458795 . T C 2046.04 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.673;QD=62.4746;RBI=0.0220875;REFB=0;REVB=0.0175513;RO=0;SAF=74;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2245e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:57:74:0:0:57:74:0:0 chr7 100460331 . G A 984.43 PASS AF=0.909091;AO=69;DP=81;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00393583;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.064;QD=51.139;RBI=0.045934;REFB=-0.0155672;REVB=0.0457651;RO=7;SAF=25;SAR=44;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01239;STB=0.50704;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00212522;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:81:77:7:7:69:70:0.909091:44:25:3:4:45:25:3:4 chr7 100466441 . G A 55.97 PASS AF=0.0952381;AO=16;DP=168;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=88;FWDB=-0.0248897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.349;QD=1.3325;RBI=0.0250174;REFB=-0.0015375;REVB=0.00252424;RO=151;SAF=8;SAR=8;SRF=63;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988938;STB=0.571341;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.028586;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:168:168:151:152:16:16:0.0952381:8:8:63:88:8:8:64:88 chr7 100468284 . A G 1571.69 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407756;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1698;QD=64.1507;RBI=0.0474216;REFB=0;REVB=-0.0242107;RO=0;SAF=24;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88986e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424786;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:74:24:0:0:74:24:0:0 chr7 100482026 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5064;QD=59.0158;RBI=0.0470241;REFB=0;REVB=-0.0300568;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100912;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr7 100486656 . T G 688.79 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4465;QD=62.6172;RBI=0.0426148;REFB=0;REVB=0.00792821;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455338;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr7 100494222 . G C,GC 2035.97 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=6,127;DP=136;FAO=2,134;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=2,72;FSAR=0,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124434,-0.0427303;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.37639,26.385;QD=59.8815;RBI=0.137221,0.0571458;REFB=0,0;REVB=0.0578431,0.0379441;RO=1;SAF=6,68;SAR=0,59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782178,0.00798606;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0102231,0.00178806;OID=.,.;OPOS=100494222,100494223;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:136:136:1:0:6,127:2,134:0.0147059,0.985294:0,59:6,68:0:1:0,62:2,72:0:0 chr7 100549505 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.017437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.101;QD=3.15733;RBI=0.0192963;REFB=-0.00448508;REVB=-0.00826428;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707917;STB=0.551548;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0258136;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:22:14:2:4:22:14 chr7 100549516 . C A 32.65 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0633066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.494;QD=2.90215;RBI=0.0657154;REFB=-0.0062855;REVB=0.0176292;RO=36;SAF=4;SAR=1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0660104;OID=.;OPOS=100549516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:45:36:39:5:6:0.133333:1:4:23:13:2:4:26:13 chr7 100549573 . G T 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.032817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0908;QD=3.33659;RBI=0.0341335;REFB=-0.0250292;REVB=0.00938836;RO=47;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246825;STB=0.683661;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0333696;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:1:7:35:12:1:7:35:12 chr7 100549583 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0388729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.844;QD=3.44841;RBI=0.0388826;REFB=-0.00538002;REVB=-0.000871628;RO=46;SAF=7;SAR=1;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192082;STB=0.641253;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0185557;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:1:7:36:10:1:7:36:10 chr7 100549650 . A G 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0230609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.167;QD=14.6046;RBI=0.030771;REFB=-0.0164516;REVB=0.0203728;RO=48;SAF=25;SAR=9;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197415;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140399;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:9:25:36:12:9:25:36:13 chr7 100549697 . A G 460.19 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0422632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.423;QD=21.1583;RBI=0.0453259;REFB=-0.0220065;REVB=0.0163786;RO=41;SAF=31;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598541;STB=0.512391;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0288479;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:42:45:45:0.517241:14:31:28:13:14:31:28:14 chr7 100549703 . C T 457.59 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0295264;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.442;QD=20.3372;RBI=0.0313678;REFB=-0.0246349;REVB=0.0105892;RO=45;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231284;STB=0.512829;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0386461;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:45:45:45:0.5:14:31:30:15:14:31:30:15 chr7 100549787 . CA TG 231.43 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0119434;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.142;QD=13.6134;RBI=0.0163642;REFB=-0.00598222;REVB=0.0111867;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138055;STB=0.519637;STBP=0.818;TYPE=mnp;VARB=0.00933213;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:26:28:0.411765:11:15:23:16:11:17:23:17 chr7 100549873 . G A 109.65 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00524964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.525;QD=8.12228;RBI=0.00595918;REFB=-0.00635137;REVB=0.00282013;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129562;STB=0.558128;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0170584;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:39:15:15:0.277778:4:11:23:13:4:11:26:13 chr7 100549884 . C T 115.66 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0023341;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.982;QD=8.89714;RBI=0.00843092;REFB=-0.00999007;REVB=-0.00810138;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820397;STB=0.549931;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0118803;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:4:11:25:12:4:11:25:12 chr7 100549894 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0192452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.295;QD=10.1856;RBI=0.0192467;REFB=-0.0140108;REVB=0.00024374;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946259;STB=0.556449;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.018908;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:23:11:6:9:23:11 chr7 100549896 . G C 136.6 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.079201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7897;QD=10.9281;RBI=0.0879258;REFB=-0.0398039;REVB=-0.0381857;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640885;STB=0.537997;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0490846;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:23:11:6:10:23:11 chr7 100549902 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0286539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.115;QD=13.0371;RBI=0.0289103;REFB=-0.0136423;REVB=0.00384209;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127417;STB=0.507454;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.011895;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:21:11:6:12:21:11 chr7 100549914 . G A 145.62 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.03377;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.785;QD=14.2069;RBI=0.0361992;REFB=-0.0340801;REVB=-0.0130371;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659381;STB=0.523437;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0490209;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:25:16:16:0.390244:5:11:15:7:5:11:18:7 chr7 100549935 . T G 200.56 PASS AF=0.555556;AO=17;DP=33;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0284972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.511;QD=22.2841;RBI=0.0306096;REFB=-0.0375832;REVB=0.011174;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383959;STB=0.506572;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0431657;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:16:16:17:20:0.555556:6:11:11:5:6:14:11:5 chr7 100549942 . T C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0242577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.36;QD=21.971;RBI=0.0269617;REFB=-0.011424;REVB=-0.0117683;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483382;STB=0.503223;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00825836;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:6:14:12:4:6:14:12:5 chr7 100549979 . C T 229.63 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0521851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.504;QD=22.4026;RBI=0.0541769;REFB=-0.0498601;REVB=0.014555;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806612;STB=0.552776;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0375276;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:7:14:11:8:7:15:11:8 chr7 100550032 . C CCCT 227.56 PASS AF=0.65625;AO=18;DP=36;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00267394;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=3;MLLD=208.717;QD=28.4445;RBI=0.00621795;REFB=-0.0180432;REVB=-0.00561364;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.566944;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.00983534;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65625:18:36:21:32:11:15:6:6:5:82:15:12:6:7:8 chr7 100550079 . A C 221.09 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0486119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.581;QD=32.7547;RBI=0.0493077;REFB=-0.0378258;REVB=0.00825454;RO=8;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311393;STB=0.533299;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00911918;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:8:7:19:20:0.740741:4:15:6:2:4:16:5:2 chr7 100550133 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00083798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.417;QD=16.3859;RBI=0.0305084;REFB=-0.00031352;REVB=0.0304969;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0011916;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:2:6:5:4:2:6 chr7 100550138 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0274137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.488;QD=19.3688;RBI=0.0320521;REFB=0.0375293;REVB=-0.016608;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0056831;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:2:5:5:5:2:5 chr7 100550184 . C A 56.24 PASS AF=0.4;AO=10;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00910743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2109;QD=11.247;RBI=0.0138349;REFB=-0.00955511;REVB=-0.0104144;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0393438;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:10:12:10:8:0.4:3:7:4:6:3:5:6:6 chr7 100550203 . T A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0850604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.005;QD=7.32268;RBI=0.0880557;REFB=-0.007167;REVB=-0.0227712;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.571184;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0368872;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:8:6:2:4:8:6 chr7 100550205 . A C 38.2 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0348847;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9881;QD=8.0422;RBI=0.0529319;REFB=-0.00535538;REVB=0.0398101;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00864655;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr7 100550247 . C A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0548065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.211;QD=6.92891;RBI=0.0571517;REFB=-0.00972948;REVB=0.0162037;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.644671;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0211131;OID=.;OPOS=100550247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:7:8:2:4:7:8 chr7 100550252 . A G 33.14 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00325041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.155;QD=6.31248;RBI=0.00919712;REFB=-0.0217247;REVB=0.0086036;RO=15;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113234;STB=0.686886;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0473211;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:19:21:15:15:4:6:0.285714:2:2:6:9:2:4:6:9 chr7 100551565 . AT GC 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0291184;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.215;QD=4.90476;RBI=0.0301822;REFB=-0.00478849;REVB=0.00794255;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158797;STB=0.603575;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.0213347;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:16:27:5:5:16:27 chr7 100551578 . T G 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0109897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9555;QD=4.77025;RBI=0.0219228;REFB=-0.00414076;REVB=0.0189694;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639538;STB=0.541243;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0130995;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:7:5:18:31:7:5:18:31 chr7 100551626 . T C 118.31 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00222212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3354;QD=6.39499;RBI=0.00252799;REFB=0.00347814;REVB=0.00120537;RO=56;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560725;STB=0.534614;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0183638;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:12:6:21:35:12:6:21:35 chr7 100551637 . C CCAA 71.21 PASS AF=0.175676;AO=10;DP=77;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0023708;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=3;MLLD=243.311;QD=3.84934;RBI=0.00267226;REFB=-0.00498116;REVB=-0.00123301;RO=65;SAF=3;SAR=7;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113413;STB=0.656672;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=0.0229295;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676:10:77:13:74:61:3:10:24:37:71:65:3:7:25:40 chr7 100551646 . A G 143.21 PASS AF=0.259259;AO=20;DP=82;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0190015;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.118;QD=7.07195;RBI=0.0202623;REFB=0.000318094;REVB=-0.00703583;RO=56;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551262;STB=0.501866;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170255;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:56:60:20:21:0.259259:12:8:20:36:13:8:23:37 chr7 100551662 . C T 222.47 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0222118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.44;QD=10.3476;RBI=0.0227729;REFB=-0.0050429;REVB=-0.00502389;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143204;STB=0.55858;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0295747;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:58:28:28:0.325581:16:12:17:38:16:12:20:38 chr7 100551666 . A T 224.14 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0169301;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.346;QD=10.5479;RBI=0.0195137;REFB=-0.021339;REVB=0.00970355;RO=57;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929206;STB=0.553969;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0301385;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:57:28:28:0.329412:16:12:20:37:16:12:20:37 chr7 100551687 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00757287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.973;QD=11.734;RBI=0.0118459;REFB=-0.00479216;REVB=-0.0091091;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869048;STB=0.549965;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0122349;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:17:11:16:34:17:11:16:34 chr7 100551692 . C T 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.000687569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.427;QD=12.8338;RBI=0.0201673;REFB=-0.0146653;REVB=-0.0201556;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847043;STB=0.548356;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.012427;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:18:12:16:33:18:12:16:33 chr7 100551711 . T C 411.01 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0372613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8791;QD=23.8264;RBI=0.0432899;REFB=0.0175406;REVB=-0.0220367;RO=29;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109652;STB=0.506021;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0391714;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:24:16:12:17:24:16:12:17 chr7 100551719 . C T 174.28 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0205252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.351;QD=10.2519;RBI=0.0207824;REFB=0.00373335;REVB=0.00325936;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190225;STB=0.594583;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00644775;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:45:22:23:0.338235:10:12:17:28:11:12:17:28 chr7 100551729 . C T 175.29 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0200436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.599;QD=10.0167;RBI=0.0222447;REFB=-0.010155;REVB=0.00964805;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109875;STB=0.564301;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0179235;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:11:12:20:27:11:12:20:27 chr7 100551773 . C A 187.99 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0169073;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.716;QD=11.0584;RBI=0.0260759;REFB=-0.0208522;REVB=-0.0198518;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295871;STB=0.523236;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0406491;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:44:24:24:0.352941:9:15:27:18:9:15:26:18 chr7 100551778 . G A 169.24 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0566953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4252;QD=10.5776;RBI=0.0616369;REFB=-0.031367;REVB=-0.0241817;RO=41;SAF=15;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117257;STB=0.562441;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0724058;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:42:22:22:0.34375:7:15:24:17:7:15:25:17 chr7 100551793 . G T 120.09 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0379832;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.65;QD=8.00573;RBI=0.0746075;REFB=5.23339e-05;REVB=-0.0642149;RO=45;SAF=16;SAR=1;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617706;STB=0.880586;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00348102;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:45:43:17:17:0.283333:1:16:25:20:1:16:25:18 chr7 100551840 . T A 81.07 PASS AF=0.277778;AO=16;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0632534;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.729;QD=6.00518;RBI=0.063512;REFB=-0.0453146;REVB=0.00572633;RO=38;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269734;STB=0.842776;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0415984;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:55:54:38:39:16:15:0.277778:3:13:24:14:1:14:25:14 chr7 100551842 . CT AT,TC 120.0 PASS AF=0.0357143,0.267857;AO=2,15;DP=56;FAO=2,15;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=1,13;FSAR=1,2;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.051527,0.0481804;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.7991,82.8223;QD=8.57161;RBI=0.065594,0.0483551;REFB=-0.0537346,-0.0319803;REVB=0.04059,0.00410649;RO=38;SAF=1,13;SAR=1,2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112468,0.378885;STB=0.60872,0.748759;STBP=0.773,0.052;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0687162,0.0064817;OID=.,.;OPOS=100551842,100551842;OREF=C,CT;OALT=A,TC;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:56:38:39:2,15:2,15:0.0357143,0.267857:1,2:1,13:24:14:1,2:1,13:24:15 chr7 100551849 . A T 121.25 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00780087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.926;QD=8.50902;RBI=0.0105462;REFB=-0.0324463;REVB=0.00709713;RO=39;SAF=13;SAR=3;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259381;STB=0.664585;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0565611;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:16:17:0.298246:3:13:25:14:3:14:26:14 chr7 100552018 . T G 309.36 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.047855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3669;QD=16.0706;RBI=0.0627804;REFB=-0.0284655;REVB=0.0406359;RO=40;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569957;STB=0.531498;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0540309;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:34:34:0.441558:12:22:28:12:12:22:30:13 chr7 100552020 . C T 361.98 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0102562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.414;QD=17.8758;RBI=0.0361932;REFB=-0.0207797;REVB=-0.0347096;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426638;STB=0.523797;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0258018;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:13:25:30:13:13:25:30:13 chr7 100552044 . T G 329.93 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0348074;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.949;QD=18.3295;RBI=0.0353674;REFB=-0.0282382;REVB=-0.00626926;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190699;STB=0.510632;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0193881;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:12:23:25:12:12:23:25:12 chr7 100552094 . G C 247.87 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0705252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2706;QD=20.234;RBI=0.0708373;REFB=-0.0253418;REVB=0.00664217;RO=25;SAF=20;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251208;STB=0.643429;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.030946;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:4:20:16:9:4:20:16:9 chr7 100552117 . G T 258.38 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000527423;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.641;QD=22.9671;RBI=0.00846003;REFB=-0.0422743;REVB=-0.00844357;RO=21;SAF=20;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255935;STB=0.645024;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0381986;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:21:24:24:0.533333:4:20:13:8:4:20:13:8 chr7 100552135 . T C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0389763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8804;QD=17.9392;RBI=0.0412584;REFB=0.00421015;REVB=-0.0135315;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234369;STB=0.635023;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00940164;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:13:9:4:15:13:9 chr7 100552251 . T C 279.66 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00313373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.809;QD=18.9598;RBI=0.00725547;REFB=-0.03543;REVB=-0.00654382;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185102;STB=0.625342;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0342166;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:29:29:30:0.508475:19:10:14:11:19:11:18:11 chr7 100552311 . C T 725.52 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0517502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.602;QD=50.0362;RBI=0.0539662;REFB=-0.0617152;REVB=0.0153058;RO=2;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143499;STB=0.533898;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00179493;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:58:58:2:4:54:54:0.931034:37:17:1:1:37:17:3:1 chr7 100552338 . C T 205.75 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0159481;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.661;QD=16.1373;RBI=0.0204399;REFB=-0.00678108;REVB=-0.0127847;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160338;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0145326;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:28:23:23:0.45098:14:9:11:16:14:9:11:17 chr7 100552358 . C G 211.76 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0679965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.589;QD=16.6082;RBI=0.0680388;REFB=-0.00913715;REVB=0.00239981;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350151;STB=0.519839;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0126268;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:10:18:14:9:10:18 chr7 100552371 . C G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00066547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.982;QD=13.774;RBI=0.00310972;REFB=-0.0138167;REVB=0.00303768;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.559061;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0206798;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:11:20:11:9:11:20 chr7 100552384 . A G 152.91 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0536045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.867;QD=11.9933;RBI=0.0540037;REFB=-0.0173669;REVB=0.00655429;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684067;STB=0.548966;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0231203;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:9:9:14:18:9:9:14:19 chr7 100552390 . T C 159.63 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0167655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.074;QD=11.6096;RBI=0.047133;REFB=-0.0151812;REVB=0.0440504;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468398;STB=0.527246;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0419907;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:16:19:10:10:16:19 chr7 100552412 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00451908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.931;QD=11.3322;RBI=0.00776569;REFB=-0.00136871;REVB=0.00631537;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615589;STB=0.536533;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00503758;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:15:12:7:7:15:12 chr7 100552435 . TC AT 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00298816;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.445;QD=11.6673;RBI=0.0160326;REFB=-0.0114889;REVB=0.0157516;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256505;STB=0.649805;STBP=0.196;TYPE=mnp;VARB=0.00829493;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:19:7:7:7:19:7 chr7 100552440 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0161972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.37;QD=11.6672;RBI=0.0194925;REFB=-0.00514272;REVB=0.0108448;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186027;STB=0.608879;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00972121;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:19:7:6:8:19:7 chr7 100552452 . T C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00219602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.014;QD=8.28301;RBI=0.0240173;REFB=-0.0182083;REVB=0.0239167;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215361;STB=0.629888;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0176559;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:24:8:5:7:24:8 chr7 100552535 . GT AC 241.84 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0399893;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.678;QD=16.6786;RBI=0.0638649;REFB=0.0217668;REVB=0.0497954;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329508;STB=0.671604;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=-0.0257066;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:27:27:0.465517:14:13:25:5:14:13:25:6 chr7 100552549 . CT AC 285.55 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0239828;FXX=0.0483793;HRUN=5;LEN=2;MLLD=143.809;QD=19.3595;RBI=0.0243999;REFB=-0.00652062;REVB=0.00449202;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262599;STB=0.641997;STBP=0.032;TYPE=mnp;VARB=0.00574882;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:27:28:30:31:0.525424:16:14:21:6:16:15:22:6 chr7 100552711 . T A 96.21 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0052001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.386;QD=12.0265;RBI=0.0105042;REFB=-0.0175829;REVB=-0.00912678;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283998;STB=0.661457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00500015;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:10:2:7:12:10:2:7:13 chr7 100552713 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0220825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9434;QD=12.4817;RBI=0.0632919;REFB=-0.00222252;REVB=0.0593146;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283998;STB=0.671314;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00380313;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:7:12:10:2:7:12 chr7 100552727 . G C 171.98 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00344108;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.787;QD=17.198;RBI=0.0132688;REFB=-0.00304358;REVB=-0.0128149;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107344;STB=0.570287;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00407342;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:22:18:18:0.45:14:4:7:16:14:4:7:15 chr7 100552738 . CA TG 207.45 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0130171;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.138;QD=16.9348;RBI=0.0148746;REFB=-0.00066608;REVB=-0.00719785;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=mnp;VARB=0.000668251;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:14:7:9:18:14:7:10:18 chr7 100552915 . A C 2308.64 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.338;QD=63.6866;RBI=0.0143465;REFB=0;REVB=-0.00722033;RO=0;SAF=84;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02079e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:60:84:0:0:61:84:0:0 chr7 100552978 . T C 372.12 PASS AF=0.368852;AO=43;DP=126;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00823677;FXX=0.0542594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.4;QD=12.2006;RBI=0.0176044;REFB=-0.00436289;REVB=0.0155586;RO=66;SAF=27;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750852;STB=0.558498;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00737516;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:122:66:77:43:45:0.368852:16:27:37:29:17:28:41:36 chr7 100552984 . T C 409.37 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00897335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7377;QD=13.2054;RBI=0.0489645;REFB=0.0093788;REVB=0.0481352;RO=75;SAF=29;SAR=19;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924759;STB=0.556903;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0112763;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:75:76:48:48:0.387097:19:29:39:36:19:29:39:37 chr7 100553002 . A G 350.74 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0228851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.304;QD=11.8896;RBI=0.0377739;REFB=-0.0121436;REVB=-0.0300523;RO=75;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127834;STB=0.573088;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0289793;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:43:43:0.364407:18:25:35:40:18:25:35:40 chr7 100607851 . C G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0173947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.055;QD=15.0176;RBI=0.0224261;REFB=-0.00884187;REVB=0.0141546;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336858;STB=0.519071;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0124499;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:14:16:20:20:14:16:20:20 chr7 100607871 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00927304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.183;QD=13.0537;RBI=0.0180671;REFB=-0.0168264;REVB=0.0155058;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531464;STB=0.538888;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0269697;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:12:11:18:16:12:11:19:16 chr7 100608370 . A C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0282307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.033;QD=13.7738;RBI=0.031883;REFB=-0.00851708;REVB=-0.0148174;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112502;STB=0.565151;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0106641;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:13:7:14:17:13:7:14:17 chr7 100608375 . G A 191.59 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0387078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.575;QD=15.6399;RBI=0.0417245;REFB=0.00199714;REVB=-0.0155768;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.508466;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00677063;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:12:16:12:8:12:17 chr7 100608823 . G T 242.4 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00545478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.083;QD=9.41377;RBI=0.0209782;REFB=-0.0161372;REVB=-0.0202566;RO=70;SAF=20;SAR=12;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826524;STB=0.544276;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.014638;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:70:71:32:32:0.31068:12:20:39:31:12:20:40:31 chr7 100608826 . C G 208.27 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0374956;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.017;QD=8.24842;RBI=0.0403208;REFB=-0.044795;REVB=0.0148271;RO=70;SAF=21;SAR=12;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794782;STB=0.53433;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.124444;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:70:68:33:33:0.326733:12:21:40:30:12:21:40:28 chr7 100608868 . A G 169.07 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00755329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.125;QD=8.67021;RBI=0.0174605;REFB=-0.00448477;REVB=-0.0157422;RO=55;SAF=19;SAR=4;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426765;STB=0.757796;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0167986;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:4:19:28:27:4:19:28:27 chr7 100608884 . G A 152.66 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0396689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6927;QD=8.72362;RBI=0.0398873;REFB=-0.00305902;REVB=0.00416866;RO=49;SAF=19;SAR=2;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583918;STB=0.856033;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00984421;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:2:19:24:25:2:19:24:25 chr7 100610069 . C T 521.07 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0141718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.22;QD=26.0535;RBI=0.0247532;REFB=-0.0166089;REVB=-0.0202948;RO=32;SAF=17;SAR=31;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595745;STB=0.532469;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0115788;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:31:17:9:23:31:17:9:23 chr7 100612898 . T C 160.31 PASS AF=0.328358;AO=20;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000701287;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.187;QD=9.57089;RBI=0.00129931;REFB=-0.00571559;REVB=0.0010938;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338346;STB=0.525988;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0163688;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:45:20:22:0.328358:12:8:18:24:14:8:18:27 chr7 100612945 . C T 142.22 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00101074;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.782;QD=9.6417;RBI=0.00367695;REFB=-0.000233436;REVB=0.0035353;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149883;STB=0.589374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000477218;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:14:5:15:25:14:5:15:25 chr7 100612952 . G A 99.97 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00915742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.517;QD=7.40536;RBI=0.0192614;REFB=-0.00250929;REVB=0.0169453;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858082;STB=0.552995;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0253208;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:9:5:17:23:9:5:17:23 chr7 100612955 . A ACTG 83.52 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00179293;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=311.126;QD=6.30305;RBI=0.00868934;REFB=-0.00662021;REVB=-0.00850235;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281076;STB=0.662868;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.0207065;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226415:12:54:12:53:41:3:9:18:23:83:41:3:9:19:22 chr7 100612961 . G C 77.12 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.029631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3787;QD=6.04871;RBI=0.0308019;REFB=-0.00767128;REVB=-0.00841229;RO=40;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371341;STB=0.743312;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0357619;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:9:2:18:22:9:2:18:22 chr7 100612969 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.026217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.698;QD=6.48175;RBI=0.0282983;REFB=0.00668869;REVB=-0.0106518;RO=33;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231699;STB=0.648473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.032185;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:7:3:16:17:7:3:16:17 chr7 100615387 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0274711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9775;QD=5.25906;RBI=0.0857093;REFB=-0.0195868;REVB=0.0811876;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32954;STB=0.713833;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0476589;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:6:3:22:14:6:3:22:14 chr7 100615445 . A G 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0112148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.021;QD=2.50862;RBI=0.0120307;REFB=0.00225149;REVB=-0.00435492;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210022;STB=0.653431;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0220836;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:3:4:20:31:3:4:20:31 chr7 100624718 . G C 847.6 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0366673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8701;QD=52.16;RBI=0.0635605;REFB=-0.14393;REVB=0.0519177;RO=3;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398444;STB=0.513509;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0311013;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:65:3:2:61:63:0.969231:34:27:0:3:36:27:0:2 chr7 100634476 . C G 289.76 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3423;QD=52.6838;RBI=0.164523;REFB=0;REVB=0.0490789;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00586053;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr7 100634640 . T G 583.67 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0245239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.334;QD=54.2947;RBI=0.0363267;REFB=-0.104674;REVB=0.0267993;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.533317;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000825539;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:39:40:0.930233:18:21:3:0:19:21:3:0 chr7 100634921 . AG GA 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00172597;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.3567;QD=8.62668;RBI=0.00431047;REFB=-0.00180223;REVB=0.00394983;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221959;STB=0.636116;STBP=0.317;TYPE=mnp;VARB=0.00255068;OID=.;OPOS=100634921;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:15:12:7:4:15:12 chr7 100634933 . G C 106.56 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0258352;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1185;QD=11.2166;RBI=0.102502;REFB=-0.0211845;REVB=-0.0991928;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322248;STB=0.692012;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0301289;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:15:10:9:4:15:10 chr7 100634964 . C A 433.55 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.997;QD=54.1935;RBI=0.03636;REFB=0.0645067;REVB=0.0152696;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000441121;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr7 100635375 . A C 881.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.462;QD=57.8191;RBI=0.125203;REFB=0;REVB=0.0109646;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188616;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:56:61:1:41:15:0:0:42:19:0:0 chr7 100635591 . C A 1300.55 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.262;QD=59.1158;RBI=0.0272713;REFB=-0.0813201;REVB=0.00893445;RO=2;SAF=23;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394182;STB=0.520828;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00342083;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:2:2:85:86:0.977273:62:23:2:0:63:23:2:0 chr7 100635661 . T C 1676.43 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.913;QD=60.4119;RBI=0.023509;REFB=0;REVB=0.0174504;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67947e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:68:42:0:0:69:42:0:0 chr7 100635679 . C G 1721.59 PASS AF=0.97479;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0323636;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.426;QD=57.8685;RBI=0.0503487;REFB=-0.119532;REVB=0.0385693;RO=3;SAF=42;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156135;STB=0.507962;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000658131;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:119:3:3:115:116:0.97479:73:42:2:1:73:43:2:1 chr7 100638856 . A G 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2913;QD=58.7715;RBI=0.0598157;REFB=0;REVB=0.0580048;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426024;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr7 100639012 . C T 313.14 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3729;QD=50.1028;RBI=0.118259;REFB=-0.0801035;REVB=0.0521924;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00630077;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr7 100639040 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.966;QD=47.8224;RBI=0.0729596;REFB=0;REVB=-0.00170451;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470732;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr7 100639049 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8189;QD=40.7623;RBI=0.100199;REFB=0;REVB=0.0838346;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168068;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:3:5:0:0:3:7:0:0 chr7 100639054 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.163;QD=37.4885;RBI=0.0280106;REFB=0;REVB=-0.0224058;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389705;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 100639066 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6897;QD=35.5759;RBI=0.0820741;REFB=0;REVB=0.0626141;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00920053;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 100643477 . A C 996.49 PASS AF=0.43254;AO=108;DP=252;FAO=109;FDP=252;FR=.;FRO=143;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.00032883;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.729;QD=15.8172;RBI=0.0110309;REFB=-0.0111644;REVB=-0.011026;RO=137;SAF=68;SAR=40;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195078;STB=0.606809;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0147211;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:137:143:108:109:0.43254:40:68:60:77:40:69:64:79 chr7 100643832 . C G 93.95 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.0693355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4581;QD=4.47375;RBI=0.0742773;REFB=-0.00980584;REVB=0.0266401;RO=68;SAF=2;SAR=14;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296948;STB=0.6997;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0385879;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:14:2:19:49:14:2:19:49 chr7 100643843 . G A 57.17 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=54;FWDB=-0.060141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.673;QD=3.13277;RBI=0.0666583;REFB=-0.00961841;REVB=-0.0287469;RO=59;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304548;STB=0.678588;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0626555;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:70:73:59:62:11:11:0.150685:8:3:7:52:8:3:8:54 chr7 100643876 . C T 94.12 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=46;FWDB=0.0915247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8633;QD=5.61881;RBI=0.0917624;REFB=0.00241666;REVB=0.00660057;RO=52;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184224;STB=0.620062;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00476341;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:14:1:6:46:14:1:6:46 chr7 100647819 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00675783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.593;QD=56.4852;RBI=0.0994349;REFB=-0.0503113;REVB=0.099205;RO=1;SAF=26;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017657;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00179528;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:9:26:1:0:9:26:1:0 chr7 100647875 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.906;QD=62.3509;RBI=0.0305476;REFB=0;REVB=0.0179757;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11253e-05;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr7 100647920 . A C 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00442882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1794;QD=57.3926;RBI=0.0356211;REFB=-0.144731;REVB=0.0353447;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00604715;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr7 100648029 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.273;QD=50.4135;RBI=0.0259996;REFB=0;REVB=0.0183897;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46279e-09;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr7 100648117 . C G 205.65 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4703;QD=48.3869;RBI=0.0631224;REFB=0;REVB=0.0587767;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677085;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:3:13:0:0:4:13:0:0 chr7 100675976 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.325;QD=60.6102;RBI=0.0279085;REFB=0;REVB=0.0221717;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94702e-05;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr7 100678086 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.057;QD=57.0005;RBI=0.0551745;REFB=0;REVB=-0.0551716;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572398;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr7 100679902 . A G 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.803;QD=62.0082;RBI=0.144617;REFB=0;REVB=0.114037;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318391;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr7 100681359 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4469;QD=59.435;RBI=0.0349285;REFB=0;REVB=-0.0114019;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377478;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr7 100681762 . A G 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.858;QD=56.0135;RBI=0.0626434;REFB=-0.131638;REVB=-0.0285754;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00109239;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:1:0:13:21:1:0 chr7 100686776 . AC A,AT 333.82 PASS AF=0.0967742,0.83871;AO=8,19;DP=32;FAO=3,26;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=3,9;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0467397,0.0407496;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.8835,51.4571;QD=43.0733;RBI=0.0692345,0.0450076;REFB=0.0353793,0.05691;REVB=-0.0510766,-0.019109;RO=2;SAF=8,4;SAR=0,15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.812466,0.0575091;STB=0.995982,0.527757;STBP=0.058,0.453;TYPE=del,snp;VARB=0.00592979,0.0344904;OID=.,.;OPOS=100686777,100686777;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0967742,0.83871:8,19:32:3,26:31:2:3,9:0,17:0:2:8:2:8,4:0,15:0:2 chr7 100692680 . T G 2372.41 PASS AF=0.963855;AO=159;DP=165;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=70;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00782361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.88;QD=57.1664;RBI=0.00948899;REFB=0.0228784;REVB=-0.00536955;RO=6;SAF=69;SAR=90;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464192;STB=0.502293;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-1.91376e-05;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:165:166:6:6:159:160:0.963855:90:69:3:3:90:70:3:3 chr7 100701610 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.178;QD=55.0987;RBI=0.0152209;REFB=0;REVB=0.0142689;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84125e-05;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr7 100731505 . C G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00825963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6364;QD=32.8213;RBI=0.0467318;REFB=0.0098891;REVB=-0.0459961;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0223849;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr7 100731829 . T C 2491.99 PASS AF=1;AO=153;DP=157;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226125;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.802;QD=61.1531;RBI=0.072983;REFB=0;REVB=0.0693915;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269241;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:163:0:0:153:163:1:86:67:0:0:95:68:0:0 chr7 100733100 . G A 79.21 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336468;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8585;QD=39.6054;RBI=0.103672;REFB=0;REVB=0.103617;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394305;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 100804240 . T TACCTCC 232.7 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00998119;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=6;MLLD=308.501;QD=27.376;RBI=0.0233645;REFB=-0.0043397;REVB=-0.0211252;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762441;STB=0.542332;STBP=0.538;TYPE=ins;VARB=0.00248505;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:21:38:21:34:13:12:9:6:7:99:13:12:9:6:7 chr7 100845051 . C T 102.63 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0612467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7885;QD=7.07781;RBI=0.0635757;REFB=-0.0119735;REVB=0.01705;RO=41;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248458;STB=0.511612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0468289;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:43:15:15:0.258621:4:11:30:11:4:11:31:12 chr7 101006376 . C T 543.98 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664873;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.04;QD=60.4425;RBI=0.069476;REFB=0;REVB=0.0201582;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405644;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr7 101006382 . C T 448.11 PASS AF=0.916667;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.137761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9144;QD=49.79;RBI=0.169538;REFB=-0.113519;REVB=0.0988181;RO=3;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0585616;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:36:3:3:29:33:0.916667:20:9:1:2:22:11:1:2 chr7 101200669 . A AG 1124.13 PASS AF=0.990196;AO=96;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0373444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1233;QD=44.0834;RBI=0.170514;REFB=-0.049819;REVB=-0.166375;RO=4;SAF=47;SAR=49;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386607;STB=0.505049;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=-0.000320665;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990196:96:103:101:102:1:49:52:1:0:13:4:47:49:4:0 chr7 101200727 . G A 1436.45 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00648669;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.644;QD=62.4545;RBI=0.0429915;REFB=-0.113879;REVB=0.0424993;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000306978;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:92:1:1:91:91:0.98913:46:45:1:0:46:45:1:0 chr7 101892833 . C T 923.34 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.913;QD=56.8209;RBI=0.02706;REFB=-0.00779336;REVB=0.00701658;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00095135;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:31:32:0:1:32:32:0:1 chr7 101916647 . A G 373.25 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00143009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.077;QD=37.3247;RBI=0.00982966;REFB=0.00232106;REVB=-0.00972508;RO=10;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193115;STB=0.604104;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00085844;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:11:19:10:0:11:19:10:0 chr7 101917521 . G A 672.86 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0273482;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2317;QD=54.9275;RBI=0.0848133;REFB=-0.0705994;REVB=0.0802831;RO=4;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568825;STB=0.53029;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00431864;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:49:4:4:45:45:0.918367:31:14:0:4:31:14:0:4 chr7 101928495 . G C 891.42 PASS AF=0.915493;AO=58;DP=64;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0844355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.382;QD=50.2206;RBI=0.0845656;REFB=-0.0700213;REVB=0.0046885;RO=6;SAF=26;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092035;STB=0.50065;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00602974;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:64:71:6:6:58:65:0.915493:32:26:3:3:33:32:3:3 chr7 102063527 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.396;QD=56.1916;RBI=0.0169509;REFB=0;REVB=-0.000886978;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143701;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr7 102066539 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.966;QD=40.7618;RBI=0.00266452;REFB=0;REVB=-0.00177774;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.395e-05;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr7 102087202 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.257;QD=62.614;RBI=0.0191069;REFB=0;REVB=0.00407964;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01177e-05;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr7 102108152 . C T 1134.08 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.155421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2949;QD=57.422;RBI=0.163356;REFB=-0.159206;REVB=0.0502935;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00622843;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:76:78:0.987342:44:32:1:0:44:34:1:0 chr7 102111980 . C T 492.72 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0508798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.607;QD=51.8649;RBI=0.0650989;REFB=-0.115861;REVB=0.0406093;RO=2;SAF=10;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847389;STB=0.535693;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00108913;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:25:10:2:0:25:10:2:1 chr7 102114087 . C T 779.96 PASS AF=0.982456;AO=49;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0624194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.2001;QD=54.7343;RBI=0.0992427;REFB=-0.0748261;REVB=-0.0771553;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0016334;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:49:56:0.982456:24:25:0:0:31:25:1:0 chr7 102136576 . T C 73.48 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=53;FWDB=0.00398727;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6253;QD=1.86031;RBI=0.0129314;REFB=0.000544426;REVB=-0.0123013;RO=140;SAF=7;SAR=11;SRF=87;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280231;STB=0.697503;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00448877;OID=.;OPOS=102136576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:159:158:140:140:18:18:0.113924:11:7:87:53:11:7:87:53 chr7 102180473 . C T 30.96 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00675585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4474;QD=12.3857;RBI=0.165373;REFB=0.0221288;REVB=-0.165235;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.726606;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0431979;OID=.;OPOS=102180473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:5:0:2:3:5:0 chr7 102246311 . T C 85.9 PASS AF=0.44;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0211631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.042;QD=13.7432;RBI=0.0212836;REFB=-0.036365;REVB=-0.00226136;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44622;STB=0.794777;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0377041;OID=.;OPOS=102246311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:25:14:14:9:11:0.44:8:1:6:8:10:1:6:8 chr7 102319040 . G A 41.26 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=0.00933426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7598;QD=4.71578;RBI=0.00933426;REFB=-0.014557;REVB=0;RO=27;SAF=7;SAR=0;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0942855;OID=.;OPOS=102319040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:35:27:28:7:7:0.2:0:7:27:0:0:7:28:0 chr7 102389710 . A T 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.468;QD=52.7687;RBI=0.0414284;REFB=-0.161329;REVB=0.0230515;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00854801;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr7 102389833 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.662;QD=44.6898;RBI=0.033283;REFB=0;REVB=0.0273106;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239832;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr7 102462636 . T C 1275.67 PASS AF=0.915789;AO=87;DP=95;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0437946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.968;QD=53.7126;RBI=0.0438409;REFB=-0.029955;REVB=-0.0020136;RO=7;SAF=35;SAR=52;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171204;STB=0.513401;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00244031;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:95:95:7:8:87:87:0.915789:52:35:2:5:52:35:2:6 chr7 102497902 . T C 334.08 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0205641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.021;QD=46.0796;RBI=0.207812;REFB=-0.0131208;REVB=0.206792;RO=3;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794778;STB=0.542825;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00426148;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:10:16:3:0:10:16:3:0 chr7 102553603 . C G 1490.39 PASS AF=0.892562;AO=106;DP=120;FAO=108;FDP=121;FR=.;FRO=13;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0444252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.131;QD=49.2689;RBI=0.0786566;REFB=0.0416759;REVB=0.0649096;RO=14;SAF=41;SAR=65;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026115;STB=0.516775;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00466111;OID=.;OPOS=102553603;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:121:14:13:106:108:0.892562:65:41:7:7:66:42:7:6 chr7 102574920 . G C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.158;QD=52.4084;RBI=0.0178826;REFB=0.0113456;REVB=-0.0106542;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.529393;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000942817;OID=.;OPOS=102574920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:16:16:0:2:16:16:0:2 chr7 102668001 . A C 1072.99 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00631743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.378;QD=57.2262;RBI=0.015916;REFB=-0.0860688;REVB=0.0146085;RO=2;SAF=27;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702415;STB=0.503714;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000765322;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:46:27:1:1:46:27:1:1 chr7 102740683 . G A 832.46 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0034544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.222;QD=52.8545;RBI=0.00357756;REFB=0.00911035;REVB=-0.000930653;RO=3;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554087;STB=0.529402;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=1.25879e-06;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:24:36:0:3:24:36:0:3 chr7 102742144 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.455;QD=61.6838;RBI=0.0224145;REFB=0;REVB=-0.0101621;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165858;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr7 102743893 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5734;QD=63.2861;RBI=0.0382402;REFB=0;REVB=-0.0066268;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232773;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr7 102760511 . A C 748.73 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0307275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.845;QD=51.6362;RBI=0.0372909;REFB=0.0119528;REVB=0.021129;RO=3;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171123;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.000635701;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:27:28:1:2:27:28:1:2 chr7 103007949 . A C 1476.63 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00185425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.163;QD=62.1738;RBI=0.00811571;REFB=0.0800768;REVB=0.00790104;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854286;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=8.80907e-06;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:38:55:1:0:39:55:1:0 chr7 103389954 . A G 1234.08 PASS AF=1;AO=77;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.073;QD=59.4736;RBI=0.177539;REFB=-0.0803863;REVB=-0.00017668;RO=2;SAF=27;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897824;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:83:2:0:77:83:1:50:27:2:0:52:31:0:0 chr7 104110492 . C T 716.4 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0244738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.874;QD=51.1711;RBI=0.0388721;REFB=-0.0181691;REVB=-0.0302006;RO=3;SAF=33;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409266;STB=0.521731;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00176022;OID=.;OPOS=104110492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:20:33:3:0:20:33:3:0 chr7 104263425 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.408;QD=51.916;RBI=0.0651279;REFB=0;REVB=0.0373993;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489722;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 104714062 . G A 39.57 PASS AF=0.125;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0190284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.975;QD=2.82623;RBI=0.020789;REFB=-0.00558481;REVB=-0.00837282;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.581152;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0190542;OID=.;OPOS=104714062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:55:56:48:49:7:7:0.125:5:2:18:30:5:2:18:31 chr7 104717517 . C A,T 402.58 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019162,0.0514597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.915,85.7109;QD=55.5278;RBI=0.00647387,0.0525689;REFB=0,0;REVB=-0.00618379,-0.0107422;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0752352,-0.00573831;OID=.,.;OPOS=104717517,104717517;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:1,13:1,14:0:0:1,13:1,14:0:0 chr7 105245754 . A G 1149.85 PASS AF=0.975;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0637734;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.928;QD=57.4927;RBI=0.0637762;REFB=-0.121641;REVB=0.000599588;RO=2;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255651;STB=0.513155;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000683366;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:2:2:77:78:0.975:41:36:2:0:41:37:2:0 chr7 105245877 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.188;QD=59.8394;RBI=0.0234326;REFB=0;REVB=-0.0219121;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94516e-05;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr7 105621512 . G T 1385.06 PASS AF=0.957895;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0229155;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.525;QD=58.3184;RBI=0.043972;REFB=-0.0138048;REVB=0.037529;RO=4;SAF=34;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316179;STB=0.516125;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000546313;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:95:4:4:90:91:0.957895:56:34:3:1:56:35:3:1 chr7 105671267 . T C 1347.3 PASS AF=0.9375;AO=90;DP=96;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0150755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.732;QD=56.1375;RBI=0.0157838;REFB=0.022358;REVB=0.00467542;RO=6;SAF=30;SAR=60;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223478;STB=0.511808;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00153215;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:96:6:6:90:90:0.9375:60:30:1:5:60:30:1:5 chr7 105848638 . T C 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0509702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.807;QD=1.93529;RBI=0.0543035;REFB=-0.00128344;REVB=-0.0187324;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218272;STB=0.649632;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0271561;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:74:64:66:8:8:0.108108:5:3:36:28:5:3:36:30 chr7 105903904 . T C 1706.66 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00673235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.965;QD=57.8529;RBI=0.0439885;REFB=-0.116101;REVB=0.0434702;RO=2;SAF=56;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000423639;STB=0.50457;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0143703;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:2:3:115:115:0.974576:59:56:1:1:59:56:2:1 chr7 106508978 . A G 2459.58 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138921;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7368;QD=61.4894;RBI=0.00336767;REFB=0;REVB=0.00306778;RO=0;SAF=74;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19613e-06;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:86:74:0:0:86:74:0:0 chr7 106508987 . T C,G 2501.55 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=159,6;DP=165;FAO=159,6;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=70,5;FSAR=89,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263227,-0.00441547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.0612,78.6014;QD=60.6436;RBI=0.0269363,0.0268061;REFB=0,0;REVB=0.00571651,-0.02644;RO=0;SAF=70,5;SAR=89,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.38732e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00254244,0.10191;OID=.,.;OPOS=106508987,106508987;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:165:165:0:0:159,6:159,6:0.963636,0.0363636:89,1:70,5:0:0:89,1:70,5:0:0 chr7 106513011 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.997;QD=57.0007;RBI=0.0240686;REFB=0;REVB=-0.0173959;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22768e-06;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr7 106685448 . G T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7667;QD=56.9982;RBI=0.100565;REFB=0;REVB=0.0768121;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010403;OID=.;OPOS=106685448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr7 106799997 . G A 303.58 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0156318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1955;QD=39.1716;RBI=0.0503829;REFB=-0.0362711;REVB=0.0478966;RO=6;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883657;STB=0.547908;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00466938;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:15:10:1:5:15:10:1:5 chr7 106826381 . C T 677.34 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00170153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.729;QD=56.4452;RBI=0.0260411;REFB=-0.0633383;REVB=0.0259855;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262932;STB=0.514012;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00608323;OID=.;OPOS=106826381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:20:25:1:2:20:25:1:2 chr7 106842683 . A ATCTT 530.76 PASS AF=0.843137;AO=42;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0115033;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=4;MLLD=209.525;QD=41.6285;RBI=0.0280109;REFB=-0.0196319;REVB=-0.0255398;RO=8;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10448;STB=0.55677;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.00420905;OID=.;OPOS=106842684;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.843137:42:51:43:51:8:26:17:2:6:48:8:25:17:2:6 chr7 106897237 . A C 1090.9 PASS AF=0.833333;AO=85;DP=102;FAO=85;FDP=102;FR=.;FRO=17;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0138702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6255;QD=42.7804;RBI=0.0164167;REFB=-0.0288263;REVB=0.00878216;RO=17;SAF=38;SAR=47;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299255;STB=0.515914;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0129469;OID=.;OPOS=106897237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:17:17:85:85:0.833333:47:38:6:11:47:38:6:11 chr7 107002806 . A G 1419.28 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7944;QD=61.7078;RBI=0.029175;REFB=-0.0787027;REVB=0.0265931;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00281974;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:44:47:1:0:44:47:1:0 chr7 107208250 . T C 974.5 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.89;QD=59.0605;RBI=0.0612367;REFB=0;REVB=-0.0041502;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163731;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:59:66:1:42:17:0:0:42:24:0:0 chr7 107259721 . T C 1453.59 PASS AF=0.907563;AO=105;DP=119;FAO=108;FDP=119;FR=.;FRO=11;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0167122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8719;QD=48.8602;RBI=0.111321;REFB=-0.054799;REVB=0.110059;RO=10;SAF=51;SAR=54;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023511;STB=0.501639;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00782875;OID=.;OPOS=107259721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:119:119:10:11:105:108:0.907563:54:51:5:5:57:51:5:6 chr7 107414419 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.499;QD=60.5472;RBI=0.0111233;REFB=0;REVB=0.0110132;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0503e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr7 107559911 . G A 1142.9 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183621;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4651;QD=60.9544;RBI=0.0379328;REFB=0;REVB=-0.0331924;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182256;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr7 107593989 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.223;QD=52.613;RBI=0.0219696;REFB=0;REVB=0.0154955;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139828;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 107603431 . A C 54.22 PASS AF=0.0924855;AO=16;DP=173;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=104;FSRR=53;FWDB=-0.0407644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.082;QD=1.25368;RBI=0.0410162;REFB=-0.00246494;REVB=-0.00453792;RO=153;SAF=7;SAR=9;SRF=100;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256263;STB=0.69692;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0237812;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:173:173:153:157:16:16:0.0924855:9:7:100:53:9:7:104:53 chr7 107738882 . G A 1728.7 PASS AF=0.866197;AO=123;DP=142;FAO=123;FDP=142;FR=.;FRO=19;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00789055;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.208;QD=48.6957;RBI=0.0423948;REFB=-0.0356558;REVB=0.041654;RO=19;SAF=54;SAR=69;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317466;STB=0.516804;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0030225;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:142:142:19:19:123:123:0.866197:69:54:6:13:69:54:6:13 chr7 107738948 . G A 1794.62 PASS AF=0.858974;AO=134;DP=157;FAO=134;FDP=156;FR=.;FRO=22;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0137822;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.358;QD=46.0158;RBI=0.0138917;REFB=-0.0168362;REVB=0.00174057;RO=22;SAF=59;SAR=75;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331424;STB=0.517541;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00326479;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:22:22:134:134:0.858974:75:59:7:15:75:59:7:15 chr7 107743664 . A G 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00118059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1632;QD=57.1996;RBI=0.0445803;REFB=0.0467531;REVB=-0.0445647;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084084;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00245738;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:17:25:1:1:17:25:1:1 chr7 107818851 . T C 787.0 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00368718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.623;QD=55.2277;RBI=0.0392203;REFB=-0.0629726;REVB=0.0390466;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000346644;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:33:23:1:0:33:23:1:0 chr7 107824678 . A G 1575.32 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728862;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.197;QD=63.6491;RBI=0.0847842;REFB=0;REVB=0.0433125;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374906;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:92:99:1:40:52:0:0:41:58:0:0 chr7 107824889 . C G 462.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326413;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.721;QD=57.8135;RBI=0.0452251;REFB=0;REVB=0.0313026;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857255;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:9:23:0:0 chr7 107834613 . G C 971.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.971;QD=58.8899;RBI=0.0595039;REFB=0;REVB=0.0252285;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45157e-05;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr7 107834734 . C T 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.914;QD=58.4206;RBI=0.0282306;REFB=0.108575;REVB=-0.0104291;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00203631;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:0:1:71:72:0.986301:39:32:0:0:39:33:0:1 chr7 107838464 . G T 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000162326;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.468;QD=60.555;RBI=0.0485791;REFB=0;REVB=-0.0485788;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022238;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr7 107849908 . G A,T 1573.73 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=97,9;DP=106;FAO=99,9;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56,8;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429093,0.00057927;FXX=0.0270246;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.78,202.438;QD=58.2862;RBI=0.0313296,0.00196405;REFB=0,0;REVB=0.0310343,-0.00187669;RO=0;SAF=56,8;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.55487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00412292,0.0240044;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:106:108:0:0:97,9:99,9:0.916667,0.0833333:41,1:56,8:0:0:43,1:56,8:0:0 chr7 107872816 . G A 1016.13 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0124751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.122;QD=54.1936;RBI=0.0202308;REFB=-0.0263889;REVB=0.0159266;RO=4;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258767;STB=0.513702;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00177164;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:35:36:1:3:35:36:1:3 chr7 107875170 . T C 888.76 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00381505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.285;QD=56.429;RBI=0.00502628;REFB=-0.124988;REVB=0.00327245;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000174279;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:28:34:0:0:28:34:0:1 chr7 108212353 . G A 866.7 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0644353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.821;QD=53.3356;RBI=0.0677028;REFB=0.0130112;REVB=0.0207789;RO=3;SAF=30;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448992;STB=0.523802;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000810466;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:32:30:3:0:32:30:3:0 chr7 111367623 . T C 623.23 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0124242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.439;QD=47.0362;RBI=0.017263;REFB=-0.0327582;REVB=0.0119855;RO=5;SAF=23;SAR=25;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567017;STB=0.530231;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00312716;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:53:5:5:48:48:0.90566:25:23:4:1:25:23:4:1 chr7 111382130 . C T 60.36 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00914613;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.813;QD=2.87435;RBI=0.0131954;REFB=-0.000548814;REVB=-0.00951148;RO=73;SAF=10;SAR=2;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321264;STB=0.724573;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00298911;OID=.;OPOS=111382130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:85:84:73:72:12:12:0.142857:2:10:45:28:2:10:45:27 chr7 111487098 . C T 36.59 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0218162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8462;QD=2.03298;RBI=0.0341203;REFB=0.00394321;REVB=-0.0262344;RO=62;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387281;STB=0.797378;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0539693;OID=.;OPOS=111487098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:70:72:62:64:8:8:0.111111:7:1:25:37:7:1:25:39 chr7 112405982 . TAAAAAAAT TAAAAAAT,TAAAAAATA 438.66 PASS AF=0.834951,0.0194175;AO=62,6;DP=103;FAO=86,2;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=37,0;FSAR=49,2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0863217,0.00416018;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.42452,184.365;QD=17.0355;RBI=0.129219,0.00430352;REFB=0.0848863,-0.00162901;REVB=0.0961562,-0.00110144;RO=23;SAF=27,0;SAR=35,6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000358915,-0.685996;STB=0.505509,0.994165;STBP=0.806,0.184;TYPE=del,mnp;VARB=0.0557977,-0.0138783;OID=.,.;OPOS=112405983,112405989;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.834951,0.0194175:62,6:103:86,2:103:15:37,0:49,2:7:8:36:23:27,0:35,6:10:13 chr7 112406507 . C T 652.2 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00122081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.557;QD=47.4325;RBI=0.0144865;REFB=-0.00509277;REVB=0.0144349;RO=5;SAF=19;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361615;STB=0.501927;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.000528996;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:31:19:2:3:31:19:2:3 chr7 112459652 . T A 807.65 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00468472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.401;QD=48.9487;RBI=0.0175669;REFB=-0.0497509;REVB=0.0169307;RO=4;SAF=29;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313909;STB=0.516661;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00454311;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:66:4:6:60:60:0.909091:31:29:3:1:31:29:4:2 chr7 112461608 . A G 636.78 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.03146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.311;QD=47.1688;RBI=0.0346331;REFB=-0.053119;REVB=0.0144818;RO=5;SAF=18;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789367;STB=0.542113;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00711536;OID=.;OPOS=112461608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:31:18:4:1:31:18:4:1 chr7 112722278 . A C 539.36 PASS AF=1;AO=23;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447915;FXX=0.0270197;HRUN=9;LEN=1;MLLD=91.4032;QD=59.9285;RBI=0.263913;REFB=0;REVB=0.260085;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106839;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:23:36:1:8:15:0:0:15:21:0:0 chr7 112724417 . A G 695.89 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3605;QD=60.5121;RBI=0.0418339;REFB=-0.143104;REVB=0.0340348;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00379087;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:1:0:20:25:1:0 chr7 112724525 . A G 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.94;QD=52.7672;RBI=0.0227765;REFB=0.0185302;REVB=0.018903;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000300897;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr7 113518434 . C A 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0599;QD=63.2817;RBI=0.0673073;REFB=0;REVB=0.0176687;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405662;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr7 113518502 . A T 1105.84 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222292;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.042;QD=58.9784;RBI=0.0263021;REFB=-0.0203104;REVB=0.0140593;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000265361;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:43:31:0:0:43:31:0:1 chr7 113519719 . A T 1269.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.797;QD=61.2007;RBI=0.0186403;REFB=0;REVB=0.00710039;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62496e-06;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:35:42:0:0:35:48:0:0 chr7 113519796 . C T 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9852;QD=57.3824;RBI=0.0225194;REFB=0;REVB=0.0102706;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71189e-05;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr7 114296590 . A C 762.32 PASS AF=0.935484;AO=56;DP=63;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.020992;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.079;QD=49.1822;RBI=0.0251618;REFB=-0.0310827;REVB=0.0138727;RO=5;SAF=22;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115337;STB=0.510928;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00505206;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:63:62:5:4:56:58:0.935484:34:22:2:3:34:24:1:3 chr7 114619598 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.465;QD=45.8068;RBI=0.0136782;REFB=0;REVB=0.0015171;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09128e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 115578124 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2188;QD=59.5015;RBI=0.0417841;REFB=0;REVB=-0.034765;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09702e-05;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr7 116165360 . A C,G 611.31 PASS AF=0.878049,0.121951;AO=35,6;DP=41;FAO=36,5;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20,5;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000485478,-0.000574447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.429,118.727;QD=59.6404;RBI=0.02479,0.0291836;REFB=0,0;REVB=0.0247853,-0.0291779;RO=0;SAF=20,5;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00427464,0.0507558;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:41:41:0:0:35,6:36,5:0.878049,0.121951:15,1:20,5:0:0:16,0:20,5:0:0 chr7 116165463 . T C 519.13 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0129935;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7872;QD=49.4412;RBI=0.0176705;REFB=0.00151169;REVB=-0.0119756;RO=5;SAF=32;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250405;STB=0.635677;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000768888;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:42:5:5:37:37:0.880952:5:32:1:4:5:32:1:4 chr7 116364823 . CA AC,C 748.44 PASS AF=0,1;AO=2,50;DP=53;FAO=0,53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152679,-0.0159115;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.499,176.984;QD=56.4861;RBI=0.0165226,0.0161451;REFB=0,0;REVB=0.00631578,0.00273602;RO=0;SAF=1,28;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,1.32442e-05;OID=.,.;OPOS=116364823,116364824;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:53:53:0:0:2,50:0,53:0,1:1,22:1,28:0:0:0,23:0,30:0:0 chr7 116435768 . C T 1750.55 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217379;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.492;QD=60.3638;RBI=0.0284192;REFB=0;REVB=-0.0183061;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88947e-05;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:116:0:0:115:116:1:52:63:0:0:52:64:0:0 chr7 116436022 . G A 1676.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.281;QD=60.4199;RBI=0.0712305;REFB=0;REVB=0.06548;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141957;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:53:57:0:0:54:57:0:0 chr7 116436097 . G A 2438.82 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1665;QD=61.354;RBI=0.0252688;REFB=0;REVB=0.0189463;RO=0;SAF=87;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8881e-06;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:72:87:0:0:72:87:0:0 chr7 116437606 . G A 2085.94 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339277;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.092;QD=62.735;RBI=0.00885525;REFB=0;REVB=-0.00817953;RO=0;SAF=49;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30854e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:83:49:0:0:83:50:0:0 chr7 116558716 . G A 1152.26 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00148108;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.074;QD=56.2078;RBI=0.0204634;REFB=-0.00261788;REVB=0.0204097;RO=4;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153145;STB=0.508099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=8.0659e-05;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:84:82:4:4:78:78:0.95122:46:32:1:3:46:32:1:3 chr7 116596697 . A G 1715.39 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00149752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.772;QD=59.6658;RBI=0.00202125;REFB=-0.0581321;REVB=0.00135753;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798064;STB=0.504201;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000167777;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:59:55:0:1:59:55:0:1 chr7 116598724 . C T 1453.41 PASS AF=0.920354;AO=103;DP=112;FAO=104;FDP=113;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0129225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.731;QD=51.4483;RBI=0.0235387;REFB=0.0138787;REVB=-0.0196743;RO=9;SAF=54;SAR=49;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387086;STB=0.520652;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000792002;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:113:9:9:103:104:0.920354:49:54:7:2:50:54:7:2 chr7 117024820 . T G 609.72 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0914204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.916;QD=46.9016;RBI=0.0967749;REFB=-0.0345962;REVB=0.0317441;RO=5;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161154;STB=0.508596;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00459449;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:24:23:2:3:24:23:2:3 chr7 117160988 . A G 761.1 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0179227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.754;QD=46.1275;RBI=0.01812;REFB=-0.0104606;REVB=-0.00266691;RO=8;SAF=31;SAR=27;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036356;STB=0.519365;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000855912;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:8:8:58:58:0.878788:27:31:3:5:27:31:3:5 chr7 117170774 . G A 462.22 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.025186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.327;QD=47.4073;RBI=0.0252975;REFB=-0.00165469;REVB=0.00237182;RO=4;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043524;STB=0.509086;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000200165;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:39:4:5:34:34:0.871795:16:18:3:1:16:18:3:2 chr7 117188736 . C A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00954779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.145;QD=3.33869;RBI=0.0105057;REFB=-0.00220343;REVB=0.00438297;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113667;STB=0.571184;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00992686;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:4:2:14:19:4:2:14:20 chr7 117199533 . G A 1692.96 PASS AF=0.936;AO=117;DP=125;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00371701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.764;QD=54.1748;RBI=0.00372045;REFB=-0.0257909;REVB=-0.000159907;RO=8;SAF=63;SAR=54;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019907;STB=0.510505;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-1.267e-05;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:125:125:8:8:117:117:0.936:54:63:3:5:54:63:3:5 chr7 117235055 . T G 1950.37 PASS AF=0.942446;AO=131;DP=139;FAO=131;FDP=139;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.012723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.913;QD=56.1257;RBI=0.0182113;REFB=-0.00568629;REVB=-0.0130299;RO=8;SAF=61;SAR=70;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376663;STB=0.501986;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-3.01131e-05;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:139:139:8:8:131:131:0.942446:70:61:4:4:70:61:4:4 chr7 117282644 . A G 1012.97 PASS AF=0.911392;AO=71;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0186512;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7834;QD=51.2895;RBI=0.0331175;REFB=-0.0663669;REVB=0.0273661;RO=7;SAF=33;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180991;STB=0.510071;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00444153;OID=.;OPOS=117282644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:79:7:7:71:72:0.911392:38:33:4:3:39:33:4:3 chr7 117307108 . G A 600.38 PASS AF=0.886792;AO=46;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0724226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.983;QD=45.3115;RBI=0.072616;REFB=0.00911322;REVB=-0.0052967;RO=6;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969432;STB=0.551703;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0017044;OID=.;OPOS=117307108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:46:47:0.886792:26:20:0:6:26:21:0:6 chr7 117308205 . A C 375.41 PASS AF=0.933333;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00933478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.996;QD=50.0542;RBI=0.0491947;REFB=-0.0497751;REVB=0.048301;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380451;STB=0.517229;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00403567;OID=.;OPOS=117308205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:30:2:2:26:28:0.933333:7:19:1:1:8:20:1:1 chr7 117865028 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.097;QD=56.9478;RBI=0.0243317;REFB=0.0401277;REVB=0.0164072;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000989535;OID=.;OPOS=117865028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr7 120428799 . C A 1524.95 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00635839;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.962;QD=58.6518;RBI=0.0129606;REFB=-0.122381;REVB=0.0112937;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854954;STB=0.504504;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000258228;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:55:48:0:1:55:48:0:1 chr7 120704289 . C T 940.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147257;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.385;QD=58.7601;RBI=0.0218742;REFB=0;REVB=-0.0161751;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90552e-06;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:24:40:0:0 chr7 120740103 . G A,T 2085.63 PASS AF=0.0638298,0.921986;AO=9,128;DP=140;FAO=9,130;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=0,64;FSAR=9,66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163668,0.0239149;FXX=0.00704176;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=45.5651,96.8428;QD=59.1668;RBI=0.0387729,0.029183;REFB=-0.0351123,-0.0590888;REVB=-0.0351492,-0.0167249;RO=3;SAF=0,63;SAR=9,65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.795291,0.00691278;STB=0.5,0.507462;STBP=1,0.221;TYPE=snp,snp;VARB=0.0225836,0.00141039;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:140:141:3:2:9,128:9,130:0.0638298,0.921986:9,65:0,63:1:2:9,66:0,64:0:2 chr7 120764477 . G C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3815;QD=58.1396;RBI=0.0929347;REFB=0;REVB=0.0151118;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216477;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 120765954 . T C 854.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120892;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.233;QD=57.9109;RBI=0.0138784;REFB=0;REVB=0.00681627;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09098e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr7 120773954 . A G 340.79 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0224177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.126;QD=42.5984;RBI=0.0246303;REFB=-0.032618;REVB=0.0102027;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.537685;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00180974;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:3:5:27:27:0.84375:17:10:3:0:17:10:3:2 chr7 120776097 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.068;QD=56.7066;RBI=0.0160914;REFB=0;REVB=0.0155203;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16688e-06;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr7 120936006 . G A 557.42 PASS AF=0.849057;AO=45;DP=53;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.033463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.752;QD=42.069;RBI=0.0337261;REFB=0.00318107;REVB=-0.00420439;RO=8;SAF=19;SAR=26;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223726;STB=0.511981;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000871796;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:8:8:45:45:0.849057:26:19:4:4:26:19:4:4 chr7 121653177 . A G,T 981.64 PASS AF=0.917808,0.0410959;AO=66,3;DP=72;FAO=67,3;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=32,2;FSAR=35,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0396509,-0.0640447;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.791,56.6232;QD=53.7883;RBI=0.0544985,0.0672812;REFB=-0.00664839,-0.0486684;REVB=0.0373884,0.0206164;RO=3;SAF=32,2;SAR=34,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0422543,-0.352427;STB=0.522381,0.713247;STBP=0.137,0.746;TYPE=snp,snp;VARB=0.00101076,0.0549337;OID=.,.;OPOS=121653177,121653177;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:73:3:3:66,3:67,3:0.917808,0.0410959:34,1:32,2:3:0:35,1:32,2:3:0 chr7 121653250 . G A 436.33 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0486541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.293;QD=49.8665;RBI=0.0499205;REFB=-0.0127432;REVB=-0.0111727;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196407;STB=0.509085;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000834007;OID=.;OPOS=121653250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:35:3:3:31:32:0.914286:17:14:1:2:18:14:1:2 chr7 121653398 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.152;QD=57.68;RBI=0.0115563;REFB=0;REVB=0.0108941;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32013e-05;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 122078414 . T G 1784.87 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619465;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.656;QD=61.0213;RBI=0.0211342;REFB=0;REVB=-0.020206;RO=0;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31067e-06;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:113:117:1:41:72:0:0:41:76:0:0 chr7 122303321 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.781;QD=60.7162;RBI=0.0399492;REFB=0;REVB=-0.0398123;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03308e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr7 122635024 . C T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0113587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.164;QD=1.76266;RBI=0.0620569;REFB=0.00439725;REVB=-0.0610085;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209546;STB=0.659987;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0212795;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:3:5:31:39:3:5:31:39 chr7 122809234 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.999;QD=61.5362;RBI=0.0654552;REFB=0;REVB=0.0516264;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202724;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr7 123109353 . TG GT 39.27 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=80;FAO=12;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0149405;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=2;MLLD=28.309;QD=1.93931;RBI=0.0577988;REFB=-0.0516219;REVB=-0.0558344;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592167;STB=0.753468;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.162402;OID=.;OPOS=123109353;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:81:58:69:7:12:0.148148:1:6:17:41:4:8:24:45 chr7 123256427 . C T 1043.88 PASS AF=0.882353;AO=75;DP=85;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0658679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4624;QD=49.1236;RBI=0.0680227;REFB=-0.00696054;REVB=-0.0169857;RO=10;SAF=38;SAR=37;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236227;STB=0.512544;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000992854;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:10:10:75:75:0.882353:37:38:4:6:37:38:4:6 chr7 123269118 . G C 1080.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1841;QD=60.0199;RBI=0.0412585;REFB=0;REVB=0.0198608;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153881;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr7 123321978 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.106;QD=56.1916;RBI=0.0175285;REFB=0;REVB=-0.011226;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84346e-06;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr7 123336722 . G A 1936.75 PASS AF=0.948905;AO=130;DP=138;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00697453;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.535;QD=56.5475;RBI=0.00985218;REFB=-0.0335227;REVB=0.00695856;RO=7;SAF=56;SAR=74;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014368;STB=0.507571;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-8.83424e-05;OID=.;OPOS=123336722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:138:137:7:7:130:130:0.948905:74:56:2:5:74:56:2:5 chr7 123336804 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000393744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.512;QD=57.712;RBI=0.0101927;REFB=0;REVB=0.0101851;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64611e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr7 124387374 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7143;QD=37.4858;RBI=0.0418383;REFB=0;REVB=0.0418199;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155005;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr7 124486980 . T C 1564.25 PASS AF=1;AO=76;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469383;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.25;QD=63.847;RBI=0.10246;REFB=0;REVB=0.0910763;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494243;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:76:98:1:37:39:0:0:40:58:0:0 chr7 124491951 . T C 1758.34 PASS AF=0.845638;AO=125;DP=148;FAO=126;FDP=149;FR=.;FRO=23;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00458158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.109;QD=47.2037;RBI=0.00475989;REFB=0.000412907;REVB=0.00129063;RO=23;SAF=62;SAR=63;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307007;STB=0.516776;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-4.87775e-05;OID=.;OPOS=124491951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:23:23:125:126:0.845638:63:62:9:14:63:63:9:14 chr7 126078883 . ATT A,AT 350.19 PASS AF=0,1;AO=6,43;DP=50;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540912,-0.0974846;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.62265,9.8187;QD=28.0152;RBI=0.102359,0.201307;REFB=0.0205333,0.0115992;REVB=-0.0868992,-0.176129;RO=1;SAF=1,21;SAR=5,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0789211,0.0208679;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00643021;OID=.,.;OPOS=126078884,126078884;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,43:50:0,50:50:0:0,22:0,28:0:0:7:1:1,21:5,22:0:1 chr7 127222157 . G A 1491.57 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1865;QD=63.4712;RBI=0.0297316;REFB=0;REVB=0.0289539;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129032;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr7 127224286 . A G 776.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.164;QD=56.4881;RBI=0.0111092;REFB=0;REVB=0.00065159;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59976e-05;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:20:31:0:0:22:33:0:0 chr7 127225106 . CTTT CT,CTTA,CTT 2255.98 PASS AF=0,0.152466,0.847534;AO=38,33,42;DP=222;FAO=0,34,189;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34,83;FSAR=0,0,106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148469,-0.0735979,-0.310952;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.01233,147.56,12.2712;QD=40.4659;RBI=0.487276,0.18685,0.969462;REFB=0,0,0;REVB=0.464107,0.171745,0.918241;RO=104;SAF=38,33,37;SAR=0,0,5;SRF=5;SRR=99;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.896157,0.894139,0.807738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.150483,-0.070963;OID=.,.,.;OPOS=127225107,127225109,127225107;OREF=TT,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=CT,CTTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.152466,0.847534:38,33,42:222:0,34,189:223:0:0,34,83:0,0,106:0:0:99:104:38,33,37:0,0,5:5:99 chr7 127958040 . G A 848.75 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00874487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7072;QD=50.6718;RBI=0.0448921;REFB=-0.0229456;REVB=0.0440321;RO=5;SAF=35;SAR=27;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628163;STB=0.533323;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00182816;OID=.;OPOS=127958040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:5:5:62:62:0.925373:27:35:5:0:27:35:5:0 chr7 127999645 . C T 181.22 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00341467;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.868;QD=40.2717;RBI=0.0353022;REFB=-0.0278093;REVB=0.0351367;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267697;STB=0.514687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000686246;OID=.;OPOS=127999645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:18:2:2:16:16:0.888889:10:6:1:1:10:6:1:1 chr7 128038555 . C G 657.38 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0908521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.53;QD=50.5677;RBI=0.093279;REFB=-0.0105681;REVB=0.0211396;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335887;STB=0.506749;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00125967;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:27:22:0:2:27:22:1:2 chr7 128038612 . G A 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0156527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.783;QD=55.197;RBI=0.0236333;REFB=-0.0193696;REVB=0.0177067;RO=3;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759027;STB=0.540521;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00148928;OID=.;OPOS=128038612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:17:25:0:3:17:25:0:3 chr7 128098071 . G A 753.72 PASS AF=0.890625;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0055826;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.277;QD=47.1074;RBI=0.020336;REFB=0.0139907;REVB=0.0195547;RO=7;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534021;STB=0.528403;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00268476;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:64:7:7:57:57:0.890625:35:22:1:6:35:22:1:6 chr7 128098198 . AT A 1025.14 PASS AF=0.902439;AO=74;DP=82;FAO=74;FDP=82;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0405755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.363;QD=50.0066;RBI=0.0529826;REFB=-0.0560541;REVB=0.0340702;RO=8;SAF=55;SAR=19;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280446;STB=0.51489;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=0.0056043;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.902439:74:82:74:82:8:55:19:5:3:32:8:55:19:5:3 chr7 128098268 . GT G 604.23 PASS AF=0.921875;AO=57;DP=67;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0204442;FXX=0.0724533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1394;QD=37.7641;RBI=0.167248;REFB=-0.0331943;REVB=-0.165994;RO=5;SAF=52;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506932;STB=0.520329;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=0.00177443;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921875:57:67:59:64:5:53:6:4:1:7:5:52:5:4:1 chr7 128133984 . G A 1212.95 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151521;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.469;QD=61.4154;RBI=0.0165438;REFB=0;REVB=-0.00664158;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142269;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:53:26:0:0:53:26:0:0 chr7 128141865 . T C 1328.17 PASS AF=0.862069;AO=99;DP=115;FAO=100;FDP=116;FR=.;FRO=16;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.014509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.938;QD=45.7991;RBI=0.0158104;REFB=0.0118449;REVB=0.00628145;RO=16;SAF=65;SAR=34;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270922;STB=0.513155;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00140685;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:115:116:16:16:99:100:0.862069:34:65:9:7:35:65:9:7 chr7 128312450 . C T 773.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148479;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.157;QD=55.2555;RBI=0.02629;REFB=-0.0212619;REVB=0.0216957;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.01864e-05;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr7 128358891 . C A 1421.97 PASS AF=0.94;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00763513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.294;QD=56.8786;RBI=0.0231348;REFB=-0.0161385;REVB=0.0218386;RO=6;SAF=66;SAR=28;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480191;STB=0.502538;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000348211;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:100:100:6:6:94:94:0.94:28:66:4:2:28:66:4:2 chr7 128371206 . G A 1362.58 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.601;QD=61.2393;RBI=0.0224944;REFB=-0.0533724;REVB=0.013002;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000274482;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:46:42:1:0:46:42:1:0 chr7 128371298 . C T 798.54 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00876371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=52.3633;RBI=0.0102647;REFB=-0.0264616;REVB=0.00534423;RO=2;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.52238;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000893482;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:2:3:58:58:0.95082:32:26:0:2:32:26:0:3 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 413.45 PASS AF=1;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275835;FXX=0.151469;HRUN=2;LEN=13;MLLD=394.092;QD=59.0649;RBI=0.0315474;REFB=0;REVB=0.0153097;RO=6;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000304366;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:39:28:28:0:16:12:0:0:3:6:16:11:6:0 chr7 128455767 . C G 107.11 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556718;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.372;QD=42.8455;RBI=0.0570313;REFB=0;REVB=-0.0123784;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135393;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:11:10:1:8:3:0:0:7:3:0:0 chr7 128455916 . G A 159.91 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6791;QD=45.6871;RBI=0.030375;REFB=0;REVB=0.0150256;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185589;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr7 128478103 . C T 767.92 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00616484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.5;QD=52.96;RBI=0.00617666;REFB=0.00849041;REVB=-0.000381986;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.519993;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00104496;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:1:2:55:56:0.965517:23:32:0:1:24:32:0:2 chr7 128480123 . C A 547.6 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5846;QD=56.1636;RBI=0.110478;REFB=-0.149432;REVB=0.0241936;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00834551;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:39:0:1:37:38:0.974359:23:14:0:0:23:15:0:1 chr7 128484816 . A G 1702.89 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020797;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.118;QD=60.2793;RBI=0.0268653;REFB=0;REVB=0.0170068;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54907e-05;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:59:52:0:0:61:52:0:0 chr7 128486363 . C T 971.38 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.981;QD=58.8717;RBI=0.026714;REFB=0;REVB=0.0263865;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74013e-05;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr7 128486446 . C T 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.848;QD=57.7064;RBI=0.0215257;REFB=0;REVB=0.00842571;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38578e-05;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr7 128487866 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.738;QD=53.9103;RBI=0.00507834;REFB=0;REVB=0.00158013;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42842e-05;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:2:22:0:0:2:22:0:0 chr7 128487893 . G A 298.31 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.83;QD=51.8802;RBI=0.105076;REFB=0;REVB=0.104882;RO=1;SAF=21;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104886;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:1:21:1:0:1:22:0:0 chr7 128491603 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.616;QD=60.3767;RBI=0.0406205;REFB=0;REVB=-0.0263855;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11979e-05;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr7 128495338 . C T 937.56 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9579;QD=58.5972;RBI=0.026666;REFB=0;REVB=0.0257476;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109646;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr7 128524103 . CTG CT,GCT 48.14 PASS AF=0.294872,0;AO=18,7;DP=80;FAO=23,0;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=8,0;FSAR=15,0;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.258904,0.046179;FXX=0.0249969;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.27955,15.3078;QD=2.46874;RBI=0.262568,0.0567441;REFB=-0.113269,-0.0625675;REVB=-0.0437102,-0.0329757;RO=41;SAF=6,1;SAR=12,6;SRF=29;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416168,-0.611302;STB=0.663576,0.5;STBP=0.08,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.149517,0;OID=.,.;OPOS=128524105,128524103;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:80:78:41:55:18,7:23,0:0.294872,0:12,6:6,1:29:12:15,0:8,0:32:23 chr7 128532980 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.369;QD=44.6893;RBI=0.123044;REFB=0;REVB=0.0198925;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172375;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 128544133 . G T 698.51 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5261;QD=60.7397;RBI=0.0603598;REFB=-0.0298037;REVB=0.00404214;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177502;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:0:45:46:1:18:27:1:0:18:28:0:0 chr7 128550680 . GC G,GG 216.17 PASS AF=0.85,0.15;AO=15,3;DP=19;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0916107,-0.0186998;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=17.6137,10.5217;QD=43.2333;RBI=0.109025,0.0863571;REFB=0,0;REVB=-0.05911,0.0843082;RO=0;SAF=9,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00934943,-0.001713;OID=.,.;OPOS=128550681,128550681;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.85,0.15:15,3:19:17,3:20:0:10,3:7,0:0:0:12:0:9,3:6,0:0:0 chr7 128607384 . G A 53.04 PASS AF=0.0854271;AO=17;DP=196;FAO=17;FDP=199;FR=.;FRO=182;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=120;FSRR=62;FWDB=-0.032828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.402;QD=1.06612;RBI=0.0354358;REFB=-0.00174218;REVB=-0.0133425;RO=179;SAF=8;SAR=9;SRF=119;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230422;STB=0.669587;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0158122;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:199:179:182:17:17:0.0854271:9:8:119:60:9:8:120:62 chr7 128630227 . C T 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.596;QD=60.5454;RBI=0.0254203;REFB=0;REVB=0.00203478;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76413e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr7 128766770 . AAAGACGATGACTTCG A 212.71 PASS AF=0.758621;AO=20;DP=37;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0131739;FXX=0.19439;HRUN=3;LEN=15;MLLD=403.798;QD=29.3394;RBI=0.0133961;REFB=0.00740039;REVB=-0.00242961;RO=5;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747685;STB=0.574065;STBP=0.205;TYPE=del;VARB=-0.00119806;OID=.;OPOS=128766771;OREF=AAGACGATGACTTCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.758621:20:37:22:29:7:9:13:5:2:35:5:8:12:3:2 chr7 128766794 . T C 283.53 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0455446;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.502;QD=31.503;RBI=0.0846083;REFB=-0.065078;REVB=0.071304;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181513;STB=0.588676;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0213453;OID=.;OPOS=128766794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:36:10:10:25:26:0.722222:16:9:7:3:16:10:7:3 chr7 128766804 . A C 391.09 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0810174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.223;QD=36.3803;RBI=0.109647;REFB=-0.114427;REVB=0.0738823;RO=9;SAF=18;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535528;STB=0.528909;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00462196;OID=.;OPOS=128766804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:43:43:9:9:34:34:0.790698:16:18:6:3:16:18:6:3 chr7 128767250 . G A 47.82 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=134;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=-0.0288236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.484;QD=1.4276;RBI=0.0406587;REFB=-0.00557413;REVB=0.0286762;RO=121;SAF=10;SAR=3;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253466;STB=0.698529;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0311548;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:134:134:121:121:13:13:0.0970149:3:10:69:52:3:10:69:52 chr7 128767410 . A G 925.38 PASS AF=0.930556;AO=65;DP=70;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0132266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.123;QD=51.4102;RBI=0.0173865;REFB=-0.0434103;REVB=0.0112848;RO=5;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553967;STB=0.529707;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00460244;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:70:72:5:5:65:67:0.930556:26:39:1:4:26:41:1:4 chr7 128767490 . T C 758.94 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00895271;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.867;QD=50.5961;RBI=0.024492;REFB=0.02164;REVB=-0.0227971;RO=4;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147027;STB=0.50781;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00290983;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:60:4:4:56:56:0.933333:36:20:1:3:36:20:1:3 chr7 128767506 . T G 716.06 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0196321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7958;QD=49.3834;RBI=0.0196733;REFB=-0.0190855;REVB=0.00127316;RO=4;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179644;STB=0.510118;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0031929;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:58:4:4:53:54:0.931034:33:20:1:3:33:21:1:3 chr7 128804780 . C G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5791;QD=57.231;RBI=0.128265;REFB=0;REVB=0.00721128;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156231;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr7 128846328 . G C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.374;QD=61.2612;RBI=0.0331448;REFB=0;REVB=0.0315379;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94912e-05;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:47:72:0:0:47:72:0:0 chr7 129067053 . T C 1265.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.413;QD=61.729;RBI=0.0417358;REFB=0;REVB=0.041477;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124458;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr7 129142694 . C G 516.82 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0524695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0212;QD=54.4024;RBI=0.0526889;REFB=-0.101681;REVB=-0.00480252;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.504502;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00224566;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:21:15:1:0:21:15:1:1 chr7 129297331 . CT CG,TG 760.43 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280278,0.0465083;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.355,41.0752;QD=56.3284;RBI=0.0294435,0.0478351;REFB=0,0;REVB=0.00901988,-0.011188;RO=0;SAF=32,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00285186,-0.000398685;OID=.,.;OPOS=129297332,129297331;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:20,2:32,0:0:0:20,2:32,0:0:0 chr7 129474470 . G A 1631.65 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.709;QD=59.8772;RBI=0.0199207;REFB=0;REVB=-0.000353533;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31442e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:55:53:0:0:56:53:0:0 chr7 129504866 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7076;QD=57.2373;RBI=0.00499299;REFB=0;REVB=0.00446505;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38781e-05;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr7 129662274 . TC T 41.53 PASS AF=0.220339;AO=14;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0112671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8044;QD=2.81571;RBI=0.138696;REFB=-0.0120626;REVB=0.138237;RO=43;SAF=13;SAR=1;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0.463636;SSSB=0.621967;STB=0.897517;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0576974;OID=.;OPOS=129662275;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:14:59:13:59:46:12:1:22:24:41:43:13:1:21:22 chr7 129813738 . T C 938.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4418;QD=58.6292;RBI=0.123829;REFB=0;REVB=0.116307;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121121;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:36:28:0:0 chr7 129916515 . T C 1288.89 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358757;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.744;QD=61.3757;RBI=0.0837477;REFB=0;REVB=0.0756744;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022515;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:47:35:0:0:49:35:0:0 chr7 129962360 . A G 692.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627642;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.241;QD=62.9802;RBI=0.0635006;REFB=0;REVB=0.00964266;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240741;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr7 129962682 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.462;QD=59.8559;RBI=0.0230785;REFB=0;REVB=0.00506579;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88568e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr7 129984274 . A G 537.46 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0447846;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4869;QD=49.9958;RBI=0.0456261;REFB=-0.000497361;REVB=-0.00872198;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650846;STB=0.534865;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=3.74502e-05;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:44:43:5:5:38:38:0.883721:19:19:4:1:19:19:4:1 chr7 129986338 . C T 487.96 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00340468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.039;QD=45.3917;RBI=0.0266655;REFB=-0.0459462;REVB=0.0264472;RO=7;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086661;STB=0.546533;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00994468;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:21:15:1:6:21:15:1:6 chr7 129989878 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.506;QD=57.2377;RBI=0.0247671;REFB=0;REVB=0.0110749;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08743e-05;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr7 130002317 . T C 392.28 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0569084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.274;QD=50.6166;RBI=0.0654945;REFB=-0.0360107;REVB=0.0324184;RO=2;SAF=21;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423286;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00232604;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:8:21:2:0:8:21:2:0 chr7 130021488 . G C 2395.93 PASS AF=0.876923;AO=168;DP=193;FAO=171;FDP=195;FR=.;FRO=24;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0116955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.854;QD=49.1474;RBI=0.0212476;REFB=-0.0124292;REVB=-0.0177391;RO=22;SAF=85;SAR=83;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212336;STB=0.516458;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000524717;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:193:195:22:24:168:171:0.876923:83:85:9:13:84:87:9:15 chr7 130039997 . G A 270.05 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00439281;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.143;QD=10.6949;RBI=0.00769977;REFB=-0.00636671;REVB=-0.00632374;RO=64;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208655;STB=0.50467;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0149985;OID=.;OPOS=130039997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:64:67:34:34:0.336634:16:18:34:30:16:18:35:32 chr7 130080812 . T G 1159.67 PASS AF=0.864078;AO=87;DP=103;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000346185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.441;QD=45.0358;RBI=0.0116168;REFB=-0.0276947;REVB=-0.0116117;RO=13;SAF=42;SAR=45;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512904;STB=0.52017;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00397121;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:103:103:13:14:87:89:0.864078:45:42:9:4:45:44:9:5 chr7 131185995 . C A 918.82 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0136071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.923;QD=54.0484;RBI=0.0142806;REFB=-0.0485844;REVB=0.00433395;RO=3;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127769;STB=0.50635;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00268563;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:64:65:0.955882:33:31:1:2:34:31:1:2 chr7 131195712 . G A 940.45 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5448;QD=56.9967;RBI=0.111104;REFB=-0.0950315;REVB=0.110424;RO=0;SAF=49;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00165462;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:66:0:1:62:65:0.984848:13:49:0:0:16:49:1:0 chr7 131195959 . C T 976.42 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0097316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0277;QD=57.4363;RBI=0.0286641;REFB=-0.066808;REVB=-0.0269615;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185257;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000882515;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:42:25:1:0:42:25:1:0 chr7 131812922 . T C 820.32 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128359;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6779;QD=56.5737;RBI=0.0409397;REFB=0;REVB=0.0388754;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554176;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr7 131814185 . A G 1401.48 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256715;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.988;QD=62.9881;RBI=0.0883805;REFB=0;REVB=0.0883432;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113684;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:50:39:0:0 chr7 131814529 . G A 387.81 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00707495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.611;QD=43.0897;RBI=0.0170844;REFB=0.0148492;REVB=0.0155506;RO=6;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936842;STB=0.550529;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00251835;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:36:6:6:30:30:0.833333:14:16:5:1:14:16:5:1 chr7 131815310 . A G 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1833;QD=63.6117;RBI=0.0288971;REFB=0;REVB=-0.0275918;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02276e-05;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr7 131864591 . T C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0339212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.121;QD=1.74064;RBI=0.0385365;REFB=-0.00084005;REVB=-0.0182871;RO=78;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506739;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00815596;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:5:4:35:43:5:4:35:43 chr7 132192949 . T C 46.46 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=6.65105e-06;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.565;QD=1.78704;RBI=0.0139463;REFB=-0.00151399;REVB=-0.0139463;RO=94;SAF=4;SAR=7;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174875;STB=0.627184;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00995194;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:104:94:93:11:11:0.105769:7:4:48:46:7:4:47:46 chr7 132720555 . T C 51.88 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=-0.00301585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.409;QD=1.46132;RBI=0.0450686;REFB=-0.00152759;REVB=-0.0449676;RO=125;SAF=10;SAR=4;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329618;STB=0.752553;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0109688;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:125:128:14:14:0.0985915:4:10:54:71:4:10:54:74 chr7 132767617 . C A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5079;QD=39.2042;RBI=0.141152;REFB=0;REVB=-0.135171;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0063366;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 133261358 . G T 1561.1 PASS AF=0.869231;AO=113;DP=131;FAO=113;FDP=130;FR=.;FRO=17;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00122622;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.711;QD=48.0338;RBI=0.00263752;REFB=0.00856344;REVB=-0.00233514;RO=15;SAF=61;SAR=52;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162755;STB=0.516805;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0010409;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:131:130:15:17:113:113:0.869231:52:61:7:8:52:61:7:10 chr7 133580447 . G A 1153.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.692;QD=60.7021;RBI=0.0173304;REFB=0;REVB=0.00608916;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24114e-05;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:32:41:0:0:33:43:0:0 chr7 133749164 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.987;QD=58.2396;RBI=0.0276849;REFB=0;REVB=0.0212057;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46371e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr7 133868507 . C T 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.742;QD=61.9768;RBI=0.0211302;REFB=0;REVB=0.0209342;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98084e-06;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:58:68:0:0:58:68:0:0 chr7 133932334 . C T 1173.93 PASS AF=0.891304;AO=81;DP=91;FAO=82;FDP=92;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00336682;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6223;QD=51.0404;RBI=0.0342688;REFB=-0.0504633;REVB=0.034103;RO=9;SAF=39;SAR=42;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049068;STB=0.519165;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00600337;OID=.;OPOS=133932334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:91:92:9:10:81:82:0.891304:42:39:2:7:43:39:3:7 chr7 133979368 . C T 860.68 PASS AF=0.814815;AO=65;DP=81;FAO=66;FDP=81;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.010839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.025;QD=42.5029;RBI=0.0209964;REFB=-0.019328;REVB=-0.0179824;RO=15;SAF=23;SAR=42;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176103;STB=0.510435;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0042085;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:15:15:65:66:0.814815:42:23:6:9:43:23:6:9 chr7 133979711 . G A 809.37 PASS AF=0.837838;AO=62;DP=75;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.007193;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.256;QD=43.7495;RBI=0.00996831;REFB=-0.0211197;REVB=0.0069013;RO=8;SAF=33;SAR=29;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200302;STB=0.518771;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00593963;OID=.;OPOS=133979711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:75:74:8:12:62:62:0.837838:29:33:5:3:29:33:5:7 chr7 133979795 . T C 471.58 PASS AF=0.853659;AO=32;DP=38;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0334764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.742;QD=46.0074;RBI=0.0554018;REFB=-0.0228727;REVB=0.0441439;RO=6;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894216;STB=0.550736;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00364902;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:41:6:6:32:35:0.853659:15:17:5:1:18:17:5:1 chr7 133989543 . A G 300.15 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0773793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9173;QD=37.5189;RBI=0.0773794;REFB=-0.00471485;REVB=-7.60853e-05;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784808;STB=0.54268;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00323021;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:2:5:13:12:2:5 chr7 134225788 . C T 272.51 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.689;QD=51.9068;RBI=0.0391627;REFB=0;REVB=0.0292971;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104949;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr7 134225827 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.963;QD=56.1908;RBI=0.05216;REFB=0;REVB=-0.0346485;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47012e-05;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr7 134261097 . C G 1230.96 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521333;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.706;QD=61.5478;RBI=0.0521848;REFB=0;REVB=0.00231744;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19053e-05;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr7 134576441 . T C 565.33 PASS AF=0.928571;AO=40;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00124767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.829;QD=53.8412;RBI=0.00706281;REFB=-0.149525;REVB=-0.00695173;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046837;STB=0.538442;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00138885;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:2:3:40:39:0.928571:19:21:0:2:18:21:0:3 chr7 134618710 . A G 74.85 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.337;QD=37.423;RBI=0.0180982;REFB=0;REVB=0.00978906;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75344e-05;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr7 134653930 . T C 50.25 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00590929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.317;QD=4.78592;RBI=0.00640197;REFB=-0.00646783;REVB=0.00246283;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513434;STB=0.829093;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.027528;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:24:10:6:2:24:10 chr7 134701856 . G C 2350.44 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648637;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.2;QD=61.0503;RBI=0.00833932;REFB=0;REVB=-0.00524131;RO=0;SAF=89;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70341e-08;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:64:89:0:0:64:90:0:0 chr7 134719551 . C G 2414.25 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364527;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4239;QD=61.1203;RBI=0.0411815;REFB=0;REVB=-0.0191603;RO=0;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184802;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:88:69:0:0:89:69:0:0 chr7 134849280 . T A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.499;QD=61.0492;RBI=0.0362366;REFB=0;REVB=0.0349775;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42111e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr7 134850465 . C T 1245.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.468;QD=61.5268;RBI=0.0849295;REFB=0;REVB=0.0781214;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350458;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr7 134850469 . A G 1237.54 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00300706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.41;QD=58.9303;RBI=0.0113704;REFB=-0.120975;REVB=-0.0109656;RO=2;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220149;STB=0.511625;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000278118;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:42:40:0:2:42:40:0:2 chr7 134871775 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.831;QD=62.9829;RBI=0.023431;REFB=0;REVB=0.0185872;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90762e-05;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr7 134879830 . G A 1627.95 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113954;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2941;QD=60.2946;RBI=0.0395062;REFB=0;REVB=0.0378271;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208937;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr7 134889141 . G A 738.73 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00507656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1457;QD=54.7207;RBI=0.00650546;REFB=0.0482425;REVB=0.00406813;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00562225;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:53:53:0.981481:32:21:0:0:32:21:0:1 chr7 135047703 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1483;QD=35.575;RBI=0.05572;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473067;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr7 135080469 . C CG,G 67.03 PASS AF=0.26,0;AO=14,2;DP=54;FAO=13,0;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.010984,-0.00953028;FXX=0.019604;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=61.8356,134.023;QD=5.3623;RBI=0.0249079,0.115362;REFB=-0.00431961,-0.00053754;REVB=-0.0223552,-0.114968;RO=37;SAF=13,0;SAR=1,2;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463932,-0.539334;STB=0.82289,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.123229,0;OID=.,.;OPOS=135080470,135080469;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:54:50:37:37:14,2:13,0:0.26,0:1,2:13,0:26:11:1,0:12,0:24:13 chr7 135095270 . A G 1888.64 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.161;QD=60.4366;RBI=0.0537561;REFB=-0.0610295;REVB=0.0211004;RO=1;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714433;STB=0.503759;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000315729;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:123:124:0.992:66:57:0:1:66:58:0:1 chr7 135304273 . G C 2036.43 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180465;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.253;QD=61.7101;RBI=0.0222105;REFB=0.0843497;REVB=0.0129472;RO=1;SAF=75;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841144;STB=0.504424;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-9.53478e-05;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:132:1:1:131:131:0.992424:56:75:0:1:56:75:0:1 chr7 135329690 . T C 1225.9 PASS AF=0.861111;AO=93;DP=108;FAO=93;FDP=108;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00431884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.234;QD=45.4037;RBI=0.0115562;REFB=-0.0288676;REVB=0.0107188;RO=15;SAF=42;SAR=51;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390343;STB=0.520716;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00309578;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:15:15:93:93:0.861111:51:42:9:6:51:42:9:6 chr7 135387656 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8249;QD=57.6798;RBI=0.0532425;REFB=0;REVB=-0.0503955;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013726;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr7 135392876 . T C 2733.11 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.115;QD=62.1162;RBI=0.0183846;REFB=0;REVB=0.0174952;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06618e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:176:0:0:171:176:1:93:78:0:0:96:80:0:0 chr7 135406176 . A G 946.5 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.01923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.226;QD=51.1624;RBI=0.0195938;REFB=-0.00720192;REVB=0.00375833;RO=6;SAF=44;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032832;STB=0.501742;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000752943;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:74:74:6:6:68:68:0.918919:24:44:4:2:24:44:4:2 chr7 135613262 . G A 300.12 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00390763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.995;QD=34.299;RBI=0.00646382;REFB=-0.00973571;REVB=-0.00514892;RO=9;SAF=2;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29553;STB=0.666507;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00278349;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:35:9:9:25:26:0.742857:23:2:3:6:24:2:3:6 chr7 136701563 . G A,C 638.09 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698125,0.0307697;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.1639,299.763;QD=60.7709;RBI=0.072945,0.0326318;REFB=0,0;REVB=-0.0211469,0.0108655;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.157909,-0.000330303;OID=.,.;OPOS=136701563,136701563;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:2,26:0,14:0:0:2,26:0,14:0:0 chr7 136703707 . C T 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.685;QD=62.6138;RBI=0.00943846;REFB=0;REVB=-0.00884375;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63024e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr7 137075847 . T A 855.11 PASS AF=0.833333;AO=64;DP=78;FAO=65;FDP=78;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0229076;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9017;QD=43.8518;RBI=0.0258604;REFB=-0.0818068;REVB=-0.0120002;RO=13;SAF=28;SAR=36;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670947;STB=0.534297;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0168185;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:13:13:64:65:0.833333:36:28:3:10:37:28:3:10 chr7 137600690 . C T 3356.25 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554823;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4934;QD=62.4418;RBI=0.0282188;REFB=0;REVB=-0.027668;RO=0;SAF=122;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6117e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:93:122:0:0:93:122:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00255728;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=321.479;QD=55.0346;RBI=0.0155395;REFB=0.0333163;REVB=0.0153277;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=1.11046e-05;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969231:63:63:63:65:2:42:21:2:0:6:0:42:21:0:0 chr7 137801413 . A C 34.44 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00668687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.625;QD=1.37779;RBI=0.0261692;REFB=-0.00549498;REVB=-0.0253004;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055185;STB=0.545355;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0777129;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:88:91:9:9:0.09:5:4:35:53:5:4:36:55 chr7 138305806 . T C 490.75 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402564;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.301;QD=59.4848;RBI=0.0472978;REFB=0;REVB=0.0248295;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351697;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 138312122 . A C 1462.59 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450565;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.095;QD=62.2378;RBI=0.0525146;REFB=-0.109671;REVB=0.0269758;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.505617;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000395749;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:1:93:93:0.989362:44:49:0:0:44:49:0:1 chr7 138363767 . A G 3120.03 PASS AF=0.994975;AO=181;DP=184;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00605762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.35;QD=62.7142;RBI=0.0679115;REFB=-0.159371;REVB=0.0676408;RO=2;SAF=95;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000518571;STB=0.502439;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000827327;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:184:199:2:1:181:198:0.994975:86:95:1:1:102:96:0:1 chr7 138417718 . A G 1210.17 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0561783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5804;QD=57.6273;RBI=0.057785;REFB=-0.212764;REVB=0.0135315;RO=3;SAF=34;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170727;STB=0.509023;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00454853;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:84:3:3:81:81:0.964286:47:34:2:1:47:34:2:1 chr7 138418910 . G A 354.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.473;QD=54.5649;RBI=0.0484832;REFB=0;REVB=0.0347035;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180018;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr7 138455988 . A G 273.43 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0442728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8402;QD=42.0654;RBI=0.0504843;REFB=-0.0236145;REVB=0.0242608;RO=3;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470118;STB=0.52172;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0116562;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:26:3:3:22:23:0.884615:10:12:1:2:11:12:1:2 chr7 138486096 . G C 516.31 PASS AF=0.880952;AO=34;DP=39;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0418104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.709;QD=49.1719;RBI=0.0436504;REFB=-0.0400195;REVB=0.0125397;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169093;STB=0.513506;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00619323;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:42:5:5:34:37:0.880952:18:16:2:3:18:19:2:3 chr7 138583840 . C A 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291542;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.294;QD=63.3406;RBI=0.00775039;REFB=0;REVB=0.00718114;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36657e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr7 138732457 . G A 39.95 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=80;FSRR=49;FWDB=-0.0102241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.779;QD=1.13328;RBI=0.0345239;REFB=0.00235663;REVB=-0.0329752;RO=125;SAF=9;SAR=3;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163177;STB=0.636491;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0257541;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:141:125:129:12:12:0.0851064:3:9:78:47:3:9:80:49 chr7 138740037 . G C 54.38 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00908999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6635;QD=2.13243;RBI=0.0190513;REFB=-0.00183158;REVB=-0.0167429;RO=90;SAF=10;SAR=2;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458496;STB=0.832778;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0116263;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:90:90:12:12:0.117647:2:10:41:49:2:10:41:49 chr7 139138870 . GT G,GG 256.79 PASS AF=0.487179,0.128205;AO=17,8;DP=40;FAO=19,5;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11,3;FSAR=8,2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0110031,0.00702073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.441,224.509;QD=26.3374;RBI=0.0189858,0.0131885;REFB=-0.0205103,-0.0161747;REVB=0.0154724,0.0111645;RO=14;SAF=9,5;SAR=8,3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0338267,0.0583904;STB=0.509544,0.5;STBP=0.934,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00793724,0.0368533;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179,0.128205:17,8:40:19,5:39:15:11,3:8,2:9:6:99:14:9,5:8,3:8:6 chr7 139138950 . C G 404.8 PASS AF=0.75;AO=31;DP=42;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0491198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6175;QD=36.8003;RBI=0.0509205;REFB=-0.074069;REVB=-0.0134217;RO=11;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917395;STB=0.554421;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0178666;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:42:44:11:11:31:33:0.75:22:9:5:6:24:9:5:6 chr7 139252780 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.734;QD=57.2375;RBI=0.0714524;REFB=0;REVB=0.0665039;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346577;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 139415775 . G C 1402.09 PASS AF=0.859504;AO=104;DP=122;FAO=104;FDP=121;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0123958;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2462;QD=46.3501;RBI=0.0124374;REFB=0.00404623;REVB=-0.00101659;RO=16;SAF=47;SAR=57;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515522;STB=0.530896;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000901737;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:122:121:16:17:104:104:0.859504:57:47:4:12:57:47:4:13 chr7 139415943 . G A 1185.1 PASS AF=0.865385;AO=90;DP=104;FAO=90;FDP=104;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00397551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.76;QD=45.5809;RBI=0.004093;REFB=-0.025853;REVB=0.00097361;RO=14;SAF=44;SAR=46;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698229;STB=0.537037;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00330472;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:104:104:14:14:90:90:0.865385:46:44:3:11:46:44:3:11 chr7 139653196 . A C 1122.11 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00567524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4128;QD=59.0586;RBI=0.0117403;REFB=-0.110851;REVB=-0.0102774;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000787573;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:42:33:0:0:42:33:1:0 chr7 139724358 . G A 63.76 PASS AF=0.108844;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=-0.00568737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3925;QD=1.73503;RBI=0.0126381;REFB=-0.00850797;REVB=0.0112861;RO=131;SAF=9;SAR=7;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294309;STB=0.502158;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0690913;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:147:147:131:131:16:16:0.108844:7:9:74:57:7:9:74:57 chr7 139784641 . A G 1571.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.352;QD=62.8504;RBI=0.0245724;REFB=0;REVB=0.018108;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010991;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:45:52:0:0:45:55:0:0 chr7 139797431 . G T 365.13 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00760721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.095;QD=52.1619;RBI=0.016963;REFB=-0.00656952;REVB=0.0151615;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000348853;OID=.;OPOS=139797431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:14:12:0:1:14:13:0:1 chr7 139801777 . T G 1261.52 PASS AF=0.896907;AO=87;DP=97;FAO=87;FDP=97;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0998947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.933;QD=52.0215;RBI=0.0999923;REFB=-0.00511727;REVB=-0.00441756;RO=10;SAF=46;SAR=41;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139205;STB=0.507376;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000576828;OID=.;OPOS=139801777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:10:10:87:87:0.896907:41:46:6:4:41:46:6:4 chr7 140080087 . C G 1415.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6211;QD=62.906;RBI=0.0281039;REFB=0;REVB=0.0280447;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015131;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:44:46:0:0 chr7 140258000 . T C 858.28 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600972;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.449;QD=58.1883;RBI=0.00679104;REFB=0;REVB=-0.00316251;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138616;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr7 140301731 . G T 696.73 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00475003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.868;QD=52.5835;RBI=0.00680566;REFB=-0.0358855;REVB=0.00487383;RO=1;SAF=41;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044767;STB=0.545436;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=2.55213e-06;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:10:41:0:1:10:41:0:2 chr7 140774467 . C G 222.37 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1399;QD=49.4146;RBI=0.06873;REFB=0;REVB=0.0603108;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980426;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 141137460 . C T 35.16 PASS AF=0.0934579;AO=7;DP=104;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.00519957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.203;QD=1.31424;RBI=0.0181459;REFB=-0.0041973;REVB=-0.017385;RO=94;SAF=2;SAR=5;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216769;STB=0.771086;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0602147;OID=.;OPOS=141137460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:104:107:94:97:7:10:0.0934579:5:2:46:48:8:2:47:50 chr7 141364712 . G A 34.23 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0158886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1122;QD=1.35546;RBI=0.0518817;REFB=-0.00238652;REVB=0.0493889;RO=88;SAF=6;SAR=3;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143298;STB=0.625565;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0454238;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:101:88:92:9:9:0.0891089:3:6:48:40:3:6:49:43 chr7 141420768 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.728;QD=57.8848;RBI=0.0244038;REFB=0;REVB=0.0170111;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98684e-05;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr7 141427233 . G T 415.55 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000673397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.901;QD=36.1344;RBI=0.0343046;REFB=-0.0337023;REVB=0.0342979;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129348;STB=0.510746;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00972291;OID=.;OPOS=141427233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:13:32:33:0.717391:18:14:6:7:19:14:6:7 chr7 141429371 . T G 1073.28 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=82;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0320514;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.33;QD=53.0016;RBI=0.0330529;REFB=-0.0656853;REVB=0.00807485;RO=6;SAF=51;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213937;STB=0.501134;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00410447;OID=.;OPOS=141429371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:81:6:6:75:75:0.925926:24:51:4:2:24:51:4:2 chr7 141478297 . G C 410.32 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00938587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.79;QD=40.0307;RBI=0.0107134;REFB=-0.0106057;REVB=0.0051655;RO=8;SAF=16;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00207443;OID=.;OPOS=141478297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:8:9:32:32:0.780488:16:16:4:4:16:16:5:4 chr7 141478574 . G C 563.21 PASS AF=0.810345;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00146934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5186;QD=38.8422;RBI=0.0289215;REFB=-0.0140022;REVB=0.0288842;RO=11;SAF=24;SAR=22;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743277;STB=0.537364;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00398554;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:11:11:46:47:0.810345:22:24:8:3:22:25:8:3 chr7 141478800 . G A 1178.0 PASS AF=0.857143;AO=90;DP=105;FAO=90;FDP=105;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00647377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.636;QD=44.876;RBI=0.0317489;REFB=-0.0575593;REVB=-0.0310818;RO=15;SAF=42;SAR=48;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180395;STB=0.509576;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00967232;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:15:15:90:90:0.857143:48:42:6:9:48:42:6:9 chr7 141490238 . G T 836.69 PASS AF=0.822785;AO=63;DP=77;FAO=65;FDP=79;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00447979;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.415;QD=42.3639;RBI=0.0557389;REFB=-0.0355861;REVB=0.0555585;RO=13;SAF=37;SAR=26;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412307;STB=0.528188;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00431073;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:77:79:13:14:63:65:0.822785:26:37:6:7:27:38:6:8 chr7 141501943 . G C 605.42 PASS AF=0.877551;AO=39;DP=45;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.151882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8525;QD=49.4218;RBI=0.156429;REFB=-0.0888259;REVB=0.0374435;RO=6;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474581;STB=0.529635;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.016469;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:45:49:6:6:39:43:0.877551:26:13:1:5:26:17:1:5 chr7 141537735 . T G 1418.66 PASS AF=0.889831;AO=102;DP=115;FAO=105;FDP=118;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00394024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3451;QD=48.0902;RBI=0.0042592;REFB=-0.0428887;REVB=0.00161719;RO=13;SAF=41;SAR=61;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383239;STB=0.520507;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0047097;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:115:118:13:13:102:105:0.889831:61:41:3:10:62:43:3:10 chr7 141619035 . G A 1409.51 PASS AF=0.846774;AO=105;DP=124;FAO=105;FDP=124;FR=.;FRO=19;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000597744;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.19;QD=45.4681;RBI=0.0162488;REFB=-0.0140217;REVB=0.0162378;RO=18;SAF=53;SAR=52;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131371;STB=0.503303;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00177571;OID=.;OPOS=141619035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:18:19:105:105:0.846774:52:53:9:9:52:53:10:9 chr7 141619152 . G A 1943.59 PASS AF=0.833333;AO=145;DP=175;FAO=145;FDP=174;FR=.;FRO=29;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0355971;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.018;QD=44.6802;RBI=0.0409911;REFB=-0.00180962;REVB=0.0203252;RO=29;SAF=71;SAR=74;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867541;STB=0.504598;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.000317744;OID=.;OPOS=141619152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:29:29:145:145:0.833333:74:71:15:14:74:71:15:14 chr7 141672604 . T C 495.54 PASS AF=0.883721;AO=16;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.209057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8883;QD=46.0964;RBI=0.211828;REFB=-0.317526;REVB=0.034146;RO=5;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375932;STB=0.524702;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0481544;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:43:43:5:5:16:38:0.883721:15:1:2:3:15:23:2:3 chr7 141673074 . T C 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0383277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3363;QD=36.4501;RBI=0.0433668;REFB=0.00428316;REVB=0.0202896;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118981;STB=0.56514;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00271071;OID=.;OPOS=141673074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:0:3:10:6:0:3 chr7 141673345 . C G 391.63 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0926133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5334;QD=50.5334;RBI=0.0967587;REFB=0.0179337;REVB=-0.0280185;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.531229;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000244152;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:2:0:14:15:2:0 chr7 141747658 . A G 1158.69 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6109;QD=60.1918;RBI=0.0230025;REFB=0;REVB=-0.00883069;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6012e-05;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:40:35:0:0:42:35:0:0 chr7 141796131 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.358;QD=57.2375;RBI=0.0168953;REFB=0;REVB=-0.0104172;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28793e-06;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr7 141838362 . C G 1054.7 PASS AF=0.807692;AO=83;DP=105;FAO=84;FDP=104;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0117595;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.47;QD=40.5656;RBI=0.0202194;REFB=-0.0254212;REVB=0.016448;RO=17;SAF=36;SAR=47;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873635;STB=0.55951;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00600352;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:17:20:83:84:0.807692:47:36:12:5:47:37:15:5 chr7 141857846 . A G 2386.49 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.739;QD=60.4175;RBI=0.0362351;REFB=-0.0326991;REVB=-0.00475016;RO=1;SAF=93;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737562;STB=0.503875;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-6.79085e-06;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:64:93:0:1:64:93:0:1 chr7 141872523 . T A 1151.98 PASS AF=0.89011;AO=80;DP=90;FAO=81;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=7.1416e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.486;QD=50.6365;RBI=0.00249598;REFB=-0.0142072;REVB=0.00249495;RO=8;SAF=44;SAR=36;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013012;STB=0.504949;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00119683;OID=.;OPOS=141872523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:91:8:10:80:81:0.89011:36:44:5:3:36:45:6:4 chr7 141896059 . A G 74.44 PASS AF=0.135593;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00740101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.507;QD=2.52325;RBI=0.0262627;REFB=-0.00259524;REVB=-0.0251983;RO=101;SAF=5;SAR=11;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265542;STB=0.679944;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0307968;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:117:118:101:102:16:16:0.135593:11:5:53:48:11:5:53:49 chr7 141898522 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.248;QD=59.0183;RBI=0.037755;REFB=0;REVB=0.0141027;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001038;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr7 142001030 . A G 1517.39 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293252;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.973;QD=63.8901;RBI=0.048576;REFB=0;REVB=0.0387254;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03129e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:94:95:1:52:42:0:0:53:42:0:0 chr7 142013384 . GA AA,CA,CG 1347.83 PASS AF=0.0449438,0.955056,0;AO=6,82,4;DP=92;FAO=4,85,0;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=4,52,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019535,0.0163513,0.0979222;FXX=0.0430061;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=61.6804,98.0714,16.5703;QD=60.5766;RBI=0.0332913,0.0264845,0.0998516;REFB=0,0,0;REVB=0.0269573,0.0208342,-0.0195338;RO=0;SAF=6,50,2;SAR=0,32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.215192,-0.000979041,0;OID=.,.,.;OPOS=142013384,142013384,142013384;OREF=G,G,GA;OALT=A,C,CG;OMAPALT=AA,CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:92:89:0:0:6,82,4:4,85,0:0.0449438,0.955056,0:0,32,2:6,50,2:0:0:0,33,0:4,52,0:0:0 chr7 142028355 . A G 46.61 PASS AF=0.0869565;AO=14;DP=161;FAO=14;FDP=161;FR=.;FRO=147;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=-0.00960108;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.164;QD=1.15805;RBI=0.00965132;REFB=-0.000364854;REVB=0.000983454;RO=145;SAF=2;SAR=12;SRF=81;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472488;STB=0.864075;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00242683;OID=.;OPOS=142028355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:161:161:145:147:14:14:0.0869565:12:2:81:64:12:2:81:66 chr7 142028388 . A T 35.7 PASS AF=0.0754717;AO=12;DP=159;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=-0.0183187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.673;QD=0.898078;RBI=0.0203173;REFB=8.29762e-05;REVB=-0.00878723;RO=147;SAF=2;SAR=10;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39635;STB=0.831025;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00592892;OID=.;OPOS=142028388;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:159:159:147:147:12:12:0.0754717:10:2:77:70:10:2:77:70 chr7 142045848 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.41;QD=56.9376;RBI=0.0290017;REFB=0;REVB=0.0278531;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09902e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr7 142045924 . A G 303.6 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.963;QD=52.8007;RBI=0.0950615;REFB=0;REVB=0.0299125;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229428;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr7 142099484 . G C 134.99 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.160522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6539;QD=5.19176;RBI=0.171083;REFB=-0.0295626;REVB=0.0591769;RO=65;SAF=19;SAR=4;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404631;STB=0.697429;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.104303;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:81:23:23:0.221154:4:19:35:30:4:19:51:30 chr7 142099512 . T G 71.21 PASS AF=0.128;AO=16;DP=122;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=70;FSRR=39;FWDB=-0.0181997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.408;QD=2.27861;RBI=0.0211957;REFB=-0.00345503;REVB=-0.0108641;RO=106;SAF=12;SAR=4;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16861;STB=0.611226;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0204934;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:122:125:106:109:16:16:0.128:4:12:67:39:4:12:70:39 chr7 142099537 . G T 39.43 PASS AF=0.088;AO=12;DP=122;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=74;FSRR=40;FWDB=-0.0391978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.797;QD=1.26179;RBI=0.050046;REFB=-0.0032465;REVB=0.0311149;RO=110;SAF=10;SAR=2;SRF=70;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279477;STB=0.694454;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0514835;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:125:110:114:12:11:0.088:2:10:70:40:2:9:74:40 chr7 142099541 . T C 44.18 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=41;FWDB=-0.0291854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.885;QD=1.40259;RBI=0.0292839;REFB=-0.00278432;REVB=-0.00240032;RO=114;SAF=10;SAR=2;SRF=73;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27312;STB=0.721056;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0307675;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:126:114:114:12:12:0.0952381:2:10:73:41:2:10:73:41 chr7 142099548 . A G 32.63 PASS AF=0.0793651;AO=10;DP=126;FAO=10;FDP=126;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=43;FWDB=-0.010292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.351;QD=1.0358;RBI=0.0103659;REFB=-0.0016192;REVB=-0.00123545;RO=116;SAF=8;SAR=2;SRF=73;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219878;STB=0.689235;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.024308;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:126:116:116:10:10:0.0793651:2:8:73:43:2:8:73:43 chr7 142119831 . G A 784.35 PASS AF=0.893939;AO=59;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0220888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.781;QD=47.5363;RBI=0.0435946;REFB=-0.0977957;REVB=0.0375842;RO=6;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685102;STB=0.529219;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00808793;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:6:7:59:59:0.893939:26:33:1:5:26:33:2:5 chr7 142124170 . C T 1138.8 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446997;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.982;QD=60.7361;RBI=0.00668484;REFB=0;REVB=0.00497057;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78654e-05;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr7 142124424 . T G 1917.53 PASS AF=0.886792;AO=138;DP=156;FAO=141;FDP=159;FR=.;FRO=18;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.005104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.578;QD=48.2398;RBI=0.0168809;REFB=-0.00657099;REVB=0.0160908;RO=18;SAF=71;SAR=67;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897266;STB=0.505088;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000788331;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:156:159:18:18:138:141:0.886792:67:71:10:8:69:72:10:8 chr7 142124492 . C T 139.88 PASS AF=0.213592;AO=21;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00311855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.19;QD=5.43208;RBI=0.0292026;REFB=-0.00151701;REVB=0.0290356;RO=81;SAF=13;SAR=8;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144046;STB=0.567169;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00366476;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:81:21:22:0.213592:8:13:41:40:9:13:41:40 chr7 142124496 . A AG 64.26 PASS AF=0.20202;AO=18;DP=105;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0621799;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5612;QD=2.59647;RBI=0.0643407;REFB=0.0185503;REVB=-0.0165342;RO=83;SAF=12;SAR=6;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206981;STB=0.575434;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=-0.0900938;OID=.;OPOS=142124497;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20202:18:105:20:99:79:12:8:40:39:64:83:12:6:42:41 chr7 142124539 . C T 174.32 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.000197222;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8455;QD=7.92354;RBI=0.0124169;REFB=-0.0230441;REVB=-0.0124153;RO=61;SAF=14;SAR=10;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129874;STB=0.583264;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.049332;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:64:24:24:0.272727:10:14:29:32:10:14:30:34 chr7 142131832 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00478246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.717;QD=2.28046;RBI=0.019714;REFB=0.000687973;REVB=0.0191251;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193751;STB=0.649496;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00682098;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:4:2:24:24:4:2:24:24 chr7 142131836 . C G 30.8 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0258557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.221;QD=2.28141;RBI=0.0312177;REFB=-0.00108529;REVB=-0.0174938;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171164;STB=0.632461;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00472218;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:4:2:23:25:4:2:23:25 chr7 142139348 . C T 1934.83 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148296;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.833;QD=59.9948;RBI=0.0170535;REFB=-0.0260831;REVB=-0.00842054;RO=2;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118768;STB=0.506172;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000211815;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:2:2:126:127:0.984496:79:47:0:2:80:47:0:2 chr7 142139783 . C A 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943243;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.502;QD=63.2999;RBI=0.0185171;REFB=0;REVB=0.0159346;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21995e-05;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr7 142143804 . A C 1883.19 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225608;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.973;QD=60.748;RBI=0.0230659;REFB=0.0977476;REVB=0.00480046;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840822;STB=0.504424;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-3.81857e-05;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:123:123:0.991935:56:67:0:1:56:67:0:1 chr7 142144022 . T C 46.27 PASS AF=0.120879;AO=10;DP=90;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.022268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.066;QD=2.03393;RBI=0.0231538;REFB=-0.000946108;REVB=-0.00634294;RO=78;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228609;STB=0.695286;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0274295;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:90:91:78:80:10:11:0.120879:3:7:40:38:3:8:41:39 chr7 142149160 . T G 1987.44 PASS AF=0.888889;AO=144;DP=162;FAO=144;FDP=162;FR=.;FRO=18;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00647082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.523;QD=49.0727;RBI=0.00717752;REFB=-0.0131341;REVB=0.0031057;RO=18;SAF=67;SAR=77;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016161;STB=0.508538;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00227886;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:162:162:18:18:144:144:0.888889:77:67:7:11:77:67:7:11 chr7 142149349 . A C 1356.31 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.487;QD=62.3593;RBI=0.0385115;REFB=0;REVB=-0.00265156;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28083e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr7 142162001 . A C 2846.4 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.153;QD=62.9039;RBI=0.0126133;REFB=0;REVB=0.012449;RO=0;SAF=79;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3418e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:102:79:0:0:102:79:0:0 chr7 142162050 . A G 37.39 PASS AF=0.0684932;AO=15;DP=219;FAO=15;FDP=219;FR=.;FRO=204;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=91;FSRR=113;FWDB=-0.00418831;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.563;QD=0.682991;RBI=0.0108964;REFB=-0.000645684;REVB=-0.0100593;RO=204;SAF=7;SAR=8;SRF=91;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022518;STB=0.519288;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00687453;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:219:219:204:204:15:15:0.0684932:8:7:91:113:8:7:91:113 chr7 142162148 . C T 2059.12 PASS AF=0.91875;AO=146;DP=160;FAO=147;FDP=160;FR=.;FRO=13;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0116325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.638;QD=51.4779;RBI=0.0193206;REFB=-0.00423463;REVB=-0.0154262;RO=13;SAF=71;SAR=75;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.51076;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000249079;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:160:160:13:13:146:147:0.91875:75:71:8:5:76:71:8:5 chr7 142162306 . A G 643.83 PASS AF=0.80303;AO=52;DP=65;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00558006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.437;QD=39.0198;RBI=0.0146148;REFB=-0.01211;REVB=0.0135076;RO=12;SAF=23;SAR=29;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107695;STB=0.551071;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00274856;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:66:12:13:52:53:0.80303:29:23:9:3:30:23:9:4 chr7 142168429 . A G 1427.74 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331135;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.862;QD=63.455;RBI=0.0338709;REFB=0;REVB=0.00712312;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385718;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr7 142168452 . C A 1638.07 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.544;QD=59.566;RBI=0.0121764;REFB=0;REVB=0.00173717;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119051;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:58:50:0:0:60:50:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1253.01 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469774;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.638;QD=61.8772;RBI=0.0302026;REFB=0;REVB=0.029835;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.60993e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr7 142168819 . G A 466.07 PASS AF=0.782609;AO=35;DP=44;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0145186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.658;QD=40.5275;RBI=0.0930745;REFB=-0.0466001;REVB=0.0919352;RO=9;SAF=22;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155261;STB=0.514504;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0102108;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:44:46:9:10:35:36:0.782609:13:22:6:3:13:23:7:3 chr7 142168856 . C G 573.3 PASS AF=0.909091;AO=38;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0546642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5061;QD=52.1185;RBI=0.0563094;REFB=0.0229804;REVB=-0.0135121;RO=4;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313756;STB=0.514279;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0119803;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:44:4:4:38:40:0.909091:16:22:3:1:16:24:3:1 chr7 142176378 . A G 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.724;QD=59.4969;RBI=0.0338269;REFB=0;REVB=0.033056;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53904e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr7 142180646 . AG CT 81.36 PASS AF=0.102679;AO=23;DP=223;FAO=23;FDP=224;FR=.;FRO=201;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=125;FSRR=76;FWDB=-0.0170184;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.297;QD=1.45278;RBI=0.0431211;REFB=0.000407322;REVB=-0.0396208;RO=192;SAF=21;SAR=2;SRF=124;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42752;STB=0.848338;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.00413878;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:223:224:192:201:23:23:0.102679:2:21:124:68:2:21:125:76 chr7 142180704 . G T 533.0 PASS AF=0.268551;AO=76;DP=283;FAO=76;FDP=283;FR=.;FRO=207;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=96;FSRR=111;FWDB=-0.0103204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.548;QD=7.53355;RBI=0.0178221;REFB=-0.00232152;REVB=-0.0145299;RO=207;SAF=35;SAR=41;SRF=96;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404224;STB=0.502385;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00512159;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:207:207:76:76:0.268551:41:35:96:111:41:35:96:111 chr7 142180737 . T A 607.47 PASS AF=0.307985;AO=81;DP=263;FAO=81;FDP=263;FR=.;FRO=182;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=90;FSRR=92;FWDB=0.0042542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.558;QD=9.23914;RBI=0.0159744;REFB=-0.00240979;REVB=-0.0153976;RO=181;SAF=38;SAR=43;SRF=90;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335977;STB=0.517581;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0217386;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:181:182:81:81:0.307985:43:38:90:91:43:38:90:92 chr7 142180770 . T C 495.14 PASS AF=0.299107;AO=66;DP=224;FAO=67;FDP=224;FR=.;FRO=157;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.00352834;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.686;QD=8.8418;RBI=0.00638833;REFB=-0.00025693;REVB=-0.00532555;RO=156;SAF=28;SAR=38;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688693;STB=0.536207;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000764651;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:156:157:66:67:0.299107:38:28:75:81:38:29:76:81 chr7 142180876 . CA TG 31.98 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00828789;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.174;QD=1.48764;RBI=0.0207325;REFB=-0.000277321;REVB=-0.0190038;RO=78;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171288;STB=0.635501;STBP=0.471;TYPE=mnp;VARB=0.00184769;OID=.;OPOS=142180876;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:86:78:78:8:8:0.0930233:3:5:37:41:3:5:37:41 chr7 142231701 . G T 1143.34 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0516463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.449;QD=53.8044;RBI=0.0516607;REFB=-0.0103556;REVB=-0.00122007;RO=6;SAF=50;SAR=29;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189561;STB=0.510039;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000623832;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:29:50:3:3:29:50:3:3 chr7 142247134 . T C 834.36 PASS AF=0.863014;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=73;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00129658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.598;QD=45.7181;RBI=0.0408707;REFB=-0.0107192;REVB=0.0408501;RO=9;SAF=40;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475438;STB=0.534059;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00085263;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:72:73:9:10:63:63:0.863014:23:40:4:5:23:40:4:6 chr7 142247347 . AT CC 68.85 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0123357;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.97;QD=5.62033;RBI=0.0529192;REFB=0.0038498;REVB=-0.0514614;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349883;STB=0.716505;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=-0.0133479;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:49:37:39:10:10:0.204082:8:2:17:20:8:2:17:22 chr7 142247380 . T A 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00336036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.068;QD=3.93885;RBI=0.00468373;REFB=-0.00154163;REVB=-0.00326271;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11596;STB=0.581152;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00341141;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:13:22:5:2:13:22 chr7 142250938 . T G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.624;QD=62.3146;RBI=0.0352335;REFB=0;REVB=0.0195895;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114273;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr7 142250988 . G A 1153.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.707;QD=60.7021;RBI=0.016624;REFB=0;REVB=-0.0109046;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19845e-06;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr7 142251132 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.063;QD=61.3364;RBI=0.0431352;REFB=0;REVB=0.0185258;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148765;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr7 142326607 . C T 2038.45 PASS AF=0.964029;AO=130;DP=136;FAO=134;FDP=139;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000115593;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.973;QD=58.6604;RBI=0.0204275;REFB=-0.0438849;REVB=0.0204272;RO=6;SAF=65;SAR=65;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503865;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0017693;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:139:6:5:130:134:0.964029:65:65:3:3:68:66:3:2 chr7 142326909 . C G 738.07 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1946;QD=56.7749;RBI=0.0496892;REFB=0;REVB=0.0486675;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311665;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr7 142334648 . A T 1267.88 PASS AF=0.934783;AO=85;DP=92;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00715537;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.055;QD=55.1254;RBI=0.0379643;REFB=0.0387429;REVB=-0.0372839;RO=6;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043722;STB=0.522481;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000920874;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:92:6:6:85:86:0.934783:41:44:1:5:42:44:1:5 chr7 142334744 . C A 44.53 PASS AF=0.096;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=125;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.00439942;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.929;QD=1.42506;RBI=0.0122803;REFB=-0.00236362;REVB=-0.0114652;RO=114;SAF=5;SAR=7;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468585;STB=0.531833;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0284403;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:125:114:113:12:12:0.096:7:5:52:62:7:5:51:62 chr7 142374072 . C A 31.36 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00274697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.487;QD=1.42546;RBI=0.0481435;REFB=0.00717894;REVB=0.048065;RO=80;SAF=4;SAR=4;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284096;STB=0.522671;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0646311;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:4:4:42:38:4:4:42:38 chr7 142374083 . A G 37.7 PASS AF=0.1;AO=8;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00844781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.022;QD=1.67563;RBI=0.0317107;REFB=-0.00603163;REVB=0.0305647;RO=81;SAF=4;SAR=4;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350028;STB=0.577225;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0243571;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:90:90:81:81:8:9:0.1:4:4:43:38:5:4:43:38 chr7 142378633 . G A 815.12 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00665164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2029;QD=52.5883;RBI=0.0230436;REFB=-0.0387465;REVB=0.0220627;RO=3;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367247;STB=0.518981;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00110224;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:58:59:0.951613:37:21:0:3:38:21:0:3 chr7 142378831 . C G 834.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.128;QD=57.5333;RBI=0.0577803;REFB=0;REVB=0.0567364;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013912;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr7 142423562 . C T 1549.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2693;QD=63.8827;RBI=0.00811363;REFB=0;REVB=-0.00738426;RO=0;SAF=31;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8742e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:66:31:0:0:66:31:0:0 chr7 142458451 . A T 111.5 PASS AF=0.127451;AO=25;DP=203;FAO=26;FDP=204;FR=.;FRO=178;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=99;FSRR=79;FWDB=0.00628264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.207;QD=2.18622;RBI=0.00719289;REFB=3.61406e-05;REVB=0.0035023;RO=175;SAF=15;SAR=10;SRF=96;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657126;STB=0.553183;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-2.30296e-05;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:175:178:25:26:0.127451:10:15:96:79:10:16:99:79 chr7 142458697 . T A 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0062694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.873;QD=2.65308;RBI=0.0273665;REFB=-0.0075027;REVB=-0.0266387;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175059;STB=0.625976;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0395267;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:6:3:28:31:6:3:28:31 chr7 142458700 . G T 44.61 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00928686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.702;QD=2.58588;RBI=0.0198326;REFB=-0.00318524;REVB=-0.0175238;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146283;STB=0.605819;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0187687;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:27:33:6:3:27:33 chr7 142458737 . C G 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0051564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.33;QD=2.45997;RBI=0.016087;REFB=0.00280035;REVB=-0.0152382;RO=61;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270547;STB=0.694567;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0485497;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:71:61:62:9:9:0.126761:7:2:26:35:7:2:26:36 chr7 142458829 . A G 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00789846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.629;QD=2.23569;RBI=0.0120332;REFB=-0.00425599;REVB=-0.00907818;RO=87;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218644;STB=0.66073;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0275357;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:9:3:36:51:9:3:36:51 chr7 142458837 . A T 55.62 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0150319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.135;QD=2.27017;RBI=0.0163596;REFB=-0.00263762;REVB=0.00645594;RO=85;SAF=3;SAR=9;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243428;STB=0.673849;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.031193;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:98:85:86:12:12:0.122449:9:3:37:48:9:3:37:49 chr7 142458841 . AT A 55.46 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.000204827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.329;QD=2.2869;RBI=0.0162549;REFB=-0.00107051;REVB=-0.0162536;RO=90;SAF=3;SAR=9;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26346;STB=0.686821;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.0169529;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123711:12:103:12:97:85:3:9:38:47:55:90:3:9:41:49 chr7 142458967 . A T 57.26 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.045328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.995;QD=3.18137;RBI=0.062376;REFB=-0.00577204;REVB=-0.0428502;RO=59;SAF=2;SAR=9;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452223;STB=0.817604;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0199413;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:59:61:11:11:0.152778:9:2:32:27:9:2:34:27 chr7 142458972 . T C 51.61 PASS AF=0.144928;AO=9;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0786617;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9137;QD=2.9921;RBI=0.080511;REFB=-0.0179639;REVB=0.017157;RO=44;SAF=1;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500752;STB=0.896558;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149155;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:69:69:44:59:9:10:0.144928:8:1:21:23:9:1:33:26 chr7 142458987 . C G 52.43 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0210935;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.228;QD=3.08412;RBI=0.0408617;REFB=-0.0122856;REVB=-0.0349964;RO=57;SAF=1;SAR=9;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548211;STB=0.882095;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0423184;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:57:58:10:10:0.147059:9:1:30:27:9:1:30:28 chr7 142460335 . A G 200.09 PASS AF=0.180905;AO=35;DP=198;FAO=36;FDP=199;FR=.;FRO=163;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=0.0185781;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5022;QD=4.02197;RBI=0.0225254;REFB=-2.96048e-05;REVB=0.0127375;RO=163;SAF=22;SAR=13;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101317;STB=0.57379;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00119295;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:163:163:35:36:0.180905:13:22:90:73:13:23:90:73 chr7 142460369 . G A 135.31 PASS AF=0.150538;AO=28;DP=186;FAO=28;FDP=186;FR=.;FRO=158;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.00648506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.871;QD=2.90979;RBI=0.00661203;REFB=-0.000233593;REVB=-0.00128957;RO=157;SAF=18;SAR=10;SRF=87;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117189;STB=0.58128;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00187899;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:157:158:28:28:0.150538:10:18:87:70:10:18:87:71 chr7 142460394 . T C 98.49 PASS AF=0.127778;AO=23;DP=180;FAO=23;FDP=180;FR=.;FRO=157;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=73;FWDB=0.0478266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2466;QD=2.1887;RBI=0.0528689;REFB=0.00308607;REVB=-0.0225331;RO=156;SAF=15;SAR=8;SRF=84;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146531;STB=0.605288;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0238214;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:180:180:156:157:23:23:0.127778:8:15:84:72:8:15:84:73 chr7 142479915 . T C 841.06 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=57.0212;RBI=0.0566603;REFB=0;REVB=-0.0156791;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223829;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:37:17:0:0:38:21:0:0 chr7 142479954 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.575;QD=59.9958;RBI=0.0099677;REFB=0;REVB=-0.00559527;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08312e-06;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr7 142480002 . C A 1938.2 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155353;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.798;QD=61.0456;RBI=0.0235991;REFB=-0.0795074;REVB=0.0177644;RO=1;SAF=57;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826332;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000152631;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:69:57:1:0:69:57:1:0 chr7 142480067 . C T 1157.64 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.93;QD=59.366;RBI=0.0179522;REFB=-0.145162;REVB=0.000698561;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000805341;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:0:1:35:42:0:1 chr7 142498735 . A C 87.36 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00846059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.241;QD=5.8239;RBI=0.0112299;REFB=-0.000593701;REVB=0.00738438;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349945;STB=0.715623;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00318561;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:60:60:46:46:14:14:0.233333:9:5:30:16:9:5:30:16 chr7 142498738 . C G 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0121808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.783;QD=6.24821;RBI=0.0309796;REFB=0.00419662;REVB=0.0284844;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340626;STB=0.709696;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00933843;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:9:5:29:16:9:5:29:16 chr7 142498833 . A T 421.48 PASS AF=0.441441;AO=44;DP=106;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0994395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0574;QD=15.1886;RBI=0.102212;REFB=-0.023168;REVB=0.0236466;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228826;STB=0.599523;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0206354;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:58:62:44:49:0.441441:26:18:37:21:27:22:39:23 chr7 142498837 . C T 439.67 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.018975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.445;QD=15.844;RBI=0.0346668;REFB=0.005902;REVB=0.0290127;RO=62;SAF=22;SAR=27;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162479;STB=0.590773;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00573048;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:27:22:38:24:27:22:38:24 chr7 142498897 . A G 531.14 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00394917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.959;QD=16.7286;RBI=0.00650908;REFB=-0.0157491;REVB=-0.00517418;RO=69;SAF=23;SAR=34;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159317;STB=0.592663;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0213625;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:70:57:57:0.448819:34:23:39:30:34:23:40:30 chr7 142499071 . T C 396.11 PASS AF=0.432692;AO=43;DP=101;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0765712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.066;QD=15.235;RBI=0.0775434;REFB=-0.0108853;REVB=-0.0122405;RO=57;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387858;STB=0.533582;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0199145;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:57:59:43:45:0.432692:25:18:26:31:27:18:27:32 chr7 142499836 . T C 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00501879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4423;QD=2.2376;RBI=0.00948209;REFB=0.00615585;REVB=-0.00804499;RO=66;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193023;STB=0.63924;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0459459;OID=.;OPOS=142499836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:5:4:40:26:5:4:40:26 chr7 142499854 . T C 45.61 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0681892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1395;QD=2.72324;RBI=0.0717639;REFB=-0.000951092;REVB=-0.0223674;RO=58;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191907;STB=0.634892;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000136334;OID=.;OPOS=142499854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:5:4:35:23:5:4:35:23 chr7 142499862 . C T 47.3 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0231698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.744;QD=2.95633;RBI=0.0233773;REFB=-0.00216989;REVB=-0.00310809;RO=55;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188307;STB=0.63112;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0158761;OID=.;OPOS=142499862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:5:4:33:22:5:4:33:22 chr7 142499874 . T C 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00270337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.92;QD=3.02365;RBI=0.0214629;REFB=0.000813187;REVB=0.021292;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266432;STB=0.687056;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00660894;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:5:3:30:20:5:3:30:20 chr7 142499880 . C T 46.57 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0184213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.586;QD=3.44977;RBI=0.0473687;REFB=-0.0202669;REVB=-0.04364;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27748;STB=0.691512;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.036061;OID=.;OPOS=142499880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:28:18:5:3:28:18 chr7 142499884 . C T 31.47 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0525239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3045;QD=2.42107;RBI=0.0688953;REFB=-0.0130726;REVB=-0.0445849;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117397;STB=0.595846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0781436;OID=.;OPOS=142499884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:27:18:3:3:28:18 chr7 142562397 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAG 41.47 PASS AF=0.266667,0.0222222;AO=15,2;DP=45;FAO=12,1;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5,1;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0504437,0.0501473;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.05324,22.5203;QD=3.68602;RBI=0.0534996,0.0791676;REFB=-0.0585056,-0.0382986;REVB=-0.0178226,-0.0612598;RO=23;SAF=7,1;SAR=8,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0570906,-0.0204929;STB=0.538397,0.99047;STBP=0.799,0.271;TYPE=del,mnp;VARB=0.0447861,0.0509337;OID=.,.;OPOS=142562398,142562404;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0222222:15,2:45:12,1:45:32:5,1:7,0:15:17:38:23:7,1:8,1:12:11 chr7 142989400 . TGGGC TGGC,TGGCG,TGGGCG 185.56 PASS AF=0.65,0.35,0;AO=5,4,3;DP=21;FAO=13,7,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11,7,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.471133,0.0401775,-0.0198708;FXX=0.0475964;HRUN=3,3,0;LEN=1,2,1;MLLD=12.9507,72.171,72.846;QD=37.1117;RBI=0.630709,0.219705,0.0699161;REFB=0,0,0;REVB=0.419319,0.216,-0.0670329;RO=8;SAF=5,4,3;SAR=0,0,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.691811,0.655128,0.602514;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.143584,0.134196,0;OID=.,.,.;OPOS=142989401,142989403,142989405;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=TGGC,TGGCG,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.65,0.35,0:5,4,3:21:13,7,0:20:0:11,7,0:2,0,0:0:0:37:8:5,4,3:0,0,0:6:2 chr7 143017807 . G T 1053.99 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0105097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.075;QD=54.7525;RBI=0.013875;REFB=-0.216901;REVB=0.00905885;RO=4;SAF=52;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350062;STB=0.518514;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0011182;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:77:77:4:4:73:73:0.948052:21:52:4:0:21:52:4:0 chr7 143020649 . G A 1075.54 PASS AF=0.875;AO=74;DP=86;FAO=77;FDP=88;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0260084;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.144;QD=48.8881;RBI=0.0276156;REFB=-0.00647227;REVB=-0.0092835;RO=11;SAF=46;SAR=28;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881454;STB=0.543507;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000542642;OID=.;OPOS=143020649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:88:11:11:74:77:0.875:28:46:3:8:30:47:3:8 chr7 143020944 . G A 400.18 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.3;QD=53.3578;RBI=0.0867465;REFB=-0.0305559;REVB=0.082473;RO=1;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182766;STB=0.509797;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00169767;OID=.;OPOS=143020944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:25:4:0:1:25:4:0:1 chr7 143042837 . C T 967.78 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00845265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.839;QD=49.6297;RBI=0.0110598;REFB=-0.0239074;REVB=0.00713242;RO=8;SAF=37;SAR=33;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553384;STB=0.502938;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00364379;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:8:8:70:70:0.897436:33:37:4:4:33:37:4:4 chr7 143043267 . C T 1052.31 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4805;QD=57.6609;RBI=0.0780054;REFB=-0.0935578;REVB=0.0515229;RO=1;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936384;STB=0.504949;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0029657;OID=.;OPOS=143043267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:70:72:0.986301:50:20:0:1:50:22:0:1 chr7 143053260 . A G 458.17 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=57.2713;RBI=0.0244128;REFB=0;REVB=0.0233909;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345044;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr7 143053723 . C T 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00490639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.488;QD=41.3346;RBI=0.0381313;REFB=-0.0407011;REVB=0.0378143;RO=4;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863134;STB=0.546885;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0102138;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:10:13:1:3:10:13:1:3 chr7 143088823 . T C,G 266.61 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=18,3;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378761,-0.00545701;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.786,120.112;QD=50.7833;RBI=0.014205,0.0669468;REFB=0,0;REVB=-0.0136907,-0.066724;RO=0;SAF=6,3;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0189847,0.0439795;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:21:21:0:0:18,3:18,3:0.857143,0.142857:12,0:6,3:0:0:12,0:6,3:0:0 chr7 143088867 . T C 289.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.749;QD=52.681;RBI=0.0272584;REFB=0;REVB=-0.0190843;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71571e-06;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr7 143093538 . G A 1740.24 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132755;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6362;QD=60.53;RBI=0.0293998;REFB=0;REVB=-0.0262318;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00710524;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:66:48:0:0:67:48:0:0 chr7 143097100 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7387;QD=62.3483;RBI=0.0362637;REFB=0;REVB=-0.0251337;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40641e-05;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr7 143141475 . T C 853.85 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0524581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2734;QD=55.99;RBI=0.081409;REFB=-0.0641799;REVB=0.0622541;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00204773;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:36:24:0:0:36:24:0:1 chr7 143270172 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.888;QD=33.4254;RBI=0.150881;REFB=0;REVB=-0.0860457;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041045;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 143632618 . C T 1158.4 PASS AF=0.9;AO=81;DP=90;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.030653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.556;QD=51.4845;RBI=0.0382283;REFB=-0.00163361;REVB=0.0228428;RO=9;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512745;STB=0.527176;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000399077;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:9:9:81:81:0.9:41:40:2:7:41:40:2:7 chr7 143633297 . A G 622.96 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0425183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.115;QD=47.0157;RBI=0.0426124;REFB=-0.0284784;REVB=0.00283042;RO=5;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284639;STB=0.516038;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00149034;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:47:48:0.90566:31:16:1:4:31:17:1:4 chr7 143657358 . G T 266.69 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=121;FAO=36;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=57;FWDB=0.00357867;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.241;QD=8.96423;RBI=0.00799901;REFB=1.93295e-05;REVB=0.00715383;RO=70;SAF=10;SAR=26;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123968;STB=0.529994;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.000952516;OID=.;OPOS=143657358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:70:83:36:36:0.302521:26:10:26:44:26:10:26:57 chr7 143657801 . A G 1201.91 PASS AF=0.912088;AO=84;DP=91;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0259665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.694;QD=52.831;RBI=0.0260289;REFB=-0.0044193;REVB=0.00180161;RO=7;SAF=48;SAR=36;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55435e-08;STB=0.507041;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000266444;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:7:8:84:83:0.912088:36:48:4:3:35:48:4:4 chr7 143701884 . C T 628.08 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1996;QD=61.2764;RBI=0.0967508;REFB=0;REVB=0.0392422;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257115;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:32:41:1:22:10:0:0:26:15:0:0 chr7 143748364 . T C 1476.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103374;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.564;QD=63.5068;RBI=0.0478495;REFB=0;REVB=0.0467195;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157522;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr7 143771408 . G C 756.82 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153118;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.283;QD=57.1187;RBI=0.0391794;REFB=0;REVB=0.0360635;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227786;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr7 143771536 . G A 1159.29 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0377041;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5575;QD=59.451;RBI=0.0500066;REFB=-0.054819;REVB=0.032849;RO=1;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956196;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000345659;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:49:28:0:1:49:28:0:1 chr7 143771557 . T C 1307.05 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000451848;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.522;QD=62.2403;RBI=0.00966484;REFB=0;REVB=0.00965428;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44757e-05;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr7 143771937 . G C 997.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137695;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.061;QD=57.8087;RBI=0.0206006;REFB=0;REVB=0.0153227;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141137;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr7 143807515 . T G 368.98 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.154;QD=52.7117;RBI=0.0489209;REFB=-0.126559;REVB=0.0486595;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028394;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:1:0:27:28:1:15:12:1:0:15:13:0:0 chr7 143807518 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.624;QD=56.1916;RBI=0.00926088;REFB=0;REVB=0.00702038;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50341e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 143826603 . G C,T 789.28 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107173,-0.0112285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.493,232.596;QD=56.3775;RBI=0.0107342,0.0401478;REFB=0,0;REVB=-0.000601645,0.0385456;RO=0;SAF=2,32;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.64875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0672515,-0.00683823;OID=.,.;OPOS=143826603,143826603;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,22:2,32:0:0:0,22:2,32:0:0 chr7 143826697 . C G 362.37 PASS AF=0.754386;AO=22;DP=58;FAO=43;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0383461;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7105;QD=25.4295;RBI=0.0412116;REFB=-0.066147;REVB=-0.0150987;RO=13;SAF=2;SAR=20;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682878;STB=0.616616;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.161272;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:58:57:13:14:22:43:0.754386:20:2:13:0:20:23:14:0 chr7 143826729 . ACTT A 425.23 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397586;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.484;QD=56.6978;RBI=0.0106294;REFB=0;REVB=0.00985787;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.67864e-05;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:30:30:0:4:26:0:0:4:0:3:23:0:0 chr7 143884103 . G A 1086.69 PASS AF=0.895349;AO=75;DP=84;FAO=77;FDP=86;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0343517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.925;QD=50.5438;RBI=0.0358036;REFB=-0.0653046;REVB=0.0100927;RO=9;SAF=39;SAR=36;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152638;STB=0.506492;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00673167;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:86:9:9:75:77:0.895349:36:39:4:5:38:39:4:5 chr7 144095600 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3171;QD=39.1979;RBI=0.0680511;REFB=0;REVB=-0.0623897;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220246;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 144098992 . G A 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8273;QD=58.5957;RBI=0.0606138;REFB=0;REVB=0.0549621;RO=0;SAF=48;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321939;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:16:48:0:0:16:48:0:0 chr7 144547012 . T C 1349.39 PASS AF=0.836066;AO=101;DP=121;FAO=102;FDP=122;FR=.;FRO=20;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0015243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.602;QD=44.2422;RBI=0.00320996;REFB=0.00445957;REVB=-0.00282495;RO=20;SAF=44;SAR=57;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112951;STB=0.505248;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.000704041;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:20:20:101:102:0.836066:57:44:8:12:58:44:8:12 chr7 148113623 . ATAGTT A 410.5 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204797;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.093;QD=54.7333;RBI=0.0254616;REFB=0;REVB=-0.0151286;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000413529;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:30:30:0:14:16:0:0:4:0:12:13:0:0 chr7 148143136 . A G 2515.84 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294717;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3917;QD=60.99;RBI=0.0359082;REFB=-0.0430053;REVB=-0.0205139;RO=1;SAF=66;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715541;STB=0.503759;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000417816;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:1:1:164:164:0.993939:98:66:1:0:98:66:1:0 chr7 148481488 . G A 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0203245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.433;QD=4.70116;RBI=0.0339857;REFB=-0.01213;REVB=-0.0272387;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.555391;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0301172;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:2:5:18:10:2:5:19:10 chr7 148638572 . G A 90.52 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=133;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0437844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3326;QD=2.72245;RBI=0.0461732;REFB=0.0106159;REVB=0.014659;RO=113;SAF=11;SAR=8;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049938;STB=0.530514;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.062892;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:133:133:113:114:19:19:0.142857:8:11:61:52:8:11:62:52 chr7 148700542 . A C 285.34 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.91;QD=47.5566;RBI=0.0306047;REFB=0.0020117;REVB=0.0272282;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225693;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000200347;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:1:1:22:23:0.958333:20:2:0:1:21:2:0:1 chr7 148724945 . T C 776.67 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=67;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0149405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.197;QD=46.3681;RBI=0.0152519;REFB=-0.0141018;REVB=-0.00306601;RO=8;SAF=41;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081564;STB=0.543501;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00071785;OID=.;OPOS=148724945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:8:8:59:59:0.880597:18:41:3:5:18:41:3:5 chr7 148801091 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.112;QD=51.915;RBI=0.017212;REFB=0;REVB=0.0170812;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35734e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr7 148801658 . C T 322.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.321;QD=53.7408;RBI=0.0247906;REFB=0;REVB=0.0159836;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170222;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr7 148822810 . C T 1687.98 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.964;QD=60.2849;RBI=0.0551439;REFB=0;REVB=0.0421795;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72987e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:109:112:1:69:40:0:0:72:40:0:0 chr7 148848358 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.041;QD=58.5878;RBI=0.036473;REFB=0;REVB=0.0219325;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233768;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr7 148851213 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.834;QD=59.0186;RBI=0.0191609;REFB=0;REVB=0.00672236;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05027e-05;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr7 148937136 . C A 1041.95 PASS AF=0.948052;AO=66;DP=79;FAO=73;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.176147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.33;QD=54.127;RBI=0.17699;REFB=-0.0292895;REVB=0.0172525;RO=3;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027509;STB=0.519226;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00259508;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:77:3:4:66:73:0.948052:50:16:0:3:50:23:0:4 chr7 148979649 . G T 1263.56 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.251;QD=58.0948;RBI=0.0224457;REFB=-0.0334644;REVB=0.0141562;RO=3;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559847;STB=0.502558;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00102988;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:82:84:0.965517:48:34:1:2:50:34:1:2 chr7 148991712 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.108987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.01;QD=40.6387;RBI=0.110931;REFB=0.0187787;REVB=0.0206739;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00150738;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr7 148991853 . G A 652.18 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00133715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.125;QD=47.4312;RBI=0.0034473;REFB=-0.0317809;REVB=-0.00317741;RO=5;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170565;STB=0.509087;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00547579;OID=.;OPOS=148991853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:25:25:2:3:25:25:2:3 chr7 149112306 . A G 392.34 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00254291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=50.625;RBI=0.0131663;REFB=-0.142885;REVB=-0.0129184;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927899;STB=0.549964;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.003238;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:20:9:2:0:20:9:2:0 chr7 149152770 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000541107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=44.6898;RBI=0.0148641;REFB=0;REVB=0.0148542;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191281;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr7 149191568 . C T 64.95 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00398791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0794;QD=4.90151;RBI=0.00653376;REFB=0.00238579;REVB=0.00517558;RO=43;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185093;STB=0.623225;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0166878;OID=.;OPOS=149191568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:7:3:19:24:7:3:19:24 chr7 149243619 . C T 373.25 PASS AF=0.704545;AO=28;DP=46;FAO=31;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0405281;FXX=0.0638162;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.5247;QD=33.9314;RBI=0.0405504;REFB=-0.033211;REVB=-0.00134376;RO=12;SAF=17;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151804;STB=0.590003;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0183666;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:44:12:12:28:31:0.704545:11:17:4:8:11:20:4:8 chr7 149317062 . C T 2451.21 PASS AF=0.865;AO=173;DP=200;FAO=173;FDP=200;FR=.;FRO=27;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0233503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3488;QD=49.0242;RBI=0.0356501;REFB=-0.0135991;REVB=0.0269386;RO=27;SAF=93;SAR=80;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489139;STB=0.502586;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0021132;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:27:27:173:173:0.865:80:93:14:13:80:93:14:13 chr7 149318375 . C T 108.87 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00637158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.767;QD=24.1939;RBI=0.00822933;REFB=-0.0232655;REVB=0.00520814;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177568;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00867641;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:18:2:6:10:12:0.666667:6:4:2:0:8:4:5:1 chr7 149318409 . T C 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00874463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.826;QD=27.3823;RBI=0.00900847;REFB=-0.0112222;REVB=-0.00216428;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00484649;OID=.;OPOS=149318409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:1:2:4:6:1:2 chr7 149344105 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.308;QD=56.7065;RBI=0.0560269;REFB=0;REVB=-0.000509081;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97572e-05;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr7 149388270 . CGGGGGGGCACC CGGGGGGGCAC,CGGGGGGGCA,CGGGGGGGGCAC,GCGGGGGGCACC 902.98 PASS AF=0.0133333,0.586667,0,0.4;AO=11,13,8,7;DP=77;FAO=1,44,0,30;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44,0,0;FSAR=0,0,0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.448902,0.228915,0.0512131,0.132785;FXX=0.0506265;HRUN=3,3,1,1;LEN=1,2,3,2;MLLD=15.9211,29.2432,15.8371,21.9937;QD=48.1591;RBI=0.451137,0.230087,0.222808,0.132936;REFB=-0.0935751,-0.117875,-0.129079,0.070649;REVB=-0.0448456,-0.0231957,0.216842,-0.00634348;RO=0;SAF=11,13,8,0;SAR=0,0,0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.117701,0.00778285,0,0.00118747;OID=.,.,.,.;OPOS=149388280,149388280,149388278,149388270;OREF=C,CC,CAC,CG;OALT=-,-,GCA,GC;OMAPALT=CGGGGGGGCAC,CGGGGGGGCA,CGGGGGGGGCAC,GCGGGGGGCACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:77:75:0:0:11,13,8,7:1,44,0,30:0.0133333,0.586667,0,0.4:0,0,0,7:11,13,8,0:0:0:0,0,0,30:1,44,0,0:0:0 chr7 149426305 . G GC 643.88 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6804;QD=40.2423;RBI=0.146187;REFB=0;REVB=0.0673605;RO=6;SAF=31;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00392251;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:64:64:64:0:39:25:0:0:13:6:31:24:6:0 chr7 149427409 . T G 1897.17 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168788;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.316;QD=61.6967;RBI=0.0679127;REFB=0;REVB=-0.0657818;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59544e-05;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:67:55:0:0:67:56:0:0 chr7 149430438 . C G 846.93 PASS AF=0.853333;AO=54;DP=76;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00676471;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.713;QD=45.1693;RBI=0.00677547;REFB=-0.110705;REVB=-0.000381611;RO=4;SAF=16;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.534516;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00213299;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:76:75:4:11:54:64:0.853333:38:16:4:0:38:26:7:4 chr7 149462381 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.096;QD=43.6824;RBI=0.0381869;REFB=-0.00203238;REVB=-0.0327693;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-1.10826e-05;OID=.;OPOS=149462381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:6:14:2:0:6:14:2:0 chr7 149462523 . C G 1293.43 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.845;QD=59.4681;RBI=0.0483643;REFB=-0.016564;REVB=-0.046861;RO=2;SAF=71;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131584;STB=0.506943;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000293792;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:14:71:2:0:14:71:2:0 chr7 149462816 . G C 33.4 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0384714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.91;QD=1.2848;RBI=0.050833;REFB=-0.00462354;REVB=-0.0332257;RO=94;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132885;STB=0.613075;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0544464;OID=.;OPOS=149462816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:94:95:9:9:0.0865385:6:3:42:52:6:3:43:52 chr7 149474393 . A G 379.98 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0158605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3999;QD=46.0585;RBI=0.0636965;REFB=0.0124284;REVB=-0.0616903;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845287;STB=0.545424;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00169547;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:20:9:0:4:20:9:0:4 chr7 149479335 . G C 1297.78 PASS AF=0.921569;AO=93;DP=101;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00381816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.823;QD=50.8933;RBI=0.00792836;REFB=-0.0117543;REVB=0.00694842;RO=8;SAF=50;SAR=43;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320643;STB=0.516431;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000755558;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:101:102:8:8:93:94:0.921569:43:50:6:2:43:51:6:2 chr7 149480706 . T A 824.49 PASS AF=0.859155;AO=46;DP=72;FAO=61;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0784987;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.251;QD=46.4502;RBI=0.0902834;REFB=-0.0818209;REVB=0.0445988;RO=9;SAF=14;SAR=32;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494071;STB=0.503991;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0102833;OID=.;OPOS=149480706;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:9:9:46:61:0.859155:32:14:4:5:32:29:4:5 chr7 149483237 . G A 1179.54 PASS AF=0.873684;AO=83;DP=96;FAO=83;FDP=95;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0239269;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.148;QD=49.6647;RBI=0.0352904;REFB=-0.0610438;REVB=0.0259406;RO=12;SAF=46;SAR=37;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130327;STB=0.506918;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00800178;OID=.;OPOS=149483237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:96:95:12:12:83:83:0.873684:37:46:6:6:37:46:6:6 chr7 149485059 . T C 111.8 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.553;QD=40.6545;RBI=0.055933;REFB=0;REVB=0.01911;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291781;OID=.;OPOS=149485059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr7 149486294 . A G 1008.21 PASS AF=0.879518;AO=72;DP=83;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00191995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.885;QD=48.5884;RBI=0.00740689;REFB=-0.0145825;REVB=0.00715372;RO=10;SAF=35;SAR=37;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719396;STB=0.536929;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00243657;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:10:10:72:73:0.879518:37:35:8:2:37:36:8:2 chr7 149486382 . C G 934.22 PASS AF=0.833333;AO=70;DP=84;FAO=70;FDP=84;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0147523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.115;QD=44.4869;RBI=0.016017;REFB=-0.0323275;REVB=0.00623804;RO=14;SAF=37;SAR=33;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811236;STB=0.543198;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00529667;OID=.;OPOS=149486382;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:14:14:70:70:0.833333:33:37:11:3:33:37:11:3 chr7 149489491 . C T 1141.02 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0906973;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.521;QD=56.3464;RBI=0.0937035;REFB=-0.0533955;REVB=0.0235444;RO=4;SAF=40;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182063;STB=0.507134;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00220351;OID=.;OPOS=149489491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:81:4:3:77:78:0.962963:37:40:2:2:37:41:1:2 chr7 149498893 . A G 1015.12 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00390309;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.36;QD=55.6229;RBI=0.0218757;REFB=-0.0699401;REVB=0.0215247;RO=3;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969004;STB=0.505129;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00357367;OID=.;OPOS=149498893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:73:3:3:70:70:0.958904:38:32:1:2:38:32:1:2 chr7 149498903 . T C 1014.38 PASS AF=0.935065;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0559499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6545;QD=52.6952;RBI=0.0566141;REFB=-0.0233495;REVB=0.00864659;RO=5;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299796;STB=0.516125;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00134217;OID=.;OPOS=149498903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:77:5:5:71:72:0.935065:40:31:1:4:40:32:1:4 chr7 149499284 . C T 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00886291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.863;QD=48.8657;RBI=0.0426931;REFB=-0.00702514;REVB=0.041763;RO=3;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142894;STB=0.507687;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00102203;OID=.;OPOS=149499284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:22:8:1:2:22:8:1:2 chr7 149506211 . G GC 2966.53 PASS AF=1;AO=248;DP=263;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178889;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0282;QD=46.352;RBI=0.179203;REFB=0;REVB=0.0106102;RO=14;SAF=125;SAR=123;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000850428;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:248:263:256:256:0:133:123:0:0:55:14:125:123:13:1 chr7 149511985 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.827;QD=61.1858;RBI=0.0584528;REFB=-0.0793094;REVB=0.0278982;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000635571;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:1:0:31:16:1:0 chr7 149513560 . T C 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0661427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.643;QD=2.0691;RBI=0.0695435;REFB=-0.00850549;REVB=-0.0214814;RO=83;SAF=3;SAR=8;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272991;STB=0.7055;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.060488;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:83:84:11:11:0.115789:8:3:41:42:8:3:42:42 chr7 149518961 . T C 3954.12 PASS AF=0.98855;AO=253;DP=257;FAO=259;FDP=262;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0233506;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1063;QD=60.3682;RBI=0.0655247;REFB=-0.0314593;REVB=0.0612229;RO=3;SAF=94;SAR=159;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890829;STB=0.504504;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00271285;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:257:262:3:3:253:259:0.98855:159:94:0:3:165:94:0:3 chr7 149519184 . C T 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00373354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.705;QD=2.52128;RBI=0.00528127;REFB=-0.00540166;REVB=-0.0037353;RO=61;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156557;STB=0.613602;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.022725;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:3:6:33:28:3:6:33:28 chr7 149522162 . G T 31.93 PASS AF=0.0656566;AO=13;DP=198;FAO=13;FDP=198;FR=.;FRO=185;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=102;FSRR=83;FWDB=0.0154303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.506;QD=0.645047;RBI=0.0176751;REFB=-0.000125004;REVB=0.00862068;RO=182;SAF=10;SAR=3;SRF=99;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251664;STB=0.718708;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00185418;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:198:198:182:185:13:13:0.0656566:3:10:99:83:3:10:102:83 chr7 149522366 . T G 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.656;QD=58.9625;RBI=0.00905056;REFB=0;REVB=-0.00753739;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61445e-05;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:24:42:0:0 chr7 149523277 . A G 2245.29 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188401;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.68;QD=63.2476;RBI=0.0213264;REFB=0;REVB=0.00999339;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22842e-05;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:139:142:1:78:61:0:0:78:64:0:0 chr7 149523584 . C T 345.75 PASS AF=0.870968;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0234514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0395;QD=44.6127;RBI=0.0471711;REFB=-0.0498397;REVB=0.0409285;RO=3;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154663;STB=0.538892;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00459156;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:26:27:0.870968:19:7:1:2:20:7:2:2 chr7 149530894 . G A 31.04 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00518729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.999;QD=1.77388;RBI=0.0057505;REFB=-0.00018686;REVB=0.00248199;RO=63;SAF=6;SAR=1;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430364;STB=0.841538;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00501575;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:1:6:31:32:1:6:31:32 chr7 149543269 . C T 904.32 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0191776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.773;QD=49.5518;RBI=0.0289821;REFB=0.026441;REVB=0.0217297;RO=7;SAF=34;SAR=32;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101709;STB=0.505402;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00220208;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:7:7:66:66:0.90411:32:34:4:3:32:34:4:3 chr7 149941695 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00664282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.085;QD=14.7942;RBI=0.00790072;REFB=-0.0131935;REVB=0.00427719;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769453;STB=0.544505;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0225712;OID=.;OPOS=149941695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:13:14:8:10:13:14 chr7 150028958 . A G 857.67 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00324984;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.001;QD=56.2403;RBI=0.0113922;REFB=-0.0262396;REVB=0.0109188;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011949;STB=0.506327;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000118947;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:61:1:1:60:60:0.983607:21:39:1:0:21:39:1:0 chr7 150034184 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.284;QD=48.7373;RBI=0.0529822;REFB=0;REVB=-0.0317465;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1629e-05;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 150034378 . A G 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.921;QD=57.1012;RBI=0.0256145;REFB=0;REVB=0.0100205;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58088e-05;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr7 150035183 . C T 595.16 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0325531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.011;QD=39.0267;RBI=0.0369215;REFB=-0.173387;REVB=0.017421;RO=8;SAF=12;SAR=37;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162622;STB=0.5824;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00199962;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:61:61:8:12:49:49:0.803279:37:12:6:2:37:12:7:5 chr7 150035459 . T G 230.21 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4632;QD=46.0416;RBI=0.0544552;REFB=0.00609566;REVB=0.0506411;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00278116;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr7 150035500 . C G 255.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7602;QD=51.1321;RBI=0.087789;REFB=0;REVB=-0.0736184;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771663;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr7 150035526 . T G 213.79 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603159;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.725;QD=50.304;RBI=0.0228761;REFB=0;REVB=0.0220666;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405138;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 150037660 . A G 825.39 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.979;QD=56.9237;RBI=0.0706846;REFB=0;REVB=-0.0118386;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119483;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:38:18:0:0:38:20:0:0 chr7 150068371 . T C 1268.93 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259881;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.771;QD=61.8989;RBI=0.0341489;REFB=0;REVB=0.0221531;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71365e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:37:45:0:0 chr7 150068605 . G A 1839.72 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172667;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.199;QD=59.8282;RBI=0.178378;REFB=-0.116431;REVB=0.0447739;RO=2;SAF=36;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202022;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:123:2:0:114:123:1:78:36:2:0:78:45:0:0 chr7 150068620 . C T 1446.56 PASS AF=0.905172;AO=102;DP=114;FAO=105;FDP=116;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0857637;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.9157;QD=49.8814;RBI=0.0904651;REFB=-0.129715;REVB=0.0287839;RO=12;SAF=33;SAR=69;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933465;STB=0.539438;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.026686;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:114:116:12:11:102:105:0.905172:69:33:9:3:69:36:8:3 chr7 150068933 . T C 251.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.637;QD=50.263;RBI=0.0627951;REFB=0;REVB=0.0561739;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114568;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr7 150070630 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.731;QD=50.4134;RBI=0.0664903;REFB=0;REVB=0.00954529;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911803;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr7 150070663 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.42;QD=51.9163;RBI=0.0447181;REFB=0;REVB=-0.0438813;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197359;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 150070814 . G A 2030.0 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00441955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.651;QD=61.5153;RBI=0.00545815;REFB=0.0778022;REVB=-0.00320295;RO=1;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798748;STB=0.504201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000572862;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:59:72:0:1:59:72:0:1 chr7 150093701 . A C 1455.64 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229191;FXX=0.0515411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.675;QD=63.2885;RBI=0.00794042;REFB=0;REVB=-0.00760246;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454463;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:89:92:1:47:42:0:0:48:44:0:0 chr7 150163837 . A G 964.49 PASS AF=0.921053;AO=69;DP=75;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0683487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6559;QD=50.7624;RBI=0.069418;REFB=0.0140465;REVB=0.0121375;RO=6;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606083;STB=0.53231;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00310145;OID=.;OPOS=150163837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:75:76:6:6:69:70:0.921053:30:39:1:5:30:40:1:5 chr7 150171710 . T C 759.0 PASS AF=0.830986;AO=59;DP=71;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0210521;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.161;QD=42.7606;RBI=0.0234293;REFB=-0.0235875;REVB=0.0102829;RO=12;SAF=32;SAR=27;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924046;STB=0.549339;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0090474;OID=.;OPOS=150171710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:71:12:12:59:59:0.830986:27:32:3:9:27:32:3:9 chr7 150217248 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.555;QD=61.049;RBI=0.0225673;REFB=0;REVB=0.010406;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1598e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr7 150217309 . C T 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0314794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5751;QD=2.49574;RBI=0.0333938;REFB=-0.00520757;REVB=-0.0111441;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161275;STB=0.623697;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0375316;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:7:3:28:38:7:3:29:38 chr7 150217335 . G T 874.12 PASS AF=0.855263;AO=65;DP=79;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00225715;FXX=0.0499937;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.337;QD=46.0064;RBI=0.0115252;REFB=0.00559521;REVB=-0.011302;RO=10;SAF=33;SAR=32;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269638;STB=0.520835;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000832618;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:79:76:10:11:65:65:0.855263:32:33:4:6:32:33:4:7 chr7 150269542 . G T 700.27 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0160095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.82;QD=43.0935;RBI=0.0197495;REFB=-0.0317783;REVB=0.0115646;RO=10;SAF=25;SAR=30;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707872;STB=0.537801;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00511347;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:10:10:55:55:0.846154:30:25:7:3:30:25:7:3 chr7 150325494 . G A 386.9 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0043737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.823;QD=15.3226;RBI=0.0213415;REFB=-0.0166951;REVB=0.0208885;RO=58;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233495;STB=0.513134;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.024411;OID=.;OPOS=150325494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:21:22:31:27:21:22:31:27 chr7 150327024 . C T 1423.5 PASS AF=0.896552;AO=103;DP=115;FAO=104;FDP=116;FR=.;FRO=12;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0146492;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8819;QD=49.0862;RBI=0.014664;REFB=-0.0448796;REVB=-0.000660302;RO=12;SAF=63;SAR=40;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114474;STB=0.506612;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00708778;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:115:116:12:12:103:104:0.896552:40:63:8:4:41:63:8:4 chr7 150389593 . T C 849.58 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00864886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.317;QD=50.7211;RBI=0.0314935;REFB=-0.0305509;REVB=0.0302826;RO=4;SAF=24;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431988;STB=0.516611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000660484;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:4:5:62:62:0.925373:38:24:3:1:38:24:3:2 chr7 150389856 . A G 638.0 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0168331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.127;QD=55.4779;RBI=0.0366494;REFB=0.0404347;REVB=0.0325549;RO=3;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068555;STB=0.536568;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000874374;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:19:24:0:3:19:24:0:3 chr7 150439500 . C T 821.86 PASS AF=0.84;AO=62;DP=75;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0125457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.792;QD=43.8326;RBI=0.0235108;REFB=-0.0268026;REVB=0.0198837;RO=11;SAF=37;SAR=25;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118766;STB=0.567753;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00536002;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:11:12:62:63:0.84:25:37:2:9:26:37:2:10 chr7 150440043 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2844;QD=50.1336;RBI=0.0787084;REFB=0.0110353;REVB=0.0738572;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000470531;OID=.;OPOS=150440043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr7 150446936 . A G 724.0 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0112385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.277;QD=59.1016;RBI=0.0229001;REFB=0.150865;REVB=0.0199527;RO=1;SAF=37;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125447;STB=0.513152;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00232007;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:10:37:1:0:10:37:2:0 chr7 150447027 . T G 1125.4 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.061312;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.809;QD=53.5906;RBI=0.0653157;REFB=-0.0670788;REVB=0.0225162;RO=6;SAF=43;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698372;STB=0.503698;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00520081;OID=.;OPOS=150447027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:85:84:6:6:78:78:0.928571:35:43:3:3:35:43:3:3 chr7 150488616 . A G 651.06 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00661688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.276;QD=54.2553;RBI=0.0162483;REFB=-0.0182147;REVB=-0.0148399;RO=4;SAF=11;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169065;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:33:11:1:3:33:11:1:3 chr7 150490376 . C T 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0672298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5917;QD=40.4232;RBI=0.0689485;REFB=-0.00619075;REVB=-0.0152986;RO=4;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203525;STB=0.611006;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00265438;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:15:7:4:0:15:7:4:0 chr7 150491084 . T G 171.37 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221577;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.528;QD=42.8428;RBI=0.0466581;REFB=-0.0620008;REVB=0.0410611;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.004916;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr7 150500729 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.415;QD=51.9167;RBI=0.0301798;REFB=0;REVB=0.0147834;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274935;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 150501516 . A G 1414.01 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211213;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.286;QD=62.8448;RBI=0.0385049;REFB=0;REVB=0.032195;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180926;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:53:37:0:0 chr7 150556055 . CG GC 1321.14 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155534;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.316;QD=62.1714;RBI=0.0195741;REFB=0;REVB=0.0118843;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000186654;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:51:34:0:0 chr7 150648198 . A G 633.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.525;QD=60.3033;RBI=0.0652478;REFB=0;REVB=0.0550646;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122413;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:31:9:0:0:33:9:0:0 chr7 150648789 . T C 1264.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.337;QD=61.6794;RBI=0.0196861;REFB=0;REVB=0.0196163;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23762e-05;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr7 150649531 . G A 886.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.985;QD=58.1598;RBI=0.188888;REFB=0;REVB=0.188623;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733928;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:21:34:0:0:27:34:0:0 chr7 150649603 . G A 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.138;QD=61.0546;RBI=0.0634412;REFB=0;REVB=0.0630593;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111565;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:64:53:0:0:64:53:0:0 chr7 150695726 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=57.6793;RBI=0.0279645;REFB=0;REVB=0.00450779;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174631;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr7 150696110 . A AG 896.75 PASS AF=1;AO=38;DP=168;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114501;FXX=0.407161;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.7112;QD=36.2325;RBI=0.114908;REFB=0;REVB=0.00965676;RO=121;SAF=3;SAR=35;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00491982;OID=.;OPOS=150696111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:168:99:99:0:4:95:0:0:7:121:3:35:54:67 chr7 150696111 . T C,G 2314.15 PASS AF=0.230303,0.763636;AO=37,120;DP=160;FAO=38,126;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=2,58;FSAR=36,68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00010071,0.00546686;FXX=0.0119753;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.5411,97.7407;QD=56.1006;RBI=0.0103928,0.0443968;REFB=0.00995358,-0.0133768;REVB=0.0103923,0.0440589;RO=3;SAF=2,54;SAR=35,66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.160224,0.00546057;STB=0.599938,0.504273;STBP=0.028,0.29;TYPE=snp,snp;VARB=0.0820325,-0.000843792;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:160:165:3:1:37,120:38,126:0.230303,0.763636:35,66:2,54:1:2:36,68:2,58:1:0 chr7 150704250 . C G 586.21 PASS AF=0.777778;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000322455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7457;QD=37.2197;RBI=0.0556008;REFB=0.0209266;REVB=-0.0555999;RO=13;SAF=21;SAR=28;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131137;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0111028;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:63:13:14:49:49:0.777778:28:21:6:7:28:21:6:8 chr7 150733025 . T A 1014.48 PASS AF=0.911392;AO=71;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0208278;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2294;QD=51.3663;RBI=0.0628786;REFB=-0.0941965;REVB=0.0593289;RO=7;SAF=34;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156694;STB=0.50756;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00879068;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:79:79:7:7:71:72:0.911392:37:34:4:3:37:35:4:3 chr7 150734380 . T C 859.55 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0319109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1985;QD=54.5745;RBI=0.0351095;REFB=-0.0331891;REVB=0.0146413;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782079;STB=0.504145;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00145075;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:23:38:1:1:23:38:1:1 chr7 150763655 . T A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.26;QD=49.5983;RBI=0.0731989;REFB=0;REVB=0.0719979;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529614;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr7 150765065 . T C 4151.2 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327253;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.353;QD=62.6597;RBI=0.0363078;REFB=0;REVB=0.015726;RO=0;SAF=113;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63168e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:264:265:1:151:113:0:0:152:113:0:0 chr7 150768786 . G A 685.11 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00577993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.479;QD=45.674;RBI=0.018979;REFB=-0.0400354;REVB=0.0180775;RO=7;SAF=19;SAR=34;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145655;STB=0.577748;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00140172;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:53:53:0.883333:34:19:7:0:34:19:7:0 chr7 150773779 . TGGGGGGGC TGGGGGCCG,TGGGGGGC,TGGGGGGCC 166.29 PASS AF=0.115385,0.673077,0;AO=2,17,7;DP=52;FAO=6,35,0;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=6,13,0;FSAR=0,22,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0051563,0.232504,0.186;FXX=0.0188644;HRUN=7,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=171.744,7.25252,12.7759;QD=12.7914;RBI=0.0326948,0.295445,0.290461;REFB=0.0118963,-0.0175328,-0.0258858;REVB=-0.0322856,-0.18229,-0.223095;RO=14;SAF=2,6,3;SAR=0,11,4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.547468,-0.123214,-0.0769493;STB=0.99804,0.501996,0.5;STBP=0.004,0.964,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0117885,0.0497745,0;OID=.,.,.;OPOS=150773785,150773780,150773786;OREF=GGC,G,G;OALT=CCG,-,C;OMAPALT=TGGGGGCCG,TGGGGGGC,TGGGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.673077,0:2,17,7:52:6,35,0:52:11:6,13,0:0,22,0:4:7:32:14:2,6,3:0,11,4:7:7 chr7 150773807 . A T 767.57 PASS AF=0.8;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=75;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0235679;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.44;QD=40.9372;RBI=0.0364559;REFB=-0.0499487;REVB=0.0278134;RO=15;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152157;STB=0.581201;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00437416;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:77:75:15:15:60:60:0.8:32:28:1:14:32:28:1:14 chr7 150774868 . C CG 35.27 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0293188;FXX=0.09995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.9027;QD=7.83803;RBI=0.0391645;REFB=0.000869674;REVB=-0.0259666;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423947;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0139164;OID=.;OPOS=150774869;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:20:6:18:12:5:1:4:8:35:14:4:1:6:8 chr7 150873754 . G A 689.74 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0866268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5386;QD=46.7621;RBI=0.090143;REFB=-0.0676745;REVB=0.0249313;RO=6;SAF=17;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10744;STB=0.557332;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0107782;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:6:6:53:53:0.898305:36:17:5:1:36:17:5:1 chr7 150878258 . TCC TC,TCG 751.5 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=5,42;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620998,0.162926;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.0987,46.4203;QD=62.625;RBI=0.0704231,0.184275;REFB=0,0;REVB=-0.0332117,-0.0860962;RO=0;SAF=5,14;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.047158,0.00182517;OID=.,.;OPOS=150878259,150878260;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:5,42:48:1,47:48:0:1,18:0,29:0:0:4:0:5,14:0,28:0:0 chr7 150878332 . G A 929.46 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0252224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.564;QD=50.9295;RBI=0.0385324;REFB=-0.041006;REVB=0.0291304;RO=6;SAF=35;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034732;STB=0.501843;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00219191;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:73:73:6:6:67:67:0.917808:32:35:3:3:32:35:3:3 chr7 150883593 . G A 1225.05 PASS AF=0.839286;AO=94;DP=112;FAO=94;FDP=112;FR=.;FRO=18;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0153242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.973;QD=43.7517;RBI=0.0311569;REFB=-0.0408923;REVB=0.0271279;RO=18;SAF=52;SAR=42;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866248;STB=0.545974;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00861638;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:18:18:94:94:0.839286:42:52:15:3:42:52:15:3 chr7 150916228 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.018;QD=61.6831;RBI=0.0285697;REFB=0;REVB=0.0284089;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109207;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 150921950 . A G 1301.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.937;QD=61.9892;RBI=0.0682148;REFB=0;REVB=0.0182456;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23139e-05;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr7 150931268 . C G 1419.19 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308589;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1803;QD=63.075;RBI=0.0314676;REFB=0;REVB=-0.00615911;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224284;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr7 150934975 . C G 1120.56 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100442;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.311;QD=60.5709;RBI=0.0116807;REFB=0;REVB=0.00596274;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13352e-06;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr7 150972189 . G A 1285.45 PASS AF=0.853448;AO=97;DP=116;FAO=99;FDP=116;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.142985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0594;QD=44.3257;RBI=0.145397;REFB=-0.0229026;REVB=-0.0263738;RO=15;SAF=38;SAR=59;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371701;STB=0.527722;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0115224;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:116:116:15:17:97:99:0.853448:59:38:8:7:59:40:10:7 chr7 151064064 . C T 34.98 PASS AF=0.105263;AO=7;DP=75;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00370977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.265;QD=1.84101;RBI=0.0101127;REFB=-0.000299513;REVB=-0.00940765;RO=68;SAF=2;SAR=5;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274835;STB=0.749376;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00431365;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:75:76:68:68:7:8:0.105263:5:2:36:32:6:2:36:32 chr7 151097314 . A G 3180.26 PASS AF=0.981567;AO=209;DP=221;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=131;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00467714;FXX=0.0180987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.119;QD=58.6223;RBI=0.0134832;REFB=0.0237418;REVB=-0.012646;RO=2;SAF=78;SAR=131;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120559;STB=0.511904;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000692967;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:221:217:2:4:209:213:0.981567:131:78:2:0:131:82:4:0 chr7 151097323 . A G 3292.31 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.939;QD=62.119;RBI=0.0325401;REFB=0;REVB=-0.0286554;RO=0;SAF=84;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32142e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:128:84:0:0:128:84:0:0 chr7 151106066 . C T 1713.86 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.266;QD=60.6677;RBI=0.0377678;REFB=0;REVB=0.0377268;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27782e-05;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:54:57:0:0:56:57:0:0 chr7 151133271 . G A 1142.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.765;QD=60.1148;RBI=0.00997437;REFB=0;REVB=0.00786409;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246539;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr7 151135132 . G A 94.64 PASS AF=0.137931;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00481537;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7043;QD=2.61087;RBI=0.0146421;REFB=-0.00139289;REVB=0.0138277;RO=125;SAF=13;SAR=7;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185773;STB=0.627583;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00648966;OID=.;OPOS=151135132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:146:145:125:125:20:20:0.137931:7:13:63:62:7:13:63:62 chr7 151257523 . GA G 60.25 PASS AF=0.265823;AO=28;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0453629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3748;QD=3.05059;RBI=0.182393;REFB=-0.057806;REVB=-0.176662;RO=46;SAF=2;SAR=26;SRF=16;SRR=30;SSEN=0.32008;SSEP=0;SSSB=-0.513255;STB=0.878173;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0766586;OID=.;OPOS=151257524;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265823:28:79:21:79:58:1:20:20:38:60:46:2:26:16:30 chr7 151597368 . G A 688.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0638;QD=62.5715;RBI=0.107496;REFB=0;REVB=0.0565138;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209988;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr7 151680072 . T C 2710.92 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2084;QD=61.6119;RBI=0.124989;REFB=0;REVB=0.124967;RO=0;SAF=88;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283202;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:173:176:1:85:88:0:0:88:88:0:0 chr7 151684256 . A G 830.25 PASS AF=0.952381;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143339;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.3189;QD=52.7145;RBI=0.0167935;REFB=-0.111422;REVB=-0.00874999;RO=3;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240348;STB=0.513153;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00607665;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:63:3:3:58:60:0.952381:24:34:1:2:24:36:1:2 chr7 151722338 . G A 3172.31 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.734;QD=64.0871;RBI=0.0387423;REFB=0;REVB=0.034934;RO=0;SAF=130;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37615e-05;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:197:198:1:67:130:0:0:68:130:0:0 chr7 151722388 . A G 3171.09 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200079;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.347;QD=61.2772;RBI=0.0204172;REFB=0;REVB=-0.00406804;RO=0;SAF=120;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781076;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:200:207:0:0:197:207:1:77:120:0:0:79:128:0:0 chr7 151833692 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.666;QD=45.8067;RBI=0.100127;REFB=0;REVB=-0.0957265;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612058;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr7 151873853 . C T 785.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3423;QD=57.1001;RBI=0.0799574;REFB=0;REVB=-0.0050467;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923591;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:36:19:0:0 chr7 151874498 . C T 752.74 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605979;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.632;QD=64.0628;RBI=0.103308;REFB=0;REVB=0.10313;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031843;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:24:20:0:0:27:20:0:0 chr7 151932908 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0236342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.278;QD=3.15728;RBI=0.031656;REFB=-0.00462805;REVB=-0.0210602;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436734;STB=0.818576;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.011467;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:17:19:1:5:17:19 chr7 151945007 . C T 1048.57 PASS AF=0.44664;AO=113;DP=253;FAO=113;FDP=253;FR=.;FRO=140;FSAF=104;FSAR=9;FSRF=136;FSRR=4;FWDB=-0.00685596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.725;QD=16.5782;RBI=0.00855545;REFB=-0.0051888;REVB=0.00511777;RO=140;SAF=104;SAR=9;SRF=136;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211747;STB=0.615018;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0073305;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:140:140:113:113:0.44664:9:104:136:4:9:104:136:4 chr7 151945071 . G GT 395.32 PASS AF=0.233333;AO=119;DP=517;FAO=119;FDP=510;FR=.;FRO=391;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=209;FSRR=182;FWDB=0.0673198;FXX=0.00778195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.862;QD=3.10055;RBI=0.108393;REFB=0.0109103;REVB=-0.0849535;RO=394;SAF=55;SAR=64;SRF=213;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998997;STB=0.555305;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=-0.0389233;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:119:517:119:510:391:55:64:209:182:99:394:55:64:213:181 chr7 151945140 . C T 975.06 PASS AF=0.390845;AO=111;DP=284;FAO=111;FDP=284;FR=.;FRO=173;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=92;FSRR=81;FWDB=-0.0325419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8435;QD=13.7332;RBI=0.0534989;REFB=-0.0136479;REVB=-0.0424636;RO=173;SAF=67;SAR=44;SRF=92;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797444;STB=0.544849;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0249498;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:173:173:111:111:0.390845:44:67:92:81:44:67:92:81 chr7 151945167 . G T 540.43 PASS AF=0.333333;AO=66;DP=198;FAO=66;FDP=198;FR=.;FRO=132;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=0.0262625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.605;QD=10.9177;RBI=0.0284789;REFB=-0.00795818;REVB=-0.0110152;RO=131;SAF=45;SAR=21;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172387;STB=0.602319;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0155652;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:131:132:66:66:0.333333:21:45:71:60:21:45:71:61 chr7 151945204 . G A 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0404844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1208;QD=12.5924;RBI=0.0499699;REFB=-0.00217139;REVB=0.0292917;RO=48;SAF=27;SAR=2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630018;STB=0.872815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00462561;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:2:27:24:24:2:27:24:24 chr7 151949068 . C G 1060.07 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0520472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0026;QD=55.7933;RBI=0.0521474;REFB=-0.0112364;REVB=0.00323112;RO=3;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111718;STB=0.505779;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00100755;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:76:3:3:71:73:0.960526:34:37:2:1:35:38:2:1 chr7 151962176 . T A 163.19 PASS AF=0.186667;AO=26;DP=148;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.00300716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.24;QD=4.35172;RBI=0.0180569;REFB=-0.00572398;REVB=-0.0178048;RO=121;SAF=11;SAR=15;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134933;STB=0.613405;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0218046;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:121:122:26:28:0.186667:15:11:64:57:17:11:65:57 chr7 151970856 . T A 1642.39 PASS AF=0.54386;AO=155;DP=285;FAO=155;FDP=285;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=97;FSRF=70;FSRR=60;FWDB=-0.0202203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5776;QD=23.0511;RBI=0.0205919;REFB=-0.0181323;REVB=0.00389438;RO=128;SAF=58;SAR=97;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140488;STB=0.576888;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00864552;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:128:130:155:155:0.54386:97:58:69:59:97:58:70:60 chr7 151970931 . G A 70.49 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0471611;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2104;QD=2.51761;RBI=0.059175;REFB=0.00915705;REVB=-0.0357423;RO=99;SAF=7;SAR=8;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601189;STB=0.533289;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0728832;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:114:112:99:97:15:15:0.133929:8:7:51:48:8:7:49:48 chr7 152099906 . T A 515.43 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0250835;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.342;QD=20.0166;RBI=0.0258229;REFB=-0.0164722;REVB=0.00613501;RO=50;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961928;STB=0.553016;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0160774;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:50:53:53:0.514563:27:26:30:20:27:26:30:20 chr7 152099917 . G A 537.42 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0100921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.976;QD=21.4966;RBI=0.0109498;REFB=-0.00907716;REVB=-0.00424832;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911681;STB=0.550295;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00989568;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:25:26:30:19:25:26:30:19 chr7 152099924 . T C 469.24 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0189579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.27;QD=18.5838;RBI=0.0230585;REFB=-0.0121246;REVB=0.013126;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985572;STB=0.554637;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0119703;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:25:24:31:21:25:24:31:21 chr7 152290144 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0192541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.434;QD=3.3386;RBI=0.0204575;REFB=0.00344809;REVB=-0.00691291;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148934;STB=0.620278;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0204549;OID=.;OPOS=152290144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:2:4:18:15:2:4:18:16 chr7 154429560 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.597;QD=61.2132;RBI=0.00390867;REFB=0;REVB=0.000612172;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95915e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr7 154461112 . A G 2181.25 PASS AF=0.966216;AO=142;DP=148;FAO=143;FDP=148;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00988334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1695;QD=58.9528;RBI=0.0531516;REFB=-0.0751669;REVB=0.0522247;RO=1;SAF=79;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748786;STB=0.512008;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00924333;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:148:148:1:5:142:143:0.966216:63:79:0:1:64:79:1:4 chr7 154667628 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6585;QD=64.1439;RBI=0.0321564;REFB=0;REVB=0.0237748;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222964;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr7 154672662 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.486;QD=57.545;RBI=0.0429812;REFB=0;REVB=0.0112362;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023004;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr7 154679447 . G A 1283.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.502;QD=61.8451;RBI=0.0322161;REFB=0;REVB=-0.0035395;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132394;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr7 154681050 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.679;QD=62.022;RBI=0.0190182;REFB=0;REVB=0.0103212;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61789e-05;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr7 154681216 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.824;QD=61.684;RBI=0.0175232;REFB=0;REVB=0.00560908;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91649e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr7 154684153 . T C 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0429261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.706;QD=2.66498;RBI=0.0435846;REFB=0.00174114;REVB=0.00754809;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.586782;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00919594;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:62:64:10:10:0.135135:6:4:31:31:6:4:32:32 chr7 154685562 . T C 74.38 PASS AF=0.2;AO=12;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0404275;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.378;QD=4.57725;RBI=0.0493902;REFB=-0.0163909;REVB=0.0283727;RO=53;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351637;STB=0.561227;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0439362;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:66:65:53:52:12:13:0.2:6:6:25:28:6:7:24:28 chr7 154685612 . G T 33.13 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0238213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8864;QD=3.1556;RBI=0.0250629;REFB=-0.00051842;REVB=0.00779077;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496896;STB=0.84504;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00693063;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:1:5:14:21:1:5:15:21 chr7 154973721 . C T 849.61 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0181545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.566;QD=53.1006;RBI=0.018174;REFB=-0.025149;REVB=-0.0008408;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349287;STB=0.511478;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=1.20129e-05;OID=.;OPOS=154973721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:26:35:0:2:26:35:1:2 chr7 155100685 . G A 1656.64 PASS AF=0.934959;AO=115;DP=122;FAO=115;FDP=123;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0292784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.643;QD=53.8745;RBI=0.0355724;REFB=-0.0427512;REVB=-0.0202033;RO=7;SAF=57;SAR=58;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228363;STB=0.507848;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000847687;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:122:123:7:8:115:115:0.934959:58:57:2:5:58:57:3:5 chr7 155150472 . G A 1047.38 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842808;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.243;QD=59.8505;RBI=0.0203507;REFB=0;REVB=0.0185234;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36005e-05;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:33:37:0:0 chr7 155150560 . A G 1081.9 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4385;QD=58.4813;RBI=0.0260007;REFB=-0.0485578;REVB=-0.000266424;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0048912;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr7 155150602 . T C 841.11 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.272;QD=57.0245;RBI=0.0655062;REFB=0;REVB=0.0652501;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00337e-05;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:59:0:0:53:59:1:20:33:0:0:25:34:0:0 chr7 155150765 . C T 675.1 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201873;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.855;QD=62.8002;RBI=0.0404979;REFB=0;REVB=0.0351077;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222943;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 155151018 . G A 530.99 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3059;QD=58.9989;RBI=0.145494;REFB=0;REVB=0.043098;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017883;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:32:36:1:11:21:0:0:14:22:0:0 chr7 155151095 . T C 352.81 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.774;QD=54.2783;RBI=0.0412235;REFB=0;REVB=-0.0108823;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38214e-05;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:12:14:0:0 chr7 155151194 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.801;QD=59.143;RBI=0.0450886;REFB=0;REVB=0.0417874;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249153;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr7 155151307 . A G 1089.38 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.685;QD=59.6919;RBI=0.0150539;REFB=0;REVB=0.00752017;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561665;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:48:24:0:0:48:25:0:0 chr7 155151367 . G T 934.94 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362594;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.312;QD=58.4339;RBI=0.0403109;REFB=0;REVB=0.0176132;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103989;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:35:29:0:0 chr7 155151369 . C T 877.03 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.853;QD=54.8146;RBI=0.0281384;REFB=-0.127091;REVB=0.0132403;RO=2;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028594;STB=0.515147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-3.45213e-06;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:32:30:0:2:32:30:0:2 chr7 155151432 . AT A,AC 472.88 PASS AF=0.382353,0.617647;AO=14,20;DP=34;FAO=13,21;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13,9;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146383,0.0192475;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.3958,103.665;QD=55.6326;RBI=0.0389052,0.0372072;REFB=0,0;REVB=0.0360463,0.0318419;RO=0;SAF=14,8;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0464853,0.0176377;OID=.,.;OPOS=155151433,155151433;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.382353,0.617647:14,20:34:13,21:34:0:13,9:0,12:0:0:52:0:14,8:0,12:0:0 chr7 155151437 . G A 469.02 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820637;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6723;QD=58.6273;RBI=0.0829073;REFB=0;REVB=0.0117971;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862685;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr7 155255332 . T C 559.01 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00570723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9587;QD=39.9293;RBI=0.021192;REFB=-0.0259514;REVB=-0.020409;RO=10;SAF=19;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633933;STB=0.534004;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00556511;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:10:10:46:46:0.821429:27:19:6:4:27:19:6:4 chr7 155503920 . A T 788.52 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123865;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6096;QD=57.3472;RBI=0.124996;REFB=0;REVB=0.0167816;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786992;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr7 155755826 . A G 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.010415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.433;QD=3.13457;RBI=0.0407606;REFB=-0.00393887;REVB=-0.0394075;RO=53;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239472;STB=0.663998;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0191665;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:4:5:19:34:4:5:19:34 chr7 155757502 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.753;QD=64.4151;RBI=0.0439025;REFB=0;REVB=0.0276038;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273521;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr7 156469133 . C G 3077.83 PASS AF=0.994872;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.387;QD=63.1349;RBI=0.0380974;REFB=-0.0492741;REVB=-0.00845086;RO=0;SAF=85;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502283;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000118192;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:195:0:1:193:194:0.994872:108:85:0:0:109:85:0:1 chr7 156469179 . C T 2187.54 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452576;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.165;QD=63.4071;RBI=0.0529823;REFB=0;REVB=0.0275476;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60517e-05;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:74:64:0:0:74:64:0:0 chr7 156469190 . A G 2045.32 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.919;QD=62.4526;RBI=0.0171282;REFB=0;REVB=0.0169798;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57801e-05;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:63:67:0:0:64:67:0:0 chr7 156476683 . T A 1054.22 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00132293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.487;QD=56.9849;RBI=0.0479906;REFB=-0.0196367;REVB=-0.0479724;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287303;STB=0.501519;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000953719;OID=.;OPOS=156476683;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:32:40:1:1:32:40:1:1 chr7 156664783 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.58144e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.226;QD=57.2026;RBI=0.0126234;REFB=0;REVB=-0.0126232;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08017e-05;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr7 156742501 . C G 234.54 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.405;QD=49.3776;RBI=0.0548354;REFB=0;REVB=0.0536835;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305179;OID=.;OPOS=156742501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr7 156742749 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4654;QD=52.6067;RBI=0.108627;REFB=0;REVB=-0.0116197;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277232;OID=.;OPOS=156742749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr7 156742796 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.393;QD=39.2068;RBI=0.0695516;REFB=0;REVB=0.0694647;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511949;OID=.;OPOS=156742796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 156742965 . G C 278.22 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9845;QD=48.3865;RBI=0.0403374;REFB=-0.118973;REVB=0.0346269;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00367819;OID=.;OPOS=156742965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:0:1:13:9:0:1 chr7 156743264 . C A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5135;QD=49.5936;RBI=0.0698661;REFB=0;REVB=0.044271;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265464;OID=.;OPOS=156743264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr7 156981672 . A G 896.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.618;QD=56.8956;RBI=0.0415086;REFB=0;REVB=0.0151718;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390391;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:40:19:0:0:43:20:0:0 chr7 157000176 . T C 790.97 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113489;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.581;QD=64.5692;RBI=0.0119467;REFB=0;REVB=-0.00373162;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186588;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr7 157162068 . T C 1500.46 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0108485;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.582;QD=56.6212;RBI=0.01797;REFB=-0.172452;REVB=0.0143259;RO=1;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106617;STB=0.506909;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000180569;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:106:1:3:103:103:0.971698:44:59:0:1:44:59:1:2 chr7 157162103 . A G 1655.92 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8434;QD=59.14;RBI=0.0228255;REFB=-0.121719;REVB=0.0176631;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.503936;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00113532;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:0:1:109:111:0.991071:47:62:0:0:48:63:1:0 chr7 157318751 . G T 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00829581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.654;QD=3.19947;RBI=0.0130288;REFB=0.000583339;REVB=-0.0100464;RO=61;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331591;STB=0.72686;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00582385;OID=.;OPOS=157318751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:3:8:28:33:3:8:28:33 chr7 157931119 . A G 2335.57 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.634;QD=61.0605;RBI=0.0199429;REFB=0;REVB=-0.00548869;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43473e-06;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:66:85:0:0:66:87:0:0 chr7 157931144 . C T 1902.2 PASS AF=0.921986;AO=129;DP=141;FAO=130;FDP=141;FR=.;FRO=11;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0428576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.935;QD=53.963;RBI=0.067374;REFB=-0.130958;REVB=0.0519855;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.544709;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0012966;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:141:141:0:11:129:130:0.921986:55:74:0:0:56:74:0:11 chr7 157959636 . G A 651.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.62;QD=62.0923;RBI=0.0583878;REFB=0;REVB=0.0581349;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105898;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:15:27:0:0 chr7 157959911 . A G 742.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8786;QD=56.0324;RBI=0.0634509;REFB=0;REVB=0.0495955;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264934;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:20:29:0:0:23:30:0:0 chr7 157985149 . C G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8294;QD=64.1497;RBI=0.0862119;REFB=0;REVB=0.0489634;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150056;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr7 158263331 . T C 437.91 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0437104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5617;QD=50.0473;RBI=0.0517397;REFB=-0.00923963;REVB=-0.0276839;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169279;STB=0.509085;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000594949;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:18:14:1:2:18:14:1:2 chr7 158263336 . G C 537.86 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.498;QD=59.7625;RBI=0.0375926;REFB=0;REVB=0.0334168;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05415e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:16:17:0:0:19:17:0:0 chr7 158263344 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.262;QD=59.4343;RBI=0.0456197;REFB=0;REVB=0.00502944;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001751;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00958589;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=326.322;QD=2.7578;RBI=0.00965569;REFB=-0.00205741;REVB=-0.00115883;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929365;STB=0.567382;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0154564;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127273:7:55:7:55:48:4:3:31:17:37:48:4:3:31:17 chr7 158524504 . G A 42.74 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0212019;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.029;QD=1.51282;RBI=0.0287877;REFB=-0.000350161;REVB=-0.0194733;RO=100;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384675;STB=0.798432;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00399371;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:100:102:11:11:0.0973451:9:2:50:50:9:2:51:51 chr7 158528233 . A G 907.08 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232627;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7142;QD=58.5216;RBI=0.0247566;REFB=0;REVB=-0.00846975;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199193;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr7 158536267 . T C 67.3 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0162166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.639;QD=5.38363;RBI=0.0509168;REFB=-0.00325022;REVB=-0.0482653;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51996;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0194329;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:36:40:10:10:0.2:5:5:18:18:5:5:21:19 chr7 158536334 . G A 56.38 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000416117;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.754;QD=7.77621;RBI=0.00550428;REFB=-0.012411;REVB=0.00548853;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146512;STB=0.540438;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0196289;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:30:29:20:21:7:8:0.275862:5:2:8:12:5:3:9:12 chr7 158536345 . A G 61.72 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0714512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6734;QD=8.51369;RBI=0.11912;REFB=-0.0200693;REVB=-0.095311;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0416535;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr7 158540880 . A G 1441.23 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0130701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.236;QD=58.8258;RBI=0.037173;REFB=-0.00375318;REVB=0.0347995;RO=4;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201479;STB=0.510636;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000157167;OID=.;OPOS=158540880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:46:48:1:3:46:48:1:3 chr7 158662137 . C T 1043.88 PASS AF=0.882353;AO=75;DP=85;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0136645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.814;QD=49.1238;RBI=0.0169269;REFB=-0.0832486;REVB=-0.00999012;RO=10;SAF=35;SAR=40;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296002;STB=0.515719;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0140179;OID=.;OPOS=158662137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:10:10:75:75:0.882353:40:35:6:4:40:35:6:4 chr7 158672476 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.808;QD=60.6101;RBI=0.0642993;REFB=0;REVB=0.000647571;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045211;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr7 158672619 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.62;QD=56.1913;RBI=0.0298531;REFB=0;REVB=-0.0261076;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105362;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr7 158715219 . A G 1080.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1712;QD=60.0225;RBI=0.0567353;REFB=0;REVB=0.0271493;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171148;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr7 158719084 . C T 962.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.53;QD=58.3458;RBI=0.00904475;REFB=0;REVB=0.00256933;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06562e-06;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr7 158827326 . G A 783.79 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5247;QD=63.9831;RBI=0.0262915;REFB=0;REVB=-0.0159267;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039349;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr7 158851234 . T G 497.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.584;QD=58.5002;RBI=0.0341093;REFB=0;REVB=0.0320127;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98586e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr8 363192 . G A 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00232117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.339;QD=44.1191;RBI=0.0446828;REFB=-0.0574657;REVB=-0.0446225;RO=4;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117333;STB=0.522433;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0046827;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:4:5:29:29:0.852941:16:13:2:2:16:13:3:2 chr8 566619 . A G 88.4 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.061;QD=39.2891;RBI=0.170281;REFB=0;REVB=0.167238;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690532;OID=.;OPOS=566619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:1:5:0:0:4:5:0:0 chr8 577101 . A G 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.934;QD=56.6671;RBI=0.0398774;REFB=0;REVB=-0.0355104;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161154;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr8 607766 . C G 506.08 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163201;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1731;QD=59.5384;RBI=0.0274612;REFB=0;REVB=-0.0220856;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101913;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr8 608018 . C T 182.88 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0258822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.086;QD=43.0298;RBI=0.0262466;REFB=-0.106419;REVB=0.00435835;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180626;STB=0.599858;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000953114;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:14:2:1:0:14:2:1:0 chr8 608034 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.6;QD=49.5987;RBI=0.0033315;REFB=0;REVB=-0.000727269;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74584e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr8 609879 . AT CC 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247335;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.305;QD=62.3667;RBI=0.0293582;REFB=0;REVB=0.0158165;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.67526e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr8 618728 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.048;QD=53.911;RBI=0.00953394;REFB=0;REVB=-0.00930013;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102839;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr8 1514009 . C A 375.4 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2815;QD=55.6142;RBI=0.01894;REFB=0;REVB=-0.0159634;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130704;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr8 1616718 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.09;QD=51.9167;RBI=0.033364;REFB=0;REVB=0.023173;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205296;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 1649960 . G A 307.61 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0108868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7664;QD=41.0142;RBI=0.0123974;REFB=-0.00873293;REVB=-0.00593085;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036842;STB=0.519984;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00298612;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:13:12:3:2:13:12:3:2 chr8 1650536 . A AC,C 319.81 PASS AF=0.407407,0.518519;AO=9,15;DP=29;FAO=11,14;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7,4;FSAR=4,10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213387,0.0265534;FXX=0.0689417;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=230.784,222.848;QD=47.3793;RBI=0.0288566,0.0336461;REFB=-0.0221381,-0.143345;REVB=0.0194258,0.0206635;RO=2;SAF=5,4;SAR=4,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0179867,-0.0615517;STB=0.522347,0.531868;STBP=0.798,0.555;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000152875,0.000740822;OID=.,.;OPOS=1650537,1650536;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:29:27:2:2:9,15:11,14:0.407407,0.518519:4,11:5,4:1:1:4,10:7,4:1:1 chr8 1651129 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.052;QD=52.6132;RBI=0.0161056;REFB=0;REVB=0.0156697;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114339;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 1833801 . G C 830.45 PASS AF=0.820513;AO=64;DP=78;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0117766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4987;QD=42.5873;RBI=0.0137635;REFB=0.0421313;REVB=-0.00712356;RO=13;SAF=22;SAR=42;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666738;STB=0.530478;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00465939;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:13:14:64:64:0.820513:42:22:7:6:42:22:7:7 chr8 1846688 . C T 275.18 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.021156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.029;QD=39.3108;RBI=0.0569328;REFB=0.000629027;REVB=0.0528561;RO=5;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612204;STB=0.529591;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00187388;OID=.;OPOS=1846688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:27:28:5:5:22:23:0.821429:14:8:1:4:15:8:1:4 chr8 1905132 . G A 406.53 PASS AF=1;AO=28;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358787;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.531;QD=47.8265;RBI=0.0938897;REFB=-0.17585;REVB=0.0938212;RO=5;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0095327;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:34:5:0:28:34:1:9:19:0:5:15:19:0:0 chr8 1906630 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.97;QD=58.5874;RBI=0.0232669;REFB=0;REVB=0.0219759;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75815e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr8 1953194 . T G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.182;QD=53.902;RBI=0.0827288;REFB=0;REVB=0.0175946;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637149;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr8 1953223 . C T 329.66 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.165;QD=52.7448;RBI=0.0769138;REFB=0;REVB=0.0705071;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139013;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:8:15:0:0:9:16:0:0 chr8 1953567 . C A 976.31 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.002;QD=56.5977;RBI=0.0354527;REFB=-0.091103;REVB=0.00566213;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018062;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:69:1:0:62:69:1:29:33:1:0:29:40:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 624.01 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=34,3;DP=43;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151642,0.0119354;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=282.804,272.794;QD=58.0472;RBI=0.025727,0.0235721;REFB=0,0;REVB=0.0207828,0.020327;RO=0;SAF=22,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75716e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00459225,0.036158;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.906977,0.0930233:34,3:43:39,4:43:0:26,0:13,4:0:0:19:0:22,0:12,3:0:0 chr8 1953759 . A T 392.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4159;QD=56.0338;RBI=0.0269202;REFB=0;REVB=-0.00711493;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042021;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr8 1954237 . G C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000386446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.127;QD=58.0606;RBI=0.019623;REFB=0;REVB=0.0196192;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52591e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr8 1954587 . G A,T 261.27 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=17,3;DP=20;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409192,0.000954642;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.122,161.862;QD=49.7656;RBI=0.00536755,0.0145634;REFB=0,0;REVB=0.00347372,-0.014532;RO=0;SAF=12,0;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00069514,0.0100899;OID=.,.;OPOS=1954587,1954587;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:20:21:0:0:17,3:18,3:0.857143,0.142857:5,3:12,0:0:0:5,3:13,0:0:0 chr8 2005484 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0112325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6004;QD=20.4561;RBI=0.0133779;REFB=0.0033279;REVB=-0.00726637;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552161;STB=0.817748;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00403657;OID=.;OPOS=2005484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:10:5:15:2:10:5 chr8 2021421 . G T 524.36 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0191011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.6;QD=40.3357;RBI=0.0193092;REFB=-0.0604227;REVB=-0.00282727;RO=9;SAF=22;SAR=21;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12225;STB=0.5655;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0134388;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:9:9:43:43:0.826923:21:22:8:1:21:22:8:1 chr8 2037833 . G C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0257798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0458;QD=2.35099;RBI=0.151798;REFB=0.000888132;REVB=0.149593;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425645;STB=0.826921;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0101108;OID=.;OPOS=2037833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:5:1:25:22:5:1:25:22 chr8 2040337 . T C 1320.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5899;QD=62.1551;RBI=0.0764235;REFB=0;REVB=-0.00978041;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538803;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:60:25:0:0:60:25:0:0 chr8 2048811 . A C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.593;QD=58.9605;RBI=0.0497283;REFB=0;REVB=0.0476547;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106401;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr8 2048831 . A G 60.42 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000465924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.217;QD=4.23993;RBI=0.00959907;REFB=-0.00945416;REVB=-0.00958775;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149858;STB=0.591366;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0346308;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:46:47:10:10:0.175439:4:6:22:24:4:6:23:24 chr8 2092835 . C T 565.27 PASS AF=0.88;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.052789;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.566;QD=45.2216;RBI=0.0529328;REFB=-0.0258787;REVB=-0.00389876;RO=6;SAF=27;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266979;STB=0.514279;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00313987;OID=.;OPOS=2092835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:50:6:6:44:44:0.88:17:27:3:3:17:27:3:3 chr8 2148550 . G A,T 246.62 PASS AF=0.9,0.1;AO=18,2;DP=20;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491162,-0.0120288;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.927,89.1211;QD=49.3247;RBI=0.0585736,0.0137581;REFB=0,0;REVB=0.0319134,0.00667772;RO=0;SAF=5,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00535041,0.100259;OID=.,.;OPOS=2148550,2148550;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:20:20:0:0:18,2:18,2:0.9,0.1:13,0:5,2:0:0:13,0:5,2:0:0 chr8 2148771 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=42.1825;RBI=0.0805015;REFB=0;REVB=-0.0340481;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248871;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGT 79.09 PASS AF=0,0.442308,0.0192308;AO=2,18,3;DP=55;FAO=0,23,1;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=0,10,1;FSAR=0,13,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0400369,-0.043556,-0.0392923;FXX=0.0370302;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=24.5888,8.07038,126.714;QD=6.08349;RBI=0.0516185,0.0544687,0.0488976;REFB=-0.0846174,-0.146689,-0.017468;REVB=-0.0325809,-0.0327065,-0.0291049;RO=25;SAF=0,8,2;SAR=2,10,1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.529207,-0.155977,0.0753389;STB=0.5,0.574765,0.98852;STBP=1,0.349,0.47;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.144524,0.00473341;OID=.,.,.;OPOS=2792965,2792965,2792971;OREF=T,T,TG;OALT=A,-,GT;OMAPALT=AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.442308,0.0192308:2,18,3:55:0,23,1:52:28:0,10,1:0,13,0:16:12:77:25:0,8,2:2,10,1:15:10 chr8 2795835 . T C 787.4 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000788348;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.589;QD=57.2653;RBI=0.0203816;REFB=0;REVB=0.0203663;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41778e-05;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 2820745 . G C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.243;QD=61.0492;RBI=0.0254948;REFB=0;REVB=0.0239446;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4295e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr8 2832139 . C G 972.36 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=58.9308;RBI=0.0652166;REFB=0;REVB=-0.00412198;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127729;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:43:23:0:0 chr8 2909992 . G A 773.26 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237182;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.551;QD=64.4385;RBI=0.0219034;REFB=0;REVB=-0.0217746;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42599e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr8 2910020 . A G 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.076;QD=56.9941;RBI=0.0158597;REFB=0;REVB=0.0075021;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36523e-05;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr8 2965244 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.98;QD=53.9112;RBI=0.00392585;REFB=0;REVB=-0.00120292;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05502e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 3265590 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.207;QD=50.8357;RBI=0.0494879;REFB=-0.0178297;REVB=0.0433152;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00084269;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:0:1:12:13:0:1 chr8 3351147 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.482;QD=51.1845;RBI=0.0441095;REFB=0;REVB=0.0248742;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198008;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr8 3351195 . C A 309.9 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.139;QD=49.5837;RBI=0.0456522;REFB=0;REVB=0.0444594;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437538;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:13:12:0:0 chr8 3558050 . G A 463.38 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0395808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.476;QD=52.9574;RBI=0.0400076;REFB=0.00703182;REVB=0.00582804;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.527761;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-8.32034e-05;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:0:1:17:16:0:2 chr8 3807438 . T G 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0103597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4602;QD=5.0004;RBI=0.0983567;REFB=0.00716729;REVB=-0.0978096;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678881;STB=0.544924;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0362367;OID=.;OPOS=3807438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:19:19:5:4:19:19 chr8 6272399 . G T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6833;QD=63.8688;RBI=0.0451867;REFB=0;REVB=0.0102714;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030106;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr8 6296550 . G T 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.286;QD=59.7926;RBI=0.0364513;REFB=0.0390542;REVB=0.0177233;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00126954;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:27:16:0:0:27:16:0:1 chr8 6302183 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.82;QD=42.1827;RBI=0.0572814;REFB=0;REVB=0.0145733;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106364;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr8 6302418 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.241;QD=53.9101;RBI=0.0290411;REFB=0;REVB=-0.0239764;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51362e-05;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr8 6389889 . C A,G 896.91 PASS AF=0.0909091,0.893939;AO=6,58;DP=66;FAO=6,59;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=2,34;FSAR=4,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00920285,-0.00623336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=69.3642,54.4567;QD=54.3584;RBI=0.0459777,0.0542352;REFB=0.00870865,-0.0429179;REVB=0.0450473,0.0538758;RO=1;SAF=2,34;SAR=4,24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171372,-0.0136737;STB=0.599655,0.507244;STBP=0.252,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.046603,0.00496539;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:66:66:1:1:6,58:6,59:0.0909091,0.893939:4,24:2,34:1:0:4,25:2,34:1:0 chr8 6474473 . C G 1216.23 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217339;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.594;QD=60.0608;RBI=0.0344169;REFB=-0.141475;REVB=0.0266863;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000531172;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:43:37:0:0:43:37:0:1 chr8 6478986 . C T 523.75 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108259;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9106;QD=59.8573;RBI=0.112919;REFB=0;REVB=0.0321035;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184924;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr8 6479042 . C T 693.48 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0600005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.836;QD=60.3027;RBI=0.0638169;REFB=-0.136069;REVB=0.0217378;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00129328;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:17:28:1:0:17:28:1:0 chr8 6479178 . C A 230.37 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0325173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0701;QD=30.7163;RBI=0.0706018;REFB=-0.050604;REVB=0.0626676;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880871;STB=0.50485;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0443551;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:12:9:4:5:12:9:4:5 chr8 6500544 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.268;QD=64.1539;RBI=0.0356667;REFB=0;REVB=0.0351973;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19859e-05;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr8 6566351 . C G 82.78 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.0217897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.842;QD=2.48976;RBI=0.0234605;REFB=-0.000473189;REVB=-0.00869518;RO=114;SAF=9;SAR=9;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010991;STB=0.511266;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00312919;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:133:133:114:115:18:18:0.135338:9:9:56:58:9:9:56:59 chr8 6615663 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0498;QD=49.5918;RBI=0.0524263;REFB=0;REVB=0.0248652;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176083;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 6615754 . G A 215.83 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0157185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.969;QD=37.5353;RBI=0.0332765;REFB=-0.0337689;REVB=-0.0293301;RO=3;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225473;STB=0.530774;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00876094;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:23:23:3:4:19:19:0.826087:8:11:2:1:8:11:3:1 chr8 6673377 . CA C 375.09 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.322;QD=55.5688;RBI=0.0534892;REFB=0;REVB=0.0035529;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000428667;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:27:27:0:13:14:0:0:4:0:13:14:0:0 chr8 6690276 . T C 497.16 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0702811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6825;QD=43.2308;RBI=0.0792693;REFB=-0.00418193;REVB=0.0366631;RO=9;SAF=21;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443825;STB=0.502391;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000441834;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:16:21:5:4:16:21:5:4 chr8 6735300 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.18;QD=53.2771;RBI=0.0770041;REFB=0;REVB=0.0149441;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259276;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr8 6793540 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.408;QD=55.6556;RBI=0.0118524;REFB=0;REVB=-0.00515676;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25451e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr8 6793581 . A G 246.35 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4361;QD=46.9236;RBI=0.0324502;REFB=-0.0226918;REVB=-0.00830716;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00154777;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:0:1:15:5:0:1 chr8 7154617 . T A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3356;QD=26.6016;RBI=0.0484908;REFB=-0.00479032;REVB=-0.0453783;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00168824;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:0:2:2:6:0:2 chr8 7308386 . T C 320.49 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00592655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2532;QD=13.6378;RBI=0.00597061;REFB=-0.0130772;REVB=-0.000723967;RO=58;SAF=11;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138328;STB=0.564848;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0303017;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:58:35:36:0.382979:24:11:25:33:24:12:25:33 chr8 7308729 . G C 1255.56 PASS AF=0.660606;AO=109;DP=168;FAO=109;FDP=165;FR=.;FRO=56;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0496924;FXX=0.0178561;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4482;QD=30.4378;RBI=0.0549076;REFB=0.0212561;REVB=0.0233562;RO=55;SAF=61;SAR=48;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140576;STB=0.510232;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00875396;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:165:55:56:109:109:0.660606:48:61:32:23:48:61:33:23 chr8 7680886 . A G 76.7 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0344641;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.804;QD=11.3637;RBI=0.0346086;REFB=0.0102298;REVB=-0.00315972;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.583153;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0147082;OID=.;OPOS=7680886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:12:5:2:8:12:5 chr8 8098577 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.305;QD=57.6806;RBI=0.0176619;REFB=0;REVB=-0.0112227;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118155;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr8 8099463 . CC TA 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0287433;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.403;QD=5.95778;RBI=0.0314349;REFB=0.00191405;REVB=0.012727;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424601;STB=0.768454;STBP=0.138;TYPE=mnp;VARB=-0.0079153;OID=.;OPOS=8099463;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:5:13:2:4:5:13 chr8 8099514 . A G 52.75 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0338385;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.227;QD=6.20625;RBI=0.0363499;REFB=0.00236653;REVB=-0.0132767;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23231;STB=0.646723;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00842139;OID=.;OPOS=8099514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:8:18:4:4:8:18 chr8 8099554 . TGG CTA 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0128156;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.959;QD=4.04957;RBI=0.0181745;REFB=0.00147243;REVB=0.012887;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154147;STB=0.510608;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=-0.00521928;OID=.;OPOS=8099554;OREF=TGG;OALT=CTA;OMAPALT=CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:4:3:15:19:4:3:15:19 chr8 8099618 . T C 44.0 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0373588;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.969;QD=5.49973;RBI=0.061808;REFB=-0.0120134;REVB=0.0492397;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15473;STB=0.601483;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0289086;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:14:11:4:3:14:11 chr8 8176221 . C T 91.82 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00745364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.994;QD=30.608;RBI=0.0576409;REFB=-0.0931025;REVB=-0.0571569;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.571292;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0044736;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:6:4:0:1:6:4:0:2 chr8 8176554 . C T 1117.99 PASS AF=0.917647;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.024592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.216;QD=52.6114;RBI=0.0277951;REFB=-0.0634946;REVB=0.0129539;RO=7;SAF=37;SAR=41;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151111;STB=0.508006;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0057987;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:85:85:7:7:78:78:0.917647:41:37:4:3:41:37:4:3 chr8 8234077 . G C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0982933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3406;QD=51.9114;RBI=0.104327;REFB=0;REVB=0.0349657;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176529;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr8 8234192 . G C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2929;QD=55.6505;RBI=0.0481789;REFB=0;REVB=0.0465862;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772733;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 8234218 . CG TA 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017065;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.01;QD=59.0187;RBI=0.0211809;REFB=0;REVB=0.0125466;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000121019;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr8 8234713 . C CG,CT 104.5 PASS AF=0,1;AO=2,2;DP=19;FAO=0,13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354606,0.037974;FXX=0.235156;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=119.11,157.499;QD=32.1523;RBI=0.0354608,0.0379741;REFB=0,0;REVB=-0.000113706,-9.24717e-05;RO=15;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.411459,0.411459;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,-0.00774951;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=-,-;OALT=G,T;OMAPALT=CG,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,2:19:0,13:13:0:0,13:0,0:0:0:3:15:2,2:0,0:14:1 chr8 8439879 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0932;QD=42.1804;RBI=0.134837;REFB=0;REVB=-0.115661;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234511;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr8 8440074 . G A 242.31 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0169391;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.529;QD=42.1413;RBI=0.0267964;REFB=0.0212028;REVB=0.0207633;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951769;STB=0.551674;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000545335;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:25:23:3:3:20:20:0.869565:7:13:3:0:7:13:3:0 chr8 8560602 . C T 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1109;QD=36.3446;RBI=0.208897;REFB=-0.00943993;REVB=0.206178;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0114903;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr8 8560909 . G C 532.1 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0124875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8447;QD=49.4977;RBI=0.077439;REFB=-0.0277674;REVB=0.0764255;RO=5;SAF=21;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376573;STB=0.51787;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00879767;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:43:5:5:37:38:0.883721:16:21:2:3:17:21:2:3 chr8 8561399 . G T 363.61 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0142739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.112;QD=39.309;RBI=0.0268089;REFB=0.0113015;REVB=-0.022693;RO=7;SAF=21;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230711;STB=0.641445;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00119954;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:36:37:7:8:29:29:0.783784:8:21:1:6:8:21:1:7 chr8 8561442 . A G 359.45 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00582533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.604;QD=37.8371;RBI=0.0479076;REFB=0.0254164;REVB=0.0475521;RO=9;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194735;STB=0.605929;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00596517;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:10:19:2:7:10:19:2:7 chr8 8561452 . A G 243.89 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0149993;FXX=0.0833102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.96;QD=29.5627;RBI=0.0166179;REFB=0.0320816;REVB=-0.00715374;RO=8;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188979;STB=0.612139;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0018524;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:33:8:11:21:22:0.666667:6:15:3:5:7:15:4:7 chr8 8561536 . TG CA 172.21 PASS AF=0.653846;AO=11;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0132771;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.103;QD=26.4935;RBI=0.0150783;REFB=-0.00245903;REVB=-0.00714662;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188266;STB=0.5693;STBP=0.379;TYPE=mnp;VARB=0.00922056;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:11:17:0.653846:6:5:2:7:10:7:2:7 chr8 8561552 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.023517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6894;QD=21.0138;RBI=0.0805017;REFB=-0.0249264;REVB=0.07699;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219793;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr8 8643582 . C G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0968;QD=59.4317;RBI=0.0169772;REFB=0;REVB=-0.00945614;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361603;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr8 8747894 . A G 639.67 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00494773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.641;QD=55.6234;RBI=0.00893451;REFB=-0.0213456;REVB=-0.00743946;RO=3;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217931;STB=0.511622;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0116897;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:22:21:2:1:22:21:2:1 chr8 8819186 . T A 840.59 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-1.95168e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.226;QD=51.7285;RBI=0.017926;REFB=-0.037519;REVB=0.017926;RO=4;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950528;STB=0.500504;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00258981;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:31:30:2:2:31:30:2:2 chr8 8860620 . T C 380.6 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0719248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.238;QD=46.1328;RBI=0.0824497;REFB=-0.0639645;REVB=0.0403086;RO=4;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425055;STB=0.524399;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0104556;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:33:4:4:28:29:0.878788:16:12:1:3:16:13:1:3 chr8 9414642 . G A 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00155814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.798;QD=2.65308;RBI=0.0216759;REFB=-0.00306419;REVB=-0.0216198;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468988;STB=0.847616;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.029791;OID=.;OPOS=9414642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:8:1:27:32:8:1:27:32 chr8 9415168 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.792;QD=62.022;RBI=0.0214278;REFB=0;REVB=-0.00943129;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57747e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr8 9564437 . A G 564.81 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0063115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.676;QD=41.077;RBI=0.00634422;REFB=-0.0188824;REVB=-0.000643487;RO=9;SAF=14;SAR=32;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123558;STB=0.566342;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00371634;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:32:14:6:3:32:14:6:3 chr8 9577940 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.042;QD=56.9568;RBI=0.0151815;REFB=0;REVB=-0.0126721;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7815e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr8 9734267 . A C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00915056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.612;QD=32.822;RBI=0.0300808;REFB=-0.0275927;REVB=0.0286552;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00941824;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chr8 9734284 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.928;QD=37.4885;RBI=0.0385509;REFB=0;REVB=0.0311236;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557565;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr8 10211175 . C T 772.97 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218203;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9656;QD=57.2571;RBI=0.022572;REFB=0;REVB=-0.0057764;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021424;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr8 10285810 . T C 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000373786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.215;QD=51.1659;RBI=0.0522609;REFB=0;REVB=0.0522595;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711516;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr8 10285825 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.236;QD=49.5992;RBI=0.036245;REFB=0;REVB=-0.0217228;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53441e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr8 10333811 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0181457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.937;QD=30.592;RBI=0.0767701;REFB=-0.011593;REVB=0.0745947;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469205;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:9:10:0.833333:5:4:1:1:5:5:1:1 chr8 10383138 . G A 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0030961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.864;QD=3.04357;RBI=0.0245382;REFB=-0.00451143;REVB=-0.0243421;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205455;STB=0.644835;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0274168;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:6:3:27:27:6:3:27:27 chr8 10383226 . C G 185.13 PASS AF=0.8;AO=13;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00313582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.444;QD=37.0269;RBI=0.00620486;REFB=0.0163426;REVB=0.00535415;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.517219;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00237146;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:20:20:1:3:13:16:0.8:10:3:0:1:12:4:1:2 chr8 10390452 . C T 753.58 PASS AF=0.890625;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00318082;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.017;QD=47.0987;RBI=0.0298721;REFB=-0.0608596;REVB=-0.0297022;RO=5;SAF=32;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594787;STB=0.517043;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00297964;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:64:5:7:57:57:0.890625:25:32:3:2:25:32:5:2 chr8 10396054 . A C 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9688;QD=60.9673;RBI=0.0943425;REFB=0;REVB=-0.00895243;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968817;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr8 10464755 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.906;QD=48.7373;RBI=0.0436781;REFB=0;REVB=0.0436023;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142704;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chr8 10464885 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.298;QD=58.1421;RBI=0.0498321;REFB=0;REVB=0.025811;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222428;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr8 10465748 . T C 67.21 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.076;QD=33.6031;RBI=0.116192;REFB=0;REVB=0.0187703;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410363;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:5:3:0:0 chr8 10465771 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.747;QD=37.4882;RBI=0.0728933;REFB=0;REVB=0.0423988;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017248;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr8 10465960 . G A 58.54 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.103724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.993;QD=14.634;RBI=0.108056;REFB=-0.0793595;REVB=0.0302887;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368767;STB=0.681384;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0148468;OID=.;OPOS=10465960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:5:3:6:1:5:3:6:2 chr8 10465965 . T C 73.35 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.171541;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.867;QD=32.6019;RBI=0.171549;REFB=-0.0892107;REVB=0.00167463;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0193597;OID=.;OPOS=10465965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:9:2:1:7:8:0.888889:6:1:1:1:5:3:0:1 chr8 10467123 . G GC 918.06 PASS AF=1;AO=9;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150416;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=259.761;QD=41.7298;RBI=0.0311032;REFB=0;REVB=-0.0272243;RO=80;SAF=7;SAR=2;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000318334;OID=.;OPOS=10467124;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:90:88:88:0:49:39:0:0:18:80:7:2:42:38 chr8 10467124 . G C 1207.26 PASS AF=0.923077;AO=83;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0368939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.628;QD=53.0664;RBI=0.0369545;REFB=-0.224651;REVB=-0.00211572;RO=8;SAF=43;SAR=40;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080366;STB=0.536833;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00111614;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:91:91:8:7:83:84:0.923077:40:43:8:0:40:44:7:0 chr8 10467160 . G A 825.65 PASS AF=0.733333;AO=66;DP=90;FAO=66;FDP=90;FR=.;FRO=24;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0317917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6232;QD=36.6955;RBI=0.0402729;REFB=-0.0418438;REVB=0.0247223;RO=22;SAF=45;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138234;STB=0.588208;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0191339;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:22:24:66:66:0.733333:21:45:9:13:21:45:9:15 chr8 10467207 . C A 1084.51 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.065111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.022;QD=58.6222;RBI=0.10209;REFB=-0.133391;REVB=0.0786322;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00137149;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr8 10468171 . CG CA,TA 333.72 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223093,0.00710942;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=126.21,77.4983;QD=53.3955;RBI=0.0885262,0.0194239;REFB=0,0;REVB=0.085669,0.0180761;RO=0;SAF=12,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00034573,-0.00464415;OID=.,.;OPOS=10468172,10468171;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:22,2:23,2:0.92,0.08:10,0:12,2:0:0:11,0:12,2:0:0 chr8 10469030 . G A 61.74 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00447612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9523;QD=18.9974;RBI=0.0846661;REFB=-0.0893599;REVB=0.0845477;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293689;STB=0.666323;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00382765;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:0:5:5:3:0:5 chr8 10469340 . G A 682.59 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=66;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0144598;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.384;QD=42.0057;RBI=0.0364067;REFB=-0.0157648;REVB=0.033412;RO=10;SAF=28;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346544;STB=0.526186;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00312258;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:66:65:10:11:54:54:0.830769:26:28:4:6:26:28:4:7 chr8 10469817 . G A,C 1637.3 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=106,5;DP=112;FAO=108,4;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=54,1;FSAR=54,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165673,-0.0223298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.176,102.466;QD=57.4493;RBI=0.0485877,0.0248637;REFB=-0.113434,-0.145035;REVB=0.0456759,0.0109353;RO=1;SAF=53,2;SAR=53,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00887078,0.121807;STB=0.5,0.599463;STBP=1,0.614;TYPE=snp,snp;VARB=0.00139198,0.159993;OID=.,.;OPOS=10469817,10469817;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:112:114:1:2:106,5:108,4:0.947368,0.0350877:53,3:53,2:0:1:54,3:54,1:1:1 chr8 10530218 . C T 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.432;QD=47.809;RBI=0.0418952;REFB=0;REVB=0.0232018;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976666;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr8 10754511 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5593;QD=59.1429;RBI=0.0351251;REFB=0;REVB=0.00985561;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170838;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr8 11162496 . A C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.977;QD=61.3282;RBI=0.00900815;REFB=0;REVB=-0.0075841;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31268e-05;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr8 11184937 . G A 1523.62 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00565834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7972;QD=62.1884;RBI=0.00688998;REFB=0.0362962;REVB=-0.0039313;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00181354;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:0:1:95:97:0.989796:49:46:0:0:50:47:0:1 chr8 11188752 . G A 456.82 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0331577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.56;QD=50.7578;RBI=0.0805064;REFB=-0.196947;REVB=0.073361;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582943;STB=0.517756;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0033892;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:36:36:2:3:33:33:0.916667:15:18:0:2:15:18:1:2 chr8 11189316 . G C 414.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673519;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4613;QD=57.2244;RBI=0.0686604;REFB=0;REVB=0.0133403;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108399;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr8 11189488 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.229;QD=57.8841;RBI=0.0708691;REFB=0;REVB=0.00603772;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119587;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr8 11189535 . T C 471.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2177;QD=57.179;RBI=0.0851521;REFB=0;REVB=0.0612033;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425895;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr8 11204165 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3607;QD=50.4134;RBI=0.152778;REFB=0;REVB=-0.085086;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00536589;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chr8 11204184 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000480129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.575;QD=51.1846;RBI=0.00397662;REFB=0;REVB=0.00394753;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41064e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr8 11301753 . A C 2442.82 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0286815;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4375;QD=60.6912;RBI=0.0346673;REFB=-0.0562753;REVB=-0.0194729;RO=1;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621938;STB=0.503225;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=3.41195e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:159:160:0.993789:76:83:0:1:77:83:0:1 chr8 11414237 . T C 594.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0968064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2173;QD=60.9506;RBI=0.10617;REFB=0;REVB=-0.0435951;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235707;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr8 11418385 . G A 450.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109814;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.605;QD=58.1752;RBI=0.0211256;REFB=0;REVB=0.0180471;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8914e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 11418773 . C T 919.27 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.0323;QD=58.3662;RBI=0.0325683;REFB=0;REVB=0.018604;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248441;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:45:17:0:0:45:18:0:0 chr8 11421793 . C T 658.63 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00017256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.482;QD=56.0532;RBI=0.0741883;REFB=-0.104887;REVB=0.0741881;RO=3;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121842;STB=0.565186;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000300647;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:10:34:0:3:10:34:0:3 chr8 11619261 . T A 1018.25 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.216;QD=59.0287;RBI=0.100864;REFB=0;REVB=0.100773;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714681;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:43:24:0:0:44:25:0:0 chr8 11619334 . C T 1199.07 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2637;QD=59.9537;RBI=0.0922817;REFB=-0.0753672;REVB=0.0168959;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194923;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr8 11619635 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.388;QD=44.6898;RBI=0.0214166;REFB=0;REVB=0.0209762;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112708;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr8 11619986 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.9;QD=40.7629;RBI=0.125333;REFB=0;REVB=0.0377257;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374137;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 11620077 . GAC G 64.0 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147929;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.506;QD=36.5718;RBI=0.0155392;REFB=0;REVB=0.00475774;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000659081;OID=.;OPOS=11620078;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:8:7:7:0:4:3:0:0:3:0:2:2:0:0 chr8 11620315 . T C 772.74 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00317559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.414;QD=61.8191;RBI=0.00480585;REFB=-0.0679941;REVB=0.00360719;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000313672;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:33:16:0:0:33:16:0:1 chr8 11621351 . C G 251.65 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5246;QD=50.3292;RBI=0.013189;REFB=0;REVB=0.0128156;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00925586;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:7:13:0:0 chr8 11621450 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5034;QD=55.0964;RBI=0.089326;REFB=0;REVB=-0.0833503;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014848;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 11667179 . C T 1233.58 PASS AF=0.909091;AO=89;DP=101;FAO=90;FDP=99;FR=.;FRO=9;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0204348;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.788;QD=49.8415;RBI=0.032488;REFB=-0.0437632;REVB=-0.0252565;RO=9;SAF=49;SAR=40;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185536;STB=0.509146;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00442754;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:99:9:9:89:90:0.909091:40:49:4:5:41:49:4:5 chr8 11667238 . C G 1657.95 PASS AF=0.9;AO=116;DP=129;FAO=117;FDP=130;FR=.;FRO=13;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0227276;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.307;QD=51.014;RBI=0.0266448;REFB=-0.0287596;REVB=-0.0139069;RO=12;SAF=57;SAR=59;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280556;STB=0.511112;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00272913;OID=.;OPOS=11667238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:129:130:12:13:116:117:0.9:59:57:4:8:59:58:5:8 chr8 11683653 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=364.778;QD=57.4361;RBI=0.0288953;REFB=-0.0193456;REVB=-0.00618563;RO=1;SAF=14;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325534;STB=0.517236;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000225885;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:53:14:1:0:53:14:1:0 chr8 11689119 . G C 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7658;QD=64.1496;RBI=0.0431736;REFB=0;REVB=-0.00299885;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370853;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr8 11701842 . A C 835.16 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0604615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0766;QD=55.6775;RBI=0.076305;REFB=0.178737;REVB=0.0465495;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00452922;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr8 11701887 . CTG C,CT 641.39 PASS AF=0.825397,0;AO=42,12;DP=66;FAO=52,0;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=27,0;FSAR=25,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00497254,-0.00576061;FXX=0.0596926;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=204.598,189.228;QD=40.723;RBI=0.0307355,0.0351849;REFB=0.0141215,0.00971411;REVB=0.0303306,0.0347101;RO=10;SAF=24,5;SAR=18,7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0619765,0.013628;STB=0.52714,0.5;STBP=0.369,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00153253,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825397,0:42,12:66:52,0:63:11:27,0:25,0:4:7:60:10:24,5:18,7:4:6 chr8 11705677 . C G 193.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00704321;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.181;QD=31.0273;RBI=0.0231109;REFB=0.0194711;REVB=-0.0220115;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905855;STB=0.550207;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0101775;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:7:7:18:18:0.72:5:13:4:3:5:13:4:3 chr8 11706581 . T G 316.58 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=7.56091e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.456;QD=38.3728;RBI=0.0315399;REFB=-0.030303;REVB=0.0315399;RO=7;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586493;STB=0.53189;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0112444;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:15:11:4:3:15:11:4:3 chr8 11710888 . G C 598.22 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00700597;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.849;QD=53.175;RBI=0.0313371;REFB=-0.0958235;REVB=0.0305439;RO=4;SAF=21;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396095;STB=0.521162;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0111152;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:20:21:3:1:20:21:3:1 chr8 11793447 . T C 737.66 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.597;QD=55.6728;RBI=0.137745;REFB=0;REVB=0.020194;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156641;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:35:17:1:0:35:18:0:0 chr8 11832079 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.835;QD=56.1916;RBI=0.0427238;REFB=0;REVB=0.00230999;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36836e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr8 11872239 . C A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.677;QD=46.9598;RBI=0.128717;REFB=-0.0495698;REVB=0.0299622;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00284571;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:12:8:0:0:12:8:1:0 chr8 11995062 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.143;QD=44.689;RBI=0.0212639;REFB=0;REVB=-0.0137386;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52398e-05;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 11995274 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.227;QD=43.4862;RBI=0.0515937;REFB=0;REVB=0.0119817;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114643;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr8 12516729 . T G 149.87 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209993;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3304;QD=46.1125;RBI=0.0256653;REFB=0;REVB=0.0147559;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191693;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 12516857 . T C 662.29 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.421;QD=61.6081;RBI=0.0518664;REFB=0;REVB=0.0152995;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102915;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr8 12580049 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.202;QD=46.848;RBI=0.0169337;REFB=0;REVB=-0.00516799;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330592;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr8 12809667 . A T 3046.79 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=203;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00777339;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.342;QD=60.3324;RBI=0.00944337;REFB=0.0306696;REVB=0.00536205;RO=1;SAF=86;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041599;STB=0.500707;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000503801;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:202:1:2:200:200:0.990099:114:86:0:1:114:86:1:1 chr8 12809700 . G A 2895.38 PASS AF=0.984127;AO=185;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00550134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.285;QD=61.278;RBI=0.0426426;REFB=-0.0101759;REVB=0.0422863;RO=3;SAF=85;SAR=100;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165047;STB=0.50867;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000309663;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:189:3:3:185:186:0.984127:100:85:3:0:101:85:3:0 chr8 12878637 . A G 575.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8194;QD=60.5966;RBI=0.0489776;REFB=0;REVB=-0.0379558;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112181;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr8 12878677 . T C 710.81 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.452;QD=60.4941;RBI=0.0730116;REFB=-0.0425189;REVB=0.0696876;RO=1;SAF=10;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446822;STB=0.521729;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000503118;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:35:10:1:0:35:11:1:0 chr8 12878807 . T G 708.73 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00784064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.772;QD=54.5173;RBI=0.0153686;REFB=-0.0198278;REVB=0.0132181;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000768481;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:51:51:0.980769:35:16:0:0:34:17:0:1 chr8 12879062 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.455;QD=56.1916;RBI=0.0332185;REFB=0;REVB=0.0329811;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125876;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr8 12879099 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00989524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.817;QD=52.7696;RBI=0.0126363;REFB=0.076291;REVB=-0.00785872;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00132009;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:0:1:19:9:0:1 chr8 12879334 . T C 563.56 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1403;QD=57.8009;RBI=0.0256976;REFB=-0.179844;REVB=0.0218036;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00524859;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:26:12:0:1:26:12:0:1 chr8 12888908 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196;QD=56.7065;RBI=0.0472715;REFB=0;REVB=-0.0279833;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96421e-05;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr8 12941709 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.944;QD=54.5177;RBI=0.0300397;REFB=0;REVB=0.0256048;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57762e-05;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr8 12943065 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.765;QD=35.5759;RBI=0.0124287;REFB=0;REVB=-0.00744474;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42028e-05;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr8 12958025 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7634;QD=33.4278;RBI=0.110357;REFB=0;REVB=0.101612;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804155;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr8 13072177 . C T 1008.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.482;QD=58.4727;RBI=0.0216101;REFB=0;REVB=0.0211501;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225802;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:28:38:0:0:31:38:0:0 chr8 13356802 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2607;QD=56.7053;RBI=0.0470589;REFB=0;REVB=0.00364235;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059043;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr8 13356818 . TT CG 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174456;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=331.534;QD=55.0987;RBI=0.00174466;REFB=0;REVB=-1.80485e-05;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.31252e-06;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr8 13424583 . C T 447.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.523;QD=57.691;RBI=0.0156706;REFB=0;REVB=0.0149244;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74768e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr8 13425353 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.216;QD=55.0978;RBI=0.0237733;REFB=0;REVB=-0.00418524;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156215;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr8 15095085 . C G 570.41 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0042777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.356;QD=50.7029;RBI=0.0866268;REFB=0.0215783;REVB=0.0865211;RO=4;SAF=21;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425833;STB=0.513897;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00135029;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:4:5:40:40:0.888889:19:21:2:2:19:21:2:3 chr8 15978063 . C T 256.73 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.692;QD=44.6488;RBI=0.0456092;REFB=-0.21728;REVB=0.0436281;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00260372;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:11:10:1:0:11:10:1:1 chr8 16853208 . C G 1111.41 PASS AF=0.843137;AO=86;DP=102;FAO=86;FDP=102;FR=.;FRO=16;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0372147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.838;QD=43.5846;RBI=0.0706921;REFB=-0.0386324;REVB=-0.0601035;RO=16;SAF=52;SAR=34;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320484;STB=0.517042;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00567301;OID=.;OPOS=16853208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:102:16:16:86:86:0.843137:34:52:8:8:34:52:8:8 chr8 17092164 . G T 824.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216349;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8447;QD=55.8777;RBI=0.0273289;REFB=-0.147154;REVB=0.0166973;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00394963;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr8 17125768 . T C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.016948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.679;QD=8.23045;RBI=0.0435788;REFB=-0.0209053;REVB=-0.0401482;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278579;STB=0.675665;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.034752;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:15:10:2:8:15:10 chr8 17152857 . T G 169.57 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0837388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2658;QD=33.9136;RBI=0.0841423;REFB=0.000286838;REVB=0.00822991;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14035;STB=0.576834;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00147571;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:11:5:0:4:11:5:0:4 chr8 17230644 . G C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00564172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.237;QD=55.6056;RBI=0.0132417;REFB=-0.0429407;REVB=0.0119798;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=4.99585e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:1:0:30:28:1:0 chr8 17270763 . G C 546.85 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0847706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.329;QD=53.3516;RBI=0.0850587;REFB=-0.0693945;REVB=-0.00699504;RO=3;SAF=6;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435897;STB=0.523352;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00321957;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:32:6:1:2:32:6:1:2 chr8 17270787 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.315;QD=60.2268;RBI=0.0159629;REFB=0;REVB=-0.00184583;RO=0;SAF=3;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2192e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:34:3:0:0:34:3:0:0 chr8 17270835 . G GC 97.52 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.52544;QD=19.5039;RBI=0.0597593;REFB=-0.0599673;REVB=-0.0348772;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0810049;OID=.;OPOS=17270836;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:20:20:0:2:18:0:0:4:18:0:2:2:16 chr8 17270837 . G C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000124095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4189;QD=30.4288;RBI=0.0512129;REFB=0.0086129;REVB=-0.0512127;RO=5;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192304;STB=0.608524;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00511378;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:14:1:1:4:14:1:1:4 chr8 17415862 . A C 552.91 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0187646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.33;QD=50.2648;RBI=0.0558457;REFB=-0.0507458;REVB=0.0525988;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650846;STB=0.532694;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00520649;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:44:5:5:38:39:0.886364:19:19:4:1:19:20:4:1 chr8 17419461 . G A 219.68 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0185102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.115;QD=39.9425;RBI=0.0291744;REFB=-0.0337741;REVB=0.0225503;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434848;STB=0.526288;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00705104;OID=.;OPOS=17419461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:3:3:18:19:0.863636:9:9:2:1:10:9:2:1 chr8 17422481 . T C 300.39 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0359467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.765;QD=44.5025;RBI=0.0413779;REFB=-0.016268;REVB=0.0204932;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084107;STB=0.545418;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00101946;OID=.;OPOS=17422481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:15:9:0:3:15:9:0:3 chr8 17424920 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.208;QD=40.7629;RBI=0.0393803;REFB=0;REVB=0.0265747;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380581;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 17427541 . A G 267.36 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00541119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1885;QD=42.7771;RBI=0.0154952;REFB=0.066805;REVB=0.0145197;RO=3;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173683;STB=0.509425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0103935;OID=.;OPOS=17427541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:9:13:2:1:9:13:2:1 chr8 17486282 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.81;QD=52.6132;RBI=0.0769383;REFB=0;REVB=0.00798994;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512826;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr8 17500223 . T C 1171.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.544;QD=60.8794;RBI=0.0293085;REFB=0;REVB=0.00474554;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019135;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:46:31:0:0 chr8 17503125 . C T 1195.74 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.7692;QD=59.0488;RBI=0.0596347;REFB=0;REVB=0.046187;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433089;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:79:81:1:47:32:0:0:48:33:0:0 chr8 17503270 . G C 672.73 PASS AF=0.927273;AO=47;DP=53;FAO=51;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0360754;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.305;QD=48.9261;RBI=0.0703533;REFB=-0.109698;REVB=0.0603999;RO=2;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.5238;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0110944;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:53:55:2:4:47:51:0.927273:36:11:0:2:40:11:0:4 chr8 17503316 . T G 48.58 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=0.0151638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.303;QD=2.00337;RBI=0.0221207;REFB=0.000627936;REVB=0.0161054;RO=84;SAF=1;SAR=10;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408295;STB=0.816723;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0039827;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:84:86:11:11:0.113402:10:1:29:55:10:1:29:57 chr8 17541999 . T C 421.89 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0278247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.172;QD=46.8761;RBI=0.0809194;REFB=-0.0923779;REVB=0.0759851;RO=4;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930498;STB=0.54759;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.011815;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:31:32:0.888889:13:18:4:0:13:19:4:0 chr8 17611886 . G A 421.97 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00100458;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.884;QD=43.2793;RBI=0.0160561;REFB=-0.0459819;REVB=0.0160247;RO=7;SAF=15;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134194;STB=0.507242;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00274636;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:7:7:32:32:0.820513:17:15:3:4:17:15:3:4 chr8 17612456 . C T 230.28 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0126782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3597;QD=38.3796;RBI=0.043728;REFB=0.0077753;REVB=-0.0418497;RO=4;SAF=17;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969608;STB=0.552583;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00370262;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:3:17:4:0:3:17:4:0 chr8 17612639 . T C 129.5 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0323654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.939;QD=32.374;RBI=0.0441547;REFB=-0.0307428;REVB=0.0300354;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929408;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00163344;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:13:13:0.8125:6:7:1:1:6:7:1:2 chr8 17612875 . A G 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0611378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.528;QD=38.7913;RBI=0.0669931;REFB=0.00594107;REVB=0.0273907;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942463;STB=0.551665;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000480528;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:6:12:1:2:6:12:1:2 chr8 17796382 . AC GT,TC 506.49 PASS AF=0.828571,0.171429;AO=29,6;DP=36;FAO=29,6;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=12,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103582,0.000283369;FXX=0.0277701;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=244.042,209.001;QD=57.8851;RBI=0.0283003,0.0253673;REFB=0,0;REVB=0.0282813,0.0253657;RO=0;SAF=17,1;SAR=12,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00138387,0.0681904;OID=.,.;OPOS=17796382,17796382;OREF=AC,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:36:35:0:0:29,6:29,6:0.828571,0.171429:12,5:17,1:0:0:12,5:17,1:0:0 chr8 17814915 . A G 542.33 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155814;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.058;QD=60.2593;RBI=0.0167199;REFB=0;REVB=0.00606439;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7548e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr8 17820714 . A T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0376817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0781;QD=4.30363;RBI=0.0390225;REFB=0.00655585;REVB=-0.0101416;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284016;STB=0.686963;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0221827;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:19:7:3:3:19:7 chr8 17918934 . A G 3698.72 PASS AF=1;AO=227;DP=229;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429992;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4408;QD=63.226;RBI=0.0545335;REFB=0;REVB=0.0335406;RO=0;SAF=120;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101055;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:234:0:0:227:234:1:107:120:0:0:113:121:0:0 chr8 18077007 . G C 602.45 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0164346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.6;QD=54.7682;RBI=0.0284074;REFB=-0.0552945;REVB=0.0231707;RO=3;SAF=14;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904738;STB=0.548363;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00266271;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:27:14:3:0:27:14:3:0 chr8 18080644 . A T 301.13 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00152421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.697;QD=44.6115;RBI=0.00507018;REFB=-0.189409;REVB=0.00483565;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121653;STB=0.528278;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00249151;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:2:3:24:24:0.888889:14:10:1:1:14:10:2:1 chr8 18080651 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.144;QD=53.2759;RBI=0.0206128;REFB=0;REVB=0.00883658;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206958;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr8 18080745 . ATT AT,ATG 623.3 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=21,25;DP=49;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212507,-0.464537;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.5692,10.1784;QD=47.946;RBI=0.0695444,0.470306;REFB=0,0;REVB=0.066218,-0.0734335;RO=0;SAF=0,17;SAR=21,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00386171,0.0811442;OID=.,.;OPOS=18080746,18080747;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=AT,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961538,0.0384615:21,25:49:50,2:52:0:19,0:31,2:0:0:10:0:0,17:21,8:0:0 chr8 18080923 . G A 888.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478531;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3234;QD=58.2597;RBI=0.00518891;REFB=0;REVB=-0.00200637;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08248e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr8 18258316 . G A 411.21 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.339;QD=56.719;RBI=0.0557819;REFB=0;REVB=0.0130832;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574721;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:15:9:0:0:15:14:0:0 chr8 18513220 . C A 403.27 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0144487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.564;QD=48.8813;RBI=0.0147297;REFB=-0.0389807;REVB=-0.00286339;RO=3;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014477;STB=0.509272;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00395532;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:33:3:3:29:30:0.909091:17:12:1:2:17:13:1:2 chr8 18620570 . T C 487.66 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00713194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5979;QD=44.3324;RBI=0.0449121;REFB=-0.0959156;REVB=-0.0443422;RO=8;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126713;STB=0.554841;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0138893;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:44:44:8:7:36:37:0.840909:18:18:7:1:18:19:6:1 chr8 18729459 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.52;QD=58.6006;RBI=0.0104469;REFB=0;REVB=-0.00726653;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21809e-07;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr8 18729496 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.723;QD=62.6707;RBI=0.0267201;REFB=0;REVB=0.010825;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36377e-05;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 18729817 . GT AG 347.25 PASS AF=0.9;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334472;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.711;QD=46.3;RBI=0.0408797;REFB=-0.0508728;REVB=0.0235039;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662041;STB=0.536558;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.00163466;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:26:27:0.9:17:9:2:1:18:9:2:1 chr8 19252189 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0682638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.889;QD=4.01765;RBI=0.0870576;REFB=-0.00230715;REVB=-0.0540284;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177764;STB=0.618701;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00831929;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:6:22:4:2:6:22 chr8 19819724 . C G 493.8 PASS AF=0.804348;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0239611;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.193;QD=42.9389;RBI=0.0978526;REFB=-0.0395392;REVB=-0.0948736;RO=9;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936036;STB=0.547055;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0125506;OID=.;OPOS=19819724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:46:9:9:36:37:0.804348:17:19:7:2:17:20:7:2 chr8 19822810 . C T 427.58 PASS AF=0.769231;AO=21;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00711611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.941;QD=43.8539;RBI=0.01867;REFB=-0.0456891;REVB=-0.0172607;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397226;STB=0.533311;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0250724;OID=.;OPOS=19822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:39:39:6:6:21:30:0.769231:12:9:2:4:14:16:2:4 chr8 19824626 . C CTT 383.59 PASS AF=0.8125;AO=35;DP=55;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0144157;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=44.3091;QD=31.9656;RBI=0.0624769;REFB=0.0266407;REVB=-0.0607911;RO=15;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161327;STB=0.53263;STBP=0.383;TYPE=ins;VARB=-0.0135082;OID=.;OPOS=19824627;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:35:55:39:48:9:15:24:2:7:33:15:15:20:6:9 chr8 19824667 . C T 577.87 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00468043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.026;QD=48.1556;RBI=0.0106925;REFB=-0.0166304;REVB=-0.00961373;RO=7;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229077;STB=0.501228;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00471384;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:41:41:0.854167:29:12:2:5:29:12:2:5 chr8 20008206 . G A 313.77 PASS AF=0.787879;AO=23;DP=30;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0624245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.715;QD=38.0323;RBI=0.0687857;REFB=-0.0375885;REVB=0.0288904;RO=6;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131957;STB=0.527007;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00910398;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:33:6:7:23:26:0.787879:18:5:0:6:20:6:1:6 chr8 20068163 . T G 1023.53 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.539;QD=59.3349;RBI=0.0561712;REFB=0;REVB=0.0213346;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93435e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:48:20:0:0:49:20:0:0 chr8 20103652 . G GA 130.51 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.17565;QD=23.7282;RBI=0.254873;REFB=0;REVB=0.250731;RO=19;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0242034;OID=.;OPOS=20103653;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:22:22:22:0:10:12:0:0:3:19:3:0:7:12 chr8 20103654 . G A 162.93 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0506058;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3979;QD=31.035;RBI=0.0909402;REFB=-0.0590298;REVB=0.0755591;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164255;STB=0.50908;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.069136;OID=.;OPOS=20103654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:22:21:5:5:16:16:0.761905:9:7:2:3:9:7:2:3 chr8 20104905 . G T 370.59 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0172013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.475;QD=42.3529;RBI=0.0296835;REFB=-0.0184442;REVB=0.0241915;RO=6;SAF=24;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159962;STB=0.58709;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0033729;OID=.;OPOS=20104905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:5:24:3:3:5:24:3:3 chr8 20107601 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0623826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9692;QD=21.8421;RBI=0.0834342;REFB=-0.0581345;REVB=-0.0554046;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0175026;OID=.;OPOS=20107601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr8 21455993 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.038089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.455;QD=21.1726;RBI=0.0381927;REFB=-0.0196709;REVB=0.00281273;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222221;STB=0.624812;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0119604;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:7:1:5:7:7:1 chr8 21456116 . G A 230.27 PASS AF=0.8;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.011354;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.752;QD=36.8425;RBI=0.047801;REFB=-0.00122008;REVB=0.0464329;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933246;STB=0.55097;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00151578;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:26:25:5:5:20:20:0.8:9:11:4:1:9:11:4:1 chr8 21766970 . CG CC,C 37.74 PASS AF=0.09375,0.25;AO=3,7;DP=32;FAO=3,8;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=0,1;FSAR=3,7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0499491,0.0605931;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=26.0784,14.1738;QD=4.71762;RBI=0.0509082,0.0609135;REFB=-0.0416796,-0.0662112;REVB=0.00983507,0.00623911;RO=21;SAF=0,1;SAR=3,6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.637716,-0.552557;STB=0.996955,0.866316;STBP=0.031,0.027;TYPE=snp,del;VARB=0.0727662,0.13035;OID=.,.;OPOS=21766971,21766971;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.09375,0.25:3,7:32:3,8:32:21:0,1:3,7:13:8:23:21:0,1:3,6:13:8 chr8 21846586 . G C 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00530543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.927;QD=46.3204;RBI=0.0317249;REFB=-0.0206892;REVB=0.0312782;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922593;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00173943;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:2:0:14:9:2:0 chr8 21862551 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00262874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7107;QD=25.4671;RBI=0.0510752;REFB=0.0450476;REVB=0.0510075;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0137766;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:2:1:4:5:2:1 chr8 21927460 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.355;QD=53.2771;RBI=0.0342686;REFB=0;REVB=-0.0119582;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84837e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr8 21939435 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.527;QD=62.9801;RBI=0.0932317;REFB=0;REVB=0.0358893;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159732;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr8 21961834 . G A 672.31 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7122;QD=61.1187;RBI=0.0263435;REFB=0;REVB=0.0205414;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249063;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr8 21965113 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.96;QD=48.7372;RBI=0.0516009;REFB=0;REVB=0.019205;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561985;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 22021289 . C T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00200452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.914;QD=5.12634;RBI=0.0534923;REFB=-0.0133677;REVB=-0.0534547;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399663;STB=0.75625;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0360297;OID=.;OPOS=22021289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:3:6:12:25:3:6:12:25 chr8 22054197 . T C 275.03 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00391012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0749;QD=39.2904;RBI=0.0587552;REFB=-0.0517614;REVB=-0.0586249;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746254;STB=0.543094;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00547986;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:27:28:5:5:22:23:0.821429:9:13:4:1:10:13:4:1 chr8 22079355 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.837;QD=44.6897;RBI=0.0110793;REFB=0;REVB=-0.00252663;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51735e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 22108611 . A C 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00435204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5954;QD=4.78674;RBI=0.0137604;REFB=-0.000346886;REVB=-0.013054;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134798;STB=0.579067;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000981803;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:3:5:17:16:3:5:18:16 chr8 22262321 . T C 786.35 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.878;QD=56.1681;RBI=0.0381961;REFB=0;REVB=0.0359898;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488148;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr8 22262418 . A G 753.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.25;QD=56.8472;RBI=0.0334307;REFB=0;REVB=0.00271549;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47905e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 745.88 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032223;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=159.987;QD=63.4791;RBI=0.0336314;REFB=0;REVB=0.00963054;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.82281e-05;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:47:47:0:24:23:0:0:4:2:22:23:1:1 chr8 22428658 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5874;QD=42.1808;RBI=0.0833488;REFB=0;REVB=-0.083327;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125292;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 22442661 . A G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.433;QD=46.9589;RBI=0.0259062;REFB=-0.0408449;REVB=-0.00779947;RO=1;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026357;STB=0.514272;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0018308;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:17:3:0:1:17:3:0:1 chr8 22463623 . C T 1027.6 PASS AF=0.891566;AO=73;DP=82;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0136622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.15;QD=49.5229;RBI=0.033125;REFB=-0.024675;REVB=0.0301764;RO=9;SAF=33;SAR=40;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215396;STB=0.510468;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00361909;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:83:9:9:73:74:0.891566:40:33:5:4:40:34:5:4 chr8 22471824 . G A 551.63 PASS AF=0.851064;AO=38;DP=45;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0191547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.349;QD=46.9471;RBI=0.0237886;REFB=-0.0279397;REVB=0.0141066;RO=6;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013499;STB=0.518192;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00474921;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:47:6:7:38:40:0.851064:17:21:3:3:18:22:3:4 chr8 22472255 . C CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT 163.58 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203986;FXX=0.277624;HRUN=0;LEN=22;MLLD=346.003;QD=50.3323;RBI=0.024392;REFB=0;REVB=-0.0133742;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00036149;OID=.;OPOS=22472256;OREF=-;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT;OMAPALT=CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:18:13:13:0:11:2:0:0:3:4:10:2:3:1 chr8 22473158 . C T 169.72 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00526966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.368;QD=33.9438;RBI=0.00563794;REFB=-0.0406182;REVB=0.00200427;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127953;STB=0.526994;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00385314;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:3:4:16:16:0.8:10:6:1:2:10:6:1:3 chr8 22473465 . T C 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0438497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.375;QD=32.2487;RBI=0.0441179;REFB=-0.0776385;REVB=0.00485742;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100709;STB=0.555494;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0344027;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:8:10:2:4:8:10:2:4 chr8 22473850 . T C 353.96 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00361427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3823;QD=39.3285;RBI=0.0312652;REFB=-0.0153429;REVB=0.0310556;RO=7;SAF=22;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203921;STB=0.611029;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00777608;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:7:22:2:5:7:22:2:5 chr8 22477131 . ACAT A 241.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0018367;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.903;QD=34.5039;RBI=0.0231723;REFB=-0.0446755;REVB=0.0230994;RO=5;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435648;STB=0.511934;STBP=0.874;TYPE=del;VARB=0.0118733;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:21:28:21:28:7:10:11:3:4:44:5:10:11:3:2 chr8 22481449 . A G 2196.19 PASS AF=0.896739;AO=101;DP=179;FAO=165;FDP=184;FR=.;FRO=19;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.148356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.843;QD=47.7433;RBI=0.148563;REFB=-0.0854007;REVB=0.00785341;RO=16;SAF=13;SAR=88;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15476;STB=0.500305;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00708738;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:179:184:16:19:101:165:0.896739:88:13:7:9:96:69:8:11 chr8 22482851 . A C 237.34 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.581;QD=49.9663;RBI=0.0585051;REFB=0;REVB=-0.00170077;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385066;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr8 22491980 . G T 1151.85 PASS AF=0.89011;AO=82;DP=91;FAO=81;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000832979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.126;QD=50.6307;RBI=0.00500723;REFB=-0.0199703;REVB=0.00493746;RO=9;SAF=40;SAR=42;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809543;STB=0.502037;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00471914;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:9:10:82:81:0.89011:42:40:4:5:42:39:5:5 chr8 22492052 . G A 780.58 PASS AF=0.813333;AO=61;DP=75;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000988117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.014;QD=41.631;RBI=0.00105213;REFB=-0.0352547;REVB=0.000361388;RO=10;SAF=23;SAR=38;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616396;STB=0.564843;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00375067;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:10:14:61:61:0.813333:38:23:6:4:38:23:10:4 chr8 22570901 . C T 938.14 PASS AF=0.873418;AO=69;DP=79;FAO=69;FDP=79;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0197994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8207;QD=47.5006;RBI=0.0217269;REFB=-0.046314;REVB=-0.00894662;RO=10;SAF=34;SAR=35;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172492;STB=0.500917;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00868913;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:79:10:10:69:69:0.873418:35:34:5:5:35:34:5:5 chr8 22570907 . GT G 606.54 PASS AF=0.883117;AO=61;DP=77;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0819535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.5529;QD=31.5086;RBI=0.0834379;REFB=0.0505557;REVB=-0.0156684;RO=10;SAF=29;SAR=32;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.019996;STB=0.504779;STBP=0.827;TYPE=del;VARB=-0.00628362;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.883117:61:77:68:77:9:33:35:4:5:16:10:29:32:4:6 chr8 22570935 . T C 1004.03 PASS AF=0.840909;AO=74;DP=88;FAO=74;FDP=88;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0522494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5466;QD=45.6377;RBI=0.0548599;REFB=-0.0181843;REVB=-0.0167214;RO=14;SAF=31;SAR=43;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411845;STB=0.521913;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00475295;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:88:88:14:14:74:74:0.840909:43:31:4:10:43:31:4:10 chr8 22571018 . A G 955.37 PASS AF=0.875;AO=69;DP=79;FAO=70;FDP=80;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0377001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.158;QD=47.7687;RBI=0.0395152;REFB=0.0110424;REVB=0.0118387;RO=10;SAF=27;SAR=42;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229366;STB=0.51136;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00204142;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:80:10:10:69:70:0.875:42:27:3:7:43:27:3:7 chr8 22864622 . T C 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6946;QD=58.2357;RBI=0.0533177;REFB=0;REVB=-0.0187093;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000703434;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr8 22886020 . A G 592.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.804;QD=60.7968;RBI=0.0201312;REFB=0;REVB=0.00940087;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63552e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:18:21:0:0 chr8 22960704 . G C 870.01 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0655793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0858;QD=56.1299;RBI=0.0708062;REFB=0.0413814;REVB=0.0266998;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00807033;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr8 22974325 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.758;QD=39.2067;RBI=0.0771396;REFB=0;REVB=0.0669816;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874737;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr8 22974450 . T C 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.996;QD=35.5605;RBI=0.0715237;REFB=0;REVB=0.0697765;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637252;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr8 23001988 . A G 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.956;QD=59.0368;RBI=0.113069;REFB=0.0430513;REVB=-0.11233;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00192937;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr8 23049292 . C T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00785188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.934;QD=3.07319;RBI=0.0100315;REFB=-0.00564503;REVB=0.00624327;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.566439;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0405171;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:4:2:15:21:4:2:15:22 chr8 23059324 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2227;QD=57.2024;RBI=0.0720639;REFB=0;REVB=0.0278295;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013082;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr8 23060256 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0642;QD=57.2373;RBI=0.0525552;REFB=0;REVB=0.0524955;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043229;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr8 23118493 . C CT 439.09 PASS AF=0.839286;AO=6;DP=60;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.112408;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2274;QD=31.3638;RBI=0.150094;REFB=-0.0356416;REVB=0.0994621;RO=54;SAF=6;SAR=0;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607141;STB=0.539861;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=0.026647;OID=.;OPOS=23118494;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.839286:6:60:47:56:9:25:22:7:2:18:54:6:0:27:27 chr8 23118495 . C T 481.62 PASS AF=0.745763;AO=40;DP=55;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0666842;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.8295;QD=32.6523;RBI=0.102162;REFB=-0.127123;REVB=0.0773968;RO=15;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207765;STB=0.609243;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0265683;OID=.;OPOS=23118495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:55:59:15:15:40:44:0.745763:22:18:13:2:25:19:13:2 chr8 23147564 . G A 383.33 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.02;QD=49.4614;RBI=0.209022;REFB=-0.180517;REVB=0.18342;RO=3;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959679;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0272517;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:3:1:28:30:0.967742:13:15:0:3:15:15:0:1 chr8 23148930 . A G 1335.16 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361979;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.247;QD=62.831;RBI=0.0363241;REFB=0;REVB=-0.00302631;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310862;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr8 23148940 . G A 1463.12 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131365;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.436;QD=62.9301;RBI=0.0291477;REFB=0;REVB=0.0260196;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144111;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr8 23150878 . T G 1339.33 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.23;QD=62.2942;RBI=0.0254871;REFB=0;REVB=-0.00874396;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59842e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:44:42:0:0 chr8 23152334 . A G 694.91 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153699;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.66;QD=63.1732;RBI=0.0174573;REFB=0;REVB=0.00827785;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235462;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr8 23153022 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.853;QD=58.7806;RBI=0.0240626;REFB=0;REVB=0.00396698;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83701e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr8 23154982 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.89;QD=40.7629;RBI=0.0420091;REFB=0;REVB=0.0384505;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358406;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr8 23154989 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.129;QD=42.1826;RBI=0.0541236;REFB=0;REVB=0.0364068;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763952;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr8 23174499 . G A 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00022532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3161;QD=45.3099;RBI=0.0361935;REFB=0.0887644;REVB=0.0361928;RO=2;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834051;STB=0.511619;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0106524;OID=.;OPOS=23174499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:2:3:25:25:0.892857:11:14:1:1:11:14:2:1 chr8 23190926 . C T 470.45 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0204047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.128;QD=44.8046;RBI=0.0437098;REFB=-0.0727371;REVB=0.0386548;RO=7;SAF=21;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371594;STB=0.519989;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00433029;OID=.;OPOS=23190926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:42:42:7:7:35:35:0.833333:14:21:5:2:14:21:5:2 chr8 23190941 . T C 586.89 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00482497;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.551;QD=49.948;RBI=0.0484344;REFB=-0.0229441;REVB=-0.0481934;RO=6;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715423;STB=0.538282;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00523046;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:47:6:6:41:41:0.87234:19:22:5:1:19:22:5:1 chr8 23190995 . T C 650.99 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00590857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6912;QD=54.249;RBI=0.0180336;REFB=0.00769002;REVB=-0.0170382;RO=4;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536256;STB=0.528559;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000548765;OID=.;OPOS=23190995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:33:11:0:4:33:11:0:4 chr8 23290451 . C T 654.85 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0192333;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.035;QD=54.5706;RBI=0.0255583;REFB=-0.0124398;REVB=0.0168318;RO=4;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355448;STB=0.501897;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00130272;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:49:48:4:4:44:44:0.916667:21:23:2:2:21:23:2:2 chr8 23292985 . A G 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0433216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.328;QD=48.6084;RBI=0.0467764;REFB=0.00381939;REVB=0.017643;RO=2;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102757;STB=0.555511;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000301185;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:18:8:2:0:18:8:2:0 chr8 23423697 . G A 385.46 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.024669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5535;QD=41.6718;RBI=0.0446438;REFB=-0.0161157;REVB=0.037209;RO=7;SAF=19;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752996;STB=0.540769;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00503355;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:37:7:7:30:30:0.810811:11:19:3:4:11:19:3:4 chr8 23431192 . G T 559.3 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0740417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2559;QD=47.6;RBI=0.074124;REFB=0.0423167;REVB=0.0034935;RO=7;SAF=25;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266345;STB=0.514279;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00883233;OID=.;OPOS=23431192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:15:25:5:2:15:25:5:2 chr8 23431344 . C A 187.93 PASS AF=0.75;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.146522;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5182;QD=37.5869;RBI=0.152947;REFB=-0.073899;REVB=0.0438621;RO=3;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244872;STB=0.63617;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0212276;OID=.;OPOS=23431344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:21:20:3:3:14:15:0.75:10:4:3:0:11:4:3:0 chr8 23431407 . A G 340.99 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0243513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.152;QD=42.6243;RBI=0.0245334;REFB=-0.0263742;REVB=0.0029841;RO=5;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221473;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00955612;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:16:11:2:3:16:11:2:3 chr8 23431700 . C G 383.72 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0140256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.026;QD=47.9648;RBI=0.0255588;REFB=-0.0435159;REVB=0.0213667;RO=3;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236751;STB=0.514029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00340353;OID=.;OPOS=23431700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:32:3:3:28:29:0.90625:13:15:2:1:14:15:2:1 chr8 23432033 . C A 299.14 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0572508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.734;QD=46.0213;RBI=0.0591483;REFB=-0.0179866;REVB=0.0148617;RO=2;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10243;STB=0.555508;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000198753;OID=.;OPOS=23432033;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:8:15:0:2:8:16:0:2 chr8 23432213 . T C 585.52 PASS AF=0.930233;AO=35;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0702149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.555;QD=54.4673;RBI=0.0859226;REFB=-0.0374642;REVB=0.0495233;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651526;STB=0.529397;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00370086;OID=.;OPOS=23432213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:35:40:0.930233:20:15:0:3:24:16:0:3 chr8 23432314 . T C 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0522704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.407;QD=33.3755;RBI=0.0529488;REFB=0.0150005;REVB=0.00844847;RO=6;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293677;STB=0.516112;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00222855;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:15:4:1:5:15:4:1:5 chr8 23432326 . T A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.235;QD=50.1344;RBI=0.0266706;REFB=-0.120853;REVB=0.00400151;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237806;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00122103;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:19:5:0:1:19:5:0:1 chr8 23432776 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.353;QD=57.3858;RBI=0.019232;REFB=0;REVB=0.0155293;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90278e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr8 23934594 . C T 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00226679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.201;QD=1.87101;RBI=0.0203673;REFB=0.00278716;REVB=-0.0202408;RO=61;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496842;STB=0.876465;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0112693;OID=.;OPOS=23934594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:1:6:25:36:1:6:25:36 chr8 24208847 . G A 500.51 PASS AF=0.767857;AO=43;DP=56;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0138178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.072;QD=35.7507;RBI=0.016092;REFB=-0.0286762;REVB=0.00824748;RO=13;SAF=22;SAR=21;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011569;STB=0.506231;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0114812;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:13:13:43:43:0.767857:21:22:7:6:21:22:7:6 chr8 24211278 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.644;QD=53.9112;RBI=0.0253809;REFB=0;REVB=-0.0139051;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71009e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 24211331 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.062;QD=54.5165;RBI=0.0118731;REFB=0;REVB=-0.0104336;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74599e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC,C 338.24 PASS AF=0.596154,0.0384615;AO=31,2;DP=52;FAO=31,2;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=14,0;FSAR=17,2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00454697,0.0403622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=264.207,61.7226;QD=26.0181;RBI=0.00622666,0.0440383;REFB=-0.00432132,0.0097042;REVB=-0.00425399,0.0176144;RO=18;SAF=14,0;SAR=17,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0325766,-0.521726;STB=0.528479,0.994802;STBP=0.63,0.177;TYPE=ins,snp;VARB=0.00571096,-0.0456468;OID=.,.;OPOS=24211885,24211884;OREF=-,A;OALT=TGTC,C;OMAPALT=ATGTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:19:31,2:31,2:0.596154,0.0384615:17,2:14,0:9:9:17,2:14,0:10:9 chr8 24211888 . C CTGTCT 90.69 PASS AF=0.276596;AO=8;DP=52;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0214568;FXX=0.040808;HRUN=6;LEN=5;MLLD=289.517;QD=7.71829;RBI=0.0214972;REFB=-0.0146228;REVB=-0.00131788;RO=43;SAF=1;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478989;STB=0.536368;STBP=0.774;TYPE=ins;VARB=0.0588802;OID=.;OPOS=24211889;OREF=-;OALT=TGTCT;OMAPALT=CTGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:8:52:13:47:34:6:7:14:20:90:43:1:7:21:22 chr8 24774683 . C A 491.82 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00282148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3852;QD=51.7705;RBI=0.0404421;REFB=-0.160359;REVB=0.0403436;RO=3;SAF=26;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756604;STB=0.540619;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0146855;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:9:26:1:2:9:26:1:2 chr8 24810088 . T A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.726;QD=56.1893;RBI=0.015275;REFB=0;REVB=-0.00313068;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394871;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr8 25182969 . C T 559.79 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0009666;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.333;QD=53.3132;RBI=0.0181244;REFB=-0.0239316;REVB=0.0180986;RO=3;SAF=11;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726669;STB=0.502145;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00349754;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:42:3:3:38:39:0.928571:27:11:1:2:27:12:1:2 chr8 25203022 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.716;QD=49.5991;RBI=0.0732863;REFB=0;REVB=-0.00948667;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588591;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr8 25220572 . A T 34.63 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0178122;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.711;QD=3.55162;RBI=0.0178598;REFB=0.00111317;REVB=0.00130362;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148934;STB=0.606777;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00513169;OID=.;OPOS=25220572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:41:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:15:18:4:2:15:18 chr8 25234858 . A G 1229.77 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.589;QD=59.9887;RBI=0.116255;REFB=-0.0671982;REVB=-0.00556323;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00388501;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:46:35:0:1:46:35:0:1 chr8 25317824 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.737;QD=60.2302;RBI=0.0415011;REFB=0;REVB=-0.00914171;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212391;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr8 25323777 . T C 361.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182366;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.384;QD=55.6902;RBI=0.0304736;REFB=0;REVB=0.0244144;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110811;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 25325730 . T C 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00372304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.659;QD=2.02119;RBI=0.0780518;REFB=0.00622177;REVB=0.0779629;RO=93;SAF=8;SAR=4;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185039;STB=0.636132;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0258801;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:4:8:48:45:4:8:48:45 chr8 25364834 . A T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00913981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.655;QD=2.21212;RBI=0.0101759;REFB=-0.00519054;REVB=0.00447362;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427349;STB=0.53322;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0512243;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:4:2:18:31:4:2:18:31 chr8 26240646 . A G 1948.87 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150073;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.666;QD=61.8687;RBI=0.0275523;REFB=0;REVB=-0.0231064;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453315;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:64:61:0:0:65:61:0:0 chr8 26269191 . C T 517.97 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000377321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.255;QD=54.5227;RBI=0.015552;REFB=-0.113418;REVB=0.0155474;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00120831;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:2:0:17:19:2:0 chr8 26362201 . A T 398.04 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00631394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7465;QD=51.3594;RBI=0.00693;REFB=-0.17297;REVB=0.00285642;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00465598;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:1:1:29:30:0.967742:18:11:1:0:18:12:0:1 chr8 26481666 . C T 806.44 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0138654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.482;QD=51.2026;RBI=0.0224909;REFB=-0.000986599;REVB=0.0177086;RO=4;SAF=31;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269613;STB=0.514312;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=7.33795e-05;OID=.;OPOS=26481666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:28:31:3:1:28:31:3:1 chr8 26481771 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6497;QD=62.9776;RBI=0.00882942;REFB=0;REVB=-0.00868094;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79706e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr8 26510792 . T C 1016.13 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.903;QD=58.9062;RBI=0.0504521;REFB=0;REVB=0.0274137;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04243e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:69:0:0:61:69:1:30:31:0:0:30:39:0:0 chr8 26515138 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.92;QD=59.4319;RBI=0.00756317;REFB=0;REVB=0.00320528;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35747e-05;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr8 26628028 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.757;QD=62.0206;RBI=0.0332562;REFB=0;REVB=0.010397;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150251;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr8 26636906 . T A 264.19 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0975341;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.377;QD=39.1397;RBI=0.102484;REFB=0.00104722;REVB=0.0314669;RO=5;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15845;STB=0.586132;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00275997;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:27:5:5:21:22:0.814815:12:9:0:5:12:10:0:5 chr8 26636925 . T C 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4302;QD=55.0757;RBI=0.0240044;REFB=0;REVB=-0.00275767;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635737;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 26716715 . G A 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00528105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.738;QD=51.4336;RBI=0.0359005;REFB=-0.0386731;REVB=-0.03551;RO=4;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136148;STB=0.507285;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00425674;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:26:12:1:3:26:12:1:3 chr8 26944733 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.025;QD=59.0186;RBI=0.0248567;REFB=0;REVB=-0.0247394;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4592e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr8 27101204 . T A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.617;QD=59.1426;RBI=0.0119738;REFB=0;REVB=0.0117548;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16851e-06;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr8 27101206 . A C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.591;QD=59.1429;RBI=0.0149674;REFB=0;REVB=-0.0142954;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00079e-05;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr8 27147716 . A C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0260309;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.932;QD=6.81341;RBI=0.0302647;REFB=-0.00412222;REVB=-0.0154384;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531742;STB=0.824499;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0203198;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:4:15:2:5:4:15 chr8 27255128 . T C 826.82 PASS AF=0.810127;AO=64;DP=78;FAO=64;FDP=79;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0212603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.421;QD=41.8645;RBI=0.0532735;REFB=-0.00704084;REVB=0.0488474;RO=14;SAF=27;SAR=37;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267893;STB=0.52154;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000303273;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:78:79:14:15:64:64:0.810127:37:27:7:7:37:27:8:7 chr8 27255146 . G A 872.71 PASS AF=0.835443;AO=65;DP=80;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00192612;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.324;QD=44.1879;RBI=0.0302351;REFB=-0.0286891;REVB=0.0301737;RO=13;SAF=30;SAR=35;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08415e-08;STB=0.501347;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00503029;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:80:79:13:13:65:66:0.835443:35:30:6:7:35:31:6:7 chr8 27255263 . A G 431.19 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00917044;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.398;QD=42.067;RBI=0.00980331;REFB=0.0039348;REVB=0.00346525;RO=8;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505882;STB=0.52731;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00110141;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:16:17:3:5:16:17:3:5 chr8 27301725 . C G 353.59 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0270485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.634;QD=41.5988;RBI=0.0274529;REFB=-0.00903933;REVB=-0.00469504;RO=6;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430476;STB=0.523288;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00264938;OID=.;OPOS=27301725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:15:13:2:4:15:13:2:4 chr8 27308585 . A C 462.23 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00200726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.623;QD=47.4078;RBI=0.0106958;REFB=-0.0037609;REVB=-0.0105057;RO=5;SAF=18;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309017;STB=0.516607;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000516701;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:16:18:2:3:16:18:2:3 chr8 27311703 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00555841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.727;QD=55.5196;RBI=0.00641347;REFB=-0.063969;REVB=0.00319948;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00182405;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr8 27315876 . A G 510.96 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00186507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.471;QD=42.5799;RBI=0.035783;REFB=-0.0322961;REVB=0.0357343;RO=10;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170305;STB=0.591879;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.016801;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:24:14:8:2:24:14:8:2 chr8 27315900 . A G 570.56 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0179713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.195;QD=46.5763;RBI=0.0186733;REFB=-0.0350661;REVB=-0.00507205;RO=8;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103014;STB=0.555305;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00426102;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:8:8:41:41:0.836735:24:17:6:2:24:17:6:2 chr8 27324822 . T C 744.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.157;QD=56.2237;RBI=0.00974508;REFB=0;REVB=0.00395895;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63489e-05;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:33:18:0:0:34:19:0:0 chr8 27324844 . G A 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0895124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1996;QD=2.56793;RBI=0.108254;REFB=0.00741258;REVB=0.0608802;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219283;STB=0.659522;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0252393;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:3:3:14:30:3:3:14:30 chr8 27373923 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.528;QD=50.6201;RBI=0.0364234;REFB=-0.0216855;REVB=0.0310317;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204508;STB=0.510995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00186278;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:19:10:1:1:19:10:1:1 chr8 27396208 . G A 310.26 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0204744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.247;QD=34.4737;RBI=0.0228459;REFB=-0.0459908;REVB=0.0101357;RO=8;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466553;STB=0.516342;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0192591;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:36:8:10:26:26:0.722222:9:17:6:2:9:17:6:4 chr8 27401964 . A C 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.119803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2707;QD=26.5667;RBI=0.120374;REFB=-0.0153176;REVB=0.0117039;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986657;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000808755;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:1:3:6:5:1:3 chr8 27462481 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9596;QD=61.6826;RBI=0.0104302;REFB=0;REVB=0.0093805;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156642;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr8 27528446 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.312;QD=48.7371;RBI=0.0573874;REFB=0;REVB=-0.052489;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148909;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr8 27559214 . G A 34.76 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.02604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.392;QD=4.48515;RBI=0.0631501;REFB=-0.0179525;REVB=-0.0575313;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385824;STB=0.758529;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.108324;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:1:5:13:11:1:5:14:11 chr8 27591164 . C T 466.25 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665341;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.653;QD=58.2818;RBI=0.0686387;REFB=0;REVB=-0.0168665;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449378;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:23:9:0:0 chr8 27592828 . G A 1452.64 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6254;QD=63.1581;RBI=0.0727549;REFB=0;REVB=0.0703335;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623154;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:55:36:0:0:56:36:0:0 chr8 27631179 . A C 341.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.119;QD=54.5909;RBI=0.0683812;REFB=0;REVB=0.0421112;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809209;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr8 27737198 . A G 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0196376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.707;QD=40.5193;RBI=0.0197635;REFB=0.00375239;REVB=-0.00222677;RO=9;SAF=29;SAR=15;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03599;STB=0.519313;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.001738;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:15:29:5:4:15:29:5:4 chr8 27779093 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.054;QD=42.7085;RBI=0.140338;REFB=-0.015861;REVB=0.139579;RO=2;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366475;STB=0.519979;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0116236;OID=.;OPOS=27779093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:6:13:1:1:6:13:1:1 chr8 27903069 . C T 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00790984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.357;QD=2.79774;RBI=0.025505;REFB=-0.00503365;REVB=-0.0242474;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.585097;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0319593;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:4:5:26:31:4:5:26:31 chr8 27915830 . T C 1637.47 PASS AF=0.974138;AO=109;DP=113;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0375826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.668;QD=56.4646;RBI=0.0877826;REFB=-0.164916;REVB=0.0793305;RO=4;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421277;STB=0.515461;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00509841;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:116:4:3:109:113:0.974138:43:66:0:4:47:66:0:3 chr8 27918057 . T C 181.13 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00555854;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.988;QD=40.2503;RBI=0.0376705;REFB=-0.0539708;REVB=0.0372582;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.553121;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000830837;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:18:1:2:16:16:0.888889:3:13:1:0:3:13:1:1 chr8 27925204 . T C 343.27 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.11;QD=49.0385;RBI=0.0212666;REFB=-0.0510054;REVB=0.0104808;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00134592;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:28:2:1:25:27:0.964286:9:16:1:1:9:18:0:1 chr8 27927849 . C G 379.69 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657123;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.12;QD=56.2508;RBI=0.0658135;REFB=0;REVB=0.0036489;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8818e-05;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 27931875 . A G 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00750307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.041;QD=51.4336;RBI=0.0234987;REFB=-0.00309728;REVB=0.0222687;RO=4;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143614;STB=0.507688;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000390178;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:22:16:2:2:22:16:2:2 chr8 28304769 . CA AT,TA 512.08 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303654,-0.0106893;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.5778,142.211;QD=58.5229;RBI=0.0304044,0.0107119;REFB=0,0;REVB=0.00153955,-0.000696001;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0338016,-0.000506649;OID=.,.;OPOS=28304769,28304769;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:2,31:1,34:0.0285714,0.971429:1,18:1,13:0:0:1,19:0,15:0:0 chr8 28384712 . A G 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.582;QD=60.3732;RBI=0.0147637;REFB=0;REVB=-0.0133962;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04722e-05;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr8 28574803 . G A 526.64 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0138624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.083;QD=47.8765;RBI=0.033546;REFB=-0.000751856;REVB=0.0305478;RO=6;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771509;STB=0.542147;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000288627;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:44:6:6:37:38:0.863636:17:20:5:1:18:20:5:1 chr8 28651298 . AAA CAC 65.86 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159551;FXX=0.363306;HRUN=15;LEN=3;MLLD=180.775;QD=37.6331;RBI=0.0520868;REFB=0;REVB=0.0495829;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000485422;OID=.;OPOS=28651298;OREF=AAA;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:8:7:0:0:2:7:1:1:1:0:0:4:3:0:0 chr8 29197672 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.514;QD=51.1729;RBI=0.0975658;REFB=0;REVB=-0.0975451;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172788;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr8 29927300 . C G 609.75 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199855;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.02;QD=60.9747;RBI=0.0229505;REFB=0;REVB=-0.011283;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772486;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:20:20:0:0 chr8 29927321 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.77;QD=59.8306;RBI=0.0562409;REFB=0;REVB=0.0242678;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239802;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr8 29965519 . T C 306.12 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1367;QD=53.2376;RBI=0.0491466;REFB=0;REVB=0.0469116;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165403;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr8 29989564 . A G 632.5 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9663;QD=61.7076;RBI=0.122229;REFB=0;REVB=0.120604;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010613;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr8 29996158 . A G 538.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.507;QD=59.8545;RBI=0.0499622;REFB=0;REVB=0.0476739;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112261;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr8 29996256 . T C 668.67 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8287;QD=62.2015;RBI=0.0639241;REFB=0;REVB=0.0638077;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342463;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1102.86 PASS AF=0.916667;AO=77;DP=87;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00710487;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.822;QD=52.5173;RBI=0.0298028;REFB=-0.0230277;REVB=0.0289435;RO=9;SAF=21;SAR=56;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118076;STB=0.558124;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.00192562;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:77:87:77:84:7:21:56:6:1:26:9:21:56:7:2 chr8 30501232 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2738;QD=42.1824;RBI=0.0982007;REFB=0;REVB=-0.0968568;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127543;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 30608976 . C T 579.82 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0635;QD=57.9822;RBI=0.0352447;REFB=-0.0852375;REVB=-0.0328052;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00151484;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:38:39:0.975:19:19:0:0:20:19:0:1 chr8 30620840 . G GT,T 628.6 PASS AF=1,0;AO=42,2;DP=52;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.174456,-0.127473;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=17.6463,11.513;QD=51.3139;RBI=0.213077,0.176944;REFB=0,0;REVB=-0.122339,-0.122719;RO=4;SAF=23,2;SAR=19,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0486263,0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00733998,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:49:4:0:42,2:49,0:1,0:19,0:23,2:1:3:21,0:28,0:0:0 chr8 30924557 . C T 618.34 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205717;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.428;QD=61.834;RBI=0.021606;REFB=0;REVB=0.0215079;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103091;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr8 30973957 . G T 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0116616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.514;QD=45.1799;RBI=0.0168327;REFB=-0.0303495;REVB=-0.0121387;RO=6;SAF=22;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00470185;STB=0.502511;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00228147;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:24:22:3:3:24:22:3:3 chr8 30999280 . G T 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.373;QD=46.059;RBI=0.0126093;REFB=0.0293305;REVB=0.00266836;RO=4;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730121;STB=0.503934;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00104679;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:21:8:1:3:21:8:1:3 chr8 32663420 . A G 973.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.463;QD=58.9776;RBI=0.0259905;REFB=0;REVB=-0.00439095;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61264e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr8 33313329 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000584456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.413;QD=54.5176;RBI=0.0174421;REFB=0;REVB=0.0174323;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150748;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr8 33356074 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.375;QD=51.1846;RBI=0.0213259;REFB=0;REVB=0.00610444;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117158;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 33369944 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000462098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6372;QD=57.2011;RBI=0.0284407;REFB=0;REVB=-0.028437;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561621;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr8 33369994 . A G 341.5 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2833;QD=54.6404;RBI=0.0401661;REFB=0;REVB=-0.0274716;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00072153;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:14:11:0:0 chr8 33416189 . G A 306.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5964;QD=53.2356;RBI=0.0721497;REFB=0;REVB=0.0255459;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102994;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr8 33416222 . C T 239.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5187;QD=50.3942;RBI=0.0281409;REFB=0;REVB=0.0110373;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463434;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr8 33437926 . C T 439.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.149;QD=56.7;RBI=0.0388342;REFB=0;REVB=0.0281331;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201183;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:13:18:0:0 chr8 33449635 . C G 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.010137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8864;QD=11.1304;RBI=0.0505091;REFB=-0.00414099;REVB=-0.0494814;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272701;STB=0.658939;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00573108;OID=.;OPOS=33449635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:14:7:22:16:14:7:22:16 chr8 33573577 . A G 73.29 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.728;QD=36.6467;RBI=0.132634;REFB=0;REVB=0.00102393;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018454;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr8 36788479 . A G 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0385001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4955;QD=1.9379;RBI=0.0466855;REFB=0.00108781;REVB=0.0264059;RO=78;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440464;STB=0.545363;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00636959;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:78:80:10:10:0.111111:6:4:34:44:6:4:36:44 chr8 36925433 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.842;QD=57.8245;RBI=0.0344728;REFB=0.098443;REVB=-0.0143702;RO=1;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153672;STB=0.508192;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000627246;OID=.;OPOS=36925433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:30:8:0:1:30:8:0:1 chr8 37635649 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.943;QD=59.4355;RBI=0.0101985;REFB=0;REVB=0.00616632;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30056e-06;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr8 37699776 . AG AA,A 30.3 PASS AF=0.0754717,0.150943;AO=6,6;DP=54;FAO=4,8;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=1,2;FSAR=3,6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0736671,0.126898;FXX=0.0185151;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=23.7149,10.4271;QD=2.28699;RBI=0.0736689,0.142223;REFB=-0.0436146,-0.0690514;REVB=0.000510003,-0.0642216;RO=34;SAF=1,3;SAR=5,3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.513514;SSSB=-0.464644,-0.0699085;STB=0.772877,0.756939;STBP=0.339,0.149;TYPE=snp,del;VARB=0.12345,0.136129;OID=.,.;OPOS=37699777,37699777;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0754717,0.150943:6,6:54:4,8:53:41:1,2:3,6:23:18:18:34:1,3:5,3:19:15 chr8 37702472 . G A 147.87 PASS AF=0.875;AO=12;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.146725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6837;QD=36.9664;RBI=0.185831;REFB=0.079996;REVB=0.114039;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821516;STB=0.545392;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00271481;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:12:14:0.875:10:2:0:2:10:4:0:2 chr8 37728017 . A G 300.48 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.755;QD=50.0804;RBI=0.0414471;REFB=-0.13602;REVB=0.0403758;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270818;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr8 37728019 . T G 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8945;QD=53.8974;RBI=0.0213164;REFB=0;REVB=-0.0166548;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77237e-05;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 37730368 . G A 639.65 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0378399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6959;QD=55.6221;RBI=0.0703059;REFB=-0.236295;REVB=0.0592543;RO=2;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323695;STB=0.525412;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0159439;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:2:3:43:43:0.934783:28:15:0:2:28:15:0:3 chr8 37979919 . G C 309.67 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101195;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.338;QD=53.856;RBI=0.0102606;REFB=0;REVB=-0.00169577;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011275;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:20:2:0:0:21:2:0:0 chr8 37985897 . A G 554.22 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9019;QD=59.9154;RBI=0.022108;REFB=0;REVB=-0.0218005;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182544;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr8 38005835 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.361;QD=58.1421;RBI=0.0393557;REFB=0;REVB=0.0239216;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020171;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr8 38279259 . TC CC,CT 92.43 PASS AF=0,0.266667;AO=2,8;DP=45;FAO=0,12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=0,2;FSAR=0,10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-4.75853e-05,0.0456912;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=209.249,37.8885;QD=8.21558;RBI=0.0387759,0.229723;REFB=-0.00246308,-0.0801747;REVB=-0.0387759,0.225133;RO=26;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.418359,-0.362506;STB=0.5,0.75174;STBP=1,0.062;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.0485785;OID=.,.;OPOS=38279259,38279259;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:45:45:26:33:2,8:0,12:0,0.266667:2,7:0,1:9:17:0,10:0,2:15:18 chr8 38458552 . G GTCT 1105.29 PASS AF=1;AO=72;DP=79;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182615;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=3;MLLD=225.566;QD=60.5639;RBI=0.0471196;REFB=0;REVB=0.0434371;RO=5;SAF=41;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.91014e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:79:73:73:0:42:31:0:0:6:5:41:31:5:0 chr8 38458659 . C T 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0491707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.138;QD=53.4664;RBI=0.0501318;REFB=-0.121256;REVB=-0.00976971;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00302961;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:2:0:27:29:2:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 603.19 PASS AF=1,0;AO=36,6;DP=45;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074363,-0.017958;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.4639,127.412;QD=54.8351;RBI=0.144298,0.0431326;REFB=0,0;REVB=0.12366,-0.0392164;RO=0;SAF=13,0;SAR=23,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00536274,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,6:45:44,0:44:0:15,0:29,0:0:0:4:0:13,0:23,6:0:0 chr8 38835666 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.93;QD=44.6898;RBI=0.00459017;REFB=0;REVB=0.00217158;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87419e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr8 38848850 . C T 576.46 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.513;QD=60.6802;RBI=0.0445915;REFB=0;REVB=-0.00273106;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298523;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:20:12:0:0:22:16:0:0 chr8 38964647 . G A 579.28 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227233;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.019;QD=60.9771;RBI=0.0267541;REFB=0;REVB=-0.0141221;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82864e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr8 38965271 . C T 1353.04 PASS AF=0.932692;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=104;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0183666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.512;QD=52.0401;RBI=0.0434228;REFB=-0.0892402;REVB=0.0393472;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.543201;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00050227;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:104:104:0:7:97:97:0.932692:60:37:0:0:60:37:7:0 chr8 39080632 . C G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.675;QD=60.5466;RBI=0.0521777;REFB=0;REVB=-0.0486447;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59647e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr8 39091526 . T C 113.01 PASS AF=0.153846;AO=22;DP=143;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=93;FWDB=0.00643103;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.353;QD=3.16117;RBI=0.0368632;REFB=-0.00437329;REVB=0.0362979;RO=121;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138507;STB=0.59009;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0219378;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:121:121:22:22:0.153846:15:7:28:93:15:7:28:93 chr8 39311600 . C T 1910.9 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.414;QD=61.1487;RBI=0.0395969;REFB=0;REVB=-0.0371252;RO=0;SAF=70;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11692e-05;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:54:70:0:0:55:70:0:0 chr8 39312886 . G A 1363.52 PASS AF=1;AO=75;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.6;QD=61.978;RBI=0.0251904;REFB=0;REVB=-0.0096973;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254732;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:75:88:1:24:51:0:0:30:58:0:0 chr8 39872866 . A C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4723;QD=56.7012;RBI=0.0473688;REFB=0;REVB=0.0306388;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67986e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr8 39873478 . T C 137.58 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1898;QD=39.3087;RBI=0.0151251;REFB=-0.0520688;REVB=0.0046716;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00356949;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:0:1:5:8:0:1 chr8 39873483 . TT AA 100.59 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595203;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=293.019;QD=40.2368;RBI=0.0108673;REFB=0;REVB=-0.00909238;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.70796e-05;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr8 40011079 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.677;QD=51.9167;RBI=0.0273729;REFB=0;REVB=0.0180522;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34303e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr8 41132742 . A T 306.71 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.94;QD=53.3403;RBI=0.0428391;REFB=0;REVB=-0.0256315;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95317e-05;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:6:17:0:0 chr8 41391704 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2578;QD=62.0072;RBI=0.0245102;REFB=0;REVB=0.013455;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249533;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr8 41391761 . A T 816.35 PASS AF=0.9;AO=60;DP=67;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0533002;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=45.4665;QD=46.6484;RBI=0.0538815;REFB=-0.0342395;REVB=-0.00789316;RO=6;SAF=25;SAR=35;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723065;STB=0.527148;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00593468;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:67:70:6:7:60:63:0.9:35:25:5:1:35:28:5:2 chr8 41517958 . A AG 1412.72 PASS AF=1;AO=120;DP=134;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183759;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.6427;QD=43.8054;RBI=0.188331;REFB=0;REVB=-0.0412469;RO=14;SAF=59;SAR=61;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148861;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:134:129:129:0:67:62:0:0:27:14:59:61:12:2 chr8 41525914 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.909;QD=62.9797;RBI=0.0450227;REFB=0;REVB=0.0145622;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444247;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr8 41583294 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.803;QD=53.2761;RBI=0.0440364;REFB=0;REVB=0.0439228;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145667;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr8 41791283 . G A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.948;QD=62.6663;RBI=0.0431727;REFB=0;REVB=0.0245633;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331538;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr8 41798417 . C T 990.61 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.852;QD=59.1408;RBI=0.0367454;REFB=0;REVB=0.0272058;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90384e-05;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:23:44:0:0 chr8 41906095 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.562;QD=59.0186;RBI=0.0686737;REFB=0;REVB=-0.0228292;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305467;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr8 42013563 . T TATG 503.78 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00402565;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=337.835;QD=50.3781;RBI=0.00414052;REFB=0.0117284;REVB=-0.000968556;RO=4;SAF=12;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846365;STB=0.545429;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=-0.000841401;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:36:40:36:40:4:12:24:3:1:19:4:12:24:3:1 chr8 42036577 . A G 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0242987;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.635;QD=2.58903;RBI=0.0274557;REFB=-0.0026224;REVB=0.0127824;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432618;STB=0.823178;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0158069;OID=.;OPOS=42036577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:51:50:7:7:0.122807:6:1:25:26:6:1:24:26 chr8 42044954 . G A 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0544685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.953;QD=57.1996;RBI=0.0562829;REFB=-0.0375573;REVB=0.0141757;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390818;STB=0.520823;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00373506;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:19:23:2:0:19:23:2:0 chr8 42231786 . G A 43.83 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0206371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7662;QD=3.02298;RBI=0.0331986;REFB=0.0020436;REVB=-0.0260049;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34972;STB=0.749376;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0173249;OID=.;OPOS=42231786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:2:6:23:27:2:6:23:27 chr8 42295022 . G A 41.03 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0333157;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.321;QD=3.41906;RBI=0.0341445;REFB=-0.000269204;REVB=-0.00747759;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171314;STB=0.51216;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00112932;OID=.;OPOS=42295022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:17:24:4:3:17:24 chr8 42882555 . A ATTTGT 703.65 PASS AF=0.946429;AO=47;DP=58;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00111669;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=5;MLLD=292.356;QD=50.261;RBI=0.00705436;REFB=0.0184975;REVB=-0.00696542;RO=4;SAF=28;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625875;STB=0.523801;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=-0.000377237;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946429:47:58:53:56:3:30:23:3:0:12:4:28:19:4:0 chr8 43054553 . T C 970.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.801;QD=58.7895;RBI=0.0118283;REFB=0;REVB=-0.0114924;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70376e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr8 43054818 . G A 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0415094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.544;QD=2.20839;RBI=0.0667886;REFB=-0.0019019;REVB=-0.052323;RO=73;SAF=2;SAR=8;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454561;STB=0.825073;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0249003;OID=.;OPOS=43054818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:8:2:43:30:8:2:43:30 chr8 47979781 . G C 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0422872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6219;QD=2.91639;RBI=0.0424461;REFB=0.00445536;REVB=-0.0036689;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125373;STB=0.599681;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0300869;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:38:39:6:6:0.133333:3:3:15:23:3:3:15:24 chr8 48102987 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00281714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.219;QD=4.4608;RBI=0.00672839;REFB=-0.00916617;REVB=0.00611024;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04918;STB=0.548228;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0345432;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:13:11:3:3:14:11 chr8 48697705 . C T 936.63 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0133272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.181;QD=52.0348;RBI=0.0469292;REFB=-0.0593666;REVB=0.044997;RO=5;SAF=40;SAR=27;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554948;STB=0.529403;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00787974;OID=.;OPOS=48697705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:67:67:0.930556:27:40:5:0:27:40:5:0 chr8 48805816 . A AG,G 174.45 PASS AF=1,0;AO=8,8;DP=20;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788009,0.00750731;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.4969,4.35165;QD=41.0462;RBI=0.145233,0.340029;REFB=0,0;REVB=-0.145019,-0.339946;RO=4;SAF=7,0;SAR=1,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.141787,-0.808488;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00928572,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:17:4:0:8,8:17,0:1,0:1,8:7,0:3:1:10,0:7,0:0:0 chr8 48885436 . T A 601.73 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.065;QD=58.7054;RBI=0.013225;REFB=-0.190452;REVB=0.00752005;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000871734;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:0:1 chr8 50242991 . G T 403.22 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.715;QD=55.6164;RBI=0.0125144;REFB=0;REVB=0.0105771;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45104e-05;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr8 51571172 . G A 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8164;QD=39.3131;RBI=0.115501;REFB=-0.00527434;REVB=-0.00603296;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00713813;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr8 52232487 . G T 211.59 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0479479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7368;QD=35.2643;RBI=0.0769836;REFB=0.0357202;REVB=-0.0602285;RO=5;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104969;STB=0.557463;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0158648;OID=.;OPOS=52232487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:9:10:4:1:9:10:4:1 chr8 52233408 . C T 727.91 PASS AF=0.875;AO=56;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.025126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=402.361;QD=45.4941;RBI=0.0254514;REFB=-0.0318315;REVB=0.00405723;RO=8;SAF=20;SAR=36;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455215;STB=0.502426;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00385065;OID=.;OPOS=52233408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:8:8:56:56:0.875:36:20:3:5:36:20:3:5 chr8 52321243 . T C 1057.09 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.758;QD=59.5544;RBI=0.060899;REFB=0;REVB=-0.00229606;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174644;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:58:71:1:38:20:0:0:39:32:0:0 chr8 52321686 . C T 273.08 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00277516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.47;QD=45.5134;RBI=0.0182071;REFB=-0.0441217;REVB=0.0179943;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005207;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:24:2:2:21:22:0.916667:11:10:1:1:11:11:1:1 chr8 52325767 . T G 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.77;QD=51.2388;RBI=0.0350215;REFB=-0.103131;REVB=0.0200008;RO=2;SAF=23;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422343;STB=0.522712;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00251695;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:7:23:1:1:7:23:1:1 chr8 52366200 . G A 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00443728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.091;QD=59.7164;RBI=0.0204938;REFB=-0.0719285;REVB=0.0200076;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00046527;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr8 52730521 . C T 1086.65 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9556;QD=59.5424;RBI=0.0184902;REFB=0;REVB=0.00442124;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47789e-05;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:46:25:0:0:48:25:0:0 chr8 52730864 . T C 403.17 PASS AF=0.780488;AO=31;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0138399;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.304;QD=39.334;RBI=0.0162616;REFB=-0.0171941;REVB=0.00853795;RO=9;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106707;STB=0.508656;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0108046;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:9:9:31:32:0.780488:18:13:4:5:19:13:4:5 chr8 52731494 . G A 41.96 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0575699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0695;QD=4.41713;RBI=0.0746992;REFB=-0.00769374;REVB=-0.0475992;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401422;STB=0.773932;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0268957;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:30:31:7:7:0.184211:5:2:19:11:5:2:20:11 chr8 52733050 . T A 306.15 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.318;QD=47.0999;RBI=0.0282846;REFB=-0.0303;REVB=0.0231416;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000776729;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:2:0:14:10:2:0 chr8 52746153 . C T 594.13 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0101038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.264;QD=41.6933;RBI=0.0357371;REFB=-0.0129197;REVB=-0.034279;RO=9;SAF=34;SAR=14;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664975;STB=0.535505;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00177793;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:14:34:8:1:14:34:8:1 chr8 53062395 . A G 972.57 PASS AF=0.876543;AO=70;DP=81;FAO=71;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0451428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.42;QD=48.0281;RBI=0.0455589;REFB=-0.0189538;REVB=-0.0061427;RO=10;SAF=37;SAR=33;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405405;STB=0.520499;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0032864;OID=.;OPOS=53062395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:10:10:70:71:0.876543:33:37:7:3:33:38:7:3 chr8 53071461 . G A 353.86 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=33;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0273713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.551;QD=41.63;RBI=0.0274046;REFB=-0.0226179;REVB=-0.00135161;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955454;STB=0.547793;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00492125;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:34:6:6:27:28:0.823529:12:15:5:1:12:16:5:1 chr8 54745538 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5094;QD=63.5829;RBI=0.0415223;REFB=0;REVB=0.0345429;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652403;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr8 55539057 . G A 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0344364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.27;QD=38.7908;RBI=0.0344694;REFB=0.0525366;REVB=0.00150844;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.615249;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000668554;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:13:5:2:0:13:5:3:0 chr8 55541450 . G A 479.88 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00528778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.129;QD=47.9876;RBI=0.0176023;REFB=-0.00343935;REVB=0.0167893;RO=5;SAF=13;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560155;STB=0.530103;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000263815;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:22:13:3:2:22:13:3:2 chr8 55541513 . T C 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0328396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.007;QD=43.6638;RBI=0.0352943;REFB=-0.0107515;REVB=0.0129324;RO=3;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035392;STB=0.519214;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00170112;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:18:5:1:2:18:5:1:2 chr8 55541617 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00680697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.532;QD=45.1041;RBI=0.00955774;REFB=-0.0491812;REVB=0.00670937;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00306878;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr8 56652048 . CAT C 72.42 PASS AF=0.108571;AO=19;DP=177;FAO=19;FDP=175;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.0142093;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.644;QD=1.65531;RBI=0.0228183;REFB=-0.00298727;REVB=0.0178542;RO=156;SAF=7;SAR=12;SRF=83;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19861;STB=0.644625;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0325917;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108571:19:177:19:175:156:7:12:83:73:72:156:7:12:83:73 chr8 56686224 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7227;QD=57.1765;RBI=0.0234704;REFB=0;REVB=0.0156933;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63564e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr8 56699216 . G C 587.1 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00346021;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6827;QD=54.6143;RBI=0.0291694;REFB=-0.0498392;REVB=0.0289634;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573367;STB=0.530597;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00332914;OID=.;OPOS=56699216;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:43:3:3:40:40:0.930233:23:17:0:3:23:17:0:3 chr8 56821700 . T G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.508;QD=62.9823;RBI=0.012035;REFB=0;REVB=0.00453416;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38019e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr8 56821795 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.114;QD=64.4154;RBI=0.0265936;REFB=0;REVB=0.000676316;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86422e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr8 56821809 . C T 757.0 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00549694;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.665;QD=61.7961;RBI=0.0202515;REFB=-0.132773;REVB=-0.0194913;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000618479;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr8 56821945 . G A 270.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.697;QD=51.5164;RBI=0.0153729;REFB=0;REVB=-0.0146938;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167368;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr8 56879341 . C T 180.29 PASS AF=0.395833;AO=13;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0696706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1095;QD=15.024;RBI=0.104573;REFB=-0.00512458;REVB=0.0779841;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108855;STB=0.578634;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0142987;OID=.;OPOS=56879341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:13:19:0.395833:5:8:19:8:9:10:19:10 chr8 57074194 . T C 54.74 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0184063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.188;QD=2.16802;RBI=0.0196441;REFB=-0.00479815;REVB=0.00686274;RO=88;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196347;STB=0.635113;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0223352;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:101:88:89:12:12:0.118812:5:7:37:51:5:7:38:51 chr8 57285647 . T G 43.77 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0483009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4332;QD=3.01847;RBI=0.131569;REFB=0.000873778;REVB=0.122382;RO=48;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221159;STB=0.646666;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-2.98505e-05;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:58:48:50:8:8:0.137931:2:6:28:20:2:6:30:20 chr8 57358432 . G A 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0011369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4892;QD=7.11847;RBI=0.0565914;REFB=-0.00369196;REVB=0.05658;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206374;STB=0.629916;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0151555;OID=.;OPOS=57358432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:8:4:19:19:8:4:19:19 chr8 57872679 . T C 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0347373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5307;QD=35.1732;RBI=0.0365407;REFB=0.0158406;REVB=-0.0113377;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14342;STB=0.578846;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00442137;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:8:7:0:3:8:7:0:3 chr8 59060275 . A G 782.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.22;QD=63.9086;RBI=0.0149753;REFB=0;REVB=0.0109157;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6767e-06;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr8 59329438 . A G 529.15 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0399894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2409;QD=33.597;RBI=0.0652961;REFB=-0.0293808;REVB=-0.051618;RO=17;SAF=24;SAR=22;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927148;STB=0.549979;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0100138;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:17:46:46:0.730159:22:24:12:5:22:24:12:5 chr8 59361116 . C T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0313791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.319;QD=38.205;RBI=0.0333528;REFB=-0.0355251;REVB=-0.0113032;RO=2;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759766;STB=0.541613;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00410548;OID=.;OPOS=59361116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:11:4:0:2:11:4:0:2 chr8 59512334 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.705;QD=56.9569;RBI=0.035558;REFB=0;REVB=0.0321387;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135188;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr8 59571856 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.056;QD=39.2068;RBI=0.0890848;REFB=0;REVB=-0.0771457;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421061;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr8 59719394 . C T 576.72 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0016874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.76;QD=52.4294;RBI=0.0265355;REFB=-0.0291876;REVB=0.0264818;RO=4;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384224;STB=0.520538;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00186025;OID=.;OPOS=59719394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:21:19:1:3:21:19:1:3 chr8 61178574 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000901765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.289;QD=54.5176;RBI=0.017155;REFB=0;REVB=0.0171313;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17598e-05;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr8 61488824 . T C 781.98 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00895835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.779;QD=49.6495;RBI=0.0137311;REFB=-0.0166745;REVB=-0.0104063;RO=5;SAF=35;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224396;STB=0.501742;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00111305;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:63:5:5:57:58:0.920635:22:35:3:2:22:36:3:2 chr8 61488859 . A G 764.36 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0294035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9988;QD=49.3137;RBI=0.0327436;REFB=-0.0296491;REVB=-0.0144074;RO=5;SAF=35;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224396;STB=0.501193;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.002912;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:22:35:3:2:22:35:3:2 chr8 62490978 . T C 306.43 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.314;QD=53.2926;RBI=0.045068;REFB=0;REVB=0.0184096;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251189;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr8 62491095 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.475;QD=42.1826;RBI=0.0425073;REFB=0;REVB=-0.0380915;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228726;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 62491107 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.18;QD=37.4885;RBI=0.0410092;REFB=0;REVB=0.0384496;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316085;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr8 62491943 . G A 327.49 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934479;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0788;QD=54.5817;RBI=0.0948001;REFB=0;REVB=0.0159549;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247476;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 62491985 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1044;QD=49.596;RBI=0.0946276;REFB=0;REVB=-0.0504923;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00497358;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr8 62544428 . G T 967.5 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.55;QD=57.7611;RBI=0.0293422;REFB=0;REVB=0.0204088;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293238;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:36:30:1:0:36:31:0:0 chr8 62550936 . A C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=8;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0123229;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=262.441;QD=26.5702;RBI=0.0126459;REFB=-0.0191202;REVB=-0.00283983;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.53839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00308361;OID=.;OPOS=62550936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:1:4:8:11:0.733333:6:2:0:1:7:4:2:2 chr8 62595068 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.357;QD=52.6087;RBI=0.0165401;REFB=0;REVB=-0.00817471;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6664e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr8 63659610 . G A 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.338;QD=58.4202;RBI=0.044541;REFB=0.000173898;REVB=0.041663;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.10124e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:1:0:38:34:1:0 chr8 63902712 . ATTT ATTG,ATT 92.5 PASS AF=0.75,0.166667;AO=8,2;DP=12;FAO=9,2;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012358,0.0958358;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=219.243,4.93033;QD=30.8339;RBI=0.0103005,0.106605;REFB=-0.0194452,0.0602619;REVB=0.0102261,0.0466909;RO=1;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0679981,0;STB=0.538378,0.5;STBP=0.622,1;TYPE=snp,del;VARB=7.97965e-06,0.117322;OID=.,.;OPOS=63902715,63902713;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=ATTG,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.166667:8,2:12:9,2:12:1:3,0:6,2:0:1:10:1:2,0:6,2:0:1 chr8 63978658 . TAA TA,T 203.04 PASS AF=1,0;AO=22,4;DP=32;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18104,0.0980066;FXX=0.0312402;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=9.63918,8.30621;QD=26.199;RBI=0.240317,0.128938;REFB=-0.0362834,-0.0459314;REVB=-0.15804,-0.0837842;RO=3;SAF=7,0;SAR=15,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0855124,-0.74182;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00496866,0;OID=.,.;OPOS=63978659,63978659;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,4:32:31,0:31:0:11,0:20,0:0:0:3:3:7,0:15,4:2:1 chr8 64098729 . A AG 756.98 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229511;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=275.093;QD=54.0704;RBI=0.0352409;REFB=-0.0428076;REVB=0.0267426;RO=2;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104968;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.000658147;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982143:53:56:55:56:1:20:35:0:1:4:2:19:34:1:1 chr8 64147448 . C T 175.75 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.643;QD=46.8666;RBI=0.0244442;REFB=0;REVB=0.0063059;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183645;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr8 65290650 . C T 239.79 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.911;QD=50.4825;RBI=0.065627;REFB=0;REVB=0.05421;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508075;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr8 65488962 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.56;QD=62.0202;RBI=0.0184656;REFB=0;REVB=0.0178216;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44607e-05;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr8 66439790 . A C 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0370294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.875;QD=41.8377;RBI=0.045539;REFB=0.000913629;REVB=0.026507;RO=5;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893217;STB=0.54835;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000364849;OID=.;OPOS=66439790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:13:13:1:4:13:13:1:4 chr8 66516490 . C T 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0358049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.923;QD=4.05019;RBI=0.0358055;REFB=-0.006198;REVB=-0.000216274;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225178;STB=0.652647;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0520274;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:4:3:21:13:4:3:21:13 chr8 66517486 . C T 34.51 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000519708;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7764;QD=3.20987;RBI=0.0484468;REFB=-0.00436467;REVB=-0.048444;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183999;STB=0.634463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0688984;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:18:19:4:2:18:19 chr8 66525548 . T C 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.025001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.683;QD=3.459;RBI=0.0263838;REFB=-0.00333447;REVB=0.00842926;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992635;STB=0.569429;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0226071;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:14:26:4:3:14:26 chr8 67341378 . G A 65.55 PASS AF=0.136842;AO=12;DP=97;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.000512857;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.231;QD=2.7599;RBI=0.00887603;REFB=-0.0063758;REVB=-0.0088612;RO=85;SAF=7;SAR=5;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513815;STB=0.594903;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0389973;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:97:95:85:82:12:13:0.136842:5:7:53:32:6:7:53:29 chr8 67380528 . T C 946.8 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00467584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.222;QD=55.6939;RBI=0.00993078;REFB=0.0288145;REVB=0.0087611;RO=2;SAF=27;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337138;STB=0.517852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000286062;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:39:27:2:0:39:27:2:0 chr8 68864728 . G A 708.73 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.24;QD=62.9978;RBI=0.0897924;REFB=0;REVB=0.0449532;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315906;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:29:11:0:0:32:13:0:0 chr8 68993013 . AT CT,GC 625.95 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=2,38;DP=41;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406368,0.0196422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=99.6034,141.371;QD=58.2276;RBI=0.0624492,0.0509923;REFB=0.0511127,0.0808485;REVB=0.0474189,0.0470574;RO=1;SAF=0,21;SAR=2,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0267628;STB=0.5,0.512814;STBP=1,0.314;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0232861,-0.00403034;OID=.,.;OPOS=68993013,68993013;OREF=A,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:43:1:1:2,38:2,40:0.0465116,0.930233:2,17:0,21:0:1:2,19:0,21:0:1 chr8 69009268 . C T 754.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.522;QD=62.8339;RBI=0.0196675;REFB=0;REVB=0.0140264;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527597;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:28:20:0:0 chr8 69012364 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.462;QD=58.6005;RBI=0.0163763;REFB=0;REVB=-0.00872056;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12123e-05;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr8 69020496 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0836;QD=61.3361;RBI=0.0374127;REFB=0;REVB=-0.00852342;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372057;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr8 69434195 . T C 379.11 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.189;QD=56.1645;RBI=0.0740578;REFB=0;REVB=0.0626949;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020638;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:21:27:1:14:7:0:0:20:7:0:0 chr8 69699756 . G A 470.24 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.143827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1286;QD=44.7851;RBI=0.146282;REFB=-0.0451882;REVB=0.0266885;RO=7;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128158;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:20:15:3:4:20:15:3:4 chr8 70571313 . G A 310.67 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16023;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7911;QD=54.0302;RBI=0.160242;REFB=0;REVB=-0.00202144;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202631;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr8 70571531 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.364;QD=57.6807;RBI=0.00609877;REFB=0;REVB=0.00584711;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56782e-05;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr8 70573004 . G A 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000333175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.798;QD=60.9722;RBI=0.03895;REFB=0;REVB=0.0389485;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210137;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr8 70584628 . T C 470.94 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278393;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1581;QD=58.8677;RBI=0.00304222;REFB=0;REVB=0.00302946;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210899;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr8 70602299 . A G 1569.54 PASS AF=0.897638;AO=102;DP=117;FAO=114;FDP=127;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.006776;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.233;QD=49.4345;RBI=0.0167525;REFB=-0.0142444;REVB=0.015321;RO=12;SAF=42;SAR=60;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016148;STB=0.507598;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00406383;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:117:127:12:13:102:114:0.897638:60:42:4:8:71:43:4:9 chr8 70602341 . A G 5870.19 PASS AF=0.971867;AO=379;DP=391;FAO=380;FDP=391;FR=.;FRO=11;FSAF=171;FSAR=209;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000301059;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.431;QD=60.0531;RBI=0.0160313;REFB=-0.00412459;REVB=0.0160285;RO=11;SAF=170;SAR=209;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461768;STB=0.502455;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=9.14255e-05;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:391:391:11:11:379:380:0.971867:209:170:4:7:209:171:4:7 chr8 70602526 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.032075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4938;QD=19.0176;RBI=0.033813;REFB=-0.00119251;REVB=0.0107012;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00162589;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:9:5:8:7:9:5 chr8 70602529 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.021105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.957;QD=15.3789;RBI=0.0227985;REFB=5.90809e-05;REVB=0.00862264;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=8.57373e-05;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:5:7:8:5:5:7:9:5 chr8 70612637 . C A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0206761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.708;QD=4.01769;RBI=0.0243389;REFB=-0.000730721;REVB=-0.0128406;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179959;STB=0.611861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00261358;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:4:2:13:14:4:2:13:15 chr8 70744812 . G A 597.57 PASS AF=0.941176;AO=26;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0326932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6966;QD=46.8682;RBI=0.29444;REFB=-0.0035747;REVB=0.292619;RO=4;SAF=23;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757338;STB=0.5294;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0058831;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:51:51:4:3:26:48:0.941176:3:23:3:1:24:24:3:0 chr8 71575184 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6554;QD=33.4285;RBI=0.123159;REFB=0;REVB=-0.101871;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0156743;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 72111599 . A G 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.147;QD=61.3225;RBI=0.0479137;REFB=0;REVB=0.0203344;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104932;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr8 72129009 . G A 665.19 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0159544;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3872;QD=49.2733;RBI=0.0254401;REFB=-0.00562625;REVB=0.0198155;RO=4;SAF=25;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347768;STB=0.518511;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000700808;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:54:4:4:50:50:0.925926:25:25:3:1:25:25:3:1 chr8 72211295 . T C 1311.91 PASS AF=0.853448;AO=91;DP=109;FAO=99;FDP=116;FR=.;FRO=17;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0470644;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.601;QD=45.2383;RBI=0.0516674;REFB=-0.0137265;REVB=0.0213181;RO=17;SAF=42;SAR=49;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723725;STB=0.529447;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00230708;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:109:116:17:17:91:99:0.853448:49:42:12:5:49:50:12:5 chr8 72935000 . C A,CTAA 376.85 PASS AF=0.0232558,0.697674;AO=2,29;DP=43;FAO=1,30;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=1,17;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0123741,0.0028918;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=97.7414,240.523;QD=35.0556;RBI=0.0138742,0.0147028;REFB=-0.0214344,-0.00882635;REVB=-0.00627482,0.0144156;RO=12;SAF=2,16;SAR=0,13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.532086,-0.0171709;STB=0.987929,0.504851;STBP=0.509,0.938;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0389757,0.00189824;OID=.,.;OPOS=72935000,72935001;OREF=C,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:43:43:12:12:2,29:1,30:0.0232558,0.697674:0,13:2,16:7:5:0,13:1,17:7:5 chr8 72935008 . C T 57.96 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0356703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.996;QD=4.63666;RBI=0.0356938;REFB=-0.00646445;REVB=-0.00129463;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141791;STB=0.594507;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0212085;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:23:18:5:4:23:18 chr8 72935039 . C T 52.31 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0103533;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.829;QD=3.07683;RBI=0.0200368;REFB=-0.00317507;REVB=-0.0171546;RO=55;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134492;STB=0.585626;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0179712;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:69:68:55:58:10:10:0.147059:6:4:28:27:6:4:29:29 chr8 72935045 . G C 1030.0 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468691;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4543;QD=59.7102;RBI=0.00923951;REFB=0;REVB=0.00796251;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225327;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr8 72942210 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3862;QD=53.2768;RBI=0.0300224;REFB=0;REVB=-0.0296866;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547739;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:17:23:1:3:14:0:0:9:14:0:0 chr8 72966002 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5624;QD=62.0166;RBI=0.0993171;REFB=0;REVB=-0.0983278;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175297;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 72975801 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014781;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=333.666;QD=62.022;RBI=0.0238952;REFB=0;REVB=-0.0187751;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19529e-06;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr8 72981327 . A G 1266.09 PASS AF=0.987952;AO=83;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00101273;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.607;QD=61.0164;RBI=0.00721568;REFB=-0.118636;REVB=-0.00714425;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956859;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000359435;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:83:1:1:83:82:0.987952:49:34:0:1:48:34:0:1 chr8 72984041 . C G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0514191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3577;QD=3.73337;RBI=0.0528357;REFB=0.00447748;REVB=0.0121524;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155672;STB=0.615062;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.018609;OID=.;OPOS=72984041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:34:37:7:7:0.159091:4:3:19:15:4:3:21:16 chr8 74169337 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7833;QD=63.2864;RBI=0.0702653;REFB=0;REVB=-0.0645116;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428452;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr8 74234185 . G A 33.88 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0354541;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.859;QD=3.08021;RBI=0.0358015;REFB=-0.00827719;REVB=-0.00497536;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157657;STB=0.613278;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0353083;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:44:38:38:6:6:0.136364:3:3:14:24:3:3:14:24 chr8 74234193 . G A 427.38 PASS AF=0.864865;AO=29;DP=34;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0974364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.321;QD=46.2029;RBI=0.107417;REFB=-0.0562428;REVB=0.045217;RO=5;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415507;STB=0.52217;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0104169;OID=.;OPOS=74234193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:37:5:5:29:32:0.864865:16:13:3:2:18:14:3:2 chr8 74527996 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.894;QD=55.0978;RBI=0.019078;REFB=0;REVB=0.00520019;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195549;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 847.51 PASS AF=1,0;AO=56,3;DP=59;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338675,0.0117421;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=216.19,195.034;QD=57.4582;RBI=0.0407697,0.0286625;REFB=0,0;REVB=0.0226971,0.026147;RO=0;SAF=31,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=7.48205e-05,0;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:56,3:59,0:1,0:25,0:31,3:0:0:25,0:34,0:0:0 chr8 74917084 . A G 971.78 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0546784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7688;QD=57.1638;RBI=0.0686248;REFB=-0.155279;REVB=-0.0414686;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021968;STB=0.511624;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00676298;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:46:21:1:0:46:21:1:0 chr8 75262798 . G C 915.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560568;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9559;QD=58.1341;RBI=0.0832141;REFB=0;REVB=0.0614998;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239867;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:33:30:0:0 chr8 75274141 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.858;QD=58.5873;RBI=0.0213474;REFB=0;REVB=0.0204799;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114926;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 75460784 . T TG 1135.17 PASS AF=0.990099;AO=81;DP=143;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0751738;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2306;QD=44.9571;RBI=0.0804546;REFB=0.0881801;REVB=0.0286677;RO=47;SAF=28;SAR=53;SRF=43;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375015;STB=0.506023;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=-0.00138312;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990099:81:143:100:101:1:41:59:1:0:16:47:28:53:43:4 chr8 75460789 . A AG 938.28 PASS AF=1;AO=89;DP=103;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.5949;QD=37.9101;RBI=0.0991245;REFB=0;REVB=-0.00707975;RO=12;SAF=40;SAR=49;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00171524;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:103:99:99:0:42:57:0:0:19:12:40:49:2:10 chr8 75614617 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8185;QD=53.2763;RBI=0.0355287;REFB=0;REVB=-0.0248712;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131806;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 75664693 . CCA C,CC 376.27 PASS AF=0,1;AO=3,24;DP=27;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499425,0.0554031;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=296.321,319.563;QD=55.743;RBI=0.0528648,0.0641493;REFB=0,0;REVB=0.0173331,0.0323361;RO=0;SAF=3,13;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000449667;OID=.,.;OPOS=75664694,75664695;OREF=CA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,24:27:0,27:27:0:0,16:0,11:0:0:4:0:3,13:0,11:0:0 chr8 76452313 . G A 41.49 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00915826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9685;QD=4.04758;RBI=0.0229806;REFB=-0.0114389;REVB=0.0210769;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260253;STB=0.675213;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0558236;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:12:22:3:4:12:22 chr8 76468282 . G A 65.61 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=108;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0981865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5972;QD=2.43018;RBI=0.107501;REFB=-0.0044869;REVB=-0.0437704;RO=89;SAF=7;SAR=7;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348858;STB=0.518492;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0371991;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:108:108:89:94:14:14:0.12963:7:7:47:42:7:7:49:45 chr8 76478768 . C T 182.75 PASS AF=0.12;AO=47;DP=399;FAO=48;FDP=400;FR=.;FRO=352;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=157;FSRR=195;FWDB=-0.0238596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.796;QD=1.82752;RBI=0.0294542;REFB=-0.00507057;REVB=-0.0172704;RO=350;SAF=23;SAR=24;SRF=155;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587812;STB=0.529277;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0275279;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:400:350:352:47:48:0.12:24:23:155:195:25:23:157:195 chr8 77048621 . C A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.603;QD=64.15;RBI=0.015116;REFB=0;REVB=-0.0134832;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21176e-05;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr8 77690563 . T C 33.15 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00918911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.319;QD=1.61697;RBI=0.0131874;REFB=-0.00263665;REVB=-0.0094587;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571978;STB=0.528773;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0193855;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:82:71:74:8:8:0.097561:5:3:30:41:5:3:30:44 chr8 77745635 . G A 573.15 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00502064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.977;QD=55.9171;RBI=0.00510283;REFB=0.00583555;REVB=-0.000912154;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520011;STB=0.527763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000657303;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:0:2:17:22:0:2 chr8 77754957 . A T 590.61 PASS AF=0.746269;AO=50;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0149888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5062;QD=35.2602;RBI=0.0175757;REFB=-0.00847;REVB=-0.00917824;RO=17;SAF=33;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152409;STB=0.582197;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000977274;OID=.;OPOS=77754957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:50:50:0.746269:17:33:6:11:17:33:6:11 chr8 77765398 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0502059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.385;QD=24.3281;RBI=0.0507265;REFB=-0.03659;REVB=0.00724896;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0189598;OID=.;OPOS=77765398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr8 77768390 . T G 641.47 PASS AF=0.85;AO=50;DP=59;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0130529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.919;QD=42.7648;RBI=0.0195825;REFB=-0.0407609;REVB=0.0145979;RO=9;SAF=19;SAR=31;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523805;STB=0.525414;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00667617;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:9:9:50:51:0.85:31:19:5:4:31:20:5:4 chr8 77778119 . G T 405.14 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0376936;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.007;QD=36.0125;RBI=0.0390691;REFB=-0.0101729;REVB=0.0102758;RO=10;SAF=5;SAR=21;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828024;STB=0.506603;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00778415;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:45:45:10:12:26:30:0.666667:21:5:3:7:23:7:3:9 chr8 77895865 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.471;QD=44.6898;RBI=0.0223285;REFB=0;REVB=0.0221329;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113579;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr8 77912148 . G A 43.83 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0942836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9753;QD=3.02275;RBI=0.0950156;REFB=-0.00621602;REVB=-0.0117709;RO=49;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34094;STB=0.736241;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0318503;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:49:50:8:8:0.137931:2:6:23:26:2:6:24:26 chr8 79610710 . A G 545.64 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.713;QD=58.9877;RBI=0.0349467;REFB=0;REVB=0.0232756;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194842;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr8 80678427 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.613;QD=61.6745;RBI=0.0238466;REFB=0;REVB=-0.0193186;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07333e-05;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr8 81116920 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3118;QD=63.5823;RBI=0.00634631;REFB=0;REVB=0.000867905;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95602e-05;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr8 81431927 . T A 35.76 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0422241;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=189.199;QD=5.95959;RBI=0.0429501;REFB=-0.0012926;REVB=-0.00786358;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737857;STB=0.922998;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00845775;OID=.;OPOS=81431927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:1:5:1:16:1:5:2:16 chr8 81905397 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.36;QD=55.0986;RBI=0.032567;REFB=0;REVB=0.00326189;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298721;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 82357112 . T C 67.3 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0089021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.436;QD=2.53953;RBI=0.0322799;REFB=-0.00057091;REVB=-0.0310282;RO=92;SAF=10;SAR=4;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305644;STB=0.71398;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00426814;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:106:106:92:92:14:14:0.132075:4:10:43:49:4:10:43:49 chr8 82606782 . A G 484.14 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0521256;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.584;QD=50.9625;RBI=0.090089;REFB=-0.0557476;REVB=0.0734775;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717241;STB=0.538438;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0128807;OID=.;OPOS=82606782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:38:3:3:33:33:0.868421:15:18:3:0:15:18:3:0 chr8 82607752 . G C 272.81 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.044;QD=45.4682;RBI=0.0245322;REFB=0.00632675;REVB=-0.0162781;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070384;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00159185;OID=.;OPOS=82607752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:10:12:1:1:10:12:1:1 chr8 82608238 . A T 528.58 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0153997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5443;QD=48.053;RBI=0.0168519;REFB=0.0398947;REVB=-0.00684373;RO=6;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911786;STB=0.5489;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00638862;OID=.;OPOS=82608238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:18:20:1:5:18:20:1:5 chr8 85833168 . A G 224.21 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0305938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.489;QD=42.7058;RBI=0.0581272;REFB=0.025563;REVB=0.0494246;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00676343;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:2:0:9:10:2:0 chr8 85833439 . A G 583.11 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0170315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.669;QD=49.6266;RBI=0.0185275;REFB=-0.0363315;REVB=0.00729342;RO=6;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147185;STB=0.507883;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00213567;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:23:18:3:3:23:18:3:3 chr8 86126827 . C CAACATT,T 425.94 PASS AF=0.878788,0.0606061;AO=28,4;DP=35;FAO=29,2;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12,1;FSAR=17,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0458842,-0.0128098;FXX=0.0571265;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=241.147,69.3193;QD=51.6296;RBI=0.0505405,0.0254215;REFB=-0.040643,-0.0543874;REVB=0.0211893,0.0219582;RO=2;SAF=12,2;SAR=16,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0714284,-0.277405;STB=0.538435,0.748096;STBP=0.142,0.689;TYPE=ins,snp;VARB=0.00297478,0.0440626;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:35:33:2:2:28,4:29,2:0.878788,0.0606061:16,2:12,2:2:0:17,1:12,1:2:0 chr8 86135008 . G A 1144.26 PASS AF=0.861386;AO=87;DP=104;FAO=87;FDP=101;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0336044;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.368;QD=45.3172;RBI=0.0349557;REFB=-0.0283592;REVB=0.0096253;RO=14;SAF=37;SAR=50;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00087661;STB=0.500465;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00630326;OID=.;OPOS=86135008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:104:101:14:14:87:87:0.861386:50:37:6:8:50:37:6:8 chr8 86351997 . G A 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.000376685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.922;QD=2.43213;RBI=0.0049695;REFB=0.00237907;REVB=0.0049552;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550185;STB=0.889848;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00980726;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:50:52:7:7:0.118644:6:1:32:18:6:1:33:19 chr8 87229702 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.376;QD=58.142;RBI=0.0316952;REFB=0;REVB=0.0108737;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5794e-05;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 87229739 . C T 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4738;QD=58.9667;RBI=0.0387752;REFB=0;REVB=-0.0127188;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399773;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr8 87241847 . G A 579.45 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567257;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5785;QD=60.9946;RBI=0.026743;REFB=0;REVB=-0.0261345;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040468;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 87392983 . G A,GA 35.46 PASS AF=0,0.170213;AO=4,5;DP=48;FAO=0,8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00210205,-0.0519727;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=246.106,20.0755;QD=3.01795;RBI=0.0111892,0.110937;REFB=0.000337132,-0.0279512;REVB=-0.01099,-0.0980099;RO=39;SAF=0,1;SAR=4,4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622275,-0.451711;STB=0.5,0.887403;STBP=1,0.026;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.084644;OID=.,.;OPOS=87392983,87392984;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:48:47:39:39:4,5:0,8:0,0.170213:4,4:0,1:24:15:0,7:0,1:24:15 chr8 87474085 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4209;QD=48.7373;RBI=0.048658;REFB=0;REVB=0.0372102;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259956;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr8 87479810 . C T 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0854;QD=58.7771;RBI=0.0574775;REFB=0;REVB=-0.0439659;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079104;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr8 87480890 . C T 782.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5998;QD=56.8926;RBI=0.00944456;REFB=0;REVB=0.00943849;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016678;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:28:27:0:0 chr8 87484669 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.538;QD=48.7372;RBI=0.0232414;REFB=0;REVB=-0.0182343;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273266;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 87489562 . AAC A 528.18 PASS AF=0.877193;AO=42;DP=56;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00495448;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=341.484;QD=37.0649;RBI=0.00762944;REFB=-0.0584465;REVB=-0.00580186;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53943;STBP=0.118;TYPE=del;VARB=0.0068564;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.877193:42:56:50:57:7:27:23:6:1:16:0:21:21:0:0 chr8 87497176 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.203;QD=49.5992;RBI=0.0211511;REFB=0;REVB=-0.0205955;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139336;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr8 87666251 . T G 343.17 PASS AF=0.756757;AO=29;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0211448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.359;QD=37.0995;RBI=0.0211686;REFB=0.0140107;REVB=-0.0010053;RO=8;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783628;STB=0.554419;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00544885;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:37:37:8:9:29:28:0.756757:21:8:1:7:20:8:1:8 chr8 87679303 . A C 1061.12 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7513;QD=59.7814;RBI=0.0573671;REFB=0;REVB=0.0283078;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600918;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:40:31:0:0 chr8 88622043 . T G 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00651402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.969;QD=3.2447;RBI=0.0135798;REFB=-0.00327439;REVB=0.0119154;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508082;STB=0.536464;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0245555;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:16:19:3:3:16:19 chr8 89081730 . T C 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=-0.0391138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5848;QD=2.95728;RBI=0.0518727;REFB=0.00112529;REVB=0.0340717;RO=55;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254917;STB=0.690842;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00799276;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:8:1:13:42:8:1:13:42 chr8 90958422 . T C 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203094;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.871;QD=57.4159;RBI=0.0225168;REFB=0;REVB=0.00972287;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95924e-05;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr8 90967711 . A G 913.89 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379548;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.334;QD=56.2392;RBI=0.0396169;REFB=-0.0738783;REVB=0.0113548;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198774;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:62:65:1:31:31:1:0:32:33:0:0 chr8 90990479 . C G 1273.52 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6735;QD=61.3745;RBI=0.0299187;REFB=0;REVB=0.00747048;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057215;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:44:39:0:0 chr8 90995019 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.817;QD=61.684;RBI=0.0129951;REFB=0;REVB=-0.00208996;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09577e-05;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr8 91031074 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9632;QD=43.4858;RBI=0.0454304;REFB=0;REVB=0.000445181;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165192;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr8 91940446 . C T 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00128333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.949;QD=41.0162;RBI=0.00358818;REFB=-0.00371818;REVB=0.00335083;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497671;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:10:15:3:2:10:15:3:2 chr8 91971072 . A ATTCT 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0111468;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=313.685;QD=7.04802;RBI=0.0171887;REFB=-0.0112961;REVB=-0.0130843;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147667;STB=0.633024;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=0.0281825;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:32:8:30:22:4:4:15:7:52:24:4:4:15:9 chr8 91990893 . G A 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0018288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3442;QD=2.93555;RBI=0.0552377;REFB=-0.00161944;REVB=-0.0552074;RO=46;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353659;STB=0.769382;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00511618;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:6:1:18:28:6:1:18:28 chr8 92083424 . A G 576.35 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0538364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8081;QD=52.3951;RBI=0.0701436;REFB=-0.0454074;REVB=0.044964;RO=4;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813427;STB=0.543457;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00630903;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:21:19:0:4:21:19:0:4 chr8 92136728 . C T 601.46 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00298494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.227;QD=50.1217;RBI=0.00649472;REFB=-0.0361947;REVB=0.00576814;RO=6;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127382;STB=0.56815;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00311748;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:6:6:42:42:0.875:19:23:0:6:19:23:0:6 chr8 94146656 . G T 738.4 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.447;QD=56.7996;RBI=0.0194445;REFB=0;REVB=0.0186325;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52295e-05;OID=.;OPOS=94146656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr8 94746698 . G T 69.31 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.663;QD=30.8064;RBI=0.04576;REFB=-0.146894;REVB=0.0429023;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00379556;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr8 94792828 . C G 276.88 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00499188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7105;QD=41.0194;RBI=0.0780282;REFB=0.0327648;REVB=-0.0778683;RO=4;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157884;STB=0.586128;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00819215;OID=.;OPOS=94792828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:27:27:4:4:23:23:0.851852:6:17:1:3:6:17:1:3 chr8 94794620 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.169;QD=55.0987;RBI=0.0188587;REFB=0;REVB=0.000703175;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58219e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr8 94808165 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2401;QD=64.1534;RBI=0.0390484;REFB=0;REVB=-0.0348573;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124843;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr8 94827660 . A C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0182152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.643;QD=36.3421;RBI=0.0217144;REFB=-0.0308643;REVB=-0.0118204;RO=5;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425992;STB=0.523341;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0104888;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:6:14:3:2:6:14:3:2 chr8 94935937 . T C 276.54 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000489072;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.392;QD=52.6744;RBI=0.0139514;REFB=0;REVB=0.0139429;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104868;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr8 94936532 . G C 543.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883236;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.036;QD=60.3442;RBI=0.0125405;REFB=0;REVB=0.00890245;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174505;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr8 95158382 . C T 40.45 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00495503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.645;QD=3.44253;RBI=0.00845584;REFB=-0.0055872;REVB=-0.00685192;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30346;STB=0.722262;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.047068;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:39:40:7:7:0.148936:5:2:21:18:5:2:22:18 chr8 95186382 . G A 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.00561553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.973;QD=2.13785;RBI=0.0360869;REFB=-5.27649e-05;REVB=0.0356473;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535874;STB=0.866802;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00172896;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:61:62:8:8:0.114286:6:2:45:16:6:2:46:16 chr8 95188850 . T C 67.75 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.00358554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.523;QD=2.31638;RBI=0.00358714;REFB=-0.00101253;REVB=0.000107031;RO=102;SAF=7;SAR=8;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731944;STB=0.505148;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00737366;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:102:102:15:15:0.128205:8:7:47:55:8:7:47:55 chr8 95521985 . A G 72.47 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0120745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.067;QD=8.28223;RBI=0.025577;REFB=-0.00714404;REVB=-0.0225475;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526144;STB=0.542772;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.015087;OID=.;OPOS=95521985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:25:25:9:10:0.285714:4:5:14:11:5:5:14:11 chr8 95531419 . T C 924.15 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00121799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.322;QD=56.0093;RBI=0.0319186;REFB=-0.166174;REVB=0.0318953;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270456;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000956501;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:35:29:1:1:35:30:0:1 chr8 95538468 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.099;QD=55.6561;RBI=0.0170565;REFB=0;REVB=-0.016919;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05018e-05;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr8 95541371 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.995;QD=47.8224;RBI=0.0757315;REFB=0;REVB=0.0738841;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804521;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr8 95559092 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.093;QD=62.0215;RBI=0.0246285;REFB=0;REVB=0.00652703;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65213e-05;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr8 95560485 . T C 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0792687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.573;QD=37.8889;RBI=0.0798431;REFB=-0.0391113;REVB=0.0095597;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0341456;OID=.;OPOS=95560485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr8 95719387 . A T 456.22 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.028087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.245;QD=50.691;RBI=0.0440209;REFB=-0.0408994;REVB=-0.0338963;RO=3;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569702;STB=0.530593;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00425432;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:11:22:1:2:11:22:1:2 chr8 95877787 . T C 73.51 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00681314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.94;QD=4.08368;RBI=0.00780599;REFB=-0.0086357;REVB=-0.00380979;RO=59;SAF=3;SAR=10;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207964;STB=0.639154;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.026452;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:10:3:22:37:10:3:22:37 chr8 95896106 . G C 884.18 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00558428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.535;QD=51.2566;RBI=0.00558993;REFB=0.0342643;REVB=-0.000251209;RO=5;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724651;STB=0.53845;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00220445;OID=.;OPOS=95896106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:30:34:0:5:30:34:0:5 chr8 95938422 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.123;QD=58.1421;RBI=0.0261799;REFB=0;REVB=0.015957;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28074e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 95942244 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2666;QD=55.0985;RBI=0.0435457;REFB=0;REVB=0.0343449;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120011;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr8 96053782 . GCT G 615.86 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124213;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.57;QD=61.5859;RBI=0.013083;REFB=0;REVB=0.0130239;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000553765;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:40:40:0:20:20:0:0:4:0:19:20:0:0 chr8 97605800 . C T 727.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.778;QD=57.0496;RBI=0.0374357;REFB=0;REVB=0.00117701;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234864;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:36:14:0:0:36:15:0:0 chr8 97614625 . G A 79.4 PASS AF=0.818182;AO=6;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0203871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.556;QD=28.8717;RBI=0.281681;REFB=-0.0243601;REVB=0.280942;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571279;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0171934;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:6:9:0.818182:0:6:2:0:3:6:2:0 chr8 97847358 . G T 631.41 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0651576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0228;QD=48.5699;RBI=0.0652034;REFB=-0.100199;REVB=-0.00244336;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161515;STB=0.517678;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00905075;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:51:52:3:4:48:48:0.923077:25:23:1:2:25:23:1:3 chr8 98725970 . G A 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.698;QD=30.7871;RBI=0.0302038;REFB=-0.0500714;REVB=0.0230844;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0126368;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr8 98787952 . GC CT 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0791346;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=64.5562;QD=3.76446;RBI=0.110151;REFB=-0.000433002;REVB=0.0766221;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273648;STB=0.690287;STBP=0.378;TYPE=mnp;VARB=0.0175275;OID=.;OPOS=98787952;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:4:2:17:13:4:2:17:13 chr8 98787994 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.689;QD=37.4883;RBI=0.0403621;REFB=0;REVB=0.0129515;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925793;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr8 98827531 . G A 140.02 PASS AF=0.736842;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00948014;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.164;QD=29.4778;RBI=0.0171834;REFB=0.011979;REVB=0.0143317;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304345;STB=0.545389;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.002298;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:19:5:5:11:14:0.736842:5:6:3:2:8:6:3:2 chr8 98943446 . T C 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0275702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9228;QD=4.28887;RBI=0.0281697;REFB=0.00486711;REVB=-0.00578078;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135264;STB=0.599734;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0107183;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:4:3:10:21:4:3:10:22 chr8 98943545 . A G 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0104682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.569;QD=39.1882;RBI=0.0110858;REFB=-0.0554266;REVB=0.00364873;RO=6;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531362;STB=0.528902;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00906168;OID=.;OPOS=98943545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:16:9:3:3:16:9:3:3 chr8 98943598 . C T 239.1 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00276701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.149;QD=35.4221;RBI=0.0072704;REFB=-0.0242314;REVB=0.00672327;RO=6;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118934;STB=0.565154;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00559985;OID=.;OPOS=98943598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:13:8:4:2:13:8:4:2 chr8 98954012 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.684;QD=56.7062;RBI=0.00690583;REFB=0;REVB=-0.00383935;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57161e-05;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr8 99046383 . CT TC,TT 49.79 PASS AF=0.159091,0;AO=7,5;DP=42;FAO=7,0;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0287089,-0.000822276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=45.0717,223.891;QD=4.52664;RBI=0.0361178,0.0138038;REFB=0.0102948,-0.000947767;REVB=0.0219157,-0.0137792;RO=26;SAF=6,1;SAR=1,4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105363,-0.632136;STB=0.773295,0.5;STBP=0.203,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00214087,0;OID=.,.;OPOS=99046383,99046383;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:44:26:37:7,5:7,0:0.159091,0:1,4:6,1:21:5:1,0:6,0:22:15 chr8 99205612 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.539;QD=58.5996;RBI=0.0528571;REFB=0;REVB=0.0118234;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164188;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr8 99208190 . A C 500.53 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114427;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.27;QD=52.6874;RBI=0.0522253;REFB=0.0803318;REVB=0.0509563;RO=3;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310002;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000680944;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:39:38:3:2:35:36:0.947368:16:19:1:2:17:19:1:1 chr8 99441904 . G T 868.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000427582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.132;QD=56.9559;RBI=0.0274434;REFB=0;REVB=0.0274401;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63786e-05;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:31:26:0:0:34:27:0:0 chr8 100133706 . T G 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.373;QD=36.3121;RBI=0.0307708;REFB=-0.049054;REVB=0.0186043;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185841;STB=0.510193;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0109528;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:10:8:2:2:10:8:2:2 chr8 100975002 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00142838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.477;QD=36.3484;RBI=0.00726854;REFB=-0.0538622;REVB=0.0071268;RO=1;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00245921;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:10:1:0:1:10:1:0:1 chr8 101608919 . T C 206.35 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00523245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.665;QD=41.2707;RBI=0.0197712;REFB=0.0164119;REVB=0.0190662;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831816;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00292071;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:20:2:2:17:18:0.9:7:10:2:0:8:10:2:0 chr8 101718932 . C G 64.96 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0273996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0246;QD=4.90292;RBI=0.0384726;REFB=-0.00768388;REVB=-0.0270075;RO=41;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519973;STB=0.831178;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0105674;OID=.;OPOS=101718932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:41:43:10:10:0.188679:3:7:10:31:3:7:10:33 chr8 101718965 . G A 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0176725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.561;QD=4.07744;RBI=0.0204119;REFB=-0.00169647;REVB=-0.0102142;RO=44;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544313;STB=0.85547;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0254733;OID=.;OPOS=101718965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:54:44:45:9:9:0.166667:2:7:13:31:2:7:13:32 chr8 101718968 . C T 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00376233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.797;QD=4.07765;RBI=0.0500757;REFB=0.00541261;REVB=-0.0499341;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550068;STB=0.85547;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0466326;OID=.;OPOS=101718968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:2:7:13:32:2:7:13:32 chr8 101718987 . G A 57.58 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0316549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.911;QD=4.60641;RBI=0.0481243;REFB=-0.00168394;REVB=-0.036248;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525202;STB=0.839348;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.018373;OID=.;OPOS=101718987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:2:7:13:28:2:7:13:28 chr8 101719004 . G A 49.5 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0341523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.243;QD=4.30449;RBI=0.0375288;REFB=-0.00586198;REVB=0.0155575;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659902;STB=0.921904;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0766264;OID=.;OPOS=101719004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:1:7:10:28:1:7:10:28 chr8 101721705 . G T 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0182372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.016;QD=2.19434;RBI=0.0185241;REFB=0.000206702;REVB=0.00324726;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230439;STB=0.517198;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.000883563;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:5:3:24:37:5:3:24:37 chr8 101721709 . T A 35.82 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=71;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00807068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.833;QD=1.9898;RBI=0.0120409;REFB=-0.00439235;REVB=-0.00893569;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186938;STB=0.543368;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0662083;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:71:72:63:64:7:8:0.111111:4:3:26:37:5:3:27:37 chr8 101721727 . G A 141.34 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0191146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.074;QD=6.4243;RBI=0.0224165;REFB=-0.0136368;REVB=-0.0117102;RO=67;SAF=8;SAR=13;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853233;STB=0.552522;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.039821;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:13:8:30:37:13:8:30:37 chr8 101721756 . A C 219.55 PASS AF=0.284404;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00381451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.982;QD=8.05687;RBI=0.00951605;REFB=-0.0118885;REVB=-0.00871806;RO=76;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918554;STB=0.543644;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0368775;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:76:78:31:31:0.284404:16:15:31:45:16:15:33:45 chr8 101721812 . G A 259.45 PASS AF=0.255172;AO=37;DP=145;FAO=37;FDP=145;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.00778359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.589;QD=7.15716;RBI=0.0657997;REFB=-0.00530211;REVB=0.0653377;RO=108;SAF=19;SAR=18;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528313;STB=0.503169;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0133436;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:108:108:37:37:0.255172:18:19:55:53:18:19:55:53 chr8 101721817 . T C 247.71 PASS AF=0.246575;AO=36;DP=146;FAO=36;FDP=146;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.0417614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3726;QD=6.78655;RBI=0.0445509;REFB=0.015982;REVB=-0.0155167;RO=110;SAF=18;SAR=18;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227012;STB=0.513691;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0567412;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:110:110:36:36:0.246575:18:18:57:53:18:18:57:53 chr8 101721839 . C A 252.93 PASS AF=0.266667;AO=35;DP=133;FAO=36;FDP=135;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0111886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.434;QD=7.4942;RBI=0.0124271;REFB=-0.00616964;REVB=-0.00540811;RO=98;SAF=17;SAR=18;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803976;STB=0.533315;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0135114;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:98:99:35:36:0.266667:18:17:54:44:18:18:54:45 chr8 101721870 . G A 170.53 PASS AF=0.230769;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00336217;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.171;QD=5.83016;RBI=0.00629993;REFB=-0.00113508;REVB=-0.00532776;RO=90;SAF=12;SAR=15;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097438;STB=0.559728;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00360679;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:90:90:27:27:0.230769:15:12:47:43:15:12:47:43 chr8 101721899 . C A 135.81 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0375925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4704;QD=5.17353;RBI=0.0494503;REFB=-0.00783458;REVB=-0.0321269;RO=82;SAF=12;SAR=10;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266649;STB=0.521719;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0287635;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:83:22:22:0.209524:10:12:43:39:10:12:43:40 chr8 102209357 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.517;QD=59.4356;RBI=0.0247608;REFB=0;REVB=-0.0143663;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44243e-05;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr8 102504974 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.055;QD=43.4862;RBI=0.125332;REFB=0;REVB=0.0133314;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040086;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr8 103572992 . C G 543.99 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.3046;QD=58.81;RBI=0.0789772;REFB=0;REVB=0.0591222;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110322;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:18:18:0:1:19:18:0:0 chr8 103573001 . C G 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.704;QD=56.4852;RBI=0.153908;REFB=-0.0306475;REVB=0.14854;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00118918;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:1:0 chr8 103573006 . G A,C 544.51 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587664,0.0350372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.71,143.022;QD=58.8656;RBI=0.0640625,0.0417206;REFB=0,0;REVB=0.0255053,0.0226495;RO=0;SAF=17,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000212771,0.065832;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:18,0:17,2:0:0:18,0:17,2:0:0 chr8 103663912 . T G 137.21 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9006;QD=39.202;RBI=0.0618468;REFB=0.0667361;REVB=0.0450901;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0018062;OID=.;OPOS=103663912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr8 103845372 . G A 681.74 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00975151;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.324;QD=44.7042;RBI=0.0135813;REFB=0.00407048;REVB=0.00945298;RO=8;SAF=25;SAR=28;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377027;STB=0.520116;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000743401;OID=.;OPOS=103845372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:8:8:53:53:0.868852:28:25:5:3:28:25:5:3 chr8 104081226 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.001;QD=54.8231;RBI=0.0287109;REFB=-0.0546295;REVB=0.017027;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000551748;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:0:1:21:29:0:1 chr8 104082307 . C T 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00610557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.997;QD=31.2253;RBI=0.0219927;REFB=-0.0221367;REVB=0.0211282;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313215;STB=0.517224;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0096313;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:14:6:2:6:14:6:2:6 chr8 104166902 . G GC 195.71 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4679;QD=41.2011;RBI=0.248824;REFB=0;REVB=-0.132145;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0060615;OID=.;OPOS=104166903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:21:19:19:0:4:15:0:0:4:6:2:12:4:2 chr8 104312341 . A G 544.73 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00151687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.916;QD=41.9021;RBI=0.0223474;REFB=-0.0369881;REVB=0.0222959;RO=8;SAF=34;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147757;STB=0.579507;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00716052;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:8:8:44:44:0.846154:10:34:3:5:10:34:3:5 chr8 104337096 . A G 840.15 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0281831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.825;QD=51.7013;RBI=0.0338917;REFB=-0.052255;REVB=-0.0188246;RO=4;SAF=21;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817986;STB=0.543464;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00366004;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:65:4:4:60:61:0.938462:39:21:4:0:40:21:4:0 chr8 104337367 . A C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0263509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.72;QD=26.5702;RBI=0.0398122;REFB=-0.00972528;REVB=0.0298436;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0051905;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:1:3:7:4:1:3 chr8 104343686 . G A 417.88 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00690879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8973;QD=42.859;RBI=0.0344223;REFB=0.000495148;REVB=-0.0337218;RO=6;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130614;STB=0.510198;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.000437899;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:6:7:32:32:0.820513:20:12:2:4:20:12:3:4 chr8 104343822 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.959;QD=57.2024;RBI=0.0240373;REFB=0;REVB=-0.0113446;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018109;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr8 104394744 . T C 1726.55 PASS AF=0.878571;AO=122;DP=140;FAO=123;FDP=140;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0336507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2012;QD=49.3299;RBI=0.0652006;REFB=-0.00288053;REVB=0.0558458;RO=17;SAF=44;SAR=78;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193403;STB=0.500632;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000699037;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:140:140:17:17:122:123:0.878571:78:44:6:11:79:44:6:11 chr8 104432545 . A G 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0539533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.782;QD=1.82127;RBI=0.0560355;REFB=-0.00368698;REVB=0.0151332;RO=62;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331587;STB=0.7723;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0222103;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:6:1:24:38:6:1:24:38 chr8 104934028 . G A,T 1081.71 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=69,4;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125965,-0.0699221;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.484,41.0678;QD=59.2716;RBI=0.0247979,0.0702974;REFB=0,0;REVB=0.0247659,0.00725446;RO=0;SAF=25,4;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000126326,0.170073;OID=.,.;OPOS=104934028,104934028;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:73:73:0:0:69,4:70,3:0.958904,0.0410959:44,0:25,4:0:0:44,0:26,3:0:0 chr8 105261725 . G A 67.55 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0398575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5506;QD=4.65882;RBI=0.049809;REFB=0.00463872;REVB=-0.0298717;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016818;STB=0.511021;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0210467;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:5:6:25:22:5:6:25:22 chr8 105263979 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.624;QD=52.6132;RBI=0.059841;REFB=0;REVB=0.0231217;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196897;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr8 105361095 . C T 300.34 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0265064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8646;QD=44.495;RBI=0.0480024;REFB=0.0575817;REVB=-0.0400205;RO=3;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00431584;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:8:16:2:1:8:16:2:1 chr8 105361354 . G C 565.7 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0219044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.002;QD=43.5152;RBI=0.0235569;REFB=-0.00931333;REVB=0.00866732;RO=7;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681584;STB=0.536464;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00134818;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:20:25:2:5:20:25:2:5 chr8 105367121 . A G 370.12 PASS AF=0.852941;AO=27;DP=32;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.025413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.236;QD=43.5432;RBI=0.0318129;REFB=-0.0487452;REVB=0.0191374;RO=5;SAF=22;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242735;STB=0.600422;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0137741;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:34:5:5:27:29:0.852941:5:22:1:4:7:22:1:4 chr8 105459614 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0234199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.815;QD=3.73333;RBI=0.0351033;REFB=-0.00606553;REVB=0.0261487;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248859;STB=0.675159;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0336915;OID=.;OPOS=105459614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:2:5:19:18:2:5:19:18 chr8 107710044 . T A 753.3 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1892;QD=61.4935;RBI=0.0361205;REFB=0.0523398;REVB=-0.0224131;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159432;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00454638;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:18:29:1:0:18:30:1:0 chr8 108970367 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.227;QD=64.1538;RBI=0.018206;REFB=0;REVB=-0.0153662;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71909e-05;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr8 110657514 . G A,C 374.38 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=25,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647684,0.034299;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.576,23.4161;QD=51.6382;RBI=0.0675329,0.0416295;REFB=-0.0727565,-0.0817956;REVB=0.0191242,-0.0235923;RO=1;SAF=8,2;SAR=17,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.054487,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00111443,0.181724;OID=.,.;OPOS=110657514,110657514;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:29:29:1:0:25,2:27,2:0.931034,0.0689655:17,0:8,2:1:0:18,0:9,2:0:0 chr8 111946844 . G C 310.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212944;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6242;QD=53.9592;RBI=0.109604;REFB=0;REVB=0.107516;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232741;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr8 113241088 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.877;QD=56.7066;RBI=0.0323949;REFB=0;REVB=0.0234816;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115169;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr8 113516208 . TG T,TA 164.21 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=5,8;DP=14;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181688,-0.0216024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.784,213.677;QD=43.7879;RBI=0.0228886,0.0217344;REFB=0,0;REVB=0.0139206,-0.00239223;RO=0;SAF=3,4;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000918197,0.0116694;OID=.,.;OPOS=113516209,113516209;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:5,8:14:13,2:15:0:6,1:7,1:0:0:10:0:3,4:2,4:0:0 chr8 114186003 . T C 884.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.711;QD=58.0324;RBI=0.021316;REFB=0;REVB=0.0177332;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51619e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:35:26:0:0 chr8 116423423 . T TC 533.73 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861708;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.481;QD=48.5205;RBI=0.120625;REFB=0;REVB=-0.084409;RO=39;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000138745;OID=.;OPOS=116423424;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:44:44:0:19:25:0:0:4:39:2:3:17:22 chr8 116423424 . T C 588.46 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0348056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.184;QD=53.4967;RBI=0.045055;REFB=-0.038801;REVB=0.0286099;RO=3;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597672;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00109758;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:40:41:0.931818:22:18:0:3:22:19:0:3 chr8 116423490 . A T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000732135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.334;QD=54.883;RBI=0.0523295;REFB=-0.146003;REVB=0.0523244;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.506664;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00284151;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:37:17:0:0:37:17:0:1 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 354.63 PASS AF=0,1,0;AO=3,18,8;DP=29;FAO=0,26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146512,-0.0489044,-0.0597827;FXX=0;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=250.334,256.738,248.152;QD=54.5577;RBI=0.0208133,0.0513054,0.0619453;REFB=0,0,0;REVB=0.014783,0.0155116,0.0162248;RO=0;SAF=1,4,6;SAR=2,14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0188927,-0.000308517,0;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:29:26:0:0:3,18,8:0,26,0:0,1,0:2,14,2:1,4,6:0:0:0,18,0:0,8,0:0:0 chr8 116635872 . T TA 181.38 PASS AF=0.385542;AO=30;DP=86;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0337702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.9348;QD=8.74118;RBI=0.0346844;REFB=0.0223021;REVB=-0.00791082;RO=54;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176067;STB=0.591871;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=-0.0343284;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385542:30:86:32:83:51:14:18:30:21:99:54:13:17:32:22 chr8 117035009 . C T 137.26 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00582642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.835;QD=8.7152;RBI=0.0194174;REFB=-0.00616795;REVB=0.0185227;RO=43;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233166;STB=0.635436;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.013384;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:15:4:16:27:15:4:16:28 chr8 117791733 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.415;QD=58.1421;RBI=0.0525829;REFB=0;REVB=0.0525271;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287705;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr8 117858350 . G A 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00171052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.655;QD=22.7688;RBI=0.0060642;REFB=-0.00500931;REVB=0.00581796;RO=36;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223173;STB=0.501228;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00413064;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:28:16:13:23:28:16:13:23 chr8 117858389 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.945;QD=62.4653;RBI=0.0178631;REFB=0;REVB=-0.0170803;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90572e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr8 117858445 . A T 470.73 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0169649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.877;QD=26.1517;RBI=0.0198309;REFB=-0.0378698;REVB=-0.0102693;RO=28;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659978;STB=0.536066;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0192921;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:26:18:14:14:26:18:14:14 chr8 117887130 . T C 64.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.761;QD=21.5588;RBI=0.0503464;REFB=-0.00563804;REVB=-0.0503464;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650764;OID=.;OPOS=117887130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:12:1:4:8:8:0.666667:8:0:0:1:8:0:0:4 chr8 118184783 . C T 121.7 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00347497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.059;QD=7.05513;RBI=0.00354331;REFB=0.00200745;REVB=0.000692513;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179866;STB=0.608581;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00588386;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:9:9:33:18:9:9:33:18 chr8 118819578 . C T 337.81 PASS AF=0.57377;AO=32;DP=58;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0181427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.393;QD=22.1516;RBI=0.0193298;REFB=-0.00773451;REVB=0.00666974;RO=25;SAF=10;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690013;STB=0.511598;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00710902;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:25:26:32:35:0.57377:22:10:8:17:22:13:9:17 chr8 119945260 . C T 449.79 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0292395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.963;QD=27.2599;RBI=0.0296108;REFB=-0.0249964;REVB=0.00467426;RO=24;SAF=27;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100321;STB=0.554768;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0186484;OID=.;OPOS=119945260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:15:27:12:12:15:27:12:12 chr8 119964052 . G C 655.08 PASS AF=0.417143;AO=73;DP=175;FAO=73;FDP=175;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0117538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.151;QD=14.9734;RBI=0.0316729;REFB=-0.0121767;REVB=0.0294112;RO=101;SAF=34;SAR=39;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418427;STB=0.52596;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.020179;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:102:73:73:0.417143:39:34:43:58:39:34:43:59 chr8 120592406 . T C 509.46 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00856824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.365;QD=15.322;RBI=0.00863287;REFB=-0.00699362;REVB=0.00105441;RO=76;SAF=27;SAR=29;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222428;STB=0.508472;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00807436;OID=.;OPOS=120592406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:77:56:56:0.421053:29:27:35:41:29:27:36:41 chr8 120596023 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.279;QD=58.5878;RBI=0.0084175;REFB=0;REVB=-0.00763296;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85085e-06;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr8 120903471 . C CA 709.47 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352332;FXX=0.019604;HRUN=0;LEN=1;MLLD=213.259;QD=56.7576;RBI=0.0409841;REFB=0;REVB=0.0209361;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000130381;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:50:50:0:25:25:0:0:4:1:24:24:1:0 chr8 121013770 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.581;QD=62.669;RBI=0.0287151;REFB=0;REVB=0.0027114;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02176e-05;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr8 121061879 . G A 1830.38 PASS AF=0.984;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460648;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.228;QD=58.5723;RBI=0.0651047;REFB=-0.190697;REVB=0.0460071;RO=3;SAF=60;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023155;STB=0.508063;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0020422;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:125:3:2:120:123:0.984:60:60:3:0:62:61:2:0 chr8 121210069 . T C 682.7 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5876;QD=62.0639;RBI=0.0362093;REFB=0;REVB=0.0196069;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470761;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr8 121215991 . T C 1434.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.824;QD=63.0393;RBI=0.0134303;REFB=0;REVB=-0.00978185;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35776e-05;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:59:31:0:0:59:32:0:0 chr8 121228679 . A C 2353.95 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6556;QD=63.1932;RBI=0.0778538;REFB=0.0672847;REVB=0.0680409;RO=1;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665186;STB=0.503496;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-5.3605e-05;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:71:77:0:1:71:77:0:1 chr8 121259861 . CGGG C,CG,CGG 677.0 PASS AF=0.00925926,0.564815,0.425926;AO=11,32,35;DP=109;FAO=1,61,46;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,34;FSAR=1,24,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640798,0.09521,0.183949;FXX=0.00917347;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=17.3923,10.5356,6.72548;QD=25.0741;RBI=0.0931353,0.138884,0.270112;REFB=0,0,0;REVB=0.0675867,0.101113,0.197796;RO=5;SAF=8,16,23;SAR=3,16,12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.450091,0.450091,0.450091;SSEP=0,0,0;SSSB=0.084233,-0.025092,0.014674;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0146795,0.0317269,-0.100553;OID=.,.,.;OPOS=121259862,121259862,121259862;OREF=GGG,GG,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.00925926,0.564815,0.425926:11,32,35:109:1,61,46:108:0:0,37,34:1,24,12:0:0:73:5:8,16,23:3,16,12:3:2 chr8 121383048 . T C 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2928;QD=56.1786;RBI=0.0401592;REFB=0;REVB=-0.0323614;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165851;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr8 121528385 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.035;QD=62.9817;RBI=0.0393705;REFB=0;REVB=0.0246526;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211395;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr8 123964335 . T A 349.25 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0279485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.825;QD=25.4002;RBI=0.0287785;REFB=-0.0269958;REVB=-0.00686191;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391209;STB=0.502145;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0173556;OID=.;OPOS=123964335;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:16:18:11:10:16:18:11:10 chr8 124027628 . T C 621.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5509;QD=60.5969;RBI=0.0380699;REFB=0;REVB=0.0152661;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448576;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr8 124121798 . A G 203.44 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0165357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.913;QD=23.9345;RBI=0.018212;REFB=0.034743;REVB=0.00763204;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427005;STB=0.51998;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0233153;OID=.;OPOS=124121798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:15:4:3:11:15:5:3:11 chr8 124169554 . G A 1207.27 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00691724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.011;QD=55.5068;RBI=0.0129803;REFB=-0.00748459;REVB=0.0109836;RO=5;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519443;STB=0.527466;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=7.92707e-05;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:87:5:5:82:82:0.942529:43:39:0:5:43:39:0:5 chr8 124448736 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0192009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.674;QD=16.6158;RBI=0.0484839;REFB=0.00479157;REVB=0.0445198;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00693239;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:9:12:8:9:9:12 chr8 124448804 . T A 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00212402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8622;QD=20.7367;RBI=0.00216396;REFB=-0.0130942;REVB=0.000413795;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149652;STB=0.584323;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0145747;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:6:10:8:10:6:10 chr8 124449466 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0220549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.487;QD=11.9196;RBI=0.035964;REFB=-0.0263158;REVB=0.0284076;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0658155;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr8 124453543 . T A 103.77 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0380984;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=42.6398;QD=7.28225;RBI=0.0611802;REFB=-0.020442;REVB=0.04787;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132161;STB=0.593845;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0557668;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:42:15:15:0.263158:7:8:16:22:7:8:17:25 chr8 124594546 . T C 69.09 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00792806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.351;QD=15.3537;RBI=0.012066;REFB=0.0029465;REVB=0.00909589;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.689682;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00468724;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:6:2:5:4:7:2:5:4 chr8 124658210 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00232019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.37;QD=13.9482;RBI=0.0142309;REFB=-0.0140567;REVB=0.0140405;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0215958;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:15:12:10:7:15:12 chr8 124664130 . C T 528.57 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0059403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1648;QD=52.8568;RBI=0.00716296;REFB=-0.0596593;REVB=0.0040026;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.538441;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00238792;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:0:3:37:37:0.925:19:18:0:0:19:18:3:0 chr8 124664167 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.492;QD=63.583;RBI=0.0439936;REFB=0;REVB=0.0434421;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25915e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr8 124664792 . C T 774.58 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219555;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.701;QD=57.3766;RBI=0.0219556;REFB=0;REVB=1.62095e-05;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213264;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr8 124664873 . AT GC 926.58 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801793;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.976;QD=58.8302;RBI=0.0116179;REFB=0;REVB=0.00840759;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.82447e-06;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr8 124696867 . C T 261.98 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00699387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.36;QD=10.0761;RBI=0.00798193;REFB=-0.00938735;REVB=-0.00384669;RO=69;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176237;STB=0.597463;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0201991;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:70:34:34:0.326923:14:20:30:39:14:20:31:39 chr8 124749610 . C T 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3198;QD=63.5746;RBI=0.051395;REFB=0;REVB=0.0184096;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193437;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr8 124824826 . G A 1193.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554353;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.619;QD=61.1883;RBI=0.0181153;REFB=0;REVB=0.0172462;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40637e-05;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr8 125035788 . G C,T 264.1 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=8,3;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185044,-0.00118749;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=100.994,74.2683;QD=50.3037;RBI=0.0873246,0.0135493;REFB=0,0;REVB=0.0853415,0.0134972;RO=0;SAF=8,3;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000190061,-0.0431717;OID=.,.;OPOS=125035788,125035788;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:21:0:0:8,3:18,3:0.857143,0.142857:0,0:8,3:0:0:9,0:9,3:0:0 chr8 125061895 . G A 2012.53 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419348;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.294;QD=62.4041;RBI=0.0419677;REFB=0;REVB=0.00166022;RO=0;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47579e-06;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:129:0:0:122:129:1:76:46:0:0:78:51:0:0 chr8 125072426 . T C 698.94 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.291;QD=54.8187;RBI=0.0695858;REFB=-0.0352271;REVB=0.0608738;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000859051;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:21:28:0:0:21:29:1:0 chr8 125076589 . T G 1106.64 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0794284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2871;QD=58.244;RBI=0.0832782;REFB=-0.0135005;REVB=0.0250278;RO=2;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230653;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000686124;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:2:1:74:75:0.986842:34:40:2:0:34:41:1:0 chr8 125107201 . G A 1237.03 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.67;QD=60.3428;RBI=0.0159854;REFB=-0.0729422;REVB=0.0146781;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115264;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:1:0:81:82:1:44:37:0:1:45:37:0:0 chr8 125107207 . C T 1176.62 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115824;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.024;QD=61.1229;RBI=0.0116662;REFB=0;REVB=-0.00139584;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264138;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr8 125463250 . T C 511.0 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.010253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.605;QD=32.4444;RBI=0.010325;REFB=-0.00715839;REVB=0.0012175;RO=18;SAF=16;SAR=29;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113139;STB=0.56093;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00419786;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:18:45:45:0.714286:29:16:3:15:29:16:3:15 chr8 125498547 . C T 353.56 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00179791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.711;QD=23.9703;RBI=0.00378373;REFB=0.00155686;REVB=-0.00332929;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106844;STB=0.563071;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00110232;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:15:19:10:14:15:20:10:14 chr8 125499363 . G A 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0137582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.678;QD=22.0559;RBI=0.0374416;REFB=0.00416756;REVB=-0.0348222;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186199;STB=0.602603;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00236131;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:18:26:14:24:18:26:14:24 chr8 125528135 . G A 483.57 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0485693;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3837;QD=20.5773;RBI=0.0492662;REFB=-0.00694607;REVB=-0.00825701;RO=47;SAF=29;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599234;STB=0.533225;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0064559;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:47:47:0.5:18:29:26:21:18:29:26:21 chr8 125568182 . A G 109.89 PASS AF=0.5;AO=4;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0206753;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.638;QD=19.9792;RBI=0.0555235;REFB=-0.00368524;REVB=0.0515305;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700982;STB=0.519196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.023158;OID=.;OPOS=125568182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:22:5:8:4:11:0.5:0:4:3:2:6:5:4:4 chr8 125579973 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.96;QD=59.1401;RBI=0.0225177;REFB=0;REVB=0.00972597;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76376e-05;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr8 125579990 . C T 1043.49 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.707;QD=59.6278;RBI=0.0332574;REFB=0;REVB=-0.02781;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186732;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr8 125580075 . G C 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0106421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9651;QD=10.8937;RBI=0.0317251;REFB=-0.00179556;REVB=0.0298869;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872649;STB=0.550683;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00381608;OID=.;OPOS=125580075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:12:12:19:26:12:12:19:26 chr8 126283111 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.245;QD=55.6561;RBI=0.0262515;REFB=0;REVB=0.025848;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69693e-05;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr8 126448789 . G A 20303.9 PASS AF=1;AO=1295;DP=1322;FAO=1300;FDP=1300;FR=.;FRO=0;FSAF=683;FSAR=617;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000181818;FXX=0.0188678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=62.4736;RBI=0.0317112;REFB=-0.0252996;REVB=-0.0317107;RO=22;SAF=680;SAR=615;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000651346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87508e-06;OID=.;OPOS=126448789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:1322:1300:22:0:1295:1300:1:615:680:12:10:617:683:0:0 chr8 127565184 . A G 338.03 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0168183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.857;QD=28.7685;RBI=0.0169385;REFB=0.00287188;REVB=0.00201453;RO=18;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137724;STB=0.575794;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00193147;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:12:17:7:11:12:17:7:11 chr8 127683774 . G T 228.76 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0314284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.871;QD=21.7868;RBI=0.0324249;REFB=-0.011498;REVB=0.00797706;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122927;STB=0.588161;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00658738;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:21:22:0.52381:7:14:15:4:8:14:16:4 chr8 127683850 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.458;QD=58.7812;RBI=0.0349236;REFB=0;REVB=0.0305311;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114578;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr8 128429262 . G C 7595.8 PASS AF=0.865815;AO=538;DP=624;FAO=542;FDP=626;FR=.;FRO=84;FSAF=182;FSAR=360;FSRF=82;FSRR=2;FWDB=0.0614228;FXX=0.00159487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2073;QD=48.5354;RBI=0.0672113;REFB=-0.0824581;REVB=0.0272875;RO=69;SAF=181;SAR=357;SRF=69;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151847;STB=0.590586;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151517;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:624:626:69:84:538:542:0.865815:357:181:69:0:360:182:82:2 chr8 128429315 . T A 1883.23 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.833;QD=61.2432;RBI=0.0343709;REFB=0;REVB=0.0227039;RO=0;SAF=81;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.719e-05;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:119:123:1:38:81:0:0:41:82:0:0 chr8 128429452 . A G 223.81 PASS AF=0.234899;AO=49;DP=163;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=85;FSRR=29;FWDB=-0.00941913;FXX=0.0858843;HRUN=16;LEN=1;MLLD=96.4491;QD=6.00827;RBI=0.00941914;REFB=-0.0100228;REVB=1.1604e-05;RO=109;SAF=21;SAR=28;SRF=84;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395757;STB=0.621639;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00498805;OID=.;OPOS=128429452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:149:109:114:49:35:0.234899:28:21:84:25:14:21:85:29 chr8 128429454 . A G 38.23 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=169;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=103;FSRR=53;FWDB=-0.0226464;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=135.233;QD=0.904851;RBI=0.0226553;REFB=-0.00211812;REVB=-0.0006351;RO=156;SAF=9;SAR=4;SRF=103;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405455;STB=0.533766;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.016433;OID=.;OPOS=128429454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:169:169:156:156:13:13:0.0769231:4:9:103:53:4:9:103:53 chr8 128429455 . AG AA,AGA,GA 1877.6 PASS AF=0.0123457,0.358025,0.611111;AO=9,48,81;DP=164;FAO=2,58,99;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=0,27,76;FSAR=2,31,23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0151364,-0.0862884,0.0196785;FXX=0.0121944;HRUN=1,3,16;LEN=1,1,2;MLLD=172.579,16.627,38.5174;QD=46.3606;RBI=0.017453,0.100755,0.0196878;REFB=0.00484931,0.0793989,-0.0164012;REVB=-0.00868886,-0.052019,-0.00060656;RO=4;SAF=5,22,62;SAR=4,26,19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.107529,-0.0422292,0.00190997;STB=0.995982,0.526307,0.509676;STBP=0.052,0.099,0.378;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.00890598,-0.0270106,0.0087158;OID=.,.,.;OPOS=128429456,128429457,128429455;OREF=G,-,AG;OALT=A,A,GA;OMAPALT=AA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:164:162:4:3:9,48,81:2,58,99:0.0123457,0.358025,0.611111:4,26,19:5,22,62:3:1:2,31,23:0,27,76:3:0 chr8 128429510 . G A 8318.2 PASS AF=1;AO=525;DP=532;FAO=526;FDP=526;FR=.;FRO=0;FSAF=309;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466419;FXX=0.011278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0845;QD=63.2563;RBI=0.0675343;REFB=-0.0960254;REVB=0.0673731;RO=2;SAF=309;SAR=216;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000662663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240459;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:532:526:2:0:525:526:1:216:309:1:1:217:309:0:0 chr8 128429519 . G A 9455.41 PASS AF=1;AO=596;DP=602;FAO=601;FDP=601;FR=.;FRO=0;FSAF=359;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313794;FXX=0.00496681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.468;QD=62.9312;RBI=0.0284458;REFB=-0.00311176;REVB=0.0282722;RO=1;SAF=357;SAR=239;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111723;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:602:601:1:0:596:601:1:239:357:0:1:242:359:0:0 chr8 128429660 . T C 17567.6 PASS AF=0.99024;AO=1110;DP=1126;FAO=1116;FDP=1127;FR=.;FRO=11;FSAF=563;FSAR=553;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00163238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2505;QD=62.3516;RBI=0.00290355;REFB=-0.0538119;REVB=0.00240124;RO=10;SAF=559;SAR=551;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14326e-05;STB=0.500487;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0012078;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:1126:1127:10:11:1110:1116:0.99024:551:559:5:5:553:563:5:6 chr8 128429721 . T C 11085.7 PASS AF=1;AO=700;DP=703;FAO=703;FDP=703;FR=.;FRO=0;FSAF=332;FSAR=371;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784662;FXX=0.00565763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2214;QD=63.0762;RBI=0.0829393;REFB=-0.100596;REVB=0.0268699;RO=2;SAF=329;SAR=371;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000163854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100932;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:703:703:2:0:700:703:1:371:329:1:1:371:332:0:0 chr8 128429732 . C T 8748.32 PASS AF=1;AO=540;DP=556;FAO=555;FDP=555;FR=.;FRO=0;FSAF=254;FSAR=301;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175163;FXX=0.0035906;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.255;QD=63.051;RBI=0.0186679;REFB=0;REVB=-0.00645525;RO=0;SAF=250;SAR=290;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15488e-06;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:556:555:0:0:540:555:1:290:250:0:0:301:254:0:0 chr8 128429823 . G A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0100551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.945;QD=49.3067;RBI=0.01023;REFB=-0.00475265;REVB=0.00188357;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237803;STB=0.512811;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000921874;OID=.;OPOS=128429823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:18:9:1:1:18:9:1:1 chr8 128430225 . G A 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.009;QD=60.5452;RBI=0.00853334;REFB=0;REVB=0.000479898;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30582e-05;OID=.;OPOS=128430225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr8 128430478 . G T 4702.87 PASS AF=1;AO=301;DP=301;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218293;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.505;QD=62.4966;RBI=0.0214733;REFB=0;REVB=0.0213621;RO=0;SAF=212;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86922e-06;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:301:301:0:0:301:301:1:89:212:0:0:89:212:0:0 chr8 128430807 . C A 18809.4 PASS AF=0.982885;AO=1201;DP=1224;FAO=1206;FDP=1227;FR=.;FRO=21;FSAF=578;FSAR=628;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0123697;FXX=0.00162733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=61.3184;RBI=0.0202193;REFB=-0.0304536;REVB=0.0159941;RO=22;SAF=576;SAR=625;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539449;STB=0.502396;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000386298;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:1224:1227:22:21:1201:1206:0.982885:625:576:14:8:628:578:13:8 chr8 128430872 . A AATG 7828.74 PASS AF=0.853073;AO=534;DP=708;FAO=569;FDP=667;FR=.;FRO=98;FSAF=319;FSAR=250;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.0111402;FXX=0.00891517;HRUN=4;LEN=3;MLLD=316.34;QD=46.949;RBI=0.0111769;REFB=-0.0142132;REVB=0.000905027;RO=118;SAF=305;SAR=229;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475158;STB=0.500088;STBP=0.995;TYPE=ins;VARB=0.0024807;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.853073:534:708:569:667:98:319:250:55:43:99:118:305:229:69:49 chr8 128431694 . A G 22043.9 PASS AF=0.974114;AO=1422;DP=1469;FAO=1430;FDP=1468;FR=.;FRO=38;FSAF=648;FSAR=782;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0416985;FXX=0.00271737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.308;QD=60.0652;RBI=0.0532096;REFB=-0.0615452;REVB=0.0330529;RO=32;SAF=644;SAR=778;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033228;STB=0.50191;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0023005;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1469:1468:32:38:1422:1430:0.974114:778:644:17:15:782:648:20:18 chr8 128432206 . C A 7732.04 PASS AF=0.972171;AO=475;DP=572;FAO=524;FDP=539;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=122;FSAR=402;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.010936;FXX=0.042628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.112;QD=57.3807;RBI=0.0350137;REFB=-0.0441961;REVB=0.033262;RO=28;SAF=114;SAR=361;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566634;STB=0.506337;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00263721;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:572:539:28:11:475:524:0.972171:361:114:18:10:402:122:5:6 chr8 128751201 . G A 27688.9 PASS AF=0.976425;AO=1777;DP=1877;FAO=1781;FDP=1824;FR=.;FRO=43;FSAF=550;FSAR=1231;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00758388;FXX=0.0323606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4482;QD=60.7212;RBI=0.0486224;REFB=-0.024545;REVB=0.0480273;RO=35;SAF=549;SAR=1228;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269694;STB=0.500463;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000410651;OID=.;OPOS=128751201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:1877:1824:35:43:1777:1781:0.976425:1228:549:13:22:1231:550:14:29 chr8 129021179 . G A,T 17071.0 PASS AF=0.88583,0.0591093;AO=1068,93;DP=1235;FAO=1094,73;FDP=1235;FR=.;FRO=68;FSAF=506,26;FSAR=588,47;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=0.0101394,-0.0494957;FXX=0.00242324;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=190.079,23.4386;QD=55.2907;RBI=0.0150809,0.050251;REFB=-0.0122839,-0.0195897;REVB=0.0111636,0.00867993;RO=61;SAF=480,51;SAR=588,42;SRF=11;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0281014,0.265141;STB=0.510793,0.541303;STBP=0.004,0.351;TYPE=snp,snp;VARB=0.000832745,0.0993382;OID=.,.;OPOS=129021179,129021179;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:1235:1235:61:68:1068,93:1094,73:0.88583,0.0591093:588,42:480,51:11:50:588,47:506,26:19:49 chr8 129021180 . T A 85.35 PASS AF=0.0546185;AO=59;DP=1236;FAO=68;FDP=1245;FR=.;FRO=1177;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=534;FSRR=643;FWDB=-0.0176081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.985;QD=0.274229;RBI=0.0176392;REFB=-0.00382604;REVB=-0.00104803;RO=1177;SAF=10;SAR=49;SRF=534;SRR=643;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288956;STB=0.688668;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0229426;OID=.;OPOS=129021180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:1236:1245:1177:1177:59:68:0.0546185:49:10:534:643:50:18:534:643 chr8 129022785 . T C 22774.1 PASS AF=1;AO=1427;DP=1436;FAO=1429;FDP=1429;FR=.;FRO=0;FSAF=716;FSAR=713;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334738;FXX=0.00625865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.44;QD=63.7485;RBI=0.0126322;REFB=0;REVB=-0.0121806;RO=3;SAF=714;SAR=713;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00066986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63724e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1436:1429:3:0:1427:1429:1:713:714:1:2:713:716:0:0 chr8 129022816 . G A 25035.3 PASS AF=1;AO=1572;DP=1582;FAO=1574;FDP=1574;FR=.;FRO=0;FSAF=780;FSAR=794;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197793;FXX=0.00568537;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.041;QD=63.6222;RBI=0.0216373;REFB=-0.00673912;REVB=0.00877224;RO=7;SAF=779;SAR=793;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000567695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61821e-06;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:1582:1574:7:0:1572:1574:1:793:779:3:4:794:780:0:0 chr8 129022818 . T A 25237.4 PASS AF=1;AO=1575;DP=1577;FAO=1578;FDP=1578;FR=.;FRO=0;FSAF=788;FSAR=790;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256373;FXX=0.00378785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.889;QD=63.9732;RBI=0.0353859;REFB=0;REVB=0.0243903;RO=1;SAF=785;SAR=790;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000604692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15062e-06;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1577:1578:1:0:1575:1578:1:790:785:0:1:790:788:0:0 chr8 130760850 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.874;QD=64.1529;RBI=0.0249;REFB=0;REVB=0.00717403;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50712e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr8 130762291 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.926;QD=59.679;RBI=0.0423964;REFB=0;REVB=-0.0392092;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3013e-05;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr8 131124559 . T C 152.33 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.016917;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.989;QD=12.6943;RBI=0.0177746;REFB=-0.00111461;REVB=0.00545453;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901648;STB=0.538417;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00263839;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:10:7:10:20:10:7:11:20 chr8 131353139 . T C 281.01 PASS AF=0.75;AO=23;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0743915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.657;QD=35.1262;RBI=0.0749726;REFB=-0.0508797;REVB=0.00931659;RO=7;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15695;STB=0.592942;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0110476;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:32:7:8:23:24:0.75:6:17:3:4:7:17:3:5 chr8 131921956 . A G 1508.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0778431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.058;QD=63.5191;RBI=0.0778586;REFB=0;REVB=0.00155079;RO=0;SAF=29;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29082e-05;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:64:29:0:0:66:29:0:0 chr8 131922027 . T G 415.07 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=-0.0214588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5151;QD=16.7705;RBI=0.0237002;REFB=-0.00640761;REVB=-0.0100608;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243803;STB=0.635703;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00760934;OID=.;OPOS=131922027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:22:21:14:42:22:21:14:42 chr8 132947786 . C T 135.81 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0642093;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.375;QD=8.35722;RBI=0.0824048;REFB=-0.00732477;REVB=-0.0516499;RO=45;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108535;STB=0.542604;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0160944;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:13:6:18:27:13:6:17:29 chr8 132982824 . A G 590.64 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=104;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0194805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4853;QD=22.5006;RBI=0.0334711;REFB=-0.00709554;REVB=0.0272181;RO=45;SAF=13;SAR=45;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217685;STB=0.616396;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00760971;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:45:46:58:59:0.561905:45:13:20:25:45:14:21:25 chr8 133047071 . G A 495.38 PASS AF=0.767857;AO=42;DP=55;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0379412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.504;QD=35.3844;RBI=0.0402896;REFB=-0.0290741;REVB=0.0135544;RO=13;SAF=20;SAR=22;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06096;STB=0.529447;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00767686;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:55:56:13:13:42:43:0.767857:22:20:8:5:22:21:8:5 chr8 133048593 . C T 113.55 PASS AF=0.304348;AO=15;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00870902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4854;QD=9.87374;RBI=0.0778293;REFB=-0.00920279;REVB=0.0773405;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118577;STB=0.528532;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0182812;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:32:15:14:0.304348:3:12:23:6:3:11:26:6 chr8 133048619 . T C 661.8 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00236003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.601;QD=49.0219;RBI=0.00244825;REFB=-0.0680776;REVB=0.000651304;RO=3;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122081;STB=0.583297;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000584751;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:54:54:3:4:50:50:0.925926:10:40:0:3:10:40:0:4 chr8 133053309 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.353;QD=60.6074;RBI=0.0392641;REFB=0;REVB=0.0100573;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012099;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr8 133053318 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.758;QD=61.3347;RBI=0.0256562;REFB=0;REVB=-0.0143756;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15303e-05;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr8 133067315 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.778;QD=51.9167;RBI=0.0173869;REFB=0;REVB=0.016145;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109375;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr8 133089975 . A G 177.62 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0323123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1904;QD=8.66426;RBI=0.0971925;REFB=-0.00753219;REVB=-0.091664;RO=58;SAF=4;SAR=20;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346214;STB=0.710326;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0273457;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:20:4:23:35:20:4:23:35 chr8 133101818 . G A 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.764;QD=59.6725;RBI=0.0171107;REFB=0;REVB=0.00907333;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71349e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr8 133107830 . T C 1401.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029268;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.228;QD=63.004;RBI=0.0412726;REFB=0;REVB=0.0291;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176156;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:57:32:0:0 chr8 133112392 . G A 739.92 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.43;QD=56.9168;RBI=0.0452822;REFB=0;REVB=0.0200894;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99429e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr8 133113531 . A T 563.72 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00501116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.179;QD=57.8175;RBI=0.0132266;REFB=-0.0918036;REVB=0.0122406;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00958398;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:16:22:0:0:16:22:0:1 chr8 133175736 . T C 174.1 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00716473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6483;QD=27.8558;RBI=0.0365953;REFB=-0.0115116;REVB=0.0358871;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323738;STB=0.653278;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0037283;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:16:17:0.68:12:4:6:2:12:5:6:2 chr8 133199455 . T G 31.09 PASS AF=0.0650407;AO=9;DP=124;FAO=8;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.0390252;FXX=0.00806387;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.6732;QD=1.01099;RBI=0.0784258;REFB=-0.0249571;REVB=-0.0680267;RO=83;SAF=7;SAR=2;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32342;STB=0.858709;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.111172;OID=.;OPOS=133199455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:124:123:83:112:9:8:0.0650407:2:7:42:41:1:7:57:55 chr8 133723166 . A G 757.03 PASS AF=0.660194;AO=68;DP=103;FAO=68;FDP=103;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0196702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.208;QD=29.3992;RBI=0.0239679;REFB=-0.0107599;REVB=-0.0136947;RO=34;SAF=34;SAR=34;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182053;STB=0.601913;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00872473;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:34:35:68:68:0.660194:34:34:7:27:34:34:7:28 chr8 133769554 . TGA T 165.17 PASS AF=0.2875;AO=21;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0143078;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.181;QD=8.25834;RBI=0.0294301;REFB=-0.0122859;REVB=-0.0257181;RO=55;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955271;STB=0.527967;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0373928;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2875:21:80:23:80:57:10:13:27:30:99:55:9:12:24:31 chr8 133844508 . C T 291.62 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-5.91831e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.197;QD=12.1506;RBI=0.00338839;REFB=0.00854131;REVB=0.00338787;RO=59;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014389;STB=0.522798;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0136731;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:62:34:34:0.354167:16:18:32:27:16:18:35:27 chr8 133858712 . G A 450.06 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.001795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.847;QD=14.518;RBI=0.0161771;REFB=-0.00817564;REVB=-0.0160772;RO=73;SAF=25;SAR=26;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308916;STB=0.501739;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0113663;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:26:25:36:37:26:25:36:37 chr8 133859877 . G T 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0452168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.589;QD=8.12661;RBI=0.0467262;REFB=-0.00225964;REVB=-0.0117805;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901958;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00564748;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:11:18:6:5:11:18 chr8 133883744 . C T 175.61 PASS AF=0.45;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0150663;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.821;QD=17.5607;RBI=0.017214;REFB=-0.0150235;REVB=-0.00832634;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164933;STB=0.509423;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0351564;OID=.;OPOS=133883744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:22:22:18:18:0.45:12:6:7:15:12:6:7:15 chr8 133900252 . T G 1134.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.19;QD=60.5086;RBI=0.0381776;REFB=0;REVB=0.0302395;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100881;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:38:35:0:0:40:35:0:0 chr8 133900386 . T C 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.727;QD=61.673;RBI=0.0111653;REFB=0;REVB=0.0101835;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66816e-05;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr8 134239746 . G A 626.4 PASS AF=0.675;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0159013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.375;QD=31.32;RBI=0.0166113;REFB=-0.0155996;REVB=-0.00480476;RO=26;SAF=27;SAR=27;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693262;STB=0.537486;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00494153;OID=.;OPOS=134239746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:26:54:54:0.675:27:27:10:16:27:27:10:16 chr8 134260948 . A G 138.02 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00229716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5694;QD=19.0366;RBI=0.168067;REFB=-0.0255181;REVB=-0.168052;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.616284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0133229;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:14:15:15:0.517241:9:6:6:5:9:6:9:5 chr8 134292516 . A G 186.26 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.118236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8749;QD=27.5935;RBI=0.118308;REFB=0.0054688;REVB=0.00412706;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681572;STB=0.537774;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00726947;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:3:6:10:8:3:6 chr8 135602581 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.108884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7093;QD=22.7233;RBI=0.119143;REFB=0.0164146;REVB=0.0483666;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.52775;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00802654;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:7:9:10:10:7:9 chr8 135612595 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.845;QD=53.277;RBI=0.042542;REFB=0;REVB=0.042434;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277728;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr8 135612745 . A G 642.02 PASS AF=0.59375;AO=55;DP=94;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0270679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.869;QD=26.7509;RBI=0.0343942;REFB=-0.0277034;REVB=0.0212201;RO=39;SAF=25;SAR=30;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114002;STB=0.568083;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0220641;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:39:39:55:57:0.59375:30:25:12:27:30:27:12:27 chr8 135614705 . A G 740.06 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.739;QD=55.8536;RBI=0.0357998;REFB=0;REVB=-0.0219381;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497696;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr8 135614972 . A G 568.34 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0425669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5386;QD=27.7239;RBI=0.0438357;REFB=-0.0116437;REVB=-0.01047;RO=31;SAF=24;SAR=27;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03579;STB=0.519473;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00865058;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:51:51:0.621951:27:24:13:18:27:24:13:18 chr8 136659426 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.678;QD=55.6561;RBI=0.0187;REFB=0;REVB=0.00589176;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72205e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr8 139143942 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1526;QD=57.2347;RBI=0.0632789;REFB=0;REVB=0.0630175;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522132;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr8 139164570 . C T 155.94 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0272455;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.735;QD=31.1871;RBI=0.0286913;REFB=-0.0281377;REVB=-0.00899306;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107372;STB=0.582673;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0126557;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:4:5:15:15:0.75:7:8:1:3:7:8:1:4 chr8 139165272 . T C 447.27 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00542526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.857;QD=21.0481;RBI=0.00553922;REFB=-0.0166026;REVB=0.00111779;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629893;STB=0.539597;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0182502;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:20:23:19:22:20:24:19:22 chr8 139165289 . T C 469.54 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00732353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5395;QD=23.1871;RBI=0.0707133;REFB=-0.0347999;REVB=0.0703331;RO=36;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538492;STB=0.529592;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0284824;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:22:23:16:20:22:23:16:20 chr8 139626176 . C G 801.77 PASS AF=0.777778;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0473042;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7957;QD=39.5937;RBI=0.0502841;REFB=0.0222315;REVB=-0.017053;RO=18;SAF=40;SAR=23;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106563;STB=0.55713;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00426047;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:18:18:63:63:0.777778:23:40:7:11:23:40:7:11 chr8 139642974 . T C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00873885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.244;QD=9.26194;RBI=0.0242559;REFB=0.00305887;REVB=-0.022627;RO=38;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232131;STB=0.638546;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00796495;OID=.;OPOS=139642974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:11:6:21:17:11:6:21:17 chr8 139647262 . A C,G 501.56 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,31;DP=33;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02138,0.0100765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.045,161.871;QD=57.3212;RBI=0.036384,0.0367836;REFB=0,0;REVB=0.0294396,0.0353765;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.15349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0227008,-0.000214581;OID=.,.;OPOS=139647262,139647262;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:35:0:0:2,31:1,34:0.0285714,0.971429:2,9:0,22:0:0:1,11:0,23:0:0 chr8 139672671 . T C 463.6 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.597;QD=57.9495;RBI=0.0298484;REFB=0;REVB=-0.00146188;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002501;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr8 139697478 . T C 3699.79 PASS AF=1;AO=228;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041322;FXX=0.0208325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6468;QD=62.9752;RBI=0.0423305;REFB=0;REVB=0.00918514;RO=0;SAF=112;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248632;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:236:235:0:0:228:235:1:116:112:0:0:121:114:0:0 chr8 139712323 . A G 649.79 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.236;QD=61.885;RBI=0.0613534;REFB=0;REVB=0.0598643;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216235;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr8 139749758 . G T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.033992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.889;QD=19.1732;RBI=0.0356184;REFB=0.00972339;REVB=-0.0106403;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.568678;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00975808;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:32:33:0.507692:13:19:15:17:13:20:15:17 chr8 139767379 . C T 572.08 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0263635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.19;QD=28.6039;RBI=0.0267754;REFB=-0.0323145;REVB=0.00467839;RO=29;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155871;STB=0.584523;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0102891;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:26:25:21:8:26:25:21:8 chr8 139768085 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0101279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.301;QD=20.4848;RBI=0.0140669;REFB=-0.0238831;REVB=0.00976242;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160162;STB=0.59078;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0145245;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:7:4:8:6:7:4 chr8 139824057 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0157465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.211;QD=24.5985;RBI=0.0332698;REFB=-0.00261082;REVB=0.0293074;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931802;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:8:8:11:11:8:8 chr8 139838912 . T C 20089.5 PASS AF=1;AO=1251;DP=1260;FAO=1261;FDP=1261;FR=.;FRO=0;FSAF=656;FSAR=605;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130303;FXX=0.00552046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.367;QD=63.7255;RBI=0.0420956;REFB=0;REVB=0.0400282;RO=1;SAF=649;SAR=602;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000793322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69009e-05;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1260:1261:1:0:1251:1261:1:602:649:0:1:605:656:0:0 chr8 140630990 . A G 353.56 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00851889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.681;QD=30.0906;RBI=0.0200784;REFB=-0.0278216;REVB=0.0181816;RO=17;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904792;STB=0.553809;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0106354;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:10:19:9:8:10:20:9:8 chr8 141310644 . G A 1718.41 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103669;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.012;QD=59.7707;RBI=0.0154334;REFB=-0.0116072;REVB=-0.0114331;RO=1;SAF=50;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364757;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:115:1:0:113:115:1:63:50:1:0:63:52:0:0 chr8 141461062 . G A 330.1 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0241046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4164;QD=31.4383;RBI=0.0464588;REFB=0.0256917;REVB=0.0397163;RO=14;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147862;STB=0.581334;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0143388;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:20:8:7:7:20:8:7:7 chr8 141461185 . A G 62.6 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0727317;FXX=0.124948;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.469;QD=11.9235;RBI=0.0754727;REFB=0.00599774;REVB=-0.0201551;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0106233;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:5:8:2:6:5:8 chr8 141461266 . A G 379.04 PASS AF=0.686275;AO=33;DP=49;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00809346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1057;QD=29.7287;RBI=0.0447809;REFB=-0.011607;REVB=-0.0440434;RO=15;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110011;STB=0.574283;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00713948;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:15:16:33:35:0.686275:18:15:4:11:18:17:4:12 chr8 141551407 . G A 159.2 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0163314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7422;QD=10.1079;RBI=0.0425678;REFB=-0.0119125;REVB=0.0393103;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126909;STB=0.584187;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0211147;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:14:7:18:23:14:7:19:23 chr8 141559358 . G A 397.17 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000232054;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.855;QD=33.8015;RBI=0.00748863;REFB=-0.0196921;REVB=-0.00748503;RO=15;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172813;STB=0.509428;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0141229;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:14:18:8:7:14:18:8:7 chr8 141566311 . C T 885.17 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000486806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.268;QD=58.0439;RBI=0.0128942;REFB=0;REVB=0.012885;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03963e-05;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr8 141568622 . G A 603.11 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0158892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0925;QD=21.9314;RBI=0.015959;REFB=0.0152692;REVB=0.00149132;RO=48;SAF=25;SAR=35;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01733;STB=0.501557;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.012536;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:50:60:60:0.545455:35:25:21:27:35:25:21:29 chr8 141774282 . A C 612.56 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7834;QD=61.256;RBI=0.0414163;REFB=0;REVB=0.0282423;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892966;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr8 141780818 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.098;QD=62.9781;RBI=0.00921335;REFB=0;REVB=0.0018561;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38111e-05;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 141840645 . G A 762.72 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.205;QD=63.5604;RBI=0.042678;REFB=0;REVB=-0.00140592;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185761;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr8 142146708 . T C 618.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199274;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.918;QD=61.8801;RBI=0.0267813;REFB=0;REVB=0.0178923;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367313;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:28:11:0:0:29:11:0:0 chr8 142152442 . A G 1096.8 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=60.0985;RBI=0.0462473;REFB=0;REVB=0.0350659;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389604;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr8 142154291 . G A 1157.9 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00408766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.458;QD=59.3796;RBI=0.00482001;REFB=0.0662424;REVB=0.00255412;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.46386e-05;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:31:45:0:1:31:46:0:1 chr8 142161032 . A C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.545;QD=60.7161;RBI=0.0130079;REFB=0;REVB=0.0109945;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28623e-06;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr8 142161873 . C T 631.09 PASS AF=0.978261;AO=41;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00309206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5259;QD=54.8774;RBI=0.00960756;REFB=-0.0497281;REVB=0.00909639;RO=3;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419906;STB=0.507039;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00317663;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:46:3:1:41:45:0.978261:32:9:0:3:35:10:0:1 chr8 142161888 . G A 638.57 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.073;QD=60.8157;RBI=0.0257455;REFB=0;REVB=0.0214847;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01142e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:29:10:0:0:32:10:0:0 chr8 142200467 . G A 619.57 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.165;QD=59.0062;RBI=0.0176121;REFB=-0.0726744;REVB=0.0112929;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000596157;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:20:21:0:0:20:21:1:0 chr8 142202856 . C T 591.58 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.11;QD=59.1578;RBI=0.100364;REFB=0;REVB=0.0364537;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123788;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr8 142202884 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.527;QD=52.9619;RBI=0.0174168;REFB=-0.0206931;REVB=0.0105069;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.538438;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.002327;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:21:12:1:0:21:12:2:0 chr8 142204326 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.842;QD=54.5177;RBI=0.0281775;REFB=0;REVB=0.00859041;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68657e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr8 142218119 . G A 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2397;QD=59.0027;RBI=0.0768089;REFB=0;REVB=0.0525434;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939744;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr8 142221361 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.178;QD=52.6127;RBI=0.0141294;REFB=0;REVB=-0.0140594;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40434e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr8 142222374 . A G 2288.78 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026843;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0389;QD=63.1389;RBI=0.0366474;REFB=0;REVB=-0.036549;RO=0;SAF=77;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642056;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:143:145:1:66:77:0:0:67:78:0:0 chr8 142222445 . T C 2683.31 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613361;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8871;QD=62.4026;RBI=0.0634139;REFB=0;REVB=0.0160998;RO=0;SAF=81;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97355e-05;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:91:81:0:0:91:81:0:0 chr8 142228809 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2301;QD=55.0986;RBI=0.0812491;REFB=0;REVB=0.0496671;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201399;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr8 142228909 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.611;QD=51.5087;RBI=0.0431721;REFB=-0.00907498;REVB=0.0311266;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00060157;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:0:1:8:18:0:1 chr8 142229891 . A G 2890.73 PASS AF=0.989305;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.951;QD=61.8338;RBI=0.0387485;REFB=-0.0947111;REVB=0.0181577;RO=1;SAF=96;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537989;STB=0.505555;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000270094;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:187:1:2:184:185:0.989305:88:96:0:1:89:96:0:2 chr8 142266691 . A C 973.31 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508552;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.24;QD=58.1083;RBI=0.0596188;REFB=0;REVB=0.0311151;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015405;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:30:32:0:0:35:32:0:0 chr8 142441642 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0239513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.767;QD=21.51;RBI=0.0250672;REFB=-0.0311958;REVB=-0.00739589;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154466;STB=0.588125;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0282157;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:16:2:3:12:16:2:3:12 chr8 142446937 . C T 620.47 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0270833;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.681;QD=21.0329;RBI=0.0281402;REFB=-0.00428189;REVB=0.00764002;RO=56;SAF=26;SAR=36;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705315;STB=0.53879;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0053064;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:56:56:62:62:0.525424:36:26:28:28:36:26:28:28 chr8 142459814 . C T 1036.1 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.048195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.128;QD=56.7726;RBI=0.0501507;REFB=0.0168884;REVB=0.0138683;RO=2;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744707;STB=0.503939;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000175096;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:45:26:1:1:45:26:1:1 chr8 142476529 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00680823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.448;QD=9.33499;RBI=0.00853883;REFB=-0.00872556;REVB=0.00515361;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115958;STB=0.507031;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0230616;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:14:17:7:6:14:17 chr8 142488837 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0192297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.89;QD=12.9224;RBI=0.0201011;REFB=-0.0152867;REVB=0.00585421;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196991;STB=0.599914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0231827;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:9:24:12:10:10:24 chr8 142490079 . G A 1499.76 PASS AF=1;AO=74;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156447;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.988;QD=63.1476;RBI=0.0190082;REFB=0;REVB=0.0107961;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97913e-05;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:74:95:1:35:39:0:0:45:50:0:0 chr8 142490080 . T A 64.21 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00174836;FXX=0.0103082;HRUN=7;LEN=1;MLLD=75.5739;QD=2.67536;RBI=0.0141633;REFB=-0.000424157;REVB=0.014055;RO=83;SAF=5;SAR=8;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207856;STB=0.644332;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00154362;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:96:96:83:83:13:13:0.135417:8:5:46:37:8:5:46:37 chr8 142490120 . G T 299.02 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0170894;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.356;QD=13.5916;RBI=0.0171133;REFB=-0.0124771;REVB=-0.000903082;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817055;STB=0.540697;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0165605;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:18:16:29:24:18:16:29:25 chr8 142500345 . C T 291.21 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0273431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1711;QD=21.5714;RBI=0.0286723;REFB=0.0131349;REVB=0.0086288;RO=24;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150209;STB=0.588171;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00815307;OID=.;OPOS=142500345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:24:5:7:17:25:5:7:17 chr8 142505038 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0216045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.119;QD=22.3968;RBI=0.0272704;REFB=-0.00688338;REVB=-0.016641;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214386;STB=0.61974;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00676381;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:8:15:10:15:8:15 chr8 142517222 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0319645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7168;QD=14.7989;RBI=0.0329062;REFB=-0.00773555;REVB=0.00781592;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446104;STB=0.758673;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0104764;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:10:3:8:3:10:3 chr8 142517227 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0908103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7786;QD=16.4257;RBI=0.112544;REFB=0.0387804;REVB=-0.0664807;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.633914;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0350544;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:11:11:10:11:0.5:6:4:8:3:6:5:8:3 chr8 143413136 . C T 466.13 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0162204;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.675;QD=24.8604;RBI=0.0162809;REFB=0.00578508;REVB=0.00140203;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117854;STB=0.564418;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00456127;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:31:44:44:0.586667:21:23:21:10:21:23:21:10 chr8 143425354 . C T 586.4 PASS AF=0.724638;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0190541;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.148;QD=33.9944;RBI=0.0191662;REFB=-0.0269733;REVB=0.00207029;RO=18;SAF=21;SAR=29;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157274;STB=0.514639;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00904049;OID=.;OPOS=143425354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:18:19:50:50:0.724638:29:21:7:11:29:21:7:12 chr8 143425406 . C T 472.47 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00814068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.965;QD=29.5296;RBI=0.0209468;REFB=-0.0332885;REVB=0.0193002;RO=21;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234704;STB=0.512738;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0221348;OID=.;OPOS=143425406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:25:18:8:13:25:18:8:13 chr8 143425720 . T C 321.11 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0438063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.417;QD=33.8009;RBI=0.0441522;REFB=-0.0278256;REVB=-0.0055162;RO=11;SAF=6;SAR=21;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1596;STB=0.587716;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00550498;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:21:6:5:6:21:6:5:6 chr8 143427178 . C G 362.33 PASS AF=0.630435;AO=22;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0349264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.129;QD=31.507;RBI=0.0976387;REFB=-0.0223807;REVB=0.0911782;RO=16;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143913;STB=0.511776;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0151013;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:22:29:0.630435:5:17:10:6:10:19:10:6 chr8 143436034 . A G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00742842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.059;QD=24.599;RBI=0.00804717;REFB=-0.0112085;REVB=0.00309442;RO=16;SAF=3;SAR=19;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132646;STB=0.572975;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00815771;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:19:3:1:15:19:3:1:15 chr8 143603418 . G C 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8639;QD=60.1955;RBI=0.0820087;REFB=0;REVB=0.0466194;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187452;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr8 143623372 . C A 314.31 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0140994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.241;QD=17.2225;RBI=0.0216253;REFB=-0.02854;REVB=-0.016397;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122169;STB=0.506845;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0321082;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:17:17:20:19:17:17:20:19 chr8 143694775 . G C 483.09 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0546352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.562;QD=38.6473;RBI=0.0546606;REFB=-0.0421416;REVB=0.00166581;RO=13;SAF=17;SAR=20;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150102;STB=0.580994;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0174765;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:20:17:2:11:20:17:2:11 chr8 143695144 . G A 323.8 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0238752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.648;QD=14.3913;RBI=0.0242076;REFB=-0.0233884;REVB=0.00399778;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892142;STB=0.555525;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0336862;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:18:18:22:31:18:18:22:32 chr8 143746087 . CCA C 476.18 PASS AF=0.916667;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0136963;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=340.994;QD=39.6817;RBI=0.0142951;REFB=-0.0104078;REVB=0.00409396;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510283;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=0.000588832;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:43:44:44:48:4:16:28:1:3:8:0:16:27:0:0 chr8 143746128 . TC T 57.72 PASS AF=0.414634;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.115097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8418;QD=5.63137;RBI=0.115812;REFB=-0.040622;REVB=0.0128533;RO=21;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=-0.555698;STB=0.755937;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0524479;OID=.;OPOS=143746129;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:14:38:17:41:24:2:15:10:14:57:21:1:13:9:12 chr8 143761931 . C T 368.03 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000851012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3368;QD=29.4421;RBI=0.0235681;REFB=-0.000379864;REVB=-0.0235527;RO=19;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143096;STB=0.578894;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-2.11435e-05;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:22:9:9:10:22:9:9:10 chr8 143763490 . T C 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00393836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.458;QD=32.4276;RBI=0.0519452;REFB=-0.0536497;REVB=0.0517957;RO=13;SAF=5;SAR=23;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11625;STB=0.563984;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0194968;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:23:5:4:9:23:5:4:9 chr8 143763547 . C A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.521;QD=26.0261;RBI=0.0266709;REFB=-0.0309407;REVB=0.0252295;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00770758;OID=.;OPOS=143763547;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr8 143845950 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2085;QD=37.4884;RBI=0.0784166;REFB=0;REVB=-0.0493871;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036545;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 143845953 . T C 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.365;QD=37.4691;RBI=0.136483;REFB=0;REVB=0.119222;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305299;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 143867905 . C T 106.62 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0109846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.654;QD=11.8461;RBI=0.0220054;REFB=-0.000704464;REVB=0.0190676;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289629;STB=0.650168;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00504948;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:9:3:2:21:10:3:2:21 chr8 143922620 . C T 169.56 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.00502304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7053;QD=8.92443;RBI=0.0142055;REFB=-0.0104226;REVB=-0.0132878;RO=52;SAF=12;SAR=11;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252389;STB=0.65145;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0211971;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:23:23:0.302632:11:12:38:14:11:12:39:14 chr8 143957163 . C G 157.07 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0538592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9335;QD=16.1092;RBI=0.0548483;REFB=-0.00367358;REVB=-0.0103695;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204779;STB=0.618896;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0039212;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:13:9:4:13:13:9 chr8 143957738 . C T 787.64 PASS AF=0.670103;AO=65;DP=97;FAO=65;FDP=97;FR=.;FRO=32;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0194506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.18;QD=32.4799;RBI=0.0196325;REFB=-0.0188167;REVB=0.00266677;RO=31;SAF=37;SAR=28;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322222;STB=0.523129;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00880754;OID=.;OPOS=143957738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:31:32:65:65:0.670103:28:37:16:15:28:37:16:16 chr8 143959188 . G T 94.87 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0119547;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.672;QD=5.74943;RBI=0.0198513;REFB=-0.00917483;REVB=0.0158481;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851085;STB=0.527458;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0285883;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:51:51:14:15:0.227273:7:7:22:29:8:7:22:29 chr8 143959250 . T C 223.2 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0370512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9205;QD=10.5035;RBI=0.0374363;REFB=0.0188906;REVB=0.00535598;RO=56;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045837;STB=0.535186;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0361611;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:28:28:0.329412:19:9:20:36:19:9:21:36 chr8 143961005 . T C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0137933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.936;QD=9.4188;RBI=0.0181434;REFB=0.00187739;REVB=0.0117867;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477888;STB=0.541614;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00423913;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:15:15:0.294118:4:11:26:8:4:11:28:8 chr8 143961102 . C T 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0306722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.512;QD=12.2115;RBI=0.0388671;REFB=-0.002506;REVB=-0.0238719;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17156;STB=0.601612;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00632049;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:5:8:9:11:5:8:10:12 chr8 143994041 . C T 175.26 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.00440905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.699;QD=8.15139;RBI=0.00512199;REFB=-0.00420663;REVB=-0.00260673;RO=61;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140872;STB=0.588049;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00867549;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:62:24:24:0.27907:13:11:21:40:13:11:21:41 chr8 143994253 . C T 362.59 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0197865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.442;QD=32.9623;RBI=0.037895;REFB=-0.0149489;REVB=0.0323191;RO=14;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609874;STB=0.533311;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00559263;OID=.;OPOS=143994253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:16:14:8:6:16:14:8:6 chr8 143994702 . G T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0222145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.199;QD=14.7003;RBI=0.0418744;REFB=-0.030371;REVB=0.0354962;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464022;STB=0.774143;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0175305;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:6:9:2:10:6:9 chr8 143994806 . A G 378.14 PASS AF=0.616667;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0270112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.547;QD=25.2091;RBI=0.0272155;REFB=-0.0338417;REVB=-0.00332839;RO=22;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163305;STB=0.599947;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0157845;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:23:36:37:0.616667:20:16:15:7:21:16:16:7 chr8 143995761 . C T 643.48 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0217484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.981;QD=29.2492;RBI=0.0284483;REFB=-0.0215769;REVB=0.0183388;RO=32;SAF=35;SAR=21;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249859;STB=0.635545;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00989966;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:21:35:8:24:21:35:8:24 chr8 143996683 . T C 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.102636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1055;QD=13.4542;RBI=0.125356;REFB=-0.0106255;REVB=-0.0719724;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340578;STB=0.703929;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0113303;OID=.;OPOS=143996683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:7:8:9:2:7:8 chr8 144063723 . G A 332.37 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0109065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.964;QD=32.4262;RBI=0.070269;REFB=-0.0458827;REVB=0.0694174;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175461;STB=0.595788;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0130184;OID=.;OPOS=144063723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:13:15:3:10:13:15:3:10 chr8 144063817 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0162736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0438;QD=15.9171;RBI=0.081618;REFB=0.0354248;REVB=0.0799791;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0363985;OID=.;OPOS=144063817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr8 144099678 . G A 1594.86 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043308;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.596;QD=60.1835;RBI=0.084521;REFB=0;REVB=0.0725824;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120456;OID=.;OPOS=144099678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:105:106:1:62:43:0:0:63:43:0:0 chr8 144102747 . C T 962.22 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.349;QD=58.3161;RBI=0.0604766;REFB=0;REVB=0.050419;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135953;OID=.;OPOS=144102747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:23:39:0:0:24:42:0:0 chr8 144124609 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.72;QD=54.5175;RBI=0.0545714;REFB=0;REVB=0.0543832;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279226;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr8 144295183 . G T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0223866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.682;QD=30.4275;RBI=0.0514793;REFB=-0.0499267;REVB=0.0463568;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195017;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:2:3:9:6:2:3 chr8 144295782 . G T 206.53 PASS AF=0.27027;AO=29;DP=110;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0696261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2159;QD=7.44249;RBI=0.0954408;REFB=0.000337376;REVB=0.0652774;RO=81;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808998;STB=0.519348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00138591;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:81:81:29:30:0.27027:17:12:33:48:17:13:33:48 chr8 144332012 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2117;QD=61.6746;RBI=0.0729097;REFB=0;REVB=0.00856558;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834786;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr8 144332082 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.352;QD=60.6088;RBI=0.0296138;REFB=0;REVB=0.0078966;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240854;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr8 144333315 . G A 992.37 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396955;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.773;QD=59.2461;RBI=0.0436598;REFB=0;REVB=0.0181781;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307341;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr8 144333434 . GG AA,AG 844.29 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=3,54;DP=60;FAO=3,56;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925399,0.0854841;FXX=0.0327815;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=65.2594,185.933;QD=57.2401;RBI=0.0932552,0.0896938;REFB=0,0;REVB=0.0115275,0.027156;RO=0;SAF=3,18;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0206165,0.00588013;OID=.,.;OPOS=144333434,144333434;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:60:59:0:0:3,54:3,56:0.0508475,0.949153:0,36:3,18:0:0:0,36:3,20:0:0 chr8 144351631 . CA C,CG 953.87 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=12,54;DP=67;FAO=6,60;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=6,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926487,-0.00920465;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.261,233.847;QD=57.8101;RBI=0.017649,0.017665;REFB=0,0;REVB=0.0150217,0.0150773;RO=0;SAF=0,24;SAR=12,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0246496,0.00119093;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:12,54:67:6,60:66:0:0,24:6,36:0:0:19:0:0,24:12,30:0:0 chr8 144357213 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.267;QD=46.8459;RBI=0.0255267;REFB=0;REVB=0.0180833;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233091;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr8 144358381 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472118;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.9328;QD=43.4821;RBI=0.0722809;REFB=0;REVB=0.0547319;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289089;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:4:6:0:0:5:7:0:0 chr8 144378184 . C G 167.61 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.27;QD=41.9028;RBI=0.0483612;REFB=-0.0659311;REVB=0.0332878;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000763062;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:1:0:4:11:1:0 chr8 144391924 . CT TC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241775;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.85;QD=47.8222;RBI=0.0241778;REFB=0;REVB=0.000115455;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000236475;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr8 144391930 . G A 179.8 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828823;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.618;QD=47.9478;RBI=0.0829983;REFB=0;REVB=-0.00438666;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000867366;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr8 144392368 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.158;QD=33.4284;RBI=0.13792;REFB=0;REVB=0.119075;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450841;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 144400036 . C T 726.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012581;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.458;QD=56.9994;RBI=0.00394102;REFB=0;REVB=0.00373482;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55651e-06;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr8 144409934 . C A 2876.03 PASS AF=0.984043;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.74;QD=61.1922;RBI=0.0160628;REFB=-0.0594545;REVB=0.00851893;RO=3;SAF=120;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000600467;STB=0.500315;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00155922;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:188:188:3:3:185:185:0.984043:65:120:2:1:65:120:2:1 chr8 144409938 . A AG 2045.3 PASS AF=1;AO=158;DP=185;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291785;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5664;QD=47.0184;RBI=0.0456484;REFB=0;REVB=-0.0351055;RO=16;SAF=97;SAR=61;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000746754;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:185:174:174:0:111:63:0:0:38:16:97:61:14:2 chr8 144623574 . T C 387.18 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0357898;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.307;QD=12.7995;RBI=0.0531794;REFB=-0.00406161;REVB=-0.0393338;RO=75;SAF=13;SAR=33;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160693;STB=0.591886;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00831397;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:75:75:46:46:0.380165:33:13:31:44:33:13:31:44 chr8 144642178 . T C 406.75 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268543;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.558;QD=56.1032;RBI=0.0351792;REFB=0;REVB=0.022725;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141136;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:25:2:0:0:27:2:0:0 chr8 144642596 . T C 123.06 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.186548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6648;QD=37.8653;RBI=0.193061;REFB=0.146654;REVB=-0.0497233;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0132616;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:6:6:0:0:6:6:1:0 chr8 144642626 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.293;QD=45.8068;RBI=0.0573541;REFB=0;REVB=-0.0532326;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590369;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr8 144643603 . G A 341.87 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00357233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.924;QD=19.2601;RBI=0.0191006;REFB=-0.00348566;REVB=-0.0187636;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265462;STB=0.52038;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00418807;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:21:14:15:20:22:14:15:20 chr8 144649968 . C T 1253.23 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314226;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5022;QD=61.8877;RBI=0.0729159;REFB=0;REVB=0.0657978;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63824e-05;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr8 144654255 . A G 489.87 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0143772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.695;QD=30.6168;RBI=0.0195535;REFB=-0.0169565;REVB=-0.0132528;RO=20;SAF=20;SAR=24;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318102;STB=0.517234;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00806668;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:24:20:8:12:24:20:8:12 chr8 144657801 . G A 66.8 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0.0660709;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3506;QD=9.5426;RBI=0.0688782;REFB=-0.0193837;REVB=-0.0194639;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548201;STB=0.806096;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0362272;OID=.;OPOS=144657801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:0:19:6:3:0:19 chr8 144658711 . G A 324.1 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.04799;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3202;QD=24.0075;RBI=0.0641969;REFB=0.0383203;REVB=0.0426404;RO=22;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188971;STB=0.60425;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0188946;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:21:11:13:9:21:11:13:9 chr8 144660046 . G A 255.48 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0140061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.052;QD=8.73437;RBI=0.0148504;REFB=-0.010839;REVB=-0.00493594;RO=82;SAF=17;SAR=18;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461062;STB=0.527071;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0311106;OID=.;OPOS=144660046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:82:35:35:0.299145:18:17:43:39:18:17:43:39 chr8 144671685 . G C 377.35 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.295;QD=55.9034;RBI=0.116069;REFB=0;REVB=0.11557;RO=1;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564729;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:23:27:1:2:21:0:1:5:22:0:0 chr8 144671922 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.020208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.212;QD=10.1733;RBI=0.0271764;REFB=-0.020119;REVB=0.0181713;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698104;STB=0.908097;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0123726;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:0:9:1:5:0:9 chr8 144681777 . G T 331.34 PASS AF=0.469136;AO=35;DP=71;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0315342;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.8154;QD=16.3623;RBI=0.0315382;REFB=-0.0683823;REVB=-0.000503124;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372297;STB=0.539791;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0566311;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:81:36:43:35:38:0.469136:19:16:15:21:22:16:15:28 chr8 144681805 . A T 245.31 PASS AF=0.474576;AO=20;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0736224;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4345;QD=16.631;RBI=0.0804361;REFB=-0.0332495;REVB=0.0323993;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327042;STB=0.55655;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0410891;OID=.;OPOS=144681805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:20:28:0.474576:11:9:13:18:19:9:13:18 chr8 144689146 . C T 815.93 PASS AF=0.562963;AO=75;DP=132;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.000448958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.219;QD=24.1756;RBI=0.0448421;REFB=-0.0231049;REVB=0.0448399;RO=57;SAF=39;SAR=36;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889978;STB=0.505364;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0171028;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:57:59:75:76:0.562963:36:39:29:28:37:39:31:28 chr8 144695769 . G A 323.5 PASS AF=0.62963;AO=29;DP=49;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0279736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9878;QD=23.9632;RBI=0.0279748;REFB=-0.0493107;REVB=0.000258191;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138096;STB=0.537015;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0354124;OID=.;OPOS=144695769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:20:20:29:34:0.62963:17:12:12:8:17:17:12:8 chr8 144732363 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.326;QD=57.5428;RBI=0.0454595;REFB=0;REVB=0.0285285;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311712;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr8 144732418 . A G 772.55 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.033;QD=61.8038;RBI=0.0715073;REFB=-0.0147863;REVB=-0.00347818;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000305666;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:1:0:30:19:1:0 chr8 144732450 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.371;QD=58.1413;RBI=0.0454904;REFB=0;REVB=0.00659548;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193359;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr8 144733805 . C T 268.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.165;QD=51.2161;RBI=0.0621561;REFB=0;REVB=0.0607016;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848443;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr8 144734383 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.665;QD=51.1845;RBI=0.019667;REFB=0;REVB=0.0137892;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284116;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 144735977 . T C 784.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.561;QD=57.0591;RBI=0.0494531;REFB=0;REVB=0.0103491;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136575;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr8 144776109 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.692;QD=55.6561;RBI=0.0310197;REFB=0;REVB=0.01116;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157528;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 144801241 . C G 553.2 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00307855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.857;QD=27.3183;RBI=0.00989098;REFB=-0.0116351;REVB=-0.00939969;RO=31;SAF=38;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181563;STB=0.599472;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00684726;OID=.;OPOS=144801241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:12:38:17:14:12:38:17:14 chr8 144801243 . C T 1166.91 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193856;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.155;QD=58.3455;RBI=0.0249612;REFB=-0.081443;REVB=0.0157246;RO=2;SAF=53;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970873;STB=0.505131;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000194606;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:25:53:1:1:25:53:1:1 chr8 144808747 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0552;QD=51.9165;RBI=0.173093;REFB=0;REVB=0.0649279;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631903;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr8 144811338 . C G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.408;QD=56.9534;RBI=0.0335725;REFB=0;REVB=0.016727;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146041;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr8 144812408 . G A 720.55 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00719305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.787;QD=32.7521;RBI=0.0381951;REFB=0.0103956;REVB=-0.0375116;RO=19;SAF=20;SAR=29;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196421;STB=0.593183;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00256772;OID=.;OPOS=144812408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:19:21:49:50:0.568182:29:20:15:4:30:20:15:6 chr8 144874188 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0297678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.321;QD=24.1898;RBI=0.0554036;REFB=-0.0356887;REVB=0.0467272;RO=6;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225437;STB=0.624825;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0105245;OID=.;OPOS=144874188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:3:9:6:0:3:9:6:0 chr8 144885580 . A G 1474.25 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12393;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7171;QD=63.4087;RBI=0.128894;REFB=0;REVB=-0.0354252;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000893817;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr8 144889172 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.278;QD=62.671;RBI=0.0684351;REFB=0;REVB=0.0118108;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194537;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr8 144890873 . A C,T 422.6 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=2,28;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259351,0.0368247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.3905,96.0804;QD=56.3463;RBI=0.0322992,0.0368254;REFB=0,0;REVB=-0.0192512,0.000227814;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0297255,0.000285966;OID=.,.;OPOS=144890873,144890873;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:2,28:1,29:0.0333333,0.966667:2,27:0,1:0:0:1,28:0,1:0:0 chr8 144893084 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.69;QD=52.6132;RBI=0.0677707;REFB=0;REVB=0.0674135;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145714;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr8 144894496 . G A 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.661;QD=60.1576;RBI=0.0344965;REFB=0.00540996;REVB=-0.0251526;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-6.80822e-06;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr8 144904690 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6452;QD=53.9112;RBI=0.0158261;REFB=0;REVB=-0.00327936;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196734;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr8 144917790 . A G 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.024;QD=64.405;RBI=0.0157245;REFB=0;REVB=0.0155946;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18974e-05;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr8 144940222 . A C 607.94 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0120633;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.909;QD=17.6215;RBI=0.0205325;REFB=-0.0188894;REVB=-0.016615;RO=75;SAF=10;SAR=53;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351646;STB=0.698609;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157632;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:75:75:63:63:0.456522:53:10:32:43:53:10:32:43 chr8 144940230 . G C 702.69 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00340496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.248;QD=19.2518;RBI=0.0365873;REFB=-0.0229141;REVB=0.0364285;RO=75;SAF=15;SAR=55;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233245;STB=0.627752;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0224647;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:75:76:70:70:0.479452:55:15:31:44:55:15:31:45 chr8 144940267 . G A 110.54 PASS AF=0.136364;AO=21;DP=191;FAO=27;FDP=198;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=115;FWDB=-0.00998677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.848;QD=2.23319;RBI=0.0488918;REFB=-0.00298764;REVB=0.0478609;RO=156;SAF=18;SAR=3;SRF=54;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58467;STB=0.770014;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0151671;OID=.;OPOS=144940267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:198:156:171:21:27:0.136364:3:18:54:102:9:18:56:115 chr8 144940300 . G A 1257.97 PASS AF=0.569378;AO=119;DP=210;FAO=119;FDP=209;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.00457941;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.759;QD=24.076;RBI=0.00616242;REFB=-0.00661346;REVB=-0.00412364;RO=90;SAF=44;SAR=75;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262182;STB=0.501424;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00381193;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:90:90:119:119:0.569378:75:44:33:57:75:44:33:57 chr8 144941419 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0236911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.045;QD=6.39508;RBI=0.026325;REFB=-0.0154033;REVB=0.0114777;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132539;STB=0.583163;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0471088;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:6:3:7:22:6:3:7:22 chr8 144942903 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.138;QD=50.4132;RBI=0.00678204;REFB=0;REVB=0.00257618;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2761e-05;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr8 144944176 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.682;QD=62.9829;RBI=0.0182536;REFB=0;REVB=0.016412;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07287e-05;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr8 144944638 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.186;QD=47.8224;RBI=0.106263;REFB=0;REVB=-0.0141915;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970341;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr8 144945191 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.499;QD=59.8392;RBI=0.0241666;REFB=0;REVB=-0.0207501;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5588e-05;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr8 144945792 . T C 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.69;QD=61.6715;RBI=0.0362683;REFB=0;REVB=0.0166561;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13378e-05;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:62:61:0:0:62:61:0:0 chr8 144946252 . C A,T 187.68 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,14;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961632,0.00419918;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.9169,131.322;QD=46.9187;RBI=0.0975532,0.0222594;REFB=0,0;REVB=0.0164097,-0.0218598;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0271154,0.00741073;OID=.,.;OPOS=144946252,144946252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:16:0:0:2,14:2,14:0.125,0.875:1,8:1,6:0:0:1,8:1,6:0:0 chr8 144946799 . C T 1361.63 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100303;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.318;QD=62.6036;RBI=0.0327571;REFB=0;REVB=0.0311836;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137693;OID=.;OPOS=144946799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr8 144994566 . G A 489.67 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=166;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0160449;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.665;QD=12.0905;RBI=0.0515384;REFB=-0.00801275;REVB=0.0489772;RO=100;SAF=38;SAR=21;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206799;STB=0.62686;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0230398;OID=.;OPOS=144994566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:162:100:103:59:59:0.364198:21:38:46:54:21:38:46:57 chr8 145066886 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0240972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.931;QD=12.0244;RBI=0.0468101;REFB=-0.0048589;REVB=-0.0401311;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128512;STB=0.576787;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00578878;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:13:7:3:9:13:7 chr8 145107795 . G A 170.59 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0154283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.95;QD=10.8309;RBI=0.0164631;REFB=-0.0118385;REVB=-0.00574482;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177951;STB=0.603085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0207024;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:11:11:14:27:11:11:14:27 chr8 145150831 . C CG 161.46 PASS AF=1;AO=4;DP=36;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117545;FXX=0.399886;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.4264;QD=30.7543;RBI=0.14667;REFB=0;REVB=0.0877224;RO=32;SAF=0;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00608652;OID=.;OPOS=145150832;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:36:21:21:0:12:9:0:0:4:32:0:4:13:19 chr8 145150832 . A G 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.59;QD=59.4205;RBI=0.0851098;REFB=0;REVB=0.0529458;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668542;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr8 145160646 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.581;QD=55.0986;RBI=0.0314312;REFB=0;REVB=0.00269448;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129321;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr8 145161823 . G A 34.9 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.245;QD=23.2681;RBI=0.0622828;REFB=-0.145617;REVB=0.0421753;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00569974;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:0:1 chr8 145161896 . T C 491.37 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2806;QD=57.8078;RBI=0.0431996;REFB=0;REVB=-0.0221297;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686374;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:22:9:0:0:23:11:0:0 chr8 145163414 . C G 816.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0548;QD=57.316;RBI=0.103923;REFB=0;REVB=0.101942;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696484;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr8 145163647 . T C 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6327;QD=39.1928;RBI=0.062076;REFB=0;REVB=-0.0250435;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013834;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr8 145163794 . CT C 122.95 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0634893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8574;QD=21.3832;RBI=0.280375;REFB=-0.0944746;REVB=0.273092;RO=7;SAF=16;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.828667;STB=0.588108;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=0.0476;OID=.;OPOS=145163795;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:16:23:16:23:7:15:1:6:1:27:7:16:0:5:2 chr8 145164847 . A G 271.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6464;QD=51.7619;RBI=0.0897567;REFB=0;REVB=-0.0536902;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00378002;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr8 145168611 . A G 410.06 PASS AF=0.775;AO=29;DP=45;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00795939;FXX=0.111086;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.49;QD=41.0061;RBI=0.0144097;REFB=-0.0700995;REVB=0.0120119;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.55912;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00206386;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:45:40:0:9:29:31:0.775:14:15:0:0:16:15:2:7 chr8 145170440 . A C,G 1060.81 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=69,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726173,-0.0056763;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=129.61,11.8778;QD=58.9338;RBI=0.00788641,0.0619809;REFB=0,0;REVB=-0.00307615,-0.0617204;RO=0;SAF=20,3;SAR=49,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.28744e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00196878,0.0482235;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:72:0:0:69,3:69,3:0.958333,0.0416667:49,0:20,3:0:0:49,0:20,3:0:0 chr8 145170704 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7863;QD=44.6896;RBI=0.0790487;REFB=0;REVB=0.0176118;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424568;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 145223288 . C T 414.93 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113407;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.061;QD=57.2311;RBI=0.120504;REFB=0;REVB=0.0407428;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115134;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:28:29:1:14:14:1:0:14:15:0:0 chr8 145578296 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.069;QD=62.9798;RBI=0.0148135;REFB=0;REVB=-0.00192622;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75293e-05;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:10:35:0:0:10:35:0:0 chr8 145603114 . A C 561.19 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371261;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.224;QD=60.6689;RBI=0.00752534;REFB=0;REVB=-0.00654578;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384587;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr8 145618597 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.874;QD=37.4885;RBI=0.0657172;REFB=0;REVB=0.0193618;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110539;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 145623963 . G A 767.35 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0652821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.039;QD=54.8108;RBI=0.083592;REFB=-0.0340886;REVB=0.0522099;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00063665;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:27:27:1:1:27:28:0:1 chr8 145640411 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.94;QD=55.0987;RBI=0.023961;REFB=0;REVB=-0.00624971;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39559e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr8 145641328 . C T 375.32 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0096613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8694;QD=18.3085;RBI=0.0402275;REFB=-0.0165517;REVB=0.0390501;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407423;STB=0.522716;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.027534;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:21:18:18:25:21:18:18:25 chr8 145689915 . G A 323.09 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0139627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.662;QD=25.3401;RBI=0.0329242;REFB=-0.0427573;REVB=0.0298169;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607295;STB=0.533312;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0222873;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:21:10:5:15:21:10:5:15 chr8 145690308 . C T 427.35 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00650186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.758;QD=16.9249;RBI=0.0182632;REFB=-0.00722523;REVB=-0.0170666;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210465;STB=0.516789;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0137939;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:55:46:46:0.455446:24:22:27:27:24:22:28:27 chr8 145690348 . G A 415.54 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00530716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4356;QD=16.1376;RBI=0.00795684;REFB=-0.00610808;REVB=0.00592835;RO=50;SAF=32;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100767;STB=0.601789;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00953727;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:57:46:46:0.446602:14:32:30:20:14:32:30:27 chr8 145690396 . A C 376.25 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00138875;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2462;QD=18.3538;RBI=0.00227167;REFB=-0.0273585;REVB=-0.00179773;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332252;STB=0.518509;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0338501;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:13:26:30:13:13:26:30:13 chr8 145692385 . C T 190.91 PASS AF=0.72;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0123556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9151;QD=30.5455;RBI=0.0339134;REFB=-0.140285;REVB=-0.0315825;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151457;STB=0.599893;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0308671;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:6:7:18:18:0.72:9:9:1:5:9:9:1:6 chr8 145692952 . C T 102.71 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00894732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.097;QD=9.33734;RBI=0.0208319;REFB=-0.0136124;REVB=-0.0188126;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164423;STB=0.598316;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0294933;OID=.;OPOS=145692952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:8:23:8:5:8:23 chr8 145693720 . A G 1135.87 PASS AF=0.747967;AO=92;DP=123;FAO=92;FDP=123;FR=.;FRO=31;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0102004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.129;QD=36.9387;RBI=0.0256474;REFB=-0.0252892;REVB=0.0235317;RO=29;SAF=54;SAR=38;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156516;STB=0.506758;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.011478;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:29:31:92:92:0.747967:38:54:18:11:38:54:19:12 chr8 145723419 . T G 354.14 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00129353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3802;QD=21.4631;RBI=0.0232516;REFB=-0.018273;REVB=-0.0232156;RO=27;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449805;STB=0.530595;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0129182;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:30:35:36:0.545455:25:10:9:18:26:10:10:20 chr8 145724275 . T C 192.81 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0145565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9761;QD=12.8542;RBI=0.0165747;REFB=-0.0202014;REVB=0.00792646;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24231;STB=0.623189;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0370477;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:13:10:24:12:13:11:24:12 chr8 145729727 . C A 693.92 PASS AF=0.627451;AO=63;DP=101;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00858913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.759;QD=27.2127;RBI=0.0137554;REFB=-0.0520976;REVB=0.0107442;RO=33;SAF=33;SAR=30;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101511;STB=0.574153;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0316756;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:33:38:63:64:0.627451:30:33:12:21:31:33:12:26 chr8 145737636 . A G 431.83 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000181523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4173;QD=37.5508;RBI=0.0490236;REFB=-0.036879;REVB=-0.0490233;RO=12;SAF=21;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589413;STB=0.531981;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0122474;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:13:21:6:6:13:21:6:6 chr8 145737816 . C T 157.88 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000776797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.891;QD=25.2604;RBI=0.0301093;REFB=-0.0399335;REVB=0.0300993;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684849;STB=0.538412;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0378153;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:4:12:6:3:4:12:6:3 chr8 145738767 . CG CC,C 526.8 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,33;DP=38;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686443,-0.000299312;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.9412,19.2422;QD=52.6798;RBI=0.0934692,0.066933;REFB=0,0;REVB=-0.0634386,-0.0669323;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.000175827,-0.00458294;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:2,33:38:1,39:40:0:1,13:0,26:0:0:6:0:1,12:1,21:0:0 chr8 145741440 . G T 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0302272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.639;QD=10.0155;RBI=0.0304078;REFB=-0.00938938;REVB=0.00330959;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248308;STB=0.506843;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0134134;OID=.;OPOS=145741440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:12:11:21:25:12:11:22:25 chr8 145741702 . C G 211.26 PASS AF=0.76;AO=20;DP=27;FAO=19;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0935678;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.236;QD=33.8019;RBI=0.0939688;REFB=0.0450245;REVB=0.00867193;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520434;STB=0.585685;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00392673;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:25:3:6:20:19:0.76:11:9:2:1:10:9:5:1 chr8 145741765 . G A 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00317234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.915;QD=33.2491;RBI=0.0396359;REFB=-0.0295108;REVB=0.0395088;RO=8;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00595495;STB=0.503265;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0141235;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:8:14:5:3:8:14:5:3 chr8 145742514 . A G 1085.88 PASS AF=0.587209;AO=100;DP=170;FAO=101;FDP=172;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0362685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=25.253;RBI=0.0384557;REFB=-0.028132;REVB=-0.0127842;RO=70;SAF=42;SAR=58;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615934;STB=0.532397;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0132731;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:70:71:100:101:0.587209:58:42:35:35:59:42:35:36 chr8 145742879 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0561842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1331;QD=21.168;RBI=0.146118;REFB=-0.00263781;REVB=-0.134885;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.719257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.015322;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:1:2:1:6:1:2 chr8 145745182 . T C 732.2 PASS AF=0.681319;AO=61;DP=87;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.10678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5008;QD=32.1844;RBI=0.11218;REFB=-0.025353;REVB=-0.0343882;RO=26;SAF=30;SAR=31;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809385;STB=0.527464;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00987348;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:26:29:61:62:0.681319:31:30:9:17:31:31:12:17 chr8 145747920 . T G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0125003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.788;QD=15.293;RBI=0.0185806;REFB=-0.0088;REVB=-0.013747;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0148285;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr8 145947776 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00404855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.769;QD=18.4438;RBI=0.007567;REFB=-0.0193534;REVB=-0.00639287;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.588621;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0142831;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:5:4:7:4:5:4 chr8 145999616 . CTTT C 110.58 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00675614;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=3;MLLD=161.117;QD=7.02102;RBI=0.00979038;REFB=0.0034713;REVB=0.00708563;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269272;STB=0.655642;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=-0.0060691;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:65:21:63:42:8:13:26:16:99:40:8:13:25:15 chr8 146010776 . T C 446.53 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0154721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.771;QD=29.2808;RBI=0.0246957;REFB=-0.041112;REVB=0.0192481;RO=19;SAF=17;SAR=24;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279146;STB=0.521981;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0176794;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:20:41:41:0.672131:24:17:7:12:24:17:7:13 chr8 146010817 . C A 710.23 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00178395;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.537;QD=49.8406;RBI=0.0154811;REFB=-0.0395075;REVB=-0.015378;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495172;STB=0.53447;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000603225;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:57:3:4:53:53:0.929825:27:26:0:3:27:26:0:4 chr8 146045868 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.586;QD=57.1057;RBI=0.0150148;REFB=0;REVB=-0.0111237;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45727e-05;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr8 146056367 . G A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.00350453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.268;QD=13.9985;RBI=0.0178377;REFB=-0.0125172;REVB=0.0174901;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18418;STB=0.604112;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0190625;OID=.;OPOS=146056367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:17:19:39:17:17:19:39:17 chr8 146067054 . G A 577.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.775;QD=59.2489;RBI=0.0657871;REFB=0;REVB=0.0242202;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310615;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:29:9:0:0:29:10:0:0 chr8 146068322 . C T 521.3 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.000126319;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.156;QD=28.1781;RBI=0.0103242;REFB=0.00529332;REVB=-0.0103234;RO=27;SAF=23;SAR=24;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130095;STB=0.570657;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00139247;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:24:23:8:19:24:23:8:19 chr8 146068594 . T C 137.5 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.571;QD=39.2856;RBI=0.0377777;REFB=-0.0333842;REVB=0.0377171;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17901;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00265099;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:11:2:1:0:11:2:1:0 chr8 146076708 . C T 708.47 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.077277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.9048;QD=25.0787;RBI=0.0798042;REFB=-0.0313347;REVB=0.0199242;RO=46;SAF=40;SAR=27;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138682;STB=0.575517;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0224369;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:27:40:19:27:27:40:19:27 chr8 146115367 . A C,G 710.88 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=3,45;DP=49;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588241,0.0988548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.715,63.5043;QD=53.6511;RBI=0.0595225,0.102543;REFB=0,0;REVB=-0.00909114,0.0272528;RO=0;SAF=3,19;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.15971e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137374,0.00957752;OID=.,.;OPOS=146115367,146115367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:53:0:0:3,45:1,52:0.0188679,0.981132:0,26:3,19:0:0:0,30:1,22:0:0 chr8 146115684 . A AC 66.11 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0470734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7307;QD=9.44464;RBI=0.0498992;REFB=0.0237319;REVB=0.0165536;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-0.032622;OID=.;OPOS=146115685;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:28:11:28:17:4:7:10:7:66:17:4:7:10:7 chr8 146156247 . C A 214.89 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00192305;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.795;QD=10.6116;RBI=0.00192346;REFB=-0.0150765;REVB=3.99549e-05;RO=53;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140065;STB=0.576214;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0313075;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:53:54:27:27:0.333333:10:17:27:26:10:17:28:26 chr8 146157339 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0126199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.592;QD=12.3961;RBI=0.0160532;REFB=-0.0318252;REVB=-0.0099218;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00629551;OID=.;OPOS=146157339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr8 146171437 . A G 137.15 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0164941;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.908;QD=8.57209;RBI=0.0342978;REFB=-0.0123549;REVB=-0.0300713;RO=45;SAF=12;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664134;STB=0.53975;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0264767;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:7:12:26:19:7:12:26:19 chr8 146229160 . GTG AGG,GAG,GGA 675.62 PASS AF=0.0444444,0.911111,0.0444444;AO=3,39,2;DP=45;FAO=2,41,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0;FSAR=2,20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170604,0.0135677,0.00483059;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=221.696,255.731,217.248;QD=60.0549;RBI=0.0170777,0.0137081,0.00560611;REFB=0,0,0;REVB=0.000768065,0.00195659,0.00284497;RO=0;SAF=0,21,0;SAR=3,18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.00126416,0.000206891,-0.000327619;OID=.,.,.;OPOS=146229160,146229161,146229161;OREF=GT,T,TG;OALT=AG,A,GA;OMAPALT=AGG,GAG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:45:45:0:0:3,39,2:2,41,2:0.0444444,0.911111,0.0444444:3,18,2:0,21,0:0:0:2,20,2:0,21,0:0:0 chr9 116800 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0322514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=15.293;RBI=0.0324684;REFB=-0.00114093;REVB=-0.00374763;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496201;STB=0.799199;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00248271;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:5:4:8:1:5:4 chr9 116832 . T C 46.51 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0114153;FXX=0.214133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.381;QD=16.9113;RBI=0.014082;REFB=0.00577919;REVB=0.00824592;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00167203;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:11:8:5:5:6:0.545455:4:1:5:3:5:1:2:3 chr9 154795 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4331;QD=61.536;RBI=0.0529695;REFB=0;REVB=0.0217274;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104197;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr9 162405 . C G 447.26 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9044;QD=57.7114;RBI=0.0147697;REFB=0;REVB=-0.00497848;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44789e-05;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr9 215534 . C T 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00939118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.897;QD=1.52793;RBI=0.00946148;REFB=2.76208e-05;REVB=0.00115124;RO=93;SAF=5;SAR=5;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565485;STB=0.538385;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000122115;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:10:10:0.0961538:5:5:42:51:5:5:43:51 chr9 286593 . C A 31.95 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.00453338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7646;QD=1.17251;RBI=0.00507753;REFB=0.00286867;REVB=-0.00228686;RO=100;SAF=4;SAR=5;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510529;STB=0.541829;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0271316;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:100:100:9:9:0.0825688:5:4:49:51:5:4:49:51 chr9 421032 . C G 790.51 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0153161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.022;QD=48.6465;RBI=0.0205499;REFB=-0.0188061;REVB=-0.0137009;RO=6;SAF=21;SAR=38;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270299;STB=0.514377;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000463749;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:6:6:59:59:0.907692:38:21:3:3:38:21:3:3 chr9 429719 . T C 1552.4 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460561;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.428;QD=64.0165;RBI=0.0484045;REFB=0;REVB=0.0481849;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219988;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:94:97:1:33:61:0:0:35:62:0:0 chr9 433978 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.541;QD=59.3218;RBI=0.00926422;REFB=0;REVB=0.00779423;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17849e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr9 441952 . G A 1243.99 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000520804;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.152;QD=61.4314;RBI=0.00149092;REFB=0;REVB=0.001397;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53379e-05;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:34:45:0:0:35:46:0:0 chr9 712479 . TAAG T,TGAG 396.12 PASS AF=0.857143,0;AO=28,2;DP=38;FAO=30,0;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=7,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0254802,-0.040107;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=228.713,63.0503;QD=45.2705;RBI=0.0311243,0.0534047;REFB=-0.0327116,-0.00988918;REVB=-0.0178741,-0.0352632;RO=5;SAF=5,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0911164,0;STB=0.548989,0.5;STBP=0.261,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00679978,0;OID=.,.;OPOS=712480,712480;OREF=AAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:28,2:38:30,0:35:5:7,0:23,0:0:5:26:5:5,0:23,2:0:5 chr9 742342 . A G 316.46 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4499;QD=52.744;RBI=0.0931933;REFB=0;REVB=0.0862258;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0534427;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:9:9:0:0:15:9:0:0 chr9 841971 . T A 230.96 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00715194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.904;QD=46.1918;RBI=0.0429165;REFB=-0.205838;REVB=0.0423163;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00376789;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:0:1:14:5:0:1 chr9 969044 . A G 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.726;QD=61.0891;RBI=0.0200742;REFB=0;REVB=-3.56904e-05;RO=0;SAF=79;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39381e-05;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:75:79:0:0:75:79:0:0 chr9 991114 . A G 566.16 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=60;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0550891;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1105;QD=38.3839;RBI=0.0553886;REFB=0.0635929;REVB=0.00575236;RO=12;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130086;STB=0.569755;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0134341;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:60:59:12:12:47:47:0.79661:24:23:10:2:24:23:10:2 chr9 2101545 . T A 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0276708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8735;QD=2.59136;RBI=0.0277017;REFB=-0.000535014;REVB=0.00130886;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219852;STB=0.663281;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.005875;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:2:6:32:23:2:6:32:23 chr9 2191309 . C G 294.46 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0312232;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.835;QD=40.6149;RBI=0.0314441;REFB=-0.0270587;REVB=0.00372048;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450504;STB=0.524475;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00685491;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:2:3:11:13:2:3 chr9 2635545 . G A 1719.44 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.974;QD=59.2909;RBI=0.0202846;REFB=0.0149382;REVB=0.00725704;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.503816;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000114646;OID=.;OPOS=2635545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:116:0:1:113:115:0.991379:64:49:0:0:65:50:0:1 chr9 2717922 . C G 684.46 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.673;QD=62.2232;RBI=0.0614845;REFB=0;REVB=0.0450868;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164513;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:20:20:0:0:22:22:0:0 chr9 2718534 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.869;QD=62.6708;RBI=0.0250842;REFB=0;REVB=-0.0154113;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85162e-05;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr9 3825328 . A G 1870.15 PASS AF=0.890411;AO=130;DP=146;FAO=130;FDP=146;FR=.;FRO=16;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0487996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.414;QD=51.2369;RBI=0.0783504;REFB=-0.0611395;REVB=0.0612975;RO=13;SAF=53;SAR=77;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367354;STB=0.517448;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0172439;OID=.;OPOS=3825328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:146:146:13:16:130:130:0.890411:77:53:8:5:77:53:9:7 chr9 3856114 . G T 67.84 PASS AF=0.131579;AO=12;DP=111;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0029094;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4489;QD=2.3802;RBI=0.0207187;REFB=-0.0146093;REVB=0.0205134;RO=97;SAF=6;SAR=6;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185933;STB=0.582928;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0608994;OID=.;OPOS=3856114;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:111:114:97:99:12:15:0.131579:6:6:47:50:9:6:49:50 chr9 3898632 . C G 2073.0 PASS AF=0.877193;AO=150;DP=171;FAO=150;FDP=171;FR=.;FRO=21;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0306525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.449;QD=48.4912;RBI=0.0306712;REFB=0.00226753;REVB=-0.00107082;RO=21;SAF=83;SAR=67;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180887;STB=0.509562;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000425007;OID=.;OPOS=3898632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:171:171:21:21:150:150:0.877193:67:83:10:11:67:83:10:11 chr9 4576680 . T C 41.15 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.000849414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.336;QD=1.66268;RBI=0.0462779;REFB=0.000388718;REVB=0.0462701;RO=87;SAF=8;SAR=2;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291896;STB=0.721736;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00189615;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:87:89:10:10:0.10101:2:8:50:37:2:8:52:37 chr9 4662394 . A G 96.9 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0338676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.124;QD=24.2262;RBI=0.03664;REFB=-0.0330108;REVB=0.0139811;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0117441;OID=.;OPOS=4662394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:10:11:0.6875:5:5:3:2:6:5:3:2 chr9 4685008 . C T 36.18 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0235437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5492;QD=1.9826;RBI=0.0242325;REFB=0.000483584;REVB=0.00573646;RO=64;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473502;STB=0.858265;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00535187;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:64:65:8:8:0.109589:7:1:33:31:7:1:33:32 chr9 4711440 . T A 1071.46 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0034975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9757;QD=52.9114;RBI=0.0538799;REFB=-0.0699467;REVB=0.0537663;RO=6;SAF=40;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187471;STB=0.509931;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00556149;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:35:40:4:2:35:40:4:2 chr9 5044432 . G A 705.06 PASS AF=0.811594;AO=56;DP=70;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0152222;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.209;QD=40.8729;RBI=0.0177397;REFB=0.00131312;REVB=-0.00910947;RO=13;SAF=34;SAR=22;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304324;STB=0.501628;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.000678975;OID=.;OPOS=5044432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:70:69:13:13:56:56:0.811594:22:34:8:5:22:34:8:5 chr9 5050706 . C T 1504.94 PASS AF=0.887097;AO=106;DP=120;FAO=110;FDP=124;FR=.;FRO=14;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00961815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.773;QD=48.5464;RBI=0.082509;REFB=0.0147323;REVB=-0.0819465;RO=12;SAF=55;SAR=51;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445734;STB=0.516126;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00362503;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:120:124:12:14:106:110:0.887097:51:55:9:3:55:55:9:5 chr9 5081775 . GCCCT GCCT,GCCTA 815.75 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=15,8;DP=84;FAO=11,66;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=4,45;FSAR=7,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.52298,0.196707;FXX=0.0722804;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=5.22772,36.9997;QD=42.3766;RBI=0.612987,0.197621;REFB=-0.363165,-0.076941;REVB=0.319756,0.0189852;RO=59;SAF=12,8;SAR=3,0;SRF=30;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.390033,0.646869;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.178412,0.00658942;OID=.,.;OPOS=5081776,5081778;OREF=C,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=GCCT,GCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:15,8:84:11,66:77:0:4,45:7,21:0:0:33:59:12,8:3,0:30:29 chr9 5081780 . G A 777.59 PASS AF=0.780488;AO=60;DP=79;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00285339;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.3127;QD=37.9314;RBI=0.0326899;REFB=-0.0421303;REVB=0.0325651;RO=18;SAF=38;SAR=22;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155155;STB=0.516688;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0100397;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:18:18:60:64:0.780488:22:38:12:6:26:38:12:6 chr9 5092466 . G A 1488.44 PASS AF=0.921739;AO=106;DP=115;FAO=106;FDP=115;FR=.;FRO=9;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00257561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.208;QD=51.772;RBI=0.00373069;REFB=-0.0725601;REVB=0.00269895;RO=9;SAF=59;SAR=47;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000157259;STB=0.500083;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262372;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:115:115:9:9:106:106:0.921739:47:59:5:4:47:59:5:4 chr9 5094034 . G A 595.19 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0280774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.135;QD=52.9058;RBI=0.0286505;REFB=-0.00250829;REVB=0.00570202;RO=4;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720279;STB=0.538443;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000325318;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:24:17:0:4:24:17:0:4 chr9 5095095 . A C 716.67 PASS AF=0.848485;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00925707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.783;QD=43.4346;RBI=0.0143211;REFB=-0.00171224;REVB=0.0109271;RO=10;SAF=32;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828731;STB=0.504423;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000222066;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:10:10:56:56:0.848485:24:32:6:4:24:32:6:4 chr9 5095167 . A C 544.49 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=55;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0163244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.606;QD=39.5991;RBI=0.0178421;REFB=-0.00639477;REVB=0.00720108;RO=10;SAF=15;SAR=30;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132837;STB=0.571396;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0013768;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:10:10:45:45:0.818182:30:15:7:3:30:15:7:3 chr9 5095191 . T A 564.75 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00798267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.707;QD=41.0724;RBI=0.0223437;REFB=-0.0247524;REVB=0.020869;RO=9;SAF=13;SAR=33;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13508;STB=0.57257;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00842384;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:33:13:6:3:33:13:6:3 chr9 5096433 . A G 932.45 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00943947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.948;QD=49.0762;RBI=0.0172148;REFB=-0.0215561;REVB=0.0143961;RO=8;SAF=38;SAR=30;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386056;STB=0.520499;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00443217;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:8:8:68:68:0.894737:30:38:6:2:30:38:6:2 chr9 5098223 . T C 791.76 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.031077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5444;QD=53.6785;RBI=0.0315792;REFB=0.0784379;REVB=-0.00560938;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168586;STB=0.500894;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00350338;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:27:30:1:1:27:30:1:1 chr9 5231712 . T A 385.67 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00318085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6542;QD=48.2091;RBI=0.036454;REFB=-0.0749836;REVB=0.036315;RO=3;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753849;STB=0.540513;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00892099;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:17:12:0:3:17:12:0:3 chr9 5361172 . CT C 34.7 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.198181;FXX=0.0270197;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.20066;QD=3.85513;RBI=0.265402;REFB=-0.0662528;REVB=-0.176529;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147914;STB=0.598286;STBP=0.362;TYPE=del;VARB=0.0639571;OID=.;OPOS=5361173;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:13:37:14:36:22:6:8:13:9:34:18:6:7:11:7 chr9 5557672 . T C 2238.59 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0087336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4608;QD=62.6179;RBI=0.0752481;REFB=-0.0206731;REVB=-0.0747395;RO=1;SAF=77;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061354;STB=0.503184;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=2.80211e-05;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:141:142:0.993007:64:77:1:0:64:78:1:0 chr9 5656610 . G C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.793;QD=59.6789;RBI=0.0389507;REFB=0;REVB=0.0168284;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38387e-05;OID=.;OPOS=5656610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr9 5732483 . T C 44.61 PASS AF=0.0890411;AO=13;DP=146;FAO=13;FDP=146;FR=.;FRO=133;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=0.0143996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.899;QD=1.22229;RBI=0.0146074;REFB=-0.000783862;REVB=-0.00245525;RO=133;SAF=9;SAR=4;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260209;STB=0.703549;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00576785;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:146:146:133:133:13:13:0.0890411:4:9:62:71:4:9:62:71 chr9 5745969 . C T 43.01 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=152;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.035631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.674;QD=1.13171;RBI=0.0650463;REFB=-0.00430178;REVB=-0.0544192;RO=137;SAF=3;SAR=10;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261951;STB=0.713153;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0271158;OID=.;OPOS=5745969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:152:152:137:139:13:13:0.0855263:10:3:61:76:10:3:62:77 chr9 5774225 . T G 2207.35 PASS AF=0.972973;AO=142;DP=148;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0119576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.929;QD=59.658;RBI=0.0262276;REFB=-0.230658;REVB=0.0233431;RO=5;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281096;STB=0.511763;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00177364;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:148:5:4:142:144:0.972973:82:60:0:5:83:61:0:4 chr9 5787566 . C T 1152.66 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0179054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.984;QD=56.9214;RBI=0.0265926;REFB=-0.0236801;REVB=0.0196611;RO=3;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099094;STB=0.505238;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00119392;OID=.;OPOS=5787566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:41:37:1:2:41:37:1:2 chr9 5909152 . T G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4047;QD=56.9262;RBI=0.0482899;REFB=0;REVB=0.0316539;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84301e-05;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 5968416 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.26;QD=54.5173;RBI=0.0416276;REFB=0;REVB=0.0372524;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118096;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 5969249 . A G 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174104;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.938;QD=62.6861;RBI=0.0410868;REFB=0;REVB=0.0372156;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180764;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr9 6007500 . G A 1924.52 PASS AF=0.955224;AO=128;DP=137;FAO=128;FDP=134;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0108368;FXX=0.0218962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.023;QD=57.4484;RBI=0.0473563;REFB=-0.0224982;REVB=0.0460997;RO=6;SAF=84;SAR=44;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167718;STB=0.508834;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000940921;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:137:134:6:6:128:128:0.955224:44:84:5:1:44:84:5:1 chr9 6253571 . C T 1367.22 PASS AF=0.92;AO=91;DP=99;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00814217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8008;QD=54.6889;RBI=0.0106954;REFB=-0.0415759;REVB=-0.00693522;RO=8;SAF=37;SAR=54;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343124;STB=0.517376;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00489809;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:99:100:8:8:91:92:0.92:54:37:5:3:54:38:5:3 chr9 6328947 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.306;QD=55.0986;RBI=0.0109523;REFB=0;REVB=0.00433727;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84207e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr9 6329888 . A G 894.95 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0900589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.708;QD=55.0739;RBI=0.0936259;REFB=-0.172862;REVB=0.025597;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269626;STB=0.513884;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00169576;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:62:63:0.969231:28:34:2:0:28:35:2:0 chr9 6330915 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.133;QD=60.2038;RBI=0.0173116;REFB=0;REVB=0.0141182;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75396e-06;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:44:29:0:0 chr9 6984172 . G A 295.4 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0258728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.825;QD=42.1998;RBI=0.0258934;REFB=-0.0176867;REVB=-0.00103448;RO=4;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261146;STB=0.642726;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00909673;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:5:19:0:4:5:19:0:4 chr9 6984236 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00871125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.485;QD=3.6494;RBI=0.0194671;REFB=-0.00400073;REVB=-0.0174093;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381043;STB=0.765894;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0179403;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:4:2:20:10:4:2:21:10 chr9 7013909 . A G 1243.6 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.040526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.853;QD=57.8418;RBI=0.0475844;REFB=-0.0385155;REVB=0.0249382;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129742;STB=0.519995;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000528911;OID=.;OPOS=7013909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:1:3:83:83:0.965116:47:36:1:0:47:36:3:0 chr9 7046901 . C G 60.42 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00341666;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=3.60701;RBI=0.0156392;REFB=-7.37237e-05;REVB=-0.0152614;RO=56;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20864;STB=0.628152;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000319861;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:68:67:56:56:11:11:0.164179:8:3:24:32:8:3:23:33 chr9 7798435 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.776;QD=56.1334;RBI=0.041706;REFB=0;REVB=-0.00573183;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05067e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:33:23:0:0 chr9 7798518 . G C 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0273675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.103;QD=1.5565;RBI=0.0328106;REFB=-0.00229886;REVB=0.0180986;RO=84;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917406;STB=0.571271;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0204869;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:5:4:44:40:5:4:44:40 chr9 8389364 . C G 2236.38 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=147;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0286206;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.469;QD=61.2706;RBI=0.0310686;REFB=-0.0861605;REVB=0.0120879;RO=2;SAF=70;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133909;STB=0.510488;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000312531;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:147:146:2:3:143:143:0.979452:73:70:2:0:73:70:3:0 chr9 8518052 . G C 1767.48 PASS AF=0.924242;AO=122;DP=132;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0263333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2594;QD=53.5601;RBI=0.0263354;REFB=-0.0196735;REVB=0.000334642;RO=10;SAF=67;SAR=55;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712071;STB=0.503759;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.001304;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:10:10:122:122:0.924242:55:67:5:5:55:67:5:5 chr9 8518143 . T C 48.43 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=132;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.0436571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.197;QD=1.46746;RBI=0.0480055;REFB=-0.00187699;REVB=-0.0199647;RO=118;SAF=7;SAR=6;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766032;STB=0.560855;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0217777;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:132:132:118:119:13:13:0.0984848:6:7:71:47:6:7:72:47 chr9 8888193 . T A 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0194974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.854;QD=39.867;RBI=0.0211806;REFB=-0.0847913;REVB=-0.00827477;RO=3;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130869;STB=0.571354;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00609112;OID=.;OPOS=8888193;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:10:9:3:0:10:9:3:0 chr9 12775889 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.148;QD=47.8222;RBI=0.0018842;REFB=0;REVB=-0.00025479;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53113e-05;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr9 13105959 . T G 801.46 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.993;QD=57.2469;RBI=0.0731489;REFB=0;REVB=0.0681374;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850788;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr9 13112116 . A G 2067.66 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.909;QD=61.7212;RBI=0.0406322;REFB=-0.0081028;REVB=-0.0247398;RO=1;SAF=63;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748522;STB=0.503936;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=7.27015e-05;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:70:63:1:0:70:63:1:0 chr9 13150531 . T C 1100.08 PASS AF=0.860215;AO=78;DP=89;FAO=80;FDP=93;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0131937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.63;QD=47.3152;RBI=0.0145847;REFB=-0.0332712;REVB=0.0062161;RO=11;SAF=40;SAR=38;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760078;STB=0.507124;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00552064;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:89:93:11:13:78:80:0.860215:38:40:6:5:39:41:6:7 chr9 13176312 . C T 1195.52 PASS AF=0.858491;AO=91;DP=106;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000986287;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.695;QD=45.1138;RBI=0.00325321;REFB=-0.00186137;REVB=0.0031001;RO=15;SAF=50;SAR=41;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578091;STB=0.53069;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000387738;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:106:15:15:91:91:0.858491:41:50:5:10:41:50:5:10 chr9 14086799 . TG GT,TGT 50.39 PASS AF=0.172414,0.241379;AO=5,7;DP=29;FAO=5,7;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1;FSAR=5,6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0781008,0.11539;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=12.989,7.52927;QD=6.95081;RBI=0.0784858,0.118852;REFB=-0.0123512,-0.0852683;REVB=0.00776415,0.0284783;RO=10;SAF=0,0;SAR=5,7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.706086,-0.75076;STB=0.997278,0.749167;STBP=0.051,0.183;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0473015,0.0556867;OID=.,.;OPOS=14086799,14086801;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:29:29:10:17:5,7:5,7:0.172414,0.241379:5,7:0,0:4:6:5,6:0,1:7:10 chr9 14722477 . G C 41.42 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0133249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9371;QD=1.69046;RBI=0.0480123;REFB=0.0020893;REVB=0.0461263;RO=88;SAF=8;SAR=2;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341094;STB=0.764659;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.013391;OID=.;OPOS=14722477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:2:8:46:42:2:8:46:42 chr9 14737506 . T G 1343.04 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5905;QD=61.0473;RBI=0.03913;REFB=-0.077019;REVB=-0.0360411;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000614106;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:44:43:0:0:44:43:1:0 chr9 14801687 . T C 46.44 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0547554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.766;QD=1.78618;RBI=0.0571132;REFB=-0.00192846;REVB=-0.0162408;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126011;STB=0.592556;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0436419;OID=.;OPOS=14801687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:91:93:11:11:0.105769:6:5:51:40:6:5:52:41 chr9 14801769 . C T 1456.14 PASS AF=0.920354;AO=104;DP=114;FAO=104;FDP=113;FR=.;FRO=9;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.103981;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4892;QD=51.5449;RBI=0.126942;REFB=-0.0956824;REVB=-0.0728162;RO=8;SAF=46;SAR=58;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026438;STB=0.508813;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00901496;OID=.;OPOS=14801769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:114:113:8:9:104:104:0.920354:58:46:2:6:58:46:3:6 chr9 14824799 . G A 75.67 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.00352649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.459;QD=2.29296;RBI=0.0393384;REFB=-0.00405402;REVB=-0.03918;RO=115;SAF=7;SAR=10;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147078;STB=0.602717;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0308827;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:132:132:115:115:17:17:0.128788:10:7:61:54:10:7:61:54 chr9 14846036 . C G 1212.41 PASS AF=0.876289;AO=85;DP=97;FAO=85;FDP=97;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0134119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.885;QD=49.9964;RBI=0.0293084;REFB=-0.051867;REVB=0.0260596;RO=12;SAF=47;SAR=38;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514645;STB=0.527311;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00483888;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:12:12:85:85:0.876289:38:47:4:8:38:47:4:8 chr9 15188106 . T C 1527.5 PASS AF=0.901639;AO=109;DP=122;FAO=110;FDP=122;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00326613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.876;QD=50.0821;RBI=0.0450395;REFB=0.0108842;REVB=0.0449209;RO=12;SAF=48;SAR=61;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427999;STB=0.522887;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000873409;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:122:122:12:12:109:110:0.901639:61:48:8:4:62:48:8:4 chr9 15464898 . C A 613.17 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3843;QD=61.3171;RBI=0.0941087;REFB=0;REVB=-0.0741066;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016441;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr9 15591372 . T A 703.75 PASS AF=0.885246;AO=54;DP=62;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00469562;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.423;QD=46.1476;RBI=0.0169376;REFB=-0.0199215;REVB=0.0162737;RO=7;SAF=18;SAR=36;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891943;STB=0.547601;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00403001;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:61:7:7:54:54:0.885246:36:18:5:2:36:18:5:2 chr9 15922137 . A G 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.162;QD=61.5308;RBI=0.0362355;REFB=0;REVB=0.0304029;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56582e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr9 16410956 . G C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0492085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.254;QD=47.8793;RBI=0.0492089;REFB=-0.0682673;REVB=-0.000200199;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661725;STB=0.535686;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00813738;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:2:0:12:13:2:0 chr9 16411463 . G T 893.77 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0945643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8545;QD=50.3534;RBI=0.0957754;REFB=-0.00918714;REVB=-0.015183;RO=5;SAF=29;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479147;STB=0.532859;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00022136;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:5:6:65:65:0.915493:36:29:4:1:36:29:5:1 chr9 16417431 . G A 2335.62 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.913;QD=61.0621;RBI=0.0116182;REFB=0;REVB=0.00529918;RO=0;SAF=84;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70104e-06;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:69:84:0:0:69:84:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 385.09 PASS AF=0.847826;AO=36;DP=44;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00059174;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=311.692;QD=33.4861;RBI=0.0107543;REFB=-0.049037;REVB=-0.010738;RO=6;SAF=24;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489066;STB=0.521224;STBP=0.488;TYPE=del;VARB=0.00750533;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847826:36:44:39:46:7:27:12:4:3:23:6:24:12:3:3 chr9 16685539 . T C 373.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.384;QD=55.3887;RBI=0.0643502;REFB=0;REVB=-0.0165523;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011485;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:15:12:0:0 chr9 17001122 . C A 1198.47 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0286554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0465;QD=54.4758;RBI=0.0308558;REFB=-0.0365244;REVB=-0.0114433;RO=6;SAF=50;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037071;STB=0.519626;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0029957;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:88:6:6:82:82:0.931818:32:50:2:4:32:50:2:4 chr9 17001200 . C A 1842.55 PASS AF=0.983871;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00178494;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.331;QD=59.4372;RBI=0.0169277;REFB=-0.0444464;REVB=0.0168334;RO=2;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166602;STB=0.508619;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=2.64797e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:124:2:2:120:122:0.983871:56:64:0:2:57:65:0:2 chr9 17001216 . A C 1505.02 PASS AF=0.929825;AO=105;DP=116;FAO=106;FDP=114;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0193099;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.856;QD=52.8078;RBI=0.019341;REFB=-0.021354;REVB=0.00109663;RO=8;SAF=59;SAR=46;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422035;STB=0.521684;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00147694;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:116:114:8:8:105:106:0.929825:46:59:2:6:47:59:2:6 chr9 17053994 . G A 591.73 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00799718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6314;QD=56.3553;RBI=0.00837993;REFB=-0.0803595;REVB=0.00250367;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520237;STB=0.527764;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00254604;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:0:2:17:23:0:2 chr9 17054142 . A G 1297.01 PASS AF=0.93617;AO=85;DP=91;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0256476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8319;QD=55.1919;RBI=0.0257507;REFB=-0.104491;REVB=-0.00230252;RO=6;SAF=39;SAR=46;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260161;STB=0.512849;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00828316;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:94:6:6:85:88:0.93617:46:39:4:2:47:41:4:2 chr9 17342383 . C T 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.334;QD=54.6534;RBI=0.0134101;REFB=-0.114903;REVB=0.00815637;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00117539;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:34:18:1:0:34:18:1:0 chr9 17394536 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.055;QD=30.7904;RBI=0.051275;REFB=0.00529276;REVB=0.032237;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000426545;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr9 17394996 . T C 845.3 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00109678;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.161;QD=49.7236;RBI=0.0251781;REFB=-0.0359168;REVB=0.0251542;RO=5;SAF=25;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000470979;STB=0.508838;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00225489;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:68:68:5:6:62:62:0.911765:37:25:2:3:37:25:3:3 chr9 17409366 . G A 874.21 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0337664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.49;QD=47.2547;RBI=0.0337666;REFB=-0.0245931;REVB=-9.4106e-05;RO=7;SAF=21;SAR=44;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078388;STB=0.516669;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00214083;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:7:9:65:65:0.878378:44:21:2:5:44:21:4:5 chr9 17464537 . G A 41.02 PASS AF=0.0875912;AO=12;DP=137;FAO=12;FDP=137;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0342815;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.615;QD=1.19754;RBI=0.0347111;REFB=-0.00075585;REVB=-0.00544411;RO=125;SAF=9;SAR=3;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31895;STB=0.74684;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00784156;OID=.;OPOS=17464537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:137:137:125:125:12:12:0.0875912:3:9:59:66:3:9:60:65 chr9 17486984 . C T 194.8 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0207267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.341;QD=37.1049;RBI=0.0282483;REFB=0.00339431;REVB=0.019193;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102057;STB=0.531879;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000224137;OID=.;OPOS=17486984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:4:3:17:18:0.857143:9:8:2:2:10:8:2:1 chr9 18504916 . T A 677.93 PASS AF=0.958333;AO=37;DP=44;FAO=46;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0060001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.401;QD=56.4945;RBI=0.0264627;REFB=-0.0230546;REVB=0.0257735;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.520824;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00154587;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:48:2:2:37:46:0.958333:18:19:0:2:23:23:0:2 chr9 18651156 . C T 49.46 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0132411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.51;QD=4.20974;RBI=0.0879232;REFB=-0.00555566;REVB=-0.0869205;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451113;STB=0.812008;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0339264;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:8:8:0.170213:1:7:21:17:1:7:22:17 chr9 18775810 . C A 788.54 PASS AF=0.835616;AO=60;DP=72;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0481232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.433;QD=43.2079;RBI=0.0481963;REFB=-0.0181969;REVB=0.00265382;RO=11;SAF=26;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329801;STB=0.526187;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00330306;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:72:73:11:12:60:61:0.835616:34:26:6:5:35:26:7:5 chr9 18776840 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.674;QD=62.6705;RBI=0.048583;REFB=0;REVB=-0.046517;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030391;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr9 18777368 . T C 473.6 PASS AF=0.853659;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0363022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.328;QD=46.2045;RBI=0.0369265;REFB=-0.0280992;REVB=-0.00676135;RO=6;SAF=21;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343796;STB=0.515143;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00449837;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:41:6:6:34:35:0.853659:13:21:3:3:14:21:3:3 chr9 19032907 . A G 1016.2 PASS AF=0.842697;AO=71;DP=85;FAO=75;FDP=89;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00408645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.367;QD=45.6719;RBI=0.00414232;REFB=-0.00960292;REVB=0.000678051;RO=14;SAF=16;SAR=55;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373645;STB=0.525484;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00158696;OID=.;OPOS=19032907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:85:89:14:14:71:75:0.842697:55:16:2:12:55:20:2:12 chr9 19056147 . T TA 540.57 PASS AF=0.861538;AO=51;DP=67;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0445738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5477;QD=33.2659;RBI=0.0634541;REFB=0.0262462;REVB=-0.045162;RO=16;SAF=31;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133204;STB=0.584875;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.00625;OID=.;OPOS=19056148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861538:51:67:56:65:9:34:22:0:9:20:16:31:20:5:11 chr9 19058483 . C A 266.91 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.05362;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.99;QD=48.5287;RBI=0.0541293;REFB=-0.0355525;REVB=0.00740793;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00471135;OID=.;OPOS=19058483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr9 19058921 . G A 570.83 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0322632;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.363;QD=49.6372;RBI=0.0341104;REFB=-0.0689751;REVB=0.0110727;RO=5;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622657;STB=0.543457;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00949042;OID=.;OPOS=19058921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:46:5:6:40:40:0.869565:20:20:1:4:20:20:1:5 chr9 19093287 . A G 632.32 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.111481;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.126;QD=53.8141;RBI=0.112059;REFB=-0.0511632;REVB=0.0113642;RO=4;SAF=21;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416716;STB=0.522245;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00319204;OID=.;OPOS=19093287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:47:4:4:43:43:0.914894:22:21:3:1:22:21:3:1 chr9 19434980 . C T 1303.56 PASS AF=0.852174;AO=98;DP=117;FAO=98;FDP=115;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0110525;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.748;QD=45.3414;RBI=0.0209978;REFB=-0.0271556;REVB=0.0178536;RO=16;SAF=37;SAR=61;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852151;STB=0.541512;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00388627;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:117:115:16:17:98:98:0.852174:61:37:11:5:61:37:11:6 chr9 19492973 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230;QD=62.982;RBI=0.0146042;REFB=0;REVB=-0.00899477;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90513e-06;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr9 19576949 . T G 1533.49 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034047;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.875;QD=63.8953;RBI=0.0407157;REFB=0;REVB=0.0223285;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0041e-05;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr9 19622268 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00369071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.259;QD=50.8357;RBI=0.0269214;REFB=0.0341388;REVB=0.0266672;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000411195;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr9 20418323 . T C 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.009668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.866;QD=3.12358;RBI=0.0149353;REFB=-0.00447881;REVB=-0.0113839;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369914;STB=0.52625;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.024054;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:4:4:26:23:4:4:26:23 chr9 20786994 . G C 1479.89 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.615;QD=62.9741;RBI=0.044496;REFB=0;REVB=0.00377605;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63533e-05;OID=.;OPOS=20786994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:54:38:0:0:54:40:0:0 chr9 20866974 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1788;QD=56.9562;RBI=0.00738074;REFB=0;REVB=-0.000630382;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103403;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr9 20933030 . A C 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0173847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8658;QD=2.1245;RBI=0.0232403;REFB=-0.00821554;REVB=-0.0154236;RO=75;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221776;STB=0.660243;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0355017;OID=.;OPOS=20933030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:6:4:44:31:6:4:44:31 chr9 20953049 . A G 816.24 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.201;QD=57.2796;RBI=0.113326;REFB=0;REVB=0.00274921;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260355;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr9 20988426 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.635;QD=57.1062;RBI=0.0153661;REFB=0;REVB=-0.00745714;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02114e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr9 21187121 . T A 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00354528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.356;QD=41.3349;RBI=0.0142511;REFB=-0.0282582;REVB=0.013803;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308551;STB=0.516764;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00800965;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:9:14:2:2:9:14:2:2 chr9 21187225 . C G 554.95 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0130907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.745;QD=43.5254;RBI=0.100325;REFB=0.0232501;REVB=0.0994675;RO=7;SAF=27;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493939;STB=0.52645;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00263019;OID=.;OPOS=21187225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:17:27:3:4:17:27:3:4 chr9 21187311 . C T 1145.16 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.716;QD=57.9828;RBI=0.026242;REFB=-0.0246457;REVB=0.023383;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248932;STB=0.513155;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000918023;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:37:40:0:2:37:40:0:2 chr9 21207129 . G A 1932.55 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.173;QD=61.8417;RBI=0.0166845;REFB=0;REVB=0.0119417;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04967e-05;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:55:68:0:0:57:68:0:0 chr9 21227622 . A C 311.99 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00296316;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9703;QD=29.7133;RBI=0.105882;REFB=0.00250408;REVB=0.10584;RO=12;SAF=20;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129674;STB=0.594534;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000904344;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:12:14:26:28:0.666667:6:20:11:1:8:20:13:1 chr9 21227651 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00101824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.62;QD=18.6446;RBI=0.0140248;REFB=0.00372508;REVB=0.0139878;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121348;STB=0.568769;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00246011;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:10:3:5:9:10:3 chr9 21227942 . G T 967.76 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0227681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4939;QD=49.6285;RBI=0.0338567;REFB=-0.0437466;REVB=0.0250577;RO=8;SAF=40;SAR=30;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627447;STB=0.533324;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0049713;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:8:8:70:70:0.897436:30:40:2:6:30:40:2:6 chr9 21228040 . C G 546.67 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0211197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.284;QD=48.5929;RBI=0.026251;REFB=0.00529987;REVB=-0.0155908;RO=6;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123149;STB=0.566116;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000898763;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:14:25:1:5:14:25:1:5 chr9 21228182 . GC TG 1317.26 PASS AF=0.927928;AO=98;DP=107;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0453722;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.882;QD=47.4687;RBI=0.101534;REFB=-0.115886;REVB=0.0908326;RO=8;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630919;STB=0.531244;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.00587763;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:107:111:8:8:98:103:0.927928:56:42:0:8:60:43:0:8 chr9 21304803 . G A 761.14 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0186843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.259;QD=46.1297;RBI=0.0272112;REFB=-0.0291265;REVB=0.0197825;RO=8;SAF=27;SAR=31;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036356;STB=0.519365;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00381968;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:8:8:58:58:0.878788:31:27:5:3:31:27:5:3 chr9 21350620 . G A 600.56 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.02298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.976;QD=42.8974;RBI=0.0268356;REFB=-0.0018252;REVB=-0.0138588;RO=8;SAF=22;SAR=26;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224622;STB=0.512007;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000384744;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:26:22:3:5:26:22:3:5 chr9 21409901 . G A 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0349155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.066;QD=1.5468;RBI=0.0350709;REFB=-0.000878973;REVB=-0.0032987;RO=75;SAF=4;SAR=4;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116297;STB=0.583131;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00794337;OID=.;OPOS=21409901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:75:76:8:8:0.0952381:4:4:45:30:4:4:45:31 chr9 21410117 . ATTCT A 32.58 PASS AF=0.131148;AO=14;DP=124;FAO=16;FDP=122;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.00823819;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.52;QD=1.06819;RBI=0.00938295;REFB=-0.00253308;REVB=0.00449133;RO=98;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629498;STB=0.578474;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=0.0179617;OID=.;OPOS=21410118;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131148:14:124:16:122:106:7:9:56:50:32:98:7:7:54:44 chr9 21482089 . G A 846.55 PASS AF=1;AO=42;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207175;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.131;QD=57.3932;RBI=0.0290165;REFB=0;REVB=0.020316;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138953;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:42:59:1:25:17:0:0:37:22:0:0 chr9 21699406 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3272;QD=56.9567;RBI=0.0644671;REFB=0;REVB=0.056966;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108144;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr9 21699444 . C G,T 797.3 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,54;DP=56;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189223,-0.0229271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.447,68.9905;QD=55.9505;RBI=0.0307996,0.023156;REFB=0,0;REVB=-0.0243014,0.00324785;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00401879,0.0122763;OID=.,.;OPOS=21699444,21699444;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:57:0:0:2,54:1,56:0.0175439,0.982456:2,36:0,18:0:0:1,38:0,18:0:0 chr9 21968199 . C G 701.65 PASS AF=0.931034;AO=56;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0495167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7394;QD=48.3896;RBI=0.0549633;REFB=-0.0604343;REVB=0.0238551;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.541651;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00514055;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:58:58:1:4:56:54:0.931034:25:31:0:1:22:32:0:4 chr9 21968712 . C A 528.56 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0038023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.125;QD=52.8556;RBI=0.0177353;REFB=-0.0229715;REVB=0.0173229;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800463;STB=0.542834;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00267252;OID=.;OPOS=21968712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:21:16:3:0:21:16:3:0 chr9 22029445 . G A 64.57 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0144197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.663;QD=3.49008;RBI=0.0322592;REFB=-5.03872e-05;REVB=0.0288571;RO=58;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250198;STB=0.641961;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000168625;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:58:62:12:12:0.162162:8:4:31:27:8:4:31:31 chr9 24545513 . G A 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0224324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.384;QD=4.63727;RBI=0.0238631;REFB=-0.000599236;REVB=-0.00813853;RO=50;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295119;STB=0.519199;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00208866;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:5:7:28:22:5:7:28:22 chr9 24905556 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.979;QD=57.0313;RBI=0.0111584;REFB=0.105173;REVB=0.000177197;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00126482;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:43:22:0:1:43:22:0:1 chr9 25678640 . T A 52.21 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.056151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.211;QD=3.07096;RBI=0.0566892;REFB=-0.012122;REVB=-0.00779283;RO=55;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335652;STB=0.54403;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0667769;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:55:58:10:10:0.147059:5:5:29:26:5:5:32:26 chr9 26116150 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.985;QD=43.4861;RBI=0.0513554;REFB=0;REVB=0.0369222;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364702;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr9 26892654 . G A 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.953;QD=54.8823;RBI=0.0389559;REFB=0.0255883;REVB=0.0338029;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-1.44825e-05;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:1:0:17:37:1:0 chr9 26895808 . A G 854.75 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.13;QD=56.9836;RBI=0.0219005;REFB=0;REVB=-0.0203644;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95423e-05;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:29:30:0:1:30:30:0:0 chr9 26978170 . A G 64.65 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00568677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.874;QD=2.35081;RBI=0.023367;REFB=-0.00473792;REVB=-0.0226645;RO=93;SAF=9;SAR=5;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107208;STB=0.59102;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0269951;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:93:96:14:14:0.127273:5:9:52:41:5:9:52:44 chr9 26978259 . A G 1495.71 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.202;QD=62.3211;RBI=0.0256951;REFB=-0.102531;REVB=0.0193616;RO=1;SAF=40;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117069;STB=0.506172;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000146616;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:55:40:1:0:55:40:1:0 chr9 27183463 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.061;QD=63.2864;RBI=0.00923792;REFB=0;REVB=0.00913513;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3206e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr9 27202870 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.265;QD=50.134;RBI=0.0272527;REFB=0.0447818;REVB=-0.00689462;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00104537;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr9 27205021 . G A 1050.11 PASS AF=0.863636;AO=76;DP=88;FAO=76;FDP=88;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0153131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.132;QD=47.7322;RBI=0.0153188;REFB=-0.0341623;REVB=0.000420008;RO=12;SAF=40;SAR=36;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146783;STB=0.507801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00497322;OID=.;OPOS=27205021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:12:12:76:76:0.863636:36:40:7:5:36:40:7:5 chr9 27328886 . C A 98.96 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=112;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0164813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.521;QD=3.47236;RBI=0.019138;REFB=-0.00159778;REVB=-0.00972774;RO=87;SAF=9;SAR=8;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298903;STB=0.56168;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00736895;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:112:114:87:95:17:19:0.166667:8:9:44:43:8:11:48:47 chr9 27328964 . C T 2166.49 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475775;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=62.345;RBI=0.0490363;REFB=-0.0314114;REVB=-0.0118717;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704294;STB=0.503703;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000147672;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:137:138:0.992806:70:67:1:0:71:67:1:0 chr9 27378301 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.345;QD=50.4127;RBI=0.0635405;REFB=0;REVB=0.0390307;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011574;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 27524731 . A G 633.86 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4553;QD=61.8401;RBI=0.0824989;REFB=0;REVB=0.0770094;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052735;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:36:41:1:24:12:0:0:29:12:0:0 chr9 30178492 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00409213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.122;QD=4.46121;RBI=0.0134747;REFB=-0.000353286;REVB=-0.0128383;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740925;STB=0.54984;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00115813;OID=.;OPOS=30178492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:18:7:2:4:18:7 chr9 32069857 . T G 420.61 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0320653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9471;QD=49.4833;RBI=0.033627;REFB=-0.00417456;REVB=-0.0101285;RO=3;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030003;STB=0.516119;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000874296;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:16:15:2:1:16:15:2:1 chr9 32425910 . A G 2301.97 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146178;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3866;QD=60.1823;RBI=0.0148041;REFB=-0.0208716;REVB=-0.00234108;RO=1;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060597;STB=0.503184;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000211959;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:78:74:0:1:78:74:0:1 chr9 32430511 . C T 38.6 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0921127;FXX=0.0267833;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.2296;QD=1.41665;RBI=0.114678;REFB=-0.0181317;REVB=0.0683101;RO=73;SAF=10;SAR=1;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58476;STB=0.900458;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.097012;OID=.;OPOS=32430511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:109:73:98:11:11:0.100917:1:10:31:42:1:10:47:51 chr9 32436014 . A G 446.77 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0550645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.378;QD=34.3671;RBI=0.0584525;REFB=-0.0503739;REVB=-0.0196109;RO=11;SAF=20;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237697;STB=0.512814;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0218494;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:52:52:11:13:39:39:0.75:19:20:5:6:19:20:6:7 chr9 32450187 . T C 653.43 PASS AF=0.910714;AO=48;DP=54;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.015182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.117;QD=46.6739;RBI=0.0219624;REFB=-0.0564462;REVB=0.01587;RO=5;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645523;STB=0.53126;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00587343;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:56:5:5:48:51:0.910714:21:27:1:4:23:28:1:4 chr9 32459450 . T G 727.77 PASS AF=0.838235;AO=56;DP=67;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0073239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.948;QD=42.8099;RBI=0.0313583;REFB=-0.0176871;REVB=0.0304911;RO=11;SAF=25;SAR=31;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306646;STB=0.517469;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00443643;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:67:68:11:11:56:57:0.838235:31:25:6:5:32:25:6:5 chr9 32485280 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.877;QD=37.4885;RBI=0.0787203;REFB=0;REVB=0.00508826;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470018;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr9 32487521 . T C 1570.3 PASS AF=0.896;AO=112;DP=125;FAO=112;FDP=125;FR=.;FRO=13;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000322493;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.869;QD=50.2496;RBI=0.001186;REFB=0.0263287;REVB=-0.00114131;RO=13;SAF=58;SAR=54;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343897;STB=0.518186;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00158308;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:13:13:112:112:0.896:54:58:9:4:54:58:9:4 chr9 32492529 . G A 505.45 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=43;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.058385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.687;QD=45.9496;RBI=0.0584756;REFB=-0.0242624;REVB=-0.00325278;RO=7;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410712;STB=0.523917;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00544217;OID=.;OPOS=32492529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:7:7:36:37:0.840909:21:15:2:5:21:16:2:5 chr9 32498291 . A G 490.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.311;QD=57.6586;RBI=0.0375778;REFB=0;REVB=0.0370187;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164996;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr9 32568024 . A G 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0231573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.284;QD=35.1735;RBI=0.0231922;REFB=-0.0151361;REVB=0.00127248;RO=3;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108364;STB=0.559918;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0021631;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:10:5:2:1:10:5:2:1 chr9 32568168 . A T 485.71 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.010737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.236;QD=49.8168;RBI=0.0109133;REFB=-0.0350795;REVB=0.00195332;RO=4;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560926;STB=0.530086;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00603943;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:16:19:1:3:16:19:1:3 chr9 32630472 . T C 1391.33 PASS AF=0.848;AO=99;DP=116;FAO=106;FDP=125;FR=.;FRO=19;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00425464;FXX=0.0157468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.787;QD=44.5226;RBI=0.0236048;REFB=-0.0154224;REVB=0.0232182;RO=17;SAF=63;SAR=36;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387443;STB=0.52132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00360984;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:116:125:17:19:99:106:0.848:36:63:13:4:42:64:14:5 chr9 32784838 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.564;QD=60.8517;RBI=0.0493218;REFB=0.0348762;REVB=0.0338461;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.26083e-05;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr9 32785399 . C T 2162.57 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452445;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.178;QD=63.1406;RBI=0.0404896;REFB=0;REVB=-0.040236;RO=0;SAF=81;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72485e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:135:137:1:54:81:0:0:56:81:0:0 chr9 32785888 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.439;QD=51.9167;RBI=0.0340905;REFB=0;REVB=0.00839527;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66886e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 32786553 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.257;QD=59.8389;RBI=0.0388005;REFB=0;REVB=0.014479;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158487;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr9 32786586 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.023;QD=57.6807;RBI=0.026555;REFB=0;REVB=0.0155757;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89164e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr9 32786653 . G T 447.57 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.006;QD=57.7503;RBI=0.0400027;REFB=0;REVB=0.0043685;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8788e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr9 32820257 . C T 1161.83 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00623494;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.768;QD=59.5808;RBI=0.00900563;REFB=-0.0477889;REVB=0.00649822;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000166563;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:0:1:32:45:0:1 chr9 33026572 . T C 634.51 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.018701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2257;QD=46.146;RBI=0.0189801;REFB=-0.0619622;REVB=-0.00324299;RO=5;SAF=19;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739963;STB=0.539726;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00890029;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:54:55:5:5:49:50:0.909091:30:19:4:1:31:19:4:1 chr9 33352826 . C A,CAAA 339.84 PASS AF=0.0882353,0.735294;AO=2,24;DP=35;FAO=3,25;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=1,12;FSAR=2,13;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0790948,-0.00942693;FXX=0.0285633;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=44.234,164.917;QD=39.9809;RBI=0.0814761,0.0250431;REFB=0.03231,0.0357828;REVB=-0.0195542,0.023201;RO=7;SAF=1,10;SAR=1,14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.402818,-0.181414;STB=0.798396,0.56807;STBP=0.394,0.144;TYPE=snp,ins;VARB=0.0091838,-0.00441702;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:35:34:7:6:2,24:3,25:0.0882353,0.735294:1,14:1,10:6:1:2,13:1,12:5:1 chr9 33395196 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.758;QD=54.5176;RBI=0.0208304;REFB=0;REVB=-0.0146238;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015928;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 33447424 . C G 3886.89 PASS AF=0.987952;AO=246;DP=249;FAO=246;FDP=249;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=143;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0118438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.106;QD=62.4401;RBI=0.0153263;REFB=-0.200592;REVB=0.00972717;RO=2;SAF=103;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661935;STB=0.501057;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000212551;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:249:249:2:3:246:246:0.987952:143:103:0:2:143:103:1:2 chr9 33461567 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.877;QD=35.5747;RBI=0.0694707;REFB=0;REVB=0.0367828;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155728;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 33464966 . T TG 53.17 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.11874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.771;QD=7.8773;RBI=0.237735;REFB=-0.116056;REVB=0.205958;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241872;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=0.160181;OID=.;OPOS=33464967;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:31:12:27:15:9:3:10:5:52:20:9:2:13:7 chr9 33618358 . A G 79.44 PASS AF=0.151515;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0277861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.189;QD=3.20979;RBI=0.033331;REFB=-0.00402861;REVB=-0.018409;RO=84;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17644;STB=0.621202;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0149492;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:99:99:84:84:15:15:0.151515:11:4:33:51:11:4:33:51 chr9 33618460 . A T 88.72 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=-0.0394367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.415;QD=7.09788;RBI=0.0394695;REFB=-0.00975708;REVB=-0.00160774;RO=38;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154471;STB=0.599808;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0655419;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:11:1:5:33:11:1:5:33 chr9 33618497 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0331765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.342;QD=6.39522;RBI=0.0529493;REFB=-0.015072;REVB=-0.0412668;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216009;STB=0.643301;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0270408;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:6:23:8:1:6:23 chr9 33625082 . G C 1605.63 PASS AF=0.865672;AO=115;DP=133;FAO=116;FDP=134;FR=.;FRO=18;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0054168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.728;QD=47.9291;RBI=0.0115134;REFB=-0.0216926;REVB=0.0101595;RO=17;SAF=51;SAR=64;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498363;STB=0.529467;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00325906;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:133:134:17:18:115:116:0.865672:64:51:11:6:64:52:12:6 chr9 33625185 . C T 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00327652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.867;QD=1.57979;RBI=0.00351806;REFB=-0.00141477;REVB=-0.00128108;RO=75;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692446;STB=0.554083;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0169129;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:4:4:33:42:4:4:33:42 chr9 33638046 . G C 598.87 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0311995;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.644;QD=42.0259;RBI=0.0312811;REFB=-0.0789366;REVB=-0.00225867;RO=9;SAF=18;SAR=30;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048742;STB=0.526056;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0368381;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:57:9:9:48:48:0.842105:30:18:2:7:30:18:2:7 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 346.91 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0288642;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=12;MLLD=339.014;QD=44.7631;RBI=0.0288983;REFB=0.0251762;REVB=-0.00140351;RO=4;SAF=17;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310944;STB=0.516784;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=-0.00570923;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968:27:33:27:31:4:17:10:3:1:22:4:17:10:3:1 chr9 33662389 . A G 1199.4 PASS AF=0.922222;AO=82;DP=89;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0314426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3329;QD=53.3068;RBI=0.0342335;REFB=-0.0973656;REVB=0.0135386;RO=7;SAF=33;SAR=49;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180923;STB=0.509998;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00903116;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:89:90:7:7:82:83:0.922222:49:33:2:5:49:34:2:5 chr9 33662607 . C G 657.49 PASS AF=0.771429;AO=54;DP=70;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0243472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.254;QD=37.5707;RBI=0.0250332;REFB=-0.0375507;REVB=0.0058205;RO=15;SAF=29;SAR=25;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109242;STB=0.551195;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00803127;OID=.;OPOS=33662607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:15:16:54:54:0.771429:25:29:4:11:25:29:5:11 chr9 33675629 . A C 1671.76 PASS AF=0.824324;AO=122;DP=148;FAO=122;FDP=148;FR=.;FRO=26;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0103424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.478;QD=45.1826;RBI=0.0105642;REFB=0.00477526;REVB=-0.00215312;RO=24;SAF=69;SAR=53;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752865;STB=0.504839;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00055347;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:24:26:122:122:0.824324:53:69:13:11:53:69:14:12 chr9 33676094 . C G 2592.25 PASS AF=0.848214;AO=190;DP=224;FAO=190;FDP=224;FR=.;FRO=34;FSAF=106;FSAR=84;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=6.59772e-05;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.494;QD=46.2901;RBI=0.00881842;REFB=-0.00978788;REVB=0.00881818;RO=34;SAF=106;SAR=84;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827561;STB=0.504377;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00197901;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:34:34:190:190:0.848214:84:106:18:16:84:106:18:16 chr9 33794797 . TGA T 54.8 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0207949;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.351;QD=3.65304;RBI=0.0584701;REFB=-0.0215205;REVB=-0.0546473;RO=50;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290102;STB=0.691953;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.0623;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:10:60:10:60:50:6:4:18:32:54:50:6:4:18:32 chr9 33794809 . G A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0396179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8606;QD=3.84131;RBI=0.0461828;REFB=0.0135319;REVB=-0.0237334;RO=50;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290102;STB=0.691953;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0258074;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:4:6:18:32:4:6:18:32 chr9 33794812 . G T 49.88 PASS AF=0.15;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00932285;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.058;QD=3.32563;RBI=0.00937819;REFB=0.000527626;REVB=-0.00101729;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246607;STB=0.667526;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00273332;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:60:51:51:9:9:0.15:4:5:18:33:4:5:18:33 chr9 33796777 . A G 35.02 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=-0.0222153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.294;QD=1.015;RBI=0.0453888;REFB=0.000838415;REVB=-0.0395806;RO=126;SAF=6;SAR=5;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148975;STB=0.623162;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0216127;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:138:138:126:127:11:11:0.0797101:5:6:52:74:5:6:52:75 chr9 33796785 . C G 47.81 PASS AF=0.0955882;AO=12;DP=137;FAO=13;FDP=136;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.0297065;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.783;QD=1.40607;RBI=0.0338916;REFB=-0.00384012;REVB=-0.0163145;RO=124;SAF=6;SAR=6;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103176;STB=0.550383;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0342789;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:137:136:124:123:12:13:0.0955882:6:6:51:73:7:6:50:73 chr9 33796799 . A T 64.01 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.00627405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.309;QD=2.3066;RBI=0.0063327;REFB=-0.00260871;REVB=-0.000859922;RO=96;SAF=6;SAR=8;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688433;STB=0.551928;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0154863;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:111:96:97:14:14:0.126126:8:6:36:60:8:6:36:61 chr9 33797861 . A G 53.02 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0104669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.095;QD=2.55538;RBI=0.011495;REFB=-0.00338806;REVB=0.00475191;RO=71;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936984;STB=0.557933;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.014983;OID=.;OPOS=33797861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:83:71:72:11:11:0.13253:5:6:44:27:5:6:44:28 chr9 33797881 . G A 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00110622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.152;QD=1.88402;RBI=0.00904886;REFB=0.00172458;REVB=-0.00898099;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241027;STB=0.686666;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0143375;OID=.;OPOS=33797881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:2:7:44:30:2:7:44:30 chr9 33797951 . A C 35.03 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0755976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.164;QD=1.84388;RBI=0.0794661;REFB=-0.00256273;REVB=-0.024492;RO=68;SAF=5;SAR=3;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469709;STB=0.535627;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0303078;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:3:5:45:23:3:5:45:23 chr9 33797962 . A G 40.08 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0310278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.871;QD=2.00387;RBI=0.0311466;REFB=-0.00509602;REVB=-0.00271755;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133391;STB=0.597497;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0493823;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:4:5:47:24:4:5:47:24 chr9 33797987 . G T 50.94 PASS AF=0.140845;AO=9;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=-0.0295559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.51;QD=2.86959;RBI=0.0299853;REFB=-0.00735367;REVB=0.00505637;RO=59;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064171;STB=0.613291;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0463672;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:59:61:9:10:0.140845:3:6:42:17:4:6:44:17 chr9 33797999 . A G 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0135136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7119;QD=3.84137;RBI=0.0162187;REFB=-0.00823666;REVB=-0.00896823;RO=50;SAF=5;SAR=5;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280864;STB=0.683016;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0259223;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:5:5:36:14:5:5:36:14 chr9 33798016 . CA CG,TG 581.03 PASS AF=0.804878,0.146341;AO=29,6;DP=41;FAO=33,6;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106393,0.00106216;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=111.149,139.066;QD=56.6858;RBI=0.021384,0.0119183;REFB=0,0;REVB=0.0185494,-0.0118708;RO=0;SAF=17,2;SAR=12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000925892,0.000460959;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:41:41:0:0:29,6:33,6:0.804878,0.146341:12,4:17,2:0:0:13,4:20,2:0:0 chr9 33798037 . T C 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.025284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.632;QD=4.04965;RBI=0.0308596;REFB=-0.00372744;REVB=-0.0176928;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225178;STB=0.652647;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0275714;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:4:3:21:13:4:3:21:13 chr9 33798042 . G C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0270698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.84;QD=4.16569;RBI=0.0270712;REFB=-0.00115337;REVB=-0.000275505;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.642965;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0132236;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:20:13:4:3:20:13 chr9 33798596 . T C 40.84 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.024974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4882;QD=1.6335;RBI=0.0634775;REFB=4.9493e-05;REVB=-0.0583583;RO=87;SAF=9;SAR=1;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396038;STB=0.828161;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00215233;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:87:90:10:10:0.1:1:9:55:32:1:9:56:34 chr9 33917491 . T A 33.52 PASS AF=0.184211;AO=8;DP=35;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0933343;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.8973;QD=3.5286;RBI=0.0935666;REFB=-0.0155393;REVB=-0.00658901;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702332;STB=0.910472;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.115311;OID=.;OPOS=33917491;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:38:26:31:8:7:0.184211:1:7:5:21:1:6:8:23 chr9 33927899 . G A 1081.27 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0217749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.137;QD=56.1698;RBI=0.0513777;REFB=-0.116128;REVB=0.0465352;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378008;STB=0.519995;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00635943;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:3:3:74:74:0.961039:36:38:0:3:36:38:0:3 chr9 33935736 . A G 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0278517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.426;QD=2.65305;RBI=0.027857;REFB=-0.00520788;REVB=0.000540894;RO=58;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262238;STB=0.679217;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0476699;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:68:58:59:9:9:0.132353:3:6:26:32:3:6:27:32 chr9 34017106 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.332;QD=57.2024;RBI=0.0396922;REFB=0;REVB=-0.0156185;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61525e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr9 34050070 . G C 798.22 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00353644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.193;QD=49.8885;RBI=0.017523;REFB=-0.109932;REVB=-0.0171624;RO=5;SAF=36;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032214;STB=0.517121;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00679976;OID=.;OPOS=34050070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:5:5:59:59:0.921875:23:36:2:3:23:36:2:3 chr9 34088022 . G GAAAGA 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393555;FXX=0.0999001;HRUN=0;LEN=5;MLLD=342.46;QD=41.0879;RBI=0.0398093;REFB=0;REVB=-0.00599386;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000273296;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:1:8:0:0:4:1:1:8:0:1 chr9 34107505 . C T 42.54 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0028904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.548;QD=2.8359;RBI=0.0106365;REFB=-0.00320961;REVB=0.0102363;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32771;STB=0.736686;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.017062;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:6:2:27:25:6:2:27:25 chr9 34251943 . G C 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8201;QD=57.0956;RBI=0.0681248;REFB=0;REVB=-0.0117147;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908938;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTATT 546.47 PASS AF=1,0;AO=32,2;DP=40;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113622,-0.0199012;FXX=0.0512689;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=230.837,90.0619;QD=59.0778;RBI=0.0120854,0.0245568;REFB=0,0;REVB=-0.004118,-0.0143867;RO=0;SAF=21,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000681299,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,2:40:37,0:37:0:23,0:14,0:0:0:4:0:21,0:11,2:0:0 chr9 34256347 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.422;QD=57.6807;RBI=0.0154589;REFB=0;REVB=0.0120224;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44821e-05;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr9 34310927 . T C 1066.19 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00553556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.885;QD=58.4213;RBI=0.0379681;REFB=-0.130607;REVB=0.0375624;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00068186;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:32:40:0:1:32:40:0:1 chr9 34311195 . G C 651.06 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0419749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.343;QD=54.255;RBI=0.0461563;REFB=0.0301234;REVB=0.0191967;RO=4;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290516;STB=0.515497;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000999773;OID=.;OPOS=34311195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:25:19:1:3:25:19:1:3 chr9 34370020 . T A 182.38 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.069553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2357;QD=42.9117;RBI=0.184601;REFB=-0.256191;REVB=0.170997;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0408513;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr9 34372783 . G C 508.73 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.355;QD=56.5252;RBI=0.0508282;REFB=-0.126785;REVB=0.0439455;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000773434;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr9 34372873 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.605;QD=60.6096;RBI=0.0128565;REFB=0;REVB=0.0107486;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39633e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr9 34382726 . A G 1320.69 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9826;QD=62.1499;RBI=0.0283068;REFB=0;REVB=0.00200762;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154301;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr9 34397545 . A G 867.73 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.953;QD=57.8487;RBI=0.00871115;REFB=0;REVB=-0.00378644;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67485e-05;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr9 34521148 . G A,C 789.4 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383745,0.0235544;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.618,96.0455;QD=56.3859;RBI=0.0411896,0.023649;REFB=0,0;REVB=0.0149661,0.00211287;RO=0;SAF=27,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00162033,0.0569506;OID=.,.;OPOS=34521148,34521148;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:27,1:27,1:0:0:27,1:27,1:0:0 chr9 34723744 . C A 80.26 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0101213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8671;QD=7.46579;RBI=0.0132641;REFB=0.00874649;REVB=0.00857292;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299409;STB=0.678233;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00599155;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:16:15:8:3:16:16 chr9 34724241 . C A 53.21 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0102599;FXX=0.0605999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.257;QD=2.28878;RBI=0.013222;REFB=-0.00315703;REVB=-0.00833997;RO=84;SAF=9;SAR=3;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236327;STB=0.702503;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0195676;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:98:93:84:81:12:12:0.129032:3:9:48:36:3:9:43:38 chr9 34726470 . G A 53.7 PASS AF=0.0924855;AO=16;DP=173;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=0.0500025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7451;QD=1.2417;RBI=0.0917474;REFB=-0.00370385;REVB=0.0769242;RO=154;SAF=4;SAR=12;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319504;STB=0.743134;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0439925;OID=.;OPOS=34726470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:173:173:154:157:16:16:0.0924855:12:4:80:74:12:4:81:76 chr9 34726671 . G A 1070.78 PASS AF=0.875;AO=76;DP=89;FAO=77;FDP=88;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.000396266;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.01;QD=48.6717;RBI=0.0253855;REFB=0.0143418;REVB=0.0253824;RO=11;SAF=49;SAR=27;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217314;STB=0.50178;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00220652;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:89:88:11:11:76:77:0.875:27:49:7:4:27:50:7:4 chr9 34835861 . C G 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0200785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5585;QD=3.24566;RBI=0.0206297;REFB=-0.00310196;REVB=-0.00473699;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308338;STB=0.718061;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.015054;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:14:21:2:4:14:21 chr9 34978431 . G A 1310.04 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00461619;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.609;QD=60.932;RBI=0.00927393;REFB=0.0251519;REVB=-0.00804341;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919915;STB=0.504853;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-8.68904e-05;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:51:34:0:1:51:34:0:1 chr9 35043291 . G T 555.43 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0374076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0882;QD=43.563;RBI=0.0390478;REFB=0.0223218;REVB=-0.0111983;RO=7;SAF=16;SAR=28;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565487;STB=0.530289;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0103951;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:28:16:4:3:28:16:4:3 chr9 35044493 . T A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.398;QD=26.0262;RBI=0.0388808;REFB=-0.0642764;REVB=0.0157888;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.018496;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr9 35049508 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.226;QD=28.5377;RBI=0.0203569;REFB=0.0285564;REVB=0.0203569;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00250431;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr9 35062972 . C T 585.68 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0157529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.078;QD=42.5946;RBI=0.0174131;REFB=-0.0196647;REVB=-0.0074204;RO=8;SAF=17;SAR=30;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144431;STB=0.577352;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00927978;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:8:8:47:47:0.854545:30:17:7:1:30:17:7:1 chr9 35089403 . G A 658.5 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0373963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.286;QD=56.0425;RBI=0.0423168;REFB=-0.00370601;REVB=0.0198048;RO=3;SAF=17;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350586;STB=0.518697;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=2.24133e-05;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:27:17:2:1:27:17:2:1 chr9 35105257 . G A 1161.38 PASS AF=0.740157;AO=94;DP=127;FAO=94;FDP=127;FR=.;FRO=33;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00301739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2567;QD=36.579;RBI=0.0130651;REFB=-0.0356262;REVB=0.0127119;RO=33;SAF=45;SAR=49;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265423;STB=0.514196;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0186307;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:33:33:94:94:0.740157:49:45:14:19:49:45:14:19 chr9 35107858 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=341.85;QD=60.9782;RBI=0.0317171;REFB=0;REVB=0.0046578;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36247e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr9 35546734 . TA CG,TG 381.5 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437203,0.00606676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=159.148,130.546;QD=54.4998;RBI=0.0234558,0.00813339;REFB=0,0;REVB=-0.0230447,-0.00541723;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.012538,0.0117327;OID=.,.;OPOS=35546734,35546735;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,25:2,26:0.0714286,0.928571:2,16:0,9:0:0:2,17:0,9:0:0 chr9 35559213 . C T 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00666589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.998;QD=1.80355;RBI=0.0151096;REFB=-0.00526986;REVB=-0.0135598;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402071;STB=0.799315;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0484097;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:6:2:42:27:6:2:42:27 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 158.98 PASS AF=0.285714,0.666667;AO=4,9;DP=21;FAO=6,14;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,9;FSAR=6,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000370549,0.00644484;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=12.3389,258.578;QD=30.2816;RBI=0.231864,0.0197172;REFB=-0.281216,-0.0761757;REVB=-0.231864,0.0186342;RO=1;SAF=0,9;SAR=4,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,0;STB=0.997093,0.526279;STBP=0.043,0.633;TYPE=del,ins;VARB=-0.109381,0.042346;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.666667:4,9:21:6,14:21:1:0,9:6,5:1:0:26:1:0,9:4,0:1:0 chr9 35606884 . G A 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00849043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.367;QD=3.24059;RBI=0.0113183;REFB=0.00454256;REVB=0.00748441;RO=70;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10117;STB=0.561949;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0286459;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:70:71:13:13:0.154762:6:7:32:38:6:7:33:38 chr9 35657838 . G A 1060.04 PASS AF=0.925;AO=73;DP=84;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.033032;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.253;QD=53.002;RBI=0.14341;REFB=-0.0508989;REVB=0.139554;RO=7;SAF=45;SAR=28;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171428;STB=0.517852;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00574765;OID=.;OPOS=35657838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:84:80:7:6:73:74:0.925:28:45:5:2:29:45:5:1 chr9 35657859 . C G 1067.14 PASS AF=0.883721;AO=65;DP=86;FAO=76;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0425149;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6079;QD=49.6346;RBI=0.0689265;REFB=-0.0775283;REVB=0.0542525;RO=8;SAF=46;SAR=19;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105902;STB=0.513357;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00998016;OID=.;OPOS=35657859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:86:86:8:8:65:76:0.883721:19:46:6:2:29:47:6:2 chr9 35660901 . C T 622.06 PASS AF=0.933333;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0258637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.611;QD=55.294;RBI=0.0259882;REFB=0.101723;REVB=0.00254066;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425907;STB=0.50955;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=5.51826e-05;OID=.;OPOS=35660901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:45:2:3:40:42:0.933333:21:19:0:2:22:20:1:2 chr9 35660990 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.215;QD=60.2272;RBI=0.00559014;REFB=0;REVB=-0.00454246;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03339e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr9 35661943 . A C 715.3 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00102819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4775;QD=48.495;RBI=0.0199079;REFB=-0.0440112;REVB=0.0198813;RO=5;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344451;STB=0.518318;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00400966;OID=.;OPOS=35661943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:32:22:1:4:32:22:1:4 chr9 35665153 . C A 567.26 PASS AF=0.974359;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.179233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.517;QD=58.1807;RBI=0.179827;REFB=-0.0777273;REVB=0.014605;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000860782;OID=.;OPOS=35665153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:32:38:0.974359:15:17:1:0:16:22:1:0 chr9 35674101 . T C 579.26 PASS AF=0.921569;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.067651;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0376;QD=45.4321;RBI=0.114983;REFB=-0.00982252;REVB=0.0929752;RO=5;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306323;STB=0.509662;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00858992;OID=.;OPOS=35674101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:47:51:5:4:41:47:0.921569:24:17:2:3:29:18:2:2 chr9 35679251 . A G 1192.85 PASS AF=0.873786;AO=90;DP=103;FAO=90;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0160686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6162;QD=46.3241;RBI=0.0542692;REFB=0.00670457;REVB=-0.0518358;RO=13;SAF=43;SAR=47;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038718;STB=0.502054;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00141814;OID=.;OPOS=35679251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:13:13:90:90:0.873786:47:43:6:7:47:43:6:7 chr9 35682763 . CA AG,CAG 516.32 PASS AF=0.0222222,0.933333;AO=2,37;DP=45;FAO=1,42;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=1,25;FSAR=0,17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0159995,-0.000843288;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=9.66949,19.2574;QD=45.8952;RBI=0.15323,0.148155;REFB=-0.0375333,-0.0200301;REVB=-0.152392,-0.148152;RO=4;SAF=1,22;SAR=1,15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.532453,-0.0778705;STB=0.5,0.519222;STBP=1,0.298;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0078806,0.00858964;OID=.,.;OPOS=35682763,35682765;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:45:45:4:2:2,37:1,42:0.0222222,0.933333:1,15:1,22:4:0:0,17:1,25:2:0 chr9 35683148 . C T 175.39 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.556;QD=46.7701;RBI=0.0780978;REFB=0;REVB=0.0390998;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165026;OID=.;OPOS=35683148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr9 35841215 . C T 948.64 PASS AF=0.907895;AO=67;DP=75;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0309124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3417;QD=49.9286;RBI=0.0339285;REFB=-0.0832273;REVB=0.0139844;RO=6;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112351;STB=0.511514;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0201989;OID=.;OPOS=35841215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:75:76:6:7:67:69:0.907895:40:27:2:4:41:28:2:5 chr9 35870001 . T C 213.48 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0442176;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.765;QD=35.5805;RBI=0.107679;REFB=-0.0512514;REVB=-0.0981815;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185841;STB=0.515402;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0077344;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:24:4:5:18:19:0.791667:10:8:2:2:10:9:2:3 chr9 35870225 . G A 443.07 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00254861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.719;QD=46.6389;RBI=0.0324583;REFB=-0.0260297;REVB=0.0323581;RO=5;SAF=9;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361781;STB=0.520697;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00402469;OID=.;OPOS=35870225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:32:33:0.868421:23:9:2:3:24:9:2:3 chr9 36066899 . T C 637.26 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00282303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.603;QD=47.2045;RBI=0.0184891;REFB=0.00733281;REVB=0.0182723;RO=5;SAF=20;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342333;STB=0.518252;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00066841;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:29:20:3:2:29:20:3:2 chr9 36085307 . C T 432.34 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0483068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.985;QD=48.0381;RBI=0.0483525;REFB=-0.0717425;REVB=-0.00210241;RO=4;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647796;STB=0.503482;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0103494;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:15:17:2:2:15:17:2:2 chr9 36087876 . G A 1311.9 PASS AF=0.801587;AO=98;DP=123;FAO=101;FDP=126;FR=.;FRO=25;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0702575;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.069;QD=41.6477;RBI=0.0708199;REFB=-0.056115;REVB=0.0089074;RO=25;SAF=48;SAR=50;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267833;STB=0.510924;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0105164;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:25:25:98:101:0.801587:50:48:14:11:50:51:14:11 chr9 36607660 . A G 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00908148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2263;QD=40.0249;RBI=0.0216672;REFB=0.0436496;REVB=0.0196722;RO=6;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103593;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:13:13:3:3:13:13:3:3 chr9 36674842 . C T 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8467;QD=60.2252;RBI=0.0502656;REFB=0;REVB=-0.050146;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433421;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr9 36840623 . G A 575.41 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.046;QD=60.569;RBI=0.0927075;REFB=0;REVB=0.0913882;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080761;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:28:10:0:0 chr9 37429814 . A G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0285379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.925;QD=30.8214;RBI=0.030005;REFB=-0.0251142;REVB=-0.00926759;RO=3;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986653;STB=0.555456;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00151147;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:10:2:1:2:10:2:1:2 chr9 37441808 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.314;QD=59.4354;RBI=0.0427236;REFB=0;REVB=-0.00656745;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235665;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr9 37492367 . C T 1024.59 PASS AF=0.842697;AO=75;DP=89;FAO=75;FDP=89;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0115893;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.012;QD=46.0489;RBI=0.0333485;REFB=-0.0185714;REVB=-0.03127;RO=14;SAF=41;SAR=34;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935121;STB=0.549712;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00351115;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:14:14:75:75:0.842697:34:41:12:2:34:41:12:2 chr9 37492679 . G T 1346.85 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00723901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.306;QD=57.9291;RBI=0.00728716;REFB=0.00201567;REVB=-0.000836268;RO=4;SAF=52;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278643;STB=0.514721;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.000142934;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:37:52:1:3:37:52:1:3 chr9 37493588 . C T 574.46 PASS AF=0.851852;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0164802;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.931;QD=42.5522;RBI=0.0232576;REFB=-0.0464581;REVB=0.016411;RO=7;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786871;STB=0.549897;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00725401;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:56:54:7:8:46:46:0.851852:25:21:1:6:25:21:1:7 chr9 37500895 . T C 332.3 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0177684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4692;QD=32.4192;RBI=0.0394434;REFB=0.0138386;REVB=-0.0352146;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116917;STB=0.563631;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00738585;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:9:19:11:2:9:19:11:2 chr9 37501844 . G A 328.81 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0395597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.154;QD=43.8413;RBI=0.0408276;REFB=-0.00503797;REVB=-0.0100959;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975607;STB=0.552593;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000839669;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:17:9:0:4:17:9:0:4 chr9 37503087 . G A 1039.57 PASS AF=0.853933;AO=75;DP=87;FAO=76;FDP=89;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00824234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9482;QD=46.7222;RBI=0.0599293;REFB=-0.0145184;REVB=0.0593598;RO=12;SAF=43;SAR=32;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248441;STB=0.507384;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00361738;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:87:89:12:13:75:76:0.853933:32:43:8:4:33:43:8:5 chr9 37503124 . G A 954.09 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9834;QD=57.8237;RBI=0.0868379;REFB=0;REVB=0.0218572;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177858;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:27:36:0:0:28:38:0:0 chr9 37707441 . G A 316.52 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0239278;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.79;QD=36.174;RBI=0.037955;REFB=-0.0163705;REVB=-0.0294625;RO=9;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443946;STB=0.52421;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0108493;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:35:9:9:26:26:0.742857:12:14:4:5:12:14:4:5 chr9 37740138 . C G 1265.01 PASS AF=0.87156;AO=95;DP=109;FAO=95;FDP=109;FR=.;FRO=14;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0520919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.064;QD=46.4225;RBI=0.0609079;REFB=-0.0393036;REVB=0.0315627;RO=14;SAF=58;SAR=37;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993063;STB=0.505266;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00773579;OID=.;OPOS=37740138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:109:109:14:14:95:95:0.87156:37:58:8:6:37:58:8:6 chr9 37740637 . T C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0296767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.514;QD=4.78731;RBI=0.034146;REFB=-0.00286212;REVB=-0.0168892;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827322;STB=0.555415;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.011064;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:15:19:5:3:15:19 chr9 37866739 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTAT 110.89 PASS AF=0.916667;AO=5;DP=14;FAO=11;FDP=12;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111041;FXX=0.142755;HRUN=8;LEN=2;MLLD=23.1774;QD=36.9643;RBI=0.111042;REFB=0.227719;REVB=-0.000385891;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0186882;OID=.;OPOS=37866747;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:5:14:11:12:1:11:0:1:0:5:1:5:0:1:0 chr9 37919592 . TGGGGGT TGGGG,TGGGGT 140.13 PASS AF=0,0.863636;AO=3,13;DP=22;FAO=0,19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=0,18;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0209963,0.0622022;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=212.713,13.636;QD=25.4779;RBI=0.0736333,0.142191;REFB=0.0371378,-0.0491057;REVB=0.0705763,0.127864;RO=4;SAF=2,13;SAR=1,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.521739,0.521739;SSEP=0,0;SSSB=-0.0848588,0.819633;STB=0.5,0.739383;STBP=1,0.007;TYPE=del,del;VARB=0,0.122229;OID=.,.;OPOS=37919597,37919593;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.863636:3,13:22:0,19:22:3:0,18:0,1:1:2:9:4:2,13:1,0:3:1 chr9 37948724 . T C 44.44 PASS AF=0.28;AO=4;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0128685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.004;QD=7.11089;RBI=0.0170757;REFB=-0.0121644;REVB=0.0112242;RO=18;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193689;STB=0.666222;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0989537;OID=.;OPOS=37948724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:25:25:18:18:4:7:0.28:2:2:6:12:3:4:6:12 chr9 37974743 . T C 801.67 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0103218;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.929;QD=50.1043;RBI=0.0156044;REFB=-0.0255119;REVB=0.0117029;RO=5;SAF=24;SAR=35;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103273;STB=0.500549;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0014583;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:64:5:5:59:59:0.921875:35:24:2:3:35:24:2:3 chr9 38395940 . T C 560.76 PASS AF=0.955556;AO=27;DP=49;FAO=43;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0912402;FXX=0.081616;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6714;QD=49.8451;RBI=0.161318;REFB=-0.11329;REVB=0.133037;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0164523;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:45:0:1:27:43:0.955556:10:17:0:0:26:17:0:1 chr9 38396065 . G T 503.73 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00829959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.324;QD=50.3731;RBI=0.0829117;REFB=0.0330895;REVB=0.0824952;RO=4;SAF=6;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103139;STB=0.555523;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00560685;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:30:6:2:2:30:6:2:2 chr9 38396502 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1366;QD=61.6835;RBI=0.0418276;REFB=0;REVB=0.0116267;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701983;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr9 38397355 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.159;QD=49.599;RBI=0.0368077;REFB=0;REVB=0.00744121;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029502;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr9 38397915 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0993437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.767;QD=50.4133;RBI=0.103251;REFB=0;REVB=0.0281347;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690322;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 38398153 . A T 33.33 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0141682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.757;QD=2.02022;RBI=0.100276;REFB=-0.00754659;REVB=-0.0992704;RO=44;SAF=6;SAR=1;SRF=43;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50701;STB=0.637844;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0942167;OID=.;OPOS=38398153;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:63:66:44:59:7:7:0.106061:1:6:43:1:1:6:45:14 chr9 38528531 . T C 1089.38 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00825684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.834;QD=53.1407;RBI=0.0264423;REFB=-0.0466288;REVB=0.0251201;RO=6;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857355;STB=0.545442;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00257669;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:82:6:6:76:76:0.926829:30:46:0:6:30:46:0:6 chr9 38588602 . T C 40.79 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00634284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=2.58966;RBI=0.0135084;REFB=-0.00556434;REVB=0.0119267;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315574;STB=0.731116;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0288365;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:2:6:27:28:2:6:27:28 chr9 38595886 . T C 102.45 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00244343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9773;QD=4.76531;RBI=0.00753383;REFB=-0.00392696;REVB=-0.00712658;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197122;STB=0.633267;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0199801;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:69:17:17:0.197674:5:12:38:30:5:12:38:31 chr9 38615698 . C T 1123.41 PASS AF=0.830189;AO=87;DP=106;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00577228;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5613;QD=42.393;RBI=0.0697142;REFB=-0.00788798;REVB=-0.0694748;RO=18;SAF=41;SAR=46;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867429;STB=0.503663;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0012302;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:106:106:18:18:87:88:0.830189:46:41:8:10:47:41:8:10 chr9 38621344 . G A 485.65 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0389906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.945;QD=49.8107;RBI=0.066027;REFB=-0.0364864;REVB=0.053285;RO=4;SAF=25;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839673;STB=0.504502;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00382834;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:10:25:3:1:10:25:3:1 chr9 39118196 . C A 317.12 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0908423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3688;QD=45.3034;RBI=0.0951893;REFB=0.0373444;REVB=0.0284375;RO=4;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658368;STB=0.515747;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00237409;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:4:3:24:25:0.892857:12:12:3:1:12:13:2:1 chr9 39118205 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.811;QD=56.1911;RBI=0.0457671;REFB=0;REVB=-0.0455455;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206419;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 39118207 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5907;QD=56.6987;RBI=0.0178371;REFB=0;REVB=-0.0164537;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491974;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr9 39287976 . C T 251.22 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0601812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.278;QD=27.1592;RBI=0.0618095;REFB=-0.00374091;REVB=-0.014094;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233944;STB=0.628468;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00142618;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:2:12:12:11:2:12 chr9 40503105 . G C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6952;QD=45.8034;RBI=0.108384;REFB=0;REVB=0.096867;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623227;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr9 40773337 . C T 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2941;QD=26.0314;RBI=0.078286;REFB=-0.07683;REVB=0.0653049;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0257389;OID=.;OPOS=40773337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr9 40784154 . TCTC T 394.81 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0119643;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.568;QD=16.8005;RBI=0.0190222;REFB=-0.0262962;REVB=0.0147885;RO=55;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153975;STB=0.592765;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0265789;OID=.;OPOS=40784155;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43617:40:98:41:94:53:19:22:16:37:99:55:19:21:18:37 chr9 40784183 . A G 1067.18 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484674;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.719;QD=60.1231;RBI=0.0485696;REFB=0;REVB=0.00314998;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541039;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:44:25:0:0:44:27:0:0 chr9 43685298 . G T 58.16 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0144148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6102;QD=13.6843;RBI=0.0556526;REFB=-0.0283068;REVB=-0.0537534;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0254057;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:5:3:3:5:5:3:3:6 chr9 43822686 . C A 101.96 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.007;QD=40.785;RBI=0.06957;REFB=0;REVB=0.00125526;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576247;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr9 43822704 . G A 79.74 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.396;QD=35.4405;RBI=0.0518422;REFB=0;REVB=0.0403979;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466466;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr9 43822762 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.936;QD=37.4885;RBI=0.00782081;REFB=0;REVB=-0.000577134;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119849;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 43849812 . T G 47.24 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0296362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.125;QD=11.1152;RBI=0.0303147;REFB=-0.015262;REVB=-0.0063779;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391993;STB=0.765078;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0277803;OID=.;OPOS=43849812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:1:5:5:5:1:6:5:5 chr9 43849817 . A G 47.42 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0057441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2311;QD=11.8553;RBI=0.00757194;REFB=-0.0160949;REVB=0.00493352;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.046491;OID=.;OPOS=43849817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:6:7:0.4375:1:5:4:4:1:6:4:5 chr9 43861081 . T G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0729565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.957;QD=15.293;RBI=0.0735638;REFB=-0.043793;REVB=0.0094329;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0157109;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr9 66457019 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0149468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.298;QD=13.9591;RBI=0.0182321;REFB=-0.00832266;REVB=0.0104404;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.028965;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr9 66457076 . T C 42.45 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00743452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.996;QD=8.93723;RBI=0.00795003;REFB=0.00601199;REVB=-0.00281619;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00270421;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:13:12:6:7:0.368421:2:4:6:7:2:5:5:7 chr9 66457127 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00523872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.547;QD=7.83714;RBI=0.00715684;REFB=-0.00965273;REVB=-0.00487608;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0280573;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:6:7:0.304348:3:3:7:9:3:4:7:9 chr9 66457451 . T C 55.32 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00510776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.396;QD=3.51242;RBI=0.00966143;REFB=0.00111579;REVB=0.00820085;RO=53;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894579;STB=0.561167;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00264075;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:6:4:25:28:6:4:25:28 chr9 66457460 . G A 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00281062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.196;QD=2.25287;RBI=0.0139542;REFB=-0.003826;REVB=-0.0136682;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260188;STB=0.689974;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0265292;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:27:32:6:2:27:33 chr9 66457465 . T G 113.12 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0185886;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.025;QD=6.75359;RBI=0.0413904;REFB=-0.00838878;REVB=-0.0369814;RO=49;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225079;STB=0.632605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0370092;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:12:5:23:26:12:5:23:27 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 327.41 PASS AF=0.538462,0.269231,0.192308;AO=17,8,11;DP=64;FAO=28,14,10;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12,4,4;FSAR=16,10,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13583,0.0404214,-0.0534591;FXX=0.187471;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.07328,16.8345,20.1446;QD=25.185;RBI=0.138909,0.114504,0.0895603;REFB=-0.0226011,-0.0160027,0.00612067;REVB=0.0290863,-0.107132,-0.0718552;RO=6;SAF=7,3,4;SAR=10,5,7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0425578,-0.0946669,-0.0886587;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.087971,0.0207668,0.0635119;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.269231,0.192308:17,8,11:64:28,14,10:52:0:12,4,4:16,10,6:0:0:43:6:7,3,4:10,5,7:3:3 chr9 66457480 . G A 66.59 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0511806;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9211;QD=3.80493;RBI=0.131243;REFB=-0.00229536;REVB=0.120852;RO=59;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976004;STB=0.571306;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0193494;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:70:59:58:12:12:0.171429:8:4:24:35:8:4:24:34 chr9 66457498 . G T 82.97 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.00217042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.721;QD=3.72877;RBI=0.0373121;REFB=-0.00778491;REVB=-0.0372489;RO=74;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435315;STB=0.528886;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0323227;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:74:74:15:15:0.168539:10:5:27:47:10:5:27:47 chr9 66457549 . A T 56.04 PASS AF=0.107692;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=130;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=81;FWDB=-0.0357778;FXX=0.0510912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.829;QD=1.72441;RBI=0.0784013;REFB=-0.00460264;REVB=-0.0697618;RO=111;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829886;STB=0.55548;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0589707;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:137:130:111:116:14:14:0.107692:9:5:33:78:9:5:35:81 chr9 66457562 . C T 66.32 PASS AF=0.123077;AO=14;DP=130;FAO=16;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=78;FWDB=0.0108231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.946;QD=2.04061;RBI=0.0324036;REFB=-0.00706134;REVB=-0.0305426;RO=93;SAF=5;SAR=9;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255272;STB=0.503344;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0375686;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:130:130:93:114:14:16:0.123077:9:5:35:58:11:5:36:78 chr9 66457585 . G T 81.47 PASS AF=0.144068;AO=14;DP=115;FAO=17;FDP=118;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=72;FWDB=-0.0268909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.933;QD=2.76173;RBI=0.028711;REFB=-0.00805845;REVB=0.0100599;RO=100;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346325;STB=0.702921;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0403896;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:115:118:100:101:14:17:0.144068:6:8:29:71:8:9:29:72 chr9 66457588 . T C 61.22 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=0.00569826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2047;QD=2.11115;RBI=0.0173689;REFB=-0.00536087;REVB=-0.0164076;RO=102;SAF=6;SAR=8;SRF=31;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165315;STB=0.615433;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0627458;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:8:6:31:71:8:6:31:71 chr9 66457593 . CA AG,CG 1403.28 PASS AF=0.0666667,0.895238;AO=6,85;DP=107;FAO=7,94;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4,26;FSAR=3,68;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00101105,-0.00281328;FXX=0.0277752;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=102.126,183.228;QD=53.4582;RBI=0.0123169,0.0414694;REFB=-0.000219679,-0.0334577;REVB=0.0122754,0.0413738;RO=4;SAF=3,23;SAR=3,62;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168827,0.00221997;STB=0.615061,0.501358;STBP=0.392,0.96;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0348867,0.00160378;OID=.,.;OPOS=66457593,66457594;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:107:105:4:4:6,85:7,94:0.0666667,0.895238:3,62:3,23:1:3:3,68:4,26:1:3 chr9 66457598 . GCCG GCCT,GCG 813.24 PASS AF=0.0618557,0.938144;AO=5,47;DP=105;FAO=6,91;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=2,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237424,0.483441;FXX=0.0761832;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=202.823,11.1887;QD=33.5358;RBI=0.0258184,0.564714;REFB=0.0186558,-0.0303597;REVB=0.0101434,0.291867;RO=41;SAF=4,7;SAR=1,40;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0.302763;SSEP=0,0;SSSB=0.380422,-0.367226;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0403458,0.0565438;OID=.,.;OPOS=66457601,66457599;OREF=G,C;OALT=T,-;OMAPALT=GCCT,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0618557,0.938144:5,47:105:6,91:97:0:4,27:2,64:0:0:17:41:4,7:1,40:19:22 chr9 66457652 . C T 110.05 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0487241;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.906;QD=5.94883;RBI=0.05081;REFB=-0.00150151;REVB=-0.014409;RO=56;SAF=3;SAR=14;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216542;STB=0.648809;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00603913;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:56:57:17:17:0.22973:14:3:17:39:14:3:18:39 chr9 66458150 . C T 141.8 PASS AF=0.151832;AO=29;DP=191;FAO=29;FDP=191;FR=.;FRO=162;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=91;FSRR=71;FWDB=-0.0184834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.738;QD=2.96967;RBI=0.0198883;REFB=-0.00660015;REVB=0.00734214;RO=155;SAF=17;SAR=12;SRF=85;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492359;STB=0.521226;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0288243;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:155:162:29:29:0.151832:12:17:85:70:12:17:91:71 chr9 66458183 . A G 43.14 PASS AF=0.0784314;AO=10;DP=198;FAO=16;FDP=204;FR=.;FRO=188;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=86;FWDB=0.0428551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6257;QD=0.845917;RBI=0.0431891;REFB=-0.00527874;REVB=-0.00536059;RO=184;SAF=4;SAR=6;SRF=100;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137937;STB=0.651987;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0218816;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:198:204:184:188:10:16:0.0784314:6:4:100:84:10:6:102:86 chr9 66458195 . TC GA,GC 208.87 PASS AF=0.0631579,0.142105;AO=12,25;DP=189;FAO=12,27;FDP=190;FR=.;FRO=151;FSAF=5,12;FSAR=7,15;FSRF=83;FSRR=68;FWDB=-0.0346934,-0.0192591;FXX=0.0104161;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=179.386,71.8553;QD=4.39716;RBI=0.0357628,0.0192873;REFB=0.00125117,-0.00508181;REVB=0.00868009,-0.00104181;RO=150;SAF=5,11;SAR=7,14;SRF=83;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149662,-0.14308;STB=0.621396,0.588535;STBP=0.423,0.305;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0118149,0.0231021;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:189:190:150:151:12,25:12,27:0.0631579,0.142105:7,14:5,11:83:67:7,15:5,12:83:68 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 1538.24 PASS AF=0.991071,0;AO=100,5;DP=121;FAO=111,0;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=61,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405583,0.0308001;FXX=0.0894236;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.9604,7.15579;QD=54.9372;RBI=0.0726806,0.0467263;REFB=-0.0728515,0.0117034;REVB=0.0603117,0.0351382;RO=3;SAF=60,0;SAR=40,5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0342516,0;STB=0.50495,0.5;STBP=0.3,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00617989,0.016023;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991071,0:100,5:121:111,0:112:1:61,0:50,0:0:1:4:3:60,0:40,5:0:3 chr9 66458245 . G A 109.9 PASS AF=0.166667;AO=21;DP=124;FAO=21;FDP=126;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0638671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6174;QD=3.48878;RBI=0.0771549;REFB=-0.00747913;REVB=0.0432883;RO=103;SAF=9;SAR=12;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133526;STB=0.57911;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0479375;OID=.;OPOS=66458245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:103:105:21:21:0.166667:12:9:55:48:12:9:55:50 chr9 66499220 . C T 126.51 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0098408;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8355;QD=4.43881;RBI=0.0105239;REFB=-0.000504472;REVB=-0.00372982;RO=90;SAF=11;SAR=11;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127405;STB=0.570113;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000992129;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:90:92:22:22:0.192982:11:11:54:36:11:11:54:38 chr9 68415338 . A C 61.47 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.0480463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.359;QD=1.86287;RBI=0.048549;REFB=-0.00290667;REVB=0.00696858;RO=115;SAF=6;SAR=9;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328054;STB=0.524966;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0299423;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:132:115:117:15:15:0.113636:9:6:49:66:9:6:50:67 chr9 68415353 . T G 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.00166386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.616;QD=1.10951;RBI=0.00758717;REFB=0.000153328;REVB=0.00740248;RO=103;SAF=4;SAR=5;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008511;STB=0.507027;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00495196;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:5:4:45:58:5:4:45:58 chr9 68415354 . GC GT,TA 64.17 PASS AF=0.0825688,0.0550459;AO=9,6;DP=109;FAO=9,6;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=4,2;FSAR=5,4;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0178228,-0.0176402;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=63.8559,153.188;QD=2.35482;RBI=0.0665663,0.0197775;REFB=-0.00460904,-0.00574287;REVB=-0.0641359,-0.00894278;RO=92;SAF=4,2;SAR=5,4;SRF=41;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0013916,-0.115636;STB=0.502179,0.610732;STBP=1,0.621;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0291605,0.0392095;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:109:109:92:94:9,6:9,6:0.0825688,0.0550459:5,4:4,2:41:51:5,4:4,2:42:52 chr9 68415386 . G A 225.86 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00654315;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2557;QD=13.4839;RBI=0.00913629;REFB=-0.0337438;REVB=0.00637644;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787144;STB=0.549616;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0531696;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:40:27:27:0.402985:16:11:17:24:17:10:18:22 chr9 68415387 . GA AT,GT 301.76 PASS AF=0.046875,0.46875;AO=3,30;DP=64;FAO=3,30;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=1,9;FSAR=2,21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.06676,-0.0335853;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=86.6195,160.715;QD=18.8603;RBI=0.0667619,0.0379361;REFB=-0.00408894,-0.0399591;REVB=-0.000501694,0.0176403;RO=31;SAF=1,9;SAR=2,21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124912,-0.152029;STB=0.611481,0.585395;STBP=0.729,0.217;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0140428,0.0223291;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:64:31:31:3,30:3,30:0.046875,0.46875:2,21:1,9:14:17:2,21:1,9:14:17 chr9 69002294 . C T 43.85 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00361116;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.343;QD=5.48176;RBI=0.0171276;REFB=-0.0108166;REVB=-0.0167426;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240748;STB=0.659901;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.023947;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:12:13:5:2:12:13 chr9 69002304 . C G 53.12 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0242689;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8568;QD=5.44783;RBI=0.0510104;REFB=-0.0381737;REVB=0.0448674;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297214;STB=0.698109;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0346259;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:41:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:15:16:6:2:15:16 chr9 69002317 . T C 90.58 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0430999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.827;QD=8.23485;RBI=0.0455152;REFB=-0.0159999;REVB=-0.0146298;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439214;STB=0.775356;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.020295;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:10:2:16:16:10:2:16:16 chr9 69256833 . A G 1120.43 PASS AF=0.851485;AO=86;DP=102;FAO=86;FDP=101;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0274072;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6132;QD=44.3733;RBI=0.0483764;REFB=-0.0170517;REVB=0.0398639;RO=15;SAF=39;SAR=47;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151031;STB=0.508023;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00275606;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:101:15:15:86:86:0.851485:47:39:6:9:47:39:6:9 chr9 71396859 . C G 370.58 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0251253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.791;QD=42.3526;RBI=0.0397446;REFB=-0.0325743;REVB=0.0307954;RO=6;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279986;STB=0.515141;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00608818;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:17:12:3:3:17:12:3:3 chr9 71628207 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.175;QD=56.1915;RBI=0.00748362;REFB=0;REVB=0.00465434;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35867e-05;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr9 71843023 . C A 716.85 PASS AF=0.964912;AO=50;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.111656;FXX=0.0499917;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.6434;QD=50.3052;RBI=0.118334;REFB=-0.0507898;REVB=0.0391906;RO=4;SAF=23;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404536;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00860581;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:57:4:2:50:55:0.964912:27:23:3:1:28:27:1:1 chr9 71986315 . TG AA,AT,CA 787.68 PASS AF=0.037037,0.0740741,0.87037;AO=7,4,67;DP=80;FAO=2,4,47;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=2,4,28;FSAR=0,0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419562,0.0161129,-0.00642218;FXX=0.349355;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,2;MLLD=176.196,181.999,159.288;QD=58.3466;RBI=0.0423165,0.017084,0.0124026;REFB=-0.024155,-0.0764884,0.0216009;REVB=-0.00550986,-0.00567761,0.0106103;RO=0;SAF=7,2,38;SAR=0,2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.508768;STBP=1,1,0.519;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.15529,0.106158,0.00384196;OID=.,.,.;OPOS=71986315,71986315,71986315;OREF=TG,TG,TG;OALT=AA,AT,CA;OMAPALT=AA,AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:14:80:54:0:1:7,4,67:2,4,47:0.037037,0.0740741,0.87037:0,2,29:7,2,38:0:0:0,0,19:2,4,28:1:0 chr9 72003036 . T C 1171.06 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=88;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0209403;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.255;QD=54.4678;RBI=0.0405149;REFB=-0.0341675;REVB=0.0346837;RO=3;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938703;STB=0.51429;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00903387;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:86:3:6:79:80:0.930233:42:37:1:2:43:37:4:2 chr9 72373624 . A G 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.356;QD=59.922;RBI=0.0103133;REFB=0;REVB=-0.0100398;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6729e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr9 72472831 . C T 1377.44 PASS AF=0.871795;AO=102;DP=117;FAO=102;FDP=117;FR=.;FRO=15;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00569889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.829;QD=47.092;RBI=0.00670985;REFB=0.00183274;REVB=-0.00354185;RO=15;SAF=63;SAR=39;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451306;STB=0.502392;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.000218946;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:15:15:102:102:0.871795:39:63:9:6:39:63:9:6 chr9 72741312 . G A 832.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.883;QD=57.4009;RBI=0.0304413;REFB=0;REVB=0.0126537;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188761;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:31:27:0:0 chr9 72840692 . A G 758.85 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0526723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.2;QD=53.2528;RBI=0.0529995;REFB=-0.0430946;REVB=-0.00588056;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285525;STB=0.515146;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00112599;OID=.;OPOS=72840692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:23:32:2:0:23:32:2:0 chr9 72897434 . G A 1139.44 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402098;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.252;QD=60.7699;RBI=0.0411363;REFB=0;REVB=0.00868145;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3967e-05;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr9 72897440 . T C 862.95 PASS AF=0.855263;AO=65;DP=76;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00179562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.401;QD=45.4186;RBI=0.00854939;REFB=0.00588963;REVB=0.0083587;RO=11;SAF=26;SAR=39;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153819;STB=0.508194;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000908286;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:11:11:65:65:0.855263:39:26:5:6:39:26:5:6 chr9 73150873 . T G 374.95 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7407;QD=49.9937;RBI=0.0771347;REFB=-0.136017;REVB=0.075642;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444442;STB=0.502391;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0126525;OID=.;OPOS=73150873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:15:13:1:1:15:13:1:1 chr9 73150918 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=64.4154;RBI=0.0257826;REFB=0;REVB=0.0180483;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65175e-05;OID=.;OPOS=73150918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr9 73151715 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.974;QD=59.142;RBI=0.0203546;REFB=0;REVB=0.000645767;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68609e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr9 73240431 . T G 267.94 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0328062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1764;QD=35.7257;RBI=0.0501586;REFB=-0.0301364;REVB=0.0379426;RO=7;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100529;STB=0.554866;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0169273;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:11:12:2:5:11:12:2:5 chr9 73391409 . C CA 108.18 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207967;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.14691;QD=25.4531;RBI=0.21018;REFB=-0.0332473;REVB=0.0304202;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0212415;OID=.;OPOS=73391410;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:19:17:17:0:7:10:0:0:3:6:4:8:4:2 chr9 73461337 . T A 993.92 PASS AF=0.792079;AO=80;DP=102;FAO=80;FDP=101;FR=.;FRO=21;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0457403;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.969;QD=39.363;RBI=0.0478705;REFB=-0.0227837;REVB=0.0141211;RO=21;SAF=36;SAR=44;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102854;STB=0.554882;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00387715;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:21:21:80:80:0.792079:44:36:15:6:44:36:15:6 chr9 74319576 . A T 1921.78 PASS AF=0.886076;AO=140;DP=159;FAO=140;FDP=158;FR=.;FRO=18;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00423481;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.29;QD=48.6526;RBI=0.0141661;REFB=-0.0416115;REVB=0.0135183;RO=16;SAF=59;SAR=81;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217683;STB=0.510322;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00573439;OID=.;OPOS=74319576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:159:158:16:18:140:140:0.886076:81:59:5:11:81:59:6:12 chr9 74319677 . T C 1145.35 PASS AF=0.909091;AO=78;DP=86;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00179273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.804;QD=52.0614;RBI=0.0329497;REFB=0.016118;REVB=0.0329009;RO=8;SAF=23;SAR=55;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950656;STB=0.504174;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000721503;OID=.;OPOS=74319677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:88:8:8:78:80:0.909091:55:23:2:6:57:23:2:6 chr9 74834384 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.914;QD=60.2307;RBI=0.00319375;REFB=0;REVB=0.00210611;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70743e-07;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr9 74846104 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.72;QD=62.1622;RBI=0.0105501;REFB=0;REVB=-0.0037387;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81593e-06;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr9 74969864 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2185;QD=51.9167;RBI=0.0436211;REFB=0;REVB=0.0436056;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112872;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr9 74975136 . T C 1381.46 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3599;QD=61.398;RBI=0.0395745;REFB=-0.0672647;REVB=0.0373139;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00130009;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:40:49:0:0:40:49:1:0 chr9 75303653 . C T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00961371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.215;QD=35.2737;RBI=0.0103897;REFB=0.00836511;REVB=0.00393988;RO=4;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065758;STB=0.519979;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00333441;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:4:5:19:19:0.791667:6:13:2:2:6:13:3:2 chr9 75315438 . G A 493.34 PASS AF=0.878049;AO=31;DP=43;FAO=36;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0265906;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.054;QD=48.1304;RBI=0.0864711;REFB=-0.0981961;REVB=0.0822811;RO=5;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366781;STB=0.515339;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0090723;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:43:41:5:5:31:36:0.878049:21:10:1:4:25:11:1:4 chr9 75545882 . G A 956.57 PASS AF=0.845238;AO=71;DP=84;FAO=71;FDP=84;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0127512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.476;QD=45.5508;RBI=0.0209233;REFB=-0.00129296;REVB=0.0165889;RO=13;SAF=40;SAR=31;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107956;STB=0.557384;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000244839;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:13:13:71:71:0.845238:31:40:12:1:31:40:12:1 chr9 75775235 . A G 448.53 PASS AF=0.809524;AO=26;DP=41;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0200909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.97;QD=42.717;RBI=0.0211795;REFB=-0.0192803;REVB=-0.00670288;RO=7;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754198;STB=0.505615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0059507;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:7:8:26:34:0.809524:10:16:3:4:16:18:4:4 chr9 75778370 . A G 1044.57 PASS AF=0.853933;AO=76;DP=89;FAO=76;FDP=89;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0082197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.217;QD=46.9472;RBI=0.0342769;REFB=-0.0357193;REVB=-0.0332767;RO=13;SAF=41;SAR=35;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210151;STB=0.511174;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00703305;OID=.;OPOS=75778370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:13:13:76:76:0.853933:35:41:8:5:35:41:8:5 chr9 77407636 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.642;QD=58.2396;RBI=0.00629396;REFB=0;REVB=-0.00442342;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42261e-08;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr9 77415000 . T C 52.26 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0550172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7312;QD=6.53288;RBI=0.059857;REFB=-0.00802636;REVB=0.023579;RO=24;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465288;STB=0.806805;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0347147;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:7:1:11:13:7:1:11:13 chr9 77415284 . A C 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00945662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.348;QD=2.25003;RBI=0.0247087;REFB=-0.00362435;REVB=-0.0228274;RO=79;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628891;STB=0.545372;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0186208;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:6:5:40:39:6:5:40:39 chr9 77472604 . T C 45.93 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000248541;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.607;QD=7.6552;RBI=0.0221034;REFB=0.00218482;REVB=0.022102;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.650753;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00328329;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:11:6:4:3:11:6 chr9 77752510 . C T 1352.19 PASS AF=0.793893;AO=104;DP=130;FAO=104;FDP=131;FR=.;FRO=27;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0105873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3511;QD=41.2881;RBI=0.0112834;REFB=-0.0167179;REVB=-0.003902;RO=26;SAF=68;SAR=36;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122386;STB=0.569819;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00628548;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:26:27:104:104:0.793893:36:68:9:17:36:68:9:18 chr9 78291861 . G T 77.76 PASS AF=0.206897;AO=10;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0284025;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.34;QD=5.36289;RBI=0.0284035;REFB=-0.00165505;REVB=-0.000245406;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1173;STB=0.629768;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00536705;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:56:58:44:46:10:12:0.206897:7:3:17:27:9:3:18:28 chr9 78790153 . A G 162.36 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5402;QD=38.2012;RBI=0.04297;REFB=0.129172;REVB=0.0413477;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0217229;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:1:2:15:15:0.882353:10:5:1:0:10:5:1:1 chr9 78937974 . C T 851.22 PASS AF=0.864865;AO=62;DP=72;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0204349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8704;QD=46.0119;RBI=0.0300653;REFB=-0.0289781;REVB=-0.022053;RO=10;SAF=42;SAR=20;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037098;STB=0.517923;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0048302;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:74:10:10:62:64:0.864865:20:42:8:2:20:44:8:2 chr9 78942956 . A G 688.51 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00193129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.697;QD=55.0804;RBI=0.032851;REFB=-0.0473995;REVB=0.0327942;RO=4;SAF=27;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647175;STB=0.534468;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00323974;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:19:27:4:0:19:27:4:0 chr9 79009106 . A C 232.99 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.114;QD=49.0495;RBI=0.0540187;REFB=0;REVB=-0.00737578;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103996;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:8:6:0:0:10:9:0:0 chr9 79118329 . G A 868.16 PASS AF=0.866667;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0254546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.701;QD=46.302;RBI=0.0295984;REFB=-0.0303951;REVB=0.015104;RO=10;SAF=32;SAR=33;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048218;STB=0.52566;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00474311;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:10:10:65:65:0.866667:33:32:3:7:33:32:3:7 chr9 79118631 . AC A 519.95 PASS AF=0.873016;AO=52;DP=64;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0819375;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0611;QD=33.0127;RBI=0.0819667;REFB=-0.0656475;REVB=-0.0021885;RO=9;SAF=32;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492157;STB=0.532198;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=0.0201564;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.873016:52:64:55:63:8:34:21:3:5:18:9:32:20:4:5 chr9 79118661 . A G 946.3 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.442;QD=58.2336;RBI=0.0229819;REFB=0;REVB=0.0227843;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429062;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr9 79118903 . A C 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0913265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5461;QD=40.6383;RBI=0.0926528;REFB=0.0716812;REVB=-0.0156206;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0048392;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr9 79120475 . A T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000726861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.919;QD=55.0095;RBI=0.0128659;REFB=-0.0267805;REVB=-0.0128453;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00206043;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr9 79120552 . C CAGT 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0832702;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.248;QD=21.1692;RBI=0.0833411;REFB=-0.00750943;REVB=0.00343777;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=ins;VARB=0.00880749;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:11:7:10:3:3:4:0:3:15:4:3:4:0:4 chr9 79121085 . G T 2124.05 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.002949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0716;QD=62.016;RBI=0.00307679;REFB=-0.0172832;REVB=0.000877524;RO=1;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646797;STB=0.503401;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000175656;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:73:63:0:1:73:63:0:1 chr9 79121384 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.661;QD=28.5377;RBI=0.042786;REFB=0.0190954;REVB=0.010295;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00247272;OID=.;OPOS=79121384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr9 79186729 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.855;QD=28.5377;RBI=0.0211706;REFB=-0.00294735;REVB=0.0156604;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00609359;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:1:5:0:1:2:5:0:1 chr9 79186750 . G T 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0112973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.479;QD=31.7356;RBI=0.0432608;REFB=-0.0254347;REVB=0.0417596;RO=5;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266685;STB=0.648449;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00708344;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:4:12:1:4:4:12:1:4 chr9 79186765 . C G 373.18 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0119742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.923;QD=37.3179;RBI=0.0278969;REFB=-0.0451639;REVB=-0.0251963;RO=10;SAF=23;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10048;STB=0.554786;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0291207;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:7:23:6:4:7:23:6:4 chr9 79186781 . T C 475.85 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0229702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4503;QD=41.3782;RBI=0.0231385;REFB=-0.0125488;REVB=-0.0027853;RO=10;SAF=28;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970881;STB=0.552601;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00761124;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:8:28:6:4:8:28:6:4 chr9 79186787 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0119447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.488;QD=13.9118;RBI=0.0216397;REFB=-0.010874;REVB=0.0180444;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794843;STB=0.545413;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0179896;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:24:7:6:15:24:7 chr9 79186820 . A C 772.48 PASS AF=0.833333;AO=60;DP=72;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0184216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0726;QD=42.9156;RBI=0.0207914;REFB=-0.0453933;REVB=0.00963981;RO=12;SAF=47;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518539;STB=0.527732;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0102596;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:12:12:60:60:0.833333:13:47:8:4:13:47:8:4 chr9 79186886 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0867496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2634;QD=8.81071;RBI=0.0875539;REFB=-0.00537993;REVB=-0.0118403;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00409307;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=69;DP=92;LEN=15;RO=23;SAF=37;SAR=35;SRF=12;SRR=8;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:92:23:69:35:37:12:8 chr9 79318471 . C T 825.45 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.469;QD=54.1278;RBI=0.0284039;REFB=0.0312275;REVB=-0.023564;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349148;STB=0.518512;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0006328;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:0:2:26:33:0:2 chr9 79318677 . T C 1408.54 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0677704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0147;QD=59.938;RBI=0.0800861;REFB=-0.0561737;REVB=0.0426726;RO=3;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974564;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000816565;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:3:2:91:92:0.978723:46:45:1:2:47:45:1:1 chr9 79318896 . C T 573.02 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0370794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.566;QD=46.777;RBI=0.0635852;REFB=0.00291145;REVB=-0.0516546;RO=8;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453256;STB=0.524301;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00131526;OID=.;OPOS=79318896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:8:8:41:41:0.836735:25:16:2:6:25:16:2:6 chr9 79318998 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0062;QD=59.0154;RBI=0.0389736;REFB=0;REVB=0.0231269;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619226;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr9 79320095 . T G 945.46 PASS AF=0.873418;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=79;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0276248;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.341;QD=47.8716;RBI=0.0296856;REFB=-0.0316105;REVB=-0.0108677;RO=10;SAF=17;SAR=52;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170161;STB=0.509053;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00608768;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:80:79:10:10:69:69:0.873418:52:17:3:7:52:17:3:7 chr9 79320640 . C T 917.66 PASS AF=0.984848;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204407;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.87;QD=55.616;RBI=0.0472904;REFB=-0.0260493;REVB=0.0426446;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00291486;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:66:1:1:61:65:0.984848:27:34:1:0:31:34:1:0 chr9 79320847 . G C 303.66 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0179103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.205;QD=39.1824;RBI=0.0180819;REFB=-0.0325497;REVB=-0.00248563;RO=6;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809703;STB=0.544006;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0122765;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:14:11:4:2:14:11:4:2 chr9 79321276 . T C 650.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8421;QD=61.9888;RBI=0.0552037;REFB=0;REVB=0.0549474;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592845;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr9 79321871 . C T 46.8 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0176831;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.334;QD=2.87982;RBI=0.0434256;REFB=-0.00774593;REVB=-0.0396622;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677576;STB=0.563;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0528047;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:54:56:9:9:0.138462:5:4:27:27:5:4:29:27 chr9 79322674 . A G 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2537;QD=58.0252;RBI=0.0659721;REFB=-0.141425;REVB=0.0058321;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00421896;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:39:31:0:0:39:31:1:0 chr9 79322720 . A G 688.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.061;QD=62.564;RBI=0.0297104;REFB=0;REVB=-0.0135602;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39881e-05;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr9 79324439 . A G 1294.02 PASS AF=0.904762;AO=95;DP=105;FAO=95;FDP=105;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0316811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.774;QD=49.2962;RBI=0.0318169;REFB=-0.0219909;REVB=0.00293605;RO=9;SAF=41;SAR=54;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205976;STB=0.51627;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00166176;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:9:10:95:95:0.904762:54:41:5:4:54:41:6:4 chr9 79324741 . T C 61.08 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0308494;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3319;QD=2.97942;RBI=0.0403969;REFB=0.00141459;REVB=0.0260812;RO=71;SAF=6;SAR=6;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436401;STB=0.536525;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0057941;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:83:82:71:70:12:12:0.146341:6:6:38:33:6:6:38:32 chr9 79324955 . C T 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0347626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.046;QD=49.4973;RBI=0.0347922;REFB=-0.0266776;REVB=-0.00143404;RO=3;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030003;STB=0.516119;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00339307;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:16:15:2:1:16:15:2:1 chr9 79325297 . T G 1331.46 PASS AF=0.816;AO=100;DP=123;FAO=102;FDP=125;FR=.;FRO=23;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0187782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.621;QD=42.6067;RBI=0.0260835;REFB=-0.0291564;REVB=0.0181032;RO=23;SAF=56;SAR=44;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048701;STB=0.523973;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00756806;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:23:23:100:102:0.816:44:56:16:7:44:58:16:7 chr9 79325615 . A G 464.16 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2691;QD=58.0196;RBI=0.0730165;REFB=0;REVB=-0.019338;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181356;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr9 79325759 . C T 431.3 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00716415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.749;QD=42.0776;RBI=0.0324003;REFB=-0.0116947;REVB=-0.0315983;RO=7;SAF=16;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743292;STB=0.551591;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00352196;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:41:41:7:8:33:33:0.804878:17:16:5:2:17:16:6:2 chr9 79471995 . T C 144.75 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.05;QD=44.5396;RBI=0.0460885;REFB=0;REVB=0.0142406;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241398;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr9 79836131 . A G 617.46 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0182421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5002;QD=37.9973;RBI=0.0503898;REFB=0.00010319;REVB=-0.0469719;RO=14;SAF=31;SAR=20;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102889;STB=0.555259;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000660254;OID=.;OPOS=79836131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:20:31:5:9:20:31:5:9 chr9 79930225 . G A 551.5 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.02571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5682;QD=35.5809;RBI=0.0393258;REFB=-0.00830451;REVB=-0.0297576;RO=15;SAF=21;SAR=26;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213263;STB=0.511477;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00544988;OID=.;OPOS=79930225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:26:21:6:9:26:21:6:9 chr9 79932585 . G A 2366.03 PASS AF=0.865979;AO=168;DP=193;FAO=168;FDP=194;FR=.;FRO=26;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000750219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.646;QD=48.784;RBI=0.0193842;REFB=-0.00975287;REVB=-0.0193696;RO=25;SAF=73;SAR=95;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286776;STB=0.512087;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000785224;OID=.;OPOS=79932585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:25:26:168:168:0.865979:95:73:8:17:95:73:9:17 chr9 79946961 . C T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00560547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.419;QD=5.06441;RBI=0.0353781;REFB=0.000219546;REVB=-0.0349312;RO=32;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472895;STB=0.822617;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00199306;OID=.;OPOS=79946961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:1:7:17:15:1:7:17:15 chr9 80049298 . C T 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0130124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.142;QD=1.74061;RBI=0.0192785;REFB=-0.00185293;REVB=0.0142246;RO=77;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273081;STB=0.515429;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0170088;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:77:78:9:9:0.103448:5:4:36:41:5:4:36:42 chr9 80250143 . C T 337.42 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.485;QD=53.9874;RBI=0.0749324;REFB=0;REVB=0.0456404;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359755;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr9 80335438 . A C 538.29 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0949;QD=59.8101;RBI=0.0442176;REFB=0;REVB=0.0340945;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103202;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr9 82187750 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.565;QD=58.9627;RBI=0.00648768;REFB=0;REVB=-0.00566621;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14683e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=33;DP=64;LEN=4;RO=31;SAF=21;SAR=27;SRF=7;SRR=9;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:64:31:33:27:21:7:9 chr9 83179630 . G A 840.01 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.359;QD=56.9502;RBI=0.0187433;REFB=0;REVB=-0.00591952;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013578;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr9 83179857 . C T 1343.03 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916758;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.325;QD=62.4663;RBI=0.0351946;REFB=0;REVB=-0.0339797;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186438;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr9 84267147 . T C 34.71 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0150371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7501;QD=1.80313;RBI=0.0163467;REFB=-0.0015213;REVB=0.00641081;RO=69;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253387;STB=0.519432;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0213845;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:4:4:33:36:4:4:33:36 chr9 84607758 . T A 487.96 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.01108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.759;QD=45.3912;RBI=0.011095;REFB=-0.0148977;REVB=-0.000577845;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648427;STB=0.534864;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.001809;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:18:18:5:2:18:18:5:2 chr9 85627408 . G A 900.85 PASS AF=0.813953;AO=67;DP=87;FAO=70;FDP=86;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0148094;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.242;QD=41.9002;RBI=0.0258276;REFB=0.0257247;REVB=0.02116;RO=15;SAF=33;SAR=34;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317349;STB=0.508979;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00323733;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:87:86:15:16:67:70:0.813953:34:33:6:9:36:34:7:9 chr9 86284178 . C A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.485;QD=59.1431;RBI=0.00998866;REFB=0;REVB=0.00381453;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02797e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 86327898 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.616;QD=62.9829;RBI=0.0209959;REFB=0;REVB=0.0143574;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20663e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr9 86468715 . A T 553.97 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0256454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.792;QD=55.397;RBI=0.0570185;REFB=-0.0879449;REVB=0.0509256;RO=2;SAF=10;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.54543;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000969665;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:28:10:2:0:28:10:2:0 chr9 86585776 . A T 488.15 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00196921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.681;QD=44.377;RBI=0.0291377;REFB=-0.137507;REVB=0.0290711;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0066105;OID=.;OPOS=86585776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:6:7:36:37:0.840909:18:18:3:3:19:18:4:3 chr9 86617265 . A G 926.13 PASS AF=0.883117;AO=68;DP=77;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0335539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.438;QD=48.1107;RBI=0.0471687;REFB=-0.0318381;REVB=0.0331516;RO=9;SAF=39;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403604;STB=0.502145;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00392358;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:9:9:68:68:0.883117:29:39:5:4:29:39:5:4 chr9 86618231 . T TA 296.88 PASS AF=1;AO=8;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597984;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.42994;QD=26.3897;RBI=0.0607098;REFB=0;REVB=-0.0104804;RO=39;SAF=0;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000208808;OID=.;OPOS=86618232;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:47:45:45:0:21:24:0:0:8:39:0:8:21:18 chr9 86618233 . C A,T 710.46 PASS AF=0.87234,0.12766;AO=38,7;DP=45;FAO=41,6;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109356,0.00754318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4897,23.9568;QD=60.4647;RBI=0.0631011,0.0191272;REFB=0,0;REVB=0.0621463,0.017577;RO=0;SAF=21,0;SAR=17,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00836078,0.146525;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:45:47:0:0:38,7:41,6:0.87234,0.12766:17,7:21,0:0:0:20,6:21,0:0:0 chr9 86618699 . ACAT A 872.54 PASS AF=0.926471;AO=56;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0111052;FXX=0.0933209;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.005;QD=51.3258;RBI=0.0234428;REFB=-0.0530536;REVB=0.0206456;RO=5;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436148;STB=0.522625;STBP=0.222;TYPE=del;VARB=0.00427044;OID=.;OPOS=86618700;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.926471:56:68:63:68:5:32:31:1:4:20:5:27:29:1:4 chr9 86920236 . T C 890.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.973;QD=57.4269;RBI=0.00966477;REFB=0;REVB=-0.00829719;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25557e-05;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chr9 87488521 . G A 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00784508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.334;QD=35.7991;RBI=0.0136647;REFB=-0.0269023;REVB=0.0111883;RO=8;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809595;STB=0.571377;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.011855;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:8:10:28:28:0.736842:16:12:5:3:16:12:7:3 chr9 88692336 . C T 1057.14 PASS AF=0.846154;AO=77;DP=91;FAO=77;FDP=91;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0261995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0744;QD=46.4675;RBI=0.0365876;REFB=-0.00390338;REVB=0.0255389;RO=14;SAF=41;SAR=36;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712937;STB=0.537925;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00095158;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:14:14:77:77:0.846154:36:41:4:10:36:41:4:10 chr9 88694179 . G T 365.5 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.023;QD=52.2145;RBI=0.134084;REFB=-0.0642081;REVB=0.0792559;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0028334;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:17:9:1:0:17:10:1:0 chr9 89772284 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.077;QD=48.7363;RBI=0.0167291;REFB=0;REVB=0.0142104;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82335e-05;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr9 89772547 . T C 38.15 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00561849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4551;QD=1.77442;RBI=0.086136;REFB=-0.00591677;REVB=0.0859525;RO=77;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222386;STB=0.674276;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0500045;OID=.;OPOS=89772547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:77:77:9:9:0.104651:7:2:30:47:7:2:30:47 chr9 90265015 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.059;QD=57.3858;RBI=0.00978965;REFB=0;REVB=-0.00159318;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93675e-05;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr9 90321583 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.244;QD=56.7055;RBI=0.0947657;REFB=0;REVB=0.0077963;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545384;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 90322023 . G A 784.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000666464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.579;QD=57.084;RBI=0.0226008;REFB=0;REVB=0.022591;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08095e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:17:37:0:0:17:38:0:0 chr9 90343780 . A C 563.51 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1018;QD=57.7962;RBI=0.0505087;REFB=-0.049369;REVB=-0.041396;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0063194;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr9 90388370 . G A 606.98 PASS AF=0.86;AO=41;DP=48;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00553502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7604;QD=48.5581;RBI=0.111346;REFB=0.0187431;REVB=0.111208;RO=7;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487871;STB=0.528412;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.000763149;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:50:7:7:41:43:0.86:19:22:5:2:21:22:5:2 chr9 90388539 . T A 696.33 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479061;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.309;QD=54.6139;RBI=0.0544418;REFB=-0.0543954;REVB=0.0258634;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000588853;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:1:0:28:22:1:0 chr9 90500405 . A C 1009.04 PASS AF=0.860465;AO=72;DP=83;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0293982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.757;QD=46.9319;RBI=0.0293983;REFB=-0.0331323;REVB=-6.78823e-05;RO=11;SAF=21;SAR=51;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214845;STB=0.501432;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00484352;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:83:86:11:12:72:74:0.860465:51:21:4:7:50:24:4:8 chr9 90501280 . G A 1115.88 PASS AF=0.917647;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.048268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.765;QD=52.512;RBI=0.0488763;REFB=-0.0201393;REVB=0.00768751;RO=7;SAF=23;SAR=54;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241036;STB=0.511576;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00171313;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:84:85:7:7:77:78:0.917647:54:23:3:4:54:24:3:4 chr9 90501448 . C A 2003.69 PASS AF=0.933333;AO=128;DP=138;FAO=140;FDP=150;FR=.;FRO=10;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0363591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.269;QD=53.4318;RBI=0.0377113;REFB=-0.0802388;REVB=-0.0100076;RO=9;SAF=70;SAR=58;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109071;STB=0.501465;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00504558;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:138:150:9:10:128:140:0.933333:58:70:5:4:59:81:6:4 chr9 90502458 . T A 333.09 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3448;QD=39.1871;RBI=0.0408602;REFB=-0.0200363;REVB=-0.0400912;RO=7;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201016;STB=0.510909;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00404856;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:13:14:4:3:13:14:4:3 chr9 90503734 . C T 224.05 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.060075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2878;QD=42.6767;RBI=0.0610644;REFB=0.0127188;REVB=-0.0109475;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00198577;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:0:2:9:10:0:2 chr9 90534206 . T C 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0739879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4101;QD=9.4437;RBI=0.0755396;REFB=-0.0306;REVB=0.0152322;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0453447;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:6:4:2:4:6:4 chr9 90536919 . C T 637.21 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0323224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5811;QD=47.201;RBI=0.0727689;REFB=0.00505173;REVB=0.0651964;RO=5;SAF=32;SAR=17;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680648;STB=0.536217;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000526784;OID=.;OPOS=90536919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:17:32:5:0:17:32:5:0 chr9 90538058 . G A 52.59 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0650538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0842;QD=6.78596;RBI=0.0686935;REFB=-0.0081596;REVB=0.0220635;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127341;STB=0.580449;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0192092;OID=.;OPOS=90538058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:9:14:4:4:9:14 chr9 90588903 . C T 722.82 PASS AF=0.959184;AO=48;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.133177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2401;QD=59.0055;RBI=0.142869;REFB=-0.0763922;REVB=0.051725;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.508437;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0197553;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:48:47:0.959184:33:15:1:0:32:15:1:1 chr9 91262343 . A ATGG 303.05 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0108602;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.557;QD=39.1036;RBI=0.049114;REFB=-0.00673577;REVB=0.0478983;RO=6;SAF=16;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670657;STB=0.538873;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=0.00237611;OID=.;OPOS=91262344;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.806452:24:31:25:31:6:17:8:3:3:34:6:16:8:3:3 chr9 91262387 . G A 550.59 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0189807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4844;QD=44.9458;RBI=0.0676907;REFB=-0.0151229;REVB=-0.0649751;RO=9;SAF=22;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793349;STB=0.542599;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00434609;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:18:22:7:2:18:22:7:2 chr9 91262522 . T A 496.09 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0120818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9334;QD=34.8134;RBI=0.0165462;REFB=0.0158519;REVB=-0.0113052;RO=14;SAF=10;SAR=33;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322017;STB=0.674633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00362121;OID=.;OPOS=91262522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:33:10:12:2:33:10:12:2 chr9 91652414 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.513;QD=63.8714;RBI=0.0272819;REFB=0;REVB=0.0136904;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66316e-05;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr9 91656963 . T C 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00636934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.206;QD=58.4192;RBI=0.00785371;REFB=-0.00278172;REVB=0.00459481;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165901;STB=0.508769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=8.81562e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:28:44:0:1:28:44:0:1 chr9 92003679 . C T 1396.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0927;QD=62.7548;RBI=0.0531776;REFB=0;REVB=0.00757116;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262429;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr9 93629630 . T C 410.29 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0259442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.72;QD=40.0283;RBI=0.0409694;REFB=-0.0381931;REVB=-0.0317079;RO=9;SAF=14;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431753;STB=0.52335;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0107555;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:9:9:32:32:0.780488:18:14:3:6:18:14:3:6 chr9 93637015 . C T 1172.78 PASS AF=0.873786;AO=89;DP=103;FAO=90;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0276766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.497;QD=45.545;RBI=0.0303428;REFB=-0.0574925;REVB=0.0124376;RO=11;SAF=48;SAR=41;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127982;STB=0.520204;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00447459;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:103:103:11:13:89:90:0.873786:41:48:6:5:42:48:9:4 chr9 93639973 . G C 1470.52 PASS AF=0.884298;AO=107;DP=121;FAO=107;FDP=121;FR=.;FRO=14;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0161606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.223;QD=48.6121;RBI=0.0355347;REFB=-0.0329968;REVB=0.0316473;RO=14;SAF=58;SAR=49;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716685;STB=0.537943;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00546985;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:121:121:14:14:107:107:0.884298:49:58:3:11:49:58:3:11 chr9 93640009 . G A 1567.23 PASS AF=0.857143;AO=114;DP=134;FAO=114;FDP=133;FR=.;FRO=19;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00764835;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.109;QD=47.1347;RBI=0.0335522;REFB=-0.0397296;REVB=0.0326688;RO=19;SAF=58;SAR=56;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803068;STB=0.542549;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00541153;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:134:133:19:19:114:114:0.857143:56:58:4:15:56:58:4:15 chr9 93641175 . C T 1200.34 PASS AF=0.766129;AO=95;DP=125;FAO=95;FDP=124;FR=.;FRO=29;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00750887;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.17;QD=38.7206;RBI=0.0223916;REFB=0.00220005;REVB=-0.021095;RO=29;SAF=48;SAR=47;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524739;STB=0.502801;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00031929;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:29:29:95:95:0.766129:47:48:15:14:47:48:15:14 chr9 93641199 . T C 1097.91 PASS AF=0.760684;AO=89;DP=117;FAO=89;FDP=117;FR=.;FRO=28;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00155084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.175;QD=37.5353;RBI=0.00159037;REFB=-0.0117136;REVB=-0.000352422;RO=27;SAF=49;SAR=40;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185428;STB=0.505049;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00323314;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:27:28:89:89:0.760684:40:49:16:11:40:49:16:12 chr9 93983121 . T C 891.98 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00768346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3287;QD=52.4695;RBI=0.0336487;REFB=0.0477329;REVB=-0.0327597;RO=4;SAF=34;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523785;STB=0.527019;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.016745;OID=.;OPOS=93983121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:68:4:4:63:64:0.941176:29:34:4:0:29:35:4:0 chr9 94087622 . T G 927.23 PASS AF=0.841463;AO=69;DP=83;FAO=69;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00115931;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0218;QD=45.2309;RBI=0.00183795;REFB=0.0194731;REVB=-0.00142621;RO=13;SAF=41;SAR=28;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040573;STB=0.521622;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0143371;OID=.;OPOS=94087622;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:83:82:13:13:69:69:0.841463:28:41:6:7:28:41:6:7 chr9 94456643 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.073;QD=64.4151;RBI=0.0234608;REFB=0;REVB=0.0160147;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1204e-06;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr9 94456705 . T A 522.81 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.012938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6874;QD=46.4722;RBI=0.0328623;REFB=-0.109636;REVB=0.0302083;RO=7;SAF=14;SAR=24;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619734;STB=0.533316;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00870949;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:45:45:7:7:38:38:0.844444:24:14:4:3:24:14:4:3 chr9 94456714 . C T 552.67 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.574;QD=59.7476;RBI=0.0125709;REFB=0;REVB=0.0100176;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88554e-06;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:24:13:0:0 chr9 94486321 . C T 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00897111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.355;QD=57.3943;RBI=0.00978406;REFB=-0.156271;REVB=0.00390476;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00136979;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr9 94486688 . G A 229.78 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.839;QD=48.3756;RBI=0.0385753;REFB=0;REVB=0.0368034;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188583;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr9 94495607 . GT G,GC 203.52 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,14;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461504,0.112388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.6284,57.2823;QD=47.8874;RBI=0.0858038,0.149889;REFB=0,0;REVB=0.0723356,0.099175;RO=0;SAF=2,5;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.132132,0.0110441;OID=.,.;OPOS=94495608,94495608;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:3,14:17:1,16:17:0:0,7:1,9:0:0:6:0:2,5:1,9:0:0 chr9 95068046 . C T 48.36 PASS AF=0.0935252;AO=12;DP=140;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0334893;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.808;QD=1.39159;RBI=0.0335015;REFB=-0.00216883;REVB=-0.000905398;RO=124;SAF=4;SAR=8;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1758;STB=0.670163;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0338639;OID=.;OPOS=95068046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:140:139:124:126:12:13:0.0935252:8:4:60:64:9:4:62:64 chr9 95218829 . G T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00979588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.337;QD=3.24567;RBI=0.011888;REFB=-0.000707807;REVB=-0.00673539;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277567;STB=0.697772;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0026908;OID=.;OPOS=95218829;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:15:20:2:4:15:20 chr9 95219248 . A G 586.21 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=60;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0695249;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6777;QD=39.743;RBI=0.0733172;REFB=-0.105858;REVB=0.0232746;RO=11;SAF=25;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857804;STB=0.504598;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0235419;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:11:11:48:48:0.813559:23:25:6:5:23:25:6:5 chr9 95219597 . G A 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.26;QD=64.147;RBI=0.0254405;REFB=0;REVB=-0.0179488;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37228e-07;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr9 95237023 . CCTCA CC,C 336.91 PASS AF=0,1;AO=17,4;DP=24;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884439,0.219068;FXX=0.0768935;HRUN=1,2;LEN=3,4;MLLD=154.535,172.295;QD=56.1521;RBI=0.0990212,0.219107;REFB=0,0;REVB=-0.0445295,0.00415015;RO=0;SAF=8,0;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.347635;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00271805;OID=.,.;OPOS=95237025,95237024;OREF=TCA,CTCA;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:17,4:24:0,24:24:0:0,9:0,15:0:0:4:0:8,0:9,4:0:0 chr9 95279985 . C A 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00906823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.664;QD=3.33221;RBI=0.0521145;REFB=-0.00389775;REVB=-0.0513195;RO=49;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421631;STB=0.774988;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0341086;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:49:51:9:9:0.15:6:3:34:15:6:3:35:16 chr9 95284873 . A G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0120832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.507;QD=6.43971;RBI=0.0359317;REFB=0.000527336;REVB=0.0338391;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190029;STB=0.610392;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00169586;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:9:5:22:21:9:5:22:22 chr9 95284982 . T G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.316;QD=59.8655;RBI=0.0460173;REFB=0;REVB=0.0242538;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54077e-05;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr9 95378176 . C T 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.000682387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.73;QD=2.0358;RBI=0.0151985;REFB=0.00175271;REVB=-0.0151831;RO=85;SAF=7;SAR=4;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171995;STB=0.626435;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0135521;OID=.;OPOS=95378176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:4:7:42:43:4:7:42:43 chr9 95380726 . G A 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0387655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.55;QD=49.9767;RBI=0.0460545;REFB=-0.0172167;REVB=-0.0248647;RO=2;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=9.92092e-05;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:12:16:1:1:12:16:1:1 chr9 95475352 . G A 43.76 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0564796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7385;QD=21.8816;RBI=0.0616375;REFB=-0.122138;REVB=-0.0246828;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0256959;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:0:2:4:2:0:2 chr9 95481735 . G A 600.69 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0423076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.773;QD=45.3349;RBI=0.087964;REFB=-0.0415889;REVB=0.0771215;RO=5;SAF=24;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522381;STB=0.53659;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00612354;OID=.;OPOS=95481735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:53:53:5:6:47:47:0.886792:23:24:4:1:23:24:5:1 chr9 95738781 . C A 1591.22 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0465611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.172;QD=58.9342;RBI=0.0484872;REFB=-0.103375;REVB=0.0135306;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000154168;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:52:55:0:0:52:55:1:0 chr9 95768448 . G A 1253.33 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222761;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.937;QD=60.4016;RBI=0.0233905;REFB=-0.127713;REVB=0.00713379;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000467386;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:0:1:43:39:0:1 chr9 95780465 . A G 1777.47 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.019;QD=59.7469;RBI=0.0382691;REFB=-0.103976;REVB=0.0368906;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00149101;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:119:0:1:116:118:0.991597:60:56:0:0:61:57:0:1 chr9 95782667 . C T 784.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.461;QD=57.0881;RBI=0.020467;REFB=0;REVB=0.0176362;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25502e-05;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr9 95795227 . A G 541.17 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0592499;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.387;QD=51.5402;RBI=0.0636591;REFB=0.00592081;REVB=-0.0232792;RO=4;SAF=9;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612173;STB=0.533427;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00120065;OID=.;OPOS=95795227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:37:38:0.904762:28:9:2:2:29:9:2:2 chr9 95797999 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.454;QD=52.6102;RBI=0.0408339;REFB=0;REVB=-0.0401158;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149049;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 95887320 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.392;QD=59.4351;RBI=0.0918224;REFB=0;REVB=0.052007;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013589;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr9 96015256 . C T 395.82 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.152682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.004;QD=47.9782;RBI=0.153992;REFB=-0.00249476;REVB=0.0200438;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109944;STB=0.571379;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000593827;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:4:3:29:30:0.909091:20:9:3:1:21:9:3:0 chr9 96021312 . G A 597.96 PASS AF=0.857143;AO=47;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.108809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.742;QD=42.7116;RBI=0.109771;REFB=0.00871679;REVB=0.0145015;RO=8;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853241;STB=0.544427;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000633673;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:47:48:0.857143:40:7:0:8:41:7:0:8 chr9 96051521 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.514;QD=56.1847;RBI=0.057003;REFB=0;REVB=0.00612958;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022612;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr9 96097747 . C T 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0204513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.712;QD=41.8376;RBI=0.039008;REFB=-0.0447257;REVB=0.0332169;RO=5;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589563;STB=0.531891;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00459497;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:16:10:1:4:16:10:1:4 chr9 96209943 . T C 583.22 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0344834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.855;QD=49.6355;RBI=0.048949;REFB=-0.0397604;REVB=0.0347405;RO=6;SAF=28;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134231;STB=0.572041;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.006609;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:13:28:1:5:13:28:1:5 chr9 96214928 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00033939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.569;QD=17.6438;RBI=0.0354754;REFB=-0.00898772;REVB=0.0354738;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.007224;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr9 96238578 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.169;QD=59.4984;RBI=0.0845426;REFB=0;REVB=-0.0843294;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116813;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr9 96328303 . T C 2090.15 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196368;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3041;QD=61.9303;RBI=0.0479098;REFB=-0.0381076;REVB=0.0437007;RO=1;SAF=70;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067419;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000417946;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:132:134:0.992593:62:70:1:0:63:71:1:0 chr9 96439007 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4664;QD=19.134;RBI=0.0294112;REFB=0.00812397;REVB=-0.0294112;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185098;OID=.;OPOS=96439007;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr9 97080944 . GAGA G 385.85 PASS AF=1;AO=21;DP=32;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190903;FXX=0.228506;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.791;QD=57.1624;RBI=0.0216886;REFB=0;REVB=-0.0216044;RO=6;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000181877;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:21:32:27:27:0:6:21:0:0:3:6:6:15:6:0 chr9 97080948 . A G 60.76 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00785071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.22;QD=6.75106;RBI=0.0375566;REFB=-0.00146901;REVB=-0.0367269;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493669;STB=0.799466;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0468773;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:6:21:3:6:6:21 chr9 97080953 . A C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.000247106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.659;QD=4.55552;RBI=0.0519923;REFB=-0.0104713;REVB=-0.0519917;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653592;STB=0.916301;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0376409;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:7:7:0.189189:1:6:7:22:1:6:7:23 chr9 97081010 . T G 94.88 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0182202;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.13;QD=9.48809;RBI=0.0184171;REFB=-0.0131601;REVB=-0.00268533;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477827;STB=0.749625;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0453873;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:40:24:28:12:12:0.3:4:8:5:19:4:8:8:20 chr9 97081252 . G C 192.19 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0381118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.992;QD=16.7123;RBI=0.0415782;REFB=-0.00903284;REVB=0.0166203;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143695;STB=0.606648;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00720406;OID=.;OPOS=97081252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:26:19:20:0.434783:14:5:4:21:14:6:4:22 chr9 97081263 . G C 226.32 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.00346944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.657;QD=18.1055;RBI=0.00731671;REFB=-0.0219226;REVB=-0.00644183;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152464;STB=0.585299;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0379768;OID=.;OPOS=97081263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:4:23:17:6:4:23 chr9 97325726 . A G 716.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345624;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.606;QD=57.303;RBI=0.0378346;REFB=0;REVB=-0.0153916;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95959e-05;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr9 97365720 . T C 851.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.6;QD=57.7219;RBI=0.0158508;REFB=0;REVB=0.00491003;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45894e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:20:37:0:0:20:39:0:0 chr9 97369149 . C T 976.31 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0672763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1206;QD=57.43;RBI=0.0673524;REFB=-0.0175685;REVB=0.00319994;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000238446;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:40:28:0:0:39:28:0:1 chr9 97768286 . T C 693.75 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00609186;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.168;QD=49.5536;RBI=0.00675298;REFB=-0.0116811;REVB=0.00291408;RO=4;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262506;STB=0.513961;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000947764;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:56:4:4:52:52:0.928571:23:29:3:1:23:29:3:1 chr9 97849090 . A G 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0183207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.33;QD=48.21;RBI=0.0185401;REFB=-0.0864121;REVB=0.00284412;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260706;STB=0.514029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00264847;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:14:15:2:1:14:15:2:1 chr9 97887391 . C T 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00605889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0172;QD=1.77323;RBI=0.00649447;REFB=0.00121251;REVB=0.00233838;RO=63;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379505;STB=0.808327;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0255679;OID=.;OPOS=97887391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:6:1:28:35:6:1:28:35 chr9 98206791 . G GCA 115.21 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0193891;FXX=0.142816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.903;QD=15.3608;RBI=0.179386;REFB=-0.0512415;REVB=0.178335;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532606;STB=0.845621;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0853935;OID=.;OPOS=98206792;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:11:32:13:30:17:2:11:13:4:99:19:2:9:13:6 chr9 98218474 . G GC 536.06 PASS AF=0.846154;AO=47;DP=68;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0706737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3377;QD=32.988;RBI=0.10688;REFB=0.0272882;REVB=0.0801788;RO=21;SAF=33;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143854;STB=0.516123;STBP=0.562;TYPE=ins;VARB=-0.00219905;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:47:68:55:65:10:33:22:7:3:26:21:33:14:10:11 chr9 98231008 . A G 485.62 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.032837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9191;QD=49.8071;RBI=0.03803;REFB=-0.0192215;REVB=-0.0191837;RO=4;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050482;STB=0.527071;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0010643;OID=.;OPOS=98231008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:18:17:3:1:18:17:3:1 chr9 98238379 . A G 1227.74 PASS AF=0.923077;AO=84;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0150661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.985;QD=53.9665;RBI=0.0189955;REFB=-0.0192588;REVB=0.0115689;RO=7;SAF=35;SAR=49;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650448;STB=0.534442;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00208223;OID=.;OPOS=98238379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:91:91:7:7:84:84:0.923077:49:35:6:1:49:35:6:1 chr9 98638288 . A G 1068.06 PASS AF=0.894118;AO=76;DP=85;FAO=76;FDP=85;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0080498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.785;QD=50.2617;RBI=0.0123524;REFB=-0.0170756;REVB=0.00936924;RO=9;SAF=39;SAR=37;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358646;STB=0.519029;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00241429;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:9:9:76:76:0.894118:37:39:3:6:37:39:3:6 chr9 98691137 . T C 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0102719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.016;QD=3.20522;RBI=0.0115545;REFB=-0.00437659;REVB=0.00529095;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360638;STB=0.770537;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0353409;OID=.;OPOS=98691137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:6:1:17:26:6:1:17:26 chr9 98729382 . A C 1063.89 PASS AF=0.857143;AO=76;DP=90;FAO=78;FDP=91;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0899006;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.968;QD=46.7643;RBI=0.0903993;REFB=-0.0431143;REVB=-0.00948274;RO=13;SAF=32;SAR=44;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328727;STB=0.518792;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00673893;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:90:91:13:13:76:78:0.857143:44:32:7:6:46:32:7:6 chr9 98997810 . C T 619.84 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00553452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.418;QD=50.5987;RBI=0.0182027;REFB=0.027755;REVB=0.0173409;RO=6;SAF=25;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059888;STB=0.532005;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00223992;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:18:25:5:1:18:25:5:1 chr9 99525909 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.334;QD=51.9167;RBI=0.0463569;REFB=0;REVB=0.0269992;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310175;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr9 99537071 . T C 1301.55 PASS AF=0.988372;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8002;QD=60.5372;RBI=0.0451466;REFB=-0.0895257;REVB=0.0395213;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00247213;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:86:1:1:81:85:0.988372:39:42:1:0:43:42:1:0 chr9 99538365 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.608;QD=61.684;RBI=0.0360502;REFB=0;REVB=0.0310496;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017244;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr9 99581811 . C T 1190.17 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.488;QD=61.0342;RBI=0.0202462;REFB=0;REVB=-0.0129842;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81827e-06;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:41:37:0:0 chr9 99581916 . C G 918.13 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378079;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.879;QD=57.3832;RBI=0.038193;REFB=0;REVB=-0.00541032;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555826;OID=.;OPOS=99581916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:31:27:0:0:31:33:0:0 chr9 99691351 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.607;QD=57.6806;RBI=0.0603978;REFB=0;REVB=0.0524197;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171959;OID=.;OPOS=99691351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:24:7:0:0 chr9 99694397 . C G 56.79 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0505104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2165;QD=11.9549;RBI=0.0695082;REFB=0.00171543;REVB=0.0477503;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690085;STB=0.904997;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00122346;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:1:10:1:7:1:10 chr9 100071728 . G A 1145.48 PASS AF=0.880435;AO=81;DP=92;FAO=81;FDP=92;FR=.;FRO=11;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0716001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.198;QD=49.8034;RBI=0.0832937;REFB=0.0238098;REVB=0.042559;RO=11;SAF=40;SAR=41;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293432;STB=0.515571;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00553844;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:92:92:11:11:81:81:0.880435:41:40:4:7:41:40:4:7 chr9 100074446 . C T 598.49 PASS AF=0.901961;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0982592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.271;QD=46.9402;RBI=0.0982669;REFB=-0.0957057;REVB=-0.00123102;RO=5;SAF=11;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839892;STB=0.533318;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00673622;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:51:5:5:43:46:0.901961:32:11:3:2:32:14:3:2 chr9 100087345 . A G 362.72 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0644281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=45.3401;RBI=0.0644305;REFB=-0.0726759;REVB=0.000547333;RO=4;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848849;STB=0.545838;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0131131;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:11:17:1:3:11:17:1:3 chr9 100105735 . T C 780.71 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00878101;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.418;QD=46.6093;RBI=0.0166397;REFB=-0.049972;REVB=0.0141341;RO=8;SAF=29;SAR=30;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299153;STB=0.515928;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00906033;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:67:8:8:59:59:0.880597:30:29:5:3:30:29:5:3 chr9 100122291 . T C 961.54 PASS AF=0.855422;AO=70;DP=82;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0209669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2317;QD=46.3394;RBI=0.0414223;REFB=-0.0486987;REVB=-0.035724;RO=12;SAF=27;SAR=43;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152518;STB=0.50927;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00486176;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:83:12:12:70:71:0.855422:43:27:4:8:43:28:4:8 chr9 100139161 . A G 303.67 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0991646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3183;QD=39.183;RBI=0.0998197;REFB=0.0441174;REVB=-0.0114174;RO=5;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110526;STB=0.575775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0100044;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:5:6:25:25:0.806452:11:14:1:4:11:14:1:5 chr9 100190780 . A G 497.79 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0179996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=48.5649;RBI=0.018004;REFB=0.0141975;REVB=0.000396946;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424919;STB=0.522809;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00236409;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:21:15:3:2:21:15:3:2 chr9 100194406 . T C 1418.18 PASS AF=0.881356;AO=103;DP=118;FAO=104;FDP=118;FR=.;FRO=14;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0136764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.262;QD=48.0739;RBI=0.0177595;REFB=-0.0136608;REVB=0.0113295;RO=14;SAF=43;SAR=60;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257512;STB=0.501846;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00208893;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:14:14:103:104:0.881356:60:43:6:8:61:43:6:8 chr9 100367813 . A G 40.9 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0184267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.577;QD=1.63606;RBI=0.0185231;REFB=-0.00169463;REVB=-0.00188727;RO=90;SAF=5;SAR=5;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253142;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:90:90:10:10:0.1:5:5:45:45:5:5:45:45 chr9 100420976 . G A 112.29 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0413314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9858;QD=7.74386;RBI=0.0444364;REFB=-0.0158387;REVB=-0.0163189;RO=42;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108343;STB=0.506571;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0385415;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:9:7:18:24:9:7:18:24 chr9 100616583 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4845;QD=57.2006;RBI=0.0359554;REFB=0;REVB=-0.00982979;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448274;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr9 100617375 . T C 1798.9 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.989;QD=60.9797;RBI=0.0163002;REFB=0;REVB=0.0133735;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67567e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:55:62:0:0:56:62:0:0 chr9 100617479 . G T 44.49 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00196808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.051;QD=3.12226;RBI=0.00445045;REFB=-0.00288872;REVB=0.00399164;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211143;STB=0.653055;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0337246;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:6:2:20:29:6:2:20:29 chr9 100617583 . T C 35.36 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00128457;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.551;QD=2.3576;RBI=0.00670147;REFB=-0.00435141;REVB=0.00657721;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160466;STB=0.619385;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0395734;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:61:60:53:53:7:7:0.116667:4:3:30:23:4:3:30:23 chr9 100617879 . T C 485.74 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0127482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.101;QD=49.8191;RBI=0.0329172;REFB=-0.04987;REVB=0.0303484;RO=4;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045164;STB=0.524215;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00382486;OID=.;OPOS=100617879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:18:17:1:3:18:17:1:3 chr9 100675777 . C T 499.78 PASS AF=0.721311;AO=43;DP=59;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0485679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.127;QD=32.7723;RBI=0.0485679;REFB=-0.0241548;REVB=-3.33693e-05;RO=16;SAF=16;SAR=27;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102193;STB=0.563432;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.015498;OID=.;OPOS=100675777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:16:17:43:44:0.721311:27:16:3:13:27:17:3:14 chr9 100684719 . A C 457.23 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0050729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.499;QD=45.723;RBI=0.0162943;REFB=-0.0388581;REVB=0.0154845;RO=6;SAF=22;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927418;STB=0.54997;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00394023;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:12:22:2:4:12:22:2:4 chr9 100684757 . A G 470.28 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00798133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.253;QD=44.7882;RBI=0.0187469;REFB=-0.0345619;REVB=-0.016963;RO=7;SAF=21;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099072;STB=0.553367;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00540266;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:14:21:2:5:14:21:2:5 chr9 101533220 . C T 494.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253322;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.622;QD=56.4596;RBI=0.0331356;REFB=-0.13212;REVB=0.0213599;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000955925;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr9 101767315 . G A 42.72 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0035891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.5;QD=4.88188;RBI=0.0517996;REFB=-0.00139915;REVB=0.0516752;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508233;STB=0.848981;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0057822;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:6:1:15:12:6:1:16:12 chr9 101778265 . G T 557.97 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.029879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1157;QD=38.4808;RBI=0.032631;REFB=-0.0281475;REVB=-0.0131159;RO=10;SAF=25;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432165;STB=0.5147;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0210831;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:10:11:47:47:0.810345:22:25:4:6:22:25:5:6 chr9 101787280 . C T 632.9 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0103143;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.585;QD=48.6846;RBI=0.0289277;REFB=0.0104197;REVB=0.0270264;RO=4;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568192;STB=0.53029;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-7.15845e-05;OID=.;OPOS=101787280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:18:30:1:3:18:30:1:3 chr9 101796881 . A T 40.91 PASS AF=0.135593;AO=5;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0117162;FXX=0.0166639;HRUN=28;LEN=1;MLLD=153.892;QD=2.77361;RBI=0.0127997;REFB=-0.00389889;REVB=-0.00515403;RO=51;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246405;STB=0.708022;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0239037;OID=.;OPOS=101796881;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:59:59:51:51:5:8:0.135593:2:3:19:32:3:5:19:32 chr9 101804329 . T C 152.05 PASS AF=0.178808;AO=26;DP=150;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.0145117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.325;QD=4.02791;RBI=0.015814;REFB=-0.0110377;REVB=0.00628434;RO=123;SAF=16;SAR=10;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.650884;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.023485;OID=.;OPOS=101804329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:123:124:26:27:0.178808:10:16:54:69:10:17:55:69 chr9 101822220 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0119697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.402;QD=8.28249;RBI=0.0122137;REFB=-0.00463759;REVB=0.0024294;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29541;STB=0.67469;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0129012;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:3:9:16:15:3:9:17:15 chr9 102068344 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2543;QD=39.2067;RBI=0.0464219;REFB=0;REVB=0.0150959;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179614;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr9 102068770 . T C 62.94 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0294963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.056;QD=3.26979;RBI=0.082051;REFB=-0.00396644;REVB=-0.0765658;RO=65;SAF=11;SAR=1;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459382;STB=0.832114;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0513521;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:1:11:42:23:1:11:42:23 chr9 102068832 . G A 1920.39 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0884205;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6676;QD=60.9649;RBI=0.0980571;REFB=-0.0921656;REVB=0.0423912;RO=1;SAF=65;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725408;STB=0.503816;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00810341;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:60:65:1:0:60:65:1:0 chr9 102595069 . G A 668.71 PASS AF=0.881356;AO=51;DP=58;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0128556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.003;QD=45.336;RBI=0.0134328;REFB=-0.0295184;REVB=0.00389553;RO=7;SAF=17;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121704;STB=0.505574;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0032809;OID=.;OPOS=102595069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:58:59:7:7:51:52:0.881356:34:17:2:5:35:17:2:5 chr9 102713580 . G A 646.43 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0479518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.015;QD=50.7002;RBI=0.0479759;REFB=0.0499527;REVB=-0.00151773;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053171;STB=0.52829;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00439115;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:25:23:0:3:25:23:0:3 chr9 102732237 . T C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.862;QD=47.8795;RBI=0.0208618;REFB=0.0591785;REVB=0.017515;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367233;STB=0.519839;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00160114;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:18:7:1:1:18:7:1:1 chr9 103060386 . T G 1598.51 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3019;QD=63.9403;RBI=0.0237237;REFB=0;REVB=0.0178171;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198568;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr9 103064530 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.529;QD=54.5174;RBI=0.0238316;REFB=0;REVB=-0.00145904;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55576e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr9 103339031 . A G 131.52 PASS AF=0.176471;AO=24;DP=136;FAO=24;FDP=136;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.00426909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.445;QD=3.86811;RBI=0.0105469;REFB=-8.28049e-05;REVB=-0.00964425;RO=110;SAF=15;SAR=9;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216106;STB=0.638572;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000701987;OID=.;OPOS=103339031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:110:112:24:24:0.176471:9:15:50:60:9:15:51:61 chr9 103348208 . A T 422.07 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0274387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.182;QD=44.428;RBI=0.034127;REFB=-0.00247576;REVB=0.0202921;RO=6;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121352;STB=0.565179;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00130449;OID=.;OPOS=103348208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:20:12:0:6:20:12:0:6 chr9 104188842 . C G 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-5.36935e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9959;QD=2.39296;RBI=0.023327;REFB=-0.00324875;REVB=-0.0233269;RO=67;SAF=5;SAR=5;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100466;STB=0.582119;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0242294;OID=.;OPOS=104188842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:79:67:69:10:10:0.126582:5:5:28:39:5:5:28:41 chr9 104324545 . G A 904.72 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00105713;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.577;QD=51.6981;RBI=0.0100234;REFB=0.0229729;REVB=0.00996752;RO=5;SAF=25;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581782;STB=0.530883;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000741266;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:70:5:5:65:65:0.928571:40:25:4:1:40:25:4:1 chr9 104385712 . A G 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0866366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.455;QD=58.2386;RBI=0.0876875;REFB=-0.0237364;REVB=0.0135346;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00145376;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr9 104499575 . T C 54.58 PASS AF=0.112069;AO=14;DP=116;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=37;FWDB=-0.0581636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9843;QD=1.88209;RBI=0.058777;REFB=0.000651447;REVB=0.00846924;RO=101;SAF=10;SAR=4;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111247;STB=0.551488;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0104281;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:116:116:101:103:14:13:0.112069:4:10:64:37:4:9:66:37 chr9 105018910 . A C 478.01 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0323858;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.861;QD=46.6352;RBI=0.070471;REFB=-0.0398351;REVB=0.0625885;RO=6;SAF=20;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197728;STB=0.510632;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00354599;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:41:6:6:35:35:0.853659:15:20:3:3:15:20:3:3 chr9 105763912 . T C 625.47 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.109761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9105;QD=42.4045;RBI=0.110737;REFB=0.0653743;REVB=-0.0146643;RO=9;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116306;STB=0.562138;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.011197;OID=.;OPOS=105763912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:9:9:50:50:0.847458:24:26:1:8:24:26:1:8 chr9 105780618 . G A 1894.9 PASS AF=0.891156;AO=129;DP=146;FAO=131;FDP=147;FR=.;FRO=16;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0479376;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2194;QD=51.5619;RBI=0.0525357;REFB=-0.0275089;REVB=0.021494;RO=16;SAF=61;SAR=68;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599635;STB=0.530541;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0036645;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:146:147:16:16:129:131:0.891156:68:61:3:13:70:61:3:13 chr9 107266596 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000667073;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.788;QD=61.1862;RBI=0.0139656;REFB=-0.0620191;REVB=0.0139497;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000636517;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:21:26:0:0:21:26:0:1 chr9 107266774 . C G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.754;QD=63.4766;RBI=0.03946;REFB=0;REVB=0.0350548;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41515e-05;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr9 107266844 . A G 1273.41 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0865129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.985;QD=59.925;RBI=0.0878182;REFB=-0.113782;REVB=0.0150849;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.506492;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00104514;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:81:84:0.988235:45:36:1:0:46:38:1:0 chr9 107266943 . G A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0408;QD=63.5784;RBI=0.016584;REFB=0;REVB=0.0025561;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100412;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 107267304 . C T 2067.39 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579323;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9348;QD=62.177;RBI=0.0273546;REFB=0;REVB=-0.0267341;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808762;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:131:133:1:63:68:0:0:64:69:0:0 chr9 107331504 . C A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.809;QD=58.9624;RBI=0.0132445;REFB=0;REVB=-0.00589976;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72668e-06;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr9 107360767 . GGT GG,G 1221.23 PASS AF=0.975309,0.0246914;AO=57,12;DP=83;FAO=79,2;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493497,0.0322359;FXX=0.0240935;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=219.099,199.347;QD=60.3076;RBI=0.0539017,0.0377267;REFB=0,0;REVB=0.0216795,0.0195998;RO=0;SAF=21,10;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000457925,-0.0151905;OID=.,.;OPOS=107360769,107360768;OREF=T,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.975309,0.0246914:57,12:83:79,2:81:0:38,1:41,1:0:0:4:0:21,10:36,2:0:0 chr9 107360826 . A G 1065.46 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136273;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5168;QD=60.0257;RBI=0.0518047;REFB=0;REVB=0.0499802;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029254;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr9 107360851 . T C 1247.57 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00170078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.09;QD=60.1237;RBI=0.0457288;REFB=-0.123866;REVB=0.0456971;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000653903;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:39:43:0:0:39:43:0:1 chr9 107360922 . A G 1553.21 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5984;QD=62.756;RBI=0.0264275;REFB=-0.112664;REVB=0.0194855;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00113844;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:54:44:0:0:54:44:1:0 chr9 107361129 . C T 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3517;QD=60.0256;RBI=0.0253174;REFB=0;REVB=-0.0147281;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265952;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr9 107361599 . G C 757.35 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307538;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2129;QD=63.1124;RBI=0.0362969;REFB=0;REVB=0.0192786;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620377;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr9 107361710 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.407;QD=61.536;RBI=0.025016;REFB=0;REVB=-0.0185214;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92976e-05;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr9 107367008 . T C 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.256;QD=62.907;RBI=0.0476376;REFB=0;REVB=0.046845;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94396e-05;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr9 107367392 . TGTTA T 480.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351062;FXX=0.11108;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.741;QD=60.013;RBI=0.0457877;REFB=0;REVB=0.029395;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000450878;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:32:32:0:9:23:0:0:3:0:9:23:0:0 chr9 107367431 . A T 341.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.119;QD=54.5708;RBI=0.106082;REFB=0;REVB=0.00934833;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818132;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:17:6:0:0:17:8:0:0 chr9 107367612 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00765512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.019;QD=52.1524;RBI=0.0145538;REFB=-0.0444011;REVB=0.0123779;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000950291;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr9 107367664 . AGC A 115.01 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121532;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.642;QD=41.8217;RBI=0.014413;REFB=0;REVB=-0.00774812;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.10418e-05;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:7:4:0:0:4:0:6:4:0:0 chr9 107367841 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.322;QD=56.9564;RBI=0.0115873;REFB=0;REVB=0.0112344;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49411e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr9 107380177 . A G 710.32 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.512;QD=54.6403;RBI=0.0367262;REFB=-0.086541;REVB=0.0102253;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000502086;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr9 107380215 . T A 519.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.451;QD=59.4001;RBI=0.0250817;REFB=0;REVB=0.0220879;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70317e-05;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 107380414 . C A 804.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8139;QD=64.3813;RBI=0.0513726;REFB=0;REVB=0.00920516;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035438;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr9 107456933 . C T 651.14 PASS AF=0.87931;AO=50;DP=59;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.050144;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.71;QD=44.9063;RBI=0.050149;REFB=-0.0146105;REVB=0.000705046;RO=7;SAF=26;SAR=24;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448572;STB=0.52244;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00144623;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:59:58:7:7:50:51:0.87931:24:26:5:2:24:27:5:2 chr9 107457275 . A C 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00524725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.859;QD=6.41547;RBI=0.00720956;REFB=-0.00834532;REVB=0.0049441;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871936;STB=0.555455;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0285489;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:5:6:18:20:5:6:18:20 chr9 107457332 . C T 60.48 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0397416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7086;QD=6.20319;RBI=0.0543324;REFB=0.00959572;REVB=-0.0370488;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666862;STB=0.542762;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0359737;OID=.;OPOS=107457332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:15:15:4:5:15:15 chr9 107457532 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1806;QD=57.6775;RBI=0.021015;REFB=0;REVB=-0.0207323;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404852;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 107457725 . G A 708.03 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0113362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.965;QD=47.2022;RBI=0.0198213;REFB=-0.0381753;REVB=0.0162597;RO=6;SAF=26;SAR=28;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347648;STB=0.518512;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00492366;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:6:6:54:54:0.9:28:26:4:2:28:26:4:2 chr9 107510145 . G C 254.16 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150704;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1903;QD=46.21;RBI=0.150996;REFB=-0.128619;REVB=0.00937664;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111973;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:2:0:20:22:1:9:11:2:0:9:13:0:0 chr9 107515214 . G A 63.82 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0187938;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.731;QD=2.52738;RBI=0.0259638;REFB=-0.00435245;REVB=-0.017914;RO=88;SAF=2;SAR=11;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396795;STB=0.789348;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.02839;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:102:101:88:88:13:13:0.128713:11:2:39:49:11:2:39:49 chr9 107531152 . G C 599.13 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0321441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.576;QD=46.9905;RBI=0.0340476;REFB=-0.0426749;REVB=0.0112247;RO=5;SAF=29;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448102;STB=0.523928;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00284519;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:17:29:2:3:17:29:2:3 chr9 107533175 . C G 1156.58 PASS AF=0.862745;AO=88;DP=102;FAO=88;FDP=102;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00908886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.814;QD=45.3559;RBI=0.0238359;REFB=-0.0146209;REVB=-0.0220351;RO=14;SAF=42;SAR=46;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588551;STB=0.503124;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00218312;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:14:14:88:88:0.862745:46:42:7:7:46:42:7:7 chr9 107586753 . T C 1152.98 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.892;QD=60.683;RBI=0.0219191;REFB=0;REVB=0.0210885;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19766e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr9 107588033 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.696;QD=62.0217;RBI=0.0163307;REFB=0;REVB=0.0158627;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3513e-05;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 107620867 . C T 1567.2 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7809;QD=63.9672;RBI=0.0578948;REFB=0;REVB=-0.0430984;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90999e-05;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr9 107624029 . C T 64.52 PASS AF=0.127273;AO=13;DP=111;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.00487179;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.329;QD=2.34629;RBI=0.0189082;REFB=-0.00151589;REVB=-0.0182698;RO=96;SAF=10;SAR=3;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428116;STB=0.814391;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0119983;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:110:96:96:13:14:0.127273:3:10:39:57:3:11:39:57 chr9 108152199 . G A 876.96 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.967;QD=54.81;RBI=0.0135918;REFB=0.0436871;REVB=-0.00329909;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248371;STB=0.513154;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=1.09966e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:37:25:0:2:37:25:0:2 chr9 108398331 . T G 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0988;QD=58.4125;RBI=0.0209712;REFB=0;REVB=0.0146763;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231822;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr9 108425267 . C T 269.9 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00425788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.028;QD=46.9399;RBI=0.0899024;REFB=0.0172748;REVB=0.0898016;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000910184;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:10:11:1:0:11:11:1:0 chr9 108536426 . ATT A,AT 337.3 PASS AF=0,0.862745;AO=5,35;DP=50;FAO=0,44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=0,16;FSAR=0,28;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00458899,0.00733502;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.478,15.5314;QD=26.4546;RBI=0.107358,0.204232;REFB=-0.00581843,-0.0117974;REVB=-0.10726,-0.2041;RO=8;SAF=1,15;SAR=4,20;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.5176,-0.111243;STB=0.5,0.570338;STBP=1,0.021;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00686335;OID=.,.;OPOS=108536427,108536427;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.862745:5,35:50:0,44:51:7:0,16:0,28:6:1:20:8:1,15:4,20:6:2 chr9 109689752 . C T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=48;FWDB=0.0127148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.341;QD=2.5171;RBI=0.0552511;REFB=-0.00458788;REVB=0.0537682;RO=55;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202022;STB=0.64257;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0433535;OID=.;OPOS=109689752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:64:55:56:8:8:0.125:6:2:8:47:6:2:8:48 chr9 109689859 . T C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0336793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=2.21202;RBI=0.0386746;REFB=-0.00146966;REVB=-0.0190113;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334319;STB=0.781287;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0205293;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:47:49:6:6:0.109091:1:5:27:20:1:5:27:22 chr9 110084328 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.731;QD=57.1051;RBI=0.0174775;REFB=0;REVB=-0.000201672;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34177e-05;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr9 111617341 . A G 1711.84 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.993;QD=60.5961;RBI=0.0226936;REFB=0;REVB=-0.0117119;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03616e-05;OID=.;OPOS=111617341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:53:58:0:0:54:59:0:0 chr9 111618602 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4974;QD=57.2353;RBI=0.0308148;REFB=0;REVB=-0.0178536;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14445e-05;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr9 111618926 . A G 1407.73 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.906;QD=61.8782;RBI=0.0203768;REFB=0;REVB=-0.00540593;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763016;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:0:0:88:91:1:54:34:0:0:57:34:0:0 chr9 111625913 . A G 782.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.217;QD=56.9378;RBI=0.0292678;REFB=0;REVB=0.0277234;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165786;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr9 111688828 . C T 49.83 PASS AF=0.15;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000489943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.797;QD=3.32222;RBI=0.00974124;REFB=-0.00630044;REVB=0.00972891;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207906;STB=0.680921;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0314671;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:51:51:8:9:0.15:5:3:28:23:6:3:28:23 chr9 111754288 . T C 923.74 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.16;QD=56.8454;RBI=0.0175391;REFB=-0.101416;REVB=0.00471958;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000168478;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:41:23:0:0:41:23:0:1 chr9 111782684 . C G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4504;QD=46.0579;RBI=0.0910028;REFB=-0.0389463;REVB=-0.0907823;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00167529;OID=.;OPOS=111782684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:1:0:11:8:1:0 chr9 111945049 . T G 97.61 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.019097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2158;QD=3.30881;RBI=0.0245221;REFB=0.00359308;REVB=-0.015383;RO=99;SAF=7;SAR=12;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865925;STB=0.557559;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0190227;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:99:99:19:19:0.161017:12:7:43:56:12:7:43:56 chr9 112629397 . G A,T 397.6 PASS AF=0.758621,0.241379;AO=22,7;DP=29;FAO=22,7;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9,6;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236894,0.0182592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.01,59.0611;QD=54.8407;RBI=0.0241113,0.0626768;REFB=0,0;REVB=-0.00449068,-0.0599581;RO=0;SAF=9,6;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00427072,0.0283717;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:29:29:0:0:22,7:22,7:0.758621,0.241379:13,1:9,6:0:0:13,1:9,6:0:0 chr9 112629858 . A G 575.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.031;QD=60.5683;RBI=0.0279988;REFB=0;REVB=0.0274817;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52144e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr9 112687381 . G T 1209.4 PASS AF=0.893617;AO=84;DP=95;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0466692;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.929;QD=51.4636;RBI=0.0484763;REFB=-0.0558002;REVB=0.0131126;RO=10;SAF=32;SAR=52;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666666;STB=0.535366;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00166017;OID=.;OPOS=112687381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:94:10:10:84:84:0.893617:52:32:7:3:52:32:7:3 chr9 112713075 . C CA 234.03 PASS AF=0.9;AO=23;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.149074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.186;QD=31.2044;RBI=0.217829;REFB=0.074813;REVB=-0.158828;RO=4;SAF=17;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972911;STB=0.534859;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=-0.0174366;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:23:30:27:30:3:20:7:3:0:8:4:17:6:4:0 chr9 112899361 . A C 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.758;QD=62.663;RBI=0.028908;REFB=0;REVB=0.024804;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90216e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr9 112900199 . T C 703.07 PASS AF=0.773333;AO=57;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.000701868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1622;QD=37.4971;RBI=0.000985457;REFB=-0.000503086;REVB=0.000691742;RO=18;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152762;STB=0.573309;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000246092;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:18:17:57:58:0.773333:28:29:3:15:29:29:3:14 chr9 112931646 . G A 752.77 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00855623;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6628;QD=52.8261;RBI=0.0232993;REFB=-0.125601;REVB=0.0216714;RO=2;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470484;STB=0.524991;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00669943;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:54:55:0.964912:19:35:0:2:19:36:0:2 chr9 112932329 . G A 1208.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.577;QD=61.1913;RBI=0.0201081;REFB=0;REVB=0.0126146;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08006e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:34:43:0:0:34:45:0:0 chr9 112960869 . A G 1301.95 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.773;QD=61.9976;RBI=0.00621423;REFB=0;REVB=0.00282414;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.473e-06;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:49:34:0:0:50:34:0:0 chr9 112963504 . A G 1194.79 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900624;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.639;QD=61.2711;RBI=0.0103683;REFB=0;REVB=-0.00513708;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837356;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr9 113006420 . A G 1223.84 PASS AF=0.988235;AO=53;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=75;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6058;QD=57.5923;RBI=0.104227;REFB=0.0552691;REVB=0.103334;RO=1;SAF=49;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952136;STB=0.50331;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00260159;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:1:1:53:84:0.988235:4:49:1:0:9:75:1:0 chr9 113006421 . T G 285.05 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=5;FWDB=-0.019672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.252;QD=12.9567;RBI=0.0295242;REFB=-0.0400259;REVB=0.0220157;RO=55;SAF=28;SAR=5;SRF=50;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145644;STB=0.582046;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00400616;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:5:28:50:5:5:28:50:5 chr9 113192655 . T G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.756;QD=59.9242;RBI=0.0151909;REFB=0;REVB=0.0139907;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2904e-06;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr9 113220820 . C T 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0915;QD=59.497;RBI=0.0167173;REFB=0;REVB=0.0164731;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09667e-05;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr9 113233720 . G A 1650.52 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180774;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.152;QD=57.9129;RBI=0.0231809;REFB=-0.0676346;REVB=0.0145108;RO=2;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210872;STB=0.510868;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00125379;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:2:2:111:112:0.982456:44:67:0:2:45:67:0:2 chr9 113261483 . C T 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.646;QD=60.9517;RBI=0.0576466;REFB=0;REVB=-0.0560392;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7695e-05;OID=.;OPOS=113261483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr9 113302016 . G A 6119.28 PASS AF=0.976134;AO=401;DP=416;FAO=409;FDP=419;FR=.;FRO=10;FSAF=227;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0452449;FXX=0.00475048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1327;QD=58.4179;RBI=0.0652435;REFB=-0.161751;REVB=0.0470065;RO=15;SAF=224;SAR=177;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387382;STB=0.513368;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0063588;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:416:419:15:10:401:409:0.976134:177:224:0:15:182:227:0:10 chr9 113636353 . T A,G 349.18 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=26;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018084,0.0147429;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=117.157,213.788;QD=53.7195;RBI=0.021286,0.0148542;REFB=0,0;REVB=0.0112278,0.00181544;RO=0;SAF=0,13;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0700251,0.000730741;OID=.,.;OPOS=113636353,113636353;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:26:0:0:3,22:3,23:0.115385,0.884615:3,9:0,13:0:0:3,9:0,14:0:0 chr9 113636486 . G C 274.29 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0472613;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0731;QD=37.8333;RBI=0.0480552;REFB=-0.0188874;REVB=0.00869924;RO=6;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196997;STB=0.607053;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00565623;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:6:6:23:23:0.793103:11:12:0:6:11:12:0:6 chr9 113637854 . G A 280.71 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00350705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5025;QD=37.4279;RBI=0.00567553;REFB=0.048867;REVB=-0.00446231;RO=6;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312849;STB=0.517031;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0112654;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:14:10:3:3:14:10:3:3 chr9 114089882 . C T 451.77 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00615405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.733;QD=38.4485;RBI=0.0169743;REFB=0.0124042;REVB=0.0158194;RO=12;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203018;STB=0.510996;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00553536;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:12:12:35:35:0.744681:16:19:6:6:16:19:6:6 chr9 114090279 . A G 486.47 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0541972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1508;QD=49.8943;RBI=0.0547631;REFB=-0.0366663;REVB=-0.00785233;RO=4;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142927;STB=0.571387;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00896141;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:39:4:4:34:35:0.897436:23:11:4:0:23:12:4:0 chr9 114125854 . T A 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00871234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.567;QD=22.6788;RBI=0.00933699;REFB=-0.0088046;REVB=0.00335776;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262037;STB=0.646804;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000653797;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:5:0:4:6:5:0 chr9 114174415 . T C 555.42 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00901582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.846;QD=43.5626;RBI=0.0391705;REFB=-0.0111449;REVB=0.0381188;RO=6;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176416;STB=0.517617;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00168935;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:6:7:44:44:0.862745:26:18:2:4:26:18:2:5 chr9 114190337 . G A 1237.09 PASS AF=0.886598;AO=86;DP=97;FAO=86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0117199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0509;QD=51.0138;RBI=0.0459223;REFB=-0.0224413;REVB=-0.0444015;RO=9;SAF=48;SAR=38;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000468365;STB=0.501457;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00186625;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:97:97:9:11:86:86:0.886598:38:48:5:4:38:48:6:5 chr9 114195587 . G A 600.42 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00497022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.607;QD=42.8868;RBI=0.0186908;REFB=-0.0248688;REVB=0.0180178;RO=8;SAF=25;SAR=23;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389515;STB=0.520825;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00247224;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:23:25:3:5:23:25:3:5 chr9 114326505 . T G 1167.38 PASS AF=0.768595;AO=92;DP=120;FAO=93;FDP=121;FR=.;FRO=28;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0629054;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.915;QD=38.5911;RBI=0.0661604;REFB=-0.0317609;REVB=0.0204963;RO=28;SAF=47;SAR=45;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203524;STB=0.509506;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0106374;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:28:28:92:93:0.768595:45:47:13:15:46:47:13:15 chr9 114359624 . C A 904.3 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00928566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.616;QD=49.5509;RBI=0.010177;REFB=-0.0342848;REVB=-0.00416514;RO=7;SAF=31;SAR=35;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441834;STB=0.523466;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00438227;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:7:7:66:66:0.90411:35:31:5:2:35:31:5:2 chr9 114366094 . G C 528.58 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00220453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.102;QD=48.0529;RBI=0.0191275;REFB=-0.0117796;REVB=-0.019;RO=6;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423477;STB=0.522715;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00365359;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:19:19:2:4:19:19:2:4 chr9 114411945 . G T 33.32 PASS AF=0.1;AO=6;DP=60;FAO=6;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0314336;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.305;QD=2.22106;RBI=0.0328732;REFB=-0.00542762;REVB=-0.00962189;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222763;STB=0.643193;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0235311;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:60:60:42:53:6:6:0.1:2:4:20:22:2:4:27:26 chr9 114431925 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.764;QD=23.2183;RBI=0.0178497;REFB=-0.0323851;REVB=0.00259214;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0073165;OID=.;OPOS=114431925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr9 114454544 . T C 883.98 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0106188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4498;QD=53.5746;RBI=0.0275635;REFB=-0.00742176;REVB=-0.025436;RO=3;SAF=31;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149691;STB=0.507934;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00189069;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:32:31:2:1:32:31:2:1 chr9 114454580 . A G 977.14 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.605;QD=57.479;RBI=0.0272325;REFB=0;REVB=-0.00552059;RO=2;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08922e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:66:68:1:33:33:0:2:35:33:0:0 chr9 114456644 . TAA TA,T 33.98 PASS AF=0.4,0;AO=8,2;DP=20;FAO=8,0;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.187528,-0.0992376;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.8608,19.4701;QD=6.7958;RBI=0.231614,0.124338;REFB=-0.0540012,-0.0283767;REVB=-0.135936,-0.074912;RO=9;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494619,0.565098;STB=0.526249,0.5;STBP=0.901,1;TYPE=del,del;VARB=0.0395815,0;OID=.,.;OPOS=114456645,114456645;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:8,2:20:8,0:20:12:5,0:3,0:7:5:34:9:4,2:4,0:5:4 chr9 114462322 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.543;QD=59.5017;RBI=0.0431607;REFB=0;REVB=0.0333649;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011514;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr9 114464487 . T C 716.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655511;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.313;QD=57.345;RBI=0.080341;REFB=0;REVB=0.0800731;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680524;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr9 114490308 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.021;QD=62.3504;RBI=0.0125208;REFB=0;REVB=0.00416079;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16818e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr9 114694486 . A G 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0215106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.387;QD=45.7671;RBI=0.0277812;REFB=0.00428591;REVB=-0.0175808;RO=6;SAF=29;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540817;STB=0.528863;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.000409247;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:20:29:2:4:20:29:2:4 chr9 114803286 . C T 952.79 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.073028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5101;QD=54.4454;RBI=0.0730758;REFB=0.00372847;REVB=-0.00264164;RO=3;SAF=24;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218993;STB=0.50116;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000268338;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:43:24:1:2:43:24:1:2 chr9 114980967 . T C 476.59 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0576177;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.2546;QD=47.6589;RBI=0.107432;REFB=-0.0913575;REVB=-0.0906741;RO=5;SAF=21;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490255;STB=0.526301;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0129595;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:14:21:4:1:14:21:4:1 chr9 114982463 . T C 266.54 PASS AF=0.793103;AO=19;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0525256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.78;QD=36.7641;RBI=0.0525278;REFB=0.0269282;REVB=-0.000480528;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112637;STB=0.513666;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00594556;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:9:6:19:23:0.793103:7:12:4:5:10:13:3:3 chr9 114982549 . C T 444.32 PASS AF=0.868421;AO=31;DP=37;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00672518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.658;QD=46.7701;RBI=0.0492935;REFB=-0.0705471;REVB=0.0488326;RO=5;SAF=15;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299194;STB=0.519219;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.011359;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:38:5:5:31:33:0.868421:16:15:3:2:18:15:3:2 chr9 115024796 . T C 485.28 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00124258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.805;QD=37.3289;RBI=0.0164837;REFB=-0.000964179;REVB=0.0164368;RO=11;SAF=19;SAR=22;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395388;STB=0.521276;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000204467;OID=.;OPOS=115024796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:22:19:4:7:22:19:4:7 chr9 115034899 . A T 383.64 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0135166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.364;QD=41.4746;RBI=0.0137041;REFB=-0.00904261;REVB=0.00225942;RO=6;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514155;STB=0.513505;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00180456;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:37:6:7:30:30:0.810811:15:15:2:4:15:15:3:4 chr9 115095743 . T C 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00403947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.102;QD=40.1598;RBI=0.00418733;REFB=-0.0178967;REVB=-0.00110292;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148801;STB=0.58058;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00571566;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:5:0:11:13:5:0 chr9 115216321 . A G 808.05 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0367016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.28;QD=48.9729;RBI=0.0371473;REFB=-0.0490177;REVB=0.00573758;RO=5;SAF=32;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970203;STB=0.512191;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00198274;OID=.;OPOS=115216321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:66:5:6:60:60:0.909091:28:32:3:2:28:32:4:2 chr9 115567184 . T C 857.51 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0611817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.935;QD=51.97;RBI=0.0649466;REFB=-0.0889452;REVB=0.0217915;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314482;STB=0.532248;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00268174;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:2:4:62:62:0.939394:33:29:2:0:33:29:4:0 chr9 115580008 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.499;QD=64.4142;RBI=0.0472643;REFB=0;REVB=-0.00580255;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7381e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr9 115600848 . T C 1437.99 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052255;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.295;QD=63.2082;RBI=0.00955669;REFB=0;REVB=-0.00800153;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94155e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr9 115617061 . T C 604.51 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00124409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.343;QD=40.9836;RBI=0.00227827;REFB=-0.0112332;REVB=-0.0019086;RO=10;SAF=21;SAR=28;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924473;STB=0.504948;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00146626;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:49:49:0.830508:28:21:4:6:28:21:4:6 chr9 115632898 . G A 1413.93 PASS AF=0.834646;AO=105;DP=127;FAO=106;FDP=127;FR=.;FRO=21;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00435798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.8;QD=44.5334;RBI=0.00476356;REFB=-0.0267867;REVB=-0.00192342;RO=20;SAF=50;SAR=55;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533785;STB=0.524515;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00532575;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:20:21:105:106:0.834646:55:50:6:14:55:51:7:14 chr9 115632969 . A G 1658.29 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.796;QD=60.3015;RBI=0.0355585;REFB=0;REVB=0.0282501;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139295;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:55:53:0:0:57:53:0:0 chr9 115635641 . C G 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.727;QD=58.4211;RBI=0.0473177;REFB=-0.046761;REVB=-0.00749432;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000191485;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:38:34:0:0:38:34:1:0 chr9 115652881 . G T 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.039734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.706;QD=51.2392;RBI=0.0507492;REFB=-0.0218092;REVB=0.0315705;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.538436;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00204581;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:18:12:1:0:18:12:2:0 chr9 115925104 . C T 2125.73 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249336;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.667;QD=62.9847;RBI=0.0464781;REFB=0;REVB=-0.0464112;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17716e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:62:73:0:0:62:73:0:0 chr9 115926197 . TG T 902.58 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855477;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.1168;QD=48.788;RBI=0.148101;REFB=0;REVB=-0.120895;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00337147;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:75:74:74:0:39:35:0:0:16:0:38:35:0:0 chr9 115928275 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.362;QD=57.5452;RBI=0.0312822;REFB=0;REVB=0.0264439;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75346e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr9 115931692 . A G 1324.09 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200162;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9257;QD=62.3101;RBI=0.0383184;REFB=0;REVB=-0.032675;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47527e-05;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:86:85:1:53:33:0:0:52:33:0:0 chr9 116132334 . C T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.056;QD=58.059;RBI=0.051235;REFB=0;REVB=0.0496046;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249089;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr9 116136198 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579653;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.434;QD=51.1846;RBI=0.022404;REFB=0;REVB=0.0216412;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39128e-05;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr9 116153900 . A G 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0226609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.365;QD=5.46111;RBI=0.0253313;REFB=-0.00454318;REVB=-0.0113205;RO=50;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433155;STB=0.774601;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00875008;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:11:3:28:22:11:3:28:22 chr9 116346287 . C T 499.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0281857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9023;QD=54.0116;RBI=0.073749;REFB=-0.0457359;REVB=0.0681504;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0240666;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:2:0:15:20:2:0 chr9 116356373 . G C 1019.12 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.758;QD=58.2355;RBI=0.0516305;REFB=-0.0446078;REVB=-0.0186087;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230507;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr9 116356516 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.347;QD=46.8384;RBI=0.0340181;REFB=0;REVB=-0.0061101;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389643;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr9 116356529 . C G 130.58 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.611;QD=43.5252;RBI=0.0496465;REFB=0;REVB=0.0492774;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033568;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:8:4:0:0 chr9 116791161 . T C 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.025;QD=58.4197;RBI=0.0199483;REFB=0.0482604;REVB=0.000443266;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000510802;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:35:36:1:0:35:37:1:0 chr9 116813001 . T C 1188.41 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0870189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2529;QD=53.4119;RBI=0.102235;REFB=0.0259337;REVB=-0.0536635;RO=7;SAF=37;SAR=45;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815843;STB=0.543199;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00316107;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:7:7:82:82:0.921348:45:37:7:0:45:37:7:0 chr9 116822510 . G A 3231.0 PASS AF=0.920502;AO=220;DP=239;FAO=220;FDP=239;FR=.;FRO=19;FSAF=100;FSAR=120;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0176221;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.517;QD=54.0753;RBI=0.0180044;REFB=-0.0136975;REVB=0.00369053;RO=19;SAF=100;SAR=120;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211691;STB=0.511144;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0014242;OID=.;OPOS=116822510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:239:239:19:19:220:220:0.920502:120:100:6:13:120:100:6:13 chr9 116958216 . C T 1282.47 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.769;QD=61.8057;RBI=0.029111;REFB=0;REVB=0.0255397;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16727e-05;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr9 116980052 . C T 583.08 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0186324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5123;QD=49.6241;RBI=0.0393196;REFB=-0.0448943;REVB=0.0346247;RO=6;SAF=22;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112163;STB=0.559971;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00700377;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:19:22:6:0:19:22:6:0 chr9 117002517 . C T 67.56 PASS AF=0.127119;AO=14;DP=119;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0131721;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.166;QD=2.29018;RBI=0.0131792;REFB=0.00392579;REVB=-0.000433694;RO=101;SAF=7;SAR=7;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670048;STB=0.509079;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0338816;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:119:118:101:103:14:15:0.127119:7:7:45:56:8:7:47:56 chr9 117033022 . T C 553.8 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00684902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3654;QD=38.8628;RBI=0.0573639;REFB=-0.0185838;REVB=-0.0569536;RO=11;SAF=27;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486138;STB=0.526099;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0037933;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:19:27:5:6:19:27:5:6 chr9 117044751 . T C 773.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.458;QD=63.1346;RBI=0.0262903;REFB=0;REVB=0.0214275;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85894e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:25:24:0:0 chr9 117050998 . G A 1006.07 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1803;QD=59.1807;RBI=0.0912216;REFB=0;REVB=0.0781234;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499385;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:45:23:0:0 chr9 117051584 . GCCG GC,GCG,GCGG,GGCG 655.67 PASS AF=0,0.0217391,0.978261,0;AO=6,9,30,3;DP=49;FAO=0,1,45,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,23,0;FSAR=0,0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611522,-0.0453953,0.0148239,0.0468775;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=2,1,1,1;MLLD=6.43691,18.2758,27.0318,4.84003;QD=57.0143;RBI=0.33454,0.102274,0.23587,0.0649556;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.328903,-0.091647,0.235404,-0.0449637;RO=0;SAF=0,4,20,1;SAR=6,5,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0,0.0366472,0.0140287,0;OID=.,.,.,.;OPOS=117051586,117051585,117051586,117051585;OREF=CG,C,C,C;OALT=-,-,G,G;OMAPALT=GC,GCG,GCGG,GGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0217391,0.978261,0:6,9,30,3:49:0,1,45,0:46:0:0,1,23,0:0,0,22,0:0:0:7:0:0,4,20,1:6,5,10,2:0:0 chr9 117071744 . A G 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0499661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0347;QD=48.2097;RBI=0.0584331;REFB=0.0166357;REVB=-0.0302954;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320137;STB=0.517229;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00258779;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:14:15:1:2:14:15:1:2 chr9 117085526 . G A 610.4 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0124249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.192;QD=56.7816;RBI=0.0151345;REFB=-0.11859;REVB=-0.00864144;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493148;STB=0.526303;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000893503;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:2:0:23:18:2:0 chr9 117085635 . T C 652.86 PASS AF=0.948276;AO=44;DP=49;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.123864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1863;QD=45.0247;RBI=0.150568;REFB=-0.151515;REVB=0.0856066;RO=5;SAF=4;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297433;STB=0.527321;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0167788;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:58:5:3:44:55:0.948276:40:4:4:1:41:14:2:1 chr9 117103973 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.053;QD=63.8708;RBI=0.0157664;REFB=0;REVB=-0.0147759;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27012e-05;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr9 117166206 . G T 71.35 PASS AF=0.183099;AO=11;DP=70;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.107812;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6043;QD=4.01969;RBI=0.108706;REFB=-0.0227772;REVB=0.0139124;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234167;STB=0.698262;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.087492;OID=.;OPOS=117166206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:70:71:59:58:11:13:0.183099:5:6:21:38:5:8:21:37 chr9 117166246 . A G 85.84 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00159873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.446;QD=5.20257;RBI=0.0172677;REFB=-0.0080281;REVB=-0.0171935;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851085;STB=0.560521;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0283882;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:51:52:14:14:0.212121:7:7:22:29:7:7:22:30 chr9 117166337 . G GC 164.91 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109044;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.545;QD=38.8033;RBI=0.110283;REFB=0;REVB=-0.016482;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0127546;OID=.;OPOS=117166338;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:17:17:0:9:8:0:0:3:17:0:2:9:8 chr9 117166338 . G C 192.86 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.667;QD=40.601;RBI=0.0376383;REFB=-0.0336356;REVB=0.0122874;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101507;STB=0.55549;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000800301;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:0:2:8:9:0:2 chr9 117169033 . A G 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.031252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2241;QD=1.9353;RBI=0.0486274;REFB=0.00332674;REVB=-0.037255;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156279;STB=0.624688;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0515685;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:3:5:32:33:3:5:32:34 chr9 117186677 . A G 1031.92 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147945;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.698;QD=59.8213;RBI=0.0295367;REFB=0;REVB=0.0294997;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106471;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr9 117186712 . C T 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.000134693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.8;QD=5.32937;RBI=0.00277932;REFB=0.00103916;REVB=0.00277605;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195629;STB=0.623205;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00669236;OID=.;OPOS=117186712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:6:8:21:30:6:8:21:30 chr9 117188566 . C T 1486.14 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00506003;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.454;QD=58.2802;RBI=0.0287913;REFB=0.0422101;REVB=0.0283432;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000293524;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:99:101:0.990196:54:45:1:0:56:45:1:0 chr9 117241002 . C T 203.16 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0797689;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.091;QD=36.9386;RBI=0.0826001;REFB=0.0238695;REVB=-0.0214406;RO=4;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227232;STB=0.624858;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00079061;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:23:22:4:4:18:18:0.818182:12:6:4:0:12:6:4:0 chr9 117552885 . T C 59.81 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0218688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.6;QD=2.2568;RBI=0.0242669;REFB=-0.00287226;REVB=0.0105183;RO=93;SAF=5;SAR=8;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261788;STB=0.684164;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0190876;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:93:93:13:13:0.122642:8:5:56:37:8:5:56:37 chr9 117554069 . A G 71.57 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=-0.00858506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.651;QD=2.3086;RBI=0.012529;REFB=-0.00858148;REVB=-0.00912542;RO=108;SAF=3;SAR=13;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249985;STB=0.681331;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0378173;OID=.;OPOS=117554069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:124:124:108:108:16:16:0.129032:13:3:38:70:13:3:38:70 chr9 117668142 . C T 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.00911161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.662;QD=1.59952;RBI=0.0187906;REFB=-0.00137828;REVB=-0.0164336;RO=98;SAF=4;SAR=7;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138576;STB=0.601836;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.01138;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:98:99:11:11:0.1:7:4:47:51:7:4:47:52 chr9 117792583 . C G 852.36 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0117642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2274;QD=48.7061;RBI=0.011872;REFB=0.00324465;REVB=-0.00159572;RO=7;SAF=31;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417831;STB=0.522205;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000302818;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:32:31:5:2:32:31:5:2 chr9 117797597 . T C 639.61 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0101048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.194;QD=52.2131;RBI=0.0231934;REFB=-0.0259508;REVB=0.0208765;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521329;STB=0.528412;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00314914;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:49:5:5:43:44:0.897959:20:23:4:1:21:23:4:1 chr9 117808785 . T A 1650.91 PASS AF=0.913386;AO=116;DP=127;FAO=116;FDP=127;FR=.;FRO=11;FSAF=83;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00323081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.072;QD=51.9972;RBI=0.034721;REFB=0.00385963;REVB=0.0345703;RO=11;SAF=83;SAR=33;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236936;STB=0.501252;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000382157;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:127:127:11:11:116:116:0.913386:33:83:8:3:33:83:8:3 chr9 117846570 . C T 954.12 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.543;QD=58.7149;RBI=0.0143037;REFB=0;REVB=0.00053639;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0639e-05;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:25:38:0:0:27:38:0:0 chr9 117848197 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.651;QD=58.1419;RBI=0.0201773;REFB=0;REVB=-0.0135682;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47994e-06;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 117848390 . ACCCT ACCCC,CACCC 722.06 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=35,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835861,-0.0273787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,5;MLLD=178.468,138.253;QD=61.4519;RBI=0.0835948,0.0273816;REFB=0,0;REVB=-0.00120295,-0.000396228;RO=0;SAF=10,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.03206e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000139538,-0.0177982;OID=.,.;OPOS=117848394,117848390;OREF=T,ACCCT;OALT=C,CACCC;OMAPALT=ACCCC,CACCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:35,2:45,2:0.957447,0.0425532:25,2:10,0:0:0:32,2:13,0:0:0 chr9 118163563 . C T 1528.82 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.016699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.181;QD=56.623;RBI=0.0218277;REFB=-0.019859;REVB=0.0140567;RO=3;SAF=34;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000572766;STB=0.500302;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00251168;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:3:3:105:105:0.972222:71:34:1:2:71:34:1:2 chr9 119158814 . T C 806.65 PASS AF=0.898551;AO=57;DP=64;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0185774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.097;QD=46.7621;RBI=0.0415231;REFB=-0.0336601;REVB=0.0371356;RO=7;SAF=28;SAR=29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457892;STB=0.525027;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00316785;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:69:7:7:57:62:0.898551:29:28:5:2:33:29:5:2 chr9 119160791 . T C 115.57 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0220113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1044;QD=30.8176;RBI=0.0391938;REFB=0.0737741;REVB=-0.0324293;RO=3;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377547;STB=0.713876;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0197977;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:2:10:0:3:2:10:0:3 chr9 119161253 . A G 191.42 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0480236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.283;QD=38.2847;RBI=0.0542484;REFB=-0.0747038;REVB=0.0252314;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.56243;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00436607;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:20:20:2:2:17:18:0.9:10:7:2:0:11:7:2:0 chr9 119162545 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.477;QD=59.8394;RBI=0.0150312;REFB=0;REVB=-0.0140425;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05313e-05;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr9 119163067 . T C 83.5 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00778104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3639;QD=6.30167;RBI=0.0309236;REFB=-0.00130899;REVB=0.0299286;RO=37;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110017;STB=0.626148;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00251072;OID=.;OPOS=119163067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:37:41:12:12:0.226415:9:3:12:25:9:3:16:25 chr9 119163989 . A G 3042.61 PASS AF=0.88;AO=219;DP=251;FAO=220;FDP=250;FR=.;FRO=30;FSAF=122;FSAR=98;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0863254;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8155;QD=48.6817;RBI=0.0887995;REFB=-0.0464941;REVB=0.0208156;RO=30;SAF=121;SAR=98;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186993;STB=0.509588;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00449514;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:30:30:219:220:0.88:98:121:19:11:98:122:19:11 chr9 119199820 . C G 936.65 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4412;QD=58.5406;RBI=0.0532835;REFB=0;REVB=0.00734653;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510071;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr9 119462112 . C T 613.11 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.454;QD=61.3114;RBI=0.0303917;REFB=0;REVB=-0.00318986;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75733e-05;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr9 119463189 . T C 68.4 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00564247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.596;QD=5.94769;RBI=0.0162593;REFB=-0.00901695;REVB=0.0152489;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31658;STB=0.699635;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0889301;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:24:12:6:4:24:12 chr9 119491303 . C T 1135.77 PASS AF=0.888889;AO=80;DP=90;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0537717;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8015;QD=50.4787;RBI=0.0539881;REFB=-0.0554507;REVB=0.00482896;RO=8;SAF=53;SAR=27;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076914;STB=0.531926;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00896205;OID=.;OPOS=119491303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:90:8:10:80:80:0.888889:27:53:2:6:27:53:4:6 chr9 119495697 . T C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.392;QD=59.8332;RBI=0.0179692;REFB=0;REVB=0.0172211;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18622e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr9 119770480 . C T 1894.21 PASS AF=0.941606;AO=127;DP=137;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0153439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.38;QD=55.3053;RBI=0.0176202;REFB=-0.0643576;REVB=-0.00866231;RO=8;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621628;STB=0.532253;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000868381;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:137:137:8:8:127:129:0.941606:57:70:0:8:58:71:0:8 chr9 120039299 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00417941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.371;QD=61.0777;RBI=0.0142103;REFB=-0.0420061;REVB=-0.0135818;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.422e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:1:0:37:50:1:0 chr9 120053776 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.733;QD=57.1062;RBI=0.0165609;REFB=0;REVB=0.0154314;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05685e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr9 120470358 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.374;QD=60.5101;RBI=0.0207099;REFB=-0.012799;REVB=-0.00917774;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=2.64244e-05;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr9 122001000 . G A 1325.5 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476207;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.015;QD=62.3766;RBI=0.0153036;REFB=0;REVB=0.0145439;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05992e-05;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr9 123170733 . C G 464.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.543;QD=58.124;RBI=0.105561;REFB=0;REVB=0.055746;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109754;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr9 123291036 . C G 600.76 PASS AF=0.907407;AO=45;DP=50;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.020924;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.79;QD=44.5004;RBI=0.0291948;REFB=-0.0384987;REVB=0.0203599;RO=4;SAF=22;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399299;STB=0.525104;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00514159;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:50:54:4:5:45:49:0.907407:23:22:3:1:23:26:4:1 chr9 123342259 . C A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.746;QD=57.7117;RBI=0.0572044;REFB=0;REVB=0.0207916;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158901;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr9 123342275 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.411;QD=57.176;RBI=0.0225989;REFB=0;REVB=-0.0216373;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99171e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr9 123583192 . A G 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0641447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.651;QD=2.77333;RBI=0.0644561;REFB=-0.0117688;REVB=-0.00632867;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141953;STB=0.596683;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0525262;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:47:40:41:6:6:0.12766:4:2:18:22:4:2:18:23 chr9 123586737 . T G 50.02 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0202888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.295;QD=2.17459;RBI=0.0206117;REFB=-0.00699119;REVB=-0.003634;RO=80;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160829;STB=0.619673;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0352982;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:92:80:81:11:11:0.119565:5:6:33:47:5:6:33:48 chr9 123671520 . G A 151.22 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0594294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0925;QD=40.3262;RBI=0.0649272;REFB=0.0447845;REVB=-0.0261473;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00806909;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:0:1:10:4:0:1 chr9 123769200 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.184;QD=60.2303;RBI=0.0291745;REFB=0;REVB=0.00317037;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178197;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr9 123780005 . G A 1492.45 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4239;QD=58.5274;RBI=0.0389985;REFB=-0.0299638;REVB=0.0235661;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0010275;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:1:0:50:51:1:0 chr9 123850770 . G A 1143.41 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111398;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.805;QD=59.398;RBI=0.0184704;REFB=0.00167368;REVB=-0.014733;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=1.62173e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:39:37:1:0:39:37:1:0 chr9 123860689 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589992;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.631;QD=60.6301;RBI=0.0462391;REFB=0;REVB=-0.0458611;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181463;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr9 123917020 . T A 1789.0 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202948;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.869;QD=61.1625;RBI=0.0279458;REFB=0;REVB=0.0192116;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97022e-05;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr9 124045949 . GTTCA G 156.4 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=30;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.132321;FXX=0.119019;HRUN=2;LEN=4;MLLD=120.586;QD=16.9076;RBI=0.133687;REFB=-0.0530827;REVB=0.0190643;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.852342;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0555826;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594595:20:30:22:37:15:1:21:7:8:97:0:2:18:0:0 chr9 124046830 . CT CC,C 339.17 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,22;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029783,-0.090339;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.03139,24.721;QD=48.4533;RBI=0.0309222,0.0942056;REFB=0,0;REVB=-0.00831611,-0.0267126;RO=1;SAF=0,9;SAR=4,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0342405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0362608,-0.00187152;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:4,22:28:1,27:28:0:0,9:1,18:0:0:7:1:0,9:4,13:0:1 chr9 124083614 . C T 531.85 PASS AF=0.803571;AO=44;DP=55;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0261053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.067;QD=37.989;RBI=0.0271183;REFB=-0.00749587;REVB=0.00734242;RO=11;SAF=24;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067759;STB=0.537832;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00261064;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:55:56:11:11:44:45:0.803571:20:24:4:7:20:25:4:7 chr9 124218133 . C T 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.977;QD=58.9593;RBI=0.0222001;REFB=0;REVB=0.0122733;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81222e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr9 124241369 . T G 823.6 PASS AF=0.84;AO=63;DP=75;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00170091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.444;QD=43.9252;RBI=0.00249423;REFB=-0.00453752;REVB=0.0018243;RO=12;SAF=26;SAR=37;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773968;STB=0.541295;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00103383;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:12:12:63:63:0.84:37:26:8:4:37:26:8:4 chr9 124256817 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0349178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9134;QD=33.9764;RBI=0.0363536;REFB=0.0926795;REVB=0.0101157;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0151561;OID=.;OPOS=124256817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:0:2:8:4:0:2 chr9 124256975 . G T 781.53 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0155293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.4;QD=49.6206;RBI=0.0251299;REFB=-0.0457331;REVB=-0.0197573;RO=5;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052761;STB=0.528043;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000887841;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:26:32:1:4:26:32:1:4 chr9 124547496 . G A 147.52 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0123291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.374;QD=36.8807;RBI=0.0720112;REFB=0.0782268;REVB=0.0709479;RO=2;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900727;STB=0.549925;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0058642;OID=.;OPOS=124547496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:3:11:1:1:3:11:1:1 chr9 124976152 . G C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.708;QD=50.41;RBI=0.0427696;REFB=0;REVB=0.026082;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431703;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr9 125133479 . T C 1094.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.313;QD=59.9759;RBI=0.0423752;REFB=0;REVB=-0.00854251;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66831e-05;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr9 125239253 . T C 313.48 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00342123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.314;QD=50.1566;RBI=0.00808281;REFB=-0.143745;REVB=0.00732304;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00236628;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr9 125273574 . G A 36.06 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=-0.0305838;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2199;QD=1.07635;RBI=0.0328675;REFB=-0.00108842;REVB=-0.0120376;RO=122;SAF=4;SAR=7;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225292;STB=0.683057;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0208376;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:134:134:122:123:11:11:0.0820896:7:4:69:53:7:4:70:53 chr9 125289083 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.86;QD=55.0985;RBI=0.0528954;REFB=0;REVB=-0.0110821;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332091;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr9 125289521 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.704;QD=47.8211;RBI=0.045809;REFB=0;REVB=0.0257517;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025577;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr9 125315542 . C T 749.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.424;QD=56.588;RBI=0.02055;REFB=0;REVB=0.0183379;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59871e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr9 125315557 . T C 776.33 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00482855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6644;QD=54.4792;RBI=0.0412331;REFB=-0.155507;REVB=0.0409494;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00493583;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:23:32:1:0:23:33:1:0 chr9 125315778 . G C 935.99 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4563;QD=58.4993;RBI=0.0438061;REFB=0;REVB=0.0133583;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176669;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr9 125316033 . T C 729.14 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.554;QD=60.7615;RBI=0.0315374;REFB=0.00564002;REVB=0.024836;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.517234;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=3.45446e-05;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:33:13:1:0:33:14:1:0 chr9 125316042 . T C 805.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.264;QD=64.4536;RBI=0.0218314;REFB=0;REVB=-0.00761829;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0696e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:34:15:0:0:34:16:0:0 chr9 125316179 . T G 856.7 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310658;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5272;QD=58.0814;RBI=0.0327959;REFB=0;REVB=0.0105112;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235802;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr9 125316350 . C T 1634.3 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.874;QD=59.4292;RBI=0.0295752;REFB=0;REVB=-0.0293454;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42932e-05;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:54:53:0:0:54:56:0:0 chr9 125316455 . C T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.539;QD=57.7091;RBI=0.0835241;REFB=0;REVB=-0.00236165;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393015;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr9 125330125 . C G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2751;QD=51.9128;RBI=0.0649683;REFB=0;REVB=0.0274407;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057214;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 125330184 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.229;QD=40.7629;RBI=0.0462477;REFB=0;REVB=0.0337819;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250268;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr9 125330325 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=56.1894;RBI=0.0889843;REFB=0;REVB=-0.0884571;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650314;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr9 125330678 . T G 1577.49 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.276;QD=57.8895;RBI=0.0311239;REFB=-0.0625256;REVB=0.0284525;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.502065;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000690757;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:109:0:2:105:107:0.981651:40:65:0:0:42:65:1:1 chr9 125330739 . G A 1731.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0305;QD=60.7461;RBI=0.013563;REFB=0;REVB=-0.00903604;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35725e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:52:61:0:0:53:61:0:0 chr9 125377087 . A G 696.94 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0555736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6602;QD=52.5994;RBI=0.0555964;REFB=-0.156994;REVB=-0.00159375;RO=2;SAF=35;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261509;STB=0.513883;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00471562;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:2:2:51:51:0.962264:16:35:2:0:16:35:2:0 chr9 125377505 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.481;QD=51.1845;RBI=0.0075179;REFB=0;REVB=-0.0059483;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50521e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr9 125377734 . A G 545.16 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0496502;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.659;QD=47.4048;RBI=0.0501563;REFB=-0.0144819;REVB=0.00710726;RO=7;SAF=13;SAR=26;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300152;STB=0.516121;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00413223;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:46:7:7:39:39:0.847826:26:13:3:4:26:13:3:4 chr9 125378014 . T G 334.08 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0147322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.753;QD=46.0805;RBI=0.0147648;REFB=-0.00278382;REVB=0.000980985;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319132;STB=0.517228;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000444031;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:13:13:1:2:13:13:1:2 chr9 125390874 . A C 770.79 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.946;QD=55.0565;RBI=0.0462645;REFB=0;REVB=-0.000605884;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50713e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:48:56:1:28:20:0:0:29:27:0:0 chr9 125391026 . A C 740.4 PASS AF=0.828571;AO=55;DP=67;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0107896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.683;QD=42.3087;RBI=0.0525176;REFB=-0.0519678;REVB=0.0513973;RO=12;SAF=22;SAR=33;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829471;STB=0.544315;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00872305;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:67:70:12:12:55:58:0.828571:33:22:2:10:34:24:2:10 chr9 125391127 . C T 473.18 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0278525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0363;QD=51.155;RBI=0.0434577;REFB=0.0451136;REVB=0.0333589;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251981;STB=0.513506;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.000969356;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:17:17:1:2:17:17:1:2 chr9 125391241 . G A 432.33 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0219727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.274;QD=48.0367;RBI=0.0258741;REFB=-0.0430602;REVB=0.0136627;RO=4;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900492;STB=0.548476;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00896501;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:11:21:1:3:11:21:1:3 chr9 125424507 . A C 716.43 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0504273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4227;QD=51.1736;RBI=0.0515927;REFB=0.00650261;REVB=-0.0109035;RO=3;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237849;STB=0.51264;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=2.5482e-05;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:23:30:1:2:23:30:1:2 chr9 125486968 . G A 1630.66 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420776;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.893;QD=59.2966;RBI=0.0448827;REFB=0.00631111;REVB=0.0156185;RO=1;SAF=25;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057539;STB=0.50303;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=5.88076e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:107:109:0.990909:82:25:0:1:82:27:0:1 chr9 125512193 . C A 564.35 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226769;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5441;QD=61.011;RBI=0.235798;REFB=0;REVB=0.0646254;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118177;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:25:37:1:14:11:0:0:14:23:0:0 chr9 125512269 . C T 683.95 PASS AF=0.84375;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0152616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.508;QD=42.747;RBI=0.0169546;REFB=-0.0304758;REVB=0.00738539;RO=10;SAF=29;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185411;STB=0.509903;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0053904;OID=.;OPOS=125512269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:10:10:54:54:0.84375:25:29:6:4:25:29:6:4 chr9 125512574 . TG AC,TA 334.21 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208234,-0.0174981;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=77.1059,128.274;QD=53.4744;RBI=0.0367757,0.0253634;REFB=0,0;REVB=0.0303123,0.0183607;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00846098,0.00487782;OID=.,.;OPOS=125512574,125512575;OREF=TG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:0,13:2,10:0:0:0,13:2,10:0:0 chr9 125512770 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8418;QD=63.8559;RBI=0.046843;REFB=0;REVB=0.0338831;RO=0;SAF=3;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47496e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:45:3:0:0:45:3:0:0 chr9 125512788 . G A 791.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3226;QD=56.5027;RBI=0.0522519;REFB=0;REVB=0.0508209;RO=0;SAF=7;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260991;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:47:7:0:0:48:8:0:0 chr9 125512795 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.135;QD=58.4197;RBI=0.0643976;REFB=0;REVB=-0.0290582;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136028;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:50:13:0:0:50:13:0:0 chr9 125512826 . G A 1400.38 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247665;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.2441;QD=62.9384;RBI=0.0308029;REFB=0;REVB=0.018315;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014585;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:60:27:0:0:61:28:0:0 chr9 125524836 . A G 772.51 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.499;QD=61.801;RBI=0.0425837;REFB=-0.0419946;REVB=-0.0411469;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00022651;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:17:32:0:0:17:32:0:1 chr9 125582173 . C T 746.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2856;QD=63.5434;RBI=0.0380962;REFB=0;REVB=0.00747732;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195846;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr9 125637471 . A T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.94;QD=56.951;RBI=0.0233336;REFB=0;REVB=-0.0230187;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93263e-05;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr9 125637648 . T C 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1726;QD=54.5058;RBI=0.0509521;REFB=0;REVB=0.0509014;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122267;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 125652757 . G A 533.43 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00587299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.776;QD=28.8339;RBI=0.0148655;REFB=0.00798493;REVB=-0.0136562;RO=26;SAF=22;SAR=25;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158264;STB=0.588033;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00298131;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:26:47:48:0.648649:25:22:6:20:25:23:6:20 chr9 125782663 . A G 47.26 PASS AF=0.126582;AO=11;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00978936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.33;QD=2.39314;RBI=0.013754;REFB=-0.000912639;REVB=-0.00966128;RO=68;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301415;STB=0.786978;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0072755;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:68:69:11:10:0.126582:8:3:35:33:8:2:36:33 chr9 125866070 . G C 108.47 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.006037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.86;QD=5.86345;RBI=0.00662869;REFB=-0.00327111;REVB=-0.00273755;RO=57;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256284;STB=0.65912;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.012926;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:6:11:25:32:6:11:25:32 chr9 126028395 . C G 676.32 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501873;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.176;QD=53.0444;RBI=0.0507248;REFB=-0.0563858;REVB=0.00736509;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00216532;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:0:1:28:22:0:1 chr9 126125318 . C A 1421.05 PASS AF=0.980392;AO=96;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3522;QD=55.7276;RBI=0.0721526;REFB=-0.175164;REVB=0.0713335;RO=5;SAF=35;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357866;STB=0.507811;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00555715;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:5:2:96:100:0.980392:61:35:2:3:63:37:0:2 chr9 126128211 . T C 761.49 PASS AF=0.830986;AO=59;DP=73;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0204098;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.616;QD=42.9007;RBI=0.0205426;REFB=-0.0652516;REVB=-0.00233189;RO=12;SAF=29;SAR=30;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553838;STB=0.52957;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0124421;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:73:71:12:12:59:59:0.830986:30:29:8:4:30:29:8:4 chr9 126128253 . G C 556.38 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0483204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.631;QD=35.3256;RBI=0.0666725;REFB=-0.0501401;REVB=0.0459387;RO=12;SAF=21;SAR=27;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235783;STB=0.507039;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0149124;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:63:63:12:15:48:48:0.761905:27:21:6:6:27:21:7:8 chr9 126129904 . C T 3668.28 PASS AF=0.866221;AO=257;DP=300;FAO=259;FDP=299;FR=.;FRO=40;FSAF=112;FSAR=147;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0366929;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8363;QD=49.074;RBI=0.0514171;REFB=-0.0106012;REVB=-0.0360187;RO=38;SAF=110;SAR=147;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148912;STB=0.507842;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00123959;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:38:40:257:259:0.866221:147:110:14:24:147:112:15:25 chr9 126131161 . G A 366.56 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0329035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.706;QD=47.298;RBI=0.0355162;REFB=-0.0378552;REVB=0.0133702;RO=3;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778937;STB=0.543446;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00821597;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:31:3:3:26:28:0.903226:18:8:2:1:20:8:2:1 chr9 126133497 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.025435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.933;QD=5.00514;RBI=0.0255044;REFB=-0.00898726;REVB=-0.0018812;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390845;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0291249;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:14:8:2:4:14:8 chr9 126133547 . T C 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.046;QD=50.4064;RBI=0.094454;REFB=0;REVB=0.0198118;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123546;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr9 126134542 . G A 811.92 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.517;QD=47.0675;RBI=0.0407286;REFB=-0.0269452;REVB=0.0285975;RO=7;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308956;STB=0.507957;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00181517;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:7:8:61:61:0.884058:34:27:2:5:34:27:3:5 chr9 126136247 . A G 58.74 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0336653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0332;QD=4.99885;RBI=0.116696;REFB=-0.00672756;REVB=-0.111735;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342082;STB=0.738137;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0403447;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:7:2:18:19:7:2:19:19 chr9 126136269 . C T 531.5 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0061194;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.933;QD=36.6555;RBI=0.0504233;REFB=-0.0108658;REVB=-0.0500506;RO=12;SAF=23;SAR=22;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102106;STB=0.562664;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00308223;OID=.;OPOS=126136269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:59:58:12:13:45:45:0.775862:22:23:3:9:22:23:3:10 chr9 126144746 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2662;QD=40.7544;RBI=0.132116;REFB=0;REVB=-0.0873986;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0112037;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr9 126144758 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.209;QD=37.4885;RBI=0.0191198;REFB=0;REVB=-0.00641868;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125262;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr9 127101924 . C T 1576.17 PASS AF=0.896825;AO=113;DP=125;FAO=113;FDP=126;FR=.;FRO=13;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.052029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8954;QD=50.037;RBI=0.0654372;REFB=0.0196161;REVB=-0.0396863;RO=12;SAF=60;SAR=53;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811629;STB=0.546746;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00679407;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:125:126:12:13:113:113:0.896825:53:60:1:11:53:60:1:12 chr9 127113660 . A G 1544.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.459;QD=63.6853;RBI=0.0224445;REFB=0;REVB=-0.0140896;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20132e-06;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:50:47:0:0 chr9 127216839 . C T 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0330097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4687;QD=1.08954;RBI=0.0377085;REFB=0.000253062;REVB=0.0182288;RO=102;SAF=1;SAR=8;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488418;STB=0.899718;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000124078;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:102:104:9:9:0.079646:8:1:57:45:8:1:59:45 chr9 127230813 . G A 60.31 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0270475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.933;QD=3.60071;RBI=0.0328928;REFB=-0.00220968;REVB=-0.018718;RO=56;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274394;STB=0.683057;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0143497;OID=.;OPOS=127230813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:4:7:23:33:4:7:23:33 chr9 127230891 . G A 556.45 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0211471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.047;QD=36.4887;RBI=0.0297329;REFB=-0.0139147;REVB=-0.0209008;RO=14;SAF=18;SAR=29;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113802;STB=0.561264;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00337544;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:61:61:14:14:47:47:0.770492:29:18:9:5:29:18:9:5 chr9 127231774 . C G 348.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0687135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0646;QD=51.655;RBI=0.0688112;REFB=-0.161705;REVB=-0.00366532;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00800925;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr9 127369679 . C T 613.7 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.261;QD=61.3701;RBI=0.0461752;REFB=0;REVB=0.0142833;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170878;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr9 127563364 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.204;QD=56.7046;RBI=0.0568908;REFB=0;REVB=0.053995;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483353;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr9 127566378 . A G 524.57 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012937;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.176;QD=59.9509;RBI=0.129491;REFB=0;REVB=-0.128844;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212354;OID=.;OPOS=127566378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr9 127616537 . A G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8224;QD=59.0104;RBI=0.0430376;REFB=0;REVB=-0.0427871;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606558;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr9 127618776 . A G 218.84 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00155493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5149;QD=39.7892;RBI=0.0126298;REFB=0.0643422;REVB=-0.0125338;RO=3;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780688;STB=0.542668;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0121324;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:12:7:2:1:12:7:2:1 chr9 127618839 . C G 519.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000124222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.129;QD=59.3744;RBI=0.00179422;REFB=0;REVB=-0.00178992;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26789e-05;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr9 127643456 . T C 465.97 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00689618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.339;QD=38.0385;RBI=0.0203301;REFB=0.015533;REVB=0.0191248;RO=13;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846274;STB=0.504585;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00829971;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:36:36:0.734694:20:16:6:7:20:16:6:7 chr9 127661645 . G A 1065.11 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5533;QD=58.3621;RBI=0.0453511;REFB=-0.0384873;REVB=0.0284561;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.508769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000886436;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:71:72:0.986301:43:28:0:0:44:28:1:0 chr9 127674200 . A C 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.69;QD=57.8321;RBI=0.0505079;REFB=-0.0770772;REVB=0.0023883;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00138692;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:31:38:0:0:31:38:1:0 chr9 127996046 . A G 676.96 PASS AF=0.868852;AO=52;DP=60;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00884424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.592;QD=44.391;RBI=0.0238691;REFB=-0.0179718;REVB=0.0221701;RO=8;SAF=21;SAR=31;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.544525;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00242197;OID=.;OPOS=127996046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:60:61:8:8:52:53:0.868852:31:21:6:2:31:22:6:2 chr9 128003135 . GC G,GT 391.07 PASS AF=0.789474,0.0350877;AO=40,2;DP=57;FAO=45,2;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=14,0;FSAR=31,2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.104563,0.00434694;FXX=0.0172384;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.1041,167.757;QD=27.4433;RBI=0.134247,0.0227611;REFB=-0.091399,0.0245641;REVB=0.0841956,-0.0223422;RO=12;SAF=11,0;SAR=29,2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0.443878,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.225779,-0.671794;STB=0.596109,0.996669;STBP=0.006,0.051;TYPE=del,snp;VARB=0.10417,0.0377239;OID=.,.;OPOS=128003136,128003136;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474,0.0350877:40,2:57:45,2:57:10:14,0:31,2:8:2:28:12:11,0:29,2:9:3 chr9 128072273 . G C 46.79 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0108263;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8203;QD=2.87933;RBI=0.0151666;REFB=-0.00186766;REVB=-0.0106216;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225114;STB=0.659437;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0248049;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:56:56:9:9:0.138462:3:6:27:29:3:6:27:29 chr9 128074807 . T C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0909;QD=59.7966;RBI=0.0402184;REFB=0.0363842;REVB=-0.0324337;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00843701;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:0:1 chr9 128099646 . G A 79.17 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0254841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4943;QD=4.11288;RBI=0.0715507;REFB=-0.00731283;REVB=0.0668585;RO=63;SAF=3;SAR=11;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226439;STB=0.651243;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0384192;OID=.;OPOS=128099646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:11:3:23:40:11:3:23:40 chr9 129138751 . GC G 35.74 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0735594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.0492;QD=9.53094;RBI=0.0742954;REFB=-0.079831;REVB=-0.0104322;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.503311;SSSB=-0.449288;STB=0.788741;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.103197;OID=.;OPOS=129138752;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:15:7:15:8:2:5:7:1:35:8:2:3:7:1 chr9 129265715 . C G 1066.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108683;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4027;QD=60.076;RBI=0.0248748;REFB=0;REVB=0.0223749;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594583;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr9 129265797 . G C 996.72 PASS AF=0.888889;AO=72;DP=81;FAO=72;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0155214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.13;QD=49.2209;RBI=0.0203626;REFB=-0.00519637;REVB=-0.0131803;RO=9;SAF=36;SAR=36;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011621;STB=0.506171;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000582202;OID=.;OPOS=129265797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:9:9:72:72:0.888889:36:36:4:5:36:36:4:5 chr9 129453229 . A G 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0531768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.475;QD=2.4007;RBI=0.0623358;REFB=-0.013609;REVB=-0.0325266;RO=63;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271912;STB=0.701937;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0885301;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:7:2:27:36:7:2:27:36 chr9 129460914 . A G 328.02 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196801;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.555;QD=54.6696;RBI=0.0258656;REFB=0;REVB=0.0167846;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527595;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr9 129595667 . C T 33.35 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0176238;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6806;QD=2.08416;RBI=0.0451832;REFB=0.00143674;REVB=-0.0416044;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499634;STB=0.509065;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0250615;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:64:51:57:7:7:0.109375:3:4:27:24:3:4:32:25 chr9 129595895 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.064;QD=55.656;RBI=0.0175418;REFB=0;REVB=0.0150222;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115146;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr9 129599706 . A G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00565818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.696;QD=2.84376;RBI=0.04673;REFB=-0.000560864;REVB=-0.0463862;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157657;STB=0.63003;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00404869;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:38:40:6:6:0.130435:3:3:24:14:3:3:26:14 chr9 129643296 . G T 501.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0922353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7627;QD=58.9546;RBI=0.0937966;REFB=0;REVB=0.0170423;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135499;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 129645251 . C T 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339726;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.814;QD=60.5551;RBI=0.0277757;REFB=0;REVB=0.0275671;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06818e-07;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr9 129646734 . TTTGTTGTTGTTG TTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGT,TTTGTTTGTTG 1316.02 PASS AF=1,0,0;AO=29,13,11;DP=105;FAO=91,0,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0,0;FSAR=47,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154574,0.00492256,-0.00198608;FXX=0.149519;HRUN=2,2,1;LEN=3,2,2;MLLD=172.858,164.485,164.303;QD=57.8472;RBI=0.0323891,0.0256119,0.0270353;REFB=0,0,0;REVB=0.0284626,0.0251344,0.0269622;RO=0;SAF=8,1,11;SAR=21,12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-7.4007e-08,3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.000408497,0.0289773,0;OID=.,.,.;OPOS=129646735,129646745,129646739;OREF=TTG,TG,TG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGT,TTTGTTTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:29,13,11:105:91,0,0:91:0:44,0,0:47,0,0:0:0:7:0:8,1,11:21,12,0:0:0 chr9 129646775 . A G 1651.86 PASS AF=1;AO=42;DP=120;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233344;FXX=0.0583285;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.835;QD=58.4731;RBI=0.0313729;REFB=0;REVB=0.0209706;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989726;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:113:0:0:42:113:1:17:25:0:0:67:46:0:0 chr9 129752239 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.455;QD=58.06;RBI=0.0391101;REFB=0;REVB=0.0221044;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019027;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr9 129831658 . T TA 912.84 PASS AF=1;AO=13;DP=82;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626783;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.415;QD=48.6847;RBI=0.097707;REFB=0;REVB=-0.0749538;RO=67;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00656095;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:82:75:75:0:33:42:0:0:16:67:4:9:30:37 chr9 129831659 . T A 793.83 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00176592;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=202.683;QD=38.257;RBI=0.00635413;REFB=-0.200829;REVB=0.00610381;RO=19;SAF=28;SAR=35;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567314;STB=0.535508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00254097;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:19:20:63:63:0.759036:35:28:6:13:35:28:6:14 chr9 130197441 . C T 970.61 PASS AF=0.865854;AO=71;DP=82;FAO=71;FDP=82;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0347065;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3154;QD=47.3469;RBI=0.0353486;REFB=-0.0379056;REVB=-0.00670669;RO=10;SAF=31;SAR=40;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149273;STB=0.514778;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0106906;OID=.;OPOS=130197441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:82:82:10:11:71:71:0.865854:40:31:5:5:40:31:6:5 chr9 130341253 . A G 154.81 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.913;QD=44.2321;RBI=0.0308524;REFB=0;REVB=-0.0290822;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134062;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr9 130457374 . G A 144.27 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0349928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1538;QD=19.8999;RBI=0.0394685;REFB=-0.0707853;REVB=-0.0182557;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280762;STB=0.660791;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0653159;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:3:13:7:6:3:13:7:6 chr9 130457383 . A G 67.11 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0368264;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9164;QD=12.201;RBI=0.0406982;REFB=-0.0492795;REVB=-0.0173251;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500501;STB=0.819676;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.133507;OID=.;OPOS=130457383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:14:13:9:9:0.409091:1:8:7:7:1:8:6:7 chr9 130475011 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8415;QD=56.9976;RBI=0.115228;REFB=0;REVB=0.107947;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815652;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr9 130475371 . G A 941.76 PASS AF=0.768421;AO=70;DP=92;FAO=73;FDP=95;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0127375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.166;QD=39.653;RBI=0.0255473;REFB=-0.00762367;REVB=0.0221455;RO=21;SAF=26;SAR=44;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261757;STB=0.502856;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000998294;OID=.;OPOS=130475371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:21:22:70:73:0.768421:44:26:9:12:44:29:9:13 chr9 130475442 . A C 955.13 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8552;QD=58.777;RBI=0.0565096;REFB=0;REVB=0.0100611;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309771;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:43:22:0:0 chr9 130477768 . G A 785.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.81;QD=64.142;RBI=0.0459115;REFB=0;REVB=0.00391386;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011985;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr9 130489558 . A G 1212.77 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00342603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.556;QD=59.8899;RBI=0.00363857;REFB=-0.00528225;REVB=0.00122536;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000112242;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:32:47:1:0:33:47:1:0 chr9 130489743 . A G 159.76 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.444;QD=45.6468;RBI=0.0727614;REFB=0;REVB=0.0151273;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131463;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:12:2:0:0 chr9 130493513 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.429;QD=60.9786;RBI=0.0284509;REFB=0;REVB=0.0141255;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85992e-05;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr9 130494791 . C T 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0162834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.507;QD=45.7672;RBI=0.0385289;REFB=0.0121632;REVB=0.0349189;RO=6;SAF=33;SAR=16;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037705;STB=0.520095;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0011986;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:16:33:5:1:16:33:5:1 chr9 130494811 . T C,G 718.35 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=48,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000682794,-0.0114197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.162,110.184;QD=56.3409;RBI=0.001159,0.0122272;REFB=0,0;REVB=0.000936525,0.0043697;RO=0;SAF=33,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000446952,0.110864;OID=.,.;OPOS=130494811,130494811;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:51:0:0:48,2:49,2:0.960784,0.0392157:15,0:33,2:0:0:15,0:34,2:0:0 chr9 130494957 . T C 1355.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.657;QD=62.3203;RBI=0.0616792;REFB=0;REVB=0.0320018;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119948;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr9 130495633 . C G 734.46 PASS AF=0.916667;AO=47;DP=61;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0347447;FXX=0.0163908;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.143;QD=48.9639;RBI=0.041786;REFB=-0.143957;REVB=0.0232136;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506081;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000658196;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:60:0:5:47:55:0.916667:21:26:0:0:29:26:2:3 chr9 130504070 . G A 1517.43 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0213081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.163;QD=55.6854;RBI=0.0282739;REFB=-0.0103854;REVB=0.0185843;RO=4;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357717;STB=0.518864;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000285836;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:51:54:0:4:51:54:0:4 chr9 130605385 . C T 311.98 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0109913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.058;QD=43.031;RBI=0.0231329;REFB=-0.0190592;REVB=0.0203549;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303005;STB=0.511173;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0027824;OID=.;OPOS=130605385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:3:4:25:25:0.862069:8:17:2:1:8:17:3:1 chr9 130630639 . A G 1315.04 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.042;QD=61.8844;RBI=0.0917853;REFB=0;REVB=0.0902638;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839107;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:0:0:77:85:1:33:44:0:0:41:44:0:0 chr9 130631702 . C T 429.96 PASS AF=0.96875;AO=22;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.251136;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.794;QD=53.7451;RBI=0.25133;REFB=-0.0338356;REVB=0.0098835;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00193842;OID=.;OPOS=130631702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:33:32:1:1:22:31:0.96875:13:9:1:0:13:18:1:0 chr9 130647583 . T C 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6341;QD=63.4741;RBI=0.0537796;REFB=0;REVB=-0.0528094;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417344;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr9 130648680 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.56;QD=46.848;RBI=0.120937;REFB=0;REVB=0.120915;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197244;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr9 130653131 . G A 487.95 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000834173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.291;QD=45.3906;RBI=0.019354;REFB=-0.0149984;REVB=0.0193361;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216076;STB=0.511621;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00520091;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:18:18:3:4:18:18:3:4 chr9 130670310 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.352;QD=42.1826;RBI=0.0295971;REFB=0;REVB=0.0283591;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29597e-05;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr9 130677112 . G A 96.07 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00224788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.426;QD=22.6045;RBI=0.0521281;REFB=-0.0415583;REVB=0.0520797;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.64977;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.029292;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:4:6:6:0:4:7:6:0 chr9 130690412 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.916;QD=59.4356;RBI=0.0235398;REFB=0;REVB=0.0193671;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35054e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr9 130698029 . G C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0302411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.764;QD=1.7406;RBI=0.0307502;REFB=-0.000919347;REVB=-0.0055723;RO=77;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346311;STB=0.531181;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0127984;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:77:78:9:9:0.103448:4:5:45:32:4:5:46:32 chr9 130698043 . A G 1358.44 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.064;QD=62.4568;RBI=0.0363552;REFB=0;REVB=0.0280803;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108758;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr9 130698845 . C T 519.09 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0243199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.702;QD=45.1386;RBI=0.0282782;REFB=-0.00699325;REVB=-0.014429;RO=8;SAF=18;SAR=20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728638;STB=0.53915;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00112643;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:8:8:38:38:0.826087:20:18:2:6:20:18:2:6 chr9 130703852 . A AAAC 129.09 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214918;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=267.015;QD=43.0296;RBI=0.0243391;REFB=0;REVB=0.0114233;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.36534e-05;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:15:12:12:0:4:8:0:0:4:5:4:6:0:5 chr9 130829039 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00016416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.421;QD=45.8068;RBI=0.0367262;REFB=0;REVB=-0.0367259;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437467;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 130860866 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.353;QD=56.9996;RBI=0.0296154;REFB=0;REVB=0.0293343;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63333e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr9 130864676 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.506;QD=56.7034;RBI=0.0282055;REFB=0;REVB=0.0256471;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147472;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr9 130869499 . A T 1029.78 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221495;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.095;QD=59.6977;RBI=0.0303599;REFB=0;REVB=0.0207634;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85288e-07;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:43:25:0:0:44:25:0:0 chr9 130883511 . C T 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.778;QD=62.9078;RBI=0.0171404;REFB=0;REVB=0.0053142;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22923e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr9 130891021 . GCCTTC GCCT,GCTTC 40.61 PASS AF=0.244898,0;AO=9,10;DP=51;FAO=12,0;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.261316,-0.577191;FXX=0.019996;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=26.6427,13.4612;QD=3.31504;RBI=0.26154,0.588554;REFB=-0.0487771,0.00475386;REVB=-0.010808,-0.11509;RO=24;SAF=0,10;SAR=9,0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0.213274;SSEP=0,0;SSSB=-0.706634,0.820147;STB=0.891166,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,del;VARB=0.164234,0;OID=.,.;OPOS=130891025,130891022;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCT,GCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898,0:9,10:51:12,0:49:37:1,0:11,0:20:17:40:24:0,10:9,0:6:18 chr9 130954168 . GCCC GCC,GC,GCCG 354.13 PASS AF=0.677419,0.0967742,0.225806;AO=16,5,7;DP=30;FAO=21,3,7;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3,7;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113932,0.00567108,-0.0470524;FXX=0.0605877;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=15.752,13.2153,165.976;QD=45.6935;RBI=0.0825016,0.0577053,0.110535;REFB=0,0,0;REVB=0.0817112,0.0574259,-0.10002;RO=0;SAF=16,5,7;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.509542,0.509542,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.149855,0.0492912,0.0897999;OID=.,.,.;OPOS=130954169,130954169,130954171;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCC,GC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.677419,0.0967742,0.225806:16,5,7:30:21,3,7:31:0:19,3,7:2,0,0:0:0:42:0:16,5,7:0,0,0:0:0 chr9 131019738 . T C 681.59 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0150582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.328;QD=39.5123;RBI=0.0234812;REFB=-0.00773493;REVB=-0.0180171;RO=14;SAF=35;SAR=20;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092991;STB=0.54969;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00171465;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:14:14:55:55:0.797101:20:35:12:2:20:35:12:2 chr9 131027963 . A G 414.75 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0165808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.176;QD=47.3995;RBI=0.0285102;REFB=0.0205397;REVB=-0.0231928;RO=4;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123806;STB=0.566623;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00263349;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:13:18:0:4:13:18:0:4 chr9 131028226 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.479;QD=48.6252;RBI=0.0194055;REFB=0.074039;REVB=-0.00267443;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00643983;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chr9 131085373 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.899;QD=52.6132;RBI=0.0150799;REFB=0;REVB=0.0048907;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54145e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr9 131088076 . G A 420.68 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0203425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3526;QD=49.4915;RBI=0.0210679;REFB=-0.0258158;REVB=-0.00548104;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196407;STB=0.51055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00146097;OID=.;OPOS=131088076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:17:14:1:2:17:14:1:2 chr9 131110892 . G A 1148.38 PASS AF=0.818182;AO=71;DP=112;FAO=90;FDP=110;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0582742;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.933;QD=41.7593;RBI=0.0585316;REFB=-0.0121373;REVB=0.0054837;RO=19;SAF=18;SAR=53;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155252;STB=0.535015;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0034658;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:19:20:71:90:0.818182:53:18:11:8:53:37:12:8 chr9 131235321 . A G 280.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.208;QD=51.0799;RBI=0.0221162;REFB=0;REVB=0.0212164;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868282;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:14:6:0:0:16:6:0:0 chr9 131262911 . G GT 240.76 PASS AF=1;AO=22;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489493;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.32797;QD=23.4889;RBI=0.245134;REFB=0.0234621;REVB=-0.240197;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000598087;OID=.;OPOS=131262912;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:41:41:41:0:28:13:0:0:3:13:14:8:11:2 chr9 131346218 . A C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.913;QD=58.6114;RBI=0.0137182;REFB=-0.0594776;REVB=0.00529993;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119748;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-1.18622e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:1:0:34:39:1:0 chr9 131353800 . G A 53.98 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0203931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.871;QD=1.84552;RBI=0.0223484;REFB=0.000174282;REVB=0.0091416;RO=104;SAF=11;SAR=2;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489893;STB=0.856428;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00190354;OID=.;OPOS=131353800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:117:104:104:13:13:0.111111:2:11:45:59:2:11:45:59 chr9 131360750 . C T 962.71 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0229183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.179;QD=53.4837;RBI=0.047711;REFB=-0.0760689;REVB=0.041846;RO=4;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510082;STB=0.527019;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00792017;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:35:33:0:4:35:33:0:4 chr9 131375701 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.442;QD=64.1516;RBI=0.0221362;REFB=0;REVB=0.011523;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26469e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr9 131379967 . C T 756.22 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0467438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.125;QD=50.4146;RBI=0.0480563;REFB=-0.00224187;REVB=0.0111548;RO=4;SAF=19;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562914;STB=0.529937;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000230328;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:37:19:3:1:37:19:3:1 chr9 131379998 . C A 654.12 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00108037;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.201;QD=47.5724;RBI=0.022194;REFB=0.0163288;REVB=0.0221677;RO=5;SAF=15;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592923;STB=0.531633;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000841187;OID=.;OPOS=131379998;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:55:5:5:50:50:0.909091:35:15:3:2:35:15:3:2 chr9 131397395 . C T 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00307474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.641;QD=2.92477;RBI=0.00310711;REFB=-0.00266561;REVB=-0.000447383;RO=60;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0465813;OID=.;OPOS=131397395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:6:4:24:36:6:4:24:36 chr9 131397479 . G A 1080.29 PASS AF=0.857143;AO=78;DP=91;FAO=78;FDP=91;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00539189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.796;QD=47.4854;RBI=0.00782286;REFB=-0.00464949;REVB=0.00566786;RO=13;SAF=28;SAR=50;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731311;STB=0.538912;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0011193;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:13:13:78:78:0.857143:50:28:8:5:50:28:8:5 chr9 131398636 . C T 629.06 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0194974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.315;QD=45.7501;RBI=0.0215432;REFB=0.000505537;REVB=0.00916308;RO=6;SAF=21;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833637;STB=0.544484;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=6.58608e-05;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:28:21:5:1:28:21:5:1 chr9 131403096 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00572341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.525;QD=57.3931;RBI=0.0122466;REFB=-0.0479346;REVB=-0.0108269;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-1.96117e-05;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr9 131465167 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.10816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8675;QD=26.6011;RBI=0.12258;REFB=0.0409569;REVB=-0.057682;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0512697;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:1:0:3:5:1:1 chr9 131479023 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.13;QD=62.9829;RBI=0.0402112;REFB=0;REVB=0.00934908;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139189;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr9 131483551 . T A 975.03 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0166419;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.897;QD=52.7045;RBI=0.0219241;REFB=-0.0590237;REVB=0.0142728;RO=5;SAF=41;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255214;STB=0.513531;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00451101;OID=.;OPOS=131483551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:74:5:5:69:69:0.932432:28:41:2:3:28:41:2:3 chr9 131483749 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.831;QD=53.277;RBI=0.0325074;REFB=0;REVB=0.0238972;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243695;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 131492850 . T C 409.63 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.513;QD=56.5007;RBI=0.0850538;REFB=0;REVB=0.0205768;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131133;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:15:11:0:0:17:12:0:0 chr9 131565554 . T C 756.33 PASS AF=0.830986;AO=59;DP=71;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0111496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.817;QD=42.61;RBI=0.0150739;REFB=-0.0571501;REVB=0.0101445;RO=12;SAF=29;SAR=30;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290418;STB=0.515508;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00965258;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:12:12:59:59:0.830986:30:29:7:5:30:29:7:5 chr9 131570317 . C CCTT 97.88 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0161437;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=226.275;QD=24.4704;RBI=0.022843;REFB=-0.0524977;REVB=0.0161611;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263404;STB=0.599799;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.0234171;OID=.;OPOS=131570318;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:11:17:11:16:5:2:9:2:3:27:6:2:9:3:3 chr9 131583071 . C A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00591814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.513;QD=7.27143;RBI=0.0322144;REFB=-0.00563582;REVB=0.0316661;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131596;STB=0.583143;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0129888;OID=.;OPOS=131583071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:11:14:6:3:11:14 chr9 131586374 . G A 326.54 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0665652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4739;QD=36.2822;RBI=0.0665936;REFB=-0.0112457;REVB=0.00194411;RO=9;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170299;STB=0.509272;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00252179;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:14:13:4:5:14:13:4:5 chr9 131588652 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.725;QD=57.1981;RBI=0.0678044;REFB=0;REVB=-0.0659609;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506836;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr9 131588888 . G C 573.22 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0235547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4763;QD=55.9243;RBI=0.0506346;REFB=-0.0892909;REVB=-0.0448223;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719083;STB=0.538441;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00155637;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:12:27:0:2:12:27:0:2 chr9 131670457 . T C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00466651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.038;QD=5.90498;RBI=0.00561395;REFB=-0.00750582;REVB=0.00312093;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661942;STB=0.542751;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0423418;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:15:12:4:4:15:12 chr9 131767668 . A C 424.01 PASS AF=0.7;AO=32;DP=47;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0583504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4234;QD=33.9204;RBI=0.0927847;REFB=-0.064146;REVB=-0.0721404;RO=15;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952529;STB=0.534227;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0248132;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:15:15:32:35:0.7:18:14:9:6:18:17:9:6 chr9 131860901 . G T 600.05 PASS AF=0.886792;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00129624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.071;QD=45.2864;RBI=0.0145814;REFB=-0.173023;REVB=0.0145237;RO=6;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765568;STB=0.541282;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00204375;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:53:6:6:46:47:0.886792:22:24:1:5:22:25:1:5 chr9 131866523 . C G 30.03 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.028635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8832;QD=2.14502;RBI=0.0559257;REFB=-0.0076536;REVB=-0.0480388;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149247;STB=0.616884;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0627997;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:27:23:2:4:27:23 chr9 132375432 . C T 504.39 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0100237;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.801;QD=44.8347;RBI=0.0155274;REFB=-0.0228422;REVB=0.0118587;RO=8;SAF=13;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854111;STB=0.504597;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00554862;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:45:8:8:37:37:0.822222:24:13:3:5:24:13:3:5 chr9 132400480 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.734;QD=43.016;RBI=0.0268108;REFB=-0.055858;REVB=0.0135792;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00133369;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr9 132402908 . C G 1214.75 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110069;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7139;QD=61.5062;RBI=0.0437666;REFB=0;REVB=0.0423599;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328554;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr9 132594180 . T C 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0070591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.08;QD=46.3198;RBI=0.0512551;REFB=0.012698;REVB=0.0507667;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000922378;OID=.;OPOS=132594180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:2:0:10:13:2:0 chr9 132618578 . T C 307.13 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.767;QD=53.413;RBI=0.0671279;REFB=0;REVB=0.0150093;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236329;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:13:10:0:0 chr9 132620364 . T C 560.2 PASS AF=0.974359;AO=31;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00541095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.69;QD=57.4562;RBI=0.0366634;REFB=-0.0973654;REVB=0.0362619;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000535063;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:31:38:0.974359:21:10:1:0:21:17:1:0 chr9 132623293 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.768;QD=53.9085;RBI=0.0735974;REFB=0;REVB=0.0662525;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268118;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr9 132623868 . T C 994.17 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00993754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.964;QD=57.6333;RBI=0.0132086;REFB=0.00436474;REVB=0.00870127;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=2.42298e-05;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:0:1:32:36:0:1 chr9 132630664 . TGAC T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314692;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=331.403;QD=35.5759;RBI=0.0340953;REFB=0;REVB=0.0131217;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000318399;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:2:5:0:0:4:0:2:5:0:0 chr9 132631680 . T C,G 497.55 PASS AF=0.916667,0.0555556;AO=33,2;DP=36;FAO=33,2;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164071,-0.0354724;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=195.778,14.7776;QD=55.2832;RBI=0.0505001,0.0435361;REFB=0.00439264,0.0039322;REVB=0.0477605,-0.0252409;RO=1;SAF=16,2;SAR=17,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283046,0;STB=0.515142,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00326249,0.139474;OID=.,.;OPOS=132631680,132631680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:1:1:33,2:33,2:0.916667,0.0555556:17,0:16,2:1:0:17,0:16,2:1:0 chr9 132636031 . A G 349.75 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.409;QD=53.8075;RBI=0.121281;REFB=0;REVB=-0.0464263;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107409;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr9 132636033 . T C 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331402;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.368;QD=55.1419;RBI=0.0410923;REFB=0;REVB=0.0242961;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94159e-05;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr9 132649662 . A G,T 721.96 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=42,6;DP=48;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247242,-0.038711;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.775,166.903;QD=54.4872;RBI=0.0694119,0.0663774;REFB=0,0;REVB=0.0648593,0.0539205;RO=0;SAF=22,6;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00526802,0.0432207;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:48:53:0:0:42,6:51,2:0.962264,0.0377358:20,0:22,6:0:0:22,0:29,2:0:0 chr9 132651363 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0101145;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=276.633;QD=16.4561;RBI=0.0180231;REFB=-0.00150697;REVB=0.0149175;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559127;STB=0.832219;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00245208;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:4:0:5:1:4:0 chr9 132662786 . C T 428.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0836;QD=57.1919;RBI=0.132645;REFB=0;REVB=0.082158;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349882;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr9 132686186 . A G 1413.84 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.662;QD=62.8372;RBI=0.00957139;REFB=0;REVB=-0.00577731;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39229e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:53:35:0:0:53:37:0:0 chr9 132872686 . A G 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0644;QD=56.0089;RBI=0.0259592;REFB=-0.00506886;REVB=0.0162964;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00111196;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr9 132883161 . C CCTT 1134.21 PASS AF=0.898876;AO=72;DP=90;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00366474;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=234.365;QD=50.9755;RBI=0.0497185;REFB=-0.0900776;REVB=0.0495832;RO=12;SAF=33;SAR=39;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336879;STB=0.531901;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=0.00682183;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898876:72:90:80:89:9:37:43:7:2:36:12:33:39:7:5 chr9 132988709 . T G 926.71 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3138;QD=57.0283;RBI=0.0618967;REFB=0;REVB=-0.0613977;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251334;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:1:0:62:65:1:33:29:1:0:33:32:0:0 chr9 132996068 . CAAAAAAAATT CAAAAAAA,CAAAAAAATT,CAAAAAAATTT 130.31 PASS AF=0.857143,0,0;AO=6,4,6;DP=38;FAO=18,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=12,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0516901,-0.012357,-0.0729893;FXX=0.363526;HRUN=8,8,8;LEN=3,1,1;MLLD=16.907,9.54812,7.11221;QD=24.8204;RBI=0.206749,0.12736,0.348128;REFB=0.123993,0.148732,-0.0349901;REVB=-0.200183,0.126759,0.34039;RO=6;SAF=5,4,5;SAR=1,0,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.45721,0.742829,0.45721;STB=0.555497,0.5,0.5;STBP=0.286,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0127995,0.0281568,0;OID=.,.,.;OPOS=132996076,132996069,132996076;OREF=ATT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAATT,CAAAAAAATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0,0:6,4,6:38:18,0,0:21:3:12,0,0:6,0,0:3:0:19:6:5,4,5:1,0,1:2:4 chr9 133048501 . G A 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6449;QD=64.135;RBI=0.0281898;REFB=0;REVB=-0.00193396;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139142;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr9 133271664 . G A 999.26 PASS AF=0.797872;AO=74;DP=93;FAO=75;FDP=94;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00700143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.965;QD=42.5219;RBI=0.0326815;REFB=0.0114029;REVB=0.0319227;RO=18;SAF=26;SAR=48;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369706;STB=0.516425;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00356404;OID=.;OPOS=133271664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:18:19:74:75:0.797872:48:26:8:10:49:26:8:11 chr9 133284310 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.353;QD=57.678;RBI=0.113882;REFB=0;REVB=0.0218308;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108706;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr9 133294244 . G A 606.02 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625235;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.142;QD=60.6022;RBI=0.0825641;REFB=0;REVB=0.0539226;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173074;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr9 133346920 . A G 1695.34 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.92;QD=60.548;RBI=0.0469264;REFB=0;REVB=-0.0146881;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4063e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:109:112:1:69:40:0:0:69:43:0:0 chr9 133553993 . C T 724.34 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.984;QD=54.6672;RBI=0.0231962;REFB=-0.0854027;REVB=-0.0216307;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000227501;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:51:52:0.981132:26:25:0:0:27:25:1:0 chr9 133558282 . A G 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.515;QD=58.2267;RBI=0.0241904;REFB=0.0616443;REVB=0.0139288;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103937;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=2.6101e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:45:26:0:1:45:26:0:1 chr9 133710804 . T C 528.58 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00634222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.504;QD=48.0524;RBI=0.00643608;REFB=0.0053512;REVB=0.00109515;RO=4;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889307;STB=0.522715;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00119055;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:4:6:37:38:0.863636:19:18:0:4:19:19:2:4 chr9 133710819 . T TC 743.85 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119139;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.1385;QD=52.2;RBI=0.125379;REFB=-0.0141511;REVB=-0.0390642;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.00292377;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982456:55:57:56:57:1:21:35:0:1:3:1:21:34:0:1 chr9 133761001 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.823;QD=50.4134;RBI=0.011159;REFB=0;REVB=-0.00552395;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05623e-05;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 133769083 . CGGGGC CGGG,CGGGC,CGGGCC 1015.94 PASS AF=0,1,0;AO=18,55,7;DP=121;FAO=0,116,0;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50,0;FSAR=0,66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112033,0.206489,0.334139;FXX=0.00854628;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.51344,12.8951,6.7096;QD=35.0325;RBI=0.180784,0.244735,0.334436;REFB=0.118168,0.0294024,-0.0781309;REVB=0.141886,0.131367,-0.0141026;RO=25;SAF=18,15,3;SAR=0,40,4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.829266,-0.114656,-0.0137716;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.011253,0.00862785,0;OID=.,.,.;OPOS=133769087,133769084,133769087;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC,CGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:18,55,7:121:0,116,0:116:0:0,50,0:0,66,0:0:0:3:25:18,15,3:0,40,4:11:14 chr9 133779448 . A G 1349.27 PASS AF=0.877193;AO=100;DP=114;FAO=100;FDP=114;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00925618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.846;QD=47.3427;RBI=0.0200228;REFB=-0.0534981;REVB=0.0177549;RO=13;SAF=33;SAR=67;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548916;STB=0.506174;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00732943;OID=.;OPOS=133779448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:13:14:100:100:0.877193:67:33:4:9:67:33:4:10 chr9 133787225 . A G 1427.14 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221286;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.239;QD=62.7316;RBI=0.0318806;REFB=0;REVB=0.0229499;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046618;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:87:91:1:52:35:0:0:52:39:0:0 chr9 133911598 . A G 911.33 PASS AF=0.955882;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00595892;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.429;QD=53.6074;RBI=0.0135383;REFB=-0.0886284;REVB=0.0121564;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223603;STB=0.512191;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=1.79488e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:67:68:3:3:63:65:0.955882:37:26:2:1:39:26:2:1 chr9 133911706 . C T 740.86 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0295846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.509;QD=47.7973;RBI=0.0460136;REFB=-0.0762328;REVB=0.035242;RO=6;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177252;STB=0.509431;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00522495;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:56:56:0.903226:32:24:2:4:32:24:2:4 chr9 133927878 . A G 1783.77 PASS AF=0.863636;AO=132;DP=153;FAO=133;FDP=154;FR=.;FRO=21;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.002254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.93;QD=46.3316;RBI=0.0193311;REFB=-0.0228139;REVB=0.0191993;RO=21;SAF=76;SAR=56;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114849;STB=0.5;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00313269;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:153:154:21:21:132:133:0.863636:56:76:12:9:57:76:12:9 chr9 133928345 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0424137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.869;QD=30.5939;RBI=0.0458945;REFB=-0.0530536;REVB=0.0175324;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00302777;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:1:1:7:3:1:1 chr9 133936571 . C G 733.88 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7948;QD=61.1569;RBI=0.0383036;REFB=-0.0137508;REVB=0.00384743;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00133332;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:48:47:0.979167:20:28:0:0:20:27:1:0 chr9 133948048 . GA G,GG 1987.19 PASS AF=0.0615385,0.938462;AO=15,116;DP=133;FAO=8,122;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=8,51;FSAR=0,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404608,0.0281002;FXX=0.0151504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.726,189.998;QD=61.1444;RBI=0.0450358,0.0388668;REFB=0,0;REVB=0.0197774,0.0268516;RO=0;SAF=9,50;SAR=6,66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18089e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0178645,0.00369835;OID=.,.;OPOS=133948049,133948049;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0615385,0.938462:15,116:133:8,122:130:0:8,51:0,71:0:0:11:0:9,50:6,66:0:0 chr9 133951230 . C T 553.81 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0148861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.895;QD=38.8639;RBI=0.0336329;REFB=0.00072148;REVB=0.0301592;RO=11;SAF=21;SAR=25;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129475;STB=0.569446;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-4.49689e-06;OID=.;OPOS=133951230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:25:21:9:2:25:21:9:2 chr9 133960932 . G C 133.34 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0193858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.358;QD=33.3359;RBI=0.0698439;REFB=-0.0122754;REVB=0.0670996;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100906;STB=0.549931;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00612262;OID=.;OPOS=133960932;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:16:16:3:2:13:14:0.875:4:9:2:1:5:9:2:0 chr9 133986980 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.038;QD=56.7066;RBI=0.00823436;REFB=0;REVB=-0.00803458;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53287e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr9 133987060 . G A 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.271;QD=48.6273;RBI=0.0411824;REFB=-0.13628;REVB=0.0386564;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00132529;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr9 134020092 . C T 43.0 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0747342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.452;QD=5.37487;RBI=0.0775659;REFB=-0.00695896;REVB=0.0207669;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28358;STB=0.659901;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0346377;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:32:23:25:7:7:0.21875:2:5:11:12:2:5:13:12 chr9 134021630 . A G 339.9 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.130848;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2155;QD=41.1998;RBI=0.131839;REFB=-0.0110465;REVB=0.0161338;RO=5;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118834;STB=0.540511;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00317894;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:33:5:6:27:27:0.818182:17:10:0:5:17:10:1:5 chr9 134133539 . G T 813.87 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.833;QD=57.1134;RBI=0.0440808;REFB=0;REVB=-0.00185522;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85975e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:52:57:1:32:20:0:0:32:25:0:0 chr9 134136515 . A G 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397592;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.515;QD=62.014;RBI=0.0778957;REFB=0;REVB=-0.0669846;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75128e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr9 134136677 . A G 734.68 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263777;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.587;QD=63.8854;RBI=0.026378;REFB=0;REVB=-0.000141763;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55127e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr9 134183379 . C T 1186.4 PASS AF=0.850467;AO=91;DP=107;FAO=91;FDP=107;FR=.;FRO=16;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0275911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.649;QD=44.3515;RBI=0.0513581;REFB=-0.0377622;REVB=0.0433172;RO=16;SAF=47;SAR=44;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306179;STB=0.516258;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0047844;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:107:107:16:16:91:91:0.850467:44:47:10:6:44:47:10:6 chr9 134183503 . T C 1087.7 PASS AF=0.840426;AO=78;DP=94;FAO=79;FDP=94;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00423724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.616;QD=46.2851;RBI=0.0334302;REFB=-0.0699788;REVB=0.0331605;RO=15;SAF=51;SAR=27;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613284;STB=0.533247;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0235652;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:94:94:15:15:78:79:0.840426:27:51:7:8:27:52:7:8 chr9 134346315 . T C 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5806;QD=54.5007;RBI=0.0532519;REFB=0;REVB=-0.0432742;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183417;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr9 134350323 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.058;QD=55.0986;RBI=0.0576558;REFB=0;REVB=0.0444252;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314482;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr9 134350458 . C T 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00922073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.723;QD=60.1589;RBI=0.059636;REFB=-0.106016;REVB=0.0589188;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000730054;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr9 134350647 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.823;QD=60.6093;RBI=0.025808;REFB=0;REVB=0.00989789;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23096e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 134350778 . C G 312.02 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00248674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.046;QD=43.0366;RBI=0.0100259;REFB=-0.0508821;REVB=0.0097126;RO=4;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154613;STB=0.508373;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00828011;OID=.;OPOS=134350778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:4:4:25:25:0.862069:11:14:2:2:11:14:2:2 chr9 134351065 . G T 310.28 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17894;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2559;QD=53.9619;RBI=0.202524;REFB=0;REVB=0.094849;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104314;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:18:23:1:3:15:0:0:4:19:0:0 chr9 134373770 . G C 445.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2173;QD=57.5202;RBI=0.0699449;REFB=0;REVB=-0.0179125;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168933;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr9 134385436 . A G 714.68 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0240674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.793;QD=60.8235;RBI=0.0250785;REFB=-0.150331;REVB=0.00704917;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00219405;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:47:46:0.978723:16:31:0:0:16:30:1:0 chr9 134386744 . T C 706.63 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.749;QD=61.4457;RBI=0.0410825;REFB=0;REVB=0.0357524;RO=0;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243271;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:38:7:0:0:39:7:0:0 chr9 134387488 . T C 464.46 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.876;QD=58.0573;RBI=0.020924;REFB=0;REVB=0.00958608;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105694;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr9 134401335 . C T 379.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220996;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.985;QD=56.2358;RBI=0.026968;REFB=0;REVB=-0.0154557;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09649e-05;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr9 134406071 . C G 349.29 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.128916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9592;QD=51.7464;RBI=0.129719;REFB=-0.159912;REVB=0.014409;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00399135;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:0:1:18:8:0:1 chr9 134658234 . G A 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0108441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.546;QD=2.18754;RBI=0.01104;REFB=-0.0042548;REVB=0.00207088;RO=67;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124505;STB=0.592381;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.033771;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:3:6:38:29:3:6:38:29 chr9 135073877 . C T 1614.5 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.19;QD=59.7962;RBI=0.0231226;REFB=0;REVB=0.0212962;RO=0;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218906;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:108:0:0:100:108:1:33:67:0:0:41:67:0:0 chr9 135102254 . C T 2217.64 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.525;QD=63.361;RBI=0.0169906;REFB=0;REVB=0.0168812;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21212e-05;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:61:78:0:0:61:79:0:0 chr9 135105964 . A G 727.86 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431484;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2479;QD=57.0869;RBI=0.0147998;REFB=0;REVB=-0.0141569;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244524;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:43:51:1:36:7:0:0:36:15:0:0 chr9 135202829 . T C 510.84 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0324996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6226;QD=52.394;RBI=0.0356983;REFB=-0.0137423;REVB=0.0147699;RO=3;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964049;STB=0.551695;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00521279;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:3:3:35:36:0.923077:13:22:0:3:13:23:0:3 chr9 135203231 . C T 1048.15 PASS AF=0.862069;AO=59;DP=87;FAO=75;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0108745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7593;QD=48.1906;RBI=0.0711592;REFB=-0.0142973;REVB=-0.0703234;RO=7;SAF=29;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044371;STB=0.514373;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00734179;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:87:87:7:9:59:75:0.862069:30:29:5:2:35:40:6:3 chr9 135203409 . A C 597.2 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0047592;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.608;QD=39.1609;RBI=0.0164097;REFB=-0.0437869;REVB=0.0157044;RO=11;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149638;STB=0.58734;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0137795;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:61:61:11:12:49:49:0.803279:23:26:1:10:23:26:1:11 chr9 135205006 . G C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0108094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.203;QD=5.53989;RBI=0.0131498;REFB=-0.0126078;REVB=0.00748821;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295319;STB=0.695138;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0316297;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:15:14:2:6:15:14 chr9 135206460 . A G 222.58 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.136935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.496;QD=42.396;RBI=0.136936;REFB=0.00985826;REVB=-0.000491489;RO=2;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366475;STB=0.519979;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000960568;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:6:13:1:1:6:13:1:1 chr9 135263573 . G T 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9929;QD=57.3791;RBI=0.0251247;REFB=0;REVB=0.0242117;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108213;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr9 135273607 . C G 1245.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.064;QD=61.522;RBI=0.0272328;REFB=0;REVB=-0.0198856;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59747e-05;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr9 135276861 . G A 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.030891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=2.87552;RBI=0.046774;REFB=-0.0112198;REVB=0.0351219;RO=56;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417168;STB=0.7927;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.043814;OID=.;OPOS=135276861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:2:7:24:32:2:7:24:32 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=65;DP=63;LEN=76;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=7;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:63:0:65:30:26:7:0 chr9 135297013 . T TTCTC 96.2 PASS AF=1;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=4;MLLD=351.88;QD=42.7542;RBI=0.00817757;REFB=0;REVB=-0.00817757;RO=37;SAF=0;SAR=9;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.846564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.50748e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:46:9:9:0:0:9:0:0:3:37:0:9:33:4 chr9 135297016 . T G 86.7 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.46;QD=34.6802;RBI=0.00605213;REFB=-0.0522914;REVB=0.00605213;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122426;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:9:0:0:1:9:0:0:1 chr9 135297019 . TC T 91.83 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.881;QD=40.8139;RBI=0.00965709;REFB=0;REVB=0.00965709;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000194337;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:0:9:0:0:4:0:0:9:0:0 chr9 135297022 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.308;QD=40.7629;RBI=0.0126352;REFB=0;REVB=0.0126352;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87029e-05;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr9 135297024 . T TGACA 73.69 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.2997;HRUN=0;LEN=4;MLLD=252.237;QD=42.1063;RBI=0.00974827;REFB=0;REVB=-0.00974827;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000123994;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:10:7:7:0:0:7:0:0:3:3:0:7:0:3 chr9 135374764 . G A 44.52 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0240096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.593;QD=2.04667;RBI=0.0315495;REFB=-0.00288188;REVB=-0.0204673;RO=76;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127822;STB=0.58604;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0246819;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:87:76:77:10:10:0.114943:5:5:30:46:5:5:31:46 chr9 135374898 . T C 1970.9 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5379;QD=62.0756;RBI=0.0217233;REFB=0;REVB=-0.0166273;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011264;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:77:49:0:0:77:50:0:0 chr9 135448320 . C A 771.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.53382e-05;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.763;QD=64.2622;RBI=0.0025519;REFB=0;REVB=0.0025515;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857114;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr9 135470414 . T C 1302.68 PASS AF=0.913462;AO=94;DP=104;FAO=95;FDP=104;FR=.;FRO=9;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00952292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.232;QD=50.103;RBI=0.0110472;REFB=-0.0108571;REVB=-0.00559951;RO=9;SAF=47;SAR=47;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458691;STB=0.524479;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000457686;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:9:9:94:95:0.913462:47:47:7:2:48:47:7:2 chr9 135554566 . G A 943.76 PASS AF=0.884615;AO=69;DP=78;FAO=69;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0151664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9631;QD=48.3977;RBI=0.0152456;REFB=-0.0243109;REVB=0.00155206;RO=9;SAF=29;SAR=40;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194363;STB=0.510326;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.013054;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:9:9:69:69:0.884615:40:29:3:6:40:29:3:6 chr9 135956966 . C T 54.76 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.151;QD=24.3375;RBI=0.0596887;REFB=0.00668573;REVB=-0.0578316;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00225808;OID=.;OPOS=135956966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr9 135957091 . A G 734.12 PASS AF=0.888889;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0117782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.79;QD=46.6108;RBI=0.0378814;REFB=-0.0269433;REVB=-0.0360038;RO=7;SAF=24;SAR=32;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032413;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:7:7:56:56:0.888889:32:24:3:4:32:24:3:4 chr9 135957117 . G T 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0063144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.175;QD=1.88964;RBI=0.0161807;REFB=-0.00212333;REVB=0.0148978;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698672;STB=0.553497;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0159724;OID=.;OPOS=135957117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:5:3:29:38:5:3:29:38 chr9 135961787 . A G 48.47 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0694042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5748;QD=3.12705;RBI=0.0696888;REFB=0.00141245;REVB=0.00629174;RO=53;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971981;STB=0.569214;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0112921;OID=.;OPOS=135961787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:7:2:15:38:7:2:15:38 chr9 135961796 . C T 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0507406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3777;QD=3.22777;RBI=0.0513631;REFB=-0.00286893;REVB=-0.00797212;RO=48;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925828;STB=0.566491;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0328512;OID=.;OPOS=135961796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:6:2:15:33:6:2:15:33 chr9 135961809 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.923;QD=59.8393;RBI=0.031434;REFB=0;REVB=-0.00182186;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78799e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr9 135968511 . C CTG 822.26 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=66;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189362;FXX=0.0908953;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.044;QD=54.8171;RBI=0.0246872;REFB=-0.0143014;REVB=0.0158392;RO=2;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132289;STB=0.506491;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=-0.000568863;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:56:66:58:60:2:19:39:1:1:7:2:18:38:1:1 chr9 135974079 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8524;QD=57.1772;RBI=0.0266327;REFB=0;REVB=0.0195108;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213449;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr9 135974100 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.588;QD=57.5453;RBI=0.0276567;REFB=0;REVB=0.0239027;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61189e-05;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr9 135985796 . C T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0338103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4013;QD=4.16607;RBI=0.034393;REFB=-0.0152326;REVB=0.0063038;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52036;STB=0.856124;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0307414;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:6:1:19:14:6:1:19:14 chr9 136004699 . G A 1031.01 PASS AF=0.835165;AO=75;DP=90;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0152797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.804;QD=45.319;RBI=0.0181754;REFB=-0.0146367;REVB=0.00984264;RO=15;SAF=38;SAR=37;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834626;STB=0.505493;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00353939;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:91:15:15:75:76:0.835165:37:38:8:7:38:38:8:7 chr9 136031346 . A G 363.25 PASS AF=0.714286;AO=28;DP=40;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0157072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.559;QD=34.5949;RBI=0.0344561;REFB=-0.0192832;REVB=0.0306677;RO=12;SAF=18;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218527;STB=0.599933;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0141129;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:42:12:12:28:30:0.714286:10:18:3:9:12:18:3:9 chr9 136036927 . TAAAAAAAAG TAAAAAA,TAAAAAAAAGA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TAAAAAAGAA 96.68 PASS AF=0,0.208333,0.791667,0,0;AO=3,3,14,2,2;DP=30;FAO=0,5,19,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,8,0,0;FSAR=0,4,11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542956,0.159135,-0.141168,0.0108808,0.0101288;FXX=0.039984;HRUN=8,8,8,8,8;LEN=3,1,1,2,3;MLLD=276.867,6.98786,7.12167,4.21554,15.3208;QD=16.1127;RBI=0.00628442,0.165045,0.141168,0.0267754,0.0164968;REFB=0.0200601,0.000957335,-0.0241762,-0.0224427,-0.0304502;REVB=0.00316446,0.0437737,-0.000207932,0.0244649,0.0130212;RO=3;SAF=1,0,7,1,2;SAR=2,3,7,1,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.664835,0.0530824,0.142842,0.666583;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,mnp,mnp;VARB=0,0.111506,-0.00873606,-0.0217073,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=136036934,136036937,136036928,136036935,136036934;OREF=AAG,-,A,AG,AAG;OALT=-,A,-,GA,GAA;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAAAGA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TAAAAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.208333,0.791667,0,0:3,3,14,2,2:30:0,5,19,0,0:24:0:0,1,8,0,0:0,4,11,0,0:0:0:14:3:1,0,7,1,2:2,3,7,1,0:1:2 chr9 136037742 . G A 757.25 PASS AF=0.964912;AO=50;DP=53;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0886255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.918;QD=53.1405;RBI=0.129479;REFB=-0.0543926;REVB=0.0943949;RO=2;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261438;STB=0.512816;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00409314;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:57:2:2:50:55:0.964912:35:15:0:2:38:17:0:2 chr9 136081283 . C T 290.83 PASS AF=0.265432;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=162;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=0.0317822;FXX=0.0121944;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4498;QD=7.18086;RBI=0.0342034;REFB=-0.0173543;REVB=-0.0126397;RO=116;SAF=15;SAR=28;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210132;STB=0.616685;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0300588;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:116:119:43:43:0.265432:28:15:60:56:28:15:60:59 chr9 136081289 . T C 336.42 PASS AF=0.283133;AO=46;DP=166;FAO=47;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0253775;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.697;QD=8.10641;RBI=0.0309888;REFB=-0.0150154;REVB=-0.0177844;RO=116;SAF=16;SAR=30;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189467;STB=0.609087;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0369538;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:116:119:46:47:0.283133:30:16:58:58:31:16:58:61 chr9 136081356 . T G 311.84 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0482302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.371;QD=9.23969;RBI=0.050425;REFB=-0.00635154;REVB=-0.0147149;RO=94;SAF=17;SAR=24;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773051;STB=0.545232;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0293987;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:94:41:41:0.303704:24:17:45:49:24:17:45:49 chr9 136081362 . G A 267.94 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0542137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.492;QD=8.24434;RBI=0.0551044;REFB=0.000100835;REVB=-0.00986747;RO=91;SAF=17;SAR=20;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291096;STB=0.509815;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00194666;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:91:93:37:37:0.284615:20:17:44:47:20:17:44:49 chr9 136081364 . GC G 136.63 PASS AF=0.279661;AO=35;DP=121;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0532089;FXX=0.0247913;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.2422;QD=4.63135;RBI=0.0592803;REFB=-0.0108275;REVB=0.0261336;RO=81;SAF=16;SAR=19;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290762;STB=0.511621;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.0299119;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279661:35:121:33:118:85:15:18:40:45:99:81:16:19:39:42 chr9 136083528 . T A 154.21 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00774113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.739;QD=7.34314;RBI=0.0495846;REFB=-0.0108144;REVB=0.0489766;RO=61;SAF=6;SAR=16;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299272;STB=0.687606;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0133131;OID=.;OPOS=136083528;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:61:62:22:22:0.261905:16:6:31:30:16:6:32:30 chr9 136083580 . T G 1564.85 PASS AF=0.875969;AO=112;DP=128;FAO=113;FDP=129;FR=.;FRO=16;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0220117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.135;QD=48.5224;RBI=0.0245091;REFB=-0.016379;REVB=0.0107787;RO=16;SAF=58;SAR=54;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484439;STB=0.524882;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00254721;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:128:129:16:16:112:113:0.875969:54:58:5:11:55:58:5:11 chr9 136083638 . C G 270.96 PASS AF=0.319328;AO=37;DP=118;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.033583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9319;QD=9.108;RBI=0.0375336;REFB=-0.0208332;REVB=0.0167617;RO=79;SAF=13;SAR=24;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671434;STB=0.565203;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0312599;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:81:37:38:0.319328:24:13:32:47:25:13:35:46 chr9 136131289 . C T 577.88 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00446946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.745;QD=48.1569;RBI=0.00595948;REFB=-0.0814635;REVB=-0.003942;RO=6;SAF=22;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485026;STB=0.515792;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0108932;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:6:7:41:41:0.854167:19:22:2:4:19:22:3:4 chr9 136131347 . G A 725.59 PASS AF=0.888889;AO=55;DP=62;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0156267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.511;QD=46.0694;RBI=0.016311;REFB=-0.0282347;REVB=-0.00467499;RO=7;SAF=28;SAR=27;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170587;STB=0.507934;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00208952;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:62:63:7:7:55:56:0.888889:27:28:3:4:28:28:3:4 chr9 136131437 . C T 692.08 PASS AF=0.929825;AO=51;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0682222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4839;QD=48.5672;RBI=0.0786941;REFB=0.0656976;REVB=0.0392235;RO=4;SAF=21;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012411;STB=0.507583;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00157113;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:57:4:4:51:53:0.929825:30:21:2:2:32:21:2:2 chr9 136131472 . A T 685.77 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00773542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.56;QD=58.3637;RBI=0.00776116;REFB=-0.0166321;REVB=0.000631656;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267472;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000528099;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:24:21:1:1:24:21:1:1 chr9 136131651 . G A 60.14 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0145232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.058;QD=2.86373;RBI=0.0191305;REFB=-0.00144892;REVB=0.0124519;RO=72;SAF=6;SAR=6;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156654;STB=0.606973;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00890904;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:6:6:45:27:6:6:45:27 chr9 136132873 . T C 1176.01 PASS AF=0.873684;AO=83;DP=95;FAO=83;FDP=95;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0219924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.667;QD=49.5162;RBI=0.0223305;REFB=0.00384664;REVB=-0.00387109;RO=12;SAF=38;SAR=45;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299907;STB=0.51592;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000361216;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:12:12:83:83:0.873684:45:38:7:5:45:38:7:5 chr9 136135237 . AT GC 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0222489;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.581;QD=3.54655;RBI=0.0472275;REFB=0.00116141;REVB=-0.0416584;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33435;STB=0.713674;STBP=0.258;TYPE=mnp;VARB=-0.00827273;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:37:39:7:7:0.152174:2:5:16:21:2:5:18:21 chr9 136177993 . G A 1045.83 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0130959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.884;QD=51.6459;RBI=0.0425069;REFB=-0.0212038;REVB=0.0404393;RO=7;SAF=32;SAR=42;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229914;STB=0.512192;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00181527;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:81:7:7:74:74:0.91358:42:32:4:3:42:32:4:3 chr9 136219448 . C G 1100.52 PASS AF=0.858696;AO=79;DP=92;FAO=79;FDP=92;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0388313;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.322;QD=47.8485;RBI=0.0399852;REFB=-0.0458675;REVB=0.00953666;RO=12;SAF=47;SAR=32;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.525793;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00750759;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:12:13:79:79:0.858696:32:47:9:3:32:47:10:3 chr9 136219594 . G A 36.45 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0176977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.572;QD=1.58497;RBI=0.0177095;REFB=0.00125933;REVB=-0.000648287;RO=82;SAF=2;SAR=7;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431712;STB=0.825628;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0427057;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:82:83:9:9:0.0978261:7:2:50:32:7:2:51:32 chr9 136227260 . A G 1765.6 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.675;QD=60.8827;RBI=0.0670892;REFB=0;REVB=0.0554756;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25108e-05;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:65:48:0:0:67:49:0:0 chr9 136237783 . C A 602.32 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.594;QD=54.756;RBI=0.0346621;REFB=-0.0710024;REVB=0.0250588;RO=3;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454086;STB=0.52426;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00331697;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:14:27:1:2:14:27:1:2 chr9 136268038 . C T 1722.14 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313676;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0706;QD=60.9608;RBI=0.0455738;REFB=0;REVB=0.0330612;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142689;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:113:0:0:113:113:1:61:52:0:0:61:52:0:0 chr9 136277480 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=63.2866;RBI=0.0453887;REFB=0;REVB=0.0322222;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79356e-07;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 136291063 . C T 977.21 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00152041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.051;QD=57.4831;RBI=0.0388821;REFB=-0.0690181;REVB=0.0388524;RO=1;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021968;STB=0.511624;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000140819;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:21:46:0:1:21:46:0:1 chr9 136295290 . A C 884.46 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7408;QD=54.428;RBI=0.108904;REFB=-0.0860758;REVB=0.108142;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101517;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00337601;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:65:2:1:60:64:0.984615:29:31:1:1:33:31:1:0 chr9 136304497 . A G 715.37 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180806;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.281;QD=57.23;RBI=0.0201846;REFB=0;REVB=-0.00897287;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41973e-05;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr9 136308542 . C T 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451397;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5103;QD=59.3842;RBI=0.0460773;REFB=0;REVB=0.00924824;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603605;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:41:33:0:0 chr9 136328657 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0859316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.796;QD=59.434;RBI=0.0948886;REFB=0;REVB=0.0402443;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271168;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr9 136338580 . G A 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.000492485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.753;QD=3.22783;RBI=0.0184912;REFB=-0.00425157;REVB=0.0184846;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101338;STB=0.571254;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0218453;OID=.;OPOS=136338580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:4:4:20:28:4:4:20:28 chr9 136340199 . GT G,GG 635.43 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=7,34;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332796,0.0285879;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.281,250.93;QD=60.5176;RBI=0.101648,0.0711198;REFB=0,0;REVB=0.0960459,0.0651211;RO=0;SAF=4,20;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00416754,0.00296623;OID=.,.;OPOS=136340200,136340200;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:7,34:42:1,41:42:0:1,23:0,18:0:0:6:0:4,20:3,14:0:0 chr9 136379890 . A G 504.07 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=48;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0167421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.394;QD=41.1482;RBI=0.0248762;REFB=-0.0196728;REVB=-0.0183991;RO=11;SAF=16;SAR=21;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029867;STB=0.519074;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00372872;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:49:11:11:37:38:0.77551:21:16:4:7:21:17:4:7 chr9 136412170 . C T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0143069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.655;QD=2.58902;RBI=0.0238427;REFB=-0.000326995;REVB=-0.0190732;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360408;STB=0.761206;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00797995;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:30:20:5:2:30:20 chr9 136412255 . A C 30.33 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0116566;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.718;QD=1.68476;RBI=0.0170823;REFB=0.000993566;REVB=-0.0124872;RO=65;SAF=3;SAR=4;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248331;STB=0.676458;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0109865;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:72:65:65:7:7:0.0972222:4:3:42:23:4:3:41:24 chr9 136419629 . G A 1431.8 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0305151;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.362;QD=55.0691;RBI=0.0399724;REFB=-0.159387;REVB=0.025819;RO=3;SAF=31;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227978;STB=0.519482;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00100771;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:104:3:4:100:100:0.961538:69:31:2:1:69:31:3:1 chr9 136518097 . A G 1434.02 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.46;QD=60.3798;RBI=0.0127935;REFB=0;REVB=-0.00888376;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476272;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:88:95:1:34:54:0:0:38:57:0:0 chr9 136536679 . G A 83.21 PASS AF=0.2;AO=13;DP=68;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0145697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.405;QD=4.75501;RBI=0.0560984;REFB=0.0024702;REVB=0.0541734;RO=55;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262985;STB=0.64267;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00656152;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:68:70:55:56:13:14:0.2:6:7:18:37:7:7:18:38 chr9 136536793 . C G 52.47 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0182268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.0268;QD=2.49838;RBI=0.0222322;REFB=-0.00283023;REVB=0.01273;RO=73;SAF=9;SAR=2;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495182;STB=0.844312;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.027784;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:2:9:29:44:2:9:29:44 chr9 136573412 . G A 89.06 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00527568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.443;QD=2.99378;RBI=0.0233333;REFB=-0.0113931;REVB=0.0227291;RO=100;SAF=14;SAR=4;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343361;STB=0.730652;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0490438;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:118:119:100:101:18:18:0.151261:4:14:52:48:4:14:53:48 chr9 136577775 . GCC CGC,G,GC 301.01 PASS AF=0.0285714,0.114286,0.8;AO=2,4,22;DP=35;FAO=1,4,28;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=0,1,17;FSAR=1,3,11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0602439,0.108569,0.206337;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,2,1;MLLD=11.6513,15.5645,13.2285;QD=34.4014;RBI=0.0758569,0.108632,0.206456;REFB=0.0423776,0.00336118,0.0047372;REVB=-0.0460971,-0.00370096,-0.00699435;RO=5;SAF=0,0,14;SAR=2,4,8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.64233,-0.732272,0.01328;STB=0.5,0.624469,0.541637;STBP=1,0.685,0.157;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0298706,0.0803471,-0.0439299;OID=.,.,.;OPOS=136577775,136577776,136577776;OREF=GC,CC,C;OALT=CG,-,-;OMAPALT=CGC,G,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:35:35:5:2:2,4,22:1,4,28:0.0285714,0.114286,0.8:2,4,8:0,0,14:3:2:1,3,11:0,1,17:0:2 chr9 136599146 . C T 44.48 PASS AF=0.0688406;AO=19;DP=278;FAO=19;FDP=276;FR=.;FRO=257;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=158;FSRR=99;FWDB=0.0217535;FXX=0.00719399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6434;QD=0.644576;RBI=0.0297958;REFB=0.0012676;REVB=0.0203611;RO=259;SAF=13;SAR=6;SRF=158;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871446;STB=0.570814;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0153004;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:278:276:259:257:19:19:0.0688406:6:13:158:101:6:13:158:99 chr9 136628770 . TG CG,GC 1046.48 PASS AF=0.971831,0.028169;AO=61,3;DP=65;FAO=69,2;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338235,-0.0683882;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=169.317,138.551;QD=58.9564;RBI=0.0537755,0.0710588;REFB=0,0;REVB=0.0418063,0.0192977;RO=0;SAF=26,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000233915,0.0972289;OID=.,.;OPOS=136628770,136628770;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:65:71:0:0:61,3:69,2:0.971831,0.028169:35,1:26,2:0:0:39,1:30,1:0:0 chr9 136898627 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.212;QD=59.4337;RBI=0.0284177;REFB=0;REVB=-0.0163489;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61926e-05;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr9 136907005 . G A 538.25 PASS AF=0.849057;AO=41;DP=49;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0431462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.8497;QD=40.6223;RBI=0.0723101;REFB=-0.023926;REVB=0.0580272;RO=8;SAF=16;SAR=25;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111814;STB=0.558033;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00433947;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:49:53:8:8:41:45:0.849057:25:16:6:2:28:17:6:2 chr9 136913355 . T C 646.36 PASS AF=0.864407;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0274356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.99;QD=43.8212;RBI=0.0416766;REFB=-0.0325094;REVB=0.0313724;RO=8;SAF=28;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195175;STB=0.51042;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00600013;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:8:8:51:51:0.864407:23:28:5:3:23:28:5:3 chr9 137005023 . C T 1811.89 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0808426;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.774;QD=60.3965;RBI=0.085135;REFB=0.133102;REVB=0.0266917;RO=1;SAF=44;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106716;STB=0.505494;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000131474;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:120:1:1:118:119:0.991667:74:44:1:0:74:45:1:0 chr9 137271318 . C A 537.52 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0400396;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.8123;QD=37.7209;RBI=0.0429317;REFB=-0.0570256;REVB=0.0154908;RO=11;SAF=27;SAR=18;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490337;STB=0.514699;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0168921;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:56:57:11:12:45:45:0.789474:18:27:8:3:18:27:8:4 chr9 137330560 . C T 795.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.995;QD=63.6028;RBI=0.0580383;REFB=0;REVB=0.0242598;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159119;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:32:15:0:0:33:17:0:0 chr9 137332311 . T G 1877.69 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.782;QD=61.5637;RBI=0.0381106;REFB=0;REVB=0.0368615;RO=0;SAF=40;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42281e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:81:40:0:0:82:40:0:0 chr9 137630587 . T C 610.01 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0415154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2766;QD=56.7447;RBI=0.050813;REFB=-0.137554;REVB=-0.0292991;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.521729;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0136389;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:19:22:1:0:19:22:2:0 chr9 137686906 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.775;QD=59.5015;RBI=0.0147388;REFB=0;REVB=-0.00632028;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5881e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr9 137711997 . G C 62.54 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0586608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3045;QD=3.97106;RBI=0.0587703;REFB=-0.00631077;REVB=-0.003585;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374074;STB=0.733103;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0226405;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:61:63:50:52:11:11:0.174603:8:3:29:21:8:3:29:23 chr9 137735232 . GCTAT G 1089.16 PASS AF=0.825243;AO=82;DP=106;FAO=85;FDP=103;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0206825;FXX=0.0720656;HRUN=1;LEN=4;MLLD=277.154;QD=42.2973;RBI=0.0247524;REFB=-0.0345893;REVB=0.0135983;RO=13;SAF=32;SAR=50;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192022;STB=0.532783;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.00705551;OID=.;OPOS=137735233;OREF=CTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825243:82:106:85:103:18:32:53:10:8:98:13:32:50:6:7 chr9 137735274 . A T 1033.07 PASS AF=0.827957;AO=75;DP=94;FAO=77;FDP=93;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0238977;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1748;QD=44.433;RBI=0.0309986;REFB=-0.0280048;REVB=-0.0197437;RO=15;SAF=27;SAR=48;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135222;STB=0.513623;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00785843;OID=.;OPOS=137735274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:94:93:15:16:75:77:0.827957:48:27:6:9:49:28:7:9 chr9 137742124 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3358;QD=39.3182;RBI=0.0725806;REFB=-0.106859;REVB=-0.0725599;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00892134;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr9 137775212 . G A 1105.11 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4049;QD=58.9393;RBI=0.0699234;REFB=-0.103992;REVB=0.0523794;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236834;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:1:0:74:75:1:36:38:1:0:36:39:0:0 chr9 137777727 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.56;QD=47.8223;RBI=0.0149712;REFB=0;REVB=0.00612769;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325581;OID=.;OPOS=137777727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr9 137801314 . A G 847.62 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0436431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.731;QD=50.604;RBI=0.0445172;REFB=0.00223113;REVB=0.00877822;RO=5;SAF=33;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186387;STB=0.509895;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000283788;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:5:5:62:62:0.925373:29:33:2:3:29:33:2:3 chr9 137801416 . T C 595.18 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0055135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2008;QD=52.9053;RBI=0.0300935;REFB=0.00907675;REVB=0.0295841;RO=4;SAF=25;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190811;STB=0.510199;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000886198;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:16:25:2:2:16:25:2:2 chr9 137801800 . T C 776.98 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=81;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0205966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5211;QD=38.3693;RBI=0.0468074;REFB=0.0535644;REVB=-0.0420323;RO=19;SAF=38;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865073;STB=0.54641;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0168395;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:19:19:62:62:0.765432:24:38:8:11:24:38:8:11 chr9 137804360 . A G 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00238598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.314;QD=36.3121;RBI=0.0576338;REFB=-0.00316576;REVB=-0.0575844;RO=4;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12193;STB=0.566935;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000971665;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:7:11:1:3:7:11:1:3 chr9 137968919 . G GAA 1376.5 PASS AF=1;AO=78;DP=93;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192673;FXX=0.0111099;HRUN=0;LEN=2;MLLD=265.805;QD=61.865;RBI=0.0393785;REFB=0;REVB=0.0343429;RO=4;SAF=34;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.54417e-05;OID=.;OPOS=137968920;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:93:89:89:0:42:47:0:0:7:4:34:44:3:1 chr9 137978552 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9874;QD=59.679;RBI=0.0422961;REFB=0;REVB=-0.0231857;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282019;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr9 137982127 . T C 1115.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.139;QD=60.287;RBI=0.0353938;REFB=0;REVB=0.0341927;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87651e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:44:25:0:0:48:26:0:0 chr9 138236031 . A G 1211.78 PASS AF=0.846847;AO=91;DP=108;FAO=94;FDP=111;FR=.;FRO=17;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00630176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.883;QD=43.6679;RBI=0.0175759;REFB=-0.0400538;REVB=0.0164073;RO=16;SAF=50;SAR=41;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317159;STB=0.518429;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00557363;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:108:111:16:17:91:94:0.846847:41:50:7:9:44:50:7:10 chr9 138236212 . T G 1785.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.5;QD=61.0388;RBI=0.0209394;REFB=0;REVB=0.0186548;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49055e-06;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:71:44:0:0:73:44:0:0 chr9 138376649 . T C 833.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7427;QD=57.4776;RBI=0.0303359;REFB=0;REVB=0.0257781;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81367e-05;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr9 138376972 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.48;QD=51.1837;RBI=0.0481914;REFB=0;REVB=-0.0468441;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143165;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr9 138377657 . T C,G 1351.55 PASS AF=0.965909,0.0340909;AO=83,4;DP=87;FAO=85,3;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=48,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604571,-0.0237482;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.324,37.9252;QD=61.4341;RBI=0.00641195,0.0478412;REFB=0,0;REVB=-0.00213601,-0.0415307;RO=0;SAF=36,1;SAR=47,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000118195,0.0620027;OID=.,.;OPOS=138377657,138377657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:87:88:0:0:83,4:85,3:0.965909,0.0340909:47,3:36,1:0:0:48,3:37,0:0:0 chr9 138377853 . A G 964.02 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.372;QD=58.4252;RBI=0.0287119;REFB=0;REVB=0.02406;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029621;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:25:32:0:0:34:32:0:0 chr9 138377915 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0993;QD=57.1062;RBI=0.0581633;REFB=0;REVB=0.0555813;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791661;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr9 138378856 . A G 1507.11 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.33;QD=58.5285;RBI=0.0379485;REFB=0.00667245;REVB=-0.026352;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504201;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-4.22319e-05;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:58:43:0:1:59:43:0:1 chr9 138379002 . T G 358.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.021;QD=55.152;RBI=0.0161823;REFB=0;REVB=0.000430729;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71841e-05;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr9 138379059 . G T 740.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3673;QD=56.9645;RBI=0.0859037;REFB=0;REVB=0.0456577;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131393;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:22:30:0:0 chr9 138380334 . T C 711.19 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00950399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.459;QD=48.2162;RBI=0.0430276;REFB=-0.015853;REVB=0.0419648;RO=5;SAF=26;SAR=27;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050074;STB=0.526966;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00185214;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:59:5:5:53:54:0.915254:27:26:4:1:28:26:4:1 chr9 138387275 . A G 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0200357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6511;QD=2.66912;RBI=0.0412515;REFB=-0.00508622;REVB=-0.0360591;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15078;STB=0.60948;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0448963;OID=.;OPOS=138387275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:27:27:5:3:27:27 chr9 138391600 . T C 622.22 PASS AF=0.764706;AO=51;DP=66;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0167773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.125;QD=36.6011;RBI=0.0200437;REFB=-0.0688889;REVB=0.0109668;RO=15;SAF=23;SAR=28;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108604;STB=0.55044;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0228594;OID=.;OPOS=138391600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:15:16:51:52:0.764706:28:23:3:12:28:24:4:12 chr9 138394124 . C T 184.53 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0439158;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.761;QD=35.1476;RBI=0.0462622;REFB=0.000352224;REVB=0.0145461;RO=2;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151605;STB=0.545399;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=2.94478e-05;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:2:4:17:17:0.809524:5:12:0:2:5:12:2:2 chr9 138395122 . G A 691.99 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0163047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.513;QD=46.9144;RBI=0.0311242;REFB=-0.00558606;REVB=0.0265118;RO=6;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230678;STB=0.512285;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000558191;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:6:6:53:53:0.898305:29:24:2:4:29:24:2:4 chr9 138439806 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9097;QD=53.2769;RBI=0.111691;REFB=0;REVB=0.00773001;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333544;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr9 138439809 . T C 300.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.18;QD=52.2046;RBI=0.0333871;REFB=0;REVB=0.0249314;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247733;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr9 138440554 . G C 1268.62 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00752242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2096;QD=60.4105;RBI=0.00834172;REFB=-0.0178297;REVB=-0.0036052;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126284;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000124672;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:46:37:1:0:46:37:1:0 chr9 138440562 . C T 1239.54 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7923;QD=59.7366;RBI=0.0528321;REFB=-0.0109729;REVB=-0.0201211;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010407;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000212046;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:45:36:0:1:45:37:0:1 chr9 138440624 . G C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8973;QD=58.5988;RBI=0.0810559;REFB=0;REVB=0.00226865;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480133;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr9 138440641 . T C 785.82 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.815;QD=64.1486;RBI=0.0282857;REFB=0;REVB=0.0158053;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100446;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr9 138456155 . C A 349.96 PASS AF=0.8;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0315532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.113;QD=39.9951;RBI=0.0327607;REFB=-0.0225942;REVB=0.00881218;RO=7;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201016;STB=0.507182;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00540212;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:7:7:27:28:0.8:13:14:4:3:13:15:4:3 chr9 138457209 . C G 618.18 PASS AF=0.822581;AO=50;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00760037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4815;QD=39.8827;RBI=0.0474786;REFB=-0.0251734;REVB=0.0468663;RO=12;SAF=20;SAR=30;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625763;STB=0.511547;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00324088;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:62:12:11:50:51:0.822581:30:20:5:7:31:20:5:6 chr9 138457475 . CT C 232.3 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.298585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.204;QD=34.4149;RBI=0.29875;REFB=-0.00739481;REVB=-0.0099411;RO=7;SAF=3;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212323;STB=0.548338;STBP=0.479;TYPE=del;VARB=0.00241643;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:20:27:21:27:6:4:17:2:4:35:7:3:17:3:4 chr9 138458462 . C T 1950.48 PASS AF=0.882716;AO=138;DP=160;FAO=143;FDP=162;FR=.;FRO=19;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0674638;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4688;QD=48.1601;RBI=0.0677398;REFB=0.0331644;REVB=-0.00610826;RO=21;SAF=48;SAR=90;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220458;STB=0.514827;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0040766;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:160:162:21:19:138:143:0.882716:90:48:9:12:92:51:9:10 chr9 138458570 . C T 2162.14 PASS AF=0.882022;AO=154;DP=174;FAO=157;FDP=178;FR=.;FRO=21;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0110105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.468;QD=48.5875;RBI=0.0571568;REFB=-0.0412523;REVB=0.0560863;RO=20;SAF=85;SAR=69;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000428459;STB=0.502089;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00497652;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:174:178:20:21:154:157:0.882022:69:85:11:9:72:85:11:10 chr9 138518010 . A G 1339.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.664;QD=62.3187;RBI=0.0180984;REFB=0;REVB=-0.0177133;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68345e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr9 138523332 . C A 1153.33 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.133;QD=60.7016;RBI=0.0250371;REFB=0;REVB=0.0229925;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24681e-06;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr9 138586198 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921515;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.122;QD=59.0187;RBI=0.0406331;REFB=0;REVB=0.0395744;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59579e-05;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr9 138586966 . GC AA 1503.57 PASS AF=1;AO=97;DP=104;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436883;FXX=0.0384578;HRUN=4;LEN=2;MLLD=152.539;QD=60.1426;RBI=0.0617934;REFB=0;REVB=0.0437008;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000384785;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:100:0:0:97:100:1:38:59:0:0:38:62:0:0 chr9 138590928 . C T 474.82 PASS AF=0.853659;AO=20;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0507854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.533;QD=46.3235;RBI=0.061897;REFB=-0.0313749;REVB=0.0353849;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553041;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.001236;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:41:0:6:20:35:0.853659:8:12:0:0:8:27:3:3 chr9 138591266 . A G 1150.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.633;QD=60.5262;RBI=0.0342864;REFB=0;REVB=-0.0191876;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00625e-05;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:46:26:0:0:47:29:0:0 chr9 138662766 . GC G,GG 102.16 PASS AF=0.35443,0;AO=22,4;DP=78;FAO=28,0;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=21,0;FSAR=7,0;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0382729,-0.013447;FXX=0.0246883;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.3225,22.2353;QD=5.17287;RBI=0.0420795,0.0695932;REFB=-0.106609,-0.0718244;REVB=-0.0174892,0.0682818;RO=48;SAF=19,3;SAR=3,1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.466667,0;SSSB=0.512642,0.279244;STB=0.68262,0.5;STBP=0.023,1;TYPE=del,snp;VARB=0.171575,0.116766;OID=.,.;OPOS=138662767,138662767;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35443,0:22,4:78:28,0:79:51:21,0:7,0:25:26:96:48:19,3:3,1:23:25 chr9 138669261 . G A 724.05 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1719;QD=59.1063;RBI=0.0227129;REFB=0.0153916;REVB=0.0202248;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058354;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000401896;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:1:1:27:20:1:1 chr9 138687306 . C A,CA 34.82 PASS AF=0.025641,0.307692;AO=4,6;DP=40;FAO=1,12;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=0,9;FSAR=1,3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00933493,-0.0478981;FXX=0.0487686;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=209.367,8.30669;QD=3.57144;RBI=0.0109155,0.0799154;REFB=-0.00197104,-0.164159;REVB=0.00565742,0.0639706;RO=29;SAF=1,5;SAR=3,1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398849,0.307099;STB=0.990532,0.661477;STBP=0.294,0.21;TYPE=snp,ins;VARB=0.199388,0.199816;OID=.,.;OPOS=138687306,138687307;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:40:39:29:26:4,6:1,12:0.025641,0.307692:3,1:1,5:18:11:1,3:0,9:14:12 chr9 138816998 . A AC 154.35 PASS AF=0.842105;AO=2;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0488839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1937;QD=32.4938;RBI=0.0811914;REFB=0.0228771;REVB=0.064826;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499987;STB=0.547884;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.00395113;OID=.;OPOS=138816999;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:2:20:16:19:3:10:6:1:2:12:18:2:0:10:8 chr9 138817000 . T C 136.68 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0294622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2654;QD=28.7743;RBI=0.0716309;REFB=-0.1098;REVB=0.0652914;RO=5;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137942;STB=0.507681;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0423618;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:19:19:5:5:14:14:0.736842:6:8:3:2:6:8:3:2 chr9 138817003 . C G 173.13 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0489577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.67;QD=36.4494;RBI=0.0528267;REFB=-0.0040645;REVB=0.0198444;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869632;STB=0.547884;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00232631;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:6:10:1:2:6:10:1:2 chr9 138836941 . GCCT G 600.38 PASS AF=0.890625;AO=55;DP=65;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0252012;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.157;QD=37.524;RBI=0.026128;REFB=-0.0826644;REVB=-0.00689741;RO=5;SAF=35;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=0.0395109;STB=0.521184;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.00824414;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890625:55:65:57:64:7:35:22:3:4:15:5:35:20:2:3 chr9 138838140 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.285;QD=64.4137;RBI=0.00276425;REFB=0;REVB=-0.00027932;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43917e-06;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr9 138898893 . C G 1567.73 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.755;QD=63.9891;RBI=0.0160163;REFB=0;REVB=0.0151908;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74794e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr9 138899253 . G GCA 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0562848;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.061;QD=26.0262;RBI=0.0619236;REFB=-0.110071;REVB=0.0258178;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.0153357;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:7:6:7:1:3:3:1:0:6:1:3:3:1:0 chr9 138903671 . A G 76.13 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00324002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9018;QD=25.3783;RBI=0.0586185;REFB=-0.0695091;REVB=0.0585289;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0136724;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:4:4:0:3:5:4:0:3 chr9 138905136 . C T 1175.85 PASS AF=0.857143;AO=90;DP=105;FAO=90;FDP=105;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0261428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=44.7943;RBI=0.0388451;REFB=-0.0364022;REVB=0.0287315;RO=15;SAF=52;SAR=38;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304709;STB=0.516181;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00757469;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:15:15:90:90:0.857143:38:52:7:8:38:52:7:8 chr9 138908250 . C T 731.58 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0687007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9758;QD=48.7718;RBI=0.0718279;REFB=0.0105283;REVB=0.0209633;RO=5;SAF=28;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170854;STB=0.509088;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-7.02453e-06;OID=.;OPOS=138908250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:60:5:5:55:55:0.916667:27:28:2:3:27:28:2:3 chr9 139142710 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.277;QD=57.6729;RBI=0.00782649;REFB=0;REVB=-0.00217701;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41922e-05;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 139235481 . TC GT,T 573.38 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,37;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285781,-0.0971565;FXX=0.0454442;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=81.7424,20.9952;QD=54.6079;RBI=0.0430223,0.0972939;REFB=0,0;REVB=-0.0321592,0.00516871;RO=0;SAF=3,15;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.306569;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.164515,0.00997484;OID=.,.;OPOS=139235481,139235482;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:3,37:2,40:0.047619,0.952381:0,22:3,15:0:0:0,22:2,18:0:0 chr9 139235526 . C A 487.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703116;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.225;QD=59.0514;RBI=0.0839788;REFB=0;REVB=0.0459208;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485368;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr9 139235606 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.589;QD=48.7373;RBI=0.0732151;REFB=0;REVB=-0.0262665;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264013;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr9 139252495 . G A 2238.17 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457904;FXX=0.0512788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.932;QD=60.491;RBI=0.0721897;REFB=-0.0724075;REVB=0.0558086;RO=0;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90348e-08;STB=0.503448;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000361924;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:148:0:1:147:147:0.993243:72:75:0:0:72:75:0:1 chr9 139256468 . C G 1448.71 PASS AF=0.897436;AO=105;DP=117;FAO=105;FDP=117;FR=.;FRO=12;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0259594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.84;QD=49.5287;RBI=0.0261968;REFB=-0.00896786;REVB=0.00351926;RO=12;SAF=52;SAR=53;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031394;STB=0.516609;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00105162;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:12:12:105:105:0.897436:53:52:4:8:53:52:4:8 chr9 139256541 . C T 1027.91 PASS AF=0.817204;AO=59;DP=94;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00234041;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.571;QD=44.2114;RBI=0.0115566;REFB=-0.027729;REVB=0.0113171;RO=6;SAF=35;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743113;STB=0.500567;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00554701;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:6:17:59:76:0.817204:24:35:6:0:36:40:9:8 chr9 139261991 . A G 173.08 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0904356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9803;QD=36.4376;RBI=0.151218;REFB=-0.0939828;REVB=-0.121196;RO=2;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181062;STB=0.636181;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0129245;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:19:2:3:16:16:0.842105:4:12:0:2:4:12:0:3 chr9 139266405 . G A 1115.28 PASS AF=0.879121;AO=78;DP=88;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0180839;FXX=0.0421008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.868;QD=49.0233;RBI=0.0200227;REFB=-0.0258686;REVB=-0.00859547;RO=10;SAF=50;SAR=28;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374147;STB=0.525216;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00423833;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:88:91:10:11:78:80:0.879121:28:50:8:2:30:50:9:2 chr9 139266496 . C T 911.4 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.032029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.341;QD=50.6336;RBI=0.0545391;REFB=-0.037634;REVB=0.0441436;RO=6;SAF=36;SAR=30;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045783;STB=0.524289;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00344451;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:6:6:66:66:0.916667:30:36:5:1:30:36:5:1 chr9 139272058 . A G 514.87 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.015192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6046;QD=43.8184;RBI=0.0709077;REFB=-0.0148149;REVB=-0.0692611;RO=9;SAF=14;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287888;STB=0.515505;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00635485;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:24:14:4:5:24:14:4:5 chr9 139273288 . C T 66.42 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0481588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9515;QD=26.568;RBI=0.0575857;REFB=-0.0382148;REVB=-0.0315728;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121447;OID=.;OPOS=139273288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr9 139275204 . A C 162.41 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0463861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.194;QD=38.2139;RBI=0.0485491;REFB=0.0125233;REVB=-0.0143298;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000665506;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:6:9:1:0:6:9:1:1 chr9 139275294 . G C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00973488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.915;QD=50.8363;RBI=0.0782357;REFB=-0.0798496;REVB=0.0776277;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00964802;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr9 139279173 . G A 540.01 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0016926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.042;QD=51.4295;RBI=0.0350977;REFB=-0.0691507;REVB=0.0350569;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356477;STB=0.519074;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00139287;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:17:21:3:1:17:21:3:1 chr9 139288692 . T C 458.87 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0301726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.458;QD=45.8868;RBI=0.0321529;REFB=-0.0505827;REVB=0.0111096;RO=5;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120334;STB=0.564929;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0292725;OID=.;OPOS=139288692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:40:40:5:5:31:31:0.775:11:20:1:4:11:20:1:4 chr9 139289825 . A G 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00771175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.825;QD=53.9287;RBI=0.0347462;REFB=-0.0223822;REVB=0.0338796;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000576831;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr9 139298580 . C T 1007.66 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.014666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.778;QD=55.2142;RBI=0.0346727;REFB=-0.0424781;REVB=0.0314183;RO=3;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862308;STB=0.504564;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00191935;OID=.;OPOS=139298580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:39:31:1:2:39:31:1:2 chr9 139298593 . A G 975.31 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0240066;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.415;QD=52.7195;RBI=0.0549582;REFB=-0.0790443;REVB=-0.0494377;RO=5;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032216;STB=0.517072;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0035752;OID=.;OPOS=139298593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:38:31:1:4:38:31:1:4 chr9 139299637 . C T 516.9 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0278905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.169;QD=39.0116;RBI=0.0303128;REFB=0.0133801;REVB=-0.0118736;RO=10;SAF=25;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671947;STB=0.503608;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00243317;OID=.;OPOS=139299637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:18:25:6:4:18:25:6:4 chr9 139304427 . G A 2603.49 PASS AF=0.886256;AO=187;DP=212;FAO=187;FDP=211;FR=.;FRO=24;FSAF=91;FSAR=96;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.027391;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.109;QD=49.3553;RBI=0.0391012;REFB=-0.0234334;REVB=0.0279041;RO=24;SAF=91;SAR=96;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118641;STB=0.506262;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00352578;OID=.;OPOS=139304427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:212:211:24:24:187:187:0.886256:96:91:13:11:96:91:13:11 chr9 139306467 . C T 2017.69 PASS AF=0.890244;AO=145;DP=163;FAO=146;FDP=164;FR=.;FRO=18;FSAF=53;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00138677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1113;QD=49.2119;RBI=0.0495313;REFB=-0.0558727;REVB=-0.0495119;RO=18;SAF=53;SAR=92;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726682;STB=0.503528;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00586975;OID=.;OPOS=139306467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:163:164:18:18:145:146:0.890244:92:53:6:12:93:53:6:12 chr9 139316601 . C T 112.87 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.19169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1603;QD=28.2186;RBI=0.19799;REFB=-0.0609141;REVB=0.0495466;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180145;STB=0.599849;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.036154;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:8:4:0:4:8:4:0:4 chr9 139324740 . C T 778.0 PASS AF=0.84507;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0197098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.01;QD=43.8311;RBI=0.0209934;REFB=-0.0181688;REVB=0.00722817;RO=9;SAF=34;SAR=26;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813251;STB=0.554783;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00191332;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:9:11:60:60:0.84507:26:34:8:1:26:34:10:1 chr9 139326304 . G A 317.07 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0367068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.538;QD=45.2951;RBI=0.0396487;REFB=-0.0222159;REVB=0.0149878;RO=3;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645402;STB=0.534926;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00497387;OID=.;OPOS=139326304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:16:9:2:1:16:9:2:1 chr9 139327034 . A G 670.71 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00885571;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9173;QD=52.6047;RBI=0.0123874;REFB=0.049556;REVB=-0.00866165;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00079673;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:2:0:29:20:2:0 chr9 139327439 . A G 358.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00075258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7793;QD=55.0765;RBI=0.0466812;REFB=0;REVB=-0.0466751;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112906;OID=.;OPOS=139327439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr9 139328551 . T C 281.22 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0403391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.42;QD=44.995;RBI=0.0432448;REFB=-0.0406393;REVB=0.0155845;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00439115;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:11:11:1:1:11:12:1:1 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 425.77 PASS AF=0.0666667,0,0.933333;AO=6,4,22;DP=33;FAO=2,0,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,14;FSAR=1,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201796,0.174978,0.19599;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=170.076,109.836,179.188;QD=56.7696;RBI=0.201828,0.175043,0.196015;REFB=0,0,0;REVB=-0.00358159,-0.00476118,-0.00316653;RO=0;SAF=5,4,5;SAR=1,0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,-3.58081e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00394145,0,0.000958639;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0666667,0,0.933333:6,4,22:33:2,0,28:30:0:1,0,14:1,0,14:0:0:6:0:5,4,5:1,0,17:0:0 chr9 139371234 . G A 333.16 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00211536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.806;QD=39.1951;RBI=0.0378733;REFB=-0.0437661;REVB=0.0378142;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379099;STB=0.503309;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0176099;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:6:7:27:27:0.794118:12:15:4:2:12:15:4:3 chr9 139371786 . A C 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0640371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.354;QD=41.6803;RBI=0.0668445;REFB=-0.0691512;REVB=0.0191687;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0104058;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:10:8:1:0:10:8:1:1 chr9 139391636 . G A 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.088;QD=63.7067;RBI=0.0266685;REFB=0;REVB=0.0262124;RO=0;SAF=71;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20872e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:73:71:0:0:73:71:0:0 chr9 139397707 . G A 632.75 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.353;QD=61.732;RBI=0.0906907;REFB=0;REVB=0.0697458;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508125;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr9 139407932 . A G,T 709.06 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02539,0.0148787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.4212,125.094;QD=61.6576;RBI=0.0417233,0.0166663;REFB=0,0;REVB=-0.0331086,-0.00750935;RO=0;SAF=16,3;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0023003,0.115851;OID=.,.;OPOS=139407932,139407932;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:43,3:43,3:0.934783,0.0652174:27,0:16,3:0:0:27,0:16,3:0:0 chr9 139418260 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8357;QD=49.5991;RBI=0.0177953;REFB=0;REVB=0.01766;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257743;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 139510820 . G A 367.96 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00306111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.97;QD=47.4783;RBI=0.0339384;REFB=-0.0230512;REVB=0.0338001;RO=3;SAF=16;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175033;STB=0.509427;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00120272;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:12:16:2:1:12:16:2:1 chr9 139510938 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.76;QD=43.4861;RBI=0.0240797;REFB=0;REVB=0.00470799;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353527;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 139616742 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.653;QD=59.0186;RBI=0.0343019;REFB=0;REVB=-0.00383313;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54994e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr9 139617662 . T C 137.49 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8031;QD=39.2832;RBI=0.0543838;REFB=-0.101703;REVB=-0.053429;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00680056;OID=.;OPOS=139617662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr9 139634495 . G A 601.46 PASS AF=0.875;AO=41;DP=47;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0153235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.363;QD=50.1217;RBI=0.0281871;REFB=-0.0223268;REVB=0.0236581;RO=5;SAF=24;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453029;STB=0.533726;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00403319;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:5:6:41:42:0.875:17:24:4:1:18:24:5:1 chr9 139635430 . C T 646.3 PASS AF=0.893617;AO=40;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0382088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.855;QD=55.0044;RBI=0.0394144;REFB=-0.0180684;REVB=0.00967394;RO=3;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123929;STB=0.501729;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00483404;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:40:42:0.893617:27:13:1:2:27:15:1:2 chr9 139650060 . C A 75.2 PASS AF=0.188406;AO=12;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00363305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4937;QD=4.35937;RBI=0.0451407;REFB=0.0056225;REVB=0.0449943;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478404;STB=0.551644;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0116413;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:12:13:0.188406:7:5:25:30:8:5:25:31 chr9 139656670 . T C 138.62 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=106;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=0.00828549;FXX=0.0560695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.518;QD=5.48986;RBI=0.0226021;REFB=-0.0195843;REVB=-0.0210287;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146105;STB=0.598759;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0458378;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:70:79:22:22:0.217822:9:13:49:21:9:13:56:23 chr9 139656706 . A C 218.44 PASS AF=0.256;AO=32;DP=125;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=30;FWDB=-0.00917739;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.34;QD=6.98993;RBI=0.0115651;REFB=0.00449173;REVB=-0.00703763;RO=93;SAF=17;SAR=15;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185961;STB=0.610622;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0116834;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:93:93:32:32:0.256:15:17:63:30:15:17:63:30 chr9 139657834 . G C 36.74 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00700981;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.496;QD=3.19488;RBI=0.0974664;REFB=-0.00682617;REVB=-0.097214;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161852;STB=0.761039;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0374648;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:47:46:27:39:6:7:0.152174:1:5:20:7:1:6:24:15 chr9 139690840 . G A 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0014738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.37;QD=2.75775;RBI=0.0105481;REFB=-0.000901426;REVB=-0.0104446;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477342;STB=0.851613;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0159049;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:1:6:22:26:1:6:22:26 chr9 139693596 . T C 3341.67 PASS AF=0.920949;AO=233;DP=255;FAO=233;FDP=253;FR=.;FRO=20;FSAF=99;FSAR=134;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0208899;FXX=0.0117183;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6348;QD=52.8327;RBI=0.0246036;REFB=-0.012066;REVB=-0.012998;RO=19;SAF=99;SAR=134;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148275;STB=0.510087;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00120627;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:255:253:19:20:233:233:0.920949:134:99:10:9:134:99:11:9 chr9 139694521 . T G 1807.81 PASS AF=0.906475;AO=125;DP=138;FAO=126;FDP=139;FR=.;FRO=13;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00619572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5942;QD=52.0232;RBI=0.00670538;REFB=-0.0262898;REVB=0.00256422;RO=13;SAF=60;SAR=65;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104354;STB=0.505833;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00434523;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:138:139:13:13:125:126:0.906475:65:60:7:6:66:60:7:6 chr9 139694569 . A C 992.29 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0589203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.218;QD=50.8867;RBI=0.0600533;REFB=-0.0202128;REVB=-0.0116099;RO=7;SAF=29;SAR=42;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283538;STB=0.515046;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00242883;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:78:7:7:71:71:0.910256:42:29:4:3:42:29:4:3 chr9 139694613 . C A 450.03 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00826482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.555;QD=48.6521;RBI=0.00849948;REFB=-0.0430761;REVB=-0.0019834;RO=4;SAF=10;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10161;STB=0.554697;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00554181;OID=.;OPOS=139694613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:23:10:3:1:23:10:3:1 chr9 139700605 . T C 601.08 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9947;QD=58.642;RBI=0.0294409;REFB=-0.0135804;REVB=-0.005945;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=8.5112e-06;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:1:0:13:27:1:0 chr9 139701108 . A C 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0638563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1499;QD=58.6476;RBI=0.063948;REFB=0.0548105;REVB=-0.00342378;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.012101;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr9 139726239 . A G 861.09 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0125;QD=55.5539;RBI=0.0627594;REFB=-0.00749151;REVB=-0.038061;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542922;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:1:0:60:62:1:26:34:1:0:26:36:0:0 chr9 139732331 . G C 1496.93 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235869;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4234;QD=63.6992;RBI=0.00292;REFB=0;REVB=-0.00172133;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916353;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr9 139735319 . C T 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0815241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3931;QD=4.09683;RBI=0.0869773;REFB=0.0001254;REVB=-0.0303129;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13488;STB=0.58604;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00578648;OID=.;OPOS=139735319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:46:48:10:10:0.172414:5:5:18:28:5:5:19:29 chr9 139739643 . T C 220.51 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.901;QD=49.0027;RBI=0.0652428;REFB=0;REVB=0.0207517;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189565;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:15:18:1:6:9:0:0:7:11:0:0 chr9 139749067 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.25;QD=60.9782;RBI=0.104284;REFB=0;REVB=0.00569663;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516979;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr9 139751649 . G A 186.61 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0472781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6952;QD=27.6463;RBI=0.0529602;REFB=-0.0333302;REVB=0.0238656;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207144;STB=0.615253;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0190582;OID=.;OPOS=139751649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:6:3:12:6:6:3 chr9 139752899 . T G 234.04 PASS AF=1;AO=12;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834266;FXX=0.217297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2713;QD=52.0089;RBI=0.101827;REFB=0;REVB=0.0583845;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101222;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:18:0:0:12:18:1:10:2:0:0:12:6:0:0 chr9 139839904 . T G 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.133005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.299;QD=43.6827;RBI=0.133602;REFB=0.0121966;REVB=-0.012612;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575947;STB=0.53122;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00216051;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:15:5:0:2:15:5:0:2 chr9 139840543 . A G 175.53 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6747;QD=46.8068;RBI=0.0919081;REFB=0;REVB=0.0910345;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171822;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:5:10:0:0 chr9 139848688 . C T 2082.81 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.619;QD=62.6408;RBI=0.0304473;REFB=0;REVB=0.00493456;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65034e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:61:71:0:0:61:72:0:0 chr9 139872048 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.618;QD=60.6451;RBI=0.0502274;REFB=0;REVB=-0.0434062;RO=0;SAF=75;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.36255e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76001e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:38:75:0:0:38:75:0:0 chr9 139878317 . C T 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.126;QD=62.9719;RBI=0.0803777;REFB=0;REVB=0.00931801;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732546;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr9 139878828 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.543;QD=56.1915;RBI=0.0369432;REFB=0;REVB=0.0368229;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84148e-05;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr9 139902214 . A G 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1283;QD=61.2118;RBI=0.0716494;REFB=0;REVB=-0.0715442;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365474;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr9 139904037 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.428;QD=52.6132;RBI=0.0130621;REFB=0;REVB=0.00729638;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66202e-05;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 139906359 . G A 445.9 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170033;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.942;QD=55.7369;RBI=0.0538954;REFB=-0.0629039;REVB=0.051143;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908457;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr9 139912484 . A G 357.45 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0282379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.604;QD=49.3039;RBI=0.0282735;REFB=0.0552858;REVB=0.00141854;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176938;STB=0.50953;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00155242;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:1:1:10:17:1:1 chr9 139913239 . T G 1356.78 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.473;QD=60.9789;RBI=0.0298651;REFB=-0.122009;REVB=0.0205204;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.507691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0005481;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:87:88:0.988764:32:55:0:0:32:56:0:1 chr9 139923265 . A G 660.88 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000876955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.79;QD=48.9538;RBI=0.0346345;REFB=-0.0510422;REVB=0.0346234;RO=4;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434972;STB=0.52316;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00345484;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:22:28:1:3:22:28:1:3 chr9 139926402 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0362968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3437;QD=29.1613;RBI=0.0587374;REFB=-0.0185818;REVB=-0.0461804;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00975392;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:1:2:7:4:1:2 chr9 139937795 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=58.7786;RBI=0.0383854;REFB=0;REVB=0.0374861;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09336e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr9 139937799 . G A 929.72 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416069;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.189;QD=58.1078;RBI=0.0530372;REFB=0;REVB=-0.0328909;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53181e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:40:22:0:0:41:23:0:0 chr9 139943429 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.833;QD=33.4285;RBI=0.108901;REFB=0;REVB=0.108219;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371153;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr9 139943549 . G A 235.26 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0244247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.353;QD=40.9147;RBI=0.0365649;REFB=-0.0632377;REVB=0.0272108;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272783;STB=0.544141;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00147693;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:2:3:20:20:0.869565:13:7:1:1:13:7:2:1 chr9 139943666 . C G 572.62 PASS AF=0.851852;AO=46;DP=54;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0141862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5391;QD=42.416;RBI=0.0740702;REFB=-0.0163742;REVB=0.072699;RO=8;SAF=22;SAR=24;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750898;STB=0.540175;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00251327;OID=.;OPOS=139943666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:54:54:8:8:46:46:0.851852:24:22:6:2:24:22:6:2 chr9 139973820 . C T 1190.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4182;QD=61.0378;RBI=0.0206851;REFB=0;REVB=-0.0206851;RO=0;SAF=0;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144462;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:78:0:0:0:78:0:0:0 chr9 139981627 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.862;QD=51.9167;RBI=0.0034259;REFB=0;REVB=-0.00292871;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62742e-06;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr9 139996641 . C A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0620594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.975;QD=26.026;RBI=0.131625;REFB=-0.0636617;REVB=0.116076;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0247645;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr9 140002989 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6722;QD=60.0308;RBI=0.0471869;REFB=0;REVB=0.0378886;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89894e-05;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr9 140003427 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.479;QD=63.2839;RBI=0.0186064;REFB=0;REVB=0.000873725;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64652e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr9 140006202 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5624;QD=46.8436;RBI=0.0800951;REFB=0;REVB=0.076798;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186243;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr9 140006425 . C G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0835702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.603;QD=55.0901;RBI=0.0844202;REFB=0;REVB=0.0119496;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565833;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr9 140110727 . C T 801.88 PASS AF=0.826667;AO=62;DP=75;FAO=62;FDP=75;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.01406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4051;QD=42.7671;RBI=0.0162665;REFB=-0.0218357;REVB=0.00818027;RO=13;SAF=20;SAR=42;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00554117;STB=0.502958;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00311395;OID=.;OPOS=140110727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:13:13:62:62:0.826667:42:20:4:9:42:20:4:9 chr9 140120396 . C T 56.79 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.993;QD=32.4533;RBI=0.115828;REFB=0;REVB=0.0783706;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407122;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:5:2:0:0 chr9 140130606 . A T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.829;QD=57.1037;RBI=0.0273985;REFB=0;REVB=-0.0087464;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210225;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr9 140139757 . G A 481.14 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0264449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7979;QD=54.9877;RBI=0.15581;REFB=-0.107042;REVB=0.153549;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00166995;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:32:34:0.971429:16:16:0:1:17:17:1:0 chr9 140147152 . C G 472.3 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0208778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7755;QD=40.1958;RBI=0.0882264;REFB=-0.126788;REVB=0.0857205;RO=11;SAF=22;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296676;STB=0.51604;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0370379;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:47:47:11:11:36:36:0.765957:14:22:6:5:14:22:6:5 chr9 140147273 . C T 55.32 PASS AF=0.130435;AO=10;DP=90;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0321284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.78;QD=2.4053;RBI=0.0332732;REFB=-0.00776336;REVB=0.0086528;RO=78;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140018;STB=0.665233;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0860406;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:90:92:78:80:10:12:0.130435:5:5:30:48:5:7:31:49 chr9 140167022 . G A 863.37 PASS AF=0.864865;AO=58;DP=74;FAO=64;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0716204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.194;QD=46.6687;RBI=0.0732395;REFB=-0.00301274;REVB=0.0153146;RO=9;SAF=20;SAR=38;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575713;STB=0.518937;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00113493;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:9:9:58:64:0.864865:38:20:5:4:38:26:5:4 chr9 140176294 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.019;QD=48.7373;RBI=0.0275629;REFB=0;REVB=-0.0271299;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25533e-05;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr9 140177040 . A T 940.94 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4556;QD=57.0266;RBI=0.0260824;REFB=-0.0282461;REVB=-0.0181237;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00540404;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:43:22:0:1:43:22:0:1 chr9 140194949 . T A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00575984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.477;QD=2.28092;RBI=0.017255;REFB=-0.000244572;REVB=-0.0162653;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415072;STB=0.821686;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.002326;OID=.;OPOS=140194949;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:1:5:23:25:1:5:23:25 chr9 140243844 . C T 752.61 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365611;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.611;QD=64.0516;RBI=0.0420007;REFB=0;REVB=0.0206724;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514596;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr9 140247143 . T G 1025.07 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9272;QD=56.9481;RBI=0.0396185;REFB=0.0472441;REVB=-0.0123062;RO=1;SAF=50;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936097;STB=0.504672;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00338509;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:72:1:1:68:71:0.986111:18:50:1:0:18:53:1:0 chr9 140249116 . G GC 35.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00194895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2189;QD=4.3402;RBI=0.0186607;REFB=-0.0911965;REVB=0.0185586;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230887;STB=0.56033;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.14896;OID=.;OPOS=140249117;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:36:11:33:22:6:5:10:12:35:25:5:5:13:12 chr9 140250818 . C G,T 1380.84 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=6,82;DP=88;FAO=5,85;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=5,51;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421152,-0.019057;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.6701,136.489;QD=61.3706;RBI=0.0515313,0.040867;REFB=0,0;REVB=-0.0296949,0.0361517;RO=0;SAF=5,50;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0821754,-0.000555076;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:88:90:0:0:6,82:5,85:0.0555556,0.944444:1,32:5,50:0:0:0,34:5,51:0:0 chr9 140262426 . C T 545.26 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.964;QD=57.3961;RBI=0.0669289;REFB=-0.11444;REVB=0.0285092;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00154564;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr9 140277794 . T C 43.2 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.00469058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.108;QD=1.33956;RBI=0.0397995;REFB=-0.0025487;REVB=-0.0395221;RO=113;SAF=8;SAR=4;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259403;STB=0.709665;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0377143;OID=.;OPOS=140277794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:129:113:117:12:12:0.0930233:4:8:50:63:4:8:50:67 chr9 140277826 . C T 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0190262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5226;QD=1.08965;RBI=0.024894;REFB=0.000384148;REVB=0.0160534;RO=101;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.602889;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00879523;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:113:101:104:9:9:0.079646:4:5:45:56:4:5:46:58 chr9 140330976 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.278;QD=56.9373;RBI=0.103585;REFB=0;REVB=-0.102865;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023583;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr9 140332478 . A G 713.41 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048518;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.13;QD=63.4143;RBI=0.0140079;REFB=0;REVB=0.0131408;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88495e-05;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr9 140357972 . A G 677.86 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0136;QD=60.2539;RBI=0.0201005;REFB=-0.191841;REVB=-0.00742519;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=6.76932e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr9 140374861 . A G 726.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380619;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.908;QD=56.9964;RBI=0.0129553;REFB=0;REVB=-0.0123835;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44439e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr9 140446955 . G T 289.52 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0450034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.967;QD=46.3228;RBI=0.0452315;REFB=-0.0330987;REVB=0.00453676;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10243;STB=0.555506;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00161154;OID=.;OPOS=140446955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:2:0:15:8:2:0 chr9 140777306 . C G 356.27 PASS AF=0.380531;AO=42;DP=112;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0525799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4318;QD=12.6114;RBI=0.0613424;REFB=-0.0316117;REVB=-0.031595;RO=70;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469854;STB=0.533701;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0289979;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:70:70:42:43:0.380531:21:21:32:38:21:22:32:38 chr9 140786918 . T C 1198.05 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132821;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9683;QD=59.9027;RBI=0.0255771;REFB=-0.154723;REVB=0.021858;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000226987;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:1:0:38:41:1:0 chr9 140881314 . A C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.343;QD=57.174;RBI=0.0699469;REFB=0;REVB=0.0688932;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123207;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr9 140911670 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.802;QD=55.0965;RBI=0.0276409;REFB=0;REVB=-0.0244835;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051796;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 141008876 . C T 50.28 PASS AF=0.157895;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000324119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.89;QD=3.5281;RBI=0.021677;REFB=-0.000848747;REVB=-0.0216746;RO=48;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373173;STB=0.689243;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00316373;OID=.;OPOS=141008876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:56:57:48:48:8:9:0.157895:6:2:27:21:6:3:27:21 chr10 294953 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3201;QD=42.1819;RBI=0.0370392;REFB=0;REVB=-0.00545604;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187209;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr10 429977 . G A 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.708;QD=36.8926;RBI=0.0172285;REFB=-0.029911;REVB=-0.0128708;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0122738;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr10 445061 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.114;QD=53.2737;RBI=0.116603;REFB=0;REVB=0.106958;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194838;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr10 459940 . G A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00413564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.836;QD=25.4946;RBI=0.0117368;REFB=-0.01193;REVB=0.010984;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00942047;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:3:4:10:4:3:4 chr10 465117 . G A 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000863829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.574;QD=56.843;RBI=0.0451281;REFB=-0.0333141;REVB=0.0451199;RO=3;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216656;STB=0.51154;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00174961;OID=.;OPOS=465117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:24:22:2:1:24:22:2:1 chr10 696237 . G A 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0250051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.583;QD=45.7672;RBI=0.0264278;REFB=-0.058088;REVB=0.00855424;RO=6;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551528;STB=0.5294;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00772043;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:28:21:1:5:28:21:1:5 chr10 1018585 . T G 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00611453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.775;QD=58.7472;RBI=0.00637974;REFB=-0.0372479;REVB=0.00182034;RO=2;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890967;STB=0.504742;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00357671;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:28:18:1:1:28:18:1:1 chr10 1046712 . G A 869.68 PASS AF=0.866667;AO=62;DP=73;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0168895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.622;QD=46.3827;RBI=0.0635842;REFB=-0.0774005;REVB=0.0613;RO=9;SAF=32;SAR=30;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170711;STB=0.514352;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00920663;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:73:75:9:10:62:65:0.866667:30:32:4:5:32:33:4:6 chr10 1089616 . T C 639.04 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00778894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.033;QD=59.4453;RBI=0.0078964;REFB=-0.154145;REVB=-0.00129829;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00156798;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr10 1142208 . T C 901.13 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.874;QD=58.1377;RBI=0.0421687;REFB=0;REVB=0.0221545;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110695;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr10 1175939 . C T 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0289603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.147;QD=46.0591;RBI=0.0343613;REFB=0.00163408;REVB=0.0184933;RO=4;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285727;STB=0.515408;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-6.03724e-05;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:18:11:2:2:18:11:2:2 chr10 1230968 . C T 1518.96 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.346;QD=61.9985;RBI=0.163135;REFB=-0.0666365;REVB=0.0263218;RO=3;SAF=47;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775815;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:3:0:95:98:1:48:47:3:0:48:50:0:0 chr10 1569095 . G A 1560.37 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231931;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.306;QD=60.0144;RBI=0.00255945;REFB=0;REVB=0.00108241;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02759e-06;OID=.;OPOS=1569095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:63:41:0:0:63:41:0:0 chr10 3143643 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.222;QD=58.1421;RBI=0.0285167;REFB=0;REVB=0.0256842;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161753;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr10 3150973 . C T 510.31 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0482286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9816;QD=52.3391;RBI=0.0488859;REFB=0.0262575;REVB=0.00798904;RO=3;SAF=29;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460087;STB=0.524577;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000518014;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:7:29:3:0:7:29:3:0 chr10 3155620 . A G 769.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0183;QD=57.0291;RBI=0.0420212;REFB=0;REVB=-0.0351909;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94311e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr10 3159006 . C T 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00728161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.515;QD=3.29637;RBI=0.0142595;REFB=-0.00179477;REVB=-0.0122602;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288952;STB=0.70529;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0119843;OID=.;OPOS=3159006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:40:42:7:7:0.142857:5:2:21:19:5:2:22:20 chr10 3172121 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.032;QD=50.4134;RBI=0.0308829;REFB=0;REVB=0.0298196;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012157;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 3178814 . TG T,TC 662.81 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=7,32;DP=44;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268207,0.0244563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.292,185.888;QD=60.2556;RBI=0.0231738,0.0310187;REFB=0,0;REVB=-0.0230181,0.0190802;RO=0;SAF=6,18;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.126826,0.000270991;OID=.,.;OPOS=3178815,3178815;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0681818,0.931818:7,32:44:3,41:44:0:0,24:3,17:0:0:13:0:6,18:1,14:0:0 chr10 3179703 . C T 739.53 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193536;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.047;QD=56.8866;RBI=0.0499115;REFB=0;REVB=0.0460065;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17411e-07;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 3179708 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.878;QD=57.0003;RBI=0.028318;REFB=0;REVB=0.0278456;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13568e-05;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr10 3180227 . T C 771.44 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713797;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0133;QD=57.1434;RBI=0.00736605;REFB=0;REVB=-0.00181881;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019334;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr10 3180316 . T C 357.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.151;QD=55.0095;RBI=0.0128312;REFB=0;REVB=0.00787555;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35748e-05;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr10 3181003 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.36;QD=59.4355;RBI=0.0200667;REFB=0;REVB=0.0197224;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74539e-05;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 3189380 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.65;QD=60.9785;RBI=0.0607857;REFB=0;REVB=-0.0602265;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262259;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr10 3190265 . A G 379.27 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0649618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2359;QD=45.9715;RBI=0.0825829;REFB=-0.0329813;REVB=0.0509892;RO=4;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109202;STB=0.558784;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0045965;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:14:15:4:0:14:15:4:0 chr10 3197856 . C G 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.515;QD=58.133;RBI=0.0206359;REFB=0;REVB=0.0192187;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104802;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr10 3200292 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.052;QD=59.0187;RBI=0.0292263;REFB=0;REVB=0.0267885;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113828;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr10 3202065 . T C 833.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.338;QD=57.4651;RBI=0.0808601;REFB=0;REVB=0.0788566;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032542;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:31:27:0:0 chr10 3206027 . A G 779.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.396;QD=56.687;RBI=0.0312113;REFB=0;REVB=0.0288727;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98652e-05;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:26:29:0:0 chr10 3208557 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.33;QD=49.5991;RBI=0.0145146;REFB=0;REVB=0.014473;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07235e-05;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 3214369 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.752;QD=54.5158;RBI=0.0579118;REFB=0;REVB=0.0418437;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19617e-05;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr10 5042664 . C T 778.0 PASS AF=0.84507;AO=59;DP=70;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00734916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.705;QD=43.8312;RBI=0.00736839;REFB=-0.0186103;REVB=0.000531982;RO=11;SAF=30;SAR=29;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645299;STB=0.532726;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00435489;OID=.;OPOS=5042664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:71:11:11:59:60:0.84507:29:30:8:3:29:31:8:3 chr10 5046957 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.686;QD=51.9167;RBI=0.047545;REFB=0;REVB=0.0208458;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158247;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 5120157 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.722;QD=46.848;RBI=0.0364551;REFB=0;REVB=0.0348705;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019355;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:4:11:0:0 chr10 5136651 . C G 1076.93 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0247565;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.843;QD=55.9443;RBI=0.0262776;REFB=-0.0724928;REVB=0.00881068;RO=2;SAF=32;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315477;STB=0.504442;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000113294;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:77:2:3:73:74:0.961039:41:32:1:1:41:33:1:2 chr10 5139685 . G A 775.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.877;QD=63.2736;RBI=0.0230897;REFB=0;REVB=-0.00600659;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35039e-05;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:27:19:0:0:28:21:0:0 chr10 5141058 . G A 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0165074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.414;QD=11.1939;RBI=0.022357;REFB=-0.00042794;REVB=0.0150778;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418302;STB=0.524958;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000425472;OID=.;OPOS=5141058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:10:12:7:5:10:12 chr10 5199934 . G C 239.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8172;QD=50.3709;RBI=0.120896;REFB=0;REVB=0.0605396;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320696;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 5202060 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.8692;QD=33.4284;RBI=0.0607515;REFB=0;REVB=0.0438548;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321076;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 5202104 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5737;QD=33.4284;RBI=0.0281114;REFB=0;REVB=-0.0273784;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213746;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 5244441 . A G,T 528.44 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,3;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342013,-0.0495326;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=173.88,29.4158;QD=58.7155;RBI=0.0553966,0.0501786;REFB=0,0;REVB=0.0435782,-0.00802586;RO=0;SAF=21,2;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000217138,0.171378;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:33,3:34,2:0.944444,0.0555556:12,1:21,2:0:0:13,0:21,2:0:0 chr10 5255024 . C CG,G 437.67 PASS AF=0.807692,0;AO=10,2;DP=52;FAO=42,0;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=9,0;FSAR=33,0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0346914,0.0077555;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=69.904,23.357;QD=33.6672;RBI=0.0443778,0.0259508;REFB=-0.0506062,-0.00194184;REVB=0.0276748,-0.0247648;RO=40;SAF=0,0;SAR=10,2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.724267,-0.403343;STB=0.678478,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0322332,0;OID=.,.;OPOS=5255025,5255024;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:52:40:10:10,2:42,0:0.807692,0:10,2:0,0:19:21:33,0:9,0:10:0 chr10 5255025 . A G 569.45 PASS AF=1;AO=31;DP=53;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627573;FXX=0.235248;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.629;QD=58.4052;RBI=0.0689336;REFB=0;REVB=0.0285194;RO=14;SAF=10;SAR=21;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245506;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:39:14:0:31:39:1:21:10:2:12:21:18:0:0 chr10 5415954 . A G 414.57 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0362727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.814;QD=47.3791;RBI=0.0363496;REFB=-0.0214845;REVB=-0.00236212;RO=4;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116129;STB=0.56246;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00559388;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:14:17:0:4:14:17:0:4 chr10 5435918 . G A 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.49;QD=62.3405;RBI=0.0434192;REFB=0;REVB=0.0383745;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897883;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr10 5436259 . CA C,CG 746.66 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=7,45;DP=54;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244414,0.054363;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.009,207.985;QD=56.3516;RBI=0.028946,0.0550552;REFB=0,0;REVB=0.0155077,0.00870246;RO=0;SAF=7,20;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00143316,0.000907601;OID=.,.;OPOS=5436260,5436260;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:7,45:54:1,52:53:0:1,27:0,25:0:0:4:0:7,20:0,25:0:0 chr10 5437365 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.29;QD=59.3227;RBI=0.0309913;REFB=0;REVB=-0.028003;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04349e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr10 5446794 . C T 471.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2407;QD=57.1719;RBI=0.046733;REFB=0;REVB=-0.0186874;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904763;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr10 5471200 . C T 1157.28 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00922085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4962;QD=58.5966;RBI=0.0559666;REFB=-0.127824;REVB=0.0552018;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205689;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00230325;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:45:32:0:2:46:32:0:1 chr10 5495218 . T C 539.88 PASS AF=0.948718;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194113;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.377;QD=55.3719;RBI=0.0541194;REFB=-0.0289635;REVB=0.0505184;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00151337;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:38:37:0.948718:20:18:0:0:20:17:1:1 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 809.25 PASS AF=0.982759,0,0.0172414;AO=39,23,5;DP=72;FAO=57,0,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,1;FSAR=34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231325,-0.0259596,-0.0291705;FXX=0.0645057;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=161.302,155.184,141.492;QD=55.8105;RBI=0.117458,0.0587278,0.0802906;REFB=0,0,0;REVB=0.115158,0.0526788,0.0748042;RO=3;SAF=8,16,3;SAR=31,7,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0258085,0.0874123,0.165639;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00123841,0.0204317,0.00594735;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:72:58:3:0:39,23,5:57,0,1:0.982759,0,0.0172414:31,7,2:8,16,3:1:2:34,0,0:23,0,1:0:0 chr10 5541183 . C T 435.5 PASS AF=0.895833;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.165377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5097;QD=36.2914;RBI=0.226218;REFB=-0.133256;REVB=0.154354;RO=5;SAF=22;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152001;STB=0.506819;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0631575;OID=.;OPOS=5541183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:5:5:42:43:0.895833:20:22:3:2:20:23:3:2 chr10 5567366 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6909;QD=60.546;RBI=0.0307047;REFB=0;REVB=-0.0143549;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337123;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 5567695 . G A 1291.7 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588643;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.717;QD=62.2506;RBI=0.0594005;REFB=0;REVB=0.00796299;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183559;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:81:83:1:34:47:0:0:36:47:0:0 chr10 5567967 . G T 837.26 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.025;QD=55.8171;RBI=0.050009;REFB=-0.153359;REVB=0.0391169;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000428186;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr10 5673528 . G A 185.68 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.634;QD=43.6899;RBI=0.103782;REFB=-0.163518;REVB=-0.00731142;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000701616;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:17:17:0:1:16:16:0.941176:10:6:0:0:10:6:0:1 chr10 5765637 . C T 523.09 PASS AF=0.902439;AO=31;DP=36;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00385107;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.848;QD=51.0328;RBI=0.0386418;REFB=-0.00730998;REVB=0.0384495;RO=4;SAF=14;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103576;STB=0.501319;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00150677;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:41:4:4:31:37:0.902439:17:14:2:2:18:19:2:2 chr10 5781628 . T G 731.41 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0322506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8739;QD=58.513;RBI=0.0382074;REFB=0.0534734;REVB=0.0204868;RO=2;SAF=29;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817205;STB=0.504346;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00264539;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:19:29:1:1:19:29:1:1 chr10 5781969 . A T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4808;QD=46.96;RBI=0.0226322;REFB=0.0438948;REVB=0.0020543;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00264023;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr10 5788608 . G C 147.44 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00865223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.838;QD=36.8595;RBI=0.00891456;REFB=-0.0200385;REVB=-0.0021467;RO=2;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900727;STB=0.549925;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00372045;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:3:11:1:1:3:11:1:1 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 317.76 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0141548;FXX=0.117612;HRUN=2;LEN=9;MLLD=347.733;QD=42.3682;RBI=0.0142868;REFB=-0.0401386;REVB=-0.00193781;RO=2;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=del;VARB=0.00240154;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:28:33:28:30:2:16:12:1:1:6:2:16:12:1:1 chr10 5790420 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.08;QD=48.7357;RBI=0.0253201;REFB=0;REVB=0.0188885;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61124e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 5790616 . A G 557.77 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0252183;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1576;QD=46.4809;RBI=0.0290833;REFB=-0.03634;REVB=-0.0144871;RO=7;SAF=22;SAR=18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463068;STB=0.512652;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00422353;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:7:8:40:40:0.833333:18:22:5:2:18:22:5:3 chr10 5804531 . G A 705.86 PASS AF=0.9;AO=53;DP=61;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00518258;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.077;QD=47.0575;RBI=0.0288446;REFB=-0.00615177;REVB=0.0283752;RO=6;SAF=19;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626688;STB=0.533807;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000372057;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:60:6:6:53:54:0.9:34:19:4:2:35:19:4:2 chr10 5920121 . T C 224.41 PASS AF=1;AO=8;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.165;QD=49.8677;RBI=0.0679694;REFB=0;REVB=0.0645122;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578988;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:8:18:1:1:7:0:0:11:7:0:0 chr10 5925971 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.508;QD=40.7624;RBI=0.0459092;REFB=0;REVB=0.0383524;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108077;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr10 6008172 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00222246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.634;QD=3.15729;RBI=0.0131144;REFB=-0.00474672;REVB=-0.0129248;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282973;STB=0.713471;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0294722;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:23:13:1:5:23:13 chr10 6191735 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2238;QD=59.4348;RBI=0.049973;REFB=0;REVB=0.0444872;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273248;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr10 6287695 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.524;QD=30.7902;RBI=0.0614511;REFB=0.0173568;REVB=0.0186244;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00341319;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr10 6393260 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.854;QD=39.2068;RBI=0.0280145;REFB=0;REVB=0.0199161;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629946;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 6393706 . ACAGGCAGGCAG ACAGGCA,ACAGGCAG 225.53 PASS AF=0,1;AO=2,10;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104002,0.00144777;FXX=0.0475964;HRUN=2,2;LEN=5,4;MLLD=156.11,178.8;QD=45.105;RBI=0.0417808,0.06089;REFB=0,0;REVB=0.0404657,0.0608727;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.269962,0.269962;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000209703;OID=.,.;OPOS=6393713,6393707;OREF=GGCAG,CAGG;OALT=-,-;OMAPALT=ACAGGCA,ACAGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,10:20:0,20:20:0:0,7:0,13:0:0:4:0:0,7:2,3:0:0 chr10 7285632 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.963;QD=55.0985;RBI=0.0847106;REFB=0;REVB=0.0154494;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120988;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 7605067 . C T 448.58 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0139212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.097;QD=42.7219;RBI=0.0171853;REFB=0.00424939;REVB=0.0100765;RO=7;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895718;STB=0.532145;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000765681;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:7:8:34:34:0.809524:14:20:6:1:14:20:6:2 chr10 7605076 . GTC CGT,GT 686.43 PASS AF=0,1;AO=2,41;DP=45;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202939,0.0326081;FXX=0.0222173;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=134.309,32.4215;QD=62.4029;RBI=0.00372344,0.04865;REFB=0,0;REVB=-0.00312179,-0.0361045;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.213368;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-7.70182e-05;OID=.,.;OPOS=7605076,7605078;OREF=GTC,C;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:45:44:0:0:2,41:0,44:0,1:0,15:2,26:0:0:0,15:0,29:0:0 chr10 7605101 . A G 740.33 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7944;QD=63.0065;RBI=0.0771865;REFB=0;REVB=-0.0331505;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520563;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr10 7611648 . G A 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00697431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.374;QD=35.7994;RBI=0.0139232;REFB=-0.0183459;REVB=0.0120505;RO=10;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173108;STB=0.509427;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00716906;OID=.;OPOS=7611648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:15:13:5:5:15:13:5:5 chr10 7618686 . T G 406.16 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.85;QD=56.0217;RBI=0.0464191;REFB=0;REVB=0.02033;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016672;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:21:5:0:0:23:6:0:0 chr10 7679393 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7258;QD=51.1804;RBI=0.0126933;REFB=0;REVB=-0.0105856;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541504;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 7759595 . C T 243.57 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520556;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.061;QD=51.278;RBI=0.0568923;REFB=0;REVB=0.0229553;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238265;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr10 7763661 . A G 885.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.566;QD=58.0502;RBI=0.0216301;REFB=0;REVB=0.0136438;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32278e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr10 7797903 . C CAACT 258.89 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341932;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=4;MLLD=302.096;QD=51.7772;RBI=0.0342697;REFB=0;REVB=0.00228863;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000177693;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:10:10:0:0:4:0:10:9:0:0 chr10 7808086 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2498;QD=51.1825;RBI=0.024635;REFB=0;REVB=0.0047976;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833674;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr10 8006798 . A G 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.243;QD=55.0083;RBI=0.0438709;REFB=-0.0826888;REVB=0.0345529;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000899257;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr10 8007559 . GT CC 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284516;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=110.158;QD=49.5992;RBI=0.0834913;REFB=0;REVB=0.078494;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00125684;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr10 8100461 . C T 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.685;QD=45.1079;RBI=0.0686385;REFB=-0.134354;REVB=0.00179704;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000545604;OID=.;OPOS=8100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:1:0:13:5:1:0 chr10 11299735 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.065;QD=63.2868;RBI=0.0315234;REFB=0;REVB=0.0314205;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24836e-05;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr10 11356160 . C T 613.88 PASS AF=0.888889;AO=45;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.010513;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.755;QD=45.4725;RBI=0.0338172;REFB=0.00191447;REVB=0.0321415;RO=6;SAF=26;SAR=19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174859;STB=0.50949;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000461674;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:6:6:45:48:0.888889:19:26:3:3:20:28:3:3 chr10 11373418 . A ATC 528.03 PASS AF=0.803571;AO=40;DP=57;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000134492;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.352;QD=37.7165;RBI=0.00904552;REFB=-0.0186207;REVB=-0.00904452;RO=11;SAF=17;SAR=23;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120709;STB=0.515906;STBP=0.677;TYPE=ins;VARB=0.00333089;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.803571:40:57:45:56:11:17:28:5:6:69:11:17:23:5:6 chr10 11373420 . G C 30.34 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=58;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00288152;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8939;QD=2.16707;RBI=0.0353428;REFB=-0.0108116;REVB=-0.0352251;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360025;STB=0.563884;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0159095;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:56:47:50:6:6:0.107143:4:2:17:30:4:2:20:30 chr10 11504313 . C T 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5721;QD=51.1681;RBI=0.0366105;REFB=0;REVB=-0.0117322;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124289;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 11789382 . G A 482.37 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0686;QD=58.4686;RBI=0.0732271;REFB=0;REVB=-0.0634219;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164824;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr10 11789405 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.293;QD=59.8386;RBI=0.0525071;REFB=0;REVB=-0.00318519;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185693;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr10 11797436 . T C 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7328;QD=60.2125;RBI=0.101539;REFB=0;REVB=-0.0927206;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211109;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr10 11797467 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.806;QD=58.1421;RBI=0.0784504;REFB=0;REVB=0.0777247;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406562;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 12111090 . T C 1119.27 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0523671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6443;QD=58.9091;RBI=0.0589859;REFB=0.0224094;REVB=0.0271482;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00294523;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:32:42:1:0:33:42:1:0 chr10 12131081 . T G 475.81 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0485987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0855;QD=41.375;RBI=0.0486406;REFB=0.011408;REVB=0.00201884;RO=10;SAF=24;SAR=12;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160601;STB=0.586163;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00189532;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:12:24:10:0:12:24:10:0 chr10 12143105 . C G 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.778;QD=56.997;RBI=0.0184719;REFB=0;REVB=0.00777405;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32109e-05;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr10 12148259 . A C 613.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.275;QD=61.3883;RBI=0.0157676;REFB=0;REVB=-0.0117823;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31763e-06;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr10 12148286 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0575;QD=60.9743;RBI=0.0508998;REFB=0;REVB=0.0502721;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509949;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr10 12149939 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.759;QD=53.2772;RBI=0.0141756;REFB=0;REVB=0.00237753;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46454e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr10 12191933 . C T 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0111544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.366;QD=4.87947;RBI=0.0122818;REFB=0.00124572;REVB=-0.00514027;RO=39;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417427;STB=0.777161;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00573932;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:2:7:17:22:2:7:17:22 chr10 12212186 . T A 563.65 PASS AF=0.869565;AO=39;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.017895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.937;QD=49.0132;RBI=0.0179145;REFB=-0.00628212;REVB=0.000834354;RO=6;SAF=18;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510711;STB=0.524988;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00105103;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:39:40:0.869565:21:18:4:2:21:19:4:2 chr10 12291584 . C T 528.19 PASS AF=0.795918;AO=38;DP=48;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0271889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6411;QD=43.1172;RBI=0.0706058;REFB=-0.0227265;REVB=0.0651609;RO=10;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580017;STB=0.533316;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00719028;OID=.;OPOS=12291584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:49:10:10:38:39:0.795918:17:21:7:3:18:21:7:3 chr10 12695177 . A G 423.85 PASS AF=0.820513;AO=34;DP=41;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0262922;FXX=0.0487686;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.255;QD=43.4713;RBI=0.0309479;REFB=-0.0142937;REVB=0.0163245;RO=7;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821377;STB=0.540959;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00269811;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:41:39:7:7:34:32:0.820513:21:13:1:6:21:11:1:6 chr10 12867598 . C G 443.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0841487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2033;QD=57.2853;RBI=0.0935557;REFB=0;REVB=0.0408861;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427856;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr10 12940455 . A G 476.57 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.472;QD=57.766;RBI=0.0353381;REFB=0;REVB=-0.00755337;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110826;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr10 13158257 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0703142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.43;QD=44.0924;RBI=0.0709901;REFB=-0.0965012;REVB=-0.00977236;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00113465;OID=.;OPOS=13158257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:0:1:14:3:0:1 chr10 13158262 . C T 253.61 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.165;QD=50.7213;RBI=0.0161705;REFB=0;REVB=0.0140578;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481183;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:14:4:0:0:16:4:0:0 chr10 13166076 . A G 281.95 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00452072;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.463;QD=49.0341;RBI=0.0101256;REFB=-0.12284;REVB=-0.00906045;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00752156;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr10 13206233 . A T 830.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.956;QD=57.2785;RBI=0.0325882;REFB=0;REVB=0.0320535;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79768e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:23:35:0:0 chr10 13214753 . G C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.04443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5767;QD=32.3668;RBI=0.0744359;REFB=0.00701037;REVB=-0.0597216;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097715;STB=0.55437;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0112203;OID=.;OPOS=13214753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:8:5:2:1:8:5:2:1 chr10 13230950 . C T 593.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.725;QD=60.8474;RBI=0.03985;REFB=0;REVB=0.014925;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174951;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:19:20:0:0 chr10 13275553 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.327;QD=43.4861;RBI=0.0466779;REFB=0;REVB=0.045475;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297526;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 13275811 . AG A 60.22 PASS AF=0.6;AO=10;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0925315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9276;QD=16.0575;RBI=0.205475;REFB=-0.134581;REVB=-0.183461;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327428;STB=0.66622;STBP=0.267;TYPE=del;VARB=0.0819632;OID=.;OPOS=13275812;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:10:15:9:15:6:1:8:2:4:27:5:1:9:2:3 chr10 13337588 . G A 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.605;QD=53.3668;RBI=0.0152571;REFB=-0.149122;REVB=-0.0106789;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00183977;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:0:1:19:10:0:1 chr10 13375906 . T C 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00409976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.522;QD=3.07352;RBI=0.0249119;REFB=-0.00313008;REVB=0.0245722;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800971;STB=0.557949;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.019828;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:16:21:3:3:16:21 chr10 13534851 . A G 325.92 PASS AF=0.771429;AO=24;DP=32;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0205635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.978;QD=37.2481;RBI=0.0280508;REFB=-0.00609843;REVB=0.0190785;RO=8;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969632;STB=0.53775;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00182295;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:35:8:8:24:27:0.771429:13:11:2:6:16:11:2:6 chr10 13633835 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5994;QD=62.9776;RBI=0.0637635;REFB=0;REVB=-0.0357903;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238388;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr10 13685766 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.31;QD=47.8223;RBI=0.0191343;REFB=0;REVB=0.00209326;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173261;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr10 13687890 . G A 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.313;QD=48.7206;RBI=0.0408705;REFB=0;REVB=0.00862466;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257726;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr10 13735947 . A G 874.78 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=57.3625;RBI=0.0147109;REFB=0;REVB=-0.00604179;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64982e-05;OID=.;OPOS=13735947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:41:20:0:0 chr10 13769842 . A G 340.45 PASS AF=0.783784;AO=27;DP=35;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00687938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.098;QD=36.8049;RBI=0.022158;REFB=-0.0219204;REVB=0.021063;RO=8;SAF=18;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400131;STB=0.515408;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00701868;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:37:8:8:27:29:0.783784:9:18:6:2:9:20:6:2 chr10 14950962 . A C 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0477988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1462;QD=39.4353;RBI=0.0759156;REFB=-0.020523;REVB=0.0589785;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.541616;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00763028;OID=.;OPOS=14950962;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:2:0:5:11:2:0 chr10 14976727 . G C 422.25 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0190541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4616;QD=44.4468;RBI=0.0196863;REFB=-0.0472596;REVB=0.00494884;RO=6;SAF=7;SAR=25;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475611;STB=0.525684;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00806682;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:25:7:2:4:25:7:2:4 chr10 15573050 . A G 46.52 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.032104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.118;QD=2.29748;RBI=0.0326263;REFB=-0.00770191;REVB=0.00581478;RO=70;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346419;STB=0.518482;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.058823;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:70:71:10:10:0.123457:5:5:33:37:5:5:34:37 chr10 15649710 . G A 69.21 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0202186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1307;QD=3.4176;RBI=0.0450681;REFB=0.000112085;REVB=-0.0402783;RO=66;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453273;STB=0.806013;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00165642;OID=.;OPOS=15649710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:66:68:13:13:0.160494:3:10:26:40:3:10:26:42 chr10 16796919 . C A 700.54 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00249329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.479;QD=50.9481;RBI=0.0219986;REFB=0.012256;REVB=-0.0218568;RO=3;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752329;STB=0.503998;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000734361;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:31:21:1:2:31:21:1:2 chr10 16870912 . G T 828.7 PASS AF=0.851351;AO=62;DP=73;FAO=63;FDP=74;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0226378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.217;QD=44.7944;RBI=0.022837;REFB=-0.0595394;REVB=-0.00300925;RO=11;SAF=28;SAR=34;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776446;STB=0.541925;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00563565;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:74:11:11:62:63:0.851351:34:28:2:9:34:29:2:9 chr10 16943371 . G C 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012123;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.047;QD=55.1448;RBI=0.0121618;REFB=0;REVB=0.000970218;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61972e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 16967401 . C T 453.88 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.412;QD=55.0153;RBI=0.0541018;REFB=-0.152893;REVB=-0.0480814;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00295001;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:1:0:22:10:1:0 chr10 16979661 . T C 701.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.251;QD=62.3231;RBI=0.00821101;REFB=0;REVB=-0.00641901;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51408e-06;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr10 17113563 . C T 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0122926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8208;QD=1.72312;RBI=0.0456099;REFB=-0.0032297;REVB=-0.0439221;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00816779;STB=0.506313;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0237914;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:4:4:36:35:4:4:36:35 chr10 17146590 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0545316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.398;QD=21.8421;RBI=0.0545606;REFB=-0.00523649;REVB=-0.00177726;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000917162;OID=.;OPOS=17146590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr10 17152994 . G A 452.07 PASS AF=0.795455;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0363365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.988;QD=41.0975;RBI=0.0377598;REFB=-0.0322695;REVB=-0.0102694;RO=9;SAF=17;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215179;STB=0.508448;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0083671;OID=.;OPOS=17152994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:44:9:9:34:35:0.795455:17:17:4:5:18:17:4:5 chr10 17153023 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0161532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.509;QD=4.46117;RBI=0.016813;REFB=-0.0121669;REVB=-0.00466398;RO=25;SAF=0;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660371;STB=0.782104;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0337271;OID=.;OPOS=17153023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:5:6:0.193548:5:0:12:13:5:1:12:13 chr10 17156151 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0446511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.668;QD=57.8247;RBI=0.044723;REFB=0.0252384;REVB=0.00253425;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000204;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr10 17187634 . G C 595.19 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00306789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.556;QD=52.9059;RBI=0.00520555;REFB=0.000754121;REVB=-0.00420545;RO=4;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521145;STB=0.527855;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-9.80459e-05;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:23:18:3:1:23:18:3:1 chr10 17204187 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0745436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0489;QD=41.6801;RBI=0.0775566;REFB=0.0575405;REVB=0.0214074;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338663;STB=0.518498;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00597167;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:12:6:1:1:12:6:1:1 chr10 17216556 . C T 658.47 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0639214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0323;QD=56.0397;RBI=0.0639287;REFB=0.0301707;REVB=-0.000968438;RO=3;SAF=30;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208796;STB=0.501113;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00423901;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:14:30:2:1:14:30:2:1 chr10 17256343 . TTA T,TT,TTT 47.05 PASS AF=0,0.262295,0;AO=11,13,16;DP=92;FAO=0,16,0;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=0,12,0;FSAR=0,4,0;FSRF=39;FSRR=6;FWDB=-0.19813,-0.114206,0.0849279;FXX=0.227819;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.5483,8.20377,12.7554;QD=3.08527;RBI=0.212904,0.134433,0.0849989;REFB=-0.0664871,-0.17274,-0.106193;REVB=-0.0779272,-0.0709175,0.00347182;RO=31;SAF=10,11,0;SAR=1,2,16;SRF=26;SRR=5;SSEN=0,0.34252,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.193884,0.0163141,-0.859284;STB=0.5,0.629496,0.5;STBP=1,0.36,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0785471,0.176439,0;OID=.,.,.;OPOS=17256344,17256345,17256345;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.262295,0:11,13,16:92:0,16,0:61:45:0,12,0:0,4,0:39:6:44:31:10,11,0:1,2,16:26:5 chr10 17256354 . ATT ATA,AT,ATTT 702.53 PASS AF=0.140187,0.82243,0;AO=14,40,13;DP=108;FAO=15,88,0;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=0,45,0;FSAR=15,43,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0759697,1.02347,-0.987019;FXX=0.0183469;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,1;MLLD=216.55,10.5036,10.2417;QD=26.2626;RBI=0.0770908,1.02363,0.987019;REFB=-0.0135483,-0.100714,0.103702;REVB=-0.013099,-0.0182274,-0.00011391;RO=35;SAF=0,2,13;SAR=14,38,0;SRF=28;SRR=7;SSEN=0,0.448276,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.843772,-0.759892,0.71872;STB=0.5,0.522217,0.5;STBP=1,0.074,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0521388,0.0469834,0;OID=.,.,.;OPOS=17256356,17256355,17256355;OREF=T,T,-;OALT=A,-,T;OMAPALT=ATA,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.140187,0.82243,0:14,40,13:108:15,88,0:107:4:0,45,0:15,43,0:0:4:73:35:0,2,13:14,38,0:28:7 chr10 17891705 . A G 30.49 PASS AF=0.0666667;AO=12;DP=180;FAO=12;FDP=180;FR=.;FRO=168;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=94;FWDB=0.0174496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.693;QD=0.677525;RBI=0.0328909;REFB=0.000659145;REVB=0.0278805;RO=168;SAF=6;SAR=6;SRF=74;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638298;STB=0.555464;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0099225;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:180:180:168:168:12:12:0.0666667:6:6:74:94:6:6:74:94 chr10 18242304 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.248;QD=42.1826;RBI=0.021688;REFB=0;REVB=-0.0186594;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242411;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 18829978 . GAAA GAAATGTT,TGTT 681.04 PASS AF=0.909091,0.0363636;AO=42,2;DP=56;FAO=50,2;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=30,2;FSAR=20,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0154917,-0.000777578;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=212.55,110.732;QD=49.5298;RBI=0.0179634,0.0201521;REFB=0.0551367,0.0326769;REVB=-0.00909344,-0.0201371;RO=4;SAF=25,2;SAR=17,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0262828,0.569412;STB=0.503935,0.991947;STBP=0.924,0.367;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000411113,-0.0292816;OID=.,.;OPOS=18829982,18829978;OREF=-,GAAA;OALT=TGTT,TGTT;OMAPALT=GAAATGTT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:55:4:3:42,2:50,2:0.909091,0.0363636:17,0:25,2:3:1:20,0:30,2:2:1 chr10 18829981 . A ATGTT 50.0 PASS AO=39;DP=63;LEN=4;RO=24;SAF=31;SAR=20;SRF=4;SRR=8;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:63:24:39:20:31:4:8 chr10 18965160 . G A 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0162808;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.219;QD=2.25365;RBI=0.0390257;REFB=-0.00700458;REVB=-0.0354675;RO=61;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343031;STB=0.760228;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0239549;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:69:68:61:60:8:8:0.117647:2:6:28:33:2:6:27:33 chr10 19492832 . A C 544.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.32;QD=58.8536;RBI=0.0715447;REFB=0;REVB=0.0123316;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345816;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr10 19498278 . G A 804.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.219;QD=64.3708;RBI=0.0224099;REFB=0;REVB=0.0125001;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0064e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr10 19640982 . C T 739.27 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0168074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3184;QD=50.1202;RBI=0.0577807;REFB=0.0929356;REVB=-0.0552822;RO=4;SAF=31;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823852;STB=0.504379;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00724755;OID=.;OPOS=19640982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:24:31:2:2:24:31:2:2 chr10 19676553 . A G 540.34 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.000244226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.072;QD=36.0229;RBI=0.0341498;REFB=-0.0226803;REVB=-0.0341489;RO=14;SAF=37;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373047;STB=0.520039;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.010585;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:14:14:46:46:0.766667:9:37:12:2:9:37:12:2 chr10 19676561 . G A 617.55 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00592707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.317;QD=38.0031;RBI=0.0199851;REFB=-0.00828023;REVB=-0.0190859;RO=14;SAF=38;SAR=13;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612212;STB=0.532774;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000409999;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:13:38:12:2:13:38:12:2 chr10 19678286 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.626;QD=60.2045;RBI=0.042645;REFB=0;REVB=0.00401195;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107195;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr10 19678449 . A G 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0222046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.816;QD=3.02602;RBI=0.0224776;REFB=-0.0025333;REVB=-0.00349258;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984039;STB=0.571225;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0364212;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:3:4:22:23:3:4:22:23 chr10 19678497 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.803;QD=63.8691;RBI=0.00191317;REFB=0;REVB=-0.000771877;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12444e-05;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr10 19777982 . G A 97.04 PASS AF=0.125;AO=23;DP=184;FAO=23;FDP=184;FR=.;FRO=161;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=121;FWDB=-0.0363377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.604;QD=2.10966;RBI=0.046946;REFB=-0.00411765;REVB=-0.0297238;RO=160;SAF=7;SAR=16;SRF=39;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095944;STB=0.560441;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.032799;OID=.;OPOS=19777982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:184:184:160:161:23:23:0.125:16:7:39:121:16:7:40:121 chr10 19778001 . G A 665.22 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=69;FWDB=0.00840808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.974;QD=15.9335;RBI=0.0210643;REFB=-0.0209809;REVB=0.0193135;RO=94;SAF=15;SAR=58;SRF=25;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876164;STB=0.549098;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0162883;OID=.;OPOS=19778001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:73:73:0.437126:58:15:25:69:58:15:25:69 chr10 19778056 . G A 1140.24 PASS AF=0.864078;AO=81;DP=98;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00412123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.461;QD=44.281;RBI=0.0541056;REFB=-0.0261597;REVB=0.0539484;RO=15;SAF=18;SAR=63;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721373;STB=0.525108;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00457575;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:98:103:15:14:81:89:0.864078:63:18:6:9:69:20:5:9 chr10 19778072 . A G 1090.43 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000591846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.451;QD=57.3909;RBI=0.00415452;REFB=-0.03391;REVB=0.00411215;RO=2;SAF=22;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120062;STB=0.506349;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-8.46227e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:52:22:1:1:52:22:1:1 chr10 19780543 . C T 403.13 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00814721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.971;QD=48.8647;RBI=0.0248498;REFB=0.06321;REVB=0.0234763;RO=3;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899482;STB=0.548355;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0021913;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:14:16:0:3:14:16:0:3 chr10 19787418 . T G 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00171711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.842;QD=3.7899;RBI=0.0407575;REFB=-0.00755351;REVB=-0.0407213;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326722;STB=0.720431;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0521493;OID=.;OPOS=19787418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:28:15:5:3:28:15 chr10 19896830 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.581;QD=54.5177;RBI=0.0272934;REFB=0;REVB=0.00794548;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15421e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr10 20534333 . A G 769.98 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303128;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4376;QD=64.1653;RBI=0.0315577;REFB=0;REVB=-0.00877611;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231132;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr10 21074344 . A G 928.53 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5422;QD=58.0334;RBI=0.0922447;REFB=0;REVB=0.0884429;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079069;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr10 21074455 . T C 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0187975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.897;QD=2.99605;RBI=0.0195952;REFB=-0.00159672;REVB=0.00553388;RO=63;SAF=4;SAR=7;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122375;STB=0.59187;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00899123;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:63:64:11:11:0.146667:7:4:29:34:7:4:30:34 chr10 21108377 . C T 511.74 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0235424;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2438;QD=35.2927;RBI=0.0274936;REFB=0.00206534;REVB=-0.0142005;RO=14;SAF=19;SAR=25;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342585;STB=0.518451;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00107467;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:25:19:5:9:25:19:5:9 chr10 22498749 . A T 1026.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9574;QD=58.6729;RBI=0.0666337;REFB=0;REVB=0.0347147;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159235;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:32:38:0:0 chr10 22825596 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.327;QD=43.4858;RBI=0.0356865;REFB=0;REVB=-0.0170531;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337552;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 23297252 . G A 1752.89 PASS AF=0.868421;AO=128;DP=149;FAO=132;FDP=152;FR=.;FRO=20;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0301745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2617;QD=46.1288;RBI=0.0523428;REFB=-0.0192275;REVB=0.0427699;RO=18;SAF=49;SAR=79;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554806;STB=0.523656;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00152871;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:149:152:18:20:128:132:0.868421:79:49:11:7:82:50:11:9 chr10 23297301 . C T 61.33 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=-0.00899195;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.732;QD=2.11477;RBI=0.0584351;REFB=0.000678084;REVB=-0.0577391;RO=96;SAF=2;SAR=12;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318607;STB=0.759064;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0120646;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:117:116:96:102:14:14:0.12069:12:2:33:63:12:2:38:64 chr10 23393091 . A G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0118253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.546;QD=6.01501;RBI=0.020375;REFB=-0.00284867;REVB=0.0165923;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225919;STB=0.501422;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106242;OID=.;OPOS=23393091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:5:8:27:17:5:8:27:17 chr10 23482635 . T C 75.28 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.943;QD=37.6382;RBI=0.24219;REFB=0;REVB=0.0236398;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153281;OID=.;OPOS=23482635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:5:0:0:0:6:2:0:0 chr10 23556110 . A G 622.78 PASS AF=0.921569;AO=46;DP=50;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0230348;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.066;QD=48.8457;RBI=0.0493485;REFB=-0.139748;REVB=0.0436426;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.532245;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00307029;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:51:0:4:46:47:0.921569:28:18:0:0:29:18:0:4 chr10 23633566 . C A 926.6 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137627;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.965;QD=57.0213;RBI=0.0405879;REFB=-0.0910221;REVB=0.0381833;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00149278;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:0:1:31:33:0:1 chr10 24564653 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.38;QD=43.4862;RBI=0.0724266;REFB=0;REVB=0.071963;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294161;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 24721946 . A C 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5108;QD=50.3863;RBI=0.141211;REFB=0;REVB=0.140793;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414334;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr10 24813397 . GC G 30.96 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0487606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.214;QD=6.19113;RBI=0.0508945;REFB=0.0114448;REVB=0.0145827;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423947;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.00254025;OID=.;OPOS=24813398;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:20:6:20:14:5:1:6:8:30:14:4:1:6:8 chr10 24873369 . C G 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0401434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.805;QD=46.819;RBI=0.0442315;REFB=0.0302768;REVB=0.0185724;RO=3;SAF=5;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133561;STB=0.572433;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000609307;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:22:5:2:1:22:5:2:1 chr10 24879281 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.387;QD=59.838;RBI=0.0310647;REFB=0;REVB=0.0132233;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55959e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr10 24908686 . T C 438.23 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0619;QD=50.0839;RBI=0.0157259;REFB=-0.0908195;REVB=0.00341528;RO=3;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639721;STB=0.534391;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00965687;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:10:22:1:2:10:22:1:2 chr10 24910209 . G A 412.23 PASS AF=0.885714;AO=30;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0359602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4491;QD=47.1123;RBI=0.036208;REFB=0.034926;REVB=0.0042288;RO=4;SAF=17;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978515;STB=0.552598;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0043725;OID=.;OPOS=24910209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:30:31:0.885714:13:17:4:0:14:17:4:0 chr10 24929141 . G A 1859.92 PASS AF=0.878378;AO=129;DP=146;FAO=130;FDP=148;FR=.;FRO=18;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00895437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.145;QD=50.268;RBI=0.0343043;REFB=-0.0220537;REVB=0.033115;RO=17;SAF=47;SAR=82;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523738;STB=0.524016;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00376414;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:146:148:17:18:129:130:0.878378:82:47:10:7:82:48:10:8 chr10 25888180 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.10829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5456;QD=33.9784;RBI=0.108355;REFB=-0.000928479;REVB=-0.00374077;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902947;STB=0.549921;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00562117;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:9:3:0:2:9:3:0:2 chr10 26355906 . G A 319.5 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.003197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.072;QD=42.5996;RBI=0.0111382;REFB=-0.0913046;REVB=-0.0106696;RO=4;SAF=17;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974765;STB=0.549963;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00827527;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:30:4:4:25:26:0.866667:8:17:4:0:8:18:4:0 chr10 26355992 . A G 167.5 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7348;QD=41.8759;RBI=0.0376138;REFB=-0.062066;REVB=-0.0111024;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00313496;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr10 26357747 . CG CA,TA 363.92 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=7,20;DP=27;FAO=7,20;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537213,-0.0139899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.667,172.511;QD=53.9143;RBI=0.00678311,0.0467852;REFB=0,0;REVB=-0.00414136,-0.0446445;RO=0;SAF=4,13;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0109592,0.0069671;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:27:27:0:0:7,20:7,20:0.259259,0.740741:3,7:4,13:0:0:3,7:4,13:0:0 chr10 26446312 . G A 927.42 PASS AF=0.942857;AO=65;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00239723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.83;QD=52.9954;RBI=0.0150531;REFB=-0.0186453;REVB=-0.0148609;RO=4;SAF=32;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000841065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612352;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:65:66:0.942857:33:32:2:2:33:33:2:2 chr10 26462790 . G A 251.15 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.113859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3712;QD=41.8586;RBI=0.114181;REFB=-0.0418222;REVB=0.00856835;RO=3;SAF=5;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125326;STB=0.568459;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00345082;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:16:5:2:1:16:5:2:1 chr10 26463043 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175618;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=345.484;QD=42.1826;RBI=0.00204607;REFB=0;REVB=0.00104986;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15896e-06;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr10 26463130 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.206;QD=46.848;RBI=0.0380701;REFB=0;REVB=-0.0302038;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071097;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr10 26505822 . G A 644.32 PASS AF=0.928571;AO=43;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.125378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0819;QD=46.0228;RBI=0.261666;REFB=-0.080089;REVB=0.229673;RO=6;SAF=27;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706587;STB=0.505616;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0157433;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:56:56:6:4:43:52:0.928571:16:27:2:4:22:30:2:2 chr10 26790109 . T C 107.26 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0632261;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4123;QD=30.6469;RBI=0.0809608;REFB=-0.0785376;REVB=0.050568;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0262132;OID=.;OPOS=26790109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:1:2:7:4:1:2 chr10 26991067 . CG C 56.72 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0125787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5401;QD=11.9403;RBI=0.0336624;REFB=0.0122885;REVB=-0.0312239;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.683812;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=-0.0174739;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:20:8:19:11:4:4:9:2:56:11:4:4:9:2 chr10 27377283 . A T 387.13 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0328664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.26;QD=49.9525;RBI=0.0408052;REFB=-0.0442787;REVB=0.024184;RO=2;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330812;STB=0.517796;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000858816;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:21:8:1:1:21:8:1:1 chr10 27389197 . T C 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.076;QD=37.4702;RBI=0.0347085;REFB=0;REVB=0.0231526;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33654e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr10 27400861 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8044;QD=57.6805;RBI=0.037341;REFB=0;REVB=0.0240042;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49327e-05;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr10 27459670 . C A,T 441.96 PASS AF=0.0909091,0.878788;AO=3,29;DP=33;FAO=3,29;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235521,-0.0271657;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.304,206.86;QD=53.5707;RBI=0.0253878,0.0284864;REFB=-0.0538181,0.053031;REVB=0.00947829,0.00857312;RO=1;SAF=1,16;SAR=2,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0344827;STB=0.59939,0.518506;STBP=0.681,0.329;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00101443,0.00354921;OID=.,.;OPOS=27459670,27459670;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:1:1:3,29:3,29:0.0909091,0.878788:2,13:1,16:0:1:2,13:1,16:0:1 chr10 27475444 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.253;QD=52.7696;RBI=0.0125524;REFB=-0.00162896;REVB=-0.0123691;RO=1;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555513;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=3.57077e-05;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:24:4:1:0:24:4:1:0 chr10 27475693 . T C 410.01 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.457;QD=51.2508;RBI=0.033586;REFB=-0.0343415;REVB=0.0278134;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.508923;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00199992;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:11:19:0:1:11:19:1:1 chr10 27538942 . T C 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1524;QD=57.1643;RBI=0.108326;REFB=0;REVB=0.0665714;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014988;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr10 27687225 . A G 30.33 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00758082;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.196;QD=1.68476;RBI=0.0196207;REFB=-0.00143848;REVB=-0.018097;RO=66;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455304;STB=0.856124;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.023792;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:72:66:65:7:7:0.0972222:1:6:30:36:1:6:30:35 chr10 27687534 . CT C,CTT 128.95 PASS AF=0,1;AO=2,15;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747433,0.0746351;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.6683,10.2147;QD=25.79;RBI=0.289803,0.27206;REFB=-0.0566747,0.0535743;REVB=-0.279999,0.261623;RO=2;SAF=0,9;SAR=2,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.129617;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0205959;OID=.,.;OPOS=27687535,27687535;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,15:20:0,20:20:0:0,9:0,11:0:0:3:2:0,9:2,6:0:2 chr10 27687775 . T C 754.53 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00561965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.77;QD=54.8751;RBI=0.00653904;REFB=0.0281354;REVB=0.00334343;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00212644;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:0:1:22:32:0:1 chr10 27692279 . A C 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00268596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.186;QD=2.6016;RBI=0.0051547;REFB=-0.0010512;REVB=-0.0043996;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100412;STB=0.577837;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0174903;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:82:70:71:11:11:0.134146:7:4:31:39:7:4:32:39 chr10 27702624 . G T 319.52 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000262709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.285;QD=45.6458;RBI=0.0762654;REFB=0.0352907;REVB=0.076265;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.508664;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000390471;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:2:2:25:26:0.928571:9:16:1:1:10:16:1:1 chr10 27794104 . T G 671.29 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0154808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.367;QD=52.6501;RBI=0.0350247;REFB=-0.0564937;REVB=0.0314177;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408602;STB=0.520825;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00173138;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:22:26:0:2:23:26:0:2 chr10 28378758 . T C 475.52 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141253;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.159;QD=55.9429;RBI=0.0143475;REFB=-0.164048;REVB=0.00251525;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-2.43628e-05;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:0:1:22:11:0:1 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 477.31 PASS AF=0.942857,0.0285714;AO=32,2;DP=35;FAO=33,1;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275421,-0.0843171;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.3616,9.38112;QD=54.5493;RBI=0.0625216,0.0884734;REFB=-0.0047501,-0.0140118;REVB=-0.0561283,-0.0267989;RO=1;SAF=20,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0373149,0.697199;STB=0.519988,0.989913;STBP=0.276,0.496;TYPE=del,snp;VARB=0.00299401,-0.108943;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942857,0.0285714:32,2:35:33,1:35:1:21,1:12,0:0:1:5:1:20,2:12,0:0:1 chr10 28941653 . C T 391.52 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.719;QD=52.2025;RBI=0.0320516;REFB=-0.022257;REVB=0.00386191;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0016458;OID=.;OPOS=28941653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:1:0:16:13:1:0 chr10 28970425 . T C 307.54 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0120958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.014;QD=41.0051;RBI=0.0199843;REFB=0.0159745;REVB=-0.015908;RO=5;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542634;STB=0.529389;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00187551;OID=.;OPOS=28970425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:16:9:1:4:16:9:1:4 chr10 29578084 . A G 246.72 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0222097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5767;QD=24.6721;RBI=0.0706241;REFB=-0.0132513;REVB=-0.067041;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117147;STB=0.565161;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00608782;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:7:10:10:13:7:10 chr10 29599972 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00635621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.625;QD=2.14551;RBI=0.0100856;REFB=-0.000191779;REVB=-0.00783058;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149247;STB=0.616884;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00090395;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:27:23:2:4:27:23 chr10 29746346 . C CTGTT 330.01 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00191125;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.486;QD=38.825;RBI=0.0224115;REFB=-0.00691821;REVB=0.0223299;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103481;STB=0.540452;STBP=0.393;TYPE=ins;VARB=0.00147327;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794118:26:34:27:34:7:14:13:5:2:43:6:14:12:5:1 chr10 29747417 . C T 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00627104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.405;QD=39.3298;RBI=0.0181319;REFB=-0.0136645;REVB=0.0170129;RO=9;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723075;STB=0.539206;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00515778;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:12:19:4:5:12:19:4:5 chr10 29754609 . T C 685.13 PASS AF=0.883333;AO=52;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0113738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.256;QD=45.6752;RBI=0.0114178;REFB=-0.00381218;REVB=0.00100094;RO=7;SAF=32;SAR=20;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102975;STB=0.503936;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00036449;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:52:53:0.883333:20:32:4:3:21:32:4:3 chr10 29759225 . A G 550.51 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0276663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4863;QD=40.7788;RBI=0.0477699;REFB=-0.0361659;REVB=-0.0389428;RO=9;SAF=20;SAR=25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348195;STB=0.518664;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00927224;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:25:20:5:4:25:20:5:4 chr10 29783908 . A G 218.77 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0384744;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.724;QD=13.6733;RBI=0.0423645;REFB=-0.0019386;REVB=-0.0177333;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547171;STB=0.531226;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00473796;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:21:17:13:13:21:17 chr10 29784072 . G C 625.49 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00264125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.296;QD=42.4058;RBI=0.0372126;REFB=-0.0462416;REVB=0.0371188;RO=9;SAF=27;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05902;STB=0.531556;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.010706;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:9:9:50:50:0.847458:23:27:3:6:23:27:3:6 chr10 29784114 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.821;QD=57.1758;RBI=0.0307324;REFB=0;REVB=-0.0277477;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02639e-05;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr10 29833998 . A G 553.82 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00308506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.055;QD=38.8645;RBI=0.0166114;REFB=-0.00993954;REVB=0.0163224;RO=11;SAF=29;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132678;STB=0.571284;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00394354;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:17:29:3:8:17:29:3:8 chr10 29834003 . G A 539.07 PASS AF=0.803571;AO=44;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00798283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.975;QD=38.5051;RBI=0.03338;REFB=-0.00930301;REVB=0.0324114;RO=11;SAF=27;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129412;STB=0.570465;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000550375;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:44:45:0.803571:17:27:3:8:17:28:3:8 chr10 29839787 . A G 524.03 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000722386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.105;QD=48.7472;RBI=0.0182274;REFB=-0.0313299;REVB=0.0182131;RO=5;SAF=22;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124433;STB=0.502511;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00350314;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:37:38:0.883721:15:22:3:2:16:22:3:2 chr10 29839864 . A C 851.68 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0341806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7026;QD=48.6672;RBI=0.0403786;REFB=-0.0158811;REVB=-0.021497;RO=7;SAF=33;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359815;STB=0.51912;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00103375;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:30:33:5:2:30:33:5:2 chr10 29840038 . A G 681.46 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=62;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0190256;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.451;QD=44.6857;RBI=0.0192574;REFB=-0.0190952;REVB=0.00297919;RO=8;SAF=23;SAR=30;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046332;STB=0.524706;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00390992;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:61:8:8:53:53:0.868852:30:23:2:6:30:23:2:6 chr10 29840164 . A G 32.43 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0195328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.934;QD=16.213;RBI=0.0389616;REFB=0.0760062;REVB=-0.0337117;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0150483;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr10 29843833 . C T 274.81 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0157567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2741;QD=39.258;RBI=0.0529611;REFB=0.0458277;REVB=-0.0505629;RO=5;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108855;STB=0.559387;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0124518;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:16:7:3:2:16:7:3:2 chr10 30317826 . A G 34.6 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0194968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.431;QD=4.46513;RBI=0.0227456;REFB=-0.010356;REVB=0.0117149;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368667;STB=0.758529;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0244884;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:5:1:11:14:5:1:11:14 chr10 30918549 . G C 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0101084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.877;QD=15.5564;RBI=0.0206935;REFB=-0.00223165;REVB=-0.0180566;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048471;STB=0.527366;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00353365;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:23:22:15:19:23:22 chr10 30918597 . T C 223.43 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0395125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6042;QD=12.7676;RBI=0.0413105;REFB=0.0408131;REVB=0.0120548;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106762;STB=0.561137;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0455486;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:25:18:14:13:25:18 chr10 30989188 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.334;QD=64.1539;RBI=0.0686929;REFB=0;REVB=-0.0145668;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50372e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr10 30993404 . G A 550.66 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0337865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.173;QD=50.0599;RBI=0.0426832;REFB=-0.0369554;REVB=0.0260831;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094539;STB=0.515781;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00624037;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:44:4:5:38:39:0.886364:17:21:2:2:18:21:2:3 chr10 30993448 . G A 591.24 PASS AF=0.827586;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0475152;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.433;QD=40.7754;RBI=0.0481957;REFB=-0.0184163;REVB=-0.00807041;RO=10;SAF=23;SAR=25;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057927;STB=0.531012;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00269864;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:58:10:10:48:48:0.827586:25:23:3:7:25:23:3:7 chr10 31001494 . A C 335.26 PASS AF=0.928571;AO=20;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342013;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=57.6479;QD=47.8937;RBI=0.0577023;REFB=-0.0668966;REVB=0.0464739;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583264;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00155884;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:20:26:0.928571:4:16:0:0:5:21:0:2 chr10 31134214 . A G 770.6 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000958989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.888;QD=53.1449;RBI=0.01967;REFB=-0.0156977;REVB=0.0196466;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324832;STB=0.516661;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000129226;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:55:56:0.965517:28:27:0:2:29:27:0:2 chr10 32045045 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.987;QD=53.9112;RBI=0.0310269;REFB=0;REVB=0.020276;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239117;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr10 32095666 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.33;QD=56.7066;RBI=0.00740052;REFB=0;REVB=-0.00463209;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55658e-06;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr10 32120678 . C T 293.66 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00208535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5455;QD=48.9427;RBI=0.0212642;REFB=-0.0698275;REVB=0.0211617;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116515;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0062278;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:2:1:21:23:0.958333:9:12:1:1:11:12:1:0 chr10 32128611 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.219;QD=49.3981;RBI=0.036171;REFB=-0.0559765;REVB=0.022565;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00108956;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:0:1:9:14:0:1 chr10 32141460 . T C 563.9 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00325026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.654;QD=57.8362;RBI=0.0404931;REFB=-0.105638;REVB=0.0403625;RO=1;SAF=8;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.529396;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000737853;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:30:8:1:0:30:8:1:0 chr10 32328298 . T C 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00518168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.327;QD=44.8238;RBI=0.00818388;REFB=-0.0357259;REVB=0.00633452;RO=5;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899694;STB=0.504851;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00691653;OID=.;OPOS=32328298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:17:13:2:3:17:13:2:3 chr10 32345710 . G A 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.228;QD=61.5342;RBI=0.0307078;REFB=0;REVB=0.00195397;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168269;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr10 32699547 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.597;QD=49.5992;RBI=0.0424587;REFB=0;REVB=0.0404329;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5164e-05;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 32745262 . T C 272.52 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2494;QD=51.909;RBI=0.0236891;REFB=0;REVB=0.0201402;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041974;OID=.;OPOS=32745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr10 32807434 . G T 177.38 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0712497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3831;QD=39.4182;RBI=0.0890025;REFB=9.71002e-05;REVB=0.0533379;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064866;STB=0.535668;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000843207;OID=.;OPOS=32807434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:12:4:1:1:12:4:1:1 chr10 32974969 . A G 226.05 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.06363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5419;QD=43.0571;RBI=0.103058;REFB=-0.122152;REVB=0.0810687;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.545407;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0120207;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:21:21:0:2:19:19:0.904762:9:10:0:0:9:10:2:0 chr10 33018351 . G C 1141.95 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852286;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.592;QD=60.1029;RBI=0.00855388;REFB=0;REVB=-0.000727866;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240367;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:51:24:0:0:51:25:0:0 chr10 33123824 . G C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.708;QD=57.8246;RBI=0.0242173;REFB=-0.0411958;REVB=0.0110528;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00134133;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:0:1 chr10 33143396 . G A 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8931;QD=60.226;RBI=0.0822189;REFB=0;REVB=-0.0156426;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102995;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr10 33190285 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.464;QD=40.7628;RBI=0.0446104;REFB=0;REVB=0.0442468;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545002;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr10 33190567 . C A 272.24 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.685;QD=51.8552;RBI=0.0220536;REFB=0;REVB=0.0084342;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60142e-05;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr10 33208944 . C T 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0315476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.674;QD=45.4843;RBI=0.032297;REFB=0.0489379;REVB=-0.00691705;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070384;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0053612;OID=.;OPOS=33208944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:12:10:1:1:12:10:1:1 chr10 33209266 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.174;QD=60.9785;RBI=0.0316584;REFB=0;REVB=0.0283136;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017021;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr10 33466566 . C T 393.27 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.72;QD=56.1816;RBI=0.0229312;REFB=0;REVB=0.0189897;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64569e-05;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr10 33466843 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8381;QD=56.1897;RBI=0.0812859;REFB=0;REVB=0.0419958;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213742;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr10 33468014 . T C 89.16 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0213196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.213;QD=27.4338;RBI=0.0215455;REFB=-0.165088;REVB=0.00311187;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.615165;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0100148;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:13:1:3:10:10:0.769231:5:5:0:1:5:5:0:3 chr10 33469181 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.173;QD=60.2307;RBI=0.0353993;REFB=0;REVB=0.0328339;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181061;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr10 33495267 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.409;QD=51.9167;RBI=0.0480063;REFB=0;REVB=-0.0128993;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109645;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 33502240 . C T 981.01 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490575;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.662;QD=58.5675;RBI=0.0493351;REFB=0;REVB=-0.00522624;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128441;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr10 33510663 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.999;QD=57.1052;RBI=0.0162522;REFB=0;REVB=0.016142;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59239e-05;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr10 33510768 . G A 615.84 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.062;QD=55.9857;RBI=0.0687923;REFB=0;REVB=0.06357;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726215;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:32:44:1:6:26:0:0:17:27:0:0 chr10 33552695 . CA TG 415.24 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206083;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=354.632;QD=57.275;RBI=0.00307355;REFB=0;REVB=-0.00228029;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000336139;OID=.;OPOS=33552695;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr10 33577361 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7056;QD=57.1751;RBI=0.0419028;REFB=0;REVB=-0.00763566;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401336;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr10 34606123 . C T 32.0 PASS AF=0.137931;AO=4;DP=31;FAO=4;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0157974;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8439;QD=4.41425;RBI=0.052963;REFB=-0.00810939;REVB=-0.0505522;RO=21;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169317;STB=0.571053;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.158283;OID=.;OPOS=34606123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:31:29:21:22:4:4:0.137931:1:3:13:8:1:3:15:7 chr10 34688287 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4053;QD=56.1914;RBI=0.057182;REFB=0;REVB=-0.0471385;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325034;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr10 35302705 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.824;QD=54.5177;RBI=0.0138758;REFB=0;REVB=-0.00844784;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60265e-05;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr10 35321414 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.447;QD=47.8223;RBI=0.0222188;REFB=0;REVB=-0.0128667;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27247e-05;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 35338699 . G A 532.04 PASS AF=0.925;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000987452;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.314;QD=53.2038;RBI=0.00905517;REFB=0.0782313;REVB=0.00900117;RO=3;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572614;STB=0.530596;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000993295;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:40:3:3:37:37:0.925:23:14:0:3:23:14:0:3 chr10 35362977 . A G 483.54 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.982;QD=58.6108;RBI=0.0139672;REFB=0;REVB=0.0133995;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174814;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr10 35426755 . A G 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.225;QD=56.9901;RBI=0.027946;REFB=0;REVB=-0.00776155;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36909e-05;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr10 35464778 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.9;QD=60.9786;RBI=0.0104398;REFB=0;REVB=0.00842326;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3995e-05;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 35772402 . G A 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00884299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.018;QD=48.621;RBI=0.0163432;REFB=-0.0179836;REVB=0.0137442;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00202915;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:1:0:11:11:1:0 chr10 35858881 . GT GG,G 33.28 PASS AF=0.075,0.15;AO=3,7;DP=40;FAO=3,6;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3;FSAR=3,3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00567292,0.0103457;FXX=0.0243843;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=34.2075,12.8722;QD=3.32822;RBI=0.00716727,0.0357869;REFB=-0.0119141,-0.0141342;REVB=-0.00438038,-0.0342588;RO=27;SAF=0,3;SAR=3,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583327,-0.150496;STB=0.996683,0.540407;STBP=0.072,0.861;TYPE=snp,del;VARB=-0.025665,0.0706664;OID=.,.;OPOS=35858882,35858882;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.075,0.15:3,7:40:3,6:40:31:0,3:3,3:17:14:18:27:0,3:3,4:15:12 chr10 36723415 . C A,T 717.69 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000571213,0.00101002;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.837,87.0222;QD=56.2893;RBI=0.00815846,0.0471461;REFB=0,0;REVB=0.00813844,-0.0471353;RO=0;SAF=32,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.70321e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00109817,0.142327;OID=.,.;OPOS=36723415,36723415;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:17,1:32,1:0:0:17,1:32,1:0:0 chr10 36812362 . C T 1026.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4608;QD=59.5034;RBI=0.0353573;REFB=0;REVB=-0.0264665;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60199e-05;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr10 37447445 . A G 1079.49 PASS AF=0.885057;AO=77;DP=87;FAO=77;FDP=87;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0138479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.37;QD=49.6318;RBI=0.024182;REFB=-0.0102341;REVB=0.0198244;RO=10;SAF=37;SAR=40;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392113;STB=0.520809;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00160444;OID=.;OPOS=37447445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:10:10:77:77:0.885057:40:37:3:7:40:37:3:7 chr10 37488689 . G C 679.94 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=71;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0518058;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.652;QD=38.8538;RBI=0.0587727;REFB=-0.0392141;REVB=0.027756;RO=15;SAF=18;SAR=37;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902177;STB=0.548443;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00577201;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:71:70:15:15:55:55:0.785714:37:18:8:7:37:18:8:7 chr10 37586532 . G A 673.18 PASS AF=0.854839;AO=53;DP=62;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0150741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.893;QD=43.4308;RBI=0.0155538;REFB=0.0164448;REVB=0.00383316;RO=9;SAF=28;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529838;STB=0.528291;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0025607;OID=.;OPOS=37586532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:9:9:53:53:0.854839:25:28:3:6:25:28:3:6 chr10 37592001 . G A 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0091251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.247;QD=41.0158;RBI=0.0105142;REFB=-0.0269759;REVB=0.0052232;RO=5;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495048;STB=0.52686;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00844877;OID=.;OPOS=37592001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:11:14:2:3:11:14:2:3 chr10 37891101 . T C 555.01 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0257827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.6355;QD=43.53;RBI=0.0404795;REFB=-0.074645;REVB=0.0312064;RO=7;SAF=22;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183115;STB=0.509799;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0105275;OID=.;OPOS=37891101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:22:22:4:3:22:22:4:3 chr10 37891465 . G T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0348247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9807;QD=8.51184;RBI=0.0357313;REFB=0.00426119;REVB=-0.0079979;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902872;STB=0.571285;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0215776;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:12:11:4:6:12:12 chr10 37891576 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0427955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1913;QD=5.69628;RBI=0.0430406;REFB=-0.00441602;REVB=0.00458716;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427303;STB=0.777161;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0133531;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:2:7:14:19:2:7:14:19 chr10 38344700 . C G 526.72 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.047814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.907;QD=56.943;RBI=0.0482976;REFB=-0.0564361;REVB=-0.0068173;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000185488;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr10 38407519 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00899545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.589;QD=22.9154;RBI=0.0119432;REFB=-0.0136164;REVB=-0.00785638;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162954;STB=0.593016;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0069871;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:3:1:5:4:3:1 chr10 38645403 . T C 876.58 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00922817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.891;QD=50.0901;RBI=0.0202413;REFB=-0.0384572;REVB=0.0180153;RO=6;SAF=31;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02442;STB=0.512966;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00663894;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:6:6:64:64:0.914286:33:31:2:4:33:31:2:4 chr10 38672144 . A C 258.2 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0187061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0399;QD=38.252;RBI=0.0258644;REFB=-0.0367747;REVB=0.0178619;RO=5;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315767;STB=0.517226;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0130775;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:15:7:2:3:15:7:2:3 chr10 38740000 . T C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0532459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.53;QD=34.4523;RBI=0.0536148;REFB=-0.0245759;REVB=0.00627862;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824572;STB=0.545407;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00748695;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:16:4:2:4:16:4:2:4 chr10 38740029 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.083252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.302;QD=26.6004;RBI=0.0837315;REFB=0.00914927;REVB=-0.00894855;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00161198;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr10 38740353 . T C 255.19 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.107832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7696;QD=36.4559;RBI=0.109253;REFB=-0.00358928;REVB=-0.0175613;RO=6;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653716;STB=0.535682;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00287698;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:11:11:2:4:11:11:2:4 chr10 38740382 . T C 317.32 PASS AF=0.72973;AO=26;DP=36;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00947796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.578;QD=34.3044;RBI=0.0169355;REFB=-0.0217264;REVB=-0.014035;RO=10;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101746;STB=0.54926;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00811504;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:10:10:26:27:0.72973:13:13:3:7:14:13:3:7 chr10 38740546 . G T 226.71 PASS AF=0.8;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0477802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.911;QD=36.2735;RBI=0.0480476;REFB=-0.0454748;REVB=-0.00506183;RO=5;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124212;STB=0.564044;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0126335;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:25:5:5:19:20:0.8:16:3:0:5:17:3:0:5 chr10 42907201 . G A 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252687;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.777;QD=63.5961;RBI=0.0275444;REFB=0;REVB=-0.0109628;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37578e-05;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr10 42907260 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.326;QD=61.6837;RBI=0.0452563;REFB=0;REVB=0.0206176;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023486;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr10 42920832 . G A 611.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.637;QD=61.1725;RBI=0.0136075;REFB=0;REVB=0.00355075;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54242e-05;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:16:21:0:0:19:21:0:0 chr10 42920884 . C T 509.96 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.427;QD=58.2813;RBI=0.021207;REFB=0;REVB=-0.00440398;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84611e-05;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr10 42949664 . A T 946.68 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4484;QD=58.2569;RBI=0.11095;REFB=0;REVB=0.110256;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712582;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:28:34:0:0:31:34:0:0 chr10 43089761 . G C 199.48 PASS AF=0.677419;AO=11;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0180373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.494;QD=25.7397;RBI=0.0268604;REFB=-0.0534284;REVB=0.0199032;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.603616;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0186735;OID=.;OPOS=43089761;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:31:31:9:10:11:21:0.677419:5:6:6:3:13:8:7:3 chr10 43089965 . G A 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.003;QD=57.1027;RBI=0.0267883;REFB=0;REVB=0.0194956;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115155;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr10 43281089 . T C 573.96 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.33;QD=60.4164;RBI=0.00706018;REFB=0;REVB=0.00608478;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18148e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr10 43312807 . C T 1524.38 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00448291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.406;QD=61.5911;RBI=0.0166675;REFB=-0.0584374;REVB=0.0160533;RO=2;SAF=41;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225698;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000374747;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:2:1:97:98:0.989899:56:41:2:0:56:42:1:0 chr10 43595968 . A G 1048.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446243;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2555;QD=59.9377;RBI=0.0466109;REFB=0;REVB=0.0134627;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337656;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr10 43600595 . CG C 34.02 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0927516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1463;QD=4.53651;RBI=0.0988776;REFB=-0.0222991;REVB=0.0342626;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197182;STB=0.624688;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.0647017;OID=.;OPOS=43600596;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:30:8:30:22:3:5:12:10:34:22:3:5:12:10 chr10 43606687 . A G 48.35 PASS AF=0.0867052;AO=15;DP=173;FAO=15;FDP=173;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=86;FWDB=-0.0155889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.697;QD=1.11783;RBI=0.0161499;REFB=-0.00123266;REVB=0.00421957;RO=154;SAF=8;SAR=7;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991172;STB=0.570459;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.01234;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:173:173:154:158:15:15:0.0867052:7:8:69:85:7:8:72:86 chr10 43613843 . G T 1533.64 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.07;QD=63.9018;RBI=0.106195;REFB=0;REVB=0.0426571;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153628;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:96:0:0:88:96:1:50:38:0:0:56:40:0:0 chr10 43690189 . G A 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.798;QD=55.8084;RBI=0.0149091;REFB=-0.0716984;REVB=0.00268844;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.55973e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:31:28:0:0:31:28:1:0 chr10 43696279 . A G 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0270087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6869;QD=1.93512;RBI=0.051026;REFB=0.00347945;REVB=-0.0432919;RO=66;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143188;STB=0.510843;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0333446;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:5:3:24:42:5:3:24:42 chr10 43837352 . A G 200.2 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.393;QD=47.1069;RBI=0.0337989;REFB=0;REVB=0.0332873;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374277;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr10 43978087 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2135;QD=51.1799;RBI=0.0356175;REFB=0;REVB=-0.0232135;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113458;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 44052903 . A C 467.41 PASS AF=0.875;AO=28;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0379102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.885;QD=46.7409;RBI=0.0407682;REFB=-0.0432614;REVB=0.0149954;RO=4;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066145;STB=0.503648;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0066156;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:40:40:4:5:28:35:0.875:15:13:3:1:15:20:3:2 chr10 44053013 . G C 481.46 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.664;QD=53.496;RBI=0.0253632;REFB=-0.0075314;REVB=-0.0232343;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00104623;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:20:14:0:2:20:14:0:2 chr10 44053585 . C T 129.48 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0263475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.212;QD=32.3695;RBI=0.0332832;REFB=-0.0268256;REVB=0.0203366;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00924987;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:16:3:3:12:13:0.8125:6:6:2:1:7:6:2:1 chr10 44285775 . AGTG AGCG,CAGC 495.47 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=30,2;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243298,-0.0476943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=159.166,125.082;QD=58.2911;RBI=0.0243502,0.0478362;REFB=0,0;REVB=-0.000997568,-0.00368187;RO=0;SAF=16,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-1.94646e-05,-0.0052275;OID=.,.;OPOS=44285777,44285775;OREF=T,AGTG;OALT=C,CAGC;OMAPALT=AGCG,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:34:0:0:30,2:33,1:0.970588,0.0294118:14,2:16,0:0:0:17,1:16,0:0:0 chr10 44788758 . G A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0193757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.997;QD=1.92297;RBI=0.025034;REFB=0.00049203;REVB=0.015852;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189594;STB=0.63561;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00949062;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:4:3:35:24:4:3:35:25 chr10 44788826 . C T 694.75 PASS AF=0.873016;AO=53;DP=61;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0151996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0863;QD=44.1112;RBI=0.0410229;REFB=0.0020492;REVB=0.0381031;RO=8;SAF=30;SAR=23;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782046;STB=0.538725;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00125111;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:61:63:8:8:53:55:0.873016:23:30:7:1:23:32:7:1 chr10 44793355 . G A 528.52 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00585663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5231;QD=52.8523;RBI=0.0119241;REFB=0.0485675;REVB=-0.0103867;RO=3;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529547;STB=0.528287;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0053683;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:25:12:0:3:25:12:0:3 chr10 45467099 . C T 33.07 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0199385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.078;QD=3.07613;RBI=0.0395403;REFB=-0.00319503;REVB=-0.0341451;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243336;STB=0.676339;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0134454;OID=.;OPOS=45467099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:2:4:17:20:2:4:17:20 chr10 45473317 . C T 417.87 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0605809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.043;QD=42.8587;RBI=0.0729799;REFB=-0.0506779;REVB=0.0406942;RO=7;SAF=18;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030159;STB=0.501628;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134784;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:7:7:32:32:0.820513:14:18:4:3:14:18:4:3 chr10 46342667 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=42;DP=125;LEN=21;RO=83;SAF=10;SAR=22;SRF=34;SRR=59;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=46342668;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:125:83:42:22:10:34:59 chr10 46934832 . A AG,G 126.69 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,9;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769601,0.069771;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=112.103,122.113;QD=42.2295;RBI=0.182519,0.10162;REFB=0,0;REVB=0.1655,0.073882;RO=1;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.175672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.102853,0.00659968;OID=.,.;OPOS=46934833,46934832;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:12:12:1:0:2,9:1,11:0.0833333,0.916667:0,2:2,7:0:1:1,2:0,9:0:0 chr10 46965727 . G A 178.99 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0108537;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.209;QD=29.8317;RBI=0.0331982;REFB=-0.0266806;REVB=-0.0313738;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983499;STB=0.554392;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0132043;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:8:9:5:2:8:9:5:2 chr10 46967672 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0348435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.382;QD=16.1192;RBI=0.0357031;REFB=-0.0132446;REVB=0.00778711;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950073;STB=0.555457;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0126092;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:3:10:10:2:3:10 chr10 46970792 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0139116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.226;QD=22.5813;RBI=0.0161659;REFB=-0.0657141;REVB=-0.00823438;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254096;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:5:7:12:12:0.631579:7:5:2:3:7:5:3:4 chr10 46998894 . G A 76.04 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0565524;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9403;QD=10.1388;RBI=0.0737078;REFB=-0.0398499;REVB=0.0472723;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.63132;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0264182;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:30:17:20:10:10:0.333333:6:4:10:7:6:4:12:8 chr10 46998995 . C G 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00835364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.905;QD=13.0894;RBI=0.0102487;REFB=-0.0385937;REVB=0.00593744;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595853;STB=0.53484;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0485083;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:15:12:8:8:15:12 chr10 46998999 . G A 262.0 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0328163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8746;QD=25.5611;RBI=0.0341725;REFB=-0.00829842;REVB=0.00953138;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07445;STB=0.541366;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00869849;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:9:8:9:15:9:8 chr10 46999019 . G A 237.48 PASS AF=0.611111;AO=20;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00427985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.317;QD=26.3872;RBI=0.0644573;REFB=-0.0344067;REVB=0.064315;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622494;STB=0.526857;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0126094;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:20:22:0.611111:7:13:8:6:8:14:8:6 chr10 46999030 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.041728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.566;QD=12.6376;RBI=0.0431622;REFB=-0.0352649;REVB=0.0110341;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405815;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0630415;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:13:8:5:8:13:8 chr10 46999151 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0140506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.554;QD=17.3212;RBI=0.0142511;REFB=-0.00146231;REVB=-0.00238224;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581634;STB=0.533291;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0026753;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:9:9:7:9:9:9 chr10 46999178 . A C 147.47 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=30;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0124328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.16;QD=17.8755;RBI=0.0150482;REFB=-0.0147455;REVB=-0.00847783;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179374;STB=0.544692;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0193602;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:17:17:13:16:0.484848:7:6:11:6:7:9:11:6 chr10 46999189 . CA CG,TG 430.73 PASS AF=0.451613,0.548387;AO=14,17;DP=31;FAO=14,17;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8,11;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447558,0.0132533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.6407,162.051;QD=55.578;RBI=0.0219891,0.0229983;REFB=0,0;REVB=-0.0215288,-0.0187955;RO=0;SAF=8,11;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00815787,0.00436632;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:31:31:0:0:14,17:14,17:0.451613,0.548387:6,6:8,11:0:0:6,6:8,11:0:0 chr10 46999198 . G T 162.42 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00957842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.045;QD=20.302;RBI=0.0137533;REFB=-0.0214969;REVB=-0.00986954;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225385;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0163021;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:6:10:9:6:6:11:9:6 chr10 46999465 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0314032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.474;QD=7.76204;RBI=0.0317476;REFB=-0.00171265;REVB=0.00466356;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144953;STB=0.592275;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00316336;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:6:7:4:2:6:7 chr10 46999484 . G T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0255467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=336.878;QD=26.5702;RBI=0.0267051;REFB=-0.0451445;REVB=-0.00778017;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.018902;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:2:2:5:6:2:2 chr10 46999577 . G T 89.14 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0656609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.065;QD=27.4264;RBI=0.162601;REFB=-0.0837961;REVB=0.148754;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0208231;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:4:5:3:0:5:5:3:0 chr10 46999596 . G A 180.86 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0108746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0943;QD=32.8828;RBI=0.100663;REFB=-0.0112129;REVB=0.100074;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238963;STB=0.631428;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00711777;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:5:0:10:7:5:0 chr10 46999604 . A G 350.62 PASS AF=0.962963;AO=19;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00653608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.16;QD=51.944;RBI=0.136038;REFB=0.0176346;REVB=0.135881;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000954808;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:19:26:0.962963:3:16:1:0:10:16:1:0 chr10 46999732 . G A 592.93 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00157434;FXX=0.00854628;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.33;QD=20.4458;RBI=0.00471213;REFB=-0.0101874;REVB=0.00444135;RO=55;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790033;STB=0.508618;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00829036;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:56:60:60:0.517241:30:30:27:28:30:30:27:29 chr10 46999747 . T C 435.53 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0101566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.316;QD=13.8263;RBI=0.0310016;REFB=-0.030021;REVB=-0.0292907;RO=73;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043997;STB=0.519737;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.037944;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:73:76:50:50:0.396825:26:24:32:41:26:24:34:42 chr10 46999922 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0195511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.463;QD=16.6272;RBI=0.0197294;REFB=-0.0225565;REVB=-0.00264651;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19147;STB=0.608548;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0313389;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:2:12:9:4:2:12 chr10 47000004 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.919;QD=55.0984;RBI=0.0330745;REFB=0;REVB=-0.0060742;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380921;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 47000071 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0259225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.036;QD=19.3693;RBI=0.0478404;REFB=-0.00606339;REVB=-0.0402085;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192921;STB=0.609618;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.011141;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:6:9:6:10:6:9 chr10 47000079 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00932561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.495;QD=16.417;RBI=0.0141086;REFB=-0.024324;REVB=-0.0105871;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220441;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0224961;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:9:6:9:5:10:6 chr10 47000146 . C T 65.39 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00629702;FXX=0.133244;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.41;QD=20.1199;RBI=0.0113324;REFB=-0.0687674;REVB=-0.00942189;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0394993;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:15:13:3:5:7:8:0.615385:5:2:0:3:5:3:2:3 chr10 47000188 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.577;QD=40.7629;RBI=0.0799314;REFB=0;REVB=-0.0790884;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221709;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr10 47000239 . C T 85.11 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0322685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.28;QD=22.6963;RBI=0.0327086;REFB=-0.0486017;REVB=-0.00534743;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230959;STB=0.63132;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0164857;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:1:4:4:6:1:4 chr10 47000321 . G A 208.93 PASS AF=0.396825;AO=23;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00259759;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.626;QD=13.2656;RBI=0.0890385;REFB=0.0002603;REVB=0.0890006;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893169;STB=0.50549;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=4.51052e-05;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:23:25:0.396825:7:16:23:14:9:16:24:14 chr10 47000366 . C G 414.19 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0189073;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0813;QD=18.8269;RBI=0.0259974;REFB=0.000818641;REVB=0.0178431;RO=46;SAF=26;SAR=16;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033266;STB=0.51851;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000616634;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:16:26:30:16:16:26:30:16 chr10 47000374 . T C 409.12 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00965011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.286;QD=17.9831;RBI=0.0129731;REFB=-0.0158406;REVB=0.00867043;RO=49;SAF=26;SAR=16;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351039;STB=0.519588;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0119914;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:16:26:32:17:16:26:32:17 chr10 47000381 . T C 1438.37 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.226;QD=61.8653;RBI=0.0167945;REFB=0.0194092;REVB=0.00901404;RO=1;SAF=61;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770909;STB=0.504064;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-1.2665e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:31:61:1:0:31:61:1:0 chr10 47000426 . T C 1507.2 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5415;QD=63.4612;RBI=0.0521712;REFB=0;REVB=0.0163857;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149589;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:36:55:0:0:38:57:0:0 chr10 47000487 . G A 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0036567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.233;QD=15.308;RBI=0.00501912;REFB=-0.0152913;REVB=0.00343804;RO=46;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154882;STB=0.587734;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0177701;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:12:22:23:23:12:22:23:23 chr10 47000547 . G T 94.33 PASS AF=0.254902;AO=10;DP=49;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00433825;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.073;QD=7.39806;RBI=0.00800167;REFB=0.00115526;REVB=0.00672357;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364286;STB=0.699671;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00247687;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:49:51:38:38:10:13:0.254902:2:8:20:18:3:10:20:18 chr10 47000728 . T C 241.84 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00553818;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.125;QD=13.4354;RBI=0.00565865;REFB=-0.0201298;REVB=0.00116139;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10106;STB=0.537918;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0284214;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:43:27:29:0.402778:16:11:22:22:16:13:22:21 chr10 47000863 . A G 959.22 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=58.1346;RBI=0.0270492;REFB=0;REVB=0.0268567;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811188;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:41:25:0:0 chr10 47000872 . GT GA,GG 902.65 PASS AF=0.430769,0.507692;AO=25,29;DP=65;FAO=28,33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,17;FSAR=21,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137186,-0.0098643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.6414,154.599;QD=55.5475;RBI=0.0241763,0.0274819;REFB=0,0;REVB=0.0199071,-0.0256506;RO=0;SAF=7,16;SAR=18,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00867423,0.0228798;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.430769,0.507692:25,29:65:28,33:65:0:7,17:21,16:0:0:99:0:7,16:18,13:0:0 chr10 47000898 . C T 405.18 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00415093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.292;QD=25.3238;RBI=0.0414597;REFB=-0.0308691;REVB=-0.0412514;RO=25;SAF=19;SAR=20;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148898;STB=0.58128;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0092825;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:20:19:7:18:20:19:7:18 chr10 47001032 . G A 106.29 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0152242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.354;QD=11.8103;RBI=0.0182414;REFB=-0.0205374;REVB=-0.0100486;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.588643;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0406784;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:4:9:12:10:4:9:13:10 chr10 47001098 . C T 63.95 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00388566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.428;QD=9.13567;RBI=0.0613035;REFB=-0.0115446;REVB=-0.0611802;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124735;STB=0.659988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0276069;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:16:19:9:9:0.321429:2:7:11:5:2:7:11:8 chr10 47001293 . TG T 85.65 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0837673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.4554;QD=13.1767;RBI=0.234033;REFB=-0.0697955;REVB=-0.218528;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188202;STB=0.521707;STBP=0.913;TYPE=del;VARB=0.0396686;OID=.;OPOS=47001294;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:12:26:14:26:12:12:2:10:2:64:12:11:1:10:2 chr10 47001371 . C G 1007.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.73;QD=59.2596;RBI=0.0156531;REFB=0;REVB=0.00793725;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98514e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr10 47001409 . G A 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0151988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.55;QD=15.3074;RBI=0.0266547;REFB=-0.00561748;REVB=0.0218969;RO=46;SAF=25;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323024;STB=0.683481;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00384592;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:9:25:20:26:9:25:20:26 chr10 47001485 . A T 302.57 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0129677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9878;QD=12.225;RBI=0.0268165;REFB=-0.0110151;REVB=-0.0234727;RO=63;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144707;STB=0.58758;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0153476;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:35:35:0.353535:16:19:26:37:16:19:26:38 chr10 47001504 . G T 303.36 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=97;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0266434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.147;QD=12.3821;RBI=0.0267843;REFB=-0.00449995;REVB=0.00274323;RO=63;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326879;STB=0.528909;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0138205;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:63:63:34:35:0.357143:19:15:26:37:19:16:26:37 chr10 47001543 . C T 289.44 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00660627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=13.9491;RBI=0.0123473;REFB=-0.00215824;REVB=-0.0104314;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809127;STB=0.55714;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00684744;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:50:33:33:0.39759:16:17:21:27:16:17:21:29 chr10 47001786 . A C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0382796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.391;QD=6.80641;RBI=0.0384586;REFB=-0.00638659;REVB=-0.00370716;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136882;STB=0.585805;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0190924;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:18:9:4:5:18:9 chr10 47001954 . C T 147.96 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0359394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4348;QD=17.4064;RBI=0.0579904;REFB=-0.0242288;REVB=-0.0455109;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166872;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0436686;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:18:16:16:0.470588:10:6:9:7:10:6:9:9 chr10 47001984 . G A 484.71 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102444;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.739;QD=53.8567;RBI=0.0546709;REFB=-0.0833006;REVB=0.0537025;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520821;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00156378;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:0:2:34:34:0.944444:11:23:0:0:11:23:2:0 chr10 47002079 . T C 167.82 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0223332;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.867;QD=11.7767;RBI=0.0225598;REFB=-0.0179925;REVB=0.00318916;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139526;STB=0.574638;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0327441;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:6:15:21:14:6:15:22:14 chr10 47002118 . T A 422.38 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00552524;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.371;QD=23.4656;RBI=0.0718643;REFB=-0.0212724;REVB=0.0716516;RO=29;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109652;STB=0.5163;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0172281;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:29:31:40:41:0.569444:16:24:17:12:17:24:17:14 chr10 47002127 . T C,G 1053.75 PASS AF=0.930556,0.0694444;AO=67,5;DP=72;FAO=67,5;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=30,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374882,0.00189829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.508,97.7063;QD=58.5415;RBI=0.0145462,0.00242689;REFB=0,0;REVB=0.0140548,-0.00151205;RO=0;SAF=37,1;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00135616,0.21262;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:72:72:0:0:67,5:67,5:0.930556,0.0694444:30,4:37,1:0:0:30,4:37,1:0:0 chr10 47002135 . A G 247.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0226829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.193;QD=13.5503;RBI=0.067071;REFB=-0.000870484;REVB=-0.0631189;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185125;STB=0.517034;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00109941;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:14:15:23:20:14:15:24:20 chr10 47002501 . T A 73.19 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00848495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.922;QD=9.44377;RBI=0.0743693;REFB=-0.0016774;REVB=0.0738836;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35593;STB=0.731306;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0180372;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:21:21:9:10:0.322581:5:4:16:5:6:4:16:5 chr10 47002542 . C A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.33;QD=62.9823;RBI=0.0435648;REFB=0;REVB=-0.022321;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243663;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 47002606 . G A 119.76 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0138507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0235;QD=7.98406;RBI=0.0228396;REFB=-0.0206312;REVB=-0.0181605;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146132;STB=0.588131;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0340025;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:10:7:23:20:10:7:23:20 chr10 47002617 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0157427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2879;QD=7.54488;RBI=0.0196477;REFB=0.00969693;REVB=-0.0117559;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135144;STB=0.582623;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0173656;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:9:6:21:20:9:6:21:20 chr10 47002724 . G A 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0559559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.055;QD=16.5025;RBI=0.0575715;REFB=-0.0214237;REVB=-0.013543;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451535;STB=0.533308;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0194957;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:12:14:17:12:12:14:18:12 chr10 47002757 . A G 760.6 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000950833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9753;QD=62.0895;RBI=0.015356;REFB=0;REVB=-0.0153266;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447037;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:49:0:0:43:49:1:23:20:0:0:24:25:0:0 chr10 47002792 . T C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0427725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.021;QD=13.3681;RBI=0.0434145;REFB=-0.0131144;REVB=0.00743849;RO=29;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461669;STB=0.789125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0217996;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:31:18:18:0.367347:15:3:16:13:15:3:18:13 chr10 47002911 . A AC 252.8 PASS AF=1;AO=12;DP=41;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853755;FXX=0.0731529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4867;QD=26.6108;RBI=0.201211;REFB=-0.0301785;REVB=-0.1822;RO=27;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00287764;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:41:38:38:0:11:27:0:0:3:27:2:10:8:19 chr10 47002917 . T C 626.0 PASS AF=0.977273;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7942;QD=56.909;RBI=0.135271;REFB=0.0391021;REVB=0.0643576;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=5.66489e-05;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:44:0:1:37:43:0.977273:27:10:0:0:30:13:0:1 chr10 47002937 . A G 152.8 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0663755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0126;QD=11.9845;RBI=0.0680037;REFB=0.0134619;REVB=-0.0147919;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981344;STB=0.586365;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0299878;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:33:18:18:0.352941:13:5:11:20:13:5:13:20 chr10 47002942 . C G 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.105316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5551;QD=13.0348;RBI=0.107262;REFB=0.0266046;REVB=-0.0203407;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123105;STB=0.572454;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0415487;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:12:20:13:5:12:20 chr10 47003115 . C T 293.04 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0280009;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0377;QD=15.4234;RBI=0.0280154;REFB=-0.023554;REVB=-0.000903141;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690576;STB=0.550991;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0180392;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:43:43:32:33:0.434211:22:10:11:32:22:11:11:32 chr10 47003177 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0130252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.969;QD=18.0353;RBI=0.0131091;REFB=-0.0261082;REVB=0.00148096;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303298;STB=0.509545;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.023994;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:15:7:9:17:15:7:9:18 chr10 47003215 . T C 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00280744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.39;QD=13.3337;RBI=0.00297049;REFB=-0.0128411;REVB=0.000970616;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223804;STB=0.631997;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0223206;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:11:13:11:4:11:13 chr10 47003229 . C G 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0500808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.622;QD=13.5722;RBI=0.0509852;REFB=-0.00163697;REVB=0.00956087;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350135;STB=0.694865;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00205149;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:10:3:10:8:10:3:10:9 chr10 47003250 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0301443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.468;QD=10.2402;RBI=0.0301443;REFB=-0.00571344;REVB=3.28914e-05;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.587603;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0111356;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:8:11:7:3:8:11 chr10 47003615 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.948;QD=19.1564;RBI=0.0200354;REFB=-0.00754297;REVB=-0.0081795;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106966;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00545018;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:23:21:21:0.477273:11:10:12:8:11:10:13:10 chr10 47003896 . C T 125.73 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000669366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.008;QD=9.67122;RBI=0.00914274;REFB=0.00447086;REVB=-0.0091182;RO=35;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19972;STB=0.633155;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0105219;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:36:16:16:0.307692:12:4:14:21:12:4:15:21 chr10 47004068 . T C 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00814296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7914;QD=18.4801;RBI=0.0197498;REFB=-0.00556758;REVB=-0.0179929;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202439;STB=0.615473;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00611105;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:10:11:6:13:10:11 chr10 47004182 . G A 374.74 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0247407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8969;QD=49.965;RBI=0.0753415;REFB=-0.0559465;REVB=0.0711635;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538434;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00627071;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:16:12:0:0:16:12:2:0 chr10 47004217 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00310071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.092;QD=6.54468;RBI=0.00449412;REFB=0.0109066;REVB=-0.0032531;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35933e-08;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0202448;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:9:15:5:3:9:15 chr10 47004355 . C CA 219.03 PASS AF=0.44;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00652293;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.572;QD=17.5227;RBI=0.0110305;REFB=-0.0187152;REVB=-0.00889518;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=0.0207078;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:21:51:22:50:28:11:11:17:11:99:29:10:11:18:11 chr10 47004362 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0155954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.716;QD=17.5878;RBI=0.0215392;REFB=-0.00529873;REVB=-0.0148567;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10549;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00387239;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:17:11:11:11:17:11 chr10 47004463 . G A 170.74 PASS AF=0.396226;AO=18;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0517885;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.499;QD=12.8862;RBI=0.0518298;REFB=-0.00770017;REVB=-0.00206902;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684067;STB=0.551922;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0165725;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:18:21:0.396226:9:9:14:18:10:11:14:18 chr10 47004633 . CA TG 37.06 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0425223;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.245;QD=6.44545;RBI=0.0473915;REFB=0.00247635;REVB=-0.0209238;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=mnp;VARB=-0.00637071;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr10 47004702 . A G 43.81 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0103258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2686;QD=6.25884;RBI=0.0767235;REFB=-0.0130006;REVB=-0.0760255;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177928;STB=0.612607;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0297838;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:6:15:4:3:6:15 chr10 47004971 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.019431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.768;QD=9.58992;RBI=0.0195466;REFB=-0.0118234;REVB=-0.00212246;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764952;STB=0.546485;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0318476;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:9:4:11:19:9:4:11:19 chr10 47004994 . A G 31.48 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0373759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.143;QD=4.66367;RBI=0.039704;REFB=-0.0188255;REVB=0.013396;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143796;STB=0.649495;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0613342;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:26:27:21:21:5:6:0.222222:3:2:11:10:4:2:11:10 chr10 47005224 . C T 69.35 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0306571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.098;QD=14.6009;RBI=0.0692446;REFB=-0.0384036;REVB=-0.0620883;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274707;STB=0.691009;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0241959;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:10:9:9:0.473684:5:4:1:7:5:4:1:9 chr10 47005267 . C T 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00505459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.756;QD=18.3457;RBI=0.0176407;REFB=-0.00630925;REVB=-0.016901;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292682;STB=0.657387;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0130768;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:13:4:9:8:13:4:9:9 chr10 47005466 . C T 648.6 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00991979;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.078;QD=21.6201;RBI=0.015627;REFB=-0.00195578;REVB=-0.0120748;RO=53;SAF=39;SAR=25;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691624;STB=0.543977;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00206578;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:53:56:64:64:0.533333:25:39:28:25:25:39:29:27 chr10 47005504 . T C 540.53 PASS AF=0.475;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0103016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.244;QD=18.0176;RBI=0.0147247;REFB=-0.0273531;REVB=0.0105211;RO=60;SAF=29;SAR=28;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100276;STB=0.549646;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0226154;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:60:63:57:57:0.475:28:29:37:23:28:29:38:25 chr10 47005575 . C T 442.87 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0062658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.984;QD=16.2523;RBI=0.00725495;REFB=-0.00196479;REVB=0.00365705;RO=60;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690034;STB=0.538504;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00275371;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:26:23:24:36:26:23:24:36 chr10 47086915 . C T 657.58 PASS AF=0.439024;AO=73;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0151116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.574;QD=16.0385;RBI=0.0167271;REFB=-0.0131614;REVB=-0.00717183;RO=91;SAF=45;SAR=28;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468168;STB=0.535134;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0231534;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:92:73:72:0.439024:28:45:52:39:27:45:52:40 chr10 47086978 . G A 613.15 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0132546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.038;QD=15.7217;RBI=0.0133874;REFB=-0.00806792;REVB=0.00188132;RO=86;SAF=36;SAR=32;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643638;STB=0.542156;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00966867;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:88:68:68:0.435897:32:36:40:46:32:36:40:48 chr10 47087474 . C T 1311.95 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00768986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0438;QD=59.6339;RBI=0.0133814;REFB=-0.0637948;REVB=0.0109511;RO=2;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225478;STB=0.511902;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00901771;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:45:41:2:0:45:41:2:0 chr10 47087501 . C T 425.81 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0161638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.389;QD=18.1195;RBI=0.0166197;REFB=-0.00632093;REVB=0.00386614;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043424;STB=0.512095;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00733004;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:50:43:44:0.468085:23:20:26:25:23:21:25:25 chr10 47087608 . TG CA,CG 1330.5 PASS AF=0.0631579,0.894737;AO=6,84;DP=96;FAO=6,85;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=5,49;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0119299,0.00664992;FXX=0.0206164;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.1447,132.661;QD=56.0212;RBI=0.0647074,0.0658384;REFB=-0.129882,-0.204933;REVB=0.0635981,0.0655017;RO=5;SAF=5,49;SAR=1,35;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.601011,0.0630005;STB=0.832219,0.52631;STBP=0.025,0.029;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0510867,0.00686806;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:96:95:5:4:6,84:6,85:0.0631579,0.894737:1,35:5,49:0:5:1,36:5,49:0:4 chr10 47087680 . C T 1148.43 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00917831;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0467;QD=58.1485;RBI=0.0522518;REFB=-0.152008;REVB=0.0514393;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0030447;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:76:77:0.974684:38:38:1:1:38:39:1:1 chr10 47087731 . C T 730.6 PASS AF=0.918033;AO=54;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.134422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0414;QD=47.9083;RBI=0.138341;REFB=-0.142258;REVB=0.0326951;RO=6;SAF=18;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.555535;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0121391;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:61:61:6:5:54:56:0.918033:36:18:6:0:36:20:5:0 chr10 47087830 . G A 699.87 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.553;QD=54.8921;RBI=0.0487144;REFB=-0.174489;REVB=-0.00350338;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00156017;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:1:0:32:18:1:0 chr10 47416908 . A G 6309.03 PASS AF=0.856604;AO=450;DP=529;FAO=454;FDP=530;FR=.;FRO=76;FSAF=275;FSAR=179;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=-0.0114104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=47.6154;RBI=0.110818;REFB=-0.0388132;REVB=0.110229;RO=75;SAF=274;SAR=176;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951204;STB=0.550326;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00337015;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:529:530:75:76:450:454:0.856604:176:274:20:55:179:275:20:56 chr10 47911590 . GT AG 59.89 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859422;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=325.639;QD=34.2228;RBI=0.0115818;REFB=0;REVB=-0.00776384;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00255701;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr10 48370595 . G A 469.66 PASS AF=0.8;AO=39;DP=51;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0394024;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.7803;QD=37.5728;RBI=0.0644249;REFB=-0.146952;REVB=0.0509708;RO=7;SAF=13;SAR=26;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152699;STB=0.505718;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0313816;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:50:7:10:39:40:0.8:26:13:2:5:27:13:3:7 chr10 49446097 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00885585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.379;QD=34.1531;RBI=0.0159853;REFB=0.0191267;REVB=0.0133081;RO=5;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113289;STB=0.562429;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00501008;OID=.;OPOS=49446097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:6:12:2:3:6:12:2:3 chr10 49659083 . GC G,GG 367.53 PASS AF=1,0;AO=25,6;DP=35;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135782,0.067735;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.7921,10.4724;QD=42.0034;RBI=0.284527,0.0713572;REFB=0,0;REVB=0.250038,-0.0224459;RO=4;SAF=24,0;SAR=1,6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594995,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0148064,0;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,6:35:35,0:35:0:24,0:11,0:0:0:3:4:24,0:1,6:0:4 chr10 49659559 . C T 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.874;QD=54.7104;RBI=0.0729033;REFB=-0.072476;REVB=0.0259075;RO=1;SAF=8;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065081;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:32:34:1:24:8:1:0:24:10:0:0 chr10 49659637 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.954;QD=54.517;RBI=0.0599983;REFB=0;REVB=-0.0581766;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322206;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr10 49667795 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.537;QD=57.1763;RBI=0.0179354;REFB=0;REVB=0.00959459;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2974e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr10 49860258 . A G 498.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.505;QD=58.6432;RBI=0.0583149;REFB=0;REVB=0.0541623;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24867e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:14:20:0:0 chr10 49933974 . T C 563.11 PASS AF=0.865385;AO=44;DP=51;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0349675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.236;QD=43.3164;RBI=0.0412791;REFB=-0.0454099;REVB=-0.0219372;RO=7;SAF=19;SAR=25;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000848192;STB=0.502164;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00637838;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:7:7:44:45:0.865385:25:19:3:4:25:20:3:4 chr10 49998824 . C T 744.15 PASS AF=0.893939;AO=54;DP=63;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0409162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.268;QD=45.0997;RBI=0.0485346;REFB=-0.0145173;REVB=0.0261049;RO=7;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565152;STB=0.52786;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0054056;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:66:7:7:54:59:0.893939:33:21:1:6:36:23:1:6 chr10 50013402 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.851;QD=59.8394;RBI=0.0235499;REFB=0;REVB=-0.00975038;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15336e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr10 50018706 . G A 628.82 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00398766;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2922;QD=55.8952;RBI=0.0266508;REFB=0.0475193;REVB=0.0263508;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203384;STB=0.50955;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00315985;OID=.;OPOS=50018706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:45:2:3:42:42:0.933333:22:20:1:1:22:20:1:2 chr10 50025396 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.948;QD=54.517;RBI=0.0421675;REFB=0;REVB=-0.0171357;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132765;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr10 50038800 . A G 400.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00377778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.906;QD=53.3656;RBI=0.0123173;REFB=-0.0477227;REVB=0.0117236;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000433032;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr10 50083111 . T C 691.61 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.011734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.6722;QD=43.912;RBI=0.0121069;REFB=-0.0794077;REVB=-0.00298184;RO=7;SAF=28;SAR=26;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500849;STB=0.52643;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0161682;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:63:63:7:9:54:54:0.857143:26:28:2:5:26:28:3:6 chr10 50109902 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7668;QD=50.4134;RBI=0.0453629;REFB=0;REVB=-0.025036;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371405;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 50121784 . T C 1080.13 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2088;QD=60.0074;RBI=0.0638843;REFB=0;REVB=0.0633467;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306669;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr10 50122181 . C A 595.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.571;QD=61.0486;RBI=0.0147074;REFB=0;REVB=0.0121124;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08221e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr10 50184949 . C T 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00362788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.007;QD=49.3067;RBI=0.00573274;REFB=-0.00587906;REVB=-0.00443878;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926354;STB=0.549962;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000290839;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:18:9:2:0:18:9:2:0 chr10 50186415 . C T 443.84 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0284959;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.442;QD=45.5222;RBI=0.0329154;REFB=-0.0769478;REVB=0.0164746;RO=6;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314674;STB=0.516953;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0110981;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:39:6:6:33:33:0.846154:13:20:3:3:13:20:3:3 chr10 50227785 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.002;QD=63.5825;RBI=0.0511087;REFB=0;REVB=0.0100438;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227345;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr10 50315893 . A G 557.42 PASS AF=0.849057;AO=44;DP=53;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0433217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7897;QD=42.0692;RBI=0.0434009;REFB=0.065576;REVB=0.00262122;RO=8;SAF=19;SAR=25;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560256;STB=0.53105;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0109866;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:8:8:44:45:0.849057:25:19:5:3:26:19:5:3 chr10 50339925 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3416;QD=47.8209;RBI=0.0327915;REFB=0;REVB=0.0320971;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578106;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr10 50340304 . C A 479.91 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0481071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.26;QD=47.991;RBI=0.0491803;REFB=-0.00460535;REVB=0.0102181;RO=5;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560155;STB=0.530103;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00167943;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:13:22:2:3:13:22:2:3 chr10 50341954 . A G 411.76 PASS AF=0.8;AO=31;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0046021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.878;QD=41.1762;RBI=0.0168781;REFB=-0.0727562;REVB=0.0162385;RO=8;SAF=10;SAR=21;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318824;STB=0.52104;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0111143;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:31:32:0.8:21:10:2:6:21:11:2:6 chr10 50374819 . T C 406.99 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0722548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1812;QD=50.8731;RBI=0.116879;REFB=-0.00140238;REVB=0.0918697;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153102;STB=0.506489;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00379506;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:29:30:0.9375:18:11:1:1:18:12:1:1 chr10 50531604 . T C 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.013;QD=44.6813;RBI=0.0267124;REFB=0;REVB=0.0232868;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050616;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr10 50532683 . T C 160.21 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4775;QD=45.7731;RBI=0.0524505;REFB=0;REVB=0.000656083;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210969;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 50533617 . T C 115.61 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.403;QD=42.0409;RBI=0.0623166;REFB=0;REVB=0.0618905;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278238;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:4:3:0:0:5:6:0:0 chr10 50534598 . CG CA,C 209.0 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=15,2;DP=19;FAO=16,2;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359623,-0.0468962;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=52.2118,27.7226;QD=44.0001;RBI=0.0492783,0.0470063;REFB=0.0413151,0.015144;REVB=0.0336907,0.0032141;RO=1;SAF=8,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.552795;SSSB=0.0607183,0.697199;STB=0.529375,0.993266;STBP=0.508,0.227;TYPE=snp,del;VARB=-0.00700157,-0.02578;OID=.,.;OPOS=50534599,50534599;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.842105,0.105263:15,2:19:16,2:19:1:8,2:8,0:0:1:10:1:8,2:7,0:0:1 chr10 50534862 . T C 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0355735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.439;QD=2.03241;RBI=0.0360252;REFB=-0.00521682;REVB=-0.00568638;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265702;STB=0.680163;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0554483;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:63:64:8:8:0.111111:4:4:18:45:4:4:19:45 chr10 50598254 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0030426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.296;QD=4.87893;RBI=0.0508905;REFB=-0.00375702;REVB=-0.0507994;RO=39;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307189;STB=0.702268;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0188635;OID=.;OPOS=50598254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:3:6:16:23:3:6:16:23 chr10 50678317 . C G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.309;QD=60.2234;RBI=0.0101179;REFB=0;REVB=0.0030538;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83546e-05;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr10 50723684 . G A 734.61 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=62.5198;RBI=0.00698448;REFB=0;REVB=-0.00434877;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426669;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr10 50724016 . C T 632.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.751;QD=61.675;RBI=0.00438302;REFB=0;REVB=0.0038999;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21681e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr10 50732280 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0703372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.772;QD=53.3623;RBI=0.0817034;REFB=-0.117909;REVB=0.0415707;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00638536;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr10 50820345 . C A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.72;QD=60.6103;RBI=0.04493;REFB=0;REVB=0.0114388;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28941e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 50824610 . C T 329.67 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0171664;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.486;QD=37.6767;RBI=0.0185962;REFB=0.0319658;REVB=-0.00715081;RO=6;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955454;STB=0.545421;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00576391;OID=.;OPOS=50824610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:6:8:27:27:0.771429:15:12:1:5:15:12:2:6 chr10 50856652 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.956;QD=54.5154;RBI=0.110261;REFB=0;REVB=0.107895;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758957;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 50872912 . C T 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0482346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8921;QD=3.33674;RBI=0.0522862;REFB=-0.00229656;REVB=0.0201808;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170112;STB=0.617903;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0251361;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:4:4:17:30:4:4:17:30 chr10 50902906 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.523;QD=46.848;RBI=0.0322134;REFB=0;REVB=0.0298498;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240037;OID=.;OPOS=50902906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr10 50911075 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.391;QD=48.7296;RBI=0.110378;REFB=0;REVB=-0.110258;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601686;OID=.;OPOS=50911075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:7:5:0:0:11:6:0:0 chr10 50916484 . A G 550.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104697;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.288;QD=59.4777;RBI=0.0348238;REFB=0;REVB=-0.0348081;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456479;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr10 50916542 . C T 632.36 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0220312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.156;QD=53.8182;RBI=0.0295991;REFB=0.00988927;REVB=0.019767;RO=4;SAF=20;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454599;STB=0.52427;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000630742;OID=.;OPOS=50916542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:23:20:3:1:23:20:3:1 chr10 50950976 . G A 696.9 PASS AF=0.8;AO=56;DP=70;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0208847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.848;QD=39.8231;RBI=0.0265557;REFB=-0.0183455;REVB=0.0164022;RO=13;SAF=26;SAR=30;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133829;STB=0.564002;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0021193;OID=.;OPOS=50950976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:13:14:56:56:0.8:30:26:11:2:30:26:11:3 chr10 51246281 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=36;DP=111;LEN=21;RO=75;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=54;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51246282;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:111:75:36:14:11:32:54 chr10 51465552 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.64;QD=40.7629;RBI=0.0313433;REFB=0;REVB=-0.0257486;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261039;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=44;DP=109;LEN=21;RO=65;SAF=11;SAR=26;SRF=33;SRR=39;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:109:65:44:26:11:33:39 chr10 51549545 . G T 771.39 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071329;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.536;QD=64.2821;RBI=0.0280881;REFB=0;REVB=0.0271673;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711504;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:28:18:0:0:30:18:0:0 chr10 51568378 . T G 563.18 PASS AF=0.909091;AO=38;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0230732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.894;QD=51.1981;RBI=0.0298991;REFB=0.0103393;REVB=0.0190154;RO=4;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313756;STB=0.518424;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00104686;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:38:40:0.909091:16:22:3:1:18:22:3:1 chr10 51631812 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2059;QD=23.2183;RBI=0.0953926;REFB=-0.0108054;REVB=0.0943029;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0120054;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr10 51748684 . G A 422.21 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0477847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9232;QD=44.4431;RBI=0.0682836;REFB=0.00659591;REVB=0.0487778;RO=6;SAF=23;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107449;STB=0.557658;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000253268;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:9:23:6:0:9:23:6:0 chr10 51827763 . A G 295.02 PASS AF=0.851852;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0168749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.765;QD=43.7061;RBI=0.0758594;REFB=-0.0343032;REVB=0.0739587;RO=3;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.542821;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00195713;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:21:23:0.851852:6:15:3:0:7:16:3:0 chr10 51827934 . G A 51.22 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00821406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.123;QD=3.59441;RBI=0.0152904;REFB=-0.0075019;REVB=0.0128968;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323931;STB=0.713878;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0406056;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:57:48:48:9:9:0.157895:4:5:14:34:4:5:14:34 chr10 52002980 . T G 336.85 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00980233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.373;QD=40.83;RBI=0.0103012;REFB=0.000714308;REVB=-0.00316672;RO=6;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11768;STB=0.563712;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000212867;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:13:14:1:5:13:14:1:5 chr10 52005153 . A G 389.76 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0129762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.413;QD=38.0252;RBI=0.0284393;REFB=-0.0590283;REVB=0.0253064;RO=9;SAF=21;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565273;STB=0.521263;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0147641;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:9:10:31:31:0.756098:10:21:5:4:10:21:6:4 chr10 52103707 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.553;QD=57.8849;RBI=0.0329124;REFB=0;REVB=-0.00646231;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17469e-05;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr10 54074757 . A G 657.4 PASS AF=0.852459;AO=51;DP=60;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0156089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.456;QD=43.1084;RBI=0.0359263;REFB=-0.0295306;REVB=-0.0323583;RO=9;SAF=17;SAR=34;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346149;STB=0.515856;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00373853;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:61:9:9:51:52:0.852459:34:17:4:5:34:18:4:5 chr10 54405572 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.293;QD=51.9167;RBI=0.060879;REFB=0;REVB=-0.0604254;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402714;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 54528266 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.695;QD=56.7053;RBI=0.0315942;REFB=0;REVB=0.0058408;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013105;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 55569202 . T G 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.014456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.841;QD=29.0284;RBI=0.0151584;REFB=0.00121578;REVB=0.00456084;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265901;STB=0.646899;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000214469;OID=.;OPOS=55569202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:1:7:7:11:1:7 chr10 55582905 . G T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00555096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.917;QD=60.5101;RBI=0.00857753;REFB=-0.0393414;REVB=0.00653918;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000624024;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr10 55755491 . C T 67.46 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0242397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6837;QD=5.99641;RBI=0.0474306;REFB=-0.0176853;REVB=-0.0407688;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525373;STB=0.867201;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0378004;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:45:45:34:35:9:10:0.222222:8:1:17:17:9:1:18:17 chr10 55949151 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.011;QD=44.6062;RBI=0.0129252;REFB=0.0530124;REVB=-0.00343503;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200927;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00247785;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:1:1:13:8:1:1 chr10 55955444 . T G 553.02 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00560074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.857;QD=50.2748;RBI=0.0450937;REFB=-0.00534097;REVB=0.0447445;RO=5;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104013;STB=0.50415;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000963636;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:44:5:5:38:39:0.886364:17:21:3:2:17:22:3:2 chr10 56335031 . A G 536.78 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.407;QD=59.6416;RBI=0.026311;REFB=0;REVB=0.0231325;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321114;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr10 56335067 . A G 723.17 PASS AF=0.887097;AO=57;DP=64;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00168374;FXX=0.0312451;HRUN=11;LEN=1;MLLD=235.616;QD=46.6559;RBI=0.001795;REFB=-0.108054;REVB=0.000622129;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.547928;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000441762;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:62:2:7:57:55:0.887097:24:33:2:0:22:33:7:0 chr10 56345303 . T C 191.56 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.16;QD=47.89;RBI=0.0392632;REFB=0;REVB=0.0227483;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073569;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr10 56345335 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9897;QD=49.5991;RBI=0.044153;REFB=0;REVB=-0.00150748;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082045;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 57358667 . G A 625.82 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00237649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.401;QD=52.1516;RBI=0.00631661;REFB=0.0362551;REVB=0.0058525;RO=5;SAF=25;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044116;STB=0.52356;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00201888;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:18:25:4:1:18:25:4:1 chr10 57359697 . C T 464.03 PASS AF=0.853659;AO=33;DP=39;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00857531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.166;QD=45.2713;RBI=0.0136534;REFB=-0.0196434;REVB=-0.0106244;RO=6;SAF=14;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163809;STB=0.588185;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00236612;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:41:6:6:33:35:0.853659:19:14:6:0:21:14:6:0 chr10 57359819 . T C 511.0 PASS AF=0.880952;AO=35;DP=40;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0437168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2534;QD=48.6667;RBI=0.0437274;REFB=-0.0173549;REVB=0.000960415;RO=5;SAF=10;SAR=25;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136886;STB=0.567648;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00115882;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:42:5:5:35:37:0.880952:25:10:4:1:26:11:4:1 chr10 58118626 . A AC 288.26 PASS AF=1;AO=7;DP=47;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1317;FXX=0.212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5725;QD=31.1635;RBI=0.228826;REFB=0;REVB=-0.187126;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00608721;OID=.;OPOS=58118627;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:47:37:37:0:11:26:0:0:7:39:1:6:13:26 chr10 58118630 . T C 738.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9302;QD=62.8197;RBI=0.0871217;REFB=0;REVB=0.0233318;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737334;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:33:12:0:0:33:14:0:0 chr10 60027351 . G A 292.9 PASS AF=0.78125;AO=18;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.010416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.59;QD=36.6128;RBI=0.0530617;REFB=-0.02949;REVB=-0.0520293;RO=1;SAF=18;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.589985;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0114078;OID=.;OPOS=60027351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:1:7:18:25:0.78125:0:18:1:0:6:19:3:4 chr10 60558314 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0287999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3213;QD=15.3779;RBI=0.0296583;REFB=-0.00867236;REVB=-0.00708394;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.016512;OID=.;OPOS=60558314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:9:5:7:5:9:5 chr10 60573753 . G T 1415.84 PASS AF=1;AO=79;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.309;QD=62.9261;RBI=0.0850982;REFB=0;REVB=0.0834013;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41805e-05;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:79:90:1:40:39:0:0:48:42:0:0 chr10 60577393 . T C 685.28 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0549475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.614;QD=58.3216;RBI=0.0568884;REFB=-0.0370344;REVB=0.014733;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391242;STB=0.520824;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000838118;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:0:2:23:22:0:2 chr10 60588553 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.119;QD=57.2371;RBI=0.0138041;REFB=0;REVB=0.000687186;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68644e-05;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr10 61005244 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4383;QD=63.8713;RBI=0.068113;REFB=0;REVB=0.0618302;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413903;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr10 61122268 . T TTA 263.71 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375626;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.544;QD=52.7426;RBI=0.0535697;REFB=0;REVB=0.0381937;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000451486;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:24:20:20:0:8:12:0:0:4:2:7:12:2:0 chr10 61414011 . G T 784.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.763;QD=56.0203;RBI=0.0394786;REFB=0;REVB=0.0390233;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05781e-05;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:32:20:0:0:35:21:0:0 chr10 61549657 . AT A 419.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1849;QD=46.6125;RBI=0.0750386;REFB=0;REVB=0.0400816;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00377802;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:36:36:36:0:17:19:0:0:7:0:17:19:0:0 chr10 61665886 . C A 102.76 PASS AF=0.207317;AO=16;DP=81;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0117959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.998;QD=5.01256;RBI=0.046709;REFB=-0.0161725;REVB=-0.045195;RO=58;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129338;STB=0.553585;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0495964;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:58:65:16:17:0.207317:8:8:35:23:9:8:35:30 chr10 61719159 . C T 691.61 PASS AF=0.945455;AO=46;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0166669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.466;QD=50.299;RBI=0.0283457;REFB=-0.0326602;REVB=0.0229279;RO=3;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216656;STB=0.511232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00203883;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:55:3:3:46:52:0.945455:24:22:2:1:28:24:2:1 chr10 61719232 . A AT 531.91 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8641;QD=44.3262;RBI=0.0576419;REFB=0;REVB=-0.0453374;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00179607;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:48:48:48:0:24:24:0:0:10:2:22:23:1:1 chr10 61719385 . T G 328.06 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0638572;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1969;QD=43.7409;RBI=0.0875756;REFB=-0.0390044;REVB=0.0599311;RO=4;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154613;STB=0.505151;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0129902;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:25:26:0.866667:11:14:2:2:12:14:2:2 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC,TCTTT 641.08 PASS AF=0.941176,0.0392157,0.0196078;AO=42,3,2;DP=52;FAO=48,2,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1,1;FSAR=36,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329931,0.0300753,-0.0134464;FXX=0.0192271;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=18.9998,7.85005,10.5002;QD=50.2808;RBI=0.170379,0.0527414,0.128682;REFB=0,0,0;REVB=-0.167154,-0.0433259,-0.127978;RO=0;SAF=11,1,1;SAR=31,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.72514e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00666975,-0.0599936,0.044624;OID=.,.,.;OPOS=61841574,61841577,61841573;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTT,CTTTC,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:42,3,2:48,2,1:0.941176,0.0392157,0.0196078:31,2,1:11,1,1:0:0:36,1,0:12,1,1:0:0 chr10 62060128 . A G 578.57 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0238865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.25;QD=43.6653;RBI=0.0256892;REFB=-0.0249388;REVB=0.00945359;RO=7;SAF=26;SAR=20;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156059;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380725;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:7:7:46:46:0.867925:20:26:4:3:20:26:4:3 chr10 63170292 . A G 559.78 PASS AF=0.888889;AO=39;DP=46;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0058146;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.334;QD=49.7581;RBI=0.023277;REFB=-0.0742771;REVB=0.0225391;RO=5;SAF=14;SAR=25;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984625;STB=0.553164;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0079525;OID=.;OPOS=63170292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:46:45:5:5:39:40:0.888889:25:14:4:1:26:14:4:1 chr10 63422754 . G GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA 554.93 PASS AF=0,0.705882;AO=20,20;DP=70;FAO=0,48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=0,30;FSAR=0,18;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0175753,0.0156053;FXX=0.0555478;HRUN=5,5;LEN=14,15;MLLD=248.058,256.307;QD=32.6431;RBI=0.0191069,0.0178001;REFB=-0.0388619,-0.0338743;REVB=-0.00749547,-0.00856264;RO=21;SAF=20,4;SAR=0,16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.815227,-0.484156;STB=0.5,0.5238;STBP=1,0.568;TYPE=ins,ins;VARB=0.0197294,0.0149225;OID=.,.;OPOS=63422755,63422755;OREF=-,-;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.705882:20,20:70:0,48:68:20:0,30:0,18:14:6:99:21:20,4:0,16:15:6 chr10 63520698 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.873;QD=57.5433;RBI=0.0180409;REFB=0;REVB=0.0141974;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32902e-06;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr10 63958112 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.848;QD=57.2374;RBI=0.0606896;REFB=0;REVB=0.0307247;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264041;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr10 63995983 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.022;QD=57.1054;RBI=0.0504661;REFB=0;REVB=-0.0497777;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152759;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr10 64000878 . T G 167.34 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5876;QD=41.836;RBI=0.0243363;REFB=-0.0624334;REVB=-0.00199002;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0268585;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:0:1:7:8:0:1 chr10 64110037 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.238;QD=39.318;RBI=0.0176964;REFB=0.0219549;REVB=-0.0114472;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.001129;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr10 64159333 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.435;QD=40.7629;RBI=0.0423243;REFB=0;REVB=-0.0422014;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334458;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr10 64415184 . A G 1155.43 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128953;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=60.812;RBI=0.130886;REFB=0;REVB=0.0224091;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217463;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr10 64566258 . C T 238.99 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4118;QD=50.313;RBI=0.0294505;REFB=0;REVB=0.00710528;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000733907;OID=.;OPOS=64566258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 64572037 . ATT A,AT 230.41 PASS AF=0,1;AO=5,25;DP=33;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10229,-0.170935;FXX=0.0302939;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.65075,9.97658;QD=28.8008;RBI=0.115949,0.199714;REFB=-0.0242182,-0.015866;REVB=-0.054599,-0.10328;RO=2;SAF=2,7;SAR=3,18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0491618,-0.0367233;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00675292;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,25:33:0,32:32:0:0,10:0,22:0:0:4:2:2,7:3,18:1:1 chr10 64573771 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.555;QD=46.848;RBI=0.0200683;REFB=0;REVB=0.0134667;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158584;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr10 64967445 . A T 663.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8814;QD=61.6975;RBI=0.0404578;REFB=0;REVB=0.0247047;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166008;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr10 64968251 . T C 60.72 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0256481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.784;QD=2.96214;RBI=0.026523;REFB=-0.00290583;REVB=0.0067559;RO=68;SAF=4;SAR=8;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259949;STB=0.677126;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0258118;OID=.;OPOS=64968251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:68:70:12:12:0.146341:8:4:37:31:8:4:38:32 chr10 64974537 . A T 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.000398317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.108;QD=3.93875;RBI=0.0394933;REFB=-0.00513305;REVB=-0.0394913;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184532;STB=0.629241;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0251435;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:20:15:2:5:20:15 chr10 65322381 . G T 370.02 PASS AF=0.805556;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0227043;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.671;QD=41.1132;RBI=0.0229581;REFB=-0.0339349;REVB=0.00340454;RO=7;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790536;STB=0.538435;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00874051;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:28:29:0.805556:14:14:2:5:15:14:2:5 chr10 68040325 . C T 174.53 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.144;QD=46.5428;RBI=0.0279257;REFB=0;REVB=0.0190326;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153202;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr10 68685929 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.263;QD=55.0987;RBI=0.0351137;REFB=0;REVB=0.0299104;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125989;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr10 69773841 . G A 738.75 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.102015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6951;QD=54.7219;RBI=0.107682;REFB=-0.142822;REVB=-0.0344735;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0022716;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr10 69917921 . C T 577.52 PASS AF=0.87037;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0162611;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.085;QD=42.779;RBI=0.0361608;REFB=-0.00288698;REVB=0.0322983;RO=5;SAF=29;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448102;STB=0.506232;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00327858;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:54:5:7:46:47:0.87037:17:29:2:3:18:29:4:3 chr10 69917925 . T C 551.26 PASS AF=0.833333;AO=46;DP=55;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000823338;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.755;QD=40.8344;RBI=0.0205413;REFB=-0.00548784;REVB=0.0205248;RO=8;SAF=28;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474114;STB=0.507689;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00110828;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:8:9:46:45:0.833333:18:28:5:3:18:27:5:4 chr10 69926097 . T C 417.27 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.061219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.25;QD=53.8411;RBI=0.0615367;REFB=-0.05162;REVB=-0.00624573;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00133744;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:19:10:1:0:19:11:1:0 chr10 69926334 . C G 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00691043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.381;QD=46.3204;RBI=0.00821037;REFB=-0.0397478;REVB=-0.00443353;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922593;STB=0.549956;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00458267;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:0:2:9:14:0:2 chr10 69933921 . G A 334.08 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0429897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.926;QD=46.0805;RBI=0.0438361;REFB=-0.00755889;REVB=0.00857236;RO=2;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062667;STB=0.522803;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000400996;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:26:26:0.896552:21:5:1:1:21:5:1:2 chr10 69933969 . G A 558.34 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0513079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.4;QD=51.9387;RBI=0.0519685;REFB=0.015124;REVB=-0.00826002;RO=4;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210653;STB=0.511272;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00121725;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:24:15:2:2:24:15:2:2 chr10 69934258 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.163;QD=33.4285;RBI=0.0152189;REFB=0;REVB=0.0148561;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120446;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 69948844 . T C 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0064719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.572;QD=55.8085;RBI=0.0169897;REFB=-0.115022;REVB=-0.0157087;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00100766;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:34:25:0:1:34:25:0:1 chr10 69959242 . C A 941.82 PASS AF=0.757895;AO=72;DP=98;FAO=72;FDP=95;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00751569;FXX=0.0306091;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.626;QD=39.6554;RBI=0.0119013;REFB=-0.0208207;REVB=0.00922797;RO=23;SAF=33;SAR=39;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680215;STB=0.536425;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00551159;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:23:23:72:72:0.757895:39:33:14:9:39:33:14:9 chr10 69991853 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.329;QD=35.5759;RBI=0.0552255;REFB=0;REVB=-0.0544038;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680077;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr10 70051810 . A G 443.64 PASS AF=0.790698;AO=32;DP=39;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00871027;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=261.339;QD=41.269;RBI=0.00922908;REFB=0.00253035;REVB=-0.00305073;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518384;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00058302;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:43:0:9:32:34:0.790698:22:10:0:0:24:10:2:7 chr10 70051928 . A G 820.15 PASS AF=0.983051;AO=42;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-7.1455e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.825;QD=55.6036;RBI=0.0221826;REFB=-0.262674;REVB=0.0221824;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512816;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00422001;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:42:58:0.983051:23:19:1:0:39:19:1:0 chr10 70102936 . T A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9599;QD=57.5421;RBI=0.0534256;REFB=0;REVB=0.00509566;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627866;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr10 70103272 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3766;QD=62.0216;RBI=0.0451247;REFB=0;REVB=0.0403191;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591451;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr10 70105560 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.222;QD=57.6769;RBI=0.0410721;REFB=0;REVB=0.015245;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267582;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr10 70401116 . G A 141.99 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028449;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.179;QD=40.5673;RBI=0.0457599;REFB=-0.0568064;REVB=0.0358416;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00505981;OID=.;OPOS=70401116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr10 70405855 . A G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6881;QD=44.6789;RBI=0.0747885;REFB=0;REVB=0.0359736;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297099;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr10 70495544 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6338;QD=51.1841;RBI=0.0646731;REFB=0;REVB=0.0398169;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276048;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr10 70502288 . G A 716.15 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000434697;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.735;QD=57.2923;RBI=0.00713475;REFB=0;REVB=0.0071215;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34955e-05;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr10 70641860 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.413;QD=56.9381;RBI=0.0157118;REFB=0;REVB=-0.00450411;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75018e-05;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr10 70696713 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.166;QD=59.8394;RBI=0.0297809;REFB=0;REVB=0.0288156;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26585e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr10 70700944 . A G 230.24 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0802874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9532;QD=46.0482;RBI=0.0838823;REFB=0.0411947;REVB=-0.0242934;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00671193;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:1:0:14:5:1:0 chr10 70856852 . G A 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0135675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.001;QD=1.72723;RBI=0.0187344;REFB=-0.000740102;REVB=-0.012919;RO=64;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833508;STB=0.564675;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00839197;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:4:3:23:41:4:3:23:41 chr10 70940191 . C T 422.19 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0487747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8519;QD=44.4406;RBI=0.0640262;REFB=0.0192356;REVB=0.0414775;RO=6;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132808;STB=0.571386;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00172236;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:18:14:0:6:18:14:0:6 chr10 70992664 . C T 637.56 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0247019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.267;QD=44.7413;RBI=0.0278623;REFB=-0.0219478;REVB=-0.012889;RO=7;SAF=26;SAR=24;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779799;STB=0.541591;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00377868;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:7:7:50:50:0.877193:24:26:6:1:24:26:6:1 chr10 71018660 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.334;QD=56.9381;RBI=0.0228315;REFB=0;REVB=0.022482;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77963e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr10 71026510 . C A 727.83 PASS AF=0.875;AO=56;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0486643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3262;QD=45.4895;RBI=0.0515083;REFB=-0.0549525;REVB=0.0168786;RO=7;SAF=22;SAR=34;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00779252;STB=0.513948;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00557739;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:7:8:56:56:0.875:34:22:3:4:34:22:4:4 chr10 71027231 . G C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00663574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.013;QD=2.58558;RBI=0.00677112;REFB=-0.00458085;REVB=0.00134727;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596485;STB=0.524536;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0298354;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:58:60:9:9:0.130435:4:5:35:23:4:5:35:25 chr10 71055459 . T C,TC 91.78 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=5,2;DP=10;FAO=8,1;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502754,0.0717251;FXX=0.0999001;HRUN=11,0;LEN=1,1;MLLD=69.8788,38.1776;QD=40.7913;RBI=0.082744,0.129831;REFB=0,0;REVB=0.0657187,0.10822;RO=0;SAF=5,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.115413,0.0276208;OID=.,.;OPOS=71055459,71055460;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:10:9:0:0:5,2:8,1:0.888889,0.111111:0,0:5,2:0:0:1,0:7,1:0:0 chr10 71060610 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.784;QD=45.8068;RBI=0.0254663;REFB=0;REVB=0.0115093;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573566;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 71060621 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.616;QD=45.8068;RBI=0.0177599;REFB=0;REVB=-0.0175462;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107901;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 71060634 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.134;QD=44.6898;RBI=0.0123872;REFB=0;REVB=-2.17696e-05;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3548e-05;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr10 71142420 . G A 739.94 PASS AF=1;AO=33;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228869;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8133;QD=64.3427;RBI=0.245941;REFB=0;REVB=0.0900323;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475406;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:33:46:1:28:5:0:0:29:17:0:0 chr10 71168685 . A T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.759;QD=54.5158;RBI=0.036648;REFB=0;REVB=0.0355345;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165478;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr10 71168727 . C T 65.31 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0382456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8107;QD=4.92906;RBI=0.13933;REFB=-0.000825474;REVB=0.133978;RO=43;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254996;STB=0.528246;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0139991;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:53:43:43:9:10:0.188679:4:5:23:20:5:5:23:20 chr10 71176012 . A G 392.32 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0150046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.465;QD=50.6223;RBI=0.0171656;REFB=-0.0362771;REVB=0.00833779;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204508;STB=0.510995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00205479;OID=.;OPOS=71176012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:19:10:1:1:19:10:1:1 chr10 71332204 . A G 536.14 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.335;QD=54.9886;RBI=0.0262444;REFB=-0.0583683;REVB=0.0206466;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123575;STB=0.506604;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00146196;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:1:1:23:14:1:1 chr10 71390392 . C A,T 509.32 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267833,-0.00466044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.9861,149.423;QD=58.2074;RBI=0.0369497,0.0225751;REFB=0,0;REVB=0.0254546,-0.0220888;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.027542,0.00654656;OID=.,.;OPOS=71390392,71390392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:1,9:1,24:0:0:1,9:1,24:0:0 chr10 71392557 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.848;QD=45.8068;RBI=0.0264634;REFB=0;REVB=-0.00104764;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192201;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr10 71392692 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.867;QD=60.6103;RBI=0.053653;REFB=0;REVB=0.0359058;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72463e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr10 71562437 . G A,GA 458.81 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=28,4;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240875,0.00793452;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=182.787,213.848;QD=57.351;RBI=0.0290666,0.00933585;REFB=0,0;REVB=0.0162683,-0.0049195;RO=0;SAF=17,2;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00571547,-0.0339354;OID=.,.;OPOS=71562437,71562438;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:32:0:0:28,4:31,1:0.96875,0.03125:11,2:17,2:0:0:13,0:18,1:0:0 chr10 71620403 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0220644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.245;QD=36.3422;RBI=0.0224936;REFB=-0.0130054;REVB=0.00437322;RO=5;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444008;STB=0.524248;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00398474;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:6:14:4:1:6:14:4:1 chr10 71620436 . A AC,C 354.6 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991116,0.00185237;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8016,6.44694;QD=50.6573;RBI=0.153817,0.129285;REFB=-0.0395319,-0.0577594;REVB=-0.117629,-0.129272;RO=2;SAF=15,2;SAR=9,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0578777,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0027915,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:2:0:24,2:28,0:1,0:9,0:15,2:2:0:9,0:19,0:0:0 chr10 71640255 . G A 135.31 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383285;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.02;QD=45.1019;RBI=0.117165;REFB=0;REVB=0.110718;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161765;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr10 71657272 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.791;QD=55.6561;RBI=0.0398237;REFB=0;REVB=-0.0355599;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80316e-05;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr10 71658512 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.085;QD=60.9773;RBI=0.00946553;REFB=0;REVB=0.00847613;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27558e-06;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 71718724 . C G 817.62 PASS AF=0.861111;AO=27;DP=72;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0194353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.052;QD=45.4234;RBI=0.196029;REFB=-0.124061;REVB=0.195064;RO=8;SAF=27;SAR=0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.865105;STB=0.505017;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0157498;OID=.;OPOS=71718724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:72:8:10:27:62:0.861111:0:27:4:4:35:27:4:6 chr10 71876382 . C T 620.59 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035384;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.461;QD=62.0586;RBI=0.0364567;REFB=0;REVB=-0.00877868;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71756e-05;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr10 71880858 . A G 585.65 PASS AF=0.854545;AO=45;DP=54;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0127728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3322;QD=42.593;RBI=0.0167378;REFB=-0.0343729;REVB=-0.0108171;RO=8;SAF=16;SAR=29;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328076;STB=0.520652;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00603628;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:8:8:45:47:0.854545:29:16:2:6:29:18:2:6 chr10 71905569 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.108;QD=35.5759;RBI=0.113666;REFB=0;REVB=0.0876694;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021464;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 72043389 . T G 303.49 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.52;QD=52.7811;RBI=0.0216135;REFB=0;REVB=0.00169691;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9566e-05;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr10 72043460 . T G 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00883193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70;QD=11.9173;RBI=0.0513904;REFB=-0.00632121;REVB=-0.0506258;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00427211;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr10 72179746 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.778;QD=43.4861;RBI=0.00799208;REFB=0;REVB=0.00785246;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21937e-05;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 72181460 . G T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6573;QD=59.4281;RBI=0.0832367;REFB=0;REVB=-0.0702284;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201933;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 72195439 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=8;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.593;QD=50.4114;RBI=0.116592;REFB=0;REVB=-0.116206;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0037071;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:8:19:1:3:5:0:0:3:16:0:0 chr10 72289701 . G A 177.45 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00435983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.938;QD=39.4345;RBI=0.0514375;REFB=-0.0025103;REVB=0.0512524;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912511;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000684941;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:2:0:7:9:2:0 chr10 72307101 . C T 480.03 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0686301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.804;QD=48.0034;RBI=0.0686553;REFB=-0.0329478;REVB=0.00186046;RO=5;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418594;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:14:21:3:2:14:21:3:2 chr10 72324143 . A G 1318.55 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00133393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8327;QD=56.7118;RBI=0.0567654;REFB=0.0339344;REVB=-0.0567497;RO=5;SAF=48;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261744;STB=0.513831;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.013113;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:93:93:5:5:88:88:0.946237:40:48:4:1:40:48:4:1 chr10 72358577 . G A 605.95 PASS AF=0.793651;AO=48;DP=62;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0190133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7966;QD=38.473;RBI=0.0503685;REFB=0.0279926;REVB=0.0466421;RO=13;SAF=24;SAR=24;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763207;STB=0.5357;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00589989;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:63:13:13:48:50:0.793651:24:24:4:9:26:24:4:9 chr10 72434569 . G C 499.57 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0444724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9465;QD=54.0071;RBI=0.0445852;REFB=0.00707834;REVB=0.00317009;RO=3;SAF=15;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344112;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00119329;OID=.;OPOS=72434569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:3:2:34:35:0.945946:19:15:2:1:19:16:1:1 chr10 72500863 . C G 466.98 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0270469;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.457;QD=53.3687;RBI=0.0323821;REFB=0.0131555;REVB=0.0178063;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198383;STB=0.510632;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.000312175;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:22:11:1:1:22:11:1:1 chr10 72503344 . G A 641.64 PASS AF=0.779412;AO=52;DP=67;FAO=53;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00910681;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.925;QD=37.7436;RBI=0.0270405;REFB=-0.0155922;REVB=0.0254609;RO=13;SAF=34;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159372;STB=0.522289;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00376817;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:67:68:13:15:52:53:0.779412:18:34:9:4:19:34:11:4 chr10 72520330 . A G 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.952;QD=57.5402;RBI=0.0590736;REFB=0;REVB=0.0325843;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340018;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr10 72537086 . C T 38.32 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.100355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0749;QD=7.29925;RBI=0.108738;REFB=-0.0120719;REVB=0.0418663;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41176;STB=0.753765;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0202434;OID=.;OPOS=72537086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:21:14:15:6:6:0.285714:1:5:7:7:1:5:8:7 chr10 72619205 . C T 1144.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.038;QD=60.2561;RBI=0.0373763;REFB=0;REVB=0.01308;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141714;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:52:21:0:0:53:23:0:0 chr10 73057755 . G C 914.79 PASS AF=0.860759;AO=68;DP=79;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0544794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.521;QD=46.3187;RBI=0.0667065;REFB=-0.0354578;REVB=-0.0384935;RO=11;SAF=17;SAR=51;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178537;STB=0.59539;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00922673;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:11:11:68:68:0.860759:51:17:9:2:51:17:9:2 chr10 73082563 . A G 129.85 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0177194;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.428;QD=7.11523;RBI=0.0177541;REFB=-0.00867071;REVB=0.00111028;RO=55;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160588;STB=0.514836;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0306431;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:55:54:19:19:0.260274:13:6:18:37:13:6:18:36 chr10 73115941 . TG CA 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0251988;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.247;QD=2.93557;RBI=0.0280727;REFB=-0.00487623;REVB=-0.0123733;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851897;STB=0.561984;STBP=0.79;TYPE=mnp;VARB=0.0358588;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:23:23:3:4:23:23 chr10 73121913 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00893521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.414;QD=6.01598;RBI=0.0128505;REFB=0.0015578;REVB=-0.00923569;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398441;STB=0.747089;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00142731;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:17:5:4:3:17:5 chr10 73121945 . T C 42.82 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0632717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.402;QD=5.03783;RBI=0.0635571;REFB=-0.011241;REVB=-0.00601549;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403046;STB=0.761318;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0193947;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:4:3:20:6:4:3:21:6 chr10 73270906 . T C,G 720.72 PASS AF=0.888889,0.0925926;AO=47,6;DP=54;FAO=48,5;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25,1;FSAR=23,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00949929,-0.00416325;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=212.41,30.8638;QD=53.3869;RBI=0.0187075,0.0124969;REFB=-0.12172,-0.0227227;REVB=0.0161163,-0.011783;RO=1;SAF=25,1;SAR=22,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0208969,0.0789211;STB=0.510634,0.555346;STBP=0.299,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=0.000138693,0.105787;OID=.,.;OPOS=73270906,73270906;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:54:54:1:1:47,6:48,5:0.888889,0.0925926:22,5:25,1:0:1:23,4:25,1:0:1 chr10 73270982 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.098539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.522;QD=53.3615;RBI=0.100185;REFB=-0.10686;REVB=-0.0180861;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00253227;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr10 73326579 . C T 628.55 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0408907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2314;QD=40.5517;RBI=0.0803236;REFB=-0.00878396;REVB=0.0691363;RO=11;SAF=14;SAR=37;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139848;STB=0.575099;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00769706;OID=.;OPOS=73326579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:11:11:51:51:0.822581:37:14:7:4:37:14:7:4 chr10 73455201 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0992923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.063;QD=53.3624;RBI=0.100292;REFB=0.0123801;REVB=-0.0141253;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00127472;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:0:1:20:9:0:1 chr10 73455273 . T C 558.06 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0331809;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.026;QD=55.8058;RBI=0.0336008;REFB=0.00258522;REVB=0.00529544;RO=2;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000394902;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:24:14:0:2:24:14:0:2 chr10 73466709 . T C 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0337439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=2.25015;RBI=0.0663959;REFB=-0.00626432;REVB=-0.0571819;RO=79;SAF=6;SAR=5;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04759;STB=0.53435;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0396934;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:5:6:40:39:5:6:40:39 chr10 73472868 . C G 31.62 PASS AF=0.153846;AO=5;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00782124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.47;QD=3.24336;RBI=0.00897466;REFB=-0.00720742;REVB=0.00440145;RO=30;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267325;STB=0.7412;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0244177;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:38:39:30:33:5:6:0.153846:2:3:11:19:2:4:12:21 chr10 73472882 . C T 50.62 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0141719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.261;QD=5.06214;RBI=0.0151093;REFB=0.006166;REVB=0.00523921;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.524938;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0119313;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:15:17:4:4:15:17 chr10 73492079 . A G 328.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481328;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8412;QD=54.7179;RBI=0.0728462;REFB=0;REVB=0.0546791;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346127;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr10 73501556 . G A 361.98 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921461;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.29;QD=55.6893;RBI=0.092513;REFB=0;REVB=0.00823141;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995478;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 73520632 . A C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9915;QD=62.3495;RBI=0.0887735;REFB=0;REVB=0.0857934;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703913;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 73550969 . G A 1098.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.754;QD=60.1775;RBI=0.0694503;REFB=0;REVB=0.0488049;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026453;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:38:35:0:0 chr10 73558886 . G A 456.27 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0331177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.959;QD=50.6964;RBI=0.0341052;REFB=-0.00579576;REVB=0.00814757;RO=3;SAF=24;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117878;STB=0.506325;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000541449;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:9:24:2:1:9:24:2:1 chr10 73558952 . C T 347.76 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.01;QD=51.5195;RBI=0.0332513;REFB=-0.0497486;REVB=0.0260918;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000410605;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:0:1 chr10 73562744 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5417;QD=55.4642;RBI=0.0289215;REFB=-0.127342;REVB=-0.0250485;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425532;STB=0.522715;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00487374;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:17:21:2:0:17:21:2:0 chr10 73569761 . C T 932.18 PASS AF=0.8625;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=80;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0176905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.819;QD=46.6091;RBI=0.0178377;REFB=-0.0764859;REVB=-0.00228652;RO=11;SAF=35;SAR=34;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569232;STB=0.530278;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0130649;OID=.;OPOS=73569761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:11:11:69:69:0.8625:34:35:8:3:34:35:8:3 chr10 73571765 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0639496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3171;QD=28.2259;RBI=0.0643891;REFB=0.0356685;REVB=-0.00751043;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425066;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0153885;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:3:1:4:8:3:1 chr10 73574843 . G A 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0441692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=34.153;RBI=0.0729644;REFB=-0.0153847;REVB=0.0580766;RO=5;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227221;STB=0.625521;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00414095;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:5:13:1:4:5:13:1:4 chr10 73576307 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.45;QD=44.6898;RBI=0.0853491;REFB=0;REVB=0.0215667;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114926;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr10 73585526 . A G 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00982827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.061;QD=42.7835;RBI=0.0138056;REFB=-0.00143095;REVB=0.00969528;RO=3;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470118;STB=0.525524;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000252183;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:10:12:1:2:10:12:1:2 chr10 73610982 . G A 84.36 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=114;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0199181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=2.95998;RBI=0.0200232;REFB=0.000837529;REVB=0.00204809;RO=96;SAF=10;SAR=7;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149894;STB=0.596594;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00696573;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:114:114:96:97:17:17:0.149123:7:10:45:51:7:10:46:51 chr10 73767859 . G A 137.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0169733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.92;QD=29.0485;RBI=0.0510539;REFB=-0.067278;REVB=0.0481498;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100039;STB=0.578837;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.012335;OID=.;OPOS=73767859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:4:5:14:14:0.736842:7:7:1:3:7:7:1:4 chr10 73768992 . C A 732.28 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00203327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.57;QD=51.3879;RBI=0.0113903;REFB=-0.0146542;REVB=0.0112073;RO=3;SAF=37;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021238;STB=0.501128;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000525376;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:17:37:2:1:17:37:2:1 chr10 73772661 . T A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.074;QD=46.0581;RBI=0.0163852;REFB=0.00286041;REVB=0.00760667;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000148637;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr10 73820396 . G A 754.57 PASS AF=0.867647;AO=58;DP=67;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0279484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5991;QD=44.3863;RBI=0.0299632;REFB=-0.0460581;REVB=0.0108018;RO=9;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110846;STB=0.559302;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0138263;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:68:9:9:58:59:0.867647:26:32:1:8:26:33:1:8 chr10 74923562 . C T 44.61 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0209151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.961;QD=2.58599;RBI=0.0214808;REFB=0.000606075;REVB=0.00489763;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455914;STB=0.836351;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00244325;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:26:33:8:1:26:34 chr10 75035257 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0175176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0917;QD=4.16594;RBI=0.0860453;REFB=0.00362887;REVB=0.0842433;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068047;STB=0.546629;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00730332;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:16:17:4:3:16:17 chr10 75138691 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0265035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.252;QD=21.0138;RBI=0.0299405;REFB=0.00733048;REVB=0.0139282;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00369717;OID=.;OPOS=75138691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:5:2:6:5:5:2 chr10 75406764 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.679;QD=44.6898;RBI=0.0188377;REFB=0;REVB=-0.000329507;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1891e-05;OID=.;OPOS=75406764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr10 75490354 . GAAGA G 218.83 PASS AF=0.75;AO=20;DP=30;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.021539;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.331;QD=27.3536;RBI=0.0239552;REFB=-0.0503153;REVB=0.0104843;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829397;STB=0.521259;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.0145079;OID=.;OPOS=75490355;OREF=AAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:20:30:24:32:8:14:10:4:4:38:8:13:7:4:4 chr10 75533448 . A G 41.52 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0461479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.988;QD=4.05111;RBI=0.0863087;REFB=0.0106423;REVB=-0.0729354;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422218;STB=0.808548;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0553377;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:31:34:7:7:0.170732:1:6:17:14:1:6:18:16 chr10 75554039 . G A 748.25 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0404766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.71;QD=49.0658;RBI=0.0456873;REFB=-0.0583862;REVB=0.0211891;RO=5;SAF=26;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209854;STB=0.511159;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00304174;OID=.;OPOS=75554039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:5:5:56:56:0.918033:30:26:3:2:30:26:3:2 chr10 75558867 . G A 608.57 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00935528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.669;QD=46.813;RBI=0.0396045;REFB=-0.0608901;REVB=0.0384837;RO=5;SAF=25;SAR=22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486816;STB=0.525958;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0145346;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:22:25:4:1:22:25:4:1 chr10 75673101 . T C 152.99 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8482;QD=43.7107;RBI=0.0371626;REFB=0;REVB=-0.0359637;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108798;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr10 75936611 . C T 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0172568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.01;QD=2.7068;RBI=0.0517595;REFB=-0.00561944;REVB=-0.048798;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09066;STB=0.608324;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0480661;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:37:42:6:6:0.125:2:4:22:15:2:4:23:19 chr10 76854564 . C T 546.32 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.891;QD=57.5078;RBI=0.0282413;REFB=-0.134069;REVB=-0.00366745;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00125191;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:1:0 chr10 76855421 . G A 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0507465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.052;QD=47.1161;RBI=0.0524211;REFB=-0.101171;REVB=-0.0131441;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0087768;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:1:1:12:12:1:1 chr10 76861680 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2837;QD=58.1421;RBI=0.0424773;REFB=0;REVB=-0.0352926;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129955;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr10 79253623 . G GCC 490.6 PASS AF=0.956522;AO=41;DP=51;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159161;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.8847;QD=42.6609;RBI=0.0284581;REFB=-0.0123913;REVB=0.0235911;RO=8;SAF=21;SAR=20;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343606;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=0.000698236;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:41:51:44:46:2:23:21:1:1:3:8:21:20:5:3 chr10 79616605 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.662;QD=60.3767;RBI=0.0156449;REFB=0;REVB=0.00632905;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22546e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr10 79793688 . C T 255.25 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00586688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.438;QD=36.4644;RBI=0.0222598;REFB=-0.0705293;REVB=0.0214728;RO=6;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162483;STB=0.588161;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.019521;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:14:8:0:6:14:8:0:6 chr10 79814751 . T C 607.29 PASS AF=0.893617;AO=43;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0214917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.498;QD=51.6843;RBI=0.0449826;REFB=-0.0756536;REVB=0.0395163;RO=3;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794253;STB=0.502145;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0113646;OID=.;OPOS=79814751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:3:5:43:42:0.893617:17:26:2:1:16:26:3:2 chr10 81045207 . T C 646.72 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00654831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.577;QD=41.0614;RBI=0.0294803;REFB=-0.04037;REVB=0.0287438;RO=10;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137561;STB=0.565484;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0100937;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:10:11:52:52:0.825397:23:29:1:9:23:29:2:9 chr10 81045280 . T C 925.08 PASS AF=0.843373;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0439715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9438;QD=44.5823;RBI=0.0647939;REFB=-0.00648287;REVB=-0.0475894;RO=13;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801499;STB=0.542629;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000688172;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:13:13:70:70:0.843373:41:29:2:11:41:29:2:11 chr10 81053475 . G A 349.24 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0285767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8397;QD=43.6549;RBI=0.0295545;REFB=-0.0764798;REVB=-0.0075393;RO=5;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114558;STB=0.540511;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0151179;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:32:32:5:4:27:28:0.875:11:16:1:4:12:16:1:3 chr10 81145701 . G C 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0241318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9693;QD=16.3763;RBI=0.0301261;REFB=0.00318492;REVB=-0.0180343;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219741;STB=0.631235;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00278911;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:6:2:1:8:6:2 chr10 81146091 . G A 43.79 PASS AF=0.173913;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0154305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.48;QD=3.80764;RBI=0.0265669;REFB=-0.0167625;REVB=-0.0216264;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546417;STB=0.521685;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0575372;OID=.;OPOS=81146091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:45:46:38:38:7:8:0.173913:4:3:18:20:4:4:18:20 chr10 81266805 . TA T,TGA 45.33 PASS AF=0.3,0.6;AO=2,2;DP=10;FAO=3,6;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=3,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00445561,0.0188744;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=94.6319,83.3784;QD=18.1306;RBI=0.044293,0.0235234;REFB=-0.159265,-0.0224735;REVB=-0.0440683,0.0140394;RO=3;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.599865,0.142842;STB=0.994936,0.666027;STBP=0.121,0.127;TYPE=del,ins;VARB=0.166801,0.193546;OID=.,.;OPOS=81266806,81266806;OREF=A,-;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.6:2,2:10:3,6:10:1:0,1:3,5:1:0:13:3:0,1:2,1:1:2 chr10 81272814 . G C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.111;QD=48.626;RBI=0.0138361;REFB=-0.109053;REVB=0.00465248;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00564531;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:0:1:14:8:0:1 chr10 81273085 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.793;QD=48.7366;RBI=0.0292032;REFB=0;REVB=0.0208651;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398548;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 81273490 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.405;QD=23.2213;RBI=0.0211321;REFB=-0.171583;REVB=0.0165948;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00813604;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:1:4:0:0:1:4:1:0 chr10 81273879 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.108;QD=46.848;RBI=0.0435381;REFB=0;REVB=0.0302616;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20226e-06;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 81274334 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0013;QD=33.4285;RBI=0.0372589;REFB=0;REVB=0.0207367;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0046782;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 81275154 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.763;QD=62.3506;RBI=0.00813531;REFB=0;REVB=-0.00805467;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15502e-05;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 81275669 . A C 236.52 PASS AF=0.766667;AO=19;DP=27;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.116159;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.348;QD=31.5362;RBI=0.126364;REFB=-0.113252;REVB=0.0497486;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10313;STB=0.532136;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0295987;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:27:30:7:7:19:23:0.766667:12:7:4:3:13:10:4:3 chr10 81275738 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2615;QD=59.0185;RBI=0.0450372;REFB=0;REVB=0.00708523;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912012;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr10 81275840 . A G 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.556;QD=47.8066;RBI=0.0251817;REFB=0;REVB=-0.00408331;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137773;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr10 81319423 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.073;QD=42.1813;RBI=0.103619;REFB=0;REVB=0.00636776;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243468;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 81319458 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.91;QD=43.4862;RBI=0.0595645;REFB=0;REVB=0.0401201;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556824;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 81319483 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.408;QD=42.1826;RBI=0.0510996;REFB=0;REVB=0.049361;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469062;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 81371698 . C T 392.2 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0478027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1419;QD=44.8227;RBI=0.0493331;REFB=0.0255935;REVB=-0.0121927;RO=5;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446201;STB=0.524069;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00158861;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:17:13:3:2:17:13:3:2 chr10 81372081 . A G 49.88 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.02678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5321;QD=4.53438;RBI=0.0607121;REFB=-0.0136867;REVB=-0.0544866;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342856;STB=0.731965;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0541835;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:2:6:17:19:2:6:17:19 chr10 81373777 . C T 41.6 PASS AF=0.0948276;AO=11;DP=116;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0536378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2559;QD=1.43433;RBI=0.0769221;REFB=-0.000407504;REVB=0.0551361;RO=95;SAF=6;SAR=5;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122203;STB=0.604466;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00999619;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:116:116:95:105:11:11:0.0948276:5:6:42:53:5:6:45:60 chr10 81701722 . T C 990.34 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.382;QD=59.1249;RBI=0.0575861;REFB=0;REVB=-0.0223622;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199475;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:32:33:0:0:32:35:0:0 chr10 81706324 . A G 395.88 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00754311;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2972;QD=51.0809;RBI=0.0109267;REFB=0.00398218;REVB=-0.00790531;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626798;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.000263848;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:1:1:16:13:1:1 chr10 81841692 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.237;QD=59.0187;RBI=0.0162406;REFB=0;REVB=0.00706543;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72601e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr10 81915136 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00034232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3967;QD=63.2864;RBI=0.0190906;REFB=0;REVB=0.0190876;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263236;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr10 81917708 . A G 522.58 PASS AF=0.902439;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0175586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.17;QD=50.9831;RBI=0.026078;REFB=-0.00707764;REVB=0.0192811;RO=4;SAF=21;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812003;STB=0.541645;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00150189;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:41:4:4:36:37:0.902439:15:21:4:0:15:22:4:0 chr10 81926702 . G A 1411.03 PASS AF=0.919643;AO=101;DP=110;FAO=103;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00844743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.168;QD=50.394;RBI=0.0154035;REFB=0.00794048;REVB=0.0128806;RO=9;SAF=67;SAR=34;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199633;STB=0.511322;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.000728936;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:112:9:9:101:103:0.919643:34:67:7:2:36:67:7:2 chr10 82013134 . C T 783.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.81;QD=63.9958;RBI=0.0445528;REFB=0;REVB=0.0281914;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44244e-05;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr10 82013146 . T C 746.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.466;QD=63.5325;RBI=0.0302471;REFB=0;REVB=0.00601304;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75935e-05;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr10 82033594 . G A 739.84 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.099;QD=56.911;RBI=0.0203606;REFB=0;REVB=-0.0077573;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130145;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr10 82034842 . A G 766.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6222;QD=63.8547;RBI=0.0950671;REFB=0;REVB=0.0769974;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161574;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:31:17:0:0 chr10 82034854 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.064;QD=62.6709;RBI=0.0167595;REFB=0;REVB=-0.000725873;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99126e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr10 82040052 . A G 592.91 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.045;QD=60.8115;RBI=0.0350183;REFB=0;REVB=0.0259248;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520206;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:23:16:0:0 chr10 82095968 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.727;QD=61.3363;RBI=0.0207797;REFB=0;REVB=0.014415;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28226e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr10 82098194 . GT G 34.82 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.14386;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.3418;QD=4.64313;RBI=0.22013;REFB=-0.0954966;REVB=-0.166618;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.348485;SSSB=-0.554376;STB=0.677144;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.140083;OID=.;OPOS=82098195;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:29:12:30:18:5:7:13:5:34:16:3:8:14:2 chr10 82192713 . T A 239.58 PASS AF=0.909091;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0483299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.408;QD=43.5603;RBI=0.0939936;REFB=-0.0101153;REVB=0.0806165;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022328;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:22:2:2:18:20:0.909091:10:8:1:1:10:10:1:1 chr10 82363404 . A G 36.45 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0257905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8844;QD=1.58496;RBI=0.0279453;REFB=-0.00113448;REVB=-0.0107605;RO=83;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853328;STB=0.566118;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0120509;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:83:83:9:9:0.0978261:4:5:40:43:4:5:40:43 chr10 82369219 . T A 592.22 PASS AF=0.87037;AO=45;DP=52;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.012395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2287;QD=43.8681;RBI=0.102077;REFB=-0.0477516;REVB=0.101322;RO=7;SAF=27;SAR=18;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684551;STB=0.537881;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00851117;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:54:7:7:45:47:0.87037:18:27:6:1:20:27:6:1 chr10 83637775 . C G 31.63 PASS AF=0.1;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=60;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00315193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.537;QD=2.10877;RBI=0.0169037;REFB=-0.00142065;REVB=0.0166073;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343843;STB=0.802501;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00858259;OID=.;OPOS=83637775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:56:60:48:54:6:6:0.1:1:5:27:21:1:5:28:26 chr10 84745256 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3657;QD=51.91;RBI=0.0381256;REFB=0;REVB=-0.0331096;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428122;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr10 85960395 . A G 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000218736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5191;QD=55.0917;RBI=0.0215627;REFB=0;REVB=0.0215616;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222642;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr10 85974236 . T C 919.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.62;QD=58.3824;RBI=0.0473704;REFB=0;REVB=0.0338439;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209716;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:27:36:0:0 chr10 85978939 . G A 696.76 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6998;QD=61.9338;RBI=0.0279024;REFB=0;REVB=-0.00279746;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163343;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr10 85981801 . T G 222.1 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.775;QD=49.3546;RBI=0.0257865;REFB=0;REVB=0.0109045;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886296;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:12:6:0:0 chr10 85981842 . A G 188.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.683;QD=47.2379;RBI=0.0297323;REFB=0;REVB=0.00109286;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398995;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:9:7:0:0 chr10 85981889 . G A 159.91 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.838;QD=45.6876;RBI=0.0720209;REFB=0;REVB=-0.0063544;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546586;OID=.;OPOS=85981889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr10 85984323 . G A 446.34 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4219;QD=57.5924;RBI=0.052452;REFB=0;REVB=0.00557389;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108871;OID=.;OPOS=85984323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr10 85984423 . C T 734.06 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00646409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.216;QD=61.1717;RBI=0.0209648;REFB=-0.0595251;REVB=0.0199434;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-9.90141e-05;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:0:1:22:25:0:1 chr10 85984723 . G A 453.72 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.039;QD=54.9961;RBI=0.0459877;REFB=-0.038803;REVB=0.0046371;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000318196;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr10 85993836 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.618;QD=46.848;RBI=0.0260128;REFB=0;REVB=-0.0231062;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20127e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 85993910 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.481;QD=53.9103;RBI=0.0712295;REFB=0;REVB=0.0706413;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689315;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr10 85997105 . G T 650.14 PASS AF=0.75;AO=54;DP=72;FAO=54;FDP=72;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0748707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.532;QD=36.1188;RBI=0.0756762;REFB=-0.020675;REVB=0.0110122;RO=18;SAF=24;SAR=30;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260641;STB=0.514013;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00962689;OID=.;OPOS=85997105;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:18:18:54:54:0.75:30:24:9:9:30:24:9:9 chr10 86004873 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.674;QD=51.1817;RBI=0.0146488;REFB=0;REVB=-0.00147431;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112589;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 86274871 . C T 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.256;QD=59.9236;RBI=0.0159851;REFB=0;REVB=0.0124388;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56169e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr10 87359435 . A C 257.55 PASS AF=0.814815;AO=17;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00492698;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=219.119;QD=38.1558;RBI=0.0394576;REFB=-0.006242;REVB=0.0391488;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.572815;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00143296;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:1:5:17:22:0.814815:9:8:0:1:9:13:1:4 chr10 87359826 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.699;QD=46.8473;RBI=0.0659988;REFB=0;REVB=-0.0595569;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343384;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 88203068 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.945;QD=53.9111;RBI=0.100119;REFB=0;REVB=0.0998813;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851573;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 88414570 . G A 488.81 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3952;QD=45.4704;RBI=0.0276865;REFB=-0.0811049;REVB=0.0276865;RO=5;SAF=0;SAR=36;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165472;OID=.;OPOS=88414570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:43:43:5:7:36:36:0.837209:36:0:0:5:36:0:0:7 chr10 88422116 . C T 1087.9 PASS AF=0.840426;AO=79;DP=94;FAO=79;FDP=94;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0344469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.915;QD=46.2936;RBI=0.0438671;REFB=-0.0576062;REVB=0.0271613;RO=11;SAF=28;SAR=51;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231336;STB=0.519343;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00897018;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:94:94:11:15:79:79:0.840426:51:28:4:7:51:28:7:8 chr10 88422151 . C A 1059.28 PASS AF=0.809524;AO=81;DP=102;FAO=85;FDP=105;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0815905;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.025;QD=40.3536;RBI=0.0831157;REFB=-0.024234;REVB=0.0158493;RO=20;SAF=27;SAR=54;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126105;STB=0.559749;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00550875;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:20:20:81:85:0.809524:54:27:13:7:55:30:13:7 chr10 88439193 . G A 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0264936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.939;QD=55.1971;RBI=0.0281558;REFB=-0.0304849;REVB=0.00953096;RO=3;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092751;STB=0.504948;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00245464;OID=.;OPOS=88439193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:25:17:1:2:25:17:1:2 chr10 88505700 . T G 517.55 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234827;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.471;QD=59.1489;RBI=0.0326199;REFB=0;REVB=0.0325353;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313533;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:35:3:0:30:35:1:18:12:0:3:22:13:0:0 chr10 88635779 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3495;QD=53.9103;RBI=0.0606125;REFB=0;REVB=-0.0595299;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086152;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr10 88683890 . T A 134.41 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.921;QD=38.4017;RBI=0.038164;REFB=-0.143383;REVB=-0.0068483;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00844436;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:13:14:1:1:12:13:0.928571:4:8:1:0:4:9:1:0 chr10 88702350 . G C 170.89 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6519;QD=45.5693;RBI=0.0837649;REFB=0;REVB=0.0304412;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225627;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr10 88717140 . T A 869.37 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141095;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.172;QD=57.9582;RBI=0.0358121;REFB=0;REVB=0.0329155;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02947e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr10 88717154 . C T 570.19 PASS AF=0.857143;AO=46;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0246114;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.004;QD=40.7278;RBI=0.0581837;REFB=-0.0634555;REVB=0.0527221;RO=8;SAF=21;SAR=25;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121086;STB=0.527016;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00548354;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:57:56:8:8:46:48:0.857143:25:21:4:4:27:21:5:3 chr10 88730106 . C T 157.92 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5513;QD=45.1185;RBI=0.165453;REFB=0;REVB=0.15767;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051358;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr10 88730176 . CA C,CG 219.54 PASS AF=0.277778,0.722222;AO=5,14;DP=19;FAO=5,13;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03047,-0.0279468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.459,164.01;QD=48.7858;RBI=0.0812176,0.0709339;REFB=0,0;REVB=0.0752853,0.0651966;RO=0;SAF=3,7;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0168348,0.0305272;OID=.,.;OPOS=88730177,88730177;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.277778,0.722222:5,14:19:5,13:18:0:2,8:3,5:0:0:19:0:3,7:2,7:0:0 chr10 88730312 . T C 179.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882251;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6267;QD=47.9394;RBI=0.0293693;REFB=0;REVB=-0.0280128;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000920211;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr10 88768253 . A G 715.64 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355966;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.208;QD=57.251;RBI=0.0406066;REFB=0;REVB=0.0195391;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980734;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr10 88768657 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9813;QD=62.0215;RBI=0.0215048;REFB=0;REVB=0.00514584;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334753;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr10 88782084 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0797;QD=49.5933;RBI=0.11741;REFB=0;REVB=-0.0531212;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00556388;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr10 88782151 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.707;QD=33.4285;RBI=0.119585;REFB=0;REVB=0.115787;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014085;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 88820789 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.49;QD=56.9381;RBI=0.0599295;REFB=0;REVB=0.0224471;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222733;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr10 88992641 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.354;QD=35.5759;RBI=0.0350914;REFB=0;REVB=0.0347974;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359085;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 89267957 . C T 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0148381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.384;QD=51.876;RBI=0.0173316;REFB=-0.0422075;REVB=-0.00895626;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362315;STB=0.528292;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00166507;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:56:56:0.949153:31:25:2:0:31:25:3:0 chr10 89420789 . A G 37.87 PASS AF=0.125;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0530817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.444;QD=2.70527;RBI=0.0551934;REFB=-0.00910241;REVB=-0.015121;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421723;STB=0.713675;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0483257;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:56:49:49:6:7:0.125:5:1:26:23:5:2:26:23 chr10 89720907 . T G 1737.83 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9304;QD=58.9095;RBI=0.0163142;REFB=-0.0383148;REVB=0.000824519;RO=2;SAF=45;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206354;STB=0.510868;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00305517;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:71:45:2:0:71:45:2:0 chr10 89725861 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0160688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.048;QD=9.25818;RBI=0.0972836;REFB=-0.00271946;REVB=-0.0959474;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231737;STB=0.642602;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00620633;OID=.;OPOS=89725861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:12:16:9:3:12:16 chr10 89726016 . G A 51.25 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0070521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.7;QD=5.54091;RBI=0.00835571;REFB=-0.0157986;REVB=-0.00448171;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262625;STB=0.64831;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0391856;OID=.;OPOS=89726016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:28:29:8:8:0.216216:4:4:8:20:4:4:9:20 chr10 90345429 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0838484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3753;QD=62.3503;RBI=0.086918;REFB=0;REVB=-0.0228949;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156558;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr10 90356598 . A G 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013494;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7353;QD=57.2407;RBI=0.0177121;REFB=0;REVB=-0.011473;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29451e-06;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr10 90425327 . T C 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00325413;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.845;QD=3.67442;RBI=0.00982006;REFB=-0.00523105;REVB=0.00926521;RO=48;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029169;STB=0.519956;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0220467;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:3:6:33:15:3:6:33:15 chr10 90433345 . T A 522.74 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00714603;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.511;QD=46.4661;RBI=0.0154716;REFB=-0.0275685;REVB=-0.0137225;RO=7;SAF=22;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223131;STB=0.501198;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375578;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:46:45:7:7:38:38:0.844444:16:22:4:3:16:22:4:3 chr10 90438207 . A G 41.28 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.046659;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.168;QD=3.43998;RBI=0.0467119;REFB=-0.00611117;REVB=0.00222243;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104072;STB=0.650753;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.026983;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:33:41:7:7:0.145833:4:3:17:16:4:3:25:16 chr10 90490921 . G A 497.93 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0314383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.304;QD=48.5784;RBI=0.031442;REFB=-0.0254044;REVB=-0.000482386;RO=5;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577332;STB=0.531007;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00556363;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:13:23:2:3:13:23:2:3 chr10 90503075 . T C 466.47 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00352761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.117;QD=35.8821;RBI=0.00594183;REFB=-0.0201909;REVB=-0.00478135;RO=12;SAF=19;SAR=21;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970987;STB=0.5523;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00715673;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:21:19:3:9:21:19:3:9 chr10 90512306 . G C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2953;QD=50.8353;RBI=0.0837915;REFB=-0.0776881;REVB=0.0762885;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00336959;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr10 90524237 . T C 425.78 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00437965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.141;QD=53.2224;RBI=0.0295129;REFB=-0.04367;REVB=0.0291861;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00232045;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:16:14:0:1:17:14:0:1 chr10 90537942 . C T 619.89 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0649197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4792;QD=50.6031;RBI=0.066703;REFB=0.0369714;REVB=-0.0153208;RO=6;SAF=29;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446362;STB=0.523899;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00628525;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:14:29:3:3:14:29:3:3 chr10 90771829 . T C 182.76 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00776502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5031;QD=43.0021;RBI=0.074926;REFB=-0.0580983;REVB=-0.0745225;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00327102;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:13:3:0:1:13:3:0:1 chr10 91066460 . T A 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00457526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.157;QD=57.8236;RBI=0.007897;REFB=-0.0449722;REVB=0.00643659;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00124578;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr10 91066769 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.446;QD=57.2026;RBI=0.025251;REFB=0;REVB=-0.0201166;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144503;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 91067595 . C G 1100.48 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.767;QD=60.3003;RBI=0.0218544;REFB=0;REVB=3.5289e-05;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75765e-05;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:36:37:0:0 chr10 91099943 . C G 228.51 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392354;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.92;QD=50.7803;RBI=0.00689284;REFB=0;REVB=0.00566719;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051241;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 91143255 . A C 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0154615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.491;QD=35.4631;RBI=0.0268636;REFB=-0.025021;REVB=0.021968;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443946;STB=0.52421;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0070667;OID=.;OPOS=91143255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:14:12:5:4:14:12:5:4 chr10 91162497 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624426;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=329.062;QD=55.0987;RBI=0.00966978;REFB=0;REVB=0.00738335;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28425e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 91222287 . A C 48.65 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0705413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1284;QD=4.05427;RBI=0.0715909;REFB=-0.00260675;REVB=-0.0122138;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186144;STB=0.621625;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0183232;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:48:39:40:8:8:0.166667:6:2:15:24:6:2:15:25 chr10 91352966 . G A 1116.8 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.263;QD=60.3674;RBI=0.0493788;REFB=0;REVB=0.0483033;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291855;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr10 91468925 . C G 80.15 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.932;QD=32.06;RBI=0.0214203;REFB=0.0575294;REVB=0.00238292;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000274175;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:6:2:1:0:6:3:1:0 chr10 91487649 . A T 509.16 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0630103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2223;QD=52.2213;RBI=0.0630808;REFB=-0.0340922;REVB=-0.00298276;RO=3;SAF=12;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.555524;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00327841;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:24:12:3:0:24:12:3:0 chr10 91488979 . A T 660.87 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0208411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.023;QD=48.9535;RBI=0.0240837;REFB=-0.0193857;REVB=0.0120695;RO=4;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269134;STB=0.514323;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000886768;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:28:22:1:3:28:22:1:3 chr10 91497207 . A G 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0272856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.041;QD=3.06119;RBI=0.027417;REFB=-0.00180907;REVB=0.00268042;RO=63;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23463;STB=0.66073;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0149068;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:4:7:28:35:4:7:28:35 chr10 91498127 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7233;QD=56.1898;RBI=0.0673521;REFB=0;REVB=0.00880561;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927075;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr10 91503627 . G C 210.07 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0713339;FXX=0.148093;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6724;QD=36.533;RBI=0.0773063;REFB=-0.0207886;REVB=0.0297948;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185841;STB=0.533943;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0181727;OID=.;OPOS=91503627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:25:23:4:5:18:18:0.782609:10:8:2:2:10:8:3:2 chr10 91738556 . C A 937.58 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5785;QD=58.5985;RBI=0.0192232;REFB=0;REVB=-0.00380102;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118292;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr10 91923501 . G A 712.25 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271722;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3057;QD=63.3109;RBI=0.0271952;REFB=0;REVB=0.0011162;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000784195;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr10 93667635 . C T 545.39 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.744;QD=57.4092;RBI=0.0470951;REFB=-0.118741;REVB=0.0149554;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000835891;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr10 93841227 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.25;QD=62.3472;RBI=0.0810316;REFB=0;REVB=0.00917453;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407135;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 93999849 . GA G,GG 87.92 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=5,4;DP=9;FAO=8,1;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0971449,-0.118497;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=279.966,273.294;QD=39.0764;RBI=0.120259,0.124955;REFB=0,0;REVB=0.0708882,0.0396504;RO=0;SAF=1,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00535191,0.0256264;OID=.,.;OPOS=93999850,93999850;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:5,4:9:8,1:9:0:4,0:4,1:0:0:4:0:1,3:4,1:0:0 chr10 94695617 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.806;QD=56.7013;RBI=0.0252564;REFB=0;REVB=-0.0250453;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150576;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr10 95072906 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.892;QD=57.8849;RBI=0.0138333;REFB=0;REVB=-0.00078056;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03804e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr10 95083039 . C T 1260.5 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00683421;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.969;QD=60.747;RBI=0.00739715;REFB=-0.00505041;REVB=-0.00283044;RO=1;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823702;STB=0.504347;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000131306;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:83:1:1:82:82:0.987952:57:25:0:1:57:25:0:1 chr10 95168634 . A G 908.87 PASS AF=0.881579;AO=67;DP=76;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0338325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6037;QD=47.8351;RBI=0.034418;REFB=-0.0453516;REVB=0.00632178;RO=9;SAF=39;SAR=28;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451629;STB=0.523996;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00371711;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:9:9:67:67:0.881579:28:39:7:2:28:39:7:2 chr10 95216623 . A G 375.49 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0286511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.556;QD=50.0648;RBI=0.0292673;REFB=0.0546332;REVB=0.00597395;RO=2;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000247706;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:2:2:28:28:0.933333:18:10:0:2:18:10:0:2 chr10 95262981 . A G 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.25;QD=58.128;RBI=0.0618858;REFB=0;REVB=0.0573637;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136292;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr10 95276742 . G C 108.67 PASS AF=0.186275;AO=14;DP=98;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00604078;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.384;QD=4.26144;RBI=0.0324075;REFB=-0.0012972;REVB=0.0318395;RO=75;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196041;STB=0.509544;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00414537;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:75:83:14:19:0.186275:6:8:31:44:11:8:34:49 chr10 95279506 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.39;QD=55.0979;RBI=0.0293633;REFB=0;REVB=0.0261483;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241497;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr10 95279653 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7726;QD=59.4354;RBI=0.0327575;REFB=0;REVB=0.0275921;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130843;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr10 95381773 . T A 638.27 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0093376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.892;QD=51.0616;RBI=0.0115051;REFB=-0.00236954;REVB=-0.00672136;RO=6;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612057;STB=0.532696;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=6.30629e-06;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:6:6:44:44:0.88:25:19:1:5:25:19:1:5 chr10 95389041 . G A 474.92 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00425751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.767;QD=46.3335;RBI=0.0327126;REFB=-0.016899;REVB=-0.0324343;RO=6;SAF=16;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340484;STB=0.518299;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00148576;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:19:16:2:4:19:16:2:4 chr10 95389083 . A G 336.85 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0174547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.264;QD=40.83;RBI=0.0235167;REFB=-0.0146755;REVB=0.0157598;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747445;STB=0.54051;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00229658;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:12:15:2:4:12:15:2:4 chr10 95433124 . A G 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0571621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.267;QD=28.531;RBI=0.0753055;REFB=-0.0136279;REVB=-0.0490247;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0111725;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr10 95454681 . G C 383.53 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0135664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.122;QD=41.463;RBI=0.0348901;REFB=0.00615737;REVB=0.0321445;RO=7;SAF=9;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522195;STB=0.528283;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00250198;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:21:9:3:4:21:9:3:4 chr10 95458141 . A G 534.01 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0067516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.18;QD=49.6754;RBI=0.0233731;REFB=-0.0258262;REVB=0.0223767;RO=5;SAF=17;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755643;STB=0.537877;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00335349;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:37:38:0.883721:20:17:4:1:20:18:4:1 chr10 95459817 . C T 854.51 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8039;QD=56.967;RBI=0.026639;REFB=0;REVB=-0.0245575;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220213;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr10 95552653 . T C 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00688848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.4916;QD=59.7995;RBI=0.0244738;REFB=0.0901193;REVB=0.0234844;RO=1;SAF=11;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407767;STB=0.521729;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00087789;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:32:11:1:0:32:11:1:0 chr10 95931087 . G T 84.99 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00962979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.992;QD=5.8617;RBI=0.0098214;REFB=-0.00216331;REVB=-0.00193059;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160562;STB=0.622855;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0064435;OID=.;OPOS=95931087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:25:45:13:13:0.224138:7:6:8:17:7:6:28:17 chr10 96039597 . G C 347.98 PASS AF=0.8;AO=25;DP=32;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00524898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.83;QD=39.7688;RBI=0.0910885;REFB=-0.0189856;REVB=0.0909371;RO=7;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147189;STB=0.557336;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00371328;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:35:7:7:25:28:0.8:9:16:2:5:12:16:2:5 chr10 96058298 . C T 414.65 PASS AF=0.8;AO=31;DP=39;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0479852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4504;QD=41.4646;RBI=0.050365;REFB=-0.0262544;REVB=0.0152987;RO=8;SAF=15;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413685;STB=0.524984;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0041465;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:8:8:31:32:0.8:16:15:3:5:16:16:3:5 chr10 96066341 . A G 486.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00149739;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.164;QD=44.2376;RBI=0.0025821;REFB=0.00164056;REVB=0.00210358;RO=8;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390515;STB=0.521041;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.000293473;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:44:8:8:36:36:0.818182:22:14:4:4:22:14:4:4 chr10 96106240 . G C 370.56 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0123693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.772;QD=42.35;RBI=0.0132927;REFB=-0.00203211;REVB=0.00486801;RO=6;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264187;STB=0.514276;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000869809;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:17:12:2:4:17:12:2:4 chr10 96163039 . C G 62.14 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0087;QD=35.5089;RBI=0.0487241;REFB=0;REVB=0.0465626;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047701;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:4:3:0:0 chr10 96305729 . T C 375.56 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=42;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0550563;FXX=0.0714116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.659;QD=38.5185;RBI=0.0558993;REFB=0.0150938;REVB=0.00967159;RO=8;SAF=11;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050355;STB=0.510631;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00107656;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:42:39:8:9:29:30:0.769231:18:11:4:4:18:12:4:5 chr10 96313960 . A C 589.62 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.01554;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.859;QD=42.8817;RBI=0.0428623;REFB=0.00809299;REVB=0.039946;RO=8;SAF=18;SAR=29;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102734;STB=0.555;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00270556;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:55:8:8:47:47:0.854545:29:18:6:2:29:18:6:2 chr10 97071749 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00203963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.535;QD=43.016;RBI=0.00362073;REFB=0.0104358;REVB=-0.00299158;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000959028;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr10 97072040 . A G,T 631.09 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221173,0.0171711;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=135.275,13.3201;QD=58.7058;RBI=0.0270013,0.0409832;REFB=0,0;REVB=-0.0154885,-0.0372126;RO=0;SAF=22,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00115074,0.0414278;OID=.,.;OPOS=97072040,97072040;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:19,1:22,1:0:0:19,1:22,1:0:0 chr10 97106165 . T C 624.53 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01989;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.856;QD=59.4787;RBI=0.0524085;REFB=-0.144997;REVB=0.0484875;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00334464;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr10 97127462 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.162;QD=48.7373;RBI=0.0315536;REFB=0;REVB=-0.0232362;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379793;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 97141523 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.822;QD=56.1908;RBI=0.0273623;REFB=0;REVB=0.0122613;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119138;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 97174164 . A G 780.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.915;QD=56.7547;RBI=0.0709766;REFB=0;REVB=0.0706121;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153019;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:55:0:0:49:55:1:16:33:0:0:22:33:0:0 chr10 97192324 . A G 1231.32 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6371;QD=60.0643;RBI=0.0436536;REFB=0.097206;REVB=-0.0420531;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00352487;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:1:0:39:42:1:0 chr10 97447373 . A T 1606.95 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.943;QD=60.073;RBI=0.0428762;REFB=0;REVB=0.0399145;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96508e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr10 97698370 . C T 704.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.602;QD=62.6033;RBI=0.0332949;REFB=0;REVB=0.022043;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250196;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:26:16:0:0:26:19:0:0 chr10 97817650 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.772;QD=60.9786;RBI=0.0399352;REFB=0;REVB=0.0387666;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210429;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr10 97920062 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.604;QD=55.6561;RBI=0.0051628;REFB=0;REVB=-0.00290028;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31858e-05;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 97920099 . T TC 350.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.2503;QD=46.7402;RBI=0.115993;REFB=0;REVB=0.106265;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00237322;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:30:30:30:0:14:16:0:0:6:0:14:16:0:0 chr10 97990583 . A G 379.9 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.466;QD=56.2818;RBI=0.138116;REFB=0;REVB=0.094109;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137011;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:8:9:0:0:18:9:0:0 chr10 98078127 . C T 572.08 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.476;QD=58.6748;RBI=0.00994351;REFB=0;REVB=0.0026013;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251772;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:1:0:37:39:1:16:21:0:1:17:22:0:0 chr10 98078239 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2025;QD=60.9771;RBI=0.0364151;REFB=0;REVB=-0.0113267;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351682;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr10 98281330 . G A 601.42 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0339809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1255;QD=50.1186;RBI=0.0339926;REFB=-0.0123381;REVB=0.000894536;RO=6;SAF=15;SAR=27;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116563;STB=0.56247;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00132666;OID=.;OPOS=98281330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:6:6:42:42:0.875:27:15:5:1:27:15:5:1 chr10 98287261 . G C 118.93 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00752191;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.327;QD=33.9785;RBI=0.0111706;REFB=-0.0240908;REVB=0.00825858;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471732;STB=0.526271;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00311019;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:1:1:8:4:1:1 chr10 98353421 . A G 39.72 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=7.38129e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3692;QD=3.11513;RBI=0.036464;REFB=-0.00456556;REVB=-0.036464;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449531;STB=0.830319;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0317719;OID=.;OPOS=98353421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:6:1:22:22:6:1:22:22 chr10 98354373 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.00367903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.076;QD=4.4612;RBI=0.033694;REFB=-0.000880399;REVB=-0.0334926;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273132;STB=0.675216;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000204548;OID=.;OPOS=98354373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:4:21:4:2:4:21 chr10 98369536 . A G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0016655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.01;QD=4.85443;RBI=0.0591122;REFB=-0.00101208;REVB=-0.0590887;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403341;STB=0.779086;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00334477;OID=.;OPOS=98369536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:6:1:12:16:6:1:12:16 chr10 98380277 . C T 379.82 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.031711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.477;QD=39.9811;RBI=0.0321157;REFB=-0.00579341;REVB=0.00508259;RO=8;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495543;STB=0.526802;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00127822;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:8:8:30:30:0.789474:19:11:2:6:19:11:2:6 chr10 98386558 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4868;QD=62.0173;RBI=0.0496088;REFB=0;REVB=-0.0472393;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480851;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr10 98469507 . C A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.114963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.793;QD=21.1726;RBI=0.115185;REFB=-0.021889;REVB=-0.00715805;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266336;STB=0.649772;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0210331;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:1:7:6:6:1:7 chr10 98469693 . C T 44.4 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.00543871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.093;QD=1.62929;RBI=0.0337083;REFB=-0.00202536;REVB=-0.0332667;RO=98;SAF=4;SAR=7;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26441;STB=0.69741;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0293212;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:98:98:11:11:0.100917:7:4:58:40:7:4:58:40 chr10 98806512 . G C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0523626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5183;QD=44.0906;RBI=0.0531035;REFB=-0.00821918;REVB=-0.00883935;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00677941;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:13:17:0.944444:6:7:0:0:10:7:1:0 chr10 98808866 . C G 427.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.697;QD=56.9454;RBI=0.00799729;REFB=0;REVB=0.00214387;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44981e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr10 98819317 . A G 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.060259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.692;QD=44.1192;RBI=0.0605897;REFB=-0.0190895;REVB=0.00632236;RO=5;SAF=7;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569534;STB=0.530809;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00202478;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:22:7:2:3:22:7:2:3 chr10 98901432 . TCGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC T 50.0 PASS AO=33;DP=133;LEN=55;RO=100;SAF=12;SAR=16;SRF=46;SRR=59;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=98901433;OREF=CGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:133:100:33:16:12:46:59 chr10 98901433 . C T 1511.84 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.512;QD=58.1477;RBI=0.0223268;REFB=-0.0615977;REVB=0.00777713;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000971055;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:58:45:0:0:58:45:0:1 chr10 98901463 . T C 102.49 PASS AF=0.16129;AO=20;DP=124;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.0141637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.65;QD=3.30622;RBI=0.0240352;REFB=-0.0196035;REVB=0.0194185;RO=104;SAF=16;SAR=4;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531179;STB=0.842421;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0786799;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:104:104:20:20:0.16129:4:16:37:67:4:16:37:67 chr10 98901472 . C T 38.56 PASS AF=0.088;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=72;FWDB=-0.0302366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=1.23399;RBI=0.0604058;REFB=-0.00938229;REVB=-0.0522935;RO=110;SAF=10;SAR=1;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571444;STB=0.932831;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0931294;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:125:110:114:11:11:0.088:1:10:42:68:1:10:42:72 chr10 98901477 . T C 32.34 PASS AF=0.078125;AO=9;DP=126;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=0.00817589;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0485;QD=1.01054;RBI=0.0562326;REFB=-0.0117112;REVB=-0.055635;RO=116;SAF=8;SAR=1;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497449;STB=0.919703;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.158531;OID=.;OPOS=98901477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:128:116:118:9:10:0.078125:1:8:47:69:1:9:47:71 chr10 99019177 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.184;QD=64.4152;RBI=0.0243149;REFB=0;REVB=0.021836;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2979e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr10 99080246 . CTTT CTT,CTTG 752.79 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=54,3;DP=64;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391381,-0.0368748;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.6485,6.0345;QD=47.0495;RBI=0.139115,0.124244;REFB=0,0;REVB=0.133496,0.118646;RO=1;SAF=34,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229779,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00287051,-0.0567558;OID=.,.;OPOS=99080247,99080249;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.953125,0.046875:54,3:64:61,3:64:0:35,1:26,2:0:0:10:1:34,1:20,2:0:1 chr10 99080871 . G T 101.26 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8821;QD=40.5035;RBI=0.0589156;REFB=0;REVB=-0.0179689;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233326;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr10 99080981 . G T 101.73 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8891;QD=40.6907;RBI=0.0804347;REFB=0;REVB=-0.0701753;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173881;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr10 99125949 . C T 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.493;QD=63.334;RBI=0.0310583;REFB=0;REVB=0.0256721;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08064e-05;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr10 99160965 . A G 350.99 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025362;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8007;QD=51.9989;RBI=0.0258777;REFB=-0.0796863;REVB=0.00514054;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0110983;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr10 99205686 . A G 531.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.641;QD=59.0495;RBI=0.0569316;REFB=0;REVB=0.0277385;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221374;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:13:21:0:0:14:22:0:0 chr10 99220707 . C T 255.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5192;QD=51.1358;RBI=0.0846852;REFB=0;REVB=0.0735561;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362297;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr10 99240758 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.001;QD=59.3228;RBI=0.0224131;REFB=0;REVB=0.0143931;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10402e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr10 99337572 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5368;QD=62.3499;RBI=0.0646481;REFB=0;REVB=0.0637713;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833569;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr10 99371344 . C A 40.68 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0147058;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.648;QD=2.05986;RBI=0.0164452;REFB=-0.00528019;REVB=0.00736107;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135458;STB=0.601538;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.030606;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:79:70:70:9:9:0.113924:3:6:39:31:3:6:39:31 chr10 99991408 . A G 1161.92 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543726;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.608;QD=61.1535;RBI=0.0544823;REFB=0;REVB=-0.00345609;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250721;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:33:43:0:0 chr10 100018844 . G A 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0431668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5451;QD=3.83362;RBI=0.0488748;REFB=-0.00215705;REVB=-0.0229211;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523488;STB=0.861728;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00423724;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:1:6:15:21:1:6:15:21 chr10 100020880 . C T 878.23 PASS AF=0.781609;AO=68;DP=87;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0123161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.718;QD=40.3784;RBI=0.0160868;REFB=-0.0109852;REVB=0.0103488;RO=19;SAF=37;SAR=31;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143494;STB=0.507674;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00375849;OID=.;OPOS=100020880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:19:19:68:68:0.781609:31:37:11:8:31:37:11:8 chr10 100147060 . A G 573.59 PASS AF=0.975;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1045;QD=57.3588;RBI=0.0169147;REFB=-0.157515;REVB=-0.000213947;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00225842;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:40:0:1:38:39:0.975:22:16:0:0:23:16:1:0 chr10 100148176 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.248;QD=51.9145;RBI=0.0770099;REFB=0;REVB=0.0766557;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114952;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 100179851 . T C 345.71 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00465907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.483;QD=44.6075;RBI=0.0116996;REFB=-0.0138499;REVB=-0.010732;RO=4;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832163;STB=0.544978;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00341775;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:11:16:1:3:11:16:1:3 chr10 100183570 . G C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.089;QD=47.8146;RBI=0.00737384;REFB=-0.0073658;REVB=0.00434589;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000282171;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr10 100195130 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00492499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.315;QD=24.4133;RBI=0.0168005;REFB=-0.0149555;REVB=0.0160624;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0110581;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:1:4:8:3:1:4 chr10 100219314 . G A 670.62 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.032078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.598;QD=45.4657;RBI=0.0372491;REFB=-0.0333559;REVB=0.0189341;RO=7;SAF=32;SAR=20;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102975;STB=0.505492;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00403226;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:59:59:7:7:52:52:0.881356:20:32:4:3:20:32:4:3 chr10 100219374 . T A 586.2 PASS AF=0.87037;AO=42;DP=49;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00185344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.24;QD=43.4224;RBI=0.0401499;REFB=-0.00568139;REVB=0.0401071;RO=7;SAF=28;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695219;STB=0.525524;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000714653;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:49:54:7:7:42:47:0.87037:14:28:3:4:18:29:3:4 chr10 101090428 . T G 367.57 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0942072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0693;QD=47.4287;RBI=0.0958304;REFB=-0.0284857;REVB=-0.0175633;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619468;STB=0.548353;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0390074;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:14:14:0:2:14:14:0:3 chr10 101293035 . C A 839.57 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0869;QD=55.0539;RBI=0.0576956;REFB=-0.118396;REVB=0.0473464;RO=2;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420685;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:2:0:59:61:1:34:25:0:2:36:25:0:0 chr10 101295863 . A G 443.93 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0203123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.052;QD=50.7346;RBI=0.0455145;REFB=-0.0923187;REVB=0.0407306;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00686765;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:35:35:1:2:32:33:0.942857:21:11:1:0:22:11:2:0 chr10 101473218 . A G 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.634;QD=51.1689;RBI=0.0400777;REFB=0;REVB=0.026155;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821223;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr10 101544447 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.034;QD=57.3857;RBI=0.0569361;REFB=0;REVB=0.00769936;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44135e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr10 101590086 . A C 41.65 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0347848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1017;QD=4.16537;RBI=0.0519872;REFB=0.00441513;REVB=-0.0386353;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.619385;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0219086;OID=.;OPOS=101590086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:14:19:3:4:14:19 chr10 102006681 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.242;QD=58.5878;RBI=0.0643958;REFB=0;REVB=-0.0624363;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186779;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr10 102107251 . C G 1013.62 PASS AF=0.860465;AO=74;DP=86;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00416821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2094;QD=47.1451;RBI=0.0367266;REFB=-0.00481412;REVB=0.0364893;RO=11;SAF=34;SAR=40;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120434;STB=0.505687;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000804293;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:11:12:74:74:0.860465:40:34:5:6:40:34:6:6 chr10 102116311 . A C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.531;QD=56.0077;RBI=0.014428;REFB=-0.0837998;REVB=0.000385732;RO=1;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00250066;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:24:36:0:1:24:36:0:1 chr10 102295836 . C G 1079.69 PASS AF=0.840426;AO=78;DP=94;FAO=79;FDP=94;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0327859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9156;QD=45.9441;RBI=0.0575201;REFB=-0.0042872;REVB=-0.0472615;RO=15;SAF=27;SAR=51;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730616;STB=0.537839;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000767457;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:94:94:15:15:78:79:0.840426:51:27:2:13:52:27:2:13 chr10 102506069 . CGG CCG,CG,CGC 3030.11 PASS AF=0.964646,0.00505051,0.030303;AO=120,55,18;DP=196;FAO=191,1,6;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=111,1,0;FSAR=80,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.323435,0.0356883,-0.0654554;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=38.1129,20.0015,7.00888;QD=61.2143;RBI=0.331809,0.0905794,0.101806;REFB=0,0,0;REVB=-0.0740746,-0.0832525,-0.0779741;RO=2;SAF=41,55,11;SAR=79,0,7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0226032,0,-0.0764328;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.000378604,0.0125991,0.190354;OID=.,.,.;OPOS=102506070,102506070,102506071;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCG,CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.964646,0.00505051,0.030303:120,55,18:196:191,1,6:198:0:111,1,0:80,0,6:0:0:3:2:41,55,11:79,0,7:2:0 chr10 102745062 . G T 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0032316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4749;QD=1.37035;RBI=0.020223;REFB=-0.000541513;REVB=-0.0199632;RO=81;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29338;STB=0.740964;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00467327;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:81:82:8:8:0.0888889:2:6:40:41:2:6:40:42 chr10 102750623 . T C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0362351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.318;QD=2.70736;RBI=0.0364353;REFB=0.000439288;REVB=-0.00381437;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889446;STB=0.566935;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00323246;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:4:2:17:25:4:2:17:25 chr10 102766574 . A G 245.39 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3915;QD=46.741;RBI=0.0157459;REFB=-0.111778;REVB=-0.0120815;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00360087;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:9:11:0:0:9:11:1:0 chr10 102770082 . T G 1238.4 PASS AF=0.878788;AO=76;DP=92;FAO=87;FDP=99;FR=.;FRO=12;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0220669;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8244;QD=50.0363;RBI=0.0581717;REFB=-0.0403879;REVB=-0.0538238;RO=14;SAF=39;SAR=37;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170512;STB=0.50777;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00399628;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:92:99:14:12:76:87:0.878788:37:39:8:6:38:49:6:6 chr10 102770327 . A G 453.88 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00241342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.206;QD=39.4674;RBI=0.0371586;REFB=-0.0793381;REVB=-0.0370802;RO=11;SAF=21;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059404;STB=0.532092;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0216183;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:46:11:11:35:35:0.76087:14:21:8:3:14:21:8:3 chr10 102798962 . C A 622.3 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00306698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.489;QD=44.4499;RBI=0.0211419;REFB=-0.0518968;REVB=-0.0209183;RO=7;SAF=14;SAR=35;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417914;STB=0.522284;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00498808;OID=.;OPOS=102798962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:7:7:49:49:0.875:35:14:1:6:35:14:1:6 chr10 102824349 . G C 552.06 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0685142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.784;QD=50.1874;RBI=0.0687126;REFB=-0.0692933;REVB=-0.00521759;RO=4;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037109;STB=0.53002;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00917285;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:4:5:39:39:0.886364:21:18:1:3:21:18:1:4 chr10 102925957 . A G 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0258993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.457;QD=37.4175;RBI=0.026552;REFB=-0.0425938;REVB=0.00585106;RO=4;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255889;STB=0.514004;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00720182;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:8:11:2:2:8:11:2:2 chr10 103124606 . A G 5031.27 PASS AF=0.908377;AO=347;DP=382;FAO=347;FDP=382;FR=.;FRO=35;FSAF=81;FSAR=266;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00571845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.927;QD=52.6835;RBI=0.0115113;REFB=0.00197434;REVB=-0.00999044;RO=35;SAF=81;SAR=266;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194446;STB=0.510237;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-3.14535e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:35:35:347:347:0.908377:266:81:11:24:266:81:11:24 chr10 103124647 . A G 5226.75 PASS AF=0.90201;AO=358;DP=398;FAO=359;FDP=398;FR=.;FRO=39;FSAF=88;FSAR=271;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.021877;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.564;QD=52.5302;RBI=0.0245562;REFB=-0.0414002;REVB=0.0111535;RO=37;SAF=88;SAR=270;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312648;STB=0.514844;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00404148;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:398:37:39:358:359:0.90201:270:88:14:23:271:88:14:25 chr10 103124679 . T C 59.19 PASS AF=0.0700809;AO=25;DP=371;FAO=26;FDP=371;FR=.;FRO=345;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=88;FSRR=257;FWDB=-0.00869206;FXX=0.00536179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.305;QD=0.63822;RBI=0.014678;REFB=-0.00181171;REVB=-0.0118276;RO=339;SAF=8;SAR=17;SRF=84;SRR=255;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998698;STB=0.560038;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0250631;OID=.;OPOS=103124679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:371:371:339:345:25:26:0.0700809:17:8:84:255:18:8:88:257 chr10 103124696 . T C 3892.56 PASS AF=0.88254;AO=276;DP=310;FAO=278;FDP=315;FR=.;FRO=37;FSAF=73;FSAR=205;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0368879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=49.4294;RBI=0.0372686;REFB=-0.00479745;REVB=-0.00531374;RO=34;SAF=73;SAR=203;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789039;STB=0.505237;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000254115;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:315:34:37:276:278:0.88254:203:73:10:24:205:73:11:26 chr10 103124715 . A G 3097.7 PASS AF=0.878431;AO=220;DP=251;FAO=224;FDP=255;FR=.;FRO=31;FSAF=69;FSAR=155;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0515195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.574;QD=48.5914;RBI=0.0515769;REFB=-0.036772;REVB=-0.00243427;RO=31;SAF=66;SAR=154;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269917;STB=0.50253;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00291948;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:255:31:31:220:224:0.878431:154:66:9:22:155:69:9:22 chr10 103124726 . A G 2414.73 PASS AF=0.876289;AO=167;DP=191;FAO=170;FDP=194;FR=.;FRO=24;FSAF=56;FSAR=114;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0379302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.089;QD=49.7883;RBI=0.0381452;REFB=-0.0102106;REVB=0.00404451;RO=24;SAF=53;SAR=114;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186248;STB=0.511202;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000788382;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:24:24:167:170:0.876289:114:53:6:18:114:56:6:18 chr10 103124731 . A G 73.21 PASS AF=0.109827;AO=19;DP=173;FAO=19;FDP=173;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=101;FWDB=-0.00171563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.123;QD=1.69276;RBI=0.00183726;REFB=-0.00448134;REVB=0.000657364;RO=154;SAF=8;SAR=11;SRF=53;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998807;STB=0.571721;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0323093;OID=.;OPOS=103124731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:173:173:154:154:19:19:0.109827:11:8:53:101:11:8:53:101 chr10 103124736 . C T 1718.61 PASS AF=0.854305;AO=129;DP=151;FAO=129;FDP=151;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0012554;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=45.5261;RBI=0.00153894;REFB=-0.00932265;REVB=0.000890102;RO=22;SAF=45;SAR=84;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232188;STB=0.512293;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00144272;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:22:22:129:129:0.854305:84:45:6:16:84:45:6:16 chr10 103124746 . G A 1013.22 PASS AF=0.788462;AO=81;DP=103;FAO=82;FDP=104;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0482163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1627;QD=38.9699;RBI=0.0485206;REFB=-0.0142145;REVB=0.00542513;RO=22;SAF=36;SAR=45;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701945;STB=0.538397;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00387176;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:22:22:81:82:0.788462:45:36:6:16:45:37:6:16 chr10 103558746 . G C 482.73 PASS AF=0.8;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00760874;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.61;QD=38.6183;RBI=0.00816476;REFB=-0.00399465;REVB=0.00296146;RO=10;SAF=23;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102743;STB=0.555304;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000766157;OID=.;OPOS=103558746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:50:10:10:40:40:0.8:17:23:3:7:17:23:3:7 chr10 103899871 . A G 303.01 PASS AF=0.862069;AO=23;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0590544;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.32;QD=41.7948;RBI=0.0698924;REFB=0.0126663;REVB=0.0373836;RO=4;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005935;STB=0.50276;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00064208;OID=.;OPOS=103899871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:29:4:4:23:25:0.862069:11:12:2:2:13:12:2:2 chr10 103991381 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1364;QD=61.6836;RBI=0.0921946;REFB=0;REVB=0.0895172;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001132;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 104136469 . T C 626.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.57;QD=59.6228;RBI=0.043761;REFB=-0.0298038;REVB=0.0436066;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511886;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:12:29:0:1:13:29:0:0 chr10 104159196 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160602;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5762;QD=36.2826;RBI=0.0950916;REFB=0;REVB=0.0937255;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369516;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 104160434 . A G 342.58 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00402575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=50.7528;RBI=0.014887;REFB=-0.00371519;REVB=-0.0143323;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000525634;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:12:13:0:0:13:13:1:0 chr10 104174895 . G A 712.91 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.495;QD=60.6728;RBI=0.122523;REFB=-0.0479352;REVB=0.0440187;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153937;STB=0.507459;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00400144;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:47:1:1:42:46:0.978723:30:12:0:1:33:13:0:1 chr10 104236457 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5065;QD=46.8479;RBI=0.0102371;REFB=0;REVB=0.00215943;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500302;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr10 104240438 . A G 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0267215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.873;QD=41.8374;RBI=0.0267487;REFB=0.0326789;REVB=-0.00120508;RO=5;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704132;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00326609;OID=.;OPOS=104240438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:11:15:3:2:11:15:3:2 chr10 104389932 . T G 866.72 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.399;QD=57.7811;RBI=0.075453;REFB=0;REVB=0.0256755;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436171;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:52:60:1:24:28:0:0:25:35:0:0 chr10 104435746 . C T 739.48 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.904;QD=56.8827;RBI=0.0110294;REFB=0;REVB=0.000509742;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2603e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:34:18:0:0 chr10 104436641 . C T 284.87 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0225516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.07;QD=33.5138;RBI=0.0268166;REFB=-0.0196025;REVB=-0.0145107;RO=8;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829984;STB=0.554411;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00680559;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:34:8:9:24:25:0.735294:16:8:4:4:16:9:5:4 chr10 104596924 . C A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.888;QD=64.4139;RBI=0.00689165;REFB=0;REVB=0.000309778;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05386e-05;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr10 104596981 . G A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00500531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.144;QD=56.2123;RBI=0.0351066;REFB=-0.0332748;REVB=0.0347479;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000490348;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:37:24:0:0:37:24:0:1 chr10 104628234 . T C 898.36 PASS AF=0.891892;AO=64;DP=72;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00128154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3297;QD=48.5599;RBI=0.0119444;REFB=-0.0033991;REVB=0.0118755;RO=8;SAF=41;SAR=23;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837243;STB=0.543465;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000176807;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:74:8:8:64:66:0.891892:23:41:8:0:24:42:8:0 chr10 104679371 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00278189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.009;QD=24.4133;RBI=0.0300132;REFB=0.00283107;REVB=0.029884;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235801;STB=0.63137;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00166634;OID=.;OPOS=104679371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:5:0:4:7:5:0 chr10 104814162 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2921;QD=56.9376;RBI=0.060934;REFB=0;REVB=0.0605966;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446642;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr10 104855670 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0150602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.175;QD=3.54004;RBI=0.0501116;REFB=-0.00538646;REVB=-0.047795;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371121;STB=0.526228;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.02946;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:17:15:3:3:17:15 chr10 104934709 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0135378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.224;QD=4.16604;RBI=0.0186519;REFB=-0.000781492;REVB=0.0128306;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.642965;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0036534;OID=.;OPOS=104934709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:20:13:4:3:20:13 chr10 105049105 . C G 790.35 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196665;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.471;QD=57.4797;RBI=0.0215826;REFB=0;REVB=0.00889039;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53241e-05;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr10 105063636 . C T 196.35 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0477997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3475;QD=34.1477;RBI=0.0743487;REFB=0.0289119;REVB=-0.0569467;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991674;STB=0.554396;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00988952;OID=.;OPOS=105063636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:10:8:1:4:10:8:1:4 chr10 105174869 . G A 1318.73 PASS AF=0.9;AO=89;DP=99;FAO=90;FDP=100;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0182467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.617;QD=52.7491;RBI=0.0480903;REFB=-0.0728364;REVB=0.0444942;RO=9;SAF=40;SAR=49;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378997;STB=0.524526;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00983335;OID=.;OPOS=105174869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:99:100:9:10:89:90:0.9:49:40:6:3:49:41:7:3 chr10 105194086 . C T 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6777;QD=52.5944;RBI=0.10263;REFB=0;REVB=-0.078369;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336778;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr10 105215016 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.66;QD=61.6833;RBI=0.0212384;REFB=0;REVB=0.0203631;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142408;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr10 105215119 . C A 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.724;QD=43.0145;RBI=0.0488333;REFB=-0.0431084;REVB=0.0206278;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00784143;OID=.;OPOS=105215119;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr10 105218252 . A G 1302.12 PASS AF=1;AO=69;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.108;QD=62.0058;RBI=0.043737;REFB=0;REVB=0.00606761;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66008e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:69:84:1:36:33:0:0:37:47:0:0 chr10 105218359 . T C 1139.53 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00269816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.704;QD=59.1963;RBI=0.0327258;REFB=-0.0852985;REVB=0.0326144;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150175;STB=0.50769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000737688;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:31:44:0:1:32:44:0:1 chr10 105233174 . T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 42.03 PASS AF=0.291667;AO=5;DP=26;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00569814;FXX=0.0768935;HRUN=5;LEN=18;MLLD=357.903;QD=7.00524;RBI=0.0150149;REFB=0.00181069;REVB=-0.0138917;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281448;STB=0.5997;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=-0.00969869;OID=.;OPOS=105233175;OREF=-;OALT=GGGGGCTCAGGCACTGCG;OMAPALT=TGGGGGCTCAGGCACTGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:5:26:7:24:17:5:2:10:7:42:17:4:1:10:7 chr10 105350033 . C T 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.456;QD=49.9766;RBI=0.0354355;REFB=-0.0834258;REVB=0.030204;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773479;STB=0.541637;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0075141;OID=.;OPOS=105350033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:2:0:17:11:2:0 chr10 105362103 . CG C,CA 246.65 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,16;DP=19;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000425876,-0.00164135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.249,216.322;QD=49.3307;RBI=0.124662,0.178937;REFB=0,0;REVB=0.124662,0.17893;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0157907,5.59625e-05;OID=.,.;OPOS=105362104,105362104;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,16:19:1,19:20:0:1,11:0,8:0:0:3:0:0,11:3,5:0:0 chr10 105362209 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.739;QD=54.516;RBI=0.058383;REFB=0;REVB=-0.0571979;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362631;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr10 105657316 . G C 453.86 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.376;QD=55.013;RBI=0.0350188;REFB=-0.140221;REVB=0.028613;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00132419;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:0:1 chr10 105659826 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.941;QD=56.9382;RBI=0.0529205;REFB=0;REVB=0.0380992;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299875;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr10 105758670 . A G 599.12 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0264596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.954;QD=46.9898;RBI=0.0294885;REFB=0.0159699;REVB=-0.0130177;RO=5;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773047;STB=0.541282;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00247175;OID=.;OPOS=105758670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:18:28:1:4:18:28:1:4 chr10 105796819 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9636;QD=51.1816;RBI=0.051688;REFB=0;REVB=-0.0366206;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21002e-06;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr10 105798872 . T C 1041.75 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.086;QD=59.5285;RBI=0.0391262;REFB=0;REVB=0.0301139;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10204e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:22:48:0:0:22:48:0:0 chr10 105799216 . G T 684.49 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6332;QD=52.6529;RBI=0.0403835;REFB=-0.0102603;REVB=-0.0368778;RO=2;SAF=32;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158556;STB=0.515146;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00235106;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:52:2:1:47:51:0.980769:15:32:1:1:16:35:0:1 chr10 105801253 . G A 206.02 PASS AF=1;AO=9;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4426;QD=48.4759;RBI=0.0741626;REFB=0;REVB=0.0574699;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373223;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:9:17:1:7:2:0:0:8:9:0:0 chr10 105816916 . C T 1036.05 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9751;QD=56.7698;RBI=0.0302364;REFB=-0.0871994;REVB=0.027277;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171903;STB=0.517852;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00181542;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:27:44:0:1:27:44:0:2 chr10 105817891 . G A 657.38 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00892412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.129;QD=50.568;RBI=0.0126695;REFB=0.0397635;REVB=-0.00899318;RO=3;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315827;STB=0.51681;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00363851;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:19:30:1:2:19:30:1:2 chr10 105957714 . A G 1055.69 PASS AF=0.873563;AO=76;DP=87;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0044797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7416;QD=48.5373;RBI=0.0464698;REFB=0.00701807;REVB=0.0462534;RO=10;SAF=34;SAR=42;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555804;STB=0.524035;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000610518;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:10:11:76:76:0.873563:42:34:7:3:42:34:7:4 chr10 105963553 . A G 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8706;QD=49.3971;RBI=0.0596485;REFB=0.0288541;REVB=0.0526227;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000250887;OID=.;OPOS=105963553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:1:0:9:14:1:0 chr10 106058901 . G T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0477869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3995;QD=26.0475;RBI=0.0793533;REFB=0.0250318;REVB=0.0633511;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.555458;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00609073;OID=.;OPOS=106058901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:3:2:3:9:3:2 chr10 106907440 . C T 1246.42 PASS AF=0.895833;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=96;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00814296;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.269;QD=51.9342;RBI=0.021819;REFB=-0.11419;REVB=0.0202425;RO=7;SAF=39;SAR=47;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168889;STB=0.525772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0131328;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:94:96:7:10:86:86:0.895833:47:39:4:3:47:39:7:3 chr10 108338917 . T C 924.42 PASS AF=0.841463;AO=68;DP=83;FAO=69;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00294609;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.555;QD=45.0935;RBI=0.018928;REFB=-0.00860376;REVB=0.0186973;RO=13;SAF=31;SAR=37;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712624;STB=0.538614;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00226445;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:83:82:13:13:68:69:0.841463:37:31:9:4:38:31:9:4 chr10 108380213 . G A 1055.13 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0216153;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.563;QD=54.812;RBI=0.0222648;REFB=0.00497378;REVB=0.00533872;RO=4;SAF=29;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104985;STB=0.505558;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.000223755;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:77:4:4:73:73:0.948052:44:29:2:2:44:29:2:2 chr10 108389111 . A G 1003.14 PASS AF=0.911392;AO=71;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0172445;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.944;QD=50.7919;RBI=0.0289887;REFB=0.00339978;REVB=0.0233018;RO=7;SAF=33;SAR=38;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030511;STB=0.515438;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.000193504;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:79:7:7:71:72:0.911392:38:33:2:5:39:33:2:5 chr10 108459112 . C T 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.000324736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6026;QD=6.16393;RBI=0.0122432;REFB=0.00454754;REVB=-0.0122389;RO=58;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193581;STB=0.618297;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0194515;OID=.;OPOS=108459112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:9:9:20:38:9:9:20:38 chr10 112044842 . TAAAAC T 62.78 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00234843;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=5;MLLD=198.918;QD=15.6955;RBI=0.0200187;REFB=-0.00795554;REVB=0.0198805;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.31058;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.00713209;OID=.;OPOS=112044843;OREF=AAAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:12:9:16:7:2:7:4:3:50:0:1:7:0:0 chr10 112266771 . C T 592.45 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.136906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0766;QD=56.4233;RBI=0.153021;REFB=-0.153831;REVB=0.0683529;RO=1;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144354;STB=0.515144;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00904983;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:1:2:40:40:0.952381:32:8:0:1:32:8:0:2 chr10 112266822 . GC AT 443.3 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503299;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.26;QD=57.1993;RBI=0.00661223;REFB=0;REVB=-0.00428843;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000205189;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:28:2:0:0:29:2:0:0 chr10 112271241 . GGTTGTTGTTGTTGTTC GGTTGTTGTTGTTC,GGTTGTTGTTGTTCTTG 393.85 PASS AF=0.553191,0.148936;AO=25,7;DP=49;FAO=26,7;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=4,1;FSAR=22,6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0394298,-0.0446099;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=187.657,129.5;QD=33.5188;RBI=0.0395052,0.0452027;REFB=-0.00526556,0.013175;REVB=0.00244041,-0.00729669;RO=13;SAF=4,1;SAR=21,6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00715756,-0.0229881;STB=0.53843,0.585095;STBP=0.646,0.751;TYPE=del,mnp;VARB=0.000937,0.00305311;OID=.,.;OPOS=112271242,112271254;OREF=GTT,GTTC;OALT=-,CTTG;OMAPALT=GGTTGTTGTTGTTC,GGTTGTTGTTGTTCTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191,0.148936:25,7:49:26,7:47:14:4,1:22,6:3:11:99:13:4,1:21,6:2:11 chr10 112271258 . TTGT TTG,TT 34.5 PASS AF=0,0.139535;AO=6,6;DP=46;FAO=0,6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.0643226,-0.00596227;FXX=0.0652032;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=13.4617,239.661;QD=3.20884;RBI=0.0972413,0.00596366;REFB=0.0336975,-0.00777408;REVB=-0.0729278,0.000128706;RO=30;SAF=3,1;SAR=3,5;SRF=2;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0.395349,0;SSSB=0.605279,0.293505;STB=0.5,0.507019;STBP=1,0.999;TYPE=del,del;VARB=0,0.0484619;OID=.,.;OPOS=112271261,112271259;OREF=T,TG;OALT=-,-;OMAPALT=TTG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.139535:6,6:46:0,6:43:37:0,1:0,5:6:31:34:30:3,1:3,5:2:28 chr10 112361870 . A G 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3092;QD=54.8221;RBI=0.0782666;REFB=-0.159835;REVB=0.0541075;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00411569;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chr10 112402492 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.016;QD=63.872;RBI=0.00815348;REFB=0;REVB=-0.00793194;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42055e-05;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr10 112572458 . G C 406.52 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3023;QD=56.0717;RBI=0.0267317;REFB=0;REVB=0.0153053;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600544;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:9:20:0:0 chr10 112641053 . A G 244.84 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0426457;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9413;QD=44.5162;RBI=0.145103;REFB=-0.117044;REVB=0.138695;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00535214;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:22:1:2:20:20:0.909091:9:11:1:0:9:11:1:1 chr10 112839578 . T G 31.37 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00268844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.7195;QD=2.46029;RBI=0.00798681;REFB=0.00125426;REVB=-0.00752073;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514971;STB=0.867162;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00295848;OID=.;OPOS=112839578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:1:5:16:28:1:5:17:28 chr10 112839579 . A G 449.43 PASS AF=0.714286;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00241698;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.012;QD=36.6877;RBI=0.0108058;REFB=-0.0240974;REVB=0.010532;RO=13;SAF=11;SAR=23;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119028;STB=0.569266;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00564127;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:14:34:35:0.714286:23:11:7:6:23:12:8:6 chr10 113913193 . T C 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0552187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9062;QD=2.84556;RBI=0.056552;REFB=-0.00305302;REVB=-0.0122074;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23866;STB=0.676458;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0166849;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:46:47:7:7:0.12963:3:4:17:29:3:4:17:30 chr10 113917085 . T A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0208675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.745;QD=3.33879;RBI=0.0232649;REFB=0.00322966;REVB=-0.0102862;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113667;STB=0.596161;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0182027;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:4:2:14:19:4:2:15:19 chr10 114053546 . C G 1241.28 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00547051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5099;QD=59.1086;RBI=0.0655253;REFB=0.0233318;REVB=0.0652966;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133364;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00130944;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:35:46:0:1:37:46:0:1 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 348.39 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125098;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=10;MLLD=390.625;QD=55.7421;RBI=0.0202348;REFB=0;REVB=0.0159045;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.03746e-05;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:25:25:0:12:13:0:0:4:0:12:13:0:0 chr10 114154815 . C T 775.64 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00246433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.937;QD=53.4927;RBI=0.0184383;REFB=-0.101697;REVB=0.0182728;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000647378;OID=.;OPOS=114154815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:56:56:0.965517:29:27:0:0:29:27:2:0 chr10 114169276 . A G 759.44 PASS AF=1;AO=29;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0115;QD=63.2867;RBI=0.088894;REFB=0;REVB=-0.0723381;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186733;OID=.;OPOS=114169276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:29:48:1:5:24:0:0:22:26:0:0 chr10 114186624 . G A 941.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138726;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.531;QD=58.8305;RBI=0.0143944;REFB=0;REVB=-0.00384054;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86871e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr10 114190352 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.566;QD=56.7055;RBI=0.0512977;REFB=0;REVB=0.0317712;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143619;OID=.;OPOS=114190352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr10 114831434 . A T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0215293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.856;QD=4.01765;RBI=0.0218221;REFB=-0.00480686;REVB=0.00356253;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393441;STB=0.762867;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0154629;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:19:9:4:2:19:9 chr10 114926002 . A AAT,AT,T 216.36 PASS AF=0.255319,0.234043,0;AO=8,11,5;DP=74;FAO=12,11,0;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8,2,0;FSAR=4,9,0;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0723502,-0.0881373,-0.0736189;FXX=0;HRUN=6,1,6;LEN=2,1,1;MLLD=124.872,127.794,120.326;QD=18.4135;RBI=0.0739101,0.0898554,0.0777042;REFB=-0.0593993,-0.0687363,-0.0703697;REVB=0.0151049,0.0174875,0.0248636;RO=49;SAF=3,4,2;SAR=5,7,3;SRF=33;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.35138,-0.370191,-0.30025;STB=0.565115,0.85656,0.5;STBP=0.634,0.009,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0512316,0.0124699,0;OID=.,.,.;OPOS=114926003,114926003,114926002;OREF=-,-,A;OALT=AT,T,T;OMAPALT=AAT,AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:74:47:49:24:8,11,5:12,11,0:0.255319,0.234043,0:5,7,3:3,4,2:33:16:4,9,0:8,2,0:18:6 chr10 114926016 . C T 79.19 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0543207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4051;QD=7.03932;RBI=0.0573312;REFB=-0.034905;REVB=-0.0183339;RO=32;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659618;STB=0.912506;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.100459;OID=.;OPOS=114926016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:32:33:12:12:0.266667:1:11:12:20:1:11:12:21 chr10 115334124 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0707;QD=55.6559;RBI=0.118066;REFB=0;REVB=0.0218566;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211514;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr10 115370254 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4504;QD=59.0166;RBI=0.0282541;REFB=0;REVB=0.0071873;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289256;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr10 115370274 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8789;QD=59.8362;RBI=0.0385104;REFB=0;REVB=0.0381906;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574194;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr10 115377290 . T C 622.95 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.055778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.413;QD=47.0147;RBI=0.0617448;REFB=0.085919;REVB=0.0264808;RO=5;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429358;STB=0.522882;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00260001;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:27:21:1:4:27:21:1:4 chr10 115381747 . G A 1359.72 PASS AF=0.924528;AO=98;DP=106;FAO=98;FDP=106;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0115439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.968;QD=51.31;RBI=0.0346488;REFB=-0.0439654;REVB=0.0326693;RO=8;SAF=52;SAR=46;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222628;STB=0.511769;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00301688;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:106:106:8:8:98:98:0.924528:46:52:3:5:46:52:3:5 chr10 115389356 . G A 316.38 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0732457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3091;QD=38.3493;RBI=0.0747247;REFB=-0.0268467;REVB=0.0147935;RO=7;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754198;STB=0.541031;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0128812;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:10:16:3:4:10:16:3:4 chr10 115389366 . G A 371.71 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0226994;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7732;QD=42.4815;RBI=0.0246573;REFB=-0.000195693;REVB=0.00962901;RO=6;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236657;STB=0.515141;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00115403;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:37:35:6:6:28:29:0.828571:12:16:3:3:12:17:3:3 chr10 115393929 . G A 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0123576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.989;QD=3.15195;RBI=0.0197033;REFB=-0.00287407;REVB=-0.0153463;RO=57;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119435;STB=0.58193;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0150189;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:5:5:23:34:5:5:23:34 chr10 115405615 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.261;QD=56.945;RBI=0.0395002;REFB=0;REVB=-0.00529678;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124813;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr10 115405664 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.353;QD=62.022;RBI=0.018419;REFB=0;REVB=-0.0102685;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250165;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr10 115411614 . A G 442.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000940196;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8569;QD=57.1184;RBI=0.00515028;REFB=0;REVB=0.00506373;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307674;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr10 115417289 . G A 677.53 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.556;QD=61.5936;RBI=0.016756;REFB=0;REVB=0.00591602;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421989;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:22:22:0:0 chr10 115422474 . A G 474.92 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.016192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.728;QD=46.3335;RBI=0.0193287;REFB=-0.0162321;REVB=0.0105554;RO=6;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415511;STB=0.522334;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00293614;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:18:17:2:4:18:17:2:4 chr10 115451781 . C T 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00452229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=2.13929;RBI=0.0170468;REFB=9.6753e-05;REVB=-0.0164361;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225871;STB=0.666263;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0012977;OID=.;OPOS=115451781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:67:68:9:9:0.116883:7:2:26:41:7:2:26:42 chr10 115525175 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.08;QD=57.2026;RBI=0.0258944;REFB=0;REVB=0.000343134;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05451e-05;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr10 115529576 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.444;QD=62.3507;RBI=0.0259225;REFB=0;REVB=0.00439497;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115931;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr10 115535599 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.99;QD=57.2026;RBI=0.0542681;REFB=0;REVB=0.0466354;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002024;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 115540411 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.971;QD=58.1421;RBI=0.0108154;REFB=0;REVB=-0.00982079;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94754e-05;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr10 115609915 . C G,T 453.21 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=30,2;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166963,-0.098769;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.479,11.134;QD=56.6513;RBI=0.0175135,0.136254;REFB=0,0;REVB=0.00528726,-0.0938612;RO=0;SAF=10,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000862562,0.114815;OID=.,.;OPOS=115609915,115609915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:32:32:0:0:30,2:31,1:0.96875,0.03125:20,1:10,1:0:0:21,0:10,1:0:0 chr10 115644040 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.082;QD=57.6737;RBI=0.0319157;REFB=0;REVB=0.0263242;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515228;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 115675025 . G A 187.95 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.329;QD=46.9882;RBI=0.0277727;REFB=0;REVB=0.00672356;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122529;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr10 115804036 . A G 132.94 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0407778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1869;QD=35.4492;RBI=0.104195;REFB=-0.0554411;REVB=-0.0958845;RO=2;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529323;STB=0.529365;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00757475;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:4:9:1:1:4:9:1:1 chr10 115805056 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.233;QD=39.2068;RBI=0.0332888;REFB=0;REVB=0.021823;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285108;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr10 115910928 . G T 631.54 PASS AF=0.862069;AO=49;DP=57;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0109947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.999;QD=43.5545;RBI=0.012092;REFB=-0.0745307;REVB=-0.00503303;RO=8;SAF=24;SAR=25;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00758783;OID=.;OPOS=115910928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:8:8:49:50:0.862069:25:24:4:4:25:25:4:4 chr10 115922774 . G A 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.478;QD=58.2411;RBI=0.0397859;REFB=0.00246438;REVB=0.031223;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-1.93764e-05;OID=.;OPOS=115922774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr10 116008464 . T A 503.72 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0193415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6035;QD=50.3722;RBI=0.102714;REFB=-0.0334407;REVB=0.100877;RO=4;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933061;STB=0.549972;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00574374;OID=.;OPOS=116008464;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:18:18:0:4:18:18:0:4 chr10 116008497 . G A 590.06 PASS AF=0.911111;AO=38;DP=43;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0294437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.813;QD=52.4495;RBI=0.0325152;REFB=-0.0595731;REVB=0.0137951;RO=4;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933927;STB=0.549976;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00864564;OID=.;OPOS=116008497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:45:4:4:38:41:0.911111:18:20:0:4:18:23:0:4 chr10 116032519 . A G 308.44 PASS AF=0.862069;AO=23;DP=27;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0425173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.994;QD=42.5428;RBI=0.0587181;REFB=-0.0678773;REVB=0.0404981;RO=4;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449863;STB=0.514274;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00806932;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:27:29:4:4:23:25:0.862069:8:15:2:2:10:15:2:2 chr10 116050008 . A G 444.52 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0366741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2631;QD=46.7913;RBI=0.0523697;REFB=0.0189144;REVB=0.0373844;RO=5;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925826;STB=0.549809;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00444842;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:33:33:0.868421:14:19:1:4:14:19:1:4 chr10 116073696 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0556;QD=59.0175;RBI=0.0342167;REFB=0;REVB=-0.00474513;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346522;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 516.55 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338663;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=159.909;QD=59.0337;RBI=0.042593;REFB=0;REVB=-0.0424581;RO=5;SAF=15;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.96339e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:40:35:35:0:17:18:0:0:4:5:15:18:5:0 chr10 116307504 . A G 450.9 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320155;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.925;QD=58.1812;RBI=0.0325586;REFB=0;REVB=-0.00592247;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4236e-05;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr10 116335246 . G A 1226.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.146;QD=61.3326;RBI=0.0209114;REFB=0;REVB=0.0096443;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68927e-05;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr10 116621887 . A C 479.2 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00993648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9691;QD=47.9201;RBI=0.0532652;REFB=-0.0444015;REVB=0.0523302;RO=5;SAF=14;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948956;STB=0.550991;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0113921;OID=.;OPOS=116621887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:21:14:4:1:21:14:4:1 chr10 116931101 . C CTT 301.22 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138564;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.891;QD=44.6246;RBI=0.0437948;REFB=0;REVB=-0.041545;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000123781;OID=.;OPOS=116931102;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:29:27:27:0:13:14:0:0:6:2:12:12:2:0 chr10 117075175 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.275;QD=63.2858;RBI=0.00589523;REFB=0;REVB=0.0022981;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73467e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr10 117228794 . A G 1206.48 PASS AF=0.830357;AO=93;DP=113;FAO=93;FDP=112;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00864004;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.366;QD=43.0887;RBI=0.0216793;REFB=-0.00763349;REVB=-0.0198832;RO=19;SAF=37;SAR=56;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764748;STB=0.540681;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00170816;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:19:19:93:93:0.830357:56:37:12:7:56:37:12:7 chr10 117486763 . G T 1059.66 PASS AF=0.873563;AO=76;DP=88;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0240607;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.29;QD=48.72;RBI=0.0244949;REFB=-0.0419008;REVB=0.00459192;RO=11;SAF=44;SAR=32;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816184;STB=0.504336;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00608945;OID=.;OPOS=117486763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:88:87:11:11:76:76:0.873563:32:44:6:5:32:44:6:5 chr10 117823739 . A G 415.59 PASS AF=0.723404;AO=32;DP=45;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00587595;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7476;QD=35.3694;RBI=0.0323143;REFB=0.00926813;REVB=-0.0317755;RO=13;SAF=10;SAR=22;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043681;STB=0.529394;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000816451;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:13:13:32:34:0.723404:22:10:5:8:24:10:5:8 chr10 117825151 . AG GA 37.8 PASS AF=0.147059;AO=5;DP=35;FAO=5;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.024017;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=46.2664;QD=4.44713;RBI=0.0290017;REFB=-0.038481;REVB=0.0162568;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281448;STB=0.768104;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.000805424;OID=.;OPOS=117825151;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:35:34:17:28:5:5:0.147059:4:1:7:10:4:1:14:14 chr10 117884950 . G A 595.5 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014787;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.437;QD=59.5498;RBI=0.0374658;REFB=0;REVB=0.0344243;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967921;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:19:21:0:0 chr10 118231305 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0148228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.747;QD=2.64354;RBI=0.0150714;REFB=0.000555288;REVB=0.00272591;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131715;STB=0.599658;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00903772;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:19:24:4:2:19:24 chr10 118231360 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.366;QD=62.6706;RBI=0.0453469;REFB=0;REVB=0.0387173;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300423;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr10 118231363 . A G 650.81 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.888;QD=61.9823;RBI=0.0340836;REFB=0;REVB=0.0323835;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33172e-05;OID=.;OPOS=118231363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr10 118363642 . T C 1358.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.835;QD=62.4624;RBI=0.0562913;REFB=0;REVB=0.0451274;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337657;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:52:34:0:0:52:35:0:0 chr10 118364967 . G C 716.86 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446202;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.235;QD=57.3487;RBI=0.0311335;REFB=0;REVB=0.0308121;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53049e-05;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr10 118380511 . A G 88.39 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.435;QD=39.283;RBI=0.0645758;REFB=0;REVB=0.0558867;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899492;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:5:2:0:0:7:2:0:0 chr10 118383463 . A AG 839.87 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165542;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7116;QD=48.6882;RBI=0.181882;REFB=0;REVB=0.0753433;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00444999;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:70:69:69:0:33:36:0:0:15:1:33:35:0:1 chr10 118387282 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0911957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.074;QD=35.1475;RBI=0.0912864;REFB=-0.0168898;REVB=0.00406705;RO=3;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299998;STB=0.650961;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00137022;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:3:4:17:17:0.809524:14:3:3:0:14:3:3:1 chr10 118616110 . C T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.051613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.287;QD=37.4174;RBI=0.0532921;REFB=-0.0252249;REVB=0.0132721;RO=4;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275961;STB=0.652876;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00552216;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:3:16:1:3:3:16:1:3 chr10 118969346 . T C 353.35 PASS AF=0.896552;AO=23;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00468189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.05;QD=48.7383;RBI=0.0135499;REFB=-0.04632;REVB=0.0127153;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.531226;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00579469;OID=.;OPOS=118969346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:23:26:0.896552:12:11:0:2:15:11:0:2 chr10 119026566 . T C 747.1 PASS AF=0.84058;AO=58;DP=70;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0234856;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.79;QD=43.31;RBI=0.0633064;REFB=-0.0110146;REVB=0.0587889;RO=11;SAF=29;SAR=29;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407164;STB=0.521732;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00153895;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:69:11:11:58:58:0.84058:29:29:4:7:29:29:4:7 chr10 120069611 . T C 243.52 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143853;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.03;QD=51.2682;RBI=0.0174137;REFB=0;REVB=-0.00981335;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77912e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 120070426 . A AT 105.83 PASS AF=0.857143;AO=2;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.002356;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.2548;QD=30.2365;RBI=0.0038348;REFB=-0.0445238;REVB=-0.00302572;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.836514;STB=0.545383;STBP=0.644;TYPE=ins;VARB=0.000935701;OID=.;OPOS=120070427;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:2:14:12:14:2:2:10:0:2:9:12:2:0:0:12 chr10 120353910 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.966;QD=57.6807;RBI=0.0210709;REFB=0;REVB=0.00529962;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010889;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr10 120791060 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.605;QD=46.8466;RBI=0.0570622;REFB=0;REVB=0.0333127;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944991;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 229.51 PASS AF=0.675;AO=25;DP=41;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00165021;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=7;MLLD=305.722;QD=22.9512;RBI=0.00480524;REFB=-0.0206336;REVB=0.004513;RO=12;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118191;STB=0.505614;STBP=0.937;TYPE=del;VARB=0.011221;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675:25:41:27:40:13:15:12:7:6:72:12:13:12:6:6 chr10 120792297 . G GCTA 449.02 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00218638;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=361.416;QD=52.8259;RBI=0.0145914;REFB=-0.00612816;REVB=0.0144266;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.000223561;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:32:35:32:34:2:14:18:2:0:9:2:14:18:2:0 chr10 120792684 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.562;QD=35.5759;RBI=0.0527776;REFB=0;REVB=0.0527646;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858097;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr10 120792703 . C A 101.55 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.427;QD=40.6215;RBI=0.0406843;REFB=0;REVB=-0.00199439;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000987097;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr10 120820528 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00622149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2453;QD=28.5377;RBI=0.0340993;REFB=-0.0536497;REVB=0.0335269;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0145441;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr10 120828969 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.698;QD=58.1421;RBI=0.0492018;REFB=0;REVB=0.0429695;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266893;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr10 120896027 . G A,T 873.18 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=56,4;DP=60;FAO=57,4;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580371,0.0024068;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.974,200.659;QD=57.258;RBI=0.0871533,0.029841;REFB=0,0;REVB=-0.0869599,-0.0297438;RO=0;SAF=37,3;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.65905e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00541722,0.0322028;OID=.,.;OPOS=120896027,120896027;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:60:61:0:0:56,4:57,4:0.934426,0.0655738:19,1:37,3:0:0:19,1:38,3:0:0 chr10 120919246 . T C 259.95 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072133;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.126;QD=51.9906;RBI=0.0722249;REFB=0;REVB=-0.00364375;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831612;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr10 120920588 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0512863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.696;QD=10.0752;RBI=0.0589896;REFB=0.0222885;REVB=0.029146;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0319929;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:6:8:6:2:6:8 chr10 121286832 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0263022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6988;QD=22.6784;RBI=0.0327002;REFB=-0.0153123;REVB=0.0194292;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262037;STB=0.646804;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00445311;OID=.;OPOS=121286832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:0:5:6:4:0:5 chr10 121436362 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0020977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.968;QD=8.73795;RBI=0.0375705;REFB=0.00118812;REVB=-0.0375119;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339012;STB=0.711359;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00391133;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:10:10:2:7:10:10 chr10 121527965 . C T 726.87 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00620618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.911;QD=52.8631;RBI=0.0415328;REFB=-0.0633722;REVB=0.0410665;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409165;STB=0.521731;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00174625;OID=.;OPOS=121527965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:22:31:0:2:22:31:0:2 chr10 121589402 . T G 944.44 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314293;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7815;QD=57.2389;RBI=0.00831235;REFB=-0.0507603;REVB=0.00769527;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000148592;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr10 121679013 . A G 1033.33 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00367072;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.742;QD=58.2157;RBI=0.00413991;REFB=-0.0689705;REVB=0.00191434;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=3.67984e-06;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:34:36:0:0:34:36:1:0 chr10 121718112 . C T 310.32 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032265;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6444;QD=53.9685;RBI=0.0322678;REFB=0;REVB=0.000429879;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049469;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr10 122216862 . C T 1488.24 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584479;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.212;QD=59.5295;RBI=0.0804693;REFB=0;REVB=-0.0553095;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91413e-06;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:44:54:0:0:44:56:0:0 chr10 122358342 . G C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9173;QD=60.6079;RBI=0.0457121;REFB=0;REVB=0.0363056;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559968;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 122358604 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.141;QD=49.5992;RBI=0.038563;REFB=0;REVB=0.0341339;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207174;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 122358657 . A T 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461145;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6782;QD=42.4472;RBI=0.0535984;REFB=0;REVB=0.0273174;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444242;OID=.;OPOS=122358657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr10 122358876 . TGA T 399.16 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281612;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.87;QD=55.056;RBI=0.0360299;REFB=0;REVB=0.0359197;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000187506;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:29:29:0:13:16:0:0:4:0:11:15:0:0 chr10 122359040 . A G 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7305;QD=47.8052;RBI=0.0381739;REFB=0;REVB=0.0333849;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777401;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 122359580 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.132;QD=62.3509;RBI=0.0230203;REFB=0;REVB=0.0139897;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2193e-05;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr10 122624679 . G A 857.8 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6954;QD=56.2492;RBI=0.0239894;REFB=-0.0692112;REVB=-0.000691943;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132618;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr10 122645376 . A T 210.42 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.334;QD=46.7596;RBI=0.185694;REFB=0;REVB=-0.00771461;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032104;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:1:0:16:18:1:8:8:1:0:8:10:0:0 chr10 122663585 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.047;QD=63.8719;RBI=0.0267813;REFB=0;REVB=-0.0238227;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130357;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr10 122665459 . C G 1048.04 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254167;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8149;QD=59.8879;RBI=0.030543;REFB=0;REVB=0.0169372;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40434e-05;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:37:33:0:0 chr10 123239112 . G A 1133.91 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00317609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.761;QD=54.6461;RBI=0.0325712;REFB=-0.0473561;REVB=0.032416;RO=5;SAF=42;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.515884;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00237528;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:5:5:78:78:0.939759:36:42:4:1:36:42:4:1 chr10 123277571 . A C 87.37 PASS AF=0.270833;AO=10;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0851192;FXX=0.020404;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.2834;QD=7.28116;RBI=0.0873059;REFB=-0.0408485;REVB=-0.0194176;RO=26;SAF=0;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.822782;STB=0.945909;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0969593;OID=.;OPOS=123277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:26:34:10:13:0.270833:10:0:20:6:12:1:27:7 chr10 123298158 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.575;QD=60.5459;RBI=0.0165519;REFB=0;REVB=0.0134419;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37638e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:70:42:0:0:70:42:0:0 chr10 123596254 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.693;QD=33.4285;RBI=0.0973817;REFB=0;REVB=0.0890163;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130961;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 123673339 . T C 586.26 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00640058;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.124;QD=58.6255;RBI=0.0418774;REFB=-0.0610922;REVB=0.0413854;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.65439e-05;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:25:14:0:1:25:14:0:1 chr10 123845322 . T C 397.24 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025792;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.062;QD=56.7487;RBI=0.0508768;REFB=0;REVB=0.0438546;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015994;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr10 123976391 . C A 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.851;QD=56.9465;RBI=0.0191368;REFB=0;REVB=-0.00404923;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76195e-05;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr10 124089036 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.673;QD=60.6103;RBI=0.0230501;REFB=0;REVB=-0.00826161;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11868e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr10 124089075 . G A 438.17 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00950761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6208;QD=50.0766;RBI=0.0658133;REFB=-0.0566883;REVB=0.0651229;RO=3;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217288;STB=0.511662;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0070321;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:15:17:2:1:15:17:2:1 chr10 124183732 . T C 2121.31 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6841;QD=62.8537;RBI=0.0262334;REFB=0;REVB=-0.0261894;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86115e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:83:51:0:0:84:51:0:0 chr10 124189197 . A G 448.01 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4267;QD=49.7789;RBI=0.0472042;REFB=-0.118692;REVB=0.0292039;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620845;STB=0.55552;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0110568;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:32:33:0.916667:7:25:0:1:8:25:0:2 chr10 124214448 . G T 456.24 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0127484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.783;QD=50.6932;RBI=0.0131209;REFB=-0.0039616;REVB=0.00310453;RO=3;SAF=14;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901212;STB=0.548358;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000584492;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:19:14:3:0:19:14:3:0 chr10 124320355 . G A 373.24 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0363406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.274;QD=37.3243;RBI=0.036764;REFB=0.00276876;REVB=0.00556352;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849145;STB=0.558101;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000758846;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:9:10:30:30:0.75:16:14:6:3:16:14:7:3 chr10 124329710 . C A 33.58 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0417978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.843;QD=3.53506;RBI=0.0464463;REFB=-0.000339897;REVB=-0.0202536;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25372;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000511523;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:14:17:2:4:15:17 chr10 124329746 . A T 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0345355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.461;QD=5.01788;RBI=0.0347171;REFB=-0.00551844;REVB=-0.00354629;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259258;STB=0.599718;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0273937;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:23:27:7:7:0.205882:3:4:8:15:3:4:12:15 chr10 124330459 . G A 1088.69 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0337619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.309;QD=55.1238;RBI=0.0344616;REFB=0.0143715;REVB=-0.00690919;RO=4;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419965;STB=0.522216;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000266436;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:4:4:74:75:0.949367:43:31:0:4:43:32:0:4 chr10 124331867 . C T 1778.47 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0045254;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.396;QD=59.2823;RBI=0.00458068;REFB=0.0368099;REVB=0.00070948;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887675;STB=0.500711;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00010627;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:120:1:2:117:118:0.983333:64:53:1:0:64:54:1:1 chr10 124339332 . T C 1369.95 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0753336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.504;QD=62.2704;RBI=0.0753372;REFB=0;REVB=-0.000732951;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278924;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr10 124340406 . G C 312.05 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0213596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.558;QD=43.0418;RBI=0.0233524;REFB=-0.0436005;REVB=0.00943946;RO=2;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615555;STB=0.51063;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00881794;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:2:4:25:25:0.862069:20:5:1:1:20:5:1:3 chr10 124348643 . G A 1395.1 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0160541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.519;QD=53.1468;RBI=0.0161052;REFB=-0.0395211;REVB=0.00128259;RO=5;SAF=47;SAR=52;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682646;STB=0.508106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00204645;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:5:6:99:99:0.942857:52:47:2:3:52:47:2:4 chr10 124351013 . C T 846.77 PASS AF=0.853333;AO=64;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0315432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0788;QD=45.161;RBI=0.0560981;REFB=-0.0189455;REVB=-0.04639;RO=11;SAF=36;SAR=28;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801305;STB=0.5427;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00396088;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:75:75:11:11:64:64:0.853333:28:36:3:8:28:36:3:8 chr10 124351954 . G A 1301.21 PASS AF=0.789062;AO=101;DP=128;FAO=101;FDP=128;FR=.;FRO=27;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0224989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.83;QD=40.6628;RBI=0.0346732;REFB=-0.0141432;REVB=0.0263824;RO=27;SAF=43;SAR=58;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528759;STB=0.528149;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00297381;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:27:27:101:101:0.789062:58:43:8:19:58:43:8:19 chr10 124353100 . C T 658.06 PASS AF=0.815385;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.017405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.666;QD=40.4958;RBI=0.0180766;REFB=-0.0321346;REVB=0.00488136;RO=10;SAF=23;SAR=30;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138106;STB=0.573553;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00233265;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:10:12:53:53:0.815385:30:23:9:1:30:23:10:2 chr10 124357536 . T A 1624.15 PASS AF=0.912698;AO=111;DP=124;FAO=115;FDP=126;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0905338;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0513;QD=51.5602;RBI=0.0910086;REFB=-0.0112285;REVB=-0.00928403;RO=11;SAF=44;SAR=67;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103379;STB=0.504134;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00156513;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:124:126:11:11:111:115:0.912698:67:44:5:6:68:47:5:6 chr10 124358420 . C G 1115.4 PASS AF=0.860215;AO=80;DP=93;FAO=80;FDP=93;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0709431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1427;QD=47.9742;RBI=0.0709903;REFB=-0.00738774;REVB=-0.00258802;RO=12;SAF=46;SAR=34;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442938;STB=0.528002;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00163356;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:12:13:80:80:0.860215:34:46:9:3:34:46:10:3 chr10 124358483 . G A 1147.59 PASS AF=0.931034;AO=78;DP=85;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0956592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2165;QD=52.7629;RBI=0.0973347;REFB=-0.0619768;REVB=0.017982;RO=7;SAF=41;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713692;STB=0.501278;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00451741;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:87:7:6:78:81:0.931034:37:41:4:3:39:42:3:3 chr10 124377608 . A G 706.61 PASS AF=0.823529;AO=56;DP=68;FAO=56;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00585906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.826;QD=41.5654;RBI=0.00637845;REFB=-0.0390828;REVB=0.00252114;RO=11;SAF=11;SAR=45;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362018;STB=0.514701;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00654119;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:11:12:56:56:0.823529:45:11:3:8:45:11:3:9 chr10 124377837 . T C 1239.42 PASS AF=0.886598;AO=86;DP=98;FAO=86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00279598;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.533;QD=51.1099;RBI=0.0446547;REFB=-0.0236962;REVB=0.0445671;RO=11;SAF=39;SAR=47;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000227954;STB=0.500121;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331134;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:97:11:11:86:86:0.886598:47:39:5:6:47:39:5:6 chr10 124379794 . G A 969.06 PASS AF=0.837209;AO=72;DP=86;FAO=72;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0204822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.83;QD=45.0725;RBI=0.0274514;REFB=0.0118538;REVB=-0.0182773;RO=14;SAF=32;SAR=40;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491376;STB=0.502617;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0035593;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:14:14:72:72:0.837209:40:32:6:8:40:32:6:8 chr10 124380676 . C A 931.07 PASS AF=0.843373;AO=67;DP=81;FAO=70;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0162316;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.695;QD=44.8706;RBI=0.0255538;REFB=-0.0166086;REVB=0.0197365;RO=14;SAF=37;SAR=30;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864507;STB=0.553618;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00263611;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:83:14:13:67:70:0.843373:30:37:4:10:30:40:3:10 chr10 124402677 . A G 471.13 PASS AF=0.782609;AO=33;DP=45;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0333039;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.474;QD=40.9675;RBI=0.0335647;REFB=-0.0438695;REVB=0.00417575;RO=10;SAF=19;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331006;STB=0.518508;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0191254;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:46:10:10:33:36:0.782609:14:19:5:5:15:21:5:5 chr10 124457452 . C T 986.62 PASS AF=0.83908;AO=72;DP=89;FAO=73;FDP=87;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.01835;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.821;QD=45.3617;RBI=0.025528;REFB=-0.0342882;REVB=0.017747;RO=12;SAF=23;SAR=49;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788798;STB=0.533609;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00562191;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:89:87:12:14:72:73:0.83908:49:23:7:5:50:23:7:7 chr10 124457969 . C G 532.56 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0196071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4584;QD=44.3799;RBI=0.123775;REFB=0.0067821;REVB=-0.122212;RO=8;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692776;STB=0.527854;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00334251;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:48:8:9:39:39:0.8125:23:16:5:3:23:16:5:4 chr10 124610027 . G A 47.28 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00727797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3281;QD=3.56851;RBI=0.0157101;REFB=-0.00719766;REVB=-0.0139226;RO=44;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451052;STB=0.831509;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0469762;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:44:45:8:8:0.150943:1:7:24:20:1:7:24:21 chr10 124648150 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00730473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3787;QD=8.81109;RBI=0.0204316;REFB=0.0354951;REVB=0.0190812;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00898941;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:7:4:5:1:7:4 chr10 124742792 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0236465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.09;QD=2.28089;RBI=0.0239188;REFB=-0.00287463;REVB=-0.00359905;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38857;STB=0.785725;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0290367;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:4:2:32:15:4:2:33:15 chr10 124742895 . G C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00704814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.331;QD=2.21226;RBI=0.00947707;REFB=-0.00314799;REVB=-0.0063355;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4551;STB=0.84684;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0207659;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:5:1:28:21:5:1:28:21 chr10 124800853 . C T 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0193432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.593;QD=2.9572;RBI=0.0408814;REFB=-0.000566197;REVB=-0.0360157;RO=54;SAF=8;SAR=1;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533167;STB=0.881693;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00330477;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:64:54:55:9:9:0.140625:1:8:25:29:1:8:25:30 chr10 124816515 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0837406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3278;QD=58.5874;RBI=0.0837436;REFB=0;REVB=-0.000710674;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150549;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr10 124896963 . C T 52.4 PASS AF=0.0898876;AO=16;DP=178;FAO=16;FDP=178;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=100;FSRR=62;FWDB=0.0521787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8235;QD=1.17757;RBI=0.0608854;REFB=-0.00663029;REVB=0.0313754;RO=161;SAF=11;SAR=5;SRF=99;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09234;STB=0.570342;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0790869;OID=.;OPOS=124896963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:178:178:161:162:16:16:0.0898876:5:11:99:62:5:11:100:62 chr10 125426565 . G C 737.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.886;QD=56.7609;RBI=0.0289004;REFB=0;REVB=0.0278622;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156407;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr10 125449015 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.588;QD=52.6132;RBI=0.0669758;REFB=0;REVB=-0.00374348;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362861;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr10 125450857 . C G 701.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.821;QD=62.3768;RBI=0.0818667;REFB=0;REVB=0.0596277;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039197;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:19:22:0:0:19:26:0:0 chr10 125506302 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.29;QD=50.4134;RBI=0.00912758;REFB=0;REVB=-0.00614133;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6506e-06;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr10 125528048 . G A 2350.46 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=161;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0087088;FXX=0.0372648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.284;QD=60.6571;RBI=0.0119483;REFB=-0.0506127;REVB=0.00818043;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.502673;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000191134;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:161:155:0:1:154:154:0.993548:93:61:0:0:93:61:0:1 chr10 126089434 . G A 394.79 PASS AF=0.885714;AO=29;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0181219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1754;QD=45.1193;RBI=0.0245757;REFB=-0.0280099;REVB=0.0166001;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109944;STB=0.560469;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00235093;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:29:31:0.885714:20:9:3:1:22:9:3:1 chr10 126172863 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.149;QD=57.2021;RBI=0.0380143;REFB=0;REVB=-0.0126064;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153754;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 126517989 . G A 393.26 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0370698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3611;QD=39.3264;RBI=0.037699;REFB=0.0161894;REVB=0.00685839;RO=9;SAF=8;SAR=23;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19741;STB=0.607473;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00668538;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:23:8:6:3:23:8:6:3 chr10 126674093 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=50.4132;RBI=0.0933351;REFB=0;REVB=0.0924843;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992159;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr10 126674227 . C CT 689.22 PASS AF=1;AO=63;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8598;QD=39.384;RBI=0.0758495;REFB=0;REVB=-0.0558256;RO=3;SAF=30;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00177372;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:69:70:70:0:35:35:0:0:14:3:30:33:3:0 chr10 126677262 . G A 68.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0387429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2152;QD=10.0912;RBI=0.0630457;REFB=-0.0237749;REVB=-0.0497368;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0237327;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:9:8:3:7:9:8 chr10 126677266 . A T 99.76 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0511935;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.756;QD=14.2519;RBI=0.0951891;REFB=-0.0601741;REVB=-0.0802507;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245398;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0694997;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:16:12:12:0.428571:4:8:9:5:4:8:9:7 chr10 126677287 . GACAA G 74.75 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00815404;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.139;QD=10.3103;RBI=0.0285151;REFB=-0.0104314;REVB=-0.0273244;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144092;STB=0.587603;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.0201529;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:7:3:11:8:74:19:7:3:11:8 chr10 126677306 . A AT 57.25 PASS AF=0.366667;AO=3;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0202415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4866;QD=7.63288;RBI=0.120929;REFB=-0.0495982;REVB=-0.119223;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823519;STB=0.538391;STBP=0.782;TYPE=ins;VARB=0.0675149;OID=.;OPOS=126677307;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:3:30:11:30:19:7:4:11:8:57:27:2:1:16:11 chr10 126677308 . A T 64.31 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00497169;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.3678;QD=8.5752;RBI=0.00498541;REFB=-0.0331309;REVB=-0.000369675;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736838;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0679843;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:13:8:4:5:13:8 chr10 126677323 . A T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0215149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.047;QD=11.8302;RBI=0.0225957;REFB=-0.00367378;REVB=-0.00690471;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00540656;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:10:8:4:7:10:8 chr10 126677363 . T C 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00501908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.7751;QD=8.40052;RBI=0.0177065;REFB=0.0154535;REVB=0.0169803;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736838;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00551839;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:13:8:4:5:13:8 chr10 126677367 . T G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00796654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.494;QD=8.7378;RBI=0.0193125;REFB=-0.00510565;REVB=0.0175928;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0180136;OID=.;OPOS=126677367;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:12:8:4:5:12:8 chr10 126683071 . G C 87.71 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0105666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.937;QD=4.49769;RBI=0.0265094;REFB=-0.001978;REVB=0.0243124;RO=63;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110999;STB=0.571334;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00666894;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:7:8:28:35:7:8:28:35 chr10 126683075 . T A 54.82 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0260723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.185;QD=2.81153;RBI=0.044145;REFB=-0.00488011;REVB=0.0356233;RO=67;SAF=4;SAR=7;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142671;STB=0.599816;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0242066;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:7:4:32:35:7:4:32:35 chr10 126683087 . T C 117.02 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00299489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.922;QD=6.15878;RBI=0.014891;REFB=-0.0139077;REVB=0.0145867;RO=58;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110871;STB=0.568437;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.044929;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:10:8:31:27:10:8:31:27 chr10 126683103 . C T 69.09 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0217787;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.869;QD=3.37032;RBI=0.0279537;REFB=-0.0139234;REVB=-0.0175242;RO=69;SAF=3;SAR=10;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427289;STB=0.785678;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0746129;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:83:82:69:69:13:13:0.158537:10:3:40:29:10:3:40:29 chr10 126683123 . A C 155.36 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0443825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2472;QD=7.57844;RBI=0.0446628;REFB=-0.020393;REVB=0.00499643;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355699;STB=0.711686;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0516707;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:14:8:40:20:14:8:40:20 chr10 126683150 . AC AT,GT 135.65 PASS AF=0.192308,0.0769231;AO=15,6;DP=78;FAO=15,6;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=2,4;FSAR=13,2;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00233297,0.00768509;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.9235,124.807;QD=6.95614;RBI=0.0664049,0.0630561;REFB=-0.00205279,-0.000445532;REVB=-0.0663639,-0.062586;RO=56;SAF=2,4;SAR=13,2;SRF=38;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.633582,-0.0152602;STB=0.889936,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00432956,0.0126266;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:78:78:56:57:15,6:15,6:0.192308,0.0769231:13,2:2,4:38:18:13,2:2,4:38:19 chr10 126683162 . C T 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00431541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.313;QD=8.55718;RBI=0.0193051;REFB=-0.00440345;REVB=-0.0188166;RO=50;SAF=5;SAR=16;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483907;STB=0.786284;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00591727;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:16:5:33:17:16:5:33:17 chr10 126683190 . C A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00223089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.812;QD=7.34926;RBI=0.00882875;REFB=-0.00100227;REVB=-0.00854224;RO=37;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50753;STB=0.795021;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00257554;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:10:3:25:12:10:3:25:14 chr10 126683197 . T C 68.76 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0197947;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.272;QD=5.61344;RBI=0.0267538;REFB=0.000583752;REVB=0.0179982;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516019;STB=0.830153;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000935531;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:49:39:39:10:10:0.204082:8:2:25:14:8:2:25:14 chr10 126714714 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.945;QD=45.8068;RBI=0.0144601;REFB=0;REVB=0.0123559;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233219;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr10 126714966 . A G 71.03 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0817;QD=35.5129;RBI=0.0163619;REFB=0;REVB=0.0157436;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167225;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr10 126715242 . GGCC GC,G,GGC 57.66 PASS AF=0,0.0588235,0.764706;AO=4,2,5;DP=17;FAO=0,1,13;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,4;FSAR=0,1,9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0537479,0.0605343,0.152558;FXX=0;HRUN=3,3,7;LEN=2,3,1;MLLD=10.2144,19.4535,7.13766;QD=13.5679;RBI=0.136903,0.064518,0.212545;REFB=0.0944357,0.0465824,0.0207451;REVB=-0.125912,-0.0223199,0.147992;RO=4;SAF=0,0,4;SAR=4,2,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.687804,-0.569412,0.425125;STB=0.5,0.985111,0.505609;STBP=1,0.528,0.975;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0405847,0.0595361;OID=.,.,.;OPOS=126715243,126715243,126715244;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0588235,0.764706:4,2,5:17:0,1,13:17:3:0,0,4:0,1,9:1:2:10:4:0,0,4:4,2,1:1:3 chr10 126721441 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.44;QD=48.7373;RBI=0.00203157;REFB=0;REVB=0.00203157;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20406e-06;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr10 126727602 . T A 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00513503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.734;QD=4.36141;RBI=0.0256617;REFB=0.00817267;REVB=0.0251427;RO=56;SAF=2;SAR=11;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41719;STB=0.779046;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0401862;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:11:2:25:31:11:2:25:31 chr10 126727604 . T C 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.061607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1755;QD=4.6777;RBI=0.0637132;REFB=0.00634557;REVB=0.0162465;RO=52;SAF=2;SAR=11;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376631;STB=0.758167;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0155969;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:11:2:21:31:11:2:22:31 chr10 126727630 . T C 43.3 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00350982;FXX=0.117624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.974;QD=3.84917;RBI=0.00766423;REFB=0.00196257;REVB=0.00681333;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137417;STB=0.602529;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0293357;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:51:45:36:38:7:7:0.155556:5:2:14:22:5:2:15:23 chr10 127462525 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6138;QD=46.848;RBI=0.0906632;REFB=0;REVB=-0.0698316;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416576;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr10 127530325 . T C 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00060374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.159;QD=33.9779;RBI=0.000895651;REFB=-0.0174325;REVB=0.000661581;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00355525;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:7:5:2:0:7:5:2:0 chr10 127579186 . C A 236.77 PASS AF=0.235669;AO=37;DP=159;FAO=37;FDP=157;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.0278467;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.947;QD=6.03226;RBI=0.0320148;REFB=-0.00815439;REVB=-0.0157959;RO=121;SAF=22;SAR=15;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155559;STB=0.591471;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0263853;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:121:120:37:37:0.235669:15:22:57:64:15:22:57:63 chr10 127579210 . T C 64.88 PASS AF=0.101124;AO=18;DP=178;FAO=18;FDP=178;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=84;FWDB=0.00192808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3674;QD=1.45794;RBI=0.0426675;REFB=0.000268754;REVB=0.0426239;RO=160;SAF=11;SAR=7;SRF=76;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163163;STB=0.621605;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000737959;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:178:178:160:160:18:18:0.101124:7:11:76:84:7:11:76:84 chr10 127579214 . A G 52.04 PASS AF=0.0888889;AO=16;DP=178;FAO=16;FDP=180;FR=.;FRO=164;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=0.00883581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.243;QD=1.15655;RBI=0.012196;REFB=-0.00196631;REVB=-0.00840665;RO=161;SAF=6;SAR=10;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157388;STB=0.619627;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0186768;OID=.;OPOS=127579214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:178:180:161:164:16:16:0.0888889:10:6:82:79:10:6:83:81 chr10 127579238 . G T 169.3 PASS AF=0.183432;AO=31;DP=169;FAO=31;FDP=169;FR=.;FRO=138;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0187293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.737;QD=4.00707;RBI=0.019159;REFB=-0.00363223;REVB=-0.004035;RO=138;SAF=16;SAR=15;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392335;STB=0.524974;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0188382;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:138:138:31:31:0.183432:15:16:67:71:15:16:67:71 chr10 127579264 . A G 61.68 PASS AF=0.103896;AO=16;DP=154;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.0106952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9732;QD=1.60208;RBI=0.0407428;REFB=-0.00513831;REVB=-0.0393139;RO=137;SAF=9;SAR=7;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710635;STB=0.556027;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0464331;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:154:154:137:138:16:16:0.103896:7:9:69:68:7:9:69:69 chr10 127585179 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00892961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.089;QD=10.0342;RBI=0.0136861;REFB=-0.0133304;REVB=-0.0103716;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0133249;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:2:4:2:3:2:5 chr10 127668431 . A G 606.88 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0339369;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.361;QD=41.1444;RBI=0.0352387;REFB=-0.0118385;REVB=0.00948971;RO=10;SAF=26;SAR=23;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971817;STB=0.505203;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0009489;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:60:59:10:10:49:49:0.830508:23:26:5:5:23:26:5:5 chr10 127677374 . A G 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.528;QD=24.325;RBI=0.0290268;REFB=0.0243833;REVB=0.0201142;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00236226;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:0:2:3:4:0:2 chr10 127730728 . C T 675.85 PASS AF=0.896552;AO=51;DP=57;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000879231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.524;QD=46.6101;RBI=0.0335385;REFB=-0.0316094;REVB=0.033527;RO=6;SAF=29;SAR=22;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137776;STB=0.508127;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00318964;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:58:6:6:51:52:0.896552:22:29:3:3:22:30:3:3 chr10 127834139 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.805;QD=54.5177;RBI=0.0241534;REFB=0;REVB=0.00986633;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50762e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr10 128019025 . C G 50.82 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0503591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7974;QD=5.21217;RBI=0.0546564;REFB=-0.00888863;REVB=0.0212432;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362862;STB=0.739652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0373255;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:2:6:14:17:2:6:14:17 chr10 128114325 . G A 530.73 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.251;QD=58.9704;RBI=0.0591843;REFB=0;REVB=-0.058725;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117219;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:33:36:1:18:15:0:0:20:16:0:0 chr10 128150096 . G T 547.41 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0392308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2635;QD=54.7411;RBI=0.0397197;REFB=-0.024058;REVB=0.00621266;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00112968;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:37:38:0.95:17:20:0:0:17:21:1:1 chr10 128202435 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.77;QD=59.321;RBI=0.0507576;REFB=0;REVB=0.0499773;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160841;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr10 128926013 . A G 1415.69 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.226;QD=62.9194;RBI=0.03099;REFB=0;REVB=0.0297299;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62761e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:42:48:0:0 chr10 129216658 . T C 42.46 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0309459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3287;QD=4.8527;RBI=0.0323927;REFB=-0.00249248;REVB=-0.00957273;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176184;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:20:8:2:5:20:8 chr10 129242515 . G A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0315707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.593;QD=29.8274;RBI=0.037954;REFB=-0.0188879;REVB=0.0210665;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867463;STB=0.547888;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00660413;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:11:5:1:5:11:5:1:5 chr10 129249662 . G A 468.59 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162285;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.221;QD=58.5736;RBI=0.0847107;REFB=0;REVB=0.0831417;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710203;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr10 129249676 . C T 359.89 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0404226;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.344;QD=43.6227;RBI=0.0659754;REFB=-0.0396088;REVB=0.0521418;RO=5;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381036;STB=0.520593;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00796396;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:33:33:5:5:28:28:0.848485:15:13:3:2:15:13:3:2 chr10 129249693 . G A 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0215332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.554;QD=40.0254;RBI=0.0215418;REFB=-0.0245236;REVB=0.000607843;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412932;STB=0.507241;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00481857;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:5:6:26:26:0.8125:14:12:3:2:14:12:3:3 chr10 129249701 . C G 428.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3347;QD=57.1553;RBI=0.159992;REFB=0;REVB=0.0939702;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467175;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 129249925 . T C 635.87 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00644988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.787;QD=41.6964;RBI=0.0466028;REFB=-0.0481621;REVB=0.0461543;RO=10;SAF=32;SAR=19;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239393;STB=0.512798;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00168075;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:10:10:51:51:0.836066:19:32:7:3:19:32:7:3 chr10 129534478 . A AGCGCGGC 109.96 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128889;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=7;MLLD=297.193;QD=43.9846;RBI=0.0128889;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.65491e-05;OID=.;OPOS=129534479;OREF=-;OALT=GCGCGGC;OMAPALT=AGCGCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:10:10:0:10:0:0:0:3:0:10:0:0:0 chr10 129534679 . T C 1179.02 PASS AF=0.987342;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00556248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.177;QD=59.6971;RBI=0.0577638;REFB=0.033146;REVB=0.0574953;RO=0;SAF=56;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000611415;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:79:0:1:72:78:0.987342:16:56:0:0:23:55:1:0 chr10 129534739 . C G 1104.23 PASS AF=0.9625;AO=74;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0176417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6724;QD=55.2116;RBI=0.0189087;REFB=-0.0218746;REVB=0.00680498;RO=2;SAF=44;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210174;STB=0.509658;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00216503;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:3:74:77:0.9625:30:44:2:0:32:45:1:2 chr10 129534864 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.11;QD=56.9379;RBI=0.0441157;REFB=0;REVB=0.00591721;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97421e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr10 129763277 . C T 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0221543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.595;QD=2.70427;RBI=0.0235012;REFB=-0.000480566;REVB=-0.00784178;RO=69;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294407;STB=0.70271;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00456406;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:69:69:11:11:0.1375:4:7:27:42:4:7:27:42 chr10 129859992 . T C 58.93 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0167054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.401;QD=5.12398;RBI=0.0175633;REFB=-0.00198978;REVB=0.0054221;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117933;STB=0.57695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0121067;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:13:24:5:4:13:24 chr10 129882401 . C T 366.45 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00963875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0798;QD=43.1116;RBI=0.0397704;REFB=-0.0383769;REVB=-0.0385847;RO=5;SAF=23;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243772;STB=0.614886;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00505915;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:28:29:0.852941:5:23:1:4:6:23:1:4 chr10 129883370 . A G 1396.61 PASS AF=0.894737;AO=101;DP=113;FAO=102;FDP=114;FR=.;FRO=12;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0590874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7471;QD=49.0038;RBI=0.0627274;REFB=-0.0298963;REVB=-0.0210573;RO=11;SAF=51;SAR=50;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412858;STB=0.516526;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00651148;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:113:114:11:12:101:102:0.894737:50:51:8:3:50:52:8:4 chr10 129883933 . C T 523.63 PASS AF=0.844444;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0203672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.895;QD=46.5453;RBI=0.0206148;REFB=-0.0385452;REVB=0.00318581;RO=6;SAF=17;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105909;STB=0.519424;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00522365;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:6:7:37:38:0.844444:20:17:3:3:21:17:4:3 chr10 129899543 . C T 817.06 PASS AF=0.861111;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0379227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.525;QD=45.3923;RBI=0.0439253;REFB=0.0500193;REVB=-0.0221654;RO=10;SAF=41;SAR=21;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739841;STB=0.539461;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00487972;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:10:10:62:62:0.861111:21:41:4:6:21:41:4:6 chr10 129899578 . T C 728.03 PASS AF=0.838235;AO=57;DP=68;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0250592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.017;QD=42.8255;RBI=0.0421408;REFB=-0.029208;REVB=0.0338804;RO=11;SAF=33;SAR=24;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038374;STB=0.520498;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0070205;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:11:11:57:57:0.838235:24:33:5:6:24:33:5:6 chr10 129899778 . G C 748.72 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0554958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2769;QD=51.6356;RBI=0.0659539;REFB=0.0665647;REVB=0.0356389;RO=3;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311761;STB=0.516772;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00360351;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:54:55:0.948276:20:34:1:2:20:35:1:2 chr10 129901393 . T C 792.42 PASS AF=0.935484;AO=59;DP=63;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0179662;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.3;QD=51.124;RBI=0.0242485;REFB=-0.0401396;REVB=0.0162851;RO=4;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176475;STB=0.508894;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=8.92736e-05;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:62:4:4:59:58:0.935484:36:23:1:3:36:22:1:3 chr10 129901722 . G A 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.014135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.76;QD=42.7835;RBI=0.0141498;REFB=-0.00278396;REVB=0.000646872;RO=3;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270734;STB=0.514693;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000330039;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:12:10:1:2:12:10:1:2 chr10 129901726 . C T 282.83 PASS AF=0.884615;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0255294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.677;QD=43.5122;RBI=0.100129;REFB=-0.00116089;REVB=0.0968198;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553188;STB=0.52172;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000478333;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:26:3:3:21:23:0.884615:9:12:1:2:11:12:1:2 chr10 129901825 . T C 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00623993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.585;QD=48.6084;RBI=0.0398228;REFB=-0.0388471;REVB=0.0393309;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488675;STB=0.526296;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00223278;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:8:18:2:0:8:18:2:0 chr10 129901946 . T G 550.42 PASS AF=0.783333;AO=44;DP=58;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0365649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.346;QD=36.6946;RBI=0.0416075;REFB=-0.0562253;REVB=0.0198543;RO=12;SAF=21;SAR=23;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576364;STB=0.522718;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.014283;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:58:60:12:13:44:47:0.783333:23:21:4:8:24:23:5:8 chr10 129902158 . C T 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0270561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.774;QD=48.6209;RBI=0.0470644;REFB=0.134776;REVB=0.0385101;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709088;STB=0.538425;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00248124;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:16:6:1:0:16:6:1:0 chr10 129902281 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0120424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.366;QD=24.3281;RBI=0.0463171;REFB=0.0243151;REVB=0.0447242;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00661022;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr10 129903016 . T C 588.84 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00133437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.37;QD=51.2033;RBI=0.042685;REFB=-0.0252197;REVB=0.0426642;RO=5;SAF=19;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129627;STB=0.506934;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00274691;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:22:19:2:3:22:19:2:3 chr10 129904474 . G A 140.62 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0209443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.625;QD=31.2492;RBI=0.0276685;REFB=-0.0297439;REVB=-0.0180798;RO=3;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183949;STB=0.50979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0150753;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:3:4:14:14:0.777778:4:10:2:1:4:10:3:1 chr10 129904477 . C T 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0278781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.369;QD=35.1733;RBI=0.0355586;REFB=0.00729667;REVB=-0.0220731;RO=3;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253526;STB=0.514;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0113034;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:4:11:2:1:4:11:2:1 chr10 129905429 . C T 766.05 PASS AF=0.892308;AO=57;DP=64;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0640511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6379;QD=47.1415;RBI=0.0640584;REFB=0.00743839;REVB=-0.000965098;RO=7;SAF=39;SAR=18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265053;STB=0.512235;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.000974736;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:65:7:7:57:58:0.892308:18:39:4:3:19:39:4:3 chr10 129906364 . G A 473.88 PASS AF=0.724138;AO=41;DP=57;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0113685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.464;QD=32.6812;RBI=0.0316983;REFB=-0.0273858;REVB=0.0295896;RO=16;SAF=24;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777915;STB=0.544367;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0127002;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:16:41:42:0.724138:17:24:7:9:17:25:7:9 chr10 129906468 . C T 753.76 PASS AF=0.743902;AO=61;DP=82;FAO=61;FDP=82;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0212782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.059;QD=36.7688;RBI=0.021544;REFB=-0.0111529;REVB=-0.00337371;RO=21;SAF=37;SAR=24;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040918;STB=0.521984;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00318181;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:21:21:61:61:0.743902:24:37:11:10:24:37:11:10 chr10 129907544 . G C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.325;QD=44.0921;RBI=0.0494464;REFB=-0.0317845;REVB=0.0446264;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00290395;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:0:1:9:8:0:1 chr10 129910475 . T G 295.45 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0465265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.299;QD=42.2068;RBI=0.106679;REFB=-0.0378183;REVB=0.0959982;RO=4;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134777;STB=0.57426;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00580943;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:28:4:4:23:24:0.857143:7:16:1:3:7:17:1:3 chr10 129911856 . C G 307.33 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0266376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.81;QD=40.9775;RBI=0.0272911;REFB=-0.0254991;REVB=-0.00593674;RO=5;SAF=7;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446427;STB=0.524252;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00157486;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:18:7:2:3:18:7:2:3 chr10 129913960 . A T 587.24 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0101791;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.674;QD=46.9794;RBI=0.0141799;REFB=-0.0947981;REVB=0.009872;RO=4;SAF=17;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197778;STB=0.523354;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00155451;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:4:5:45:45:0.9:28:17:2:2:28:17:3:2 chr10 129917560 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9398;QD=63.2792;RBI=0.00862928;REFB=0;REVB=0.0071108;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8614e-05;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr10 129921195 . A T 630.2 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0140509;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=42.7257;RBI=0.0161688;REFB=-0.0329397;REVB=0.00800018;RO=9;SAF=19;SAR=31;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847918;STB=0.545372;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00919841;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:61:59:9:9:50:50:0.847458:31:19:6:3:31:19:6:3 chr10 131761693 . T G 62.93 PASS AF=0.16;AO=10;DP=73;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0211165;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.478;QD=3.3563;RBI=0.0211278;REFB=-0.00877866;REVB=0.00069046;RO=63;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132162;STB=0.506656;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.041941;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:73:75:63:63:10:12:0.16:4:6:31:32:6:6:31:32 chr10 131934747 . G C 179.79 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00664362;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.692;QD=26.6356;RBI=0.08472;REFB=0.0519042;REVB=0.0844591;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00660137;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:27:9:9:17:18:0.666667:10:7:4:5:10:8:4:5 chr10 131959150 . C T 583.71 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.012963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.569;QD=54.2981;RBI=0.0192855;REFB=-0.000290595;REVB=-0.014279;RO=3;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908597;STB=0.504852;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-5.29746e-06;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:24:16:1:2:24:16:1:2 chr10 131967693 . T A 606.13 PASS AF=0.793651;AO=50;DP=63;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0128802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.187;QD=38.4847;RBI=0.0151531;REFB=-0.0294103;REVB=0.00798227;RO=12;SAF=30;SAR=20;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571509;STB=0.519992;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00521311;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:63:63:12:13:50:50:0.793651:20:30:9:3:20:30:9:4 chr10 132303374 . G C 262.75 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=25;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0396845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.881;QD=40.4234;RBI=0.0396969;REFB=-0.0251532;REVB=-0.000991059;RO=4;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108406;STB=0.555508;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00599784;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:26:4:4:21:22:0.846154:15:6:0:4:16:6:0:4 chr10 132891254 . G A 389.65 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420609;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.814;QD=55.664;RBI=0.0420686;REFB=0;REVB=0.000809368;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600582;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:1:0:27:28:1:15:12:1:0:15:13:0:0 chr10 133948634 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.789;QD=53.2771;RBI=0.00924313;REFB=0;REVB=-0.00804521;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61116e-05;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr10 133954011 . C T 1014.46 PASS AF=0.890244;AO=73;DP=82;FAO=73;FDP=82;FR=.;FRO=9;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0117279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.897;QD=49.4861;RBI=0.0118879;REFB=-0.0236854;REVB=-0.00194389;RO=9;SAF=47;SAR=26;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197644;STB=0.510497;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00356875;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:9:9:73:73:0.890244:26:47:5:4:26:47:5:4 chr10 133955427 . A G 638.23 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00956058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.203;QD=51.0587;RBI=0.0218222;REFB=-0.0265901;REVB=0.0196164;RO=6;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210012;STB=0.511231;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00197266;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:26:18:3:3:26:18:3:3 chr10 133961494 . C T 602.33 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0507581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.266;QD=54.7572;RBI=0.0511779;REFB=-0.00239857;REVB=0.00654167;RO=3;SAF=16;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035975;STB=0.517585;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000431099;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:44:3:3:40:41:0.931818:24:16:2:1:24:17:2:1 chr10 133963466 . A G 1150.72 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633444;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8018;QD=61.3716;RBI=0.0176175;REFB=0;REVB=0.0164393;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123393;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr10 133981682 . G A 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.266;QD=49.586;RBI=0.0438621;REFB=0;REVB=0.0100059;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396275;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr10 134013990 . G A 54.76 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.101523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.976;QD=24.3361;RBI=0.102711;REFB=-0.129297;REVB=0.0155755;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0168863;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr10 134014445 . C T 797.91 PASS AF=0.815789;AO=61;DP=75;FAO=62;FDP=76;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0183876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.026;QD=41.9951;RBI=0.0204261;REFB=-0.00474218;REVB=0.00889496;RO=14;SAF=35;SAR=26;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513942;STB=0.528488;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00101468;OID=.;OPOS=134014445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:75:76:14:14:61:62:0.815789:26:35:6:8:26:36:6:8 chr10 134017295 . A G 352.53 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.787;QD=54.235;RBI=0.132358;REFB=0;REVB=0.127603;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152955;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:8:16:0:0:9:17:0:0 chr10 134017388 . C G 354.5 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.037226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.797;QD=35.4504;RBI=0.0372449;REFB=-0.0248719;REVB=0.00118689;RO=9;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800438;STB=0.517229;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00651604;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:40:40:9:11:29:29:0.725:14:15:3:6:14:15:5:6 chr10 134018834 . C T 949.68 PASS AF=0.864198;AO=70;DP=81;FAO=70;FDP=81;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0156052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.879;QD=46.898;RBI=0.0245922;REFB=-0.003165;REVB=0.0190067;RO=11;SAF=30;SAR=40;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676021;STB=0.503596;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000658617;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:11:11:70:70:0.864198:40:30:5:6:40:30:5:6 chr10 134036193 . A G 355.82 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0565;QD=54.7418;RBI=0.0534337;REFB=0;REVB=-0.0469942;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115731;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:12:14:0:0 chr10 134039242 . C T 236.54 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0569576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.446;QD=33.7914;RBI=0.0571403;REFB=-0.0512841;REVB=0.00456547;RO=6;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162314;STB=0.555505;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00973729;OID=.;OPOS=134039242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:6:7:21:21:0.75:14:7:0:6:14:7:1:6 chr10 134062574 . G A 895.46 PASS AF=0.809524;AO=68;DP=85;FAO=68;FDP=84;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0228304;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.282;QD=42.6409;RBI=0.0333518;REFB=-0.0496391;REVB=0.0243128;RO=16;SAF=26;SAR=42;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207081;STB=0.511059;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0132895;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:84:16:16:68:68:0.809524:42:26:7:9:42:26:7:9 chr10 134143942 . C T 431.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011132;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.582;QD=57.4791;RBI=0.0323234;REFB=0;REVB=0.030346;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94321e-05;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr10 134143985 . GC TT 592.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011376;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.422;QD=60.815;RBI=0.0249257;REFB=0;REVB=0.0248998;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.79262e-05;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:20:19:0:0 chr10 134144005 . T C 475.03 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0318938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.225;QD=51.3542;RBI=0.0544989;REFB=-0.137474;REVB=0.0441917;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.515914;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00269882;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:37:1:3:34:34:0.918919:18:16:0:1:18:16:2:1 chr10 134145136 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1865;QD=50.4125;RBI=0.00534726;REFB=0;REVB=-0.00109413;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73032e-05;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 134145138 . C G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8198;QD=49.5945;RBI=0.113476;REFB=0;REVB=-0.105433;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212178;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr10 134145166 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9802;QD=47.822;RBI=0.00674046;REFB=0;REVB=0.00663513;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105165;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 134145293 . G T 138.09 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.307;QD=42.4885;RBI=0.090609;REFB=0;REVB=0.059102;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523747;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr10 134145336 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3688;QD=33.428;RBI=0.0537842;REFB=0;REVB=0.0534853;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036704;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 134161633 . A G 354.1 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485394;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.524;QD=52.4587;RBI=0.00488265;REFB=-0.160198;REVB=-0.000528717;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000540782;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:1:0:18:8:1:0 chr10 134598628 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.229;QD=51.9167;RBI=0.0318597;REFB=0;REVB=0.0119524;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126897;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr10 134623959 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.691;QD=60.2307;RBI=0.00670861;REFB=0;REVB=-0.00593563;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86293e-06;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr10 134624504 . C T 99.04 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0313376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.133;QD=4.2146;RBI=0.0323321;REFB=-0.00120435;REVB=-0.00795733;RO=77;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869988;STB=0.556193;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00845237;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:77:77:17:17:0.180851:9:8:31:46:9:8:31:46 chr10 134646988 . C T 370.56 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00525951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2472;QD=42.3496;RBI=0.0318954;REFB=-0.0640148;REVB=-0.0314588;RO=6;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475073;STB=0.525674;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0282972;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:15:14:2:4:15:14:2:4 chr10 134672671 . A G 685.54 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.104644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.526;QD=58.3434;RBI=0.105644;REFB=0.0639751;REVB=-0.0145045;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391242;STB=0.520824;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000861118;OID=.;OPOS=134672671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:0:2:23:22:0:2 chr10 134682855 . C T 293.14 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0381131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.135;QD=36.6425;RBI=0.0446437;REFB=-0.0430825;REVB=0.0232476;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181414;STB=0.590499;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0120216;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:7:7:24:25:0.78125:10:14:1:6:11:14:1:6 chr10 134722022 . A G 310.82 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0158901;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.208;QD=41.4422;RBI=0.0250216;REFB=-0.0291334;REVB=0.0193284;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110526;STB=0.559952;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0098944;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:30:5:5:25:25:0.833333:14:11:4:1:14:11:4:1 chr10 134726621 . G C 402.52 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0793538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7594;QD=48.7906;RBI=0.0828958;REFB=0.0318414;REVB=-0.0239728;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961103;STB=0.55169;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0153468;OID=.;OPOS=134726621;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:17:13:3:0:17:13:3:0 chr10 134735672 . A G 587.0 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0110362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.912;QD=45.1539;RBI=0.0330349;REFB=-0.0471639;REVB=0.0311369;RO=6;SAF=24;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314038;STB=0.516771;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00198195;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:22:24:4:2:22:24:4:2 chr10 134736026 . G A 294.19 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0020937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.362;QD=34.6107;RBI=0.0308918;REFB=-0.0338646;REVB=0.0308208;RO=8;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101726;STB=0.571371;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00912351;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:8:9:25:25:0.735294:10:15:3:5:10:15:3:6 chr10 134736052 . G T 320.58 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0567091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.522;QD=41.3649;RBI=0.0584324;REFB=-0.0476935;REVB=0.0140864;RO=5;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112668;STB=0.56105;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00890088;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:11:15:1:4:11:15:1:4 chr10 134736076 . T G 345.73 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0148474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.131;QD=44.6105;RBI=0.0242426;REFB=-0.0270676;REVB=-0.019164;RO=4;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731859;STB=0.539539;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000375521;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:12:15:1:3:12:15:1:3 chr10 134738232 . A G 1243.79 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=93;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0340701;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.077;QD=53.4963;RBI=0.0369164;REFB=-0.0332201;REVB=0.0142145;RO=8;SAF=46;SAR=39;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548749;STB=0.529044;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00570951;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:8:8:85:85:0.913978:39:46:7:1:39:46:7:1 chr10 134748331 . C T 384.16 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00185609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.442;QD=35.7354;RBI=0.0380786;REFB=0.0305716;REVB=-0.0380333;RO=12;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16069;STB=0.586867;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0066023;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:20:11:1:11:20:11:1:11 chr10 134777790 . G A 700.85 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.01544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.511;QD=50.9712;RBI=0.0242777;REFB=-0.103526;REVB=0.0187353;RO=0;SAF=9;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516848;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000717053;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:0:3:52:52:0.945455:43:9:0:0:43:9:0:3 chr10 134902396 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.795;QD=35.5759;RBI=0.0701705;REFB=0;REVB=-0.065927;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00774297;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr10 134902398 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.014;QD=35.5759;RBI=0.0418141;REFB=0;REVB=0.040497;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408117;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr10 134942166 . A G 1475.9 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184115;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.325;QD=63.4796;RBI=0.0242432;REFB=0;REVB=-0.0157717;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04357e-06;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:62:31:0:0:62:31:0:0 chr10 134942832 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1436;QD=53.9094;RBI=0.0364101;REFB=0;REVB=0.0226462;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81593e-05;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 134997480 . C T 401.19 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0212686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5264;QD=42.2303;RBI=0.0307086;REFB=0.0231274;REVB=-0.0221509;RO=7;SAF=6;SAR=25;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237231;STB=0.629198;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000506749;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:7:7:31:31:0.815789:25:6:5:2:25:6:5:2 chr10 134999602 . G C 528.49 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000775682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0637;QD=52.8488;RBI=0.00170778;REFB=-0.0620304;REVB=0.00152145;RO=3;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652174;STB=0.534865;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.022264;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:17:20:3:0:17:20:3:0 chr10 135000148 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.207;QD=30.7904;RBI=0.0488633;REFB=-0.0226682;REVB=0.00427153;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000465965;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr10 135012162 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.239;QD=47.8224;RBI=0.0170607;REFB=0;REVB=0.0107236;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88098e-05;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr10 135012652 . T C 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.728;QD=62.961;RBI=0.0579672;REFB=0;REVB=-0.0110573;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234925;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr10 135015427 . C A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.593;QD=28.6826;RBI=0.0517606;REFB=-0.0490947;REVB=0.0389271;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0201666;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:9:9:0.818182:4:5:0:1:4:5:1:1 chr10 135015667 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0653;QD=56.7022;RBI=0.0534662;REFB=0;REVB=0.0508567;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887099;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr10 135016089 . T C 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.078928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.575;QD=55.805;RBI=0.078936;REFB=-0.0119718;REVB=0.00112623;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000265259;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr10 135016175 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.029;QD=50.4134;RBI=0.0768659;REFB=0;REVB=0.0544169;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687788;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr10 135032376 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.981;QD=58.5866;RBI=0.0522753;REFB=0;REVB=0.0503566;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337408;OID=.;OPOS=135032376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr10 135051562 . A G 593.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8513;QD=60.884;RBI=0.0327955;REFB=0;REVB=0.024006;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294546;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr10 135053604 . G A 303.65 PASS AF=0.866667;AO=22;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0194467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.985;QD=40.486;RBI=0.0202227;REFB=0.0455927;REVB=0.0055483;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523791;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00118595;OID=.;OPOS=135053604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:30:0:4:22:26:0.866667:10:12:0:0:11:15:3:1 chr10 135053710 . C A 191.13 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.866;QD=47.7836;RBI=0.194697;REFB=0;REVB=0.18615;RO=1;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241286;OID=.;OPOS=135053710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:1:14:0:1:2:14:0:0 chr10 135053721 . C A 123.31 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0470402;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.339;QD=37.9423;RBI=0.0470506;REFB=-0.189578;REVB=0.000990556;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00206662;OID=.;OPOS=135053721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:2:10:0:0:2:10:1:0 chr10 135082346 . A G 64.56 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0592918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4098;QD=4.23322;RBI=0.111049;REFB=-0.00477033;REVB=-0.0938958;RO=49;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.581388;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0293677;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:49:50:11:11:0.180328:7:4:22:27:7:4:23:27 chr10 135085754 . G A 30.58 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=-0.00222329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.142;QD=1.34425;RBI=0.0051927;REFB=-0.00124474;REVB=-0.00469267;RO=81;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136296;STB=0.586954;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00994935;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:81:83:8:8:0.0879121:5:3:22:59:5:3:24:59 chr10 135089035 . A G 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00755885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5235;QD=1.68349;RBI=0.0134394;REFB=0.00138513;REVB=-0.0111122;RO=65;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175178;STB=0.640605;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0158669;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:5:2:28:37:5:2:28:37 chr10 135112940 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.755;QD=46.0579;RBI=0.0490454;REFB=-0.0549225;REVB=-8.14524e-05;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00675548;OID=.;OPOS=135112940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:0:1:6:13:0:1 chr10 135165790 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.799;QD=55.6561;RBI=0.0546742;REFB=0;REVB=-0.0263572;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5024e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr10 135180430 . A G 746.87 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.549;QD=63.5632;RBI=0.0298114;REFB=0;REVB=-0.0293352;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19836e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 135184126 . G A 1494.24 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573272;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.661;QD=63.5845;RBI=0.0296822;REFB=0;REVB=0.0291233;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136022;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:44:50:0:0 chr10 135204950 . C G 821.96 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.037;QD=55.7258;RBI=0.0592306;REFB=-0.141976;REVB=0.0259176;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00131271;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:32:26:0:0:32:26:1:0 chr10 135205009 . C G 1026.88 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045521;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.945;QD=58.6787;RBI=0.0458105;REFB=0;REVB=0.00514236;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00623e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr10 135233541 . A G 1052.22 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170331;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.342;QD=60.1271;RBI=0.0303273;REFB=0;REVB=-0.0250923;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93482e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr10 135269955 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0475225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.398;QD=27.1542;RBI=0.0517837;REFB=0.0129455;REVB=-0.020571;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.599839;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00120711;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:12:2:2:4:12:2:2:4 chr10 135347397 . T C 519.7 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0841;QD=59.3947;RBI=0.0478463;REFB=0;REVB=0.0437739;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418413;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 135351362 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.414;QD=62.6706;RBI=0.0179323;REFB=0;REVB=0.00516282;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10819e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr10 135368163 . A G 267.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.793;QD=51.0287;RBI=0.0210954;REFB=0;REVB=-0.00538086;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23176e-05;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr10 135368590 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.651;QD=62.9805;RBI=0.0137433;REFB=0;REVB=-0.00137062;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46989e-05;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr10 135369532 . T C 538.18 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1673;QD=59.7975;RBI=0.0661519;REFB=0;REVB=-0.0659122;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101238;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr10 135370343 . G A 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1386;QD=61.182;RBI=0.0287534;REFB=-0.0459588;REVB=0.0228356;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00995744;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr10 135370633 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7037;QD=46.847;RBI=0.0256945;REFB=0;REVB=0.0234892;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924544;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr10 135370639 . C A 175.83 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=46.8888;RBI=0.107827;REFB=0;REVB=0.00974668;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154743;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:12:1:0:0:12:3:0:0 chr10 135372870 . C G 556.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.734;QD=60.1538;RBI=0.0812367;REFB=0;REVB=-0.0331308;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161836;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr10 135373591 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.618;QD=50.4088;RBI=0.013753;REFB=0;REVB=0.012124;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132582;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 135381390 . G A 92.44 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146739;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4868;QD=41.0864;RBI=0.2198;REFB=0;REVB=0.163645;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209493;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr10 135381623 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.085;QD=57.6804;RBI=0.0311691;REFB=0;REVB=0.0138657;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142331;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr10 135381766 . C T 256.44 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0519274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.394;QD=44.5989;RBI=0.0546576;REFB=0.00101722;REVB=0.0170585;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658702;STB=0.535681;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000313799;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:0:2:13:8:0:2 chr10 135381927 . T G 61.91 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.718;QD=35.3791;RBI=0.0767092;REFB=0;REVB=0.00111969;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174916;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr10 135438888 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0137191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2305;QD=22.7196;RBI=0.0315172;REFB=-0.0236467;REVB=-0.0283746;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281313;STB=0.654995;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0156176;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:9:0:4:10:9:0 chr10 135438929 . T G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0172546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.968;QD=25.2553;RBI=0.0268715;REFB=-0.00273679;REVB=-0.0206;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26837;STB=0.646917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000409473;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:10:0:5:12:10:0 chr10 135438951 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00235447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.698;QD=25.2554;RBI=0.022051;REFB=-0.0141518;REVB=0.0219249;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26837;STB=0.646917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0110211;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:10:0:5:12:10:0 chr10 135438955 . C T 170.48 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0383171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.661;QD=25.2558;RBI=0.038966;REFB=-0.0395484;REVB=0.00708146;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26837;STB=0.646917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00354396;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:10:0:5:12:10:0 chr10 135438967 . C T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0185393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.432;QD=26.4934;RBI=0.021782;REFB=0.030886;REVB=-0.0114346;RO=9;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248914;STB=0.63623;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.015846;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:5:12:9:0:5:12:9:0 chr10 135438977 . G A 161.91 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0127445;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.403;QD=25.9053;RBI=0.0687103;REFB=-0.0229299;REVB=0.067518;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264309;STB=0.645011;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00442606;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:25:9:9:16:16:0.64:5:11:9:0:5:11:9:0 chr10 135440203 . A T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000275679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.51;QD=19.9281;RBI=0.00350377;REFB=0.00525107;REVB=-0.00349291;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00303825;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:7:9:12:12:0.571429:8:4:3:4:8:4:3:6 chr11 193722 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=7;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00782396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.145;QD=3.54011;RBI=0.0199846;REFB=-0.0146568;REVB=-0.0183894;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234976;STB=0.550858;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0403414;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:28:32:7:6:0.157895:3:4:21:7:2:4:23:9 chr11 193863 . T C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.89;QD=61.6946;RBI=0.0134624;REFB=0;REVB=-0.00727257;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56473e-05;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr11 193865 . T G 201.19 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00792109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.753;QD=9.81393;RBI=0.00932522;REFB=0.00735157;REVB=-0.00492098;RO=54;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427163;STB=0.524372;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0122795;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:56:26:26:0.317073:13:13:25:29:13:13:26:30 chr11 197337 . G A 1220.0 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00434146;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.591;QD=60.2471;RBI=0.0143485;REFB=-0.111539;REVB=0.0136759;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-3.24669e-05;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:50:30:0:1:50:30:0:1 chr11 204523 . CATTTCT C 344.41 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00208189;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=6;MLLD=308.402;QD=18.8715;RBI=0.0124975;REFB=-0.00659616;REVB=-0.0123228;RO=33;SAF=25;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218675;STB=0.631414;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.00670088;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493151:35:75:36:73:37:26:10:18:19:99:33:25:10:16:17 chr11 237087 . A G 1523.11 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.539;QD=58.5812;RBI=0.0371972;REFB=0.0310665;REVB=-0.0250043;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886767;STB=0.504504;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000143553;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:1:1:101:103:0.990385:53:48:0:1:55:48:0:1 chr11 244106 . A G,T 935.55 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=62,3;DP=66;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284213,-0.0255981;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=52.051,17.9843;QD=56.7001;RBI=0.0435994,0.0606005;REFB=0,0;REVB=-0.0435066,-0.0549287;RO=0;SAF=31,0;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0023374,0.134646;OID=.,.;OPOS=244106,244106;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:66:66:0:0:62,3:63,3:0.954545,0.0454545:31,3:31,0:0:0:32,3:31,0:0:0 chr11 244108 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.291;QD=58.9627;RBI=0.00331297;REFB=0;REVB=0.00115338;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77042e-06;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:33:31:0:0:35:31:0:0 chr11 244115 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.154;QD=58.6005;RBI=0.0313043;REFB=0;REVB=0.0289117;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121955;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 244129 . C T 924.5 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238299;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8922;QD=58.6981;RBI=0.0241146;REFB=0;REVB=-0.00369469;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588875;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr11 244141 . G A 803.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00529033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.458;QD=55.4027;RBI=0.023819;REFB=-0.0758488;REVB=0.023224;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00163118;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr11 244167 . C T 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.22;QD=61.8136;RBI=0.0381327;REFB=-0.0356519;REVB=0.00424339;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000225364;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:0:1:29:20:0:1 chr11 244171 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.237;QD=63.872;RBI=0.0138371;REFB=0;REVB=0.0127392;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09951e-05;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 244197 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.342;QD=59.4356;RBI=0.024495;REFB=0;REVB=0.0183155;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108272;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 244414 . C T 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8672;QD=58.2328;RBI=0.110334;REFB=0;REVB=-0.104204;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141373;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 746.83 PASS AF=0,1;AO=6,36;DP=48;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157293,0.018862;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=176.289,352.706;QD=63.5596;RBI=0.0272863,0.0368647;REFB=0,0;REVB=0.0222964,0.0316738;RO=0;SAF=0,22;SAR=6,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,3.51291e-05;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,36:48:0,47:47:0:0,24:0,23:0:0:4:0:0,22:6,14:0:0 chr11 280816 . AT TC 294.8 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00245763;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.335;QD=14.9265;RBI=0.0705182;REFB=-0.00403335;REVB=-0.0704754;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250372;STB=0.523915;STBP=0.718;TYPE=mnp;VARB=0.0048253;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:21:12:15:29:21:12:15:31 chr11 284538 . T C 494.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5504;QD=58.1193;RBI=0.0424464;REFB=0;REVB=-0.0115233;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26477e-05;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:23:9:0:0:23:11:0:0 chr11 290816 . A G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00644788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.336;QD=19.941;RBI=0.00833749;REFB=-0.0232005;REVB=-0.0052857;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038353;STB=0.511475;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0207039;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:14:18:17:11:14:18:17:12 chr11 290891 . T C 253.7 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0269468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.987;QD=21.5912;RBI=0.0444159;REFB=-0.0108055;REVB=-0.0353078;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981691;STB=0.55491;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0201193;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:15:8:11:13:15:8 chr11 290918 . G A 260.97 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00637123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.079;QD=18.3139;RBI=0.00731626;REFB=-0.0316286;REVB=0.00359653;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.57826;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0215653;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:28:29:0.508772:14:14:18:10:15:14:18:10 chr11 294119 . C T 144.19 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0102973;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.273;QD=14.4188;RBI=0.012085;REFB=-0.0126203;REVB=0.0063255;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910968;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0176608;OID=.;OPOS=294119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:24:16:16:0.4:8:8:13:9:8:8:15:9 chr11 294375 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000972812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.721;QD=23.5284;RBI=0.000977839;REFB=-0.00290116;REVB=9.90283e-05;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001838;OID=.;OPOS=294375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:9:6:8:12:9:6 chr11 308290 . T C 766.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4232;QD=56.7877;RBI=0.0495493;REFB=0;REVB=-0.0179343;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561028;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:22:32:0:0 chr11 308314 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.792;QD=59.434;RBI=0.0417176;REFB=0;REVB=0.00668673;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125121;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 308362 . T TC 376.46 PASS AF=1;AO=6;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122172;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.098;QD=43.0235;RBI=0.123337;REFB=0;REVB=-0.0169116;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00203037;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:36:35:35:0:17:18:0:0:4:30:1:5:16:14 chr11 308363 . G C 489.64 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0858643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.778;QD=55.9589;RBI=0.0858879;REFB=-0.0645168;REVB=0.00201294;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000320808;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr11 308426 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.178;QD=59.0186;RBI=0.0404559;REFB=0;REVB=-0.039165;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414293;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 314207 . C G 955.58 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3057;QD=57.9141;RBI=0.111752;REFB=0;REVB=0.0790232;RO=2;SAF=33;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5307e-06;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:2:0:60:66:1:27:33:2:0:29:37:0:0 chr11 320639 . C T 173.62 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00696003;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.441;QD=11.3848;RBI=0.0106664;REFB=-0.00990621;REVB=-0.00808269;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664062;STB=0.545414;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0140205;OID=.;OPOS=320639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:10:12:23:15:10:12:24:15 chr11 320649 . G A 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0204122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.913;QD=2.72604;RBI=0.0279019;REFB=-0.00348445;REVB=-0.0190225;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180256;STB=0.619329;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0372726;OID=.;OPOS=320649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:73:62:63:10:10:0.136986:6:4:34:28:6:4:34:29 chr11 320772 . A G 189.69 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0312068;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.481;QD=11.158;RBI=0.0383783;REFB=0.00324456;REVB=-0.022339;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117057;STB=0.568124;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00714279;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:44:24:24:0.352941:15:9:21:23:15:9:21:23 chr11 372157 . C T 322.65 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0712688;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.07;QD=19.2626;RBI=0.0713028;REFB=-0.0690868;REVB=-0.00220262;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684359;STB=0.538031;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.064493;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:20:13:16:18:20:13 chr11 372700 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.016583;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=288.998;QD=17.8403;RBI=0.0201825;REFB=-0.0129177;REVB=0.0115039;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866803;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0126632;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:4:10:11:3:4:10 chr11 379598 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.668;QD=49.398;RBI=0.0258644;REFB=-0.0834465;REVB=0.00948404;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00330373;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:1:0:15:8:1:0 chr11 400109 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.051;QD=64.4134;RBI=0.00371868;REFB=0;REVB=0.000877533;RO=0;SAF=3;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54379e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:46:3:0:0:47:3:0:0 chr11 404468 . G A 906.52 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3303;QD=56.6572;RBI=0.133399;REFB=-0.101685;REVB=0.133039;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493724;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:64:1:0:61:64:1:35:26:0:1:38:26:0:0 chr11 406043 . G A 2203.89 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.184;QD=62.9683;RBI=0.0128788;REFB=0;REVB=-0.010485;RO=0;SAF=78;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14961e-06;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:126:140:1:48:78:0:0:57:83:0:0 chr11 428385 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7594;QD=60.6089;RBI=0.0326266;REFB=0;REVB=-0.0281503;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364954;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 428489 . T C 370.49 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.963;QD=54.8879;RBI=0.0694244;REFB=0;REVB=0.0684217;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394256;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr11 429659 . C T 894.91 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150049;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5099;QD=55.9317;RBI=0.0632224;REFB=0;REVB=0.061416;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279798;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:32:26:0:0:38:26:0:0 chr11 429660 . G T 33.21 PASS AF=0.107692;AO=6;DP=64;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0184656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.0505;QD=2.04376;RBI=0.0418538;REFB=-0.00552889;REVB=0.0375601;RO=58;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340388;STB=0.809023;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00398586;OID=.;OPOS=429660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:65:58:58:6:7:0.107692:5:1:26:32:6:1:26:32 chr11 431834 . A G 672.89 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232852;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.59;QD=62.5941;RBI=0.0233016;REFB=0;REVB=-0.000872531;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87221e-05;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr11 433387 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.206;QD=57.3858;RBI=0.00683179;REFB=0;REVB=-0.000845529;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26556e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr11 433867 . G A 591.78 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0100971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7735;QD=22.9817;RBI=0.127194;REFB=-0.0242065;REVB=0.126792;RO=42;SAF=27;SAR=31;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117651;STB=0.548931;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0278721;OID=.;OPOS=433867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:45:58:58:0.563107:31:27:26:16:31:27:26:19 chr11 490036 . G A 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0194372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.128;QD=17.7778;RBI=0.0194492;REFB=-0.0237028;REVB=0.00068235;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173609;STB=0.59648;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0177801;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:29:20:32:22:29:20:32:22 chr11 494942 . G C 68.7 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0476427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0967;QD=15.2675;RBI=0.0546708;REFB=-0.0251455;REVB=0.0268155;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0270651;OID=.;OPOS=494942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:6:2:5:4:6:3:5:4 chr11 499059 . C T 626.64 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.0137916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6489;QD=17.1681;RBI=0.0612758;REFB=-0.0114494;REVB=0.0597035;RO=81;SAF=13;SAR=52;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180423;STB=0.60147;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0168757;OID=.;OPOS=499059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:52:13:27:54:52:13:27:54 chr11 499547 . A C 253.44 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.011165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.045;QD=12.8322;RBI=0.0250464;REFB=0.00240193;REVB=-0.0224202;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134799;STB=0.514373;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00443479;OID=.;OPOS=499547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:49:30:30:0.379747:14:16:25:23:14:16:25:24 chr11 499583 . G A 292.22 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.019703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.807;QD=14.2545;RBI=0.0357211;REFB=-0.0138906;REVB=-0.0297958;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593432;STB=0.502957;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0141227;OID=.;OPOS=499583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:17:16:23:25:17:16:24:25 chr11 502722 . C T 443.15 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0520338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.413;QD=35.4521;RBI=0.0524428;REFB=0.00488301;REVB=-0.00653692;RO=15;SAF=11;SAR=24;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093596;STB=0.55099;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00108196;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:24:11:7:8:24:11:7:8 chr11 549959 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.549;QD=58.5805;RBI=0.0269701;REFB=0;REVB=0.0224632;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206549;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr11 551236 . C T 366.56 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0203516;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4307;QD=18.7977;RBI=0.0224893;REFB=-0.0293154;REVB=0.00956988;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117174;STB=0.565242;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0427085;OID=.;OPOS=551236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:21:17:23:17:21:17:23:17 chr11 551753 . G A 2563.01 PASS AF=0.994012;AO=158;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186222;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.904;QD=61.3894;RBI=0.0683598;REFB=-0.0448304;REVB=0.0657745;RO=1;SAF=55;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459722;STB=0.502262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=9.09919e-05;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:167:1:1:158:166:0.994012:103:55:0:1:110:56:0:1 chr11 554166 . C G 1062.51 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.495;QD=59.8598;RBI=0.0621434;REFB=0;REVB=-0.0113103;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131801;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:36:33:0:0:36:35:0:0 chr11 554214 . G C 871.48 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894299;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.981;QD=58.0983;RBI=0.090074;REFB=0;REVB=-0.0107518;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221121;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr11 556521 . C G 304.18 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.015747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1431;QD=17.3817;RBI=0.0413135;REFB=-0.0170902;REVB=-0.0381947;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157057;STB=0.581719;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00860002;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:21:12:19:17:21:12:19:18 chr11 556857 . G C 199.04 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0304919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9963;QD=11.3736;RBI=0.0584036;REFB=-0.00455282;REVB=0.0498118;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113433;STB=0.566116;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00812592;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:45:25:25:0.357143:13:12:15:25:13:12:17:28 chr11 558884 . C T 158.62 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0892703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2372;QD=19.827;RBI=0.0925817;REFB=-0.0194952;REVB=0.0245394;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.533294;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0131072;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:16:17:0.53125:8:8:8:6:8:9:9:6 chr11 562421 . G A 499.41 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00708973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.162;QD=24.068;RBI=0.0070924;REFB=-0.00958568;REVB=-0.000194829;RO=35;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184403;STB=0.606139;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00805911;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:36:47:47:0.566265:26:21:24:11:26:21:25:11 chr11 563257 . G A 304.03 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0557926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.976;QD=19.9367;RBI=0.0567535;REFB=-0.00798678;REVB=-0.0103996;RO=27;SAF=8;SAR=24;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168931;STB=0.551694;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00744267;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:29:32:32:0.52459:24:8:3:24:24:8:5:24 chr11 563649 . C T 122.02 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00568544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.34;QD=15.7445;RBI=0.0326495;REFB=-0.0176791;REVB=0.0321507;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0368042;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:6:11:8:6:6:11 chr11 616865 . G A 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00515821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.193;QD=14.7944;RBI=0.0126487;REFB=-0.00336324;REVB=-0.0115491;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23005;STB=0.633989;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00807634;OID=.;OPOS=616865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:5:13:14:13:5:13:14:13 chr11 616970 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.348;QD=58.5878;RBI=0.0412337;REFB=0;REVB=0.0322363;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154227;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr11 617967 . C G 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.455;QD=60.1632;RBI=0.0688153;REFB=0;REVB=0.00488172;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04928e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr11 619767 . G A 77.6 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0561002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2222;QD=14.1085;RBI=0.0688549;REFB=-0.0311199;REVB=-0.039922;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0268949;OID=.;OPOS=619767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:4:8:6:4:4:8 chr11 654043 . G A 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00698964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6396;QD=16.0709;RBI=0.0131562;REFB=-0.000979407;REVB=0.0111459;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152846;STB=0.586147;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00122342;OID=.;OPOS=654043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:15:20:12:17:15:20 chr11 709401 . A G 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7125;QD=54.4782;RBI=0.0558011;REFB=0.0351456;REVB=-0.0409483;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0189491;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:0:1 chr11 726178 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.248;QD=42.1824;RBI=0.0325484;REFB=0;REVB=0.0256071;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2574e-05;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 771034 . A G 296.11 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0452309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7421;QD=22.3478;RBI=0.04616;REFB=0.00575141;REVB=-0.00921445;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588168;STB=0.523914;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0064574;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:16:13:12:11:16:14:12:11 chr11 790762 . G A 116.8 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00482711;FXX=0.0689417;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.222;QD=17.3029;RBI=0.0297002;REFB=-0.0393512;REVB=-0.0293053;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468092;STB=0.755413;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0325894;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:10:3:10:3:10:3:10:4 chr11 822588 . C T 327.43 PASS AF=0.604167;AO=25;DP=44;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0116174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.202;QD=27.2858;RBI=0.044062;REFB=-0.0186965;REVB=0.0425029;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188108;STB=0.613416;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0129783;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:18:19:25:29:0.604167:8:17:8:10:9:20:8:11 chr11 823809 . C G 177.13 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.118046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.8892;QD=14.4593;RBI=0.122309;REFB=-0.0477752;REVB=-0.0320096;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325711;STB=0.596312;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0634693;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:29:19:20:0.408163:5:14:9:13:6:14:16:13 chr11 824428 . G T 541.05 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00765971;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.802;QD=21.4277;RBI=0.0238309;REFB=-0.0156581;REVB=0.0225664;RO=42;SAF=20;SAR=34;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12643;STB=0.596678;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0160955;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:47:54:54:0.534653:34:20:22:20:34:20:27:20 chr11 828916 . G A 460.76 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0013029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.422;QD=21.1842;RBI=0.0172837;REFB=-0.0234865;REVB=0.0172346;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123713;STB=0.572294;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0255695;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:27:17:22:20:28:17:22:20 chr11 829539 . A G 1857.25 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.804;QD=61.3967;RBI=0.0243539;REFB=0;REVB=0.0011243;RO=0;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3616e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:78:42:0:0:79:42:0:0 chr11 830487 . C T 238.67 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.399;QD=50.2459;RBI=0.144221;REFB=0;REVB=0.0204868;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024829;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 830670 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.359;QD=58.1421;RBI=0.0705793;REFB=0;REVB=0.0549851;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375883;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr11 831122 . C T 850.42 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.116;QD=57.6556;RBI=0.0349756;REFB=0;REVB=0.0284897;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88629e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:27:29:0:0:28:31:0:0 chr11 837582 . G A 303.4 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0239847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1649;QD=22.0656;RBI=0.0280749;REFB=-0.00404527;REVB=0.0145922;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542452;STB=0.521213;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00245475;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:17:14:12:11:17:14:12:12 chr11 840477 . A G 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00149332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.135;QD=18.6414;RBI=0.0360581;REFB=-0.0225702;REVB=-0.0360272;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0403726;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:8:5:4:10:8:5 chr11 862652 . T C 804.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2991;QD=64.397;RBI=0.0553091;REFB=0;REVB=-0.0520636;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000857177;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 870095 . G A 811.95 PASS AF=0.554745;AO=76;DP=137;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00968016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.069;QD=23.7064;RBI=0.0123626;REFB=-0.0233012;REVB=0.00768957;RO=59;SAF=15;SAR=61;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17564;STB=0.609487;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0164086;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:59:61:76:76:0.554745:61:15:21:38:61:15:23:38 chr11 870446 . G A 754.57 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.084;QD=54.8779;RBI=0.0363154;REFB=0.156557;REVB=0.0305508;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219051;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00042519;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:21:32:0:1:22:32:0:1 chr11 900929 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.294;QD=51.1845;RBI=0.00615514;REFB=0;REVB=-0.00478933;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34685e-05;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 903070 . G C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.711;QD=64.4125;RBI=0.0161648;REFB=0;REVB=0.0155976;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11464e-05;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 1010649 . C T 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0280815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2612;QD=14.8586;RBI=0.035064;REFB=0.00286951;REVB=-0.020998;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204722;STB=0.501159;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00489845;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:21:25:18:15:21:25 chr11 1016588 . G C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0176441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.286;QD=6.7877;RBI=0.0184364;REFB=-0.0131876;REVB=-0.00534651;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.546101;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0456412;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:10:13:5:3:10:13 chr11 1016594 . A G 129.18 PASS AF=0.394737;AO=16;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00254478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.891;QD=13.5979;RBI=0.072239;REFB=-0.0228665;REVB=-0.0721941;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250838;STB=0.615836;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0530417;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:16:15:0.394737:12:4:10:11:11:4:10:13 chr11 1016604 . ACT GGC 146.37 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0206886;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=151.993;QD=15.8241;RBI=0.0369653;REFB=0.00626107;REVB=-0.0306335;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938807;STB=0.54367;STBP=0.676;TYPE=mnp;VARB=-0.0101952;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:8:12:11:5:8:13 chr11 1016614 . G T 210.19 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0253667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7648;QD=15.5696;RBI=0.0260355;REFB=-0.000749907;REVB=0.00586354;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163486;STB=0.593665;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000500925;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:10:20:19:5:10:20 chr11 1016618 . G C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0037548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.17;QD=16.0289;RBI=0.00380858;REFB=-0.029541;REVB=0.000637828;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163486;STB=0.565001;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0346439;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:19:5:10:20:19:6:10:20 chr11 1016654 . TG CA,CG,TA 55.8 PASS AF=0.057971,0.057971,0.057971;AO=4,4,4;DP=69;FAO=4,4,4;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=1,2,1;FSAR=3,2,3;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.00493527,0.0244528,-0.00806265;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=242.99,165.817,164.559;QD=3.23482;RBI=0.0266629,0.0434019,0.0137722;REFB=-0.0105274,-0.0113498,-0.0155667;REVB=-0.0262022,-0.0358579,-0.0111654;RO=56;SAF=1,2,1;SAR=3,2,3;SRF=13;SRR=43;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0244252,0.300884,0.0244252;STB=0.527954,0.753158,0.527954;STBP=0.979,0.506,0.979;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.0747034,0.100408,0.0461138;OID=.,.,.;OPOS=1016654,1016654,1016655;OREF=TG,T,G;OALT=CA,C,A;OMAPALT=CA,CG,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:15:69:69:56:57:4,4,4:4,4,4:0.057971,0.057971,0.057971:3,2,3:1,2,1:13:43:3,2,3:1,2,1:13:44 chr11 1016665 . C T 150.08 PASS AF=0.28;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0104713;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.408;QD=8.0042;RBI=0.0199878;REFB=-0.025607;REVB=-0.0170254;RO=49;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224204;STB=0.515999;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0501984;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:49:54:21:21:0.28:16:5:11:38:16:5:12:42 chr11 1016704 . C A 32.08 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0347579;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4555;QD=1.91511;RBI=0.042963;REFB=-0.00445387;REVB=-0.0252528;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234738;STB=0.687269;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0563072;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:6:1:17:42:6:1:17:43 chr11 1016713 . T C 32.71 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=64;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0449923;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.216;QD=2.07689;RBI=0.0595669;REFB=-0.0050668;REVB=-0.0390373;RO=55;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082074;STB=0.519719;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0594727;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:63:55:56:6:7:0.111111:4:2:15:40:5:2:15:41 chr11 1016715 . T C 34.36 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=0.100349;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.284;QD=2.21676;RBI=0.102551;REFB=-0.00408981;REVB=-0.0211385;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243881;STB=0.682738;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0726364;OID=.;OPOS=1016715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:53:55:7:7:0.112903:4:3:13:40:4:3:13:42 chr11 1016719 . T G 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.00466414;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.093;QD=2.66875;RBI=0.00486319;REFB=-0.0120579;REVB=-0.0013771;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200043;STB=0.632738;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0552221;OID=.;OPOS=1016719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:62:51:54:8:8:0.129032:5:3:12:39:5:3:13:41 chr11 1016722 . T G 70.29 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.00694051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.841;QD=4.46298;RBI=0.0097916;REFB=-0.0140841;REVB=0.00690686;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23671;STB=0.6588;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0430405;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:62:63:49:51:12:12:0.190476:7:5:12:37:7:5:12:39 chr11 1016724 . A G 90.82 PASS AF=0.225806;AO=15;DP=63;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0351021;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.408;QD=5.85968;RBI=0.0358923;REFB=-0.0176385;REVB=0.00749006;RO=48;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122191;STB=0.595114;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0336235;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:63:62:48:48:15:14:0.225806:10:5:12:36:9:5:12:36 chr11 1016776 . C T 186.28 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0275722;FXX=0.20404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.109;QD=19.1052;RBI=0.0326744;REFB=-0.0403541;REVB=-0.0175325;RO=20;SAF=2;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36354;STB=0.733625;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0481298;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:39:20:21:18:18:0.461538:16:2:7:13:16:2:8:13 chr11 1016779 . G A 40.34 PASS AF=0.145833;AO=5;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.00873788;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.079;QD=3.36134;RBI=0.0370618;REFB=-0.00298711;REVB=-0.036017;RO=42;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336374;STB=0.739766;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0211639;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:48:42:41:5:7:0.145833:3:2:7:35:4:3:7:34 chr11 1016789 . T A 33.3 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0476529;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4733;QD=2.89605;RBI=0.0616018;REFB=-0.0035383;REVB=-0.0390382;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203599;STB=0.642458;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0283248;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:8:32:4:2:8:32 chr11 1016798 . AGGGT AGAGA 42.62 PASS AF=0.15625;AO=4;DP=34;FAO=5;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0272373;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=3;MLLD=163.602;QD=5.32793;RBI=0.0921046;REFB=-0.0327558;REVB=-0.0879852;RO=20;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057016;STB=0.558597;STBP=0.816;TYPE=mnp;VARB=0.131519;OID=.;OPOS=1016800;OREF=GGT;OALT=AGA;OMAPALT=AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625:4:34:5:32:24:2:3:8:16:28:20:2:2:9:11 chr11 1016810 . G T 121.95 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0170807;FXX=0.153807;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.647;QD=14.7814;RBI=0.0735631;REFB=-0.0220669;REVB=-0.0715526;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477608;STB=0.781938;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0797146;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:36:33:12:14:8:8:0.242424:6:2:9:3:6:2:10:4 chr11 1016825 . G A 61.16 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=53;FWDB=0.00937037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6043;QD=3.02017;RBI=0.00984018;REFB=-0.00654548;REVB=0.00300423;RO=69;SAF=1;SAR=11;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330979;STB=0.744496;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0731444;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:11:1:16:53:11:1:16:53 chr11 1016834 . G A 140.91 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=54;FWDB=0.0756857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.443;QD=6.55404;RBI=0.0849738;REFB=-0.0120417;REVB=0.0386293;RO=61;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340041;STB=0.712074;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0590065;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:65:21:21:0.244186:12:9:11:50:12:9:11:54 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 293.61 PASS AF=0,0,0.444444;AO=4,3,32;DP=83;FAO=0,0,32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=0,0,18;FSAR=0,0,14;FSRF=3;FSRR=37;FWDB=0.0218504,0.0208089,0.017117;FXX=0.132514;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=121.749,156.984,100.917;QD=16.3118;RBI=0.0227222,0.0208304,0.0222983;REFB=-0.0140502,-0.0146767,-0.0306413;REVB=0.00623338,-0.000944631,-0.0142906;RO=34;SAF=1,0,17;SAR=3,3,15;SRF=3;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.343696,-0.397934,0.405703;STB=0.5,0.5,0.757299;STBP=1,1,0.004;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0226325;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:83:72:34:40:4,3,32:0,0,32:0,0,0.444444:3,3,15:1,0,17:3:31:0,0,14:0,0,18:3:37 chr11 1016889 . GG AA,GA 203.12 PASS AF=0.207547,0.245283;AO=11,13;DP=52;FAO=11,13;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=1,1;FSAR=10,12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00630924,0.00263081;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=166.86,210.611;QD=15.3296;RBI=0.009742,0.0142033;REFB=-0.00763144,-0.0158508;REVB=-0.00742294,-0.0139575;RO=28;SAF=1,1;SAR=10,12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.654012,-0.677327;STB=0.899717,0.907689;STBP=0.005,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000425235,0.023359;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:53:28:29:11,13:11,13:0.207547,0.245283:10,12:1,1:18:10:10,12:1,1:18:11 chr11 1016894 . G A 82.19 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0175614;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.517;QD=7.1471;RBI=0.0180263;REFB=-0.0139017;REVB=-0.00406761;RO=35;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444114;STB=0.775654;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0766416;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:47:46:35:35:11:11:0.23913:3:8:12:23:3:8:12:23 chr11 1016911 . TGGG TAGT,TGGT 105.37 PASS AF=0.0714286,0.285714;AO=2,8;DP=30;FAO=2,8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1,4;FSAR=1,4;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.010883,0.0197892;FXX=0.0666445;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=108.104,39.2526;QD=15.0524;RBI=0.0710634,0.0454527;REFB=0.00037741,-0.00875337;REVB=-0.0702251,-0.0409186;RO=12;SAF=1,4;SAR=1,4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725467,-0.529407;STB=0.936452,0.817706;STBP=0.785,0.168;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0454925,0.0551198;OID=.,.;OPOS=1016912,1016914;OREF=GGG,G;OALT=AGT,T;OMAPALT=TAGT,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.285714:2,8:30:2,8:28:14:1,4:1,4:14:0:60:12:1,4:1,4:12:0 chr11 1016928 . C G 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.038;QD=48.6085;RBI=0.0296197;REFB=-0.0510672;REVB=0.0176711;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010414;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00443421;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:11:15:1:1:11:15:1:1 chr11 1016933 . C T 74.26 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0121525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.364;QD=10.2425;RBI=0.0927187;REFB=-0.0288507;REVB=-0.0919189;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0603241;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr11 1017029 . T G 281.09 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.0328464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4088;QD=19.3858;RBI=0.062931;REFB=-0.0449421;REVB=-0.0536788;RO=28;SAF=3;SAR=27;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169021;STB=0.509428;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0310249;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:27:3:3:25:27:3:3:25 chr11 1017069 . G A 163.4 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=53;FWDB=-0.0187761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2542;QD=7.51265;RBI=0.0240049;REFB=-0.0109344;REVB=-0.0149564;RO=61;SAF=2;SAR=21;SRF=11;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253538;STB=0.6483;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0460608;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:64:23:23:0.264368:21:2:11:50:21:2:11:53 chr11 1017084 . G A 202.24 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=60;FWDB=-0.00979536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.307;QD=8.17128;RBI=0.0254972;REFB=-0.0160954;REVB=-0.0235405;RO=69;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17591;STB=0.595682;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0458084;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:69:72:27:27:0.272727:20:7:11:58:20:7:12:60 chr11 1017110 . C T 70.91 PASS AF=0.135922;AO=19;DP=102;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=71;FWDB=0.00839207;FXX=0.0550408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.618;QD=2.75398;RBI=0.00992147;REFB=-0.0146123;REVB=-0.00529232;RO=78;SAF=2;SAR=17;SRF=17;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261544;STB=0.590988;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.100127;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:102:103:78:89:19:14:0.135922:17:2:17:61:12:2:18:71 chr11 1017112 . GT CC,CG,GC 253.07 PASS AF=0.122449,0,0.22449;AO=14,5,28;DP=109;FAO=12,0,22;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=2,0,2;FSAR=10,0,20;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=0.0256727,0.0165982,0.0554148;FXX=0.100908;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=124.273,120.786,105.681;QD=10.3292;RBI=0.03644,0.0185443,0.0578759;REFB=-0.0190482,-0.0199339,-0.0256323;REVB=0.0258609,0.00826989,0.016698;RO=54;SAF=2,0,2;SAR=12,5,26;SRF=16;SRR=38;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.276766,-0.496141,-0.469973;STB=0.607907,0.5,0.725547;STBP=0.539,1,0.062;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0513013,0,0.0204437;OID=.,.,.;OPOS=1017112,1017112,1017113;OREF=GT,GT,T;OALT=CC,CG,C;OMAPALT=CC,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:109:98:54:64:14,5,28:12,0,22:0.122449,0,0.22449:12,5,26:2,0,2:16:38:10,0,20:2,0,2:16:48 chr11 1017135 . G A 61.71 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=91;FWDB=0.0686401;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.539;QD=1.86987;RBI=0.0730904;REFB=-0.00347529;REVB=-0.0251148;RO=114;SAF=2;SAR=13;SRF=25;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174966;STB=0.636154;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0383564;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:132:114:117:15:15:0.113636:13:2:25:89:13:2:26:91 chr11 1017154 . T G 75.09 PASS AF=0.12782;AO=16;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=90;FWDB=-0.0349843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.874;QD=2.2584;RBI=0.0432299;REFB=-0.00425974;REVB=-0.0253954;RO=114;SAF=1;SAR=15;SRF=25;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36964;STB=0.80249;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0346059;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:114:116:16:17:0.12782:15:1:25:89:16:1:26:90 chr11 1017158 . G T 68.07 PASS AF=0.120301;AO=16;DP=132;FAO=16;FDP=133;FR=.;FRO=117;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=88;FWDB=-0.0602831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1504;QD=2.04718;RBI=0.0671793;REFB=-0.00792666;REVB=-0.0296479;RO=116;SAF=1;SAR=15;SRF=29;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400932;STB=0.813217;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0566957;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:132:133:116:117:16:16:0.120301:15:1:29:87:15:1:29:88 chr11 1017161 . C T 55.53 PASS AF=0.107692;AO=12;DP=130;FAO=14;FDP=130;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=88;FWDB=-0.0332839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.321;QD=1.70861;RBI=0.05224;REFB=-0.0057165;REVB=-0.040264;RO=109;SAF=1;SAR=11;SRF=28;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329247;STB=0.788159;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0609552;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:130:130:109:116:12:14:0.107692:11:1:28:81:13:1:28:88 chr11 1017169 . G A 37.57 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=91;FWDB=0.0571855;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7236;QD=1.16499;RBI=0.0661261;REFB=0.00100915;REVB=0.0332035;RO=109;SAF=1;SAR=10;SRF=26;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283044;STB=0.734369;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00577352;OID=.;OPOS=1017169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:129:109:118:11:11:0.0852713:10:1:26:83:10:1:27:91 chr11 1017173 . G A 502.51 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=58;FWDB=0.00543328;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.081;QD=15.7035;RBI=0.0198363;REFB=-0.0353866;REVB=0.0190777;RO=72;SAF=14;SAR=41;SRF=15;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640794;STB=0.538239;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0487511;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:41:14:15:57:41:14:15:58 chr11 1017183 . G T 140.46 PASS AF=0.2;AO=24;DP=124;FAO=25;FDP=125;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=78;FWDB=0.017925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2289;QD=4.49484;RBI=0.0180224;REFB=-0.0127532;REVB=0.00187152;RO=100;SAF=5;SAR=19;SRF=22;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220386;STB=0.522424;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0636893;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:100:100:24:25:0.2:19:5:22:78:19:6:22:78 chr11 1017186 . A G 32.53 PASS AF=0.0793651;AO=10;DP=126;FAO=10;FDP=126;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=88;FWDB=-0.0306494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5021;QD=1.0328;RBI=0.080703;REFB=-0.0285116;REVB=-0.0746565;RO=112;SAF=1;SAR=9;SRF=26;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244457;STB=0.72848;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.105725;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:126:112:116:10:10:0.0793651:9:1:26:86:9:1:28:88 chr11 1017220 . T C 594.87 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0295681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.974;QD=25.047;RBI=0.0299857;REFB=-0.0491741;REVB=0.00498666;RO=40;SAF=16;SAR=38;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200553;STB=0.501872;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0765412;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:41:54:54:0.568421:38:16:11:29:38:16:12:29 chr11 1017231 . A G 512.72 PASS AF=0.569767;AO=40;DP=78;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0019987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.35;QD=23.8475;RBI=0.0218139;REFB=-0.0528543;REVB=0.0217222;RO=36;SAF=15;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385016;STB=0.509148;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0368491;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:36:37:40:49:0.569767:25:15:12:24:34:15:12:25 chr11 1017239 . CG TA,TG 395.66 PASS AF=0.506849,0.0410959;AO=37,3;DP=76;FAO=37,3;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=11,1;FSAR=26,2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0157946,-0.0092213;FXX=0.0394685;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=161.487,83.2888;QD=21.68;RBI=0.0157983,0.0332062;REFB=-0.0358276,-0.0370652;REVB=0.000340505,-0.0319001;RO=32;SAF=11,1;SAR=26,2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0751096,-0.0460615;STB=0.536303,0.530406;STBP=0.551,0.951;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0223588,0.101433;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:32:33:37,3:37,3:0.506849,0.0410959:26,2:11,1:12:20:26,2:11,1:12:21 chr11 1017302 . G C 65.88 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0471697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5044;QD=7.52911;RBI=0.0957738;REFB=-0.0597356;REVB=0.0833525;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307477;STB=0.747092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.103885;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:35:35:26:24:9:11:0.314286:8:1:7:19:10:1:7:17 chr11 1017317 . G T 96.98 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0508805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.08;QD=12.1231;RBI=0.0524901;REFB=-0.0545261;REVB=-0.0128993;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425805;STB=0.71693;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0506091;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:15:20:12:12:0.375:11:1:5:10:11:1:5:15 chr11 1017337 . TC CA 97.18 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=34;FWDB=-0.0154174;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.543;QD=7.62211;RBI=0.0575864;REFB=-0.00983528;REVB=-0.0554842;RO=38;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126987;STB=0.576818;STBP=0.725;TYPE=mnp;VARB=0.0576389;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:52:51:38:38:13:13:0.254902:11:2:4:34:11:2:4:34 chr11 1017381 . G C 58.89 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=0.0234321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3679;QD=5.35373;RBI=0.0237725;REFB=-0.0103178;REVB=-0.00400876;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371188;STB=0.725143;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0599809;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:4:31:6:3:4:31 chr11 1017384 . G C 72.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.000541156;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.335;QD=7.58612;RBI=0.00369561;REFB=-0.0172928;REVB=0.00365577;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245459;STB=0.65468;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0432009;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:4:23:7:3:4:24 chr11 1017552 . T C 133.03 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=64;FWDB=0.0474617;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.438;QD=6.33493;RBI=0.047515;REFB=-0.0189149;REVB=0.00224995;RO=63;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572449;STB=0.813601;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0641281;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:64:20:20:0.238095:19:1:0:63:19:1:0:64 chr11 1017581 . A G 30.6 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=47;FWDB=0;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9433;QD=2.30923;RBI=0.0659548;REFB=-0.0260488;REVB=-0.0659548;RO=44;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.071459;OID=.;OPOS=1017581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:53:44:47:6:6:0.113208:6:0:0:44:6:0:0:47 chr11 1017590 . TCG CGC,TGC 32.08 PASS AF=0.0512821,0.102564;AO=2,4;DP=42;FAO=2,4;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=0,0;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0,0;FXX=0.0714116;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=147.949,109.007;QD=3.29029;RBI=0.0298986,0.023188;REFB=-0.0110789,-0.0125842;REVB=-0.0298986,-0.023188;RO=31;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=0;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0788632,0.0561155;OID=.,.;OPOS=1017590,1017591;OREF=TCG,CG;OALT=CGC,GC;OMAPALT=CGC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:42:39:31:33:2,4:2,4:0.0512821,0.102564:2,4:0,0:0:31:2,4:0,0:0:33 chr11 1017710 . G T 39.68 PASS AF=0.14;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=-0.0438597;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.761;QD=3.1743;RBI=0.0449092;REFB=-0.0135736;REVB=-0.0096521;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197594;STB=0.599759;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0628153;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:50:43:43:6:7:0.14:5:1:4:39:6:1:4:39 chr11 1017746 . T G 235.59 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00637947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3094;QD=13.2724;RBI=0.0149977;REFB=-0.0196638;REVB=0.0135732;RO=41;SAF=4;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248238;STB=0.653719;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0300781;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:43:28:28:0.394366:24:4:12:29:24:4:13:30 chr11 1017767 . G C 46.54 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00483637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.904;QD=1.82514;RBI=0.0226111;REFB=-0.00453381;REVB=-0.0220878;RO=90;SAF=5;SAR=6;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027873;STB=0.5161;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0421533;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:102:102:90:91:11:11:0.107843:6:5:43:47:6:5:43:48 chr11 1017773 . G A 152.16 PASS AF=0.227273;AO=24;DP=111;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00877304;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8727;QD=5.53297;RBI=0.0290435;REFB=-0.0173302;REVB=0.0276868;RO=86;SAF=6;SAR=18;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390757;STB=0.753099;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0937052;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:86:85:24:25:0.227273:18:6:48:38:19:6:48:37 chr11 1017783 . A G 543.27 PASS AF=0.483051;AO=54;DP=115;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0119767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.233;QD=18.4158;RBI=0.012038;REFB=-0.0161663;REVB=0.00121341;RO=61;SAF=18;SAR=36;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278531;STB=0.651375;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0152959;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:61:61:54:57:0.483051:36:18:38:23:38:19:38:23 chr11 1017789 . A C 54.04 PASS AF=0.106557;AO=13;DP=119;FAO=13;FDP=122;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0109891;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.269;QD=1.77192;RBI=0.0343277;REFB=-0.00249607;REVB=-0.0325213;RO=103;SAF=7;SAR=6;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874608;STB=0.562718;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0416669;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:119:122:103:109:13:13:0.106557:6:7:48:55:6:7:51:58 chr11 1017793 . T G 99.63 PASS AF=0.153846;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=130;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0217574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9605;QD=3.06554;RBI=0.0227221;REFB=0.00431604;REVB=-0.0065506;RO=110;SAF=2;SAR=18;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561885;STB=0.881651;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0233334;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:110:110:20:20:0.153846:18:2:57:53:18:2:57:53 chr11 1017797 . C G 90.33 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=119;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.0233496;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.933;QD=2.82273;RBI=0.0235893;REFB=-0.012385;REVB=-0.00335431;RO=102;SAF=1;SAR=9;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509723;STB=0.884592;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0714427;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:119:128:102:108:10:20:0.15625:9:1:56:46:18:2:57:51 chr11 1017834 . G A 75.76 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=116;FAO=11;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00722585;FXX=0.0341851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5365;QD=2.68172;RBI=0.0209555;REFB=-0.00477291;REVB=0.0196703;RO=95;SAF=2;SAR=9;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335876;STB=0.765073;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0538096;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:116:113:95:96:11:11:0.0973451:9:2:42:53:9:2:43:53 chr11 1017845 . C G 296.25 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0653978;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.004;QD=10.5803;RBI=0.0695699;REFB=-0.0415327;REVB=-0.0237296;RO=70;SAF=7;SAR=31;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381197;STB=0.72643;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.045509;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:70:74:38:38:0.339286:31:7:33:37:31:7:35:39 chr11 1017858 . A G 281.04 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=116;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0163346;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8122;QD=9.77538;RBI=0.0388338;REFB=-0.045196;REVB=-0.0352313;RO=78;SAF=6;SAR=31;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39398;STB=0.733584;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0607484;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:78:78:37:37:0.321739:31:6:34:44:31:6:34:44 chr11 1017883 . C A 114.44 PASS AF=0.177966;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0340383;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1389;QD=3.87943;RBI=0.0340816;REFB=-0.0134196;REVB=0.00171723;RO=92;SAF=3;SAR=18;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401928;STB=0.754435;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0492314;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:92:97:21:21:0.177966:18:3:37:55:18:3:37:60 chr11 1017891 . GCA GCG,TGA 46.12 PASS AF=0.0660377,0;AO=6,6;DP=119;FAO=7,0;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=94;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.00903698,-0.00565375;FXX=0.101686;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=121.199,74.9459;QD=1.74031;RBI=0.0661724,0.0781096;REFB=-0.00333936,-0.00717303;REVB=-0.0655524,-0.0779047;RO=73;SAF=1,2;SAR=5,4;SRF=35;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.346495,-0.158003;STB=0.767799,0.5;STBP=0.197,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.106902,0;OID=.,.;OPOS=1017893,1017891;OREF=A,GC;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:119:106:73:94:6,6:7,0:0.0660377,0:5,4:1,2:35:38:6,0:1,0:35:59 chr11 1017900 . G T 34.42 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=-0.000299962;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.075;QD=1.13792;RBI=0.0289888;REFB=-0.00280984;REVB=-0.0289873;RO=107;SAF=2;SAR=8;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218194;STB=0.671749;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.037155;OID=.;OPOS=1017900;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:117:121:107:111:10:10:0.0826446:8:2:39:68:8:2:39:72 chr11 1017921 . C T 36.57 PASS AF=0.09;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=-0.0627707;FXX=0.0740672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9013;QD=1.46283;RBI=0.0650915;REFB=-0.0180188;REVB=-0.0172262;RO=84;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327038;STB=0.796789;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0979671;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:102:100:84:91:9:9:0.09:8:1:27:57:8:1:32:59 chr11 1017935 . A G 172.32 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0940175;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2027;QD=7.57432;RBI=0.105067;REFB=-0.0243232;REVB=-0.0469016;RO=66;SAF=1;SAR=23;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641927;STB=0.910441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0423519;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:66:67:24:24:0.263736:23:1:26:40:23:1:27:40 chr11 1017941 . G T 32.28 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.0176689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2916;QD=1.53716;RBI=0.0178848;REFB=-0.00562678;REVB=-0.00277074;RO=75;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106736;STB=0.585893;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0615826;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:84:75:76:8:8:0.0952381:5:3:22:53:5:3:22:54 chr11 1017963 . G A 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00933447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.689;QD=3.12358;RBI=0.0292136;REFB=-0.00674571;REVB=-0.0276822;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990189;STB=0.507025;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0407396;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:5:3:18:31:5:3:18:31 chr11 1017968 . T A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00554004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.936;QD=3.29618;RBI=0.0271238;REFB=0.000719573;REVB=-0.026552;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153391;STB=0.607078;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00613513;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:4:3:13:29:4:3:13:29 chr11 1018295 . T C 81.11 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0110023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5868;QD=18.0249;RBI=0.0189938;REFB=-0.0483636;REVB=0.0154827;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0144178;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:4:4:6:4:4:4 chr11 1018314 . G A 55.92 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0203441;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3718;QD=9.31944;RBI=0.0219814;REFB=-0.0362483;REVB=0.00832478;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435579;STB=0.776955;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0413056;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:7:9:7:1:7:9 chr11 1018355 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00938608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.787;QD=7.52561;RBI=0.0788064;REFB=-0.0153591;REVB=-0.0782454;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173183;STB=0.595526;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.058516;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:11:12:6:3:11:13 chr11 1018366 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0951317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.887;QD=6.31766;RBI=0.0953738;REFB=-0.0225615;REVB=0.00679203;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0482198;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:11:14:6:2:11:14 chr11 1018374 . T A 191.75 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0161689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.063;QD=22.5584;RBI=0.0379339;REFB=-0.0226087;REVB=-0.0343154;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501505;STB=0.540151;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0197989;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:19:19:0.558824:11:8:5:9:11:8:5:10 chr11 1018379 . G C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0479515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.283;QD=4.78728;RBI=0.0481115;REFB=-0.0164384;REVB=-0.00392002;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21835;STB=0.648251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.069863;OID=.;OPOS=1018379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:14:20:6:2:14:20 chr11 1018385 . T A 88.97 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0102898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.092;QD=7.90843;RBI=0.0194254;REFB=-0.0198707;REVB=0.0164763;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402297;STB=0.768734;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0479785;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:44:45:33:33:11:12:0.266667:9:2:16:17:10:2:16:17 chr11 1018419 . G A 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0100199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.346;QD=2.58576;RBI=0.0220455;REFB=-0.00477882;REVB=-0.0196369;RO=60;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977355;STB=0.569387;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0357251;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:5:4:22:38:5:4:22:38 chr11 1018456 . G A 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0087072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.505;QD=7.66737;RBI=0.0115952;REFB=-0.0272411;REVB=0.00765724;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121074;STB=0.575628;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0665327;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:8:4:15:20:8:4:15:20 chr11 1018483 . C G 138.85 PASS AF=0.363636;AO=21;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0658289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6456;QD=12.623;RBI=0.209331;REFB=-0.0526229;REVB=-0.198711;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256133;STB=0.556889;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0778754;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:28:21:16:0.363636:16:5:11:12:11:5:11:17 chr11 1018496 . G T 208.41 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0130326;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.785;QD=18.5252;RBI=0.0496737;REFB=-0.0586704;REVB=-0.0479336;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233128;STB=0.599859;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0729974;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:19:15:15:0.333333:11:4:8:8:11:4:8:11 chr11 1018523 . A G 68.24 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.112561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2075;QD=5.93402;RBI=0.143476;REFB=-0.000618781;REVB=-0.0889698;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110519;STB=0.576782;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00856532;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:7:3:8:27:7:3:8:28 chr11 1019375 . C T 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00293268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.372;QD=19.8662;RBI=0.0105531;REFB=-0.0270727;REVB=0.0101374;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089183;STB=0.504948;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0271208;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:25:19:19:26:25:19:19:26 chr11 1075747 . T C 1623.99 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.349;QD=60.1477;RBI=0.0155908;REFB=0;REVB=-0.006035;RO=2;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18889e-06;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:2:0:103:108:1:47:56:0:2:50:58:0:0 chr11 1080576 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0409163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.38;QD=12.7914;RBI=0.0409205;REFB=-0.015026;REVB=0.000580922;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537917;STB=0.820015;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0134698;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:14:9:12:2:14:9 chr11 1081074 . T C 287.9 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0113724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.551;QD=25.0346;RBI=0.0139117;REFB=-0.0104949;REVB=0.00801275;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486878;STB=0.527006;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00581547;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:8:12:14:12:8:12 chr11 1081112 . G C 201.55 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0338988;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9103;QD=20.1554;RBI=0.0360046;REFB=0.00666828;REVB=0.0121325;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901606;STB=0.550969;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00176444;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:10:10:12:8:10:10 chr11 1081151 . T C 125.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0916661;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8494;QD=17.3755;RBI=0.0921321;REFB=-0.0340691;REVB=-0.00925444;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.56808;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.019342;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:15:14:14:0.482759:10:4:4:9:10:4:6:9 chr11 1081757 . G C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0269418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.193;QD=26.4612;RBI=0.0295029;REFB=-0.0035123;REVB=0.0120233;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218425;STB=0.620599;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00158776;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:13:5:15:11:13:5 chr11 1083293 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.108187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.141;QD=18.4832;RBI=0.110246;REFB=0.0155608;REVB=-0.0212109;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845586;STB=0.547896;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00870582;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:7:14:11:8:7:14 chr11 1084821 . T C 450.28 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=152;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00297808;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.067;QD=12.1698;RBI=0.0059204;REFB=-0.000654938;REVB=0.00511685;RO=90;SAF=25;SAR=29;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773417;STB=0.537023;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000818979;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:90:94:54:54:0.364865:29:25:48:42:29:25:49:45 chr11 1087972 . C T 73.96 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0123802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.585;QD=8.96441;RBI=0.035242;REFB=-0.00707692;REVB=-0.0329959;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0138122;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:11:12:4:6:11:12 chr11 1093710 . C G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7439;QD=37.4863;RBI=0.0352115;REFB=0;REVB=0.0348961;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816808;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 1094690 . C T 308.73 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0641859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.428;QD=44.1036;RBI=0.0643123;REFB=0.0183655;REVB=0.00402932;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.588707;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00096304;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:0:3:24:25:0.892857:20:4:0:0:21:4:2:1 chr11 1094748 . A AC 142.52 PASS AF=1;AO=5;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188497;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4281;QD=28.5043;RBI=0.192266;REFB=-0.0101273;REVB=-0.0378782;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00462728;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:24:20:20:0:9:11:0:0:3:18:1:4:8:10 chr11 1094753 . A C 165.27 PASS AF=0.761905;AO=13;DP=19;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.127015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0934;QD=31.4803;RBI=0.128493;REFB=-0.00457523;REVB=0.0194337;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.571341;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.019203;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:21:5:5:13:16:0.761905:7:6:1:4:8:8:1:4 chr11 1096494 . T C 1540.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.329;QD=63.5256;RBI=0.0455435;REFB=0;REVB=-0.0103577;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62372e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:47:47:0:0:48:49:0:0 chr11 1101649 . T C 810.05 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3909;QD=54.9186;RBI=0.043059;REFB=-0.0278573;REVB=0.0403255;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108753;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:2:0:56:59:1:33:23:1:1:34:25:0:0 chr11 1158073 . T C 2369.11 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00289514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.59;QD=60.3594;RBI=0.00756618;REFB=-0.102202;REVB=0.00699037;RO=0;SAF=73;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=5.80881e-05;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:83:73:0:0:83:73:1:0 chr11 1161315 . T C 546.17 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421841;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6763;QD=60.6859;RBI=0.0439755;REFB=0;REVB=0.0124239;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57343e-05;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr11 1212877 . A G 267.41 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.000459529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.674;QD=11.5015;RBI=0.0058577;REFB=-0.0155537;REVB=-0.00583964;RO=59;SAF=17;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031739;STB=0.517231;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0243354;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:61:32:32:0.344086:15:17:33:26:15:17:34:27 chr11 1212902 . C G 33.32 PASS AF=0.123288;AO=12;DP=75;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00789699;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1293;QD=1.82584;RBI=0.0520886;REFB=-0.0262927;REVB=-0.0514865;RO=52;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.672346;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.221898;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:75:73:52:64:12:9:0.123288:6:6:25:27:3:6:30:34 chr11 1212921 . C T 111.08 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00556474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.266;QD=6.43935;RBI=0.0210329;REFB=-0.00963089;REVB=-0.0202834;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226126;STB=0.63636;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0325917;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:52:17:17:0.246377:7:10:20:30:7:10:21:31 chr11 1212954 . C A 101.91 PASS AF=0.282609;AO=14;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0245097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.009;QD=8.86153;RBI=0.0334057;REFB=-0.0102664;REVB=0.0226984;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390917;STB=0.80831;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0308182;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:14:13:0.282609:11:3:17:15:11:2:18:15 chr11 1213017 . C T 37.17 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0125122;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.285;QD=6.75883;RBI=0.0158703;REFB=-0.00317319;REVB=-0.0097627;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560302;STB=0.85603;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0297566;OID=.;OPOS=1213017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:5:11:1:5:5:11 chr11 1213023 . G C 47.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00358278;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1492;QD=8.98074;RBI=0.0223871;REFB=-0.0506715;REVB=-0.0220986;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.081296;OID=.;OPOS=1213023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:21:13:14:6:7:0.333333:4:2:6:7:4:3:6:8 chr11 1213047 . T C 91.53 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0778297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.24;QD=9.38816;RBI=0.0968667;REFB=-0.0251479;REVB=-0.0576689;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136125;STB=0.570697;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0469042;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:39:25:27:11:12:0.307692:4:7:13:12:5:7:13:14 chr11 1213080 . CC TG 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00315778;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=305.115;QD=5.00554;RBI=0.0127737;REFB=-0.0055977;REVB=0.0123772;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949066;STB=0.563883;STBP=0.768;TYPE=mnp;VARB=0.0207731;OID=.;OPOS=1213080;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:9:13:4:2:9:13 chr11 1213100 . C T 34.25 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.014475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3953;QD=4.15094;RBI=0.0297135;REFB=-0.00699044;REVB=-0.0259493;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164118;STB=0.609432;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0799049;OID=.;OPOS=1213100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:4:2:6:21:4:2:6:21 chr11 1213125 . G A 71.07 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0184987;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.229;QD=7.10678;RBI=0.0505752;REFB=-0.0232098;REVB=-0.0470707;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24871;STB=0.666389;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0380002;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:28:30:10:10:0.25:6:4:6:22:6:4:6:24 chr11 1213174 . A G 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=39;FWDB=-0.0221014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.303;QD=4.22234;RBI=0.0253521;REFB=-0.0268968;REVB=-0.0124199;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215159;STB=0.652219;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0677099;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:53:41:44:9:9:0.169811:7:2:5:36:7:2:5:39 chr11 1213177 . C T 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=40;FWDB=-0.00227816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.76;QD=4.98688;RBI=0.0244536;REFB=-0.00844834;REVB=-0.0243472;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456556;STB=0.748704;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0288336;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:44:45:11:11:0.196429:7:4:4:40:7:4:5:40 chr11 1213204 . C G 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=42;FWDB=0.0318379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.033;QD=4.65382;RBI=0.0333273;REFB=-0.00457686;REVB=-0.00985176;RO=47;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427271;STB=0.756455;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0288481;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:7:4:5:42:7:4:5:42 chr11 1246941 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00884924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.076;QD=16.0341;RBI=0.00935444;REFB=0.0027823;REVB=0.00303258;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144286;STB=0.583246;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0036346;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:12:16:14:6:12:16 chr11 1247458 . C T 550.47 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=0.00784838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1721;QD=13.7616;RBI=0.021429;REFB=-0.0238073;REVB=0.01994;RO=92;SAF=16;SAR=48;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188813;STB=0.604443;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.042724;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:96:64:64:0.4:48:16:37:55:48:16:38:58 chr11 1250488 . C T 479.38 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0281777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.103;QD=19.9743;RBI=0.028974;REFB=-0.0188175;REVB=0.0067458;RO=48;SAF=12;SAR=35;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23253;STB=0.636302;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.026988;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:35:12:23:25:35:12:24:25 chr11 1252708 . G C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0191971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.272;QD=26.3723;RBI=0.022886;REFB=-0.00337619;REVB=0.0124595;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982784;STB=0.566335;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00235364;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:24:24:0.6:13:11:9:6:13:11:10:6 chr11 1253942 . T C 359.31 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00827209;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.869;QD=36.8522;RBI=0.011395;REFB=-0.0205028;REVB=-0.00783695;RO=10;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.51336;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.011234;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:39:10:10:29:29:0.74359:16:13:5:5:16:13:5:5 chr11 1255773 . C T 338.4 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0309386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.97;QD=12.5333;RBI=0.0309686;REFB=-0.00786464;REVB=0.00136376;RO=67;SAF=15;SAR=26;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931523;STB=0.553165;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0145566;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:26:15:30:37:26:15:30:37 chr11 1258217 . T G 54.74 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0393173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.864;QD=2.16798;RBI=0.0446683;REFB=-0.00339282;REVB=-0.0211993;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.511055;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0532964;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:88:89:12:12:0.118812:7:5:35:53:7:5:36:53 chr11 1258226 . C T 89.07 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00365808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.303;QD=3.29905;RBI=0.0170068;REFB=-0.00387919;REVB=-0.0166087;RO=91;SAF=9;SAR=8;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140789;STB=0.593406;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0203344;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:108:108:91:91:17:17:0.157407:8:9:38:53:8:9:38:53 chr11 1258240 . CA TG 103.13 PASS AF=0.174757;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0207326;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.536;QD=4.00501;RBI=0.0291183;REFB=-0.010647;REVB=-0.0204459;RO=85;SAF=10;SAR=8;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165885;STB=0.607559;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.0469275;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:85:85:18:18:0.174757:8:10:36:49:8:10:36:49 chr11 1258283 . G A 144.67 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0053441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.596;QD=5.72959;RBI=0.0192972;REFB=-0.0101421;REVB=-0.0185425;RO=78;SAF=13;SAR=9;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114754;STB=0.566696;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0316188;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:78:79:22:22:0.217822:9:13:39:39:9:13:40:39 chr11 1258286 . C T 144.67 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00786879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.842;QD=5.72932;RBI=0.0254243;REFB=-0.00634095;REVB=-0.024176;RO=79;SAF=13;SAR=9;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107052;STB=0.566696;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0200229;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:79:22:22:0.217822:9:13:40:39:9:13:40:39 chr11 1258295 . A G 143.15 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0174793;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.983;QD=5.66934;RBI=0.0204343;REFB=-0.00599114;REVB=0.0105846;RO=78;SAF=13;SAR=9;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829541;STB=0.556921;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0176048;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:78:79:22:22:0.217822:9:13:41:37:9:13:41:38 chr11 1262312 . G A 286.82 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0298211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6685;QD=18.5043;RBI=0.0891977;REFB=-0.0384225;REVB=0.0840651;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244181;STB=0.628017;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0546385;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:19:12:20:10:19:12:20:11 chr11 1264823 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.56;QD=37.4885;RBI=0.00867115;REFB=0;REVB=-0.00867115;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40349e-05;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr11 1268513 . G C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0315614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.89;QD=21.1726;RBI=0.0358842;REFB=0.0140999;REVB=-0.0170751;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869549;STB=0.549909;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0115629;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:11:1:1:7:11:1:1:7 chr11 1272858 . C T 54.44 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0221812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.954;QD=9.46719;RBI=0.0230662;REFB=-0.00337764;REVB=-0.00632798;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0048249;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr11 1309956 . C T 206.8 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0224839;FXX=0.187471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.65;QD=15.9078;RBI=0.0310772;REFB=-0.0199004;REVB=-0.0214538;RO=20;SAF=14;SAR=1;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714655;STB=0.597423;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0252063;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:52:20:24:15:16:0.307692:1:14:19:1:2:14:19:5 chr11 1482851 . T C 47.98 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.138066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6305;QD=11.9938;RBI=0.140009;REFB=-0.02933;REVB=-0.0232488;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0266658;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:4:4:3:4:4:5 chr11 1501670 . G C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2467;QD=63.2821;RBI=0.0454655;REFB=0;REVB=0.0256943;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162506;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr11 1502097 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.09;QD=58.9627;RBI=0.0204942;REFB=0;REVB=-0.0189026;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43747e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr11 1507731 . A G 264.79 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.529;QD=50.4358;RBI=0.0307225;REFB=0;REVB=0.0106025;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166456;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:7:14:0:0 chr11 1576079 . C T 265.22 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=13;FWDB=-0.00549182;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.355;QD=10.8251;RBI=0.0165501;REFB=-0.0115829;REVB=-0.0156123;RO=64;SAF=26;SAR=6;SRF=51;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287325;STB=0.510324;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0236371;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:64:66:32:32:0.326531:6:26:51:13:6:26:53:13 chr11 1576137 . C T 161.84 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=2;FWDB=0.00209828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.779;QD=8.99094;RBI=0.0562856;REFB=-0.000383161;REVB=-0.0562465;RO=47;SAF=19;SAR=3;SRF=45;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299789;STB=0.678941;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00365618;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:50:22:22:0.305556:3:19:45:2:3:19:48:2 chr11 1642743 . C T 144.1 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0592562;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6974;QD=14.41;RBI=0.0615515;REFB=-0.0309614;REVB=-0.0166521;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264628;STB=0.658351;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0539396;OID=.;OPOS=1642743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:24:15:16:0.4:7:8:6:16:7:9:7:17 chr11 1642884 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0064803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.193;QD=13.6309;RBI=0.0388663;REFB=-0.0149478;REVB=-0.0383223;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603567;STB=0.860595;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0130118;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:2:7:1:7:2:7 chr11 1652021 . C A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00636693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.017;QD=25.2759;RBI=0.0424533;REFB=-0.0118862;REVB=0.0419731;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187271;STB=0.60526;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0101496;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:15:4:5:7:15:4:5:7 chr11 1652103 . G C 98.58 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0204008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.693;QD=14.0828;RBI=0.0252517;REFB=-0.0182644;REVB=0.0148814;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189851;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:8:8:6:6:8:8 chr11 1856683 . C T 205.8 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00725763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.567;QD=10.8314;RBI=0.0290426;REFB=-0.0215613;REVB=-0.0281211;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1757;STB=0.605307;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0486145;OID=.;OPOS=1856683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:50:26:26:0.342105:10:16:37:12:10:16:38:12 chr11 1857173 . T C 601.46 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.164;QD=60.1456;RBI=0.0635052;REFB=0;REVB=0.00839917;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106407;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:23:17:0:0 chr11 1858262 . C T 379.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308548;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.059;QD=56.1969;RBI=0.0315545;REFB=0;REVB=0.00660803;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12043e-05;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr11 1861760 . T C 674.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000706454;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.305;QD=62.7332;RBI=0.0420114;REFB=0;REVB=0.0420054;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175193;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr11 1887806 . T A 234.94 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.0115873;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.596;QD=12.5299;RBI=0.013611;REFB=-0.0117062;REVB=0.00714097;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563991;STB=0.541035;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0184355;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:47:28:28:0.373333:19:9:11:29:20:8:11:36 chr11 1890990 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0954728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8486;QD=10.6339;RBI=0.0957514;REFB=-0.0207376;REVB=-0.00729902;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0272669;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:10:3:3:5:10:3 chr11 1891722 . C T 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00717318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7589;QD=12.9764;RBI=0.0109389;REFB=-0.0163846;REVB=-0.00825865;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209717;STB=0.681471;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00745803;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:2:10:11:5:2:10:11:7 chr11 1902768 . G A 441.21 PASS AF=0.371429;AO=51;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=-0.0933023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.062;QD=12.606;RBI=0.093304;REFB=-0.0329119;REVB=0.000569101;RO=68;SAF=10;SAR=41;SRF=11;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578724;STB=0.61853;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0747196;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:88:51:52:0.371429:41:10:11:57:42:10:29:59 chr11 1911115 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0171;QD=35.5759;RBI=0.0150894;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115034;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 1977552 . G A 1320.44 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.057;QD=62.1382;RBI=0.0397917;REFB=0;REVB=0.0257303;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016141;OID=.;OPOS=1977552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr11 1993975 . C A 367.13 PASS AF=0.536232;AO=35;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0283116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.45;QD=21.2829;RBI=0.0441525;REFB=-0.0239781;REVB=0.0338806;RO=32;SAF=25;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351915;STB=0.700051;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0140708;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:32:35:37:0.536232:10:25:10:22:10:27:10:22 chr11 2016619 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00664591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.632;QD=14.9787;RBI=0.00725514;REFB=-0.0277788;REVB=0.00291013;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279975;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0221987;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:6:5:2:8:6:5 chr11 2016924 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00709713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6014;QD=15.2929;RBI=0.0896976;REFB=-0.0192064;REVB=-0.0894164;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124742;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:6:3:3:6:6:3 chr11 2017017 . A C 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.035326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6849;QD=13.3402;RBI=0.0424324;REFB=-0.0175643;REVB=-0.023507;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231862;STB=0.638566;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0348241;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:10:11:23:8:10:11:24:8 chr11 2017110 . C G 770.65 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=132;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00495686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.414;QD=23.3529;RBI=0.0414026;REFB=-0.00169587;REVB=-0.0411048;RO=59;SAF=23;SAR=50;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113204;STB=0.562038;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000837541;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:59:59:73:73:0.55303:50:23:26:33:50:23:26:33 chr11 2017439 . C G 144.32 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0478007;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.981;QD=10.1278;RBI=0.0492649;REFB=-0.0155599;REVB=-0.0119217;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153025;STB=0.552431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0217897;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:18:19:0.333333:8:10:16:22:9:10:17:21 chr11 2018336 . A T 474.73 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0066194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.555;QD=21.5787;RBI=0.0067068;REFB=-0.0199081;REVB=0.00107923;RO=41;SAF=28;SAR=18;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113714;STB=0.566675;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0215648;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:18:28:30:11:18:28:31:11 chr11 2018449 . A G 109.46 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00385468;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.216;QD=12.8781;RBI=0.01393;REFB=-0.00762506;REVB=-0.0133861;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.599859;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.01234;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:21:13:13:0.382353:5:8:10:4:5:8:16:5 chr11 2018853 . G A 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0166155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.098;QD=18.4686;RBI=0.0272449;REFB=-0.03277;REVB=0.021592;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739907;STB=0.558566;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.036396;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:58:55:55:0.486726:30:25:28:24:30:25:33:25 chr11 2181060 . T G 381.59 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0335368;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.549;QD=47.699;RBI=0.0407951;REFB=0.00627772;REVB=-0.0232277;RO=3;SAF=28;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539649;STB=0.651029;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00113141;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:1:28:0:3:1:28:2:1 chr11 2190951 . C T 578.99 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148799;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6151;QD=60.9458;RBI=0.15272;REFB=0;REVB=0.0343858;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241505;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:27:10:1:0:27:11:0:0 chr11 2291715 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3428;QD=57.2019;RBI=0.0790824;REFB=0;REVB=0.0409572;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917372;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr11 2291982 . T A,C 530.76 PASS AF=0.820513,0.153846;AO=30,6;DP=36;FAO=32,6;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129074,-0.046857;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.816,63.4434;QD=54.4365;RBI=0.0131213,0.051786;REFB=-0.0301838,-0.00179835;REVB=0.00235983,-0.0220502;RO=0;SAF=8,0;SAR=22,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511104,0.5;STBP=0.614,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000607178,0.0587372;OID=.,.;OPOS=2291982,2291982;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:36:39:0:1:30,6:32,6:0.820513,0.153846:22,6:8,0:0:0:22,6:10,0:0:1 chr11 2337693 . G A 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.702;QD=23.3504;RBI=0.00857426;REFB=-0.0156407;REVB=0.00573943;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384117;STB=0.502112;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0105648;OID=.;OPOS=2337693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:19:18:13:14:19:18:13:14 chr11 2343016 . C T 594.68 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172908;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4538;QD=60.9927;RBI=0.0301395;REFB=0;REVB=-0.0246864;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198749;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 2424541 . C G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.836;QD=50.133;RBI=0.06038;REFB=0.0513689;REVB=-0.0217916;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000504554;OID=.;OPOS=2424541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:19:5:1:0:19:5:1:0 chr11 2424683 . CA C,CC 572.4 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=22,16;DP=38;FAO=37,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109916,-0.0354137;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.413,198.424;QD=60.2526;RBI=0.0275737,0.0383657;REFB=0,0;REVB=0.0252882,0.0147579;RO=0;SAF=6,14;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000879504,-0.00275978;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.973684,0.0263158:22,16:38:37,1:38:0:20,0:17,1:0:0:5:0:6,14:16,2:0:0 chr11 2435946 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0339106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.994;QD=13.96;RBI=0.0340534;REFB=-0.0225011;REVB=0.00311504;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161108;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00579924;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:6:1:2:5:6:1 chr11 2435956 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0139316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.011;QD=16.3858;RBI=0.014987;REFB=-0.0555804;REVB=-0.00552464;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207482;STB=0.618816;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0273399;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:7:1:3:6:7:1 chr11 2439542 . A G 422.29 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00191375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.648;QD=20.8539;RBI=0.013467;REFB=-0.0168498;REVB=-0.0133303;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029399;STB=0.503595;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0211198;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:39:41:42:0.518519:23:18:15:22:24:18:17:22 chr11 2439767 . T C 129.66 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000958976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.685;QD=12.9659;RBI=0.00381321;REFB=-0.00745088;REVB=-0.00369065;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274957;STB=0.646868;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00907183;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:15:15:0.375:6:9:8:16:6:9:9:16 chr11 2610034 . C G 342.27 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0174842;FXX=0.0227247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.688;QD=15.9195;RBI=0.0416231;REFB=0.00474724;REVB=-0.0377728;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575079;STB=0.538143;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0100028;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:49:36:37:0.430233:21:15:17:30:21:16:18:31 chr11 2869129 . G A 501.12 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0156718;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.87;QD=21.3241;RBI=0.0242062;REFB=-0.0287343;REVB=0.0184482;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281751;STB=0.50943;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0187198;OID=.;OPOS=2869129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:46:47:48:0.510638:27:20:21:25:27:21:21:25 chr11 2870108 . A G 1176.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173461;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.655;QD=61.1145;RBI=0.00173478;REFB=0;REVB=-2.44934e-05;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051314;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr11 2920666 . C T 1403.15 PASS AF=0.902655;AO=101;DP=112;FAO=102;FDP=113;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.03803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6196;QD=49.6689;RBI=0.0380348;REFB=-0.165901;REVB=0.000600239;RO=11;SAF=58;SAR=43;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466527;STB=0.524924;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00678276;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:112:113:11:11:101:102:0.902655:43:58:9:2:44:58:9:2 chr11 2924610 . G A 1097.12 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0508681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.146;QD=56.2624;RBI=0.0509307;REFB=-0.0955345;REVB=-0.00252468;RO=3;SAF=43;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318693;STB=0.516849;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000955318;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:32:43:3:0:32:43:3:0 chr11 2929552 . A G 716.58 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121363;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.617;QD=60.9858;RBI=0.0163951;REFB=0;REVB=0.0110232;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849721;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:42:47:1:29:13:0:0:30:17:0:0 chr11 2975987 . A G 340.58 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.936;QD=48.6538;RBI=0.0362116;REFB=-0.0856473;REVB=-0.0023425;RO=2;SAF=1;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450546;STB=0.74973;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00161871;OID=.;OPOS=2975987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:25:1:2:0:25:1:2:0 chr11 3000395 . C T 867.73 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6473;QD=56.9004;RBI=0.0542812;REFB=0;REVB=-0.02636;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126701;OID=.;OPOS=3000395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:36:23:0:0:36:25:0:0 chr11 3061780 . C T 406.93 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0178212;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3519;QD=21.996;RBI=0.0220771;REFB=-0.017366;REVB=0.0130309;RO=29;SAF=12;SAR=28;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698623;STB=0.558252;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.013168;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:29:34:40:40:0.540541:28:12:11:18:28:12:14:20 chr11 3076104 . G C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0223831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.656;QD=17.3254;RBI=0.0512843;REFB=-0.0293372;REVB=0.0461419;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0282155;OID=.;OPOS=3076104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:15:10:9:11:15:10 chr11 3078536 . C G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0233915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.945;QD=11.0924;RBI=0.0243621;REFB=-0.0367693;REVB=0.00680817;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.032659;OID=.;OPOS=3078536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr11 3109403 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.97737e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.526;QD=58.5878;RBI=0.0204012;REFB=0;REVB=0.0204012;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36827e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr11 3109408 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.335;QD=59.8333;RBI=0.0347473;REFB=0;REVB=0.03331;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132699;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr11 3114222 . C T 184.55 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.000750763;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.964;QD=11.9063;RBI=0.00355408;REFB=-0.0181855;REVB=0.00347388;RO=40;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042865;STB=0.512434;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0260706;OID=.;OPOS=3114222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:39:22:23:0.370968:8:14:24:16:9:14:23:16 chr11 3143621 . C CG 52.33 PASS AF=0.209877;AO=18;DP=82;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0810356;FXX=0.0121936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.5612;QD=2.58422;RBI=0.0816214;REFB=-0.00556329;REVB=0.00976121;RO=63;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695315;STB=0.915617;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0715235;OID=.;OPOS=3143622;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209877:18:82:17:81:64:15:2:18:46:52:63:16:2:17:46 chr11 3242959 . A C 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0150649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.62;QD=14.6646;RBI=0.0174734;REFB=-0.0235076;REVB=0.00885255;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168441;STB=0.578846;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0353309;OID=.;OPOS=3242959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:6:14:8:7:7:14 chr11 3243194 . T C 337.7 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0021406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4973;QD=15.0089;RBI=0.00480396;REFB=-0.00877637;REVB=0.00430068;RO=53;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134183;STB=0.575699;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0142784;OID=.;OPOS=3243194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:19:18:19:34:19:18:19:34 chr11 3243346 . C T 103.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0489279;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9067;QD=17.259;RBI=0.0603732;REFB=-0.0114784;REVB=0.0353692;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103751;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0146381;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:13:12:12:12:0.5:6:6:8:5:6:6:7:5 chr11 3243367 . G T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.020856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.537;QD=17.8283;RBI=0.0486689;REFB=-0.0266511;REVB=-0.0439737;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144193;STB=0.615179;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.025527;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:3:9:6:4:3:9:6:5 chr11 3243427 . T C 136.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.028762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2286;QD=18.2516;RBI=0.0385085;REFB=-0.0632358;REVB=-0.0256057;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0331462;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:6:8:6:9:6:9:6:9 chr11 3243638 . A G 168.83 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0079599;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.477;QD=10.2318;RBI=0.0164978;REFB=-0.0106932;REVB=-0.0144505;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705491;STB=0.516209;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0186875;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:45:44:22:22:0.333333:14:8:19:26:14:8:17:27 chr11 3243665 . C T 198.96 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0155049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3203;QD=11.3691;RBI=0.0157927;REFB=-0.0171463;REVB=0.00300137;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509483;STB=0.534739;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0201154;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:16:9:14:30:16:9:14:31 chr11 3243673 . G C 189.79 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00403828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.714;QD=11.3308;RBI=0.0614568;REFB=-0.00217146;REVB=0.061324;RO=43;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696489;STB=0.540197;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00529295;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:16:8:12:31:16:8:12:31 chr11 3243832 . C A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0418406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.68;QD=17.2263;RBI=0.0418548;REFB=-0.0113495;REVB=0.00109049;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260084;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0138493;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:2:4:7:1:2:4 chr11 3244005 . TC T 886.8 PASS AF=1;AO=71;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155978;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6202;QD=44.3401;RBI=0.207313;REFB=0;REVB=-0.136563;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000132035;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:80:80:80:0:40:40:0:0:17:3:34:37:3:0 chr11 3249984 . C T 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0188474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.987;QD=15.4184;RBI=0.0319649;REFB=-0.00777546;REVB=-0.0258173;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441263;STB=0.532337;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0103499;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:15:14:19:17:15:14:20:17 chr11 3361087 . T C 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.617;QD=53.4963;RBI=0.0234383;REFB=-0.0283222;REVB=0.000668059;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0110901;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:16:18:0:1:16:18:0:2 chr11 3436490 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.599;QD=59.018;RBI=0.0767267;REFB=0;REVB=0.0569068;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102981;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 3436492 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.74;QD=59.0182;RBI=0.0676534;REFB=0;REVB=0.0504384;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38396e-05;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 3661140 . T C 934.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.212;QD=58.4196;RBI=0.0161448;REFB=0;REVB=0.0145733;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72352e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:22:39:0:0:23:41:0:0 chr11 3661585 . A ATGG,G 276.94 PASS AF=0.807692,0.0769231;AO=19,3;DP=26;FAO=21,2;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=7,0;FSAR=14,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0252513,-0.0317291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=175.952,167.395;QD=42.6054;RBI=0.0276754,0.0335729;REFB=-0.0300226,-0.00292229;REVB=-0.0113269,-0.010973;RO=3;SAF=6,1;SAR=13,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0971085,-0.255936;STB=0.54541,0.993997;STBP=0.292,0.169;TYPE=ins,snp;VARB=0.00407187,0.0203918;OID=.,.;OPOS=3661586,3661585;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:26:26:3:3:19,3:21,2:0.807692,0.0769231:13,2:6,1:2:1:14,2:7,0:2:1 chr11 3838910 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.392;QD=42.1826;RBI=0.0962937;REFB=0;REVB=0.0959159;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143906;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 3838953 . T C 74.94 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.56;QD=37.4678;RBI=0.0567188;REFB=0;REVB=0.021658;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868316;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr11 3848684 . T A 447.11 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=12;FWDB=0.00238027;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.099;QD=13.8639;RBI=0.00238039;REFB=-0.0122703;REVB=2.34003e-05;RO=78;SAF=41;SAR=10;SRF=66;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075821;STB=0.542581;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.01327;OID=.;OPOS=3848684;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:78:78:51:51:0.395349:10:41:66:12:10:41:66:12 chr11 4103524 . A G 1062.34 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3169;QD=59.8499;RBI=0.0192301;REFB=0;REVB=0.0174672;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169016;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:44:27:0:0 chr11 4141132 . C A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.514;QD=57.8834;RBI=0.0322004;REFB=0;REVB=0.0249337;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53706e-05;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr11 4159457 . A G 871.05 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00855801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7685;QD=56.197;RBI=0.0445806;REFB=0.0507204;REVB=0.0437515;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00572876;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr11 4159466 . G A 911.58 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.543;QD=57.8781;RBI=0.0415713;REFB=0;REVB=-0.00340372;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162973;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:61:63:1:32:29:1:0:33:30:0:0 chr11 4388905 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0343415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.011;QD=15.7843;RBI=0.0343464;REFB=-0.0005898;REVB=0.000578555;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=8.60416e-05;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr11 4389587 . G C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.129864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2281;QD=7.32226;RBI=0.135181;REFB=-0.0118331;REVB=-0.0375376;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.74925;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0315285;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:10:4:4:2:10:4 chr11 4566795 . C T 200.74 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0154207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.175;QD=11.8084;RBI=0.031409;REFB=0.00118948;REVB=0.0273629;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419039;STB=0.524184;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00277375;OID=.;OPOS=4566795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:12:13:24:19:12:13:24:19 chr11 4592708 . C CAG 378.68 PASS AF=0.375;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0023733;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.812;QD=12.6226;RBI=0.00689237;REFB=0.00860688;REVB=-0.00647088;RO=75;SAF=23;SAR=22;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979933;STB=0.555696;STBP=0.39;TYPE=ins;VARB=-0.0166517;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:45:123:45:120:75:23:22:45:30:99:75:23:22:45:30 chr11 4608542 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0183963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=14.3248;RBI=0.0185477;REFB=-0.0167092;REVB=0.00236507;RO=35;SAF=21;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800211;STB=0.560702;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0228128;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:39:28:28:0.41791:7:21:24:11:7:21:26:13 chr11 4615234 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00982767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.953;QD=24.1065;RBI=0.0164672;REFB=-0.0219712;REVB=0.0132131;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396765;STB=0.52207;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0181128;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:12:7:10:14:12:7 chr11 4615390 . C T 697.53 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0010174;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4477;QD=54.7085;RBI=0.011461;REFB=-0.107255;REVB=0.0114157;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000506043;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr11 4615508 . C G 153.65 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0198774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8041;QD=7.23076;RBI=0.0345591;REFB=0.0123866;REVB=-0.0282705;RO=63;SAF=16;SAR=6;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414541;STB=0.749779;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0429165;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:6:16:24:39:6:16:24:39 chr11 4674575 . G A 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0287863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.102;QD=16.1562;RBI=0.0316241;REFB=-0.00954185;REVB=-0.0130933;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195324;STB=0.6093;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00993423;OID=.;OPOS=4674575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:8:24:15:12:8:24 chr11 4675056 . G A 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.106277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.582;QD=19.8467;RBI=0.106306;REFB=-0.0108339;REVB=-0.00246025;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.56863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00813553;OID=.;OPOS=4675056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:8:5:8:7:8:5 chr11 4675158 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5676;QD=39.2066;RBI=0.0817255;REFB=0;REVB=-0.0789571;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00500518;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:3:6:0:0 chr11 4703165 . C A 986.44 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0696217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9517;QD=54.802;RBI=0.0772539;REFB=-0.104817;REVB=-0.0334812;RO=2;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471857;STB=0.536574;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0113128;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:19:50:0:2:19:50:0:3 chr11 4712547 . G C 354.98 PASS AF=0.486842;AO=38;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0307742;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7838;QD=18.6833;RBI=0.0309371;REFB=-0.00764498;REVB=0.00317037;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593801;STB=0.538902;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00671748;OID=.;OPOS=4712547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:39:38:37:0.486842:15:23:26:13:15:22:26:13 chr11 4730985 . C T 919.83 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.465;QD=58.4017;RBI=0.0210705;REFB=0;REVB=-0.000607131;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28787e-05;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr11 4731180 . G A 1587.27 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3448;QD=64.1322;RBI=0.022012;REFB=0;REVB=-0.0176728;RO=0;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6209e-05;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:31:67:0:0:32:67:0:0 chr11 4731468 . G A 765.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.921;QD=56.6788;RBI=0.0130011;REFB=0;REVB=-0.00324044;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401338;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr11 4731583 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.09;QD=60.0305;RBI=0.04251;REFB=0;REVB=0.016773;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83971e-05;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr11 4903500 . G A 341.42 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00819996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.181;QD=13.3891;RBI=0.0104708;REFB=-0.0105489;REVB=-0.00651138;RO=63;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276871;STB=0.640955;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0291845;OID=.;OPOS=4903500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:62:39:40:0.392157:13:26:26:37:14:26:26:36 chr11 4928621 . G A 434.28 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0495277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5769;QD=13.7868;RBI=0.0504921;REFB=0.00596768;REVB=-0.00982101;RO=76;SAF=29;SAR=21;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155095;STB=0.508768;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00762412;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:76:50:50:0.396825:21:29:43:33:21:29:43:33 chr11 4929061 . C G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.032247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.312;QD=11.4396;RBI=0.0558024;REFB=-0.00190163;REVB=-0.0455416;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132226;STB=0.578393;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00358501;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:14:10:7:6:14:10 chr11 4945196 . T G 252.15 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.074594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9532;QD=34.7787;RBI=0.0747463;REFB=0.0164781;REVB=0.00476964;RO=6;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179352;STB=0.528276;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00911937;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:6:7:22:22:0.758621:12:10:3:3:12:10:4:3 chr11 4945229 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0494849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.124;QD=9.44482;RBI=0.067243;REFB=-0.029891;REVB=0.0455288;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0534376;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr11 4964753 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000455071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.778;QD=60.6459;RBI=0.0186093;REFB=0;REVB=-0.0186038;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72433e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:64:49:0:0:64:49:0:0 chr11 4965301 . G T 1027.99 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8962;QD=57.9148;RBI=0.0311028;REFB=-0.077071;REVB=-0.0251476;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00183115;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:0:1:42:28:0:1 chr11 4967468 . G A 1706.01 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00622967;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.452;QD=58.828;RBI=0.0254939;REFB=-0.123535;REVB=0.024721;RO=2;SAF=62;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014467;STB=0.500762;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000444829;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:52:62:1:1:52:62:1:1 chr11 4968198 . C A 272.27 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4958;QD=47.3514;RBI=0.112107;REFB=-0.148372;REVB=-0.111655;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0108169;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr11 4976086 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1058;QD=60.6095;RBI=0.0100404;REFB=0;REVB=-0.00749103;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99231e-06;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr11 4976142 . GC G 41.35 PASS AF=0.206349;AO=10;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0702037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6713;QD=2.62516;RBI=0.275241;REFB=0.016627;REVB=-0.266137;RO=48;SAF=0;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.695117;STB=0.880042;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=-0.0644234;OID=.;OPOS=4976143;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:10:63:13:63:50:1:12:23:27:41:48:0:10:21:27 chr11 4976291 . G A 319.32 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0240886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.661;QD=13.4449;RBI=0.0276112;REFB=-0.00226711;REVB=-0.013495;RO=59;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330184;STB=0.518857;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00326387;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:20:16:28:31:20:16:28:31 chr11 4976554 . A G 223.31 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.297;QD=49.6247;RBI=0.0749341;REFB=0;REVB=0.0738497;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129032;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:3:14:0:0:4:14:0:0 chr11 4976811 . C A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1614;QD=44.0921;RBI=0.0989944;REFB=0.0457518;REVB=-0.0983577;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0251704;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr11 5010905 . A G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00830956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.563;QD=18.6205;RBI=0.025829;REFB=1.1841e-05;REVB=0.0244559;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451733;STB=0.525151;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=3.65788e-05;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:24:15:16:21:24:15 chr11 5020416 . A G 2036.79 PASS AF=0.984848;AO=119;DP=124;FAO=130;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.489;QD=61.7208;RBI=0.0893199;REFB=0;REVB=0.00523699;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259246;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:124:132:0:0:119:130:0.984848:61:58:0:0:62:68:0:0 chr11 5079946 . C T 239.87 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0049091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.075;QD=18.1037;RBI=0.0140632;REFB=0.00348405;REVB=0.0131786;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726928;STB=0.54901;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00393795;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:11:14:13:14:11:15:13:14 chr11 5172785 . GA G,GG 658.4 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=13,30;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894659,0.00830005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.648,252.947;QD=61.2462;RBI=0.0290949,0.0263695;REFB=0,0;REVB=0.0276852,0.0250292;RO=0;SAF=3,12;SAR=10,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0468018,0.00730258;OID=.,.;OPOS=5172786,5172786;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0465116,0.953488:13,30:43:2,41:43:0:0,15:2,26:0:0:8:0:3,12:10,18:0:0 chr11 5221645 . C G 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0179854;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.812;QD=25.5785;RBI=0.0300945;REFB=-0.00556638;REVB=0.024129;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24728;STB=0.638628;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00382433;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:7:5:14:5:7:5 chr11 5221825 . G A 54.45 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00613724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.786;QD=9.07471;RBI=0.013296;REFB=-0.00503361;REVB=0.0117948;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455337;STB=0.806805;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0114234;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:16:16:7:8:0.333333:6:1:8:8:7:1:8:8 chr11 5248243 . A G 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.014665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.152;QD=19.5769;RBI=0.0149562;REFB=0.00786655;REVB=-0.00293696;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062493;STB=0.503474;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0072775;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:12:19:20:13:12:19 chr11 5269583 . GTGA AGAG 721.05 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144862;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=4;MLLD=308.486;QD=56.5525;RBI=0.0162647;REFB=0;REVB=0.00739527;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.63851e-05;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr11 5322737 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.726;QD=57.2026;RBI=0.00870513;REFB=0;REVB=0.00780149;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95684e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 5323071 . C T 838.35 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126268;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.952;QD=57.8172;RBI=0.00546625;REFB=0;REVB=0.00531841;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40982e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:32:26:0:0 chr11 5344772 . T C 756.84 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161561;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.757;QD=57.1202;RBI=0.0253663;REFB=0;REVB=0.0195558;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149543;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 5344847 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4918;QD=62.9783;RBI=0.0386741;REFB=0;REVB=0.0128456;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597554;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:30:15:0:0 chr11 5344902 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.737;QD=57.6806;RBI=0.0211267;REFB=0;REVB=0.0139348;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271494;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr11 5345128 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.592;QD=56.7066;RBI=0.0189472;REFB=0;REVB=0.00450795;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15784e-05;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 5345170 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.004;QD=59.0184;RBI=0.0190767;REFB=0;REVB=0.018673;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125553;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 5345486 . G A 1435.2 PASS AF=1;AO=81;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.528;QD=63.0859;RBI=0.0173125;REFB=0;REVB=0.0128838;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448599;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:81:91:1:45:36:0:0:48:43:0:0 chr11 5373114 . G A 2481.56 PASS AF=0.993902;AO=160;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119669;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.333;QD=60.5259;RBI=0.0125983;REFB=-0.155537;REVB=-0.00393852;RO=1;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598499;STB=0.503105;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000598539;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:160:163:0.993902:79:81:0:1:80:83:0:1 chr11 5410934 . T G 727.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7081;QD=63.2542;RBI=0.0686612;REFB=0;REVB=0.0122909;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715713;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 5411031 . C T 191.23 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1658;QD=47.8069;RBI=0.0568102;REFB=0;REVB=0.0518423;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160775;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr11 5411239 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.459;QD=63.2867;RBI=0.00376355;REFB=0;REVB=0.00358713;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64679e-05;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 5411395 . C A 1018.74 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00579166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.265;QD=56.5965;RBI=0.0362662;REFB=-0.208153;REVB=0.0358008;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03149;STB=0.516662;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00243324;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:41:29:2:0:41:29:2:0 chr11 5411579 . GT AC 1486.08 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176979;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.265;QD=63.2375;RBI=0.0181111;REFB=0;REVB=-0.00384623;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.18436e-05;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:54:40:0:0 chr11 5423868 . T A 1381.15 PASS AF=0.977778;AO=83;DP=98;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00323848;FXX=0.0908999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.599;QD=61.3842;RBI=0.0086732;REFB=-0.0620414;REVB=0.00804591;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.512192;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0110257;OID=.;OPOS=5423868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:90:0:2:83:88:0.977778:39:44:0:0:40:48:0:2 chr11 5423931 . C T 1358.37 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.754;QD=62.4539;RBI=0.0497809;REFB=0;REVB=0.0212969;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69743e-05;OID=.;OPOS=5423931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr11 5424125 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2418;QD=60.9784;RBI=0.0145707;REFB=0;REVB=-0.00360136;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266258;OID=.;OPOS=5424125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 5424170 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1094;QD=58.1411;RBI=0.0442446;REFB=0;REVB=0.0441472;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496252;OID=.;OPOS=5424170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 5424232 . C T 468.85 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184907;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2206;QD=58.606;RBI=0.0968839;REFB=0;REVB=-0.0951031;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149846;OID=.;OPOS=5424232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr11 5424387 . T C,TTATC 2074.06 PASS AF=0,0.888235;AO=11,146;DP=184;FAO=0,151;FDP=170;FR=.;FRO=19;FSAF=0,69;FSAR=0,82;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0079836,-0.0314747;FXX=0.0810767;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=25.7598,268.852;QD=48.8014;RBI=0.0749985,0.0315409;REFB=0.0272968,-0.0430546;REVB=0.0745724,0.00204135;RO=25;SAF=7,64;SAR=4,82;SRF=21;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282607,-0.110989;STB=0.5,0.543041;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00317191;OID=.,.;OPOS=5424387,5424388;OREF=T,-;OALT=C,TATC;OMAPALT=C,TTATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:184:170:25:19:11,146:0,151:0,0.888235:4,82:7,64:21:4:0,82:0,69:16:3 chr11 5424504 . T C 2576.18 PASS AF=0.977011;AO=171;DP=171;FAO=170;FDP=174;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00187171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.058;QD=59.2226;RBI=0.0324758;REFB=0.0470172;REVB=0.0324218;RO=0;SAF=102;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50372;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=6.96618e-05;OID=.;OPOS=5424504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:171:174:0:4:171:170:0.977011:69:102:0:0:69:101:3:1 chr11 5424507 . A G 2728.68 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353772;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.603;QD=62.3699;RBI=0.00433196;REFB=0;REVB=0.00250007;RO=0;SAF=105;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473377;OID=.;OPOS=5424507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:174:175:1:69:105:0:0:69:106:0:0 chr11 5424532 . A C 2261.3 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114208;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0696;QD=62.814;RBI=0.0162095;REFB=-0.0747108;REVB=0.0115027;RO=1;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826923;STB=0.504347;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-1.45658e-05;OID=.;OPOS=5424532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:57:86:0:1:57:86:0:1 chr11 5424552 . A G 1881.0 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565635;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.485;QD=61.6722;RBI=0.0180998;REFB=0;REVB=0.0171932;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71722e-05;OID=.;OPOS=5424552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:47:74:0:0:47:75:0:0 chr11 5451940 . G T 569.78 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0145859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.847;QD=14.5166;RBI=0.0158463;REFB=-0.00986213;REVB=-0.00619326;RO=91;SAF=36;SAR=29;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174669;STB=0.594377;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0128672;OID=.;OPOS=5451940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:91:92:65:65:0.414013:29:36:35:56:29:36:36:56 chr11 5461834 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00623709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.094;QD=15.2931;RBI=0.0195345;REFB=-0.00536123;REVB=-0.018512;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00520219;OID=.;OPOS=5461834;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:4:5:4:5:4:5 chr11 5462085 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00962415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.969;QD=24.0668;RBI=0.0158254;REFB=-0.034174;REVB=0.0125626;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685942;STB=0.538414;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0134397;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:4:6:8:8:4:6 chr11 5462105 . T C 188.7 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00237045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.409;QD=29.0302;RBI=0.0330891;REFB=0.00717419;REVB=0.0330041;RO=8;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00252026;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:9:9:4:4:9:9:4:4 chr11 5462255 . C G 343.66 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0155179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3324;QD=28.0541;RBI=0.016843;REFB=-0.0245163;REVB=-0.00654842;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241804;STB=0.623577;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00435958;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:29:30:0.612245:16:13:15:4:16:14:15:4 chr11 5462374 . C T 371.52 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00686649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7152;QD=20.0821;RBI=0.0459038;REFB=-0.0266949;REVB=-0.0453873;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463962;STB=0.525737;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0196246;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:17:21:18:18:17:21:18:18 chr11 5462702 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.023944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.379;QD=18.2511;RBI=0.0266755;REFB=-0.0103609;REVB=-0.0117588;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285636;STB=0.66213;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0235045;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:4:11:6:9:4:11 chr11 5475118 . A G 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000120099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.729;QD=11.5905;RBI=0.00845392;REFB=-0.0108659;REVB=0.00845306;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133724;STB=0.577554;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0187598;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:9:16:23:21:9:16:23:21 chr11 5510284 . A G 393.04 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0308217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.248;QD=19.652;RBI=0.0312056;REFB=-0.0276088;REVB=-0.0048796;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246131;STB=0.636578;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0275497;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:15:25:14:26:15:25:14:26 chr11 5510341 . C T 700.39 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00470101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.941;QD=23.9451;RBI=0.00835637;REFB=-0.0094077;REVB=0.00690865;RO=50;SAF=42;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103002;STB=0.556274;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00793617;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:25:42:25:25:25:42:25:25 chr11 5510423 . ATCT A 671.14 PASS AF=0.555556;AO=57;DP=115;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0189683;FXX=0.078734;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.352;QD=22.945;RBI=0.0199039;REFB=-0.0167701;REVB=-0.00603044;RO=46;SAF=34;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103521;STB=0.503514;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=0.0122054;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:57:115:65:117:52:38:27:30:22:99:46:34:23:28:18 chr11 5510497 . T C 569.84 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0521746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2544;QD=25.3262;RBI=0.0758668;REFB=0.00994341;REVB=0.055078;RO=38;SAF=31;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116226;STB=0.563612;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00453416;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:21:31:17:21:21:31:17:21 chr11 5510626 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00868007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.064;QD=18.4385;RBI=0.0158228;REFB=-0.0202552;REVB=0.0132294;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740409;STB=0.541518;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0243048;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:8:21:19:10:8:21:19:10 chr11 5510928 . G A 76.63 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.046038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0224;QD=12.7715;RBI=0.0619461;REFB=0.00931669;REVB=0.0414466;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141152;STB=0.583171;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00581845;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:9:5:5:5:9:5 chr11 5529865 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.916;QD=62.3503;RBI=0.0219396;REFB=0;REVB=-0.00282992;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80111e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 5536309 . G C 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00033535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.214;QD=14.6605;RBI=0.0246211;REFB=-0.00542486;REVB=0.0246188;RO=61;SAF=29;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127885;STB=0.568101;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00585185;OID=.;OPOS=5536309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:16:29:32:29:16:29:33:29 chr11 5536537 . A C 1277.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9712;QD=61.5754;RBI=0.111003;REFB=0;REVB=-0.00912031;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000890106;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:48:35:0:0 chr11 5536848 . G A 1807.6 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124951;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.231;QD=61.2745;RBI=0.015234;REFB=0;REVB=0.00871485;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06722e-05;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr11 5566030 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.212;QD=63.5821;RBI=0.0365162;REFB=0;REVB=0.0330314;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108008;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr11 5566051 . C A 204.27 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0787374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6261;QD=22.697;RBI=0.0823073;REFB=0.00634192;REVB=-0.0239773;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39856;STB=0.722609;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00476999;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:13:3:14:6:13:3 chr11 5566112 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00625822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.011;QD=8.25489;RBI=0.0962127;REFB=0.0068872;REVB=-0.096009;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243254;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0167217;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:8:4:1:5:8:4 chr11 5566365 . T C 1419.34 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.607;QD=61.7102;RBI=0.0929274;REFB=0.0120408;REVB=0.0915585;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00012352;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:45:46:0:0:45:46:0:1 chr11 5566489 . C T 362.48 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00239934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.266;QD=17.0578;RBI=0.00645693;REFB=-0.00922278;REVB=0.00599459;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130977;STB=0.513641;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0108845;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:46:37:39:0.458824:15:22:25:18:16:23:26:20 chr11 5602275 . A G 388.1 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00221442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1075;QD=26.7658;RBI=0.0236586;REFB=-0.0150209;REVB=0.0235547;RO=21;SAF=11;SAR=26;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343822;STB=0.687988;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00948335;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:26:11:17:4:26:11:17:4 chr11 5602438 . T A 318.22 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0414352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8331;QD=26.5184;RBI=0.0697175;REFB=-0.019294;REVB=0.0560682;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164303;STB=0.509084;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0122163;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:12:16:11:9:12:16:11:9 chr11 5602605 . G A 224.32 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0184425;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.955;QD=14.9548;RBI=0.0511174;REFB=-0.0260957;REVB=-0.0476746;RO=33;SAF=20;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228616;STB=0.624896;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0349145;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:34:26:26:0.433333:6:20:19:14:6:20:20:14 chr11 5602615 . A G 187.39 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0155551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.142;QD=12.7047;RBI=0.0181513;REFB=-0.01959;REVB=-0.00935464;RO=36;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283888;STB=0.665335;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0733026;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:5:18:20:16:5:18:20:16 chr11 5602679 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00522986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.284;QD=16.1558;RBI=0.0156986;REFB=-0.0346227;REVB=-0.0148018;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181094;STB=0.602679;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0360308;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:8:19:17:15:8:19:17:15 chr11 5602790 . A G 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00210403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.214;QD=18.1914;RBI=0.0094446;REFB=-0.00737003;REVB=-0.00920725;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136404;STB=0.575722;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0101748;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:16:24:33:12:16:24:33:12 chr11 5602928 . G C 616.51 PASS AF=0.543103;AO=56;DP=112;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0101997;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.611;QD=21.259;RBI=0.0141456;REFB=-0.0169652;REVB=0.00980128;RO=50;SAF=33;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605757;STB=0.568483;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0144512;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:50:53:56:63:0.543103:23:33:26:24:23:40:26:27 chr11 5602929 . C A 439.44 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00200492;FXX=0.0517197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.476;QD=15.9798;RBI=0.00204892;REFB=-0.00396399;REVB=0.000422344;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13542;STB=0.582653;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00109335;OID=.;OPOS=5602929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:61:48:49:0.445455:24:24:37:21:25:24:39:22 chr11 5602968 . G A 1701.36 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703075;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.343;QD=60.763;RBI=0.0339565;REFB=0;REVB=0.0332207;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82151e-06;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:54:57:0:0:55:57:0:0 chr11 5625847 . A G 696.69 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0345785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.842;QD=56.873;RBI=0.0346054;REFB=-0.204756;REVB=-0.00136536;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519313;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00147419;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:0:3:46:46:0.938776:29:17:0:0:29:17:2:1 chr11 5629607 . G A 652.55 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0131798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.124;QD=19.0526;RBI=0.0151076;REFB=-0.0114675;REVB=0.00738458;RO=70;SAF=29;SAR=37;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648434;STB=0.531318;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0137355;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:71:66:66:0.481752:37:29:26:44:37:29:27:44 chr11 5632212 . G A 3153.46 PASS AF=0.963303;AO=210;DP=219;FAO=210;FDP=218;FR=.;FRO=8;FSAF=105;FSAR=105;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0148894;FXX=0.013574;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.465;QD=57.8616;RBI=0.0265996;REFB=-0.106388;REVB=0.0220419;RO=8;SAF=105;SAR=105;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261862;STB=0.51376;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-7.76509e-05;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:219:218:8:8:210:210:0.963303:105:105:7:1:105:105:7:1 chr11 5663706 . G C 252.57 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.01582;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.136;QD=19.0616;RBI=0.0452618;REFB=-0.0127537;REVB=0.042407;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932333;STB=0.539764;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:26:27:27:0.509434:19:8:5:19:19:8:6:20 chr11 5664831 . C A 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.000868032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.922;QD=21.4823;RBI=0.02103;REFB=-0.0190243;REVB=0.0210121;RO=41;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117267;STB=0.564532;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0171255;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:19:26:29:12:19:26:29:12 chr11 5688940 . C T 341.22 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.865;QD=54.5947;RBI=0.0386422;REFB=0;REVB=-0.0227925;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92743e-05;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chr11 5691191 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.736;QD=50.4129;RBI=0.0269721;REFB=0;REVB=-0.0269328;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297073;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr11 5691214 . A C 330.52 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00589114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.479;QD=50.8498;RBI=0.0305302;REFB=-0.134492;REVB=0.0299564;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000440828;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr11 5700340 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.364;QD=54.5175;RBI=0.0520295;REFB=0;REVB=0.00511963;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363217;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 5719667 . T C 200.63 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00876763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.776;QD=12.7387;RBI=0.0666614;REFB=-0.00868939;REVB=0.0660823;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257713;STB=0.647165;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0113136;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:24:25:0.396825:15:9:23:14:16:9:23:15 chr11 5758062 . T C 680.84 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0901866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.764;QD=25.9368;RBI=0.090211;REFB=0.00580106;REVB=0.00209825;RO=41;SAF=38;SAR=26;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623295;STB=0.503388;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00269151;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:41:64:64:0.609524:26:38:24:17:26:38:24:17 chr11 5758118 . A C 687.26 PASS AF=0.682353;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0209609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.503;QD=32.3418;RBI=0.0209614;REFB=-0.0324008;REVB=0.000147926;RO=27;SAF=29;SAR=29;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980699;STB=0.552923;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0128826;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:27:27:58:58:0.682353:29:29:18:9:29:29:18:9 chr11 5758646 . T C 334.16 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-1.69653e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.313;QD=16.7082;RBI=0.0285911;REFB=-0.0572533;REVB=-0.0285911;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260285;STB=0.501461;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0481339;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:17:27:22:14:17:27 chr11 5776287 . C T 1009.22 PASS AF=0.456522;AO=105;DP=226;FAO=105;FDP=230;FR=.;FRO=125;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.00478949;FXX=0.012875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.955;QD=17.5516;RBI=0.00776785;REFB=-0.0128912;REVB=0.00611558;RO=120;SAF=60;SAR=45;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291773;STB=0.506328;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0155825;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:230:120:125:105:105:0.456522:45:60:65:55:45:60:70:55 chr11 5776470 . T G 199.81 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0107568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6942;QD=13.5466;RBI=0.0184353;REFB=-0.021584;REVB=-0.0149717;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508467;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0370414;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:12:12:17:17:12:12:17:18 chr11 5776484 . A T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00141676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2196;QD=14.5582;RBI=0.00318006;REFB=-0.0470546;REVB=-0.00284702;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.03093;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:16:19:11:15:16:19 chr11 5776623 . A T 270.24 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0155573;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.082;QD=20.788;RBI=0.0162252;REFB=-0.0100975;REVB=0.00460734;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208478;STB=0.615307;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0100119;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:18:6:14:14:18:6 chr11 5809308 . A T 34.7 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0167914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.59;QD=1.80274;RBI=0.0168465;REFB=-0.00196875;REVB=-0.00136181;RO=69;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438626;STB=0.846039;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0303791;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:7:1:33:36:7:1:33:36 chr11 5809477 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0228789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1381;QD=17.454;RBI=0.0585057;REFB=-0.00454854;REVB=-0.0538468;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117844;STB=0.500662;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0032475;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:14:15:14:13:14:15 chr11 5809673 . C T 475.97 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00410872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0961;QD=18.6655;RBI=0.0134981;REFB=-0.038795;REVB=-0.0128576;RO=52;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124232;STB=0.568694;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0393664;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:26:24:18:34:26:24:18:34 chr11 5809746 . C T 531.28 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.010375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1697;QD=19.677;RBI=0.0307374;REFB=0.0026806;REVB=-0.0289335;RO=53;SAF=29;SAR=26;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199248;STB=0.609571;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00263651;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:26:29:16:37:26:29:16:37 chr11 5817841 . C T 814.14 PASS AF=0.430622;AO=87;DP=209;FAO=90;FDP=209;FR=.;FRO=119;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=-0.00159638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.201;QD=15.5816;RBI=0.00428055;REFB=0.00270733;REVB=0.00397173;RO=119;SAF=46;SAR=41;SRF=69;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532429;STB=0.526682;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00253361;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:119:119:87:90:0.430622:41:46:69:50:42:48:69:50 chr11 5817896 . G A 567.22 PASS AF=0.392857;AO=66;DP=168;FAO=66;FDP=168;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.00771414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.312;QD=13.5052;RBI=0.0138691;REFB=0.00559473;REVB=-0.0115258;RO=102;SAF=30;SAR=36;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.568945;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00672812;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:102:102:66:66:0.392857:36:30:58:44:36:30:58:44 chr11 5841856 . C T 360.88 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0200082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.85;QD=14.2922;RBI=0.0218184;REFB=-0.00643653;REVB=-0.00870134;RO=60;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991109;STB=0.556065;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.01163;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:18:23:28:32:18:23:28:32 chr11 5862532 . A C 156.71 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0470328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.831;QD=15.6706;RBI=0.0511771;REFB=-0.0117496;REVB=0.0201746;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221035;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00910209;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:8:8:12:11:9:8:12:11 chr11 5862653 . T C 311.57 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00156875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.425;QD=19.1736;RBI=0.00177382;REFB=-0.000117727;REVB=0.00082793;RO=32;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113338;STB=0.563423;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000112006;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:25:8:11:21:25:8:11:21 chr11 5862731 . A G 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0233283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.742;QD=12.3024;RBI=0.0763931;REFB=0.0026649;REVB=-0.0727441;RO=42;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334231;STB=0.691652;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00906698;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:43:26:26:0.376812:22:4:16:26:22:4:16:27 chr11 5862780 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.101174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0877;QD=10.366;RBI=0.10451;REFB=-0.00597173;REVB=0.0261966;RO=43;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265329;STB=0.6186;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0111827;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:21:22:0.338462:17:4:16:27:17:5:16:27 chr11 5862845 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0155877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.653;QD=4.28884;RBI=0.0168434;REFB=3.54035e-05;REVB=0.00638134;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669247;STB=0.545328;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=7.12641e-05;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:12:20:4:3:12:20 chr11 5862937 . C A 243.41 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0463716;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.838;QD=19.8703;RBI=0.0465594;REFB=-0.0159257;REVB=0.00417741;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207536;STB=0.511619;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0164691;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:10:14:14:11:10:14 chr11 5862984 . G C 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0139352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.25;QD=22.1266;RBI=0.0139483;REFB=0.00386978;REVB=-0.00060467;RO=33;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261684;STB=0.514419;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.000842985;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:23:17:13:20:23:17:13:20 chr11 5863013 . T C 451.37 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00738805;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.628;QD=21.7527;RBI=0.0183923;REFB=-0.022718;REVB=0.0168432;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457134;STB=0.525241;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0245865;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:39:39:44:44:0.53012:26:18:18:21:26:18:18:21 chr11 5863113 . G A 508.75 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0291212;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.164;QD=23.1249;RBI=0.0291698;REFB=0.00122171;REVB=0.00168304;RO=37;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372156;STB=0.501897;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00135201;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:40:48:48:0.545455:25:23:16:21:25:23:19:21 chr11 5905664 . C T 692.15 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0163767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.957;QD=21.1344;RBI=0.0195025;REFB=-0.0108127;REVB=-0.0105902;RO=62;SAF=27;SAR=41;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201106;STB=0.507827;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00932928;OID=.;OPOS=5905664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:63:68:68:0.519084:41:27:26:36:41:27:26:37 chr11 5906048 . G A 338.07 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0190813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8242;QD=22.9196;RBI=0.0409588;REFB=-0.0389199;REVB=0.0362426;RO=25;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315969;STB=0.517425;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0274265;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:11:23:16:9:11:23:16:9 chr11 5906073 . G T 241.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0139584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.39;QD=21.968;RBI=0.0677174;REFB=-0.0158815;REVB=-0.0662632;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127731;STB=0.579334;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0230375;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:9:14:15:5:9:14:16:5 chr11 5906192 . A C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0138946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.528;QD=29.0498;RBI=0.0142169;REFB=0.00374216;REVB=0.00300999;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174113;STB=0.596878;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00157257;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:4:1:8:6:4:1 chr11 5906205 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0178639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.779;QD=22.5809;RBI=0.0281313;REFB=-0.000758248;REVB=-0.0217314;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233815;STB=0.631374;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000127011;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:6:1:6:6:6:1 chr11 5968728 . T C 337.37 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0387294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1192;QD=17.5259;RBI=0.0445077;REFB=-0.0197511;REVB=0.021931;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171894;STB=0.602094;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0389671;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:21:15:24:16:21:15:25:16 chr11 5969185 . A G 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0103436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8864;QD=17.6937;RBI=0.0117083;REFB=0.0136306;REVB=0.00548577;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928991;STB=0.551754;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0258739;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:13:22:28:11:13:22:28:11 chr11 5989415 . C A 1062.97 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1121;QD=59.0541;RBI=0.157331;REFB=0;REVB=0.156973;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274456;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:62:72:1:27:35:0:0:36:36:0:0 chr11 6007272 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.111;QD=57.3848;RBI=0.0206888;REFB=0;REVB=0.0084311;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60168e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 6007613 . T G 886.66 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0144337;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.422;QD=51.4006;RBI=0.0312878;REFB=-0.0286461;REVB=-0.0277596;RO=5;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732254;STB=0.503885;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.000705262;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:69:5:5:64:64:0.927536:35:29:2:3:35:29:2:3 chr11 6007680 . A G 789.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382337;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.301;QD=64.4238;RBI=0.0298281;REFB=0;REVB=0.029582;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00874e-05;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr11 6007743 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2026;QD=53.9101;RBI=0.0527976;REFB=0;REVB=0.0271251;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131064;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 6007899 . C T 556.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3157;QD=60.1868;RBI=0.00539909;REFB=0;REVB=0.000700258;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60736e-05;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 6129837 . C T 726.44 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00472105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7469;QD=54.8258;RBI=0.0448434;REFB=0.00567805;REVB=-0.0445942;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00204468;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr11 6173364 . T A 810.01 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.172;QD=56.8428;RBI=0.0418842;REFB=0;REVB=-0.0265492;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697024;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr11 6221169 . A G 1384.85 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049275;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.522;QD=61.5487;RBI=0.049505;REFB=-0.135461;REVB=0.00476688;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000309396;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:0:1:42:47:0:1 chr11 6221214 . T A 525.46 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00646833;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.51;QD=19.4614;RBI=0.053282;REFB=-0.0175015;REVB=0.0528879;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777335;STB=0.536818;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0182313;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:51:53:54:55:0.509259:27:27:21:30:27:28:23:30 chr11 6231731 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0204356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.715;QD=22.5341;RBI=0.032712;REFB=-0.0318311;REVB=0.0255433;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133499;STB=0.574999;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0245878;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:8:7:12:7:8:7 chr11 6243804 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.176;QD=57.7113;RBI=0.045563;REFB=0;REVB=-0.00110941;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19533e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr11 6291535 . T C 158.13 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00582162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.441;QD=9.8832;RBI=0.0289261;REFB=-0.0034069;REVB=-0.0283342;RO=43;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195312;STB=0.626205;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00690501;OID=.;OPOS=6291535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:43:20:21:0.328125:15:5:17:26:16:5:17:26 chr11 6340525 . A T 674.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595316;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.833;QD=62.7795;RBI=0.00732381;REFB=0;REVB=-0.00426593;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387019;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:37:6:0:0:37:6:0:0 chr11 6340706 . A G 1026.07 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=59.4824;RBI=0.0417406;REFB=0;REVB=0.0358884;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151596;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:21:46:0:0:21:48:0:0 chr11 6411935 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.874;QD=62.9803;RBI=0.0146306;REFB=0;REVB=0.00384262;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72285e-05;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 6519642 . G A 286.71 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0431891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.166;QD=20.8518;RBI=0.0445085;REFB=-0.00307338;REVB=-0.010757;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223811;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00262918;OID=.;OPOS=6519642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:12:17:14:11:12:18:14:11 chr11 6520015 . G T 600.48 PASS AF=0.684211;AO=52;DP=76;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0128656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.724;QD=31.6041;RBI=0.0271179;REFB=-0.0013957;REVB=0.0238717;RO=24;SAF=28;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264132;STB=0.51428;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000670453;OID=.;OPOS=6520015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:24:24:52:52:0.684211:24:28:14:10:24:28:14:10 chr11 6520164 . T A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0538056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.292;QD=16.4057;RBI=0.0559767;REFB=-0.00937958;REVB=0.0154385;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762307;STB=0.54283;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00813889;OID=.;OPOS=6520164;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:15:22:16:15:15:22 chr11 6530278 . C T 545.7 PASS AF=0.433824;AO=56;DP=134;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0125991;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.491;QD=16.05;RBI=0.0178052;REFB=-0.00556212;REVB=-0.0125812;RO=77;SAF=22;SAR=34;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197314;STB=0.593189;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00733313;OID=.;OPOS=6530278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:77:77:56:59:0.433824:34:22:45:32:35:24:44:33 chr11 6532519 . C T 405.2 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0161014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.64;QD=13.9723;RBI=0.0163358;REFB=-0.0152473;REVB=0.00275727;RO=68;SAF=20;SAR=27;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184506;STB=0.599521;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0274353;OID=.;OPOS=6532519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:27:20:41:27:27:20:41:28 chr11 6549779 . A C 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0055342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.913;QD=20.9875;RBI=0.00586967;REFB=0.00875268;REVB=-0.00195594;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287438;STB=0.515914;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00479085;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:14:21:17:13:14:21:17:13 chr11 6549995 . A G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0254349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.434;QD=7.2597;RBI=0.0348914;REFB=-0.00998524;REVB=-0.0238847;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439078;STB=0.769847;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0157701;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:20:9:7:3:20:9 chr11 6550004 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0223928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.997;QD=5.53987;RBI=0.0251781;REFB=0.00688356;REVB=-0.0115109;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365028;STB=0.731969;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0144531;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:20:9:5:3:20:9 chr11 6550309 . G A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00329154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.395;QD=11.8203;RBI=0.0087647;REFB=-0.00916401;REVB=-0.00812316;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532787;STB=0.530781;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0149951;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:21:22:14:11:21:22 chr11 6554941 . C A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0181809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.746;QD=9.93985;RBI=0.0182083;REFB=-0.0183498;REVB=0.000997277;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899707;STB=0.552798;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0525809;OID=.;OPOS=6554941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:12:10:24:21:12:10:24:21 chr11 6555365 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.466;QD=61.6737;RBI=0.0465352;REFB=0;REVB=0.00552938;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324907;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr11 6561270 . A G 402.31 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00994361;FXX=0.0374953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5699;QD=20.8992;RBI=0.0104508;REFB=-0.0165476;REVB=0.00321631;RO=32;SAF=10;SAR=29;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580489;STB=0.558951;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.026758;OID=.;OPOS=6561270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:32:37:39:40:0.519481:29:10:10:22:29:11:14:23 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 430.88 PASS AF=0.770833;AO=34;DP=51;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.01079;FXX=0.111091;HRUN=1;LEN=12;MLLD=314.233;QD=35.9064;RBI=0.0112669;REFB=-0.0190238;REVB=0.00324328;RO=11;SAF=26;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766796;STB=0.536062;STBP=0.392;TYPE=ins;VARB=0.00526889;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.770833:34:51:37:48:11:28:9:7:4:78:11:26:8:7:4 chr11 6568213 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00580862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.453;QD=16.8229;RBI=0.0245384;REFB=-0.0209705;REVB=0.023841;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0243944;OID=.;OPOS=6568213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr11 6579106 . C A 250.3 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0765397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.3223;QD=43.5301;RBI=0.0983768;REFB=-0.212082;REVB=0.0618035;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.555502;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0326175;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:23:1:2:20:21:0.913043:8:12:1:0:8:13:0:2 chr11 6588228 . G A 1482.33 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.506;QD=61.1272;RBI=0.0313257;REFB=0.0928821;REVB=-0.0292942;RO=2;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160684;STB=0.508473;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00108695;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:58:36:0:2:58:37:0:2 chr11 6622714 . G A 183.5 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0034625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6908;QD=11.8388;RBI=0.0364701;REFB=-0.0135907;REVB=0.0363053;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24078;STB=0.638885;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0289018;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:14:9:24:15:14:9:24:15 chr11 6630028 . TC T 1302.21 PASS AF=0.97931;AO=126;DP=149;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0624363;FXX=0.0268438;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5017;QD=35.9232;RBI=0.0900671;REFB=0.00735392;REVB=0.0649138;RO=13;SAF=67;SAR=59;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=-0.014882;STB=0.504194;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.00522586;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97931:126:149:142:145:3:76:66:1:2:9:13:67:59:8:5 chr11 6631016 . C T 443.9 PASS AF=0.431034;AO=51;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.100114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3741;QD=15.3068;RBI=0.10035;REFB=-0.0100666;REVB=-0.00688508;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477328;STB=0.559976;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0241885;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:60:66:51:50:0.431034:28:23:30:30:28:22:36:30 chr11 6632450 . C T 314.29 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00331618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.951;QD=17.2213;RBI=0.00368753;REFB=0.000152326;REVB=-0.00161272;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18409;STB=0.602682;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000307711;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:17:17:27:12:17:17:27:12 chr11 6634149 . C T 529.16 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0145902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.119;QD=19.4186;RBI=0.0185525;REFB=0.00646468;REVB=0.0114595;RO=52;SAF=26;SAR=29;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.588483;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00749479;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:52:54:55:55:0.504587:29:26:16:36:29:26:16:38 chr11 6634189 . G A 559.16 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00678554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.06;QD=20.5197;RBI=0.0146439;REFB=-0.00370433;REVB=-0.0129769;RO=52;SAF=31;SAR=26;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235343;STB=0.628999;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00431123;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:26:31:14:38:26:31:14:38 chr11 6638506 . A T 277.76 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0047355;FXX=0.0392118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.424;QD=11.3371;RBI=0.00873054;REFB=-0.00774851;REVB=-0.00733466;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886004;STB=0.520396;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0149056;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:55:64:34:34:0.346939:17:17:23:32:17:17:30:34 chr11 6655433 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00587863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.359;QD=17.3292;RBI=0.02705;REFB=-0.00615031;REVB=0.0264035;RO=44;SAF=13;SAR=25;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321353;STB=0.673891;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00870445;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:25:13:30:14:25:13:30:15 chr11 6789294 . G C 1556.37 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.685;QD=59.2903;RBI=0.0221574;REFB=0;REVB=0.00996986;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69801e-05;OID=.;OPOS=6789294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:64:38:0:0:67:38:0:0 chr11 6790028 . C G 1725.85 PASS AF=0.966942;AO=118;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00618436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7272;QD=57.0528;RBI=0.0342508;REFB=0.010116;REVB=-0.0336879;RO=3;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864961;STB=0.500424;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0017738;OID=.;OPOS=6790028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:3:4:118:117:0.966942:57:61:1:2:57:60:2:2 chr11 6790106 . T C 2200.56 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1837;QD=62.4272;RBI=0.0151751;REFB=-0.0853943;REVB=0.00793528;RO=1;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646902;STB=0.503401;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000791951;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:73:67:0:1:73:67:0:1 chr11 6807243 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0267385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.712;QD=17.8275;RBI=0.029955;REFB=-0.0112249;REVB=-0.0135039;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320624;STB=0.677208;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.012551;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:0:11:10:2:0:11 chr11 6816778 . A G 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.293;QD=57.6682;RBI=0.0282726;REFB=0;REVB=-0.00289729;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109102;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr11 6816875 . G A 716.48 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00420095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.889;QD=51.1774;RBI=0.00443873;REFB=-0.0211584;REVB=-0.00143328;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513124;STB=0.527262;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00192955;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:27:26:3:0:27:26:3:0 chr11 6867894 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0567908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.846;QD=52.1523;RBI=0.058749;REFB=-0.0435077;REVB=-0.0150416;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00208817;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:0:1 chr11 6891704 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.391;QD=58.7791;RBI=0.0539243;REFB=0;REVB=0.0223257;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277823;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 6898310 . G T 84.13 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0140923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.12;QD=10.197;RBI=0.014117;REFB=-0.0193387;REVB=0.000835572;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207689;STB=0.627647;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0417832;OID=.;OPOS=6898310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:15:7:2:9:15:7 chr11 6898663 . G A 290.11 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245219;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.705;QD=52.7467;RBI=0.0428279;REFB=0;REVB=0.0351127;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684641;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr11 6913244 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.08;QD=54.5145;RBI=0.0624901;REFB=0;REVB=-0.0118525;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341899;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 6942476 . C A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0164943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4511;QD=15.1595;RBI=0.021066;REFB=-0.0122714;REVB=0.013104;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083897;STB=0.561964;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0171155;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:5:10:13:9:5:11:13:9 chr11 6942628 . A C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.012418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.706;QD=15.3561;RBI=0.0163015;REFB=-0.010981;REVB=0.0105609;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732871;STB=0.535692;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0155897;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:20:13:20:23:20:13:20:24 chr11 6942726 . G C 436.64 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.120736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7063;QD=24.2579;RBI=0.124882;REFB=-0.0168854;REVB=0.0319107;RO=29;SAF=17;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468559;STB=0.516567;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00704773;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:42:42:0.583333:25:17:10:19:25:17:11:19 chr11 6942952 . T C 394.04 PASS AF=0.5;AO=39;DP=81;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00265464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.275;QD=18.7639;RBI=0.0091617;REFB=-0.00789692;REVB=0.00876868;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579604;STB=0.523798;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0134444;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:42:42:39:42:0.5:21:18:22:20:22:20:22:20 chr11 6943254 . C T 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0122935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.716;QD=13.3404;RBI=0.0270522;REFB=-0.0054777;REVB=-0.0240975;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124161;STB=0.580569;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0120707;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:9:12:14:17:9:12:14:18 chr11 6976988 . A T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.506;QD=57.7121;RBI=0.0229007;REFB=0;REVB=-0.0207305;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5515e-05;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr11 7022038 . A G 547.45 PASS AF=0.523364;AO=54;DP=106;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0318705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.379;QD=20.4652;RBI=0.0324735;REFB=0.0284281;REVB=-0.00622869;RO=51;SAF=31;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572804;STB=0.529719;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0248897;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:51:51:54:56:0.523364:23:31:26:25:24:32:26:25 chr11 7022160 . A G 1402.56 PASS AF=0.989011;AO=82;DP=83;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00668652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.109;QD=61.6512;RBI=0.0391412;REFB=-0.0845878;REVB=0.0385658;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126271;STB=0.505493;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000322361;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:91:1:1:82:90:0.989011:37:45:0:1:45:45:0:1 chr11 7022531 . A C,T 1215.82 PASS AF=0.53012,0.46988;AO=44,37;DP=81;FAO=44,39;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=22,24;FSAR=22,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333475,0.029371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.157,144.364;QD=58.5939;RBI=0.0485787,0.0381019;REFB=0,0;REVB=0.0353247,0.0242714;RO=0;SAF=22,22;SAR=22,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0105736,-0.00522005;OID=.,.;OPOS=7022531,7022531;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:83:0:0:44,37:44,39:0.53012,0.46988:22,15:22,22:0:0:22,15:22,24:0:0 chr11 7022717 . T C 344.77 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00265031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.624;QD=23.3739;RBI=0.0124196;REFB=-0.0102887;REVB=0.0121335;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379966;STB=0.504948;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00807927;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:34:35:0.59322:20:14:10:14:20:15:10:14 chr11 7059960 . A C 976.71 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.144;QD=57.4536;RBI=0.0255055;REFB=-0.159617;REVB=0.0206211;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000834877;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:36:31:0:0:36:31:1:0 chr11 7060092 . A G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00424294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.596;QD=20.7692;RBI=0.0149064;REFB=-0.0371819;REVB=-0.0142898;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35933;STB=0.701065;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0348028;OID=.;OPOS=7060092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:16:8:20:7:16:8 chr11 7063755 . C T 1601.37 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.264;QD=59.8643;RBI=0.0140506;REFB=0;REVB=0.00902773;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75158e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:40:67:0:0:40:67:0:0 chr11 7071031 . G A 1051.74 PASS AF=0.925;AO=73;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0298734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9642;QD=52.5871;RBI=0.038522;REFB=-0.115732;REVB=-0.0243213;RO=6;SAF=34;SAR=39;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764775;STB=0.54053;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00852356;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:80:80:6:6:73:74:0.925:39:34:6:0:40:34:6:0 chr11 7079038 . G A 496.94 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0375802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.38;QD=15.0588;RBI=0.0377252;REFB=0.00401272;REVB=-0.00330522;RO=77;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115585;STB=0.56486;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00542046;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:26:29:32:45:26:29:32:45 chr11 7273437 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0829176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.288;QD=27.4996;RBI=0.0939067;REFB=-0.0475479;REVB=-0.0440811;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291212;STB=0.660617;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0302436;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:1:9:8:11:1:9 chr11 7324475 . T C 989.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.326;QD=59.0639;RBI=0.0859772;REFB=0;REVB=-0.014582;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35683e-05;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr11 7439264 . C T 416.15 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0214816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8475;QD=22.1949;RBI=0.0241171;REFB=0.00898997;REVB=0.0109623;RO=33;SAF=17;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687856;STB=0.529079;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00832242;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:24:17:11:22:24:17:12:22 chr11 7488872 . C T 1949.5 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2165;QD=61.4015;RBI=0.0112516;REFB=0;REVB=0.00991462;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360519;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:65:59:0:0:67:60:0:0 chr11 7488927 . A C 2101.68 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.994;QD=62.7366;RBI=0.0979309;REFB=0;REVB=0.0699405;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286052;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:66:68:0:0:66:68:0:0 chr11 7489819 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.878;QD=64.4141;RBI=0.0719454;REFB=0;REVB=0.0373906;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453474;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr11 7619518 . T C 2243.18 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00211045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.41;QD=61.8809;RBI=0.0306957;REFB=-0.0990691;REVB=0.0306231;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00011636;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:0:2:143:143:0.986207:80:63:0:0:80:63:0:2 chr11 7662732 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=3.83247e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.637;QD=26.3157;RBI=0.00957654;REFB=-0.0143833;REVB=0.00957646;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172206;STB=0.576851;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00805045;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:21:22:0.611111:6:15:7:7:7:15:7:7 chr11 7670440 . A G 1804.07 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.563;QD=61.155;RBI=0.0358885;REFB=0;REVB=0.00759502;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15769e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:53:64:0:0:54:64:0:0 chr11 7673015 . G A 681.8 PASS AF=0.479167;AO=64;DP=140;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.0043887;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.436;QD=18.9389;RBI=0.0106821;REFB=-0.0184247;REVB=0.00973898;RO=74;SAF=36;SAR=28;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227017;STB=0.619014;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.018382;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:74:75:64:69:0.479167:28:36:24:50:30:39:25:50 chr11 7686602 . G GTGTT 210.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=2.06104e-05;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.786;QD=11.6788;RBI=0.0254517;REFB=0.000538832;REVB=-0.0254517;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161612;STB=0.59315;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=-0.000899296;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:26:73:26:72:46:14:12:18:28:99:46:14:12:18:28 chr11 7686674 . T C 664.35 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.000305542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5675;QD=22.3309;RBI=0.0149693;REFB=-0.0110554;REVB=0.0149662;RO=54;SAF=29;SAR=36;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640541;STB=0.535045;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0151445;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:65:65:0.546218:36:29:20:34:36:29:20:34 chr11 7687146 . G A 212.43 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0615826;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.348;QD=19.3115;RBI=0.0619521;REFB=0.0203347;REVB=0.00675563;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100952;STB=0.505715;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0174143;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:9:14:13:8:9:14 chr11 7687715 . T C 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.000401296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.168;QD=13.7579;RBI=0.00730275;REFB=-0.0125305;REVB=-0.00729171;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732147;STB=0.541727;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0242032;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:15:19:26:27:15:19:26:27 chr11 7710877 . C T 245.07 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0185094;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.178;QD=12.8983;RBI=0.0194214;REFB=-0.00892289;REVB=-0.00588131;RO=46;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238666;STB=0.630905;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0171646;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:47:29:29:0.381579:19:10:26:20:19:10:26:21 chr11 7711207 . T C 178.71 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0253351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.256;QD=8.93553;RBI=0.0258007;REFB=-0.00402159;REVB=0.00487959;RO=56;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991735;STB=0.558774;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00862619;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:14:10:28:28:14:10:28:28 chr11 7712471 . C T 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0032983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.855;QD=12.8682;RBI=0.0100692;REFB=-0.00452985;REVB=0.00951365;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196984;STB=0.61283;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00704342;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:19:12:29:22:19:12:29:22 chr11 7712523 . G A 442.73 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0260095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.529;QD=22.7042;RBI=0.0326821;REFB=-0.0187668;REVB=0.0197895;RO=35;SAF=29;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253226;STB=0.639639;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00845913;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:14:29:13:22:14:29:13:22 chr11 7712561 . T A 403.79 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0141439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8977;QD=22.1254;RBI=0.0496859;REFB=-0.025592;REVB=0.0476303;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234909;STB=0.621143;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0214167;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:16:23:10:23:17:23:10:23 chr11 7716855 . T A 2274.07 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7776;QD=63.6102;RBI=0.0592905;REFB=0;REVB=-0.038704;RO=0;SAF=102;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57442e-05;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:41:102:0:0:41:102:0:0 chr11 7721870 . G A 2887.58 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.087002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8956;QD=62.0986;RBI=0.0984687;REFB=-0.111671;REVB=0.0461166;RO=2;SAF=88;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00044587;STB=0.50259;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000840711;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:2:1:184:185:0.994624:96:88:1:1:96:89:0:1 chr11 7727886 . C T 588.28 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0594855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.517;QD=19.9418;RBI=0.0596319;REFB=0.00393633;REVB=-0.0041767;RO=58;SAF=25;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598848;STB=0.533035;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00356393;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:35:25:28:30:35:25:28:30 chr11 7847208 . T C 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0223503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.929;QD=13.4947;RBI=0.0280798;REFB=-0.000108009;REVB=-0.0169982;RO=44;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781862;STB=0.544562;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000225151;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:14:15:26:18:14:15:26:18 chr11 7847466 . A G 107.34 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0159727;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.09;QD=11.2988;RBI=0.0181469;REFB=-0.00391454;REVB=-0.00861289;RO=25;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529422;STB=0.829539;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00676176;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:12:1:10:15:12:1:10:15 chr11 7847472 . C T 94.32 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.009431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.733;QD=10.48;RBI=0.0107887;REFB=-0.0119258;REVB=-0.00523942;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31983;STB=0.713877;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0112664;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:12:12:0.333333:10:2:9:14:10:2:10:14 chr11 7871011 . A G 530.4 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0398233;FXX=0.0583285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.045;QD=18.7751;RBI=0.0403206;REFB=-0.0105291;REVB=-0.00631323;RO=49;SAF=31;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461782;STB=0.559257;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0101003;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:49:58:55:55:0.486726:24:31:25:24:24:31:26:32 chr11 7949350 . A G 903.97 PASS AF=0.577465;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00438798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.061;QD=25.4639;RBI=0.00778574;REFB=-0.00111284;REVB=0.00643143;RO=60;SAF=42;SAR=40;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946953;STB=0.505153;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000712148;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:60:60:82:82:0.577465:40:42:30:30:40:42:30:30 chr11 7950024 . A G 341.25 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0223293;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6545;QD=29.6736;RBI=0.0578017;REFB=-0.0134014;REVB=-0.0533145;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747791;STB=0.551688;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0100469;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:17:29:29:0.630435:13:16:8:10:13:16:7:10 chr11 7961130 . C T 215.58 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0200561;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.915;QD=20.5309;RBI=0.0227903;REFB=-0.0165983;REVB=0.0108235;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129307;STB=0.573015;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0185704;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:13:8:11:10:13:8:11:10 chr11 8014479 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.317;QD=58.1421;RBI=0.0247667;REFB=0;REVB=0.0219048;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130175;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 8115699 . T C 163.89 PASS AF=0.328767;AO=21;DP=69;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0765011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.369;QD=8.98041;RBI=0.0813701;REFB=-0.013729;REVB=-0.027725;RO=48;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145294;STB=0.615465;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0555645;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:48:49:21:24:0.328767:11:10:17:31:11:13:18:31 chr11 8123499 . G A 941.25 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0093502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.736;QD=57.0454;RBI=0.00992798;REFB=-0.0759316;REVB=0.00333746;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00121287;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:25:39:0:0:26:39:0:1 chr11 8127495 . T C 1378.71 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0032;QD=61.2759;RBI=0.0575527;REFB=-0.0564375;REVB=-0.0498727;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000362989;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:33:56:0:0:33:56:0:1 chr11 8251921 . G C 324.82 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0330999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.388;QD=12.6145;RBI=0.0331015;REFB=-0.0263182;REVB=-0.00032736;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15073;STB=0.585325;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0365505;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:23:16:18:46:23:16:18:46 chr11 8486310 . C A 412.05 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.000881147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.023;QD=16.1587;RBI=0.0044093;REFB=-0.0402022;REVB=-0.00432036;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739028;STB=0.535421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0501405;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:45:46:0.45098:21:24:34:22:21:25:34:22 chr11 8693405 . G A 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0208643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.022;QD=18.1039;RBI=0.0297626;REFB=-0.013438;REVB=-0.0212249;RO=57;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742259;STB=0.541211;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0121757;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:32:21:27:30:32:21:27:30 chr11 8751889 . C G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0103006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.385;QD=17.8265;RBI=0.0550799;REFB=-0.00368138;REVB=0.0541082;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00199749;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:5:7:6:4:5:7:6:5 chr11 8788168 . A T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.672;QD=59.8558;RBI=0.0343154;REFB=0;REVB=-0.0231034;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94359e-06;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr11 8788225 . A C 1003.94 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.783;QD=59.0551;RBI=0.0507049;REFB=0;REVB=0.0154264;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484454;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:61:68:1:32:29:0:0:37:31:0:0 chr11 8942999 . G A 2301.45 PASS AF=0.987097;AO=151;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287546;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.534;QD=59.3922;RBI=0.0315494;REFB=-0.151683;REVB=0.0129821;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500211;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000429979;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:155:0:2:151:153:0.987097:77:74:0:0:79:74:1:1 chr11 8947021 . A G 167.04 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5668;QD=41.7608;RBI=0.0515405;REFB=-0.117969;REVB=-0.0340476;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0313757;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr11 8947283 . G C 928.38 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0280838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9941;QD=55.4257;RBI=0.0849932;REFB=-0.156392;REVB=0.0802194;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.512817;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0050689;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:38:27:0:1:38:27:0:2 chr11 8948680 . A T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2835;QD=59.1413;RBI=0.0284977;REFB=0;REVB=-0.0261489;RO=0;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207392;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:49:18:0:0:49:18:0:0 chr11 8959511 . T G 571.23 PASS AF=0.851852;AO=44;DP=54;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0171294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.531;QD=42.3129;RBI=0.0200155;REFB=0.0175772;REVB=0.0103541;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574043;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000443479;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:0:8:44:46:0.851852:22:22:0:0:23:23:0:8 chr11 8959545 . C A 837.22 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000649697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.248;QD=55.8148;RBI=0.0118387;REFB=-0.0760858;REVB=0.0118209;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000607664;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chr11 8968878 . GAGGACAT G 270.98 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355533;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=7;MLLD=349.97;QD=51.6159;RBI=0.0550734;REFB=0;REVB=0.0420599;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000144028;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:22:21:21:0:6:15:0:0:3:0:6:13:0:0 chr11 8969309 . T C 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0534395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8522;QD=22.9747;RBI=0.0892305;REFB=0.0339405;REVB=0.0714584;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213863;STB=0.511936;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0347597;OID=.;OPOS=8969309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:12:10:12:13:12:10 chr11 8977830 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0220742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.079;QD=21.9521;RBI=0.0222244;REFB=0.00952559;REVB=0.00257975;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1597;STB=0.588181;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0044861;OID=.;OPOS=8977830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:9:16:14:18:9:16 chr11 9005036 . T A 1235.06 PASS AF=0.97619;AO=83;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.845;QD=58.8122;RBI=0.0146763;REFB=0.0259376;REVB=-0.00805242;RO=0;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=3.86243e-06;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:83:82:0.97619:56:27:0:0:54:28:0:2 chr11 9052423 . A C 1216.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.13805;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.523;QD=60.0929;RBI=0.142376;REFB=-0.135914;REVB=0.0348297;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000806211;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:43:37:0:0:43:37:1:0 chr11 9225486 . C G 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.010797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.625;QD=11.6759;RBI=0.0298906;REFB=-0.00769258;REVB=-0.0278725;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18476;STB=0.606261;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0135921;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:15:17:22:38:15:17:22:38 chr11 9228785 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.481;QD=59.8389;RBI=0.0616789;REFB=0;REVB=0.0155329;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251323;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr11 9316937 . G A 1356.6 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.325;QD=62.3723;RBI=0.0209473;REFB=0;REVB=0.0113011;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08645e-05;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:52:33:0:0:52:35:0:0 chr11 9406349 . T C 1656.06 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.781;QD=60.2203;RBI=0.0543756;REFB=0;REVB=0.0223513;RO=0;SAF=31;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49315e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:79:31:0:0:79:31:0:0 chr11 9450377 . T G 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0127152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.38;QD=18.0144;RBI=0.0127494;REFB=-0.00762146;REVB=0.000933993;RO=54;SAF=12;SAR=39;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329659;STB=0.680722;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00569831;OID=.;OPOS=9450377;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:39:12:30:24:39:12:30:25 chr11 9537904 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.007;QD=55.0985;RBI=0.0347781;REFB=0;REVB=0.0168562;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44022e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 9602477 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0218342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.945;QD=12.0244;RBI=0.0424647;REFB=-0.00605856;REVB=0.0364213;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0106455;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:13:7:5:7:13:7 chr11 9607032 . A G 1539.85 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.687;QD=59.8;RBI=0.0602221;REFB=0;REVB=-0.0546622;RO=1;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497446;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:1:0:102:103:1:66:36:0:1:67:36:0:0 chr11 9769483 . C T 326.18 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0185243;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.23;QD=14.9966;RBI=0.0378393;REFB=-0.0168331;REVB=-0.0329949;RO=51;SAF=11;SAR=25;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786306;STB=0.544637;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0286786;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:25:11:19:32:25:11:19:32 chr11 9771886 . TCAAAA T 75.26 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000900949;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=214.333;QD=10.7512;RBI=0.0361495;REFB=-0.00917041;REVB=-0.0361382;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615131;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=0.0123832;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:27:10:28:18:8:2:12:6:75:5:8:2:4:1 chr11 9800601 . G A 210.35 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-5.61762e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.963;QD=9.78372;RBI=0.00748103;REFB=-0.00603138;REVB=-0.00748082;RO=59;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230516;STB=0.634422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0138909;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:12:15:21:38:12:15:21:38 chr11 9800821 . T C 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00140252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4657;QD=18.1748;RBI=0.0375948;REFB=-0.00701133;REVB=0.0375686;RO=31;SAF=23;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229441;STB=0.623001;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00623984;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:8:23:16:15:8:23:17:15 chr11 10533952 . T C 1026.06 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.536;QD=55.4625;RBI=0.0428622;REFB=-0.0521141;REVB=0.0384503;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295294;STB=0.509453;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00165641;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:2:3:71:71:0.959459:40:31:2:0:40:31:2:1 chr11 10580793 . G T 378.78 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0229892;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.534;QD=14.8539;RBI=0.024676;REFB=-0.012822;REVB=-0.00896674;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177473;STB=0.595194;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.020617;OID=.;OPOS=10580793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:59:43:43:0.421569:17:26:25:33:17:26:26:33 chr11 10655609 . C T 1226.81 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.217;QD=61.3405;RBI=0.0241281;REFB=0;REVB=-0.0145099;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64482e-05;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr11 10655623 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00823942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.2;QD=19.8662;RBI=0.014001;REFB=-0.00913978;REVB=-0.0113199;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611544;STB=0.53388;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0121709;OID=.;OPOS=10655623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:11:23:22:14:11:23 chr11 10673739 . T C,G 3934.4 PASS AF=0.903846,0.0961538;AO=236,24;DP=260;FAO=235,25;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=102,25;FSAR=133,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121548,-0.0220382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.583,92.3232;QD=60.5292;RBI=0.0154794,0.0324294;REFB=0,0;REVB=0.00958502,-0.0237903;RO=0;SAF=103,24;SAR=133,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.0952e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00143127,0.0353359;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:260:260:0:0:236,24:235,25:0.903846,0.0961538:133,0:103,24:0:0:133,0:102,25:0:0 chr11 10715124 . T C 1251.54 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.425;QD=61.0509;RBI=0.033487;REFB=0;REVB=0.0236174;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09431e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:42:40:0:0 chr11 10786142 . C T 1387.96 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4887;QD=62.3804;RBI=0.0133356;REFB=0;REVB=-0.00143208;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52668e-05;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:52:36:0:0:52:37:0:0 chr11 10822350 . C T 2643.78 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955197;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.029;QD=62.2066;RBI=0.00956433;REFB=0;REVB=0.000486132;RO=0;SAF=98;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28592e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:71:98:0:0:71:99:0:0 chr11 10823079 . T C 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00109292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.9;QD=13.0598;RBI=0.00215779;REFB=-0.01254;REVB=-0.00186054;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.509796;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0220658;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:16:24:16:10:16:24 chr11 10828361 . C A 420.32 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0675772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6924;QD=17.8861;RBI=0.070244;REFB=0.000926332;REVB=0.0191714;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153872;STB=0.58576;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=6.42341e-05;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:22:21:33:18:22:21:33:18 chr11 11292700 . G C 1746.63 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.809;QD=60.7524;RBI=0.0346095;REFB=0;REVB=0.0292297;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46531e-05;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:69:46:0:0:69:46:0:0 chr11 11354346 . T C 430.63 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00225314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.088;QD=20.0293;RBI=0.0219895;REFB=-0.0179634;REVB=0.0218738;RO=43;SAF=26;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168398;STB=0.593435;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0260276;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:17:26:18:25:17:26:18:25 chr11 11373508 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.032;QD=59.4314;RBI=0.0395349;REFB=0;REVB=0.0390344;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569539;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 11373587 . A G 1448.16 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.147;QD=62.9637;RBI=0.0199414;REFB=0;REVB=0.0078643;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22638e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:53:37:0:0:53:39:0:0 chr11 11373635 . C T 1887.49 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103378;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.697;QD=60.8868;RBI=0.0155189;REFB=-0.02909;REVB=-0.0115743;RO=1;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772492;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=6.67784e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:123:123:0.991935:61:62:0:1:61:62:0:1 chr11 11373808 . T G 1731.07 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.31;QD=60.7391;RBI=0.0359298;REFB=0;REVB=-0.0283439;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84721e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr11 11373925 . A C 1766.75 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4119;QD=59.8899;RBI=0.030174;REFB=-0.105541;REVB=-0.0168305;RO=1;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811791;STB=0.504201;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00117303;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:116:117:0.991525:58:58:0:1:59:58:0:1 chr11 11373960 . C T 2008.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.067;QD=62.2766;RBI=0.0159471;REFB=0;REVB=-0.0139197;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32104e-05;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:59:70:0:0:59:70:0:0 chr11 11374016 . T A 2084.23 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.908;QD=62.6835;RBI=0.0384838;REFB=0;REVB=-0.0274482;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38266e-07;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:58:74:0:0:58:75:0:0 chr11 11374269 . A G 889.3 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=177;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0577225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.172;QD=20.0973;RBI=0.0582122;REFB=-0.0255039;REVB=-0.00753497;RO=87;SAF=57;SAR=32;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948385;STB=0.549828;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0253366;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:87:88:89:89:0.502825:32:57:47:40:32:57:48:40 chr11 11374283 . T G 3027.48 PASS AF=0.984694;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=119;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0211395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.686;QD=61.7852;RBI=0.0213311;REFB=0.021936;REVB=-0.00285256;RO=3;SAF=119;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00154422;STB=0.500811;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=2.33471e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:196:3:3:193:193:0.984694:74:119:2:1:74:119:2:1 chr11 11913585 . G T 1481.1 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00521365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.69;QD=58.6573;RBI=0.0127265;REFB=-0.0808876;REVB=-0.0116095;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102011;STB=0.505375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=8.07374e-05;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:1:0:54:46:1:0 chr11 11976628 . G A 1694.64 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8939;QD=60.5229;RBI=0.0482696;REFB=0;REVB=-0.0289744;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63282e-05;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:52:60:0:0:52:60:0:0 chr11 11977573 . T C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9668;QD=54.635;RBI=0.045147;REFB=-0.0588946;REVB=0.0362647;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00139454;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr11 11978815 . T TGA 1493.26 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00873706;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.477;QD=57.4331;RBI=0.0307047;REFB=-0.090687;REVB=0.0294354;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182364;STB=0.509257;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=0.0009651;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:99:104:102:104:2:49:53:0:2:3:2:48:51:0:2 chr11 11986061 . T C 1225.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.694;QD=61.2897;RBI=0.0403583;REFB=0;REVB=0.00349235;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10779e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:76:80:1:36:40:0:0:38:42:0:0 chr11 12225945 . GT G,GG 1735.41 PASS AF=0.136752,0.863248;AO=23,95;DP=119;FAO=16,101;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=16,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262468,0.0280065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=292.061,309.622;QD=59.3304;RBI=0.0434959,0.0425684;REFB=0,0;REVB=0.0346843,0.0320578;RO=0;SAF=5,45;SAR=18,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00859563,0.00225998;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136752,0.863248:23,95:119:16,101:117:0:0,50:16,51:0:0:32:0:5,45:18,50:0:0 chr11 12229655 . T G 982.09 PASS AF=0.507937;AO=96;DP=189;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00376261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.067;QD=20.7851;RBI=0.003808;REFB=-0.0223375;REVB=0.000586178;RO=93;SAF=38;SAR=58;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109771;STB=0.560311;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0192101;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:93:93:96:96:0.507937:58:38:48:45:58:38:48:45 chr11 12246233 . G C 1265.34 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3156;QD=60.2543;RBI=0.022654;REFB=0.0429468;REVB=-0.0131102;RO=1;SAF=58;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809714;STB=0.504272;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00344146;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:25:58:1:0:25:58:1:0 chr11 12265542 . A G 284.39 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00588492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.691;QD=17.7741;RBI=0.00794818;REFB=-0.0129346;REVB=-0.00534241;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330593;STB=0.518507;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0132879;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:18:15:13:18:18:15 chr11 12281339 . C T 268.79 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0271232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.464;QD=22.3993;RBI=0.0450861;REFB=-0.0126009;REVB=-0.0360151;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143842;STB=0.580367;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00753344;OID=.;OPOS=12281339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:14:9:14:11:14:9 chr11 12285090 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0111228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.654;QD=13.7478;RBI=0.0125465;REFB=-0.00712507;REVB=0.00580504;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801421;STB=0.546057;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0106384;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:14:18:14:8:14:18 chr11 12315186 . G A 1305.12 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.105;QD=61.4176;RBI=0.0484879;REFB=0;REVB=-0.0297362;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72294e-05;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:49:34:0:0:49:36:0:0 chr11 12315407 . G C 501.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7517;QD=58.9565;RBI=0.0651477;REFB=0;REVB=0.0651385;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112571;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr11 12315716 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.745;QD=55.6561;RBI=0.0441077;REFB=0;REVB=0.0165334;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111216;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 12315848 . C T 263.0 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7389;QD=47.8178;RBI=0.0323236;REFB=-0.138935;REVB=-0.0214929;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00770349;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:1:0 chr11 12315891 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.387;QD=58.5856;RBI=0.051126;REFB=0;REVB=-0.00269034;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186911;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr11 12315915 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.72;QD=59.4356;RBI=0.0279017;REFB=0;REVB=-0.0209121;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22165e-06;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:12:22:0:1:13:22:0:0 chr11 12534707 . G A 198.05 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00899381;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.431;QD=14.6702;RBI=0.0171875;REFB=-0.0196999;REVB=-0.0146466;RO=31;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469619;STB=0.766496;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0270914;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:6:17:8:23:6:17:8:23 chr11 12903443 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.933;QD=57.6801;RBI=0.0196668;REFB=0;REVB=0.00896958;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31571e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr11 13398129 . T A 1512.29 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000323779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.333;QD=59.8928;RBI=0.0611537;REFB=0;REVB=0.0611528;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71595e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:54:44:0:0:57:44:0:0 chr11 13929046 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.344;QD=44.6898;RBI=0.0331237;REFB=0;REVB=-0.0331043;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165089;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 13984583 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0865088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.904;QD=16.1989;RBI=0.0867253;REFB=0.0229001;REVB=0.00612358;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0112052;OID=.;OPOS=13984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr11 14101493 . G GC 875.33 PASS AF=1;AO=79;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5495;QD=41.192;RBI=0.144042;REFB=0;REVB=0.133629;RO=6;SAF=48;SAR=31;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00520244;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:86:85:85:0:53:32:0:0:16:6:48:31:5:1 chr11 14157055 . G A 281.03 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0123208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.404;QD=13.3826;RBI=0.0153805;REFB=-0.00179393;REVB=0.00920646;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669884;STB=0.514215;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00377402;OID=.;OPOS=14157055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:32:33:0.392857:14:18:29:22:15:18:29:22 chr11 14632570 . A C 918.0 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.17;QD=58.2857;RBI=0.0343059;REFB=0;REVB=0.0311175;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118576;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr11 14810762 . A G 1526.98 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000932428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.241;QD=63.624;RBI=0.00355988;REFB=0;REVB=0.00343559;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27949e-06;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:54:41:0:0:55:41:0:0 chr11 14865551 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0144861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.849;QD=18.4129;RBI=0.0173461;REFB=-0.0105379;REVB=0.00954147;RO=34;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944165;STB=0.552935;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00770651;OID=.;OPOS=14865551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:25:8:11:23:25:8:11:23 chr11 14913575 . G A 1112.61 PASS AF=0.52381;AO=108;DP=209;FAO=110;FDP=210;FR=.;FRO=100;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.0252949;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.628;QD=21.1925;RBI=0.0310289;REFB=-0.0153281;REVB=0.0179711;RO=100;SAF=70;SAR=38;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549011;STB=0.528367;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0157402;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:100:100:108:110:0.52381:38:70:59:41:39:71:59:41 chr11 14991539 . T C 2147.89 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0133242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8407;QD=61.3683;RBI=0.0798914;REFB=-0.0191333;REVB=-0.0787725;RO=1;SAF=70;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674335;STB=0.506943;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000481163;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:140:1:2:137:138:0.985714:67:70:1:0:67:71:2:0 chr11 15199957 . T C 708.76 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5962;QD=63.0006;RBI=0.0904745;REFB=0;REVB=0.00783783;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143521;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr11 15992319 . A C 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0274639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.482;QD=24.7614;RBI=0.0283052;REFB=0.00807373;REVB=0.00684965;RO=28;SAF=9;SAR=32;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166811;STB=0.591996;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00479417;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:32:9:11:17:32:9:11:17 chr11 16133413 . A G 1254.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.884;QD=61.2043;RBI=0.0459553;REFB=0;REVB=0.0307944;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6327e-05;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:46:33:0:0:47:35:0:0 chr11 16838364 . G A 100.48 PASS AF=0.375;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0344426;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=12.5603;RBI=0.0378166;REFB=-0.0106342;REVB=0.0156143;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402508;STB=0.523771;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.016777;OID=.;OPOS=16838364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:20:20:12:12:0.375:4:8:14:6:4:8:14:6 chr11 16847973 . C T 345.41 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.015224;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.557;QD=16.4483;RBI=0.0165365;REFB=-0.0096083;REVB=0.00645641;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15177;STB=0.579175;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125762;OID=.;OPOS=16847973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:47:37:37:0.440476:16:21:19:27:16:21:20:27 chr11 17035678 . G A 65.49 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00463505;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.127;QD=21.8286;RBI=0.0484757;REFB=-0.0088545;REVB=0.0482536;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00958949;OID=.;OPOS=17035678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr11 17035718 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.713;QD=39.2052;RBI=0.0379169;REFB=0;REVB=-0.0160869;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686879;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 17172133 . T C 696.45 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0609975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.954;QD=23.41;RBI=0.0615753;REFB=-0.0235809;REVB=0.00841559;RO=51;SAF=38;SAR=29;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302838;STB=0.521203;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0168758;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:52:67:67:0.563025:29:38:27:24:29:38:27:25 chr11 17190260 . T C 183.45 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0231088;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.268;QD=14.3882;RBI=0.0475582;REFB=-0.0029275;REVB=0.0415664;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305611;STB=0.675159;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00883146;OID=.;OPOS=17190260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:19:11:14:7:19:11 chr11 17191019 . A G 150.45 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0278926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5616;QD=12.0357;RBI=0.0366428;REFB=-0.0123632;REVB=0.0237634;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12204;STB=0.588131;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0250158;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:7:9:15:18:7:10:15:18 chr11 17333663 . G A 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7059;QD=62.9687;RBI=0.0622754;REFB=0;REVB=0.0622688;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442591;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 17339127 . T C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0149933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.573;QD=17.6719;RBI=0.0285952;REFB=-0.0128101;REVB=0.0243492;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118973;STB=0.566622;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0141867;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:18:14:17:13:18:14 chr11 17352476 . TTACA T,TT 161.64 PASS AF=0,0.428571;AO=5,11;DP=41;FAO=0,18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0181335,0.0200738;FXX=0.0232504;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=315.856,324.053;QD=15.3941;RBI=0.0197015,0.0213956;REFB=-0.012965,-0.0128099;REVB=0.0077024,0.00740356;RO=23;SAF=1,3;SAR=4,8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.425602,-0.334127;STB=0.5,0.622811;STBP=1,0.196;TYPE=del,del;VARB=0,0.012867;OID=.,.;OPOS=17352477,17352478;OREF=TACA,ACA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.428571:5,11:41:0,18:42:24:0,6:0,12:13:11:99:23:1,3:4,8:13:10 chr11 17393644 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00842061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7107;QD=14.1382;RBI=0.0257482;REFB=-0.0152605;REVB=0.0243324;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324157;STB=0.689378;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0321546;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:12:8:10:4:12:8 chr11 17408251 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0112191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.256;QD=14.6656;RBI=0.0593905;REFB=0.0218113;REVB=0.0583212;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105699;STB=0.571326;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0155683;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:3:12:13:5:3:12:15:6 chr11 17408404 . C T 683.16 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0137544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.91;QD=39.6032;RBI=0.0188145;REFB=-0.0205775;REVB=-0.0128374;RO=11;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125216;STB=0.585374;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00241437;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:69:69:11:14:55:55:0.797101:28:27:1:10:28:27:1:13 chr11 17408405 . G T 45.84 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0159825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3407;QD=2.47796;RBI=0.0381394;REFB=-0.0326106;REVB=-0.0346291;RO=64;SAF=1;SAR=9;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464831;STB=0.844831;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0753367;OID=.;OPOS=17408405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:74:74:64:64:10:10:0.135135:9:1:27:37:9:1:27:37 chr11 17408630 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00026185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.919;QD=61.6952;RBI=0.00868277;REFB=0;REVB=0.00867882;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31855e-05;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr11 17409069 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000658525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.691;QD=27.8594;RBI=0.0095595;REFB=-0.0165073;REVB=-0.00953679;RO=8;SAF=14;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331979;STB=0.686866;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00719793;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:3:14:3:5:3:14:3:5 chr11 17409572 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.674;QD=55.2223;RBI=0.0489257;REFB=-0.0302283;REVB=0.028383;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.506327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000867182;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:39:17:0:0:39:17:0:1 chr11 17418477 . C A 740.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4701;QD=56.934;RBI=0.071769;REFB=0;REVB=0.0289795;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952988;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr11 17419279 . C T 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0199953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.098;QD=18.6057;RBI=0.0249832;REFB=-0.0179441;REVB=0.0149783;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16919;STB=0.594173;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0171549;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:17:22:16:26:17:22:16:26 chr11 17448704 . G A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00439844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.883;QD=23.4422;RBI=0.00964133;REFB=-0.0195537;REVB=0.00857957;RO=22;SAF=8;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978701;STB=0.55418;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0180401;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:23:8:8:14:23:8:8:14 chr11 17537812 . A G 201.03 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0489352;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.893;QD=19.6127;RBI=0.0502754;REFB=-0.0194459;REVB=-0.011531;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162722;STB=0.592311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0127318;OID=.;OPOS=17537812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:11:10:13:7:11:10 chr11 17542439 . T C,G 1142.54 PASS AF=0.910256,0.0897436;AO=68,8;DP=76;FAO=71,7;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48,3;FSAR=23,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844818,-0.00637173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.407,187.289;QD=58.5916;RBI=0.0467739,0.0281472;REFB=0,0;REVB=0.0460046,0.0274165;RO=0;SAF=48,3;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00159557,0.0815967;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:76:78:0:0:68,8:71,7:0.910256,0.0897436:20,5:48,3:0:0:23,4:48,3:0:0 chr11 17580653 . G A 461.14 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0394154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1676;QD=16.0396;RBI=0.0514303;REFB=-0.0170423;REVB=0.033038;RO=64;SAF=22;SAR=29;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532927;STB=0.529806;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0165695;OID=.;OPOS=17580653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:29:22:31:33:29:22:31:33 chr11 17594818 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00721036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.481;QD=21.7443;RBI=0.0158413;REFB=-0.0269441;REVB=-0.0141052;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0154634;OID=.;OPOS=17594818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:4:7:11:4:4:7 chr11 17627613 . G C 294.28 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00719336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.032;QD=17.5686;RBI=0.00787201;REFB=-0.0361109;REVB=-0.00319751;RO=35;SAF=24;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232167;STB=0.635745;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0393624;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:7:24:20:15:7:25:20:15 chr11 17948311 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.019704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.533;QD=19.9926;RBI=0.0665891;REFB=0.00189874;REVB=0.063607;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581448;STB=0.532757;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00151765;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:9:14:12:10:9:14 chr11 17981047 . C T 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0047021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.148;QD=13.4955;RBI=0.0188826;REFB=-0.00454085;REVB=-0.0182878;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146178;STB=0.583687;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00616466;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:10:19:23:21:10:19:23:21 chr11 18022305 . TCAC T 330.0 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00484338;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.787;QD=16.7087;RBI=0.0152709;REFB=-0.00935615;REVB=-0.0144824;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936542;STB=0.544279;STBP=0.504;TYPE=del;VARB=0.009846;OID=.;OPOS=18022306;OREF=CAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:34:78:36:79:43:18:18:25:18:99:42:17:17:25:17 chr11 18108492 . T C 505.55 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00279714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0719;QD=20.2218;RBI=0.0653157;REFB=0.00697324;REVB=0.0652558;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417596;STB=0.523172;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00595271;OID=.;OPOS=18108492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:30:19:22:29:30:19:22:29 chr11 18127558 . C CCGG 153.84 PASS AF=0.308824;AO=15;DP=80;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0149504;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=3;MLLD=211.606;QD=9.0496;RBI=0.0157904;REFB=-0.0340259;REVB=0.00508133;RO=61;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202532;STB=0.636227;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.0705558;OID=.;OPOS=18127559;OREF=-;OALT=CGG;OMAPALT=CCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308824:15:80:21:68:47:6:15:22:25:99:61:5:10:30:31 chr11 18127580 . G A 230.01 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.098987;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.987;QD=18.7765;RBI=0.100941;REFB=0.00715062;REVB=0.0197642;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919354;STB=0.55156;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00758406;OID=.;OPOS=18127580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:8:17:14:10:8:17 chr11 18159169 . A G 1549.97 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.255;QD=62.6249;RBI=0.0247741;REFB=0.143937;REVB=-0.00910406;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000426801;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:42:55:0:0:43:55:1:0 chr11 18159254 . A G 458.96 PASS AF=0.46;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0253084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.674;QD=18.3584;RBI=0.0473694;REFB=-0.00634174;REVB=-0.0400418;RO=53;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116096;STB=0.558644;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00904142;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:54:46:46:0.46:22:24:34:19:22:24:34:20 chr11 18194944 . T A 1063.63 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0497147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.62;QD=57.4933;RBI=0.0513122;REFB=-0.0884946;REVB=0.0127041;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000428531;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:71:73:0.986486:37:34:0:0:39:34:0:1 chr11 18195051 . T C 1087.52 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0667944;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.814;QD=58.7847;RBI=0.0678882;REFB=-0.00469919;REVB=0.012137;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-8.47346e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:32:40:0:0:33:40:0:1 chr11 18210480 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.613;QD=51.9159;RBI=0.098848;REFB=0;REVB=0.0955291;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493659;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr11 18210580 . C T 1623.1 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=60.1147;RBI=0.105218;REFB=0;REVB=0.0753721;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250762;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:55:51:0:0:56:52:0:0 chr11 18231749 . T G 849.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393588;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3265;QD=57.6183;RBI=0.0779495;REFB=0;REVB=0.0672831;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448831;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:20:36:0:0:23:36:0:0 chr11 18231915 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222015;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.986;QD=60.6102;RBI=0.00731255;REFB=0;REVB=0.00696738;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19769e-05;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:11:27:0:0 chr11 18253176 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.624;QD=63.8719;RBI=0.026213;REFB=0;REVB=0.0254512;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66124e-05;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr11 18267027 . C T 446.34 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0256796;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9738;QD=18.0339;RBI=0.0275503;REFB=0.00829324;REVB=0.0099788;RO=54;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175449;STB=0.598138;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00733031;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:28:17:30:24:28:17:30:24 chr11 18267463 . A G 36.77 PASS AF=0.11236;AO=11;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0552983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5886;QD=1.65249;RBI=0.0644426;REFB=-0.0125361;REVB=-0.0330899;RO=78;SAF=9;SAR=2;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261562;STB=0.670013;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.104337;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:89:89:78:79:11:10:0.11236:2:9:50:28:2:8:51:28 chr11 18267471 . A G 78.25 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.00660493;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.317;QD=3.63964;RBI=0.0119674;REFB=-0.00506591;REVB=-0.0099797;RO=71;SAF=6;SAR=8;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289107;STB=0.69206;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0428999;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:85:86:71:72:14:14:0.162791:8:6:47:24:8:6:48:24 chr11 18290880 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.387;QD=40.7599;RBI=0.0488938;REFB=0;REVB=-0.0438488;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457865;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 18291302 . G A 473.3 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00841458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.698;QD=14.7905;RBI=0.0216066;REFB=-0.00440262;REVB=0.0199008;RO=75;SAF=19;SAR=34;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167065;STB=0.5094;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00641918;OID=.;OPOS=18291302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:34:19:28:47:34:19:28:47 chr11 18327684 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.442;QD=60.6097;RBI=0.0170596;REFB=0;REVB=0.015975;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20056e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 18388128 . G C 781.25 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00469086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.383;QD=53.8793;RBI=0.0258847;REFB=-0.0379245;REVB=0.0254561;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030286;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=2.70015e-05;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:2:1:55:57:0.982759:25:30:1:1:26:31:1:0 chr11 18424451 . C T 1789.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145577;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.59;QD=61.168;RBI=0.0145623;REFB=0;REVB=-0.000365768;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10777e-06;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr11 18424487 . A G 1606.58 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6504;QD=60.0591;RBI=0.0174875;REFB=0;REVB=-0.0173048;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4263e-05;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr11 18467821 . T C 1349.95 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.867;QD=59.9976;RBI=0.035246;REFB=-0.0862362;REVB=0.0301666;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114177;STB=0.511902;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00029038;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:41:47:0:1:41:47:0:2 chr11 18724411 . CAG C 37.3 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.023602;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.041;QD=3.4702;RBI=0.0337176;REFB=-0.00651206;REVB=-0.0240795;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361901;STB=0.642431;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.0277376;OID=.;OPOS=18724412;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:6:43:7:43:36:5:2:20:16:37:32:5:1:18:14 chr11 18724558 . C T 254.41 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00644121;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.866;QD=17.5455;RBI=0.0193413;REFB=-0.00324343;REVB=0.0182373;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122239;STB=0.513504;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00355078;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:19:10:10:18:20:10 chr11 18735396 . G T 322.04 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.776;QD=53.6738;RBI=0.0261953;REFB=0;REVB=0.00505191;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110482;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr11 18735947 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.226;QD=62.9815;RBI=0.0448126;REFB=0;REVB=0.00933856;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350493;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 18737095 . C T 1530.19 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.647;QD=63.7578;RBI=0.0417591;REFB=0;REVB=0.0337437;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109872;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:47:49:0:0 chr11 18738281 . C T 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.209;QD=64.1513;RBI=0.0625085;REFB=0;REVB=-0.0506919;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63365e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr11 18751041 . C T 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00516814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.469;QD=19.4993;RBI=0.0257709;REFB=-0.00484326;REVB=0.0252473;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00501485;OID=.;OPOS=18751041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:11:19:17:15:11:19 chr11 18955744 . C T 414.49 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0106506;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.058;QD=21.5318;RBI=0.0170195;REFB=-0.00407534;REVB=-0.0132751;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161619;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00278249;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:36:41:41:0.532468:19:22:20:16:19:22:20:16 chr11 18956194 . T C 651.2 PASS AF=0.401099;AO=73;DP=185;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.02113;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.925;QD=14.3121;RBI=0.0239703;REFB=-0.00646438;REVB=-0.011318;RO=111;SAF=36;SAR=37;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314717;STB=0.512339;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00740392;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:182:111:109:73:73:0.401099:37:36:58:53:37:36:56:53 chr11 18956196 . C T 413.88 PASS AF=0.300546;AO=55;DP=183;FAO=55;FDP=183;FR=.;FRO=128;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.00573478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8783;QD=9.04647;RBI=0.0467041;REFB=-0.00526149;REVB=0.0463506;RO=126;SAF=30;SAR=25;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733569;STB=0.5373;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00607731;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:126:128:55:55:0.300546:25:30:61:65:25:30:63:65 chr11 19076960 . C T 774.79 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0057263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.309;QD=18.0182;RBI=0.00758418;REFB=-0.0151382;REVB=0.00497286;RO=91;SAF=37;SAR=44;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989343;STB=0.554714;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0149068;OID=.;OPOS=19076960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:91:91:81:81:0.47093:44:37:51:40:44:37:51:40 chr11 19077765 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0194739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.692;QD=17.56;RBI=0.0274276;REFB=-0.016272;REVB=-0.0193143;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250433;STB=0.643795;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0315843;OID=.;OPOS=19077765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:10:11:5:13:10:11 chr11 19167850 . A G 510.67 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0164359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1055;QD=21.278;RBI=0.0396616;REFB=-0.0114204;REVB=-0.0360957;RO=47;SAF=28;SAR=21;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220691;STB=0.51219;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0103796;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:21:28:28:19:21:28:28:19 chr11 19209706 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00381994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.782;QD=18.4808;RBI=0.0160611;REFB=-0.030481;REVB=-0.0156002;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159688;STB=0.5999;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0191066;OID=.;OPOS=19209706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:10:9:6:14:10:9:6:15 chr11 19245854 . T C 1172.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.377;QD=60.9019;RBI=0.0285464;REFB=0;REVB=0.0269813;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22875e-05;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr11 19251826 . G A 314.81 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0217937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6548;QD=16.79;RBI=0.0235015;REFB=-0.00725414;REVB=-0.00879533;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205002;STB=0.596843;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00559784;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:34:35:0.466667:22:12:22:17:22:13:22:18 chr11 19612775 . C T 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.359;QD=56.0049;RBI=0.042126;REFB=-0.001709;REVB=-0.0199861;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000132623;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr11 19735987 . A G 425.18 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0208918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.504;QD=17.9025;RBI=0.0292961;REFB=-0.00224404;REVB=-0.0205377;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954769;STB=0.557869;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00358612;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:22:22:30:20:22:22:31:20 chr11 19854088 . G A 686.78 PASS AF=0.568966;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0154511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7642;QD=23.6821;RBI=0.0479619;REFB=0.0299459;REVB=0.0454049;RO=49;SAF=35;SAR=31;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162533;STB=0.512864;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0231721;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:49:50:66:66:0.568966:31:35:27:22:31:35:28:22 chr11 19901632 . G A 272.59 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00342342;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.216;QD=22.7159;RBI=0.0121613;REFB=-0.0349528;REVB=-0.0116695;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219162;STB=0.622935;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0277869;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:13:10:17:8:13:10 chr11 19955500 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.194;QD=60.8835;RBI=0.00931616;REFB=0;REVB=0.00480428;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54943e-06;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr11 19970501 . T C 198.58 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0218209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0775;QD=29.4191;RBI=0.0267928;REFB=0.00715238;REVB=0.0155468;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019418;STB=0.505045;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00198828;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:18:19:0.703704:5:13:6:2:5:14:6:2 chr11 19970558 . T C 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323703;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.713;QD=60.6298;RBI=0.0355383;REFB=0;REVB=-0.0146675;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180871;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr11 19970579 . C G,T 899.22 PASS AF=0.046875,0.953125;AO=4,60;DP=64;FAO=3,61;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461476,0.00691291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.9717,113.033;QD=56.201;RBI=0.0732706,0.0102948;REFB=0,0;REVB=-0.0731252,-0.00762856;RO=0;SAF=1,29;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.287333,-0.00168656;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:64:64:0:0:4,60:3,61:0.046875,0.953125:3,31:1,29:0:0:2,32:1,29:0:0 chr11 20065779 . C G 160.57 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0169;QD=45.8781;RBI=0.0872776;REFB=0;REVB=-0.0241181;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305624;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:8:4:0:0:8:6:0:0 chr11 20067064 . C T 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.978;QD=61.6948;RBI=0.0622172;REFB=0;REVB=0.047257;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171773;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr11 20089792 . G C 759.28 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.035482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.208;QD=21.6936;RBI=0.0377049;REFB=-0.00870844;REVB=-0.0127551;RO=66;SAF=37;SAR=36;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058332;STB=0.535383;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00747256;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:67:73:73:0.521429:36:37:29:37:36:37:29:38 chr11 20089944 . T C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0287735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.296;QD=14.6859;RBI=0.029681;REFB=-0.0102354;REVB=0.00728347;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043167;STB=0.52446;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.012424;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:19:24:16:15:19:24 chr11 20099112 . A T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.942;QD=58.6005;RBI=0.00600368;REFB=0;REVB=-0.00176324;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37195e-06;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 20099541 . C T 428.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3177;QD=57.1844;RBI=0.0952927;REFB=0;REVB=0.0421506;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248281;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:7:22:0:0:8:22:0:0 chr11 20101704 . C T 1877.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.26;QD=61.5693;RBI=0.0399762;REFB=0;REVB=0.0389224;RO=0;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92529e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:46:76:0:0:46:76:0:0 chr11 20101744 . C A 1555.78 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8508;QD=59.8378;RBI=0.0250128;REFB=0;REVB=-0.0248473;RO=0;SAF=67;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108577;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:37:67:0:0:37:67:0:0 chr11 20104669 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0812563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.012;QD=17.501;RBI=0.0814977;REFB=-0.001985;REVB=-0.00626832;RO=28;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235452;STB=0.633225;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00359232;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:7:19:14:14:7:19:14:14 chr11 20112417 . A C 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.012;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.132;QD=16.038;RBI=0.0136108;REFB=-0.0153035;REVB=0.00642291;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175433;STB=0.598352;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0141673;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:23:7:10:15:23:7 chr11 20112492 . G A 386.69 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00541643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.442;QD=20.9022;RBI=0.0127581;REFB=-0.00569995;REVB=0.0115512;RO=35;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16301;STB=0.590428;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00447945;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:13:26:17:18:13:26:17:18 chr11 20117232 . T C 2121.62 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.467;QD=62.8629;RBI=0.0218944;REFB=0;REVB=0.021791;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88505e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:67:68:0:0:67:68:0:0 chr11 20124914 . A C 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.631;QD=59.8518;RBI=0.0597502;REFB=0;REVB=-0.0582079;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144087;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr11 20140387 . A G 1503.42 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7133;QD=60.7443;RBI=0.0303806;REFB=-0.0303502;REVB=-0.0251707;RO=1;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810635;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00121938;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:99:1:1:95:98:0.989899:58:37:0:1:59:39:0:1 chr11 20140471 . A G 1476.26 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0715317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3039;QD=62.1584;RBI=0.0725776;REFB=0.0567929;REVB=0.012277;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920527;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000316157;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:1:1:92:94:0.989474:51:41:0:1:51:43:0:1 chr11 20404613 . T G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00228505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.355;QD=20.5427;RBI=0.00314343;REFB=-0.018978;REVB=-0.00215863;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559706;STB=0.53149;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0162056;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:12:13:11:13:12:13 chr11 20411307 . A G 298.51 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0191903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3916;QD=20.9478;RBI=0.022819;REFB=-0.00323559;REVB=0.0123465;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148776;STB=0.587572;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00320825;OID=.;OPOS=20411307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:18:12:15:11:19:12:15:11 chr11 20429454 . T C 1349.99 PASS AF=0.978261;AO=76;DP=79;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000479468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.921;QD=58.6951;RBI=0.0399005;REFB=-0.144544;REVB=0.0398976;RO=2;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462003;STB=0.500973;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000552825;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:92:2:2:76:90:0.978261:31:45:1:1:41:49:1:1 chr11 20486026 . G A 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0407452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.774;QD=9.91418;RBI=0.0408078;REFB=-0.0313764;REVB=-0.00225993;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589112;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.063031;OID=.;OPOS=20486026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:8:8:4:5:8:9 chr11 20529886 . G A 1556.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181;QD=59.8597;RBI=0.00854439;REFB=0;REVB=-0.00268111;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71395e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr11 20622975 . G A 492.46 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5865;QD=54.7174;RBI=0.0864006;REFB=-0.128847;REVB=0.0765554;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00881379;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:33:35:0.972222:18:15:1:0:19:16:1:0 chr11 20623042 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.86;QD=61.8144;RBI=0.0439464;REFB=-0.0920559;REVB=-0.00129348;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00323526;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr11 20623156 . C G 912.93 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407537;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5275;QD=58.8988;RBI=0.214338;REFB=0;REVB=0.210428;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153964;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:53:62:1:19:34:0:0:28:34:0:0 chr11 20639400 . A G 870.73 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00551623;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2569;QD=56.176;RBI=0.00554449;REFB=-0.0980345;REVB=0.000559076;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00242765;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:60:61:0.983871:29:31:0:0:29:32:0:1 chr11 20673867 . G A 2231.91 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413905;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.093;QD=59.5175;RBI=0.0436407;REFB=0;REVB=0.0138326;RO=1;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023936;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:150:1:0:140:150:1:61:79:0:1:62:88:0:0 chr11 20805286 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00624333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.557;QD=44.0922;RBI=0.0152256;REFB=-0.0838136;REVB=0.0138867;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00702512;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr11 21305927 . T C 2043.09 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242851;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.836;QD=61.9118;RBI=0.0315377;REFB=0;REVB=0.0201212;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110687;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:133:132:0:0:131:132:1:74:57:0:0:74:58:0:0 chr11 21392487 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2262;QD=58.962;RBI=0.049873;REFB=0;REVB=0.00509148;RO=0;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380154;OID=.;OPOS=21392487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:17:49:0:0:17:49:0:0 chr11 21581805 . C T 1370.12 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107018;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7782;QD=60.8943;RBI=0.0270119;REFB=0;REVB=0.0248015;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125767;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:90:0:0:82:90:1:43:39:0:0:47:43:0:0 chr11 22242729 . T C 267.54 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0258904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.795;QD=13.7202;RBI=0.0263884;REFB=-0.0163884;REVB=0.00510224;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707245;STB=0.540415;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0241629;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:21:10:18:29:21:10:18:29 chr11 22646571 . T C 904.68 PASS AF=0.474227;AO=91;DP=194;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00796882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.45;QD=18.6532;RBI=0.0324667;REFB=-0.0109894;REVB=0.0314736;RO=96;SAF=47;SAR=44;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565536;STB=0.505715;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0148315;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:96:102:91:92:0.474227:44:47:49:47:45:47:51:51 chr11 22696451 . A G 1310.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.994;QD=61.6902;RBI=0.0653247;REFB=0;REVB=0.0648052;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148546;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:0:0:77:85:1:31:46:0:0:39:46:0:0 chr11 22709973 . C A 1702.29 PASS AF=0.958678;AO=115;DP=120;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00747867;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.838;QD=56.2739;RBI=0.0203118;REFB=-0.0265798;REVB=-0.0188849;RO=5;SAF=54;SAR=61;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214133;STB=0.511039;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00243736;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:121:5:5:115:116:0.958678:61:54:1:4:62:54:1:4 chr11 22834189 . C T 1396.01 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3948;QD=62.7419;RBI=0.0531088;REFB=0;REVB=-0.0524157;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221091;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr11 24477474 . T C 194.79 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00889857;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.824;QD=12.3678;RBI=0.0103025;REFB=-3.01491e-05;REVB=0.00519205;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128775;STB=0.57137;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=6.6267e-05;OID=.;OPOS=24477474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:12:12:23:14:12:12:24:15 chr11 24759855 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1497;QD=59.1422;RBI=0.0245971;REFB=0;REVB=0.0210194;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0371e-05;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr11 25098938 . G C 1628.59 PASS AF=1;AO=93;DP=99;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151855;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9354;QD=60.3183;RBI=0.152986;REFB=0;REVB=-0.018569;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418168;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:108:0:0:93:108:1:63:30:0:0:63:45:0:0 chr11 26481611 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.372;QD=51.1846;RBI=0.0338716;REFB=0;REVB=-0.0146114;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90841e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr11 26558947 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00259462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.597;QD=12.4136;RBI=0.00282312;REFB=-0.0164321;REVB=0.00111264;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337291;STB=0.691727;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0270578;OID=.;OPOS=26558947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:9:28:10:13:9:28 chr11 26568966 . A G 2119.26 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518452;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0386;QD=62.7929;RBI=0.0149776;REFB=0;REVB=-0.0140517;RO=0;SAF=50;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313512;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:85:50:0:0:85:50:0:0 chr11 26586801 . G A 401.35 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0084759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.159;QD=13.4908;RBI=0.0163285;REFB=-0.00415805;REVB=0.0139563;RO=71;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109474;STB=0.509683;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00777202;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:72:47:47:0.394958:28:19:28:43:28:19:28:44 chr11 26587133 . T C 524.45 PASS AF=0.529412;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0383005;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.852;QD=20.5667;RBI=0.0453515;REFB=-0.027629;REVB=0.0242864;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944518;STB=0.545038;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0270045;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:47:48:52:54:0.529412:22:30:22:25:23:31:23:25 chr11 26587302 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.014127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.55;QD=12.3283;RBI=0.0145075;REFB=0.00338148;REVB=0.00330104;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473621;STB=0.795357;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00443009;OID=.;OPOS=26587302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:9:2:10:6:9:2:11:6 chr11 26656563 . C T 549.5 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00563091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.432;QD=17.87;RBI=0.00794883;REFB=-0.00782011;REVB=0.00561041;RO=65;SAF=37;SAR=21;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128621;STB=0.571528;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00873976;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:21:37:33:32:21:37:33:32 chr11 26677947 . C T 434.89 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0266955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4907;QD=16.411;RBI=0.0357458;REFB=0.000661311;REVB=-0.0237722;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798565;STB=0.539622;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00136591;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:23:25:25:32:23:25:26:32 chr11 26694979 . A G 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0355918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8029;QD=14.3242;RBI=0.0565437;REFB=-0.0178616;REVB=0.0439364;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179761;STB=0.60183;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0250027;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:25:14:15:13:25:14 chr11 26702664 . C T 1203.91 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483016;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3747;QD=60.9576;RBI=0.0671557;REFB=0;REVB=-0.0669818;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020568;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:31:48:0:0 chr11 26705310 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00929905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.902;QD=15.4095;RBI=0.0272047;REFB=-0.00808526;REVB=-0.025566;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634844;STB=0.535953;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0181082;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:18:16:11:16:18:16 chr11 26732923 . A G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0059761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.206;QD=21.264;RBI=0.0189809;REFB=-0.00297581;REVB=0.0180156;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155024;STB=0.508712;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00514256;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:6:12:13:7:6:12 chr11 26734209 . C T 1368.6 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.050143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.153;QD=60.1582;RBI=0.0525494;REFB=0.0606902;REVB=0.0157199;RO=2;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145799;STB=0.507691;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-6.41867e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:64:25:0:2:64:25:0:2 chr11 27076977 . C T 160.99 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00552596;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0843;QD=8.70192;RBI=0.0164511;REFB=-0.00353605;REVB=-0.0154953;RO=51;SAF=10;SAR=12;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247352;STB=0.637563;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00911379;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:51:52:22:22:0.297297:12:10:34:17:12:10:34:18 chr11 27077118 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.157;QD=61.049;RBI=0.0214676;REFB=0;REVB=0.00775206;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16285e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr11 27388073 . ATTTTTTTAG ATTTTTTAGT 103.77 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=77;FAO=14;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.114025;FXX=0.0129853;HRUN=7;LEN=3;MLLD=22.7218;QD=5.46149;RBI=0.128113;REFB=-0.0561195;REVB=0.0584065;RO=45;SAF=6;SAR=0;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690568;STB=0.937291;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.142045;OID=.;OPOS=27388080;OREF=TAG;OALT=AGT;OMAPALT=ATTTTTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:6:77:14:76:53:13:1:18:35:69:45:6:0:16:29 chr11 27390089 . T C 1334.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.042;QD=60.6793;RBI=0.0235153;REFB=0;REVB=-0.0222435;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254395;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:32:52:0:0:36:52:0:0 chr11 27406844 . G A 426.74 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00935838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6612;QD=27.5316;RBI=0.0117045;REFB=-0.0140613;REVB=-0.00702971;RO=21;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613012;STB=0.521728;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00762808;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:15:25:15:6:15:25:15:7 chr11 27517670 . T C 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.102;QD=48.6244;RBI=0.019146;REFB=-0.182522;REVB=0.00793509;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00193673;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr11 27679662 . T C 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.032;QD=62.9068;RBI=0.0626874;REFB=0;REVB=0.052202;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119783;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr11 27679916 . C T 521.61 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0110893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.456;QD=23.4431;RBI=0.0146935;REFB=-0.00592693;REVB=-0.00963984;RO=39;SAF=36;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182913;STB=0.608511;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00393085;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:13:36:21:18:13:36:21:19 chr11 27680744 . A T 547.75 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00942856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4178;QD=19.0522;RBI=0.0380283;REFB=-0.0196394;REVB=-0.0368409;RO=56;SAF=31;SAR=26;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714661;STB=0.530876;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0198331;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:58:57:57:0.495652:26:31:26:30:26:31:28:30 chr11 28057957 . T C 1676.64 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.68;QD=60.4196;RBI=0.101262;REFB=0;REVB=0.0987101;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259415;OID=.;OPOS=28057957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:49:62:0:0 chr11 28080584 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTC 97.88 PASS AF=0.139535,0.0930233;AO=46,15;DP=129;FAO=18,12;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=9,12;FSAR=9,0;FSRF=24;FSRR=75;FWDB=-0.146996,-0.011304;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.22466,31.1975;QD=3.03491;RBI=0.280189,0.132561;REFB=-0.108894,-0.0592699;REVB=-0.238533,-0.132078;RO=62;SAF=16,14;SAR=30,1;SRF=14;SRR=48;SSEN=0.417163,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145245,0.758501;STB=0.717753,0.99946;STBP=0.101,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0943198,0.0928003;OID=.,.;OPOS=28080585,28080590;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.139535,0.0930233:46,15:129:18,12:129:99:9,12:9,0:24:75:41:62:16,14:30,1:14:48 chr11 28110151 . T C 412.41 PASS AF=0.5;AO=38;DP=80;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0281292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=19.6387;RBI=0.0341148;REFB=-0.0128454;REVB=-0.0193019;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218876;STB=0.535657;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0098755;OID=.;OPOS=28110151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:40:42:38:42:0.5:20:18:18:22:20:22:19:23 chr11 28134974 . C A 885.5 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.007;QD=58.0657;RBI=0.0108619;REFB=0;REVB=0.0030595;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15627e-05;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr11 30255185 . C T 920.69 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020165;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.158;QD=57.5431;RBI=0.0305617;REFB=0;REVB=0.0229649;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122167;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:23:39:0:0:23:41:0:0 chr11 30432220 . A T 2828.61 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0567375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2006;QD=62.1673;RBI=0.0581914;REFB=0.0122178;REVB=-0.0129268;RO=0;SAF=104;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000145419;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:77:104:0:0:77:104:0:1 chr11 31458730 . T G 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.009927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.969;QD=54.4749;RBI=0.0217899;REFB=-0.00163699;REVB=0.0193972;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00054082;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:1:0:19:12:1:0 chr11 31838128 . G A 229.0 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0115171;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.934;QD=19.083;RBI=0.0362288;REFB=-0.0286788;REVB=-0.0343494;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187754;STB=0.52172;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0340122;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:22:23:0.479167:11:11:13:12:12:11:13:12 chr11 32124978 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4069;QD=59.1406;RBI=0.0654109;REFB=0;REVB=0.0346701;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188587;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr11 32125961 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.407;QD=58.142;RBI=0.0656587;REFB=0;REVB=-0.0644932;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154326;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 32134168 . ATTTTTTATTTTA ATTTTATTTTA,ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTATTTTTA,ATTTTTTATTTTTA,TTTTTTATTTTTA 192.88 PASS AF=0,0.480769,0.0769231,0,0.211538,0.134615;AO=5,8,6,4,10,2;DP=47;FAO=0,25,4,0,11,7;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=0,25,4,0,2,0;FSAR=0,0,0,0,9,7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0358386,-0.0695308,-0.210396,-0.175152,-0.250336,0.0012656;FXX=0;HRUN=6,6,6,6,4,1;LEN=2,1,7,2,1,8;MLLD=18.4853,10.2002,53.8046,6.44858,9.52135,164.157;QD=14.837;RBI=0.0374951,0.0748306,0.211252,0.180787,0.265141,0.00650577;REFB=0.0504846,0.0870374,0.051026,-0.0270263,-0.143439,-0.0320368;REVB=-0.0110215,-0.02766,-0.0189949,0.0447875,0.0873583,0.00638148;RO=2;SAF=5,8,6,4,1,0;SAR=0,0,0,0,9,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0.749526,0.793829,0.767694,0.725637,-0.24836,-0.639851;STB=0.5,0.999304,0.997219,0.5,0.509417,0.997333;STBP=1,0.001,0.014,1,0.999,0.197;TYPE=del,del,mnp,mnp,ins,mnp;VARB=0.0994697,-0.0137137,0.0943648,0.0462698,0.153891,0.163379;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=32134169,32134169,32134174,32134174,32134176,32134168;OREF=TT,T,TATTTTA,TA,-,ATTTTTTA;OALT=-,-,ATTTTAT,AT,T,TTTTTTAT;OMAPALT=ATTTTATTTTA,ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTATTTTTA,ATTTTTTATTTTTA,TTTTTTATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:47:47:52:2:5:5,8,6,4,10,2:0,25,4,0,11,7:0,0.480769,0.0769231,0,0.211538,0.134615:0,0,0,0,9,2:5,8,6,4,1,0:1:1:0,0,0,0,9,7:0,25,4,0,2,0:1:4 chr11 32417945 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0673265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4172;QD=18.4945;RBI=0.068583;REFB=0.00253639;REVB=-0.0130675;RO=30;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215797;STB=0.621534;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00370831;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:23:7:13:17:23:7:13:17 chr11 32449661 . G A 377.64 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00717353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3903;QD=21.2752;RBI=0.0343457;REFB=-0.0239736;REVB=0.0335883;RO=32;SAF=33;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21893;STB=0.638625;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0391995;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:38:38:0.535211:5:33:23:9:5:33:23:10 chr11 32722315 . A AT 1105.79 PASS AF=1;AO=17;DP=170;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130371;FXX=0.0186324;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.0544;QD=27.9948;RBI=0.193206;REFB=0;REVB=-0.14259;RO=133;SAF=7;SAR=10;SRF=87;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000879119;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:170:158:158:0:94:64:0:0:20:133:7:10:87:46 chr11 32722320 . A T 1417.21 PASS AF=0.790123;AO=112;DP=152;FAO=128;FDP=162;FR=.;FRO=34;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0466607;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.5813;QD=34.9928;RBI=0.0913787;REFB=-0.109056;REVB=0.0785674;RO=39;SAF=64;SAR=48;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217688;STB=0.506873;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0159074;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:162:39:34:112:128:0.790123:48:64:24:15:53:75:21:13 chr11 32954344 . G A 1135.19 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.726;QD=60.5434;RBI=0.00604321;REFB=0;REVB=0.00158921;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8227e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:37:38:0:0 chr11 32956244 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0098;QD=53.2767;RBI=0.0117702;REFB=0;REVB=-0.00753176;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443655;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 32956620 . A G 753.18 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.942;QD=61.4841;RBI=0.0448871;REFB=-0.0376815;REVB=0.00893422;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000277048;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:20:27:1:0:20:28:1:0 chr11 33049341 . G A 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0730129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.089;QD=25.0381;RBI=0.0730657;REFB=0.020259;REVB=0.002778;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18309;STB=0.592262;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.019328;OID=.;OPOS=33049341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:9:17:8:11:9:17:9:11 chr11 33076191 . T C 154.78 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00253328;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=14.0712;RBI=0.00473911;REFB=-0.00636869;REVB=-0.00400521;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.502759;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00823521;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:17:17:0.386364:10:7:10:16:10:7:11:16 chr11 33564123 . T C 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.166;QD=54.8829;RBI=0.0336132;REFB=-0.0052956;REVB=0.0269902;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000168783;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr11 33565593 . C T 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0106995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.695;QD=18.6453;RBI=0.0163825;REFB=0.000839127;REVB=0.0124059;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091956;STB=0.551226;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000859099;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:20:23:21:27:20:23:21:27 chr11 33581306 . G A 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0190936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4228;QD=15.5685;RBI=0.0218071;REFB=0.0118435;REVB=-0.0105348;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367128;STB=0.707613;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0152591;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:20:8:23:12:20:8:23:12 chr11 33604885 . C T 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0145987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.961;QD=18.0731;RBI=0.0254162;REFB=-0.00392513;REVB=0.0208053;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103235;STB=0.557696;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00405424;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:14:16:13:18:14:16:13:18 chr11 33604960 . C T 248.35 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0798271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.504;QD=16.2853;RBI=0.0803469;REFB=-0.0155461;REVB=0.00912459;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256837;STB=0.630267;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.023684;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:10:17:12:21:11:17:12:21 chr11 33631423 . G A 196.23 PASS AF=0.367647;AO=22;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0109986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.82;QD=11.5431;RBI=0.0162829;REFB=-0.0137146;REVB=0.0120068;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496925;STB=0.554411;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0217546;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:42:43:22:25:0.367647:13:9:19:23:16:9:19:24 chr11 33640104 . A C 1138.75 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290926;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.066;QD=60.7333;RBI=0.0343754;REFB=0;REVB=0.0183109;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43513e-05;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 33667333 . A C,G 776.96 PASS AF=0.06,0.94;AO=3,47;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737847,0.0121204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.651,110.635;QD=62.1569;RBI=0.0510869,0.0128158;REFB=0,0;REVB=-0.0505513,0.00416409;RO=0;SAF=3,21;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.252362,-0.00310448;OID=.,.;OPOS=33667333,33667333;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:3,47:3,47:0.06,0.94:0,26:3,21:0:0:0,26:3,21:0:0 chr11 33689652 . G A 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00111558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.328;QD=29.2753;RBI=0.0655464;REFB=-0.0227669;REVB=0.0655369;RO=20;SAF=24;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827547;STB=0.54499;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00979368;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:17:24:9:11:17:24:9:11 chr11 33881016 . T C 148.62 PASS AF=0.5;AO=9;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0978922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.559;QD=16.5134;RBI=0.0979037;REFB=-0.0485935;REVB=0.001504;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.58428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0471221;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:9:18:0.5:7:2:8:9:7:11:8:10 chr11 33903328 . A G 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7082;QD=40.7371;RBI=0.0451724;REFB=0;REVB=-0.03193;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00352418;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr11 34093349 . AT A 1223.82 PASS AF=1;AO=114;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050674;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.2226;QD=35.2177;RBI=0.263842;REFB=-0.0128798;REVB=0.258931;RO=17;SAF=67;SAR=47;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.130411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00290389;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:139:139:139:0:72:67:0:0:21:17:67:47:1:16 chr11 34122369 . G T 1862.81 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249756;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.974;QD=61.5804;RBI=0.00791145;REFB=0;REVB=-0.00750688;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31844e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr11 34152939 . T C 1400.47 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638086;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.376;QD=62.9423;RBI=0.0487539;REFB=0;REVB=0.0483345;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171514;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:55:33:0:0:55:34:0:0 chr11 34154641 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1947;QD=49.5991;RBI=0.0153898;REFB=0;REVB=-0.0021432;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021426;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 34154645 . C T 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00393081;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.3055;QD=10.3855;RBI=0.0617944;REFB=-0.0226513;REVB=0.0616693;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.826582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0414607;OID=.;OPOS=34154645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:6:4:6:1:7:4 chr11 34482908 . C T 403.77 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0559492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.026;QD=22.1246;RBI=0.055952;REFB=-0.00534874;REVB=0.000552373;RO=32;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151016;STB=0.591625;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00314303;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:27:13:16:16:27:13:17:16 chr11 34501596 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.965;QD=57.8842;RBI=0.0422258;REFB=0;REVB=0.0279982;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164946;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr11 34643955 . G A 767.65 PASS AF=0.509677;AO=77;DP=153;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0227181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.467;QD=19.8104;RBI=0.0228775;REFB=-0.0188742;REVB=0.00269574;RO=71;SAF=42;SAR=35;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282944;STB=0.502385;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0226865;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:71:76:77:79:0.509677:35:42:41:30:36:43:41:35 chr11 34680634 . G A 942.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000208141;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.389;QD=58.9306;RBI=0.0325803;REFB=0;REVB=-0.0325797;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10941e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr11 34680853 . G T 219.94 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0135356;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.856;QD=13.7464;RBI=0.0138302;REFB=-0.0284447;REVB=0.00283937;RO=37;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190511;STB=0.619468;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0300198;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:19:7:16:21:19:7:17:21 chr11 34909926 . T G 530.05 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0033682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.514;QD=22.5554;RBI=0.00572232;REFB=0.00133161;REVB=0.00462603;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746616;STB=0.5306;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00111763;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:44:49:50:0.531915:26:23:25:20:26:24:24:20 chr11 34910397 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.008001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.81;QD=14.9478;RBI=0.0166817;REFB=-0.00600435;REVB=-0.0146377;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542851;STB=0.530786;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0107827;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:17:25:20:11:17:25 chr11 34918375 . A G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00490804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.178;QD=11.336;RBI=0.00737144;REFB=-0.00181291;REVB=-0.00549993;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.575996;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00470524;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:10:14:20:23:10:14:20:23 chr11 34937813 . G A 338.51 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0299686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.229;QD=15.2139;RBI=0.03252;REFB=-0.019665;REVB=-0.0126265;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163074;STB=0.587669;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0390864;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:52:37:37:0.41573:21:16:14:36:21:16:15:37 chr11 34937931 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0254567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4926;QD=11.4389;RBI=0.034464;REFB=-0.0179454;REVB=0.0232319;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191578;STB=0.612604;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0271302;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:7:17:7:6:7:17 chr11 34938265 . C T 637.22 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.017558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.854;QD=25.4886;RBI=0.0184528;REFB=-0.0286165;REVB=0.0056764;RO=38;SAF=21;SAR=36;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338573;STB=0.685652;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102122;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:43:57:57:0.57:36:21:32:6:36:21:35:8 chr11 34963416 . T C 645.02 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00866485;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.059;QD=16.8632;RBI=0.0121207;REFB=-0.0148926;REVB=0.00847537;RO=74;SAF=28;SAR=42;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440442;STB=0.545441;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0167907;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:74:83:70:70:0.457516:42:28:33:41:42:28:40:43 chr11 34991727 . T C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0106268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9493;QD=15.1959;RBI=0.0887297;REFB=0.0211356;REVB=0.0880911;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233525;STB=0.645989;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0403852;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:6:12:11:14:6:12:11:15 chr11 34999745 . C G 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0184435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7665;QD=16.9923;RBI=0.020246;REFB=-0.0153742;REVB=0.00835092;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179592;STB=0.600962;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0177139;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:18:12:16:11:18:12 chr11 35017205 . G T 245.21 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0220955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4207;QD=13.2548;RBI=0.0639287;REFB=-0.01092;REVB=-0.0599889;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029198;STB=0.538291;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0219977;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:42:45:29:29:0.391892:13:16:22:20:13:16:22:23 chr11 35017363 . C A 226.89 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0484136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.757;QD=21.6086;RBI=0.0486855;REFB=-0.0285974;REVB=-0.00513819;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126672;STB=0.592936;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0266451;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:21:22:0.52381:14:7:9:10:15:7:10:10 chr11 35226155 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.602;QD=58.9627;RBI=0.0291214;REFB=0;REVB=0.0132036;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63896e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr11 35229673 . T C 854.24 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000582126;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.379;QD=57.9149;RBI=0.0313769;REFB=0;REVB=0.0313715;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36449e-06;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr11 35274829 . A G 1066.26 PASS AF=0.458333;AO=110;DP=241;FAO=110;FDP=240;FR=.;FRO=130;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=0.0307773;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.67;QD=17.771;RBI=0.080022;REFB=-0.0251764;REVB=0.0738667;RO=126;SAF=44;SAR=66;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113605;STB=0.559311;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0423081;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:126:130:110:110:0.458333:66:44:65:61:66:44:66:64 chr11 35282334 . T C 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0318719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.026;QD=21.0636;RBI=0.0402278;REFB=-0.0115795;REVB=0.024545;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211701;STB=0.643232;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00718956;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:24:24:24:0.5:13:11:15:6:13:11:18:6 chr11 35308369 . T C 538.93 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00150244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.181;QD=17.8158;RBI=0.00787203;REFB=-0.0169834;REVB=-0.00772733;RO=64;SAF=34;SAR=23;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441209;STB=0.524467;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0195909;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:23:34:41:23:23:34:41:23 chr11 35327748 . C T 396.59 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0111991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.84;QD=17.8244;RBI=0.0111991;REFB=-0.00725895;REVB=3.41775e-05;RO=48;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164894;STB=0.596817;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00886118;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:25:15:26:22:26:15:26:22 chr11 35463129 . C A 825.14 PASS AF=0.525;AO=80;DP=156;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.000269276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.424;QD=20.6284;RBI=0.0172388;REFB=-0.010823;REVB=0.0172367;RO=76;SAF=43;SAR=37;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126084;STB=0.572258;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00987188;OID=.;OPOS=35463129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:76:76:80:84:0.525:37:43:30:46:38:46:30:46 chr11 36103228 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00709651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.312;QD=15.0638;RBI=0.00711403;REFB=0.00606215;REVB=0.000498998;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217077;STB=0.512306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0189431;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:15:20:16:11:15:20 chr11 36293048 . G A 260.22 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00724406;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.079;QD=23.1302;RBI=0.0153121;REFB=-0.00462192;REVB=-0.0134901;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368695;STB=0.686582;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00391436;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:23:21:24:24:0.533333:6:18:8:15:6:18:8:13 chr11 36422792 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.41;QD=50.4135;RBI=0.0162474;REFB=0;REVB=0.011534;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44372e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 36472800 . A G 434.42 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0216178;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4754;QD=17.9141;RBI=0.0525893;REFB=-0.0241268;REVB=-0.0479406;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.593257;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0211374;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:53:44:44:0.453608:25:19:32:20:25:19:32:21 chr11 36484208 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.396;QD=59.5016;RBI=0.0438039;REFB=0;REVB=0.028867;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105617;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr11 36595600 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6716;QD=51.9115;RBI=0.194558;REFB=0;REVB=0.0206111;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589647;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 36597313 . A G 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0682;QD=60.9669;RBI=0.0168267;REFB=0;REVB=-0.00970241;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257915;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 36601170 . G A 1286.31 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164377;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.524;QD=61.9907;RBI=0.0207503;REFB=0;REVB=-0.012664;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239122;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr11 40137543 . T C 1804.1 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.379;QD=61.1558;RBI=0.0178491;REFB=0;REVB=0.0177275;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30198e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr11 41144553 . C T 3590.47 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6616;QD=62.9906;RBI=0.0422645;REFB=0;REVB=0.0237072;RO=1;SAF=125;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07716e-05;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:1:0:227:228:1:102:125:1:0:102:126:0:0 chr11 43876698 . C T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00294132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7357;QD=12.5661;RBI=0.00307174;REFB=-0.00506548;REVB=0.000885549;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549565;STB=0.53162;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00837795;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:22:18:10:15:22:18 chr11 43911365 . T C 900.95 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190906;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.831;QD=58.1258;RBI=0.0327603;REFB=0;REVB=0.0266231;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67412e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:57:62:1:25:32:0:0:28:34:0:0 chr11 43940644 . G T 1332.41 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.753;QD=59.8835;RBI=0.0143109;REFB=-0.0740636;REVB=0.00546473;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01373;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000266716;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:1:1:86:88:0.988764:52:34:1:0:52:36:0:1 chr11 43946967 . A G 1589.68 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9169;QD=59.9878;RBI=0.00887301;REFB=0;REVB=-0.00717014;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20149e-05;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr11 43947990 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5998;QD=56.7046;RBI=0.0502857;REFB=0;REVB=-0.0479973;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131553;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 43964842 . G C 57.66 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=298.288;QD=32.9463;RBI=0.00926801;REFB=0;REVB=0.00926801;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000889206;OID=.;OPOS=43964842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:7:1:0:8:7:1:8:0:0:1:7:0:0:0 chr11 44080210 . T C 1052.48 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.376;QD=59.2946;RBI=0.0415903;REFB=0;REVB=0.0360489;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110027;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr11 44096238 . G A 464.85 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9478;QD=58.1064;RBI=0.0332144;REFB=0;REVB=-0.00153162;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282465;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr11 44286566 . G A 271.14 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0578473;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.526;QD=20.8571;RBI=0.0620032;REFB=-0.0310032;REVB=0.022318;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204214;STB=0.612174;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0252145;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:19:9:3:21:19:9:3:21 chr11 44297054 . T C 2350.03 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.057;QD=63.9465;RBI=0.0330309;REFB=0;REVB=0.0323677;RO=0;SAF=61;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63464e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:85:61:0:0:86:61:0:0 chr11 44636833 . G A 718.67 PASS AF=0.428571;AO=78;DP=182;FAO=78;FDP=182;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.00184547;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.035;QD=15.795;RBI=0.00746417;REFB=-0.0106022;REVB=-0.00723243;RO=104;SAF=38;SAR=40;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164231;STB=0.509166;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0145934;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:104:104:78:78:0.428571:40:38:49:55:40:38:49:55 chr11 44640640 . C G 861.58 PASS AF=0.473118;AO=88;DP=186;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00271066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.44;QD=18.5286;RBI=0.00597368;REFB=-0.008628;REVB=0.00532327;RO=98;SAF=34;SAR=54;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914464;STB=0.550593;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0108222;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:98:98:88:88:0.473118:54:34:47:51:54:34:47:51 chr11 44924950 . GC G,GG 2249.5 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=129,13;DP=145;FAO=140,5;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71,0;FSAR=69,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278533,0.00235213;FXX=0.00684885;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.021,113.745;QD=62.0551;RBI=0.0285936,0.0108825;REFB=0,0;REVB=-0.00646458,-0.0106252;RO=0;SAF=67,4;SAR=62,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-7.66611e-05,-0.0996808;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:129,13:145:140,5:145:0:71,0:69,5:0:0:7:0:67,4:62,9:0:0 chr11 44925038 . A G 532.05 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0109393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.115;QD=15.3107;RBI=0.0116885;REFB=-0.0132354;REVB=-0.00411735;RO=79;SAF=30;SAR=27;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760041;STB=0.509332;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0177419;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:79:81:57:58:0.417266:27:30:41:38:27:31:42:39 chr11 44940828 . G A 239.41 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0262956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.172;QD=20.8184;RBI=0.0279189;REFB=-0.016114;REVB=-0.00938113;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0170688;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:15:8:11:12:15:8 chr11 44940873 . G A 122.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00353684;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.053;QD=14.0036;RBI=0.00573492;REFB=0.00676459;REVB=-0.00451443;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971452;STB=0.557295;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0118619;OID=.;OPOS=44940873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:21:14:14:0.4:6:8:9:10:6:8:10:11 chr11 45670395 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0222451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1221;QD=23.2628;RBI=0.036703;REFB=-0.0141608;REVB=-0.0291937;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234572;STB=0.63146;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00485032;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:8:11:7:16:8:11 chr11 45672261 . A G 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00915854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.442;QD=22.5829;RBI=0.0305425;REFB=-0.0151081;REVB=-0.029137;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270783;STB=0.51514;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.012233;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:9:15:17:9:9:15 chr11 45793154 . A C 491.92 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0263235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0921;QD=21.1578;RBI=0.0278356;REFB=0.0295259;REVB=-0.00904939;RO=45;SAF=17;SAR=31;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224241;STB=0.512392;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0277088;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:31:17:17:28:31:17:17:28 chr11 45793218 . G C 1416.69 PASS AF=0.918919;AO=102;DP=111;FAO=102;FDP=111;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0618558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0344;QD=51.052;RBI=0.09701;REFB=-0.156797;REVB=0.0747316;RO=9;SAF=43;SAR=59;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315163;STB=0.516654;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0135895;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:111:111:9:9:102:102:0.918919:59:43:2:7:59:43:2:7 chr11 45848271 . A G 34.9 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0126017;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.809;QD=1.41016;RBI=0.0327778;REFB=-0.000844556;REVB=-0.0302585;RO=89;SAF=2;SAR=7;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31915;STB=0.751756;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00748557;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:99:89:90:9:9:0.0909091:7:2:44:45:7:2:44:46 chr11 45848275 . T C 34.4 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00222368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.875;QD=1.39001;RBI=0.0660973;REFB=-0.00267562;REVB=0.0660599;RO=89;SAF=2;SAR=7;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31915;STB=0.751756;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0444977;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:89:90:9:9:0.0909091:7:2:44:45:7:2:44:46 chr11 45903256 . C G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0615483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.729;QD=16.0919;RBI=0.0637107;REFB=-0.00988891;REVB=0.0164578;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187613;STB=0.502359;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0110922;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:17:14:16:21:17:14:17:21 chr11 45935384 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0203983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.349;QD=13.9117;RBI=0.057437;REFB=-0.00524576;REVB=-0.0536928;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114759;STB=0.565654;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00791933;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:10:21:12:9:10:21 chr11 45937267 . C T 45.57 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.524;QD=26.0403;RBI=0.0205283;REFB=-0.171138;REVB=0.0205283;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131697;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr11 45949534 . C T 210.95 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0519847;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0049;QD=11.7197;RBI=0.0521741;REFB=0.00377014;REVB=-0.00444221;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154637;STB=0.574266;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0189919;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:48:46:26:26:0.361111:17:9:23:25:17:9:21:25 chr11 45975130 . C T 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0233169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.262;QD=13.0229;RBI=0.0233171;REFB=-0.0155284;REVB=0.000106429;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173467;STB=0.599925;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0242118;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:20:8:19:25:20:8:19:25 chr11 46342081 . TG T 840.22 PASS AF=1;AO=69;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.6216;QD=44.2222;RBI=0.0959814;REFB=0;REVB=0.0554293;RO=3;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000244531;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:76:76:76:0:40:36:0:0:15:3:39:30:0:3 chr11 46342259 . A AG 532.61 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3465;QD=41.7735;RBI=0.271712;REFB=0;REVB=0.185397;RO=7;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0106896;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:51:51:51:0:31:20:0:0:10:7:30:13:1:6 chr11 46396299 . TC T 64.35 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0742375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.0393;QD=16.0881;RBI=0.0756196;REFB=-0.0402845;REVB=0.0143916;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.340845;SSSB=0.0446316;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0433892;OID=.;OPOS=46396300;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:15:9:16:7:5:4:4:3:46:7:5:3:4:3 chr11 46401517 . A G 300.64 PASS AF=0.298507;AO=40;DP=134;FAO=40;FDP=134;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0224587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.004;QD=8.97438;RBI=0.0224588;REFB=-0.0161749;REVB=-4.87966e-05;RO=91;SAF=19;SAR=21;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101381;STB=0.510085;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0346515;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:91:94:40:40:0.298507:21:19:44:47:21:19:46:48 chr11 46702920 . T C 1476.29 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00346559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.536;QD=57.3316;RBI=0.00401184;REFB=0.0174576;REVB=0.00202102;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921191;STB=0.509613;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000104053;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:51:50:0:1:51:50:0:2 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187644;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=12;MLLD=429.564;QD=53.3339;RBI=0.0342049;REFB=0;REVB=-0.0285985;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.25744e-05;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:22:22:0:5:17:0:0:4:0:5:17:0:0 chr11 46745003 . C T 1078.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246804;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.247;QD=59.9106;RBI=0.0338008;REFB=0;REVB=0.0230949;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809192;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:35:34:0:0:36:36:0:0 chr11 46801502 . T C 423.97 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.082;QD=52.9957;RBI=0.0988547;REFB=-0.0357941;REVB=0.0981333;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421277;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:0:0:28:32:1:12:16:0:0:16:16:0:0 chr11 46879990 . T C 556.86 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.748;QD=60.2007;RBI=0.0332917;REFB=0;REVB=0.0257974;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27357e-05;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr11 46890197 . G A 278.03 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.741;QD=48.3522;RBI=0.22232;REFB=0;REVB=0.222194;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132995;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:16:23:1:9:7:0:1:14:9:0:0 chr11 46897446 . G A 3190.86 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134324;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.359;QD=61.9584;RBI=0.0223506;REFB=0;REVB=0.017864;RO=0;SAF=93;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44169e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:113:93:0:0:113:93:0:0 chr11 46911889 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00722141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.216;QD=22.7238;RBI=0.0206796;REFB=-0.0263927;REVB=-0.0193777;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300925;STB=0.666518;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0104365;OID=.;OPOS=46911889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:14:2:10:10:14:2 chr11 46914583 . T C 511.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0540794;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2527;QD=56.8215;RBI=0.0611657;REFB=0.0923969;REVB=-0.0285772;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00524404;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr11 46914598 . A G 613.1 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6374;QD=61.3097;RBI=0.00828033;REFB=0;REVB=0.00462983;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03075e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 46969616 . T C 1358.96 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.082;QD=62.4809;RBI=0.0358333;REFB=0;REVB=0.0354053;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76295e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:52:34:0:0:53:34:0:0 chr11 47188314 . T C 1099.24 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.437;QD=60.2325;RBI=0.0694517;REFB=0;REVB=0.00666772;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85063e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr11 47196982 . C T 217.83 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0700727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.156;QD=15.5592;RBI=0.0702235;REFB=-0.00438851;REVB=0.00459944;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198351;STB=0.612042;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00686686;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:11:20:11:14:11:20 chr11 47202120 . G A 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0205864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.089;QD=19.3459;RBI=0.0224241;REFB=-0.0233357;REVB=0.00889046;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0184537;OID=.;OPOS=47202120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr11 47238522 . T C 815.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.339;QD=57.2379;RBI=0.0794542;REFB=0;REVB=0.0316082;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513336;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:35:20:0:0:36:21:0:0 chr11 47259668 . T C 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0167585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.056;QD=17.063;RBI=0.0394113;REFB=-0.0161614;REVB=-0.0356708;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485052;STB=0.527253;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0204156;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:15:13:16:15:15:13:16:15 chr11 47266808 . T G 333.53 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00240454;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.482;QD=21.1764;RBI=0.0221862;REFB=-0.0200558;REVB=0.0220556;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716827;STB=0.539659;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0118313;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:17:12:17:17:17:12 chr11 47269159 . T C 628.46 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0395426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.465;QD=19.0443;RBI=0.0403088;REFB=-0.0011958;REVB=0.00782192;RO=68;SAF=13;SAR=51;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202899;STB=0.613252;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00132059;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:51:13:25:43:51:13:25:43 chr11 47270255 . C T 351.77 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0154185;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3018;QD=18.2739;RBI=0.0596539;REFB=-0.0142514;REVB=-0.0576269;RO=26;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137209;STB=0.562865;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0147201;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:40:37:37:0.480519:22:15:11:15:22:15:21:19 chr11 47282024 . C T 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0279375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6212;QD=28.1766;RBI=0.0283975;REFB=0.0158614;REVB=0.00509074;RO=18;SAF=25;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11412;STB=0.562463;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0079831;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:10:25:10:8:10:25:10:8 chr11 47298360 . G A 352.01 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0451652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.089;QD=15.6449;RBI=0.0453262;REFB=-0.0108465;REVB=-0.00381661;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216129;STB=0.50826;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0148699;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:52:37:38:0.422222:17:20:28:24:17:21:28:24 chr11 47303275 . T C 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0161201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.151;QD=19.4656;RBI=0.0189855;REFB=-0.0241843;REVB=-0.0100295;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677659;STB=0.538426;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0189792;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:8:16:16:6:8:16 chr11 47306585 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0057192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.424;QD=14.8164;RBI=0.0227061;REFB=-0.010154;REVB=0.021974;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108059;STB=0.560935;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00875148;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:11:28:18:11:11:28 chr11 47331116 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.527;QD=57.0007;RBI=0.0371955;REFB=0;REVB=0.0234136;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76429e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr11 47346145 . G A 369.38 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.019663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.682;QD=25.0427;RBI=0.0196649;REFB=-0.0142472;REVB=0.000269141;RO=23;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340138;STB=0.518654;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00804702;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:22:14:10:13:22:14:10:13 chr11 47354787 . C T 464.15 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00829516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.954;QD=24.7545;RBI=0.00921351;REFB=-0.00983386;REVB=-0.00400987;RO=31;SAF=12;SAR=31;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151051;STB=0.585874;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0052735;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:31:43:44:0.586667:31:12:14:17:32:12:14:17 chr11 47364762 . A C,G 870.17 PASS AF=0.0327869,0.967213;AO=3,58;DP=61;FAO=2,59;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000982864,0.0203207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.8551,130.226;QD=57.0602;RBI=0.0199401,0.0268997;REFB=0,0;REVB=-0.0199159,0.0176257;RO=0;SAF=2,38;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.38905e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0789274,-0.000139947;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:61:61:0:0:3,58:2,59:0.0327869,0.967213:1,20:2,38:0:0:1,20:1,39:0:0 chr11 47380340 . G T 71.6 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0121373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.8033;QD=19.0934;RBI=0.0121373;REFB=-0.0579736;REVB=0;RO=6;SAF=9;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0471798;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:0:9:6:0:0:9:6:0 chr11 47431728 . A G 380.46 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.066303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5385;QD=52.4779;RBI=0.0664501;REFB=0.158826;REVB=0.00441957;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0103471;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:1:0 chr11 47434986 . G A 459.08 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.032893;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.984;QD=23.2447;RBI=0.0646954;REFB=-0.0471968;REVB=0.0557095;RO=35;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162639;STB=0.50894;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0385964;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:35:44:44:0.556962:23:21:16:19:23:21:16:19 chr11 47460306 . A G 450.29 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6065;QD=56.286;RBI=0.0387938;REFB=0;REVB=-0.0226874;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100072;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:25:6:0:0:26:6:0:0 chr11 47469439 . A G 1607.12 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.989;QD=64.2848;RBI=0.0177127;REFB=0;REVB=0.00649494;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02295e-05;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:60:38:0:0:61:39:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134535;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=367.31;QD=35.5759;RBI=0.00134535;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.10584e-06;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 47579119 . A T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.635;QD=60.6103;RBI=0.00861981;REFB=0;REVB=-0.00519535;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76735e-06;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr11 47593945 . A C 1157.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000371801;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.475;QD=60.927;RBI=0.0647633;REFB=0;REVB=0.0647623;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04198e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:38:38:0:0 chr11 47609867 . G A 1371.85 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00164093;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.539;QD=60.3012;RBI=0.0430794;REFB=0.0356061;REVB=0.0430481;RO=2;SAF=50;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185782;STB=0.509802;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000213814;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:2:2:89:89:0.978022:39:50:2:0:39:50:2:0 chr11 47640429 . G C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00766101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.577;QD=27.2219;RBI=0.0132499;REFB=0.00259177;REVB=-0.0108106;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982784;STB=0.554326;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00152071;OID=.;OPOS=47640429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:6:9:11:13:6:9 chr11 47681370 . T G 34.94 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000565338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.108;QD=5.82294;RBI=0.0628555;REFB=-0.00383001;REVB=-0.062853;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954119;STB=0.587933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0101989;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:24:24:17:18:6:6:0.25:2:4:10:7:2:4:10:8 chr11 47701528 . C A 375.49 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0122549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.879;QD=18.3166;RBI=0.0125595;REFB=-0.00824555;REVB=-0.00274925;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800649;STB=0.550536;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0103161;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:20:18:24:19:21:18:24:19 chr11 47736139 . A G 547.85 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.016629;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.806;QD=15.6528;RBI=0.0258892;REFB=-0.0143549;REVB=-0.0198425;RO=79;SAF=32;SAR=27;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126899;STB=0.570579;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0202259;OID=.;OPOS=47736139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:79:81:59:59:0.421429:27:32:33:46:27:32:34:47 chr11 47748509 . T C 1533.79 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.827;QD=62.6035;RBI=0.0692236;REFB=-0.0681923;REVB=0.0683856;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000679417;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:52:45:0:1:52:45:0:1 chr11 47826090 . A C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00475295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.896;QD=21.2932;RBI=0.0112254;REFB=-0.0150061;REVB=0.0101695;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731331;STB=0.540951;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0162337;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:9:16:14:11:9:16 chr11 47834592 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.05;QD=37.4885;RBI=0.0277153;REFB=0;REVB=0.00398637;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764718;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 47857253 . T C 352.56 PASS AF=0.513889;AO=35;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0237202;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.532;QD=19.5866;RBI=0.0394569;REFB=-0.0800274;REVB=0.031531;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141877;STB=0.581088;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0440775;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:35:35:37:0.513889:20:15:19:13:22:15:20:15 chr11 48118347 . T TA 478.95 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.164722;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.348;QD=46.7265;RBI=0.165878;REFB=0;REVB=-0.0195489;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00537634;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:43:41:41:0:19:22:0:0:9:2:19:22:1:1 chr11 48145247 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.846;QD=60.2532;RBI=0.0389382;REFB=0;REVB=0.0385786;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97439e-05;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr11 48188872 . G A 375.12 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0247418;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.598;QD=23.4447;RBI=0.0547541;REFB=-0.0277168;REVB=0.0488452;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678497;STB=0.544664;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0143139;OID=.;OPOS=48188872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:27:37:37:0.578125:19:18:15:11:19:18:16:11 chr11 48190383 . A T 1162.14 PASS AF=0.987342;AO=67;DP=68;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.686;QD=58.8424;RBI=0.0145277;REFB=-0.0185048;REVB=0.0144827;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000160816;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:79:0:1:67:78:0.987342:30:37:0:0:37:41:0:1 chr11 48190527 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0592;QD=63.5829;RBI=0.0404181;REFB=0;REVB=0.0320158;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689694;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 48190777 . G T 678.76 PASS AF=0.443114;AO=75;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0185891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1199;QD=16.2577;RBI=0.0220115;REFB=0.0304205;REVB=0.0117877;RO=91;SAF=34;SAR=41;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024711;STB=0.502867;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0276696;OID=.;OPOS=48190777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:91:93:75:74:0.443114:41:34:39:52:41:33:41:52 chr11 48238421 . T G 1780.73 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.992;QD=59.3575;RBI=0.0673255;REFB=-0.118781;REVB=0.0211418;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000735485;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:120:0:1:117:119:0.991667:53:64:0:0:53:66:1:0 chr11 48238549 . G A 738.62 PASS AF=0.496732;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0205003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.579;QD=19.3103;RBI=0.0206783;REFB=-0.0148827;REVB=0.00270688;RO=75;SAF=45;SAR=30;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134453;STB=0.569799;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0155245;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:75:77:75:76:0.496732:30:45:34:41:31:45:35:42 chr11 48239071 . C A 413.38 PASS AF=0.525;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0382291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3652;QD=20.6688;RBI=0.0607362;REFB=0.0177746;REVB=0.0471956;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811644;STB=0.549976;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0160845;OID=.;OPOS=48239071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:41:42:0.525:21:20:15:23:21:21:15:23 chr11 48239182 . C A 116.65 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00292646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.05;QD=23.3294;RBI=0.0425946;REFB=-0.0177262;REVB=-0.042494;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238292;STB=0.59984;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0077489;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:9:3:4:3:9:4:4:3 chr11 48285842 . A G 1495.6 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.755;QD=59.2318;RBI=0.0498854;REFB=0;REVB=0.0462322;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25306e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:101:0:0:91:101:1:49:42:0:0:57:44:0:0 chr11 48328644 . C T 724.33 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527996;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.898;QD=56.81;RBI=0.054104;REFB=0;REVB=0.0118091;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149246;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr11 48346513 . T C 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0024941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7054;QD=1.83829;RBI=0.0347087;REFB=-0.00473731;REVB=0.0346189;RO=82;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119267;STB=0.584246;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0377129;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:82:83:10:10:0.107527:4:6:41:41:4:6:42:41 chr11 48346523 . C T 53.97 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0058742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7698;QD=2.09574;RBI=0.045757;REFB=0.00170672;REVB=0.0453783;RO=88;SAF=9;SAR=3;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310993;STB=0.723234;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00893738;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:88:91:12:12:0.116505:3:9:44:44:3:9:46:45 chr11 48346535 . G C 80.77 PASS AF=0.147826;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=115;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.120369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2494;QD=2.80955;RBI=0.120505;REFB=-0.0204355;REVB=0.00572656;RO=98;SAF=9;SAR=8;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625889;STB=0.54234;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0522448;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:115:115:98:98:17:17:0.147826:8:9:47:51:8:9:47:51 chr11 48346541 . A T 81.19 PASS AF=0.140496;AO=18;DP=121;FAO=17;FDP=121;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.00419433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4531;QD=2.68394;RBI=0.0172803;REFB=-0.00496416;REVB=-0.0167636;RO=99;SAF=9;SAR=9;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063753;STB=0.508762;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0320275;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:121:121:99:104:18:17:0.140496:9:9:49:50:9:8:50:54 chr11 48346547 . C T 70.34 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=126;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0125071;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.707;QD=2.21529;RBI=0.014893;REFB=-0.000913182;REVB=-0.00808547;RO=110;SAF=8;SAR=8;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451187;STB=0.527525;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00643053;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:126:127:110:111:16:16:0.125984:8:8:51:59:8:8:52:59 chr11 48346551 . C A 76.94 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=130;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.006994;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.038;QD=2.38588;RBI=0.0199496;REFB=-0.0076659;REVB=-0.0186834;RO=112;SAF=9;SAR=8;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921765;STB=0.556298;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0431854;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:130:129:112:112:17:17:0.131783:8:9:51:61:8:9:52:60 chr11 48346579 . C A 111.33 PASS AF=0.152778;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=144;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.027221;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.556;QD=3.09255;RBI=0.0272221;REFB=-0.00495334;REVB=-0.000242312;RO=117;SAF=11;SAR=11;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598504;STB=0.541629;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0302284;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:117:122:22:22:0.152778:11:11:53:64:11:11:55:67 chr11 48346588 . A C 138.48 PASS AF=0.167742;AO=26;DP=155;FAO=26;FDP=155;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=-0.0126409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.868;QD=3.57356;RBI=0.0201081;REFB=-0.00909612;REVB=-0.0156379;RO=129;SAF=13;SAR=13;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744666;STB=0.54835;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.03041;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:129:129:26:26:0.167742:13:13:57:72:13:13:57:72 chr11 48346604 . T G 228.66 PASS AF=0.205882;AO=32;DP=172;FAO=35;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=-0.00190376;FXX=0.0116272;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.606;QD=5.38014;RBI=0.019362;REFB=-0.00741134;REVB=-0.0192682;RO=100;SAF=13;SAR=19;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432097;STB=0.521398;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0193949;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:100:129:32:35:0.205882:19:13:44:56:21:14:55:74 chr11 48346615 . G A 187.93 PASS AF=0.181818;AO=34;DP=189;FAO=34;FDP=187;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=91;FWDB=-0.017465;FXX=0.0105815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3538;QD=4.0198;RBI=0.0322825;REFB=-0.010578;REVB=-0.0271502;RO=145;SAF=13;SAR=21;SRF=59;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032936;STB=0.519619;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0534792;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:145:153:34:34:0.181818:21:13:59:86:21:13:62:91 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 86.22 PASS AF=0.177778;AO=26;DP=191;FAO=32;FDP=180;FR=.;FRO=148;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=91;FWDB=-0.0028183;FXX=0.0217379;HRUN=5;LEN=9;MLLD=316.262;QD=1.91591;RBI=0.0210379;REFB=0.000719619;REVB=-0.0208483;RO=140;SAF=10;SAR=16;SRF=56;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205806;STB=0.518105;STBP=0.814;TYPE=del;VARB=-0.00395256;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:26:191:32:180:148:13:19:57:91:86:140:10:16:56:84 chr11 48346681 . G A 242.24 PASS AF=0.20098;AO=41;DP=205;FAO=41;FDP=204;FR=.;FRO=163;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=65;FSRR=98;FWDB=0.00365806;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.882;QD=4.74976;RBI=0.0213059;REFB=-0.00551429;REVB=-0.0209896;RO=161;SAF=16;SAR=25;SRF=63;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142706;STB=0.507134;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0137155;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:161:163:41:41:0.20098:25:16:63:98:25:16:65:98 chr11 48346729 . G C 244.09 PASS AF=0.21978;AO=37;DP=179;FAO=40;FDP=182;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=84;FWDB=-0.0119775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.626;QD=5.36465;RBI=0.0198833;REFB=-0.00180174;REVB=-0.0158709;RO=141;SAF=4;SAR=33;SRF=58;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489794;STB=0.723558;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00655029;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:141:142:37:40:0.21978:33:4:58:83:33:7:58:84 chr11 48346791 . C T 203.06 PASS AF=0.235294;AO=27;DP=132;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00400204;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.03;QD=5.97243;RBI=0.00401245;REFB=-0.00645891;REVB=-0.000288831;RO=103;SAF=4;SAR=23;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501119;STB=0.762981;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0205127;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:103:104:27:32:0.235294:23:4:53:50:26:6:52:52 chr11 48346822 . A C 218.22 PASS AF=0.235714;AO=33;DP=140;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.00714561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.007;QD=6.23492;RBI=0.00718275;REFB=-0.00447717;REVB=-0.000729441;RO=105;SAF=11;SAR=22;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173764;STB=0.613791;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0126246;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:107:33:33:0.235714:22:11:49:56:22:11:51:56 chr11 48346843 . C T 275.89 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.015184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.043;QD=9.1962;RBI=0.0161796;REFB=-0.00823687;REVB=-0.00558816;RO=81;SAF=11;SAR=26;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270203;STB=0.651452;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0141632;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:81:83:37:37:0.308333:26:11:42:39:26:11:42:41 chr11 48346916 . G C 270.42 PASS AF=0.291339;AO=37;DP=127;FAO=37;FDP=127;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.02645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7166;QD=8.51719;RBI=0.026527;REFB=-0.00504465;REVB=0.00202054;RO=90;SAF=18;SAR=19;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131992;STB=0.577376;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00773169;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:90:90:37:37:0.291339:19:18:34:56:19:18:34:56 chr11 48346924 . T C 294.53 PASS AF=0.309524;AO=40;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00328746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2045;QD=9.35025;RBI=0.0390867;REFB=0.0190859;REVB=0.0389482;RO=86;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220139;STB=0.616348;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0238854;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:86:87:40:39:0.309524:18:22:31:55:18:21:32:55 chr11 48346932 . G A 291.97 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0203982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.271;QD=9.0533;RBI=0.0231659;REFB=-0.00701007;REVB=-0.0109806;RO=88;SAF=21;SAR=18;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179208;STB=0.595697;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0104547;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:90:39:39:0.302326:18:21:34:54:18:21:36:54 chr11 48346961 . AA TG 338.62 PASS AF=0.323308;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=-0.00289294;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.326;QD=10.184;RBI=0.00829551;REFB=-0.0109984;REVB=-0.00777473;RO=89;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25383;STB=0.641693;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0200233;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:90:43:43:0.323308:19:24:30:59:19:24:31:59 chr11 48346999 . T G 274.15 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0361022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9386;QD=8.98857;RBI=0.0384615;REFB=-0.0132174;REVB=-0.0132634;RO=85;SAF=15;SAR=22;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508646;STB=0.529724;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0203826;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:85:37:37:0.303279:22:15:31:54:22:15:31:54 chr11 48347014 . G A 295.92 PASS AF=0.314516;AO=39;DP=124;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0606179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.92;QD=9.54572;RBI=0.0607349;REFB=-0.0027723;REVB=0.00376868;RO=85;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101916;STB=0.559164;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.026647;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:85:85:39:39:0.314516:21:18:32:53:21:18:32:53 chr11 48347023 . C T 276.77 PASS AF=0.313559;AO=36;DP=116;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00966441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.28;QD=9.38201;RBI=0.0117449;REFB=-0.00626758;REVB=-0.00667393;RO=80;SAF=17;SAR=19;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861457;STB=0.562984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.017248;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:80:81:36:37:0.313559:19:17:32:48:19:18:32:49 chr11 48347067 . C T 209.6 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0160933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.732;QD=8.13997;RBI=0.0294212;REFB=-0.00811444;REVB=-0.0246295;RO=74;SAF=15;SAR=14;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860212;STB=0.551067;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0214416;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:14:15:33:41:14:15:33:41 chr11 48347100 . C T 169.75 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0256329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.7;QD=9.17542;RBI=0.0256583;REFB=-0.0113088;REVB=-0.00114328;RO=51;SAF=8;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257634;STB=0.652042;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0205091;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:15:8:29:22:15:8:29:22 chr11 48347110 . G A 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0164026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.686;QD=8.04947;RBI=0.0231593;REFB=-0.00551565;REVB=0.0163496;RO=45;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289397;STB=0.675122;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0112455;OID=.;OPOS=48347110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:5:13:22:23:5:13:22:23 chr11 48347124 . A G 113.95 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0601805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4868;QD=6.90621;RBI=0.0992119;REFB=-0.00430454;REVB=-0.0788752;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211455;STB=0.633654;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00715775;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:48:49:17:17:0.257576:9:8:31:17:9:8:32:17 chr11 48347130 . C G 88.19 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0121896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6588;QD=5.59917;RBI=0.0202528;REFB=-0.0102349;REVB=0.0161737;RO=49;SAF=6;SAR=8;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248233;STB=0.654658;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0336225;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:8:6:31:18:8:6:31:18 chr11 48347140 . T C 962.35 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454741;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.963;QD=59.2215;RBI=0.0470066;REFB=0;REVB=-0.0119051;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30609e-06;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr11 48347142 . C T 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00492487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.09;QD=8.1485;RBI=0.00517512;REFB=-0.00187354;REVB=0.00158983;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906776;STB=0.559939;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00357295;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:8:11:30:16:8:11:31:16 chr11 48347144 . T C 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.649;QD=7.97582;RBI=0.032639;REFB=-0.0234504;REVB=0.0305834;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833704;STB=0.549867;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0289204;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:8:11:31:17:8:11:31:17 chr11 48347267 . T C 147.66 PASS AF=0.198473;AO=25;DP=132;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.00373172;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.818;QD=4.50875;RBI=0.0142798;REFB=0.00100886;REVB=0.0137836;RO=105;SAF=11;SAR=14;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166157;STB=0.617303;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0120851;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:105:105:25:26:0.198473:14:11:60:45:15:11:60:45 chr11 48347306 . G T 167.97 PASS AF=0.190789;AO=27;DP=151;FAO=29;FDP=152;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.00709467;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.32;QD=4.42033;RBI=0.0072469;REFB=-0.00523299;REVB=-0.00147755;RO=120;SAF=11;SAR=16;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129357;STB=0.601853;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0229233;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:120:123:27:29:0.190789:16:11:61:59:18:11:62:61 chr11 48347342 . G A 118.9 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=146;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=-0.043722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.445;QD=3.25755;RBI=0.0506479;REFB=-0.00719985;REVB=-0.0255655;RO=122;SAF=6;SAR=17;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219461;STB=0.644577;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0375396;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:122:123:23:23:0.157534:17:6:51:71:17:6:51:72 chr11 48347346 . A T 120.64 PASS AF=0.161972;AO=23;DP=143;FAO=23;FDP=142;FR=.;FRO=119;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.0191235;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.417;QD=3.39845;RBI=0.0415045;REFB=-0.011422;REVB=-0.0368364;RO=116;SAF=6;SAR=17;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235587;STB=0.661596;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0680214;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:116:119:23:23:0.161972:17:6:50:66:17:6:52:67 chr11 48347358 . C T 106.18 PASS AF=0.148936;AO=23;DP=140;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0863278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0026;QD=3.01213;RBI=0.0887037;REFB=-0.00545896;REVB=0.0203928;RO=117;SAF=6;SAR=17;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251298;STB=0.696994;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00284245;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:117:120:23:21:0.148936:17:6:52:65:16:5:54:66 chr11 48347363 . C T 121.85 PASS AF=0.166667;AO=23;DP=138;FAO=23;FDP=138;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.0427545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.555;QD=3.532;RBI=0.0435965;REFB=-0.00294101;REVB=-0.00852694;RO=115;SAF=6;SAR=17;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219281;STB=0.645435;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0132574;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:115:115:23:23:0.166667:17:6:48:67:17:6:48:67 chr11 48347392 . T C 126.74 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.0284897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.413;QD=4.82804;RBI=0.0403502;REFB=-0.00594742;REVB=0.028574;RO=84;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870907;STB=0.555501;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0294841;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:84:21:21:0.2:15:6:29:55:15:6:29:55 chr11 48347419 . A G 130.86 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0163727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7993;QD=5.94822;RBI=0.0510776;REFB=-0.0100868;REVB=0.0483824;RO=68;SAF=5;SAR=15;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152666;STB=0.595788;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0272383;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:15:5:24:44:15:5:24:44 chr11 48347492 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0361346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3966;QD=11.3326;RBI=0.0391981;REFB=-0.00146388;REVB=-0.0151916;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.537135;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000707663;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:9:18:10:4:9:18 chr11 48347498 . A T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0316998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.499;QD=12.0204;RBI=0.0329752;REFB=-0.00581762;REVB=-0.00908213;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443499;STB=0.526277;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0115002;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:8:17:10:4:8:17 chr11 48366958 . T G 94.16 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0032502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.495;QD=5.6212;RBI=0.00993989;REFB=-0.00684733;REVB=0.00939349;RO=48;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2562;STB=0.673038;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00748581;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:48:52:15:15:0.223881:10:5:26:22:10:5:29:23 chr11 48366971 . GG CA 100.37 PASS AF=0.25;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00662674;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=2;MLLD=337.294;QD=6.6913;RBI=0.00773541;REFB=-0.0060085;REVB=-0.00399035;RO=45;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187914;STB=0.615741;STBP=0.329;TYPE=mnp;VARB=0.0177418;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:45:45:15:15:0.25:9:6:25:20:9:6:25:20 chr11 48367050 . T TAG 117.24 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00779905;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.411;QD=8.52641;RBI=0.00788964;REFB=-0.0134227;REVB=0.00119214;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166945;STB=0.59988;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=0.037095;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:16:56:16:55:39:8:8:25:14:99:39:8:8:25:14 chr11 48367073 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.088;QD=63.8719;RBI=0.0148947;REFB=0;REVB=0.0144048;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89733e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr11 48367097 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.000244596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.102;QD=10.9363;RBI=0.0364344;REFB=-0.00810161;REVB=0.0364336;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203246;STB=0.619859;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0194051;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:23:11:8:8:23:11 chr11 48367133 . C A 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00749669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7018;QD=6.85017;RBI=0.0991696;REFB=-0.0201511;REVB=-0.0988858;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101508;STB=0.564227;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0643973;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:15:16:6:4:15:16 chr11 48367136 . C T 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0031821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.281;QD=7.04954;RBI=0.0104461;REFB=-0.0213925;REVB=-0.00994964;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807581;STB=0.550917;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0387078;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:14:16:6:4:14:16 chr11 48367155 . T A 33.93 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0958624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.669;QD=3.57176;RBI=0.0973626;REFB=-0.0302065;REVB=-0.017026;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206555;STB=0.783283;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0473682;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:24:32:6:6:0.157895:5:1:7:17:5:1:15:17 chr11 48367159 . C T 33.16 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00592637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.402;QD=3.15793;RBI=0.0118543;REFB=0.00420353;REVB=0.0102666;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42656;STB=0.804011;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.014987;OID=.;OPOS=48367159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:5:1:18:17:5:1:18:18 chr11 48367190 . A T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00381569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.059;QD=3.80251;RBI=0.0109234;REFB=-0.00745346;REVB=-0.0102353;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106761;STB=0.572961;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0290021;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:5:4:25:22:5:4:25:22 chr11 48367195 . C T 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-9.99786e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.55;QD=3.22783;RBI=0.0347715;REFB=-0.00171399;REVB=-0.0347714;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152449;STB=0.624688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0631283;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:46:48:8:8:0.142857:5:3:23:23:5:3:25:23 chr11 48367249 . C T 107.9 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0133354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.677;QD=5.75479;RBI=0.014087;REFB=-0.00174674;REVB=-0.00453971;RO=58;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259286;STB=0.501616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465009;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:10:7:24:34:10:7:24:34 chr11 48367252 . G A 100.6 PASS AF=0.220779;AO=16;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0457194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7113;QD=5.22583;RBI=0.0457317;REFB=-0.0112578;REVB=0.00106024;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665683;STB=0.503932;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0410923;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:61:60:16:17:0.220779:10:6:26:35:10:7:25:35 chr11 48367311 . T C 365.55 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.017717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4058;QD=12.6051;RBI=0.0190573;REFB=-0.00301086;REVB=-0.00702063;RO=65;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136859;STB=0.536274;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0107008;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:72:44:44:0.37931:25:19:20:45:25:19:27:45 chr11 48367363 . C T 401.68 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0589305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.633;QD=13.8511;RBI=0.0589996;REFB=-0.0164778;REVB=-0.00285455;RO=69;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.590127;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0243483;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:69:69:46:47:0.405172:25:21:22:47:25:22:22:47 chr11 48367387 . C T 343.79 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0567922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4492;QD=12.5014;RBI=0.0729526;REFB=-0.0107968;REVB=0.04579;RO=67;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145733;STB=0.562747;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.018476;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:67:68:42:42:0.381818:22:20:23:44:23:19:24:44 chr11 48367419 . G A 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0178984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.514;QD=13.1014;RBI=0.018608;REFB=0.00333532;REVB=-0.00508964;RO=63;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195472;STB=0.611191;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0043304;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:15:25:28:35:15:25:28:35 chr11 48367424 . C G 329.58 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0227691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.644;QD=13.3162;RBI=0.0228523;REFB=0.00848693;REVB=-0.0019489;RO=62;SAF=25;SAR=12;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251025;STB=0.643818;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0281149;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:12:25:28:34:12:25:28:34 chr11 48367455 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00813972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.444;QD=11.2835;RBI=0.00959111;REFB=0.00174877;REVB=-0.00507292;RO=50;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325309;STB=0.690636;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00493153;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:6:21:26:24:6:21:26:24 chr11 48367469 . TG CA 198.55 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00113434;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.666;QD=11.1859;RBI=0.0197266;REFB=-0.0297012;REVB=-0.019694;RO=45;SAF=20;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322329;STB=0.697811;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.0321717;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:5:20:25:20:5:20:25:21 chr11 48367474 . A G 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0209933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.49;QD=11.5908;RBI=0.0239891;REFB=0.00445529;REVB=-0.0116086;RO=44;SAF=20;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307826;STB=0.68069;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00288169;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:5:20:25:19:5:20:25:19 chr11 48367499 . A G 141.84 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0117787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.132;QD=11.1247;RBI=0.0219518;REFB=-0.0100768;REVB=-0.0185241;RO=34;SAF=16;SAR=1;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576623;STB=0.85768;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0506202;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:1:16:21:13:1:16:21:13 chr11 48367511 . T G 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0407318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.465;QD=11.0151;RBI=0.0417411;REFB=-0.000939454;REVB=0.00912356;RO=28;SAF=13;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542384;STB=0.838085;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00695871;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:1:13:17:11:1:13:17:11 chr11 48373748 . C G 121.22 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0224171;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4537;QD=6.8293;RBI=0.0430058;REFB=-0.000952803;REVB=-0.0367012;RO=49;SAF=2;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553353;STB=0.853656;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00670552;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:53:18:18:0.253521:16:2:25:24:16:2:28:25 chr11 48373770 . T A 109.72 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0122391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.311;QD=6.09526;RBI=0.023527;REFB=0.00236702;REVB=0.0200929;RO=55;SAF=2;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567355;STB=0.856689;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0130649;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:15:2:30:25:15:2:30:25 chr11 48373797 . C T 89.23 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00451307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.515;QD=4.75918;RBI=0.02697;REFB=-0.00025536;REVB=-0.0265897;RO=60;SAF=4;SAR=11;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372891;STB=0.7382;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00291427;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:11:4:34:26:11:4:34:26 chr11 48373805 . G A 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0509498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.117;QD=4.41613;RBI=0.0510883;REFB=-0.00132168;REVB=-0.00375811;RO=64;SAF=4;SAR=11;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368963;STB=0.737939;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00390825;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:11:4:36:28:11:4:36:28 chr11 48373815 . A G 94.85 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0102451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.512;QD=4.62695;RBI=0.0205469;REFB=0.00274181;REVB=0.0178105;RO=66;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953286;STB=0.560901;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00953148;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:66:66:16:16:0.195122:8:8:38:28:8:8:38:28 chr11 48373817 . C T 93.51 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00483539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.234;QD=4.40069;RBI=0.0112046;REFB=-0.000912279;REVB=-0.0101075;RO=67;SAF=8;SAR=8;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12243;STB=0.576377;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00423832;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:67:69:16:16:0.188235:8:8:40:27:8:8:41:28 chr11 48373827 . G A 101.06 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0113089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.922;QD=4.54178;RBI=0.0134165;REFB=-0.0051145;REVB=-0.00721873;RO=72;SAF=9;SAR=8;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141047;STB=0.589711;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0131455;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:72:72:17:17:0.191011:8:9:46:26:8:9:46:26 chr11 48373885 . A G 330.54 PASS AF=0.276471;AO=47;DP=170;FAO=47;FDP=170;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=0.000666035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.757;QD=7.7774;RBI=0.0179154;REFB=-0.00767933;REVB=-0.017903;RO=123;SAF=19;SAR=28;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181265;STB=0.606982;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0236912;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:123:123:47:47:0.276471:28:19:68:55:28:19:68:55 chr11 48373900 . A G 347.87 PASS AF=0.276836;AO=49;DP=177;FAO=49;FDP=177;FR=.;FRO=128;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=0.0146383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9142;QD=7.86148;RBI=0.0185229;REFB=0.000494657;REVB=-0.0113497;RO=124;SAF=21;SAR=28;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174132;STB=0.590653;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00171567;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:124:128:49:49:0.276836:28:21:71:53:28:21:71:57 chr11 48373936 . A G 391.69 PASS AF=0.313253;AO=52;DP=166;FAO=52;FDP=166;FR=.;FRO=114;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.0299777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0765;QD=9.43828;RBI=0.0302844;REFB=-0.000585396;REVB=-0.00429887;RO=113;SAF=22;SAR=30;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.582762;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00172186;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:113:114:52:52:0.313253:30:22:61:52:30:22:62:52 chr11 48373946 . C A 325.63 PASS AF=0.282209;AO=46;DP=163;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=-0.0229613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.944;QD=7.99099;RBI=0.0342355;REFB=-0.00241051;REVB=-0.0253938;RO=114;SAF=27;SAR=19;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106205;STB=0.565948;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00520843;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:114:117:46:46:0.282209:19:27:57:57:19:27:58:59 chr11 48373976 . T G 403.06 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0123788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.398;QD=10.9675;RBI=0.0188672;REFB=-0.0137277;REVB=-0.0142385;RO=96;SAF=20;SAR=29;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118567;STB=0.561895;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0231141;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:96:98:49:49:0.333333:29:20:49:47:29:20:49:49 chr11 48373986 . A G 376.96 PASS AF=0.351145;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0426521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.719;QD=11.5102;RBI=0.0458088;REFB=-0.00552672;REVB=-0.0167106;RO=85;SAF=18;SAR=28;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105106;STB=0.560353;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00853377;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:85:85:46:46:0.351145:28:18:41:44:28:18:41:44 chr11 48374000 . C CT 73.47 PASS AF=0.28;AO=27;DP=110;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00770307;FXX=0.0291234;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4264;QD=2.93871;RBI=0.115928;REFB=-0.0107855;REVB=0.115672;RO=75;SAF=11;SAR=16;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12223;STB=0.531769;STBP=0.71;TYPE=ins;VARB=-0.0549182;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:27:110:28:100:72:12:16:34:38:73:75:11:16:38:37 chr11 48387301 . G A 129.92 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0629008;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.15;QD=12.3735;RBI=0.0784876;REFB=-0.0461244;REVB=0.0469447;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878064;STB=0.552051;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0294123;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:9:18:11:4:9:18 chr11 48387335 . C A 260.44 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0126427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.035;QD=16.8022;RBI=0.0190261;REFB=-0.0101156;REVB=0.0142181;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712872;STB=0.510925;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0110171;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:33:28:29:0.467742:16:12:11:20:17:12:13:20 chr11 48387370 . A G 255.37 PASS AF=0.4;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0239342;FXX=0.124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.743;QD=14.5923;RBI=0.0271032;REFB=0.002545;REVB=-0.0127176;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31352;STB=0.66586;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00467672;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:70:40:42:28:28:0.4:9:19:15:25:9:19:17:25 chr11 48387424 . G T 310.48 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00737373;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.51;QD=13.0728;RBI=0.0186501;REFB=-0.00238308;REVB=-0.0171305;RO=59;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750134;STB=0.536565;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00277105;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:59:60:35:35:0.368421:19:16:23:36:19:16:24:36 chr11 48387490 . G A 242.97 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0164509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3264;QD=8.99869;RBI=0.0421924;REFB=-0.00130787;REVB=-0.0388531;RO=74;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183659;STB=0.60261;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00419822;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:74:75:33:33:0.305556:14:19:31:43:14:19:32:43 chr11 48387506 . A G 139.53 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00989629;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9341;QD=5.87498;RBI=0.0240661;REFB=-0.0166292;REVB=-0.0219372;RO=73;SAF=14;SAR=7;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283903;STB=0.671166;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.054702;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:73:74:21:21:0.221053:7:14:32:41:7:14:33:41 chr11 48387526 . G T 93.52 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0126569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.207;QD=4.40071;RBI=0.0127374;REFB=-0.00557824;REVB=0.00142927;RO=69;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13755;STB=0.588128;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0201037;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:69:69:16:16:0.188235:8:8:27:42:8:8:27:42 chr11 48387535 . T C 77.04 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0154291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7956;QD=3.75793;RBI=0.0552004;REFB=-0.00645831;REVB=0.0530002;RO=67;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208857;STB=0.629957;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0347628;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:67:68:14:14:0.170732:6:8:27:40:6:8:28:40 chr11 48387540 . G T 78.55 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0199018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.75;QD=3.9774;RBI=0.0214621;REFB=-0.00860316;REVB=0.00803371;RO=62;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142349;STB=0.569523;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0299505;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:62:65:14:14:0.177215:7:7:24:38:7:7:27:38 chr11 48387580 . G T 35.78 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0798683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2942;QD=2.42562;RBI=0.0811966;REFB=-0.00219255;REVB=0.0146264;RO=52;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660243;STB=0.51228;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0117737;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:59:52:52:6:7:0.118644:3:3:23:29:4:3:23:29 chr11 48387582 . C T 35.88 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0279563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9124;QD=2.4327;RBI=0.0533975;REFB=-0.0265799;REVB=-0.0454944;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267892;STB=0.51228;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0765892;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:59:51:52:7:7:0.118644:4:3:23:28:4:3:23:29 chr11 48387584 . A T 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0564995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1731;QD=2.43209;RBI=0.0659979;REFB=-0.00939906;REVB=-0.0341106;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164301;STB=0.51228;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0645062;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:4:3:23:29:4:3:23:29 chr11 48387591 . A G 31.81 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0183829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.543;QD=2.49525;RBI=0.0497765;REFB=-0.00537058;REVB=-0.0462576;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387616;STB=0.529314;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0583895;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:3:3:21:24:3:3:21:24 chr11 48387934 . G T 64.47 PASS AF=0.126984;AO=14;DP=124;FAO=16;FDP=126;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0150033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.226;QD=2.04654;RBI=0.0156525;REFB=-0.00183414;REVB=0.00446109;RO=110;SAF=10;SAR=4;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264208;STB=0.666455;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0175146;OID=.;OPOS=48387934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:126:110:110:14:16:0.126984:4:10:55:55:5:11:55:55 chr11 48387960 . T C 51.89 PASS AF=0.106557;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=122;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0188083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0815;QD=1.70129;RBI=0.0278888;REFB=0.0031004;REVB=0.020592;RO=109;SAF=5;SAR=8;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165563;STB=0.622927;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0200906;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:122:109:109:13:13:0.106557:8:5:57:52:8:5:57:52 chr11 48387978 . T A 62.86 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0128435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.695;QD=2.22504;RBI=0.0138346;REFB=-0.00186304;REVB=-0.00514205;RO=99;SAF=4;SAR=10;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284456;STB=0.703031;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0137635;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:99:99:14:14:0.123894:10:4:51:48:10:4:51:48 chr11 48387983 . T C 71.27 PASS AF=0.135135;AO=15;DP=111;FAO=15;FDP=111;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0108032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=2.5684;RBI=0.011591;REFB=-0.00347118;REVB=0.00420024;RO=96;SAF=5;SAR=10;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233741;STB=0.662433;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0553414;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:111:111:96:96:15:15:0.135135:10:5:50:46:10:5:50:46 chr11 48510654 . A C 343.9 PASS AF=0.443182;AO=36;DP=85;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0268179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=15.632;RBI=0.0299287;REFB=-0.0127621;REVB=-0.0132864;RO=48;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069186;STB=0.501844;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0127454;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:48:49:36:39:0.443182:24:12:19:29:24:15:19:30 chr11 48510777 . G A 443.47 PASS AF=0.475248;AO=46;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0455168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.439;QD=17.5633;RBI=0.049963;REFB=-0.0278218;REVB=0.020604;RO=53;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462097;STB=0.544557;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0308751;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:53:46:48:0.475248:29:17:22:31:31:17:23:30 chr11 48511315 . C T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0386555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8843;QD=30.5522;RBI=0.0614175;REFB=0.0482646;REVB=-0.047727;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823445;STB=0.545405;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0660922;OID=.;OPOS=48511315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:8:10:5:2:8:10:5:2 chr11 48997107 . G A 305.25 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0247527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4737;QD=16.0659;RBI=0.0741042;REFB=-0.0200828;REVB=-0.069848;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709478;STB=0.530764;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.02458;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:42:33:34:0.447368:11:22:24:16:12:22:25:17 chr11 48997334 . T G 333.84 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0081348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.674;QD=21.8909;RBI=0.0137094;REFB=-0.0211595;REVB=-0.011035;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379703;STB=0.511668;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.017893;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:33:34:0.557377:12:21:16:11:13:21:16:11 chr11 49000423 . C G 274.26 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.013755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.379;QD=12.9065;RBI=0.0247901;REFB=-0.0114208;REVB=-0.020624;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232536;STB=0.632793;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0290129;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:19:13:33:20:19:13:33:20 chr11 49000522 . C T 275.24 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.027734;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.181;QD=15.2913;RBI=0.0403541;REFB=-0.00913839;REVB=-0.0293134;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323552;STB=0.670086;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0148717;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:20:11:28:13:20:11:27:14 chr11 49000558 . G A 218.88 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0329289;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.182;QD=20.3613;RBI=0.0329349;REFB=-0.0204323;REVB=0.000630905;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182248;STB=0.569911;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0217379;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:17:20:17:21:0.488372:11:6:3:14:13:8:5:15 chr11 49055751 . T C 139.58 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0124289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.677;QD=12.4068;RBI=0.013519;REFB=-0.0143836;REVB=0.00531843;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11147;STB=0.551467;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0191051;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:15:16:0.355556:9:6:14:14:9:7:15:14 chr11 49059362 . C A 496.5 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0129699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.7;QD=13.5102;RBI=0.0293237;REFB=-0.00329068;REVB=-0.0262994;RO=90;SAF=19;SAR=37;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193238;STB=0.613372;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00526061;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:91:56:56:0.380952:37:19:46:44:37:19:47:44 chr11 49075605 . G A 664.04 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00888849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.905;QD=18.9724;RBI=0.010245;REFB=-0.00683931;REVB=0.00509467;RO=73;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241546;STB=0.513365;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0076367;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:35:32:33:40:35:32:33:40 chr11 49172981 . G C,GAC 74.28 PASS AF=0.15625,0.1875;AO=9,4;DP=36;FAO=5,6;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2,2;FSAR=3,4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.15868,-0.0102487;FXX=0.0856898;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=42.1495,145.816;QD=9.28501;RBI=0.193109,0.010463;REFB=-0.0664814,-0.0176979;REVB=-0.110053,0.0021068;RO=22;SAF=5,2;SAR=4,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0116534,-0.051776;STB=0.63583,0.682326;STBP=0.501,0.359;TYPE=snp,ins;VARB=0.159934,0.0843092;OID=.,.;OPOS=49172981,49172982;OREF=G,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:36:32:22:21:9,4:5,6:0.15625,0.1875:4,2:5,2:12:10:3,4:2,2:12:9 chr11 49196490 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0186532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.748;QD=13.7526;RBI=0.0201904;REFB=0.00784557;REVB=0.00772721;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15033;STB=0.588353;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0167285;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:14:9:4:11:14:9 chr11 49197416 . A G 213.75 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00681791;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.373;QD=12.3915;RBI=0.0165318;REFB=-0.017112;REVB=-0.0150604;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306333;STB=0.652772;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0336971;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:29:14:15:11:29:14 chr11 49207315 . A G 197.9 PASS AF=0.295455;AO=25;DP=87;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00628382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.712;QD=8.9956;RBI=0.0174822;REFB=-0.000947791;REVB=-0.0163138;RO=62;SAF=14;SAR=11;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912458;STB=0.565739;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00192451;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:62:62:25:26:0.295455:11:14:30:32:11:15:30:32 chr11 49221885 . T A 693.54 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00523233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.18;QD=19.6749;RBI=0.00757313;REFB=-0.0147596;REVB=0.00547495;RO=71;SAF=39;SAR=30;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118142;STB=0.56171;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0163117;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:72:69:69:0.489362:30:39:31:40:30:39:32:40 chr11 49227620 . A G 283.01 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0166568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0408;QD=14.8951;RBI=0.0169575;REFB=-0.0222107;REVB=0.00317949;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007981;STB=0.511979;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0246884;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:44:31:32:0.421053:19:12:17:27:19:13:17:27 chr11 49598178 . G A 626.5 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.028896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.127;QD=17.1643;RBI=0.0289421;REFB=-0.0110236;REVB=-0.00163226;RO=81;SAF=37;SAR=28;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196091;STB=0.609052;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0161883;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:28:37:30:51:28:37:30:51 chr11 49598209 . T C 534.04 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.00236978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.29;QD=15.5925;RBI=0.0242515;REFB=-0.021837;REVB=-0.0241354;RO=78;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247027;STB=0.634422;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.022816;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:23:35:28:50:23:35:29:50 chr11 49830142 . G T 733.96 PASS AF=0.483221;AO=71;DP=148;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00381295;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.415;QD=19.7036;RBI=0.00788995;REFB=-0.0140236;REVB=-0.00690744;RO=75;SAF=34;SAR=37;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113768;STB=0.502892;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0143074;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:75:77:71:72:0.483221:37:34:35:40:37:35:37:40 chr11 49974371 . G A 805.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628877;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.06;QD=57.5394;RBI=0.0235398;REFB=0;REVB=-0.0226842;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235957;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr11 49974670 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00721198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.223;QD=21.7464;RBI=0.0173621;REFB=0.00144017;REVB=-0.0157933;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.521719;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00261612;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:10:10:10:12:10:10 chr11 49974931 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00252652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.222;QD=9.33496;RBI=0.0162441;REFB=-0.013058;REVB=-0.0160464;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443314;STB=0.764338;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0261542;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:9:22:4:9:9:22 chr11 51411460 . G A 671.02 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0269457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3298;QD=16.4668;RBI=0.0270906;REFB=-0.0302315;REVB=-0.0027978;RO=90;SAF=40;SAR=33;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156879;STB=0.587132;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0291238;OID=.;OPOS=51411460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:90:90:73:73:0.447853:33:40:35:55:33:40:35:55 chr11 51411510 . C T 1079.41 PASS AF=0.53202;AO=95;DP=189;FAO=108;FDP=203;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00543051;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.098;QD=21.2692;RBI=0.00605499;REFB=-0.0134004;REVB=-0.00267816;RO=93;SAF=28;SAR=67;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196432;STB=0.58535;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00895964;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:203:93:95:95:108:0.53202:67:28:46:47:72:36:48:47 chr11 51411740 . A T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00721288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.528;QD=21.0493;RBI=0.00882906;REFB=-0.000751223;REVB=0.00509182;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240564;STB=0.623397;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000862855;OID=.;OPOS=51411740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:17:19:7:23:17:19:8:23 chr11 51412327 . T A 267.9 PASS AF=0.434783;AO=25;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00690165;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.371;QD=15.5302;RBI=0.0419879;REFB=-0.0105679;REVB=-0.0414168;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142996;STB=0.62061;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0118861;OID=.;OPOS=51412327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:39:25:30:0.434783:13:12:20:12:18:12:24:15 chr11 51412379 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0350993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.376;QD=18.8071;RBI=0.0450837;REFB=-0.0172988;REVB=-0.0282945;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110972;STB=0.561755;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0164787;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:15:22:17:19:15:22 chr11 51515460 . C T 194.88 PASS AF=0.367647;AO=23;DP=66;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0361214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3749;QD=11.4634;RBI=0.0931763;REFB=-0.0186856;REVB=0.0858899;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300002;STB=0.656473;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0347771;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:43:43:23:25:0.367647:6:17:21:22:7:18:21:22 chr11 51515640 . A G 229.53 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0287209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.035;QD=9.76718;RBI=0.0322038;REFB=-0.00206871;REVB=0.0145668;RO=64;SAF=22;SAR=7;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187278;STB=0.607222;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00630684;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:65:29:29:0.308511:7:22:40:24:7:22:41:24 chr11 51515912 . C T 393.35 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0631985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9319;QD=17.6786;RBI=0.0751338;REFB=-0.0315458;REVB=-0.0406331;RO=48;SAF=31;SAR=10;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177043;STB=0.599681;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0367604;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:10:31:29:19:10:31:29:19 chr11 55029787 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0337403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.384;QD=21.0142;RBI=0.0337945;REFB=5.46821e-05;REVB=0.00191284;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00020565;OID=.;OPOS=55029787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr11 55339829 . A G 771.53 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00490434;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.577;QD=52.3073;RBI=0.0352423;REFB=-0.0286156;REVB=0.0348994;RO=3;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251849;STB=0.513374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00108429;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:59:3:3:56:56:0.949153:23:33:1:2:23:33:1:2 chr11 55340117 . A G 497.28 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.792;QD=58.5032;RBI=0.0647811;REFB=0;REVB=0.0322901;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129884;OID=.;OPOS=55340117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:16:13:0:0:21:13:0:0 chr11 55406022 . C G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.012403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.204;QD=2.56844;RBI=0.0150521;REFB=-0.00824482;REVB=-0.00852814;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119931;STB=0.591236;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0401519;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:25:19:2:4:25:19 chr11 55494281 . G A 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0023718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.206;QD=1.80342;RBI=0.00436124;REFB=0.000179294;REVB=0.00365991;RO=68;SAF=5;SAR=3;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113306;STB=0.581189;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00381798;OID=.;OPOS=55494281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:68:69:8:8:0.103896:3:5:36:32:3:5:37:32 chr11 55494285 . T C 40.02 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0548563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0795;QD=2.05219;RBI=0.0584271;REFB=-0.00683599;REVB=0.0201125;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405152;STB=0.530019;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.100086;OID=.;OPOS=55494285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:4:5:36:33:4:5:36:33 chr11 55494298 . A C 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00335208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6387;QD=3.14435;RBI=0.00782786;REFB=0.00393874;REVB=0.00707382;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763173;STB=0.552151;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.021177;OID=.;OPOS=55494298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:5:7:35:32:5:7:35:32 chr11 55541098 . G A 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.498;QD=56.1644;RBI=0.0500234;REFB=0;REVB=-0.0178387;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689044;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 55563602 . G A 852.79 PASS AF=0.833333;AO=63;DP=76;FAO=65;FDP=78;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.02052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.85;QD=43.7327;RBI=0.0425558;REFB=-0.0248609;REVB=0.0372817;RO=13;SAF=30;SAR=33;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199778;STB=0.512867;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00322202;OID=.;OPOS=55563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:76:78:13:13:63:65:0.833333:33:30:7:6:35:30:7:6 chr11 55563738 . G A 456.16 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000438528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.546;QD=50.6844;RBI=0.0101757;REFB=-0.0061244;REVB=0.0101663;RO=3;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438735;STB=0.523546;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0005748;OID=.;OPOS=55563738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:13:20:1:2:13:20:1:2 chr11 55563776 . T G 468.97 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514446;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.536;QD=58.6213;RBI=0.0559636;REFB=0;REVB=0.0220313;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143409;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 55578987 . T C 510.7 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.774;QD=52.3798;RBI=0.0318466;REFB=-0.0241603;REVB=-0.0046917;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274091;STB=0.510724;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0013614;OID=.;OPOS=55578987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:2:3:36:36:0.923077:17:19:1:1:17:19:2:1 chr11 55578991 . C T 570.95 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0690552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1877;QD=55.7027;RBI=0.0703038;REFB=0.033385;REVB=0.0131913;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497733;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000433279;OID=.;OPOS=55578991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:38:39:0.95122:17:21:1:1:18:21:1:1 chr11 55579102 . C T 995.57 PASS AF=0.806452;AO=74;DP=93;FAO=75;FDP=93;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0220389;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.805;QD=42.8201;RBI=0.0265143;REFB=-0.00917201;REVB=-0.0147409;RO=18;SAF=37;SAR=37;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611121;STB=0.533515;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00184972;OID=.;OPOS=55579102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:18:18:74:75:0.806452:37:37:12:6:38:37:12:6 chr11 55579145 . C T 96.02 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0170421;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.356;QD=3.17419;RBI=0.0214605;REFB=-0.00208784;REVB=-0.0130429;RO=103;SAF=12;SAR=7;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197163;STB=0.62759;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0133727;OID=.;OPOS=55579145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:122:121:103:102:19:19:0.157025:7:12:49:54:7:12:49:53 chr11 55579182 . A G 99.52 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.010269;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.8;QD=3.46145;RBI=0.0103071;REFB=-0.00290649;REVB=0.000886168;RO=96;SAF=12;SAR=7;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180852;STB=0.619228;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0193533;OID=.;OPOS=55579182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:19:19:0.165217:7:12:47:49:7:12:47:49 chr11 55579419 . T C 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.605;QD=36.3121;RBI=0.0427712;REFB=-0.0342831;REVB=0.0287476;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658029;STB=0.536043;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00527424;OID=.;OPOS=55579419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:3:1:8:10:3:1 chr11 55579801 . T C 637.97 PASS AF=0.907407;AO=47;DP=52;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.042877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.446;QD=47.2573;RBI=0.0431249;REFB=-0.0617855;REVB=0.00461703;RO=5;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082277;STB=0.543842;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00805215;OID=.;OPOS=55579801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:54:5:5:47:49:0.907407:26:21:0:5:26:23:0:5 chr11 55587117 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.605;QD=44.6898;RBI=0.0591827;REFB=0;REVB=0.000562262;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013613;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 55587511 . A G 1055.91 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00329731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.035;QD=57.8582;RBI=0.00816313;REFB=0.00201418;REVB=-0.00746756;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210058;STB=0.510635;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=5.04421e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:49:22:1:0:49:23:1:0 chr11 55594869 . G A 786.18 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0192342;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.619;QD=44.9243;RBI=0.0194354;REFB=0.00319582;REVB=-0.00278993;RO=10;SAF=21;SAR=39;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126912;STB=0.567748;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000332809;OID=.;OPOS=55594869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:70:10:10:60:60:0.857143:39:21:8:2:39:21:8:2 chr11 55595012 . A T 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0416893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.062;QD=32.248;RBI=0.0420608;REFB=-0.023173;REVB=-0.00557805;RO=6;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318969;STB=0.677204;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00570928;OID=.;OPOS=55595012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:14:4:5:1:14:4:5:1 chr11 55595017 . GA TG 152.62 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00446598;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.101;QD=29.0694;RBI=0.0448448;REFB=-0.0294026;REVB=-0.0446219;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309762;STB=0.673226;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0129315;OID=.;OPOS=55595017;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:5:1:11:4:5:1 chr11 55595114 . GCG TTC 359.37 PASS AF=0.875;AO=26;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0511038;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.571;QD=44.9208;RBI=0.053997;REFB=-0.0298426;REVB=0.0174377;RO=4;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526855;STB=0.527008;STBP=0.454;TYPE=mnp;VARB=0.00282255;OID=.;OPOS=55595114;OREF=GCG;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:26:28:0.875:14:12:1:3:15:13:1:3 chr11 55652971 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.934;QD=43.4862;RBI=0.0153658;REFB=0;REVB=0.0135314;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04164e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 55681494 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.472;QD=50.4132;RBI=0.0275233;REFB=0;REVB=0.0269964;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229251;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 55702929 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9476;QD=34.6645;RBI=0.0609741;REFB=0.024407;REVB=0.0322604;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000858826;OID=.;OPOS=55702929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chr11 55703247 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.096;QD=50.1347;RBI=0.0416329;REFB=-0.100055;REVB=0.0197655;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00147678;OID=.;OPOS=55703247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr11 55703728 . A G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.364;QD=41.6794;RBI=0.0337494;REFB=-0.017188;REVB=-0.00246426;RO=2;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493825;STB=0.526996;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00289973;OID=.;OPOS=55703728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:5:13:1:1:5:13:1:1 chr11 55746891 . G A 1589.83 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.622;QD=59.9937;RBI=0.00731127;REFB=0;REVB=0.00633679;RO=0;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36123e-05;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:69:36:0:0:69:37:0:0 chr11 55761221 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.015;QD=58.5878;RBI=0.0215927;REFB=0;REVB=-0.0129933;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98017e-05;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr11 55761528 . T C 607.32 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0442226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.004;QD=44.1689;RBI=0.044227;REFB=-0.0539832;REVB=0.000628629;RO=7;SAF=19;SAR=29;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813537;STB=0.504346;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00477592;OID=.;OPOS=55761528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:7:7:48:48:0.872727:29:19:3:4:29:19:3:4 chr11 55761738 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.572;QD=58.1421;RBI=0.0312974;REFB=0;REVB=-0.0171895;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224497;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 55798152 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.785;QD=56.7046;RBI=0.00703902;REFB=0;REVB=-0.00680224;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6845e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 55872657 . A C 335.68 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00321132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.264;QD=31.2262;RBI=0.0154385;REFB=-0.0159588;REVB=0.0151009;RO=13;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111533;STB=0.564473;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0101741;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:14:28:29:0.674419:14:14:9:4:14:15:10:4 chr11 55872876 . C T 1353.36 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0523024;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.653;QD=59.4883;RBI=0.0531997;REFB=-0.211525;REVB=0.00972959;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.511109;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00101352;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:91:0:2:88:89:0.978022:45:43:0:0:45:44:2:0 chr11 55873024 . A G 820.4 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177051;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.999;QD=57.5722;RBI=0.0183049;REFB=0;REVB=-0.00464779;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23472e-05;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr11 55873368 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9549;QD=62.9791;RBI=0.018255;REFB=0;REVB=0.012254;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1669e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 55890257 . C T 1238.92 PASS AF=0.933333;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0208671;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9996;QD=55.0629;RBI=0.031433;REFB=0.105188;REVB=-0.0235074;RO=6;SAF=50;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935621;STB=0.504949;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00369999;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:90:90:6:6:84:84:0.933333:34:50:4:2:34:50:4:2 chr11 55999678 . G T 787.13 PASS AF=0.893939;AO=58;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00639828;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9377;QD=47.7046;RBI=0.0093876;REFB=0.0121068;REVB=-0.00686943;RO=7;SAF=32;SAR=26;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054057;STB=0.529219;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00525731;OID=.;OPOS=55999678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:7:7:58:59:0.893939:26:32:2:5:26:33:2:5 chr11 56000403 . C G 617.74 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998275;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5822;QD=61.7739;RBI=0.0118173;REFB=0;REVB=0.00632407;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186811;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 56043702 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.195;QD=59.4352;RBI=0.0236502;REFB=0;REVB=0.0213008;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81008e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 56058197 . G A 75.44 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00761372;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.647;QD=4.37336;RBI=0.0079856;REFB=-0.000903899;REVB=-0.00240854;RO=57;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37752;STB=0.742073;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00327373;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:70:69:57:56:13:13:0.188406:3:10:27:30:3:10:27:29 chr11 56086147 . T G 239.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8541;QD=50.3827;RBI=0.103055;REFB=0;REVB=0.00427204;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356499;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 56113516 . T C 537.69 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.53;QD=59.7435;RBI=0.171282;REFB=0;REVB=0.171009;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824498;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:11:25:0:0 chr11 56113575 . A G 47.77 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00549585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.683;QD=3.67494;RBI=0.0206957;REFB=-0.00416341;REVB=-0.0199526;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415597;STB=0.773781;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0445915;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:5:3:32:12:5:3:32:12 chr11 56113593 . C A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0222463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.983;QD=3.02365;RBI=0.0480446;REFB=-0.00457864;REVB=-0.0425839;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454782;STB=0.800217;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0359331;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:5:3:38:12:5:3:38:12 chr11 56127746 . A G 375.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.642;QD=55.6715;RBI=0.0310966;REFB=0;REVB=0.030867;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51802e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr11 56128524 . C T 537.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.087;QD=59.7704;RBI=0.0616346;REFB=0;REVB=0.0606826;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262637;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 56128673 . A AT 154.52 PASS AF=0.707317;AO=23;DP=44;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.132649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1455;QD=15.075;RBI=0.21136;REFB=0.0278013;REVB=-0.164551;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953478;STB=0.505047;STBP=0.946;TYPE=ins;VARB=-0.0426352;OID=.;OPOS=56128674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707317:23:44:29:41:12:14:15:6:6:37:18:10:13:10:8 chr11 56143103 . G A 32.62 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0283289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6142;QD=2.77619;RBI=0.0578297;REFB=-0.00630833;REVB=-0.0504158;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913513;STB=0.566458;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0155131;OID=.;OPOS=56143103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:30:11:2:4:30:11 chr11 56143108 . C G 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00616373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.282;QD=2.49535;RBI=0.0368171;REFB=-0.00813881;REVB=-0.0362975;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842568;STB=0.569015;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0747761;OID=.;OPOS=56143108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:2:4:32:12:2:4:33:12 chr11 56143156 . C T 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0270751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.611;QD=7.01167;RBI=0.0310422;REFB=-0.0107513;REVB=0.0151843;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20375;STB=0.624823;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0244814;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:6:7:28:12:6:7:28:12 chr11 56143158 . A G 87.11 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00354472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.537;QD=6.22189;RBI=0.00855245;REFB=-0.00600566;REVB=-0.00778327;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234086;STB=0.643869;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0217071;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:31:12:6:7:31:12 chr11 56143424 . A G 444.54 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0861533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.736;QD=46.7932;RBI=0.0861662;REFB=-0.028135;REVB=0.00149104;RO=5;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612547;STB=0.532975;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00311182;OID=.;OPOS=56143424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:33:33:0.868421:21:12:3:2:21:12:3:2 chr11 56143570 . A G 41.94 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0213749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9752;QD=4.66049;RBI=0.0369992;REFB=-0.00515892;REVB=0.0302002;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397335;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0411633;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:36:36:27:29:7:7:0.194444:2:5:20:7:2:5:21:8 chr11 56143690 . C A 116.62 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0445134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.246;QD=11.6616;RBI=0.0450816;REFB=-0.00509587;REVB=0.00713442;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775238;STB=0.54615;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0398782;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:17:9:4:10:17:9 chr11 56143696 . C T 87.45 PASS AF=0.325;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0426538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.129;QD=8.74512;RBI=0.0508941;REFB=-0.044717;REVB=0.0277644;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331058;STB=0.519969;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.125694;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:38:40:25:27:12:13:0.325:4:8:16:9:4:9:18:9 chr11 56185224 . A G 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00474979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.846;QD=32.3674;RBI=0.0915204;REFB=-0.0324394;REVB=-0.0913971;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097715;STB=0.55437;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00146042;OID=.;OPOS=56185224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:8:5:2:1:8:5:2:1 chr11 56185345 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0285002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.819;QD=7.76111;RBI=0.0376756;REFB=-0.0160841;REVB=-0.0246412;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0192329;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:4:8:2:4:4:9 chr11 56294275 . T C 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0270358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.115;QD=51.8096;RBI=0.0414978;REFB=0.0178187;REVB=-0.0314823;RO=3;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.529395;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00274899;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:24:11:0:3:24:11:0:3 chr11 56294338 . G A 688.56 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0288006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.687;QD=55.0844;RBI=0.0497292;REFB=-0.0730128;REVB=0.0405404;RO=4;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.538445;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00160871;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:24:22:0:4:24:22:0:4 chr11 56310222 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1437;QD=42.1796;RBI=0.0872859;REFB=0;REVB=0.0191139;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431038;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 56310497 . C T 596.19 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00608105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.046;QD=50.7396;RBI=0.0151677;REFB=0.0045692;REVB=0.0138953;RO=4;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.511158;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000386526;OID=.;OPOS=56310497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:4:5:41:42:0.893617:28:13:1:3:29:13:2:3 chr11 56344993 . C A 792.51 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.337;QD=56.6078;RBI=0.0393542;REFB=0;REVB=0.0351386;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94498e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:34:17:0:0:38:18:0:0 chr11 56380134 . C G 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00172311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.396;QD=3.37588;RBI=0.0102917;REFB=6.9787e-06;REVB=-0.0101464;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108289;STB=0.577998;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-7.82499e-05;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:2:5:26:15:2:5:26:15 chr11 56431216 . C T 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0012132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.66;QD=1.92292;RBI=0.00301915;REFB=-0.0036553;REVB=-0.00276467;RO=60;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158656;STB=0.62151;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0497537;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:3:4:26:34:3:4:26:34 chr11 56431834 . A G 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0167982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.817;QD=47.118;RBI=0.0260737;REFB=-0.0211107;REVB=0.0199414;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.53843;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00296935;OID=.;OPOS=56431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:0:2:12:12:0:2 chr11 56467881 . T C 340.96 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0016071;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7398;QD=15.4981;RBI=0.0156646;REFB=0.0091426;REVB=0.015582;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111642;STB=0.563002;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00885272;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:17:20:22:29:17:20:22:29 chr11 56467926 . A G 405.71 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0465728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2431;QD=14.1117;RBI=0.0518364;REFB=0.00366579;REVB=-0.0227594;RO=68;SAF=23;SAR=24;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196935;STB=0.511106;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00824639;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:24:23:32:36:24:23:32:36 chr11 56468020 . TG CA,CG 1358.02 PASS AF=0.455357,0.464286;AO=50,52;DP=111;FAO=51,52;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=24,17;FSAR=27,35;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0179035,-0.0112074;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.602,109.421;QD=48.5008;RBI=0.0193114,0.0113852;REFB=-0.0213739,-0.0485073;REVB=-0.00723835,0.00200469;RO=9;SAF=23,17;SAR=27,35;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.05902,-0.102353;STB=0.5294,0.554768;STBP=0.315,0.061;TYPE=mnp,snp;VARB=0.022661,0.00280373;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:112:9:9:50,52:51,52:0.455357,0.464286:27,35:23,17:6:3:27,35:24,17:6:3 chr11 56468044 . T G 537.45 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000522464;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.5;QD=21.4981;RBI=0.0073534;REFB=-0.000794432;REVB=-0.00733481;RO=47;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517987;STB=0.511623;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000775835;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:49:51:51:0.51:29:22:20:27:29:22:20:29 chr11 56468047 . AC AT,GT 1442.94 PASS AF=0.43,0.57;AO=43,57;DP=101;FAO=43,57;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=16,26;FSAR=27,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175223,0.0198421;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=110.277,168.008;QD=57.7176;RBI=0.0177533,0.0207301;REFB=0,0;REVB=-0.00285489,-0.00600221;RO=0;SAF=16,26;SAR=27,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.19358e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00299185,6.4782e-05;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:101:100:0:0:43,57:43,57:0.43,0.57:27,31:16,26:0:0:27,31:16,26:0:0 chr11 56468111 . C T 435.21 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0128875;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.217;QD=18.3248;RBI=0.0142537;REFB=-0.00203603;REVB=-0.00608947;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116734;STB=0.565188;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00207899;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:26:18:27:24:26:18:27:24 chr11 56468155 . T G 315.36 PASS AF=0.459459;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0391681;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.905;QD=17.0464;RBI=0.0393624;REFB=-0.0192446;REVB=-0.0039054;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504649;STB=0.534825;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0219951;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:40:32:34:0.459459:14:18:21:20:14:20:21:19 chr11 56468198 . A G 420.45 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0251025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.434;QD=20.5099;RBI=0.0416085;REFB=-0.0391539;REVB=-0.0331834;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20892;STB=0.608245;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.034081;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:40:41:42:0.512195:22:19:28:12:22:20:28:12 chr11 56468200 . C T 405.51 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0143545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3815;QD=19.7807;RBI=0.0177875;REFB=-0.00784377;REVB=-0.0105045;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21779;STB=0.62039;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00762641;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:22:19:29:12:22:19:29:12 chr11 56468202 . G A 379.91 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.000252512;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.497;QD=18.9957;RBI=0.0135818;REFB=-0.024315;REVB=0.0135795;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179954;STB=0.599823;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0400004;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:28:13:20:19:28:13 chr11 56468212 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0169709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.718;QD=18.6059;RBI=0.0481306;REFB=-0.0220552;REVB=0.0450394;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166777;STB=0.59257;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.010259;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:19:20:29:13:19:20:29:13 chr11 56468259 . C T 374.26 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00634309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.809;QD=18.0365;RBI=0.00917706;REFB=-0.0474729;REVB=0.00663201;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142124;STB=0.562705;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0301148;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:44:39:39:0.46988:15:24:19:22:15:24:22:22 chr11 56468368 . C T 434.24 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00952928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.262;QD=17.0288;RBI=0.0719268;REFB=-0.0145483;REVB=-0.0712927;RO=55;SAF=19;SAR=28;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12014;STB=0.56706;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0224084;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:28:19:29:26:28:19:29:26 chr11 56468403 . G A 324.72 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00891376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6589;QD=14.5941;RBI=0.0129085;REFB=-0.00425139;REVB=-0.00933672;RO=53;SAF=15;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117756;STB=0.566818;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00644631;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:21:15:28:25:21:15:28:25 chr11 56468416 . G A 301.88 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0912707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3639;QD=14.3753;RBI=0.0978855;REFB=-0.0108553;REVB=0.0353729;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103554;STB=0.558789;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0178831;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:19:15:27:23:19:15:27:23 chr11 56468440 . G T 38.18 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0906444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2695;QD=1.77572;RBI=0.0922726;REFB=0.00163151;REVB=0.0172578;RO=77;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577462;STB=0.543944;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00674895;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:77:77:9:9:0.104651:5:4:38:39:5:4:38:39 chr11 56468448 . AA GT 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0113426;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=169.732;QD=15.3563;RBI=0.0123351;REFB=0.000614049;REVB=-0.00484765;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145259;STB=0.58204;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=-0.000622693;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:25:19:19:14:25:19 chr11 56468452 . A C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00109004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2601;QD=15.1034;RBI=0.0129213;REFB=-0.0171956;REVB=-0.0128753;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.575712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0156941;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:19:14:25:20:19:14:25:20 chr11 56468493 . A G 246.73 PASS AF=0.39726;AO=27;DP=71;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0538559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2681;QD=13.5197;RBI=0.0565538;REFB=-0.0180781;REVB=0.0172589;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132921;STB=0.551331;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0239139;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:44:27:29:0.39726:15:12:25:19:15:14:25:19 chr11 56468554 . A C 240.27 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0273337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4418;QD=10.0113;RBI=0.0275366;REFB=0.00024933;REVB=-0.0033369;RO=65;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132604;STB=0.573226;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00125717;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:66:30:30:0.3125:11:19:34:31:11:19:35:31 chr11 56468560 . TA CG 244.7 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0237264;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.617;QD=10.7561;RBI=0.0241805;REFB=-0.00515836;REVB=0.00466406;RO=61;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912099;STB=0.553221;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.016362;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:61:61:30:30:0.32967:11:19:34:27:11:19:34:27 chr11 56468637 . C T 251.53 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0106342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.397;QD=9.14662;RBI=0.011256;REFB=-0.0207546;REVB=0.00368942;RO=76;SAF=21;SAR=13;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476384;STB=0.527916;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0341844;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:13:21:44:32:13:21:44:32 chr11 56468646 . C T 242.06 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00240803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.099;QD=8.96508;RBI=0.00354587;REFB=-0.00584071;REVB=0.0026028;RO=74;SAF=21;SAR=12;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687729;STB=0.546071;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0153123;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:74:75:33:33:0.305556:12:21:43:31:12:21:43:32 chr11 56468694 . C T 157.88 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0279716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4858;QD=8.09656;RBI=0.0747031;REFB=-0.0187447;REVB=-0.0692686;RO=56;SAF=14;SAR=8;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373161;STB=0.522367;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0426725;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:8:14:34:22:8:14:34:22 chr11 56468699 . T A 128.72 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00885149;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9635;QD=6.95779;RBI=0.0130538;REFB=-0.00696395;REVB=0.00959445;RO=54;SAF=12;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264689;STB=0.510627;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00881319;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:55:19:19:0.256757:7:12:33:21:7:12:34:21 chr11 56468704 . T C 100.74 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0112759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5361;QD=5.67544;RBI=0.0194812;REFB=-0.00676346;REVB=0.0158862;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710366;STB=0.544249;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0163079;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:34:21:7:9:34:21 chr11 56468720 . T C 101.87 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0355051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.299;QD=6.79138;RBI=0.0355055;REFB=-0.0196077;REVB=0.000162933;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271826;STB=0.516756;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0460089;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:7:8:25:20:7:8:25:20 chr11 56756398 . G T 52.14 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00658314;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.605;QD=5.63641;RBI=0.0147057;REFB=-0.00723844;REVB=-0.0131499;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131311;STB=0.585989;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.017955;OID=.;OPOS=56756398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:37:29:29:8:8:0.216216:3:5:15:14:3:5:15:14 chr11 56756664 . G A 274.89 PASS AF=0.675676;AO=22;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0611203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.21;QD=29.7177;RBI=0.0630215;REFB=-0.0108735;REVB=0.0153628;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169721;STB=0.613647;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00260904;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:11:12:22:25:0.675676:12:10:2:9:12:13:2:10 chr11 56956516 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9417;QD=56.1911;RBI=0.0485027;REFB=0;REVB=0.0142601;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485362;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 57004344 . G T 325.5 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.476;QD=54.2499;RBI=0.0655425;REFB=0;REVB=0.0516899;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306892;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:19:24:1:11:8:0:0:15:9:0:0 chr11 57137371 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.788;QD=62.3504;RBI=0.0398933;REFB=0;REVB=0.0192167;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133675;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr11 57137424 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3807;QD=61.683;RBI=0.115136;REFB=0;REVB=0.0174168;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016774;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 57147016 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.52582e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.868;QD=58.7814;RBI=0.0070295;REFB=0;REVB=-0.00702941;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28894e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr11 57148175 . A G 804.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416672;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.023;QD=57.482;RBI=0.0434214;REFB=0;REVB=-0.0122171;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127501;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 57155001 . G A 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.135;QD=63.6148;RBI=0.0161936;REFB=0;REVB=0.00211841;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53571e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:60:35:0:0:60:35:0:0 chr11 57155288 . T C 1557.69 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276992;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.224;QD=59.911;RBI=0.0481057;REFB=0;REVB=0.0393309;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76453e-06;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr11 57157405 . A G 137.59 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7983;QD=39.3122;RBI=0.0190626;REFB=-0.0146894;REVB=-0.0127659;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00743799;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr11 57313469 . C G 1348.72 PASS AF=0.926606;AO=97;DP=109;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.023828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8784;QD=49.4944;RBI=0.0610703;REFB=-0.00708332;REVB=0.05623;RO=9;SAF=48;SAR=49;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809074;STB=0.508094;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0018573;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:109:109:9:8:97:101:0.926606:49:48:4:5:52:49:3:5 chr11 57353983 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.403;QD=45.8068;RBI=0.00816717;REFB=0;REVB=-0.00807486;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77445e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 57381989 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9347;QD=48.7367;RBI=0.0363523;REFB=0;REVB=-0.0078146;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559417;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr11 57391106 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.007;QD=47.8212;RBI=0.0249369;REFB=0;REVB=0.0248917;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402647;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 57463500 . T C 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.231;QD=56.6847;RBI=0.0542701;REFB=0;REVB=0.0476429;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481516;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 57468129 . T C 919.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2926;QD=58.4099;RBI=0.0516925;REFB=0;REVB=0.0294393;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253113;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr11 57571232 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.277;QD=56.1916;RBI=0.0535039;REFB=0;REVB=-0.0283505;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606498;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr11 57585662 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7046;QD=47.8204;RBI=0.0774736;REFB=0;REVB=-0.0664438;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00384472;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr11 57799183 . C T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0410909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.947;QD=42.7087;RBI=0.0421182;REFB=-0.0681961;REVB=-0.00924592;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613239;STB=0.533299;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00938814;OID=.;OPOS=57799183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:14:5:0:2:14:5:0:2 chr11 57799371 . G C 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.228;QD=53.2658;RBI=0.0183355;REFB=0;REVB=0.012131;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7828e-06;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 57886435 . G T 208.37 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00450998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.423;QD=41.674;RBI=0.0202474;REFB=0.0219526;REVB=0.0197387;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.001253;OID=.;OPOS=57886435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:2:0:10:8:2:0 chr11 57948142 . T A 49.02 PASS AF=0.0875;AO=7;DP=81;FAO=7;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0837945;FXX=0.0123442;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.1707;QD=2.45119;RBI=0.112449;REFB=-0.0296604;REVB=-0.0749889;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552669;STB=0.889476;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0781324;OID=.;OPOS=57948142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:81:80:47:66:7:7:0.0875:1:6:17:30:1:6:25:41 chr11 57948952 . G A 246.33 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.519;QD=46.9197;RBI=0.0624949;REFB=-0.0927043;REVB=0.0372895;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00556456;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:9:10:1:0:9:11:1:0 chr11 57958775 . C T 683.25 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0176461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.293;QD=47.9475;RBI=0.0176671;REFB=0.0802906;REVB=-0.000860883;RO=5;SAF=30;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722905;STB=0.538447;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00257136;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:5:5:52:52:0.912281:22:30:5:0:22:30:5:0 chr11 57958972 . C A 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8299;QD=51.9048;RBI=0.0195973;REFB=0;REVB=-0.0193069;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676867;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 57971195 . G A 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3099;QD=47.8782;RBI=0.0505644;REFB=-0.0319858;REVB=-0.0430712;RO=2;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463889;STB=0.52498;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00116171;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:19:6:0:2:19:6:0:2 chr11 57971201 . G A 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0147103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.311;QD=47.8795;RBI=0.0154343;REFB=-0.0206173;REVB=-0.00467147;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488216;STB=0.526295;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000557004;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:18:7:0:2:18:7:0:2 chr11 57982229 . A G 522.72 PASS AF=0.904762;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000942551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6928;QD=49.783;RBI=0.0163118;REFB=0.00146059;REVB=0.0162846;RO=3;SAF=24;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513362;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.000176601;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:42:3:4:36:38:0.904762:12:24:2:1:14:24:2:2 chr11 57982584 . T C 570.43 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0143034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.281;QD=50.7049;RBI=0.0163209;REFB=-0.0678235;REVB=0.0078604;RO=5;SAF=17;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785659;STB=0.542066;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.017312;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:23:17:4:1:23:17:4:1 chr11 57982620 . A G 510.6 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0157583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.822;QD=47.4974;RBI=0.0157584;REFB=-0.0262601;REVB=-5.21965e-05;RO=6;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139732;STB=0.57496;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00901868;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:20:17:6:0:20:17:6:0 chr11 57982726 . G T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00825296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.372;QD=29.0287;RBI=0.0513646;REFB=-0.0482305;REVB=0.0506973;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228528;STB=0.624879;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0193363;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:6:12:8:0:6:12:8:0 chr11 57982763 . A G 92.57 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0170615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0684;QD=18.5145;RBI=0.0212821;REFB=-0.0449257;REVB=-0.0127213;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265517;STB=0.631371;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.023404;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:4:6:8:1:4:7:8:1 chr11 57982832 . T A 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0411066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9828;QD=34.7804;RBI=0.0651023;REFB=-0.088926;REVB=0.0504832;RO=7;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.520529;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0315297;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:8:14:5:2:8:14:5:2 chr11 57982896 . G T 609.75 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0110683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.962;QD=46.9039;RBI=0.0135657;REFB=0.007408;REVB=-0.00784356;RO=5;SAF=23;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559346;STB=0.529832;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000613428;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:24:23:4:1:24:23:4:1 chr11 57983194 . A G 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.156136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.368;QD=43.842;RBI=0.156674;REFB=0.0454727;REVB=-0.012974;RO=4;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353662;STB=0.519111;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00325087;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:26:26:0.866667:16:10:1:3:16:10:1:3 chr11 58034597 . C G 540.06 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00172699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.941;QD=51.4343;RBI=0.0410434;REFB=-0.0634497;REVB=0.041007;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356477;STB=0.519074;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00355886;OID=.;OPOS=58034597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:21:17:1:3:21:17:1:3 chr11 58034651 . C T 449.14 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000661469;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5754;QD=52.8399;RBI=0.0385006;REFB=0.0592657;REVB=-0.0384949;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845856;STB=0.545425;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00297922;OID=.;OPOS=58034651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:32:32:0.941176:10:22:0:2:10:22:0:2 chr11 58123152 . T C 623.63 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349411;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.557;QD=59.3934;RBI=0.0403409;REFB=-0.0775171;REVB=0.0201621;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00246658;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr11 58125620 . T A,C 514.45 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192602,-0.0262319;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.099,167.968;QD=58.7942;RBI=0.0569251,0.0782304;REFB=0,0;REVB=-0.0535678,-0.0737013;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13944,-7.194e-05;OID=.,.;OPOS=58125620,58125620;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:2,16:0,17:0:0:2,16:0,17:0:0 chr11 58125774 . A G 806.47 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0545949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.028;QD=51.2046;RBI=0.0553019;REFB=-0.0107943;REVB=0.00881439;RO=4;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438412;STB=0.523248;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00101143;OID=.;OPOS=58125774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:41:18:0:4:41:18:0:4 chr11 58126305 . A T 613.74 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0349334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.548;QD=53.3685;RBI=0.0363969;REFB=0.00847341;REVB=-0.0102174;RO=4;SAF=13;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124482;STB=0.566634;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000420335;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:29:13:4:0:29:13:4:0 chr11 58190136 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00578811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.208;QD=52.1523;RBI=0.0112297;REFB=0.00735651;REVB=0.00962306;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000239627;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:0:1:18:9:0:1 chr11 58207204 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.28;QD=62.9829;RBI=0.0250229;REFB=0;REVB=0.00745879;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57452e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 58386177 . G A 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00290539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.07;QD=2.93545;RBI=0.0149243;REFB=-0.00459135;REVB=-0.0146388;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188557;STB=0.639118;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0244377;OID=.;OPOS=58386177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:5:2:20:26:5:2:20:26 chr11 58602309 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3218;QD=56.7023;RBI=0.0580858;REFB=0;REVB=0.0477128;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017827;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr11 58894067 . A G 95.29 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3227;QD=34.6505;RBI=0.0837075;REFB=-0.00747362;REVB=0.0726687;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00483527;OID=.;OPOS=58894067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr11 58894253 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.075;QD=56.7047;RBI=0.0246417;REFB=0;REVB=-0.00925288;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160762;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 58919813 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.712;QD=58.5841;RBI=0.0750115;REFB=0;REVB=0.0749712;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423643;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 58940278 . G T 153.35 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0317452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.253;QD=40.8922;RBI=0.0327967;REFB=-0.151468;REVB=0.00823805;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00406011;OID=.;OPOS=58940278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:0:1:12:2:0:1 chr11 58978940 . C T 802.12 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0432946;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4135;QD=50.928;RBI=0.0474009;REFB=-0.0122904;REVB=0.0192983;RO=4;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852707;STB=0.503815;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00082782;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:63:4:4:58:59:0.936508:33:25:2:2:33:26:2:2 chr11 59058590 . C G 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127135;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.161;QD=63.8845;RBI=0.0235015;REFB=0;REVB=0.0234671;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16596e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr11 59132798 . G C 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5922;QD=63.5664;RBI=0.0473716;REFB=0;REVB=0.0360759;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050891;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr11 59132882 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.457;QD=52.6132;RBI=0.0313519;REFB=0;REVB=0.0310035;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162974;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 59211188 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4769;QD=56.191;RBI=0.0469609;REFB=0;REVB=-0.0337906;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07304e-05;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 59211265 . T C 375.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.793;QD=55.6348;RBI=0.0582752;REFB=0;REVB=0.0236408;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205926;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 59224720 . A G 1175.67 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735947;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.703;QD=61.0738;RBI=0.0791659;REFB=0;REVB=-0.0291729;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140951;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:30:46:0:0:30:47:0:0 chr11 59271637 . T C 38.26 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00601014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.438;QD=2.25064;RBI=0.0174686;REFB=-0.000826467;REVB=0.0164022;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13;STB=0.59677;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00460475;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:3:5:31:29:3:5:31:29 chr11 59323951 . G A 1645.38 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154763;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.682;QD=60.381;RBI=0.0185365;REFB=0;REVB=0.0102022;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57362e-06;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:63:46:0:0 chr11 59480951 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.31;QD=57.6807;RBI=0.010639;REFB=0;REVB=0.010442;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81892e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 59611362 . G A 40.37 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0220737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.285;QD=3.29551;RBI=0.0221041;REFB=-0.0128367;REVB=-0.00115861;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235967;STB=0.670228;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.062886;OID=.;OPOS=59611362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:5:2:20:22:5:2:20:22 chr11 59814173 . G A 480.03 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0255574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.253;QD=48.0034;RBI=0.0263445;REFB=-0.0397718;REVB=0.00639145;RO=5;SAF=18;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199722;STB=0.510724;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00355655;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:17:18:3:2:17:18:3:2 chr11 59863104 . A G 559.98 PASS AF=0.82;AO=35;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0872984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7859;QD=44.7987;RBI=0.0874478;REFB=-0.0537416;REVB=0.00510966;RO=9;SAF=11;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558401;STB=0.515112;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0179142;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:50:9:9:35:41:0.82:24:11:4:5:26:15:4:5 chr11 59946302 . C T 102.56 PASS AF=1;AO=6;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.897;QD=41.0225;RBI=0.0262015;REFB=0;REVB=0.0218029;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977061;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:6:10:1:4:2:0:0:4:6:0:0 chr11 59947252 . C T 581.4 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.031788;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.943;QD=41.5283;RBI=0.032576;REFB=-0.0544028;REVB=0.00712145;RO=9;SAF=23;SAR=24;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531701;STB=0.528462;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00435953;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:56:9:9:47:47:0.839286:24:23:6:3:24:23:6:3 chr11 60070176 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.202;QD=59.8325;RBI=0.0371338;REFB=0;REVB=0.0149011;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423368;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 60073597 . C T 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6619;QD=60.7118;RBI=0.0792771;REFB=0;REVB=-0.00995929;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00076168;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr11 60105366 . T C 849.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.206;QD=57.6074;RBI=0.0176655;REFB=0;REVB=0.00427739;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0007e-05;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr11 60152563 . T A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.79;QD=57.1056;RBI=0.0705416;REFB=0;REVB=0.0627898;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232372;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr11 60152584 . G A 871.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196875;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0732;QD=58.119;RBI=0.0349409;REFB=0;REVB=-0.0288664;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380864;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr11 60157107 . T G 501.65 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.839;QD=59.0176;RBI=0.0378558;REFB=0;REVB=0.0290174;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123331;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:26:34:1:15:11:0:0:21:13:0:0 chr11 60157166 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.649;QD=54.5177;RBI=0.031847;REFB=0;REVB=-0.00301778;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39003e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr11 60165352 . ATT A 733.46 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227311;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.557;QD=48.0954;RBI=0.0241851;REFB=0;REVB=-0.00825928;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.284e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:63:61:61:0:29:32:0:0:13:0:28:31:0:0 chr11 60172087 . C T 276.51 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.692;QD=48.0888;RBI=0.0409532;REFB=-0.134939;REVB=0.0378636;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00659745;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:23:1:1:20:22:0.956522:8:12:1:0:9:13:1:0 chr11 60173360 . A G 130.52 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.28;QD=43.5053;RBI=0.0585741;REFB=0;REVB=0.0131608;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418128;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:4:6:0:0:5:7:0:0 chr11 60182970 . A T 357.95 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00532572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.422;QD=43.3873;RBI=0.0104977;REFB=-0.0252822;REVB=-0.0090465;RO=5;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280201;STB=0.515141;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0044168;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:14:14:3:2:14:14:3:2 chr11 60184191 . G A 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00542899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.192;QD=39.8677;RBI=0.0836238;REFB=-0.0264183;REVB=0.0834474;RO=3;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110114;STB=0.559939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00900448;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:8:11:3:0:8:11:3:0 chr11 60198328 . C T 480.0 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0209459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3936;QD=48;RBI=0.0215247;REFB=0.0444123;REVB=-0.00495781;RO=5;SAF=25;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.54543;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00306181;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:10:25:5:0:10:25:5:0 chr11 60235746 . AG AGA,GA 63.17 PASS AF=0.487179,0.0512821;AO=13,2;DP=39;FAO=19,2;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8,0;FSAR=11,2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0693232,0.0662926;FXX=0;HRUN=8,2;LEN=1,2;MLLD=6.61811,27.3362;QD=6.47945;RBI=0.266706,0.238273;REFB=-0.125015,-0.0749937;REVB=0.257539,0.228865;RO=22;SAF=6,0;SAR=7,2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0409598,-0.498236;STB=0.565645,0.995035;STBP=0.418,0.172;TYPE=ins,mnp;VARB=0.161434,-0.0471492;OID=.,.;OPOS=60235748,60235746;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:22:18:13,2:19,2:0.487179,0.0512821:7,2:6,0:11:11:11,2:8,0:10:8 chr11 60264947 . C T 641.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227306;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.299;QD=62.6245;RBI=0.062559;REFB=0;REVB=0.0582833;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378819;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr11 60265002 . C A,T 643.46 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=4,38;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215204,0.00476346;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.321,133.016;QD=61.2818;RBI=0.0224007,0.0289607;REFB=0,0;REVB=-0.00621784,-0.0285663;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0463867,-0.00196571;OID=.,.;OPOS=60265002,60265002;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:4,38:2,40:0.047619,0.952381:0,22:4,16:0:0:0,22:2,18:0:0 chr11 60285575 . A G 1506.63 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132028;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.875;QD=59.6686;RBI=0.00212863;REFB=0;REVB=-0.0016697;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330379;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:42:58:0:0:43:58:0:0 chr11 60291413 . C T 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.267;QD=62.3397;RBI=0.00521527;REFB=0;REVB=0.00504453;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92341e-05;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr11 60559805 . A G 487.77 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372794;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.513;QD=59.1235;RBI=0.0482308;REFB=0;REVB=0.0306016;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811776;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr11 60610065 . G A 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.032762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.195;QD=48.2101;RBI=0.0350622;REFB=0.00558;REVB=-0.0124904;RO=3;SAF=3;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982044;STB=0.553152;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000266508;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:26:3:1:2:26:3:1:2 chr11 60620585 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.465;QD=54.5171;RBI=0.0731617;REFB=0;REVB=-0.0695623;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210417;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 60620590 . C G 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1938;QD=57.6671;RBI=0.063463;REFB=0;REVB=-0.0488362;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171727;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr11 60635091 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.259;QD=39.2042;RBI=0.0252323;REFB=0;REVB=0.00878531;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108854;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 60638461 . C T 634.95 PASS AF=0.897959;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0109662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.1;QD=51.8324;RBI=0.0158231;REFB=-0.0144114;REVB=-0.0114068;RO=4;SAF=22;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369694;STB=0.526304;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00169552;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:49:4:5:42:44:0.897959:20:22:3:1:20:24:4:1 chr11 60638470 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.471;QD=56.9985;RBI=0.0247448;REFB=0;REVB=-0.0184442;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93719e-06;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr11 60689445 . T C 739.38 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.116;QD=62.9259;RBI=0.195593;REFB=0;REVB=-0.00297083;RO=0;SAF=3;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898522;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:47:0:0:42:47:1:39:3:0:0:39:8:0:0 chr11 60695301 . C A 1256.16 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0444099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.023;QD=59.1135;RBI=0.0532649;REFB=-0.0681648;REVB=0.0294092;RO=2;SAF=29;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736069;STB=0.503887;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000784099;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:54:29:1:1:54:29:1:1 chr11 60703777 . G A 284.15 PASS AF=0.857143;AO=21;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0387718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.367;QD=40.5922;RBI=0.0392005;REFB=-0.0951121;REVB=0.00578135;RO=4;SAF=16;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099448;STB=0.526294;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0102831;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:21:24:0.857143:5:16:2:2:8:16:2:2 chr11 60704213 . C T 68.87 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00131955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0163;QD=3.35928;RBI=0.00140321;REFB=-0.00435172;REVB=0.000477267;RO=69;SAF=4;SAR=9;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285131;STB=0.692012;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0227948;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:9:4:37:32:9:4:37:32 chr11 60705454 . A G 453.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1185;QD=56.6353;RBI=0.0731211;REFB=0;REVB=-0.00437712;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446208;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr11 60776209 . C T 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0256312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.488;QD=28.7614;RBI=0.0271758;REFB=-0.0401838;REVB=0.00903142;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148089;STB=0.581666;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0178483;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:7:2:9:10:7:2 chr11 60892606 . A C,G 332.2 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902369,0.0395758;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.508,58.8738;QD=53.1526;RBI=0.0116121,0.0402425;REFB=0,0;REVB=-0.00730847,0.00729495;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0797699,-0.007634;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:0,15:2,8:0:0:0,15:2,8:0:0 chr11 60893235 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.072;QD=49.5992;RBI=0.0292129;REFB=0;REVB=-0.00843055;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93436e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 60899767 . A G 446.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8536;QD=57.6563;RBI=0.0837169;REFB=0;REVB=-0.0761171;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221324;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr11 61044093 . T TG 37.72 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.12902;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.12777;QD=5.20289;RBI=0.138089;REFB=-0.0929959;REVB=0.0492191;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474686;STB=0.701422;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=0.110395;OID=.;OPOS=61044094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:11:30:13:29:16:3:10:9:7:37:18:2:9:11:7 chr11 61106892 . G C 499.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8266;QD=58.7657;RBI=0.0335995;REFB=0;REVB=-0.0172145;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214429;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr11 61108974 . G A 101.66 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0236;QD=40.6645;RBI=0.198525;REFB=0;REVB=0.186106;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00867857;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 61112802 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3007;QD=55.0957;RBI=0.0465863;REFB=0;REVB=0.0242774;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156305;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 61165280 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5138;QD=63.5822;RBI=0.0603797;REFB=0;REVB=-0.0519801;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870368;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 61165731 . C CA 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019542;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=301.843;QD=48.7373;RBI=0.0272526;REFB=0;REVB=0.0189951;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000183378;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:4:13:0:0:4:0:4:13:0:0 chr11 61165741 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.154;QD=48.7367;RBI=0.0468202;REFB=0;REVB=0.0170704;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383818;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr11 61166306 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.027;QD=44.6897;RBI=0.0538238;REFB=0;REVB=-0.0104108;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103867;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 61179285 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.434;QD=57;RBI=0.0354843;REFB=0;REVB=0.0350341;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93893e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr11 61204361 . A C 871.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564344;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7862;QD=58.0744;RBI=0.0479256;REFB=0;REVB=0.0475921;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555604;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr11 61249383 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000952579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2385;QD=60.9782;RBI=0.0387907;REFB=0;REVB=0.038779;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332904;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr11 61277031 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.143;QD=37.4885;RBI=0.0710181;REFB=0;REVB=0.000349236;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145314;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 61277296 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 84.18 PASS AF=0.545455,0,0;AO=8,5,3;DP=27;FAO=12,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0663429,-0.224995,-0.163925;FXX=0.119952;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.062,12.3091,16.0309;QD=15.3061;RBI=0.0921332,0.23257,0.164071;REFB=-0.0822411,-0.0564049,0.0233712;REVB=0.0639307,0.0588706,0.00691267;RO=7;SAF=4,5,3;SAR=4,0,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.409805,0,0;STB=0.708064,0.5,0.5;STBP=0.102,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.074013,-0.0177693,0;OID=.,.,.;OPOS=61277301,61277297,61277301;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0,0:8,5,3:27:12,0,0:22:10:7,0,0:5,0,0:10:0:70:7:4,5,3:4,0,0:7:0 chr11 61277698 . A G 385.5 PASS AF=0.90625;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00379608;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.159;QD=48.1874;RBI=0.00512715;REFB=-0.0218535;REVB=0.00344636;RO=3;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897434;STB=0.545424;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00233364;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:32:3:3:27:29:0.90625:14:13:0:3:15:14:0:3 chr11 61277775 . A G 503.7 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0234712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.889;QD=50.3704;RBI=0.0250858;REFB=-0.0164792;REVB=-0.0088543;RO=4;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631868;STB=0.533879;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000264501;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:15:21:1:3:15:21:1:3 chr11 61277885 . G A 662.92 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0139251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.144;QD=53.0335;RBI=0.0321714;REFB=-0.0395226;REVB=0.0290016;RO=5;SAF=33;SAR=12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660793;STB=0.535196;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00429047;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:45:45:0.9:12:33:5:0:12:33:5:0 chr11 61278246 . T C 302.2 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0355914;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4412;QD=43.1715;RBI=0.0469856;REFB=-8.36086e-05;REVB=-0.030674;RO=4;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224657;STB=0.512185;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00287361;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:29:28:4:4:24:24:0.857143:10:14:2:2:10:14:2:2 chr11 61487690 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0672042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5344;QD=54.6516;RBI=0.0672627;REFB=-0.136936;REVB=-0.00280679;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00269343;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:0:1 chr11 61505168 . G A 884.78 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.351;QD=58.0186;RBI=0.0431826;REFB=0;REVB=0.0334421;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021781;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr11 61534872 . A C 623.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.07;QD=60.8074;RBI=0.0577935;REFB=0;REVB=0.0273918;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472215;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:16:25:0:0 chr11 61551356 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.963;QD=62.0215;RBI=0.0421917;REFB=0;REVB=0.0315072;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336985;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr11 61564299 . G T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0483;QD=37.4792;RBI=0.0881942;REFB=0;REVB=-0.0275704;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113902;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr11 61582708 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.665;QD=50.4118;RBI=0.0746495;REFB=0;REVB=-0.0737424;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00233431;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 61593816 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.174;QD=60.2263;RBI=0.0499084;REFB=0;REVB=0.0271585;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599938;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr11 61719387 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1157;QD=52.6122;RBI=0.0840378;REFB=0;REVB=-0.0185814;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190076;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 61722645 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.471;QD=42.1822;RBI=0.067649;REFB=0;REVB=0.0644018;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221284;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 61724418 . C T 685.54 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00357787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.408;QD=50.7807;RBI=0.00672036;REFB=-0.000749644;REVB=-0.00568876;RO=3;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205235;STB=0.510913;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=3.38714e-05;OID=.;OPOS=61724418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:24:27:1:2:24:27:1:2 chr11 61730234 . T C 182.7 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.091;QD=45.6739;RBI=0.0237751;REFB=0;REVB=-0.014416;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228479;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr11 61735059 . A C 67.11 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0193787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.005;QD=12.7835;RBI=0.0371036;REFB=-0.00899424;REVB=0.0316409;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749985;STB=0.713701;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0124994;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:12:12:8:9:0.428571:0:8:8:4:1:8:8:4 chr11 61735080 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0242131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3286;QD=13.486;RBI=0.0297427;REFB=0.0184436;REVB=0.0172728;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.666221;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.016211;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:8:3:1:8:8:3 chr11 61896336 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000762457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.457;QD=7.76207;RBI=0.000811836;REFB=-0.00470313;REVB=-0.000278814;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00594652;OID=.;OPOS=61896336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:7:6:5:1:7:6 chr11 61914260 . G A 60.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.20784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.435;QD=30.0393;RBI=0.209316;REFB=-0.11381;REVB=0.0248148;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.011287;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr11 62292882 . G T 754.51 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0634;QD=53.8938;RBI=0.0199853;REFB=-0.131905;REVB=-0.00964975;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036158;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:3:0:53:56:1:26:27:3:0:26:30:0:0 chr11 62293913 . T G 515.47 PASS AF=0.8125;AO=37;DP=49;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00149754;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5699;QD=42.9561;RBI=0.0476925;REFB=-0.0215308;REVB=0.047669;RO=8;SAF=27;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852293;STB=0.519074;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00715033;OID=.;OPOS=62293913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:49:48:8:9:37:39:0.8125:10:27:6:2:12:27:7:2 chr11 62293948 . G A 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0254515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.123;QD=36.6471;RBI=0.0410576;REFB=-0.00594581;REVB=0.0322172;RO=6;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418117;STB=0.510629;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00221296;OID=.;OPOS=62293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:6:7:24:24:0.774194:6:18:5:1:6:18:5:2 chr11 62381106 . G C 115.68 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4537;QD=42.0641;RBI=0.245924;REFB=0;REVB=0.134664;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198919;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:3:5:0:0:3:8:0:0 chr11 62430659 . T A,C 483.49 PASS AF=0.764706,0.235294;AO=26,8;DP=34;FAO=26,8;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=8,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213501,0.0163749;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.722,196.35;QD=56.8813;RBI=0.0378702,0.0307922;REFB=0,0;REVB=0.0312782,0.0260772;RO=0;SAF=18,1;SAR=8,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.28381e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00376993,0.00974139;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:34:34:0:0:26,8:26,8:0.764706,0.235294:8,7:18,1:0:0:8,7:18,1:0:0 chr11 62439569 . G A 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.029;QD=57.7073;RBI=0.0581802;REFB=0;REVB=0.0564066;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223229;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr11 62563353 . G A 187.26 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00155437;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.934;QD=44.0604;RBI=0.0142574;REFB=-0.0177122;REVB=0.0141724;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000944753;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr11 62598509 . C T 51.28 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0012754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.15;QD=5.54393;RBI=0.0096529;REFB=-0.0123184;REVB=-0.00956827;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224731;STB=0.671185;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0425848;OID=.;OPOS=62598509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:28:29:7:8:0.216216:2:5:15:13:2:6:16:13 chr11 62609112 . A G 1332.04 PASS AF=0.678571;AO=115;DP=168;FAO=114;FDP=168;FR=.;FRO=54;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0039019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2992;QD=31.7152;RBI=0.0549608;REFB=-0.00418071;REVB=-0.0548221;RO=53;SAF=63;SAR=52;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900833;STB=0.543471;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00152089;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:53:54:115:114:0.678571:52:63:37:16:51:63:37:17 chr11 62609168 . T C 98.49 PASS AF=0.112069;AO=27;DP=233;FAO=26;FDP=232;FR=.;FRO=206;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=112;FSRR=94;FWDB=-0.00883324;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.555;QD=1.69813;RBI=0.0189738;REFB=-0.00198121;REVB=-0.0167922;RO=197;SAF=16;SAR=11;SRF=108;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564319;STB=0.529923;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0179667;OID=.;OPOS=62609168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:233:232:197:206:27:26:0.112069:11:16:108:89:11:15:112:94 chr11 62609171 . TATT CTGC 2285.73 PASS AF=0.795455;AO=163;DP=233;FAO=175;FDP=220;FR=.;FRO=45;FSAF=92;FSAR=83;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00377131;FXX=0.0557916;HRUN=1;LEN=4;MLLD=217.533;QD=41.5588;RBI=0.031136;REFB=-0.0285331;REVB=0.0309068;RO=43;SAF=86;SAR=77;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580844;STB=0.533577;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=0.00476577;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:220:43:45:163:175:0.795455:77:86:29:14:83:92:31:14 chr11 62609220 . A G 110.42 PASS AF=0.117647;AO=29;DP=238;FAO=28;FDP=238;FR=.;FRO=210;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=110;FSRR=100;FWDB=0.00546577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.534;QD=1.8558;RBI=0.00589274;REFB=-0.00252332;REVB=0.00220223;RO=209;SAF=17;SAR=12;SRF=110;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757875;STB=0.57455;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0155437;OID=.;OPOS=62609220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:209:210:29:28:0.117647:12:17:110:99:11:17:110:100 chr11 62847453 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9275;QD=63.2791;RBI=0.0451882;REFB=0;REVB=0.0450817;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280978;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr11 62848487 . A C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.294;QD=62.6675;RBI=0.0326171;REFB=0;REVB=0.0204955;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116145;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 62886319 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9818;QD=45.8068;RBI=0.0502013;REFB=0;REVB=-0.0276035;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036517;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 62886524 . T A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0155032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.672;QD=4.81107;RBI=0.0512668;REFB=-0.00598382;REVB=-0.0488665;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.650654;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.038463;OID=.;OPOS=62886524;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:29:22:23:6:6:0.206897:2:4:11:11:2:4:11:12 chr11 62902172 . A C 638.99 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00229198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.354;QD=59.4411;RBI=0.00675908;REFB=-0.132569;REVB=0.00635861;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000648298;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr11 62910849 . T C 1283.94 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.056;QD=61.8766;RBI=0.0150384;REFB=0;REVB=0.00868515;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63199e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:44:39:0:0 chr11 62911079 . G C 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.717;QD=57.1646;RBI=0.0222975;REFB=0;REVB=0.00354674;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120056;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 62931484 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.332;QD=64.1539;RBI=0.0774573;REFB=0;REVB=0.0707967;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362609;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 62951221 . C G 788.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582796;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.955;QD=64.388;RBI=0.060566;REFB=0;REVB=0.0164844;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288525;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr11 62984868 . T C 501.76 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6268;QD=59.0305;RBI=0.0987531;REFB=0;REVB=0.0646161;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175839;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr11 62985544 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.761;QD=44.6898;RBI=0.0441087;REFB=0;REVB=0.0119118;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470535;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr11 63129876 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.178;QD=58.5878;RBI=0.028197;REFB=0;REVB=-0.0268109;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9649e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr11 63256441 . C G 577.63 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948558;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3542;QD=60.8029;RBI=0.0997577;REFB=0;REVB=0.0308865;RO=1;SAF=3;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215474;OID=.;OPOS=63256441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:34:3:1:0:34:4:0:0 chr11 63258416 . T C 835.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121939;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.051;QD=57.591;RBI=0.0168475;REFB=0;REVB=0.0116252;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15418e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:21:37:0:0 chr11 63313644 . T C 874.67 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.681;QD=57.3553;RBI=0.0421778;REFB=0;REVB=0.0418924;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144597;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr11 63413962 . AAAAT A 587.52 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031772;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=4;MLLD=258.062;QD=47.0017;RBI=0.0393551;REFB=0;REVB=-0.0232243;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.82526e-05;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:51:50:50:0:36:14:0:0:11:0:33:11:0:0 chr11 63487386 . T C 583.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.86;QD=59.7962;RBI=0.0110133;REFB=0;REVB=0.00100754;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282236;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr11 63585804 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.758;QD=50.4126;RBI=0.0780758;REFB=0;REVB=0.0108737;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310912;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr11 63650146 . A AT 31.43 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0275626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.1749;QD=3.14264;RBI=0.0277757;REFB=-0.0731012;REVB=-0.00343376;RO=30;SAF=11;SAR=0;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794264;STB=0.785857;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.154592;OID=.;OPOS=63650147;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:11:41:11:40:29:9:2:13:16:31:30:11:0:11:19 chr11 63661820 . C T 296.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.132;QD=51.5173;RBI=0.00506918;REFB=0;REVB=0.00403377;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004167;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr11 63681513 . T C 637.97 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0321021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2018;QD=59.3462;RBI=0.0321605;REFB=-0.0248765;REVB=0.00193764;RO=1;SAF=31;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149055;STB=0.507933;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00379158;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:11:31:1:0:11:31:1:0 chr11 63884453 . C T 722.07 PASS AF=0.861538;AO=56;DP=65;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0572254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9;QD=44.435;RBI=0.0572326;REFB=-0.00898236;REVB=-0.000911722;RO=9;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928702;STB=0.549482;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00425989;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:9:9:56:56:0.861538:30:26:1:8:30:26:1:8 chr11 63884474 . C T 635.83 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0875302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4094;QD=41.6935;RBI=0.0888895;REFB=-0.0423787;REVB=-0.0154853;RO=10;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114929;STB=0.56138;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0171709;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:10:10:51:51:0.836066:27:24:1:9:27:24:1:9 chr11 63885632 . A G 323.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7742;QD=53.888;RBI=0.0308609;REFB=0;REVB=0.0264051;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109414;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 63886539 . C T 38.95 PASS AF=0.132075;AO=8;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.109017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.089;QD=2.93972;RBI=0.110431;REFB=-0.00719784;REVB=-0.017616;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256807;STB=0.721107;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0413185;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:44:46:8:7:0.132075:4:4:13:31:3:4:14:32 chr11 63988045 . G A 512.6 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0102792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.135;QD=52.5744;RBI=0.0267031;REFB=0.0228808;REVB=0.0246453;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445303;STB=0.508666;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.000794091;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:39:2:3:36:36:0.923077:16:20:2:0:16:20:2:1 chr11 63994692 . T C 752.07 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.299;QD=56.7598;RBI=0.0364561;REFB=0;REVB=0.0201268;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43512e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:49:53:1:31:18:0:0:34:19:0:0 chr11 63997329 . A G 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.874;QD=60.3725;RBI=0.0333361;REFB=0;REVB=-0.0328706;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6522e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr11 63997338 . T C 1152.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.102;QD=60.6522;RBI=0.0498773;REFB=0;REVB=0.0493411;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49587e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:35:39:0:0:35:41:0:0 chr11 64011441 . T C,G 531.53 PASS AF=0.921053,0.0526316;AO=35,2;DP=38;FAO=35,2;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=21,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0610695,-0.0045714;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.352,82.3088;QD=55.9504;RBI=0.0612566,0.0104766;REFB=-0.144292,-0.158782;REVB=0.00478455,0.00942662;RO=1;SAF=14,0;SAR=21,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.032238,-0.697199;STB=0.517231,0.993266;STBP=0.286,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00106998,0.201355;OID=.,.;OPOS=64011441,64011441;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:35,2:35,2:0.921053,0.0526316:21,2:14,0:1:0:21,2:14,0:1:0 chr11 64012225 . G C 160.42 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.339;QD=45.8355;RBI=0.0685788;REFB=0;REVB=0.0526105;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174099;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr11 64022459 . A G 749.24 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.703;QD=56.5465;RBI=0.0352532;REFB=0;REVB=0.0151064;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44139e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:33:20:0:0 chr11 64034911 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.295;QD=43.016;RBI=0.0388167;REFB=0.069089;REVB=0.0314337;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00041625;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr11 64083221 . G C 44.03 PASS AF=0.140351;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0288908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.705;QD=3.0897;RBI=0.1847;REFB=0.000889498;REVB=0.182426;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120454;STB=0.632857;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000690248;OID=.;OPOS=64083221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:56:57:49:49:7:8:0.140351:4:3:26:23:5:3:26:23 chr11 64083252 . T C 120.9 PASS AF=0.280702;AO=14;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.025752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.367;QD=8.48444;RBI=0.0258313;REFB=-0.00630819;REVB=-0.00202232;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149866;STB=0.573301;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0414202;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:40:14:16:0.280702:8:6:15:19:10:6:19:21 chr11 64083269 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0375684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2595;QD=14.1943;RBI=0.0986287;REFB=-0.0184883;REVB=0.0911934;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114268;STB=0.556211;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0284924;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:13:10:17:14:13:10:17:15 chr11 64083276 . A T 170.59 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0445652;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5223;QD=13.1221;RBI=0.0469667;REFB=-0.0324316;REVB=-0.0148262;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139375;STB=0.542921;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0242929;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:29:31:20:21:0.403846:11:9:17:12:11:10:17:14 chr11 64083290 . G A 222.3 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000179403;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5276;QD=18.1471;RBI=0.0064166;REFB=-0.0130104;REVB=0.00641409;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.56092;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0130854;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:14:13:13:9:14:13 chr11 64083293 . G T 221.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0262283;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3383;QD=18.1149;RBI=0.0611907;REFB=-0.0204611;REVB=0.0552845;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.56092;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.040312;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:14:13:13:9:14:13 chr11 64083295 . CGGG C 135.19 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00432487;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=3;MLLD=228.191;QD=11.5054;RBI=0.00901609;REFB=-0.0590676;REVB=0.00791109;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=-0.0699397;STB=0.539839;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.0464539;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:49:21:47:26:9:12:13:13:99:26:9:12:13:13 chr11 64083300 . G A 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00542724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.419;QD=14.835;RBI=0.00868992;REFB=-0.0323191;REVB=-0.00678673;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625554;STB=0.526292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0266081;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:15:14:12:10:15:15 chr11 64083318 . G A 300.2 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0104466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.653;QD=24.5057;RBI=0.036264;REFB=-0.00911007;REVB=0.0347268;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144984;STB=0.580684;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0104016;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:12:10:17:10:12:10 chr11 64083320 . T C 271.93 PASS AF=0.531915;AO=26;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0137742;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.974;QD=23.1432;RBI=0.0164651;REFB=-0.0234079;REVB=0.00902063;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152097;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00984906;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:22:26:25:0.531915:16:10:12:9:16:9:12:10 chr11 64083328 . C T 211.61 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0345367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9376;QD=19.6843;RBI=0.0727545;REFB=-0.00850461;REVB=0.0640347;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170524;STB=0.585503;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0152711;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:12:9:13:8:12:10 chr11 64083331 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00266277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.311;QD=19.1547;RBI=0.0204086;REFB=-0.00880166;REVB=-0.0202342;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257585;STB=0.646013;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0273317;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:14:9:14:7:14:9 chr11 64084113 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.86;QD=56.9378;RBI=0.00537107;REFB=0;REVB=0.00316517;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46919e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 64085785 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.792;QD=60.6101;RBI=0.0436109;REFB=0;REVB=0.00840196;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286112;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr11 64107735 . G A 37.62 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0598484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.394;QD=8.85201;RBI=0.0602372;REFB=-0.0235889;REVB=0.00683242;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504079;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.051037;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:17:10:11:5:6:0.352941:4:1:7:3:4:2:8:3 chr11 64116843 . A C 393.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1352;QD=56.2531;RBI=0.0759588;REFB=0;REVB=0.00489159;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852642;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr11 64122853 . G A 49.91 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0302354;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.787;QD=2.0581;RBI=0.0542137;REFB=-0.0121369;REVB=0.0449994;RO=69;SAF=8;SAR=3;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125513;STB=0.670334;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0615484;OID=.;OPOS=64122853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:102:97:69:86:11:11:0.113402:3:8:44:25:3:8:47:39 chr11 64124823 . C T 31.41 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00164271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.329;QD=1.82115;RBI=0.0504469;REFB=-0.00479039;REVB=-0.0504201;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301861;STB=0.73106;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0332571;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:60:62:7:7:0.101449:2:5:27:33:2:5:28:34 chr11 64127744 . A G 35.9 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.025768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8206;QD=6.24268;RBI=0.0795993;REFB=0.0105161;REVB=0.0753131;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196188;STB=0.512777;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.021992;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:14:3:1:5:14:3 chr11 64137200 . GGC G,GG 55.8 PASS AF=0.181818,0.272727;AO=4,5;DP=24;FAO=4,6;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=0,4;FSAR=4,2;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0596847,-0.0265408;FXX=0.0434594;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.941,14.4253;QD=10.1456;RBI=0.0627453,0.107772;REFB=-0.0179571,-0.0706346;REVB=0.0193575,0.104453;RO=13;SAF=0,4;SAR=4,1;SRF=13;SRR=0;SSEN=0.395939,0;SSEP=0,0.441379;SSSB=-0.848349,-0.542477;STB=0.998746,0.799461;STBP=0,0.464;TYPE=del,del;VARB=0.0754312,0.132233;OID=.,.;OPOS=64137201,64137202;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.272727:4,5:24:4,6:22:12:0,4:4,2:12:0:25:13:0,4:4,1:13:0 chr11 64359274 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0410777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.872;QD=21.1692;RBI=0.0441555;REFB=0.0315859;REVB=0.0161968;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000972275;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr11 64367325 . A G 1157.55 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1507;QD=60.1323;RBI=0.039516;REFB=0;REVB=-0.00253243;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012848;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:0:0:68:77:1:38:30:0:0:39:38:0:0 chr11 64367862 . T C 476.1 PASS AF=1;AO=21;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6246;QD=57.7087;RBI=0.243002;REFB=0;REVB=0.10775;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677412;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:21:33:1:8:13:0:0:8:25:0:0 chr11 64415767 . G A 41.76 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=42;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0238605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.843;QD=3.79647;RBI=0.0240764;REFB=-0.00363606;REVB=-0.00321773;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294609;STB=0.773295;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0529546;OID=.;OPOS=64415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:44:35:37:6:7:0.159091:5:1:13:22:6:1:15:22 chr11 64497599 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCA 118.93 PASS AF=0.455882,0.0441176;AO=20,3;DP=68;FAO=31,3;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12,0;FSAR=19,3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0776452,0.0991253;FXX=0.0285673;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.84313,22.7213;QD=6.99574;RBI=0.118225,0.197707;REFB=-0.0851277,-0.0684971;REVB=0.089153,0.171062;RO=33;SAF=8,0;SAR=12,3;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.148386,-0.452167;STB=0.55243,0.995171;STBP=0.472,0.152;TYPE=del,snp;VARB=0.102351,0.108476;OID=.,.;OPOS=64497600,64497606;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882,0.0441176:20,3:68:31,3:68:34:12,0:19,3:10:24:99:33:8,0:12,3:9:24 chr11 64507680 . A C 222.6 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4279;QD=49.4657;RBI=0.0484167;REFB=0;REVB=0.0430913;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161206;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:3:14:0:0:4:14:0:0 chr11 64511050 . G C 700.09 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302263;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.183;QD=52.8368;RBI=0.0429288;REFB=-0.185717;REVB=0.0304835;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294058;STB=0.515146;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0017796;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:53:2:2:50:51:0.962264:31:19:0:2:32:19:0:2 chr11 64559898 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00755236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.598;QD=26.6016;RBI=0.0253577;REFB=-0.0283673;REVB=0.0242069;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0123569;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr11 64572557 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.848;QD=49.5976;RBI=0.0274224;REFB=0;REVB=0.0241861;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583013;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 64606176 . G GT 312.45 PASS AF=0.823529;AO=5;DP=37;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0469126;FXX=0.0555401;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.754;QD=36.7593;RBI=0.0834007;REFB=-0.0219847;REVB=0.0689557;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19258;STB=0.531997;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=-0.000164083;OID=.;OPOS=64606177;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:5:37:28:34:6:19:9:5:1:30:30:4:1:20:10 chr11 64606177 . C T 290.17 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.013204;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.6578;QD=32.241;RBI=0.051901;REFB=-0.0298629;REVB=0.0501933;RO=11;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537189;STB=0.529389;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0149862;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:25:25:0.694444:9:16:8:3:9:16:8:3 chr11 64621856 . A G 239.69 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.578;QD=50.462;RBI=0.0503173;REFB=0;REVB=0.0447956;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297743;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr11 64622869 . G C 599.1 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0375731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.499;QD=46.9881;RBI=0.0781826;REFB=0.00907858;REVB=-0.0685622;RO=5;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144094;STB=0.507689;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00152148;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:24:22:2:3:24:22:2:3 chr11 64645871 . A G 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0189508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.012;QD=48.8656;RBI=0.0194079;REFB=-0.0260342;REVB=-0.00418751;RO=3;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607447;STB=0.503266;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00174378;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:19:11:1:2:19:11:1:2 chr11 64669588 . CCA CGA,GAC 149.18 PASS AF=0.5,0;AO=8,4;DP=47;FAO=22,0;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=21,0;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.11056,-0.106315;FXX=0.0638162;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=47.2948,53.3138;QD=13.5621;RBI=0.11064,0.106577;REFB=-0.015967,-0.0118859;REVB=0.00420241,0.0074696;RO=19;SAF=7,4;SAR=1,0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.428491,0.628659;STB=0.84331,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0621735,0.0978845;OID=.,.;OPOS=64669589,64669588;OREF=C,CCA;OALT=G,GAC;OMAPALT=CGA,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:19:22:8,4:22,0:0.5,0:1,0:7,4:11:8:1,0:21,0:14:8 chr11 64677293 . G C 182.73 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4182;QD=42.996;RBI=0.0290885;REFB=-0.0542372;REVB=0.0199272;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0196797;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:1:0:12:4:1:0 chr11 64680819 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.598;QD=56.4866;RBI=0.0381669;REFB=-0.0292434;REVB=0.019012;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00261579;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:0:1:14:21:0:1 chr11 64695360 . G A 691.84 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0223441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.098;QD=46.9046;RBI=0.045488;REFB=-0.0286549;REVB=-0.039622;RO=6;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492895;STB=0.526236;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000831852;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:6:6:53:53:0.898305:31:22:1:5:31:22:1:5 chr11 64789194 . T C 667.87 PASS AF=0.84127;AO=52;DP=61;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0132379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.813;QD=42.4043;RBI=0.0180601;REFB=-0.0235238;REVB=0.0122852;RO=9;SAF=30;SAR=22;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603618;STB=0.513807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00411003;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:61:63:9:10:52:53:0.84127:22:30:5:4:22:31:5:5 chr11 64799998 . T C 578.21 PASS AF=0.839286;AO=46;DP=55;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0151602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.488;QD=41.3005;RBI=0.0210886;REFB=-0.00381597;REVB=-0.0146593;RO=9;SAF=23;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169652;STB=0.507221;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000757593;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:55:56:9:9:46:47:0.839286:23:23:5:4:23:24:5:4 chr11 64807294 . G A 680.77 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0470014;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.455;QD=56.7308;RBI=0.0531453;REFB=-0.0490428;REVB=0.0248051;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182553;STB=0.509727;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00154106;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:48:3:3:45:45:0.9375:23:22:1:2:23:22:1:2 chr11 64822098 . A AG 36.61 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0318526;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5443;QD=5.85765;RBI=0.0319272;REFB=-0.0136032;REVB=0.0021807;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39729;STB=0.796601;STBP=0.072;TYPE=ins;VARB=0.00263205;OID=.;OPOS=64822099;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:8:26:8:25:17:7:1:9:8:36:18:7:1:11:7 chr11 64833935 . G A 768.34 PASS AF=0.821918;AO=60;DP=73;FAO=60;FDP=73;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0133969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.651;QD=42.1008;RBI=0.0136304;REFB=-0.0142827;REVB=0.00251233;RO=11;SAF=23;SAR=37;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342735;STB=0.529114;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00219769;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:11:13:60:60:0.821918:37:23:3:8:37:23:3:10 chr11 64852421 . T C 658.89 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0148645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4133;QD=46.238;RBI=0.0159787;REFB=-0.0787482;REVB=-0.00586216;RO=6;SAF=21;SAR=30;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160313;STB=0.508544;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00985877;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:57:6:6:51:51:0.894737:30:21:2:4:30:21:2:4 chr11 64855986 . A G 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00770164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.823;QD=44.5051;RBI=0.0114948;REFB=-0.0310404;REVB=0.00853319;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626687;STB=0.533952;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00297116;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:15:9:2:1:15:9:2:1 chr11 64856500 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.227;QD=42.1824;RBI=0.0682356;REFB=0;REVB=0.0675172;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210369;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 64878661 . T C 414.79 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.121534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6143;QD=53.5215;RBI=0.124265;REFB=-0.064277;REVB=0.0259088;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0107434;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:28:30:0.967742:20:8:0:0:20:10:1:0 chr11 64882789 . C T 543.38 PASS AF=0.926829;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0378306;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7453;QD=53.0129;RBI=0.0588272;REFB=-0.0149278;REVB=0.0450497;RO=4;SAF=23;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226155;STB=0.530596;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00451598;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:41:4:3:36:38:0.926829:13:23:3:1:15:23:3:0 chr11 64884052 . G A,GA 849.03 PASS AF=0.95,0.05;AO=51,8;DP=60;FAO=57,3;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422663,0.0386291;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=234.733,217.169;QD=56.6022;RBI=0.0422854,0.039108;REFB=0,0;REVB=-0.00126934,-0.00610174;RO=0;SAF=26,1;SAR=25,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94283e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00350517,-0.062357;OID=.,.;OPOS=64884052,64884053;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:60:60:0:0:51,8:57,3:0.95,0.05:25,7:26,1:0:0:30,3:27,0:0:0 chr11 64895202 . A G 549.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.044;QD=59.4196;RBI=0.0227891;REFB=0;REVB=0.0209236;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42606e-06;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:12:23:0:0:13:24:0:0 chr11 64900270 . G T 530.29 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0795082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9076;QD=39.281;RBI=0.0848965;REFB=0.00812558;REVB=0.0297633;RO=10;SAF=25;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585731;STB=0.531448;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000467537;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:10:10:44:44:0.814815:19:25:4:6:19:25:4:6 chr11 64972286 . G C 526.38 PASS AF=0.8;AO=27;DP=43;FAO=36;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0628732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.648;QD=46.7895;RBI=0.0664222;REFB=-0.124743;REVB=0.0214212;RO=7;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102284;STB=0.526301;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.025215;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:45:7:7:27:36:0.8:15:12:5:2:16:20:5:2 chr11 64981472 . G C 400.58 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.149293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3449;QD=42.1661;RBI=0.14957;REFB=0.0358013;REVB=-0.00909475;RO=7;SAF=12;SAR=19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148347;STB=0.508016;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0170233;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:19:12:3:4:19:12:3:4 chr11 64981587 . G A 32.91 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0128118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.598;QD=2.99173;RBI=0.0132455;REFB=-0.00444337;REVB=-0.00336157;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310343;STB=0.522652;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0387525;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:3:3:18:20:3:3:18:20 chr11 64981853 . G T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0387479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3365;QD=45.1039;RBI=0.0473163;REFB=-0.0457714;REVB=0.0271556;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00347908;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr11 64990041 . G C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.249;QD=44.092;RBI=0.0239844;REFB=-0.0674985;REVB=0.00758618;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0014484;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr11 65000719 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.117;QD=56.7024;RBI=0.0444075;REFB=0;REVB=0.0441797;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205478;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr11 65004301 . G T 728.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.744;QD=57.1365;RBI=0.096068;REFB=0;REVB=0.0850652;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543125;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:19:29:0:0:21:30:0:0 chr11 65004309 . C T 613.73 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0258337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.845;QD=53.3674;RBI=0.0703212;REFB=-0.0883808;REVB=0.0654041;RO=4;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680945;STB=0.536406;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0111842;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:15:27:1:3:15:27:1:3 chr11 65088756 . G GC 31.15 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00247684;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2429;QD=2.96628;RBI=0.0256756;REFB=-0.011025;REVB=0.0255559;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201229;STB=0.687724;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=0.0484851;OID=.;OPOS=65088757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:9:45:10:42:32:6:4:11:21:31:36:5:4:14:22 chr11 65089791 . T TC 309.69 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277056;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.1073;QD=51.6143;RBI=0.0426612;REFB=0;REVB=0.0324404;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00325872;OID=.;OPOS=65089792;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:24:24:0:15:9:0:0:4:21:3:0:12:9 chr11 65089792 . G C 251.13 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0441831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5461;QD=41.8548;RBI=0.0534296;REFB=-0.12079;REVB=-0.030043;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102305;STB=0.555504;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0181237;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:9:12:3:0:9:12:3:0 chr11 65144075 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.7;QD=56.7066;RBI=0.0274184;REFB=0;REVB=-0.0116401;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75535e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr11 65161129 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.529;QD=60.6101;RBI=0.0566632;REFB=0;REVB=0.0354991;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445615;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr11 65180883 . A G 655.29 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747337;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.038;QD=62.4088;RBI=0.021527;REFB=0;REVB=0.0201882;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172662;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr11 65347636 . G C 379.6 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203624;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4334;QD=56.2367;RBI=0.120626;REFB=0;REVB=0.118895;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222814;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr11 65349756 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.231;QD=37.4885;RBI=0.0163976;REFB=0;REVB=-0.00382146;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20965e-05;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 65380916 . G A 1233.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2831;QD=60.1826;RBI=0.0830792;REFB=-0.0349123;REVB=0.0765854;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148647;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:33:49:0:0 chr11 65383896 . G C 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9243;QD=57.2256;RBI=0.0295504;REFB=0;REVB=0.00575203;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211543;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 65385606 . A G 601.25 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00890672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.547;QD=58.6587;RBI=0.0138827;REFB=-0.12154;REVB=-0.0106489;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0012056;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:0:1 chr11 65387378 . T A,G 488.94 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186334,-0.0340235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.5979,149.336;QD=57.5218;RBI=0.0697098,0.0421356;REFB=0,0;REVB=0.0671733,-0.0248559;RO=0;SAF=13,2;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0170122,0.154534;OID=.,.;OPOS=65387378,65387378;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:34:34:0:0:31,3:31,3:0.911765,0.0882353:18,1:13,2:0:0:18,1:13,2:0:0 chr11 65403106 . C T 868.13 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=73;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0948848;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.13;QD=48.2291;RBI=0.0957411;REFB=-0.00160234;REVB=0.0127761;RO=8;SAF=35;SAR=29;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986912;STB=0.505248;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000738745;OID=.;OPOS=65403106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:72:8:8:64:64:0.888889:29:35:4:4:29:35:4:4 chr11 65412467 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.683;QD=60.6101;RBI=0.0464354;REFB=0;REVB=0.0457331;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76859e-05;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr11 65417434 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3328;QD=43.4849;RBI=0.0498459;REFB=0;REVB=0.0117976;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241661;OID=.;OPOS=65417434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr11 65423082 . G A 767.94 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9794;QD=56.8843;RBI=0.0395842;REFB=0;REVB=-0.0222848;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000648871;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:18:34:1:0:19:35:0:0 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT 286.76 PASS AF=1,0,0;AO=15,3,5;DP=25;FAO=26,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789119,-0.0466607,0.0524147;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=16.1812,83.8749,5.98864;QD=44.1167;RBI=0.262311,0.0532698,0.13616;REFB=0,0,0;REVB=-0.25016,-0.0256991,-0.125667;RO=0;SAF=7,3,4;SAR=8,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00104984,-0.0578994,0;OID=.,.,.;OPOS=65617114,65617118,65617113;OREF=G,GT,AG;OALT=-,TC,CA;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:15,3,5:26,0,0:1,0,0:8,0,1:7,3,4:0:0:12,0,0:14,0,0:0:0 chr11 65618602 . G A 413.17 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.205;QD=53.3122;RBI=0.0125338;REFB=0.00332305;REVB=-0.000971274;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00022099;OID=.;OPOS=65618602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:12:17:1:0:13:17:1:0 chr11 65623519 . G A 619.86 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.335;QD=59.0346;RBI=0.0372105;REFB=-0.0769974;REVB=-0.0171567;RO=1;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153876;STB=0.508193;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000859647;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:30:11:0:1:30:11:0:1 chr11 65624934 . A C 505.37 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702812;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.853;QD=59.4555;RBI=0.00704584;REFB=0;REVB=0.000499296;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55676e-05;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:21:13:0:0 chr11 65628334 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.143;QD=51.1846;RBI=0.0717031;REFB=0;REVB=0.0716891;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095934;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr11 65629932 . T C 341.07 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.508;QD=54.5706;RBI=0.0444851;REFB=0;REVB=0.023077;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132653;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr11 65629934 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.471;QD=54.5176;RBI=0.0555214;REFB=0;REVB=0.037093;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019344;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 65631167 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.266;QD=62.6711;RBI=0.0452585;REFB=0;REVB=0.0435985;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07693e-05;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr11 65631973 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.897;QD=62.021;RBI=0.0338897;REFB=0;REVB=0.0257448;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210713;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr11 65632262 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.764;QD=57.2022;RBI=0.017987;REFB=0;REVB=0.0168511;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30542e-05;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 65636053 . T C 243.93 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143869;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.388;QD=51.3542;RBI=0.0146471;REFB=0;REVB=0.00274855;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76723e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 65638719 . G A 192.78 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.099801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6927;QD=40.5846;RBI=0.100533;REFB=-0.0553704;REVB=0.0121109;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00837063;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:2:0:7:10:2:0 chr11 65639429 . AG A 37.89 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0732274;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2022;QD=3.44468;RBI=0.0935632;REFB=-0.0795561;REVB=-0.0582393;RO=31;SAF=0;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.24705;SSSB=-0.73387;STB=0.836258;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.131881;OID=.;OPOS=65639430;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:10:44:12:44:32:1:11:13:19:37:31:0:10:13:18 chr11 65649774 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7438;QD=52.6116;RBI=0.0445808;REFB=0;REVB=0.011961;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114314;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 65649984 . T C 237.08 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.94;QD=45.1588;RBI=0.0518301;REFB=-0.190219;REVB=0.0348694;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00661829;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:0:1:19:20:0.952381:10:9:0:0:11:9:1:0 chr11 65684929 . C T 313.38 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016525;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=358.197;QD=50.1408;RBI=0.0172001;REFB=-0.140455;REVB=0.00477164;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000488269;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr11 65685225 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.584;QD=44.6897;RBI=0.0188239;REFB=0;REVB=0.0119354;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36231e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 65713207 . T C 549.15 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5414;QD=59.3671;RBI=0.142537;REFB=0;REVB=0.00508992;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149626;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr11 65727301 . A G 362.98 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0106883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.999;QD=39.2412;RBI=0.0332047;REFB=-0.0193885;REVB=0.0314375;RO=8;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146659;STB=0.51127;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00411175;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:28:29:0.783784:13:15:4:4:13:16:4:4 chr11 65732651 . G A 617.72 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0383712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.379;QD=38.0134;RBI=0.0473226;REFB=-0.054176;REVB=0.0276963;RO=12;SAF=19;SAR=32;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108359;STB=0.575652;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0115291;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:65:12:14:51:51:0.784615:32:19:8:4:32:19:10:4 chr11 65734796 . C T 323.71 PASS AF=0.866667;AO=18;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00213008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.929;QD=43.1609;RBI=0.0370591;REFB=-0.0488028;REVB=0.0369978;RO=4;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177125;STB=0.533308;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00774018;OID=.;OPOS=65734796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:30:30:4:4:18:26:0.866667:5:13:1:3:13:13:1:3 chr11 65735174 . G C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00494181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.691;QD=28.1408;RBI=0.0105056;REFB=-0.0209306;REVB=-0.00927072;RO=7;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169857;STB=0.595609;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00644234;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:14:2:2:5:14:2:2:5 chr11 65787666 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.01558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.982;QD=4.87891;RBI=0.0253766;REFB=-0.00493875;REVB=-0.0200308;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131381;STB=0.575869;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0322892;OID=.;OPOS=65787666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:9:9:0.1875:4:5:17:21:4:5:18:21 chr11 65788072 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.945;QD=48.7373;RBI=0.0390401;REFB=0;REVB=0.038654;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270168;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 65793454 . C T 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00761506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.499;QD=45.4844;RBI=0.0113287;REFB=0.0156532;REVB=0.00838755;RO=2;SAF=15;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577469;STB=0.531222;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000969673;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:7:15:2:0:7:15:2:0 chr11 65793797 . G A 552.4 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0286773;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.861;QD=40.9185;RBI=0.0448121;REFB=-0.0457122;REVB=0.0344345;RO=9;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768407;STB=0.541197;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0102465;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:56:54:9:9:45:45:0.833333:26:19:6:3:26:19:6:3 chr11 65803383 . T C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0444826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.459;QD=4.62877;RBI=0.0449792;REFB=0.00323235;REVB=-0.00666566;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153097;STB=0.604293;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0277163;OID=.;OPOS=65803383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:13:11:2:4:13:11 chr11 65809875 . C A 461.89 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0198684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.185;QD=47.3731;RBI=0.0199057;REFB=-0.0187268;REVB=0.00121766;RO=4;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475127;STB=0.545427;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00369327;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:4:5:34:34:0.871795:24:10:2:2:24:10:3:2 chr11 65810209 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=23.2182;RBI=0.0783686;REFB=-0.0133726;REVB=-0.0783686;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110881;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr11 65810749 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.313;QD=50.4107;RBI=0.0443899;REFB=0;REVB=0.0164499;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046389;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr11 65820673 . A G 1331.59 PASS AF=0.927835;AO=89;DP=98;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0401665;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.038;QD=54.9111;RBI=0.0600706;REFB=-0.0562807;REVB=0.0446669;RO=7;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727027;STB=0.537626;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00749739;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:98:97:7:7:89:90:0.927835:42:47:0:7:43:47:0:7 chr11 65826704 . G A 217.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0256106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8151;QD=39.5043;RBI=0.0430567;REFB=-0.0476666;REVB=0.0346118;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613239;STB=0.548339;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0385691;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:2:3:19:19:0.863636:14:5:0:2:14:5:0:3 chr11 65868310 . T A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8736;QD=52.6105;RBI=0.0511225;REFB=0;REVB=-0.0485916;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000869936;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 65985000 . A C 329.84 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7582;QD=50.7453;RBI=0.0600831;REFB=-0.132998;REVB=0.0584981;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00289635;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr11 66010633 . T C 345.84 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.988;QD=53.2065;RBI=0.0655098;REFB=0;REVB=0.0634878;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195767;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:14:12:0:0 chr11 66035286 . CA C 360.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266266;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8603;QD=55.5184;RBI=0.0854333;REFB=0;REVB=-0.0811781;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000711673;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:26:26:0:13:13:0:0:4:0:13:13:0:0 chr11 66099987 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.82;QD=55.656;RBI=0.0451302;REFB=0;REVB=0.0435002;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211976;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 66100152 . T C 817.32 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.782;QD=57.3559;RBI=0.10021;REFB=0;REVB=0.0963466;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750261;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr11 66105194 . G A 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.845;QD=56.6979;RBI=0.0626605;REFB=0;REVB=0.0583709;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481404;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 66107674 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.9;QD=58.1418;RBI=0.0140493;REFB=0;REVB=0.0126953;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40327e-05;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 66131149 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.292;QD=47.822;RBI=0.0389838;REFB=0;REVB=0.00488075;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164551;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 66161072 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.486;QD=47.8224;RBI=0.0557388;REFB=0;REVB=-0.0139476;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385969;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 66358126 . C T 1215.65 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055097;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.875;QD=61.5518;RBI=0.00554737;REFB=0;REVB=0.000645351;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89087e-06;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr11 66807561 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.263;QD=58.5878;RBI=0.0426496;REFB=0;REVB=0.0419111;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122696;OID=.;OPOS=66807561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr11 66837965 . T C 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.368;QD=55.6421;RBI=0.0554259;REFB=0;REVB=0.0305269;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100072;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 66995603 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00893154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.77;QD=56.0119;RBI=0.00985255;REFB=-0.0290487;REVB=0.00415938;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000147778;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr11 67021927 . CTGC CTAA 445.93 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0200571;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.125;QD=44.5927;RBI=0.0206209;REFB=-0.0222823;REVB=-0.00478874;RO=6;SAF=15;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579441;STB=0.53123;STBP=0.392;TYPE=mnp;VARB=0.00453322;OID=.;OPOS=67021929;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:32:40:32:40:6:15:17:4:2:34:6:15:17:4:2 chr11 67068859 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0923233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.185;QD=56.7059;RBI=0.0932485;REFB=0;REVB=0.0131035;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647675;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 67071584 . C G 1008.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3731;QD=59.3114;RBI=0.0185292;REFB=0;REVB=-0.00591539;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103176;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr11 67075131 . C T 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00265751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.146;QD=29.8274;RBI=0.0106955;REFB=-0.0121777;REVB=0.0103601;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164308;STB=0.590799;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00566234;OID=.;OPOS=67075131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:1:5:8:8:1:5 chr11 67130122 . A G 246.69 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0034376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.94;QD=39.4711;RBI=0.00360717;REFB=0.000447927;REVB=-0.00109297;RO=4;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667856;STB=0.536364;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-6.86419e-05;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:10:11:3:1:10:11:3:1 chr11 67160961 . A G 226.07 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.616;QD=45.2129;RBI=0.0411369;REFB=-0.0137483;REVB=-0.0137917;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00111936;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:18:19:0.95:10:8:1:0:10:9:1:0 chr11 67171736 . C T 538.91 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1226;QD=55.2723;RBI=0.0377194;REFB=-0.120748;REVB=-0.0112069;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183679;STB=0.509429;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00581034;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:39:1:1:37:38:0.974359:12:25:1:0:12:26:1:0 chr11 67176898 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00305585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.467;QD=46.0582;RBI=0.0435185;REFB=-0.0254135;REVB=0.0434111;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00182613;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:1:0:6:13:1:0 chr11 67177278 . G A 610.43 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0505092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.69;QD=56.7839;RBI=0.0521261;REFB=-0.0101233;REVB=0.0128823;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00172858;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:27:14:0:2:27:14:0:2 chr11 67191449 . T C 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00992816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.05;QD=44.1182;RBI=0.0123351;REFB=-0.0572958;REVB=0.00732022;RO=5;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626988;STB=0.533875;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0116357;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:11:18:2:3:11:18:2:3 chr11 67192555 . G A 713.38 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.07;QD=57.0701;RBI=0.0764368;REFB=-0.04132;REVB=0.074407;RO=3;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166971;STB=0.508123;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00504268;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:3:3:46:47:0.94:24:22:1:2:25:22:1:2 chr11 67200819 . C T 409.13 PASS AF=0.861111;AO=30;DP=35;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0519786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5621;QD=45.4584;RBI=0.0619707;REFB=0.144825;REVB=0.0337429;RO=5;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119082;STB=0.564062;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00950653;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:36:5:5:30:31:0.861111:17:13:0:5:17:14:0:5 chr11 67202156 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.24;QD=42.1826;RBI=0.0186991;REFB=0;REVB=0.0149891;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89261e-05;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 67257823 . C A 289.44 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0734158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9725;QD=46.3111;RBI=0.0752899;REFB=-0.0419625;REVB=-0.0166939;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245642;STB=0.513296;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0269282;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:1:1:15:8:1:1 chr11 67258391 . A G 470.69 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.246;QD=57.0528;RBI=0.0135679;REFB=0;REVB=-0.00503931;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19464e-05;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:30:33:1:12:18:0:0:14:19:0:0 chr11 67263767 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.546;QD=48.7373;RBI=0.019315;REFB=0;REVB=0.0173688;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19798e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr11 67288594 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.478;QD=61.6822;RBI=0.0470816;REFB=0;REVB=0.0452419;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137258;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 67351585 . C G 744.32 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271191;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7122;QD=57.255;RBI=0.0374693;REFB=0;REVB=0.0258555;RO=0;SAF=41;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0137941;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:8:41:0:0:8:44:0:0 chr11 67430762 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.23;QD=62.981;RBI=0.00650326;REFB=0;REVB=-0.00538682;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58351e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr11 67431974 . C T 555.23 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0243899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.53;QD=46.2695;RBI=0.0330745;REFB=-0.0533166;REVB=0.0223395;RO=5;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727753;STB=0.508399;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00808062;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:48:48:5:8:40:40:0.833333:18:22:1:4:18:22:4:4 chr11 67432804 . T C 646.7 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.606;QD=61.5908;RBI=0.0218947;REFB=0;REVB=-0.00603145;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04159e-06;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr11 67432854 . T C 769.72 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953448;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.439;QD=64.1438;RBI=0.0244357;REFB=0;REVB=0.0224989;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6578e-05;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr11 67433869 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.036;QD=35.5759;RBI=0.080983;REFB=0;REVB=0.0481106;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464963;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 67434416 . C A 305.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.865;QD=53.1219;RBI=0.0266484;REFB=0;REVB=0.0254168;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221752;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:6:15:0:0:8:15:0:0 chr11 67564197 . T C 306.46 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.041;QD=53.2977;RBI=0.0569814;REFB=0;REVB=0.0552021;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044609;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr11 67564238 . C T 199.15 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0080907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.81;QD=44.2561;RBI=0.0423846;REFB=-0.197504;REVB=0.0416052;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00309637;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr11 67564241 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.238;QD=49.5947;RBI=0.0587391;REFB=0;REVB=0.019056;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628545;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 67572698 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=6;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.305;QD=34.6641;RBI=0.0392287;REFB=0.126754;REVB=0.0371877;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00203762;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:6:10:0.909091:4:2:0:0:8:2:0:1 chr11 67663113 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.433;QD=39.2068;RBI=0.0448695;REFB=0;REVB=0.0446529;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658016;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 67663116 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.48;QD=39.2068;RBI=0.0260985;REFB=0;REVB=0.0202367;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94885e-05;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 606.07 PASS AF=1,0;AO=38,2;DP=41;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105136,0.00808188;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.5761,4.23444;QD=59.1288;RBI=0.109575,0.0537568;REFB=0,0;REVB=0.0308711,-0.0531458;RO=0;SAF=26,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.05056e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00411218,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:38,2:41,0:1,0:12,2:26,0:0:0:14,0:27,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 700.01 PASS AF=1,0;AO=42,4;DP=46;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470532,-0.1529;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.2579,3.73817;QD=60.8704;RBI=0.0487754,0.188804;REFB=0,0;REVB=0.0128464,-0.110762;RO=0;SAF=7,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000826376,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:42,4:46,0:1,0:35,3:7,1:0:0:38,0:8,0:0:0 chr11 67789293 . G C,GC 640.4 PASS AF=0,1;AO=2,41;DP=44;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104851,-0.120112;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.53181,26.4442;QD=59.5723;RBI=0.120449,0.123864;REFB=0,0;REVB=0.0592822,0.0302583;RO=1;SAF=0,17;SAR=2,24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0267986;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00252998;OID=.,.;OPOS=67789293,67789294;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:44:43:1:0:2,41:0,43:0,1:2,24:0,17:1:0:0,26:0,17:0:0 chr11 67810471 . G A 749.07 PASS AF=0.759494;AO=55;DP=71;FAO=60;FDP=79;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00789928;FXX=0.0246883;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.763;QD=37.9276;RBI=0.00843757;REFB=0.0214816;REVB=0.00296546;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.540436;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00106601;OID=.;OPOS=67810471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:79:2:19:55:60:0.759494:26:29:0:2:31:29:6:13 chr11 67814979 . G C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5277;QD=62.4647;RBI=0.0425449;REFB=0;REVB=-0.0152248;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116866;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:52:35:0:0:52:35:0:0 chr11 67957518 . A T 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.121;QD=56.6905;RBI=0.0707279;REFB=0;REVB=-0.00489802;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394982;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 68030173 . C A 629.84 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1654;QD=61.448;RBI=0.0218515;REFB=0;REVB=-0.0181169;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63095e-05;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr11 68171013 . T C 1386.14 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00109797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.897;QD=58.3637;RBI=0.00796112;REFB=-0.121576;REVB=0.00788504;RO=2;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016924;STB=0.504586;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000424506;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:95:95:2:4:91:91:0.957895:55:36:0:2:55:36:2:2 chr11 68177510 . C T 678.93 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0110132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.533;QD=41.7806;RBI=0.01158;REFB=-0.0208727;REVB=-0.00357846;RO=11;SAF=22;SAR=32;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445522;STB=0.523801;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00460907;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:11:11:54:54:0.830769:32:22:3:8:32:22:3:8 chr11 68192690 . G A 33.74 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0117645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.268;QD=3.64719;RBI=0.0120202;REFB=-0.00205174;REVB=-0.00246591;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218433;STB=0.654027;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0163239;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:16:15:4:2:16:15 chr11 68201295 . C T 290.16 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0228581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.769;QD=46.4252;RBI=0.054538;REFB=-0.0702679;REVB=0.0495167;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00294243;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:0:2:14:9:0:2 chr11 68512543 . A G 1081.25 PASS AF=0.905882;AO=76;DP=85;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0180709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.402;QD=50.8825;RBI=0.0249303;REFB=-0.0442356;REVB=0.0171745;RO=8;SAF=37;SAR=39;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023639;STB=0.501836;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0046226;OID=.;OPOS=68512543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:8:8:76:77:0.905882:39:37:4:4:40:37:4:4 chr11 68549340 . A G 483.85 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013953;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.656;QD=53.7615;RBI=0.015271;REFB=-0.0150175;REVB=-0.00620624;RO=2;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666239;STB=0.535693;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000699982;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:13:21:0:2:13:21:0:2 chr11 68560787 . C T 1038.35 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0166861;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.182;QD=54.65;RBI=0.0404083;REFB=-0.0597499;REVB=0.0368023;RO=4;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401974;STB=0.520828;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0012999;OID=.;OPOS=68560787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:71:72:0.947368:45:26:0:4:46:26:0:4 chr11 68671419 . C T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0765992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7892;QD=38.204;RBI=0.0819869;REFB=-0.0480564;REVB=0.0292305;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00801335;OID=.;OPOS=68671419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:1:1:9:6:1:1 chr11 68671477 . T C 181.12 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242948;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6777;QD=48.2979;RBI=0.0695288;REFB=0;REVB=0.0651461;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019076;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 68678962 . T C 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00825974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.031;QD=51.8337;RBI=0.0220527;REFB=0.120355;REVB=0.0204474;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000833622;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:13:18:2:0:13:18:2:0 chr11 68682402 . A G 342.43 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3819;QD=50.7302;RBI=0.0293354;REFB=0.0490468;REVB=-0.0124497;RO=1;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545418;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00240387;OID=.;OPOS=68682402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:20:5:1:0:21:5:1:0 chr11 68696682 . G T 580.74 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0063518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.095;QD=52.7943;RBI=0.0482368;REFB=-0.0212932;REVB=0.0478168;RO=3;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312062;STB=0.517585;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000961702;OID=.;OPOS=68696682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:39:41:0.931818:17:22:1:2:17:24:1:2 chr11 68701948 . C T 494.82 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00159128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.566;QD=38.8091;RBI=0.00294245;REFB=-0.0127397;REVB=0.00247504;RO=10;SAF=22;SAR=19;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232829;STB=0.512518;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00340159;OID=.;OPOS=68701948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:19:22:6:4:19:22:6:4 chr11 68704028 . C T 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.7;QD=45.4844;RBI=0.0242423;REFB=0.0225122;REVB=0.0211741;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083825;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00284235;OID=.;OPOS=68704028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:12:10:2:0:12:10:2:0 chr11 68748003 . T C 637.25 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0273142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.427;QD=47.2035;RBI=0.0289493;REFB=1.08529e-05;REVB=0.00959142;RO=5;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284338;STB=0.515145;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-7.87921e-05;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:32:17:1:4:32:17:1:4 chr11 68822739 . T C 632.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.437;QD=61.6666;RBI=0.0499307;REFB=0;REVB=0.0498245;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80035e-05;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:20:21:0:0 chr11 68834968 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.59;QD=37.4885;RBI=0.0114766;REFB=0;REVB=0.00716554;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21541e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 68851414 . T C 434.75 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.000442087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.789;QD=37.8039;RBI=0.0206381;REFB=-0.0214326;REVB=0.0206334;RO=12;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178518;STB=0.596842;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0102915;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:21:13:9:3:21:13:9:3 chr11 68851466 . G T 498.98 PASS AF=0.807692;AO=37;DP=47;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0345354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.476;QD=38.3827;RBI=0.072641;REFB=-0.0622468;REVB=0.0639064;RO=10;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782503;STB=0.543705;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00989984;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:47:52:10:10:37:42:0.807692:22:15:6:4:26:16:6:4 chr11 69462910 . G A 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0132811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.893;QD=50.106;RBI=0.0148384;REFB=0.0320674;REVB=-0.00661742;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489573;STB=0.526299;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00186568;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:20:12:2:1:20:12:2:1 chr11 69934085 . G A 889.5 PASS AF=0.891892;AO=65;DP=74;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00237356;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.243;QD=48.0811;RBI=0.0374837;REFB=-0.0212723;REVB=0.0374085;RO=8;SAF=24;SAR=41;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012759;STB=0.500435;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267729;OID=.;OPOS=69934085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:74:8:8:65:66:0.891892:41:24:3:5:41:25:3:5 chr11 70007311 . A G 575.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.375;QD=60.588;RBI=0.0941892;REFB=0;REVB=-0.0935625;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126127;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr11 70007392 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.162;QD=59.0187;RBI=0.0273897;REFB=0;REVB=0.00166662;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90898e-05;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr11 70016247 . T G,TG 824.44 PASS AF=0,1;AO=6,58;DP=78;FAO=0,76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888485,0.0754596;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=6.10387,15.4248;QD=43.3914;RBI=0.035774,0.12303;REFB=0,0;REVB=-0.0346532,0.0971707;RO=12;SAF=1,24;SAR=5,34;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.137104,0.0547481;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00365253;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:78:76:12:0:6,58:0,76:0,1:5,34:1,24:3:9:0,49:0,27:0:0 chr11 70034096 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00424376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.86;QD=34.6654;RBI=0.0282259;REFB=0.00777902;REVB=0.027905;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00196697;OID=.;OPOS=70034096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr11 70118489 . G A 57.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0332173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.61;QD=13.632;RBI=0.0346583;REFB=-0.0225171;REVB=-0.00989001;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295251;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0157923;OID=.;OPOS=70118489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:4:5:2:6:4:5 chr11 70229171 . G A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0216051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.808;QD=2.22004;RBI=0.0512286;REFB=-0.00291518;REVB=-0.0464499;RO=55;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30108;STB=0.726634;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0186117;OID=.;OPOS=70229171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:2:5:25:30:2:5:25:30 chr11 70333149 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0180889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.492;QD=29.1642;RBI=0.0498399;REFB=-0.0896274;REVB=0.0464414;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901728;STB=0.550922;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00969187;OID=.;OPOS=70333149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:9:2:1:2:9:2:1:2 chr11 70798902 . G T 489.99 PASS AF=0.971429;AO=4;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011974;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=143.926;QD=55.9992;RBI=0.0164431;REFB=0.136828;REVB=0.0112694;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000606221;OID=.;OPOS=70798902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:4:34:0.971429:0:4:1:0:13:21:1:0 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 273.29 PASS AF=0.75;AO=26;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00145228;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=12;MLLD=403.843;QD=27.3289;RBI=0.0205159;REFB=-0.0098844;REVB=0.0204644;RO=10;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459751;STB=0.526298;STBP=0.555;TYPE=del;VARB=0.00288078;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:26:39:30:40:10:18:12:7:3:47:10:18:8:7:3 chr11 71146691 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.257;QD=58.1419;RBI=0.0376983;REFB=0;REVB=0.00528437;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130524;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 71146952 . G A 432.37 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0112594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.779;QD=48.0413;RBI=0.0188342;REFB=-0.0615885;REVB=0.0150982;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.599933;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000405159;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:1:4:32:32:0.888889:8:24:0:1:8:24:0:4 chr11 71152461 . A G 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6559;QD=62.9628;RBI=0.0202514;REFB=0;REVB=0.0116513;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034554;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 71155129 . G A 1098.21 PASS AF=0.858696;AO=79;DP=92;FAO=79;FDP=92;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00199209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.836;QD=47.7483;RBI=0.00376201;REFB=0.0010111;REVB=0.00319128;RO=13;SAF=31;SAR=48;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040315;STB=0.521435;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000151108;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:13:13:79:79:0.858696:48:31:7:6:48:31:7:6 chr11 71155153 . A G 1305.43 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714736;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.588;QD=62.1633;RBI=0.0082823;REFB=0;REVB=-0.0041847;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28251e-05;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr11 71155171 . C T 46.88 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0170504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.099;QD=2.34425;RBI=0.0230959;REFB=-0.00381693;REVB=-0.0155789;RO=69;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029646;STB=0.526264;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0667945;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:69:70:10:10:0.125:6:4:26:43:6:4:26:44 chr11 71169547 . G C 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0115472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1077;QD=2.40069;RBI=0.0373475;REFB=0.000387148;REVB=-0.0355176;RO=63;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133244;STB=0.59612;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00444775;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:4:5:28:35:4:5:28:35 chr11 71174553 . C T 373.22 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0324627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.1024;QD=48.157;RBI=0.0346851;REFB=-0.110975;REVB=-0.0122159;RO=3;SAF=20;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804691;STB=0.555516;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00326272;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:3:2:28:29:0.935484:8:20:1:2:8:21:0:2 chr11 71184678 . A C 1272.82 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528694;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.858;QD=60.6107;RBI=0.0660195;REFB=-0.0503977;REVB=0.0395397;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137257;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000235232;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:1:0:49:34:1:0 chr11 71185479 . T C 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.607;QD=60.8506;RBI=0.0413093;REFB=0.00625194;REVB=0.0287526;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000184407;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:1:0:24:22:1:0 chr11 71185518 . T C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.731;QD=55.044;RBI=0.0342431;REFB=-0.024997;REVB=0.0244867;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000349087;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr11 71189436 . T C 805.91 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.756;QD=64.473;RBI=0.0326146;REFB=0;REVB=0.00337922;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91233e-05;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr11 71191817 . C T 466.02 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00895918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.623;QD=43.351;RBI=0.0109951;REFB=-0.0354626;REVB=0.00637379;RO=8;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125232;STB=0.567385;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00908642;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:17:18:7:1:17:18:7:1 chr11 71192439 . C A 430.5 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0100585;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.332;QD=40.0469;RBI=0.0105733;REFB=-0.0241758;REVB=-0.00325902;RO=10;SAF=18;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196391;STB=0.510632;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00475707;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:45:43:10:10:33:33:0.767442:15:18:5:5:15:18:5:5 chr11 71249386 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.346;QD=46.848;RBI=0.0258868;REFB=0;REVB=-0.0142781;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622341;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 71260243 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=51.1828;RBI=0.00546132;REFB=0;REVB=-0.00520556;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36012e-05;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr11 71260296 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7095;QD=47.8036;RBI=0.0980744;REFB=0;REVB=-0.0360843;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211958;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 71276632 . T C 124.17 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0257943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.291;QD=27.5923;RBI=0.0336114;REFB=-0.0395299;REVB=0.0215494;RO=5;SAF=11;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314087;STB=0.678692;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0068509;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:2:11:2:3:2:11:2:3 chr11 71277598 . A C 1309.38 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0122969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.102;QD=57.555;RBI=0.0163762;REFB=-0.0192417;REVB=0.0108151;RO=4;SAF=44;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000478141;STB=0.500253;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-2.04075e-06;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:43:44:2:2:43:44:2:2 chr11 71277647 . CCGCT C 398.7 PASS AF=0.886364;AO=31;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0240306;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=4;MLLD=296.31;QD=36.2457;RBI=0.031747;REFB=-0.0296289;REVB=0.0207461;RO=4;SAF=10;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423499;STB=0.522091;STBP=0.419;TYPE=del;VARB=0.00269844;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.886364:31:44:39:44:5:16:23:3:2:14:4:10:21:2:2 chr11 71279902 . C T 69.11 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0382229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.4;QD=16.2612;RBI=0.0424639;REFB=-0.0559305;REVB=-0.0184986;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387836;STB=0.74025;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0228692;OID=.;OPOS=71279902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:17:8:8:7:9:0.529412:3:4:1:7:3:6:1:7 chr11 71279907 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.014018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.689;QD=22.5811;RBI=0.0144209;REFB=-0.0459678;REVB=-0.00338493;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333958;STB=0.705576;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0214776;OID=.;OPOS=71279907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:6:7:11:12:0.631579:5:6:0:6:5:7:0:7 chr11 71507261 . A G 215.16 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0450385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.539;QD=37.4191;RBI=0.0451811;REFB=-0.0221623;REVB=-0.00358701;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442778;STB=0.524246;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0125699;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:7:12:2:2:7:12:2:2 chr11 71544269 . C T 727.84 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5732;QD=63.2905;RBI=0.0449094;REFB=0;REVB=-0.0169105;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252568;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr11 71615069 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0716554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.689;QD=38.205;RBI=0.0743527;REFB=0.0170573;REVB=0.0198452;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394328;STB=0.52171;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00403703;OID=.;OPOS=71615069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:5:10:1:1:5:10:1:1 chr11 71615075 . G C 160.56 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.039376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3177;QD=37.7791;RBI=0.0436329;REFB=0.0119297;REVB=0.0187979;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0030561;OID=.;OPOS=71615075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:2:2:14:15:0.882353:6:8:1:1:6:9:1:1 chr11 71627159 . C A 291.2 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00398715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5541;QD=40.1652;RBI=0.00506798;REFB=-0.0607981;REVB=-0.00312842;RO=5;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832243;STB=0.545152;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0112311;OID=.;OPOS=71627159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:13:11:1:4:13:11:1:4 chr11 71701763 . G A 956.92 PASS AF=0.907895;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0118589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.112;QD=50.3641;RBI=0.0118623;REFB=-0.038201;REVB=-0.000281324;RO=6;SAF=31;SAR=38;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581385;STB=0.537656;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00120707;OID=.;OPOS=71701763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:76:6:7:69:69:0.907895:38:31:5:1:38:31:6:1 chr11 71706544 . A G 1037.97 PASS AF=0.872093;AO=73;DP=86;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00336911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.645;QD=48.2775;RBI=0.014609;REFB=0.00127701;REVB=0.0142152;RO=11;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853687;STB=0.543143;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000111991;OID=.;OPOS=71706544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:11:11:73:75:0.872093:42:31:1:10:44:31:1:10 chr11 71707489 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.676;QD=63.2856;RBI=0.039875;REFB=0;REVB=-0.00241551;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145168;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr11 71714525 . A AC 1202.75 PASS AF=0.988372;AO=10;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571031;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=261.104;QD=55.942;RBI=0.07029;REFB=-0.0995509;REVB=0.0409867;RO=77;SAF=2;SAR=8;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261296;STB=0.508195;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.000499258;OID=.;OPOS=71714526;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988372:10:87:85:86:1:30:55:1:0:3:77:2:8:30:47 chr11 71714526 . G C 1039.4 PASS AF=0.872093;AO=75;DP=86;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0164936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.072;QD=48.3442;RBI=0.0543397;REFB=-0.214102;REVB=0.0517761;RO=11;SAF=28;SAR=47;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260671;STB=0.513844;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00288202;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:86:86:11:11:75:75:0.872093:47:28:3:8:47:28:3:8 chr11 71717106 . G A 839.39 PASS AF=0.8125;AO=64;DP=80;FAO=65;FDP=80;FR=.;FRO=15;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0389556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6425;QD=41.9694;RBI=0.0398173;REFB=-0.00332286;REVB=0.00823893;RO=14;SAF=35;SAR=29;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399499;STB=0.526004;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000352558;OID=.;OPOS=71717106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:14:15:64:65:0.8125:29:35:6:8:30:35:6:9 chr11 71726168 . G C 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0355331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7158;QD=19.1078;RBI=0.0367724;REFB=-0.0879046;REVB=0.00946631;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243413;STB=0.636127;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0325898;OID=.;OPOS=71726168;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:6:0:1:8:6:0 chr11 71821236 . A G 411.58 PASS AF=0.861111;AO=27;DP=37;FAO=31;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0538822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.836;QD=45.7315;RBI=0.058425;REFB=-0.123222;REVB=0.0225874;RO=6;SAF=17;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749167;STB=0.519738;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0193919;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:36:6:5:27:31:0.861111:10:17:5:1:10:21:4:1 chr11 72281818 . A G 751.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.444;QD=56.6955;RBI=0.0368254;REFB=0;REVB=-0.000324888;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08813e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 72281884 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.616;QD=58.7811;RBI=0.00627457;REFB=0;REVB=-0.00108135;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20369e-05;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr11 72287350 . A G 232.17 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.48;QD=46.4342;RBI=0.021558;REFB=-0.126869;REVB=0.021558;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152262;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:0:1:19:19:0.95:19:0:0:0:19:0:0:1 chr11 72288599 . G A 758.91 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.223;QD=53.257;RBI=0.0221346;REFB=-0.0585952;REVB=0.0173293;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427299;STB=0.502267;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00158093;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:31:24:1:1:31:24:1:1 chr11 72290629 . G A 68.9 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.745;QD=30.6239;RBI=0.037268;REFB=0.0864778;REVB=0.00240302;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00253446;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:2:5:0:1:3:5:0:1 chr11 72291927 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.797;QD=45.1062;RBI=0.0315648;REFB=-0.0384562;REVB=0.0296154;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000380116;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:0:1 chr11 72293602 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.221;QD=61.3343;RBI=0.0231469;REFB=0;REVB=0.0217876;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52364e-05;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr11 72295502 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.43693e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.744;QD=64.4154;RBI=0.0184497;REFB=0;REVB=-0.0184495;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18876e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 72295906 . A G 255.39 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.394;QD=51.0772;RBI=0.0643847;REFB=0;REVB=0.0599722;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658975;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 72363759 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00061127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.049;QD=33.4285;RBI=0.0434621;REFB=0;REVB=0.0434578;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349164;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 72396990 . G A 73.21 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0672845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.477;QD=26.6216;RBI=0.0674469;REFB=-0.0633675;REVB=-0.00467729;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.666261;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00327585;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:1:2:8:9:0.818182:6:2:1:0:7:2:2:0 chr11 72408657 . C T 523.63 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0329052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.59;QD=46.5447;RBI=0.0340021;REFB=-0.0723542;REVB=-0.00856716;RO=6;SAF=24;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355329;STB=0.509995;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00942017;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:6:7:38:38:0.844444:14:24:3:3:14:24:4:3 chr11 72532569 . G T 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2214;QD=62.9616;RBI=0.111813;REFB=0;REVB=0.0315501;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206081;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 72532621 . T G 539.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.788;QD=59.8957;RBI=0.0378671;REFB=0;REVB=0.00385007;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108193;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr11 72532708 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.081;QD=49.5992;RBI=0.019263;REFB=0;REVB=0.0173772;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5814e-05;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 72945341 . C T 1461.23 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00410874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2967;QD=57.3033;RBI=0.0043504;REFB=0.0058006;REVB=0.00142977;RO=2;SAF=36;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563955;STB=0.502973;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000588532;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:64:36:1:1:64:36:1:1 chr11 72946020 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.19;QD=52.6072;RBI=0.0532162;REFB=0;REVB=0.00829158;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291358;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 72946140 . G C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7893;QD=33.4186;RBI=0.100041;REFB=0;REVB=0.0170196;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00750996;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 73008914 . G A 69.36 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0863255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3543;QD=30.8255;RBI=0.0863255;REFB=-0.130746;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325863;OID=.;OPOS=73008914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:0:7:1:0:0:8:1:0 chr11 73009084 . G A 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00631963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.535;QD=45.3487;RBI=0.0136751;REFB=-0.0290975;REVB=0.0121272;RO=4;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830486;STB=0.504481;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00409729;OID=.;OPOS=73009084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:15:13:2:2:15:13:2:2 chr11 73009432 . T C 556.61 PASS AF=0.869565;AO=39;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00490664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.926;QD=48.4006;RBI=0.0536648;REFB=-0.029099;REVB=0.05344;RO=6;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116714;STB=0.562469;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00407462;OID=.;OPOS=73009432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:39:40:0.869565:18:21:6:0:19:21:6:0 chr11 73106165 . A C 466.02 PASS AF=0.813953;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0427716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4606;QD=43.3509;RBI=0.0479571;REFB=0.0306409;REVB=-0.0216903;RO=8;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403212;STB=0.519392;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00755837;OID=.;OPOS=73106165;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:34:35:0.813953:22:12:2:6:23:12:2:6 chr11 73387057 . TTAAGTA T 473.51 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484662;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=6;MLLD=251.791;QD=49.8432;RBI=0.0527986;REFB=0;REVB=-0.0209455;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.77737e-05;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:38:38:0:15:23:0:0:8:0:15:20:0:0 chr11 73441772 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163128;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.643;QD=46.848;RBI=0.0363364;REFB=0;REVB=0.0362998;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119773;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 73589794 . GCC GC,GCT 240.7 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=18,2;DP=23;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0958929,-0.0121769;FXX=0.0869187;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.5219,5.27497;QD=45.8473;RBI=0.212246,0.0124676;REFB=0,0;REVB=0.189349,0.00267675;RO=1;SAF=17,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.205622,0;SSEP=0,0;SSSB=0.299342,0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0253774,0.124936;OID=.,.;OPOS=73589795,73589796;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:18,2:23:20,1:21:0:18,1:2,0:0:0:4:1:17,2:1,0:0:1 chr11 73670645 . T C 613.55 PASS AF=0.772727;AO=51;DP=66;FAO=51;FDP=66;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0253429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.158;QD=37.1845;RBI=0.0266815;REFB=-0.0366039;REVB=0.00834521;RO=15;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150005;STB=0.580241;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0100934;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:15:15:51:51:0.772727:31:20:1:14:31:20:1:14 chr11 73689104 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6028;QD=50.4109;RBI=0.0809043;REFB=0;REVB=0.0414041;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003623;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 73715542 . G A 246.69 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00946633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.606;QD=39.4696;RBI=0.0263765;REFB=-0.0190722;REVB=0.0246193;RO=3;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682618;STB=0.519981;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00374406;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:3:4:21:21:0.84:13:8:2:1:13:8:2:2 chr11 73717254 . A G 383.32 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0303566;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.246;QD=46.4624;RBI=0.0371721;REFB=-0.0138087;REVB=0.0214533;RO=4;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285727;STB=0.515408;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00180912;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:33:4:4:29:29:0.878788:11:18:2:2:11:18:2:2 chr11 73785326 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.664;QD=60.2304;RBI=0.0379125;REFB=0;REVB=0.0124273;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011599;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr11 73806443 . C T 259.01 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00115132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.306;QD=33.421;RBI=0.0261665;REFB=-0.031296;REVB=-0.0261411;RO=8;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140417;STB=0.507686;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.010577;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:8:15:5:3:8:15:5:3 chr11 73825503 . T C 897.63 PASS AF=0.891892;AO=66;DP=74;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0346498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.71;QD=48.5204;RBI=0.0363878;REFB=-0.0150415;REVB=0.0111114;RO=8;SAF=24;SAR=42;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296886;STB=0.515785;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00404566;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:8:8:66:66:0.891892:42:24:4:4:42:24:4:4 chr11 73978243 . G A 613.73 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0188469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.463;QD=53.368;RBI=0.0267598;REFB=0.00499715;REVB=0.0189969;RO=4;SAF=15;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251083;STB=0.513416;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000318552;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:27:15:2:2:27:15:2:2 chr11 73988167 . C T 638.19 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.011355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.28;QD=51.0548;RBI=0.0199061;REFB=0.0268582;REVB=-0.0163499;RO=6;SAF=22;SAR=22;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00524841;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:22:22:3:3:22:22:3:3 chr11 74043708 . G A 566.39 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.368;QD=59.6199;RBI=0.0570018;REFB=0;REVB=0.0219435;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105575;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:29:38:1:8:21:0:0:13:25:0:0 chr11 74046975 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00534744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.399;QD=61.8123;RBI=0.0145661;REFB=-0.0723107;REVB=-0.0135491;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0001014;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:23:26:0:0:23:26:0:1 chr11 74049569 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.039;QD=56.9381;RBI=0.0168105;REFB=0;REVB=0.00941258;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164292;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr11 74053547 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.849;QD=62.9829;RBI=0.0118062;REFB=0;REVB=-0.00268857;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76909e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 74109166 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.64;QD=40.6387;RBI=0.0217448;REFB=-0.0249445;REVB=0.0164407;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0022255;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:0:1:5:9:0:1 chr11 74110353 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.248;QD=47.8209;RBI=0.0302215;REFB=0;REVB=-0.0275379;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74228e-05;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 74203308 . T A 737.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.546;QD=55.6749;RBI=0.0251697;REFB=0;REVB=0.0244347;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653354;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr11 74204269 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.684;QD=56.7066;RBI=0.0887682;REFB=0;REVB=0.0803275;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015712;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:27:2:0:0:27:2:0:0 chr11 74208029 . C T 868.58 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.206;QD=57.9052;RBI=0.04082;REFB=0;REVB=0.00832891;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114737;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr11 74208214 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.213;QD=49.5988;RBI=0.0295712;REFB=0;REVB=0.00983948;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346711;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 74208592 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6807;QD=49.5977;RBI=0.0920576;REFB=0;REVB=0.0521216;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757501;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 74396330 . C T 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0400686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.786;QD=3.29621;RBI=0.0436473;REFB=0.00167005;REVB=0.0173088;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235967;STB=0.670228;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0103876;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:2:5:22:20:2:5:22:20 chr11 74408740 . C T 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00310157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8209;QD=39.4692;RBI=0.0143367;REFB=-0.045715;REVB=-0.0139972;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801959;STB=0.543685;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0121049;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:11:10:3:1:11:10:3:1 chr11 74419357 . C T 399.83 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0488671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3959;QD=53.3101;RBI=0.059366;REFB=0.0270878;REVB=-0.0337096;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00317657;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:0:1:10:19:0:1 chr11 74419378 . C T 450.7 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6499;QD=56.3371;RBI=0.0734348;REFB=0;REVB=-0.00269866;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049468;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr11 74553074 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0631;QD=58.2381;RBI=0.0412945;REFB=0;REVB=-0.0324601;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54086e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 74559446 . G C 649.52 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266612;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1126;QD=61.8593;RBI=0.103883;REFB=0;REVB=0.100404;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189382;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr11 74559481 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.623;QD=50.4093;RBI=0.0736651;REFB=0;REVB=0.0714726;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762395;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 74563077 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.348;QD=63.2833;RBI=0.0723295;REFB=0;REVB=0.0653246;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463089;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 74705696 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.481;QD=51.9164;RBI=0.0360894;REFB=0;REVB=0.0194068;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465436;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr11 74862391 . A G 137.83 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5822;QD=39.3803;RBI=0.0630292;REFB=0.0632971;REVB=-0.00542642;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293687;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00162472;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:1:11:0:1:1:12:0:1 chr11 74883577 . G A 409.23 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0479628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.086;QD=51.1533;RBI=0.0495143;REFB=0.0265978;REVB=-0.0122978;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000208921;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:29:30:0.9375:18:11:0:2:18:12:0:2 chr11 74904362 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.153;QD=57.8836;RBI=0.036583;REFB=0;REVB=0.0212331;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69017e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr11 74907582 . C T 206.76 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.00776575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.577;QD=5.8243;RBI=0.0119134;REFB=-0.00303982;REVB=0.00903444;RO=110;SAF=17;SAR=15;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108025;STB=0.566129;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0101712;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:110:32:32:0.225352:15:17:49:61:15:17:49:61 chr11 74907721 . C T 184.77 PASS AF=0.201299;AO=31;DP=153;FAO=31;FDP=154;FR=.;FRO=123;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0133392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.371;QD=4.79935;RBI=0.0150766;REFB=-0.00115822;REVB=-0.00702621;RO=122;SAF=16;SAR=15;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205701;STB=0.516119;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00445447;OID=.;OPOS=74907721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:122:123:31:31:0.201299:15:16:61:61:15:16:61:62 chr11 75110589 . A G 289.35 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.03936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.211;QD=46.2959;RBI=0.0405991;REFB=-0.0132783;REVB=-0.00995392;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839258;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000620458;OID=.;OPOS=75110589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:0:2:10:13:0:2 chr11 75133765 . G A 332.07 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00743409;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.663;QD=44.2762;RBI=0.00743486;REFB=-0.0228983;REVB=-0.00010672;RO=4;SAF=4;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144827;STB=0.578881;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00947622;OID=.;OPOS=75133765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:30:4:4:26:26:0.866667:22:4:2:2:22:4:2:2 chr11 75145952 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.629;QD=54.5177;RBI=0.0245925;REFB=0;REVB=0.024491;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40792e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 75152243 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.83;QD=43.4856;RBI=0.0217455;REFB=0;REVB=-0.000791741;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356104;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 75160575 . G A 1232.04 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00563942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.402;QD=60.0996;RBI=0.0602885;REFB=-0.122925;REVB=0.0600241;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.506492;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000633741;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:38:43:0:0:38:43:0:1 chr11 75167793 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0655973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9205;QD=3.67664;RBI=0.091402;REFB=-0.0140085;REVB=0.06365;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125993;STB=0.588012;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.051059;OID=.;OPOS=75167793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:3:5:23:21:3:5:23:21 chr11 75277628 . A G 687.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.563;QD=62.5383;RBI=0.0542019;REFB=0;REVB=0.0540228;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108159;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:31:10:0:0:34:10:0:0 chr11 75277992 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.303;QD=57.1993;RBI=0.0422789;REFB=0;REVB=-0.00490743;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86538e-05;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 75298797 . A G 240.56 PASS AF=0.84;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.032218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7563;QD=38.4896;RBI=0.109879;REFB=-0.142181;REVB=0.10505;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141223;STB=0.529384;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0179357;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:25:25:4:4:20:21:0.84:11:9:0:4:12:9:1:3 chr11 75428958 . A G 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0177109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.142;QD=41.8376;RBI=0.0177793;REFB=0.0180426;REVB=0.00155828;RO=5;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788755;STB=0.542681;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00177216;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:12:14:4:1:12:14:4:1 chr11 76115231 . G A 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0179708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.673;QD=32.9745;RBI=0.0461504;REFB=-0.0184712;REVB=0.0425078;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157603;STB=0.586115;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00441472;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:5:0:5:12:5:0 chr11 76207633 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.581;QD=57.2026;RBI=0.0268664;REFB=0;REVB=0.0207639;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12608e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 76368553 . A G 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1917;QD=61.1866;RBI=0.0274924;REFB=-0.125301;REVB=-0.0133391;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00320674;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:33:14:0:0:33:14:1:0 chr11 76368639 . A C 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0320032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.038;QD=5.37938;RBI=0.0486548;REFB=-0.00577053;REVB=-0.0366481;RO=43;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386337;STB=0.755217;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.03292;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:9:2:20:23:9:2:20:23 chr11 76370792 . A G 501.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.988;QD=59.0007;RBI=0.0440814;REFB=0;REVB=0.00895075;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742223;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr11 76372052 . A G 578.21 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115939;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9803;QD=60.8637;RBI=0.0408187;REFB=0;REVB=-0.0391376;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94927e-05;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr11 76372418 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.472;QD=50.4132;RBI=0.0557171;REFB=0;REVB=0.0529387;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114696;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr11 76400254 . T C 33.04 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0132108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6664;QD=2.03352;RBI=0.0213497;REFB=-0.00128776;REVB=-0.0167715;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432989;STB=0.533238;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0171086;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:4:3:27:31:4:3:27:31 chr11 76507692 . T A 1249.62 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6566;QD=60.2226;RBI=0.090502;REFB=0;REVB=0.0587503;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307962;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:78:83:1:55:23:0:0:58:25:0:0 chr11 76637651 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2988;QD=59.8557;RBI=0.0826045;REFB=0;REVB=0.0246618;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043894;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr11 76637680 . G A 1035.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.573;QD=59.1675;RBI=0.0876069;REFB=0;REVB=0.00883085;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192468;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:38:26:0:0:39:31:0:0 chr11 76687399 . A C 700.79 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000402994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.701;QD=50.9666;RBI=0.0235714;REFB=0.0389064;REVB=0.023568;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113463;STB=0.50603;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000147143;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:29:23:1:2:29:23:1:2 chr11 76701606 . G A 708.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.539;QD=62.9868;RBI=0.00866148;REFB=0;REVB=0.0052473;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35791e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr11 76732308 . G A 501.59 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.156;QD=59.0104;RBI=0.0243916;REFB=0;REVB=0.00898529;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107572;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr11 76732949 . T C 315.77 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.17;QD=52.6277;RBI=0.034798;REFB=0;REVB=-0.00488356;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102007;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr11 76733024 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000377662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.081;QD=50.4135;RBI=0.015066;REFB=0;REVB=0.0150612;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52479e-05;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 76751541 . CT C 190.9 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6097;QD=47.7263;RBI=0.118227;REFB=0;REVB=-0.0987856;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.011915;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:16:16:0:11:5:0:0:4:0:10:5:0:0 chr11 76751584 . CT C 524.12 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383747;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.667;QD=59.8996;RBI=0.0272092;REFB=0;REVB=-0.0269373;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.55495e-05;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:21:14:0:0:4:0:21:14:0:0 chr11 76751603 . CT C 627.66 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2762;QD=48.2818;RBI=0.103347;REFB=0;REVB=-0.103202;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00262105;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:52:52:52:0:29:23:0:0:11:0:28:23:0:0 chr11 76799004 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.191;QD=58.1409;RBI=0.0289442;REFB=0;REVB=0.0278134;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62251e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 76823673 . A G 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0172681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.431;QD=40.0249;RBI=0.017837;REFB=-0.0455381;REVB=-0.00446914;RO=6;SAF=17;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574782;STB=0.531226;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0130006;OID=.;OPOS=76823673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:9:17:3:3:9:17:3:3 chr11 76836864 . G A 87.65 PASS AF=0.155963;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00922919;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.441;QD=3.21638;RBI=0.0161853;REFB=-0.00293448;REVB=-0.0132961;RO=90;SAF=9;SAR=8;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134957;STB=0.597319;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0186129;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:109:109:90:92:17:17:0.155963:8:9:38:52:8:9:38:54 chr11 76928149 . A G 2003.22 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0108381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.988;QD=59.7976;RBI=0.0145506;REFB=-0.115607;REVB=0.0097086;RO=3;SAF=49;SAR=82;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282061;STB=0.514849;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000361868;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:3:3:131:131:0.977612:82:49:3:0:82:49:3:0 chr11 76954788 . T A,TA 738.38 PASS AF=0,1;AO=2,44;DP=57;FAO=0,54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587131,0.0166772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.29,26.8151;QD=54.695;RBI=0.0225626,0.0248467;REFB=0,0;REVB=-0.0217853,-0.0184182;RO=10;SAF=2,23;SAR=0,21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.57573,0.00785084;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,9.11877e-06;OID=.,.;OPOS=76954788,76954789;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:57:54:10:0:2,44:0,54:0,1:0,21:2,23:5:5:0,27:0,27:0:0 chr11 76954812 . T C 764.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.951;QD=63.7336;RBI=0.0135393;REFB=0;REVB=0.00940997;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99735e-05;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr11 76954833 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.313;QD=62.3508;RBI=0.0349996;REFB=0;REVB=0.0332534;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04207e-05;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 77033699 . A G 598.26 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125306;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.524;QD=61.3603;RBI=0.0189722;REFB=0;REVB=0.0142453;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32301e-05;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr11 77629132 . A AT 181.84 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7932;QD=42.7851;RBI=0.136403;REFB=-0.0650964;REVB=-0.130327;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=-6.23824e-05;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:16:17:16:17:1:7:9:0:1:6:1:7:9:0:1 chr11 77734209 . T C 651.05 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0188025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2884;QD=54.254;RBI=0.0255858;REFB=-0.0413714;REVB=-0.0173522;RO=4;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356196;STB=0.519003;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00106448;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:23:21:1:3:23:21:1:3 chr11 77790653 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.971;QD=62.0066;RBI=0.0335712;REFB=0;REVB=-0.0164393;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197539;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr11 77937828 . G A 607.25 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00164902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.529;QD=51.6807;RBI=0.0189333;REFB=-0.0253863;REVB=0.0188614;RO=5;SAF=14;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131546;STB=0.504948;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0036016;OID=.;OPOS=77937828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:47:5:5:41:42:0.893617:27:14:2:3:27:15:2:3 chr11 78277277 . A G 411.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.567;QD=56.7721;RBI=0.0234709;REFB=0;REVB=0.00618883;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123578;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr11 78279790 . T G 450.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369582;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.461;QD=58.0938;RBI=0.0373093;REFB=0;REVB=-0.00510615;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114198;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 78290350 . G A 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.8;QD=60.2184;RBI=0.0193684;REFB=0;REVB=-0.0157985;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45244e-05;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr11 78364513 . A G 784.61 PASS AF=0.78481;AO=62;DP=79;FAO=62;FDP=79;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0089118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.152;QD=39.727;RBI=0.0100727;REFB=0.0058588;REVB=-0.00469449;RO=17;SAF=35;SAR=27;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038174;STB=0.520439;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0019361;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:17:17:62:62:0.78481:27:35:8:9:27:35:8:9 chr11 78372536 . G A 1425.08 PASS AF=0.856;AO=102;DP=120;FAO=107;FDP=125;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0384669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.32;QD=45.6025;RBI=0.0392412;REFB=-0.0539024;REVB=0.00775691;RO=18;SAF=35;SAR=67;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314087;STB=0.513922;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0174714;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:120:125:18:18:102:107:0.856:67:35:8:10:69:38:8:10 chr11 79133220 . T C 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.109336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7952;QD=35.1462;RBI=0.117876;REFB=-0.0465574;REVB=0.0440502;RO=4;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22684;STB=0.624851;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0210793;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:6:11:0:4:6:11:0:4 chr11 81264998 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.316;QD=58.142;RBI=0.0280521;REFB=0;REVB=0.0277954;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56149e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 82443672 . C G 323.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2427;QD=53.8696;RBI=0.0135063;REFB=0;REVB=0.0128969;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191858;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr11 82443817 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5931;QD=48.7366;RBI=0.0790707;REFB=0;REVB=0.00660625;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161673;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 82535963 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.816;QD=58.2427;RBI=0.0310718;REFB=-0.136473;REVB=-0.0164992;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00248071;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr11 84997182 . C A,CA 31.87 PASS AF=0,0.258065;AO=2,6;DP=31;FAO=0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0232008,0.0541024;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=113.186,19.4076;QD=4.11221;RBI=0.0356911,0.152596;REFB=-0.0103548,-0.0734543;REVB=-0.0271216,-0.142683;RO=23;SAF=1,4;SAR=1,2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104423,0.316493;STB=0.5,0.668882;STBP=1,0.326;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.176198;OID=.,.;OPOS=84997182,84997183;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:31:31:23:23:2,6:0,8:0,0.258065:1,2:1,4:9:14:0,3:0,5:9:14 chr11 85195025 . A C 3016.53 PASS AF=0.966507;AO=202;DP=211;FAO=202;FDP=209;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=153;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0196911;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.306;QD=57.7327;RBI=0.0450113;REFB=0.0193336;REVB=-0.0404757;RO=7;SAF=49;SAR=153;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399796;STB=0.52103;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00187253;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:211:209:7:7:202:202:0.966507:153:49:5:2:153:49:5:2 chr11 85195075 . T C 3996.88 PASS AF=0.960145;AO=264;DP=275;FAO=265;FDP=276;FR=.;FRO=11;FSAF=77;FSAR=188;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0141388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.172;QD=57.9258;RBI=0.0153091;REFB=-0.0135585;REVB=0.00587059;RO=11;SAF=77;SAR=187;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313112;STB=0.516482;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-3.42887e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:275:276:11:11:264:265:0.960145:187:77:7:4:188:77:7:4 chr11 85195154 . A T 3242.09 PASS AF=0.964126;AO=211;DP=219;FAO=215;FDP=223;FR=.;FRO=8;FSAF=82;FSAR=133;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0375018;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.038;QD=58.1541;RBI=0.0621025;REFB=-0.123769;REVB=0.0495009;RO=8;SAF=80;SAR=131;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890056;STB=0.504499;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00276218;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:219:223:8:8:211:215:0.964126:131:80:4:4:133:82:4:4 chr11 85195185 . T C 2240.7 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=155;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0243712;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.254;QD=58.5803;RBI=0.0281599;REFB=0.0168736;REVB=0.0141078;RO=3;SAF=63;SAR=87;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161166;STB=0.508473;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000527828;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:153:3:3:150:150:0.980392:87:63:0:3:87:63:0:3 chr11 85195190 . CA GG 1815.32 PASS AF=0.98374;AO=111;DP=116;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00709206;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.145;QD=59.0349;RBI=0.0448918;REFB=-0.0524707;REVB=0.0443281;RO=2;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153099;STB=0.507041;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=0.000973657;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:123:2:2:111:121:0.98374:61:50:0:2:70:51:0:2 chr11 85195226 . T C 610.33 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00639885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.894;QD=56.7752;RBI=0.00669116;REFB=-0.0657137;REVB=0.00195612;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390665;STB=0.520823;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000632024;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:18:23:2:0:18:23:2:0 chr11 85435730 . C T 677.91 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000179208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.408;QD=61.6286;RBI=0.0659947;REFB=0;REVB=-0.0659945;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000864144;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr11 85436352 . G A 1070.86 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441682;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.025;QD=60.3303;RBI=0.0443416;REFB=0;REVB=0.0039174;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315335;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr11 85436394 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.306;QD=59.3218;RBI=0.0541784;REFB=0;REVB=0.0541379;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87161e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr11 85436500 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.321;QD=54.5175;RBI=0.0442233;REFB=0;REVB=0.0383272;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8298e-05;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 85436699 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.84;QD=57.2374;RBI=0.0399155;REFB=0;REVB=0.0308075;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36474e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr11 85436868 . G C 500.85 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.593;QD=57.2397;RBI=0.014001;REFB=0;REVB=0.012948;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191547;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:21:12:0:0:22:13:0:0 chr11 85437896 . A G 318.97 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277439;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.868;QD=55.4731;RBI=0.0240981;REFB=0;REVB=0.0239378;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526212;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 85437959 . T G 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0210225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6461;QD=44.5047;RBI=0.0662348;REFB=-0.0172857;REVB=0.0628101;RO=3;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747184;STB=0.540506;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0130397;OID=.;OPOS=85437959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:8:16:1:2:8:16:1:2 chr11 85447611 . T C 804.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.658;QD=64.3804;RBI=0.0460137;REFB=0;REVB=0.042091;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471995;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr11 85456703 . T C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8565;QD=58.5971;RBI=0.0734531;REFB=0;REVB=-0.0634215;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000977396;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr11 85692181 . A C 595.19 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0646325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3836;QD=52.9057;RBI=0.0657578;REFB=0.00183148;REVB=-0.012113;RO=4;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320462;STB=0.517119;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000323837;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:23:18:1:3:23:18:1:3 chr11 85725937 . C T 591.57 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0178197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.712;QD=52.5836;RBI=0.0317024;REFB=-0.0309315;REVB=0.0262203;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321055;STB=0.527855;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00265986;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:45:3:4:40:41:0.911111:23:17:2:1:23:18:3:1 chr11 86103767 . G A 851.75 PASS AF=0.864865;AO=62;DP=72;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0114944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.7;QD=46.0406;RBI=0.0207081;REFB=-0.0151678;REVB=0.0172252;RO=10;SAF=24;SAR=38;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354051;STB=0.503596;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00239598;OID=.;OPOS=86103767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:74:10:10:62:64:0.864865:38:24:4:6:40:24:4:6 chr11 86123467 . G A 794.77 PASS AF=0.882353;AO=60;DP=68;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0170946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.259;QD=46.751;RBI=0.0189047;REFB=-0.0404613;REVB=-0.0080724;RO=8;SAF=32;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739373;STB=0.503936;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00145504;OID=.;OPOS=86123467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:8:8:60:60:0.882353:28:32:4:4:28:32:4:4 chr11 86161388 . C G,T 483.13 PASS AF=0.942857,0.0285714;AO=31,3;DP=35;FAO=33,1;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15,1;FSAR=18,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225364,-0.00625008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3979,171.838;QD=55.2148;RBI=0.0523042,0.0323974;REFB=-0.0572983,0.00759547;REVB=0.0472,-0.0317888;RO=1;SAF=14,2;SAR=17,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0321576,-0.163246;STB=0.516119,0.5;STBP=0.301,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00555616,0.0831904;OID=.,.;OPOS=86161388,86161388;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:35:35:1:1:31,3:33,1:0.942857,0.0285714:17,1:14,2:1:0:18,0:15,1:1:0 chr11 86175193 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.172;QD=60.9784;RBI=0.0116656;REFB=0;REVB=0.00356475;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16899e-05;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 86267633 . C T 888.67 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00791293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.468;QD=56.4233;RBI=0.0277289;REFB=-0.105132;REVB=0.0265759;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000213904;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:24:38:0:0:24:38:1:0 chr11 86267714 . C A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.877;QD=58.6006;RBI=0.0268108;REFB=0;REVB=-0.0226307;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73466e-05;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr11 86660886 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.296;QD=59.8557;RBI=0.0152982;REFB=0;REVB=-0.0152247;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74788e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr11 87013438 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.947;QD=57.5451;RBI=0.00681055;REFB=0;REVB=0.00321861;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00097e-06;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr11 87908411 . G A 50.45 PASS AF=0.15;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00430508;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.682;QD=3.36365;RBI=0.00437765;REFB=-0.00476564;REVB=0.000793801;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103513;STB=0.571797;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0192729;OID=.;OPOS=87908411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:61:60:51:51:9:9:0.15:4:5:24:27:4:5:24:27 chr11 88045583 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3714;QD=62.0215;RBI=0.0227229;REFB=0;REVB=0.0172267;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386012;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr11 88241885 . A AG,G 43.0 PASS AF=0.363636,0;AO=5,2;DP=22;FAO=8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0564542,-0.047044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.6115,240.213;QD=7.81845;RBI=0.0828968,0.0495527;REFB=-0.0751123,-0.00833898;REVB=0.0607025,-0.015567;RO=15;SAF=5,2;SAR=0,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.714275,0.554201;STB=0.799127,0.5;STBP=0.065,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.177256,0;OID=.,.;OPOS=88241886,88241885;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:22:15:14:5,2:8,0:0.363636,0:0,0:5,2:7:8:1,0:7,0:7:7 chr11 88645129 . T A 485.78 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0229582;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.215;QD=49.8236;RBI=0.0244909;REFB=-0.0821;REVB=0.00852791;RO=2;SAF=11;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215572;STB=0.549889;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000926035;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:2:4:35:35:0.897436:24:11:1:1:24:11:3:1 chr11 89088168 . G A 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0425477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.735;QD=2.70739;RBI=0.0434057;REFB=-0.00108017;REVB=-0.00858794;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456531;STB=0.814014;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0101836;OID=.;OPOS=89088168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:2:4:11:31:2:4:11:31 chr11 89133449 . C T 963.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.13;QD=58.3638;RBI=0.0156032;REFB=0;REVB=-0.00500525;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247104;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr11 89774236 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9132;QD=33.4285;RBI=0.0817596;REFB=0;REVB=-0.0593497;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00978669;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 89868755 . G A 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9969;QD=58.1219;RBI=0.0850341;REFB=0;REVB=-0.0844283;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125034;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 89883661 . A G 72.69 PASS AF=0.0952381;AO=22;DP=231;FAO=22;FDP=231;FR=.;FRO=209;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=107;FWDB=0.0477353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8987;QD=1.25865;RBI=0.0608963;REFB=-0.00490141;REVB=-0.0378114;RO=204;SAF=9;SAR=13;SRF=102;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109352;STB=0.571872;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0470009;OID=.;OPOS=89883661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:231:231:204:209:22:22:0.0952381:13:9:102:102:13:9:102:107 chr11 89916080 . G C 1110.96 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105833;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.311;QD=59.2512;RBI=0.0289794;REFB=-0.0452069;REVB=0.0269778;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000669164;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:29:45:0:0:29:45:0:1 chr11 89935586 . G T 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9563;QD=55.2213;RBI=0.0207367;REFB=0.0381253;REVB=-0.00526877;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00186528;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:22:34:0:1 chr11 89939442 . T TA 179.11 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3024;QD=37.7073;RBI=0.25783;REFB=-0.0282027;REVB=-0.191362;RO=17;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.013539;OID=.;OPOS=89939443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:20:19:19:0:9:10:0:0:3:17:1:2:8:9 chr11 89939448 . G A 238.29 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5862;QD=50.1658;RBI=0.0921699;REFB=0;REVB=-0.0855123;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00384475;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr11 89955872 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.993;QD=33.4281;RBI=0.0973983;REFB=0;REVB=-0.0932062;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0129964;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 91545212 . C G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4243;QD=55.0948;RBI=0.096524;REFB=0;REVB=0.0946957;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193378;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 92087959 . G A 600.59 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.017259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.723;QD=42.899;RBI=0.0194478;REFB=-0.00851451;REVB=0.00896337;RO=8;SAF=17;SAR=31;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770721;STB=0.541252;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00146533;OID=.;OPOS=92087959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:31:17:5:3:31:17:5:3 chr11 92088177 . C T 499.87 PASS AF=0.947368;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00774396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.14;QD=52.6182;RBI=0.0212991;REFB=-0.0611927;REVB=0.0198414;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00379318;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:38:2:2:33:36:0.947368:16:17:1:1:17:19:1:1 chr11 92531356 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0138293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.862;QD=5.78798;RBI=0.0277231;REFB=-0.00590718;REVB=-0.0240275;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360822;STB=0.726722;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0143565;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:6:17:3:4:6:17 chr11 92590448 . A G 914.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.651;QD=58.077;RBI=0.0193853;REFB=0;REVB=0.0191603;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12835e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr11 92625457 . G A 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4431;QD=54.4935;RBI=0.0161563;REFB=0;REVB=0.00794934;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277259;OID=.;OPOS=92625457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr11 92627848 . A G 1009.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.81;QD=59.3529;RBI=0.0220229;REFB=0;REVB=-0.00902329;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8471e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:30:38:0:0 chr11 92629305 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4254;QD=57.2363;RBI=0.0208786;REFB=0;REVB=0.00833495;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122496;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr11 92629599 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3792;QD=39.2067;RBI=0.0786901;REFB=0;REVB=-0.064165;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00676398;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 93085537 . T G 818.87 PASS AF=0.910448;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0334737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.513;QD=48.8879;RBI=0.0417074;REFB=0.00423688;REVB=0.0248801;RO=6;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881507;STB=0.547065;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000441403;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:67:6:6:60:61:0.910448:21:39:1:5:21:40:1:5 chr11 93129483 . GA CG 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0548782;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=79.6666;QD=40.5911;RBI=0.0563095;REFB=0.00820494;REVB=0.0126153;RO=2;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273766;STB=0.652835;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=-0.00493051;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:16:1:1:1:16:1:1:1 chr11 93141580 . C A 239.33 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.613;QD=50.3859;RBI=0.00387236;REFB=0;REVB=0.00101896;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380962;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:12:7:0:0 chr11 93211764 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7962;QD=60.9756;RBI=0.0335969;REFB=0;REVB=0.0299252;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633969;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr11 93212254 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.775;QD=61.3364;RBI=0.0269028;REFB=0;REVB=0.000563839;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132963;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 93402096 . C A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.468;QD=34.664;RBI=0.031765;REFB=0.00694727;REVB=0.0162784;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00233195;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:0:1 chr11 93408831 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.064;QD=53.9324;RBI=0.0279502;REFB=0.0882726;REVB=-0.00934187;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000404494;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:1:0 chr11 93425159 . C A 1434.26 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7603;QD=63.0442;RBI=0.0177536;REFB=0;REVB=0.017195;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71254e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr11 93462607 . A T 996.99 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290222;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4547;QD=59.5215;RBI=0.0313401;REFB=0;REVB=0.0118286;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366336;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr11 93464175 . A C 399.57 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.014;QD=53.2765;RBI=0.0235527;REFB=-0.117533;REVB=0.00827821;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00705304;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:0:1 chr11 93474570 . T TGCGTGA 923.66 PASS AF=0.942857;AO=64;DP=75;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0158193;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=6;MLLD=261.348;QD=52.7806;RBI=0.0303318;REFB=-0.0677454;REVB=0.0258799;RO=7;SAF=36;SAR=28;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834474;STB=0.524992;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.000113372;OID=.;OPOS=93474571;OREF=-;OALT=GCGTGA;OMAPALT=TGCGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:64:75:66:70:4:38:28:4:0:14:7:36:28:7:0 chr11 93797619 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.726;QD=57.6798;RBI=0.0641923;REFB=0;REVB=0.0629136;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417076;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr11 93844989 . C T 523.76 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0165916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.884;QD=42.7556;RBI=0.0302734;REFB=-0.0345661;REVB=-0.0253219;RO=6;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260204;STB=0.533738;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00671483;OID=.;OPOS=93844989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:49:49:6:10:39:39:0.795918:22:17:2:4:22:17:6:4 chr11 93845511 . A G 789.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405892;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.381;QD=64.4172;RBI=0.0468095;REFB=0;REVB=0.0233163;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100102;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr11 93862493 . A C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4958;QD=57.883;RBI=0.0306121;REFB=0;REVB=-0.0231688;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349512;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr11 94231257 . C G 336.81 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00429871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.576;QD=40.8251;RBI=0.00690937;REFB=-0.0123325;REVB=-0.0054093;RO=6;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120005;STB=0.565168;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00483609;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:18:9:4:2:18:9:4:2 chr11 94245740 . A G 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0133542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.728;QD=45.31;RBI=0.01621;REFB=-0.000327943;REVB=-0.00918857;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102757;STB=0.555511;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=7.03643e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:12:13:0:3:12:13:0:3 chr11 94261255 . C G 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.962;QD=60.7129;RBI=0.0807762;REFB=0;REVB=0.0196912;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179051;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr11 94533373 . C T 136.64 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.00661149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.03;QD=3.74363;RBI=0.00670421;REFB=-0.00281636;REVB=-0.00111112;RO=119;SAF=13;SAR=12;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228204;STB=0.514274;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0128653;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:119:121:25:25:0.171233:12:13:64:55:12:13:65:56 chr11 94554837 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00938185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.61;QD=3.54002;RBI=0.0133957;REFB=0.00143367;REVB=0.00956168;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243332;STB=0.670082;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0123795;OID=.;OPOS=94554837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:5:1:10:21:5:1:10:22 chr11 94699507 . A AT,T 708.09 PASS AF=0.982759,0;AO=45,3;DP=59;FAO=57,0;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121508,-0.0104463;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.6246,254.035;QD=48.8341;RBI=0.118397,0.013314;REFB=0.0172187,0.0510243;REVB=0.117772,-0.0082545;RO=6;SAF=25,3;SAR=20,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.049213,0.711122;STB=0.510201,0.5;STBP=0.322,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00584244,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:6:1:45,3:57,0:0.982759,0:20,0:25,3:2:4:24,0:33,0:0:1 chr11 94731759 . G A 145.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.986;QD=44.754;RBI=0.0740778;REFB=0;REVB=-0.0739963;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195006;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr11 94759726 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0047889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4775;QD=15.8392;RBI=0.0408268;REFB=-0.0149843;REVB=-0.040545;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363249;STB=0.705493;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00826058;OID=.;OPOS=94759726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:7:0:3:5:7:0 chr11 94800902 . G GC 810.67 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115564;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5751;QD=46.9952;RBI=0.116164;REFB=0;REVB=-0.0117918;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00239708;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:69:69:0:37:32:0:0:15:1:36:31:0:1 chr11 97716872 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.294;QD=37.4885;RBI=0.070745;REFB=0;REVB=0.0316974;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116941;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 99690286 . T G 165.21 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0043021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.363;QD=12.4684;RBI=0.00898954;REFB=0.00454631;REVB=-0.00789327;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847231;STB=0.549245;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00688504;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:14:19:13:7:14:19 chr11 99690376 . C T 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0164165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.451;QD=12.8719;RBI=0.0189409;REFB=-0.0141766;REVB=-0.00944761;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17744;STB=0.602408;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0157698;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:10:22:10:9:10:22 chr11 99690428 . T G 128.93 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00124925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9778;QD=11.9934;RBI=0.0674479;REFB=-0.011542;REVB=-0.0674363;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208223;STB=0.676689;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0236096;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:28:15:15:0.348837:6:9:11:16:5:10:11:17 chr11 100221580 . A C 42.82 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0567322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2422;QD=5.19006;RBI=0.119408;REFB=-0.00709459;REVB=0.10507;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398833;STB=0.773294;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0388286;OID=.;OPOS=100221580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:11:15:6:1:11:15 chr11 100226883 . T A 43.22 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.036906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.788;QD=2.40089;RBI=0.0378802;REFB=-0.0144116;REVB=0.00853544;RO=61;SAF=7;SAR=2;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135274;STB=0.621328;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0677603;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:61:63:9:9:0.125:2:7:42:19:2:7:42:21 chr11 100512794 . G A 518.45 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7743;QD=59.2512;RBI=0.0442555;REFB=0;REVB=0.0433936;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677287;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:19:16:0:0 chr11 100792335 . G A 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0523343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.176;QD=40.4235;RBI=0.0531177;REFB=-0.0280989;REVB=-0.00908893;RO=4;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834923;STB=0.545413;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00230098;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:12:10:3:1:12:10:3:1 chr11 100814570 . A G 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0229508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.568;QD=3.04357;RBI=0.023295;REFB=-0.00170123;REVB=0.00398964;RO=54;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112431;STB=0.578773;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0101095;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:4:5:25:29:4:5:25:29 chr11 100830579 . G A 541.6 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0127819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8751;QD=47.0959;RBI=0.0381325;REFB=0.0120875;REVB=0.0359264;RO=7;SAF=19;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166276;STB=0.508924;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000738069;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:20:19:3:4:20:19:3:4 chr11 100846936 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.616;QD=52.6132;RBI=0.0276797;REFB=0;REVB=-0.0273583;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102603;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 100847050 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.299;QD=44.6877;RBI=0.0396911;REFB=0;REVB=0.0351984;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188932;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 100847069 . G A 56.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497165;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.177;QD=37.4029;RBI=0.0497585;REFB=0;REVB=-0.00204534;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873462;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 100863096 . A G 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0146489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.996;QD=4.3093;RBI=0.0146494;REFB=0.00100689;REVB=-0.000124069;RO=38;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393311;STB=0.765309;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00314273;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:2:6:16:22:2:6:16:22 chr11 100863196 . T C 596.67 PASS AF=0.842105;AO=49;DP=58;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0139272;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=316.651;QD=41.8714;RBI=0.0139336;REFB=-0.0208276;REVB=-0.000421112;RO=9;SAF=30;SAR=19;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166912;STB=0.510356;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00294059;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:58:57:9:9:49:48:0.842105:19:30:6:3:19:29:6:3 chr11 100863319 . A C 673.15 PASS AF=0.854839;AO=53;DP=62;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0325751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6011;QD=43.4293;RBI=0.065807;REFB=-0.029978;REVB=-0.0571789;RO=9;SAF=36;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311168;STB=0.516602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00489692;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:9:9:53:53:0.854839:17:36:7:2:17:36:7:2 chr11 100863611 . G A 735.59 PASS AF=0.947368;AO=55;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0403896;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.09;QD=51.62;RBI=0.0461958;REFB=-0.0189985;REVB=0.0224216;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376688;STB=0.512901;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00042864;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:2:3:55:54:0.947368:24:31:0:2:23:31:1:2 chr11 100863814 . T A 458.16 PASS AF=0.777778;AO=35;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0268892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9548;QD=40.7249;RBI=0.0347504;REFB=0.053188;REVB=-0.0220128;RO=10;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152249;STB=0.582232;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0169099;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:10:10:35:35:0.777778:20:15:8:2:20:15:8:2 chr11 100909991 . T C 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.949;QD=5.8575;RBI=0.016572;REFB=-7.95212e-05;REVB=0.00837503;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549173;STB=0.535633;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000322695;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:6:3:12:20:6:3:12:20 chr11 101762078 . TG GT,TGT,TGTT 655.85 PASS AF=0.0108696,0.978261,0;AO=7,53,15;DP=96;FAO=1,90,0;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=0,43,0;FSAR=1,47,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00698322,-0.06597,-0.0331205;FXX=0.0416623;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=20.7684,10.3013,9.56701;QD=28.515;RBI=0.128571,0.151579,0.0771017;REFB=0.0781254,0.113162,0.0722429;REVB=-0.128381,-0.136471,-0.0696255;RO=11;SAF=3,25,7;SAR=4,28,8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0671836,0.0349076,0.0780516;STB=0.989913,0.505746,0.5;STBP=0.496,0.307,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0513402,-0.00920852,-0.0141218;OID=.,.,.;OPOS=101762078,101762080,101762080;OREF=TG,-,-;OALT=GT,T,TT;OMAPALT=GT,TGT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:96:92:11:1:7,53,15:1,90,0:0.0108696,0.978261,0:4,28,8:3,25,7:4:7:1,47,0:0,43,0:1:0 chr11 101771248 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.096;QD=42.1826;RBI=0.0187082;REFB=0;REVB=0.00853138;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65737e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr11 101826949 . T C 137.69 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.578;QD=39.339;RBI=0.0448486;REFB=0.0209502;REVB=0.0166843;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000106098;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr11 101832590 . C A 143.71 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.132662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.264;QD=33.8141;RBI=0.135535;REFB=-0.044188;REVB=0.0277564;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15968;STB=0.588113;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0130667;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:0:3:7:7:0:3 chr11 101832607 . A AC 151.51 PASS AF=0.842105;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0534797;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.415;QD=31.8971;RBI=0.0540001;REFB=-0.022985;REVB=0.00747897;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494586;STB=0.571342;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.00371417;OID=.;OPOS=101832608;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:2:19:16:19:3:7:9:0:3:15:17:0:2:7:10 chr11 101832608 . T C 141.75 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00717793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.341;QD=29.8425;RBI=0.0116173;REFB=-0.0180841;REVB=-0.00913446;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200828;STB=0.599873;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00336467;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:19:19:4:4:14:15:0.789474:7:7:0:4:8:7:0:4 chr11 101832670 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.069651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.209;QD=32.6186;RBI=0.0709654;REFB=-0.0263604;REVB=0.0135955;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160058;STB=0.610968;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0103703;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:3:4:15:15:0.789474:7:8:0:3:7:8:0:4 chr11 101833644 . C T 192.84 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00534774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.408;QD=40.5974;RBI=0.0293247;REFB=-0.0435572;REVB=0.028833;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.571342;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00140387;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:6:11:0:1:6:11:0:2 chr11 101857758 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.038;QD=50.4129;RBI=0.045351;REFB=0;REVB=-0.0106501;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000963209;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr11 102201848 . G A 594.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000109493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.354;QD=61.0041;RBI=0.00545342;REFB=0;REVB=-0.00545232;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25915e-06;OID=.;OPOS=102201848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr11 102318937 . T C 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0191445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.57;QD=38.3353;RBI=0.0664381;REFB=0.0529838;REVB=0.0636201;RO=5;SAF=16;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529226;STB=0.528899;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00316681;OID=.;OPOS=102318937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:6:16:3:2:6:16:3:2 chr11 102477377 . G T 598.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9243;QD=59.8123;RBI=0.169047;REFB=0;REVB=0.115832;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474731;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:20:20:0:0 chr11 102477395 . A G 562.19 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=57.6602;RBI=0.0195285;REFB=-0.115821;REVB=-0.0162647;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00134648;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr11 102495998 . T G 477.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.295;QD=57.8999;RBI=0.0512302;REFB=0;REVB=-0.0364965;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835692;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:23:10:0:0 chr11 102563739 . C T 764.79 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0120353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.246;QD=49.341;RBI=0.0233427;REFB=-0.00465341;REVB=-0.0200008;RO=5;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191883;STB=0.510201;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=9.26905e-05;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:27:30:2:3:27:30:2:3 chr11 102567207 . T A 300.5 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0189611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.385;QD=44.5179;RBI=0.0374138;REFB=-0.0389937;REVB=0.0322532;RO=3;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162314;STB=0.588158;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00344776;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:7:17:0:3:7:17:0:3 chr11 102576358 . T C 740.36 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.392;QD=54.8417;RBI=0.0141779;REFB=-0.0551773;REVB=0.0055513;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000369357;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:0:1:25:28:0:1 chr11 102593248 . T C 841.33 PASS AF=0.887324;AO=63;DP=71;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0496062;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4342;QD=47.3989;RBI=0.0574377;REFB=0.00742411;REVB=-0.0289537;RO=6;SAF=44;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265215;STB=0.52406;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00134289;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:6:8:63:63:0.887324:19:44:5:1:19:44:7:1 chr11 102595492 . G A,T 242.42 PASS AF=0.5,0.375;AO=11,9;DP=24;FAO=12,9;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9,6;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00123668,-0.000583584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.461,206.388;QD=40.4037;RBI=0.0125984,0.0101666;REFB=-0.0713561,-0.0795358;REVB=-0.0125375,-0.0101498;RO=1;SAF=8,6;SAR=3,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127515,0.126211;STB=0.66637,0.666295;STBP=0.026,0.084;TYPE=snp,snp;VARB=0.000540225,0.0226908;OID=.,.;OPOS=102595492,102595492;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:24:24:1:3:11,9:12,9:0.5,0.375:3,3:8,6:0:1:3,3:9,6:0:3 chr11 102666316 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.448;QD=55.0976;RBI=0.0527512;REFB=0;REVB=0.0410713;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670339;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr11 102709425 . A G 730.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727802;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.692;QD=63.493;RBI=0.0733998;REFB=0;REVB=0.0095169;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778707;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:25:21:0:0 chr11 102713465 . A G 870.6 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.799;QD=56.1678;RBI=0.0307756;REFB=-0.123129;REVB=0.00904455;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000818581;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr11 102713620 . T C 572.94 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579018;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.6136;QD=60.3094;RBI=0.141655;REFB=0;REVB=0.129281;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408435;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:33:38:1:15:18:1:0:18:20:0:0 chr11 102738793 . G GT,GTT 274.2 PASS AF=0,1;AO=25,3;DP=29;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537656,0.0295961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=10.7209,16.1156;QD=39.1711;RBI=0.223677,0.118112;REFB=0,0;REVB=-0.217119,-0.114344;RO=1;SAF=11,0;SAR=14,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403161,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000389976;OID=.,.;OPOS=102738794,102738794;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:25,3:29:0,28:28:0:0,11:0,17:0:0:6:1:11,0:14,3:1:0 chr11 102738795 . G T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4556;QD=56.1828;RBI=0.058524;REFB=0;REVB=-0.0534928;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175843;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 102962832 . G C 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0237405;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.187;QD=2.2537;RBI=0.0302034;REFB=-0.00300298;REVB=-0.0186717;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311814;STB=0.538364;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.018466;OID=.;OPOS=102962832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:69:68:60:60:8:8:0.117647:3:5:36:24:3:5:35:25 chr11 103229027 . T C 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.899;QD=44.6661;RBI=0.0174553;REFB=0;REVB=-0.00934295;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541441;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr11 103275033 . TG T,TT 803.42 PASS AF=0.0862069,0.913793;AO=8,47;DP=59;FAO=5,53;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0953042,-0.00564237;FXX=0.0169463;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.5594,37.1711;QD=55.4084;RBI=0.0969389,0.0061431;REFB=0,0;REVB=-0.0177274,0.00242926;RO=0;SAF=4,22;SAR=4,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.24723,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.013415,0.0134062;OID=.,.;OPOS=103275034,103275034;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0862069,0.913793:8,47:59:5,53:58:0:2,27:3,26:0:0:14:0:4,22:4,25:0:0 chr11 103277984 . G T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7485;QD=64.4118;RBI=0.0196802;REFB=0;REVB=0.0116923;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341718;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr11 103278083 . C G 687.82 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302072;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.311;QD=62.5286;RBI=0.0458939;REFB=0;REVB=0.0345511;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361218;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:34:44:1:18:16:0:0:24:20:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 416.99 PASS AF=0.888889;AO=30;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00570891;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=326.648;QD=46.3324;RBI=0.00695726;REFB=-0.00112703;REVB=0.00397641;RO=4;SAF=7;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143887;STB=0.56892;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=9.67754e-05;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:30:36:32:36:4:8:24:3:1:19:4:7:23:3:1 chr11 103279098 . C T 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.817;QD=63.7508;RBI=0.0556441;REFB=0;REVB=-0.0545156;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291471;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr11 103908337 . GC G 39.16 PASS AF=0.354839;AO=12;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0956412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.5153;QD=5.05324;RBI=0.176378;REFB=-0.126822;REVB=-0.148196;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0.588235;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.509537;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.153355;OID=.;OPOS=103908338;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:12:31:11:31:20:7:4:13:7:39:19:8:4:12:7 chr11 104758035 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2063;QD=49.5985;RBI=0.0443468;REFB=0;REVB=0.0122065;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000783556;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 104761100 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.19;QD=45.8066;RBI=0.020912;REFB=0;REVB=-0.0208221;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173168;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr11 104761206 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5039;QD=55.6559;RBI=0.0552334;REFB=0;REVB=-0.0550621;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104629;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr11 104763117 . G A 639.68 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023797;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.122;QD=62.4081;RBI=0.0111883;REFB=0;REVB=0.0109323;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38036e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr11 104763716 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.526;QD=64.1539;RBI=0.0167962;REFB=0;REVB=0.00397691;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35535e-05;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr11 104768000 . G A 464.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8545;QD=58.1209;RBI=0.0553729;REFB=0;REVB=0.0460403;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190351;OID=.;OPOS=104768000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 104768098 . T C 638.29 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7911;QD=59.3754;RBI=0.0536135;REFB=-7.21242e-05;REVB=0.0460929;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000573514;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:0:1:28:14:0:1 chr11 104819327 . T C 731.39 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014251;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.108;QD=63.5989;RBI=0.0142558;REFB=0;REVB=0.000368308;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76015e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr11 104839222 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.105;QD=53.9087;RBI=0.042044;REFB=0;REVB=-0.00421387;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127964;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 104869708 . G C 696.5 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00657369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.106;QD=60.5651;RBI=0.0170427;REFB=-0.161573;REVB=0.0157239;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00216131;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:44:45:0.978261:25:19:0:0:26:19:1:0 chr11 105878844 . C T 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0408036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=39.4691;RBI=0.0409553;REFB=0.00528346;REVB=0.00352194;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667856;STB=0.536364;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00293444;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:11:10:1:3:11:10:1:3 chr11 105969250 . GTTTTTTTT GTTTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT 114.66 PASS AF=0.24,0.28,0.48;AO=4,7,8;DP=28;FAO=6,7,12;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,9;FSAR=4,5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012436,0.00425775,-0.0201909;FXX=0.137883;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=197.683,8.72771,3.19638;QD=18.3463;RBI=0.042347,0.18646,0.348501;REFB=-0.0341716,-0.121965,-0.137804;REVB=-0.0404798,-0.186412,-0.347916;RO=2;SAF=0,2,7;SAR=4,5,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767801,-0.28674,-0.110633;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0289553,0.139463,-0.0972839;OID=.,.,.;OPOS=105969258,105969251,105969251;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=GTTTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.24,0.28,0.48:4,7,8:28:6,7,12:25:0:2,2,9:4,5,3:0:0:45:2:0,2,7:4,5,1:2:0 chr11 107381765 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0415954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.657;QD=37.3615;RBI=0.0458583;REFB=-0.0387813;REVB=0.0193081;RO=5;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261193;STB=0.514272;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00665788;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:14:7:2:3:14:7:2:3 chr11 107420530 . A G 646.75 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0655012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.39;QD=41.0636;RBI=0.068357;REFB=-0.0173805;REVB=0.0195517;RO=11;SAF=18;SAR=34;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385309;STB=0.520631;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0021045;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:11:11:52:52:0.825397:34:18:5:6:34:18:5:6 chr11 107578721 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.546;QD=57.6804;RBI=0.0762235;REFB=0;REVB=-0.00237986;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307932;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr11 107650473 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.792;QD=28.5377;RBI=0.0913159;REFB=0.0670958;REVB=0.0889079;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000633543;OID=.;OPOS=107650473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr11 107799426 . C A 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00443734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.649;QD=3.6774;RBI=0.00989431;REFB=-0.00500743;REVB=0.00884349;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121313;STB=0.57124;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0250024;OID=.;OPOS=107799426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:42:44:8:8:0.153846:6:2:14:28:6:2:14:30 chr11 107917087 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.396;QD=59.0179;RBI=0.00882534;REFB=0;REVB=-0.00686087;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.316e-05;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 108043988 . C T 650.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0211;QD=61.9696;RBI=0.0418876;REFB=0;REVB=0.0407708;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127762;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr11 108093208 . A T 934.07 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244593;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.105;QD=57.4811;RBI=0.0323674;REFB=0;REVB=0.0211989;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445266;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:32:30:0:0:33:32:0:0 chr11 108183167 . A G 487.4 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547826;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.588;QD=59.0788;RBI=0.058497;REFB=0;REVB=0.0205127;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280459;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr11 108345515 . G GA 745.59 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251255;FXX=0.0312451;HRUN=0;LEN=1;MLLD=195.19;QD=48.1023;RBI=0.0275764;REFB=0;REVB=0.011365;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.41997e-05;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:63:62:62:0:30:32:0:0:13:1:30:32:0:1 chr11 108380335 . T C 508.46 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.907;QD=56.4952;RBI=0.0220028;REFB=-0.0944002;REVB=-0.0116978;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000698634;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:1:0 chr11 108464209 . T C 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=9.02478e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.891;QD=48.6634;RBI=0.0350729;REFB=-0.0391688;REVB=-0.0350728;RO=7;SAF=15;SAR=27;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205907;STB=0.511036;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00504346;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:27:15:3:4:27:15:3:4 chr11 110035262 . A G 385.98 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0235799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.987;QD=48.248;RBI=0.0267957;REFB=-0.0213241;REVB=0.0127278;RO=3;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796088;STB=0.542828;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00150739;OID=.;OPOS=110035262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:32:3:3:28:29:0.90625:12:16:3:0:13:16:3:0 chr11 110035301 . A G 283.81 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0244677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.95;QD=43.6627;RBI=0.0311231;REFB=-0.00844038;REVB=0.0192349;RO=3;SAF=14;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894037;STB=0.548346;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00208136;OID=.;OPOS=110035301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:9:14:3:0:9:14:3:0 chr11 110050628 . C T 36.02 PASS AF=0.7;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000454092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.269;QD=14.4089;RBI=0.0726696;REFB=-0.0500988;REVB=0.0726682;RO=3;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74182;STB=0.713672;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0105274;OID=.;OPOS=110050628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:10:10:3:3:4:7:0.7:4:0:2:1:2:5:0:3 chr11 111164651 . T C 757.91 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021079;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.453;QD=57.2009;RBI=0.0250205;REFB=0;REVB=0.0134796;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122202;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr11 111167557 . A C 82.02 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.859;QD=32.8094;RBI=0.0225563;REFB=0.128591;REVB=0.0115844;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.002137;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:0:1 chr11 111167776 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206779;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.369;QD=54.5177;RBI=0.0206784;REFB=0;REVB=-0.000144535;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70145e-05;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 111167792 . T G 277.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.041;QD=50.4452;RBI=0.0630504;REFB=0;REVB=-0.0510877;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15652e-05;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr11 111168767 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3428;QD=63.8709;RBI=0.0136557;REFB=0;REVB=-0.00598202;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41165e-05;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr11 111325007 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0007327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.69;QD=45.8068;RBI=0.0116553;REFB=0;REVB=-0.0116322;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119869;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 111327213 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.298;QD=50.4124;RBI=0.0551637;REFB=0;REVB=-0.00109917;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347653;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 111368047 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.415;QD=59.0175;RBI=0.0272361;REFB=0;REVB=-0.0225949;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183112;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 111420364 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.216;QD=56.956;RBI=0.0348138;REFB=0;REVB=0.0288346;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32996e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 497.5 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0103332;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=285.857;QD=39.0196;RBI=0.0165144;REFB=-0.0296779;REVB=0.0128822;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529399;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.00356295;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901961:46:50:46:51:5:23:23:4:1:11:0:23:23:0:0 chr11 111553893 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0662763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.362;QD=51.5076;RBI=0.0801476;REFB=-0.00501244;REVB=0.0450675;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00052072;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:0:1 chr11 111724133 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4881;QD=43.4862;RBI=0.0292018;REFB=0;REVB=-0.0174664;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172482;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 111749349 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.036;QD=63.8713;RBI=0.0143714;REFB=0;REVB=0.00946006;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35399e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr11 111754542 . G T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.875;QD=41.6798;RBI=0.0201265;REFB=0.0610263;REVB=0.0137824;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00994705;OID=.;OPOS=111754542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:1:1:10:8:1:1 chr11 111848531 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.146;QD=61.3324;RBI=0.0711955;REFB=0;REVB=0.026931;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738997;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr11 111853106 . G GC 277.58 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1637;QD=35.817;RBI=0.0748466;REFB=-0.0140973;REVB=0.0570933;RO=2;SAF=16;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0107919;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:31:31:0:19:12:0:0:5:2:16:12:2:0 chr11 111896324 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00375902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.68;QD=58.2426;RBI=0.00706486;REFB=-0.0594504;REVB=0.00598181;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00364781;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:16:22:0:1:17:22:0:1 chr11 111908162 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1596;QD=59.4356;RBI=0.0405034;REFB=0;REVB=-0.0400962;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427416;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 111916647 . G A 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8119;QD=55.6447;RBI=0.0680188;REFB=0;REVB=-0.0559872;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020662;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 111956989 . C A 1149.59 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.894;QD=60.5045;RBI=0.0726164;REFB=0;REVB=0.0712611;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41192e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:19:53:0:0:23:53:0:0 chr11 112065434 . T C 658.75 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.117;QD=61.2786;RBI=0.0264015;REFB=0;REVB=0.0263459;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29176e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:15:28:0:0 chr11 112088499 . A C 1289.95 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445486;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8097;QD=62.1661;RBI=0.118468;REFB=0;REVB=0.109773;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105481;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:41:42:0:0 chr11 112123095 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.74;QD=57.2008;RBI=0.130781;REFB=0;REVB=-0.110471;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00376029;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 112832339 . GC G 332.51 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0131;QD=45.8639;RBI=0.063202;REFB=0;REVB=-0.0356834;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00371641;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:29:29:0:21:8:0:0:6:0:19:8:0:0 chr11 112832353 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.271;QD=57.2025;RBI=0.0191123;REFB=0;REVB=0.000277591;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17401e-05;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr11 112832358 . T C 374.84 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0026548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.926;QD=49.9782;RBI=0.0129305;REFB=0.00652386;REVB=0.012655;RO=2;SAF=20;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000139893;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:8:20:2:0:8:20:2:0 chr11 113103996 . T G 1204.72 PASS AF=0.933333;AO=71;DP=91;FAO=84;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0119702;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0907;QD=53.543;RBI=0.150058;REFB=-0.0997232;REVB=0.14958;RO=6;SAF=42;SAR=29;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114468;STB=0.509552;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0100171;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:91:90:6:6:71:84:0.933333:29:42:4:2:40:44:4:2 chr11 113194168 . A C 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.508;QD=58.1282;RBI=0.0387567;REFB=0;REVB=0.0387378;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123215;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 113200709 . G A 50.31 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.013131;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.171;QD=2.795;RBI=0.0132716;REFB=-0.000824714;REVB=0.00192608;RO=62;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396452;STB=0.781029;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00547745;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:73:72:62:62:10:10:0.138889:8:2:32:30:8:2:32:30 chr11 113264272 . T C 91.43 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0114988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.707;QD=4.06358;RBI=0.0502644;REFB=-0.000287699;REVB=0.0489315;RO=73;SAF=6;SAR=10;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280957;STB=0.685264;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00191934;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:73:74:16:16:0.177778:10:6:44:29:10:6:45:29 chr11 113266821 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00360287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.097;QD=41.6792;RBI=0.0325859;REFB=-0.00651149;REVB=0.0323861;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705878;STB=0.53842;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0009126;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:6:12:2:0:6:12:2:0 chr11 113270015 . G C 173.12 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.068062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7967;QD=36.4458;RBI=0.0689583;REFB=0.0123857;REVB=0.0110821;RO=3;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652868;STB=0.536035;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00456236;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:13:3:1:2:13:3:1:2 chr11 113270374 . C T 1524.2 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.861;QD=63.5083;RBI=0.0825638;REFB=0;REVB=0.0694478;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209472;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:48:48:0:0 chr11 113270828 . G A 724.36 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00993411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.799;QD=47.4992;RBI=0.0347267;REFB=-0.000305903;REVB=0.0332755;RO=6;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291352;STB=0.515507;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000293938;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:6:6:55:55:0.901639:28:27:2:4:28:27:2:4 chr11 113283477 . A G 140.71 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0119609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.724;QD=20.8466;RBI=0.0128316;REFB=-0.0182769;REVB=-0.00464604;RO=11;SAF=13;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526731;STB=0.792233;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0238597;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:27:11:12:15:15:0.555556:2:13:3:8:2:13:4:8 chr11 113283484 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00829046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.884;QD=14.7016;RBI=0.0091275;REFB=-0.016588;REVB=0.00381832;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477123;STB=0.772337;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.014573;OID=.;OPOS=113283484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:13:2:8:4:13:2 chr11 113561054 . A G 1342.73 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183804;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.637;QD=62.4526;RBI=0.0184568;REFB=0;REVB=0.00167785;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40624e-06;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr11 113561057 . A G 1291.26 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00981827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9197;QD=59.3683;RBI=0.0104713;REFB=-0.074352;REVB=-0.0036401;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.500406;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00403842;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:41:44:1:0:41:44:1:1 chr11 113570405 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.624;QD=47.8215;RBI=0.0465384;REFB=0;REVB=0.0274491;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140379;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr11 113570852 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.515;QD=59.4347;RBI=0.0811939;REFB=0;REVB=-0.0159284;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478341;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 113576932 . A G 769.07 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3598;QD=56.968;RBI=0.0825913;REFB=0;REVB=0.0675672;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927102;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr11 113668757 . C CAT 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335065;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.309;QD=28.5377;RBI=0.0650294;REFB=-0.0631349;REVB=0.0557328;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191487;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.00382549;OID=.;OPOS=113668758;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:7:20:7:8:1:2:5:1:0:6:13:2:5:2:11 chr11 113670052 . T A 293.39 PASS AF=0.92;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00090766;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.521;QD=46.9422;RBI=0.00555241;REFB=-0.0636217;REVB=0.00547771;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00546946;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:25:1:2:23:23:0.92:10:13:0:1:10:13:0:2 chr11 113679119 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1577;QD=48.7373;RBI=0.0252378;REFB=0;REVB=-0.013628;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122746;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 113698002 . C T 555.8 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.971;QD=60.0869;RBI=0.0161723;REFB=0;REVB=0.0130138;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56367e-05;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr11 113848273 . A T 175.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7763;QD=46.814;RBI=0.0870908;REFB=0;REVB=-0.086137;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257695;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 114393652 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.6;QD=63.583;RBI=0.0411683;REFB=0;REVB=0.0382149;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121331;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 314.35 PASS AF=0.145833,0.854167,0;AO=5,9,6;DP=48;FAO=7,41,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7,15,0;FSAR=0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802896,-0.0816443,-0.293367;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=146.879,7.76018,12.0758;QD=26.1959;RBI=0.120757,0.76417,0.425372;REFB=0,0,0;REVB=0.0901992,0.759796,0.308021;RO=20;SAF=5,4,6;SAR=0,5,0;SRF=1;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.845266,0.513206,0.850782;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.115977,-0.00822512,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145833,0.854167,0:5,9,6:48:7,41,0:48:0:7,15,0:0,26,0:0:0:35:20:5,4,6:0,5,0:1:19 chr11 114401577 . T C 982.42 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.074;QD=57.7895;RBI=0.00791101;REFB=-0.0840871;REVB=0.00434593;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228498;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:44:24:0:0 chr11 114421857 . T C 109.03 PASS AF=0.371429;AO=14;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00931039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.667;QD=12.4602;RBI=0.0105693;REFB=-0.00821817;REVB=0.00500276;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.535657;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00852487;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:14:13:0.371429:11:3:6:15:10:3:6:16 chr11 114421861 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0434644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0486;QD=13.66;RBI=0.0470534;REFB=0.0118355;REVB=0.018024;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.559232;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0178635;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:6:15:11:3:6:15 chr11 114421895 . G A 40.94 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0304202;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.187;QD=5.45849;RBI=0.0308903;REFB=-0.00622407;REVB=0.00536911;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235388;STB=0.523743;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0139938;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:31:30:19:23:6:7:0.233333:5:1:6:13:5:2:6:17 chr11 114421909 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0467982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.77;QD=5.21554;RBI=0.0469246;REFB=-0.00806617;REVB=-0.00344171;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0152006;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:6:15:4:2:6:15 chr11 114421912 . A G 35.2 PASS AF=0.25;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0687245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.882;QD=5.86701;RBI=0.0687282;REFB=0.00044991;REVB=-0.000708097;RO=18;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176943;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:5:6:0.25:3:2:6:12:4:2:6:12 chr11 114441943 . G A 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0440506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1083;QD=33.7898;RBI=0.0640331;REFB=-0.00491468;REVB=-0.0464735;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.817809;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0013859;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:0:7:21:21:0.75:19:2:0:0:19:2:7:0 chr11 114442103 . A G 92.9 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104577;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.172;QD=41.2869;RBI=0.0400566;REFB=0;REVB=-0.0386674;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06495e-05;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 114569054 . A G 772.25 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.267;QD=56.1634;RBI=0.0644461;REFB=0;REVB=0.0222873;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801916;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:1:0:50:55:1:25:25:0:1:28:27:0:0 chr11 114576626 . A T 725.66 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15582;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.4784;QD=56.9142;RBI=0.159873;REFB=0;REVB=0.0357712;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030362;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:44:51:1:34:10:0:0:34:17:0:0 chr11 116661826 . T C 763.1 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.787;QD=56.5259;RBI=0.0296642;REFB=0;REVB=0.0219803;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185051;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:25:24:0:0:27:27:0:0 chr11 116662579 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.571;QD=63.2849;RBI=0.0122989;REFB=0;REVB=-0.0100532;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97681e-05;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr11 116692334 . C T 191.77 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.689;QD=47.9423;RBI=0.0681701;REFB=0;REVB=0.0675121;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959047;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:11:5:0:0 chr11 116693464 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.448;QD=57.0006;RBI=0.0502848;REFB=0;REVB=-0.0155676;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48726e-05;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr11 116701535 . T C 140.53 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0589931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.734;QD=31.2296;RBI=0.065564;REFB=-0.0479773;REVB=0.0286087;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161829;STB=0.590032;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00715893;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:9:5:3:1:9:5:3:1 chr11 117042377 . G A 564.75 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=8.00355e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.417;QD=41.0726;RBI=0.018872;REFB=-0.0413372;REVB=0.0188718;RO=9;SAF=32;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494071;STB=0.526496;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00819463;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:14:32:5:4:14:32:5:4 chr11 117156552 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.165;QD=47.8223;RBI=0.0536852;REFB=0;REVB=0.0503761;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360586;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 117160347 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.857;QD=59.0186;RBI=0.0258155;REFB=0;REVB=-0.00330298;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125442;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 117163824 . C G 610.02 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0192512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4328;QD=46.9246;RBI=0.0354529;REFB=-0.0336548;REVB=0.0297708;RO=5;SAF=30;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302321;STB=0.515173;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00634553;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:52:5:5:46:47:0.903846:16:30:4:1:16:31:4:1 chr11 117252489 . T C 61.67 PASS AF=0.122807;AO=10;DP=111;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=26;FWDB=0.00785332;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.55;QD=2.16377;RBI=0.0242931;REFB=-0.00496548;REVB=-0.0229887;RO=92;SAF=5;SAR=5;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298848;STB=0.597855;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0469471;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:111:114:92:100:10:14:0.122807:5:5:68:24:5:9:74:26 chr11 117303108 . T C 37.38 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00192126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.5;QD=2.67032;RBI=0.0289315;REFB=-0.014806;REVB=-0.0288676;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247168;STB=0.683671;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.076101;OID=.;OPOS=117303108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:24:25:5:2:24:25 chr11 117304196 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000974068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.307;QD=40.7629;RBI=0.0583066;REFB=0;REVB=0.0582985;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229285;OID=.;OPOS=117304196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:1:6:0:0:2:8:0:0 chr11 117335722 . T C 783.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3918;QD=56.9574;RBI=0.0299409;REFB=0;REVB=0.0290558;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430859;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr11 117693255 . T C 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.012269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.35;QD=45.1802;RBI=0.0123409;REFB=-0.0402666;REVB=-0.00133031;RO=6;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558605;STB=0.52985;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00450701;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:19:27:2:4:19:27:2:4 chr11 117774291 . A C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.695;QD=53.9042;RBI=0.0422523;REFB=0;REVB=0.0417386;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586495;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr11 117781435 . A G 406.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.929;QD=56.0718;RBI=0.0496847;REFB=0;REVB=0.0138149;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221615;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:8:19:0:0:8:21:0:0 chr11 117789342 . T C 332.05 PASS AF=0.634615;AO=30;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0541892;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.573;QD=25.5425;RBI=0.0563455;REFB=-0.0537381;REVB=0.0154384;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392835;STB=0.69418;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149623;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:30:33:0.634615:11:19:1:18:13:20:1:18 chr11 117789345 . G C 239.75 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0416512;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2109;QD=20.8478;RBI=0.0642224;REFB=-0.00276721;REVB=0.0488845;RO=22;SAF=19;SAR=3;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66627;STB=0.83795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000659827;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:22:23:22:23:0.5:3:19:2:20:4:19:3:20 chr11 117864047 . A G 415.48 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0319888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.253;QD=47.4829;RBI=0.037055;REFB=-0.0880348;REVB=0.0187027;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145355;STB=0.509428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00867275;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:34:35:3:4:31:31:0.885714:18:13:1:2:18:13:2:2 chr11 117869670 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.879;QD=48.7294;RBI=0.0611861;REFB=0;REVB=-0.00741418;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411302;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr11 117896135 . C T 46.04 PASS AF=0.0780488;AO=16;DP=204;FAO=16;FDP=205;FR=.;FRO=189;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=107;FSRR=82;FWDB=-0.00742353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.394;QD=0.898313;RBI=0.00742935;REFB=-0.00194399;REVB=-0.000293841;RO=187;SAF=11;SAR=5;SRF=105;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.618463;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0285555;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:204:205:187:189:16:16:0.0780488:5:11:105:82:5:11:107:82 chr11 117965595 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1479;QD=53.277;RBI=0.0497237;REFB=0;REVB=-0.0492441;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108998;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 117982495 . T G 340.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.413;QD=54.4964;RBI=0.0203675;REFB=0;REVB=0.0195518;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9183e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr11 117988082 . T C 554.48 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000648585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.592;QD=55.448;RBI=0.0244286;REFB=-0.00768668;REVB=-0.02442;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445524;STB=0.523797;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000993378;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:17:20:2:0:18:20:2:0 chr11 118081345 . A T 32.65 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00220765;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.505;QD=2.66491;RBI=0.0081684;REFB=0.0010238;REVB=-0.00786442;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.51017;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00744623;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:21:22:3:3:21:22 chr11 118083664 . A G 33.48 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00463334;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8989;QD=2.09255;RBI=0.0258466;REFB=-0.00177172;REVB=-0.0254279;RO=57;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243798;STB=0.687524;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.014277;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:64:57:57:7:7:0.109375:2:5:29:28:2:5:29:28 chr11 118107805 . A G 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0169877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.277;QD=3.41562;RBI=0.0170626;REFB=-0.00682115;REVB=0.00159623;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114703;STB=0.577973;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0381183;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:5:5:22:32:5:5:22:32 chr11 118179197 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.645;QD=48.7345;RBI=0.220328;REFB=0;REVB=0.0168933;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002456;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 118182829 . T A 255.67 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.412;QD=51.1331;RBI=0.01951;REFB=0;REVB=-0.0181574;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121128;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 118221349 . TG CT 647.07 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214152;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.904;QD=49.7746;RBI=0.138173;REFB=0;REVB=0.136503;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0054465;OID=.;OPOS=118221349;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr11 118405068 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.808;QD=32.822;RBI=0.0371697;REFB=0.00992706;REVB=-0.0342915;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.599759;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000773785;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:0:1:2:7:0:1 chr11 118405305 . G A 167.4 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5861;QD=41.851;RBI=0.115272;REFB=-0.146803;REVB=0.0371976;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0112558;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:2:13:0:0:2:13:1:0 chr11 118405835 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.209;QD=56.7033;RBI=0.01894;REFB=0;REVB=0.016813;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140695;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:25:4:0:0:25:4:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560491;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=343.226;QD=45.8068;RBI=0.061209;REFB=0;REVB=0.0245977;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000382503;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:2:12:0:0:4:0:2:12:0:0 chr11 118430519 . C T 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.114;QD=55.0758;RBI=0.0598179;REFB=0;REVB=-0.0574243;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156373;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr11 118471423 . T C 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.971;QD=57.3734;RBI=0.0606803;REFB=0;REVB=0.0346475;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917216;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 118472354 . C A 771.76 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190787;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8672;QD=57.1672;RBI=0.0372153;REFB=0;REVB=0.0319528;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0506e-05;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr11 118505676 . GT G,GG 770.22 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=51,3;DP=55;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337161,0.0310263;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.1645,78.0025;QD=56.0158;RBI=0.0704755,0.137913;REFB=0,0;REVB=-0.0618872,-0.134377;RO=0;SAF=36,1;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.746e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00212917,0.082612;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.981818,0.0181818:51,3:55:54,1:55:0:36,1:18,0:0:0:3:0:36,1:15,2:0:0 chr11 118509668 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4512;QD=63.2854;RBI=0.0689261;REFB=0;REVB=-0.0606388;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895273;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr11 118529017 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.463;QD=44.6877;RBI=0.0773724;REFB=0;REVB=0.050402;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44826e-05;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr11 118529044 . C CG 174.87 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282429;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.828;QD=46.6312;RBI=0.029982;REFB=0;REVB=0.010063;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000180388;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:5:10:0:0:4:0:5:9:0:0 chr11 118529069 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0974367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.567;QD=45.8066;RBI=0.174105;REFB=0;REVB=0.144287;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205703;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 118529078 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4392;QD=46.8435;RBI=0.155363;REFB=0;REVB=0.148213;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00773674;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr11 118529703 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.064;QD=53.2715;RBI=0.0531523;REFB=0;REVB=-0.0332743;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632664;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 118620858 . AAAAAT AA,A 233.78 PASS AF=1,0;AO=16,4;DP=22;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136217,0.0101158;FXX=0.0454339;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=362.57,351.257;QD=44.5299;RBI=0.0277124,0.0252461;REFB=0,0;REVB=0.0241335,0.0231308;RO=0;SAF=6,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000127035,0;OID=.,.;OPOS=118620860,118620859;OREF=AAAT,AAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,4:22:21,0:21:0:8,0:13,0:0:0:4:0:6,2:10,2:0:0 chr11 118621825 . G GT 537.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0268;QD=45.7731;RBI=0.165866;REFB=0;REVB=0.14843;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00221474;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:47:47:47:0:17:30:0:0:10:0:17:30:0:0 chr11 118622744 . G A 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3995;QD=57.1891;RBI=0.0575727;REFB=0;REVB=-0.030621;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161162;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 118757219 . C G 128.39 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3744;QD=42.7967;RBI=0.0286892;REFB=0;REVB=0.0236767;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147976;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr11 118772516 . T C 67.3 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0334255;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2071;QD=4.64138;RBI=0.0372045;REFB=0.00329654;REVB=0.0163374;RO=47;SAF=8;SAR=3;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324004;STB=0.712982;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0427227;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:47:47:11:11:0.189655:3:8:22:25:3:8:22:25 chr11 118772825 . T C 32.84 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.015416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.192;QD=3.64904;RBI=0.0389518;REFB=-0.00183561;REVB=-0.0357713;RO=28;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238075;STB=0.736116;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00744555;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:35:36:28:30:5:6:0.166667:2:3:11:17:2:4:11:19 chr11 118773180 . G A 62.95 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0124999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.645;QD=3.99665;RBI=0.0736558;REFB=0.00501981;REVB=0.0725874;RO=52;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563406;STB=0.537504;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0284804;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:11:11:0.174603:6:5:26:26:6:5:26:26 chr11 118898435 . AC A 375.88 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.011197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2429;QD=42.958;RBI=0.0485397;REFB=-0.0803286;REVB=0.0472306;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582943;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.00874238;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:33:35:33:35:2:18:15:0:2:5:2:18:15:0:2 chr11 118919206 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.285;QD=47.8218;RBI=0.0384406;REFB=0;REVB=0.0155895;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721087;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 118925341 . G A 180.2 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104709;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.822;QD=48.0524;RBI=0.0135134;REFB=0;REVB=0.00854241;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306666;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 118927013 . T TC 428.06 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.784;QD=38.9144;RBI=0.116657;REFB=0;REVB=0.0915311;RO=6;SAF=17;SAR=23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00636245;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:46:44:44:0:20:24:0:0:7:6:17:23:5:1 chr11 118947634 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.555;QD=39.2067;RBI=0.043704;REFB=0;REVB=0.0115093;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123995;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 118987598 . A AC 32.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0277571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.003;QD=4.9673;RBI=0.0281655;REFB=-0.0323409;REVB=-0.0047786;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.813829;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0788411;OID=.;OPOS=118987599;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:7:26:7:26:19:1:6:10:9:32:19:2:5:9:10 chr11 119005088 . C T 341.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.153;QD=54.5843;RBI=0.0411702;REFB=0;REVB=0.0253385;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106285;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr11 119005132 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0920248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.652;QD=40.6409;RBI=0.0929749;REFB=-0.141653;REVB=0.0132575;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00172938;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:0:1:12:2:0:1 chr11 119043656 . C T 559.04 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00724591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.66;QD=57.3376;RBI=0.00733162;REFB=-0.106425;REVB=-0.0011178;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-2.99663e-05;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr11 119052826 . C A 2809.06 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4074;QD=62.7723;RBI=0.108938;REFB=0;REVB=0.0695506;RO=0;SAF=102;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213228;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:77:102:0:0:77:102:0:0 chr11 119054488 . C T 724.36 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.445;QD=56.8122;RBI=0.0233816;REFB=0;REVB=0.00937871;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274319;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:13:37:0:0:14:37:0:0 chr11 119059404 . G A 325.11 PASS AF=0.962963;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.236;QD=48.1643;RBI=0.0140537;REFB=0.0970381;REVB=0.00100764;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.538431;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000797847;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:0:1:21:26:0.962963:5:16:0:0:6:20:0:1 chr11 119065709 . G C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5327;QD=46.0575;RBI=0.024936;REFB=-0.0267623;REVB=-0.021087;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.555494;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000890149;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:15:4:1:0:15:4:1:0 chr11 119181170 . T C 289.39 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0173377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.19;QD=46.3017;RBI=0.0268068;REFB=-0.0952025;REVB=0.0204452;RO=2;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514159;STB=0.527754;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00139123;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:17:6:0:2:17:6:0:2 chr11 119206375 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0320876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.114;QD=44.6064;RBI=0.0337719;REFB=-0.0605317;REVB=0.0105322;RO=2;SAF=4;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18273;STB=0.599895;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0038966;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:17:4:2:0:17:4:2:0 chr11 119213303 . C T 679.55 PASS AF=0.885246;AO=50;DP=58;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00777409;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.267;QD=44.5607;RBI=0.0542203;REFB=-0.00961318;REVB=0.0536601;RO=7;SAF=36;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039901;STB=0.524991;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00153719;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:61:7:7:50:54:0.885246:14:36:6:1:18:36:6:1 chr11 119216231 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.159;QD=61.336;RBI=0.0367856;REFB=0;REVB=0.000473327;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232379;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr11 119216504 . C T 127.12 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358226;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0225;QD=39.1135;RBI=0.0362212;REFB=-0.0115248;REVB=-0.00535866;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00167772;OID=.;OPOS=119216504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr11 119229964 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.855;QD=58.2396;RBI=0.00850265;REFB=0;REVB=0.00425955;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13456e-06;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr11 119244095 . C T 275.2 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180227;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.352;QD=52.4199;RBI=0.0246086;REFB=0;REVB=0.0167561;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743678;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr11 119252199 . T G 2903.37 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.293;QD=63.1168;RBI=0.0694226;REFB=0;REVB=0.0571743;RO=0;SAF=92;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35862e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:182:184:1:90:92:0:0:90:94:0:0 chr11 119290033 . G GC 272.33 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284143;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.157;QD=49.5144;RBI=0.0285546;REFB=0;REVB=0.00282684;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00115737;OID=.;OPOS=119290034;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:22:22:0:20:2:0:0:4:21:3:0:18:3 chr11 119290034 . G C 235.15 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0159728;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.597;QD=40.8953;RBI=0.0230306;REFB=-0.15578;REVB=0.0165916;RO=3;SAF=17;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747189;STB=0.540502;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00112393;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:3:17:3:0:3:17:3:0 chr11 119510644 . A C 2437.31 PASS AF=0.975904;AO=161;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0191489;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4773;QD=58.7304;RBI=0.0258306;REFB=-0.0944356;REVB=-0.0173361;RO=2;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125178;STB=0.500897;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00469414;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:2:4:161:162:0.975904:75:86:0:2:75:87:2:2 chr11 119533484 . C T 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.110952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6083;QD=10.4715;RBI=0.115058;REFB=-0.0105794;REVB=0.030462;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.624826;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0267754;OID=.;OPOS=119533484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:3:21:9:3:3:21 chr11 119993897 . CCT C 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0356856;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=294.96;QD=40.5912;RBI=0.0358264;REFB=-0.118712;REVB=0.00317355;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599873;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.00432759;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:17:19:17:19:2:4:13:2:0:10:0:4:13:0:0 chr11 119999191 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.029;QD=63.8717;RBI=0.0606659;REFB=0;REVB=0.0281191;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378578;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr11 120040581 . G A 34.19 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0561488;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3286;QD=3.6958;RBI=0.0570454;REFB=-0.0190378;REVB=-0.0100742;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.57666;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0781487;OID=.;OPOS=120040581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:24:31:6:6:0.162162:4:2:13:11:4:2:13:18 chr11 120040642 . C G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0201226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.066;QD=3.73334;RBI=0.024303;REFB=-0.00782229;REVB=-0.0136278;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545452;STB=0.538349;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0321607;OID=.;OPOS=120040642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:12:25:5:2:12:25 chr11 120175749 . A G 871.6 PASS AF=1;AO=53;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105839;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2263;QD=57.1539;RBI=0.0113224;REFB=0;REVB=-0.00402212;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399138;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:53:61:1:23:30:0:0:30:31:0:0 chr11 120292570 . T A 608.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.439;QD=60.8554;RBI=0.0418798;REFB=0;REVB=0.0199547;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141362;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:28:10:0:0:28:12:0:0 chr11 120355230 . A G 657.1 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4318;QD=59.736;RBI=0.0162722;REFB=-0.131149;REVB=0.00783574;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00454979;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:19:24:0:0:19:24:1:0 chr11 120531117 . T TG 46.22 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.059372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.876;QD=3.42344;RBI=0.16839;REFB=-0.0429206;REVB=-0.157576;RO=39;SAF=2;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55361;STB=0.827084;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0556644;OID=.;OPOS=120531118;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:14:55:14:54:40:2:12:22:18:46:39:2:12:23:16 chr11 120745874 . C T 431.19 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00575653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.548;QD=42.067;RBI=0.0210445;REFB=-0.00246052;REVB=-0.0202418;RO=8;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397731;STB=0.521468;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000960806;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:17:16:3:5:17:16:3:5 chr11 120776001 . G A 379.11 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.713;QD=56.1638;RBI=0.103348;REFB=0;REVB=0.099775;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429333;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:0:17:0:0:8:19:0:0 chr11 120823608 . G A 502.31 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.087;QD=54.3043;RBI=0.0279772;REFB=-0.0736728;REVB=-0.00862199;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000855625;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:14:20:0:1:14:22:0:1 chr11 120827609 . A G 338.06 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9593;QD=52.0093;RBI=0.073667;REFB=-0.0592468;REVB=-0.0457607;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176346;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:11:14:1:0:11:15:0:0 chr11 120996292 . A G 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0020812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.43;QD=2.67208;RBI=0.0290258;REFB=-0.00560411;REVB=-0.028951;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3235;STB=0.728002;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0355149;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:48:49:7:7:0.125:5:2:27:21:5:2:27:22 chr11 120998942 . C T 31.81 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0262847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.32;QD=2.49481;RBI=0.0281084;REFB=-0.00124647;REVB=-0.00995962;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429626;STB=0.82671;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0105822;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:1:5:21:24:1:5:21:24 chr11 121032978 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.21;QD=58.1421;RBI=0.0127883;REFB=0;REVB=-0.0103011;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12955e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 121038810 . C T 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00696587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.508;QD=2.39313;RBI=0.0185955;REFB=-0.00409752;REVB=-0.0172415;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616862;STB=0.544216;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0374999;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:5:5:38:31:5:5:38:31 chr11 121367626 . T C 586.21 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0203147;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.567;QD=49.8898;RBI=0.0230891;REFB=-0.0326966;REVB=-0.0109736;RO=6;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546543;STB=0.529274;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00507352;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:47:6:6:41:41:0.87234:18:23:2:4:18:23:2:4 chr11 121403229 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.746;QD=60.7147;RBI=0.0254617;REFB=0;REVB=-0.0147362;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14894e-06;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr11 121437819 . C G 424.38 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.32;QD=56.5837;RBI=0.0145263;REFB=0;REVB=-0.00168655;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105977;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr11 121461593 . G C 353.75 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0777269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4433;QD=35.3746;RBI=0.0949248;REFB=0.0138186;REVB=0.0544907;RO=11;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153333;STB=0.583278;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00585616;OID=.;OPOS=121461593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:15:14:2:9:15:14:2:9 chr11 121491782 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2479;QD=62.9781;RBI=0.0517912;REFB=0;REVB=-0.0430387;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514996;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr11 122022927 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.47;QD=53.9101;RBI=0.0584292;REFB=0;REVB=-0.0428214;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07443e-05;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 122322268 . A C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2294;QD=61.3309;RBI=0.031781;REFB=0;REVB=-0.01354;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023822;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr11 122430682 . C A 463.96 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00408522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.327;QD=53.0235;RBI=0.0113906;REFB=-0.0106367;REVB=0.0106328;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0016893;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:16:16:1:1:17:16:1:1 chr11 122665437 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.365;QD=58.1421;RBI=0.0177832;REFB=0;REVB=0.0125642;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13011e-08;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 122671963 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.945;QD=57.1061;RBI=0.00618357;REFB=0;REVB=0.000616217;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58158e-05;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr11 122738261 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.629;QD=51.5087;RBI=0.0373762;REFB=0.0509341;REVB=0.0282553;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000170184;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:0:1:17:9:0:1 chr11 122742428 . T G 272.99 PASS AF=0.766667;AO=21;DP=29;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0468884;FXX=0.0624805;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.178;QD=36.3985;RBI=0.0477585;REFB=-0.0339459;REVB=-0.00907468;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509083;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.009361;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:29:30:7:7:21:23:0.766667:9:12:4:3:9:14:4:3 chr11 122805487 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.264;QD=54.9958;RBI=0.0161181;REFB=-0.00517382;REVB=0.00429138;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123575;STB=0.506604;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=2.64736e-05;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:1:1:23:14:1:1 chr11 122817430 . G A 203.66 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0410589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.59;QD=38.7913;RBI=0.044058;REFB=-0.0750408;REVB=0.0159774;RO=3;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294634;STB=0.516111;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00545651;OID=.;OPOS=122817430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:8:10:2:1:8:10:2:1 chr11 122928622 . A G 130.34 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.113;QD=43.4462;RBI=0.101899;REFB=0;REVB=0.002646;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100965;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:9:3:0:0 chr11 122929624 . A G 791.62 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.006;QD=55.5524;RBI=0.0206676;REFB=-0.0953254;REVB=0.00895793;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491589;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:27:30:0:0 chr11 122930127 . G GCGAGT 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00272167;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=329.509;QD=23.2183;RBI=0.00427218;REFB=0.00999478;REVB=-0.00329303;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=-0.000796655;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:6:5:6:1:4:1:0:1:6:1:4:1:0:1 chr11 122943802 . T C 283.31 PASS AF=0.724138;AO=18;DP=30;FAO=21;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00456133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.034;QD=39.0768;RBI=0.0273292;REFB=-0.0320422;REVB=0.0269459;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025407;STB=0.503872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113252;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:30:29:6:5:18:21:0.724138:10:8:3:3:13:8:2:3 chr11 122955402 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.897;QD=44.6064;RBI=0.0101312;REFB=-0.00856045;REVB=0.000353739;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576738;STB=0.531221;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00026602;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:15:6:0:2:15:6:0:2 chr11 123598941 . T C 646.99 PASS AF=0.864407;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0157139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.352;QD=43.8637;RBI=0.0168812;REFB=0.00791676;REVB=-0.00616837;RO=8;SAF=21;SAR=30;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230124;STB=0.51229;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0008875;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:8:8:51:51:0.864407:30:21:4:4:30:21:4:4 chr11 123600475 . A G 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00788418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3547;QD=2.66469;RBI=0.00807795;REFB=-0.0023497;REVB=0.00175869;RO=64;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286228;STB=0.708401;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0180116;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:8:2:26:38:8:2:26:38 chr11 123676231 . G T 620.97 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.407;QD=55.1976;RBI=0.0498013;REFB=-0.0138043;REVB=-0.00266562;RO=3;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137229;STB=0.50649;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0010244;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:3:3:41:42:0.933333:18:23:2:1:18:24:2:1 chr11 123753937 . A G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.492;QD=61.2123;RBI=0.0226032;REFB=0;REVB=0.0205707;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50394e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr11 123754844 . T C 289.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.901;QD=52.6887;RBI=0.0379259;REFB=0;REVB=0.0326961;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394955;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr11 123900371 . C A 1144.75 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0736702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.126;QD=57.962;RBI=0.0736755;REFB=-0.0541429;REVB=0.000882203;RO=2;SAF=51;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866446;STB=0.504579;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000842222;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:26:51:1:1:26:51:1:1 chr11 124015994 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.351;QD=59.8389;RBI=0.0891005;REFB=0;REVB=-0.0552071;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121648;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr11 124016024 . G A 432.34 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00162574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.633;QD=48.0381;RBI=0.015603;REFB=0.00559142;REVB=0.015518;RO=4;SAF=20;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277656;STB=0.514916;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000561943;OID=.;OPOS=124016024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:12:20:3:1:12:20:3:1 chr11 124056377 . T C 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0166;QD=59.0426;RBI=0.0495785;REFB=-0.0896608;REVB=0.0351716;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00175596;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:1:0 chr11 124056581 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.866;QD=46.0581;RBI=0.0135102;REFB=-0.01456;REVB=0.00905118;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00199454;OID=.;OPOS=124056581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:0:1:6:13:0:1 chr11 124056731 . AT A,AG 323.37 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,18;DP=25;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471617,0.0523352;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.9879,74.5564;QD=53.8957;RBI=0.0692293,0.0639009;REFB=0,0;REVB=0.0506801,0.0366654;RO=0;SAF=5,8;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.102164,0.00653392;OID=.,.;OPOS=124056732,124056732;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:6,18:25:2,22:24:0:1,12:1,10:0:0:10:0:5,8:1,10:0:0 chr11 124056787 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.562;QD=53.3611;RBI=0.0362033;REFB=-0.00667295;REVB=-0.0340186;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0011402;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr11 124095414 . C G 86.52 PASS AF=0.145161;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.00161742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6611;QD=2.79103;RBI=0.0431552;REFB=-0.00187527;REVB=0.0431249;RO=106;SAF=6;SAR=12;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256267;STB=0.673605;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0256586;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:106:106:18:18:0.145161:12:6:57:49:12:6:57:49 chr11 124120821 . T C 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00660471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.85;QD=1.97731;RBI=0.0329371;REFB=-0.00316262;REVB=0.0322681;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363478;STB=0.771645;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0146162;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:2:5:23:36:2:5:23:36 chr11 124189306 . G A 446.04 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.9197;QD=54.0658;RBI=0.0920628;REFB=-0.0881662;REVB=0.0889864;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00414048;OID=.;OPOS=124189306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:13:17:0:1:15:17:0:1 chr11 124189729 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00361457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.125;QD=30.8209;RBI=0.0275197;REFB=0.0092014;REVB=-0.0272812;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243419;STB=0.636132;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00172968;OID=.;OPOS=124189729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:8:4:3:0:8:4:3:0 chr11 124190137 . A G 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0266231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.522;QD=37.4175;RBI=0.0325141;REFB=-0.059054;REVB=0.0186649;RO=4;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442778;STB=0.524246;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.012884;OID=.;OPOS=124190137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:12:7:2:2:12:7:2:2 chr11 124252422 . G A 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00208502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.055;QD=2.64356;RBI=0.0129272;REFB=-2.2278e-05;REVB=-0.0127579;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263377;STB=0.709856;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000130349;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:4:2:23:18:4:2:25:18 chr11 124252892 . A G 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00466943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.214;QD=4.28788;RBI=0.00466943;REFB=-0.00243505;REVB=7.05238e-06;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054754;STB=0.536935;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0136254;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:8:24:5:2:8:24 chr11 124266912 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.457;QD=55.097;RBI=0.0426465;REFB=0;REVB=0.0392548;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411024;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr11 124294703 . T C 57.21 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.34;QD=28.6045;RBI=0.0334057;REFB=-0.0479644;REVB=0.0284422;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.007411;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:3:3:1:0:4:3:1:0 chr11 124310622 . A G 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00138578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.751;QD=45.3488;RBI=0.00374459;REFB=-0.0233469;REVB=0.00347873;RO=4;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191043;STB=0.510302;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00192234;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:19:9:1:3:19:9:1:3 chr11 124440617 . C T 751.3 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=56.7018;RBI=0.0216254;REFB=0;REVB=0.0108174;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032994;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:50:53:1:21:29:0:0:23:30:0:0 chr11 124747837 . G A 258.63 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0437541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9489;QD=38.3155;RBI=0.0503803;REFB=-0.0298135;REVB=0.024975;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746254;STB=0.5406;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00504337;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:13:9:1:4:13:9:1:4 chr11 124789755 . T C 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-6.83918e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.211;QD=3.67725;RBI=0.00234776;REFB=0.00441581;REVB=-0.00234676;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674687;STB=0.530226;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0165513;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:42:44:8:8:0.153846:5:3:18:24:5:3:18:26 chr11 124792667 . T C 609.94 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0108501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.532;QD=42.0646;RBI=0.0136424;REFB=-0.0458435;REVB=0.00826982;RO=9;SAF=18;SAR=31;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010645;STB=0.505692;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00780027;OID=.;OPOS=124792667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:9:9:49:49:0.844828:31:18:3:6:31:18:3:6 chr11 124793682 . T C 41.31 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0867865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.341;QD=5.00764;RBI=0.0869726;REFB=-0.0115325;REVB=-0.00568711;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312919;STB=0.520773;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0388485;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:18:8:2:5:18:8 chr11 124794712 . C T 641.21 PASS AF=0.85;AO=51;DP=60;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0309043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6473;QD=42.7475;RBI=0.0378183;REFB=0.053012;REVB=-0.0217979;RO=9;SAF=22;SAR=29;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09762;STB=0.552179;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00568674;OID=.;OPOS=124794712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:9:9:51:51:0.85:29:22:7:2:29:22:7:2 chr11 124857708 . G A 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0123829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.937;QD=42.784;RBI=0.0295213;REFB=-0.00431234;REVB=-0.0267987;RO=3;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145082;STB=0.578874;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000131567;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:8:14:0:3:8:14:0:3 chr11 124862514 . A G 345.64 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0405805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1748;QD=44.5981;RBI=0.0581239;REFB=-0.0540432;REVB=0.0416126;RO=4;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134041;STB=0.507241;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0270396;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:15:12:2:2:15:12:2:2 chr11 124863136 . C A 305.06 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0199271;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.868;QD=32.1113;RBI=0.0319326;REFB=-0.0279417;REVB=0.0249519;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173316;STB=0.578888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.014001;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:11:12:26:26:0.684211:13:13:9:2:13:13:9:3 chr11 124908352 . T C 230.8 PASS AF=0.833333;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0245623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.529;QD=38.4673;RBI=0.0265216;REFB=-0.0397876;REVB=0.0100044;RO=4;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18273;STB=0.5999;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0152486;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:19:20:0.833333:11:8:4:0:12:8:4:0 chr11 124949044 . C T 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0405882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.906;QD=51.2614;RBI=0.0405949;REFB=-0.00703508;REVB=-0.000736019;RO=3;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296888;STB=0.515914;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000826276;OID=.;OPOS=124949044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:16:18:1:2:16:18:1:2 chr11 124949665 . A G 274.87 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.021864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.597;QD=39.2668;RBI=0.0252085;REFB=-0.00446945;REVB=-0.0125472;RO=5;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124771;STB=0.567513;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00125894;OID=.;OPOS=124949665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:16:7:0:5:16:7:0:5 chr11 124955032 . T C 289.19 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00119725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5212;QD=46.2699;RBI=0.0713302;REFB=-0.090781;REVB=0.0713202;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577469;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00597085;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:15:7:0:2:16:7:0:2 chr11 124972208 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.758;QD=58.1421;RBI=0.0140404;REFB=0;REVB=0.0123082;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49465e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 124972518 . A G 466.63 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6999;QD=54.8974;RBI=0.0666195;REFB=-0.0830317;REVB=0.0656863;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0276271;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:13:19:0:1:14:19:0:1 chr11 124972522 . T C 439.65 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00979945;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.38;QD=54.956;RBI=0.0557862;REFB=0.0897803;REVB=0.0549187;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000202293;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:0:1:13:18:0:1 chr11 125002920 . G A 366.55 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0509408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0439;QD=40.7275;RBI=0.0654179;REFB=0.0130685;REVB=0.0410431;RO=7;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616844;STB=0.533311;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00360179;OID=.;OPOS=125002920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:21:8:1:6:21:8:1:6 chr11 125002985 . G A 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00953404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.983;QD=36.8585;RBI=0.0142753;REFB=-0.0308662;REVB=0.0106249;RO=8;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670927;STB=0.536397;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0091364;OID=.;OPOS=125002985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:20:6:1:7:20:6:1:7 chr11 125003004 . A G 417.92 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.376;QD=53.9249;RBI=0.0340959;REFB=-0.0808578;REVB=0.0174436;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00134941;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr11 125301587 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.99;QD=62.3509;RBI=0.0842155;REFB=0;REVB=-0.0830278;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232067;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr11 125443429 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.594;QD=60.9765;RBI=0.0140687;REFB=0;REVB=0.0139696;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12392e-05;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 125443473 . A C 410.85 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6352;QD=56.669;RBI=0.0634176;REFB=0;REVB=0.0392601;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143227;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 125452300 . A AC 225.34 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373211;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0211;QD=42.9216;RBI=0.0705715;REFB=0;REVB=0.0598954;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000652234;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:21:21:0:9:12:0:0:4:1:9:11:1:0 chr11 125452313 . A G 319.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.19;QD=53.24;RBI=0.0638286;REFB=0;REVB=0.0141134;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033855;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr11 125479363 . G A 774.32 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=1.15439e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.632;QD=48.3949;RBI=0.0427127;REFB=0.0318637;REVB=-0.0427127;RO=5;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315005;STB=0.510086;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00221447;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:64:64:5:6:58:58:0.90625:23:35:2:3:23:35:3:3 chr11 125479496 . C T 724.19 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00671511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.185;QD=47.4877;RBI=0.0228656;REFB=-0.0130394;REVB=-0.0218573;RO=6;SAF=32;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161523;STB=0.508596;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00131839;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:6:6:55:55:0.901639:23:32:4:2:23:32:4:2 chr11 125525195 . A G 1475.71 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00201136;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.6;QD=62.1352;RBI=0.0131885;REFB=-0.111255;REVB=-0.0130343;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.506171;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000601051;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:93:94:0.989474:53:40:0:0:54:40:1:0 chr11 125617610 . A G 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0152257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.096;QD=51.2614;RBI=0.0152257;REFB=-0.0344461;REVB=-2.58275e-05;RO=3;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571746;STB=0.530595;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00319068;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:23:11:0:3:23:11:0:3 chr11 125648503 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.645;QD=57.2021;RBI=0.00907129;REFB=0;REVB=0.00697866;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96991e-06;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr11 125707761 . A C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00439845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.262;QD=6.85053;RBI=0.012883;REFB=-0.0137529;REVB=-0.0121089;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264679;STB=0.667997;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0494035;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:16:15:7:3:16:15 chr11 125708198 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.969;QD=55.0965;RBI=0.0282863;REFB=0;REVB=0.0148666;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70297e-05;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 125763746 . C G 77.45 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00357579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4879;QD=3.8246;RBI=0.0178456;REFB=-0.00651427;REVB=0.0174837;RO=67;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.624826;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0424253;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:8:6:39:28:8:6:39:28 chr11 125763902 . C T 622.46 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0366592;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.359;QD=41.497;RBI=0.0475811;REFB=-0.0393758;REVB=-0.0303326;RO=10;SAF=23;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437018;STB=0.523386;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0109048;OID=.;OPOS=125763902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:60:10:10:50:50:0.833333:27:23:6:4:27:23:6:4 chr11 125766044 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.67;QD=48.7373;RBI=0.0117028;REFB=0;REVB=-0.00465364;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0851e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 125766173 . A C 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.25;QD=53.2647;RBI=0.0454527;REFB=0;REVB=0.00994603;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273879;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 125788678 . T C 2045.94 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.373;QD=62.4716;RBI=0.021452;REFB=0;REVB=0.0206687;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43479e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:65:66:0:0:65:66:0:0 chr11 125810663 . CTTTTTTTTTTTTTTGA CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTTTGTA 77.93 PASS AF=0,0.708333,0.0416667,0.25;AO=4,7,3,2;DP=24;FAO=0,17,1,6;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,1,3;FSAR=0,1,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557425,0.106537,-0.0261642,-0.0837081;FXX=0;HRUN=14,14,14,14;LEN=2,1,3,2;MLLD=4.91968,3.53981,33.2673,86.9071;QD=12.9887;RBI=0.86847,1.43224,0.369063,0.0960198;REFB=0.197392,0.175651,0.112454,0.0499765;REVB=-0.86668,-1.42827,-0.368135,-0.04704;RO=3;SAF=3,7,3,2;SAR=1,0,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.281139,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.00537644,0.0783454,0.10255,-0.396842;OID=.,.,.,.;OPOS=125810664,125810664,125810677,125810677;OREF=TT,T,TGA,TG;OALT=-,-,GAT,GT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTTTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.708333,0.0416667,0.25:4,7,3,2:24:0,17,1,6:24:0:0,16,1,3:0,1,0,3:0:0:27:3:3,7,3,2:1,0,0,0:3:0 chr11 125821763 . C T 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0555498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2709;QD=3.43986;RBI=0.0580992;REFB=0.00272332;REVB=0.0170219;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432995;STB=0.814707;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0273542;OID=.;OPOS=125821763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:1:8:30:20:1:8:30:20 chr11 125825708 . A G 167.12 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.611;QD=41.7794;RBI=0.0651043;REFB=-0.109445;REVB=-0.0444487;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0026659;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr11 125830970 . A T 613.06 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00349066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.725;QD=47.1585;RBI=0.00550725;REFB=-0.014722;REVB=-0.00425971;RO=5;SAF=21;SAR=26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853955;STB=0.504876;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00177408;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:52:52:5:4:47:48:0.923077:26:21:2:3:27:21:2:2 chr11 125848261 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0346017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.327;QD=40.6387;RBI=0.0347001;REFB=-0.0256641;REVB=0.00261036;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00140215;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:1:0:9:5:1:0 chr11 125871715 . G A 46.03 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00611047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.693;QD=2.87704;RBI=0.0184701;REFB=-0.00719442;REVB=-0.0174301;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13755;STB=0.616187;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0399554;OID=.;OPOS=125871715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:64:52:55:9:9:0.140625:4:5:23:29:4:5:23:32 chr11 125871735 . C T 772.54 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.312;QD=55.1813;RBI=0.0322131;REFB=-0.144266;REVB=-0.0299185;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00013125;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:32:23:1:0 chr11 125885001 . C A 383.56 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0102987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1689;QD=41.4659;RBI=0.127637;REFB=0.00834917;REVB=-0.127221;RO=7;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105175;STB=0.55676;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00459133;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:13:17:6:1:13:17:6:1 chr11 125889526 . C T 387.63 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0184984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0514;QD=43.0695;RBI=0.0478741;REFB=0.071225;REVB=0.0441559;RO=6;SAF=23;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292572;STB=0.515779;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0126389;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:7:23:5:1:7:23:5:1 chr11 125891269 . C T 718.58 PASS AF=0.814286;AO=57;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00661793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.719;QD=41.0619;RBI=0.0186069;REFB=0.0073359;REVB=-0.0173902;RO=12;SAF=32;SAR=25;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202256;STB=0.518737;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00173113;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:12:13:57:57:0.814286:25:32:6:6:25:32:6:7 chr11 126074192 . A G 529.09 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0664058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2898;QD=39.1921;RBI=0.0700228;REFB=-0.0636673;REVB=0.022214;RO=7;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111053;STB=0.540618;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0152094;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:54:7:10:44:44:0.814815:26:18:0:7:26:18:2:8 chr11 126081403 . T C 498.24 PASS AF=0.826087;AO=35;DP=45;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0105449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.609;QD=43.3253;RBI=0.0610194;REFB=0.0437418;REVB=0.0601013;RO=9;SAF=25;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162847;STB=0.552797;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00606014;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:46:9:8:35:38:0.826087:10:25:3:6:13:25:3:5 chr11 126139100 . T C 684.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.937;QD=62.2208;RBI=0.0453833;REFB=0;REVB=0.0436233;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237931;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr11 126139313 . T A 563.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0625288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3448;QD=57.8158;RBI=0.063042;REFB=-0.125158;REVB=-0.00802758;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.509086;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00683733;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:1:0:11:27:1:0 chr11 126174164 . C T 455.09 PASS AF=0.85;AO=31;DP=37;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0418004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.946;QD=45.5091;RBI=0.0603969;REFB=-0.00721523;REVB=0.0435949;RO=6;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112878;STB=0.54997;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00105344;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:40:6:6:31:34:0.85:10:21:2:4:12:22:2:4 chr11 126176578 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.628;QD=60.2305;RBI=0.016867;REFB=0;REVB=0.0162253;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82634e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 126294817 . G A 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.703;QD=46.9561;RBI=0.0300173;REFB=-0.119522;REVB=0.00359013;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00282631;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:0:1 chr11 126310082 . A T 613.7 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0062607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.609;QD=53.3652;RBI=0.0507202;REFB=-0.00939578;REVB=-0.0503324;RO=4;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486263;STB=0.525975;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000627816;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:19:23:1:3:19:23:1:3 chr11 126432775 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0298158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.798;QD=4.01729;RBI=0.035951;REFB=-0.0011857;REVB=-0.0200871;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420857;STB=0.796812;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00890683;OID=.;OPOS=126432775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:14:14:5:1:14:14 chr11 126870418 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.334;QD=61.3356;RBI=0.044524;REFB=0;REVB=0.0132014;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214987;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr11 127277853 . G A 615.44 PASS AF=0.895833;AO=41;DP=49;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.035739;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.597;QD=51.2863;RBI=0.0449541;REFB=-0.0200637;REVB=0.0272689;RO=4;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014578;STB=0.501991;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00565252;OID=.;OPOS=127277853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:48:4:5:41:43:0.895833:24:17:2:2:25:18:2:3 chr11 127277944 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0328945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7415;QD=28.2257;RBI=0.0337898;REFB=-0.0330893;REVB=-0.00772679;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193102;STB=0.608509;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0101637;OID=.;OPOS=127277944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:1:3:4:8:1:3 chr11 128328959 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0792;QD=56.9344;RBI=0.0150257;REFB=0;REVB=-0.0148851;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68076e-05;OID=.;OPOS=128328959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr11 128333503 . T C 340.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8241;QD=54.494;RBI=0.0444347;REFB=0;REVB=0.0377605;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144157;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 128638216 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG 428.07 PASS AF=0.0172414,0.982759,0;AO=8,40,3;DP=59;FAO=1,57,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=1,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289044,-0.0543549,0.0230605;FXX=0.0169463;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=9.67111,10.1041,22.5749;QD=29.522;RBI=0.0803704,0.150672,0.0498193;REFB=0.00091914,0.00220687,0.0115592;REVB=-0.0749929,-0.140526,-0.0441608;RO=4;SAF=0,21,0;SAR=8,19,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.808488,-0.0384224,-0.729277;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0010251,-0.0240772,0;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759,0:8,40,3:59:1,57,0:58:0:0,25,0:1,32,0:0:0:5:4:0,21,0:8,19,3:3:1 chr11 128651893 . A G 422.19 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0708727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.728;QD=44.4414;RBI=0.0770578;REFB=-0.0139137;REVB=0.0302483;RO=4;SAF=11;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353201;STB=0.501824;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00216847;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:4:6:32:32:0.842105:21:11:2:2:21:11:2:4 chr11 128781339 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.195;QD=59.3229;RBI=0.018741;REFB=0;REVB=-0.00129841;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0802e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr11 128781978 . T G 428.3 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8598;QD=57.1067;RBI=0.055798;REFB=0;REVB=-0.0406314;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58698e-05;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr11 128782002 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.687;QD=55.0973;RBI=0.0142671;REFB=0;REVB=-0.00950241;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138165;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr11 128782012 . C G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00724608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7795;QD=50.1335;RBI=0.0488224;REFB=0.112251;REVB=-0.0482817;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00355968;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:8:16:0:0:8:16:1:0 chr11 128787554 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.374;QD=33.4285;RBI=0.115511;REFB=0;REVB=-0.113498;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00843313;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 129321066 . C A,T 433.36 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688253,0.016024;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.2469,189.077;QD=55.9174;RBI=0.0867869,0.0173353;REFB=0,0;REVB=0.0528681,0.00661402;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.212904,-0.000456629;OID=.,.;OPOS=129321066,129321066;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,10:2,19:0:0:0,10:2,19:0:0 chr11 129321818 . T G 87.9 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.029;QD=39.0664;RBI=0.0740042;REFB=0;REVB=0.0394073;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125189;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:2:7:0:0 chr11 129746707 . G C,T 1036.08 PASS AF=0.0886076,0.860759;AO=5,69;DP=79;FAO=7,68;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=5,39;FSAR=2,29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000565443,0.0108808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.672,196.352;QD=52.4599;RBI=0.0265512,0.027583;REFB=0.0172122,-0.0225885;REVB=-0.0265451,0.0253462;RO=5;SAF=4,39;SAR=1,30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20967,-0.00451216;STB=0.58797,0.504169;STBP=0.489,0.82;TYPE=snp,snp;VARB=0.0721592,-0.00475836;OID=.,.;OPOS=129746707,129746707;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:79:79:5:4:5,69:7,68:0.0886076,0.860759:1,30:4,39:3:2:2,29:5,39:2:2 chr11 129754644 . A G 347.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.311;QD=53.4971;RBI=0.00593467;REFB=0;REVB=-0.0045198;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968552;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr11 129775599 . C T 255.18 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0105421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2821;QD=36.454;RBI=0.0344425;REFB=-0.0500915;REVB=0.0327895;RO=5;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240625;STB=0.649861;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00886294;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:5:6:22:22:0.785714:15:7:5:0:15:7:6:0 chr11 129785615 . C T 420.72 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00933384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.795;QD=49.4962;RBI=0.0190797;REFB=-0.0189972;REVB=0.0166407;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196407;STB=0.51055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000742288;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:14:17:2:1:14:17:2:1 chr11 129794950 . T C 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0112417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1516;QD=2.21991;RBI=0.0494832;REFB=-0.00504992;REVB=0.0481893;RO=55;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430911;STB=0.808387;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.04465;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:2:5:18:37:2:5:18:37 chr11 129801043 . C T 1549.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5129;QD=63.8853;RBI=0.0129307;REFB=0;REVB=-0.0047778;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73858e-05;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:63:34:0:0:63:34:0:0 chr11 129830796 . C T 250.25 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.349;QD=50.0499;RBI=0.00464229;REFB=0;REVB=-0.00386997;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207207;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr11 129873028 . C T 990.46 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3223;QD=59.1318;RBI=0.0109195;REFB=0;REVB=0.00829495;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72892e-06;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr11 130066335 . C T 173.8 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=46.3478;RBI=0.00951864;REFB=0;REVB=-0.00817143;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305045;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr11 130271678 . T G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.75;QD=64.152;RBI=0.0847248;REFB=0;REVB=0.0625794;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479389;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr11 130281488 . G A 348.1 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.979;QD=53.5536;RBI=0.0698511;REFB=0;REVB=0.0630696;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634781;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:13:13:0:0 chr11 130297748 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.895;QD=39.2068;RBI=0.0173477;REFB=0;REVB=-0.0122544;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91274e-07;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 130340962 . A G 703.9 PASS AF=0.848485;AO=55;DP=65;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00865117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.986;QD=42.6609;RBI=0.0119656;REFB=-0.0345904;REVB=-0.00826633;RO=10;SAF=19;SAR=36;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483835;STB=0.523247;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0132624;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:66:10:10:55:56:0.848485:36:19:5:5:36:20:5:5 chr11 130780225 . C A 529.9 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.083134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3755;QD=51.6975;RBI=0.086576;REFB=-0.173159;REVB=0.0241691;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584216;STB=0.542834;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0191184;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:41:41:2:3:37:38:0.926829:22:15:2:0:22:16:3:0 chr11 131531000 . T C 1737.19 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.514;QD=59.9031;RBI=0.0102492;REFB=0;REVB=0.00656953;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82435e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:116:0:0:114:116:1:52:62:0:0:53:63:0:0 chr11 131531015 . T G 1974.11 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172872;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.353;QD=62.1768;RBI=0.0224698;REFB=0;REVB=-0.0143542;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45888e-06;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr11 131531223 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1856;QD=60.0302;RBI=0.0338146;REFB=0;REVB=-0.0310445;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299387;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr11 131531564 . A T 1145.29 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.645;QD=57.9894;RBI=0.0557554;REFB=-0.0515461;REVB=-0.0536078;RO=2;SAF=38;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242558;STB=0.512817;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000154021;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:39:38:2:0:39:38:2:0 chr11 131531720 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=56.9554;RBI=0.0078501;REFB=0;REVB=-0.00611048;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53051e-06;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr11 131781519 . G T 534.63 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00132069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.78;QD=41.9314;RBI=0.0121368;REFB=0.000508012;REVB=0.0120648;RO=8;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17756;STB=0.595194;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000190569;OID=.;OPOS=131781519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:26:17:8:0:26:17:8:0 chr11 132177633 . A C,G 834.12 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=54,4;DP=58;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196107,-0.0180169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=330.432,291.511;QD=56.5507;RBI=0.0198243,0.0180834;REFB=0,0;REVB=-0.00290183,-0.00154913;RO=0;SAF=26,2;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52846e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000435638,0.0150958;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:59:0:0:54,4:56,3:0.949153,0.0508475:28,2:26,2:0:0:29,2:27,1:0:0 chr11 133714522 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.3;QD=53.9052;RBI=0.0577554;REFB=0;REVB=-0.00314072;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024764;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 133815981 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.357;QD=43.4862;RBI=0.0825347;REFB=0;REVB=0.074962;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216099;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr11 134018656 . T C 707.75 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0041857;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.726;QD=58.9792;RBI=0.032556;REFB=-0.0779148;REVB=0.0322858;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335578;STB=0.517849;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00213793;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:19:27:2:0:19:27:2:0 chr11 134021477 . G T 310.41 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.037557;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7409;QD=47.7554;RBI=0.0384294;REFB=-0.0660325;REVB=-0.00814183;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0024568;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:2:0:14:10:2:0 chr11 134047243 . T C 747.26 PASS AF=0.84058;AO=58;DP=70;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0373613;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8753;QD=43.3196;RBI=0.0477028;REFB=0.0435049;REVB=-0.0296595;RO=10;SAF=18;SAR=40;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360766;STB=0.50704;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0101139;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:69:10:11:58:58:0.84058:40:18:2:8:40:18:3:8 chr11 134151975 . G C 985.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.156;QD=58.8578;RBI=0.0361933;REFB=0;REVB=0.0349177;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263082;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:23:42:0:0:24:43:0:0 chr11 134182375 . G A 693.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978891;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.865;QD=63.0321;RBI=0.0816326;REFB=0;REVB=0.0810435;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353647;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr11 134226278 . C T 600.58 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00368054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.759;QD=42.8984;RBI=0.00505084;REFB=-0.0546556;REVB=-0.00345899;RO=8;SAF=25;SAR=23;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952532;STB=0.550877;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00602681;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:23:25:7:1:23:25:7:1 chr11 134244123 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.974;QD=59.0187;RBI=0.0226462;REFB=0;REVB=0.0154761;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78667e-05;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 134249320 . CT C,CC 787.37 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=9,47;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139493,0.00318238;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.861,124.564;QD=56.2408;RBI=0.0213293,0.0348528;REFB=0,0;REVB=0.0212836,0.0347072;RO=0;SAF=2,25;SAR=7,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.11425,-0.00208954;OID=.,.;OPOS=134249321,134249321;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:9,47:56:1,55:56:0:1,26:0,29:0:0:3:0:2,25:7,22:0:0 chr12 87647 . C T 154.67 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0086521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.592;QD=16.7206;RBI=0.0089266;REFB=-0.0149587;REVB=0.00219664;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218188;STB=0.636176;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0148094;OID=.;OPOS=87647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:14:2:5:15:15:2:5:15 chr12 90902 . C T 1803.76 PASS AF=0.700935;AO=150;DP=215;FAO=150;FDP=214;FR=.;FRO=64;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0558563;FXX=0.0183478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.961;QD=33.7152;RBI=0.0630625;REFB=-0.0441044;REVB=0.0292737;RO=62;SAF=71;SAR=79;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234346;STB=0.512665;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0184403;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:62:64:150:150:0.700935:79:71:32:30:79:71:33:31 chr12 92920 . C G 58.47 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=122;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.109062;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7316;QD=1.91698;RBI=0.125764;REFB=-0.00408473;REVB=-0.0626258;RO=108;SAF=9;SAR=5;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16436;STB=0.619779;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0385097;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:122:122:108:108:14:14:0.114754:5:9:55:53:5:9:55:53 chr12 92934 . G A 215.38 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0953844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3157;QD=7.62417;RBI=0.0971389;REFB=-0.0202793;REVB=0.018379;RO=73;SAF=12;SAR=19;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160159;STB=0.633606;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0642548;OID=.;OPOS=92934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:113:73:82:31:31:0.274336:19:12:38:35:19:12:47:35 chr12 92991 . C G 87.71 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0394943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0794;QD=6.87943;RBI=0.0396204;REFB=-0.00548842;REVB=0.00315839;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677391;STB=0.542784;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0147063;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:15:24:8:4:15:24 chr12 235022 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843349;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.197;QD=62.022;RBI=0.0108278;REFB=0;REVB=0.00679101;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04424e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr12 248071 . G C 274.65 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0164883;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.576;QD=17.7195;RBI=0.0205459;REFB=0.00288393;REVB=0.0122585;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168549;STB=0.518506;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00351795;OID=.;OPOS=248071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:14:17:17:13:15:17 chr12 274647 . T C 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0315063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.988;QD=19.1511;RBI=0.0315511;REFB=-0.00121725;REVB=0.00168132;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151759;STB=0.583923;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00139724;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:23:27:19:32:23:27:19:32 chr12 284058 . T C 426.79 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.817;QD=56.9057;RBI=0.0744796;REFB=0;REVB=-0.000871002;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471428;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:22:6:0:0:22:8:0:0 chr12 304491 . G A 135.77 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0245858;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2861;QD=16.4575;RBI=0.0318996;REFB=-0.0110442;REVB=0.0203254;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247789;STB=0.675048;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0167705;OID=.;OPOS=304491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:13:2:5:12:13:2:6:12 chr12 311949 . A G 801.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1798;QD=57.2221;RBI=0.0923578;REFB=0;REVB=-0.0862654;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569888;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr12 406292 . G A 399.33 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00310768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.144;QD=15.973;RBI=0.0223491;REFB=-0.0152375;REVB=-0.022132;RO=58;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116949;STB=0.565961;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0199177;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:25:17:30:28:25:17:30:28 chr12 427575 . A G 242.74 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00582971;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0438;QD=17.0346;RBI=0.0167515;REFB=0.0114101;REVB=-0.0157044;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155674;STB=0.5877;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0109506;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:10:17:14:16:10:17:14:16 chr12 496439 . A T 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00660637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.083;QD=17.5989;RBI=0.00814672;REFB=-0.00271891;REVB=-0.00476708;RO=44;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227936;STB=0.512737;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00326723;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:26:12:13:31:26:12:13:31 chr12 520947 . A C 344.23 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00387808;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.093;QD=16.9989;RBI=0.0076013;REFB=-0.0112736;REVB=0.00653761;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914374;STB=0.527382;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0107832;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:44:36:37:0.45679:15:21:27:20:15:22:24:20 chr12 657404 . G A 233.59 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0165276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.854;QD=15.0702;RBI=0.0165336;REFB=-0.01729;REVB=0.000443315;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924603;STB=0.544978;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.028148;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:27:27:0.435484:11:16:17:17:11:16:18:17 chr12 661656 . A G 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0177447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7456;QD=23.2616;RBI=0.0200153;REFB=0.02245;REVB=0.00925937;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265991;STB=0.506077;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0258927;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:7:16:12:6:7:16:13:6 chr12 662448 . T C 2105.38 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293464;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.634;QD=62.8472;RBI=0.0354315;REFB=0;REVB=0.0198539;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78501e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:133:134:1:66:67:0:0:66:68:0:0 chr12 662837 . CT C,CC 74.77 PASS AF=0.5,0.25;AO=2,6;DP=12;FAO=6,3;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3,2;FSAR=3,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0549741,0.0445808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.773,231.673;QD=24.9224;RBI=0.0696923,0.0629621;REFB=-0.0503519,-0.0282654;REVB=-0.0428353,-0.0444611;RO=3;SAF=1,3;SAR=1,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142842,-0.0941184;STB=0.555372,0.5;STBP=0.703,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0155617,0.0355087;OID=.,.;OPOS=662838,662838;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.25:2,6:12:6,3:12:3:3,2:3,1:2:1:20:3:1,3:1,3:2:1 chr12 862989 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2919;QD=62.0075;RBI=0.0828925;REFB=0;REVB=-0.0392018;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806912;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr12 939302 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00359955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.577;QD=12.8731;RBI=0.0265557;REFB=-0.0113521;REVB=0.0263106;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271155;STB=0.658058;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0161374;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:18:14:13:6:18:14 chr12 974404 . T C 390.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.868;QD=55.778;RBI=0.0334897;REFB=0;REVB=0.0264467;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90439e-05;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:24:3:0:0:25:3:0:0 chr12 990912 . A C 1088.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.029;QD=59.6528;RBI=0.00513764;REFB=0;REVB=-0.00336998;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27023e-06;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:69:73:1:44:25:0:0:46:27:0:0 chr12 994487 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000891791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.992;QD=57.3858;RBI=0.00441318;REFB=0;REVB=0.00432214;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99824e-06;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr12 998365 . G T 618.82 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423167;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1817;QD=61.8815;RBI=0.0659301;REFB=0;REVB=0.0505576;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876951;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr12 1017197 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.175;QD=56.7066;RBI=0.0411688;REFB=0;REVB=-0.0060552;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047215;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr12 1702561 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00688657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.756;QD=14.6525;RBI=0.00788257;REFB=-0.0210455;REVB=-0.00383537;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0219785;OID=.;OPOS=1702561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr12 1983782 . C T 534.05 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000398872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5493;QD=22.0225;RBI=0.00348279;REFB=-0.00759818;REVB=-0.00345988;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477471;STB=0.525243;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0148125;OID=.;OPOS=1983782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:45:46:50:51:0.525773:25:25:25:20:26:25:25:21 chr12 1988167 . T C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0026942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.742;QD=28.7489;RBI=0.0137795;REFB=-0.01634;REVB=-0.0135135;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228714;STB=0.612174;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.012713;OID=.;OPOS=1988167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:15:15:3:15:15:15:4:15 chr12 1989018 . T C 156.98 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0226438;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.133;QD=15.3146;RBI=0.0229983;REFB=-0.0153317;REVB=0.00402246;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281822;STB=0.660844;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0318462;OID=.;OPOS=1989018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:6:18:8:9:6:18 chr12 1995118 . C T 328.83 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0323528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.416;QD=15.4743;RBI=0.0557902;REFB=-0.0245604;REVB=0.0454515;RO=47;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644063;STB=0.553475;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0303258;OID=.;OPOS=1995118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:49:36:36:0.423529:25:11:17:30:25:11:19:30 chr12 1995403 . T C 2443.91 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105876;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.331;QD=61.482;RBI=0.0711325;REFB=0;REVB=0.0703401;RO=0;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00145e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:83:76:0:0:83:76:0:0 chr12 2024410 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0109309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.277;QD=26.3415;RBI=0.0182812;REFB=0.00141361;REVB=-0.0146533;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.000502801;OID=.;OPOS=2024410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:6:5:10:9:6:5 chr12 2062323 . T TTGC 214.72 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=88;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0111656;FXX=0.0799893;HRUN=2;LEN=3;MLLD=143.431;QD=12.4474;RBI=0.0140785;REFB=-0.0921458;REVB=-0.00857519;RO=60;SAF=13;SAR=10;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223121;STB=0.563399;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.143652;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376812:23:88:26:69:43:15:11:29:14:99:60:13:10:35:25 chr12 2694638 . C T 415.02 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.027554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.426;QD=13.9501;RBI=0.0284551;REFB=-0.00330333;REVB=0.00710431;RO=69;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530733;STB=0.5294;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00535601;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:71:48:48:0.403361:24:24:31:38:24:24:32:39 chr12 2721137 . C T 239.9 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00937512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.591;QD=14.3225;RBI=0.0254203;REFB=-0.00581929;REVB=-0.0236283;RO=37;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184548;STB=0.610535;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0138836;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:39:28:28:0.41791:7:21:22:15:7:21:23:16 chr12 2750893 . C T 511.18 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00101511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.06;QD=17.0392;RBI=0.0140377;REFB=-0.0136206;REVB=0.014001;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216398;STB=0.620143;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0166231;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:31:24:43:22:31:24:43:22 chr12 2788879 . G A 430.78 PASS AF=0.545455;AO=40;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0100249;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.026;QD=22.378;RBI=0.0243798;REFB=-0.0225373;REVB=0.0222233;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637591;STB=0.545433;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0244293;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:35:40:42:0.545455:19:21:21:14:21:21:21:14 chr12 2791130 . C T 231.05 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0128573;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.868;QD=13.7941;RBI=0.0142215;REFB=0.00382201;REVB=-0.00607793;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201908;STB=0.614628;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00313288;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:13:27:13:14:13:27 chr12 2791132 . A G 250.64 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.027206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.962;QD=14.5296;RBI=0.0367845;REFB=0.00120697;REVB=-0.0247575;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152824;STB=0.592084;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00270014;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:15:14:13:26:15:14:13:27 chr12 2791205 . A G 1234.02 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.46;QD=59.4707;RBI=0.0257291;REFB=-0.113389;REVB=0.00140558;RO=1;SAF=28;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016609;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000301719;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:53:28:1:0:53:29:1:0 chr12 2801469 . C CT 151.17 PASS AF=0.493506;AO=35;DP=86;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.000104613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.9244;QD=7.85272;RBI=0.073748;REFB=-0.0470523;REVB=-0.0737479;RO=45;SAF=27;SAR=8;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221282;STB=0.504422;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.020551;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493506:35:86:38:77:39:28:10:29:10:99:45:27:8:34:11 chr12 2937150 . C T 446.07 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00175998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.037;QD=23.4773;RBI=0.037403;REFB=-0.00591458;REVB=0.0373615;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147467;STB=0.580787;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00263204;OID=.;OPOS=2937150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:22:21:10:23:22:21:10:23 chr12 2944024 . G C 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00567863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.567;QD=18.1942;RBI=0.0121331;REFB=-0.0184136;REVB=0.0107222;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594932;STB=0.533255;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0213153;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:16:20:21:13:16:20 chr12 2968458 . T C 689.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.277;QD=62.6469;RBI=0.121288;REFB=0;REVB=-0.0768778;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246187;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr12 2996174 . A G 1232.88 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000186862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.334;QD=60.1403;RBI=0.00241319;REFB=-0.157577;REVB=0.00240594;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000564664;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:82:0:1:80:81:0.987805:49:31:0:0:50:31:1:0 chr12 2997159 . G A 221.98 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00397735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.999;QD=20.6496;RBI=0.0171629;REFB=-0.0220993;REVB=0.0166957;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258163;STB=0.588151;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0295571;OID=.;OPOS=2997159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:17:21:20:22:0.511628:15:5:9:8:16:6:9:12 chr12 2997397 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.443;QD=55.0977;RBI=0.0437024;REFB=0;REVB=-0.000123285;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713952;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 3310439 . C T 1468.02 PASS AF=1;AO=86;DP=97;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309818;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.749;QD=63.1406;RBI=0.0438131;REFB=0;REVB=0.0309793;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130422;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:93:1:0:86:93:1:36:50:0:1:40:53:0:0 chr12 3393419 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00500582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.078;QD=14.8962;RBI=0.0109436;REFB=-0.0133445;REVB=-0.00973165;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156937;STB=0.588428;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0173786;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:14:30:17:15:14:30 chr12 3409149 . G A 121.52 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0321365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.246;QD=15.1903;RBI=0.0405026;REFB=-0.0175559;REVB=0.0246517;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.540482;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0297102;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:8:9:8:6:9:9 chr12 3409211 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0342639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.9;QD=25.3157;RBI=0.0357546;REFB=-0.00805263;REVB=-0.0102165;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205605;STB=0.614344;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00385283;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:9:4:12:8:9:4 chr12 3409277 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.422;QD=63.2854;RBI=0.0147128;REFB=0;REVB=-0.00179446;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33804e-05;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr12 3701464 . G A 260.49 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0508244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.453;QD=14.4716;RBI=0.0535905;REFB=0.0160485;REVB=0.0169948;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188251;STB=0.613185;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0286457;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:12:18:17:24:12:18:17:25 chr12 3749874 . T C 1025.77 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0240832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.406;QD=55.4471;RBI=0.0356175;REFB=-0.0825939;REVB=0.0262413;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.525417;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000397424;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:0:3:71:71:0.959459:28:43:0:0:28:43:0:3 chr12 3835401 . G A 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0255866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.724;QD=16.3822;RBI=0.030747;REFB=-0.0134497;REVB=0.01705;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286547;STB=0.691889;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0159288;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:7:8:9:9:0.529412:6:3:5:2:6:3:6:2 chr12 3920413 . G A 338.83 PASS AF=0.480519;AO=31;DP=70;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0159277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8242;QD=17.6014;RBI=0.0257979;REFB=-0.0462116;REVB=0.0202938;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18387;STB=0.546959;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0360839;OID=.;OPOS=3920413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:37:40:31:37:0.480519:11:20:17:20:17:20:18:22 chr12 4406979 . C A 229.04 PASS AF=0.490196;AO=19;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00153757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1511;QD=17.9636;RBI=0.0430719;REFB=-0.0342896;REVB=0.0430445;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212335;STB=0.55168;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0440381;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:19:25:0.490196:14:5:7:18:20:5:7:19 chr12 4407061 . T C 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00182855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.199;QD=15.1644;RBI=0.00840957;REFB=-0.014619;REVB=-0.00820837;RO=30;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947033;STB=0.554326;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0227478;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:19:4:7:23:19:4:7:23 chr12 4410829 . A C 101.01 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0122261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.601;QD=8.24561;RBI=0.0192447;REFB=-0.00653339;REVB=0.0148621;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163484;STB=0.588651;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0158352;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:7:6:21:14:7:6:21:15 chr12 4412762 . A G 110.37 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0119398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.612;QD=14.2414;RBI=0.0175764;REFB=-0.0225213;REVB=0.0128984;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235954;STB=0.648567;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0200018;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:12:5:7:6:13:5 chr12 4459032 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0917949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.186;QD=12.4668;RBI=0.0924362;REFB=-0.0052838;REVB=-0.0108696;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249896;STB=0.644304;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0106722;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:12:21:8:12:12:21 chr12 4461485 . G A 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00487597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.918;QD=15.9138;RBI=0.00634873;REFB=-0.00558019;REVB=0.00406587;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597474;STB=0.53372;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00579308;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:20:17:12:18:20:17 chr12 4462161 . C T 345.14 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00479205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.456;QD=14.2326;RBI=0.0124162;REFB=-0.00513005;REVB=-0.0114542;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155731;STB=0.582482;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00814451;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:59:38:38:0.391753:18:20:22:36:18:20:23:36 chr12 4554548 . G C 1468.08 PASS AF=0.954128;AO=98;DP=104;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0577095;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2696;QD=53.8745;RBI=0.0686549;REFB=-0.0175029;REVB=0.0371903;RO=6;SAF=39;SAR=59;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737697;STB=0.510128;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00689463;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:104:109:6:5:98:104:0.954128:59:39:2:4:61:43:1:4 chr12 4705317 . C T 834.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7936;QD=57.53;RBI=0.00932749;REFB=0;REVB=0.00413705;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151088;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:23:35:0:0 chr12 4735737 . A G 1935.27 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6272;QD=60.9533;RBI=0.0828396;REFB=-0.0466279;REVB=-0.0751289;RO=1;SAF=52;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904992;STB=0.504761;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00284973;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:74:52:1:0:74:52:1:0 chr12 4736495 . C T 1402.51 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376007;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.735;QD=63.0342;RBI=0.0399746;REFB=0;REVB=0.0135704;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287757;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr12 4736631 . A G 1867.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167807;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4325;QD=61.7314;RBI=0.0199831;REFB=0;REVB=-0.0108504;RO=0;SAF=35;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001249;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:86:35:0:0:86:35:0:0 chr12 4736676 . A AC 642.31 PASS AF=1;AO=11;DP=103;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893496;FXX=0.0490148;HRUN=0;LEN=1;MLLD=12.237;QD=26.4869;RBI=0.0910619;REFB=0;REVB=0.0175757;RO=92;SAF=1;SAR=10;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0034566;OID=.;OPOS=4736677;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:103:97:97:0:29:68:0:0:6:92:1:10:33:59 chr12 4736677 . G C,T 1482.66 PASS AF=0.892157,0.107843;AO=91,11;DP=102;FAO=91,11;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=58,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018152,-0.0162151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.2034,141.795;QD=58.1435;RBI=0.0189569,0.0162272;REFB=0,0;REVB=0.00546506,-0.000626175;RO=0;SAF=33,1;SAR=58,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.45581e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00545598,0.138117;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:102:102:0:0:91,11:91,11:0.892157,0.107843:58,10:33,1:0:0:58,10:33,1:0:0 chr12 4736690 . A G 1492.17 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4473;QD=58.5163;RBI=0.0125863;REFB=-0.130089;REVB=-0.00112053;RO=1;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007356;STB=0.503875;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00185381;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:64:37:0:1:64:37:0:1 chr12 4737318 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.553;QD=56.7035;RBI=0.0251121;REFB=0;REVB=0.00842446;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113163;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr12 4737459 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.94;QD=63.872;RBI=0.0358849;REFB=0;REVB=-0.00862674;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57719e-05;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 4737715 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.382;QD=60.031;RBI=0.0464165;REFB=0;REVB=0.0127731;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16125e-05;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr12 4794351 . A G 383.71 PASS AF=0.405405;AO=43;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0013839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.634;QD=13.8274;RBI=0.0153528;REFB=-0.00255594;REVB=0.0152903;RO=66;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491298;STB=0.515145;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00318233;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:66:43:45:0.405405:23:20:31:35:25:20:31:35 chr12 4830000 . T G 745.59 PASS AF=0.489933;AO=72;DP=148;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0252759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.625;QD=20.0159;RBI=0.0256588;REFB=-0.0180867;REVB=-0.00441641;RO=75;SAF=37;SAR=35;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179953;STB=0.509931;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0197869;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:75:76:72:73:0.489933:35:37:40:35:36:37:40:36 chr12 4835882 . T G 153.21 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0251684;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.565;QD=10.3871;RBI=0.0350736;REFB=-0.011784;REVB=-0.0244277;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433213;STB=0.525398;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0262251;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:39:39:20:20:0.338983:10:10:21:18:10:10:21:18 chr12 4873163 . G T 696.92 PASS AF=0.465839;AO=59;DP=155;FAO=75;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.00835321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6267;QD=17.3149;RBI=0.00853874;REFB=-0.00771168;REVB=-0.00177029;RO=64;SAF=26;SAR=33;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852508;STB=0.544126;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00632941;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:64:86:59:75:0.465839:33:26:34:30:34:41:54:32 chr12 4881766 . C T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0328463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.666;QD=19.7615;RBI=0.0450448;REFB=0.00489147;REVB=0.0308246;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112004;STB=0.563123;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00370805;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:10:15:11:12:10:15 chr12 4921228 . T C 379.62 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0266404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.264;QD=16.6867;RBI=0.0336023;REFB=-0.00655733;REVB=0.0204795;RO=51;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123895;STB=0.569585;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0101388;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:23:17:28:23:23:17:28:23 chr12 4921301 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00618154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=14.7941;RBI=0.013305;REFB=-0.00348069;REVB=-0.0117818;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00468853;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:10:8:16:10:10:8:16:11 chr12 4922030 . C G 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0126448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.742;QD=15.6165;RBI=0.01382;REFB=-0.0139355;REVB=-0.00557667;RO=54;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186759;STB=0.605579;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0262355;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:25:14:29:25:25:14:29:25 chr12 4922734 . A G 157.02 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0108662;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.46;QD=15.3193;RBI=0.0126029;REFB=-0.00516089;REVB=-0.00638429;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262598;STB=0.674346;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00542434;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:13:11:12:5:14:10 chr12 4923049 . T C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0021247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9895;QD=16.4796;RBI=0.00526863;REFB=0.037134;REVB=-0.00482122;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23882;STB=0.637915;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0493339;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:12:13:14:5:12:13 chr12 4959904 . G GA 120.98 PASS AF=0.427083;AO=37;DP=97;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00506696;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.37312;QD=5.04075;RBI=0.143106;REFB=-0.0484981;REVB=-0.143016;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113146;STB=0.543358;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=-0.0143993;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427083:37:97:41:96:55:21:20:24:31:99:52:19:18:21:31 chr12 4959987 . C T 321.11 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.000516136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.43;QD=13.8113;RBI=0.00508847;REFB=-0.0178347;REVB=0.00506223;RO=56;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955956;STB=0.559107;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.019416;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:56:57:36:36:0.387097:18:18:23:33:18:18:23:34 chr12 4959993 . C A 291.07 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0174214;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.662;QD=12.5192;RBI=0.0295416;REFB=-0.0103779;REVB=0.023858;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113323;STB=0.551694;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0190171;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:59:34:34:0.365591:18:16:21:36:18:16:23:36 chr12 4960023 . C A 332.17 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0246465;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.068;QD=16.0084;RBI=0.0247316;REFB=0.00536073;REVB=-0.00205013;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631098;STB=0.5355;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00766498;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:20:16:18:29:20:16:18:29 chr12 5021228 . T C 1227.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.817;QD=61.3701;RBI=0.0588282;REFB=0;REVB=0.0176842;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224838;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr12 5021348 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.862;QD=48.7373;RBI=0.0379422;REFB=0;REVB=0.0379212;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334611;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr12 5021984 . T A 363.75 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000454903;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.812;QD=55.9614;RBI=0.0412124;REFB=0;REVB=0.0412099;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120993;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 5022041 . G A 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5151;QD=47.8105;RBI=0.0458767;REFB=0;REVB=0.00894848;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226935;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 5022438 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.244;QD=64.1533;RBI=0.0306493;REFB=0;REVB=-0.00588389;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10642e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr12 5023713 . T C 765.84 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.935;QD=62.5177;RBI=0.103382;REFB=0;REVB=0.0988227;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750871;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:17:30:0:0:19:30:0:0 chr12 5023959 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9764;QD=56.9559;RBI=0.0395899;REFB=0;REVB=0.0351643;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551664;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 5025094 . T C 1136.17 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000213805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.234;QD=59.0216;RBI=0.0623611;REFB=0;REVB=0.0623608;RO=1;SAF=66;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70358e-05;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:10:66:0:1:11:66:0:0 chr12 5154462 . T C,G 787.07 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=52,4;DP=56;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341567,-0.0338738;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1791,151.203;QD=56.219;RBI=0.0386672,0.0341668;REFB=0,0;REVB=0.0181238,-0.00446508;RO=0;SAF=34,0;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19096e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00447756,0.090189;OID=.,.;OPOS=5154462,5154462;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:56:56:0:0:52,4:52,4:0.928571,0.0714286:18,4:34,0:0:0:18,4:34,0:0:0 chr12 5603602 . G C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00245497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.97;QD=14.4116;RBI=0.0161198;REFB=-0.0105446;REVB=-0.0159317;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13868;STB=0.580911;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0219063;OID=.;OPOS=5603602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:13:5:11:17:13:5:11:17 chr12 5603607 . G A 164.21 PASS AF=0.409091;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0357423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.375;QD=14.9285;RBI=0.0602917;REFB=-0.0171577;REVB=-0.0485549;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204325;STB=0.573444;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0441336;OID=.;OPOS=5603607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:26:16:18:0.409091:12:4:9:12:13:5:10:16 chr12 5603632 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0285341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.667;QD=22.5348;RBI=0.0400139;REFB=0.000371804;REVB=0.028052;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885021;STB=0.549438;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.000311992;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:4:11:12:7:4:11 chr12 5674754 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0098081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.18;QD=20.3971;RBI=0.0134073;REFB=-0.0297021;REVB=0.00914098;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264556;STB=0.646264;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0312237;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:13:18:7:20:13:18:7:20 chr12 6030302 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00883521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.66;QD=21.9444;RBI=0.0103557;REFB=-0.0121716;REVB=-0.00540173;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126935;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0112716;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:8:4:8:8:8:4 chr12 6030405 . A G 266.78 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0559848;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4537;QD=15.6927;RBI=0.0688494;REFB=-0.00844174;REVB=-0.0400743;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157056;STB=0.595268;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00918272;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:38:30:30:0.441176:17:13:22:15:17:13:23:15 chr12 6030437 . A G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0140498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.33;QD=16.6326;RBI=0.0292098;REFB=-0.0117314;REVB=-0.0256089;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400957;STB=0.522522;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0156309;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:20:17:23:23:20:17:23:23 chr12 6054395 . A G 591.0 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.542;QD=60.6154;RBI=0.0377491;REFB=0;REVB=0.00894956;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168973;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr12 6061069 . T G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00432003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.14;QD=18.9646;RBI=0.0252824;REFB=-0.00813221;REVB=-0.0249106;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.618217;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0116037;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:25:22:22:0.468085:10:12:8:15:10:12:8:17 chr12 6091000 . A G 2026.64 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5382;QD=62.3581;RBI=0.0354436;REFB=0;REVB=-0.00153778;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9823e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:60:70:0:0:60:70:0:0 chr12 6105387 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.582;QD=64.4134;RBI=0.0294254;REFB=0;REVB=0.0270125;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002342;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 6127891 . C A 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0610069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7742;QD=15.8868;RBI=0.0663116;REFB=-0.0102134;REVB=-0.0259882;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208417;STB=0.617575;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0130294;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:21:12:24:18:21:12:24:18 chr12 6127919 . T G 273.32 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0189799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.996;QD=15.1847;RBI=0.0189821;REFB=-0.0154421;REVB=-0.000287922;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229201;STB=0.635746;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0172685;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:41:30:31:0.430556:21:9:21:20:22:9:21:20 chr12 6127943 . A G 288.83 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00714672;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.212;QD=16.0463;RBI=0.0071528;REFB=-0.00350731;REVB=0.000294829;RO=41;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173843;STB=0.60425;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00305436;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:40:32:32:0.444444:21:11:21:20:21:11:21:19 chr12 6128443 . T C 210.92 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0551837;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7927;QD=17.9502;RBI=0.0616521;REFB=-0.0254647;REVB=-0.0274909;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121916;STB=0.53438;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.028798;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:26:21:21:0.446809:10:11:9:14:10:11:12:14 chr12 6143984 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0305435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.482;QD=14.5588;RBI=0.0305962;REFB=-0.00609996;REVB=0.00179506;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00879229;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:16:19:11:15:16:19 chr12 6161757 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.011992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6845;QD=10.8848;RBI=0.0175456;REFB=-0.00102698;REVB=-0.0128078;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145524;STB=0.588033;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000972552;OID=.;OPOS=6161757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:7:8:6:3:7:8 chr12 6172202 . T C 2221.54 PASS AF=0.992958;AO=131;DP=132;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0812982;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.644;QD=62.5787;RBI=0.0859918;REFB=-0.0515696;REVB=0.0280216;RO=1;SAF=57;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826524;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000242857;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:142:1:1:131:141:0.992958:74:57:1:0:74:67:1:0 chr12 6204902 . CA C 420.56 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7074;QD=56.0747;RBI=0.0255837;REFB=0;REVB=0.00281421;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00069905;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:18:12:0:0:4:0:17:12:0:0 chr12 6219682 . G A 323.24 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0117761;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.697;QD=21.5496;RBI=0.0356666;REFB=-0.0200933;REVB=0.0336664;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.509273;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0174463;OID=.;OPOS=6219682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:19:14:12:15:19:14:12:15 chr12 6344600 . C A 444.79 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0207881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.872;QD=16.6276;RBI=0.0208729;REFB=0.00178183;REVB=0.00188005;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033779;STB=0.513168;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00167677;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:58:48:49:0.457944:24:24:27:31:25:24:27:31 chr12 6427052 . C T 437.58 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.056382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2905;QD=16.5125;RBI=0.0563824;REFB=-0.0313346;REVB=-0.000219612;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289975;STB=0.650786;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0397196;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:57:48:49:0.462264:23:25:13:45:24:25:13:44 chr12 6428116 . T G 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00509244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.731;QD=20.998;RBI=0.0320915;REFB=-0.00967586;REVB=-0.0316849;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289306;STB=0.515992;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00714538;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:22:18:15:21:22:18:15:21 chr12 6484709 . T C 949.08 PASS AF=1;AO=52;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083721;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.252;QD=57.5202;RBI=0.0837521;REFB=0;REVB=-0.00228066;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641205;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:52:66:1:38:14:0:0:38:28:0:0 chr12 6495275 . C A 741.67 PASS AF=0.890625;AO=56;DP=64;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0351835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.909;QD=46.3545;RBI=0.037348;REFB=-0.0462783;REVB=0.0125297;RO=5;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517901;STB=0.543844;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00246187;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:64:5:7:56:57:0.890625:30:26:4:1:31:26:6:1 chr12 6500105 . T G 280.88 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.27;QD=51.0698;RBI=0.0631132;REFB=0;REVB=0.00446603;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125459;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr12 6560473 . A G 354.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.288;QD=54.549;RBI=0.026297;REFB=0;REVB=0.00780846;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19181e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr12 6562753 . A G 303.25 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0295356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3987;QD=25.8085;RBI=0.0305363;REFB=0.0364452;REVB=0.0077535;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104848;STB=0.509331;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0273351;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:20:27:27:0.574468:17:10:4:13:17:10:7:13 chr12 6562767 . A AC 232.57 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=42;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00985069;FXX=0.0249938;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4296;QD=23.853;RBI=0.0520647;REFB=0.00752662;REVB=0.0511243;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417059;STB=0.539847;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=-0.00425897;OID=.;OPOS=6562768;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:42:26:39:13:11:15:4:9:97:30:4:2:9:21 chr12 6562768 . G C 183.25 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0278923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.5728;QD=17.4522;RBI=0.0325005;REFB=-0.0328998;REVB=0.0166824;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495315;STB=0.507805;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0631546;OID=.;OPOS=6562768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:22:20:20:0.47619:13:7:6:14:13:7:8:14 chr12 6562810 . A G 197.54 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.086702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.653;QD=26.3389;RBI=0.0867552;REFB=-0.000887571;REVB=0.00303669;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039106;STB=0.521716;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000146335;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:4:7:11:8:4:7 chr12 6572048 . A G 268.65 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0554571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3382;QD=22.3873;RBI=0.0573841;REFB=-0.0241047;REVB=-0.0147461;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.600581;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0101528;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:23:25:25:0.520833:11:14:7:13:11:14:8:15 chr12 6619284 . C G 581.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312258;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.606;QD=61.1841;RBI=0.0315205;REFB=0;REVB=0.00430027;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144286;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr12 6631169 . C A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0356007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6869;QD=15.1662;RBI=0.0356023;REFB=0.01647;REVB=-0.000335807;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0222822;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:9:11:9:6:9:11 chr12 6637845 . T C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.282;QD=60.5981;RBI=0.0261356;REFB=0;REVB=0.025822;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106517;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr12 6638116 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00429866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.465;QD=13.1035;RBI=0.00450763;REFB=0.000258769;REVB=0.00135658;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709418;STB=0.540515;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0003854;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:15:17:31:21:15:17:31:21 chr12 6639088 . A G 2141.76 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5998;QD=62.9928;RBI=0.0487169;REFB=0;REVB=0.040829;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59101e-05;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:136:0:0:130:136:1:54:76:0:0:58:78:0:0 chr12 6646320 . T C 325.88 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0311501;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4709;QD=19.7503;RBI=0.0436429;REFB=0.0015875;REVB=0.0305676;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908018;STB=0.558524;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0017576;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:32:34:34:0.515152:20:14:16:15:20:14:17:15 chr12 6647109 . T C 254.07 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0613731;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.121;QD=20.3252;RBI=0.0621149;REFB=-0.0204424;REVB=0.00957086;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065659;STB=0.544695;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0111199;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:24:26:26:0.52:11:15:15:8:11:15:16:8 chr12 6711147 . C A 85.11 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0153597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.739;QD=22.6951;RBI=0.0576646;REFB=-0.0578208;REVB=0.0555813;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262037;STB=0.646804;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.021593;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:5:0:4:6:5:0 chr12 6747295 . G A 171.04 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0136658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6264;QD=17.1039;RBI=0.139886;REFB=-0.00131598;REVB=-0.139217;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322666;STB=0.69976;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00306096;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:4:14:10:11:4:14:10:12 chr12 6761874 . C CG 34.74 PASS AF=0.140845;AO=11;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0841703;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.6903;QD=1.95739;RBI=0.0846315;REFB=-0.00484788;REVB=-0.00882324;RO=59;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452223;STB=0.794859;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.128077;OID=.;OPOS=6761875;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140845:11:71:10:71:61:8:2:28:33:34:59:9:2:27:32 chr12 6835068 . A G 869.05 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.102568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9217;QD=53.4803;RBI=0.106433;REFB=-0.131387;REVB=0.0284217;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392923;STB=0.530602;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0251822;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:65:65:2:3:62:62:0.953846:39:23:2:0:39:23:3:0 chr12 6835081 . G A 724.06 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0288063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.948;QD=54.6462;RBI=0.0410502;REFB=-0.129198;REVB=0.0292457;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000550587;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr12 6836852 . A G 572.78 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.242;QD=58.7468;RBI=0.0733529;REFB=0;REVB=0.0645421;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156352;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:17:22:0:0 chr12 6836913 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.678;QD=60.6095;RBI=0.0122249;REFB=0;REVB=-0.00210451;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82274e-05;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr12 6840209 . G A 522.82 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7435;QD=59.7511;RBI=0.155883;REFB=0;REVB=-0.0478026;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187836;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:21:9:0:0:22:13:0:0 chr12 6887020 . T C 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00403448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.931;QD=15.0111;RBI=0.00538192;REFB=-0.0204756;REVB=-0.00356204;RO=52;SAF=26;SAR=11;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184772;STB=0.600603;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0255526;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:11:26:28:24:11:26:29:24 chr12 6925149 . C T 105.21 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0205336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.374;QD=11.0744;RBI=0.022557;REFB=-0.032001;REVB=0.00933762;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942026;STB=0.545783;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.043188;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:25:13:13:0.342105:8:5:7:16:8:5:8:17 chr12 6926363 . T C 1125.68 PASS AF=1;AO=51;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2504;QD=53.6039;RBI=0.130142;REFB=0;REVB=-0.0309211;RO=0;SAF=2;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002228;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:84:0:0:51:84:1:49:2:0:0:53:31:0:0 chr12 6928075 . T C 783.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.146;QD=63.9574;RBI=0.0384248;REFB=0;REVB=0.0315818;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190171;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:32:14:0:0:34:15:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1189.09 PASS AF=0.881188;AO=89;DP=102;FAO=89;FDP=101;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0829689;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=2;MLLD=49.7799;QD=47.0927;RBI=0.0830623;REFB=-0.110571;REVB=-0.00393756;RO=7;SAF=38;SAR=51;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199569;STB=0.531888;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.011931;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:102:101:7:12:89:89:0.881188:51:38:2:5:51:38:2:10 chr12 6939850 . A G 190.72 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0511154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.294;QD=15.2576;RBI=0.0512369;REFB=-0.00108481;REVB=0.00352581;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198392;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:15:15:10:10:15:15 chr12 6941021 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00356626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.051;QD=10.1407;RBI=0.00401428;REFB=-0.00875792;REVB=-0.00184288;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431638;STB=0.760051;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0125248;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:17:11:10:3:17:11 chr12 6942823 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.002;QD=58.061;RBI=0.0553787;REFB=0;REVB=-0.00249679;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66169e-05;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr12 6946247 . G T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0156644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.555;QD=19.7021;RBI=0.0283872;REFB=-0.0155529;REVB=0.023674;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.60427;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0207994;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:9:7:11:6:9:7 chr12 6948468 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0194973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.109;QD=23.1634;RBI=0.0240394;REFB=-0.0153767;REVB=-0.0140623;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153887;STB=0.58592;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0165706;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:13:10:16:10:13:10 chr12 6970635 . G A 377.14 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0146723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.211;QD=16.2211;RBI=0.0157202;REFB=-0.0164784;REVB=-0.00564332;RO=53;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11936;STB=0.567391;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0353163;OID=.;OPOS=6970635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:27:13:23:30:27:13:23:30 chr12 7047017 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0244719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.967;QD=20.2096;RBI=0.0304536;REFB=0.0017981;REVB=0.018126;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105391;STB=0.559908;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00159453;OID=.;OPOS=7047017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:4:6:6:7:4:6 chr12 7055860 . T C 1048.57 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00384236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.831;QD=58.2541;RBI=0.00764786;REFB=-0.0588092;REVB=-0.00661256;RO=1;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884037;STB=0.504672;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=1.72189e-06;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:53:18:0:1:53:18:0:1 chr12 7065635 . T C 775.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109324;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.868;QD=55.3605;RBI=0.0297936;REFB=0.0158365;REVB=0.0277154;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000551366;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr12 7079215 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.743;QD=60.9781;RBI=0.0175375;REFB=0;REVB=-0.00179338;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22255e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 7080212 . T C 301.49 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428488;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.159;QD=50.2477;RBI=0.116803;REFB=-0.120292;REVB=0.10866;RO=1;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023693;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00260892;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:1:1:21:23:0.958333:19:2:0:1:20:3:0:1 chr12 7241055 . A G 555.35 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0072009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.744;QD=16.9574;RBI=0.0122996;REFB=-0.0078395;REVB=-0.00997134;RO=72;SAF=28;SAR=31;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797262;STB=0.544406;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00718198;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:72:59:59:0.450382:31:28:40:32:31:28:40:32 chr12 7242204 . C T 317.27 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.043502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3453;QD=17.8741;RBI=0.106288;REFB=0.0232557;REVB=0.0969781;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161418;STB=0.576498;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0222846;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:23:10:17:20:23:11:17:20 chr12 7242299 . G A 354.92 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.016222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.366;QD=13.3932;RBI=0.0171727;REFB=-0.0203833;REVB=0.00563458;RO=63;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143605;STB=0.586072;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0193073;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:25:17:34:29:25:17:35:29 chr12 7281317 . C T 753.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1646;QD=56.8523;RBI=0.0160159;REFB=0;REVB=0.00482128;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268911;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr12 7463241 . A T 506.97 PASS AF=0.371951;AO=59;DP=162;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0128759;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.939;QD=12.3651;RBI=0.0171229;REFB=-0.00662056;REVB=-0.0112874;RO=103;SAF=32;SAR=27;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851915;STB=0.557358;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0119485;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:103:103:59:61:0.371951:27:32:48:55:27:34:48:55 chr12 7469737 . G A 322.23 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00941341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.196;QD=28.02;RBI=0.012292;REFB=-0.00869771;REVB=-0.00790447;RO=18;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054035;STB=0.529759;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00520409;OID=.;OPOS=7469737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:13:15:11:7:13:15:11:7 chr12 7476145 . T G 857.9 PASS AF=0.6;AO=78;DP=130;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0421229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.051;QD=26.397;RBI=0.0422309;REFB=0.00354911;REVB=0.00301873;RO=52;SAF=36;SAR=42;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.515509;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00173427;OID=.;OPOS=7476145;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:52:52:78:78:0.6:42:36:22:30:42:36:22:30 chr12 7528471 . G A 574.04 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0128159;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.808;QD=19.1347;RBI=0.0210568;REFB=-0.00952352;REVB=-0.0167075;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192204;STB=0.599631;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0126107;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:58:61:59:59:0.491667:31:28:40:18:31:28:41:20 chr12 7551022 . A T 1009.99 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.627;QD=56.1103;RBI=0.031774;REFB=-0.0651456;REVB=0.0142637;RO=2;SAF=41;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225042;STB=0.511901;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0014077;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:29:41:2:0:29:41:2:0 chr12 7551050 . A C 1235.56 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139984;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.587;QD=61.7782;RBI=0.0222061;REFB=0;REVB=0.0172383;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96995e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:29:50:0:0:30:50:0:0 chr12 7585971 . A G 322.84 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00744224;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.358;QD=18.9906;RBI=0.0181922;REFB=-0.0223923;REVB=0.0166003;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0353692;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:14:20:19:14:14:20:20:14 chr12 7772997 . G A 539.12 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00611274;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.719;QD=17.676;RBI=0.0211429;REFB=-0.0146488;REVB=0.0202399;RO=65;SAF=29;SAR=28;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432724;STB=0.524034;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0202713;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:65:57:57:0.467213:28:29:36:29:28:29:36:29 chr12 7773058 . C A 511.83 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0227799;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.817;QD=15.8708;RBI=0.0257328;REFB=-0.0186273;REVB=0.0119689;RO=73;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263965;STB=0.5102;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.029531;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:55:56:0.434109:31:24:30:43:32:24:30:43 chr12 7773096 . T C 335.04 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0749326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2392;QD=12.1831;RBI=0.0823102;REFB=-0.00308278;REVB=0.0340598;RO=68;SAF=15;SAR=26;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102546;STB=0.563882;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00401025;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:69:41:41:0.372727:26:15:31:37:26:15:32:37 chr12 7779227 . A G 220.19 PASS AF=0.42623;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.143171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2755;QD=14.4388;RBI=0.14329;REFB=-0.00898072;REVB=-0.00584257;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783727;STB=0.53637;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0127554;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:35:35:23:26:0.42623:11:12:18:17:11:15:18:17 chr12 7805236 . C G 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0187629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9195;QD=18.9415;RBI=0.0580545;REFB=-3.27812e-05;REVB=-0.0549389;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147123;STB=0.508192;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.000794388;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:15:22:22:16:15:22:22:16 chr12 7947304 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0556352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.177;QD=7.95468;RBI=0.0576869;REFB=-0.00512522;REVB=0.0152482;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403858;STB=0.740278;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0149095;OID=.;OPOS=7947304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:3:16:4:4:3:16 chr12 7966823 . CA C 748.1 PASS AF=0.581967;AO=69;DP=123;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0410779;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.476;QD=24.5279;RBI=0.0410978;REFB=-0.0180719;REVB=-0.00128006;RO=51;SAF=22;SAR=47;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159959;STB=0.583454;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.00943952;OID=.;OPOS=7966824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581967:69:123:71:122:51:23:48:26:25:99:51:22:47:26:25 chr12 7966975 . C T 111.96 PASS AF=0.184466;AO=17;DP=100;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0454433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8684;QD=4.34812;RBI=0.0758035;REFB=0.0112103;REVB=0.0606719;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447284;STB=0.52145;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0448549;OID=.;OPOS=7966975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:83:84:17:19:0.184466:8:9:41:42:10:9:42:42 chr12 8043688 . G C 1552.54 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.75;QD=62.729;RBI=0.016937;REFB=-0.0270554;REVB=0.0137045;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=5.7054e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:58:40:0:0:58:40:1:0 chr12 8278181 . A T 867.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1764;QD=57.8141;RBI=0.0729148;REFB=0;REVB=0.063778;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549949;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr12 8374770 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.509;QD=48.7371;RBI=0.0734519;REFB=0;REVB=0.0727369;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906771;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 8374781 . C CACG 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151738;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=284.616;QD=46.848;RBI=0.0159191;REFB=0;REVB=0.00481375;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.50508e-05;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:7:0:0 chr12 8376110 . T C 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206803;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.864;QD=58.6187;RBI=0.0224336;REFB=0;REVB=0.00869441;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77063e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr12 8543143 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.811;QD=39.2066;RBI=0.0682439;REFB=0;REVB=-0.0139233;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122115;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 8671724 . C G 33.82 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0487607;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7191;QD=1.28855;RBI=0.0499114;REFB=-0.00721853;REVB=-0.0106557;RO=91;SAF=9;SAR=1;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545661;STB=0.907473;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.174307;OID=.;OPOS=8671724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:106:105:91:95:10:10:0.0952381:1:9:38:53:1:9:41:54 chr12 8687377 . T C 656.84 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0159092;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.984;QD=17.3997;RBI=0.0160812;REFB=-0.0188685;REVB=-0.00234515;RO=79;SAF=29;SAR=41;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158112;STB=0.516568;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0228061;OID=.;OPOS=8687377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:81:70:70:0.463576:41:29:34:45:41:29:36:45 chr12 8693333 . G A 272.88 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=3.59074e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3383;QD=45.4804;RBI=0.0554497;REFB=-0.0245621;REVB=-0.0554497;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.517226;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.012484;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:7:15:0:1:7:15:1:1 chr12 8757481 . G A 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0196166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.869;QD=16.4887;RBI=0.0432961;REFB=-0.00172202;REVB=0.0385972;RO=56;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055971;STB=0.531319;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00366369;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:28:18:25:31:28:18:25:31 chr12 8808006 . T C 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0313153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.375;QD=20.0178;RBI=0.0313497;REFB=-0.00863913;REVB=0.00146666;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.583234;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00665914;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:6:11:14:4:6:11 chr12 8926011 . T C 2136.91 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.223;QD=62.8504;RBI=0.0559579;REFB=0;REVB=0.0559471;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98901e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:67:67:0:0:68:68:0:0 chr12 9004512 . G A 1445.59 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.605;QD=62.1759;RBI=0.00841996;REFB=0;REVB=-0.00434069;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112938;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:49:42:0:0:50:43:0:0 chr12 9004892 . C A 782.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.396;QD=63.8397;RBI=0.0381979;REFB=0;REVB=0.03722;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98027e-05;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr12 9010671 . G A 130.23 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0562007;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5302;QD=21.7045;RBI=0.0585464;REFB=-0.0371059;REVB=-0.0164062;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0153943;OID=.;OPOS=9010671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:4:6:10:4:4:6 chr12 9013755 . C T 246.13 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0105274;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.313;QD=13.8663;RBI=0.0654763;REFB=-0.0122156;REVB=-0.0646245;RO=42;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514009;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0202542;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:28:29:0.408451:18:10:15:27:18:11:15:27 chr12 9016573 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.8;QD=60.8829;RBI=0.00889861;REFB=0;REVB=-0.00775824;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08693e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr12 9020489 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.939;QD=48.7372;RBI=0.0268907;REFB=0;REVB=0.0255026;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273275;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr12 9020912 . A G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0316526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.776;QD=13.4158;RBI=0.0329495;REFB=0.019469;REVB=0.0091535;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125032;STB=0.571183;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0206673;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:25:12:11:14:25:12 chr12 9070366 . T A 1214.01 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274531;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.353;QD=61.469;RBI=0.0286264;REFB=0;REVB=0.0081115;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52001e-05;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:27:52:0:0:27:52:0:0 chr12 9074259 . C T 445.46 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0646167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.193;QD=52.4071;RBI=0.0682885;REFB=-0.151717;REVB=0.0220906;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00328854;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:12:20:0:0:12:20:2:0 chr12 9085218 . C T 70.47 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.00586408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.963;QD=7.04707;RBI=0.0195933;REFB=-0.020463;REVB=0.0186951;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155932;STB=0.595982;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.050032;OID=.;OPOS=9085218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:3:7:24:6:3:7:24:6 chr12 9086898 . A G 601.92 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00620829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.266;QD=20.2325;RBI=0.0199267;REFB=-4.47673e-05;REVB=0.0189349;RO=58;SAF=28;SAR=33;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134416;STB=0.573812;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=9.62707e-05;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:33:28:18:40:33:28:18:40 chr12 9093001 . G A 131.83 PASS AF=0.349206;AO=15;DP=58;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0234233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8482;QD=8.37043;RBI=0.0255158;REFB=-0.0486326;REVB=-0.0101196;RO=43;SAF=15;SAR=0;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783332;STB=0.927708;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0990077;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:43:41:15:22:0.349206:0:15:20:23:1:21:18:23 chr12 9093008 . GTTTTTTTTC GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT 32.56 PASS AF=0.224138,0.0172414;AO=14,4;DP=59;FAO=13,1;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=9,1;FSAR=4,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0883915,-0.0423988;FXX=0.0169463;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.92258,19.1697;QD=2.24532;RBI=0.183186,0.0723387;REFB=-0.0947973,-0.0591194;REVB=0.160449,0.0586108;RO=32;SAF=7,4;SAR=7,0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0721881,0.574581;STB=0.620497,0.989116;STBP=0.373,0.49;TYPE=del,mnp;VARB=0.133508,0.0454789;OID=.,.;OPOS=9093009,9093016;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138,0.0172414:14,4:59:13,1:58:44:9,1:4,0:24:20:30:32:7,4:7,0:18:14 chr12 9098995 . G GAAC 37.49 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0118772;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.446;QD=8.82045;RBI=0.0124356;REFB=-0.0313141;REVB=0.00368458;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.646611;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=0.0328889;OID=.;OPOS=9098996;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:3:3:8:3:37:11:3:3:8:3 chr12 9142297 . T C 197.86 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.11519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.881;QD=14.6563;RBI=0.11527;REFB=0.00781978;REVB=-0.00429691;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177777;STB=0.601189;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0087815;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:19:12:13:10:19:12 chr12 9232268 . T C 338.83 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.015605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.583;QD=17.8329;RBI=0.0167393;REFB=-0.0133588;REVB=0.00605691;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.568475;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0124904;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:15:20:17:23:16:20:17:23 chr12 9248233 . T C 1396.12 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141022;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.026;QD=62.05;RBI=0.0301389;REFB=0;REVB=0.0266362;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11212e-06;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:38:52:0:0 chr12 9268473 . A C 364.54 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0311143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0172;QD=18.4575;RBI=0.0436167;REFB=-0.00488018;REVB=0.0305666;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613102;STB=0.503418;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00556621;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:17:24:22:16:17:24 chr12 9305473 . T C 2243.38 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00242879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.161;QD=61.8864;RBI=0.0242699;REFB=-0.0570724;REVB=0.0241481;RO=2;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110565;STB=0.505813;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=6.61169e-05;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:85:58:0:2:85:58:0:2 chr12 9307373 . T G 2071.54 PASS AF=0.985612;AO=130;DP=133;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0872689;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1476;QD=59.6128;RBI=0.144352;REFB=-0.0631183;REVB=0.114985;RO=2;SAF=60;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111389;STB=0.500797;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00123837;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:133:139:2:2:130:137:0.985612:70:60:1:1:76:61:1:1 chr12 9312951 . G A 553.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00455348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.882;QD=24.5802;RBI=0.0227082;REFB=-0.0157661;REVB=-0.022247;RO=39;SAF=27;SAR=24;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275801;STB=0.515106;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00883408;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:24:27:22:17:24:27:22:17 chr12 9315209 . A G 304.25 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00329654;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.422;QD=14.6625;RBI=0.0064117;REFB=0.00537503;REVB=-0.00549933;RO=50;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295369;STB=0.661978;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00711891;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:49:34:34:0.409639:14:20:15:35:14:20:15:34 chr12 9316773 . T C 643.43 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0381628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3055;QD=26.5332;RBI=0.0396419;REFB=-0.0376536;REVB=-0.0107277;RO=36;SAF=26;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839142;STB=0.518162;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0209138;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:36:40:57:57:0.587629:31:26:16:20:31:26:20:20 chr12 9317784 . A G 287.03 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0175587;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.312;QD=13.0468;RBI=0.0439141;REFB=-0.00419883;REVB=0.040251;RO=55;SAF=9;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159293;STB=0.591827;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00559549;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:24:9:22:33:24:9:22:33 chr12 9317885 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0114682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.377;QD=22.5829;RBI=0.0115612;REFB=-0.0198591;REVB=-0.00146372;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371508;STB=0.705737;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0153124;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:4:20:10:16:4:20 chr12 9345273 . A G 1107.07 PASS AF=1;AO=40;DP=82;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146513;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.756;QD=56.0542;RBI=0.0360151;REFB=0;REVB=0.0329003;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214523;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:79:0:0:40:79:1:7:33:0:0:43:36:0:0 chr12 9345274 . C G 408.36 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.000735808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.369;QD=20.4181;RBI=0.0363251;REFB=-0.0066748;REVB=0.0363176;RO=39;SAF=3;SAR=38;SRF=33;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73747;STB=0.911782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00145244;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:38:3:33:6:38:3:33:6 chr12 9346792 . G C 367.23 PASS AF=0.455446;AO=40;DP=98;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=43;FWDB=0.00450028;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1061;QD=14.5436;RBI=0.00698374;REFB=-0.0625026;REVB=0.00534042;RO=52;SAF=30;SAR=10;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51686;STB=0.735885;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.124522;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:52:55:40:46:0.455446:10:30:11:41:15:31:12:43 chr12 9439294 . T C 1719.65 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0451414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.366;QD=58.7913;RBI=0.0451419;REFB=-0.138978;REVB=0.000202355;RO=2;SAF=51;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185788;STB=0.500978;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-7.87502e-06;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:64:51:1:1:64:51:1:1 chr12 9447492 . T C 39.16 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0328992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.216;QD=12.0496;RBI=0.0372136;REFB=-0.0446663;REVB=0.0173923;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65516;STB=0.817378;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0288108;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:0:7:2:4:0:7 chr12 9571670 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.459;QD=37.4885;RBI=0.00240708;REFB=0;REVB=0.00240708;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57265e-05;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 9572819 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.648;QD=35.5759;RBI=0.0418697;REFB=0;REVB=0.0417063;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730765;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 9573130 . C T 1216.24 PASS AF=0.867925;AO=92;DP=106;FAO=92;FDP=106;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0249757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.313;QD=45.8959;RBI=0.0430668;REFB=-0.0286268;REVB=0.0350852;RO=14;SAF=42;SAR=50;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465297;STB=0.524686;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00544177;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:106:106:14:14:92:92:0.867925:50:42:9:5:50:42:9:5 chr12 9573224 . C T 1285.73 PASS AF=0.765152;AO=101;DP=132;FAO=101;FDP=132;FR=.;FRO=31;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0453675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.463;QD=38.9615;RBI=0.0484688;REFB=0.000967358;REVB=0.0170591;RO=29;SAF=66;SAR=35;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121388;STB=0.56624;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-5.56506e-05;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:29:31:101:101:0.765152:35:66:11:18:35:66:12:19 chr12 9574002 . C T 1443.14 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.294;QD=62.0704;RBI=0.0270288;REFB=0;REVB=0.0266279;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60182e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:84:93:1:45:39:0:0:50:43:0:0 chr12 9574042 . C A 1352.86 PASS AF=0.96;AO=94;DP=102;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0367917;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.789;QD=54.1145;RBI=0.037815;REFB=-0.0822395;REVB=0.0087374;RO=4;SAF=45;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020988;STB=0.511276;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00352196;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:100:4:4:94:96:0.96:49:45:3:1:51:45:3:1 chr12 9578197 . A C,T 805.32 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,55;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808213,-0.0319913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.4852,68.6981;QD=56.5136;RBI=0.0845711,0.0319915;REFB=0,0;REVB=-0.0249035,0.000107816;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.85968e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0662145,-0.00215435;OID=.,.;OPOS=9578197,9578197;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:2,55:2,55:0.0350877,0.964912:0,37:2,18:0:0:0,37:2,18:0:0 chr12 9580395 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.222;QD=33.4285;RBI=0.0257586;REFB=0;REVB=0.0233999;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115413;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr12 9597776 . G A 1696.01 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=123;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0144147;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.242;QD=55.6069;RBI=0.0257406;REFB=-0.0622588;REVB=0.0213259;RO=6;SAF=66;SAR=50;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380218;STB=0.520054;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000483379;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:123:122:6:6:116:116:0.95082:50:66:1:5:50:66:1:5 chr12 9750669 . A G 1594.21 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0625989;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.909;QD=59.045;RBI=0.062658;REFB=-0.0760642;REVB=0.00271929;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090403;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000308587;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:52:55:0:1:52:55:0:1 chr12 9833524 . C G 461.57 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0276971;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.817;QD=18.6494;RBI=0.0281074;REFB=-0.00979131;REVB=0.00478502;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050914;STB=0.528389;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0116832;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:53:46:46:0.464646:21:25:26:27:21:25:26:27 chr12 9833628 . C T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00751828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.415;QD=10.4359;RBI=0.0257152;REFB=0.00126368;REVB=-0.0245916;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715492;STB=0.54315;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00282373;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:12:3:8:25:12:3:8:25 chr12 9885556 . A G 104.8 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0108256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4569;QD=10.749;RBI=0.0169996;REFB=-0.0232128;REVB=0.0131069;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130578;STB=0.578191;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0345356;OID=.;OPOS=9885556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:13:13:5:8:13:13 chr12 9885707 . A ATAAGT 245.58 PASS AF=0.371795;AO=27;DP=82;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0232402;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.829;QD=12.5939;RBI=0.0284063;REFB=0.00143002;REVB=-0.0163344;RO=51;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144334;STB=0.581337;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=-0.0021312;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371795:27:82:29:78:49:20:9:28:21:99:51:19:8:30:21 chr12 9905690 . A G 560.29 PASS AF=0.464567;AO=57;DP=125;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.00667989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.74;QD=17.6468;RBI=0.0204388;REFB=-0.00583605;REVB=0.0193164;RO=68;SAF=25;SAR=32;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215432;STB=0.625451;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00764627;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:68:68:57:59:0.464567:32:25:45:23:34:25:45:23 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT 454.17 PASS AF=0.0833333,0.516667,0.4;AO=7,18,23;DP=61;FAO=5,31,24;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=5,21,0;FSAR=0,10,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.188222,-0.343839,-0.129788;FXX=0.0163908;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=9.89779,9.99448,17.306;QD=30.2782;RBI=0.197918,0.363684,0.129868;REFB=-0.0810718,-0.0909579,-0.0218342;REVB=0.0611895,0.118494,-0.00456645;RO=5;SAF=7,14,0;SAR=0,4,23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0;SSSB=0.806041,0.272391,-0.853366;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.134058,0.0688548,-0.0703162;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:61:60:5:0:7,18,23:5,31,24:0.0833333,0.516667,0.4:0,4,23:7,14,0:1:4:0,10,24:5,21,0:0:0 chr12 9985915 . G T 149.1 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00285044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.779;QD=8.90123;RBI=0.0166549;REFB=-0.00824822;REVB=-0.0164092;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173581;STB=0.590312;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0176629;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:46:20:21:0.313433:11:9:27:18:11:10:28:18 chr12 9994445 . GTGT G 952.97 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137171;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.355;QD=58.6445;RBI=0.0281557;REFB=0;REVB=0.0245883;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.81929e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:64:65:65:0:38:27:0:0:5:0:37:25:0:0 chr12 10041364 . G A 367.12 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00310042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.79;QD=14.3968;RBI=0.0295105;REFB=-0.00853721;REVB=-0.0293472;RO=60;SAF=21;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868775;STB=0.548996;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0127428;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:21:21:35:25:21:21:35:25 chr12 10046052 . C A 215.76 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00232736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7166;QD=11.6628;RBI=0.0127572;REFB=-0.00835519;REVB=-0.0125431;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121521;STB=0.581985;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00985542;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:47:26:27:0.364865:11:15:32:15:12:15:32:15 chr12 10136672 . G A 1391.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.178;QD=61.8545;RBI=0.0219827;REFB=0;REVB=0.0127061;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76798e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:53:32:0:0:57:33:0:0 chr12 10137557 . A C 219.28 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000317975;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=245.055;QD=39.8696;RBI=0.00223167;REFB=-0.11411;REVB=0.0022089;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119598;STB=0.56515;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00158842;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:9:10:3:0:9:10:3:0 chr12 10149406 . T C 805.98 PASS AF=0.936508;AO=60;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00753297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7814;QD=51.1731;RBI=0.0167766;REFB=-0.0287359;REVB=-0.0149903;RO=3;SAF=30;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448823;STB=0.532247;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0153943;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:3:4:60:59:0.936508:30:30:3:0:30:29:4:0 chr12 10149851 . C T 1492.46 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00700551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.219;QD=58.5277;RBI=0.0092678;REFB=0.0747671;REVB=0.00606753;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.505617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-9.48634e-07;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:57:44:0:0:57:44:1:0 chr12 10151642 . T C 1885.2 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5085;QD=60.3262;RBI=0.115746;REFB=-0.0505247;REVB=0.113275;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645291;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:125:1:0:122:125:1:58:64:0:1:61:64:0:0 chr12 10165469 . A G 2124.8 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147049;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.254;QD=62.957;RBI=0.0459025;REFB=0;REVB=0.045879;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30215e-05;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:77:58:0:0:77:58:0:0 chr12 10167277 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.606;QD=58.061;RBI=0.0280624;REFB=0;REVB=0.0266013;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33498e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr12 10236797 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00320386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.569;QD=8.6872;RBI=0.0333445;REFB=-0.00552664;REVB=-0.0331902;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28552;STB=0.670534;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0167343;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:11:6:24:16:11:6:24:16 chr12 10236824 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00474874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.016;QD=11.2669;RBI=0.00687929;REFB=-0.00222154;REVB=0.00497736;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11593;STB=0.567548;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00445501;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:20:16:11:9:20:16 chr12 10236921 . G T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.10276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6848;QD=19.3431;RBI=0.102761;REFB=-0.00838662;REVB=0.000428719;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248975;STB=0.64135;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00518102;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:11:7:12:6:11:7 chr12 10236942 . C G 179.98 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00504071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.615;QD=24.8246;RBI=0.00508306;REFB=-0.00673728;REVB=0.000654723;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138634;STB=0.577687;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00525977;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:5:6:13:5:5:6 chr12 10237014 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0870897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.142;QD=36.3483;RBI=0.087492;REFB=0.000932802;REVB=0.00838025;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000500989;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr12 10251445 . C G 194.0 PASS AF=0.4;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00285927;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.556;QD=12.9333;RBI=0.188847;REFB=-0.052345;REVB=-0.188825;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240978;STB=0.545418;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0765743;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:15:36:23:24:0.4:14:9:11:4:15:9:11:25 chr12 10271055 . T C 199.86 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0158287;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.068;QD=14.5351;RBI=0.0187687;REFB=-0.0130868;REVB=-0.0100856;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333148;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0170024;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:35:31:22:24:0.436364:12:10:17:18:12:12:17:14 chr12 10366088 . C T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0821519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.004;QD=48.6271;RBI=0.0821692;REFB=0.016737;REVB=0.00168637;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.512184;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000229251;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:20:2:0:0:20:2:0:1 chr12 10367240 . CTT CT,CTC 894.63 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=58,4;DP=63;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129311,0.000458021;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.3433,8.04332;QD=56.8019;RBI=0.0323266,0.051111;REFB=0,0;REVB=-0.0296276,-0.0511089;RO=0;SAF=26,2;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.09576e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00409016,0.00892404;OID=.,.;OPOS=10367241,10367242;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.936508,0.0634921:58,4:63:59,4:63:0:26,2:33,2:0:0:15:0:26,2:32,2:0:0 chr12 10462052 . T G 1573.29 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=59.9349;RBI=0.124364;REFB=0;REVB=0.0229808;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280628;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:59:45:0:0:59:46:0:0 chr12 10467533 . T A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0112451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.24;QD=14.6975;RBI=0.0281219;REFB=-0.0258257;REVB=-0.0257758;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158106;STB=0.590822;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0258924;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:14:16:8:13:14:16 chr12 10525740 . C T 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00821725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.248;QD=22.3424;RBI=0.0256052;REFB=-0.00309828;REVB=-0.0242508;RO=46;SAF=27;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118427;STB=0.565192;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00233817;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:24:27:18:28:24:27:18:28 chr12 10532111 . T G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00439948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.299;QD=19.0006;RBI=0.0122218;REFB=-0.00936435;REVB=-0.0114025;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00889012;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:9:8:9:8:9:8 chr12 10532326 . T C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00337158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.401;QD=19.4077;RBI=0.00408223;REFB=0.00229636;REVB=0.00230153;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453435;STB=0.515141;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00236887;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:17:12:13:15:17:13:13:15 chr12 10560957 . T C 227.01 PASS AF=0.402985;AO=23;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0274467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.12;QD=13.5526;RBI=0.0348969;REFB=0.000180057;REVB=0.0215517;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.564671;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000490829;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:40:23:27:0.402985:9:14:16:17:10:17:21:19 chr12 10562025 . C T 651.79 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00851604;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.261;QD=17.1524;RBI=0.0206617;REFB=-0.0313626;REVB=-0.0188251;RO=81;SAF=31;SAR=39;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852608;STB=0.544105;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0259539;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:82:70:70:0.460526:39:31:43:38:39:31:43:39 chr12 10562089 . A C 887.35 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=197;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.00181239;FXX=0.045683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.971;QD=18.8799;RBI=0.00938344;REFB=-0.00827297;REVB=-0.00920675;RO=88;SAF=35;SAR=54;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422954;STB=0.505208;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0120882;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:188:88:99:89:89:0.473404:54:35:35:53:54:35:38:61 chr12 10570965 . C G 1868.79 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224106;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1071;QD=59.8014;RBI=0.0338425;REFB=0;REVB=0.025359;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314124;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:125:0:0:117:125:1:56:61:0:0:63:62:0:0 chr12 10571042 . A G 2252.62 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0493095;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0497;QD=59.2794;RBI=0.0584668;REFB=-0.0661012;REVB=0.0314155;RO=2;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106867;STB=0.505617;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00332569;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:152:2:2:150:150:0.986842:88:62:0:2:88:62:0:2 chr12 10571091 . T G 2197.98 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.069;QD=63.2511;RBI=0.0264673;REFB=0;REVB=-0.017798;RO=0;SAF=55;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45134e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:83:55:0:0:83:56:0:0 chr12 10571106 . G C 1755.25 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226746;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.316;QD=61.0522;RBI=0.0446055;REFB=0;REVB=0.0384124;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.828e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr12 10572982 . A G 1803.71 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9181;QD=61.1426;RBI=0.100064;REFB=0;REVB=0.0403591;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557514;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 919.6 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=35,30;DP=65;FAO=35,30;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=13,16;FSAR=22,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268766,0.0236956;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=258.375,253.629;QD=56.5906;RBI=0.0275778,0.0245481;REFB=0,0;REVB=0.00617963,0.00641313;RO=0;SAF=13,16;SAR=22,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.39865e-08,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00955561,0.00589403;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:65:0:0:35,30:35,30:0.538462,0.461538:22,14:13,16:0:0:22,14:13,16:0:0 chr12 10573145 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0788886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.757;QD=9.44485;RBI=0.0835763;REFB=-0.0293531;REVB=-0.027597;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309981;STB=0.683735;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0493369;OID=.;OPOS=10573145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:1:9:4:2:1:9 chr12 10587111 . A G 8999.41 PASS AF=0.975124;AO=585;DP=604;FAO=588;FDP=603;FR=.;FRO=15;FSAF=291;FSAR=297;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00691722;FXX=0.00330573;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.558;QD=59.6975;RBI=0.00838704;REFB=-0.0570128;REVB=-0.00474283;RO=15;SAF=290;SAR=295;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179427;STB=0.500956;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000147304;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:604:603:15:15:585:588:0.975124:295:290:8:7:297:291:8:7 chr12 10587631 . C T 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.143;QD=62.9044;RBI=0.014645;REFB=0;REVB=0.0132229;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31893e-05;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr12 10588530 . C G 186.8 PASS AF=0.194118;AO=33;DP=170;FAO=33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.0129456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6802;QD=4.39536;RBI=0.0197978;REFB=0.0074944;REVB=0.0149787;RO=137;SAF=18;SAR=15;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256132;STB=0.516119;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0324414;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:137:137:33:33:0.194118:15:18:72:65:15:18:72:65 chr12 10588581 . T C 323.96 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00118519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.174;QD=9.59891;RBI=0.00924588;REFB=-0.0157007;REVB=0.00916961;RO=93;SAF=20;SAR=22;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909476;STB=0.505298;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0257691;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:93:93:42:42:0.311111:22:20:45:48:22:20:45:48 chr12 10603669 . G GC 2881.23 PASS AF=1;AO=20;DP=196;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103536;FXX=0.0104707;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.653;QD=60.9784;RBI=0.10407;REFB=0;REVB=0.0105252;RO=169;SAF=4;SAR=16;SRF=108;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.34322e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:196:189:189:0:113:76:0:0:16:169:4:16:108:61 chr12 10603670 . T C 2327.56 PASS AF=0.863874;AO=165;DP=191;FAO=165;FDP=191;FR=.;FRO=26;FSAF=106;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0194791;FXX=0.0255089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.192;QD=48.7448;RBI=0.0275395;REFB=-0.110135;REVB=0.0194677;RO=26;SAF=106;SAR=59;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131309;STB=0.569506;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00224121;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:26:26:165:165:0.863874:59:106:4:22:59:106:4:22 chr12 10659438 . T C 3478.02 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.304;QD=62.1075;RBI=0.0309675;REFB=0;REVB=0.0292372;RO=1;SAF=112;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24286e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:224:224:1:0:222:224:1:110:112:0:1:111:113:0:0 chr12 10659964 . C G 1627.73 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124776;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.803;QD=60.2863;RBI=0.0202083;REFB=0;REVB=0.015896;RO=0;SAF=33;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208456;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:106:108:1:73:33:0:0:75:33:0:0 chr12 10675250 . G C 867.98 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2269;QD=57.865;RBI=0.0370883;REFB=0;REVB=-0.00929689;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031004;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:25:35:0:0 chr12 10763204 . A AC 169.85 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256475;FXX=0.111049;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.9746;QD=42.4627;RBI=0.0266182;REFB=0;REVB=0.00712259;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000174902;OID=.;OPOS=10763205;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:16:16:0:1:15:0:0:3:14:0:2:1:13 chr12 10763205 . T C 185.98 PASS AF=0.947368;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.146982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.559;QD=39.1532;RBI=0.147408;REFB=-0.00318998;REVB=0.0112007;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031564;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00155798;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:17:19:1:1:16:18:0.947368:14:2:0:1:14:4:0:1 chr12 10763236 . G C 334.22 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258794;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0158;QD=51.4185;RBI=0.0265332;REFB=0.0243392;REVB=-0.00585367;RO=1;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00104415;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:20:5:1:0:20:5:1:0 chr12 10782115 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.415;QD=58.6006;RBI=0.0430312;REFB=0;REVB=-0.0141444;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129027;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr12 10854625 . G A 609.46 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00267323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.799;QD=19.66;RBI=0.0133481;REFB=-0.0204027;REVB=0.0130777;RO=61;SAF=35;SAR=27;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386726;STB=0.516467;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0201511;OID=.;OPOS=10854625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:62:62:62:0.5:27:35:37:24:27:35:37:25 chr12 10856219 . C T 428.86 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.713;QD=57.1816;RBI=0.0829591;REFB=0;REVB=0.0220665;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124775;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr12 10871667 . A G 1087.27 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0570511;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3383;QD=58.7714;RBI=0.122102;REFB=-0.124303;REVB=0.107954;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00429842;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:42:31:0:1:42:31:0:1 chr12 10958658 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.929;QD=62.7621;RBI=0.073449;REFB=0;REVB=0.0731796;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43301e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr12 10978260 . G T 253.26 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00641559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.718;QD=18.0898;RBI=0.00659027;REFB=-0.0140871;REVB=0.00150728;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829605;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0128142;OID=.;OPOS=10978260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:12:15:13:15:13:15:13:15 chr12 10978402 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.891;QD=59.0187;RBI=0.00488778;REFB=0;REVB=-0.00467359;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56263e-06;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 10999708 . T C 1474.33 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768285;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.659;QD=63.4121;RBI=0.0547278;REFB=0;REVB=0.0541858;RO=1;SAF=63;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84413e-05;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:1:0:92:93:1:29:63:0:1:30:63:0:0 chr12 11001963 . ATTTTTTTA AATTTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT,ATTTTTTTTA 55.51 PASS AF=0,0.325,0.075,0;AO=2,8,3,6;DP=42;FAO=0,13,3,0;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=0,9,2,0;FSAR=0,4,1,0;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0786727,0.243877,0.0118297,-0.24424;FXX=0.0476077;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,2,1;MLLD=19.3097,9.7808,155.498,7.58235;QD=5.55141;RBI=0.110709,0.296968,0.0132479,0.253109;REFB=0.0334506,0.0225654,0.00766241,-0.0603322;REVB=-0.0778918,-0.169452,-0.00596369,0.0664127;RO=18;SAF=1,5,2,6;SAR=1,3,1,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.170612,-0.0504198,0,0.682681;STB=0.5,0.512296,0.542582,0.5;STBP=1,0.946,0.938,1;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=0.0766684,-0.0564029,0.166099,0;OID=.,.,.,.;OPOS=11001964,11001964,11001970,11001964;OREF=T,T,TA,-;OALT=A,-,AT,T;OMAPALT=AATTTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT,ATTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.325,0.075,0:2,8,3,6:42:0,13,3,0:40:24:0,9,2,0:0,4,1,0:17:7:44:18:1,5,2,6:1,3,1,0:12:6 chr12 11034979 . C CA 200.44 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658311;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=268.903;QD=47.1622;RBI=0.0658326;REFB=0;REVB=0.000442514;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000252435;OID=.;OPOS=11034980;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:17:17:0:8:9:0:0:4:16:1:1:7:9 chr12 11034980 . G A 177.47 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00971531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.997;QD=39.4368;RBI=0.0152032;REFB=-0.144242;REVB=0.011694;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012825;STB=0.507033;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00220341;OID=.;OPOS=11034980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:9:7:1:1:9:7:1:1 chr12 11083284 . A C 54.86 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0213998;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.735;QD=4.06359;RBI=0.0214074;REFB=-0.0114048;REVB=0.000571565;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0424547;OID=.;OPOS=11083284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:46:45:9:9:0.166667:4:5:26:20:4:5:25:20 chr12 11083356 . A G 1525.65 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698505;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4428;QD=59.8293;RBI=0.078143;REFB=0;REVB=0.0350319;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255597;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr12 11083631 . A G 201.14 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0480056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8842;QD=28.7338;RBI=0.0728456;REFB=0.0556359;REVB=-0.05479;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788921;STB=0.54368;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0275893;OID=.;OPOS=11083631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:11:8:5:4:11:8:5:4 chr12 11083677 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.049;QD=58.1417;RBI=0.0162438;REFB=0;REVB=0.00354164;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83995e-05;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr12 11091432 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.658;QD=54.5177;RBI=0.0288258;REFB=0;REVB=0.0160018;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73695e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 11091693 . T A 879.15 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.108;QD=56.7194;RBI=0.0204989;REFB=0;REVB=-0.0110036;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121919;OID=.;OPOS=11091693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr12 11150240 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00676169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.75;QD=56.9478;RBI=0.027086;REFB=-0.0329076;REVB=0.0262284;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00106538;OID=.;OPOS=11150240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:0:1:19:17:0:1 chr12 11174276 . G A 990.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3718;QD=59.1383;RBI=0.0216266;REFB=0;REVB=-0.0058471;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106261;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:41:26:0:0 chr12 11174302 . A G 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.00597157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.436;QD=1.5565;RBI=0.0102142;REFB=-0.00191878;REVB=-0.00828678;RO=84;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222056;STB=0.678239;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0215805;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:7:2:33:51:7:2:33:51 chr12 11174327 . C T 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=0.00951867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.515;QD=1.65986;RBI=0.0172084;REFB=-0.002167;REVB=-0.0143361;RO=97;SAF=3;SAR=8;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189937;STB=0.646777;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0194035;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:97:97:11:11:0.101852:8:3:41:56:8:3:41:56 chr12 11174372 . C G 62.3 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.000370505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2311;QD=2.18604;RBI=0.0768637;REFB=-0.00189528;REVB=-0.0768628;RO=100;SAF=4;SAR=10;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245686;STB=0.676823;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0153624;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:10:4:48:52:10:4:48:52 chr12 11174380 . C T 51.26 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0174632;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.799;QD=1.65345;RBI=0.0331387;REFB=-0.00147123;REVB=-0.028164;RO=106;SAF=3;SAR=10;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274387;STB=0.706183;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0202261;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:106:111:13:13:0.104839:10:3:47:59:10:3:49:62 chr12 11174390 . G A 55.81 PASS AF=0.108527;AO=14;DP=130;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.0176421;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.674;QD=1.73044;RBI=0.0396625;REFB=-0.00118299;REVB=-0.0355227;RO=114;SAF=4;SAR=10;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175098;STB=0.627828;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0398953;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:130:129:114:115:14:14:0.108527:10:4:48:66:10:4:48:67 chr12 11174397 . T A 56.58 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.00828766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.306;QD=1.78211;RBI=0.00883972;REFB=0.000586722;REVB=-0.00307494;RO=110;SAF=4;SAR=10;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193729;STB=0.633946;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00891927;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:124:127:110:113:14:14:0.110236:10:4:48:62:10:4:48:65 chr12 11174416 . A G 56.15 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.02406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7429;QD=1.7546;RBI=0.0242311;REFB=-0.00110658;REVB=0.00287453;RO=108;SAF=4;SAR=10;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182235;STB=0.652979;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0124529;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:128:128:108:114:14:14:0.109375:10:4:46:62:10:4:51:63 chr12 11174753 . G A 569.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.465;QD=59.9155;RBI=0.0441268;REFB=0;REVB=0.0230391;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32919e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:22:16:0:0 chr12 11175087 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.883;QD=55.0987;RBI=0.0128359;REFB=0;REVB=-0.00721901;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91344e-05;OID=.;OPOS=11175087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 11183035 . C T 78.41 PASS AF=0.0919118;AO=25;DP=272;FAO=25;FDP=272;FR=.;FRO=247;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=124;FSRR=123;FWDB=-0.029865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.32;QD=1.15309;RBI=0.0306961;REFB=-0.00364697;REVB=0.00709445;RO=247;SAF=10;SAR=15;SRF=124;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121558;STB=0.592846;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0289902;OID=.;OPOS=11183035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:272:272:247:247:25:25:0.0919118:15:10:124:123:15:10:124:123 chr12 11183046 . C T 61.85 PASS AF=0.0804196;AO=23;DP=286;FAO=23;FDP=286;FR=.;FRO=263;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=133;FSRR=130;FWDB=-0.0355304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3222;QD=0.864996;RBI=0.0364378;REFB=-0.0035733;REVB=0.00808112;RO=262;SAF=10;SAR=13;SRF=132;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794042;STB=0.565161;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.027843;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:286:286:262:263:23:23:0.0804196:13:10:132:130:13:10:133:130 chr12 11183052 . G A 52.63 PASS AF=0.0742049;AO=21;DP=283;FAO=21;FDP=283;FR=.;FRO=262;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=132;FSRR=130;FWDB=-0.0137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.86;QD=0.743836;RBI=0.0250409;REFB=-0.00181742;REVB=-0.0209405;RO=261;SAF=9;SAR=12;SRF=132;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866067;STB=0.569631;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0337971;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:283:283:261:262:21:21:0.0742049:12:9:132:129:12:9:132:130 chr12 11183066 . A T 49.42 PASS AF=0.0722022;AO=20;DP=278;FAO=20;FDP=277;FR=.;FRO=257;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=128;FSRR=129;FWDB=0.00600541;FXX=0.00359699;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.187;QD=0.713594;RBI=0.00675439;REFB=6.66296e-07;REVB=-0.00309141;RO=257;SAF=9;SAR=11;SRF=128;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053413;STB=0.544589;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0242976;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:278:277:257:257:20:20:0.0722022:11:9:128:129:11:9:128:129 chr12 11183217 . C T 2102.71 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.043;QD=62.7675;RBI=0.0152805;REFB=0;REVB=0.00794425;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35119e-05;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:69:65:0:0:69:65:0:0 chr12 11183255 . G A 1287.07 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.636;QD=60.568;RBI=0.0235917;REFB=-0.0121838;REVB=0.00634467;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-1.08887e-05;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:82:84:0.988235:39:43:0:0:41:43:0:1 chr12 11183451 . A T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.409;QD=63.3365;RBI=0.0454335;REFB=0;REVB=-0.00890683;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169477;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr12 11183512 . A G 1271.37 PASS AF=0.911765;AO=92;DP=102;FAO=93;FDP=102;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0669971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9609;QD=49.8575;RBI=0.0692843;REFB=-0.114512;REVB=-0.0176553;RO=9;SAF=50;SAR=42;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167705;STB=0.50924;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0123887;OID=.;OPOS=11183512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:102:102:9:9:92:93:0.911765:42:50:4:5:42:51:4:5 chr12 11183541 . T C 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0125051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.431;QD=1.37032;RBI=0.0358972;REFB=-0.000903622;REVB=-0.0336487;RO=82;SAF=5;SAR=3;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101611;STB=0.582178;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0068598;OID=.;OPOS=11183541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:3:5:44:38:3:5:44:38 chr12 11183576 . T C 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0289783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1838;QD=1.92284;RBI=0.0320605;REFB=0.00336347;REVB=-0.013716;RO=73;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160754;STB=0.621572;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0332285;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:3:6:39:34:3:6:39:34 chr12 11183642 . A G 136.33 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0207062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2167;QD=6.99146;RBI=0.0214355;REFB=-0.00477304;REVB=-0.00554363;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166669;STB=0.601748;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0165793;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:7:13:30:28:7:13:30:28 chr12 11183661 . C A 62.96 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0101502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.574;QD=3.27086;RBI=0.0122183;REFB=-0.00013113;REVB=-0.00680139;RO=65;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286815;STB=0.519448;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000619849;OID=.;OPOS=11183661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:6:6:34:31:6:6:34:31 chr12 11183671 . C G 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00113687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.466;QD=2.23768;RBI=0.0197271;REFB=-0.00580108;REVB=-0.0196943;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184654;STB=0.636055;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0380158;OID=.;OPOS=11183671;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:3:6:34:32:3:6:34:32 chr12 11183676 . C T 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0349302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.056;QD=6.81799;RBI=0.0388694;REFB=-0.00135849;REVB=-0.0170503;RO=56;SAF=14;SAR=5;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360624;STB=0.720793;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00846982;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:5:14:25:31:5:14:25:31 chr12 11183697 . C A 129.67 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.036132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.786;QD=7.20395;RBI=0.0378988;REFB=-0.00102027;REVB=-0.0114367;RO=52;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381235;STB=0.736593;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00351392;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:19:19:0.263889:5:14:22:30:5:14:22:31 chr12 11183722 . A C 108.75 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0221559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.689;QD=7.13119;RBI=0.056155;REFB=0.0018565;REVB=0.0515994;RO=45;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318325;STB=0.694259;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00503285;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:5:11:19:26:5:11:19:26 chr12 11183752 . T C 99.19 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00776492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.615;QD=6.50432;RBI=0.00823974;REFB=-0.00593037;REVB=-0.00275669;RO=45;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399811;STB=0.751809;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0151851;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:46:15:15:0.245902:4:11:18:27:4:11:18:28 chr12 11183832 . G A 362.48 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021075;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.709;QD=55.7667;RBI=0.0256336;REFB=0;REVB=0.0145919;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017685;OID=.;OPOS=11183832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 11214145 . C T 2744.49 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=179;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203925;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.365;QD=62.0223;RBI=0.0257476;REFB=0.0136541;REVB=0.0157189;RO=1;SAF=76;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473673;STB=0.502487;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000129031;OID=.;OPOS=11214145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:177:1:1:176:176:0.99435:100:76:0:1:100:76:0:1 chr12 11214212 . A T 2193.18 PASS AF=0.967532;AO=148;DP=154;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0101162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.937;QD=56.9656;RBI=0.0103986;REFB=-0.0575266;REVB=0.00240687;RO=4;SAF=72;SAR=76;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011842;STB=0.50921;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000758563;OID=.;OPOS=11214212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:154:154:4:5:148:149:0.967532:76:72:1:3:77:72:1:4 chr12 11286088 . A C 3054.6 PASS AF=0.981132;AO=200;DP=207;FAO=208;FDP=212;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0101445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5824;QD=57.6339;RBI=0.0155299;REFB=-0.0667766;REVB=-0.0117587;RO=7;SAF=96;SAR=104;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150888;STB=0.504899;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00156093;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:207:212:7:4:200:208:0.981132:104:96:5:2:106:102:3:1 chr12 11286736 . G C 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00657648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.533;QD=3.33867;RBI=0.00663764;REFB=-0.00475308;REVB=0.000898975;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296038;STB=0.709009;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.024858;OID=.;OPOS=11286736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:14:20:2:4:14:20 chr12 11286745 . AA GG 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0058124;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.629;QD=3.76495;RBI=0.0283228;REFB=0.00547799;REVB=0.02772;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273648;STB=0.690287;STBP=0.366;TYPE=mnp;VARB=-0.0179781;OID=.;OPOS=11286745;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:13:17:2:4:13:17 chr12 11286760 . T C 34.43 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0148599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.806;QD=4.05035;RBI=0.0197664;REFB=-0.00317561;REVB=-0.0130343;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301369;STB=0.691682;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.03866;OID=.;OPOS=11286760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:2:4:11:16:2:4:12:16 chr12 11286790 . A C 188.64 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0725698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.758;QD=29.0213;RBI=0.0734887;REFB=-0.0285407;REVB=0.0115852;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1332;STB=0.57383;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00882202;OID=.;OPOS=11286790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:5:3:11:7:5:3 chr12 11286797 . A G 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.146418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.234;QD=5.68837;RBI=0.148103;REFB=-0.0127402;REVB=0.0222785;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280568;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0405584;OID=.;OPOS=11286797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:8:11:2:4:8:11 chr12 11286807 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00632188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3434;QD=5.68923;RBI=0.00822651;REFB=-7.17909e-05;REVB=0.00526397;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280568;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00145375;OID=.;OPOS=11286807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:8:11:2:4:8:11 chr12 11286815 . GAAAAA GAAAA,GAAAAT 73.77 PASS AF=0.458333,0.25;AO=7,5;DP=24;FAO=11,6;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6,4;FSAR=5,2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.081703,-0.033304;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.82117,303.489;QD=12.2954;RBI=0.22069,0.0414686;REFB=-0.162619,-0.0250516;REVB=0.205009,0.024708;RO=9;SAF=6,3;SAR=1,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.566667,0;SSSB=0.64763,0.480172;STB=0.653205,0.761136;STBP=0.15,0.101;TYPE=del,snp;VARB=0.253029,0.0180504;OID=.,.;OPOS=11286816,11286820;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.458333,0.25:7,5:24:11,6:24:7:6,4:5,2:1:6:44:9:6,3:1,2:1:8 chr12 11338613 . CA GG,GT 617.67 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701916,-0.00594069;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=304.136,261.062;QD=60.2607;RBI=0.0412124,0.0495005;REFB=0,0;REVB=0.0406102,0.0491427;RO=0;SAF=20,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3303e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00168616,-0.0318801;OID=.,.;OPOS=11338613,11338613;OREF=CA,CA;OALT=GG,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:19,2:20,0:0:0:21,1:19,0:0:0 chr12 11338669 . C T 1540.98 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.321;QD=59.8438;RBI=0.0277115;REFB=0;REVB=0.00975244;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85159e-05;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr12 11338750 . T C 1698.42 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268253;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.228;QD=60.6577;RBI=0.0332449;REFB=0;REVB=0.0196374;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96235e-05;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr12 11338781 . C A 1514.34 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5105;QD=62.4472;RBI=0.0258537;REFB=0.038671;REVB=0.00391607;RO=1;SAF=35;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133556;STB=0.507041;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000295181;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:61:35:1:0:61:35:1:0 chr12 11338983 . T A,C 302.37 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,21;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11035,0.058233;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.7933,119.845;QD=52.5858;RBI=0.121664,0.0589462;REFB=0,0;REVB=0.0512345,-0.00914191;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0681785,-0.000502913;OID=.,.;OPOS=11338983,11338983;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:23:0:0:2,21:1,22:0.0434783,0.956522:1,8:1,13:0:0:1,8:0,14:0:0 chr12 11418954 . A G 1120.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156817;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.605;QD=60.5817;RBI=0.0189738;REFB=0;REVB=0.0106812;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107816;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr12 11420375 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.353;QD=33.4285;RBI=0.0975783;REFB=0;REVB=0.0575987;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386091;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 11461292 . C G 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6036;QD=33.3942;RBI=0.00631124;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429981;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 11462275 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.073;QD=62.9829;RBI=0.0188869;REFB=0;REVB=0.0186352;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66229e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr12 11547493 . C A 400.87 PASS AF=0.461538;AO=38;DP=87;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0271552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.846;QD=17.6205;RBI=0.0271695;REFB=-0.0140449;REVB=-0.00088379;RO=49;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714218;STB=0.559293;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.018135;OID=.;OPOS=11547493;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:49:49:38:42:0.461538:13:25:29:20:13:29:29:20 chr12 11548436 . A G 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0205313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4195;QD=16.885;RBI=0.027699;REFB=0.0244944;REVB=0.0185931;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240166;STB=0.63811;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0258322;OID=.;OPOS=11548436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:10:7:10:5:10:7 chr12 11992168 . G A 636.99 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0080724;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.618;QD=27.6951;RBI=0.0176074;REFB=-0.00591846;REVB=-0.0156479;RO=34;SAF=29;SAR=27;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154987;STB=0.5719;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00351736;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:34:36:56:56:0.608696:27:29:10:24:27:29:12:24 chr12 12044393 . T TTA 146.26 PASS AF=0.178808;AO=24;DP=185;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0165043;FXX=0.0320492;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.378;QD=3.8745;RBI=0.0400703;REFB=-0.00874383;REVB=-0.0365135;RO=158;SAF=17;SAR=7;SRF=85;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223592;STB=0.717007;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0265846;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178808:24:185:27:151:124:20:7:60:64:99:158:17:7:85:73 chr12 12045264 . G T 193.15 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0106908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.026;QD=16.7956;RBI=0.0177629;REFB=-0.016996;REVB=0.0141854;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615139;STB=0.506842;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0283614;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:16:3:5:21:16:4:5:21 chr12 12230938 . C G 516.57 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9914;QD=59.036;RBI=0.070134;REFB=0;REVB=-0.025763;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000851971;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr12 12240199 . C T 351.14 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00115151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.143;QD=18.007;RBI=0.00492934;REFB=0.00107805;REVB=-0.00479295;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898413;STB=0.505019;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00102784;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:22:15:17:24:22:15:17:24 chr12 12301898 . C T 1324.03 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404583;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3366;QD=62.3073;RBI=0.0447534;REFB=0;REVB=-0.0191311;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108577;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr12 12483275 . G A 465.67 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00761144;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6944;QD=17.7398;RBI=0.0511978;REFB=0.0100287;REVB=0.0506289;RO=55;SAF=19;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141506;STB=0.578731;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0133362;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:55:50:50:0.47619:31:19:29:26:31:19:29:26 chr12 12483713 . A G 180.37 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0613673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6844;QD=16.0327;RBI=0.0708638;REFB=-0.00625996;REVB=-0.0354362;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00889109;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:13:13:11:8:13:13 chr12 12510097 . C T 713.09 PASS AF=0.44;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=175;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00359825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5228;QD=16.2992;RBI=0.00910516;REFB=-0.0045936;REVB=0.008364;RO=97;SAF=28;SAR=49;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11523;STB=0.561806;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00680003;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:97:98:77:77:0.44:49:28:46:51:49:28:46:52 chr12 12814818 . C T 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.438;QD=59.937;RBI=0.0402238;REFB=0;REVB=-0.0340387;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02798e-05;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr12 12879254 . T G 128.37 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0441794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5301;QD=14.2638;RBI=0.0448527;REFB=-0.0200566;REVB=0.00774241;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232835;STB=0.636171;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0785154;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:11:10:4:11:11:10 chr12 12941884 . C T 314.74 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00517324;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.146;QD=16.7859;RBI=0.00518574;REFB=0.00128248;REVB=-0.000359709;RO=41;SAF=10;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33573;STB=0.688882;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00195769;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:24:10:26:15:24:10:26:15 chr12 12941956 . A ATCCT 294.63 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00450402;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=4;MLLD=327.104;QD=17.3312;RBI=0.0046227;REFB=-0.00745993;REVB=0.00104075;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160645;STB=0.576875;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=0.00806861;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:31:72:32:68:36:14:18:21:15:99:39:14:17:24:15 chr12 12967127 . C T 629.3 PASS AF=0.445161;AO=68;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00408638;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3089;QD=16.2401;RBI=0.0122753;REFB=-0.00107977;REVB=-0.0115752;RO=87;SAF=24;SAR=44;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181703;STB=0.600667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00137431;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:86:68:69:0.445161:44:24:46:41:45:24:45:41 chr12 13028652 . CA C,CG 349.7 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=5,21;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367566,0.0461982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.284,192.625;QD=53.7999;RBI=0.0400172,0.0470982;REFB=0,0;REVB=0.0158216,0.00916318;RO=0;SAF=5,6;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0390781,0.00037769;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:5,21:26:2,24:26:0:2,9:0,15:0:0:5:0:5,6:0,15:0:0 chr12 13061294 . C G,T 333.6 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270214,0.00285991;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.9348,262.258;QD=53.3765;RBI=0.040543,0.00308285;REFB=0,0;REVB=-0.0302254,-0.00115104;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.130599,9.39853e-05;OID=.,.;OPOS=13061294,13061294;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:2,11:0,12:0:0:2,11:0,12:0:0 chr12 13102605 . G A 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0167031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.317;QD=24.8183;RBI=0.0350621;REFB=-0.0152917;REVB=0.0308279;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149805;STB=0.583264;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00605144;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:7:11:10:14:7:11 chr12 13136623 . T C 334.1 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0054986;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.209;QD=21.555;RBI=0.0720357;REFB=0.014536;REVB=-0.0718255;RO=25;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174709;STB=0.574625;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0106231;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:28:33:34:0.548387:15:18:8:17:15:19:11:17 chr12 13208552 . C T 1396.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2945;QD=62.7525;RBI=0.022259;REFB=0;REVB=-0.0191328;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163076;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr12 13211471 . G A 1885.05 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.451;QD=59.8427;RBI=0.0330972;REFB=-0.113861;REVB=0.0307824;RO=1;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613092;STB=0.502037;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-2.66327e-05;OID=.;OPOS=13211471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:77:47:0:1:77:47:1:1 chr12 13221606 . T C 770.75 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334732;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4815;QD=57.0928;RBI=0.0403909;REFB=0;REVB=-0.0226048;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000474934;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr12 13243647 . A G 1374.7 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112297;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.419;QD=60.4264;RBI=0.0181754;REFB=-0.111429;REVB=-0.0142912;RO=1;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885884;STB=0.504586;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000131761;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:91:1:1:89:90:0.989011:53:36:0:1:54:36:0:1 chr12 13349823 . C T 293.24 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0133476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.335;QD=13.033;RBI=0.030596;REFB=-0.00569891;REVB=0.027531;RO=56;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130475;STB=0.574722;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0145449;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:13:21:28:28:13:21:28:28 chr12 13527882 . G A 286.83 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0183474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.747;QD=20.86;RBI=0.0198959;REFB=-0.00935024;REVB=-0.00769543;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758204;STB=0.537288;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00731233;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:25:28:30:0.545455:11:17:13:12:12:18:13:12 chr12 13593879 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.986;QD=61.336;RBI=0.123991;REFB=0;REVB=0.0201952;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175735;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr12 13715975 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0128417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.414;QD=13.9179;RBI=0.0150883;REFB=0.00269755;REVB=0.0079214;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150644;STB=0.586139;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00345776;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:9:17:19:18:9:17:19:18 chr12 13717508 . G A 314.91 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00428463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.138;QD=19.9942;RBI=0.0113521;REFB=-0.0257247;REVB=0.0105125;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.568924;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0292856;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:18:15:18:12:18:15:18:12 chr12 13761741 . G A 493.97 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0118705;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7147;QD=19.9584;RBI=0.0119868;REFB=-0.00338884;REVB=0.0016662;RO=47;SAF=15;SAR=36;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1675;STB=0.599171;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000213992;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:47:48:51:51:0.515152:36:15:22:25:36:15:23:25 chr12 13836561 . T A 347.52 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0177552;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6732;QD=19.3067;RBI=0.0272206;REFB=-0.013147;REVB=0.0206328;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208422;STB=0.514011;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.023931;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:36:36:36:0.5:20:16:15:17:20:16:17:19 chr12 13836650 . G A 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0229079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.171;QD=22.989;RBI=0.0236373;REFB=-0.0122817;REVB=-0.00582658;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266068;STB=0.514629;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00826437;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:13:19:23:18:13:19 chr12 14018777 . G C 280.21 PASS AF=0.415584;AO=30;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0258664;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.6408;QD=14.5562;RBI=0.0272663;REFB=-0.0219741;REVB=0.00862467;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27793;STB=0.622562;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0288061;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:45:30:32:0.415584:22:8:23:22:22:10:23:22 chr12 14019128 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00681801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.433;QD=10.5419;RBI=0.0221976;REFB=-0.0106654;REVB=-0.0211246;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075548;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0230307;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:10:11:5:6:10:11 chr12 14577892 . A T 137.35 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0255214;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3244;QD=16.6485;RBI=0.0758412;REFB=-0.00267006;REVB=0.0714181;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335542;STB=0.670372;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00562833;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:20:18:15:15:0.454545:6:9:5:15:6:9:5:13 chr12 14587301 . A G 238.23 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00965936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.638;QD=20.2746;RBI=0.0109189;REFB=-0.0140811;REVB=-0.00509102;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.513502;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0140956;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:10:14:14:9:10:14 chr12 14656768 . G C 261.55 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0170257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0898;QD=12.4545;RBI=0.0183069;REFB=-0.00391863;REVB=0.00672817;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152039;STB=0.579548;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00772558;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:15:16:34:18:15:16:34:19 chr12 14688644 . C T 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.854;QD=60.5435;RBI=0.035041;REFB=0;REVB=-0.0303427;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130496;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr12 14794062 . G A 1568.06 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1269;QD=64.0026;RBI=0.0263629;REFB=0;REVB=-0.0109625;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228043;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr12 14827463 . AATC A 1220.19 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849315;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=3;MLLD=357.752;QD=50.3173;RBI=0.016179;REFB=0;REVB=-0.0137705;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.5659e-06;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:97:97:97:0:54:43:0:0:21:0:53:43:0:0 chr12 14829893 . A C 4597.72 PASS AF=0.986885;AO=300;DP=304;FAO=301;FDP=305;FR=.;FRO=4;FSAF=161;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0358491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8048;QD=60.298;RBI=0.0457193;REFB=-0.179809;REVB=0.0283742;RO=4;SAF=160;SAR=140;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546299;STB=0.50046;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00297933;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:304:305:4:4:300:301:0.986885:140:160:3:1:140:161:2:2 chr12 14924028 . A G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0254822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4111;QD=16.8738;RBI=0.0384908;REFB=-0.0194799;REVB=0.0288479;RO=26;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988172;STB=0.556902;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0252684;OID=.;OPOS=14924028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:16:4:7:19:16:4:7:19 chr12 14927994 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0418714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3562;QD=16.8247;RBI=0.101751;REFB=0.017463;REVB=-0.0927362;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138841;STB=0.579632;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0266196;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:15:13:7:14:15:13 chr12 14928195 . T C 229.36 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0320376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4557;QD=16.6804;RBI=0.0497367;REFB=-0.0440703;REVB=0.0380439;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171784;STB=0.581757;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0469239;OID=.;OPOS=14928195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:27:29:25:26:0.472727:13:12:8:19:13:13:10:19 chr12 14929642 . A T 85.26 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0144952;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.4005;QD=13.1163;RBI=0.0351286;REFB=-0.0151484;REVB=0.0319986;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0210894;OID=.;OPOS=14929642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:9:6:4:7:9:6 chr12 14929721 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0333056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8162;QD=18.6366;RBI=0.118452;REFB=-0.0346804;REVB=-0.113674;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163462;STB=0.592908;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0204453;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:10:6:9:7:10:6 chr12 14929872 . A G 1102.11 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312014;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.144;QD=60.3895;RBI=0.0342849;REFB=0;REVB=0.0142102;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19985e-05;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr12 14930055 . G T 198.37 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0136193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9999;QD=14.694;RBI=0.0525975;REFB=-0.0158621;REVB=-0.0508037;RO=28;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187308;STB=0.605906;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0366932;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:31:23:23:0.425926:17:6:12:16:17:6:13:18 chr12 14976553 . G C 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0155757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.449;QD=21.8383;RBI=0.0268855;REFB=-0.0139217;REVB=0.0219141;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528002;STB=0.529581;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0118214;OID=.;OPOS=14976553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:12:12:11:14:12:12 chr12 14977217 . A G 240.08 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0304876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.526;QD=22.3329;RBI=0.0320782;REFB=-0.021941;REVB=0.00997586;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387148;STB=0.530586;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0138532;OID=.;OPOS=14977217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:12:10:10:10:13:10:10:10 chr12 14977272 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00962721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.393;QD=18.4438;RBI=0.0146798;REFB=-0.0235299;REVB=0.0110822;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0122885;OID=.;OPOS=14977272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:6:3:7:4:6:3 chr12 15081897 . A C 1245.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.42;QD=61.4855;RBI=0.0686935;REFB=0;REVB=-0.0672382;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164421;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr12 15095558 . C G 1246.18 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.315;QD=61.5399;RBI=0.0344373;REFB=0;REVB=0.0106041;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61711e-05;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:53:27:0:0:53:28:0:0 chr12 15103605 . A G 1525.64 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.775;QD=59.8291;RBI=0.0469112;REFB=0;REVB=0.0323764;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276618;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:59:43:0:0 chr12 15261437 . T A 446.34 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.021441;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.459;QD=20.5213;RBI=0.0380856;REFB=-0.0151926;REVB=-0.0314769;RO=42;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606672;STB=0.54082;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0172668;OID=.;OPOS=15261437;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:42:43:44:44:0.505747:28:16:18:24:28:16:19:24 chr12 15834239 . G GTAA 55.59 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=63;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.025108;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.926;QD=10.1075;RBI=0.0271994;REFB=-0.0548977;REVB=-0.0104595;RO=55;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299861;STB=0.608385;STBP=0.568;TYPE=ins;VARB=0.102554;OID=.;OPOS=15834240;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=GTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:7:63:8:22:14:1:7:3:11:55:55:1:6:19:36 chr12 16189694 . T A 514.92 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00933612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.636;QD=14.5049;RBI=0.0119205;REFB=0.00956006;REVB=0.0074118;RO=84;SAF=24;SAR=33;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967718;STB=0.558188;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0122566;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:85:57:57:0.401408:33:24:43:41:33:24:44:41 chr12 16347308 . G A 1662.43 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000279051;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.635;QD=60.4521;RBI=0.0416096;REFB=0;REVB=-0.0416087;RO=0;SAF=70;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101297;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:40:70:0:0:40:70:0:0 chr12 16369828 . A T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.406;QD=58.061;RBI=0.0253116;REFB=0;REVB=0.0212531;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15783e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr12 16397677 . G A 1839.49 PASS AF=0.953846;AO=124;DP=130;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0125917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.757;QD=56.5996;RBI=0.0130432;REFB=-0.0260172;REVB=-0.00340213;RO=6;SAF=65;SAR=59;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167361;STB=0.508821;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000487803;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:130:130:6:6:124:124:0.953846:59:65:2:4:59:65:2:4 chr12 16397734 . C A 1479.21 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00243965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5743;QD=60.9984;RBI=0.0336546;REFB=-0.113959;REVB=-0.0335661;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185863;STB=0.509613;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00203486;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:50:44:0:2:51:44:0:2 chr12 16430284 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.332;QD=56.9367;RBI=0.0749075;REFB=0;REVB=-0.00171037;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205853;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr12 16430592 . C T 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0308289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.233;QD=13.0532;RBI=0.037329;REFB=-0.00155371;REVB=-0.0210483;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.582019;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00159842;OID=.;OPOS=16430592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:10:13:15:19:10:13:15:20 chr12 18435398 . GCCC G 51.9 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0106997;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=48.5154;QD=9.43564;RBI=0.0613846;REFB=-0.0146517;REVB=-0.0604449;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.131886;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.0230766;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:4:4:9:5:51:11:4:4:7:4 chr12 18435452 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00475963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.241;QD=10.0753;RBI=0.0222323;REFB=-0.0219471;REVB=-0.0217168;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666263;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0348218;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:9:5:5:3:9:5 chr12 18649057 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.715;QD=62.022;RBI=0.00788831;REFB=0;REVB=0.00402575;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79978e-06;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr12 19329493 . T C 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0453032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.614;QD=29.3741;RBI=0.0471448;REFB=-0.0188366;REVB=-0.0130481;RO=7;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392481;STB=0.521714;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0110703;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:11:6:2:5:11:6:2:5 chr12 19427764 . T C 190.93 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0103097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.316;QD=11.5712;RBI=0.0132551;REFB=-0.0111127;REVB=-0.00833116;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881695;STB=0.551138;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0166046;OID=.;OPOS=19427764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:15:9:19:23:15:9:19:23 chr12 19427766 . A G 190.83 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00583149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.061;QD=11.5654;RBI=0.00591683;REFB=-0.00805221;REVB=0.0010013;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881695;STB=0.551138;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0244756;OID=.;OPOS=19427766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:15:9:19:23:15:9:19:23 chr12 19626205 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.04086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.145;QD=16.0341;RBI=0.0440165;REFB=-0.002437;REVB=-0.016368;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327153;OID=.;OPOS=19626205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:14:14:10:10:14:14 chr12 20522252 . G A 183.06 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0374682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5056;QD=25.2501;RBI=0.135788;REFB=-0.0281303;REVB=0.130517;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928171;STB=0.539126;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0229212;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:5:13:6:4:5:13:7:4 chr12 20704503 . CG C 749.82 PASS AF=0.584615;AO=109;DP=201;FAO=114;FDP=195;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=109;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0590594;FXX=0.0298493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1275;QD=15.3809;RBI=0.0709255;REFB=-0.0601506;REVB=-0.0392736;RO=77;SAF=0;SAR=109;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.886472;STB=0.882499;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0501277;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.584615:109:201:114:195:81:5:109:45:36:99:77:0:109:46:31 chr12 20704509 . T G 1060.01 PASS AF=0.525773;AO=102;DP=194;FAO=102;FDP=194;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=97;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0337946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.752;QD=21.8559;RBI=0.0450911;REFB=-0.0142028;REVB=-0.0298518;RO=87;SAF=5;SAR=97;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654692;STB=0.870637;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0395968;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:87:92:102:102:0.525773:97:5:43:44:97:5:45:47 chr12 20766559 . C T 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.143;QD=64.135;RBI=0.0675649;REFB=0;REVB=-0.0134654;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08056e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr12 20903757 . T C 1457.44 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2018;QD=62.0189;RBI=0.00731361;REFB=-0.061765;REVB=0.00529068;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.506172;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000558065;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:53:40:0:0:53:40:1:0 chr12 20905250 . C T 1284.57 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.739;QD=59.7477;RBI=0.0121964;REFB=0;REVB=0.000388545;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152651;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:79:86:1:43:36:0:0:46:40:0:0 chr12 21011480 . T G 1647.53 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184294;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.08;QD=60.4597;RBI=0.0184788;REFB=0;REVB=0.00135012;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97578e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:71:38:0:0:71:38:0:0 chr12 21011792 . A G 183.66 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.000701867;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.819;QD=11.661;RBI=0.031046;REFB=-0.0120007;REVB=-0.0310381;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105728;STB=0.561158;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0207672;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:23:17:12:11:23:17 chr12 21011813 . C T 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0723399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3382;QD=58.4143;RBI=0.0726868;REFB=0.100603;REVB=-0.00709275;RO=4;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296849;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00487472;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:4:1:69:72:0.986301:32:37:1:3:35:37:1:0 chr12 21013948 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9191;QD=59.0184;RBI=0.0710426;REFB=0;REVB=-0.0572295;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185923;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 21015760 . G A 2312.46 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.066;QD=63.7921;RBI=0.00973082;REFB=0;REVB=0.00822424;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1563e-06;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:143:145:1:67:76:0:0:69:76:0:0 chr12 21036411 . A G 1844.09 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232011;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7998;QD=61.4697;RBI=0.0260155;REFB=0;REVB=-0.0117692;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09217e-05;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr12 21054369 . G A 697.88 PASS AF=0.434286;AO=76;DP=175;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00617443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.374;QD=15.9515;RBI=0.00773379;REFB=-0.0187602;REVB=-0.00465703;RO=99;SAF=44;SAR=32;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860032;STB=0.547982;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0278636;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:99:99:76:76:0.434286:32:44:49:50:32:44:49:50 chr12 21054918 . T C 478.99 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00875615;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.29;QD=22.2787;RBI=0.0430101;REFB=-0.0181571;REVB=0.0421094;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144414;STB=0.579443;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117794;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:14:26:22:24:14:26 chr12 21176135 . T C 2460.67 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293799;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6778;QD=61.5168;RBI=0.139941;REFB=0;REVB=0.136822;RO=0;SAF=96;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194654;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:160:0:0:160:160:1:64:96:0:0:64:96:0:0 chr12 21201663 . G A 631.22 PASS AF=0.411429;AO=71;DP=174;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.000845643;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.297;QD=14.4279;RBI=0.0480556;REFB=-0.0239378;REVB=0.0480482;RO=103;SAF=34;SAR=37;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376284;STB=0.500397;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0442737;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:103:103:71:72:0.411429:37:34:53:50:35:37:53:50 chr12 21243001 . C T 224.72 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0151462;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.997;QD=12.841;RBI=0.0151594;REFB=0.000570084;REVB=0.000633601;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523258;STB=0.529932;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0017559;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:14:29:17:10:14:29 chr12 21329738 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0696393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4218;QD=20.871;RBI=0.105467;REFB=-0.0152244;REVB=0.079206;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106966;STB=0.560128;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0171281;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:12:8:11:10:12:8 chr12 21331599 . T C 864.58 PASS AF=0.533333;AO=85;DP=167;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00216409;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.62;QD=20.9596;RBI=0.0166058;REFB=-0.00587787;REVB=0.0164642;RO=77;SAF=33;SAR=52;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247998;STB=0.50313;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00593702;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:77:77:85:88:0.533333:52:33:32:45:52:36:32:45 chr12 21375289 . C T 898.35 PASS AF=0.404082;AO=99;DP=244;FAO=99;FDP=245;FR=.;FRO=146;FSAF=23;FSAR=76;FSRF=31;FSRR=115;FWDB=0.0162626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.399;QD=14.667;RBI=0.0181822;REFB=-0.00437905;REVB=-0.00813158;RO=143;SAF=23;SAR=76;SRF=30;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341047;STB=0.517003;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00601184;OID=.;OPOS=21375289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:143:146:99:99:0.404082:76:23:30:113:76:23:31:115 chr12 21428246 . A C 3497.39 PASS AF=0.930769;AO=242;DP=260;FAO=242;FDP=260;FR=.;FRO=18;FSAF=109;FSAR=133;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0510269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0466;QD=53.8059;RBI=0.115026;REFB=-0.122896;REVB=0.103088;RO=3;SAF=109;SAR=133;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276025;STB=0.504305;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00420991;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:260:260:3:18:242:242:0.930769:133:109:1:2:133:109:7:11 chr12 21609773 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7347;QD=58.1363;RBI=0.0719195;REFB=0;REVB=0.0582898;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710427;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 21622051 . A C 1032.46 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183134;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.985;QD=59.8527;RBI=0.0226632;REFB=0;REVB=0.0133506;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21823e-05;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:67:69:1:20:47:0:0:20:49:0:0 chr12 21623179 . T C 505.35 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121025;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2057;QD=59.4529;RBI=0.015398;REFB=0;REVB=-0.00951979;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445861;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 21623969 . A G 734.49 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.585;QD=56.4992;RBI=0.0742325;REFB=0;REVB=0.0320545;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386451;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:27:23:0:0:28:24:0:0 chr12 21654831 . G T 718.66 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0337333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.254;QD=52.2658;RBI=0.0370002;REFB=-0.0314712;REVB=0.0152013;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.53332;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00150108;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:55:0:2:52:53:0.963636:39:13:0:0:39:14:2:0 chr12 21712574 . C T 1041.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8663;QD=59.4949;RBI=0.0633089;REFB=0;REVB=-0.0555036;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587148;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr12 21713402 . T C 1587.79 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.476;QD=64.1533;RBI=0.0180118;REFB=0;REVB=-0.000965294;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06261e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:53:45:0:0:54:45:0:0 chr12 21797029 . A G 739.0 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.159;QD=62.8935;RBI=0.0637644;REFB=0;REVB=0.0516705;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395792;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr12 22017422 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.146;QD=51.9167;RBI=0.0396257;REFB=0;REVB=-0.00262336;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277289;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 22063115 . A G 1184.23 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.612;QD=59.9611;RBI=0.029136;REFB=0;REVB=0.0174215;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90222e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:29:48:0:0:30:49:0:0 chr12 22213786 . C T 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0020025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.674;QD=16.2719;RBI=0.0104145;REFB=-0.000170043;REVB=-0.0102202;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706737;STB=0.503976;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000159146;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:21:18:15:17:21:18 chr12 22348500 . A G 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0230896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.256;QD=19.2536;RBI=0.0233769;REFB=-0.0121115;REVB=0.00365357;RO=51;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709872;STB=0.539276;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.011336;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:23:28:24:27:23:28:24:27 chr12 22354921 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.543;QD=57.6807;RBI=0.0183364;REFB=0;REVB=0.0119148;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64448e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 22478425 . A G 283.35 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00883932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.983;QD=14.9133;RBI=0.0131815;REFB=-0.0251645;REVB=-0.00977852;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581561;STB=0.547915;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0185087;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:12:19:24:19:12:20:24:20 chr12 22602796 . A G 209.31 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0148951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5179;QD=18.6057;RBI=0.0310533;REFB=-0.00277893;REVB=0.0272479;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789497;STB=0.55432;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00602978;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:9:14:11:10:9:15 chr12 22625661 . A G 358.98 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00310722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.402;QD=13.941;RBI=0.00431518;REFB=-0.00512345;REVB=0.00299432;RO=61;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905337;STB=0.542784;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00859412;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:41:42:0.407767:18:23:29:32:19:23:29:32 chr12 22814036 . A G 547.45 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0428484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5444;QD=21.681;RBI=0.043138;REFB=-0.0310722;REVB=0.00498986;RO=45;SAF=36;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801736;STB=0.543022;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0413361;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:46:54:55:0.544554:18:36:26:19:18:37:27:19 chr12 24859899 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.207;QD=61.8526;RBI=0.0451852;REFB=0;REVB=0.0302428;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81211e-05;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr12 24964383 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.494;QD=54.6511;RBI=0.0121355;REFB=0.0835962;REVB=-0.00896543;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136543;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-5.19847e-06;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:1:0:18:34:1:0 chr12 24964523 . C T 700.68 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00246701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5688;QD=50.9586;RBI=0.0316061;REFB=-0.00146503;REVB=-0.0315097;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.53332;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000694576;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:1:3:52:52:0.945455:22:30:0:1:21:31:0:3 chr12 24968131 . G A 145.41 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0173581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.417;QD=26.4372;RBI=0.0178611;REFB=0.00779355;REVB=-0.00420906;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187933;STB=0.580534;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0045169;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:14:15:0.681818:4:10:3:4:5:10:3:4 chr12 24968150 . A C 144.19 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00609966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.573;QD=24.0312;RBI=0.0180405;REFB=-0.0130425;REVB=0.0169781;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636683;STB=0.517218;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00524237;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:6:9:4:4:6:9:5:4 chr12 24970708 . G A 489.57 PASS AF=0.477876;AO=51;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0292805;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.651;QD=17.3301;RBI=0.0404863;REFB=-0.0168738;REVB=-0.0279606;RO=50;SAF=14;SAR=37;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308056;STB=0.645128;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126064;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:50:59:51:54:0.477876:37:14:30:20:38:16:33:26 chr12 25054891 . G A 380.35 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0133455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.165;QD=22.7077;RBI=0.0232242;REFB=0.0166218;REVB=0.0190069;RO=29;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171664;STB=0.594699;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00928292;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:13:25:13:16:13:25:13:16 chr12 25148755 . C G 1450.12 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000701097;FXX=0.0194156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.865;QD=57.4305;RBI=0.0943021;REFB=-0.146046;REVB=0.0942995;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.504347;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00144809;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:101:0:1:99:100:0.990099:42:57:0:0:43:57:1:0 chr12 25242595 . C G 1061.52 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0338822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1929;QD=55.8696;RBI=0.0340575;REFB=0.0251643;REVB=-0.00345105;RO=2;SAF=24;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377907;STB=0.529404;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00256768;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:49:24:2:0:49:24:3:0 chr12 25243115 . G C 738.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227964;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.355;QD=61.5045;RBI=0.024238;REFB=0;REVB=0.00823437;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131794;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:33:12:0:0:33:15:0:0 chr12 25343516 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1824;QD=55.0982;RBI=0.029498;REFB=0;REVB=-0.0285497;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341638;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 740.44 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,4;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021887,0.000443846;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=161.492,116.028;QD=55.882;RBI=0.0285707,0.00061155;REFB=0,0;REVB=0.0183642,0.000420706;RO=0;SAF=28,2;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00168141,0.0556238;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.943396,0.0566038:49,4:53:50,3:53:0:29,1:21,2:0:0:12:0:28,2:21,2:0:0 chr12 25357628 . TA T 285.8 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.91838e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7201;QD=51.9642;RBI=0.0221485;REFB=0;REVB=0.0221483;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000481687;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:14:8:0:0:4:0:14:8:0:0 chr12 25361091 . T C 1794.05 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375024;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.031;QD=60.3042;RBI=0.0544977;REFB=-0.079625;REVB=0.0395421;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.50495;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000365359;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:119:0:1:118:118:0.991597:50:68:0:0:50:68:0:1 chr12 25362217 . A G 1365.88 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0778167;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.451;QD=61.3877;RBI=0.0810006;REFB=-0.108051;REVB=0.0224866;RO=1;SAF=31;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150395;STB=0.507935;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000328077;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:57:31:1:0:57:31:1:0 chr12 25362465 . G A 203.15 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.645;QD=47.8009;RBI=0.0431421;REFB=0;REVB=0.0431202;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105525;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:7:10:0:0 chr12 25362552 . A C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.972;QD=54.5154;RBI=0.0061401;REFB=0;REVB=0.00155316;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33541e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 25368462 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.303;QD=63.6149;RBI=0.0196099;REFB=0;REVB=0.000679817;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21208e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr12 25398284 . C T 494.59 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00591049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.753;QD=20.6081;RBI=0.00742897;REFB=-0.0142656;REVB=0.00450064;RO=48;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186432;STB=0.603051;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.016609;OID=.;OPOS=25398284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:27:21:31:17:27:21:31:17 chr12 25671759 . T A 424.89 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0442534;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8276;QD=16.1863;RBI=0.0564001;REFB=-0.0102012;REVB=0.0349657;RO=57;SAF=27;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957054;STB=0.550999;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0142244;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:57:58:46:47:0.447619:19:27:28:29:20:27:28:30 chr12 26491838 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.556;QD=58.5875;RBI=0.0475371;REFB=0;REVB=0.02707;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197057;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr12 26784850 . G A 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0161857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.562;QD=20.8619;RBI=0.0627644;REFB=-0.0166624;REVB=0.0606415;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100382;STB=0.555531;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0190334;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:25:20:24:19:25:20:24:19 chr12 26809316 . G A 508.65 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0524156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.057;QD=18.166;RBI=0.0554101;REFB=-0.00573873;REVB=0.0179691;RO=57;SAF=28;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903912;STB=0.500662;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00525348;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:58:54:54:0.482143:26:28:29:28:26:28:30:28 chr12 26810777 . T C 1476.72 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00057562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.216;QD=58.4838;RBI=0.0842055;REFB=-0.000381348;REVB=0.0842035;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504504;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=8.28064e-05;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:44:55:1:0:45:55:1:0 chr12 26810816 . T G 474.13 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0229096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8349;QD=17.7244;RBI=0.0229337;REFB=-0.0155077;REVB=0.00105241;RO=53;SAF=30;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142275;STB=0.583668;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0226085;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:56:51:51:0.476636:21:30:23:30:21:30:24:32 chr12 26834804 . T TACTC 1775.03 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=124;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011558;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=4;MLLD=353.291;QD=59.1675;RBI=0.0318412;REFB=-0.0868104;REVB=0.0296694;RO=5;SAF=81;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986705;STB=0.503819;STBP=0.558;TYPE=ins;VARB=0.00144265;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983333:117:124:118:120:2:82:36:1:1:3:5:81:36:4:1 chr12 26868322 . T C 440.41 PASS AF=0.409836;AO=48;DP=121;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-6.02252e-06;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.836;QD=14.4397;RBI=0.00419165;REFB=-0.00657356;REVB=0.00419165;RO=71;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228324;STB=0.627643;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0085008;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:71:72:48:50:0.409836:18:30:29:42:19:31:29:43 chr12 26943170 . A T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00314144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.126;QD=15.1962;RBI=0.00899416;REFB=-0.00313732;REVB=0.0084277;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215753;STB=0.624858;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00486291;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:12:14:6:12:12:14 chr12 27064232 . C T 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.00065603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.039;QD=18.104;RBI=0.0149371;REFB=-0.0131979;REVB=-0.0149227;RO=57;SAF=21;SAR=32;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134558;STB=0.574253;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0160494;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:32:21:15:42:32:21:15:42 chr12 27175640 . A G 1257.96 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568762;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6564;QD=61.364;RBI=0.142221;REFB=0;REVB=-0.130353;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001445;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr12 27470866 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.654;QD=60.2295;RBI=0.0621153;REFB=0;REVB=-0.0603188;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339285;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr12 27627805 . G A 907.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397023;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.828;QD=58.5213;RBI=0.0500674;REFB=0;REVB=0.0305036;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0774e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:48:14:0:0:48:14:0:0 chr12 27800746 . G T 1601.16 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0277975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1538;QD=58.758;RBI=0.0448286;REFB=-0.119141;REVB=0.0351697;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759488;STB=0.503999;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00681036;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:62:46:0:1:62:46:0:1 chr12 27826778 . T G,TG 444.5 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=3,4;DP=39;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392224,0.0633438;FXX=0.153807;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=15.3663,23.221;QD=53.879;RBI=0.0414483,0.0886435;REFB=0,0;REVB=0.0134002,0.06201;RO=30;SAF=2,2;SAR=1,2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107385,-0.0747232;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0878306,-0.00140554;OID=.,.;OPOS=27826778,27826779;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:39:33:30:0:3,4:1,32:0.030303,0.969697:1,2:2,2:17:13:1,11:0,21:0:0 chr12 27849795 . CA GG,TG 730.55 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=54;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012198,-0.026142;FXX=0.0370302;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=48.6513,215.005;QD=56.1962;RBI=0.0251324,0.0283082;REFB=0,0;REVB=-0.0219738,0.0108606;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.041826,-0.000549018;OID=.,.;OPOS=27849795,27849795;OREF=CA,CA;OALT=GG,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:0,28:2,22:0:0:0,28:2,22:0:0 chr12 27867706 . C T 227.17 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00194465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.605;QD=21.132;RBI=0.00437377;REFB=-0.00602884;REVB=-0.00391768;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688806;STB=0.538868;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00254281;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:17:5:6:15:17:5:6:15 chr12 27867727 . G A 242.06 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00808532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.355;QD=22.0053;RBI=0.0143059;REFB=0.00538719;REVB=0.011802;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117929;STB=0.515138;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00619641;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:17:6:5:15:17:6:6:15 chr12 27878475 . G A 813.81 PASS AF=0.52349;AO=77;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0110919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.005;QD=21.8473;RBI=0.0164582;REFB=0.000780484;REVB=-0.012159;RO=71;SAF=36;SAR=41;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836282;STB=0.548441;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00105512;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:77:78:0.52349:41:36:40:31:42:36:40:31 chr12 28102840 . G A 242.11 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0499383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.78;QD=16.9903;RBI=0.0500267;REFB=-0.00936085;REVB=-0.00297313;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608498;STB=0.50404;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0118297;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:11:16:17:12:11:16:18:12 chr12 28457618 . A C 2083.06 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00785858;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.011;QD=60.3786;RBI=0.0208575;REFB=-0.0682296;REVB=0.0193204;RO=1;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683984;STB=0.500213;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000908108;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:139:138:1:2:135:136:0.985507:69:66:0:1:70:66:1:1 chr12 28605426 . G A 450.59 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.015932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.134;QD=21.7151;RBI=0.0199683;REFB=-0.00281807;REVB=-0.0120376;RO=39;SAF=33;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164285;STB=0.591197;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00291977;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:11:33:23:16:11:33:23:16 chr12 28658350 . C T 529.88 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0143035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.741;QD=25.5364;RBI=0.0181883;REFB=0.00184982;REVB=-0.0112349;RO=33;SAF=22;SAR=27;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414139;STB=0.508925;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00158992;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:34:49:49:0.590361:27:22:15:18:27:22:16:18 chr12 29423460 . G A 444.4 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0356999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2187;QD=23.0858;RBI=0.058096;REFB=0.0205113;REVB=0.0458329;RO=34;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014289;STB=0.507856;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0075555;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:22:21:16:18:22:21:16:18 chr12 29493943 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0166466;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=286.571;QD=22.6001;RBI=0.016736;REFB=-0.0173975;REVB=-0.00172795;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595626;STB=0.533304;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0113956;OID=.;OPOS=29493943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:9:11:11:12:9:11 chr12 29604392 . C G 336.18 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00602876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.253;QD=22.4122;RBI=0.0173727;REFB=-0.00842367;REVB=-0.0162931;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451637;STB=0.529588;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0066756;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:26:33:34:0.566667:11:22:16:10:11:23:16:10 chr12 29628016 . G A 362.28 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0599302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.606;QD=23.3728;RBI=0.0599385;REFB=-0.0106816;REVB=-0.000996224;RO=25;SAF=23;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266498;STB=0.638812;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0115017;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:26:36:36:0.580645:13:23:7:18:13:23:8:18 chr12 29630081 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.157;QD=64.4153;RBI=0.0194737;REFB=0;REVB=0.0163792;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68165e-05;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr12 29639186 . T C 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00990475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.203;QD=17.9775;RBI=0.0235206;REFB=-0.0145215;REVB=0.0213335;RO=54;SAF=22;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434502;STB=0.52427;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0173784;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:23:22:24:30:23:22:24:30 chr12 29642573 . A C 222.33 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0321494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8317;QD=16.7793;RBI=0.0612383;REFB=-0.0250516;REVB=0.0521206;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2354;STB=0.619553;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0287055;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:28:23:25:0.471698:16:7:15:13:17:8:15:13 chr12 29648275 . G A 1681.72 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0171846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.489;QD=56.5282;RBI=0.0316503;REFB=-0.0539468;REVB=0.0265788;RO=4;SAF=67;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275039;STB=0.514283;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00324339;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:119:4:4:114:115:0.966387:47:67:4:0:47:68:4:0 chr12 29653884 . T TAG 3488.55 PASS AF=0.876325;AO=236;DP=290;FAO=248;FDP=283;FR=.;FRO=35;FSAF=110;FSAR=138;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00396603;FXX=0.0173605;HRUN=3;LEN=2;MLLD=281.964;QD=49.3082;RBI=0.0160043;REFB=-0.0320632;REVB=0.0155051;RO=37;SAF=102;SAR=134;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00701458;STB=0.509052;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=0.00310075;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.876325:236:290:248:283:35:110:138:13:22:99:37:102:134:15:22 chr12 30841387 . G GT 40.15 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.00340924;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.8916;QD=1.29508;RBI=0.0409907;REFB=-0.00159649;REVB=0.0408486;RO=114;SAF=11;SAR=2;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498384;STB=0.86551;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.142032;OID=.;OPOS=30841388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104839:13:128:13:124:111:11:2:46:65:40:114:11:2:47:67 chr12 31106941 . A C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000469957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7627;QD=17.672;RBI=0.0101649;REFB=0.0126923;REVB=0.010154;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116659;STB=0.565267;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0171534;OID=.;OPOS=31106941;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:19:13:16:14:19:13 chr12 31107131 . A G 266.71 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0165357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.928;QD=20.5161;RBI=0.0170135;REFB=-0.013713;REVB=-0.00400337;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.576869;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.014845;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:24:27:28:0.538462:14:13:9:16:14:14:8:16 chr12 31107323 . T G 195.36 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0729856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5304;QD=17.7596;RBI=0.0883749;REFB=-0.0181115;REVB=0.049832;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166352;STB=0.594502;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0252554;OID=.;OPOS=31107323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:15:9:11:9:15:9 chr12 31107955 . G A 612.98 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.255;QD=61.2984;RBI=0.00867092;REFB=0;REVB=-0.00644815;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54938e-07;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr12 31135478 . T C 1662.9 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609224;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.74;QD=60.4691;RBI=0.0657022;REFB=0;REVB=-0.0246016;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265659;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr12 31135579 . T C 1138.66 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207641;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.33;QD=60.7285;RBI=0.0235952;REFB=0;REVB=0.0112065;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82027e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr12 31231138 . G T 352.89 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0106458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7182;QD=15.8603;RBI=0.0750659;REFB=-0.00677089;REVB=0.0743071;RO=51;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437675;STB=0.524675;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00845284;OID=.;OPOS=31231138;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:21:17:25:26:21:17:25:26 chr12 31237700 . G A 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0188717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.845;QD=6.17976;RBI=0.0201254;REFB=1.54582e-05;REVB=0.00699214;RO=48;SAF=1;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637443;STB=0.90711;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000333478;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:14:1:25:23:14:1:25:23 chr12 31240862 . A T 269.48 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.017226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0226;QD=18.9108;RBI=0.0201874;REFB=-0.051174;REVB=0.0105259;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256105;STB=0.514276;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0582841;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:8:20:20:9:8:20 chr12 31240925 . A G 701.9 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00788981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8959;QD=27.7981;RBI=0.0276099;REFB=-0.0153856;REVB=0.0264586;RO=37;SAF=19;SAR=45;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000341645;STB=0.500185;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112915;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:37:37:64:64:0.633663:45:19:11:26:45:19:11:26 chr12 31242399 . T C 406.57 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0159567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.803;QD=12.8053;RBI=0.0326472;REFB=-0.0132015;REVB=-0.028482;RO=79;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956967;STB=0.554286;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0205576;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:79:48:48:0.377953:25:23:31:48:25:23:31:48 chr12 31244705 . C T 144.57 PASS AF=0.369565;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0702786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5075;QD=12.5709;RBI=0.0751907;REFB=-0.0472106;REVB=-0.0267314;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434755;STB=0.68945;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0593252;OID=.;OPOS=31244705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:29:15:17:0.369565:9:6:22:5:10:7:21:8 chr12 31247682 . T C 117.75 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0141945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.942;QD=4.95807;RBI=0.0183299;REFB=-0.00727553;REVB=0.0115975;RO=76;SAF=8;SAR=11;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13245;STB=0.583982;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0296319;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:11:8:40:36:11:8:40:36 chr12 31249861 . C G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.037967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3457;QD=13.515;RBI=0.0553044;REFB=-0.0101302;REVB=0.040213;RO=41;SAF=25;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39443;STB=0.727539;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0192642;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:3:25:27:14:3:25:28:14 chr12 31253995 . C T 157.66 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0575133;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.443;QD=9.70222;RBI=0.0637323;REFB=-0.00442713;REVB=-0.0274594;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156203;STB=0.58201;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0145758;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:44:20:21:0.323077:8:12:19:22:8:13:22:22 chr12 31255263 . G A 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0253108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.122;QD=25.2451;RBI=0.0327168;REFB=-0.0374736;REVB=0.0207305;RO=22;SAF=6;SAR=22;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656933;STB=0.536558;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0277028;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:22:6:6:16:22:6:6:16 chr12 31255405 . C T 329.92 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00702469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.916;QD=13.6051;RBI=0.0100651;REFB=-0.0130312;REVB=-0.00720829;RO=60;SAF=27;SAR=9;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192613;STB=0.615933;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0253822;OID=.;OPOS=31255405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:60:36:37:0.381443:9:27:36:24:9:28:36:24 chr12 31256905 . T C 142.13 PASS AF=0.322034;AO=20;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0718955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.112;QD=9.63566;RBI=0.0726155;REFB=-0.0307415;REVB=0.0102003;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214158;STB=0.619595;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0467324;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:40:20:19:0.322034:8:12:15:22:8:11:16:24 chr12 31267744 . A C 122.28 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0185219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.761;QD=5.75438;RBI=0.0189927;REFB=-0.00291851;REVB=0.00420246;RO=65;SAF=14;SAR=5;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380918;STB=0.732008;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00821837;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:66:19:19:0.223529:5:14:28:37:5:14:29:37 chr12 31283446 . T G 799.0 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.181;QD=57.0713;RBI=0.090986;REFB=0;REVB=0.0650911;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461376;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:23:30:0:0:23:33:0:0 chr12 31297871 . G C 850.97 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6995;QD=57.6932;RBI=0.0199871;REFB=0;REVB=-0.0139842;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36747e-06;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr12 31300891 . C A 2100.39 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.942;QD=62.6981;RBI=0.00983032;REFB=0;REVB=-0.00877799;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67577e-06;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:74:58:0:0:75:59:0:0 chr12 31648826 . C T 420.21 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.175;QD=56.0286;RBI=0.0775312;REFB=0;REVB=0.0743529;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026745;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:17:13:0:0 chr12 31944567 . T G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00391791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.218;QD=14.7986;RBI=0.00795756;REFB=-0.0149539;REVB=-0.00692624;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.692551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0134422;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:5:8:3:8:5:8 chr12 32134240 . C T 269.58 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00807026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.373;QD=14.1884;RBI=0.00809842;REFB=0.0117424;REVB=-0.000674784;RO=45;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297607;STB=0.668789;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0117619;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:20:11:29:16:20:11:29:16 chr12 32134638 . T C 125.14 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00756927;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.861;QD=19.2526;RBI=0.0113723;REFB=-0.0214613;REVB=0.00848732;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167751;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0158942;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:13:14:0.538462:5:8:5:7:6:8:5:7 chr12 32134943 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0216282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.041;QD=20.8379;RBI=0.0242437;REFB=-0.013399;REVB=-0.0109533;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.624732;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0255738;OID=.;OPOS=32134943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:1:4:4:5:1:4 chr12 32135441 . T C 210.85 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0211041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.744;QD=23.428;RBI=0.0267266;REFB=-0.0239784;REVB=-0.0163991;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508372;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0184196;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:20:21:0.583333:8:12:9:6:8:13:9:6 chr12 32137447 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0139438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.584;QD=13.486;RBI=0.016703;REFB=-0.0131864;REVB=-0.00919577;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0160098;OID=.;OPOS=32137447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:8:3:3:6:8:3 chr12 32137512 . C G 178.5 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0241112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.217;QD=22.3125;RBI=0.0277038;REFB=-0.0243241;REVB=-0.0136437;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322033;STB=0.518096;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0243087;OID=.;OPOS=32137512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:8:6:7:11:8:6 chr12 32261173 . TA T 63.21 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00463995;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.695;QD=16.8547;RBI=0.0212545;REFB=-0.00645314;REVB=0.0207418;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.00395122;OID=.;OPOS=32261174;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:18:8:15:7:5:3:4:3:48:9:5:3:6:3 chr12 32261252 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0159739;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.496;QD=12.0157;RBI=0.0484064;REFB=-0.029183;REVB=-0.0456948;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0349699;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr12 32261435 . A G 150.05 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00627987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.201;QD=19.361;RBI=0.0103915;REFB=-0.00856635;REVB=-0.00827927;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137869;STB=0.578413;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00777419;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:8:7:10:6:8:7 chr12 32481369 . C T 213.64 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0246412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.421;QD=18.5769;RBI=0.155153;REFB=-0.00780436;REVB=-0.153184;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338624;STB=0.541627;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0007954;OID=.;OPOS=32481369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:25:18:21:0.456522:7:11:13:0:10:11:15:10 chr12 32552769 . C G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000581065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.989;QD=22.3966;RBI=0.00427441;REFB=-0.0203929;REVB=0.00423473;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330235;STB=0.516116;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0220992;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:25:25:0.520833:16:9:8:14:16:9:9:14 chr12 32886672 . A G 574.44 PASS AF=0.5;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00726081;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.894;QD=19.4725;RBI=0.0220476;REFB=-0.0131665;REVB=0.0208177;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393083;STB=0.525547;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0132502;OID=.;OPOS=32886672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:59:59:59:0.5:31:28:25:33:31:28:25:34 chr12 32943927 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.311;QD=57.3858;RBI=0.0262336;REFB=0;REVB=0.0187853;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82664e-05;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr12 33030995 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0167827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.886;QD=14.2412;RBI=0.0182254;REFB=-0.0183852;REVB=-0.00710678;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494202;STB=0.528276;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0214619;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:17:14:11:11:17:14 chr12 33529626 . G T 35.64 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00825393;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.676;QD=4.91586;RBI=0.02123;REFB=-0.00522662;REVB=-0.0195598;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223454;STB=0.650654;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00462513;OID=.;OPOS=33529626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:11:12:2:4:11:12 chr12 33538179 . C T 346.52 PASS AF=0.369369;AO=40;DP=109;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0076949;FXX=0.0672212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.756;QD=12.4871;RBI=0.011416;REFB=-0.00786046;REVB=0.00843294;RO=67;SAF=27;SAR=13;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17652;STB=0.594994;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0306113;OID=.;OPOS=33538179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:67:70:40:41:0.369369:13:27:35:32:14:27:36:34 chr12 38710819 . C T 866.09 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=135;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0277463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1287;QD=25.6619;RBI=0.0597799;REFB=-0.00127085;REVB=0.0529507;RO=56;SAF=36;SAR=43;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202837;STB=0.511033;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00104814;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:56:56:79:79:0.585185:43:36:27:29:43:36:27:29 chr12 38712142 . C G 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.12;QD=61.9094;RBI=0.0196929;REFB=0;REVB=-0.00419647;RO=0;SAF=88;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91329e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:79:88:0:0:79:88:0:0 chr12 39087609 . G A 238.16 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0680261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6744;QD=12.2134;RBI=0.078424;REFB=-0.00828466;REVB=0.0390227;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617677;STB=0.535529;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00897695;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:23:26:17:12:23:26 chr12 39096664 . T A 1459.77 PASS AF=0.5;AO=143;DP=287;FAO=144;FDP=288;FR=.;FRO=144;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=0.00134155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.616;QD=20.2746;RBI=0.00664338;REFB=2.1106e-05;REVB=-0.00650651;RO=140;SAF=77;SAR=66;SRF=60;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990169;STB=0.545067;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-2.34112e-05;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:140:144:143:144:0.5:66:77:60:80:67:77:64:80 chr12 39233771 . A G 444.55 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00473058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.732;QD=20.4392;RBI=0.00544289;REFB=-0.00228914;REVB=0.00269196;RO=41;SAF=29;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198166;STB=0.610969;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00356941;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:43:44:44:0.505747:15:29:18:23:15:29:19:24 chr12 39266792 . AG GT,TG 56.11 PASS AF=0,0.142857;AO=9,12;DP=97;FAO=0,13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00213423,0.00271495;FXX=0.0714213;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=36.3574,88.5978;QD=2.46658;RBI=0.234909,0.0284348;REFB=-0.0226122,-0.00527255;REVB=-0.234899,-0.0283049;RO=65;SAF=0,11;SAR=9,1;SRF=36;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677558,0.529217;STB=0.5,0.903273;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0561606,0.13724;OID=.,.;OPOS=39266792,39266792;OREF=AG,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:97:91:65:78:9,12:0,13:0,0.142857:9,1:0,11:36:29:0,1:0,12:39:39 chr12 39698647 . A G 466.49 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00270046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.383;QD=22.4814;RBI=0.00407121;REFB=-0.0110037;REVB=0.00304667;RO=37;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501778;STB=0.522378;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0107229;OID=.;OPOS=39698647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:38:45:45:0.542169:18:27:20:17:18:27:21:17 chr12 39735348 . C A 72.43 PASS AF=0.434783;AO=7;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.101951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0549;QD=12.5966;RBI=0.102811;REFB=-0.0410334;REVB=0.0132738;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0262931;OID=.;OPOS=39735348;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:23:9:13:7:10:0.434783:3:4:3:6:3:7:6:7 chr12 40010863 . C T 436.83 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.959;QD=16.6413;RBI=0.0155934;REFB=-0.00434637;REVB=-0.00170453;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100036;STB=0.555796;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00403891;OID=.;OPOS=40010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:26:22:32:25:26:22:32:25 chr12 40148894 . TTAAAAAAAG AAAATAAATT,TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG 343.67 PASS AF=0.0493827,0.54321,0,0,0;AO=4,22,14,5,10;DP=95;FAO=4,44,0,0,0;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=4,14,0,0,0;FSAR=0,30,0,0,0;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0499032,0.0697971,-0.165597,-0.262876,-0.23521;FXX=0.138283;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=10,2,1,2,1;MLLD=197.672,17.0813,9.12994,15.4506,9.14958;QD=16.9714;RBI=0.0583831,0.124273,0.19601,0.265899,0.235406;REFB=-0.0261766,-0.111508,-0.121655,-0.0974608,-0.0153825;REVB=-0.0303027,-0.10282,-0.104869,-0.0399795,-0.00961406;RO=21;SAF=4,3,11,4,4;SAR=0,19,3,1,6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.606674,-0.506581,0.214111,0.249997,-0.240053;STB=0.995965,0.698398,0.5,0.5,0.5;STBP=0.195,0,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,snp;VARB=0.0609905,0.110929,0.0467956,0.0463161,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=40148894,40148895,40148896,40148902,40148896;OREF=TTAAAAAAAG,TA,A,AG,A;OALT=AAAATAAATT,-,-,GA,T;OMAPALT=AAAATAAATT,TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:95:81:21:33:4,22,14,5,10:4,44,0,0,0:0.0493827,0.54321,0,0,0:0,19,3,1,6:4,3,11,4,4:13:8:0,30,0,0,0:4,14,0,0,0:26:7 chr12 40152900 . G A 1394.07 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.468;QD=62.6549;RBI=0.0145192;REFB=0;REVB=0.0136309;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11165e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:42:44:0:0:44:45:0:0 chr12 40619082 . G A 1343.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386347;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.011;QD=62.4717;RBI=0.00856951;REFB=0;REVB=-0.00764919;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40249e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr12 40713834 . C A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0132374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.039;QD=13.4591;RBI=0.0133747;REFB=-0.0223897;REVB=0.00191153;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896757;STB=0.571341;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0347056;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:8:7:10:16:8:8:10:16 chr12 40713873 . A G 198.26 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0148913;FXX=0.017854;HRUN=8;LEN=1;MLLD=348.385;QD=14.419;RBI=0.0175302;REFB=-0.00654863;REVB=0.00924975;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244983;STB=0.591319;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00018228;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:30:21:22:0.4:11:10:5:18:12:10:9:21 chr12 40713901 . T A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0243673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.701;QD=13.4055;RBI=0.0256175;REFB=-0.00683149;REVB=-0.00790493;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141635;STB=0.58723;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0147208;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:10:23:13:10:10:24 chr12 40716260 . T C 325.81 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0336498;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7854;QD=13.1641;RBI=0.0366545;REFB=-0.0126672;REVB=0.014534;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617823;STB=0.539594;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0152313;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:60:61:38:38:0.383838:20:18:25:35:20:18:25:36 chr12 40742254 . G A 442.24 PASS AF=0.505747;AO=42;DP=85;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0066253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.645;QD=20.3329;RBI=0.00669011;REFB=-0.0212969;REVB=-0.000928947;RO=43;SAF=12;SAR=30;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115079;STB=0.542571;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0224529;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:43:43:42:44:0.505747:30:12:17:26:30:14:17:26 chr12 40757328 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00288208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.058;QD=16.4076;RBI=0.00528876;REFB=-0.0209039;REVB=0.00443448;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215344;STB=0.62253;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0259825;OID=.;OPOS=40757328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:20:9:11:10:20:9 chr12 40758652 . T C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00433274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.091;QD=21.8389;RBI=0.0155742;REFB=-0.00130987;REVB=0.0149593;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106003;STB=0.550733;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00171436;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:9:16:12:11:9:16:13:11 chr12 40805948 . G C 91.54 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0198582;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.103;QD=14.0834;RBI=0.0348323;REFB=-0.0132562;REVB=-0.0286172;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489301;STB=0.783842;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0337079;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:3:12:3:8:3:12 chr12 40820208 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0148278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.387;QD=15.7821;RBI=0.0235881;REFB=-0.00140911;REVB=-0.0183449;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191115;STB=0.608601;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00205246;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:12:17:9:14:12:17 chr12 40821176 . G A 342.3 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0330445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9672;QD=12.9168;RBI=0.0526157;REFB=0.00441366;REVB=-0.0409448;RO=65;SAF=17;SAR=24;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230053;STB=0.630373;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00892233;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:24:17:41:24:24:17:41:24 chr12 40821867 . G A 432.35 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00851281;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.234;QD=16.1627;RBI=0.0242183;REFB=-0.0151672;REVB=0.0226728;RO=58;SAF=8;SAR=39;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204879;STB=0.627847;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0178595;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:59:47:48:0.448598:39:8:18:40:40:8:19:40 chr12 40832126 . C T 344.42 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0132788;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0724;QD=18.1272;RBI=0.015848;REFB=-0.00484074;REVB=0.00865048;RO=39;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158583;STB=0.597078;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00166043;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:25:11:18:21:25:11:19:21 chr12 40832161 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00965154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.387;QD=12.0148;RBI=0.0097575;REFB=-0.000567533;REVB=0.00143406;RO=34;SAF=3;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3741;STB=0.722241;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00112128;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:17:3:14:20:17:3:14:20 chr12 40834376 . C G 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0096692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.871;QD=14.8327;RBI=0.00986954;REFB=-0.0136211;REVB=-0.0019785;RO=48;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363298;STB=0.705761;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0201471;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:10:24:17:31:10:24:17:31 chr12 40834955 . C A 632.13 PASS AF=0.413793;AO=71;DP=175;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0247605;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.954;QD=14.5316;RBI=0.0250004;REFB=-0.0198847;REVB=0.00345492;RO=102;SAF=31;SAR=40;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152989;STB=0.512164;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.026885;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:102:102:71:72:0.413793:40:31:46:56:41:31:46:56 chr12 40835734 . C G 432.71 PASS AF=0.426087;AO=47;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0191317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5698;QD=15.0508;RBI=0.0329801;REFB=-0.0191525;REVB=-0.0268638;RO=66;SAF=18;SAR=29;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460347;STB=0.507034;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0270884;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:47:49:0.426087:29:18:25:41:31:18:25:41 chr12 40835749 . T C 654.15 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00923562;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.853;QD=24.0056;RBI=0.0124828;REFB=0.000481613;REVB=0.00839782;RO=46;SAF=22;SAR=41;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353615;STB=0.51931;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.000304215;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:46:46:63:63:0.577982:41:22:18:28:41:22:18:28 chr12 40837264 . T C 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00805735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.526;QD=23.8998;RBI=0.0182805;REFB=-0.0404597;REVB=0.016409;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451551;STB=0.515683;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0436966;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:15:12:11:11:15:12:11:12 chr12 40838216 . T C 634.03 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0163124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7652;QD=15.9503;RBI=0.0446125;REFB=-0.0116709;REVB=0.0415232;RO=89;SAF=38;SAR=32;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306269;STB=0.517061;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0161325;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:32:38:51:38:32:38:51:38 chr12 40840325 . T C 463.44 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0194683;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8092;QD=17.4882;RBI=0.0196876;REFB=0.0234121;REVB=-0.00293052;RO=56;SAF=17;SAR=33;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547418;STB=0.530491;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0265864;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:56:50:50:0.471698:33:17:22:34:33:17:22:34 chr12 40841938 . G T 309.76 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00699175;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.478;QD=11.0629;RBI=0.00701155;REFB=-0.00287236;REVB=-0.000526657;RO=73;SAF=16;SAR=23;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170928;STB=0.606861;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0051903;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:73:73:39:39:0.348214:23:16:41:32:23:16:42:31 chr12 40843504 . A C 324.16 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00517967;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=21.9773;RBI=0.0123732;REFB=-0.0160503;REVB=0.0112369;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427217;STB=0.5236;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0197393;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:16:17:12:14:16:17:12:14 chr12 40857943 . A C 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0217722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.861;QD=17.4999;RBI=0.0255185;REFB=0.00693385;REVB=0.0133103;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156197;STB=0.517228;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00691436;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:12:14:15:12:12:14:16:12 chr12 40930709 . G C 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0206764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1157;QD=21.2922;RBI=0.0226641;REFB=-0.0178614;REVB=-0.00928141;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181881;STB=0.602208;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0242841;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:14:11:16:9:14:11 chr12 40931655 . G A 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0198875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.108;QD=18.3088;RBI=0.0207665;REFB=-0.00669143;REVB=0.00597787;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16093;STB=0.577847;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00765614;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:40:37:37:0.480519:23:14:21:17:23:14:21:19 chr12 40932661 . G A 299.7 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0374475;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=15.9842;RBI=0.0381464;REFB=-0.00180248;REVB=-0.00726858;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391578;STB=0.51604;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00202542;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:42:33:33:0.44:14:19:22:19:14:19:23:19 chr12 40943970 . G A 210.92 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0376347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.275;QD=14.0611;RBI=0.0439862;REFB=-0.0265546;REVB=-0.0227688;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161149;STB=0.583825;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0283823;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:15:10:19:15:15:10:19:16 chr12 40951596 . A G 556.6 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0173388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.066;QD=18.7091;RBI=0.0431017;REFB=-0.00941285;REVB=0.0394604;RO=61;SAF=31;SAR=27;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919602;STB=0.50509;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00741208;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:27:31:32:29:27:31:32:29 chr12 40951605 . G A 553.54 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00534984;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.664;QD=18.1489;RBI=0.00590932;REFB=-0.00527482;REVB=0.00250982;RO=65;SAF=31;SAR=27;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380631;STB=0.506536;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00829468;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:64:58:58:0.47541:27:31:35:30:27:31:35:29 chr12 40951950 . G A 347.92 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00614218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2559;QD=20.1691;RBI=0.0159402;REFB=-0.00101787;REVB=0.0147093;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103369;STB=0.562666;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000849511;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:16:19:14:19:16:20:14:19 chr12 41352977 . C T 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00236696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.687;QD=11.8293;RBI=0.022292;REFB=-0.000548571;REVB=-0.022166;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307581;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00117064;OID=.;OPOS=41352977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:10:8:8:3:10:8 chr12 41900422 . G A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0261654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.235;QD=4.78745;RBI=0.0314491;REFB=0.00492147;REVB=-0.0174476;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945574;STB=0.506313;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0328661;OID=.;OPOS=41900422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:13:21:5:3:13:21 chr12 41967677 . G A 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.003006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.803;QD=44.8241;RBI=0.0438554;REFB=-0.0351665;REVB=-0.0437523;RO=5;SAF=16;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177531;STB=0.509572;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00718919;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:14:16:3:2:14:16:3:2 chr12 42503467 . T C 460.35 PASS AF=0.85;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.012741;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.755;QD=46.035;RBI=0.0193948;REFB=-0.00492861;REVB=-0.0146228;RO=6;SAF=20;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722571;STB=0.538899;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00103518;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:40:6:6:34:34:0.85:14:20:2:4:14:20:2:4 chr12 42554505 . A G 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0881175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9338;QD=46.9546;RBI=0.0911798;REFB=-0.0219142;REVB=-0.023432;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061324;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00178416;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:0:1:7:13:0:1 chr12 42599696 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.166;QD=48.7373;RBI=0.0561829;REFB=0;REVB=0.0292893;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498137;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 42629550 . T C 591.73 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0251449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.764;QD=56.3547;RBI=0.0394989;REFB=-0.160853;REVB=0.0304614;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571792;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:20:20:0:1:20:20:1:1 chr12 42636124 . A G 595.0 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.484;QD=61.0259;RBI=0.0341027;REFB=0;REVB=0.0303049;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112982;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr12 42839836 . A C 855.73 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5768;QD=55.2085;RBI=0.0439856;REFB=-0.171522;REVB=0.0324844;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00382601;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:29:31:0:2:30:31:0:1 chr12 42853507 . GA G 266.67 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.117969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.5499;QD=36.7824;RBI=0.128167;REFB=0.0144258;REVB=-0.0500998;RO=3;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794778;STB=0.542825;STBP=0.209;TYPE=del;VARB=-0.0106518;OID=.;OPOS=42853508;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552:26:29:26:29:3:16:10:3:0:10:3:16:10:3:0 chr12 42853520 . A G 258.77 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0104108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.815;QD=38.3358;RBI=0.0235571;REFB=-0.00491389;REVB=-0.0211318;RO=5;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471806;STB=0.525669;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00101109;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:7:15:4:1:7:15:4:1 chr12 42854205 . A G 38.27 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00872177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.419;QD=2.78319;RBI=0.0217025;REFB=-0.00378445;REVB=-0.0198728;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314577;STB=0.735385;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0328688;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:55:47:48:7:7:0.127273:2:5:21:26:2:5:21:27 chr12 42854208 . A G 31.17 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0200347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.91;QD=2.35215;RBI=0.0269255;REFB=-0.00434714;REVB=-0.0179887;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228585;STB=0.674422;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0247789;OID=.;OPOS=42854208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:22:25:2:4:22:25 chr12 42863266 . C T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00595478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.107;QD=4.70059;RBI=0.0271713;REFB=-0.0022;REVB=0.0265108;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388399;STB=0.756883;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00906622;OID=.;OPOS=42863266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:5:2:18:11:5:2:18:11 chr12 43860526 . A G 975.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.88;QD=58.2569;RBI=0.0076304;REFB=0;REVB=0.000935293;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19699e-05;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:34:27:0:0:35:32:0:0 chr12 45269284 . C T 383.56 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0304239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9899;QD=20.1872;RBI=0.0382463;REFB=-0.0127275;REVB=-0.0231769;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138682;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0128105;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:21:16:23:16:21:16 chr12 45307633 . T C 533.11 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00941255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.558;QD=15.4525;RBI=0.0105545;REFB=-0.00394664;REVB=-0.00477506;RO=80;SAF=28;SAR=30;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178213;STB=0.509997;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00715406;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:80:58:58:0.42029:30:28:40:40:30:28:40:40 chr12 45410075 . A G 1654.07 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188162;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.715;QD=59.074;RBI=0.0190466;REFB=0;REVB=0.00295406;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018499;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:107:112:1:44:63:0:0:45:67:0:0 chr12 45417666 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.036;QD=53.9112;RBI=0.0479558;REFB=0;REVB=0.0471921;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364633;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 45567488 . C A 418.02 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0274653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7691;QD=19.9059;RBI=0.0420486;REFB=-0.00619995;REVB=-0.0318393;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642782;STB=0.535657;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00591069;OID=.;OPOS=45567488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:22:20:23:19:22:20:23:19 chr12 45610426 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0176031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.541;QD=16.728;RBI=0.0176535;REFB=-0.00583113;REVB=-0.00133243;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331451;STB=0.693062;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00930318;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:3:13:10:9:3:13:10:9 chr12 45610529 . C A 742.88 PASS AF=0.432432;AO=79;DP=188;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=60;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.024626;FXX=0.0159566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4991;QD=16.0623;RBI=0.0249662;REFB=-0.00883259;REVB=-0.00410738;RO=104;SAF=60;SAR=19;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287663;STB=0.656493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126253;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:185:104:105:79:80:0.432432:19:60:53:51:20:60:53:52 chr12 45824840 . A T 581.21 PASS AF=0.421769;AO=62;DP=147;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0187313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9702;QD=15.8153;RBI=0.0211889;REFB=0.00434883;REVB=-0.00990492;RO=84;SAF=18;SAR=44;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183536;STB=0.600649;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00630906;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:85:62:62:0.421769:44:18:38:46:44:18:38:47 chr12 45825730 . C G 350.39 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00586746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.513;QD=28.6034;RBI=0.00830445;REFB=-0.00573191;REVB=-0.00587681;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232716;STB=0.507687;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0042005;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:19:10:6:13:20:10:6:13 chr12 46321514 . A T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00372449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.728;QD=16.0426;RBI=0.00473089;REFB=-0.00826579;REVB=-0.00291712;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1184;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00882821;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:12:14:8:11:12:14 chr12 46367939 . G T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00555225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.964;QD=13.0463;RBI=0.00556649;REFB=-0.011298;REVB=0.000397867;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880493;STB=0.550232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00719227;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:17:13:17:31:17:13:17:31 chr12 46367944 . A G 466.06 PASS AF=0.586667;AO=45;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00612142;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.699;QD=24.8566;RBI=0.00612433;REFB=-0.0132308;REVB=-0.000188934;RO=31;SAF=18;SAR=27;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100403;STB=0.500319;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114562;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:31:45:44:0.586667:27:18:12:19:27:17:12:19 chr12 46385815 . C T 521.62 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0586323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0776;QD=16.9631;RBI=0.0743765;REFB=-0.0238831;REVB=0.0457616;RO=65;SAF=29;SAR=27;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348507;STB=0.526935;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0235882;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:67:56:56:0.455285:27:29:36:29:27:29:38:29 chr12 46758494 . A G 303.16 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.577;QD=52.7236;RBI=0.0368116;REFB=0;REVB=0.036518;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242563;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:8:10:0:0:12:11:0:0 chr12 46759017 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.387;QD=57.2026;RBI=0.0286165;REFB=0;REVB=-0.0285662;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09462e-05;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr12 46761127 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.651;QD=55.0986;RBI=0.0398936;REFB=0;REVB=0.0171599;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153569;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr12 47168898 . G A 1501.82 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175044;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.651;QD=61.2988;RBI=0.034058;REFB=-0.0861517;REVB=0.0292155;RO=1;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010656;STB=0.500856;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000549874;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:44:52:0:1:44:52:1:1 chr12 47470219 . A AACTAT 142.91 PASS AF=0.28169;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0164764;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=5;MLLD=302.236;QD=8.0514;RBI=0.0176465;REFB=-0.00267206;REVB=0.00631895;RO=52;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917775;STB=0.574055;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.00768284;OID=.;OPOS=47470220;OREF=-;OALT=ACTAT;OMAPALT=AACTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28169:19:73:20:71:51:6:14:20:31:99:52:6:13:20:32 chr12 47470223 . T A,TTACTA 839.43 PASS AF=0.442623,0.557377;AO=32,33;DP=69;FAO=27,34;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=10,13;FSAR=17,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593301,0.00204398;FXX=0.061529;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=169.055,208.294;QD=55.0445;RBI=0.0069888,0.00244022;REFB=-0.0852224,-0.0261996;REVB=0.00369361,0.00133298;RO=4;SAF=12,13;SAR=20,20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0273288,-0.0222204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0148017,-0.0043149;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:69:61:4:0:32,33:27,34:0.442623,0.557377:20,20:12,13:2:2:17,21:10,13:0:0 chr12 47470239 . G C 235.41 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0470116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.644;QD=13.2627;RBI=0.0544648;REFB=0.0011506;REVB=0.0275013;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256539;STB=0.520647;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00141851;OID=.;OPOS=47470239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:16:12:17:25:16:12:17:26 chr12 47472809 . C T 449.69 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.589;QD=18.9345;RBI=0.0325816;REFB=-0.0127176;REVB=-0.0308433;RO=48;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116451;STB=0.503525;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0153654;OID=.;OPOS=47472809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:50:45:45:0.473684:24:21:23:25:24:21:23:27 chr12 47581629 . T C 775.25 PASS AF=0.524476;AO=72;DP=138;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0281972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.178;QD=21.6853;RBI=0.0295716;REFB=-0.0153556;REVB=-0.00891055;RO=65;SAF=37;SAR=35;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613293;STB=0.538093;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0198016;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:65:68:72:75:0.524476:35:37:38:27:38:37:39:29 chr12 47740069 . C A 2306.67 PASS AF=0.993197;AO=142;DP=143;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.459;QD=62.7666;RBI=0.0633901;REFB=-0.100252;REVB=0.0614531;RO=1;SAF=79;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748786;STB=0.503703;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00207041;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:147:1:1:142:146:0.993197:63:79:0:1:67:79:0:1 chr12 48134695 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00213606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0355;QD=17.5597;RBI=0.0299268;REFB=0.0106776;REVB=0.0298505;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845838;STB=0.548333;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0112566;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:11:10:7:11:11:10 chr12 48144925 . T C 1063.09 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.061;QD=59.8921;RBI=0.0643165;REFB=0;REVB=0.0469998;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90434e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:26:43:0:0:28:43:0:0 chr12 48176792 . C T 744.25 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0744;QD=63.3401;RBI=0.106923;REFB=0;REVB=0.100389;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127601;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:30:17:0:0 chr12 48176900 . T G 402.33 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8365;QD=55.4938;RBI=0.0399212;REFB=0;REVB=-0.0206394;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77158e-05;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:12:12:0:0:15:14:0:0 chr12 48177170 . C G 203.37 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0101108;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.336;QD=14.2717;RBI=0.0151591;REFB=-0.00111077;REVB=-0.0112947;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252775;STB=0.616642;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00135938;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:33:24:24:0.421053:9:15:10:18:9:15:14:19 chr12 48177238 . A G 1586.78 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00083987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.619;QD=63.4711;RBI=0.00935057;REFB=0;REVB=0.00931277;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010175;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:47:50:0:0:48:52:0:0 chr12 48191200 . C CG 44.69 PASS AF=0.206349;AO=11;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0205746;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.3227;QD=2.83716;RBI=0.0413107;REFB=-0.00269458;REVB=0.0358226;RO=50;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603525;STB=0.834721;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0104682;OID=.;OPOS=48191201;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:11:63:13:63:50:10:3:15:35:44:50:9:2:14:36 chr12 48237735 . CA C,CG,GC 257.9 PASS AF=0.6,0,0;AO=20,2,2;DP=40;FAO=24,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00277643,-0.00359385,-0.00454726;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=136.308,133.807,136.569;QD=25.7898;RBI=0.0251258,0.00365243,0.0899619;REFB=0.000345481,0.000173028,-0.00109075;REVB=-0.0249719,-0.000651524,-0.089847;RO=14;SAF=6,1,1;SAR=14,1,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.264418,-0.148032,-0.148032;STB=0.643946,0.5,0.5;STBP=0.027,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00231211,0.0395025,0;OID=.,.,.;OPOS=48237736,48237736,48237735;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GC;OMAPALT=C,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:16:20,2,2:24,0,0:0.6,0,0:14,1,1:6,1,1:9:5:16,0,0:8,0,0:11:5 chr12 48238757 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00498079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.701;QD=15.2296;RBI=0.0156742;REFB=-0.0146843;REVB=-0.0148617;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671307;STB=0.503872;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0166502;OID=.;OPOS=48238757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:9:19:13:6:9:19 chr12 48272895 . A G 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00676458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.892;QD=18.9039;RBI=0.0104132;REFB=-0.0169587;REVB=-0.00791679;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419348;STB=0.532093;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0161547;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:26:13:15:25:26:13:16:25 chr12 48359984 . C T 1491.44 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0845671;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1318;QD=61.5029;RBI=0.102614;REFB=-0.194402;REVB=0.0581208;RO=2;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225661;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0058842;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:41:54:0:2:41:54:0:2 chr12 48367976 . C T 1157.62 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.009;QD=59.3652;RBI=0.0334075;REFB=-0.150707;REVB=0.0226665;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000449047;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:39:38:0:0:39:38:1:0 chr12 48413944 . C T 704.17 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0769811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9464;QD=59.9295;RBI=0.0772401;REFB=-0.153561;REVB=0.0063194;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140319;STB=0.507243;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00703068;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:33:12:0:1:34:12:0:1 chr12 48413950 . A C 582.01 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.1405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0679;QD=52.9101;RBI=0.159712;REFB=-0.106967;REVB=0.075946;RO=4;SAF=9;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469361;STB=0.508193;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0127728;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:44:4:3:39:41:0.931818:30:9:1:3:31:10:1:2 chr12 48438140 . CATATATATATATATATATG CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA 493.71 PASS AF=0.885714,0.0857143;AO=26,2;DP=39;FAO=31,3;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.23156,0.229457;FXX=0.0789266;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=103.335,70.1811;QD=56.4234;RBI=0.263453,0.237979;REFB=-0.209628,-0.00608373;REVB=0.125649,-0.0631155;RO=0;SAF=16,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.71087e-08,0;STB=0.523794,0.994936;STBP=0.272,0.122;TYPE=del,mnp;VARB=0.0303907,0.101261;OID=.,.;OPOS=48438141,48438157;OREF=AT,ATG;OALT=-,GTA;OMAPALT=CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885714,0.0857143:26,2:39:31,3:35:1:21,3:10,0:0:1:14:0:16,2:10,0:0:0 chr12 48501161 . A T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.856;QD=58.5994;RBI=0.0190991;REFB=0;REVB=-0.00145224;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53471e-05;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr12 48512285 . C A 1003.6 PASS AF=1;AO=62;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.316;QD=59.0351;RBI=0.0259296;REFB=0;REVB=0.0248786;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117447;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:62:68:1:37:25:0:0:43:25:0:0 chr12 48542882 . G A 621.73 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0135039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8046;QD=19.7374;RBI=0.0147152;REFB=0.00222043;REVB=0.00584649;RO=63;SAF=29;SAR=34;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575863;STB=0.531776;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00291486;OID=.;OPOS=48542882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:34:29:33:30:34:29:33:30 chr12 48542993 . G A 1981.98 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286811;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.426;QD=60.5185;RBI=0.0289729;REFB=0.0159735;REVB=0.00410223;RO=1;SAF=66;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714636;STB=0.507462;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-6.59221e-05;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:131:1:2:129:129:0.984733:63:66:1:0:63:66:2:0 chr12 48579598 . C T 115.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0243719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.979;QD=10.7116;RBI=0.0542158;REFB=-0.0164582;REVB=-0.048429;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799514;STB=0.558058;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0594701;OID=.;OPOS=48579598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:7:7:12:16:7:7:12:17 chr12 48866585 . A C 804.93 PASS AF=0.66055;AO=71;DP=108;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0022269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.022;QD=29.5387;RBI=0.0128148;REFB=0.0125921;REVB=0.0126199;RO=37;SAF=33;SAR=38;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206545;STB=0.508864;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00612553;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:37:37:71:72:0.66055:38:33:16:21:39:33:16:21 chr12 48866792 . C T 446.29 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0361531;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.933;QD=20.5191;RBI=0.0371636;REFB=-0.00763535;REVB=-0.00860741;RO=44;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14293;STB=0.57407;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00569129;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:43:44:44:0.505747:23:21:28:16:23:21:27:16 chr12 48919556 . A G 412.74 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0125264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.434;QD=18.7611;RBI=0.0145541;REFB=-0.0117627;REVB=-0.0074103;RO=46;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126323;STB=0.507039;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0136725;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:27:15:17:29:27:15:17:29 chr12 48919659 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0133088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.722;QD=16.417;RBI=0.0133136;REFB=-0.00283021;REVB=-0.000358312;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00357608;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:9:7:8:6:9:7 chr12 48919796 . C T 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00927626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.864;QD=16.0435;RBI=0.0230264;REFB=-0.00147585;REVB=0.0210753;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00218819;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:14:12:8:11:14:12 chr12 48920006 . G A 286.6 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0965613;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4294;QD=15.4921;RBI=0.0970749;REFB=-0.0635328;REVB=-0.00997268;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543121;STB=0.536604;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0825245;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:42:32:32:0.432432:15:17:24:17:15:17:25:17 chr12 48953682 . G A 271.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.038513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0147;QD=23.5943;RBI=0.0587206;REFB=-0.0162722;REVB=0.0443267;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180429;STB=0.601094;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.021517;OID=.;OPOS=48953682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:7:18:11:10:7:18:11:10 chr12 48953932 . G A 71.46 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.012356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4575;QD=7.93987;RBI=0.0717672;REFB=-0.00874166;REVB=0.0706956;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277258;STB=0.517207;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0257977;OID=.;OPOS=48953932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:11:15:6:4:11:15 chr12 48954040 . A G 201.81 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00757724;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7194;QD=15.2306;RBI=0.00794775;REFB=-0.0123577;REVB=-0.00239836;RO=29;SAF=22;SAR=1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568541;STB=0.85168;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0184048;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:1:22:20:9:1:22:20:10 chr12 48954175 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.021838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.35;QD=16.2791;RBI=0.0222697;REFB=-0.0110984;REVB=0.00436348;RO=33;SAF=21;SAR=7;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499905;STB=0.52807;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.014835;OID=.;OPOS=48954175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:7:21:26:7:7:21:26:7 chr12 48954225 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00229974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8537;QD=13.9118;RBI=0.0181023;REFB=-0.00649309;REVB=0.0179556;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303603;STB=0.6715;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.012948;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:25:6:10:11:25:6 chr12 49048738 . G T 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00887892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.157;QD=19.0438;RBI=0.00896482;REFB=-0.00155602;REVB=0.00123808;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680624;STB=0.537878;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00145898;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:22:20:22:18:22:20 chr12 49075811 . T G 326.27 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0214136;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.606;QD=19.7737;RBI=0.0271557;REFB=-0.0256643;REVB=0.0166999;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781437;STB=0.543453;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0259893;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:16:16:14:20:16:16 chr12 49086963 . G A 445.78 PASS AF=0.5;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0158189;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.618;QD=20.2626;RBI=0.0383886;REFB=-0.0261563;REVB=-0.0349778;RO=39;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134218;STB=0.579264;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0278789;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:39:44:44:44:0.5:19:25:16:23:19:25:18:26 chr12 49221622 . G A 180.64 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0112901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.049;QD=13.3806;RBI=0.0124277;REFB=-0.0271366;REVB=-0.00519427;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116792;STB=0.546057;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0394867;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:7:14:18:14:8:14:18:14 chr12 49222217 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0294326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.273;QD=22.7198;RBI=0.030838;REFB=-0.0427923;REVB=-0.00920369;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682412;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0110932;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:3:6:8:6:3:6 chr12 49230035 . T G 149.02 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0498787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.454;QD=18.6281;RBI=0.0499898;REFB=-0.0218958;REVB=0.00332997;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.593637;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.027275;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:7:8:5:11:8:8:5:11 chr12 49255798 . G C 295.81 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00780322;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.363;QD=15.1696;RBI=0.020961;REFB=-0.0200888;REVB=-0.0194544;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145259;STB=0.575712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0224154;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:19:14:25:19:19:14:25:20 chr12 49308284 . A G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0460848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3584;QD=16.633;RBI=0.0687003;REFB=0.011721;REVB=-0.0509501;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226576;STB=0.627204;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0160752;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:23:14:28:18:23:14:28:18 chr12 49312593 . A G 557.29 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0294439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0525;QD=22.071;RBI=0.0545922;REFB=0.0223105;REVB=0.0459714;RO=45;SAF=23;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725532;STB=0.543699;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0179109;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:45:46:55:55:0.544554:32:23:15:30:32:23:15:31 chr12 49314862 . C A 423.0 PASS AF=0.426087;AO=47;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0227672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5325;QD=14.7129;RBI=0.033211;REFB=-0.0303362;REVB=-0.024179;RO=68;SAF=25;SAR=22;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128534;STB=0.511981;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0500341;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:66:47:49:0.426087:22:25:37:31:22:27:35:31 chr12 49314994 . A G 179.68 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00727169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=15.624;RBI=0.0229398;REFB=-0.00839421;REVB=0.0217568;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.557543;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0213361;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:27:18:19:0.413043:7:11:12:14:8:11:13:14 chr12 49332092 . G A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.000290928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8707;QD=18.7915;RBI=0.0129649;REFB=-0.0147638;REVB=0.0129617;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154984;STB=0.591071;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0198078;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:23:20:15:34:23:21:15:34 chr12 49332366 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.03396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8283;QD=13.6306;RBI=0.097316;REFB=-0.0455089;REVB=-0.0911983;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.042931;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:6:3:3:5:6:3 chr12 49332451 . T TGA 55.65 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0165057;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.729;QD=10.5999;RBI=0.105154;REFB=-0.0203318;REVB=0.10385;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453064;STB=0.805886;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0512758;OID=.;OPOS=49332452;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:7:23:8:21:13:3:5:12:1:55:14:3:4:12:2 chr12 49334762 . G C 1126.2 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.852;QD=60.064;RBI=0.0465504;REFB=0;REVB=-0.0440631;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76313e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:38:34:0:0:39:36:0:0 chr12 49359587 . T G 432.09 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0146415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.839;QD=14.8995;RBI=0.0146644;REFB=-0.00990595;REVB=0.00081802;RO=67;SAF=29;SAR=20;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207695;STB=0.616544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0137246;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:20:29:26:41:20:29:26:41 chr12 49359989 . G A 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0147644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.595;QD=24.7083;RBI=0.0158582;REFB=-0.00833175;REVB=-0.00578741;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027687;STB=0.515405;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00820805;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:9:8:10:13:9:8 chr12 49500398 . G A 340.37 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.026622;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.967;QD=17.455;RBI=0.0283898;REFB=-0.0108389;REVB=-0.00986148;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028825;STB=0.508666;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.012587;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:16:20:24:17:16:20:24:18 chr12 49500509 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0048362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.079;QD=17.5015;RBI=0.00573944;REFB=-0.0073511;REVB=-0.00309068;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329222;STB=0.518504;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00838344;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:15:13:13:13:15:13 chr12 49522578 . T C 135.19 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0077229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1654;QD=11.5054;RBI=0.0805273;REFB=0.00483882;REVB=0.0801561;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173186;STB=0.619563;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00496484;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:15:16:0.340426:10:5:14:15:11:5:15:16 chr12 49522605 . C T 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00758086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.923;QD=12.0824;RBI=0.0319868;REFB=-0.00983028;REVB=-0.0310755;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231971;STB=0.635224;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0352031;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:15:6:17:18:15:6:17:18 chr12 49579696 . C G 385.97 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00918628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.281;QD=14.8452;RBI=0.0218533;REFB=-0.0123869;REVB=0.0198287;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091434;STB=0.551415;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.01686;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:21:23:26:34:21:23:26:34 chr12 49580180 . T C 515.38 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0599761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8343;QD=17.6197;RBI=0.0621303;REFB=0.0025939;REVB=-0.0162184;RO=62;SAF=27;SAR=28;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116257;STB=0.564493;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00293816;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:28:27:38:24:28:27:38:24 chr12 49667103 . A T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.793;QD=59.5009;RBI=0.0263584;REFB=0;REVB=0.0126654;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50421e-05;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr12 49724313 . G T 86.15 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0291372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8784;QD=12.3069;RBI=0.0333029;REFB=-0.0934946;REVB=0.0161277;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.703172;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.214073;OID=.;OPOS=49724313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:28:14:14:11:14:0.5:2:9:6:8:3:11:6:8 chr12 50185334 . A G 498.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.82;QD=58.6429;RBI=0.0196012;REFB=0;REVB=0.01132;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07491e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:17:17:0:0 chr12 50189602 . A G 537.27 PASS AF=0.609756;AO=48;DP=80;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0249312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.166;QD=26.2082;RBI=0.0272177;REFB=-0.0298501;REVB=-0.0109198;RO=31;SAF=19;SAR=29;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031048;STB=0.51812;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0157037;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:31:32:48:50:0.609756:29:19:11:20:29:21:12:20 chr12 50189807 . C A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8405;QD=52.6088;RBI=0.0329075;REFB=0;REVB=0.0266206;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120107;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr12 50189834 . T G 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.223;QD=52.6064;RBI=0.0830586;REFB=0;REVB=0.000822816;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119264;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr12 50190653 . C T 167.33 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0109563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.961;QD=23.0795;RBI=0.131626;REFB=0.00837235;REVB=0.13117;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060464;STB=0.533859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00412223;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:8:4:7:10:8:4 chr12 50190667 . A T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00766174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.719;QD=27.232;RBI=0.0231313;REFB=0.0314975;REVB=0.0218256;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141476;STB=0.577804;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00621354;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:13:4:11:15:13:4 chr12 50232169 . A T 57.15 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.014621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.635;QD=12.6995;RBI=0.0147277;REFB=-0.0112798;REVB=-0.00176949;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0187809;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:6:4:4:4:6:4 chr12 50348078 . T C 354.61 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0172186;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.676;QD=16.3038;RBI=0.0173555;REFB=-0.0266021;REVB=0.00217529;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142396;STB=0.566231;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0361453;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:49:37:38:0.436782:20:17:30:20:20:18:29:20 chr12 50352393 . G C 169.57 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0278912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.187;QD=33.9149;RBI=0.0279963;REFB=-0.0237744;REVB=-0.00242337;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906511;STB=0.549938;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00658364;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:8:8:1:3:8:8:1:3 chr12 50357368 . C T 334.39 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0156076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.401;QD=19.3847;RBI=0.0365682;REFB=-0.0128798;REVB=0.0330701;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521406;STB=0.521511;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0133202;OID=.;OPOS=50357368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:18:17:18:15:18:17:18:16 chr12 50452708 . C G 1826.29 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0322018;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.717;QD=59.3914;RBI=0.0407292;REFB=-0.0847755;REVB=0.0249382;RO=2;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167818;STB=0.500883;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00103486;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:67:54:1:1:67:54:1:1 chr12 50476158 . G T 2689.66 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159409;FXX=0.0112353;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.676;QD=61.1287;RBI=0.0161151;REFB=-0.0171586;REVB=-0.00236296;RO=2;SAF=112;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338402;STB=0.501778;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=1.67584e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:176:2:2:174:174:0.988636:62:112:1:1:62:112:1:1 chr12 50523947 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3111;QD=60.2282;RBI=0.0793179;REFB=0;REVB=0.02136;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096856;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr12 50523964 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.425;QD=59.4322;RBI=0.0121134;REFB=0;REVB=-0.00157538;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37091e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr12 50526814 . G A 502.04 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.58;QD=59.0638;RBI=0.0458637;REFB=0;REVB=0.0403442;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123193;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr12 50537815 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.82677e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.47;QD=62.1623;RBI=0.0207534;REFB=0;REVB=0.0207531;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91657e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr12 50650041 . A C 185.71 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0298011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8055;QD=19.0476;RBI=0.0328075;REFB=-0.0230725;REVB=0.0137196;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351908;STB=0.519979;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0226846;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:13:7:6:13:13:7 chr12 50650057 . T C 598.77 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0391763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6101;QD=58.4167;RBI=0.0396396;REFB=-0.201446;REVB=-0.00604342;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00650234;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:1:1:39:40:0.97561:13:26:1:0:14:26:1:0 chr12 50744119 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.686;QD=57.1062;RBI=0.0143389;REFB=0;REVB=0.00380229;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02314e-05;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr12 50744171 . T C 1246.87 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170079;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.105;QD=61.5738;RBI=0.0292417;REFB=0;REVB=0.0237868;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254231;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:35:44:0:0:37:44:0:0 chr12 50744753 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.886;QD=62.6711;RBI=0.0135001;REFB=0;REVB=0.0126664;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09284e-05;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:11:33:0:0:11:33:0:0 chr12 50749221 . G C 573.1 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9772;QD=55.9121;RBI=0.0284971;REFB=-0.0414823;REVB=0.00405625;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0283748;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:2:0:17:22:2:0 chr12 50749227 . T G 601.19 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194616;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.537;QD=58.6522;RBI=0.0194965;REFB=-0.113557;REVB=-0.00116624;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000356653;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr12 50749554 . G T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000624369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.083;QD=18.6757;RBI=0.0196339;REFB=-0.0110233;REVB=-0.019624;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112005;STB=0.562461;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00938105;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:14:18:14:18:14:18 chr12 50754563 . T G 536.22 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00925318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.899;QD=54.9968;RBI=0.0409216;REFB=-0.0971518;REVB=0.0398617;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00050098;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:1:1:19:18:1:1 chr12 50821671 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0177582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.713;QD=18.6418;RBI=0.0309171;REFB=-0.0221819;REVB=-0.0253083;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092369;STB=0.551958;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0216637;OID=.;OPOS=50821671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:13:13:10:15:13:13 chr12 50824275 . C G 220.54 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.01281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3705;QD=14.2282;RBI=0.0482394;REFB=-0.0156305;REVB=0.0465074;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508173;STB=0.528945;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0211064;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:17:19:15:11:17:19 chr12 50870145 . G A 2778.14 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278245;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.746;QD=62.7829;RBI=0.0283498;REFB=0;REVB=0.00543185;RO=0;SAF=72;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80522e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:176:177:1:104:72:0:0:105:72:0:0 chr12 50882355 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0595064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.754;QD=12.8603;RBI=0.0748148;REFB=-0.00781485;REVB=-0.0453458;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387836;STB=0.72672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00736684;OID=.;OPOS=50882355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:1:7:3:4:1:7 chr12 51089734 . T A 339.89 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0222662;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.267;QD=20.2918;RBI=0.0252684;REFB=-6.54078e-05;REVB=0.0119461;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185171;STB=0.608709;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000385518;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:19:16:21:10:19:16:22:10 chr12 51135275 . T C 828.31 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226096;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1318;QD=54.3151;RBI=0.0583411;REFB=-0.222761;REVB=0.0537818;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00927079;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:0:2:59:59:0.967213:30:29:0:0:30:29:0:2 chr12 51137430 . T G 510.85 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0150743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.634;QD=21.2853;RBI=0.0164313;REFB=-0.0360083;REVB=0.00653867;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15728;STB=0.591679;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0269028;OID=.;OPOS=51137430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:47:49:49:0.510417:28:21:28:18:28:21:29:18 chr12 51141883 . A G 1090.33 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0293491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.732;QD=57.3857;RBI=0.0348332;REFB=-0.0626861;REVB=-0.0187613;RO=2;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134881;STB=0.500713;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0038917;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:39:35:1:1:39:35:1:1 chr12 51203371 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0094857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.806;QD=22.9824;RBI=0.037925;REFB=-0.0157494;REVB=-0.0367196;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137054;STB=0.57627;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0153932;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:7:15:13:12:7:15 chr12 51213765 . T C 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0490864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2003;QD=19.0564;RBI=0.0567947;REFB=-0.0145239;REVB=-0.0285686;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248159;STB=0.640069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0164667;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:6:14:8:11:6:14 chr12 51235317 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.865;QD=64.1538;RBI=0.0224016;REFB=0;REVB=-0.011039;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29676e-05;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 51236802 . T C 105.88 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00694698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7531;QD=21.1752;RBI=0.0782513;REFB=-0.0374531;REVB=0.0779423;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0205971;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:5:3:5:7:5:3 chr12 51236931 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.765;QD=39.2068;RBI=0.0333782;REFB=0;REVB=0.0238898;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99019e-06;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 51333796 . C CA 164.64 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0152433;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0051;QD=12.6647;RBI=0.0702675;REFB=-0.00703264;REVB=-0.0685942;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256589;STB=0.64567;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.00305903;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:25:52:25:52:27:6:19:13:14:99:27:6:19:13:14 chr12 51354803 . C T 550.73 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00247484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2999;QD=16.3178;RBI=0.0546917;REFB=6.95636e-05;REVB=-0.0546357;RO=76;SAF=27;SAR=32;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642677;STB=0.535866;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000667377;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:32:27:30:46:32:27:30:46 chr12 51393116 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0348802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.544;QD=12.1429;RBI=0.0349002;REFB=0.00634458;REVB=-0.00118001;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27544;STB=0.65853;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.019099;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:9:24:9:10:9:24 chr12 51402905 . T G 1120.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151951;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.17;QD=60.5534;RBI=0.0793435;REFB=0;REVB=0.0778749;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282232;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr12 51442944 . G A 3098.27 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196226;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.898;QD=61.3519;RBI=0.0346412;REFB=-0.0427749;REVB=0.0285476;RO=1;SAF=108;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9152e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:201:202:1:93:108:0:1:94:108:0:0 chr12 51449781 . C T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0725974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4909;QD=14.7946;RBI=0.0726144;REFB=0.0089656;REVB=-0.00156807;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595565;STB=0.534488;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0164613;OID=.;OPOS=51449781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:12:15:11:7:12:15 chr12 51518787 . C G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0025326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.433;QD=22.0721;RBI=0.0101171;REFB=-0.0127892;REVB=0.00979501;RO=24;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182875;STB=0.601427;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0110299;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:10:21:11:13:10:21:11:13 chr12 51636259 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.961;QD=57.5453;RBI=0.0356543;REFB=0;REVB=0.00197066;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56481e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr12 51681903 . T C 1876.18 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00705902;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.644;QD=60.5218;RBI=0.0181596;REFB=-0.163405;REVB=0.0167314;RO=1;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725262;STB=0.503816;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000526704;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:65:56:0:1:65:58:0:1 chr12 51685831 . T C 439.1 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.794;QD=53.2244;RBI=0.0353135;REFB=-0.0405259;REVB=0.0266407;RO=2;SAF=3;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230098;STB=0.555518;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000152224;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:28:3:2:0:28:4:1:0 chr12 51696500 . G A 208.53 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0304194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9169;QD=19.3977;RBI=0.0356848;REFB=-0.0137131;REVB=-0.0186565;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142213;STB=0.580923;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0242535;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:8:14:16:5:8:14 chr12 51707626 . C T 471.56 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0244395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.376;QD=23.5782;RBI=0.0244993;REFB=-0.0182048;REVB=0.00171129;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146925;STB=0.573375;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0121755;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:22:23:11:23:22:23:12:23 chr12 51722311 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.339;QD=59.1418;RBI=0.0187739;REFB=0;REVB=-0.0142013;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31802e-06;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr12 51722409 . G GT 110.68 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0310585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.1469;QD=7.02709;RBI=0.0436377;REFB=0.0245134;REVB=-0.0306532;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120647;STB=0.551674;STBP=0.585;TYPE=ins;VARB=-0.0476435;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:65:21:63:42:7:14:17:25:99:44:7:14:19:25 chr12 51723499 . T C 373.97 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00866082;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.246;QD=20.7761;RBI=0.0293658;REFB=-0.0136236;REVB=-0.0280596;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165071;STB=0.607418;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0141526;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:36:38:0.527778:12:24:16:17:12:26:16:18 chr12 51733734 . G A 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0933446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.356;QD=15.7372;RBI=0.0938097;REFB=-0.0208714;REVB=0.00932988;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169154;STB=0.509548;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0225781;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:18:18:14:15:18:18 chr12 51737607 . G A 184.82 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00192191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.014;QD=26.4034;RBI=0.0338719;REFB=-0.0354082;REVB=-0.0338174;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108425;STB=0.533861;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0153563;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:9:10:18:18:0.642857:7:11:7:2:7:11:7:3 chr12 51739648 . C G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0157631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8896;QD=19.1555;RBI=0.0364031;REFB=-0.0817724;REVB=-0.0328132;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21014;STB=0.618934;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0425955;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:9:14:8:13:9:14 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 492.09 PASS AF=0.235294,0.764706;AO=8,26;DP=36;FAO=8,26;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=3,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241549,0.0174797;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=225.966,84.8015;QD=57.8923;RBI=0.0280906,0.0198533;REFB=0,0;REVB=-0.0143397,0.00941344;RO=0;SAF=5,12;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0214526,0.00670725;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.764706:8,26:36:8,26:34:0:5,12:3,14:0:0:53:0:5,12:3,14:0:0 chr12 51740392 . ACCATATCCACTT AC,ACATATCCACTT 38.72 PASS AF=0.258065,0;AO=8,5;DP=31;FAO=8,0;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0142779,-0.314801;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=11,1;MLLD=501.037,27.5573;QD=4.99634;RBI=0.0145587,0.319713;REFB=-0.00328454,-0.0524592;REVB=0.00284586,-0.0558275;RO=17;SAF=5,5;SAR=3,0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232376,0.722152;STB=0.546101,0.5;STBP=0.808,1;TYPE=del,del;VARB=0.0116713,0;OID=.,.;OPOS=51740394,51740393;OREF=CATATCCACTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=AC,ACATATCCACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0:8,5:31:8,0:31:23:5,0:3,0:13:10:38:17:5,5:3,0:7:10 chr12 51740409 . TA GG 46.08 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0164948;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.401;QD=5.42173;RBI=0.0210661;REFB=0.00264664;REVB=0.0131035;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192232;STB=0.512784;STBP=0.964;TYPE=mnp;VARB=-0.00575514;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:36:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:15:12:3:4:15:12 chr12 51901390 . A G 481.13 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0393731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7747;QD=18.5051;RBI=0.0570465;REFB=-0.0109896;REVB=-0.0412803;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178;STB=0.518764;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0166275;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:53:51:51:0.490385:24:27:28:23:24:27:30:23 chr12 52080965 . C T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.604;QD=60.2415;RBI=0.0280365;REFB=-0.0622321;REVB=0.00708808;RO=1;SAF=26;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178633;STB=0.509432;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000106921;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:56:26:1:0:56:26:1:0 chr12 52139761 . C T 164.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00258519;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.071;QD=12.3893;RBI=0.0186012;REFB=-0.00483049;REVB=-0.0184207;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171319;STB=0.516236;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00703148;OID=.;OPOS=52139761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:33:20:20:0.377358:11:9:14:17:11:9:14:19 chr12 52182545 . A G 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00447345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.377;QD=16.6596;RBI=0.0194156;REFB=-0.0219881;REVB=-0.0188932;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634328;STB=0.535689;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0185146;OID=.;OPOS=52182545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:17:15:15:13:17:15 chr12 52184271 . T C 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0313074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.717;QD=7.46343;RBI=0.0329045;REFB=0.000789958;REVB=-0.0101268;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00143739;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr12 52200742 . C A 103.9 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0633983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9493;QD=10.3901;RBI=0.0827035;REFB=-0.0178434;REVB=-0.0531086;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224025;STB=0.647766;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0273894;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:9:4:13:13:9:4:14:13 chr12 52204246 . T C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.2378e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=56.9544;RBI=0.0123561;REFB=0;REVB=0.0123558;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66548e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr12 52211942 . G A 512.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.289;QD=58.5606;RBI=0.0478234;REFB=0;REVB=-0.0052471;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175879;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr12 52215102 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.992;QD=35.5758;RBI=0.0337226;REFB=0;REVB=0.0324878;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623503;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 52282060 . C T 1552.81 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184968;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8479;QD=64.0334;RBI=0.0188547;REFB=0;REVB=0.003656;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48702e-05;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:64:33:0:0:64:33:0:0 chr12 52282748 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.896;QD=43.4832;RBI=0.0478437;REFB=0;REVB=0.04709;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028541;OID=.;OPOS=52282748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr12 52282873 . A T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.204;QD=64.4106;RBI=0.0101286;REFB=0;REVB=0.00689576;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56392e-06;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr12 52284233 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.951;QD=61.3312;RBI=0.0125717;REFB=0;REVB=-0.0113671;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57679e-06;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr12 52284500 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.32;QD=63.8714;RBI=0.0270428;REFB=0;REVB=0.0102207;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70901e-05;OID=.;OPOS=52284500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 52285086 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.879;QD=36.3503;RBI=0.0577952;REFB=-0.122754;REVB=0.0566377;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00221386;OID=.;OPOS=52285086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr12 52471159 . C T 369.45 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0127326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5192;QD=16.9862;RBI=0.0188743;REFB=-0.0153917;REVB=-0.0139327;RO=48;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888806;STB=0.549974;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0170277;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:26:13:20:28:26:13:20:28 chr12 52565322 . G T 113.74 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=-0.002526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.28;QD=9.89081;RBI=0.0026639;REFB=2.30896e-06;REVB=-0.000845982;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196439;STB=0.6217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-9.71879e-06;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:4:10:26:5:4:10:27:5 chr12 52585570 . C T 302.15 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0085131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7381;QD=25.1795;RBI=0.0105532;REFB=-0.0142013;REVB=-0.00623682;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554483;STB=0.530783;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00472709;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:10:11:16:11:10:11 chr12 52602013 . C T 1612.97 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.652;QD=58.1249;RBI=0.0346982;REFB=-0.0768268;REVB=0.031682;RO=2;SAF=47;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197683;STB=0.510415;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000265617;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:62:47:2:0:62:47:2:0 chr12 52631313 . A G 1494.43 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170852;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3579;QD=63.5929;RBI=0.089646;REFB=0;REVB=0.0880029;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582826;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:36:58:0:0:36:58:0:0 chr12 52635358 . GCG CGA,GCA 236.12 PASS AF=0,0.481481;AO=2,19;DP=54;FAO=0,26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=0,15;FSAR=0,11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00695301,-0.048856;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=26.1493,76.2888;QD=17.4906;RBI=0.0292795,0.0871987;REFB=0.028458,0.00887157;REVB=0.0284419,0.0722267;RO=24;SAF=0,14;SAR=2,5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.439015,0.363609;STB=0.5,0.612591;STBP=1,0.129;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00704505;OID=.,.;OPOS=52635358,52635360;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:24:28:2,19:0,26:0,0.481481:2,5:0,14:9:15:0,11:0,15:10:18 chr12 52639302 . G C 833.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8404;QD=57.4889;RBI=0.0584374;REFB=0;REVB=0.0530787;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078528;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:1:0:56:58:1:34:22:1:0:34:24:0:0 chr12 52649887 . T C 950.36 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.647;QD=58.4838;RBI=0.0733321;REFB=0;REVB=0.00258029;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123644;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr12 52661192 . A G 1310.72 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0571487;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8011;QD=60.9639;RBI=0.0824632;REFB=-0.0610881;REVB=-0.0594492;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114132;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000760048;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:41:43:0:1:42:43:0:1 chr12 52661209 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0882326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.672;QD=61.5362;RBI=0.0883522;REFB=0;REVB=0.00459638;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123777;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr12 52661302 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1086;QD=56.1913;RBI=0.0348846;REFB=0;REVB=-0.02494;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107884;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr12 52681056 . C T 794.64 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0498087;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.721;QD=53.874;RBI=0.0513812;REFB=-0.145962;REVB=0.0126144;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00103048;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:25:32:1:0:25:32:1:1 chr12 52681080 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0484872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.348;QD=16.9797;RBI=0.0501453;REFB=-0.0225462;REVB=-0.0127884;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051818;STB=0.505018;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.024042;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:11:15:16:12:11:15:17:12 chr12 52681925 . A C 1641.87 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000256311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5397;QD=60.2523;RBI=0.00673814;REFB=0;REVB=-0.00673326;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51359e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:63:45:0:0:64:45:0:0 chr12 52685213 . T G 164.39 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0307768;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.723;QD=9.2615;RBI=0.0459712;REFB=-0.00475136;REVB=-0.0341489;RO=49;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296692;STB=0.675515;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0183412;OID=.;OPOS=52685213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:49:22:22:0.309859:15:7:28:21:15:7:28:21 chr12 52699548 . T C 683.34 PASS AF=0.472973;AO=61;DP=140;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00111538;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.546;QD=18.4686;RBI=0.0102499;REFB=-0.0469014;REVB=-0.0101891;RO=77;SAF=29;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470883;STB=0.503936;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0505793;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:148:77:78:61:70:0.472973:32:29:33:44:40:30:34:44 chr12 52708420 . G A 464.9 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.000165999;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.837;QD=13.8777;RBI=0.00185266;REFB=-0.00793261;REVB=0.00184521;RO=80;SAF=21;SAR=32;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419567;STB=0.50704;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0118773;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:80:81:53:53:0.395522:32:21:32:48:32:21:33:48 chr12 52708565 . A G 141.24 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0270842;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.14;QD=9.26151;RBI=0.0278453;REFB=-0.0185952;REVB=-0.00646597;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128352;STB=0.583104;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0437164;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:42:19:19:0.311475:10:9:24:17:10:9:25:17 chr12 52711516 . G A 312.37 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00974278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.099;QD=16.8846;RBI=0.0122755;REFB=0.00574745;REVB=0.00746776;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198196;STB=0.617578;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00802104;OID=.;OPOS=52711516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:21:13:23:16:21:13:24:16 chr12 52712975 . G A 383.2 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0143914;FXX=0.0465062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.094;QD=18.6924;RBI=0.0200319;REFB=-0.0186388;REVB=-0.0139343;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130216;STB=0.515508;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0209909;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:40:43:39:39:0.47561:17:22:22:18:17:22:23:20 chr12 52753861 . C T 296.43 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.029556;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0539;QD=13.0299;RBI=0.0464346;REFB=-0.0164516;REVB=-0.0358137;RO=56;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106998;STB=0.556737;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0287601;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:57:34:34:0.373626:22:12:25:31:22:12:25:32 chr12 52774235 . A G 211.17 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0004985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0612;QD=19.6439;RBI=0.0251031;REFB=-0.0198367;REVB=-0.0250982;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251306;STB=0.642715;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0171947;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:12:10:15:6:12:10 chr12 52777502 . A G 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0061172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.671;QD=14.337;RBI=0.0108798;REFB=-0.00507348;REVB=-0.00899721;RO=61;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000803169;STB=0.500453;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00733223;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:24:19:27:34:24:19:27:34 chr12 52789509 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00165372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.755;QD=18.2512;RBI=0.0407604;REFB=-0.0204267;REVB=-0.0407268;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0216672;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr12 52789597 . A G 137.95 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00317249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.23;QD=19.0279;RBI=0.00460679;REFB=0.000623027;REVB=0.00334034;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103688;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.000476909;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:4:10:9:6:4:10 chr12 52789605 . T A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0116598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.715;QD=20.1601;RBI=0.0208347;REFB=-0.00838719;REVB=-0.0172666;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.60857;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0185325;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:3:10:9:7:3:11 chr12 52818504 . T G 356.09 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0102381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.477;QD=15.6524;RBI=0.0422106;REFB=-0.0523096;REVB=-0.0409502;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408625;STB=0.635883;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0345495;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:52:38:39:0.428571:25:13:31:7:25:14:31:21 chr12 52822128 . G A 289.8 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0123901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.101;QD=19.0035;RBI=0.0213543;REFB=-0.00697513;REVB=-0.0173923;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130338;STB=0.572585;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0112136;OID=.;OPOS=52822128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:18:12:17:14:18:12 chr12 52822258 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.034042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.245;QD=21.7465;RBI=0.0360236;REFB=-0.0324456;REVB=-0.0117829;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333191;STB=0.687606;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0254333;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:13:7:16:6:13:7 chr12 52824352 . G A 716.87 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0161065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.367;QD=19.5067;RBI=0.0351135;REFB=-0.0131852;REVB=0.0312016;RO=76;SAF=25;SAR=46;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430212;STB=0.523803;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.012476;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:76:76:71:71:0.482993:46:25:30:46:46:25:30:46 chr12 52825363 . G A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00805466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.892;QD=16.2727;RBI=0.00951405;REFB=-0.0163329;REVB=-0.00506356;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106088;STB=0.552206;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0201628;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:15:17:16:22:15:17:17:22 chr12 52827818 . T C 331.38 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0143159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.173;QD=18.6691;RBI=0.0279656;REFB=-0.0122501;REVB=-0.0240235;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268969;STB=0.505879;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0167548;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:21:14:13:22:21:14:14:22 chr12 52841765 . G A 565.97 PASS AF=0.666667;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00504888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.622;QD=30.1851;RBI=0.0105147;REFB=-0.00201281;REVB=-0.00922327;RO=25;SAF=24;SAR=26;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491625;STB=0.526642;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00110365;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:25:50:50:0.666667:26:24:14:11:26:24:14:11 chr12 52842736 . T C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.053153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8149;QD=3.64925;RBI=0.0649244;REFB=-0.00336303;REVB=0.0372819;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575494;STB=0.540407;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0261349;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:17:14:3:3:17:14 chr12 52843779 . T C 165.22 PASS AF=0.177143;AO=30;DP=174;FAO=31;FDP=175;FR=.;FRO=144;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=-0.0141108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.072;QD=3.77645;RBI=0.0174968;REFB=-0.00932028;REVB=-0.0103452;RO=142;SAF=18;SAR=12;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155296;STB=0.60467;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0417402;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:142:144:30:31:0.177143:12:18:68:74:12:19:70:74 chr12 52844265 . T C 500.93 PASS AF=0.385621;AO=58;DP=152;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0142872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.177;QD=13.0963;RBI=0.0163434;REFB=-0.0128054;REVB=-0.00793608;RO=94;SAF=22;SAR=36;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998969;STB=0.560585;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0250833;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:94:94:58:59:0.385621:36:22:44:50:37:22:44:50 chr12 52845801 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.000942416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.539;QD=12.3289;RBI=0.0218702;REFB=-0.00975253;REVB=-0.0218499;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303356;STB=0.675404;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0183278;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:3:14:6:5:3:14 chr12 52863038 . G A 305.95 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0191089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.787;QD=15.2975;RBI=0.0643494;REFB=-0.0146741;REVB=0.0614467;RO=45;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650664;STB=0.531423;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.020091;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:21:13:20:25:21:13:20:26 chr12 52863213 . C T 506.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0139258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.003;QD=19.1088;RBI=0.0218123;REFB=-0.0257515;REVB=-0.0167883;RO=52;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115507;STB=0.567454;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0175717;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:24:29:35:17:24:29:36:17 chr12 52863621 . T G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.017912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.417;QD=14.7348;RBI=0.0189601;REFB=-0.00644436;REVB=-0.00621679;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102296;STB=0.557988;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00821104;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:15:21:13:14:15:21 chr12 52866060 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.296;QD=62.9829;RBI=0.0207277;REFB=0;REVB=-0.00229686;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33192e-05;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr12 52885316 . A G 171.56 PASS AF=0.192308;AO=30;DP=156;FAO=30;FDP=156;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.0322364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.19;QD=4.39886;RBI=0.060162;REFB=-0.00576973;REVB=-0.0507965;RO=126;SAF=18;SAR=12;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886646;STB=0.556098;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0234862;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:126:126:30:30:0.192308:12:18:67:59:12:18:67:59 chr12 52885339 . CC TT 77.37 PASS AF=0.117284;AO=18;DP=162;FAO=19;FDP=162;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=0.0236482;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.406;QD=1.91033;RBI=0.0378484;REFB=-0.00563549;REVB=-0.0295511;RO=144;SAF=9;SAR=9;SRF=70;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169791;STB=0.532433;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.0390467;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:162:162:144:143:18:19:0.117284:9:9:70:74:9:10:70:73 chr12 52885344 . G C 65.28 PASS AF=0.10559;AO=17;DP=161;FAO=17;FDP=161;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.00568309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.372;QD=1.62179;RBI=0.0461583;REFB=0.00267869;REVB=-0.0458071;RO=144;SAF=10;SAR=7;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11524;STB=0.585123;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0270985;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:161:161:144:144:17:17:0.10559:7:10:71:73:7:10:71:73 chr12 52885350 . T C 59.77 PASS AF=0.1;AO=16;DP=161;FAO=16;FDP=160;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=0.0120098;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.7;QD=1.49422;RBI=0.0192506;REFB=-0.00115671;REVB=-0.0150449;RO=145;SAF=9;SAR=7;SRF=71;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869397;STB=0.568557;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00629224;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:161:160:145:144:16:16:0.1:7:9:71:74:7:9:70:74 chr12 52885374 . G C 48.3 PASS AF=0.0872093;AO=14;DP=171;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.0436269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4962;QD=1.12332;RBI=0.058448;REFB=-0.00875111;REVB=-0.0388956;RO=157;SAF=7;SAR=7;SRF=80;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108737;STB=0.52171;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0831641;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:171:172:157:157:14:15:0.0872093:7:7:80:77:7:8:80:77 chr12 52885377 . A G 46.88 PASS AF=0.0842697;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=178;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=-0.0172297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.879;QD=1.05343;RBI=0.0184242;REFB=-0.0016379;REVB=0.00652575;RO=159;SAF=8;SAR=7;SRF=77;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566354;STB=0.533289;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0205438;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:174:178:159:163:15:15:0.0842697:7:8:77:82:7:8:81:82 chr12 52885381 . C T 46.88 PASS AF=0.0842697;AO=15;DP=178;FAO=15;FDP=178;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=81;FWDB=-0.00333757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.097;QD=1.05348;RBI=0.018866;REFB=-0.00586465;REVB=-0.0185684;RO=163;SAF=8;SAR=7;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034794;STB=0.527699;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0564603;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:178:178:163:163:15:15:0.0842697:7:8:82:81:7:8:82:81 chr12 52886478 . T C 279.07 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0015019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.608;QD=10.4323;RBI=0.00679654;REFB=-0.0159928;REVB=0.00662851;RO=71;SAF=16;SAR=20;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879849;STB=0.550907;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0240346;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:20:16:37:34:20:16:37:34 chr12 52886490 . A G 372.53 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.016741;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.714;QD=12.1146;RBI=0.0308816;REFB=-0.020778;REVB=-0.0259501;RO=75;SAF=22;SAR=23;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487377;STB=0.523283;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0296204;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:78:45:45:0.365854:23:22:40:35:23:22:41:37 chr12 52938364 . T C 1556.5 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.202;QD=59.8653;RBI=0.0230748;REFB=0;REVB=0.0220008;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3733e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr12 52938497 . A C 518.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2889;QD=59.2187;RBI=0.0591946;REFB=0;REVB=0.00536021;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543823;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:15:20:0:0 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA,ATAAG 325.28 PASS AF=0.8,0.12,0.08;AO=20,2,2;DP=24;FAO=20,3,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2,2;FSAR=11,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431156,0.000382259,-0.0518154;FXX=0;HRUN=1,2,1;LEN=3,1,3;MLLD=215.626,27.7436,97.2558;QD=52.044;RBI=0.0149676,0.00713766,0.0578298;REFB=0,0,0;REVB=0.0143332,-0.00712742,0.0256797;RO=0;SAF=9,2,2;SAR=11,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.0487e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00400489,0.00422978,-0.0459699;OID=.,.,.;OPOS=52939408,52939411,52939408;OREF=GAG,G,GAG;OALT=-,A,TAA;OMAPALT=AG,AGAGA,ATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.12,0.08:20,2,2:24:20,3,2:25:0:9,2,2:11,1,0:0:0:15:0:9,2,2:11,0,0:0:0 chr12 52943144 . G A 816.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5988;QD=57.3007;RBI=0.116661;REFB=0;REVB=0.0473751;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166417;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr12 52965761 . C T 1138.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246936;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.221;QD=60.7226;RBI=0.029444;REFB=0;REVB=0.0160366;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125691;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr12 52981512 . G A 1521.14 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255325;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.622;QD=59.6524;RBI=0.0295628;REFB=0;REVB=-0.0149015;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39937e-05;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:46:56:0:0 chr12 52994990 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0653304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5076;QD=16.8981;RBI=0.0765347;REFB=-0.00107334;REVB=0.0398686;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000885036;OID=.;OPOS=52994990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr12 53085089 . T C 407.83 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.278;QD=56.253;RBI=0.0337928;REFB=0;REVB=0.0219742;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025784;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr12 53096913 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.026;QD=44.6898;RBI=0.017935;REFB=0;REVB=0.017935;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8771e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr12 53162638 . G A 1453.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.987;QD=63.1929;RBI=0.0520948;REFB=0;REVB=0.0460537;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56696e-05;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr12 53162773 . A G 900.63 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9815;QD=57.1828;RBI=0.0866177;REFB=0;REVB=-0.0227435;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274468;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:27:33:0:0:27:36:0:0 chr12 53186122 . G A 735.65 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.748;QD=54.4928;RBI=0.0232412;REFB=-0.0151572;REVB=0.0182913;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=9.6131e-06;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:52:53:0.981481:29:23:0:0:30:23:0:1 chr12 53204614 . C T 719.04 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443211;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.317;QD=61.1945;RBI=0.00862892;REFB=0.0268179;REVB=0.00740369;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.515145;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000200555;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:30:16:0:0:30:16:1:0 chr12 53217701 . C A 208.68 PASS AF=0.606061;AO=21;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0257078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.324;QD=25.2947;RBI=0.0263068;REFB=0.00664432;REVB=-0.00558174;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223654;STB=0.57136;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00480889;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:11:13:21:20:0.606061:12:9:1:10:12:8:3:10 chr12 53227803 . A G 130.88 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0350899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2265;QD=14.1495;RBI=0.0452042;REFB=0.00164634;REVB=-0.0284977;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.55925;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00120971;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:14:15:0.405405:12:2:2:20:13:2:2:20 chr12 53240584 . A G 232.65 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00145668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.253;QD=23.8612;RBI=0.00159828;REFB=0.0189376;REVB=-0.000657723;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150102;STB=0.575007;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0167046;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:14:7:3:14:15:7:3:14 chr12 53242440 . A G 321.36 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0306329;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.827;QD=16.4798;RBI=0.0441755;REFB=-0.0380383;REVB=-0.0318292;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743793;STB=0.534502;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0480154;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:42:43:33:35:0.448718:15:18:26:16:16:19:26:17 chr12 53242579 . C T 59.7 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0294974;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=348.761;QD=15.9188;RBI=0.0331395;REFB=-0.00870184;REVB=0.0151039;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336275;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00287922;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:15:4:7:8:8:0.533333:7:1:2:2:7:1:4:3 chr12 53343461 . A AC 91.29 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0987172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.2701;QD=9.86944;RBI=0.136262;REFB=0.016165;REVB=-0.0939274;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138098;STB=0.618239;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=-0.0496772;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:14:38:16:37:21:7:9:5:16:91:23:6:8:7:16 chr12 53343493 . G A 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0272317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9581;QD=18.2988;RBI=0.0334347;REFB=0.0171497;REVB=0.0193989;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190376;STB=0.591452;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0281846;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:23:20:20:0.465116:15:5:9:12:15:5:9:14 chr12 53433089 . C A 1731.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.897;QD=60.7452;RBI=0.0382721;REFB=0;REVB=0.0322934;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011156;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr12 53433486 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.563;QD=64.4154;RBI=0.0174991;REFB=0;REVB=0.0163256;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78659e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr12 53434774 . G A 429.69 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00186787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.676;QD=14.5657;RBI=0.00849905;REFB=-0.00283971;REVB=0.00829126;RO=69;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114214;STB=0.564218;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00326212;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:23:26:29:40:23:26:29:40 chr12 53451849 . G C 418.04 PASS AF=0.703704;AO=37;DP=53;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00237483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.934;QD=30.9659;RBI=0.0120862;REFB=-0.0487454;REVB=-0.0118506;RO=16;SAF=10;SAR=27;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108372;STB=0.555528;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0137402;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:16:37:38:0.703704:27:10:2:14:28:10:2:14 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 395.13 PASS AF=0.759259;AO=39;DP=47;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0087025;FXX=0.0999833;HRUN=2;LEN=11;MLLD=292.945;QD=29.2691;RBI=0.036304;REFB=-0.0487299;REVB=0.0352456;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.524679;STBP=0.605;TYPE=del;VARB=0.013711;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.759259:39:47:41:54:13:34:7:10:3:56:0:32:7:0:0 chr12 53453456 . C T 858.28 PASS AF=0.470588;AO=86;DP=186;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=0.0202522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.952;QD=18.3588;RBI=0.0202523;REFB=-0.0248099;REVB=-6.63502e-05;RO=98;SAF=28;SAR=58;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231752;STB=0.508271;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0214695;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:98:99:86:88:0.470588:58:28:34:64:59:29:34:65 chr12 53456619 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0174068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8372;QD=12.0159;RBI=0.0574152;REFB=0.014114;REVB=-0.0547129;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505451;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0585186;OID=.;OPOS=53456619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:2:5:1:5:2:5 chr12 53457618 . C T 268.98 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.164424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.538;QD=12.9629;RBI=0.164482;REFB=-0.00456613;REVB=-0.00434037;RO=51;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329314;STB=0.536001;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00813286;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:31:32:0.385542:23:8:12:39:23:9:12:39 chr12 53458391 . G A 688.21 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00262695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.407;QD=23.9376;RBI=0.00380552;REFB=-0.0176201;REVB=0.00275338;RO=48;SAF=32;SAR=34;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366385;STB=0.524029;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0129496;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:48:49:66:66:0.573913:34:32:21:27:34:32:21:28 chr12 53458589 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00516343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.254;QD=12.8692;RBI=0.0168618;REFB=-0.00764055;REVB=-0.0160518;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00805223;OID=.;OPOS=53458589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr12 53459101 . G A 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0253574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.691;QD=16.0185;RBI=0.0264354;REFB=-0.0191168;REVB=0.00747233;RO=54;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511729;STB=0.528832;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.028496;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:22:18:27:27:22:18:27:27 chr12 53647373 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00477402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.626;QD=14.4115;RBI=0.0311569;REFB=-0.00801706;REVB=-0.030789;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09417;STB=0.554396;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0105489;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:10:18:10:8:10:18 chr12 53662624 . C A 754.53 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.053;QD=54.8749;RBI=0.0262714;REFB=-0.108596;REVB=-0.00251494;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000314068;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:21:33:1:0:21:33:1:0 chr12 53670545 . C A 426.78 PASS AF=0.46;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0107195;FXX=0.0291234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.1307;QD=17.0713;RBI=0.0226549;REFB=-0.0226092;REVB=-0.0199584;RO=51;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180521;STB=0.604086;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0217299;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:51:54:46:46:0.46:20:26:19:32:20:26:20:34 chr12 53671005 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0657419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6947;QD=15.9167;RBI=0.0662011;REFB=-0.027353;REVB=-0.00778321;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509315;STB=0.529367;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0184075;OID=.;OPOS=53671005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:10:5:5:8:10:5 chr12 53681883 . A T 660.61 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.79;QD=51.8122;RBI=0.0145692;REFB=-0.175428;REVB=-0.00830526;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817205;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0035879;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:29:19:1:1:29:20:1:1 chr12 53682326 . G A 737.58 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0647511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3077;QD=17.5614;RBI=0.10674;REFB=-0.0225141;REVB=0.0848573;RO=80;SAF=39;SAR=39;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804248;STB=0.530113;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0250888;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:80:89:78:79:0.470238:39:39:47:33:40:39:49:40 chr12 53682457 . G A 470.62 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.000866407;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.993;QD=17.4302;RBI=0.0219017;REFB=-0.0157544;REVB=0.0218846;RO=57;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115141;STB=0.563852;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0145981;OID=.;OPOS=53682457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:57:51:51:0.472222:24:27:37:20:24:27:37:20 chr12 53682986 . C T 170.59 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0354099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.492;QD=10.8313;RBI=0.0379794;REFB=-0.0240108;REVB=-0.0137322;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022791;STB=0.521719;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0494862;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:12:10:19:21:12:10:20:21 chr12 53686703 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1008;QD=57.5449;RBI=0.0930028;REFB=0;REVB=0.0889634;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113476;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr12 53693532 . AA GC 94.11 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04877;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=146.731;QD=37.6445;RBI=0.049135;REFB=0;REVB=-0.00597814;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00207236;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:7:1:0:0:8:2:0:0 chr12 53700848 . C T 1748.28 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3472;QD=60.8096;RBI=0.0176577;REFB=0;REVB=0.0089728;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02927e-05;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr12 53700860 . A G 1870.14 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00788233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.725;QD=59.3695;RBI=0.0533588;REFB=-0.03667;REVB=0.0527734;RO=2;SAF=65;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000867645;STB=0.500514;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000238867;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:123:124:0.984127:58:65:1:1:58:66:1:1 chr12 53703021 . G A 849.26 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00947435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2002;QD=53.0784;RBI=0.0117117;REFB=-0.214722;REVB=0.00688479;RO=3;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479258;STB=0.525415;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0111581;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:28:33:0:3:28:33:0:3 chr12 53722098 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.00272e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.278;QD=62.3508;RBI=0.0184262;REFB=0;REVB=-0.0184262;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86365e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr12 53722128 . G A 580.44 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8911;QD=58.0435;RBI=0.136517;REFB=-0.156614;REVB=0.052895;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0198771;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:20:18:0:1:21:18:0:1 chr12 53898439 . CTTTTTTCA CTTTTTCA,CTTTTTCAT 67.6 PASS AF=0.323529,0;AO=37,4;DP=105;FAO=33,0;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=18,0;FSAR=15,0;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0303648,-0.0447049;FXX=0.0285687;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=7.50387,190.127;QD=2.6509;RBI=0.141447,0.0447402;REFB=-0.123217,-0.00275629;REVB=0.138149,0.00177551;RO=52;SAF=22,4;SAR=15,0;SRF=20;SRR=32;SSEN=0.388889,0;SSEP=0,0;SSSB=0.214964,0.582415;STB=0.535693,0.5;STBP=0.646,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.148314,0;OID=.,.;OPOS=53898440,53898445;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTTTTTCA,CTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0:37,4:105:33,0:102:69:18,0:15,0:34:35:69:52:22,4:15,0:20:32 chr12 53928407 . TGG TG,TGT 481.17 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=30,8;DP=70;FAO=64,6;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=45,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.929365,0.156165;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.64794,131.703;QD=27.4954;RBI=0.969252,0.156443;REFB=0.0176791,0.0227331;REVB=0.275191,-0.00931772;RO=32;SAF=1,0;SAR=29,8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0.425926,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736836,-0.735997;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0352071,0.079329;OID=.,.;OPOS=53928408,53928409;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.914286,0.0857143:30,8:70:64,6:70:0:19,0:45,6:0:0:23:32:1,0:29,8:18:14 chr12 54067544 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5451;QD=39.2067;RBI=0.0894832;REFB=0;REVB=0.0347904;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448204;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr12 54105074 . T C 461.45 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.00963866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.844;QD=14.6491;RBI=0.0109011;REFB=-0.0164373;REVB=-0.00509222;RO=74;SAF=23;SAR=29;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226583;STB=0.62698;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235867;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:29:23:49:25:29:23:49:25 chr12 54109659 . C T 350.39 PASS AF=0.385321;AO=43;DP=111;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.113002;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4216;QD=12.8584;RBI=0.131752;REFB=-0.0151659;REVB=0.067743;RO=65;SAF=28;SAR=15;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411825;STB=0.527014;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0320999;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:65:67:43:42:0.385321:15:28:40:25:14:28:42:25 chr12 54109733 . A G 2352.93 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266239;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2246;QD=61.1151;RBI=0.0368358;REFB=0;REVB=-0.0254567;RO=0;SAF=96;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19356e-05;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:58:96:0:0:58:96:0:0 chr12 54115875 . C T 330.8 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0254386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.69;QD=25.4459;RBI=0.0258438;REFB=-0.0237238;REVB=0.00455853;RO=20;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267776;STB=0.514697;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0191735;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:18:14:8:12:18:14:8:12 chr12 54115879 . C T 31.14 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00193109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.599;QD=2.35025;RBI=0.025134;REFB=5.866e-05;REVB=-0.0250597;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296554;STB=0.722194;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00250656;OID=.;OPOS=54115879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:19:28:2:4:19:28 chr12 54117981 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0363713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.516;QD=11.0198;RBI=0.0431709;REFB=-0.0114646;REVB=0.0232564;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00774641;OID=.;OPOS=54117981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr12 54333063 . T C 215.24 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0426028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.734;QD=15.1048;RBI=0.0429966;REFB=-0.00990091;REVB=-0.00580647;RO=32;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128896;STB=0.57365;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0128169;OID=.;OPOS=54333063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:6:19:21:11:6:19:21:11 chr12 54340077 . G A 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00911877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.889;QD=19.4503;RBI=0.0141472;REFB=0.00477634;REVB=-0.0108163;RO=48;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670723;STB=0.537361;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00529395;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:14:31:30:18:14:31:30:18 chr12 54340204 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 34.98 PASS AF=0.11828,0,0;AO=12,20,5;DP=99;FAO=11,0,0;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=5,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.11012,-0.284643,-0.180082;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.1613,8.52014,14.852;QD=1.50445;RBI=0.113865,0.286946,0.180232;REFB=-0.02719,-0.0264317,-0.000324115;REVB=0.0289606,0.0362795,0.00736552;RO=41;SAF=5,17,5;SAR=7,3,0;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00255383,0.533944,0.644289;STB=0.571855,0.5,0.5;STBP=0.631,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0976703,-0.0312873,0;OID=.,.,.;OPOS=54340210,54340205,54340210;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.11828,0,0:12,20,5:99:11,0,0:93:82:5,0,0:6,0,0:44:38:34:41:5,17,5:7,3,0:17:24 chr12 54367061 . T G 941.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163739;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.873;QD=58.8565;RBI=0.0191377;REFB=0;REVB=0.00990702;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98604e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr12 54369667 . T TGCCCACTACTTTAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG 268.24 PASS AF=0.047619,0.857143,0.047619;AO=4,8,4;DP=32;FAO=1,18,1;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,1;FSAR=1,18,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00154951,-0.000921158,0.0285301;FXX=0.2999;HRUN=1,1,2;LEN=17,18,6;MLLD=343.183,350.655,131.26;QD=51.0935;RBI=0.0485214,0.0461257,0.0738327;REFB=-0.0745882,-0.0699698,-0.065654;REVB=0.0484967,0.0461165,0.0680978;RO=4;SAF=0,0,4;SAR=4,8,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.794086;STB=0.5,0.5,0.989913;STBP=1,1,0.496;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.0602302,0.00937099,-0.00255579;OID=.,.,.;OPOS=54369668,54369668,54369668;OREF=-,-,-;OALT=GCCCACTACTTTAGGGG,GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGGG;OMAPALT=TGCCCACTACTTTAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.047619,0.857143,0.047619:4,8,4:32:1,18,1:21:1:0,0,1:1,18,0:0:1:9:4:0,0,4:4,8,0:0:4 chr12 54370108 . G T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0353925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.802;QD=17.0639;RBI=0.0565219;REFB=-0.0166079;REVB=-0.0440692;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183684;STB=0.510321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0177691;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:15:13:15:16:15:13:15:16 chr12 54406123 . TC AT,T 49.43 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=6;FAO=0,6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133252,-0.052799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=17.0678,28.8218;QD=32.9538;RBI=0.134393,0.0608532;REFB=0,0;REVB=-0.0174768,-0.0302553;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0137653;OID=.,.;OPOS=54406123,54406124;OREF=TC,C;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:6:6:0:0:2,3:0,6:0,1:1,3:1,0:0:0:0,5:0,1:0:0 chr12 54496166 . G T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0245967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1701;QD=8.28262;RBI=0.04984;REFB=-0.00882204;REVB=-0.0433477;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032414;STB=0.515478;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0173287;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:5:7:18:13:5:7:18:14 chr12 54496219 . A G 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00624059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.892;QD=8.99453;RBI=0.0167615;REFB=0.00447493;REVB=-0.0155565;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100127;STB=0.560876;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00926326;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:17:12:6:6:17:12 chr12 54711574 . A G 137.17 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8838;QD=39.1925;RBI=0.0709565;REFB=-0.0675222;REVB=0.0677381;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104242;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:2:0:12:14:1:9:3:0:2:11:3:0:0 chr12 54734289 . A G 1628.99 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.339;QD=58.1784;RBI=0.0495663;REFB=-0.0748341;REVB=-0.0459864;RO=2;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141674;STB=0.507461;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000263336;OID=.;OPOS=54734289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:66:44:0:2:66:44:0:2 chr12 54740379 . T G 305.71 PASS AF=0.925926;AO=21;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359139;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.9224;QD=45.2903;RBI=0.0727412;REFB=0.0374262;REVB=0.0632572;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.549959;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000683455;OID=.;OPOS=54740379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:21:25:0.925926:13:8:1:0:16:9:2:0 chr12 54765476 . GC G 59.67 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0934987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9269;QD=5.96738;RBI=0.17361;REFB=-0.0734202;REVB=-0.146282;RO=19;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682025;STB=0.811183;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.065493;OID=.;OPOS=54765477;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:17:40:18:40:22:2:16:12:10:59:19:1:16:12:7 chr12 54767812 . G A 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0174447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.897;QD=18.6747;RBI=0.0174487;REFB=-0.0128965;REVB=0.000373656;RO=32;SAF=25;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147454;STB=0.582846;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0130852;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:7:25:21:11:7:25:21:11 chr12 54789967 . C T 194.68 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0161975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.325;QD=16.9289;RBI=0.018493;REFB=-0.00189661;REVB=0.00892363;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650585;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00257811;OID=.;OPOS=54789967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:10:9:14:12:11:9:14:12 chr12 54799450 . A G 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488805;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.636;QD=57.7113;RBI=0.0101686;REFB=0;REVB=0.00891666;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57881e-06;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr12 54905815 . C G 994.73 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616683;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.892;QD=58.5137;RBI=0.0624941;REFB=0;REVB=0.0101262;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348065;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr12 54970454 . T C 1305.47 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122796;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.22;QD=62.165;RBI=0.051995;REFB=0;REVB=0.0505242;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214818;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr12 54972992 . T C 753.46 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000763368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.033;QD=61.5066;RBI=0.000886552;REFB=-0.0528122;REVB=0.000450825;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-2.0917e-06;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:36:11:0:0:36:12:0:1 chr12 54973623 . T C 1064.88 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169245;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=59.9931;RBI=0.0418434;REFB=0;REVB=-0.0382679;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127671;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr12 54975837 . T C 1996.27 PASS AF=0.906667;AO=135;DP=150;FAO=136;FDP=150;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=106;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.056379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2559;QD=53.2338;RBI=0.0898538;REFB=-0.189881;REVB=-0.0699651;RO=12;SAF=30;SAR=105;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141896;STB=0.586753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171046;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:150:150:12:14:135:136:0.906667:105:30:11:1:106:30:13:1 chr12 55248357 . G T 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.299;QD=61.5337;RBI=0.0507699;REFB=0;REVB=0.0201395;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10358e-05;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr12 55250612 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.113;QD=57.3855;RBI=0.0163254;REFB=0;REVB=0.00978398;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45227e-05;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 55344024 . G A 401.95 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0131246;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3253;QD=15.6097;RBI=0.0467527;REFB=-0.012657;REVB=0.0448727;RO=58;SAF=29;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183874;STB=0.603318;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0151865;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:58:45:45:0.436893:16:29:27:31:16:29:27:31 chr12 55344133 . C G 666.0 PASS AF=0.455696;AO=71;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00930137;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.389;QD=16.8608;RBI=0.0188626;REFB=0.00234009;REVB=-0.0164099;RO=84;SAF=38;SAR=33;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000493333;STB=0.510071;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00317864;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:86:71:72:0.455696:33:38:45:39:33:39:45:41 chr12 55355033 . C T 649.87 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0142195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6023;QD=16.99;RBI=0.0195852;REFB=0.00578373;REVB=0.013468;RO=83;SAF=27;SAR=43;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251836;STB=0.513976;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00683337;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:83:70:70:0.457516:43:27:30:53:43:27:30:53 chr12 55356530 . C T 882.42 PASS AF=0.51462;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00253348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6943;QD=20.6414;RBI=0.00808123;REFB=-0.00995036;REVB=-0.00767384;RO=80;SAF=42;SAR=46;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128719;STB=0.509462;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0175031;OID=.;OPOS=55356530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:80:83:88:88:0.51462:46:42:37:43:46:42:38:45 chr12 55368245 . G A 3347.78 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.907;QD=62.2842;RBI=0.0281311;REFB=0;REVB=0.0123938;RO=0;SAF=108;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82183e-05;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:107:108:0:0:107:108:0:0 chr12 55421250 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0288186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.665;QD=14.6164;RBI=0.0288427;REFB=-0.00051778;REVB=0.00117815;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354724;STB=0.701608;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000558832;OID=.;OPOS=55421250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:8:20:14:24:8:20:14:24 chr12 55421299 . C A 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0215531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0624;QD=15.5682;RBI=0.0250625;REFB=0.0196294;REVB=-0.0127904;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213145;STB=0.620602;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0248472;OID=.;OPOS=55421299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:15:20:10:18:15:20 chr12 55688267 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.923;QD=56.9999;RBI=0.00767469;REFB=0;REVB=0.00426897;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81834e-06;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr12 55714772 . G A 789.41 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316002;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.409;QD=57.4115;RBI=0.0193148;REFB=0;REVB=-0.0190545;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440896;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr12 55714876 . C G 958.15 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242345;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9267;QD=58.9628;RBI=0.0264231;REFB=0;REVB=0.0105292;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073436;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr12 55715119 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.632;QD=60.0307;RBI=0.0461711;REFB=0;REVB=0.025814;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158624;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr12 55759484 . C A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0107281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.245;QD=12.9421;RBI=0.0279129;REFB=-0.013096;REVB=0.025769;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.669688;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0187251;OID=.;OPOS=55759484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:17:8:9:6:17:8 chr12 55794976 . A G 1105.59 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.473;QD=59.7615;RBI=0.0244206;REFB=0;REVB=0.0194217;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25214e-05;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:25:47:0:0:25:49:0:0 chr12 55806238 . A G 906.05 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999431;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.454;QD=58.455;RBI=0.019607;REFB=0;REVB=0.0168686;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29703e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr12 55807293 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00912321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3046;QD=46.0569;RBI=0.0368674;REFB=-0.00564175;REVB=0.0357207;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000865806;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr12 55807356 . G A 521.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.586;QD=59.5753;RBI=0.0905242;REFB=0;REVB=0.0886212;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414893;OID=.;OPOS=55807356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:19:16:0:0 chr12 55808469 . C G 1236.46 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343079;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.208;QD=61.8229;RBI=0.0485876;REFB=0;REVB=-0.0344053;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251207;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:32:48:0:0 chr12 55820121 . C T 1236.32 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0448764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1829;QD=58.8726;RBI=0.0460338;REFB=0.019916;REVB=-0.0102577;RO=2;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278335;STB=0.514702;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00868557;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:33:49:0:2:33:49:0:2 chr12 55863224 . C G 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1301;QD=62.7601;RBI=0.0337493;REFB=0;REVB=-0.00945979;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129144;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr12 55863381 . A G 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3725;QD=58.9817;RBI=0.065347;REFB=0;REVB=0.0427843;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182733;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 55886294 . G A 542.36 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131238;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.762;QD=60.2619;RBI=0.0179862;REFB=0;REVB=-0.0122992;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318151;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr12 55886486 . G GA 498.71 PASS AF=1;AO=7;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287547;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.2235;QD=39.897;RBI=0.113577;REFB=0;REVB=-0.109877;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000414573;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:52:50:50:0:26:24:0:0:10:44:3:4:23:21 chr12 55886489 . T A 561.66 PASS AF=0.867925;AO=43;DP=51;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0682833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.3488;QD=42.3898;RBI=0.135817;REFB=-0.150755;REVB=0.117404;RO=8;SAF=23;SAR=20;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010246;STB=0.50943;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0168531;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:53:8:7:43:46:0.867925:20:23:4:4:23:23:4:3 chr12 55945118 . TA T,TG 798.33 PASS AF=0.02,0.98;AO=7,42;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356953,0.0296014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.18,180.763;QD=63.8668;RBI=0.00427211,0.0355811;REFB=0,0;REVB=-0.00234721,0.0197426;RO=0;SAF=7,16;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0639285,0.0031035;OID=.,.;OPOS=55945119,55945119;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:7,42:50:1,49:50:0:1,23:0,26:0:0:5:0:7,16:0,26:0:0 chr12 56031611 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2443;QD=39.2068;RBI=0.0317225;REFB=0;REVB=-0.0188065;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289067;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 56089357 . C T 1113.08 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116585;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.668;QD=57.8223;RBI=0.116856;REFB=-0.16885;REVB=0.00795587;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.50158;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00133849;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:77:1:2:75:75:0.974026:42:33:1:0:42:33:1:1 chr12 56233518 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0134689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3445;QD=16.8833;RBI=0.0181281;REFB=0.0193901;REVB=-0.0121334;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16617;STB=0.594477;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0216198;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:4:13:9:6:4:13 chr12 56236531 . A G 2665.85 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210616;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.863;QD=61.9966;RBI=0.0756291;REFB=0;REVB=0.0726372;RO=0;SAF=106;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212228;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:172:0:0:169:172:1:63:106:0:0:66:106:0:0 chr12 56295733 . TA T,TG 224.16 PASS AF=1,0;AO=5,13;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114031,-0.14848;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.9558,66.0184;QD=49.8139;RBI=0.114156,0.216272;REFB=0,0;REVB=0.00533576,-0.157249;RO=0;SAF=0,3;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00163284,0.0175437;OID=.,.;OPOS=56295734,56295734;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,13:18:18,0:18:0:3,0:15,0:0:0:4:0:0,3:5,10:0:0 chr12 56297993 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0105204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.522;QD=23.5284;RBI=0.0250262;REFB=-0.0138213;REVB=0.0227075;RO=15;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14297;STB=0.580558;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00950088;OID=.;OPOS=56297993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:16:4:5:10:16:4:5:10 chr12 56330572 . G A 367.27 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0121193;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.32;QD=12.6644;RBI=0.0328906;REFB=-0.0108562;REVB=0.0305763;RO=72;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768028;STB=0.543781;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0222615;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:28:16:31:41:28:16:31:41 chr12 56335107 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00742992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.704;QD=15.101;RBI=0.00803872;REFB=-0.00709933;REVB=-0.00306877;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254187;STB=0.514448;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00949775;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:16:15:11:13:16:15 chr12 56347206 . C T 438.25 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00798227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4292;QD=24.347;RBI=0.0121666;REFB=-0.000924364;REVB=0.00918203;RO=29;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200056;STB=0.608501;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000598954;OID=.;OPOS=56347206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:41:42:0.583333:25:16:19:10:25:17:20:10 chr12 56348028 . G A 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0225835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.674;QD=23.5966;RBI=0.0225876;REFB=0.000562851;REVB=-0.000433171;RO=21;SAF=19;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496694;STB=0.527755;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.000316684;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:6:19:15:6:6:19:15:6 chr12 56398454 . G C 1255.98 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0495413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0732;QD=59.105;RBI=0.0529529;REFB=0.000814745;REVB=0.0186993;RO=2;SAF=52;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060112;STB=0.503174;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000450851;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:31:52:1:1:31:52:1:1 chr12 56435929 . C G 249.13 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7347;QD=45.2966;RBI=0.126868;REFB=-0.0543014;REVB=0.0416093;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00965401;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:20:21:0.954545:12:8:0:0:12:9:0:1 chr12 56551339 . C A,CAA,CAAA 555.84 PASS AF=0.1,0,0.9;AO=10,9,18;DP=45;FAO=4,0,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,16;FSAR=0,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203786,-0.0113964,-0.0082177;FXX=0.0476077;HRUN=1,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=229.477,21.7288,26.2947;QD=55.5839;RBI=0.0105208,0.199125,0.136891;REFB=0.0244906,-0.0984812,-0.106215;REVB=-0.0103215,0.198798,0.136645;RO=5;SAF=4,3,11;SAR=6,6,7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.11821,-0.17296,0.00461155;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00795892,0.0352775,0.00827688;OID=.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340;OREF=C,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,CAA,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:20:45:40:5:0:10,9,18:4,0,36:0.1,0,0.9:6,6,7:4,3,11:3:2:0,0,20:4,0,16:0:0 chr12 56647911 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7233;QD=59.0186;RBI=0.0776301;REFB=0;REVB=0.0224937;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810129;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr12 56649601 . A G 2387.69 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050069;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.779;QD=61.2228;RBI=0.0641199;REFB=0;REVB=0.0400557;RO=0;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31173e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:72:83:0:0:73:83:0:0 chr12 56711371 . C T 2029.99 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00694083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.694;QD=61.515;RBI=0.00699911;REFB=0.106344;REVB=-0.000901348;RO=1;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683859;STB=0.503597;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000123028;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:69:62:0:1:69:62:0:1 chr12 56722060 . T G 1175.79 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9605;QD=59.5336;RBI=0.0651179;REFB=0.10369;REVB=0.0577929;RO=1;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000752837;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:49:29:0:1:49:29:0:1 chr12 56815922 . C T 1175.45 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.384;QD=59.5166;RBI=0.0258422;REFB=-0.0249055;REVB=-0.00065198;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=3.88438e-05;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:0:1:35:43:0:1 chr12 56822378 . T A 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0331;QD=53.2618;RBI=0.113808;REFB=0;REVB=0.113689;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211575;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr12 56825311 . C T 380.63 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954808;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.371;QD=56.3894;RBI=0.0295142;REFB=0;REVB=-0.0279271;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32799e-06;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr12 56862886 . T C,G 888.29 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=58,3;DP=61;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247829,0.0052023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9759,65.6658;QD=57.3092;RBI=0.0313604,0.00554108;REFB=0,0;REVB=-0.0192167,-0.00190779;RO=0;SAF=31,2;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07727e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00270399,0.0780702;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:61:62:0:0:58,3:60,2:0.967742,0.0322581:27,1:31,2:0:0:28,1:32,1:0:0 chr12 56956213 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.862;QD=61.1858;RBI=0.0220078;REFB=-0.110395;REVB=0.00257394;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00227718;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 160.23 PASS AF=0,1;AO=5,19;DP=28;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623179,-0.112047;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.44563,8.3776;QD=22.8906;RBI=0.0813248,0.149374;REFB=-0.0327453,-0.0260064;REVB=-0.0522513,-0.0987822;RO=3;SAF=4,12;SAR=1,7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116878,-0.00943599;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0050546;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,19:28:0,28:28:0:0,19:0,9:0:0:3:3:4,12:1,7:2:1 chr12 57106660 . A T 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.745;QD=57.7073;RBI=0.0278735;REFB=0;REVB=-0.0263079;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22889e-05;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr12 57108203 . A G 1393.77 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0232392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.657;QD=57.4752;RBI=0.0343941;REFB=-0.0696416;REVB=-0.0253554;RO=5;SAF=47;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478025;STB=0.525247;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00386061;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:92:92:0.948454:45:47:5:0:45:47:5:0 chr12 57109792 . A G 536.07 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.126;QD=59.5635;RBI=0.0277051;REFB=0;REVB=0.0249918;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766393;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr12 57109931 . A T 237.25 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297903;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.199;QD=49.9464;RBI=0.098741;REFB=0;REVB=0.0941399;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218117;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:1:16:0:0:3:16:0:0 chr12 57112637 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.433;QD=37.4885;RBI=0.137242;REFB=0;REVB=0.119841;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874309;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 57114100 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.311;QD=51.9167;RBI=0.00791274;REFB=0;REVB=0.00682055;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04863e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 57114307 . A T 715.41 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.698;QD=60.8863;RBI=0.0532796;REFB=-0.143477;REVB=0.0335113;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00127882;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:47:0:1:45:46:0.978723:20:25:0:0:21:25:1:0 chr12 57133140 . T G 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1454;QD=60.9653;RBI=0.0275073;REFB=0;REVB=-0.0272387;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364538;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr12 57137828 . T A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.435;QD=57.8849;RBI=0.0292976;REFB=0;REVB=0.0251739;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27061e-05;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr12 57255195 . T C 512.58 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0258705;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3084;QD=21.3574;RBI=0.0344789;REFB=-0.00879286;REVB=0.0227928;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842485;STB=0.561169;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0153458;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:47:48:49:0.510417:27:21:24:21:28:21:26:21 chr12 57346751 . ACCCC ACCC,ACCCA 339.96 PASS AF=0.596491,0.0526316;AO=32,3;DP=57;FAO=34,3;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=19,0;FSAR=15,3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0387603,-0.0392852;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.7825,19.0338;QD=23.8566;RBI=0.0552904,0.0630517;REFB=0.024058,0.0273599;REVB=0.0394293,0.0493172;RO=20;SAF=19,0;SAR=13,3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.560669,0;SSSB=0.23765,-0.514109;STB=0.594977,0.995102;STBP=0.078,0.18;TYPE=del,snp;VARB=-0.0113011,-0.0369159;OID=.,.;OPOS=57346752,57346755;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCC,ACCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596491,0.0526316:32,3:57:34,3:57:20:19,0:15,3:6:14:99:20:19,0:13,3:5:15 chr12 57485460 . AG A 39.49 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.155383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8098;QD=6.86709;RBI=0.211537;REFB=-0.0952838;REVB=-0.143541;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317553;STB=0.653583;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.113783;OID=.;OPOS=57485461;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:4:6:2:11:39:11:4:6:1:10 chr12 57489648 . C T 379.95 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0112682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7831;QD=14.9;RBI=0.0456497;REFB=-0.0239047;REVB=-0.0442371;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189251;STB=0.510653;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0353998;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:24:19:25:34:24:19:25:34 chr12 57567762 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00249215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.002;QD=21.2648;RBI=0.0272969;REFB=-0.0318951;REVB=0.0271829;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187932;STB=0.605163;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0148433;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:13:5:10:10:13:5 chr12 57585144 . C T 52.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0102806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.337;QD=7.0507;RBI=0.0103389;REFB=-0.00581924;REVB=0.00109677;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326529;STB=0.69958;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.014216;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:17:5:4:4:17:5 chr12 57589659 . C T 466.2 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0933064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.634;QD=25.2002;RBI=0.0946252;REFB=-0.0204578;REVB=0.0157435;RO=30;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436912;STB=0.523919;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0117498;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:26:18:14:16:26:18:14:16 chr12 57589783 . CAA CA,CAG,CCA 635.22 PASS AF=0.116279,0,0.883721;AO=6,3,34;DP=43;FAO=5,0,38;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,14;FSAR=1,0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034103,-0.0283073,0.0537965;FXX=0.0227221;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=22.2567,6.42276,38.0065;QD=59.0901;RBI=0.0343995,0.0470746,0.0540946;REFB=0,0,0;REVB=-0.00450694,-0.0376127,0.00567098;RO=0;SAF=6,2,10;SAR=0,1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0677876,0,0.0184602;OID=.,.,.;OPOS=57589784,57589785,57589784;OREF=A,A,A;OALT=-,G,C;OMAPALT=CA,CAG,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.116279,0,0.883721:6,3,34:43:5,0,38:43:0:4,0,14:1,0,24:0:0:17:0:6,2,10:0,1,24:0:0 chr12 57590797 . C T 1039.37 PASS AF=0.556818;AO=97;DP=175;FAO=98;FDP=176;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0199432;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.542;QD=23.6221;RBI=0.0226704;REFB=-0.0281007;REVB=0.0107803;RO=78;SAF=55;SAR=42;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169037;STB=0.588996;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0219133;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:78:78:97:98:0.556818:42:55:28:50:43:55:28:50 chr12 57590869 . T C 3274.18 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.177;QD=61.777;RBI=0.00907821;REFB=0;REVB=-0.00573522;RO=0;SAF=99;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45468e-07;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:212:0:0:209:212:1:110:99:0:0:112:100:0:0 chr12 57593101 . G A 328.43 PASS AF=0.386139;AO=38;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0682676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.097;QD=13.0071;RBI=0.0691736;REFB=-0.00223336;REVB=-0.011159;RO=59;SAF=29;SAR=9;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427765;STB=0.739672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00538774;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:62:38:39:0.386139:9:29:22:37:10:29:22:40 chr12 57593720 . CCGGGGGA CCGGGGA,CGGGA,CGGGGA,CGGGGACG,CGGGGCGG 157.39 PASS AF=0,0.173913,0.521739,0,0.0869565;AO=3,3,6,2,2;DP=22;FAO=0,4,12,0,2;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,5,0,2;FSAR=0,4,7,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.192826,0.111936,0.171261,-0.0183055,-0.0326659;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=1,3,2,7,7;MLLD=12.0567,21.5247,22.5764,66.77,121.973;QD=27.3718;RBI=0.199194,0.116962,0.179454,0.0260959,0.0332951;REFB=-0.0537348,-0.0380333,-0.0595906,-0.00383041,0.00996325;REVB=0.0499632,0.0339178,0.053605,-0.0185985,-0.00644186;RO=3;SAF=1,0,0,2,2;SAR=2,3,6,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.352941,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.483116,-0.767807,-0.804025,0,0;STB=0.5,0.996662,0.554364,0.5,0.992876;STBP=1,0.068,0.541,1,0.315;TYPE=del,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0594708,0.0372447,0.0662515,0.0985499,0.132803;OID=.,.,.,.,.;OPOS=57593722,57593721,57593721,57593721,57593721;OREF=G,CGG,CG,CGGGGGA,CGGGGGA;OALT=-,-,-,GGGGACG,GGGGCGG;OMAPALT=CCGGGGA,CGGGA,CGGGGA,CGGGGACG,CGGGGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.173913,0.521739,0,0.0869565:3,3,6,2,2:22:0,4,12,0,2:23:5:0,0,5,0,2:0,4,7,0,0:3:2:28:3:1,0,0,2,2:2,3,6,0,0:3:0 chr12 57619209 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.004;QD=35.5757;RBI=0.0477845;REFB=0;REVB=0.0048311;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884824;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 57637593 . G A 166.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00631469;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.168;QD=11.0883;RBI=0.0262359;REFB=-0.0080079;REVB=0.0254647;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145181;STB=0.572692;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0129011;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:12:25:12:10:13:25 chr12 57649840 . C T 859.91 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.327;QD=57.3272;RBI=0.0466382;REFB=0;REVB=0.0216315;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12756e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:32:25:0:0:33:27:0:0 chr12 57850197 . C A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0137723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.396;QD=18.3009;RBI=0.0242652;REFB=-0.00621124;REVB=-0.0199781;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102402;STB=0.558082;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00451219;OID=.;OPOS=57850197;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:14:9:10:10:14:9 chr12 57859431 . G A 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0367439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7496;QD=17.8514;RBI=0.0493234;REFB=0.0163371;REVB=-0.0329042;RO=40;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049675;STB=0.527762;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0176165;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:17:19:19:21:17:19:19:21 chr12 57865321 . G A 117.02 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0111572;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=321.235;QD=12.3179;RBI=0.0112708;REFB=-0.000722741;REVB=-0.00159562;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107662;STB=0.512178;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0013741;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:8:15:9:5:9:15 chr12 57865821 . G C 425.77 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0106706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7574;QD=24.3296;RBI=0.0107359;REFB=0.00637758;REVB=0.00118273;RO=29;SAF=13;SAR=28;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136119;STB=0.574867;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00263034;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:28:13:14:15:28:13:14:15 chr12 57869582 . T C 55.27 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.025411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9452;QD=12.2832;RBI=0.0271071;REFB=-0.0193434;REVB=-0.00943813;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339569;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0355586;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:18:9:10:5:7:0.388889:4:1:2:7:6:1:2:8 chr12 57870155 . A C 620.2 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00102972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.981;QD=24.8081;RBI=0.0103682;REFB=-0.0399786;REVB=-0.0103169;RO=44;SAF=35;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289566;STB=0.515867;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0265566;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:44:56:56:0.56:21:35:26:18:21:35:26:18 chr12 57871555 . A G 51.37 PASS AF=0.636364;AO=2;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0793514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.915;QD=18.6783;RBI=0.0847676;REFB=-0.0324369;REVB=-0.0298144;RO=3;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0267628;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:2:7:0.636364:2:0:0:3:2:5:1:3 chr12 57873498 . T G 468.45 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.0793037;FXX=0.0211253;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5144;QD=13.4805;RBI=0.124147;REFB=0.0121663;REVB=-0.0955161;RO=79;SAF=30;SAR=23;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143384;STB=0.604475;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0200805;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:139:79:86:53:53:0.381295:23:30:34:45:23:30:34:52 chr12 57911160 . G A 282.67 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0204874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1518;QD=14.6839;RBI=0.030186;REFB=0.00863979;REVB=0.0221689;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077636;STB=0.545426;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00619048;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:31:32:0.415584:15:16:26:18:16:16:26:19 chr12 57958313 . A G 246.48 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0200642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.146;QD=11.3324;RBI=0.0200688;REFB=-0.0153323;REVB=-0.000426888;RO=57;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991928;STB=0.505743;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0276429;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:15:15:28:29:15:15:28:29 chr12 57977003 . C T 250.17 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00294257;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.666;QD=18.5313;RBI=0.0156001;REFB=-0.0101285;REVB=0.01532;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369173;STB=0.711076;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00520938;OID=.;OPOS=57977003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:19:7:18:9:20:7:18:9 chr12 57977040 . C A 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.021036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.329;QD=25.2723;RBI=0.0214186;REFB=-0.0384446;REVB=0.00403039;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148936;STB=0.60618;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0233681;OID=.;OPOS=57977040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:11:12:19:19:0.612903:14:5:5:6:14:5:6:6 chr12 57994743 . T G 1729.98 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2864;QD=60.7011;RBI=0.0467669;REFB=0;REVB=-0.0334302;RO=1;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339181;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:1:0:113:114:1:67:46:0:1:68:46:0:0 chr12 57995089 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.394;QD=60.6103;RBI=0.0496521;REFB=0;REVB=0.0456238;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8342e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 58010163 . A G 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0220127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.565;QD=13.2238;RBI=0.0377593;REFB=-0.0100894;REVB=-0.0306791;RO=58;SAF=21;SAR=14;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435783;STB=0.524873;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0164526;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:14:21:37:21:14:21:37:21 chr12 58015494 . G A 316.53 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0439448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1868;QD=18.0875;RBI=0.0478056;REFB=-0.0474546;REVB=0.018821;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956837;STB=0.558468;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.046866;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:13:21:25:10:13:21:26:10 chr12 58017701 . T G 370.68 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00592775;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.948;QD=25.1306;RBI=0.00914458;REFB=-0.0230333;REVB=-0.00696313;RO=23;SAF=17;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184582;STB=0.600711;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0137193;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:23:23:36:36:0.610169:19:17:5:18:19:17:5:18 chr12 58019472 . TT GC,GT 364.39 PASS AF=0.185185,0.814815;AO=5,22;DP=27;FAO=5,22;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515914,-0.0758536;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=70.3916,54.4587;QD=53.9831;RBI=0.0524603,0.0937165;REFB=0,0;REVB=-0.0095084,-0.0550365;RO=0;SAF=5,8;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0327583,-0.00244967;OID=.,.;OPOS=58019472,58019472;OREF=TT,T;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:27:27:0:0:5,22:5,22:0.185185,0.814815:0,14:5,8:0:0:0,14:5,8:0:0 chr12 58026001 . G A 77.77 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0238407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6307;QD=14.1399;RBI=0.0246743;REFB=-0.021314;REVB=0.00635921;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0304029;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:11:10:0.454545:8:3:5:6:7:3:5:7 chr12 58112189 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00196174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.94;QD=13.0888;RBI=0.00454617;REFB=-0.0043636;REVB=-0.00410113;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106295;STB=0.569314;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00585367;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:11:5:6:20:11:5:6:21 chr12 58152948 . C T 459.92 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0152945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.298;QD=15.8594;RBI=0.0154833;REFB=-0.0126591;REVB=-0.00241038;RO=65;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112395;STB=0.562923;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0180302;OID=.;OPOS=58152948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:21:30:31:34:21:30:31:34 chr12 58174306 . T C 315.08 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00253107;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.029;QD=22.1107;RBI=0.00291148;REFB=0.00231792;REVB=0.00143888;RO=24;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224814;STB=0.618477;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00509282;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:24:25:32:32:0.561404:24:8:12:12:24:8:12:13 chr12 58176614 . T C 220.83 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0648697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5759;QD=18.0265;RBI=0.0710216;REFB=0.037233;REVB=-0.0289135;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463131;STB=0.526292;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0467635;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:16:11:10:12:16:11 chr12 58177437 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0834558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0653;QD=23.2183;RBI=0.112597;REFB=0.0478916;REVB=-0.0755853;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00771286;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr12 58204283 . T C 1414.16 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.252;QD=62.8514;RBI=0.077546;REFB=0;REVB=0.0033336;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210026;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr12 58220809 . G C 54.27 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0419257;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.43;QD=2.71334;RBI=0.0481629;REFB=-0.000713784;REVB=-0.0237045;RO=69;SAF=2;SAR=9;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374271;STB=0.768317;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00111468;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:81:80:69:69:11:11:0.1375:9:2:32:37:9:2:32:37 chr12 58220816 . A G 69.25 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0208504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.651;QD=3.41986;RBI=0.0232139;REFB=-0.00132821;REVB=0.0102051;RO=68;SAF=4;SAR=9;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210648;STB=0.642631;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00768353;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:9:4:32:36:9:4:32:36 chr12 58220823 . C T 75.93 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00645108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.753;QD=3.57339;RBI=0.0123589;REFB=0.00274036;REVB=0.0105417;RO=71;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155478;STB=0.60398;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0158789;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:71:71:14:14:0.164706:9:5:34:37:9:5:34:37 chr12 58220841 . C T 63.98 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0153645;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.941;QD=3.28118;RBI=0.0405635;REFB=-0.00104854;REVB=-0.037541;RO=66;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665857;STB=0.532554;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00499409;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:79:78:66:66:12:12:0.153846:7:5:31:35:7:5:30:36 chr12 58220844 . C T 69.24 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.040868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9829;QD=3.41927;RBI=0.0670792;REFB=0.0163787;REVB=0.0531923;RO=68;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109118;STB=0.573529;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0744007;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:8:5:32:36:8:5:32:36 chr12 58240210 . G T 41.85 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=156;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=91;FWDB=-0.0062727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.205;QD=1.0662;RBI=0.0103139;REFB=-0.00392385;REVB=-0.00818717;RO=142;SAF=3;SAR=10;SRF=53;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185285;STB=0.648651;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0365326;OID=.;OPOS=58240210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:156:157:142:144:13:13:0.0828025:10:3:53:89:10:3:53:91 chr12 58240229 . C T 51.6 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=64;FWDB=0.000501763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.285;QD=2.37254;RBI=0.0184824;REFB=-0.0142507;REVB=-0.0184755;RO=75;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185586;STB=0.636957;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0436756;OID=.;OPOS=58240229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:75:76:11:11:0.126437:10:1:12:63:10:1:12:64 chr12 58240231 . C A 53.19 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=60;FWDB=0.0157366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.504;QD=2.56339;RBI=0.0322997;REFB=-0.00577028;REVB=0.0282069;RO=69;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214447;STB=0.649671;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0178911;OID=.;OPOS=58240231;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:83:69:72:11:11:0.13253:10:1:12:57:10:1:12:60 chr12 58335515 . GGC G,GG,GGG 215.78 PASS AF=0.827586,0,0;AO=8,10,4;DP=33;FAO=24,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=18,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.157719,-0.110215,-0.267785;FXX=0.0333222;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=22.5295,11.4754,10.2038;QD=29.7621;RBI=0.159212,0.134644,0.275017;REFB=-0.172863,-0.115252,0.0445077;REVB=0.0217502,0.0773406,0.062654;RO=7;SAF=2,10,4;SAR=6,0,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.594203,0,0;SSEP=0,0.509542,0;SSSB=-0.379034,0.788545,0.668993;STB=0.533305,0.5,0.5;STBP=0.553,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0499225,0,0;OID=.,.,.;OPOS=58335516,58335517,58335517;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.827586,0,0:8,10,4:33:24,0,0:29:5:18,0,0:6,0,0:3:2:23:7:2,10,4:6,0,0:5:2 chr12 58335626 . A T 645.41 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00441701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.515;QD=21.161;RBI=0.0198987;REFB=-0.0212996;REVB=0.0194022;RO=58;SAF=30;SAR=34;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11611;STB=0.563756;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0209289;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:34:30:35:23:34:30:35:23 chr12 58350631 . C T 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0333317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1494;QD=15.3572;RBI=0.0366843;REFB=0.00116434;REVB=-0.0153209;RO=59;SAF=16;SAR=29;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108295;STB=0.560926;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00239238;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:29:16:27:32:29:16:27:32 chr12 59197107 . G A 197.67 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00805608;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9306;QD=14.6424;RBI=0.0269274;REFB=-0.0322687;REVB=-0.025694;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482873;STB=0.552629;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0271922;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:28:31:23:23:0.425926:11:12:16:12:11:12:19:12 chr12 59313248 . G A 229.66 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0108505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.762;QD=14.8167;RBI=0.0108891;REFB=-0.00412737;REVB=-0.0009151;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587296;STB=0.550618;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00493367;OID=.;OPOS=59313248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:26:27:0.435484:13:13:15:19:13:14:15:20 chr12 60127590 . A T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00287822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.301;QD=16.8738;RBI=0.00731206;REFB=-0.00360867;REVB=-0.00672176;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162302;STB=0.592581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00461285;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:10:16:9:11:10:16 chr12 60161941 . G A,GA 126.03 PASS AF=0.0181818,0.345455;AO=2,19;DP=56;FAO=1,19;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=1,10;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0378429,-0.0614469;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=27.4721,16.1245;QD=9.16557;RBI=0.0542751,0.0619584;REFB=-0.00394861,0.00517373;REVB=-0.0389063,0.00794546;RO=33;SAF=2,10;SAR=0,9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.479285,0.110778;STB=0.991251,0.563041;STBP=0.25,0.511;TYPE=snp,ins;VARB=0.0976723,-0.0446678;OID=.,.;OPOS=60161941,60161942;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:55:33:35:2,19:1,19:0.0181818,0.345455:0,9:2,10:14:19:0,9:1,10:15:20 chr12 60173356 . A T 137.42 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.142186;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.815;QD=17.178;RBI=0.142665;REFB=-0.00178522;REVB=0.0116804;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.559923;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00449372;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:9:6:5:11:9:6:5:12 chr12 60735645 . A G 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00649623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.269;QD=16.1563;RBI=0.0152144;REFB=-0.0126873;REVB=0.0137578;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12118;STB=0.558039;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0161124;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:14:13:11:20:14:13:12:20 chr12 62114671 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9524;QD=58.5869;RBI=0.0296495;REFB=0;REVB=0.028947;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429055;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr12 62261186 . C T 233.47 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.004911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.882;QD=17.2944;RBI=0.0128133;REFB=-0.0174745;REVB=-0.0118348;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188264;STB=0.59315;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0157222;OID=.;OPOS=62261186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:14:11:18:10:14:12:18:10 chr12 62810962 . G A 767.75 PASS AF=0.401198;AO=54;DP=163;FAO=67;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.0120427;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.312;QD=18.3893;RBI=0.023299;REFB=-0.0024057;REVB=0.0199453;RO=84;SAF=25;SAR=29;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142552;STB=0.584851;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0140228;OID=.;OPOS=62810962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:167:84:85:54:67:0.401198:29:25:28:56:34:33:29:56 chr12 62894636 . T A 2761.57 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.549;QD=62.0577;RBI=0.0424203;REFB=0;REVB=0.0156805;RO=0;SAF=72;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71937e-05;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:178:0:0:169:178:1:97:72:0:0:100:78:0:0 chr12 62986998 . T C 510.99 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0234964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.435;QD=21.2911;RBI=0.0247121;REFB=-0.0202833;REVB=0.00765573;RO=47;SAF=18;SAR=31;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204355;STB=0.613023;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0169062;OID=.;OPOS=62986998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:31:18:28:19:31:18:28:19 chr12 63359168 . G A 463.49 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00332055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.647;QD=16.2627;RBI=0.00567827;REFB=-0.00205622;REVB=-0.00460616;RO=62;SAF=32;SAR=19;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971108;STB=0.550517;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00212438;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:51:51:0.447368:19:32:33:29:19:32:34:29 chr12 63359409 . C A 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000849691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.409;QD=13.8456;RBI=0.118455;REFB=-0.0120248;REVB=-0.118452;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.574375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0217931;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:25:16:16:0.390244:9:7:14:9:9:7:14:11 chr12 63359549 . ACTGCTG AAGGGTA 66.9 PASS AF=0.151515;AO=3;DP=21;FAO=5;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0116329;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=6;MLLD=241.381;QD=8.10904;RBI=0.0212591;REFB=-0.00923118;REVB=0.0177939;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.726611;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.0208979;OID=.;OPOS=63359550;OREF=CTGCTG;OALT=AGGGTA;OMAPALT=AAGGGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515:3:21:5:33:25:3:2:21:4:31:0:3:0:0:0 chr12 63543954 . C T 112.61 PASS AF=0.225;AO=17;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.126951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4553;QD=5.63066;RBI=0.1288;REFB=-0.0437187;REVB=0.0217483;RO=45;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406551;STB=0.657555;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.157516;OID=.;OPOS=63543954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:62:17:18:0.225:5:12:16:29:5:13:33:29 chr12 63954304 . T C 1030.49 PASS AF=0.592593;AO=73;DP=161;FAO=96;FDP=162;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00625922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.795;QD=25.4442;RBI=0.0220571;REFB=-0.0231829;REVB=-0.0211503;RO=63;SAF=28;SAR=45;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809958;STB=0.512758;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0125488;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:63:66:73:96:0.592593:45:28:30:33:45:51:33:33 chr12 64020320 . AC A,AA 62.16 PASS AF=1,0;AO=2,3;DP=5;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.921,226.262;QD=35.5178;RBI=0.0150787,0.0131682;REFB=0,0;REVB=-0.0150787,-0.0131682;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0116022,0.0252551;OID=.,.;OPOS=64020321,64020321;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:2,3:5:7,0:7:0:0,0:7,0:0:0:3:0:0,0:2,3:0:0 chr12 64062023 . A C 146.15 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0374583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.214;QD=8.99366;RBI=0.0391946;REFB=-0.0100038;REVB=0.0115365;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722515;STB=0.507685;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0204963;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:45:20:20:0.307692:10:10:17:22:10:10:22:23 chr12 64062052 . G A 220.76 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00612422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.629;QD=12.0965;RBI=0.00801747;REFB=-0.0083819;REVB=0.00517434;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160881;STB=0.599117;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0193878;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:16:11:25:20:16:11:26:20 chr12 64062065 . T C 243.8 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0242274;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.903;QD=12.6647;RBI=0.0362378;REFB=-0.00313391;REVB=-0.0269483;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116901;STB=0.567131;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00612418;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:17:12:25:23:17:12:25:23 chr12 64472803 . A T 1358.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0727;QD=62.4593;RBI=0.0387737;REFB=0;REVB=0.0122138;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357644;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:50:37:0:0 chr12 64519806 . T C 462.61 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00311856;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.947;QD=18.8821;RBI=0.00363104;REFB=-0.00605988;REVB=-0.00185984;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883548;STB=0.549122;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00638698;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:52:46:46:0.469388:25:21:19:33:25:21:19:33 chr12 64587633 . C A,T 704.57 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=41,4;DP=45;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,5;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176329,0.00760203;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.843,206.757;QD=61.2671;RBI=0.0232751,0.0166292;REFB=0,0;REVB=0.0151924,0.0147899;RO=0;SAF=29,4;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00264925,0.19194;OID=.,.;OPOS=64587633,64587633;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:45:46:0:0:41,4:41,5:0.891304,0.108696:12,0:29,4:0:0:13,0:28,5:0:0 chr12 64609562 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.117;QD=56.999;RBI=0.0328001;REFB=0;REVB=0.0096541;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55677e-05;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr12 64669090 . C A 3082.55 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607149;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3728;QD=61.3443;RBI=0.0973431;REFB=-0.0807983;REVB=-0.076088;RO=0;SAF=96;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144698;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:0:0:201:201:1:105:96:0:0:105:96:0:0 chr12 64712511 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.313;QD=59.1428;RBI=0.0267766;REFB=0;REVB=-0.0223831;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09797e-06;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0208168;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.126;QD=14.6504;RBI=0.0213351;REFB=-0.024113;REVB=-0.00467383;RO=31;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177769;STB=0.602414;STBP=0.248;TYPE=ins;VARB=0.0277199;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:23:54:23:54:31:18:5:20:11:99:31:18:5:20:11 chr12 64746833 . C T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0353619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.313;QD=14.0472;RBI=0.0372325;REFB=-0.00660331;REVB=-0.0116532;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353748;STB=0.712103;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.017681;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:6:12:9:19:6:12:9:20 chr12 64803798 . A C 417.37 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.008411;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.319;QD=24.9173;RBI=0.00850368;REFB=-0.0150467;REVB=0.00125201;RO=27;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233155;STB=0.512776;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0110588;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:27:40:40:0.597015:22:18:13:14:22:18:13:14 chr12 65108160 . G C 825.6 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.986;QD=56.9382;RBI=0.0283481;REFB=0;REVB=0.013634;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172424;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr12 65146532 . C T 1117.96 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808697;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5763;QD=60.4305;RBI=0.0818467;REFB=0;REVB=-0.0126086;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367877;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr12 65150485 . C T 1208.24 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.768;QD=58.9387;RBI=0.0787869;REFB=-0.124884;REVB=0.0769125;RO=1;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133348;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00957707;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:35:45:0:1:36:45:0:1 chr12 65332874 . G A 32.8 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.080918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.414;QD=9.37258;RBI=0.0818534;REFB=-0.000258842;REVB=0.0123392;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599654;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00533328;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:5:9:4:5:0.357143:4:0:0:5:4:1:1:8 chr12 65514266 . T C 1110.23 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0531359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5508;QD=51.6385;RBI=0.0775376;REFB=-0.146357;REVB=0.0564682;RO=5;SAF=36;SAR=42;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386204;STB=0.503596;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0102363;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:86:86:5:8:78:78:0.906977:42:36:4:1:42:36:4:4 chr12 65563754 . C T 120.34 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0121311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.998;QD=24.0671;RBI=0.0132452;REFB=-0.033734;REVB=-0.00531716;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0145932;OID=.;OPOS=65563754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:4:3:5:8:4:3 chr12 65857555 . T A 199.92 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0527716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.461;QD=15.6803;RBI=0.0563433;REFB=-0.0276515;REVB=-0.0197414;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350656;STB=0.580576;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0381528;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:29:22:22:0.431373:13:9:7:12:13:9:8:21 chr12 66358347 . C T 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6923;QD=62.9075;RBI=0.0510506;REFB=0;REVB=-0.0019304;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245849;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr12 66359752 . C A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.453;QD=58.2396;RBI=0.0215076;REFB=0;REVB=0.0124576;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36484e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr12 66546100 . A G 489.91 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000654306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.363;QD=55.9895;RBI=0.041304;REFB=-0.114935;REVB=-0.0412988;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000624236;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:30:34:0.971429:15:15:0:0:19:15:1:0 chr12 66605228 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.061;QD=56.9372;RBI=0.0324058;REFB=0;REVB=-0.00125264;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017837;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr12 66725160 . C T 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.907;QD=62.1607;RBI=0.0200986;REFB=0;REVB=-0.0179007;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29152e-06;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:57:28:0:0:57:28:0:0 chr12 66725202 . C T 420.32 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0099919;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.638;QD=19.7796;RBI=0.0404552;REFB=-0.0254257;REVB=0.0392018;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310493;STB=0.517233;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0216838;OID=.;OPOS=66725202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:17:26:24:18:17:26 chr12 66731864 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.413;QD=62.3508;RBI=0.0576343;REFB=0;REVB=0.0165437;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144734;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr12 66739539 . A G 1105.8 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101405;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.966;QD=58.9759;RBI=0.0126916;REFB=-0.0379627;REVB=-0.00763193;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00134632;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr12 66786091 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=22;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.833;QD=60.9786;RBI=0.0336307;REFB=0;REVB=0.0322268;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135242;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:22:39:1:18:4:0:0:18:21:0:0 chr12 66814487 . C A 275.95 PASS AF=0.33;AO=32;DP=99;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.116;QD=11.0379;RBI=0.0149824;REFB=0.00166666;REVB=-0.00708759;RO=67;SAF=18;SAR=14;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231931;STB=0.524847;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00341776;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:67:67:32:33:0.33:14:18:39:28:15:18:39:28 chr12 68052043 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 41.99 PASS AF=0.276596,0.0212766;AO=6,4;DP=45;FAO=13,1;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5,1;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0181506,0.0278667;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.336,18.0193;QD=3.57324;RBI=0.254988,0.176209;REFB=-0.0522107,-0.0652986;REVB=0.254341,0.173992;RO=27;SAF=2,4;SAR=4,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0509214,0.702329;STB=0.539509,0.993025;STBP=0.775,0.241;TYPE=del,snp;VARB=0.096133,0.096435;OID=.,.;OPOS=68052044,68052048;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596,0.0212766:6,4:45:13,1:47:33:5,1:8,0:11:22:37:27:2,4:4,0:8:19 chr12 68052178 . G T 288.82 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.020726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.09;QD=25.673;RBI=0.0230826;REFB=-0.015252;REVB=-0.0101607;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239872;STB=0.643606;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0141347;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:9:17:6:12:9:17:6:13 chr12 68595787 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.6;QD=63.2864;RBI=0.0227519;REFB=0;REVB=0.0147958;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68211e-05;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 68708761 . C T 513.2 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.00365132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.576;QD=24.4378;RBI=0.0159452;REFB=-0.0173492;REVB=0.0155215;RO=35;SAF=36;SAR=12;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847695;STB=0.532774;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0157413;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:12:36:29:6:12:36:29:7 chr12 68710338 . TTA T,TT,TTT 88.26 PASS AF=0,0.444444,0;AO=8,12,6;DP=49;FAO=0,20,0;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=0,8,0;FSAR=0,12,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.252813,-0.0261798,0.226336;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.3158,9.93387,13.0169;QD=7.84497;RBI=0.280535,0.144098,0.227479;REFB=-0.0280573,-0.114167,-0.0898892;REVB=-0.121594,-0.141699,-0.0227696;RO=20;SAF=7,2,0;SAR=1,10,6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.597084,-0.26677,-0.677481;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,0.988,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0671308,0.107729,0;OID=.,.,.;OPOS=68710339,68710340,68710340;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444,0:8,12,6:49:0,20,0:45:25:0,8,0:0,12,0:10:15:87:20:7,2,0:1,10,6:7:13 chr12 68720627 . G A 751.95 PASS AF=0.475904;AO=78;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0197425;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.637;QD=18.1192;RBI=0.0197482;REFB=-0.0131361;REVB=-0.000472256;RO=85;SAF=25;SAR=53;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118111;STB=0.562862;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0209468;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:85:87:78:79:0.475904:53:25:37:48:54:25:37:50 chr12 68724951 . G T 327.66 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00830175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.776;QD=12.2489;RBI=0.009099;REFB=-0.00318092;REVB=0.00372461;RO=66;SAF=13;SAR=27;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231054;STB=0.628146;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0048619;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:66:67:40:40:0.373832:27:13:35:31:27:13:35:32 chr12 69042495 . A G 287.37 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0581645;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1816;QD=18.2459;RBI=0.058189;REFB=-0.0231891;REVB=0.00168838;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272535;STB=0.508766;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0238671;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:32:31:31:0.492063:17:14:15:18:17:14:15:17 chr12 69186904 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.457;QD=16.2713;RBI=0.0131248;REFB=-0.0200028;REVB=0.0120765;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0276066;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:10:8:7:8:10:8 chr12 69187427 . T A,G 473.2 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245553,0.0337303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.606,173.125;QD=57.358;RBI=0.0317082,0.0463706;REFB=0,0;REVB=0.0200611,-0.0318197;RO=0;SAF=14,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00102083,0.133626;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:17,2:14,0:0:0:17,2:14,0:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 711.78 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=52;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898106,-0.00454585;FXX=0.0192271;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=91.2193,66.1995;QD=55.8259;RBI=0.0165764,0.00617455;REFB=0,0;REVB=0.0139326,-0.00417855;RO=0;SAF=24,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000472907,-0.00710126;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:25,1:24,1:0:0:25,1:24,1:0:0 chr12 69265578 . A G 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0066488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.068;QD=16.5643;RBI=0.00707126;REFB=-0.0113575;REVB=-0.00240753;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992201;STB=0.505573;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0171594;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:27:21:17:21:27:21 chr12 69645864 . A G 66.39 PASS AF=0.45;AO=6;DP=17;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0105478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.218;QD=13.2786;RBI=0.0315354;REFB=-0.0100789;REVB=-0.0297191;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0185503;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:17:20:10:11:6:9:0.45:4:2:5:5:5:4:6:5 chr12 69646914 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00785942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.718;QD=15.7005;RBI=0.00785942;REFB=-0.0165808;REVB=1.64092e-06;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0158936;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:5:14:9:6:5:14 chr12 69794856 . G A 913.0 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0272417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6564;QD=53.706;RBI=0.0355546;REFB=-0.0950804;REVB=0.0228478;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262287;STB=0.505693;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0129652;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:35:30:0:2:35:30:1:2 chr12 69972381 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00918435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.902;QD=24.2022;RBI=0.0158909;REFB=0.0138961;REVB=-0.012968;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00515087;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:5:7:11:7:5:7 chr12 69986788 . A G 286.54 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0238032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.593;QD=21.2252;RBI=0.0238398;REFB=-0.0180501;REVB=0.00131995;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818959;STB=0.537012;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0181295;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:15:14:14:10:15:15:14:10 chr12 70091432 . T C 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.816;QD=61.8115;RBI=0.035753;REFB=-0.00577002;REVB=0.0268944;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000135647;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:23:26:0:0:23:26:0:1 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC 376.72 PASS AF=0.117647,0.352941,0.529412;AO=6,6,8;DP=51;FAO=6,18,27;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,12;FSAR=6,10,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.07159,-0.378944,-0.12067;FXX=0.0377287;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,1;MLLD=2.08067,6.26607,241.279;QD=29.5464;RBI=1.07615,0.380461,0.121425;REFB=0.342478,0.276543,0.0285285;REVB=0.0989001,0.0339319,0.0135194;RO=1;SAF=0,4,3;SAR=6,2,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.171372,0.080241;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.148347,0.0964289,0.00982717;OID=.,.,.;OPOS=70209465,70209465,70209475;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.117647,0.352941,0.529412:6,6,8:51:6,18,27:51:0:0,8,12:6,10,15:0:0:78:1:0,4,3:6,2,5:0:1 chr12 70321450 . C T 608.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.092;QD=60.8856;RBI=0.00235036;REFB=0;REVB=0.000594051;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09598e-06;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:19:18:0:0:22:18:0:0 chr12 70330087 . A G 1000.41 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.683;QD=58.8474;RBI=0.0155762;REFB=0;REVB=-0.0078889;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228828;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:22:44:0:0:24:44:0:0 chr12 70351684 . C A 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00204799;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.557;QD=13.4811;RBI=0.0177544;REFB=-0.00604439;REVB=-0.0176359;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497138;STB=0.791272;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0130214;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:3:12:8:16:3:12:8:16 chr12 70352021 . C T 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0047883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.787;QD=14.1655;RBI=0.0155614;REFB=-0.0157173;REVB=-0.0148064;RO=63;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962059;STB=0.554366;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.018452;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:17:27:33:30:17:27:33:30 chr12 70912510 . C T 1324.31 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184021;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.794;QD=62.3204;RBI=0.0342219;REFB=0;REVB=0.0288531;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36861e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr12 70928616 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0501541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.741;QD=15.1012;RBI=0.0501629;REFB=-0.00455848;REVB=-0.000937602;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120773;STB=0.568571;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.005233;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:13:18:11:13:13:18 chr12 70928724 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.404;QD=57.2376;RBI=0.0124904;REFB=0;REVB=0.00684979;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16739e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr12 70953277 . T C 754.42 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0072142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.885;QD=18.4004;RBI=0.0245035;REFB=-0.00312844;REVB=0.0234175;RO=85;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080209;STB=0.544293;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00356687;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:85:79:79:0.481707:43:36:46:39:43:36:46:39 chr12 70965764 . G A 288.42 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0111589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.157;QD=13.7344;RBI=0.0134801;REFB=0.0094112;REVB=0.00756249;RO=51;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192081;STB=0.520595;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0126529;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:51:51:32:33:0.392857:17:15:23:28:17:16:23:28 chr12 70989977 . T C 250.7 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.014594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.711;QD=14.5331;RBI=0.014646;REFB=-0.0182225;REVB=-0.00123286;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562829;STB=0.538895;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0233688;OID=.;OPOS=70989977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:18:21:14:15:18:22 chr12 71002865 . T A 460.52 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00178828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.281;QD=14.5045;RBI=0.0340457;REFB=-0.00945819;REVB=-0.0339987;RO=75;SAF=32;SAR=20;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130369;STB=0.573519;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0118237;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:20:32:37:38:20:32:37:38 chr12 71002893 . C T 549.84 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=154;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0450144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6176;QD=14.2816;RBI=0.0594102;REFB=-0.00334031;REVB=0.0387722;RO=91;SAF=45;SAR=18;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269461;STB=0.652124;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.004522;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:91:91:63:63:0.409091:18:45:43:48:18:45:43:48 chr12 71029733 . C T 1228.3 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3465;QD=59.9171;RBI=0.0151651;REFB=-0.00234467;REVB=0.0111936;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000214664;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:1:1:79:81:0.987805:43:36:0:1:44:37:0:1 chr12 71054946 . C A 1190.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.326;QD=61.0396;RBI=0.0119089;REFB=0;REVB=0.000383771;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14327e-05;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr12 71139664 . T C 1517.54 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.943;QD=63.2309;RBI=0.0391257;REFB=0;REVB=0.036287;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02302e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:41:55:0:0 chr12 71509652 . T A 976.28 PASS AF=0.519126;AO=95;DP=183;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0123167;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9056;QD=21.3394;RBI=0.0177798;REFB=-0.00360042;REVB=-0.0128227;RO=88;SAF=44;SAR=51;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721781;STB=0.53955;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00437314;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:88:88:95:95:0.519126:51:44:48:40:51:44:48:40 chr12 71519096 . G C 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00187535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.432;QD=13.6193;RBI=0.0361508;REFB=-0.0233704;REVB=-0.0361021;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673112;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0296027;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:18:20:12:14:18:20 chr12 71523134 . A C 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0147088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.647;QD=18.6405;RBI=0.0158435;REFB=-0.00759251;REVB=-0.00588779;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256283;STB=0.646113;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0149832;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:6:15:11:13:6:15:11:13 chr12 71532922 . A C 165.26 PASS AF=0.230769;AO=23;DP=114;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00059425;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.714;QD=5.64989;RBI=0.00485481;REFB=-0.0153988;REVB=0.0048183;RO=91;SAF=12;SAR=11;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483785;STB=0.551293;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0539529;OID=.;OPOS=71532922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:91:90:23:27:0.230769:11:12:44:47:12:15:44:46 chr12 71533534 . C G 278.5 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.000153101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.582;QD=11.6041;RBI=0.0126589;REFB=3.55926e-05;REVB=-0.012658;RO=63;SAF=15;SAR=18;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427173;STB=0.5247;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-9.15063e-05;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:18:15:31:32:18:15:31:32 chr12 71533622 . C T 337.83 PASS AF=0.64;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00159001;FXX=0.0740604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.401;QD=27.0262;RBI=0.0113282;REFB=-0.0173559;REVB=-0.0112161;RO=15;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186252;STB=0.580263;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00590287;OID=.;OPOS=71533622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:15:18:32:32:0.64:18:14:2:13:18:14:4:14 chr12 71960208 . G A,T 712.39 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=47,4;DP=51;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000117978,0.0013915;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.356,145.878;QD=55.8739;RBI=0.0087726,0.00900715;REFB=0,0;REVB=-0.0087718,-0.00889901;RO=0;SAF=25,1;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000845581,0.0302438;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:51:0:0:47,4:47,4:0.921569,0.0784314:22,3:25,1:0:0:22,3:25,1:0:0 chr12 72018028 . A G 448.31 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.07477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5865;QD=16.9173;RBI=0.0825624;REFB=-0.0220626;REVB=0.0350142;RO=57;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183047;STB=0.5102;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0281408;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:24:25:28:29:24:25:28:29 chr12 72071045 . A G 1129.42 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00109685;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.469;QD=59.4432;RBI=0.014178;REFB=0.0185526;REVB=-0.0141355;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-7.52278e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:74:75:0.986842:29:45:0:1:30:45:0:1 chr12 72164395 . C T 919.49 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8689;QD=56.5842;RBI=0.0316396;REFB=0.0366789;REVB=-0.0251044;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.509088;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00219313;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:37:26:1:0:37:27:1:0 chr12 72307616 . A G 579.95 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.572;QD=59.4824;RBI=0.064105;REFB=0;REVB=0.0249069;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319072;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:17:21:0:1:18:21:0:0 chr12 72416235 . A T 507.13 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00536565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.941;QD=17.9513;RBI=0.00897441;REFB=-0.00916637;REVB=-0.00719374;RO=59;SAF=27;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239155;STB=0.513269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0105634;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:59:54:54:0.477876:27:27:31:28:27:27:31:28 chr12 73058186 . G A 2403.4 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.828;QD=61.2331;RBI=0.00637444;REFB=0;REVB=-0.00371614;RO=0;SAF=93;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3707e-06;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:64:93:0:0:64:93:0:0 chr12 74932159 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.999;QD=57.3858;RBI=0.0353857;REFB=0;REVB=0.025764;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132586;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr12 74932327 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00297939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.062;QD=9.91718;RBI=0.00327236;REFB=-0.00333778;REVB=0.00135336;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265764;STB=0.685825;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00747198;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:2:6:9:8:2:7:9:8 chr12 74932565 . T C 1362.52 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.06549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3642;QD=61.2366;RBI=0.0657519;REFB=-0.0188204;REVB=0.0058626;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885804;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00174564;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:0:1:53:35:0:1 chr12 74933166 . G A 1036.15 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.089;QD=56.7752;RBI=0.0322875;REFB=-0.0524806;REVB=0.0312393;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030384;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00128879;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:2:2:70:71:0.972603:39:31:1:1:40:31:1:1 chr12 74934634 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.376;QD=57.8849;RBI=0.0299448;REFB=0;REVB=0.018669;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37834e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr12 74934637 . T C 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.887;QD=55.4088;RBI=0.0311985;REFB=0.0896119;REVB=0.0249978;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000237497;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr12 74934743 . G T 205.53 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0126329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.939;QD=12.8458;RBI=0.0333686;REFB=-0.00650394;REVB=-0.0308849;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243581;STB=0.629528;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00780648;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:24:25:0.390625:9:15:15:23:10:15:15:24 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A,AGTGTGT 138.9 PASS AF=0.375,0.125;AO=10,4;DP=34;FAO=12,4;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=5,4;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.013787,-0.0235897;FXX=0.157853;HRUN=1,1;LEN=8,2;MLLD=175.623,63.9072;QD=17.362;RBI=0.0185834,0.0689715;REFB=-0.0178433,-0.0758129;REVB=-0.0124604,-0.064812;RO=12;SAF=5,0;SAR=5,4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.315376,-0.608656;STB=0.746851,0.995488;STBP=0.059,0.328;TYPE=del,del;VARB=0.0201907,0.182306;OID=.,.;OPOS=74934910,74934910;OREF=GTGTGTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.125:10,4:34:12,4:32:16:7,0:5,4:2:14:99:12:5,0:5,4:2:10 chr12 75601092 . C T 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.005564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.548;QD=15.7907;RBI=0.00863148;REFB=-0.0112724;REVB=0.00659882;RO=38;SAF=7;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204074;STB=0.611033;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0179114;OID=.;OPOS=75601092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:24:7:15:23:24:7:15:24 chr12 75715330 . C A 471.04 PASS AF=0.448276;AO=48;DP=113;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00918444;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.079;QD=16.2429;RBI=0.0158328;REFB=-0.012696;REVB=-0.0128967;RO=62;SAF=13;SAR=35;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136787;STB=0.538841;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0169275;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:62:64:48:52:0.448276:35:13:24:38:35:17:25:39 chr12 75796803 . T TA 189.86 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0125937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.542;QD=9.99239;RBI=0.0517961;REFB=-0.018892;REVB=-0.0502418;RO=43;SAF=21;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107277;STB=0.532975;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=0.0203793;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434211:31:76:33:76:43:21:12:25:18:99:43:21:10:25:18 chr12 75824460 . T C 522.99 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0227582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.862;QD=17.1472;RBI=0.0228007;REFB=-0.00272386;REVB=0.00139023;RO=64;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239456;STB=0.522557;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00409527;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:66:56:56:0.459016:32:24:29:35:32:24:31:35 chr12 75893381 . CAA C 244.88 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00813521;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.4656;QD=11.2587;RBI=0.0121522;REFB=-0.0158433;REVB=0.00902739;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862887;STB=0.501778;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.0198588;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:37:88:39:87:48:18:21:22:26:99:47:17:20:22:25 chr12 75893388 . T A 1303.51 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.713;QD=60.6286;RBI=0.0333708;REFB=-0.0676645;REVB=0.025562;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011992;STB=0.506328;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00118884;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:1:0:46:39:1:0 chr12 75893399 . T G 362.91 PASS AF=0.475;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0111631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.228;QD=18.1452;RBI=0.0201251;REFB=-0.0222771;REVB=-0.0167453;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123033;STB=0.513827;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.024169;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:39:42:38:38:0.475:20:18:19:20:20:18:21:21 chr12 75893404 . C A 1072.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.082;QD=59.5715;RBI=0.0453444;REFB=0;REVB=0.0110043;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39995e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr12 75900588 . A G 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00326648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.551;QD=22.801;RBI=0.0055618;REFB=0.00545446;REVB=0.00450153;RO=47;SAF=24;SAR=29;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103669;STB=0.557041;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00565271;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:29:24:27:20:29:24:27:20 chr12 76351726 . C G 300.27 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0179577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7646;QD=24.5118;RBI=0.0291583;REFB=-0.00576503;REVB=0.0229723;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172725;STB=0.609532;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0043369;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:26:27:0.55102:13:13:6:15:13:14:6:16 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 333.35 PASS AF=0.0384615,0.884615,0.0769231;AO=3,14,2;DP=23;FAO=1,23,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12,1;FSAR=0,11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069921,0.0625404,0.0205438;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=158.671,151.342,69.2766;QD=51.2851;RBI=0.0832949,0.0745311,0.0458357;REFB=0,0,0;REVB=0.0452668,0.0405413,-0.0409739;RO=0;SAF=1,5,1;SAR=2,9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.126676,0.0127581,0.00711261;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:23:26:0:0:3,14,2:1,23,2:0.0384615,0.884615,0.0769231:2,9,1:1,5,1:0:0:0,11,1:1,12,1:0:0 chr12 76425476 . G A 666.92 PASS AF=0.492857;AO=65;DP=138;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0550979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9738;QD=19.0548;RBI=0.118018;REFB=0.0233743;REVB=0.104368;RO=72;SAF=39;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965726;STB=0.54449;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0181022;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:72:71:65:69:0.492857:26:39:36:36:29:40:35:36 chr12 76426110 . GGA G 315.92 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00207015;FXX=0.048187;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.071;QD=15.9957;RBI=0.00969415;REFB=-0.0319276;REVB=0.00947053;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153076;STB=0.550244;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.0236038;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544304:42:78:43:79:36:18:25:19:17:99:34:18:24:21:13 chr12 76426877 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.135;QD=45.8063;RBI=0.0186139;REFB=0;REVB=-0.0175444;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10841e-05;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr12 76427103 . GAC G 320.73 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0023824;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.332;QD=18.0693;RBI=0.00940216;REFB=0.00325692;REVB=-0.00909531;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174151;STB=0.597432;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=-0.00432779;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478873:34:73:34:71:37:21:13:16:21:99:37:21:13:16:21 chr12 76427544 . GCTC GCTCTTAAT,TAAT 155.94 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=11,2;DP=16;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275356,-0.0423636;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=5,4;MLLD=144.96,213.649;QD=44.5528;RBI=0.0286853,0.0431115;REFB=0,0;REVB=0.00803981,0.00799519;RO=2;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112219,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00769866,0.04604;OID=.,.;OPOS=76427548,76427544;OREF=-,GCTC;OALT=TTAAT,TAAT;OMAPALT=GCTCTTAAT,TAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:14:2:0:11,2:12,2:0.857143,0.142857:4,0:7,2:2:0:4,0:8,2:0:0 chr12 76449900 . T C 785.31 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0227452;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.327;QD=51.4958;RBI=0.0661799;REFB=-0.118992;REVB=-0.0621484;RO=3;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231841;STB=0.512757;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00528102;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:61:3:3:56:58:0.95082:24:32:1:2:24:34:1:2 chr12 76453966 . G A 1044.57 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.315;QD=59.6898;RBI=0.0464645;REFB=0;REVB=-0.0243872;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39266e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr12 76709606 . T C 526.93 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00575619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.392;QD=20.2665;RBI=0.00805047;REFB=-0.00586015;REVB=0.00562818;RO=41;SAF=31;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911555;STB=0.51666;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00496597;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:50:54:54:0.519231:23:31:24:17:23:31:27:23 chr12 76709610 . T C 551.12 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00663339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.301;QD=20.7971;RBI=0.0084904;REFB=-0.0143842;REVB=-0.00529954;RO=50;SAF=31;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011751;STB=0.506465;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00960699;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:25:31:27:23:25:31:27:23 chr12 76746923 . G C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0252451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.767;QD=10.1404;RBI=0.0253056;REFB=0.00452895;REVB=0.00174867;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332382;STB=0.702146;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00958131;OID=.;OPOS=76746923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:14:14:10:3:14:14 chr12 76747085 . T G 81.64 PASS AF=0.275;AO=2;DP=38;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00408632;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=110.167;QD=8.16352;RBI=0.024558;REFB=0.0128293;REVB=-0.0242156;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520511;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00613136;OID=.;OPOS=76747085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:40:0:29:2:11:0.275:2:0:0:0:6:5:14:15 chr12 77256681 . T G 193.84 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0529474;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.493;QD=16.1537;RBI=0.079155;REFB=-0.00114396;REVB=0.0588395;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24418;STB=0.630669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00487302;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:28:20:20:0.416667:7:13:12:17:7:13:12:16 chr12 77417509 . G T 332.24 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0505826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.236;QD=13.9892;RBI=0.0511856;REFB=-0.00338977;REVB=-0.00783405;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129242;STB=0.544258;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00631462;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:58:37:37:0.389474:21:16:21:29:21:16:21:37 chr12 77438436 . T C 376.14 PASS AF=0.266667;AO=30;DP=120;FAO=32;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00127614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.455;QD=12.5379;RBI=0.112723;REFB=-0.0216355;REVB=0.112716;RO=57;SAF=24;SAR=6;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356935;STB=0.75094;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00981239;OID=.;OPOS=77438436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:63:30:32:0.266667:6:24:30:27:6:26:30:33 chr12 77449790 . A G 2150.46 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397934;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.106;QD=62.7873;RBI=0.0178609;REFB=0;REVB=0.017412;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26168e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:135:137:1:67:68:0:0:68:69:0:0 chr12 78225374 . A G 1268.47 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8283;QD=60.4033;RBI=0.0471911;REFB=-0.0394514;REVB=-0.0269192;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000643384;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr12 78400884 . G A 219.39 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0192271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.891;QD=14.1541;RBI=0.0603149;REFB=0.0121223;REVB=-0.0571682;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161294;STB=0.599923;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0152711;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:10:16:16:19:10:16:16:20 chr12 78530979 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0294829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.415;QD=18.3004;RBI=0.032233;REFB=-0.00198066;REVB=-0.0130279;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170758;STB=0.606792;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00717517;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:9:11:8:14:9:11:8:15 chr12 78542699 . T C 84.54 PASS AF=0.44;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0404245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.626;QD=13.5269;RBI=0.0404321;REFB=-0.0022979;REVB=-0.000786038;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00931863;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:24:25:12:14:9:11:0.44:7:2:2:10:7:4:3:11 chr12 78598891 . G A 191.94 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0106621;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.805;QD=11.8117;RBI=0.0134971;REFB=-0.00917748;REVB=-0.00827602;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454404;STB=0.526294;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0141393;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:17:24:15:9:17:24 chr12 79611374 . C T 1648.13 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0297298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.961;QD=58.3409;RBI=0.0297318;REFB=-0.120468;REVB=-0.000345157;RO=2;SAF=46;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201909;STB=0.510636;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00067107;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:65:46:2:0:65:46:2:0 chr12 80014907 . A C,T 1254.45 PASS AF=0.477273,0.5;AO=42,44;DP=88;FAO=42,44;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=25,24;FSAR=17,20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154857,0.00843507;FXX=0.0112347;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=143.083,202.393;QD=57.0206;RBI=0.0293236,0.0209504;REFB=0.101682,-0.00968037;REVB=0.0249012,0.0191773;RO=2;SAF=25,24;SAR=17,20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0084084,0.0037388;STB=0.504482,0.501991;STBP=0.837,0.859;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000228781,0.00413043;OID=.,.;OPOS=80014907,80014907;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:88:2:2:42,44:42,44:0.477273,0.5:17,20:25,24:1:1:17,20:25,24:1:1 chr12 80613608 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0246557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.563;QD=17.4274;RBI=0.0248226;REFB=0.000753533;REVB=-0.00287402;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29807;STB=0.667365;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00166282;OID=.;OPOS=80613608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:4:19:10:9:4:19 chr12 80712420 . G A 1589.19 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.014;QD=59.9694;RBI=0.0128757;REFB=0;REVB=-0.00267675;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48019e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:55:50:0:0:56:50:0:0 chr12 80735771 . T C 530.85 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.007;QD=58.9836;RBI=0.0260292;REFB=0;REVB=0.0196035;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85183e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr12 80737521 . C T 1030.24 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.593;QD=58.0418;RBI=0.0150261;REFB=-0.127039;REVB=-0.00441626;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000455614;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:40:30:1:0:40:30:1:0 chr12 80747242 . A G 743.28 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926703;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7448;QD=63.2578;RBI=0.094834;REFB=0;REVB=0.0201421;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177542;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:45:47:1:33:12:1:0:33:14:0:0 chr12 80752660 . A G 1097.76 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568562;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8952;QD=60.151;RBI=0.0571269;REFB=0;REVB=0.00555408;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292495;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:47:25:0:0:48:25:0:0 chr12 80761430 . G A 1215.96 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189981;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.356;QD=61.5676;RBI=0.0192734;REFB=0;REVB=-0.00324613;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16291e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr12 80761465 . G A 1033.87 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0041929;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5598;QD=58.2464;RBI=0.0555969;REFB=-0.120605;REVB=-0.0554386;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000167209;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:1:0:35:35:1:0 chr12 80765800 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.355;QD=59.3185;RBI=0.0201869;REFB=0;REVB=0.00858458;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43401e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr12 80771813 . G A 1212.2 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122859;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.418;QD=61.3774;RBI=0.00129607;REFB=0;REVB=0.000412767;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40335e-06;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr12 80816492 . C T 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1139;QD=63.2781;RBI=0.0455837;REFB=0;REVB=-0.015447;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506531;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr12 80818876 . A G 2283.04 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0364785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4676;QD=59.6872;RBI=0.0375849;REFB=0.0185682;REVB=-0.00905223;RO=1;SAF=77;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061376;STB=0.503225;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000344239;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:153:1:1:151:152:0.993464:74:77:1:0:75:77:1:0 chr12 80889829 . T A 501.29 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0274676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.32;QD=15.6654;RBI=0.027719;REFB=-0.00601083;REVB=-0.00372483;RO=73;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625727;STB=0.535043;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0059009;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:26:29:34:39:26:29:34:39 chr12 80899901 . C A 113.12 PASS AF=0.4;AO=11;DP=32;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00807951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.567;QD=12.9284;RBI=0.008211;REFB=-0.0106191;REVB=-0.00146357;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.639808;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0217959;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:18:21:11:14:0.4:6:5:12:6:8:6:14:7 chr12 80900397 . C G 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00463516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5657;QD=22.3955;RBI=0.0548555;REFB=-0.0114945;REVB=-0.0546593;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678905;STB=0.538022;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00876229;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:13:10:9:16:13:10 chr12 81191473 . G T 585.1 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0161551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.592;QD=18.003;RBI=0.0175528;REFB=-0.0199308;REVB=0.00686392;RO=68;SAF=33;SAR=28;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122332;STB=0.563798;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0214431;OID=.;OPOS=81191473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:68:69:61:61:0.469231:28:33:28:40:28:33:29:40 chr12 81329536 . A C 1094.23 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6862;QD=56.8429;RBI=0.140302;REFB=-0.0871987;REVB=0.130375;RO=3;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399257;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00375335;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:3:1:74:76:0.987013:34:40:0:3:36:40:0:1 chr12 81471954 . G C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0489185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.968;QD=24.1062;RBI=0.0490876;REFB=0.00770551;REVB=0.00407198;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208682;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00281332;OID=.;OPOS=81471954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:9:10:12:12:9:10 chr12 81528625 . C T 437.89 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00106469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.672;QD=15.639;RBI=0.0154329;REFB=0.0025549;REVB=-0.0153961;RO=63;SAF=23;SAR=26;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149571;STB=0.583602;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00333657;OID=.;OPOS=81528625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:26:23:39:24:26:23:39:24 chr12 81647440 . G A 309.99 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0197045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.321;QD=13.7775;RBI=0.0212124;REFB=-0.0164599;REVB=-0.00785492;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13307;STB=0.575715;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0286584;OID=.;OPOS=81647440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:19:16:32:23:19:16:32:23 chr12 81769581 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9361;QD=58.0603;RBI=0.0375643;REFB=0;REVB=-0.0363846;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439822;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr12 81833745 . G T 1376.56 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.937;QD=62.5707;RBI=0.0212062;REFB=0;REVB=0.018849;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43715e-05;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:53:34:0:0:53:35:0:0 chr12 82783668 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.667;QD=56.9569;RBI=0.037591;REFB=0;REVB=-0.034903;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90778e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 82792787 . C A 339.97 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.735;QD=54.3949;RBI=0.022512;REFB=0;REVB=0.0211487;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96974e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr12 83415719 . G C 184.86 PASS AF=0.475;AO=16;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00182047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1024;QD=18.4855;RBI=0.0467481;REFB=0.00259737;REVB=-0.0467126;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.549021;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00485136;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:21:16:19:0.475:6:10:12:6:9:10:13:8 chr12 85441293 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0111862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.14;QD=22.1441;RBI=0.0312955;REFB=-0.0219876;REVB=-0.0292281;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.512181;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.011487;OID=.;OPOS=85441293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:5:8:10:7:5:8 chr12 88440676 . G C 1518.31 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.282;QD=59.5418;RBI=0.050613;REFB=0;REVB=0.0494967;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147232;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:50:51:0:0:50:52:0:0 chr12 88505078 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5728;QD=60.9773;RBI=0.0422185;REFB=0;REVB=0.0327774;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094756;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr12 88508281 . T C 335.68 PASS AF=0.566667;AO=32;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0629701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2322;QD=22.3785;RBI=0.0890298;REFB=-0.00788921;REVB=0.062937;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956321;STB=0.511105;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00885937;OID=.;OPOS=88508281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:26:32:34:0.566667:11:21:18:9:11:23:17:9 chr12 88547277 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.809;QD=60.9775;RBI=0.0316122;REFB=0;REVB=0.0313009;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170449;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr12 89743223 . G A 2385.65 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.63;QD=61.1705;RBI=0.056383;REFB=0;REVB=0.0145221;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115328;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:154:156:1:91:63:0:0:93:63:0:0 chr12 89745477 . C A 425.18 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0616132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1738;QD=18.8967;RBI=0.0750717;REFB=0.00612575;REVB=0.0428903;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102262;STB=0.556903;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00531369;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:27:20:23:20:27:20 chr12 89853408 . G A 585.51 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795171;FXX=0.155521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3117;QD=61.6325;RBI=0.00856134;REFB=0;REVB=-0.00317283;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467551;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:27:11:0:0 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 170.13 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00160738;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=10;MLLD=283.433;QD=21.2666;RBI=0.00170166;REFB=-0.000607483;REVB=0.000558549;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243914;STB=0.587681;STBP=0.328;TYPE=del;VARB=0.000459393;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:16:34:17:32:15:6:11:8:7:99:11:5:11:7:4 chr12 89916811 . C T 751.07 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.00122504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.649;QD=20.7191;RBI=0.00977856;REFB=-0.0225415;REVB=-0.00970152;RO=70;SAF=30;SAR=43;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118173;STB=0.555099;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0154265;OID=.;OPOS=89916811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:70:72:73:73:0.503448:43:30:20:50:43:30:22:50 chr12 89917518 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9249;QD=56.9983;RBI=0.069044;REFB=0;REVB=0.00448521;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391019;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr12 91348786 . G T 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00234049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.513;QD=22.3805;RBI=0.00235225;REFB=-0.0199078;REVB=0.000234866;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171318;STB=0.593874;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0132431;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:15:21:22:6:15:21:22:6 chr12 91396281 . G T 36.06 PASS AF=0.0810811;AO=14;DP=149;FAO=12;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=136;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=0.0301182;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.4877;QD=0.974474;RBI=0.200458;REFB=-0.0175447;REVB=-0.198183;RO=113;SAF=1;SAR=13;SRF=73;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639299;STB=0.925771;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0948307;OID=.;OPOS=91396281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:149:148:113:136:14:12:0.0810811:13:1:73:40:11:1:78:58 chr12 91449990 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000458239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.398;QD=23.9643;RBI=0.0160726;REFB=-0.0083884;REVB=-0.016066;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122749;STB=0.568658;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00532363;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:8:10:16:7:8:10 chr12 91502250 . A G 525.7 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00162904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.894;QD=17.5234;RBI=0.00221137;REFB=0.00813791;REVB=0.00149545;RO=64;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954274;STB=0.548176;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0102034;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:55:56:0.466667:29:26:24:40:30:26:24:40 chr12 92818482 . C T 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7922;QD=55.0821;RBI=0.0377928;REFB=0;REVB=-0.0066183;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106618;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 92818786 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.883;QD=56.7066;RBI=0.00645099;REFB=0;REVB=-0.00561416;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43153e-05;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr12 92818999 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.165;QD=57.2026;RBI=0.11822;REFB=0;REVB=0.032682;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236696;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr12 92819139 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5675;QD=57.6802;RBI=0.047709;REFB=0;REVB=0.0349363;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978452;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 92819699 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.826;QD=53.2772;RBI=0.0868494;REFB=0;REVB=0.00285976;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394148;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr12 92821860 . CT C,CC 2283.78 PASS AF=0.946309,0.0536913;AO=137,11;DP=149;FAO=141,8;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87,7;FSAR=54,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348818,0.0274061;FXX=0.00666622;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.0629,82.5581;QD=61.3095;RBI=0.0381764,0.0518637;REFB=0,0;REVB=-0.0155143,-0.0440312;RO=0;SAF=86,7;SAR=51,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00131963,-0.00526976;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.946309,0.0536913:137,11:149:141,8:149:0:87,7:54,1:0:0:15:0:86,7:51,4:0:0 chr12 92822903 . G C 392.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.725;QD=56.0651;RBI=0.0685771;REFB=0;REVB=0.0266066;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212998;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr12 93102295 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6711;QD=64.1533;RBI=0.0345997;REFB=0;REVB=-0.0297854;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202384;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:44:55:0:0 chr12 93147907 . A T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.05;QD=63.0522;RBI=0.0972273;REFB=0;REVB=0.061734;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467309;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr12 93150102 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.049;QD=57.1742;RBI=0.0270746;REFB=0;REVB=0.0250657;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118503;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr12 93155535 . G A 1266.63 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.881;QD=60.3159;RBI=0.0269662;REFB=-0.00389989;REVB=0.0234141;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=6.5982e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:0:1:82:83:0.988095:45:37:0:0:46:37:1:0 chr12 93166538 . A G 1402.22 PASS AF=0.934579;AO=100;DP=107;FAO=100;FDP=107;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00315252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.688;QD=52.4193;RBI=0.0163571;REFB=-0.155536;REVB=0.0160505;RO=5;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180897;STB=0.507191;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000700999;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:107:107:5:7:100:100:0.934579:61:39:1:4:61:39:2:5 chr12 93196422 . T G 499.64 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109901;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=261.86;QD=54.015;RBI=0.0198167;REFB=-0.129344;REVB=0.01649;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000436336;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr12 93202801 . C T 1680.09 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.497;QD=60.0033;RBI=0.0454707;REFB=0;REVB=0.0410132;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05464e-05;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:112:0:0:101:112:1:43:58:0:0:52:60:0:0 chr12 93692934 . G A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00156596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.126;QD=12.9138;RBI=0.021773;REFB=-0.00984336;REVB=-0.0217167;RO=37;SAF=2;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49772;STB=0.796063;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0261429;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:22:2:14:23:22:2:14:23 chr12 93966827 . G C 235.82 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0510381;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2293;QD=20.0699;RBI=0.0587153;REFB=-0.0283718;REVB=0.0290275;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19783;STB=0.618682;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0305584;OID=.;OPOS=93966827;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:9:13:9:15:9:14:9:15 chr12 93967035 . A G 1812.46 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.554;QD=60.9232;RBI=0.0459878;REFB=0;REVB=0.0317663;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84192e-05;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:114:119:1:66:48:0:0:69:50:0:0 chr12 93967755 . T C 496.5 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0124055;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.598;QD=53.6757;RBI=0.0719348;REFB=-0.134537;REVB=0.0708571;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.526301;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00270511;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:0:2:35:35:0.945946:18:17:0:0:18:17:0:2 chr12 93968197 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.552;QD=63.8688;RBI=0.0429189;REFB=0;REVB=0.0189041;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254699;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr12 93968255 . TG T,TA,TT 763.39 PASS AF=0.16,0.8,0.04;AO=6,41,4;DP=51;FAO=8,40,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18,2;FSAR=4,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131797,-0.00167499,-0.00145159;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=203.751,224.158,186.658;QD=61.0712;RBI=0.00871763,0.00383673,0.00247417;REFB=0,0,0;REVB=0.00861742,0.0034518,-0.00200359;RO=0;SAF=3,18,3;SAR=3,23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0033341,-0.00124423,0.00817927;OID=.,.,.;OPOS=93968256,93968256,93968256;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.16,0.8,0.04:6,41,4:51:8,40,2:50:0:4,18,2:4,22,0:0:0:31:0:3,18,3:3,23,1:0:0 chr12 93968258 . T A 82.87 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0169314;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.235;QD=6.37426;RBI=0.0187329;REFB=-0.038793;REVB=0.00801563;RO=40;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341323;STB=0.666389;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0265749;OID=.;OPOS=93968258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:52:52:40:40:11:12:0.230769:3:8:18:22:4:8:18:22 chr12 93968288 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.01;QD=63.5829;RBI=0.0185315;REFB=0;REVB=-0.016388;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42539e-05;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 93968353 . C CT,T 763.52 PASS AF=1,0;AO=38,10;DP=56;FAO=55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599378,-0.0843109;FXX=0.017854;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=52.4077,37.358;QD=55.5288;RBI=0.0913802,0.094185;REFB=0,0;REVB=0.0689768,0.041982;RO=6;SAF=20,1;SAR=18,9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.1217,-0.646147;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00534924,0.0179001;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:6:0:38,10:55,0:1,0:18,9:20,1:6:0:27,0:28,0:0:0 chr12 94072680 . A C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0470642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.628;QD=14.3908;RBI=0.0475578;REFB=-0.00588728;REVB=0.00683377;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179688;STB=0.510198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0119587;OID=.;OPOS=94072680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:21:27:18:15:21:27 chr12 94132186 . T A 1102.09 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177468;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.178;QD=60.3887;RBI=0.0245522;REFB=0;REVB=0.0169664;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117249;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:74:73:1:27:47:0:0:27:46:0:0 chr12 94243853 . C T 591.52 PASS AF=0.545455;AO=52;DP=97;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0130855;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.453;QD=23.8999;RBI=0.023502;REFB=-0.0342753;REVB=0.0195221;RO=44;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989317;STB=0.546803;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0221048;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:44:45:52:54:0.545455:20:32:22:22:21:33:23:22 chr12 94671743 . G C 1446.28 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0192838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.195;QD=56.1663;RBI=0.020964;REFB=-0.0281713;REVB=0.00822329;RO=3;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293158;STB=0.515461;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00320606;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:47:53:0:3:47:53:0:3 chr12 94673509 . GCC G,GC 201.08 PASS AF=0,1;AO=2,16;DP=19;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130658,-0.0237669;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.55947,14.9197;QD=40.2166;RBI=0.0648887,0.122212;REFB=0,0;REVB=-0.0635597,-0.119879;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0.365854;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00743502;OID=.,.;OPOS=94673510,94673510;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,16:19:0,20:20:0:0,7:0,13:0:0:4:0:0,7:2,9:0:0 chr12 94769758 . A G 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0121651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.517;QD=21.2767;RBI=0.0125938;REFB=0.00689142;REVB=0.00325792;RO=34;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462007;STB=0.525508;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00684508;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:22:17:13:21:22:17:13:21 chr12 94909304 . A G 96.86 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0592184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8832;QD=10.7621;RBI=0.0617595;REFB=-0.0388511;REVB=-0.0175333;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358546;STB=0.68157;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0695694;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:3:20:7:5:4:20 chr12 94909496 . G T 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00162293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7052;QD=33.4775;RBI=0.0272612;REFB=-0.0304138;REVB=0.0272129;RO=12;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134804;STB=0.573309;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00695654;OID=.;OPOS=94909496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:17:11:2:10:17:11:2:10 chr12 94955644 . G T 294.86 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=51;FWDB=0.0246399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.078;QD=11.2329;RBI=0.0420067;REFB=-0.00624709;REVB=-0.0340212;RO=66;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150579;STB=0.592292;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0191794;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:68:37:37:0.352381:23:14:17:49:23:14:17:51 chr12 94963611 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0159678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2875;QD=12.8694;RBI=0.0294808;REFB=0.0502438;REVB=0.024782;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0707865;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr12 95470600 . A ATCTT,T 2521.88 PASS AF=1,0;AO=142,8;DP=179;FAO=164,0;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=102,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162985,-0.000739774;FXX=0.0465089;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=210.883,68.4916;QD=61.5092;RBI=0.0367948,0.0232822;REFB=0,0;REVB=0.0329882,-0.0232704;RO=14;SAF=51,4;SAR=91,4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0642781,-0.226511;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=2.63669e-06,0;OID=.,.;OPOS=95470601,95470600;OREF=-,A;OALT=TCTT,T;OMAPALT=ATCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:179:164:14:0:142,8:164,0:1,0:91,4:51,4:10:4:102,0:62,0:0:0 chr12 95604272 . C T 400.53 PASS AF=0.461538;AO=37;DP=85;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00804082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.743;QD=17.6057;RBI=0.0152877;REFB=-0.022668;REVB=-0.0130023;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244625;STB=0.650239;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0154277;OID=.;OPOS=95604272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:40:49:37:42:0.461538:17:20:11:29:18:24:14:35 chr12 95604493 . G T 72.65 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0059065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.462;QD=8.80663;RBI=0.00816794;REFB=-0.0198382;REVB=-0.00564168;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0280221;OID=.;OPOS=95604493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr12 95681554 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.935;QD=59.4985;RBI=0.0358307;REFB=0;REVB=-0.00114287;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25205e-05;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr12 95694394 . G A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.626;QD=58.6484;RBI=0.0295243;REFB=0.0168461;REVB=-0.0114663;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000920985;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr12 95876991 . A ATCC 119.38 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0380925;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.411;QD=13.2645;RBI=0.0385321;REFB=-0.0161817;REVB=-0.00580381;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208107;STB=0.638706;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0232823;OID=.;OPOS=95876992;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:13:36:14:36:22:7:7:6:16:99:22:6:7:6:16 chr12 95906603 . C A 321.37 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0326963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.744;QD=18.9042;RBI=0.0366527;REFB=-0.0123426;REVB=-0.0165644;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134555;STB=0.575044;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.011009;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:13:21:16:18:13:21:16:18 chr12 95927762 . T C 1194.62 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.122724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5276;QD=59.7309;RBI=0.131316;REFB=-0.0430194;REVB=0.0467184;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155173;STB=0.508195;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00192244;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:49:30:1:0:49:30:1:0 chr12 96260947 . A G 213.58 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00152783;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8298;QD=14.2388;RBI=0.0552638;REFB=-0.0178384;REVB=-0.0552427;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394252;STB=0.530097;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0200355;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:12:13:19:15:12:13:20:15 chr12 96284650 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.243;QD=58.9624;RBI=0.0425364;REFB=0;REVB=-0.0413449;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89621e-05;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr12 96288860 . T C 1003.58 PASS AF=0.524324;AO=97;DP=185;FAO=97;FDP=185;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0349936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.244;QD=21.6989;RBI=0.0362969;REFB=-0.0120058;REVB=0.00963925;RO=88;SAF=38;SAR=59;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361813;STB=0.51982;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.010221;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:88:88:97:97:0.524324:59:38:38:50:59:38:38:50 chr12 96346594 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0114266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0357;QD=15.1719;RBI=0.0155399;REFB=-0.0157334;REVB=-0.0105319;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0213144;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:13:11:10:7:13:11 chr12 96374563 . T C 1408.36 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=98;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00166181;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.717;QD=58.0767;RBI=0.006081;REFB=-0.0166702;REVB=0.00584953;RO=2;SAF=46;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201629;STB=0.500222;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=6.0351e-05;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:98:97:2:4:92:93:0.958763:46:46:2:0:46:47:2:2 chr12 96374614 . C T 1124.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.79;QD=59.9901;RBI=0.00924206;REFB=0;REVB=-0.00839055;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15352e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr12 96384249 . T C 203.2 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00673886;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.265;QD=15.0518;RBI=0.0376027;REFB=-0.0512601;REVB=-0.0369939;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778015;STB=0.53112;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0263318;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:23:30:23:23:0.425926:11:12:14:9:11:12:14:16 chr12 96387621 . A G 568.54 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0170598;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8824;QD=20.1254;RBI=0.0266165;REFB=-0.00435276;REVB=0.0204304;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734208;STB=0.540427;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00524381;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:55:55:58:58:0.513274:30:28:22:33:30:28:22:33 chr12 96387765 . T A 328.53 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0277131;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.385;QD=12.3975;RBI=0.0534545;REFB=-0.0231467;REVB=0.0457095;RO=66;SAF=17;SAR=23;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178282;STB=0.510159;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.051083;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:66:66:40:40:0.377358:23:17:27:39:23:17:27:39 chr12 96429787 . C T 648.54 PASS AF=0.556522;AO=61;DP=114;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00432027;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.286;QD=22.558;RBI=0.00701354;REFB=-0.00829633;REVB=0.00552494;RO=52;SAF=27;SAR=34;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160386;STB=0.513172;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00644745;OID=.;OPOS=96429787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:52:51:61:64:0.556522:34:27:24:28:37:27:23:28 chr12 96641016 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0110055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.797;QD=17.5592;RBI=0.0250318;REFB=-0.00779659;REVB=0.0224827;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155444;STB=0.588142;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0117278;OID=.;OPOS=96641016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:15:6:8:10:15:6 chr12 96661610 . TAAAAG T 197.46 PASS AF=0.5;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00668748;FXX=0.0689536;HRUN=4;LEN=5;MLLD=251.249;QD=14.6264;RBI=0.00707896;REFB=-0.0117295;REVB=0.00232148;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776579;STB=0.576214;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.012096;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:58:27:54:27:17:10:13:14:99:24:17:10:13:11 chr12 96821251 . A T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0693426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0353;QD=56.8268;RBI=0.0860129;REFB=-0.151702;REVB=0.0508902;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00419076;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:1:0:28:36:1:0 chr12 96900801 . G T 365.18 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0045806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.518;QD=16.5989;RBI=0.0335374;REFB=-0.0205064;REVB=-0.0332231;RO=48;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110147;STB=0.557347;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.022294;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:39:39:0.443182:13:26:27:21:13:26:28:21 chr12 96992494 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0150005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.665;QD=16.0716;RBI=0.0182722;REFB=0.0214317;REVB=-0.0104334;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122275;STB=0.565171;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0197377;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:35:29:29:0.453125:19:10:15:17:19:10:16:19 chr12 97041699 . A G 280.8 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0094326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.187;QD=14.4001;RBI=0.0191541;REFB=-0.019709;REVB=-0.0166705;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151;STB=0.585315;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0242697;OID=.;OPOS=97041699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:31:15:15:17:31:15 chr12 97098549 . T C 605.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1788;QD=60.5025;RBI=0.0554767;REFB=0;REVB=0.0492682;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398371;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:17:20:0:0:20:20:0:0 chr12 97102578 . G A 239.01 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0437;QD=50.3175;RBI=0.061897;REFB=0;REVB=-0.0618447;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186887;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr12 97114231 . G A 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.025898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1997;QD=21.0065;RBI=0.0260111;REFB=0.00556537;REVB=-0.00242365;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038674;STB=0.521458;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0046188;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:12:13:17:13:12:13 chr12 97133737 . T G 649.62 PASS AF=0.428571;AO=71;DP=167;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.00892369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.607;QD=15.4671;RBI=0.0156448;REFB=-0.00670546;REVB=0.0128502;RO=96;SAF=35;SAR=36;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928768;STB=0.555412;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00813401;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:96:96:71:72:0.428571:36:35:56:40:37:35:56:40 chr12 97136218 . T C 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2976;QD=56.9305;RBI=0.108126;REFB=0;REVB=0.0970547;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118419;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr12 97136239 . G A 836.89 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446229;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.743;QD=57.7167;RBI=0.00854148;REFB=0;REVB=0.00728319;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83917e-06;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr12 97254620 . G A 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.158;QD=62.2775;RBI=0.0281184;REFB=0;REVB=0.0145463;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09497e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr12 98115538 . A T 48.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00857125;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.824;QD=10.1822;RBI=0.00858226;REFB=0.0465124;REVB=-0.00043458;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0371564;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr12 98332904 . TCA T 382.76 PASS AF=0.75;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00772433;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.671;QD=38.2763;RBI=0.00830337;REFB=-0.0265632;REVB=0.00304643;RO=9;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949862;STB=0.525756;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.0065758;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:30:43:30:40:10:18:12:5:5:72:9:16:14:5:4 chr12 98811687 . G C 383.19 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0134194;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0518;QD=17.2221;RBI=0.0214989;REFB=0.00752971;REVB=-0.0167965;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258287;STB=0.644798;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0087515;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:14:26:19:30:14:26:19:30 chr12 98849314 . A T 509.03 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0019409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.025;QD=19.3916;RBI=0.0193453;REFB=-0.00292877;REVB=-0.0192477;RO=52;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026985;STB=0.514903;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00264356;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:29:24:22:30:29:24:22:30 chr12 98897267 . C T 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0107533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.775;QD=21.6123;RBI=0.0545585;REFB=-0.00713431;REVB=0.0534883;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177342;STB=0.598833;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00843631;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:17:6:11:13:17:6 chr12 98940228 . A AT 43.01 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.184704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5227;QD=5.21313;RBI=0.192645;REFB=-0.00531377;REVB=0.0547385;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.666296;STBP=0.3;TYPE=ins;VARB=0.0481279;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:8:33:10:33:23:8:2:14:9:43:24:6:2:16:8 chr12 99007623 . C T 211.06 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0520681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9988;QD=12.0603;RBI=0.10698;REFB=0.00775596;REVB=-0.0934541;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475044;STB=0.527425;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0146037;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:9:17:27:17:9:17:27:17 chr12 99477625 . T C 1624.19 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1268;QD=60.1552;RBI=0.0359065;REFB=0;REVB=-0.0125158;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269295;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr12 99640428 . T C 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.41;QD=62.7684;RBI=0.0177999;REFB=0;REVB=0.0104928;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03344e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:69:65:0:0:69:65:0:0 chr12 99640557 . T C 1479.78 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.643;QD=62.9695;RBI=0.0405888;REFB=0;REVB=0.0255504;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40805e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:53:39:0:0:53:41:0:0 chr12 100720492 . A G 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00323662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.243;QD=16.9441;RBI=0.00752124;REFB=-0.0132222;REVB=0.0067892;RO=56;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490788;STB=0.522841;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0156758;OID=.;OPOS=100720492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:27:22:28:28:27:22:28:29 chr12 100732307 . C G 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00968606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.069;QD=23.0361;RBI=0.01505;REFB=-0.024182;REVB=-0.0115188;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184794;STB=0.601598;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0194509;OID=.;OPOS=100732307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:25:17:21:12:25:17:21:12 chr12 100813976 . A C 393.58 PASS AF=0.4;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0286374;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.962;QD=13.6896;RBI=0.0430316;REFB=-0.00664968;REVB=-0.0321188;RO=70;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914745;STB=0.547805;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00983446;OID=.;OPOS=100813976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:70:69:46:46:0.4:23:23:29:41:23:23:29:40 chr12 100893636 . C T 1495.55 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0469277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7712;QD=62.3146;RBI=0.0730823;REFB=-0.00596398;REVB=-0.0560251;RO=1;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000410635;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:45:50:0:1:45:50:0:1 chr12 101017445 . T C 1974.04 PASS AF=0.984733;AO=127;DP=129;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.556;QD=60.2761;RBI=0.0627021;REFB=-0.0909293;REVB=0.0564832;RO=2;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172714;STB=0.508771;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000141956;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:131:2:2:127:129:0.984733:54:73:0:2:56:73:0:2 chr12 101018014 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0180517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3621;QD=14.7007;RBI=0.038944;REFB=0.00017552;REVB=-0.0345075;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00300789;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:5:7:7:7:5:7:7:8 chr12 101520689 . A G 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0220869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3505;QD=13.553;RBI=0.0285078;REFB=-0.00498614;REVB=0.0180239;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165765;STB=0.594136;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00591352;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:27:13:13:14:27:13 chr12 101522078 . C G 325.66 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0104502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2782;QD=14.8027;RBI=0.0167183;REFB=-0.0121873;REVB=-0.0130498;RO=52;SAF=24;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181428;STB=0.603116;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0319919;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:12:24:26:26:12:24:26:26 chr12 101552075 . G A 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6434;QD=61.5337;RBI=0.0864159;REFB=0;REVB=0.0478215;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181991;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr12 101680131 . T C 399.3 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0137252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8504;QD=15.972;RBI=0.0355181;REFB=-0.0135495;REVB=0.032759;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253619;STB=0.642457;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0214231;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:17:25:20:38:17:25:20:38 chr12 101683929 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.961;QD=56.9566;RBI=0.0289044;REFB=0;REVB=0.00622645;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10512e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 101685783 . C T 597.34 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0236566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.526;QD=22.5412;RBI=0.023807;REFB=-0.0143048;REVB=0.00267124;RO=47;SAF=39;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213957;STB=0.617374;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0125982;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:20:39:19:28:20:39:19:28 chr12 101723197 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0378363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.417;QD=14.2414;RBI=0.0417849;REFB=-0.0108501;REVB=-0.0177311;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101053;STB=0.547127;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0171261;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:12:18:11:11:13:18 chr12 101732670 . C T 162.47 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0650392;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.114;QD=27.0782;RBI=0.065846;REFB=-0.0169476;REVB=0.0102766;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168452;STB=0.564438;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0101737;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:7:8:16:16:0.666667:9:7:1:6:9:7:2:6 chr12 101734349 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0695163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3259;QD=13.6608;RBI=0.0704604;REFB=-0.00368436;REVB=-0.0114958;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050373;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0101352;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:8:13:8:6:8:13 chr12 101750814 . T A 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000946848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.734;QD=59.8483;RBI=0.0119759;REFB=0;REVB=0.0119385;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59988e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr12 101755809 . T C 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.928;QD=58.9879;RBI=0.0351465;REFB=-0.115805;REVB=0.0288658;RO=1;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937034;STB=0.504949;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00108137;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:50:25:0:1:50:25:0:1 chr12 101757446 . T C 447.62 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00422526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.481;QD=21.0645;RBI=0.0156263;REFB=-0.000511843;REVB=0.0150442;RO=41;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218506;STB=0.621031;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000365405;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:29:15:24:17:29:15:24:17 chr12 101866174 . C A 1134.65 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7171;QD=60.5147;RBI=0.032192;REFB=0;REVB=-0.0278084;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38706e-05;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr12 102036305 . C T 219.58 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0105888;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.205;QD=15.9696;RBI=0.0336032;REFB=-0.0242623;REVB=-0.0318912;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214684;STB=0.621851;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0480621;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:14:16:8:17:14:16 chr12 102045163 . C G 162.98 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0471872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.958;QD=13.0384;RBI=0.0566945;REFB=0.000494416;REVB=-0.0314266;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167671;STB=0.502759;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00124415;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:13:5:9:22:13:5:9:23 chr12 102064118 . T C 1457.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2472;QD=62.0166;RBI=0.035707;REFB=-0.0499905;REVB=0.0112777;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000490722;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:50:43:0:1:50:43:0:1 chr12 102079418 . G A 1216.16 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204492;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.213;QD=60.0572;RBI=0.039795;REFB=-0.0468292;REVB=0.0341391;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00124136;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:42:38:0:0:42:38:0:1 chr12 102108301 . T C 323.89 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00475033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6206;QD=11.8858;RBI=0.0350404;REFB=-0.01655;REVB=-0.0347169;RO=69;SAF=20;SAR=20;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883136;STB=0.550434;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0481435;OID=.;OPOS=102108301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:40:40:0.366972:20:20:40:29:20:20:40:29 chr12 102117589 . C T 484.54 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0110048;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.947;QD=17.4607;RBI=0.0437162;REFB=-0.00694929;REVB=-0.0423083;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295481;STB=0.659516;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00337339;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:61:59:51:52:0.468468:21:30:17:44:21:31:17:42 chr12 102120152 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00229393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.747;QD=15.9157;RBI=0.00658253;REFB=-0.0155813;REVB=-0.00616989;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0165606;OID=.;OPOS=102120152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:15:19:17:11:15:19 chr12 102158763 . T C 233.44 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0135625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.402;QD=16.9776;RBI=0.0157135;REFB=0.00317644;REVB=0.00793546;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126582;STB=0.571373;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00336079;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:15:14:16:10:15:14 chr12 102173654 . T C 257.4 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0328052;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.665;QD=13.5472;RBI=0.0331562;REFB=-0.00649448;REVB=-0.00481229;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735888;STB=0.526802;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0175144;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:46:30:30:0.394737:19:11:13:30:19:11:15:31 chr12 102224436 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00450738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.647;QD=22.7198;RBI=0.00534865;REFB=0.0221737;REVB=-0.00287952;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216917;STB=0.622464;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0167007;OID=.;OPOS=102224436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:6:3:9:5:6:3 chr12 102279193 . G A 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0302812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1757;QD=20.44;RBI=0.0386872;REFB=0.00970747;REVB=-0.024078;RO=29;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126257;STB=0.569581;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00961878;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:11:22:23:6:11:22:23:6 chr12 102314985 . TAAAAAT AAAATTA,TAAAAT,TTAAAAT 36.01 PASS AF=0.0606061,0.151515,0.0909091;AO=2,4,4;DP=32;FAO=2,5,3;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2,1,1;FSAR=0,4,2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.117093,0.00688382,0.0200245;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=7,1,1;MLLD=50.5788,11.0476,20.6144;QD=4.3647;RBI=0.13872,0.0766059,0.0208223;REFB=-0.0424891,-0.129739,-0.0650821;REVB=-0.0743813,-0.076296,-0.00570838;RO=14;SAF=2,0,0;SAR=0,4,4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.497441,-0.718275,-0.718275;STB=0.993663,0.820691,0.730278;STBP=0.197,0.171,0.495;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.245046,0.0685521,0.121871;OID=.,.,.;OPOS=102314985,102314986,102314986;OREF=TAAAAAT,A,A;OALT=AAAATTA,-,T;OMAPALT=AAAATTA,TAAAAT,TTAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:32:33:14:23:2,4,4:2,5,3:0.0606061,0.151515,0.0909091:0,4,4:2,0,0:9:5:0,4,2:2,1,1:14:9 chr12 102315358 . TG T,TT 303.78 PASS AF=0.333333,0.166667;AO=14,19;DP=69;FAO=22,11;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13,7;FSAR=9,4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0205154,-0.020054;FXX=0.043472;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.751,235.716;QD=18.4108;RBI=0.0222349,0.0228849;REFB=-0.00173476,-0.00132916;REVB=-0.00857387,-0.0110253;RO=33;SAF=8,12;SAR=6,7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0306026,0.0974252;STB=0.546176,0.593048;STBP=0.55,0.498;TYPE=del,snp;VARB=-0.0103953,0.0295473;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.166667:14,19:69:22,11:66:33:13,7:9,4:17:16:99:33:8,12:6,7:18:15 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT,TTCTT 163.02 PASS AF=0.133333,0.0222222,0.155556,0.688889,0,0;AO=4,9,12,6,2,2;DP=44;FAO=6,1,7,31,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,5,24,0,0;FSAR=6,1,2,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361088,-0.221492,-0.33028,-0.640184,-0.435045,-0.215304;FXX=0.0217344;HRUN=15,15,15,15,1,1;LEN=1,3,2,1,2,3;MLLD=246.87,8.43671,6.36558,4.21124,10.3102,23.0136;QD=14.4907;RBI=0.047256,0.225389,0.336066,0.649058,0.476134,0.243555;REFB=0.0248909,0.0955675,0.0850347,0.0532005,0.107051,0.14495;REVB=-0.0304841,-0.0417305,-0.0620951,-0.106963,-0.193493,-0.113856;RO=2;SAF=0,7,11,5,0,2;SAR=4,2,1,1,2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.725637,0.118266,0.258461,0.209294,-0.639851,0.639851;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0925732,0.0111403,0.0722497,-0.185066,-0.0149228,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321187,102321186,102321186;OREF=T,TTT,TT,T,CT,CTT;OALT=C,-,-,-,TC,TTC;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT,TTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:34:44:45:2:0:4,9,12,6,2,2:6,1,7,31,0,0:0.133333,0.0222222,0.155556,0.688889,0,0:4,2,1,1,2,0:0,7,11,5,0,2:1:1:6,1,2,7,0,0:0,0,5,24,0,0:0:0 chr12 102455729 . G A 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0136628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.496;QD=20.9039;RBI=0.0140396;REFB=0.00177766;REVB=0.00323106;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185117;STB=0.602458;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00107559;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:24:15:21:14:24:15:21:14 chr12 102517699 . T C 393.54 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00818779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8022;QD=19.4343;RBI=0.140873;REFB=-0.00819965;REVB=0.140635;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061779;STB=0.543705;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00854226;OID=.;OPOS=102517699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:39:41:0.506173:24:15:18:22:26:15:18:22 chr12 102517804 . G A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0410004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.615;QD=16.6608;RBI=0.0410133;REFB=-0.0191476;REVB=0.00102884;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155828;STB=0.587615;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0140108;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:19:13:16:12:19:13 chr12 102545563 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00695042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.209;QD=18.2488;RBI=0.0114927;REFB=-0.00114031;REVB=0.00915275;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00120855;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr12 102611196 . AC A 133.95 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0300487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5446;QD=12.1776;RBI=0.0895275;REFB=0.0171911;REVB=0.0843341;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067669;STB=0.518501;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=-0.0134362;OID=.;OPOS=102611197;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:20:44:21:44:23:8:13:8:15:99:24:8:12:8:16 chr12 102611371 . T G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0539647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.224;QD=20.2096;RBI=0.0611421;REFB=0.0311916;REVB=0.0287431;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233879;STB=0.63359;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0209321;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:4:6:4:9:4:6 chr12 103237468 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.969;QD=59.143;RBI=0.0354466;REFB=0;REVB=-0.0351559;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57256e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr12 103246700 . C T 455.53 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0781845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.641;QD=55.216;RBI=0.101577;REFB=-0.12323;REVB=0.0648457;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00155882;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr12 103670917 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0516903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.667;QD=12.8688;RBI=0.051736;REFB=0.000132589;REVB=0.0021741;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920612;STB=0.553141;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00010057;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:16:17:9:12:16:17 chr12 104064574 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00610003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.21;QD=11.9163;RBI=0.0116357;REFB=-0.0147295;REVB=-0.00990858;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725674;STB=0.542129;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0340367;OID=.;OPOS=104064574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:15:7:14:23:15:7:14:23 chr12 104067812 . C T 223.23 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00921228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.339;QD=16.5355;RBI=0.0142541;REFB=-0.0155804;REVB=-0.0108772;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302481;STB=0.517074;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0188909;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:13:16:13:12:13:16 chr12 104069795 . G A 212.35 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0532687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3382;QD=14.3968;RBI=0.119808;REFB=-0.0194275;REVB=0.107315;RO=34;SAF=22;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299222;STB=0.674361;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0232792;OID=.;OPOS=104069795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:3:22:24:10:3:22:24:10 chr12 104086631 . C T 356.97 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0132726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.813;QD=26.9411;RBI=0.015414;REFB=-0.010487;REVB=-0.00783781;RO=19;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480401;STB=0.5263;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00385927;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:22:12:8:11:22:12:8:11 chr12 104100617 . C T 3049.42 PASS AF=0.980583;AO=201;DP=205;FAO=202;FDP=206;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.067356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.909;QD=59.2121;RBI=0.0675591;REFB=-0.0272161;REVB=-0.00523525;RO=4;SAF=111;SAR=90;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113376;STB=0.505974;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00018546;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:205:206:4:4:201:202:0.980583:90:111:1:3:90:112:1:3 chr12 104152943 . C T 253.19 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0260177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.25;QD=12.8199;RBI=0.0300721;REFB=-0.00847761;REVB=-0.0150801;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157186;STB=0.603364;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.019152;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:49:30:30:0.379747:19:11:24:23:19:11:26:23 chr12 104153004 . C G 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.011781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.656;QD=25.4505;RBI=0.0158212;REFB=0.00475274;REVB=-0.0105602;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039131;STB=0.53123;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00263656;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:20:32:32:0.615385:15:17:9:10:15:17:9:11 chr12 104153006 . G T 153.75 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0268718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3308;QD=11.6041;RBI=0.0401376;REFB=0.00129609;REVB=0.029815;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289123;STB=0.516881;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000335476;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:17:17:10:9:17:17 chr12 104186946 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.675;QD=57.6793;RBI=0.0338794;REFB=0;REVB=-0.0255962;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84743e-05;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 104235308 . C G 636.12 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=55;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0278564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.5;QD=25.1929;RBI=0.029994;REFB=-0.0483026;REVB=0.0111202;RO=41;SAF=55;SAR=5;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283558;STB=0.657306;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0324311;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:5:55:31:10:5:55:31:10 chr12 104254932 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3666;QD=58.0609;RBI=0.0213304;REFB=0;REVB=-0.0181915;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8713e-05;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr12 104309428 . G C 596.33 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0121699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8532;QD=23.3853;RBI=0.0600419;REFB=0.00196219;REVB=-0.0587956;RO=40;SAF=24;SAR=34;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158063;STB=0.567029;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00247811;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:40:44:58:58:0.568627:34:24:25:15:34:24:25:19 chr12 104309559 . C T 406.53 PASS AF=0.377953;AO=47;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0298502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8098;QD=12.804;RBI=0.0522634;REFB=-0.0113401;REVB=0.0429002;RO=78;SAF=20;SAR=27;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192415;STB=0.617332;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0149788;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:79:47:48:0.377953:27:20:47:31:28:20:48:31 chr12 104325459 . G C 418.54 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.023348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0233;QD=14.4326;RBI=0.0624782;REFB=0.0125828;REVB=0.0579516;RO=68;SAF=17;SAR=31;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.645773;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0167386;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:31:17:41:27:31:17:41:27 chr12 104341103 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0186477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.12;QD=19.2747;RBI=0.0247333;REFB=-0.0187951;REVB=0.0162481;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421408;STB=0.514376;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0261061;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:10:13:13:12:10:13:14:12 chr12 104359779 . C T 57.18 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0124299;FXX=0.0555453;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.24;QD=4.4849;RBI=0.0367165;REFB=-0.0113205;REVB=-0.0345485;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828486;STB=0.565073;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0405479;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:53:51:41:42:9:9:0.176471:5:4:21:20:5:4:22:20 chr12 104408794 . C T 266.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00909925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.779;QD=21.2879;RBI=0.0220582;REFB=-0.0255641;REVB=-0.020094;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299558;STB=0.668778;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0245521;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:15:10:18:7:15:10 chr12 104492191 . TTA T,TTT 92.52 PASS AF=0.328571,0;AO=11,5;DP=78;FAO=23,0;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=7,0;FSAR=16,0;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0553964,0.00451706;FXX=0.0277739;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.4259,20.6533;QD=5.2871;RBI=0.0607271,0.0362541;REFB=-0.0522834,-0.018204;REVB=-0.02488,0.0359716;RO=51;SAF=3,0;SAR=8,5;SRF=30;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.382465,-0.616755;STB=0.695482,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,snp;VARB=0.196013,0;OID=.,.;OPOS=104492192,104492193;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328571,0:11,5:78:23,0:70:47:7,0:16,0:28:19:93:51:3,0:8,5:30:21 chr12 104512832 . G A 280.42 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0431566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9743;QD=21.1637;RBI=0.0712603;REFB=-0.0211215;REVB=-0.0567058;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135287;STB=0.57518;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0162958;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:11:13:11:18:11:13 chr12 104512918 . T G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00376846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.699;QD=12.1823;RBI=0.0326829;REFB=0.00557479;REVB=-0.0324649;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327049;STB=0.691952;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0106694;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:11:4:6:4:11:4 chr12 104645363 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.478;QD=64.1539;RBI=0.0403021;REFB=0;REVB=0.0261966;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90032e-05;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr12 104645405 . T C 773.27 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241312;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.288;QD=64.4393;RBI=0.0294417;REFB=0;REVB=0.0168671;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5013e-05;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 104682686 . C A 487.29 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.000572721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.846;QD=18.0479;RBI=0.0459289;REFB=-0.0123847;REVB=0.0459253;RO=56;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746766;STB=0.541469;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0121064;OID=.;OPOS=104682686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:31:21:27:29:31:21:27:29 chr12 104698582 . A G 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00856549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.805;QD=3.76533;RBI=0.0295952;REFB=-0.00692745;REVB=-0.0283286;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20236;STB=0.638462;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0297838;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:10:20:3:3:10:20 chr12 104703836 . A G 219.42 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0137582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1476;QD=13.9316;RBI=0.0152134;REFB=-0.0122113;REVB=0.00649313;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134961;STB=0.577054;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0170644;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:18:19:10:16:18:19 chr12 104709559 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00097168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.926;QD=20.7687;RBI=0.0110702;REFB=-0.00417586;REVB=-0.0110275;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157253;STB=0.588166;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00351745;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:7:20:14:10:7:20:14:10 chr12 105245665 . T C 205.26 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.07333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.596;QD=14.6614;RBI=0.0750081;REFB=-0.011022;REVB=0.0157774;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210912;STB=0.512002;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0225413;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:14:18:13:11:14:18 chr12 105282893 . T C 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0146002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.839;QD=21.6749;RBI=0.0162317;REFB=-0.0213434;REVB=-0.00709227;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049809;STB=0.532816;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0187276;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:23:24:19:23:23:24:19:24 chr12 105380152 . A C 344.38 PASS AF=0.57377;AO=33;DP=59;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.030363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5862;QD=22.5824;RBI=0.0599902;REFB=-0.00647531;REVB=-0.0517389;RO=26;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439007;STB=0.516797;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00477038;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:26:26:33:35:0.57377:23:10:8:18:23:12:8:18 chr12 105531781 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0171303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.812;QD=16.156;RBI=0.021592;REFB=-0.00336879;REVB=-0.013144;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223103;STB=0.635772;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00283267;OID=.;OPOS=105531781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:19:8:16:15:19:8:17:15 chr12 105546172 . G A 2119.17 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637248;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.669;QD=62.7903;RBI=0.0185758;REFB=0;REVB=-0.0174485;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037275;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:135:135:1:77:58:0:0:77:58:0:0 chr12 105561664 . C T 617.34 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406561;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.621;QD=61.7338;RBI=0.00484481;REFB=0;REVB=0.00263497;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58284e-05;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr12 105562788 . T A,C 2174.71 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=5,134;DP=139;FAO=5,135;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=2,66;FSAR=3,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421406,0.0105233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.391,184.067;QD=62.1346;RBI=0.00947515,0.0227797;REFB=0,0;REVB=0.00848647,0.0202034;RO=0;SAF=2,66;SAR=3,68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0386084,-0.000366793;OID=.,.;OPOS=105562788,105562788;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:139:140:0:0:5,134:5,135:0.0357143,0.964286:3,68:2,66:0:0:3,69:2,66:0:0 chr12 105567068 . T A 1135.06 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1017;QD=60.5363;RBI=0.0251789;REFB=0;REVB=-0.023413;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22172e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr12 105567070 . T A 1116.01 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.799;QD=60.3248;RBI=0.0147547;REFB=0;REVB=-0.0101836;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21763e-07;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:32:42:0:0 chr12 105567087 . T A,TA 849.5 PASS AF=0,1;AO=3,14;DP=69;FAO=0,63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659274,-0.137522;FXX=0.0735186;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.607,23.9574;QD=53.9365;RBI=0.0677155,0.194591;REFB=0,0;REVB=-0.0154585,-0.137672;RO=52;SAF=3,6;SAR=0,8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.438594,-0.159031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.18229,-0.00717604;OID=.,.;OPOS=105567087,105567088;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:69:63:52:0:3,14:0,63:0,1:0,8:3,6:29:23:0,28:0,35:0:0 chr12 105567089 . T A 668.88 PASS AF=0.811594;AO=53;DP=66;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0104977;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.18;QD=38.7756;RBI=0.0353532;REFB=-0.0466851;REVB=0.0337587;RO=13;SAF=32;SAR=21;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825724;STB=0.521001;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0387903;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:66:69:13:13:53:56:0.811594:21:32:5:8:24:32:6:7 chr12 105567135 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2308;QD=57.3857;RBI=0.0712302;REFB=0;REVB=0.0708115;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638429;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr12 105568122 . G A 2508.02 PASS AF=1;AO=161;DP=166;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077623;FXX=0.0357122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8317;QD=61.9263;RBI=0.0788499;REFB=0;REVB=0.0138552;RO=0;SAF=75;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183221;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:162:0:0:161:162:1:86:75:0:0:86:76:0:0 chr12 105568176 . G A 2295.13 PASS AF=1;AO=142;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360904;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.292;QD=63.7536;RBI=0.0363638;REFB=0;REVB=0.00445035;RO=0;SAF=74;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465236;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:142:144:1:68:74:0:0:68:76:0:0 chr12 106460938 . G C 379.76 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0560847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5783;QD=19.2285;RBI=0.0565385;REFB=-0.0140242;REVB=0.00714944;RO=40;SAF=29;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249393;STB=0.639629;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0130122;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:10:29:20:20:10:29:20:20 chr12 106734760 . T C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00236304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8084;QD=13.7475;RBI=0.032075;REFB=0.00389353;REVB=0.0319878;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.592511;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00275664;OID=.;OPOS=106734760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:21:11:11:11:21:11 chr12 106838340 . T C 357.98 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00840864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.642;QD=22.3736;RBI=0.0283283;REFB=-0.00888113;REVB=0.0270515;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861904;STB=0.547592;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00724308;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:13:23:15:13:13:23:15:13 chr12 106893863 . G T 303.04 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00690773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.925;QD=14.6042;RBI=0.0394729;REFB=-0.03123;REVB=-0.0388638;RO=49;SAF=22;SAR=12;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078895;STB=0.544561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0584519;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:12:22:35:14:12:22:35:14 chr12 106893930 . A T 277.17 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.01021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.855;QD=13.5204;RBI=0.0112587;REFB=-0.00759407;REVB=-0.00474494;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543887;STB=0.54251;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0105957;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:50:31:32:0.390244:12:19:33:17:13:19:33:17 chr12 106903321 . T C 270.67 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00958758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.707;QD=16.917;RBI=0.0143763;REFB=-0.00625569;REVB=0.0107125;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165707;STB=0.593342;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00690809;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:20:10:17:17:20:10:17:17 chr12 107395106 . A G 560.68 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284649;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.557;QD=60.6142;RBI=0.034975;REFB=0;REVB=0.0203223;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024894;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr12 107713696 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0062891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6507;QD=20.2104;RBI=0.0104557;REFB=-0.0100217;REVB=0.00835275;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0107122;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr12 108618630 . C T 448.18 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0234054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.562;QD=17.5757;RBI=0.0296146;REFB=-0.0179177;REVB=0.0181442;RO=54;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111858;STB=0.556795;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0170946;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:54:47:48:0.470588:26:21:18:36:27:21:18:36 chr12 108620883 . G C 225.25 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00344354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.249;QD=13.0579;RBI=0.00874487;REFB=-0.0221433;REVB=0.00803833;RO=42;SAF=8;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135752;STB=0.507766;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0282755;OID=.;OPOS=108620883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:19:8:12:30:19:8:12:30 chr12 108643418 . A C 216.32 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.049775;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.825;QD=15.1804;RBI=0.0527681;REFB=-0.0079084;REVB=0.0175191;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506399;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0102316;OID=.;OPOS=108643418;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:17:15:13:12:17:15 chr12 108918146 . C T 2368.5 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.433;QD=60.3441;RBI=0.0215907;REFB=-0.0890453;REVB=0.00900507;RO=1;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761135;STB=0.503999;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000658186;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:62:94:0:1:62:94:0:1 chr12 108923950 . A G 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434057;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3914;QD=59.042;RBI=0.0453397;REFB=0;REVB=0.0131008;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545869;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr12 108941679 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00225423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.3;QD=23.4329;RBI=0.0182817;REFB=-0.0215479;REVB=0.0181422;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204678;STB=0.613546;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0169821;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:15:5:12:12:15:5 chr12 108954823 . C T 761.16 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1942;QD=63.4297;RBI=0.010701;REFB=0;REVB=0.010608;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154024;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr12 108954862 . G C 127.31 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.000899252;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8822;QD=11.3166;RBI=0.0144253;REFB=-0.0135024;REVB=-0.0143973;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427208;STB=0.7497;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0358838;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:22:8:10:5:22:8 chr12 108955106 . C CT 361.49 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027145;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9774;QD=45.1867;RBI=0.0369344;REFB=0;REVB=-0.025046;RO=9;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194735;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0058184;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:39:32:32:0:12:20:0:0:7:9:10:19:7:2 chr12 108986031 . C T 37.97 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.110223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7274;QD=13.8074;RBI=0.110229;REFB=-0.113598;REVB=-0.00120943;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.114325;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:11:11:4:5:4:5:0.454545:2:2:2:2:3:2:2:3 chr12 108986112 . G C 249.98 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00650474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.069;QD=26.3138;RBI=0.0242658;REFB=-0.0196714;REVB=0.0233777;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252838;STB=0.514007;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.012121;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:9:6:10:13:9:6 chr12 109182049 . T C 637.91 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155757;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.43;QD=62.2354;RBI=0.0161732;REFB=0;REVB=0.00435569;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039588;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr12 109309649 . C CG 34.56 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0159021;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.898;QD=5.31669;RBI=0.0320493;REFB=-0.00491259;REVB=-0.0278259;RO=20;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.799646;STB=0.904718;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.118199;OID=.;OPOS=109309650;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:6:26:7:26:19:6:1:4:15:34:20:6:0:4:16 chr12 109511256 . T C 919.39 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.196;QD=58.3737;RBI=0.0485518;REFB=0;REVB=0.0285062;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144009;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:38:25:0:0 chr12 109519189 . C T 429.06 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00196594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2534;QD=19.7267;RBI=0.0131502;REFB=0.00571625;REVB=-0.0130025;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628688;STB=0.529146;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00548673;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:23:20:23:20:23:20:23:21 chr12 109520769 . A G 244.89 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0217244;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6462;QD=22.7808;RBI=0.0225367;REFB=0.000930889;REVB=-0.0059961;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295472;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000102354;OID=.;OPOS=109520769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:12:8:10:13:12:8 chr12 109524232 . A G 469.48 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00712567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.024;QD=20.6363;RBI=0.00715156;REFB=-0.00265228;REVB=0.000607989;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000874878;STB=0.505745;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00228735;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:24:22:21:23:24:22:21:24 chr12 109617865 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00576465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.651;QD=13.8305;RBI=0.00595317;REFB=-0.00645608;REVB=0.00148631;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110329;STB=0.56295;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0111319;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:19:20:11:16:19:20 chr12 109629457 . C T 582.32 PASS AF=0.455224;AO=60;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00532706;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4397;QD=17.3826;RBI=0.0322278;REFB=-0.0062272;REVB=-0.0317845;RO=71;SAF=32;SAR=28;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294724;STB=0.518897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0104069;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:73:60:61:0.455224:28:32:40:31:28:33:42:31 chr12 109675029 . T C 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00445752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.269;QD=18.0077;RBI=0.0220061;REFB=-0.0106578;REVB=-0.0215499;RO=41;SAF=25;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117035;STB=0.565574;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0103959;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:12:25:23:18:12:25:23:18 chr12 109693982 . C T 352.45 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000531351;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.188;QD=23.4968;RBI=0.0185465;REFB=0.0208778;REVB=-0.0185388;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154112;STB=0.575715;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00967614;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:24:25:35:35:0.583333:19:16:16:8:19:16:16:9 chr12 109696838 . G A 1997.25 PASS AF=0.97037;AO=130;DP=136;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0353756;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.948;QD=59.1779;RBI=0.0359345;REFB=-0.0314673;REVB=0.0063131;RO=2;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126704;STB=0.505586;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00037979;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:135:2:4:130:131:0.97037:74:56:0:2:74:57:1:3 chr12 109717697 . A G 487.02 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0111966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5505;QD=27.0566;RBI=0.0255284;REFB=-0.00622633;REVB=0.022942;RO=27;SAF=25;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512416;STB=0.527938;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00322499;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:20:25:13:14:20:25:13:14 chr12 109723233 . G A 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00907595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.947;QD=14.3668;RBI=0.00925001;REFB=-0.0121043;REVB=-0.00178601;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880013;STB=0.549528;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0198548;OID=.;OPOS=109723233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:23:23:38:27:23:23:38:27 chr12 109826634 . C A 380.41 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00296448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1781;QD=19.5079;RBI=0.0261205;REFB=0.00112554;REVB=-0.0259517;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161465;STB=0.589698;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00232468;OID=.;OPOS=109826634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:23:16:23:16:23:16 chr12 109835590 . A G 201.68 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00735262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.192;QD=13.9088;RBI=0.0198392;REFB=-0.0109883;REVB=-0.0184264;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578566;STB=0.545152;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0252358;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:34:24:24:0.413793:13:11:12:18:13:11:13:21 chr12 109848567 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0160389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.372;QD=17.6173;RBI=0.0160571;REFB=-0.00750719;REVB=0.000765933;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266285;STB=0.515038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00943285;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:15:12:10:14:15:12 chr12 109883374 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00648981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.746;QD=16.8984;RBI=0.00804693;REFB=-0.0140855;REVB=0.00475766;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.545367;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0066307;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:2:7:7:3:2:7 chr12 109889436 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0145898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.041;QD=16.898;RBI=0.0149741;REFB=0.0241695;REVB=0.00337042;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0138125;OID=.;OPOS=109889436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:3:6:4:6:3:6 chr12 109937534 . G A 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00241692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.598;QD=19.9069;RBI=0.0117312;REFB=-0.00270884;REVB=0.0114795;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069624;STB=0.538538;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00278657;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:26:16:13:29:26:16:13:29 chr12 109968427 . C T 439.47 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.01967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.262;QD=15.8366;RBI=0.019709;REFB=-0.0119077;REVB=0.00123837;RO=61;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912192;STB=0.54654;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0160055;OID=.;OPOS=109968427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:62:49:49:0.441441:22:27:28:33:22:27:29:33 chr12 109994870 . A T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00353178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.878;QD=17.6173;RBI=0.0116729;REFB=0.000358655;REVB=-0.0111258;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484058;STB=0.761776;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000634314;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:7:17:4:22:7:17:5:22 chr12 110011229 . GC TT 268.43 PASS AF=0.5;AO=15;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0752585;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.625;QD=21.4746;RBI=0.0754787;REFB=-0.0356709;REVB=0.00576093;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207063;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=0.0356882;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:15:25:0.5:11:4:11:14:11:14:11:14 chr12 110226796 . A G 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0569158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1956;QD=26.3043;RBI=0.0569281;REFB=-0.011956;REVB=0.00118481;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149582;STB=0.583252;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00592747;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:14:7:7:6:14:7:7:6 chr12 110240838 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.412;QD=57.2013;RBI=0.025909;REFB=0;REVB=0.0205757;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218851;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr12 110290073 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0194991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.665;QD=19.0181;RBI=0.0195602;REFB=-0.00314781;REVB=0.00154363;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.585249;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0047779;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:15:15:0.517241:5:10:5:7:5:10:7:7 chr12 110304290 . A AC 71.88 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00723524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3544;QD=9.27532;RBI=0.00760039;REFB=0.0103149;REVB=0.00232748;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172518;STB=0.60898;STBP=0.338;TYPE=ins;VARB=-0.0130994;OID=.;OPOS=110304291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:11:32:13:31:18:6:7:5:13:71:20:5:6:6:14 chr12 110341933 . A G 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0236407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.479;QD=32.4313;RBI=0.0239458;REFB=-0.0594886;REVB=0.00381035;RO=10;SAF=8;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831397;STB=0.545418;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0273835;OID=.;OPOS=110341933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:16:8:2:8:16:8:2:8 chr12 110342598 . G A 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0226742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7359;QD=20.4405;RBI=0.0328254;REFB=0.0027393;REVB=0.0237357;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17059;STB=0.594005;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0034699;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:21:17:9:26:21:17:9:26 chr12 110371897 . G C 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0312893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4534;QD=17.9519;RBI=0.0425835;REFB=-0.0352843;REVB=0.0288848;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496195;STB=0.527758;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0381226;OID=.;OPOS=110371897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:18:9:8:20:18:9:8:20 chr12 110383141 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0498852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.658;QD=17.9558;RBI=0.0498938;REFB=-0.018883;REVB=-0.00092347;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193321;STB=0.599867;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0203717;OID=.;OPOS=110383141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:12:4:7:9:12:4:7:10 chr12 110385079 . G T 276.23 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0104116;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.139;QD=13.1539;RBI=0.0174723;REFB=-0.0134635;REVB=0.0140314;RO=51;SAF=19;SAR=13;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129145;STB=0.564732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0250229;OID=.;OPOS=110385079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:52:32:32:0.380952:13:19:36:15:13:19:36:16 chr12 110386611 . G A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0295128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5385;QD=20.7502;RBI=0.0345473;REFB=-0.0197913;REVB=-0.0179586;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187413;STB=0.603631;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0175414;OID=.;OPOS=110386611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:24:14:24:17:24:14 chr12 110390979 . T C 373.83 PASS AF=0.415842;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.000291608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.473;QD=14.8052;RBI=0.0113924;REFB=0.00705494;REVB=0.0113886;RO=59;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136942;STB=0.58737;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00788439;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:40:42:0.415842:14:26:31:28:14:28:31:28 chr12 110456175 . A G 542.64 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0134528;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.335;QD=24.9488;RBI=0.0252636;REFB=-0.0142587;REVB=0.0213839;RO=36;SAF=19;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383021;STB=0.525422;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.010024;OID=.;OPOS=110456175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:37:50:50:0.574713:31:19:12:24:31:19:12:25 chr12 110474070 . T C 359.08 PASS AF=0.506667;AO=35;DP=71;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0374265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3332;QD=19.1511;RBI=0.0416063;REFB=-0.0147743;REVB=-0.0181754;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08037;STB=0.532746;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00867679;OID=.;OPOS=110474070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:35:37:35:38:0.506667:22:13:16:19:22:16:18:19 chr12 110486272 . T C 62.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0394433;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.159;QD=7.38799;RBI=0.0401993;REFB=-0.00807492;REVB=0.00775917;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196606;STB=0.625711;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0223056;OID=.;OPOS=110486272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:9:16:7:2:9:16 chr12 110922929 . G T 273.32 PASS AF=0.595238;AO=20;DP=38;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0101432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.772;QD=26.0301;RBI=0.0449865;REFB=-0.038795;REVB=0.043828;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105049;STB=0.519984;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0316434;OID=.;OPOS=110922929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:17:17:20:25:0.595238:5:15:11:6:10:15:11:6 chr12 110960196 . G A 121.86 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0131914;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1918;QD=13.9269;RBI=0.0136617;REFB=-0.0163629;REVB=-0.00355361;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214111;STB=0.626744;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0233596;OID=.;OPOS=110960196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:8:13:11:3:8:13 chr12 111353556 . A G 163.85 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=0.00657876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.538;QD=12.8513;RBI=0.0117437;REFB=-0.0078221;REVB=-0.00972802;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340284;STB=0.679461;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0294985;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:7:11:28:4:7:12:28:4 chr12 111375170 . A G 343.55 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=141;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.0356536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4932;QD=9.74612;RBI=0.0388436;REFB=0.00283336;REVB=-0.0154158;RO=95;SAF=11;SAR=33;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192196;STB=0.622347;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00571742;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:95:97:44:44:0.312057:33:11:37:58:33:11:39:58 chr12 111375172 . C T 332.69 PASS AF=0.307143;AO=43;DP=140;FAO=43;FDP=140;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.00965311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.697;QD=9.50536;RBI=0.0167533;REFB=-0.00737032;REVB=0.0136928;RO=94;SAF=10;SAR=33;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212707;STB=0.639819;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0152143;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:94:97:43:43:0.307143:33:10:36:58:33:10:39:58 chr12 111747963 . C T 1141.69 PASS AF=0.95122;AO=77;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0234651;FXX=0.0238067;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.099;QD=55.6923;RBI=0.0243858;REFB=0.0399008;REVB=-0.00663751;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230741;STB=0.52325;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00061787;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:2:4:77:78:0.95122:37:40:2:0:37:41:4:0 chr12 111760251 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4888;QD=62.9827;RBI=0.0763687;REFB=0;REVB=-0.067752;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413742;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr12 111785586 . T C 666.66 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.69;QD=60.605;RBI=0.065992;REFB=0;REVB=0.0646775;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013566;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:41:44:1:15:26:0:0:18:26:0:0 chr12 111786082 . G C 191.73 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.976;QD=47.9324;RBI=0.182431;REFB=0;REVB=0.181791;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271879;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:8:8:0:0 chr12 111786892 . T C 955.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.934;QD=58.7978;RBI=0.032003;REFB=0;REVB=0.0292666;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43731e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr12 111798553 . A G 1510.72 PASS AF=0.954955;AO=103;DP=108;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0376003;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1668;QD=54.4404;RBI=0.0418422;REFB=-0.0364404;REVB=-0.0183571;RO=1;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106617;STB=0.5007;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00246291;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:108:111:1:5:103:106:0.954955:44:59:0:1:44:62:3:2 chr12 111884608 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.929;QD=58.061;RBI=0.00663721;REFB=0;REVB=-0.00396204;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63048e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr12 111886967 . T A 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00185107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.284;QD=13.1401;RBI=0.0144564;REFB=-0.00819571;REVB=0.0143374;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116716;STB=0.566627;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0129456;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:16:17:22:32:16:17:22:32 chr12 111993712 . C T 427.73 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0812496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0619;QD=19.4425;RBI=0.0812867;REFB=-0.00580318;REVB=0.00245509;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918759;STB=0.556977;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00737794;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:18:24:30:15:19:24:30:15 chr12 112110489 . T C 307.16 PASS AF=0.56;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0198441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.01;QD=24.573;RBI=0.0248862;REFB=-0.0279445;REVB=0.0150178;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.548352;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0197745;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:22:26:28:0.56:11:15:10:11:11:17:11:11 chr12 112191335 . C G 257.5 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.055289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.941;QD=12.1174;RBI=0.0556964;REFB=-0.020832;REVB=-0.00672484;RO=54;SAF=21;SAR=9;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194468;STB=0.505663;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0412532;OID=.;OPOS=112191335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:54:30:31:0.364706:9:21:37:17:10:21:37:17 chr12 112191641 . G A 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00303649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.49;QD=12.9371;RBI=0.0679562;REFB=-0.00293773;REVB=0.0678883;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16369;STB=0.596359;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00706878;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:12:13:10:5:12:13 chr12 112194727 . C T 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0149769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.452;QD=21.3507;RBI=0.0475125;REFB=-0.0155746;REVB=-0.0450903;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0141734;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:2:7:7:6:2:7 chr12 112241766 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0265654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.423;QD=14.7985;RBI=0.0267723;REFB=0.00300612;REVB=0.00332233;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00369038;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:3:8:6:6:3:8:7:6 chr12 112375990 . A C 407.08 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.013858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6764;QD=22.9341;RBI=0.045609;REFB=-0.0103208;REVB=0.0434527;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103485;STB=0.556807;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0089646;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:18:22:21:10:18:22:21:10 chr12 112416586 . C T 54.25 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00166781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7587;QD=8.67956;RBI=0.050033;REFB=-0.0222106;REVB=0.0500052;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0488768;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:7:10:5:3:7:10 chr12 112460147 . T G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00927005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.071;QD=18.6424;RBI=0.0106289;REFB=-0.00935196;REVB=-0.00519989;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0165965;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:12:12:10:11:12:12 chr12 112460749 . A G 2254.44 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.962;QD=63.5053;RBI=0.0133091;REFB=0;REVB=-0.0116172;RO=0;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.709e-06;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:85:57:0:0:85:57:0:0 chr12 112464893 . C T 199.35 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0125412;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.165;QD=11.5563;RBI=0.0145056;REFB=-0.0140929;REVB=-0.00728917;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144231;STB=0.609307;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0277262;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:46:44:24:25:0.362319:11:13:19:27:11:14:17:27 chr12 112464967 . T C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0121819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1924;QD=14.6679;RBI=0.0600277;REFB=-0.0156059;REVB=0.0587786;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529259;STB=0.530096;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0236446;OID=.;OPOS=112464967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:13:19:13:11:13:19 chr12 112477055 . T C 286.59 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00997036;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.16;QD=24.3905;RBI=0.0162706;REFB=-0.0248944;REVB=0.0128579;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214325;STB=0.607698;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0163124;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:15:11:14:6:15:11:14:7 chr12 112577990 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0404384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.587;QD=6.25134;RBI=0.0408818;REFB=-0.011741;REVB=-0.00600478;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0210552;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:9:8:4:2:9:8 chr12 112580071 . C T 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.023754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.935;QD=22.2625;RBI=0.0241671;REFB=0.00891365;REVB=0.00444944;RO=35;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411392;STB=0.522687;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00695603;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:26:16:15:20:26:16:15:20 chr12 112598321 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0330907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.709;QD=15.1008;RBI=0.0369973;REFB=0.0195748;REVB=-0.016547;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192999;STB=0.609519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0283789;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:12:19:10:14:12:19 chr12 112667675 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.285;QD=57.3858;RBI=0.0317849;REFB=0;REVB=0.0219532;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156238;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr12 112703732 . A C 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0202667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.24;QD=11.2593;RBI=0.024725;REFB=-0.00218441;REVB=0.0141628;RO=54;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435449;STB=0.507891;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00323596;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:13:16:30:24:13:16:31:24 chr12 112704961 . A G 186.06 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0101585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.316;QD=10.4822;RBI=0.0107065;REFB=-0.0210042;REVB=-0.00338145;RO=46;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11892;STB=0.562595;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0360536;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:14:10:24:22:14:10:24:23 chr12 112705013 . C T 222.8 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0196633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2198;QD=12.5523;RBI=0.0204519;REFB=-0.0180144;REVB=0.00562422;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785478;STB=0.54504;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0298988;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:13:14:26:18:13:14:26:18 chr12 112712748 . C T 154.05 PASS AF=0.5;AO=13;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0294805;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.183;QD=15.4054;RBI=0.0296541;REFB=-0.0250636;REVB=0.00320364;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268587;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0323236;OID=.;OPOS=112712748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:20:13:20:0.5:11:2:5:9:11:9:11:9 chr12 113313470 . C T 1342.46 PASS AF=0.526749;AO=128;DP=243;FAO=128;FDP=243;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.00788949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1767;QD=22.098;RBI=0.0720579;REFB=-0.0258938;REVB=0.0716247;RO=114;SAF=54;SAR=74;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128215;STB=0.568045;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0259077;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:114:115:128:128:0.526749:74:54:65:49:74:54:65:50 chr12 113319600 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0278873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2273;QD=14.4908;RBI=0.0283827;REFB=0.00609722;REVB=-0.00527987;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158614;STB=0.582693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00635842;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:7:12:14:15:7:12:15:15 chr12 113325629 . T C 533.17 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0458907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.354;QD=15.6815;RBI=0.0459878;REFB=-0.0046873;REVB=0.00298616;RO=78;SAF=22;SAR=36;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222519;STB=0.512455;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00633269;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:36:22:28:50:36:22:28:50 chr12 113348870 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00386031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1789;QD=19.2113;RBI=0.00388397;REFB=-0.00806282;REVB=-0.00042805;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237002;STB=0.631313;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00539932;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:17:22:12:28:17:22:12:28 chr12 113357193 . G A 271.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2223;QD=51.7612;RBI=0.0222905;REFB=0;REVB=0.00279953;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496067;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr12 113357209 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.627;QD=54.5175;RBI=0.0202646;REFB=0;REVB=0.0148388;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44957e-05;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr12 113357237 . G C 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6123;QD=63.8639;RBI=0.052484;REFB=0;REVB=-0.0520944;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475897;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 113357442 . G A 1339.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5947;QD=62.302;RBI=0.0362063;REFB=0;REVB=0.0301261;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376019;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr12 113369715 . TA T,TC 804.32 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173311,-0.0151775;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.883,177.026;QD=56.4431;RBI=0.0177175,0.0174841;REFB=0,0;REVB=0.00367996,0.00867965;RO=0;SAF=26,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000732499,0.0789238;OID=.,.;OPOS=113369716,113369716;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964912,0.0350877:55,2:57:55,2:57:0:26,1:29,1:0:0:7:0:26,1:29,1:0:0 chr12 113369759 . G C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4852;QD=58.0604;RBI=0.0296715;REFB=0;REVB=0.000666154;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192966;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr12 113376388 . G A 801.52 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6136;QD=64.1217;RBI=0.155936;REFB=0;REVB=0.128849;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278373;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:1:0:45:50:1:19:26:0:1:21:29:0:0 chr12 113376452 . C T 207.4 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.488;QD=48.8006;RBI=0.0559275;REFB=0;REVB=0.0501893;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325913;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr12 113386779 . C G 113.65 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0117773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.547;QD=11.9633;RBI=0.0189463;REFB=-0.018934;REVB=-0.014841;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215536;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0395843;OID=.;OPOS=113386779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:8:5:14:10:9:5:14:10 chr12 113386950 . T C 1051.25 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152753;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.637;QD=58.4027;RBI=0.0154814;REFB=-0.098944;REVB=0.00251773;RO=1;SAF=16;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286275;STB=0.515147;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-1.26071e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:70:71:0.986111:54:16:1:0:55:16:1:0 chr12 113398919 . G A 214.66 PASS AF=0.391304;AO=24;DP=66;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0242648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.059;QD=12.444;RBI=0.0275465;REFB=-0.00324305;REVB=-0.0130396;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114389;STB=0.519466;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00645288;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:42:42:24:27:0.391304:15:9:20:22:15:12:20:22 chr12 113403684 . C T 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00354808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.529;QD=23.008;RBI=0.012835;REFB=-0.0132008;REVB=0.0123348;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177045;STB=0.597593;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00778832;OID=.;OPOS=113403684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:20:13:15:9:20:13:15:9 chr12 113425154 . C G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.794;QD=46.0582;RBI=0.0259874;REFB=0.199798;REVB=-0.00465849;RO=1;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263155;STB=0.514271;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0010499;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:17:2:0:1:17:2:0:1 chr12 113435450 . A T 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.875;QD=62.6082;RBI=0.0223885;REFB=0;REVB=0.0134327;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54264e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr12 113448288 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.165;QD=58.4197;RBI=0.0193546;REFB=0;REVB=0.0176256;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82107e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr12 113553481 . C T 753.4 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.668;QD=61.5019;RBI=0.0314105;REFB=-0.132567;REVB=0.026253;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.507039;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000723549;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:35:13:0:0:35:13:0:1 chr12 113603769 . G A 228.62 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00748288;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.714;QD=21.2667;RBI=0.0112769;REFB=-0.0150003;REVB=0.00843651;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346436;STB=0.657384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0148106;OID=.;OPOS=113603769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:21:21:22:0.511628:16:5:13:9:16:6:12:9 chr12 114261053 . G A 761.51 PASS AF=0.420792;AO=85;DP=202;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=0.0133943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.829;QD=15.0794;RBI=0.0383755;REFB=-0.0131823;REVB=0.0359621;RO=117;SAF=34;SAR=51;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920852;STB=0.551503;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0169557;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:117:117:85:85:0.420792:51:34:57:60:51:34:57:60 chr12 114362483 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=370.638;QD=63.2868;RBI=0.00934943;REFB=0;REVB=0.000502361;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10951e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr12 114374887 . T C 655.07 PASS AF=0.640449;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.000467683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6788;QD=29.4414;RBI=0.0644095;REFB=-0.0357698;REVB=0.0644078;RO=32;SAF=23;SAR=33;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913426;STB=0.546462;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0169715;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:56:57:0.640449:33:23:9:23:34:23:9:23 chr12 114377835 . A G 548.25 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.000165622;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.354;QD=18.9051;RBI=0.0181844;REFB=-0.0103433;REVB=-0.0181837;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142618;STB=0.578286;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0118911;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:59:56:57:0.491379:31:25:36:24:32:25:35:24 chr12 114377877 . T C 501.84 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00191755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.955;QD=18.5866;RBI=0.00863462;REFB=-0.00450295;REVB=0.00841901;RO=55;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120537;STB=0.566782;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00364087;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:31:22:30:25:31:22:30:25 chr12 114377885 . G C 454.5 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0162921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6143;QD=17.3143;RBI=0.0477783;REFB=-0.0301631;REVB=-0.0449148;RO=41;SAF=29;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163776;STB=0.587192;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0126885;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:56:48:49:0.466667:19:29:24:17:20:29:24:32 chr12 114377899 . G C 1590.56 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00327027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.317;QD=58.9098;RBI=0.0444525;REFB=0.0206153;REVB=0.044332;RO=1;SAF=49;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958792;STB=0.50505;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-6.11873e-06;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:58:49:1:0:58:49:1:0 chr12 114383651 . C T 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.013077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.271;QD=16.5069;RBI=0.0143066;REFB=-0.0080066;REVB=-0.00580264;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727218;STB=0.540962;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00974082;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:26:13:20:30:26:13:20:30 chr12 114386572 . C T 289.08 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0153823;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.937;QD=21.024;RBI=0.0232918;REFB=-0.00956428;REVB=-0.0174898;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15382;STB=0.591598;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.004802;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:13:17:18:6:13:17:19:6 chr12 114386639 . A G 393.36 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00182043;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.077;QD=20.7032;RBI=0.0295802;REFB=0.00521477;REVB=-0.0295241;RO=36;SAF=25;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785335;STB=0.538443;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00509991;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:39:40:0.526316:14:25:26:10:14:26:26:10 chr12 114395651 . T C 465.52 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.02876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1688;QD=13.7932;RBI=0.0333102;REFB=-0.0114029;REVB=0.0168056;RO=80;SAF=34;SAR=19;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750112;STB=0.536296;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0167756;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:80:82:53:53:0.392593:19:34:46:34:19:34:48:34 chr12 114793240 . C T 176.13 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0239433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.449;QD=29.3553;RBI=0.0242586;REFB=-0.0166124;REVB=-0.00389826;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153563;STB=0.590053;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00721992;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:16:17:0.708333:5:11:3:4:5:12:3:4 chr12 114793297 . T C 44.05 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0199465;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.868;QD=8.38982;RBI=0.0367033;REFB=-0.0522347;REVB=0.0308102;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503591;STB=0.639616;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0582757;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:20:21:15:14:5:7:0.333333:4:1:10:5:4:3:9:5 chr12 115108136 . T C 133.32 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0167845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.015;QD=17.2031;RBI=0.0216188;REFB=-0.032028;REVB=0.0136254;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692817;STB=0.519973;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0421165;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:15:16:12:15:0.483871:8:4:6:9:9:6:7:9 chr12 115120758 . GGC G,GG 720.86 PASS AF=1,0;AO=12,23;DP=81;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.237843,-0.0998501;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.4702,8.48968;QD=37.4475;RBI=0.268442,0.725703;REFB=-0.0545508,-0.0102199;REVB=-0.124466,0.718801;RO=29;SAF=12,23;SAR=0,0;SRF=7;SRR=22;SSEN=0.43408,0;SSEP=0,0.450091;SSSB=0.829832,0.863082;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00864568,0;OID=.,.;OPOS=115120759,115120760;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,23:81:77,0:77:0:58,0:19,0:0:0:11:29:12,23:0,0:7:22 chr12 116155595 . G A 1753.35 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0197939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8249;QD=58.9362;RBI=0.0656021;REFB=-0.064696;REVB=0.0625447;RO=2;SAF=58;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160933;STB=0.508473;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00550127;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:59:58:2:0:59:58:2:0 chr12 116408538 . A G 787.53 PASS AF=0.528169;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00458207;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.14;QD=22.184;RBI=0.00501486;REFB=-0.0104157;REVB=0.00203802;RO=67;SAF=27;SAR=47;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114985;STB=0.565353;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00927301;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:67:67:74:75:0.528169:47:27:33:34:48:27:33:34 chr12 116446445 . C T 460.51 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00996264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.541;QD=23.9227;RBI=0.0378145;REFB=-0.00231549;REVB=-0.0364786;RO=32;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060089;STB=0.541128;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00141995;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:28:16:14:18:28:16:15:18 chr12 116586414 . CTATA ATATA,ATCTA,C,CTA 620.23 PASS AF=0.0434783,0.0434783,0.369565,0.543478;AO=3,2,9,17;DP=51;FAO=2,2,17,25;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,9;FSAR=2,2,10,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12025,0.00265458,0.0281928,0.083948;FXX=0.163607;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,3,4,2;MLLD=30.792,48.9903,52.9716,43.3014;QD=53.9326;RBI=0.142176,0.123827,0.0812909,0.169833;REFB=0,0,0,0;REVB=0.075855,0.123799,0.0762455,0.147635;RO=0;SAF=0,0,1,6;SAR=3,2,8,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0.0894245,0.116043,0.0951132,0.121119;OID=.,.,.,.;OPOS=116586414,116586414,116586415,116586415;OREF=C,CTA,TATA,TA;OALT=A,ATC,-,-;OMAPALT=ATATA,ATCTA,C,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:99:51:46:0:0:3,2,9,17:2,2,17,25:0.0434783,0.0434783,0.369565,0.543478:3,2,8,11:0,0,1,6:0:0:2,2,10,16:0,0,7,9:0:0 chr12 117014174 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAA 323.0 PASS AF=0.882353,0.117647,0;AO=26,7,11;DP=52;FAO=45,6,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4,0;FSAR=19,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957735,0.0115677,-0.0552545;FXX=0.0192271;HRUN=9,9,9;LEN=1,1,2;MLLD=7.89803,17.3126,8.16814;QD=25.3336;RBI=0.13442,0.0819865,0.0749256;REFB=-0.0304022,-0.0329909,-0.0319568;REVB=-0.0943202,-0.0811664,-0.0506042;RO=5;SAF=14,3,8;SAR=12,4,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0184491,-0.121017,0.084233;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00523258,-0.0882395,0.00579273;OID=.,.,.;OPOS=117014175,117014183,117014175;OREF=A,A,AA;OALT=-,G,-;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.117647,0:26,7,11:52:45,6,0:51:0:26,4,0:19,2,0:0:0:30:5:14,3,8:12,4,3:3:2 chr12 117014396 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAG 81.34 PASS AF=0.384615,0.153846,0,0.461538;AO=4,2,2,4;DP=15;FAO=5,2,0,6;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0,0;FSAR=5,1,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152445,0.0424807,0.0347896,0.0405318;FXX=0;HRUN=15,0,0,15;LEN=1,1,1,1;MLLD=3.07434,285.459,277.774,286.692;QD=25.0266;RBI=0.284099,0.0459773,0.0397769,0.0446822;REFB=-0.148498,-0.0224044,-0.0252461,-0.0251466;REVB=0.239734,0.017587,0.0192844,0.0188062;RO=1;SAF=0,1,0,0;SAR=4,1,2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.25849,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,ins,snp;VARB=0.0573725,0.0133754,0,-0.00304112;OID=.,.,.,.;OPOS=117014397,117014407,117014406,117014406;OREF=A,-,-,A;OALT=-,G,G,G;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.384615,0.153846,0,0.461538:4,2,2,4:15:5,2,0,6:13:0:0,1,0,0:5,1,0,6:0:0:23:1:0,1,0,0:4,1,2,4:0:1 chr12 117217141 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.65;QD=58.4153;RBI=0.0136996;REFB=0;REVB=0.0135873;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60149e-05;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr12 117289613 . G C 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.523;QD=60.8502;RBI=0.028181;REFB=-0.0570373;REVB=0.0251517;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000386671;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:0:1:22:24:0:1 chr12 117290182 . T TTTCCCC 694.06 PASS AF=0.978261;AO=39;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286965;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=305.361;QD=60.3534;RBI=0.0295221;REFB=-0.131818;REVB=0.00693295;RO=4;SAF=12;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868283;STB=0.517234;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.00146618;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978261:39:46:45:46:1:14:31:1:0:5:4:12:27:3:1 chr12 117383320 . G A 905.68 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0262309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0085;QD=56.6051;RBI=0.0292865;REFB=-0.134546;REVB=0.0130247;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00430694;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:63:63:0.984375:34:29:0:0:34:29:0:1 chr12 117465264 . C T 500.25 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0453066;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.947;QD=17.4;RBI=0.0477998;REFB=-0.0234535;REVB=0.0152361;RO=62;SAF=22;SAR=30;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600655;STB=0.537677;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0175247;OID=.;OPOS=117465264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:115:62:62:52:53:0.46087:30:22:30:32:31:22:30:32 chr12 117465857 . T C 1391.36 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000565353;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.754;QD=63.2436;RBI=0.0214936;REFB=0;REVB=0.0214862;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202073;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr12 117584066 . G A 393.65 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0132614;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.941;QD=16.7511;RBI=0.0185303;REFB=0.000263218;REVB=0.0129424;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709814;STB=0.539887;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000374681;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:53:53:41:41:0.43617:18:23:26:27:18:23:26:27 chr12 117593387 . G A 796.23 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00401244;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.516;QD=17.7929;RBI=0.00434102;REFB=-0.0161406;REVB=-0.00165672;RO=94;SAF=31;SAR=52;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145138;STB=0.575441;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0111765;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:94:96:83:83:0.463687:52:31:49:45:52:31:49:47 chr12 117593391 . A G 832.81 PASS AF=0.472527;AO=85;DP=183;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0518737;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.794;QD=18.3035;RBI=0.0529647;REFB=-0.00645899;REVB=-0.0106948;RO=95;SAF=32;SAR=53;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126214;STB=0.575055;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00807667;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:95:96:85:86:0.472527:53:32:48:47:54:32:49:47 chr12 117669914 . G A 259.25 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0226244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.145;QD=24.1162;RBI=0.0272995;REFB=-0.0157862;REVB=0.0152774;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396765;STB=0.52207;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00706369;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:7:12:14:10:7:12 chr12 117680488 . CTTTTTG CTTTGAG,CTTTTG,CTTTTGA 56.5 PASS AF=0.0576923,0.192308,0.0192308;AO=3,13,2;DP=56;FAO=3,10,1;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3,7,1;FSAR=0,3,0;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0520631,-0.110822,-0.0506704;FXX=0.0714158;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=163.667,10.8644,122.475;QD=4.34627;RBI=0.0548765,0.203828,0.0521313;REFB=-0.0115729,-0.113922,-0.0100398;REVB=0.0173454,0.171068,0.0122548;RO=30;SAF=3,10,2;SAR=0,3,0;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.643692,0.515097,0.565343;STB=0.997086,0.733422,0.991914;STBP=0.049,0.124,0.256;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.247476,0.091101,-0.0522518;OID=.,.,.;OPOS=117680492,117680489,117680493;OREF=TT,T,TG;OALT=GA,-,GA;OMAPALT=CTTTGAG,CTTTTG,CTTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0576923,0.192308,0.0192308:3,13,2:56:3,10,1:52:38:3,7,1:0,3,0:15:23:34:30:3,10,2:0,3,0:9:21 chr12 117685270 . G A 1513.6 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139759;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.476;QD=63.7305;RBI=0.039163;REFB=0;REVB=0.0365843;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48802e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:42:52:0:0:43:52:0:0 chr12 117693817 . G A 725.71 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.1474;QD=60.4761;RBI=0.225335;REFB=0;REVB=0.072758;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500195;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:38:48:1:25:13:1:0:30:18:0:0 chr12 117701714 . A G 570.27 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0156274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.225;QD=20.5501;RBI=0.061832;REFB=-0.0156307;REVB=-0.0598246;RO=53;SAF=25;SAR=33;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478467;STB=0.526307;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0152691;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:33:25:20:33:33:25:20:33 chr12 117890947 . T C 1286.77 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824286;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.24;QD=62.0132;RBI=0.00838914;REFB=0;REVB=0.00155978;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77416e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr12 118020115 . G A 575.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.691;QD=60.5807;RBI=0.0139326;REFB=0;REVB=0.0120407;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37551e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:22:16:0:0 chr12 118199286 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.733;QD=60.9785;RBI=0.0703223;REFB=0;REVB=0.00303871;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201962;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1181.09 PASS AF=0.775,0.225;AO=61,13;DP=75;FAO=62,18;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38,15;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112971,-0.00123483;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.359,67.736;QD=59.0545;RBI=0.0201282,0.0425624;REFB=0,0;REVB=-0.016659,-0.0425445;RO=0;SAF=37,11;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0150769,0.0695222;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:80:0:0:61,13:62,18:0.775,0.225:24,2:37,11:0:0:24,3:38,15:0:0 chr12 118473054 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.981;QD=61.5112;RBI=0.0193199;REFB=-0.0193398;REVB=0.0159742;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000802269;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:49:48:0.979592:21:28:0:0:21:27:1:0 chr12 118509191 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.12;QD=59.8393;RBI=0.0424513;REFB=0;REVB=0.000853905;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226739;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr12 118511726 . C T 413.15 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.038154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8641;QD=21.7447;RBI=0.0386013;REFB=0.000724619;REVB=-0.00585948;RO=34;SAF=8;SAR=33;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139381;STB=0.523798;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00143258;OID=.;OPOS=118511726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:33:8:7:27:33:8:8:27 chr12 118520170 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0178125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.355;QD=24.3828;RBI=0.0223528;REFB=-0.0147867;REVB=0.0135042;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01247;STB=0.513298;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00815989;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:17:8:7:14:18:8:7:14 chr12 118682751 . C T 707.54 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.616;QD=62.8923;RBI=0.0332103;REFB=0;REVB=0.0173947;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94194e-05;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr12 118827781 . G A 242.52 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0657255;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9103;QD=14.4791;RBI=0.0887943;REFB=-0.0114469;REVB=-0.0597041;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515259;STB=0.505151;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0199396;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:38:28:29:0.432836:13:15:20:14:14:15:20:18 chr12 118828755 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0109669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.422;QD=11.4396;RBI=0.0231975;REFB=-0.00715823;REVB=0.0204414;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.556876;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0116822;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:15:9:6:7:15:9 chr12 118855405 . A G 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00140442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.172;QD=17.7376;RBI=0.0221961;REFB=-0.00917071;REVB=0.0221516;RO=50;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11326;STB=0.563387;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00891026;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:17:25:24:26:17:25:24:26 chr12 119431750 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.696;QD=59.5016;RBI=0.0343245;REFB=0;REVB=0.0284074;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68272e-05;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr12 119588962 . G A 414.44 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0142236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9546;QD=21.8125;RBI=0.0378211;REFB=-0.00804465;REVB=-0.0350446;RO=35;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151413;STB=0.583742;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0128588;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:27:14:18:17:27:14:18:17 chr12 119594626 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 310.01 PASS AF=0,0.97619;AO=8,28;DP=42;FAO=0,41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=0,22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.201941,-0.0816517;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.88192,12.6475;QD=29.5243;RBI=0.202627,0.18033;REFB=0.0383017,-0.0682343;REVB=0.0166628,0.160785;RO=5;SAF=6,12;SAR=2,16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0.349206,0.349206;SSEP=0,0;SSSB=0.376043,0.0661184;STB=0.5,0.512814;STBP=1,0.312;TYPE=del,del;VARB=0,0.0227294;OID=.,.;OPOS=119594631,119594627;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.97619:8,28:42:0,41:42:1:0,19:0,22:1:0:3:5:6,12:2,16:1:4 chr12 119866533 . A G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0278666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.493;QD=15.1651;RBI=0.0290675;REFB=-0.0097713;REVB=-0.00826863;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15887;STB=0.590798;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0192059;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:4:16:10:5:4:16 chr12 119871387 . A G 197.45 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0092954;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.778;QD=14.6263;RBI=0.018936;REFB=-0.0026932;REVB=-0.0164975;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110308;STB=0.563084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00510189;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:14:17:15:8:14:17 chr12 120067561 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.918;QD=63.4761;RBI=0.0477252;REFB=0;REVB=-0.00808468;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130676;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr12 120171995 . T C 246.24 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0270576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1332;QD=13.4925;RBI=0.058019;REFB=0.0069226;REVB=-0.0513233;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141838;STB=0.580529;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0109905;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:13:16:30:14:13:16:30:14 chr12 120189879 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0104458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.772;QD=19.0168;RBI=0.0181799;REFB=-0.0455394;REVB=0.0148793;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0331107;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:9:5:8:7:9:5 chr12 120189888 . T C 125.17 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0237474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.23;QD=19.2565;RBI=0.0550886;REFB=-0.0243857;REVB=0.0497073;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0387948;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:12:12:14:0.538462:5:7:7:5:7:7:7:5 chr12 120271898 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0444045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.528;QD=12.7371;RBI=0.049222;REFB=-0.00642046;REVB=0.0212377;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136739;STB=0.580641;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0109452;OID=.;OPOS=120271898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:16:12:5:11:16:12 chr12 120457035 . A G 406.76 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0284535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0685;QD=20.0869;RBI=0.0344911;REFB=0.00683513;REVB=-0.0194944;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022792;STB=0.507039;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0068996;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:22:18:17:23:23:18:17:23 chr12 120575549 . A C 1227.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.722;QD=61.3687;RBI=0.0135982;REFB=0;REVB=0.0014558;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51162e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr12 120589064 . G C 1453.96 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.151;QD=61.8704;RBI=0.0497019;REFB=0.038645;REVB=-0.0407165;RO=1;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758573;STB=0.503999;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00284196;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:62:30:0:1:62:31:0:1 chr12 120589160 . A G 756.8 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222893;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.114;QD=55.0399;RBI=0.0304646;REFB=0.0230242;REVB=0.0207672;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000256009;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:0:1:30:24:0:1 chr12 120591143 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.441;QD=58.4197;RBI=0.0257213;REFB=0;REVB=0.0140038;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68675e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr12 120608031 . A G 902.86 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.58;QD=58.2493;RBI=0.0264783;REFB=0;REVB=0.00286516;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18426e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr12 120636549 . C A 728.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6165;QD=57.1447;RBI=0.107817;REFB=0;REVB=-0.107507;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132095;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:26:24:0:1:27:24:0:0 chr12 120638515 . G A 72.63 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00387491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7091;QD=5.37995;RBI=0.0203529;REFB=-0.0110589;REVB=0.0199807;RO=43;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374608;STB=0.741291;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0100189;OID=.;OPOS=120638515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:3:8:18:25:3:8:18:25 chr12 120661977 . T C 272.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7992;QD=51.9791;RBI=0.0775018;REFB=0;REVB=0.0733374;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104964;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr12 120662505 . T C 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.110059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1506;QD=20.0306;RBI=0.110059;REFB=-0.0136782;REVB=0.00039234;RO=42;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328298;STB=0.511698;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0110868;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:23:20:18:24:23:20:19:24 chr12 120731003 . A G 443.36 PASS AF=0.5;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0119893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.858;QD=20.1529;RBI=0.0214033;REFB=-0.0104035;REVB=-0.0177301;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982326;STB=0.558798;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0109315;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:44:44:44:0.5:25:19:14:29:25:19:14:30 chr12 120741382 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00347427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.401;QD=9.19955;RBI=0.0149916;REFB=-0.00194158;REVB=-0.0145835;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275446;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0038207;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:7:6:5:2:7:6 chr12 120741669 . G A 284.32 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0147597;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6937;QD=17.4964;RBI=0.0291957;REFB=-0.0281208;REVB=0.02519;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728164;STB=0.504079;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0347794;OID=.;OPOS=120741669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:14:20:18:13:14:20 chr12 120750517 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0341152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6519;QD=14.9039;RBI=0.0455623;REFB=-0.00267076;REVB=-0.0302007;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164088;STB=0.593041;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00739343;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:14:20:11:15:14:20 chr12 120762837 . A G 400.68 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0252032;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.256;QD=18.4221;RBI=0.0352813;REFB=-0.0158561;REVB=-0.0246895;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228771;STB=0.512755;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0140104;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:17:24:28:18:17:24:28:18 chr12 120882217 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.277;QD=61.684;RBI=0.01904;REFB=0;REVB=-0.0129469;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79944e-05;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr12 120882264 . AAAG A,AA,AAAA 592.12 PASS AF=1,0,0;AO=30,4,3;DP=38;FAO=39,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339003,-0.0154111,0.0214197;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=3,2,1;MLLD=229.506,218.403,205.906;QD=60.7299;RBI=0.0384425,0.0244159,0.0285092;REFB=0,0,0;REVB=-0.0181273,-0.0189377,-0.0188141;RO=1;SAF=14,0,0;SAR=16,4,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0282472,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-6.66206e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=120882265,120882266,120882267;OREF=AAG,AG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:30,4,3:38:39,0,0:39:0:18,0,0:21,0,0:0:0:4:1:14,0,0:16,4,3:0:1 chr12 120884328 . C T 616.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639363;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3267;QD=61.6122;RBI=0.122226;REFB=0;REVB=0.10417;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189146;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr12 120934404 . C CT 825.12 PASS AF=1;AO=13;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.5473;QD=43.4274;RBI=0.101971;REFB=0;REVB=0.0922375;RO=63;SAF=7;SAR=6;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00269354;OID=.;OPOS=120934405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:77:76:76:0:43:33:0:0:16:63:7:6:36:27 chr12 120934407 . C T 740.62 PASS AF=0.789474;AO=60;DP=76;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0618384;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.3919;QD=38.9802;RBI=0.114199;REFB=-0.17853;REVB=0.0960073;RO=16;SAF=34;SAR=26;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166727;STB=0.500893;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0455442;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:76:76:16:16:60:60:0.789474:26:34:9:7:26:34:9:7 chr12 120934624 . A C 197.63 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240522;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9118;QD=49.4066;RBI=0.025193;REFB=0;REVB=0.00749533;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254129;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr12 120966921 . A G 434.25 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.136;QD=57.9002;RBI=0.146081;REFB=0;REVB=0.0732499;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890889;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:21:30:1:12:9:0:0:15:15:0:0 chr12 121017171 . A G 1339.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4575;QD=62.29;RBI=0.0444647;REFB=0;REVB=-0.00961395;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136258;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr12 121131891 . C T 990.46 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=59.1316;RBI=0.0790941;REFB=0;REVB=-0.0788651;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022213;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr12 121151093 . C T 1253.28 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183287;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.811;QD=60.3988;RBI=0.0236439;REFB=-0.0122472;REVB=0.0149363;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000252513;OID=.;OPOS=121151093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:30:52:0:0:30:52:0:1 chr12 121174899 . T C 1475.89 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533061;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8399;QD=63.4793;RBI=0.0541532;REFB=0;REVB=0.00954097;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479558;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr12 121175984 . T C,G 471.14 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=30,3;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466763,-0.00181442;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6308,58.5796;QD=57.1083;RBI=0.050216,0.0327486;REFB=0,0;REVB=0.0499986,0.0326983;RO=0;SAF=17,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0153762,0.0855844;OID=.,.;OPOS=121175984,121175984;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:33:33:0:0:30,3:30,3:0.909091,0.0909091:13,1:17,2:0:0:13,1:17,2:0:0 chr12 121176679 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.065;QD=57.712;RBI=0.0187638;REFB=0;REVB=0.00507316;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27774e-05;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr12 121202242 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0168805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.515;QD=7.83717;RBI=0.0184671;REFB=-0.0104566;REVB=0.00748887;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318536;OID=.;OPOS=121202242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:9:7:3:4:9:7 chr12 121221518 . C T 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0238964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.283;QD=16.0314;RBI=0.0240793;REFB=0.0197203;REVB=0.00296293;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137497;STB=0.590816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0364135;OID=.;OPOS=121221518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:7:13:14:13:7:13:14:14 chr12 121416650 . A C 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00918258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.054;QD=11.0012;RBI=0.0132604;REFB=-0.0167678;REVB=0.0095665;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325808;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:14:14:27:27:14:14:27:27 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 291.61 PASS AF=0.560976,0.0731707;AO=21,6;DP=46;FAO=23,3;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=14,3;FSAR=9,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00133772,-0.0158826;FXX=0.0681663;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=177.664,119.149;QD=28.4499;RBI=0.00716834,0.0173871;REFB=-0.00642661,0.00611589;REVB=-0.00704241,0.00707484;RO=17;SAF=14,6;SAR=7,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0357767,0.679091;STB=0.524251,0.995209;STBP=0.716,0.172;TYPE=ins,snp;VARB=0.0113164,0.0575228;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:41:17:15:21,6:23,3:0.560976,0.0731707:7,0:14,6:12:5:9,0:14,3:10:5 chr12 121435342 . C T 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5464;QD=33.4127;RBI=0.159909;REFB=0;REVB=0.0466807;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197633;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 121435427 . G A 321.79 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000278621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.053;QD=53.6322;RBI=0.0296402;REFB=0;REVB=0.0296389;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13584e-05;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr12 121435475 . G A 455.24 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328422;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.043;QD=58.7404;RBI=0.0480193;REFB=0;REVB=0.0479069;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269344;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 121435587 . G T 719.26 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157808;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.505;QD=56.4122;RBI=0.0760413;REFB=0;REVB=0.0743858;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00821502;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:40:51:1:23:17:0:0:33:18:0:0 chr12 121437221 . T C 954.1 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0295433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5765;QD=54.52;RBI=0.029619;REFB=-0.0485537;REVB=0.00211671;RO=3;SAF=37;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936964;STB=0.504962;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00564741;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:30:37:2:1:30:37:2:1 chr12 121437382 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.85;QD=37.4885;RBI=0.00753559;REFB=0;REVB=-0.00753559;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90652e-05;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 121454257 . T A 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3699;QD=57.2325;RBI=0.0387624;REFB=0;REVB=-0.0117485;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223772;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr12 121471337 . G A 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9424;QD=63.8862;RBI=0.049022;REFB=0;REVB=0.0393573;RO=0;SAF=31;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242003;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:66:31:0:0:66:31:0:0 chr12 121600253 . T C 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0189128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0353;QD=23.8641;RBI=0.018917;REFB=-0.0197627;REVB=-0.000399035;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806503;STB=0.54425;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.021553;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:20:22:13:18:20:22:13:18 chr12 121605355 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.092;QD=58.4197;RBI=0.00898733;REFB=0;REVB=-0.0076336;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05435e-06;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr12 121622520 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.848;QD=58.5874;RBI=0.0124393;REFB=0;REVB=0.00909436;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72253e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 121691088 . G T 327.43 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0902504;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4167;QD=21.8285;RBI=0.109376;REFB=-0.0199877;REVB=-0.0617905;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302652;STB=0.507963;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0174535;OID=.;OPOS=121691088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:33:34:0.566667:19:14:12:14:19:15:11:15 chr12 121853164 . T C 194.91 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0485911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7034;QD=17.7194;RBI=0.0598486;REFB=0.025649;REVB=0.0349393;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329981;STB=0.718536;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0315287;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:21:20:0.454545:7:14:7:16:6:14:7:17 chr12 121870922 . G A 123.09 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0367624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7719;QD=11.7229;RBI=0.073601;REFB=-0.0650194;REVB=0.0637623;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461363;STB=0.769625;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.172749;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:27:15:15:0.357143:9:6:22:4:9:6:23:4 chr12 121871006 . A C 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0183344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.976;QD=12.2134;RBI=0.0215274;REFB=-0.00183899;REVB=0.0112818;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477648;STB=0.771056;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00333563;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:9:4:16:4:9:4:17:5 chr12 121878659 . C T 445.81 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0178576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.063;QD=13.9317;RBI=0.0178688;REFB=-0.00590823;REVB=0.00063385;RO=76;SAF=13;SAR=38;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203875;STB=0.613076;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0104326;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:77:51:51:0.398438:38:13:32:44:38:13:32:45 chr12 121880520 . G A 515.56 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0368653;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.368;QD=21.9388;RBI=0.0440346;REFB=-0.019218;REVB=0.0240831;RO=45;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587494;STB=0.532392;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0196602;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:45:45:49:49:0.521277:24:25:26:19:24:25:26:19 chr12 121881848 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0230599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.612;QD=23.5979;RBI=0.0233164;REFB=-0.0115306;REVB=-0.00344957;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089853;STB=0.549961;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0075476;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:14:7:11:14:14:7 chr12 122042844 . A G 271.98 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0181625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0971;QD=41.8437;RBI=0.149208;REFB=-0.148414;REVB=0.148099;RO=3;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791589;STB=0.540507;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0257149;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:26:3:3:22:23:0.884615:16:6:0:3:17:6:0:3 chr12 122079668 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.014231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0564;QD=14.6654;RBI=0.0733577;REFB=-0.0160145;REVB=-0.0719641;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247256;STB=0.642158;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0183768;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:15:6:8:7:15:6 chr12 122150860 . A C 449.65 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0388985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0237;QD=24.3051;RBI=0.039558;REFB=0.0318882;REVB=-0.00719303;RO=31;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042659;STB=0.523372;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0311488;OID=.;OPOS=122150860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:24:19:12:19:24:19:12:19 chr12 122186268 . C T 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00936326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1796;QD=11.3299;RBI=0.010982;REFB=-0.010198;REVB=0.00573887;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15482;STB=0.591118;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0316216;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:8:19:8:6:8:19 chr12 122186317 . G A 119.91 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00280048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8027;QD=9.40477;RBI=0.00294589;REFB=-0.0138758;REVB=0.000914077;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0323722;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:36:16:15:0.294118:11:5:10:23:10:5:12:24 chr12 122234089 . T A 1021.91 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7838;QD=57.5723;RBI=0.0539254;REFB=0;REVB=0.0510678;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477617;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:1:0:66:71:1:29:37:0:1:31:40:0:0 chr12 122234191 . C A 224.33 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0138864;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8603;QD=14.9555;RBI=0.0362849;REFB=0.00831925;REVB=-0.0335225;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039295;STB=0.522329;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0114484;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:21:13:9:17:21:13 chr12 122243905 . C T 1623.21 PASS AF=0.990909;AO=105;DP=106;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0838529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.964;QD=59.0259;RBI=0.0843241;REFB=0.0103616;REVB=0.008902;RO=1;SAF=35;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673208;STB=0.503545;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-8.1183e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:110:1:1:105:109:0.990909:70:35:0:1:70:39:0:1 chr12 122248582 . C G 640.04 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.04;QD=59.5384;RBI=0.018279;REFB=-0.157594;REVB=0.0152407;RO=1;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132274;STB=0.507039;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000367752;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:35:7:0:1:35:7:0:1 chr12 122261456 . G A 858.71 PASS AF=0.516779;AO=74;DP=148;FAO=77;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0120725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.246;QD=23.0525;RBI=0.0129655;REFB=-0.0787811;REVB=0.00472851;RO=46;SAF=32;SAR=42;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126151;STB=0.513204;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0401323;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:46:63:74:77:0.516779:42:32:12:34:43:34:26:37 chr12 122295335 . T C 563.34 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0298227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8464;QD=57.7781;RBI=0.0553081;REFB=-0.106195;REVB=0.0465789;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00339078;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr12 122326812 . T C 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0373;QD=64.1484;RBI=0.03351;REFB=0;REVB=-0.0227851;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590444;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 122332727 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0105213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.265;QD=16.0426;RBI=0.0253565;REFB=-0.0179322;REVB=0.0230707;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364312;STB=0.709917;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.013474;OID=.;OPOS=122332727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:16:10:14:5:16:10 chr12 122353796 . A G 288.42 PASS AF=0.566667;AO=27;DP=62;FAO=34;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.149294;FXX=0.0476115;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.6296;QD=19.2279;RBI=0.157939;REFB=-0.0527862;REVB=0.0515387;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110692;STB=0.591386;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0473839;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:20:26:27:34:0.566667:16:11:11:9:19:15:17:9 chr12 122355716 . C T 660.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.859;QD=61.4246;RBI=0.0240684;REFB=0;REVB=0.0121494;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08209e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr12 122369762 . C T 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00348444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8535;QD=20.4945;RBI=0.0204262;REFB=0.0193258;REVB=-0.0201268;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332685;STB=0.501844;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0154728;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:16:18:16:14:16:18:16:14 chr12 122372260 . A G 269.58 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0260036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.107;QD=14.1885;RBI=0.034775;REFB=-0.00890022;REVB=-0.0230894;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310103;STB=0.517615;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0200125;OID=.;OPOS=122372260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:17:14:19:26:17:14:19:26 chr12 122396395 . C T 460.57 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00986059;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.845;QD=20.9352;RBI=0.00987345;REFB=-0.00469901;REVB=0.000503766;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200764;STB=0.511106;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00399869;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:22:23:21:22:22:23:21:22 chr12 122405912 . G T 243.95 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0599034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3497;QD=23.2335;RBI=0.0680123;REFB=0.00664549;REVB=-0.0322065;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222932;STB=0.608601;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00825668;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:14:8:12:7:14:9:12:7 chr12 122497001 . T C 1312.16 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00652679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.208;QD=59.6436;RBI=0.0191117;REFB=-0.0415887;REVB=0.0179627;RO=2;SAF=43;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215241;STB=0.511361;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00080275;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:43:43:2:0:43:43:2:0 chr12 122499787 . A G 156.28 PASS AF=0.275;AO=21;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0243664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.702;QD=7.81413;RBI=0.0250365;REFB=-0.00201817;REVB=0.00575369;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207696;STB=0.636665;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00954676;OID=.;OPOS=122499787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:21:22:0.275:7:14:29:29:7:15:29:29 chr12 122617989 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.011704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.699;QD=19.9928;RBI=0.0170938;REFB=-0.0233711;REVB=0.0124585;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100462;STB=0.556453;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0213515;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:7:16:13:9:7:16 chr12 122623000 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.964;QD=58.1421;RBI=0.00610273;REFB=0;REVB=-0.00471598;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34939e-05;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr12 122626842 . G A 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4843;QD=61.2604;RBI=0.0610699;REFB=0;REVB=0.0594279;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139149;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr12 122627371 . G A 1529.72 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.276;QD=63.7382;RBI=0.0063927;REFB=0;REVB=0.00614061;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3382e-06;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr12 122628219 . T C 1759.22 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.207;QD=60.6628;RBI=0.0221289;REFB=0;REVB=0.0216165;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26674e-05;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:56:59:0:0:57:59:0:0 chr12 122628516 . A T 1291.61 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0227751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2977;QD=59.3843;RBI=0.0251941;REFB=-0.0288009;REVB=-0.010772;RO=2;SAF=40;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230948;STB=0.512192;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00222009;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:45:40:2:0:45:40:2:0 chr12 122674032 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3608;QD=64.4101;RBI=0.00803895;REFB=0;REVB=0.00276036;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18329e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr12 122674758 . G A 892.34 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0239004;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5075;QD=56.6565;RBI=0.0454533;REFB=-0.151629;REVB=0.0386623;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00167636;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:35:27:0:0:35:27:0:1 chr12 122676013 . A C 542.16 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00248311;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.437;QD=24.096;RBI=0.00614346;REFB=0.0119384;REVB=0.00561928;RO=37;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370698;STB=0.544427;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00763164;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:37:40:50:50:0.555556:24:26:21:16:25:25:24:16 chr12 122691738 . C A 564.19 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427558;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.985;QD=60.993;RBI=0.0911287;REFB=0;REVB=0.080476;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881163;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr12 122692820 . T C 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.015189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.58;QD=29.7803;RBI=0.0179313;REFB=-0.0332774;REVB=0.00953022;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155903;STB=0.58702;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00885032;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:5:8:1:3:5:8:1:3 chr12 122734569 . C T 334.55 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00149372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3524;QD=27.3103;RBI=0.00152132;REFB=-0.0172876;REVB=-0.000288503;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12136;STB=0.567117;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0114666;OID=.;OPOS=122734569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:10:10:10:19:10:10 chr12 122812503 . G C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=7;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00882159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9569;QD=14.7988;RBI=0.0835399;REFB=-0.000721975;REVB=-0.0830729;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00196562;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:7:11:0.458333:3:4:7:5:4:7:7:6 chr12 122989235 . A C 1004.8 PASS AF=0.479452;AO=96;DP=209;FAO=105;FDP=219;FR=.;FRO=114;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=40;FWDB=0.000995094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5253;QD=18.3524;RBI=0.110739;REFB=-0.00943871;REVB=0.110734;RO=113;SAF=67;SAR=29;SRF=73;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584212;STB=0.506235;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0109894;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:219:113:114:96:105:0.479452:29:67:73:40:38:67:74:40 chr12 123087442 . A G 408.44 PASS AF=0.542857;AO=23;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0558021;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.966;QD=23.3395;RBI=0.0558739;REFB=-0.0244289;REVB=-0.00283071;RO=17;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.614507;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0318487;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:17:18:23:38:0.542857:23:0:0:17:24:14:1:17 chr12 123097699 . G A 305.96 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00749277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.12;QD=20.3974;RBI=0.00840775;REFB=-0.0100755;REVB=0.00381427;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264403;STB=0.645706;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00928964;OID=.;OPOS=123097699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:6:22:15:17:6:22 chr12 123105143 . C T 392.09 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00864662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.247;QD=16.864;RBI=0.00882143;REFB=-0.00766017;REVB=-0.00174744;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795391;STB=0.544565;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00794434;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:22:19:20:32:22:19:20:32 chr12 123185864 . A G 70.93 PASS AF=0.102564;AO=20;DP=195;FAO=20;FDP=195;FR=.;FRO=175;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=87;FSRR=88;FWDB=-0.00282829;FXX=0.0101518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3338;QD=1.45495;RBI=0.0532105;REFB=-0.00294475;REVB=-0.0531353;RO=170;SAF=5;SAR=15;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32161;STB=0.727998;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0495792;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:195:195:170:175:20:20:0.102564:15:5:87:83:15:5:87:88 chr12 123200247 . G C 489.3 PASS AF=0.373418;AO=58;DP=157;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.000464058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.635;QD=12.3874;RBI=0.0224265;REFB=-0.0190962;REVB=0.0224217;RO=99;SAF=32;SAR=26;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107595;STB=0.565531;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0229193;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:99:99:58:59:0.373418:26:32:45:54:26:33:45:54 chr12 123200334 . T C 129.27 PASS AF=0.208333;AO=21;DP=96;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.0186877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6965;QD=5.38634;RBI=0.0190793;REFB=-0.00623148;REVB=0.00384588;RO=75;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293808;STB=0.704993;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0256735;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:76:21:20:0.208333:9:12:25:50:8:12:25:51 chr12 123200693 . A G 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0287924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4321;QD=16.5255;RBI=0.0861897;REFB=-0.0101212;REVB=-0.0812384;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153893;STB=0.587085;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0121465;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:14:15:9:16:14:15 chr12 123200768 . T G 547.53 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00734354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.565;QD=26.0727;RBI=0.0109473;REFB=0.00194709;REVB=0.00811882;RO=34;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144022;STB=0.5119;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00137841;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:34:49:50:0.595238:24:25:18:16:25:25:18:16 chr12 123200937 . T G 564.13 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0360588;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3851;QD=29.3053;RBI=0.0361755;REFB=-0.0038088;REVB=-0.00290367;RO=27;SAF=23;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101182;STB=0.505492;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00131839;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:27:27:50:50:0.649351:27:23:12:15:27:23:12:15 chr12 123253852 . T C 113.93 PASS AF=0.172131;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0326704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1574;QD=3.73553;RBI=0.121924;REFB=-0.0104965;REVB=0.117466;RO=100;SAF=9;SAR=12;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128563;STB=0.58733;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0657929;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:100:101:21:21:0.172131:12:9:53:47:12:9:54:47 chr12 123253856 . C CAT,T 1614.54 PASS AF=0.671875,0.25;AO=83,33;DP=128;FAO=86,32;FDP=128;FR=.;FRO=10;FSAF=47,12;FSAR=39,20;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0258488,-0.0390397;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.606,59.1247;QD=50.4545;RBI=0.0382872,0.0946615;REFB=-0.101609,-0.0312662;REVB=0.0282445,-0.0862363;RO=10;SAF=46,12;SAR=37,21;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0315198,-0.0167784;STB=0.515347,0.506325;STBP=0.352,0.928;TYPE=ins,snp;VARB=0.0315716,0.0144091;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:128:128:10:10:83,33:86,32:0.671875,0.25:37,21:46,12:4:6:39,20:47,12:4:6 chr12 123333065 . C T 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0250338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.818;QD=53.4656;RBI=0.0257262;REFB=0.00456141;REVB=-0.00592848;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.518512;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=3.50936e-06;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:26:30:0:2:26:30:0:2 chr12 123340453 . G GC 371.02 PASS AF=1;AO=19;DP=39;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609019;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1043;QD=43.6491;RBI=0.0749746;REFB=0;REVB=0.0437281;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00457115;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:39:34:34:0:17:17:0:0:6:19:10:9:9:10 chr12 123345736 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.826;QD=56.1916;RBI=0.0357168;REFB=0;REVB=0.0355428;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101602;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 123345756 . G GC 215.11 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2339;QD=39.11;RBI=0.151358;REFB=0;REVB=0.0163163;RO=3;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00618187;OID=.;OPOS=123345757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:22:22:0:8:14:0:0:4:3:6:12:2:1 chr12 123350154 . CCTTT C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352186;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=140.901;QD=47.8224;RBI=0.0057935;REFB=0;REVB=-0.00460013;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.18282e-06;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:16:16:0:9:7:0:0:4:0:9:7:0:0 chr12 123350746 . AGG A,AG 41.86 PASS AF=0.1,0.5;AO=3,7;DP=20;FAO=2,10;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,4;FSAR=2,6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0788122,0.13629;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.3956,7.13753;QD=8.37157;RBI=0.0869483,0.152022;REFB=-0.113712,-0.206682;REVB=-0.0367239,-0.0673469;RO=9;SAF=1,1;SAR=2,6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.23456,-0.45597;STB=0.994034,0.545363;STBP=0.194,0.755;TYPE=del,del;VARB=0.0233907,0.187161;OID=.,.;OPOS=123350747,123350747;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.5:3,7:20:2,10:20:8:0,4:2,6:4:4:23:9:1,1:2,6:5:4 chr12 123460405 . G C 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0423767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1802;QD=17.9413;RBI=0.042421;REFB=0.00057679;REVB=-0.00193928;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24189;STB=0.63714;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00199432;OID=.;OPOS=123460405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:15:7:11:8:15:7 chr12 123460823 . A C,G 1866.62 PASS AF=0.08,0.92;AO=9,115;DP=125;FAO=10,115;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=2,62;FSAR=8,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226059,0.0305965;FXX=0.0157468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.2435,134.905;QD=59.732;RBI=0.0226138,0.0755668;REFB=0,0;REVB=0.000597473,0.0690956;RO=0;SAF=2,62;SAR=7,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.19391e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.123094,0.00069435;OID=.,.;OPOS=123460823,123460823;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:125:125:0:0:9,115:10,115:0.08,0.92:7,53:2,62:0:0:8,53:2,62:0:0 chr12 123469647 . G T 1572.59 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.225;QD=62.9038;RBI=0.0268746;REFB=-0.0448561;REVB=0.0210434;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=5.63329e-05;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:57:42:1:0:57:42:1:0 chr12 123645803 . G A 2303.94 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819058;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.109;QD=61.0316;RBI=0.0106066;REFB=0;REVB=0.00673896;RO=0;SAF=70;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9503e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:79:70:0:0:79:72:0:0 chr12 123664514 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.64;QD=57.2022;RBI=0.106074;REFB=0;REVB=0.00437186;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377278;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr12 123665695 . A G 551.47 PASS AF=0.851852;AO=42;DP=56;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0187677;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.188;QD=40.8495;RBI=0.0252919;REFB=0.0171276;REVB=0.0169545;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.586919;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00187996;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:56:54:0:8:42:46:0.851852:23:19:0:0:27:19:8:0 chr12 123746357 . C G 772.01 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808767;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2072;QD=64.334;RBI=0.0952454;REFB=0;REVB=-0.0503055;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460348;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr12 123799974 . A G 657.21 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0551767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4161;QD=59.746;RBI=0.0715498;REFB=-0.0644622;REVB=0.045551;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00117349;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:0:1:19:24:0:1 chr12 123810873 . G A 554.04 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.578;QD=59.8957;RBI=0.00779958;REFB=0;REVB=-0.00239637;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01864e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:11:24:0:0:12:25:0:0 chr12 123879666 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000496821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.449;QD=10.7925;RBI=0.0168423;REFB=-0.00525394;REVB=0.016835;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238809;STB=0.640866;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0115142;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:6:12:16:19:6:12:16:19 chr12 123879668 . G C 146.86 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0136501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1154;QD=11.2969;RBI=0.0197437;REFB=0.0158962;REVB=-0.014265;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.63143;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00430727;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:16:18:6:12:16:18 chr12 123892095 . T C 106.5 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=-0.0443814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.21;QD=4.30291;RBI=0.0444545;REFB=0.000102171;REVB=0.00254838;RO=81;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146957;STB=0.593869;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000489669;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:10:8:27:54:10:8:27:54 chr12 123892186 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00595341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.501;QD=12.5628;RBI=0.0210084;REFB=-0.00453967;REVB=-0.0201472;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183761;STB=0.605585;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00657365;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:13:22:10:12:13:22 chr12 123892235 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0247666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.568;QD=18.1172;RBI=0.0302418;REFB=0.00857749;REVB=-0.0173545;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0471372;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr12 123892590 . C T 107.6 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0210304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.475;QD=4.48312;RBI=0.0295431;REFB=-0.00343896;REVB=-0.0207489;RO=78;SAF=7;SAR=11;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044714;STB=0.528814;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0185218;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:78:78:18:18:0.1875:11:7:33:45:11:7:33:45 chr12 123892824 . C T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1727;QD=47.812;RBI=0.0474297;REFB=0.0461081;REVB=0.0265097;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102024;STB=0.555499;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000348989;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:17:4:1:0:17:4:1:0 chr12 123893830 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.104;QD=64.4151;RBI=0.0293159;REFB=0;REVB=-0.0016688;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72117e-05;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:44:6:0:0:44:6:0:0 chr12 124008073 . A G 1286.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00078967;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8978;QD=62.009;RBI=0.00161487;REFB=0;REVB=-0.00140862;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59947e-05;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr12 124069213 . TC CT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300883;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=72.1727;QD=50.4134;RBI=0.0413917;REFB=0;REVB=-0.0412822;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00131623;OID=.;OPOS=124069213;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr12 124090453 . A G 1513.81 PASS AF=0.989691;AO=97;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.37;QD=62.425;RBI=0.0190972;REFB=0.0479839;REVB=-0.0150069;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.504131;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-8.13704e-05;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:97:96:0.989691:61:36:0:0:60:36:0:1 chr12 124179490 . ATTTTTA AATTTTA,ATTTT,ATTTTA 85.12 PASS AF=0,0,0.529412;AO=2,8,7;DP=33;FAO=0,0,18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,14;FSAR=0,0,4;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.144375,-0.0834557,-0.149361;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=13.9024,150.159,11.1522;QD=10.0141;RBI=0.160163,0.0850395,0.152634;REFB=-0.0979583,-0.000815283,-0.124868;REVB=0.0693398,-0.0163361,0.0314409;RO=14;SAF=1,8,6;SAR=1,0,1;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.74643,0.861836,0.758793;STB=0.5,0.5,0.797149;STBP=1,1,0.001;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.107925;OID=.,.,.;OPOS=124179491,124179495,124179491;OREF=T,TA,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTTA,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.529412:2,8,7:33:0,0,18:34:16:0,0,14:0,0,4:2:14:80:14:1,8,6:1,0,1:0:14 chr12 124189109 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0017371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.567;QD=16.2717;RBI=0.01444;REFB=-0.00676752;REVB=-0.0143351;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00848333;OID=.;OPOS=124189109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:8:9:7:8:8:10 chr12 124209332 . T C 247.21 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.821;QD=49.4429;RBI=0.041318;REFB=0;REVB=0.0251403;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932426;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr12 124210782 . T C 545.15 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.393;QD=57.3844;RBI=0.0399313;REFB=-0.0364459;REVB=0.023429;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000598392;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr12 124229429 . T C 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.301;QD=59.9233;RBI=0.0218982;REFB=0;REVB=0.0203488;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06179e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr12 124243707 . T C 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022016;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.026;QD=59.1566;RBI=0.0237107;REFB=0;REVB=0.0088032;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3889e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr12 124265687 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.345;QD=59.1423;RBI=0.0486477;REFB=0;REVB=0.0359425;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95829e-06;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr12 124267703 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.553;QD=64.1538;RBI=0.0203209;REFB=0;REVB=0.000986833;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23325e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr12 124274474 . A G 1612.69 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.415;QD=59.7294;RBI=0.0181578;REFB=0;REVB=0.0179262;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87252e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:51:56:0:0:51:57:0:0 chr12 124325977 . T G 1940.97 PASS AF=0.948905;AO=130;DP=137;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0250945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.445;QD=56.6707;RBI=0.0291901;REFB=-0.0113885;REVB=-0.0149107;RO=7;SAF=54;SAR=76;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296647;STB=0.515637;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0012696;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:137:137:7:7:130:130:0.948905:76:54:5:2:76:54:5:2 chr12 124387574 . G A 1237.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.364;QD=61.1256;RBI=0.0315509;REFB=0;REVB=0.0296224;RO=0;SAF=58;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6255e-05;OID=.;OPOS=124387574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:21:58:0:0:22:59:0:0 chr12 124387586 . A G 1320.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.9;QD=62.1271;RBI=0.0413525;REFB=0;REVB=0.037371;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143556;OID=.;OPOS=124387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr12 124417889 . C T 870.88 PASS AF=0.43578;AO=95;DP=218;FAO=95;FDP=218;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=0.0168281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6466;QD=15.9795;RBI=0.0396556;REFB=-0.00692931;REVB=0.0359079;RO=123;SAF=51;SAR=44;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13973;STB=0.577638;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00997234;OID=.;OPOS=124417889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:123:123:95:95:0.43578:44:51:49:74:44:51:49:74 chr12 124418674 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00367903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9188;QD=17.0334;RBI=0.0216293;REFB=-0.022253;REVB=-0.0213141;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0161066;OID=.;OPOS=124418674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:9:13:10:8:9:13 chr12 124419062 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0030864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.113;QD=13.7844;RBI=0.0111659;REFB=0.00297392;REVB=-0.0107308;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782693;STB=0.544555;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0046361;OID=.;OPOS=124419062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:8:25:16:7:8:25 chr12 124427306 . T A 315.17 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0295449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.964;QD=15.1891;RBI=0.0295658;REFB=-0.00682737;REVB=0.00111128;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923832;STB=0.546771;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0100913;OID=.;OPOS=124427306;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:48:35:35:0.421687:21:14:23:24:21:14:23:25 chr12 124798801 . C T 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0151616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.742;QD=13.2236;RBI=0.0221843;REFB=-0.00731224;REVB=0.0161947;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158878;STB=0.590835;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0134135;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:14:22:11:13:14:22 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT 45.33 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000312828;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=9;MLLD=273.753;QD=16.4836;RBI=0.0147541;REFB=-0.00993419;REVB=-0.0147508;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=ins;VARB=0.010204;OID=.;OPOS=124824722;OREF=-;OALT=GCCGCTGCT;OMAPALT=CGCCGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:14:6:11:5:5:1:3:2:30:7:5:1:4:3 chr12 124829234 . C T 683.91 PASS AF=0.469388;AO=67;DP=144;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00893844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.21;QD=18.6098;RBI=0.0235562;REFB=-0.00973632;REVB=0.0217944;RO=77;SAF=36;SAR=31;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067239;STB=0.539602;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0110618;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:77:78:67:69:0.469388:31:36:36:41:32:37:36:42 chr12 124829255 . A G 507.78 PASS AF=0.451613;AO=37;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0170829;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.138;QD=16.3801;RBI=0.0183938;REFB=-0.0325019;REVB=0.00681956;RO=66;SAF=9;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266767;STB=0.506345;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0303205;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:68:37:56:0.451613:28:9:30:36:29:27:32:36 chr12 124856618 . A G 449.03 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0136383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.027;QD=16.9446;RBI=0.0150121;REFB=-0.020766;REVB=0.00627377;RO=57;SAF=14;SAR=35;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199762;STB=0.611892;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0225347;OID=.;OPOS=124856618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:35:14:27:30:35:14:27:30 chr12 124887087 . C T 32.94 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0056207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.122;QD=6.27362;RBI=0.0209683;REFB=-0.0254358;REVB=-0.0202009;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.117846;OID=.;OPOS=124887087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:10:5:2:4:10:5 chr12 124887090 . C T 36.39 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0223087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.561;QD=6.9312;RBI=0.0239608;REFB=-0.0642103;REVB=-0.00874305;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.118579;OID=.;OPOS=124887090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:10:5:2:4:10:5 chr12 124968349 . T C 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.052545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7427;QD=9.4147;RBI=0.0525716;REFB=-0.0062635;REVB=-0.0016714;RO=34;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304218;STB=0.687207;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0227915;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:3:11:19:15:3:11:19:15 chr12 125270773 . A G 328.71 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00687801;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.424;QD=17.7679;RBI=0.011237;REFB=-0.0203173;REVB=-0.00888615;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257745;STB=0.638221;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0263607;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:39:35:35:0.472973:14:21:13:27:14:21:13:26 chr12 125284748 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000712803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.348;QD=56.1915;RBI=0.00881688;REFB=0;REVB=-0.00878802;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84113e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 125298877 . G A 485.72 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.000878897;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.782;QD=16.3266;RBI=0.0469327;REFB=0.001351;REVB=0.0469245;RO=62;SAF=27;SAR=26;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100549;STB=0.562139;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00185332;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:66:53:53:0.445378:26:27:38:24:26:27:41:25 chr12 125302193 . AGGGGAT AGGGAT,AGGGATG 94.98 PASS AF=0.509804,0;AO=19,2;DP=49;FAO=26,0;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=2,0;FSAR=24,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.24574,-0.00437597;FXX=0.0192271;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=11.5642,59.525;QD=7.44904;RBI=0.25389,0.0868795;REFB=-0.144717,-0.0166925;REVB=-0.063812,-0.0867692;RO=22;SAF=2,0;SAR=17,2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.593892,-0.563482;STB=0.876577,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.116185,0;OID=.,.;OPOS=125302194,125302197;OREF=G,GAT;OALT=-,ATG;OMAPALT=AGGGAT,AGGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804,0:19,2:49:26,0:51:25:2,0:24,0:17:8:95:22:2,0:17,2:14:8 chr12 125323760 . ACCCC ACCC,ACCCT 310.53 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=13,8;DP=37;FAO=28,8;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16,8;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628071,-0.0228534;FXX=0.0270197;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.6127,178.627;QD=34.5033;RBI=0.833983,0.120306;REFB=-0.0195613,-0.0319824;REVB=0.831615,0.118116;RO=15;SAF=13,8;SAR=0,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=0.847373,0.821974;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00685009,0.0631078;OID=.,.;OPOS=125323761,125323764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:13,8:37:28,8:36:0:16,8:12,0:0:0:46:15:13,8:0,0:3:12 chr12 125324553 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.341;QD=37.4885;RBI=0.0125278;REFB=0;REVB=-0.00282659;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110717;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 125324570 . C T 50.16 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000455398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.608;QD=16.7213;RBI=0.0562858;REFB=-0.0460903;REVB=0.0562839;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0272971;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr12 125386076 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.452;QD=60.6101;RBI=0.0447841;REFB=0;REVB=0.0447355;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454619;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 125396488 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0116744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.022;QD=14.0966;RBI=0.0203154;REFB=-0.00838635;REVB=0.016626;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358948;STB=0.710721;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00919582;OID=.;OPOS=125396488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:5:9:3:8:5:9 chr12 125397364 . A G 130.47 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00588681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.835;QD=13.3813;RBI=0.0188335;REFB=0.00341859;REVB=-0.0178898;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10808;STB=0.547884;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00599578;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:4:10:19:5:4:11:19:5 chr12 125397750 . A G 545.06 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000841287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1339;QD=57.3746;RBI=0.0033039;REFB=0.0936892;REVB=0.00319499;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0257197;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:0:1:15:22:0:1 chr12 125398039 . G C 385.07 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0374806;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8532;QD=20.2668;RBI=0.0449506;REFB=-0.0178565;REVB=0.0248145;RO=38;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687379;STB=0.533217;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0365397;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:37:39:39:0.513158:14:25:27:11:14:25:26:11 chr12 125398500 . G A 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0295943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.9;QD=22.8315;RBI=0.0321831;REFB=-0.0237265;REVB=-0.0126463;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0149078;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:6:4:5:10:6:4 chr12 125398517 . G A 76.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0050454;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.059;QD=10.8647;RBI=0.0105213;REFB=-0.00594765;REVB=0.00923265;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03601;STB=0.545366;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00990828;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:19:18:10:10:0.357143:4:6:12:7:4:6:12:6 chr12 125398733 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0246498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.373;QD=20.7376;RBI=0.0427649;REFB=-0.0115326;REVB=-0.034946;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.586365;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00855367;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:7:9:13:5:7:9 chr12 125399068 . C T 199.7 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0480293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.099;QD=19.9695;RBI=0.125445;REFB=-0.024476;REVB=0.115886;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0266284;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:13:7:8:12:13:7 chr12 125399167 . T C 641.06 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0146628;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.749;QD=22.2977;RBI=0.0437226;REFB=-0.0138062;REVB=-0.0411906;RO=52;SAF=46;SAR=17;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130484;STB=0.571779;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0123999;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:52:63:63:0.547826:17:46:31:21:17:46:31:21 chr12 125399286 . C T 437.88 PASS AF=0.454545;AO=42;DP=95;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.067469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7935;QD=17.6922;RBI=0.0694886;REFB=-0.00432063;REVB=0.0166311;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379662;STB=0.536307;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00679508;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:52:54:42:45:0.454545:21:21:24:28:22:23:24:30 chr12 125411882 . GT AC 243.73 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.000492553;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.505;QD=14.999;RBI=0.00864664;REFB=0.00838561;REVB=-0.00863259;RO=37;SAF=8;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319543;STB=0.681685;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=-0.00699081;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:20:8:22:15:20:8:22:15 chr12 125424502 . A G 243.74 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00176962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.415;QD=15.2337;RBI=0.0456888;REFB=-0.00977441;REVB=0.0456545;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246247;STB=0.513943;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.011889;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:21:15:11:17:21:15 chr12 125424510 . T A 278.8 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000100857;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.901;QD=16.162;RBI=0.0113632;REFB=-0.00488467;REVB=0.0113627;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847769;STB=0.538897;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00335986;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:38:31:31:0.449275:11:20:22:17:11:20:22:16 chr12 125432618 . G A 244.55 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0375202;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.836;QD=15.2842;RBI=0.0375836;REFB=-0.00499904;REVB=-0.00218301;RO=36;SAF=4;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25574;STB=0.64736;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00453421;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:24:4:11:25:24:4:11:25 chr12 125434580 . C T 716.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.452;QD=56.231;RBI=0.0636762;REFB=0;REVB=0.0545489;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205835;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:12:38:0:0:13:38:0:0 chr12 125434716 . G A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00117256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.324;QD=21.892;RBI=0.0242372;REFB=-0.0352716;REVB=-0.0242089;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114992;STB=0.506348;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0300481;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:14:14:17:18:14:14 chr12 125437019 . T C 938.99 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0006675;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.721;QD=58.6867;RBI=0.0109993;REFB=0;REVB=-0.010979;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58656e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr12 125438516 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.999;QD=59.0136;RBI=0.015004;REFB=0;REVB=0.000928805;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105799;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr12 125438523 . C T 575.32 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6027;QD=60.5603;RBI=0.0840953;REFB=0;REVB=0.0702424;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111064;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr12 125441347 . T C 216.99 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.042282;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6246;QD=21.6994;RBI=0.0513182;REFB=-0.0098105;REVB=-0.0290824;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126672;STB=0.571359;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.014608;OID=.;OPOS=125441347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:21:21:0.525:7:14:10:9:7:14:10:9 chr12 125441359 . T C 216.36 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0184814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.161;QD=22.1909;RBI=0.0234372;REFB=-0.0203454;REVB=0.0144132;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00633285;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:10:8:7:14:10:8 chr12 125448960 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0176148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.215;QD=20.7238;RBI=0.0177303;REFB=-0.0291365;REVB=-0.00202058;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636614;STB=0.541997;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0238189;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:19:18:18:14:19:18:19:14 chr12 125451767 . G A 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0800005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2282;QD=11.8134;RBI=0.0801839;REFB=-0.00934396;REVB=0.00542026;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611352;STB=0.536029;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0146632;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:17:6:4:9:17:6 chr12 125467158 . C T 426.14 PASS AF=0.451923;AO=48;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=-0.0195232;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.947;QD=16.39;RBI=0.0691175;REFB=-0.00779493;REVB=-0.0663029;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312597;STB=0.664472;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0145536;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:48:47:0.451923:27:21:43:13:26:21:43:14 chr12 125562809 . G A 1392.37 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00705849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.404;QD=55.1434;RBI=0.00847619;REFB=-0.13175;REVB=-0.00469293;RO=4;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044046;STB=0.523251;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000694161;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:101:4:4:97:97:0.960396:41:56:0:4:41:56:0:4 chr12 125834095 . C A 188.8 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.000525973;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.748;QD=10.9451;RBI=0.0123268;REFB=-0.00424674;REVB=-0.0123155;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114744;STB=0.532292;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00858062;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:45:24:24:0.347826:15:9:16:17:15:9:19:26 chr12 125834395 . T C 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6054;QD=58.4123;RBI=0.0337791;REFB=0;REVB=0.0148429;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144764;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr12 126068417 . T C 2389.72 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.886;QD=64.1535;RBI=0.0403735;REFB=0;REVB=0.000127363;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72408e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:73:76:0:0:73:76:0:0 chr12 126141880 . CCCG C,CC,CCTG 359.63 PASS AF=0,0.961538,0.0384615;AO=10,3,13;DP=26;FAO=0,25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,1;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113359,-0.147543,-0.153541;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=73.9025,99.1274,36.0988;QD=55.3281;RBI=0.116016,0.160526,0.171009;REFB=0,0,0;REVB=0.0246846,0.0632424,-0.0752963;RO=0;SAF=1,1,13;SAR=9,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.560811,0.560811,0;SSSB=-3.8593e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00100365,-0.0402333;OID=.,.,.;OPOS=126141881,126141882,126141882;OREF=CCG,CG,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CC,CCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.961538,0.0384615:10,3,13:26:0,25,1:26:0:0,14,1:0,11,0:0:0:9:0:1,1,13:9,2,0:0:0 chr12 127068865 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.998;QD=50.4127;RBI=0.0402806;REFB=0;REVB=0.00985447;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045248;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr12 127068892 . C T 545.15 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00961233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.77;QD=57.3844;RBI=0.0398165;REFB=0.00778258;REVB=-0.0386388;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00141354;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:38:37:0.973684:28:10:0:0:27:10:0:1 chr12 127650467 . G C 8496.89 PASS AF=0.947899;AO=560;DP=592;FAO=564;FDP=595;FR=.;FRO=31;FSAF=280;FSAR=284;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0128778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5042;QD=57.1219;RBI=0.0156862;REFB=-0.0503625;REVB=-0.00895644;RO=24;SAF=279;SAR=281;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340499;STB=0.507747;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00232299;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:592:595:24:31:560:564:0.947899:281:279:13:11:284:280:20:11 chr12 127650471 . AT GG 9581.98 PASS AF=0.970543;AO=545;DP=646;FAO=626;FDP=645;FR=.;FRO=19;FSAF=342;FSAR=284;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.045115;FXX=0.00154796;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.613;QD=59.4231;RBI=0.0451301;REFB=-0.0184674;REVB=0.00116353;RO=19;SAF=272;SAR=273;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163198;STB=0.502157;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.00325026;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:646:645:19:19:545:626:0.970543:273:272:9:10:284:342:9:10 chr12 127650538 . A G 17792.7 PASS AF=0.968121;AO=1154;DP=1192;FAO=1154;FDP=1192;FR=.;FRO=38;FSAF=537;FSAR=617;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0083647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5032;QD=59.707;RBI=0.0612607;REFB=-0.0100623;REVB=-0.0606869;RO=35;SAF=536;SAR=618;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060387;STB=0.501953;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000544687;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:1192:1192:35:38:1154:1154:0.968121:618:536:20:15:617:537:20:18 chr12 127650583 . T G 15273.8 PASS AF=0.974384;AO=982;DP=1014;FAO=989;FDP=1015;FR=.;FRO=26;FSAF=460;FSAR=529;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0613247;FXX=0.00684925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3674;QD=60.1923;RBI=0.0617978;REFB=0.00656869;REVB=0.00763186;RO=27;SAF=459;SAR=523;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688269;STB=0.504054;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000346307;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1014:1015:27:26:982:989:0.974384:523:459:9:18:529:460:8:18 chr12 127650599 . A G 12057.0 PASS AF=0.975248;AO=670;DP=814;FAO=788;FDP=808;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=366;FSAR=422;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0505768;FXX=0.00737092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.564;QD=59.6879;RBI=0.0542949;REFB=-0.05822;REVB=0.0197466;RO=20;SAF=271;SAR=399;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000257053;STB=0.502273;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00185553;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:814:808:20:19:670:788:0.975248:399:271:8:12:422:366:7:12 chr12 127650616 . G A 3013.86 PASS AF=0.438525;AO=321;DP=730;FAO=321;FDP=732;FR=.;FRO=411;FSAF=135;FSAR=186;FSRF=179;FSRR=232;FWDB=-0.0110331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.126;QD=16.4692;RBI=0.012491;REFB=-0.00888786;REVB=0.00585621;RO=409;SAF=135;SAR=186;SRF=177;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126528;STB=0.508594;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0118753;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:730:732:409:411:321:321:0.438525:186:135:177:232:186:135:179:232 chr12 127650639 . A G 7288.02 PASS AF=0.97723;AO=362;DP=506;FAO=515;FDP=527;FR=.;FRO=12;FSAF=188;FSAR=327;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0460922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.349;QD=55.317;RBI=0.0523736;REFB=-0.0510008;REVB=0.0248696;RO=8;SAF=173;SAR=189;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941996;STB=0.500779;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00298645;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:506:527:8:12:362:515:0.97723:189:173:2:6:327:188:4:8 chr12 127650662 . T C 1969.01 PASS AF=0.95;AO=128;DP=136;FAO=133;FDP=140;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0090287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.942;QD=56.2573;RBI=0.011665;REFB=0.000469012;REVB=-0.00738607;RO=7;SAF=40;SAR=88;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306972;STB=0.501323;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-3.75751e-05;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:136:140:7:7:128:133:0.95:88:40:2:5:92:41:2:5 chr12 127650669 . A G 616.25 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00791893;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.586;QD=46.5097;RBI=0.00957671;REFB=-0.022127;REVB=-0.00538552;RO=5;SAF=6;SAR=41;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100817;STB=0.554431;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00274398;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:47:48:0.90566:41:6:2:3:42:6:2:3 chr12 127650675 . G C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.01671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.654;QD=25.7115;RBI=0.0167934;REFB=-0.0480181;REVB=0.00167198;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187025;STB=0.605884;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00896223;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:10:3:3:3:10:3:3:3 chr12 127650883 . G T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0081523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.576;QD=46.9597;RBI=0.0355613;REFB=-0.0959456;REVB=0.0346142;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101866;STB=0.555497;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00889127;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:4:16:0:1:4:16:0:1 chr12 127650890 . G C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00148039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.265;QD=49.3981;RBI=0.00846076;REFB=-0.129705;REVB=0.00833024;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.555504;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00516219;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:4:19:0:1:4:19:0:1 chr12 127650927 . TA T,TT 573.1 PASS AF=0.933333,0.0444444;AO=36,6;DP=44;FAO=42,2;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=38,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472409,0.0239613;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.2566,7.87598;QD=50.9419;RBI=0.0591599,0.0681364;REFB=0.0549321,0.0272738;REVB=0.0356117,0.0637843;RO=1;SAF=32,6;SAR=4,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10344,0.782178;STB=0.555527,0.993266;STBP=0.054,0.227;TYPE=del,snp;VARB=0.00262628,0.0544711;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0444444:36,6:44:42,2:45:1:38,2:4,0:0:1:9:1:32,6:4,0:0:1 chr12 128778703 . G A 612.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.967;QD=61.294;RBI=0.0609742;REFB=0;REVB=0.0608007;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104282;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr12 128899673 . A G 392.82 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00909733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5568;QD=19.6407;RBI=0.0666073;REFB=-0.0224696;REVB=-0.0659831;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03598;STB=0.525368;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0167451;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:22:17:19:21:23:17:19:21 chr12 128900005 . G A 227.04 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0404607;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.556;QD=34.9293;RBI=0.0405832;REFB=-0.0279399;REVB=-0.00315064;RO=6;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874237;STB=0.54778;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0127802;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:26:6:6:20:20:0.769231:13:7:1:5:13:7:1:5 chr12 129153986 . G A 690.93 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0148404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.102;QD=22.6534;RBI=0.0177918;REFB=-0.0149499;REVB=0.00981385;RO=54;SAF=31;SAR=36;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455359;STB=0.528531;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0151496;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:55:67:67:0.54918:36:31:22:32:36:31:22:33 chr12 129181810 . A G 836.97 PASS AF=0.448454;AO=87;DP=194;FAO=87;FDP=194;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00725061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.837;QD=17.2572;RBI=0.0132376;REFB=0.00537476;REVB=-0.0110754;RO=106;SAF=52;SAR=35;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135136;STB=0.572643;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00568379;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:106:107:87:87:0.448454:35:52:49:57:35:52:50:57 chr12 129181834 . A G 3347.03 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0025;QD=62.2704;RBI=0.0103235;REFB=0;REVB=0.010063;RO=0;SAF=116;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85049e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:99:116:0:0:99:116:0:0 chr12 129189941 . G A 85.13 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.029298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.572;QD=22.7005;RBI=0.0299605;REFB=-0.00369349;REVB=0.006266;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159483;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:14:15:4:5:10:10:0.666667:8:2:0:4:8:2:1:4 chr12 129190021 . A G 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1947;QD=44.6775;RBI=0.0907343;REFB=0;REVB=0.0881456;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492295;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr12 129190266 . G A 420.83 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.002133;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.2239;QD=23.0593;RBI=0.0231391;REFB=-0.0283964;REVB=0.0230406;RO=31;SAF=14;SAR=27;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926179;STB=0.545432;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0238864;OID=.;OPOS=129190266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:32:41:41:0.561644:27:14:14:17:27:14:14:18 chr12 129190474 . G A 459.75 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00659948;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.904;QD=15.4539;RBI=0.00710251;REFB=-0.0171977;REVB=-0.00262535;RO=59;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385262;STB=0.508421;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0161049;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:59:68:51:51:0.428571:24:27:31:28:24:27:35:33 chr12 129293346 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.796;QD=58.5867;RBI=0.0345421;REFB=0;REVB=0.028431;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163915;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr12 129298735 . C G 1668.73 PASS AF=0.914729;AO=115;DP=127;FAO=118;FDP=129;FR=.;FRO=11;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.133603;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0607;QD=51.7436;RBI=0.139592;REFB=-0.163854;REVB=0.0404473;RO=9;SAF=73;SAR=42;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011702;STB=0.500071;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250483;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:127:129:9:11:115:118:0.914729:42:73:5:4:43:75:7:4 chr12 129298777 . G A 32.08 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0070801;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.305;QD=1.19928;RBI=0.027653;REFB=-0.0144099;REVB=-0.0267312;RO=96;SAF=6;SAR=3;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18923;STB=0.653743;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.105838;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:96:98:9:9:0.0841121:3:6:48:48:3:6:49:49 chr12 129298797 . G A 132.07 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=129;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0360266;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0951;QD=4.09528;RBI=0.0361018;REFB=-0.0280191;REVB=-0.00232883;RO=102;SAF=8;SAR=16;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239028;STB=0.649089;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.103348;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:102:105:24:24:0.186047:16:8:53:49:16:8:54:51 chr12 129298799 . T C 188.69 PASS AF=0.223881;AO=30;DP=134;FAO=30;FDP=134;FR=.;FRO=104;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0010137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2734;QD=5.63263;RBI=0.0421743;REFB=-0.0283098;REVB=-0.0421622;RO=103;SAF=9;SAR=21;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287793;STB=0.680729;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.074698;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:103:104:30:30:0.223881:21:9:54:49:21:9:55:49 chr12 129298819 . C T 766.34 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0801705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.323;QD=26.6552;RBI=0.0819186;REFB=-0.109418;REVB=0.0168332;RO=35;SAF=29;SAR=42;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419009;STB=0.5362;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0465151;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:44:71:71:0.617391:42:29:12:23:42:29:14:30 chr12 129329082 . T C 46.87 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0347914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.534;QD=10.4156;RBI=0.0394513;REFB=-0.0473512;REVB=-0.0186;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.028814;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr12 129348666 . C T 215.07 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0256201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.236;QD=21.5069;RBI=0.0368715;REFB=-0.0362907;REVB=-0.0265163;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0281519;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr12 129559557 . C T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0376078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.76;QD=19.9919;RBI=0.0378636;REFB=-0.00218334;REVB=-0.00439397;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268929;STB=0.652033;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00580447;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:9:14:7:15:9:14 chr12 129566340 . G A 1026.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7282;QD=59.4894;RBI=0.0536013;REFB=0;REVB=-0.0351321;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75043e-05;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr12 129566469 . C T 932.09 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222593;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5227;QD=58.2553;RBI=0.225955;REFB=0;REVB=0.0388363;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331896;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:55:64:1:41:14:0:0:43:21:0:0 chr12 130647709 . G C 2972.07 PASS AF=0.994764;AO=187;DP=189;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.08252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.5;QD=62.2422;RBI=0.0933302;REFB=-0.135093;REVB=0.0436003;RO=2;SAF=109;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865605;STB=0.502222;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000330476;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:189:191:2:1:187:190:0.994764:78:109:2:0:78:112:1:0 chr12 130649316 . CTTT CTTC,C 435.93 PASS AF=0.19697,0.80303;AO=9,14;DP=71;FAO=13,53;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=10,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238866,0.183175;FXX=0.0704126;HRUN=13,13;LEN=1,3;MLLD=168.477,9.78034;QD=26.4201;RBI=0.0166977,0.198431;REFB=-0.0676775,-0.018379;REVB=0.0165259,0.0763008;RO=3;SAF=2,5;SAR=7,9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236511,-0.103575;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0113275,0.0448859;OID=.,.;OPOS=130649319,130649317;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.19697,0.80303:9,14:71:13,53:66:0:3,32:10,21:0:0:80:3:2,5:7,9:2:1 chr12 130649543 . C G 988.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.004;QD=58.1272;RBI=0.0513593;REFB=0;REVB=0.02996;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794618;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:38:29:1:0:38:30:0:0 chr12 130650041 . G A 1421.54 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0123954;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.392;QD=54.1538;RBI=0.0204374;REFB=-0.0346642;REVB=0.0162493;RO=5;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236536;STB=0.512483;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000497984;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:5:5:100:100:0.952381:54:46:1:4:54:46:1:4 chr12 130847389 . A G 184.32 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.001921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.915;QD=10.0996;RBI=0.0180341;REFB=0.00082;REVB=-0.0179315;RO=49;SAF=7;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240671;STB=0.641777;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00125681;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:17:7:24:25:17:7:24:25 chr12 130884347 . A G 297.52 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0155118;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.25;QD=27.0468;RBI=0.0158586;REFB=-0.0206969;REVB=-0.00329862;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431465;STB=0.527007;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0162817;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:17:26:27:0.613636:13:13:9:7:13:14:10:7 chr12 130897150 . G T 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0119721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=346.392;QD=15.6167;RBI=0.0179134;REFB=-0.0021497;REVB=-0.0133251;RO=54;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184531;STB=0.603681;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00270871;OID=.;OPOS=130897150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:19:20:18:36:19:20:18:36 chr12 130912757 . C T 150.91 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0324696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0803;QD=12.5761;RBI=0.0367697;REFB=-0.00225199;REVB=-0.0172551;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115461;STB=0.567821;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00838444;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:15:16:7:10:15:16 chr12 130921471 . T C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0158903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.899;QD=13.9584;RBI=0.0195846;REFB=-0.0574274;REVB=-0.0114479;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.063358;OID=.;OPOS=130921471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr12 130941150 . G C 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0444248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.211;QD=10.6432;RBI=0.0451752;REFB=-0.00878857;REVB=-0.00819963;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297343;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196014;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:21:17:9:11:21:17 chr12 131275484 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.618;QD=59.8556;RBI=0.0136158;REFB=0;REVB=0.0117991;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39062e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr12 131276448 . G T 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.389;QD=63.4759;RBI=0.015468;REFB=0;REVB=0.0148134;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7064e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:64:30:0:0:64:30:0:0 chr12 131296908 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.454;QD=35.5686;RBI=0.0424238;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270386;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:0:7:0:0 chr12 131299974 . A G 741.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606394;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.032;QD=57.0612;RBI=0.0606488;REFB=0;REVB=0.00106385;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729932;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr12 131306314 . C G 1249.25 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062527;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5756;QD=61.6912;RBI=0.0709067;REFB=0;REVB=0.0334384;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762671;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr12 131466562 . T C 1157.58 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429995;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.588;QD=60.9253;RBI=0.0365118;REFB=0;REVB=0.0362577;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287263;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr12 131622735 . T C 598.67 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648907;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.857;QD=61.4016;RBI=0.00756032;REFB=0;REVB=-0.00387949;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01678e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr12 132195858 . TG T 73.58 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.223172;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8309;QD=10.5115;RBI=0.232485;REFB=-0.0894888;REVB=0.0651448;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.365854;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.549936;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=0.0906109;OID=.;OPOS=132195859;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:11:29:16:28:12:11:5:7:5:45:10:7:4:5:5 chr12 132237848 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.319;QD=55.6508;RBI=0.0240422;REFB=0;REVB=0.00999226;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016655;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr12 132271113 . T C 1472.44 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.711;QD=63.3306;RBI=0.0112751;REFB=0;REVB=0.00917379;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57222e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr12 132403161 . A G 773.7 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279808;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.304;QD=64.4752;RBI=0.0300349;REFB=0;REVB=0.0109166;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116287;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr12 132626668 . T C 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011717;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.912;QD=61.3546;RBI=0.0510329;REFB=0;REVB=0.0496696;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142983;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 132635521 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.602;QD=51.1846;RBI=0.063297;REFB=0;REVB=0.0631552;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016677;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 132688137 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00356256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.606;QD=17.5012;RBI=0.0696224;REFB=-0.0140844;REVB=-0.0695312;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658746;STB=0.537009;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0192103;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:16:12:13:13:16:12 chr12 132862976 . G A 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.204;QD=57.1735;RBI=0.0338087;REFB=0;REVB=0.0332654;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104092;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr12 133102403 . C T 723.29 PASS AF=0.565574;AO=67;DP=120;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0631539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0386;QD=23.7144;RBI=0.0661133;REFB=-0.0193987;REVB=0.019559;RO=52;SAF=31;SAR=36;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029929;STB=0.513548;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0136991;OID=.;OPOS=133102403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:52:53:67:69:0.565574:36:31:26:26:36:33:27:26 chr12 133127964 . G A 465.64 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00116508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.507;QD=22.1733;RBI=0.00761434;REFB=-0.0407039;REVB=0.00752468;RO=39;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256682;STB=0.51859;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0294889;OID=.;OPOS=133127964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:25:19:18:21:26:19:18:21 chr12 133128069 . G A 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0503925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.321;QD=28.0791;RBI=0.0504173;REFB=-0.0414943;REVB=-0.00158049;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17148;STB=0.59436;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0306406;OID=.;OPOS=133128069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:4:11:12:13:4:11 chr12 133151001 . G C 64.45 PASS AF=0.145455;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0236993;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.2632;QD=4.68703;RBI=0.1046;REFB=0.0157366;REVB=-0.10188;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120488;STB=0.538366;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.155484;OID=.;OPOS=133151001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:56:55:32:44:7:8:0.145455:2:5:20:12:4:4:20:24 chr12 133151004 . C G 41.87 PASS AF=0.103448;AO=6;DP=59;FAO=6;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0312055;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0598;QD=2.88738;RBI=0.0526666;REFB=-0.0281343;REVB=-0.0424262;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721244;STB=0.589436;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.165559;OID=.;OPOS=133151004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:59:58:46:49:6:6:0.103448:4:2:18:28:4:2:21:28 chr12 133158097 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0153184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.941;QD=14.9773;RBI=0.0155278;REFB=-0.00117507;REVB=-0.00254135;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0024019;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:3:7:7:3:3:8 chr12 133158650 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0993279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3743;QD=19.9279;RBI=0.156533;REFB=-0.00610728;REVB=0.120981;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.644916;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0154357;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:6:3:8:4:6:3 chr12 133219820 . A G 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00675197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.224;QD=24.8143;RBI=0.0529272;REFB=-0.0105231;REVB=-0.0524948;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410201;STB=0.522465;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00744252;OID=.;OPOS=133219820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:21:26:17:17:21:26:17:17 chr12 133306589 . C T 1150.33 PASS AF=1;AO=55;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159031;FXX=0.0666593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.748;QD=54.7777;RBI=0.0581399;REFB=0;REVB=0.0559226;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212066;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:84:0:0:55:84:1:16:39:0:0:33:51:0:0 chr12 133331537 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.498;QD=60.5472;RBI=0.0446563;REFB=0;REVB=-0.00943339;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39367e-05;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr12 133363376 . G T 910.3 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.453;QD=57.797;RBI=0.0483974;REFB=0;REVB=-0.00209156;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045533;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:35:24:0:0:36:27:0:0 chr12 133378440 . C T 592.79 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=123;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0270754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.811;QD=19.1222;RBI=0.0345702;REFB=0.0015231;REVB=0.0214948;RO=63;SAF=25;SAR=35;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100058;STB=0.558568;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000840198;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:63:63:60:61:0.491935:35:25:33:30:36:25:33:30 chr12 133411987 . G C 1838.95 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.499;QD=61.2984;RBI=0.0209019;REFB=0;REVB=-0.00886788;RO=0;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00127e-06;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:49:71:0:0:49:71:0:0 chr12 133417982 . T TAA 76.43 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0588981;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=36.8922;QD=8.49168;RBI=0.0666405;REFB=0.0109697;REVB=-0.0311766;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.59308;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=-0.0184381;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:12:36:13:36:23:7:6:9:14:76:22:7:5:9:13 chr12 133433173 . T C 682.19 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00748455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5229;QD=58.0589;RBI=0.00767177;REFB=-0.108171;REVB=-0.0016845;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0160318;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:18:27:1:0:18:27:2:0 chr12 133433240 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0437604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.331;QD=15.7844;RBI=0.0461091;REFB=0.00703964;REVB=0.0145284;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135697;STB=0.578829;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.010199;OID=.;OPOS=133433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:10:7:4:10:10:7 chr12 133587980 . C T 784.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.638;QD=57.0866;RBI=0.0352934;REFB=0;REVB=-0.032591;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06254e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr12 133634450 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.898;QD=50.4132;RBI=0.0340884;REFB=0;REVB=-0.0108796;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122478;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr12 133660718 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.769;QD=43.4862;RBI=0.0110351;REFB=0;REVB=-0.0091964;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2199e-06;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 133732636 . G A 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0494809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2519;QD=20.1524;RBI=0.0605049;REFB=0.0171444;REVB=0.0348207;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.59988;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0256433;OID=.;OPOS=133732636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:4:10:8:8:4:10 chr12 133780309 . G T 133.37 PASS AF=0.535714;AO=11;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0268279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.776;QD=19.0533;RBI=0.0501299;REFB=-0.0379046;REVB=0.042347;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275208;STB=0.52628;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0146399;OID=.;OPOS=133780309;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:12:13:11:15:0.535714:9:2:5:7:10:5:5:8 chr12 133781231 . GA G 385.95 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.3497;QD=45.4056;RBI=0.121144;REFB=0;REVB=0.0427719;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00596408;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:34:34:34:0:19:15:0:0:7:1:18:13:0:1 chr12 133781428 . A C 1372.27 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0394439;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.045;QD=60.3197;RBI=0.0403847;REFB=-0.148025;REVB=0.00866633;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503038;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000336404;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:91:0:2:89:89:0.978022:56:33:0:0:56:33:1:1 chr12 133781605 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.848;QD=56.957;RBI=0.0246908;REFB=0;REVB=0.00660516;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74072e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr12 133795885 . G A 2358.57 PASS AF=0.937143;AO=162;DP=176;FAO=164;FDP=175;FR=.;FRO=11;FSAF=62;FSAR=102;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0557933;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.838;QD=53.9102;RBI=0.0561718;REFB=-0.149229;REVB=0.0065104;RO=5;SAF=60;SAR=102;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380097;STB=0.528996;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0017434;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:176:175:5:11:162:164:0.937143:102:60:5:0:102:62:9:2 chr12 133795960 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.219;QD=60.0767;RBI=0.0183367;REFB=0;REVB=0.00756392;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55774e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:67:39:0:0:68:39:0:0 chr13 19600126 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.064;QD=57.6789;RBI=0.0189996;REFB=0;REVB=-0.00476863;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56786e-05;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr13 19600200 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.643;QD=52.6131;RBI=0.0310257;REFB=0;REVB=-0.0168209;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47971e-05;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr13 19600475 . C A 2296.05 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1506;QD=62.9055;RBI=0.0250998;REFB=-0.120768;REVB=0.0200251;RO=1;SAF=71;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665108;STB=0.503496;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000388131;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:74:71:1:0:74:71:1:0 chr13 19751544 . C T 527.04 PASS AF=0.5;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0199843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.788;QD=19.1649;RBI=0.0219895;REFB=-0.0308016;REVB=-0.00917414;RO=53;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065397;STB=0.545649;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0209022;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:55:55:55:0.5:24:31:26:27:24:31:26:29 chr13 19753585 . GT G,TG 1823.58 PASS AF=0.954802,0.0451977;AO=39,8;DP=165;FAO=169,8;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=90,0;FSAR=79,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.94374,0.122592;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=13.7435,151.15;QD=41.2108;RBI=1.00369,0.122887;REFB=0,0;REVB=0.341671,-0.00851395;RO=115;SAF=1,0;SAR=38,8;SRF=88;SRR=27;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.822205,-0.686971;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0205359,0.0519906;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:165:177:115:0:39,8:169,8:0.954802,0.0451977:38,8:1,0:88:27:79,8:90,0:0:0 chr13 19999130 . G A 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0488472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2275;QD=1.82117;RBI=0.0550079;REFB=-0.00168193;REVB=0.0252947;RO=62;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47566;STB=0.866455;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0162764;OID=.;OPOS=19999130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:1:6:27:35:1:6:27:35 chr13 20000630 . T C 482.43 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.502;QD=58.4762;RBI=0.0184253;REFB=0;REVB=0.00769667;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64844e-05;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr13 20006620 . C T 314.61 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.0211839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3877;QD=12.9735;RBI=0.0588983;REFB=-0.0182604;REVB=-0.0549569;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230994;STB=0.623699;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0219587;OID=.;OPOS=20006620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:19:17:16:44:19:17:17:44 chr13 20038584 . A G 923.42 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335739;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.784;QD=58.6297;RBI=0.0335743;REFB=0;REVB=0.000175666;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24906e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr13 20247226 . CGGT CG,CGT,CGTT 464.95 PASS AF=0.0263158,0.973684,0;AO=8,16,14;DP=42;FAO=1,37,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272984,-0.0291838,-0.298147;FXX=0.116252;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=13.6021,15.7914,11.01;QD=48.9418;RBI=0.278947,0.0692175,0.312003;REFB=0,0,0;REVB=-0.0573714,0.0627644,0.0919457;RO=0;SAF=1,7,11;SAR=7,9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0516235,0.00733867,-0.0376331;OID=.,.,.;OPOS=20247228,20247227,20247228;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=CG,CGT,CGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684,0:8,16,14:42:1,37,0:38:0:1,19,0:0,18,0:0:0:10:0:1,7,11:7,9,3:0:0 chr13 20277413 . T C 119.04 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0771836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.851;QD=9.33676;RBI=0.0775244;REFB=-0.0140893;REVB=-0.00726085;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231182;STB=0.63981;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0425426;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:19:17:10:5:19:17 chr13 20398669 . T C 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105017;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6584;QD=61.7011;RBI=0.111582;REFB=0;REVB=0.0377073;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219307;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr13 20398742 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.272;QD=60.2298;RBI=0.0287429;REFB=0;REVB=-0.0233198;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304559;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr13 20716411 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.000676271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.217;QD=16.7271;RBI=0.0223439;REFB=-0.0243828;REVB=0.0223337;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287212;STB=0.664136;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0162051;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:6:13:6:10:6:13 chr13 20716533 . G T 769.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9375;QD=56.9775;RBI=0.0717316;REFB=0;REVB=0.0479815;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr13 20763380 . T C 1318.73 PASS AF=0.714286;AO=105;DP=148;FAO=105;FDP=147;FR=.;FRO=42;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.035433;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5179;QD=35.8837;RBI=0.0450377;REFB=-0.0237193;REVB=0.027801;RO=43;SAF=65;SAR=40;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736253;STB=0.535442;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00904114;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:43:42:105:105:0.714286:40:65:21:22:40:65:21:21 chr13 20763612 . C T 250.29 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00731701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.409;QD=9.0195;RBI=0.00876979;REFB=0.000999892;REVB=-0.00483431;RO=76;SAF=13;SAR=21;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635325;STB=0.533387;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00238713;OID=.;OPOS=20763612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:77:34:34:0.306306:21:13:33:43:21:13:33:44 chr13 20763642 . C T 936.67 PASS AF=0.645669;AO=81;DP=126;FAO=82;FDP=127;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00588152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.461;QD=29.5015;RBI=0.00618604;REFB=-0.0146434;REVB=0.00191697;RO=43;SAF=34;SAR=47;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145378;STB=0.502766;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00558746;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:43:45:81:82:0.645669:47:34:19:24:48:34:19:26 chr13 21157165 . GAAAAAAAT GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAA 204.64 PASS AF=0,0.857143,0.142857;AO=6,12,5;DP=43;FAO=0,30,5;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,4;FSAR=0,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547289,0.207809,0.0658531;FXX=0.166627;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,3;MLLD=10.1273,8.99974,17.261;QD=23.3877;RBI=0.0817764,0.23506,0.0658655;REFB=0.0634163,-0.0247233,0.0228587;REVB=-0.0607629,0.109857,-0.00127998;RO=9;SAF=5,10,3;SAR=1,2,2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.228861,0.189337,-0.0717807;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.107936,0.0132217,0.0990117;OID=.,.,.;OPOS=21157172,21157166,21157171;OREF=AT,A,AAT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.857143,0.142857:6,12,5:43:0,30,5:35:0:0,22,4:0,8,1:0:0:12:9:5,10,3:1,2,2:6:3 chr13 21205192 . G A 1478.82 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.853;QD=62.9285;RBI=0.0368624;REFB=0;REVB=0.0292315;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154588;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:41:51:0:0:41:53:0:0 chr13 21356650 . T A 2785.21 PASS AF=0.637566;AO=241;DP=378;FAO=241;FDP=378;FR=.;FRO=137;FSAF=122;FSAR=119;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.00588125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.964;QD=29.4731;RBI=0.027702;REFB=-0.0149897;REVB=-0.0270705;RO=137;SAF=122;SAR=119;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666003;STB=0.503578;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00724421;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:137:137:241:241:0.637566:119:122:68:69:119:122:68:69 chr13 21358061 . A G 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0102595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8509;QD=18.7064;RBI=0.0169602;REFB=-0.000913105;REVB=-0.0135052;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237684;STB=0.513498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00129043;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:9:10:9:9:9:10 chr13 21562832 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.457;QD=56.1916;RBI=0.027024;REFB=0;REVB=0.026661;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149188;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr13 21620085 . T C 1881.09 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.519;QD=60.6804;RBI=0.0208987;REFB=-0.153688;REVB=0.0183335;RO=1;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826211;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0001565;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:57:66:0:1:57:66:0:1 chr13 21714920 . G A 1100.23 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00029947;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.43;QD=56.4221;RBI=0.0288592;REFB=-0.104866;REVB=0.0288577;RO=2;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350017;STB=0.527265;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000439521;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:78:2:3:74:75:0.961538:26:48:0:2:26:49:0:3 chr13 21720956 . C T 1194.0 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0729313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4069;QD=59.7;RBI=0.0905574;REFB=0.081953;REVB=-0.0536812;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00233696;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:0:1:35:44:0:1 chr13 21732094 . C T 1250.11 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000152468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.843;QD=60.2461;RBI=0.00195217;REFB=-0.155925;REVB=-0.0019462;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00033399;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:38:44:0:0:38:44:0:1 chr13 21751528 . A AC,C 959.85 PASS AF=0.971154,0;AO=80,4;DP=108;FAO=101,0;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=46,0;FSAR=55,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.165794,-0.0812826;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=13.1176,9.18079;QD=36.9173;RBI=0.259677,0.107712;REFB=0.0450702,0.0153196;REVB=0.199861,0.0706752;RO=19;SAF=37,3;SAR=43,1;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111399,0.615875;STB=0.503552,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0138923,0;OID=.,.;OPOS=21751529,21751528;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:108:104:19:3:80,4:101,0:0.971154,0:43,1:37,3:3:16:55,0:46,0:1:2 chr13 21752154 . G A 757.59 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616066;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.194;QD=57.1763;RBI=0.00707403;REFB=0;REVB=-0.00347681;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94786e-06;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr13 22275394 . A G 1788.29 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.02;QD=60.1107;RBI=0.0392835;REFB=-0.0690468;REVB=0.036789;RO=1;SAF=46;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102129;STB=0.505375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000245435;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:72:46:1:0:72:46:1:0 chr13 22275583 . G A 1767.44 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.48;QD=60.9463;RBI=0.0144672;REFB=0;REVB=-0.0119157;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11852e-06;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:62:53:0:0:63:53:0:0 chr13 23251016 . CT C 446.39 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.5909;QD=46.9881;RBI=0.0650332;REFB=0;REVB=0.020967;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00143119;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:38:38:0:17:21:0:0:8:0:16:20:0:0 chr13 23253313 . T C 1391.36 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.321;QD=61.8381;RBI=0.102196;REFB=0;REVB=0.0999739;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182719;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:41:47:0:0:43:47:0:0 chr13 23824783 . T G 2752.35 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.117;QD=62.5534;RBI=0.0344375;REFB=0;REVB=0.0334947;RO=0;SAF=79;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3287e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:174:176:1:95:79:0:0:97:79:0:0 chr13 23898509 . T C 1164.09 PASS AF=0.690647;AO=96;DP=139;FAO=96;FDP=139;FR=.;FRO=43;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00454799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.503;QD=33.4989;RBI=0.0253764;REFB=-0.0296571;REVB=0.0249655;RO=43;SAF=51;SAR=45;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914765;STB=0.549115;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0102229;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:43:43:96:96:0.690647:45:51:16:27:45:51:16:27 chr13 23898664 . A G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.685;QD=57.6364;RBI=0.0413519;REFB=0.189672;REVB=-0.0220943;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000813373;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr13 23905711 . A G 370.56 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0280333;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7005;QD=35.2917;RBI=0.0310449;REFB=-0.00193163;REVB=0.0133386;RO=12;SAF=15;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874365;STB=0.547588;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00094818;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:12:12:30:30:0.714286:15:15:4:8:15:15:4:8 chr13 23906983 . G C 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0248935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.945;QD=14.6647;RBI=0.0253363;REFB=-0.00470343;REVB=0.00471599;RO=64;SAF=16;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186108;STB=0.609708;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00512818;OID=.;OPOS=23906983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:65:47:47:0.419643:31:16:33:31:31:16:34:31 chr13 23907677 . C T 1822.19 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.309;QD=61.25;RBI=0.0383526;REFB=0;REVB=-0.0382206;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05919e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:56:63:0:0:56:63:0:0 chr13 23907909 . A G 699.93 PASS AF=0.631579;AO=60;DP=95;FAO=60;FDP=95;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00927337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.5;QD=29.4708;RBI=0.0125426;REFB=-0.010881;REVB=0.00844522;RO=34;SAF=25;SAR=35;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957743;STB=0.557503;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00752599;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:35:60:60:0.631579:35:25:19:15:35:25:20:15 chr13 23909162 . A G 417.76 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0105729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.667;QD=37.1344;RBI=0.0123452;REFB=-0.0152297;REVB=0.00637318;RO=12;SAF=7;SAR=26;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101118;STB=0.554573;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00638732;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:12:12:33:33:0.733333:26:7:1:11:26:7:1:11 chr13 23911820 . A G 300.29 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00853596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7935;QD=24.5136;RBI=0.0239984;REFB=0.0215316;REVB=0.022429;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882175;STB=0.548984;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0166802;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:9:13:13:14:9:13 chr13 23929095 . T C 214.28 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0371688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8134;QD=12.7926;RBI=0.082161;REFB=-0.0068472;REVB=0.0732728;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157022;STB=0.590348;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00828582;OID=.;OPOS=23929095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:21:20:9:17:21:20 chr13 23930055 . A T 460.93 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0134441;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.698;QD=12.9839;RBI=0.0255929;REFB=-0.00995963;REVB=0.0217773;RO=72;SAF=23;SAR=30;SRF=53;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.607056;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0192399;OID=.;OPOS=23930055;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:72:89:53:53:0.373239:30:23:53:19:30:23:54:35 chr13 23985391 . T C 2339.4 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.821;QD=59.6024;RBI=0.0509592;REFB=0;REVB=0.0085552;RO=1;SAF=79;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.592e-05;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:157:1:0:148:157:1:69:79:1:0:71:86:0:0 chr13 24167505 . T A 375.13 PASS AF=0.317568;AO=45;DP=147;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.0017044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.298;QD=10.1386;RBI=0.0231191;REFB=-0.0117286;REVB=-0.0230562;RO=101;SAF=31;SAR=14;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282225;STB=0.64107;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0227371;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:101:101:45:47:0.317568:14:31:46:55:16:31:46:55 chr13 24234517 . A G 1606.86 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1337;QD=60.0695;RBI=0.0159208;REFB=0;REVB=-0.00947378;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22391e-05;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr13 24243081 . T C 596.26 PASS AF=0.358209;AO=71;DP=200;FAO=72;FDP=201;FR=.;FRO=129;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.00952946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.843;QD=11.8658;RBI=0.0216024;REFB=-0.0156376;REVB=-0.0193869;RO=128;SAF=41;SAR=30;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148965;STB=0.581578;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0265169;OID=.;OPOS=24243081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:128:129:71:72:0.358209:30:41:57:71:31:41:57:72 chr13 24243200 . T C 854.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229431;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.788;QD=57.9081;RBI=0.0252021;REFB=0;REVB=0.0104289;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3851e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr13 24411772 . T C 1951.81 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.097;QD=61.9623;RBI=0.035486;REFB=0;REVB=0.0348773;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54418e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:122:126:1:64:58:0:0:68:58:0:0 chr13 24465743 . A G 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.537;QD=60.069;RBI=0.0205625;REFB=-0.120354;REVB=0.00725161;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000537103;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:46:35:0:0:46:35:0:1 chr13 24468711 . G C 566.17 PASS AF=0.262658;AO=83;DP=316;FAO=83;FDP=316;FR=.;FRO=233;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=119;FSRR=114;FWDB=0.000977521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.233;QD=7.16668;RBI=0.0332294;REFB=-0.00466781;REVB=-0.033215;RO=231;SAF=35;SAR=48;SRF=118;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111355;STB=0.5659;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0163758;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:231:233:83:83:0.262658:48:35:118:113:48:35:119:114 chr13 24468763 . T C 268.26 PASS AF=0.190283;AO=43;DP=246;FAO=47;FDP=247;FR=.;FRO=200;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=95;FSRR=105;FWDB=-0.00220287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.587;QD=4.34424;RBI=0.00419773;REFB=-0.00371638;REVB=0.00357327;RO=197;SAF=19;SAR=24;SRF=94;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458046;STB=0.540453;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0127356;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:197:200:43:47:0.190283:24:19:94:103:27:20:95:105 chr13 24797689 . G A 193.95 PASS AF=0.173709;AO=37;DP=212;FAO=37;FDP=213;FR=.;FRO=176;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.00416834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.563;QD=3.64219;RBI=0.00641336;REFB=-0.00342758;REVB=0.00487403;RO=175;SAF=15;SAR=22;SRF=92;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154649;STB=0.601312;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0192753;OID=.;OPOS=24797689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:175:176:37:37:0.173709:22:15:92:83:22:15:93:83 chr13 24797913 . C T 265.15 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0258472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.943;QD=27.1947;RBI=0.0285554;REFB=-0.0253994;REVB=0.0121379;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122609;STB=0.554326;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0222008;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:11:13:5:9:11:13:6:9 chr13 24798120 . T C 30.54 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6714;QD=11.1038;RBI=0.0626768;REFB=-0.0511607;REVB=-0.0626768;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0502488;OID=.;OPOS=24798120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr13 24876752 . T C 179.71 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.016484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.999;QD=15.6265;RBI=0.0187511;REFB=-0.0192897;REVB=-0.00893762;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771737;STB=0.559429;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0311898;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:10:16:13:6:11:16 chr13 24890157 . C T 1541.81 PASS AF=0.661538;AO=128;DP=194;FAO=129;FDP=195;FR=.;FRO=66;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0217167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.132;QD=31.6268;RBI=0.0234351;REFB=-0.0166789;REVB=-0.00880852;RO=66;SAF=74;SAR=54;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107618;STB=0.558751;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00742974;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:66:66:128:129:0.661538:54:74:27:39:54:75:27:39 chr13 24890228 . A C 1522.64 PASS AF=0.621005;AO=136;DP=219;FAO=136;FDP=219;FR=.;FRO=83;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0138419;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.503;QD=27.8107;RBI=0.0174833;REFB=-0.00396726;REVB=-0.0106803;RO=82;SAF=77;SAR=59;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466396;STB=0.527644;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00321932;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:82:83:136:136:0.621005:59:77:41:41:59:77:41:42 chr13 24895437 . G A 346.03 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901453;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.23;QD=55.3647;RBI=0.0334829;REFB=0;REVB=0.0322465;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273743;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr13 24895684 . A G 1527.98 PASS AF=0.923077;AO=108;DP=117;FAO=108;FDP=117;FR=.;FRO=9;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0299429;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0958;QD=52.2387;RBI=0.0307469;REFB=-0.0566228;REVB=-0.00698527;RO=9;SAF=55;SAR=53;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943723;STB=0.504986;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00701076;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:117:117:9:9:108:108:0.923077:53:55:4:5:53:55:4:5 chr13 25008588 . A G 1719.27 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174732;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.39;QD=60.8593;RBI=0.0182794;REFB=0;REVB=-0.00536898;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121326;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr13 25008630 . A G 2091.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.103;QD=62.4377;RBI=0.0332064;REFB=0;REVB=0.0331252;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56256e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:65:68:0:0:66:68:0:0 chr13 25008903 . G T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.657;QD=57.199;RBI=0.0431098;REFB=0;REVB=0.031577;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322671;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr13 25009099 . A C 1536.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.17;QD=58.5356;RBI=0.0461067;REFB=-0.0914934;REVB=-0.0428264;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.506172;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00053547;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:1:0:64:40:1:0 chr13 25020863 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.324;QD=60.3764;RBI=0.0203224;REFB=0;REVB=0.00550211;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42979e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr13 25021154 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5522;QD=44.0922;RBI=0.0366816;REFB=0.03122;REVB=-0.00279781;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00313062;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:1:0:5:12:1:0 chr13 25021200 . A C 310.43 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312163;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.82;QD=53.9876;RBI=0.0323083;REFB=0;REVB=-0.00832861;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2067e-05;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr13 25021211 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000805546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.61;QD=55.0949;RBI=0.0236802;REFB=0;REVB=0.0236665;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122881;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr13 25021245 . A G 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341526;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4019;QD=56.2284;RBI=0.068789;REFB=0;REVB=-0.059712;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419319;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr13 25027744 . A G 2085.65 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111067;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.871;QD=62.7264;RBI=0.0151718;REFB=0;REVB=-0.0103356;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26375e-06;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr13 25029218 . C T 375.43 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0375955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2545;QD=12.6194;RBI=0.0733644;REFB=-0.00406395;REVB=-0.0629993;RO=73;SAF=26;SAR=19;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151336;STB=0.581836;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00856549;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:74:45:45:0.378151:19:26:32:41:19:26:33:41 chr13 25029295 . C T 420.63 PASS AF=0.545455;AO=40;DP=75;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0387631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7901;QD=21.851;RBI=0.0399653;REFB=-0.00490367;REVB=-0.00972887;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740821;STB=0.537616;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00496653;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:35:35:40:42:0.545455:24:16:17:18:25:17:17:18 chr13 25049676 . G A 1117.37 PASS AF=0.650685;AO=93;DP=144;FAO=95;FDP=146;FR=.;FRO=51;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0518801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1831;QD=30.613;RBI=0.0705096;REFB=-0.00538698;REVB=0.04775;RO=51;SAF=55;SAR=38;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156889;STB=0.586758;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00314933;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:51:51:93:95:0.650685:38:55:18:33:38:57:18:33 chr13 25052261 . C T 1665.63 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279905;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.783;QD=60.5684;RBI=0.0467363;REFB=0;REVB=-0.0374275;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13234e-05;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:49:61:0:0:49:61:0:0 chr13 25075859 . C T 1769.98 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.079;QD=59.9992;RBI=0.0368774;REFB=-0.0879972;REVB=0.0178919;RO=1;SAF=46;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102123;STB=0.505375;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000137713;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:71:46:1:0:71:46:1:0 chr13 25265103 . A G 158.23 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0267072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.492;QD=6.52512;RBI=0.0289988;REFB=-0.00934082;REVB=0.0112986;RO=74;SAF=11;SAR=12;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144458;STB=0.58816;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0300646;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:74:74:23:23:0.237113:12:11:44:30:12:11:44:30 chr13 25265139 . T C 224.81 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0347646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3016;QD=7.88802;RBI=0.0745375;REFB=0.000622779;REVB=-0.0659338;RO=82;SAF=18;SAR=14;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187563;STB=0.501113;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00271401;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:14:18:46:36:14:18:46:36 chr13 25272870 . C T 759.65 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0345656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6943;QD=23.5552;RBI=0.0367547;REFB=0.0189093;REVB=-0.0124952;RO=57;SAF=40;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381204;STB=0.520828;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0148137;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:72:72:0.55814:32:40:29:28:32:40:29:28 chr13 25277795 . A G 554.96 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0184173;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.536;QD=35.8039;RBI=0.0309175;REFB=-0.0300182;REVB=0.0248334;RO=15;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795779;STB=0.542819;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0105154;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:24:23:10:5:24:23:10:5 chr13 25356053 . T C 164.59 PASS AF=0.236364;AO=25;DP=109;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0190346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2618;QD=5.98495;RBI=0.0412569;REFB=0.000653945;REVB=0.0366035;RO=81;SAF=13;SAR=12;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633845;STB=0.527252;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00179907;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:81:84:25:26:0.236364:12:13:38:43:13:13:39:45 chr13 25367301 . C T 159.1 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0581138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5297;QD=8.37374;RBI=0.0715055;REFB=-0.0100897;REVB=-0.0416633;RO=53;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087392;STB=0.545413;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0296139;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:10:12:25:28:10:12:26:28 chr13 25419176 . A G 1004.91 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00797979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8854;QD=53.5953;RBI=0.0167309;REFB=-0.0778112;REVB=-0.0147053;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.522216;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0118854;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:75:2:4:69:71:0.946667:42:27:0:2:43:28:0:4 chr13 25460428 . A G 917.72 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281779;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.161;QD=56.4749;RBI=0.028374;REFB=-0.0240239;REVB=0.00333003;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72969e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:65:0:0:59:65:1:25:34:0:0:31:34:0:0 chr13 25466955 . T C 429.27 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00391539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.575;QD=13.1076;RBI=0.0221289;REFB=-0.0147356;REVB=-0.0217798;RO=81;SAF=35;SAR=15;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299201;STB=0.67026;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0247296;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:81:50:50:0.381679:15:35:35:46:15:35:35:46 chr13 25517089 . TC T 70.91 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.160468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.937;QD=7.27325;RBI=0.170203;REFB=0.0559477;REVB=-0.0567386;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116255;STB=0.558739;STBP=0.581;TYPE=del;VARB=-0.0930012;OID=.;OPOS=25517090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:12:38:14:39:25:6:8:13:12:70:25:5:7:13:12 chr13 25525544 . T C 974.84 PASS AF=0.494845;AO=96;DP=194;FAO=96;FDP=194;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00225371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.176;QD=20.0997;RBI=0.0104923;REFB=-0.00290054;REVB=-0.0102474;RO=95;SAF=45;SAR=51;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627957;STB=0.530838;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00346619;OID=.;OPOS=25525544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:95:98:96:96:0.494845:51:45:38:57:51:45:40:58 chr13 25671200 . C T 42.33 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.00558321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.518;QD=1.28287;RBI=0.0238094;REFB=0.000436707;REVB=-0.0231455;RO=120;SAF=9;SAR=3;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302589;STB=0.738059;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00355839;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:120:120:12:12:0.0909091:3:9:59:61:3:9:59:61 chr13 25671206 . A G 55.43 PASS AF=0.0980392;AO=15;DP=153;FAO=15;FDP=153;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.00556466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.908;QD=1.44916;RBI=0.00589501;REFB=-0.00076243;REVB=0.00194567;RO=137;SAF=10;SAR=5;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220015;STB=0.66934;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0049769;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:153:153:137:138:15:15:0.0980392:5:10:66:71:5:10:66:72 chr13 25671210 . C T 59.63 PASS AF=0.100629;AO=16;DP=158;FAO=16;FDP=159;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0108471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.886;QD=1.5002;RBI=0.0326203;REFB=0.000709159;REVB=-0.0307641;RO=142;SAF=11;SAR=5;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265268;STB=0.695308;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00373695;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:158:159:142:143:16:16:0.100629:5:11:66:76:5:11:67:76 chr13 25671214 . T G 55.58 PASS AF=0.0946746;AO=16;DP=170;FAO=16;FDP=169;FR=.;FRO=153;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=0.00258886;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1288;QD=1.31554;RBI=0.0406697;REFB=0.0021458;REVB=-0.0405872;RO=154;SAF=11;SAR=5;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279117;STB=0.714541;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0203569;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:170:169:154:153:16:16:0.0946746:5:11:69:85:5:11:68:85 chr13 25671271 . A G 320.11 PASS AF=0.185535;AO=59;DP=318;FAO=59;FDP=318;FR=.;FRO=259;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=115;FSRR=144;FWDB=0.000957053;FXX=0.0031347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.412;QD=4.02657;RBI=0.0184557;REFB=-0.00672062;REVB=-0.0184309;RO=259;SAF=35;SAR=24;SRF=115;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191578;STB=0.620213;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0339023;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:259:259:59:59:0.185535:24:35:115:144:24:35:115:144 chr13 25671274 . C T 364.51 PASS AF=0.198142;AO=58;DP=318;FAO=64;FDP=323;FR=.;FRO=259;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=112;FSRR=147;FWDB=0.00308374;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.242;QD=4.514;RBI=0.00840109;REFB=-0.000265833;REVB=-0.00781466;RO=254;SAF=35;SAR=23;SRF=110;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218092;STB=0.664455;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00168146;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:323:254:259:58:64:0.198142:23:35:110:144:23:41:112:147 chr13 25671292 . C T 411.6 PASS AF=0.19943;AO=71;DP=351;FAO=70;FDP=351;FR=.;FRO=281;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=126;FSRR=155;FWDB=-0.0145835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0415;QD=4.69058;RBI=0.0794343;REFB=-0.00780623;REVB=-0.0780841;RO=277;SAF=41;SAR=30;SRF=125;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161891;STB=0.608995;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0393705;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:277:281:71:70:0.19943:30:41:125:152:29:41:126:155 chr13 25671310 . TTATGA T 200.39 PASS AF=0.196023;AO=68;DP=355;FAO=69;FDP=352;FR=.;FRO=283;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=127;FSRR=156;FWDB=-0.00727937;FXX=0.00564956;HRUN=2;LEN=5;MLLD=338.179;QD=2.27713;RBI=0.0113989;REFB=-0.00685636;REVB=-0.00877192;RO=276;SAF=41;SAR=27;SRF=128;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179297;STB=0.615904;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.025984;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196023:68:355:69:352:283:41:28:127:156:99:276:41:27:128:148 chr13 25671320 . A G 58.78 PASS AF=0.0702703;AO=26;DP=371;FAO=26;FDP=370;FR=.;FRO=344;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=160;FSRR=184;FWDB=-0.0396351;FXX=0.00269535;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1283;QD=0.635489;RBI=0.0881661;REFB=-0.00609836;REVB=-0.0787548;RO=341;SAF=17;SAR=9;SRF=159;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206901;STB=0.673032;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0946585;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:371:370:341:344:26:26:0.0702703:9:17:159:182:9:17:160:184 chr13 25671332 . CA C 155.14 PASS AF=0.180851;AO=67;DP=380;FAO=68;FDP=376;FR=.;FRO=308;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=138;FSRR=170;FWDB=0.0308615;FXX=0.010526;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.7363;QD=1.65044;RBI=0.0371455;REFB=0.013256;REVB=-0.0206726;RO=300;SAF=39;SAR=28;SRF=134;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174359;STB=0.61373;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=-0.0459156;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180851:67:380:68:376:308:40:28:138:170:99:300:39:28:134:166 chr13 25671369 . G T 336.53 PASS AF=0.167939;AO=66;DP=393;FAO=66;FDP=393;FR=.;FRO=327;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=149;FSRR=178;FWDB=-0.0174386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.892;QD=3.42528;RBI=0.0258184;REFB=-0.00391583;REVB=-0.019039;RO=323;SAF=39;SAR=27;SRF=147;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175123;STB=0.611626;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.015805;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:323:327:66:66:0.167939:27:39:147:176:27:39:149:178 chr13 25671398 . C T 213.4 PASS AF=0.135501;AO=50;DP=367;FAO=50;FDP=369;FR=.;FRO=319;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=147;FSRR=172;FWDB=-0.00941533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.592;QD=2.31327;RBI=0.00948723;REFB=-0.0031873;REVB=0.00116586;RO=314;SAF=27;SAR=23;SRF=147;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918056;STB=0.568118;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0220586;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:369:314:319:50:50:0.135501:23:27:147:167:23:27:147:172 chr13 25671429 . G T 84.35 PASS AF=0.0894569;AO=28;DP=315;FAO=28;FDP=313;FR=.;FRO=285;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=143;FSRR=142;FWDB=-0.00691621;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.53;QD=1.07801;RBI=0.0261197;REFB=-0.000687551;REVB=-0.0251874;RO=284;SAF=16;SAR=12;SRF=143;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080649;STB=0.563541;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00743565;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:315:313:284:285:28:28:0.0894569:12:16:143:141:12:16:143:142 chr13 25745843 . C T 90.11 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0178437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1064;QD=7.83578;RBI=0.126002;REFB=-0.000506069;REVB=0.124732;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039661;STB=0.539615;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00855959;OID=.;OPOS=25745843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:4:8:21:12:4:8:21:13 chr13 25802676 . A G 313.6 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0138599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.016;QD=18.1796;RBI=0.0203251;REFB=-0.0204205;REVB=0.0148665;RO=35;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26149;STB=0.634954;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0249504;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:35:35:32:34:0.492754:23:9:19:16:24:10:19:16 chr13 25822372 . T C 104.16 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00229186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.266;QD=6.31282;RBI=0.0023671;REFB=-0.000926084;REVB=0.000592055;RO=50;SAF=4;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423327;STB=0.760873;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00239132;OID=.;OPOS=25822372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:12:4:30:20:12:4:30:20 chr13 25823441 . C T 394.46 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0159147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.818;QD=13.8407;RBI=0.0589516;REFB=-0.0119941;REVB=-0.0567628;RO=68;SAF=19;SAR=27;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243355;STB=0.637021;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0222974;OID=.;OPOS=25823441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:27:19:44:24:27:19:44:24 chr13 25823451 . A G 398.38 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0224636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.362;QD=13.0617;RBI=0.026509;REFB=-0.0116005;REVB=0.0140753;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178898;STB=0.601269;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0184534;OID=.;OPOS=25823451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:75:47:47:0.385246:26:21:46:29:26:21:46:29 chr13 25825889 . T C 1210.8 PASS AF=0.644578;AO=106;DP=166;FAO=107;FDP=166;FR=.;FRO=59;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0452739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7214;QD=29.1759;RBI=0.0455763;REFB=0.0195251;REVB=-0.005241;RO=59;SAF=48;SAR=58;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145269;STB=0.505947;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00595853;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:59:59:106:107:0.644578:58:48:28:31:58:49:28:31 chr13 25832831 . CTAAAAT C 163.46 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00220955;FXX=0.108672;HRUN=1;LEN=6;MLLD=276.345;QD=15.9469;RBI=0.0235606;REFB=-0.00322706;REVB=0.0234567;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891363;STB=0.589178;STBP=0.372;TYPE=del;VARB=0.00384824;OID=.;OPOS=25832832;OREF=TAAAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:16:46:17:41:24:11:6:12:12:99:24:10:6:13:11 chr13 25876011 . G A 404.69 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.016295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.827;QD=12.5486;RBI=0.0165867;REFB=-0.0117091;REVB=-0.00309733;RO=80;SAF=11;SAR=37;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182024;STB=0.601825;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0166936;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:80:81:48:48:0.372093:37:11:29:51:37:11:29:52 chr13 26273385 . G C 1556.13 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00293341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0784;QD=58.7218;RBI=0.0141266;REFB=-0.0477311;REVB=-0.0138186;RO=1;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998939;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000454139;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:47:57:0:1:48:57:0:1 chr13 26518714 . A T 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00358509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.831;QD=5.21353;RBI=0.0166361;REFB=0.00215803;REVB=0.0162453;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242176;STB=0.675589;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.006626;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:30:31:8:8:0.205128:6:2:13:17:6:2:14:17 chr13 26518724 . A G 42.29 PASS AF=0.175;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0228811;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.873;QD=4.22918;RBI=0.0236645;REFB=-0.00176899;REVB=-0.00603868;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214285;STB=0.648411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00474527;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:33:33:7:7:0.175:5:2:15:18:5:2:15:18 chr13 26518853 . G T 63.01 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0316264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.612;QD=8.40183;RBI=0.0326683;REFB=-0.00451539;REVB=0.00818454;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726634;STB=0.536502;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00959826;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:8:9:0.3:3:5:13:8:3:6:13:8 chr13 26620777 . G A 233.56 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=113;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0157084;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.307;QD=8.41659;RBI=0.019479;REFB=-0.00380091;REVB=-0.0115186;RO=78;SAF=17;SAR=15;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221655;STB=0.501638;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0120336;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:78:78:32:33:0.297297:15:17:40:38:16:17:40:38 chr13 26620924 . G A 372.57 PASS AF=0.356589;AO=44;DP=127;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00361354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.397;QD=11.5526;RBI=0.033485;REFB=-0.0253965;REVB=0.0332894;RO=83;SAF=20;SAR=24;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586387;STB=0.517861;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0301679;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:83:83:44:46:0.356589:24:20:42:41:24:22:42:41 chr13 26620978 . G T 285.28 PASS AF=0.306452;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0857025;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.217;QD=9.20251;RBI=0.0879938;REFB=-0.00650185;REVB=0.0199494;RO=86;SAF=16;SAR=21;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310887;STB=0.510038;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0145187;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:86:37:38:0.306452:21:16:35:51:22:16:35:51 chr13 26788114 . A G 531.22 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0201276;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2404;QD=15.0701;RBI=0.0365573;REFB=-0.0124377;REVB=0.0305175;RO=82;SAF=33;SAR=25;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213713;STB=0.508826;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0211695;OID=.;OPOS=26788114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:82:83:58:58:0.411348:25:33:45:37:25:33:46:37 chr13 27254217 . G GA 31.13 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=75;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0108114;FXX=0.0270234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.7627;QD=1.72953;RBI=0.0384826;REFB=-0.00677585;REVB=-0.0369327;RO=57;SAF=2;SAR=15;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436789;STB=0.700836;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=0.076845;OID=.;OPOS=27254218;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:17:75:12:72:60:2:10:21:39:31:57:2:15:22:35 chr13 28009031 . G C 367.86 PASS AF=0.301205;AO=48;DP=164;FAO=50;FDP=166;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=0.00488485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.399;QD=8.86401;RBI=0.00743279;REFB=-0.000423144;REVB=0.00560219;RO=115;SAF=23;SAR=25;SRF=70;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155702;STB=0.572261;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00142056;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:115:116:48:50:0.301205:25:23:70:45:25:25:70:46 chr13 28009920 . G C 1515.87 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193114;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.31;QD=63.8263;RBI=0.0193849;REFB=0;REVB=0.00168693;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204874;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:35:60:0:0:35:60:0:0 chr13 28143229 . A G 495.15 PASS AF=0.564706;AO=46;DP=82;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0381996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4943;QD=23.301;RBI=0.0648453;REFB=-0.0166925;REVB=-0.0523995;RO=36;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706507;STB=0.521536;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0144834;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:36:37:46:48:0.564706:19:27:18:18:21:27:19:18 chr13 28239940 . G C 77.72 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0524947;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.061;QD=5.55128;RBI=0.0587391;REFB=-0.0045598;REVB=0.0263551;RO=45;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182025;STB=0.606194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0449273;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:56:45:44:12:12:0.214286:9:3:17:28:9:3:16:28 chr13 28239970 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000885682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.447;QD=7.406;RBI=0.0301538;REFB=-0.00179304;REVB=-0.0301408;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438662;STB=0.502699;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.005777;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:8:6:17:23:8:6:17:23 chr13 28537242 . A C 146.3 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00292401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2636;QD=7.60015;RBI=0.0890262;REFB=-0.00929732;REVB=-0.0889782;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854989;STB=0.526291;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0274525;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:56:21:21:0.272727:9:12:26:26:9:12:30:26 chr13 28537317 . G A 75.68 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0128646;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.308;QD=4.38744;RBI=0.0306181;REFB=-0.0173885;REVB=0.0277844;RO=54;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244894;STB=0.660298;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.047513;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:69:54:56:13:13:0.188406:4:9:27:27:4:9:28:28 chr13 28562605 . T G 405.64 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0221729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.608;QD=12.6763;RBI=0.02845;REFB=-0.0104286;REVB=-0.0178261;RO=79;SAF=17;SAR=31;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23715;STB=0.638595;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.019973;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:80:48:48:0.375:31:17:45:34:31:17:46:34 chr13 28608459 . T C 144.59 PASS AF=0.256098;AO=20;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0456048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1101;QD=7.053;RBI=0.0614573;REFB=0.00878586;REVB=0.0411971;RO=61;SAF=5;SAR=15;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416323;STB=0.761655;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0284188;OID=.;OPOS=28608459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:61:20:21:0.256098:15:5:36:25:16:5:36:25 chr13 28610183 . A G 521.11 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0187926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.328;QD=26.0554;RBI=0.0194522;REFB=-0.00396296;REVB=-0.00502265;RO=31;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018455;STB=0.504191;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00291436;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:32:48:48:0.6:26:22:15:16:26:22:15:17 chr13 28624294 . G A 1016.56 PASS AF=0.605442;AO=88;DP=146;FAO=89;FDP=147;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0602627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.607;QD=27.6614;RBI=0.0606433;REFB=-0.00405005;REVB=-0.00678319;RO=58;SAF=38;SAR=50;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882974;STB=0.54497;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00199354;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:58:58:88:89:0.605442:50:38:32:26:50:39:32:26 chr13 28636084 . G A 1896.37 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.13;QD=61.6705;RBI=0.0309247;REFB=0;REVB=0.0142712;RO=0;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08127e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:76:47:0:0:76:47:0:0 chr13 28835527 . T TC 3059.66 PASS AF=1;AO=192;DP=207;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242343;FXX=0.0242707;HRUN=0;LEN=1;MLLD=286.253;QD=60.8888;RBI=0.0268279;REFB=0.0293147;REVB=-0.011508;RO=5;SAF=95;SAR=97;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.364e-05;OID=.;OPOS=28835528;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:192:207:201:201:0:100:101:0:0:12:5:95:97:3:2 chr13 28867563 . G A 95.87 PASS AF=0.647059;AO=4;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00790447;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.411;QD=22.5579;RBI=0.0470649;REFB=-0.0579075;REVB=0.0463964;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161039;STB=0.576329;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0247358;OID=.;OPOS=28867563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:17:17:2:5:4:11:0.647059:1:3:1:1:7:4:3:2 chr13 28869147 . G GGATATAAAC 494.26 PASS AF=0.494845;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0116385;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=9;MLLD=302.65;QD=20.382;RBI=0.0126966;REFB=-0.00954487;REVB=-0.00507436;RO=48;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137913;STB=0.578281;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.00940317;OID=.;OPOS=28869148;OREF=-;OALT=GATATAAAC;OMAPALT=GGATATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494845:46:98:48:97:49:20:28:28:21:99:48:19:27:27:21 chr13 28883061 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.115;QD=57.2377;RBI=0.0087173;REFB=0;REVB=0.00191788;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84705e-06;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr13 28893642 . A G 690.32 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00415524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.57;QD=24.2218;RBI=0.00736796;REFB=-0.0212208;REVB=0.00608448;RO=48;SAF=33;SAR=33;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112722;STB=0.561385;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0106559;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:48:66:66:0.578947:33:33:31:17:33:33:31:17 chr13 28970917 . C T 168.26 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532188;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0182;QD=48.0748;RBI=0.054676;REFB=0;REVB=0.012539;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018308;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:14:2:0:14:14:1:5:9:0:2:5:9:0:0 chr13 29274977 . T TA 94.18 PASS AF=0.28;AO=24;DP=103;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.131796;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3731;QD=3.76706;RBI=0.14849;REFB=0.017232;REVB=-0.0684037;RO=72;SAF=9;SAR=15;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189345;STB=0.56156;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=-0.113613;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:24:103:28:100:72:12:16:37:35:94:72:9:15:38:34 chr13 29275102 . T A,C 882.82 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=4,56;DP=60;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148752,0.0165011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.163,147.947;QD=56.9564;RBI=0.0172523,0.0168795;REFB=0,0;REVB=0.00873909,-0.00355391;RO=0;SAF=3,27;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0101482,0.000675978;OID=.,.;OPOS=29275102,29275102;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:60:62:0:0:4,56:1,61:0.016129,0.983871:1,29:3,27:0:0:1,31:0,30:0:0 chr13 29275129 . C T 101.17 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0339451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.358;QD=8.43084;RBI=0.034413;REFB=-0.00261017;REVB=-0.00565597;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388476;STB=0.726372;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00792752;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:35:13:13:0.270833:4:9:12:22:4:9:13:22 chr13 29598842 . G A 688.55 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0121963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.099;QD=35.3101;RBI=0.0122067;REFB=-0.0447254;REVB=-0.000503495;RO=21;SAF=23;SAR=34;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856418;STB=0.546106;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0133048;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:21:57:57:0.730769:34:23:12:9:34:23:12:9 chr13 29898768 . A C 229.27 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0132222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.166;QD=29.5827;RBI=0.0270171;REFB=0.00609713;REVB=-0.0235605;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00238324;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:20:21:0.677419:10:10:5:5:10:11:5:5 chr13 30084173 . G A 1834.14 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188076;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.748;QD=61.6517;RBI=0.0196104;REFB=0;REVB=-0.00555354;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150175;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:117:119:1:55:62:0:0:57:62:0:0 chr13 30087768 . C T 113.89 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0222906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9789;QD=7.00876;RBI=0.0266765;REFB=-0.021045;REVB=-0.014655;RO=47;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311778;STB=0.681208;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0670487;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:6:11:18:29:6:11:19:29 chr13 30087778 . T A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.908;QD=58.779;RBI=0.0448873;REFB=0;REVB=0.0290346;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0163e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr13 30091714 . G A 1794.22 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00103019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.4;QD=59.8073;RBI=0.0110246;REFB=0.00602454;REVB=0.0109764;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070363;STB=0.503649;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-8.1472e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:120:1:1:117:119:0.991667:50:67:1:0:51:68:1:0 chr13 30091818 . AG A,AC 3068.13 PASS AF=1,0;AO=49,133;DP=188;FAO=198,0;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=79,0;FSAR=119,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432098,0.0206978;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.117,210.573;QD=61.9823;RBI=0.0439125,0.0347786;REFB=0,0;REVB=-0.00782456,-0.0279491;RO=0;SAF=49,17;SAR=0,116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33601e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00119282,-0.0488555;OID=.,.;OPOS=30091819,30091819;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:49,133:188:198,0:198:0:79,0:119,0:0:0:16:0:49,17:0,116:0:0 chr13 30107067 . G C 554.4 PASS AF=0.410256;AO=62;DP=154;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0167462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.693;QD=14.2154;RBI=0.0268596;REFB=-0.00648648;REVB=0.021;RO=91;SAF=35;SAR=27;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974597;STB=0.559232;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0100752;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:91:92:62:64:0.410256:27:35:43:48:27:37:44:48 chr13 30438728 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.179;QD=47.8215;RBI=0.0429638;REFB=0;REVB=-0.0406401;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308673;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr13 30777855 . T C 368.54 PASS AF=0.229249;AO=58;DP=253;FAO=58;FDP=253;FR=.;FRO=195;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=94;FSRR=101;FWDB=0.00129313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8774;QD=5.8267;RBI=0.0112444;REFB=-0.000998928;REVB=0.0111698;RO=194;SAF=34;SAR=24;SRF=94;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129496;STB=0.580415;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00371705;OID=.;OPOS=30777855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:194:195:58:58:0.229249:24:34:94:100:24:34:94:101 chr13 30781111 . C A 572.14 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0101232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.834;QD=31.3501;RBI=0.0105529;REFB=-0.0231796;REVB=0.00298045;RO=22;SAF=10;SAR=40;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09731;STB=0.5669;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00850524;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:23:50:50:0.684932:40:10:7:15:40:10:8:15 chr13 31036681 . A G 961.62 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013092;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.072;QD=59.1764;RBI=0.0145127;REFB=0;REVB=-0.00626244;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86898e-06;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr13 31287979 . G GTA 863.77 PASS AF=0.983607;AO=53;DP=86;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0703131;FXX=0.207765;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.613;QD=56.6405;RBI=0.102126;REFB=-0.208285;REVB=0.0740657;RO=32;SAF=20;SAR=33;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215171;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.0092922;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983607:53:86:60:61:1:27:33:0:1:3:32:20:33:22:10 chr13 31287981 . G A 233.41 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.01163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9133;QD=10.6096;RBI=0.0356713;REFB=-0.0142752;REVB=-0.0337222;RO=59;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392188;STB=0.727122;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0356869;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:9:20:20:39:9:20:20:39 chr13 31495834 . C A 1536.88 PASS AF=0.62844;AO=136;DP=217;FAO=137;FDP=218;FR=.;FRO=81;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0640723;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8655;QD=28.1997;RBI=0.0852073;REFB=-0.0005178;REVB=-0.0561696;RO=81;SAF=59;SAR=77;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161406;STB=0.509872;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000232594;OID=.;OPOS=31495834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:81:81:136:137:0.62844:77:59:37:44:78:59:37:44 chr13 31543095 . C T 140.57 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.020058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0811;QD=13.0761;RBI=0.0212918;REFB=-0.00921078;REVB=0.00714252;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329526;STB=0.519264;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0137912;OID=.;OPOS=31543095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:16:11:7:9:16:11 chr13 31821240 . C T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2323;QD=59.6777;RBI=0.0153738;REFB=0;REVB=-0.0117449;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90989e-06;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr13 31821992 . T C 1390.17 PASS AF=0.968085;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0256133;FXX=0.0504999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.604;QD=59.1563;RBI=0.044104;REFB=-0.0719856;REVB=0.0359044;RO=3;SAF=47;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858931;STB=0.504118;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00158436;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:94:3:3:89:91:0.968085:42:47:2:1:42:49:2:1 chr13 31891746 . G A 1512.71 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1849;QD=59.9093;RBI=0.0502973;REFB=0;REVB=0.0490808;RO=0;SAF=35;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204489;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:66:35:0:0:66:35:0:0 chr13 32360547 . A G 591.85 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0106419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.586;QD=22.9843;RBI=0.0124693;REFB=0.000100839;REVB=0.00649865;RO=45;SAF=33;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997637;STB=0.554603;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-5.35681e-05;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:25:33:20:25:25:33:20:25 chr13 32360583 . A G 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0127706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.373;QD=20.8425;RBI=0.0127719;REFB=-0.017695;REVB=-0.000184552;RO=53;SAF=30;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170695;STB=0.509385;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0153412;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:29:30:28:25:29:30:28:25 chr13 32371361 . A G 2206.99 PASS AF=0.611801;AO=196;DP=322;FAO=197;FDP=322;FR=.;FRO=125;FSAF=111;FSAR=86;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0171229;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5357;QD=27.416;RBI=0.0179239;REFB=-0.00326024;REVB=0.00529857;RO=125;SAF=111;SAR=85;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105127;STB=0.504513;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00206147;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:125:125:196:197:0.611801:85:111:69:56:86:111:69:56 chr13 32376718 . A G 472.4 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00184293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.004;QD=26.6139;RBI=0.00772895;REFB=-0.0153789;REVB=0.00750602;RO=27;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775757;STB=0.542353;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00829131;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:26:18:14:13:26:18:14:13 chr13 32676114 . A G 202.89 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00153887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.109;QD=12.2962;RBI=0.00392046;REFB=-0.00435977;REVB=-0.00360581;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239121;STB=0.624739;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0062251;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:41:25:25:0.378788:8:17:18:21:8:17:20:21 chr13 32776153 . T C 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7902;QD=59.6731;RBI=0.0459339;REFB=0;REVB=0.0430158;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349901;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr13 32776616 . T A 1767.53 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.842;QD=60.9493;RBI=0.0264287;REFB=0;REVB=0.0223308;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28946e-05;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:70:46:0:0:70:46:0:0 chr13 32832149 . T C 507.29 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0194812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.851;QD=16.4971;RBI=0.0528365;REFB=-0.000489123;REVB=0.0491139;RO=67;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161198;STB=0.592846;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000561523;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:68:55:55:0.447154:28:27:22:45:28:27:22:46 chr13 32885654 . T C 128.91 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0719335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0848;QD=15.1659;RBI=0.0723704;REFB=-0.0350327;REVB=-0.0079397;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473816;STB=0.776606;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0303201;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:10:4:15:4:11:4:15:4 chr13 32911888 . A G 125.52 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0200644;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.532;QD=8.96558;RBI=0.0205972;REFB=-0.00044671;REVB=0.00465462;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304911;STB=0.690604;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000847624;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:39:17:17:0.303571:5:12:16:20:5:12:17:22 chr13 32913055 . A G 2438.44 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6726;QD=61.3445;RBI=0.020325;REFB=0;REVB=0.000347001;RO=0;SAF=82;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78339e-05;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:77:82:0:0:77:82:0:0 chr13 32915005 . G C 1548.97 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6286;QD=63.875;RBI=0.0125768;REFB=0;REVB=0.0113521;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97719e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr13 32929232 . A G 232.38 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0958916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.324;QD=12.5611;RBI=0.105515;REFB=-0.0159475;REVB=0.0440239;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170305;STB=0.597632;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0291751;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:12:16:19:27:12:16:19:27 chr13 32929387 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.926;QD=50.4134;RBI=0.0295677;REFB=0;REVB=0.0167888;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38133e-05;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr13 32976608 . A G 525.38 PASS AF=0.315068;AO=68;DP=217;FAO=69;FDP=219;FR=.;FRO=150;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=0.0473314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.508;QD=9.59592;RBI=0.0484229;REFB=0.0019492;REVB=0.0102233;RO=149;SAF=42;SAR=26;SRF=83;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744574;STB=0.539112;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00541897;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:149:150:68:69:0.315068:26:42:83:66:27:42:83:67 chr13 32976640 . TTTG T 88.02 PASS AF=0.223214;AO=24;DP=115;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00370333;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=198.272;QD=3.14367;RBI=0.00563419;REFB=-0.00288358;REVB=0.0042461;RO=90;SAF=5;SAR=19;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392138;STB=0.742873;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00899832;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223214:24:115:25:112:87:5:20:42:45:88:90:5:19:45:45 chr13 32976645 . T A 167.03 PASS AF=0.236364;AO=26;DP=110;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00523164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.196;QD=6.0737;RBI=0.00674023;REFB=-0.00100212;REVB=-0.00424978;RO=83;SAF=6;SAR=20;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324778;STB=0.697511;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00353237;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:83:84:26:26:0.236364:20:6:39:44:20:6:39:45 chr13 32976648 . G C 166.78 PASS AF=0.236364;AO=26;DP=110;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.000993111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3181;QD=6.06485;RBI=0.0220383;REFB=0.000187734;REVB=-0.0220159;RO=84;SAF=6;SAR=20;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31892;STB=0.697511;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00122473;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:84:26:26:0.236364:20:6:39:45:20:6:39:45 chr13 32981142 . C T 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0160105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7685;QD=17.5582;RBI=0.016271;REFB=0.0243022;REVB=-0.00289975;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151842;STB=0.508661;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0162819;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:9:12:10:8:9:12 chr13 32981279 . T A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00970136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.15;QD=14.6165;RBI=0.0209649;REFB=-0.020563;REVB=-0.0185853;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264415;STB=0.649577;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0217129;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:13:25:11:17:13:25 chr13 32994533 . T C 1615.54 PASS AF=0.92623;AO=113;DP=123;FAO=113;FDP=122;FR=.;FRO=9;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00196964;FXX=0.00812942;HRUN=6;LEN=1;MLLD=313.941;QD=52.9686;RBI=0.00323437;REFB=-0.0221637;REVB=-0.00256548;RO=9;SAF=62;SAR=51;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302684;STB=0.515985;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000719367;OID=.;OPOS=32994533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:123:122:9:9:113:113:0.92623:51:62:3:6:51:62:3:6 chr13 33017043 . T C 1303.97 PASS AF=0.913462;AO=94;DP=104;FAO=95;FDP=104;FR=.;FRO=9;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0508976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.573;QD=50.1525;RBI=0.063518;REFB=-0.12449;REVB=0.0379996;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555544;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00233496;OID=.;OPOS=33017043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:104:104:0:9:94:95:0.913462:36:58:0:0:36:59:0:9 chr13 33590851 . T C 724.81 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.667;QD=56.8475;RBI=0.0807739;REFB=0;REVB=-0.0801667;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr13 33635835 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.668;QD=60.2035;RBI=0.0117425;REFB=0;REVB=0.011428;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47886e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr13 33700374 . T G 422.4 PASS AF=0.684211;AO=38;DP=58;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0306767;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.911;QD=29.6417;RBI=0.0306819;REFB=-0.0188026;REVB=0.00056588;RO=17;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317258;STB=0.521572;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00714273;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:17:18:38:39:0.684211:20:18:9:8:20:19:10:8 chr13 33703656 . T C 1835.04 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.424;QD=58.7212;RBI=0.0273535;REFB=0.00943018;REVB=0.0100808;RO=3;SAF=64;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649292;STB=0.503419;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=4.52523e-05;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:122:122:0.976:58:64:2:1:58:64:2:1 chr13 33704065 . T C 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0225949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.615;QD=17.5408;RBI=0.0658481;REFB=-0.0248407;REVB=0.0618502;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.55806;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0133112;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:9:7:5:10:9:7 chr13 33741692 . A G 282.77 PASS AF=0.301587;AO=38;DP=126;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00175429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.624;QD=8.97666;RBI=0.0211057;REFB=-0.00168221;REVB=-0.0210327;RO=87;SAF=26;SAR=12;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207947;STB=0.626575;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00349599;OID=.;OPOS=33741692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:87:88:38:38:0.301587:12:26:45:42:12:26:45:43 chr13 34404912 . A G 1113.36 PASS AF=0.707692;AO=91;DP=130;FAO=92;FDP=130;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00701549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.078;QD=34.2573;RBI=0.0248675;REFB=-0.012018;REVB=0.0238574;RO=38;SAF=43;SAR=48;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295588;STB=0.517255;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00678709;OID=.;OPOS=34404912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:38:38:91:92:0.707692:48:43:20:18:49:43:20:18 chr13 35733727 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00318462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.553;QD=17.6896;RBI=0.00326513;REFB=-0.0119944;REVB=-0.000720593;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.588392;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0173015;OID=.;OPOS=35733727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:12:14:8:13:12:14 chr13 35745239 . G A 450.29 PASS AF=0.292453;AO=61;DP=210;FAO=62;FDP=212;FR=.;FRO=150;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=-0.0124648;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.249;QD=8.49601;RBI=0.0199201;REFB=-0.00825079;REVB=0.0155383;RO=145;SAF=27;SAR=34;SRF=74;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818592;STB=0.550533;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0229854;OID=.;OPOS=35745239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:145:150:61:62:0.292453:34:27:74:71:35:27:76:74 chr13 36385031 . G T 309.88 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00869526;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.224;QD=8.98201;RBI=0.00893123;REFB=0.000836037;REVB=-0.00203942;RO=97;SAF=16;SAR=25;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13931;STB=0.581771;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00207881;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:97:97:41:41:0.297101:25:16:49:48:25:16:49:48 chr13 36639771 . A C 239.01 PASS AF=0.309278;AO=31;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.00747553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0662;QD=9.85622;RBI=0.0741159;REFB=-0.0195452;REVB=0.0737379;RO=64;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134177;STB=0.522876;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0531087;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:67:31:30:0.309278:21:10:20:44:21:9:22:45 chr13 36686138 . T C 1518.19 PASS AF=0.656863;AO=132;DP=204;FAO=134;FDP=204;FR=.;FRO=70;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0290463;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.199;QD=29.7684;RBI=0.0346968;REFB=-0.0210215;REVB=0.0189783;RO=61;SAF=78;SAR=54;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400857;STB=0.518754;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0115071;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:61:70:132:134:0.656863:54:78:32:29:56:78:37:33 chr13 36939688 . C T 1967.91 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169269;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5287;QD=60.551;RBI=0.0228427;REFB=-0.136421;REVB=-0.0153385;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132965;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:0:128:130:1:60:68:0:0:62:68:0:0 chr13 36939758 . A G 3266.22 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000283974;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.502;QD=61.6269;RBI=0.0284075;REFB=-0.0903952;REVB=0.0284061;RO=1;SAF=105;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239805;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:214:212:1:0:211:212:1:106:105:0:1:107:105:0:0 chr13 37269835 . G A 2011.46 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190298;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.64;QD=62.3708;RBI=0.0356623;REFB=0;REVB=0.0301607;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76709e-05;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:80:49:0:0:80:49:0:0 chr13 37271163 . C A 241.53 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0295104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.991;QD=12.3859;RBI=0.0349156;REFB=-0.0113279;REVB=-0.0186611;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299822;STB=0.517229;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0103402;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:15:14:25:24:15:14:25:24 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT 239.67 PASS AF=0,1;AO=2,12;DP=20;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066284,0.0486574;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=57.292,78.7427;QD=50.4563;RBI=0.0715674,0.082631;REFB=0,0;REVB=-0.0269876,0.0667857;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00269247;OID=.,.;OPOS=37271445,37271429;OREF=CAT,CA;OALT=-,-;OMAPALT=GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,12:20:0,19:19:0:0,7:0,12:0:0:4:0:1,6:1,6:0:0 chr13 37271707 . A T 1539.91 PASS AF=0.652174;AO=135;DP=207;FAO=135;FDP=207;FR=.;FRO=72;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00234654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.488;QD=29.7567;RBI=0.0325878;REFB=-0.0306139;REVB=0.0325032;RO=72;SAF=55;SAR=80;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124334;STB=0.506685;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0166025;OID=.;OPOS=37271707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:72:72:135:135:0.652174:80:55:28:44:80:55:28:44 chr13 37372429 . T C 582.62 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00476268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6577;QD=58.2618;RBI=0.0790115;REFB=-0.0306499;REVB=0.0788678;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0162515;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:18:20:1:0:19:20:1:0 chr13 37580139 . G A 319.61 PASS AF=0.375;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0269421;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.036;QD=13.317;RBI=0.0270742;REFB=-0.0147832;REVB=-0.0026711;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130867;STB=0.583288;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0238587;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:60:36:36:0.375:18:18:22:36:18:18:22:38 chr13 37583831 . G A 116.29 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0539844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.407;QD=5.8882;RBI=0.0557806;REFB=-0.00768708;REVB=-0.0140413;RO=55;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781479;STB=0.518966;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0255794;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:61:18:18:0.227848:9:9:24:31:9:9:29:32 chr13 37625601 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.975;QD=60.9567;RBI=0.0108197;REFB=0;REVB=0.008758;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41777e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr13 37679268 . G T 205.61 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0147243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0557;QD=10.966;RBI=0.0596544;REFB=-0.0183709;REVB=0.0578087;RO=48;SAF=18;SAR=7;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129293;STB=0.503265;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0393408;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:25:26:0.346667:7:18:35:13:7:19:36:13 chr13 37679535 . G C 326.89 PASS AF=0.320611;AO=42;DP=131;FAO=42;FDP=131;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00704305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.315;QD=9.98146;RBI=0.0180009;REFB=-0.00970724;REVB=-0.0165658;RO=89;SAF=16;SAR=26;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135192;STB=0.578597;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0172388;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:89:89:42:42:0.320611:26:16:44:45:26:16:44:45 chr13 37679729 . C T 152.65 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0346212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4361;QD=13.2736;RBI=0.0410285;REFB=-0.0297433;REVB=-0.0220162;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.514122;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0419364;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:29:17:17:0.369565:9:8:12:15:9:8:13:16 chr13 37679776 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0361006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.378;QD=6.5736;RBI=0.0415693;REFB=-0.0082705;REVB=0.0206095;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0232156;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr13 38429073 . G A 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0876128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.316;QD=11.9713;RBI=0.0877371;REFB=-0.0118975;REVB=0.00466913;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132908;STB=0.568639;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0304617;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:10:7:17:15:10:7:17:16 chr13 38924083 . A T 3049.24 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000341817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.768;QD=62.8709;RBI=0.0153383;REFB=0;REVB=0.0153345;RO=0;SAF=76;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003655;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:194:0:0:191:194:1:115:76:0:0:118:76:0:0 chr13 38924263 . T C 2826.32 PASS AF=0.958974;AO=183;DP=193;FAO=187;FDP=195;FR=.;FRO=8;FSAF=92;FSAR=95;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00699198;FXX=0.0151508;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0462;QD=57.9759;RBI=0.0357881;REFB=0.0110457;REVB=-0.0350984;RO=8;SAF=92;SAR=91;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396141;STB=0.520831;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000388195;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:193:195:8:8:183:187:0.958974:91:92:8:0:95:92:8:0 chr13 38932206 . A T 144.79 PASS AF=0.203008;AO=21;DP=129;FAO=27;FDP=133;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=1;FSRF=73;FSRR=33;FWDB=0.000451685;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.229;QD=4.35444;RBI=0.084091;REFB=-0.0047622;REVB=-0.0840898;RO=102;SAF=20;SAR=1;SRF=71;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530799;STB=0.898877;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0244524;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:102:106:21:27:0.203008:1:20:71:31:1:26:73:33 chr13 38932284 . TAA TA,TAT 2046.99 PASS AF=0.854545,0.145455;AO=24,32;DP=221;FAO=188,32;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=146,0;FSAR=42,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.04184,0.152989;FXX=0.0090086;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.7619,202.915;QD=37.218;RBI=1.04771,0.161946;REFB=0.0173925,0.025014;REVB=-0.110735,-0.0531119;RO=141;SAF=2,0;SAR=22,32;SRF=138;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.869974,-0.901085;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0457443,0.186969;OID=.,.;OPOS=38932285,38932286;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.854545,0.145455:24,32:221:188,32:220:0:146,0:42,32:0:0:99:141:2,0:22,32:138:3 chr13 39262057 . G A 2307.79 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.769;QD=61.1334;RBI=0.0138026;REFB=0;REVB=0.0131831;RO=0;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92785e-06;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:69:82:0:0:69:82:0:0 chr13 39263713 . GT G,GC 991.48 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=16,49;DP=70;FAO=4,66;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118571,0.0503299;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.6849,70.5414;QD=56.6558;RBI=0.0122078,0.0531085;REFB=0,0;REVB=0.00290517,-0.0169534;RO=0;SAF=13,10;SAR=3,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0131823,0.0223807;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0571429,0.942857:16,49:70:4,66:70:0:3,21:1,45:0:0:9:0:13,10:3,39:0:0 chr13 39266484 . G A 443.54 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0580223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.71;QD=15.5627;RBI=0.0580255;REFB=-0.0126591;REVB=0.000607867;RO=63;SAF=27;SAR=23;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950449;STB=0.55736;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0186726;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:23:27:28:35:23:27:28:36 chr13 39343822 . C T 622.04 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0350782;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8111;QD=29.9779;RBI=0.0623311;REFB=-0.0259598;REVB=0.0515236;RO=29;SAF=19;SAR=35;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192607;STB=0.510448;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.014155;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:54:54:0.650602:35:19:11:18:35:19:11:18 chr13 39430313 . A AT 1681.12 PASS AF=1;AO=29;DP=188;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616525;FXX=0.0588204;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.811;QD=38.2074;RBI=0.0638883;REFB=0;REVB=0.0167534;RO=156;SAF=1;SAR=28;SRF=90;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000919674;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:188:176:176:0:89:87:0:0:36:156:1:28:90:66 chr13 39430314 . C G,T 2790.85 PASS AF=0.142105,0.847368;AO=28,154;DP=188;FAO=27,161;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=0,93;FSAR=27,68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000392278,0.00233584;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=44.159,191.416;QD=58.7547;RBI=0.0331204,0.0024988;REFB=0.0303767,-0.0339807;REVB=-0.0331181,0.000887598;RO=2;SAF=0,91;SAR=28,63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.871087,0.00229195;STB=0.999268,0.500976;STBP=0.029,0.86;TYPE=snp,snp;VARB=0.0951854,0.000615555;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:188:190:2:2:28,154:27,161:0.142105,0.847368:28,63:0,91:1:1:27,68:0,93:1:1 chr13 39433606 . A G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.82;QD=60.2548;RBI=0.0284826;REFB=0;REVB=0.000204036;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42712e-05;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:48:61:0:0:48:61:0:0 chr13 39540589 . TC T 1463.76 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938408;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.596;QD=62.9575;RBI=0.0304222;REFB=0;REVB=0.0289387;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.00149e-05;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:93:93:93:0:33:60:0:0:8:0:32:59:0:0 chr13 39586343 . G C 658.35 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00287953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.249;QD=16.2555;RBI=0.0162324;REFB=-0.00539715;REVB=0.0159749;RO=89;SAF=44;SAR=28;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162035;STB=0.593335;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00724587;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:90:72:72:0.444444:28:44:40:49:28:44:40:50 chr13 39587865 . A C 127.23 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00595441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.938;QD=9.25272;RBI=0.0133909;REFB=-0.00946532;REVB=-0.0119942;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27728;STB=0.662983;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.029636;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:11:27:8:9:11:27 chr13 39587889 . T C 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.019161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.268;QD=7.51903;RBI=0.0259363;REFB=-0.0117257;REVB=-0.01748;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150966;STB=0.590811;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0396306;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:9:9:18:30:9:9:18:30 chr13 40229842 . A AG 290.8 PASS AF=1;AO=33;DP=57;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.79676;QD=22.8074;RBI=0.0438278;REFB=0.0215149;REVB=0.0115965;RO=19;SAF=20;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00804392;OID=.;OPOS=40229843;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:57:51:51:0:27:24:0:0:3:19:20:13:4:15 chr13 40229891 . G A 1114.54 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1472;QD=57.156;RBI=0.245198;REFB=0;REVB=0.24437;RO=4;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00546439;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:4:0:74:78:1:29:45:0:4:33:45:0:0 chr13 40229957 . T A 1525.45 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.09;QD=59.8217;RBI=0.0213686;REFB=0;REVB=-0.00406309;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39581e-05;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:42:60:0:0:42:60:0:0 chr13 40230229 . C T 2319.57 PASS AF=0.987179;AO=152;DP=157;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.045073;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1809;QD=59.4762;RBI=0.0450867;REFB=0.00892566;REVB=0.00110865;RO=2;SAF=77;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121936;STB=0.500083;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000292723;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:156:2:2:152:154:0.987179:75:77:2:0:76:78:1:1 chr13 40230294 . T C 3933.72 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202625;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.787;QD=62.1932;RBI=0.0395654;REFB=0;REVB=0.0339831;RO=0;SAF=110;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02115e-06;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:253:0:0:253:253:1:143:110:0:0:143:110:0:0 chr13 40238175 . C T 871.19 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000229625;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.487;QD=58.0796;RBI=0.00814696;REFB=0;REVB=0.00814373;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68871e-06;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr13 40298639 . A T 113.65 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.3184;QD=41.3272;RBI=0.2025;REFB=0;REVB=0.111567;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178169;OID=.;OPOS=40298639;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:11:0:0:7:11:1:5:2:0:0:6:5:0:0 chr13 41382711 . A T 383.4 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00457369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.325;QD=22.8892;RBI=0.00799798;REFB=-0.00947441;REVB=0.00656118;RO=28;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185224;STB=0.598057;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00695241;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:29:37:38:0.567164:22:15:18:10:23:15:18:11 chr13 41515371 . C T 804.29 PASS AF=0.35;AO=98;DP=280;FAO=98;FDP=280;FR=.;FRO=182;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=102;FSRR=80;FWDB=-0.0189706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7795;QD=11.4899;RBI=0.08337;REFB=-0.00756902;REVB=-0.081183;RO=181;SAF=58;SAR=40;SRF=102;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331463;STB=0.520954;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0137014;OID=.;OPOS=41515371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:181:182:98:98:0.35:40:58:102:79:40:58:102:80 chr13 41657340 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00229782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.605;QD=12.5695;RBI=0.043376;REFB=-0.0190607;REVB=-0.0433151;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220028;STB=0.62775;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0115738;OID=.;OPOS=41657340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:7:19:8:7:7:19 chr13 41705495 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.478;QD=60.0309;RBI=0.0544118;REFB=0;REVB=0.0468186;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103119;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr13 41706800 . A G 1521.82 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00479056;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.729;QD=62.7557;RBI=0.00779469;REFB=-0.0226932;REVB=0.0061488;RO=1;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854504;STB=0.504504;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000193852;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:41:55:1:0:41:55:1:0 chr13 41834744 . C T 1556.23 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1967;QD=62.8781;RBI=0.036207;REFB=-0.0855268;REVB=0.012512;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799149;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:0:0:98:99:1:56:42:0:0:56:43:0:0 chr13 41902939 . T C 1492.43 PASS AF=0.990196;AO=76;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6913;QD=58.5267;RBI=0.0247377;REFB=-0.0291463;REVB=0.00503776;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000397146;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:76:101:0.990196:41:35:0:0:45:56:1:0 chr13 42032572 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0594618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.589;QD=61.0776;RBI=0.0594872;REFB=0.00348442;REVB=0.00173794;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123045;STB=0.506492;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000136987;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:48:38:1:0:49:38:1:0 chr13 42442546 . A G 218.26 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0236358;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8614;QD=9.38746;RBI=0.0249855;REFB=0.00837304;REVB=0.00810114;RO=65;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242298;STB=0.64238;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.020138;OID=.;OPOS=42442546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:11:17:26:39:11:17:26:39 chr13 42465713 . C T 334.7 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0112232;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.512;QD=16.5286;RBI=0.0114027;REFB=-0.0145687;REVB=0.00201548;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441946;STB=0.524848;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0204944;OID=.;OPOS=42465713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:22:23:20:16:22:23 chr13 42772717 . G T 1501.68 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00109547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.937;QD=61.2929;RBI=0.00865785;REFB=0.0121822;REVB=0.00858827;RO=2;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023695;STB=0.512497;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=3.96178e-06;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:39:57:0:2:39:57:0:2 chr13 42793479 . G A 868.66 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8718;QD=57.9109;RBI=0.0560749;REFB=0;REVB=0.0557369;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632078;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:39:21:0:0 chr13 42803341 . T C 2758.49 PASS AF=0.983516;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000124582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7137;QD=60.6262;RBI=0.00229191;REFB=-0.0340812;REVB=0.00228853;RO=2;SAF=84;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0006488;STB=0.503264;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00158174;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:181:182:2:3:179:179:0.983516:95:84:1:1:95:84:2:1 chr13 42876103 . C T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0126553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.419;QD=21.9527;RBI=0.0132236;REFB=-0.0265423;REVB=-0.00383511;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741801;STB=0.533088;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0183213;OID=.;OPOS=42876103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:13:19:12:12:13:19:13:12 chr13 43463378 . C T 580.63 PASS AF=0.375691;AO=67;DP=181;FAO=68;FDP=181;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=79;FWDB=-0.00382956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.226;QD=12.8316;RBI=0.00736709;REFB=-0.0125532;REVB=-0.00629352;RO=113;SAF=16;SAR=51;SRF=34;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890151;STB=0.540624;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.020262;OID=.;OPOS=43463378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:113:113:67:68:0.375691:51:16:34:79:51:17:34:79 chr13 43469157 . G A 718.42 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=117;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0019365;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.037;QD=24.5614;RBI=0.040125;REFB=-0.0234976;REVB=-0.0400783;RO=49;SAF=43;SAR=25;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220676;STB=0.620314;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0109969;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:49:49:68:68:0.581197:25:43:17:32:25:43:17:32 chr13 43469211 . G A 858.08 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=131;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00412124;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.287;QD=26.0025;RBI=0.0139238;REFB=-0.00711162;REVB=-0.0132999;RO=53;SAF=46;SAR=32;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130874;STB=0.574981;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00406188;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:53:54:78:78:0.590909:32:46:22:31:32:46:22:32 chr13 43788158 . G A 1511.28 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000960528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.345;QD=59.8526;RBI=0.0147822;REFB=0;REVB=-0.014751;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4392e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:47:54:0:0 chr13 45492138 . G A 336.79 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0115601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.602;QD=14.8041;RBI=0.0434736;REFB=-0.000826365;REVB=0.0419084;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304768;STB=0.510199;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0011941;OID=.;OPOS=45492138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:15:22:33:20:15:22:33:21 chr13 45492146 . G A 352.85 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00410791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.351;QD=15.8583;RBI=0.0243935;REFB=-0.0440322;REVB=-0.0240451;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428389;STB=0.528749;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0177247;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:16:22:31:19:16:22:32:19 chr13 45563323 . G A 292.03 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0160076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.04;QD=21.6319;RBI=0.0488744;REFB=-0.0274728;REVB=0.0461786;RO=24;SAF=23;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627341;STB=0.53486;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0294853;OID=.;OPOS=45563323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:7:23:17:7:7:23:17:7 chr13 45563464 . G C 710.53 PASS AF=0.354167;AO=85;DP=240;FAO=85;FDP=240;FR=.;FRO=155;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=0.00835674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.701;QD=11.8422;RBI=0.00897629;REFB=-0.00814662;REVB=0.003277;RO=154;SAF=45;SAR=40;SRF=71;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773551;STB=0.545977;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0156139;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:154:155:85:85:0.354167:40:45:71:83:40:45:71:84 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 151.26 PASS AF=0.36,0.18;AO=18,10;DP=51;FAO=18,9;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13,0;FSAR=5,9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0747905,-0.0227285;FXX=0.019604;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=11.7059,82.5119;QD=12.1004;RBI=0.0747947,0.0299275;REFB=-0.136642,-0.0235875;REVB=0.000788544,-0.0194698;RO=21;SAF=13,0;SAR=5,10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.250433,-0.771197;STB=0.647921,0.998543;STBP=0.133,0.003;TYPE=del,mnp;VARB=0.12996,0.0825174;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:51:50:21:23:18,10:18,9:0.36,0.18:5,10:13,0:10:11:5,9:13,0:11:12 chr13 46067593 . G A 1307.07 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0537169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7772;QD=57.4538;RBI=0.0588871;REFB=0.0637725;REVB=-0.0241285;RO=4;SAF=32;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338415;STB=0.517887;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00263793;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:55:32:3:1:55:32:3:1 chr13 46077381 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.241;QD=55.0987;RBI=0.0246094;REFB=0;REVB=-0.00308735;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35158e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr13 46103935 . A G 1492.9 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347041;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.478;QD=58.545;RBI=0.094964;REFB=-0.0823915;REVB=0.0883957;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.504761;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00215601;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:49:52:0:0:49:52:1:0 chr13 46108853 . TG CA 2255.1 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468269;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.464;QD=63.5238;RBI=0.0178989;REFB=0;REVB=-0.0172755;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.40754e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:66:76:0:0:66:76:0:0 chr13 46115731 . C A 2266.16 PASS AF=0.980645;AO=149;DP=156;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0888954;FXX=0.031248;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1305;QD=58.4815;RBI=0.104041;REFB=-0.0445823;REVB=0.0540574;RO=3;SAF=61;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295311;STB=0.501742;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00190631;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:155:3:3:149:152:0.980645:88:61:1:2:88:64:1:2 chr13 46118953 . A G 387.25 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0212083;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.43;QD=11.4742;RBI=0.0272901;REFB=0.0020067;REVB=-0.0171743;RO=88;SAF=16;SAR=31;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16218;STB=0.593359;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00476386;OID=.;OPOS=46118953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:88:88:47:47:0.348148:31:16:42:46:31:16:42:46 chr13 46137837 . T C 3119.65 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813765;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.101;QD=61.7752;RBI=0.0469613;REFB=0;REVB=0.0462508;RO=0;SAF=100;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91653e-06;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:202:0:0:202:202:1:102:100:0:0:102:100:0:0 chr13 46170621 . A T 174.47 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00488242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2956;QD=13.1673;RBI=0.0176287;REFB=-0.0299908;REVB=0.0169391;RO=29;SAF=20;SAR=1;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580714;STB=0.735202;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0315834;OID=.;OPOS=46170621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:32:21:21:0.396226:1:20:19:10:2:19:22:10 chr13 46288145 . A G 36.27 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0594407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9648;QD=16.1202;RBI=0.0637404;REFB=0.00174301;REVB=-0.0230137;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.713603;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0150326;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:3:0:4:2:3:0 chr13 46355296 . G T 2323.12 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0245753;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.702;QD=58.8132;RBI=0.034543;REFB=-0.088043;REVB=-0.024275;RO=3;SAF=58;SAR=97;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239662;STB=0.512603;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000839364;OID=.;OPOS=46355296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:158:3:3:155:155:0.981013:97:58:3:0:97:58:3:0 chr13 46541673 . T A 1495.74 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.979;QD=62.3223;RBI=0.0293947;REFB=0.183084;REVB=0.0051185;RO=1;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126427;STB=0.506665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000180059;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:37:58:0:1:37:58:0:1 chr13 46562935 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.297;QD=59.5018;RBI=0.0179827;REFB=0;REVB=0.00783793;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51218e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr13 46629944 . A G 927.44 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0234387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.827;QD=52.9963;RBI=0.0322188;REFB=-0.010343;REVB=0.0221062;RO=3;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333234;STB=0.523249;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000691735;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:3:4:66:66:0.942857:41:25:0:3:41:25:0:4 chr13 46641466 . A G 1448.05 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.546;QD=60.3354;RBI=0.0325855;REFB=-0.0846642;REVB=0.00863381;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123103;STB=0.512497;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000362534;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:96:1:2:91:94:0.979167:38:53:0:1:39:55:0:2 chr13 46641481 . T C 1451.46 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455199;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.804;QD=63.1069;RBI=0.0126324;REFB=0;REVB=0.0117838;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80826e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:38:54:0:0 chr13 46648094 . C T 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00402459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.622;QD=59.3559;RBI=0.00447168;REFB=-0.0074938;REVB=-0.00194899;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150214;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000141234;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:46:31:1:0:46:31:1:0 chr13 46656669 . A G 3184.6 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.101;QD=61.8368;RBI=0.0386729;REFB=0;REVB=0.0104366;RO=0;SAF=106;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05038e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:205:206:1:99:106:0:0:100:106:0:0 chr13 46708291 . T C 1375.66 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0022507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.532;QD=57.319;RBI=0.0267296;REFB=-0.223824;REVB=0.0266347;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528729;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000935668;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:96:96:0:5:91:91:0.947917:41:50:0:0:41:50:0:5 chr13 46946157 . C T 1543.38 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00433813;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.682;QD=58.7955;RBI=0.0280319;REFB=-0.000472694;REVB=0.0276942;RO=1;SAF=36;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129978;STB=0.506848;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=1.64086e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:68:36:1:0:68:36:1:0 chr13 46948548 . G A 251.44 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00409641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.343;QD=19.7209;RBI=0.00414412;REFB=-0.00351957;REVB=0.000626988;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295902;STB=0.660676;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00307542;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:25:26:26:0.509804:15:11:18:5:15:11:19:6 chr13 47127813 . C T 249.93 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0385493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8011;QD=16.6618;RBI=0.0393945;REFB=-0.00878403;REVB=-0.0081165;RO=32;SAF=6;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411679;STB=0.736933;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0340627;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:21:6:20:12:22:6:20:12 chr13 47260054 . T C 1399.46 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1173;QD=61.5148;RBI=0.0138109;REFB=0.0998066;REVB=-0.00718156;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00156193;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:42:48:1:0:42:48:1:0 chr13 47273458 . G C 209.77 PASS AF=0.235294;AO=32;DP=136;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.00705102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.433;QD=6.1696;RBI=0.0134501;REFB=-0.00241122;REVB=-0.0114537;RO=100;SAF=12;SAR=20;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194228;STB=0.631786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00978163;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:100:104:32:32:0.235294:20:12:53:47:20:12:57:47 chr13 47279454 . A G 309.82 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0141727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.584;QD=10.1579;RBI=0.0180731;REFB=-0.00148702;REVB=-0.0112148;RO=82;SAF=20;SAR=20;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282933;STB=0.516385;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00377055;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:82:82:40:40:0.327869:20:20:43:39:20:20:43:39 chr13 47308109 . A G 4449.27 PASS AF=0.989726;AO=283;DP=292;FAO=289;FDP=292;FR=.;FRO=3;FSAF=128;FSAR=161;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.467;QD=60.9489;RBI=0.0238608;REFB=-0.134177;REVB=0.0122261;RO=1;SAF=128;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371092;STB=0.502328;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00054059;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:292:292:1:3:283:289:0.989726:155:128:1:0:161:128:2:1 chr13 47315984 . T C 1073.77 PASS AF=0.986667;AO=68;DP=70;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535409;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.098;QD=57.2676;RBI=0.0555671;REFB=-0.184468;REVB=-0.0148686;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00382653;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:75:0:1:68:74:0.986667:35:33:0:0:35:39:1:0 chr13 47354101 . C T 370.77 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00753425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2111;QD=14.6841;RBI=0.0477299;REFB=0.00458037;REVB=0.0471315;RO=59;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778312;STB=0.550783;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0057805;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:59:41:42:0.415842:22:19:23:36:22:20:23:36 chr13 47470824 . C T 484.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7349;QD=58.6686;RBI=0.138548;REFB=0;REVB=0.137;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313429;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:15:18:0:0 chr13 48033224 . G A 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104611;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4336;QD=58.0825;RBI=0.0165874;REFB=0;REVB=-0.0128727;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133352;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr13 48547467 . A T 1502.82 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.741;QD=63.2765;RBI=0.0884206;REFB=0;REVB=-0.0193495;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469176;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:48:46:0:0:48:47:0:0 chr13 48987032 . A G 994.97 PASS AF=0.590604;AO=87;DP=148;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0199864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.902;QD=26.7106;RBI=0.0237251;REFB=-0.00605573;REVB=-0.0127837;RO=61;SAF=42;SAR=45;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565567;STB=0.532757;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00392986;OID=.;OPOS=48987032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:61:61:87:88:0.590604:45:42:34:27:46:42:34:27 chr13 49107241 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.107;QD=60.9783;RBI=0.06909;REFB=0;REVB=-9.16041e-05;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031852;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr13 49283031 . C T 558.41 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00523414;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.122;QD=27.9205;RBI=0.00523414;REFB=-0.0332051;REVB=1.57147e-06;RO=30;SAF=17;SAR=33;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697674;STB=0.538028;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0177102;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:33:17:13:17:33:17:13:17 chr13 49794650 . C A 1093.91 PASS AF=0.7;AO=91;DP=130;FAO=91;FDP=130;FR=.;FRO=39;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0192985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.553;QD=33.6588;RBI=0.0305836;REFB=-0.0349413;REVB=0.023726;RO=39;SAF=49;SAR=42;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430759;STB=0.523127;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0126679;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:39:39:91:91:0.7:42:49:18:21:42:49:18:21 chr13 49840024 . A G 1615.0 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00299895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0767;QD=58.7274;RBI=0.0177724;REFB=-0.0335135;REVB=-0.0175175;RO=1;SAF=56;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840057;STB=0.504347;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000324568;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:1:1:107:109:0.990909:51:56:1:0:52:57:1:0 chr13 49866869 . G C 782.59 PASS AF=0.544118;AO=72;DP=142;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00503965;FXX=0.0872425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9558;QD=23.0174;RBI=0.0052332;REFB=-0.00533602;REVB=0.00141008;RO=57;SAF=42;SAR=30;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256693;STB=0.501031;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00575696;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:136:57:62:72:74:0.544118:30:42:35:22:30:44:37:25 chr13 50008301 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.56;QD=61.5359;RBI=0.0146122;REFB=0;REVB=0.0121628;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37057e-06;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:40:41:0:0 chr13 50050620 . A G 827.84 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0877558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4656;QD=54.2845;RBI=0.0919536;REFB=-0.0656872;REVB=0.0274661;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325115;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00104232;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:2:1:59:60:0.983607:28:31:0:2:29:31:0:1 chr13 50057097 . G A 726.91 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196489;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8695;QD=57.0124;RBI=0.0430059;REFB=0;REVB=-0.0382547;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125916;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr13 50057633 . A G 586.5 PASS AF=0.311203;AO=75;DP=245;FAO=75;FDP=241;FR=.;FRO=166;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=94;FWDB=0.00384553;FXX=0.0163259;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.104;QD=9.73448;RBI=0.0097433;REFB=-0.0194902;REVB=-0.00895231;RO=161;SAF=44;SAR=31;SRF=72;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164482;STB=0.604634;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0439877;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:241:161:166:75:75:0.311203:31:44:72:89:31:44:72:94 chr13 50080847 . A G 909.07 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.361;QD=56.8168;RBI=0.102401;REFB=-0.125723;REVB=0.01796;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181626;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:0:63:64:1:33:30:1:0:33:31:0:0 chr13 50106550 . GAAG GAG,GAGT 277.56 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=20,2;DP=22;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916198,0.00626105;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=24.9897,6.41948;QD=50.466;RBI=0.119277,0.0457192;REFB=0,0;REVB=0.0763732,0.0452884;RO=0;SAF=8,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0039563,0.112614;OID=.,.;OPOS=50106551,50106552;OREF=A,AG;OALT=-,GT;OMAPALT=GAG,GAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:20,2:22:21,1:22:0:9,1:12,0:0:0:5:0:8,2:12,0:0:0 chr13 50106584 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.168;QD=51.1846;RBI=0.0229917;REFB=0;REVB=0.0228557;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31623e-05;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr13 50123622 . G C 1469.06 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00909492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2225;QD=58.1806;RBI=0.0413778;REFB=-0.0990441;REVB=0.0403659;RO=2;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231214;STB=0.506023;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00115317;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:2:1:98:100:0.990099:40:58:0:2:41:59:0:1 chr13 50126382 . G A 296.14 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0549642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7077;QD=49.3566;RBI=0.0574306;REFB=-0.00768954;REVB=0.0166498;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00249288;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:0:1:7:16:0:1 chr13 50141345 . G A 1177.4 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174452;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.227;QD=61.1634;RBI=0.0179818;REFB=0;REVB=0.00436001;RO=0;SAF=16;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126983;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:61:16:0:0:61:16:0:0 chr13 50205025 . T C 308.34 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0225904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.017;QD=28.031;RBI=0.022984;REFB=-0.0197603;REVB=-0.00423555;RO=17;SAF=19;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219878;STB=0.621724;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0200705;OID=.;OPOS=50205025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:8:19:7:10:8:19:7:10 chr13 50205540 . C CAAT 67.75 PASS AF=0.322581;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00752581;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.909;QD=8.74141;RBI=0.0110308;REFB=-0.00206753;REVB=0.00806474;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171073;STB=0.561915;STBP=0.66;TYPE=ins;VARB=0.00613014;OID=.;OPOS=50205541;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:8:33:10:31:21:7:3:13:8:67:24:6:2:15:9 chr13 50206001 . A T 534.06 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0659282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0826;QD=15.7075;RBI=0.0659296;REFB=-0.0171628;REVB=0.000431998;RO=75;SAF=21;SAR=37;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227792;STB=0.631065;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0290149;OID=.;OPOS=50206001;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:78:58:58:0.426471:37:21:44:31:37:21:46:32 chr13 50206328 . G C 816.76 PASS AF=0.6;AO=72;DP=121;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.000346814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.309;QD=26.1364;RBI=0.0360981;REFB=-0.016109;REVB=0.0360964;RO=49;SAF=48;SAR=24;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583037;STB=0.535402;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00921553;OID=.;OPOS=50206328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:49:50:72:75:0.6:24:48:36:13:27:48:36:14 chr13 50207133 . A G 363.13 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0310053;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.401;QD=23.056;RBI=0.0458541;REFB=-0.0071204;REVB=-0.0337826;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118476;STB=0.570993;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00381245;OID=.;OPOS=50207133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:27:36:36:0.571429:21:15:7:19:21:15:7:20 chr13 50207220 . T G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0500645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.493;QD=27.1539;RBI=0.057259;REFB=-0.00553348;REVB=-0.0277873;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000683391;OID=.;OPOS=50207220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:3:3:8:6:3:3 chr13 50273603 . A G 619.07 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00631855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.533;QD=29.8349;RBI=0.00738994;REFB=-0.0151555;REVB=-0.00383237;RO=29;SAF=30;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200435;STB=0.510866;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00998209;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:54:54:0.650602:24:30:17:12:24:30:17:12 chr13 50275515 . C T 401.67 PASS AF=0.328859;AO=49;DP=149;FAO=49;FDP=149;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0162692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.441;QD=10.783;RBI=0.0246634;REFB=-0.00607784;REVB=-0.0185364;RO=100;SAF=24;SAR=25;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118614;STB=0.506847;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0131329;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:100:100:49:49:0.328859:25:24:50:50:25:24:50:50 chr13 50296115 . C T 769.86 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3324;QD=55.9901;RBI=0.0260119;REFB=0;REVB=-0.0257938;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194517;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:46:55:1:13:33:0:0:19:36:0:0 chr13 50296116 . G T 61.48 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0192052;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.7368;QD=4.39136;RBI=0.0418079;REFB=0.0021056;REVB=0.0371357;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482365;STB=0.807185;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00086588;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:7:3:33:13:7:3:33:13 chr13 50466615 . G C 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0277051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8014;QD=30.8106;RBI=0.0277057;REFB=-0.0448165;REVB=-0.000193791;RO=13;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139368;STB=0.576412;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0187139;OID=.;OPOS=50466615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:14:12:9:4:14:12:9:4 chr13 50466911 . G A 141.88 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00790969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.783;QD=9.61861;RBI=0.017196;REFB=-0.00130938;REVB=-0.0152689;RO=39;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296099;STB=0.640287;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00217613;OID=.;OPOS=50466911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:18:19:0.322034:15:3:14:25:15:4:15:25 chr13 50502223 . TAAAAAT ATAAAAT,CTAAAAT,TAAAAT,TAAAATA 39.3 PASS AF=0.0408163,0,0.244898,0;AO=2,2,10,2;DP=54;FAO=2,0,12,0;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=0,0,4,0;FSAR=2,0,8,0;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0072117,0.0754982,0.110466,0.0204337;FXX=0.039208;HRUN=1,1,5,5;LEN=2,2,1,2;MLLD=95.7504,32.831,11.8103,20.0172;QD=3.20814;RBI=0.0361715,0.14,0.195668,0.107975;REFB=-0.0364009,-0.0321261,-0.115248,-0.0776516;REVB=-0.0354453,-0.117898,-0.161503,-0.106024;RO=32;SAF=0,0,2,2;SAR=2,2,8,0;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.618518,-0.618518,-0.623959,0.350838;STB=0.997573,0.5,0.809726,0.5;STBP=0.021,1,0.026,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0.0927341,0,0.102185,0.190188;OID=.,.,.,.;OPOS=50502223,50502223,50502224,50502228;OREF=TA,TA,A,AT;OALT=AT,CT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAT,CTAAAAT,TAAAAT,TAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:34:54:49:32:35:2,2,10,2:2,0,12,0:0.0408163,0,0.244898,0:2,2,8,0:0,0,2,2:25:7:2,0,8,0:0,0,4,0:28:7 chr13 50587718 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.725;QD=33.4285;RBI=0.0172595;REFB=0;REVB=0.00623233;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588877;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr13 50588490 . T C 268.68 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0168004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7753;QD=38.3829;RBI=0.190061;REFB=-0.244786;REVB=0.189317;RO=6;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793803;STB=0.510195;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0531614;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:28:28:6:5:22:23:0.821429:7:15:3:3:8:15:3:2 chr13 50588492 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5093;QD=56.7026;RBI=0.0987623;REFB=0;REVB=0.073603;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276415;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr13 50588494 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0931;QD=58.5844;RBI=0.0534299;REFB=0;REVB=-0.0365914;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87681e-05;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr13 50588496 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1903;QD=59.0175;RBI=0.0539184;REFB=0;REVB=-0.0444364;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231202;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr13 50590423 . G C 1212.24 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858454;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.663;QD=61.3794;RBI=0.087417;REFB=0;REVB=0.0165013;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97424e-05;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr13 50591480 . T C 573.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.582;QD=60.3974;RBI=0.0228957;REFB=0;REVB=0.0224812;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152029;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr13 50591616 . A G 510.85 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=68;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00442824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.875;QD=29.6147;RBI=0.0160623;REFB=-0.018004;REVB=0.0154399;RO=23;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10502;STB=0.559871;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00515823;OID=.;OPOS=50591616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:23:45:46:0.666667:26:19:6:17:26:20:6:17 chr13 50656582 . T A 2456.82 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.289;QD=61.4204;RBI=0.0397834;REFB=0;REVB=0.0391383;RO=0;SAF=92;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85934e-05;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:68:92:0:0:68:92:0:0 chr13 51387124 . A G 1786.6 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0523969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4339;QD=57.6322;RBI=0.0572587;REFB=-0.0652901;REVB=0.0230893;RO=3;SAF=58;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239323;STB=0.516664;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00780272;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:124:3:4:120:120:0.967742:62:58:3:0:62:58:4:0 chr13 51594741 . T G 1477.9 PASS AF=1;AO=77;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1436;QD=58.5305;RBI=0.105681;REFB=0;REVB=0.0541531;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186537;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:77:101:1:38:39:0:0:54:47:0:0 chr13 51603768 . T C 775.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875519;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.627;QD=57.4079;RBI=0.037334;REFB=0;REVB=0.0362929;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122406;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr13 51941943 . T C 443.13 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0597837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2511;QD=20.1421;RBI=0.0742358;REFB=-0.0257616;REVB=0.0440098;RO=44;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182919;STB=0.601182;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0305947;OID=.;OPOS=51941943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:20:24:15:29:20:24:15:29 chr13 51952423 . G A 1326.93 PASS AF=0.666667;AO=114;DP=172;FAO=114;FDP=171;FR=.;FRO=57;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0151889;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.48;QD=31.0394;RBI=0.0282969;REFB=-0.0116107;REVB=0.0238749;RO=57;SAF=61;SAR=53;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922781;STB=0.549597;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00622839;OID=.;OPOS=51952423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:57:57:114:114:0.666667:53:61:22:35:53:61:22:35 chr13 51956225 . T G 580.77 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0131521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.087;QD=24.9794;RBI=0.0133812;REFB=-0.00939719;REVB=-0.0024652;RO=39;SAF=28;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091276;STB=0.554996;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0048444;OID=.;OPOS=51956225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:25:28:16:23:25:28:16:24 chr13 51958756 . C T 486.01 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0433262;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.7911;QD=27.0004;RBI=0.104803;REFB=0.0182684;REVB=0.095428;RO=26;SAF=23;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849371;STB=0.538824;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0116329;OID=.;OPOS=51958756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:27:45:45:0.625:22:23:10:16:22:23:11:16 chr13 51958840 . G T 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0770052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7713;QD=29.5621;RBI=0.0819794;REFB=-0.0162292;REVB=-0.0281216;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156809;STB=0.586147;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0160622;OID=.;OPOS=51958840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:12:17:6:11:12:17:6:11 chr13 52440130 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.172;QD=56.935;RBI=0.0313279;REFB=0;REVB=0.025146;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35903e-05;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:36:17:0:0 chr13 52544805 . C G 957.36 PASS AF=0.575949;AO=91;DP=158;FAO=91;FDP=158;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00856446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3814;QD=24.2371;RBI=0.013285;REFB=0.025392;REVB=-0.0101558;RO=67;SAF=25;SAR=66;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271895;STB=0.648492;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.017376;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:67:67:91:91:0.575949:66:25:40:27:66:25:40:27 chr13 52548140 . A C 987.98 PASS AF=0.607143;AO=86;DP=155;FAO=102;FDP=168;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0123978;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9376;QD=23.5234;RBI=0.0882578;REFB=-0.0114631;REVB=0.0873827;RO=57;SAF=53;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816951;STB=0.525543;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0147747;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:168:57:66:86:102:0.607143:33:53:29:28:49:53:30:36 chr13 52603194 . G T 1248.35 PASS AF=0.579208;AO=117;DP=203;FAO=117;FDP=202;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00891858;FXX=0.00492587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.691;QD=24.7198;RBI=0.0105061;REFB=0.00224254;REVB=0.00555311;RO=85;SAF=44;SAR=73;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100215;STB=0.505439;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00158607;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:85:85:117:117:0.579208:73:44:33:52:73:44:33:52 chr13 52603775 . C T 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00364793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.718;QD=24.5872;RBI=0.0373856;REFB=-0.0328737;REVB=-0.0372072;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625847;STB=0.53442;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0156294;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:11:10:18:14:11:10 chr13 52605362 . T A 76.15 PASS AF=0.220588;AO=18;DP=71;FAO=15;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0742927;FXX=0.0684838;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.6974;QD=4.47933;RBI=0.101917;REFB=-0.0126378;REVB=-0.0697686;RO=44;SAF=1;SAR=17;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78412;STB=0.944717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0130859;OID=.;OPOS=52605362;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:71:68:44:52:18:15:0.220588:17:1:35:9:14:1:36:16 chr13 52605675 . A G 100.5 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00640254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.032;QD=16.0801;RBI=0.0370227;REFB=-0.0203723;REVB=-0.0364649;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140286;STB=0.562401;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0297297;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:4:7:10:3:4:8:10:3 chr13 52607169 . T C 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0132486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.942;QD=26.6155;RBI=0.0342602;REFB=-0.0143699;REVB=0.0315949;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499607;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0175941;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:11:10:14:15:11:10 chr13 52971893 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.354;QD=60.9778;RBI=0.0242315;REFB=0;REVB=0.0210036;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67136e-05;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr13 53035783 . T C 888.47 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.789;QD=56.411;RBI=0.0309433;REFB=-0.0839384;REVB=-0.011229;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491064;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0016312;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:30:31:1:1:31:31:1:0 chr13 53035925 . A G 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.122;QD=64.407;RBI=0.045933;REFB=0;REVB=0.0113972;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133279;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr13 53050479 . G A 2159.61 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.501;QD=63.0544;RBI=0.0360307;REFB=0;REVB=0.0132488;RO=0;SAF=71;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32095e-05;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:66:71:0:0:66:71:0:0 chr13 53422553 . A G 1457.11 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013239;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5433;QD=63.3525;RBI=0.0311265;REFB=0;REVB=-0.0281707;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045455;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:61:30:0:0:61:31:0:0 chr13 53602970 . A G 255.82 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0458551;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.981;QD=9.56316;RBI=0.0506241;REFB=-0.0182217;REVB=-0.02145;RO=74;SAF=24;SAR=10;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208586;STB=0.617153;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0215277;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:74:73:34:34:0.317757:10:24:40:34:10:24:40:33 chr13 53608632 . C T 1048.15 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.985;QD=59.8944;RBI=0.0281445;REFB=0;REVB=-0.0232757;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21956e-06;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:64:70:1:30:34:0:0:30:40:0:0 chr13 55748673 . T C 277.57 PASS AF=0.248521;AO=42;DP=170;FAO=42;FDP=169;FR=.;FRO=127;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0218562;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5101;QD=6.5697;RBI=0.0402344;REFB=0.000343607;REVB=0.0337804;RO=126;SAF=22;SAR=20;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198407;STB=0.509025;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00029058;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:126:127:42:42:0.248521:20:22:64:62:20:22:65:62 chr13 60240961 . C T 231.4 PASS AF=0.277311;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=119;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0204804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.763;QD=7.77819;RBI=0.0289827;REFB=-0.00559092;REVB=-0.0205073;RO=85;SAF=8;SAR=25;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207451;STB=0.630167;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0113671;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:85:86:33:33:0.277311:25:8:33:52:25:8:34:52 chr13 60324979 . G A 2054.44 PASS AF=0.985401;AO=130;DP=134;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0593984;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2693;QD=59.9836;RBI=0.0908609;REFB=-0.102318;REVB=0.0687571;RO=3;SAF=85;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150929;STB=0.502026;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00351111;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:137:3:2:130:135:0.985401:45:85:1:2:50:85:1:1 chr13 60385058 . C CTAT 52.31 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00606839;FXX=0.132051;HRUN=1;LEN=3;MLLD=194.236;QD=4.54898;RBI=0.0300227;REFB=-0.00366742;REVB=-0.029403;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404389;STB=0.565057;STBP=0.717;TYPE=ins;VARB=0.0115659;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:8:53:8:46:38:4:4:22:16:52:45:4:4:24:21 chr13 61986918 . C A 1037.79 PASS AF=0.972603;AO=72;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0302522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5968;QD=56.865;RBI=0.0902528;REFB=0.00466113;REVB=-0.0850316;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.512496;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000428847;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:0:2:72:71:0.972603:32:40:0:0:32:39:2:0 chr13 61989235 . C T 975.58 PASS AF=0.605634;AO=86;DP=143;FAO=86;FDP=142;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00696503;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.505;QD=27.4812;RBI=0.0124505;REFB=-0.00565412;REVB=0.0103201;RO=53;SAF=52;SAR=34;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148239;STB=0.577377;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00320425;OID=.;OPOS=61989235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:53:56:86:86:0.605634:34:52:21:32:34:52:23:33 chr13 64320999 . TG CA 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00261813;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.811;QD=11.6315;RBI=0.00753403;REFB=-0.0201558;REVB=-0.00706449;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641046;STB=0.867601;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0161455;OID=.;OPOS=64320999;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:14:16:10:10:0.384615:9:1:10:4:9:1:10:6 chr13 64321002 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0145103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.306;QD=7.46456;RBI=0.0310723;REFB=-0.0161328;REVB=-0.0274761;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564383;STB=0.856123;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0551841;OID=.;OPOS=64321002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:11:6:6:1:11:6 chr13 64321028 . A G 177.17 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0210104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3061;QD=22.1463;RBI=0.0491318;REFB=-0.0599271;REVB=0.0444128;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0724701;OID=.;OPOS=64321028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:14:18:18:0.5625:9:9:5:7:9:9:7:7 chr13 64415081 . G C 30.68 PASS AF=0.0882353;AO=2;DP=35;FAO=3;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.137324;FXX=0.0555401;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1347;QD=3.60941;RBI=0.140648;REFB=-0.0616526;REVB=-0.0303975;RO=15;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504245;STB=0.694387;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.107323;OID=.;OPOS=64415081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:34:15:27:2:3:0.0882353:2:0:6:9:2:1:15:12 chr13 64417631 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.493;QD=39.2067;RBI=0.0127193;REFB=0;REVB=0.00475914;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010066;OID=.;OPOS=64417631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr13 67205520 . A G 590.57 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0385757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.347;QD=26.844;RBI=0.0400569;REFB=0.00112488;REVB=-0.0107922;RO=35;SAF=20;SAR=33;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726433;STB=0.53952;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000880473;OID=.;OPOS=67205520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:33:20:10:25:33:20:10:25 chr13 67800935 . G A 738.37 PASS AF=0.521739;AO=70;DP=142;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00760863;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.572;QD=21.4021;RBI=0.00766091;REFB=-0.0106185;REVB=0.000893455;RO=67;SAF=31;SAR=39;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178124;STB=0.518982;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00869075;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:138:67:66:70:72:0.521739:39:31:31:36:41:31:31:35 chr13 67802339 . A T 1911.46 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113436;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.442;QD=61.6599;RBI=0.0114449;REFB=0;REVB=0.00151918;RO=0;SAF=45;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76755e-06;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:79:45:0:0:79:45:0:0 chr13 69267981 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.138;QD=63.2868;RBI=0.0239958;REFB=0;REVB=0.0171717;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14311e-05;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr13 71033601 . T C 168.46 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823298;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.042;QD=48.1316;RBI=0.0207342;REFB=0;REVB=0.0190296;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128628;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr13 73280182 . T C 805.05 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.673;QD=64.4036;RBI=0.0352598;REFB=0;REVB=0.00285312;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145234;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:16:34:0:0 chr13 73301655 . A C 1189.45 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00402907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.062;QD=57.3228;RBI=0.0199924;REFB=-0.0714722;REVB=0.0195822;RO=2;SAF=51;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182044;STB=0.514282;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00125551;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:2:3:80:80:0.963855:29:51:2:0:29:51:3:0 chr13 73301728 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.389;QD=57.6804;RBI=0.0344887;REFB=0;REVB=-0.000750908;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354387;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr13 73302261 . G A 591.99 PASS AF=0.568627;AO=57;DP=101;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0623055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.73;QD=23.2152;RBI=0.0679324;REFB=-0.0192372;REVB=0.027071;RO=43;SAF=27;SAR=30;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251277;STB=0.522026;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0116573;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:43:44:57:58:0.568627:30:27:19:24:30:28:19:25 chr13 73329358 . G A 162.98 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.054067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.212;QD=13.0384;RBI=0.0558757;REFB=-0.012602;REVB=-0.0141018;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268064;STB=0.515678;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0293553;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:17:15:8:10:17:15 chr13 73343039 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0183607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.161;QD=11.3237;RBI=0.0367217;REFB=-0.0158076;REVB=-0.031802;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16505;STB=0.595605;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0366441;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:10:13:17:24:10:13:17:24 chr13 73349359 . G C 158.97 PASS AF=0.19708;AO=27;DP=137;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.00192289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.351;QD=4.64134;RBI=0.0352166;REFB=-0.0104213;REVB=-0.035164;RO=107;SAF=17;SAR=10;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137915;STB=0.598386;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0307084;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:107:110:27:27:0.19708:10:17:56:51:10:17:56:54 chr13 73369642 . A G 188.82 PASS AF=0.297619;AO=26;DP=85;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0702052;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0678;QD=8.99134;RBI=0.0743163;REFB=-0.00262634;REVB=0.024375;RO=58;SAF=6;SAR=20;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209591;STB=0.612806;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00714739;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:58:59:26:25:0.297619:20:6:22:36:19:6:22:37 chr13 73590065 . G T 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.000229117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.335;QD=5.37834;RBI=0.000600891;REFB=-0.00209453;REVB=0.000555496;RO=52;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187734;STB=0.633482;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00734827;OID=.;OPOS=73590065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:52:54:15:15:0.217391:10:5:25:27:10:5:27:27 chr13 73650112 . C A 723.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.561;QD=56.717;RBI=0.0366188;REFB=0;REVB=0.0328713;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02348e-05;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:51:0:0:44:51:1:12:32:0:0:15:36:0:0 chr13 73650117 . G A 751.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.413;QD=56.6893;RBI=0.0146347;REFB=0;REVB=0.00783103;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60437e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr13 74264947 . A G 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.000704869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.575;QD=1.61421;RBI=0.0224308;REFB=-0.000292011;REVB=0.0224197;RO=82;SAF=7;SAR=2;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329904;STB=0.757597;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00275128;OID=.;OPOS=74264947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:82:82:9:9:0.0989011:2:7:41:41:2:7:41:41 chr13 74339104 . G T 149.21 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00572617;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.295;QD=8.28939;RBI=0.00635138;REFB=-0.0024091;REVB=-0.0027479;RO=45;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130567;STB=0.578871;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00570664;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:51:20:21:0.291667:12:8:23:22:13:8:25:26 chr13 74863339 . C A 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00434806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.167;QD=25.8469;RBI=0.0456745;REFB=-0.0211361;REVB=-0.0454671;RO=21;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137938;STB=0.575343;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0120976;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:18:17:6:15:18:17:6:15 chr13 74988714 . C T 4764.8 PASS AF=0.96319;AO=314;DP=327;FAO=314;FDP=326;FR=.;FRO=12;FSAF=182;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0184747;FXX=0.00305801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.585;QD=58.4638;RBI=0.0241361;REFB=-0.10911;REVB=0.0155318;RO=2;SAF=182;SAR=132;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717158;STB=0.521738;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000881529;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:327:326:2:12:314:314:0.96319:132:182:0:2:132:182:0:12 chr13 75814018 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.258;QD=60.6103;RBI=0.0267945;REFB=0;REVB=0.0239414;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60444e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr13 75814070 . C G 85.22 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0093337;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.012;QD=10.3295;RBI=0.00936905;REFB=0.0117359;REVB=0.000813088;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028677;STB=0.530671;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0194332;OID=.;OPOS=75814070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:12:9:5:6:13:9 chr13 75814344 . C A 223.18 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.035662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6302;QD=10.5026;RBI=0.0359934;REFB=-0.0186157;REVB=-0.00487305;RO=57;SAF=7;SAR=21;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204779;STB=0.620597;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0358886;OID=.;OPOS=75814344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:21:7:23:34:21:7:23:34 chr13 75814384 . C T 642.7 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0180654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.755;QD=26.5033;RBI=0.0357818;REFB=-0.00808481;REVB=-0.0308865;RO=40;SAF=21;SAR=36;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843044;STB=0.546059;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00566841;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:36:21:19:21:36:21:19:21 chr13 75884216 . C T 619.31 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0108082;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.443;QD=18.3499;RBI=0.0563766;REFB=-0.0310984;REVB=-0.0553309;RO=71;SAF=31;SAR=31;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142517;STB=0.578108;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0284456;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:71:72:62:63:0.466667:31:31:25:46:31:32:26:46 chr13 75884290 . G A 245.18 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0267036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.656;QD=13.2528;RBI=0.0298217;REFB=-0.00491425;REVB=-0.0132761;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227496;STB=0.628546;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0073716;OID=.;OPOS=75884290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:16:13:11:34:16:13:11:34 chr13 75915261 . A C 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0120444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.452;QD=5.05551;RBI=0.020463;REFB=-0.0015559;REVB=-0.0165428;RO=60;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574791;STB=0.543176;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00711241;OID=.;OPOS=75915261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:60:61:16:16:0.207792:9:7:29:31:9:7:30:31 chr13 75936519 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.39;QD=63.872;RBI=0.0116257;REFB=0;REVB=0.00784742;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45639e-07;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr13 76055602 . G A 905.0 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0358793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.777;QD=54.8482;RBI=0.0383055;REFB=0.0166807;REVB=0.013416;RO=2;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209819;STB=0.511108;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00129874;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:63:64:0.969697:44:19:0:2:44:20:0:2 chr13 76143572 . T C 1182.65 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0022274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7823;QD=58.4026;RBI=0.0316247;REFB=-0.0886198;REVB=0.0315461;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00178154;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:37:42:0:0:37:42:0:2 chr13 76378459 . T C 2535.8 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.655;QD=60.3762;RBI=0.0324923;REFB=-0.128111;REVB=0.015051;RO=0;SAF=88;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50036;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000498206;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:168:168:0:2:166:166:0.988095:78:88:0:0:78:88:1:1 chr13 76382100 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.287;QD=62.3508;RBI=0.0265563;REFB=0;REVB=-0.0166495;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73126e-06;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr13 76395342 . C T 1029.21 PASS AF=0.631206;AO=89;DP=141;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.01028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.823;QD=29.1975;RBI=0.0331543;REFB=0.00497363;REVB=-0.0315203;RO=52;SAF=52;SAR=37;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097851;STB=0.552912;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00385591;OID=.;OPOS=76395342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:52:52:89:89:0.631206:37:52:23:29:37:52:23:29 chr13 76397731 . G A 650.45 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0391527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.972;QD=30.6095;RBI=0.0400839;REFB=-0.0468164;REVB=0.00858988;RO=29;SAF=27;SAR=29;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869644;STB=0.54705;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0199711;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:29:27:10:19:29:27:10:19 chr13 76397790 . C T 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00443679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.45;QD=10.7395;RBI=0.0168478;REFB=0.00284729;REVB=-0.0162531;RO=68;SAF=13;SAR=22;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048505;STB=0.528087;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00470402;OID=.;OPOS=76397790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:22:13:28:40:22:13:28:40 chr13 76423248 . T C 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0248;QD=63.4733;RBI=0.0452351;REFB=0;REVB=0.0423087;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218402;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr13 76445316 . C T 812.37 PASS AF=0.52381;AO=78;DP=147;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0431407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3434;QD=22.1054;RBI=0.044347;REFB=0.0048665;REVB=0.0102734;RO=68;SAF=45;SAR=33;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227543;STB=0.500637;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00389586;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:68:70:78:77:0.52381:33:45:41:27:32:45:41:29 chr13 76457183 . T C 314.1 PASS AF=0.322835;AO=40;DP=126;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0220047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.844;QD=9.89278;RBI=0.0221265;REFB=-0.00109491;REVB=0.00231875;RO=86;SAF=21;SAR=19;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116339;STB=0.515377;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00224636;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:86:86:40:41:0.322835:19:21:46:40:20:21:46:40 chr13 76709108 . G A 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.503;QD=58.78;RBI=0.0384588;REFB=0;REVB=0.0252074;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02556e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:24:41:0:0 chr13 76709223 . C A 2342.62 PASS AF=0.981132;AO=90;DP=158;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0127696;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3178;QD=58.9338;RBI=0.036374;REFB=-0.126571;REVB=0.0340589;RO=0;SAF=85;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510637;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0035806;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:159:0:3:90:156:0.981132:5:85:0:0:69:87:0:3 chr13 77738664 . A G 341.47 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0172138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.08;QD=13.3908;RBI=0.0230508;REFB=0.00262929;REVB=0.0153306;RO=62;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429142;STB=0.524404;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00279309;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:26:14:24:38:26:14:24:38 chr13 77751892 . C T 731.35 PASS AF=0.638095;AO=67;DP=105;FAO=67;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000710053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.996;QD=27.861;RBI=0.00561277;REFB=-0.0217937;REVB=-0.00556767;RO=38;SAF=35;SAR=32;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262973;STB=0.501424;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0094238;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:38:67:67:0.638095:32:35:20:18:32:35:20:18 chr13 77834627 . A C 688.78 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0158377;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.098;QD=23.548;RBI=0.0164314;REFB=-0.00740542;REVB=0.0043767;RO=51;SAF=35;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00071353;STB=0.50039;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619894;OID=.;OPOS=77834627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:51:66:66:0.564103:31:35:27:24:31:35:27:24 chr13 78146301 . C T 2048.48 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.084358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.732;QD=60.6957;RBI=0.0865817;REFB=-0.0341211;REVB=-0.0194963;RO=1;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704179;STB=0.507352;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000632367;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:1:2:133:133:0.985185:67:66:0:1:67:66:0:2 chr13 78178550 . G A 342.75 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0846417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5999;QD=13.9897;RBI=0.103056;REFB=-0.000982422;REVB=-0.058791;RO=60;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856708;STB=0.548781;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000497107;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:22:16:30:30:22:16:30:30 chr13 78338016 . A G 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0188286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.37;QD=20.5644;RBI=0.0235616;REFB=-0.0165074;REVB=0.0141645;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996544;STB=0.555;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0172988;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:27:18:13:31:27:18:13:31 chr13 78477674 . A G 1202.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.863;QD=60.8705;RBI=0.045807;REFB=0;REVB=-0.0386655;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81298e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:46:32:0:0:46:33:0:0 chr13 78521890 . C A 338.94 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.658;QD=54.2301;RBI=0.220914;REFB=0;REVB=-0.0012768;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018755;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:14:10:1:0:14:11:0:0 chr13 79188626 . A G 1014.8 PASS AF=0.664384;AO=84;DP=143;FAO=97;FDP=146;FR=.;FRO=49;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0658025;FXX=0.0580608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5456;QD=27.8028;RBI=0.0719517;REFB=-0.0606625;REVB=0.0291047;RO=48;SAF=39;SAR=45;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402602;STB=0.522424;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0406144;OID=.;OPOS=79188626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:48:49:84:97:0.664384:45:39:22:26:45:52:23:26 chr13 79979847 . G C 549.05 PASS AF=0.280576;AO=76;DP=276;FAO=78;FDP=278;FR=.;FRO=200;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=93;FSRR=107;FWDB=-0.0308381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.362;QD=7.90003;RBI=0.0390708;REFB=-0.00647593;REVB=-0.0239904;RO=200;SAF=40;SAR=36;SRF=93;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754646;STB=0.55272;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.015954;OID=.;OPOS=79979847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:200:200:76:78:0.280576:36:40:93:107:36:42:93:107 chr13 80910786 . C A 772.5 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0727699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1398;QD=61.8001;RBI=0.0861803;REFB=-0.162726;REVB=-0.0461691;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00304043;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:23:26:0:0:23:26:1:0 chr13 80910792 . T G 755.56 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147132;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.8;QD=57.0236;RBI=0.0128402;REFB=0;REVB=0.0127557;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86466e-05;OID=.;OPOS=80910792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr13 86367009 . C A 2349.76 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00092175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.229;QD=63.0808;RBI=0.0538093;REFB=0;REVB=0.0538014;RO=0;SAF=62;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01265e-05;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:149:0:0:139:149:1:77:62:0:0:85:64:0:0 chr13 86367973 . CT C,TC 527.81 PASS AF=1,0;AO=38,5;DP=52;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0849293,-0.00208837;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.7316,5.45822;QD=39.8344;RBI=0.192936,0.0067177;REFB=0,0;REVB=0.173238,0.00638484;RO=0;SAF=27,1;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00316689,0;OID=.,.;OPOS=86367974,86367973;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:0:0:38,5:53,0:1,0:11,4:27,1:0:0:19,0:34,0:0:0 chr13 86369120 . C T 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282711;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=57.0409;RBI=0.00736383;REFB=0;REVB=-0.00679951;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39431e-05;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr13 88329472 . T A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.018398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.166;QD=22.7947;RBI=0.0404681;REFB=-0.0383496;REVB=0.0360441;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149847;STB=0.508373;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0385439;OID=.;OPOS=88329472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:10:11:13:11:10:11 chr13 88331241 . T TTGTA 450.76 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.030427;FXX=0.0952154;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.917;QD=47.4479;RBI=0.0331198;REFB=-0.0483036;REVB=-0.0130812;RO=5;SAF=16;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125618;STB=0.567527;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.00228299;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421:32:38:33:38:5:16:17:5:0:29:5:16:16:5:0 chr13 95034763 . G A 425.12 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00575991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.605;QD=24.2926;RBI=0.0213574;REFB=-0.0221053;REVB=0.020566;RO=29;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149445;STB=0.574964;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0128328;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:40:41:0.585714:23:17:18:11:23:18:18:11 chr13 95264604 . C T 389.58 PASS AF=0.324324;AO=48;DP=148;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00691098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.683;QD=10.5292;RBI=0.00816922;REFB=-0.00340864;REVB=-0.00435597;RO=100;SAF=19;SAR=29;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531608;STB=0.530783;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00733302;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:100:100:48:48:0.324324:29:19:44:56:29:19:44:56 chr13 95279505 . T A 116.36 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0375676;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.227;QD=10.8244;RBI=0.0375833;REFB=-0.00318585;REVB=-0.00108371;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816695;STB=0.53686;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00600172;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:29:14:14:0.325581:8:6:15:15:8:6:14:15 chr13 95280923 . A T 556.54 PASS AF=0.350785;AO=67;DP=191;FAO=67;FDP=191;FR=.;FRO=124;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=47;FWDB=0.0390417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1406;QD=11.6553;RBI=0.0418524;REFB=-0.0153714;REVB=-0.0150787;RO=124;SAF=33;SAR=34;SRF=77;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146177;STB=0.583166;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0284031;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:124:124:67:67:0.350785:34:33:77:47:34:33:77:47 chr13 95364046 . C G 1077.45 PASS AF=0.536842;AO=102;DP=190;FAO=102;FDP=190;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00863036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.113;QD=22.6832;RBI=0.0103294;REFB=-0.0242839;REVB=-0.00567573;RO=88;SAF=55;SAR=47;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717779;STB=0.539208;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0195927;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:88:88:102:102:0.536842:47:55:40:48:47:55:40:48 chr13 95364337 . T G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0218255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.029;QD=8.69805;RBI=0.0218591;REFB=-0.0134291;REVB=-0.00121118;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0291583;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr13 95672950 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.125;QD=56.9376;RBI=0.0215867;REFB=0;REVB=-0.00778981;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74866e-05;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr13 95673135 . C T 883.49 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00290211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0394;QD=53.5448;RBI=0.0170703;REFB=-0.0036493;REVB=-0.0168218;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392995;STB=0.530602;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000894078;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:23:40:0:2:23:40:0:3 chr13 95673938 . TA T,TG 1589.63 PASS AF=0.227273,0.772727;AO=25,85;DP=113;FAO=25,85;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=13,46;FSAR=12,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169485,0.0190696;FXX=0.0090082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.34,116.014;QD=57.8048;RBI=0.0296473,0.0322548;REFB=0,0;REVB=0.0243251,0.0260139;RO=0;SAF=13,44;SAR=12,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00485519,0.00484618;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.772727:25,85:113:25,85:110:0:13,46:12,39:0:0:99:0:13,44:12,41:0:0 chr13 95714976 . C T 1026.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.146;QD=59.5352;RBI=0.0171393;REFB=0;REVB=0.00666727;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04977e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:30:37:0:0:32:37:0:0 chr13 95726541 . A G 2010.96 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.383;QD=61.4034;RBI=0.0500764;REFB=-0.0829779;REVB=0.0465731;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504854;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000189821;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:79:51:0:0:79:51:1:0 chr13 95727780 . T C 1545.9 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125901;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5693;QD=60.0351;RBI=0.015837;REFB=0;REVB=-0.00960726;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40249e-05;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr13 95858978 . T C 1142.48 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185226;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.878;QD=59.3498;RBI=0.0186635;REFB=-0.0311068;REVB=0.00228916;RO=1;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090147;STB=0.504761;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0005737;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:52:24:0:1:52:24:0:1 chr13 95858996 . T C 920.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.175;QD=58.4288;RBI=0.004816;REFB=0;REVB=-0.00154908;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78609e-06;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:42:19:0:0:44:19:0:0 chr13 95861804 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.588;QD=60.2026;RBI=0.0370671;REFB=0;REVB=-0.017201;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93485e-05;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr13 95988412 . T C 366.0 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0355913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.426;QD=25.6844;RBI=0.0358492;REFB=-0.00189799;REVB=0.00429195;RO=21;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782351;STB=0.536494;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000925242;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:35:36:0.631579:19:16:12:9:19:17:12:9 chr13 96293631 . G A 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0118685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.669;QD=15.0663;RBI=0.0400527;REFB=-0.012921;REVB=0.0382539;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747331;STB=0.534501;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0180737;OID=.;OPOS=96293631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:15:19:29:17:15:19:29:18 chr13 96506664 . A G 319.85 PASS AF=0.298701;AO=31;DP=141;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0295579;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.708;QD=8.30767;RBI=0.0313906;REFB=-0.00926531;REVB=-0.0105688;RO=108;SAF=11;SAR=20;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163866;STB=0.543459;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0214457;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:154:108:108:31:46:0.298701:20:11:52:56:21:25:52:56 chr13 96540141 . T C 6067.88 PASS AF=0.977387;AO=387;DP=397;FAO=389;FDP=398;FR=.;FRO=9;FSAF=197;FSAR=192;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000570665;FXX=0.0025062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3435;QD=60.9838;RBI=0.0246033;REFB=-0.0119089;REVB=0.0245967;RO=9;SAF=197;SAR=190;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683551;STB=0.503624;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000815241;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:397:398:9:9:387:389:0.977387:190:197:6:3:192:197:6:3 chr13 96540143 . T C 6240.83 PASS AF=0.992424;AO=388;DP=392;FAO=393;FDP=396;FR=.;FRO=3;FSAF=199;FSAR=194;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0092642;FXX=0.00751861;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.805;QD=63.0387;RBI=0.0479899;REFB=-0.0595976;REVB=0.0470872;RO=3;SAF=198;SAR=190;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229068;STB=0.501215;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000324674;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:392:396:3:3:388:393:0.992424:190:198:2:1:194:199:2:1 chr13 96540204 . T G 1339.64 PASS AF=0.315018;AO=171;DP=546;FAO=172;FDP=546;FR=.;FRO=374;FSAF=71;FSAR=101;FSRF=180;FSRR=194;FWDB=-0.0141033;FXX=0.00182812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.481;QD=9.81421;RBI=0.0284135;REFB=-0.00825583;REVB=0.0246662;RO=375;SAF=70;SAR=101;SRF=180;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856;STB=0.54758;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.01912;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:546:546:375:374:171:172:0.315018:101:70:180:195:101:71:180:194 chr13 96555149 . C T 328.74 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00695126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.772;QD=13.1497;RBI=0.00802781;REFB=-0.002408;REVB=-0.00401567;RO=63;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185019;STB=0.510586;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0038789;OID=.;OPOS=96555149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:20:17:30:33:20:17:30:33 chr13 96600246 . T C 251.23 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0123852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.594;QD=20.5086;RBI=0.034942;REFB=-0.00399854;REVB=0.0326734;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104174;STB=0.558773;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00773685;OID=.;OPOS=96600246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:11:14:16:8:11:14 chr13 96601679 . C T 1050.61 PASS AF=0.583333;AO=98;DP=168;FAO=98;FDP=168;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00446804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5633;QD=25.0146;RBI=0.0450193;REFB=-0.0391044;REVB=-0.044797;RO=68;SAF=46;SAR=52;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662862;STB=0.535139;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0257621;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:68:70:98:98:0.583333:52:46:26:42:52:46:27:43 chr13 96624836 . A G 364.64 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00697035;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.571;QD=24.3096;RBI=0.0117613;REFB=-0.0258948;REVB=0.00947318;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822777;STB=0.549973;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0200042;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:17:18:15:9:18:18:15:9 chr13 96638636 . A C 2352.95 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.197;QD=59.5684;RBI=0.0352505;REFB=-0.142529;REVB=0.00519558;RO=2;SAF=68;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015691;STB=0.500825;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00021437;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:156:156:0.987342:88:68:1:1:88:68:1:1 chr13 96821982 . G T 137.28 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0142516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.785;QD=8.71628;RBI=0.0179722;REFB=-0.00757855;REVB=-0.0109494;RO=44;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343806;STB=0.704223;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0141198;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:13:6:27:17:13:6:27:17 chr13 97489457 . G A 1587.43 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.758;QD=59.9029;RBI=0.0213726;REFB=0;REVB=-0.0210823;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50409e-05;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr13 98045158 . A G 328.17 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=147;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.00392959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4946;QD=8.92984;RBI=0.00570417;REFB=-0.0110959;REVB=0.00413472;RO=103;SAF=15;SAR=28;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388328;STB=0.520114;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0273198;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:103:104:43:43:0.292517:28:15:39:64:28:15:39:65 chr13 98645253 . A G 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0388755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.788;QD=22.9025;RBI=0.0412765;REFB=-0.017824;REVB=0.0138725;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472461;STB=0.525976;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0134994;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:24:22:16:22:24:22:16:22 chr13 98829176 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.517;QD=60.5473;RBI=0.0301103;REFB=0;REVB=-0.00413814;RO=0;SAF=19;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00058e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:55:19:0:0:55:20:0:0 chr13 98896776 . C T 1572.87 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.8;QD=59.919;RBI=0.023115;REFB=0;REVB=0.0114403;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39005e-05;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr13 99088006 . G A 529.9 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0358317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8762;QD=22.5489;RBI=0.0377167;REFB=-0.0215124;REVB=0.0117745;RO=44;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706387;STB=0.538907;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0318613;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:28:22:23:21:28:22:23:21 chr13 99088113 . C T 546.82 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00151651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.896;QD=28.7801;RBI=0.0199211;REFB=-0.0364246;REVB=0.0198633;RO=26;SAF=16;SAR=33;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943007;STB=0.559951;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0104972;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:27:49:49:0.644737:33:16:12:14:33:16:13:14 chr13 99100547 . T C 1989.55 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.294;QD=62.1734;RBI=0.0146739;REFB=0;REVB=0.000929007;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36207e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:70:58:0:0:70:58:0:0 chr13 99112680 . C G,T 422.48 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=2,28;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297374,0.00803318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.0232,56.7155;QD=56.3304;RBI=0.0596447,0.0310893;REFB=0,0;REVB=-0.0517028,-0.0300335;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.115107,-0.000888543;OID=.,.;OPOS=99112680,99112680;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:2,28:1,29:0.0333333,0.966667:0,15:2,13:0:0:0,15:1,14:0:0 chr13 99324248 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.788;QD=57.2022;RBI=0.0400409;REFB=0;REVB=0.0399;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297531;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr13 99324524 . T C 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7614;QD=57.8778;RBI=0.0424053;REFB=0;REVB=0.0421996;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264042;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr13 99362178 . T C 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.0172583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.422;QD=9.36306;RBI=0.0337558;REFB=0.0184968;REVB=0.0290105;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263632;STB=0.657225;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0225962;OID=.;OPOS=99362178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:62:27:27:0.303371:13:14:18:43:13:14:18:44 chr13 99376181 . C T 630.3 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00243328;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.415;QD=24.9624;RBI=0.00957968;REFB=0.00224186;REVB=-0.0092655;RO=40;SAF=35;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051812;STB=0.529402;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00155852;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:40:41:59:60:0.594059:24:35:21:19:25:35:21:20 chr13 99447005 . T C 2494.31 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5711;QD=60.8368;RBI=0.0393904;REFB=0.0627694;REVB=0.0224993;RO=1;SAF=57;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827465;STB=0.504347;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000303003;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:106:57:1:0:106:57:1:0 chr13 99448441 . T A 780.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.471;QD=56.7337;RBI=0.00778714;REFB=0;REVB=0.00615714;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54392e-06;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr13 99853443 . T G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8143;QD=44.6801;RBI=0.0577712;REFB=0;REVB=-0.0577712;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259791;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr13 100188585 . A T 748.56 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.781;QD=54.4409;RBI=0.036909;REFB=0.00575473;REVB=-0.0327967;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-8.03854e-05;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr13 100436131 . CAT C 1505.84 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288831;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.426;QD=64.0785;RBI=0.0305566;REFB=0;REVB=0.0099736;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.63436e-05;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:95:94:94:0:33:61:0:0:8:0:32:61:0:0 chr13 100436228 . G C 2348.5 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227424;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3226;QD=63.9048;RBI=0.0311196;REFB=0;REVB=0.0310363;RO=0;SAF=61;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595509;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:146:147:1:85:61:0:0:86:61:0:0 chr13 100517195 . CTGTGTGTGTGTGTG CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA 580.82 PASS AF=0.649351,0.038961;AO=37,4;DP=73;FAO=50,3;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=26,1;FSAR=24,2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00872871,-0.031092;FXX=0.0493766;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.59,93.7065;QD=30.1724;RBI=0.0138745,0.0324214;REFB=-0.0420194,-0.0434345;REVB=-0.0107847,-0.00918867;RO=23;SAF=20,2;SAR=17,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0437018,0.0246959;STB=0.533464,0.578408;STBP=0.432,0.903;TYPE=del,snp;VARB=0.0190355,0.0633976;OID=.,.;OPOS=100517196,100517209;OREF=TG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.649351,0.038961:37,4:73:50,3:77:24:26,1:24,2:10:14:99:23:20,2:17,2:11:12 chr13 100518580 . A G 2137.91 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9344;QD=62.8797;RBI=0.0509773;REFB=0;REVB=-0.049641;RO=0;SAF=74;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7225e-05;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:61:74:0:0:62:74:0:0 chr13 100537232 . T C 1550.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.111;QD=63.9195;RBI=0.0355127;REFB=0;REVB=0.00916077;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20645e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:38:58:0:0:38:59:0:0 chr13 100945533 . G A 2197.71 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.491;QD=63.2435;RBI=0.0242081;REFB=0;REVB=-0.00555121;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77725e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:75:63:0:0:75:64:0:0 chr13 101287340 . C T 1438.71 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178677;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.857;QD=63.24;RBI=0.0180127;REFB=0;REVB=0.00228078;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96148e-05;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:47:41:0:0:49:42:0:0 chr13 101287365 . T C 1472.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.761;QD=63.3148;RBI=0.0475079;REFB=0;REVB=-0.0296517;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64716e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:47:43:0:0:47:46:0:0 chr13 101322622 . G C 1101.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463233;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.966;QD=60.3814;RBI=0.0606082;REFB=0;REVB=0.0390832;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60705e-05;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr13 101795317 . A C,T 1082.77 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=68,5;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152941,-0.0072808;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.9052,189.372;QD=58.5281;RBI=0.071389,0.00980719;REFB=0,0;REVB=0.0697315,-0.00657045;RO=0;SAF=41,3;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.6787e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00489811,0.136984;OID=.,.;OPOS=101795317,101795317;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:74:74:0:0:68,5:70,4:0.945946,0.0540541:27,2:41,3:0:0:27,2:43,2:0:0 chr13 101795422 . A G 1794.99 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=60.3356;RBI=0.012727;REFB=0;REVB=-0.0101343;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68649e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:119:1:0:118:119:1:57:61:1:0:57:62:0:0 chr13 102366825 . A G 1697.04 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0455745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9131;QD=59.5451;RBI=0.0459004;REFB=0.00888676;REVB=-0.00545951;RO=1;SAF=84;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160887;STB=0.508473;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000792609;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:29:84:0:1:29:84:0:1 chr13 102431351 . G C 1716.73 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=121;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0116104;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.997;QD=57.2244;RBI=0.011733;REFB=-0.0142834;REVB=-0.00169183;RO=3;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261194;STB=0.509825;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=2.29229e-05;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:120:3:4:116:116:0.966667:53:63:0:3:53:63:1:3 chr13 103275386 . T C 219.62 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0262202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0985;QD=8.52895;RBI=0.0344649;REFB=-0.00229999;REVB=0.022368;RO=72;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100102;STB=0.50065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582789;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:72:73:30:30:0.291262:16:14:33:39:16:14:34:39 chr13 103339365 . A G,T 856.17 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=57,3;DP=60;FAO=58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499359,-0.0575445;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=167.01,15.3846;QD=57.0781;RBI=0.00633749,0.0578341;REFB=0,0;REVB=0.00390228,-0.00578033;RO=0;SAF=22,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000725393,0.0692459;OID=.,.;OPOS=103339365,103339365;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:60:60:0:0:57,3:58,2:0.966667,0.0333333:35,2:22,1:0:0:35,2:23,0:0:0 chr13 103346806 . C G 536.29 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00829761;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.099;QD=55.0041;RBI=0.0115094;REFB=-0.0615444;REVB=0.007976;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.508316;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00198528;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:24:13:0:1:24:13:1:1 chr13 103384824 . G A 1175.62 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124457;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.773;QD=61.0712;RBI=0.0223425;REFB=0;REVB=0.0185551;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92166e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr13 103385015 . A G 1476.28 PASS AF=0.989362;AO=82;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.214;QD=62.8205;RBI=0.0521337;REFB=0;REVB=0.0497437;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640101;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:0:82:93:0.989362:36:46:0:0:46:47:0:0 chr13 103385299 . A C 1404.05 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208233;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.388;QD=63.1035;RBI=0.0212908;REFB=0;REVB=0.00443738;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211817;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr13 103385798 . T C 859.71 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8124;QD=54.5847;RBI=0.0308871;REFB=-0.0720225;REVB=0.0290562;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262099;STB=0.513884;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0013161;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:35:26:0:2:35:26:0:2 chr13 103386116 . C G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.181;QD=61.5361;RBI=0.033138;REFB=0;REVB=0.0167195;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18348e-05;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr13 103386283 . A G 3677.74 PASS AF=1;AO=232;DP=241;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388043;FXX=0.0331936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.166;QD=63.1372;RBI=0.00982228;REFB=-0.0820572;REVB=0.00902327;RO=0;SAF=106;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717483;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:241:233:0:0:232:233:1:126:106:0:0:126:107:0:0 chr13 103388220 . A G 1536.35 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187464;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.851;QD=64.0146;RBI=0.0198414;REFB=0;REVB=0.00650029;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73137e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:46:50:0:0 chr13 103388370 . C T 1650.68 PASS AF=0.973913;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0154257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9046;QD=57.4148;RBI=0.0332312;REFB=-0.0266711;REVB=0.029434;RO=2;SAF=60;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013709;STB=0.50555;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00324518;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:2:3:111:112:0.973913:51:60:1:1:51:61:1:2 chr13 103395819 . C T 1429.03 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0023038;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.522;QD=60.8099;RBI=0.00660894;REFB=-0.17769;REVB=-0.0061944;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.502162;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000837039;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:1:2:92:92:0.978723:55:37:1:0:55:37:1:1 chr13 103397937 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.168;QD=62.3509;RBI=0.0558564;REFB=0;REVB=0.0025418;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53909e-05;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr13 103420671 . T TA,TAA 236.89 PASS AF=1,0;AO=25,10;DP=50;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.226914,-0.122465;FXX=0.0425441;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.88035,8.68014;QD=21.0566;RBI=0.252706,0.137192;REFB=-0.0188014,-0.0155924;REVB=-0.111221,-0.061838;RO=14;SAF=14,8;SAR=11,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00755934,0.276263;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00556287,0;OID=.,.;OPOS=103420672,103420672;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,10:50:45,0:45:0:28,0:17,0:0:0:3:14:14,8:11,2:8:6 chr13 103420680 . C A 709.16 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191763;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9613;QD=63.036;RBI=0.0191892;REFB=0;REVB=0.000702476;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361126;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:17:28:0:0 chr13 103449202 . T C 3566.4 PASS AF=0.935115;AO=244;DP=262;FAO=245;FDP=262;FR=.;FRO=17;FSAF=155;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0372241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.07;QD=54.4488;RBI=0.037304;REFB=-0.0747612;REVB=0.00243899;RO=11;SAF=154;SAR=90;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313153;STB=0.519322;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000673532;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:262:262:11:17:244:245:0.935115:90:154:3:8:90:155:6:11 chr13 103527849 . G C 1206.49 PASS AF=0.893617;AO=84;DP=94;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00613048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.806;QD=51.34;RBI=0.0301414;REFB=-0.0203645;REVB=0.0295114;RO=9;SAF=46;SAR=38;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426086;STB=0.516406;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00337122;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:94:9:10:84:84:0.893617:38:46:7:2:38:46:7:3 chr13 103527850 . G A 36.57 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00268154;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.08;QD=1.57303;RBI=0.00826007;REFB=-0.000846945;REVB=-0.00781269;RO=75;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248835;STB=0.724857;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.173764;OID=.;OPOS=103527850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:75:84:9:9:0.0967742:2:7:44:31:2:7:46:38 chr13 103527930 . G C 1286.86 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000265186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.541;QD=60.5583;RBI=0.0362298;REFB=-0.0484782;REVB=0.0362289;RO=1;SAF=46;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101866;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000992853;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:38:46:1:0:38:46:1:0 chr13 103528002 . G C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8452;QD=57.8833;RBI=0.0568777;REFB=0;REVB=0.00154973;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541918;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr13 103705044 . A C 749.61 PASS AF=0.621622;AO=69;DP=111;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00420747;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.273;QD=27.0128;RBI=0.0186712;REFB=-0.047351;REVB=0.0181909;RO=40;SAF=23;SAR=46;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498253;STB=0.519994;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0263171;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:40:42:69:69:0.621622:46:23:16:24:46:23:16:26 chr13 106119446 . G A 1488.66 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.147;QD=58.9568;RBI=0.0620086;REFB=0;REVB=-0.0507111;RO=2;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496439;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:2:0:94:101:1:43:51:1:1:45:56:0:0 chr13 107142499 . A G 287.29 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0251311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3244;QD=18.5351;RBI=0.0275201;REFB=-0.00380372;REVB=0.0112153;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17252;STB=0.596212;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00522207;OID=.;OPOS=107142499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:13:18:12:19:13:18:12:19 chr13 107144320 . G A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.479;QD=59.8331;RBI=0.0249311;REFB=0;REVB=0.0245012;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6608e-05;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr13 107145463 . G C 2529.98 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.047;QD=61.7068;RBI=0.0387107;REFB=0;REVB=-0.00361729;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34168e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:164:0:0:160:164:1:78:82:0:0:78:86:0:0 chr13 108518715 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0127594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.333;QD=17.2298;RBI=0.0279255;REFB=-0.00622722;REVB=-0.0248401;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258785;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00141275;OID=.;OPOS=108518715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:2:6:2:3:2:6:2:4 chr13 108518727 . T C 108.92 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0341573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.743;QD=25.6288;RBI=0.112853;REFB=-0.0341947;REVB=0.107559;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801957;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0171788;OID=.;OPOS=108518727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:5:6:2:3:6:6:2:3 chr13 109438084 . T A 303.18 PASS AF=0.275168;AO=41;DP=149;FAO=41;FDP=149;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.013392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.77;QD=8.13904;RBI=0.01347;REFB=-0.00301172;REVB=0.0014476;RO=102;SAF=17;SAR=24;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531522;STB=0.505403;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0109714;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:108:41:41:0.275168:24:17:38:64:24:17:44:64 chr13 109661359 . C G 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.263;QD=60.7487;RBI=0.0122432;REFB=-0.0734191;REVB=-0.00517283;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129769;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000340922;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:49:36:1:0:49:36:1:0 chr13 109717928 . A G 196.18 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160768;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.757;QD=49.0455;RBI=0.0452514;REFB=0;REVB=0.0422993;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7337e-05;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr13 109793474 . T C 556.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1019;QD=60.1634;RBI=0.185855;REFB=0;REVB=-0.148416;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00465029;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr13 109793593 . C A 500.81 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00734577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.114;QD=24.4297;RBI=0.0109831;REFB=-0.0128028;REVB=0.00816506;RO=34;SAF=13;SAR=34;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121236;STB=0.562128;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0100156;OID=.;OPOS=109793593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:35:47:47:0.573171:34:13:14:20:34:13:14:21 chr13 109793720 . A C 3603.56 PASS AF=1;AO=223;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361331;FXX=0.0171666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.246;QD=62.9443;RBI=0.039915;REFB=0;REVB=0.0169588;RO=0;SAF=98;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07346e-06;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:223:229:1:125:98:0:0:127:102:0:0 chr13 110408608 . C T 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.183;QD=61.2606;RBI=0.015622;REFB=0;REVB=-0.0138027;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42424e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:71:48:0:0:71:48:0:0 chr13 110435953 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.704;QD=56.1906;RBI=0.100769;REFB=0;REVB=-0.0994965;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377257;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr13 110436232 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.432;QD=58.5862;RBI=0.0318053;REFB=0;REVB=0.00954545;RO=0;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9529e-05;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:29:3:0:0:29:4:0:0 chr13 110436532 . C G 33.8 PASS AF=0.0916667;AO=14;DP=121;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.0262948;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4379;QD=1.12676;RBI=0.05949;REFB=-0.00443699;REVB=-0.0533633;RO=100;SAF=13;SAR=1;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677644;STB=0.93266;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.118308;OID=.;OPOS=110436532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:120:100:109:14:11:0.0916667:1:13:31:69:1:10:40:69 chr13 110822943 . C T 5423.28 PASS AF=0.634771;AO=471;DP=755;FAO=471;FDP=742;FR=.;FRO=271;FSAF=265;FSAR=206;FSRF=161;FSRR=110;FWDB=0.0306666;FXX=0.0185183;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4335;QD=29.236;RBI=0.0310049;REFB=-0.0203868;REVB=-0.0045674;RO=257;SAF=265;SAR=206;SRF=154;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245697;STB=0.511708;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0137998;OID=.;OPOS=110822943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:755:742:257:271:471:471:0.634771:206:265:154:103:206:265:161:110 chr13 110827574 . T A 2273.08 PASS AF=1;AO=146;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5292;QD=60.214;RBI=0.0348442;REFB=-0.0329362;REVB=0.0343941;RO=1;SAF=57;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294071;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:151:1:0:146:151:1:89:57:0:1:94:57:0:0 chr13 110827580 . C T 2351.01 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.121;QD=60.2824;RBI=0.0331058;REFB=-0.0278397;REVB=-0.00707852;RO=1;SAF=60;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786231;STB=0.504132;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000152181;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:154:155:0.99359:94:60:1:0:95:60:1:0 chr13 110833702 . C T 910.89 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.1802;QD=55.2056;RBI=0.0262731;REFB=-0.0932391;REVB=-0.02107;RO=2;SAF=22;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410116;STB=0.521732;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-3.76649e-05;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:42:22:2:0:42:22:2:0 chr13 110838814 . A G 201.18 PASS AF=0.174419;AO=13;DP=87;FAO=15;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.0103663;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.656;QD=9.35735;RBI=0.0526009;REFB=-0.0113187;REVB=-0.0515693;RO=51;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330158;STB=0.553536;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0444825;OID=.;OPOS=110838814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:86:51:59:13:15:0.174419:6:7:40:11:4:11:40:19 chr13 110839550 . T G 1676.21 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3292;QD=59.8645;RBI=0.0794658;REFB=0;REVB=-0.00102489;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338729;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:105:112:1:57:48:0:0:58:54:0:0 chr13 110843985 . T C 1223.1 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145933;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.273;QD=58.2429;RBI=0.0244465;REFB=-0.000766336;REVB=0.0196129;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500582;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=2.23761e-05;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:81:82:0.97619:42:39:0:0:43:39:1:1 chr13 110857823 . C T 1659.56 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0145244;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.903;QD=57.7239;RBI=0.0153158;REFB=0.0150834;REVB=0.00485958;RO=3;SAF=45;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135986;STB=0.507166;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=8.93909e-05;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:115:3:3:112:112:0.973913:67:45:2:1:67:45:2:1 chr13 110857895 . A G 1298.53 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0320406;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112;QD=57.7122;RBI=0.0359654;REFB=-0.000790252;REVB=0.0163375;RO=3;SAF=35;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522927;STB=0.507715;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000311465;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:90:3:4:85:86:0.955556:50:35:1:2:50:36:1:3 chr13 110861785 . C G 1606.9 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.091;QD=60.071;RBI=0.0469053;REFB=0;REVB=0.0359653;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58667e-05;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr13 110864225 . A T 3610.44 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.437;QD=63.0644;RBI=0.00771016;REFB=0;REVB=0.00753736;RO=0;SAF=109;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31821e-06;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:120:109:0:0:120:109:0:0 chr13 111077197 . G A 3464.62 PASS AF=0.982533;AO=221;DP=231;FAO=225;FDP=229;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0194868;FXX=0.0296598;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.916;QD=60.5173;RBI=0.0364703;REFB=-0.161271;REVB=0.0308276;RO=1;SAF=107;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044323;STB=0.5041;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000452018;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:231:229:1:4:221:225:0.982533:114:107:1:0:116:109:1:3 chr13 111090928 . C G 38.06 PASS AF=0.101852;AO=10;DP=107;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0263656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.9055;QD=1.4098;RBI=0.0515806;REFB=-0.0059403;REVB=-0.044333;RO=77;SAF=10;SAR=0;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734531;STB=0.917151;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.161329;OID=.;OPOS=111090928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:108:77:97:10:11:0.101852:0:10:23:54:1:10:41:56 chr13 111098226 . C T 276.62 PASS AF=0.279412;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=136;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.00907612;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.084;QD=8.13574;RBI=0.0207005;REFB=-0.0124786;REVB=-0.0186047;RO=97;SAF=23;SAR=15;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479772;STB=0.525227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0341202;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:97:98:38:38:0.279412:15:23:55:42:15:23:56:42 chr13 111102042 . G A 241.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0150217;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.341;QD=12.2329;RBI=0.0226536;REFB=0.000478341;REVB=0.0169569;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156803;STB=0.509019;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00069762;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:50:29:29:0.367089:17:12:20:30:17:12:20:30 chr13 111102126 . C T 93.4 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00695631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.128;QD=9.83109;RBI=0.00776765;REFB=0.0044733;REVB=0.00345631;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820682;STB=0.549913;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0106512;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:8:18:9:3:8:18 chr13 111109157 . G A 473.21 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0283908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.831;QD=23.9602;RBI=0.056634;REFB=-0.0356742;REVB=0.0490039;RO=34;SAF=21;SAR=24;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161552;STB=0.588299;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0166161;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:24:21:9:25:24:21:9:25 chr13 111109618 . G C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0305896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3755;QD=23.5979;RBI=0.0645122;REFB=0.0208194;REVB=0.0567988;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191181;STB=0.606136;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0172789;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:15:6:13:12:15:6 chr13 111109670 . A C 1024.78 PASS AF=0.647059;AO=88;DP=136;FAO=88;FDP=136;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.019211;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.844;QD=30.1405;RBI=0.0214984;REFB=-0.0488468;REVB=0.00964982;RO=47;SAF=47;SAR=41;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262335;STB=0.510085;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0232145;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:47:48:88:88:0.647059:41:47:27:20:41:47:27:21 chr13 111109859 . A G 881.52 PASS AF=0.583942;AO=80;DP=139;FAO=80;FDP=137;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.000921444;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8893;QD=25.7377;RBI=0.00525098;REFB=-0.00648718;REVB=0.0051695;RO=57;SAF=42;SAR=38;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100889;STB=0.500549;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00394003;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:57:57:80:80:0.583942:38:42:30:27:38:42:30:27 chr13 111111173 . G A 1138.88 PASS AF=0.726562;AO=93;DP=128;FAO=93;FDP=128;FR=.;FRO=35;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00785031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.355;QD=35.5899;RBI=0.0153716;REFB=-0.00689076;REVB=0.0132158;RO=35;SAF=51;SAR=42;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075855;STB=0.540627;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00266161;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:35:35:93:93:0.726562:42:51:14:21:42:51:14:21 chr13 111111235 . G A 760.65 PASS AF=0.738095;AO=60;DP=82;FAO=62;FDP=84;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00500004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.85;QD=36.2213;RBI=0.0117846;REFB=-0.0410947;REVB=0.0106713;RO=22;SAF=34;SAR=26;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564675;STB=0.524683;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0185046;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:22:22:60:62:0.738095:26:34:10:12:28:34:10:12 chr13 111119396 . G C 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00159588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.399;QD=16.4506;RBI=0.00551965;REFB=-0.0126469;REVB=0.00528391;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169959;STB=0.509549;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0249894;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:21:15:18:27:21:15:18:27 chr13 111134858 . T C 164.65 PASS AF=0.241071;AO=24;DP=109;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=0.00631316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.27;QD=5.88034;RBI=0.00631575;REFB=-0.00868549;REVB=0.000180682;RO=85;SAF=19;SAR=5;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19412;STB=0.52939;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0332332;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:85:85:24:27:0.241071:5:19:57:28:8:19:57:28 chr13 111145633 . C T 479.85 PASS AF=0.592105;AO=43;DP=75;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00836494;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7718;QD=25.2553;RBI=0.0221186;REFB=-0.0254445;REVB=0.0204758;RO=30;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492505;STB=0.556073;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0156292;OID=.;OPOS=111145633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:31:43:45:0.592105:17:26:20:10:19:26:22:9 chr13 111154058 . T A 1156.2 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142157;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.204;QD=60.8528;RBI=0.0230451;REFB=0;REVB=-0.0181382;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65822e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:30:46:0:0 chr13 111154061 . T C 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1324;QD=61.0433;RBI=0.0238611;REFB=0;REVB=-0.00192966;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110244;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr13 111155773 . T C 1358.16 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228463;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.149;QD=61.7345;RBI=0.0160958;REFB=0;REVB=0.0159328;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137277;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:85:88:1:30:55:0:0:30:58:0:0 chr13 111156499 . C T 3259.18 PASS AF=0.932773;AO=210;DP=229;FAO=222;FDP=238;FR=.;FRO=16;FSAF=115;FSAR=107;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.076719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6459;QD=54.7761;RBI=0.0768071;REFB=0.00612985;REVB=-0.00367851;RO=19;SAF=104;SAR=106;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011688;STB=0.513819;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00552133;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:229:238:19:16:210:222:0.932773:106:104:8:11:107:115:5:11 chr13 111158874 . A G 1545.96 PASS AF=1;AO=63;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6262;QD=63.7509;RBI=0.00642755;REFB=0;REVB=0.00298875;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15905e-06;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:63:97:1:28:35:0:0:31:66:0:0 chr13 111164614 . T C 194.91 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.00929275;FXX=0.0280348;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.878;QD=7.49638;RBI=0.0178633;REFB=-0.00126644;REVB=-0.0152559;RO=74;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222717;STB=0.639284;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00344169;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:74:76:28:28:0.269231:13:15:26:48:13:15:26:50 chr13 111176393 . A G 1198.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205312;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.813;QD=61.4525;RBI=0.0961483;REFB=0;REVB=-0.0939306;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05446e-05;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr13 111176519 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00898848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.301;QD=15.8821;RBI=0.0118097;REFB=-0.0247583;REVB=-0.00766001;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26049;STB=0.649727;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0482081;OID=.;OPOS=111176519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:2:8:5:5:2:8 chr13 111279844 . G A 288.83 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=134;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0175793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6083;QD=8.62181;RBI=0.022322;REFB=-0.00841174;REVB=-0.0137564;RO=94;SAF=17;SAR=22;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000333351;STB=0.503114;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.020282;OID=.;OPOS=111279844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:94:95:39:39:0.291045:22:17:41:53:22:17:41:54 chr13 111290630 . T C 138.72 PASS AF=0.313725;AO=7;DP=46;FAO=16;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0396661;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.96;QD=10.8799;RBI=0.039774;REFB=-0.0589355;REVB=0.00292702;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404425;STB=0.61524;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.044698;OID=.;OPOS=111290630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:17:33:7:16:0.313725:5:2:1:16:6:10:15:18 chr13 111290967 . T C 983.28 PASS AF=0.59589;AO=87;DP=146;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0119175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.346;QD=26.9393;RBI=0.0120886;REFB=-0.00708298;REVB=0.00202657;RO=58;SAF=31;SAR=56;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374157;STB=0.52286;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00465876;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:58:59:87:87:0.59589:56:31:18:40:56:31:18:41 chr13 111291044 . T C 1743.48 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0200228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.75;QD=58.116;RBI=0.0227846;REFB=-0.107194;REVB=0.0108732;RO=2;SAF=36;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00718124;STB=0.510446;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000262042;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:2:3:117:117:0.975:81:36:1:1:81:36:2:1 chr13 111293915 . T G 1084.73 PASS AF=0.632258;AO=100;DP=156;FAO=98;FDP=155;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0180975;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7035;QD=27.9931;RBI=0.0269639;REFB=-0.00947517;REVB=0.0199883;RO=53;SAF=51;SAR=49;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000364014;STB=0.505928;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00556508;OID=.;OPOS=111293915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:53:57:100:98:0.632258:49:51:27:26:48:50:30:27 chr13 111298392 . A G 926.4 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.163;QD=55.3075;RBI=0.0523962;REFB=-0.0291878;REVB=-0.0200002;RO=2;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363026;STB=0.502105;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000207169;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:64:65:0.970149:28:36:1:1:28:37:1:1 chr13 111315405 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.818;QD=46.8469;RBI=0.0778076;REFB=0;REVB=0.0244965;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107278;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr13 111319754 . T C 2162.56 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.867;QD=62.2319;RBI=0.0149026;REFB=-0.0317177;REVB=-0.00330272;RO=1;SAF=64;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737074;STB=0.503875;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00023288;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:74:64:1:0:74:64:1:0 chr13 111358000 . T G 616.29 PASS AF=0.53913;AO=59;DP=113;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00634339;FXX=0.0573723;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.6857;QD=21.4363;RBI=0.0350943;REFB=-0.0154131;REVB=-0.0345162;RO=52;SAF=33;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319884;STB=0.502017;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00923529;OID=.;OPOS=111358000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:52:53:59:62:0.53913:26:33:31:21:26:36:31:22 chr13 111365104 . A G 409.07 PASS AF=0.352518;AO=48;DP=138;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0363899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.722;QD=11.7717;RBI=0.0448393;REFB=-0.0248906;REVB=-0.0261982;RO=89;SAF=23;SAR=25;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553906;STB=0.541332;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0440998;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:89:90:48:49:0.352518:25:23:47:42:26:23:48:42 chr13 111367876 . G C 294.35 PASS AF=0.309524;AO=39;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.00767554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.747;QD=9.34447;RBI=0.00920314;REFB=-0.00103376;REVB=0.00507778;RO=87;SAF=23;SAR=16;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459647;STB=0.52685;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00245369;OID=.;OPOS=111367876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:87:87:39:39:0.309524:16:23:48:39:16:23:48:39 chr13 111368164 . T G 115.23 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.886;QD=41.902;RBI=0.0291651;REFB=0;REVB=0.0085572;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371453;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr13 111371958 . G A 385.91 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0205917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.497;QD=17.9494;RBI=0.030145;REFB=-0.0301736;REVB=-0.022016;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908173;STB=0.54506;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0265278;OID=.;OPOS=111371958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:40:46:40:40:0.465116:21:19:15:25:21:19:18:28 chr13 111372392 . T A 128.58 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.878;QD=42.8608;RBI=0.153916;REFB=0;REVB=0.15391;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001121;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:4:8:0:0 chr13 111531885 . C A 1100.05 PASS AF=1;AO=63;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.035;QD=58.6693;RBI=0.00820703;REFB=0;REVB=-0.00782224;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268802;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:63:75:1:19:44:0:0:20:55:0:0 chr13 111532288 . G A 618.69 PASS AF=0.409357;AO=70;DP=171;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00461985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.56;QD=14.4722;RBI=0.00709146;REFB=-0.0084321;REVB=0.00538013;RO=100;SAF=38;SAR=32;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555229;STB=0.534127;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0109817;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:100:101:70:70:0.409357:32:38:49:51:32:38:49:52 chr13 111563052 . C T 395.1 PASS AF=0.329032;AO=51;DP=155;FAO=51;FDP=155;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0167931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.061;QD=10.1961;RBI=0.0208037;REFB=-0.0117141;REVB=-0.0122794;RO=104;SAF=20;SAR=31;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170733;STB=0.598538;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0194992;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:104:104:51:51:0.329032:31:20:56:48:31:20:56:48 chr13 111806245 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.086;QD=56.9567;RBI=0.0594429;REFB=0;REVB=0.0451882;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0939e-05;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr13 111870037 . T C 944.53 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330659;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.093;QD=59.0332;RBI=0.0935492;REFB=0;REVB=0.0875106;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334021;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr13 111980537 . C T 2138.39 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670831;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.801;QD=62.8939;RBI=0.00671979;REFB=0;REVB=0.000392551;RO=0;SAF=82;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10472e-06;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:134:136:1:52:82:0:0:54:82:0:0 chr13 111992247 . C A 197.65 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.0953512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1699;QD=10.0078;RBI=0.0977518;REFB=-0.0311678;REVB=0.0215305;RO=53;SAF=16;SAR=9;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152992;STB=0.578298;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.056963;OID=.;OPOS=111992247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:53:53:25:26:0.329114:9:16:40:13:9:17:40:13 chr13 112724721 . T G 263.44 PASS AF=0.52;AO=22;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0020821;FXX=0.019604;HRUN=10;LEN=1;MLLD=30.2525;QD=21.075;RBI=0.014662;REFB=-0.0195275;REVB=-0.0145134;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472495;STB=0.51063;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00248038;OID=.;OPOS=112724721;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:21:22:26:0.52:10:12:7:6:13:13:11:10 chr13 112725791 . G A 188.62 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0698977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5373;QD=14.2352;RBI=0.0728823;REFB=0.00769798;REVB=-0.0206431;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956672;STB=0.554745;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0192187;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:14:17:10:12:14:17 chr13 113052388 . A G 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.013607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.471;QD=11.1763;RBI=0.0136088;REFB=-0.00391049;REVB=-0.000221642;RO=53;SAF=13;SAR=15;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135453;STB=0.578385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00538037;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:15:13:31:22:15:13:31:22 chr13 113053470 . T A 265.79 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.000666569;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.766;QD=10.9603;RBI=0.00763517;REFB=-0.00166501;REVB=-0.00760602;RO=64;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232107;STB=0.6393;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0035455;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:12:20:27:37:12:20:27:38 chr13 113479820 . A G 2389.7 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.329;QD=64.1531;RBI=0.0077144;REFB=0;REVB=0.00718768;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35787e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:84:65:0:0:84:65:0:0 chr13 113508839 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.01;QD=62.9829;RBI=0.0156033;REFB=0;REVB=0.015245;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129845;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:36:9:0:0:36:9:0:0 chr13 113527967 . G A 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0178082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6613;QD=24.4528;RBI=0.040722;REFB=-0.0333168;REVB=0.0366217;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314802;STB=0.533315;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0121133;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:24:36:36:0.6:18:18:10:12:18:18:10:14 chr13 113536132 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.081;QD=62.6708;RBI=0.0443924;REFB=0;REVB=-0.0440774;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128507;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr13 113622956 . C A 169.47 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.107688;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.037;QD=15.4062;RBI=0.107696;REFB=-0.0116965;REVB=0.00135223;RO=25;SAF=2;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302663;STB=0.672666;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0174098;OID=.;OPOS=113622956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:16:2:7:18:16:2:7:19 chr13 113656216 . C T 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00653585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.312;QD=5.86382;RBI=0.0461158;REFB=-0.00650676;REVB=-0.0456503;RO=57;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31178;STB=0.694303;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0162824;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:5:12:26:31:5:12:26:31 chr13 113720476 . C T 363.52 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5993;QD=53.8546;RBI=0.0524248;REFB=0;REVB=0.00817587;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966411;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:22:4:0:0:22:5:0:0 chr13 113728781 . G A 3150.15 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.037;QD=61.7677;RBI=0.0131849;REFB=0;REVB=0.0104017;RO=0;SAF=82;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89257e-06;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:122:82:0:0:122:82:0:0 chr13 113747070 . A C 653.88 PASS AF=0.58;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0386724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.978;QD=26.1551;RBI=0.0405157;REFB=-0.012222;REVB=-0.0120817;RO=42;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513752;STB=0.531904;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00930541;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:57:58:0.58:24:33:27:15:25:33:27:15 chr13 113747124 . A G 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.145;QD=60.5448;RBI=0.0142263;REFB=0;REVB=0.0125296;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21716e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr13 113747135 . T C 1098.43 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3436;QD=60.1878;RBI=0.0466778;REFB=0;REVB=0.0228076;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127891;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr13 113792754 . T C 1108.45 PASS AF=0.927711;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00163211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.626;QD=53.4193;RBI=0.0200572;REFB=-0.16264;REVB=0.0199907;RO=6;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690787;STB=0.536576;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000437949;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:83:83:6:6:77:77:0.927711:38:39:0:6:38:39:0:6 chr13 113801737 . C T 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00712673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.159;QD=26.8784;RBI=0.0149556;REFB=0.00350017;REVB=0.0131484;RO=41;SAF=28;SAR=31;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466149;STB=0.525415;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0023589;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:31:28:22:19:31:28:22:19 chr13 113812962 . G A 195.4 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00634703;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.517;QD=14.2111;RBI=0.101247;REFB=-0.00626043;REVB=0.101048;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20927;STB=0.609282;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0202235;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:32:23:23:0.418182:13:10:20:11:13:10:20:12 chr13 113818900 . A G 2011.63 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237282;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.106;QD=62.3763;RBI=0.0264048;REFB=0;REVB=-0.0115838;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68694e-05;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr13 113897320 . C T 535.9 PASS AF=0.402597;AO=60;DP=155;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00228549;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.984;QD=13.9195;RBI=0.0132695;REFB=-0.0122614;REVB=0.0130711;RO=87;SAF=33;SAR=27;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948814;STB=0.551686;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0162864;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:87:92:60:62:0.402597:27:33:40:47:27:35:44:48 chr13 113909339 . A G 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00921353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.381;QD=14.8589;RBI=0.00957846;REFB=-0.0150663;REVB=-0.00261872;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144301;STB=0.581897;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0196832;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:21:12:23:23:21:12:23:23 chr13 113965176 . C A,G 458.01 PASS AF=0.852941,0.117647;AO=29,4;DP=34;FAO=29,4;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130692,0.00877346;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=235.807,41.4515;QD=53.8831;RBI=0.0266899,0.0177827;REFB=-0.0150502,0.0300132;REVB=0.0232712,-0.0154677;RO=1;SAF=18,3;SAR=11,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0404624,0.272709;STB=0.521724,0.665771;STBP=0.302,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00308279,0.0113719;OID=.,.;OPOS=113965176,113965176;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:34:34:1:1:29,4:29,4:0.852941,0.117647:11,1:18,3:0:1:11,1:18,3:0:1 chr13 114083316 . C T 551.33 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000788477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.983;QD=24.2342;RBI=0.000856219;REFB=-0.0261822;REVB=-0.00033379;RO=40;SAF=27;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636031;STB=0.53487;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0194564;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:24:27:18:22:24:27:18:22 chr13 114112371 . G T 115.13 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0252383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.179;QD=8.85617;RBI=0.0252598;REFB=-0.000432735;REVB=0.00104238;RO=37;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221136;STB=0.650492;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00130399;OID=.;OPOS=114112371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:37:14:15:0.288462:4:10:20:17:4:11:20:17 chr13 114309226 . G A 359.18 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0298537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.888;QD=14.8115;RBI=0.0300288;REFB=-0.0137288;REVB=-0.00323788;RO=58;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224665;STB=0.512732;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0213994;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:21:18:28:30:21:18:28:30 chr13 114312354 . T G 781.53 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.711;QD=54.844;RBI=0.0303702;REFB=-0.212463;REVB=-0.00794768;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000425326;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:0:1:55:56:0.982456:31:24:0:0:31:25:1:0 chr13 114322289 . A G 1367.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.338;QD=62.1666;RBI=0.0530242;REFB=0;REVB=0.0529538;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62252e-05;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:31:50:0:0:35:53:0:0 chr13 114507965 . C T 257.6 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0149924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.415;QD=9.72055;RBI=0.018721;REFB=-0.00860539;REVB=-0.0112118;RO=72;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227534;STB=0.631506;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0211016;OID=.;OPOS=114507965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:72:34:34:0.320755:16:18:24:48:16:18:24:48 chr13 114514771 . C A 255.49 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0211268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.701;QD=8.7347;RBI=0.0258459;REFB=-0.015621;REVB=-0.0148886;RO=81;SAF=18;SAR=17;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097678;STB=0.552602;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0326732;OID=.;OPOS=114514771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:81:82:35:35:0.299145:17:18:35:46:17:18:36:46 chr13 114524944 . A G 3119.09 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.883;QD=61.7642;RBI=0.0337222;REFB=0;REVB=0.0193189;RO=0;SAF=112;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85368e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:88:112:0:0:89:113:0:0 chr13 114530114 . G A 1009.74 PASS AF=0.708333;AO=85;DP=120;FAO=85;FDP=120;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00773932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.19;QD=33.658;RBI=0.00774033;REFB=-0.00659461;REVB=-0.00012508;RO=35;SAF=31;SAR=54;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101229;STB=0.554402;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00217195;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:35:35:85:85:0.708333:54:31:19:16:54:31:19:16 chr13 114531565 . C G 723.18 PASS AF=0.640777;AO=65;DP=102;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0230126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6962;QD=28.0847;RBI=0.0533301;REFB=0.0191835;REVB=-0.0481095;RO=37;SAF=34;SAR=31;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245142;STB=0.515763;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0130821;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:37:37:65:66:0.640777:31:34:18:19:31:35:18:19 chr13 114623880 . G A 216.42 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0201336;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.099;QD=13.1163;RBI=0.0208301;REFB=-0.00653567;REVB=0.0053415;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591566;STB=0.522336;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00968953;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:25:26:0.393939:12:13:23:17:12:14:23:17 chr13 114747187 . G C 610.29 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0862859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2841;QD=56.7715;RBI=0.0865067;REFB=-0.00677865;REVB=0.00617664;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.516121;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0033544;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:43:1:2:40:41:0.953488:30:10:0:1:30:11:0:2 chr13 114780764 . A G 549.74 PASS AF=0.653333;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000178956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.767;QD=29.3194;RBI=0.0181475;REFB=-0.00861479;REVB=-0.0181466;RO=26;SAF=30;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661825;STB=0.506415;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00367134;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:26:26:48:49:0.653333:18:30:16:10:18:31:16:10 chr14 19378030 . T A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00679451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.114;QD=21.1689;RBI=0.0456033;REFB=0.00528911;REVB=0.0450943;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000427803;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:1:2:2:5:1:2 chr14 19562052 . T A 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.395;QD=57.7067;RBI=0.0111887;REFB=0;REVB=0.00351423;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0865e-05;OID=.;OPOS=19562052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr14 19687360 . T A 88.97 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.083411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.47;QD=27.3757;RBI=0.083505;REFB=-0.0663478;REVB=0.00396129;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0215184;OID=.;OPOS=19687360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr14 20002286 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00317079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.055;QD=14.6983;RBI=0.0170035;REFB=-0.012363;REVB=0.0167052;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0133124;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:7:16:10:6:7:16 chr14 20216298 . T C 2631.36 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00308803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2821;QD=60.1454;RBI=0.0134432;REFB=-0.0581691;REVB=0.0130838;RO=2;SAF=75;SAR=97;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125216;STB=0.504015;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00511945;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:2:3:172:172:0.982857:97:75:2:0:97:75:2:1 chr14 20248828 . C T 484.61 PASS AF=0.261029;AO=71;DP=273;FAO=71;FDP=272;FR=.;FRO=201;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=98;FSRR=103;FWDB=0.0065443;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.208;QD=7.12657;RBI=0.00665414;REFB=-0.00838337;REVB=0.00120404;RO=201;SAF=45;SAR=26;SRF=98;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184505;STB=0.609546;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0219377;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:201:201:71:71:0.261029:26:45:98:103:26:45:98:103 chr14 20249176 . G A 226.72 PASS AF=0.18894;AO=41;DP=217;FAO=41;FDP=217;FR=.;FRO=176;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=101;FSRR=75;FWDB=-0.0173097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.762;QD=4.17912;RBI=0.0173365;REFB=0.000586237;REVB=0.000964138;RO=176;SAF=15;SAR=26;SRF=101;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264047;STB=0.665558;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00263408;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:176:176:41:41:0.18894:26:15:101:75:26:15:101:75 chr14 20295834 . T C 2962.65 PASS AF=0.789474;AO=225;DP=284;FAO=225;FDP=285;FR=.;FRO=60;FSAF=101;FSAR=124;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00886185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.438;QD=41.5811;RBI=0.0198622;REFB=-0.0142991;REVB=0.0177757;RO=59;SAF=101;SAR=124;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996808;STB=0.506864;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00341473;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:59:60:225:225:0.789474:124:101:25:34:124:101:25:35 chr14 20389042 . T A 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00667839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.208;QD=2.10344;RBI=0.0114217;REFB=-0.000435609;REVB=-0.00926577;RO=81;SAF=7;SAR=4;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709523;STB=0.564397;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00264114;OID=.;OPOS=20389042;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:81:83:11:11:0.117021:4:7:47:34:4:7:47:36 chr14 20403909 . T C 2358.63 PASS AF=0.861386;AO=174;DP=201;FAO=174;FDP=202;FR=.;FRO=28;FSAF=88;FSAR=86;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0342492;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=178.478;QD=46.7055;RBI=0.0350059;REFB=-0.12385;REVB=0.00723886;RO=6;SAF=88;SAR=86;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214912;STB=0.530479;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00173886;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:6:28:174:174:0.861386:86:88:1:5:86:88:8:20 chr14 20404736 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.01;QD=60.2036;RBI=0.00802712;REFB=0;REVB=-0.0013178;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45961e-05;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr14 20404767 . A G 795.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.558;QD=63.6653;RBI=0.0871701;REFB=0;REVB=-0.00305484;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482876;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr14 20444490 . C T 857.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115651;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.508;QD=58.1185;RBI=0.012594;REFB=0;REVB=-0.00498574;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4283e-05;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr14 20470737 . G A 1389.53 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00584276;FXX=0.0194156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.655;QD=55.0309;RBI=0.0357853;REFB=-0.0718535;REVB=0.0353051;RO=4;SAF=41;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250526;STB=0.513224;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000297293;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:4:4:97:97:0.960396:56:41:3:1:56:41:3:1 chr14 20470903 . T C 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00682104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.698;QD=60.9144;RBI=0.00713462;REFB=-0.051251;REVB=-0.00209194;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000114382;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:39:47:0:0:39:47:0:1 chr14 20482471 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.235;QD=43.4862;RBI=0.0330579;REFB=0;REVB=0.0141427;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286705;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 20502120 . C T 394.12 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0318604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.36;QD=17.3238;RBI=0.0360552;REFB=-0.000287541;REVB=-0.0168786;RO=49;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922852;STB=0.544533;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00010627;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:23:18:17:32:23:18:18:32 chr14 20528207 . G A 670.05 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7202;QD=62.3299;RBI=0.148917;REFB=0;REVB=-0.0227774;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212143;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:36:43:1:12:24:0:0:14:29:0:0 chr14 20528321 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.214;QD=51.9167;RBI=0.0724747;REFB=0;REVB=0.0317759;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876688;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 20528359 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7254;QD=42.1825;RBI=0.0986436;REFB=0;REVB=-0.0869791;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00718476;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 20528362 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.177;QD=42.1826;RBI=0.0350036;REFB=0;REVB=0.00705871;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256521;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 310.32 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639081;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=19;MLLD=705.068;QD=53.9694;RBI=0.00639576;REFB=0;REVB=0.00025177;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.43781e-06;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:23:23:0:14:9:0:0:4:0:14:9:0:0 chr14 20528505 . T A 743.04 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.052;QD=63.2373;RBI=0.0374125;REFB=0;REVB=0.0259124;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243651;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chr14 20528528 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.327;QD=56.4173;RBI=0.0367991;REFB=-0.0718857;REVB=-0.00455663;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000158981;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:29:33:0:0:29:33:0:1 chr14 20529019 . C T 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.225;QD=63.052;RBI=0.00678732;REFB=0;REVB=-0.000687739;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01001e-06;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr14 20529043 . C G 921.71 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0840645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8938;QD=54.2181;RBI=0.0868894;REFB=-0.257511;REVB=0.0219758;RO=3;SAF=36;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377507;STB=0.519994;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0115359;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:3:3:65:65:0.955882:29:36:3:0:29:36:3:0 chr14 20586432 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00785488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.113;QD=15.0637;RBI=0.0153386;REFB=-0.00416774;REVB=0.0131748;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764988;STB=0.504334;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00392911;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:14:21:16:11:14:21 chr14 20612158 . G A 788.08 PASS AF=0.560606;AO=71;DP=129;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00828784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.525;QD=23.8811;RBI=0.0136003;REFB=-0.0187768;REVB=0.0107833;RO=58;SAF=23;SAR=48;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126027;STB=0.567404;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0170584;OID=.;OPOS=20612158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:58:58:71:74:0.560606:48:23:27:31:50:24:27:31 chr14 20612267 . G A 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.034231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.989;QD=17.2001;RBI=0.0412563;REFB=-0.00143087;REVB=-0.0230287;RO=55;SAF=10;SAR=39;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415753;STB=0.729981;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000301818;OID=.;OPOS=20612267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:39:10:33:22:39:10:33:23 chr14 20612290 . T C 550.88 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.000752249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.131;QD=17.9148;RBI=0.00431699;REFB=-0.0154434;REVB=-0.00425094;RO=64;SAF=16;SAR=42;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288856;STB=0.657774;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00996652;OID=.;OPOS=20612290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:65:58:58:0.471545:42:16:36:28:42:16:36:29 chr14 20612465 . A G 497.24 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0118027;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.44;QD=19.1247;RBI=0.0121854;REFB=-3.30075e-05;REVB=-0.00302997;RO=52;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47474e-05;OID=.;OPOS=20612465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:22:30:30:22:22:30:30:22 chr14 20612595 . G C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00532239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.122;QD=20.2682;RBI=0.00966297;REFB=-0.00787746;REVB=-0.00806506;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17663;STB=0.599902;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.009444;OID=.;OPOS=20612595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:10:11:7:14:10:11 chr14 20612605 . T C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0224237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.22;QD=19.156;RBI=0.0322837;REFB=-0.0121237;REVB=-0.0232252;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141864;STB=0.580566;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0131059;OID=.;OPOS=20612605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:12:11:7:14:12:11 chr14 20665790 . T A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00639862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.776;QD=13.5055;RBI=0.017038;REFB=-0.000832024;REVB=-0.0157908;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107329;STB=0.538858;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00125547;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:11:5:5:7:11:6 chr14 20665840 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7028;QD=58.5863;RBI=0.0229261;REFB=0;REVB=0.0154255;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92012e-05;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr14 20665887 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000123336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.765;QD=61.3361;RBI=0.0579006;REFB=0;REVB=-0.0579005;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000889552;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr14 20666175 . C CA,CAA 484.74 PASS AF=1,0;AO=49,11;DP=81;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239781,0.121848;FXX=0.0253133;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.2945,8.71291;QD=25.181;RBI=0.282075,0.145892;REFB=0.00462907,0.00632113;REVB=-0.148565,-0.0802335;RO=20;SAF=22,1;SAR=27,10;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212815,-0.738745;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000713456,0;OID=.,.;OPOS=20666176,20666176;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:49,11:81:77,0:77:0:37,0:40,0:0:0:7:20:22,1:27,10:17:3 chr14 20692188 . T C 96.45 PASS AF=0.375;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00934788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.062;QD=12.0557;RBI=0.0237032;REFB=-0.0325531;REVB=0.021782;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184269;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0432698;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:32:16:20:12:12:0.375:6:6:5:11:6:6:9:11 chr14 20692291 . C T 177.02 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0134729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.382;QD=12.2085;RBI=0.0141199;REFB=-0.0177825;REVB=-0.00422541;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895976;STB=0.551678;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0390953;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:21:15:11:11:21:15 chr14 20692453 . G T 389.83 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0584741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3409;QD=21.6573;RBI=0.0791709;REFB=0.0188574;REVB=-0.0533743;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027125;STB=0.514971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0184233;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:19:20:18:15:19:20:18:15 chr14 20692574 . T C 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0176549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.551;QD=8.10359;RBI=0.0215225;REFB=-0.0114427;REVB=-0.0123094;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505219;STB=0.536301;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0245955;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:9:11:29:20:9:11:30:20 chr14 20692643 . T C 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00137615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.182;QD=11.8202;RBI=0.00764474;REFB=-0.0089647;REVB=-0.00751986;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145384;STB=0.583565;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0111126;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:15:28:13:12:15:28 chr14 20697600 . T G 656.95 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.013178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4915;QD=21.364;RBI=0.0248149;REFB=-0.0185287;REVB=-0.0210266;RO=58;SAF=23;SAR=42;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20354;STB=0.611928;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0289097;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:58:65:65:0.528455:42:23:34:24:42:23:34:24 chr14 20698068 . G T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0446631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0222;QD=11.4397;RBI=0.146567;REFB=0.00339756;REVB=-0.139597;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0174538;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:5:9:3:6:5:9 chr14 20698239 . T C 372.99 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.00493039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.635;QD=17.7614;RBI=0.0150035;REFB=-0.000611164;REVB=-0.0141703;RO=45;SAF=12;SAR=27;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100788;STB=0.556027;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000425444;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:27:12:10:35:27:12:10:35 chr14 20698298 . T G 379.52 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.0837959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4217;QD=16.6823;RBI=0.094284;REFB=-0.0268281;REVB=-0.043217;RO=50;SAF=12;SAR=28;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990201;STB=0.558876;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0417198;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:28:12:11:39:28:12:11:40 chr14 20764585 . A C 383.2 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0110773;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4506;QD=17.2222;RBI=0.0110967;REFB=-0.0151451;REVB=-0.000656567;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120267;STB=0.561613;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0114248;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:49:40:40:0.449438:24:16:26:24:24:16:25:24 chr14 20770036 . T C 433.22 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00259842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.544;QD=20.6297;RBI=0.0236764;REFB=-0.0195893;REVB=-0.0235334;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209965;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0189943;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:20:21:21:22:20:21 chr14 20784718 . G T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0224071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.672;QD=25.2542;RBI=0.034853;REFB=0.00258195;REVB=-0.0266955;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00229982;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:4:7:9:9:4:7 chr14 20811332 . C T 1297.17 PASS AF=0.582915;AO=114;DP=197;FAO=116;FDP=199;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0101741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.915;QD=26.0739;RBI=0.0104251;REFB=-0.000893637;REVB=-0.00227355;RO=82;SAF=58;SAR=56;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819153;STB=0.542706;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000655459;OID=.;OPOS=20811332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:82:83:114:116:0.582915:56:58:33:49:58:58:33:50 chr14 20815013 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0189197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.697;QD=11.1312;RBI=0.0277446;REFB=-0.0213339;REVB=0.020293;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756198;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0364205;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:8:9:6:4:8:9 chr14 20824181 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.017246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5317;QD=16.0413;RBI=0.0200863;REFB=-0.0136005;REVB=0.0102973;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260962;STB=0.650994;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.03527;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:13:13:5:14:13:13 chr14 20825321 . T TTTCAC 162.75 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=76;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0354553;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=5;MLLD=268.751;QD=8.91798;RBI=0.0365889;REFB=-0.0151896;REVB=0.00903717;RO=54;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247099;STB=0.617021;STBP=0.212;TYPE=ins;VARB=0.0289304;OID=.;OPOS=20825322;OREF=-;OALT=TTCAC;OMAPALT=TTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30137:21:76:22:73:51:8:14:27:24:99:54:7:14:29:25 chr14 20825323 . T G 160.66 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00383816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.927;QD=8.68425;RBI=0.0224037;REFB=-0.0142235;REVB=0.0220724;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163076;STB=0.61087;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.022642;OID=.;OPOS=20825323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:50:52:22:22:0.297297:14:8:25:25:14:8:27:25 chr14 20852029 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.012845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.8;QD=13.6608;RBI=0.0131758;REFB=-0.0166908;REVB=0.00293421;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334653;STB=0.692665;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.030919;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:5:16:6:8:5:16 chr14 20852817 . G A 373.08 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0377276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.019;QD=28.1571;RBI=0.0388322;REFB=-0.02161;REVB=-0.00919595;RO=18;SAF=11;SAR=24;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526157;STB=0.528747;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0135903;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:24:11:7:11:24:11:7:11 chr14 20854734 . A G 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530635;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.363;QD=62.0375;RBI=0.0207601;REFB=0;REVB=-0.0200705;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20833e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr14 20859800 . A T 195.82 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0342775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.113;QD=18.2156;RBI=0.0475804;REFB=-0.0337818;REVB=-0.0329991;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148808;STB=0.555765;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0412442;OID=.;OPOS=20859800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:19:20:0.465116:10:9:7:15:11:9:8:15 chr14 20872881 . G T 293.27 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0107325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.291;QD=29.3271;RBI=0.0129434;REFB=-0.0226463;REVB=0.00723507;RO=13;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163298;STB=0.591369;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.012358;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:14:25:26:0.65:9:16:5:8:10:16:5:9 chr14 20897064 . C T 434.26 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236943;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.044;QD=57.9011;RBI=0.0245157;REFB=0;REVB=0.00629309;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280831;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr14 20897676 . T C 493.47 PASS AF=0.413534;AO=54;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00476931;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.289;QD=14.8411;RBI=0.0198731;REFB=-0.0225629;REVB=0.0192924;RO=79;SAF=33;SAR=21;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454359;STB=0.525313;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0284063;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:78:54:55:0.413534:21:33:45:34:21:34:45:33 chr14 20898058 . G C 217.99 PASS AF=0.458333;AO=17;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0639952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.1182;QD=18.1659;RBI=0.0639953;REFB=-0.0332549;REVB=-0.000116774;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121753;STB=0.507805;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0287519;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:26:17:22:0.458333:9:8:12:8:9:13:15:11 chr14 20898308 . C T 125.64 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0619499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.777;QD=17.9488;RBI=0.0619871;REFB=-0.0324052;REVB=0.00214611;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796851;STB=0.666388;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0211901;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:10:14:14:14:0.5:12:2:2:8:12:2:5:9 chr14 20916249 . T C 253.95 PASS AF=0.628571;AO=17;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0736086;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=151.012;QD=29.0227;RBI=0.0736149;REFB=-0.0139645;REVB=-0.000968947;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861345;STB=0.535682;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0176494;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:35:9:10:17:22:0.628571:9:8:3:6:13:9:3:7 chr14 20916958 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.385;QD=60.6093;RBI=0.0201828;REFB=0;REVB=0.0200703;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78514e-05;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr14 20920250 . T C 757.95 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0245514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.252;QD=53.1894;RBI=0.0250909;REFB=0.0780903;REVB=0.00517539;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294432;STB=0.515619;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000622598;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:31:24:0:2:31:24:0:2 chr14 20940515 . C T 493.87 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0108049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.25;QD=22.9707;RBI=0.0191605;REFB=-0.011897;REVB=-0.0158234;RO=39;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179951;STB=0.50099;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00944634;OID=.;OPOS=20940515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:23:24:20:19:23:24:20:19 chr14 20940606 . G A 820.67 PASS AF=0.575758;AO=76;DP=132;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0160048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.795;QD=24.8688;RBI=0.029264;REFB=0.000897912;REVB=-0.0244995;RO=56;SAF=34;SAR=42;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110346;STB=0.560096;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000982691;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:56:56:76:76:0.575758:42:34:33:23:42:34:33:23 chr14 20940626 . C T 725.66 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0041682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.186;QD=22.328;RBI=0.00615855;REFB=0.00217395;REVB=-0.00453363;RO=59;SAF=29;SAR=41;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655921;STB=0.540185;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00159444;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:60:70:70:0.538462:41:29:29:30:41:29:30:30 chr14 20942744 . A G 135.37 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0131887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.802;QD=8.33049;RBI=0.0322883;REFB=-0.0116591;REVB=-0.0294719;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462751;STB=0.527658;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0239961;OID=.;OPOS=20942744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:10:9:20:26:10:9:20:26 chr14 21024619 . A G 498.11 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00353401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1834;QD=16.7433;RBI=0.0600226;REFB=-0.00908115;REVB=-0.0599184;RO=65;SAF=19;SAR=35;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822707;STB=0.54595;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00969958;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:35:19:28:37:35:19:28:37 chr14 21024786 . A G 516.58 PASS AF=0.373494;AO=62;DP=166;FAO=62;FDP=166;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.000222324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.309;QD=12.4477;RBI=0.00408099;REFB=-0.00821405;REVB=0.00407493;RO=104;SAF=27;SAR=35;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504449;STB=0.528629;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0137556;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:104:104:62:62:0.373494:35:27:50:54:35:27:50:54 chr14 21058902 . G A 324.48 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0563493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5893;QD=13.6624;RBI=0.058661;REFB=-0.0305878;REVB=0.0163053;RO=57;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432696;STB=0.52045;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0243597;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:36:37:0.389474:15:21:31:26:16:21:31:27 chr14 21081584 . G A 796.3 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.000672476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.143;QD=21.668;RBI=0.00792476;REFB=0.0108666;REVB=0.00789618;RO=71;SAF=43;SAR=33;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147236;STB=0.508087;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0110442;OID=.;OPOS=21081584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:76:76:0.517007:33:43:39:32:33:43:39:32 chr14 21081996 . C T 1917.16 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0172225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.485;QD=58.5392;RBI=0.0464097;REFB=-0.182453;REVB=0.0430958;RO=4;SAF=61;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114303;STB=0.500602;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00151269;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:131:131:4:4:127:127:0.969466:66:61:2:2:66:61:2:2 chr14 21099400 . G A 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00723442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.09;QD=18.1915;RBI=0.012478;REFB=-0.0247432;REVB=-0.0101667;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266913;STB=0.514891;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0226569;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:19:26:22:18:19:26 chr14 21101155 . C T 400.84 PASS AF=0.424242;AO=40;DP=97;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.000729635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.012;QD=16.1957;RBI=0.00244443;REFB=-0.0168179;REVB=-0.002333;RO=56;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372844;STB=0.508018;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.020376;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:56:57:40:42:0.424242:18:22:31:25:19:23:32:25 chr14 21109141 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.768;QD=61.3316;RBI=0.0461815;REFB=0;REVB=0.0394501;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324267;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr14 21109170 . T A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.942;QD=62.3489;RBI=0.0261863;REFB=0;REVB=-0.00377161;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174087;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr14 21149930 . T C 1846.16 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0077389;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.31;QD=60.5298;RBI=0.0327653;REFB=-0.0889922;REVB=0.0318383;RO=1;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760015;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000186651;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:62:58:0:1:62:59:0:1 chr14 21151483 . T G 4207.13 PASS AF=1;AO=265;DP=267;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977809;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2484;QD=62.3279;RBI=0.108076;REFB=-0.046868;REVB=0.0460366;RO=0;SAF=110;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.97895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118789;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:267:270:0:0:265:270:1:155:110:0:0:157:113:0:0 chr14 21152167 . G C 1453.06 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.733;QD=63.1765;RBI=0.0334333;REFB=0;REVB=0.0316905;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149951;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:59:32:0:0:60:32:0:0 chr14 21167576 . A T 162.15 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0365174;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9553;QD=10.6326;RBI=0.109632;REFB=-0.0443201;REVB=-0.103372;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206151;STB=0.579541;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0641745;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:40:21:21:0.344262:8:13:14:19:8:13:20:20 chr14 21168055 . T C 403.08 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00412408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.106;QD=17.7179;RBI=0.0180226;REFB=-0.000423491;REVB=0.0175444;RO=47;SAF=24;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927949;STB=0.533317;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000675907;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:49:41:42:0.461538:17:24:23:24:18:24:25:24 chr14 21168084 . C T 272.61 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0169467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0027;QD=14.9376;RBI=0.0350387;REFB=-0.0224403;REVB=-0.0306679;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320603;STB=0.518146;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0330852;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:19:23:16:15:19:23 chr14 21215997 . C T 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0190234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.495;QD=18.9973;RBI=0.0251288;REFB=-0.031458;REVB=-0.0164185;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481765;STB=0.526818;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0299807;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:19:11:13:18:19:11 chr14 21216499 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00021435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.117;QD=59.8393;RBI=0.0219098;REFB=0;REVB=-0.0219087;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165549;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr14 21238318 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0134087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.374;QD=20.0175;RBI=0.0134154;REFB=-0.0397967;REVB=-0.000425082;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220328;STB=0.624468;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00995063;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:6:11:7:11:6:11 chr14 21238322 . C G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.013395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8891;QD=18.3451;RBI=0.0134807;REFB=0.00293425;REVB=0.00151787;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23473;STB=0.633739;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00271622;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:11:7:11:6:11:7 chr14 21238767 . A G 220.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0320179;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.177;QD=17.3038;RBI=0.0362712;REFB=-0.00722307;REVB=0.0170427;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838249;STB=0.547225;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00926656;OID=.;OPOS=21238767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:10:17:13:11:10:17 chr14 21238862 . A G 394.44 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0297242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.383;QD=19.9716;RBI=0.0380792;REFB=-0.00645577;REVB=0.0238012;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130344;STB=0.569997;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00577713;OID=.;OPOS=21238862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:39:40:0.506329:25:14:19:19:25:15:20:19 chr14 21239007 . A T 390.41 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0341239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.396;QD=19.0443;RBI=0.0344373;REFB=-0.0124139;REVB=-0.00463552;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873026;STB=0.548484;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0155719;OID=.;OPOS=21239007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:15:27:22:18:15:27 chr14 21239104 . G C 170.35 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0156186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.947;QD=17.0346;RBI=0.0202251;REFB=-0.00918309;REVB=0.0128498;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12322;STB=0.569781;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00772743;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:4:18:13:5:4:18 chr14 21250124 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0237991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.357;QD=15.8821;RBI=0.0256081;REFB=-0.0170583;REVB=0.00945405;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020003;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr14 21250366 . T C 1401.46 PASS AF=0.960784;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00920893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.416;QD=54.959;RBI=0.0375592;REFB=-0.0737461;REVB=0.0364128;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.518864;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000607515;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:102:0:4:96:98:0.960784:49:47:0:0:51:47:0:4 chr14 21360215 . AC A,AG 677.86 PASS AF=0.234043,0.744681;AO=11,35;DP=47;FAO=11,35;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=11,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00488591,0.00962254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.456,172.853;QD=57.6898;RBI=0.0538314,0.0111865;REFB=-0.0930294,-0.0579411;REVB=-0.0536092,0.00570474;RO=1;SAF=0,25;SAR=11,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0444824;STB=0.5,0.523796;STBP=1,0.177;TYPE=del,snp;VARB=0.0327439,-0.00192561;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.234043,0.744681:11,35:47:11,35:47:1:0,25:11,10:0:1:78:1:0,25:11,10:0:1 chr14 21387994 . A G 2031.67 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0044702;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.371;QD=59.3187;RBI=0.00449741;REFB=-0.127718;REVB=-0.000493972;RO=4;SAF=53;SAR=80;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345243;STB=0.518179;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=6.82029e-05;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:4:4:133:133:0.970803:80:53:4:0:80:53:4:0 chr14 21388266 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.172;QD=59.8557;RBI=0.00434629;REFB=0;REVB=0.00153808;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87378e-05;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr14 21467913 . T G 474.15 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00221684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.554;QD=14.8171;RBI=0.0210743;REFB=0.000754679;REVB=0.0209574;RO=74;SAF=21;SAR=32;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991708;STB=0.510426;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00186218;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:74:75:53:53:0.414062:32:21:30:44:32:21:31:44 chr14 21486137 . G C 1138.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6777;QD=59.9373;RBI=0.0473756;REFB=0;REVB=-0.0469466;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324205;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:42:29:0:0:43:33:0:0 chr14 21486387 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00137868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.221;QD=13.4859;RBI=0.00440836;REFB=-0.0151549;REVB=0.00418723;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.651856;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00827113;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:8:3:5:4:8:3 chr14 21486590 . C T 331.63 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0059899;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.999;QD=17.0067;RBI=0.00677772;REFB=-0.00893397;REVB=0.00317152;RO=36;SAF=7;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278626;STB=0.691237;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0148909;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:43:35:35:0.448718:28:7:16:20:28:7:21:22 chr14 21500121 . G T 115.09 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0102206;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.836;QD=8.22077;RBI=0.0630214;REFB=-0.00300972;REVB=-0.0621871;RO=40;SAF=15;SAR=1;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414393;STB=0.764861;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00575074;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:1:15:31:9:1:15:31:9 chr14 21500455 . T A 231.26 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00974469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.525;QD=20.5567;RBI=0.0111416;REFB=-0.00771699;REVB=-0.00540141;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.554216;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00880275;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:12:10:12:10:13:10:12:10 chr14 21511458 . G C 471.08 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.14024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.7513;QD=49.5873;RBI=0.145198;REFB=-0.217346;REVB=-0.0376197;RO=3;SAF=26;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509586;STB=0.529395;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0231651;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:3:1:34:37:0.973684:8:26:3:0:8:29:0:1 chr14 21511497 . C A,T 808.94 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=2,55;DP=57;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182214,0.012621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.072,147.161;QD=56.768;RBI=0.0236642,0.0572888;REFB=0,0;REVB=0.0235939,-0.0558813;RO=0;SAF=2,33;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0397003,-0.00537534;OID=.,.;OPOS=21511497,21511497;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:57:57:0:0:2,55:4,53:0.0701754,0.929825:0,22:2,33:0:0:2,20:2,33:0:0 chr14 21511789 . G A 342.09 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0222884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0067;QD=21.3807;RBI=0.0270338;REFB=-0.0221791;REVB=0.0152988;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842518;STB=0.529867;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0310346;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:27:29:35:35:0.546875:18:17:16:11:18:17:16:13 chr14 21526079 . C T 233.78 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0151897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.369;QD=24.6086;RBI=0.0241083;REFB=-0.0304794;REVB=-0.0187212;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.016065;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:6:10:12:10:6:10 chr14 21542753 . G A 894.95 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000384235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.917;QD=55.9346;RBI=0.0383415;REFB=-0.0363892;REVB=0.0383396;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129354;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000463896;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:26:36:1:0:26:37:1:0 chr14 21546354 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00310637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.635;QD=17.1565;RBI=0.0244373;REFB=-0.0176017;REVB=0.0242391;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222291;STB=0.626813;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0146679;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:13:7:10:7:13:7 chr14 21549814 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0191986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.291;QD=14.7015;RBI=0.0234525;REFB=-0.0237208;REVB=0.0134698;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.615187;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0278682;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:7:8:4:8:7:8 chr14 21549893 . G C 74.04 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00475463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.435;QD=10.2125;RBI=0.0121324;REFB=-0.0131472;REVB=0.011162;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305731;STB=0.684939;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0435467;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:8:11:3:7:8:11 chr14 21550473 . G GC 60.15 PASS AF=0.127907;AO=26;DP=175;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=87;FWDB=-0.0168453;FXX=0.0114936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.4572;QD=1.39878;RBI=0.0341231;REFB=-0.00306801;REVB=-0.0296752;RO=140;SAF=14;SAR=12;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203615;STB=0.509795;STBP=0.957;TYPE=ins;VARB=0.107744;OID=.;OPOS=21550474;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127907:26:175:22:172:150:9:13:63:87:60:140:14:12:53:87 chr14 21550499 . G T 686.43 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0143701;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8264;QD=17.7144;RBI=0.0143752;REFB=-0.0170046;REVB=0.000384844;RO=82;SAF=30;SAR=43;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629371;STB=0.534874;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0223339;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:82:82:73:73:0.470968:43:30:39:43:43:30:39:43 chr14 21551058 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0110133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.416;QD=16.2363;RBI=0.0162898;REFB=-0.0157909;REVB=0.0120027;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859117;STB=0.548355;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0205793;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:20:16:16:14:20:16 chr14 21551069 . T C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.406;QD=56.2118;RBI=0.0189033;REFB=-0.0612408;REVB=-0.0073561;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00189626;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:1:0:31:30:1:0 chr14 21553004 . C T 194.85 PASS AF=0.380952;AO=25;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0377796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1525;QD=12.3711;RBI=0.0385062;REFB=0.000109187;REVB=0.00744482;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257038;STB=0.67354;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00211761;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:25:24:0.380952:9:16:15:23:8:16:15:24 chr14 21553057 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0355638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.097;QD=16.8245;RBI=0.0406081;REFB=0.00474036;REVB=0.019602;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125592;STB=0.50718;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0136063;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:11:17:13:8:11:17 chr14 21556963 . A AT 143.53 PASS AF=0.48;AO=20;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0627419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3803;QD=11.4823;RBI=0.100923;REFB=-0.000203353;REVB=0.0790496;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100122;STB=0.526294;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.00418493;OID=.;OPOS=21556964;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:20:50:24:50:26:9:15:11:15:99:27:7:13:12:15 chr14 21557021 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0234046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.778;QD=18.7953;RBI=0.0370778;REFB=0.00495105;REVB=0.0287574;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396613;STB=0.50515;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00527487;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:16:7:7:19:16:7:8:19 chr14 21560706 . C G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2096;QD=42.1739;RBI=0.121187;REFB=0;REVB=0.12107;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00689499;OID=.;OPOS=21560706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr14 21570273 . T C 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.035468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.659;QD=20.4369;RBI=0.0354883;REFB=-0.00921339;REVB=0.00120095;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187279;STB=0.603706;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00862505;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:8:18:14:16:8:18 chr14 21570614 . A C 445.46 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0266803;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.838;QD=22.8443;RBI=0.0267939;REFB=-0.0134883;REVB=0.00246482;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142834;STB=0.578408;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0129356;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:22:21:11:24:22:21:11:24 chr14 21623290 . T C,G 1597.29 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=99,5;DP=106;FAO=105,3;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=63,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552169,-0.00173793;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.3576,31.1502;QD=59.1588;RBI=0.0488682,0.0188384;REFB=0,0;REVB=0.0485553,-0.0187581;RO=0;SAF=42,0;SAR=57,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.37041e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.50168e-05,0.159963;OID=.,.;OPOS=21623290,21623290;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:106:108:0:0:99,5:105,3:0.972222,0.0277778:57,5:42,0:0:0:63,3:42,0:0:0 chr14 21623836 . G A 1148.86 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00800462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9011;QD=56.0422;RBI=0.0589332;REFB=-0.120634;REVB=0.058387;RO=4;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148507;STB=0.51546;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00577356;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:4:3:77:79:0.963415:46:31:1:3:47:32:0:3 chr14 21624197 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.985;QD=43.4862;RBI=0.045683;REFB=0;REVB=0.0456245;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236019;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr14 21770681 . A G 463.84 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00949919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.736;QD=14.9627;RBI=0.0316159;REFB=-0.00287262;REVB=-0.0301551;RO=72;SAF=26;SAR=26;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574223;STB=0.532246;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00316994;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:26:26:40:32:26:26:40:32 chr14 21778792 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.012066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.404;QD=16.4079;RBI=0.028708;REFB=-0.0159999;REVB=0.0260492;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.511617;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0211682;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:16:13:9:12:16:13 chr14 21785790 . G A 147.92 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0483372;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2148;QD=15.9915;RBI=0.052086;REFB=0.0165938;REVB=0.0194026;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.513497;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00874941;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:23:21:16:16:0.432432:8:8:11:12:8:8:11:10 chr14 21790112 . C T 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0112663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.551;QD=5.405;RBI=0.0151461;REFB=-0.000770648;REVB=0.010123;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131112;STB=0.608517;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00278475;OID=.;OPOS=21790112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:42:45:12:12:0.210526:7:5:22:20:7:5:25:20 chr14 21829129 . C G 393.07 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0169848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.692;QD=13.6719;RBI=0.020217;REFB=-0.00989497;REVB=-0.0109655;RO=69;SAF=22;SAR=24;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154152;STB=0.508715;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0163986;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:24:22:32:37:24:22:32:37 chr14 21831052 . T C 236.38 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0258511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.199;QD=13.9048;RBI=0.0457708;REFB=-0.0152809;REVB=0.0377715;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485334;STB=0.52764;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0234493;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:16:12:19:21:16:12:19:21 chr14 21871653 . C T 406.97 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-1.34146e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8955;QD=20.0974;RBI=0.0401043;REFB=-0.0237251;REVB=-0.0401043;RO=40;SAF=29;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341448;STB=0.51896;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0145938;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:12:29:27:13:12:29:27:13 chr14 21960816 . T C 433.49 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0316195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.469;QD=20.6421;RBI=0.0316257;REFB=-0.0309749;REVB=-0.000629909;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853997;STB=0.547242;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0246554;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:24:17:22:21:24:17 chr14 21960969 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0232222;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.139;QD=15.6454;RBI=0.023981;REFB=-0.0154871;REVB=-0.00598467;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282709;STB=0.637579;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0104197;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:17:29:19:22:0.431373:6:13:6:11:7:15:13:16 chr14 21967916 . A G 263.53 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00405036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.622;QD=17.5689;RBI=0.00413823;REFB=-0.012558;REVB=0.000848259;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156488;STB=0.516693;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.008195;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:29:30:28:30:0.5:14:14:14:15:16:14:15:15 chr14 21993498 . G A 535.63 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8027;QD=54.936;RBI=0.041451;REFB=-0.104924;REVB=0.0245277;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0487691;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:1:1:20:17:1:1 chr14 22038450 . G A 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0284441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2501;QD=13.6599;RBI=0.0377233;REFB=-0.0192388;REVB=0.0247787;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0234802;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr14 22038525 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.553;QD=60.6103;RBI=0.00950424;REFB=0;REVB=0.00862475;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74216e-06;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr14 22038658 . CT C,CC 370.37 PASS AF=1,0;AO=7,19;DP=27;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127731,-0.184939;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.117,179.432;QD=56.9805;RBI=0.145374,0.213418;REFB=0,0;REVB=-0.0694142,-0.106511;RO=0;SAF=1,8;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0018332,0;OID=.,.;OPOS=22038659,22038659;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,19:27:26,0:26:0:9,0:17,0:0:0:4:0:1,8:6,11:0:0 chr14 22102592 . T C 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0098073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.589;QD=4.28886;RBI=0.0166422;REFB=-0.0108682;REVB=-0.0134454;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487352;STB=0.533238;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0492026;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:15:17:4:3:15:17 chr14 22102612 . T C 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0263883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2845;QD=9.85696;RBI=0.0444517;REFB=0.0118527;REVB=0.0357716;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172263;STB=0.604576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0119515;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:13:16:9:4:13:16 chr14 22102745 . C A 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0173111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.845;QD=15.1656;RBI=0.0179177;REFB=-0.0288922;REVB=-0.0046228;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189106;STB=0.608777;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0411023;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:18:5:11:19:18:5:11:19 chr14 22236756 . G C 269.18 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.043192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7574;QD=11.832;RBI=0.0625297;REFB=-0.0101931;REVB=0.0452152;RO=59;SAF=12;SAR=20;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348136;STB=0.699092;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0180673;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:20:12:41:18:20:12:41:18 chr14 22237070 . C T 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0030611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.268;QD=23.3806;RBI=0.0046286;REFB=-0.0269984;REVB=0.00347184;RO=39;SAF=32;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907731;STB=0.549979;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0240744;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:16:32:22:17:16:32:22:17 chr14 22237127 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.546;QD=60.8836;RBI=0.0117507;REFB=0;REVB=0.0111277;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60085e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr14 22314985 . T C 626.86 PASS AF=0.504;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0095915;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.682;QD=20.0596;RBI=0.00961541;REFB=-0.00602569;REVB=0.000677634;RO=63;SAF=27;SAR=36;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014717;STB=0.504671;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00591958;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:63:62:63:63:0.504:36:27:26:37:36:27:26:36 chr14 22315212 . A G 683.98 PASS AF=0.49635;AO=67;DP=136;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0253318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.075;QD=19.9702;RBI=0.027048;REFB=-0.0246657;REVB=-0.00948111;RO=69;SAF=28;SAR=39;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135638;STB=0.569934;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0245951;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:69:69:67:68:0.49635:39:28:39:30:39:29:39:30 chr14 22315296 . C T 612.21 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0013272;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4904;QD=18.275;RBI=0.00221712;REFB=-0.010742;REVB=-0.001776;RO=71;SAF=31;SAR=32;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260695;STB=0.514457;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0204854;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:71:71:63:63:0.470149:32:31:33:38:32:31:33:38 chr14 22320728 . T C 463.57 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00668944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.119;QD=16.4094;RBI=0.00710029;REFB=-0.00679928;REVB=0.00238024;RO=62;SAF=24;SAR=27;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921072;STB=0.551382;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00916553;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:27:24:35:27:27:24:35:27 chr14 22321124 . T C 443.82 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00504587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.776;QD=17.9322;RBI=0.00598799;REFB=-0.0138759;REVB=0.00322416;RO=53;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018892;STB=0.506423;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0123013;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:28:17:21:32:28:17:21:33 chr14 22322690 . G A 188.86 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0149631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4309;QD=11.1092;RBI=0.0162468;REFB=0.00462386;REVB=-0.00632976;RO=44;SAF=2;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494053;STB=0.798068;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00851841;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:22:2:16:28:22:2:16:28 chr14 22337393 . G A 1591.96 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7526;QD=63.6785;RBI=0.107699;REFB=0;REVB=-0.0394977;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384759;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:51:42:0:0:52:48:0:0 chr14 22356551 . T C 230.65 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0114028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3159;QD=14.4158;RBI=0.06742;REFB=-0.0145441;REVB=0.0664487;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133658;STB=0.575703;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0214633;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:13:24:14:13:13:24 chr14 22362971 . A G 549.65 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0134897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6062;QD=16.5307;RBI=0.0378298;REFB=-0.00393228;REVB=-0.0353429;RO=72;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436503;STB=0.523558;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00467226;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:74:59:59:0.443609:31:28:31:41:31:28:32:42 chr14 22363080 . T A 534.26 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0257561;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.309;QD=15.0495;RBI=0.0272684;REFB=-0.00294574;REVB=0.00895477;RO=83;SAF=30;SAR=28;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747159;STB=0.538299;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00164248;OID=.;OPOS=22363080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:142:83:84:58:58:0.408451:28:30:37:46:28:30:38:46 chr14 22363084 . C G 502.41 PASS AF=0.411348;AO=52;DP=131;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0212637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.608;QD=14.2527;RBI=0.0219956;REFB=-0.00738378;REVB=0.00562686;RO=79;SAF=29;SAR=23;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954142;STB=0.552068;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0109045;OID=.;OPOS=22363084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:141:79:83:52:58:0.411348:23:29:37:42:27:31:37:46 chr14 22363178 . C G 480.33 PASS AF=0.477064;AO=46;DP=104;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0168519;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.386;QD=17.6269;RBI=0.016863;REFB=-0.0190798;REVB=0.000610845;RO=58;SAF=18;SAR=28;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127352;STB=0.524743;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0201419;OID=.;OPOS=22363178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:58:57:46:52:0.477064:28:18:30:28:28:24:29:28 chr14 22386449 . C T 3126.81 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104724;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.897;QD=63.4884;RBI=0.0106785;REFB=-0.127346;REVB=0.00208819;RO=0;SAF=84;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83751e-05;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:197:0:0:195:197:1:111:84:0:0:113:84:0:0 chr14 22392304 . G A 762.47 PASS AF=0.98;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0968757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1122;QD=60.9975;RBI=0.116384;REFB=0.0789673;REVB=-0.0645001;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0280291;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:50:1:1:45:49:0.98:28:17:0:1:28:21:0:1 chr14 22392366 . C G,T 733.43 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=2,50;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289117,0.00868619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.6826,235.624;QD=56.4175;RBI=0.0334038,0.0113035;REFB=0,0;REVB=-0.0167309,-0.00723317;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00528406,-0.00292833;OID=.,.;OPOS=22392366,22392366;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:52:0:0:2,50:1,51:0.0192308,0.980769:1,26:1,24:0:0:1,26:0,25:0:0 chr14 22392626 . A C 1481.16 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00662645;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4698;QD=62.3646;RBI=0.0295105;REFB=-0.0382216;REVB=-0.0287569;RO=1;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129878;STB=0.506848;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000364298;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:36:58:0:1:36:58:0:1 chr14 22392703 . G C 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.727;QD=63.614;RBI=0.00935657;REFB=0;REVB=0.00927635;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05321e-06;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr14 22476137 . AAGGT A,AA 165.75 PASS AF=0.163793,0.146552;AO=18,18;DP=118;FAO=19,17;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=6,16;FSAR=13,1;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.00588038,0.0130682;FXX=0.025208;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=233.318,241.21;QD=5.71565;RBI=0.00750033,0.0141101;REFB=-0.00949155,-0.00954311;REVB=0.00465576,0.00532115;RO=78;SAF=5,17;SAR=13,1;SRF=26;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0825195,0.721195;STB=0.519979,0.952113;STBP=0.852,0;TYPE=del,del;VARB=0.0126769,0.0431573;OID=.,.;OPOS=22476138,22476139;OREF=AGGT,GGT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163793,0.146552:18,18:118:19,17:116:80:6,16:13,1:27:53:56:78:5,17:13,1:26:52 chr14 22476144 . CTCA TTTC 235.63 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=0.0124454;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=4;MLLD=131.891;QD=7.92028;RBI=0.0141876;REFB=-0.00685229;REVB=0.0068118;RO=84;SAF=3;SAR=17;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312033;STB=0.706194;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=-0.00675108;OID=.;OPOS=22476144;OREF=CTCA;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:84:84:20:20:0.168067:17:3:28:56:17:3:28:56 chr14 22509188 . T C 958.55 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00065644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6773;QD=57.2268;RBI=0.0288165;REFB=-0.0224062;REVB=-0.0288091;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=7.91972e-05;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:37:27:0:0:37:29:0:1 chr14 22521051 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.07;QD=56.9568;RBI=0.0286492;REFB=0;REVB=0.0118562;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92811e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr14 22580762 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00200757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0338;QD=15.1532;RBI=0.0056693;REFB=-0.0139525;REVB=0.00530195;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230469;STB=0.629553;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0174535;OID=.;OPOS=22580762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:17:15:30:13:17:15:30:13 chr14 22591988 . C A 420.87 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0140882;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.76;QD=20.5301;RBI=0.0145958;REFB=-0.0108938;REVB=0.00381541;RO=40;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632999;STB=0.535092;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00858638;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:26:16:18:22:26:16:18:22 chr14 22600863 . G A 1785.86 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.405;QD=61.0549;RBI=0.00353154;REFB=0;REVB=-0.00283804;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65861e-07;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:47:69:0:0:48:69:0:0 chr14 22690209 . A C 401.01 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0214335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7419;QD=18.8709;RBI=0.0663946;REFB=-0.0260616;REVB=-0.0628399;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719329;STB=0.539981;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0247163;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:18:23:28:16:18:23:28:16 chr14 22694926 . C T 70.71 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0189451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.441;QD=7.25273;RBI=0.0190616;REFB=-0.00420779;REVB=0.00210476;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102596;STB=0.510617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0119125;OID=.;OPOS=22694926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:9:10:0.25641:6:3:12:17:6:4:12:17 chr14 22695084 . C T 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0352147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9928;QD=15.7788;RBI=0.0694158;REFB=0.0122287;REVB=0.0598204;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246747;STB=0.64335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0130058;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:8:9:4:10:8:9 chr14 22695128 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.024903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.1;QD=14.0965;RBI=0.024907;REFB=-0.0043196;REVB=-0.000449588;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00772188;OID=.;OPOS=22695128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr14 22739862 . A T 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1504;QD=61.8501;RBI=0.00849699;REFB=0;REVB=-0.00516784;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30239e-05;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr14 22740245 . A G 1180.81 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0560611;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.453;QD=58.3115;RBI=0.058291;REFB=-0.137763;REVB=0.0159684;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00093444;STB=0.500784;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00304798;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:77:79:0.975309:37:40:1:1:37:42:1:1 chr14 22740270 . G A 1245.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.305;QD=61.5238;RBI=0.0788922;REFB=0;REVB=-0.0157178;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159591;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr14 22887459 . CG C 827.3 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.9219;QD=46.6086;RBI=0.106912;REFB=0;REVB=0.0558342;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.0141118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00253099;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:71:71:0:34:37:0:0:15:1:33:37:1:0 chr14 22891794 . G A 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00984867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.2923;QD=23.7552;RBI=0.0435021;REFB=0.00330155;REVB=0.0423725;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171175;STB=0.595395;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00193586;OID=.;OPOS=22891794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:13:9:16:10:13:9 chr14 22891883 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.603;QD=57.1772;RBI=0.00364371;REFB=0;REVB=0.0011115;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8741e-05;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr14 22942890 . G T 2064.73 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.473;QD=62.5677;RBI=0.0303105;REFB=0;REVB=0.0292615;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94002e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:76:55:0:0:76:56:0:0 chr14 22947903 . C T 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00739813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.529;QD=20.2398;RBI=0.00910777;REFB=-0.00217605;REVB=-0.00531216;RO=47;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057735;STB=0.536789;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00191516;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:23:24:27:20:23:24:28:20 chr14 22961854 . A G 1077.21 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0584;QD=59.845;RBI=0.049852;REFB=0;REVB=-0.0237893;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382364;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr14 22972742 . G A 1838.25 PASS AF=0.976;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0122509;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.55;QD=58.824;RBI=0.0229966;REFB=-0.0299852;REVB=0.0194618;RO=2;SAF=68;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178096;STB=0.502659;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=9.64384e-06;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:125:2:3:122:122:0.976:54:68:1:1:54:68:2:1 chr14 22972783 . AC A,TA 1601.51 PASS AF=1,0;AO=102,5;DP=112;FAO=113,0;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424957,0.00684926;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=23.1638,5.57246;QD=56.6908;RBI=0.165532,0.0476863;REFB=0,0;REVB=-0.159984,-0.0471919;RO=0;SAF=56,4;SAR=46,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00199102,0;OID=.,.;OPOS=22972784,22972783;OREF=C,AC;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:102,5:113,0:1,0:46,1:56,4:0:0:51,0:62,0:0:0 chr14 22972815 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000964133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.258;QD=59.9375;RBI=0.00504882;REFB=0;REVB=0.00495591;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05203e-06;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr14 22975700 . T G 823.45 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.00678782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.809;QD=20.4584;RBI=0.0168911;REFB=0.00113439;REVB=-0.0154672;RO=77;SAF=46;SAR=37;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854256;STB=0.549353;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00100403;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:78:83:83:0.515528:37:46:50:27:37:46:51:27 chr14 22978335 . C T 2323.19 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403805;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0166;QD=60.7369;RBI=0.0438275;REFB=0;REVB=0.0170371;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157659;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:151:153:1:74:77:0:0:74:79:0:0 chr14 22984586 . A C 410.35 PASS AF=0.415385;AO=42;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0167298;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.971;QD=12.6262;RBI=0.0168209;REFB=-0.014307;REVB=-0.00174815;RO=73;SAF=28;SAR=14;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16997;STB=0.503136;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0125976;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:73:76:42:54:0.415385:14:28:38:35:26:28:39:37 chr14 22988972 . G C 578.02 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00755168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.08;QD=24.3376;RBI=0.00760198;REFB=0.000146037;REVB=-0.000873114;RO=41;SAF=19;SAR=34;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165899;STB=0.586414;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-8.19314e-05;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:34:19:23:18:34:19:23:19 chr14 22993278 . A AG 773.49 PASS AF=1;AO=67;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2594;QD=42.3832;RBI=0.0652297;REFB=-0.028968;REVB=0.0575242;RO=5;SAF=27;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00594001;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:73:73:73:0:30:43:0:0:10:5:27:40:3:2 chr14 22997524 . A G 1822.96 PASS AF=0.976;AO=116;DP=122;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0788876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8228;QD=58.3348;RBI=0.0799283;REFB=0.0333897;REVB=-0.0128562;RO=6;SAF=39;SAR=77;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355759;STB=0.508981;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0217328;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:125:6:3:116:122:0.976:77:39:0:6:82:40:0:3 chr14 22998590 . AG A 1166.68 PASS AF=1;AO=92;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.0854;QD=48.6117;RBI=0.0273202;REFB=0;REVB=0.0237893;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000522656;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:96:96:96:0:48:48:0:0:21:0:47:45:0:0 chr14 22998619 . AC AA,A 1124.7 PASS AF=0.0519481,0.948052;AO=4,73;DP=77;FAO=4,73;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01934,-0.0382157;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=6.54739,27.955;QD=58.4261;RBI=0.0364816,0.0588593;REFB=0,0;REVB=0.0309333,0.0447658;RO=0;SAF=1,39;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0442582,-0.00883792;OID=.,.;OPOS=22998620,22998620;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0519481,0.948052:4,73:77:4,73:77:0:1,39:3,34:0:0:12:0:1,39:3,34:0:0 chr14 23000062 . T C 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.389;QD=60.4125;RBI=0.0353923;REFB=0.0199617;REVB=0.0184518;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.504761;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000128734;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:52:31:0:1:52:31:0:1 chr14 23025932 . A T 2365.31 PASS AF=1;AO=151;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322047;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.386;QD=61.0403;RBI=0.0367787;REFB=0;REVB=0.0177632;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144954;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:151:155:1:87:64:0:0:89:66:0:0 chr14 23044002 . G T 157.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00382127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.33;QD=16.613;RBI=0.047908;REFB=-0.00471159;REVB=-0.0477554;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00799521;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:12:9:11:6:12:9 chr14 23081223 . T C 1066.17 PASS AF=1;AO=44;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6407;QD=60.066;RBI=0.181399;REFB=0;REVB=0.113304;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002275;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:44:71:1:12:32:0:0:28:43:0:0 chr14 23102969 . G A 145.12 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0287252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5732;QD=16.1239;RBI=0.0722911;REFB=-0.00197799;REVB=0.066339;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270594;STB=0.598467;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00746913;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:20:16:16:0.444444:10:6:11:5:10:6:11:9 chr14 23248112 . A G 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00958882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3597;QD=9.21665;RBI=0.0251472;REFB=0.0265581;REVB=0.0232473;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198759;STB=0.608259;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0263457;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:9:7:22:14:9:7:22:15 chr14 23282110 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.174;QD=54.5177;RBI=0.0511172;REFB=0;REVB=0.0323502;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340469;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr14 23282449 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.946;QD=62.9828;RBI=0.0385383;REFB=0;REVB=0.0327715;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117304;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr14 23299135 . G T 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0239886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.482;QD=18.2082;RBI=0.0307037;REFB=-0.00508595;REVB=0.0191641;RO=53;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449518;STB=0.525103;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00550221;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:25:20:26:27:25:20:26:27 chr14 23299286 . T C 826.95 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00497996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.306;QD=51.6845;RBI=0.0174564;REFB=-0.0697417;REVB=0.016731;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.527769;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00116924;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:64:1:4:60:60:0.9375:34:26:0:1:34:26:0:4 chr14 23303641 . A C 872.87 PASS AF=0.970588;AO=57;DP=70;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272678;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.412;QD=51.3452;RBI=0.0412818;REFB=0.17252;REVB=0.0309945;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00124606;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:68:0:2:57:66:0.970588:29:28:0:0:32:34:2:0 chr14 23306048 . C T 430.28 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211202;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=288.061;QD=52.1549;RBI=0.0271956;REFB=-0.177294;REVB=0.017133;RO=2;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358832;STB=0.519219;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000606725;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:33:33:2:2:31:31:0.939394:25:6:0:2:25:6:0:2 chr14 23306588 . G A 187.2 PASS AF=0.72;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.084688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.107;QD=29.9513;RBI=0.0850817;REFB=-0.0571905;REVB=0.00817581;RO=7;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359856;STB=0.524971;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0207408;OID=.;OPOS=23306588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:7:7:17:18:0.72:13:4:2:5:14:4:2:5 chr14 23312554 . C G 257.72 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00600295;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.049;QD=18.0855;RBI=0.0794266;REFB=-0.00389757;REVB=-0.0791994;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251185;STB=0.630452;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00575945;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:29:28:28:0.491228:16:12:20:8:16:12:20:9 chr14 23321900 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.013;QD=60.6095;RBI=0.0304823;REFB=0;REVB=0.0295527;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55043e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr14 23371255 . G GGGC 112.91 PASS AF=0.75;AO=9;DP=18;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0382611;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=228.587;QD=28.2269;RBI=0.059003;REFB=-0.0444077;REVB=0.044916;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.521241;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.0122723;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:9:18:12:16:4:5:7:2:2:21:9:3:6:6:3 chr14 23374435 . G A 1178.62 PASS AF=1;AO=65;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.914;QD=61.2268;RBI=0.0488277;REFB=0;REVB=0.0488179;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022728;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:65:77:1:30:35:0:0:42:35:0:0 chr14 23374862 . C T 617.73 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.741;QD=60.266;RBI=0.0470296;REFB=0;REVB=0.0191376;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382688;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr14 23398902 . C T 791.48 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.036;QD=53.66;RBI=0.0571152;REFB=-0.0948866;REVB=0.0398191;RO=2;SAF=32;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00828798;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:25:32:2:0:25:32:2:0 chr14 23398990 . T G 732.8 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.064;QD=52.3428;RBI=0.0220629;REFB=-0.06738;REVB=0.00777417;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325731;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00373872;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:29:24:1:1:29:25:1:1 chr14 23426182 . C A 349.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.54;QD=53.8012;RBI=0.084188;REFB=0;REVB=0.0494645;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213236;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr14 23512040 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0177343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.548;QD=17.5592;RBI=0.0319821;REFB=-0.0224831;REVB=0.0266148;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.57383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00796295;OID=.;OPOS=23512040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:10:11:7:11:10:11 chr14 23512751 . C CT 114.01 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=32;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0123245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.7009;QD=15.2014;RBI=0.0665081;REFB=-0.0713452;REVB=-0.0653562;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101757;STB=0.5333;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.0339516;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:17:32:20:30:10:10:10:4:6:42:15:7:10:8:7 chr14 23512922 . G A 163.62 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0289165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4139;QD=20.4527;RBI=0.0294119;REFB=-0.0282618;REVB=0.00537513;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188525;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:16:17:0.53125:8:8:6:7:8:9:8:7 chr14 23519131 . C T 187.78 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0204846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.732;QD=20.301;RBI=0.0204862;REFB=-0.0277155;REVB=-0.000254737;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164361;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0153934;OID=.;OPOS=23519131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:10:8:12:7:10:8 chr14 23549379 . C G 1145.93 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.459;QD=60.3123;RBI=0.021705;REFB=0;REVB=0.0216209;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47388e-06;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:40:33:0:0:42:34:0:0 chr14 23567369 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0268285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.28;QD=16.8223;RBI=0.0268428;REFB=-0.0100081;REVB=-0.000877131;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00817783;OID=.;OPOS=23567369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr14 23567774 . T A 119.8 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0126491;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.871;QD=9.04116;RBI=0.0412208;REFB=-0.002817;REVB=-0.0392321;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155712;STB=0.608259;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00614538;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:37:16:16:0.301887:7:9:14:19:7:9:15:22 chr14 23569106 . A G 866.77 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0478455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.728;QD=53.3399;RBI=0.0483708;REFB=0.0417997;REVB=-0.00710923;RO=3;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387624;STB=0.520541;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00313616;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:35:27:0:3:35:27:0:3 chr14 23571671 . A T 1208.8 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.721;QD=61.205;RBI=0.0160689;REFB=0;REVB=-0.0070265;RO=0;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56758e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:58:19:0:0:59:20:0:0 chr14 23572899 . G A 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00127194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.205;QD=13.7257;RBI=0.0050076;REFB=-0.00031389;REVB=-0.00484337;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153917;STB=0.587725;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000484972;OID=.;OPOS=23572899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:13:19:22:27:13:19:22:27 chr14 23595721 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.035501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.875;QD=15.1962;RBI=0.035828;REFB=0.019674;REVB=0.00482955;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115825;STB=0.566935;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.023908;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:13:13:11:7:13:13 chr14 23598952 . A G 214.42 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0337683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=12.801;RBI=0.0337712;REFB=-0.00126736;REVB=0.000444617;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130811;STB=0.574711;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00228697;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:14:27:14:12:14:27 chr14 23745533 . C T 301.4 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00278322;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7338;QD=16.5151;RBI=0.0187434;REFB=-0.00181139;REVB=-0.0185356;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614186;STB=0.528205;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00357152;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:40:33:33:0.452055:19:14:19:20:19:14:19:21 chr14 23746269 . C G 447.75 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0120183;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.093;QD=20.8255;RBI=0.0162485;REFB=-0.0206208;REVB=-0.0109351;RO=43;SAF=33;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201189;STB=0.616382;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0194912;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:42:44:44:0.511628:11:33:24:19:11:33:23:19 chr14 23777374 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.195;QD=63.8873;RBI=0.0390791;REFB=0;REVB=-0.0133645;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99871e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr14 23779877 . C A 187.29 PASS AF=0.475;AO=14;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00270283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.804;QD=18.729;RBI=0.0270302;REFB=-0.0234675;REVB=0.0268948;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214111;STB=0.521716;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0251915;OID=.;OPOS=23779877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:14:19:0.475:3:11:13:8:8:11:13:8 chr14 23780569 . TTA T,TT,TTT 82.18 PASS AF=0.294118,0.264706,0;AO=9,8,7;DP=43;FAO=10,9,0;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5,3,0;FSAR=5,6,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.189043,-0.211766,-0.026262;FXX=0.0285633;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=14.9265,8.96502,10.9655;QD=9.6679;RBI=0.225811,0.218876,0.0693861;REFB=-0.00776152,-0.0449845,-0.0390105;REVB=-0.123505,-0.0553338,0.0642241;RO=16;SAF=4,2,3;SAR=5,6,4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0.391304,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.384764,-0.558502,-0.418932;STB=0.639742,0.736357,0.5;STBP=0.287,0.103,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00516408,0.073351,0;OID=.,.,.;OPOS=23780570,23780571,23780571;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.264706,0:9,8,7:43:10,9,0:34:15:5,3,0:5,6,0:11:4:48:16:4,2,3:5,6,4:13:3 chr14 23826822 . C T 553.01 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.00272467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.338;QD=18.1313;RBI=0.00572774;REFB=0.0117978;REVB=0.00503818;RO=63;SAF=28;SAR=29;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180854;STB=0.606522;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00900279;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:64:57:58:0.47541:29:28:19:44:29:29:19:45 chr14 23830042 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0600731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8399;QD=12.8606;RBI=0.066697;REFB=-0.0153194;REVB=0.0289777;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00328493;OID=.;OPOS=23830042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr14 23834256 . C G 1173.58 PASS AF=0.527523;AO=115;DP=218;FAO=115;FDP=218;FR=.;FRO=103;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=0.0195674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.867;QD=21.5337;RBI=0.019627;REFB=-0.0221891;REVB=0.00152793;RO=102;SAF=59;SAR=56;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103835;STB=0.554202;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0209982;OID=.;OPOS=23834256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:102:103:115:115:0.527523:56:59:40:62:56:59:41:62 chr14 23844979 . C A 874.88 PASS AF=0.588235;AO=79;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00895529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.356;QD=25.7318;RBI=0.00906758;REFB=-0.0284639;REVB=0.00142257;RO=55;SAF=47;SAR=32;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384243;STB=0.521824;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.020143;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:55:56:79:80:0.588235:32:47:30:25:33:47:30:26 chr14 23845244 . G A 196.89 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0325949;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.14;QD=15.145;RBI=0.0330796;REFB=0.00435364;REVB=-0.00564193;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352658;STB=0.638969;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00985936;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:21:23:0.442308:17:4:14:15:17:6:14:15 chr14 23848311 . C T 266.25 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.024091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.455;QD=19.3638;RBI=0.0254193;REFB=0.00686756;REVB=0.00810958;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203251;STB=0.618427;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0115591;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:8:20:13:13:8:21:13:13 chr14 23851276 . CAAA CAA,CAAG 36.59 PASS AF=0.189189,0.0540541;AO=13,2;DP=38;FAO=7,2;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=4,2;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.017408,-0.00999715;FXX=0.0263089;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.9836,245.05;QD=3.95589;RBI=0.0844347,0.0399048;REFB=-0.1182,-0.0118484;REVB=-0.0826207,-0.0386322;RO=22;SAF=3,0;SAR=10,2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119645,-0.431599;STB=0.651796,0.992424;STBP=0.455,0.369;TYPE=del,snp;VARB=0.139671,0.0592064;OID=.,.;OPOS=23851277,23851279;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189,0.0540541:13,2:38:7,2:37:28:3,0:4,2:7:21:27:22:3,0:10,2:7:15 chr14 23855569 . A G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.00779667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9283;QD=19.587;RBI=0.0173328;REFB=-0.010644;REVB=0.0154802;RO=44;SAF=28;SAR=15;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355667;STB=0.707227;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0112114;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:46:43:44:0.488889:15:28:11:33:15:29:11:35 chr14 23902753 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0120449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.397;QD=14.2309;RBI=0.0175177;REFB=-0.0144971;REVB=-0.0127197;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207493;STB=0.61756;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0191388;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:24:12:14:12:24:12 chr14 23944505 . G A 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000862345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.984;QD=12.7979;RBI=0.0234445;REFB=0.000881029;REVB=0.0234287;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178471;STB=0.602895;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0013803;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:18:8:19:22:18:8:19:22 chr14 23944514 . C A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00725235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.132;QD=10.8325;RBI=0.0250223;REFB=-0.00123279;REVB=-0.0239483;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11551;STB=0.567505;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00221109;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:19:22:14:8:19:22 chr14 23947374 . G A 458.69 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00537722;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.102;QD=22.1057;RBI=0.00568495;REFB=-0.00253758;REVB=0.00184502;RO=39;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124328;STB=0.506864;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00225369;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:39:39:44:44:0.53012:31:13:12:27:31:13:12:27 chr14 23991866 . C T 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00668169;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=347.826;QD=20.7505;RBI=0.00668207;REFB=-0.0066136;REVB=-7.07381e-05;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735087;STB=0.504068;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00630697;OID=.;OPOS=23991866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:17:21:23:18:17:21 chr14 23996099 . G T 472.0 PASS AF=0.412214;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0256315;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.9581;QD=14.4122;RBI=0.0596953;REFB=-0.041635;REVB=-0.0539124;RO=69;SAF=29;SAR=24;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185163;STB=0.596603;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0464023;OID=.;OPOS=23996099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:131:69:77:53:54:0.412214:24:29:25:44:24:30:30:47 chr14 23999627 . TA T 101.18 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0335782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8355;QD=8.43173;RBI=0.0386405;REFB=0.00892966;REVB=-0.0191206;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165687;STB=0.596225;STBP=0.33;TYPE=del;VARB=-0.0131533;OID=.;OPOS=23999628;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:18:48:18:48:30:10:8:12:18:99:30:10:8:12:18 chr14 24002887 . G T 422.86 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=0.0584146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5296;QD=13.6406;RBI=0.0594153;REFB=0.0218167;REVB=0.0108591;RO=75;SAF=16;SAR=33;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381199;STB=0.714566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0270723;OID=.;OPOS=24002887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:75:49:49:0.395161:33:16:52:23:33:16:52:23 chr14 24004373 . T TC 43.28 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0719771;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.1231;QD=6.18321;RBI=0.0733705;REFB=-0.0244682;REVB=-0.0142313;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714539;STB=0.925664;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.117014;OID=.;OPOS=24004374;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:29:8:28:20:7:1:3:17:43:20:7:1:3:17 chr14 24026493 . A G 56.12 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0258608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6135;QD=14.03;RBI=0.0382077;REFB=-0.0254041;REVB=0.0281255;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240032;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:15:16:8:8:7:8:0.5:6:1:1:7:7:1:1:7 chr14 24037245 . CCTTTTTTG CCTTTTTG,CCTTTTTGT,CTTTTTG 81.4 PASS AF=0.0909091,0,0.25;AO=8,2,6;DP=48;FAO=4,0,11;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0,10;FSAR=0,0,1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0280493,-0.102179,0.0168802;FXX=0.0638162;HRUN=6,6,8;LEN=1,2,2;MLLD=8.00606,66.2258,12.9227;QD=7.39981;RBI=0.222852,0.102565,0.287979;REFB=-0.166097,-0.00853574,-0.0804438;REVB=0.22108,0.0088877,0.287484;RO=23;SAF=8,1,6;SAR=0,1,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.748763,0.0204929,0.709446;STB=0.996982,0.5,0.842621;STBP=0.056,1,0.023;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.204477,0,0.168504;OID=.,.,.;OPOS=24037247,24037252,24037246;OREF=T,TG,CT;OALT=-,GT,-;OMAPALT=CCTTTTTG,CCTTTTTGT,CTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0909091,0,0.25:8,2,6:48:4,0,11:44:29:4,0,10:0,0,1:16:13:58:23:8,1,6:0,1,0:11:12 chr14 24261219 . T C 439.38 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00424078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8317;QD=16.899;RBI=0.00471595;REFB=-0.0201937;REVB=0.00206299;RO=56;SAF=29;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119605;STB=0.566747;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0271698;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:19:29:27:29:19:29:27:29 chr14 24261273 . G C 335.35 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00731641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.546;QD=13.281;RBI=0.0236541;REFB=-0.00604954;REVB=0.0224942;RO=59;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13372;STB=0.582001;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0125457;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:62:39:39:0.386139:15:24:29:30:15:24:30:32 chr14 24261275 . C T 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0269714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.355;QD=14.8052;RBI=0.0414905;REFB=-0.00376818;REVB=-0.0315278;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657803;STB=0.537125;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00355198;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:18:24:30:29:18:24:30:29 chr14 24261340 . A G 249.46 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0950772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5605;QD=19.5658;RBI=0.09736;REFB=-0.0139399;REVB=0.0209593;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363483;STB=0.530465;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0194296;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:14:11:10:15:14:12:10:15 chr14 24458162 . G C 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5467;QD=59.8655;RBI=0.0761782;REFB=0;REVB=-0.0751925;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346328;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr14 24459491 . C CA 316.26 PASS AF=1;AO=5;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378787;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.1082;QD=43.6226;RBI=0.0569025;REFB=0;REVB=0.0424629;RO=26;SAF=5;SAR=0;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000832956;OID=.;OPOS=24459492;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:31:29:29:0:18:11:0:0:6:26:5:0:14:12 chr14 24459493 . G A 306.15 PASS AF=0.866667;AO=24;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00869458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.176;QD=40.8206;RBI=0.0613464;REFB=-0.239676;REVB=0.0607271;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148801;STB=0.562453;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0556795;OID=.;OPOS=24459493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:29:30:5:4:24:26:0.866667:11:13:5:0:12:14:4:0 chr14 24459520 . T C,G 385.28 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540807,-0.0101861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.481,137.91;QD=55.04;RBI=0.0299094,0.0431344;REFB=0,0;REVB=-0.0294164,-0.0419144;RO=0;SAF=13,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00157971,0.00341083;OID=.,.;OPOS=24459520,24459520;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:13,0:13,2:0:0:13,0:13,2:0:0 chr14 24464310 . C A 608.34 PASS AF=0.388889;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0118021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.407;QD=13.5186;RBI=0.011962;REFB=-0.0170232;REVB=-0.0019493;RO=110;SAF=29;SAR=41;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144459;STB=0.508152;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.021596;OID=.;OPOS=24464310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:110:110:70:70:0.388889:41:29:47:63:41:29:47:63 chr14 24470138 . C T 593.65 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00310463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.031;QD=17.4602;RBI=0.0173035;REFB=-0.0164378;REVB=0.0170227;RO=74;SAF=28;SAR=34;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210334;STB=0.511702;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0194937;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:34:28:35:39:34:28:35:39 chr14 24505722 . C G 1535.64 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.219;QD=62.6793;RBI=0.017552;REFB=0;REVB=0.00204953;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705494;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:94:98:1:42:52:0:0:43:55:0:0 chr14 24507003 . A C 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.067794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.69;QD=16.7838;RBI=0.0719636;REFB=0.0105379;REVB=-0.0241398;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167457;STB=0.594371;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.012462;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:19:10:17:16:19:10:17:16 chr14 24507010 . C A 285.19 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0304195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7721;QD=17.8245;RBI=0.0442336;REFB=-0.0113641;REVB=-0.0321133;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21212;STB=0.62455;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0108906;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:14:17:10:22:14:17:10:23 chr14 24526159 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0102426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.363;QD=22.831;RBI=0.010465;REFB=-0.0112017;REVB=0.002146;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00935817;OID=.;OPOS=24526159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:6:4:5:10:6:4 chr14 24526206 . TG CG,T 177.88 PASS AF=0.608696,0.217391;AO=12,5;DP=22;FAO=14,5;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10,5;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0270206,-0.0220018;FXX=0.0416493;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=155.241,13.338;QD=30.9364;RBI=0.0277855,0.032464;REFB=-0.0146664,-0.107324;REVB=0.00647463,-0.0238712;RO=4;SAF=8,5;SAR=4,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.252469;SSEP=0,0.208773;SSSB=0.0807907,0.745569;STB=0.555473,0.996873;STBP=0.459,0.072;TYPE=snp,del;VARB=0.0259785,0.0898392;OID=.,.;OPOS=24526206,24526207;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:22:23:4:4:12,5:14,5:0.608696,0.217391:4,0:8,5:2:2:4,0:10,5:2:2 chr14 24527220 . C T 285.08 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00443322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.515;QD=23.7567;RBI=0.0201811;REFB=-0.0200037;REVB=0.0196881;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235341;STB=0.615041;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0129872;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:8:17:9:13:9:17:9:13 chr14 24529209 . C T 151.55 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00361848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.291;QD=10.2748;RBI=0.00565285;REFB=-0.00428687;REVB=0.00434296;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844507;STB=0.542606;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00742646;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:13:7:16:22:13:7:16:23 chr14 24529260 . C T 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0128296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.991;QD=14.2411;RBI=0.0177961;REFB=-0.00789977;REVB=0.012333;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158969;STB=0.599909;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0114735;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:13:9:17:13:13:9:18:13 chr14 24529890 . A G 330.81 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.526;QD=52.9302;RBI=0.0505621;REFB=0;REVB=0.0113871;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489462;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:21:3:0:0:22:3:0:0 chr14 24543808 . G C 950.93 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.81;QD=58.5185;RBI=0.0349115;REFB=0;REVB=0.0321021;RO=0;SAF=50;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170378;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:14:50:0:0:14:51:0:0 chr14 24545366 . T C 187.85 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0117961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.833;QD=20.3078;RBI=0.0145718;REFB=-0.0494173;REVB=0.00855515;RO=18;SAF=2;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273656;STB=0.664595;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0173797;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:16:2:5:13:17:2:5:13 chr14 24545375 . C T 197.55 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.0111105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4662;QD=18.8139;RBI=0.0117406;REFB=-0.0285204;REVB=0.00379443;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262117;STB=0.64545;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0250634;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:2:20:14:6:2:20 chr14 24545835 . C T 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0969094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.329;QD=14.6487;RBI=0.101896;REFB=-0.00566605;REVB=0.0314845;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192541;STB=0.609031;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0116004;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:9:22:12:11:9:22 chr14 24551796 . A C 59.99 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.0798601;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2983;QD=2.24254;RBI=0.0799221;REFB=-0.00493909;REVB=-0.00314808;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122156;STB=0.576075;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.160904;OID=.;OPOS=24551796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:113:107:84:89:11:11:0.102804:6:5:30:54:6:5:33:56 chr14 24567498 . A C 1898.82 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00040574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2051;QD=60.7624;RBI=0.0685449;REFB=-0.0766299;REVB=-0.0685437;RO=1;SAF=71;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664527;STB=0.503496;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000322949;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:53:71:1:0:53:71:1:0 chr14 24567508 . T C 397.28 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0134235;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6075;QD=12.8155;RBI=0.013481;REFB=0.00161243;REVB=-0.00124369;RO=76;SAF=27;SAR=20;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963512;STB=0.501928;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00235459;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:76:77:47:47:0.379032:20:27:43:33:20:27:44:33 chr14 24569418 . A G 249.19 PASS AF=0.394737;AO=22;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0584185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.893;QD=13.115;RBI=0.0639595;REFB=-0.0141176;REVB=-0.0260403;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138755;STB=0.533514;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.028775;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:46:22:30:0.394737:14:8:9:27:21:9:16:30 chr14 24614361 . T G 1008.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.665;QD=59.3322;RBI=0.0203121;REFB=0;REVB=0.015977;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58063e-05;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:27:41:0:0 chr14 24615435 . T C 553.14 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00685489;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.045;QD=16.5115;RBI=0.0193959;REFB=-0.0236472;REVB=-0.0181442;RO=76;SAF=35;SAR=24;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160361;STB=0.585968;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0272003;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:75:59:59:0.440299:24:35:33:43:24:35:33:42 chr14 24617238 . C T 283.93 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0114768;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.858;QD=17.2079;RBI=0.0148825;REFB=-0.0124502;REVB=0.00947489;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207747;STB=0.607662;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0182264;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:35:31:31:0.469697:17:14:23:11:17:14:23:12 chr14 24620467 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0167659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2136;QD=17.0638;RBI=0.0484305;REFB=0.00536264;REVB=0.0454358;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310606;STB=0.665755;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00355465;OID=.;OPOS=24620467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:10:18:9:21:10:18:10:21 chr14 24629744 . G A 512.7 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00545904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.925;QD=20.3048;RBI=0.00548093;REFB=-0.000592907;REVB=0.000489386;RO=47;SAF=32;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235403;STB=0.638502;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00037324;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:49:52:52:0.514851:20:32:16:31:20:32:16:33 chr14 24641838 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00892828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6121;QD=19.9285;RBI=0.0430643;REFB=-0.00354094;REVB=-0.0421286;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00063628;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr14 24642348 . C T 415.47 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0065184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.986;QD=27.6978;RBI=0.0104886;REFB=0.00459068;REVB=-0.00821709;RO=21;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568984;STB=0.531018;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00407309;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:22:17:11:10:22:17:11:10 chr14 24646406 . G A,GGAA 766.89 PASS AF=0.031746,0.888889;AO=4,55;DP=66;FAO=2,56;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=2,24;FSAR=0,32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0164233,-0.0189593;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=61.1377,260.128;QD=48.6915;RBI=0.0533817,0.0321168;REFB=0.0115288,-0.0510072;REVB=0.0507925,0.0259237;RO=6;SAF=4,24;SAR=0,31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.742829,0.019399;STB=0.994301,0.502391;STBP=0.168,0.949;TYPE=snp,ins;VARB=0.0541559,0.00494776;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:66:63:6:5:4,55:2,56:0.031746,0.888889:0,31:4,24:2:4:0,32:2,24:2:3 chr14 24647814 . T C 976.45 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873614;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.655;QD=59.1789;RBI=0.0884279;REFB=0;REVB=0.0136922;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222283;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr14 24652882 . A G 533.9 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00636462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7149;QD=26.3656;RBI=0.0457958;REFB=-0.0457666;REVB=0.0453514;RO=30;SAF=23;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487223;STB=0.537586;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0293588;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:30:32:49:49:0.604938:26:23:12:18:26:23:12:20 chr14 24653523 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00799754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.762;QD=8.8111;RBI=0.0182656;REFB=-0.00881061;REVB=-0.0164217;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0101884;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr14 24653954 . G A 191.45 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0100682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.672;QD=22.5235;RBI=0.0136146;REFB=-0.0152315;REVB=0.00916451;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089129;STB=0.562436;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0100167;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:10:9:5:9:10:9:5:10 chr14 24653965 . C T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0539824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0408;QD=15.6253;RBI=0.0647253;REFB=0.0134034;REVB=0.0357109;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798967;STB=0.545941;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0180457;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:9:14:9:8:9:14 chr14 24654489 . T C 702.0 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022111;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.537;QD=57.3062;RBI=0.0306958;REFB=0;REVB=-0.0212917;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39202e-05;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:35:14:0:0 chr14 24657407 . T G 1541.7 PASS AF=1;AO=58;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416016;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.686;QD=64.9137;RBI=0.13952;REFB=0;REVB=0.133173;RO=0;SAF=51;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262986;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:58:95:1:7:51:0:0:39:56:0:0 chr14 24682767 . C T 405.44 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0181745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2436;QD=17.2527;RBI=0.0279755;REFB=-0.00464948;REVB=0.0212677;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515652;STB=0.524404;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00799487;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:26:16:22:29:26:16:22:30 chr14 24683266 . CA C 115.32 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00908965;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7575;QD=11.2503;RBI=0.0575783;REFB=-0.0288745;REVB=-0.0568563;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767178;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=0.0399932;OID=.;OPOS=24683267;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:17:42:19:41:22:10:9:11:11:99:23:9:8:12:11 chr14 24702789 . C T 490.26 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0100573;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.356;QD=16.761;RBI=0.0107115;REFB=-0.00486235;REVB=-0.00368612;RO=64;SAF=24;SAR=29;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769521;STB=0.542915;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00588219;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:64:53:53:0.452991:29:24:34:30:29:24:34:30 chr14 24728294 . G T 242.36 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0165831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.12;QD=16.1574;RBI=0.0190495;REFB=-0.00499747;REVB=0.00937472;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151448;STB=0.585047;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00718253;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:20:12:15:13:20:12 chr14 24731043 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0281523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.479;QD=20.2743;RBI=0.0287623;REFB=-0.00275178;REVB=-0.0058922;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31661;STB=0.677273;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00298573;OID=.;OPOS=24731043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:6:18:9:14:6:18 chr14 24771256 . T C 2235.67 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=63.4233;RBI=0.0530805;REFB=0;REVB=0.0459519;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50716e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:60:79:0:0:62:79:0:0 chr14 24785092 . G T 340.54 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0193944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4171;QD=23.4858;RBI=0.0215472;REFB=-0.0412804;REVB=0.00938814;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725044;STB=0.539854;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0275104;OID=.;OPOS=24785092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:16:18:15:9:16:18:15:9 chr14 24786060 . G A 391.49 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.00130937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.12;QD=16.8381;RBI=0.0171992;REFB=-0.0247448;REVB=-0.0171493;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133401;STB=0.574481;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0373073;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:24:17:15:37:24:17:15:37 chr14 24786293 . T G 290.41 PASS AF=0.8;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0292013;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.965;QD=38.7207;RBI=0.0312889;REFB=0.00266567;REVB=0.0112374;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.634495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00109262;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:30:0:6:24:24:0.8:18:6:0:0:18:6:5:1 chr14 24786976 . T C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.551;QD=59.8541;RBI=0.0294294;REFB=0;REVB=0.0279892;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114131;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:52:19:0:0:52:19:0:0 chr14 24793600 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.596;QD=55.6561;RBI=0.00556452;REFB=0;REVB=-0.00172001;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82234e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr14 24795495 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.743;QD=51.184;RBI=0.0167284;REFB=0;REVB=0.0165909;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85524e-05;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr14 24801960 . G C 246.63 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0499058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.7142;QD=14.2974;RBI=0.054836;REFB=-0.0551738;REVB=-0.0227244;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143609;STB=0.569535;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0632656;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:38:39:28:30:0.434783:17:11:10:28:19:11:10:29 chr14 24805463 . G T 250.92 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.102214;FXX=0.0144907;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.9651;QD=14.7597;RBI=0.117765;REFB=-0.00757728;REVB=0.0584882;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196761;STB=0.623295;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0119019;OID=.;OPOS=24805463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:39:29:29:0.426471:13:16:13:24:13:16:13:26 chr14 24821299 . C T 703.89 PASS AF=0.77027;AO=57;DP=75;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0445111;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9201;QD=38.0482;RBI=0.0771491;REFB=0.0188852;REVB=-0.0630139;RO=18;SAF=27;SAR=30;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011786;STB=0.512816;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00510417;OID=.;OPOS=24821299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:18:17:57:57:0.77027:30:27:9:9:30:27:9:8 chr14 24836815 . C G 366.67 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0135261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.437;QD=24.4445;RBI=0.0168485;REFB=-0.0373855;REVB=-0.0100457;RO=24;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336968;STB=0.518508;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0253247;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:12:24:15:9:12:24:15:9 chr14 24838937 . C T 300.5 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0106796;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5021;QD=13.6589;RBI=0.0240802;REFB=-0.00920564;REVB=0.0215825;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172054;STB=0.593305;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0284708;OID=.;OPOS=24838937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:54:34:34:0.386364:22:12:27:26:22:12:27:27 chr14 24839165 . C T 356.41 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0229374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1199;QD=12.6163;RBI=0.103692;REFB=-0.0207976;REVB=-0.101123;RO=69;SAF=24;SAR=19;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237752;STB=0.517378;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.040001;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:70:43:43:0.380531:19:24:40:29:19:24:41:29 chr14 24846757 . A G 342.2 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00190393;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.884;QD=29.7564;RBI=0.0105635;REFB=-0.00547208;REVB=-0.0103905;RO=17;SAF=25;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377817;STB=0.710987;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00562318;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:17:29:29:0.630435:4:25:8:9:4:25:8:9 chr14 24877889 . A C 317.55 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0110181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.118;QD=23.0948;RBI=0.0295184;REFB=-0.0127308;REVB=-0.027385;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657802;STB=0.541078;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0134562;OID=.;OPOS=24877889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:20:11:10:13:21:11:10:13 chr14 24878370 . C T 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.018116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.58;QD=16.892;RBI=0.0215184;REFB=-0.000905356;REVB=-0.0116125;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288826;STB=0.516206;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0011177;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:17:20:23:22:17:20:23:22 chr14 24888335 . T C 533.81 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.0449169;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1749;QD=21.568;RBI=0.0553776;REFB=-0.00509493;REVB=-0.0323907;RO=48;SAF=5;SAR=48;SRF=7;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115392;STB=0.569704;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00455537;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:48:46:53:53:0.535354:48:5:7:41:48:5:7:39 chr14 24898558 . C T 1189.35 PASS AF=0.975309;AO=80;DP=83;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.036306;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.826;QD=58.7335;RBI=0.0363062;REFB=-0.202422;REVB=-0.000122785;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.513885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000987619;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:81:0:2:80:79:0.975309:45:35:0:0:44:35:2:0 chr14 24901248 . A AC 205.54 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116154;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.038;QD=41.1073;RBI=0.11718;REFB=0;REVB=-0.0154728;RO=19;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000385412;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:22:20:20:0:14:6:0:0:4:19:3:0:12:7 chr14 24901249 . A C 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0330746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.505;QD=38.7899;RBI=0.0487393;REFB=-0.00182671;REVB=0.0357993;RO=3;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109943;STB=0.559936;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000527769;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:7:11:3:0:7:11:3:0 chr14 24901276 . G T 95.55 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.6499;QD=34.7468;RBI=0.0396955;REFB=-0.192788;REVB=0.037933;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0262743;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr14 24906534 . G A 591.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0336797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1726;QD=24.6314;RBI=0.0338203;REFB=-0.0445489;REVB=-0.00308129;RO=41;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110969;STB=0.565796;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0395694;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:54:54:0.5625:30:24:24:17:30:24:25:17 chr14 24907508 . C CA 398.56 PASS AF=0.435754;AO=72;DP=183;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0402506;FXX=0.0164826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3311;QD=8.90636;RBI=0.0426732;REFB=-0.0198088;REVB=-0.0141737;RO=107;SAF=34;SAR=38;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754896;STB=0.518815;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=0.0172449;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435754:72:183:78:179:101:35:43:42:59:99:107:34:38:43:64 chr14 24907552 . C T 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.00141395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.751;QD=17.1862;RBI=0.00357712;REFB=-0.0114055;REVB=-0.00328581;RO=69;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711693;STB=0.539555;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0137401;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:32:26:26:43:32:26:26:43 chr14 24907580 . G A 376.4 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0363905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.455;QD=16.0171;RBI=0.0364775;REFB=-0.00890196;REVB=0.00251698;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102925;STB=0.543529;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.010705;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:23:17:17:35:23:17:19:35 chr14 24909362 . T C 257.93 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0146555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.916;QD=15.399;RBI=0.0159762;REFB=-0.000253997;REVB=-0.00636044;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362829;STB=0.506932;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000310973;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:29:30:0.447761:10:19:23:14:11:19:23:14 chr14 24909475 . C G 205.16 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00805987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.623;QD=16.4125;RBI=0.0437557;REFB=-0.00355871;REVB=-0.0430069;RO=28;SAF=18;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447619;STB=0.755272;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00272782;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:3:18:14:14:3:18:15:14 chr14 24909628 . GC GA,G 617.08 PASS AF=0.552941,0.435294;AO=27,10;DP=78;FAO=47,37;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=23,14;FSAR=24,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.105227,-0.397187;FXX=0.0116266;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=69.6849,4.89141;QD=29.0388;RBI=0.108186,0.443173;REFB=0.012733,-0.107642;REVB=-0.0251267,-0.196584;RO=9;SAF=18,1;SAR=9,9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0.494118;SSEP=0,0.470588;SSSB=0.259375,-0.0245151;STB=0.5102,0.510633;STBP=0.522,0.508;TYPE=snp,del;VARB=0.0479217,0.00877039;OID=.,.;OPOS=24909629,24909629;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.552941,0.435294:27,10:78:47,37:85:1:23,14:24,23:0:1:99:9:18,1:9,9:1:8 chr14 24909731 . C T 276.26 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0913525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9632;QD=15.786;RBI=0.0914237;REFB=0.00391861;REVB=-0.00360683;RO=39;SAF=6;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323427;STB=0.684798;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00326648;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:25:6:18:21:25:6:18:21 chr14 24910210 . C A 807.92 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.024838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.323;QD=21.5444;RBI=0.025461;REFB=-0.00703333;REVB=0.00559786;RO=73;SAF=44;SAR=33;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106084;STB=0.558302;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00700101;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:73:77:77:0.513333:33:44:33:40:33:44:33:40 chr14 24910973 . TT GA 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0136457;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.87;QD=20.1555;RBI=0.0218973;REFB=-0.0161089;REVB=0.0171256;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165589;STB=0.57909;STBP=0.208;TYPE=mnp;VARB=0.0312984;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:32:35:35:0.522388:12:23:14:16:12:23:16:16 chr14 24911452 . T C 305.11 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0838337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.934;QD=27.1207;RBI=0.088628;REFB=-0.00796334;REVB=0.0287547;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115266;STB=0.576214;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00472384;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:17:10:9:8:17:10:10:8 chr14 24970942 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1753;QD=55.0976;RBI=0.0335217;REFB=0;REVB=-0.0303959;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404247;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr14 24975435 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.183;QD=46.848;RBI=0.0161021;REFB=0;REVB=-0.00409635;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.83639e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr14 25043671 . T C 153.93 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0199595;FXX=0.0856898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.287;QD=19.2406;RBI=0.0232684;REFB=-0.00245123;REVB=-0.0119599;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371344;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:16:16:16:16:0.5:10:6:6:10:10:6:6:10 chr14 25076836 . G A 83.08 PASS AF=0.107317;AO=22;DP=206;FAO=22;FDP=205;FR=.;FRO=183;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=91;FWDB=-0.00983615;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.881;QD=1.62116;RBI=0.044933;REFB=-0.00568814;REVB=-0.0438432;RO=182;SAF=15;SAR=7;SRF=91;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224706;STB=0.662311;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0481627;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:206:205:182:183:22:22:0.107317:7:15:91:91:7:15:92:91 chr14 25076877 . G C 30.2 PASS AF=0.0656566;AO=12;DP=199;FAO=13;FDP=198;FR=.,HEALED;FRO=185;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=92;FSRR=93;FWDB=-0.0077853;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.999;QD=0.610063;RBI=0.0692043;REFB=-0.00344511;REVB=-0.068765;RO=155;SAF=8;SAR=4;SRF=91;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914759;STB=0.683349;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0553092;OID=.;OPOS=25076877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:199:198:155:185:12:13:0.0656566:4:8:91:64:4:9:92:93 chr14 25100282 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00934197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.449;QD=12.0516;RBI=0.0471112;REFB=0.00293286;REVB=0.0461757;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47636;STB=0.777253;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000980467;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:2:11:3:6:2:11 chr14 25101589 . G C 64.46 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00322604;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.127;QD=2.6583;RBI=0.0655001;REFB=-0.00579467;REVB=-0.0654206;RO=70;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782208;STB=0.523017;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0374272;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:98:97:70:84:13:13:0.134021:6:7:42:28:6:7:43:41 chr14 25101629 . T C 245.05 PASS AF=0.24183;AO=36;DP=152;FAO=37;FDP=153;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=0.0306811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5772;QD=6.40657;RBI=0.0573495;REFB=0.00282296;REVB=0.0484524;RO=116;SAF=12;SAR=24;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858754;STB=0.559812;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00758738;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:116:116:36:37:0.24183:24:12:46:70:25:12:46:70 chr14 25101878 . C CT 264.08 PASS AF=0.393162;AO=44;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00508861;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.7945;QD=9.0285;RBI=0.0160998;REFB=0.0154362;REVB=0.0152745;RO=73;SAF=21;SAR=23;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239148;STB=0.508193;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=-0.0233187;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393162:44:118:46:117:71:22:24:33:38:99:73:21:23:35:38 chr14 25102160 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00388213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7978;QD=12.5625;RBI=0.0167019;REFB=-0.00627032;REVB=0.0162445;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727731;STB=0.542049;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0128683;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:14:8:15:20:14:8:15:20 chr14 25103409 . T C 397.17 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00125671;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.572;QD=17.2682;RBI=0.00225874;REFB=-0.013061;REVB=-0.00187686;RO=54;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162711;STB=0.603973;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0163105;OID=.;OPOS=25103409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:54:51:41:41:0.445652:30:11:22:32:30:11:22:29 chr14 25103414 . G A 385.7 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00294742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.138;QD=16.0707;RBI=0.00436154;REFB=-0.0114182;REVB=0.00321493;RO=55;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155731;STB=0.58819;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0125206;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:30:11:22:33:30:11:22:33 chr14 27065164 . GA TT 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00711339;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.114;QD=9.19978;RBI=0.0151117;REFB=0.0132905;REVB=0.0133327;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=-0.0213064;OID=.;OPOS=27065164;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr14 29238428 . CCTTTT C 192.88 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0129106;FXX=0.0833102;HRUN=2;LEN=5;MLLD=299.823;QD=23.3792;RBI=0.0208576;REFB=-0.0128687;REVB=0.0163816;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00565769;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:22:35:22:33:11:14:8:7:4:63:13:14:8:8:5 chr14 29261309 . A AAAC,AAC 159.75 PASS AF=0.176471,0.705882;AO=9,5;DP=21;FAO=3,12;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=1,8;FSAR=2,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.117918,0.143484;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=3,2;MLLD=195.726,198.295;QD=37.5881;RBI=0.117921,0.143533;REFB=-0.0475537,-0.0739834;REVB=0.000936876,0.00372309;RO=6;SAF=7,1;SAR=2,4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102872,-0.429493;STB=0.570936,0.526271;STBP=0.906,0.756;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00762094,0.0177389;OID=.,.;OPOS=29261310,29261310;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.705882:9,5:21:3,12:17:2:1,8:2,4:1:1:16:6:7,1:2,4:4:2 chr14 30045978 . C T 350.73 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0213311;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.033;QD=15.2492;RBI=0.0213548;REFB=-0.00789207;REVB=-0.00100644;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195999;STB=0.601537;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00685915;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:17:20:19:35:18:20:19:35 chr14 30132920 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG 76.44 PASS AF=0.258824,0;AO=32,6;DP=87;FAO=22,0;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=5,0;FSAR=17,0;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.189996,-0.00437542;FXX=0.0229859;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.1189,104.869;QD=3.59709;RBI=0.284677,0.205272;REFB=-0.0784514,-0.0113815;REVB=-0.211996,-0.205225;RO=45;SAF=7,0;SAR=25,6;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.665025,0;SSSB=-0.276351,-0.612974;STB=0.599631,0.5;STBP=0.37,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.135267,0;OID=.,.;OPOS=30132921,30132924;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258824,0:32,6:87:22,0:85:63:5,0:17,0:21:42:77:45:7,0:25,6:20:25 chr14 31059969 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.036946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7915;QD=20.5426;RBI=0.0388387;REFB=-0.00880994;REVB=-0.0119765;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136375;STB=0.576211;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00887284;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:6:19:15:9:6:19 chr14 31099738 . A G 539.81 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00422275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4443;QD=27.3321;RBI=0.0388535;REFB=-0.016339;REVB=0.0386233;RO=29;SAF=18;SAR=31;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337643;STB=0.51324;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0088204;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:30:49:49:0.620253:31:18:12:17:31:18:12:18 chr14 31108977 . T C 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00314894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.813;QD=20.6412;RBI=0.00579782;REFB=-0.00247489;REVB=0.00486815;RO=41;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617801;STB=0.53423;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00207309;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:17:26:22:19:17:26:22:19 chr14 31191772 . T C 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00137767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.908;QD=13.5606;RBI=0.00142066;REFB=-0.00474975;REVB=0.000346856;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947806;STB=0.565999;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00846629;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:20:14:26:26:20:14:28:26 chr14 31355096 . C G 1194.24 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295662;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.398;QD=61.2432;RBI=0.00305087;REFB=0;REVB=0.000752466;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44182e-05;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr14 31359847 . T A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.253;QD=58.7791;RBI=0.068749;REFB=0;REVB=0.0411699;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505657;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr14 31381351 . T C 463.36 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00148192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.196;QD=21.8053;RBI=0.00194861;REFB=-0.0201418;REVB=0.0012653;RO=38;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032382;STB=0.521729;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.021681;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:40:45:45:0.529412:30:15:14:24:30:15:15:25 chr14 31569385 . C T 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.031367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4776;QD=21.2661;RBI=0.0637726;REFB=-0.0290507;REVB=-0.0555253;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0124147;OID=.;OPOS=31569385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr14 31582380 . A G 1066.14 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8872;QD=58.4188;RBI=0.0768654;REFB=-0.0810161;REVB=0.0659078;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00747199;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:0:1:38:34:0:1 chr14 31612253 . TTA T,TT,TTT 165.61 PASS AF=0.888889,0,0;AO=7,5,3;DP=18;FAO=16,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0406402,-0.118758,-0.166273;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=24.5511,13.0435,6.08562;QD=36.8021;RBI=0.210944,0.177614,0.177847;REFB=-0.136704,-0.170742,-0.0805223;REVB=0.206992,0.132073,-0.0631084;RO=3;SAF=5,2,1;SAR=2,3,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.21311,0.0436878,0;STB=0.507033,0.5,0.5;STBP=0.881,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0305484,0,0;OID=.,.,.;OPOS=31612254,31612255,31612255;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889,0,0:7,5,3:18:16,0,0:18:2:9,0,0:7,0,0:1:1:8:3:5,2,1:2,3,2:1:2 chr14 31647241 . G A 344.1 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0114853;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9301;QD=16.0045;RBI=0.0246572;REFB=-0.0156023;REVB=-0.0218189;RO=49;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165884;STB=0.593698;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0175372;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:37:37:0.430233:24:13:25:24:24:13:25:24 chr14 31819047 . C T 1156.54 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289342;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.779;QD=58.5592;RBI=0.0290021;REFB=-0.0341191;REVB=-0.00198419;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000721878;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:79:0:1:74:78:0.987342:25:49:0:0:25:53:0:1 chr14 31819913 . A G 554.73 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0202681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5272;QD=55.473;RBI=0.0499395;REFB=-0.135688;REVB=0.0456416;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531233;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00640441;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:15:23:0:0:15:23:0:2 chr14 31864485 . G C 1456.81 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263273;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.341;QD=63.3395;RBI=0.0464695;REFB=0;REVB=0.0382921;RO=0;SAF=26;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5761e-05;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:66:26:0:0:66:26:0:0 chr14 32047217 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.461;QD=56.9966;RBI=0.061055;REFB=0;REVB=0.0580713;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015472;OID=.;OPOS=32047217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:45:9:0:0:45:9:0:0 chr14 32123347 . AA CA,CG 363.66 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=23,4;DP=28;FAO=24,4;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=16,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.261383,0.13571;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=41.7253,39.3829;QD=51.9508;RBI=0.261486,0.13571;REFB=0,0;REVB=-0.00734909,-3.91284e-05;RO=1;SAF=7,0;SAR=16,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0615783,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0135879,-0.0127289;OID=.,.;OPOS=32123347,32123347;OREF=A,AA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:28:28:1:0:23,4:24,4:0.857143,0.142857:16,4:7,0:1:0:16,4:8,0:0:0 chr14 32131273 . G A 943.88 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078033;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4779;QD=58.9923;RBI=0.0812436;REFB=0;REVB=0.0226136;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249703;OID=.;OPOS=32131273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr14 32414145 . C A,G 756.55 PASS AF=0.94,0.04;AO=47,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25,2;FSAR=22,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0086205,0.0256085;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.836,12.6796;QD=60.5243;RBI=0.0260975,0.0263699;REFB=-0.116914,-0.192244;REVB=0.0246326,-0.00629105;RO=1;SAF=25,2;SAR=22,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0184413,0;STB=0.5098,0.5;STBP=0.514,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000187747,0.144403;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:1:1:47,2:47,2:0.94,0.04:22,0:25,2:1:0:22,0:25,2:1:0 chr14 32419331 . C T 464.01 PASS AF=0.547619;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00431056;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.784;QD=22.0958;RBI=0.0163913;REFB=-0.0213282;REVB=0.0158143;RO=38;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227019;STB=0.618995;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0151411;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:38:38:44:46:0.547619:29:15:23:15:30:16:23:15 chr14 32960254 . G A 1624.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7182;QD=60.1619;RBI=0.0238149;REFB=0;REVB=-0.0219343;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145403;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr14 33015014 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=42.1826;RBI=0.0248329;REFB=0;REVB=-0.0100171;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276183;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 33046388 . A G 915.62 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00428075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.172;QD=55.4921;RBI=0.024283;REFB=-0.0912462;REVB=0.0239027;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000506899;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:66:1:1:64:65:0.984848:33:31:0:1:34:31:1:0 chr14 33291494 . C T 708.84 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00107954;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.166;QD=54.5259;RBI=0.0138663;REFB=-0.0879314;REVB=-0.0138242;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000650374;OID=.;OPOS=33291494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:25:25:0:0:25:26:1:0 chr14 33292743 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.669;QD=39.2068;RBI=0.0278148;REFB=0;REVB=0.0115333;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126559;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:3:4:0:0:4:5:0:0 chr14 33292914 . A C 291.71 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0671083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5557;QD=46.6736;RBI=0.0731587;REFB=-0.17046;REVB=-0.0291319;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10243;STB=0.555506;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0163795;OID=.;OPOS=33292914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:2:0:15:8:2:0 chr14 33293122 . A G 731.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194197;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.794;QD=63.6048;RBI=0.0268625;REFB=0;REVB=0.0185598;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98816e-05;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr14 34393602 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4002;QD=49.3985;RBI=0.0486542;REFB=-0.0924571;REVB=0.0289974;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0046606;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:17:6:0:0:17:6:1:0 chr14 34394733 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0137676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.056;QD=11.4184;RBI=0.0154074;REFB=-0.00440345;REVB=-0.00691674;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142087;STB=0.582377;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0104541;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:23:24:10:16:23:24 chr14 35062312 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.246;QD=57.6807;RBI=0.0301775;REFB=0;REVB=-0.00308718;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28296e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr14 35181786 . T C 331.23 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0174755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.436;QD=13.659;RBI=0.0470823;REFB=-0.00936721;REVB=0.043719;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667247;STB=0.528938;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0183559;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:36:37:0.381443:19:17:32:28:19:18:32:28 chr14 35242828 . G A 139.0 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00903303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.517;QD=12.0866;RBI=0.00936135;REFB=-0.0256544;REVB=-0.00245747;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.630283;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0564047;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:30:16:16:0.347826:8:8:20:8:8:8:21:9 chr14 35477846 . A T 872.05 PASS AF=0.547297;AO=78;DP=145;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00905532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.43;QD=23.5689;RBI=0.023678;REFB=-0.0268658;REVB=0.0218781;RO=67;SAF=35;SAR=43;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874274;STB=0.53758;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.018982;OID=.;OPOS=35477846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:67:67:78:81:0.547297:43:35:37:30:43:38:37:30 chr14 35591174 . T C 494.37 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0648862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.735;QD=18.8332;RBI=0.0752627;REFB=-0.0370156;REVB=-0.0381349;RO=52;SAF=21;SAR=31;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156944;STB=0.591524;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0259332;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:52:52:0.495238:31:21:30:22:31:21:31:22 chr14 35592538 . C G 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0144673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2081;QD=25.2852;RBI=0.0242815;REFB=0.00652196;REVB=0.019501;RO=26;SAF=16;SAR=24;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040752;STB=0.522282;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00377527;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:24:16:9:17:24:16:9:17 chr14 35761675 . C G 273.11 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0151665;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.676;QD=14.7628;RBI=0.0188843;REFB=-0.0168799;REVB=0.0112513;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142004;STB=0.580709;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0235272;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:20:11:21:22:20:11:21:22 chr14 35778191 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00521238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.465;QD=17.167;RBI=0.00721987;REFB=-0.00162178;REVB=0.00499576;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102591;STB=0.507356;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00235243;OID=.;OPOS=35778191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:14:15:16:15:14:15:17:15 chr14 35871139 . TTC CTT,T,TT,TTT 252.83 PASS AF=0,0.9,0.05,0.05;AO=2,4,5,3;DP=23;FAO=0,18,1,1;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0,1;FSAR=0,9,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326121,0.0319254,0.0323938,0.0318389;FXX=0.130378;HRUN=2,2,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=229.619,258.978,255.796,244.795;QD=50.5658;RBI=0.0388741,0.0367738,0.0392709,0.0401868;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0211577,-0.0182506,-0.0222001,-0.0245206;RO=8;SAF=0,3,1,0;SAR=2,1,4,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.634114,0.149602,-0.430337,-0.694555;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.00343298,0.000988251,-0.0149548;OID=.,.,.,.;OPOS=35871139,35871140,35871141,35871141;OREF=TTC,TC,C,C;OALT=CTT,-,-,T;OMAPALT=CTT,T,TT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:7:23:20:8:0:2,4,5,3:0,18,1,1:0,0.9,0.05,0.05:2,1,4,3:0,3,1,0:5:3:0,9,1,0:0,9,0,1:0:0 chr14 35871147 . TC CT 130.09 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0325224;FXX=0.148093;HRUN=6;LEN=2;MLLD=53.5544;QD=22.6235;RBI=0.0328338;REFB=-0.00845112;REVB=0.00451082;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274707;STB=0.571292;STBP=0.586;TYPE=mnp;VARB=0.0534281;OID=.;OPOS=35871147;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:23:8:8:9:10:0.434783:4:5:7:1:4:6:6:2 chr14 36003547 . GGC G,GG 227.5 PASS AF=0,0.972973;AO=12,8;DP=37;FAO=0,36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11;FSAR=0,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00779567,0.0382369;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.1752,10.5844;QD=24.594;RBI=0.174172,0.232338;REFB=-0.0113638,-0.051373;REVB=-0.173997,0.22917;RO=9;SAF=0,3;SAR=12,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0.533333;SSSB=-0.812067,-0.0645053;STB=0.5,0.521727;STBP=1,0.183;TYPE=del,del;VARB=0.00774882,0.0263502;OID=.,.;OPOS=36003548,36003549;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.972973:12,8:37:0,36:37:1:0,11:0,25:1:0:4:9:0,3:12,5:4:5 chr14 36004075 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6348;QD=44.6897;RBI=0.0528039;REFB=0;REVB=0.0515781;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123086;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr14 36074817 . T C 109.99 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0262465;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.342;QD=7.85637;RBI=0.0262476;REFB=-0.00104488;REVB=0.000245617;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991118;STB=0.53567;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0028814;OID=.;OPOS=36074817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:40:15:16:0.285714:8:7:22:18:8:8:22:18 chr14 36400983 . T G 486.74 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.248;QD=16.6406;RBI=0.0188061;REFB=-0.0244387;REVB=-0.00824979;RO=63;SAF=33;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145562;STB=0.577389;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0344819;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:20:33:30:33:20:33:31:33 chr14 36789729 . T G 1370.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.315;QD=62.3058;RBI=0.0442259;REFB=0;REVB=0.00451357;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37765e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:45:40:0:0:46:42:0:0 chr14 36789775 . A T 854.33 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135889;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.397;QD=57.9205;RBI=0.0139099;REFB=0;REVB=-0.00297106;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99745e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr14 36789795 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.433;QD=60.2295;RBI=0.00728855;REFB=0;REVB=-0.00636152;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22186e-05;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr14 36840650 . A T 1824.87 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00538984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.954;QD=60.3263;RBI=0.0185522;REFB=-0.0315226;REVB=0.017752;RO=1;SAF=78;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605125;STB=0.503184;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=6.40097e-05;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:41:78:1:0:42:78:1:0 chr14 36947081 . C T 532.14 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.031256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.008;QD=25.6453;RBI=0.0339671;REFB=-0.0398576;REVB=-0.0132976;RO=34;SAF=18;SAR=31;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125652;STB=0.568779;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0127477;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:31:18:18:16:31:18:18:16 chr14 37051510 . C G 167.27 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0104177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.742;QD=11.7385;RBI=0.0226779;REFB=-0.0160101;REVB=0.0201435;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977291;STB=0.556906;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0209086;OID=.;OPOS=37051510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:7:14:21:15:7:14:21:15 chr14 37063123 . C T 609.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.433;QD=60.9272;RBI=0.0523989;REFB=0;REVB=-0.00258429;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014421;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:27:13:0:0 chr14 37063294 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.992;QD=57.1737;RBI=0.02523;REFB=0;REVB=0.0252221;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84931e-05;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr14 37135752 . C T 451.62 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.022995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=22.03;RBI=0.023794;REFB=-0.00767484;REVB=-0.00611436;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961431;STB=0.53502;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0527197;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:38:44:44:0.536585:27:17:10:26:27:17:12:26 chr14 37135753 . G C 353.68 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=80;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00848223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.863;QD=17.2528;RBI=0.0169052;REFB=-0.0121257;REVB=0.0146232;RO=44;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123652;STB=0.542423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0033225;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:44:44:36:38:0.463415:26:10:17:27:26:12:17:27 chr14 37180685 . T C 467.59 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0108639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.849;QD=22.2662;RBI=0.0127725;REFB=-0.0134127;REVB=-0.00671643;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15186;STB=0.577743;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0187285;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:19:26:15:23:19:26:16:23 chr14 37203697 . G A 426.12 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0375617;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1889;QD=16.3892;RBI=0.0375742;REFB=-0.0131625;REVB=-0.000968413;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558099;STB=0.526763;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0154676;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:57:47:47:0.451923:27:20:27:29:27:20:27:30 chr14 37641880 . C A 743.04 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.438;QD=59.443;RBI=0.0393416;REFB=-0.0659755;REVB=-0.0208677;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469715;STB=0.524989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00151792;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:29:19:2:0:29:19:2:0 chr14 38014889 . A T 352.18 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00680334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.498;QD=18.2951;RBI=0.0309911;REFB=-0.021007;REVB=0.0302351;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509042;STB=0.535392;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0163318;OID=.;OPOS=38014889;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:16:21:20:19:16:21:20:20 chr14 38060427 . T A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00950237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.041;QD=13.8496;RBI=0.00982846;REFB=-0.0173422;REVB=0.00251072;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265522;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0197911;OID=.;OPOS=38060427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:14:11:7:9:14:11 chr14 38061742 . C T 632.87 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.603;QD=61.7433;RBI=0.0857155;REFB=0;REVB=0.0848082;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037508;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:17:15:0:0:26:15:0:0 chr14 38266074 . C T 1434.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000259662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6356;QD=63.0509;RBI=0.0432212;REFB=0;REVB=-0.0432204;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206012;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:55:36:0:0 chr14 38680648 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0139811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5064;QD=14.0966;RBI=0.0193423;REFB=-0.0414222;REVB=-0.0133662;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162921;STB=0.560887;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0188253;OID=.;OPOS=38680648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:4:9:14:3:4:9:14:4 chr14 38681113 . G A 492.47 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00300378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.773;QD=20.1006;RBI=0.00314826;REFB=-0.00806298;REVB=0.00094279;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405345;STB=0.500856;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00856205;OID=.;OPOS=38681113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:50:48:48:0.489796:26:22:19:27:26:22:23:27 chr14 38681269 . C T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0995303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.496;QD=18.4889;RBI=0.106491;REFB=0.000114612;REVB=-0.0378694;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.565978;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00255515;OID=.;OPOS=38681269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:10:15:10:12:11:15 chr14 38725285 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00212393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.123;QD=11.1032;RBI=0.0483661;REFB=-0.0387162;REVB=0.0483194;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0447065;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr14 39556185 . G C 545.65 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.103032;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5351;QD=17.0515;RBI=0.103514;REFB=0.000464453;REVB=0.00997436;RO=70;SAF=15;SAR=43;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276431;STB=0.654961;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00015045;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:70:70:58:58:0.453125:43:15:36:34:43:15:36:34 chr14 39619210 . G C 103.56 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0372089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.213;QD=10.1035;RBI=0.0387054;REFB=-0.00239174;REVB=0.0106588;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791536;STB=0.547457;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00365026;OID=.;OPOS=39619210;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:17:11:6:7:17:11 chr14 39639273 . A C 556.56 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0411873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0984;QD=18.708;RBI=0.0511784;REFB=-0.00861562;REVB=-0.0303782;RO=60;SAF=29;SAR=29;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612978;STB=0.529402;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00914238;OID=.;OPOS=39639273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:60:61:58:58:0.487395:29:29:26:34:29:29:27:34 chr14 39644498 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0175288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.727;QD=18.478;RBI=0.0194905;REFB=-0.0174861;REVB=-0.00852191;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272389;STB=0.501519;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0153073;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:21:17:16:20:21:17 chr14 39645363 . C T 303.66 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0313332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2825;QD=12.7857;RBI=0.0326397;REFB=-0.00285879;REVB=-0.00914227;RO=59;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109471;STB=0.575532;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00469256;OID=.;OPOS=39645363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:60:34:35:0.368421:18:16:22:37:18:17:22:38 chr14 39650234 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.222;QD=35.5759;RBI=0.0539083;REFB=0;REVB=0.00387207;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054361;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 39650924 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0653445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.123;QD=15.8821;RBI=0.0665179;REFB=-0.00064963;REVB=-0.0124389;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00127914;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr14 39651193 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0170626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.165;QD=14.0543;RBI=0.0186493;REFB=-0.00905978;REVB=-0.00752753;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042925;STB=0.517228;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0115696;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:10:15:19:15:10:15:20:15 chr14 39703324 . A G 2075.6 PASS AF=0.964539;AO=136;DP=142;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00101695;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7201;QD=58.8822;RBI=0.0184003;REFB=0.0067981;REVB=-0.0183721;RO=5;SAF=90;SAR=46;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104366;STB=0.505494;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.000157368;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:142:141:5:5:136:136:0.964539:46:90:4:1:46:90:4:1 chr14 39716201 . A G 364.12 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0270644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.549;QD=15.8311;RBI=0.0298133;REFB=-0.0102252;REVB=0.0125042;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306463;STB=0.527013;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.010664;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:53:39:39:0.423913:21:18:22:29:21:18:22:31 chr14 39722023 . G C 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00343978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8321;QD=20.7686;RBI=0.0130012;REFB=-0.0261827;REVB=0.0125379;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218039;STB=0.508714;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0231511;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:24:27:27:0.529412:14:13:10:12:14:13:12:12 chr14 39736680 . T C 980.03 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00311452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.524;QD=53.7002;RBI=0.00914868;REFB=-0.0200157;REVB=0.00860221;RO=4;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181273;STB=0.509601;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000516794;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:40:29:1:3:40:29:1:3 chr14 39777676 . G C 1837.87 PASS AF=0.481865;AO=184;DP=377;FAO=186;FDP=386;FR=.;FRO=200;FSAF=108;FSAR=78;FSRF=100;FSRR=100;FWDB=-0.051393;FXX=0.00771188;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.173;QD=19.0452;RBI=0.0525138;REFB=-0.0291809;REVB=0.0107918;RO=189;SAF=106;SAR=78;SRF=89;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978428;STB=0.542311;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0305286;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:386:189:200:184:186:0.481865:78:106:89:100:78:108:100:100 chr14 39777762 . A G 888.39 PASS AF=0.427313;AO=97;DP=227;FAO=97;FDP=227;FR=.;FRO=130;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=60;FWDB=0.106434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.102;QD=15.6545;RBI=0.106764;REFB=-0.00987115;REVB=0.00838413;RO=129;SAF=44;SAR=53;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911369;STB=0.548565;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0132242;OID=.;OPOS=39777762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:129:130:97:97:0.427313:53:44:70:59:53:44:70:60 chr14 39784012 . A G 55.19 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0398617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1471;QD=8.83007;RBI=0.080545;REFB=-0.0275058;REVB=-0.0699896;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458431;STB=0.764058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0517452;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:16:17:8:8:0.32:6:2:11:5:6:2:11:6 chr14 39784014 . A G 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0635476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.459;QD=37.417;RBI=0.06362;REFB=-0.0639208;REVB=0.00303469;RO=4;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105134;STB=0.557543;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0177902;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:8:11:1:3:8:11:1:3 chr14 39818028 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.316;QD=59.9241;RBI=0.0138932;REFB=0;REVB=-0.00207911;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56722e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr14 39819734 . T G 529.71 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00521963;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.521;QD=17.9563;RBI=0.0152205;REFB=-0.0238606;REVB=0.0142975;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121189;STB=0.571403;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0208648;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:62:56:56:0.474576:32:24:34:27:32:24:35:27 chr14 39868646 . C A 255.69 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00655857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.772;QD=29.2218;RBI=0.00824474;REFB=-0.0464792;REVB=-0.00499609;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187381;STB=0.60368;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00898437;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:16:7:7:5:16:7:7:5 chr14 42360633 . T C 1179.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.224;QD=60.473;RBI=0.052334;REFB=0;REVB=0.050858;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68001e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:40:35:0:0:42:36:0:0 chr14 42997963 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0425538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.892;QD=15.409;RBI=0.042562;REFB=-0.0221592;REVB=0.000837771;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136109;STB=0.514528;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0126289;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:16:11:13:20:16:11:13:21 chr14 42998026 . T C 696.63 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0469794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.3;QD=52.5761;RBI=0.0470101;REFB=-0.0546155;REVB=-0.00169949;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496269;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00142145;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:29:22:1:1:29:22:1:1 chr14 44974922 . A T 546.03 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00505075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.388;QD=23.2352;RBI=0.016163;REFB=-0.00167489;REVB=-0.0153536;RO=42;SAF=18;SAR=32;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242175;STB=0.513807;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00128261;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:50:51:0.542553:32:18:14:28:33:18:14:29 chr14 44974966 . G A 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00834132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.019;QD=14.9631;RBI=0.0111335;REFB=0.00131896;REVB=0.00737411;RO=65;SAF=21;SAR=27;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392399;STB=0.522025;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00141769;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:27:21:26:39:27:21:26:39 chr14 44975052 . A G 229.64 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0248655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8929;QD=11.9292;RBI=0.0506168;REFB=-0.00543938;REVB=0.0440882;RO=49;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150966;STB=0.587268;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0111352;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:18:10:24:25:18:10:24:25 chr14 44975510 . C T 159.84 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00578503;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.635;QD=12.5363;RBI=0.00892766;REFB=-0.00877181;REVB=-0.00679975;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266736;STB=0.661982;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0224756;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:32:19:19:0.372549:14:5:14:14:14:5:16:16 chr14 44975606 . G T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0175971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8705;QD=15.3048;RBI=0.0346735;REFB=-0.00604603;REVB=0.0298763;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135881;STB=0.570523;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0057787;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:11:19:19:19:11:19:20:19 chr14 47309496 . G T 194.12 PASS AF=0.309524;AO=22;DP=82;FAO=26;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.024132;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2945;QD=9.24388;RBI=0.0444018;REFB=-0.0165175;REVB=-0.0372715;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110885;STB=0.538432;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0323986;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:57:22:26:0.309524:13:9:18:25:16:10:25:32 chr14 47341131 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.64;QD=48.7373;RBI=0.00896598;REFB=0;REVB=-0.00272955;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90147e-05;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr14 47426637 . C A 717.82 PASS AF=0.496552;AO=70;DP=142;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.028311;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5227;QD=19.8019;RBI=0.0357796;REFB=0.0198271;REVB=0.0218786;RO=71;SAF=36;SAR=34;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194733;STB=0.503447;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0208761;OID=.;OPOS=47426637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:71:73:70:72:0.496552:34:36:35:36:36:36:36:37 chr14 47429644 . T TG 102.03 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0421005;FXX=0.0810592;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1825;QD=12.0029;RBI=0.0447694;REFB=-0.00276923;REVB=0.0152267;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496401;STB=0.744313;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=-0.00235512;OID=.;OPOS=47429645;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:14:40:16:34:18:2:14:8:10:99:26:2:12:14:12 chr14 47528470 . T C 1597.02 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6653;QD=58.0734;RBI=0.0267961;REFB=-0.0965753;REVB=0.0248242;RO=2;SAF=51;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182479;STB=0.504761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000377318;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:2:1:108:109:0.990909:57:51:2:0:57:52:1:0 chr14 47528540 . T C 502.47 PASS AF=0.433071;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00439224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.285;QD=15.8259;RBI=0.00497003;REFB=-0.00881492;REVB=0.00232582;RO=72;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497981;STB=0.520713;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0134815;OID=.;OPOS=47528540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:54:55:0.433071:34:20:30:42:34:21:30:42 chr14 48810512 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.291;QD=59.1424;RBI=0.015019;REFB=0;REVB=-0.0149541;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93238e-05;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr14 50195679 . A G 2564.7 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.452;QD=61.7999;RBI=0.0240195;REFB=0;REVB=0.00568822;RO=0;SAF=76;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59415e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:88:76:0:0:89:77:0:0 chr14 50251369 . A G 1201.3 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421844;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.692;QD=61.6053;RBI=0.00621461;REFB=0;REVB=-0.00456356;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104399;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:34:44:0:0 chr14 50298962 . T A 865.98 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.259;QD=57.7321;RBI=0.0210094;REFB=0;REVB=0.0091458;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27598e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:22:38:0:0 chr14 50320391 . A G 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.182;QD=53.2575;RBI=0.0914741;REFB=0;REVB=-0.0832545;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200219;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr14 50477643 . G C 851.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.704;QD=57.6947;RBI=0.0510875;REFB=0;REVB=-0.0442199;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90099e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr14 50575408 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0219202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.639;QD=16.1192;RBI=0.0273083;REFB=-0.0120546;REVB=-0.0162865;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318548;STB=0.683908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00515007;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:9:4:8:4:9:4 chr14 50575411 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.967;QD=53.2742;RBI=0.0197517;REFB=0;REVB=0.00750822;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111439;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr14 50583083 . G T 151.12 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0141493;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5714;QD=18.8905;RBI=0.0433402;REFB=-0.0053207;REVB=0.0409655;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221033;STB=0.624853;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0143384;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:8:8:12:4:8:8:12:4 chr14 50585248 . C T 724.27 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0118857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.9;QD=17.4522;RBI=0.0134761;REFB=-0.01344;REVB=-0.00635104;RO=88;SAF=39;SAR=38;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499932;STB=0.530563;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0105702;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:89:77:77:0.463855:38:39:40:48:38:39:40:49 chr14 50616878 . G A 368.65 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0230061;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.697;QD=12.7122;RBI=0.0310024;REFB=-0.00717936;REVB=0.0207814;RO=72;SAF=17;SAR=27;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141094;STB=0.580377;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.020622;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:72:72:44:44:0.37931:27:17:37:35:27:17:37:35 chr14 50623657 . G A 1783.74 PASS AF=0.863636;AO=132;DP=153;FAO=133;FDP=154;FR=.;FRO=21;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00720112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8769;QD=46.3309;RBI=0.0160798;REFB=-0.0450209;REVB=-0.0143772;RO=21;SAF=69;SAR=63;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126601;STB=0.50719;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00423269;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:153:154:21:21:132:133:0.863636:63:69:12:9:64:69:12:9 chr14 50623669 . G A 148.44 PASS AF=0.175325;AO=27;DP=154;FAO=27;FDP=154;FR=.;FRO=127;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=-0.0983571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.672;QD=3.85547;RBI=0.105228;REFB=-0.00911278;REVB=-0.0374002;RO=126;SAF=12;SAR=15;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131389;STB=0.581002;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0737605;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:126:127:27:27:0.175325:15:12:69:57:15:12:69:58 chr14 50623679 . G A 1233.99 PASS AF=0.725352;AO=101;DP=143;FAO=103;FDP=142;FR=.;FRO=39;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00986727;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1885;QD=34.7603;RBI=0.0221814;REFB=-0.117356;REVB=0.0198659;RO=41;SAF=59;SAR=42;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923727;STB=0.537987;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.053736;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:41:39:101:103:0.725352:42:59:17:24:44:59:17:22 chr14 50623683 . A G 1249.58 PASS AF=0.728571;AO=100;DP=141;FAO=102;FDP=140;FR=.;FRO=38;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0491624;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7756;QD=35.7024;RBI=0.0989502;REFB=-0.134917;REVB=0.0858732;RO=40;SAF=58;SAR=42;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070243;STB=0.526072;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0443058;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:40:38:100:102:0.728571:42:58:18:22:44:58:18:20 chr14 50704331 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3617;QD=48.7373;RBI=0.0206087;REFB=0;REVB=0.00564652;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672653;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr14 50713679 . T G 538.82 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238869;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.875;QD=59.8686;RBI=0.0421023;REFB=0;REVB=0.0420345;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117896;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr14 50769717 . G A 250.96 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0888617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3166;QD=27.1308;RBI=0.0898089;REFB=0.0201649;REVB=-0.0130095;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209279;STB=0.615289;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0163247;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:3:11:11:12:3:11 chr14 50778816 . A C 125.41 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.053462;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.725;QD=11.6657;RBI=0.0622308;REFB=-0.0220333;REVB=-0.0318509;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.529373;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0520426;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:28:14:15:0.348837:5:9:18:5:6:9:18:10 chr14 50788213 . C T 301.32 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00306668;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.57;QD=14.0147;RBI=0.0337376;REFB=0.000371738;REVB=-0.0335979;RO=52;SAF=23;SAR=11;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410902;STB=0.502339;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.000591161;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:11:23:35:17:11:23:35:17 chr14 50798743 . G A 223.01 PASS AF=0.48;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0128837;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.195;QD=17.8405;RBI=0.0343166;REFB=-0.0232596;REVB=-0.0318063;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239863;STB=0.505315;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0232304;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:25:26:24:24:0.48:15:9:10:15:15:9:10:16 chr14 50799126 . G C 391.56 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0376459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5726;QD=22.0596;RBI=0.0392709;REFB=-0.00966621;REVB=-0.0111798;RO=32;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12024;STB=0.56643;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00478488;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:25:14:16:16:25:14:16:16 chr14 50802727 . A C 528.37 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0180374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.307;QD=22.2472;RBI=0.0480938;REFB=-0.00745899;REVB=-0.0445833;RO=44;SAF=37;SAR=13;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850096;STB=0.555647;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00454487;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:45:50:50:0.526316:13:37:29:15:13:37:29:16 chr14 50802840 . A G 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00126131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8907;QD=15.7895;RBI=0.00262785;REFB=0.00172034;REVB=0.00230536;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167555;STB=0.594435;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00287873;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:16:23:13:18:16:23 chr14 50824839 . G A 306.49 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00862682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.88;QD=22.7029;RBI=0.0130194;REFB=-0.000640024;REVB=0.00975102;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139609;STB=0.576875;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000324446;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:7:16:16:15:7:16 chr14 50844367 . G GA 162.9 PASS AF=0.376147;AO=25;DP=110;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.105627;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.1448;QD=5.978;RBI=0.122028;REFB=-0.12205;REVB=0.0611044;RO=84;SAF=24;SAR=1;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.77723;STB=0.656668;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.192894;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376147:25:110:41:109:68:25:16:24:44:99:84:24:1:24:60 chr14 50935150 . A G 906.03 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.838;QD=56.6267;RBI=0.0259765;REFB=-0.128637;REVB=0.0200352;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000441648;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:0:1:39:24:0:1 chr14 51057727 . G A 1135.72 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633584;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.378;QD=59.7746;RBI=0.059081;REFB=0;REVB=0.0587403;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110384;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:71:76:1:50:21:0:0:55:21:0:0 chr14 51187291 . G A 115.03 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.008927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.695;QD=12.7812;RBI=0.0203787;REFB=2.83118e-05;REVB=0.0183193;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238155;STB=0.585457;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=7.8377e-05;OID=.;OPOS=51187291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:20:22:12:14:0.388889:9:3:9:11:10:4:9:13 chr14 51192659 . G A 2410.1 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.006454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.221;QD=59.1435;RBI=0.00794824;REFB=-0.0875939;REVB=0.00463901;RO=3;SAF=71;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789658;STB=0.504151;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00171692;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:3:3:160:160:0.981595:89:71:2:1:89:71:2:1 chr14 51204996 . C T 1080.26 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7778;QD=60.0146;RBI=0.042385;REFB=0;REVB=0.0227825;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57383e-05;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr14 51237701 . A G 1495.29 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0744739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.847;QD=62.3038;RBI=0.0758206;REFB=0.0532677;REVB=0.0142268;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957941;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.68681e-05;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:49:46:0:1:49:46:0:1 chr14 51239067 . C G 817.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6326;QD=57.3683;RBI=0.0412588;REFB=0;REVB=0.0234416;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1048e-05;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr14 51370852 . C G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00650637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.866;QD=13.9183;RBI=0.0077898;REFB=-0.0170684;REVB=-0.00428347;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319032;STB=0.680719;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0173696;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:26:11:16:10:26:11 chr14 51376774 . G A 359.35 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0129739;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.542;QD=19.6903;RBI=0.0144503;REFB=-0.0203113;REVB=-0.00636309;RO=36;SAF=6;SAR=31;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361345;STB=0.703723;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0230575;OID=.;OPOS=51376774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:31:6:17:19:31:6:17:19 chr14 51378590 . CTTT CTT,CTTG 414.44 PASS AF=0.419847,0.0152672;AO=38,11;DP=127;FAO=55,2;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=32,2;FSAR=23,0;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0245793,-0.049825;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.5495,24.2817;QD=12.6545;RBI=0.0248339,0.155061;REFB=-0.0143723,0.00195055;REVB=-0.00354705,-0.146838;RO=64;SAF=27,6;SAR=11,5;SRF=41;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.088866,-0.121607;STB=0.523634,0.993756;STBP=0.67,0.208;TYPE=del,snp;VARB=0.0222781,0.117842;OID=.,.;OPOS=51378591,51378593;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419847,0.0152672:38,11:127:55,2:131:74:32,2:23,0:46:28:99:64:27,6:11,5:41:23 chr14 51446216 . T G 2693.74 PASS AF=0.972678;AO=177;DP=184;FAO=178;FDP=183;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.031796;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.776;QD=58.8795;RBI=0.0332986;REFB=-0.155415;REVB=-0.0098902;RO=5;SAF=87;SAR=90;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152443;STB=0.502426;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00191055;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:184:183:5:5:177:178:0.972678:90:87:1:4:91:87:2:3 chr14 51710861 . A G 711.99 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0596962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.184;QD=20.489;RBI=0.0615109;REFB=-0.0165161;REVB=0.014831;RO=69;SAF=42;SAR=28;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983767;STB=0.554237;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0119863;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:69:70:70:0.503597:28:42:34:35:28:42:34:35 chr14 51716188 . T G 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00729536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.635;QD=28.7721;RBI=0.00756609;REFB=0.0195285;REVB=-0.00200586;RO=18;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183282;STB=0.601193;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00603564;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:20:9:10:8:20:9:10:8 chr14 51716467 . G A 215.11 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0382396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.293;QD=18.7054;RBI=0.0399223;REFB=-0.00583836;REVB=0.0114684;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915012;STB=0.564797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0075069;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:13:8:7:17:13:9:7:17 chr14 51722690 . T C 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0145169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.597;QD=19.1812;RBI=0.0675643;REFB=-0.00501511;REVB=0.0659863;RO=42;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982328;STB=0.547302;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00633348;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:19:22:27:15:19:22:27:16 chr14 52182081 . T A 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218686;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.677;QD=62.9125;RBI=0.0279079;REFB=0;REVB=0.0173382;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69255e-05;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr14 52186972 . A G 1432.73 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.788;QD=62.977;RBI=0.0279159;REFB=0;REVB=0.00150068;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21471e-05;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:54:37:0:0 chr14 52195290 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00476497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.063;QD=53.9324;RBI=0.0147009;REFB=-0.0828654;REVB=0.0139072;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00392212;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:0:1:21:9:0:1 chr14 52195320 . A G 544.82 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.82;QD=57.3492;RBI=0.0430263;REFB=-0.126327;REVB=0.0228435;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00195403;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:26:11:0:0:26:11:0:1 chr14 52418587 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00798646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.473;QD=10.1678;RBI=0.0259704;REFB=-0.0108014;REVB=0.0247119;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891462;STB=0.552431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0250778;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:17:21:9:10:17:21 chr14 52418617 . C T 156.0 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0122613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.174;QD=10.947;RBI=0.0137766;REFB=-0.0102003;REVB=-0.00628148;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068675;STB=0.529383;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0263485;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:37:20:20:0.350877:11:9:14:22:11:9:15:22 chr14 52418636 . G T 125.7 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0174593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5612;QD=9.66938;RBI=0.0177267;REFB=0.0114113;REVB=0.00306733;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198759;STB=0.618339;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0275523;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:7:9:14:22:7:9:14:22 chr14 52496387 . C A 915.05 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0147055;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.894;QD=51.5518;RBI=0.0312676;REFB=0.0112654;REVB=0.0275937;RO=5;SAF=40;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842119;STB=0.500447;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.000121247;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:72:71:5:5:66:66:0.929577:26:40:3:2:26:40:3:2 chr14 52496407 . C T 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.54;QD=57.7072;RBI=0.0419452;REFB=0;REVB=-0.0380499;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610357;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr14 52507429 . A G 3291.72 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.977;QD=62.1079;RBI=0.0147901;REFB=0;REVB=-0.0104023;RO=0;SAF=101;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23845e-08;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:110:101:0:0:110:102:0:0 chr14 52520368 . C T 1558.28 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404638;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.943;QD=59.934;RBI=0.0901491;REFB=0;REVB=0.0805577;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015346;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chr14 52520853 . A G 1621.9 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.101;QD=58.9781;RBI=0.0265682;REFB=-0.0831936;REVB=0.0102383;RO=1;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735857;STB=0.503875;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00126212;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:1:1:106:109:0.990909:64:42:0:1:64:45:0:1 chr14 52535648 . G T 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.995;QD=60.5059;RBI=0.0272366;REFB=-0.0411094;REVB=0.0220915;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00228672;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:0:1:18:27:0:1 chr14 52536512 . T C 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.382;QD=60.3625;RBI=0.0574547;REFB=0;REVB=0.0150535;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299266;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr14 52781341 . A T 1035.86 PASS AF=0.502392;AO=103;DP=209;FAO=105;FDP=209;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=8.09328e-05;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.148;QD=19.825;RBI=0.0245885;REFB=-0.0123176;REVB=-0.0245884;RO=104;SAF=49;SAR=54;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572603;STB=0.531373;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0164488;OID=.;OPOS=52781341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:104:104:103:105:0.502392:54:49:43:61:55:50:43:61 chr14 53098902 . G A 1497.18 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180404;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3188;QD=63.7098;RBI=0.0320257;REFB=0;REVB=0.026461;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762365;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr14 53130507 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.413;QD=57.7112;RBI=0.0472778;REFB=0;REVB=0.0470718;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117332;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr14 53244637 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0248305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.116;QD=21.0155;RBI=0.02966;REFB=-0.0111202;REVB=0.0162223;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304602;STB=0.672271;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00475325;OID=.;OPOS=53244637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:9:4:11:5:9:4 chr14 53345342 . A T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00969304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.176;QD=16.884;RBI=0.0177253;REFB=-0.0175435;REVB=-0.0148402;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220733;STB=0.625378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0168201;OID=.;OPOS=53345342;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:4:13:8:7:4:13 chr14 53345378 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0365428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.116;QD=14.6657;RBI=0.0367744;REFB=0.0109988;REVB=0.00412053;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237804;STB=0.636198;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0282358;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:5:16:8:7:5:16 chr14 53529669 . A T 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000685671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.999;QD=61.6904;RBI=0.00108471;REFB=0;REVB=0.000840509;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51447e-07;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr14 53619463 . G A 312.68 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.659;QD=50.0291;RBI=0.102711;REFB=-0.0907542;REVB=0.0998429;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00326175;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 338.46 PASS AF=0.125,0.75;AO=3,22;DP=31;FAO=4,24;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=3,14;FSAR=1,10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00873901,-0.0408822;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=75.9715,191.275;QD=42.3073;RBI=0.0404198,0.0542382;REFB=-0.0444196,-0.0513146;REVB=0.0394638,0.035643;RO=4;SAF=2,14;SAR=1,8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413613,-0.115254;STB=0.699286,0.56245;STBP=0.753,0.131;TYPE=snp,ins;VARB=0.159806,0.00989121;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:31:32:4:4:3,22:4,24:0.125,0.75:1,8:2,14:4:0:1,10:3,14:4:0 chr14 53619544 . G A 729.31 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.367;QD=54.0229;RBI=0.0818006;REFB=0;REVB=0.0125493;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110698;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:23:31:0:0 chr14 54875276 . C A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4236;QD=60.8524;RBI=0.0591133;REFB=0.14479;REVB=-0.0558799;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00361152;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:35:11:1:0:35:11:1:0 chr14 54875514 . A G 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8024;QD=63.5662;RBI=0.0483861;REFB=0;REVB=0.0258205;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464467;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr14 55255673 . C T 761.24 PASS AF=0.487654;AO=78;DP=155;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.030643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.127;QD=18.7959;RBI=0.0367585;REFB=-0.0284067;REVB=-0.0203026;RO=77;SAF=45;SAR=33;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110965;STB=0.575644;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0346644;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:162:77:83:78:79:0.487654:33:45:35:42:34:45:35:48 chr14 55308770 . C A 2354.2 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698799;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1614;QD=64.0599;RBI=0.0701797;REFB=0;REVB=-0.00648037;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361139;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:76:71:0:0:76:71:0:0 chr14 55344901 . C T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0112693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.133;QD=19.4997;RBI=0.0233362;REFB=-0.0194882;REVB=-0.0204347;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171112;STB=0.594942;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0177644;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:10:20:15:17:10:20 chr14 55429858 . A G 127.93 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0447704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.837;QD=20.4684;RBI=0.044773;REFB=-0.032969;REVB=-0.000480078;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0124024;OID=.;OPOS=55429858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr14 55511365 . T TTTTC 557.75 PASS AF=0.426573;AO=52;DP=156;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00678959;FXX=0.0466636;HRUN=5;LEN=4;MLLD=235.29;QD=15.6013;RBI=0.00723009;REFB=-0.00451939;REVB=-0.00248511;RO=96;SAF=25;SAR=27;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080678;STB=0.546985;STBP=0.348;TYPE=ins;VARB=0.00507841;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426573:52:156:61:143:82:27:34:43:39:99:96:25:27:53:43 chr14 55512273 . C A 173.0 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0293975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9207;QD=18.7024;RBI=0.0295337;REFB=0.0227148;REVB=0.00283309;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0341841;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:10:9:8:10:10:9 chr14 55513848 . G C 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0140626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.876;QD=21.8379;RBI=0.036784;REFB=-0.0203143;REVB=0.0339897;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183135;STB=0.601695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0126225;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:5:19:15:10:5:19 chr14 55604935 . C A 731.0 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0114991;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.086;QD=22.8439;RBI=0.0150401;REFB=-0.023343;REVB=0.00969408;RO=57;SAF=37;SAR=33;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116617;STB=0.567314;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0237162;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:57:58:70:70:0.546875:33:37:22:35:33:37:22:36 chr14 55605036 . A C 1581.95 PASS AF=1;AO=96;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574202;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.76;QD=59.1382;RBI=0.0615308;REFB=0;REVB=-0.0221124;RO=1;SAF=33;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155387;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:1:0:96:107:1:63:33:1:0:65:42:0:0 chr14 55619311 . A G 70.21 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00533373;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.774;QD=14.7803;RBI=0.0327708;REFB=-0.0143757;REVB=0.0323338;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00590901;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:10:9:9:0.473684:4:5:3:6:4:5:3:7 chr14 55643908 . A G 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00583264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.711;QD=19.4777;RBI=0.0125978;REFB=-0.00305193;REVB=0.0111663;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06033;STB=0.533565;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00287878;OID=.;OPOS=55643908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:15:26:24:18:15:26:24:18 chr14 55655692 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.000682009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.084;QD=15.5772;RBI=0.0158351;REFB=-0.0099543;REVB=0.0158204;RO=30;SAF=19;SAR=5;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124738;STB=0.50707;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0135991;OID=.;OPOS=55655692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:5:19:24:6:5:19:24:6 chr14 55817708 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00348246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.619;QD=22.6319;RBI=0.0342225;REFB=0.0315813;REVB=0.0340448;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301495;STB=0.671982;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0233206;OID=.;OPOS=55817708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:5:3:10:3:5:3 chr14 55818517 . T A 230.66 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0482311;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1421;QD=15.6382;RBI=0.0768878;REFB=0.0122328;REVB=0.059879;RO=34;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039295;STB=0.506324;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0140596;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:34:32:26:27:0.457627:17:9:13:21:18:9:11:21 chr14 55818706 . T C 208.4 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.004485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.456;QD=11.419;RBI=0.00833508;REFB=0.00169069;REVB=-0.00702555;RO=47;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093884;STB=0.554513;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00333527;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:9:17:27:20:9:17:27:20 chr14 55819791 . G A 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00185414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9553;QD=17.3888;RBI=0.0055411;REFB=-0.00487241;REVB=-0.00522168;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737499;STB=0.547502;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0054769;OID=.;OPOS=55819791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:18:17:22:17:18:17:23:17 chr14 55834828 . T A,TAAA 256.76 PASS AF=0.0428571,0.4;AO=6,21;DP=75;FAO=3,28;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=1,20;FSAR=2,8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00921819,-0.0519732;FXX=0.0140825;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=170.134,39.2402;QD=14.6718;RBI=0.0136273,0.0650439;REFB=-0.00325786,-0.00600047;REVB=-0.0100364,-0.0391088;RO=42;SAF=4,14;SAR=2,7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0889446,0.0877486;STB=0.725863,0.582463;STBP=0.477,0.282;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00521541,0.00269073;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:70:42:39:6,21:3,28:0.0428571,0.4:2,7:4,14:25:17:2,8:1,20:23:16 chr14 55835773 . A AAAT 373.99 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0214425;FXX=0.0238067;HRUN=4;LEN=3;MLLD=252.314;QD=18.2435;RBI=0.0302704;REFB=-0.00810242;REVB=-0.0213662;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931016;STB=0.570739;STBP=0.233;TYPE=ins;VARB=0.00876301;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47561:38:87:39:82:43:25:14:22:21:99:48:24:14:26:22 chr14 55864130 . A G 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0125149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.794;QD=18.5415;RBI=0.0128153;REFB=-0.00639903;REVB=0.00275854;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967992;STB=0.554057;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00842262;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:13:21:18:17:13:21:18:17 chr14 55907172 . C G 785.08 PASS AF=0.447368;AO=83;DP=188;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.0223586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6092;QD=16.5279;RBI=0.0404019;REFB=-0.00432993;REVB=-0.0336513;RO=105;SAF=57;SAR=26;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116993;STB=0.569638;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0108749;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:105:105:83:85:0.447368:26:57:61:44:26:59:61:44 chr14 56958247 . C T 1115.15 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0144977;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0552;QD=56.4635;RBI=0.0239552;REFB=-0.054035;REVB=0.01907;RO=3;SAF=35;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145899;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000986041;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:79:3:2:75:77:0.974684:40:35:2:1:41:36:2:0 chr14 57052511 . G T 640.23 PASS AF=0.411429;AO=73;DP=175;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0239697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.258;QD=14.6338;RBI=0.0791754;REFB=-0.00770782;REVB=-0.0754599;RO=97;SAF=37;SAR=36;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404401;STB=0.523296;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0146157;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:97:103:73:72:0.411429:36:37:53:44:35:37:57:46 chr14 57099859 . G A 1041.54 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.071;QD=59.5163;RBI=0.0309987;REFB=0;REVB=0.000267542;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19263e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:28:39:0:0:29:41:0:0 chr14 57101682 . A G 446.32 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0385093;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0735;QD=17.5026;RBI=0.0406987;REFB=0.0083935;REVB=-0.0131687;RO=53;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118987;STB=0.570702;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00802466;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:54:48:48:0.470588:22:26:22:31:22:26:22:32 chr14 57866623 . A G 1106.14 PASS AF=0.925926;AO=74;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0298052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0069;QD=54.6244;RBI=0.0410667;REFB=0.00976045;REVB=0.028251;RO=3;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325964;STB=0.509781;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000723965;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:3:4:74:75:0.925926:42:32:0:3:42:33:1:3 chr14 57876265 . G A 2334.73 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0351846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0794;QD=63.1009;RBI=0.0486032;REFB=-0.0623889;REVB=-0.0335308;RO=1;SAF=80;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704566;STB=0.503703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000262591;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:67:80:0:1:67:80:0:1 chr14 57876574 . CTTA CCTA,CTAA,CTA,CT 962.8 PASS AF=0,0,1,0;AO=23,4,8,24;DP=71;FAO=0,0,70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,32,0;FSAR=0,0,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.287435,-0.00144479,-0.0278875,-0.0253439;FXX=0.0140825;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.69514,11.5041,19.4872,10.9264;QD=55.0171;RBI=0.364434,0.340395,0.0594584,0.394535;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.224038,0.340392,-0.0525127,-0.39372;RO=0;SAF=19,4,5,2;SAR=4,0,3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,4.46938e-08,3.48349e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0,0.0108181,-0.00164003,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876575,57876576;OREF=T,T,T,TA;OALT=C,A,-,-;OMAPALT=CCTA,CTAA,CTA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:23,4,8,24:71:0,0,70,0:70:0:0,0,32,0:0,0,38,0:0:0:5:0:19,4,5,2:4,0,3,22:0:0 chr14 57938124 . C T 642.36 PASS AF=0.976744;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374839;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.779;QD=59.7542;RBI=0.0379564;REFB=-0.0104983;REVB=0.00597089;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000938717;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:43:42:0.976744:23:20:0:0:22:20:0:1 chr14 57938260 . T C 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6287;QD=62.0141;RBI=0.0289702;REFB=0;REVB=0.0289064;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387957;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr14 57945689 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.758;QD=58.7817;RBI=0.0803655;REFB=0;REVB=0.0343338;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75175e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr14 57948380 . T C 577.47 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.557;QD=57.7473;RBI=0.0411593;REFB=-0.0310018;REVB=0.0179312;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000312299;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:0:1:37:39:0.975:22:15:0:0:24:15:1:0 chr14 57957664 . T A 2252.62 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00705989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=357.049;QD=59.2796;RBI=0.00711261;REFB=-0.0144186;REVB=0.000864359;RO=2;SAF=75;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31199e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:75:75:1:1:75:75:1:1 chr14 58563694 . G C 109.75 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00503944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7264;QD=14.6329;RBI=0.0116264;REFB=-0.027696;REVB=0.0104775;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503811;STB=0.516104;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0164404;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:10:7:5:8:10:7 chr14 58605790 . G A 546.26 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00595507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.873;QD=24.8301;RBI=0.00603801;REFB=3.82224e-06;REVB=-0.000997365;RO=37;SAF=33;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204071;STB=0.604354;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000282702;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:50:51:0.579545:17:33:15:22:18:33:15:22 chr14 58706609 . C T 2354.03 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00633324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.457;QD=63.1955;RBI=0.00968329;REFB=0.0215606;REVB=0.00732504;RO=1;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656013;STB=0.503448;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-1.31079e-07;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:72:76:0:1:72:76:0:1 chr14 58766617 . A G 975.94 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0085;QD=55.7677;RBI=0.120861;REFB=-0.134704;REVB=-0.0632654;RO=2;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740824;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0101047;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:2:1:67:69:0.985714:42:25:1:1:42:27:0:1 chr14 58838668 . A G 639.31 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.755;QD=59.4706;RBI=0.0208856;REFB=-0.0105196;REVB=-0.0139257;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000190719;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:1:0:21:21:1:0 chr14 58838701 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.571;QD=59.8393;RBI=0.0166345;REFB=0;REVB=-0.0103921;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39946e-05;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr14 58839339 . A C 632.86 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0195086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.314;QD=53.8605;RBI=0.0227732;REFB=-0.145091;REVB=0.0117487;RO=3;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530848;STB=0.514804;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00122335;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:47:47:3:4:43:43:0.914894:25:18:0:3:25:18:1:3 chr14 58840365 . CT CTT,TC 35.85 PASS AF=0.155556,0.0222222;AO=8,2;DP=45;FAO=7,1;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=1,1;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0313227,0.0269349;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=13.1757,39.1834;QD=3.1871;RBI=0.0702597,0.082661;REFB=-0.0296959,0.00916519;REVB=-0.0628913,-0.0781495;RO=33;SAF=5,0;SAR=3,2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.205109,-0.424078;STB=0.86691,0.988161;STBP=0.064,0.47;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0596782,0.0707311;OID=.,.;OPOS=58840366,58840365;OREF=-,CT;OALT=T,TC;OMAPALT=CTT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:33:37:8,2:7,1:0.155556,0.0222222:3,2:5,0:15:18:1,1:6,0:15:22 chr14 58917454 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.634;QD=63.0521;RBI=0.015112;REFB=0;REVB=-0.00573125;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5797e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr14 58937416 . T C 1074.17 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00215177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7814;QD=58.0634;RBI=0.0395242;REFB=0.0599549;REVB=-0.0394655;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116777;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00017896;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:32:40:1:0:32:41:1:0 chr14 58953746 . C G 666.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2186;QD=62.0404;RBI=0.0533544;REFB=0;REVB=-0.0513067;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975744;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr14 59010649 . T C 287.74 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000250323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.686;QD=25.0211;RBI=0.0226941;REFB=-0.000330268;REVB=0.0226928;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126735;STB=0.507037;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.000364486;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:12:8:10:16:12:8 chr14 59112475 . C T 293.7 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00684247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.259;QD=17.5346;RBI=0.0099535;REFB=-0.0183645;REVB=-0.0072286;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141225;STB=0.571921;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0290606;OID=.;OPOS=59112475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:13:19:15:19:13:19:16:19 chr14 59112732 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00896538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.551;QD=11.4398;RBI=0.0171131;REFB=-0.00768955;REVB=-0.0145767;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138405;STB=0.650796;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00967346;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:2:7:8:4:2:7:8:6 chr14 59113430 . G A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0476675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.052;QD=15.9781;RBI=0.0480762;REFB=-0.010652;REVB=0.00625555;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198338;STB=0.611818;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0117245;OID=.;OPOS=59113430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:12:20:17:23:12:20:17:23 chr14 59114770 . C G 819.25 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=0.00413769;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.63;QD=20.2285;RBI=0.0251759;REFB=-0.0329489;REVB=-0.0248335;RO=79;SAF=41;SAR=42;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204087;STB=0.61155;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0251806;OID=.;OPOS=59114770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:79:79:83:83:0.512346:42:41:21:58:42:41:21:58 chr14 59789727 . G A 1450.53 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483682;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8067;QD=63.0666;RBI=0.11079;REFB=0;REVB=-0.0996736;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000896095;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:90:92:1:40:50:0:1:40:52:0:0 chr14 59797235 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.221;QD=57.0007;RBI=0.0246452;REFB=0;REVB=-0.00115497;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65923e-05;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr14 59835551 . A C 521.38 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0247558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1365;QD=23.4328;RBI=0.0340751;REFB=-0.0085302;REVB=0.023415;RO=40;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698607;STB=0.542787;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00666961;OID=.;OPOS=59835551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:40:48:49:0.550562:26:22:15:25:26:23:15:25 chr14 59835972 . A C 293.97 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00335637;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=252.939;QD=47.0347;RBI=0.0286582;REFB=-0.186159;REVB=0.0284609;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922593;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00101325;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:2:1:23:24:0.96:14:9:2:0:14:10:1:0 chr14 59931420 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0247468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.958;QD=11.1034;RBI=0.0317334;REFB=-0.0104572;REVB=0.0198647;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.709151;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0452704;OID=.;OPOS=59931420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:8:2:4:3:8:2 chr14 60004844 . C T 639.65 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.016493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4908;QD=55.6217;RBI=0.0168179;REFB=-0.00566102;REVB=0.00328995;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012166;STB=0.507183;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00420758;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:46:3:3:42:43:0.934783:24:18:1:2:24:19:1:2 chr14 60011904 . CAAAAAAGC CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC 51.92 PASS AF=0.222222,0.0246914,0.0123457;AO=19,5,4;DP=83;FAO=18,2,1;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=8,0,1;FSAR=10,2,0;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0206251,0.000303805,-0.000996165;FXX=0.0240935;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,1;MLLD=8.69137,13.7335,125.912;QD=2.5639;RBI=0.0668392,0.141375,0.0241663;REFB=-0.153864,-0.108375,-0.00953099;REVB=-0.0635774,-0.141375,-0.0241458;RO=41;SAF=8,0,4;SAR=11,5,0;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0.466667,0,0;SSSB=-0.105535,-0.614483,0.55902;STB=0.504318,0.994412,0.990977;STBP=0.979,0.205,0.274;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.144567,0.0860051,0.0989834;OID=.,.,.;OPOS=60011905,60011910,60011910;OREF=A,AGC,A;OALT=-,GCT,T;OMAPALT=CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.0246914,0.0123457:19,5,4:83:18,2,1:81:60:8,0,1:10,2,0:27:33:44:41:8,0,4:11,5,0:21:20 chr14 60031996 . G A 1271.75 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00278828;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.826;QD=60.5597;RBI=0.00950641;REFB=0.0178212;REVB=0.0090883;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000107075;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:35:48:1:0:35:48:1:0 chr14 60043422 . A G 976.67 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442449;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.323;QD=59.192;RBI=0.0468408;REFB=0;REVB=-0.0153771;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174417;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr14 60063472 . A G 2032.85 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562842;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6952;QD=62.5492;RBI=0.0572477;REFB=0;REVB=0.0104589;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90596e-05;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:69:61:0:0:69:61:0:0 chr14 60574539 . A G 800.74 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1112;QD=57.1959;RBI=0.0156201;REFB=0;REVB=0.00231633;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49651e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr14 60574887 . C G 347.4 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0195535;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.127;QD=19.5719;RBI=0.0195538;REFB=-0.0204784;REVB=0.000116066;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134231;STB=0.507459;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0324504;OID=.;OPOS=60574887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:19:17:16:19:19:17:16:19 chr14 60575240 . T C 781.72 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00169268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.462;QD=52.1149;RBI=0.0698967;REFB=-0.0454026;REVB=0.0698762;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148779;STB=0.507897;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00597268;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:29:28:1:2:29:28:1:2 chr14 60575512 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.698;QD=60.6102;RBI=0.0315134;REFB=0;REVB=0.0152117;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27799e-05;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr14 60575869 . A G 1749.37 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.307;QD=60.8476;RBI=0.00799493;REFB=0;REVB=-0.00480139;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74859e-05;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:59:55:0:0:60:55:0:0 chr14 60576241 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.556;QD=37.4885;RBI=0.0304231;REFB=0;REVB=0.0148911;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14134e-05;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 60576637 . A T 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.559;QD=58.4197;RBI=0.0228156;REFB=0;REVB=0.0151386;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63433e-05;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr14 60576951 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.733;QD=56.9569;RBI=0.00566541;REFB=0;REVB=-0.00309588;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02098e-05;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr14 60581863 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.396;QD=59.5018;RBI=0.0227932;REFB=0;REVB=0.00897802;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56731e-06;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr14 60581935 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.987;QD=63.4763;RBI=0.0168699;REFB=0;REVB=0.0102525;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9758e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr14 60582053 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.166;QD=57.3848;RBI=0.0343969;REFB=0;REVB=0.0334261;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72817e-05;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr14 60749553 . C T 104.8 PASS AF=0.152174;AO=21;DP=138;FAO=21;FDP=138;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0428913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.433;QD=3.03776;RBI=0.049633;REFB=-0.00906287;REVB=-0.0249754;RO=116;SAF=7;SAR=14;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193686;STB=0.626742;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0430272;OID=.;OPOS=60749553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:116:117:21:21:0.152174:14:7:56:60:14:7:56:61 chr14 60864583 . G T 2078.21 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00331382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.197;QD=60.238;RBI=0.0183226;REFB=0.0879397;REVB=0.0180205;RO=1;SAF=44;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519576;STB=0.508379;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-6.66736e-06;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:1:3:135:135:0.978261:91:44:0:1:91:44:2:1 chr14 60900113 . C T 2643.54 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235434;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.259;QD=62.2011;RBI=0.0241934;REFB=0;REVB=0.00557037;RO=0;SAF=86;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53215e-06;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:84:86:0:0:84:86:0:0 chr14 60903757 . G A 786.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5309;QD=64.1958;RBI=0.0248628;REFB=0;REVB=-0.0228178;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4853e-05;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr14 60923783 . C T 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5677;QD=56.927;RBI=0.00508861;REFB=0;REVB=0.00503422;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09567e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr14 60932752 . G A 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7603;QD=57.2301;RBI=0.0207298;REFB=0;REVB=-0.0200598;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277441;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr14 61124940 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.648;QD=61.049;RBI=0.00945584;REFB=0;REVB=-0.00908188;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16895e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr14 61176485 . T C 739.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.112;QD=56.8753;RBI=0.0504967;REFB=0;REVB=-0.00721162;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100825;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr14 61180657 . T G 1825.02 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00749327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.082;QD=60.3313;RBI=0.017896;REFB=0.03679;REVB=0.0162517;RO=0;SAF=47;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06139e-08;STB=0.505262;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=1.66049e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:73:47:0:0:73:47:1:0 chr14 61445967 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000271466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.067;QD=64.1539;RBI=0.0170332;REFB=0;REVB=0.0170311;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06191e-05;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr14 61448049 . C G 453.8 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0110874;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.877;QD=16.3533;RBI=0.0270066;REFB=-0.0209791;REVB=-0.0246257;RO=61;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758903;STB=0.542418;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0256655;OID=.;OPOS=61448049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:20:30:32:29:20:30:32:29 chr14 61449328 . T A 2047.91 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=91;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0277543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.308;QD=59.3597;RBI=0.0295798;REFB=-0.165172;REVB=0.0102304;RO=3;SAF=43;SAR=91;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320069;STB=0.522219;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000444727;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:138:3:4:134:134:0.971014:91:43:3:0:91:43:4:0 chr14 61509924 . T C 787.11 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.81;QD=55.2358;RBI=0.0382852;REFB=-0.147463;REVB=0.0222589;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00059937;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:0:1:28:28:0:1 chr14 61748487 . C G 1376.73 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7089;QD=61.8753;RBI=0.0403392;REFB=0;REVB=-0.0115955;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125112;OID=.;OPOS=61748487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:49:38:0:0:49:40:0:0 chr14 61857969 . A G 282.0 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00609216;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.913;QD=14.4615;RBI=0.0162379;REFB=-0.00356766;REVB=-0.0150517;RO=46;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179542;STB=0.510198;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00531362;OID=.;OPOS=61857969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:12:20:28:18:12:20:28:18 chr14 61997226 . C T 727.21 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0160166;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.61;QD=20.6301;RBI=0.0160683;REFB=0.00098228;REVB=0.00128732;RO=70;SAF=33;SAR=38;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121403;STB=0.566807;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000710155;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:70:70:71:71:0.503546:38:33:42:28:38:33:42:28 chr14 62037421 . C T 561.27 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0171414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.671;QD=23.6324;RBI=0.0176611;REFB=-0.0121529;REVB=0.00425275;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707573;STB=0.538822;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0171519;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:27:25:17:26:27:25:17:26 chr14 62213848 . T C 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.701;QD=58.42;RBI=0.0185985;REFB=-0.10352;REVB=0.0126339;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-1.79371e-06;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:40:31:1:0:41:31:1:0 chr14 62229285 . T G 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.715;QD=63.7066;RBI=0.041751;REFB=0;REVB=-0.00567143;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36369e-05;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:76:68:0:0:76:68:0:0 chr14 62244837 . A G 710.11 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0372;QD=54.624;RBI=0.0678396;REFB=0.0691539;REVB=-0.059568;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.004796;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr14 62462766 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.785;QD=57.1062;RBI=0.0199244;REFB=0;REVB=-0.00599569;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64348e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr14 62463129 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.12;QD=57.177;RBI=0.034785;REFB=0;REVB=0.0224066;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118712;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr14 62463214 . C T 439.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.999;QD=56.7474;RBI=0.0225404;REFB=0;REVB=0.020419;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355461;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr14 63174616 . T C 1776.82 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0406018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.1316;QD=58.2564;RBI=0.0860203;REFB=0.125679;REVB=-0.0758353;RO=1;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840652;STB=0.504835;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00397272;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:122:1:3:119:119:0.97541:56:63:0:1:56:63:1:2 chr14 63174960 . C T 323.9 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0119652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.114;QD=28.7909;RBI=0.0141025;REFB=-0.0259449;REVB=0.00746426;RO=17;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266165;STB=0.651294;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0108103;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:22:5:8:9:23:5:8:9 chr14 64423187 . C A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00664658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=21.4741;RBI=0.0156569;REFB=-0.00746111;REVB=-0.0141761;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225131;STB=0.614961;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0115126;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:18:13:17:7:18:13:17:8 chr14 64491695 . T C 284.73 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00344368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.062;QD=12.797;RBI=0.0374928;REFB=-0.00109233;REVB=0.0373343;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100522;STB=0.502784;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00185015;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:56:32:33:0.370787:18:14:24:32:19:14:24:32 chr14 64494278 . C T 2121.58 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.956;QD=62.8617;RBI=0.0459564;REFB=0;REVB=-0.0458799;RO=0;SAF=84;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62171e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:51:84:0:0:51:84:0:0 chr14 64496749 . C T 263.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0423653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.571;QD=17.5693;RBI=0.0423691;REFB=0.00138179;REVB=0.00056575;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102591;STB=0.500575;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00145971;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:16:15:14:15:16:15 chr14 64496763 . T C 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0237519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138;QD=18.7942;RBI=0.0262179;REFB=-0.00417441;REVB=0.0111006;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323443;STB=0.518309;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00453084;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:15:12:11:12:15:12 chr14 64497930 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0198612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.702;QD=14.0975;RBI=0.0339209;REFB=-0.0134029;REVB=-0.0274984;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0174296;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr14 64498037 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.527;QD=57.6807;RBI=0.0488284;REFB=0;REVB=0.0466891;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209245;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr14 64518321 . A G 298.6 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0379562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4559;QD=23.8881;RBI=0.0446499;REFB=-0.0355104;REVB=0.0235145;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018431;STB=0.510261;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.028883;OID=.;OPOS=64518321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:9:14:17:10:9:14 chr14 64519035 . A G 354.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6089;QD=54.4849;RBI=0.116911;REFB=0;REVB=0.0404603;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246168;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:7:19:0:0 chr14 64519709 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000353848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.547;QD=18.2512;RBI=0.00277449;REFB=-0.00448857;REVB=-0.00275183;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00671981;OID=.;OPOS=64519709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:9:6:9:6:9:6 chr14 64522674 . G C 220.34 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0382989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6944;QD=14.2154;RBI=0.050469;REFB=-0.00296355;REVB=0.0328681;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231002;STB=0.630442;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00510023;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:10:16:13:21:10:16:14:22 chr14 64522843 . A G 396.43 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0349931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.157;QD=17.8171;RBI=0.0415748;REFB=-0.0184856;REVB=0.0224487;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224947;STB=0.625619;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0157644;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:18:30:16:25:18:30 chr14 64537498 . A C 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0024081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1856;QD=14.4088;RBI=0.00998897;REFB=-0.0359721;REVB=-0.00969435;RO=28;SAF=16;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493969;STB=0.794307;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0578351;OID=.;OPOS=64537498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:2:16:15:13:2:16:15:13 chr14 64540790 . A G 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0525241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.468;QD=18.5395;RBI=0.0527471;REFB=-0.0164368;REVB=0.0048457;RO=49;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11595;STB=0.570143;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0142221;OID=.;OPOS=64540790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:18:26:23:26:18:26:23:27 chr14 64554517 . A G 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0551314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.999;QD=16.9229;RBI=0.0552609;REFB=-0.0122702;REVB=0.0037807;RO=34;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230336;STB=0.62991;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00867756;OID=.;OPOS=64554517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:21:9:18:16:21:9:18:16 chr14 64557725 . C G 424.07 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00417315;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.948;QD=20.4372;RBI=0.00976229;REFB=-0.0132476;REVB=-0.00882537;RO=39;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121577;STB=0.58324;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0183294;OID=.;OPOS=64557725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:41:42:42:0.506024:13:29:22:17:13:29:22:19 chr14 64557734 . A C 364.56 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00410911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.523;QD=18.4589;RBI=0.00534335;REFB=-0.0133615;REVB=-0.00341565;RO=38;SAF=28;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190767;STB=0.618836;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0154104;OID=.;OPOS=64557734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:41:38:38:0.481013:10:28:21:17:10:28:22:19 chr14 64565582 . T C 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00716949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.001;QD=23.8546;RBI=0.00730686;REFB=-0.0202257;REVB=-0.00141016;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027579;STB=0.515143;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0143604;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:20:17:11:15:20:17:11:15 chr14 64612845 . C T 237.31 PASS AF=0.424242;AO=24;DP=62;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0158768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.122;QD=14.3826;RBI=0.0244699;REFB=-0.0073177;REVB=0.01862;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436239;STB=0.521396;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0108518;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:37:38:24:28:0.424242:8:16:26:11:9:19:27:11 chr14 64612858 . C A 223.11 PASS AF=0.409091;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00848435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.079;QD=13.5219;RBI=0.013541;REFB=-0.0231449;REVB=-0.0105534;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459041;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0243647;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:39:25:27:0.409091:10:15:25:14:10:17:25:14 chr14 64637147 . C A 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0127328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0713;QD=20.5623;RBI=0.0462175;REFB=-0.017745;REVB=0.044429;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466216;STB=0.525879;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0162884;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:9:16:17:12:9:16 chr14 64640665 . C G 1485.56 PASS AF=0.48254;AO=152;DP=314;FAO=152;FDP=315;FR=.;FRO=163;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=-0.0831871;FXX=0.00316446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7875;QD=18.8643;RBI=0.0869623;REFB=-0.00690361;REVB=-0.0253446;RO=151;SAF=83;SAR=69;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209318;STB=0.50322;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00756426;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:151:163:152:152:0.48254:69:83:79:72:69:83:88:75 chr14 64656855 . T C 407.32 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0118558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.176;QD=33.2503;RBI=0.0121762;REFB=0.00338629;REVB=-0.00277478;RO=16;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102192;STB=0.555523;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0010335;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:11:22:13:3:11:22:13:3 chr14 64657684 . C A 423.51 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0147766;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.01;QD=16.1337;RBI=0.0209989;REFB=-0.00641454;REVB=-0.01492;RO=57;SAF=35;SAR=12;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225182;STB=0.632763;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00568996;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:57:58:47:47:0.447619:12:35:31:26:12:35:31:27 chr14 64724051 . C T 127.26 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0705146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.078;QD=9.25515;RBI=0.0731484;REFB=-0.000790445;REVB=-0.019452;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203458;STB=0.621594;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00759222;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:6:11:18:20:6:11:18:20 chr14 64726854 . A T 241.61 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0193551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.506;QD=21.9646;RBI=0.028544;REFB=-0.0344213;REVB=-0.0209794;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176303;STB=0.612664;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.012254;OID=.;OPOS=64726854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:7:16:10:10:7:16:10:11 chr14 64805001 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00641247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.565;QD=15.6986;RBI=0.0291152;REFB=-0.00770128;REVB=0.0284003;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0115572;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr14 64855041 . T C 780.42 PASS AF=0.539568;AO=70;DP=134;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0317798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.878;QD=22.4581;RBI=0.0326078;REFB=-0.0117915;REVB=0.00730164;RO=64;SAF=32;SAR=38;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010156;STB=0.519683;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0105992;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:64:64:70:75:0.539568:38:32:30:34:43:32:30:34 chr14 64882380 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0285813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.703;QD=19.7627;RBI=0.0292101;REFB=-0.0191401;REVB=-0.00602804;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305598;STB=0.517227;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0176887;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:9:16:14:9:9:16 chr14 64908845 . G A 684.19 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00115452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.524;QD=17.5433;RBI=0.00144072;REFB=-0.00951167;REVB=0.000861825;RO=83;SAF=44;SAR=29;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140498;STB=0.577898;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0139011;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:73:73:0.467949:29:44:38:45:29:44:38:45 chr14 64935720 . C T 148.03 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174539;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.481;QD=45.5463;RBI=0.0438004;REFB=0;REVB=-0.0401725;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351942;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 64988279 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000770953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.539;QD=24.1062;RBI=0.0220706;REFB=-0.0142464;REVB=-0.0220571;RO=19;SAF=19;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261405;STB=0.647067;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0076999;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:5:19:10:9:5:19:10:9 chr14 64988924 . T C 486.4 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0196393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.194;QD=18.8894;RBI=0.0201687;REFB=-0.0174929;REVB=0.0045907;RO=52;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293348;STB=0.516251;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0152465;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:31:20:22:30:31:20:22:30 chr14 65008251 . C T 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1717;QD=58.2451;RBI=0.0194472;REFB=-0.0540016;REVB=-0.0161058;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000172467;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr14 65009741 . G A 356.56 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0194158;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.027;QD=19.0167;RBI=0.0194729;REFB=-0.0107617;REVB=0.00148944;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0106138;OID=.;OPOS=65009741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:38:37:37:0.493333:19:18:18:19:19:18:19:19 chr14 65016702 . T G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00081361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.005;QD=52.1523;RBI=0.00124208;REFB=-0.0703932;REVB=0.00093851;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00293287;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:8:19:0:0:8:19:0:1 chr14 65031534 . C T 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0225858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.507;QD=24.3802;RBI=0.0226566;REFB=-0.0141887;REVB=-0.00178935;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305156;STB=0.516981;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.012359;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:8:13:17:9:8:13 chr14 65219006 . C CCTCCT 164.93 PASS AF=0.323529;AO=20;DP=77;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0675345;FXX=0.0555478;HRUN=3;LEN=5;MLLD=170.313;QD=9.7015;RBI=0.0676828;REFB=-0.0492338;REVB=-0.00447832;RO=55;SAF=6;SAR=14;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41409;STB=0.69427;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.066075;OID=.;OPOS=65219007;OREF=-;OALT=CTCCT;OMAPALT=CCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:20:77:22:68:46:7:15:28:18:99:55:6:14:36:19 chr14 65241228 . A G 525.89 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0621755;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0019;QD=17.3849;RBI=0.066019;REFB=-0.0137557;REVB=-0.0221974;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715803;STB=0.539809;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0138866;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:26:30:30:35:26:30:30:35 chr14 65242044 . C T 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0286334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.145;QD=22.9243;RBI=0.0309523;REFB=-0.0250207;REVB=-0.0117546;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129147;STB=0.55879;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0235927;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:20:14:6:18:20:14:7:18 chr14 65246623 . T C 178.91 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.07534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2517;QD=15.2263;RBI=0.0812265;REFB=0.0298901;REVB=0.0303584;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141393;STB=0.530531;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0476274;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:6:12:19:9:7:12:19:9 chr14 65249052 . C G 473.19 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0220189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.638;QD=21.2671;RBI=0.0242801;REFB=-0.0346355;REVB=-0.0102318;RO=43;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12894;STB=0.57119;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0313408;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:25:21:26:17:25:21:26:17 chr14 65253232 . T C 288.25 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0399876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.478;QD=16.956;RBI=0.0798573;REFB=-0.0413005;REVB=-0.0691244;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178344;STB=0.533312;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0496884;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:36:31:32:0.470588:14:17:18:16:14:18:18:18 chr14 65263300 . C T 363.28 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0174444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.205;QD=18.1638;RBI=0.0269652;REFB=-0.0149702;REVB=-0.0205624;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687022;STB=0.538441;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0218687;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:26:12:16:26:26:12:16:26 chr14 65263347 . C T 769.03 PASS AF=0.580645;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=124;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00174974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.407;QD=24.8073;RBI=0.0155498;REFB=-0.0171328;REVB=0.015451;RO=51;SAF=30;SAR=42;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347964;STB=0.522278;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0112065;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:52:72:72:0.580645:42:30:19:32:42:30:19:33 chr14 65271780 . G A 445.88 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=104;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0842441;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1486;QD=16.8256;RBI=0.0975346;REFB=-0.0163091;REVB=0.0491521;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971994;STB=0.537022;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0264789;OID=.;OPOS=65271780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:57:47:49:0.462264:23:24:23:33:25:24:24:33 chr14 65412748 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.083;QD=62.0218;RBI=0.0107365;REFB=0;REVB=0.0106168;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36748e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr14 65417070 . C A 835.1 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207539;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.178;QD=55.673;RBI=0.209745;REFB=-0.102064;REVB=0.0303416;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208902;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:2:0:57:60:1:29:28:2:0:30:30:0:0 chr14 65419293 . A G 501.27 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6978;QD=58.9724;RBI=0.0455545;REFB=0;REVB=-0.0148784;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520809;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:20:13:1:0:20:14:0:0 chr14 65511429 . G A 549.23 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00366732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.353;QD=26.469;RBI=0.0506568;REFB=-0.00604436;REVB=0.0505238;RO=32;SAF=26;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305073;STB=0.522235;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00474625;OID=.;OPOS=65511429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:32:33:50:50:0.60241:24:26:18:14:24:26:19:14 chr14 65568304 . GAAAAAAAAAAAT GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATA,GAAGAAAAAAAAT 287.84 PASS AF=0.773196,0.0103093,0.216495;AO=16,5,11;DP=104;FAO=75,1,21;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1,0;FSAR=28,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.297031,0.0653594,-0.000182489;FXX=0.14158;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.34928,11.1786,157.204;QD=11.8699;RBI=0.323692,0.0935478,0.0674445;REFB=0,0,0;REVB=-0.128643,-0.0669279,-0.0674443;RO=20;SAF=10,5,0;SAR=6,0,11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0753757,0.671973,-0.795627;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00336833,0.216779,0.0107279;OID=.,.,.;OPOS=65568305,65568315,65568307;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,G;OMAPALT=GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATA,GAAGAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.773196,0.0103093,0.216495:16,5,11:104:75,1,21:97:0:47,1,0:28,0,21:0:0:99:20:10,5,0:6,0,11:11:9 chr14 65878909 . C T 621.76 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.078;QD=60.6595;RBI=0.0465471;REFB=0;REVB=0.0373731;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1385e-05;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:17:20:0:0:20:21:0:0 chr14 66028446 . A G 1158.64 PASS AF=0.9;AO=81;DP=90;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=65;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0645876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.182;QD=51.4949;RBI=0.0649126;REFB=-0.0456623;REVB=0.00648758;RO=1;SAF=16;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286692;STB=0.609726;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000545592;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:1:9:81:81:0.9:65:16:1:0:65:16:9:0 chr14 67666829 . GC CG 96.43 PASS AF=0.288889;AO=14;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0499988;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=82.5247;QD=8.57187;RBI=0.0501116;REFB=-0.00682443;REVB=-0.00336153;RO=27;SAF=1;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552004;STB=0.86809;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.123805;OID=.;OPOS=67666829;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:45:45:27:32:14:13:0.288889:13:1:11:16:12:1:15:17 chr14 67938788 . GTGTGGCAGGGTTAATAC G 88.11 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00518581;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=17;MLLD=319.982;QD=13.053;RBI=0.0106379;REFB=-0.0116246;REVB=0.00928826;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552068;STB=0.567454;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.0145044;OID=.;OPOS=67938789;OREF=TGTGGCAGGGTTAATAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:27:11:27:16:8:3:13:3:88:17:8:2:13:4 chr14 68042255 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000277237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.323;QD=61.6838;RBI=0.0264654;REFB=0;REVB=0.0264639;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353925;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr14 68042574 . A G 1472.09 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.205;QD=63.3157;RBI=0.0608043;REFB=0;REVB=0.0602063;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034409;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr14 68045935 . G A 1090.24 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.935;QD=57.3811;RBI=0.0420005;REFB=-0.145582;REVB=0.00929988;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160305;STB=0.516125;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00456531;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:44:29:1:0:44:30:2:0 chr14 68053149 . A G 1307.24 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.169;QD=60.8017;RBI=0.0154497;REFB=-0.101189;REVB=-0.00914198;RO=1;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796109;STB=0.504131;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000113135;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:59:24:0:1:60:25:0:1 chr14 68053977 . A C 1973.38 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7646;QD=61.19;RBI=0.0649383;REFB=-0.0430753;REVB=-0.0242633;RO=2;SAF=48;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374285;STB=0.50505;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000311171;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:2:1:126:128:0.992248:78:48:1:1:79:49:1:0 chr14 68055613 . C G 954.71 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264342;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.661;QD=58.7512;RBI=0.0276195;REFB=0;REVB=-0.00800437;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713523;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr14 68172894 . C T 303.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0212013;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6934;QD=19.5632;RBI=0.0230355;REFB=-0.00286715;REVB=0.00900768;RO=30;SAF=7;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.612037;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00399415;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:25:7:12:18:25:7:12:18 chr14 68213744 . G A 943.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.249;QD=58.0639;RBI=0.0111739;REFB=0;REVB=0.00829103;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140421;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:20:44:0:0:21:44:0:0 chr14 68213792 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00534408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.451;QD=17.6718;RBI=0.032362;REFB=-0.0150657;REVB=0.0319177;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204968;STB=0.613964;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0265801;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:24:8:14:16:24:8 chr14 68214788 . T C 275.97 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0126704;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.991;QD=14.9173;RBI=0.0182107;REFB=-0.00454449;REVB=-0.0130801;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16644;STB=0.59369;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00358435;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:41:43:31:31:0.418919:13:18:17:24:13:18:18:25 chr14 68220499 . A AATC 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00696977;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=269.672;QD=10.1408;RBI=0.0121701;REFB=-0.00667297;REVB=-0.0099767;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273364;STB=0.668881;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.0136001;OID=.;OPOS=68220500;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=AATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:13:43:13:41:28:6:7:20:8:99:30:6:7:21:9 chr14 68234539 . T C 1238.42 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.245;QD=58.9724;RBI=0.0313674;REFB=-0.142306;REVB=0.02487;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000514474;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:1:2:81:82:0.97619:42:39:0:1:42:40:1:1 chr14 68249499 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0218868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.923;QD=21.1726;RBI=0.0221396;REFB=-0.00985359;REVB=-0.00333642;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324761;STB=0.518487;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00704586;OID=.;OPOS=68249499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:3:5:8:4:3:5 chr14 68264867 . A G 203.55 PASS AF=0.730769;AO=16;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0242809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.923;QD=31.315;RBI=0.0251286;REFB=-0.0394774;REVB=0.00647152;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282844;STB=0.61361;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0142313;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:26:7:7:16:19:0.730769:4:12:2:5:6:13:2:5 chr14 68616597 . G A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.093433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3965;QD=20.4552;RBI=0.106847;REFB=-0.00300082;REVB=0.0518318;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101757;STB=0.557553;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00105906;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:8:7:10:7:8:7 chr14 68703076 . C T 629.16 PASS AF=0.520661;AO=62;DP=120;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00253317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.202;QD=20.7986;RBI=0.0131617;REFB=-0.0031312;REVB=0.0129157;RO=57;SAF=40;SAR=22;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455474;STB=0.53336;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00314594;OID=.;OPOS=68703076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:57:58:62:63:0.520661:22:40:34:23:22:41:34:24 chr14 68935789 . T C 1230.81 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135341;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1946;QD=61.5407;RBI=0.0139502;REFB=0;REVB=0.0033818;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49594e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr14 69012355 . C G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.102;QD=60.8825;RBI=0.0448647;REFB=0;REVB=0.00514248;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7666e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr14 69117512 . T C 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0274756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.096;QD=9.93924;RBI=0.0277122;REFB=-0.00189792;REVB=0.00361369;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161237;STB=0.521904;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00403134;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:45:22:22:0.328358:9:13:26:17:9:13:28:17 chr14 69255351 . AT ATT,TA,TT 41.68 PASS AF=0.290909,0.0363636,0;AO=7,2,7;DP=56;FAO=16,2,0;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5,1,0;FSAR=11,1,0;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.245251,-0.150119,-0.016389;FXX=0.017854;HRUN=8,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=6.76609,24.7099,281.791;QD=3.03097;RBI=0.274388,0.170329,0.020967;REFB=-0.117925,0.0561886,0.00166864;REVB=-0.123048,0.0804754,-0.0130774;RO=30;SAF=1,1,0;SAR=6,1,7;SRF=25;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.7067,-0.371696,-0.813773;STB=0.769941,0.716194,0.5;STBP=0.013,0.689,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=0.121848,0.0512768,0;OID=.,.,.;OPOS=69255352,69255351,69255351;OREF=-,AT,A;OALT=T,TA,T;OMAPALT=ATT,TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:56:55:30:37:7,2,7:16,2,0:0.290909,0.0363636,0:6,1,7:1,1,0:25:5:11,1,0:5,1,0:27:10 chr14 69257858 . C T 205.25 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0154411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.721;QD=14.6604;RBI=0.0154662;REFB=-0.0239313;REVB=0.000880924;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117241;STB=0.57686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0199089;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:23:24:0.428571:11:12:13:19:11:13:13:19 chr14 69262441 . A G 1007.72 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0166553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.064;QD=55.2173;RBI=0.0176357;REFB=-0.00814504;REVB=0.00579835;RO=3;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03778;STB=0.519994;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000264113;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:36:34:0:3:36:34:0:3 chr14 69263074 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9043;QD=57.2008;RBI=0.115695;REFB=0;REVB=-0.0084502;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207545;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr14 69345647 . C T 54.16 PASS AF=0.275862;AO=4;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0184621;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.589;QD=7.47071;RBI=0.0491107;REFB=-0.0201387;REVB=-0.0455084;RO=17;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431019;STB=0.53263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0245047;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:17:21:4:8:0.275862:3:1:11:6:3:5:14:7 chr14 69352230 . G A 365.17 PASS AF=0.475;AO=39;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0339795;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4959;QD=18.2585;RBI=0.0848619;REFB=0.00885913;REVB=0.077762;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104047;STB=0.566675;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00856714;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:39:38:0.475:22:17:23:19:22:16:23:19 chr14 69522179 . C G 632.74 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00292946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7634;QD=19.6197;RBI=0.0163193;REFB=-0.00176041;REVB=-0.0160542;RO=65;SAF=34;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915037;STB=0.550492;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00172387;OID=.;OPOS=69522179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:30:34:28:37:30:34:28:37 chr14 69695792 . G A 822.76 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0011437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0049;QD=54.8504;RBI=0.0548919;REFB=-0.125837;REVB=0.05488;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00318331;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:38:20:1:0:39:20:1:0 chr14 69703158 . A G 2461.63 PASS AF=0.987805;AO=162;DP=165;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0134485;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=60.0397;RBI=0.0147457;REFB=-0.130058;REVB=-0.00604756;RO=2;SAF=63;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148636;STB=0.507812;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=8.22063e-05;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:164:2:2:162:162:0.987805:99:63:2:0:99:63:2:0 chr14 69704553 . G T 1510.73 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00776595;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.262;QD=56.4759;RBI=0.0416544;REFB=-0.0822629;REVB=0.0409241;RO=2;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182431;STB=0.514283;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000435159;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:107:2:3:104:104:0.971963:51:53:0:2:51:53:0:3 chr14 69799806 . C T 206.97 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0475737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4459;QD=24.3495;RBI=0.0807409;REFB=0.0106423;REVB=-0.0652367;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710913;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00786541;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:14:19:20:0.588235:12:7:6:7:12:8:7:7 chr14 69799892 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0125877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.5;QD=29.5807;RBI=0.0279946;REFB=-0.0163888;REVB=-0.0250049;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164194;STB=0.59082;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00674344;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:6:4:14:7:6:4 chr14 69820946 . C A 94.36 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0143391;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.447;QD=10.201;RBI=0.0199023;REFB=-0.0117622;REVB=-0.013802;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167492;STB=0.596253;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0278741;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:37:19:25:12:12:0.324324:5:7:8:11:5:7:11:14 chr14 70037611 . A T 1836.74 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0039686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.556;QD=58.7758;RBI=0.0202181;REFB=-0.101486;REVB=0.0198248;RO=3;SAF=50;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360623;STB=0.501899;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000723572;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:125:3:3:122:122:0.976:72:50:1:2:72:50:1:2 chr14 70038786 . A G 461.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6686;QD=57.6837;RBI=0.0569682;REFB=0;REVB=-0.0314085;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017588;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr14 70171418 . T C 389.85 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0791808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.896;QD=14.4389;RBI=0.0792548;REFB=-0.0089175;REVB=0.00342282;RO=61;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886728;STB=0.541197;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0153116;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:63:45:45:0.416667:19:26:30:31:19:26:32:31 chr14 70180778 . C G 1599.15 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.375;QD=59.7815;RBI=0.0188506;REFB=0;REVB=0.0109977;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122635;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:61:44:0:0:63:44:0:0 chr14 70634087 . A G 2178.47 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.513;QD=63.144;RBI=0.0536972;REFB=0;REVB=-0.0531812;RO=0;SAF=60;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59533e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:78:60:0:0:78:60:0:0 chr14 70712880 . A C 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0281624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.702;QD=5.84504;RBI=0.0282853;REFB=-0.004599;REVB=-0.00263386;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630181;STB=0.540461;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0246598;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:24:13:4:6:24:13 chr14 70713858 . T C 531.32 PASS AF=0.495575;AO=41;DP=116;FAO=56;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0409706;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.74;QD=18.8079;RBI=0.0418671;REFB=-0.0109245;REVB=0.00861737;RO=58;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133912;STB=0.643515;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0251747;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:58:57:41:56:0.495575:24:17:17:41:24:32:16:41 chr14 70827773 . T C 1025.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7986;QD=59.4609;RBI=0.0447469;REFB=0;REVB=0.0384092;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471974;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr14 70839389 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.208;QD=57.7124;RBI=0.0160009;REFB=0;REVB=-0.00628681;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5491e-05;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:51:59:1:21:30:0:0:28:31:0:0 chr14 70924249 . A G 518.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.217;QD=59.2613;RBI=0.0288162;REFB=0;REVB=0.0278441;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39973e-05;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr14 70924462 . A G 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0183877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.48;QD=11.9867;RBI=0.0208443;REFB=-0.00237113;REVB=-0.00981733;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334603;STB=0.519308;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00304271;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:19:10:19:32:19:10:19:32 chr14 70924501 . C G 905.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.556;QD=56.6152;RBI=0.0463402;REFB=0.00301343;REVB=0.00672399;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116608;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000109185;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:0:1:40:23:0:1 chr14 70924566 . CA GT 380.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362771;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.91;QD=56.3069;RBI=0.0404379;REFB=0;REVB=-0.0178661;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000131981;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr14 70924693 . T C 69.66 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00802168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.585;QD=3.48305;RBI=0.0167414;REFB=-0.00611711;REVB=0.0146945;RO=67;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808822;STB=0.554371;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0220085;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:8:5:30:37:8:5:30:37 chr14 70924852 . A C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.010474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5461;QD=8.90087;RBI=0.0128874;REFB=-0.0114793;REVB=-0.00750874;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798483;STB=0.553695;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.038317;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:11:7:13:27:11:7:13:28 chr14 70924955 . A C 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0120829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.67;QD=17.3886;RBI=0.0330227;REFB=-0.0166896;REVB=0.0307328;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132399;STB=0.57399;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0163731;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:15:25:17:18:15:25 chr14 70925257 . A G 255.63 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.451;QD=51.1256;RBI=0.0362689;REFB=0;REVB=-0.0234856;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000741374;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr14 70925665 . G A 263.9 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0154339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.238;QD=15.2985;RBI=0.0198492;REFB=0.00391646;REVB=-0.0124814;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370197;STB=0.520944;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00547658;OID=.;OPOS=70925665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:17:22:18:12:17:22 chr14 71109153 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.275;QD=51.9167;RBI=0.0503117;REFB=0;REVB=0.0236576;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020001;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr14 71232147 . C T 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00976892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.346;QD=13.5338;RBI=0.0106562;REFB=-0.0169112;REVB=-0.00425704;RO=52;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135826;STB=0.57757;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0244361;OID=.;OPOS=71232147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:13:20:25:27:13:20:25:27 chr14 71374702 . G A 523.22 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0232609;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3357;QD=15.1657;RBI=0.0325023;REFB=-0.00138248;REVB=0.0227009;RO=79;SAF=36;SAR=21;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538619;STB=0.524263;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00232272;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:79:81:57:57:0.413043:21:36:46:33:21:36:48:33 chr14 71444788 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00688705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.012;QD=21.5109;RBI=0.018498;REFB=-0.00122788;REVB=0.0171681;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109104;STB=0.560983;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00114493;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:14:5:8:13:14:5 chr14 71577480 . G A 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00634746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.049;QD=21.9192;RBI=0.0282953;REFB=0.00590183;REVB=-0.0275742;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102946;STB=0.556918;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00512182;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:13:23:15:14:13:23:15:14 chr14 71581398 . C CT,CTT 167.49 PASS AF=0.914894,0;AO=22,8;DP=50;FAO=43,0;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=27,0;FSAR=16,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.142031,0.0721652;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.20385,11.1374;QD=14.2541;RBI=0.274049,0.144074;REFB=-0.103795,-0.0620943;REVB=-0.234372,-0.124697;RO=20;SAF=13,2;SAR=9,6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241368,-0.611367;STB=0.511574,0.5;STBP=0.623,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0308542,0.029736;OID=.,.;OPOS=71581399,71581399;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914894,0:22,8:50:43,0:47:4:27,0:16,0:2:2:11:20:13,2:9,6:17:3 chr14 71582062 . G C 224.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0125525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.312;QD=19.9941;RBI=0.0339181;REFB=-0.00763376;REVB=-0.0315099;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279322;STB=0.646454;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0145575;OID=.;OPOS=71582062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:14:8:15:7:14:8:15:8 chr14 71915413 . GTT GT,GTG,GTTGTG 105.73 PASS AF=0,0.121212,0.30303;AO=4,4,8;DP=33;FAO=0,4,10;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,8;FSAR=0,4,2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.23743,-0.118208,-0.0259783;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,3;MLLD=22.3887,42.3477,206.017;QD=12.8162;RBI=0.240866,0.119158,0.0798442;REFB=-0.101437,-0.0503318,-0.00225346;REVB=-0.0405377,-0.0150129,-0.0754998;RO=15;SAF=4,0,7;SAR=0,4,1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.745918,-0.61024,0.63044;STB=0.5,0.99675,0.764147;STBP=1,0.063,0.052;TYPE=del,snp,ins;VARB=0,0.0751702,-0.00329717;OID=.,.,.;OPOS=71915414,71915415,71915416;OREF=T,T,-;OALT=-,G,GTG;OMAPALT=GT,GTG,GTTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.121212,0.30303:4,4,8:33:0,4,10:33:19:0,0,8:0,4,2:8:11:73:15:4,0,7:0,4,1:4:11 chr14 72055468 . A C 871.23 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611059;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.106;QD=58.0822;RBI=0.0483013;REFB=0;REVB=0.0479132;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175432;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr14 72117156 . T C 1026.05 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7325;QD=59.4811;RBI=0.0506321;REFB=0;REVB=0.0334228;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8266e-05;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr14 72457682 . A C 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0150172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.961;QD=14.7645;RBI=0.0493941;REFB=0.00686866;REVB=0.0470559;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654089;STB=0.53716;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00551304;OID=.;OPOS=72457682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:15:18:12:13:15:18 chr14 73008178 . A T 308.43 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0238954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.794;QD=18.4136;RBI=0.0263494;REFB=-0.0107108;REVB=-0.0111041;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057783;STB=0.537995;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00985184;OID=.;OPOS=73008178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:13:20:22:11:13:20:23:11 chr14 73029138 . CG C 36.28 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0113123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9566;QD=4.14613;RBI=0.124896;REFB=-0.0528701;REVB=-0.124383;RO=25;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635125;STB=0.89393;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0992884;OID=.;OPOS=73029139;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:35:10:35:25:1:9:16:9:36:25:1:9:16:9 chr14 73079291 . G A,GA,GAA 195.33 PASS AF=0.117647,0,0.882353;AO=2,3,10;DP=19;FAO=2,0,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,4;FSAR=1,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155905,0.234938,0.137881;FXX=0;HRUN=2,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=21.0462,15.5962,26.3668;QD=45.9606;RBI=0.157812,0.261856,0.151002;REFB=0,0,0;REVB=-0.0244568,0.11564,0.0615659;RO=4;SAF=1,1,2;SAR=1,2,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.237547,-0.348651,-0.329371;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.00546443,0,0.0421456;OID=.,.,.;OPOS=73079291,73079292,73079292;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:19:17:4:0:2,3,10:2,0,15:0.117647,0,0.882353:1,2,8:1,1,2:3:1:1,0,11:1,0,4:0:0 chr14 73220020 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.537;QD=57.2025;RBI=0.0596166;REFB=0;REVB=-0.059458;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642073;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr14 73240509 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9458;QD=50.4122;RBI=0.0729886;REFB=0;REVB=-0.0636736;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923195;OID=.;OPOS=73240509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:6:12:0:1:7:12:0:0 chr14 73358945 . A C 2548.52 PASS AF=0.982456;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0323078;FXX=0.0338964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.869;QD=59.6146;RBI=0.0334475;REFB=-0.176266;REVB=-0.00865688;RO=1;SAF=78;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606241;STB=0.509433;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000563539;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:170:171:1:3:167:168:0.982456:89:78:1:0:90:78:3:0 chr14 73360819 . T TTGTC 598.66 PASS AF=0.857143;AO=46;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00411368;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=322;QD=42.7614;RBI=0.0160034;REFB=-0.0395384;REVB=0.0154657;RO=9;SAF=10;SAR=36;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956372;STB=0.551667;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.00522237;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:46:57:48:56:8:11:37:4:4:45:9:10:36:4:5 chr14 73413830 . G A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0195395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.959;QD=9.88293;RBI=0.0201935;REFB=-0.00753631;REVB=-0.00509762;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039402;STB=0.523147;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0154098;OID=.;OPOS=73413830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:11:10:19:24:11:10:19:24 chr14 73507393 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0180332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.655;QD=20.1598;RBI=0.044251;REFB=-0.0124513;REVB=0.0404099;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.59988;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00795869;OID=.;OPOS=73507393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:4:10:8:8:4:10 chr14 73528645 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0404819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.964;QD=13.7479;RBI=0.0411233;REFB=-0.010965;REVB=0.00723471;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126192;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.016415;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:12:20:14:8:12:20 chr14 73711394 . A G 242.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000612985;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.084;QD=14.6788;RBI=0.00197097;REFB=-0.00799797;REVB=0.00187323;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342345;STB=0.526297;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0122671;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:38:28:28:0.424242:16:12:18:21:16:12:18:20 chr14 73719455 . A C 176.79 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0497287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1214;QD=13.3424;RBI=0.0798603;REFB=0.00553773;REVB=-0.0624877;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122812;STB=0.570596;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.013142;OID=.;OPOS=73719455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:13:19:10:11:13:19 chr14 73727509 . T G 404.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.551;QD=55.8597;RBI=0.00399114;REFB=0;REVB=-0.00289471;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76238e-06;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr14 73957772 . A G 130.78 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9623;QD=43.5946;RBI=0.204402;REFB=0;REVB=0.174379;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141863;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:1:9:0:0:3:9:0:0 chr14 73958375 . T C 711.54 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000589028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.972;QD=52.7067;RBI=0.00247674;REFB=-0.00210837;REVB=0.00240567;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.505358;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-9.26014e-06;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:19:33:1:0:19:33:1:1 chr14 73958812 . T C 243.2 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0104419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.136;QD=11.581;RBI=0.0272254;REFB=-0.0145856;REVB=-0.0251433;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376944;STB=0.517034;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0287488;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:54:29:30:0.357143:16:13:22:31:17:13:22:32 chr14 73963383 . T C 1358.44 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.521;QD=62.4572;RBI=0.0503166;REFB=0;REVB=0.0484669;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48342e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:41:46:0:0 chr14 73989859 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.903;QD=59.1431;RBI=0.0310016;REFB=0;REVB=0.0111358;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79568e-05;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr14 74036370 . G T 289.68 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00979324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0987;QD=20.3286;RBI=0.0375504;REFB=-0.014394;REVB=0.0362509;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.513165;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0249863;OID=.;OPOS=74036370;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:13:17:15:11:14:17:15:11 chr14 74042189 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.019101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=12.0511;RBI=0.0705336;REFB=0.00417369;REVB=-0.0678981;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221924;STB=0.629382;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00410461;OID=.;OPOS=74042189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:2:11:6:3:2:11 chr14 74058832 . C T 132.13 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0438475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.179;QD=24.0235;RBI=0.044854;REFB=-0.0811986;REVB=0.00944884;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.513494;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0350051;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:8:8:6:14:0.636364:2:4:7:1:2:12:7:1 chr14 74061968 . T C 724.02 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8513;QD=54.6427;RBI=0.0555297;REFB=0.00472887;REVB=0.0374514;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000374443;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:0:1:22:30:0:1 chr14 74083846 . C T 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00920127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.74;QD=18.194;RBI=0.0106516;REFB=-0.0297196;REVB=-0.005366;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308473;STB=0.517231;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0270535;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:20:16:14:20:20:16 chr14 74168625 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000987325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.351;QD=57.0007;RBI=0.00113803;REFB=0;REVB=-0.000565951;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73476e-07;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr14 74182890 . C G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0736109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.676;QD=24.0732;RBI=0.0742837;REFB=-0.0352235;REVB=-0.00997499;RO=7;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204873;STB=0.612762;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.021709;OID=.;OPOS=74182890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:12:1:0:7:12:1:0:7 chr14 74196686 . T C 973.03 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.661;QD=58.9718;RBI=0.086738;REFB=0;REVB=0.0754702;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20146e-05;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:37:27:0:0:38:28:0:0 chr14 74196791 . CT C,CC 968.7 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=13,55;DP=68;FAO=12,56;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119837,0.113433;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.0767,57.8026;QD=56.9826;RBI=0.121199,0.113792;REFB=0,0;REVB=-0.0181248,-0.00903639;RO=0;SAF=13,0;SAR=0,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000147793,0.00889236;OID=.,.;OPOS=74196792,74196792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:13,55:68:12,56:68:0:12,1:0,55:0:0:46:0:13,0:0,55:0:0 chr14 74196844 . T C 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00339386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.227;QD=58.4207;RBI=0.0164759;REFB=-0.0657281;REVB=0.0161225;RO=1;SAF=10;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449579;STB=0.523803;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=9.00108e-05;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:62:10:1:0:62:10:1:0 chr14 74206481 . T C 650.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000231188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2931;QD=61.9961;RBI=0.000364306;REFB=0;REVB=-0.000281551;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66449e-07;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr14 74340797 . A T 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0664;QD=58.7999;RBI=0.0338769;REFB=-0.0798488;REVB=0.00612372;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00137887;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:1:0:36:38:1:0 chr14 74363043 . C G 493.72 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000810514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.836;QD=20.3595;RBI=0.0561714;REFB=-0.00202274;REVB=0.0561655;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159371;STB=0.588299;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00297952;OID=.;OPOS=74363043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:28:20:29:20:28:20:29:20 chr14 74404756 . T C 427.7 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0310674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.967;QD=51.8428;RBI=0.03107;REFB=-0.16021;REVB=-0.000403818;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.500978;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00146016;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:16:15:1:0:16:15:1:1 chr14 74428000 . A T 694.0 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417644;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.285;QD=63.0907;RBI=0.0425397;REFB=0;REVB=0.0423342;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90458e-05;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:45:44:1:18:27:0:0:18:26:0:0 chr14 74489735 . G A 1517.76 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0368051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.048;QD=55.6976;RBI=0.0390149;REFB=0.00180151;REVB=0.0129438;RO=4;SAF=40;SAR=65;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875996;STB=0.50462;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000268422;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:65:40:2:2:65:40:2:2 chr14 74514674 . A T 1540.43 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.14;QD=59.8225;RBI=0.0247675;REFB=0;REVB=-0.0230813;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28682e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr14 74539324 . AC A,AA 559.5 PASS AF=0.756098,0.243902;AO=21,28;DP=49;FAO=31,10;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562213,-0.000495528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.814,227.649;QD=54.5855;RBI=0.00686651,0.00386484;REFB=0,0;REVB=0.00394215,0.00383294;RO=0;SAF=7,10;SAR=14,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.012077,0.0148477;OID=.,.;OPOS=74539325,74539325;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.756098,0.243902:21,28:49:31,10:41:0:9,4:22,6:0:0:17:0:7,10:14,18:0:0 chr14 74544966 . A G 260.54 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0236064;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5785;QD=14.2764;RBI=0.050716;REFB=-0.0120465;REVB=0.0448871;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189925;STB=0.607525;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0194417;OID=.;OPOS=74544966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:16:14:28:15:16:14:28:15 chr14 74706435 . C G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0240839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.295;QD=5.57563;RBI=0.0276184;REFB=-0.0147479;REVB=-0.0135183;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143824;STB=0.509407;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.048906;OID=.;OPOS=74706435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:14:10:3:4:14:10 chr14 74759006 . C T 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.104373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.162;QD=12.1188;RBI=0.105492;REFB=-0.00317094;REVB=-0.0153266;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517869;STB=0.529889;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00513518;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:20:18:12:11:20:18 chr14 74759301 . G T 62.87 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00992837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.572;QD=7.85872;RBI=0.0944249;REFB=-0.00621711;REVB=0.0939015;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267706;STB=0.693457;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0191821;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:23:23:8:9:0.28125:5:3:14:9:6:3:14:9 chr14 74759477 . C T 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00145398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9341;QD=9.93986;RBI=0.0246964;REFB=0.0107958;REVB=0.0246536;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567967;STB=0.552439;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0321613;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:45:22:22:0.328358:12:10:17:25:12:10:17:28 chr14 74766352 . A G 336.34 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00235126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1511;QD=17.2482;RBI=0.038221;REFB=0.0151763;REVB=0.0381486;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131718;STB=0.573871;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.017659;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:14:22:20:22:14:22:20:22 chr14 74876355 . G C 242.23 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.0112665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.074;QD=14.9062;RBI=0.0363656;REFB=-0.0089;REVB=0.0345764;RO=37;SAF=21;SAR=5;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520098;STB=0.571382;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0118169;OID=.;OPOS=74876355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:37:26:28:0.430769:5:21:31:6:7:21:31:6 chr14 74975971 . G A 454.58 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00326148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.149;QD=13.6717;RBI=0.0174742;REFB=-0.00593718;REVB=-0.0171671;RO=81;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113136;STB=0.563886;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00733805;OID=.;OPOS=74975971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:81:52:52:0.390977:26:26:32:49:26:26:32:49 chr14 74991855 . A G 240.38 PASS AF=0.647059;AO=23;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0270766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.729;QD=28.2805;RBI=0.0291213;REFB=-0.0293085;REVB=-0.0107196;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139706;STB=0.516114;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0213192;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:11:12:23:22:0.647059:12:11:5:6:12:10:6:6 chr14 75137514 . T C 571.11 PASS AF=0.472441;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00309848;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.959;QD=17.9876;RBI=0.00352223;REFB=-0.00262549;REVB=-0.00167497;RO=67;SAF=30;SAR=29;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128263;STB=0.574779;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00326859;OID=.;OPOS=75137514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:67:67:59:60:0.472441:29:30:43:24:30:30:43:24 chr14 75279395 . T A 387.99 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0128204;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.573;QD=15.0674;RBI=0.0136826;REFB=-0.0181463;REVB=-0.00478039;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497826;STB=0.521609;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0205512;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:58:59:44:44:0.427184:18:26:37:21:18:26:37:22 chr14 75359670 . G A 198.68 PASS AF=0.298851;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00162875;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.145;QD=9.13482;RBI=0.00941898;REFB=-0.00697048;REVB=-0.00927709;RO=55;SAF=4;SAR=21;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251636;STB=0.641477;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.016922;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:55:61:25:26:0.298851:21:4:17:38:21:5:21:40 chr14 75367807 . C T 736.16 PASS AF=0.402844;AO=84;DP=211;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=-0.0473809;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3635;QD=13.9556;RBI=0.0623078;REFB=-0.012485;REVB=-0.0404637;RO=125;SAF=34;SAR=50;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559113;STB=0.536956;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0183841;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:125:126:84:85:0.402844:50:34:57:68:51:34:58:68 chr14 75386576 . G A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0110168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0717;QD=23.3695;RBI=0.0184053;REFB=-0.0605693;REVB=-0.0147439;RO=25;SAF=26;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357744;STB=0.504482;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0399147;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:10:26:19:6:10:26:19:7 chr14 75388183 . C T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00528016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.386;QD=20.5421;RBI=0.0107074;REFB=-0.0139678;REVB=0.00931496;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00664917;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:12:13:12:12:12:13 chr14 75412908 . A C,G 1498.76 PASS AF=0.0618557,0.938144;AO=5,91;DP=96;FAO=6,91;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=5,34;FSAR=1,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279209,0.0124988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.103,82.7385;QD=61.8047;RBI=0.051091,0.0450486;REFB=0,0;REVB=-0.0427869,-0.04328;RO=0;SAF=4,34;SAR=1,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.210622,0.000563926;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:96:97:0:0:5,91:6,91:0.0618557,0.938144:1,57:4,34:0:0:1,57:5,34:0:0 chr14 75483812 . T C 397.0 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0299322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.519;QD=14.1786;RBI=0.0332896;REFB=-0.00876485;REVB=-0.0145692;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896649;STB=0.505056;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0111211;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:22:24:35:31:22:24:35:31 chr14 75513828 . G A 289.57 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0343555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7038;QD=16.547;RBI=0.0646782;REFB=0.0163751;REVB=-0.0547994;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131274;STB=0.573667;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0216907;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:17:15:23:15:17:15:23:15 chr14 75513883 . T C 857.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326825;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6653;QD=56.2027;RBI=0.0694188;REFB=-0.116941;REVB=0.061244;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00132117;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr14 75537381 . C T 449.0 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00728148;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.303;QD=21.1293;RBI=0.00927093;REFB=-0.017238;REVB=0.00573848;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031897;STB=0.516846;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0142018;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:43:44:0.517647:22:21:21:19:23:21:21:20 chr14 75537958 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00246557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.519;QD=4.65899;RBI=0.0158743;REFB=-0.00339681;REVB=-0.0156817;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398035;STB=0.756215;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.015569;OID=.;OPOS=75537958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:10:25:3:5:10:25 chr14 75538217 . G T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0380645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1196;QD=7.83713;RBI=0.0728979;REFB=0.00584123;REVB=-0.0621707;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146322;STB=0.589932;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0135103;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:3:13:5:2:3:13 chr14 75555305 . G T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00938892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.155;QD=15.5772;RBI=0.0201679;REFB=-0.0362471;REVB=-0.0178491;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167147;STB=0.509486;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0429584;OID=.;OPOS=75555305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:13:17:14:10:13:17 chr14 75574087 . C T 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00260591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.016;QD=20.4369;RBI=0.00501451;REFB=-0.0167014;REVB=-0.00428421;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135167;STB=0.574831;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0104645;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:18:8:14:16:18:8 chr14 75590822 . G A 503.14 PASS AF=0.41791;AO=55;DP=133;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.000634194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.114;QD=15.0192;RBI=0.00719409;REFB=-0.0327954;REVB=0.00716608;RO=77;SAF=22;SAR=33;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190921;STB=0.603622;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0306807;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:77:78:55:56:0.41791:33:22:45:32:33:23:46:32 chr14 75590846 . A T 716.28 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0153159;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.37;QD=22.7392;RBI=0.0193053;REFB=-0.0221826;REVB=0.0117525;RO=57;SAF=39;SAR=30;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133388;STB=0.572982;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0177797;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:57:57:69:69:0.547619:30:39:23:34:30:39:23:34 chr14 75600697 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.034608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.495;QD=14.0974;RBI=0.0357824;REFB=-0.00800148;REVB=-0.0090921;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0128895;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:11:7:4:9:11:7 chr14 75705656 . G A 450.3 PASS AF=0.636364;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0165381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1389;QD=27.2909;RBI=0.0209975;REFB=-0.00389313;REVB=0.0129377;RO=23;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100258;STB=0.550636;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00530778;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:24:41:42:0.636364:17:24:10:13:17:25:11:13 chr14 75705863 . C T 124.91 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00443723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.294;QD=8.92204;RBI=0.00566559;REFB=-0.00646125;REVB=-0.00352276;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108542;STB=0.564778;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0205615;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:22:17:9:8:22:17 chr14 75746690 . C T 695.71 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1909;QD=60.4961;RBI=0.0584297;REFB=-0.132486;REVB=0.0208941;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00160705;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:14:31:0:0:14:31:1:0 chr14 75758885 . A G 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.028913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6903;QD=18.4127;RBI=0.0301769;REFB=-0.0272708;REVB=-0.00864203;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011059;STB=0.506169;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0264614;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:13:21:20:13:13:21 chr14 75759060 . C T 167.09 PASS AF=0.407407;AO=19;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0433119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.059;QD=12.3768;RBI=0.0437947;REFB=-0.0173452;REVB=0.0064851;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416865;STB=0.575693;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0347634;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:32:19:22:0.407407:14:5:7:23:14:8:8:24 chr14 75904660 . A G 787.06 PASS AF=0.422111;AO=84;DP=199;FAO=84;FDP=199;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0055622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.12;QD=15.8203;RBI=0.0976608;REFB=-0.0293735;REVB=-0.0975023;RO=113;SAF=43;SAR=41;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835819;STB=0.540952;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0422859;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:113:115:84:84:0.422111:41:43:67:46:41:43:67:48 chr14 75937022 . G A 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0580096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.121;QD=12.8956;RBI=0.0580375;REFB=0.0027422;REVB=0.00180094;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924721;STB=0.554311;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00782012;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:17:13:6:11:17:13 chr14 76045362 . T C 265.09 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0274796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.766;QD=34.2057;RBI=0.0281005;REFB=-0.00271955;REVB=-0.00587422;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102589;STB=0.505613;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000441603;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:12:11:4:4:12:11:4:4 chr14 76045858 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0725187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.915;QD=13.9591;RBI=0.0733966;REFB=-0.00958993;REVB=0.0113186;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00784693;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr14 76045963 . C G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0430488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2255;QD=15.5697;RBI=0.0466007;REFB=-0.0196593;REVB=-0.0178445;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359136;STB=0.709289;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0171503;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:8:4:8:3:8:4 chr14 76662446 . C T 637.17 PASS AF=0.57;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0605996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0639;QD=25.4867;RBI=0.0639322;REFB=-0.00903455;REVB=-0.0203717;RO=43;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170506;STB=0.588493;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00780476;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:43:43:56:57:0.57:29:27:30:13:29:28:30:13 chr14 76720660 . C T 443.79 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0232852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.874;QD=17.7518;RBI=0.0242999;REFB=-0.0113436;REVB=-0.00694881;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912646;STB=0.550998;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0126481;OID=.;OPOS=76720660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:22:23:23:32:22:23:23:32 chr14 76777257 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0577157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9556;QD=18.6447;RBI=0.0588887;REFB=0.00829033;REVB=0.0116947;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686132;STB=0.898716;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00299447;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:13:1:10:3:13:1:10:3 chr14 76905777 . C A 1320.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.757;QD=62.1527;RBI=0.0212518;REFB=0;REVB=0.0152873;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49315e-05;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr14 76957887 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7335;QD=62.005;RBI=0.00566301;REFB=0;REVB=0.00224842;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84722e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr14 77236380 . C T 1270.88 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.743;QD=61.2471;RBI=0.0240916;REFB=0;REVB=0.00754243;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32908e-05;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:42:39:0:0:42:41:0:0 chr14 77245286 . C T 3822.26 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949835;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9748;QD=63.44;RBI=0.0954114;REFB=-0.0856299;REVB=0.00902598;RO=1;SAF=108;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238437;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:242:241:1:0:241:241:1:133:108:1:0:133:108:0:0 chr14 77269788 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.647;QD=60.2303;RBI=0.0235344;REFB=0;REVB=0.0149875;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110286;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr14 77293072 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.463;QD=57.2026;RBI=0.0318933;REFB=0;REVB=0.030283;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30889e-05;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr14 77294876 . T C 758.05 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104796;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.092;QD=57.211;RBI=0.0723404;REFB=0;REVB=0.0715773;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263947;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:40:13:0:0:40:13:0:0 chr14 77332367 . C T 405.38 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00237897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.018;QD=15.1542;RBI=0.0212217;REFB=-0.00933836;REVB=0.0210879;RO=60;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079493;STB=0.54863;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0160073;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:24:22:24:36:24:22:24:37 chr14 77492891 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00308467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.445;QD=15.8864;RBI=0.0123737;REFB=-0.0063171;REVB=0.0119831;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139048;STB=0.578266;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00612268;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:15:18:17:25:15:18:17:25 chr14 77494682 . G A 321.17 PASS AF=0.448718;AO=31;DP=74;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.110159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0377;QD=16.4702;RBI=0.128009;REFB=-0.0253658;REVB=0.065202;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192478;STB=0.527071;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0330152;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:43:43:31:35:0.448718:16:15:20:23:17:18:20:23 chr14 77697967 . A G 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012661;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.131;QD=58.4386;RBI=0.0409777;REFB=0;REVB=-0.0389727;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145903;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr14 77703057 . A G 459.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167389;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.3;QD=59.3083;RBI=0.0168094;REFB=0;REVB=-0.00153713;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163594;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr14 77723259 . G C 971.72 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0326223;FXX=0.028165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.604;QD=56.3315;RBI=0.0396798;REFB=-0.0494963;REVB=0.0225891;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.514701;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000421755;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:67:67:0.971014:34:33:1:0:34:33:2:0 chr14 77745193 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.301;QD=60.5472;RBI=0.0252308;REFB=0;REVB=-0.00595394;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101578;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr14 77746812 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0314806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.641;QD=20.072;RBI=0.0384273;REFB=-0.013456;REVB=0.0220371;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810794;STB=0.537049;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0108798;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:16:18:13:17:16:18:14:17 chr14 77751925 . C T 1459.27 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3217;QD=61.443;RBI=0.0613074;REFB=-0.0178405;REVB=-0.0443094;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957781;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000311121;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:44:49:1:0:44:50:1:0 chr14 77786863 . C A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00527522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.657;QD=21.9439;RBI=0.00599879;REFB=-0.00083885;REVB=0.00285614;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0014011;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:6:6:9:7:6:6 chr14 77794283 . T C 1479.83 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0644;QD=58.6071;RBI=0.0248919;REFB=0.00423524;REVB=-0.0208878;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-4.23639e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:55:45:0:1:55:45:0:1 chr14 77926011 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.596;QD=58.2368;RBI=0.075694;REFB=0;REVB=-0.0661819;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00066582;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr14 77928525 . A G 583.22 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.382;QD=58.322;RBI=0.0136969;REFB=-0.171067;REVB=-0.000707586;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00284312;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:40:0:1:38:39:0.975:27:11:0:0:28:11:1:0 chr14 77935520 . G A 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0622554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.868;QD=62.0182;RBI=0.0622973;REFB=-0.0311153;REVB=0.00228365;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920527;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000725125;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:51:41:0:1:52:41:0:1 chr14 77951124 . C G,T 748.96 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,51;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152906,-0.0126204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.547,112.707;QD=55.4788;RBI=0.0153185,0.0274281;REFB=0,0;REVB=0.000923753,0.0243522;RO=0;SAF=3,24;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.185464,-0.000108943;OID=.,.;OPOS=77951124,77951124;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:3,51:3,51:0.0555556,0.944444:0,27:3,24:0:0:0,27:3,24:0:0 chr14 77976325 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.48897e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.764;QD=58.1421;RBI=0.0064737;REFB=0;REVB=0.00647338;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29859e-05;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 77987958 . C A 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.813;QD=60.2213;RBI=0.0415365;REFB=0;REVB=-0.0364185;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003107;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr14 78014103 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0231807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.649;QD=32.6792;RBI=0.025133;REFB=-0.00818285;REVB=0.00971217;RO=12;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276597;STB=0.51514;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00407488;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:10:17:7:5:10:17:7:5 chr14 78028803 . A G 579.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013629;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.461;QD=61.0024;RBI=0.0273786;REFB=0;REVB=-0.0237453;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18762e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr14 78174473 . A C 1286.65 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131205;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0639;QD=62.007;RBI=0.0307827;REFB=0;REVB=-0.0278465;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561172;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr14 78184566 . C A 1020.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501732;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.335;QD=60.0057;RBI=0.00787964;REFB=0;REVB=-0.0060758;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105189;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr14 78197365 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0600999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.89;QD=54.481;RBI=0.076771;REFB=-0.0595464;REVB=0.047768;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00340842;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:10:22:0:0:9:22:0:1 chr14 78287414 . T C 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00136097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.883;QD=21.9966;RBI=0.0294114;REFB=-0.0177063;REVB=0.0293799;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871955;STB=0.548353;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00992796;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:12:11:17:12:12:11 chr14 78390880 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0289321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.397;QD=13.3407;RBI=0.0313715;REFB=-0.00680148;REVB=0.0121287;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300506;STB=0.505489;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0135729;OID=.;OPOS=78390880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:32:21:21:0.396226:12:9:12:18:12:9:14:18 chr14 79081400 . T C 881.35 PASS AF=0.511628;AO=85;DP=169;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0604037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.496;QD=20.4966;RBI=0.0609637;REFB=-0.0207127;REVB=0.00824359;RO=84;SAF=31;SAR=54;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832442;STB=0.55191;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0147384;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:84:84:85:88:0.511628:54:31:38:46:57:31:38:46 chr14 80963383 . A AGC 305.87 PASS AF=0.421687;AO=30;DP=93;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.000362447;FXX=0.0459717;HRUN=0;LEN=2;MLLD=312.757;QD=14.7408;RBI=0.0178996;REFB=-0.00385547;REVB=-0.0178959;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755522;STB=0.564279;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=0.0051112;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421687:30:93:35:83:48:18:17:30:18:99:55:16:14:33:22 chr14 81558908 . C T 517.33 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000810273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5995;QD=25.2354;RBI=0.0883759;REFB=0.0343759;REVB=0.0883722;RO=34;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668843;STB=0.53657;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0236296;OID=.;OPOS=81558908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:24:24:20:14:24:24:20:14 chr14 81574959 . A G 260.82 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00609493;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.18;QD=20.4561;RBI=0.041322;REFB=-0.0243755;REVB=-0.0408701;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.583029;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0166196;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:10:14:11:16:10:14 chr14 81575005 . C A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00933359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.212;QD=21.2649;RBI=0.0246258;REFB=-0.00914083;REVB=-0.0227884;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385902;STB=0.521717;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00803483;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:10:8:8:12:10:8 chr14 81610583 . G C 490.77 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0511459;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5587;QD=56.0878;RBI=0.0514384;REFB=-0.0588407;REVB=0.00547706;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0007996;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:35:1:1:34:34:0.971429:24:10:1:0:24:10:1:0 chr14 81744736 . A G 458.95 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.024729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0431;QD=16.1033;RBI=0.0397267;REFB=-0.0346055;REVB=-0.0310916;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682735;STB=0.538129;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0422777;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:27:24:34:29:27:24:34:29 chr14 81955577 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00884379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.308;QD=14.6657;RBI=0.00909312;REFB=0.00400421;REVB=-0.00211475;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.559918;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00561305;OID=.;OPOS=81955577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:9:12:10:5:9:12 chr14 86088056 . T C 839.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.964;QD=56.8824;RBI=0.0114702;REFB=0;REVB=0.00066555;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91803e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr14 86091415 . G A 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0565;QD=56.8258;RBI=0.0345736;REFB=-0.107214;REVB=-0.0221701;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0014983;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr14 86092246 . A G 447.46 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00823744;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4464;QD=18.2636;RBI=0.0552919;REFB=-0.0095228;REVB=0.0546748;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813694;STB=0.545434;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0333266;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:53:45:45:0.459184:20:25:25:28:20:25:25:28 chr14 86093344 . C T 515.47 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0075442;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9559;QD=24.5461;RBI=0.0454203;REFB=-0.02993;REVB=-0.0447893;RO=36;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380032;STB=0.520825;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0216952;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:36:48:48:0.571429:25:23:19:17:25:23:19:17 chr14 88400449 . T C 740.68 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448751;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.797;QD=56.9754;RBI=0.0591787;REFB=0;REVB=0.0385791;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473003;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr14 88400486 . A G 600.9 PASS AF=0.906977;AO=35;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0121126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.035;QD=55.8978;RBI=0.0185845;REFB=-0.0610583;REVB=0.014095;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.51999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00159557;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:35:39:0.906977:15:20:2:0:15:24:2:0 chr14 88401213 . T C 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.623;QD=63.5711;RBI=0.125095;REFB=0;REVB=0.122273;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120031;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr14 88407875 . T A 1318.01 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.215;QD=62.0241;RBI=0.0257287;REFB=0;REVB=0.00404919;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27718e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:41:42:0:0:42:43:0:0 chr14 88411947 . T C 2070.48 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128148;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.6;QD=61.8052;RBI=0.0291016;REFB=-0.081792;REVB=0.0261283;RO=1;SAF=77;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613346;STB=0.503225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=6.02289e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:56:77:1:0:56:77:1:0 chr14 88431898 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2225;QD=56.7044;RBI=0.0795215;REFB=0;REVB=-0.0703498;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227865;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:26:3:0:0:26:3:0:0 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 253.33 PASS AF=0.142857,0.857143,0;AO=3,12,6;DP=23;FAO=3,18,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=3,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.400117,-0.0700798,-0.465335;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=17.0344,21.7619,15.7158;QD=48.2524;RBI=0.405611,0.170144,0.4734;REFB=0,0,0;REVB=-0.0665294,-0.155041,-0.0870147;RO=0;SAF=0,1,5;SAR=3,11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.23983e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0190784,-0.0111512,0;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143,0:3,12,6:23:3,18,0:21:0:0,5,0:3,13,0:0:0:8:0:0,1,5:3,11,1:0:0 chr14 88477413 . C T 1555.31 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0383565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8346;QD=58.6908;RBI=0.0513641;REFB=-0.0102573;REVB=-0.0341621;RO=1;SAF=62;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759342;STB=0.503999;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000305303;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:43:62:1:0:43:62:1:0 chr14 88651822 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAAC 193.15 PASS AF=0,0,0.338028;AO=13,7,11;DP=101;FAO=0,0,24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0202199,0.0367829,-0.0901495;FXX=0.154743;HRUN=5,5,0;LEN=1,2,2;MLLD=10.6465,18.6535,139.98;QD=10.8818;RBI=0.489699,0.420795,0.115933;REFB=-0.056418,-0.10897,-0.0295085;REVB=-0.489281,-0.419184,-0.0728943;RO=35;SAF=1,0,0;SAR=12,7,11;SRF=28;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.755674,-0.795377,-0.829651;STB=0.5,0.5,0.770067;STBP=1,1,0.006;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0,0.0491903;OID=.,.,.;OPOS=88651823,88651827,88651826;OREF=A,AC,-;OALT=-,CA,AC;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.338028:13,7,11:101:0,0,24:71:47:0,0,3:0,0,21:20:27:99:35:1,0,0:12,7,11:28:7 chr14 88652389 . C T 715.96 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=0.00800142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.377;QD=16.6502;RBI=0.0283302;REFB=-0.0137146;REVB=-0.0271768;RO=94;SAF=48;SAR=29;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288513;STB=0.513652;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.011269;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:94:95:77:77:0.447674:29:48:56:38:29:48:57:38 chr14 88693725 . G C 407.74 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.017114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7144;QD=25.8885;RBI=0.0302244;REFB=-0.0054733;REVB=-0.0249123;RO=24;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450863;STB=0.524658;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00348161;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:22:17:12:12:22:17:12:12 chr14 88792816 . T G 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00510305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.624;QD=18.4964;RBI=0.0161113;REFB=0.00205391;REVB=0.0152818;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981278;STB=0.561522;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00197283;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:15:27:25:21:15:27:25:22 chr14 88852279 . TG T,TT 1140.31 PASS AF=1,0;AO=70,3;DP=78;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184389,0.0016119;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.488,5.56338;QD=54.9546;RBI=0.0828813,0.00240715;REFB=0,0;REVB=-0.0808042,-0.00178778;RO=0;SAF=36,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00133278,0.00312373;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,3:78:83,0:83:0:40,0:43,0:0:0:7:0:36,2:34,1:0:0 chr14 89088266 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.768;QD=24.3281;RBI=0.0349755;REFB=-0.00373652;REVB=0.00132658;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00126104;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chr14 89094243 . G C 257.77 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0410168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4431;QD=18.4123;RBI=0.0411436;REFB=-0.0377952;REVB=-0.00322715;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218988;STB=0.624922;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0272558;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:27:28:0.5:10:17:22:4:10:18:24:4 chr14 89154624 . T C 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0106394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.474;QD=24.3885;RBI=0.0198419;REFB=-0.027681;REVB=0.0167482;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0148926;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:8:6:7:13:8:6 chr14 89205265 . T C 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0129194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5895;QD=16.4166;RBI=0.0297088;REFB=0.00619183;REVB=0.0267526;RO=54;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263774;STB=0.501483;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0055841;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:28:13:17:37:28:13:17:37 chr14 89306550 . T C 1549.31 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.545;QD=63.889;RBI=0.0181777;REFB=0;REVB=-0.0075368;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44474e-06;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:47:49:0:0:48:49:0:0 chr14 89306572 . T G 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.673;QD=62.0042;RBI=0.0654837;REFB=0;REVB=0.018372;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129438;OID=.;OPOS=89306572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr14 89343992 . G A 1097.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.497;QD=60.1159;RBI=0.0253605;REFB=0;REVB=0.0228874;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5258e-05;OID=.;OPOS=89343992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:38:30:0:0:41:32:0:0 chr14 89445481 . C T 623.38 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00858016;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6445;QD=25.1871;RBI=0.0321284;REFB=-0.0284644;REVB=-0.0309616;RO=42;SAF=26;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660207;STB=0.530215;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0217059;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:43:56:56:0.565657:30:26:16:26:30:26:17:26 chr14 89445503 . C T 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00889692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.418;QD=13.8734;RBI=0.0284895;REFB=-0.020205;REVB=-0.0270647;RO=60;SAF=13;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176111;STB=0.606003;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0365071;OID=.;OPOS=89445503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:61:38:38:0.383838:25:13:30:30:25:13:31:30 chr14 89867978 . T C 2186.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7944;QD=62.9277;RBI=0.00518884;REFB=0;REVB=-0.000983574;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00936e-05;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:68:71:0:0:68:71:0:0 chr14 90178913 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.896;QD=63.2865;RBI=0.0152679;REFB=0;REVB=0.00914158;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67016e-05;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr14 90178992 . G A 261.76 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00511998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.969;QD=17.1644;RBI=0.0163703;REFB=-0.00729168;REVB=0.0155491;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144569;STB=0.581258;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0106309;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:18:11:17:15:18:11:17:15 chr14 90303383 . A G 642.16 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.449;QD=61.1581;RBI=0.074149;REFB=0;REVB=0.0741273;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369174;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:42:0:0:37:42:1:10:27:0:0:14:28:0:0 chr14 90303435 . T A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=366.009;QD=64.4154;RBI=0.0147555;REFB=0;REVB=0.00773775;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4127e-06;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr14 90303445 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.121;QD=56.9569;RBI=0.00388686;REFB=0;REVB=0.00319637;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66395e-05;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr14 90341494 . G A 740.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.558;QD=56.9404;RBI=0.0646717;REFB=0;REVB=-0.0494089;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25852e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr14 90730071 . C T 2354.34 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9181;QD=63.2037;RBI=0.0311962;REFB=-0.024404;REVB=0.0129417;RO=1;SAF=74;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638362;STB=0.503355;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000120581;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:149:1:1:146:148:0.993289:72:74:1:0:74:74:1:0 chr14 90767607 . C T 477.7 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0147868;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6716;QD=16.7612;RBI=0.0447752;REFB=0.01374;REVB=0.0422632;RO=62;SAF=28;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165987;STB=0.503391;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0162711;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:62:51:52:0.45614:23:28:33:29:24:28:33:29 chr14 90865462 . C G 311.57 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0313555;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.369;QD=18.8827;RBI=0.0344275;REFB=-0.00979791;REVB=-0.0142156;RO=32;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401554;STB=0.516214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0102954;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:33:33:0.5:21:12:13:19:21:12:13:20 chr14 91123575 . T C 432.94 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146074;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.494;QD=57.7249;RBI=0.0209037;REFB=0;REVB=0.0149529;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29296e-05;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr14 91165572 . G A 1499.96 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244782;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.208;QD=59.9982;RBI=0.0244956;REFB=0;REVB=0.000924132;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14077e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:59:39:0:0:61:39:0:0 chr14 91671124 . G A 1054.36 PASS AF=0.925;AO=73;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0978032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4917;QD=52.7179;RBI=0.100901;REFB=-0.174899;REVB=0.0248115;RO=3;SAF=38;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109234;STB=0.502032;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0143747;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:80:80:3:6:73:74:0.925:35:38:2:1:35:39:3:3 chr14 91717214 . C T 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00198652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.199;QD=15.589;RBI=0.0036262;REFB=-0.0019487;REVB=0.00303365;RO=57;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202534;STB=0.6076;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00355037;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:20:21:18:39:20:21:19:39 chr14 91739081 . A G 1330.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.535;QD=61.8965;RBI=0.076655;REFB=0;REVB=0.0763638;RO=0;SAF=56;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05359e-05;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:79:86:1:23:56:0:0:30:56:0:0 chr14 91751788 . TC T 148.84 PASS AF=0.54386;AO=26;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0807444;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.5748;QD=10.4447;RBI=0.129822;REFB=-0.06224;REVB=-0.101656;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177324;STB=0.570393;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=0.0664876;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:26:58:31:57:26:12:19:14:12:99:26:9:17:14:12 chr14 91773494 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0257026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.936;QD=19.8666;RBI=0.026988;REFB=-0.0197073;REVB=0.00822952;RO=34;SAF=26;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288598;STB=0.660923;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0253564;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:10:26:14:20:10:26:14:20 chr14 91773568 . T C 285.84 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0441733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3365;QD=18.1485;RBI=0.0450227;REFB=-0.0307818;REVB=0.00870431;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295137;STB=0.663566;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.027275;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:25:7:17:14:25:7 chr14 91883499 . G A 527.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.904;QD=58.5915;RBI=0.0409045;REFB=0;REVB=0.014031;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258651;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr14 91942087 . AG A,AA 534.82 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=33,4;DP=38;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281799,0.0197574;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.518,46.3537;QD=57.8183;RBI=0.0282949,0.0338939;REFB=0,0;REVB=-0.00254848,-0.0275399;RO=0;SAF=18,2;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00211711,0.0185703;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945946,0.0540541:33,4:38:35,2:37:0:18,2:17,0:0:0:10:0:18,2:15,2:0:0 chr14 92040793 . C G 1591.73 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316996;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0656;QD=60.0652;RBI=0.0379734;REFB=0;REVB=0.0209072;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220715;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr14 92084004 . C G 560.69 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272447;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0955;QD=60.6146;RBI=0.0308441;REFB=0;REVB=-0.0144598;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91802e-05;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr14 92088016 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.51;QD=58.5986;RBI=0.0201747;REFB=0;REVB=-0.0199815;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38455e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr14 92159558 . A G 271.65 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00194971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.822;QD=20.8958;RBI=0.00950192;REFB=-0.0161956;REVB=0.00929974;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598752;STB=0.522145;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.013503;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:15:13:9:14:15:13:10:14 chr14 92181337 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0628274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.98;QD=20.6011;RBI=0.0726528;REFB=-0.0269854;REVB=-0.0364848;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.516113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0184266;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:7:12:12:8:7:12 chr14 92181405 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.372;QD=61.3356;RBI=0.0396685;REFB=0;REVB=0.0136023;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208132;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr14 92249126 . G A 1931.99 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.021;QD=61.3332;RBI=0.0629451;REFB=0;REVB=0.0619076;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1778e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:126:0:0:117:126:1:56:61:0:0:61:65:0:0 chr14 92268615 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.869;QD=57.2376;RBI=0.0453396;REFB=0;REVB=0.0196948;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171429;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr14 92270252 . C A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00209919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.227;QD=17.1565;RBI=0.01043;REFB=0.00838354;REVB=-0.0102166;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477634;STB=0.527365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00840763;OID=.;OPOS=92270252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:12:8:6:11:12:8 chr14 92280037 . T C 95.73 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00828956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.863;QD=11.6031;RBI=0.0588459;REFB=-0.00669396;REVB=0.0582591;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122806;STB=0.529361;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0137934;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:18:21:12:12:0.363636:9:3:3:15:9:3:6:15 chr14 92344300 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0945921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5259;QD=21.0134;RBI=0.121343;REFB=0.0297651;REVB=0.0760028;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224559;STB=0.628965;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0109429;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:3:4:3:8:3:4 chr14 92347680 . A G 954.49 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8104;QD=57.8476;RBI=0.0529497;REFB=0;REVB=0.0502294;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00720799;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr14 92505923 . T A 523.15 PASS AF=0.509259;AO=53;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0096863;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.696;QD=19.3759;RBI=0.0116513;REFB=-0.0101378;REVB=-0.00647525;RO=52;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779263;STB=0.546049;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0105275;OID=.;OPOS=92505923;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:52:53:53:55:0.509259:27:26:21:31:27:28:22:31 chr14 92588002 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5334;QD=53.2756;RBI=0.082715;REFB=0;REVB=-0.0804548;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000896616;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr14 92792255 . G A 1393.85 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8286;QD=62.6448;RBI=0.0459429;REFB=0;REVB=0.017999;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127285;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:45:44:0:0 chr14 92909073 . T C,G 1130.9 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=65,6;DP=71;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136991,0.00329785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.682,130.439;QD=57.2605;RBI=0.138069,0.0322351;REFB=0,0;REVB=0.138062,-0.032066;RO=0;SAF=45,1;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00669995,0.116079;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:71:79:0:0:65,6:76,3:0.962025,0.0379747:20,5:45,1:0:0:31,2:45,1:0:0 chr14 92920371 . C T 549.88 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=154;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.000199254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.778;QD=14.2826;RBI=0.0245598;REFB=-0.0135124;REVB=0.024559;RO=91;SAF=32;SAR=31;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834061;STB=0.546825;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.016481;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:91:91:63:63:0.409091:31:32:39:52:31:32:39:52 chr14 92958522 . A C 318.32 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00733232;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.116;QD=17.9336;RBI=0.0106399;REFB=-0.00791159;REVB=-0.00771004;RO=35;SAF=26;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155;STB=0.577119;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00948815;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:37:34:34:0.478873:8:26:22:13:8:26:24:13 chr14 93118669 . G A 391.3 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115331;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.669;QD=57.9699;RBI=0.0202411;REFB=0;REVB=0.016634;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570702;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr14 93178191 . A G 1375.4 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0042;QD=62.5181;RBI=0.0429944;REFB=0;REVB=0.00690814;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192525;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:52:35:0:0:52:36:0:0 chr14 93185129 . C T 312.87 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0213149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.362;QD=14.3848;RBI=0.0231918;REFB=-0.00969863;REVB=-0.00913973;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145495;STB=0.582471;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0130701;OID=.;OPOS=93185129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:21:31:16:19:21:31 chr14 93276654 . T C 715.19 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00651919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.723;QD=60.8671;RBI=0.00696034;REFB=-0.140516;REVB=0.00243856;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000510574;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr14 93399050 . G A 110.71 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00261977;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.268;QD=14.2853;RBI=0.00310658;REFB=-0.00911614;REVB=0.00166963;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.502614;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0358911;OID=.;OPOS=93399050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:11:7:5:8:11:7 chr14 93399101 . C T 394.52 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00092009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.152;QD=19.9757;RBI=0.0125956;REFB=-0.00390551;REVB=-0.0125619;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237836;STB=0.518978;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00319113;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:39:40:40:0.506329:20:20:19:17:20:20:21:18 chr14 93401178 . A G 346.2 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0571088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5926;QD=51.2893;RBI=0.0582664;REFB=-0.104381;REVB=-0.0115565;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00334367;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:2:1:25:26:0.962963:12:13:0:2:13:13:0:1 chr14 93407062 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00323457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.89;QD=14.4733;RBI=0.018743;REFB=-0.0187364;REVB=-0.0184617;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266262;STB=0.502828;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0259963;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:12:17:23:18:13:17:24:18 chr14 93407301 . C A 363.68 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00885387;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.386;QD=23.4632;RBI=0.0111564;REFB=-0.0110076;REVB=-0.00678784;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137852;STB=0.575716;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0106786;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:26:36:36:0.580645:17:19:9:17:17:19:9:17 chr14 93703854 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0573163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7819;QD=19.0178;RBI=0.108304;REFB=0.0263315;REVB=-0.0918946;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208276;STB=0.618885;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0292402;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:6:8:5:10:6:8 chr14 93705687 . C T 579.15 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0312173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2788;QD=18.6821;RBI=0.0415798;REFB=-0.0259842;REVB=-0.0274656;RO=63;SAF=39;SAR=21;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223154;STB=0.627616;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0306783;OID=.;OPOS=93705687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:63:64:60:60:0.483871:21:39:26:37:21:39:26:38 chr14 93708759 . A C 168.57 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00809325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.66;QD=16.0541;RBI=0.0676509;REFB=-0.0115691;REVB=-0.0671651;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662078;STB=0.538173;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.022221;OID=.;OPOS=93708759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:16:8:5:13:16:8 chr14 93994954 . G A 767.32 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0405836;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8727;QD=20.8795;RBI=0.0449776;REFB=-0.00139682;REVB=-0.0193896;RO=73;SAF=43;SAR=31;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305101;STB=0.516803;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000573382;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:73:73:74:74:0.503401:31:43:40:33:31:43:40:33 chr14 94007075 . C T 512.07 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0062955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.311;QD=19.6951;RBI=0.0217847;REFB=-0.0254534;REVB=-0.0208552;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042512;STB=0.528291;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0214447;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:25:28:24:26:25:28:24:27 chr14 94053138 . T A 552.34 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.00221611;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.875;QD=13.8953;RBI=0.0106934;REFB=-0.0086318;REVB=0.0104613;RO=93;SAF=28;SAR=36;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127913;STB=0.577893;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0127009;OID=.;OPOS=94053138;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:95:64:64:0.402516:36:28:52:41:36:28:54:41 chr14 94121732 . G GT 33.95 PASS AF=0.0955414;AO=20;DP=157;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=-0.00041001;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.5463;QD=0.865028;RBI=0.0227589;REFB=-0.0160061;REVB=-0.0227553;RO=135;SAF=2;SAR=18;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503938;STB=0.907564;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.168278;OID=.;OPOS=94121733;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0955414:20:157:15:157:142:1:14:64:78:33:135:2:18:62:73 chr14 94245649 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00248268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.51;QD=11.9189;RBI=0.00922089;REFB=-0.0175149;REVB=0.00888037;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0253226;OID=.;OPOS=94245649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr14 94245652 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.509;QD=11.9197;RBI=0.0360063;REFB=-0.0144408;REVB=-0.0232423;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00920808;OID=.;OPOS=94245652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr14 94391699 . G A 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0260563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3203;QD=18.4814;RBI=0.0260627;REFB=0.00492397;REVB=0.00057376;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123789;STB=0.507035;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00634441;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:8:13:12:7:8:13 chr14 94410275 . CA C 296.74 PASS AF=0.495652;AO=53;DP=117;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0314224;FXX=0.0170926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4399;QD=10.3214;RBI=0.102852;REFB=0.0153487;REVB=0.097935;RO=57;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000618516;STB=0.504423;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=-0.00210835;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495652:53:117:57:115:58:28:29:29:29:99:57:26:27:28:29 chr14 94417421 . G A 2084.19 PASS AF=0.992754;AO=134;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00804234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.248;QD=60.4114;RBI=0.0545567;REFB=0.116804;REVB=0.0539607;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000139322;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:137:138:0:1:134:137:0.992754:64:70:0:0:66:71:1:0 chr14 94417541 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000320101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.857;QD=60.6102;RBI=0.00542207;REFB=0;REVB=-0.00541261;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1304e-05;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr14 94417586 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.508;QD=46.848;RBI=0.0713215;REFB=0;REVB=0.0504953;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142382;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 94467549 . C T 263.16 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.004753;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.638;QD=17.2567;RBI=0.0218276;REFB=0.00720281;REVB=-0.0213039;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217698;STB=0.622667;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00537879;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:9:20:15:17:9:20:15:17 chr14 94510964 . T C 222.5 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0021793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.036;QD=14.5898;RBI=0.0522146;REFB=-0.0103956;REVB=0.0521691;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118765;STB=0.503223;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0203428;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:14:11:15:20:15:11:15:20 chr14 94524216 . T C 197.79 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00589043;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.905;QD=20.8204;RBI=0.0417483;REFB=-0.0144374;REVB=0.0413307;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.5999;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0210681;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:19:20:0.526316:11:8:11:7:12:8:11:7 chr14 94564035 . A G 778.98 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056682;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7546;QD=63.5905;RBI=0.0119034;REFB=0;REVB=-0.0104672;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178959;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0343854;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=361.005;QD=6.64713;RBI=0.0429137;REFB=-0.00801739;REVB=-0.0256756;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119247;STB=0.574601;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=0.0252669;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614:14:57:14:57:43:10:4:27:16:94:43:10:4:27:16 chr14 94582926 . C G 340.99 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0205495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6666;QD=18.432;RBI=0.0324796;REFB=-0.0109739;REVB=0.0251523;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138011;STB=0.501519;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00979101;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:16:20:20:17:16:20:21:17 chr14 94756450 . T A 203.04 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0231693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.747;QD=12.3056;RBI=0.0308092;REFB=-0.0114858;REVB=0.0203074;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699904;STB=0.54034;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0179992;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:10:15:22:19:10:15:22:19 chr14 94756542 . A C 335.87 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0214572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.68;QD=17.2239;RBI=0.0588851;REFB=0.0037016;REVB=-0.0548365;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400009;STB=0.710632;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00550723;OID=.;OPOS=94756542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:35:36:0.461538:24:11:31:11:24:12:31:11 chr14 94756750 . T C 603.78 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00927763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.405;QD=23.9122;RBI=0.011021;REFB=-0.0569966;REVB=-0.00594884;RO=43;SAF=22;SAR=36;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253897;STB=0.513864;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0310227;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:36:22:15:28:36:22:15:28 chr14 94756794 . T C 395.49 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0318565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1192;QD=20.2817;RBI=0.0355984;REFB=-0.0234419;REVB=0.0158875;RO=36;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993314;STB=0.510633;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0272245;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:24:16:14:22:24:16:16:22 chr14 94776221 . A C 1784.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207904;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.94;QD=61.0205;RBI=0.024808;REFB=0;REVB=0.0135349;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255536;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:56:61:0:0:56:61:0:0 chr14 94844843 . T G 606.95 PASS AF=0.585106;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0629754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8752;QD=25.8275;RBI=0.0712353;REFB=0.0096573;REVB=-0.0332952;RO=38;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597198;STB=0.522842;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00698281;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:39:54:55:0.585106:27:27:22:16:27:28:22:17 chr14 94929541 . G A 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0130716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.528;QD=14.6607;RBI=0.0225253;REFB=-0.0198105;REVB=0.0183446;RO=59;SAF=26;SAR=19;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00155932;STB=0.51735;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0259543;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:62:45:45:0.420561:19:26:34:25:19:26:34:28 chr14 94931105 . A G 367.18 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.000550211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.423;QD=16.5026;RBI=0.0154998;REFB=0.00889992;REVB=-0.01549;RO=50;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981686;STB=0.555144;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00782063;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:18:21:22:28:18:21:22:28 chr14 94933473 . C A 428.52 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00296588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.418;QD=22.2607;RBI=0.00368233;REFB=-0.00907022;REVB=-0.00218246;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039605;STB=0.502182;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0131521;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:23:19:16:19:23:19:16:19 chr14 94933640 . A T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0214475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.128;QD=18.478;RBI=0.0289383;REFB=-0.0232516;REVB=-0.0194275;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303018;STB=0.673378;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0131441;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:36:36:0.486486:22:14:27:10:22:14:28:10 chr14 94933695 . G A 300.22 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0455027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.931;QD=19.0613;RBI=0.0498695;REFB=-0.00876353;REVB=0.0204075;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236425;STB=0.631396;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00926228;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:21:10:19:13:21:10 chr14 95053890 . G A 377.73 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0106923;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.792;QD=16.0737;RBI=0.0116488;REFB=-0.00826042;REVB=-0.00462255;RO=54;SAF=12;SAR=28;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199373;STB=0.612844;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00728977;OID=.;OPOS=95053890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:54:40:40:0.425532:28:12:26:28:28:12:26:28 chr14 95054176 . T C 198.46 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00216525;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.885;QD=14.7004;RBI=0.00636684;REFB=-0.0123578;REVB=0.00598735;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0135693;OID=.;OPOS=95054176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:31:23:23:0.425926:12:11:14:16:12:11:14:17 chr14 95058462 . A C 403.0 PASS AF=0.44;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0244777;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7883;QD=16.1199;RBI=0.0263486;REFB=0.0156773;REVB=0.00975138;RO=56;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102877;STB=0.501853;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0377245;OID=.;OPOS=95058462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:43:44:0.44:25:18:24:32:25:19:24:32 chr14 95080803 . G A 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00764313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4041;QD=47.8192;RBI=0.0244693;REFB=-0.122249;REVB=0.023245;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00281776;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr14 95107973 . C T 322.99 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0715431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3007;QD=25.3322;RBI=0.106795;REFB=-0.0412236;REVB=0.0792895;RO=20;SAF=7;SAR=24;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23722;STB=0.631487;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.028933;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:24:7:10:10:24:7:10:10 chr14 95555205 . C T 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7901;QD=63.3346;RBI=0.0298485;REFB=0;REVB=0.0276083;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023406;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr14 95786115 . C T 679.98 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0624679;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.404;QD=60.4427;RBI=0.0627875;REFB=-0.109367;REVB=0.00632713;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00113196;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:23:19:0:1:23:21:0:1 chr14 95884323 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00469638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6348;QD=17.1566;RBI=0.0167382;REFB=-0.020108;REVB=0.0160658;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221949;STB=0.646285;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0246575;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:17:17:0.459459:5:12:8:9:5:12:9:11 chr14 95903211 . G C 302.71 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00720382;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.821;QD=14.245;RBI=0.0749143;REFB=-0.00953729;REVB=0.0745671;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162442;STB=0.505879;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0157064;OID=.;OPOS=95903211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:51:33:34:0.4:16:17:26:26:17:17:25:26 chr14 95903307 . TAGA T 236.5 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00282989;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.754;QD=18.9203;RBI=0.0325219;REFB=-0.0154754;REVB=-0.0323985;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130581;STB=0.559761;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.0142567;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:51:25:50:25:13:12:10:15:99:23:13:11:9:14 chr14 95906023 . G A 548.83 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218167;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.662;QD=57.7715;RBI=0.0449611;REFB=-0.0782347;REVB=0.0393132;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00595512;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr14 95983572 . CCCCACAGTCCGGG C 95.86 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0207087;FXX=0.13885;HRUN=5;LEN=13;MLLD=309.532;QD=12.3689;RBI=0.020765;REFB=-0.0295326;REVB=0.00152897;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.357143;SSSB=-0.0274687;STB=0.502509;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.0301364;OID=.;OPOS=95983573;OREF=CCCACAGTCCGGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:13:36:14:31:17:5:9:6:11:95:15:4:9:5:10 chr14 95999820 . T C 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00763382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.197;QD=25.638;RBI=0.0165782;REFB=-0.0112942;REVB=-0.014716;RO=33;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025237;STB=0.513786;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0072399;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:19:29:21:12:19:29:21:12 chr14 96131432 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0579834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2945;QD=16.0338;RBI=0.0720392;REFB=0.00191681;REVB=-0.0427501;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268523;STB=0.527;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00403952;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:19:20:0.416667:7:12:17:11:7:13:17:11 chr14 96178688 . C T 521.15 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0104986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.191;QD=19.666;RBI=0.0112617;REFB=0.0023828;REVB=0.00407491;RO=52;SAF=21;SAR=33;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492801;STB=0.527223;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0017683;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:33:21:23:29:33:21:23:29 chr14 96556914 . T C 1165.02 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=58.9882;RBI=0.0651937;REFB=-0.106637;REVB=0.0566073;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000736164;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:76:78:0.987342:36:40:1:0:38:40:1:0 chr14 96557121 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9337;QD=59.8357;RBI=0.0571523;REFB=0;REVB=0.0567254;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074713;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr14 96557873 . G T 690.6 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249943;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3957;QD=53.1228;RBI=0.0749441;REFB=-0.130216;REVB=0.0706533;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00482993;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:48:51:0.980769:24:24:1:0:27:24:1:0 chr14 96558235 . T C 791.99 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3497;QD=53.694;RBI=0.0288435;REFB=-0.0280252;REVB=-0.0117853;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.501497;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00238483;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:59:1:2:56:57:0.966102:25:31:1:0:26:31:1:1 chr14 96558881 . C G 1417.64 PASS AF=0.970297;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000974365;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.217;QD=56.144;RBI=0.0167897;REFB=-0.123245;REVB=0.0167614;RO=3;SAF=39;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040674;STB=0.502302;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00059826;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:3:3:97:98:0.970297:58:39:1:2:58:40:1:2 chr14 96559723 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.403;QD=55.6056;RBI=0.0234087;REFB=0.0435315;REVB=0.0177227;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-5.62044e-05;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:0:1:33:25:0:1 chr14 96559791 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.093;QD=56.7062;RBI=0.0125457;REFB=0;REVB=0.000276183;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99135e-05;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr14 96560092 . G A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2424;QD=60.7155;RBI=0.0245037;REFB=0;REVB=0.0168973;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87866e-06;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 430.14 PASS AF=0.6;AO=48;DP=75;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0223235;FXX=0.052626;HRUN=4;LEN=9;MLLD=276.208;QD=19.1174;RBI=0.0304205;REFB=-0.0263101;REVB=0.0206656;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.615341;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0162703;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:48:75:54:90:36:36:18:14:22:99:0:30:18:0:0 chr14 96707457 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7719;QD=63.579;RBI=0.023803;REFB=0;REVB=-0.0236461;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268377;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr14 96708667 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.543;QD=57.2373;RBI=0.0378549;REFB=0;REVB=-0.0054032;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171524;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr14 96708782 . A T 1710.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.153;QD=60.5586;RBI=0.0282406;REFB=0;REVB=0.0257156;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94901e-05;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:109:113:1:59:50:0:0:63:50:0:0 chr14 96709359 . A AC 521.55 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265762;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5822;QD=47.4138;RBI=0.0605415;REFB=0;REVB=0.0543965;RO=3;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00238702;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:48:44:44:0:20:24:0:0:9:3:20:24:2:1 chr14 96730142 . A G 2150.83 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017948;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.895;QD=60.5867;RBI=0.0346341;REFB=-0.0966586;REVB=-0.0296208;RO=3;SAF=74;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541704;STB=0.50285;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000775007;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:3:3:139:139:0.978873:65:74:2:1:65:74:2:1 chr14 96742575 . AG A 65.76 PASS AF=0.362069;AO=23;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00211189;FXX=0.0333278;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3585;QD=4.53548;RBI=0.107091;REFB=-0.0952815;REVB=-0.10707;RO=31;SAF=2;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0.34375;SSEP=0;SSSB=-0.558396;STB=0.810061;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.118533;OID=.;OPOS=96742576;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362069:23:58:21:58:37:2:19:16:21:65:31:2:21:15:16 chr14 96775903 . C T 522.09 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0631228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.034;QD=15.4692;RBI=0.0664383;REFB=0.000474274;REVB=-0.0207257;RO=78;SAF=25;SAR=32;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076769;STB=0.543066;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000893084;OID=.;OPOS=96775903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:32:25:40:38:32:25:40:38 chr14 96922752 . C G 1572.52 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.336;QD=62.9009;RBI=0.0543464;REFB=-0.147883;REVB=0.0527198;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998571;STB=0.505262;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00048167;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:47:52:0:1:47:52:0:1 chr14 96944878 . G A 484.25 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0104697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.559;QD=21.0542;RBI=0.0143853;REFB=-0.00971683;REVB=0.00986522;RO=45;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961682;STB=0.553169;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0089839;OID=.;OPOS=96944878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:21:26:20:25:21:26:20:25 chr14 96987303 . A T 177.46 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0777652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2859;QD=14.4868;RBI=0.0835949;REFB=0.00584413;REVB=-0.0306706;RO=30;SAF=3;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57967;STB=0.836242;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00746837;OID=.;OPOS=96987303;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:16:3:21:9:16:3:21:9 chr14 97299853 . A G 820.05 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2388;QD=55.5966;RBI=0.0527873;REFB=-0.0785164;REVB=-0.028209;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00149842;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr14 98112541 . T G 809.75 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0374359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.485;QD=20.2438;RBI=0.0380175;REFB=-0.0127036;REVB=0.00662462;RO=78;SAF=43;SAR=39;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216703;STB=0.511902;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0113951;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:78:82:82:0.5125:39:43:39:39:39:43:39:39 chr14 98435696 . T C 2607.22 PASS AF=1;AO=169;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583304;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.355;QD=60.9877;RBI=0.0509969;REFB=-0.107988;REVB=0.0506622;RO=1;SAF=78;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321581;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:0:169:171:1:91:78:0:1:93:78:0:0 chr14 98444369 . T C 1069.92 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.723;QD=59.4398;RBI=0.0290212;REFB=0;REVB=0.0284501;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2496e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:35:35:0:0:36:36:0:0 chr14 98817896 . T C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0232365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1792;QD=11.6166;RBI=0.0309463;REFB=0.014864;REVB=-0.0204386;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786396;STB=0.531421;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0199415;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:19:19:0.358491:7:12:23:10:7:12:23:11 chr14 99182535 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00317573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.882;QD=23.8996;RBI=0.00923498;REFB=0.00356516;REVB=0.00867177;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281779;STB=0.515683;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0082152;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:11:12:15:12:11:12 chr14 99983483 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.039938;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.419;QD=18.767;RBI=0.0399927;REFB=-0.0537027;REVB=-0.00209241;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.018591;OID=.;OPOS=99983483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr14 100049433 . C G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0168508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2185;QD=11.813;RBI=0.038833;REFB=0.000490383;REVB=0.0349865;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1951;STB=0.616252;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00142353;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:11:12:9:4:11:12 chr14 100070030 . G A 464.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.295;QD=58.1065;RBI=0.0723918;REFB=0;REVB=0.057715;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116995;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr14 100141689 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.012;QD=53.2767;RBI=0.039115;REFB=0;REVB=0.039071;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290596;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 100189287 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00488212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.606;QD=15.419;RBI=0.0053861;REFB=-0.000828707;REVB=-0.00227485;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157521;STB=0.588871;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00131077;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:17:25:14:18:17:25 chr14 100331876 . T C 224.27 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0558901;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9579;QD=14.9513;RBI=0.0724575;REFB=0.0150219;REVB=0.0461127;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216571;STB=0.630943;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.020538;OID=.;OPOS=100331876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:34:26:26:0.433333:10:16:14:21:10:16:13:21 chr14 100375707 . C T 569.62 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.0256665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8462;QD=13.7259;RBI=0.026102;REFB=0.0132926;REVB=-0.00474845;RO=99;SAF=25;SAR=41;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210185;STB=0.621175;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0220702;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:100:66:66:0.39759:41:25:57:42:41:25:58:42 chr14 100380948 . T C 1376.24 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.157;QD=62.5563;RBI=0.0279562;REFB=0;REVB=-0.00299131;RO=0;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33139e-05;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:58:29:0:0:58:30:0:0 chr14 100411737 . C A 83.88 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0313201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0216;QD=8.60273;RBI=0.0385658;REFB=-0.0162793;REVB=0.0225027;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222876;STB=0.548929;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0240925;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:39:27:28:10:11:0.282051:3:7:14:13:4:7:16:12 chr14 100411767 . C T 103.91 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0581683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.105;QD=10.1374;RBI=0.0623783;REFB=-0.00212464;REVB=-0.0225278;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840086;STB=0.550484;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0126889;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:15:13:7:6:15:13 chr14 100411771 . T G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0156659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.226;QD=8.995;RBI=0.0172674;REFB=0.00497139;REVB=0.00726244;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155941;STB=0.594984;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00696532;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:16:13:7:5:16:13 chr14 100411774 . G A 548.74 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354247;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.133;QD=57.7619;RBI=0.0370222;REFB=0.00352174;REVB=0.0107578;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000169852;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr14 100615665 . T C 1843.53 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.781;QD=60.4436;RBI=0.0261719;REFB=-0.132438;REVB=0.026086;RO=1;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748096;STB=0.503936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000205495;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:63:58:0:1:63:58:0:1 chr14 100625902 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5498;QD=57.176;RBI=0.0775309;REFB=0;REVB=0.0661208;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198019;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr14 100758502 . G A 2007.52 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.992;QD=62.2488;RBI=0.0264626;REFB=0;REVB=-0.0160721;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21448e-05;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:61:67:0:0:61:68:0:0 chr14 100759046 . C A 395.75 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.124;QD=52.7665;RBI=0.112198;REFB=-0.0647475;REVB=-0.0103241;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00103385;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:19:9:0:1:19:10:0:1 chr14 100759277 . C T 467.73 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0159457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.199;QD=20.1172;RBI=0.0160323;REFB=-0.0176404;REVB=-0.00166336;RO=47;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128334;STB=0.571196;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0199505;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:27:19:26:21:27:19:26:21 chr14 100785692 . C T 51.61 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.060937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3739;QD=18.7663;RBI=0.0632932;REFB=-0.0657161;REVB=-0.0171089;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0328273;OID=.;OPOS=100785692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr14 100792482 . C A 1098.88 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287302;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.043;QD=59.3988;RBI=0.0366557;REFB=0;REVB=0.0227643;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232998;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:1:0:72:74:1:33:39:1:0:34:40:0:0 chr14 100792549 . C T 340.49 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0467853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4093;QD=23.4821;RBI=0.0468709;REFB=-0.0115195;REVB=0.00283177;RO=24;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272425;STB=0.649614;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0104353;OID=.;OPOS=100792549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:21:13:18:6:21:13:18:6 chr14 100808845 . G A 1159.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.679;QD=60.2308;RBI=0.0748179;REFB=0;REVB=0.0373207;RO=0;SAF=17;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194084;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:59:17:0:0:59:18:0:0 chr14 100832391 . T C 1047.48 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198644;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.833;QD=59.8562;RBI=0.0330971;REFB=0;REVB=0.026473;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144088;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr14 100847523 . T C 404.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471798;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7387;QD=53.898;RBI=0.0506859;REFB=-0.0176868;REVB=-0.0185238;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00165077;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr14 100996312 . T C 274.54 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.021728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.002;QD=19.9666;RBI=0.0249312;REFB=-0.0365931;REVB=-0.0122253;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746711;STB=0.533311;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.030355;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:28:29:0.527273:17:11:10:16:17:12:9:17 chr14 101005215 . T C 105.54 PASS AF=0.318182;AO=10;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0156947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.374;QD=9.59421;RBI=0.0157931;REFB=-0.0516203;REVB=0.00175983;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422003;STB=0.735557;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0859968;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:30:10:14:0.318182:7:3:14:6:11:3:16:14 chr14 101005236 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0185287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.4;QD=17.9407;RBI=0.0187445;REFB=-0.0204354;REVB=-0.00283567;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181591;STB=0.614095;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0205055;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:11:8:13:8:11:8:14:8 chr14 101138230 . A C 1007.61 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0156746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1599;QD=55.2114;RBI=0.0387036;REFB=-0.00939737;REVB=0.0353875;RO=2;SAF=39;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236245;STB=0.503999;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00246313;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:69:70:0.958904:30:39:2:0:30:40:2:1 chr14 101138334 . C G 234.8 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00992128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3769;QD=19.1674;RBI=0.0241263;REFB=-0.0487986;REVB=0.021992;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238176;STB=0.634034;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0307576;OID=.;OPOS=101138334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:8:18:10:13:8:18 chr14 101198417 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.5;QD=60.255;RBI=0.02121;REFB=0;REVB=0.0198406;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90952e-06;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr14 101198426 . G A 509.76 PASS AF=0.486486;AO=52;DP=109;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0107671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4727;QD=18.3699;RBI=0.0326637;REFB=-0.00996453;REVB=0.030838;RO=57;SAF=32;SAR=20;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119514;STB=0.552826;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0125901;OID=.;OPOS=101198426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:57:57:52:54:0.486486:20:32:28:29:22:32:28:29 chr14 101200645 . T C 353.66 PASS AF=0.823529;AO=24;DP=30;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00868355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.162;QD=41.6064;RBI=0.0348382;REFB=-0.0375431;REVB=0.0337386;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636261;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00255002;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:34:0:6:24:28:0.823529:16:8:0:0:20:8:6:0 chr14 101200780 . T C 122.97 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.041523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4922;QD=16.3958;RBI=0.0897865;REFB=-0.0252809;REVB=0.0796082;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46535;STB=0.765413;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0400948;OID=.;OPOS=101200780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:13:3:10:4:13:3 chr14 101302211 . G T 786.94 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227136;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.8;QD=64.2403;RBI=0.038548;REFB=0;REVB=0.0311455;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27862e-05;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:24:25:0:0 chr14 101350610 . C T 660.13 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0257681;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.531;QD=26.944;RBI=0.0350961;REFB=0.00061646;REVB=-0.0238273;RO=40;SAF=34;SAR=24;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106619;STB=0.505812;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.000805586;OID=.;OPOS=101350610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:40:40:58:58:0.591837:24:34:24:16:24:34:24:16 chr14 101507727 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0228356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.989;QD=16.9795;RBI=0.0231048;REFB=0.000434135;REVB=0.00351657;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883005;STB=0.56245;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.000966154;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:8:18:17:11:8:18:17:12 chr14 101522556 . T C 494.41 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00907742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.621;QD=18.8346;RBI=0.0103435;REFB=0.00619413;REVB=0.00495873;RO=53;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101446;STB=0.505616;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00611998;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:22:30:30:23:22:30:30:23 chr14 101533093 . C T 482.94 PASS AF=0.421875;AO=51;DP=125;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00843695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.735;QD=15.092;RBI=0.00899095;REFB=-0.00854824;REVB=-0.00310726;RO=73;SAF=22;SAR=29;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651136;STB=0.535408;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0108702;OID=.;OPOS=101533093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:73:74:51:54:0.421875:29:22:36:37:31:23:36:38 chr14 102197694 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00309485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.18;QD=17.4545;RBI=0.0252752;REFB=-0.0154241;REVB=0.025085;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329533;STB=0.518505;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0155946;OID=.;OPOS=102197694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:14:15:13:14:14:15 chr14 102198596 . C T 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0281907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.129;QD=21.8938;RBI=0.0288496;REFB=0.0032432;REVB=0.00613038;RO=36;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340851;STB=0.518788;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00249848;OID=.;OPOS=102198596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:24:18:14:22:24:18:14:22 chr14 102198689 . C T 544.93 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0267856;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3779;QD=21.1624;RBI=0.0305538;REFB=-0.00864174;REVB=-0.0146993;RO=47;SAF=21;SAR=34;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198159;STB=0.506893;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00921175;OID=.;OPOS=102198689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:47:48:55:55:0.533981:34:21:19:28:34:21:19:29 chr14 102360916 . G A 225.75 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0228429;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.239;QD=17.0376;RBI=0.0361892;REFB=-0.0394327;REVB=0.0280688;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089814;STB=0.55064;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0333946;OID=.;OPOS=102360916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:13:15:11:14:13:15 chr14 102446161 . G A 1727.16 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3321;QD=60.6021;RBI=0.074934;REFB=0;REVB=-0.0599568;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536326;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:71:43:0:0:71:43:0:0 chr14 102550803 . G A,T 543.19 PASS AF=0.891892,0.108108;AO=30,7;DP=37;FAO=33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208232,-0.0453789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.5971,199.153;QD=58.7233;RBI=0.0244491,0.0483099;REFB=0,0;REVB=-0.0128122,-0.0165712;RO=0;SAF=13,3;SAR=17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00411772,0.0498905;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:37:0:0:30,7:33,4:0.891892,0.108108:17,4:13,3:0:0:17,4:16,0:0:0 chr14 102568296 . G A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3252;QD=59.9955;RBI=0.0616817;REFB=0;REVB=-0.0597941;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312587;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr14 102568367 . T A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.463;QD=62.1622;RBI=0.0203022;REFB=0;REVB=0.0198777;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11236e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr14 102783508 . A G 78.17 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000798435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8773;QD=34.7427;RBI=0.0729624;REFB=0;REVB=0.072958;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337234;OID=.;OPOS=102783508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:9:0:0:7:9:1:4:3:0:0:6:3:0:0 chr14 102792386 . T C 2083.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.894;QD=62.6525;RBI=0.0468245;REFB=0;REVB=0.0211419;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33805e-05;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:133:0:0:126:133:1:62:64:0:0:64:69:0:0 chr14 102792631 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.555;QD=59.4356;RBI=0.0351271;REFB=0;REVB=-0.0233685;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81445e-06;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr14 102798055 . G A 741.1 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289476;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4962;QD=57.0077;RBI=0.0290312;REFB=0;REVB=-0.00220143;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100089;OID=.;OPOS=102798055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr14 102965367 . TCACCA T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0675562;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=223.353;QD=38.2053;RBI=0.0903106;REFB=-0.131817;REVB=0.0599348;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=del;VARB=0.0154688;OID=.;OPOS=102965368;OREF=CACCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:15:17:15:17:2:9:6:1:1:10:0:9:6:0:0 chr14 102965435 . A G 373.29 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.66;QD=55.3024;RBI=0.162614;REFB=0;REVB=0.162478;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207254;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr14 102965437 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.931;QD=55.6561;RBI=0.0284126;REFB=0;REVB=-0.0283287;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212243;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1225.11 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=76,8;DP=87;FAO=84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440633,0.0203787;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.9634,8.52006;QD=56.9818;RBI=0.101851,0.10749;REFB=0,0;REVB=-0.0918258,-0.10554;RO=3;SAF=37,1;SAR=39,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0368304,-0.510243;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00829596,0.133753;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:87:86:3:0:76,8:84,2:0.976744,0.0232558:39,7:37,1:3:0:44,2:40,0:0:0 chr14 103193028 . G A 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.055143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9949;QD=14.6462;RBI=0.0559309;REFB=-0.012533;REVB=0.00935503;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949201;STB=0.5537;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0139151;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:15:17:28:17:15:17:28:17 chr14 103194423 . TTTG T 68.83 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00528867;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=3;MLLD=255.668;QD=12.5138;RBI=0.00531489;REFB=-0.00978879;REVB=0.000527295;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.372881;SSSB=-0.211985;STB=0.636111;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.00767085;OID=.;OPOS=103194424;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:8:20:10:22:12:5:5:9:3:68:7:5:3:6:1 chr14 103195365 . G C 444.36 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00329483;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.943;QD=15.063;RBI=0.0285801;REFB=-0.0214085;REVB=-0.0283895;RO=67;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244045;STB=0.505433;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0261527;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:67:68:50:50:0.423729:24:26:35:32:24:26:36:32 chr14 103338324 . T A,TA 1927.32 PASS AF=0.97037,0.0296296;AO=112,18;DP=137;FAO=131,4;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69,2;FSAR=62,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251926,-0.0548983;FXX=0.0287749;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=26.6858,19.0297;QD=57.1057;RBI=0.109907,0.0602422;REFB=-0.080112,-0.0770327;REVB=0.106981,0.0248052;RO=5;SAF=63,7;SAR=49,11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.046015,0.169375;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0091091,0.0204334;OID=.,.;OPOS=103338324,103338325;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:137:135:5:0:112,18:131,4:0.97037,0.0296296:49,11:63,7:0:5:62,2:69,2:0:0 chr14 103342049 . T C,G 883.36 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=58,4;DP=62;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31,4;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107036,-0.0242986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.956,104.556;QD=56.9908;RBI=0.0266776,0.0372987;REFB=0,0;REVB=0.0244362,0.0282979;RO=0;SAF=31,4;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07727e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00106777,0.0768922;OID=.,.;OPOS=103342049,103342049;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:62:62:0:0:58,4:58,4:0.935484,0.0645161:27,0:31,4:0:0:27,0:31,4:0:0 chr14 103370119 . C T 1300.45 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.208;QD=61.9263;RBI=0.0638925;REFB=0;REVB=0.0355049;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41583e-05;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr14 103370163 . C T 1141.71 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000745274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.68;QD=55.693;RBI=0.0660525;REFB=-0.164295;REVB=0.0660483;RO=1;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976018;STB=0.519995;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00146448;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:82:82:1:4:78:78:0.95122:48:30:0:1:48:30:0:4 chr14 103440473 . G C 211.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.028745;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.437;QD=18.8169;RBI=0.0334958;REFB=-0.0329809;REVB=0.0171956;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753841;STB=0.542816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0277404;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:11:13:13:8:11:13 chr14 103566785 . C T 448.76 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0165254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.243;QD=15.7461;RBI=0.0192882;REFB=-0.0142702;REVB=0.00994724;RO=64;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916617;STB=0.551316;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0155169;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:22:28:30:34:22:28:30:34 chr14 103566835 . C G 334.72 PASS AF=0.384615;AO=38;DP=102;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0110658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.519;QD=12.874;RBI=0.0116106;REFB=-0.0146283;REVB=-0.003515;RO=64;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531331;STB=0.511622;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0226874;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:64:64:38:40:0.384615:22:16:30:34:22:18:30:34 chr14 103566904 . G A 568.81 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00486552;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.478;QD=24.7307;RBI=0.033997;REFB=-0.0131035;REVB=0.0336471;RO=40;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746607;STB=0.540886;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00874292;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:40:40:52:52:0.565217:27:25:23:17:27:25:23:17 chr14 103568614 . T A 809.25 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00331463;FXX=0.0208319;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.409;QD=22.9575;RBI=0.0353277;REFB=-0.0179788;REVB=0.0351718;RO=62;SAF=33;SAR=43;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545723;STB=0.519927;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0142332;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:65:76:76:0.539007:43:33:31:31:43:33:31:34 chr14 103576395 . G A 470.9 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0172885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9574;QD=15.9628;RBI=0.0702964;REFB=-0.00500597;REVB=0.0681373;RO=66;SAF=26;SAR=26;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303025;STB=0.516943;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00717545;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:26:26:35:31:26:26:35:31 chr14 103576415 . A G 610.16 PASS AF=0.572917;AO=54;DP=95;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00205189;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7035;QD=25.4233;RBI=0.0179365;REFB=-0.0298205;REVB=-0.0178188;RO=41;SAF=22;SAR=32;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025664;STB=0.517235;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0557728;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:41:41:54:55:0.572917:32:22:18:23:33:22:18:23 chr14 103576443 . TC CG 263.06 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0265581;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.242;QD=12.9905;RBI=0.0283739;REFB=-0.00931519;REVB=-0.00998725;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506621;STB=0.525128;STBP=0.747;TYPE=mnp;VARB=0.0152455;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:50:30:31:0.382716:17:13:19:30:18:13:19:31 chr14 103593950 . C G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0528511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.318;QD=17.6438;RBI=0.0530746;REFB=-0.0241467;REVB=-0.00486567;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0221183;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr14 103602278 . A G 257.75 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00687166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.493;QD=23.432;RBI=0.0146814;REFB=-0.019151;REVB=-0.0129739;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0163679;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:14:10:10:9:14:10:10:10 chr14 103808153 . A G 325.42 PASS AF=0.318182;AO=41;DP=131;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0277341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.448;QD=9.86122;RBI=0.0334048;REFB=-0.00594705;REVB=0.0186199;RO=88;SAF=23;SAR=18;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718456;STB=0.540082;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0192327;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:88:90:41:42:0.318182:18:23:44:44:19:23:44:46 chr14 103808199 . T TAAAC 170.07 PASS AF=0.230769;AO=26;DP=118;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0101692;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.197;QD=5.81431;RBI=0.0226369;REFB=0.001989;REVB=-0.0202242;RO=90;SAF=9;SAR=17;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11522;STB=0.550524;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=-0.00707677;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:26:118:27:117:90:10:17:39:51:99:90:9:17:39:51 chr14 103808471 . C T 31.08 PASS AF=0.194444;AO=3;DP=32;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0118009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.92;QD=3.45289;RBI=0.0159652;REFB=-0.00402729;REVB=0.010753;RO=29;SAF=0;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493798;STB=0.555391;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.242821;OID=.;OPOS=103808471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:32:36:29:29:3:7:0.194444:3:0:10:19:5:2:10:19 chr14 103808472 . C T 106.46 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0354696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1056;QD=12.1663;RBI=0.0358356;REFB=-0.000765205;REVB=-0.00510922;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105786;STB=0.539937;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0130171;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:9:4:8:12:9:4:8:14 chr14 103809114 . G A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0129185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.917;QD=11.082;RBI=0.0186103;REFB=-0.000665608;REVB=-0.013396;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104432;STB=0.506074;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00687428;OID=.;OPOS=103809114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:24:16:9:13:24:16 chr14 103852725 . C T 1544.24 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200692;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.4;QD=59.9705;RBI=0.0204922;REFB=0;REVB=-0.00414221;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160546;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr14 103934488 . T C 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215451;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.794;QD=60.4446;RBI=0.023143;REFB=0;REVB=-0.00845026;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15092e-06;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr14 103986255 . C T 1602.56 PASS AF=0.981982;AO=102;DP=104;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.915;QD=57.7498;RBI=0.0597189;REFB=-0.0804294;REVB=0.0454444;RO=2;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193561;STB=0.509802;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00153667;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:111:2:2:102:109:0.981982:48:54:0:2:50:59:0:2 chr14 103988180 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5214;QD=37.4885;RBI=0.0787021;REFB=0;REVB=0.0729544;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0064352;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 103996396 . G A 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.495;QD=60.5457;RBI=0.0311849;REFB=0;REVB=0.0144532;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33307e-05;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr14 104001517 . G A 748.81 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.832;QD=51.6419;RBI=0.020314;REFB=-0.136337;REVB=0.0109271;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.523069;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000640041;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:1:3:55:55:0.948276:24:31:1:0:24:31:3:0 chr14 104029442 . G A 68.95 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0116494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5045;QD=15.3232;RBI=0.131665;REFB=-0.015351;REVB=0.131149;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0263493;OID=.;OPOS=104029442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:7:9:0.5:2:5:6:2:4:5:6:3 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 296.32 PASS AF=1;AO=19;DP=32;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620963;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=12;MLLD=434.385;QD=51.5343;RBI=0.0140812;REFB=0;REVB=0.0126381;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000234407;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:32:23:23:0:10:13:0:0:4:9:9:10:9:0 chr14 104194196 . C G 2350.98 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.494;QD=63.9721;RBI=0.0243287;REFB=0;REVB=0.0242489;RO=0;SAF=65;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5478e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:82:65:0:0:82:65:0:0 chr14 104245143 . T C 271.58 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0156044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.646;QD=14.6801;RBI=0.017636;REFB=-0.0129054;REVB=0.00821774;RO=42;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212963;STB=0.628201;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0175622;OID=.;OPOS=104245143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:10:21:20:22:10:21:20:23 chr14 104394850 . C T 643.45 PASS AF=0.52459;AO=63;DP=121;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00107737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.771;QD=21.0967;RBI=0.00475165;REFB=0.0157079;REVB=0.0046279;RO=58;SAF=33;SAR=30;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140427;STB=0.579914;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0111833;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:58:58:63:64:0.52459:30:33:21:37:30:34:21:37 chr14 104429453 . A G 1371.48 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188631;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.331;QD=60.285;RBI=0.0743194;REFB=-0.112745;REVB=0.0718857;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000509881;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:0:2:89:89:0.978022:40:49:0:0:40:49:0:2 chr14 104436931 . C T 295.77 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0123604;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.464;QD=20.0522;RBI=0.0152586;REFB=0.0157704;REVB=-0.00894677;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195478;STB=0.590104;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.013371;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:30:28:31:31:0.525424:21:10:16:14:21:10:14:14 chr14 104452640 . G A 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00497132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.493;QD=20.543;RBI=0.0166743;REFB=-0.00627143;REVB=0.0159159;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930292;STB=0.505152;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00605605;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:21:18:17:19:21:18:17:19 chr14 104465037 . T C 1802.01 PASS AF=0.953125;AO=121;DP=127;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0316211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0556;QD=56.3129;RBI=0.0785354;REFB=0.0330972;REVB=0.0718882;RO=6;SAF=57;SAR=64;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474175;STB=0.524996;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0166753;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:127:128:6:6:121:122:0.953125:64:57:6:0:65:57:6:0 chr14 104480048 . G A 171.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00599722;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3977;QD=16.3;RBI=0.0304614;REFB=-0.0257601;REVB=0.0298652;RO=24;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497589;STB=0.799542;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0650244;OID=.;OPOS=104480048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:17:1:7:17:17:1:7:17 chr14 104480201 . C A 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7898;QD=62.6123;RBI=0.0282746;REFB=0;REVB=-0.0281057;RO=0;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.57047e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:60:28:0:0:60:28:0:0 chr14 104481083 . T C 349.85 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00368681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.383;QD=15.211;RBI=0.0498197;REFB=-0.0182041;REVB=0.0496831;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12243;STB=0.561169;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0295936;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:37:38:0.413043:19:18:20:34:20:18:20:34 chr14 104497543 . C T 471.63 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000286556;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5337;QD=20.7309;RBI=0.00044409;REFB=-0.0134718;REVB=0.000339266;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600772;STB=0.538151;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0165681;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:45:45:46:0.505495:22:23:20:25:22:24:20:25 chr14 104559571 . C A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0107382;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.85;QD=23.8999;RBI=0.0139492;REFB=-0.00720579;REVB=0.00890337;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908653;STB=0.550686;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00669943;OID=.;OPOS=104559571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:13:10:9:18:13:10 chr14 104559623 . T C 1025.95 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000188205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.372;QD=59.4753;RBI=0.0553327;REFB=0;REVB=0.0553323;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120056;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:26:43:0:0 chr14 104641612 . T C 386.6 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0143846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.178;QD=20.3472;RBI=0.0143852;REFB=-0.0352421;REVB=-0.000124807;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110917;STB=0.556791;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0183379;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:35:29:40:0.526316:13:16:9:13:24:16:10:25 chr14 104641792 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00155293;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.997;QD=18.498;RBI=0.0265509;REFB=-0.000971093;REVB=0.0265054;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147148;STB=0.582758;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000825232;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:27:27:27:0.5:8:19:15:12:8:19:15:12 chr14 104642341 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.567;QD=61.5361;RBI=0.01352;REFB=0;REVB=0.0101713;RO=0;SAF=14;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58322e-06;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:66:14:0:0:67:14:0:0 chr14 104642422 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0134104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.277;QD=12.4822;RBI=0.0134112;REFB=-0.0222583;REVB=-0.000153537;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0239931;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:7:11:7:5:7:12 chr14 104643721 . C A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0230937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.299;QD=22.1884;RBI=0.0233742;REFB=-0.0060641;REVB=0.00361014;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.507456;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00375157;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:10:8:9:12:10:8 chr14 104643859 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00131893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.092;QD=12.0244;RBI=0.0113267;REFB=-0.0256226;REVB=0.0112497;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378983;STB=0.725419;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0328301;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:12:8:9:3:12:8 chr14 104644099 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0860955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.647;QD=10.0337;RBI=0.188988;REFB=-0.00550331;REVB=-0.168238;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00551051;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr14 104644147 . C T 38.68 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00269122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3401;QD=11.9007;RBI=0.0672997;REFB=-0.00868059;REVB=0.0672458;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0355089;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr14 104646326 . A C 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0023744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.057;QD=17.4546;RBI=0.0138201;REFB=-0.020166;REVB=0.0136146;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0217579;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:12:17:11:16:12:17 chr14 104646771 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7871;QD=57.2353;RBI=0.0273911;REFB=0;REVB=-0.0187216;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306563;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr14 104647048 . T G,TG 66.75 PASS AF=0,0.23913;AO=2,9;DP=48;FAO=0,11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=0,10;FSAR=0,1;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=-0.0159227,-0.0386011;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=35.1559,19.6735;QD=5.80477;RBI=0.0988495,0.0400171;REFB=-0.0228817,-0.0373374;REVB=0.0975587,0.010551;RO=36;SAF=2,8;SAR=0,1;SRF=33;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.301432,-0.0960513;STB=0.5,0.512173;STBP=1,0.938;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0859256;OID=.,.;OPOS=104647048,104647049;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:48:46:36:35:2,9:0,11:0,0.23913:0,1:2,8:33:3:0,1:0,10:32:3 chr14 104647224 . C T 412.98 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0261858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9944;QD=21.4533;RBI=0.0485967;REFB=-0.00233651;REVB=-0.0409382;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495357;STB=0.533317;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000591202;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:36:41:41:0.532468:21:20:15:20:21:20:15:21 chr14 104710651 . C T 239.48 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0195887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2627;QD=35.4792;RBI=0.0421515;REFB=0.0522859;REVB=-0.0373233;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144375;STB=0.578873;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0160639;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:11:10:5:1:11:10:5:1 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 321.36 PASS AF=0.651163;AO=26;DP=33;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0281442;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=9;MLLD=280.017;QD=29.8941;RBI=0.0389414;REFB=-0.0485604;REVB=0.0269136;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.639893;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0211415;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:26:33:28:43:15:21:7:6:9:99:0:20:6:0:0 chr14 105071055 . G A 217.44 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0279945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9968;QD=24.1595;RBI=0.0455574;REFB=-0.0758359;REVB=0.0359414;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116645;STB=0.578873;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0295001;OID=.;OPOS=105071055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:15:20:21:0.583333:9:11:5:8:10:11:5:10 chr14 105150467 . G A 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0239919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5174;QD=21.9185;RBI=0.0240675;REFB=-0.0254185;REVB=-0.00190553;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443619;STB=0.532628;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0110533;OID=.;OPOS=105150467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:29:36:36:0.553846:20:16:14:14:20:16:15:14 chr14 105167807 . C T 699.05 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.544;QD=54.8271;RBI=0.0198236;REFB=-0.12978;REVB=0.0139539;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000448593;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:29:21:0:0:29:21:0:1 chr14 105170222 . G A 182.89 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0131694;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=16.2564;RBI=0.107955;REFB=-0.011913;REVB=0.107149;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364109;STB=0.533298;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0180147;OID=.;OPOS=105170222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:11:7:11:15:12:7:11:15 chr14 105177351 . CA C,CG 1483.0 PASS AF=0.990196,0.00980392;AO=93,7;DP=103;FAO=101,1;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54,1;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160214,0.0185278;FXX=0.0192289;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.1372,71.9961;QD=58.157;RBI=0.0216631,0.0186656;REFB=0,0;REVB=-0.014581,-0.00226392;RO=0;SAF=50,3;SAR=43,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000781208,0.0220019;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.990196,0.00980392:93,7:103:101,1:102:0:54,1:47,0:0:0:3:0:50,3:43,4:0:0 chr14 105179194 . T C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=63.6135;RBI=0.0233868;REFB=0;REVB=0.0233528;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04796e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr14 105180565 . T C 793.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0594;QD=56.6931;RBI=0.0203946;REFB=0;REVB=0.0144628;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130151;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr14 105180706 . A C 1015.97 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.137;QD=58.8966;RBI=0.00304712;REFB=0;REVB=0.000383843;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28229e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:40:29:0:0 chr14 105196235 . G A 63.14 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0224274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.962;QD=8.41917;RBI=0.0678179;REFB=-0.0156794;REVB=-0.0640022;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519981;STB=0.841241;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0277273;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:20:21:9:9:0.3:1:8:10:10:1:8:10:11 chr14 105196365 . T C 823.66 PASS AF=0.557971;AO=76;DP=136;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0285437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6402;QD=23.8741;RBI=0.0313312;REFB=-0.0107409;REVB=-0.012919;RO=60;SAF=21;SAR=55;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117319;STB=0.571409;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00918487;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:60:61:76:77:0.557971:55:21:24:36:56:21:25:36 chr14 105211221 . C T 435.89 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00871529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.354;QD=24.557;RBI=0.00888337;REFB=0.00479688;REVB=0.00171991;RO=29;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011505;STB=0.501692;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00288405;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:22:19:13:16:23:19:13:16 chr14 105213343 . A G 231.1 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0577765;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6824;QD=14.2218;RBI=0.0581717;REFB=-0.0214939;REVB=-0.00676959;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190167;STB=0.510824;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.031006;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:19:19:13:14:19:19 chr14 105220209 . G GA 531.5 PASS AF=0.417647;AO=27;DP=192;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=68;FWDB=-0.0319688;FXX=0.0909042;HRUN=0;LEN=1;MLLD=231.552;QD=12.506;RBI=0.0432041;REFB=0.0120597;REVB=-0.0290618;RO=165;SAF=19;SAR=8;SRF=57;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43268;STB=0.62008;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=-0.0238093;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417647:27:192:71:170:99:37:34:31:68:99:165:19:8:57:108 chr14 105220210 . G A 409.24 PASS AF=0.291005;AO=55;DP=189;FAO=55;FDP=189;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=0.0136668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.208;QD=8.66124;RBI=0.0140464;REFB=-0.0176611;REVB=-0.00324314;RO=128;SAF=20;SAR=35;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541709;STB=0.518512;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0318101;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:128:134:55:55:0.291005:35:20:52:76:35:20:52:82 chr14 105222037 . C T 1047.71 PASS AF=0.507538;AO=101;DP=199;FAO=101;FDP=199;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0278353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.913;QD=21.0595;RBI=0.0319125;REFB=-0.00750265;REVB=0.0156078;RO=98;SAF=52;SAR=49;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224852;STB=0.512338;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00799638;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:98:98:101:101:0.507538:49:52:48:50:49:52:48:50 chr14 105223668 . G A 487.29 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0233502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.993;QD=18.0478;RBI=0.0233999;REFB=-0.0163046;REVB=0.00152375;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037997;STB=0.52499;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0162165;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:51:52:0.481481:32:19:23:33:33:19:23:33 chr14 105239894 . C T 141.29 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0121048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=21.7373;RBI=0.033497;REFB=-0.0174963;REVB=0.0312334;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520923;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.015392;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:15:15:0.576923:10:5:4:6:10:5:4:7 chr14 105268228 . G A 200.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00136797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.899;QD=20.5956;RBI=0.0219941;REFB=-0.00944443;REVB=0.0219515;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21687;STB=0.599908;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0154465;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:8:12:15:3:8:12:15:4 chr14 105268740 . C T 100.05 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0114314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.469;QD=15.3923;RBI=0.0495316;REFB=-0.0124009;REVB=0.0481944;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0103586;OID=.;OPOS=105268740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:8:6:5:7:8:6 chr14 105269779 . T C 260.39 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0113229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.982;QD=26.7065;RBI=0.0167237;REFB=-0.0234188;REVB=0.0123075;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184998;STB=0.607051;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0138177;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:15:8:9:6:16:8:9:6 chr14 105270485 . G T 60.25 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0401917;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=139.668;QD=17.214;RBI=0.0426253;REFB=-0.0178626;REVB=0.0141967;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0127814;OID=.;OPOS=105270485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr14 105349388 . A C 177.54 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0217919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.995;QD=21.5203;RBI=0.0234114;REFB=-0.0165064;REVB=-0.00855601;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137869;STB=0.540495;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0178411;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:15:16:18:0.545455:10:6:8:7:10:8:8:7 chr14 105350355 . A G 324.97 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0197415;FXX=0.0963739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.635;QD=17.3319;RBI=0.0197674;REFB=-0.0205493;REVB=0.00101299;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158468;STB=0.503935;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0117735;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:16:18:20:19:16:18:22:19 chr14 105350799 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.802;QD=21.8421;RBI=0.0551189;REFB=-0.0329033;REVB=0.0290424;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0149171;OID=.;OPOS=105350799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr14 105350868 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0285883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.855;QD=21.1692;RBI=0.0299721;REFB=-0.114487;REVB=0.009002;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.615098;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0230836;OID=.;OPOS=105350868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:0:3:5:2:0:3 chr14 105354293 . A G 80.55 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0227765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.518;QD=7.67115;RBI=0.0242465;REFB=-0.0133212;REVB=0.00831404;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110881;STB=0.568841;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0369826;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:17:14:6:5:17:14 chr14 105361934 . T C 595.11 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.652;QD=61.0366;RBI=0.0611891;REFB=0;REVB=0.0301209;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122029;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr14 105393556 . G C 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0155521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9718;QD=15.1685;RBI=0.0155539;REFB=-0.0063389;REVB=0.000236223;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387792;STB=0.522362;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0100409;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:15:9:7:10:15:9 chr14 105404585 . CA C 30.69 PASS AF=0.25974;AO=25;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.107746;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.98604;QD=1.59451;RBI=0.254658;REFB=-0.0627121;REVB=0.230741;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099147;STB=0.636222;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0097984;OID=.;OPOS=105404586;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:25:77:20:77:57:6:14:27:30:30:42:13:12:18:24 chr14 105405599 . G C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00371617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.459;QD=18.9039;RBI=0.0173667;REFB=-0.016178;REVB=0.0169645;RO=41;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252273;STB=0.641145;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0119043;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:28:11:22:19:28:11:22:19 chr14 105405942 . G A 301.11 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0513685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.856;QD=21.5081;RBI=0.0522283;REFB=-0.0386742;REVB=0.00943794;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123469;STB=0.517143;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0279066;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:20:10:8:17:20:11:8:17 chr14 105406238 . A C 153.17 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000179858;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.367;QD=19.7643;RBI=0.00721167;REFB=-0.0319668;REVB=0.00720942;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.028302;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:6:9:8:8:6:9 chr14 105406372 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00508369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.801;QD=17.4015;RBI=0.00656568;REFB=0.00268176;REVB=-0.00415503;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.576354;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0024702;OID=.;OPOS=105406372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:5:8:6:7:5:8 chr14 105407031 . A G 119.54 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0258402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.283;QD=15.9384;RBI=0.034959;REFB=-0.0326688;REVB=0.023546;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226907;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0346334;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:8:5:10:6:8:6:10:6 chr14 105407208 . T C 102.66 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00693162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8708;QD=9.33273;RBI=0.0130777;REFB=-0.00468948;REVB=-0.0110896;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328091;STB=0.507031;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.018563;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:17:13:6:7:17:14 chr14 105407798 . T C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00303052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.442;QD=20.0308;RBI=0.0181584;REFB=-0.0141996;REVB=0.0179037;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118604;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00875698;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:13:13:9:15:13:13 chr14 105408030 . A G 319.61 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00314791;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.929;QD=26.0906;RBI=0.0308191;REFB=-0.00722252;REVB=-0.0306579;RO=21;SAF=20;SAR=8;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145936;STB=0.5801;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00547175;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:8:20:18:3:8:20:18:3 chr14 105408182 . T G 309.25 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00881473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.062;QD=16.0649;RBI=0.0104028;REFB=-0.019273;REVB=-0.00552441;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310094;STB=0.675567;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0402529;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:25:9:24:19:25:9:24:19 chr14 105408315 . T C 659.92 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0438729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4728;QD=23.3601;RBI=0.0527902;REFB=0.0199261;REVB=0.0293592;RO=48;SAF=32;SAR=32;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327013;STB=0.522117;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0100017;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:49:64:64:0.566372:32:32:26:22:32:32:27:22 chr14 105408811 . A G 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0176262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4535;QD=18.3092;RBI=0.0411779;REFB=-0.00686684;REVB=-0.0372147;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228868;STB=0.627643;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00515033;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:15:25:14:23:15:25 chr14 105408827 . A C 373.57 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0339116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.279;QD=18.223;RBI=0.0372216;REFB=-0.034274;REVB=0.0153445;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136324;STB=0.576021;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0509927;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:17:22:18:25:17:22:18:25 chr14 105408955 . A G 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000721003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.796;QD=21.5311;RBI=0.033241;REFB=-0.0319773;REVB=-0.0332332;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659335;STB=0.536367;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0268436;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:11:20:21:16:11:20 chr14 105408987 . G A 301.74 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00749783;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.503;QD=19.1583;RBI=0.0268683;REFB=-0.0151287;REVB=0.0258009;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455379;STB=0.525339;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0204491;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:12:19:18:14:12:19 chr14 105409907 . T C 555.11 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00498414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.852;QD=20.0041;RBI=0.0203629;REFB=-0.0116503;REVB=0.0197435;RO=53;SAF=30;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101608;STB=0.503342;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0127792;OID=.;OPOS=105409907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:54:56:57:0.513514:26:30:29:24:26:31:29:25 chr14 105409959 . G T 639.52 PASS AF=0.488722;AO=58;DP=126;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.106566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.116;QD=19.2335;RBI=0.120927;REFB=-0.00956182;REVB=0.0571594;RO=68;SAF=32;SAR=26;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121146;STB=0.580934;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0115569;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:68:68:58:65:0.488722:26:32:29:39:27:38:29:39 chr14 105410183 . T C 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0051864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.832;QD=19.5279;RBI=0.00628237;REFB=-0.0120757;REVB=-0.00354535;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448421;STB=0.525883;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0168699;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:39:39:39:0.5:22:17:18:19:22:17:19:20 chr14 105410411 . C T 362.23 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00296437;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.165;QD=17.457;RBI=0.0141874;REFB=-0.00666352;REVB=-0.0138742;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244816;STB=0.607984;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00786386;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:45:37:38:0.457831:22:15:28:14:22:16:28:17 chr14 105410775 . A G 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0153044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.413;QD=12.3465;RBI=0.023246;REFB=-0.0161658;REVB=-0.0174972;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359349;STB=0.52063;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0177164;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:17:11:17:30:17:11:17:30 chr14 105410827 . C T 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.000721959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.393;QD=10.0255;RBI=0.00168585;REFB=-0.00281899;REVB=-0.00152344;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133561;STB=0.578015;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00505228;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:12:13:21:31:12:13:21:31 chr14 105411153 . G A 429.64 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0326748;FXX=0.0246883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.7236;QD=21.754;RBI=0.0454914;REFB=-0.0159578;REVB=-0.0316516;RO=35;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980498;STB=0.566335;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0291345;OID=.;OPOS=105411153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:37:42:42:0.531646:19:23:15:20:19:23:15:22 chr14 105411700 . A G 599.08 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0301935;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2047;QD=22.188;RBI=0.054053;REFB=-0.0572899;REVB=-0.0448339;RO=48;SAF=35;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947622;STB=0.554699;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0415371;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:48:48:59:60:0.555556:24:35:23:25:24:36:23:25 chr14 105411781 . G A 603.31 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0251177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0341;QD=24.1322;RBI=0.0258122;REFB=-0.00820676;REVB=0.00594725;RO=45;SAF=29;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416642;STB=0.522844;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00733959;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:26:29:26:19:26:29:26:19 chr14 105411957 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0104303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.386;QD=6.90601;RBI=0.0131256;REFB=-0.00521924;REVB=0.00796799;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037706;STB=0.523766;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0161429;OID=.;OPOS=105411957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:18:17:5:6:18:17 chr14 105411971 . T C 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00940508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.279;QD=3.73358;RBI=0.0457869;REFB=-0.00364409;REVB=-0.0448105;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0504581;OID=.;OPOS=105411971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:35:37:7:7:0.159091:3:4:20:15:3:4:20:17 chr14 105412541 . CA TG 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0257395;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.529;QD=6.02725;RBI=0.0283525;REFB=-0.00504733;REVB=-0.0118888;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128902;STB=0.585153;STBP=0.76;TYPE=mnp;VARB=0.0245879;OID=.;OPOS=105412541;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:8:1:5:26:8:1:5:26 chr14 105412561 . C T 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0244916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9034;QD=5.21479;RBI=0.0393254;REFB=-0.0016881;REVB=-0.0307677;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153936;STB=0.60464;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00631884;OID=.;OPOS=105412561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:7:1:6:25:7:1:6:25 chr14 105412703 . C G 420.65 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0125359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6753;QD=17.8999;RBI=0.0521233;REFB=-0.01166;REVB=-0.0505933;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991906;STB=0.555529;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0145424;OID=.;OPOS=105412703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:27:16:24:27:27:16:24:27 chr14 105413204 . G T 643.46 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0125903;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.679;QD=22.5776;RBI=0.0319362;REFB=-0.000130619;REVB=0.0293498;RO=50;SAF=33;SAR=30;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515764;STB=0.532544;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000117431;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:30:33:23:27:30:33:23:28 chr14 105413223 . A G 615.67 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0184737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.567;QD=20.5224;RBI=0.0285101;REFB=-0.00634192;REVB=-0.0217151;RO=55;SAF=32;SAR=30;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526516;STB=0.54105;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00565489;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:58:62:62:0.516667:30:32:25:30:30:32:25:33 chr14 105413790 . G A 505.56 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0133441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.376;QD=19.826;RBI=0.0135961;REFB=-0.00825135;REVB=0.00260571;RO=50;SAF=21;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104565;STB=0.557788;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00618019;OID=.;OPOS=105413790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:31:21:26:24:31:21:26:24 chr14 105414280 . T G 252.03 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0454837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.271;QD=12.7609;RBI=0.0486997;REFB=-0.0167103;REVB=-0.017404;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105401;STB=0.560399;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0313561;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:17:13:26:23:17:13:26:23 chr14 105414629 . G A 377.43 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.000352479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.975;QD=16.2335;RBI=0.00867464;REFB=-0.011074;REVB=0.00866748;RO=53;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166915;STB=0.594155;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0140731;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:14:26:26:27:14:26:26:27 chr14 105414790 . A G 216.62 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0324161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5759;QD=9.21798;RBI=0.068776;REFB=-0.00550076;REVB=-0.0606575;RO=62;SAF=20;SAR=8;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229389;STB=0.629042;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0236404;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:66:28:28:0.297872:8:20:33:29:8:20:36:30 chr14 105414810 . C G 229.29 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0381676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.53;QD=9.75702;RBI=0.0389888;REFB=-0.000416586;REVB=0.00795989;RO=65;SAF=21;SAR=8;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146562;STB=0.586728;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00187331;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:8:21:40:25:8:21:40:25 chr14 105415200 . G C 170.98 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00901958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0474;QD=9.11865;RBI=0.0494187;REFB=-0.00649158;REVB=0.0485886;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991098;STB=0.558602;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0112397;OID=.;OPOS=105415200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:13:10:27:25:13:10:27:25 chr14 105415229 . T C 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00181982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.632;QD=6.31952;RBI=0.0201566;REFB=0.00234551;REVB=-0.0200743;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244863;STB=0.515133;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00701425;OID=.;OPOS=105415229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:8:8:26:24:8:8:26:24 chr14 105415352 . G C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.485;QD=61.3752;RBI=0.0585903;REFB=0;REVB=0.0510306;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210777;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr14 105415745 . C G 177.53 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0358252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.613;QD=14.4922;RBI=0.039701;REFB=-0.00985203;REVB=0.0171092;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201866;STB=0.599902;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0345484;OID=.;OPOS=105415745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:22:7:8:11:22:8 chr14 105415748 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0333859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.045;QD=14.4906;RBI=0.0365698;REFB=-0.0257016;REVB=-0.0149242;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.033175;OID=.;OPOS=105415748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:22:8:8:11:22:8 chr14 105416010 . T C 234.44 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00365672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.668;QD=13.0243;RBI=0.0150895;REFB=-0.00530539;REVB=-0.0146398;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156999;STB=0.590098;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00642188;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:10:18:22:22:10:18:22:22 chr14 105416220 . T A 418.55 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00160091;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.21;QD=17.2596;RBI=0.0129492;REFB=-0.00807549;REVB=0.0128499;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299253;STB=0.516771;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00864617;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:54:43:43:0.443299:21:22:26:28:21:22:26:28 chr14 105416649 . G A 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00675874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.663;QD=19.277;RBI=0.0417094;REFB=-0.0153778;REVB=0.0411581;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119754;STB=0.506663;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0192448;OID=.;OPOS=105416649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:15:18:19:15:15:18 chr14 105416685 . C G 502.43 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00772985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8869;QD=24.8115;RBI=0.0858494;REFB=0.0178757;REVB=-0.0855007;RO=32;SAF=22;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461654;STB=0.536286;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.012865;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:34:47:47:0.580247:25:22:13:19:25:22:13:21 chr14 105416784 . A G 420.58 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00787018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9588;QD=17.897;RBI=0.0229832;REFB=-0.00259482;REVB=-0.0215937;RO=51;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122747;STB=0.568576;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00228124;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:19:24:22:29:19:24:22:29 chr14 105416959 . A G 174.19 PASS AF=0.319444;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00245541;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7055;QD=9.67722;RBI=0.0600052;REFB=-0.0247115;REVB=-0.0599549;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154203;STB=0.60431;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0350715;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:22:23:0.319444:12:10:16:33:12:11:16:33 chr14 105417102 . TG CA 488.12 PASS AF=0.6;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00154216;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.056;QD=26.0328;RBI=0.0120027;REFB=-0.0155276;REVB=-0.0119033;RO=29;SAF=24;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134626;STB=0.566342;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=0.0109691;OID=.;OPOS=105417102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:75:29:30:45:45:0.6:21:24:10:19:21:24:11:19 chr14 105417147 . A G 474.12 PASS AF=0.56962;AO=43;DP=77;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000778388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.104;QD=24.0058;RBI=0.00185394;REFB=-0.0112159;REVB=0.00168262;RO=34;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933653;STB=0.514376;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00783788;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:34:34:43:45:0.56962:21:22:17:17:21:24:17:17 chr14 105417222 . C T 120.75 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0604373;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5467;QD=9.11319;RBI=0.0614672;REFB=0.0108655;REVB=0.0112046;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118305;STB=0.590675;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.012901;OID=.;OPOS=105417222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:37:37:16:16:0.301887:11:5:15:22:11:5:16:21 chr14 105417225 . C G 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00482975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.762;QD=8.84563;RBI=0.00492304;REFB=-0.00962485;REVB=-0.000953881;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024414;STB=0.514687;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00946914;OID=.;OPOS=105417225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:10:6:15:23:10:6:15:23 chr14 105417228 . C T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0646016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.678;QD=8.84614;RBI=0.0646347;REFB=-0.00527641;REVB=-0.00206904;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024414;STB=0.514687;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00612543;OID=.;OPOS=105417228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:10:6:15:23:10:6:15:23 chr14 105417243 . T C 32.82 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0450722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.099;QD=2.91744;RBI=0.0569058;REFB=0.00711844;REVB=-0.0347385;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304361;STB=0.733062;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0181859;OID=.;OPOS=105417243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:5:1:15:24:5:1:15:24 chr14 105418166 . T C 47.85 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00773207;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.505;QD=3.6806;RBI=0.0320422;REFB=-0.000660939;REVB=-0.0310953;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139287;STB=0.615112;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0056026;OID=.;OPOS=105418166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:54:52:44:44:8:8:0.153846:4:4:27:17:4:4:28:16 chr14 105418194 . A G 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0118395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.198;QD=7.30271;RBI=0.0257118;REFB=-0.00274959;REVB=-0.0228237;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333589;STB=0.510574;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00761815;OID=.;OPOS=105418194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:42:15:15:0.263158:7:8:23:18:7:8:23:19 chr14 105418260 . T C 268.48 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.000563429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.517;QD=13.947;RBI=0.0446649;REFB=0.00101859;REVB=-0.0446613;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121694;STB=0.576872;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00319632;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:11:20:24:21:11:20:24:22 chr14 105418264 . G A 237.61 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00295422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.589;QD=12.6727;RBI=0.0111305;REFB=-0.00415975;REVB=-0.0107313;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729289;STB=0.558782;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0278354;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:46:29:29:0.386667:10:19:26:18:10:19:26:20 chr14 105418272 . C G 277.52 PASS AF=0.442857;AO=32;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.015148;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.098;QD=15.8584;RBI=0.0152741;REFB=-0.0232983;REVB=0.00195889;RO=38;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986267;STB=0.576872;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0140131;OID=.;OPOS=105418272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:39:32:31:0.442857:12:20:20:18:11:20:20:19 chr14 105418275 . T G 265.41 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00186679;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.988;QD=15.1662;RBI=0.00538057;REFB=-0.00619581;REVB=0.00504635;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512385;STB=0.549866;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00563253;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:40:30:30:0.428571:11:19:21:15:11:19:22:18 chr14 105418303 . C T 375.24 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0276549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0275;QD=18.3045;RBI=0.0323044;REFB=0.00346837;REVB=-0.0166967;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746354;STB=0.541672;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00351523;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:16:23:22:21:16:23:22:21 chr14 105418344 . T G 337.59 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0318451;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7782;QD=17.5371;RBI=0.0383861;REFB=0.00665743;REVB=0.0214331;RO=41;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315827;STB=0.665172;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00684527;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:35:36:0.467532:22:13:29:12:22:14:29:12 chr14 105418391 . C T 376.07 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00743844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.219;QD=21.187;RBI=0.0543396;REFB=-0.019756;REVB=0.0538281;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197443;STB=0.608221;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0147096;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:15:23:27:6:15:23:27:6 chr14 105419724 . T A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000152199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.391;QD=20.4486;RBI=0.00925311;REFB=0.00810003;REVB=-0.00925185;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133713;STB=0.574099;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0071569;OID=.;OPOS=105419724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:18:26:19:24:18:26:19:24 chr14 105420927 . A G 614.97 PASS AF=0.441558;AO=67;DP=149;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.00374845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7629;QD=15.9732;RBI=0.00385184;REFB=-0.0135174;REVB=-0.000886473;RO=80;SAF=32;SAR=35;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1438;STB=0.561626;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0196385;OID=.;OPOS=105420927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:154:80:86:67:68:0.441558:35:32:50:30:36:32:50:36 chr14 105421050 . T G 185.25 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0010916;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1978;QD=12.3502;RBI=0.0917811;REFB=-0.0165804;REVB=0.0917746;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794639;STB=0.578864;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00127778;OID=.;OPOS=105421050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:35:19:19:0.316667:11:8:12:16:11:8:19:16 chr14 105461067 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.869;QD=63.6149;RBI=0.0213057;REFB=0;REVB=0.0128164;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03693e-05;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr14 105478102 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00894784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.38;QD=54.481;RBI=0.0290618;REFB=0.103601;REVB=0.02765;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00229323;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:11:20:0:0:11:20:0:1 chr14 105609335 . A G 150.93 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0101335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.615;QD=12.5774;RBI=0.0375122;REFB=-0.00558996;REVB=-0.0361175;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859308;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.010162;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:18:13:7:10:18:13 chr14 105611282 . A G 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00827668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.554;QD=16.923;RBI=0.00847734;REFB=-0.0200534;REVB=-0.00183353;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063531;STB=0.53569;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.022882;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:17:17:17:13:17:17 chr14 105617042 . C T 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0534537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0979;QD=23.1617;RBI=0.0539184;REFB=-0.00388055;REVB=-0.00706369;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231329;STB=0.628389;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0079753;OID=.;OPOS=105617042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:6:17:12:14:6:17 chr14 105643619 . G A 48.25 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00752291;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.784;QD=9.18987;RBI=0.00858886;REFB=-0.00632615;REVB=0.00414419;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448782;STB=0.785954;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0121103;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:7:7:1:6:7:7 chr14 105643652 . A C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0938646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6883;QD=8.69773;RBI=0.0938653;REFB=0.00749525;REVB=0.000366389;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.029314;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:2:5:6:7:2:5:7:7 chr14 105716034 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00587618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.158;QD=21.744;RBI=0.0102749;REFB=-0.00971924;REVB=0.00842882;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.013314;OID=.;OPOS=105716034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:9:7:10:9:9:7 chr14 105722726 . T C 246.73 PASS AF=0.533333;AO=20;DP=41;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0835584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4256;QD=21.9319;RBI=0.093103;REFB=-0.0574327;REVB=0.0410631;RO=21;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860756;STB=0.607063;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.025202;OID=.;OPOS=105722726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:21:21:20:24:0.533333:4:16:18:3:8:16:18:3 chr14 105916420 . C T 1231.84 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.143;QD=60.8319;RBI=0.0426501;REFB=0;REVB=0.0425928;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011902;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:44:37:0:0 chr14 105930406 . G A 364.61 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=1.76284e-05;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.912;QD=20.8348;RBI=0.0111967;REFB=-0.0190469;REVB=0.0111967;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211398;STB=0.609102;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0241457;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:21:16:22:10:21:16:22:11 chr14 105935824 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.455;QD=62.0193;RBI=0.0349313;REFB=0;REVB=0.0337916;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235066;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr14 105953595 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6909;QD=40.7627;RBI=0.0920694;REFB=0;REVB=-0.0182468;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00582568;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr14 105962234 . T C 912.99 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.855;QD=57.9675;RBI=0.0562166;REFB=0;REVB=0.0557204;RO=0;SAF=46;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296099;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:15:46:0:0:17:46:0:0 chr14 105962369 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.21;QD=60.3766;RBI=0.00577373;REFB=0;REVB=0.00518161;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53241e-06;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr14 105995534 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2421;QD=51.1806;RBI=0.164742;REFB=0;REVB=0.160532;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410499;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 106053491 . C T 820.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131033;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.998;QD=57.5722;RBI=0.029575;REFB=0;REVB=0.0265138;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94694e-06;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr14 106053559 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.722;QD=46.8479;RBI=0.0278373;REFB=0;REVB=0.00419608;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396118;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr14 106053577 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1374;QD=39.2062;RBI=0.0809577;REFB=0;REVB=0.0416488;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155773;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 106053975 . G A 1583.81 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0512051;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8619;QD=57.0742;RBI=0.0711081;REFB=-0.110823;REVB=0.0493396;RO=3;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247468;STB=0.513041;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0123501;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:56:52:0:3:56:52:0:3 chr14 106054568 . A G 2368.75 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.254;QD=61.1289;RBI=0.0199246;REFB=0;REVB=0.0175038;RO=0;SAF=54;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97733e-06;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:101:54:0:0:101:54:0:0 chr14 106066454 . T C 1547.68 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432315;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.211;QD=63.1704;RBI=0.019913;REFB=0;REVB=0.0194381;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4281e-05;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:50:47:0:0:51:47:0:0 chr14 106066690 . A C 323.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.669;QD=53.8813;RBI=0.0648061;REFB=0;REVB=0.00791774;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141718;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr14 106067298 . T C 893.0 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000577528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.365;QD=57.6129;RBI=0.0284747;REFB=0;REVB=-0.0284688;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5671e-05;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:25:37:0:0 chr14 106067958 . C G,T 3710.66 PASS AF=0.0421456,0.927203;AO=10,243;DP=261;FAO=11,242;FDP=261;FR=.;FRO=8;FSAF=5,88;FSAR=6,154;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0303364,0.0101265;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1491,249.118;QD=56.8684;RBI=0.0625349,0.011318;REFB=-0.0480815,-0.0165032;REVB=-0.0546837,-0.00505497;RO=4;SAF=4,88;SAR=6,155;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0802204,0.00374943;STB=0.588082,0.503937;STBP=0.439,0.516;TYPE=snp,snp;VARB=0.25457,-0.000157999;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:261:261:4:8:10,243:11,242:0.0421456,0.927203:6,155:4,88:1:3:6,154:5,88:2:6 chr14 106090823 . A G 32.36 PASS AF=0.0663265;AO=13;DP=198;FAO=13;FDP=196;FR=.;FRO=183;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=89;FSRR=94;FWDB=-0.00290502;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.581;QD=0.660403;RBI=0.00538924;REFB=-8.29039e-05;REVB=-0.00453925;RO=183;SAF=6;SAR=7;SRF=89;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265354;STB=0.523174;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00106089;OID=.;OPOS=106090823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:198:196:183:183:13:13:0.0663265:7:6:89:94:7:6:89:94 chr14 106090846 . T C 3887.97 PASS AF=1;AO=250;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347247;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.255;QD=61.9596;RBI=0.0378185;REFB=0;REVB=0.0149811;RO=1;SAF=125;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77399e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:252:251:1:0:250:251:1:125:125:1:0:125:126:0:0 chr14 106090927 . G T 7448.39 PASS AF=1;AO=468;DP=469;FAO=471;FDP=471;FR=.;FRO=0;FSAF=272;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148396;FXX=0.00422824;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.918;QD=63.256;RBI=0.0150858;REFB=0.0515791;REVB=-0.00271464;RO=1;SAF=273;SAR=195;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174561;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37558e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:469:471:1:0:468:471:1:195:273:1:0:199:272:0:0 chr14 106091329 . G C 4129.77 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0693;QD=62.5723;RBI=0.0261454;REFB=0;REVB=0.0162192;RO=0;SAF=143;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99683e-05;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:264:0:0:264:264:1:121:143:0:0:121:143:0:0 chr14 106091504 . A G 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=108;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00495368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.59;QD=58.9182;RBI=0.00586459;REFB=-0.0463469;REVB=-0.00313919;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.504504;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=4.4683e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:108:107:0.990741:56:52:0:0:55:52:0:1 chr14 106091555 . C T 1473.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.583;QD=63.3585;RBI=0.0394014;REFB=0;REVB=0.0213599;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03267e-05;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:44:48:0:0:44:49:0:0 chr14 106091696 . A AC 397.73 PASS AF=1;AO=13;DP=76;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104138;FXX=0.386615;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.444;QD=34.5852;RBI=0.104155;REFB=0;REVB=0.00184705;RO=63;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.012379;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:76:46:46:0:40:6:0:0:3:63:6:7:39:24 chr14 106091697 . T C,G 1100.88 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=62,13;DP=75;FAO=65,10;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38,6;FSAR=27,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071151,0.00797898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.8442,179.772;QD=58.7134;RBI=0.0372399,0.0119448;REFB=0,0;REVB=0.0365538,-0.00888899;RO=0;SAF=38,6;SAR=24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0121378,0.0293015;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:75:75:0:0:62,13:65,10:0.866667,0.133333:24,7:38,6:0:0:27,4:38,6:0:0 chr14 106091743 . CA C,CG,GC 901.34 PASS AF=1,0,0;AO=58,3,3;DP=64;FAO=62,0,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,0;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164614,-0.0138783,-0.0791495;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=133.78,109.687,17.0681;QD=58.1511;RBI=0.0305328,0.0252163,0.0800424;REFB=0,0,0;REVB=0.0257153,0.0210536,-0.0119225;RO=0;SAF=34,1,3;SAR=24,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-6.31293e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-8.03625e-06,0,0;OID=.,.,.;OPOS=106091744,106091744,106091743;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GC;OMAPALT=C,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:58,3,3:62,0,0:1,0,0:24,2,0:34,1,3:0:0:24,0,0:38,0,0:0:0 chr14 106092152 . G A 3777.96 PASS AF=1;AO=237;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399251;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=63.2294;RBI=0.0256798;REFB=-0.0400216;REVB=0.0253675;RO=0;SAF=124;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141086;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:0:0:237:239:1:113:124:0:0:115:124:0:0 chr14 106109752 . A C 3366.23 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.385;QD=62.3375;RBI=0.0585927;REFB=0;REVB=0.00197124;RO=0;SAF=99;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54018e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:116:99:0:0:116:100:0:0 chr14 106110137 . C T 4139.4 PASS AF=1;AO=266;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090193;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.419;QD=62.0134;RBI=0.0148392;REFB=0.00176254;REVB=0.0117836;RO=1;SAF=120;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47323e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:268:267:1:0:266:267:1:146:120:0:1:147:120:0:0 chr14 106110914 . G T 4463.69 PASS AF=0.97619;AO=287;DP=295;FAO=287;FDP=294;FR=.;FRO=7;FSAF=155;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0104845;FXX=0.00338972;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.489;QD=60.7304;RBI=0.0427988;REFB=-0.179165;REVB=0.0414947;RO=1;SAF=155;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306684;STB=0.509503;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000894026;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:295:294:1:7:287:287:0.97619:132:155:1:0:132:155:1:6 chr14 106173790 . A G 1245.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.854;QD=61.5296;RBI=0.0493577;REFB=0;REVB=-0.0107767;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213756;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr14 106188230 . C T 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.439;QD=59.4244;RBI=0.119445;REFB=-0.0732789;REVB=-0.0230983;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00112615;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:42:42:0.976744:21:21:0:0:21:21:0:1 chr14 106204113 . C T 2295.65 PASS AF=0.96875;AO=155;DP=160;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0223397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.444;QD=57.3914;RBI=0.0240534;REFB=-0.168259;REVB=0.00891642;RO=1;SAF=52;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906016;STB=0.504762;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000385333;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:160:160:1:5:155:155:0.96875:103:52:1:0:103:52:1:4 chr14 106207843 . T C 981.87 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0447877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.471;QD=51.6772;RBI=0.0502132;REFB=-0.0259956;REVB=0.022703;RO=6;SAF=33;SAR=37;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206484;STB=0.510949;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00183381;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:76:76:6:6:70:70:0.921053:37:33:2:4:37:33:2:4 chr14 106209119 . T C 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0120108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.931;QD=56.5104;RBI=0.0377915;REFB=-0.0371579;REVB=0.0358321;RO=3;SAF=51;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000356565;STB=0.500189;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000981166;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:25:51:2:1:25:51:2:1 chr14 106209340 . T C 1693.84 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180724;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.455;QD=60.4944;RBI=0.0264803;REFB=0;REVB=0.0193544;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462303;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:110:112:1:61:49:0:0:61:51:0:0 chr14 106209346 . GCCCCCA GCTCTCG 39.17 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=119;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.000807416;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=297.038;QD=1.20521;RBI=0.0648483;REFB=-0.00126932;REVB=-0.0648433;RO=94;SAF=10;SAR=1;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503667;STB=0.910865;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.000799564;OID=.;OPOS=106209348;OREF=CCCCA;OALT=TCTCG;OMAPALT=GCTCTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0846154:11:130:11:130:119:10:1:54:65:37:94:10:1:48:46 chr14 106209362 . T C 159.32 PASS AF=0.176471;AO=30;DP=169;FAO=30;FDP=170;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.0205315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9236;QD=3.74862;RBI=0.0285359;REFB=-0.00266924;REVB=0.0198181;RO=139;SAF=18;SAR=12;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169222;STB=0.611168;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0135311;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:139:140:30:30:0.176471:12:18:65:74:12:18:65:75 chr14 106209368 . G C 137.63 PASS AF=0.156425;AO=28;DP=179;FAO=28;FDP=179;FR=.;FRO=151;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=0.00623688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.059;QD=3.07556;RBI=0.0223452;REFB=-0.00158085;REVB=-0.0214572;RO=150;SAF=19;SAR=9;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309087;STB=0.70466;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0277329;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:150:151:28:28:0.156425:9:19:65:85:9:19:65:86 chr14 106209373 . T C 230.65 PASS AF=0.214689;AO=38;DP=177;FAO=38;FDP=177;FR=.;FRO=139;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=-0.0410011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=5.21233;RBI=0.0412947;REFB=-0.0123179;REVB=-0.004916;RO=139;SAF=19;SAR=19;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412506;STB=0.52541;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0598678;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:139:139:38:38:0.214689:19:19:65:74:19:19:65:74 chr14 106237624 . C T 542.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650974;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.42;QD=60.2549;RBI=0.0141661;REFB=0;REVB=0.0125818;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8821e-05;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr14 106237642 . T G 516.02 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.607;QD=58.9737;RBI=0.0215723;REFB=0;REVB=-0.00988988;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22479e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:18:15:0:0:20:15:0:0 chr14 106303846 . C T 710.42 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.432;QD=54.6479;RBI=0.0599835;REFB=-0.110045;REVB=0.0354423;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00110483;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr14 106307418 . G A 1166.51 PASS AF=0.460674;AO=122;DP=277;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=0.0119541;FXX=0.0360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.35;QD=17.4759;RBI=0.0185591;REFB=-0.00584712;REVB=0.0141965;RO=141;SAF=50;SAR=72;SRF=71;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922131;STB=0.55411;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00614494;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:267:141:144:122:123:0.460674:72:50:71:70:72:51:74:70 chr14 106321330 . G A 334.38 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00422274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2181;QD=27.296;RBI=0.0814168;REFB=-0.00370175;REVB=0.0813073;RO=20;SAF=2;SAR=27;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443613;STB=0.752092;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00762589;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:27:2:7:13:27:2:7:13 chr14 106321590 . C A 1543.69 PASS AF=0.981308;AO=106;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152466;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.844;QD=57.7081;RBI=0.0336234;REFB=-0.100433;REVB=0.0299679;RO=2;SAF=67;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004982;STB=0.50279;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00120541;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:2:2:106:105:0.981308:39:67:1:1:38:67:1:1 chr14 106321663 . T C 346.77 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00278924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.118;QD=14.601;RBI=0.0115176;REFB=-0.00997568;REVB=-0.0111747;RO=57;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103957;STB=0.559042;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0222961;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:15:23:29:28:15:23:29:28 chr14 106321913 . G A 555.04 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0121874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.435;QD=54.1506;RBI=0.0650091;REFB=-0.0847358;REVB=0.0638565;RO=3;SAF=11;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608942;STB=0.541645;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00781322;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:3:2:38:39:0.95122:27:11:2:1:28:11:2:0 chr14 106324349 . C T 95.29 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0648016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.216;QD=34.6505;RBI=0.0662292;REFB=-0.0202959;REVB=0.0136771;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00140273;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr14 106329435 . T G 1192.8 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7629;QD=59.6401;RBI=0.0185751;REFB=0.208878;REVB=0.00469833;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095643;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000176816;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:49:30:0:1:49:30:0:1 chr14 106329451 . GTA ACC 973.95 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00671888;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=3;MLLD=180.25;QD=56.4609;RBI=0.0223479;REFB=-0.135619;REVB=0.0213139;RO=1;SAF=24;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192778;STB=0.504457;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.00620443;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:69:1:2:66:67:0.971014:42:24:1:0:43:24:1:1 chr14 106346915 . C A 2463.97 PASS AF=0.429952;AO=267;DP=626;FAO=267;FDP=621;FR=.;FRO=354;FSAF=149;FSAR=118;FSRF=170;FSRR=184;FWDB=-0.00801003;FXX=0.00956922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1329;QD=15.871;RBI=0.0108217;REFB=0.00251966;REVB=0.0072766;RO=338;SAF=149;SAR=118;SRF=168;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619582;STB=0.544503;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00390898;OID=.;OPOS=106346915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:626:621:338:354:267:267:0.429952:118:149:168:170:118:149:170:184 chr14 106350696 . A G 2627.67 PASS AF=0.483755;AO=267;DP=553;FAO=268;FDP=554;FR=.;FRO=286;FSAF=152;FSAR=116;FSRF=129;FSRR=157;FWDB=0.0010434;FXX=0.00180177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.433;QD=18.9723;RBI=0.0199785;REFB=0.00505559;REVB=-0.0199512;RO=285;SAF=152;SAR=115;SRF=128;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113316;STB=0.560056;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00467296;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:553:554:285:286:267:268:0.483755:115:152:128:157:116:152:129:157 chr14 106370603 . G C 1555.66 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3193;QD=59.8332;RBI=0.078622;REFB=0;REVB=0.0318013;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232456;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr14 106385332 . G C 603.42 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0193856;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7458;QD=16.9977;RBI=0.0209258;REFB=-0.0103924;REVB=-0.00787965;RO=78;SAF=34;SAR=29;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373396;STB=0.523931;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0158728;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:79:63:63:0.443662:29:34:45:33:29:34:46:33 chr14 106436780 . A G 557.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.416;QD=60.2347;RBI=0.0246623;REFB=0;REVB=0.0123138;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242223;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611751;FXX=0;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1247.68;QD=33.4285;RBI=0.0151132;REFB=0;REVB=0.0138197;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.57002e-05;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:2:4:0:0:4:0:2:4:0:0 chr14 106452690 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00166477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.852;QD=57.3927;RBI=0.00221971;REFB=0.140435;REVB=0.0014682;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00250847;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr14 106452817 . A G 1506.29 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7227;QD=58.4967;RBI=0.0465891;REFB=-0.0106261;REVB=-0.0236928;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.505262;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000104874;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:55:47:1:0:55:47:1:0 chr14 106471268 . A G 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.775;QD=59.4969;RBI=0.0216596;REFB=0;REVB=-0.0186778;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99795e-05;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr14 106471273 . C T 1025.16 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0617152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0789;QD=53.2553;RBI=0.0617537;REFB=-0.0731735;REVB=0.00217932;RO=5;SAF=24;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915913;STB=0.504853;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.014757;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:77:5:5:72:72:0.935065:48:24:2:3:48:24:2:3 chr14 106471353 . C T 1970.92 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7327;QD=62.0763;RBI=0.0227747;REFB=0;REVB=-0.0171085;RO=0;SAF=46;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145109;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:81:46:0:0:81:46:0:0 chr14 106471388 . C A 1938.25 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204261;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.959;QD=62.0241;RBI=0.0235243;REFB=0;REVB=0.0116691;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87377e-05;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:74:50:0:0:75:50:0:0 chr14 106471528 . C A 610.36 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2237;QD=56.7778;RBI=0.0633417;REFB=0.00581333;REVB=-0.0592139;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468564;STB=0.524988;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000886077;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:22:19:2:0:22:19:2:0 chr14 106471534 . A G 598.16 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539215;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2134;QD=61.3499;RBI=0.0787043;REFB=0;REVB=-0.0573309;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175419;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 106471547 . A G 536.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1792;QD=59.6267;RBI=0.115572;REFB=0;REVB=0.112866;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867206;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:13:23:0:0 chr14 106471685 . G A 1112.85 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.723;QD=60.1539;RBI=0.03018;REFB=0;REVB=0.0165103;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85869e-05;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:43:31:0:0 chr14 106478113 . C G 32.57 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.078618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8345;QD=5.21115;RBI=0.0856553;REFB=-0.0114321;REVB=-0.0340006;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254477;STB=0.612571;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0441398;OID=.;OPOS=106478113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:24:25:19:19:5:6:0.24:2:3:15:4:2:4:15:4 chr14 106478120 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0990217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3337;QD=15.5705;RBI=0.101543;REFB=-0.0205161;REVB=0.0224878;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555448;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0354324;OID=.;OPOS=106478120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:2:9:9:2:2:9:9:3 chr14 106478137 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0139175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.328;QD=6.25139;RBI=0.0152904;REFB=-0.0230236;REVB=-0.00633248;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227996;STB=0.642457;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0446762;OID=.;OPOS=106478137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:14:3:2:4:14:3 chr14 106478401 . G A 362.06 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846774;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.585;QD=55.7009;RBI=0.0120144;REFB=0;REVB=0.00852303;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65413e-05;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr14 106478513 . C G 1098.65 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.441;QD=60.1998;RBI=0.0156158;REFB=0;REVB=0.00297568;RO=0;SAF=14;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97066e-05;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:58:14:0:0:59:14:0:0 chr14 106478556 . T C 886.33 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4538;QD=56.2747;RBI=0.073028;REFB=-0.0190178;REVB=0.0552844;RO=1;SAF=9;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934574;STB=0.50476;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00140539;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:1:1:59:62:0.984127:50:9:0:1:52:10:0:1 chr14 106518418 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00383695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.639;QD=12.6191;RBI=0.0216985;REFB=-0.0106633;REVB=-0.0213566;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147165;STB=0.609664;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0111961;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:38:24:24:0.387097:9:15:17:18:9:15:17:21 chr14 106518848 . T C 185.64 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0722295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4724;QD=19.0398;RBI=0.0722908;REFB=0.0167577;REVB=0.00297589;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281034;STB=0.677214;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0335616;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:4:15:10:9:4:15:10:10 chr14 106573352 . A T 34.5 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0128036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.948;QD=2.29977;RBI=0.0287358;REFB=-0.0196592;REVB=0.0257257;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288882;STB=0.749376;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.168241;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:60:46:52:8:8:0.133333:6:2:22:24:6:2:28:24 chr14 106573354 . A G 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00243456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0446;QD=2.83762;RBI=0.00438609;REFB=0.00368061;REVB=-0.00364838;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34094;STB=0.761652;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0377701;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:49:52:8:8:0.133333:6:2:26:23:6:2:29:23 chr14 106573357 . GT TA 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0214548;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.5033;QD=2.83773;RBI=0.0223567;REFB=0.0100825;REVB=-0.00628601;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358048;STB=0.761652;STBP=0.134;TYPE=mnp;VARB=-0.0727633;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:51:52:8:8:0.133333:6:2:28:23:6:2:29:23 chr14 106573364 . C T 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0182288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.74;QD=3.13452;RBI=0.0310783;REFB=-0.00768279;REVB=-0.0251709;RO=53;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413998;STB=0.788103;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0384157;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:7:2:30:23:7:2:30:23 chr14 106586259 . T G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0162675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.527;QD=15.0641;RBI=0.0274751;REFB=-0.0140036;REVB=0.0221415;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18178;STB=0.602762;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0173784;OID=.;OPOS=106586259;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:22:13:15:12:22:13 chr14 106641761 . A G 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0082267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.714;QD=12.7963;RBI=0.0109826;REFB=0.00114344;REVB=-0.00727591;RO=63;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202863;STB=0.615365;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00215902;OID=.;OPOS=106641761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:17:21:23:40:17:21:23:40 chr14 106667668 . G C 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000777333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.284;QD=2.56811;RBI=0.00167526;REFB=-0.00310793;REVB=0.001484;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183642;STB=0.629695;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0164491;OID=.;OPOS=106667668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:50:43:44:6:6:0.12:4:2:21:22:4:2:21:23 chr14 106691778 . T A 42.32 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.00579125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.259;QD=1.28252;RBI=0.0451042;REFB=-0.00247372;REVB=0.0447308;RO=119;SAF=7;SAR=5;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149637;STB=0.612315;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0269835;OID=.;OPOS=106691778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:119:120:12:12:0.0909091:5:7:54:65:5:7:55:65 chr14 106691792 . A T 41.26 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=142;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=-0.00798552;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.304;QD=1.154;RBI=0.0463243;REFB=-0.00708258;REVB=-0.0456308;RO=125;SAF=7;SAR=5;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20931;STB=0.639775;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0823536;OID=.;OPOS=106691792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:142:143:125:131:12:12:0.0839161:5:7:50:75:5:7:56:75 chr14 106691794 . A G 45.09 PASS AF=0.0909091;AO=13;DP=143;FAO=13;FDP=143;FR=.;FRO=130;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=74;FWDB=0.0412278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2256;QD=1.26119;RBI=0.0422881;REFB=-0.0081331;REVB=-0.00941003;RO=130;SAF=8;SAR=5;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212339;STB=0.663622;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.041214;OID=.;OPOS=106691794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:143:130:130:13:13:0.0909091:5:8:56:74:5:8:56:74 chr14 106780541 . A G 100.91 PASS AF=0.132184;AO=23;DP=174;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.0399206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.64;QD=2.31972;RBI=0.0405175;REFB=-0.00296587;REVB=-0.00692926;RO=151;SAF=14;SAR=9;SRF=73;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157595;STB=0.608601;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0300377;OID=.;OPOS=106780541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:151:151:23:23:0.132184:9:14:73:78:9:14:73:78 chr14 106780586 . G C 153.38 PASS AF=0.138211;AO=34;DP=245;FAO=34;FDP=246;FR=.;FRO=212;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=97;FSRR=115;FWDB=-0.0193792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.988;QD=2.49405;RBI=0.0243439;REFB=-0.00412041;REVB=-0.0147334;RO=210;SAF=18;SAR=16;SRF=95;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980171;STB=0.56166;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0455691;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:210:212:34:34:0.138211:16:18:95:115:16:18:97:115 chr14 106780597 . C T 167.56 PASS AF=0.141221;AO=38;DP=249;FAO=37;FDP=262;FR=.;FRO=225;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=120;FWDB=0.00297948;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.61;QD=2.55816;RBI=0.0787674;REFB=-0.00791261;REVB=-0.0787111;RO=208;SAF=20;SAR=18;SRF=103;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399982;STB=0.563173;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0590727;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:262:208:225:38:37:0.141221:18:20:103:105:17:20:105:120 chr14 106780647 . A G 190.01 PASS AF=0.148014;AO=41;DP=277;FAO=41;FDP=277;FR=.;FRO=236;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=99;FSRR=137;FWDB=-0.00826517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6152;QD=2.74386;RBI=0.0177876;REFB=0.000328183;REVB=-0.0157508;RO=236;SAF=22;SAR=19;SRF=99;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149889;STB=0.598801;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00283009;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:236:236:41:41:0.148014:19:22:99:137:19:22:99:137 chr14 106780672 . T G 88.6 PASS AF=0.108108;AO=24;DP=224;FAO=24;FDP=222;FR=.;FRO=198;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=121;FWDB=0.00713653;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.775;QD=1.5964;RBI=0.011635;REFB=0.000771826;REVB=0.00918927;RO=193;SAF=7;SAR=17;SRF=75;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130943;STB=0.596407;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00877915;OID=.;OPOS=106780672;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:224:222:193:198:24:24:0.108108:17:7:75:118:17:7:77:121 chr14 106780684 . G T 41.89 PASS AF=0.0753769;AO=15;DP=199;FAO=15;FDP=199;FR=.;FRO=184;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=124;FWDB=-0.00260393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.755;QD=0.842024;RBI=0.0181579;REFB=-0.00155329;REVB=-0.0179702;RO=183;SAF=4;SAR=11;SRF=60;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803604;STB=0.565825;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0164121;OID=.;OPOS=106780684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:199:199:183:184:15:15:0.0753769:11:4:60:123:11:4:60:124 chr14 106780782 . G A 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0109509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.798;QD=2.34412;RBI=0.0237529;REFB=-0.00244121;REVB=-0.0210779;RO=64;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740937;STB=0.554331;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0232757;OID=.;OPOS=106780782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:3:6:39:25:3:6:39:25 chr14 106780786 . C G 79.48 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0452156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7193;QD=4.18292;RBI=0.0452754;REFB=-0.00476757;REVB=0.0023261;RO=62;SAF=8;SAR=6;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965703;STB=0.562414;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0150577;OID=.;OPOS=106780786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:6:8:40:22:6:8:40:22 chr14 106780803 . C G 164.6 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00819515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7292;QD=7.7459;RBI=0.00822186;REFB=-0.0323927;REVB=-0.000662142;RO=62;SAF=15;SAR=8;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305258;STB=0.518378;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0773184;OID=.;OPOS=106780803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:8:15:39:23:8:15:39:23 chr14 106780817 . A C 1345.97 PASS AF=1;AO=68;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.439;QD=62.6033;RBI=0.0979165;REFB=0;REVB=0.00239173;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101133;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:68:86:1:29:39:0:0:31:55:0:0 chr14 106791006 . C T 1582.5 PASS AF=0.557621;AO=147;DP=269;FAO=150;FDP=269;FR=.;FRO=119;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.00888396;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.852;QD=23.5315;RBI=0.0217212;REFB=-0.0206562;REVB=-0.0198213;RO=122;SAF=87;SAR=60;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983408;STB=0.550828;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0163173;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:122:119:147:150:0.557621:60:87:58:64:60:90:58:61 chr14 106791119 . A G 2324.6 PASS AF=0.48847;AO=233;DP=478;FAO=233;FDP=477;FR=.;FRO=244;FSAF=112;FSAR=121;FSRF=120;FSRR=124;FWDB=0.0267662;FXX=0.00624987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.26;QD=19.4935;RBI=0.0274361;REFB=-0.00990734;REVB=-0.00602569;RO=241;SAF=112;SAR=121;SRF=117;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044504;STB=0.505692;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0106448;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:477:241:244:233:233:0.48847:121:112:117:124:121:112:120:124 chr14 106791131 . A G 1574.18 PASS AF=0.385928;AO=181;DP=475;FAO=181;FDP=469;FR=.;FRO=288;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=142;FSRR=146;FWDB=0.0149659;FXX=0.0126313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.513;QD=13.4258;RBI=0.0149695;REFB=-0.010631;REVB=0.000325196;RO=288;SAF=78;SAR=103;SRF=142;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685229;STB=0.538468;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0244622;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:469:288:288:181:181:0.385928:103:78:142:146:103:78:142:146 chr14 106791200 . GC AG 1442.5 PASS AF=0.530075;AO=140;DP=267;FAO=141;FDP=266;FR=.;FRO=125;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.00923973;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.731;QD=21.6917;RBI=0.0184848;REFB=-0.0167739;REVB=-0.0160098;RO=124;SAF=70;SAR=70;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555387;STB=0.533602;STBP=0.241;TYPE=mnp;VARB=0.013134;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:124:125:140:141:0.530075:70:70:54:70:70:71:54:71 chr14 106805212 . C G 1895.69 PASS AF=0.615942;AO=160;DP=270;FAO=170;FDP=276;FR=.;FRO=106;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0947124;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5876;QD=27.4737;RBI=0.0956495;REFB=-0.0480129;REVB=0.0133559;RO=108;SAF=84;SAR=76;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899957;STB=0.50224;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.018248;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:276:108:106:160:170:0.615942:76:84:58:50:76:94:58:48 chr14 106805236 . C T 2128.68 PASS AF=0.547425;AO=202;DP=370;FAO=202;FDP=369;FR=.;FRO=167;FSAF=96;FSAR=106;FSRF=74;FSRR=93;FWDB=0.000332572;FXX=0.00270263;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.44;QD=23.0751;RBI=0.00562496;REFB=-0.030608;REVB=-0.00561512;RO=156;SAF=96;SAR=106;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369426;STB=0.514598;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0227227;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:369:156:167:202:202:0.547425:106:96:67:89:106:96:74:93 chr14 106805278 . A G 3192.3 PASS AF=0.551852;AO=296;DP=538;FAO=298;FDP=540;FR=.;FRO=242;FSAF=129;FSAR=169;FSRF=105;FSRR=137;FWDB=-0.0052977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.558;QD=23.6466;RBI=0.0185541;REFB=-0.00489305;REVB=-0.0177817;RO=239;SAF=127;SAR=169;SRF=103;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160335;STB=0.500455;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00257646;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:540:239:242:296:298:0.551852:169:127:103:136:169:129:105:137 chr14 106805299 . A G 41.88 PASS AF=0.050536;AO=33;DP=651;FAO=33;FDP=653;FR=.;FRO=620;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=267;FSRR=353;FWDB=-0.00894208;FXX=0.00152903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.668;QD=0.256512;RBI=0.0100583;REFB=-0.000182521;REVB=-0.00460527;RO=617;SAF=15;SAR=18;SRF=264;SRR=353;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268024;STB=0.522963;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00353007;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:651:653:617:620:33:33:0.050536:18:15:264:353:18:15:267:353 chr14 106805341 . G A 221.02 PASS AF=0.0984952;AO=73;DP=732;FAO=72;FDP=731;FR=.;FRO=659;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=282;FSRR=377;FWDB=-0.0413781;FXX=0.0013661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.308;QD=1.20941;RBI=0.0417093;REFB=0.000115549;REVB=0.0052455;RO=652;SAF=36;SAR=37;SRF=278;SRR=374;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082675;STB=0.552638;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00162443;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:732:731:652:659:73:72:0.0984952:37:36:278:374:37:35:282:377 chr14 106805343 . A G 228.03 PASS AF=0.100137;AO=73;DP=728;FAO=73;FDP=729;FR=.;FRO=656;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=283;FSRR=373;FWDB=-0.0105347;FXX=0.00136984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.891;QD=1.25121;RBI=0.0177339;REFB=0.000761668;REVB=-0.0142657;RO=654;SAF=36;SAR=37;SRF=282;SRR=372;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766147;STB=0.555645;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00885618;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:728:729:654:656:73:73:0.100137:37:36:282:372:37:36:283:373 chr14 106805380 . GT GG,TG 3526.7 PASS AF=0.48741,0.120504;AO=256,67;DP=556;FAO=271,67;FDP=556;FR=.;FRO=218;FSAF=97,31;FSAR=174,36;FSRF=88;FSRR=130;FWDB=0.0363092,-0.0836061;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=291.228,34.4853;QD=25.372;RBI=0.0363127,0.0838025;REFB=-0.0135332,-0.0240776;REVB=0.000506106,0.005735;RO=216;SAF=86,31;SAR=170,36;SRF=86;SRR=130;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0574186,0.0831231;STB=0.521902,0.545692;STBP=0.298,0.407;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0136383,0.00622831;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:556:216:218:256,67:271,67:0.48741,0.120504:170,36:86,31:86:130:174,36:97,31:88:130 chr14 106805386 . G C 342.19 PASS AF=0.142857;AO=77;DP=540;FAO=77;FDP=539;FR=.;FRO=462;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=181;FSRR=281;FWDB=-0.0370494;FXX=0.00185182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8725;QD=2.53945;RBI=0.0639119;REFB=0.0015713;REVB=0.0520776;RO=460;SAF=36;SAR=41;SRF=179;SRR=281;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103184;STB=0.56575;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0100553;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:539:460:462:77:77:0.142857:41:36:179:281:41:36:181:281 chr14 106805395 . G A 1082.5 PASS AF=0.28876;AO=147;DP=513;FAO=149;FDP=516;FR=.;FRO=367;FSAF=49;FSAR=100;FSRF=165;FSRR=202;FWDB=-0.035845;FXX=0.0019342;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.331;QD=8.39149;RBI=0.0359015;REFB=-0.00482525;REVB=0.00201262;RO=360;SAF=47;SAR=100;SRF=161;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165738;STB=0.59118;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.018326;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:516:360:367:147:149:0.28876:100:47:161:199:100:49:165:202 chr14 106805402 . T G 410.13 PASS AF=0.164032;AO=83;DP=504;FAO=83;FDP=506;FR=.;FRO=423;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=169;FSRR=254;FWDB=-0.030478;FXX=0.00197235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.93;QD=3.24216;RBI=0.0311254;REFB=0.00287208;REVB=-0.00631551;RO=418;SAF=39;SAR=44;SRF=169;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864372;STB=0.559435;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0131527;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:506:418:423:83:83:0.164032:44:39:169:249:44:39:169:254 chr14 106805408 . C T 1126.24 PASS AF=0.300199;AO=151;DP=500;FAO=151;FDP=503;FR=.;FRO=352;FSAF=50;FSAR=101;FSRF=158;FSRR=194;FWDB=0.0171989;FXX=0.00198409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.52;QD=8.95615;RBI=0.019127;REFB=-0.00390371;REVB=0.00836908;RO=347;SAF=49;SAR=102;SRF=156;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160118;STB=0.587493;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00794398;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:503:347:352:151:151:0.300199:102:49:156:191:101:50:158:194 chr14 106805439 . TA CG,TG 5865.23 PASS AF=0.185379,0.814621;AO=72,312;DP=387;FAO=71,312;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=33,132;FSAR=38,180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559159,0.0108609;FXX=0.0103357;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=66.8062,141.233;QD=61.2556;RBI=0.00919165,0.0138743;REFB=0,0;REVB=-0.00729524,0.00863346;RO=0;SAF=33,132;SAR=39,180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00523206,0.00232838;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:387:383:0:0:72,312:71,312:0.185379,0.814621:39,180:33,132:0:0:38,180:33,132:0:0 chr14 106805481 . G A 110.76 PASS AF=0.122727;AO=27;DP=221;FAO=27;FDP=220;FR=.;FRO=193;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=105;FSRR=88;FWDB=0.00512923;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.183;QD=2.01377;RBI=0.0203901;REFB=-0.00444764;REVB=-0.0197344;RO=191;SAF=9;SAR=18;SRF=103;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256612;STB=0.682501;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0395139;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:191:193:27:27:0.122727:18:9:103:88:18:9:105:88 chr14 106805485 . C G 110.74 PASS AF=0.123288;AO=27;DP=221;FAO=27;FDP=219;FR=.;FRO=192;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=106;FSRR=86;FWDB=0.0312859;FXX=0.00904936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5987;QD=2.02269;RBI=0.0379427;REFB=0.00533974;REVB=-0.0214672;RO=194;SAF=12;SAR=15;SRF=106;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12711;STB=0.593493;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0398422;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:194:192:27:27:0.123288:15:12:106:88:15:12:106:86 chr14 106805508 . G A 2389.92 PASS AF=0.981818;AO=159;DP=166;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0415379;FXX=0.0178561;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2611;QD=57.9373;RBI=0.0494287;REFB=-0.168802;REVB=0.0267918;RO=3;SAF=81;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062045;STB=0.508981;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00141143;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:165:3:3:159:162:0.981818:78:81:1:2:80:82:3:0 chr14 106815723 . C T 72.64 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0150503;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.871;QD=7.44991;RBI=0.0472153;REFB=-0.00699561;REVB=-0.0447523;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996032;STB=0.543393;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0200191;OID=.;OPOS=106815723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:41:39:31:29:10:10:0.25641:6:4:10:21:6:4:10:19 chr14 106845487 . C G 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.01794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.407;QD=23.4434;RBI=0.0180393;REFB=0.00634333;REVB=-0.00189043;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00429012;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:42:42:0.567568:21:21:15:16:21:21:16:16 chr14 106866427 . G A 124.65 PASS AF=0.150289;AO=26;DP=173;FAO=26;FDP=173;FR=.;FRO=147;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=92;FWDB=-0.00770557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.867;QD=2.88199;RBI=0.00891171;REFB=-0.00265983;REVB=-0.00447691;RO=147;SAF=7;SAR=19;SRF=55;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151566;STB=0.602474;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0162025;OID=.;OPOS=106866427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:147:147:26:26:0.150289:19:7:55:92:19:7:55:92 chr14 106866434 . C T 211.7 PASS AF=0.19171;AO=37;DP=184;FAO=37;FDP=193;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=100;FWDB=-0.0250312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1637;QD=4.38759;RBI=0.107906;REFB=-0.00860141;REVB=-0.104963;RO=147;SAF=8;SAR=29;SRF=56;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250105;STB=0.642575;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0499684;OID=.;OPOS=106866434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:193:147:156:37:37:0.19171:29:8:56:91:29:8:56:100 chr14 106866449 . T C 312.37 PASS AF=0.225225;AO=50;DP=220;FAO=50;FDP=222;FR=.;FRO=172;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=116;FWDB=0.02201;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1967;QD=5.6283;RBI=0.037501;REFB=-0.0028453;REVB=-0.0303625;RO=170;SAF=18;SAR=32;SRF=56;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429136;STB=0.5294;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00546341;OID=.;OPOS=106866449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:170:172:50:50:0.225225:32:18:56:114:32:18:56:116 chr14 106866465 . A G 330.81 PASS AF=0.231111;AO=52;DP=227;FAO=52;FDP=225;FR=.;FRO=173;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=118;FWDB=0.0026354;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.07;QD=5.88107;RBI=0.0289502;REFB=-0.00694524;REVB=-0.02883;RO=172;SAF=20;SAR=32;SRF=55;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895379;STB=0.555535;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0234402;OID=.;OPOS=106866465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:172:173:52:52:0.231111:32:20:55:117:32:20:55:118 chr14 106866565 . C A 561.9 PASS AF=0.305439;AO=73;DP=232;FAO=73;FDP=239;FR=.;FRO=166;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=122;FWDB=-0.0481416;FXX=0.00829841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.191;QD=9.40418;RBI=0.0547602;REFB=-0.0228466;REVB=0.0260972;RO=157;SAF=27;SAR=46;SRF=36;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190911;STB=0.581369;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0384233;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:239:157:166:73:73:0.305439:46:27:36:121:46:27:44:122 chr14 106866588 . T C 573.7 PASS AF=0.35122;AO=70;DP=202;FAO=72;FDP=205;FR=.;FRO=133;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=100;FWDB=0.0146828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.715;QD=11.1941;RBI=0.0222179;REFB=-0.0124662;REVB=-0.0166748;RO=129;SAF=27;SAR=43;SRF=33;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163831;STB=0.608662;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0217304;OID=.;OPOS=106866588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:129:133:70:72:0.35122:43:27:33:96:43:29:33:100 chr14 106866654 . TAG CAG,TCA 175.19 PASS AF=0.298507,0;AO=16,3;DP=64;FAO=20,0;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00407766,-0.0579224;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=223.567,120.384;QD=10.4588;RBI=0.00439182,0.0588588;REFB=-0.00497829,-3.55402e-05;REVB=0.00163118,0.0104571;RO=31;SAF=5,3;SAR=11,0;SRF=4;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.274368,0.757686;STB=0.541626,0.5;STBP=0.684,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00282428,0.15079;OID=.,.;OPOS=106866654,106866655;OREF=T,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=CAG,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:31:41:16,3:20,0:0.298507,0:11,0:5,3:4:27:12,0:8,0:14:27 chr14 106866668 . C A 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00200195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.984;QD=10.6435;RBI=0.00878894;REFB=-0.00200037;REVB=-0.00855791;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297343;STB=0.50174;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0060689;OID=.;OPOS=106866668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:17:21:11:9:17:21 chr14 106866675 . C G 134.08 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00814543;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.6459;QD=10.3141;RBI=0.0253308;REFB=-0.00324706;REVB=0.0239854;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525166;STB=0.531141;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0133271;OID=.;OPOS=106866675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:16:19:10:7:16:19 chr14 106866810 . C T 73.35 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0221156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.835;QD=3.18898;RBI=0.0310819;REFB=9.26995e-05;REVB=-0.02184;RO=77;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653906;STB=0.549928;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000689248;OID=.;OPOS=106866810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:77:78:14:14:0.152174:8:6:37:40:8:6:38:40 chr14 106866822 . C G 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.011773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.752;QD=3.61369;RBI=0.0134935;REFB=0.00036821;REVB=-0.00659327;RO=76;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110074;STB=0.573235;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00256534;OID=.;OPOS=106866822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:9:6:37:39:9:6:37:39 chr14 106866865 . G C 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0280988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8902;QD=2.41659;RBI=0.0315775;REFB=-0.00772782;REVB=-0.0144082;RO=81;SAF=5;SAR=7;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950548;STB=0.572832;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0313161;OID=.;OPOS=106866865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:81:82:12:12:0.12766:7:5:40:41:7:5:41:41 chr14 106866869 . G A 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0125665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225;QD=2.41678;RBI=0.0230093;REFB=-0.00301683;REVB=-0.0192746;RO=82;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102395;STB=0.572832;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0142675;OID=.;OPOS=106866869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:7:5:41:41:7:5:41:41 chr14 106877390 . C G 1442.06 PASS AF=0.560669;AO=133;DP=239;FAO=134;FDP=239;FR=.;FRO=105;FSAF=85;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=0.00281122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.41;QD=24.1349;RBI=0.00407134;REFB=-0.0199032;REVB=-0.00294497;RO=105;SAF=84;SAR=49;SRF=65;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108872;STB=0.507206;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0123752;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:105:105:133:134:0.560669:49:84:65:40:49:85:65:40 chr14 106877445 . C T 1814.44 PASS AF=0.59854;AO=159;DP=273;FAO=164;FDP=274;FR=.;FRO=110;FSAF=110;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=0.00594153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6125;QD=26.4882;RBI=0.0379696;REFB=-0.0348639;REVB=-0.0375018;RO=108;SAF=105;SAR=54;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701078;STB=0.543218;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0229816;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:274:108:110:159:164:0.59854:54:105:62:46:54:110:63:47 chr14 106877447 . A ATGATCT 1623.93 PASS AF=0.581395;AO=143;DP=267;FAO=150;FDP=258;FR=.;FRO=108;FSAF=100;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.0166694;FXX=0.054943;HRUN=0;LEN=6;MLLD=283.243;QD=25.1773;RBI=0.0391649;REFB=-0.0200767;REVB=0.0354404;RO=105;SAF=98;SAR=45;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106639;STB=0.546473;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.0147376;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:143:267:150:258:108:100:50:61:47:99:105:98:45:59:46 chr14 106877519 . A G 1692.07 PASS AF=0.69898;AO=136;DP=196;FAO=137;FDP=196;FR=.;FRO=59;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.000326509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.141;QD=34.532;RBI=0.00420519;REFB=-0.0129482;REVB=-0.0041925;RO=58;SAF=83;SAR=53;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340844;STB=0.516941;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00821171;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:58:59:136:137:0.69898:53:83:32:26:53:84:33:26 chr14 106877535 . C G 483.09 PASS AF=0.340909;AO=60;DP=176;FAO=60;FDP=176;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=74;FSRR=42;FWDB=-0.00164579;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.416;QD=10.9792;RBI=0.0317742;REFB=-0.0334761;REVB=-0.0317316;RO=114;SAF=33;SAR=27;SRF=72;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955685;STB=0.559214;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0746952;OID=.;OPOS=106877535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:114:116:60:60:0.340909:27:33:72:42:27:33:74:42 chr14 106877551 . A C 593.41 PASS AF=0.584;AO=62;DP=113;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0363241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7898;QD=18.9892;RBI=0.160144;REFB=-0.130786;REVB=0.15597;RO=50;SAF=40;SAR=22;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132712;STB=0.536564;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0818077;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:125:50:52:62:73:0.584:22:40:33:17:30:43:35:17 chr14 106877554 . GCC GCG,GGT,GTC 860.17 PASS AF=0.383838,0.0505051,0.292929;AO=36,5,23;DP=100;FAO=38,5,29;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=24,3,15;FSAR=14,2,14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00294014,0.0148089,0.00992801;FXX=0.009999;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=141.366,86.8969,88.113;QD=34.7544;RBI=0.00295486,0.0187811,0.0173569;REFB=-0.0386007,-0.0309516,-0.0254206;REVB=-0.000294533,-0.011551,-0.0142372;RO=13;SAF=22,3,10;SAR=14,2,13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0832256,-0.2102,-0.215946;STB=0.531811,0.603392,0.578972;STBP=0.534,0.699,0.163;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0213174,0.0260791,0.0445955;OID=.,.,.;OPOS=106877556,106877555,106877555;OREF=C,CC,C;OALT=G,GT,T;OMAPALT=GCG,GGT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.383838,0.0505051,0.292929:36,5,23:100:38,5,29:99:18:24,3,15:14,2,14:13:5:99:13:22,3,10:14,2,13:10:3 chr14 106877583 . T G 196.48 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0244976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.849;QD=8.83075;RBI=0.028337;REFB=-0.0129368;REVB=-0.0142427;RO=63;SAF=15;SAR=11;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112556;STB=0.566346;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0294988;OID=.;OPOS=106877583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:63:26:26:0.292135:11:15:42:21:11:15:42:21 chr14 106877618 . G C 607.85 PASS AF=0.56701;AO=54;DP=96;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00207553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2532;QD=25.0658;RBI=0.0187383;REFB=-0.0501019;REVB=-0.0186229;RO=41;SAF=41;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249279;STB=0.623052;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0274721;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:41:42:54:55:0.56701:13:41:20:21:14:41:21:21 chr14 106877637 . A G 704.19 PASS AF=0.543307;AO=67;DP=125;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00995674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.616;QD=22.1792;RBI=0.0433305;REFB=-0.0146579;REVB=0.042171;RO=58;SAF=47;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21479;STB=0.604727;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00904904;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:58:58:67:69:0.543307:20:47:27:31:22:47:27:31 chr14 106877646 . T C 271.83 PASS AF=0.265734;AO=38;DP=143;FAO=38;FDP=143;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00488952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.802;QD=7.60372;RBI=0.0246337;REFB=-0.0168815;REVB=-0.0241436;RO=105;SAF=28;SAR=10;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323294;STB=0.693929;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0393711;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:105:105:38:38:0.265734:10:28:51:54:10:28:51:54 chr14 106877700 . G T 1799.14 PASS AF=0.656652;AO=153;DP=233;FAO=153;FDP=233;FR=.;FRO=80;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0239733;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.69;QD=30.8865;RBI=0.0263198;REFB=-0.0210633;REVB=-0.0108633;RO=80;SAF=74;SAR=79;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215512;STB=0.511577;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0113656;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:80:80:153:153:0.656652:79:74:36:44:79:74:36:44 chr14 106877753 . A G 930.08 PASS AF=0.375;AO=108;DP=288;FAO=108;FDP=288;FR=.;FRO=180;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=90;FSRR=90;FWDB=-0.0113391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5771;QD=12.9178;RBI=0.0572082;REFB=-0.00855811;REVB=-0.0560732;RO=179;SAF=51;SAR=57;SRF=90;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033825;STB=0.517378;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0150854;OID=.;OPOS=106877753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:179:180:108:108:0.375:57:51:90:89:57:51:90:90 chr14 106877796 . G C 686.86 PASS AF=0.369369;AO=82;DP=223;FAO=82;FDP=222;FR=.;FRO=140;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0247729;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6541;QD=12.3758;RBI=0.0361437;REFB=0.000755359;REVB=0.0263186;RO=136;SAF=33;SAR=49;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439639;STB=0.530798;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000646047;OID=.;OPOS=106877796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:136:140:82:82:0.369369:49:33:60:76:49:33:63:77 chr14 106877836 . CC TA 545.33 PASS AF=0.390244;AO=63;DP=163;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.00379088;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.703;QD=13.3008;RBI=0.0085329;REFB=-0.00143398;REVB=0.00764458;RO=100;SAF=28;SAR=35;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388659;STB=0.516476;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=0.0032078;OID=.;OPOS=106877836;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:100:100:63:64:0.390244:35:28:48:52:35:29:48:52 chr14 106877912 . G C 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0476226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.64;QD=2.79737;RBI=0.0786741;REFB=-0.00486345;REVB=-0.0626235;RO=55;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122446;STB=0.599782;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0561119;OID=.;OPOS=106877912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:66:55:57:9:9:0.136364:5:4:30:25:5:4:32:25 chr14 106878056 . T G 663.52 PASS AF=0.7;AO=56;DP=80;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00766878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.642;QD=33.1761;RBI=0.0149708;REFB=-0.0159672;REVB=0.0128575;RO=24;SAF=26;SAR=30;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501044;STB=0.527017;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00465034;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:24:24:56:56:0.7:30:26:9:15:30:26:9:15 chr14 106878067 . T G 608.34 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00393512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.818;QD=30.417;RBI=0.00918443;REFB=-0.000897399;REVB=-0.00829871;RO=27;SAF=23;SAR=30;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168756;STB=0.50914;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000356355;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:30:23:11:16:30:23:11:16 chr14 106878071 . A G 607.1 PASS AF=0.6625;AO=47;DP=74;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0100145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.811;QD=30.3552;RBI=0.0110834;REFB=-0.0186727;REVB=0.00474894;RO=26;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687742;STB=0.50914;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00410097;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:26:27:47:53:0.6625:24:23:10:16:30:23:11:16 chr14 106926223 . T C 453.32 PASS AF=0.324022;AO=57;DP=178;FAO=58;FDP=179;FR=.;FRO=121;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=0.00164265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.543;QD=10.13;RBI=0.00454546;REFB=-0.0162784;REVB=-0.00423827;RO=121;SAF=31;SAR=26;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219655;STB=0.630499;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0295873;OID=.;OPOS=106926223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:121:121:57:58:0.324022:26:31:43:78:26:32:43:78 chr14 106926287 . G A 402.82 PASS AF=0.296703;AO=53;DP=181;FAO=54;FDP=182;FR=.;FRO=128;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=-0.00579393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.067;QD=8.8532;RBI=0.0352879;REFB=-0.00802681;REVB=0.034809;RO=121;SAF=27;SAR=26;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16447;STB=0.600288;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0131833;OID=.;OPOS=106926287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:121:128:53:54:0.296703:26:27:45:76:26:28:48:80 chr14 106926311 . T G 318.52 PASS AF=0.272189;AO=44;DP=168;FAO=46;FDP=169;FR=.;FRO=123;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.0205633;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.705;QD=7.53899;RBI=0.0206851;REFB=-0.0156379;REVB=0.00224172;RO=123;SAF=20;SAR=24;SRF=47;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915312;STB=0.564514;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.041187;OID=.;OPOS=106926311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:123:123:44:46:0.272189:24:20:47:76:24:22:48:75 chr14 106926388 . T C 282.54 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=0.00625866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.192;QD=10.0015;RBI=0.0100478;REFB=-0.0211387;REVB=-0.00786052;RO=75;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122186;STB=0.563991;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0247595;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:75:76:37:37:0.327434:22:15:23:52:22:15:24:52 chr14 106926649 . C A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0677569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.022;QD=9.70518;RBI=0.0680896;REFB=-0.000999034;REVB=0.00672246;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158365;STB=0.593895;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00894756;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:11:7:20:18:11:7:20:18 chr14 106926651 . TTC T 96.43 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0246414;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=289.926;QD=7.14269;RBI=0.0246462;REFB=-0.0170705;REVB=-0.000488875;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064756;STB=0.556898;STBP=0.53;TYPE=del;VARB=0.0319385;OID=.;OPOS=106926652;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:18:54:18:54:36:7:11:17:19:96:36:7:11:16:20 chr14 106993845 . T G 190.86 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0489493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5901;QD=11.5672;RBI=0.0489497;REFB=-0.00473333;REVB=-0.000213425;RO=42;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19011;STB=0.610432;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00698909;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:16:8:21:21:16:8:21:21 chr14 106993886 . A G 309.19 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00130567;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.36;QD=15.6549;RBI=0.0227916;REFB=-0.0149621;REVB=-0.0227542;RO=45;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101262;STB=0.557195;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0231656;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:20:14:23:22:20:14:23:22 chr14 107013201 . G T 80.23 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00156959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.33;QD=11.886;RBI=0.00362596;REFB=-0.0161396;REVB=-0.00326864;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743536;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0230529;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:27:16:16:9:11:0.407407:4:5:9:7:4:7:9:7 chr14 107034967 . T C 34.21 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0592288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5813;QD=1.35477;RBI=0.0645695;REFB=-0.00359981;REVB=-0.0257131;RO=91;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706161;STB=0.549442;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.035088;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:101:91:92:9:9:0.0891089:5:4:35:56:5:4:36:56 chr14 107035002 . A G 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.0262376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.756;QD=2.88051;RBI=0.0470534;REFB=-0.001103;REVB=-0.0390591;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244861;STB=0.682394;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00464899;OID=.;OPOS=107035002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:91:73:78:13:13:0.142857:6:7:25:48:6:7:25:53 chr14 107035020 . C T 56.68 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0633495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9091;QD=2.41194;RBI=0.0650556;REFB=-0.00571359;REVB=0.0148011;RO=81;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258271;STB=0.682938;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0407352;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:81:82:12:12:0.12766:5:7:30:51:5:7:30:52 chr14 107035163 . GA CC 84.15 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00249389;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.343;QD=3.9138;RBI=0.0028967;REFB=-0.00403485;REVB=0.00147356;RO=71;SAF=8;SAR=7;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507139;STB=0.533289;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.0188387;OID=.;OPOS=107035163;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:7:8:35:36:7:8:35:36 chr14 107035168 . T A 76.33 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00107582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.98;QD=3.63494;RBI=0.0228944;REFB=-0.00477386;REVB=-0.0228691;RO=69;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807414;STB=0.559641;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0276551;OID=.;OPOS=107035168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:6:8:35:34:6:8:35:35 chr14 107035182 . T G 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00242706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.419;QD=3.5498;RBI=0.0394105;REFB=-0.00286437;REVB=-0.0393357;RO=66;SAF=7;SAR=6;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102331;STB=0.506839;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0177974;OID=.;OPOS=107035182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:6:7:35:31:6:7:35:31 chr14 107048702 . G A 257.17 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00519624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.17;QD=11.4297;RBI=0.0528827;REFB=-0.0196133;REVB=-0.0526268;RO=59;SAF=17;SAR=14;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051598;STB=0.529821;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0370793;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:14:17:35:24:14:17:35:24 chr14 107048749 . C G 294.89 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0748127;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.347;QD=11.6789;RBI=0.0785266;REFB=-0.0138795;REVB=-0.0238642;RO=64;SAF=17;SAR=19;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117639;STB=0.571936;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0264057;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:64:65:36:36:0.356436:19:17:37:27:19:17:38:27 chr14 107078567 . T C 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.144;QD=64.1526;RBI=0.0317001;REFB=0;REVB=0.00105965;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50279e-05;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr14 107078790 . C T 1539.94 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.462;QD=61.5976;RBI=0.053619;REFB=-0.0756985;REVB=0.034944;RO=1;SAF=60;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784031;STB=0.508195;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000205729;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:38:60:1:0:38:60:2:0 chr14 107095326 . C T 2954.5 PASS AF=0.957143;AO=200;DP=211;FAO=201;FDP=210;FR=.;FRO=9;FSAF=88;FSAR=113;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0439199;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.269;QD=56.2763;RBI=0.04439;REFB=-0.02318;REVB=-0.00644292;RO=9;SAF=87;SAR=113;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284404;STB=0.514743;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000468143;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:211:210:9:9:200:201:0.957143:113:87:7:2:113:88:7:2 chr14 107113742 . C T 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00716668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.155;QD=12.2166;RBI=0.0239707;REFB=-0.0186728;REVB=-0.0228743;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2455;STB=0.644965;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0276343;OID=.;OPOS=107113742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:15:12:10:5:15:12 chr14 107113745 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0356192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.511;QD=11.5632;RBI=0.03651;REFB=-0.00299621;REVB=0.00801592;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21;STB=0.62483;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0220499;OID=.;OPOS=107113745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:15:14:10:5:15:14 chr14 107113763 . A G 223.72 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0210815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.689;QD=12.7841;RBI=0.0358375;REFB=0.000651275;REVB=0.028981;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968136;STB=0.555514;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.000626518;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:23:20:15:12:23:20 chr14 107113770 . C G 227.08 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0145943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.854;QD=11.3542;RBI=0.0665019;REFB=-0.0219272;REVB=0.0648807;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215772;STB=0.512491;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0396096;OID=.;OPOS=107113770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:25:27:14:14:25:27 chr14 107113780 . G A 349.94 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00491998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.437;QD=15.2148;RBI=0.0219171;REFB=-0.00432755;REVB=0.0213577;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176919;STB=0.605208;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00869292;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:23:15:30:23:23:15:31:23 chr14 107113785 . C T 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0247894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.656;QD=15.3988;RBI=0.0253764;REFB=-0.0152304;REVB=-0.00542693;RO=57;SAF=16;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150394;STB=0.585019;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0340254;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:24:16:31:26:24:16:31:26 chr14 107113846 . A G 654.81 PASS AF=0.452703;AO=66;DP=147;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0163777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.91;QD=17.6976;RBI=0.0196598;REFB=-0.0220449;REVB=-0.0108756;RO=78;SAF=23;SAR=43;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141396;STB=0.563617;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.029773;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:81:66:67:0.452703:43:23:38:40:43:24:38:43 chr14 107113855 . A G 654.34 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00604316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.908;QD=17.6849;RBI=0.00788699;REFB=-0.0290934;REVB=-0.00506801;RO=81;SAF=24;SAR=43;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.556765;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0152363;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:43:24:37:44:43:24:37:44 chr14 107113858 . A G 626.56 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0149868;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.846;QD=17.1659;RBI=0.0153002;REFB=-0.00938494;REVB=-0.00308081;RO=79;SAF=23;SAR=42;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105747;STB=0.56023;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0115082;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:79:81:65:65:0.445205:42:23:36:43:42:23:37:44 chr14 107113968 . C A 190.05 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0206257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.66;QD=9.38495;RBI=0.0240445;REFB=-0.00838874;REVB=-0.012358;RO=55;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128498;STB=0.569944;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0219981;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:56:25:25:0.308642:15:10:28:27:15:10:28:28 chr14 107114009 . T C 41.59 PASS AF=0.179487;AO=8;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0842716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5792;QD=4.26606;RBI=0.118501;REFB=-0.0515545;REVB=-0.0833108;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110655;STB=0.632727;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0791351;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:27:32:8:7:0.179487:4:4:16:11:4:3:19:13 chr14 107170005 . T C 1152.81 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.194;QD=60.6742;RBI=0.0127831;REFB=0;REVB=0.00922874;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50929e-05;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:49:26:0:0:50:26:0:0 chr14 107178832 . A G 2572.15 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8148;QD=60.5213;RBI=0.0619803;REFB=-0.10034;REVB=-0.0554614;RO=2;SAF=70;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134014;STB=0.507041;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000955529;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:170:170:2:2:168:168:0.988235:98:70:2:0:98:70:2:0 chr14 107282909 . T C 33.88 PASS AF=0.0769231;AO=11;DP=143;FAO=11;FDP=143;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=-0.0198372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.168;QD=0.947761;RBI=0.0222983;REFB=-0.000143732;REVB=0.0101832;RO=132;SAF=7;SAR=4;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697544;STB=0.558402;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0052302;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:143:132:132:11:11:0.0769231:4:7:76:56:4:7:76:56 chr14 107282926 . A T 30.38 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.00988119;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.437;QD=0.900162;RBI=0.0164113;REFB=-0.00112504;REVB=-0.0131031;RO=126;SAF=7;SAR=3;SRF=71;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155581;STB=0.637078;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0284863;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:135:126:125:10:10:0.0740741:3:7:71:55:3:7:70:55 chr15 20170150 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.015;QD=64.4129;RBI=0.0643536;REFB=0;REVB=0.0307712;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330735;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr15 20462585 . A G 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0202083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.466;QD=19.454;RBI=0.0228659;REFB=-0.0178229;REVB=0.0106993;RO=45;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655775;STB=0.536464;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0166298;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:18:25:23:22:18:25:23:22 chr15 20462603 . G T 161.34 PASS AF=0.277108;AO=21;DP=80;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00178504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.474;QD=7.77562;RBI=0.0404848;REFB=-0.00780287;REVB=0.0404454;RO=58;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453909;STB=0.508396;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0272821;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:58:60:21:23:0.277108:9:12:31:27:11:12:32:28 chr15 20476906 . T C 127.13 PASS AF=0.167832;AO=24;DP=143;FAO=24;FDP=143;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0103175;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.35;QD=3.55595;RBI=0.0216927;REFB=-0.00138414;REVB=0.019082;RO=119;SAF=12;SAR=12;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482783;STB=0.531442;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00889912;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:119:119:24:24:0.167832:12:12:55:64:12:12:55:64 chr15 20476942 . C T 485.08 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0207731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.289;QD=12.8498;RBI=0.0487511;REFB=-0.000386793;REVB=-0.0441039;RO=92;SAF=18;SAR=39;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309403;STB=0.6755;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000600242;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:92:94:57:57:0.377483:39:18:55:37:39:18:56:38 chr15 20588685 . A G 75.07 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0123701;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.414;QD=4.2895;RBI=0.0124817;REFB=0.00134912;REVB=0.00166519;RO=54;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306906;STB=0.704037;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00606675;OID=.;OPOS=20588685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:70:54:57:13:13:0.185714:9:4:30:24:9:4:32:25 chr15 20588705 . C A 69.56 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00619234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3025;QD=4.28044;RBI=0.0288605;REFB=-0.00704954;REVB=-0.0281884;RO=51;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115741;STB=0.590642;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.038478;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:51:53:12:12:0.184615:5:7:25:26:5:7:25:28 chr15 20613928 . G A 34.05 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=121;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.0750436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2464;QD=1.1255;RBI=0.0752873;REFB=-0.00147678;REVB=0.00605354;RO=111;SAF=6;SAR=4;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236898;STB=0.687549;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0153207;OID=.;OPOS=20613928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:121:111:111:10:10:0.0826446:4:6:43:68:4:6:43:68 chr15 20645827 . A G 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0332321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.689;QD=7.98468;RBI=0.0332518;REFB=-0.0192873;REVB=0.00114443;RO=40;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265395;STB=0.578088;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0515764;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:43:17:17:0.283333:13:4:4:36:13:4:7:36 chr15 20874846 . G A 91.6 PASS AF=0.0968858;AO=28;DP=288;FAO=28;FDP=289;FR=.;FRO=261;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=138;FSRR=123;FWDB=-0.0183851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8196;QD=1.26784;RBI=0.0233371;REFB=-0.00261519;REVB=-0.0143738;RO=257;SAF=17;SAR=11;SRF=136;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954181;STB=0.571879;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0287158;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:288:289:257:261:28:28:0.0968858:11:17:136:121:11:17:138:123 chr15 20874897 . A G 2460.46 PASS AF=0.678571;AO=207;DP=306;FAO=209;FDP=308;FR=.;FRO=99;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0331345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.837;QD=31.954;RBI=0.0343583;REFB=-0.024998;REVB=-0.00908855;RO=97;SAF=99;SAR=108;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283331;STB=0.515045;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0109763;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:308:97:99:207:209:0.678571:108:99:51:46:109:100:52:47 chr15 20874927 . T A 189.46 PASS AF=0.140468;AO=38;DP=298;FAO=42;FDP=299;FR=.;FRO=257;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=121;FSRR=136;FWDB=-0.00258676;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.978;QD=2.5346;RBI=0.00349444;REFB=-0.00232663;REVB=-0.00234942;RO=245;SAF=23;SAR=15;SRF=114;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177341;STB=0.586068;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0136741;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:299:245:257:38:42:0.140468:15:23:114:131:18:24:121:136 chr15 20876515 . A G 1705.58 PASS AF=0.75;AO=135;DP=181;FAO=135;FDP=180;FR=.;FRO=45;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0374448;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.566;QD=37.9018;RBI=0.0513369;REFB=-0.0151602;REVB=0.0351192;RO=44;SAF=69;SAR=66;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158481;STB=0.51112;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00214663;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:44:45:135:135:0.75:66:69:24:20:66:69:25:20 chr15 22368862 . G A 208.99 PASS AF=0.198895;AO=36;DP=181;FAO=36;FDP=181;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=0.037195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2744;QD=4.6185;RBI=0.0522145;REFB=0.00193474;REVB=-0.0366454;RO=145;SAF=16;SAR=20;SRF=84;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171473;STB=0.606738;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00780675;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:145:145:36:36:0.198895:20:16:84:61:20:16:84:61 chr15 22368905 . G A 75.31 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.00730237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.205;QD=2.26481;RBI=0.00776476;REFB=-0.00482166;REVB=0.0026395;RO=116;SAF=9;SAR=8;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068614;STB=0.548046;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0348157;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:116:116:17:17:0.12782:8:9:55:61:8:9:55:61 chr15 22369175 . CT GG 36.86 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00819559;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.611;QD=2.07687;RBI=0.0217141;REFB=-0.00403979;REVB=0.0201081;RO=63;SAF=6;SAR=2;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324594;STB=0.744066;STBP=0.144;TYPE=mnp;VARB=0.0305575;OID=.;OPOS=22369175;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:71:63:63:8:8:0.112676:2:6:30:33:2:6:30:33 chr15 22369248 . T C 1200.77 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.691;QD=58.5741;RBI=0.0327145;REFB=0.0272963;REVB=0.0289697;RO=1;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010181;STB=0.510636;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00017695;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:79:80:0.97561:33:46:1:0:34:46:2:0 chr15 22369279 . C G 135.96 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=128;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0138388;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.01;QD=4.28231;RBI=0.015987;REFB=-0.00664361;REVB=0.00800446;RO=102;SAF=12;SAR=12;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624496;STB=0.543271;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0256273;OID=.;OPOS=22369279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:102:103:24:24:0.188976:12:12:56:46:12:12:57:46 chr15 22369343 . C T 131.33 PASS AF=0.135747;AO=30;DP=221;FAO=30;FDP=221;FR=.;FRO=191;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=83;FWDB=-0.0118961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.608;QD=2.37709;RBI=0.0220561;REFB=-0.0023284;REVB=-0.0185729;RO=190;SAF=16;SAR=14;SRF=108;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450157;STB=0.527962;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0121506;OID=.;OPOS=22369343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:190:191:30:30:0.135747:14:16:108:82:14:16:108:83 chr15 22369373 . G A 220.97 PASS AF=0.172269;AO=41;DP=241;FAO=41;FDP=238;FR=.;FRO=197;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=90;FWDB=-0.00568222;FXX=0.0364358;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.246;QD=3.71375;RBI=0.00578745;REFB=0.000228648;REVB=-0.0010986;RO=184;SAF=27;SAR=14;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140006;STB=0.599438;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000691126;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:238:184:197:41:41:0.172269:14:27:102:82:14:27:107:90 chr15 22382655 . A C 238.64 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.00733218;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5173;QD=8.22893;RBI=0.0131835;REFB=-0.0175674;REVB=-0.0109565;RO=78;SAF=16;SAR=17;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074102;STB=0.528008;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0281922;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:78:83:33:33:0.284483:17:16:33:45:17:16:37:46 chr15 22382704 . G C 55.79 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0117667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4299;QD=2.30063;RBI=0.03814;REFB=-0.000982526;REVB=-0.0362796;RO=85;SAF=5;SAR=7;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232376;STB=0.516668;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0057837;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:85:85:12:12:0.123711:7:5:37:48:7:5:37:48 chr15 22382728 . C T 218.91 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0780227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7488;QD=9.62227;RBI=0.081904;REFB=-0.0137004;REVB=-0.0249142;RO=63;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933924;STB=0.505491;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.030173;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:14:14:32:31:14:14:32:31 chr15 22382739 . A G 1086.07 PASS AF=0.895349;AO=77;DP=86;FAO=77;FDP=86;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00655726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.976;QD=50.5149;RBI=0.0109981;REFB=-0.0243728;REVB=0.00882947;RO=9;SAF=44;SAR=33;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047576;STB=0.525246;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000284115;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:9:9:77:77:0.895349:33:44:3:6:33:44:3:6 chr15 22382821 . G C 449.11 PASS AF=0.352201;AO=56;DP=160;FAO=56;FDP=159;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0185595;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.331;QD=11.2983;RBI=0.0186889;REFB=-0.00671366;REVB=-0.00219569;RO=103;SAF=27;SAR=29;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806123;STB=0.54605;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0115759;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:103:103:56:56:0.352201:29:27:57:46:29:27:57:46 chr15 22382828 . C A 244.24 PASS AF=0.22807;AO=39;DP=171;FAO=39;FDP=171;FR=.;FRO=132;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=0.0119333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.737;QD=5.71322;RBI=0.0279846;REFB=0.000788948;REVB=0.0253127;RO=132;SAF=18;SAR=21;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868528;STB=0.552935;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00273642;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:132:132:39:39:0.22807:21:18:70:62:21:18:70:62 chr15 22382897 . A G 118.36 PASS AF=0.127854;AO=28;DP=220;FAO=28;FDP=219;FR=.;FRO=191;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=-0.0226184;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8409;QD=2.1619;RBI=0.118756;REFB=-0.0043076;REVB=-0.116582;RO=190;SAF=17;SAR=11;SRF=88;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180496;STB=0.626487;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0243032;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:190:191:28:28:0.127854:11:17:88:102:11:17:88:103 chr15 22383064 . C A 399.09 PASS AF=0.333333;AO=51;DP=153;FAO=51;FDP=153;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.00262594;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=10.4336;RBI=0.0189781;REFB=-0.00450633;REVB=0.0187956;RO=102;SAF=27;SAR=24;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571962;STB=0.532907;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0103677;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:102:102:51:51:0.333333:24:27:59:43:24:27:59:43 chr15 22383066 . A G 935.07 PASS AF=0.577922;AO=87;DP=153;FAO=89;FDP=154;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.00154388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2037;QD=24.2876;RBI=0.00294573;REFB=0.0180905;REVB=-0.00250874;RO=65;SAF=46;SAR=41;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686371;STB=0.537108;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00773625;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:65:65:87:89:0.577922:41:46:40:25:42:47:40:25 chr15 22383482 . GA G 150.38 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0148979;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.972;QD=10.1954;RBI=0.0181349;REFB=-0.00600594;REVB=0.0103406;RO=39;SAF=1;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563652;STB=0.854817;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0105021;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983:19:60:20:59:39:1:19:13:26:99:39:1:18:13:26 chr15 22413700 . A G 1665.25 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186643;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2825;QD=57.9217;RBI=0.0197967;REFB=0.0281729;REVB=-0.00659939;RO=2;SAF=47;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274591;STB=0.501504;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0010871;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:112:113:0.982609:65:47:1:1:66:47:1:1 chr15 22413844 . T G 298.57 PASS AF=0.2;AO=52;DP=264;FAO=52;FDP=260;FR=.;FRO=208;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=97;FSRR=111;FWDB=-0.000594934;FXX=0.0188672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.543;QD=4.59345;RBI=0.0160623;REFB=-0.00700784;REVB=0.0160513;RO=210;SAF=29;SAR=23;SRF=96;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128993;STB=0.572791;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0251014;OID=.;OPOS=22413844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:260:210:208:52:52:0.2:23:29:96:114:23:29:97:111 chr15 22413954 . C T 648.79 PASS AF=0.337553;AO=80;DP=237;FAO=80;FDP=237;FR=.;FRO=157;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=0.000177171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.577;QD=10.9501;RBI=0.00526968;REFB=-0.00448107;REVB=0.0052667;RO=156;SAF=36;SAR=44;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06532;STB=0.535328;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00911816;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:156:157:80:80:0.337553:44:36:79:77:44:36:79:78 chr15 22414005 . C T 756.02 PASS AF=0.409524;AO=86;DP=210;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.00978271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.272;QD=14.4003;RBI=0.0124433;REFB=-0.0138284;REVB=0.00768984;RO=124;SAF=43;SAR=43;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255006;STB=0.514282;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0271844;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:124:124:86:86:0.409524:43:43:59:65:43:43:59:65 chr15 22414190 . T C 895.48 PASS AF=0.620155;AO=80;DP=129;FAO=80;FDP=129;FR=.;FRO=49;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.013165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.53;QD=27.7668;RBI=0.0518;REFB=-0.00265428;REVB=0.0500992;RO=49;SAF=49;SAR=31;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300957;STB=0.516308;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00205278;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:49:49:80:80:0.620155:31:49:28:21:31:49:28:21 chr15 22414280 . C G 113.01 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0736683;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.6;QD=5.44609;RBI=0.0736733;REFB=-0.00245594;REVB=-0.000859333;RO=63;SAF=12;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145301;STB=0.604922;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0171565;OID=.;OPOS=22414280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:63:65:18:18:0.216867:6:12:35:28:6:12:35:30 chr15 22414353 . A G 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00925976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.575;QD=3.93878;RBI=0.00968484;REFB=-0.00715199;REVB=0.00283778;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170555;STB=0.617122;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0239655;OID=.;OPOS=22414353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:3:4:15:20:3:4:15:20 chr15 22440296 . CA C,CG 459.28 PASS AF=0.151515,0.848485;AO=5,27;DP=33;FAO=5,28;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276278,0.0277638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.8696,107.699;QD=55.6706;RBI=0.0290357,0.0400914;REFB=0,0;REVB=-0.00893154,0.0289222;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00533904,-0.00416858;OID=.,.;OPOS=22440297,22440297;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151515,0.848485:5,27:33:5,28:33:0:5,15:0,13:0:0:23:0:5,15:0,12:0:0 chr15 22440322 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.265;QD=60.6103;RBI=0.0223071;REFB=0;REVB=-0.0189344;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61859e-05;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr15 22440611 . A G 135.77 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0103021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.105;QD=6.87445;RBI=0.0187973;REFB=0.00583703;REVB=-0.0157228;RO=59;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720723;STB=0.543997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00846072;OID=.;OPOS=22440611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:8:12:32:27:8:12:32:27 chr15 22440816 . A G 1451.58 PASS AF=0.776224;AO=111;DP=145;FAO=111;FDP=143;FR=.;FRO=32;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0263923;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.108;QD=40.6035;RBI=0.0344159;REFB=-0.038665;REVB=-0.0220885;RO=32;SAF=49;SAR=62;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283933;STB=0.515126;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00896807;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:32:32:111:111:0.776224:62:49:12:20:62:49:12:20 chr15 22448405 . C T 156.89 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0031118;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.601;QD=9.50871;RBI=0.017512;REFB=-0.00951758;REVB=-0.0172333;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288132;STB=0.67983;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0140882;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:45:20:21:0.318182:7:13:18:27:7:14:18:27 chr15 22448436 . G A 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0297696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3747;QD=2.41676;RBI=0.0320498;REFB=0.00550843;REVB=0.0118728;RO=82;SAF=3;SAR=9;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313795;STB=0.724889;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0253188;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:9:3:41:41:9:3:41:41 chr15 22448456 . C T 214.65 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00551224;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5516;QD=8.17724;RBI=0.0348465;REFB=0.00274637;REVB=-0.0344078;RO=75;SAF=9;SAR=21;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258477;STB=0.65397;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00557109;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:75:30:30:0.285714:21:9:38:37:21:9:38:37 chr15 22709918 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5462;QD=19.1341;RBI=0.0400854;REFB=0.00900862;REVB=0.0277976;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00193819;OID=.;OPOS=22709918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr15 22873784 . C T 268.75 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0069376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.075;QD=18.8597;RBI=0.0244657;REFB=-0.00766762;REVB=-0.0234615;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181088;STB=0.600434;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00553017;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:7:21:16:13:7:21 chr15 22926229 . G A 899.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.529;QD=58.0627;RBI=0.037666;REFB=0;REVB=-0.0364458;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106532;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr15 22960868 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.942;QD=47.8221;RBI=0.0364655;REFB=0;REVB=0.0223135;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469749;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 23006364 . GA G 33.13 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0716347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2815;QD=5.09681;RBI=0.168266;REFB=-0.111411;REVB=-0.152256;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0.326087;SSEP=0;SSSB=-0.33795;STB=0.629974;STBP=0.389;TYPE=del;VARB=0.124292;OID=.;OPOS=23006365;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:9:26:9:26:17:4:5:11:6:33:15:3:6:10:5 chr15 23006707 . C A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0481849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9049;QD=18.4833;RBI=0.0501619;REFB=0.0288196;REVB=0.0139439;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0298256;OID=.;OPOS=23006707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:8:13:7:12:8:13 chr15 23021238 . C T 265.57 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0150161;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5119;QD=21.2458;RBI=0.0188925;REFB=-0.028757;REVB=-0.0114648;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203914;STB=0.511174;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00112041;OID=.;OPOS=23021238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:23:26:27:0.54:10:16:10:7:10:17:15:8 chr15 23052632 . T C 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0236072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.244;QD=21.0065;RBI=0.0259379;REFB=-0.00690429;REVB=0.0107459;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123469;STB=0.506845;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00613226;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:10:20:17:8:10:20:17:8 chr15 23059394 . C T 499.21 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112647;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.076;QD=57.0525;RBI=0.0361199;REFB=0.00715877;REVB=-0.0343184;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000399232;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:1:0:17:17:1:0 chr15 23098401 . C T 309.87 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.00219868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.369;QD=16.0974;RBI=0.00401461;REFB=-0.0235684;REVB=0.003359;RO=42;SAF=26;SAR=7;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329242;STB=0.502909;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0294818;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:43:33:34:0.441558:7:26:34:8:7:27:34:9 chr15 23098449 . C T 515.23 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00340877;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.826;QD=18.9076;RBI=0.0109136;REFB=-0.0127954;REVB=-0.0103676;RO=55;SAF=41;SAR=13;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389183;STB=0.521573;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00981175;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:55:54:54:0.495413:13:41:40:15:13:41:40:15 chr15 23098503 . G T 58.5 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=34;FWDB=-0.0118405;FXX=0.0390594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.837;QD=1.90241;RBI=0.0127644;REFB=-0.00215542;REVB=0.0047678;RO=99;SAF=8;SAR=6;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124539;STB=0.608658;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0204002;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:117:123:99:109:14:14:0.113821:6:8:66:33:6:8:75:34 chr15 23098518 . G A 86.48 PASS AF=0.145161;AO=17;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=31;FWDB=-0.00942003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8725;QD=2.7896;RBI=0.0397512;REFB=-0.00940496;REVB=0.0386189;RO=105;SAF=9;SAR=8;SRF=75;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245026;STB=0.677247;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0525361;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:105:106:17:18:0.145161:8:9:75:30:9:9:75:31 chr15 23099355 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.727;QD=44.6887;RBI=0.047221;REFB=0;REVB=-0.0098403;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00251571;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr15 23158339 . G C 690.74 PASS AF=0.913793;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0105286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5453;QD=47.637;RBI=0.0122814;REFB=-0.0460194;REVB=-0.00632318;RO=5;SAF=24;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885718;STB=0.547152;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00381385;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:57:58:5:5:52:53:0.913793:28:24:5:0:29:24:5:0 chr15 23259835 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.155;QD=45.8047;RBI=0.0170225;REFB=0;REVB=-0.000245416;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255821;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr15 23261950 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6189;QD=53.2746;RBI=0.0641494;REFB=0;REVB=-0.0597547;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000929135;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr15 23326356 . G C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0222301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.524;QD=5.00556;RBI=0.0257477;REFB=0.00123138;REVB=0.0129911;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112174;STB=0.576644;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00533163;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:17:5:1:5:17:5 chr15 23686673 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000766894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.811;QD=43.4862;RBI=0.000766894;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52921e-05;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr15 23687214 . C G 1048.03 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.364;QD=58.2236;RBI=0.0409137;REFB=0.0404963;REVB=-0.0396669;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00131978;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:43:28:0:0:43:28:0:1 chr15 23688944 . A G 613.14 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2657;QD=61.3143;RBI=0.0317326;REFB=0;REVB=0.00218023;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301856;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr15 23931507 . G A 43.85 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0309697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.038;QD=10.3167;RBI=0.0904537;REFB=0.00842798;REVB=0.0849867;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408699;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.024567;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:11:10:4:7:0.411765:3:1:7:4:5:2:6:4 chr15 24921560 . C T 112.12 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0622097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.941;QD=8.46187;RBI=0.0628111;REFB=-0.000739085;REVB=0.00867088;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053177;STB=0.503222;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00172952;OID=.;OPOS=24921560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:11:4:10:28:11:4:10:28 chr15 24921771 . G C 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00898987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7656;QD=12.4799;RBI=0.0134077;REFB=0.0038725;REVB=0.00994729;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00510291;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:8:11:8:4:8:11 chr15 24923390 . C T 121.79 PASS AF=0.365854;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.075165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3948;QD=11.8816;RBI=0.115537;REFB=0.00573913;REVB=0.0877446;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203785;STB=0.640849;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00102924;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:25:26:12:15:0.365854:6:6:8:17:7:8:8:18 chr15 24924663 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0177552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.277;QD=16.1723;RBI=0.0451287;REFB=-0.0159118;REVB=-0.0414892;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0169579;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:16:4:8:8:16:4 chr15 24924729 . T C 87.11 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0237959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.31;QD=13.4015;RBI=0.0239825;REFB=-0.00449936;REVB=-0.00298554;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0105668;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr15 24926526 . TGATA T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209767;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.567;QD=23.2183;RBI=0.0504557;REFB=-0.00411649;REVB=0.0458885;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.00143934;OID=.;OPOS=24926527;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:9:5:6:1:3:2:1:0:6:4:3:2:4:0 chr15 25307562 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.624;QD=62.022;RBI=0.0194082;REFB=0;REVB=0.00875716;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13777e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr15 25324230 . C T 201.48 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00870076;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.696;QD=20.148;RBI=0.0466801;REFB=-0.00840428;REVB=-0.0458621;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391267;STB=0.720372;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0187647;OID=.;OPOS=25324230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:14:6:15:5:14:6:15:5 chr15 25330550 . T A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.000663292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.243;QD=20.5465;RBI=0.00120654;REFB=-0.0222792;REVB=0.00100787;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278841;STB=0.655739;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0158626;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:5:17:10:12:5:17 chr15 25423956 . C T 319.99 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0175307;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.263;QD=18.2853;RBI=0.019818;REFB=-0.0286834;REVB=0.00924257;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207292;STB=0.615573;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0160875;OID=.;OPOS=25423956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:23:13:20:14:23:13 chr15 25425643 . C T 403.67 PASS AF=0.645161;AO=36;DP=60;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00821298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.23;QD=26.043;RBI=0.0196778;REFB=-0.0337532;REVB=0.017882;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216875;STB=0.578472;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.026062;OID=.;OPOS=25425643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:22:22:36:40:0.645161:12:24:8:14:15:25:9:13 chr15 25429458 . A G 238.32 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00218661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9099;QD=27.237;RBI=0.0441618;REFB=-0.0024355;REVB=0.0441077;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693195;STB=0.538426;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00140949;OID=.;OPOS=25429458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:8:14:7:6:8:14:7:6 chr15 25434642 . C T 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00641977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.157;QD=21.3874;RBI=0.0177899;REFB=-0.00527662;REVB=-0.0165912;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038817;STB=0.521459;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.004576;OID=.;OPOS=25434642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:11:16:18:15:11:16 chr15 25438493 . A G 1525.9 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551334;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7778;QD=59.839;RBI=0.0176904;REFB=0;REVB=0.0168093;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58333e-05;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr15 25926186 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0195572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.283;QD=10.1074;RBI=0.0195873;REFB=-0.00927668;REVB=-0.00108611;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277415;STB=0.516264;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0249769;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:12:9:17:25:12:9:17:25 chr15 25926198 . C G 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0146426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.662;QD=11.1305;RBI=0.0153191;REFB=-0.00482757;REVB=-0.00450198;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160637;STB=0.509361;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00505413;OID=.;OPOS=25926198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:15:23:13:8:15:23 chr15 25926204 . C G 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0356193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9242;QD=9.88529;RBI=0.0476387;REFB=-0.000551929;REVB=-0.031634;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196759;STB=0.511616;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00110462;OID=.;OPOS=25926204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:12:7:15:24:12:7:15:24 chr15 25961964 . A G 785.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.635;QD=64.1105;RBI=0.05358;REFB=0;REVB=0.053398;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154632;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr15 27017536 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00397323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.561;QD=23.4881;RBI=0.0041679;REFB=-0.0283846;REVB=0.00125889;RO=24;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725044;STB=0.539854;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0180003;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:18:16:9:15:18:16:9:15 chr15 27018797 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0033943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.34;QD=13.6609;RBI=0.0146001;REFB=-0.0213901;REVB=-0.0142001;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163526;STB=0.596186;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0347946;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:9:12:10:4:9:12 chr15 27128254 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0162859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.983;QD=18.8207;RBI=0.0483658;REFB=-0.0125777;REVB=-0.0455414;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302688;STB=0.674689;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0103336;OID=.;OPOS=27128254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:4:6:3:9:4:6 chr15 27182357 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00681173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.722;QD=18.7768;RBI=0.0197598;REFB=-0.0057575;REVB=0.0185486;RO=26;SAF=5;SAR=21;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00748237;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:21:5:5:21:21:5:5:21 chr15 27184435 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0824343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6099;QD=12.0146;RBI=0.0850329;REFB=0.0034372;REVB=-0.0208611;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659222;STB=0.538422;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00324385;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:12:22:14:6:12:22 chr15 27184482 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0266502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.693;QD=11.333;RBI=0.0325695;REFB=-0.00695932;REVB=-0.0187227;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158474;STB=0.50942;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0110016;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:10:17:9:5:10:17 chr15 27184517 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00188032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.649;QD=13.0907;RBI=0.0311025;REFB=-0.00835021;REVB=-0.0310456;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210035;STB=0.624792;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0154649;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:10:3:8:12:10:3:8:12 chr15 27188459 . C T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0306198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.662;QD=22.8295;RBI=0.0339242;REFB=-0.0298391;REVB=0.0146041;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202264;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:4:6:9:6:4:6 chr15 27216746 . C T 57.15 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0839636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7141;QD=19.05;RBI=0.0883646;REFB=0.00433794;REVB=-0.0275394;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506482;STB=0.832405;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0131417;OID=.;OPOS=27216746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:3:4:7:8:0.666667:1:6:0:3:1:7:0:4 chr15 27516740 . GAGTC G 185.48 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00141088;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=367.99;QD=25.5831;RBI=0.0052516;REFB=-0.0171166;REVB=0.00505853;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129979;STB=0.572439;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.0103829;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069:18:30:18:29:11:10:8:4:7:87:11:10:8:4:7 chr15 28090173 . C T 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00300964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.663;QD=16.1648;RBI=0.00357958;REFB=-0.0106583;REVB=0.00193789;RO=41;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195499;STB=0.61055;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0159749;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:23:10:20:21:23:10:20:21 chr15 28096538 . A G 223.32 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0342916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9382;QD=19.419;RBI=0.0410257;REFB=-0.0456993;REVB=0.0225209;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327725;STB=0.518502;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0362454;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:15:9:9:13:15:9 chr15 28197037 . T C 120.66 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0101388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.244;QD=14.6252;RBI=0.0402442;REFB=-0.00480812;REVB=0.0389462;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.556441;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00390835;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:10:9:8:6:10:9 chr15 28231793 . T C,G 556.19 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=33,2;DP=36;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256396,0.00119247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.152,158.099;QD=57.0446;RBI=0.0666214,0.00632711;REFB=0,0;REVB=0.0665721,-0.00621372;RO=0;SAF=16,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00350563,0.0310962;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:39:0:0:33,2:37,2:0.948718,0.0512821:17,0:16,2:0:0:20,0:17,2:0:0 chr15 28362459 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.119;QD=53.9068;RBI=0.0305158;REFB=0;REVB=0.0223354;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89193e-06;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr15 28412872 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00890624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.663;QD=16.0919;RBI=0.053373;REFB=-0.00532891;REVB=-0.0526246;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689314;STB=0.538897;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00534561;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:11:20:22:16:11:20:22:16 chr15 28414665 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0603;QD=61.3342;RBI=0.087309;REFB=0;REVB=0.0789493;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132179;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr15 28419746 . G A 290.08 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0306242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.77;QD=16.5762;RBI=0.0306365;REFB=-0.0161404;REVB=0.000867027;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387181;STB=0.514277;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0177586;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:16:16:17:20:16:16:18:20 chr15 28475625 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0552024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.507;QD=18.767;RBI=0.0554352;REFB=-0.00819924;REVB=-0.00507459;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192263;OID=.;OPOS=28475625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr15 28502279 . A G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0119663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.179;QD=21.1297;RBI=0.0223029;REFB=-0.0257316;REVB=-0.0188209;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189113;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0191994;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:10:11:12:10:10:11 chr15 28517436 . T C 227.94 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0413613;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.279;QD=10.7268;RBI=0.0423277;REFB=-0.00779214;REVB=-0.00899326;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063017;STB=0.529391;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0125386;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:57:28:28:0.329412:14:14:30:24:14:14:31:26 chr15 29034198 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.019445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.148;QD=5.90506;RBI=0.0194456;REFB=-0.00948867;REVB=-0.000154144;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4845;STB=0.822617;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0324832;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:1:7:14:13:1:7:14:13 chr15 29090572 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00915464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.369;QD=18.7442;RBI=0.0128272;REFB=-0.0172615;REVB=0.00898491;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0132494;OID=.;OPOS=29090572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr15 29394009 . C T 172.01 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0239818;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.257;QD=17.2008;RBI=0.0272506;REFB=-0.00384961;REVB=-0.012941;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.599893;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00366676;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:15:7:9:9:15:7 chr15 29415560 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00929059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.493;QD=14.7986;RBI=0.0294443;REFB=-0.0199492;REVB=0.0279402;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264456;STB=0.65544;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0207453;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:7:6:8:3:7:6 chr15 29415698 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1003;QD=55.4103;RBI=0.0171755;REFB=-0.0176182;REVB=-0.0130393;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000269666;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:25:32:0:0:25:32:1:0 chr15 29418520 . C T 336.16 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0745216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8233;QD=28.0134;RBI=0.0752467;REFB=-0.000306413;REVB=-0.0104214;RO=19;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098697;STB=0.554493;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0008583;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:10:19:10:9:10:19:10:9 chr15 29418573 . AT GC 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00885217;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.062;QD=21.5108;RBI=0.0088528;REFB=-0.00898051;REVB=0.000105252;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953256;STB=0.514835;STBP=0.935;TYPE=mnp;VARB=0.0077191;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:4:14:12:2:4:14:12:3 chr15 29544656 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0193734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.168;QD=14.7986;RBI=0.0204582;REFB=-0.048413;REVB=0.00657331;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388826;STB=0.726859;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0324156;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:4:9:3:8:4:9 chr15 30008856 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.512;QD=60.6095;RBI=0.0623884;REFB=0;REVB=0.0595191;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381339;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr15 30008889 . G A 649.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7084;QD=61.8176;RBI=0.0214511;REFB=0;REVB=0.0174558;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260105;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr15 30018627 . T C 42.36 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00193483;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.116;QD=4.34453;RBI=0.0211208;REFB=-0.00249945;REVB=-0.021032;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635029;STB=0.583703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00930869;OID=.;OPOS=30018627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:27:32:7:7:0.179487:3:4:14:13:3:4:15:17 chr15 30664453 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1535;QD=45.8067;RBI=0.0335471;REFB=0;REVB=0.0313093;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185806;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr15 31197564 . G A 289.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2899;QD=52.5883;RBI=0.0376943;REFB=0;REVB=-0.026271;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142429;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr15 31229420 . T C 708.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4286;QD=62.9667;RBI=0.0674329;REFB=0;REVB=0.0607477;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010324;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr15 31231190 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.974;QD=39.2063;RBI=0.0359422;REFB=0;REVB=0.0351435;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483067;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 31267147 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.387;QD=37.4885;RBI=0.0197623;REFB=0;REVB=-0.0196399;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139176;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr15 31330280 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.097;QD=57.5451;RBI=0.0220607;REFB=0;REVB=0.0220185;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12334e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr15 31342744 . C T 365.19 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.028;QD=52.1697;RBI=0.0493761;REFB=-0.13715;REVB=-0.0362644;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00181481;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr15 31362352 . C T 291.32 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.72;QD=52.968;RBI=0.0610615;REFB=0;REVB=0.0315306;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322643;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:9:8:0:0:11:11:0:0 chr15 31369123 . A G 610.49 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0877164;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6106;QD=58.1419;RBI=0.0894621;REFB=-0.119884;REVB=0.0175867;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.50847;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0036487;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:29:11:0:0:29:12:0:1 chr15 31793930 . A G 238.51 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0244816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.071;QD=27.2585;RBI=0.0344279;REFB=-0.024843;REVB=0.0242061;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22193;STB=0.622924;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00891959;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:8:14:4:9:8:14:4:9 chr15 32460309 . A T 38.67 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0132879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.255;QD=11.048;RBI=0.0242429;REFB=-0.020197;REVB=-0.0202768;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0596605;OID=.;OPOS=32460309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:4:4:3:3:4:4 chr15 33010412 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0270512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3497;QD=22.9153;RBI=0.0744041;REFB=-0.0210162;REVB=0.0693124;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00593724;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr15 33023670 . C T 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0216708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3583;QD=38.4682;RBI=0.0582148;REFB=-0.00910141;REVB=0.054031;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131238;STB=0.57136;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00408402;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:0:4:12:8:0:4 chr15 33023685 . A C 278.96 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0749774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9905;QD=41.3267;RBI=0.0833368;REFB=-0.0701614;REVB=0.0363787;RO=4;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131699;STB=0.571368;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0149178;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:12:11:0:4:12:11:0:4 chr15 33023951 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.652;QD=39.2034;RBI=0.0508013;REFB=0;REVB=0.0428568;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236599;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr15 33023985 . A G 67.54 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5997;QD=30.0198;RBI=0.034371;REFB=-0.113682;REVB=0.0310311;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0253018;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr15 33024455 . T G 49.0 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0520966;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.693;QD=11.5291;RBI=0.0523326;REFB=9.05428e-05;REVB=0.00496472;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.737044;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000224824;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:3:7:2:5:3:7 chr15 33025627 . C T 133.81 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00909735;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.089;QD=33.4522;RBI=0.00931344;REFB=0.00215141;REVB=-0.00199457;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133306;STB=0.574349;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000311037;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:17:16:3:3:13:13:0.8125:4:9:1:2:4:9:1:2 chr15 33026387 . A AT,T 162.94 PASS AF=0.96,0;AO=14,2;DP=29;FAO=24,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00180973,-0.00678303;FXX=0.0384468;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.5442,282.902;QD=26.0704;RBI=0.242759,0.0237298;REFB=-0.0229633,-0.010244;REVB=-0.242753,-0.0227397;RO=11;SAF=8,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126338,-0.663928;STB=0.519983,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0157496,0;OID=.,.;OPOS=33026388,33026387;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:25:11:1:14,2:24,0:0.96,0:6,2:8,0:8:3:12,0:12,0:1:0 chr15 33091079 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8069;QD=49.5986;RBI=0.0124987;REFB=0;REVB=-0.00945989;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60956e-05;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr15 33359574 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.08;QD=54.5156;RBI=0.0721817;REFB=0;REVB=0.0149694;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226289;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr15 33445983 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00111008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.655;QD=28.2259;RBI=0.0113806;REFB=0.00798026;REVB=-0.0113263;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150535;STB=0.583211;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00219164;OID=.;OPOS=33445983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:10:2:0:4:10:2:0:4 chr15 33446258 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0763004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7413;QD=37.361;RBI=0.0814133;REFB=-0.0134848;REVB=0.0283967;RO=5;SAF=3;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396747;STB=0.521718;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0025947;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:18:3:1:4:18:3:1:4 chr15 33840414 . A G 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7681;QD=58.1204;RBI=0.114152;REFB=0;REVB=-0.10653;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131175;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr15 33954652 . C T 418.35 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.117;QD=53.9806;RBI=0.0649744;REFB=-0.0963764;REVB=0.0548399;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00178243;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:1:0 chr15 34014753 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4133;QD=55.0982;RBI=0.053689;REFB=0;REVB=0.029258;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135462;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr15 34014913 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.796;QD=36.3485;RBI=0.0683975;REFB=-0.0210701;REVB=0.0665416;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00130956;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr15 34016274 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.644;QD=51.9167;RBI=0.0245877;REFB=0;REVB=0.023417;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103179;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr15 34113536 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00816546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.041;QD=12.86;RBI=0.0411271;REFB=-0.0109766;REVB=-0.0403083;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561098;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0100528;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:2:6:1:6:2:6 chr15 34158266 . A G 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8521;QD=63.279;RBI=0.0556463;REFB=0;REVB=0.0314957;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413819;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr15 34356988 . G A 283.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.382;QD=51.6148;RBI=0.0458205;REFB=0;REVB=0.0441129;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158704;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:7:13:0:0:9:13:0:0 chr15 34357259 . T A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.773;QD=41.8678;RBI=0.0231842;REFB=-0.035616;REVB=0.011244;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0011528;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr15 34522985 . C G 514.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.428;QD=58.7756;RBI=0.0493067;REFB=0;REVB=0.0384259;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633228;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr15 34524995 . G T 594.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000221764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.98;QD=60.9805;RBI=0.0208403;REFB=0;REVB=-0.0208391;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82541e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr15 34525035 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7372;QD=56.1868;RBI=0.0333589;REFB=0;REVB=-0.002763;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793239;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 34528948 . G A 192.97 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0290649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8157;QD=40.6242;RBI=0.0290886;REFB=-0.10855;REVB=-0.00117367;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0512611;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:10:7:0:2:10:7:0:2 chr15 34640218 . C T 399.04 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0723374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.691;QD=53.2053;RBI=0.0790278;REFB=-0.0777749;REVB=0.0318229;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00102073;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:1:0:19:10:1:0 chr15 34640378 . T C,G 114.09 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=9,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108751,-0.010761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.492,168.827;QD=41.4884;RBI=0.0792792,0.029835;REFB=0,0;REVB=-0.0785297,-0.0278267;RO=0;SAF=5,1;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00946266,0.0273409;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:9,2:9,2:0.818182,0.181818:4,1:5,1:0:0:4,1:5,1:0:0 chr15 34649631 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00227822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.245;QD=4.62989;RBI=0.00670991;REFB=-0.00425966;REVB=0.00631131;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.635901;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0392816;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:12:12:2:4:12:12 chr15 34673722 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00271746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.795;QD=13.486;RBI=0.00646645;REFB=0.000593313;REVB=-0.00586774;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529144;STB=0.809878;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00045534;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:2:9:2:7:2:9 chr15 35045276 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.633;QD=35.5749;RBI=0.069632;REFB=0;REVB=0.0194227;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125919;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr15 35045312 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.619;QD=43.4862;RBI=0.0254411;REFB=0;REVB=0.0251507;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031442;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr15 35082422 . AGGC AG,AGAC,AGC 333.01 PASS AF=0,0,0.813953;AO=9,2,24;DP=43;FAO=0,0,35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,34;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0136635,0.0185936,0.0352281;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=99.7244,24.7063,16.5165;QD=30.9776;RBI=0.0535517,0.0677565,0.125676;REFB=-0.0369514,-0.0163737,-0.147838;REVB=-0.0517792,-0.0651554,-0.120638;RO=7;SAF=0,0,0;SAR=9,2,24;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.803263,-0.621371,-0.862856;STB=0.5,0.5,0.776912;STBP=1,1,0.006;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0,0.0361555;OID=.,.,.;OPOS=35082424,35082424,35082423;OREF=GC,G,G;OALT=-,A,-;OMAPALT=AG,AGAC,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.813953:9,2,24:43:0,0,35:43:8:0,0,1:0,0,34:3:5:36:7:0,0,0:9,2,24:4:3 chr15 35149008 . C G,T 316.76 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,22;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183716,-0.001475;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.9789,219.594;QD=52.7929;RBI=0.0393545,0.0422535;REFB=0,0;REVB=-0.0348032,-0.0422278;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.08393,0.000700814;OID=.,.;OPOS=35149008,35149008;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,22:2,22:0.0833333,0.916667:0,8:2,14:0:0:0,8:2,14:0:0 chr15 35230934 . A ATAGT 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351116;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.869;QD=37.4885;RBI=0.0416272;REFB=0;REVB=0.0223607;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.43082e-05;OID=.;OPOS=35230935;OREF=-;OALT=TAGT;OMAPALT=ATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:1:7:0:0:4:0:1:7:0:0 chr15 35256624 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.991;QD=55.654;RBI=0.0184788;REFB=0;REVB=-0.0151658;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39333e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr15 36946303 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.672;QD=62.0214;RBI=0.048007;REFB=0;REVB=0.0381622;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155088;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr15 36983962 . T C 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0104421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=386.208;QD=38.3179;RBI=0.0115974;REFB=-0.029251;REVB=-0.00504599;RO=6;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765026;STB=0.541632;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00794663;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:13:11:4:2:13:11:4:2 chr15 37184076 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00749354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.518;QD=15.9167;RBI=0.00791714;REFB=-0.00473903;REVB=0.00255501;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436168;STB=0.749643;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00489065;OID=.;OPOS=37184076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:3:12:4:9:3:12 chr15 38233869 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.34;QD=53.9112;RBI=0.0162196;REFB=0;REVB=0.0139578;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58571e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 38614525 . G A 492.71 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00621246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.498;QD=46.9244;RBI=0.00819163;REFB=0.0157279;REVB=0.00533931;RO=6;SAF=10;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070954;STB=0.538195;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00282915;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:26:10:3:3:26:10:3:3 chr15 38643574 . T C 271.67 PASS AF=0.88;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0483202;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.085;QD=43.4665;RBI=0.0498017;REFB=-0.0249462;REVB=0.0120569;RO=3;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893034;STB=0.548345;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00992232;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:25:3:3:22:22:0.88:14:8:0:3:14:8:0:3 chr15 38644498 . A G 79.55 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0298065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.756;QD=2.89263;RBI=0.0363516;REFB=-0.00342505;REVB=-0.0208089;RO=94;SAF=3;SAR=13;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32514;STB=0.727684;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0372524;OID=.;OPOS=38644498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:94:94:16:16:0.145455:13:3:39:55:13:3:39:55 chr15 38645589 . A C 34.26 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0186626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3605;QD=4.15321;RBI=0.104488;REFB=-0.001846;REVB=0.102808;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659999;STB=0.545305;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0202733;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:12:15:3:3:12:15 chr15 38857631 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3559;QD=56.191;RBI=0.052401;REFB=0;REVB=-0.0385882;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000841165;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr15 38988815 . C G 527.41 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.531;QD=58.6006;RBI=0.0506907;REFB=0;REVB=-0.0438776;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24365e-05;OID=.;OPOS=38988815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr15 38990597 . CGCCG CGCCC,CGCCCG,GCCCG 52.81 PASS AF=0,0.48,0;AO=2,6,2;DP=26;FAO=0,12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2,0;FSAR=0,10,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0149889,0.000292234,-0.0268568;FXX=0.0384468;HRUN=1,2,4;LEN=1,1,2;MLLD=142.765,13.9495,31.6214;QD=8.44947;RBI=0.0159203,0.138443,0.0286412;REFB=-0.00323719,-0.0984873,-0.0249136;REVB=-0.00536568,0.138443,0.00995137;RO=15;SAF=0,1,0;SAR=2,5,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.504245,-0.323033,-0.504245;STB=0.5,0.660072,0.5;STBP=1,0.186,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0,0.146473,0;OID=.,.,.;OPOS=38990601,38990599,38990597;OREF=G,-,CG;OALT=C,C,GC;OMAPALT=CGCCC,CGCCCG,GCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:26:25:15:13:2,6,2:0,12,0:0,0.48,0:2,5,2:0,1,0:6:9:0,10,0:0,2,0:5:8 chr15 39545032 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.419;QD=63.2868;RBI=0.0459464;REFB=0;REVB=0.0382002;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012643;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr15 39545268 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.479;QD=46.847;RBI=0.0300144;REFB=0;REVB=0.0299958;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242675;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr15 39545481 . A G 36.84 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0394386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.419;QD=7.75557;RBI=0.0394567;REFB=-0.00661091;REVB=-0.00119463;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0254653;OID=.;OPOS=39545481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:8:4:2:4:9:4 chr15 39546114 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00136117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.571;QD=24.0299;RBI=0.0244082;REFB=0.0287075;REVB=0.0243702;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0140369;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:5:4:8:7:5:4 chr15 39546830 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.018802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.906;QD=7.12448;RBI=0.0188321;REFB=-0.0105232;REVB=-0.00106443;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466567;STB=0.788742;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0224505;OID=.;OPOS=39546830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:5:13:2:5:5:13 chr15 39880358 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0139809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.44;QD=7.04767;RBI=0.044628;REFB=-0.00499531;REVB=-0.0423815;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.526249;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0166225;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:20:22:8:8:0.266667:5:3:7:13:5:3:9:13 chr15 39880822 . A G 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0147216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8755;QD=4.6386;RBI=0.0152755;REFB=-0.00578348;REVB=-0.00407612;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248546;STB=0.666297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0366399;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:6:3:22:19:6:3:22:19 chr15 40226495 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.395;QD=53.9112;RBI=0.00957465;REFB=0;REVB=-0.00757184;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00928e-05;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 40259848 . A C 251.16 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4026;QD=41.8592;RBI=0.0550009;REFB=0.0869434;REVB=-0.046597;RO=3;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553188;STB=0.530092;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00741413;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:12:9:2:1:12:9:2:1 chr15 40265799 . A G 428.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4519;QD=57.1436;RBI=0.0933296;REFB=0;REVB=-0.0671204;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66711e-05;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr15 40309363 . T G 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0930083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.672;QD=28.2248;RBI=0.0933336;REFB=-0.0101665;REVB=0.00778588;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378887;STB=0.521241;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00390968;OID=.;OPOS=40309363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:2:2:7:5:2:2 chr15 40327207 . ATCTTT A 66.85 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00101759;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=5;MLLD=173.694;QD=3.81976;RBI=0.010931;REFB=-0.00487026;REVB=0.0108835;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107549;STB=0.526271;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.0226125;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:12:71:12:70:58:8:4:37:21:66:43:8:4:29:14 chr15 40327290 . A G 1226.25 PASS AF=0.793388;AO=96;DP=120;FAO=96;FDP=121;FR=.;FRO=25;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0196561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.278;QD=40.5372;RBI=0.0196991;REFB=-0.0185115;REVB=0.00130121;RO=24;SAF=49;SAR=47;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274099;STB=0.518527;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00399833;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:24:25:96:96:0.793388:47:49:14:10:47:49:15:10 chr15 40327301 . G A 1201.3 PASS AF=0.805085;AO=93;DP=117;FAO=95;FDP=118;FR=.;FRO=23;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0630148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9486;QD=40.722;RBI=0.0777848;REFB=0.0264959;REVB=-0.0456027;RO=22;SAF=50;SAR=43;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192812;STB=0.516126;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0124525;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:22:23:93:95:0.805085:43:50:13:9:45:50:14:9 chr15 40328575 . G C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.42;QD=57.6712;RBI=0.0632497;REFB=0;REVB=0.0519821;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425918;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr15 40328665 . G A 53.06 PASS AF=0.307692;AO=5;DP=24;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00643943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.363;QD=8.16281;RBI=0.0129787;REFB=-0.0183312;REVB=-0.0112685;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0702235;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:26:13:18:5:8:0.307692:3:2:5:8:4:4:9:9 chr15 40330564 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0277;QD=44.6896;RBI=0.102176;REFB=0;REVB=-0.0835928;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113922;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr15 40380297 . T C 897.42 PASS AF=0.819277;AO=68;DP=84;FAO=68;FDP=83;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0278977;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.34;QD=43.2492;RBI=0.0332536;REFB=-0.01884;REVB=0.0180974;RO=15;SAF=22;SAR=46;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786322;STB=0.542014;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00280477;OID=.;OPOS=40380297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:84:83:15:15:68:68:0.819277:46:22:8:7:46:22:8:7 chr15 40383347 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.651;QD=51.9167;RBI=0.00972335;REFB=0;REVB=0.00860219;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77084e-06;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 40398210 . G A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00813367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.187;QD=6.57392;RBI=0.0566558;REFB=-0.0211125;REVB=-0.0560689;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467764;STB=0.805374;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0270158;OID=.;OPOS=40398210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:7:9:1:5:7:9 chr15 40426913 . C A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0120527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.289;QD=28.5593;RBI=0.0175668;REFB=-0.0210976;REVB=-0.0127798;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305276;STB=0.516875;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.012423;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:9:11:6:4:9:11:6:4 chr15 40477831 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2623;QD=55.0968;RBI=0.0464544;REFB=0;REVB=0.0391079;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873639;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr15 40544493 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00571709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.639;QD=43.0157;RBI=0.00654453;REFB=-0.0103989;REVB=0.00318525;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000740316;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr15 40544520 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0813019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.763;QD=43.4843;RBI=0.0928885;REFB=0;REVB=0.0449252;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183304;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr15 40544617 . G A 105.13 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0482768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5404;QD=32.349;RBI=0.0706762;REFB=0.0491481;REVB=0.0516186;RO=2;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998761;STB=0.55546;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00482468;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:3:8:2:0:3:8:2:0 chr15 40573716 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.284;QD=49.5988;RBI=0.0323203;REFB=0;REVB=-0.0290911;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345945;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 40581543 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0218344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.486;QD=9.10001;RBI=0.0227307;REFB=-0.00953444;REVB=-0.00632016;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0197226;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:5:4:5:13:5:4:5:14 chr15 40589002 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00140924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.166;QD=4.30368;RBI=0.0112389;REFB=0.00840043;REVB=-0.0111502;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265819;STB=0.693248;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.036136;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:4:2:14:11:4:2:15:11 chr15 40595565 . C T 227.01 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0947899;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.107;QD=33.6313;RBI=0.0956267;REFB=-0.040275;REVB=-0.012623;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113775;STB=0.582007;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0232937;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:29:27:6:7:20:20:0.740741:8:12:2:4:8:12:2:5 chr15 40633138 . A T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.208;QD=46.8421;RBI=0.0630503;REFB=0;REVB=-0.0111774;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105656;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 40656141 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.486;QD=39.2068;RBI=0.0175383;REFB=0;REVB=-0.00020716;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407621;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 40662501 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.535;QD=54.5176;RBI=0.0680527;REFB=0;REVB=0.0546834;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522789;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr15 40710723 . G A 706.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.289;QD=62.8364;RBI=0.07071;REFB=0;REVB=0.0154546;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118696;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:17:28:0:0 chr15 40751555 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.851;QD=44.6897;RBI=0.0619715;REFB=0;REVB=0.0141338;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145476;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr15 40845952 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.588;QD=40.7625;RBI=0.0106027;REFB=0;REVB=0.00801207;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42865e-05;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr15 40855210 . T A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0119567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=363.793;QD=20.8978;RBI=0.0308928;REFB=0.0136403;REVB=-0.0284851;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00710174;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr15 40856989 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00857105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.389;QD=45.1038;RBI=0.0128758;REFB=0.129448;REVB=-0.00960848;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.571342;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00153516;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:15:3:1:0:15:3:1:0 chr15 40862064 . C T 554.58 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.028544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5424;QD=46.2153;RBI=0.081715;REFB=-0.0689427;REVB=0.0765675;RO=8;SAF=18;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235673;STB=0.512652;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0154685;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:48:48:8:8:40:40:0.833333:22:18:3:5:22:18:3:5 chr15 40898643 . G C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0186849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.606;QD=22.6322;RBI=0.0341472;REFB=-0.0063581;REVB=0.0285816;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510188;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00622807;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:9:3:2:6:10:3:2:6 chr15 40903684 . A G 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00507188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.622;QD=33.0922;RBI=0.0113599;REFB=-0.00651268;REVB=-0.0101648;RO=13;SAF=10;SAR=28;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264336;STB=0.654702;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00354609;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:14:38:38:0.730769:28:10:10:3:28:10:11:3 chr15 40913840 . G T 596.62 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=58;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00663192;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.84;QD=41.8681;RBI=0.0127076;REFB=0.0115715;REVB=-0.0108398;RO=9;SAF=19;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486856;STB=0.526066;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00196711;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:58:57:9:9:48:48:0.842105:29:19:5:4:29:19:5:4 chr15 40915190 . A G 57.13 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.685;QD=28.5625;RBI=0.107392;REFB=-0.0418501;REVB=-0.106092;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000205749;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:1:6:0:0:1:6:0:1 chr15 40916237 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0960879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5854;QD=14.6521;RBI=0.0965947;REFB=0.0192037;REVB=-0.00988215;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333798;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0236521;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:0:5:4:2:0:5 chr15 41105926 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.529;QD=40.7629;RBI=0.023304;REFB=0;REVB=0.0199481;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282349;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr15 41148199 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.793;QD=46.8479;RBI=0.00755244;REFB=0;REVB=-0.00746552;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73895e-05;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 41271718 . C T 794.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0007389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.381;QD=56.7509;RBI=0.0139581;REFB=0;REVB=0.0139385;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45424e-05;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:21:32:0:0:22:34:0:0 chr15 41476209 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.145;QD=50.4134;RBI=0.0183162;REFB=0;REVB=-0.00370052;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230112;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr15 41679717 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0107194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2696;QD=4.4612;RBI=0.0752527;REFB=-0.0209004;REVB=-0.0744853;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236394;STB=0.516075;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.06525;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:13:12:3:3:13:12 chr15 41815516 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.227;QD=51.1846;RBI=0.0242957;REFB=0;REVB=0.00128779;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141347;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr15 41819716 . C T 833.27 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00079956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1736;QD=57.4667;RBI=0.0354127;REFB=0;REVB=0.0354037;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177158;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr15 41821752 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0256;QD=54.5166;RBI=0.0560977;REFB=0;REVB=-0.0257416;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123502;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 41829230 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.121;QD=47.8223;RBI=0.0374101;REFB=0;REVB=0.0171603;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274523;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr15 41857303 . T C 110.03 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0551156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.504;QD=25.8894;RBI=0.0551156;REFB=-0.0210603;REVB=4.09894e-05;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0125584;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:7:4:2:3:7:5:2:3 chr15 42032393 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.022351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.168;QD=28.5595;RBI=0.0252942;REFB=-0.0160689;REVB=0.0118418;RO=10;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21973;STB=0.620579;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00853295;OID=.;OPOS=42032393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:11:9:1:9:11:9:1:9 chr15 42109223 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.91;QD=54.5176;RBI=0.0272245;REFB=0;REVB=-0.0267707;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024082;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 42111745 . C CA,CAGG 137.88 PASS AF=0.75,0.25;AO=4,3;DP=16;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228522,0.0227798;FXX=0.199867;HRUN=0,0;LEN=1,3;MLLD=140.598,135.212;QD=45.9585;RBI=0.0228522,0.0227798;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=7;SAF=4,3;SAR=0,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00679278,-0.0115573;OID=.,.;OPOS=42111746,42111746;OREF=-,-;OALT=A,AGG;OMAPALT=CA,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:4,3:16:9,3:12:0:9,3:0,0:0:0:16:7:4,3:0,0:7:0 chr15 42111746 . G A 40.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00887259;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=68.3384;QD=10.169;RBI=0.00887259;REFB=-0.0287967;REVB=0;RO=9;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498846;OID=.;OPOS=42111746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:16:16:9:9:7:7:0.4375:0:7:9:0:0:7:9:0 chr15 42117783 . G C 129.06 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305243;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=149.79;QD=43.021;RBI=0.0460631;REFB=0;REVB=0.0344975;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828433;OID=.;OPOS=42117783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:5:4:0:0:5:7:0:0 chr15 42119900 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2958;QD=50.4123;RBI=0.0931816;REFB=0;REVB=0.0544235;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673895;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 42143533 . T G 279.54 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3869;QD=48.6156;RBI=0.0278854;REFB=0.158712;REVB=-0.0149903;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0129894;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:0:1 chr15 42149596 . C G 507.33 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00893759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.033;QD=41.415;RBI=0.0115773;REFB=-0.00733534;REVB=-0.00735889;RO=11;SAF=10;SAR=28;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097211;STB=0.552603;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000630777;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:28:10:5:6:28:10:5:6 chr15 42150888 . G A 253.66 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00484792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=44.114;RBI=0.134242;REFB=-0.0267638;REVB=0.134155;RO=2;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656807;STB=0.535681;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0077962;OID=.;OPOS=42150888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:19:21:0.913043:6:13:2:0:8:13:2:0 chr15 42159290 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.559;QD=40.7629;RBI=0.0243626;REFB=0;REVB=-0.0224178;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757562;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr15 42168400 . C T 242.8 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0357921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.398;QD=37.3538;RBI=0.037357;REFB=-0.00282347;REVB=0.0106989;RO=5;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435648;STB=0.523787;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000787517;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:11:10:3:2:11:10:3:2 chr15 42170578 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00718546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.992;QD=7.66791;RBI=0.0138239;REFB=-0.00373804;REVB=-0.0118097;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834237;STB=0.551884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0097117;OID=.;OPOS=42170578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:17:18:7:5:17:18 chr15 42171462 . C T 289.04 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0193632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.852;QD=32.1157;RBI=0.0565309;REFB=-0.00516768;REVB=0.0531112;RO=10;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316266;STB=0.504501;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00143957;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:36:36:10:11:25:25:0.694444:14:11:5:5:14:11:5:6 chr15 42171483 . G A 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0280321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.791;QD=5.85756;RBI=0.0410119;REFB=-0.00425737;REVB=0.0299362;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16911;STB=0.609918;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0130626;OID=.;OPOS=42171483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:6:3:15:17:6:3:15:17 chr15 42171537 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.663;QD=63.2866;RBI=0.0625422;REFB=0;REVB=0.0569872;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284302;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr15 42178155 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.871;QD=62.9822;RBI=0.0289408;REFB=0;REVB=0.0255575;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254194;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr15 42187492 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0922121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.894;QD=44.6898;RBI=0.0922141;REFB=0;REVB=0.000607512;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000778523;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 42211486 . A G 459.53 PASS AF=0.833333;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0147121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.355;QD=43.7651;RBI=0.0721179;REFB=-0.0265414;REVB=-0.0706014;RO=6;SAF=25;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805603;STB=0.555523;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00373393;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:40:42:6:7:34:35:0.833333:9:25:3:3:10:25:3:4 chr15 42287578 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0223554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.387;QD=7.62884;RBI=0.0226533;REFB=-0.00320447;REVB=0.00366178;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23131;STB=0.642529;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0291684;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:14:6:4:4:14:6 chr15 42287606 . T C 262.39 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0303742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.784;QD=32.7986;RBI=0.034867;REFB=-0.00316643;REVB=-0.0171208;RO=9;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503491;STB=0.50276;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00149494;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:10:13:5:4:10:13:5:4 chr15 42297112 . GC G,GG 451.19 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=26,6;DP=35;FAO=31,4;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572993,0.00137738;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.0523,9.7386;QD=51.5644;RBI=0.109088,0.0768499;REFB=0,0;REVB=-0.0928274,-0.0768376;RO=0;SAF=12,3;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000911681,-0.0322719;OID=.,.;OPOS=42297113,42297113;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885714,0.114286:26,6:35:31,4:35:0:13,2:18,2:0:0:17:0:12,3:14,3:0:0 chr15 42302433 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.829;QD=21.8423;RBI=0.0343507;REFB=-0.0396773;REVB=0.0280217;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0071707;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr15 42302437 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0048317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.453;QD=21.8421;RBI=0.0233203;REFB=-0.0685128;REVB=0.0228143;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00548226;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr15 42371752 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0116868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9493;QD=15.8817;RBI=0.0464358;REFB=-0.00527162;REVB=0.0449412;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00648412;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr15 42373810 . G C 656.68 PASS AF=0.458904;AO=66;DP=144;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0217144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.739;QD=17.9912;RBI=0.028065;REFB=-0.0174455;REVB=0.0177799;RO=78;SAF=26;SAR=40;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238363;STB=0.631242;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0268499;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:78:79:66:67:0.458904:40:26:50:28:41:26:50:29 chr15 42377744 . C G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00720585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.607;QD=11.1313;RBI=0.0261087;REFB=-0.00829296;REVB=-0.0250946;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0150661;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chr15 42433802 . A G 382.57 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0166054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.182;QD=25.5043;RBI=0.0248032;REFB=-0.0258647;REVB=-0.0184245;RO=22;SAF=10;SAR=27;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146755;STB=0.574426;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0212632;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:23:37:37:0.616667:27:10:10:12:27:10:10:13 chr15 42434254 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00969636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.756;QD=10.5421;RBI=0.0531022;REFB=-0.00177712;REVB=0.0522094;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159505;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00449253;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:13:7:4:7:14:7 chr15 42434336 . G C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00596246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.872;QD=11.6341;RBI=0.00596284;REFB=-0.014125;REVB=6.72891e-05;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015192;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.020952;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:11:5:3:7:11:5 chr15 42434837 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0442534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.193;QD=9.19976;RBI=0.0542034;REFB=-0.031128;REVB=0.0312994;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351603;STB=0.711799;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0310452;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:10:3:4:3:10:3 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 641.43 PASS AF=0.0238095,0.97619,0;AO=13,25,2;DP=41;FAO=1,41,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,0;FSAR=1,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458673,0.062967,0.0666886;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=302.896,307.627,300.96;QD=61.0883;RBI=0.0465397,0.0633053,0.066885;REFB=0,0,0;REVB=0.00788224,0.00653645,0.005123;RO=1;SAF=12,11,1;SAR=1,14,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0363094,-0.0403161,-0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000522991,0.00348876,0;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619,0:13,25,2:41:1,41,0:42:0:0,26,0:1,15,0:0:0:8:1:12,11,1:1,14,1:1:0 chr15 42565588 . C A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0412181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.641;QD=23.236;RBI=0.0412182;REFB=-0.00384249;REVB=-7.0643e-05;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156888;STB=0.588374;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00206602;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:6:7:13:5:6:7 chr15 42568547 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.36;QD=55.6561;RBI=0.0226151;REFB=0;REVB=0.0209026;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14032e-05;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr15 42570718 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.414;QD=53.9112;RBI=0.0486057;REFB=0;REVB=0.0215666;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031552;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr15 42575963 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0974626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.07;QD=55.656;RBI=0.116455;REFB=0;REVB=0.0637399;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515212;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr15 42579948 . T C 739.84 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171886;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.283;QD=56.9109;RBI=0.0248095;REFB=0;REVB=0.0178904;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9206e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr15 42678416 . T A 111.43 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0102458;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.949;QD=15.3698;RBI=0.0125013;REFB=-0.0108815;REVB=-0.00716288;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.015489;OID=.;OPOS=42678416;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:6:10:9:4:6:10 chr15 42823948 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0269583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.259;QD=18.2477;RBI=0.0327806;REFB=0.010071;REVB=0.0186499;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0100324;OID=.;OPOS=42823948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:8:4:5:8:8:4 chr15 42977676 . G A 70.96 PASS AF=0.45;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00433904;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.93;QD=14.1914;RBI=0.0297884;REFB=-0.0188787;REVB=-0.0294707;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0202048;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:20:9:11:8:9:0.45:3:5:6:3:3:6:6:5 chr15 42981377 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0169198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.404;QD=20.4561;RBI=0.0218713;REFB=-0.0491894;REVB=-0.0138591;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121635;STB=0.590053;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0441162;OID=.;OPOS=42981377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:12:5:6:8:12:5:7:8 chr15 42981806 . G A 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0217989;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.528;QD=12.4326;RBI=0.0223704;REFB=0.00482112;REVB=-0.00502407;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00858619;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:5:5:5:10:5:5:5:10 chr15 42982340 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00416225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.13;QD=16.6156;RBI=0.00549156;REFB=-0.00164467;REVB=0.00358229;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872856;STB=0.549942;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00111564;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:8:13:9:8:8:13 chr15 42986787 . C T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0234299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.841;QD=27.3144;RBI=0.0348244;REFB=-0.0211529;REVB=0.0257639;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156396;STB=0.508662;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0124279;OID=.;OPOS=42986787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:6:6:10:11:6:6 chr15 43017426 . T G 98.38 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00625699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.943;QD=7.71631;RBI=0.0363877;REFB=0.00201174;REVB=-0.0358457;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141134;STB=0.591958;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00492295;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:36:38:13:13:0.254902:9:4:15:21:9:4:16:22 chr15 43023482 . T C 210.75 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00643261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.606;QD=19.1587;RBI=0.0104736;REFB=-0.00410245;REVB=-0.00826542;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329981;STB=0.686392;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00528829;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:16:7:14:7:16:7 chr15 43027835 . G T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0150086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.495;QD=14.097;RBI=0.0214327;REFB=-0.000828372;REVB=-0.0153004;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000892779;OID=.;OPOS=43027835;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:12:14:11:11:0.44:4:7:7:5:4:7:8:6 chr15 43028145 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0180786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.599;QD=19.1804;RBI=0.0265211;REFB=-0.0219484;REVB=0.0194044;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334588;STB=0.519055;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0170486;OID=.;OPOS=43028145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:8:3:4:9:8:3 chr15 43044193 . G A 424.19 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000848828;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.31;QD=32.0143;RBI=0.00893805;REFB=-0.0189431;REVB=-0.00889766;RO=15;SAF=27;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180079;STB=0.597953;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00527838;OID=.;OPOS=43044193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:15:15:38:38:0.716981:11:27:6:9:11:27:6:9 chr15 43075652 . C T 207.89 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0732186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3136;QD=17.6928;RBI=0.0775254;REFB=-0.0240897;REVB=-0.0254799;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252024;STB=0.642727;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0372143;OID=.;OPOS=43075652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:18:8:12:9:18:8 chr15 43170793 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.424;QD=40.7629;RBI=0.108615;REFB=0;REVB=0.10842;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243415;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr15 43545728 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.010114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.836;QD=19.3435;RBI=0.0234112;REFB=-0.0179324;REVB=0.0211138;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162152;STB=0.591122;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0181555;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:14:4:7:11:14:4 chr15 43552360 . G A 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000199716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.497;QD=24.2685;RBI=0.0187393;REFB=-0.0184398;REVB=-0.0187382;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885953;STB=0.548643;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0237465;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:17:16:8:14:17:16:8:14 chr15 43571390 . C G 327.77 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0540724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5074;QD=20.4854;RBI=0.0580344;REFB=0.0327186;REVB=-0.0210753;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185411;STB=0.602963;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0279946;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:22:12:17:13:22:12:17:13 chr15 43579566 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00505132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.614;QD=7.76136;RBI=0.00542606;REFB=-0.00973041;REVB=-0.00198147;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.578691;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0216033;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:8:5:3:3:8:5 chr15 43621947 . A G 177.65 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0138196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.825;QD=12.2518;RBI=0.0209447;REFB=-0.0166552;REVB=0.0157385;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174312;STB=0.652037;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0233033;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:36:21:22:0.37931:13:8:16:13:14:8:22:14 chr15 43632549 . T C 213.64 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0111633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.286;QD=16.124;RBI=0.0328568;REFB=-0.0193509;REVB=0.0309023;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185096;STB=0.605173;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0168872;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:8:16:14:15:8:16:14:15 chr15 43650384 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00619197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.943;QD=11.9536;RBI=0.0413574;REFB=0.000106027;REVB=-0.0408912;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646677;STB=0.885149;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00305466;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:2:9:1:7:2:9 chr15 43661802 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0079462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.023;QD=19.0179;RBI=0.039024;REFB=-0.00683138;REVB=-0.0382064;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00536958;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:6:8:10:5:6:8 chr15 43690300 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00513696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.481;QD=22.3968;RBI=0.0179891;REFB=0.00384824;REVB=-0.01724;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107227;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00291847;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:10:13:11:14:10:13 chr15 43724646 . T G 251.71 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0251899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.462;QD=17.065;RBI=0.0274475;REFB=-0.0195037;REVB=0.010901;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197782;STB=0.610702;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0229344;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:10:21:13:15:10:21 chr15 43748304 . A G 78.96 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00670361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.524;QD=9.28923;RBI=0.00840197;REFB=-0.00474051;REVB=0.00506505;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291584;STB=0.666296;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0152234;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:34:22:23:9:9:0.264706:6:3:13:9:6:3:13:10 chr15 43762196 . C T 311.74 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.000691487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.984;QD=29.6895;RBI=0.0108036;REFB=-0.00433172;REVB=0.0107814;RO=13;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244205;STB=0.601352;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00339776;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:15:27:27:0.642857:13:14:12:1:13:14:12:3 chr15 43767774 . G C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00638493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.687;QD=9.91648;RBI=0.00702957;REFB=-0.00264843;REVB=-0.00294068;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00448453;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:5:12:4:5:5:12 chr15 43816917 . G A 120.33 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.039055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.427;QD=14.156;RBI=0.0798152;REFB=-0.0160518;REVB=0.0696072;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363557;STB=0.694856;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.018526;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:5:9:5:14:5:9:6:14 chr15 43817406 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00590699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.438;QD=6.25135;RBI=0.0361221;REFB=-0.0333618;REVB=0.0356358;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.565004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0526261;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:10:7:3:3:10:7 chr15 43891426 . C G 477.68 PASS AF=0.484536;AO=45;DP=95;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0368638;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7408;QD=19.698;RBI=0.041305;REFB=0.00561114;REVB=0.0186323;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444658;STB=0.514013;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00699787;OID=.;OPOS=43891426;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:50:50:45:47:0.484536:24:21:21:29:26:21:21:29 chr15 44038899 . C T 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0226173;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.264;QD=51.8762;RBI=0.0248077;REFB=-0.00935434;REVB=0.010192;RO=3;SAF=34;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598168;STB=0.503175;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000206614;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:22:34:2:1:22:34:2:1 chr15 44061802 . C T 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0252489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5272;QD=13.6992;RBI=0.0253445;REFB=-0.016997;REVB=-0.00219928;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255597;STB=0.649825;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0303834;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:15:15:13:5:15:15 chr15 44120559 . T G 691.91 PASS AF=1;AO=34;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.967;QD=60.1662;RBI=0.106007;REFB=0;REVB=0.0288955;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570483;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:34:46:1:11:23:0:0:22:24:0:0 chr15 44120560 . C G 89.09 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0448166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.792;QD=7.74691;RBI=0.0452613;REFB=-0.063752;REVB=0.00632945;RO=33;SAF=1;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697049;STB=0.922398;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0550757;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:45:46:33:34:12:12:0.26087:11:1:23:10:11:1:23:11 chr15 44198049 . A G 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.028729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.691;QD=26.4135;RBI=0.0317067;REFB=-0.0217857;REVB=-0.0134149;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050068;STB=0.527703;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0143793;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:7:10:13:12:7:10 chr15 44943757 . A G 591.89 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0125889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.203;QD=56.3708;RBI=0.0163486;REFB=-0.106712;REVB=-0.0104307;RO=2;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176673;STB=0.509429;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00031972;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:13:27:1:1:13:27:1:1 chr15 44961985 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00676689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.904;QD=15.16;RBI=0.0252679;REFB=-0.0230669;REVB=-0.0243449;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258665;STB=0.649167;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.015675;OID=.;OPOS=44961985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:8:14:6:10:8:14 chr15 44966389 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3352;QD=46.8448;RBI=0.0148872;REFB=0;REVB=-0.0148202;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067301;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr15 45047134 . G A 92.36 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0010036;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.411;QD=15.3936;RBI=0.028501;REFB=-0.0163096;REVB=-0.0284833;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.014507;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:3:10:5:6:3:10 chr15 45047573 . C T 198.04 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00372455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.398;QD=19.3214;RBI=0.00688781;REFB=-0.00242794;REVB=0.00579393;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.609532;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00171774;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:11:9:12:7:11:9:14:7 chr15 45361180 . A T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0346988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.228;QD=6.59549;RBI=0.0415374;REFB=-0.00101244;REVB=-0.022833;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318873;STB=0.701321;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00250958;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:17:11:6:3:17:11 chr15 45365724 . C T 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00339529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.297;QD=5.5975;RBI=0.00710445;REFB=-0.00215815;REVB=0.00624061;RO=44;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.565758;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00788593;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:7:5:22:22:7:5:22:22 chr15 45365905 . G C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0151522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.926;QD=9.19972;RBI=0.0151752;REFB=-0.0136664;REVB=0.000834861;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0333835;OID=.;OPOS=45365905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr15 45392075 . G A 772.88 PASS AF=0.98;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0942589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1555;QD=61.8307;RBI=0.0942987;REFB=-0.112201;REVB=-0.00274045;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0191127;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:48:49:0.98:19:29:0:0:19:30:0:1 chr15 45400358 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144896;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.486;QD=60.9786;RBI=0.0323249;REFB=0;REVB=0.0288956;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45883e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:18:11:0:0:18:21:0:0 chr15 45404066 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.929;QD=64.1539;RBI=0.0288837;REFB=0;REVB=-0.000488865;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73515e-05;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr15 45407980 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0205431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.496;QD=13.4417;RBI=0.020623;REFB=0.000674629;REVB=0.00181355;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00125276;OID=.;OPOS=45407980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:5:8:7:3:5:8 chr15 45408414 . C G 146.59 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2154;QD=41.8822;RBI=0.192034;REFB=0;REVB=0.191971;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113326;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:1:0:13:14:1:4:9:0:1:5:9:0:0 chr15 45408933 . T C 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485316;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.488;QD=56.2294;RBI=0.0550579;REFB=0;REVB=0.026001;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105582;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr15 45444133 . T C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.000517277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.244;QD=19.9056;RBI=0.0336696;REFB=-0.0222268;REVB=-0.0336657;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153267;STB=0.584723;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0179827;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:7:21:18:13:7:21 chr15 45444518 . A G 108.11 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0163204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.644;QD=13.5141;RBI=0.0222882;REFB=-0.0195132;REVB=0.0151792;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904412;STB=0.540919;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0653338;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:4:9:11:7:4:9:12:7 chr15 45446156 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00420079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9941;QD=18.1538;RBI=0.00420081;REFB=0.000287174;REVB=-1.23038e-05;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260531;STB=0.650113;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000524288;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:10:15:17:4:10:15 chr15 45453032 . T C 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0578905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.803;QD=24.157;RBI=0.064754;REFB=-0.0180257;REVB=-0.0290133;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232071;STB=0.627823;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0162951;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:18:12:15:6:18:12:15:6 chr15 45457458 . G T 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00421954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8642;QD=15.898;RBI=0.0417785;REFB=-0.0132726;REVB=0.0415648;RO=49;SAF=10;SAR=27;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440504;STB=0.747561;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0195711;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:27:10:35:14:27:10:35:14 chr15 45457519 . T G 439.62 PASS AF=0.54321;AO=41;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0306341;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7162;QD=21.7097;RBI=0.0400194;REFB=-0.053088;REVB=0.0257509;RO=37;SAF=24;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.630993;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0583457;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:37:41:44:0.54321:17:24:13:24:17:27:12:25 chr15 45467540 . C G 595.6 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.608;QD=58.1072;RBI=0.053627;REFB=-0.11181;REVB=0.00796476;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.521728;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000290549;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:29:10:1:0:29:11:1:0 chr15 45545478 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0138037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.002;QD=26.3124;RBI=0.0220857;REFB=0.01455;REVB=-0.0172406;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691191;STB=0.538423;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00978842;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:6:6:12:8:6:6 chr15 45554267 . C A 475.05 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0199443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.394;QD=24.3614;RBI=0.0210836;REFB=0.000728749;REVB=0.00683689;RO=33;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788232;STB=0.504321;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000612718;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:25:20:15:18:25:20:15:18 chr15 45653707 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.000841759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.925;QD=11.0198;RBI=0.0154347;REFB=-0.0210367;REVB=0.0154117;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0171625;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:6:2:5:1:6:2 chr15 45654327 . A G 284.04 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00121356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2788;QD=15.1486;RBI=0.0265331;REFB=0.0335597;REVB=0.0265054;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122052;STB=0.569008;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0517692;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:18:14:24:19:18:14:24:19 chr15 45661678 . T A 371.5 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00150633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.278;QD=20.0809;RBI=0.0149042;REFB=-0.0129733;REVB=0.0148279;RO=36;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200163;STB=0.511105;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0107724;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:23:15:15:21:23:15:15:21 chr15 45695695 . G A 319.76 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0183302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.33;QD=18.5368;RBI=0.0264165;REFB=-0.0153284;REVB=0.0190219;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235957;STB=0.622191;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0243172;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:18:16:25:9:18:16:25:10 chr15 45777344 . T C 105.77 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0330665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2282;QD=11.4349;RBI=0.0906446;REFB=0.0171893;REVB=-0.0843982;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.584621;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0371084;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:8:15:7:6:8:16 chr15 45779810 . G A 657.7 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00771302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.632;QD=59.7906;RBI=0.00777912;REFB=0.116384;REVB=-0.00101192;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000406404;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:1:0:28:15:1:0 chr15 45968435 . T C 267.53 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0223138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.831;QD=28.1612;RBI=0.0734628;REFB=-0.0197017;REVB=-0.069992;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219569;STB=0.608606;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.018004;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:14:9:10:4:14:10:10:4 chr15 48052595 . A C 214.7 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0150942;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.259;QD=14.8069;RBI=0.0160753;REFB=0.00134569;REVB=-0.00552992;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105494;STB=0.542902;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00151446;OID=.;OPOS=48052595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:18:15:14:11:17:16 chr15 48053229 . C A 176.0 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0413313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1441;QD=20.7058;RBI=0.0780176;REFB=-0.0479992;REVB=-0.0661701;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0411447;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:8:8:9:9:8:8 chr15 48056219 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0397397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7541;QD=18.4385;RBI=0.0417514;REFB=-0.00278035;REVB=-0.0128038;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974127;STB=0.554271;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00484961;OID=.;OPOS=48056219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:9:20:17:12:9:20 chr15 48058071 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0187662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.345;QD=7.52573;RBI=0.0625134;REFB=-0.0171104;REVB=-0.0596301;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207656;STB=0.628863;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0393933;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:9:15:4:5:9:15 chr15 48063076 . T C 1083.93 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139594;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.833;QD=60.2183;RBI=0.0179806;REFB=0;REVB=0.011333;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12728e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:73:72:1:36:37:0:0:35:37:0:0 chr15 48426484 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.929;QD=44.6898;RBI=0.0145509;REFB=0;REVB=0.0126696;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95379e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 48443699 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0712;QD=59.4351;RBI=0.0328151;REFB=0;REVB=-0.0222096;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793309;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr15 48460927 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.758;QD=59.1424;RBI=0.068623;REFB=0;REVB=-0.0203129;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023371;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr15 48495508 . C T 545.71 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.914;QD=57.4433;RBI=0.0478119;REFB=-0.0303935;REVB=-0.0448664;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00102874;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:0:1:36:37:0.973684:14:22:0:0:14:23:1:0 chr15 48539587 . T C 372.15 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00628693;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0287;QD=30.3797;RBI=0.0312458;REFB=0.0316752;REVB=0.0306068;RO=18;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171868;STB=0.509428;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0039644;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:18:31:31:0.632653:18:13:8:10:18:13:8:10 chr15 48580713 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.836;QD=47.821;RBI=0.0478819;REFB=0;REVB=-0.0102577;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163105;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr15 48595192 . G T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.936;QD=48.7339;RBI=0.0341115;REFB=0;REVB=-0.0220096;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59816e-05;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr15 48701029 . C T 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0291917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.614;QD=8.68375;RBI=0.031182;REFB=-0.00184112;REVB=0.0109618;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162757;STB=0.59976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00394384;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:6:11:4:4:6:11 chr15 48702457 . C A 127.48 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00283813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4754;QD=12.1409;RBI=0.0311491;REFB=-0.0224365;REVB=-0.0310195;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159508;STB=0.603639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0423941;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:8:7:16:10:8:7:17:10 chr15 48797307 . A G 407.3 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0172073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.728;QD=33.249;RBI=0.0221604;REFB=0.00463964;REVB=-0.0139639;RO=16;SAF=22;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682486;STB=0.53729;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00253157;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:11:22:9:7:11:22:9:7 chr15 48807637 . C T 929.46 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9202;QD=56.3309;RBI=0.0314333;REFB=0.0905943;REVB=-0.0136072;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00269048;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:34:30:0:1:34:31:0:1 chr15 49118087 . C T 237.85 PASS AF=0.479167;AO=24;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00256341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.121;QD=19.8205;RBI=0.0808871;REFB=-0.000561804;REVB=-0.0808465;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168371;STB=0.568206;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00046732;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:24:23:0.479167:15:9:13:10:14:9:13:12 chr15 49168841 . G A 688.4 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.00813362;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.652;QD=16.8932;RBI=0.00950138;REFB=-0.00335423;REVB=-0.00491125;RO=88;SAF=45;SAR=29;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175692;STB=0.513571;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00410254;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:88:89:74:74:0.453988:29:45:52:36:29:45:52:37 chr15 49171873 . CTTTTA CTTT,CTTTA 67.28 PASS AF=0.157895,0.368421;AO=5,5;DP=19;FAO=3,7;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3,6;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0546529,0.140198;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.5137,20.0955;QD=14.1637;RBI=0.0548256,0.19002;REFB=0.00488591,0.0020701;REVB=-0.00434807,0.128266;RO=8;SAF=5,4;SAR=0,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.350877,0.350877;SSSB=0.804526,0.598683;STB=0.997774,0.88425;STBP=0.005,0.022;TYPE=del,del;VARB=0.0423686,0.0479127;OID=.,.;OPOS=49171877,49171874;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.157895,0.368421:5,5:19:3,7:19:9:3,6:0,1:1:8:40:8:5,4:0,1:1:7 chr15 49288160 . A G 601.74 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2367;QD=58.7066;RBI=0.0716204;REFB=-0.1479;REVB=0.0699438;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00628256;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr15 49325289 . A C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00331909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.894;QD=18.2899;RBI=0.0133082;REFB=-0.00702205;REVB=-0.0128877;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689493;STB=0.538438;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00694651;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:14:18:21:12:14:18:21:12 chr15 49491143 . G A 734.71 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02821;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.765;QD=63.8876;RBI=0.0812751;REFB=0;REVB=0.0762223;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327045;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr15 49716845 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.819;QD=61.3317;RBI=0.0644716;REFB=0;REVB=0.0603551;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398955;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr15 49717496 . T C 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0344881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.181;QD=10.0755;RBI=0.0354291;REFB=-0.00315516;REVB=0.00811156;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.713729;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00225004;OID=.;OPOS=49717496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:8:6:6:2:8:6 chr15 50152583 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.985;QD=59.5016;RBI=0.0158007;REFB=0;REVB=0.0102822;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43071e-06;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr15 50226313 . G T 205.23 PASS AF=0.458333;AO=19;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0897383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9587;QD=17.1027;RBI=0.105062;REFB=0.00363403;REVB=0.0546355;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141957;STB=0.538427;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00581536;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:26:19:22:0.458333:9:10:10:16:12:10:10:16 chr15 50279662 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8858;QD=60.9784;RBI=0.0785956;REFB=0;REVB=-0.00875957;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959826;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr15 50311135 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6959;QD=53.9112;RBI=0.046268;REFB=0;REVB=-0.0415879;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403018;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 50311148 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.71;QD=51.5087;RBI=0.00599255;REFB=0.106569;REVB=-0.00348963;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000866546;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr15 50474766 . A C 256.52 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00985525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250;QD=44.6122;RBI=0.0196534;REFB=-0.100898;REVB=0.0170038;RO=2;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00163126;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:6:15:0:2:6:15:0:2 chr15 50773755 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.113;QD=61.6803;RBI=0.013893;REFB=0;REVB=0.0137844;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19013e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 50853015 . G A,T 804.38 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551806,-0.0127625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.7886,32.7278;QD=56.4475;RBI=0.0118921,0.0137898;REFB=0,0;REVB=-0.0105343,0.00522287;RO=0;SAF=21,1;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000916402,0.130027;OID=.,.;OPOS=50853015,50853015;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:34,1:21,1:0:0:34,1:21,1:0:0 chr15 50867082 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.378;QD=52.6121;RBI=0.117253;REFB=0;REVB=-0.0568389;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317529;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 50981098 . T C 254.38 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.441;QD=50.8761;RBI=0.0931242;REFB=0;REVB=-0.0768012;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177372;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr15 51217361 . T C 965.68 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00599011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.021;QD=56.8049;RBI=0.00599389;REFB=-0.0190246;REVB=-0.000212779;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=2.21424e-05;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:31:36:0:0:31:36:0:1 chr15 51294832 . G A 902.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4213;QD=58.2211;RBI=0.0247849;REFB=0;REVB=-0.0214304;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017788;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr15 51397262 . C T 1227.25 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.866;QD=61.3624;RBI=0.0150448;REFB=0;REVB=0.0129796;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30075e-05;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:42:38:0:0 chr15 51502844 . A C 439.88 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00836629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3539;QD=15.8514;RBI=0.0730807;REFB=-0.0367427;REVB=0.0726003;RO=61;SAF=22;SAR=27;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123335;STB=0.573177;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.045613;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:62:49:49:0.441441:27:22:35:26:27:22:36:26 chr15 51502986 . G A 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0142149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.782;QD=19.8262;RBI=0.0203595;REFB=0.000643718;REVB=0.0145756;RO=50;SAF=27;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184748;STB=0.5102;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00034952;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:25:27:27:23:25:27:27:23 chr15 51503881 . T A 52.22 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0189035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.951;QD=9.49537;RBI=0.0452335;REFB=-0.00331529;REVB=-0.0410941;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177233;STB=0.511582;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0142537;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:22:13:13:5:5:0.227273:2:3:8:5:2:3:8:5 chr15 51503897 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0315161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.259;QD=10.0754;RBI=0.0318398;REFB=-0.00678881;REVB=-0.00452892;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00619375;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:8:6:5:3:8:6 chr15 51675625 . C T 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.58;QD=61.1816;RBI=0.0165556;REFB=-0.108323;REVB=-0.0108621;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000124415;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:25:22:0:0:25:22:0:1 chr15 51676020 . T G 383.64 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00130711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.779;QD=20.1914;RBI=0.0455044;REFB=-0.0140507;REVB=-0.0454856;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162149;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0114811;OID=.;OPOS=51676020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:37:39:39:0.513158:23:16:21:14:23:16:21:16 chr15 51689772 . G A 1536.72 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.766;QD=63.3697;RBI=0.0445769;REFB=0;REVB=0.0142844;RO=0;SAF=28;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09048e-05;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:68:28:0:0:69:28:0:0 chr15 51698867 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0186499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.601;QD=11.1303;RBI=0.0207311;REFB=-0.0178421;REVB=-0.00905321;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276077;STB=0.671223;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0382363;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:1:9:13:4:1:9:13:4 chr15 51698922 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.748;QD=59.0183;RBI=0.0255484;REFB=0;REVB=-0.019341;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27555e-06;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr15 51783820 . T C 1340.01 PASS AF=0.988764;AO=76;DP=80;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.951;QD=60.2253;RBI=0.123226;REFB=-0.0360359;REVB=0.0328709;RO=1;SAF=14;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757296;STB=0.503999;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00236267;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:89:1:1:76:88:0.988764:62:14:0:1:62:26:0:1 chr15 51795172 . G A 787.59 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231592;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.296;QD=57.2791;RBI=0.0258853;REFB=0;REVB=0.0115629;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56108e-05;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr15 51868373 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0766675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4984;QD=28.5376;RBI=0.0777179;REFB=0.0381052;REVB=-0.0127344;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00229432;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr15 51914662 . G A 2403.79 PASS AF=0.939891;AO=159;DP=174;FAO=172;FDP=183;FR=.;FRO=11;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0570045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.176;QD=52.5418;RBI=0.123838;REFB=-0.127039;REVB=0.109938;RO=12;SAF=95;SAR=64;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134545;STB=0.512591;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0276443;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:174:183:12:11:159:172:0.939891:64:95:6:6:74:98:4:7 chr15 51914716 . T C 1940.29 PASS AF=1;AO=105;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.237;QD=62.0892;RBI=0.0852955;REFB=0;REVB=0.00704886;RO=0;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475789;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:105:125:1:71:34:0:0:71:54:0:0 chr15 52017273 . T C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0341965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.032;QD=16.1062;RBI=0.0342223;REFB=-0.0120961;REVB=-0.00132881;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020831;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0291729;OID=.;OPOS=52017273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:7:14:11:6:8:14 chr15 52350879 . T C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0200561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.914;QD=15.2291;RBI=0.0214813;REFB=-0.0170169;REVB=-0.00769407;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116309;STB=0.567493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0214072;OID=.;OPOS=52350879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:10:18:14:5:10:18 chr15 52521383 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0221577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.823;QD=23.7581;RBI=0.0346092;REFB=-0.0158447;REVB=-0.0265863;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435819;STB=0.524253;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00970471;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:13:9:12:14:13:9 chr15 52536592 . AGGGC AGGC,AGGGT 284.99 PASS AF=0.363636,0.484848;AO=12,12;DP=33;FAO=12,16;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=12,10;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.249268,0.00537621;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.9761,132.627;QD=34.5441;RBI=0.249575,0.00629886;REFB=0.0324218,0.00220009;REVB=0.0123855,-0.00328207;RO=4;SAF=12,6;SAR=0,6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.469521,0;SSEP=0.435071,0;SSSB=0.844815,0.224255;STB=0.998821,0.646877;STBP=0,0.028;TYPE=del,snp;VARB=0.081751,0.0135206;OID=.,.;OPOS=52536593,52536596;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.484848:12,12:33:12,16:33:5:12,10:0,6:0:5:92:4:12,6:0,6:0:4 chr15 52539673 . C T 219.01 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0203726;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1477;QD=13.4778;RBI=0.0418777;REFB=-0.0077624;REVB=0.0365883;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538234;STB=0.530782;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0107204;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:20:19:14:12:20:19 chr15 52556429 . A G 564.77 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186857;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.902;QD=61.0563;RBI=0.0156026;REFB=0;REVB=0.0154903;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114552;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr15 52570093 . G A 39.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00243819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.677;QD=12.2953;RBI=0.0131521;REFB=-0.0032662;REVB=0.0129242;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00390882;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:4:2:3:3:5:2 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 302.89 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427862;FXX=0.153787;HRUN=3;LEN=9;MLLD=294.873;QD=55.0715;RBI=0.051264;REFB=0;REVB=0.0282373;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000238028;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:27:22:22:0:8:14:0:0:3:5:7:12:3:2 chr15 52611451 . A G 1790.98 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.557;QD=60.7111;RBI=0.0431001;REFB=0;REVB=0.0159915;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114227;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:64:52:0:0:66:52:0:0 chr15 52667552 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000566204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.236;QD=57.7109;RBI=0.0251701;REFB=0;REVB=0.0251638;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64212e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr15 52689526 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.195;QD=62.3503;RBI=0.097303;REFB=0;REVB=0.0117737;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525654;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 52689584 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0140213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.044;QD=14.4906;RBI=0.014249;REFB=0.00858506;REVB=-0.00253715;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.602511;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0109735;OID=.;OPOS=52689584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:16:14:12:7:16:14 chr15 52689631 . T G 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1533;QD=59.0063;RBI=0.0846232;REFB=0;REVB=-0.0757756;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771634;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr15 52901283 . TT CC 418.65 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220843;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=2;MLLD=81.2745;QD=57.745;RBI=0.0362414;REFB=0;REVB=0.0287355;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000289242;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr15 53081357 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.151348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8587;QD=14.0438;RBI=0.158502;REFB=-0.0028603;REVB=-0.0470821;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00676123;OID=.;OPOS=53081357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr15 53907948 . G A 75.87 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.086657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0253;QD=12.1388;RBI=0.108724;REFB=-0.00195453;REVB=-0.0656625;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.618812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0064324;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:6:9:4:6:6:9 chr15 53994493 . A G 728.68 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.777;QD=57.1514;RBI=0.0511278;REFB=0;REVB=0.0149057;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242374;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr15 54008795 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0253446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2183;QD=14.697;RBI=0.0523308;REFB=0.000938557;REVB=0.0457838;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109992;STB=0.563318;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000257846;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:17:13:7:14:17:13 chr15 54008845 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1281;QD=57.3848;RBI=0.0224743;REFB=0;REVB=-0.021838;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198831;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr15 54306925 . G A 786.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4103;QD=55.2166;RBI=0.0555261;REFB=0.0223146;REVB=-0.0441194;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00369931;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:21:35:0:0:21:35:0:1 chr15 54307378 . T A 37.76 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0747391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6876;QD=9.43919;RBI=0.0747956;REFB=-0.0380535;REVB=-0.002906;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0580121;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr15 54528602 . T C 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00458772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.467;QD=26.5502;RBI=0.00630851;REFB=-0.00772564;REVB=0.00433014;RO=19;SAF=23;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25663;STB=0.641341;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00454008;OID=.;OPOS=54528602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:9:23:7:12:9:23:7:12 chr15 54919047 . A G 180.12 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0195252;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7468;QD=15.0098;RBI=0.0263154;REFB=0.0323035;REVB=0.0176427;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333628;STB=0.689481;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0214894;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:6:23:9:10:6:23 chr15 55520852 . CA C 33.83 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.160886;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8808;QD=3.65675;RBI=0.160986;REFB=-0.0199634;REVB=-0.00567411;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575862;STB=0.838452;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0220633;OID=.;OPOS=55520853;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:12:38:13:37:24:2:11:16:8:33:21:2:10:15:6 chr15 55619796 . T C 674.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010943;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.739;QD=62.782;RBI=0.0128374;REFB=0;REVB=0.00671184;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329991;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr15 55632859 . G T 613.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0481;QD=61.3164;RBI=0.0536623;REFB=0;REVB=-0.0220678;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389621;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr15 55759193 . T C 145.37 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2318;QD=44.7299;RBI=0.066038;REFB=0;REVB=0.00927087;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183597;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:4:8:1:0:4:9:0:0 chr15 55970041 . A G 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0111767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8343;QD=33.2491;RBI=0.030169;REFB=-0.0120043;REVB=0.0280223;RO=8;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08284;STB=0.545413;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00662133;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:10:12:3:5:10:12:3:5 chr15 55972797 . T C 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0237064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.362;QD=21.806;RBI=0.0240618;REFB=-0.00407768;REVB=0.00412047;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149579;STB=0.582175;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00304109;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:25:20:11:29:25:20:11:29 chr15 56121060 . A C 72.89 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00725841;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.768;QD=18.2229;RBI=0.0654102;REFB=0.0288021;REVB=0.0650062;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0249532;OID=.;OPOS=56121060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr15 56122741 . A C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0082573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.133;QD=15.5772;RBI=0.00987037;REFB=-0.0141838;REVB=-0.0054075;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269956;STB=0.65503;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0165855;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:13:17:19:5:13:17 chr15 56139153 . T C 526.51 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274909;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.199;QD=60.1729;RBI=0.0955055;REFB=0;REVB=0.0914633;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7361e-05;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr15 56152729 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.406;QD=58.2374;RBI=0.0374184;REFB=0;REVB=0.0373668;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95386e-05;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr15 56152872 . C T 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.934;QD=57.2306;RBI=0.0261049;REFB=0;REVB=-0.0239102;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17338e-05;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr15 56207983 . C T 300.21 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00339297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.655;QD=19.0609;RBI=0.00960684;REFB=-0.00673981;REVB=0.00898772;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698145;STB=0.538898;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00653993;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:15:16:14:18:15:16 chr15 56285721 . G A 376.03 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0503903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7447;QD=32.6984;RBI=0.0626199;REFB=-0.011213;REVB=0.0371762;RO=15;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136817;STB=0.57428;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00722217;OID=.;OPOS=56285721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:10:21:13:2:10:21:13:2 chr15 56386577 . T G 1098.23 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.809;QD=60.177;RBI=0.00493055;REFB=0;REVB=-0.00441261;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73732e-06;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr15 56387859 . T C 139.06 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00301802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.625;QD=12.0924;RBI=0.0219455;REFB=-0.015378;REVB=-0.0217369;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119587;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0317274;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:16:16:0.347826:9:7:13:16:9:7:13:17 chr15 56387931 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1371;QD=62.6689;RBI=0.0087695;REFB=0;REVB=-0.00394254;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13888e-05;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr15 56388033 . T C 256.29 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00254041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.425;QD=22.7812;RBI=0.0232927;REFB=0.00211584;REVB=-0.0231538;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010198;STB=0.505699;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00212118;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:12:9:10:14:12:9 chr15 56471449 . T G 81.49 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0115822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4406;QD=6.03593;RBI=0.0475969;REFB=-0.00245472;REVB=-0.0461662;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303837;STB=0.735449;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00114164;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:49:54:37:42:12:12:0.222222:3:9:19:18:3:9:19:23 chr15 56721264 . G A 287.9 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.95;QD=52.3448;RBI=0.0356477;REFB=0;REVB=0.0207147;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568569;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:14:8:0:0 chr15 56726353 . G A 132.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0182346;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.878;QD=10.6131;RBI=0.0242805;REFB=0.00288115;REVB=0.0160326;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145346;STB=0.50866;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00733292;OID=.;OPOS=56726353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:34:16:16:0.32:11:5:11:23:11:5:11:23 chr15 56923714 . G A 617.02 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301968;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.837;QD=61.7016;RBI=0.0303008;REFB=0;REVB=-0.00250887;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70197e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr15 56946980 . T G 728.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9887;QD=57.1539;RBI=0.0278497;REFB=0;REVB=-0.0270059;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410592;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr15 56968865 . C T 535.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8691;QD=59.5201;RBI=0.108189;REFB=0;REVB=-0.0335734;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558583;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:23:13:0:0 chr15 56968949 . GT G 49.96 PASS AF=0.347826;AO=19;DP=48;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.031615;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0346;QD=4.34426;RBI=0.103213;REFB=-0.113021;REVB=-0.0982522;RO=26;SAF=1;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0.431034;SSEP=0;SSSB=-0.559466;STB=0.805936;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.138112;OID=.;OPOS=56968950;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:19:48:16:46:30:1:15:9:21:49:26:1:18:9:17 chr15 57213283 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0273717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.059;QD=13.4417;RBI=0.0484491;REFB=0.00803271;REVB=0.0399763;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301146;STB=0.680449;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00449489;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:7:6:2:8:7:6 chr15 57730404 . T C 167.2 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00318511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.283;QD=11.7335;RBI=0.0155835;REFB=-0.00860711;REVB=-0.0152545;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560637;STB=0.532523;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0140895;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:19:17:11:10:19:17 chr15 57731245 . A G 85.14 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0285738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.404;QD=13.0991;RBI=0.0373515;REFB=-0.0249051;REVB=-0.0240556;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408967;STB=0.736458;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0616469;OID=.;OPOS=57731245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:12:3:7:4:12:3 chr15 57731335 . A C 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6257;QD=54.5156;RBI=0.152808;REFB=0;REVB=0.106107;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416897;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr15 57731728 . A G 477.42 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.585;QD=57.8693;RBI=0.0299405;REFB=0;REVB=0.029867;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065508;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr15 57918069 . A G 714.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668581;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.399;QD=63.4876;RBI=0.0707795;REFB=0;REVB=-0.0232322;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231821;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr15 57918090 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6557;QD=59.0095;RBI=0.0330054;REFB=0;REVB=-0.00439009;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371904;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr15 57967219 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.559;QD=57.7124;RBI=0.0054909;REFB=0;REVB=0.00475572;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68351e-06;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr15 58000981 . C T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000753557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.557;QD=13.8491;RBI=0.0106079;REFB=0.00575539;REVB=-0.0105811;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430833;STB=0.753921;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0103834;OID=.;OPOS=58000981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:13:3:14:11:13:3:14:11 chr15 58006854 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.01444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.429;QD=20.8968;RBI=0.0252306;REFB=-0.0104221;REVB=-0.0206899;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.666295;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0078036;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:4:0:4:4:4:0 chr15 58256127 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0114676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.367;QD=12.6193;RBI=0.0335651;REFB=-0.0172705;REVB=-0.0315453;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560887;STB=0.532231;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0190969;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:17:21:12:12:17:21 chr15 58444720 . A T 299.12 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00013005;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.691;QD=15.9532;RBI=0.00450527;REFB=-0.00611125;REVB=-0.00450339;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16046;STB=0.574835;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0082987;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:42:32:33:0.44:17:15:27:16:17:16:26:16 chr15 58471368 . C T 991.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.607;QD=59.1648;RBI=0.0169981;REFB=0;REVB=-0.00488024;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88647e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr15 58476281 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.389;QD=62.3493;RBI=0.0127814;REFB=0;REVB=0.00169626;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17189e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr15 58834741 . G T 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0361081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.196;QD=22.3972;RBI=0.0370791;REFB=-0.0187147;REVB=-0.00842986;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952693;STB=0.553439;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0174937;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:10:9:8:14:10:9 chr15 58837957 . A G 417.4 PASS AF=0.447917;AO=39;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0165524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9891;QD=17.3917;RBI=0.0167941;REFB=-0.0128984;REVB=-0.00283904;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224376;STB=0.598181;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0171389;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:53:39:43:0.447917:13:26:24:29:16:27:24:29 chr15 58838010 . A G 585.19 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00991368;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.996;QD=22.2928;RBI=0.00991368;REFB=-0.0137747;REVB=7.74619e-06;RO=42;SAF=23;SAR=35;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136063;STB=0.580403;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00875001;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:42:47:58:58:0.552381:35:23:24:18:35:23:27:20 chr15 58853078 . TC AA,TA 558.44 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,34;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607397,0.0195945;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=168.69,191.019;QD=58.7834;RBI=0.0896839,0.0789408;REFB=0,0;REVB=0.089478,0.0764703;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0624017,-3.97828e-05;OID=.,.;OPOS=58853078,58853079;OREF=TC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:38:38:0:0:2,34:2,36:0.0526316,0.947368:0,11:2,23:0:0:0,12:2,24:0:0 chr15 58853109 . A G 598.07 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226386;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.674;QD=61.3401;RBI=0.105783;REFB=0;REVB=0.103332;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464761;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr15 58983318 . G C 246.82 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.214;QD=47.013;RBI=0.0344552;REFB=-0.102284;REVB=0.0118315;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00250542;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr15 58983425 . G C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.826;QD=58.1381;RBI=0.00936188;REFB=0;REVB=0.00441682;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04725e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr15 58983588 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.054;QD=57.1773;RBI=0.0411927;REFB=0;REVB=-0.030128;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6274e-05;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr15 59147037 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.744;QD=56.1908;RBI=0.0466879;REFB=0;REVB=0.0270921;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27075e-05;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 59147413 . T A 359.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316201;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.417;QD=55.3719;RBI=0.0106203;REFB=0;REVB=0.0101387;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469424;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr15 59417040 . C G 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0374382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8089;QD=7.76058;RBI=0.0595315;REFB=0.0104918;REVB=-0.0462858;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497665;STB=0.817086;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0222789;OID=.;OPOS=59417040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:5:8:1:5:5:8 chr15 59499179 . G A 613.11 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.257;QD=61.311;RBI=0.0710547;REFB=0;REVB=0.0406493;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036984;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr15 59499228 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.601;QD=62.6711;RBI=0.0242716;REFB=0;REVB=0.00820986;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90563e-05;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 59499274 . C A 708.98 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625741;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.498;QD=56.7181;RBI=0.0143104;REFB=0;REVB=0.0128698;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100917;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr15 59500116 . T C 758.39 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00290937;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5734;QD=55.156;RBI=0.0642415;REFB=0.0142146;REVB=0.0641756;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000574983;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:31:22:0:1:32:22:0:1 chr15 59510189 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00743445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.082;QD=56.8272;RBI=0.0252323;REFB=-0.00279148;REVB=0.0241121;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=6.08968e-05;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr15 59682428 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.501;QD=53.9112;RBI=0.0118986;REFB=0;REVB=-0.00189701;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120076;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr15 59682486 . G GT 244.5 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.4335;QD=44.454;RBI=0.0564752;REFB=0;REVB=-0.0109764;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00242678;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:22:22:0:8:14:0:0:5:2:8:14:1:1 chr15 59784493 . C T 715.17 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0301991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.919;QD=57.2135;RBI=0.0305015;REFB=0.0228364;REVB=-0.00428475;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.538445;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000958312;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:0:3:18:29:0:3 chr15 59911892 . G T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.584;QD=64.1534;RBI=0.034663;REFB=0;REVB=0.0326967;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146774;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr15 59912253 . A C 451.91 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3612;QD=56.489;RBI=0.0728584;REFB=0;REVB=0.0711452;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544206;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:15:16:0:1:16:16:0:0 chr15 59912625 . G A 373.74 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.049;QD=55.3683;RBI=0.00766749;REFB=0;REVB=0.000127334;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45139e-05;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:9:18:0:0 chr15 60298221 . C A 270.28 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.4065;QD=51.4822;RBI=0.0632535;REFB=0;REVB=0.0231791;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146438;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr15 60678298 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.681;QD=44.6898;RBI=0.00987751;REFB=0;REVB=-0.00619813;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90696e-06;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr15 60715800 . T G 354.34 PASS AF=0.935484;AO=18;DP=27;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0485588;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=90.4389;QD=45.7211;RBI=0.203272;REFB=-0.0300213;REVB=0.197387;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00315239;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:31:1:2:18:29:0.935484:11:7:0:1:14:15:0:2 chr15 60724118 . C A,G 455.23 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710098,-0.00170236;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=123.584,160.75;QD=56.9038;RBI=0.00915956,0.0130892;REFB=0,0;REVB=-0.00578563,-0.0129781;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0668043,0.000257342;OID=.,.;OPOS=60724118,60724118;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,12:2,18:0:0:0,12:2,18:0:0 chr15 60734697 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.492;QD=57.2023;RBI=0.0486293;REFB=0;REVB=0.0195509;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285768;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr15 60789798 . G T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2199;QD=61.6826;RBI=0.030364;REFB=0;REVB=-0.0239144;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046949;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr15 62202482 . C T 3347.64 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.961;QD=62.2816;RBI=0.0150857;REFB=0;REVB=-0.0141513;RO=0;SAF=105;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.063e-05;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:215:0:0:214:215:1:109:105:0:0:109:106:0:0 chr15 62212781 . T C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0297973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.537;QD=20.8553;RBI=0.02989;REFB=-0.0202903;REVB=-0.00235164;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047619;STB=0.519471;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0146452;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:22:20:16:22:22:20:17:22 chr15 62254989 . T C 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00747995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4815;QD=16.7439;RBI=0.0422499;REFB=-0.00699158;REVB=0.0415825;RO=49;SAF=27;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232318;STB=0.630927;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0128596;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:12:27:23:26:12:27:23:26 chr15 62259637 . C T 142.66 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0012009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5633;QD=14.6316;RBI=0.0465145;REFB=-0.0170838;REVB=-0.046499;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.020903;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:11:12:11:5:11:12 chr15 62299603 . T G 274.59 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000534231;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=68.2957;QD=21.5368;RBI=0.0128314;REFB=-0.00283325;REVB=0.0128203;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256005;STB=0.641284;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00249807;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:18:5:15:13:18:5 chr15 62316035 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.020342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.494;QD=17.3762;RBI=0.0217781;REFB=-0.00332134;REVB=0.00777757;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.614278;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00523639;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:1:9:8:3:1:9 chr15 62539781 . A G 55.36 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0193161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.48;QD=10.0656;RBI=0.0693246;REFB=-0.0205073;REVB=-0.0665792;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34871;STB=0.713729;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0465365;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:6:8:2:6:6:8 chr15 62990971 . C T 528.11 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0828;QD=57.0924;RBI=0.135933;REFB=-0.160168;REVB=-0.0526165;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00816255;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr15 63009804 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.336;QD=54.5177;RBI=0.0788988;REFB=0;REVB=0.0426244;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678617;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr15 63047778 . C T 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0478796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.603;QD=26.3372;RBI=0.0539239;REFB=-0.0225867;REVB=0.0248057;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648386;STB=0.503594;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0139892;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:9:6:9:14:9:6 chr15 63047793 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.052895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.144;QD=17.7307;RBI=0.0624194;REFB=-0.00313128;REVB=-0.0331407;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181555;STB=0.604188;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00372432;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:10:9:5:12:10:9 chr15 63131117 . T A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00559355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.296;QD=16.6157;RBI=0.0100783;REFB=0.00239447;REVB=0.00838363;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00309443;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:11:10:8:9:11:10 chr15 63133002 . T C 88.97 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0446878;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0266;QD=13.6877;RBI=0.0483391;REFB=0.0200025;REVB=0.0184299;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324673;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0414953;OID=.;OPOS=63133002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:5:10:7:4:5:10 chr15 63133434 . G C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000838502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.57;QD=13.7477;RBI=0.0134542;REFB=-0.00350368;REVB=-0.013428;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39867;STB=0.725577;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0114689;OID=.;OPOS=63133434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:18:4:16:15:18:4:16:16 chr15 63351840 . C A 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8373;QD=49.5862;RBI=0.0392591;REFB=0;REVB=-0.0266595;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39383e-05;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr15 63433766 . G A 645.68 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00099207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4164;QD=50.6417;RBI=0.00948579;REFB=-0.0301601;REVB=-0.00943377;RO=3;SAF=27;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117099;STB=0.506232;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0210225;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:21:27:2:1:21:27:2:1 chr15 63446199 . CAAAATT C 113.31 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0209896;FXX=0.0810592;HRUN=4;LEN=6;MLLD=279.586;QD=13.3303;RBI=0.0313649;REFB=0.00887187;REVB=0.0233066;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197718;STB=0.647307;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=-0.0104611;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:15:34:16:34:18:7:9:13:5:99:16:7:8:11:5 chr15 63548787 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0225515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.17;QD=15.2931;RBI=0.033394;REFB=-0.0596019;REVB=-0.0246291;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0490623;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:3:6:4:5:3:6 chr15 64215375 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9801;QD=52.61;RBI=0.0324741;REFB=0;REVB=0.0143783;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120072;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 64367745 . T C 61.35 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.107123;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5102;QD=20.4501;RBI=0.107844;REFB=-0.0196954;REVB=0.0124506;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0102809;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:12:4:4:7:8:0.666667:5:2:3:1:5:3:3:1 chr15 64385851 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.882;QD=55.0976;RBI=0.0871491;REFB=0;REVB=-0.0810036;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119147;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr15 64418397 . G A 91.39 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0166171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2475;QD=13.0551;RBI=0.0460819;REFB=-0.0193427;REVB=-0.0429815;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.642638;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.016694;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:28:12:16:9:12:0.428571:5:4:2:10:6:6:4:12 chr15 64430607 . T C 38.49 PASS AF=0.428571;AO=2;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0297878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.458;QD=10.9959;RBI=0.0306841;REFB=-0.0172321;REVB=0.00736234;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544828;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0233799;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:8:2:6:0.428571:2:0:1:4:5:1:3:5 chr15 64634884 . C A 243.49 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.067084;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.011;QD=44.2701;RBI=0.0739989;REFB=-0.0521274;REVB=-0.0312341;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.545409;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00141951;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:22:1:2:20:20:0.909091:10:10:1:0:10:10:2:0 chr15 64673152 . C A 94.15 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00160806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9409;QD=10.4608;RBI=0.0031807;REFB=-0.0194955;REVB=0.00274427;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388438;STB=0.738186;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0409564;OID=.;OPOS=64673152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:13:11:2:10:13:11 chr15 64737225 . G A 373.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.166;QD=55.3742;RBI=0.0189605;REFB=0;REVB=0.0110528;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18839e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr15 64792896 . G A 556.67 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.78;QD=60.1808;RBI=0.00687254;REFB=0;REVB=-0.0051236;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81143e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr15 64793617 . A G 680.67 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103736;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.6;QD=60.5037;RBI=0.0104106;REFB=0.0587042;REVB=0.00087719;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000134203;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr15 64915106 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2573;QD=62.3479;RBI=0.0167325;REFB=0;REVB=0.010481;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333414;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 64977358 . GTTTTTT AGTTTTT,GTTTTTA,GTTTTT 81.72 PASS AF=0,0.1,0.633333;AO=2,3,12;DP=32;FAO=0,3,19;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3,10;FSAR=0,0,9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.13777,-0.126295,-0.278466;FXX=0.0624805;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=84.6589,121.739,6.82832;QD=10.8964;RBI=0.141146,0.129752,0.280204;REFB=0.00213301,-0.0155106,-0.157299;REVB=-0.030686,-0.0297506,-0.0311611;RO=8;SAF=1,3,6;SAR=1,0,6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.269415,0.73181,0.176469;STB=0.5,0.996971,0.581311;STBP=1,0.034,0.223;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0.175218,0.0424927;OID=.,.,.;OPOS=64977358,64977364,64977359;OREF=GT,T,T;OALT=AG,A,-;OMAPALT=AGTTTTT,GTTTTTA,GTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:32:30:8:8:2,3,12:0,3,19:0,0.1,0.633333:1,0,6:1,3,6:2:6:0,0,9:0,3,10:2:6 chr15 65108479 . T C 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0236838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1102;QD=16.8807;RBI=0.0243767;REFB=-0.0286934;REVB=-0.00577064;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155927;STB=0.590117;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0304579;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:7:10:11:4:7:10 chr15 65153690 . G A 310.35 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0177702;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.631;QD=23.4222;RBI=0.021483;REFB=-0.0148477;REVB=-0.0120722;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173861;STB=0.58818;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0117427;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:22:31:31:0.584906:16:15:6:17:16:15:6:16 chr15 65236875 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00246694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.71;QD=13.0534;RBI=0.0264044;REFB=-0.0189834;REVB=0.0262889;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589983;STB=0.533951;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0341945;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:14:21:15:8:14:21 chr15 65347405 . G A 463.05 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0299558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.425;QD=52.9194;RBI=0.0428504;REFB=-0.0815629;REVB=0.03064;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.529394;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00152807;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:1:2:32:33:0.942857:15:17:0:1:16:17:0:2 chr15 65370353 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.604;QD=58.5869;RBI=0.0338101;REFB=0;REVB=-0.0104801;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406801;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr15 65449169 . C T 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.846;QD=60.5907;RBI=0.0275876;REFB=0;REVB=0.0275314;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114511;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 65489128 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.57;QD=48.7373;RBI=0.046913;REFB=0;REVB=0.0293434;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035621;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr15 65489688 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.392;QD=58.5878;RBI=0.0695113;REFB=0;REVB=-0.0691761;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215292;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr15 65490901 . T C 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366066;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.358;QD=56.212;RBI=0.0269378;REFB=0.0293305;REVB=-0.026688;RO=1;SAF=45;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103763;STB=0.505493;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-1.9209e-05;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:16:45:1:0:16:45:1:0 chr15 65619427 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.497;QD=33.4285;RBI=0.058138;REFB=0;REVB=0.0383009;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656714;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr15 65620156 . C T 340.22 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0534089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3909;QD=48.6027;RBI=0.0613197;REFB=-0.0840595;REVB=0.0301264;RO=2;SAF=4;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822555;STB=0.544518;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00446495;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:22:4:1:1:22:4:1:1 chr15 65621441 . C A 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.512;QD=54.497;RBI=0.133337;REFB=0;REVB=0.13319;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118929;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr15 65621857 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0933386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5634;QD=57.1983;RBI=0.0979859;REFB=0;REVB=0.0298184;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344322;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr15 65623432 . GC G 30.74 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.100414;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4612;QD=4.23975;RBI=0.183923;REFB=-0.0631915;REVB=0.154092;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.521696;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.126433;OID=.;OPOS=65623433;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:29:10:29:19:4:6:7:12:30:17:3:6:7:10 chr15 65667724 . A G 382.73 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.973;QD=52.7908;RBI=0.0545068;REFB=-0.176489;REVB=0.0270691;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00207223;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:18:10:0:0:18:10:1:0 chr15 65676617 . T C 171.57 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.539;QD=45.7509;RBI=0.0327498;REFB=0;REVB=0.0325914;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384624;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:4:11:0:0 chr15 65676726 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.168;QD=48.7373;RBI=0.0151571;REFB=0;REVB=0.0149021;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86745e-05;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr15 65916527 . A T 330.81 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00977301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.219;QD=21.3426;RBI=0.0157458;REFB=0.00340558;REVB=0.0123458;RO=27;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192079;STB=0.60433;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0017889;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:28:33:34:0.548387:9:24:14:13:9:25:15:13 chr15 65994733 . C T 464.42 PASS AF=0.517241;AO=46;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00368215;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.887;QD=21.3526;RBI=0.00370459;REFB=-0.00903591;REVB=-0.00040709;RO=41;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126567;STB=0.561955;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0103288;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:42:46:45:0.517241:31:15:19:22:30:15:19:23 chr15 66011630 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00299586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.202;QD=16.0426;RBI=0.0143899;REFB=-0.0133374;REVB=-0.0140746;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378676;STB=0.521716;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0164431;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:10:16:11:8:10:16 chr15 66023799 . G T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1132;QD=26.0262;RBI=0.084337;REFB=-0.133825;REVB=0.0720367;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0458484;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr15 66257408 . T C 410.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8312;QD=56.6711;RBI=0.0384939;REFB=0;REVB=0.0264112;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05679e-05;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr15 66274690 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.006;QD=52.6127;RBI=0.03778;REFB=0;REVB=0.0373492;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970514;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr15 66411441 . C T 205.83 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0102292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.534;QD=16.4665;RBI=0.0267862;REFB=-0.0177054;REVB=0.0247561;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887593;STB=0.563507;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0280593;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:10:10:12:17:10:11:12:17 chr15 66640619 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.161;QD=45.8068;RBI=0.0234136;REFB=0;REVB=-0.0179602;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67937e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr15 66641732 . G C 229.63 PASS AF=0.95;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.206;QD=45.9266;RBI=0.0342157;REFB=-0.0435165;REVB=-0.00794935;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00336503;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:20:1:1:17:19:0.95:9:8:1:0:9:10:1:0 chr15 66644521 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.908;QD=50.4129;RBI=0.0188168;REFB=0;REVB=-0.0117958;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.575e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr15 66850204 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0523114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.879;QD=11.0197;RBI=0.0523126;REFB=0.0141685;REVB=0.000362896;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46433;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0057417;OID=.;OPOS=66850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:5:3:5:1:5:3 chr15 67234251 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.359;QD=57.1775;RBI=0.0301606;REFB=0;REVB=0.0126176;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09824e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr15 67484297 . C T 185.18 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0046332;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.982;QD=13.7173;RBI=0.00466006;REFB=-0.0083161;REVB=-0.000499651;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.563701;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.012279;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:32:22:22:0.407407:12:10:17:12:12:10:18:14 chr15 67486775 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0275367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.202;QD=22.632;RBI=0.0572493;REFB=-0.0152737;REVB=0.0501918;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19275;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0112452;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:6:2:7:6:6:2 chr15 67486847 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00275735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.108;QD=21.1726;RBI=0.0196059;REFB=-0.0017395;REVB=-0.019411;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00165007;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:5:3:6:6:5:3 chr15 67494304 . T G 261.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00810073;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.919;QD=24.2944;RBI=0.00930699;REFB=-0.00286679;REVB=-0.00458239;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226513;STB=0.613489;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00221407;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:19:24:24:0.55814:17:7:11:9:17:7:10:9 chr15 67528374 . T G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0388577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4245;QD=21.0072;RBI=0.0418326;REFB=0.0391571;REVB=-0.0154936;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592254;STB=0.533299;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0138894;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:11:6:8:11:11:6 chr15 67547301 . C A 533.63 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0141155;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.728;QD=25.7169;RBI=0.0168679;REFB=-0.025592;REVB=0.00923462;RO=34;SAF=26;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982456;STB=0.556951;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0264936;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:34:48:49:0.590361:22:26:14:20:22:27:14:20 chr15 67574440 . C G 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0514107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.432;QD=32.9728;RBI=0.0521512;REFB=-0.000680512;REVB=0.00875714;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703652;STB=0.524981;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=8.23194e-05;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:10:11:26:26:0.702703:14:12:6:4:14:12:6:5 chr15 67692502 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.987;QD=58.7798;RBI=0.0286557;REFB=0;REVB=-0.022486;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16657e-05;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr15 67768151 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.297;QD=64.1522;RBI=0.0607908;REFB=0;REVB=0.0607899;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173805;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr15 67951150 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.791;QD=50.4131;RBI=0.0161113;REFB=0;REVB=0.0113863;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145196;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr15 68117300 . T A 752.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.473;QD=56.7868;RBI=0.00250057;REFB=0;REVB=-0.000336428;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212888;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr15 68583175 . T C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.487;QD=56.0075;RBI=0.0535046;REFB=-0.0591089;REVB=0.0373877;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00156618;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:0:1:29:31:0:1 chr15 68603625 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.617;QD=57.7124;RBI=0.0358849;REFB=0;REVB=0.0240137;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115177;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr15 68605169 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.414;QD=52.7696;RBI=0.0172251;REFB=0.00994638;REVB=0.00421723;RO=1;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618951;STB=0.533309;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-1.12163e-05;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:21:7:1:0:21:7:1:0 chr15 68609647 . G T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00472884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.499;QD=16.8984;RBI=0.0237788;REFB=-0.0113463;REVB=0.0233038;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0114352;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr15 68612556 . T C 392.5 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0480658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.699;QD=23.0882;RBI=0.0486108;REFB=-0.0248493;REVB=0.00725908;RO=28;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23921;STB=0.629148;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0129832;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:29:38:39:0.573529:24:14:19:9:24:15:20:9 chr15 68613778 . G T 227.57 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00849101;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.09;QD=20.2288;RBI=0.0156653;REFB=-0.00052202;REVB=-0.0131645;RO=21;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256312;STB=0.673488;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000686742;OID=.;OPOS=68613778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:23:22:22:0.488889:5:17:11:10:5:17:11:12 chr15 68613787 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0146012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.353;QD=18.9665;RBI=0.0302446;REFB=-0.0219688;REVB=-0.0264866;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252611;STB=0.643929;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0298845;OID=.;OPOS=68613787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:6:16:12:13:6:16:12:13 chr15 68624290 . G A 185.22 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.050598;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.286;QD=13.7202;RBI=0.0509032;REFB=-0.0118142;REVB=0.00556529;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126192;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0141802;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:12:20:14:8:12:20 chr15 68624396 . A C 85.86 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0014239;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.957;QD=18.0752;RBI=0.00495072;REFB=-0.016023;REVB=0.00474153;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0192606;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:10:9:10:10:0.526316:5:5:7:3:5:5:6:3 chr15 68628143 . C T 282.42 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0238475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.409;QD=12.4141;RBI=0.0238583;REFB=-0.00733438;REVB=-0.00071482;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168115;STB=0.587773;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0147847;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:19:14:16:41:19:14:17:41 chr15 68628163 . C T 462.36 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0177267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4306;QD=24.3345;RBI=0.0456574;REFB=-0.062889;REVB=-0.0420757;RO=32;SAF=9;SAR=35;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281654;STB=0.655844;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0272178;OID=.;OPOS=68628163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:35:9:16:16:35:9:16:16 chr15 68649587 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.194;QD=63.5818;RBI=0.0296028;REFB=0;REVB=0.0228189;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180821;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr15 69019582 . G C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00454653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.523;QD=17.3197;RBI=0.0095658;REFB=0.00119864;REVB=-0.00841627;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24692;STB=0.643363;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00200986;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:7:11:13:3:7:11 chr15 69238272 . G T 687.83 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.029;QD=62.5296;RBI=0.0355897;REFB=0;REVB=0.0233947;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945922;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:36:44:1:15:21:0:0:19:25:0:0 chr15 69238445 . G A 88.26 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.138;QD=39.2263;RBI=0.0467079;REFB=0;REVB=0.038138;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560877;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr15 69564343 . C T 389.14 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0124598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4394;QD=31.1309;RBI=0.0592636;REFB=-0.0629815;REVB=-0.057939;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950593;STB=0.543449;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0353977;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:16:29:30:0.6:14:15:5:9:15:15:6:10 chr15 69683945 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.957;QD=63.286;RBI=0.032003;REFB=0;REVB=0.0104417;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005627;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr15 69697756 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.727;QD=60.6098;RBI=0.0157802;REFB=0;REVB=0.0155838;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86062e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 69728949 . A G 1265.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.699;QD=61.7311;RBI=0.0207028;REFB=0;REVB=0.0131151;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4272e-06;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr15 69732736 . C T 418.22 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.239;QD=53.964;RBI=0.0238713;REFB=-0.0842301;REVB=0.0208531;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00100768;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr15 69740350 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5492;QD=62.9803;RBI=0.119032;REFB=0;REVB=0.0839182;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022569;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr15 70345626 . C T 696.9 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0394023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.323;QD=52.5965;RBI=0.041598;REFB=0.0299481;REVB=0.0133359;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.519223;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000307197;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:26:25:0:0:26:25:2:0 chr15 70346923 . C T 283.45 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754446;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0472;QD=49.2953;RBI=0.102623;REFB=-0.162052;REVB=0.0695672;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0129938;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chr15 70347362 . C A 49.68 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0117;QD=33.1208;RBI=0.0340794;REFB=0;REVB=0.0202021;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184586;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:2:4:0:0 chr15 70347816 . A AG 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191379;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=304.85;QD=48.7255;RBI=0.028706;REFB=0;REVB=0.0213957;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000238057;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:7:10:0:0:4:0:7:10:0:0 chr15 70347920 . T C 483.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.821;QD=58.5674;RBI=0.0945916;REFB=0;REVB=-0.0928565;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204351;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr15 70351787 . CT C,CC 549.31 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,33;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261309,0.0228436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.639,190.065;QD=59.3845;RBI=0.0286543,0.0236056;REFB=0,0;REVB=0.0117579,0.00594959;RO=0;SAF=3,21;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0831665,-0.00111301;OID=.,.;OPOS=70351788,70351788;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,33:37:1,36:37:0:0,24:1,12:0:0:6:0:3,21:1,12:0:0 chr15 70366863 . T A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0365537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2844;QD=18.6416;RBI=0.0366602;REFB=-0.0138336;REVB=0.00279123;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395289;STB=0.721043;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0108816;OID=.;OPOS=70366863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:6:20:8:17:6:20 chr15 70964274 . T G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0547575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9445;QD=25.2872;RBI=0.0564703;REFB=0.00366509;REVB=0.0138024;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000269401;OID=.;OPOS=70964274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:4:5:7:9:4:5 chr15 70991925 . G C 1514.22 PASS AF=1;AO=92;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585331;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.138;QD=63.0926;RBI=0.0114803;REFB=0;REVB=0.00987607;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71311e-06;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:92:96:1:38:54:0:0:40:56:0:0 chr15 70994283 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0355066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.065;QD=14.0965;RBI=0.0355938;REFB=-0.0225351;REVB=-0.00248952;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0173028;OID=.;OPOS=70994283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr15 71046514 . C T 141.35 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0306785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.781;QD=13.4616;RBI=0.040929;REFB=-0.0153752;REVB=0.0270927;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135342;STB=0.579168;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0155784;OID=.;OPOS=71046514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:13:13:10:6:13:13 chr15 71125093 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0140737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.62;QD=15.9165;RBI=0.117338;REFB=-0.0641134;REVB=0.116491;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210764;STB=0.619559;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0341895;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:13:2:4:9:13:2 chr15 71125204 . A G 77.9 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0105759;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.279;QD=12.4645;RBI=0.0113967;REFB=-0.000991581;REVB=0.00424685;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.652721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00745398;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:25:14:15:10:10:0.4:8:2:6:8:8:2:6:9 chr15 71184278 . G T 76.46 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00634285;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9499;QD=10.9221;RBI=0.00637229;REFB=-0.0234246;REVB=0.000611878;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279572;STB=0.668771;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.032509;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:8:10:3:7:8:10 chr15 71184495 . A G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.016633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.923;QD=14.196;RBI=0.026684;REFB=-0.0283467;REVB=-0.0208657;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186815;STB=0.626898;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0516218;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:32:23:23:0.418182:15:8:15:13:15:8:18:14 chr15 71276480 . GCAA G 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949157;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.504;QD=59.0443;RBI=0.0330429;REFB=0;REVB=0.0316503;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.59094e-05;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:33:33:0:17:16:0:0:4:0:17:16:0:0 chr15 71953045 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.272;QD=64.1539;RBI=0.0413495;REFB=0;REVB=0.0410383;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104066;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr15 72073003 . C T 211.19 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00573117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.508;QD=17.2402;RBI=0.0090228;REFB=-0.0121396;REVB=-0.00696883;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156291;STB=0.568896;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0105207;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:27:20:20:0.408163:8:12:11:14:8:12:13:14 chr15 72104364 . A G 202.06 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0103733;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.443;QD=13.9351;RBI=0.0208771;REFB=-0.0229947;REVB=-0.0181176;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427501;STB=0.514694;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0341684;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:34:24:24:0.413793:14:10:16:19:14:10:15:19 chr15 72104433 . T C 97.7 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.111403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8728;QD=13.4759;RBI=0.114001;REFB=-0.0453601;REVB=-0.0242021;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454408;STB=0.574337;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.013101;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:14:17:12:12:0.413793:9:3:3:11:9:3:6:11 chr15 72105928 . AC A 526.99 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.7616;QD=39.0366;RBI=0.0816712;REFB=0;REVB=-0.0569612;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00111695;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:51:54:54:0:18:36:0:0:9:1:15:33:1:0 chr15 72120240 . T C 403.93 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0311414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2498;QD=32.974;RBI=0.0332975;REFB=-0.0658487;REVB=-0.0117872;RO=16;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857558;STB=0.546846;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0403476;OID=.;OPOS=72120240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:12:21:8:8:12:21:8:8 chr15 72172883 . G C 193.18 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0233234;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.98;QD=13.7984;RBI=0.0263001;REFB=0.000244188;REVB=0.0121538;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183491;STB=0.604309;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=4.70581e-05;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:10:23:12:11:10:23 chr15 72191073 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00428327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.129;QD=22.3981;RBI=0.00826573;REFB=-0.0116431;REVB=-0.00706936;RO=19;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437881;STB=0.524567;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00977233;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:6:16:13:6:6:16:13:6 chr15 72191266 . C T 159.4 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0104971;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7942;QD=16.7793;RBI=0.0709039;REFB=0.0168894;REVB=0.0701225;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196259;STB=0.602537;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0160957;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:21:17:17:0.447368:7:10:17:5:7:10:16:5 chr15 72432583 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.22;QD=49.5988;RBI=0.012936;REFB=0;REVB=-0.00835942;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16679e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr15 72433144 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.020554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.275;QD=19.0581;RBI=0.0210307;REFB=-0.00761077;REVB=-0.00445192;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115002;STB=0.564906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00836664;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:6:14:11:8:6:14 chr15 72545857 . T C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00398436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5484;QD=21.2643;RBI=0.0423268;REFB=0.00656655;REVB=0.0421389;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303388;STB=0.685518;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00606639;OID=.;OPOS=72545857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:5:15:7:10:5:15:7:11 chr15 72637795 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.055;QD=57.6807;RBI=0.014677;REFB=0;REVB=-0.00329827;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010607;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr15 72638892 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.488;QD=60.9786;RBI=0.0298157;REFB=0;REVB=0.0173983;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90047e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr15 72668305 . G A 124.17 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00254899;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.466;QD=16.0222;RBI=0.00307875;REFB=-0.0142771;REVB=0.00172666;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884949;STB=0.523331;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.02407;OID=.;OPOS=72668305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:13:14:0.451613:6:7:9:8:6:8:9:8 chr15 72879653 . A ATTG 515.93 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000866267;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=338.203;QD=49.1358;RBI=0.00423472;REFB=0.024384;REVB=-0.00414517;RO=5;SAF=19;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637623;STB=0.534175;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=-0.00195898;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952:37:42:37:42:5:19:18:4:1:25:5:19:18:4:1 chr15 72987588 . G T 612.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.935;QD=61.2547;RBI=0.0982761;REFB=0;REVB=-0.0691204;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227345;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr15 73002035 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.115;QD=62.671;RBI=0.0400397;REFB=0;REVB=0.0399658;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268575;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr15 73023937 . T C 786.94 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00559915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.443;QD=55.2237;RBI=0.0274815;REFB=-0.0637886;REVB=0.0269051;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000542151;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:27:29:0:0:27:29:0:1 chr15 73052840 . T C 89.48 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0181612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6375;QD=15.5611;RBI=0.0312681;REFB=-0.0464589;REVB=0.0254532;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296512;STB=0.51721;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0540871;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:8:4:4:7:8:4 chr15 73052845 . A G 102.48 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.047487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6254;QD=17.8232;RBI=0.0477936;REFB=0.0159898;REVB=-0.00540487;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00399883;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:7:4:4:8:7:4 chr15 73067234 . T C 415.05 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256163;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.653;QD=57.249;RBI=0.0611843;REFB=0;REVB=0.0611307;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131969;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr15 73541513 . A G 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0230545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1733;QD=18.15;RBI=0.0573527;REFB=-0.00769574;REVB=0.052515;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284033;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0167666;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:11:13:12:9:11:14 chr15 73545732 . T C 206.51 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00669748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.667;QD=39.3359;RBI=0.00823935;REFB=-0.0784288;REVB=-0.00479903;RO=3;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582612;STB=0.555497;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00290535;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:21:21:3:2:18:19:0.904762:10:8:2:1:11:8:2:0 chr15 73564881 . C T 240.76 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0181791;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.679;QD=19.2608;RBI=0.0197029;REFB=-0.00962709;REVB=-0.00759758;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211372;STB=0.618205;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00873284;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:11:14:8:17:11:14:8:17 chr15 73595295 . AAT A 37.3 PASS AF=0.318182;AO=3;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.109024;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=23.6446;QD=6.78141;RBI=0.201594;REFB=-0.0547013;REVB=0.16957;RO=17;SAF=0;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599987;STB=0.832323;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.138622;OID=.;OPOS=73595296;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:3:22:7:22:15:1:6:9:6:37:17:0:3:8:9 chr15 73614113 . G GC 137.6 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136105;FXX=0.461361;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.8245;QD=39.3151;RBI=0.0154128;REFB=0;REVB=0.0153526;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00290473;OID=.;OPOS=73614114;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:26:14:14:0:0:14:0:0:3:23:2:1:10:13 chr15 73614114 . T C,G 351.28 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=23,3;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460467,0.011471;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.166,201.949;QD=54.0425;RBI=0.0468619,0.0126548;REFB=0,0;REVB=0.00870319,-0.00534423;RO=0;SAF=10,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0152329,0.130426;OID=.,.;OPOS=73614114,73614114;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:23,3:24,2:0.923077,0.0769231:13,1:10,2:0:0:13,1:11,1:0:0 chr15 73614709 . GT G 70.85 PASS AF=0.55;AO=2;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0126144;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.919;QD=14.1693;RBI=0.0162613;REFB=-0.0150933;REVB=0.010262;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428552;STB=0.713794;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.0196535;OID=.;OPOS=73614710;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:2:20:11:20:9:1:10:3:6:65:18:0:2:4:14 chr15 73614834 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.107;QD=42.1827;RBI=0.0253389;REFB=0;REVB=-0.00991901;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111408;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 74032783 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00410109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.643;QD=14.1698;RBI=0.00625151;REFB=-0.00487428;REVB=-0.00471831;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010802;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:6:6:5:5:6:6 chr15 74244277 . AC A,AG 787.6 PASS AF=0.02,0.98;AO=12,37;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495175,0.0406419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.427,156.808;QD=63.0081;RBI=0.0798656,0.0904414;REFB=0,0;REVB=0.062662,0.0807953;RO=0;SAF=0,13;SAR=12,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0256775,0.00319479;OID=.,.;OPOS=74244278,74244278;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:12,37:50:1,49:50:0:0,13:1,36:0:0:5:0:0,13:12,24:0:0 chr15 74244344 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.913;QD=57.2024;RBI=0.00226573;REFB=0;REVB=0.00195218;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81608e-06;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr15 74277795 . T C 1434.18 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.329;QD=63.0408;RBI=0.0330179;REFB=0;REVB=-0.00981101;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7186e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr15 74328116 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6827;QD=55.0964;RBI=0.145584;REFB=0;REVB=-0.0861467;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0027887;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr15 74328141 . G T 172.17 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0438318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9875;QD=26.4876;RBI=0.0449872;REFB=0.021832;REVB=0.0101303;RO=9;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433853;STB=0.74436;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00932491;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:14:3:7:2:14:3:7:2 chr15 74368293 . A G 395.7 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0145037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1188;QD=16.8385;RBI=0.05688;REFB=0.0136895;REVB=-0.0549998;RO=50;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619812;STB=0.506641;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0230783;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:41:42:0.446809:26:15:18:32:27:15:18:34 chr15 74368297 . C G 458.96 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00918153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3089;QD=18.3582;RBI=0.0104426;REFB=0.0187872;REVB=-0.00497466;RO=54;SAF=16;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155412;STB=0.508667;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0361414;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:30:16:18:36:30:16:18:36 chr15 74467856 . G A 160.24 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.735;QD=45.7838;RBI=0.0492834;REFB=0;REVB=0.0297165;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844949;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr15 74749015 . A G 357.03 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285791;FXX=0.0714031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=159.943;QD=54.9275;RBI=0.0363418;REFB=0;REVB=0.0224491;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240238;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:22:26:1:15:7:0:0:18:8:0:0 chr15 74836316 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.852;QD=39.2066;RBI=0.0953801;REFB=0;REVB=-0.0436726;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953068;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 74888196 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3194;QD=35.5662;RBI=0.0608651;REFB=0;REVB=0.0588287;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196714;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr15 74889163 . C T 397.61 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669255;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1833;QD=56.8016;RBI=0.0697141;REFB=0;REVB=0.01952;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350049;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr15 75012985 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.207;QD=56.9565;RBI=0.0111264;REFB=0;REVB=0.00701615;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31397e-06;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr15 75130093 . T C 68.78 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.04738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7777;QD=17.195;RBI=0.0672489;REFB=-0.0102231;REVB=-0.0477237;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539065;STB=0.730799;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00756861;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:16:7:7:8:9:0.5625:7:1:5:2:7:2:5:2 chr15 75131661 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0038687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.178;QD=12.0242;RBI=0.00863839;REFB=-0.00457998;REVB=0.00772366;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402508;STB=0.523771;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00826505;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:6:14:8:4:6:14 chr15 75131959 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0075131;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.111;QD=10.6681;RBI=0.0108485;REFB=0.000951141;REVB=-0.00782577;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179247;STB=0.606938;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00195777;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:12:6:5:5:12:6 chr15 75189930 . A G 149.98 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00229235;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.072;QD=18.1791;RBI=0.00632554;REFB=0.0234966;REVB=-0.00589556;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269789;STB=0.664016;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0283727;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:7:9:4:12:7:9:4:13 chr15 75305040 . A G 151.23 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0242431;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.42;QD=15.9189;RBI=0.0245788;REFB=-0.0104611;REVB=0.0040484;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0123381;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:7:14:10:7:7:14 chr15 75312715 . C G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0454113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.233;QD=12.3966;RBI=0.173292;REFB=-0.0054796;REVB=-0.167237;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00195788;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr15 75336729 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.271;QD=56.9552;RBI=0.0303149;REFB=0;REVB=0.00783793;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147923;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr15 75498548 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.647;QD=64.1516;RBI=0.0494471;REFB=0;REVB=0.000567634;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05428e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr15 75499602 . C A 65.94 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.05654;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2074;QD=17.5827;RBI=0.0580913;REFB=-0.0694435;REVB=0.0133352;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0493884;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr15 75499619 . T C 76.24 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0511114;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.101;QD=21.7836;RBI=0.0533815;REFB=-0.00264425;REVB=-0.0154017;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202228;STB=0.511602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990035;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:1:4:7:2:1:4 chr15 75499861 . G A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0522651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0062;QD=20.4828;RBI=0.0522968;REFB=-0.0146052;REVB=0.0018207;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711125;STB=0.540481;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0146054;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:4:10:7:4:4:10:7:4 chr15 75499995 . T G 362.33 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0114662;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.137;QD=17.4616;RBI=0.0197703;REFB=-0.0151855;REVB=0.0161056;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104573;STB=0.558551;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0150447;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:25:20:21:17:25:20 chr15 75503147 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0153597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.068;QD=23.5282;RBI=0.0194171;REFB=-0.0262051;REVB=-0.0118787;RO=15;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204115;STB=0.615258;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0262735;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:16:4:6:9:16:4:6:9 chr15 75631681 . A G 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.010719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.33;QD=21.5029;RBI=0.0176624;REFB=-0.0304045;REVB=-0.0140379;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221153;STB=0.624875;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0198534;OID=.;OPOS=75631681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:10:9:15:6:10:9 chr15 75650836 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0261532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.253;QD=27.235;RBI=0.0291553;REFB=0.0127587;REVB=0.0128858;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265456;STB=0.514693;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00709188;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:8:6:9:14:8:6 chr15 75759565 . T C 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0109108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.51;QD=16.1136;RBI=0.0123781;REFB=-0.0142709;REVB=-0.00584576;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499484;STB=0.528278;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0274223;OID=.;OPOS=75759565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:16:13:12:12:16:13 chr15 75932129 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.216;QD=49.5992;RBI=0.0239904;REFB=0;REVB=0.0180704;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236124;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr15 75950602 . T C 255.14 PASS AF=0.54;AO=22;DP=46;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0291006;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.376;QD=20.4114;RBI=0.0303412;REFB=-0.0158547;REVB=0.00858761;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115537;STB=0.611683;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0122323;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:24:23:22:27:0.54:11:11:9:15:11:16:8:15 chr15 75970070 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0195412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.81;QD=12.8607;RBI=0.0351615;REFB=-0.0486013;REVB=0.0292314;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43181;STB=0.72672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.013845;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:8:6:7:0.466667:3:3:6:0:4:3:7:1 chr15 75971676 . G T 256.45 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0619635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.255;QD=11.9279;RBI=0.0647809;REFB=-0.0164698;REVB=-0.0188968;RO=51;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16307;STB=0.581172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.021664;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:55:30:31:0.360465:23:7:18:33:23:8:20:35 chr15 75977920 . A G 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.000883187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.033;QD=12.4284;RBI=0.0434891;REFB=-0.0123926;REVB=-0.0434801;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389722;STB=0.522373;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0130619;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:16:14:22:29:16:14:22:29 chr15 75979782 . G T 253.42 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0306867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.22;QD=12.8313;RBI=0.0409795;REFB=-0.0199214;REVB=0.0271596;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138685;STB=0.594876;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0295806;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:49:30:30:0.379747:15:15:29:17:15:15:32:17 chr15 75980112 . A G 190.93 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000502656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.919;QD=11.5717;RBI=0.0026577;REFB=-0.00161994;REVB=-0.00260973;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261601;STB=0.515139;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00242487;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:12:12:22:20:12:12:22:20 chr15 75981507 . A G 301.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.022649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.327;QD=35.4483;RBI=0.0274852;REFB=-0.00617545;REVB=-0.0155712;RO=7;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701977;STB=0.538425;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0103268;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:34:34:7:7:20:20:0.588235:15:5:1:6:15:5:1:6 chr15 76030993 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.451;QD=14.0438;RBI=0.0243454;REFB=-0.0164358;REVB=-0.0243454;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167506;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr15 76031008 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5481;QD=14.0437;RBI=0.0365738;REFB=-0.00796089;REVB=0.0365738;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107907;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr15 76073218 . C A 525.96 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0220188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.303;QD=18.9537;RBI=0.0305007;REFB=-0.0192175;REVB=-0.021106;RO=55;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130303;STB=0.561298;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0234669;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:55:56:54:55:0.495495:34:20:28:27:34:21:28:28 chr15 76074518 . T G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0156809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.674;QD=8.08951;RBI=0.0196754;REFB=-0.00426791;REVB=-0.011884;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140769;STB=0.588573;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0166276;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:7:2:7:15:7:2:7:15 chr15 76191802 . G A 800.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2619;QD=57.2111;RBI=0.0466202;REFB=0;REVB=-0.0449073;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166146;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr15 76496232 . G A 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9121;QD=53.9013;RBI=0.126622;REFB=0;REVB=0.0485444;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410277;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr15 76496977 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.731;QD=58.2394;RBI=0.0309296;REFB=0;REVB=-0.0276744;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87186e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr15 76603679 . G C 113.47 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.046397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4533;QD=9.86669;RBI=0.0712546;REFB=-0.0114628;REVB=-0.054079;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390917;STB=0.737894;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0300737;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:3:11:15:17:3:11:15:17 chr15 76630303 . T C 1456.46 PASS AF=1;AO=90;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603144;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.374;QD=63.3243;RBI=0.06187;REFB=0;REVB=0.013787;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22365e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:92:0:0:90:92:1:52:38:0:0:52:40:0:0 chr15 76634680 . T C 565.19 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00731966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.122;QD=53.8277;RBI=0.00986573;REFB=-0.00309694;REVB=0.00661477;RO=3;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312062;STB=0.516679;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=2.25689e-05;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:17:22:1:2:17:22:1:2 chr15 76673716 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.276;QD=62.9798;RBI=0.05408;REFB=0;REVB=0.0523112;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275655;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr15 76726465 . G T 1208.68 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5959;QD=61.1989;RBI=0.0331812;REFB=0;REVB=0.0131596;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146695;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr15 77176158 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.677;QD=42.1825;RBI=0.105133;REFB=0;REVB=0.0442249;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238846;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 77176200 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000755067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.659;QD=39.2068;RBI=0.0109707;REFB=0;REVB=0.0109447;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114397;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr15 77324880 . A G 64.82 PASS AF=0.180328;AO=9;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0220624;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.024;QD=4.25077;RBI=0.0220744;REFB=-0.00861498;REVB=0.000726627;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454051;STB=0.758171;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0294005;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:51:50:9:11:0.180328:7:2:31:20:8:3:30:20 chr15 77344793 . T A 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00513686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.803;QD=24.2456;RBI=0.0152171;REFB=-0.0223926;REVB=-0.0143239;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325547;STB=0.518102;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0181508;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:8:12:14:11:8:12 chr15 77450964 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00659529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.47;QD=16.8092;RBI=0.0164718;REFB=-0.00237181;REVB=0.0150938;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530617;STB=0.523441;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00161673;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:19:16:21:20:19:16:21:21 chr15 77907145 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0461533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.943;QD=15.6185;RBI=0.0470237;REFB=-0.0119486;REVB=-0.00900572;RO=25;SAF=2;SAR=16;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864539;STB=0.549245;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0171246;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:16:2:2:23:16:2:2:23 chr15 77907535 . C G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0105887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.713;QD=17.7523;RBI=0.0334095;REFB=-0.0118958;REVB=-0.0316871;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650987;STB=0.536557;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0111936;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:9:18:15:10:9:18 chr15 77907775 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0114535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.614;QD=8.81184;RBI=0.0203991;REFB=0.00405493;REVB=0.0168802;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.642579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00921743;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:9:14:4:6:9:14 chr15 77907784 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0063585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.982;QD=11.8143;RBI=0.00655255;REFB=-0.0115411;REVB=-0.00158284;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0252941;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:9:14:5:8:9:14 chr15 78207625 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0963711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8174;QD=37.4884;RBI=0.0966463;REFB=0;REVB=0.00728835;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00698349;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 78208880 . G A 517.81 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5069;QD=54.5058;RBI=0.0437918;REFB=0.0374345;REVB=0.041646;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736066;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:1:1:18:18:1:1 chr15 78209131 . T C 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8173;QD=44.6531;RBI=0.0513992;REFB=0;REVB=-0.00175442;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248805;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 78209436 . C T 548.82 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189569;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.054;QD=57.7703;RBI=0.0223201;REFB=-0.0114979;REVB=0.0117823;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000364936;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr15 78211345 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8689;QD=47.8223;RBI=0.0189157;REFB=0;REVB=-0.000967269;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518782;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 78276594 . AC CA 130.42 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00246258;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=2;MLLD=172.511;QD=20.8677;RBI=0.0188294;REFB=-0.0256386;REVB=0.0186677;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272371;STB=0.679776;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.0136177;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:25:9:11:14:14:0.56:7:7:8:1:7:7:10:1 chr15 78276660 . A G 501.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.088;QD=58.9566;RBI=0.0169665;REFB=0;REVB=0.016923;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153686;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr15 78317837 . C G 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.108995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.308;QD=12.0197;RBI=0.111708;REFB=-0.019928;REVB=-0.024471;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.039307;OID=.;OPOS=78317837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:7:13:7:5:7:13 chr15 78369815 . G A 168.19 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0133452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.087;QD=24.0266;RBI=0.0461274;REFB=-0.0306322;REVB=0.0441547;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818522;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0232317;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:4:7:11:6:4:7 chr15 78403004 . A G 617.61 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.862;QD=58.82;RBI=0.0731872;REFB=-0.0901699;REVB=0.0638226;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00121093;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr15 78565478 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0032442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.893;QD=24.9293;RBI=0.0129916;REFB=-0.0234939;REVB=-0.01258;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519056;STB=0.528762;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0184852;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:17:8:5:14:17:8:5:14 chr15 78587910 . A G 780.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.275;QD=56.7707;RBI=0.0307802;REFB=0;REVB=0.00181818;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100207;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr15 78632830 . C G 129.43 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00996628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0351;QD=12.9428;RBI=0.046863;REFB=-0.00864138;REVB=-0.0457909;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122867;STB=0.553123;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0139885;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:6:9:17:7:6:9:17:8 chr15 78633595 . T G 748.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.482;QD=63.7063;RBI=0.0567977;REFB=0;REVB=0.0521858;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13529e-05;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr15 78758677 . G C 599.83 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013582;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.394;QD=61.5213;RBI=0.0138543;REFB=0;REVB=0.00273352;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720258;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr15 78780104 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.662;QD=56.7064;RBI=0.0280479;REFB=0;REVB=0.0182114;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100483;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr15 78789488 . C T 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00096451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.815;QD=7.6679;RBI=0.0111304;REFB=-0.00761644;REVB=-0.0110886;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834237;STB=0.551884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0158124;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:17:18:7:5:17:18 chr15 78834965 . GAAAAAAT GAAAAAAA,GAAAAAT 37.32 PASS AF=0,0.555556;AO=2,6;DP=19;FAO=0,10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00795985,-0.082488;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=20.9076,9.56683;QD=8.29326;RBI=0.013491,0.118948;REFB=0.0609006,-0.0374881;REVB=-0.0108926,0.0856997;RO=7;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.387255;SSSB=-0.50628,0.0392853;STB=0.5,0.633909;STBP=1,0.29;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0507369;OID=.,.;OPOS=78834972,78834966;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:2,6:19:0,10:18:8:0,4:0,6:1:7:34:7:0,1:2,5:1:6 chr15 78841219 . AT AC,GC 299.59 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356949,0.0438776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.436,133.548;QD=52.1023;RBI=0.042394,0.0483208;REFB=0,0;REVB=-0.0228719,-0.02024;RO=0;SAF=7,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.030352,0.0489121;OID=.,.;OPOS=78841220,78841219;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:14,2:7,0:0:0:14,2:7,0:0:0 chr15 78873119 . C T 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0133195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6298;QD=17.541;RBI=0.15391;REFB=-0.0490057;REVB=-0.153332;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.55806;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0279514;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:9:7:5:10:9:7 chr15 78885574 . T A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00733007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.013;QD=21.9722;RBI=0.0110058;REFB=-0.0175638;REVB=0.00820956;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.54434;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0184784;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:12:9:12:11:12:9 chr15 78887709 . G GTCTC 379.66 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0172284;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=4;MLLD=251.623;QD=19.9821;RBI=0.0254944;REFB=-0.0214639;REVB=0.0187923;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709029;STB=0.538442;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=0.0179222;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513158:38:77:39:76:37:18:21:20:17:99:38:18:20:21:17 chr15 78909452 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00865107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.874;QD=20.8931;RBI=0.0386452;REFB=0.00329989;REVB=0.0376645;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00244766;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:4:2:6:4:4:2 chr15 78911181 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0148027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.212;QD=9.13229;RBI=0.0233847;REFB=-0.00148482;REVB=-0.0181032;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00327035;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:9:13:6:4:9:13 chr15 78917399 . A G 268.02 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0190379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.148;QD=21.8793;RBI=0.0283912;REFB=-0.00469097;REVB=-0.0210622;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511619;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00489084;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:14:10:10:14:14:11:10:14 chr15 79054900 . C G 69.67 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.040509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3972;QD=17.4165;RBI=0.0460424;REFB=0.0187441;REVB=-0.0218844;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0125333;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:3:4:7:2:3:4 chr15 79058572 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.237;QD=40.7628;RBI=0.0316827;REFB=0;REVB=0.0305445;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633651;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr15 79058923 . G A 293.19 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013827;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.3852;QD=53.3079;RBI=0.0418952;REFB=0;REVB=0.0395477;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424566;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr15 79066581 . G A 212.83 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0262623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.168;QD=20.2698;RBI=0.0270169;REFB=-0.0247656;REVB=0.00634073;RO=19;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319183;STB=0.705675;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0347342;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:21:21:21:0.5:5:16:8:11:5:16:8:13 chr15 79069107 . C T 104.32 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0154357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.139;QD=10.4322;RBI=0.0783365;REFB=-0.00245205;REVB=0.0768007;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394005;STB=0.747135;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0266015;OID=.;OPOS=79069107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:11:2:11:14:11:2:12:15 chr15 79082108 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00156166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.17;QD=20.0308;RBI=0.00662509;REFB=-0.0391472;REVB=0.0064384;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073882;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.028423;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:12:14:11:13:12:14 chr15 79089007 . T C 410.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9961;QD=56.6759;RBI=0.0317384;REFB=0;REVB=0.0316097;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307142;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr15 79152896 . C T 279.34 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00678013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.865;QD=18.9384;RBI=0.00726217;REFB=-0.0263583;REVB=0.00260172;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124366;STB=0.576222;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0155962;OID=.;OPOS=79152896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:14:15:19:10:15:15:19:10 chr15 79165420 . A G 83.84 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.034671;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.855;QD=11.9776;RBI=0.0504787;REFB=-0.024161;REVB=-0.0366882;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264286;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.028998;OID=.;OPOS=79165420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:28:8:17:10:11:0.392857:6:4:6:2:7:4:8:9 chr15 79185877 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00538331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.173;QD=16.3858;RBI=0.0174256;REFB=-0.00277908;REVB=-0.0165733;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00182208;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:6:2:5:4:6:2 chr15 79185898 . C A 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0225778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4072;QD=16.3832;RBI=0.0254743;REFB=0.0357998;REVB=-0.0117976;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0322711;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:6:2:5:4:6:2 chr15 79189580 . C CTT,T 233.9 PASS AF=1,0;AO=11,4;DP=24;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135011,-0.00609423;FXX=0.181736;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=30.5342,234.96;QD=51.9783;RBI=0.141349,0.0166926;REFB=0,0;REVB=-0.0418492,-0.0155403;RO=6;SAF=6,3;SAR=5,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131,0.388047;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00377859,0;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:18:6:0:11,4:18,0:1,0:5,1:6,3:2:4:7,0:11,0:0:0 chr15 79189587 . CTTTTTTTTTTTCA CTTTTTTTTTTCA,CTTTTTTTTTTCAT,TTCTTTTTTTTTCA 47.56 PASS AF=0.571429,0.190476,0;AO=8,2,2;DP=25;FAO=12,4,0;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7,2,0;FSAR=5,2,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.186351,0.00324781,0.031675;FXX=0.159936;HRUN=11,11,1;LEN=1,3,3;MLLD=4.10307,16.1911,33.5213;QD=9.05952;RBI=0.20445,0.129176,0.0430049;REFB=-0.0813555,-0.0849924,-0.0246366;REVB=0.0841023,0.129135,0.0290881;RO=7;SAF=6,1,1;SAR=2,1,1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.379034,0.224092,0.224092;STB=0.505042,0.555281,0.5;STBP=0.998,0.807,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.0166403,0.183901,0;OID=.,.,.;OPOS=79189588,79189598,79189587;OREF=T,TCA,CTT;OALT=-,CAT,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTCA,CTTTTTTTTTTCAT,TTCTTTTTTTTTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:25:21:7:5:8,2,2:12,4,0:0.571429,0.190476,0:2,1,1:6,1,1:2:5:5,2,0:7,2,0:3:2 chr15 79191209 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000894465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.786;QD=16.728;RBI=0.00095748;REFB=-0.00269544;REVB=0.000341616;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024879;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00351298;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:9:10:8:8:9:10 chr15 79217690 . G C 461.55 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.307;QD=57.6936;RBI=0.0508907;REFB=0;REVB=0.0494673;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485836;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr15 79224747 . C T 311.84 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0329524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=19.1898;RBI=0.0373222;REFB=-0.0197317;REVB=-0.0175239;RO=32;SAF=25;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147454;STB=0.563423;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0245878;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:32:32:33:0.507692:7:25:21:11:8:25:21:11 chr15 79231518 . A G 145.45 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00937122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.786;QD=16.1615;RBI=0.020265;REFB=-0.00813491;REVB=-0.0179681;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255214;STB=0.514687;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.032058;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:8:12:10:6:8:12 chr15 79231526 . A AG 89.93 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00197857;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.525;QD=13.3225;RBI=0.0203233;REFB=-0.00784182;REVB=-0.0202267;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.0141386;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:10:33:12:27:15:4:8:7:8:89:22:4:6:9:13 chr15 79277247 . A C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=60.8832;RBI=0.0206595;REFB=0;REVB=0.000751994;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82563e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr15 79277298 . T C 248.9 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=61;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00400939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.846;QD=15.0847;RBI=0.00712398;REFB=-0.0123199;REVB=-0.00588863;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175258;STB=0.555518;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0131588;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:34:36:26:30:0.454545:18:8:16:18:18:12:18:18 chr15 79277511 . A G 170.43 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0733846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7726;QD=25.2487;RBI=0.0735227;REFB=-0.0252521;REVB=0.00450421;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27777;STB=0.656366;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00894879;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:6:4:13:4:6:4 chr15 79586361 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.181;QD=40.7629;RBI=0.0301655;REFB=0;REVB=-0.00707466;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128901;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr15 79588710 . C T 213.56 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0139183;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.012;QD=19.8658;RBI=0.0659048;REFB=-0.0255757;REVB=-0.0644183;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723453;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0284482;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:18:22:21:21:0.488372:10:11:11:7:10:11:11:11 chr15 79589174 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.491;QD=49.5992;RBI=0.0541596;REFB=0;REVB=0.0540278;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240261;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr15 79590208 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.007;QD=45.8068;RBI=0.0762825;REFB=0;REVB=0.0740055;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549595;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr15 79606137 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.911;QD=57.1771;RBI=0.0414104;REFB=0;REVB=0.0413784;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28068e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr15 79614418 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.296;QD=60.3766;RBI=0.0048764;REFB=0;REVB=0.00301337;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53574e-07;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr15 79749155 . C T 232.59 PASS AF=0.464286;AO=22;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00281927;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.542;QD=16.6133;RBI=0.00491676;REFB=-0.00539168;REVB=0.00402817;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141866;STB=0.589219;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00603718;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:30:22:26:0.464286:13:9:13:10:13:13:20:10 chr15 79750126 . GA G,GG 351.89 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,22;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114751,0.0131015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.958,156.601;QD=54.1364;RBI=0.0394645,0.0593371;REFB=0,0;REVB=0.0377593,0.0578726;RO=0;SAF=0,16;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0481067,0.00245506;OID=.,.;OPOS=79750127,79750127;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:4,22:26:2,24:26:0:0,16:2,8:0:0:7:0:0,16:4,6:0:0 chr15 79750256 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0825184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4258;QD=15.2581;RBI=0.0885472;REFB=-0.00577365;REVB=-0.0321141;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0128352;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr15 79750307 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8786;QD=39.2026;RBI=0.00587127;REFB=0;REVB=0.005521;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131384;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr15 79761231 . T C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.013891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.055;QD=8.2305;RBI=0.0202667;REFB=-0.00571985;REVB=-0.0147573;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230887;STB=0.514257;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0203739;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:13:12:5:5:13:12 chr15 79762525 . A C 197.41 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0113072;FXX=0.0222173;HRUN=7;LEN=1;MLLD=140.308;QD=17.9463;RBI=0.0304323;REFB=-0.012838;REVB=0.0282537;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199743;STB=0.568115;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00602111;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:24:15:20:0.454545:8:7:14:7:10:10:15:9 chr15 79764054 . TTGT GTTT,TT,TTT,TTTG,TTTT 370.82 PASS AF=0,0.346154,0.653846,0,0;AO=2,7,7,2,8;DP=38;FAO=0,9,17,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,9,0,0;FSAR=0,4,8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423029,0.0037414,0.003884,0.0426531,0.00398014;FXX=0.133289;HRUN=2,1,1,1,1;LEN=3,2,1,2,1;MLLD=101.137,118.655,119.399,9.02558,117.701;QD=57.0495;RBI=0.295203,0.266916,0.299828,0.710063,0.286539;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.295173,0.266889,0.299802,-0.708781,0.286511;RO=6;SAF=1,3,6,0,6;SAR=1,4,1,2,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.0560707,0.372308,-0.606693,0.21129;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,snp;VARB=0,-0.0162141,0.000518352,0,0.0330475;OID=.,.,.,.,.;OPOS=79764054,79764055,79764056,79764056,79764056;OREF=TTG,TG,G,GT,G;OALT=GTT,-,-,TG,T;OMAPALT=GTTT,TT,TTT,TTTG,TTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:38:26:6:0:2,7,7,2,8:0,9,17,0,0:0,0.346154,0.653846,0,0:1,4,1,2,2:1,3,6,0,6:3:3:0,4,8,0,0:0,5,9,0,0:0:0 chr15 79764365 . AGT AGA,A 408.91 PASS AF=0,0.606061;AO=5,34;DP=66;FAO=0,40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=0,23;FSAR=0,17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.020759,0.00831714;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=54.1947,255.128;QD=24.7823;RBI=0.026445,0.00868583;REFB=-0.024057,-0.013841;REVB=0.0163829,0.00250374;RO=25;SAF=4,18;SAR=1,16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.55623,0.190583;STB=0.5,0.618776;STBP=1,0.018;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00929893;OID=.,.;OPOS=79764367,79764366;OREF=T,GT;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.606061:5,34:66:0,40:66:26:0,23:0,17:7:19:99:25:4,18:1,16:7:18 chr15 80215300 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.196;QD=43.4851;RBI=0.0510288;REFB=0;REVB=-0.0390413;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104164;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr15 80216532 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.624;QD=62.9829;RBI=0.00445145;REFB=0;REVB=0.00427151;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98851e-06;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr15 80217100 . A G 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1875;QD=61.3739;RBI=0.0415892;REFB=0;REVB=0.00904041;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329298;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr15 80263217 . C T 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00733064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.875;QD=19.8242;RBI=0.0116431;REFB=0.00367505;REVB=0.00904557;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239235;STB=0.632676;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00298468;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:19:6:14:13:19:6 chr15 80263345 . A C 168.64 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00542049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.676;QD=16.0614;RBI=0.0060633;REFB=0.0255015;REVB=0.00271696;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154455;STB=0.624866;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0212517;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:24:17:18:0.428571:10:7:11:8:10:8:16:8 chr15 80263406 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0210141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9366;QD=16.6271;RBI=0.0211717;REFB=0.00969373;REVB=-0.00257845;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.66642;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00906004;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:10:4:8:5:10:4 chr15 80454707 . G A 240.9 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00917763;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.018;QD=16.614;RBI=0.0260495;REFB=0.0109146;REVB=-0.0243792;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188738;STB=0.600521;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00987979;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:27:27:0.465517:20:7:13:17:20:7:13:18 chr15 81047404 . T C 283.51 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0061993;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9541;QD=20.2506;RBI=0.00714844;REFB=-0.00154;REVB=-0.00355932;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491545;STB=0.535691;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000223575;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:30:30:0.535714:15:15:11:14:15:15:11:15 chr15 81047829 . C A 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00144694;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.842;QD=15.3495;RBI=0.00201313;REFB=-0.0016418;REVB=0.00139967;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243126;STB=0.627277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00261624;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:20:15:15:0.428571:5:10:9:12:5:10:9:11 chr15 81212608 . G A 310.83 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032308;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.354;QD=54.0573;RBI=0.0180241;REFB=0;REVB=-0.0177322;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121148;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr15 81440818 . C T 237.17 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0163145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.665;QD=19.7641;RBI=0.0163239;REFB=-0.0210251;REVB=-0.000554154;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839807;STB=0.50474;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0167741;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:10:15:14:9:10:15 chr15 81578139 . C T 871.72 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.438;QD=56.2397;RBI=0.0219977;REFB=-0.168403;REVB=-0.00109472;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000229371;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:40:21:0:0:40:21:0:1 chr15 81582868 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.015;QD=60.3764;RBI=0.0334671;REFB=0;REVB=0.029661;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81706e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr15 81584925 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.167;QD=56.19;RBI=0.0473798;REFB=0;REVB=0.0402901;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270326;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr15 81592420 . G C 152.12 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0139334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.397;QD=20.9824;RBI=0.0153225;REFB=0.00480342;REVB=-0.00637487;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13083;STB=0.57437;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0041295;OID=.;OPOS=81592420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:5:8:12:4:5:8 chr15 81600995 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.581;QD=62.02;RBI=0.0172852;REFB=0;REVB=-0.00588086;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24264e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr15 81624768 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00367725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.199;QD=9.56964;RBI=0.00692213;REFB=0.00804088;REVB=-0.00586461;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0148374;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr15 81625385 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00982277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.698;QD=20.16;RBI=0.0158159;REFB=-0.00984407;REVB=-0.0123958;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105752;STB=0.560107;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00637724;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:8:6:5:11:8:6 chr15 81636267 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00665745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.85;QD=13.6609;RBI=0.00669257;REFB=-0.00662949;REVB=0.000684692;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240764;STB=0.639808;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0120038;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:7:14:6:8:7:14 chr15 81637284 . G A 624.38 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00263348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.982;QD=21.7176;RBI=0.00691992;REFB=-0.00804373;REVB=0.00639923;RO=53;SAF=40;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872285;STB=0.547929;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00715286;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:22:40:29:24:22:40:29:24 chr15 82444437 . A G 544.87 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450989;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.213;QD=60.541;RBI=0.00554607;REFB=0;REVB=-0.00322797;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259393;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr15 82512429 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0107954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7785;QD=13.0903;RBI=0.0422431;REFB=0.000906718;REVB=-0.0408404;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304438;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00352365;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:12:8:9:4:12:8 chr15 82637061 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6811;QD=35.5738;RBI=0.122346;REFB=0;REVB=0.0358934;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00814669;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 83224696 . C T 951.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.042;QD=58.5537;RBI=0.0131226;REFB=0;REVB=0.00184117;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.642e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:43:22:0:0 chr15 83395340 . T C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0307377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1922;QD=12.052;RBI=0.0447832;REFB=-0.00957492;REVB=0.0325689;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316785;STB=0.685902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0137184;OID=.;OPOS=83395340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:3:10:4:5:3:10 chr15 83447631 . T G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00829669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.386;QD=24.2686;RBI=0.00836929;REFB=-0.0093031;REVB=0.00109995;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888457;STB=0.548859;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00664988;OID=.;OPOS=83447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:14:19:10:12:14:19:10:12 chr15 83499766 . G A 172.92 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00927841;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.96;QD=17.7357;RBI=0.0105016;REFB=-0.0125362;REVB=0.00491888;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229785;STB=0.63143;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0108662;OID=.;OPOS=83499766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:9:12:6:12:9:12 chr15 83680287 . A G 347.96 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00235134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.166;QD=13.7808;RBI=0.0191447;REFB=-0.0183903;REVB=-0.0189998;RO=61;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728253;STB=0.50413;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0295117;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:24:16:24:37:24:16:24:37 chr15 84539619 . C G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0260285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8525;QD=19.825;RBI=0.0280856;REFB=0.000991614;REVB=-0.0105507;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195774;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000972285;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:13:14:13:11:13:14:13:12 chr15 84581889 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0444199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5264;QD=16.1192;RBI=0.0464081;REFB=-0.0202704;REVB=0.0134379;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950073;STB=0.555457;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.024628;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:10:3:2:10:10:3 chr15 84581904 . T C 135.8 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0180702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3553;QD=17.5219;RBI=0.0940769;REFB=0.00498773;REVB=0.0923251;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139442;STB=0.589634;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00230474;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:5:10:12:3:5:10:13:3 chr15 84581995 . C T 125.57 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00837845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.457;QD=19.3179;RBI=0.0136984;REFB=-0.0293999;REVB=0.0108374;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232786;STB=0.58609;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0217514;OID=.;OPOS=84581995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:13:14:0.538462:7:6:2:9:8:6:3:9 chr15 84582124 . G T 123.06 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0664034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.428;QD=16.4077;RBI=0.0676968;REFB=-0.00581123;REVB=0.01317;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190475;STB=0.610938;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0132805;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:6:10:11:3:6:10 chr15 84651290 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0600067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.842;QD=9.19977;RBI=0.0607445;REFB=-0.0110415;REVB=-0.00943871;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413404;STB=0.752737;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0576114;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:4:9:2:5:4:9 chr15 84958359 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0598142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.245;QD=12.0157;RBI=0.059912;REFB=-0.00325567;REVB=-0.0034217;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00413662;OID=.;OPOS=84958359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:1:6:2:4:1:6 chr15 84958367 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.026073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.063;QD=12.0157;RBI=0.0332115;REFB=-0.00367101;REVB=0.020572;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00449571;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:1:6:2:4:1:6 chr15 85149771 . G T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00776688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7168;QD=14.6684;RBI=0.0453011;REFB=-0.0307536;REVB=0.0446303;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073137;STB=0.541632;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0166524;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:17:15:13:11:17:15 chr15 85163998 . G C 303.25 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00841762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.565;QD=46.6532;RBI=0.0277414;REFB=-0.143563;REVB=0.0264335;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.531224;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00201458;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:26:1:2:23:24:0.923077:14:9:0:1:15:9:0:2 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 455.79 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00419809;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=18;MLLD=482.44;QD=33.7624;RBI=0.0116683;REFB=-0.000813183;REVB=0.0108869;RO=13;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081617;STB=0.551156;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=0.000270706;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741:40:55:40:54:14:24:16:11:3:97:13:24:16:10:3 chr15 85188994 . T C 409.55 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.734;QD=56.4895;RBI=0.037525;REFB=0;REVB=0.00707235;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257579;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr15 85198362 . G T 238.68 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.383;QD=50.2482;RBI=0.0199307;REFB=0;REVB=-0.0139049;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38654e-06;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr15 85333953 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.647;QD=64.4154;RBI=0.0134965;REFB=0;REVB=0.00681326;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5561e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr15 85341859 . G A 340.01 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0126027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.814;QD=29.5659;RBI=0.0207237;REFB=-0.0348837;REVB=0.0164512;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390381;STB=0.521457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0167895;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:12:17:9:8:12:17:9:8 chr15 85360101 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.569;QD=57.7123;RBI=0.0451541;REFB=0;REVB=-0.022594;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65999e-05;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr15 85383839 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.255;QD=64.4154;RBI=0.0293234;REFB=0;REVB=0.0187138;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86245e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr15 85401259 . C T 805.47 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2041;QD=53.6978;RBI=0.0698554;REFB=-0.039003;REVB=0.0594623;RO=3;SAF=21;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02991;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00243779;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:3:1:57:59:0.983333:36:21:2:1:36:23:0:1 chr15 85401419 . T C 816.72 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.614;QD=57.3134;RBI=0.0499318;REFB=0;REVB=0.0203694;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24473e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:31:22:0:0:35:22:0:0 chr15 85402610 . G A 305.88 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0207011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2105;QD=20.3922;RBI=0.0409991;REFB=0.003058;REVB=0.0353891;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125756;STB=0.569578;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00160029;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:9:19:17:15:9:19 chr15 85411941 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.963;QD=59.836;RBI=0.0679315;REFB=0;REVB=-0.0508137;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85129e-05;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr15 85476441 . G A 443.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624467;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.5;QD=57.2846;RBI=0.0707384;REFB=0;REVB=0.0332313;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940051;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr15 85478410 . A G 534.31 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00898992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9079;QD=50.8867;RBI=0.052576;REFB=-0.130312;REVB=-0.0518017;RO=3;SAF=10;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121538;STB=0.583287;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0127765;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:42:42:3:4:38:38:0.904762:28:10:3:0:28:10:4:0 chr15 86087309 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00186495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.879;QD=20.6011;RBI=0.0135533;REFB=-0.00146177;REVB=0.0134244;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.516113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0013138;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:7:12:12:8:7:12 chr15 86122654 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.516;QD=26.0262;RBI=0.0293946;REFB=-0.0249748;REVB=-0.00844932;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00658905;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr15 86122779 . T C 177.79 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0261367;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.198;QD=19.7547;RBI=0.0343475;REFB=-0.0285429;REVB=-0.0222851;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205263;STB=0.615266;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0368622;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:10:8:4:14:10:8:4:14 chr15 86122916 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0210542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.806;QD=22.3981;RBI=0.0211768;REFB=-0.0108781;REVB=0.00227565;RO=19;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974352;STB=0.554844;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0121034;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:17:5:6:13:17:5:6:13 chr15 86123019 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0924821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.469;QD=22.6785;RBI=0.0946154;REFB=-0.0411118;REVB=0.0199785;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0163269;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:2:3:7:3:2:3 chr15 86123833 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0145735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.342;QD=11.8306;RBI=0.0163981;REFB=0.00349588;REVB=-0.00751743;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553387;STB=0.827637;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00315355;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:13:5:9:2:13:5 chr15 86123924 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0128591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.153;QD=14.742;RBI=0.0214569;REFB=-0.00439159;REVB=0.0171768;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00809299;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:15:10:8:9:15:10 chr15 86123988 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00162406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2221;QD=16.5347;RBI=0.0443805;REFB=0.00968415;REVB=-0.0443508;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203;STB=0.501423;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0140455;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:13:9:7:11:14:9 chr15 86124419 . C T 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0195502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.719;QD=7.83514;RBI=0.0522253;REFB=-0.00400784;REVB=-0.0484281;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281972;STB=0.674237;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0189414;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:11:5:4:3:11:5 chr15 86124483 . C G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0109537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6236;QD=11.438;RBI=0.0380566;REFB=0.0146067;REVB=-0.0364461;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248624;STB=0.646176;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0326345;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:3:11:5:4:3:11 chr15 86124555 . G A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0137122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.638;QD=15.1723;RBI=0.0258888;REFB=-0.0233004;REVB=-0.0219592;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904212;STB=0.552263;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0353105;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:12:12:7:10:12:12 chr15 86124616 . A G 350.03 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00335702;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.976;QD=17.5016;RBI=0.0204172;REFB=-0.00177613;REVB=-0.0201393;RO=44;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263484;STB=0.641837;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00217971;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:43:37:37:0.4625:12:25:18:26:12:25:18:25 chr15 86125031 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0144246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.121;QD=24.8187;RBI=0.0209218;REFB=-0.0165797;REVB=-0.0151543;RO=18;SAF=22;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436791;STB=0.749732;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0155244;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:2:22:11:7:2:22:11:7 chr15 86287910 . C T 77.34 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0215694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.608;QD=13.4496;RBI=0.0436887;REFB=-0.0302691;REVB=-0.037993;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.660708;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0245844;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:4:8:4:6:4:9 chr15 86288518 . G C 128.13 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00218772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.555;QD=13.487;RBI=0.0579703;REFB=-0.0127558;REVB=-0.057929;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238875;STB=0.585254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0371515;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:23:13:15:0.394737:8:5:14:9:8:7:14:9 chr15 86292324 . G C 763.54 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155094;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.628;QD=63.6284;RBI=0.0226748;REFB=0;REVB=0.016541;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421782;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr15 86313048 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0151598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.524;QD=12.7819;RBI=0.0347278;REFB=-0.00711436;REVB=-0.0312442;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0123402;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr15 86368898 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.615;QD=58.1418;RBI=0.0550378;REFB=0;REVB=0.0116355;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348402;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 86368959 . A T 748.2 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3396;QD=51.5998;RBI=0.0277458;REFB=0.01495;REVB=0.00439978;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427299;STB=0.505422;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00249857;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:24:31:1:1:24:31:2:1 chr15 86940622 . T C 1302.71 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.494;QD=62.0339;RBI=0.0323152;REFB=0;REVB=0.0315925;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09113e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:36:48:0:0 chr15 87217613 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.059;QD=55.0985;RBI=0.0672585;REFB=0;REVB=0.00203911;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727065;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr15 87531281 . A C 261.83 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0417314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.243;QD=17.169;RBI=0.0814197;REFB=-0.0164625;REVB=0.0699118;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103485;STB=0.558021;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0181869;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:19:13:15:14:19:13 chr15 88576185 . G C 1262.86 PASS AF=0.988506;AO=79;DP=83;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0868;QD=58.0625;RBI=0.108567;REFB=-0.167627;REVB=0.103103;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00566413;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:87:1:1:79:86:0.988506:35:44:0:1:40:46:1:0 chr15 88679785 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.322;QD=59.8545;RBI=0.0415028;REFB=0;REVB=0.0412586;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71227e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr15 88680684 . G A 207.0 PASS AF=0.571429;AO=13;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0226979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.304;QD=23.6569;RBI=0.165926;REFB=-0.0657572;REVB=0.164366;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.582006;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0555735;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:15:13:20:0.571429:6:7:8:8:13:7:8:7 chr15 89169858 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.79;QD=53.2771;RBI=0.0137078;REFB=0;REVB=-0.0131275;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09132e-05;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr15 89172558 . G C 332.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.583;QD=53.1672;RBI=0.0253637;REFB=0;REVB=0.00730855;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324675;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:13:12:0:0 chr15 89173657 . A G,T 359.24 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,24;DP=26;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012091,-0.0112553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.574,168.747;QD=53.2204;RBI=0.0304348,0.0167065;REFB=0,0;REVB=-0.02793,-0.0123461;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.222365,-0.000822349;OID=.,.;OPOS=89173657,89173657;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:27:0:0:2,24:2,25:0.0740741,0.925926:1,10:1,14:0:0:1,10:1,15:0:0 chr15 89173732 . T C 868.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2522;QD=57.8754;RBI=0.0220193;REFB=0;REVB=-0.0186984;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324375;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr15 89174748 . G C 592.52 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3132;QD=56.4303;RBI=0.0170584;REFB=-0.147807;REVB=0.00474178;RO=2;SAF=25;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360381;STB=0.519221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00764234;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:39:40:0.952381:14:25:2:0:15:25:2:0 chr15 89392745 . T C 1929.47 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4824;QD=60.7706;RBI=0.0289383;REFB=-0.0995278;REVB=0.00761181;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000150691;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:127:0:1:123:126:0.992126:65:58:0:0:67:59:0:1 chr15 89739259 . G C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8795;QD=52.1509;RBI=0.0345477;REFB=0.0277216;REVB=0.0203844;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00032482;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:6:21:0:1:6:21:0:1 chr15 89740616 . G A 981.64 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281995;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3298;QD=58.6053;RBI=0.00814614;REFB=0;REVB=-0.00764248;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00613431;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:64:67:1:31:33:0:0:33:34:0:0 chr15 89744476 . G T 1491.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.792;QD=63.4718;RBI=0.026075;REFB=0;REVB=-0.00168829;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93207e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:54:40:0:0 chr15 89760442 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0392595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.922;QD=14.2623;RBI=0.0402101;REFB=-0.0200981;REVB=0.0086914;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540073;STB=0.796392;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0385049;OID=.;OPOS=89760442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:3:13:6:16:3:13:8:16 chr15 89804043 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0273602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.295;QD=28.4027;RBI=0.043999;REFB=0.0254871;REVB=0.0344576;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32002;STB=0.67614;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0136014;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:13:8:10:1:13:8:10:1 chr15 89806710 . C T 99.61 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0747877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9089;QD=8.47724;RBI=0.0758206;REFB=0.0227937;REVB=0.0124729;RO=31;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361995;STB=0.788186;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0545313;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:34:12:13:0.276596:2:10:18:13:2:11:17:17 chr15 89836228 . G C 318.73 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0490607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3091;QD=26.5612;RBI=0.0521067;REFB=0.0128552;REVB=0.0175543;RO=20;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217528;STB=0.620824;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00627031;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:20:8:11:9:20:8:11:9 chr15 89838236 . G A 930.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.716;QD=58.1795;RBI=0.0676166;REFB=0;REVB=0.00893482;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554842;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr15 89858602 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00537448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.578;QD=7.12515;RBI=0.00537684;REFB=-0.00981221;REVB=0.000159467;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131357;STB=0.584163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0283808;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:11:7:2:5:11:7 chr15 89878377 . A T 1513.37 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.876;QD=59.9353;RBI=0.0653852;REFB=0;REVB=-0.0603873;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77932e-05;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:57:42:0:0:58:43:0:0 chr15 90126121 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0097847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.363;QD=19.5231;RBI=0.00987016;REFB=-0.00681316;REVB=-0.00129603;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00697273;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:7:5:6:8:7:5 chr15 90128966 . C T 352.86 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-3.39838e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.666;QD=15.859;RBI=0.0172451;REFB=-0.00297719;REVB=-0.0172451;RO=49;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559987;STB=0.521754;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00414002;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:38:38:0.426966:15:23:27:22:15:23:29:22 chr15 90138670 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0249043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.995;QD=16.0651;RBI=0.0271856;REFB=-0.00783696;REVB=-0.010901;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153275;STB=0.588136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0118403;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:11:13:7:11:11:13 chr15 90168108 . C T 205.98 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0319746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.803;QD=16.8148;RBI=0.0406086;REFB=-0.0333302;REVB=0.0250336;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187016;STB=0.594507;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0562271;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:11:10:18:9:11:10:18:10 chr15 90168693 . T A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0518358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.477;QD=7.83729;RBI=0.0540166;REFB=0.00345451;REVB=-0.0151937;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310646;STB=0.695633;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00416493;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:9:7:5:2:9:7 chr15 90176432 . T G 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00376533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.843;QD=7.07583;RBI=0.00811817;REFB=-0.00785843;REVB=-0.00719215;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166641;STB=0.600755;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0219679;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:33:21:10:9:33:21 chr15 90195967 . C G 972.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1768;QD=58.9472;RBI=0.00789297;REFB=0;REVB=0.000159763;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67258e-05;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr15 90210263 . A G 666.43 PASS AF=0.565217;AO=60;DP=109;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00588167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.55;QD=23.1802;RBI=0.0239785;REFB=-0.0413472;REVB=0.0232459;RO=45;SAF=26;SAR=34;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164618;STB=0.588805;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0218362;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:45:50:60:65:0.565217:34:26:29:16:38:27:31:19 chr15 90210919 . C T 159.61 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.104848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9324;QD=18.2414;RBI=0.120179;REFB=-0.0317009;REVB=0.0587357;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171001;STB=0.598202;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0389194;OID=.;OPOS=90210919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:11:7:4:13:11:7 chr15 90213229 . G C 428.69 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.687;QD=57.1586;RBI=0.0447086;REFB=0;REVB=-0.0396826;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78074e-05;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr15 90226947 . C A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4958;QD=61.682;RBI=0.0306698;REFB=0;REVB=-0.0306228;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318162;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr15 90245174 . T A 526.36 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.749;QD=56.9039;RBI=0.0314239;REFB=-0.0946036;REVB=-0.0258568;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0022021;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:1:0:23:13:1:0 chr15 90245253 . C T 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0638165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.008;QD=26.604;RBI=0.0655635;REFB=-0.146996;REVB=0.0150339;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00992126;OID=.;OPOS=90245253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:1:0:3:5:2:0 chr15 90246336 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.002;QD=60.2307;RBI=0.0237198;REFB=0;REVB=0.0231489;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12807e-05;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr15 90248819 . A T 694.01 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000406447;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0473;QD=63.0922;RBI=0.0262031;REFB=0;REVB=0.0261999;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176022;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr15 90260145 . T A 397.84 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3093;QD=54.8748;RBI=0.0645745;REFB=0;REVB=0.0566951;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00822136;OID=.;OPOS=90260145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr15 90334240 . A G 604.93 PASS AF=0.561224;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0316033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.869;QD=24.6911;RBI=0.0319165;REFB=-0.0241032;REVB=0.00446011;RO=43;SAF=32;SAR=22;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495816;STB=0.523597;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0109246;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:43:54:55:0.561224:22:32:28:15:22:33:28:15 chr15 90335534 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.104208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.26;QD=24.4129;RBI=0.106421;REFB=-0.0908443;REVB=0.0215924;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0285044;OID=.;OPOS=90335534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr15 90335788 . C T 132.16 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0135269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.461;QD=24.0288;RBI=0.0487113;REFB=0.0392715;REVB=0.0467954;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205435;STB=0.615223;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0149177;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:2:6:6:8:2:6 chr15 90346861 . C T 534.16 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.728;QD=57.7473;RBI=0.128285;REFB=-0.0481601;REVB=-0.0159813;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451294;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:21:15:1:0:21:16:0:0 chr15 90349558 . C T 871.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313112;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.9;QD=58.0829;RBI=0.00902764;REFB=0;REVB=-0.00846726;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68324e-05;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:19:40:0:0:19:41:0:0 chr15 90623052 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.892;QD=55.0948;RBI=0.0176967;REFB=0;REVB=-0.000784154;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164669;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr15 90628537 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0722803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1882;QD=12.3288;RBI=0.0723341;REFB=-0.00677459;REVB=-0.00278857;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23631;STB=0.642565;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0237457;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:11:6:2:9:11:6 chr15 90673809 . G C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0142383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.582;QD=8.81048;RBI=0.0146407;REFB=0.000619585;REVB=0.00340905;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308307;STB=0.691681;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000789254;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:7:4:4:2:7:4 chr15 90709545 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0435;QD=62.022;RBI=0.0466895;REFB=0;REVB=-0.0389969;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082563;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr15 90764219 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0193189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.251;QD=21.872;RBI=0.0347749;REFB=-0.00508799;REVB=0.0289149;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353409;STB=0.519637;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00393865;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:11:17:13:10:11:17:13:10 chr15 90768320 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00655837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.263;QD=14.6576;RBI=0.0135738;REFB=-0.0183916;REVB=0.0118843;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411762;STB=0.749499;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0314954;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:12:1:5:12:12:1:5:12 chr15 90771749 . GT GC,GG,TC 65.18 PASS AF=0,0.305556,0;AO=4,4,2;DP=35;FAO=0,11,0;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=0,3,0;FSAR=0,8,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0338073,-0.0252725,-0.0788525;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=1,1,2;MLLD=98.4341,101.295,26.6712;QD=7.24271;RBI=0.036959,0.0299913,0.0840541;REFB=-0.00762461,-0.0109437,0.0428771;REVB=0.0149345,0.0161487,-0.0291098;RO=20;SAF=2,1,0;SAR=2,3,2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.174124,-0.434246,-0.58092;STB=0.5,0.680509,0.5;STBP=1,0.165,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=-0.0243167,0.0650542,0;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771749;OREF=T,T,GT;OALT=C,G,TC;OMAPALT=GC,GG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:35:36:20:25:4,4,2:0,11,0:0,0.305556,0:2,3,2:2,1,0:13:7:0,8,0:0,3,0:13:12 chr15 90772200 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0273833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.186;QD=9.47555;RBI=0.0282311;REFB=-0.00463486;REVB=-0.00686628;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00902075;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr15 90772831 . C T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0223551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3091;QD=19.3675;RBI=0.028445;REFB=-0.00151362;REVB=-0.0175889;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311271;STB=0.672722;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00152088;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:1:14:10:6:1:14 chr15 90774259 . G C 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0258478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.553;QD=17.5428;RBI=0.039567;REFB=-0.0199835;REVB=0.0299572;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193864;STB=0.612621;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0245795;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:16:15:15:0.483871:8:7:8:3:8:7:11:5 chr15 90774447 . TAGAG T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0107176;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=246.655;QD=8.69805;RBI=0.029737;REFB=-0.0364904;REVB=-0.0277385;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=0.0665151;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:5:2:11:3:45:14:5:2:11:3 chr15 90784207 . A G 1225.05 PASS AF=0.97619;AO=72;DP=74;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.615;QD=58.3355;RBI=0.067064;REFB=-0.146037;REVB=0.0656558;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.509613;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000979074;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:84:1:2:72:82:0.97619:41:31:0:1:51:31:0:2 chr15 90784250 . T C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00285406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.508;QD=15.1533;RBI=0.0239366;REFB=-0.0226033;REVB=0.0237659;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108872;STB=0.575601;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0234022;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:43:32:32:0.426667:20:12:11:29:20:12:11:32 chr15 90794102 . G A 92.72 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0175838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.859;QD=11.9641;RBI=0.0209879;REFB=-0.0181674;REVB=0.0114586;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856821;STB=0.548307;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0286515;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:31:19:19:10:12:0.387097:5:5:8:11:6:6:8:11 chr15 90794845 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.018887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.537;QD=14.3343;RBI=0.0188954;REFB=-0.000725657;REVB=0.000564465;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50325;STB=0.794818;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00102788;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:2:8:2:7:2:8 chr15 90796558 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0684428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2318;QD=15.3788;RBI=0.0688536;REFB=-0.00063632;REVB=0.0075097;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.653614;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00237046;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:3:11:6:6:3:11 chr15 90800408 . C G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00260837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5877;QD=19.2747;RBI=0.00473596;REFB=0.00989552;REVB=0.00395293;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482631;STB=0.527249;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0121576;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:16:10:10:13:16:10 chr15 90800449 . C T 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00681742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1414;QD=15.1664;RBI=0.0373995;REFB=-0.012053;REVB=-0.0367729;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258791;STB=0.514719;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.011893;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:19:11:9:14:19:11 chr15 90809633 . G A 357.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4861;QD=55.057;RBI=0.0681114;REFB=0;REVB=-0.00254147;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113622;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr15 90818400 . A T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00626631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.94;QD=16.8229;RBI=0.053947;REFB=-0.0243079;REVB=0.0535818;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0156333;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:2:3:3:4:2:3 chr15 90818827 . G A 55.7 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0187801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6848;QD=12.3776;RBI=0.109185;REFB=-0.00122662;REVB=0.107558;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00526707;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr15 90819641 . A C 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0293623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9476;QD=14.0525;RBI=0.0319898;REFB=0.00403367;REVB=-0.0126964;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286041;STB=0.662213;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0106347;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:15:10:24:11:15:10:24:11 chr15 90820063 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0027665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.859;QD=9.44485;RBI=0.0534991;REFB=-0.0132772;REVB=-0.0534276;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019622;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr15 90820721 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00746602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.612;QD=13.4559;RBI=0.0260976;REFB=0.000608595;REVB=-0.0250069;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40083;STB=0.729385;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00170213;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:13:2:6:5:13:2 chr15 90892293 . C T 702.06 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00253353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8004;QD=27.8042;RBI=0.0139949;REFB=-0.0122085;REVB=0.0137637;RO=36;SAF=26;SAR=38;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130525;STB=0.563343;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00814887;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:36:37:64:64:0.633663:38:26:8:28:38:26:9:28 chr15 90903311 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0136811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.731;QD=13.4862;RBI=0.0321571;REFB=-0.027467;REVB=0.0291017;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400842;STB=0.698535;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0503569;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:9:1:5:4:9:2 chr15 91083353 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0115037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.785;QD=14.3342;RBI=0.0130228;REFB=-0.0043314;REVB=0.00610395;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230887;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00251047;OID=.;OPOS=91083353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:8:2:4:5:8:2 chr15 91185994 . C T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00243625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.65;QD=6.14842;RBI=0.0173993;REFB=-0.00292323;REVB=0.0172279;RO=35;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3564;STB=0.726832;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00967944;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:3:7:14:21:3:7:14:21 chr15 91428290 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.939;QD=56.7066;RBI=0.0305603;REFB=0;REVB=0.0274134;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123154;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr15 91428589 . T G 937.57 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.848;QD=58.5979;RBI=0.0167465;REFB=0;REVB=0.0153848;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88384e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:22:41:0:0:23:41:0:0 chr15 91428636 . G A 854.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000947808;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.416;QD=57.9075;RBI=0.0837423;REFB=0;REVB=0.0837369;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418504;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr15 91430436 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.891;QD=58.142;RBI=0.0340956;REFB=0;REVB=0.0316919;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96118e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr15 91435973 . GC G 37.15 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0501489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4898;QD=6.75498;RBI=0.0581734;REFB=-0.0696978;REVB=-0.0294827;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0.248244;SSEP=0;SSSB=-0.638284;STB=0.874062;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.119703;OID=.;OPOS=91435974;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:1:7:10:4:37:13:1:7:10:3 chr15 91449654 . T C 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0249338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.639;QD=13.5529;RBI=0.0403881;REFB=-0.0165099;REVB=0.0317726;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110329;STB=0.556012;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0278763;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:16:11:20:19:16:11:20:20 chr15 91449702 . A T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0224934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0541;QD=12.229;RBI=0.0226658;REFB=-0.0152224;REVB=0.00279041;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190939;STB=0.511031;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0215586;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:19:17:10:12:19:17 chr15 91452595 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.656;QD=60.6102;RBI=0.0303044;REFB=0;REVB=-0.0015869;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130463;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 91454424 . C T 287.64 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0176182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.786;QD=15.9799;RBI=0.0228536;REFB=-0.0201601;REVB=-0.0145563;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10191;STB=0.557517;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0179338;OID=.;OPOS=91454424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:20:12:19:21:20:12:19:21 chr15 91474236 . T C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0267912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.748;QD=10.6666;RBI=0.028471;REFB=0.000843798;REVB=-0.00963489;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188504;STB=0.610917;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00723623;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:3:15:7:3:3:15 chr15 91474738 . G C 292.03 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00881628;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.332;QD=19.1494;RBI=0.00882313;REFB=-0.00656389;REVB=0.000347702;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14519;STB=0.60434;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00635188;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:30:31:31:0.508197:13:18:11:16:13:18:11:19 chr15 91478544 . A C 81.2 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0520486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0192;QD=18.0438;RBI=0.0683375;REFB=-0.0513028;REVB=-0.0442827;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23572;STB=0.633909;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0362917;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:7:1:4:6:7:1 chr15 91492877 . C T 39.25 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00529512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.602;QD=8.26214;RBI=0.0258952;REFB=-0.0131721;REVB=0.025348;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0203098;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:10:12:5:6:0.315789:3:2:4:6:3:3:5:7 chr15 91499986 . G T 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0160502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.815;QD=23.3954;RBI=0.0822408;REFB=-0.00396922;REVB=-0.0806594;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000312926;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr15 91509592 . T C 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.104749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2991;QD=53.3613;RBI=0.105109;REFB=0.029143;REVB=-0.00868353;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00795857;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:18:11:0:0:18:11:1:0 chr15 91517479 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0311309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7787;QD=23.8204;RBI=0.0349156;REFB=-0.0140093;REVB=0.0158103;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952036;STB=0.553143;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.016322;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:9:8:13:9:9:8 chr15 91524841 . G T 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.775;QD=56.9438;RBI=0.0132695;REFB=0;REVB=-0.0130159;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27584e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr15 91543761 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.764;QD=44.6898;RBI=0.084336;REFB=0;REVB=-0.0065608;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178553;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr15 91548601 . G A 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00577674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.098;QD=17.0968;RBI=0.00577679;REFB=0.00433083;REVB=-2.45391e-05;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263751;STB=0.51513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00194875;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:9:6:6:8:9:6 chr15 91795203 . C G 170.11 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0106526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3261;QD=17.0113;RBI=0.0166593;REFB=0.00164969;REVB=0.0128084;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257126;STB=0.51469;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00316974;OID=.;OPOS=91795203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:14:8:7:11:14:8 chr15 91825009 . C T 238.19 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.01911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.113;QD=27.2218;RBI=0.0191119;REFB=0.00544429;REVB=-0.000273275;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410802;STB=0.522707;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00366897;OID=.;OPOS=91825009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:14:8:4:9:14:8:4:9 chr15 91836683 . T C 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.606;QD=63.5765;RBI=0.043478;REFB=0;REVB=0.043313;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142285;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr15 92638193 . G A 398.96 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.02378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.21;QD=20.9981;RBI=0.0247235;REFB=-0.0176746;REVB=0.00676494;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444308;STB=0.531235;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0179604;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:23:16:13:23:23:17:13:23 chr15 92647645 . G C 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.536;QD=50.3898;RBI=0.0353402;REFB=0;REVB=-0.011482;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25059e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr15 92694207 . C T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000660635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.384;QD=25.0403;RBI=0.0423335;REFB=-0.0107407;REVB=-0.0423283;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146734;STB=0.581334;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.010912;OID=.;OPOS=92694207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:13:7:14:12:13:7 chr15 92987938 . C G 727.62 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0498392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8296;QD=18.6568;RBI=0.0736144;REFB=0.00307489;REVB=0.0541769;RO=78;SAF=41;SAR=35;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481255;STB=0.533088;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00358311;OID=.;OPOS=92987938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:80:76:76:0.487179:35:41:38:40:35:41:38:42 chr15 93015427 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5344;QD=60.978;RBI=0.0264655;REFB=0;REVB=-0.023424;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223499;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr15 93198671 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7441;QD=63.5799;RBI=0.0376198;REFB=0;REVB=-0.0194634;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628921;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGC T 295.05 PASS AF=0.828571;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0222499;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=6;MLLD=281.161;QD=33.7199;RBI=0.0337208;REFB=-0.0553207;REVB=0.0253385;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.529392;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=0.0104673;OID=.;OPOS=93198679;OREF=TGGAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828571:26:30:29:35:6:9:20:1:5:24:0:6:20:0:0 chr15 93447631 . T G 112.6 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.021918;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.147;QD=16.682;RBI=0.0235045;REFB=-0.023314;REVB=-0.00848879;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191294;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:9:14:11:13:0.481481:5:6:4:5:5:8:4:10 chr15 93510603 . A G 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.31;QD=61.6644;RBI=0.0223332;REFB=0;REVB=-0.00622788;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31355e-05;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr15 93521604 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00463845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.525;QD=56.8272;RBI=0.0106082;REFB=-0.0189544;REVB=-0.00954038;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-6.00092e-06;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr15 93570241 . T C 1683.44 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.203;QD=58.5543;RBI=0.0184207;REFB=-0.160325;REVB=0.00538822;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.509089;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000279504;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:0:2:113:113:0.982609:59:54:0:0:59:54:2:0 chr15 93588264 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.249;QD=33.4284;RBI=0.0405923;REFB=0;REVB=-0.0185614;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197172;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr15 93588336 . A C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.02;QD=61.3342;RBI=0.029128;REFB=0;REVB=-0.0214725;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58437e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr15 93609460 . A T 1092.09 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000683121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.72;QD=57.4785;RBI=0.05159;REFB=-0.208241;REVB=-0.0515854;RO=2;SAF=37;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248837;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00167322;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:74:74:0.973684:37:37:2:0:37:37:2:0 chr15 93616933 . C G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.675;QD=63.052;RBI=0.0423234;REFB=0;REVB=0.0203635;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49129e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr15 93616975 . A G 901.93 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.766;QD=58.1891;RBI=0.044556;REFB=0;REVB=0.00151397;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52438e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:47:62:1:37:10:0:0:39:23:0:0 chr15 93750256 . G T 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479037;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.655;QD=56.2278;RBI=0.0175254;REFB=0;REVB=0.016858;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81799e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr15 94841691 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0400049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.542;QD=17.3254;RBI=0.0400069;REFB=0.0160648;REVB=0.000397946;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30161;STB=0.666543;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00505698;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:16:4:1:24:16:4:1:24 chr15 94884108 . G C 301.46 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0253659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8707;QD=16.7476;RBI=0.048431;REFB=-0.00709939;REVB=0.0412569;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477864;STB=0.526865;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0101179;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:12:21:23:16:12:21:23:16 chr15 94945704 . A G 598.35 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366261;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5451;QD=61.3688;RBI=0.0417144;REFB=0;REVB=0.0199655;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93577e-05;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr15 94945719 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.891;QD=62.3507;RBI=0.0160536;REFB=0;REVB=-0.0156903;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76388e-05;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr15 96289064 . T A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0187967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4186;QD=16.0426;RBI=0.0327088;REFB=-0.00491633;REVB=-0.0267685;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210692;STB=0.621048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00524084;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:11:15:7:12:11:15 chr15 98015489 . A G 395.94 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139278;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.729;QD=51.0895;RBI=0.0252086;REFB=-0.012748;REVB=0.0210117;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00153497;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:0:2:16:13:0:2 chr15 98301844 . GC G,GT 104.9 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,7;DP=10;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974762,-0.00787781;FXX=0.0908265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.283,113.575;QD=41.9587;RBI=0.0154235,0.0404061;REFB=0,0;REVB=0.0119528,0.0396307;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0561095,0.0168772;OID=.,.;OPOS=98301845,98301845;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,7:10:1,9:10:0:1,7:0,2:0:0:5:0:2,6:0,1:0:0 chr15 98513845 . T C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0161882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.477;QD=5.5398;RBI=0.0163381;REFB=-0.00668365;REVB=0.00220763;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485231;STB=0.825855;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0201547;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:7:1:14:15:7:1:14:15 chr15 98995081 . A G 935.73 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.771;QD=58.483;RBI=0.0449098;REFB=0;REVB=0.0417938;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148299;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:22:40:0:0:23:41:0:0 chr15 99465473 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0064861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.499;QD=20.2738;RBI=0.010752;REFB=-0.0295426;REVB=0.00857536;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207728;STB=0.616417;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0182778;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:17:7:12:11:17:7 chr15 99478225 . G A 404.61 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0343066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.186;QD=27.904;RBI=0.0359005;REFB=-0.0290379;REVB=0.0105784;RO=20;SAF=12;SAR=26;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880299;STB=0.547802;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0173979;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:26:12:4:16:26:12:4:16 chr15 99500605 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.737;QD=23.2183;RBI=0.0114417;REFB=-0.0498075;REVB=0.00506009;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0236482;OID=.;OPOS=99500605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr15 99502271 . A G 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0106917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.512;QD=28.5592;RBI=0.0136279;REFB=-0.0118572;REVB=0.00845019;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121361;STB=0.54995;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00464726;OID=.;OPOS=99502271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:9:10:20:20:0.666667:9:11:3:6:9:11:4:6 chr15 99504437 . C T 434.53 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0155395;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.139;QD=15.1141;RBI=0.0155435;REFB=0.0156411;REVB=-0.000353528;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062457;STB=0.543568;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0179811;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:64:66:49:49:0.426087:23:26:30:34:23:26:30:36 chr15 99504671 . C T 147.36 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00879033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2319;QD=11.5577;RBI=0.0489494;REFB=-0.000514845;REVB=0.0481536;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126304;STB=0.58814;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00321066;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:33:16:18:0.352941:8:8:12:19:9:9:12:21 chr15 99511873 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0150495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.232;QD=8.25411;RBI=0.0207482;REFB=-0.00603127;REVB=-0.0142829;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126568;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr15 99653800 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5032;QD=57.6799;RBI=0.102961;REFB=0;REVB=0.102257;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179135;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr15 99669628 . A T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0162671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.166;QD=22.3412;RBI=0.0162972;REFB=0.00793562;REVB=0.000989945;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362359;STB=0.70518;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00295976;OID=.;OPOS=99669628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:4:14:5:9:4:14:5:9 chr15 99670161 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0625675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.061;QD=11.5973;RBI=0.0756746;REFB=-0.0256449;REVB=-0.0425671;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171746;STB=0.510187;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0406162;OID=.;OPOS=99670161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:5:16:9:3:5:16 chr15 99670278 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00293283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.626;QD=19.7019;RBI=0.00619404;REFB=-0.0366373;REVB=-0.0054557;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149195;STB=0.508464;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0508916;OID=.;OPOS=99670278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:15:2:2:14:15:2:2:14 chr15 99670989 . T C 555.88 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.131;QD=60.0956;RBI=0.0714808;REFB=0;REVB=0.0440505;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737334;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:10:20:0:0:17:20:0:0 chr15 99671760 . T C 989.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.885;QD=59.0755;RBI=0.117586;REFB=0;REVB=-0.117472;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369691;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr15 99672722 . A G 797.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000152869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.293;QD=63.7809;RBI=0.059397;REFB=0;REVB=0.0593968;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100447;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:30:18:0:0:32:18:0:0 chr15 99677707 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00687203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.976;QD=16.3857;RBI=0.0152374;REFB=-0.00822532;REVB=-0.0135998;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0140796;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr15 99715352 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.25;QD=57.1773;RBI=0.0229308;REFB=0;REVB=-0.0210043;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63059e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr15 99826011 . ATTTTTTT ATTTTTT,TTTTTTTA 37.35 PASS AF=0.333333,0.148148;AO=4,4;DP=24;FAO=9,4;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2,3;FSAR=7,1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0770987,-0.251174;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,8;MLLD=9.36401,20.7623;QD=5.53302;RBI=0.0786495,0.271418;REFB=-0.0107267,-0.0543077;REVB=0.0155411,-0.102856;RO=11;SAF=0,3;SAR=4,1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.619207,0.562299;STB=0.507027,0.855782;STBP=0.992,0.26;TYPE=del,mnp;VARB=0.0335402,0.175454;OID=.,.;OPOS=99826012,99826011;OREF=T,ATTTTTTT;OALT=-,TTTTTTTA;OMAPALT=ATTTTTT,TTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:27:11:14:4,4:9,4:0.333333,0.148148:4,1:0,3:2:9:7,1:2,3:3:11 chr15 100246936 . T C 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00711199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.537;QD=12.568;RBI=0.0123882;REFB=-0.0124552;REVB=0.0101433;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991377;STB=0.569487;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00635337;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:11:14:7:8:11:15 chr15 100246942 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.258;QD=62.022;RBI=0.00661832;REFB=0;REVB=0.00415487;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71265e-06;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr15 100256618 . A C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00670863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.691;QD=21.9446;RBI=0.0068458;REFB=-0.0191602;REVB=0.0013635;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154264;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00638697;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:6:6:11:5:6:6 chr15 100257173 . T C 211.23 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0556003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.655;QD=19.2023;RBI=0.0561257;REFB=-0.023641;REVB=-0.00766151;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193394;STB=0.591754;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0361397;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:5:17:12:9:6:17 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 151.99 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0143949;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=9;MLLD=339.621;QD=12.407;RBI=0.0283371;REFB=-0.000159095;REVB=-0.0244085;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733401;STB=0.515742;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.000163819;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:16:49:18:49:31:13:5:23:8:99:31:11:5:23:8 chr15 100269635 . G C 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00377354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.124;QD=24.2686;RBI=0.0504359;REFB=0.00250116;REVB=0.0502946;RO=22;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136748;STB=0.575296;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00193698;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:21:12:12:10:21:12:12:10 chr15 100269680 . G C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00738513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.618;QD=13.368;RBI=0.00742314;REFB=-0.0167918;REVB=-0.000750267;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301122;STB=0.675482;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0296734;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:12:19:6:12:12:19 chr15 100269737 . G A 288.93 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00360489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9509;QD=32.1035;RBI=0.00728471;REFB=0.00588938;REVB=-0.00633022;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142137;STB=0.507789;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00182919;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:6:5:12:13:6:5 chr15 100269749 . G A 249.96 PASS AF=0.628571;AO=17;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0103216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2634;QD=28.5667;RBI=0.0288159;REFB=-0.0306465;REVB=0.026904;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851423;STB=0.549089;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00104759;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:7:10:17:22:0.628571:10:7:4:3:10:12:7:3 chr15 100269794 . TCA GTC,TC,TCG 426.72 PASS AF=0.0645161,0.0967742,0.83871;AO=2,4,24;DP=31;FAO=2,3,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3,9;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220381,-0.0102283,-0.00983736;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=96.822,109.09,129.446;QD=55.0605;RBI=0.022312,0.0207988,0.0127881;REFB=0,0,0;REVB=0.00348525,0.01811,-0.00817071;RO=0;SAF=2,4,8;SAR=0,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.120295,-0.0831835,0.00316029;OID=.,.,.;OPOS=100269794,100269796,100269796;OREF=TCA,A,A;OALT=GTC,-,G;OMAPALT=GTC,TC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:31:31:0:0:2,4,24:2,3,26:0.0645161,0.0967742,0.83871:0,0,16:2,4,8:0:0:0,0,17:2,3,9:0:0 chr15 100332648 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0118639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6657;QD=17.9403;RBI=0.0198322;REFB=0.00179156;REVB=-0.0158922;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101165;STB=0.557218;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00312745;OID=.;OPOS=100332648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:17:5:6:13:17:5 chr15 100332743 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00946782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.167;QD=15.8821;RBI=0.00946782;REFB=-0.0597458;REVB=0;RO=10;SAF=10;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0526067;OID=.;OPOS=100332743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:0:10:10:0:0:10:10:0 chr15 100332876 . CT C,CC 279.15 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=10,12;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408139,0.0693034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.4881,66.5872;QD=50.7542;RBI=0.0537454,0.0744312;REFB=0,0;REVB=0.0349685,0.0271487;RO=0;SAF=10,6;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0299718,0.0250733;OID=.,.;OPOS=100332877,100332877;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:10,12:22:2,20:22:0:2,14:0,6:0:0:8:0:10,6:0,6:0:0 chr15 100332919 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.865;QD=42.1782;RBI=0.0510718;REFB=0;REVB=0.0214567;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478973;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr15 100348476 . T C 389.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346348;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.437;QD=55.6864;RBI=0.0140303;REFB=-0.0587375;REVB=0.0135961;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013501;OID=.;OPOS=100348476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:28:0:0:29:28:1:16:13:0:0:15:13:0:0 chr15 100512047 . A G 123.42 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0932205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.576;QD=19.7471;RBI=0.093753;REFB=-0.00605325;REVB=0.00997837;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253613;STB=0.642657;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=9.21188e-05;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:25:11:11:12:12:0.48:4:8:10:1:4:8:10:1 chr15 100512079 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00637847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.549;QD=16.3859;RBI=0.0172201;REFB=-0.00630449;REVB=0.0159952;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501055;STB=0.785185;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00541028;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:8:0:6:3:8:0 chr15 100513117 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.915;QD=52.613;RBI=0.0249993;REFB=0;REVB=0.0213456;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137138;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr15 100514417 . CC TG 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249119;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.778;QD=57.0008;RBI=0.0249739;REFB=0;REVB=0.00175869;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.07027e-05;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 100514614 . T C 230.33 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.191;QD=46.0665;RBI=0.0569148;REFB=-0.0594894;REVB=0.0519272;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00160435;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr15 100636586 . G A 137.86 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0111681;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2868;QD=17.7888;RBI=0.0701462;REFB=-0.0216076;REVB=0.0692515;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124555;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.024727;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:5:10:8:7:5:10:8:8 chr15 100672237 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.606;QD=48.7367;RBI=0.0210896;REFB=0;REVB=-0.00213543;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06056e-05;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 100794363 . C T 323.05 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8396;QD=53.8422;RBI=0.0822583;REFB=0;REVB=-0.0378683;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900559;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr15 100801698 . G A 314.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00174304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.992;QD=50.2921;RBI=0.0294728;REFB=-0.177758;REVB=0.0294212;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00240171;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr15 100821467 . G A 384.87 PASS AF=0.475248;AO=40;DP=94;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00385833;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.31;QD=15.2425;RBI=0.0334984;REFB=-0.0365464;REVB=0.0332755;RO=53;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275207;STB=0.678768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0383239;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:53:53:40:48:0.475248:14:26:20:33:14:34:20:33 chr15 100821576 . G A 302.46 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0205437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.291;QD=17.0401;RBI=0.0263052;REFB=-0.0218777;REVB=-0.0164292;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146933;STB=0.518124;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0434147;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:38:33:33:0.464789:15:18:22:9:15:18:22:16 chr15 100942962 . T C 355.51 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.551;QD=54.6935;RBI=0.182771;REFB=0;REVB=0.0238255;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040524;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:11:10:0:0:12:14:0:0 chr15 101041896 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.172;QD=59.831;RBI=0.0609453;REFB=0;REVB=0.0504789;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820272;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 101109818 . G A 276.48 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972936;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.42;QD=52.6633;RBI=0.0338026;REFB=0;REVB=0.0323721;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408132;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr15 101110096 . T C 706.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=62.7726;RBI=0.045624;REFB=0;REVB=0.0218857;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220769;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:32:12:0:0:33:12:0:0 chr15 101113862 . C T 1377.5 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.495;QD=62.6138;RBI=0.0205084;REFB=0;REVB=0.0189285;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3814e-05;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr15 101324497 . A T 59.94 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.118827;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9236;QD=14.985;RBI=0.119443;REFB=-0.0095194;REVB=0.0121105;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.617308;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00802777;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:1:7:6:2:1:7:6:2 chr15 101421673 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00530029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.885;QD=21.1301;RBI=0.0205828;REFB=-0.0341691;REVB=-0.0198886;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174248;STB=0.509795;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0263113;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:12:9:9:13:12:9 chr15 101562793 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1535;QD=56.185;RBI=0.0498534;REFB=0;REVB=-0.00771049;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762122;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr15 101591923 . A G 199.72 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0127343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.011;QD=19.9718;RBI=0.0217002;REFB=-0.0127999;REVB=0.0175709;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173747;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:6:14:14:6:6:14 chr15 101598200 . G A 142.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0309632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4766;QD=14.2572;RBI=0.0689944;REFB=0.0160894;REVB=0.0616563;RO=24;SAF=14;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454249;STB=0.770783;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0130124;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:2:14:13:11:2:14:13:11 chr15 101598314 . C T 308.59 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0198219;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.469;QD=20.9212;RBI=0.0278368;REFB=-0.0127647;REVB=-0.0195442;RO=25;SAF=22;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144765;STB=0.601301;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0113162;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:25:27:32:32:0.542373:10:22:13:12:10:22:13:14 chr15 101606889 . GC AA 236.8 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0239679;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.47;QD=15.5279;RBI=0.02397;REFB=-0.00996518;REVB=-0.000314877;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14946;STB=0.58459;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=0.0168084;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:19:15:16:11:19:15 chr15 101607513 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.014;QD=56.1914;RBI=0.0558957;REFB=0;REVB=0.0547803;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331108;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr15 101717680 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000617364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.611;QD=57.6807;RBI=0.00811351;REFB=0;REVB=0.00808999;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6128e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr15 101827855 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00277042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.94;QD=11.2962;RBI=0.0252458;REFB=0.00429408;REVB=-0.0250934;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160222;STB=0.594486;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00989491;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:18:16:6:12:18:16 chr15 101910550 . G A 631.92 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.525;QD=61.6509;RBI=0.00600509;REFB=0;REVB=-0.00427828;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53401e-08;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr15 101922323 . A G 168.79 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00514286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3387;QD=28.1323;RBI=0.0111291;REFB=-0.0344463;REVB=0.00986956;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091037;STB=0.505045;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0128125;OID=.;OPOS=101922323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:24:7:7:17:17:0.708333:10:7:3:4:10:7:3:4 chr15 102192548 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.627;QD=35.5759;RBI=0.0791637;REFB=0;REVB=0.00166564;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102447;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr15 102223771 . G A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.707;QD=64.1505;RBI=0.0851222;REFB=0;REVB=0.011541;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477654;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr15 102224341 . G A 1208.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.735;QD=61.2021;RBI=0.0299679;REFB=0;REVB=0.0261223;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22449e-05;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr15 102358448 . C T 361.5 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0177351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.424;QD=25.8214;RBI=0.0234688;REFB=-0.00694215;REVB=-0.0153705;RO=21;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118957;STB=0.56518;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00541638;OID=.;OPOS=102358448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:21:14:12:9:21:14:12:9 chr15 102515241 . T C 35.96 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0162949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7964;QD=1.25073;RBI=0.0163479;REFB=0.00256016;REVB=-0.00131554;RO=105;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263976;STB=0.710427;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.030683;OID=.;OPOS=102515241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:3:7:49:56:3:7:49:56 chr15 102516350 . G A 33.37 PASS AF=0.21875;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0485547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4881;QD=4.17078;RBI=0.0635709;REFB=-0.00966458;REVB=0.041033;RO=25;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495746;STB=0.660438;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.101998;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:30:32:25:25:5:7:0.21875:3:2:9:16:3:4:9:16 chr16 103517 . A C 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302707;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.574;QD=58.1699;RBI=0.00661201;REFB=0;REVB=-0.0058784;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35797e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 108585 . T C 152.91 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0418759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.05;QD=11.5401;RBI=0.0447394;REFB=-0.0123686;REVB=-0.0157488;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892957;STB=0.586465;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0206174;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:34:18:19:0.358491:11:7:7:16:12:7:17:17 chr16 113883 . G GCC 209.77 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192917;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.6268;QD=46.6165;RBI=0.0474935;REFB=0;REVB=0.0433988;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000432272;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:21:18:18:0:10:8:0:0:4:2:10:8:2:0 chr16 113886 . GC G 165.37 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110439;FXX=0.0908678;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1917;QD=33.0735;RBI=0.139472;REFB=-0.0437613;REVB=0.0851798;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0181227;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:19:22:20:20:0:12:8:0:0:3:1:11:8:1:0 chr16 129266 . G GT 108.82 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0410745;FXX=0.079968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2573;QD=18.9247;RBI=0.0873074;REFB=0.0383628;REVB=-0.077042;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.540932;STBP=0.607;TYPE=ins;VARB=-0.0412327;OID=.;OPOS=129267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:15:25:16:23:7:9:7:3:4:33:8:9:6:3:5 chr16 129277 . A G 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0258136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.499;QD=30.1499;RBI=0.0305728;REFB=-0.024646;REVB=-0.0163817;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.507804;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00759132;OID=.;OPOS=129277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:4:4:9:10:4:4 chr16 129654 . C T 98.35 PASS AF=0.647059;AO=8;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0247585;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.14;QD=23.1422;RBI=0.0247888;REFB=-0.0190834;REVB=-0.00122559;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0192283;OID=.;OPOS=129654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:17:6:6:8:11:0.647059:6:2:4:2:6:5:3:3 chr16 304514 . C T 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00607606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.278;QD=6.77645;RBI=0.00758835;REFB=0.0019706;REVB=-0.00454582;RO=53;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115067;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00445937;OID=.;OPOS=304514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:9:9:26:27:9:9:26:27 chr16 319511 . A G 143.49 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0176762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.077;QD=15.104;RBI=0.0241437;REFB=-0.00915776;REVB=-0.016446;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104278;STB=0.594156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0103895;OID=.;OPOS=319511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:22:15:16:0.421053:11:4:4:17:11:5:4:18 chr16 322437 . G C 425.5 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00524611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.868;QD=21.5441;RBI=0.0307119;REFB=-0.024473;REVB=0.0302605;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119648;STB=0.544283;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0230414;OID=.;OPOS=322437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:37:42:42:0.531646:21:21:22:12:21:21:22:15 chr16 322934 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8783;QD=51.1841;RBI=0.0762509;REFB=0;REVB=0.0109359;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115416;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr16 324052 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.99;QD=42.1824;RBI=0.0177229;REFB=0;REVB=-0.0014886;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121584;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 324837 . A G 651.98 PASS AF=0.551724;AO=63;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0139655;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.995;QD=22.4822;RBI=0.0234754;REFB=-0.0423312;REVB=-0.0188695;RO=51;SAF=42;SAR=21;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355396;STB=0.520041;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0277185;OID=.;OPOS=324837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:52:63:64:0.551724:21:42:32:19:22:42:32:20 chr16 334580 . G C 744.97 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8916;QD=62.0812;RBI=0.095248;REFB=0;REVB=0.0357048;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457911;OID=.;OPOS=334580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:1:0:46:48:1:31:15:1:0:31:17:0:0 chr16 335531 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0562649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2146;QD=7.46505;RBI=0.0601023;REFB=-0.0120159;REVB=0.0211316;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.650753;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0256442;OID=.;OPOS=335531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:11:6:4:3:11:6 chr16 335619 . G A 61.61 PASS AF=0.290323;AO=6;DP=28;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0243971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.411;QD=7.94942;RBI=0.0533227;REFB=-0.0103266;REVB=0.047414;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296846;STB=0.602613;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0261213;OID=.;OPOS=335619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:31:22:22:6:9:0.290323:2:4:9:13:4:5:9:13 chr16 336377 . C G 210.28 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=0.010262;FXX=0.0165276;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.393;QD=7.06828;RBI=0.0438268;REFB=-0.00887076;REVB=-0.0426085;RO=77;SAF=15;SAR=16;SRF=60;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360199;STB=0.653322;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0259454;OID=.;OPOS=336377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:119:77:88:31:31:0.260504:16:15:60:17:16:15:61:27 chr16 336916 . C T 181.16 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.10313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.5316;QD=28.9859;RBI=0.106776;REFB=-0.128356;REVB=0.0276641;RO=5;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11288;STB=0.554392;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0212563;OID=.;OPOS=336916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:25:25:5:7:17:17:0.68:8:9:4:1:8:9:5:2 chr16 337547 . G GC 174.71 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00486304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3343;QD=6.7195;RBI=0.138118;REFB=-0.00398662;REVB=0.138033;RO=64;SAF=15;SAR=22;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239557;STB=0.648956;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0100069;OID=.;OPOS=337548;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355769:37:104:37:104:67:15:22:43:24:99:64:15:22:40:24 chr16 337613 . G A 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0482223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.659;QD=10.6106;RBI=0.0482224;REFB=-0.0114366;REVB=-0.000115451;RO=59;SAF=11;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243806;STB=0.641764;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0236119;OID=.;OPOS=337613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:18:11:35:24:18:11:35:24 chr16 337678 . T G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0368678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.303;QD=10.1407;RBI=0.0369403;REFB=-0.00778813;REVB=-0.00231227;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111237;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0167732;OID=.;OPOS=337678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:8:5:13:14:8:5:14:14 chr16 337691 . C T 318.96 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00299743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.162;QD=30.3769;RBI=0.00710889;REFB=0.00656439;REVB=-0.00644607;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777349;STB=0.547585;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00455922;OID=.;OPOS=337691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:27:28:0.666667:14:13:5:9:14:14:5:9 chr16 337871 . T C 101.22 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0284294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.158;QD=11.2468;RBI=0.0330625;REFB=-0.0248984;REVB=0.0168789;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119645;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0693799;OID=.;OPOS=337871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:6:6:14:9:6:7:14:9 chr16 347184 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.026183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.984;QD=12.4025;RBI=0.03129;REFB=-0.0264169;REVB=-0.0171322;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28791;STB=0.666481;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0230408;OID=.;OPOS=347184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:22:7:8:8:22:7 chr16 396264 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00982556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.845;QD=11.6278;RBI=0.0223379;REFB=-0.012864;REVB=-0.0200609;RO=46;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243783;STB=0.641054;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0248023;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:9:17:20:26:9:17:20:26 chr16 419092 . A G 97.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0128563;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.214;QD=7.641;RBI=0.0157446;REFB=-0.0041367;REVB=-0.00908888;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109173;STB=0.567464;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0134945;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:51:51:38:38:13:13:0.254902:6:7:17:21:6:7:17:21 chr16 426432 . T C,G 370.8 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.30457e-06,0.00800351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.837,217.739;QD=54.9327;RBI=0.000465221,0.0305545;REFB=0,0;REVB=0.000465164,-0.0294877;RO=0;SAF=18,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00117083,0.0531028;OID=.,.;OPOS=426432,426432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:7,2:18,0:0:0:8,1:18,0:0:0 chr16 427479 . T C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0149117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.312;QD=5.19184;RBI=0.029264;REFB=-0.00515336;REVB=-0.0251799;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.585962;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0155194;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:3:4:11:14:3:4:12:14 chr16 427784 . G A 166.41 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0200819;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.793;QD=14.1627;RBI=0.0291022;REFB=0.00227716;REVB=-0.0210631;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188584;STB=0.616898;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00432994;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:9:19:9:9:9:20 chr16 427820 . C T 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0485186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9917;QD=13.7719;RBI=0.049011;REFB=-0.014205;REVB=0.00692987;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138281;STB=0.579401;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0247697;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:10:21:11:9:10:21 chr16 449345 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7548;QD=57.6787;RBI=0.0354314;REFB=0;REVB=-0.0229091;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835297;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr16 449659 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.994;QD=44.6877;RBI=0.0175074;REFB=0;REVB=-0.0150498;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8825e-05;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr16 450140 . C CAG 51.83 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00206725;FXX=0.0713776;HRUN=0;LEN=2;MLLD=98.3604;QD=15.9486;RBI=0.0115735;REFB=-0.0301269;REVB=0.0113874;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=ins;VARB=0.0233994;OID=.;OPOS=450141;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:15:7:13:6:3:4:3:3:40:6:3:4:3:3 chr16 450165 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6056;QD=46.8466;RBI=0.050928;REFB=0;REVB=0.0361208;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114975;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr16 450309 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.16;QD=33.4275;RBI=0.136841;REFB=0;REVB=0.0276422;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698056;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr16 455646 . A G 242.85 PASS AF=0.5;AO=23;DP=49;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00674859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.048;QD=18.6807;RBI=0.0251362;REFB=-0.0138303;REVB=-0.0242134;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393565;STB=0.670923;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.010288;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:25:26:23:26:0.5:6:17:8:17:9:17:8:18 chr16 460358 . G T 252.13 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00478144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6097;QD=34.7765;RBI=0.0440813;REFB=-0.0299859;REVB=0.0438212;RO=6;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365744;STB=0.50485;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00625354;OID=.;OPOS=460358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:6:7:22:22:0.758621:9:13:3:3:9:13:4:3 chr16 547297 . T C 117.15 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00429648;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.753;QD=11.1571;RBI=0.00564131;REFB=0.0040196;REVB=0.00365577;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457057;STB=0.768876;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.012221;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:8:20:4:10:8:20 chr16 570557 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.696;QD=57.2026;RBI=0.0150226;REFB=0;REVB=0.0146511;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07106e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 601566 . C T 520.35 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0127736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.524;QD=20.406;RBI=0.0139038;REFB=-0.0327244;REVB=0.00549117;RO=49;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141486;STB=0.577831;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0289866;OID=.;OPOS=601566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:27:26:32:17:27:26:32:17 chr16 602313 . C A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00274678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6783;QD=11.3697;RBI=0.00808279;REFB=0.00375664;REVB=0.00760176;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.572193;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00382415;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:10:9:4:7:10:9 chr16 603470 . CA AC,CG 175.54 PASS AF=0,0.396226;AO=2,21;DP=54;FAO=0,21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=0,9;FSAR=0,12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0567479,-0.0309881;FXX=0.0185151;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=30.2084,126.109;QD=13.2483;RBI=0.0702319,0.0310594;REFB=-0.00897793,-0.00164091;REVB=0.0413787,0.00210314;RO=28;SAF=2,9;SAR=0,12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.559993,0.111726;STB=0.5,0.533302;STBP=1,0.733;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00326219;OID=.,.;OPOS=603470,603471;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:53:28:32:2,21:0,21:0,0.396226:0,12:2,9:9:19:0,12:0,9:12:20 chr16 622565 . A G 145.14 PASS AF=0.339623;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.0532568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.367;QD=10.9537;RBI=0.0566803;REFB=-0.0356792;REVB=0.0194004;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240697;STB=0.623072;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0505447;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:33:35:16:18:0.339623:5:11:28:5:5:13:30:5 chr16 624114 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00198924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0288;QD=25.4671;RBI=0.0339466;REFB=-0.030704;REVB=-0.0338882;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00867907;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:2:1:2:7:2:1 chr16 624713 . C T 440.65 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00739033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.754;QD=19.5845;RBI=0.0194993;REFB=-0.00980563;REVB=0.0180446;RO=46;SAF=9;SAR=35;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753065;STB=0.542015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0122751;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:35:9:12:34:35:9:12:34 chr16 632073 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00228931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.257;QD=23.0939;RBI=0.0025192;REFB=-0.0401671;REVB=-0.0010514;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504619;STB=0.52835;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0178111;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:7:5:6:11:7:5 chr16 632115 . G A 240.68 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00928933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.98;QD=21.3934;RBI=0.0164783;REFB=-0.0409997;REVB=0.0136104;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0285524;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:22:23:23:0.511111:10:13:11:6:10:13:14:8 chr16 632138 . C T 263.59 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0361774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.292;QD=17.5724;RBI=0.0388456;REFB=-0.0480597;REVB=-0.0141485;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121582;STB=0.568109;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0400158;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:13:18:13:16:13:18 chr16 632180 . G C 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0271115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.651;QD=18.1942;RBI=0.0280619;REFB=-0.0103267;REVB=-0.00724111;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384403;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00988832;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:34:34:0.485714:21:13:12:23:21:13:13:23 chr16 632198 . T A 272.04 PASS AF=0.477612;AO=28;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0182842;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.881;QD=16.2409;RBI=0.0298574;REFB=-0.0108452;REVB=0.0236041;RO=34;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123203;STB=0.515855;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0249005;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:28:32:0.477612:21:7:12:22:21:11:13:22 chr16 632225 . T C 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0406397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5175;QD=17.5875;RBI=0.0518565;REFB=-0.0394023;REVB=-0.0322104;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432514;STB=0.524669;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0166006;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:15:7:10:18:15:7:10:18 chr16 632230 . CG C,CC 197.35 PASS AF=0.431373,0;AO=19,3;DP=51;FAO=22,0;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7,0;FSAR=15,0;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.034613,-0.0120783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.937,220.005;QD=15.4781;RBI=0.0352207,0.0148217;REFB=-0.00216208,-0.00174552;REVB=-0.00651468,-0.00859058;RO=29;SAF=4,3;SAR=15,0;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182686,0.622762;STB=0.517226,0.5;STBP=0.856,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00137628,0.0490778;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373,0:19,3:51:22,0:51:29:7,0:15,0:10:19:99:29:4,3:15,0:10:19 chr16 632233 . T C 199.04 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.12763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2708;QD=15.6112;RBI=0.138024;REFB=-0.00871382;REVB=-0.0525457;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25778;STB=0.517226;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00923089;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:29:19:22:0.431373:15:4:13:19:15:7:10:19 chr16 633125 . T C 940.65 PASS AF=0.485;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0189417;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.609;QD=18.813;RBI=0.0243591;REFB=-0.0152753;REVB=0.0153159;RO=103;SAF=53;SAR=44;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299057;STB=0.51648;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0133985;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:103:103:97:97:0.485:44:53:53:50:44:53:53:50 chr16 633353 . TG CA 658.81 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0101196;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.871;QD=16.2668;RBI=0.0134083;REFB=-0.0178318;REVB=-0.00879649;RO=83;SAF=31;SAR=41;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149544;STB=0.532735;STBP=0.471;TYPE=mnp;VARB=0.0257398;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:83:90:72:72:0.444444:41:31:37:46:41:31:44:46 chr16 633764 . G A 246.08 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0165122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.166;QD=9.65025;RBI=0.0176257;REFB=-0.00231827;REVB=0.00616545;RO=70;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592755;STB=0.534553;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00438458;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:20:12:23:47:20:12:23:47 chr16 678843 . C T 2385.31 PASS AF=0.987654;AO=157;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.110983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.644;QD=58.8966;RBI=0.114774;REFB=-0.149892;REVB=0.0292557;RO=4;SAF=76;SAR=81;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243777;STB=0.506249;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0013413;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:4:2:157:160:0.987654:81:76:4:0:81:79:2:0 chr16 679814 . T C 2122.5 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000342973;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5597;QD=61.9709;RBI=0.00314996;REFB=-0.0774312;REVB=0.00313123;RO=2;SAF=64;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146214;STB=0.503875;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000332681;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:2:1:135:136:0.992701:71:64:2:0:72:64:1:0 chr16 681280 . G T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.253;QD=58.5848;RBI=0.0354137;REFB=0;REVB=-0.00852368;RO=0;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111405;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:4:29:0:0:4:29:0:0 chr16 701656 . C T 452.69 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0221043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.373;QD=44.1652;RBI=0.0229889;REFB=0.0223911;REVB=0.00631569;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.52033;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00408586;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:0:7:34:34:0.829268:27:7:0:0:27:7:2:5 chr16 705360 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.952;QD=52.6129;RBI=0.0460605;REFB=0;REVB=0.0143647;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042331;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr16 705844 . T C 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2888;QD=58.2394;RBI=0.0486477;REFB=0.00440571;REVB=-0.0447494;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00251628;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:1:0:21:18:1:0 chr16 705919 . CG CC,GC 499.72 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=15,20;DP=35;FAO=15,20;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7,10;FSAR=8,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583588,0.0160554;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=25.5825,257.834;QD=57.1106;RBI=0.0604623,0.0183451;REFB=0,0;REVB=0.0158094,-0.00887509;RO=0;SAF=7,10;SAR=8,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=5.3484e-05,0.00625777;OID=.,.;OPOS=705920,705919;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:35:0:0:15,20:15,20:0.428571,0.571429:8,10:7,10:0:0:8,10:7,10:0:0 chr16 706372 . G A 57.28 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00705922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.935;QD=12.7294;RBI=0.00878736;REFB=-0.0125916;REVB=-0.00523309;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547459;STB=0.811934;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00487453;OID=.;OPOS=706372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:0:10:3:5:0:10 chr16 708275 . C A 1320.05 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7097;QD=62.1202;RBI=0.0496574;REFB=0;REVB=0.0147852;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339224;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:44:41:0:0 chr16 709001 . C A 603.66 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0526555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.085;QD=54.8777;RBI=0.0539898;REFB=-0.174419;REVB=0.0119287;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125541;STB=0.502391;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00234832;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:2:3:41:41:0.931818:15:26:1:1:15:26:2:1 chr16 711712 . C T 1676.99 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=60.432;RBI=0.141286;REFB=0;REVB=0.0717228;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387629;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:49:62:0:0:49:62:0:0 chr16 711905 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.062;QD=59.0162;RBI=0.0772536;REFB=0;REVB=-0.0771688;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468008;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr16 712867 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.541;QD=62.9784;RBI=0.0292531;REFB=0;REVB=0.00990906;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84952e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr16 715990 . G A,C 898.75 PASS AF=0.861538,0.123077;AO=56,8;DP=65;FAO=56,8;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=16,8;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.061885,0.00733365;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.6056,199.398;QD=55.3077;RBI=0.121023,0.0226663;REFB=-0.114381,-0.125789;REVB=0.104003,-0.0214471;RO=1;SAF=16,8;SAR=40,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0116443,0.803989;STB=0.506171,0.997736;STBP=0.609,0.046;TYPE=snp,snp;VARB=0.00158244,0.196959;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:65:65:1:1:56,8:56,8:0.861538,0.123077:40,0:16,8:0:1:40,0:16,8:0:1 chr16 717523 . G T 972.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.514;QD=58.924;RBI=0.0439957;REFB=0;REVB=0.034053;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89327e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:43:22:0:0:44:22:0:0 chr16 720986 . G A 208.39 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0549274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.031;QD=41.6789;RBI=0.0639693;REFB=0.0320483;REVB=0.032788;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00274371;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:1:1:10:8:1:1 chr16 722331 . C G,T 295.64 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487455,0.0788321;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.1238,171.716;QD=51.4148;RBI=0.0758978,0.0789385;REFB=0,0;REVB=-0.0581751,0.00409808;RO=0;SAF=0,11;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.23015,-0.00053348;OID=.,.;OPOS=722331,722331;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:2,10:0,11:0:0:2,10:0,11:0:0 chr16 722548 . A G 357.97 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5491;QD=55.0722;RBI=0.00674137;REFB=0;REVB=-0.00645639;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88235e-05;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr16 723018 . G T 155.73 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0502879;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1637;QD=11.9789;RBI=0.0545556;REFB=-0.00214138;REVB=0.0211527;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156636;STB=0.503265;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00605579;OID=.;OPOS=723018;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:33:19:19:0.365385:12:7:11:20:12:7:12:21 chr16 733017 . C T 540.11 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0184693;FXX=0.0173898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.005;QD=19.119;RBI=0.0186346;REFB=-0.0118349;REVB=0.00247621;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240692;STB=0.531091;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0122501;OID=.;OPOS=733017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:53:57:56:56:0.495575:29:27:27:26:29:27:31:26 chr16 735921 . T C 305.42 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5451;QD=53.1169;RBI=0.0601579;REFB=0;REVB=-0.0109329;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123725;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 740404 . CT GC,GT 401.33 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,24;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454375,0.0114395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=208.517,57.7546;QD=55.3559;RBI=0.0622678,0.0271405;REFB=0,0;REVB=-0.042576,0.0246118;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00223576,0.00117787;OID=.,.;OPOS=740404,740404;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,24:2,27:0.0689655,0.931034:0,11:2,13:0:0:0,12:2,15:0:0 chr16 746884 . A C 3413.67 PASS AF=0.986667;AO=215;DP=219;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00179418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7517;QD=60.6875;RBI=0.0311408;REFB=-0.0203794;REVB=0.0310891;RO=4;SAF=90;SAR=125;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603135;STB=0.501114;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00339306;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:225:4:3:215:222:0.986667:125:90:1:3:130:92:1:2 chr16 746914 . G A 3509.41 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748436;FXX=0.00881018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.971;QD=62.3895;RBI=0.00801769;REFB=0.0673616;REVB=-0.00287535;RO=1;SAF=90;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40503e-05;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:225:1:0:224:225:1:134:90:0:1:134:91:0:0 chr16 772061 . C T 821.51 PASS AF=0.828947;AO=62;DP=77;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00206787;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.709;QD=43.2376;RBI=0.0126803;REFB=-0.0203096;REVB=0.0125106;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.544756;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00188878;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:76:0:13:62:63:0.828947:32:30:0:0:32:31:3:10 chr16 772141 . G C 1105.78 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.929;QD=59.7719;RBI=0.0182434;REFB=0;REVB=0.0148672;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426565;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr16 773341 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1877;QD=50.4105;RBI=0.0173912;REFB=0;REVB=0.0167853;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266233;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 774520 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=37.4885;RBI=0.0981136;REFB=0;REVB=0.0370943;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454888;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 774692 . A G 972.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.19;QD=58.9382;RBI=0.0717663;REFB=0;REVB=-0.0710438;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502502;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr16 778024 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.006;QD=57.7115;RBI=0.0559946;REFB=0;REVB=0.00472855;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134815;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:40:19:0:0 chr16 778820 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0914;QD=62.0072;RBI=0.0205062;REFB=0;REVB=0.0195272;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153121;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:40:44:0:0 chr16 781633 . G A,C 885.51 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=57,6;DP=64;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284727,0.0971117;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.8333,84.0216;QD=56.223;RBI=0.0548619,0.100486;REFB=0,0;REVB=0.046895,-0.0258211;RO=1;SAF=18,1;SAR=39,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0254762,-0.281147;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0021453,0.0472339;OID=.,.;OPOS=781633,781633;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:64:63:1:0:57,6:59,4:0.936508,0.0634921:39,5:18,1:1:0:40,3:19,1:0:0 chr16 783401 . G A 703.84 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0704976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1453;QD=19.4162;RBI=0.0704978;REFB=0.00793453;REVB=0.000186497;RO=75;SAF=39;SAR=31;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146309;STB=0.580812;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00831872;OID=.;OPOS=783401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:31:39:30:45:31:39:30:45 chr16 784765 . C G,T 256.05 PASS AF=0.136364,0.818182;AO=3,18;DP=22;FAO=3,18;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3,6;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790456,0.0505661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.5299,59.7638;QD=46.5536;RBI=0.00906927,0.0515802;REFB=-0.0956288,-0.108596;REVB=-0.0044463,-0.0101778;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.538418;STBP=1,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=0.0990628,0.0133758;OID=.,.;OPOS=784765,784765;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:22:22:0:1:3,18:3,18:0.136364,0.818182:0,12:3,6:0:0:0,12:3,6:1:0 chr16 823275 . G A 522.95 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0764818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7931;QD=17.1458;RBI=0.0784771;REFB=-0.0127933;REVB=0.0175838;RO=65;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395122;STB=0.526029;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0365498;OID=.;OPOS=823275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:27:29:31:34:27:29:31:35 chr16 823279 . C T 666.33 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0637402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.234;QD=22.5876;RBI=0.0656454;REFB=-0.0259388;REVB=0.0157007;RO=53;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702469;STB=0.53845;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0163209;OID=.;OPOS=823279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:35:30:29:24:35:30:29:24 chr16 839184 . T C 366.94 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0160124;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.285;QD=13.7174;RBI=0.0195249;REFB=-0.0160343;REVB=0.0111724;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129422;STB=0.59918;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0257726;OID=.;OPOS=839184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:107:61:64:43:43:0.401869:23:20:36:25:24:19:39:25 chr16 839262 . A G 1750.02 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.948;QD=60.3457;RBI=0.10615;REFB=0;REVB=-0.0264609;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374642;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:116:0:0:108:116:1:63:45:0:0:63:53:0:0 chr16 839269 . G A 475.24 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0398531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6358;QD=16.5302;RBI=0.0913604;REFB=0.0139833;REVB=0.0822098;RO=63;SAF=14;SAR=38;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341643;STB=0.691316;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0158208;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:38:14:38:25:38:14:38:25 chr16 839996 . T C 223.39 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0135951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5376;QD=14.8929;RBI=0.0457152;REFB=-0.000335877;REVB=-0.0436469;RO=33;SAF=1;SAR=25;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589074;STB=0.848378;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000210798;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:25:1:10:23:25:1:10:24 chr16 840378 . A G 271.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0285101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2002;QD=23.5941;RBI=0.0569244;REFB=-0.0278287;REVB=-0.0492703;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.538431;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0395128;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:11:10:14:11:11:10 chr16 840597 . C T 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0139844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.123;QD=20.1935;RBI=0.0147843;REFB=-0.0119776;REVB=0.0047971;RO=37;SAF=9;SAR=30;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532073;STB=0.529397;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0109234;OID=.;OPOS=840597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:30:9:7:30:30:9:7:30 chr16 845742 . G A 83.86 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0790573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7495;QD=10.1653;RBI=0.0790574;REFB=-0.00978612;REVB=-6.35877e-05;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11133;STB=0.627647;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0241448;OID=.;OPOS=845742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:20:22:11:11:0.333333:9:2:5:15:9:2:7:15 chr16 845819 . A G 115.43 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00242491;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.27;QD=11.8384;RBI=0.0449176;REFB=-0.0160902;REVB=-0.0448521;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408339;STB=0.695897;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0320836;OID=.;OPOS=845819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:25:13:14:0.358974:11:2:11:13:11:3:12:13 chr16 846804 . C T 360.13 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0370371;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0544;QD=30.6492;RBI=0.0970662;REFB=-0.0236887;REVB=0.0897224;RO=17;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748903;STB=0.540957;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0169764;OID=.;OPOS=846804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:17:30:30:0.638298:20:10:4:13:20:10:4:13 chr16 848755 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0592759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.672;QD=11.1303;RBI=0.0593136;REFB=-0.00292363;REVB=-0.00211482;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.666296;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00555835;OID=.;OPOS=848755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:10:7:2:8:10:7 chr16 855517 . GGCAGCT G 77.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.011505;FXX=0.0666445;HRUN=4;LEN=6;MLLD=342.867;QD=11.078;RBI=0.013008;REFB=-0.015214;REVB=-0.00606997;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=del;VARB=0.0199639;OID=.;OPOS=855518;OREF=GCAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:12:31:12:28:16:7:5:8:8:77:17:7:5:8:9 chr16 855676 . A G 248.93 PASS AF=0.439394;AO=17;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0213777;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.716;QD=15.0865;RBI=0.0307342;REFB=-0.0172259;REVB=-0.0220813;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077585;STB=0.556455;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0193454;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:37:17:29:0.439394:11:6:9:17:12:17:18:19 chr16 855717 . C G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0286445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.9;QD=20.5427;RBI=0.0297526;REFB=-0.00916352;REVB=0.00804451;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163585;STB=0.59183;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.014166;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:9:16:11:13:9:16 chr16 863336 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0133773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.048;QD=14.1699;RBI=0.0231491;REFB=-0.0274371;REVB=-0.0188925;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252837;STB=0.650827;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0260864;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:7:5:2:8:7:5 chr16 863355 . AGGACGCCGGACCGACAC A,AGGACGCCGGACCGACACC 62.35 PASS AF=0.4,0;AO=9,4;DP=25;FAO=10,0;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000679968,-0.00978625;FXX=0.0384468;HRUN=2,1;LEN=17,1;MLLD=478.946,18.8031;QD=9.97623;RBI=0.0165317,0.282984;REFB=-0.00275714,-0.104011;REVB=-0.0165177,-0.282815;RO=10;SAF=7,0;SAR=2,4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196839,-0.71899;STB=0.758071,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=del,ins;VARB=0.00261298,0;OID=.,.;OPOS=863356,863372;OREF=GGACGCCGGACCGACAC,-;OALT=-,C;OMAPALT=A,AGGACGCCGGACCGACACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:9,4:25:10,0:25:15:8,0:2,0:6:9:62:10:7,0:2,4:6:4 chr16 904551 . G C 613.58 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.032362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9412;QD=26.11;RBI=0.033126;REFB=-0.0298193;REVB=-0.00707347;RO=39;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108053;STB=0.558961;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0161225;OID=.;OPOS=904551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:29:26:24:15:29:26:24:15 chr16 929711 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0258917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.69;QD=19.386;RBI=0.0289787;REFB=-0.00943179;REVB=-0.0130149;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00947514;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:13:8:8:12:13:8 chr16 943317 . C CT 152.81 PASS AF=0.322581;AO=38;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0245192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4563;QD=4.9295;RBI=0.0567219;REFB=-0.00985687;REVB=-0.0511486;RO=84;SAF=6;SAR=32;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397368;STB=0.707025;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.0253994;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:38:124:40:124:84:7:33:35:49:99:84:6:32:36:48 chr16 943361 . T C 541.52 PASS AF=0.385542;AO=63;DP=165;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00545779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7402;QD=13.0487;RBI=0.00557328;REFB=-0.0192278;REVB=0.00112869;RO=101;SAF=14;SAR=49;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305441;STB=0.68036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260012;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:101:102:63:64:0.385542:49:14:47:54:50:14:48:54 chr16 952432 . G A 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00431569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.288;QD=20.5295;RBI=0.00544104;REFB=-0.0151484;REVB=-0.00331357;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660733;STB=0.536568;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0171206;OID=.;OPOS=952432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:23:17:21:21:23:17 chr16 952552 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000731818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.287;QD=19.6682;RBI=0.0199198;REFB=0.00284199;REVB=0.0199064;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184613;STB=0.604287;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.002714;OID=.;OPOS=952552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:12:7:11:8:12:7 chr16 952559 . G T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0430472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3329;QD=17.7315;RBI=0.0447303;REFB=-0.0204824;REVB=-0.0121545;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247833;STB=0.640865;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0215943;OID=.;OPOS=952559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:13:6:10:7:13:6 chr16 961051 . C T 270.01 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0154723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.451;QD=19.2861;RBI=0.0180151;REFB=-0.00650253;REVB=0.00922766;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154846;STB=0.586406;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00972648;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:12:15:11:18:12:15 chr16 984113 . C A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0433246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.287;QD=19.6961;RBI=0.0442708;REFB=-0.0143417;REVB=-0.00910444;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230589;STB=0.631444;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0199641;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:5:16:12:10:5:16:12:10 chr16 1004266 . G A 217.59 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0214699;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.826;QD=13.3899;RBI=0.0453413;REFB=0.013124;REVB=0.039936;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213409;STB=0.621406;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.024269;OID=.;OPOS=1004266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:14:12:26:13:14:12:26:13 chr16 1004554 . C T 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0351035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.392;QD=12.1187;RBI=0.0351061;REFB=-0.0181478;REVB=-0.000427367;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11915;STB=0.56888;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0284381;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:19:19:14:9:19:19 chr16 1034834 . T C 1023.17 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4874;QD=57.6434;RBI=0.0189973;REFB=-0.0893796;REVB=-0.00442855;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0027557;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:68:70:0.985915:37:31:0:1:39:31:0:1 chr16 1035456 . A G 283.68 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=1;FWDB=-0.0134442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.941;QD=18.3018;RBI=0.0176727;REFB=-0.0284764;REVB=-0.0114707;RO=28;SAF=27;SAR=1;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575567;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0128045;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:28:31:28:31:0.5:1:27:27:1:2:29:30:1 chr16 1115495 . T C 127.94 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00622922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.507;QD=20.4697;RBI=0.0250856;REFB=-0.0166543;REVB=-0.0242999;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.559915;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0253283;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:7:7:3:7:7:7:4:7 chr16 1116169 . A G 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0225939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.014;QD=11.916;RBI=0.0241675;REFB=-0.00930817;REVB=-0.00857805;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053986;STB=0.520046;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0280016;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:13:23:13:9:14:23 chr16 1116213 . G A 132.16 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0545629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.123;QD=24.0284;RBI=0.0558169;REFB=-0.0226462;REVB=0.0117652;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024374;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr16 1116445 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.376;QD=45.8068;RBI=0.080594;REFB=0;REVB=0.0793841;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494851;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1129872 . C T 152.64 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.036;QD=40.703;RBI=0.0605059;REFB=-0.0928767;REVB=0.002334;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00355898;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:1:0:9:5:1:0 chr16 1129912 . A G 85.69 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364377;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.388;QD=38.0836;RBI=0.0374362;REFB=0;REVB=-0.0085882;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631506;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr16 1131175 . C A 443.21 PASS AF=0.5;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0379015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2407;QD=20.1459;RBI=0.0674378;REFB=-0.00908794;REVB=0.0557793;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720108;STB=0.534794;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0161847;OID=.;OPOS=1131175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:44:44:44:0.5:18:26:22:21:18:26:23:21 chr16 1131181 . C T 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.070593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.018;QD=18.9074;RBI=0.0707082;REFB=-0.00139142;REVB=-0.00403384;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576484;STB=0.532067;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00167186;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:28:19:20:23:28:19 chr16 1131393 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0414534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.09;QD=9.75978;RBI=0.0414681;REFB=-0.00387799;REVB=0.00110177;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0056973;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:3:8:3:4:4:8 chr16 1252369 . C T 623.34 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.692;QD=59.3654;RBI=0.0735746;REFB=-0.122217;REVB=0.0692833;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830403;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:0:41:42:1:14:27:0:1:15:27:0:0 chr16 1260481 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.287;QD=57.1022;RBI=0.0237368;REFB=0;REVB=-0.0197653;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17564e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr16 1261219 . A G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.728;QD=60.8828;RBI=0.0541848;REFB=0;REVB=-0.00650585;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001462;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr16 1261222 . A G 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9237;QD=60.8802;RBI=0.0473993;REFB=0;REVB=-0.00383544;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378956;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr16 1261282 . T C 1131.16 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00489331;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.633;QD=58.008;RBI=0.00873233;REFB=-0.0463674;REVB=0.0072325;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129635;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=2.25877e-05;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:78:1:2:76:76:0.974359:36:40:0:1:36:40:1:1 chr16 1265600 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00265014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.649;QD=17.7311;RBI=0.0114522;REFB=-0.00379469;REVB=0.0111414;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247833;STB=0.640865;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00431957;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:13:6:10:7:13:6 chr16 1268494 . C T 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=53.3617;RBI=0.0343453;REFB=-0.0321906;REVB=-0.00616078;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000416084;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:1:0 chr16 1269029 . T C 411.61 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.815;QD=56.7731;RBI=0.0153326;REFB=0;REVB=-0.00467361;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68256e-05;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr16 1270162 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7006;QD=60.03;RBI=0.0580332;REFB=0;REVB=0.0363771;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67871e-05;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr16 1271890 . G T 811.19 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.553;QD=54.0796;RBI=0.0820157;REFB=-0.134985;REVB=0.0805283;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00792694;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:60:0:1:58:59:0.983333:23:35:0:0:24:35:1:0 chr16 1272036 . C CA 205.54 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11389;FXX=0.222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.5845;QD=23.4903;RBI=0.116066;REFB=0;REVB=-0.0223714;RO=44;SAF=5;SAR=0;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00856097;OID=.;OPOS=1272037;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:35:35:0:19:16:0:0:6:44:5:0:17:27 chr16 1272038 . G A 690.58 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3435;QD=61.3846;RBI=0.170052;REFB=0;REVB=0.0679455;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343017;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:26:14:0:0:26:19:0:0 chr16 1272865 . G A 3369.5 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482543;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.43;QD=61.5435;RBI=0.0110315;REFB=0.0314109;REVB=0.00992015;RO=1;SAF=108;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05577e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:219:219:1:0:217:219:1:109:108:0:1:111:108:0:0 chr16 1291597 . C G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0116785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.184;QD=11.5637;RBI=0.0117374;REFB=-0.00602375;REVB=0.00117432;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23886;STB=0.65541;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00832986;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:11:4:13:15:11:4:14:15 chr16 1291622 . A G 89.79 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0179904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.832;QD=7.48227;RBI=0.0835402;REFB=-0.00435641;REVB=-0.08158;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290885;STB=0.642628;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00947935;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:33:36:12:12:0.25:5:7:11:22:5:7:14:22 chr16 1306346 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.794;QD=35.5759;RBI=0.0570858;REFB=0;REVB=0.0329844;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937185;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr16 1306355 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.053;QD=35.5759;RBI=0.04505;REFB=0;REVB=0.0330495;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111225;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr16 1306559 . AG AC,A 125.36 PASS AF=0.05,0.4;AO=3,16;DP=40;FAO=2,16;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=0,10;FSAR=2,6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00652588,0.0908496;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=93.4473,19.8052;QD=12.536;RBI=0.0820938,0.103799;REFB=0.0159958,0.0347135;REVB=-0.081834,-0.0502046;RO=19;SAF=0,9;SAR=3,7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.590079,0.0842285;STB=0.99381,0.624844;STBP=0.201,0.204;TYPE=snp,del;VARB=0.0193477,0.0267652;OID=.,.;OPOS=1306560,1306560;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.4:3,16:40:2,16:40:22:0,10:2,6:9:13:99:19:0,9:3,7:9:10 chr16 1306671 . G A 318.8 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0175246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2421;QD=26.5667;RBI=0.0472812;REFB=-0.0113245;REVB=0.0439135;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151047;STB=0.583275;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00891765;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:14:6:14:14:14:6 chr16 1306680 . C T 130.36 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0333004;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8443;QD=11.8508;RBI=0.0336496;REFB=-0.00805909;REVB=-0.00483525;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316197;STB=0.695363;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0143174;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:29:15:15:0.340909:3:12:15:12:3:12:16:13 chr16 1306681 . G A 311.51 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0421664;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.649;QD=28.9777;RBI=0.0459227;REFB=-0.00537113;REVB=0.0181904;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158107;STB=0.586744;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00258339;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:13:14:12:4:13:14:12:4 chr16 1306981 . G A 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00605042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.67;QD=12.5474;RBI=0.0267966;REFB=0.00274206;REVB=0.0261046;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601685;STB=0.534566;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.005192;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:22:22:12:15:22:22 chr16 1311333 . A G 386.5 PASS AF=0.361111;AO=36;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0363638;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.126;QD=14.3149;RBI=0.0366203;REFB=-0.0314784;REVB=-0.00432644;RO=62;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208833;STB=0.5849;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0625673;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:62:62:36:39:0.361111:13:23:28:34:16:23:28:34 chr16 1312546 . T A 510.82 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00494476;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.633;QD=31.4354;RBI=0.0100732;REFB=-0.00999401;REVB=0.00877605;RO=20;SAF=15;SAR=30;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102344;STB=0.55553;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0035467;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:20:20:45:45:0.692308:30:15:10:10:30:15:10:10 chr16 1312826 . A G 589.62 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0111064;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.798;QD=22.6775;RBI=0.0186259;REFB=-0.00887325;REVB=-0.0149523;RO=46;SAF=33;SAR=25;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308372;STB=0.501689;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0102566;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:25:33:26:20:25:33:26:20 chr16 1370597 . G C 715.14 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.08;QD=60.8632;RBI=0.0354826;REFB=-0.132462;REVB=0.0155275;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000676665;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:31:15:0:0:31:15:1:0 chr16 1370614 . C G 384.12 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00240044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.505;QD=49.5642;RBI=0.0285184;REFB=-0.121781;REVB=-0.0284172;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00255016;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:0:2:28:29:0.935484:16:12:0:0:17:12:0:2 chr16 1370630 . A G 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2113;QD=51.1728;RBI=0.0537908;REFB=0;REVB=-0.0272359;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354413;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 1374818 . A G 743.1 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00712021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.018;QD=59.4476;RBI=0.00721418;REFB=-0.045056;REVB=0.00116064;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044741;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000250678;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:20:28:0:2:20:28:0:2 chr16 1389153 . C A 963.58 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=80;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.046601;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.063;QD=48.789;RBI=0.0717496;REFB=-0.0698882;REVB=0.054556;RO=9;SAF=43;SAR=27;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118846;STB=0.506313;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00975929;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:79:9:9:70:70:0.886076:27:43:6:3:27:43:6:3 chr16 1391871 . C G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0247846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.02;QD=16.279;RBI=0.0269306;REFB=0.0043483;REVB=0.0105346;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156382;STB=0.588313;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00391619;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:16:17:10:18:16:17 chr16 1392236 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00664003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.099;QD=15.2558;RBI=0.0347756;REFB=-0.015117;REVB=0.0341358;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139181;STB=0.579922;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0187894;OID=.;OPOS=1392236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:19:11:10:10:19:11 chr16 1393020 . G A 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00435101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.342;QD=19.9251;RBI=0.0617705;REFB=-0.00851764;REVB=0.061617;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00702724;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr16 1394507 . A C 1559.62 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=63.658;RBI=0.0324103;REFB=0;REVB=0.0217449;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369476;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:39:57:0:0:40:58:0:0 chr16 1397815 . C T 40.04 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0317455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.987;QD=14.5596;RBI=0.0414074;REFB=-0.0121312;REVB=0.0265856;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0126567;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr16 1413427 . G A 379.02 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00679514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.506;QD=29.1554;RBI=0.00743468;REFB=-0.00771271;REVB=0.00301672;RO=17;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179622;STB=0.504948;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00326673;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:17:34:35:0.673077:17:17:9:8:17:18:9:8 chr16 1419947 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.113;QD=45.8068;RBI=0.0351777;REFB=0;REVB=-0.0036759;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178177;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr16 1433766 . T C 1973.89 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143006;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.898;QD=62.1698;RBI=0.0175765;REFB=0;REVB=0.0102189;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6965e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr16 1444156 . AG AC,A 31.39 PASS AF=0.0153846,0.169231;AO=3,10;DP=67;FAO=1,11;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=0,1;FSAR=1,10;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0169179,-0.0652213;FXX=0.0298463;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=100.558,13.3945;QD=1.93174;RBI=0.110735,0.174723;REFB=-0.00772811,-0.112361;REVB=-0.109435,-0.162093;RO=36;SAF=0,0;SAR=3,10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.449144,-0.694844;STB=0.986644,0.795782;STBP=0.514,0.076;TYPE=snp,del;VARB=0.145925,0.0799711;OID=.,.;OPOS=1444157,1444157;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0153846,0.169231:3,10:67:1,11:65:53:0,1:1,10:17:36:26:36:0,0:3,10:11:25 chr16 1447278 . A G 984.9 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142547;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.979;QD=58.8002;RBI=0.0146791;REFB=0;REVB=-0.00350433;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27846e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr16 1479250 . C T 501.6 PASS AF=0.397163;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00262122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.14;QD=14.2299;RBI=0.00719752;REFB=-0.0107537;REVB=-0.00670324;RO=85;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110795;STB=0.567352;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0180364;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:85:85:55:56:0.397163:28:27:33:52:28:28:33:52 chr16 1484392 . G C 937.5 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.426;QD=58.5934;RBI=0.0491826;REFB=0;REVB=0.0468851;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130197;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr16 1484473 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.374;QD=59.5018;RBI=0.0167441;REFB=0;REVB=-0.0166574;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1471e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr16 1503879 . T A 446.67 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0252313;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5976;QD=16.3915;RBI=0.0523169;REFB=-0.00206407;REVB=-0.0458305;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428655;STB=0.523942;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00329965;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:60:49:49:0.449541:25:24:32:28:25:24:32:28 chr16 1536306 . G A 169.01 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0547131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4709;QD=17.334;RBI=0.0632704;REFB=-0.019892;REVB=0.0317746;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224918;STB=0.643795;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0730148;OID=.;OPOS=1536306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:13:5:10:10:13:5:11:10 chr16 1536372 . G A 86.86 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0234593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7119;QD=24.8174;RBI=0.056489;REFB=-0.030097;REVB=0.0513874;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0124173;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:3:1:6:4:3:1 chr16 1536535 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00440592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.637;QD=8.73743;RBI=0.0424965;REFB=0.0245714;REVB=0.0422675;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0512363;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:8:12:5:4:8:12 chr16 1537455 . T C 83.66 PASS AF=0.458333;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0477196;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.156;QD=13.9428;RBI=0.0500815;REFB=-0.0236486;REVB=0.0151986;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0422808;OID=.;OPOS=1537455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:24:24:11:13:9:11:0.458333:6:3:6:5:7:4:8:5 chr16 1537839 . G A 527.23 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0268802;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.63;QD=21.7414;RBI=0.0502872;REFB=-0.00115185;REVB=0.0425001;RO=47;SAF=32;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19179;STB=0.606017;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0012637;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:47:50:50:0.515464:18:32:20:27:18:32:20:27 chr16 1538363 . C A 634.53 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00482602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.074;QD=21.5093;RBI=0.0180542;REFB=-0.0259904;REVB=0.0173973;RO=55;SAF=29;SAR=34;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133421;STB=0.573164;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0190467;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:34:29:34:21:34:29:34:21 chr16 1538433 . A G 505.82 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00532829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.613;QD=22.9918;RBI=0.0177068;REFB=0.000341388;REVB=-0.0168861;RO=40;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171562;STB=0.5943;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000435567;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:28:20:25:15:28:20:25:15 chr16 1538464 . C T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00245069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.728;QD=23.1589;RBI=0.022946;REFB=-0.0187485;REVB=0.0228148;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108538;STB=0.559962;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0113064;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:21:11:11:12:21:11:11:12 chr16 1544301 . GA CG 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.012545;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.899;QD=23.1587;RBI=0.0250631;REFB=-0.0179359;REVB=0.0216975;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312499;STB=0.517231;STBP=0.774;TYPE=mnp;VARB=0.00938082;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:18:14:11:12:18:14:11:12 chr16 1559838 . T C 702.73 PASS AF=0.539683;AO=67;DP=123;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00534467;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.977;QD=22.3089;RBI=0.0203615;REFB=-0.0135207;REVB=0.0196475;RO=56;SAF=33;SAR=34;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184391;STB=0.593607;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0157494;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:56:58:67:68:0.539683:34:33:40:16:35:33:40:18 chr16 1573890 . G A 533.34 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00608569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0886;QD=19.9378;RBI=0.068554;REFB=-0.0162995;REVB=0.0682833;RO=51;SAF=26;SAR=29;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494799;STB=0.531918;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0216475;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:29:26:27:24:29:26:28:24 chr16 1574863 . G A 391.7 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0391687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7167;QD=19.3433;RBI=0.0391816;REFB=-0.00573724;REVB=0.00100178;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147519;STB=0.582048;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00706903;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:16:24:18:23:16:24:18:23 chr16 1814440 . A G 140.84 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0113227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.961;QD=23.4737;RBI=0.0689956;REFB=-0.0278568;REVB=-0.0680602;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127774;STB=0.571338;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0341727;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:7:2:6:9:7:2 chr16 1818503 . G C 382.99 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00692659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6477;QD=52.826;RBI=0.0495667;REFB=-0.170621;REVB=0.0490804;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00456704;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:0:1:28:28:0.965517:17:11:0:0:17:11:0:1 chr16 1820992 . T A 340.76 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.567;QD=54.5223;RBI=0.00896464;REFB=0;REVB=0.00737258;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86805e-05;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:22:25:1:10:12:0:0:13:12:0:0 chr16 1827836 . T C 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0177967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.822;QD=24.4534;RBI=0.0223706;REFB=-0.0256263;REVB=0.0135543;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432387;STB=0.523749;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0155488;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:23:13:10:14:23:13:10:14 chr16 1836796 . C A 282.77 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0144834;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.493;QD=21.341;RBI=0.015377;REFB=-0.0217128;REVB=0.00516557;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131109;STB=0.523544;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00983696;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:19:24:29:29:0.54717:13:16:7:12:13:16:12:12 chr16 1838640 . T C 1049.72 PASS AF=0.534759;AO=96;DP=186;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0123545;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.602;QD=22.4539;RBI=0.0135885;REFB=-0.0172793;REVB=0.00565808;RO=85;SAF=53;SAR=43;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701403;STB=0.551543;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0152578;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:85:87:96:100:0.534759:43:53:40:45:43:57:40:47 chr16 1842209 . A G 241.73 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00444058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.874;QD=21.9757;RBI=0.0287207;REFB=-0.0631034;REVB=-0.0283754;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.54434;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.017165;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:12:9:12:11:12:9 chr16 1842386 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.483;QD=23.2183;RBI=0.142067;REFB=0.00604457;REVB=0.0703611;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00853743;OID=.;OPOS=1842386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr16 1843672 . T C 667.11 PASS AF=0.420455;AO=73;DP=175;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=0.0159013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.021;QD=15.1615;RBI=0.0159015;REFB=-0.0347109;REVB=7.81127e-05;RO=99;SAF=36;SAR=37;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11295;STB=0.560576;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0426873;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:99:102:73:74:0.420455:37:36:38:61:38:36:39:63 chr16 1859432 . G C 287.44 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0667827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3047;QD=31.0749;RBI=0.0668375;REFB=0.00452525;REVB=0.00270503;RO=12;SAF=2;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405568;STB=0.728271;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00303589;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:37:37:12:12:25:25:0.675676:23:2:5:7:23:2:5:7 chr16 1877494 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00160232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.491;QD=18.2483;RBI=0.0107887;REFB=-0.0427575;REVB=0.0106691;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0397064;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:6:6:7:6:6:6 chr16 1877558 . G A 292.71 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00797321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3563;QD=27.2291;RBI=0.0205239;REFB=0.013082;REVB=0.0189119;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508589;STB=0.528133;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00866483;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:7:10:17:9:7:10 chr16 1878031 . GC AT 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0138882;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.398;QD=13.6609;RBI=0.014006;REFB=-0.010084;REVB=0.00181323;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354186;STB=0.709353;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.0133919;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:11:10:11:3:11:10 chr16 1878067 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0111665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.383;QD=16.4265;RBI=0.0169764;REFB=-0.0208029;REVB=0.012787;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327076;STB=0.719552;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0136561;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:9:2:5:5:9:2:6:5 chr16 1878492 . G A 293.58 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0340377;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.65;QD=11.9827;RBI=0.0340695;REFB=-0.0079567;REVB=0.00147077;RO=61;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230433;STB=0.627166;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0144211;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:64:34:34:0.346939:13:21:25:36:13:21:27:37 chr16 1878521 . C G 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00335291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.532;QD=10.1984;RBI=0.00695839;REFB=-0.00881813;REVB=0.00609731;RO=50;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228296;STB=0.506844;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0173816;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:13:12:25:25:13:12:25:26 chr16 1878597 . T C 113.77 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0490429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1841;QD=7.98377;RBI=0.053881;REFB=-0.00993603;REVB=0.0223148;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508761;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0332404;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:41:16:16:0.280702:8:8:20:20:8:8:20:21 chr16 1878641 . A C 72.56 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0368846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8406;QD=8.79554;RBI=0.0506337;REFB=0.000238509;REVB=0.0346887;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259722;STB=0.660047;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00363539;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:12:11:7:3:12:11 chr16 1894912 . C T 118.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0430428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3096;QD=13.2104;RBI=0.104725;REFB=-0.00344111;REVB=-0.0954705;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00115849;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:10:12:7:7:10:12 chr16 1894961 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00687727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.729;QD=12.9744;RBI=0.00706758;REFB=0.000543163;REVB=-0.00162907;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000500429;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr16 1918125 . T G 586.2 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0262243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.704;QD=18.0369;RBI=0.0265391;REFB=0.00158326;REVB=-0.00407575;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17267;STB=0.5875;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00224361;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:67:69:61:61:0.469231:27:34:25:42:27:34:27:42 chr16 1961674 . G C 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0233501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.721;QD=21.7457;RBI=0.0276651;REFB=-0.0270583;REVB=0.0148368;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0272344;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:9:7:12:7:9:7 chr16 1962046 . CG TA 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0298362;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.284;QD=16.8984;RBI=0.0596467;REFB=-0.00755069;REVB=0.0516481;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=mnp;VARB=0.00575312;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr16 2014283 . A G 637.3 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.98;QD=62.176;RBI=0.0890523;REFB=0;REVB=0.0885191;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775637;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:33:41:1:13:20:0:0:21:20:0:0 chr16 2017804 . T G 83.41 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.01095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8056;QD=9.81347;RBI=0.0110105;REFB=-0.00157463;REVB=0.00115232;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315535;STB=0.687197;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00417652;OID=.;OPOS=2017804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:6:17:5:6:6:17 chr16 2024131 . T C 68.73 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.022228;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6649;QD=13.0908;RBI=0.0568829;REFB=0.00246483;REVB=-0.0523601;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603316;STB=0.849818;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0148286;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:9:12:9:9:0.428571:2:7:0:9:2:7:1:11 chr16 2028402 . A C 994.01 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000306249;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4893;QD=59.3439;RBI=0.0723773;REFB=0;REVB=0.0723767;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324263;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr16 2035868 . C T 620.36 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0581631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.137;QD=19.5389;RBI=0.060428;REFB=-0.0151078;REVB=-0.016389;RO=64;SAF=38;SAR=25;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110263;STB=0.560937;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0157718;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:25:38:31:33:25:38:31:33 chr16 2048826 . C G 452.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.881;QD=56.603;RBI=0.126647;REFB=0;REVB=0.0554004;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670946;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr16 2049640 . A G 867.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8686;QD=57.8258;RBI=0.0851943;REFB=0;REVB=-0.0843911;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059643;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr16 2070164 . C T 263.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6457;QD=50.2005;RBI=0.0418861;REFB=0;REVB=-0.0103687;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211549;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr16 2070568 . A C 801.05 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8572;QD=56.2137;RBI=0.172273;REFB=0;REVB=-0.041282;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323471;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:49:57:1:42:7:0:0:44:13:0:0 chr16 2160494 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0144064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.757;QD=17.9408;RBI=0.0186969;REFB=-0.00412353;REVB=0.0119177;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00463099;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:10:9:6:15:10:9:7:15 chr16 2256698 . T TA 33.27 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.173485;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.3094;QD=7.82745;RBI=0.173485;REFB=-0.0800258;REVB=0;RO=12;SAF=5;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.181469;OID=.;OPOS=2256699;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:5:17:6:17:11:6:0:11:0:33:12:5:0:12:0 chr16 2257105 . C G 290.39 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0117005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.897;QD=14.1652;RBI=0.0262631;REFB=-0.00721472;REVB=-0.0235128;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908;STB=0.557487;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.016822;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:18:15:26:22:18:15:27:22 chr16 2260567 . C T 388.78 PASS AF=0.457447;AO=40;DP=89;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0144677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.171;QD=16.5438;RBI=0.0257366;REFB=-0.0435088;REVB=0.0212851;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130558;STB=0.56303;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0432183;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:49:51:40:43:0.457447:20:20:31:18:21:22:32:19 chr16 2260612 . T C 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0187252;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.743;QD=19.4712;RBI=0.0187268;REFB=-0.0279797;REVB=-0.00024656;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142204;STB=0.516118;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0258669;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:28:30:30:0.517241:14:16:15:14:14:16:14:14 chr16 2263146 . A G 86.3 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00906174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4517;QD=5.31105;RBI=0.0410123;REFB=0.0101753;REVB=-0.0399987;RO=48;SAF=12;SAR=2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468832;STB=0.79952;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0444159;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:48:51:14:14:0.215385:2:12:25:23:2:12:27:24 chr16 2278509 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.049945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.978;QD=26.3417;RBI=0.0500462;REFB=-0.0153146;REVB=0.00318069;RO=11;SAF=2;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448466;STB=0.755222;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0089645;OID=.;OPOS=2278509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:17:2:6:5:17:2:6:5 chr16 2282256 . G A 716.03 PASS AF=1;AO=27;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374071;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6133;QD=63.6467;RBI=0.240573;REFB=0;REVB=0.237647;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229093;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:1:0:27:45:1:14:13:0:1:18:27:0:0 chr16 2320706 . G A 141.33 PASS AF=0.142259;AO=28;DP=233;FAO=34;FDP=239;FR=.;FRO=205;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=86;FSRR=119;FWDB=0.0121211;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7504;QD=2.36536;RBI=0.0837366;REFB=-0.00958356;REVB=0.0828546;RO=205;SAF=11;SAR=17;SRF=86;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344817;STB=0.588135;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0797448;OID=.;OPOS=2320706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:239:205:205:28:34:0.142259:17:11:86:119:23:11:86:119 chr16 2331430 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.163;QD=63.5829;RBI=0.00903381;REFB=0;REVB=0.00783243;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27462e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr16 2348527 . TGGGGGGA TCGGGGGA,TGGGGGA,TGGGGGG 75.26 PASS AF=0.461538,0.461538,0;AO=5,3,2;DP=13;FAO=6,6,0;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1,3,0;FSAR=5,3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.266215,0.438254,-0.31552;FXX=0;HRUN=6,6,3;LEN=1,1,1;MLLD=41.3265,9.34638,26.9771;QD=23.1566;RBI=0.298906,0.506275,0.335474;REFB=-0.0853504,-0.131722,-0.018031;REVB=0.13592,0.253471,-0.113971;RO=2;SAF=1,0,2;SAR=4,3,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0.628571,0;SSEP=0,0.55,0;SSSB=-0.190062,-0.692188,0.639851;STB=0.54531,0.571194,0.5;STBP=0.659,0.508,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0292626,0.213978,0;OID=.,.,.;OPOS=2348528,2348528,2348534;OREF=G,G,A;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCGGGGGA,TGGGGGA,TGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.461538,0:5,3,2:13:6,6,0:13:1:1,3,0:5,3,0:0:1:32:2:1,0,2:4,3,0:1:1 chr16 2367336 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0200309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.47;QD=15.1966;RBI=0.0403205;REFB=-0.0132918;REVB=-0.034993;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366694;STB=0.714668;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0281398;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:10:8:11:3:10:8 chr16 2512523 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00294536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.298;QD=22.5856;RBI=0.0649526;REFB=0.0219547;REVB=0.0648858;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364473;STB=0.710095;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00876242;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:2:4:2:9:2:4 chr16 2812647 . C T 332.42 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0140878;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.638;QD=30.9225;RBI=0.0248268;REFB=-0.0159366;REVB=0.0204427;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258971;STB=0.618098;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0100601;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:15:28:28:0.651163:17:11:11:2:17:11:11:4 chr16 2815237 . A C 146.25 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00235722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.376;QD=16.7141;RBI=0.0300609;REFB=-0.00608546;REVB=0.0299683;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747001;STB=0.542804;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00556216;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:8:11:8:8:8:11 chr16 2820882 . G T 380.38 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0082;FXX=0.0270246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.004;QD=14.0881;RBI=0.00912494;REFB=-0.00101523;REVB=-0.00400306;RO=62;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306773;STB=0.508471;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0018311;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:62:64:44:44:0.407407:20:24:34:28:20:24:34:30 chr16 2821525 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00725834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.459;QD=16.0427;RBI=0.0353951;REFB=-0.0182673;REVB=0.0346428;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230874;STB=0.632049;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00972154;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:17:9:11:8:17:9 chr16 2867450 . G C 36.56 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0129033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=7.31279;RBI=0.0494856;REFB=-0.0238539;REVB=0.0477737;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0312355;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:6:8:2:4:6:8 chr16 2871555 . G A 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00511859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.449;QD=21.2914;RBI=0.0063499;REFB=-0.0121293;REVB=0.00375782;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071161;STB=0.539904;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0114991;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:14:11:13:12:14:11 chr16 2902974 . CAGAGGT C 66.63 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621017;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=6;MLLD=265.375;QD=38.0768;RBI=0.0643179;REFB=0;REVB=0.0167385;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000497868;OID=.;OPOS=2902975;OREF=AGAGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:7:7:0:3:4:0:0:4:0:2:4:0:0 chr16 3017582 . G T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00757074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.196;QD=18.7437;RBI=0.0779726;REFB=-0.0349022;REVB=0.0776042;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.699489;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0030943;OID=.;OPOS=3017582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:4:0:4:3:4:0 chr16 3065596 . T C 195.26 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0835579;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.828;QD=15.3144;RBI=0.0837674;REFB=0.00171995;REVB=-0.00592055;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306992;STB=0.530275;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00449361;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:29:22:22:0.431373:14:8:11:17:14:8:12:17 chr16 3065924 . G A 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0380419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3584;QD=13.9776;RBI=0.0384264;REFB=-0.00729849;REVB=0.00542202;RO=54;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120877;STB=0.568925;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0111138;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:13:22:28:26:13:22:28:26 chr16 3075999 . C G 353.48 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0354463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5338;QD=15.0419;RBI=0.0432862;REFB=-0.0104619;REVB=-0.0248446;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139985;STB=0.525607;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0234962;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:53:55:38:39:0.414894:21:17:23:30:21:18:23:32 chr16 3079685 . T C 115.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0746743;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3015;QD=17.7108;RBI=0.0754475;REFB=-0.0109928;REVB=0.0107738;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00882945;OID=.;OPOS=3079685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:13:13:13:0.5:6:7:7:5:6:7:7:6 chr16 3085335 . G C 312.55 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00504822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.799;QD=10.5058;RBI=0.0244136;REFB=-0.0178126;REVB=0.023886;RO=79;SAF=27;SAR=13;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20194;STB=0.617083;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0408942;OID=.;OPOS=3085335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:79:79:40:40:0.336134:13:27:40:39:13:27:40:39 chr16 3085375 . G A 315.46 PASS AF=0.310606;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0320889;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.137;QD=9.55925;RBI=0.0325112;REFB=-0.0108126;REVB=-0.00522301;RO=85;SAF=20;SAR=21;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634873;STB=0.502957;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0233458;OID=.;OPOS=3085375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:85:91:41:41:0.310606:21:20:41:44:21:20:44:47 chr16 3086447 . C G 303.88 PASS AF=0.412698;AO=21;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.007494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.469;QD=19.2937;RBI=0.0109196;REFB=-0.0131155;REVB=-0.00794209;RO=30;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102846;STB=0.559958;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0145973;OID=.;OPOS=3086447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:21:26:0.412698:17:4:4:26:22:4:3:27 chr16 3119167 . T C 79.94 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0305595;FXX=0.103413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4827;QD=12.2991;RBI=0.0662472;REFB=0.000762749;REVB=-0.0587776;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480245;STB=0.825746;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00315822;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:29:26:19:16:10:10:0.384615:9:1:8:11:9:1:8:8 chr16 3119304 . A G 79.22 PASS AF=0.3125;AO=6;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.156987;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9008;QD=9.90259;RBI=0.157337;REFB=0.0274076;REVB=-0.0104953;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0565026;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:32:11:20:6:10:0.3125:4:2:4:7:6:4:5:15 chr16 3131663 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0122554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.886;QD=16.4544;RBI=0.017851;REFB=-0.0252273;REVB=0.0129793;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0346343;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:1:3:1:5:1:3 chr16 3132197 . A G 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0166879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1036;QD=21.1195;RBI=0.0290159;REFB=0.0103288;REVB=-0.0237369;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041156;STB=0.522751;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00695047;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:18:14:18:19:18:14 chr16 3140616 . T C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0073452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.941;QD=19.1554;RBI=0.0074125;REFB=-0.0204676;REVB=0.000996589;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691752;STB=0.529383;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0251394;OID=.;OPOS=3140616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:13:8:10:12:13:8:10:13 chr16 3202980 . G T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00610859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.744;QD=15.851;RBI=0.00700418;REFB=0.00810025;REVB=0.00342691;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248109;STB=0.513927;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0132511;OID=.;OPOS=3202980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:25:19:26:31:25:19:26:31 chr16 3207446 . G A 1825.07 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.482;QD=60.3328;RBI=0.0238234;REFB=-0.119671;REVB=0.00850505;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.504132;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000159861;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:60:60:1:0:60:60:1:0 chr16 3208911 . G A 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0111762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.843;QD=25.2768;RBI=0.0453044;REFB=-0.0245171;REVB=0.0439042;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984436;STB=0.554738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00819838;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:8:4:9:10:8:4 chr16 3208914 . T C 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0187465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.152;QD=25.2722;RBI=0.0189997;REFB=-0.000473185;REVB=-0.00309091;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984436;STB=0.554738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00040877;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:8:4:9:10:8:4 chr16 3230588 . G A 308.3 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00621474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.653;QD=18.6846;RBI=0.0124272;REFB=-0.0131143;REVB=-0.0107616;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179268;STB=0.59011;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0138034;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:14:18:12:21:15:18:12:21 chr16 3234217 . C T 230.44 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0119786;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.822;QD=21.9465;RBI=0.0123136;REFB=-0.0247966;REVB=0.00285276;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190131;STB=0.613632;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0195855;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:21:22:0.52381:12:9:13:7:13:9:13:7 chr16 3241975 . G T 493.41 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00955814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.997;QD=16.0459;RBI=0.0227731;REFB=-0.00893877;REVB=-0.0206701;RO=67;SAF=30;SAR=24;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418691;STB=0.522051;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0103109;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:67:69:54:54:0.439024:24:30:40:27:24:30:41:28 chr16 3243904 . G A 310.65 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00467297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.682;QD=16.3497;RBI=0.0191243;REFB=-0.0181784;REVB=-0.0185446;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592635;STB=0.526663;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0235659;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:33:34:0.447368:12:21:29:13:12:22:29:13 chr16 3243922 . C A 373.76 PASS AF=0.493671;AO=23;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0101782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7674;QD=18.9244;RBI=0.0538549;REFB=0.00450725;REVB=0.0528844;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334332;STB=0.533029;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00378513;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:40:23:39:0.493671:14:9:27:11:14:25:28:12 chr16 3243942 . T C 394.65 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0124786;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=19.4889;RBI=0.0155363;REFB=-0.0141437;REVB=0.00925535;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552886;STB=0.530711;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0150586;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:19:21:24:17:19:21:24:17 chr16 3243951 . C T 375.56 PASS AF=0.45977;AO=38;DP=85;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0216483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8645;QD=17.267;RBI=0.0224209;REFB=-0.0112;REVB=-0.00583489;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136543;STB=0.561709;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0151267;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:47:38:40:0.45977:19:19:30:17:19:21:30:17 chr16 3254470 . T C 173.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00265731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0026;QD=11.5564;RBI=0.0678151;REFB=-0.0218937;REVB=-0.067763;RO=38;SAF=17;SAR=5;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536277;STB=0.531221;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0357219;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:5:17:28:10:5:17:28:10 chr16 3254972 . T C 339.73 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0116184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.521;QD=15.4422;RBI=0.0282529;REFB=-0.0160755;REVB=-0.0257535;RO=50;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232375;STB=0.508448;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0258898;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:23:14:20:30:23:14:20:31 chr16 3266071 . A G 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0253501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8029;QD=16.8212;RBI=0.0481515;REFB=-0.00621645;REVB=-0.0409382;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0101211;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:14:14:9:12:14:14 chr16 3283542 . T C 355.86 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00512809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.654;QD=21.899;RBI=0.0941294;REFB=-0.0161568;REVB=0.0939896;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109908;STB=0.56069;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0173688;OID=.;OPOS=3283542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:21:15:16:13:21:15:16:13 chr16 3293888 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0099563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.833;QD=16.417;RBI=0.0162885;REFB=-0.00498329;REVB=0.0128914;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00508692;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr16 3294246 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0341666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.41;QD=10.2402;RBI=0.0533311;REFB=-0.00392404;REVB=-0.0409493;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00713219;OID=.;OPOS=3294246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:8:11:6:4:8:11 chr16 3297073 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0389706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.71;QD=15.1604;RBI=0.0418049;REFB=-0.0177721;REVB=-0.0151307;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0252654;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:10:12:8:8:10:12 chr16 3297100 . G A 259.23 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00389847;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.379;QD=20.3317;RBI=0.0113615;REFB=-0.00465278;REVB=0.0106717;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549235;STB=0.53059;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00124026;OID=.;OPOS=3297100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:14:10:13:14:14:10 chr16 3297175 . T C 350.78 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0505882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8961;QD=20.6341;RBI=0.0507752;REFB=0.0156272;REVB=-0.00435341;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181324;STB=0.510045;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0175679;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:18:14:15:21:18:14 chr16 3297181 . C T 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0285622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1659;QD=20.6396;RBI=0.0359957;REFB=0.0153432;REVB=0.0219064;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700368;STB=0.53883;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00950812;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:17:15:14:22:17:15 chr16 3299468 . C T 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0137151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4487;QD=20.5616;RBI=0.047817;REFB=0.0172147;REVB=-0.0458079;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135287;STB=0.585116;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0268376;OID=.;OPOS=3299468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:11:18:11:13:11:18:11:14 chr16 3299586 . G A 334.91 PASS AF=0.627451;AO=33;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0109279;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.165;QD=26.2671;RBI=0.0131361;REFB=-0.0334095;REVB=0.00728952;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745395;STB=0.509798;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0201681;OID=.;OPOS=3299586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:19:33:32:0.627451:17:16:9:10:16:16:9:10 chr16 3299749 . G A 1005.09 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.691;QD=56.6246;RBI=0.0533336;REFB=-0.0823356;REVB=0.0464561;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00250306;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:67:70:0.985915:37:30:1:0:37:33:1:0 chr16 3304463 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3569;QD=34.6648;RBI=0.0804885;REFB=-0.0900876;REVB=0.0667827;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0128503;OID=.;OPOS=3304463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:0:1:9:1:0:1 chr16 3304573 . G T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000720459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.94;QD=18.0507;RBI=0.0225321;REFB=-0.0243878;REVB=-0.0225206;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573375;STB=0.533264;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0140685;OID=.;OPOS=3304573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:6:2:2:8:6:2 chr16 3304626 . C G 243.69 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0442175;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7916;QD=15.2307;RBI=0.0476175;REFB=-0.0211848;REVB=0.0176704;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133136;STB=0.583273;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0187863;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:26:28:0.4375:10:16:17:18:10:18:18:18 chr16 3304654 . T C 424.0 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00949802;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.062;QD=21.4682;RBI=0.0166718;REFB=-0.0251158;REVB=-0.0137017;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112155;STB=0.555262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0301959;OID=.;OPOS=3304654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:41:42:0.531646:22:19:22:15:22:20:22:15 chr16 3304762 . A G 683.45 PASS AF=0.49635;AO=67;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0109672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.856;QD=19.9549;RBI=0.0116875;REFB=-0.0142607;REVB=0.00403973;RO=69;SAF=28;SAR=39;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563661;STB=0.526445;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0160275;OID=.;OPOS=3304762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:67:68:0.49635:39:28:33:36:39:29:33:36 chr16 3339435 . G C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0228331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.172;QD=15.773;RBI=0.0336016;REFB=-0.0241872;REVB=0.0246519;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262751;STB=0.51484;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0253557;OID=.;OPOS=3339435;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:18:15:13:14:18:15 chr16 3340845 . C T 266.44 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.040699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8424;QD=13.4906;RBI=0.0884442;REFB=-0.0138915;REVB=-0.0785237;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294952;STB=0.516834;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0246356;OID=.;OPOS=3340845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:17:14:23:25:17:14:23:25 chr16 3350639 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0247054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.618;QD=14.6525;RBI=0.0268359;REFB=-0.00861923;REVB=-0.010479;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00715681;OID=.;OPOS=3350639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr16 3405986 . G A 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0169749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.162;QD=21.7378;RBI=0.0198578;REFB=-0.00478688;REVB=-0.0103047;RO=34;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803207;STB=0.544186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00409191;OID=.;OPOS=3405986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:26:14:9:25:26:14:9:25 chr16 3405994 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.764;QD=60.7162;RBI=0.0254223;REFB=0;REVB=0.0194428;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04324e-06;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:75:76:1:49:26:0:1:50:26:0:0 chr16 3406386 . GCC GC,GGC,GTG 678.58 PASS AF=0.0222222,0.977778,0;AO=8,30,2;DP=46;FAO=1,44,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259412,-0.0208605,-0.0124345;FXX=0.0217344;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=23.5141,44.8336,95.9603;QD=60.3177;RBI=0.736737,0.022676,0.26403;REFB=-0.0983996,-0.0702338,-0.0890571;REVB=-0.73628,-0.00889048,-0.263737;RO=1;SAF=0,26,0;SAR=8,4,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.6,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.803989,-0.0176011,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.109611,-0.000735315,0;OID=.,.,.;OPOS=3406387,3406387,3406387;OREF=C,C,CC;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GC,GGC,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778,0:8,30,2:46:1,44,0:45:0:1,26,0:0,18,0:0:0:4:1:0,26,0:8,4,2:1:0 chr16 3406516 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.015495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.075;QD=16.8839;RBI=0.0331816;REFB=-0.0247604;REVB=-0.0293414;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219798;STB=0.625355;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0196862;OID=.;OPOS=3406516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:5:12:7:8:5:12 chr16 3419934 . G T 395.61 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00772296;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.155;QD=25.5235;RBI=0.00772926;REFB=-0.0120936;REVB=0.000311856;RO=24;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158481;STB=0.515905;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00797191;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:23:39:39:0.629032:17:22:13:11:17:22:12:11 chr16 3452193 . T C,G 772.69 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,53;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138384,-0.0120197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.692,69.9151;QD=56.1953;RBI=0.0159071,0.0283679;REFB=0,0;REVB=-0.0078444,-0.0256956;RO=0;SAF=0,28;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.124449,-0.000168885;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:2,53:2,53:0.0363636,0.963636:2,25:0,28:0:0:2,25:0,28:0:0 chr16 3486285 . C A 1628.71 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016772;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.978;QD=60.3225;RBI=0.0268928;REFB=0;REVB=0.021022;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97765e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr16 3490922 . G C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9054;QD=61.334;RBI=0.0433942;REFB=0;REVB=-0.0251758;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000817465;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr16 3533576 . GC G,GG 1029.83 PASS AF=1,0;AO=18,57;DP=79;FAO=79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181605,-0.334768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.9792,6.61608;QD=52.1434;RBI=0.0745842,0.411311;REFB=0,0;REVB=0.0723395,-0.238971;RO=1;SAF=4,32;SAR=14,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0316909,0.0184904;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00137368,0;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,57:79:79,0:79:0:39,0:40,0:0:0:6:1:4,32:14,25:0:1 chr16 3534892 . G A 307.59 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0028564;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.687;QD=32.3776;RBI=0.0432822;REFB=-0.0167178;REVB=0.0431878;RO=12;SAF=5;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119383;STB=0.565814;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00668501;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:38:12:12:26:26:0.684211:21:5:4:8:21:5:4:8 chr16 3535116 . T C 2146.07 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567025;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6424;QD=63.1197;RBI=0.0567607;REFB=0;REVB=-0.00256862;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4482e-06;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:64:72:0:0:64:72:0:0 chr16 3535540 . G A 214.18 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0122323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.237;QD=14.7712;RBI=0.025696;REFB=-0.00960573;REVB=0.0225977;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125812;STB=0.571372;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0118793;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:20:13:13:12:20:13 chr16 3536872 . G A 456.3 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.557;QD=57.0372;RBI=0.0778511;REFB=0;REVB=0.0453724;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476315;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:28:32:1:23:5:0:0:26:6:0:0 chr16 3583173 . C T 334.36 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0170815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.689;QD=19.383;RBI=0.0203218;REFB=-0.0184651;REVB=-0.011009;RO=34;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163642;STB=0.579886;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0220493;OID=.;OPOS=3583173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:34:35:0.507246:12:22:16:18:13:22:16:18 chr16 3602227 . AG A 544.13 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136727;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.3082;QD=46.3086;RBI=0.192907;REFB=0;REVB=-0.136083;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00665587;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:48:47:47:0:30:17:0:0:10:0:27:17:0:0 chr16 3613150 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.611;QD=49.5992;RBI=0.0340454;REFB=0;REVB=-0.0298995;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18535e-05;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr16 3613510 . G A 260.39 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.013355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2332;QD=12.2534;RBI=0.0414256;REFB=0.00287185;REVB=0.0392139;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804902;STB=0.533716;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00474861;OID=.;OPOS=3613510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:54:31:31:0.364706:15:16:23:29:15:16:25:29 chr16 3639139 . A G 754.93 PASS AF=0.513889;AO=71;DP=142;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00877584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.387;QD=20.9704;RBI=0.0176485;REFB=-0.0180718;REVB=-0.0153119;RO=69;SAF=36;SAR=35;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776256;STB=0.541218;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0116073;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:69:70:71:74:0.513889:35:36:29:40:36:38:30:40 chr16 3639827 . G A 184.11 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0514954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0068;QD=18.4109;RBI=0.0913476;REFB=-0.0188443;REVB=0.0754494;RO=20;SAF=2;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462125;STB=0.762922;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0252134;OID=.;OPOS=3639827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:17:2:9:11:17:2:9:12 chr16 3656482 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.011657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.428;QD=14.4116;RBI=0.0241191;REFB=-0.014072;REVB=0.0211151;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957581;STB=0.555494;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0183525;OID=.;OPOS=3656482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:15:13:10:8:15:13 chr16 3707747 . G A 614.14 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0125558;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8241;QD=21.1773;RBI=0.0297334;REFB=-0.0110013;REVB=0.0269524;RO=55;SAF=21;SAR=40;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353918;STB=0.519474;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0300453;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:40:21:21:34:40:21:21:34 chr16 3721773 . G C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.3;QD=62.9077;RBI=0.0382629;REFB=0;REVB=0.0239044;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13935e-05;OID=.;OPOS=3721773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr16 3781313 . G A 524.05 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0016684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.925;QD=20.7544;RBI=0.015457;REFB=-0.0182669;REVB=-0.0153667;RO=47;SAF=22;SAR=30;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201843;STB=0.608703;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0296713;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:47:48:52:53:0.524752:30:22:31:16:31:22:31:17 chr16 4013467 . C T 371.8 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00586405;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.373;QD=22.5334;RBI=0.0130476;REFB=-0.0185475;REVB=0.0116556;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110468;STB=0.561005;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0155436;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:24:13:14:15:24:13:14:15 chr16 4015313 . A G 572.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.97;QD=60.2476;RBI=0.0387031;REFB=0;REVB=0.0348204;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113689;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:34:38:1:19:15:0:0:22:16:0:0 chr16 4015316 . A G 544.52 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.421;QD=57.3183;RBI=0.0395612;REFB=-0.0383267;REVB=-0.0295136;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000474134;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:22:14:1:0:22:15:1:0 chr16 4016676 . A G 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.301;QD=62.9064;RBI=0.0247364;REFB=0;REVB=-0.0240822;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45962e-05;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:25:65:0:0:25:65:0:0 chr16 4027605 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5562;QD=60.9775;RBI=0.0446547;REFB=0;REVB=0.0239763;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617147;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr16 4033436 . T C 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370177;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.415;QD=51.9851;RBI=0.00619136;REFB=0;REVB=0.00496284;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42841e-05;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 4164364 . C T 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0139632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2434;QD=16.0315;RBI=0.0876565;REFB=0.00105257;REVB=-0.0865372;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332457;STB=0.687339;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00467031;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:5:23:10:10:5:23 chr16 4165432 . T C 333.35 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180207;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.378;QD=55.5586;RBI=0.0775673;REFB=0;REVB=0.075445;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889215;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr16 4245693 . A G 506.88 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0211503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.349;QD=23.0401;RBI=0.0265876;REFB=-0.02019;REVB=0.0161111;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996288;STB=0.554746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0188349;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:25:23:24:16:25:23:24:16 chr16 4307646 . A G 1282.97 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1951;QD=60.3749;RBI=0.0611525;REFB=-0.0784241;REVB=0.0510734;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108888;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0119117;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:43:41:0:1:43:41:0:1 chr16 4310468 . C G 2142.73 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.377;QD=62.1081;RBI=0.0504876;REFB=-0.0514724;REVB=0.0358387;RO=1;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605607;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000208466;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:78:58:0:1:78:59:0:1 chr16 4386814 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.94;QD=62.465;RBI=0.0175915;REFB=0;REVB=0.0170852;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21231e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr16 4431202 . A G 817.31 PASS AF=0.506098;AO=82;DP=163;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=60;FWDB=0.0466956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.582;QD=19.9343;RBI=0.0507409;REFB=-0.00690287;REVB=-0.0198535;RO=79;SAF=45;SAR=37;SRF=19;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271317;STB=0.642814;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00975535;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:79:81:82:83:0.506098:37:45:19:60:37:46:21:60 chr16 4432029 . A C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00303029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.569;QD=20.2738;RBI=0.0250013;REFB=-0.0221737;REVB=-0.024817;RO=23;SAF=1;SAR=22;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455186;STB=0.762687;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0223571;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:22:1:5:18:22:1:5:19 chr16 4445327 . C T 181.43 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000234249;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.731;QD=15.7768;RBI=0.00974659;REFB=-0.0105899;REVB=0.00974378;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221206;STB=0.644531;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0169431;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:15:4:10:16:15:4:11:16 chr16 4476089 . T C 409.87 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00261609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.854;QD=15.6139;RBI=0.00297387;REFB=-0.0103658;REVB=-0.00141419;RO=58;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110376;STB=0.557602;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0156633;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:18:28:29:29:18:28:30:29 chr16 4484396 . A T 213.67 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0176271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6265;QD=22.492;RBI=0.0548063;REFB=-0.0166569;REVB=-0.0518943;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.575989;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0261463;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:11:6:11:10:11:6 chr16 4496973 . T A 481.44 PASS AF=0.516484;AO=45;DP=89;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0142346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.527;QD=21.1623;RBI=0.0146638;REFB=-0.00214748;REVB=0.00352196;RO=44;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306945;STB=0.527091;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00235872;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:44:44:45:47:0.516484:23:22:20:24:23:24:20:24 chr16 4511926 . G A 221.15 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0036601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.925;QD=18.0531;RBI=0.0156695;REFB=-0.0109869;REVB=0.015236;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226663;STB=0.610686;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00846875;OID=.;OPOS=4511926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:13:9:5:21:13:9:6:21 chr16 4708959 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.278;QD=37.4885;RBI=0.102787;REFB=0;REVB=0.0380632;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125558;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr16 4709131 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2106;QD=39.2067;RBI=0.0486131;REFB=0;REVB=-0.0443375;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00407076;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr16 4721468 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.15;QD=60.7161;RBI=0.0249663;REFB=0;REVB=0.0124316;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96902e-05;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr16 4736316 . C T 1362.05 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1139;QD=61.2156;RBI=0.0643581;REFB=-0.0829106;REVB=0.0318762;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104136;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00159723;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:42:45:1:0:43:45:1:0 chr16 4743793 . G A 629.5 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00348152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.015;QD=23.7547;RBI=0.00353081;REFB=-0.0241548;REVB=0.000587911;RO=44;SAF=32;SAR=29;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175102;STB=0.599293;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0168328;OID=.;OPOS=4743793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:44:45:61:61:0.575472:29:32:13:31:29:32:13:32 chr16 4748825 . C T 220.6 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0153797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4122;QD=31.5149;RBI=0.0701013;REFB=-0.0788147;REVB=-0.0683934;RO=7;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20722;STB=0.612804;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.1121;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:28:7:7:21:21:0.75:12:9:0:7:12:9:0:7 chr16 4751045 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=45.804;RBI=0.0875882;REFB=0;REVB=-0.0128649;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131852;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 4752134 . A G 976.3 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130855;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.774;QD=59.1697;RBI=0.030425;REFB=0;REVB=-0.0274673;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29037e-05;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr16 4787935 . G C 428.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9413;QD=57.1614;RBI=0.0294649;REFB=0;REVB=-0.0168062;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855843;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 4790273 . G A 1195.64 PASS AF=0.987654;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0667988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.534;QD=59.0441;RBI=0.123125;REFB=0.0273974;REVB=0.103429;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00134336;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:81:1:1:76:80:0.987654:31:45:1:0:33:47:0:1 chr16 4794873 . C T 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.743;QD=64.0188;RBI=0.0252116;REFB=0;REVB=-0.00849777;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73813e-05;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr16 4796393 . A G 1460.14 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.914;QD=62.1336;RBI=0.0659116;REFB=0;REVB=0.0655566;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175868;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:1:0:89:94:1:43:46:0:1:48:46:0:0 chr16 4797457 . C T 2298.61 PASS AF=0.987179;AO=152;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.676;QD=58.9388;RBI=0.0404793;REFB=-0.104315;REVB=-0.0240754;RO=1;SAF=58;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503397;STB=0.501683;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00128352;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:156:1:2:152:154:0.987179:94:58:0:1:96:58:1:1 chr16 4802386 . G T 1826.15 PASS AF=0.96875;AO=121;DP=127;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0193161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9684;QD=57.0671;RBI=0.0246753;REFB=-0.191373;REVB=0.0153543;RO=6;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451648;STB=0.515622;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00649257;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:128:6:4:121:124:0.96875:60:61:0:6:62:62:0:4 chr16 4815602 . T C 169.72 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0148324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1291;QD=25.1435;RBI=0.05174;REFB=-0.0354427;REVB=-0.0495684;RO=10;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139096;STB=0.518497;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0217115;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:13:3:2:8:13:4:2:8 chr16 4815608 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.31;QD=53.3617;RBI=0.0439874;REFB=0.0847351;REVB=-0.0151019;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0014423;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:0:1:21:8:0:1 chr16 4833970 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0145287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=19.9986;RBI=0.0434334;REFB=0.000749974;REVB=0.0409314;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730383;STB=0.540516;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00105399;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:18:12:16:17:18:12 chr16 4837545 . A G 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0364489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.973;QD=19.1085;RBI=0.0434287;REFB=-0.00883217;REVB=0.0236121;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277525;STB=0.679467;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00908097;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:26:27:27:0.509434:21:6:12:12:21:6:14:12 chr16 4846068 . T C 210.9 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0154254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.193;QD=19.1727;RBI=0.0159312;REFB=-0.0190446;REVB=-0.00398247;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441483;STB=0.529383;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.015778;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:13:8:9:12:13:8:10:13 chr16 4847524 . T C 203.46 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0391714;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.811;QD=21.4174;RBI=0.0543183;REFB=-0.0145959;REVB=0.0376309;RO=15;SAF=2;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395893;STB=0.762383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0174469;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:18:20:20:0.526316:18:2:6:9:18:2:8:10 chr16 4855279 . A G 253.05 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00864996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.505;QD=21.0872;RBI=0.00882924;REFB=-0.0162321;REVB=0.00177018;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170108;STB=0.603009;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0219764;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:12:11:16:8:13:11:16:8 chr16 4861709 . G C 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.785;QD=55.8052;RBI=0.0268775;REFB=-0.0513436;REVB=0.0185173;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=3.8453e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:0:1 chr16 4930100 . C T 519.72 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0153998;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9408;QD=22.8447;RBI=0.022232;REFB=0.0105961;REVB=-0.0160346;RO=40;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920221;STB=0.541276;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00974614;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:42:49:49:0.538462:31:18:19:21:31:18:19:23 chr16 4933939 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.219;QD=59.4356;RBI=0.0724084;REFB=0;REVB=0.0243991;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141976;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:10:19:0:0:13:22:0:0 chr16 4934549 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.906;QD=47.8035;RBI=0.110529;REFB=0;REVB=0.0448782;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179292;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 4934564 . C G 207.09 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.962;QD=48.7272;RBI=0.0379611;REFB=0;REVB=0.00040848;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223577;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr16 4938160 . T G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.919;QD=60.3767;RBI=0.0116394;REFB=0;REVB=0.00731183;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24918e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr16 4940809 . A G 2160.94 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155086;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1126;QD=61.7413;RBI=0.0209221;REFB=0;REVB=-0.0140435;RO=1;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130349;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:140:1:0:135:140:1:71:64:0:1:75:65:0:0 chr16 4942099 . C T 650.72 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00552638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.003;QD=49.1111;RBI=0.00741617;REFB=-0.0242693;REVB=-0.00494558;RO=4;SAF=14;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365322;STB=0.502241;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00116485;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:53:53:4:3:49:50:0.943396:35:14:2:2:35:15:1:2 chr16 4944518 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.603;QD=61.336;RBI=0.0196413;REFB=0;REVB=0.0100001;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55755e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr16 4952487 . T G 261.05 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00691087;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.545;QD=18.9851;RBI=0.0269074;REFB=-0.0316465;REVB=-0.0260048;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333826;STB=0.686319;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0237726;OID=.;OPOS=4952487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:9:19:8:19:9:19:8:19 chr16 5064917 . C T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.110567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7673;QD=18.0733;RBI=0.1157;REFB=-0.0256597;REVB=0.0340819;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132136;STB=0.573722;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0270016;OID=.;OPOS=5064917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:20:11:15:15:20:11 chr16 5074952 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.758;QD=57.1775;RBI=0.0143617;REFB=0;REVB=0.0132798;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11573e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 5075542 . G A 282.97 PASS AF=0.375;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0153855;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.143;QD=12.8624;RBI=0.0156438;REFB=0.00345845;REVB=-0.00283056;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226155;STB=0.614102;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00774432;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:32:33:0.375:10:22:27:28:11:22:27:28 chr16 5075633 . G A 475.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0412743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0134;QD=24.3591;RBI=0.047831;REFB=-0.00939713;REVB=0.0241709;RO=33;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152483;STB=0.583298;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00493344;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:21:24:24:9:21:24:24:9 chr16 5077985 . C T 143.97 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00788576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.945;QD=15.1546;RBI=0.041509;REFB=-0.0142717;REVB=0.040753;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235446;STB=0.6382;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0268046;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:13:3:8:14:13:3:8:14 chr16 5097947 . A G 118.22 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0557736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.747;QD=12.7804;RBI=0.0698348;REFB=-0.00125394;REVB=0.0420262;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161688;STB=0.594464;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00550987;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:8:15:7:7:8:15 chr16 5106184 . C T 1140.98 PASS AF=0.930233;AO=74;DP=84;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.024351;FXX=0.0444395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.3158;QD=53.0687;RBI=0.0245135;REFB=-0.038317;REVB=-0.00281791;RO=6;SAF=28;SAR=46;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671914;STB=0.532279;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00153029;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:84:86:6:6:74:80:0.930233:46:28:5:1:49:31:5:1 chr16 5132636 . C G,T 725.24 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,48;DP=52;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306976,0.0177697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.875,166.598;QD=55.7879;RBI=0.0367163,0.0210896;REFB=0,0;REVB=0.020143,0.0113582;RO=0;SAF=3,17;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0573564,0.000770143;OID=.,.;OPOS=5132636,5132636;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:52:52:0:0:4,48:4,48:0.0769231,0.923077:1,31:3,17:0:0:1,31:3,17:0:0 chr16 5139186 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.409;QD=55.0985;RBI=0.0335857;REFB=0;REVB=0.0264163;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6445e-05;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr16 5139217 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.6;QD=56.7066;RBI=0.0295471;REFB=0;REVB=0.0181232;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25902e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 5649140 . T A,TTAGGAAA 647.37 PASS AF=0,1;AO=2,37;DP=55;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370631,0.0298508;FXX=0.0888691;HRUN=1,1;LEN=1,7;MLLD=59.4183,322.342;QD=63.158;RBI=0.0370635,0.0328039;REFB=0,0;REVB=-0.000184408,0.0136025;RO=12;SAF=0,18;SAR=2,19;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671794,-0.119106;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,6.07479e-05;OID=.,.;OPOS=5649140,5649141;OREF=T,-;OALT=A,TAGGAAA;OMAPALT=A,TTAGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:55:41:12:0:2,37:0,41:0,1:2,19:0,18:9:3:0,21:0,20:0:0 chr16 6533549 . C A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0743;QD=63.283;RBI=0.058562;REFB=0;REVB=-0.00675115;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317861;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr16 6923966 . A G 803.5 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00840307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=55.4137;RBI=0.0190797;REFB=-0.0630756;REVB=0.0171296;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-4.39131e-08;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:1:0:22:35:1:0 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1109.94 PASS AF=0.0319149,0.968085,0;AO=11,66,5;DP=91;FAO=3,91,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=3,54,0;FSAR=0,37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141891,0.0266409,-0.00596175;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=8.36871,18.4584,7.05812;QD=47.2315;RBI=0.115265,0.265556,0.0308718;REFB=0,0,0;REVB=0.114389,0.264216,-0.0302907;RO=1;SAF=7,48,0;SAR=4,18,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0994753,0.0255209,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0370448,0.0102961,0;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0319149,0.968085,0:11,66,5:91:3,91,0:94:0:3,54,0:0,37,0:0:0:6:1:7,48,0:4,18,5:0:1 chr16 7760884 . T G 331.35 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0148354;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.414;QD=18.1564;RBI=0.015077;REFB=-0.000707543;REVB=-0.00268824;RO=37;SAF=9;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106399;STB=0.570568;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000366445;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:37:38:35:35:0.479452:26:9:13:24:26:9:14:24 chr16 7761529 . C T 727.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.16;QD=63.2953;RBI=0.0251007;REFB=0;REVB=0.00780759;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76228e-05;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:18:28:0:0 chr16 8722629 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0100285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.939;QD=8.69133;RBI=0.0160894;REFB=-0.00826102;REVB=0.0125816;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213508;STB=0.635966;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0133813;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:1:7:13:4:1:7:13:4 chr16 8728953 . C T 1523.85 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.628;QD=58.6096;RBI=0.0253878;REFB=-0.143934;REVB=0.012611;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=4.40429e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:51:52:0:0:51:52:0:1 chr16 8729124 . G A 114.78 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00429924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7258;QD=10.4346;RBI=0.0391809;REFB=-0.0122209;REVB=0.0389443;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230207;STB=0.636183;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0266809;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:9:21:7:7:9:21 chr16 8736028 . T C 2044.48 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1274;QD=62.4268;RBI=0.0572837;REFB=0;REVB=-0.0559407;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322666;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:86:45:0:0:86:45:0:0 chr16 8738427 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.68;QD=58.5978;RBI=0.0271087;REFB=0;REVB=0.0243073;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53499e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr16 8738499 . G A 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.953;QD=57.8766;RBI=0.0610117;REFB=0;REVB=0.0160977;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285655;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr16 8738579 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.637;QD=55.5194;RBI=0.0310737;REFB=0.00111209;REVB=0.025453;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.7045e-05;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:20:13:0:0:20:13:0:1 chr16 8739954 . G A 1562.84 PASS AF=1;AO=94;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1487;QD=60.1093;RBI=0.0720764;REFB=0;REVB=0.0720613;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320221;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:94:104:1:54:40:0:0:64:40:0:0 chr16 8740015 . A C 1567.04 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8675;QD=63.961;RBI=0.0318117;REFB=0;REVB=-0.00168716;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212362;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr16 8740418 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1376;QD=58.2389;RBI=0.0332379;REFB=0;REVB=-0.0103696;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355494;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr16 8740503 . G A 768.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.488;QD=64.0308;RBI=0.0460656;REFB=0;REVB=0.0319679;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22877e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:27:18:0:0:30:18:0:0 chr16 8777142 . A C 205.41 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0035851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.827;QD=16.7678;RBI=0.0174776;REFB=0.0111901;REVB=0.0171059;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025414;STB=0.514509;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0147571;OID=.;OPOS=8777142;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:10:18:13:8:10:18 chr16 8839954 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0154811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.796;QD=15.1962;RBI=0.0400541;REFB=-0.0122223;REVB=-0.0369414;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215753;STB=0.624858;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0150984;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:12:14:6:12:12:14 chr16 8841960 . T C 682.14 PASS AF=0.564103;AO=65;DP=115;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0467401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.874;QD=23.3209;RBI=0.0516117;REFB=-0.0237811;REVB=0.021889;RO=50;SAF=32;SAR=33;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041666;STB=0.521361;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0154721;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:50:51:65:66:0.564103:33:32:22:28:33:33:23:28 chr16 8844389 . C T 462.65 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0462767;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2398;QD=15.6832;RBI=0.0474221;REFB=0.0102558;REVB=0.0103595;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262848;STB=0.511788;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0107254;OID=.;OPOS=8844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:64:66:51:52:0.440678:21:30:36:28:21:31:38:28 chr16 8875763 . T C 211.0 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0476488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.258;QD=21.6406;RBI=0.0480917;REFB=-0.0282212;REVB=-0.0065115;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35859;STB=0.722032;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0235823;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:18:19:21:0.538462:8:11:2:14:8:13:2:16 chr16 8877854 . C G 273.84 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00771038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.679;QD=17.6673;RBI=0.0449755;REFB=-0.0144789;REVB=-0.0443096;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150559;STB=0.584359;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0158882;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:18:12:18:14:18:12:18:14 chr16 8952248 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.978;QD=63.583;RBI=0.0163663;REFB=0;REVB=-0.0145258;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92359e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr16 8953081 . C G 931.2 PASS AF=0.605839;AO=83;DP=137;FAO=83;FDP=137;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0132181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.359;QD=27.1882;RBI=0.0136044;REFB=-0.0290463;REVB=0.00321901;RO=54;SAF=37;SAR=46;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531362;STB=0.528822;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.017169;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:54:54:83:83:0.605839:46:37:28:26:46:37:28:26 chr16 8979046 . A G 1180.18 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.936;QD=60.5221;RBI=0.0546865;REFB=0;REVB=-0.0456989;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.121e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:39:39:0:0 chr16 9030444 . C G 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.874;QD=57.3867;RBI=0.0341918;REFB=-0.0904583;REVB=0.032199;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000222817;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr16 9857364 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGGG 31.28 PASS AF=0.222222,0;AO=9,9;DP=65;FAO=14,0;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0124145,-0.244235;FXX=0.0454477;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=13.3056,11.7641;QD=1.9859;RBI=0.0515129,0.328302;REFB=-0.0315776,0.0101815;REVB=-0.0499946,-0.219389;RO=31;SAF=1,5;SAR=8,4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0.45339;SSSB=-0.560525,0.00870877;STB=0.694162,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=del,del;VARB=0.104729,0;OID=.,.;OPOS=9857365,9857370;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0:9,9:65:14,0:63:49:4,0:10,0:26:23:31:31:1,5:8,4:17:14 chr16 10524656 . GGAC G 635.09 PASS AF=1;AO=51;DP=60;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160844;FXX=0.156226;HRUN=2;LEN=3;MLLD=181.204;QD=47.0435;RBI=0.0404843;REFB=0;REVB=0.037152;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000189946;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:60:54:54:0:36:18:0:0:11:0:36:15:0:0 chr16 10575824 . C A 499.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.74;QD=58.708;RBI=0.039391;REFB=0;REVB=-0.00933467;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540849;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr16 10590175 . T C 424.91 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.030358;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6511;QD=23.9387;RBI=0.0303812;REFB=0.0139735;REVB=-0.00118653;RO=30;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053846;STB=0.529559;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00972508;OID=.;OPOS=10590175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:30:41:41:0.577465:19:22:14:16:19:22:14:16 chr16 10631912 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0159837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.757;QD=20.769;RBI=0.0171774;REFB=-0.0306555;REVB=0.00629158;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497816;STB=0.520532;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0252418;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:19:8:8:15:19:8:8:16 chr16 10769958 . T C 1186.79 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.321;QD=60.0906;RBI=0.0198508;REFB=0;REVB=0.0174391;RO=0;SAF=62;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69111e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:16:62:0:0:16:63:0:0 chr16 10775855 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0260119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.279;QD=22.7197;RBI=0.0261124;REFB=-0.0181116;REVB=0.00228904;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278298;STB=0.65766;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00508357;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:3:6:4:10:3:6 chr16 10783113 . A G 83.54 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0331182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.758;QD=20.8854;RBI=0.0377087;REFB=0.0171469;REVB=0.0180313;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00457578;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr16 10788406 . G T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00160629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.733;QD=16.8836;RBI=0.00192243;REFB=-0.0319588;REVB=-0.00105621;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0392798;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr16 10813648 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00292888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.699;QD=16.5274;RBI=0.00945158;REFB=-0.00827317;REVB=0.00898632;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361436;STB=0.70198;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0210343;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:23:6:15:10:23:6 chr16 10995933 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.48;QD=57.1775;RBI=0.0482686;REFB=0;REVB=0.0332215;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014028;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr16 11000996 . CCG CCC,CC,C 82.03 PASS AF=0,0,0.545455;AO=3,3,5;DP=24;FAO=0,0,12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0296458,-0.00780001,-0.033772;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=15.5514,11.9773,23.0258;QD=14.9146;RBI=0.149847,0.0318135,0.118613;REFB=0.0105615,-0.119529,-0.136763;REVB=-0.146885,-0.0308425,0.113703;RO=9;SAF=2,1,1;SAR=1,2,4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.123106,-0.23456,-0.386659;STB=0.5,0.5,0.631344;STBP=1,1,0.228;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.129373;OID=.,.,.;OPOS=11000998,11000998,11000997;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.545455:3,3,5:24:0,0,12:22:10:0,0,3:0,0,9:5:5:67:9:2,1,1:1,2,4:5:4 chr16 11001743 . G A 116.34 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00833635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.2968;QD=11.6336;RBI=0.0129329;REFB=-0.0232191;REVB=-0.00988764;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787773;STB=0.546695;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.021451;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:13:13:8:6:13:13 chr16 11002133 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3867;QD=61.336;RBI=0.0414523;REFB=0;REVB=-0.0244702;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399064;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 11002904 . G A 1548.87 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6976;QD=63.8709;RBI=0.0638619;REFB=0;REVB=0.0616139;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253097;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr16 11002927 . A G 1607.03 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.812;QD=60.0759;RBI=0.0278377;REFB=0;REVB=0.0274151;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19873e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:58:47:0:0:60:47:0:0 chr16 11023208 . T C 994.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0267646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.963;QD=57.6335;RBI=0.030793;REFB=-0.091066;REVB=-0.015227;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00248278;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:42:26:0:0:42:26:0:1 chr16 11154770 . G A 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0145276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.043;QD=20.4043;RBI=0.0146044;REFB=-0.0186081;REVB=-0.00149554;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142087;STB=0.578789;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0134642;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:17:11:18:14:17:11 chr16 11367143 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.223;QD=56.9377;RBI=0.0473659;REFB=0;REVB=0.0250333;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83342e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr16 11367154 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0248598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6622;QD=15.6429;RBI=0.0249566;REFB=-0.0333361;REVB=0.00219543;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741956;STB=0.542578;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0441158;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:11:18:11:9:11:18 chr16 11387117 . A G 1680.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106554;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.375;QD=60.5512;RBI=0.0122184;REFB=0;REVB=-0.00597936;RO=0;SAF=39;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85894e-06;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:112:111:1:73:39:0:0:73:38:0:0 chr16 11387164 . T C 1248.72 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.429;QD=60.1795;RBI=0.038189;REFB=0.0583699;REVB=0.0355744;RO=1;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823521;STB=0.504272;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-7.24338e-05;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:57:23:0:1:58:24:0:1 chr16 11410685 . C T 216.59 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.000577935;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.669;QD=13.1265;RBI=0.00450245;REFB=-0.00263842;REVB=0.00446521;RO=38;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218335;STB=0.611423;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00591987;OID=.;OPOS=11410685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:40:26:26:0.393939:9:17:17:21:9:17:19:21 chr16 11540712 . T C 736.83 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.255;QD=64.0722;RBI=0.115749;REFB=0;REVB=0.0371212;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535858;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:35:46:1:27:8:0:0:27:19:0:0 chr16 11540759 . AC AT,GT 456.51 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=27,2;DP=33;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866211,-0.00746676;FXX=0.0302939;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=143.915,57.5964;QD=57.0637;RBI=0.0262785,0.0405378;REFB=0,0;REVB=-0.0248099,-0.0398442;RO=0;SAF=15,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000274961,-0.041925;OID=.,.;OPOS=11540760,11540759;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:32:0:0:27,2:30,2:0.9375,0.0625:12,2:15,0:0:0:12,2:18,0:0:0 chr16 11541896 . G A 546.99 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197105;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4458;QD=60.777;RBI=0.035676;REFB=0;REVB=0.0297367;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416402;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 11542894 . C T 1417.68 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.089137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.494;QD=60.9754;RBI=0.093256;REFB=-0.121651;REVB=0.0274097;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505746;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000854192;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:49:42:1:0:49:43:1:0 chr16 11553883 . C G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.424;QD=64.1539;RBI=0.0506268;REFB=0;REVB=0.00921844;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18351e-05;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr16 11556121 . A G 1458.82 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=62.7451;RBI=0.0420686;REFB=0;REVB=0.029503;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243136;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:34:58:0:0:35:58:0:0 chr16 11650325 . G A 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0147816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4714;QD=18.6402;RBI=0.0584424;REFB=-0.0144531;REVB=0.0565422;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547608;STB=0.530781;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0159993;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:13:13:14:11:13:13 chr16 11658459 . A AT 146.51 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.000408244;FXX=0.0153822;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.597;QD=9.15693;RBI=0.0650426;REFB=0.000877474;REVB=-0.0650413;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302239;STB=0.691517;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=-0.00521157;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:19:65:20:64:44:4:16:19:25:99:44:4:15:19:25 chr16 11769948 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.046061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.481;QD=26.3054;RBI=0.0469201;REFB=0.00200479;REVB=0.00893766;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171611;STB=0.594814;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.000310947;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:10:3:10:11:10:3 chr16 11769963 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0100608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.488;QD=24.5995;RBI=0.0312739;REFB=-0.0420365;REVB=0.0296114;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189784;STB=0.605172;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0163229;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:12:4:11:11:12:4 chr16 11770777 . A G 232.26 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0131788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.84;QD=23.8216;RBI=0.014122;REFB=4.33647e-05;REVB=-0.00507436;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000119278;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:7:10:9:13:7:10 chr16 11771094 . C G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0671879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3488;QD=15.7843;RBI=0.0686588;REFB=-0.00599183;REVB=-0.0141353;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151949;STB=0.586357;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00419639;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:2:15:11:3:2:15 chr16 11771353 . C A 256.27 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00915808;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.328;QD=28.4739;RBI=0.021427;REFB=0.0243019;REVB=0.0193713;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172118;STB=0.608601;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00971678;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:12:13:23:23:0.638889:9:14:4:8:9:14:4:9 chr16 11772599 . GT GTTCTGA,G 174.71 PASS AF=0.439024,0;AO=16,5;DP=41;FAO=18,0;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00502593,-0.0401092;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=5,1;MLLD=329.597,11.062;QD=17.0446;RBI=0.00620505,0.0742911;REFB=-0.00627683,-0.00780267;REVB=-0.00363905,-0.0625334;RO=15;SAF=7,2;SAR=9,3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0.588235;SSEP=0,0.450617;SSSB=-0.0251235,-0.0763349;STB=0.526731,0.5;STBP=0.796,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0049453,0.10063;OID=.,.;OPOS=11772601,11772600;OREF=-,T;OALT=TCTGA,-;OMAPALT=GTTCTGA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024,0:16,5:41:18,0:41:23:7,0:11,0:10:13:99:15:7,2:9,3:7:8 chr16 11773662 . C G 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00195565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.791;QD=12.085;RBI=0.0337729;REFB=-0.00294487;REVB=-0.0337163;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126225;STB=0.58368;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00527932;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:30:16:16:0.347826:7:9:12:15:7:9:13:17 chr16 11852354 . A C 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0488807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.818;QD=19.6666;RBI=0.0648746;REFB=0.000769648;REVB=0.0426543;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578687;STB=0.532836;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00201062;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:5:14:13:6:5:14:13:6 chr16 11935770 . C A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000215477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.74;QD=19.1557;RBI=0.0105807;REFB=-8.42584e-05;REVB=-0.0105785;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103559;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=9.16829e-05;OID=.;OPOS=11935770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:11:10:13:9:11:10:13:10 chr16 11940390 . T C 336.43 PASS AF=0.611111;AO=31;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0144355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.927;QD=24.9205;RBI=0.0329998;REFB=0.00342447;REVB=0.0296749;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102684;STB=0.544884;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00124754;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:21:31:33:0.611111:18:13:6:15:20:13:6:15 chr16 11969724 . G C 489.56 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0159992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.085;QD=17.0282;RBI=0.018685;REFB=-0.0100922;REVB=-0.00965173;RO=62;SAF=20;SAR=32;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130739;STB=0.565685;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00766489;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:52:53:0.46087:32:20:32:30:32:21:32:30 chr16 12009304 . C A 33.56 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.898;QD=19.1787;RBI=0.0624372;REFB=-0.0277896;REVB=0.0603303;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161039;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00725968;OID=.;OPOS=12009304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:4:5:0.714286:3:1:1:1:3:2:1:1 chr16 12021332 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0829217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.112;QD=26.0271;RBI=0.0829368;REFB=0.0135998;REVB=-0.00158093;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000406689;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr16 12027474 . CAT C,CGT 316.57 PASS AF=1,0;AO=23,5;DP=28;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016735,0.00399983;FXX=0.148093;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.512,65.6244;QD=55.0559;RBI=0.0168921,0.0270873;REFB=0,0;REVB=0.00229861,-0.0267903;RO=0;SAF=12,0;SAR=11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.76763e-05,0;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,5:28:23,0:23:0:11,0:12,0:0:0:3:0:12,0:11,5:0:0 chr16 12031448 . T C 54.41 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742886;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9018;QD=36.2742;RBI=0.0922459;REFB=0;REVB=0.0546856;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119578;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 12060163 . A G 1202.82 PASS AF=0.976471;AO=80;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0275496;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.34;QD=56.6031;RBI=0.0322711;REFB=0.0127849;REVB=0.0168062;RO=3;SAF=38;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359169;STB=0.500142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0003391;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:85:3:2:80:83:0.976471:42:38:3:0:42:41:1:1 chr16 12621176 . C G 937.42 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.699;QD=57.6874;RBI=0.13215;REFB=0;REVB=-0.00881427;RO=1;SAF=17;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771098;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:47:17:1:0:47:18:0:0 chr16 12666984 . T A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.818;QD=56.9974;RBI=0.0155262;REFB=0;REVB=0.00742783;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122735;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr16 12667393 . G A 407.09 PASS AF=0.335484;AO=52;DP=155;FAO=52;FDP=155;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0328231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.413;QD=10.5056;RBI=0.0345405;REFB=-0.0029708;REVB=-0.010756;RO=102;SAF=34;SAR=18;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182493;STB=0.602425;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0050885;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:102:103:52:52:0.335484:18:34:51:51:18:34:52:51 chr16 12667409 . C G 457.36 PASS AF=0.365517;AO=53;DP=145;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00751276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.145;QD=12.6169;RBI=0.014758;REFB=-0.00698517;REVB=-0.0127026;RO=92;SAF=34;SAR=19;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173691;STB=0.599161;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0110502;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:92:92:53:53:0.365517:19:34:45:47:19:34:45:47 chr16 12667945 . C T 669.95 PASS AF=0.425287;AO=73;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.00888775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7798;QD=15.4011;RBI=0.0125922;REFB=0.0163681;REVB=0.00892031;RO=100;SAF=28;SAR=45;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143295;STB=0.569061;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0216132;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:100:100:73:74:0.425287:45:28:52:48:45:29:51:49 chr16 12758966 . T C 304.07 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00309534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.568;QD=14.8326;RBI=0.00339687;REFB=-0.00958784;REVB=0.00139914;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479238;STB=0.51401;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0123423;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:33:34:0.414634:22:11:18:30:22:12:18:30 chr16 12897578 . G T 3535.14 PASS AF=0.982759;AO=227;DP=234;FAO=228;FDP=232;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00982209;FXX=0.00854664;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2543;QD=60.9507;RBI=0.0405645;REFB=-0.0692661;REVB=0.0393574;RO=2;SAF=99;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108066;STB=0.501154;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000290689;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:234:232:2:4:227:228:0.982759:128:99:1:1:129:99:2:2 chr16 13002359 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.371;QD=60.7161;RBI=0.0197653;REFB=0;REVB=-0.00581654;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49309e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr16 14304175 . A C 149.39 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0247486;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.012;QD=25.9808;RBI=0.024839;REFB=-0.0120765;REVB=0.00211656;RO=8;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137293;STB=0.577663;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00639345;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:23:8:8:15:15:0.652174:13:2:2:6:13:2:2:6 chr16 14311035 . T C 564.29 PASS AF=0.55914;AO=46;DP=87;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0292624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.884;QD=24.2704;RBI=0.0292955;REFB=-0.0144935;REVB=0.00139234;RO=41;SAF=17;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624307;STB=0.501467;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0108742;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:41:41:46:52:0.55914:29:17:18:23:29:23:18:23 chr16 14356373 . T C 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0219262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3022;QD=18.6737;RBI=0.0233256;REFB=0.0135825;REVB=-0.00795782;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586817;STB=0.532766;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0181109;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:12:20:18:14:12:20:18:14 chr16 14356920 . A C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00129571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.603;QD=17.8006;RBI=0.00898938;REFB=0.00195142;REVB=0.00889551;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158981;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:12:12:10:10:12:12 chr16 14359205 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00418238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.108;QD=16.417;RBI=0.0478108;REFB=-0.000513233;REVB=-0.0476275;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118918;STB=0.567811;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00032055;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:13:3:4:10:13:3 chr16 14359233 . T A 187.42 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0639186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5615;QD=20.2611;RBI=0.0881091;REFB=0.00297452;REVB=-0.0606434;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114595;STB=0.56414;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00681223;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:15:3:5:14:15:3 chr16 14369420 . T TC 45.56 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0200887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.1271;QD=9.11112;RBI=0.0210055;REFB=0.00995374;REVB=0.00613791;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.66611;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=-0.0145829;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:21:7:20:13:1:6:4:9:45:14:1:6:5:9 chr16 15082865 . C T 660.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.065;QD=61.4602;RBI=0.178444;REFB=0;REVB=0.173122;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760485;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:19:24:0:0 chr16 15083131 . A T 557.01 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.833;QD=60.2177;RBI=0.0275169;REFB=0;REVB=0.0131144;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97442e-05;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr16 15091601 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.167;QD=46.848;RBI=0.0399829;REFB=0;REVB=0.00623598;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70802e-05;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr16 15095675 . C A 646.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7379;QD=61.6081;RBI=0.0314799;REFB=0;REVB=-0.0300732;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111818;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr16 15098047 . C G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00764284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.929;QD=58.2429;RBI=0.0173532;REFB=-0.0478941;REVB=0.0155795;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00232338;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:1:0:13:26:1:0 chr16 15111218 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.394;QD=59.4351;RBI=0.0963575;REFB=0;REVB=-0.0962547;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374563;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr16 15116625 . G T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.102;QD=58.1313;RBI=0.0375067;REFB=0;REVB=0.00913738;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249891;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr16 15129970 . A G 495.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.198;QD=58.2347;RBI=0.0245065;REFB=0;REVB=0.0183202;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315491;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:24:10:0:0 chr16 15131962 . A G 1289.59 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0017;QD=60.6865;RBI=0.0783705;REFB=0;REVB=-0.0774084;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369253;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:48:31:0:0:48:37:0:0 chr16 15131974 . G T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1833;QD=61.5349;RBI=0.0205159;REFB=0;REVB=0.00157086;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25997e-05;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr16 15133889 . T G 2124.51 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604435;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.141;QD=62.9485;RBI=0.0217494;REFB=0;REVB=0.0208927;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91332e-05;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:78:57:0:0:78:57:0:0 chr16 15178499 . G A 98.05 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=63;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0188284;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.86;QD=6.32579;RBI=0.0406631;REFB=-0.00912874;REVB=-0.0360414;RO=49;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262132;STB=0.664885;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0295654;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:63:62:49:47:14:15:0.241935:4:10:25:24:4:11:25:22 chr16 15221957 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.986;QD=51.1842;RBI=0.0789768;REFB=0;REVB=-0.0789152;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118824;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 15689721 . A G 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0715778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.962;QD=4.70056;RBI=0.0716282;REFB=-0.00740748;REVB=-0.00268668;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445275;STB=0.796365;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.015177;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:5:2:19:9:5:2:20:9 chr16 15781054 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.87;QD=61.6828;RBI=0.0645512;REFB=0;REVB=0.0620503;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140875;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr16 15842023 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.738;QD=62.3509;RBI=0.00987175;REFB=0;REVB=0.00553361;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65565e-05;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 15843899 . G A 453.84 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00029018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=360.527;QD=55.0106;RBI=0.0485876;REFB=-0.147321;REVB=-0.0485867;RO=1;SAF=31;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148304;STB=0.507931;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000202914;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:1:31:1:0:1:31:1:0 chr16 15850204 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.489;QD=59.6794;RBI=0.0193823;REFB=0;REVB=0.0185113;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66935e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr16 15917197 . G A 530.21 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0563309;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6611;QD=24.9512;RBI=0.0633259;REFB=-0.00300397;REVB=0.0289309;RO=37;SAF=19;SAR=30;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997945;STB=0.550135;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00266792;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:37:36:49:49:0.576471:30:19:10:27:30:19:10:26 chr16 15959756 . G A 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0394698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.807;QD=7.30277;RBI=0.0414153;REFB=-0.00337878;REVB=-0.0125442;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337876;STB=0.706534;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0197833;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:7:5:26:11:7:5:26:11 chr16 15959776 . G T 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0100546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.838;QD=7.08572;RBI=0.016254;REFB=-0.00371567;REVB=-0.012771;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336758;STB=0.705559;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0104807;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:25:9:6:5:25:9 chr16 15961351 . T C 379.58 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00300216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.209;QD=16.685;RBI=0.00615996;REFB=-0.00761395;REVB=-0.00537886;RO=51;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337325;STB=0.518928;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0121037;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:17:23:31:20:17:23:31:20 chr16 15961356 . C T 322.48 PASS AF=0.4;AO=37;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.000624989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1491;QD=14.3326;RBI=0.0379589;REFB=0.0035561;REVB=-0.0379538;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104248;STB=0.505722;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00890373;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:37:36:0.4:15:22:31:22:15:21:32:22 chr16 15961369 . G A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00490641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.946;QD=14.1699;RBI=0.0174094;REFB=-0.025008;REVB=-0.0167037;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093215;STB=0.55291;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0395972;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:30:21:17:17:30:21 chr16 15967361 . T TCTA 121.85 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0276053;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.947;QD=10.3699;RBI=0.0362851;REFB=-0.0101515;REVB=-0.0235491;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304806;STB=0.507926;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.0217675;OID=.;OPOS=15967362;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:14:49:15:47:32:10:5:21:11:99:33:9:5:22:11 chr16 15971028 . C A,G 636.16 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=4,38;DP=43;FAO=4,38;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168279,0.00143723;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.6086,56.8859;QD=60.5863;RBI=0.0519888,0.0745345;REFB=0,0;REVB=0.04919,0.0745207;RO=0;SAF=4,21;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53998e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0451984,0.0137083;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:43:42:0:0:4,38:4,38:0.0952381,0.904762:0,17:4,21:0:0:0,17:4,21:0:0 chr16 15973653 . TG AT 194.98 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0360096;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.367;QD=16.2482;RBI=0.0761443;REFB=-0.0442897;REVB=0.0670914;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.565978;STBP=0.436;TYPE=mnp;VARB=0.0307655;OID=.;OPOS=15973653;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:14:11:12:10:15:11 chr16 16138322 . T C 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00572617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.457;QD=22.3421;RBI=0.0204258;REFB=-0.0342253;REVB=0.0196067;RO=46;SAF=26;SAR=25;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477613;STB=0.526305;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0298953;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:25:26:26:20:25:26:26:20 chr16 16139714 . T C 316.86 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0132994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.431;QD=15.2703;RBI=0.032197;REFB=-0.0128199;REVB=0.0293219;RO=46;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668583;STB=0.552337;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0194046;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:48:35:35:0.421687:22:13:20:26:22:13:22:26 chr16 16162019 . T C 1426.89 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6378;QD=62.0389;RBI=0.101258;REFB=0;REVB=0.095046;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101586;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:41:48:0:0:43:49:0:0 chr16 16218703 . G A 515.37 PASS AF=0.515464;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0590856;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8959;QD=21.2525;RBI=0.0623002;REFB=-0.0164949;REVB=0.0197535;RO=46;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231965;STB=0.528211;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0220273;OID=.;OPOS=16218703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:47:48:50:0.515464:28:20:18:28:28:22:18:29 chr16 16228242 . G A 237.34 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0170848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.326;QD=18.6151;RBI=0.0240131;REFB=-0.0374403;REVB=0.0168742;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363483;STB=0.508765;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0404551;OID=.;OPOS=16228242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:14:11:10:15:14:11:11:15 chr16 16236889 . TAAAAAA TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT 212.74 PASS AF=0.30137,0.232877,0.0547945;AO=14,18,4;DP=76;FAO=22,17,4;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=10,1,0;FSAR=12,16,4;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=0.213937,0.109077,0.0228879;FXX=0.0394685;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=8.36373,13.4402,151.236;QD=11.657;RBI=0.253971,0.130233,0.0348055;REFB=-0.113784,-0.0583062,-0.0436913;REVB=-0.136866,-0.0711536,-0.0262215;RO=28;SAF=5,1,0;SAR=9,17,4;SRF=25;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.558054,-0.800382,-0.80345;STB=0.747297,0.958869,0.998969;STBP=0.013,0,0;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0616481,0.110047,0.0266652;OID=.,.,.;OPOS=16236890,16236890,16236895;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30137,0.232877,0.0547945:14,18,4:76:22,17,4:73:30:10,1,0:12,16,4:27:3:57:28:5,1,0:9,17,4:25:3 chr16 16251599 . C T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0115754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.748;QD=21.0939;RBI=0.0116029;REFB=0.00408037;REVB=-0.000798424;RO=37;SAF=29;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085028;STB=0.547146;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00364277;OID=.;OPOS=16251599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:12:29:23:14:12:29:23:14 chr16 16271357 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.451;QD=62.4648;RBI=0.0246426;REFB=0;REVB=-0.0226425;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.718e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr16 16272670 . T C 1453.47 PASS AF=1;AO=74;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0486;QD=63.1942;RBI=0.209397;REFB=0;REVB=0.202719;RO=0;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968471;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:74:92:1:21:53:0:0:38:54:0:0 chr16 16278863 . G T 794.54 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0226814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.579;QD=21.0475;RBI=0.0271389;REFB=-0.00431706;REVB=-0.0149022;RO=72;SAF=38;SAR=41;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285809;STB=0.515676;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0041921;OID=.;OPOS=16278863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:72:79:79:0.523179:41:38:37:35:41:38:37:35 chr16 16278869 . G C 753.87 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0498653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0367;QD=21.0872;RBI=0.050331;REFB=0.00214459;REVB=0.00683097;RO=70;SAF=34;SAR=39;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685805;STB=0.537715;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00174956;OID=.;OPOS=16278869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:73:73:0.51049:39:34:38:32:39:34:38:32 chr16 16291971 . C T 826.84 PASS AF=0.447917;AO=85;DP=193;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0565702;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.814;QD=17.2258;RBI=0.0610678;REFB=-0.0192972;REVB=0.023002;RO=106;SAF=40;SAR=45;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749511;STB=0.538415;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0134147;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:106:106:85:86:0.447917:45:40:42:64:46:40:42:64 chr16 16291983 . A G 835.8 PASS AF=0.446154;AO=87;DP=195;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.00461946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.367;QD=17.1447;RBI=0.00565457;REFB=-0.00667152;REVB=-0.0032611;RO=106;SAF=40;SAR=47;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637048;STB=0.539757;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00716619;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:106:108:87:87:0.446154:47:40:42:64:47:40:42:66 chr16 17196433 . G C 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0211159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7525;QD=19.6665;RBI=0.0230406;REFB=0.000182541;REVB=0.0092187;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196579;STB=0.611643;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000761887;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:9:10:6:13:9:10 chr16 17196621 . A ATTC 108.7 PASS AF=0.5;AO=3;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0241639;FXX=0;HRUN=8;LEN=3;MLLD=300.779;QD=16.7223;RBI=0.0303042;REFB=-0.0350064;REVB=0.0182881;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0375876;OID=.;OPOS=17196622;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:3:27:13:26:13:6:7:6:7:99:21:1:2:10:11 chr16 17196622 . T TTC 75.15 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00813262;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=305.24;QD=11.1337;RBI=0.0106167;REFB=-0.0145738;REVB=0.00682452;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0225908;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:27:10:27:17:5:5:7:10:75:17:5:5:8:9 chr16 18823379 . T C 1445.46 PASS AF=0.889831;AO=105;DP=118;FAO=105;FDP=118;FR=.;FRO=13;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0220506;FXX=0.00840265;HRUN=7;LEN=1;MLLD=169.056;QD=48.9985;RBI=0.023252;REFB=-0.155186;REVB=0.0073772;RO=5;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469036;STB=0.50155;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00111596;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:118:118:5:13:105:105:0.889831:48:57:0:5:47:58:7:6 chr16 18844389 . C T 678.35 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00219765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.27;QD=24.2268;RBI=0.0318354;REFB=0.00168763;REVB=-0.0317594;RO=47;SAF=33;SAR=32;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128635;STB=0.570036;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00089579;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:32:33:16:31:32:33:16:31 chr16 19041595 . G A 1403.28 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010955;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.498;QD=61.6825;RBI=0.0140534;REFB=-0.0140888;REVB=0.00880262;RO=1;SAF=52;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902749;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.06775e-05;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:89:90:0.989011:37:52:1:0:37:53:1:0 chr16 19067933 . G A 1249.61 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193541;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3145;QD=61.7091;RBI=0.0107534;REFB=0;REVB=0.0105778;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1268e-05;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr16 19080184 . C T 1413.46 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.628;QD=60.7939;RBI=0.0559159;REFB=-0.115324;REVB=0.013897;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160598;STB=0.507935;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00309193;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:89:92:0.989247:60:29:1:0:61:31:1:0 chr16 19080227 . C CTG 826.7 PASS AF=0.983051;AO=53;DP=66;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181148;FXX=0.0781128;HRUN=0;LEN=2;MLLD=323.676;QD=56.0474;RBI=0.0184243;REFB=0.0465383;REVB=0.0033627;RO=6;SAF=16;SAR=37;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439714;STB=0.514281;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=-0.000139673;OID=.;OPOS=19080228;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983051:53:66:58:59:1:17:41:1:0:4:6:16:37:3:3 chr16 19085298 . C T 1826.77 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000686499;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.329;QD=61.404;RBI=0.0192584;REFB=0;REVB=-0.0192462;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180681;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:57:61:0:0:58:61:0:0 chr16 19128048 . G A 444.41 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000924157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.37;QD=23.0864;RBI=0.0117018;REFB=-0.0023018;REVB=-0.0116652;RO=34;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121291;STB=0.570304;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00132388;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:42:43:0.558442:27:15:17:17:28:15:17:17 chr16 19128436 . G A 297.32 PASS AF=0.358491;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00259334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1554;QD=11.2196;RBI=0.013213;REFB=0.00628474;REVB=0.012956;RO=68;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405392;STB=0.51146;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0240894;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:68:68:37:38:0.358491:17:20:37:31:18:20:37:31 chr16 19128437 . G T 58.13 PASS AF=0.12037;AO=14;DP=109;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.000626529;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0056;QD=2.15287;RBI=0.000788999;REFB=-0.00242513;REVB=0.000479563;RO=85;SAF=4;SAR=10;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354651;STB=0.73006;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0769582;OID=.;OPOS=19128437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:108:85:95:14:13:0.12037:10:4:49:36:9:4:55:40 chr16 19128775 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00554217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.79;QD=26.5701;RBI=0.0761886;REFB=-0.0572385;REVB=0.0759868;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335749;STB=0.691912;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00704556;OID=.;OPOS=19128775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:2:9:1:3:2:9:1:3 chr16 19128835 . C G 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0757033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2547;QD=24.2008;RBI=0.0788193;REFB=0.017251;REVB=0.0219428;RO=12;SAF=15;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377244;STB=0.714013;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00819733;OID=.;OPOS=19128835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:3:15:5:7:3:15:5:7 chr16 19128995 . C A 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00184519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.973;QD=20.2285;RBI=0.0581657;REFB=-0.00779685;REVB=-0.0581364;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815879;STB=0.544968;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00815615;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:24:31:24:27:24:31:24:27 chr16 19129513 . GT AC 140.21 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0188474;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.99;QD=11.6845;RBI=0.0205624;REFB=-0.000303873;REVB=-0.0082212;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139936;STB=0.582799;STBP=0.444;TYPE=mnp;VARB=0.000683332;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:14:18:7:9:14:18 chr16 19129614 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0330725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.227;QD=13.631;RBI=0.0337674;REFB=0.0173209;REVB=-0.00681529;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250633;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0156374;OID=.;OPOS=19129614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:7:2:4:4:7:2 chr16 19130011 . T G 242.75 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00993087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.5;QD=22.5818;RBI=0.0192509;REFB=-0.00296376;REVB=-0.0164917;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19362;STB=0.609272;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00737137;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:8:12:18:5:8:12 chr16 19130479 . GTTTTTTG GTTTTTG,GTTTTTGA,TGTTTTTG 51.88 PASS AF=0.234043,0,0.12766;AO=12,2,7;DP=50;FAO=11,0,6;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=3,0,0;FSAR=8,0,6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.151296,-0.00156372,0.0941981;FXX=0.040808;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,2;MLLD=6.60176,58.5599,21.0117;QD=4.41508;RBI=0.15965,0.0224035,0.108279;REFB=-0.195029,-0.016163,-0.107706;REVB=-0.0509678,-0.0223489,-0.0533951;RO=23;SAF=3,0,0;SAR=9,2,7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.386364,0,0;SSSB=-0.275197,-0.483597,-0.720582;STB=0.630291,0.5,0.997875;STBP=0.345,1,0.018;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.121597,0,0.189183;OID=.,.,.;OPOS=19130480,19130485,19130479;OREF=T,TG,GT;OALT=-,GA,TG;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTTTGA,TGTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:50:47:23:30:12,2,7:11,0,6:0.234043,0,0.12766:9,2,7:3,0,0:11:12:8,0,6:3,0,0:13:17 chr16 19131435 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0611313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.221;QD=17.6438;RBI=0.0615332;REFB=-0.0129721;REVB=-0.00702127;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00922898;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:4:3:5:4:4:3 chr16 19132447 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0345752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.422;QD=10.0339;RBI=0.0668965;REFB=-0.0383986;REVB=0.0572687;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0476389;OID=.;OPOS=19132447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr16 19132780 . T C 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0388462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.272;QD=11.5416;RBI=0.0429994;REFB=-0.00165988;REVB=0.0184371;RO=51;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261328;STB=0.650075;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00328631;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:12:16:17:34:12:16:17:34 chr16 19195433 . C T 128.46 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0737257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5755;QD=13.5221;RBI=0.0737295;REFB=-0.0089496;REVB=0.000753915;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182963;STB=0.57423;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.040617;OID=.;OPOS=19195433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:22:14:16:0.421053:4:10:11:9:6:10:11:11 chr16 19297219 . T G 370.93 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0508552;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8383;QD=19.5224;RBI=0.0510557;REFB=-0.0174499;REVB=0.00452071;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126791;STB=0.513206;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0214761;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:38:38:38:0.5:20:18:17:20:20:18:17:21 chr16 19310092 . T C 1378.11 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.032;QD=61.9376;RBI=0.0496943;REFB=0;REVB=0.0150582;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866089;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:49:37:0:0:49:40:0:0 chr16 19471589 . A G 37.34 PASS AF=0.125;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0885096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.158;QD=2.66718;RBI=0.0933985;REFB=-0.0100118;REVB=0.0298216;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114603;STB=0.634954;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0915692;OID=.;OPOS=19471589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:56:49:49:6:7:0.125:2:4:28:21:2:5:28:21 chr16 19475099 . C A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0071886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.85;QD=16.504;RBI=0.0163609;REFB=-0.00807988;REVB=-0.0146971;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382702;STB=0.70716;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00805458;OID=.;OPOS=19475099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:18:8:21:8:18:8:21:9 chr16 19509938 . G GCA 1191.37 PASS AF=0.828829;AO=92;DP=112;FAO=92;FDP=111;FR=.;FRO=19;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0.0285532;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.971;QD=42.9321;RBI=0.0351777;REFB=-0.0258411;REVB=0.0205473;RO=19;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20997;STB=0.61174;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00073132;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828829:92:112:92:111:19:59:33:0:19:99:19:59:33:0:19 chr16 19547357 . A G 1556.67 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150868;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.258;QD=62.8957;RBI=0.0760596;REFB=-0.0582019;REVB=0.0745483;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=3.58394e-05;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:0:1:97:98:0.989899:50:47:0:0:50:48:0:1 chr16 19547503 . C T 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.435;QD=57.8333;RBI=0.0337952;REFB=-0.0298616;REVB=0.0171637;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00020419;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:1:0 chr16 19547747 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3155;QD=56.1903;RBI=0.0102626;REFB=0;REVB=-0.00901392;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219354;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr16 19567051 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0118472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.27;QD=11.4398;RBI=0.0167468;REFB=-0.0122275;REVB=-0.0118363;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0188481;OID=.;OPOS=19567051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:7:7:5:4:7:7 chr16 19680546 . T C 543.25 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00788505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.355;QD=18.4151;RBI=0.0318114;REFB=-0.00174211;REVB=0.0308187;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515028;STB=0.528548;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00180965;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:33:24:29:32:33:24:29:32 chr16 19725561 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00328233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.985;QD=13.342;RBI=0.0193869;REFB=-0.00634557;REVB=-0.019107;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441834;STB=0.754746;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.015202;OID=.;OPOS=19725561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:11:21:5:16:11:21 chr16 19800213 . T C 289.52 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0104174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.839;QD=16.3109;RBI=0.0180311;REFB=-0.00448642;REVB=-0.0147173;RO=39;SAF=23;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264704;STB=0.659869;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0070118;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:39:30:32:0.450704:7:23:21:18:7:25:21:18 chr16 19868687 . G C 1709.2 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153728;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.628;QD=57.939;RBI=0.0248184;REFB=-0.0250266;REVB=0.019484;RO=3;SAF=50;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498374;STB=0.502625;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000689444;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:118:3:3:115:115:0.974576:65:50:1:2:65:50:1:2 chr16 20043330 . T C 1126.85 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00938764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.6;QD=57.787;RBI=0.0165879;REFB=-0.0710322;REVB=0.013676;RO=2;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00112322;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:42:34:0:2:42:34:0:2 chr16 20334679 . C T 1509.94 PASS AF=0.981132;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122828;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.809;QD=56.9787;RBI=0.0168981;REFB=-0.066581;REVB=0.011605;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508332;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000437255;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:106:0:2:102:104:0.981132:44:58:0:0:45:59:2:0 chr16 20335471 . G A 670.91 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00619163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7332;QD=18.3811;RBI=0.0183941;REFB=-0.00698214;REVB=0.0173207;RO=78;SAF=42;SAR=26;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537595;STB=0.529848;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00751521;OID=.;OPOS=20335471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:78:68:68:0.465753:26:42:44:34:26:42:44:34 chr16 20439199 . G A 306.67 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0335633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.795;QD=18.0396;RBI=0.03357;REFB=0.00170646;REVB=0.000669444;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186709;STB=0.604178;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0039336;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:14:19:13:22:14:19:13:22 chr16 20441020 . G A 72.4 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0117748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4061;QD=3.91357;RBI=0.0243091;REFB=-0.0119868;REVB=0.0212671;RO=61;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263395;STB=0.669824;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0769412;OID=.;OPOS=20441020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:61:61:13:13:0.175676:6:7:20:41:6:7:20:41 chr16 20441053 . C G 714.06 PASS AF=0.802817;AO=57;DP=71;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0459785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.075;QD=40.229;RBI=0.0463263;REFB=-0.0395095;REVB=0.00566592;RO=14;SAF=21;SAR=36;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236341;STB=0.512654;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00607546;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:14:14:57:57:0.802817:36:21:6:8:36:21:6:8 chr16 20441077 . A G 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0185792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.809;QD=5.82253;RBI=0.0554047;REFB=-0.00182387;REVB=-0.0521966;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612776;STB=0.538404;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0082052;OID=.;OPOS=20441077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:9:4:12:33:9:4:12:33 chr16 20441084 . T C 770.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174761;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.922;QD=57.0666;RBI=0.0353542;REFB=0;REVB=0.0307328;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46264e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr16 20476852 . T C 1009.97 PASS AF=0.972222;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00199661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.782;QD=56.1095;RBI=0.008333;REFB=0.00996648;REVB=0.00809027;RO=2;SAF=47;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196854;STB=0.509801;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000286651;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:72:2:2:67:70:0.972222:20:47:2:0:20:50:2:0 chr16 20477004 . C T 252.72 PASS AF=0.510638;AO=19;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00231215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.912;QD=21.5082;RBI=0.00989358;REFB=-0.0119006;REVB=0.00961961;RO=19;SAF=16;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482117;STB=0.689488;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0207828;OID=.;OPOS=20477004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:23:19:24:0.510638:3:16:7:12:6:18:9:14 chr16 20488696 . A G 185.02 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.871;QD=46.2554;RBI=0.0548606;REFB=0;REVB=-0.00994616;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188525;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr16 20570661 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.849;QD=42.1826;RBI=0.0413269;REFB=0;REVB=0.00932431;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286157;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 20576048 . C A 519.77 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.921;QD=59.4026;RBI=0.0192123;REFB=0;REVB=0.0147177;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145586;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr16 20635418 . C T 1598.81 PASS AF=1;AO=87;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4201;QD=59.7685;RBI=0.210984;REFB=0;REVB=0.210611;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136257;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:87:107:1:39:48:0:1:55:52:0:0 chr16 20636814 . G A 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.495;QD=57.3802;RBI=0.0683743;REFB=0;REVB=0.0636484;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119865;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr16 20638576 . A T 1299.75 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2838;QD=61.8927;RBI=0.108191;REFB=0;REVB=0.0510829;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660804;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:36:44:0:0:37:47:0:0 chr16 20753123 . T C 1589.6 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.879;QD=59.9848;RBI=0.0190423;REFB=0;REVB=0.0132402;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17902e-07;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr16 20811681 . C T 253.3 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00233579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.564;QD=15.5879;RBI=0.0292767;REFB=-0.0107904;REVB=0.0291834;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.501638;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0122343;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:36:29:29:0.446154:12:17:19:12:12:17:21:15 chr16 20855309 . A G 2197.53 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0238582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6374;QD=60.2063;RBI=0.045468;REFB=-0.0704956;REVB=0.0387056;RO=4;SAF=86;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574874;STB=0.503025;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00743976;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:4:4:142:142:0.972603:56:86:2:2:56:86:2:2 chr16 20966145 . G A 288.75 PASS AF=0.54386;AO=10;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00455607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=20.2628;RBI=0.0177292;REFB=-0.00978506;REVB=0.0171338;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.533877;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00963479;OID=.;OPOS=20966145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:8:26:10:31:0.54386:7:3:3:5:9:22:20:6 chr16 20966291 . G T 304.06 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0472924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5891;QD=19.9384;RBI=0.0589338;REFB=-0.00452627;REVB=-0.0351655;RO=28;SAF=26;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327823;STB=0.678726;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00412381;OID=.;OPOS=20966291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:6:26:14:14:6:26:15:14 chr16 20975505 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00905549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.211;QD=11.8306;RBI=0.00910188;REFB=-0.00916839;REVB=-0.000917768;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474686;STB=0.784685;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0357398;OID=.;OPOS=20975505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:7:11:2:9:7:11 chr16 20981162 . T C 515.28 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.0105687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.763;QD=22.1628;RBI=0.0212496;REFB=-0.00987816;REVB=0.0184349;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235743;STB=0.633137;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00829746;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:24:25:10:33:24:25:10:34 chr16 20998712 . C T 302.06 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0548485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3375;QD=14.3836;RBI=0.0557945;REFB=-0.0195838;REVB=-0.0102304;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303342;STB=0.517231;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0412621;OID=.;OPOS=20998712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:22:28:20:14:22:28 chr16 21078693 . T G 411.06 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0178764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.007;QD=23.8297;RBI=0.0234846;REFB=-0.0220437;REVB=0.0152304;RO=28;SAF=13;SAR=27;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113609;STB=0.556672;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.017078;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:29:40:40:0.57971:27:13:13:15:27:13:13:16 chr16 21132298 . T C 648.3 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00482181;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.296;QD=21.6099;RBI=0.00902724;REFB=0.00706945;REVB=-0.00763159;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322514;STB=0.512735;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00748629;OID=.;OPOS=21132298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:56:64:64:0.533333:36:28:22:33:36:28:23:33 chr16 21132749 . A C 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0175942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.782;QD=15.6514;RBI=0.0186011;REFB=-0.0150834;REVB=0.00603699;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00960499;OID=.;OPOS=21132749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:6:15:10:6:6:15 chr16 21145648 . C T 227.13 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0246495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5046;QD=15.9389;RBI=0.0272329;REFB=-0.00627144;REVB=0.0115773;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066703;STB=0.547134;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0133042;OID=.;OPOS=21145648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:13:12:17:14:14:12:17:14 chr16 21151913 . G T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00250839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.516;QD=18.2368;RBI=0.0189559;REFB=-0.0113711;REVB=-0.0187892;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1122;STB=0.562671;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0145512;OID=.;OPOS=21151913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:17:25:23:25:17:25:23:25 chr16 21190853 . A C 704.78 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0268436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.716;QD=58.7319;RBI=0.0432464;REFB=-0.0198111;REVB=0.0339068;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00246339;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:2:2:45:46:0.958333:20:25:2:0:21:25:2:0 chr16 21217061 . G A 197.64 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0476714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5919;QD=18.8226;RBI=0.0479729;REFB=-0.0430621;REVB=-0.00537059;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872089;STB=0.504946;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0427289;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:9:13:12:8:9:13 chr16 21222672 . C A 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0051177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.348;QD=19.5285;RBI=0.0135785;REFB=-0.015817;REVB=-0.0125772;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921568;STB=0.551155;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0147764;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:20:19:23:16:20:19:23:16 chr16 21222941 . C A 251.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0114612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.52;QD=19.6878;RBI=0.0122905;REFB=-0.0189072;REVB=0.00443814;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15448;STB=0.5864;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0172012;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:15:10:15:11:15:10 chr16 21272591 . G C 387.19 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00300451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3706;QD=12.9064;RBI=0.013556;REFB=0.0234173;REVB=0.0132188;RO=74;SAF=26;SAR=20;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326193;STB=0.518511;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0409819;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:20:26:44:30:20:26:44:30 chr16 21531133 . C G 80.29 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0129887;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9068;QD=5.18013;RBI=0.0178758;REFB=0.00806684;REVB=0.0122815;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256042;STB=0.674442;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0273257;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:63:62:47:49:13:13:0.209677:5:8:19:28:5:8:19:30 chr16 21531154 . G C 134.97 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.042077;FXX=0.0555478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.426;QD=7.93942;RBI=0.0426378;REFB=-0.0102452;REVB=-0.00689226;RO=49;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21838;STB=0.63144;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0269494;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:68:49:49:19:19:0.279412:7:12:22:27:7:12:22:27 chr16 21531473 . G A 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0024551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.11;QD=10.4369;RBI=0.00332496;REFB=-0.00452141;REVB=0.00224229;RO=27;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669767;STB=0.906885;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0439943;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:1:12:10:17:1:12:10:17 chr16 21531494 . T C 281.15 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0343491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.965;QD=28.1147;RBI=0.0352735;REFB=-0.0341798;REVB=-0.00802217;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159238;STB=0.592517;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0179161;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:15:24:25:0.625:9:15:6:9:9:16:6:9 chr16 21531609 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0196202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.991;QD=10.3896;RBI=0.0208958;REFB=-0.00380226;REVB=-0.00718881;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487741;STB=0.723655;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00655296;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:0:10:4:3:1:10 chr16 21599056 . G T 125.22 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0099522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.35;QD=14.3111;RBI=0.0234028;REFB=-0.030198;REVB=0.0211813;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181383;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0381198;OID=.;OPOS=21599056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:20:12:15:0.428571:5:7:12:8:7:8:12:8 chr16 21658389 . G A 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00705143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2902;QD=9.67034;RBI=0.0324905;REFB=-0.00456962;REVB=-0.0317161;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255286;STB=0.653269;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00843077;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:11:5:19:17:11:5:19:17 chr16 21689879 . T A 453.51 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0333667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.213;QD=14.9919;RBI=0.0333843;REFB=-0.0100248;REVB=0.00108169;RO=69;SAF=28;SAR=23;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167844;STB=0.513118;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0145283;OID=.;OPOS=21689879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:23:28:39:30:23:28:40:30 chr16 21690559 . G A 251.54 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0232769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8096;QD=15.2447;RBI=0.0568454;REFB=-0.0925331;REVB=0.0518612;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165625;STB=0.59085;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0393948;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:36:23:30:0.454545:10:13:11:17:15:15:12:24 chr16 21730449 . C T 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00454923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.205;QD=22.835;RBI=0.00527038;REFB=-0.0309577;REVB=-0.00266109;RO=37;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506655;STB=0.527857;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0238625;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:21:24:22:15:21:24:22:15 chr16 21742188 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0175378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.973;QD=5.01761;RBI=0.0307674;REFB=-0.000680856;REVB=0.0252796;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259107;STB=0.517192;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00290948;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:11:16:4:3:11:16 chr16 21747633 . A C 127.67 PASS AF=0.201923;AO=20;DP=104;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00716189;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.52;QD=4.91047;RBI=0.0124983;REFB=5.8898e-05;REVB=-0.0102428;RO=84;SAF=16;SAR=4;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31541;STB=0.709668;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000328018;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:84:83:20:21:0.201923:4:16:49:35:4:17:49:34 chr16 21747639 . G T 134.87 PASS AF=0.209524;AO=20;DP=106;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00756712;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.336;QD=5.13802;RBI=0.0358658;REFB=-0.0040674;REVB=-0.0350585;RO=82;SAF=15;SAR=5;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246821;STB=0.676443;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00236603;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:82:83:20:22:0.209524:5:15:47:35:5:17:48:35 chr16 21747662 . G A 155.61 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0220169;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.951;QD=5.55732;RBI=0.0279367;REFB=-0.00648342;REVB=-0.0171965;RO=85;SAF=18;SAR=7;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253133;STB=0.650143;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0184417;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:85:87:25:25:0.223214:7:18:45:40:7:18:47:40 chr16 22111704 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.888;QD=58.5877;RBI=0.0477482;REFB=0;REVB=0.00242013;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87553e-05;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr16 22144318 . C T 505.4 PASS AF=0.95;AO=35;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0927697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3613;QD=50.5397;RBI=0.104671;REFB=-0.177742;REVB=0.0484754;RO=5;SAF=16;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12582;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0280243;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:5:2:35:38:0.95:19:16:5:0:19:19:2:0 chr16 22155629 . A G 322.93 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0611898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.947;QD=19.2794;RBI=0.0612452;REFB=-0.00580023;REVB=-0.00260357;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325283;STB=0.50847;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00521314;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:19:15:14:18:19:15:14:19 chr16 22161136 . T C 712.87 PASS AF=1;AO=28;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.594;QD=61.9887;RBI=0.173279;REFB=0;REVB=-0.0515075;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986071;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:28:46:1:26:2:0:0:26:20:0:0 chr16 22178256 . G A 1216.03 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0027943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5636;QD=57.2249;RBI=0.097728;REFB=-0.117371;REVB=0.097688;RO=3;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534904;STB=0.528295;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00265054;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:25:56:0:3:25:57:0:3 chr16 22262514 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.367;QD=60.9785;RBI=0.0560907;REFB=0;REVB=0.00343357;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023028;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr16 22269867 . A G 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.848;QD=55.8039;RBI=0.0125595;REFB=-0.0229849;REVB=-0.00731556;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=4.45025e-06;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr16 22319555 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 93.38 PASS AF=0,0.517241;AO=3,12;DP=29;FAO=0,15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.111342,0.0235324;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=148.601,15.1746;QD=12.8795;RBI=0.114936,0.0264163;REFB=0.00991648,-0.0939666;REVB=-0.0285193,-0.0120018;RO=13;SAF=3,3;SAR=0,9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0.355556;SSEP=0,0;SSSB=0.699984,-0.066069;STB=0.5,0.52171;STBP=1,0.874;TYPE=snp,del;VARB=0,0.102064;OID=.,.;OPOS=22319560,22319556;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.517241:3,12:29:0,15:29:14:0,6:0,9:5:9:90:13:3,3:0,9:4:9 chr16 22357850 . C CAG,G 1156.02 PASS AF=0.949367,0.0379747;AO=73,3;DP=82;FAO=75,3;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37,0;FSAR=38,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154432,-0.0121261;FXX=0.0246883;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=220.016,53.4942;QD=58.5328;RBI=0.0168839,0.0411479;REFB=-0.0267616,-0.166207;REVB=0.00682448,-0.0393206;RO=4;SAF=35,0;SAR=38,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00201912,-0.683038;STB=0.506665,0.994936;STBP=0.548,0.121;TYPE=ins,snp;VARB=0.00245705,0.115532;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:82:79:4:1:73,3:75,3:0.949367,0.0379747:38,3:35,0:2:2:38,3:37,0:1:0 chr16 23072833 . C T 399.97 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0174531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.746;QD=16.6654;RBI=0.0205871;REFB=0.00162178;REVB=-0.0109187;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834899;STB=0.502981;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00216751;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:41:42:0.4375:22:19:25:28:22:20:26:28 chr16 23073531 . C G 281.06 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00438774;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9006;QD=19.0551;RBI=0.00668404;REFB=-0.00478707;REVB=0.00504223;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879823;STB=0.54479;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00560792;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:29:30:30:0.508475:17:13:9:18:17:13:10:19 chr16 23098422 . A G 701.99 PASS AF=0.486667;AO=74;DP=153;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.00774171;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.203;QD=18.7198;RBI=0.00779749;REFB=0.0038371;REVB=-0.000930994;RO=73;SAF=27;SAR=47;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485495;STB=0.50417;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00465354;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:73:77:74:73:0.486667:47:27:27:46:47:26:28:49 chr16 23200761 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00865881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.034;QD=14.1959;RBI=0.0145263;REFB=-0.00226847;REVB=-0.0116635;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097023;STB=0.505542;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00268838;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:15:17:12:11:15:17 chr16 23200848 . T C 435.9 PASS AF=0.52439;AO=44;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0494555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2728;QD=21.2636;RBI=0.0769024;REFB=-0.0280746;REVB=-0.0588908;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164827;STB=0.581357;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0283849;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:44:43:0.52439:18:26:15:23:18:25:16:23 chr16 23360199 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.62;QD=55.6555;RBI=0.0588658;REFB=0;REVB=-0.034335;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54888e-05;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 23489711 . C G 750.8 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.908;QD=56.664;RBI=0.0624567;REFB=0;REVB=-0.0619471;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182948;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr16 23490353 . T G 203.39 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022303;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.16;QD=45.1983;RBI=0.0223226;REFB=0.0284223;REVB=-0.000935592;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000539833;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:16:17:0.944444:10:6:0:1:10:7:0:1 chr16 23536684 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.023;QD=57.1063;RBI=0.0128276;REFB=0;REVB=0.0125402;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06805e-05;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr16 23546561 . G C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000251108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9407;QD=63.2831;RBI=0.0395511;REFB=0;REVB=-0.0395503;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527701;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr16 23563501 . C T 2732.32 PASS AF=0.983333;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.025596;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.331;QD=60.7181;RBI=0.0278394;REFB=-0.0280122;REVB=0.0109488;RO=2;SAF=46;SAR=131;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721223;STB=0.501588;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000498096;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:180:2:3:177:177:0.983333:131:46:0:2:131:46:1:2 chr16 23585061 . T C 833.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.28;QD=57.5038;RBI=0.0264597;REFB=0;REVB=0.0134996;RO=0;SAF=9;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60585e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:49:9:0:0:49:9:0:0 chr16 23677006 . A G 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0134204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.953;QD=18.835;RBI=0.0146181;REFB=0.00262582;REVB=-0.00579501;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869742;STB=0.552361;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00260759;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:52:52:0.495238:26:26:21:31:26:26:21:32 chr16 23701538 . A G 196.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0187518;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0135;QD=16.6822;RBI=0.0425762;REFB=-0.01059;REVB=-0.0382244;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528231;STB=0.522365;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0151741;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:27:20:20:0.425532:6:14:17:9:6:14:18:9 chr16 23711925 . C G 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00776493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.876;QD=22.4368;RBI=0.077827;REFB=-0.00583732;REVB=-0.0774386;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442042;STB=0.524401;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00423021;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:14:19:13:12:14:19:13:12 chr16 24226934 . G A 123.05 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0262825;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.805;QD=16.4061;RBI=0.0262855;REFB=-0.00488477;REVB=-0.000396872;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00574022;OID=.;OPOS=24226934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:16:13:14:0.466667:7:6:8:7:8:6:8:8 chr16 24834233 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.019857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.854;QD=17.9407;RBI=0.0365443;REFB=-0.0144651;REVB=0.0306787;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252995;STB=0.642708;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00982345;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:7:12:7:13:7:12:8:14 chr16 24902194 . T C 2041.94 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=137;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356654;FXX=0.0218962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.39;QD=60.9534;RBI=0.0386333;REFB=-0.0152251;REVB=0.0148495;RO=2;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155775;STB=0.504064;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0001279;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:134:2:1:132:133:0.992537:60:72:0:2:61:72:0:1 chr16 25137289 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.915;QD=51.1846;RBI=0.0326779;REFB=0;REVB=0.0097952;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195009;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 25137385 . G A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0118933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7609;QD=15.0176;RBI=0.0275977;REFB=0.0148629;REVB=-0.0249034;RO=40;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583004;STB=0.53309;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0157961;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:9:21:26:14:9:21:26:14 chr16 25137449 . A T 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00233302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.119;QD=16.1647;RBI=0.0265814;REFB=-0.0128202;REVB=-0.0264788;RO=40;SAF=23;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797915;STB=0.539881;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0143702;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:10:23:25:15:10:23:26:15 chr16 25239805 . G C 542.08 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000253259;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5806;QD=60.2315;RBI=0.0844407;REFB=0;REVB=0.0844403;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144139;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr16 25255242 . T A 609.7 PASS AF=0.463768;AO=63;DP=139;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00136835;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.374;QD=17.6725;RBI=0.00162749;REFB=-0.00681111;REVB=-0.0008811;RO=73;SAF=40;SAR=23;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128086;STB=0.569008;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00586495;OID=.;OPOS=25255242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:73:74:63:64:0.463768:23:40:37:36:24:40:37:37 chr16 25255506 . C T 212.81 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00969205;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.687;QD=16.0614;RBI=0.0338948;REFB=-0.00990566;REVB=0.0324795;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130683;STB=0.584457;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00933982;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:29:23:24:0.45283:7:16:24:6:7:17:24:5 chr16 25258035 . A G 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00739493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.637;QD=28.7632;RBI=0.0269082;REFB=-0.030325;REVB=0.0258722;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220311;STB=0.512182;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0143252;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:7:12:6:3:7:12:6:3 chr16 25263278 . G A 405.32 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0151213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0699;QD=17.2475;RBI=0.0275736;REFB=-0.0136718;REVB=-0.0230576;RO=52;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849554;STB=0.547596;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0160227;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:23:19:28:24:23:19:28:24 chr16 25268368 . A G 273.59 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.305;QD=52.1132;RBI=0.0483521;REFB=0;REVB=-0.0162125;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213384;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:12:6:0:0:12:9:0:0 chr16 27238110 . C T 1536.65 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.043;QD=59.6755;RBI=0.0250373;REFB=0;REVB=-0.00288999;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37805e-05;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:45:56:0:0:46:57:0:0 chr16 27356203 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.119;QD=56.9997;RBI=0.0668268;REFB=0;REVB=0.0647816;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189564;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:20:34:0:0 chr16 27371158 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0804;QD=60.2279;RBI=0.0661464;REFB=0;REVB=-0.0517998;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149238;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 27445670 . TG T 97.5 PASS AF=0.8125;AO=10;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.27335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.053;QD=24.3757;RBI=0.281766;REFB=-0.100339;REVB=-0.0683532;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.565125;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.0490885;OID=.;OPOS=27445671;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:10:16:13:16:3:3:10:0:3:10:4:1:9:1:3 chr16 27772901 . G A 569.15 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0272393;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.038;QD=54.205;RBI=0.0296741;REFB=-0.0144628;REVB=0.0117717;RO=2;SAF=28;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323178;STB=0.504502;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000215153;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:42:2:3:39:39:0.928571:11:28:2:0:11:28:2:1 chr16 27974487 . T C 130.92 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0614739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0119;QD=10.2685;RBI=0.0750858;REFB=0.0034278;REVB=-0.0431141;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195515;STB=0.506227;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0145113;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:35:16:16:0.313725:7:9:18:15:7:9:20:15 chr16 28145165 . T A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0112103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=17.9918;RBI=0.0160477;REFB=-0.0110321;REVB=0.0114829;RO=30;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224454;STB=0.626367;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0103313;OID=.;OPOS=28145165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:21:8:15:15:21:8:15:15 chr16 28222690 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.070009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.522;QD=17.8274;RBI=0.0740423;REFB=-0.00869844;REVB=0.0241041;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.581247;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00441005;OID=.;OPOS=28222690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:3:8:10:2:3:8 chr16 28506872 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0347197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5925;QD=18.7661;RBI=0.0698561;REFB=0.0246393;REVB=-0.060617;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.021509;OID=.;OPOS=28506872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr16 28508048 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0695195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0482;QD=24.8033;RBI=0.0700548;REFB=-0.0170259;REVB=-0.00864374;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00502559;OID=.;OPOS=28508048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:1:3:8:2:1:3 chr16 28508069 . C T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00810299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=29.1635;RBI=0.0128361;REFB=0.0135735;REVB=-0.00995525;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119933;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00225265;OID=.;OPOS=28508069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:2:1:7:4:2:1 chr16 28508447 . A G 144.48 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0042401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.906;QD=15.6195;RBI=0.029541;REFB=-0.0369367;REVB=0.0292352;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148733;STB=0.612104;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0536935;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:15:16:0.432432:9:6:11:9:10:6:12:9 chr16 28508716 . T C 229.54 PASS AF=1;AO=11;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.667;QD=48.3237;RBI=0.0454103;REFB=0;REVB=0.0403944;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007848;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:11:19:1:2:9:0:0:8:11:0:0 chr16 28513403 . A G 209.36 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0170545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.546;QD=19.4754;RBI=0.0200477;REFB=-0.0103782;REVB=0.0105382;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159688;STB=0.627078;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0111502;OID=.;OPOS=28513403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:22:19:21:0.488372:10:9:6:14:10:11:6:16 chr16 28603393 . T C 330.47 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676466;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8843;QD=55.0779;RBI=0.0795764;REFB=0;REVB=-0.0419089;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116988;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:21:24:1:13:8:0:0:13:11:0:0 chr16 28603655 . T G 837.5 PASS AF=0.44898;AO=77;DP=186;FAO=88;FDP=196;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0742336;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5218;QD=17.0918;RBI=0.111691;REFB=-0.019524;REVB=0.0834521;RO=108;SAF=43;SAR=34;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322665;STB=0.528989;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0265324;OID=.;OPOS=28603655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:196:108:108:77:88:0.44898:34:43:57:51:37:51:57:51 chr16 28617485 . C T 878.64 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.251;QD=56.6863;RBI=0.0332032;REFB=0;REVB=0.0329134;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378614;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:30:31:0:1:31:31:0:0 chr16 28617514 . C T 274.91 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0202816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.844;QD=15.4879;RBI=0.0250416;REFB=-0.0152142;REVB=0.014688;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979804;STB=0.555318;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0117551;OID=.;OPOS=28617514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:22:18:17:14:22:18 chr16 28617552 . C G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00101158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.315;QD=17.6947;RBI=0.00398114;REFB=-0.00833964;REVB=0.00385048;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642995;STB=0.542833;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00899743;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:39:35:35:0.472973:19:16:19:17:19:16:21:18 chr16 28619911 . T C 377.84 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0136401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.072;QD=21.5906;RBI=0.0185323;REFB=-0.00775926;REVB=-0.0125457;RO=32;SAF=25;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163502;STB=0.590502;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00642569;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:13:25:15:17:13:25:15:17 chr16 28619920 . A G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0082519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.859;QD=18.7851;RBI=0.0139785;REFB=-0.014905;REVB=0.011283;RO=33;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177119;STB=0.599136;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.019806;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:10:23:17:16:10:23:17:16 chr16 28621311 . T C 1132.97 PASS AF=0.908046;AO=76;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0187747;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.52;QD=52.0904;RBI=0.0318653;REFB=0.0876376;REVB=0.025747;RO=7;SAF=41;SAR=35;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742319;STB=0.529823;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00153787;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:87:87:7:8:76:79:0.908046:35:41:7:0:35:44:7:1 chr16 28649787 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0204987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.991;QD=18.4438;RBI=0.0239609;REFB=-0.0126869;REVB=-0.0124067;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00821454;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr16 28734477 . G T 33.09 PASS AF=0.12766;AO=5;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00517824;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.441;QD=2.81589;RBI=0.0497581;REFB=-0.00499957;REVB=0.0494879;RO=42;SAF=4;SAR=1;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156843;STB=0.540852;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0475509;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:47:42:41:5:6:0.12766:1:4:29:13:2:4:29:12 chr16 28842311 . A G 670.53 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134598;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.334;QD=58.3072;RBI=0.0206695;REFB=-0.037005;REVB=0.0156864;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541647;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00239389;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:43:44:0.956522:10:33:0:0:11:33:0:2 chr16 28846866 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0046325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.938;QD=8.81089;RBI=0.0179289;REFB=-0.0305195;REVB=0.0173201;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0332162;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:7:4:1:5:7:4 chr16 28848508 . A G 989.78 PASS AF=0.441667;AO=104;DP=240;FAO=106;FDP=240;FR=.;FRO=134;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=78;FWDB=0.00137855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.718;QD=16.4963;RBI=0.0154767;REFB=-0.00340446;REVB=0.0154152;RO=132;SAF=41;SAR=63;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392233;STB=0.512583;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00213522;OID=.;OPOS=28848508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:132:134:104:106:0.441667:63:41:57:75:64:42:56:78 chr16 28898793 . T C 185.99 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0205337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.606;QD=14.0369;RBI=0.0238618;REFB=-0.0362048;REVB=0.0121552;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142457;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0412258;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:8:13:15:16:9:13:15:16 chr16 28913710 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0283712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.756;QD=12.8607;RBI=0.0289123;REFB=-0.00214282;REVB=0.00556744;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.72179;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00289505;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:0:8:5:2:0:8 chr16 28915527 . G A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0185941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.79;QD=16.5326;RBI=0.019602;REFB=-0.0127948;REVB=-0.0062048;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320545;STB=0.674456;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0112261;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:24:11:27:15:24:11:27:16 chr16 28944396 . C G 331.65 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0425945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6594;QD=27.0733;RBI=0.078429;REFB=-0.0722293;REVB=0.0658545;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51339;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0344205;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:20:28:29:0.591837:14:14:9:9:14:15:11:9 chr16 28993369 . C T 244.27 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0440003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5477;QD=13.0276;RBI=0.0472872;REFB=-0.0140051;REVB=0.0173219;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273293;STB=0.655503;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0237893;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:17:12:31:15:17:12:31:15 chr16 28995757 . C A 211.9 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0179497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.378;QD=16.6192;RBI=0.0305295;REFB=-0.00472886;REVB=-0.0246953;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.52354;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00716413;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:22:23:0.45098:9:13:17:11:10:13:17:11 chr16 29057392 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.81;QD=44.6898;RBI=0.0343319;REFB=0;REVB=0.0196091;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002224;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr16 29063626 . C A 159.67 PASS AF=0.64;AO=10;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.152839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3547;QD=25.547;RBI=0.15312;REFB=-0.0264896;REVB=0.0092752;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252049;STB=0.688242;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0335398;OID=.;OPOS=29063626;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:25:9:9:10:16:0.64:2:8:5:4:2:14:5:4 chr16 29097556 . C CAT,T 37.14 PASS AF=0.111111,0.0444444;AO=5,2;DP=46;FAO=5,2;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3,1;FSAR=2,1;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0629805,-0.0765037;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=74.199,211.272;QD=3.30127;RBI=0.064706,0.0768197;REFB=0.00833724,0.00166375;REVB=-0.0148431,-0.00696095;RO=38;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143679,0.0217286;STB=0.588429,0.5;STBP=0.697,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0603825,0.00259023;OID=.,.;OPOS=29097557,29097556;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:46:45:38:38:5,2:5,2:0.111111,0.0444444:2,1:3,1:18:20:2,1:3,1:19:19 chr16 29124421 . T C 725.65 PASS AF=0.493421;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00307834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.629;QD=19.096;RBI=0.0158732;REFB=-0.00480333;REVB=0.0155719;RO=77;SAF=45;SAR=29;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108092;STB=0.554945;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0119468;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:74:75:0.493421:29:45:38:39:30:45:38:39 chr16 29580611 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2069;QD=56.6949;RBI=0.0549859;REFB=0;REVB=0.00677735;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940327;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr16 29624931 . G A 42.68 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.57;QD=21.3409;RBI=0.0328866;REFB=0.00756333;REVB=0.0328866;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406494;OID=.;OPOS=29624931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:8:2:2:5:6:0.75:5:0:0:2:6:0:0:2 chr16 29675928 . C T 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000693328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.352;QD=14.092;RBI=0.0361743;REFB=-0.00125336;REVB=0.0361676;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.7495;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00176731;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:6:8:2:9:6:8 chr16 29677841 . T A 31.03 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0299841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2185;QD=12.4105;RBI=0.0648284;REFB=-0.0766137;REVB=0.0574777;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.103495;OID=.;OPOS=29677841;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr16 29677843 . T A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8857;QD=37.4855;RBI=0.165089;REFB=0;REVB=0.162657;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119829;OID=.;OPOS=29677843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 29677845 . T A 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1125;QD=37.4769;RBI=0.065035;REFB=0;REVB=0.0365558;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609473;OID=.;OPOS=29677845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 29679989 . A G 632.81 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00861351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6524;QD=57.5278;RBI=0.021332;REFB=-0.0375773;REVB=0.0195156;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00106348;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:44:1:1:41:43:0.977273:15:26:0:1:17:26:0:1 chr16 29680036 . T A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA 349.84 PASS AF=0.135593,0,0.59322;AO=8,18,6;DP=59;FAO=8,0,35;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0,16;FSAR=0,0,19;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0027119,-0.0174351,-0.0293351;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=1,19,20;MLLD=168.871,339.946,339.314;QD=23.7176;RBI=0.0223514,0.020185,0.0361449;REFB=-0.0193052,-0.0223626,-0.018915;REVB=0.0221863,0.0101711,0.0211165;RO=23;SAF=8,0,6;SAR=0,18,0;SRF=23;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.885337,0;STB=0.5,0.5,0.666579;STBP=1,1,0.001;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0242082,0,0.00215113;OID=.,.,.;OPOS=29680036,29680037,29680037;OREF=T,-,-;OALT=A,GGATTATAGGTGTGAGCCA,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:59:59:23:16:8,18,6:8,0,35:0.135593,0,0.59322:0,18,0:8,0,6:23:0:0,0,19:8,0,16:16:0 chr16 29680256 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.63;QD=42.1825;RBI=0.0309508;REFB=0;REVB=0.0216486;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738231;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr16 29680389 . A C 1464.91 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=110;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00459561;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.064;QD=53.7581;RBI=0.0250899;REFB=-0.0580344;REVB=0.0246655;RO=6;SAF=59;SAR=44;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100126;STB=0.505285;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00143686;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:110:109:6:6:103:103:0.944954:44:59:4:2:44:59:4:2 chr16 29708350 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3959;QD=61.3357;RBI=0.0517934;REFB=0;REVB=-0.0461907;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036526;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 29790864 . G A 1264.72 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.009;QD=61.6934;RBI=0.0353496;REFB=0;REVB=0.034005;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300937;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:28:53:0:0:29:53:0:0 chr16 29791561 . T G 1565.88 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4471;QD=63.9134;RBI=0.029829;REFB=0;REVB=-0.0224729;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294539;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:35:63:0:0:35:63:0:0 chr16 29791721 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2773;QD=55.098;RBI=0.0396588;REFB=0;REVB=-0.0187252;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011118;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 29808334 . C G 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00732917;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.887;QD=23.0363;RBI=0.00747676;REFB=-0.00903428;REVB=-0.00147827;RO=33;SAF=13;SAR=29;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152929;STB=0.584392;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00599379;OID=.;OPOS=29808334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:29:13:16:17:29:13:16:17 chr16 29811319 . C T 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5204;QD=50.4069;RBI=0.075565;REFB=0;REVB=0.0677971;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243257;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 29814234 . G A 1324.93 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.556;QD=60.9163;RBI=0.0271584;REFB=-0.122626;REVB=0.0188755;RO=1;SAF=27;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172216;STB=0.509089;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000441568;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:59:27:1:0:59:27:1:0 chr16 29818054 . C G 34.54 PASS AF=0.115385;AO=7;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0535823;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=20.4544;QD=2.65666;RBI=0.0539344;REFB=-0.0519355;REVB=-0.00615272;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489882;STB=0.832224;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0933949;OID=.;OPOS=29818054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:30:42:7:6:0.115385:6:1:16:14:5:1:23:19 chr16 29820859 . A AC,C 82.26 PASS AF=0.432432,0;AO=14,3;DP=39;FAO=16,0;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=1,0;FSAR=15,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0344248,-0.0255921;FXX=0.0512689;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=32.6139,71.7235;QD=8.89303;RBI=0.0344397,0.0262214;REFB=0.00371826,0.00614055;REVB=0.00101578,-0.00571012;RO=21;SAF=0,0;SAR=14,3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.780448,-0.518235;STB=0.77731,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.10052,0;OID=.,.;OPOS=29820860,29820859;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:37:21:21:14,3:16,0:0.432432,0:14,3:0,0:6:15:15,0:1,0:6:15 chr16 29821744 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.305;QD=59.6778;RBI=0.0106033;REFB=0;REVB=0.00754552;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89069e-07;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr16 29825126 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6587;QD=57.5446;RBI=0.0184028;REFB=0;REVB=-0.0174737;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16021e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr16 29826538 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.507;QD=37.4846;RBI=0.0582645;REFB=0;REVB=0.0529036;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601723;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr16 29859237 . AGGGGAT ACGGGAT,AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG 78.22 PASS AF=0,0,0.411765,0;AO=3,6,20,3;DP=77;FAO=0,0,28,0;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=0,0,24,0;FSAR=0,0,4,0;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.0364623,-0.145901,0.0355868,-0.0513837;FXX=0.105249;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,2,1,3;MLLD=30.5384,50.6194,12.6582,80.2166;QD=4.60146;RBI=0.0663084,0.146121,0.125276,0.0519633;REFB=-0.0551818,-0.0137251,-0.147155,-0.012689;REVB=0.0553832,-0.00801998,0.120115,0.00773995;RO=36;SAF=3,6,16,3;SAR=0,0,4,0;SRF=2;SRR=34;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.820335,0.853598,0.703655,0.820335;STB=0.5,0.5,0.889487,0.5;STBP=1,1,0,1;TYPE=snp,mnp,del,mnp;VARB=0,0,0.149667,0;OID=.,.,.,.;OPOS=29859238,29859241,29859238,29859241;OREF=G,GA,G,GAT;OALT=C,AG,-,ATG;OMAPALT=ACGGGAT,AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.411765,0:3,6,20,3:77:0,0,28,0:68:40:0,0,24,0:0,0,4,0:5:35:82:36:3,6,16,3:0,0,4,0:2:34 chr16 29876150 . CA C,CC 188.5 PASS AF=0.844828,0;AO=26,2;DP=57;FAO=49,0;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=29,0;FSAR=20,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.210695,0.035227;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.15207,13.5476;QD=13.0002;RBI=0.215501,0.0543589;REFB=-0.0307241,-0.0123093;REVB=0.045256,0.0413999;RO=21;SAF=11,2;SAR=15,0;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193984,0.442452;STB=0.523456,0.5;STBP=0.446,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0931172,0.0350115;OID=.,.;OPOS=29876151,29876151;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.844828,0:26,2:57:49,0:58:9:29,0:20,0:4:5:26:21:11,2:15,0:14:7 chr16 29899123 . G T 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0850038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8422;QD=14.9022;RBI=0.0854049;REFB=-0.00291098;REVB=0.00826654;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106604;STB=0.56052;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00649755;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:18:16:15:11:18:16 chr16 29908433 . C G 189.15 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0304509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2109;QD=13.5109;RBI=0.0329792;REFB=-0.0206942;REVB=0.0126637;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22506;STB=0.63146;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0175831;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:16:7:16:15:16:7:17:16 chr16 29994922 . C T 304.92 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0301914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.688;QD=26.5145;RBI=0.0303089;REFB=-0.0133808;REVB=0.00266566;RO=19;SAF=1;SAR=26;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747365;STB=0.541633;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00801387;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:26:1:1:18:26:1:1:18 chr16 29998200 . A G 442.52 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00747549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.47;QD=16.8578;RBI=0.0339067;REFB=-0.00872027;REVB=-0.0330723;RO=56;SAF=13;SAR=36;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162376;STB=0.590932;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0106139;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:36:13:23:33:36:13:23:33 chr16 30005970 . CCT CC,C 83.81 PASS AF=0,0.545455;AO=3,11;DP=27;FAO=0,12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0189171,0.0872055;FXX=0.0434594;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.2973,25.7993;QD=15.2384;RBI=0.148482,0.0973671;REFB=-0.0925411,-0.0730337;REVB=-0.147272,-0.0433076;RO=11;SAF=1,10;SAR=2,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0.376,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408883,0.316352;STB=0.5,0.804228;STBP=1,0.012;TYPE=del,del;VARB=0,0.0727721;OID=.,.;OPOS=30005972,30005971;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.545455:3,11:27:0,12:22:10:0,11:0,1:5:5:67:11:1,10:2,1:8:3 chr16 30016548 . G C,GC 94.7 PASS AF=0.0185185,0.231481;AO=5,21;DP=112;FAO=2,25;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=0,14;FSAR=2,11;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00503228,-0.0158124;FXX=0.0270246;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=33.5317,21.1292;QD=3.50751;RBI=0.0896384,0.0777437;REFB=-0.0130187,-0.0253484;REVB=-0.089497,-0.0761187;RO=84;SAF=0,17;SAR=5,4;SRF=39;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.478218,0.451474;STB=0.994985,0.541286;STBP=0.194,0.62;TYPE=snp,ins;VARB=0.0634478,0.129259;OID=.,.;OPOS=30016548,30016549;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:88:112:108:84:81:5,21:2,25:0.0185185,0.231481:5,4:0,17:39:45:2,11:0,14:41:40 chr16 30018500 . C T 135.1 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0611443;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7201;QD=15.8945;RBI=0.0764995;REFB=0.0151154;REVB=0.0459732;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277923;STB=0.648464;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0345576;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:19:15:15:0.441176:7:8:5:15:7:8:5:14 chr16 30021402 . C T 168.06 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00349902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.836;QD=15.6338;RBI=0.0176579;REFB=-0.013301;REVB=0.0173078;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0132374;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:11:13:11:7:11:14 chr16 30037128 . A C 249.64 PASS AF=0.490566;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0325754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.417;QD=18.8408;RBI=0.0333778;REFB=-0.0318881;REVB=-0.00727476;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199884;STB=0.530465;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0554732;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:22:25:22:26:0.490566:12:10:15:7:12:14:15:10 chr16 30081367 . G T 292.78 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00632353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.582;QD=15.0141;RBI=0.0245579;REFB=-0.0154289;REVB=0.0237298;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299508;STB=0.516952;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0230213;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:13:20:26:19:13:20:26:19 chr16 30097630 . C T 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0124016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.534;QD=12.7276;RBI=0.0277957;REFB=-0.0125662;REVB=0.0248758;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0132393;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:7:5:3:6:7:5 chr16 30119525 . C A 740.81 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163356;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.616;QD=56.9855;RBI=0.0134913;REFB=0;REVB=0.0133921;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00564e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr16 30198151 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.553;QD=46.848;RBI=0.00345192;REFB=0;REVB=0.00233334;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12956e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr16 30199584 . G A 205.07 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0020518;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.934;QD=14.6482;RBI=0.0588671;REFB=-0.0117597;REVB=0.0588314;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10065;STB=0.530278;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0183094;OID=.;OPOS=30199584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:32:23:24:0.428571:9:14:12:12:10:14:17:15 chr16 30393660 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.489;QD=57.2026;RBI=0.0208696;REFB=0;REVB=0.00738975;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66454e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 30408765 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7938;QD=64.1521;RBI=0.0443893;REFB=0;REVB=-0.0058038;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255786;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr16 30455945 . A C 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00604117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.533;QD=15.5763;RBI=0.0123787;REFB=-0.0259329;REVB=0.0108045;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0350607;OID=.;OPOS=30455945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:16:8:9:20:16:8:10:20 chr16 30671670 . C G 51.45 PASS AF=0.0763359;AO=20;DP=262;FAO=20;FDP=262;FR=.;FRO=242;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=152;FSRR=90;FWDB=-0.00747114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.986;QD=0.785531;RBI=0.0234358;REFB=-0.000216943;REVB=-0.022213;RO=230;SAF=3;SAR=17;SRF=147;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521788;STB=0.891072;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.030158;OID=.;OPOS=30671670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:262:262:230:242:20:20:0.0763359:17:3:147:83:17:3:152:90 chr16 30724070 . G T 1305.88 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3195;QD=60.7386;RBI=0.0170148;REFB=0.0251936;REVB=-0.0111671;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129769;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000532506;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:49:36:1:0:49:36:1:0 chr16 30734963 . C A 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.636;QD=53.3683;RBI=0.0271416;REFB=-0.0527304;REVB=-0.00415646;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000321411;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr16 30748518 . A G 351.16 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00566247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.278;QD=29.8855;RBI=0.00650524;REFB=-0.0167794;REVB=-0.00320227;RO=17;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048899;STB=0.531229;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00911534;OID=.;OPOS=30748518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:10:19:10:7:10:20:10:7 chr16 30762640 . C T 510.6 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0286581;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.915;QD=52.3688;RBI=0.0286812;REFB=-0.212081;REVB=0.0011515;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.559965;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00192223;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:1:3:36:36:0.923077:25:11:1:0:25:11:3:0 chr16 30779716 . A G 2371.2 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.143;QD=64.0864;RBI=0.0440638;REFB=0;REVB=0.023801;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39169e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:148:0:0:145:148:1:82:63:0:0:84:64:0:0 chr16 30780828 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.808;QD=49.5992;RBI=0.0139247;REFB=0;REVB=-0.00202931;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66769e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 30886643 . T C 99.6 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0752085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.681;QD=24.9001;RBI=0.104127;REFB=-0.213787;REVB=-0.0720145;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0526217;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr16 30900235 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00222588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.294;QD=15.172;RBI=0.00456284;REFB=-0.000778064;REVB=-0.00398309;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798967;STB=0.556457;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000776357;OID=.;OPOS=30900235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:14:9:8:9:15:9 chr16 30964940 . A G 695.36 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0749081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.633;QD=60.4665;RBI=0.0749312;REFB=-0.106506;REVB=-0.0018611;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0126977;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:1:0:19:26:1:0 chr16 30978848 . TTC T 52.23 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.15946;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=2;MLLD=20.2122;QD=5.80325;RBI=0.203341;REFB=-0.133309;REVB=-0.126175;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681805;STB=0.540926;STBP=0.686;TYPE=del;VARB=0.194394;OID=.;OPOS=30978849;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:35:14:36:22:6:8:8:14:52:15:0:5:6:9 chr16 30999142 . A G 316.51 PASS AF=0.787879;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0131074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1755;QD=38.3643;RBI=0.0145689;REFB=-0.0918675;REVB=-0.00635991;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.684058;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126382;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:0:7:25:26:0.787879:5:20:0:0:6:20:0:7 chr16 30999462 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7497;QD=58.7746;RBI=0.0939064;REFB=0;REVB=-0.0594578;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123882;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr16 31075175 . G A,C 710.04 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171458,-0.0127042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.03,97.2959;QD=61.7429;RBI=0.026734,0.0182658;REFB=0,0;REVB=0.0205117,-0.013124;RO=0;SAF=27,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00018458,0.134132;OID=.,.;OPOS=31075175,31075175;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:46:46:0:0:43,3:43,3:0.934783,0.0652174:16,3:27,0:0:0:16,3:27,0:0:0 chr16 31075708 . C G 322.51 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.667;QD=53.7523;RBI=0.0523619;REFB=0;REVB=-0.00493635;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327749;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr16 31088347 . G A 1150.2 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.051736;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1618;QD=58.9846;RBI=0.0638149;REFB=-0.0673653;REVB=0.0373594;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00282423;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:44:32:1:0:44:33:1:0 chr16 31088625 . A G 850.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.509;QD=57.6773;RBI=0.0168406;REFB=0;REVB=0.010578;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93433e-05;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:21:36:0:0:22:37:0:0 chr16 31088893 . CAA CA,CAC 206.6 PASS AF=0.6875,0.3125;AO=5,3;DP=31;FAO=22,10;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.678375,0.0711708;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.223,160.402;QD=25.8254;RBI=0.718667,0.0808647;REFB=0,0;REVB=-0.237255,-0.0383903;RO=13;SAF=4,0;SAR=1,3;SRF=13;SRR=0;SSEN=0.326923,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542477,-0.844812;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0830074,0.0163822;OID=.,.;OPOS=31088894,31088895;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6875,0.3125:5,3:31:22,10:32:0:19,0:3,10:0:0:61:13:4,0:1,3:13:0 chr16 31093892 . A G 755.62 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140636;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.848;QD=64.308;RBI=0.0665962;REFB=0;REVB=0.0650943;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205048;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 31099011 . T C 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0345945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.372;QD=16.0703;RBI=0.0553853;REFB=-0.0049276;REVB=-0.0432522;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22421;STB=0.625587;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.007325;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:25:10:15:14:25:10 chr16 31106791 . T A 146.62 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00863727;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.585;QD=9.02271;RBI=0.0403264;REFB=-0.0026507;REVB=0.0393905;RO=43;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940756;STB=0.553793;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0109961;OID=.;OPOS=31106791;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:45:20:20:0.307692:10:10:18:25:10:10:19:26 chr16 31121793 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.002;QD=45.8064;RBI=0.0811312;REFB=0;REVB=0.0786054;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115121;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr16 31141826 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0355;QD=48.7372;RBI=0.0115672;REFB=0;REVB=-0.00399873;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167678;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 31141880 . A G 355.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000870297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.603;QD=54.64;RBI=0.00504711;REFB=0;REVB=-0.00497151;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66196e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr16 31153105 . A G 950.17 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359548;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7223;QD=55.8924;RBI=0.0721211;REFB=-0.149781;REVB=-0.0625196;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00215532;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:66:66:0.970588:26:40:0:0:26:40:2:0 chr16 31193942 . C A 450.38 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0293155;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.374;QD=24.0204;RBI=0.0296941;REFB=-0.0192569;REVB=0.00472659;RO=32;SAF=10;SAR=33;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195886;STB=0.608241;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00597032;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:32:43:43:0.573333:33:10:14:18:33:10:14:18 chr16 31195279 . C T 158.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0217158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.498;QD=13.2434;RBI=0.0241958;REFB=-0.0440096;REVB=0.0106706;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481477;STB=0.566931;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0487254;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:29:17:17:0.354167:10:7:11:13:10:7:15:14 chr16 31230463 . C T 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0154417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.824;QD=28.7488;RBI=0.0156735;REFB=-0.00546173;REVB=0.00268552;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228035;STB=0.523145;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00291385;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:14:16:9:9:14:16:9:10 chr16 31336719 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00100249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.959;QD=20.2683;RBI=0.0122472;REFB=-0.0088066;REVB=-0.0122061;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178562;STB=0.599911;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00607751;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:5:16:12:9:5:16 chr16 31366629 . A G 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0271079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8161;QD=16.2672;RBI=0.0490145;REFB=-0.0220341;REVB=0.0408361;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513058;STB=0.529374;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0267304;OID=.;OPOS=31366629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:12:3:3:15:12:3:3:15 chr16 31374535 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0081672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.714;QD=22.5809;RBI=0.0247869;REFB=-0.0142646;REVB=0.0234027;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251319;STB=0.642615;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0174799;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:5:2:8:4:5:2 chr16 31422108 . GGGCC GC,GGGC,GGG 419.91 PASS AF=0,0.7,0.2;AO=11,18,15;DP=85;FAO=0,63,18;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=0,28,13;FSAR=0,35,5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0365913,-0.124174,-0.0626585;FXX=0;HRUN=5,6,6;LEN=3,1,2;MLLD=18.8854,8.65273,10.9534;QD=18.6626;RBI=0.634565,0.499109,0.251296;REFB=0.0414188,0.0653187,0.0361443;REVB=-0.63351,0.483415,0.243359;RO=23;SAF=0,18,15;SAR=11,0,0;SRF=9;SRR=14;SSEN=0.305263,0.625,0.625;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.762486,0.837331,0.825167;STB=0.5,0.569209,0.628451;STBP=1,0.003,0.18;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.0143077,-0.0117482;OID=.,.,.;OPOS=31422109,31422111,31422111;OREF=GGC,C,CC;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,GGGC,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.7,0.2:11,18,15:85:0,63,18:90:9:0,28,13:0,35,5:9:0:29:23:0,18,15:11,0,0:9:14 chr16 31422429 . T C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00371544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.413;QD=14.6857;RBI=0.0536025;REFB=0.0053635;REVB=0.0534736;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139667;STB=0.578898;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00583109;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:15:28:16:15:15:28 chr16 31580530 . A C 827.49 PASS AF=0.452632;AO=85;DP=191;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.00753868;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8799;QD=17.4209;RBI=0.0544633;REFB=-0.018675;REVB=0.053939;RO=106;SAF=37;SAR=48;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931456;STB=0.559402;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0211765;OID=.;OPOS=31580530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:106:104:85:86:0.452632:48:37:56:50:49:37:56:48 chr16 31724836 . T C 257.89 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00794637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1885;QD=30.3402;RBI=0.0590896;REFB=-0.0378866;REVB=-0.0585528;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213405;STB=0.616529;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0175667;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:34:11:11:23:23:0.676471:13:10:1:10:13:10:1:10 chr16 31770723 . T A 356.32 PASS AF=0.39;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0106429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.844;QD=14.253;RBI=0.0637477;REFB=-0.00807179;REVB=-0.062853;RO=61;SAF=31;SAR=7;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254539;STB=0.624091;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0265451;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:61:38:39:0.39:7:31:39:22:8:31:39:22 chr16 31926619 . G A,C 185.19 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=13,2;DP=15;FAO=15,1;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159027,-0.129015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=305.748,238.638;QD=46.2973;RBI=0.159156,0.129465;REFB=0,0;REVB=0.00641807,0.0107826;RO=0;SAF=1,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120438,0.0721683;OID=.,.;OPOS=31926619,31926619;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:15:16:0:0:13,2:15,1:0.9375,0.0625:12,0:1,2:0:0:13,0:2,1:0:0 chr16 32077537 . G T 1160.32 PASS AF=0.487395;AO=116;DP=238;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=72;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=46;FWDB=-0.00489351;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.913;QD=19.5011;RBI=0.00521722;REFB=-0.0128076;REVB=-0.00180914;RO=122;SAF=72;SAR=44;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223861;STB=0.501231;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0131596;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:122:122:116:116:0.487395:44:72:76:46:44:72:76:46 chr16 32077580 . A G 1072.9 PASS AF=0.452756;AO=114;DP=253;FAO=115;FDP=254;FR=.;FRO=139;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0230713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9484;QD=16.896;RBI=0.0246879;REFB=-0.00783078;REVB=0.00878665;RO=138;SAF=70;SAR=44;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648788;STB=0.535026;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00893717;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:138:139:114:115:0.452756:44:70:76:62:45:70:76:63 chr16 32191941 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0166666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.035;QD=10.4387;RBI=0.0201075;REFB=-0.000814987;REVB=-0.0112489;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20608;STB=0.624291;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00300865;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:13:14:9:4:13:14 chr16 33629700 . G A 773.15 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00997827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.092;QD=19.8242;RBI=0.0109831;REFB=-0.0190085;REVB=-0.0045893;RO=76;SAF=42;SAR=37;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165348;STB=0.512442;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.016655;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:76:77:79:79:0.50641:37:42:39:37:37:42:39:38 chr16 33629846 . T A 583.42 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0187173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.879;QD=20.8364;RBI=0.01972;REFB=-0.0229763;REVB=0.00620819;RO=52;SAF=32;SAR=27;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147741;STB=0.584388;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0233042;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:53:59:59:0.526786:27:32:37:15:27:32:38:15 chr16 33629950 . G T 928.64 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=164;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=11;FWDB=-0.0106126;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.923;QD=22.6496;RBI=0.0110689;REFB=-0.000620363;REVB=-0.00314531;RO=74;SAF=40;SAR=50;SRF=63;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329531;STB=0.678488;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000776042;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:74:74:90:90:0.54878:50:40:63:11:50:40:63:11 chr16 33629973 . G A 893.02 PASS AF=0.55414;AO=86;DP=157;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=11;FWDB=-0.0332616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.578;QD=22.752;RBI=0.0366104;REFB=-0.043407;REVB=0.0152966;RO=67;SAF=33;SAR=53;SRF=56;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351664;STB=0.698397;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0208339;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:67:70:86:87:0.55414:53:33:56:11:54:33:59:11 chr16 33630022 . A T 951.38 PASS AF=0.482927;AO=95;DP=201;FAO=99;FDP=205;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.00572246;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.606;QD=18.5635;RBI=0.0166126;REFB=-0.00511169;REVB=-0.0155959;RO=105;SAF=35;SAR=60;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12464;STB=0.556783;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0060211;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:105:106:95:99:0.482927:60:35:52:53:61:38:52:54 chr16 33961095 . G A 33.52 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0230578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.636;QD=3.43757;RBI=0.0307192;REFB=-0.00394948;REVB=0.0202979;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288003;STB=0.713471;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0141691;OID=.;OPOS=33961095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:1:5:21:12:1:5:21:12 chr16 33961102 . T C 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0200035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.506;QD=3.24566;RBI=0.0541364;REFB=0.0021724;REVB=-0.0503052;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294609;STB=0.720809;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0267438;OID=.;OPOS=33961102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:1:5:22:13:1:5:22:13 chr16 33961249 . CC CG,TG 83.83 PASS AF=0.126761,0.084507;AO=9,6;DP=71;FAO=9,6;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=1,4;FSAR=8,2;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0443292,-0.0207192;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=53.3449,146;QD=4.72267;RBI=0.0498714,0.0237456;REFB=-0.00150004,-0.00168175;REVB=0.022849,0.0116003;RO=54;SAF=1,4;SAR=8,2;SRF=26;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.492947,0.209876;STB=0.864796,0.651663;STBP=0.039,0.496;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000195457,0.0118953;OID=.,.;OPOS=33961250,33961249;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:71:71:54:56:9,6:9,6:0.126761,0.084507:8,2:1,4:26:28:8,2:1,4:28:28 chr16 33961295 . C T 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0130779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.16;QD=5.5678;RBI=0.0185861;REFB=-0.00972005;REVB=0.0132064;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565724;STB=0.870148;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0357411;OID=.;OPOS=33961295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:38:39:10:10:0.204082:9:1:20:18:9:1:20:19 chr16 33961302 . G C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00529878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.457;QD=6.31117;RBI=0.0224298;REFB=-0.00490977;REVB=-0.0217949;RO=34;SAF=1;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569604;STB=0.871629;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0298012;OID=.;OPOS=33961302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:9:1:18:16:9:1:18:16 chr16 33961314 . G T 43.78 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0021607;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.799;QD=5.47278;RBI=0.0149763;REFB=-0.000200575;REVB=0.0148197;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39289;STB=0.781688;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00433457;OID=.;OPOS=33961314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:24:25:7:7:0.21875:6:1:10:14:6:1:11:14 chr16 33961317 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0184002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.152;QD=7.79793;RBI=0.0187417;REFB=0.016816;REVB=0.00356148;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.67699;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0274881;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:10:13:7:2:10:13 chr16 33961318 . G T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00481426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.023;QD=5.37737;RBI=0.00518109;REFB=-0.00450255;REVB=0.00191483;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41418;STB=0.781688;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00922476;OID=.;OPOS=33961318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:11:14:6:1:11:14 chr16 33961323 . G C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0498068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.135;QD=4.81104;RBI=0.0498371;REFB=-0.00996339;REVB=0.00173927;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33919;STB=0.723786;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0418277;OID=.;OPOS=33961323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:5:1:9:13:5:1:9:14 chr16 33961327 . G T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0614123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.813;QD=9.91567;RBI=0.0655475;REFB=-0.00610376;REVB=-0.0229129;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102809;STB=0.56307;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0155234;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:5:12:7:2:5:12 chr16 33961370 . A C 112.85 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0233128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.208;QD=28.2128;RBI=0.0255227;REFB=0.0163335;REVB=0.0103887;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294912;STB=0.624765;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00295428;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:2:4:12:12:0.75:10:2:2:0:10:2:2:2 chr16 33961607 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=4.47561e-06;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.19;QD=5.95779;RBI=0.0142544;REFB=-0.00690429;REVB=0.0142544;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.780226;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0326985;OID=.;OPOS=33961607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:9:9:5:1:9:9 chr16 33961658 . AG GA 50.21 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.135337;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.97;QD=10.5712;RBI=0.138518;REFB=-0.0173545;REVB=-0.029516;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680712;STB=0.624448;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.020776;OID=.;OPOS=33961658;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:19:9:12:5:5:0.263158:5:0:2:7:4:1:4:8 chr16 33962412 . A C 111.74 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3784;QD=31.9246;RBI=0.0550728;REFB=-0.0718183;REVB=0.0510854;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.571312;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00620218;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:11:12:0.857143:5:6:2:0:6:6:2:0 chr16 33962416 . G A,C 134.94 PASS AF=0.785714,0.142857;AO=11,2;DP=14;FAO=11,2;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=4,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266511,-0.0226129;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=209.931,20.0564;QD=38.5548;RBI=0.0511048,0.053188;REFB=-0.0515052,-0.177914;REVB=0.0436053,-0.0481417;RO=1;SAF=7,0;SAR=4,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0599362,-0.697199;STB=0.533274,0.993266;STBP=0.64,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.0157369,0.00867869;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:1:1:11,2:11,2:0.785714,0.142857:4,2:7,0:1:0:4,2:7,0:1:0 chr16 33962422 . C A 118.85 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0176125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9518;QD=33.9581;RBI=0.0306757;REFB=-0.11588;REVB=0.0251158;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218866;STB=0.512175;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00623723;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:1:1:5:7:1:1 chr16 33962435 . G A 141.2 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0131628;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7112;QD=29.7252;RBI=0.156414;REFB=-0.0107757;REVB=0.155859;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237058;STB=0.631404;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0134693;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:19:5:5:13:14:0.736842:6:7:5:0:7:7:5:0 chr16 33962560 . AGG ACA 484.54 PASS AF=0.642857;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00787603;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.833;QD=34.61;RBI=0.0094008;REFB=-0.0676962;REVB=0.00513256;RO=10;SAF=10;SAR=24;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297095;STB=0.501424;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00824943;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:34:56:36:56:10:11:25:3:7:67:10:10:24:3:7 chr16 33962570 . G A 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0208702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.433;QD=25.758;RBI=0.0218081;REFB=0.0191995;REVB=-0.00632671;RO=20;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247322;STB=0.636276;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00658537;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:24:9:12:8:24:9:12:8 chr16 33962619 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0334004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.511;QD=15.1662;RBI=0.0345332;REFB=-0.00808135;REVB=0.00877231;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00773775;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:9:11:10:5:9:11 chr16 33962641 . G T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0189528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1367;QD=21.5107;RBI=0.0240585;REFB=0.00341016;REVB=-0.014819;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018107;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00565724;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:7:8:10:8:7:8 chr16 33962682 . T C 125.79 PASS AF=0.56;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.054564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.461;QD=20.1271;RBI=0.0558123;REFB=-0.0210668;REVB=-0.0117384;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.559915;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0224527;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:13:14:0.56:7:6:4:7:7:7:4:7 chr16 33962697 . C T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0523458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6237;QD=13.4403;RBI=0.0547818;REFB=-0.00154402;REVB=0.0161545;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.000142696;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:5:5:4:8:5:5:5:8 chr16 33962709 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0115279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.305;QD=13.4857;RBI=0.0124591;REFB=-0.0022267;REVB=-0.00472609;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259257;STB=0.651856;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00319662;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:3:8:4:5:3:8 chr16 33962867 . C T 32.87 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00172894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.303;QD=3.46028;RBI=0.011589;REFB=-0.012735;REVB=0.0114593;RO=30;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450164;STB=0.846344;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.030865;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:38:30:32:5:6:0.157895:4:1:18:12:5:1:19:13 chr16 33962891 . A T 192.59 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.028666;FXX=0.058812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.186;QD=16.0494;RBI=0.0421905;REFB=0.0181664;REVB=0.0309563;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.565156;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0155635;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:26:27:21:21:0.4375:11:10:16:10:11:10:16:11 chr16 33962907 . AGGA CAAG,CGGG,TGGG 230.03 PASS AF=0.118644,0.0677966,0.288136;AO=7,4,17;DP=61;FAO=7,4,17;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=4,3,5;FSAR=3,1,12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0185218,0.0135577,0.00861875;FXX=0.0327815;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,4;MLLD=148.934,158.927,178.711;QD=15.5952;RBI=0.0400091,0.0174704,0.0141968;REFB=-0.0155161,-0.00647872,-0.00518317;REVB=0.0354637,0.0110183,0.0112813;RO=28;SAF=4,3,5;SAR=3,1,12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.043134,0.25203,-0.268624;STB=0.545324,0.7153,0.650978;STBP=0.792,0.388,0.135;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.0409141,-0.00591725,0.00619008;OID=.,.,.;OPOS=33962907,33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA,AGGA;OALT=CAAG,CGGG,TGGG;OMAPALT=CAAG,CGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:61:59:28:31:7,4,17:7,4,17:0.118644,0.0677966,0.288136:3,1,12:4,3,5:15:13:3,1,12:4,3,5:16:15 chr16 33962918 . G A 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.000576772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.462;QD=1.87099;RBI=0.0352181;REFB=-0.00258523;REVB=-0.0352134;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335507;STB=0.759304;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0204995;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:60:61:7:7:0.102941:2:5:25:35:2:5:25:36 chr16 33962923 . G A 163.83 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00329353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.651;QD=9.36195;RBI=0.0181699;REFB=-0.00339991;REVB=0.0178689;RO=47;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206613;STB=0.616329;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0122956;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:15:7:23:24:15:7:23:25 chr16 33962930 . G T 192.98 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00846263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.891;QD=10.0251;RBI=0.0259863;REFB=-0.00778418;REVB=0.0245697;RO=52;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150776;STB=0.588753;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0178795;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:17:8:23:29:17:8:23:29 chr16 33962978 . AT GC 130.98 PASS AF=0.203883;AO=20;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.015567;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.647;QD=5.08669;RBI=0.0155778;REFB=0.00136877;REVB=-0.000579229;RO=82;SAF=3;SAR=17;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41355;STB=0.777854;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=-0.00704916;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:20:21:0.203883:17:3:35:47:18:3:35:47 chr16 33962996 . TG CG,CT 864.72 PASS AF=0.783133,0;AO=67,11;DP=96;FAO=65,0;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=20,0;FSAR=45,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000641684,-0.00316495;FXX=0.135403;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=278.918,153.637;QD=41.6731;RBI=0.00150987,0.010088;REFB=-0.00921337,-0.0094504;REVB=0.00136673,0.00957868;RO=16;SAF=20,6;SAR=47,5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0324675,0.16979;STB=0.520336,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00214316,0.210432;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:83:16:18:67,11:65,0:0.783133,0:47,5:20,6:6:10:45,0:20,0:7:11 chr16 33963000 . T C 830.43 PASS AF=0.697917;AO=66;DP=95;FAO=67;FDP=96;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00307928;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.26;QD=34.6014;RBI=0.0295037;REFB=-0.0124352;REVB=0.0293426;RO=28;SAF=21;SAR=45;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896818;STB=0.545694;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00752468;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:28:29:66:67:0.697917:45:21:13:15:46:21:13:16 chr16 33963002 . GA AA,G 768.49 PASS AF=0.356322,0.448276;AO=30,20;DP=97;FAO=31,39;FDP=87;FR=.;FRO=17;FSAF=13,12;FSAR=18,27;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00349629,-0.0138766;FXX=0.103082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.1177,214.153;QD=35.3331;RBI=0.00358335,0.0296612;REFB=0.00724244,-0.00737033;REVB=-0.000785062,0.0262151;RO=27;SAF=13,0;SAR=17,20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0550716,-0.812464;STB=0.502761,0.536031;STBP=0.982,0.444;TYPE=snp,del;VARB=-0.0259327,-0.00393632;OID=.,.;OPOS=33963002,33963003;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:87:27:17:30,20:31,39:0.356322,0.448276:17,20:13,0:10:17:18,27:13,12:7:10 chr16 33963004 . G A 40.72 PASS AF=0.0882353;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=136;FR=.;FRO=124;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=91;FWDB=-0.0344243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.748;QD=1.19755;RBI=0.0464796;REFB=-0.00159273;REVB=-0.03123;RO=124;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935513;STB=0.572142;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0705964;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:136:136:124:124:12:12:0.0882353:8:4:33:91:8:4:33:91 chr16 33963015 . T C 2062.04 PASS AF=0.741071;AO=164;DP=223;FAO=166;FDP=224;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=115;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00241953;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.221;QD=36.8221;RBI=0.0521496;REFB=-0.0250546;REVB=0.0520934;RO=57;SAF=50;SAR=114;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831884;STB=0.541519;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00881125;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:57:58:164:166:0.741071:114:50:26:31:115:51:26:32 chr16 33963020 . C A 4102.91 PASS AF=0.869436;AO=268;DP=314;FAO=293;FDP=337;FR=.;FRO=44;FSAF=93;FSAR=200;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0433969;FXX=0.00295849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.865;QD=48.6993;RBI=0.044002;REFB=-0.0150601;REVB=0.00727227;RO=45;SAF=78;SAR=190;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282356;STB=0.51031;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00239074;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:337:45:44:268:293:0.869436:190:78:17:28:200:93:17:27 chr16 33963024 . A C 60.06 PASS AF=0.0666667;AO=29;DP=445;FAO=29;FDP=435;FR=.;FRO=406;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=131;FSRR=275;FWDB=0.0237182;FXX=0.0224714;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1393;QD=0.552262;RBI=0.0409457;REFB=0.000361014;REVB=0.0333766;RO=415;SAF=12;SAR=17;SRF=130;SRR=285;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119855;STB=0.590338;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00368772;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:445:435:415:406:29:29:0.0666667:17:12:130:285:17:12:131:275 chr16 33963046 . T C 11961.3 PASS AF=0.941107;AO=751;DP=802;FAO=799;FDP=849;FR=.;FRO=50;FSAF=328;FSAR=471;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00575924;FXX=0.00117646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.539;QD=56.3546;RBI=0.0713747;REFB=-0.0338363;REVB=0.071142;RO=50;SAF=325;SAR=426;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397034;STB=0.50064;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00518225;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:802:849:50:50:751:799:0.941107:426:325:20:30:471:328:20:30 chr16 33963086 . A G 14549.4 PASS AF=0.958084;AO=959;DP=1001;FAO=960;FDP=1002;FR=.;FRO=42;FSAF=408;FSAR=552;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0215181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3652;QD=58.0814;RBI=0.021533;REFB=-7.47546e-05;REVB=-0.000801115;RO=33;SAF=406;SAR=553;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191346;STB=0.502194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.56573e-05;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:1001:1002:33:42:959:960:0.958084:553:406:13:20:552:408:20:22 chr16 33963106 . T C 14933.8 PASS AF=1;AO=960;DP=992;FAO=961;FDP=961;FR=.;FRO=0;FSAF=409;FSAR=552;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014687;FXX=0.0322253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.867;QD=62.1594;RBI=0.0219522;REFB=-0.0646614;REVB=0.0163154;RO=17;SAF=409;SAR=551;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41831e-05;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:992:961:17:0:960:961:1:551:409:11:6:552:409:0:0 chr16 33963108 . A G 15026.1 PASS AF=0.975782;AO=953;DP=976;FAO=967;FDP=991;FR=.;FRO=24;FSAF=420;FSAR=547;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0065168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.269;QD=60.6502;RBI=0.0117567;REFB=0.00334055;REVB=-0.00978528;RO=23;SAF=410;SAR=543;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220392;STB=0.500591;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.000114233;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:976:991:23:24:953:967:0.975782:543:410:11:12:547:420:11:13 chr16 33963175 . C G 13742.4 PASS AF=1;AO=877;DP=894;FAO=877;FDP=877;FR=.;FRO=0;FSAF=396;FSAR=481;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968687;FXX=0.0212051;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.762;QD=62.6793;RBI=0.0340084;REFB=-0.0116656;REVB=-0.0325996;RO=14;SAF=396;SAR=481;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86939e-05;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:894:877:14:0:877:877:1:481:396:8:6:481:396:0:0 chr16 33963202 . A G 10149.5 PASS AF=0.986384;AO=651;DP=659;FAO=652;FDP=661;FR=.;FRO=9;FSAF=275;FSAR=377;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0104378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.23;QD=61.4189;RBI=0.0127981;REFB=-0.0371746;REVB=0.00740562;RO=8;SAF=274;SAR=377;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188047;STB=0.500316;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000300646;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:659:661:8:9:651:652:0.986384:377:274:4:4:377:275:4:5 chr16 33963210 . AT GC 8048.26 PASS AF=1;AO=513;DP=530;FAO=515;FDP=515;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=299;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000626694;FXX=0.0319543;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.969;QD=62.5108;RBI=0.00156376;REFB=-0.0264155;REVB=-0.00143268;RO=7;SAF=215;SAR=298;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000249817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.97694e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:530:515:7:0:513:515:1:298:215:3:4:299:216:0:0 chr16 33963224 . T C 5842.81 PASS AF=0.974227;AO=376;DP=388;FAO=378;FDP=388;FR=.;FRO=10;FSAF=161;FSAR=217;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00385465;FXX=0.00257063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.986;QD=60.2351;RBI=0.00411526;REFB=0.01495;REVB=0.00144118;RO=8;SAF=160;SAR=216;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205413;STB=0.503321;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000281216;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:388:388:8:10:376:378:0.974227:216:160:3:5:217:161:3:7 chr16 33963248 . T C 3510.32 PASS AF=0.901099;AO=246;DP=274;FAO=246;FDP=273;FR=.;FRO=27;FSAF=96;FSAR=150;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00638186;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.368;QD=51.4333;RBI=0.0217425;REFB=-0.0390809;REVB=0.0207848;RO=25;SAF=96;SAR=150;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913552;STB=0.50944;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00614794;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:274:273:25:27:246:246:0.901099:150:96:11:14:150:96:13:14 chr16 33963279 . T C 3640.72 PASS AF=0.919708;AO=256;DP=274;FAO=252;FDP=274;FR=.;FRO=22;FSAF=107;FSAR=145;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0116831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4414;QD=53.1492;RBI=0.0523751;REFB=0.000533089;REVB=0.0510554;RO=18;SAF=110;SAR=146;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159997;STB=0.513607;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-7.49834e-06;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:274:274:18:22:256:252:0.919708:146:110:10:8:145:107:13:9 chr16 33963283 . C CGG 2725.1 PASS AF=0.953307;AO=208;DP=278;FAO=245;FDP=257;FR=.;FRO=12;FSAF=106;FSAR=139;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0512374;FXX=0.055145;HRUN=2;LEN=2;MLLD=32.344;QD=42.4141;RBI=0.0565908;REFB=-0.0460366;REVB=0.024026;RO=39;SAF=80;SAR=128;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110056;STB=0.507151;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.00159551;OID=.;OPOS=33963284;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.953307:208:278:245:257:12:106:139:7:5:4:39:80:128:29:10 chr16 33963289 . A G 3948.68 PASS AF=0.946809;AO=253;DP=272;FAO=267;FDP=282;FR=.;FRO=15;FSAF=118;FSAR=149;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00207665;FXX=0.0105259;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.566;QD=56.0096;RBI=0.0194642;REFB=-0.022024;REVB=0.0193531;RO=15;SAF=104;SAR=149;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134076;STB=0.504921;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0011378;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:272:282:15:15:253:267:0.946809:149:104:8:7:149:118:8:7 chr16 33963329 . T C 3937.43 PASS AF=0.913907;AO=273;DP=300;FAO=276;FDP=302;FR=.;FRO=26;FSAF=139;FSAR=137;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00566915;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1539;QD=52.1514;RBI=0.0292919;REFB=-0.0120463;REVB=0.028738;RO=25;SAF=137;SAR=136;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289613;STB=0.500312;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00296272;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:300:302:25:26:273:276:0.913907:136:137:13:12:137:139:13:13 chr16 33963332 . A G 4079.7 PASS AF=0.930464;AO=281;DP=303;FAO=281;FDP=302;FR=.;FRO=21;FSAF=141;FSAR=140;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0215637;FXX=0.00330022;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3373;QD=54.0357;RBI=0.030128;REFB=-0.043107;REVB=0.0210405;RO=21;SAF=141;SAR=140;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921002;STB=0.504843;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00137474;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:303:302:21:21:281:281:0.930464:140:141:12:9:140:141:12:9 chr16 33963395 . AT TC 2352.34 PASS AF=0.850242;AO=149;DP=217;FAO=176;FDP=207;FR=.;FRO=31;FSAF=64;FSAR=112;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0173869;FXX=0.0504564;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.596;QD=45.4559;RBI=0.0448291;REFB=-0.0300304;REVB=0.0413201;RO=31;SAF=61;SAR=88;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141381;STB=0.514123;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.00456778;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:207:31:31:149:176:0.850242:88:61:14:17:112:64:14:17 chr16 33963424 . A G 1477.37 PASS AF=0.75;AO=112;DP=154;FAO=120;FDP=160;FR=.;FRO=40;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0157779;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.318;QD=36.9343;RBI=0.0168016;REFB=-0.00169035;REVB=-0.00577511;RO=40;SAF=37;SAR=75;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516195;STB=0.515567;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000240628;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:160:40:40:112:120:0.75:75:37:17:23:76:44:17:23 chr16 33963426 . CT CC,GC 1215.11 PASS AF=0.731884,0;AO=90,6;DP=149;FAO=101,0;FDP=138;FR=.;FRO=37;FSAF=43,0;FSAR=58,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0055689,-0.00740083;FXX=0.0738206;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.336,101.531;QD=35.2204;RBI=0.0186196,0.0124413;REFB=-0.00750987,0.00543144;REVB=0.0177673,-0.0100007;RO=36;SAF=36,1;SAR=54,5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0397165,-0.389221;STB=0.509217,0.5;STBP=0.725,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0036453,0.0199796;OID=.,.;OPOS=33963427,33963426;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:138:36:37:90,6:101,0:0.731884,0:54,5:36,1:17:19:58,0:43,0:17:20 chr16 33963437 . T C 1658.69 PASS AF=0.76;AO=131;DP=175;FAO=133;FDP=175;FR=.;FRO=42;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0112394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4507;QD=37.9128;RBI=0.0114766;REFB=-0.0124742;REVB=0.00232129;RO=43;SAF=49;SAR=82;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444936;STB=0.519359;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0144919;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:43:42:131:133:0.76:82:49:20:23:83:50:19:23 chr16 33963445 . A G 1892.29 PASS AF=0.764398;AO=145;DP=191;FAO=146;FDP=191;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=91;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00186419;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7956;QD=39.6292;RBI=0.0267356;REFB=-0.0134626;REVB=-0.0266705;RO=44;SAF=55;SAR=90;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449313;STB=0.522314;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00348007;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:44:45:145:146:0.764398:90:55:21:23:91:55:21:24 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1480.95 PASS AF=0.632184,0.091954;AO=107,16;DP=178;FAO=110,16;FDP=174;FR=.;FRO=48;FSAF=40,6;FSAR=70,10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00111021,0.015124;FXX=0.0279314;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=222.957,121.559;QD=34.0449;RBI=0.0236104,0.0261215;REFB=0.00253847,-0.00419457;REVB=0.0235843,0.0212979;RO=46;SAF=39,6;SAR=68,10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0674204,-0.127687;STB=0.530557,0.564434;STBP=0.274,0.543;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00145529,-0.00157097;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:174:46:48:107,16:110,16:0.632184,0.091954:68,10:39,6:22:24:70,10:40,6:22:26 chr16 33963490 . T C 1238.66 PASS AF=0.64497;AO=106;DP=169;FAO=109;FDP=169;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0652994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.335;QD=29.3174;RBI=0.100031;REFB=0.0243761;REVB=0.0757779;RO=60;SAF=40;SAR=66;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425438;STB=0.504154;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0124738;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:60:60:106:109:0.64497:66:40:23:37:66:43:23:37 chr16 33963528 . T C 1050.84 PASS AF=0.674242;AO=87;DP=131;FAO=89;FDP=132;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00946279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.075;QD=31.8435;RBI=0.0468178;REFB=-0.0177482;REVB=0.0458515;RO=42;SAF=35;SAR=52;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459855;STB=0.520332;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00721666;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:42:43:87:89:0.674242:52:35:20:22:53:36:20:23 chr16 33963563 . G C 684.58 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00326933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.101;QD=26.3298;RBI=0.0138362;REFB=-0.00352017;REVB=-0.0134444;RO=40;SAF=30;SAR=34;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398677;STB=0.521654;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00146796;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:40:64:64:0.615385:34:30:21:19:34:30:21:19 chr16 33963571 . T C 656.95 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00350935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.757;QD=29.1977;RBI=0.022399;REFB=0.00191733;REVB=0.0221224;RO=32;SAF=29;SAR=28;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581387;STB=0.502339;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00111901;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:32:33:57:57:0.633333:28:29:16:16:28:29:17:16 chr16 33963591 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00865025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.079;QD=7.54513;RBI=0.00902872;REFB=-0.00285684;REVB=0.00258671;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054508;STB=0.533289;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:20:21:7:8:20:21 chr16 33963595 . A G 176.75 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00375688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1717;QD=13.3397;RBI=0.0375901;REFB=-0.0118819;REVB=-0.0374019;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200759;STB=0.5045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0193537;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:9:11:17:15:10:11:17:15 chr16 33963597 . C T 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0343937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.012;QD=16.7533;RBI=0.0348947;REFB=-0.00414053;REVB=-0.00589166;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534778;STB=0.530277;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00363605;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:16:12:9:15:16:12 chr16 33963599 . T C 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0339004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7425;QD=4.9866;RBI=0.0394014;REFB=-0.00338737;REVB=-0.0200807;RO=45;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755801;STB=0.549397;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0167495;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:4:7:26:19:4:7:26:19 chr16 33963605 . T C 353.73 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0155883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.918;QD=21.4381;RBI=0.028091;REFB=-0.0247755;REVB=-0.0233689;RO=30;SAF=25;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877787;STB=0.548636;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0163704;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:11:25:18:12:11:25:18:12 chr16 33963624 . T C 247.36 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00767467;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.733;QD=13.5539;RBI=0.0149059;REFB=-0.00471264;REVB=-0.0127783;RO=42;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275804;STB=0.67429;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00386694;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:44:29:29:0.39726:7:22:22:20:7:22:22:22 chr16 33963636 . AA GG 254.54 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0119339;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=292.217;QD=12.8881;RBI=0.0141463;REFB=-0.00784772;REVB=0.00759611;RO=50;SAF=23;SAR=7;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321888;STB=0.679566;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.0100771;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:49:30:30:0.379747:7:23:25:25:7:23:25:24 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G,GGGTTTTTG 118.55 PASS AF=0.241379,0.0517241;AO=14,3;DP=59;FAO=14,3;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12,1;FSAR=2,2;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00620874,-0.0140194;FXX=0.107676;HRUN=3,1;LEN=8,1;MLLD=286.503,133.348;QD=8.17553;RBI=0.0191205,0.017369;REFB=-0.00481931,-0.00180261;REVB=-0.0180844,-0.0102538;RO=30;SAF=12,1;SAR=2,2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.383885,-0.270239;STB=0.811274,0.645172;STBP=0.013,0.673;TYPE=del,snp;VARB=0.0115268,0.0176396;OID=.,.;OPOS=33963654,33963661;OREF=GGTTTTTA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGGTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.0517241:14,3:59:14,3:58:41:12,1:2,2:20:21:98:30:12,1:2,2:18:12 chr16 33963678 . C T 669.66 PASS AF=0.763889;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0042227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.305;QD=37.2031;RBI=0.00455821;REFB=-0.0204392;REVB=-0.0017164;RO=16;SAF=30;SAR=25;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977052;STB=0.545438;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00576253;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:16:17:55:55:0.763889:25:30:5:11:25:30:6:11 chr16 33963708 . GT AC 68.37 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00280905;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.346;QD=4.08169;RBI=0.0124044;REFB=-0.000827161;REVB=0.0120822;RO=55;SAF=11;SAR=1;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580998;STB=0.892833;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.00714915;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:55:55:12:12:0.179104:1:11:27:28:1:11:27:28 chr16 33963722 . C G 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0146963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.644;QD=10.0156;RBI=0.0255725;REFB=-0.000649622;REVB=-0.0209277;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406389;STB=0.52385;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00231664;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:9:14:27:20:9:14:27:20 chr16 33963732 . AG CA,CG 145.83 PASS AF=0.106061,0.212121;AO=7,14;DP=66;FAO=7,14;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=5,9;FSAR=2,5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0327772,-0.0124494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=179.684,155.532;QD=8.83802;RBI=0.0367497,0.0176494;REFB=-0.00419796,-0.00104167;REVB=0.0166192,0.0125105;RO=45;SAF=5,9;SAR=2,5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.12223,0.0271329;STB=0.589793,0.516947;STBP=0.657,0.904;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0308279,-0.0042915;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:66:66:45:45:7,14:7,14:0.106061,0.212121:2,5:5,9:28:17:2,5:5,9:28:17 chr16 33963737 . GC AT 373.67 PASS AF=0.31746;AO=21;DP=65;FAO=20;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0177104;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.014;QD=23.7248;RBI=0.0191702;REFB=-0.00917512;REVB=-0.0073374;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916019;STB=0.513356;STBP=0.919;TYPE=mnp;VARB=-0.0012519;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:24:25:21:20:0.31746:7:14:18:6:6:14:18:7 chr16 33963769 . C A 465.12 PASS AF=0.732143;AO=42;DP=57;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00522571;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.908;QD=33.2229;RBI=0.0165193;REFB=-0.0046773;REVB=0.0156709;RO=15;SAF=23;SAR=19;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258174;STB=0.517112;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000935491;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:15:15:42:41:0.732143:19:23:9:6:19:22:9:6 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 673.3 PASS AF=0.181818,0.781818;AO=8,42;DP=67;FAO=10,43;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=3,15;FSAR=7,28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339696,0.0179172;FXX=0.236078;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.688,30.8351;QD=48.9671;RBI=0.0416346,0.0234124;REFB=0.0136904,0.0733154;REVB=0.024073,-0.0150703;RO=3;SAF=1,14;SAR=7,28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379258,-0.0460241;STB=0.538382,0.507358;STBP=0.576,0.777;TYPE=del,snp;VARB=0.0543848,-0.0167308;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.781818:8,42:67:10,43:55:2:3,15:7,28:1:1:56:3:1,14:7,28:2:1 chr16 33963783 . G C,T 1459.44 PASS AF=0.540541,0.414414;AO=60,46;DP=110;FAO=60,46;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=13,26;FSAR=47,20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0108892,0.00525538;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=138.842,153.03;QD=52.5923;RBI=0.012838,0.0100172;REFB=-0.026472,-0.0286491;REVB=0.00680006,-0.0085279;RO=4;SAF=13,26;SAR=47,20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0476431,0.00993666;STB=0.541382,0.503471;STBP=0.055,0.925;TYPE=snp,snp;VARB=0.00637782,0.00606128;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:110:111:4:5:60,46:60,46:0.540541,0.414414:47,20:13,26:2:2:47,20:13,26:3:2 chr16 33963788 . A C 94.92 PASS AF=0.13986;AO=20;DP=143;FAO=20;FDP=143;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=90;FWDB=-0.00682605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.458;QD=2.65519;RBI=0.0122177;REFB=-0.00106734;REVB=-0.010133;RO=123;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410619;STB=0.765412;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00806531;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:143:143:123:123:20:20:0.13986:8:12:33:90:8:12:33:90 chr16 33963809 . G C 1990.02 PASS AF=0.84;AO=147;DP=177;FAO=147;FDP=175;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=108;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000769811;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.857;QD=45.4862;RBI=0.0969344;REFB=-0.00501025;REVB=0.0969313;RO=26;SAF=39;SAR=108;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119535;STB=0.572215;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00180527;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:26:28:147:147:0.84:108:39:16:10:108:39:18:10 chr16 33963816 . TG GA 1825.23 PASS AF=0.71564;AO=151;DP=212;FAO=151;FDP=211;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=107;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.000225902;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.002;QD=34.6015;RBI=0.010754;REFB=-0.0233163;REVB=0.0107516;RO=60;SAF=44;SAR=107;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172989;STB=0.592723;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0109;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:60:60:151:151:0.71564:107:44:35:25:107:44:35:25 chr16 33963822 . A G 2753.18 PASS AF=0.78022;AO=212;DP=272;FAO=213;FDP=273;FR=.;FRO=60;FSAF=73;FSAR=140;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00226141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.294;QD=40.3396;RBI=0.0367869;REFB=-0.0104759;REVB=-0.0367173;RO=60;SAF=72;SAR=140;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108499;STB=0.556593;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00263193;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:60:60:212:213:0.78022:140:72:35:25:140:73:35:25 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 4699.05 PASS AF=0.79562,0.0608273;AO=315,25;DP=418;FAO=327,25;FDP=411;FR=.;FRO=59;FSAF=143,25;FSAR=184,0;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00306022,0.00152694;FXX=0.016746;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=202.943,105.529;QD=45.7329;RBI=0.00449161,0.0435844;REFB=-0.0173683,-0.0157594;REVB=-0.0032878,-0.0435577;RO=64;SAF=140,25;SAR=175,0;SRF=34;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0279787,0.795229;STB=0.518857,0.999448;STBP=0.084,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00566214,0.0142647;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:411:64:59:315,25:327,25:0.79562,0.0608273:175,0:140,25:34:30:184,0:143,25:33:26 chr16 33963855 . T C 8654.2 PASS AF=0.899851;AO=601;DP=671;FAO=602;FDP=669;FR=.;FRO=67;FSAF=258;FSAR=344;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0104895;FXX=0.00298058;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6984;QD=51.7441;RBI=0.0308289;REFB=-0.0166935;REVB=0.0289895;RO=64;SAF=257;SAR=344;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164088;STB=0.508047;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000919049;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:669:64:67:601:602:0.899851:344:257:33:31:344:258:34:33 chr16 33963875 . A G 14065.0 PASS AF=1;AO=888;DP=896;FAO=896;FDP=896;FR=.;FRO=0;FSAF=421;FSAR=475;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175832;FXX=0.00994464;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6627;QD=62.79;RBI=0.0909702;REFB=-0.00728235;REVB=-0.0892547;RO=8;SAF=419;SAR=469;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95256e-05;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:896:896:8:0:888:896:1:469:419:3:5:475:421:0:0 chr16 33963881 . C G 13203.3 PASS AF=0.930208;AO=892;DP=965;FAO=893;FDP=960;FR=.;FRO=67;FSAF=416;FSAR=477;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00178497;FXX=0.00518129;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.636;QD=55.0139;RBI=0.0424958;REFB=0.0125886;REVB=-0.0424583;RO=66;SAF=415;SAR=477;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065789;STB=0.502917;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000822329;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:965:960:66:67:892:893:0.930208:477:415:34:32:477:416:34:33 chr16 33963912 . T C 17403.5 PASS AF=0.962743;AO=1135;DP=1184;FAO=1137;FDP=1181;FR=.;FRO=44;FSAF=538;FSAR=599;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00689873;FXX=0.0033755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.228;QD=58.9451;RBI=0.0224983;REFB=-0.0663193;REVB=0.0214145;RO=44;SAF=537;SAR=598;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191929;STB=0.501002;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00240028;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:1184:1181:44:44:1135:1137:0.962743:598:537:22:22:599:538:22:22 chr16 33963961 . C G 20112.4 PASS AF=0.948827;AO=1334;DP=1409;FAO=1335;FDP=1407;FR=.;FRO=72;FSAF=592;FSAR=743;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0416047;FXX=0.00141944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.156;QD=57.1782;RBI=0.0429233;REFB=-0.0382748;REVB=-0.0105572;RO=67;SAF=591;SAR=743;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000942247;STB=0.500668;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00141153;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:1409:1407:67:72:1334:1335:0.948827:743:591:29:38:743:592:31:41 chr16 33963975 . A G 18837.1 PASS AF=0.929773;AO=1270;DP=1367;FAO=1271;FDP=1367;FR=.;FRO=96;FSAF=570;FSAR=701;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00988856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.945;QD=55.1194;RBI=0.0123837;REFB=-0.00849872;REVB=0.00745474;RO=93;SAF=569;SAR=701;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329652;STB=0.501439;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000399764;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1367:1367:93:96:1270:1271:0.929773:701:569:44:49:701:570:45:51 chr16 33963991 . A G 18749.5 PASS AF=0.958691;AO=1225;DP=1285;FAO=1230;FDP=1283;FR=.;FRO=53;FSAF=569;FSAR=661;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0310399;FXX=0.00310798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.581;QD=58.4552;RBI=0.0318749;REFB=-0.00768416;REVB=-0.00724799;RO=51;SAF=565;SAR=660;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053024;STB=0.501974;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000271546;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:1285:1283:51:53:1225:1230:0.958691:660:565:20:31:661:569:22:31 chr16 33964017 . A G 15853.9 PASS AF=0.948307;AO=1031;DP=1095;FAO=1064;FDP=1122;FR=.;FRO=58;FSAF=515;FSAR=549;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0109383;FXX=0.000890464;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1101;QD=56.5202;RBI=0.0129808;REFB=-0.00594316;REVB=0.00698964;RO=58;SAF=505;SAR=526;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246895;STB=0.500958;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000521171;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:1095:1122:58:58:1031:1064:0.948307:526:505:27:31:549:515:27:31 chr16 33964062 . C T 156.93 PASS AF=0.0899054;AO=57;DP=634;FAO=57;FDP=634;FR=.;FRO=577;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=171;FSRR=406;FWDB=-0.0670567;FXX=0.00157478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.417;QD=0.990063;RBI=0.0697288;REFB=-0.00953366;REVB=0.0191182;RO=576;SAF=28;SAR=29;SRF=170;SRR=406;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247842;STB=0.67846;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0553081;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:634:634:576:577:57:57:0.0899054:29:28:170:406:29:28:171:406 chr16 33964064 . TG CC,CG 6230.63 PASS AF=0.0382696,0.767055;AO=23,460;DP=609;FAO=23,461;FDP=601;FR=.;FRO=117;FSAF=2,121;FSAR=21,340;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.0235212,0.0437946;FXX=0.0131361;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.2727,85.8685;QD=41.4684;RBI=0.0244367,0.0440135;REFB=-0.0339838,-0.0436633;REVB=0.00662588,0.00438443;RO=113;SAF=2,120;SAR=21,340;SRF=62;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.611566,-0.129553;STB=0.900622,0.567517;STBP=0,0;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000450332,0.00885269;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:609:601:113:117:23,460:23,461:0.0382696,0.767055:21,340:2,120:62:51:21,340:2,121:63:54 chr16 33964070 . AG GC 5861.1 PASS AF=0.79115;AO=441;DP=563;FAO=447;FDP=565;FR=.;FRO=118;FSAF=127;FSAR=320;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.0152134;FXX=0.00702975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.078;QD=41.4945;RBI=0.0304249;REFB=-0.0555171;REVB=0.0263482;RO=116;SAF=121;SAR=320;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120702;STB=0.562703;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0125944;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:563:565:116:118:441:447:0.79115:320:121:62:54:320:127:64:54 chr16 33964082 . T C 5349.75 PASS AF=0.789575;AO=403;DP=526;FAO=409;FDP=518;FR=.;FRO=109;FSAF=120;FSAR=289;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00878962;FXX=0.0170775;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.331;QD=41.3108;RBI=0.00920651;REFB=-0.0126212;REVB=0.00273907;RO=107;SAF=115;SAR=288;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101348;STB=0.553444;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00524874;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:518:107:109:403:409:0.789575:288:115:54:53:289:120:56:53 chr16 33964091 . T C 6722.06 PASS AF=0.891616;AO=343;DP=478;FAO=436;FDP=489;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=136;FSAR=300;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0683256;FXX=0.00204077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.883;QD=54.9861;RBI=0.0683768;REFB=-0.0438981;REVB=-0.00264385;RO=30;SAF=43;SAR=300;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127336;STB=0.516397;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00874059;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:478:489:30:30:343:436:0.891616:300:43:16:14:300:136:16:14 chr16 33964108 . G C 3646.83 PASS AF=0.726131;AO=289;DP=392;FAO=289;FDP=398;FR=.;FRO=109;FSAF=110;FSAR=179;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.00938063;FXX=0.0025062;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.308;QD=36.6515;RBI=0.0215114;REFB=-0.0322167;REVB=0.0193583;RO=103;SAF=110;SAR=179;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242173;STB=0.517207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00969047;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:398:103:109:289:289:0.726131:179:110:44:59:179:110:48:61 chr16 33964134 . G C 1418.36 PASS AF=0.615;AO=123;DP=200;FAO=123;FDP=200;FR=.;FRO=77;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0445717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.211;QD=28.3671;RBI=0.0454201;REFB=0.0015012;REVB=0.00873808;RO=77;SAF=64;SAR=59;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000602903;STB=0.500326;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00404539;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:77:77:123:123:0.615:59:64:40:37:59:64:40:37 chr16 33964143 . T C 1101.12 PASS AF=0.569061;AO=103;DP=182;FAO=103;FDP=181;FR=.;FRO=78;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0442381;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.836;QD=24.3341;RBI=0.0917348;REFB=-0.0216783;REVB=-0.0803633;RO=77;SAF=59;SAR=44;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115319;STB=0.501809;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0159026;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:77:78:103:103:0.569061:44:59:43:34:44:59:45:33 chr16 33964154 . C T 204.29 PASS AF=0.203488;AO=35;DP=172;FAO=35;FDP=172;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=48;FWDB=0.0234354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.814;QD=4.75101;RBI=0.0243021;REFB=-0.0107483;REVB=-0.00643235;RO=132;SAF=15;SAR=20;SRF=89;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308023;STB=0.670877;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0301533;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:132:137:35:35:0.203488:20:15:89:43:20:15:89:48 chr16 33964168 . G A 174.86 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=26;FWDB=-0.0282207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.833;QD=5.5954;RBI=0.0286288;REFB=-0.0152139;REVB=0.00481691;RO=97;SAF=15;SAR=13;SRF=71;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259794;STB=0.65639;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0316567;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:97:97:28:28:0.224:13:15:71:26:13:15:71:26 chr16 33964170 . C A 40.85 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0276593;FXX=0.048187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.631;QD=2.06817;RBI=0.0350013;REFB=0.000952467;REVB=-0.0214489;RO=70;SAF=1;SAR=8;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587671;STB=0.916906;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0372651;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:83:79:70:70:9:9:0.113924:8:1:45:25:8:1:45:25 chr16 33964196 . T C 102.46 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0139821;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.63;QD=5.93945;RBI=0.0147073;REFB=0.000451373;REVB=0.00456129;RO=52;SAF=11;SAR=5;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469331;STB=0.539826;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00094469;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:52:53:16:16:0.231884:5:11:34:18:5:11:34:19 chr16 33964202 . C T 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0123579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.348;QD=16.4198;RBI=0.0258077;REFB=-0.00909711;REVB=-0.0226566;RO=34;SAF=22;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165257;STB=0.593723;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.016626;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:7:22:21:13:7:22:21:13 chr16 33964204 . T G 116.6 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0283782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.839;QD=7.403;RBI=0.0462501;REFB=-0.00984354;REVB=0.0365205;RO=46;SAF=12;SAR=5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743792;STB=0.545399;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0619375;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:5:12:30:16:5:12:30:16 chr16 33964233 . C T 58.4 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0197551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.553;QD=4.76758;RBI=0.0215329;REFB=-0.00208242;REVB=0.00856747;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249146;STB=0.669801;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0104873;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:2:7:24:16:2:7:24:16 chr16 33964238 . T G 76.7 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.014129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.262;QD=8.2921;RBI=0.0366155;REFB=-0.00249817;REVB=-0.0337797;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369839;STB=0.749375;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0174849;OID=.;OPOS=33964238;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:37:37:25:26:8:8:0.216216:2:6:11:14:2:6:11:15 chr16 33964243 . A G 64.83 PASS AF=0.2;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00904608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.659;QD=7.4088;RBI=0.0515651;REFB=-0.0126463;REVB=-0.0507654;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347447;STB=0.738468;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00870392;OID=.;OPOS=33964243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:34:35:24:25:7:7:0.2:2:5:10:14:2:5:10:15 chr16 33964276 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0329644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.416;QD=4.62989;RBI=0.0464835;REFB=0.00584734;REVB=-0.0327729;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555674;STB=0.866243;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0321476;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:8:16:1:5:8:16 chr16 33964293 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00752656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.438;QD=4.30375;RBI=0.0278665;REFB=0.00463138;REVB=-0.0268308;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575326;STB=0.878545;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00297281;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:8:18:1:5:8:18 chr16 33965449 . G C 141.68 PASS AF=0.214953;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.019328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6678;QD=5.29653;RBI=0.0486611;REFB=-0.0120802;REVB=0.044658;RO=82;SAF=8;SAR=15;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119983;STB=0.576362;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.048391;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:82:84:23:23:0.214953:15:8:36:46:15:8:37:47 chr16 33965456 . T C 197.02 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0195603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6215;QD=7.16435;RBI=0.0203928;REFB=-0.00475615;REVB=0.00576714;RO=81;SAF=13;SAR=16;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355635;STB=0.521309;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0281949;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:81:29:29:0.263636:16:13:34:47:16:13:34:47 chr16 33965459 . C T 127.36 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0438686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7653;QD=4.54843;RBI=0.0595502;REFB=-0.0113806;REVB=-0.0402712;RO=90;SAF=7;SAR=15;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18232;STB=0.616329;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0488138;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:22:22:0.196429:15:7:41:49:15:7:41:49 chr16 33965505 . C T 47.9 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=0.00193566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.382;QD=1.65173;RBI=0.0212689;REFB=-0.00199447;REVB=-0.0211806;RO=102;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142491;STB=0.611892;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0193565;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:102:104:12:12:0.103448:6:6:39:63:6:6:39:65 chr16 33965507 . G C 368.18 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0228113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.865;QD=12.696;RBI=0.0336405;REFB=-0.0254679;REVB=-0.024725;RO=70;SAF=15;SAR=29;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691196;STB=0.541577;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0351327;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:72:44:44:0.37931:29:15:28:42:29:15:29:43 chr16 33965533 . A C 445.85 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.000421985;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8499;QD=17.4841;RBI=0.00871519;REFB=-0.0140563;REVB=-0.00870497;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042468;STB=0.515196;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0109845;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:54:48:48:0.470588:28:20:19:32:28:20:21:33 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 513.76 PASS AF=0.42,0.09;AO=43,8;DP=101;FAO=42,9;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=18,4;FSAR=24,5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0109845,0.0164323;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.688,94.784;QD=20.5504;RBI=0.040338,0.0398625;REFB=-0.0313675,-0.0367569;REVB=-0.0388136,-0.0363181;RO=29;SAF=18,4;SAR=25,4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173354,-0.188497;STB=0.513152,0.534338;STBP=0.828,0.854;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.01113,0.0379212;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42,0.09:43,8:101:42,9:100:47:18,4:24,5:19:28:99:29:18,4:25,4:19:10 chr16 33965539 . G GC 115.27 PASS AF=0.340659;AO=28;DP=101;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.13423;FXX=0.0807999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1429;QD=5.06697;RBI=0.148519;REFB=-0.0624592;REVB=-0.063563;RO=71;SAF=13;SAR=15;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103071;STB=0.524562;STBP=0.755;TYPE=ins;VARB=0.0477572;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340659:28:101:31:91:60:13:18:23:37:99:71:13:15:27:44 chr16 33965554 . A G 477.15 PASS AF=0.473118;AO=33;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0205458;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.673;QD=20.5226;RBI=0.0268688;REFB=-0.00744528;REVB=-0.0173148;RO=33;SAF=5;SAR=28;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183806;STB=0.571954;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0297876;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:33:41:33:44:0.473118:28:5:2:31:30:14:8:33 chr16 33965560 . TT AC,AT 555.08 PASS AF=0.478261,0.0978261;AO=44,9;DP=93;FAO=44,9;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=14,4;FSAR=30,5;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0222291,-0.00573396;FXX=0.0107515;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=261.519,260.22;QD=24.134;RBI=0.0229504,0.0103307;REFB=-0.00695447,-0.00849058;REVB=0.00570842,0.00859334;RO=39;SAF=14,4;SAR=30,5;SRF=12;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0103353,0.176774;STB=0.505701,0.615148;STBP=0.932,0.485;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00298273,0.0107123;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:39:39:44,9:44,9:0.478261,0.0978261:30,5:14,4:12:27:30,5:14,4:12:27 chr16 34682251 . G T 505.49 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0125335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9324;QD=20.2197;RBI=0.0175261;REFB=-0.0149624;REVB=-0.0122506;RO=50;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100935;STB=0.560026;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0157488;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:23:26:32:18:23:26:33:18 chr16 46565019 . T G 1500.18 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0128862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.651;QD=55.5622;RBI=0.0152877;REFB=-0.0281645;REVB=0.0082255;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114328;STB=0.523251;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000699591;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:1:4:104:104:0.962963:63:41:1:0:63:41:4:0 chr16 46590024 . T C 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4279;QD=52.7014;RBI=0.0403139;REFB=0.021495;REVB=-0.0186952;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040906;STB=0.521731;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000826631;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:22:30:0:2:22:30:0:2 chr16 46642286 . G A 232.34 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0653794;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.663;QD=32.0472;RBI=0.0654346;REFB=-0.0580999;REVB=0.00268561;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174886;STB=0.613912;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0245225;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:30:29:6:7:18:18:0.62069:10:8:5:1:10:8:6:1 chr16 46655210 . A G 655.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600863;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.015;QD=62.3888;RBI=0.0227675;REFB=0;REVB=0.0219603;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92373e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr16 46696284 . G A 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000891754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.868;QD=64.019;RBI=0.0050044;REFB=0;REVB=0.0049243;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81566e-06;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr16 46773999 . C A 239.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0144146;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6752;QD=16.223;RBI=0.0201353;REFB=-0.0230024;REVB=0.0140587;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235798;STB=0.635772;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.024372;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:32:27:27:0.457627:8:19:14:16:8:19:15:17 chr16 48122582 . G A 533.92 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0213521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9786;QD=15.589;RBI=0.0312324;REFB=-0.0135763;REVB=0.0227937;RO=78;SAF=27;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409353;STB=0.501643;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.01802;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:78:79:58:58:0.423358:31:27:36:42:31:27:37:42 chr16 48212531 . C T 128.43 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.025778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.869;QD=20.5491;RBI=0.0263792;REFB=-0.0291601;REVB=0.00559972;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136262;STB=0.587651;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0242911;OID=.;OPOS=48212531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:13:14:0.56:10:3:4:7:11:3:4:7 chr16 48234327 . C T 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00192609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.689;QD=13.9954;RBI=0.0148317;REFB=-0.0105621;REVB=-0.0147061;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670976;STB=0.538273;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0152434;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:19:10:17:25:19:10:17:25 chr16 48258198 . C T 400.44 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.273;QD=53.3914;RBI=0.0301971;REFB=-0.194219;REVB=0.0260296;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00225366;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:1:0:9:20:1:0 chr16 48575159 . T C 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0163711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.105;QD=12.7895;RBI=0.0182195;REFB=-0.0118315;REVB=-0.00799598;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813464;STB=0.5467;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0191233;OID=.;OPOS=48575159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:17:11:21:24:17:11:21:24 chr16 48577133 . GC G 32.4 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.218876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7436;QD=7.20056;RBI=0.22006;REFB=-0.0641147;REVB=-0.0227925;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.41519;SSEP=0;SSSB=0.467859;STB=0.826582;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0423413;OID=.;OPOS=48577134;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:6:18:7:18:11:6:1:4:7:32:10:5:1:4:6 chr16 49670738 . GCCCA GCC,GCCA 73.97 PASS AF=0,0.446154;AO=8,24;DP=67;FAO=0,29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=0,24;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.107844,0.0516243;FXX=0.0298463;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=72.1714,10.4134;QD=4.55212;RBI=0.111933,0.182566;REFB=-0.0256699,-0.205733;REVB=-0.0299792,-0.175115;RO=32;SAF=8,15;SAR=0,9;SRF=6;SRR=26;SSEN=0.372913,0.372913;SSEP=0,0;SSSB=0.814156,0.419041;STB=0.5,0.848257;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.168148;OID=.,.;OPOS=49670741,49670739;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.446154:8,24:67:0,29:65:36:0,24:0,5:6:30:75:32:8,15:0,9:6:26 chr16 49672520 . A G 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0479007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7697;QD=21.5095;RBI=0.126235;REFB=-0.0148453;REVB=-0.116794;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0081231;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:13:6:8:13:13:6 chr16 50059279 . C A 223.55 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.122;QD=49.6773;RBI=0.0222811;REFB=0;REVB=0.00510972;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68586e-05;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr16 50069312 . C G 185.69 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0143662;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1212;QD=12.176;RBI=0.0194552;REFB=-0.00464465;REVB=-0.0131194;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455764;STB=0.519271;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0034094;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:38:23:23:0.377049:14:9:16:21:14:9:16:22 chr16 50069772 . A G 1357.08 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.4;QD=62.3944;RBI=0.0203806;REFB=0;REVB=-0.0197604;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99757e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 181.8 PASS AF=0.5625;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0290102;FXX=0.0856898;HRUN=3;LEN=5;MLLD=288.626;QD=22.7245;RBI=0.0316942;REFB=-0.00309047;REVB=-0.0127644;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393938;STB=0.696205;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.000907251;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:16:34:18:32:14:5:13:10:4:99:14:4:12:10:4 chr16 50106594 . T C 666.74 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=60;FWDB=0.0401614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9186;QD=17.899;RBI=0.0554721;REFB=-0.00488029;REVB=-0.0382651;RO=79;SAF=28;SAR=40;SRF=20;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164581;STB=0.588211;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00571387;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:81:68:68:0.456376:40:28:20:59:40:28:21:60 chr16 50186867 . C T 189.13 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0199794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6241;QD=20.4462;RBI=0.0618498;REFB=-0.0373649;REVB=0.0585339;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226446;STB=0.5333;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0690406;OID=.;OPOS=50186867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:17:18:20:0.540541:8:10:9:8:8:12:9:8 chr16 50263762 . G A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.562;QD=60.2308;RBI=0.0296398;REFB=0;REVB=0.0223711;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104603;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr16 50265818 . C T 482.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4148;QD=58.5307;RBI=0.0746126;REFB=0;REVB=-0.0742439;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152823;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr16 50326661 . A G 1458.78 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345512;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.702;QD=63.4252;RBI=0.036478;REFB=0;REVB=0.0116985;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011415;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr16 50368663 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.833;QD=51.9167;RBI=0.029064;REFB=0;REVB=0.0203434;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211496;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr16 50642201 . G C 925.94 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.585;QD=56.981;RBI=0.0309629;REFB=-0.0982752;REVB=0.00112319;RO=1;SAF=19;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187922;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:0:64:65:1:45:19:1:0:45:20:0:0 chr16 50733859 . C G 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00261531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.578;QD=29.6346;RBI=0.00468106;REFB=-0.0219439;REVB=-0.00388233;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099467;STB=0.554755;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0142547;OID=.;OPOS=50733859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:18:10:8:8:18:10:8:8 chr16 50745583 . T G 116.36 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0103306;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.048;QD=10.8244;RBI=0.0111945;REFB=-0.0135312;REVB=0.00431228;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816695;STB=0.559914;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.027526;OID=.;OPOS=50745583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:29:14:14:0.325581:6:8:15:15:6:8:14:15 chr16 51171175 . C T 1932.09 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6793;QD=61.3361;RBI=0.036201;REFB=0;REVB=-0.0352886;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072209;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:126:0:0:124:126:1:80:44:0:0:81:45:0:0 chr16 51173559 . G A 1003.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.462;QD=58.1463;RBI=0.0801169;REFB=0;REVB=0.0787045;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815056;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:25:40:0:0:28:41:0:0 chr16 51705448 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.081;QD=60.9782;RBI=0.024398;REFB=0;REVB=0.00619768;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163156;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 173.46 PASS AF=0.3;AO=22;DP=81;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00965953;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=5;MLLD=303.566;QD=8.6728;RBI=0.0150256;REFB=-0.00551396;REVB=-0.0115093;RO=55;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108312;STB=0.537469;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.0131529;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:22:81:24:80:56:12:12:25:31:99:55:12:10:25:30 chr16 53340192 . G A 325.26 PASS AF=0.55;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0216561;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.515;QD=21.6842;RBI=0.0235104;REFB=-0.0122371;REVB=-0.00915149;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980208;STB=0.534933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0110662;OID=.;OPOS=53340192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:25:27:33:33:0.55:17:16:9:16:17:16:11:16 chr16 53396356 . T C 1023.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.956;QD=58.5094;RBI=0.00594569;REFB=0;REVB=0.00584309;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38336e-05;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr16 53404203 . C A 1063.99 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0455;QD=58.3007;RBI=0.0686375;REFB=-0.0454885;REVB=-0.0669429;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000115851;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:42:30:0:1:42:30:0:1 chr16 53639438 . C T 540.37 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0853465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2007;QD=16.3749;RBI=0.0865559;REFB=0.0118817;REVB=-0.0144189;RO=73;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246319;STB=0.514701;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0184289;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:74:57:58:0.439394:33:24:29:44:33:25:30:44 chr16 53671754 . C T 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0231395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5189;QD=11.6307;RBI=0.0743398;REFB=-0.026937;REVB=-0.0706468;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0341466;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:5:11:6:4:5:11 chr16 53682949 . C T 859.95 PASS AF=0.494318;AO=87;DP=176;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0630307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2245;QD=19.5444;RBI=0.0684938;REFB=-0.00536761;REVB=-0.0268054;RO=88;SAF=43;SAR=44;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363876;STB=0.522778;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00338163;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:89:87:87:0.494318:44:43:47:41:44:43:48:41 chr16 54967096 . C A 394.31 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0372893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.716;QD=28.1649;RBI=0.0374566;REFB=0.000392118;REVB=0.00353556;RO=19;SAF=11;SAR=26;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158024;STB=0.586417;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-6.28993e-05;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:26:11:10:9:26:11:10:9 chr16 55325460 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0366359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.758;QD=13.7843;RBI=0.0397927;REFB=0.0102497;REVB=-0.0155328;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112974;STB=0.564051;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0123934;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:17:6:6:27:17:6:6:27 chr16 55523705 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.374;QD=58.0598;RBI=0.0444725;REFB=0;REVB=0.043966;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014705;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr16 55562466 . G A 1056.64 PASS AF=0.5;AO=107;DP=215;FAO=107;FDP=214;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=37;FSRR=70;FWDB=-0.0136771;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.09;QD=19.7503;RBI=0.0166233;REFB=-0.0141933;REVB=-0.00944838;RO=107;SAF=46;SAR=61;SRF=37;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791893;STB=0.543413;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.013173;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:107:107:107:107:0.5:61:46:37:70:61:46:37:70 chr16 55601388 . A G 430.95 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0116888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.166;QD=17.5897;RBI=0.0132534;REFB=-0.0252419;REVB=-0.00624679;RO=54;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458346;STB=0.52568;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0337669;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:16:28:32:22:16:28:32:22 chr16 55844927 . A C 138.53 PASS AF=0.305556;AO=3;DP=39;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0081033;FXX=0.0769034;HRUN=14;LEN=1;MLLD=137.165;QD=15.3919;RBI=0.0599692;REFB=-0.0158921;REVB=0.0594192;RO=8;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563404;STB=0.768898;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0245568;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:39:36:8:14:3:11:0.305556:2:1:0:8:6:5:0:14 chr16 55853446 . C A 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0104006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.241;QD=5.7871;RBI=0.0142006;REFB=0.0016122;REVB=-0.00966866;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607209;STB=0.885966;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00622313;OID=.;OPOS=55853446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:16:7:6:1:16:7 chr16 55883618 . T C 1504.44 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304223;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3322;QD=59.5819;RBI=0.0283129;REFB=0;REVB=0.028149;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059319;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:56:45:0:0 chr16 55905636 . A G 1469.53 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9869;QD=63.2056;RBI=0.0326727;REFB=0;REVB=0.00836882;RO=0;SAF=62;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159627;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:30:62:0:0:30:63:0:0 chr16 55907811 . C T 294.06 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0348284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.659;QD=17.5561;RBI=0.0348497;REFB=-0.0156261;REVB=-0.00121652;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11462;STB=0.557201;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.014192;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:13:19:16:18:13:19:17:18 chr16 56228066 . A G,T 1096.47 PASS AF=0.959459,0.0405405;AO=69,4;DP=73;FAO=71,3;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496254,-0.00777521;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.643,132.621;QD=59.2688;RBI=0.00496877,0.00976686;REFB=0,0;REVB=0.000248726,-0.00591081;RO=0;SAF=34,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0028762,0.00487;OID=.,.;OPOS=56228066,56228066;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:73:74:0:0:69,4:71,3:0.959459,0.0405405:35,3:34,1:0:0:36,2:35,1:0:0 chr16 56368689 . C T 911.82 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.857;QD=55.2617;RBI=0.0512148;REFB=-0.0612377;REVB=0.037532;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00065479;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:63:64:0.969697:29:34:1:0:29:35:1:1 chr16 56377748 . A G 386.49 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0189109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6712;QD=20.8911;RBI=0.0200911;REFB=0.000475654;REVB=0.0067847;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145047;STB=0.58007;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000711595;OID=.;OPOS=56377748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:19:20:12:23:19:20:12:23 chr16 56379451 . G C 98.6 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0874193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.862;QD=9.85957;RBI=0.0942541;REFB=-0.0841385;REVB=0.0352376;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470121;STB=0.789108;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0399924;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:39:40:25:26:13:14:0.35:4:9:6:19:4:10:6:20 chr16 56379496 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0471098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.382;QD=11.5967;RBI=0.0471207;REFB=0.00823498;REVB=-0.00101349;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39214;STB=0.730411;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0255788;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:6:15:4:8:6:15 chr16 56395610 . G A 461.87 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0101161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.881;QD=27.1688;RBI=0.0144925;REFB=-0.0363239;REVB=0.0103776;RO=24;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582583;STB=0.537678;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0211652;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:25:43:43:0.632353:25:18:8:16:25:18:8:17 chr16 56401352 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00077884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.165;QD=8.30758;RBI=0.00885407;REFB=-0.00640784;REVB=-0.00881975;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.011616;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr16 56500132 . C T 900.98 PASS AF=0.526627;AO=89;DP=169;FAO=89;FDP=169;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00760449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1252;QD=21.325;RBI=0.0171706;REFB=-0.0151831;REVB=0.0153949;RO=80;SAF=37;SAR=52;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412633;STB=0.522608;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0158698;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:80:80:89:89:0.526627:52:37:37:43:52:37:37:43 chr16 56500176 . T A 664.02 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00389142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4347;QD=18.9721;RBI=0.00444354;REFB=-0.0115786;REVB=0.00214519;RO=73;SAF=27;SAR=40;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561071;STB=0.503105;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0143301;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:40:27:29:44:40:27:29:44 chr16 56510299 . A C 140.49 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0289085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9563;QD=13.0686;RBI=0.033409;REFB=-0.015017;REVB=0.0167469;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208797;STB=0.612857;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0350196;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:11:5:13:13:11:5:13:14 chr16 56545175 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00196197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.133;QD=17.9559;RBI=0.00961027;REFB=-0.00975211;REVB=0.00940787;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492381;STB=0.78276;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0135728;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:5:12:3:13:5:12 chr16 56548501 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.176;QD=58.142;RBI=0.0442866;REFB=0;REVB=0.040804;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260783;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr16 56601720 . A G 387.51 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0251421;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=18.0237;RBI=0.0262157;REFB=-0.00742077;REVB=-0.00742545;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386799;STB=0.521601;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00811934;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:21:19:20:26:21:19:20:26 chr16 56601722 . T C 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0267402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.069;QD=17.6622;RBI=0.0268438;REFB=0.00457372;REVB=0.00235611;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273351;STB=0.515284;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00825693;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:21:26:21:19:21:26 chr16 56602798 . G A 170.92 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0270389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.9359;QD=11.2076;RBI=0.0271839;REFB=-0.00487693;REVB=-0.00280416;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664062;STB=0.545414;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0112149;OID=.;OPOS=56602798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:10:12:23:15:10:12:24:15 chr16 56667282 . C A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0033409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.494;QD=13.224;RBI=0.00357783;REFB=-0.01313;REVB=-0.00128033;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154218;STB=0.508842;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0184724;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:14:22:15:9:14:22 chr16 56670827 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0365388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.992;QD=18.0871;RBI=0.0381139;REFB=-0.0121133;REVB=-0.0108438;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137164;STB=0.586041;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0138756;OID=.;OPOS=56670827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:11:15:11:15:11:15:11:16 chr16 56673227 . C A 138.12 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0600379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.886;QD=12.556;RBI=0.0610351;REFB=0.00012269;REVB=-0.0109878;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136651;STB=0.568098;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0026312;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:15:16:0.363636:7:8:11:16:8:8:11:17 chr16 56673249 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.039901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4622;QD=9.47552;RBI=0.045895;REFB=0.00733887;REVB=0.0226773;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118978;STB=0.612689;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0177426;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:18:21:10:10:0.322581:5:5:7:11:5:5:7:14 chr16 56686470 . C T 435.2 PASS AF=0.55;AO=37;DP=73;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00710857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9943;QD=21.7602;RBI=0.048867;REFB=-0.00944482;REVB=0.0483472;RO=36;SAF=25;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899551;STB=0.506957;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0033144;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:36:36:37:44:0.55:12:25:21:15:19:25:21:15 chr16 56693004 . C T 329.75 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00282091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.9022;QD=18.3192;RBI=0.0386905;REFB=-0.00860093;REVB=-0.0385875;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271354;STB=0.515143;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0071639;OID=.;OPOS=56693004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:18:19:19:16:18:19 chr16 56701294 . T A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0126478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.958;QD=8.30605;RBI=0.0195415;REFB=-0.0174306;REVB=-0.0148965;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22957;STB=0.615111;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0385937;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:5:12:4:4:6:12 chr16 56855496 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.077;QD=61.6791;RBI=0.0594696;REFB=0;REVB=0.0548953;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510116;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr16 56868700 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0689139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.492;QD=56.6227;RBI=0.068991;REFB=-0.101364;REVB=-0.00326156;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000257903;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr16 56873495 . C T 1077.6 PASS AF=0.542553;AO=100;DP=187;FAO=102;FDP=188;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.000408225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8075;QD=22.9277;RBI=0.00318546;REFB=-0.00264979;REVB=0.00315919;RO=83;SAF=48;SAR=52;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789782;STB=0.539075;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00268376;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:83:86:100:102:0.542553:52:48:32:51:53:49:34:52 chr16 56904587 . C G 868.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5078;QD=57.8695;RBI=0.0156762;REFB=0;REVB=-0.00819982;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28819e-05;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr16 56920969 . C T 365.53 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.992;QD=52.2187;RBI=0.0555421;REFB=-0.190147;REVB=0.0536875;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00179266;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr16 56928519 . C T 1097.7 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6775;QD=60.1479;RBI=0.0409489;REFB=0;REVB=0.0375657;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130918;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:44:29:0:0 chr16 56966011 . G A 728.11 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0432705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.678;QD=49.3635;RBI=0.0660006;REFB=-0.0124858;REVB=0.0498371;RO=3;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626876;STB=0.541651;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000352031;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:58:59:3:4:54:55:0.932203:21:33:0:3:22:33:0:4 chr16 56966043 . CG C,GC 125.47 PASS AF=0.605263,0;AO=16,2;DP=40;FAO=23,0;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.224169,0.118802;FXX=0.0499875;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.26,17.2697;QD=13.2073;RBI=0.247206,0.179337;REFB=-0.163394,-0.0828459;REVB=-0.104207,-0.134342;RO=20;SAF=6,0;SAR=10,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123809,-0.509716;STB=0.557554,0.5;STBP=0.396,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.148611,0;OID=.,.;OPOS=56966044,56966043;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:40:38:20:15:16,2:23,0:0.605263,0:10,2:6,0:10:10:12,0:11,0:5:10 chr16 57005301 . C T 236.22 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00700783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3208;QD=17.4975;RBI=0.0187185;REFB=-0.00240352;REVB=-0.0173572;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00473225;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:12:16:14:12:12:16 chr16 57060340 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8015;QD=56.1872;RBI=0.0868283;REFB=0;REVB=-0.0267519;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228879;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 57060353 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.89;QD=51.9166;RBI=0.026147;REFB=0;REVB=-0.00499689;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238134;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr16 57068106 . AC GT 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233311;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.559;QD=63.872;RBI=0.0244845;REFB=0;REVB=-0.00742648;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.86251e-05;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr16 57071114 . A G 719.36 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376316;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.705;QD=56.4203;RBI=0.0388664;REFB=0;REVB=-0.00971917;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7089e-08;OID=.;OPOS=57071114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:30:19:0:0:32:19:0:0 chr16 57073683 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=67;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.424;QD=63.0522;RBI=0.109277;REFB=0;REVB=-0.108653;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002618;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:67:91:1:32:35:0:0:36:55:0:0 chr16 57085465 . C T 737.28 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0579246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2613;QD=54.6134;RBI=0.0591466;REFB=-0.054429;REVB=0.0119611;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000511191;OID=.;OPOS=57085465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:1:0:23:30:1:0 chr16 57392733 . A C 310.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344106;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8059;QD=53.9559;RBI=0.0134514;REFB=0;REVB=-0.0130038;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357042;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr16 57499902 . T C 231.61 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00346331;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2066;QD=14.4759;RBI=0.0492983;REFB=-0.000199498;REVB=0.0491765;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175558;STB=0.599925;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00153036;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:20:17:17:10:20:17 chr16 57503213 . C T 507.13 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0318027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.925;QD=17.9515;RBI=0.0325112;REFB=-0.0152314;REVB=-0.00675028;RO=57;SAF=22;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159174;STB=0.58828;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00923152;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:59:54:54:0.477876:32:22:33:24:32:22:34:25 chr16 57507061 . CATT C 190.9 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00213924;FXX=0.129606;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.348;QD=16.2472;RBI=0.0065377;REFB=-0.00555447;REVB=-0.0061778;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12494;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.00657559;OID=.;OPOS=57507062;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:49:21:47:26:15:6:16:10:99:25:15:6:15:10 chr16 57595999 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00276246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.953;QD=20.5628;RBI=0.0686131;REFB=-0.00649165;REVB=-0.0685575;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180611;STB=0.600301;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00825251;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:23:12:17:14:23:12:17:14 chr16 57600565 . T G,TG 47.34 PASS AF=0,0.178808;AO=10,36;DP=154;FAO=0,27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=0,15;FSAR=0,12;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0199933,-0.104898;FXX=0.0320492;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=73.0648,7.18519;QD=1.25392;RBI=0.0241074,0.160818;REFB=-0.0133256,-0.119393;REVB=-0.0134698,0.121897;RO=104;SAF=10,21;SAR=0,15;SRF=57;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.586609,0.0444743;STB=0.5,0.51419;STBP=1,0.87;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.120285;OID=.,.;OPOS=57600565,57600566;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:154:151:104:124:10,36:0,27:0,0.178808:0,15:10,21:57:47:0,12:0,15:71:53 chr16 57601792 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0055106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.664;QD=24.0275;RBI=0.0161315;REFB=3.80751e-05;REVB=-0.0151611;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380628;STB=0.713979;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00011872;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:7:1:10:4:7:1 chr16 57609000 . C G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0114236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.583;QD=14.7942;RBI=0.0117281;REFB=-0.00392935;REVB=0.00265526;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22768;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00497896;OID=.;OPOS=57609000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:9:18:8:10:9:18 chr16 57624549 . G A 485.97 PASS AF=0.567901;AO=43;DP=78;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0084947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.399;QD=23.9986;RBI=0.0306738;REFB=-0.0105303;REVB=0.0294741;RO=35;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919549;STB=0.526961;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00854137;OID=.;OPOS=57624549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:35:35:43:46:0.567901:14:29:20:15:17:29:20:15 chr16 57689385 . C G 801.84 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562443;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.889;QD=57.2745;RBI=0.0465006;REFB=0;REVB=0.0461592;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94624e-05;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:21:30:0:0:26:30:0:0 chr16 57689883 . T C 908.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738363;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1064;QD=58.6165;RBI=0.0829486;REFB=0;REVB=-0.0377977;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134372;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr16 57698931 . A G 247.31 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.04572;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0712;QD=23.0057;RBI=0.0467044;REFB=-0.0166076;REVB=0.00953834;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133945;STB=0.575213;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0181557;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:11:9:7:16:11:9 chr16 57702274 . G T 147.03 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00350656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.277;QD=17.2975;RBI=0.0130402;REFB=-0.014209;REVB=0.0125599;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198855;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.011749;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:9:6:11:7:10:6:11:7 chr16 57786517 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0387135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.34;QD=16.2791;RBI=0.0406322;REFB=-0.00511261;REVB=-0.0123387;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27749;STB=0.656621;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00665859;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:13:20:9:19:13:20 chr16 57786711 . C T 145.94 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.113916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.819;QD=25.3816;RBI=0.115673;REFB=-0.00215107;REVB=0.0200855;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139114;STB=0.546035;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00199563;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:8:8:14:15:0.652174:11:3:3:5:11:4:3:5 chr16 57795394 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0047892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.02;QD=19.6919;RBI=0.0382087;REFB=-0.0238183;REVB=0.0379074;RO=25;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338626;STB=0.690211;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0103317;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:19:7:16:9:19:7:16:9 chr16 57805176 . A G 322.91 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0411775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.841;QD=14.1941;RBI=0.0424057;REFB=-0.0138517;REVB=0.0101317;RO=53;SAF=26;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193763;STB=0.630495;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0257711;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:55:35:36:0.395604:9:26:31:22:9:27:31:24 chr16 57937856 . G C 1291.22 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.041599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9979;QD=55.5362;RBI=0.0498122;REFB=-0.060665;REVB=0.0274003;RO=5;SAF=35;SAR=53;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422922;STB=0.52236;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0122754;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:93:93:5:5:88:88:0.946237:53:35:4:1:53:35:4:1 chr16 57950057 . G A 516.66 PASS AF=0.478261;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0292818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.498;QD=17.9708;RBI=0.0293107;REFB=0.00644985;REVB=-0.00130162;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220102;STB=0.511178;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00538831;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:57:60:54:55:0.478261:30:24:24:33:30:25:26:34 chr16 57996960 . C T 399.49 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114165;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9477;QD=57.0695;RBI=0.114196;REFB=0;REVB=0.00263895;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206451;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr16 58073845 . C T 430.88 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0102155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3998;QD=17.5871;RBI=0.0154946;REFB=0.000585987;REVB=0.0116501;RO=54;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153193;STB=0.585597;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000458687;OID=.;OPOS=58073845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:24:20:33:21:24:20:33:21 chr16 58079165 . G A 347.95 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.438;QD=46.3939;RBI=0.073141;REFB=0;REVB=0.0729798;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138163;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:0:0:23:30:1:5:18:0:0:11:19:0:0 chr16 58191966 . C A,T 566.38 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,36;DP=39;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000306034,-0.0165305;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.366,57.5111;QD=59.6185;RBI=0.0293801,0.0593138;REFB=0,0;REVB=-0.0293785,0.0569637;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.211289,-0.00352314;OID=.,.;OPOS=58191966,58191966;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:38:0:0:2,36:2,36:0.0526316,0.947368:1,14:1,22:0:0:1,14:1,22:0:0 chr16 58314433 . T C 437.44 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00357818;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.589;QD=18.8148;RBI=0.00538673;REFB=-0.0309097;REVB=0.00402661;RO=49;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606911;STB=0.533737;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0309798;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:17:27:33:16:17:27:33:16 chr16 58314504 . GCC GC,GCG 492.7 PASS AF=0.763636,0.236364;AO=9,13;DP=50;FAO=42,13;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=13,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.834911,0.0648847;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.2256,174.451;QD=35.8327;RBI=0.841289,0.064944;REFB=0,0;REVB=0.103396,0.00277547;RO=25;SAF=3,0;SAR=6,13;SRF=24;SRR=1;SSEN=0.272727,0;SSEP=0.460204,0;SSSB=-0.67495,-0.87519;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0467121,0.0703959;OID=.,.;OPOS=58314505,58314506;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.763636,0.236364:9,13:50:42,13:55:0:29,0:13,13:0:0:87:25:3,0:6,13:24:1 chr16 58314598 . C T 331.69 PASS AF=0.444444;AO=33;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0299245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.325;QD=16.3797;RBI=0.0303534;REFB=-0.0439651;REVB=-0.00508468;RO=45;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51687;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0489457;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:45:33:36:0.444444:22:11:15:30:23:13:15:30 chr16 58318604 . T C 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0239246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.128;QD=17.8595;RBI=0.0242111;REFB=-0.0128555;REVB=-0.00371312;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758096;STB=0.547799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0130414;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:20:14:12:24:20:14:12:25 chr16 58327646 . A G 1338.35 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0065486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7842;QD=58.8285;RBI=0.0116781;REFB=-0.0424299;REVB=0.0096692;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185764;STB=0.503311;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00210497;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:2:3:88:88:0.967033:38:50:2:0:38:50:2:1 chr16 58545426 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.094;QD=60.645;RBI=0.0220519;REFB=0;REVB=-0.00423012;RO=0;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23082e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:70:43:0:0:70:43:0:0 chr16 58550484 . G A 183.16 PASS AF=0.375;AO=14;DP=54;FAO=18;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0211787;FXX=0.111091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.901;QD=15.263;RBI=0.0410742;REFB=-0.0244463;REVB=-0.035193;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568702;STB=0.666481;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0412202;OID=.;OPOS=58550484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:48:17:22:14:18:0.375:12:2:12:5:12:6:14:8 chr16 58552921 . G A 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0147026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.74;QD=10.5676;RBI=0.0148704;REFB=-0.00806744;REVB=0.0022274;RO=61;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028305;STB=0.510862;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0150396;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:61:62:30:30:0.326087:15:15:32:29:15:15:32:30 chr16 58562228 . T C 325.83 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0154888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.218;QD=14.9806;RBI=0.015646;REFB=-0.00870349;REVB=-0.00221243;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127001;STB=0.572479;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00967372;OID=.;OPOS=58562228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:51:35:36:0.413793:16:19:21:29:16:20:22:29 chr16 58562289 . T C 552.43 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00737843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.454;QD=22.097;RBI=0.0461938;REFB=-0.0135563;REVB=0.0456007;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463594;STB=0.529988;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.02301;OID=.;OPOS=58562289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:51:52:0.52:25:26:27:21:26:26:27:21 chr16 58577421 . C T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.814;QD=55.8047;RBI=0.0247799;REFB=-0.0244564;REVB=0.00941491;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000442732;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:57:59:0.983333:28:29:1:0:30:29:1:0 chr16 58579274 . C T 574.25 PASS AF=0.401198;AO=63;DP=162;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00642529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.651;QD=13.7544;RBI=0.00888612;REFB=-0.022191;REVB=-0.0061383;RO=96;SAF=28;SAR=35;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137006;STB=0.558073;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.04544;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:96:100:63:67:0.401198:35:28:55:41:36:31:56:44 chr16 58588617 . A T 252.21 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000198631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.024;QD=34.7872;RBI=0.0144804;REFB=0.00277484;REVB=-0.014479;RO=7;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945381;STB=0.551678;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.000457126;OID=.;OPOS=58588617;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:11:11:5:2:11:11:5:2 chr16 58714002 . T C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000197403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.374;QD=28.7489;RBI=0.00220289;REFB=-0.00502885;REVB=0.00219403;RO=19;SAF=4;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168781;STB=0.593838;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00397624;OID=.;OPOS=58714002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:26:4:5:14:26:4:5:14 chr16 58741044 . C G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0334765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0155;QD=12.869;RBI=0.0385523;REFB=-0.0108947;REVB=-0.0191208;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253538;STB=0.651435;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0183093;OID=.;OPOS=58741044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:9:23:10:11:9:24 chr16 58743454 . A C 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0472483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.893;QD=20.1554;RBI=0.0477048;REFB=-0.0229199;REVB=0.00658358;RO=32;SAF=7;SAR=28;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387688;STB=0.717105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00833617;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:28:7:19:13:28:7:19:13 chr16 64980818 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.976;QD=60.3767;RBI=0.0061111;REFB=0;REVB=0.00549102;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08298e-06;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr16 65016087 . A C 1645.05 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7465;QD=59.281;RBI=0.0691915;REFB=0;REVB=0.0134404;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778868;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:111:0:0:108:111:1:66:42:0:0:67:44:0:0 chr16 66420885 . C T 1309.53 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4342;QD=61.6249;RBI=0.0207819;REFB=0;REVB=-0.018637;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017096;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:56:28:0:0:56:29:0:0 chr16 66432423 . TC CT 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.552;QD=62.0195;RBI=0.023289;REFB=0;REVB=0.0192499;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.63497e-05;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 143.41 PASS AF=0.210046,0.0502283;AO=58,17;DP=221;FAO=46,11;FDP=219;FR=.;FRO=162;FSAF=26,0;FSAR=20,11;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=-0.0631363,-0.11946;FXX=0.00904936;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.54566,62.0322;QD=2.61928;RBI=0.0660274,0.133498;REFB=-0.140708,-0.0336115;REVB=-0.019324,-0.059591;RO=111;SAF=34,0;SAR=24,17;SRF=58;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0740266,-0.700889;STB=0.569907,0.998993;STBP=0.304,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0958454,0.0683387;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210046,0.0502283:58,17:221:46,11:219:162:26,0:20,11:77:85:99:111:34,0:24,17:58:53 chr16 66527192 . G A 83.38 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00921883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.933;QD=22.2342;RBI=0.0205041;REFB=-0.0270851;REVB=-0.0183148;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34935;STB=0.685212;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0119311;OID=.;OPOS=66527192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:15:4:5:9:9:0.6:1:8:2:2:1:8:3:2 chr16 66584002 . T C 265.63 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0321975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2774;QD=13.6221;RBI=0.0890587;REFB=-0.00278286;REVB=-0.0830348;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146089;STB=0.502922;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00239468;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:47:30:31:0.397436:17:13:21:26:17:14:21:26 chr16 66600479 . G A 53.89 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.114333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.322;QD=8.2908;RBI=0.115089;REFB=-0.0113004;REVB=-0.0131672;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504198;STB=0.531173;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0184439;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:12:6:3:5:12:6 chr16 66613525 . G A 492.28 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00843246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.003;QD=22.6338;RBI=0.0406429;REFB=-0.0222184;REVB=-0.0397585;RO=40;SAF=21;SAR=26;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148182;STB=0.581245;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0137449;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:26:21:11:29:26:21:11:29 chr16 66614008 . T C 288.91 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.040224;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1958;QD=24.5884;RBI=0.0797014;REFB=-0.00872554;REVB=0.0688065;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225518;STB=0.625311;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0112085;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:7:14:10:16:7:14 chr16 66656102 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0113533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.942;QD=15.2296;RBI=0.0341007;REFB=-0.0151812;REVB=-0.0321552;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999497;STB=0.568467;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0213976;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:11:8:14:13:11:8:15:13 chr16 66765067 . G A 1572.51 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00186333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.764;QD=62.9004;RBI=0.0375898;REFB=-0.0912864;REVB=0.0375436;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000200764;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:56:43:0:0:56:43:1:0 chr16 66792714 . T C 524.95 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8712;QD=58.3281;RBI=0.0757382;REFB=0;REVB=0.0669086;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622204;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr16 66812797 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.154;QD=58.2377;RBI=0.0532564;REFB=0;REVB=-0.013372;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79868e-05;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr16 66919929 . G C 280.05 PASS AF=0.56;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000312398;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.582;QD=22.4039;RBI=0.00349477;REFB=-0.0068494;REVB=-0.00348078;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249853;STB=0.604468;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00981718;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:26:28:0.56:19:7:12:10:19:9:12:10 chr16 66920452 . G A 375.15 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00936353;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.985;QD=20.5563;RBI=0.0120652;REFB=-0.00437716;REVB=0.00760878;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190534;STB=0.585409;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00388994;OID=.;OPOS=66920452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:35:38:38:0.520548:23:15:20:12:23:15:20:15 chr16 66920510 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00591596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7766;QD=15.6537;RBI=0.00616833;REFB=0.00370925;REVB=-0.00174634;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32673;STB=0.684277;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00490219;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:10:22:9:17:10:22 chr16 66920949 . G A 420.26 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.000763605;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4611;QD=16.4809;RBI=0.0057405;REFB=-0.00929467;REVB=0.00568949;RO=55;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524738;STB=0.529901;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0183731;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:56:45:46:0.45098:30:15:21:34:31:15:21:35 chr16 66921256 . A G 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000583459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.473;QD=18.3163;RBI=0.00833439;REFB=-0.00860299;REVB=-0.00831394;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340556;STB=0.512814;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00837506;OID=.;OPOS=66921256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:20:19:22:20:20:19:22:21 chr16 66945947 . C T 91.02 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0118875;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.153;QD=7.74601;RBI=0.0160097;REFB=-0.0106063;REVB=0.0107238;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188167;STB=0.617446;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0255237;OID=.;OPOS=66945947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:48:47:35:35:12:12:0.255319:8:4:17:18:8:4:17:18 chr16 66948130 . G A 351.8 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00904683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.813;QD=16.1747;RBI=0.0101809;REFB=-0.00951147;REVB=0.00466973;RO=49;SAF=28;SAR=9;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15392;STB=0.570558;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0137609;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:9:28:31:18:10:28:31:18 chr16 67006838 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0100671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.771;QD=14.6983;RBI=0.010655;REFB=-0.0125844;REVB=0.00349048;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280785;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168766;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:13:10:7:9:13:10 chr16 67037054 . A C 207.42 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0126936;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.519;QD=16.932;RBI=0.0128076;REFB=-0.0195763;REVB=0.0017054;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224382;STB=0.629496;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0232939;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:12:16:16:5:12:16 chr16 67116169 . C T 502.47 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0110419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.479;QD=24.8135;RBI=0.0535323;REFB=-0.0123959;REVB=-0.0523812;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120712;STB=0.56601;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00546683;OID=.;OPOS=67116169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:23:24:12:22:23:24:12:22 chr16 67180171 . T C 585.51 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00574815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.259;QD=15.0131;RBI=0.00833539;REFB=-0.017734;REVB=0.00603635;RO=90;SAF=32;SAR=34;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270607;STB=0.515147;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.025115;OID=.;OPOS=67180171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:34:32:46:44:34:32:46:44 chr16 67181999 . A G 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0127204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.584;QD=16.42;RBI=0.0346574;REFB=-0.00980167;REVB=0.0322386;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13356;STB=0.575112;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0119533;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:20:14:16:13:20:14 chr16 67233266 . A C 423.51 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0121506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3824;QD=22.8921;RBI=0.0821016;REFB=-0.000432471;REVB=-0.0811975;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409883;STB=0.503224;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00543103;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:27:32:41:42:0.567568:19:22:16:11:20:22:17:15 chr16 67691194 . C T 71.72 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0285747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6125;QD=9.8918;RBI=0.0409343;REFB=-0.00456907;REVB=0.0293105;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759402;STB=0.545369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00733136;OID=.;OPOS=67691194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:3:16:8:2:3:16 chr16 67691668 . A G 899.94 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.699;QD=58.0608;RBI=0.132407;REFB=0;REVB=-0.00918973;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349921;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:34:28:0:0 chr16 67759871 . ATTTT ATTTA,ATTT 137.17 PASS AF=0.153846,0.435897;AO=3,13;DP=39;FAO=6,17;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6,4;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0801139,-0.222714;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=205,12.6129;QD=14.0691;RBI=0.08075,0.225568;REFB=0.00655826,-0.0459503;REVB=-0.0101155,0.0357714;RO=15;SAF=3,2;SAR=0,11;SRF=1;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.811401,0.180896;STB=0.998938,0.632641;STBP=0,0.287;TYPE=snp,del;VARB=0.0700733,0.0160456;OID=.,.;OPOS=67759875,67759872;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.153846,0.435897:3,13:39:6,17:39:16:6,4:0,13:1:15:89:15:3,2:0,11:1:14 chr16 68025801 . G C 721.77 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.833;QD=58.9203;RBI=0.0555721;REFB=-0.0155307;REVB=0.0489195;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170451;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00110306;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:49:2:2:46:47:0.959184:22:24:1:1:22:25:1:1 chr16 68057096 . T C 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0582901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0516;QD=55.0419;RBI=0.0602134;REFB=-0.0411033;REVB=0.0150971;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000306566;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:1:0:22:33:1:0 chr16 68331389 . A G 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00313928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.133;QD=26.5131;RBI=0.0160214;REFB=-0.0210754;REVB=-0.0157109;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071558;STB=0.539653;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0106608;OID=.;OPOS=68331389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:9:18:11:8:9:18:11:8 chr16 68344363 . A C 556.29 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0292774;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.882;QD=18.5429;RBI=0.0300127;REFB=-0.00941103;REVB=-0.00660281;RO=61;SAF=20;SAR=38;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489033;STB=0.532699;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0135744;OID=.;OPOS=68344363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:61:62:58:58:0.483333:38:20:24:37:38:20:25:37 chr16 68344696 . C T 435.53 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000793649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.064;QD=18.5333;RBI=0.00925954;REFB=-0.00577758;REVB=0.00922547;RO=50;SAF=30;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865116;STB=0.548365;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00340508;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:14:30:30:20:14:30:30:20 chr16 68381516 . G A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.013764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.617;QD=17.2231;RBI=0.0278257;REFB=-0.00469569;REVB=-0.0241831;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154163;STB=0.58665;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00464387;OID=.;OPOS=68381516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:11:21:18:18:11:21:18:18 chr16 68387457 . C T 214.29 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0384206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5031;QD=16.8074;RBI=0.0386384;REFB=-0.00643892;REVB=-0.00409699;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.593828;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00967275;OID=.;OPOS=68387457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:10:13:11:16:10:13:11:17 chr16 68389772 . C T 140.74 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0806172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.92;QD=16.5571;RBI=0.0806194;REFB=-0.0173312;REVB=-0.000591745;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513058;STB=0.518496;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0227616;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:12:3:3:15:13:3:3:15 chr16 68398924 . C T 355.43 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0227361;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.442;QD=18.7067;RBI=0.0273767;REFB=-0.0198715;REVB=-0.0152498;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134525;STB=0.568715;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0205561;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:39:37:37:0.486842:14:23:28:9:14:23:29:10 chr16 68569440 . T G 923.14 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.296;QD=56.8084;RBI=0.0164046;REFB=-0.12438;REVB=-0.00841822;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0016334;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:35:29:0:1:35:29:0:1 chr16 68569459 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.228;QD=58.4197;RBI=0.0211018;REFB=0;REVB=0.0186011;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10065e-05;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr16 68598007 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3162;QD=60.6076;RBI=0.014223;REFB=0;REVB=0.010985;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025488;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 68713730 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.287;QD=57.8847;RBI=0.0118637;REFB=0;REVB=0.0116147;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92393e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr16 68713823 . C A 1440.04 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0568731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.624;QD=58.777;RBI=0.0570958;REFB=-0.0530798;REVB=0.00503859;RO=4;SAF=50;SAR=44;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364288;STB=0.519227;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0177777;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:44:50:4:0:44:50:4:0 chr16 68721470 . T C 654.1 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133923;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.329;QD=62.2953;RBI=0.0177429;REFB=0;REVB=0.0116386;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57662e-05;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:32:10:0:0 chr16 68721533 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.506;QD=63.2866;RBI=0.00972632;REFB=0;REVB=-0.00788804;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23481e-05;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr16 68725783 . G A 174.81 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.020626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.2818;QD=15.8915;RBI=0.11264;REFB=-0.00288919;REVB=0.110735;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12178;STB=0.559362;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0159159;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:14:15:0.340909:6:8:10:12:7:8:10:13 chr16 68729785 . C A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0282867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.329;QD=14.6974;RBI=0.048603;REFB=-0.00398079;REVB=-0.0395236;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113489;STB=0.564911;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00763671;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:19:11:10:11:19:11 chr16 68732000 . G A 212.18 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0104632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1679;QD=27.3777;RBI=0.05629;REFB=-0.0228011;REVB=0.055309;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866655;STB=0.547899;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0141925;OID=.;OPOS=68732000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:8:12:8:3:8:12:8:3 chr16 68732049 . A C 94.22 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0211611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.75;QD=10.4691;RBI=0.0378844;REFB=-0.00972934;REVB=-0.0314235;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932106;STB=0.555981;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0184264;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:12:12:5:7:12:12 chr16 68771372 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.577;QD=33.4285;RBI=0.124474;REFB=0;REVB=0.114101;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109425;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 68776416 . G A 48.02 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000982377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.76;QD=12.8064;RBI=0.00278171;REFB=-0.00707218;REVB=0.00260247;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00963097;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:4:4:3:4:4:4 chr16 68869449 . A G 563.8 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.716;QD=57.8258;RBI=0.0205462;REFB=0.0110818;REVB=0.00231306;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.82341e-05;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:1:0:19:19:1:0 chr16 68919559 . T C 1593.62 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253501;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.563;QD=60.1365;RBI=0.039579;REFB=0;REVB=0.0303952;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180735;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr16 69143577 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.233;QD=60.6102;RBI=0.0153468;REFB=0;REVB=0.00339061;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141922;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr16 69493016 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0187546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.198;QD=10.3904;RBI=0.0414798;REFB=5.83628e-05;REVB=-0.0369978;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138499;STB=0.583117;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000827918;OID=.;OPOS=69493016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:9:2:2:5:9:2 chr16 69499731 . T C 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0182459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2921;QD=21.7441;RBI=0.0316829;REFB=0.000223807;REVB=-0.0259016;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313621;STB=0.677223;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00159318;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:10:6:14:5:10:6 chr16 69704122 . C CTG 117.68 PASS AF=0.378378;AO=11;DP=39;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0237185;FXX=0.0512689;HRUN=5;LEN=2;MLLD=266.991;QD=12.7218;RBI=0.0274442;REFB=-0.0156181;REVB=0.0138063;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819496;STB=0.567473;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.0243518;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:11:39:14:37:23:7:7:9:14:99:26:5:6:10:16 chr16 69733460 . G A 453.48 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0298104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8723;QD=19.7165;RBI=0.0463676;REFB=-0.0112428;REVB=-0.0355147;RO=47;SAF=19;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140022;STB=0.577743;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0100361;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:26:19:27:20:26:19:27:20 chr16 69733755 . ATG A 34.08 PASS AF=0.304348;AO=3;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.136765;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.254;QD=5.92662;RBI=0.225326;REFB=-0.0613106;REVB=-0.179072;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766313;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.244751;OID=.;OPOS=69733756;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:3:23:7:23:16:4:3:9:7:34:10:1:2:4:6 chr16 69735271 . T A 639.87 PASS AF=0.442953;AO=65;DP=148;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.0149842;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.447;QD=17.1778;RBI=0.0152879;REFB=-0.0239719;REVB=0.00303212;RO=81;SAF=38;SAR=27;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856601;STB=0.541948;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0324275;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:81:83:65:66:0.442953:27:38:54:27:27:39:55:28 chr16 69737468 . C G 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00799706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.052;QD=10.1038;RBI=0.0125337;REFB=-0.0112541;REVB=0.00965099;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290102;STB=0.671058;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0194562;OID=.;OPOS=69737468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:6:14:18:22:6:14:18:22 chr16 69782855 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.598;QD=59.0184;RBI=0.104431;REFB=0;REVB=0.104413;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788004;OID=.;OPOS=69782855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr16 69963355 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.99;QD=58.1421;RBI=0.0258656;REFB=0;REVB=-0.0177965;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41641e-06;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr16 69967897 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.986;QD=59.6794;RBI=0.0234956;REFB=0;REVB=-0.00601985;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51831e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr16 69970329 . A G 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.334;QD=60.1564;RBI=0.0237076;REFB=-0.0528145;REVB=0.0163916;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00548553;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:25:19:0:0:25:19:0:1 chr16 69973825 . G A 277.18 PASS AF=0.418605;AO=12;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.143284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.3767;QD=25.7842;RBI=0.144114;REFB=-0.0353694;REVB=-0.0154466;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47493;STB=0.765596;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0484881;OID=.;OPOS=69973825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:10:13:12:18:0.418605:2:10:3:7:2:16:6:7 chr16 69975631 . A T 924.81 PASS AF=0.494624;AO=92;DP=187;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.010653;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.904;QD=19.8884;RBI=0.013301;REFB=-0.00812469;REVB=-0.00796424;RO=94;SAF=59;SAR=33;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125071;STB=0.568954;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00852013;OID=.;OPOS=69975631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:94:94:92:92:0.494624:33:59:48:46:33:59:48:46 chr16 69985383 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0211227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.315;QD=15.7844;RBI=0.0245285;REFB=-0.0142039;REVB=0.0124691;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748824;STB=0.543414;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00994035;OID=.;OPOS=69985383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:6:11:10:4:6:11 chr16 69988373 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5078;QD=59.4237;RBI=0.0673108;REFB=0;REVB=0.0613642;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630321;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr16 69988472 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0649697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.735;QD=25.4946;RBI=0.0649851;REFB=-0.0262508;REVB=-0.00141612;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659702;STB=0.536792;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0301484;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:11:3:1:6:11:3:1:6 chr16 70010458 . G A 871.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7049;QD=54.4603;RBI=0.132485;REFB=0;REVB=0.104854;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639527;OID=.;OPOS=70010458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:64:0:0:55:64:1:35:20:0:0:43:21:0:0 chr16 70010589 . T C 371.83 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0073183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.923;QD=17.4981;RBI=0.0338765;REFB=-0.0110393;REVB=0.0330766;RO=44;SAF=6;SAR=33;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183261;STB=0.596331;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0103193;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:46:39:39:0.458824:33:6:12:32:33:6:12:34 chr16 70010610 . C T 69.25 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=52;FWDB=0.0601816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.089;QD=3.41999;RBI=0.0611462;REFB=-0.00424182;REVB=-0.0108177;RO=68;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114437;STB=0.575364;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0224599;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:9:4:16:52:9:4:16:52 chr16 70016416 . T A 459.29 PASS AF=0.363636;AO=56;DP=153;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00151658;FXX=0.0128197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.3;QD=11.9296;RBI=0.00624041;REFB=-0.0107985;REVB=0.00605332;RO=97;SAF=24;SAR=32;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108502;STB=0.558638;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0121156;OID=.;OPOS=70016416;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:97:98:56:56:0.363636:32:24:51:46:32:24:51:47 chr16 70016573 . G A 795.73 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00277907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.777;QD=18.9458;RBI=0.0239338;REFB=-0.0087452;REVB=0.0237719;RO=86;SAF=46;SAR=36;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353573;STB=0.519502;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00916267;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:86:86:82:82:0.488095:36:46:45:41:36:46:45:41 chr16 70180088 . A T 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00126782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.174;QD=18.8954;RBI=0.0145814;REFB=-0.00708833;REVB=0.0145262;RO=44;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145993;STB=0.581355;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00648585;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:16:25:20:24:16:25:20:24 chr16 70191333 . T C 300.43 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00498561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.119;QD=19.0748;RBI=0.0122083;REFB=-0.0258535;REVB=0.0111439;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237019;STB=0.6315;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.031438;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:9:22:14:18:9:22 chr16 70191556 . G A 466.54 PASS AF=0.484211;AO=47;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0122322;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9296;QD=19.6438;RBI=0.0162136;REFB=-0.0191753;REVB=-0.0106421;RO=45;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016431;STB=0.530792;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00800784;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:49:47:46:0.484211:28:19:19:26:28:18:22:27 chr16 70191566 . A G 575.77 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0310805;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1179;QD=23.743;RBI=0.0322184;REFB=-0.0155676;REVB=0.00848707;RO=41;SAF=21;SAR=32;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352941;STB=0.527321;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0257279;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:41:44:53:53:0.546392:32:21:18:23:32:21:20:24 chr16 70287177 . A G 392.46 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6797;QD=56.0657;RBI=0.149505;REFB=0;REVB=-0.117521;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0047229;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 70303580 . G A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0418409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.67;QD=18.7755;RBI=0.0418475;REFB=-0.0158823;REVB=-0.000742224;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103022;STB=0.557648;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.025961;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:16:10:13:13:16:10 chr16 70328792 . G C 287.83 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.00409104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3255;QD=18.5694;RBI=0.00541082;REFB=-0.00969922;REVB=-0.00354124;RO=31;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151497;STB=0.583735;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00599496;OID=.;OPOS=70328792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:22:9:5:26:22:9:5:26 chr16 70395387 . C T 208.5 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0202778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.812;QD=15.1633;RBI=0.0247004;REFB=-0.0310655;REVB=-0.014104;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.514448;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0253933;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:13:11:14:15:13:11:15:16 chr16 70501314 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00940437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.105;QD=26.3128;RBI=0.00965626;REFB=-0.0107142;REVB=0.00219113;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116779;STB=0.506487;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0070074;OID=.;OPOS=70501314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:5:7:12:8:5:7 chr16 70506907 . T C 199.26 PASS AF=0.4;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=7.26218e-05;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.689;QD=13.2841;RBI=0.000514259;REFB=-0.0170403;REVB=0.000509106;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278579;STB=0.516653;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.022484;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:22:24:0.4:12:10:16:19:12:12:17:19 chr16 70515355 . C T 129.15 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00469786;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4908;QD=12.014;RBI=0.00526055;REFB=0.00457858;REVB=-0.00236718;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122836;STB=0.572233;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00865046;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:10:18:8:7:10:18 chr16 70546234 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0192555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.131;QD=16.0643;RBI=0.019836;REFB=-0.0104106;REVB=0.00476386;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181409;STB=0.602332;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.010005;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:19:12:15:11:19:12 chr16 70548297 . G A 1317.59 PASS AF=1;AO=68;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3343;QD=59.8905;RBI=0.0887876;REFB=0;REVB=0.0826681;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.033594;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:68:88:1:26:42:0:0:45:43:0:0 chr16 70569215 . A T 448.49 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00475935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.048;QD=18.687;RBI=0.0309684;REFB=-0.0165944;REVB=-0.0306005;RO=51;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842267;STB=0.546964;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0174012;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:26:19:26:25:26:19:26:25 chr16 70602221 . C T 633.54 PASS AF=0.477941;AO=64;DP=135;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0237925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1618;QD=18.6336;RBI=0.0767995;REFB=-0.00331924;REVB=-0.0730212;RO=71;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200459;STB=0.515037;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00322365;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:71:71:64:65:0.477941:32:32:34:37:32:33:34:37 chr16 70680853 . GCCCCG GCCC,GCCCG 77.1 PASS AF=0.478261,0;AO=9,3;DP=23;FAO=11,0;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.151543,-0.310731;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=29.6678,15.1861;QD=13.4093;RBI=0.152034,0.311329;REFB=-0.101468,-0.109641;REVB=-0.012206,0.0192871;RO=9;SAF=8,3;SAR=1,0;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.66232,0.780801;STB=0.864614,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=del,del;VARB=0.0801125,0;OID=.,.;OPOS=70680857,70680854;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0:9,3:23:11,0:23:12:10,0:1,0:4:8:73:9:8,3:1,0:1:8 chr16 70690989 . G C 298.8 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0129749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.504;QD=16.1512;RBI=0.0143576;REFB=-0.0172747;REVB=-0.00614764;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126555;STB=0.571384;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.023952;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:21:12:20:21:21:12:20:21 chr16 70726795 . C A 793.17 PASS AF=0.531469;AO=75;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0306096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.287;QD=22.1866;RBI=0.0515541;REFB=-0.00481763;REVB=0.0414834;RO=67;SAF=37;SAR=38;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10371;STB=0.559425;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00322247;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:75:76:0.531469:38:37:25:42:38:38:25:42 chr16 70796515 . G A 1861.99 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.225;QD=60.5524;RBI=0.0305249;REFB=-0.0341578;REVB=0.0155927;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=2.45416e-05;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:56:66:0:0:56:66:1:0 chr16 70816992 . G T 444.36 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0303859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.267;QD=23.0834;RBI=0.0316243;REFB=0.0109288;REVB=-0.00876336;RO=33;SAF=17;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116498;STB=0.507553;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00860342;OID=.;OPOS=70816992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:26:17:13:20:26:17:14:20 chr16 70818759 . A G 400.16 PASS AF=0.40678;AO=46;DP=116;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0103246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.708;QD=13.5647;RBI=0.0128881;REFB=-0.0157372;REVB=-0.00771403;RO=64;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408983;STB=0.545704;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0276081;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:64:70:46:48:0.40678:27:19:24:40:28:20:24:46 chr16 70884524 . C G 418.46 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0099679;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.778;QD=14.3065;RBI=0.0186082;REFB=-0.00422732;REVB=-0.0157133;RO=69;SAF=22;SAR=26;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964543;STB=0.554348;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00399288;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:26:22:38:31:26:22:38:31 chr16 70884534 . T A 317.62 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0189648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.509;QD=13.0978;RBI=0.0221617;REFB=-0.00467316;REVB=-0.0114663;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.56357;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00881237;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:19:17:35:26:19:17:35:26 chr16 70886630 . C T 511.99 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0379867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2709;QD=21.7868;RBI=0.0453853;REFB=-0.0116404;REVB=0.0248362;RO=45;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053584;STB=0.534674;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0126766;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:21:27:28:17:22:27:28:17 chr16 70889147 . A G 1102.92 PASS AF=0.533333;AO=104;DP=195;FAO=104;FDP=195;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00708845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3625;QD=22.624;RBI=0.0134551;REFB=-0.00640141;REVB=-0.0114366;RO=91;SAF=40;SAR=64;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077647;STB=0.542475;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00710908;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:91:91:104:104:0.533333:64:40:43:48:64:40:43:48 chr16 70891640 . T C 153.09 PASS AF=0.192857;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=140;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0140239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0233;QD=4.37391;RBI=0.015016;REFB=-0.0141834;REVB=-0.00536746;RO=112;SAF=9;SAR=18;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105395;STB=0.605715;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0635406;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:112:113:27:27:0.192857:18:9:46:66:19:8:47:66 chr16 70894024 . C T 487.32 PASS AF=0.244147;AO=73;DP=301;FAO=73;FDP=299;FR=.;FRO=226;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=94;FSRR=132;FWDB=-0.00429233;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.712;QD=6.5193;RBI=0.0230302;REFB=0.000605735;REVB=-0.0226266;RO=228;SAF=32;SAR=41;SRF=94;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336671;STB=0.517282;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00232907;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:299:228:226:73:73:0.244147:41:32:94:134:41:32:94:132 chr16 70894087 . T C 278.13 PASS AF=0.205128;AO=47;DP=234;FAO=48;FDP=234;FR=.;FRO=186;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=0.00554864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.682;QD=4.75434;RBI=0.0366716;REFB=-0.00270732;REVB=0.0362494;RO=185;SAF=15;SAR=32;SRF=95;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253568;STB=0.664963;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0254378;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:185:186:47:48:0.205128:32:15:95:90:33:15:96:90 chr16 70896015 . GA G 387.01 PASS AF=0.43038;AO=70;DP=158;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.159695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5628;QD=9.79783;RBI=0.162428;REFB=-0.0258871;REVB=-0.0296703;RO=85;SAF=31;SAR=39;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739978;STB=0.54629;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0260431;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43038:70:158:68:158:90:30:38:47:43:99:85:31:39:44:41 chr16 70896033 . C T 114.46 PASS AF=0.140449;AO=25;DP=177;FAO=25;FDP=178;FR=.;FRO=153;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=-0.0143974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.88;QD=2.57223;RBI=0.0270899;REFB=-0.00212632;REVB=-0.0229473;RO=151;SAF=15;SAR=10;SRF=72;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155994;STB=0.61065;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0107264;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:151:153:25:25:0.140449:10:15:72:79:10:15:72:81 chr16 70896118 . A G 729.27 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00779163;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9919;QD=16.7649;RBI=0.00814937;REFB=-0.00531894;REVB=-0.00238804;RO=96;SAF=35;SAR=43;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200419;STB=0.511141;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00687496;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:96:78:78:0.448276:43:35:45:51:43:35:45:51 chr16 70896122 . A C 275.91 PASS AF=0.25;AO=40;DP=168;FAO=43;FDP=172;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0250148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1122;QD=6.41659;RBI=0.0261379;REFB=-0.0204585;REVB=0.00757959;RO=126;SAF=13;SAR=27;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253253;STB=0.667329;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0648318;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:126:129:40:43:0.25:27:13:66:60:30:13:67:62 chr16 70897039 . C G 600.91 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.013959;FXX=0.0487765;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.227;QD=20.5437;RBI=0.0142248;REFB=-0.00530321;REVB=0.00273706;RO=57;SAF=36;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510754;STB=0.52816;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00541203;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:24:36:31:26:24:36:31:26 chr16 70902559 . C T 1597.52 PASS AF=0.509615;AO=159;DP=309;FAO=159;FDP=312;FR=.;FRO=153;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=0.00285151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.17;QD=20.481;RBI=0.00947133;REFB=-0.0171534;REVB=-0.00903189;RO=150;SAF=72;SAR=87;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030212;STB=0.511992;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0183056;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:312:150:153:159:159:0.509615:87:72:73:77:87:72:73:80 chr16 70902568 . C T 1471.46 PASS AF=0.496575;AO=145;DP=292;FAO=145;FDP=292;FR=.;FRO=147;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=0.00874592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.685;QD=20.157;RBI=0.0187626;REFB=0.00982589;REVB=-0.0165995;RO=146;SAF=64;SAR=81;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351454;STB=0.517693;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0120515;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:146:147:145:145:0.496575:81:64:70:76:81:64:70:77 chr16 70902683 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0110086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.943;QD=14.7418;RBI=0.0110375;REFB=-0.00498914;REVB=-0.000797827;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165108;STB=0.596155;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00522497;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:11:14:12:5:11:14 chr16 70908239 . G A 178.65 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00799594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.999;QD=6.93781;RBI=0.0218492;REFB=-0.00409888;REVB=-0.0203336;RO=77;SAF=17;SAR=9;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139466;STB=0.584765;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00803251;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:77:26:26:0.252427:9:17:42:35:9:17:42:35 chr16 70908736 . A G 441.09 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.00756007;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.542;QD=14.462;RBI=0.0130976;REFB=-0.00606629;REVB=-0.0106955;RO=67;SAF=35;SAR=15;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00181431;STB=0.513508;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0105033;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:72:50:50:0.409836:15:35:47:20:15:35:49:23 chr16 70913386 . G A 948.54 PASS AF=0.582192;AO=85;DP=146;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00239867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.62;QD=25.9874;RBI=0.0121468;REFB=-0.0180786;REVB=0.0119076;RO=61;SAF=39;SAR=46;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631865;STB=0.534358;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0124744;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:61:61:85:85:0.582192:46:39:33:28:46:39:33:28 chr16 70916617 . G A 342.06 PASS AF=0.22314;AO=54;DP=243;FAO=54;FDP=242;FR=.;FRO=188;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=92;FSRR=96;FWDB=-0.0277892;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.777;QD=5.65386;RBI=0.0335429;REFB=0.000154831;REVB=0.0187853;RO=185;SAF=35;SAR=19;SRF=91;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201651;STB=0.625147;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000507337;OID=.;OPOS=70916617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:185:188:54:54:0.22314:19:35:91:94:19:35:92:96 chr16 70917855 . A G 1011.38 PASS AF=0.532967;AO=97;DP=183;FAO=97;FDP=182;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0139694;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1096;QD=22.2282;RBI=0.0199238;REFB=-0.0021488;REVB=-0.0142061;RO=86;SAF=47;SAR=50;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568254;STB=0.528564;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00165861;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:86:85:97:97:0.532967:50:47:36:50:50:47:36:49 chr16 70917931 . C G 1101.93 PASS AF=0.562162;AO=97;DP=179;FAO=104;FDP=185;FR=.;FRO=81;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.022866;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.177;QD=23.8255;RBI=0.0263803;REFB=-0.00784013;REVB=0.0131555;RO=82;SAF=50;SAR=47;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334233;STB=0.517715;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00696893;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:185:82:81:97:104:0.562162:47:50:39:43:51:53:38:43 chr16 70926334 . G C 1069.5 PASS AF=0.464135;AO=110;DP=238;FAO=110;FDP=237;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.00440004;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.448;QD=18.0506;RBI=0.0312477;REFB=-0.00403634;REVB=0.0309364;RO=126;SAF=53;SAR=57;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593817;STB=0.534688;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00381406;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:126:127:110:110:0.464135:57:53:53:73:57:53:53:74 chr16 70934994 . C T 389.76 PASS AF=0.43;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0683058;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1804;QD=15.5903;RBI=0.0951046;REFB=-0.0197381;REVB=0.0661755;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710436;STB=0.534868;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0265856;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:56:57:43:43:0.43:20:23:26:30:20:23:27:30 chr16 70942688 . A C 975.38 PASS AF=0.433333;AO=102;DP=240;FAO=104;FDP=240;FR=.;FRO=136;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.0404675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.429;QD=16.2564;RBI=0.0432193;REFB=-0.00783117;REVB=-0.0151753;RO=135;SAF=61;SAR=41;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135528;STB=0.581617;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0136348;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:135:136:102:104:0.433333:41:61:63:72:41:63:63:73 chr16 70954513 . T C 328.87 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0375823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9165;QD=12.897;RBI=0.0909495;REFB=-0.031313;REVB=-0.0828214;RO=63;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503587;STB=0.528686;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.048539;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:21:18:32:31:21:18:32:31 chr16 70954571 . CT TA 253.86 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00898486;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.408;QD=10.3618;RBI=0.014868;REFB=-0.0151451;REVB=0.0118461;RO=65;SAF=18;SAR=13;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031718;STB=0.509428;STBP=0.908;TYPE=mnp;VARB=0.0235285;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:67:31:31:0.316327:13:18:36:29:13:18:38:29 chr16 70954606 . C T 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0288365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.936;QD=8.95601;RBI=0.0300194;REFB=-0.0139909;REVB=-0.00834385;RO=56;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707479;STB=0.504189;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0356889;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:11:13:30:26:11:13:30:26 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT GGCGCTCCTTCTCCAG 53.2 PASS AF=0.166667;AO=4;DP=28;FAO=4;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00446508;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.499;QD=8.86593;RBI=0.0236192;REFB=-0.0261691;REVB=-0.0231933;RO=16;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352936;STB=0.709432;STBP=0.369;TYPE=mnp;VARB=0.0834967;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=GGCGCTCCTTCTCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:4:28:4:24:16:3:1:8:8:24:16:3:1:7:9 chr16 70954774 . A G 105.29 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0105301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.89;QD=11.0831;RBI=0.134769;REFB=-0.0215129;REVB=-0.134357;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157662;STB=0.564417;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0382483;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:25:13:13:0.342105:7:6:14:9:7:6:14:11 chr16 70954809 . C A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.019539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.769;QD=12.4668;RBI=0.0195802;REFB=-0.00444103;REVB=0.00126912;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690635;STB=0.515609;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00737818;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:13:19:12:8:14:19 chr16 70954853 . G A 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00125778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.161;QD=6.61507;RBI=0.0225745;REFB=-0.00489423;REVB=0.0225394;RO=51;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143133;STB=0.587528;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0120369;OID=.;OPOS=70954853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:8:9:21:30:8:9:21:30 chr16 70954915 . G T 1259.71 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00571085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.367;QD=56.6164;RBI=0.00812241;REFB=-0.125807;REVB=0.00577578;RO=1;SAF=29;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160518;STB=0.531243;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000429983;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:88:89:1:4:84:85:0.955056:55:29:1:0:55:30:4:0 chr16 70954945 . T A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.011996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.547;QD=14.3909;RBI=0.0124207;REFB=-0.0105103;REVB=-0.00322016;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469974;STB=0.526707;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0180768;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:20:13:21:27:20:13:21:27 chr16 70972595 . T C 537.42 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0137038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5703;QD=16.0423;RBI=0.0162632;REFB=0.0146824;REVB=0.00875762;RO=76;SAF=32;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361464;STB=0.524483;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0177344;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:57:58:0.432836:25:32:40:36:25:33:40:36 chr16 70972620 . G C 664.48 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0141094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.921;QD=23.9452;RBI=0.0244284;REFB=-0.0119748;REVB=-0.0199417;RO=47;SAF=34;SAR=30;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671663;STB=0.536616;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00711113;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:30:34:29:18:30:34:29:18 chr16 70975565 . T C 248.84 PASS AF=0.236364;AO=39;DP=165;FAO=39;FDP=165;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.00574993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.686;QD=6.03254;RBI=0.0171999;REFB=-0.00597969;REVB=0.0162103;RO=123;SAF=16;SAR=23;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138417;STB=0.586763;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0251609;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:123:126:39:39:0.236364:23:16:64:59:23:16:66:60 chr16 70975667 . T C 382.58 PASS AF=0.335714;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0148466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.11;QD=10.931;RBI=0.0148691;REFB=-0.00535367;REVB=-0.000818853;RO=93;SAF=16;SAR=31;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183852;STB=0.606263;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0101202;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:93:93:47:47:0.335714:31:16:46:47:31:16:46:47 chr16 70986480 . G A 1160.24 PASS AF=0.423729;AO=125;DP=295;FAO=125;FDP=295;FR=.;FRO=170;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=0.032781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5614;QD=15.732;RBI=0.038436;REFB=0.0179957;REVB=-0.0200682;RO=170;SAF=47;SAR=78;SRF=77;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827651;STB=0.546155;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0279769;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:170:170:125:125:0.423729:78:47:77:93:78:47:77:93 chr16 70989299 . C T 762.52 PASS AF=0.496855;AO=78;DP=157;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00262456;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.078;QD=19.183;RBI=0.0312637;REFB=-0.0074693;REVB=0.0311534;RO=76;SAF=31;SAR=47;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252928;STB=0.510363;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0106678;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:76:80:78:79:0.496855:47:31:30:46:47:32:34:46 chr16 70989335 . G A 861.35 PASS AF=0.50289;AO=87;DP=171;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.00706622;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.454;QD=19.9155;RBI=0.00974207;REFB=-0.0120543;REVB=0.00670645;RO=83;SAF=36;SAR=51;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938002;STB=0.5548;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0111813;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:83:86:87:87:0.50289:51:36:43:40:50:37:46:40 chr16 70993566 . A G 1119.12 PASS AF=0.466135;AO=117;DP=251;FAO=117;FDP=251;FR=.;FRO=134;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.00552741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7912;QD=17.8346;RBI=0.00763017;REFB=-0.000331284;REVB=-0.00525997;RO=132;SAF=56;SAR=61;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713741;STB=0.539229;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000326544;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:132:134:117:117:0.466135:61:56:73:59:61:56:74:60 chr16 71007809 . C T 160.76 PASS AF=0.184211;AO=28;DP=152;FAO=28;FDP=152;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0076537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2471;QD=4.23052;RBI=0.0116264;REFB=-0.000667995;REVB=-0.00875174;RO=123;SAF=11;SAR=17;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132879;STB=0.58169;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00265713;OID=.;OPOS=71007809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:123:124:28:28:0.184211:17:11:61:62:17:11:61:63 chr16 71008169 . T C 665.56 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00950149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.076;QD=20.7988;RBI=0.00950158;REFB=-0.00544543;REVB=-4.30469e-05;RO=60;SAF=37;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529044;STB=0.529571;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00640858;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:60:62:66:66:0.515625:29:37:30:30:29:37:31:31 chr16 71012855 . T C 150.25 PASS AF=0.211864;AO=25;DP=118;FAO=25;FDP=118;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0150069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.12;QD=5.09305;RBI=0.0255599;REFB=-0.000800638;REVB=0.0206906;RO=93;SAF=12;SAR=13;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048991;STB=0.503053;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00240858;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:93:93:25:25:0.211864:13:12:45:48:13:12:45:48 chr16 71015329 . G T 476.83 PASS AF=0.240924;AO=73;DP=303;FAO=73;FDP=303;FR=.;FRO=230;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=97;FSRR=133;FWDB=-0.00169466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.825;QD=6.29475;RBI=0.00269251;REFB=0.000266524;REVB=0.00209231;RO=230;SAF=32;SAR=41;SRF=97;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214298;STB=0.512845;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000804083;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:230:230:73:73:0.240924:41:32:97:133:41:32:97:133 chr16 71019225 . G A 265.9 PASS AF=0.209302;AO=45;DP=215;FAO=45;FDP=215;FR=.;FRO=170;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=96;FWDB=-0.0224322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.361;QD=4.94704;RBI=0.0224432;REFB=-0.00982185;REVB=0.000701807;RO=167;SAF=23;SAR=22;SRF=74;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869148;STB=0.559792;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0384857;OID=.;OPOS=71019225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:167:170:45:45:0.209302:22:23:74:93:22:23:74:96 chr16 71025245 . C T 382.57 PASS AF=0.44086;AO=38;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00139616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.51;QD=16.4544;RBI=0.00857651;REFB=0.00298256;REVB=-0.0084621;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322782;STB=0.525474;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00660877;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:38:41:0.44086:20:18:23:29:21:20:23:29 chr16 71026076 . C G 326.8 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0145405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4904;QD=12.3322;RBI=0.0153042;REFB=-0.0281726;REVB=0.00477423;RO=66;SAF=18;SAR=21;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27312;STB=0.645785;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0455623;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:66:66:39:40:0.377358:21:18:47:19:21:19:47:19 chr16 71026098 . C T 106.05 PASS AF=0.257576;AO=14;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0112788;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.707;QD=6.4271;RBI=0.0154137;REFB=0.00642567;REVB=-0.0105058;RO=42;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482204;STB=0.764814;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00952947;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:49:14:17:0.257576:11:3:26:16:12:5:33:16 chr16 71054178 . T C 770.5 PASS AF=0.452514;AO=82;DP=180;FAO=81;FDP=179;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00635037;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.53;QD=17.2179;RBI=0.0120162;REFB=-0.00338827;REVB=0.0102011;RO=97;SAF=36;SAR=46;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.570624;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00378134;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:97:98:82:81:0.452514:46:36:54:43:46:35:55:43 chr16 71061495 . A G 891.1 PASS AF=0.431111;AO=96;DP=224;FAO=97;FDP=225;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0109438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.049;QD=15.8417;RBI=0.014469;REFB=-0.0185341;REVB=-0.00946496;RO=128;SAF=58;SAR=38;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07668;STB=0.545051;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0137668;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:128:128:96:97:0.431111:38:58:68:60:38:59:68:60 chr16 71094434 . G A 2235.27 PASS AF=0.461847;AO=228;DP=496;FAO=230;FDP=498;FR=.;FRO=268;FSAF=83;FSAR=147;FSRF=149;FSRR=119;FWDB=-0.00188359;FXX=0.00200397;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5912;QD=17.954;RBI=0.0232729;REFB=-0.00902268;REVB=0.0231965;RO=257;SAF=83;SAR=145;SRF=142;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184941;STB=0.607018;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109437;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:498:257:268:228:230:0.461847:145:83:142:115:147:83:149:119 chr16 71098649 . T C 1020.68 PASS AF=0.507692;AO=99;DP=195;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0100778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5193;QD=20.9371;RBI=0.0299589;REFB=-0.00151348;REVB=0.028213;RO=95;SAF=59;SAR=40;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174894;STB=0.593469;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00138265;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:95:96:99:99:0.507692:40:59:38:57:40:59:39:57 chr16 71100830 . T C 370.1 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0246197;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.589;QD=19.4791;RBI=0.0250374;REFB=-0.00167102;REVB=-0.00455418;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172376;STB=0.583045;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00175756;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:38:38:0.5:25:13:20:18:25:13:19:19 chr16 71100838 . T C 198.02 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0112987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.074;QD=11.1559;RBI=0.0130353;REFB=0.00277356;REVB=0.00650065;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15737;STB=0.596789;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00403812;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:12:13:17:28:12:13:17:29 chr16 71101200 . T C 354.22 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0106335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.984;QD=21.4677;RBI=0.0179743;REFB=-0.00100059;REVB=0.0144916;RO=29;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194336;STB=0.517757;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000961317;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:19:17:13:16:19:17:13:17 chr16 71101270 . C T 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0160595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.789;QD=21.9589;RBI=0.0343947;REFB=-0.00589099;REVB=-0.0304153;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649768;STB=0.535839;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00567679;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:19:18:17:13:19:18:17:13 chr16 71103269 . T C 1517.96 PASS AF=0.465672;AO=153;DP=335;FAO=156;FDP=335;FR=.;FRO=179;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=97;FSRR=82;FWDB=0.0133394;FXX=0.0117991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.593;QD=18.1249;RBI=0.0143024;REFB=-0.00957248;REVB=0.00515948;RO=175;SAF=68;SAR=85;SRF=94;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898055;STB=0.556741;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0109856;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:175:179:153:156:0.465672:85:68:94:81:88:68:97:82 chr16 71109904 . C A 663.58 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0207415;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.302;QD=18.6925;RBI=0.0218912;REFB=-0.0121825;REVB=0.00700113;RO=75;SAF=26;SAR=41;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139804;STB=0.500775;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0141867;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:75:75:67:67:0.471831:41:26:29:46:41:26:29:46 chr16 71113780 . C T 254.68 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.03281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.399;QD=15.435;RBI=0.0375404;REFB=-0.0035793;REVB=-0.0182423;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322349;STB=0.543517;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00357623;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:13:15:21:16:14:15:22:15 chr16 71122408 . C T 450.52 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0349607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4589;QD=21.712;RBI=0.0507232;REFB=0.00988534;REVB=-0.0367504;RO=39;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072043;STB=0.539665;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0146802;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:27:17:12:27:27:17:12:27 chr16 71163579 . C T 451.09 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0110185;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.052;QD=15.8278;RBI=0.0352247;REFB=-0.0188804;REVB=0.033457;RO=64;SAF=33;SAR=16;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184247;STB=0.59401;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.014436;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:64:49:50:0.438596:16:33:32:32:17:33:32:32 chr16 71220702 . T C 698.56 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=131;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.000549139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.991;QD=21.1685;RBI=0.00867944;REFB=-0.0132095;REVB=-0.00866205;RO=63;SAF=23;SAR=45;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560172;STB=0.525368;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0103367;OID=.;OPOS=71220702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:63:68:69:0.522727:45:23:25:38:45:24:25:38 chr16 71220794 . G T 399.01 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0141051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.245;QD=18.5588;RBI=0.0174272;REFB=-0.0143819;REVB=0.0102349;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154957;STB=0.519047;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0133587;OID=.;OPOS=71220794;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:39:41:0.476744:24:15:18:27:26:15:18:27 chr16 71316812 . A G 354.43 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0270534;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.729;QD=18.4121;RBI=0.0298119;REFB=-0.0210913;REVB=0.0125246;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744785;STB=0.548315;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.022681;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:40:37:37:0.480519:21:16:20:19:21:16:21:19 chr16 71319646 . G A 535.53 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0115141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0495;QD=20.4011;RBI=0.0117321;REFB=0.00488737;REVB=0.00225101;RO=48;SAF=32;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115965;STB=0.558443;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00433541;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:50:54:55:0.52381:22:32:22:26:23:32:23:27 chr16 71660310 . G A 190.11 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0956086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.676;QD=15.2089;RBI=0.0982894;REFB=-0.0295725;REVB=0.0227992;RO=30;SAF=16;SAR=4;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0476656;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:4:16:24:6:4:16:24:6 chr16 71668634 . T G 113.99 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00580697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.243;QD=18.2376;RBI=0.00826603;REFB=-0.0169991;REVB=-0.00588273;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.017338;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr16 71674882 . C G 174.89 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0150767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1055;QD=19.9875;RBI=0.0518766;REFB=0.00203396;REVB=-0.0496374;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205323;STB=0.511615;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00464154;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:7:10:11:7:7:10 chr16 71678932 . T C 358.0 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0134245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.624;QD=19.6163;RBI=0.0216016;REFB=-0.00339007;REVB=0.0169237;RO=36;SAF=26;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219478;STB=0.622437;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00195609;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:11:26:17:19:11:26:17:19 chr16 71679057 . C T 676.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065037;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.272;QD=62.888;RBI=0.047666;REFB=0;REVB=-0.0472202;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475111;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 71682796 . T C 172.96 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0257862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0179;QD=18.6985;RBI=0.0372797;REFB=-0.0375425;REVB=0.026923;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955401;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0368721;OID=.;OPOS=71682796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:9:8:7:12:9:9:7:12 chr16 71712786 . A G 220.56 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0095605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.438;QD=14.2295;RBI=0.0177493;REFB=-0.000416005;REVB=0.0149544;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283182;STB=0.516117;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000781283;OID=.;OPOS=71712786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:17:19:13:13:17:19 chr16 71724461 . T G 482.95 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00730653;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.002;QD=26.1051;RBI=0.00963103;REFB=-0.0205306;REVB=0.00627466;RO=29;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153865;STB=0.5838;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0148899;OID=.;OPOS=71724461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:29:29:45:45:0.608108:22:23:21:8:22:23:21:8 chr16 71773190 . G T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0128347;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.017;QD=28.7644;RBI=0.0172478;REFB=-0.00425668;REVB=0.011522;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527488;STB=0.529153;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000908555;OID=.;OPOS=71773190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:11:8:3:6:11:8:3:6 chr16 71800384 . T A 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00556034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.995;QD=22.9248;RBI=0.0103969;REFB=-0.0182449;REVB=0.00878507;RO=24;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183746;STB=0.609545;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.013575;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:25:34:34:0.576271:13:21:9:15:13:21:9:16 chr16 71885928 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0302584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.914;QD=17.4015;RBI=0.0327375;REFB=-0.00279818;REVB=0.0124969;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00311089;OID=.;OPOS=71885928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:7:6:7:6:7:6 chr16 71886530 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.841;QD=59.4357;RBI=0.0130331;REFB=0;REVB=-0.00820898;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70123e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr16 71887103 . GT G 58.82 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00309177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4155;QD=6.91947;RBI=0.0816848;REFB=0.00113831;REVB=0.0816262;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.620474;STBP=0.328;TYPE=del;VARB=0.0154861;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:11:34:12:34:22:3:9:9:13:58:21:3:8:8:13 chr16 71887381 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0217931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.014;QD=15.1968;RBI=0.0545261;REFB=0.00166208;REVB=-0.0499816;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217434;STB=0.624832;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00354191;OID=.;OPOS=71887381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:13:5:7:7:13:5 chr16 71889173 . C T 1193.81 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155213;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.452;QD=61.2209;RBI=0.0072127;REFB=0;REVB=0.00704372;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13173e-06;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:79:78:1:38:41:0:0:37:41:0:0 chr16 71889429 . C T 347.03 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00487478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1211;QD=17.1375;RBI=0.00506293;REFB=0.00410797;REVB=0.00136741;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611477;STB=0.519669;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00670459;OID=.;OPOS=71889429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:44:35:37:0.45679:18:17:22:18:19:18:23:21 chr16 71890489 . C G 1050.97 PASS AF=0.573099;AO=99;DP=172;FAO=98;FDP=171;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.000820874;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.14;QD=24.5842;RBI=0.00826363;REFB=-0.022642;REVB=-0.00822276;RO=72;SAF=48;SAR=51;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225062;STB=0.50728;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0174774;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:72:73:99:98:0.573099:51:48:37:35:50:48:37:36 chr16 71950450 . C T 1126.24 PASS AF=0.574586;AO=104;DP=181;FAO=104;FDP=181;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00514042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.474;QD=24.8892;RBI=0.0366142;REFB=-0.016823;REVB=-0.0362516;RO=77;SAF=41;SAR=63;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036035;STB=0.519566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0096043;OID=.;OPOS=71950450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:77:77:104:104:0.574586:63:41:27:50:63:41:27:50 chr16 71956511 . AATGCCCATGCCCATGCCC AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT 160.56 PASS AF=0.306122,0.0816327;AO=15,4;DP=51;FAO=15,4;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10,0;FSAR=5,4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00201616,0.0146752;FXX=0.039208;HRUN=1,3;LEN=6,1;MLLD=223.908,131.92;QD=13.1067;RBI=0.0127968,0.0214205;REFB=-0.0238234,-0.0184202;REVB=-0.012637,0.0156037;RO=28;SAF=10,0;SAR=5,4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0713866,-0.656079;STB=0.571331,0.997508;STBP=0.512,0.026;TYPE=del,snp;VARB=0.0368938,-0.0191576;OID=.,.;OPOS=71956512,71956529;OREF=ATGCCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122,0.0816327:15,4:51:15,4:49:30:10,0:5,4:17:13:99:28:10,0:5,4:17:11 chr16 71981414 . C CTTTG 1373.33 PASS AF=0.900901;AO=98;DP=113;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0110052;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.463;QD=49.4895;RBI=0.0130262;REFB=-0.0403753;REVB=-0.006969;RO=11;SAF=53;SAR=45;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183662;STB=0.51059;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=-9.23066e-06;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.900901:98:113:100:111:11:53:47:7:4:43:11:53:45:7:4 chr16 71983772 . G C 397.2 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0016376;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.329;QD=22.6971;RBI=0.0059722;REFB=-0.0121709;REVB=0.00574329;RO=23;SAF=12;SAR=25;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517766;STB=0.543456;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00531724;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:23:31:37:39:0.557143:25:12:6:17:25:14:14:17 chr16 71986946 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9727;QD=60.7155;RBI=0.0150703;REFB=0;REVB=-0.0148434;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116198;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr16 71986995 . G A 709.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.271;QD=63.0416;RBI=0.0263803;REFB=0;REVB=0.0261024;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96066e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr16 71988106 . C T 1239.59 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00535323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.877;QD=59.7391;RBI=0.0206616;REFB=0.115543;REVB=0.0199561;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00017703;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:38:43:0:1:38:44:0:1 chr16 72001110 . G A 286.21 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0121458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.415;QD=18.1721;RBI=0.0134309;REFB=-0.0356029;REVB=-0.00573314;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996544;STB=0.555633;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0414302;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:13:19:15:16:13:19 chr16 72001136 . G A 263.53 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00447655;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.441;QD=17.2803;RBI=0.0155302;REFB=-0.00173197;REVB=0.014871;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993657;STB=0.565071;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00325139;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:18:11:15:16:18:11:16:16 chr16 72003952 . G C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00811113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.228;QD=14.9197;RBI=0.00841624;REFB=-0.00271287;REVB=0.00224557;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519342;STB=0.529391;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0037549;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:16:12:14:23:16:12:14:23 chr16 72007399 . C T 303.05 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0503397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.791;QD=28.1905;RBI=0.05042;REFB=-0.0242977;REVB=0.00284377;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159695;STB=0.587416;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00913432;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:11:16:13:3:11:16:13:3 chr16 72011181 . G T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.887;QD=59.1418;RBI=0.0186548;REFB=0;REVB=-0.00779925;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116385;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr16 72011193 . A C 1083.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3895;QD=59.3896;RBI=0.0457569;REFB=0;REVB=0.0256766;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762816;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:34:36:0:0:36:37:0:0 chr16 72011261 . A G 1616.62 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0508378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3267;QD=57.2253;RBI=0.0530358;REFB=-0.0491439;REVB=0.0151101;RO=3;SAF=44;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139493;STB=0.507352;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00661571;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:110:110:0.973451:66:44:2:1:66:44:2:1 chr16 72012202 . G A 353.99 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00605473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.604;QD=16.0903;RBI=0.041093;REFB=-0.0288292;REVB=-0.0406444;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668251;STB=0.537615;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0337076;OID=.;OPOS=72012202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:20:18:27:23:20:18:27:23 chr16 72013797 . G C 543.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464398;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.963;QD=60.3859;RBI=0.00730364;REFB=0;REVB=-0.00563707;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158337;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr16 72020134 . T C 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0118218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4048;QD=15.3045;RBI=0.036549;REFB=0.0174215;REVB=-0.0345843;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01281;STB=0.507242;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0234069;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:19:20:15:15:19:20 chr16 72020293 . C CA 515.23 PASS AF=1;AO=6;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101598;FXX=0.0454442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.6416;QD=49.0699;RBI=0.111344;REFB=-0.0645952;REVB=0.0455551;RO=35;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00336908;OID=.;OPOS=72020294;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:43:42:42:0:13:29:0:0:3:35:6:0:6:29 chr16 72020294 . G A 490.03 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0230014;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1218;QD=45.5841;RBI=0.0239784;REFB=-0.116864;REVB=-0.006775;RO=7;SAF=6;SAR=30;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338798;STB=0.684093;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126284;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:30:6:7:0:30:6:7:0 chr16 72020323 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.246;QD=61.684;RBI=0.0384125;REFB=0;REVB=0.0086831;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113144;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr16 72027191 . T A 586.83 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00774312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7038;QD=26.0814;RBI=0.0094167;REFB=-0.00393841;REVB=-0.00535894;RO=37;SAF=18;SAR=35;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117853;STB=0.564491;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00472632;OID=.;OPOS=72027191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:35:18:18:19:35:18:18:19 chr16 72033801 . G T 638.65 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0434824;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1448;QD=28.0726;RBI=0.0523994;REFB=-0.0404313;REVB=0.0292401;RO=23;SAF=31;SAR=18;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157956;STB=0.552326;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0345684;OID=.;OPOS=72033801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:23:26:49:49:0.538462:18:31:20:3:18:31:20:6 chr16 72042682 . A C 215.66 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0125866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.013;QD=14.6208;RBI=0.0126476;REFB=-0.0344034;REVB=-0.00124058;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115444;STB=0.603597;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.035661;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:34:25:25:0.423729:18:7:5:22:18:7:5:29 chr16 72110948 . C G 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0588516;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.303;QD=16.7891;RBI=0.0593995;REFB=-0.00954081;REVB=-0.00804928;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371357;STB=0.724313;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0316965;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:21:17:17:0.447368:4:13:9:13:4:13:8:13 chr16 72130203 . C G 409.21 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0311142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3475;QD=15.0168;RBI=0.0409588;REFB=0.0109971;REVB=-0.026637;RO=60;SAF=31;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15122;STB=0.590812;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00909346;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:62:46:47:0.431193:15:31:32:28:15:32:33:29 chr16 72130815 . C A 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0060778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.912;QD=21.4479;RBI=0.0121362;REFB=-0.0203257;REVB=-0.0105047;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465232;STB=0.502569;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0100366;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:23:18:16:20:23:18:16:20 chr16 72135014 . T C 425.14 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00136943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.609;QD=24.2934;RBI=0.00564502;REFB=-0.00672406;REVB=-0.0054764;RO=29;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170071;STB=0.593392;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00461534;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:26:15:17:12:26:15:17:12 chr16 72137561 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0109695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.7;QD=14.5587;RBI=0.0334509;REFB=-0.0111035;REVB=0.0316012;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219967;STB=0.625568;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0152131;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:8:18:17:18:8:18:17:18 chr16 72139184 . C A 248.64 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0473864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.086;QD=13.44;RBI=0.0487702;REFB=-0.0226764;REVB=-0.0115354;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171461;STB=0.654442;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0282851;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:44:28:30:0.405405:19:9:17:18:20:10:26:18 chr16 72156842 . T G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0015045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.289;QD=8.62779;RBI=0.0104609;REFB=-0.0162738;REVB=-0.0103522;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369931;STB=0.72686;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0311758;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:11:16:3:8:11:16 chr16 72827758 . T C 708.89 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292698;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.801;QD=56.7111;RBI=0.00319963;REFB=0;REVB=-0.00129245;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32142e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:48:50:1:21:27:0:0:21:29:0:0 chr16 72828503 . CG C 45.29 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0539053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6016;QD=8.62701;RBI=0.186182;REFB=-0.0529784;REVB=-0.178208;RO=13;SAF=0;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803192;STB=0.839067;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0777266;OID=.;OPOS=72828504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:21:8:21:13:1:7:8:5:45:13:0:8:9:4 chr16 72832135 . T A 1475.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747517;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.592;QD=63.4802;RBI=0.0132085;REFB=0;REVB=0.0108897;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16615e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr16 72991660 . C G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.040387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0312;QD=4.55517;RBI=0.0403929;REFB=0.00241252;REVB=0.000688157;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164411;STB=0.610377;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0213673;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:13:17:3:4:13:17 chr16 72993831 . A C 250.94 PASS AF=0.605263;AO=20;DP=36;FAO=23;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0547224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8389;QD=26.4149;RBI=0.0658879;REFB=-0.0135736;REVB=-0.0366971;RO=11;SAF=17;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136232;STB=0.58057;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.016209;OID=.;OPOS=72993831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:36:38:11:13:20:23:0.605263:3:17:8:3:5:18:8:5 chr16 73143402 . C CAGA 221.23 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00779002;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.609;QD=19.2374;RBI=0.0126375;REFB=0.0047577;REVB=0.00995095;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682583;STB=0.516115;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=-0.00532589;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:21:47:22:46:24:15:7:17:7:99:24:15:6:17:7 chr16 74425314 . G A 128.15 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0150332;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.589;QD=8.26791;RBI=0.114021;REFB=-0.00644463;REVB=0.113026;RO=44;SAF=14;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284842;STB=0.67343;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0199893;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:44:18:18:0.290323:4:14:25:19:4:14:25:19 chr16 74425358 . G A 1532.39 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00690322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.334;QD=62.5464;RBI=0.0424602;REFB=-0.0439598;REVB=-0.0418952;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=1.43828e-05;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:93:97:0.989796:40:53:0:1:43:54:0:1 chr16 74425548 . A G 1487.29 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04049;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6941;QD=59.4916;RBI=0.0609394;REFB=0;REVB=0.045543;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320919;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:53:46:0:0:53:47:0:0 chr16 74425569 . C T 648.76 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0265803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.274;QD=27.6068;RBI=0.0281924;REFB=-0.0547028;REVB=0.00939691;RO=34;SAF=19;SAR=38;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122895;STB=0.586435;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0307706;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:37:57:57:0.606383:38:19:17:17:38:19:20:17 chr16 74425702 . GG AA 147.5 PASS AF=0.186667;AO=19;DP=142;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.0119942;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.445;QD=3.93325;RBI=0.0120975;REFB=-0.00941441;REVB=0.00157729;RO=119;SAF=12;SAR=7;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211638;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=mnp;VARB=0.0368537;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:150:119:122:19:28:0.186667:7:12:55:64:15:13:57:65 chr16 74425732 . G T 209.55 PASS AF=0.21831;AO=30;DP=144;FAO=31;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00608055;FXX=0.0206882;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.546;QD=5.90272;RBI=0.0660496;REFB=-0.0257136;REVB=-0.0657691;RO=83;SAF=13;SAR=17;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205095;STB=0.527053;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0598815;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:83:109:30:31:0.21831:17:13:50:33:17:14:53:56 chr16 74425769 . C T 206.37 PASS AF=0.246032;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=126;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0286327;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3818;QD=6.55142;RBI=0.0462538;REFB=-0.0197514;REVB=-0.036326;RO=94;SAF=14;SAR=17;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602875;STB=0.540487;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0760231;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:94:95:31:31:0.246032:17:14:47:47:17:14:48:47 chr16 74425787 . G T 207.7 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0614218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4269;QD=8.22569;RBI=0.061535;REFB=-0.00680451;REVB=-0.0037303;RO=72;SAF=13;SAR=15;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432237;STB=0.530764;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00911038;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:73:28:28:0.277228:15:13:36:36:15:13:37:36 chr16 74425793 . T C 145.17 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0138528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.671;QD=7.16901;RBI=0.0243968;REFB=-0.0298246;REVB=-0.0200824;RO=60;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696594;STB=0.542213;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0375569;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:11:10:32:28:11:10:32:28 chr16 74425795 . G A 129.93 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0167175;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.125;QD=6.74957;RBI=0.0284168;REFB=-0.0482631;REVB=-0.0229791;RO=56;SAF=8;SAR=11;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161171;STB=0.585177;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0189363;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:56:58:19:19:0.246753:11:8:31:25:11:8:31:27 chr16 74425826 . G A 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0215466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.358;QD=8.7367;RBI=0.036796;REFB=-0.00740297;REVB=0.0298277;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.650823;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0138395;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:9:11:3:6:9:11 chr16 74537591 . C T 545.25 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000369345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.907;QD=58.9459;RBI=0.0157241;REFB=0;REVB=0.0157198;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45326e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr16 74664810 . A T 1495.92 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991004;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3869;QD=63.656;RBI=0.105834;REFB=0;REVB=0.0371468;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775801;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr16 74670458 . C T 902.55 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.071;QD=58.2287;RBI=0.00771676;REFB=0;REVB=0.00194999;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0785e-05;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr16 74695079 . G T 1525.34 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1798;QD=63.5559;RBI=0.0326656;REFB=0;REVB=-0.0162944;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173773;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:47:47:0:0:49:47:0:0 chr16 74750405 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.787;QD=64.413;RBI=0.017252;REFB=0;REVB=0.0162145;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2424e-05;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr16 75203269 . A C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0305262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.801;QD=5.0179;RBI=0.0314746;REFB=-0.00516674;REVB=0.00766828;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721704;STB=0.547693;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0211341;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:10:17:4:3:10:17 chr16 75238103 . C T 1234.67 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541231;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2043;QD=61.7335;RBI=0.0631274;REFB=0;REVB=0.0324924;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174175;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr16 75269267 . A G 375.4 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.988;QD=55.615;RBI=0.0718903;REFB=0;REVB=-0.00836483;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363318;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 75269534 . C G,T 670.8 PASS AF=0.0444444,0.933333;AO=3,41;DP=45;FAO=2,42;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=1,22;FSAR=1,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00981958,0.023727;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=41.6033,108.582;QD=59.6265;RBI=0.0341824,0.0432329;REFB=-0.0100482,-0.16262;REVB=-0.0327416,0.0361402;RO=0;SAF=2,21;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02085e-08;STB=0.665164,0.511106;STBP=0.662,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.126565,-0.00150028;OID=.,.;OPOS=75269534,75269534;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:45:45:0:1:3,41:2,42:0.0444444,0.933333:1,20:2,21:0:0:1,20:1,22:1:0 chr16 75563732 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0303222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.495;QD=26.3157;RBI=0.0517232;REFB=-0.0205699;REVB=0.0419029;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999037;STB=0.555504;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0118899;OID=.;OPOS=75563732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:7:7:14:8:7:7 chr16 75565284 . G A 207.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.89;QD=48.7589;RBI=0.0794585;REFB=0;REVB=0.0789903;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565848;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr16 75565420 . A G 747.72 PASS AF=1;AO=40;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160503;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.127;QD=56.4318;RBI=0.0757216;REFB=0;REVB=0.074001;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493645;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:40:53:1:15:25:0:0:28:25:0:0 chr16 75574030 . C T 837.59 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104899;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.166;QD=57.7651;RBI=0.0131582;REFB=0;REVB=0.00794357;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60313e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr16 75590092 . G C 550.61 PASS AF=0.569892;AO=44;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0172538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2294;QD=23.6822;RBI=0.0385688;REFB=-0.0751894;REVB=0.0344944;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383543;STB=0.526284;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0552356;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:40:44:53:0.569892:24:20:19:19:31:22:19:21 chr16 75590113 . C G 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0232881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.083;QD=16.6861;RBI=0.0232887;REFB=-0.00275775;REVB=-0.000174584;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043759;STB=0.52456;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.003831;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:21:19:22:29:21:19:22:29 chr16 75646576 . G T 2029.89 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00177384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.223;QD=61.5119;RBI=0.0257207;REFB=-0.0969801;REVB=0.0256595;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000243161;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:65:66:0:0:65:66:0:1 chr16 75646685 . G T 616.96 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814738;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2402;QD=61.6962;RBI=0.0927;REFB=0;REVB=-0.0442187;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194693;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 75728368 . A G 1281.03 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1458;QD=60.284;RBI=0.0290698;REFB=-0.0729997;REVB=0.0180507;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506171;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00080768;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:44:39:1:0:44:40:1:0 chr16 76311602 . G GT 230.07 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977058;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8939;QD=41.8313;RBI=0.0290909;REFB=0;REVB=0.0274011;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00165702;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:22:22:0:12:10:0:0:4:0:11:10:0:0 chr16 76495929 . C T 391.71 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0089127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.064;QD=19.3437;RBI=0.0288194;REFB=-0.009746;REVB=-0.0274066;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814196;STB=0.549873;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0110629;OID=.;OPOS=76495929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:41:39:40:0.493827:26:13:17:24:27:13:17:24 chr16 76532583 . A G 1471.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000719632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.452;QD=63.2887;RBI=0.00495252;REFB=0;REVB=0.00489996;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99114e-06;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:48:45:0:0 chr16 76902847 . T C 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.511;QD=54.8813;RBI=0.0595721;REFB=-0.112783;REVB=0.0512016;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00413917;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:19:35:1:0:19:35:1:0 chr16 76902850 . G A 748.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500654;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.382;QD=56.4792;RBI=0.0500657;REFB=0;REVB=-0.000150359;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214812;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:18:35:0:0 chr16 77228629 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0515;QD=53.2751;RBI=0.052389;REFB=0;REVB=-0.0506065;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170271;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 77228866 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.623;QD=58.5877;RBI=0.117505;REFB=0;REVB=0.00955989;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670751;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr16 77228971 . C G,T 218.23 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=3,15;DP=18;FAO=3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096914,0.0621573;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.283,131.176;QD=48.4947;RBI=0.115502,0.0890546;REFB=0,0;REVB=0.062836,0.0637746;RO=0;SAF=1,7;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00624299,0.0130055;OID=.,.;OPOS=77228971,77228971;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:18:18:0:0:3,15:3,15:0.166667,0.833333:2,8:1,7:0:0:2,8:1,7:0:0 chr16 77233394 . A G 3868.48 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591126;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.559;QD=61.8957;RBI=0.0719263;REFB=0.0420005;REVB=0.0409769;RO=0;SAF=95;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168468;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:0:0:250:250:1:155:95:0:0:155:95:0:0 chr16 77246795 . C G 765.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3267;QD=63.8212;RBI=0.0855845;REFB=0;REVB=0.0573994;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65298e-05;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr16 77316150 . G T 2320.42 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.662;QD=61.0637;RBI=0.0343433;REFB=0;REVB=0.0117183;RO=0;SAF=65;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78638e-05;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:87:65:0:0:87:65:0:0 chr16 77327018 . G A 1155.87 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0120746;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8585;QD=57.0801;RBI=0.113512;REFB=-0.155941;REVB=0.112868;RO=2;SAF=57;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137732;STB=0.518382;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00419347;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:81:2:3:78:78:0.962963:21:57:1:1:21:57:1:2 chr16 77328895 . C T 1589.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.521;QD=59.9963;RBI=0.0779264;REFB=0;REVB=0.0772014;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134857;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:57:48:0:0:58:48:0:0 chr16 77328990 . C A 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4709;QD=58.0566;RBI=0.025526;REFB=0;REVB=0.000373912;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231121;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr16 77353973 . G T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.615;QD=62.7618;RBI=0.0344719;REFB=0;REVB=0.0337536;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012003;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr16 77359919 . A T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000672019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.687;QD=60.3761;RBI=0.0123833;REFB=0;REVB=0.012365;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55637e-05;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr16 77389956 . A G 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.231;QD=59.1417;RBI=0.0267197;REFB=0;REVB=-0.00387158;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47125e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr16 77401545 . A G 657.93 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.0284977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.877;QD=18.1499;RBI=0.0321802;REFB=0.00654019;REVB=-0.0149482;RO=75;SAF=35;SAR=32;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165224;STB=0.585301;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00884103;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:75:78:67:67:0.462069:32:35:52:23:32:35:53:25 chr16 77769369 . C T 2273.95 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536371;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.226;QD=60.6385;RBI=0.0548764;REFB=0;REVB=0.0115965;RO=1;SAF=64;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94399e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:150:1:0:147:150:1:83:64:1:0:83:67:0:0 chr16 77769834 . G A 611.42 PASS AF=0.492188;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00521313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.134;QD=19.1067;RBI=0.00657385;REFB=-0.00912332;REVB=0.00400485;RO=65;SAF=24;SAR=38;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998946;STB=0.549591;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00664683;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:62:63:0.492188:38:24:32:33:38:25:32:33 chr16 78013123 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.559;QD=59.8556;RBI=0.0191389;REFB=0;REVB=-0.0184951;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22303e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr16 78013882 . A T 421.02 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00442834;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.268;QD=20.0484;RBI=0.0332173;REFB=-0.0127207;REVB=-0.0329208;RO=42;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221409;STB=0.512289;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0118457;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:25:17:18:24:25:17:18:24 chr16 78064733 . C A 104.96 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0180264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.825;QD=22.0957;RBI=0.0215568;REFB=-0.0424899;REVB=-0.0118214;RO=7;SAF=0;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.811433;STB=0.697296;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0474063;OID=.;OPOS=78064733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:10:12:0.631579:10:0:4:3:10:2:4:3 chr16 78065139 . A G 171.45 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00135181;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.578;QD=10.8855;RBI=0.00139073;REFB=-0.000792518;REVB=0.000326704;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996532;STB=0.505809;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00169166;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:12:10:19:22:12:10:19:22 chr16 78065972 . A G 709.69 PASS AF=0.457831;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.022133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6596;QD=17.1011;RBI=0.0361075;REFB=-0.0020147;REVB=0.0285286;RO=89;SAF=32;SAR=44;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179507;STB=0.602239;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00288083;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:90:76:76:0.457831:44:32:54:35:44:32:55:35 chr16 78312497 . C A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00262175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.977;QD=18.5415;RBI=0.00490223;REFB=-0.00799868;REVB=0.00414226;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247591;STB=0.637895;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00814457;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:21:13:23:12:21:13:23:12 chr16 78586531 . T C 1542.72 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0701576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6173;QD=58.2158;RBI=0.0711858;REFB=-0.131989;REVB=-0.0120555;RO=2;SAF=52;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178992;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00174658;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:2:1:104:105:0.990566:52:52:2:0:52:53:1:0 chr16 79245786 . A G 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0030163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.304;QD=15.2669;RBI=0.00313698;REFB=-0.0315083;REVB=-0.000861729;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316041;STB=0.517914;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0335279;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:15:18:15:11:15:18 chr16 79245820 . G T 306.52 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0215515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.004;QD=22.7051;RBI=0.0751854;REFB=-0.00526276;REVB=0.0720304;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501123;STB=0.532689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00352917;OID=.;OPOS=79245820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:10:20:14:9:10:21:14:9 chr16 79245930 . G C 437.88 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00696021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.095;QD=21.6235;RBI=0.0216675;REFB=-0.0154516;REVB=0.0205191;RO=38;SAF=34;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124848;STB=0.569344;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.012975;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:9:34:26:12:9:34:26:12 chr16 79245956 . C G 1359.15 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.704;QD=62.4899;RBI=0.0580833;REFB=0;REVB=0.0578706;RO=0;SAF=61;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56391e-05;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:25:61:0:0:26:61:0:0 chr16 79245961 . T C 1324.26 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010589;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.972;QD=62.3182;RBI=0.012572;REFB=0;REVB=0.00677697;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1462e-05;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:28:57:0:0:28:57:0:0 chr16 79633805 . TGCC T 82.13 PASS AF=0.714286;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.039814;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=3;MLLD=145.661;QD=23.4668;RBI=0.055802;REFB=-0.115039;REVB=0.0390987;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=0.0323908;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:7:16:10:14:4:3:7:1:3:22:2:1:6:1:1 chr16 81010073 . C T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.014748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.095;QD=22.7937;RBI=0.0296699;REFB=-0.0210018;REVB=-0.0257449;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994847;STB=0.55551;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0195541;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:8:13:12:12:8:13 chr16 81050965 . A T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.229;QD=56.2119;RBI=0.0349002;REFB=-0.0939598;REVB=-0.0297322;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000190582;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr16 81056441 . T G 556.61 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.050089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.162;QD=25.3003;RBI=0.0501025;REFB=-0.0011248;REVB=0.00116218;RO=36;SAF=18;SAR=33;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112692;STB=0.565325;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000864402;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:37:51:51:0.579545:33:18:8:28:33:18:8:29 chr16 81061827 . G A 454.3 PASS AF=0.471154;AO=51;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00771711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6783;QD=17.4729;RBI=0.0281889;REFB=0.024263;REVB=0.027112;RO=51;SAF=15;SAR=36;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211046;STB=0.59594;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0253173;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:55:51:49:0.471154:36:15:26:25:34:15:26:29 chr16 81062171 . C T 212.35 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0440191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.309;QD=20.2234;RBI=0.0445385;REFB=0.0138016;REVB=0.00678222;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17051;STB=0.594505;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00373678;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:21:21:21:0.5:12:9:12:7:12:9:13:8 chr16 81076821 . T C 113.97 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000879369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.875;QD=14.2456;RBI=0.00907528;REFB=-0.0216134;REVB=0.00903257;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0333747;OID=.;OPOS=81076821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:18:12:14:0.4375:5:7:10:8:6:8:10:8 chr16 81077915 . T C 176.36 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0440647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.155;QD=20.1554;RBI=0.0441583;REFB=0.00438303;REVB=-0.00287402;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.51427;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00392287;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:9:7:8:9:9:9:8:9 chr16 81094951 . A G 469.86 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00587272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.949;QD=15.7936;RBI=0.0555529;REFB=-0.023614;REVB=-0.0552416;RO=66;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210716;STB=0.516832;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0219824;OID=.;OPOS=81094951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:66:67:52:52:0.436975:21:31:38:28:21:31:38:29 chr16 81095363 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0133995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.379;QD=12.0516;RBI=0.0144215;REFB=-0.0246521;REVB=-0.00533232;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13422;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0232639;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:7:6:3:6:7:6 chr16 81145807 . C G 751.41 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0148055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8691;QD=22.43;RBI=0.0192373;REFB=0.0192567;REVB=0.012283;RO=61;SAF=29;SAR=43;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144185;STB=0.582754;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.016463;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:61:62:72:72:0.537313:43:29:35:26:43:29:36:26 chr16 81151122 . A C 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.399;QD=63.194;RBI=0.0182128;REFB=0;REVB=-0.015474;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62209e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr16 81157324 . G A 574.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.842;QD=60.4734;RBI=0.05328;REFB=0;REVB=-0.00192375;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846119;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr16 81157385 . G T 296.13 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000567403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5632;QD=28.891;RBI=0.0511375;REFB=-0.0637936;REVB=0.0511343;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197964;STB=0.510909;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0478716;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:18:8:5:10:18:8:5:10 chr16 81161552 . C T 257.34 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0109523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.744;QD=13.5444;RBI=0.0131181;REFB=0.00195809;REVB=-0.00722023;RO=45;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212438;STB=0.616396;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00290631;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:21:9:22:23:21:9:22:24 chr16 81161569 . T G 222.44 PASS AF=0.373333;AO=26;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0401244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.691;QD=11.8634;RBI=0.0401247;REFB=-0.0132467;REVB=-0.000156542;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118831;STB=0.585736;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0202246;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:26:28:0.373333:16:10:23:24:18:10:23:24 chr16 81161571 . T C 212.01 PASS AF=0.376812;AO=24;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0202517;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.833;QD=12.2906;RBI=0.0226689;REFB=-0.0126775;REVB=-0.0101858;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400134;STB=0.537008;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0557758;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:43:24:26:0.376812:14:10:19:23:16:10:19:24 chr16 81161578 . G A 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0145692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.845;QD=12.303;RBI=0.0151191;REFB=-0.0236627;REVB=0.00404042;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896707;STB=0.551684;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0372296;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:20:23:16:10:20:23 chr16 81161608 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0142528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.787;QD=12.4663;RBI=0.0258704;REFB=-0.00284631;REVB=-0.0215902;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117835;STB=0.568518;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00647;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:15:18:13:7:15:18 chr16 81173136 . T C 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4186;QD=59.4991;RBI=0.016496;REFB=0;REVB=0.0162413;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81641e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr16 81173193 . C T 429.26 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0221095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.455;QD=25.2506;RBI=0.0323189;REFB=-0.0263617;REVB=0.0235728;RO=26;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186577;STB=0.517233;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00942083;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:41:41:0.602941:20:21:14:12:20:21:15:12 chr16 81175103 . G A 733.59 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0257416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.912;QD=20.0983;RBI=0.0567045;REFB=-0.0342832;REVB=0.0505249;RO=73;SAF=28;SAR=44;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999137;STB=0.557456;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0353824;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:74:72:72:0.493151:44:28:21:52:44:28:21:53 chr16 81180995 . T C 626.03 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00672227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.989;QD=23.4031;RBI=0.0110613;REFB=-0.00170057;REVB=0.00878428;RO=45;SAF=36;SAR=25;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259009;STB=0.518005;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00137736;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:46:61:61:0.570093:25:36:28:17:25:36:29:17 chr16 81181066 . G A 466.14 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0040415;FXX=0.0217368;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.033;QD=20.7175;RBI=0.0479718;REFB=-0.0314124;REVB=-0.0478012;RO=29;SAF=30;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138205;STB=0.582639;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0211074;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:29:45:42:45:0.5:12:30:16:13:15:30:23:22 chr16 81181783 . T C 247.12 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0216803;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0497;QD=17.9724;RBI=0.0226551;REFB=0.000311396;REVB=0.00657396;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178375;STB=0.599661;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000384779;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:9:19:13:14:9:19 chr16 81181869 . T C 513.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00564349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.92;QD=24.4593;RBI=0.0129412;REFB=-0.0148956;REVB=-0.0116458;RO=34;SAF=23;SAR=25;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16455;STB=0.57497;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0130686;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:36:48:48:0.571429:25:23:9:25:25:23:11:25 chr16 81185412 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0164572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.912;QD=11.6231;RBI=0.0228471;REFB=0.00120574;REVB=-0.0158478;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464406;STB=0.526875;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00164153;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:14:24:13:9:14:24 chr16 81185416 . A G 776.01 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0720744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.937;QD=52.6105;RBI=0.0722272;REFB=-0.0757438;REVB=0.00469562;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00101921;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:56:57:0.966102:34:22:0:0:35:22:0:2 chr16 81185419 . G C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0248028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.887;QD=10.5914;RBI=0.0277565;REFB=-0.00849735;REVB=-0.0124597;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372185;STB=0.521719;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00977618;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:13:8:14:26:13:8:14:26 chr16 81190598 . T C 433.69 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0137226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.361;QD=20.6518;RBI=0.0310726;REFB=-0.0123174;REVB=-0.0278783;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315191;STB=0.521958;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0145304;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:41:42:43:0.511905:26:16:17:24:27:16:17:24 chr16 81190601 . T C 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.985;QD=60.5813;RBI=0.0552735;REFB=-0.0171115;REVB=0.0498679;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000343782;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:0:1:50:34:0:1 chr16 81190613 . A G 391.58 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0316581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.598;QD=19.3372;RBI=0.0346995;REFB=-0.00977551;REVB=-0.0142065;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03256;STB=0.518086;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00911929;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:16:25:23:17:16:25 chr16 81198306 . C A 1265.09 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.412;QD=61.7119;RBI=0.0524426;REFB=0;REVB=0.0126754;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75287e-05;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:77:82:1:27:50:0:0:30:52:0:0 chr16 81199520 . T C 1081.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153636;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0598;QD=59.2493;RBI=0.015384;REFB=0;REVB=0.000793302;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00694933;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:44:27:0:0:44:29:0:0 chr16 81199538 . T C 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9583;QD=60.0267;RBI=0.0343125;REFB=0;REVB=0.0311444;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394307;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr16 81199544 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.742;QD=58.5987;RBI=0.0309414;REFB=0;REVB=-0.00769228;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76457e-05;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr16 81199554 . CA TG 755.83 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113292;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.428;QD=57.0441;RBI=0.114698;REFB=0;REVB=-0.0179077;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000273077;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:38:12:0:0:38:15:0:0 chr16 81211496 . C A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00697397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.7;QD=21.377;RBI=0.0146669;REFB=-0.0209638;REVB=0.0129027;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249368;STB=0.653704;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0130751;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:17:6:11:10:17:6:12:10 chr16 81211548 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0272145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.629;QD=25.4983;RBI=0.0286032;REFB=-0.00454771;REVB=-0.00880428;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292348;STB=0.663264;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00277121;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:10:6:17:6:10:6 chr16 81213378 . A G 1078.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.076;QD=59.905;RBI=0.0510088;REFB=0;REVB=0.050779;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16185e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:32:38:0:0:34:38:0:0 chr16 81219213 . C T 367.46 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.129172;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.885;QD=22.2702;RBI=0.129795;REFB=-0.0213768;REVB=0.0127002;RO=30;SAF=4;SAR=32;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205689;STB=0.561368;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0146342;OID=.;OPOS=81219213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:29:36:37:0.560606:32:4:7:23:32:5:6:23 chr16 81232275 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.068;QD=46.0582;RBI=0.0270781;REFB=-0.0633635;REVB=0.0220568;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00757746;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:0:1:6:13:0:1 chr16 81232564 . T G 2689.1 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.29;QD=61.8183;RBI=0.0245269;REFB=0;REVB=-0.0241326;RO=1;SAF=84;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45193e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:174:1:0:173:174:1:89:84:1:0:89:85:0:0 chr16 81241098 . C T 1138.51 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391492;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.301;QD=60.7207;RBI=0.0395507;REFB=0;REVB=0.00562114;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92615e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr16 81241100 . G C 1087.71 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109239;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.809;QD=58.7949;RBI=0.0201155;REFB=-0.0721421;REVB=0.0168909;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=6.98353e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:39:33:1:0:39:34:1:0 chr16 81242102 . G A 1085.62 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115481;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.369;QD=57.1379;RBI=0.0729519;REFB=-0.0444018;REVB=-0.0720321;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00130918;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:76:1:1:73:75:0.986842:38:35:1:0:40:35:1:0 chr16 81242194 . T C 1511.02 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.988;QD=63.6218;RBI=0.0482438;REFB=0;REVB=0.0225965;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66187e-05;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:56:36:0:0:57:38:0:0 chr16 81248716 . C T 1496.27 PASS AF=0.568465;AO=137;DP=241;FAO=137;FDP=241;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=87;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.00961411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6626;QD=24.8343;RBI=0.0106947;REFB=-0.00903337;REVB=-0.00468466;RO=102;SAF=50;SAR=87;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156681;STB=0.581473;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00896338;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:102:104:137:137:0.568465:87:50:57:45:87:50:57:47 chr16 81248745 . A G 722.18 PASS AF=0.402913;AO=83;DP=204;FAO=83;FDP=206;FR=.;FRO=123;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=78;FWDB=-0.0414063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.055;QD=14.023;RBI=0.0422987;REFB=-0.0151671;REVB=-0.00864299;RO=116;SAF=43;SAR=40;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180081;STB=0.590391;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0291119;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:116:123:83:83:0.402913:40:43:40:76:40:43:45:78 chr16 81249954 . T A 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0339471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.957;QD=19.9061;RBI=0.0346951;REFB=-0.0142367;REVB=-0.00716582;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434653;STB=0.524126;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0141318;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:18:24:22:20:18:24:22:20 chr16 81253745 . C G 455.81 PASS AF=0.469388;AO=42;DP=94;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0113522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.061;QD=18.6043;RBI=0.0141859;REFB=-0.0340115;REVB=0.00850687;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766931;STB=0.549122;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0333339;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:51:52:42:46:0.469388:18:24:33:18:21:25:33:19 chr16 81253759 . A G 400.15 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0107868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8451;QD=18.6116;RBI=0.0112172;REFB=-0.000932569;REVB=-0.00307735;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814636;STB=0.545328;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000797394;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:19:22:28:17:19:22:28:17 chr16 81253917 . A G 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0076167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.158;QD=8.24509;RBI=0.00887708;REFB=-0.00763962;REVB=-0.00455944;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198112;STB=0.618247;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0170111;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:8:10:17:27:8:10:17:27 chr16 81301694 . A T 345.98 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00694326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.806;QD=24.7126;RBI=0.0138748;REFB=0.0023402;REVB=-0.0120126;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358072;STB=0.519639;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00107201;OID=.;OPOS=81301694;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:14:20:14:8:14:20:14:8 chr16 81314496 . C T 145.26 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.000513089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4336;QD=8.93883;RBI=0.047461;REFB=-0.0123221;REVB=-0.0474582;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217905;STB=0.623633;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0235808;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:14:6:21:23:14:6:21:24 chr16 81412168 . G A 1207.66 PASS AF=0.539171;AO=116;DP=217;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0202557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.831;QD=22.261;RBI=0.0250537;REFB=-0.0247566;REVB=-0.0147443;RO=99;SAF=51;SAR=65;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979581;STB=0.552729;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0257716;OID=.;OPOS=81412168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:99:100:116:117:0.539171:65:51:55:44:66:51:55:45 chr16 81497952 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0194711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.271;QD=23.9648;RBI=0.0207519;REFB=-0.0317129;REVB=0.00717757;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707973;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0196567;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:11:7:11:12:11:7 chr16 81679151 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0392378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.591;QD=11.8151;RBI=0.0428647;REFB=-0.0103801;REVB=-0.0172563;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158532;STB=0.591016;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0218103;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:13:28:13:11:13:28 chr16 81819768 . T C 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0169599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.122;QD=23.8429;RBI=0.0266383;REFB=-0.0246288;REVB=-0.0205417;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936004;STB=0.551319;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0181154;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:21:20:11:19:21:20:11:19 chr16 81892708 . T A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00376709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.768;QD=21.0076;RBI=0.00598379;REFB=0.000377985;REVB=-0.00464917;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592254;STB=0.533299;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.000314161;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:6:11:11:8:6:11 chr16 81902079 . T C 888.47 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9219;QD=56.4111;RBI=0.0570813;REFB=-0.0462612;REVB=0.0568344;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00526921;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:34:28:0:0:34:28:1:0 chr16 81902139 . G C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0444706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4187;QD=14.5322;RBI=0.0517369;REFB=-0.00184067;REVB=-0.0264401;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033632;STB=0.519112;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00304188;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:15:25:19:10:15:25 chr16 81902283 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0143903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.556;QD=14.7421;RBI=0.0148964;REFB=-0.0126736;REVB=0.0038498;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133963;STB=0.576838;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0218046;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:6:19:11:6:6:19 chr16 81914583 . C T 272.5 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0242855;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.808;QD=19.464;RBI=0.0259029;REFB=-0.0176518;REVB=-0.00900961;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459379;STB=0.513504;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0134881;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:27:29:29:0.517857:19:10:11:17:19:10:10:17 chr16 81929488 . C T 2348.08 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.432;QD=60.9892;RBI=0.0454437;REFB=0;REVB=0.0042777;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83983e-05;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:82:71:0:0:82:72:0:0 chr16 81941319 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.369;QD=60.2307;RBI=0.0268662;REFB=0;REVB=0.0183018;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108564;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 81971403 . T C 456.48 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.249;QD=57.0599;RBI=0.064199;REFB=0;REVB=0.0641238;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422162;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr16 81995543 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00541273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.124;QD=23.0936;RBI=0.0199357;REFB=-0.0227194;REVB=0.0191868;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340217;STB=0.69113;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0194441;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:9:3:12:5:9:3 chr16 82182354 . G A 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0151137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.477;QD=19.1894;RBI=0.0175349;REFB=0.0040133;REVB=-0.00889098;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694997;STB=0.53871;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00450528;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:17:28:27:22:17:28:27:22 chr16 82203705 . A C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0504839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.078;QD=12.0207;RBI=0.0724036;REFB=-0.0374733;REVB=-0.0519005;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126125;STB=0.507452;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0543009;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:11:14:8:6:11:14 chr16 82203711 . G T 116.64 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0610616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.719;QD=11.6643;RBI=0.0738133;REFB=-0.0121709;REVB=0.0414714;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0614449;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:12:14:8:6:12:14 chr16 82203742 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0433775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1796;QD=9.53624;RBI=0.0552116;REFB=0.00895939;REVB=0.0341571;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217312;STB=0.581678;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0182642;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:27:27:11:12:0.307692:8:3:12:15:8:4:12:15 chr16 82203758 . C T 501.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8414;QD=58.9934;RBI=0.0448114;REFB=0;REVB=0.0421163;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355075;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr16 82203768 . G T 74.21 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0229019;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.053;QD=9.27617;RBI=0.0229312;REFB=-0.000452112;REVB=0.00115933;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186273;STB=0.614625;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0011721;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:10:12:7:3:10:12 chr16 82673047 . C T 994.4 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00109165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.109;QD=57.6462;RBI=0.0295773;REFB=-0.0989329;REVB=0.0295572;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000234627;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:32:36:0:0:32:36:1:0 chr16 83065664 . G A 687.15 PASS AF=0.469388;AO=68;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0207192;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.348;QD=18.6981;RBI=0.03711;REFB=-0.0214259;REVB=0.0307875;RO=79;SAF=28;SAR=40;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164894;STB=0.589597;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0293422;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:78:68:69:0.469388:40:28:46:33:40:29:46:32 chr16 83214480 . C A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0160784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.079;QD=12.6376;RBI=0.0199724;REFB=-0.0137499;REVB=0.0118483;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0183571;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:10:11:4:9:10:11 chr16 83817018 . CA C,CG 390.75 PASS AF=0.241379,0.758621;AO=8,20;DP=29;FAO=7,22;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=4,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181606,0.0195621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.398,140.234;QD=53.8962;RBI=0.0235635,0.0240797;REFB=0,0;REVB=0.0150143,0.0140412;RO=0;SAF=4,8;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0139854,0.00752529;OID=.,.;OPOS=83817019,83817019;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.758621:8,20:29:7,22:29:0:3,10:4,12:0:0:18:0:4,8:4,12:0:0 chr16 83983071 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0099216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.442;QD=20.0303;RBI=0.0100913;REFB=-0.0390712;REVB=0.00184301;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032853;STB=0.518503;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0405483;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:11:15:13:11:11:15 chr16 83984776 . A C 442.91 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=42;FWDB=0.0242612;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9483;QD=19.6846;RBI=0.0936198;REFB=-0.0990387;REVB=-0.0904216;RO=35;SAF=8;SAR=36;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983419;STB=0.590873;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0453665;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:35:46:44:44:0.488889:36:8:4:31:36:8:4:42 chr16 83984844 . A C 1556.97 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.146;QD=59.8835;RBI=0.0226933;REFB=0;REVB=0.0168751;RO=0;SAF=23;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15838e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:78:23:0:0:81:23:0:0 chr16 83984850 . C G 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.274;QD=59.9204;RBI=0.0166577;REFB=0;REVB=0.00782548;RO=0;SAF=24;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25752e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:81:24:0:0:81:24:0:0 chr16 83999033 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00875496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.825;QD=7.04759;RBI=0.025133;REFB=-0.00308158;REVB=-0.0235588;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00755821;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:4:4:8:13:4:4:9:13 chr16 84005801 . G A 590.51 PASS AF=0.616279;AO=52;DP=85;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0233414;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9806;QD=27.4655;RBI=0.0244699;REFB=-0.0070536;REVB=0.00734557;RO=33;SAF=29;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951959;STB=0.554557;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0088081;OID=.;OPOS=84005801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:33:33:52:53:0.616279:23:29:14:19:23:30:14:19 chr16 84012104 . T C 388.09 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00967204;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.968;QD=18.263;RBI=0.01785;REFB=-0.00713625;REVB=-0.0150025;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004309;STB=0.502971;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00817575;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:45:40:40:0.470588:18:22:24:20:18:22:25:20 chr16 84014482 . C G 301.42 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0354307;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.527;QD=18.839;RBI=0.0376915;REFB=-0.0033153;REVB=-0.0128573;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15055;STB=0.583458;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00260931;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:32:32:32:32:0.5:13:19:24:8:13:19:24:8 chr16 84035446 . C G 2374.46 PASS AF=0.947368;AO=161;DP=171;FAO=162;FDP=171;FR=.;FRO=9;FSAF=95;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.020983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.637;QD=55.543;RBI=0.0273576;REFB=-0.13847;REVB=0.0175542;RO=3;SAF=95;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211326;STB=0.513664;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000838111;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:171:171:3:9:161:162:0.947368:66:95:0:3:67:95:3:6 chr16 84035919 . T C 277.44 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0288979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.428;QD=10.2756;RBI=0.0354137;REFB=-0.00535177;REVB=0.0204705;RO=72;SAF=13;SAR=23;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312998;STB=0.680445;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0107367;OID=.;OPOS=84035919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:23:13:46:26:23:13:46:26 chr16 84067004 . C T 212.74 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0415042;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.809;QD=16.0555;RBI=0.0420937;REFB=-0.0159401;REVB=0.00701975;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575194;STB=0.532441;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0293646;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:6:23:18:6:6:23 chr16 84070500 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.604;QD=58.1421;RBI=0.0548427;REFB=0;REVB=-0.0313657;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60899e-05;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr16 84088052 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0176985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.078;QD=28.5595;RBI=0.0337982;REFB=-0.00145755;REVB=0.0287938;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129629;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00135388;OID=.;OPOS=84088052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:8:12:8:2:8:12:8:2 chr16 84100173 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00521282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.426;QD=23.9648;RBI=0.028961;REFB=-0.00431047;REVB=-0.028488;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25749;STB=0.644416;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00280529;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:6:17:8:10:6:17:8:10 chr16 84115393 . G A 706.71 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0291368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.158;QD=24.7967;RBI=0.0296805;REFB=-0.0371813;REVB=0.0056547;RO=47;SAF=26;SAR=41;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143204;STB=0.578056;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0206967;OID=.;OPOS=84115393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:47:67:67:0.587719:41:26:27:20:41:26:27:20 chr16 84115483 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0125782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.099;QD=15.8865;RBI=0.0136789;REFB=0.0061863;REVB=0.00537614;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397795;STB=0.514697;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00848353;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:42:33:33:0.44:18:15:17:24:18:15:18:24 chr16 84157193 . A T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000235184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.984;QD=21.3532;RBI=0.0100495;REFB=0.00820265;REVB=-0.0100468;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0051708;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:5:4:6:7:5:4 chr16 84158248 . G C 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0158741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.291;QD=13.0206;RBI=0.0185349;REFB=-0.0118081;REVB=0.00956835;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677358;STB=0.538827;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0189664;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:20:24:17:11:20:24 chr16 84217062 . C T 525.08 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219801;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.048;QD=60.0092;RBI=0.0117834;REFB=0;REVB=0.0115766;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365024;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 84228199 . G T 257.37 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0367772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.346;QD=23.3971;RBI=0.0389463;REFB=-0.0192335;REVB=0.0128159;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122424;STB=0.518996;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0165668;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:11:13:10:9:11:13:10:10 chr16 84228237 . A C 213.78 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00675545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.766;QD=28.5034;RBI=0.00724082;REFB=-0.0503293;REVB=0.00260642;RO=10;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092348;STB=0.55097;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0252407;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:11:9:3:7:11:9:3:7 chr16 84228770 . G C 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0192423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.091;QD=31.138;RBI=0.0207712;REFB=0.00161167;REVB=0.00782169;RO=16;SAF=5;SAR=25;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147315;STB=0.581336;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000930184;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:25:5:5:11:25:5:5:11 chr16 84229559 . T C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0350189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.801;QD=16.1061;RBI=0.0352803;REFB=-0.00801347;REVB=-0.00428713;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288764;STB=0.516597;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.012592;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:11:11:9:8:11:11 chr16 84230376 . T C 157.95 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00903589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.74;QD=16.6261;RBI=0.0103814;REFB=-0.00595437;REVB=-0.0051114;RO=21;SAF=1;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471654;STB=0.782764;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00384727;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:16:1:6:15:16:1:6:15 chr16 84230500 . A C 570.59 PASS AF=0.47619;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0257223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.284;QD=18.1139;RBI=0.0258383;REFB=-0.00268969;REVB=-0.0024461;RO=63;SAF=31;SAR=28;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580685;STB=0.522381;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00323727;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:66:59:60:0.47619:28:31:37:26:28:32:38:28 chr16 84256619 . C T 277.93 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.00638378;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3111;QD=13.5576;RBI=0.00648498;REFB=-0.00292949;REVB=0.00114123;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19996;STB=0.612992;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00429109;OID=.;OPOS=84256619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:18:14:13:37:18:14:13:37 chr16 84270381 . G A 2241.11 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325527;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9453;QD=63.5775;RBI=0.0408361;REFB=0;REVB=0.0246558;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41869e-05;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:61:80:0:0:61:80:0:0 chr16 84270743 . G A 589.92 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0046524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.534;QD=20.1683;RBI=0.0117109;REFB=-0.00616657;REVB=0.0107471;RO=56;SAF=24;SAR=36;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259283;STB=0.519428;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00534987;OID=.;OPOS=84270743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:57:60:60:0.512821:36:24:24:32:36:24:25:32 chr16 84360533 . A G 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0287326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7516;QD=11.6661;RBI=0.0288505;REFB=-0.00656014;REVB=-0.00260613;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229814;STB=0.638176;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00363827;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:10:16:11:3:10:16 chr16 84402275 . G C 356.69 PASS AF=0.319149;AO=23;DP=141;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.0170198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.674;QD=10.119;RBI=0.0285013;REFB=-0.00951835;REVB=-0.0228616;RO=77;SAF=14;SAR=9;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04814;STB=0.643608;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0218111;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:96:23:45:0.319149:9:14:44:33:10:35:58:38 chr16 84438512 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.049;QD=63.2863;RBI=0.029465;REFB=0;REVB=-0.0267347;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1773e-05;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr16 84444349 . A C 959.29 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00213296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.466;QD=57.2708;RBI=0.0189826;REFB=0.115889;REVB=0.0188624;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000314221;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:35:30:0:1:36:30:0:1 chr16 84476200 . A T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.636;QD=62.3484;RBI=0.0390745;REFB=0;REVB=0.0361883;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126562;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr16 84485573 . C A 923.14 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149695;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.408;QD=58.612;RBI=0.0605738;REFB=0;REVB=0.058695;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383167;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr16 84493144 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.169;QD=63.583;RBI=0.0438645;REFB=0;REVB=0.0361019;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148458;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr16 84494020 . G T 850.23 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0122942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.188;QD=53.1391;RBI=0.0284922;REFB=-0.182012;REVB=0.0257032;RO=3;SAF=26;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514009;STB=0.527264;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00134522;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:64:64:3:3:61:61:0.953125:35:26:3:0:35:26:3:0 chr16 84494275 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.722;QD=57.7118;RBI=0.0424761;REFB=0;REVB=0.0424142;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88947e-05;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr16 84516309 . G A 299.12 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=97;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0621008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1854;QD=12.2088;RBI=0.0659335;REFB=0.0365355;REVB=0.0221523;RO=61;SAF=11;SAR=23;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330955;STB=0.666186;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0401283;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:61:63:34:35:0.357143:23:11:38:23:23:12:38:25 chr16 84520321 . AGGGT AGGGC,AGGT 91.6 PASS AF=0.375,0.3125;AO=3,5;DP=16;FAO=6,5;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6,0;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00642332,-0.12892;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=34.7895,17.9023;QD=22.9004;RBI=0.00732073,0.13594;REFB=-0.0537904,0.0969044;REVB=-0.00351199,0.0431211;RO=5;SAF=3,0;SAR=0,5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0.487805;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.812479;STB=0.5,0.997996;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0445474,0.0264349;OID=.,.;OPOS=84520325,84520322;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGC,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.3125:3,5:16:6,5:16:5:6,0:0,5:5:0:38:5:3,0:0,5:5:0 chr16 84520396 . A G 710.56 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000674797;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.995;QD=54.6586;RBI=0.00184743;REFB=0.124021;REVB=-0.00171978;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000859982;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr16 84520537 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.886;QD=61.0486;RBI=0.0278286;REFB=0;REVB=0.00310231;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94054e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr16 84522897 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0226977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4489;QD=11.1974;RBI=0.0261161;REFB=0.00995223;REVB=0.0129177;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344975;STB=0.698663;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0137927;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:19:3:5:7:19:3 chr16 84778690 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0132475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.837;QD=17.3212;RBI=0.0133339;REFB=-0.0137936;REVB=-0.00151492;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0225127;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:7:11:11:5:7:11 chr16 84778694 . T C 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000266772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.111;QD=17.5429;RBI=0.00739774;REFB=-0.0091927;REVB=-0.00739293;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0161269;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:11:4:4:11:11:4:5:11 chr16 84778697 . G C 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00558484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7954;QD=18.2469;RBI=0.0152031;REFB=-0.0161498;REVB=-0.0141401;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173293;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:4:11:11:4:4:11 chr16 84778762 . C T 36.75 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000248881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5497;QD=7.7364;RBI=0.0118854;REFB=0.00479194;REVB=-0.0118828;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0205654;OID=.;OPOS=84778762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:4:9:3:3:4:9 chr16 84779248 . T G 109.83 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0208226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.395;QD=14.6441;RBI=0.033861;REFB=-0.00980714;REVB=-0.0267018;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305281;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00900669;OID=.;OPOS=84779248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:12:5:8:5:12:5 chr16 84796603 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0186546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4208;QD=13.3413;RBI=0.0348523;REFB=0.00853293;REVB=0.0294396;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181956;STB=0.60516;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0129438;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:14:7:16:16:14:7:16:16 chr16 84808824 . C G 369.25 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0128155;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.914;QD=19.9596;RBI=0.0245909;REFB=-0.00795264;REVB=-0.0209875;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746419;STB=0.546259;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0108017;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:36:37:38:0.513514:22:15:11:23:23:15:11:25 chr16 84879464 . A G 582.31 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00237401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.063;QD=17.513;RBI=0.00470234;REFB=-0.0109304;REVB=-0.00405907;RO=71;SAF=29;SAR=32;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335879;STB=0.505802;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0110822;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:32:29:34:37:32:29:35:37 chr16 84883102 . C T 698.92 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0367077;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.307;QD=52.7483;RBI=0.0367117;REFB=-0.186235;REVB=-0.000539708;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132664;STB=0.508109;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0010374;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:53:1:2:51:51:0.962264:16:35:1:0:16:35:1:1 chr16 84942638 . T G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00146176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.803;QD=14.7346;RBI=0.00379282;REFB=-0.01481;REVB=0.00349982;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237843;STB=0.633678;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0144371;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:27:9:13:14:27:9 chr16 85009463 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.037639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.534;QD=16.0425;RBI=0.039509;REFB=-0.00371982;REVB=0.0120111;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403458;STB=0.730107;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00255539;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:19:7:13:6:19:7 chr16 85009970 . A G 197.75 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00870863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.416;QD=9.09214;RBI=0.00913035;REFB=0.00702838;REVB=-0.00274281;RO=55;SAF=13;SAR=13;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180138;STB=0.620602;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0199349;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:61:26:26:0.298851:13:13:36:19:13:13:41:20 chr16 85112002 . T G 964.19 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0668025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9189;QD=55.8948;RBI=0.0685838;REFB=-0.0611108;REVB=-0.0155291;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0094302;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:36:31:1:0:36:31:1:1 chr16 85145977 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.011699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.128;QD=19.646;RBI=0.0130626;REFB=-0.00126369;REVB=0.00581093;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.588082;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000960134;OID=.;OPOS=85145977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:2:6:6:5:2:6 chr16 85706047 . A C 1390.9 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8431;QD=61.8177;RBI=0.047108;REFB=0;REVB=0.0209154;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230957;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:56:33:1:0:56:34:0:0 chr16 85707949 . C G 609.13 PASS AF=0.569892;AO=51;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0173515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.213;QD=26.199;RBI=0.0180579;REFB=-0.06707;REVB=-0.0050015;RO=29;SAF=15;SAR=36;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102662;STB=0.521464;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.020404;OID=.;OPOS=85707949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:29:33:51:53:0.569892:36:15:5:24:36:17:9:24 chr16 85711860 . C T 1641.44 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595505;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.032;QD=59.1511;RBI=0.0604597;REFB=0;REVB=0.010446;RO=0;SAF=30;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170707;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:111:0:0:99:111:1:69:30:0:0:72:39:0:0 chr16 85812955 . T A 68.88 PASS AF=0.225;AO=10;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0180025;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=42.763;QD=6.88812;RBI=0.0180044;REFB=-0.00163949;REVB=-0.000260384;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247248;STB=0.792603;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00187168;OID=.;OPOS=85812955;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:40:27:28:10:9:0.225:2:8:17:10:1:8:17:11 chr16 85813231 . A C 249.41 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0205904;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2444;QD=13.8561;RBI=0.0952109;REFB=-0.00157625;REVB=0.0929578;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174789;STB=0.59955;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00770344;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:25:18:17:12:25:18 chr16 85814899 . T TAGTC 522.05 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00520382;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.19;QD=45.3952;RBI=0.00799084;REFB=-0.0151728;REVB=0.00606415;RO=13;SAF=22;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561635;STB=0.508231;STBP=0.817;TYPE=ins;VARB=0.00247109;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826087:38:51:38:46:8:22:16:5:3:50:13:22:16:6:7 chr16 85838653 . T C 1533.97 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.508;QD=62.6112;RBI=0.0511045;REFB=0.0133181;REVB=0.0428436;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-4.96309e-07;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:51:46:0:1:51:46:0:1 chr16 86069710 . C T 180.86 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0200967;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3109;QD=22.6072;RBI=0.0367747;REFB=0.00934379;REVB=0.0307977;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648528;STB=0.549944;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0116058;OID=.;OPOS=86069710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:14:18:18:0.5625:7:11:8:7:7:11:7:7 chr16 86069722 . A G 392.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9186;QD=56.0285;RBI=0.0888713;REFB=0;REVB=-0.0573826;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237792;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr16 86069738 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4103;QD=55.0984;RBI=0.0368391;REFB=0;REVB=0.0211566;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464326;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 86069788 . GT TG 353.75 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286143;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.235;QD=52.4073;RBI=0.0654383;REFB=0;REVB=0.0588506;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00126552;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr16 86069827 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.964;QD=57.3932;RBI=0.0244336;REFB=0.036839;REVB=0.0200821;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00085596;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr16 86547496 . C T 320.49 PASS AF=0.38;AO=37;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0210775;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.603;QD=12.8194;RBI=0.0297058;REFB=-0.00581006;REVB=0.0209326;RO=63;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288567;STB=0.529984;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00921284;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:62:37:38:0.38:19:18:29:34:19:19:28:34 chr16 86564671 . G T 170.26 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0185094;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0338;QD=16.2152;RBI=0.0293924;REFB=-0.0132139;REVB=-0.0228323;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.636198;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0160282;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:4:14:14:10:4:14:14:10 chr16 86565826 . C G 494.49 PASS AF=0.495238;AO=53;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.0165938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.3287;QD=18.8377;RBI=0.0417682;REFB=-0.00646923;REVB=-0.0383305;RO=49;SAF=26;SAR=27;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266651;STB=0.628525;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00185431;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:53:53:52:0.495238:27:26:39:10:26:26:40:13 chr16 86565882 . G C 989.98 PASS AF=0.669291;AO=85;DP=127;FAO=85;FDP=127;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=6;FWDB=0.0026073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.288;QD=31.1805;RBI=0.00261762;REFB=-0.00455928;REVB=-0.000232295;RO=42;SAF=49;SAR=36;SRF=36;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182568;STB=0.597868;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00215844;OID=.;OPOS=86565882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:42:42:85:85:0.669291:36:49:36:6:36:49:36:6 chr16 86588993 . T C 589.11 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0295248;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5278;QD=24.0451;RBI=0.0619913;REFB=-0.029713;REVB=-0.0545088;RO=44;SAF=33;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217467;STB=0.501193;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0277808;OID=.;OPOS=86588993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:44:44:54:54:0.55102:21:33:27:17:21:33:27:17 chr16 87417621 . G A 311.84 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00375867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.917;QD=14.0153;RBI=0.0243837;REFB=0.00259837;REVB=0.0240923;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264858;STB=0.633727;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00394713;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:54:35:35:0.393258:13:22:19:32:13:22:22:32 chr16 87436720 . G T 729.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.505;QD=57.2089;RBI=0.0290477;REFB=0;REVB=-0.00567106;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112669;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr16 87436764 . A G 959.61 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.545;QD=55.6295;RBI=0.0284393;REFB=0.0419983;REVB=-0.00824626;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-6.14186e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:69:2:2:65:67:0.971014:33:32:0:2:33:34:0:2 chr16 87445839 . C T 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0244933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.652;QD=28.193;RBI=0.0249355;REFB=0.0140928;REVB=-0.0046755;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257718;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249286;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:16:7:4:9:16:7:4:9 chr16 87446053 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0461568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.981;QD=24.1269;RBI=0.0503456;REFB=-0.0269439;REVB=0.0201053;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275167;STB=0.6522;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0168293;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:1:10:9:8:1:10 chr16 87446368 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0201053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.642;QD=15.7844;RBI=0.0222799;REFB=-0.0188834;REVB=0.00960056;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.672821;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0236349;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:10:7:10:4:10:7 chr16 87729334 . C CA 51.89 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0137585;FXX=0.0540395;HRUN=0;LEN=1;MLLD=243.99;QD=5.93075;RBI=0.0142279;REFB=-0.00974298;REVB=0.00362427;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533886;STB=0.839068;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0361512;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:8:39:8:35:27:1:7:14:13:51:31:1:7:17:14 chr16 87736160 . G A 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00484324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.131;QD=17.2322;RBI=0.010228;REFB=-0.00631279;REVB=0.0090086;RO=51;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284317;STB=0.525667;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00698256;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:55:48:48:0.466019:25:23:26:25:25:23:29:26 chr16 87736778 . T C 226.35 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0524883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3528;QD=15.6102;RBI=0.0632468;REFB=0.0327801;REVB=-0.0352865;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483186;STB=0.54542;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0435352;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:32:24:26:0.448276:11:13:16:11:11:15:21:11 chr16 87737619 . G A 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.032676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0687;QD=13.0902;RBI=0.0689341;REFB=-0.0308914;REVB=-0.0606976;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117418;STB=0.568618;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0389416;OID=.;OPOS=87737619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:13:7:6:7:13:7 chr16 87737756 . C T 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0162882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.979;QD=24.5153;RBI=0.0263214;REFB=-0.0236464;REVB=-0.0206763;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584047;STB=0.503244;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0220914;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:8:14:17:10:8:14 chr16 87738694 . G A 774.05 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0134761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5831;QD=25.5883;RBI=0.0189097;REFB=-0.0100466;REVB=0.0132654;RO=49;SAF=30;SAR=42;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100964;STB=0.554922;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00883055;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:49:49:72:72:0.595041:42:30:27:22:42:30:27:22 chr16 87738813 . G C 323.84 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00860844;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7726;QD=16.8229;RBI=0.0491776;REFB=-0.0408507;REVB=-0.0484183;RO=42;SAF=8;SAR=26;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31625;STB=0.682855;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0292893;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:26:8:22:20:27:8:22:20 chr16 87738853 . T C 833.64 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.04;QD=57.4926;RBI=0.059555;REFB=0;REVB=0.0189291;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138045;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr16 87738858 . A G 281.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0278862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.406;QD=19.4017;RBI=0.0315984;REFB=-0.0149111;REVB=0.0148599;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100583;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:15:15:14:13:15:15:14:14 chr16 87738888 . G T 270.21 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0179624;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.063;QD=18.9622;RBI=0.0187194;REFB=-0.0103723;REVB=-0.00526941;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947963;STB=0.543448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00701455;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:15:14:16:11:15:14:16:12 chr16 87739087 . A C 453.52 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00448245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.985;QD=19.7181;RBI=0.00484946;REFB=-0.0127853;REVB=0.00185064;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381256;STB=0.521159;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0123889;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:24:21:20:27:24:21:20:27 chr16 87739125 . G A 571.55 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0343262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4778;QD=23.0928;RBI=0.0344488;REFB=0.000625636;REVB=-0.00290315;RO=45;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106878;STB=0.553382;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00127473;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:46:53:53:0.535354:25:28:18:27:25:28:19:27 chr16 87866138 . G C 141.91 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0314314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1527;QD=13.8447;RBI=0.0459549;REFB=-0.00720152;REVB=-0.0335249;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239524;STB=0.641777;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0112128;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:13:3:9:16:13:3:9:16 chr16 87921846 . T A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-6.85148e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.141;QD=14.4326;RBI=0.00355903;REFB=0.00548434;REVB=-0.00355837;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27527;STB=0.65464;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00509747;OID=.;OPOS=87921846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:33:11:16:15:33:11 chr16 87938398 . G A 222.68 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00946824;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.939;QD=18.1775;RBI=0.00973799;REFB=-0.00237922;REVB=-0.00227619;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538499;STB=0.530585;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00175274;OID=.;OPOS=87938398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:15:12:11:11:15:12 chr16 88017809 . C T 196.83 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.060548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2696;QD=17.4962;RBI=0.102636;REFB=-0.0182216;REVB=0.0828741;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165359;STB=0.55097;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0197993;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:23:25:19:20:0.444444:10:9:7:16:11:9:9:16 chr16 88052161 . C A 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00161305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.69;QD=20.5206;RBI=0.00253907;REFB=0.00177564;REVB=0.00196085;RO=51;SAF=25;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782789;STB=0.547787;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0014226;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:32:25:27:24:32:25:28:24 chr16 88061150 . C T 135.74 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0271439;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5944;QD=15.9688;RBI=0.0757296;REFB=-0.0231126;REVB=0.0706978;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158751;STB=0.59132;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0385561;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:12:7:8:7:12:7 chr16 88105053 . T A 330.44 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=76;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00493237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.394;QD=16.9456;RBI=0.0112869;REFB=-0.0181406;REVB=-0.0101522;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150531;STB=0.595692;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0236932;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:42:42:34:36:0.461538:19:15:25:17:21:15:25:17 chr16 88123598 . C G 638.75 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8618;QD=59.4189;RBI=0.0213582;REFB=-0.164971;REVB=-0.0163525;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00290825;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:21:21:0:0:21:21:0:1 chr16 88123697 . C A 494.69 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.302;QD=58.1988;RBI=0.133975;REFB=0;REVB=0.133903;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223504;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr16 88124525 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00493617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.985;QD=17.6435;RBI=0.163676;REFB=-0.0146325;REVB=-0.163602;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092312;STB=0.553081;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0137265;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:6:1:2:7:6:1 chr16 88134285 . A G 1004.18 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171304;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5415;QD=59.0695;RBI=0.172994;REFB=0;REVB=-0.0241274;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110057;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:66:68:1:28:38:1:1:29:39:0:0 chr16 88494947 . T C 1307.42 PASS AF=0.918367;AO=88;DP=96;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0136733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5645;QD=53.3642;RBI=0.021436;REFB=-0.0202149;REVB=-0.0165089;RO=8;SAF=42;SAR=46;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035843;STB=0.512026;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0121297;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:96:98:8:8:88:90:0.918367:46:42:4:4:47:43:5:3 chr16 88494976 . A C 1665.9 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.229;QD=58.9699;RBI=0.0280377;REFB=-0.0362374;REVB=-0.0246469;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811506;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=5.31172e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:113:1:1:110:112:0.99115:58:52:0:1:59:53:0:1 chr16 88495654 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8608;QD=53.9109;RBI=0.0613464;REFB=0;REVB=-0.0587292;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190769;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr16 88496008 . T C 522.09 PASS AF=0.504505;AO=46;DP=103;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0112961;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.222;QD=18.8141;RBI=0.0113488;REFB=-0.0419478;REVB=-0.00109243;RO=56;SAF=2;SAR=44;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693906;STB=0.671573;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0486973;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:56:55:46:56:0.504505:44:2:28:28:45:11:26:29 chr16 88497446 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.506;QD=37.4885;RBI=0.0489589;REFB=0;REVB=-0.034645;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08479e-07;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 88498221 . C T 574.44 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.459;QD=60.4673;RBI=0.0316124;REFB=0;REVB=-0.0314215;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121233;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 88498297 . T G 272.79 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.907;QD=51.9608;RBI=0.0812979;REFB=0;REVB=-0.0227329;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042147;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:18:2:0:0:18:3:0:0 chr16 88499539 . C G 2074.07 PASS AF=0.964539;AO=136;DP=141;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0117652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.017;QD=58.8388;RBI=0.0119326;REFB=-0.0280703;REVB=0.0019921;RO=0;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57773e-08;STB=0.519081;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=6.08914e-05;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:141:0:5:136:136:0.964539:63:73:0:0:63:73:0:5 chr16 88501034 . G C 48.81 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.12746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9963;QD=15.0178;RBI=0.130422;REFB=-0.0216503;REVB=-0.0276388;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.029327;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:1:5:5:2:1:5 chr16 88501971 . T A 194.32 PASS AF=0.512821;AO=14;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0246517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6857;QD=19.9302;RBI=0.0257176;REFB=-0.0065857;REVB=-0.00732743;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395996;STB=0.612133;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00330117;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:14:20:0.512821:6:8:11:7:12:8:12:7 chr16 88502482 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0103935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.069;QD=21.7455;RBI=0.0107323;REFB=0.00153477;REVB=-0.0026754;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00102175;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:7:9:7:12:7:9 chr16 88502505 . A G 483.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0093;QD=58.5709;RBI=0.0518225;REFB=0;REVB=-0.0300383;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113073;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr16 88504850 . G C 208.64 PASS AF=0.314607;AO=26;DP=82;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0539631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8725;QD=9.37686;RBI=0.0732783;REFB=-0.0340768;REVB=-0.0495751;RO=55;SAF=17;SAR=9;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483779;STB=0.511404;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0700189;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:89:55:61:26:28:0.314607:9:17:38:17:11:17:38:23 chr16 88504868 . A G 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.332;QD=59.8285;RBI=0.0487609;REFB=0;REVB=-0.041652;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1239e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:69:34:0:0:69:34:0:0 chr16 88505635 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0649308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4913;QD=17.7315;RBI=0.0652295;REFB=-0.0193034;REVB=-0.00623489;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171001;STB=0.618896;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0274545;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:4:13:11:7:4:13:11:8 chr16 88505734 . C T 276.69 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210882;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.748;QD=52.7032;RBI=0.0240057;REFB=0;REVB=0.0114699;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083652;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr16 88535341 . G A 720.45 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.000331615;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.938;QD=22.8714;RBI=0.00195282;REFB=-0.0125677;REVB=0.00192445;RO=56;SAF=44;SAR=25;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146603;STB=0.584693;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0104476;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:56:57:69:69:0.547619:25:44:26:30:25:44:26:31 chr16 88535407 . C G 471.37 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0285433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9182;QD=18.3055;RBI=0.0293648;REFB=-0.0252377;REVB=-0.00689722;RO=53;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604843;STB=0.533528;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0269178;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:26:24:22:31:26:24:22:31 chr16 88552370 . A G 2064.87 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.937;QD=62.5719;RBI=0.0392234;REFB=0;REVB=0.0295487;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73496e-05;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr16 88644005 . A G 241.14 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0451374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9533;QD=41.937;RBI=0.0491221;REFB=-0.00570082;REVB=0.0193803;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00209667;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:23:2:2:21:21:0.913043:11:10:1:1:11:10:1:1 chr16 88713236 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.786;QD=59.8394;RBI=0.00864815;REFB=0;REVB=-0.00470524;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6607e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 88713501 . A G 272.12 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00161037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.68;QD=17.2776;RBI=0.0240868;REFB=-0.0126229;REVB=-0.0240329;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864879;STB=0.564313;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0139462;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:29:30:0.47619:11:18:17:15:11:19:17:16 chr16 88717386 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.446;QD=58.061;RBI=0.0137287;REFB=0;REVB=0.00280501;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63648e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr16 88724347 . G T 246.33 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0204583;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.026;QD=23.4601;RBI=0.0214381;REFB=-0.0509409;REVB=-0.00640693;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0353804;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:9:10:12:11:9:10 chr16 88778615 . G A 480.68 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0117045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.394;QD=20.239;RBI=0.011905;REFB=-0.0259844;REVB=-0.00217582;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476308;STB=0.526399;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0263476;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:24:23:26:22:24:23:26:22 chr16 88779739 . A G 478.42 PASS AF=0.394161;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00583208;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.431;QD=13.9686;RBI=0.0101751;REFB=-0.00964016;REVB=-0.0083379;RO=82;SAF=21;SAR=33;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120822;STB=0.565013;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.017959;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:82:83:54:54:0.394161:33:21:41:41:33:21:41:42 chr16 88781040 . A G 405.47 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0168936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.541;QD=21.3405;RBI=0.0179315;REFB=-0.0198003;REVB=-0.00601209;RO=35;SAF=28;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28737;STB=0.647646;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0232241;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:40:41:0.539474:12:28:13:22:13:28:13:22 chr16 88781125 . T C 155.78 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.115198;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1553;QD=11.9834;RBI=0.115575;REFB=-0.0266533;REVB=-0.0093344;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133126;STB=0.507764;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0783473;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:14:5:9:24:14:5:9:24 chr16 88782676 . A G 418.3 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00776602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.789;QD=17.4293;RBI=0.0127963;REFB=-0.0115531;REVB=-0.0101702;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111945;STB=0.50921;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0116613;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:53:43:43:0.447917:22:21:25:25:22:21:25:28 chr16 88783449 . C G 295.73 PASS AF=0.566038;AO=27;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00581124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9411;QD=22.3193;RBI=0.0795692;REFB=-0.0101177;REVB=0.0793567;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315741;STB=0.503934;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00991457;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:23:27:30:0.566038:16:11:7:10:18:12:9:14 chr16 88783521 . T C 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0676485;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2789;QD=16.5263;RBI=0.0743008;REFB=-0.0126389;REVB=0.0307292;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544296;STB=0.530781;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0125089;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:12:17:16:9:12:17 chr16 88786904 . G A 209.12 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0340195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.513;QD=18.5881;RBI=0.0538061;REFB=-0.0192475;REVB=0.0416866;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103559;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.032046;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:21:21:0.466667:11:10:13:9:11:10:15:9 chr16 88787704 . G C 511.93 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00901756;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.282;QD=23.8105;RBI=0.0206276;REFB=-0.0247194;REVB=0.0185521;RO=38;SAF=24;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106;STB=0.558116;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0136068;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:24:24:24:14:24:24:24:14 chr16 88792047 . A G 238.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0870882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6071;QD=11.6121;RBI=0.135128;REFB=-0.0140677;REVB=-0.103321;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146343;STB=0.517229;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0186392;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:49:53:29:29:0.353659:14:15:26:23:14:15:26:27 chr16 88792097 . A G 157.75 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0107559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.586;QD=11.2677;RBI=0.0124882;REFB=-0.00341391;REVB=0.00634566;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198217;STB=0.636712;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00456021;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:36:20:20:0.357143:9:11:12:21:9:11:12:24 chr16 88799116 . G A 202.76 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0144442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.011;QD=12.4775;RBI=0.014838;REFB=-0.0155705;REVB=-0.00339567;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393692;STB=0.72712;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0282663;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:11:13:7:33:11:14:7:33 chr16 88803124 . T C 438.4 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0280566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8339;QD=15.9417;RBI=0.030176;REFB=-0.0143177;REVB=0.0111094;RO=60;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789321;STB=0.54199;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0245806;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:60:61:48:49:0.445455:21:27:29:31:22:27:29:32 chr16 88803982 . C G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9304;QD=60.2262;RBI=0.147267;REFB=0;REVB=0.11283;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321733;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr16 88804734 . A G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0280972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.168;QD=18.3435;RBI=0.0322448;REFB=-0.0330222;REVB=-0.01582;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.543573;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0233382;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:8:9:8:9:8:10 chr16 88804924 . TCCC TCC,TCCA 58.12 PASS AF=0.37037,0.037037;AO=9,2;DP=28;FAO=10,1;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4,1;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.25703,0.141882;FXX=0.0357015;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.1135,25.2916;QD=8.61101;RBI=0.257413,0.143126;REFB=-0.0151314,-0.00653424;REVB=0.0140455,0.0188279;RO=15;SAF=4,1;SAR=5,1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.271745,0.342263;STB=0.599815,0.994159;STBP=0.488,0.142;TYPE=del,snp;VARB=0.0395459,0.00570228;OID=.,.;OPOS=88804925,88804927;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TCC,TCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037,0.037037:9,2:28:10,1:27:16:4,1:6,0:4:12:51:15:4,1:5,1:3:12 chr16 88808743 . A G 454.47 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.405;QD=55.0866;RBI=0.0245623;REFB=-0.134006;REVB=0.019656;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000889825;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:33:0:1:31:32:0.969697:16:15:0:0:16:16:1:0 chr16 88809368 . G T 358.43 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0188811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.647;QD=17.068;RBI=0.0188861;REFB=0.0123322;REVB=0.00043412;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753209;STB=0.535696;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0155608;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:38:38:0.452381:19:19:26:19:19:19:26:20 chr16 88809434 . A G 562.83 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=119;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0138605;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.978;QD=18.7608;RBI=0.0968081;REFB=-0.0277011;REVB=-0.0958108;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.568839;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.037919;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:61:58:59:0.491667:35:23:33:28:35:24:33:28 chr16 88809480 . A G 419.86 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0133733;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6265;QD=19.9934;RBI=0.0257675;REFB=-0.0274531;REVB=-0.0220254;RO=42;SAF=9;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240221;STB=0.634545;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0321691;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:42:42:42:0.5:33:9:18:24:33:9:18:24 chr16 88809686 . T C 580.46 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=0.0266523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4252;QD=15.688;RBI=0.0662757;REFB=-0.0158444;REVB=-0.0606805;RO=86;SAF=33;SAR=29;SRF=60;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175228;STB=0.597709;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0244519;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:29:33:60:26:29:33:60:26 chr16 88809773 . G C 2318.49 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054522;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.298;QD=63.9585;RBI=0.0689754;REFB=0;REVB=0.0422488;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66649e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:143:145:1:72:71:0:0:72:73:0:0 chr16 88809893 . GG AC 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00871871;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=287.129;QD=14.7407;RBI=0.0185608;REFB=-0.00822997;REVB=-0.0163856;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212011;STB=0.620032;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=0.0108713;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:12:18:16:25:12:18:16:25 chr16 88872145 . T C 1374.3 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2183;QD=62.4681;RBI=0.0575042;REFB=0;REVB=0.0574929;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398672;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr16 88872229 . A G 301.37 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00500473;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.363;QD=14.0173;RBI=0.0228099;REFB=-0.0122661;REVB=-0.0222541;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177154;STB=0.595379;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0193232;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:52:34:34:0.395349:21:13:28:23:21:13:28:24 chr16 88872511 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.714;QD=61.6814;RBI=0.0491485;REFB=0;REVB=0.047559;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251774;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr16 88874632 . C G 860.21 PASS AF=0.457286;AO=89;DP=197;FAO=91;FDP=199;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=0.0525671;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.375;QD=17.2907;RBI=0.0525672;REFB=0.00634107;REVB=-0.000103932;RO=107;SAF=34;SAR=55;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301661;STB=0.506677;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00601842;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:107:108:89:91:0.457286:55:34:44:63:55:36:44:64 chr16 88884466 . C T 362.91 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0831492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5964;QD=23.4135;RBI=0.0877024;REFB=-0.00797781;REVB=-0.0278913;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087074;STB=0.547943;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.01814;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:14:22:13:13:14:22:13:13 chr16 88902183 . G A 434.86 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00942585;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.388;QD=16.4098;RBI=0.0159135;REFB=-0.0269424;REVB=0.0128215;RO=58;SAF=32;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154657;STB=0.586629;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0254064;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:58:48:48:0.45283:16:32:30:28:16:32:30:28 chr16 88921634 . C G 566.36 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0133519;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.693;QD=27.2945;RBI=0.0141504;REFB=-0.00904778;REVB=-0.00468612;RO=31;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717683;STB=0.532406;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00732083;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:31:32:51:51:0.614458:25:26:19:12:25:26:19:13 chr16 88932927 . AGCCCT AGCCT,AGCCTG,CAGCCT 200.09 PASS AF=0.653846,0.269231,0;AO=7,7,2;DP=26;FAO=17,7,0;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8,7,0;FSAR=9,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.092181,0.0771401,-0.00249555;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=12.5902,14.2142,7.01794;QD=30.7824;RBI=0.489707,0.233215,0.363131;REFB=0.0955456,-0.0155852,0.130454;REVB=0.480952,0.220088,0.363122;RO=7;SAF=5,7,0;SAR=2,0,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.346804,0,0;SSEP=0.417476,0,0;SSSB=0.358511,0.799197,-0.539624;STB=0.55549,0.5,0.5;STBP=0.26,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0495095,0.0273867,0.0320185;OID=.,.,.;OPOS=88932929,88932931,88932927;OREF=C,CT,AGC;OALT=-,TG,CAG;OMAPALT=AGCCT,AGCCTG,CAGCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:26:26:7:2:7,7,2:17,7,0:0.653846,0.269231,0:2,0,2:5,7,0:2:5:9,0,0:8,7,0:2:0 chr16 89167094 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=55.6558;RBI=0.0174406;REFB=0;REVB=-0.0162273;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100791;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr16 89167140 . G C 520.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2023;QD=59.496;RBI=0.14318;REFB=0;REVB=0.132474;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200937;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr16 89167395 . C T 1043.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1452;QD=59.622;RBI=0.115297;REFB=0;REVB=0.0539416;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099628;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr16 89167404 . T C 1048.0 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240261;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.494;QD=59.8856;RBI=0.0243937;REFB=0;REVB=0.0042192;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102007;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr16 89167431 . G C 1307.41 PASS AF=1;AO=73;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.483;QD=62.2576;RBI=0.0758979;REFB=0;REVB=0.0725863;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327103;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:73:84:1:30:43:0:0:40:44:0:0 chr16 89167443 . T C 1253.24 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000236061;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.833;QD=61.8883;RBI=0.0430405;REFB=0;REVB=0.0430399;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033462;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr16 89167458 . C A 1183.51 PASS AF=0.888889;AO=88;DP=99;FAO=88;FDP=99;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00524341;FXX=0.0198;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.721;QD=47.8186;RBI=0.00579361;REFB=-0.16266;REVB=0.00246425;RO=9;SAF=47;SAR=41;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627563;STB=0.531844;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00177086;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:99:99:9:11:88:88:0.888889:41:47:8:1:41:47:9:2 chr16 89180883 . G A 890.52 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193668;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.335;QD=58.3949;RBI=0.0193931;REFB=0;REVB=-0.00101113;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347285;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr16 89259993 . A G 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00431466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7857;QD=16.0182;RBI=0.0539471;REFB=-0.0137649;REVB=-0.0537742;RO=52;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171054;STB=0.605849;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0153409;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:17:23:21:31:17:23:21:33 chr16 89262431 . G A 369.36 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0701064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0168;QD=25.0411;RBI=0.0701074;REFB=-0.0214099;REVB=0.000384972;RO=23;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717134;STB=0.530575;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0135633;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:23:12:10:13:23:13:10:13 chr16 89265466 . A G 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0460702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7421;QD=16.0638;RBI=0.071299;REFB=-0.0312035;REVB=-0.0544158;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494516;STB=0.576184;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0793012;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:24:18:18:0.428571:12:6:8:13:12:6:11:13 chr16 89291210 . G GGTGA 518.08 PASS AF=0.847826;AO=35;DP=47;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0332911;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=308.068;QD=45.0504;RBI=0.0333932;REFB=-0.0516978;REVB=-0.00260931;RO=8;SAF=15;SAR=20;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684264;STB=0.546975;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.00654119;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847826:35:47:39:46:7:16:23:5:2:41:8:15:20:5:3 chr16 89291213 . A G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.08225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5055;QD=2.84353;RBI=0.086643;REFB=-0.0209484;REVB=-0.0272386;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279013;STB=0.70357;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0743341;OID=.;OPOS=89291213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:17:23:2:4:17:23 chr16 89291951 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.209;QD=62.3509;RBI=0.00786713;REFB=0;REVB=-0.00268544;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33525e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 89293271 . A C 565.78 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00340755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.227;QD=19.6793;RBI=0.00632486;REFB=-0.0121553;REVB=-0.00532845;RO=56;SAF=36;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188434;STB=0.599965;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0114552;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:57:58:58:0.504348:22:36:23:33:22:36:24:33 chr16 89293614 . A G 911.87 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.866;QD=55.2646;RBI=0.020434;REFB=-0.0784388;REVB=-0.0127622;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277643;STB=0.514701;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000139565;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:31:33:2:0:31:33:2:0 chr16 89294184 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.313;QD=57.385;RBI=0.0123423;REFB=0;REVB=0.0122553;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3041e-05;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr16 89294381 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1998;QD=40.7624;RBI=0.046464;REFB=0;REVB=0.042212;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157248;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 89294439 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.918;QD=39.2068;RBI=0.0402029;REFB=0;REVB=-0.0382382;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100073;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 89294511 . C T 214.27 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.762;QD=45.1086;RBI=0.0230354;REFB=-0.148441;REVB=0.010365;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00236193;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:1:0 chr16 89294595 . C T 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00995792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.1;QD=7.71513;RBI=0.0110218;REFB=-0.0060303;REVB=-0.00472439;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967512;STB=0.560318;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0504657;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:14:13:4:6:14:13 chr16 89294697 . C T 564.0 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.465;QD=57.8462;RBI=0.103742;REFB=-0.14627;REVB=0.0876343;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00672047;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:37:38:0.974359:22:15:0:0:23:15:0:1 chr16 89299200 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.318;QD=50.4135;RBI=0.0884255;REFB=0;REVB=0.0821646;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923831;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 89299227 . C T 319.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6366;QD=53.2602;RBI=0.0437268;REFB=0;REVB=0.0191671;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001792;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr16 89299280 . T A 397.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000645029;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.205;QD=56.7257;RBI=0.0294516;REFB=0;REVB=0.0294446;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255966;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 89299890 . A G 142.26 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2091;QD=43.7727;RBI=0.152966;REFB=0;REVB=-0.00427845;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692201;OID=.;OPOS=89299890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:8:4:1:0:8:5:0:0 chr16 89299899 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1322;QD=46.839;RBI=0.194813;REFB=0;REVB=0.191823;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00642694;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr16 89300015 . A G 79.48 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0526071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3426;QD=31.7908;RBI=0.0529903;REFB=-0.041897;REVB=0.00636152;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00507983;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr16 89300147 . A G 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0067;QD=48.728;RBI=0.167318;REFB=0;REVB=0.0418784;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594456;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr16 89345122 . G A 68.13 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0258677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.867;QD=14.3422;RBI=0.0258763;REFB=-0.0540418;REVB=-0.000668208;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265087;STB=0.651894;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0404072;OID=.;OPOS=89345122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:1:9:6:3:1:9 chr16 89345408 . G A 237.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.079543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3622;QD=11.4323;RBI=0.0996954;REFB=0.0131656;REVB=0.0601007;RO=54;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562497;STB=0.532577;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0214318;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:17:12:25:29:17:12:25:29 chr16 89348038 . G C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0101821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.543;QD=20.4855;RBI=0.0128127;REFB=-0.00103851;REVB=0.00777753;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347201;STB=0.695865;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00112057;OID=.;OPOS=89348038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:2:9:5:9:2:9 chr16 89350038 . G A 185.64 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0187126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9737;QD=19.0399;RBI=0.0831148;REFB=-0.0518699;REVB=0.0809809;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304605;STB=0.672841;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0341319;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:7:13:6:13:7:13 chr16 89350178 . G A 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.011865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.373;QD=12.785;RBI=0.0118894;REFB=-0.00887009;REVB=0.000762168;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185229;STB=0.51063;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0131002;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:18:9:15:28:18:9:15:28 chr16 89390650 . G A 50.52 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0579178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.247;QD=8.41968;RBI=0.0586944;REFB=-0.0117912;REVB=0.00951618;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331879;OID=.;OPOS=89390650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:23:24:16:16:7:8:0.333333:3:4:8:8:4:4:8:8 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1130.08 PASS AF=0.0898876,0.831461;AO=8,73;DP=89;FAO=8,74;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=3,33;FSAR=5,41;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00997113,-0.0210688;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=84.1573,242.275;QD=50.7902;RBI=0.0140099,0.0220242;REFB=-0.0256058,-0.0370802;REVB=-0.00984142,0.00641647;RO=8;SAF=3,32;SAR=5,41;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404954,-0.0816105;STB=0.713795,0.535669;STBP=0.131,0.04;TYPE=snp,ins;VARB=0.00226702,0.00228359;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:89:89:8:7:8,73:8,74:0.0898876,0.831461:5,41:3,32:7:1:5,41:3,33:6:1 chr16 89590243 . G A 1497.8 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.236;QD=63.0654;RBI=0.00551913;REFB=0;REVB=0.000679559;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203876;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:57:37:0:0:57:38:0:0 chr16 89652181 . T C 39.47 PASS AF=0.1125;AO=7;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00410698;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.822;QD=1.97367;RBI=0.0159642;REFB=-0.0100025;REVB=0.0154269;RO=70;SAF=4;SAR=3;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583879;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0688073;OID=.;OPOS=89652181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:80:70:71:7:9:0.1125:3:4:40:30:3:6:41:30 chr16 89652183 . A G 34.48 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0241594;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.914;QD=1.79117;RBI=0.0248038;REFB=-0.0129208;REVB=0.0056174;RO=64;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932938;STB=0.624732;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.133998;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:75:77:64:68:9:9:0.116883:3:6:38:26:5:4:40:28 chr16 89652191 . C T 74.93 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0139724;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.806;QD=4.28146;RBI=0.0165143;REFB=-0.0141474;REVB=0.00880304;RO=52;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737505;STB=0.545384;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0578944;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:72:70:52:57:13:13:0.185714:5:8:29:23:5:8:32:25 chr16 89662990 . T C 1047.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578253;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4938;QD=59.8513;RBI=0.066709;REFB=0;REVB=-0.0332614;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000716654;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr16 89712374 . A C 86.33 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0311739;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.539;QD=11.1397;RBI=0.0453871;REFB=-0.0483516;REVB=0.0329876;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568625;STB=0.827003;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0380524;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:19:20:11:11:0.354839:9:2:14:5:9:2:14:6 chr16 89712380 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0152517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.84;QD=12.024;RBI=0.0383741;REFB=-0.00270208;REVB=0.035213;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561931;STB=0.832778;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0131795;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:14:6:10:2:14:6 chr16 89713563 . C G 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0308443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.624;QD=17.2385;RBI=0.0335101;REFB=-0.0186098;REVB=-0.0130979;RO=47;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416465;STB=0.523352;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0173025;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:24:15:20:27:24:15:20:27 chr16 89760652 . C T 466.67 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00706143;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.518;QD=24.8889;RBI=0.0108767;REFB=-0.0325729;REVB=0.00827273;RO=28;SAF=27;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134132;STB=0.581501;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0248909;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:31:44:44:0.586667:17:27:12:16:17:27:13:18 chr16 89760712 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0332053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.77;QD=19.1559;RBI=0.0344255;REFB=-0.0121007;REVB=0.00908442;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230589;STB=0.646314;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0259588;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:5:16:12:10:5:16:12:11 chr16 89763214 . T C 159.97 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000356159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2995;QD=12.0733;RBI=0.00340375;REFB=-0.00870165;REVB=-0.00338507;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111228;STB=0.528274;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0132598;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:33:18:20:0.377358:8:10:15:18:10:10:15:18 chr16 89764549 . G A 89.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00708056;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.978;QD=13.3276;RBI=0.0238757;REFB=-0.0237206;REVB=-0.0228016;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256069;STB=0.618829;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0337025;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:27:18:16:11:11:0.407407:4:7:7:11:4:7:7:9 chr16 89777761 . C T 491.57 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0100765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.33;QD=25.2087;RBI=0.0121884;REFB=-0.0200141;REVB=-0.00685711;RO=32;SAF=24;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864118;STB=0.547254;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0151628;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:22:24:13:19:22:24:13:19 chr16 89782989 . A G 659.85 PASS AF=0.956522;AO=40;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0951665;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.872;QD=57.378;RBI=0.102146;REFB=-0.00747619;REVB=0.0371096;RO=3;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684754;STB=0.520824;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00761845;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:46:3:2:40:44:0.956522:19:21:0:3:23:21:0:2 chr16 89783187 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4406;QD=55.6511;RBI=0.0119276;REFB=0;REVB=0.00769274;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33943e-05;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 89789898 . T C,G 1723.28 PASS AF=0.956897,0.0431034;AO=110,4;DP=114;FAO=111,5;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54,4;FSAR=57,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179772,0.00915023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.3055,140.139;QD=59.4233;RBI=0.00340891,0.0268578;REFB=0,0;REVB=0.00289636,0.025251;RO=0;SAF=53,3;SAR=57,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000432961,0.0702181;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:114:116:0:0:110,4:111,5:0.956897,0.0431034:57,1:53,3:0:0:57,1:54,4:0:0 chr16 89806347 . A T 1338.54 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.208;QD=62.2577;RBI=0.0303994;REFB=0;REVB=0.00815091;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95879e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr16 89836323 . C T 826.28 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01632;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.543;QD=56.0189;RBI=0.0440413;REFB=-0.169709;REVB=0.0409059;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000912188;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:0:1:38:20:0:1 chr16 89845194 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.374;QD=63.2848;RBI=0.0453256;REFB=0;REVB=-0.0088607;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120685;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr16 89849480 . C T 536.22 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0215219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4956;QD=54.9966;RBI=0.0219358;REFB=-0.0880767;REVB=0.00424091;RO=2;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549974;STB=0.529396;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00281272;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:16:21:0:2:16:21:0:2 chr16 89866043 . T C 669.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2778;QD=62.2673;RBI=0.0468561;REFB=0;REVB=0.0441556;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419673;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr16 89927101 . CG CGC,GC 49.3 PASS AF=0.25641,0.0512821;AO=5,2;DP=39;FAO=10,2;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8,2;FSAR=2,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0981739,0.106662;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=15.3518,24.2895;QD=5.05655;RBI=0.148762,0.112077;REFB=-0.0536618,-0.0510105;REVB=-0.111768,-0.0344154;RO=28;SAF=2,2;SAR=3,0;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157493,0.451606;STB=0.752401,0.99487;STBP=0.081,0.169;TYPE=ins,mnp;VARB=0.116867,0.074371;OID=.,.;OPOS=89927103,89927101;OREF=-,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:39:39:28:27:5,2:10,2:0.25641,0.0512821:3,0:2,2:15:13:2,0:8,2:13:14 chr16 89950982 . A G 430.16 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0372695;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.368;QD=22.3461;RBI=0.0373552;REFB=-0.0022049;REVB=-0.00252917;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864646;STB=0.541157;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00237247;OID=.;OPOS=89950982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:35:42:42:0.545455:19:23:15:19:19:23:16:19 chr16 89986154 . G A 418.21 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9597;QD=53.9623;RBI=0.109522;REFB=-0.0885883;REVB=0.0860169;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00328178;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr16 90032296 . T G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0167614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.621;QD=26.3416;RBI=0.0551077;REFB=-0.0187989;REVB=0.0524969;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.512532;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0103924;OID=.;OPOS=90032296;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:5:6:11:8:5:6 chr16 90032555 . C T 315.4 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0513861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.44;QD=25.2318;RBI=0.0545143;REFB=-0.0249878;REVB=-0.0182009;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128741;STB=0.571378;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0292808;OID=.;OPOS=90032555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:9:13:12:16:9:13 chr16 90032557 . G T 278.79 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00214533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5818;QD=21.8657;RBI=0.00975264;REFB=-0.0165761;REVB=0.00951375;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111191;STB=0.561753;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00584925;OID=.;OPOS=90032557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:10:13:12:16:10:13 chr16 90037828 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0219463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9476;QD=19.3859;RBI=0.0247435;REFB=0.00584638;REVB=-0.011428;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449437;STB=0.5111;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00558352;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:9:11:12:8:9:11:12:9 chr16 90038786 . C A 1171.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.394;QD=60.8685;RBI=0.0097522;REFB=0;REVB=0.00886022;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8703e-06;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr16 90095561 . C T 278.08 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0485433;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.441;QD=26.4836;RBI=0.0498847;REFB=-0.0235996;REVB=-0.0114905;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106052;STB=0.559952;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0262179;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:17:24:25:0.595238:14:10:9:7:14:11:10:7 chr16 90096003 . C G 224.13 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0251457;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4645;QD=12.6271;RBI=0.0324734;REFB=-0.0366549;REVB=-0.0205479;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154348;STB=0.582379;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0534723;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:10:17:21:22:10:17:22:22 chr16 90096067 . G A 332.45 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.019833;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.741;QD=13.7094;RBI=0.0281179;REFB=-0.0174379;REVB=0.0199316;RO=57;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137693;STB=0.56888;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0223615;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:60:37:37:0.381443:20:17:19:38:20:17:21:39 chr16 90102835 . A G 507.31 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0162711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.028;QD=15.2573;RBI=0.0169661;REFB=-0.0153655;REVB=-0.00480629;RO=77;SAF=23;SAR=33;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326306;STB=0.518318;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0206533;OID=.;OPOS=90102835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:33:23:34:43:33:23:34:43 chr16 90103087 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0143885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.483;QD=24.3829;RBI=0.0144469;REFB=0.00145341;REVB=-0.00129776;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224963;STB=0.624073;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000693846;OID=.;OPOS=90103087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:4:17:14:12:4:17 chr16 90103117 . G A 221.26 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00174822;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.783;QD=17.3534;RBI=0.00359836;REFB=0.000175874;REVB=-0.00314515;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217493;STB=0.607956;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000509357;OID=.;OPOS=90103117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:13:11:6:20:13:11:7:20 chr16 90109711 . A G 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0827;QD=57.1879;RBI=0.0580751;REFB=0;REVB=-0.0275676;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111303;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 90110027 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0057558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.56;QD=21.9445;RBI=0.0118269;REFB=-0.0097791;REVB=0.0103318;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216578;STB=0.622483;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00895606;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:5:11:5:7:5:11:5:7 chr16 90110284 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0188321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.907;QD=9.13238;RBI=0.0428421;REFB=-0.0059171;REVB=-0.0384812;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431152;STB=0.526264;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00992433;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:8:14:6:4:8:14 chr16 90110289 . C A 71.75 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0150842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.549;QD=9.56636;RBI=0.0151172;REFB=-0.0216542;REVB=-0.000998411;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148306;STB=0.571292;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0504037;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:29:30:19:20:9:10:0.333333:5:4:6:13:6:4:6:14 chr16 90130136 . C T 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00274544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.035;QD=24.0893;RBI=0.00812546;REFB=-0.0149331;REVB=-0.00764759;RO=37;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107826;STB=0.559115;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00912655;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:26:22:22:15:26:22:22:15 chr16 90160238 . C T 35.9 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00515318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.488;QD=6.24298;RBI=0.0344062;REFB=-0.0142545;REVB=-0.0340181;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0420814;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:11:6:4:2:11:6 chr16 90160246 . G A 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00494586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.786;QD=6.24877;RBI=0.0579191;REFB=-0.00106622;REVB=-0.0577075;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00348536;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:11:6:4:2:11:6 chr16 90160793 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0234741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9223;QD=14.0964;RBI=0.0634277;REFB=0.00936202;REVB=0.058924;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326299;STB=0.689811;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0103138;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:4:10:4:7:4:10 chr16 90161034 . C A 91.12 PASS AF=0.233333;AO=13;DP=58;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00144803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.387;QD=6.07471;RBI=0.0240888;REFB=-0.00848875;REVB=-0.0240452;RO=45;SAF=11;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372968;STB=0.679494;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0228603;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:58:60:45:46:13:14:0.233333:2:11:27:18:3:11:27:19 chr16 90161065 . A T 133.1 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00472829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.125;QD=7.82924;RBI=0.0621226;REFB=-0.0105388;REVB=-0.0619424;RO=47;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332531;STB=0.541622;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0370833;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:47:49:19:19:0.279412:6:13:31:16:6:13:31:18 chr16 90161231 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0355173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6787;QD=11.3327;RBI=0.0577948;REFB=-0.00804868;REVB=-0.0455934;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140189;STB=0.583215;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0110331;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:15:12:8:6:15:12 chr16 90161578 . G A 105.54 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0145083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.751;QD=9.38116;RBI=0.0378399;REFB=-0.0669897;REVB=0.034948;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211774;STB=0.599863;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.041822;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:6:7:11:20:7:7:11:20 chr16 90161585 . C A 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0034615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.204;QD=9.41579;RBI=0.0234191;REFB=-0.00699782;REVB=-0.0231619;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103357;STB=0.562412;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0136852;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:14:20:7:7:14:20 chr16 90161590 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000841323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1975;QD=8.63996;RBI=0.0549962;REFB=-0.000487601;REVB=0.0549897;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105495;STB=0.536368;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00419604;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:34:34:12:13:0.276596:6:6:14:20:7:6:14:20 chr16 90161592 . G A 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0172947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9322;QD=7.86293;RBI=0.0214201;REFB=-0.0101107;REVB=-0.0126378;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090061;STB=0.565111;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0319039;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:6:6:14:19:6:6:14:20 chr16 90161751 . A G 175.18 PASS AF=0.182857;AO=33;DP=177;FAO=32;FDP=175;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.00117182;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.589;QD=4.00411;RBI=0.00874554;REFB=0.0018094;REVB=0.00866667;RO=142;SAF=12;SAR=21;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972884;STB=0.55552;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0104358;OID=.;OPOS=90161751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:142:143:33:32:0.182857:21:12:62:80:20:12:63:80 chr16 90232893 . C A 265.81 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.185558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2018;QD=20.0613;RBI=0.194984;REFB=-0.0467664;REVB=0.0598902;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16068;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0436264;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:24:25:25:28:0.528302:11:14:9:15:13:15:10:15 chr17 6115 . G C 625.82 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.026352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.981;QD=52.1516;RBI=0.0424908;REFB=-0.00658215;REVB=0.0333322;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652484;STB=0.534867;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00114337;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:20:23:1:4:20:23:1:4 chr17 6157 . A G 542.6 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000751752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.791;QD=51.6762;RBI=0.0121509;REFB=-0.0298477;REVB=0.0121276;RO=4;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491385;STB=0.526302;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00427335;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:42:42:4:4:38:38:0.904762:18:20:1:3:18:20:1:3 chr17 181474 . T C 1272.8 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0309897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.33;QD=59.2002;RBI=0.031126;REFB=-0.0517337;REVB=-0.00291015;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.500555;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000509943;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:1:2:83:84:0.976744:43:40:1:0:44:40:1:1 chr17 181619 . G A 804.4 PASS AF=0.923077;AO=58;DP=66;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00672949;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.346;QD=49.5016;RBI=0.00794971;REFB=-0.0394218;REVB=-0.00423223;RO=4;SAF=21;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502083;STB=0.533358;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000476747;OID=.;OPOS=181619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:65:4:5:58:60:0.923077:37:21:3:1:37:23:4:1 chr17 424920 . G A 740.53 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0208092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.386;QD=47.7763;RBI=0.0548212;REFB=-0.0269323;REVB=0.0507183;RO=6;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435586;STB=0.523163;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00111551;OID=.;OPOS=424920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:56:56:0.903226:34:22:1:5:34:22:1:5 chr17 526907 . G T 320.11 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0698855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.258;QD=40.014;RBI=0.0703368;REFB=0.00717223;REVB=0.0079549;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127853;STB=0.569325;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00299954;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:12:14:1:5:12:14:1:5 chr17 648186 . G A 457.24 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00624731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.856;QD=45.7235;RBI=0.0870978;REFB=-0.00439657;REVB=0.0868735;RO=6;SAF=23;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311635;STB=0.501677;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000820179;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:11:23:4:2:11:23:4:2 chr17 648498 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.701;QD=56.1903;RBI=0.023218;REFB=0;REVB=-0.0213356;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09497e-05;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 649547 . G C 240.15 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0454242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4907;QD=43.6635;RBI=0.210839;REFB=-0.0219725;REVB=0.205888;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173342;STB=0.509424;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00706897;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:8:12:1:1:8:12:1:1 chr17 649935 . G C 223.07 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.17;QD=49.5704;RBI=0.100017;REFB=0;REVB=0.0980554;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220068;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr17 663489 . G T 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0139339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.534;QD=3.11677;RBI=0.0158422;REFB=-0.00199595;REVB=-0.00753814;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402133;STB=0.80672;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0217512;OID=.;OPOS=663489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:41:44:7:7:0.137255:6:1:18:23:6:1:20:24 chr17 685752 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0380538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8908;QD=5.68905;RBI=0.0722796;REFB=0.0110971;REVB=0.0614512;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.59968;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0261638;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:12:7:3:3:12:7 chr17 704017 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1953;QD=55.0972;RBI=0.0508096;REFB=0;REVB=-0.0154771;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148581;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:3:23:0:0:3:23:0:0 chr17 800106 . C T 78.94 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.232576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.671;QD=28.7067;RBI=0.233344;REFB=-0.0793428;REVB=-0.0189082;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803989;STB=0.63963;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00417567;OID=.;OPOS=800106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:1:2:8:9:0.818182:8:0:1:0:8:1:1:1 chr17 925764 . A G 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.253;QD=63.2764;RBI=0.0328366;REFB=0;REVB=-0.0208282;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12471e-05;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr17 970413 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7608;QD=37.4885;RBI=0.123478;REFB=0;REVB=-0.0249552;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0055853;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 1183354 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7139;QD=53.2767;RBI=0.0920873;REFB=0;REVB=-0.0603619;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00321719;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 1183464 . A G 766.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.617;QD=63.8457;RBI=0.0830115;REFB=0;REVB=-0.0829456;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158317;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr17 1201720 . C CT 112.08 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111914;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.932;QD=40.7554;RBI=0.120166;REFB=0;REVB=-0.0437622;RO=9;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000342202;OID=.;OPOS=1201721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:11:11:0:4:7:0:0:4:9:2:0:2:7 chr17 1201721 . C T 76.51 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.089;QD=25.5017;RBI=0.062559;REFB=-0.0921788;REVB=0.0606633;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236511;STB=0.636032;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00451469;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:2:1:7:2:2:1 chr17 1209747 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.352;QD=42.1826;RBI=0.00940249;REFB=0;REVB=-0.00925409;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318331;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 1371123 . T C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.848;QD=46.8381;RBI=0.0179109;REFB=0;REVB=0.017215;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031691;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 1384066 . A G 495.49 PASS AF=1;AO=26;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217938;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.142;QD=58.2927;RBI=0.0290902;REFB=0;REVB=-0.0192684;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80951e-06;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:26:34:1:15:11:0:0:19:15:0:0 chr17 1384067 . C G 42.19 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0108169;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.0717;QD=4.56065;RBI=0.0266175;REFB=-0.028026;REVB=0.0243205;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119677;STB=0.523742;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0155164;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:30:30:6:7:0.189189:3:3:12:18:4:3:12:18 chr17 1424948 . A G 485.4 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0144958;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=302.363;QD=37.3383;RBI=0.0153881;REFB=-0.00323272;REVB=0.00516381;RO=11;SAF=10;SAR=31;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.556857;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00108786;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:52:11:11:41:41:0.788462:31:10:5:6:31:10:5:6 chr17 1489088 . C G 613.08 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8736;QD=61.3081;RBI=0.0136615;REFB=0;REVB=0.0117108;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67099e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr17 1489215 . G A 423.64 PASS AF=0.75;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0197231;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.83;QD=38.5129;RBI=0.0327298;REFB=-0.0295162;REVB=0.0261197;RO=11;SAF=9;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146398;STB=0.579659;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00499463;OID=.;OPOS=1489215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:11:11:33:33:0.75:24:9:6:5:24:9:6:5 chr17 1516480 . T C 819.1 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.185;QD=56.4898;RBI=0.0661954;REFB=0;REVB=0.0267152;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016852;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:53:58:1:27:26:0:0:30:28:0:0 chr17 1538546 . C T 1239.6 PASS AF=0.976471;AO=79;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126836;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.603;QD=58.3343;RBI=0.0319945;REFB=-0.0780441;REVB=0.029373;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.50129;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00107289;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:1:2:79:83:0.976471:37:42:0:1:37:46:1:1 chr17 1538628 . C G 935.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.745;QD=58.4773;RBI=0.0285887;REFB=0;REVB=-0.0113266;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19744e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr17 1542153 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.451;QD=48.6259;RBI=0.0544866;REFB=-0.000827475;REVB=0.0318068;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000818035;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:1:0:10:12:1:0 chr17 1542190 . G A 234.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120908;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.05;QD=46.8636;RBI=0.0445187;REFB=-0.00887792;REVB=0.0428454;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0010066;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr17 1630208 . C T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0120951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.717;QD=6.01564;RBI=0.0266538;REFB=-0.00408649;REVB=-0.0237514;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.825344;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0367637;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:6:7:0.241379:2:4:5:16:2:5:5:17 chr17 1630395 . T C 42.89 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0169334;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8602;QD=4.76503;RBI=0.0368584;REFB=-0.0083544;REVB=-0.0327384;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282313;STB=0.6905;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0469696;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:14:15:2:5:14:15 chr17 1637074 . A G 637.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488288;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6657;QD=62.1693;RBI=0.0670274;REFB=0;REVB=-0.0668493;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206234;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr17 1637302 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1019;QD=57.5431;RBI=0.0324716;REFB=0;REVB=-0.017656;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276102;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr17 1655924 . T G 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0341921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.71;QD=2.6531;RBI=0.0454386;REFB=0.00456965;REVB=0.029926;RO=59;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268949;STB=0.696943;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0248142;OID=.;OPOS=1655924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:7:2:25:34:7:2:25:34 chr17 1673276 . C T 1057.5 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.059312;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6987;QD=57.1624;RBI=0.087229;REFB=-0.124982;REVB=0.0639608;RO=2;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192957;STB=0.509997;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00534056;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:71:72:0.972973:48:23:0:2:49:23:0:2 chr17 1680002 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0147;QD=45.8044;RBI=0.026309;REFB=0;REVB=0.00612011;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424801;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 1686410 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.349;QD=58.5878;RBI=0.018051;REFB=0;REVB=0.00626624;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34221e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr17 1704296 . C A 110.73 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.043441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4232;QD=26.0535;RBI=0.0436809;REFB=-0.0441768;REVB=0.00457143;RO=5;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467603;STB=0.771344;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0180189;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:1:11:2:3:1:11:2:3 chr17 1731268 . T C 577.87 PASS AF=0.854167;AO=40;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00593383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.541;QD=48.1562;RBI=0.0184688;REFB=-0.0303952;REVB=0.0174897;RO=7;SAF=13;SAR=27;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756055;STB=0.536406;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0051137;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:40:41:0.854167:27:13:4:3:27:14:4:3 chr17 1838107 . G A 39.48 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0288923;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.568;QD=3.03707;RBI=0.0312647;REFB=-0.00417092;REVB=-0.0119463;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211411;STB=0.664252;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0339293;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:52:44:45:7:7:0.134615:5:2:20:24:5:2:21:24 chr17 1839674 . G C 620.91 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0163322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5984;QD=55.1921;RBI=0.0513826;REFB=-0.0592859;REVB=-0.0487179;RO=3;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238127;STB=0.512706;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00323408;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:22:20:2:1:22:20:2:1 chr17 1840357 . G A 558.45 PASS AF=0.930233;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0167271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.064;QD=51.9488;RBI=0.0167274;REFB=0.0374123;REVB=9.89335e-05;RO=2;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334545;STB=0.505077;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000170682;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:42:43:2:3:38:40:0.930233:27:11:0:2:29:11:1:2 chr17 1840468 . C T 1009.27 PASS AF=0.850575;AO=74;DP=87;FAO=74;FDP=87;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0170551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.812;QD=46.403;RBI=0.0256267;REFB=-0.020898;REVB=0.0191273;RO=13;SAF=38;SAR=36;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036181;STB=0.519249;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00446989;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:13:13:74:74:0.850575:36:38:5:8:36:38:5:8 chr17 1943888 . T C 410.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.943;QD=56.6106;RBI=0.06032;REFB=0;REVB=0.0593932;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193841;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr17 1962393 . G GT 166.38 PASS AF=0.809524;AO=3;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.03658;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.3701;QD=31.6914;RBI=0.0961598;REFB=-0.00847072;REVB=0.0889304;RO=19;SAF=1;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55105;STB=0.571351;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.00693818;OID=.;OPOS=1962394;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:3:22:17:21:4:12:5:4:0:20:19:1:2:16:3 chr17 1962394 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00414023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.8729;QD=25.4954;RBI=0.0562744;REFB=-0.0028105;REVB=0.0561218;RO=7;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603092;STB=0.53393;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00255134;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:3:11:5:2:3:11:5:2 chr17 2091765 . C T 80.42 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0214691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.275;QD=4.28892;RBI=0.0260974;REFB=0.000691266;REVB=-0.0148375;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102478;STB=0.506657;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00339443;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:7:7:31:30:7:7:31:30 chr17 2202943 . T C 190.85 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0155137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.462;QD=31.8086;RBI=0.0414675;REFB=-0.0241901;REVB=-0.0384562;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190802;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:9:8:3:3:9:9:3:3 chr17 2203167 . T G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0077816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4873;QD=48.6248;RBI=0.0182012;REFB=-0.0380184;REVB=-0.0164539;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000700675;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:1:0:6:16:1:0 chr17 2203348 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.62;QD=42.1825;RBI=0.00232819;REFB=0;REVB=-0.000587131;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67618e-05;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr17 2203453 . A G 113.88 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6982;QD=41.4118;RBI=0.0961398;REFB=0;REVB=0.000639272;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254264;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:2:6:0:0:2:9:0:0 chr17 2236404 . T C 274.4 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0783185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9432;QD=40.652;RBI=0.0826029;REFB=-0.0104492;REVB=-0.0262573;RO=3;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340136;STB=0.516115;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000327835;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:27:3:4:23:23:0.851852:15:8:1:2:15:8:1:3 chr17 2297571 . G A 150.9 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0938254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7079;QD=28.7427;RBI=0.127414;REFB=-0.0320488;REVB=0.0862043;RO=4;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583806;STB=0.84788;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.019449;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:21:4:6:15:15:0.714286:14:1:4:0:14:1:5:1 chr17 2318550 . G C 592.2 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0445003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1639;QD=56.4001;RBI=0.0513277;REFB=-0.158612;REVB=-0.0255783;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00432061;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:1:1:17:23:1:1 chr17 2595964 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0657104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.53;QD=41.8666;RBI=0.0862205;REFB=-0.0739656;REVB=0.0558222;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00470784;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:0:1:7:8:0:1 chr17 2606715 . G A 1269.89 PASS AF=0.895238;AO=94;DP=105;FAO=94;FDP=105;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00421986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.845;QD=48.3766;RBI=0.00424109;REFB=0.044134;REVB=-0.000423862;RO=11;SAF=43;SAR=51;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000577975;STB=0.500306;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00312032;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:105:11:11:94:94:0.895238:51:43:5:6:51:43:5:6 chr17 2868935 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.196;QD=62.9829;RBI=0.0188942;REFB=0;REVB=0.00387102;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17764e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr17 2884545 . A G 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00499131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.908;QD=3.02622;RBI=0.00677953;REFB=0.00099794;REVB=0.00458789;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17661;STB=0.626675;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00506318;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:26:19:4:3:26:19 chr17 2929392 . G A 265.08 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0251879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.333;QD=34.2037;RBI=0.026651;REFB=-0.0186728;REVB=0.00870889;RO=8;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222222;STB=0.505613;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00369893;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:8:8:22:23:0.741935:10:12:4:4:11:12:4:4 chr17 2929674 . T C 629.31 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00672751;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.403;QD=52.4427;RBI=0.0202274;REFB=-0.0302693;REVB=0.0190758;RO=5;SAF=31;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748029;STB=0.540051;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00424643;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:48:5:5:43:43:0.895833:12:31:2:3:12:31:2:3 chr17 2930339 . G A 251.98 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.785;QD=50.3957;RBI=0.0741731;REFB=0;REVB=-0.0214931;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446773;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:9:11:0:0 chr17 2940759 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.658;QD=62.0217;RBI=0.0319606;REFB=0;REVB=-0.0208805;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2635e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr17 2966032 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0631619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3875;QD=21.842;RBI=0.0668253;REFB=0.00386646;REVB=0.0218219;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00519473;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:1:1:1:5:1:1 chr17 3100827 . T C 631.23 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0106027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.666;QD=53.7218;RBI=0.0146013;REFB=-0.00526555;REVB=0.010039;RO=4;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494577;STB=0.526408;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0008752;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:19:24:1:3:19:24:1:3 chr17 3101076 . G C 340.32 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.047;QD=48.6174;RBI=0.0136626;REFB=-0.0236833;REVB=0.00806177;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.524981;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000116217;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:19:7:0:1:19:7:0:2 chr17 3101578 . G T 459.92 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00532254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.687;QD=34.711;RBI=0.00923443;REFB=-0.0196349;REVB=-0.00754621;RO=13;SAF=15;SAR=25;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147419;STB=0.57967;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00544793;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:25:15:9:4:25:15:9:4 chr17 3101691 . G T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00990535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.269;QD=27.1542;RBI=0.0128955;REFB=0.000818896;REVB=-0.00825698;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000413877;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:4:2:8:6:4:2 chr17 3119767 . C T 72.86 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0203625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2042;QD=4.77772;RBI=0.0302155;REFB=0.0088982;REVB=0.0223237;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911969;STB=0.558645;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.043402;OID=.;OPOS=3119767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:5:7:32:17:5:7:32:17 chr17 3181384 . C T 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0060186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.656;QD=36.3121;RBI=0.00627883;REFB=-0.00017724;REVB=-0.00178892;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152414;STB=0.583245;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=5.55411e-05;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:4:0:8:10:4:0 chr17 3181555 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0197474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.244;QD=7.62825;RBI=0.0286373;REFB=-0.023512;REVB=-0.0207397;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114205;STB=0.571254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0327473;OID=.;OPOS=3181555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:12:8:4:4:12:8 chr17 3195503 . C T 559.29 PASS AF=0.821429;AO=45;DP=55;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00391935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.295;QD=39.9494;RBI=0.019775;REFB=-0.0271228;REVB=0.0193827;RO=10;SAF=20;SAR=25;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190114;STB=0.511806;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00600663;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:55:56:10:10:45:46:0.821429:25:20:5:5:26:20:5:5 chr17 3214181 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.778;QD=49.5992;RBI=0.0267331;REFB=0;REVB=0.0254651;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028484;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 3301549 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.846;QD=51.1844;RBI=0.0509779;REFB=0;REVB=0.0428284;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382826;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 3337057 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0819;QD=55.6518;RBI=0.0947773;REFB=0;REVB=-0.0244449;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149439;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 3422032 . G A 583.08 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00128743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.125;QD=49.6236;RBI=0.0100528;REFB=-0.0270007;REVB=0.00997003;RO=6;SAF=15;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340863;STB=0.518263;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00315503;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:26:15:3:3:26:15:3:3 chr17 3436080 . C T 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00514856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7187;QD=51.5069;RBI=0.015129;REFB=0.0862012;REVB=-0.014226;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0042251;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr17 3446884 . CT C,CC 201.47 PASS AF=0.28,0.48;AO=6,12;DP=24;FAO=7,12;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=7,4;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0224161,0.0257802;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.247,259.928;QD=32.2358;RBI=0.0317117,0.031749;REFB=-0.0147415,-0.0203092;REVB=0.022431,0.0185306;RO=6;SAF=6,4;SAR=0,8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.740222,-0.203483;STB=0.997566,0.615187;STBP=0.067,0.184;TYPE=del,snp;VARB=0.00256054,0.00481214;OID=.,.;OPOS=3446885,3446885;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.28,0.48:6,12:24:7,12:25:6:7,4:0,8:4:2:43:6:6,4:0,8:4:2 chr17 3458072 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00890285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.033;QD=52.7695;RBI=0.0181906;REFB=-0.0490252;REVB=0.0158631;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000553719;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:9:19:0:0:9:19:1:0 chr17 3486702 . G A 220.16 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0196115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.02;QD=41.935;RBI=0.0295969;REFB=-0.0243441;REVB=0.0221668;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.535678;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00054789;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:21:1:2:18:19:0.904762:12:6:0:1:13:6:0:2 chr17 3493200 . C G 563.3 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.43;QD=57.7743;RBI=0.0230263;REFB=-0.0393166;REVB=0.00973521;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000368763;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chr17 3494361 . G A 714.96 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.657;QD=60.8477;RBI=0.0453399;REFB=0.0127847;REVB=0.0197318;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000186802;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr17 3514028 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1031;QD=54.5145;RBI=0.0195524;REFB=0;REVB=-0.0049181;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444787;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr17 3526637 . C T 497.93 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00102589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.648;QD=48.5786;RBI=0.0267558;REFB=-0.0595882;REVB=0.0267362;RO=5;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819471;STB=0.543836;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00749158;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:26:10:0:5:26:10:0:5 chr17 3553526 . A G 279.54 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.963;QD=48.6162;RBI=0.0310713;REFB=0.00796997;REVB=0.0235083;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00134606;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr17 3561396 . C T 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0157714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.506;QD=57.9949;RBI=0.0236488;REFB=-0.0468071;REVB=0.0176217;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566436;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000560806;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:25:19:1:1:25:19:1:1 chr17 3563220 . CG C 30.28 PASS AF=0.3;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.107063;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.8055;QD=6.05634;RBI=0.113094;REFB=0.0535484;REVB=0.0364367;RO=14;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161868;STB=0.709008;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=-0.0643444;OID=.;OPOS=3563221;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:4:19:6:20:14:2:4:9:5:30:14:2:2:9:5 chr17 3563963 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.696;QD=53.2769;RBI=0.0705467;REFB=0;REVB=-0.0649615;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231192;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 3564400 . TT AG,TG 489.04 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746146,-0.0286735;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=93.6414,122.712;QD=57.5345;RBI=0.0799764,0.0297573;REFB=0,0;REVB=0.0287905,0.00795819;RO=0;SAF=21,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000528617,0.0907105;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:0:0:31,3:31,3:0.911765,0.0882353:10,1:21,2:0:0:10,1:21,2:0:0 chr17 3568012 . A G 535.85 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.353;QD=59.5386;RBI=0.0528842;REFB=0;REVB=0.0197941;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193444;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:18:18:0:0 chr17 3572790 . ACT AC,GAC 56.3 PASS AF=0.46875,0;AO=8,2;DP=33;FAO=15,0;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0795317,0.0267645;FXX=0.0302939;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=10.8318,15.1025;QD=7.03742;RBI=0.0971605,0.0407969;REFB=-0.0686991,-0.0231536;REVB=-0.055811,-0.0307904;RO=14;SAF=8,2;SAR=0,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.597828,0.5;STBP=0.581,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.100754,0;OID=.,.;OPOS=3572792,3572790;OREF=T,ACT;OALT=-,GAC;OMAPALT=AC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:33:32:14:17:8,2:15,0:0.46875,0:0,0:8,2:14:0:2,0:13,0:16:1 chr17 3594276 . TG T 187.23 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.166133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0243;QD=32.562;RBI=0.243824;REFB=0;REVB=-0.178465;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0137328;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:22:23:23:0:10:13:0:0:3:0:9:10:0:0 chr17 3629698 . A G 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.004948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.004;QD=5.17475;RBI=0.0301596;REFB=-0.00398237;REVB=0.029751;RO=44;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353098;STB=0.734933;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0340067;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:9:2:19:25:9:2:19:25 chr17 3649214 . G A 518.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5015;QD=59.2696;RBI=0.0177274;REFB=0;REVB=0.00458202;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377126;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 3657159 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.04;QD=56.9565;RBI=0.00857787;REFB=0;REVB=0.00189482;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04917e-05;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr17 3657175 . T C 740.79 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864455;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.737;QD=56.984;RBI=0.0086481;REFB=0;REVB=0.000247705;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60586e-06;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:23:29:0:0 chr17 3775848 . T C 64.56 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0205773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.235;QD=5.37963;RBI=0.0255151;REFB=-0.0108601;REVB=-0.0150862;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131381;STB=0.541584;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0419831;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:47:48:38:38:9:10:0.208333:4:5:17:21:5:5:17:21 chr17 3775916 . T C 47.47 PASS AF=0.155556;AO=4;DP=40;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00499373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4431;QD=4.21982;RBI=0.0578807;REFB=-0.00420383;REVB=-0.0576649;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302208;STB=0.675159;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.033394;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:45:24:37:4:7:0.155556:2:2:18:6:5:2:18:19 chr17 3818788 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.625;QD=48.626;RBI=0.05176;REFB=-0.0439165;REVB=0.0208993;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00207979;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr17 3818830 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7699;QD=55.0983;RBI=0.0659833;REFB=0;REVB=-0.0625953;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192392;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 3819002 . T C 328.77 PASS AF=0.866667;AO=22;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0266234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.676;QD=43.8361;RBI=0.0445513;REFB=-0.0214627;REVB=0.0357213;RO=4;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834923;STB=0.550225;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00277715;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:22:26:0.866667:12:10:3:1:16:10:3:1 chr17 3828086 . C G 501.91 PASS AF=0.76;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0989974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6644;QD=40.153;RBI=0.101214;REFB=-0.0708424;REVB=0.0210643;RO=11;SAF=21;SAR=17;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787589;STB=0.532752;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0234652;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:49:50:11:12:38:38:0.76:17:21:4:7:17:21:5:7 chr17 3828702 . T C 376.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.571;QD=55.7187;RBI=0.0603414;REFB=0;REVB=-0.0098538;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148643;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr17 3909383 . G C 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0329276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.795;QD=2.56861;RBI=0.0366023;REFB=-0.00738409;REVB=-0.0159845;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293546;STB=0.717261;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0521814;OID=.;OPOS=3909383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:26:18:4:2:26:18 chr17 3909404 . C A 30.4 PASS AF=0.113208;AO=5;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00239603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5958;QD=2.29429;RBI=0.0045055;REFB=0.0020271;REVB=-0.00381557;RO=47;SAF=2;SAR=3;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214681;STB=0.584631;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0114289;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:53:47:47:5:6:0.113208:3:2:28:19:3:3:28:19 chr17 3947533 . G A 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0124711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.181;QD=3.14452;RBI=0.0168905;REFB=6.9047e-05;REVB=0.0113913;RO=67;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205247;STB=0.514015;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.000419325;OID=.;OPOS=3947533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:7:5:29:38:7:5:29:38 chr17 3947644 . T C 65.83 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0667356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4616;QD=3.70864;RBI=0.0667357;REFB=-0.0152236;REVB=-0.000121672;RO=58;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26977;STB=0.684882;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0644421;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:70:71:58:59:12:12:0.169014:8:4:32:26:8:4:33:26 chr17 3966064 . A G 54.85 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0075004;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.75;QD=4.06329;RBI=0.010072;REFB=-0.000381421;REVB=-0.00672223;RO=46;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38963;STB=0.785358;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00374535;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:46:45:9:9:0.166667:1:8:30:16:1:8:29:16 chr17 3979982 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0321697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.714;QD=5.68921;RBI=0.0385612;REFB=0.00200628;REVB=-0.0212621;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224955;STB=0.648148;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0121777;OID=.;OPOS=3979982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:9:10:2:4:9:10 chr17 4058041 . C T 474.81 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0927339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.681;QD=46.3228;RBI=0.13192;REFB=0.0190725;REVB=0.0938259;RO=6;SAF=24;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475408;STB=0.525521;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000131608;OID=.;OPOS=4058041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:11:24:5:1:11:24:5:1 chr17 4088291 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.31;QD=53.2771;RBI=0.0562896;REFB=0;REVB=0.0219693;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474679;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr17 4446457 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.62;QD=51.9167;RBI=0.0293419;REFB=0;REVB=0.019201;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154187;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 4448133 . G A 1395.55 PASS AF=0.925926;AO=99;DP=108;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00647082;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.907;QD=51.6869;RBI=0.0723369;REFB=-0.0208449;REVB=0.0720469;RO=8;SAF=57;SAR=42;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253299;STB=0.513649;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00218118;OID=.;OPOS=4448133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:108:108:8:8:99:100:0.925926:42:57:6:2:43:57:6:2 chr17 4451453 . C T 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0381975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.086;QD=3.15221;RBI=0.0382015;REFB=-0.0173912;REVB=-0.00055413;RO=56;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450776;STB=0.80413;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0638449;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:56:57:10:10:0.149254:8:2:32:24:8:2:32:25 chr17 4455500 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.055;QD=59.4352;RBI=0.007707;REFB=0;REVB=0.00743686;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16735e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr17 4463023 . G A 918.73 PASS AF=0.85;AO=66;DP=80;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0319464;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.033;QD=45.9364;RBI=0.0545449;REFB=-0.083337;REVB=0.0442106;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.556476;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00192009;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:0:12:66:68:0.85:35:31:0:0:37:31:10:2 chr17 4463796 . G A 34.5 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.00512586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.902;QD=4.31239;RBI=0.00817658;REFB=-0.00145056;REVB=-0.00637041;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112434;STB=0.519168;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460671;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:25:26:6:6:0.1875:5:1:3:22:5:1:4:22 chr17 4495740 . G A 411.8 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0272462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.802;QD=48.4464;RBI=0.104696;REFB=-0.083099;REVB=0.101089;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354941;STB=0.519072;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00760299;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:31:31:0.911765:17:14:2:1:17:14:2:1 chr17 4497160 . T C 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0243782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8456;QD=33.8152;RBI=0.0442705;REFB=0.0089591;REVB=0.0369537;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.599859;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=6.17568e-05;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:6:8:0:3:6:8:0:3 chr17 4545580 . G GT 347.0 PASS AF=1;AO=5;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185556;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.1379;QD=49.5719;RBI=0.18558;REFB=0;REVB=0.00297476;RO=23;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00188725;OID=.;OPOS=4545581;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:29:28:28:0:18:10:0:0:4:23:5:0:13:10 chr17 4545581 . C T 274.88 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.155214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.464;QD=39.268;RBI=0.155214;REFB=-0.227796;REVB=-0.000106879;RO=5;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158626;STB=0.580578;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0126466;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:27:28:5:5:22:23:0.821429:10:12:5:0:10:13:5:0 chr17 4575283 . A G 205.49 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000961601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.905;QD=48.3506;RBI=0.000974759;REFB=0;REVB=0.000159625;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47726e-06;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr17 4620497 . C T 365.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7479;QD=52.1438;RBI=0.083968;REFB=-0.00137981;REVB=0.0658852;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00312768;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr17 4622638 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.791;QD=52.77;RBI=0.028356;REFB=-0.12552;REVB=-0.0220101;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00192529;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:1:0:11:17:1:0 chr17 4637886 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.575;QD=57.2025;RBI=0.0209312;REFB=0;REVB=0.0105078;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23022e-05;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 4638484 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.587;QD=60.2307;RBI=0.0176605;REFB=0;REVB=0.0109718;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25997e-05;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr17 4638563 . G A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000686927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0333;QD=57.174;RBI=0.0325152;REFB=0;REVB=-0.0325079;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129655;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr17 4638737 . A G 463.69 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00603803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.95;QD=52.9936;RBI=0.00939181;REFB=-0.015881;REVB=0.00719363;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.506325;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000165651;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:13:20:0:1:13:20:1:1 chr17 4641755 . C T 741.01 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00897874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.516;QD=54.8899;RBI=0.0184392;REFB=-0.132946;REVB=0.0161055;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=4.77538e-05;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr17 4693054 . G A 184.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0158698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.757;QD=26.3977;RBI=0.0196906;REFB=-0.0138442;REVB=0.0116563;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.610988;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0162885;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:0:10:18:18:0.642857:7:11:0:0:7:11:3:7 chr17 4693170 . T C 113.6 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7789;QD=41.3072;RBI=0.0841519;REFB=0;REVB=0.0835961;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257438;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr17 4701402 . C T 420.71 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0177696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.965;QD=49.4951;RBI=0.0187798;REFB=-0.0242143;REVB=-0.00607644;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000978977;OID=.;OPOS=4701402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:18:13:0:3:18:13:0:3 chr17 4712395 . A T 101.76 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.379;QD=40.7046;RBI=0.0179165;REFB=0;REVB=-0.0128781;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17385e-06;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr17 4801286 . C T 124.93 PASS AF=0.684211;AO=14;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0.049975;HRUN=8;LEN=1;MLLD=237.77;QD=26.301;RBI=0.00765607;REFB=-0.114027;REVB=0.00765607;RO=5;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142113;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:19:5:6:14:13:0.684211:14:0:0:5:13:0:0:6 chr17 4801288 . A C 165.05 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.78;QD=33.0108;RBI=0.00925279;REFB=-0.0181103;REVB=0.00925279;RO=4;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432188;OID=.;OPOS=4801288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:20:20:4:4:13:13:0.65:13:0:0:4:13:0:0:4 chr17 4845707 . T C 215.21 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0704706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.201;QD=40.9918;RBI=0.0722625;REFB=-0.00904137;REVB=0.0159927;RO=2;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574158;STB=0.529382;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00113854;OID=.;OPOS=4845707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:21:2:2:18:19:0.904762:15:3:0:2:16:3:0:2 chr17 4856376 . A G 295.43 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0226838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3429;QD=42.2045;RBI=0.0365343;REFB=-0.00168337;REVB=0.0286391;RO=4;SAF=18;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835028;STB=0.545415;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000837224;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:6:18:2:2:6:18:2:2 chr17 4856580 . T C 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00902291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.136;QD=42.7084;RBI=0.0344321;REFB=0.0120611;REVB=-0.0332288;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575091;STB=0.531218;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00291569;OID=.;OPOS=4856580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:4:15:2:0:4:15:2:0 chr17 4863410 . A G 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6507;QD=40.6378;RBI=0.0899451;REFB=-0.0108257;REVB=-0.0774804;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0001729;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr17 4875566 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.29;QD=28.6826;RBI=0.0546294;REFB=-0.0083362;REVB=0.0515379;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00302555;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:1:1:5:4:1:1 chr17 4926882 . A G 1486.77 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814331;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.518;QD=63.947;RBI=0.0185267;REFB=0;REVB=0.016641;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66007e-05;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr17 4936972 . G A 300.18 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00917043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.972;QD=37.523;RBI=0.0167712;REFB=-0.0201377;REVB=0.0140419;RO=7;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284146;STB=0.501547;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00635716;OID=.;OPOS=4936972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:7:18:5:2:7:18:5:2 chr17 4937575 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.118;QD=53.2771;RBI=0.0161516;REFB=0;REVB=0.00942064;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74474e-05;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 4996915 . AC A 115.59 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7221;QD=42.0333;RBI=0.0643412;REFB=0;REVB=0.0354157;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00248204;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:6:5:0:0:4:0:6:5:0:0 chr17 4997787 . A G 435.91 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00501763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.687;QD=54.4885;RBI=0.00983751;REFB=-0.0783723;REVB=0.00846168;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000323213;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:12:19:0:0:12:19:1:0 chr17 4998030 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9352;QD=44.6884;RBI=0.051716;REFB=0;REVB=0.0488201;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018348;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 4998586 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.947;QD=51.9167;RBI=0.0258858;REFB=0;REVB=-0.00331699;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206855;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 4998852 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.291;QD=50.413;RBI=0.0405936;REFB=0;REVB=-0.031537;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45342e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 5036210 . TC GT 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0154084;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=121.55;QD=2.64356;RBI=0.0161457;REFB=-0.00706085;REVB=-0.00482335;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180658;STB=0.632243;STBP=0.584;TYPE=mnp;VARB=0.039765;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:15:28:3:3:15:28 chr17 5036214 . C T 33.99 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0233366;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.699;QD=2.77477;RBI=0.0235554;REFB=1.61668e-05;REVB=0.00320302;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180658;STB=0.632243;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00120319;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:15:28:3:3:15:28 chr17 5036224 . C G 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0112059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.264;QD=4.10168;RBI=0.013192;REFB=-0.0016024;REVB=-0.00696117;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344528;STB=0.717327;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0191279;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:3:5:13:26:3:5:14:26 chr17 5036274 . C A 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00465661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.768;QD=7.12423;RBI=0.0164153;REFB=-0.00377398;REVB=-0.015741;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398007;STB=0.735712;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0145009;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:4:10:15:25:4:10:16:25 chr17 5036281 . G C 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0420517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.418;QD=8.11353;RBI=0.0422886;REFB=-0.00446246;REVB=0.00447035;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401983;STB=0.744345;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0196593;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:4:10:14:24:4:10:14:24 chr17 5058808 . G A 1301.53 PASS AF=0.89899;AO=89;DP=100;FAO=89;FDP=99;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0188752;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.393;QD=52.5872;RBI=0.0190004;REFB=-0.0184335;REVB=-0.00217694;RO=10;SAF=46;SAR=43;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603508;STB=0.531966;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00203303;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:99:10:10:89:89:0.89899:43:46:2:8:43:46:2:8 chr17 5072316 . C T 214.04 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.146798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2527;QD=45.0604;RBI=0.146863;REFB=-0.134301;REVB=0.0043614;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0312229;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr17 5084763 . G A 367.29 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5138;QD=54.413;RBI=0.0307392;REFB=0;REVB=0.00574181;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74152e-05;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr17 5085893 . C T 393.28 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0096426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1255;QD=39.3282;RBI=0.0630278;REFB=-0.00882447;REVB=0.0622858;RO=7;SAF=11;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027188;STB=0.521725;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0100822;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:40:7:9:31:31:0.775:20:11:3:4:20:11:4:5 chr17 5087040 . A G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2278;QD=50.8357;RBI=0.070609;REFB=-0.0185519;REVB=0.0199101;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00215238;OID=.;OPOS=5087040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:0:1:10:15:0:1 chr17 5126674 . A G 161.6 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.984;QD=43.0933;RBI=0.0170015;REFB=0;REVB=0.00616267;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159077;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:6:9:0:0 chr17 5126689 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0123134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.558;QD=35.4872;RBI=0.0146111;REFB=-0.0173569;REVB=-0.00786552;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112976;STB=0.562406;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00362736;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:6:7:2:0:6:7:2:0 chr17 5280440 . T C 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5565;QD=57.187;RBI=0.0676432;REFB=0;REVB=0.0655788;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177637;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:4:26:0:0:4:26:0:0 chr17 5284698 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.6;QD=55.656;RBI=0.017834;REFB=0;REVB=0.0122509;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71477e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 5284719 . T C 398.53 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125313;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.544;QD=56.9324;RBI=0.0836568;REFB=0;REVB=0.0827129;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010466;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 5284770 . G A 313.1 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.682;QD=52.1836;RBI=0.0344325;REFB=0;REVB=-0.0088098;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29627e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr17 5287297 . AG A 333.93 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.16619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.6625;QD=46.059;RBI=0.207555;REFB=0;REVB=-0.124337;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0119085;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:13:16:0:0:6:0:13:15:0:0 chr17 5288760 . A G,T 544.33 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074338,0.03871;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.732,73.3615;QD=58.8466;RBI=0.0743995,0.0457192;REFB=0,0;REVB=0.00302219,-0.0243265;RO=0;SAF=12,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00136967,0.147636;OID=.,.;OPOS=5288760,5288760;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:23,1:12,1:0:0:23,1:12,1:0:0 chr17 5288769 . CA C 544.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.972;QD=58.8855;RBI=0.024628;REFB=0;REVB=0.00600119;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000130055;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:15:22:0:0:4:0:15:22:0:0 chr17 5288794 . G C 562.04 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180036;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3722;QD=60.7609;RBI=0.032238;REFB=0;REVB=-0.0267425;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029002;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 5289580 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.386;QD=63.2867;RBI=0.0516698;REFB=0;REVB=0.0191887;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268586;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr17 5290033 . T C 500.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7333;QD=58.9322;RBI=0.0914308;REFB=0;REVB=0.0547436;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325578;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr17 5290703 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.704;QD=58.6005;RBI=0.0108771;REFB=0;REVB=-0.00178056;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36711e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr17 5294976 . T A 433.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636724;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.832;QD=57.8553;RBI=0.0137927;REFB=0;REVB=-0.0122351;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424772;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 5308377 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.216;QD=63.2868;RBI=0.0289615;REFB=0;REVB=0.0281275;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90904e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr17 5326089 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.982;QD=58.5878;RBI=0.0129779;REFB=0;REVB=0.0129248;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86331e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr17 5326145 . C G 382.97 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.255;QD=54.7105;RBI=0.0390809;REFB=0;REVB=-0.0250935;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139192;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:10:18:0:0 chr17 5326162 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.687;QD=54.5171;RBI=0.029341;REFB=0;REVB=0.0226369;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58695e-05;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 5328633 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.952;QD=42.1819;RBI=0.029022;REFB=0;REVB=0.0175801;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037769;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 5328661 . T C 39.94 PASS AF=0.714286;AO=2;DP=5;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00413609;FXX=0.221976;HRUN=14;LEN=1;MLLD=211.978;QD=22.8223;RBI=0.0224443;REFB=-0.0575059;REVB=-0.0220599;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00176315;OID=.;OPOS=5328661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:5:7:0:2:2:5:0.714286:1:1:0:0:3:2:1:1 chr17 5334873 . GA G 246.5 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0778263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.3905;QD=49.2999;RBI=0.0819988;REFB=0;REVB=-0.0258239;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00750503;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:5:15:0:0:4:0:5:14:0:0 chr17 5347576 . G A 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4078;QD=63.8622;RBI=0.0289368;REFB=0;REVB=0.0283482;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369667;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr17 5487164 . C G 1898.21 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0370451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3504;QD=60.7426;RBI=0.0419956;REFB=-0.121863;REVB=0.019781;RO=1;SAF=58;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812134;STB=0.504273;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000710647;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:66:58:1:0:66:58:1:0 chr17 5991344 . C T 397.25 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507627;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=56.7499;RBI=0.0489657;REFB=0;REVB=0.0487019;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265023;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 6014176 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.298;QD=62.9822;RBI=0.0603257;REFB=0;REVB=-0.0248532;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177615;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr17 6110583 . C A 210.87 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00275924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.519;QD=44.3933;RBI=0.0141542;REFB=-0.00818889;REVB=0.0138827;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00157889;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:16:17:0.894737:6:10:0:1:6:11:0:1 chr17 6353679 . A C 445.48 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=354.349;QD=52.4089;RBI=0.0493203;REFB=-0.0241663;REVB=0.040718;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321576;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000673912;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:31:32:0.941176:14:17:0:1:14:18:1:1 chr17 6364753 . A G 801.13 PASS AF=1;AO=30;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.506;QD=57.2232;RBI=0.0650363;REFB=0;REVB=-0.030214;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97825e-05;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:30:56:1:21:9:0:0:23:33:0:0 chr17 6381939 . G A 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0162356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.7;QD=37.5264;RBI=0.0169459;REFB=0.0104144;REVB=0.00485476;RO=7;SAF=19;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976515;STB=0.553353;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00218769;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:6:19:4:3:6:19:4:3 chr17 6483046 . T C 539.98 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0146626;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.909;QD=50.2302;RBI=0.0269974;REFB=-0.0188768;REVB=-0.0226687;RO=5;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607786;STB=0.532606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00370866;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:44:43:5:5:38:38:0.883721:25:13:3:2:25:13:3:2 chr17 6493198 . T C 1362.62 PASS AF=0.909091;AO=98;DP=110;FAO=100;FDP=110;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00318367;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3462;QD=49.5499;RBI=0.00953808;REFB=-0.0105776;REVB=-0.00899106;RO=10;SAF=43;SAR=55;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461155;STB=0.52384;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00237375;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:10:10:98:100:0.909091:55:43:7:3:56:44:7:3 chr17 6511781 . A G 663.13 PASS AF=0.9;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00513631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.64;QD=53.0506;RBI=0.0063153;REFB=-0.0172334;REVB=-0.00367442;RO=5;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416532;STB=0.522926;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00197397;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:49:50:5:5:44:45:0.9:26:18:1:4:26:19:1:4 chr17 6513329 . G A 546.33 PASS AF=0.8;AO=40;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0173679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.3;QD=43.7062;RBI=0.017422;REFB=0.00995216;REVB=0.00137193;RO=9;SAF=30;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371393;STB=0.538442;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00174689;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:9:10:40:40:0.8:10:30:6:3:10:30:6:4 chr17 6515387 . A G 550.83 PASS AF=0.833333;AO=44;DP=53;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0320762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.165;QD=40.8021;RBI=0.0324936;REFB=-0.0478088;REVB=-0.00519141;RO=9;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117861;STB=0.563881;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00823714;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:54:9:9:44:45:0.833333:18:26:2:7:18:27:2:7 chr17 6515454 . C T 382.7 PASS AF=0.9375;AO=26;DP=28;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00108339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.177;QD=47.838;RBI=0.0399587;REFB=-0.105074;REVB=0.039944;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0069262;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:32:1:2:26:30:0.9375:8:18:0:1:12:18:0:2 chr17 6524298 . T A 345.73 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00174468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.619;QD=44.6106;RBI=0.0128156;REFB=-0.0322054;REVB=-0.0126962;RO=4;SAF=8;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184371;STB=0.599922;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00297397;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:19:8:4:0:19:8:4:0 chr17 6531648 . A G 1320.39 PASS AF=0.927083;AO=89;DP=96;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0384483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.216;QD=55.0163;RBI=0.042489;REFB=-0.00447451;REVB=-0.0180842;RO=7;SAF=50;SAR=39;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185986;STB=0.509839;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000266324;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:96:96:7:7:89:89:0.927083:39:50:3:4:39:50:3:4 chr17 6555544 . CGCGGC CGCGGG,CGCGGGC,GCGGGC 488.64 PASS AF=0,0.933333,0;AO=2,30,3;DP=45;FAO=0,42,0;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=0,23,0;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0919201,0.176519,0.119196;FXX=0;HRUN=2,2,4;LEN=1,1,3;MLLD=7.69512,19.291,8.71543;QD=43.4349;RBI=0.139816,0.287659,0.173756;REFB=-0.0640398,-0.0248431,-0.0271387;REVB=0.105353,0.227131,0.126426;RO=7;SAF=1,19,1;SAR=1,11,2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.639247,0.22291,0.535261;STB=0.5,0.536568,0.5;STBP=1,0.087,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0,0.0422028,0;OID=.,.,.;OPOS=6555549,6555547,6555544;OREF=C,-,CGC;OALT=G,G,GCG;OMAPALT=CGCGGG,CGCGGGC,GCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:8:45:45:7:3:2,30,3:0,42,0:0,0.933333,0:1,11,2:1,19,1:0:7:0,19,0:0,23,0:0:3 chr17 6556022 . A G 762.44 PASS AF=0.878788;AO=54;DP=63;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.018556;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.054;QD=46.2083;RBI=0.0241486;REFB=0.0105831;REVB=0.0154542;RO=8;SAF=34;SAR=20;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648487;STB=0.534872;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000181346;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:63:66:8:8:54:58:0.878788:20:34:7:1:23:35:7:1 chr17 6556191 . TCTT GAAG,TCTTAGAAG 408.43 PASS AF=0.0588235,0.666667;AO=3,33;DP=52;FAO=3,34;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=3,10;FSAR=0,24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.023136,-0.0224343;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=201.816,242.669;QD=32.0334;RBI=0.023462,0.0248708;REFB=-0.0228823,-0.0141662;REVB=0.0038979,0.010736;RO=13;SAF=3,10;SAR=0,23;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.64472,-0.0933772;STB=0.996095,0.568203;STBP=0.076,0.174;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0270661,0.00496361;OID=.,.;OPOS=6556191,6556195;OREF=TCTT,-;OALT=GAAG,AGAAG;OMAPALT=GAAG,TCTTAGAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:51:13:14:3,33:3,34:0.0588235,0.666667:0,23:3,10:6:7:0,24:3,10:7:7 chr17 6556326 . G A 501.07 PASS AF=0.897436;AO=30;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00568903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.578;QD=51.3922;RBI=0.0126221;REFB=-0.0210055;REVB=0.0112674;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536801;STB=0.521727;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00151679;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:39:3:3:30:35:0.897436:11:19:1:2:14:21:1:2 chr17 6556538 . G C 701.64 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0175343;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.028;QD=48.389;RBI=0.017554;REFB=-0.0515164;REVB=0.000831093;RO=5;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116549;STB=0.506203;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00466416;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:58:5:5:53:53:0.913793:28:25:2:3:28:25:2:3 chr17 6556541 . A T 685.13 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0299579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.102;QD=45.6751;RBI=0.0314227;REFB=-0.0595823;REVB=0.00948227;RO=7;SAF=25;SAR=28;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947076;STB=0.505049;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00809516;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:53:53:0.883333:28:25:3:4:28:25:3:4 chr17 6558768 . C T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1887;QD=43.0142;RBI=0.0205184;REFB=0.00309471;REVB=0.0158158;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000836637;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:1:0:3:13:1:0 chr17 6607435 . G A 230.66 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0172067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.944;QD=38.4438;RBI=0.0179824;REFB=-0.026412;REVB=-0.00522442;RO=3;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995917;STB=0.583246;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00532596;OID=.;OPOS=6607435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:24:3:4:20:20:0.833333:14:6:2:1:14:6:3:1 chr17 6683215 . C T 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.556;QD=41.87;RBI=0.0560586;REFB=-0.154808;REVB=0.0237724;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0181394;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr17 6904934 . A G 319.77 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0258991;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.569;QD=38.76;RBI=0.0401259;REFB=-0.0516436;REVB=0.0306484;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07083;STB=0.523346;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0104004;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:33:6:7:26:26:0.787879:12:14:2:4:12:14:3:4 chr17 6915928 . G GC 37.53 PASS AF=0.220339;AO=14;DP=60;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0428097;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.1379;QD=2.5442;RBI=0.151871;REFB=-0.0402562;REVB=-0.145713;RO=45;SAF=12;SAR=2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41683;STB=0.765359;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.0575597;OID=.;OPOS=6915929;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:14:60:13:59:46:11:2:26:20:37:45:12:2:26:19 chr17 6919092 . G GC 85.22 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819142;FXX=0.3998;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.323;QD=28.4064;RBI=0.0709782;REFB=0;REVB=0.0705039;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00747772;OID=.;OPOS=6919093;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:12:12:0:3:9:0:0:3:18:0:2:10:8 chr17 6919093 . T A,C 247.97 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161935,-0.047406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=5.63782,85.7513;QD=49.5942;RBI=0.0477616,0.0663627;REFB=0,0;REVB=-0.0449326,0.0464401;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.176127,0.000563446;OID=.,.;OPOS=6919093,6919093;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:20:0:0:2,18:2,18:0.1,0.9:2,8:0,10:0:0:2,8:0,10:0:0 chr17 6929924 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.612;QD=62.0219;RBI=0.0573369;REFB=0;REVB=-0.0295718;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231414;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr17 6942108 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0210498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.156;QD=5.00608;RBI=0.0215839;REFB=-0.0141162;REVB=0.00477159;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33919;STB=0.734406;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0501728;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:13:9:1:5:13:9 chr17 6943266 . G A 464.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.275;QD=58.0835;RBI=0.123178;REFB=0;REVB=-0.00351289;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269603;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 6979179 . A G 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.267;QD=56.696;RBI=0.0298551;REFB=0;REVB=-0.0176069;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72752e-05;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr17 6981353 . G C 345.73 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00511482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6424;QD=44.6102;RBI=0.0452045;REFB=-0.122055;REVB=0.0449142;RO=4;SAF=15;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472911;STB=0.525529;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0107379;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:12:15:3:1:12:15:3:1 chr17 6981397 . A G 499.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.876;QD=58.8183;RBI=0.0439997;REFB=0;REVB=0.0249705;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290649;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:17:17:0:0 chr17 7106622 . C T 329.7 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0136411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2761;QD=37.6795;RBI=0.0432382;REFB=-0.00557282;REVB=-0.0410301;RO=8;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695524;STB=0.53775;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0118543;OID=.;OPOS=7106622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:11:16:6:2:11:16:6:2 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 67.86 PASS AF=0.0833333,0.194444;AO=5,5;DP=36;FAO=3,7;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1,3;FSAR=2,4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0279877,-0.0606358;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=138.049,295.8;QD=7.5397;RBI=0.0398054,0.0610773;REFB=-0.0113505,-0.0119168;REVB=0.0283047,0.00733069;RO=23;SAF=1,3;SAR=4,2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499527,-0.0649756;STB=0.764417,0.671813;STBP=0.453,0.329;TYPE=snp,ins;VARB=0.0298437,0.0364638;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:36:36:23:26:5,5:3,7:0.0833333,0.194444:4,2:1,3:15:8:2,4:1,3:17:9 chr17 7127718 . T C 515.89 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0100548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.713;QD=49.1326;RBI=0.0114665;REFB=-0.0518508;REVB=-0.00551199;RO=5;SAF=9;SAR=28;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131328;STB=0.507038;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00504073;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:28:9:1:4:28:9:1:4 chr17 7132556 . C T 652.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.59;QD=62.1831;RBI=0.0562599;REFB=0;REVB=-0.0154199;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05639e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:20:19:0:0:20:22:0:0 chr17 7133162 . G A 990.56 PASS AF=0.878049;AO=72;DP=82;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00144915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.317;QD=48.3201;RBI=0.0064577;REFB=0.00516911;REVB=0.006293;RO=9;SAF=39;SAR=33;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499756;STB=0.531884;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000780719;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:9:10:72:72:0.878049:33:39:7:2:33:39:8:2 chr17 7133609 . G A 228.64 PASS AF=0.8;AO=18;DP=24;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.026267;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.05;QD=36.5831;RBI=0.0807353;REFB=-0.0399157;REVB=0.0763428;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617306;STB=0.51998;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0569012;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:24:25:5:5:18:20:0.8:8:10:2:3:10:10:2:3 chr17 7134129 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4699;QD=51.1841;RBI=0.0414992;REFB=0;REVB=-0.0414845;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000930031;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 7154534 . G A 842.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.014;QD=57.0945;RBI=0.00584974;REFB=0;REVB=0.00380852;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18847e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr17 7155861 . G A 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00318642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.4;QD=49.9761;RBI=0.0678358;REFB=0.0337635;REVB=0.0677609;RO=2;SAF=8;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102941;STB=0.555514;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00821051;OID=.;OPOS=7155861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:20:8:2:0:20:8:2:0 chr17 7163723 . A C 59.22 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0117183;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.594;QD=4.0841;RBI=0.0364735;REFB=0.0011382;REVB=-0.0345398;RO=45;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44111;STB=0.799401;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0103079;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:58:45:48:10:10:0.172414:8:2:25:20:8:2:27:21 chr17 7163739 . A G 790.11 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031032;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.968;QD=57.4624;RBI=0.0334665;REFB=0;REVB=-0.0125307;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0306e-05;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr17 7185788 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.88;QD=49.5992;RBI=0.0544433;REFB=0;REVB=-0.00162359;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9312e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 7187123 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.812;QD=50.4135;RBI=0.071329;REFB=0;REVB=-0.00284005;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109042;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 7192091 . C T 600.58 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0201215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.198;QD=42.8984;RBI=0.0209234;REFB=-0.0245434;REVB=0.00573735;RO=8;SAF=16;SAR=32;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848594;STB=0.545435;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00286235;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:8:8:48:48:0.857143:32:16:5:3:32:16:5:3 chr17 7213560 . C G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.553;QD=38.2051;RBI=0.0310171;REFB=0.0354121;REVB=-0.0149694;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714946;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00404572;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:1:1:7:8:1:1 chr17 7213694 . C A 426.99 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00950568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.709;QD=46.161;RBI=0.0204285;REFB=-0.0094559;REVB=-0.0180822;RO=5;SAF=10;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252686;STB=0.51361;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00338977;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:37:5:5:32:32:0.864865:22:10:2:3:22:10:2:3 chr17 7217463 . T C 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00324997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.595;QD=56.009;RBI=0.00420059;REFB=0.0176476;REVB=-0.00266133;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000249118;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr17 7219230 . A G 242.77 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0226098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6557;QD=37.3487;RBI=0.064303;REFB=-0.0350755;REVB=-0.060197;RO=5;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261193;STB=0.514272;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00747715;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:14:7:2:3:14:7:2:3 chr17 7221385 . G A 317.12 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00221629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.092;QD=45.303;RBI=0.0375028;REFB=-0.0540845;REVB=0.0374372;RO=3;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214997;STB=0.511619;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0106801;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:11:14:2:1:11:14:2:1 chr17 7221647 . GC G 55.93 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0558493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.0185;QD=13.9834;RBI=0.0868635;REFB=-0.0669885;REVB=-0.0665291;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574942;STB=0.84389;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0697682;OID=.;OPOS=7221648;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:16:8:16:8:7:1:2:6:53:8:7:1:2:6 chr17 7230845 . GG GT,TG 86.36 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,4;DP=8;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103468,0.0425564;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=135.981,133.343;QD=38.3822;RBI=0.036592,0.0500526;REFB=0,0;REVB=-0.0350986,-0.026348;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0123391,0.0148618;OID=.,.;OPOS=7230846,7230845;OREF=G,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:8:9:0:0:2,4:2,7:0.222222,0.777778:2,1:0,3:0:0:2,3:0,4:0:0 chr17 7246851 . C T 334.07 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0275458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.499;QD=46.0785;RBI=0.0377962;REFB=-0.062402;REVB=0.0258802;RO=3;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057468;STB=0.503103;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00442489;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:18:8:1:2:18:8:1:2 chr17 7257185 . C T 255.65 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0165724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.428;QD=36.5207;RBI=0.0177511;REFB=-0.0353619;REVB=0.00636045;RO=6;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481785;STB=0.526292;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00858343;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:28:28:6:6:22:22:0.785714:12:10:2:4:12:10:2:4 chr17 7257669 . C A 224.19 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0867243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.053;QD=42.7028;RBI=0.0912597;REFB=-0.00495223;REVB=0.0284119;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460898;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000213682;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:1:1:9:10:1:1 chr17 7257846 . GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 182.45 PASS AF=0,0,0,1;AO=2,4,4,5;DP=16;FAO=0,0,0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,8;FSAR=0,0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782103,0.0714927,0.0295528,0.160057;FXX=0.062461;HRUN=1,1,1,3;LEN=3,2,1,3;MLLD=95.3743,111.018,96.0936,124.229;QD=48.6523;RBI=0.0789505,0.0743288,0.0355023,0.168818;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0107859,0.0203362,0.0196735,0.0536776;RO=0;SAF=2,3,4,0;SAR=0,1,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0.409557;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0,0,0.00198451;OID=.,.,.,.;OPOS=7257873,7257848,7257872,7257847;OREF=TGT,GT,G,GGT;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:2,4,4,5:16:0,0,0,15:15:0:0,0,0,8:0,0,0,7:0:0:4:0:2,3,4,0:0,1,0,5:0:0 chr17 7258689 . T C 33.49 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0467396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7177;QD=4.46545;RBI=0.0734764;REFB=-0.0133508;REVB=-0.0566938;RO=24;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697525;STB=0.832224;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0479124;OID=.;OPOS=7258689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:30:24:24:5:6:0.2:0:5:10:14:1:5:10:14 chr17 7286266 . C T 292.87 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416865;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.485;QD=53.2495;RBI=0.0763764;REFB=0;REVB=0.0639967;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049871;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr17 7292107 . G A 438.42 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0141051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.247;QD=50.1052;RBI=0.129511;REFB=-0.0365312;REVB=0.12874;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.55552;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00840798;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:20:12:3:0:20:12:3:0 chr17 7293715 . C T 390.48 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0827552;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8921;QD=53.8586;RBI=0.0837229;REFB=-0.0680216;REVB=0.0126923;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226895;STB=0.512187;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00351148;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:29:1:1:27:28:0.965517:7:20:1:0:8:20:1:0 chr17 7297452 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0406081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.952;QD=28.1411;RBI=0.0406361;REFB=-0.0136989;REVB=0.00150848;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854928;STB=0.547428;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00467092;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:5:2:7:9:5:2 chr17 7318396 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.288;QD=54.5176;RBI=0.0449478;REFB=0;REVB=0.0415763;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757855;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr17 7318935 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.583;QD=63.8715;RBI=0.0331958;REFB=0;REVB=0.0284603;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38389e-05;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 7386055 . C T 1564.2 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0105177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.241;QD=56.88;RBI=0.0201157;REFB=-0.144102;REVB=0.017147;RO=0;SAF=30;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523805;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0004723;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:0:3:107:107:0.972727:77:30:0:0:77:30:3:0 chr17 7386279 . TG CA 765.29 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663869;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.368;QD=63.774;RBI=0.0680523;REFB=0;REVB=0.0149633;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.82262e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:33:15:0:0 chr17 7400137 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000125438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4176;QD=56.1913;RBI=0.0282417;REFB=0;REVB=0.0282414;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356281;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr17 7402600 . T C 322.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=53.7884;RBI=0.0333616;REFB=0;REVB=0.0319267;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035134;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 7404107 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.548;QD=57.236;RBI=0.0146315;REFB=0;REVB=-0.00116115;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0637e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr17 7404991 . T C 678.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7126;QD=61.7219;RBI=0.0406225;REFB=0;REVB=-0.0211562;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199183;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr17 7412403 . T C 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0162639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1157;QD=2.28767;RBI=0.102417;REFB=0.00301653;REVB=-0.101118;RO=54;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235434;STB=0.679084;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0334915;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:2:5:28:26:2:5:28:26 chr17 7460517 . G C 375.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5858;QD=55.6226;RBI=0.0627384;REFB=0;REVB=-0.0625236;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524886;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 7460559 . T G 256.19 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.898;QD=51.2373;RBI=0.0868178;REFB=0;REVB=0.01144;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710756;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chr17 7462555 . G A 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0287408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.658;QD=45.7672;RBI=0.0320959;REFB=-0.0241354;REVB=0.014287;RO=6;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340565;STB=0.51815;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00229037;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:34:15:1:5:34:15:1:5 chr17 7462969 . A G 396.4 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0082424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.669;QD=46.6348;RBI=0.0399838;REFB=-0.0219027;REVB=-0.039125;RO=4;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123724;STB=0.566622;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0149653;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:13:17:0:4:13:17:0:4 chr17 7470285 . CA C 715.23 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745104;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.7404;QD=46.1439;RBI=0.0746795;REFB=0;REVB=0.00502276;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00178971;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:61:62:62:0:31:31:0:0:13:1:30:29:1:0 chr17 7475151 . ACTTT ACTT,CTTTA 170.13 PASS AF=0.564103,0.0512821;AO=19,3;DP=41;FAO=22,2;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6,1;FSAR=16,1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0153112,-0.0755875;FXX=0.0487686;HRUN=4,3;LEN=1,5;MLLD=14.6809,192.909;QD=17.4491;RBI=0.0394233,0.0766012;REFB=0.0310427,0.0117076;REVB=0.0363286,-0.0124202;RO=15;SAF=5,2;SAR=14,1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334242,0;STB=0.669995,0.645722;STBP=0.025,0.745;TYPE=del,mnp;VARB=0.0191319,-0.0185679;OID=.,.;OPOS=7475153,7475151;OREF=T,ACTTT;OALT=-,CTTTA;OMAPALT=ACTT,CTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:15:15:19,3:22,2:0.564103,0.0512821:14,1:5,2:10:5:16,1:6,1:10:5 chr17 7475159 . A T 42.64 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0142632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.983;QD=5.01625;RBI=0.027396;REFB=-0.00212913;REVB=-0.0233902;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324627;STB=0.709152;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00720534;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:8:19:3:4:8:19 chr17 7477938 . G C 483.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.287;QD=58.6395;RBI=0.077995;REFB=0;REVB=0.0775943;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282288;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr17 7484101 . C A 756.35 PASS AF=0.8;AO=59;DP=74;FAO=60;FDP=75;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0309687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.226;QD=40.3386;RBI=0.0387754;REFB=-0.0402935;REVB=0.0233339;RO=15;SAF=26;SAR=33;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996749;STB=0.506773;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00897576;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:74:75:15:15:59:60:0.8:33:26:7:8:34:26:7:8 chr17 7490810 . G A 238.59 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0175159;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.98;QD=41.4934;RBI=0.0259351;REFB=0.000840752;REVB=0.0191265;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951769;STB=0.551674;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000200152;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:24:23:3:3:20:20:0.869565:7:13:3:0:7:13:3:0 chr17 7536527 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0111362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.51;QD=22.9154;RBI=0.0111362;REFB=-0.00730236;REVB=0;RO=4;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407362;OID=.;OPOS=7536527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:0:9:4:0:0:9:4:0 chr17 7560835 . T G 392.84 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0551732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.699;QD=50.6888;RBI=0.0574292;REFB=-0.0254964;REVB=0.0159382;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663506;STB=0.53569;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00423995;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:13:15:0:2:13:16:0:2 chr17 7577022 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00567382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5901;QD=21.0066;RBI=0.111413;REFB=-0.0334147;REVB=0.111268;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282709;STB=0.65953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0178001;OID=.;OPOS=7577022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:6:11:6:13:6:11 chr17 7577427 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.526;QD=23.2179;RBI=0.128265;REFB=0.00816192;REVB=0.126709;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00191486;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr17 7578115 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.674;QD=47.8223;RBI=0.0332525;REFB=0;REVB=-0.0305315;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550237;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 7578550 . G A 85.45 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0405583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7038;QD=11.0253;RBI=0.0420674;REFB=-0.0145049;REVB=-0.0111664;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314474;STB=0.518763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0249683;OID=.;OPOS=7578550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:5:15:8:3:5:15 chr17 7592167 . AC A,AG 196.02 PASS AF=0.529412,0.470588;AO=8,8;DP=17;FAO=9,8;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818704,0.00166279;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.1258,93.5076;QD=46.1211;RBI=0.045504,0.0301705;REFB=0,0;REVB=0.0447614,0.0301247;RO=1;SAF=0,4;SAR=8,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0978599;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0169897,0.0166575;OID=.,.;OPOS=7592168,7592168;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.529412,0.470588:8,8:17:9,8:17:0:1,4:8,4:0:0:48:1:0,4:8,4:0:1 chr17 7592560 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00198711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.016;QD=59.4249;RBI=0.0183895;REFB=0.0626727;REVB=0.0182819;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00154821;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:1:0:28:14:1:0 chr17 7606721 . GC G,GG 100.81 PASS AF=0.3,0.7;AO=2,7;DP=9;FAO=3,7;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112678,0.0984612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.864,261.678;QD=40.3219;RBI=0.112771,0.0985522;REFB=0,0;REVB=0.00459098,0.00423303;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0214152,0.0146219;OID=.,.;OPOS=7606722,7606722;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7:2,7:9:3,7:10:0:3,4:0,3:0:0:6:0:2,4:0,3:0:0 chr17 7673928 . C G 592.51 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.108;QD=59.2508;RBI=0.0341623;REFB=0;REVB=0.0165881;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276705;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:24:15:1:0:24:16:0:0 chr17 7681412 . C G 410.89 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5718;QD=56.6748;RBI=0.0129029;REFB=0;REVB=0.011847;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135286;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 7750232 . T C 34.8 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0798999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4885;QD=23.2017;RBI=0.161175;REFB=-0.0345263;REVB=0.139976;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0237287;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr17 7751388 . C A 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0206619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.024;QD=32.9752;RBI=0.0249213;REFB=-0.00010968;REVB=0.0139341;RO=4;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101865;STB=0.567496;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000107226;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:4:5:17:17:0.772727:16:1:0:4:16:1:0:5 chr17 7751751 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.314;QD=28.5377;RBI=0.0577951;REFB=-0.0390586;REVB=0.0511313;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0105197;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr17 7760704 . A G 930.51 PASS AF=0.930556;AO=64;DP=73;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0957644;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.5;QD=51.6951;RBI=0.0962146;REFB=-0.00737057;REVB=-0.00929658;RO=5;SAF=26;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000884509;STB=0.502323;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00186772;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:72:5:5:64:67:0.930556:38:26:2:3:38:29:2:3 chr17 7837863 . A G 32.78 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00591618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.082;QD=2.91366;RBI=0.0243874;REFB=-0.0139487;REVB=0.0236589;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278126;STB=0.713471;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0588776;OID=.;OPOS=7837863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:1:5:25:14:1:5:25:14 chr17 7843053 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.033817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.089;QD=21.169;RBI=0.033817;REFB=-0.0342803;REVB=3.14796e-05;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0364659;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr17 7847814 . G A 91.78 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0355933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.572;QD=8.74139;RBI=0.0359105;REFB=-0.009779;REVB=-0.00476227;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840597;STB=0.551636;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0308958;OID=.;OPOS=7847814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:12:18:8:4:12:18 chr17 7847955 . C A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5827;QD=17.8271;RBI=0.0464069;REFB=0.0340099;REVB=0.0464069;RO=12;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0307276;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:11:11:12:0.521739:11:0:0:12:12:0:0:11 chr17 7849087 . C G 579.45 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00509613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2419;QD=41.3892;RBI=0.0292839;REFB=-0.0486546;REVB=-0.0288371;RO=9;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.567294;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00773053;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:22:25:1:8:22:25:1:8 chr17 7950377 . C T 38.47 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0120965;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.301;QD=2.84999;RBI=0.0147836;REFB=-0.00273732;REVB=-0.00849869;RO=48;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387332;STB=0.783588;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.014774;OID=.;OPOS=7950377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:54:48:47:7:7:0.12963:2:5:18:30:2:5:17:30 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC,GCCCCCT 112.36 PASS AF=0.852941,0,0;AO=15,3,4;DP=34;FAO=29,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=12,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.01185,-0.0964135,-0.00792468;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.42288,13.5376,9.44711;QD=13.2186;RBI=0.0298991,0.100679,0.0195713;REFB=-0.0335272,0.0759021,-0.0231784;REVB=-0.0274506,0.0289933,-0.0178951;RO=10;SAF=6,3,0;SAR=9,0,4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.142995,0.622111,-0.71899;STB=0.557337,0.5,0.5;STBP=0.121,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0582907,0,-0.0311758;OID=.,.,.;OPOS=7979987,7979993,7979987;OREF=C,CT,CC;OALT=-,TC,-;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC,GCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941,0,0:15,3,4:34:29,0,0:34:5:12,0,0:17,0,0:4:1:19:10:6,3,0:9,0,4:6:4 chr17 7999957 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.662;QD=48.7372;RBI=0.0613881;REFB=0;REVB=0.0613785;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101805;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr17 8023057 . A C 297.3 PASS AF=0.96;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3439;QD=47.5684;RBI=0.203527;REFB=-0.0850549;REVB=0.174662;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0139122;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:25:0:1:23:24:0.96:16:7:0:0:16:8:1:0 chr17 8023059 . A C 337.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.137;QD=54.0269;RBI=0.0291373;REFB=0;REVB=0.0257891;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438786;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 8023061 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.707;QD=50.1339;RBI=0.0208834;REFB=-0.0294256;REVB=0.014281;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00133374;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:16:8:0:0:16:8:1:0 chr17 8023143 . G A 401.59 PASS AF=0.966667;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0511206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6129;QD=53.5447;RBI=0.0591259;REFB=-0.121823;REVB=-0.0297077;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000970623;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:0:1:30:29:0.966667:19:11:0:0:18:11:0:1 chr17 8024237 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8437;QD=53.2767;RBI=0.128711;REFB=0;REVB=-0.0311868;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00340669;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 8051377 . GC G 52.23 PASS AF=0.73913;AO=10;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.250567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.02945;QD=9.08363;RBI=0.280206;REFB=-0.101999;REVB=0.125427;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.305556;SSSB=0.302492;STB=0.566931;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0798165;OID=.;OPOS=8051378;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:10:22:17:23:6:10:7:2:4:21:7:7:3:2:5 chr17 8135061 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.598;QD=52.613;RBI=0.0158932;REFB=0;REVB=0.00343718;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77175e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 8141707 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5901;QD=56.1914;RBI=0.0631425;REFB=0;REVB=-0.062953;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125194;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr17 8192922 . C T 147.57 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3451;QD=45.407;RBI=0.00127726;REFB=0;REVB=0.00127726;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00707044;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:13:0:0:0 chr17 8216346 . G A 235.5 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294937;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.147;QD=40.9565;RBI=0.0294951;REFB=-0.0379973;REVB=0.000296;RO=3;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771946;STB=0.543953;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00657894;OID=.;OPOS=8216346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:24:23:3:3:19:20:0.869565:16:3:1:2:17:3:1:2 chr17 8216468 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.744;QD=55.6561;RBI=0.0260737;REFB=0;REVB=-0.000409992;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25421e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr17 8221917 . G C 33.38 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0344075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3259;QD=19.0725;RBI=0.0837344;REFB=-0.0663206;REVB=0.0763385;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.033358;OID=.;OPOS=8221917;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:4:1:1:0:4:1:1:1 chr17 8272765 . CGG CG,CGA 248.63 PASS AF=0.192308,0.653846;AO=5,17;DP=26;FAO=5,17;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=0,14;FSAR=5,3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0685082,-0.0247344;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.1314,56.7833;QD=38.2509;RBI=0.070702,0.0669014;REFB=0.0115214,0.0094266;REVB=-0.0174755,0.0621611;RO=4;SAF=0,14;SAR=5,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=-0.745569,0.167851;STB=0.996873,0.5931;STBP=0.065,0.139;TYPE=del,snp;VARB=-0.0384862,0.0179782;OID=.,.;OPOS=8272766,8272767;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.653846:5,17:26:5,17:26:4:0,14:5,3:2:2:22:4:0,14:5,3:2:2 chr17 8339307 . G A 123.45 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.14;QD=37.984;RBI=0.0805125;REFB=-0.0287685;REVB=0.0641712;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0016867;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:0:1:12:12:0.923077:9:3:0:0:9:3:0:1 chr17 8383894 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.222;QD=53.2761;RBI=0.0212085;REFB=0;REVB=-0.00764113;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015008;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 8424270 . G A 594.93 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.201;QD=61.0189;RBI=0.0221711;REFB=0;REVB=0.0205025;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104124;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:12:27:0:0 chr17 8450357 . C A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00364621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.717;QD=6.8134;RBI=0.0426906;REFB=-0.0168667;REVB=-0.0425346;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.713674;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0381915;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:8:11:2:5:8:11 chr17 8701799 . G T 434.79 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0261627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.972;QD=49.6907;RBI=0.0265573;REFB=-0.112067;REVB=-0.00456089;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196407;STB=0.509085;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00238785;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:31:32:0.914286:14:17:2:1:14:18:2:1 chr17 8725214 . A AG 173.43 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0831;QD=40.8061;RBI=0.0937176;REFB=0;REVB=-0.0705688;RO=3;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000468035;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:17:17:17:0:4:13:0:0:4:3:1:12:2:1 chr17 9066254 . T C 341.02 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.106608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.575;QD=42.6275;RBI=0.10661;REFB=-0.0361864;REVB=-0.000640064;RO=5;SAF=8;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352864;STB=0.519111;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0017934;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:19:8:2:3:19:8:2:3 chr17 9395231 . G A 158.69 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.754;QD=45.3409;RBI=0.0250488;REFB=0;REVB=-0.0136085;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91299e-05;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 9471711 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.518;QD=51.1838;RBI=0.0333741;REFB=0;REVB=0.0085592;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8694e-05;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr17 9479098 . C A 400.29 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.759;QD=53.3725;RBI=0.0823395;REFB=-0.108956;REVB=0.0702885;RO=1;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190217;STB=0.510197;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000837581;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:24:5:0:1:24:5:0:1 chr17 9515777 . G A 517.8 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4612;QD=54.505;RBI=0.0134768;REFB=0.0265303;REVB=-0.00746025;RO=2;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223173;STB=0.511939;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00125357;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:25:11:1:1:25:11:1:1 chr17 9586165 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.408;QD=59.0424;RBI=0.035591;REFB=0.0193483;REVB=0.0311538;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=4.17912e-06;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:14:27:0:1:14:27:0:1 chr17 9725101 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.718;QD=62.6704;RBI=0.0440004;REFB=0;REVB=0.0297476;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258765;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr17 9725175 . C A 914.9 PASS AF=0.786517;AO=66;DP=85;FAO=70;FDP=89;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0321849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.909;QD=41.119;RBI=0.033581;REFB=-0.00387126;REVB=0.00958221;RO=19;SAF=32;SAR=34;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266853;STB=0.519892;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00100515;OID=.;OPOS=9725175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:19:19:66:70:0.786517:34:32:8:11:34:36:8:11 chr17 9725338 . G A 843.27 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080779;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.135;QD=56.2179;RBI=0.0527801;REFB=-0.109651;REVB=0.0521583;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694331;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr17 9725347 . A G 831.93 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.03;QD=57.3743;RBI=0.00933104;REFB=0;REVB=-0.00226764;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83528e-05;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr17 9814202 . C G 50.62 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0812483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4443;QD=4.602;RBI=0.1722;REFB=-0.0292729;REVB=-0.151827;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120838;STB=0.522671;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0940816;OID=.;OPOS=9814202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:44:30:36:8:8:0.181818:4:4:18:12:4:4:19:17 chr17 10216510 . G A 1215.76 PASS AF=0.987654;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.8;QD=60.0373;RBI=0.080293;REFB=-0.126581;REVB=0.0695309;RO=1;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210202;STB=0.509432;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00063202;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:81:1:1:76:80:0.987654:22:54:0:1:26:54:0:1 chr17 10223697 . G T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0252389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.125;QD=3.64934;RBI=0.0252615;REFB=-0.00168202;REVB=-0.0010681;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404516;STB=0.791031;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00582746;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:15:16:5:1:15:16 chr17 10223714 . T C 320.69 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0203771;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.032;QD=45.8131;RBI=0.07022;REFB=-0.0305931;REVB=0.0671984;RO=3;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543333;STB=0.529388;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.000955322;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:28:3:3:25:25:0.892857:10:15:1:2:10:15:1:2 chr17 10243717 . G A 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5489;QD=60.5996;RBI=0.0280912;REFB=0;REVB=-0.0235897;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131465;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 10247429 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.178;QD=59.0186;RBI=0.025142;REFB=0;REVB=0.0114797;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118203;OID=.;OPOS=10247429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 10318636 . A G 910.2 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.494;QD=56.8878;RBI=0.0700606;REFB=0;REVB=0.0254524;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113578;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:59:64:1:28:31:0:0:28:36:0:0 chr17 10346781 . T C 772.56 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551164;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.645;QD=57.2269;RBI=0.0551185;REFB=0;REVB=0.000472909;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745579;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr17 10348354 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.251;QD=54.5177;RBI=0.0366151;REFB=0;REVB=0.0296595;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6088e-05;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 10355371 . C T 611.57 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460233;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.924;QD=59.6648;RBI=0.171423;REFB=-0.129354;REVB=0.165129;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118147;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:1:0:40:41:1:12:28:1:0:12:29:0:0 chr17 10355763 . T C 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00555566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.993;QD=58.031;RBI=0.0510276;REFB=-0.0659668;REVB=0.0507242;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000433266;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:1:0 chr17 10363410 . A G 1900.13 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266994;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.522;QD=61.7929;RBI=0.0277527;REFB=0;REVB=-0.00757309;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20936e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:61:62:0:0:61:62:0:0 chr17 10415170 . A G 1313.96 PASS AF=0.784615;AO=102;DP=130;FAO=102;FDP=130;FR=.;FRO=28;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0182768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3278;QD=40.4296;RBI=0.0682477;REFB=-0.0402607;REVB=0.0657549;RO=25;SAF=50;SAR=52;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333961;STB=0.520987;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0147099;OID=.;OPOS=10415170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:25:28:102:102:0.784615:52:50:10:15:52:50:11:17 chr17 10415840 . A G 396.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.362;QD=52.8042;RBI=0.0456039;REFB=-0.049266;REVB=0.0208243;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001578;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:16:14:0:0 chr17 10427923 . T TA 493.44 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125893;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=130.151;QD=44.8583;RBI=0.128626;REFB=0;REVB=0.0263736;RO=38;SAF=5;SAR=0;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00478175;OID=.;OPOS=10427924;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:44:44:0:25:19:0:0:3:38:5:0:19:19 chr17 10427924 . G A,C 626.77 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=37,5;DP=43;FAO=38,6;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19,6;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377916,0.0242745;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=174.788,119.974;QD=56.9789;RBI=0.0438593,0.0255171;REFB=0.00157414,-0.0678332;REVB=0.0222583,0.00786596;RO=1;SAF=18,5;SAR=19,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253062,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00101612,0.107958;OID=.,.;OPOS=10427924,10427924;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:43:44:1:0:37,5:38,6:0.863636,0.136364:19,0:18,5:1:0:19,0:19,6:0:0 chr17 10448769 . A T 1455.25 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168165;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.215;QD=63.2719;RBI=0.0345014;REFB=0;REVB=-0.0301256;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37283e-05;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:57:34:0:0:58:34:0:0 chr17 10450816 . T C 1218.38 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00764751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.251;QD=58.7173;RBI=0.0223709;REFB=-0.0193253;REVB=-0.0210232;RO=2;SAF=45;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205762;STB=0.510867;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000814;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:35:45:2:0:36:45:2:0 chr17 10536018 . G A 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0515806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.783;QD=1.84567;RBI=0.0639002;REFB=-0.0118791;REVB=0.0377184;RO=68;SAF=6;SAR=2;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354807;STB=0.768578;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0543296;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:2:6:30:38:2:6:30:38 chr17 10541515 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0488982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0788;QD=3.15719;RBI=0.049283;REFB=-0.00483245;REVB=-0.0061463;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629569;STB=0.9081;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0304832;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:34:36:6:6:0.142857:5:1:26:8:5:1:27:9 chr17 10542765 . A G 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0342045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.117;QD=2.77324;RBI=0.0357325;REFB=-0.0039808;REVB=-0.0103375;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197773;STB=0.656617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0450012;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:2:4:20:20:2:4:20:21 chr17 10543463 . T C 41.66 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0097904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.928;QD=1.7181;RBI=0.0108691;REFB=-0.00112192;REVB=-0.00472082;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190602;STB=0.643445;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00803476;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:87:87:10:10:0.103093:6:4:49:38:6:4:49:38 chr17 10543697 . G T 155.48 PASS AF=0.64;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00175039;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8378;QD=24.8761;RBI=0.0193278;REFB=0.0232415;REVB=0.0192484;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287707;STB=0.666444;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0144471;OID=.;OPOS=10543697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:25:9:9:15:16:0.64:4:11:3:6:4:12:3:6 chr17 11166782 . G A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0145471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9782;QD=4.4186;RBI=0.0145922;REFB=0.0124846;REVB=0.00114702;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105086;STB=0.571225;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0988433;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:15:16:3:4:15:16 chr17 11511457 . C T 186.26 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0338613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.445;QD=33.8656;RBI=0.0374429;REFB=-0.0321666;REVB=0.0159807;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.599891;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00787756;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:22:4:4:17:18:0.818182:8:9:0:4:8:10:0:4 chr17 11523082 . A G 450.19 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.475;QD=51.4503;RBI=0.0318153;REFB=-0.129093;REVB=-0.0277192;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582199;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00504039;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:35:2:2:31:33:0.942857:15:16:0:2:15:18:0:2 chr17 11583089 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.558;QD=57.3854;RBI=0.0262068;REFB=0;REVB=0.0223165;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62316e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr17 11648332 . C T 739.94 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0726607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.901;QD=59.1954;RBI=0.0733241;REFB=-0.116374;REVB=-0.00984113;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00211927;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:50:0:1:47:49:0.98:29:18:0:0:29:20:0:1 chr17 11672607 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.074;QD=46.848;RBI=0.0234083;REFB=0;REVB=-0.0149116;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08029e-05;OID=.;OPOS=11672607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 11757556 . C G 30.73 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0293467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0201;QD=2.27654;RBI=0.0336867;REFB=-0.00271204;REVB=0.0165397;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193751;STB=0.649496;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0321279;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:24:24:2:4:24:24 chr17 11786951 . T C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000519125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.847;QD=53.9323;RBI=0.00378482;REFB=-0.11342;REVB=0.00374905;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00104803;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr17 11787936 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.136;QD=53.9105;RBI=0.0209382;REFB=0;REVB=0.00710811;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190521;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 11865462 . G A 33.08 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0026727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.673;QD=2.03552;RBI=0.0146035;REFB=-0.00139253;REVB=-0.0143568;RO=58;SAF=1;SAR=6;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444585;STB=0.844438;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0155814;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:6:1:30:28:6:1:30:28 chr17 12656111 . T C 41.91 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0132585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.044;QD=6.98482;RBI=0.0198305;REFB=0.00339529;REVB=-0.0147466;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00581751;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:14:17:6:6:0.25:3:3:5:9:3:3:7:10 chr17 12820632 . A C 445.16 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0664748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.875;QD=46.8593;RBI=0.0664938;REFB=0.00621141;REVB=-0.00158745;RO=5;SAF=22;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810359;STB=0.544599;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00165617;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:32:33:0.868421:10:22:2:3:10:23:2:3 chr17 13399616 . A T 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.54;QD=47.1176;RBI=0.0191174;REFB=-0.0317052;REVB=-0.0121299;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121653;STB=0.506573;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00497576;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:1:1:14:10:1:1 chr17 14005439 . G A 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=16;FWDB=-0.0168813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.864;QD=1.87099;RBI=0.088627;REFB=0.0044869;REVB=0.0870045;RO=61;SAF=4;SAR=3;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215362;STB=0.658802;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0861034;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:3:4:45:16:3:4:45:16 chr17 14095309 . A G 1112.1 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435084;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.161;QD=60.937;RBI=0.0445663;REFB=0;REVB=-0.00965276;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018019;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr17 14140103 . A G 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.989;QD=47.8118;RBI=0.0178887;REFB=-0.00178247;REVB=0.0129077;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000362044;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr17 14248423 . T C 116.08 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.661;QD=42.2105;RBI=0.117288;REFB=0;REVB=-0.0321182;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402318;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:7:4:0:0 chr17 14249167 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.365;QD=55.0981;RBI=0.0281631;REFB=0;REVB=0.0178406;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010292;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr17 14673567 . C CA 183.7 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118382;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.8006;QD=26.2422;RBI=0.253207;REFB=0.0839044;REVB=-0.223829;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000567812;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:28:28:28:0:14:14:0:0:3:2:11:12:2:0 chr17 15207364 . T G 576.38 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.604;QD=60.6715;RBI=0.0430135;REFB=0;REVB=0.0211568;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013082;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr17 15217437 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8299;QD=47.8221;RBI=0.0616143;REFB=0;REVB=-0.0597933;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00304012;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 15311975 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4591;QD=40.7627;RBI=0.0469084;REFB=0;REVB=0.0328711;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48741e-05;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 15341183 . A C 534.07 PASS AF=0.830189;AO=43;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00945284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2638;QD=40.3074;RBI=0.0165156;REFB=-0.0384641;REVB=0.0135428;RO=9;SAF=27;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621621;STB=0.53453;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0101844;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:43:44:0.830189:16:27:4:5:16:28:4:5 chr17 15343524 . C CCTT,T 72.92 PASS AF=0.8,0;AO=8,2;DP=12;FAO=8,0;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-6.16282e-11,-1.04076e-09;FXX=0.166528;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=203.15,120.318;QD=29.1669;RBI=0.00962225,0.0231519;REFB=0.0109812,0.00029456;REVB=0.00962225,0.0231519;RO=2;SAF=0,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.727176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00578264,0;OID=.,.;OPOS=15343525,15343524;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:12:10:2:2:8,2:8,0:0.8,0:8,0:0,2:0:2:8,0:0,0:0:2 chr17 15443734 . A G 122.03 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436689;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.107;QD=44.3741;RBI=0.00481388;REFB=0;REVB=-0.00202575;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82874e-05;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 15443742 . C G 130.01 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266996;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.135;QD=43.3361;RBI=0.0275109;REFB=0;REVB=0.0066315;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105069;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 15477417 . A G 176.11 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.615;QD=46.9637;RBI=0.156374;REFB=0;REVB=0.156165;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147022;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:8:7:0:0 chr17 15611495 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.243;QD=57.5453;RBI=0.0420445;REFB=0;REVB=0.039886;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86504e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr17 15620647 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1536;QD=33.4285;RBI=0.100712;REFB=0;REVB=0.0740401;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003587;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 15690281 . C T 30.23 PASS AF=0.109091;AO=5;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0192506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9874;QD=2.19837;RBI=0.0278043;REFB=-0.00697202;REVB=0.0200622;RO=49;SAF=3;SAR=2;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381034;STB=0.617811;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.065402;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:49:49:5:6:0.109091:2:3:31:18:3:3:31:18 chr17 15690793 . T C 1534.39 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.287;QD=62.628;RBI=0.0181421;REFB=-0.14929;REVB=0.00587051;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000163924;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:57:40:0:0:57:40:1:0 chr17 15690863 . T A 805.12 PASS AF=0.828947;AO=57;DP=70;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00686663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.085;QD=42.3746;RBI=0.0596913;REFB=-0.0552641;REVB=0.059295;RO=13;SAF=28;SAR=29;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163968;STB=0.507934;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0112388;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:70:76:13:13:57:63:0.828947:29:28:7:6:32:31:7:6 chr17 16068287 . A T 61.52 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0169969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.637;QD=3.7856;RBI=0.0169998;REFB=0.000708169;REVB=-0.000316149;RO=52;SAF=8;SAR=3;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289674;STB=0.708185;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00347511;OID=.;OPOS=16068287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:52:54:11:11:0.169231:3:8:26:26:3:8:26:28 chr17 16068340 . C T 396.87 PASS AF=0.382114;AO=45;DP=121;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00730091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.586;QD=12.9063;RBI=0.0152274;REFB=-0.0152099;REVB=-0.0133631;RO=74;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262638;STB=0.511615;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.024373;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:74:76:45:47:0.382114:23:22:36:38:25:22:37:39 chr17 16068343 . G A 409.49 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0247817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9789;QD=13.2092;RBI=0.0265575;REFB=-0.0225647;REVB=-0.00954809;RO=75;SAF=24;SAR=24;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215202;STB=0.508061;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0249413;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:75:76:48:48:0.387097:24:24:36:39:24:24:37:39 chr17 16068362 . C T 440.94 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00429571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.922;QD=13.2615;RBI=0.0234913;REFB=-0.00746962;REVB=-0.0230952;RO=82;SAF=24;SAR=27;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584535;STB=0.533144;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0111503;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:27:24:43:39:27:24:43:39 chr17 16068377 . C G 456.86 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0085227;FXX=0.0218962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.464;QD=13.6377;RBI=0.0184596;REFB=0.00371035;REVB=-0.0163744;RO=82;SAF=22;SAR=30;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122886;STB=0.569593;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00528833;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:82:82:52:52:0.38806:30:22:44:38:30:22:44:38 chr17 16068383 . G A 520.99 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.010586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.117;QD=15.3233;RBI=0.0105862;REFB=0.000508;REVB=4.78315e-05;RO=78;SAF=24;SAR=33;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12131;STB=0.564519;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000829665;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:79:57:57:0.419118:33:24:42:36:33:24:42:37 chr17 16068396 . G A 639.35 PASS AF=0.452055;AO=65;DP=145;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0141395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.149;QD=17.5164;RBI=0.0145659;REFB=-0.0038549;REVB=0.00349832;RO=75;SAF=31;SAR=34;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928318;STB=0.543915;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00949041;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:75:80:65:66:0.452055:34:31:43:32:35:31:44:36 chr17 16068463 . C T 85.18 PASS AF=0.141732;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0225094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.989;QD=2.68276;RBI=0.0239216;REFB=-0.00503855;REVB=-0.00809768;RO=109;SAF=11;SAR=7;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1009;STB=0.569057;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.032049;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:127:127:109:109:18:18:0.141732:7:11:58:51:7:11:58:51 chr17 16097825 . T G 38.03 PASS AF=0.0866142;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0286849;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9777;QD=1.19789;RBI=0.0296232;REFB=-0.000627594;REVB=-0.00739674;RO=116;SAF=4;SAR=7;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147024;STB=0.617729;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00564371;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:128:127:116:116:11:11:0.0866142:7:4:57:59:7:4:57:59 chr17 16097870 . C A 48.66 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0273172;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2797;QD=1.70742;RBI=0.0274575;REFB=0.00204378;REVB=-0.0027719;RO=102;SAF=6;SAR=6;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468728;STB=0.53503;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0144439;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:114:102:102:12:12:0.105263:6:6:47:55:6:6:47:55 chr17 16735618 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.886;QD=40.5912;RBI=0.0417943;REFB=-0.0610249;REVB=0.038666;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00746308;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:1:1:9:8:1:1 chr17 16746358 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.289;QD=53.9111;RBI=0.0421531;REFB=0;REVB=0.0257244;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1667e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr17 16842991 . G A 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00966131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.692;QD=2.7074;RBI=0.0102941;REFB=-0.00186528;REVB=-0.00355342;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405838;STB=0.807743;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0159046;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:21:21:5:1:21:21 chr17 16855878 . C T 195.46 PASS AF=0.947368;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0655864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.5799;QD=41.1494;RBI=0.0717994;REFB=-0.0604175;REVB=0.0292162;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00339356;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:0:1:16:18:0.947368:11:5:0:0:11:7:0:1 chr17 16892265 . G A 427.44 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0582933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7255;QD=40.7083;RBI=0.0594694;REFB=-0.0161724;REVB=-0.0117687;RO=9;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840306;STB=0.545427;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0031325;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:15:18:3:6:15:18:3:6 chr17 16892273 . A G 427.39 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0111994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4513;QD=40.7034;RBI=0.0731228;REFB=0.0434591;REVB=0.0722601;RO=9;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840306;STB=0.545427;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00648128;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:15:18:3:6:15:18:3:6 chr17 17039561 . CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC 144.32 PASS AF=0.928571,0;AO=4,2;DP=18;FAO=13,0;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00534538,-0.0122799;FXX=0.263019;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=124.698,114.314;QD=41.2351;RBI=0.0586716,0.0524652;REFB=-0.0992719,-0.135435;REVB=0.0584276,0.0510078;RO=1;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166656,0;STB=0.545384,0.5;STBP=0.315,1;TYPE=del,del;VARB=0.00341888,0.0348872;OID=.,.;OPOS=17039562,17039593;OREF=CAG,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571,0:4,2:18:13,0:14:1:5,0:8,0:1:0:8:1:2,2:2,0:1:0 chr17 17046024 . C A 481.41 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0796532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7796;QD=53.4898;RBI=0.0817305;REFB=-0.00744935;REVB=-0.0183098;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254074;STB=0.513611;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00307168;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:24:10:1:1:24:10:1:1 chr17 17062241 . C G 1908.57 PASS AF=0.796703;AO=146;DP=183;FAO=145;FDP=182;FR=.;FRO=37;FSAF=62;FSAR=83;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.000152058;FXX=0.00546418;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.679;QD=41.9467;RBI=0.00477208;REFB=-0.0485742;REVB=-0.00476965;RO=33;SAF=63;SAR=83;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400988;STB=0.53433;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00721857;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:33:37:146:145:0.796703:83:63:18:15:83:62:22:15 chr17 17069052 . A G 638.21 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0247026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.272;QD=51.0571;RBI=0.0262972;REFB=-0.0490924;REVB=0.00901818;RO=6;SAF=17;SAR=27;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266979;STB=0.514279;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00637541;OID=.;OPOS=17069052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:27:17:3:3:27:17:3:3 chr17 17069105 . G A 387.67 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0369994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.898;QD=43.0739;RBI=0.0381062;REFB=0.00650389;REVB=0.00911725;RO=6;SAF=9;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126862;STB=0.568702;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000574681;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:21:9:4:2:21:9:4:2 chr17 17168164 . G A 307.5 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0504977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.978;QD=35.1426;RBI=0.0517313;REFB=-0.0189823;REVB=-0.0112299;RO=9;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205477;STB=0.601691;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00890874;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:25:26:0.742857:9:16:2:7:10:16:2:7 chr17 17179481 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.162168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.026;QD=28.1411;RBI=0.162224;REFB=-0.0130065;REVB=0.00427111;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235867;STB=0.629487;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00852145;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:10:6:0:7:10:6:0:7 chr17 17397982 . T C 931.8 PASS AF=0.8625;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=80;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0672109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.259;QD=46.5898;RBI=0.0675117;REFB=-0.0503064;REVB=0.00636572;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565198;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00183286;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:0:11:69:69:0.8625:30:39:0:0:30:39:1:10 chr17 17682484 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.871;QD=47.8221;RBI=0.0284765;REFB=0;REVB=0.0151667;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63684e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 17696531 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2836;QD=47.8187;RBI=0.0722408;REFB=0;REVB=-0.0103213;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291051;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 17696755 . C A 940.53 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348286;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.233;QD=58.7832;RBI=0.0398884;REFB=0;REVB=-0.0194438;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.003e-05;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr17 17697099 . G A 173.51 PASS AF=1;AO=3;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.071;QD=46.2698;RBI=0.292887;REFB=0;REVB=0.214439;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360466;OID=.;OPOS=17697099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:3:15:1:0:3:0:0:5:10:0:0 chr17 17715101 . G A 679.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7023;QD=61.7597;RBI=0.0431742;REFB=0;REVB=0.0199701;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319528;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:32:11:0:0:32:12:0:0 chr17 17896205 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.402;QD=62.3484;RBI=0.0670643;REFB=0;REVB=0.0479522;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515174;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr17 17971688 . TA T,TT 51.88 PASS AF=0.538462,0.307692;AO=3,3;DP=15;FAO=7,4;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2,3;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.418288,-0.171771;FXX=0.133244;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.69619,16.1029;QD=15.963;RBI=0.454197,0.195257;REFB=-0.0735625,-0.0782717;REVB=0.177002,0.0928446;RO=3;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483116,0.483116;STB=0.583115,0.748744;STBP=0.62,0.206;TYPE=del,snp;VARB=0.0968228,-0.000913825;OID=.,.;OPOS=17971689,17971689;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.307692:3,3:15:7,4:13:2:2,3:5,1:0:2:25:3:2,2:1,1:0:3 chr17 18003671 . T G 260.29 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.767;QD=43.3824;RBI=0.0374169;REFB=-0.0171475;REVB=0.0348751;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658702;STB=0.533304;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00156892;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:24:2:2:21:22:0.916667:13:8:0:2:14:8:0:2 chr17 18027845 . G A 251.28 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.367;QD=43.7005;RBI=0.044407;REFB=-0.155148;REVB=0.0418498;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102025;STB=0.549952;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00602284;OID=.;OPOS=18027845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:22:23:2:2:20:21:0.913043:8:12:0:2:9:12:0:2 chr17 18041507 . C T 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0454995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1936;QD=51.2613;RBI=0.0515424;REFB=0.0696591;REVB=0.0242161;RO=3;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208524;STB=0.511176;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00632649;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:18:16:1:2:18:16:1:2 chr17 18047189 . G A 426.47 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0256615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.558;QD=34.8137;RBI=0.0320177;REFB=-0.0291164;REVB=0.0191473;RO=14;SAF=19;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108172;STB=0.548708;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00967733;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:15:34:34:0.693878:15:19:5:9:15:19:6:9 chr17 18052867 . T C 444.46 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1076;QD=57.3494;RBI=0.0871232;REFB=0;REVB=0.0227983;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635982;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:5:26:0:0:5:26:0:0 chr17 18077175 . T C 591.04 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00494409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.324;QD=47.2834;RBI=0.00739309;REFB=-0.0274461;REVB=0.00549671;RO=8;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125593;STB=0.56733;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000753106;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:42:42:0.84:19:23:1:7:19:23:1:7 chr17 18087299 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.942;QD=37.4885;RBI=0.032941;REFB=0;REVB=-0.0255849;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62771e-05;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 18137141 . A G 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00915869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.016;QD=1.28493;RBI=0.00916442;REFB=-0.00302405;REVB=-0.00032398;RO=95;SAF=4;SAR=5;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935341;STB=0.507543;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0292964;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:5:4:43:52:5:4:43:52 chr17 18167505 . T C 239.08 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0206345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8524;QD=43.4696;RBI=0.0219343;REFB=-0.0723095;REVB=0.00743852;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766752;STB=0.541626;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00742642;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:0:2:11:9:0:2 chr17 18219835 . T C 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00648467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.147;QD=43.6822;RBI=0.00738552;REFB=-0.0105751;REVB=0.00353483;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657793;STB=0.535679;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00694775;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:7:13:2:0:7:13:2:0 chr17 18220770 . G A 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00109461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7812;QD=39.4351;RBI=0.123066;REFB=0.0757329;REVB=-0.123061;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012825;STB=0.507033;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0156791;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:1:1:7:9:1:1 chr17 18221010 . A G 122.69 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0618314;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.726;QD=35.0545;RBI=0.0646253;REFB=-0.0143662;REVB=0.0187966;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179011;STB=0.599828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=7.0025e-05;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:2:0:8:4:2:0 chr17 18230380 . T G 427.55 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0344629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.712;QD=51.8241;RBI=0.0406719;REFB=0.0463759;REVB=0.0215989;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933164;STB=0.505007;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00102433;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:18:13:1:1:18:13:1:1 chr17 18236339 . G A 201.05 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00604235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.7;QD=36.5547;RBI=0.0184013;REFB=-0.048101;REVB=0.0173809;RO=3;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144252;STB=0.555494;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0120217;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:22:22:3:4:18:18:0.818182:10:8:3:0:10:8:3:1 chr17 18528623 . A G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2573;QD=56.9262;RBI=0.0604882;REFB=0;REVB=-0.019471;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315296;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr17 18542519 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.471;QD=47.8219;RBI=0.0374263;REFB=0;REVB=-0.0362981;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056588;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr17 18684642 . G T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0549733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9401;QD=35.4868;RBI=0.0563668;REFB=-0.0253838;REVB=-0.0124561;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1501;STB=0.583203;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00256829;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:0:2:5:8:0:2 chr17 18694277 . G A 400.9 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00644953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.895;QD=36.4452;RBI=0.00994349;REFB=-0.0571394;REVB=0.00756813;RO=12;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106338;STB=0.505777;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0176942;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:12:12:32:32:0.727273:14:18:7:5:14:18:7:5 chr17 18702220 . T C 1305.6 PASS AF=0.875;AO=96;DP=110;FAO=98;FDP=112;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.013639;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2451;QD=46.6284;RBI=0.0779053;REFB=-0.098023;REVB=0.0767021;RO=14;SAF=42;SAR=54;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152066;STB=0.518131;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0136601;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:110:112:14:14:96:98:0.875:54:42:7:7:56:42:8:6 chr17 18775900 . A G 507.49 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279463;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5821;QD=59.7048;RBI=0.0369758;REFB=0;REVB=0.0242118;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861056;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 18855611 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.838;QD=33.4285;RBI=0.0705015;REFB=0;REVB=0.0464259;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279198;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr17 18874685 . C CGGT,T 221.26 PASS AF=0.72,0.08;AO=17,2;DP=25;FAO=18,2;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=13,2;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0153841,0.0110089;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=235.462,86.8739;QD=35.4013;RBI=0.015503,0.0615016;REFB=0.0183772,-0.00332667;REVB=-0.00191631,-0.0605083;RO=5;SAF=13,2;SAR=4,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0204601,0.544828;STB=0.521449,0.99138;STBP=0.764,0.427;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00306849,0.0238542;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:25:25:5:5:17,2:18,2:0.72,0.08:4,0:13,2:4:1:5,0:13,2:4:1 chr17 18874720 . C G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5371;QD=59.4229;RBI=0.0507445;REFB=-0.112632;REVB=-0.0172407;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00234417;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr17 19216917 . T C 129.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3026;QD=43.3083;RBI=0.0461647;REFB=0;REVB=0.0300822;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247784;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:9:3:0:0 chr17 19232078 . T C 923.22 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150158;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1098;QD=58.6172;RBI=0.0602761;REFB=0;REVB=-0.0583758;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441358;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr17 19454725 . G C 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00466011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.614;QD=40.4236;RBI=0.0254785;REFB=-0.0527934;REVB=0.0250487;RO=4;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113787;STB=0.561986;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00599893;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:14:8:3:1:14:8:3:1 chr17 19454733 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.556;QD=56.1916;RBI=0.0443576;REFB=0;REVB=0.0307518;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160561;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 19578873 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.467;QD=63.583;RBI=0.030059;REFB=0;REVB=-0.0299704;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134202;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr17 19595585 . C T 53.01 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0585774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.746;QD=21.2049;RBI=0.0588271;REFB=-0.218807;REVB=-0.00541383;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0954059;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr17 19608773 . G A 699.21 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0835539;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.715;QD=60.8007;RBI=0.0914785;REFB=-0.0206031;REVB=0.0372433;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00128053;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:17:27:0:1:18:27:0:1 chr17 19644472 . A T 483.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.014398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.02;QD=43.9645;RBI=0.0218059;REFB=-0.00996695;REVB=0.0163766;RO=8;SAF=14;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493656;STB=0.502658;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00316109;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:22:14:3:5:22:14:3:5 chr17 19645938 . A C 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.208;QD=60.9709;RBI=0.0399621;REFB=0;REVB=-0.0258292;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66731e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr17 19646312 . G A 1037.69 PASS AF=0.862069;AO=75;DP=89;FAO=75;FDP=87;FR=.;FRO=12;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00549974;FXX=0.0224694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.356;QD=47.7098;RBI=0.0071016;REFB=-0.0191307;REVB=0.00449285;RO=12;SAF=43;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019378;STB=0.510303;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00326835;OID=.;OPOS=19646312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:89:87:12:12:75:75:0.862069:32:43:6:6:32:43:6:6 chr17 19678475 . G A 203.36 PASS AF=0.76;AO=17;DP=23;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0155787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.652;QD=32.5378;RBI=0.0209805;REFB=-0.0259075;REVB=0.0140531;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121047;STB=0.559259;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00816811;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:25:6:6:17:19:0.76:10:7:4:2:11:8:4:2 chr17 19713740 . C T 748.93 PASS AF=0.830986;AO=58;DP=71;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0461388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2158;QD=42.1932;RBI=0.0462376;REFB=-0.0428581;REVB=0.00302139;RO=11;SAF=35;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180122;STB=0.50173;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.012054;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:71:11:12:58:59:0.830986:23:35:6:5:24:35:7:5 chr17 19729495 . T C 623.63 PASS AF=0.809524;AO=50;DP=63;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0106646;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.101;QD=39.5954;RBI=0.0110321;REFB=0.00998158;REVB=-0.00282363;RO=12;SAF=21;SAR=29;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322971;STB=0.515498;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00114713;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:12:12:50:51:0.809524:29:21:4:8:30:21:4:8 chr17 20107773 . T C 255.18 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0413213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3662;QD=36.4536;RBI=0.136718;REFB=-0.0330324;REVB=-0.130324;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661024;STB=0.55587;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00373602;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:5:6:22:22:0.785714:9:13:2:3:9:13:2:4 chr17 20108239 . A T 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.125;QD=56.693;RBI=0.017136;REFB=0;REVB=0.00233225;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33659e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 20109189 . C T 424.01 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00557217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7688;QD=39.4424;RBI=0.0122771;REFB=0.0104621;REVB=-0.0109397;RO=9;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527589;STB=0.517923;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0104173;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:9:10:33:33:0.767442:14:19:4:5:14:19:5:5 chr17 20163529 . A G 235.32 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.93;QD=49.5417;RBI=0.0585627;REFB=0;REVB=0.0235938;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587352;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:9:7:0:0:9:10:0:0 chr17 20244264 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.923;QD=43.4861;RBI=0.0461165;REFB=0;REVB=0.0351919;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632786;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr17 20268754 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.038;QD=33.4285;RBI=0.0752425;REFB=0;REVB=0.0206168;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00313763;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 20769862 . T A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00167701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.131;QD=10.1732;RBI=0.0562471;REFB=0.00700198;REVB=-0.0562221;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572962;STB=0.849948;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0158013;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:2:7:1:5:2:7 chr17 20769896 . G T 76.91 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0499193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.385;QD=15.3823;RBI=0.0519116;REFB=-0.0222306;REVB=0.0142435;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545699;STB=0.824304;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0357622;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:20:20:10:10:7:8:0.4:2:5:1:9:2:6:1:9 chr17 20769899 . G T 82.42 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.000267715;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=17.3517;RBI=0.00541778;REFB=0.00535299;REVB=0.00541116;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547083;STB=0.815714;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00434976;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:1:8:2:8:1:8 chr17 20769904 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00599857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5269;QD=19.9285;RBI=0.00662937;REFB=0.0214142;REVB=-0.00282236;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557266;STB=0.819123;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0264339;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:1:8:2:10:1:8 chr17 20769954 . T G 143.69 PASS AF=0.75;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0184986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.61;QD=28.7387;RBI=0.0185058;REFB=-0.0445975;REVB=-0.000518161;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299345;STB=0.646868;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0227006;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:14:15:0.75:5:9:0:5:6:9:0:5 chr17 20769964 . C A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0886897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.825;QD=29.0498;RBI=0.0900282;REFB=-0.0152361;REVB=-0.015467;RO=5;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2376;STB=0.631404;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00945225;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:7:7:0:5:7:7:0:5 chr17 20769968 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0443448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.418;QD=25.711;RBI=0.0444325;REFB=-0.0448832;REVB=-0.00279182;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237058;STB=0.594902;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0154199;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:7:6:0:5:7:6:1:5 chr17 20769995 . C T 107.07 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.128756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.762;QD=22.5419;RBI=0.138876;REFB=0.0309238;REVB=0.0520423;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.631374;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0112469;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:6:7:12:12:0.631579:6:6:1:5:6:6:1:6 chr17 20770002 . CC AG 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0647934;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.445;QD=24.4133;RBI=0.0651041;REFB=-0.0170186;REVB=0.00635282;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101007;STB=0.556863;STBP=0.556;TYPE=mnp;VARB=0.00788559;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:1:4:7:4:1:4 chr17 20796694 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.084;QD=60.2307;RBI=0.0226132;REFB=0;REVB=0.00682601;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51256e-05;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 20798992 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.525;QD=56.7066;RBI=0.0142105;REFB=0;REVB=0.00196988;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97754e-05;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 20799119 . A G 766.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.196;QD=56.8124;RBI=0.0640638;REFB=0;REVB=0.0485208;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184933;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:28:23:0:0:28:26:0:0 chr17 20799160 . G GAA 638.4 PASS AF=0.847222;AO=55;DP=74;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0717869;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.9513;QD=35.4668;RBI=0.0751637;REFB=0.020879;REVB=0.022276;RO=11;SAF=28;SAR=27;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453275;STB=0.524582;STBP=0.323;TYPE=ins;VARB=-0.00347447;OID=.;OPOS=20799161;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847222:55:74:61:72:11:32:29:4:7:30:11:28:27:4:7 chr17 21117589 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3966;QD=49.5988;RBI=0.037778;REFB=0;REVB=0.0132135;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119521;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 21132915 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.325;QD=35.5759;RBI=0.0518652;REFB=0;REVB=0.00740228;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200771;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 21144074 . G A 859.98 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0043454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.763;QD=49.854;RBI=0.0156455;REFB=-0.0749755;REVB=0.0150299;RO=4;SAF=34;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044918;STB=0.518;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00780359;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:69:69:4:6:63:63:0.913043:29:34:2:2:29:34:2:4 chr17 21144155 . C G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.398;QD=46.8463;RBI=0.0487396;REFB=0;REVB=0.0359048;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540706;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 21144352 . G A 508.03 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.959;QD=56.4483;RBI=0.0385923;REFB=0;REVB=0.0190612;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172757;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:30:36:1:12:18:0:0:15:21:0:0 chr17 21194820 . G A 33.29 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0384187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.529;QD=2.95885;RBI=0.0449583;REFB=-0.011974;REVB=-0.0233506;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169354;STB=0.614991;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.061545;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:45:38:39:6:6:0.133333:4:2:18:20:4:2:18:21 chr17 21194843 . T C 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0247041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.156;QD=7.67805;RBI=0.0294598;REFB=-0.00523331;REVB=-0.0160497;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121641;STB=0.575089;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0303589;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:11:20:6:5:11:20 chr17 21194852 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0091657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.414;QD=7.67878;RBI=0.009351;REFB=0.000942952;REVB=-0.00185231;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162398;STB=0.599829;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00183571;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:10:21:6:5:10:21 chr17 21194859 . G A 80.59 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0283558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.63;QD=7.67513;RBI=0.0287252;REFB=0.0117424;REVB=-0.00459193;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162398;STB=0.599829;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0318206;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:10:21:6:5:10:21 chr17 21199022 . A T 60.41 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0101898;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.734;QD=12.717;RBI=0.0206078;REFB=0.00324716;REVB=-0.0179122;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00822628;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr17 21199037 . G A 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0199611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.154;QD=32.9749;RBI=0.0320668;REFB=0.050465;REVB=-0.0250966;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0051216;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:4:1:5:12:4:1 chr17 21199083 . T A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0683682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5704;QD=24.4132;RBI=0.0686473;REFB=0.0208567;REVB=0.00618379;RO=5;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166212;STB=0.509417;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0147693;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:2:9:4:1:2:9:4:1 chr17 21199390 . C T 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00317469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5721;QD=10.8086;RBI=0.0104571;REFB=0.0105858;REVB=-0.00996357;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103724;STB=0.569984;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0257669;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:17:18:8:11:17:19 chr17 21199403 . C T 144.87 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00322238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.433;QD=10.1662;RBI=0.139395;REFB=-0.00859622;REVB=-0.139358;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17746;STB=0.604287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00890933;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:8:11:16:22:8:11:16:22 chr17 21201719 . T C 200.45 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.142927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6598;QD=11.7911;RBI=0.143437;REFB=-0.0111845;REVB=-0.0120865;RO=40;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231043;STB=0.662059;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0143499;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:40:43:25:25:0.367647:19:6:17:23:19:6:20:23 chr17 21202189 . G GA 148.92 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=57;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.049997;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1346;QD=11.0308;RBI=0.0760597;REFB=0.00211661;REVB=0.0573182;RO=51;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171895;STB=0.56491;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=0.00382566;OID=.;OPOS=21202190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:57:24:54:30:7:17:6:24:99:51:1:5:14:37 chr17 21202191 . C A 145.51 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0349152;FXX=0.0175408;HRUN=7;LEN=1;MLLD=48.9874;QD=10.3933;RBI=0.0639582;REFB=-0.0383848;REVB=0.0535871;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236457;STB=0.604118;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0431149;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:36:37:18:19:0.339286:12:6:6:30:13:6:7:30 chr17 21202237 . G C 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0236857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.879;QD=15.7797;RBI=0.0246013;REFB=-0.0104823;REVB=-0.00664917;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.568075;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.016441;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:17:6:5:24:17:6:5:24 chr17 21203893 . T C 200.85 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00310945;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.299;QD=18.6838;RBI=0.0204424;REFB=-0.0106538;REVB=0.0202045;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.565971;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0129642;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:12:11:12:8:12:11 chr17 21203934 . G A 121.79 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0139224;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.311;QD=14.3276;RBI=0.025975;REFB=-0.0107595;REVB=0.0219286;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0103293;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:9:11:8:6:9:11 chr17 21203949 . C T 91.85 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0269368;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.047;QD=14.6964;RBI=0.0278356;REFB=-0.0383425;REVB=0.00701647;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0577359;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr17 21204187 . G T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00276544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.95;QD=9.47554;RBI=0.0131053;REFB=-0.00874003;REVB=0.0128102;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0108224;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:14:7:4:6:14:7 chr17 21204192 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00236725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.531;QD=8.51167;RBI=0.00705084;REFB=0.00343893;REVB=0.00664158;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134942;STB=0.582123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0095046;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:17:7:4:6:17:7 chr17 21204210 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0119593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0641;QD=7.96579;RBI=0.0527353;REFB=0.0250221;REVB=0.0513614;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116071;STB=0.571292;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0671436;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:18:8:4:6:18:8 chr17 21204257 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0192535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.562;QD=12.7371;RBI=0.0265284;REFB=-0.0090017;REVB=0.0182499;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011194;STB=0.506571;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0128633;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:19:9:5:11:19:9 chr17 21204266 . T C 129.44 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00432909;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.783;QD=12.0407;RBI=0.0258982;REFB=-0.00278798;REVB=-0.0255339;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148419;STB=0.50876;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00558598;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:19:9:5:10:19:9 chr17 21204308 . G T 144.82 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00922504;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.175;QD=14.8528;RBI=0.010174;REFB=-0.00318156;REVB=0.00429063;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947353;STB=0.545399;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00309392;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:23:16:16:0.410256:6:10:17:7:6:10:16:7 chr17 21205460 . C T 57.7 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0357632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.733;QD=14.4242;RBI=0.039975;REFB=-0.015613;REVB=0.0178603;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0356141;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:16:7:7:7:7:0.4375:2:5:5:2:2:5:5:2 chr17 21206556 . C T 168.62 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0639022;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6144;QD=15.3291;RBI=0.0646612;REFB=-0.00374594;REVB=0.00987813;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116558;STB=0.566598;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0111758;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:5:21:13:5:5:21 chr17 21207813 . T G 102.28 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0460498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5341;QD=4.75726;RBI=0.0472995;REFB=0.00551115;REVB=-0.0108008;RO=69;SAF=5;SAR=12;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116294;STB=0.57487;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0239161;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:17:17:0.197674:12:5:26:43:12:5:26:43 chr17 21207835 . G A 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0437935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5857;QD=5.37439;RBI=0.0449562;REFB=0.00997165;REVB=-0.0101581;RO=65;SAF=5;SAR=13;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130507;STB=0.57813;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0341086;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:65:66:18:18:0.214286:13:5:24:41:13:5:24:42 chr17 21207844 . C T 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0124355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.583;QD=7.70348;RBI=0.0165759;REFB=-0.0138729;REVB=-0.0109599;RO=58;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478667;STB=0.51959;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0346392;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:59:22:22:0.271605:14:8:19:39:14:8:20:39 chr17 21208413 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00868537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.995;QD=14.6506;RBI=0.00920194;REFB=0.00177576;REVB=0.00303974;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205939;STB=0.617688;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00213907;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:17:14:15:8:17:14 chr17 21208449 . G T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0072846;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.452;QD=16.8738;RBI=0.0212625;REFB=-0.00108319;REVB=-0.0199757;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282422;STB=0.661995;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00152009;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:15:11:14:6:15:11 chr17 21215483 . C T 253.13 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00635908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.273;QD=15.1122;RBI=0.00907928;REFB=-0.00977274;REVB=-0.00648039;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858458;STB=0.504234;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.014019;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:12:17:22:15:12:17:22:16 chr17 21215537 . C A 254.54 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00613406;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.465;QD=15.4268;RBI=0.0213577;REFB=-0.0196006;REVB=0.0204579;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305691;STB=0.517229;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0211078;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:29:29:0.439394:15:14:18:17:15:14:19:18 chr17 21215552 . C T 338.81 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00672357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.044;QD=17.8321;RBI=0.0195231;REFB=-0.00575908;REVB=0.0183288;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22109;STB=0.623478;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00581462;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:22:14:25:15:22:14:25:15 chr17 21215557 . G A 346.23 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00584625;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.06;QD=19.2351;RBI=0.0127788;REFB=-0.00619228;REVB=-0.0113631;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224521;STB=0.63712;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0079198;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:36:36:36:0.5:22:14:22:12:22:14:24:12 chr17 21216788 . C T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0114725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.713;QD=10.8838;RBI=0.0320035;REFB=-0.0162755;REVB=0.0298766;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0197632;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:9:6:4:5:9:6 chr17 21216846 . G C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0900996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5938;QD=9.56798;RBI=0.126201;REFB=0.00267515;REVB=0.0883669;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.615076;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00776884;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:9:6:2:6:9:6 chr17 21217513 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0094028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9125;QD=20.563;RBI=0.0182155;REFB=0.0145455;REVB=-0.0156011;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155019;STB=0.586147;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0137595;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:15:10:17:12:15:10 chr17 21217547 . T C 183.91 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00253946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.058;QD=14.7127;RBI=0.00576343;REFB=0.00481607;REVB=-0.00517381;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0081202;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:10:9:15:14:11:9:16:14 chr17 21217585 . AGC ATC,CAG 148.96 PASS AF=0.345455,0;AO=19,2;DP=55;FAO=19,0;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00624356,-0.0252065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=246.718,34.1178;QD=10.8332;RBI=0.00672951,0.106911;REFB=-0.0082661,0.0157296;REVB=-0.00251082,0.103897;RO=27;SAF=12,2;SAR=7,0;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0420839,0.434608;STB=0.533298,0.5;STBP=0.74,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0199041,0;OID=.,.;OPOS=21217586,21217585;OREF=G,AGC;OALT=T,CAG;OMAPALT=ATC,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:36:19,2:19,0:0.345455,0:7,0:12,2:16:11:7,0:12,0:21:15 chr17 21217596 . C G 131.24 PASS AF=0.3;AO=12;DP=48;FAO=15;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0157161;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.767;QD=10.4993;RBI=0.0216587;REFB=-0.0402191;REVB=-0.0149031;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.517785;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0534593;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:19:34:12:15:0.3:7:5:9:10:7:8:19:15 chr17 21217660 . C T 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00663592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.806;QD=9.41879;RBI=0.0119383;REFB=-0.00983035;REVB=0.00992407;RO=36;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41262;STB=0.751777;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0204635;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:3:12:17:19:3:12:17:19 chr17 21217690 . C T 89.75 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0721715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6026;QD=7.4793;RBI=0.0729317;REFB=-0.0254045;REVB=-0.0105025;RO=36;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652638;STB=0.909365;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0850363;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:1:11:14:22:1:11:14:22 chr17 21217749 . G C 35.15 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0229095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8992;QD=5.20705;RBI=0.027861;REFB=-0.0239137;REVB=-0.0158554;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277816;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0153139;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:10:11:3:3:10:11 chr17 21318671 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0190792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.524;QD=11.2564;RBI=0.0387685;REFB=-0.0280674;REVB=0.0337487;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0188242;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:4:8:4:4:4:8 chr17 21318698 . C T 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0146645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1953;QD=10.9399;RBI=0.0466111;REFB=0.0126182;REVB=0.0442442;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31541;STB=0.685413;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0196832;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:5:15:5:6:5:15 chr17 21318770 . G A 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0100674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.118;QD=10.0234;RBI=0.0194213;REFB=-0.016958;REVB=-0.0166083;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143232;STB=0.584772;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0393203;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:11:7:19:18:11:7:19:18 chr17 21318773 . G A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0143343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.832;QD=9.99265;RBI=0.0322944;REFB=-0.0252397;REVB=0.0289388;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132962;STB=0.578971;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0286088;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:19:17:10:7:19:17 chr17 21318782 . G A 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000169537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.745;QD=7.34809;RBI=0.014704;REFB=-0.0155986;REVB=0.0147031;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15584;STB=0.596865;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0315589;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:20:19:8:5:20:19 chr17 21318867 . G A 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0633422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.359;QD=4.85921;RBI=0.0646581;REFB=0.0100859;REVB=0.0129783;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357724;STB=0.724657;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0244013;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:9:5:36:19:9:5:36:19 chr17 21318897 . G C 183.58 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0150733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.275;QD=9.92323;RBI=0.0441635;REFB=-0.0104844;REVB=-0.0415116;RO=50;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139878;STB=0.581544;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0278425;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:11:13:33:17:11:13:33:17 chr17 21318912 . C A 73.06 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0469708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0243;QD=4.17483;RBI=0.0514825;REFB=-0.013202;REVB=0.0210758;RO=55;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200787;STB=0.516104;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.058202;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:70:70:55:57:13:13:0.185714:5:8:33:22:5:8:34:23 chr17 21318918 . G A 92.73 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0132391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9121;QD=5.37555;RBI=0.0517185;REFB=-0.010379;REVB=0.0499953;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981066;STB=0.561564;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0451532;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:7:8:33:21:7:8:33:21 chr17 21318948 . C T 98.22 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0570496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7666;QD=6.33658;RBI=0.0582796;REFB=0.0054496;REVB=-0.01191;RO=45;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142061;STB=0.606595;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0296192;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:45:47:15:15:0.241935:5:10:25:20:5:10:25:22 chr17 21318951 . CA CG,TG 253.22 PASS AF=0.241379,0.258621;AO=14,15;DP=58;FAO=14,15;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=5,10;FSAR=9,5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0310252,-0.0288548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.692,190.615;QD=17.4633;RBI=0.0451094,0.0325631;REFB=-0.0300443,-0.0165856;REVB=-0.0327459,-0.0150916;RO=29;SAF=5,10;SAR=9,5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256878,0.0963427;STB=0.653248,0.557299;STBP=0.164,0.611;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0197736,0.0261473;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:58:29:29:14,15:14,15:0.241379,0.258621:9,5:5,10:17:12:9,5:5,10:17:12 chr17 21318969 . C T 124.84 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000112202;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8785;QD=8.91722;RBI=0.0274139;REFB=-0.0102748;REVB=-0.0274137;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147632;STB=0.596413;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0440341;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:39:17:17:0.303571:6:11:21:19:6:11:20:19 chr17 21318981 . C T 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000946117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5131;QD=9.41554;RBI=0.007097;REFB=-0.0282345;REVB=-0.00703365;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158365;STB=0.585703;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0577185;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:7:11:18:20:7:11:19:20 chr17 21319007 . GG AC,GC 268.63 PASS AF=0.224138,0.293103;AO=13,17;DP=58;FAO=13,17;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=5,9;FSAR=8,8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0333856,-0.0427871;FXX=0.0169463;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=192.467,190.715;QD=18.5264;RBI=0.0338731,0.0428279;REFB=-0.0124817,-0.0193136;REVB=0.0057262,0.00186891;RO=27;SAF=5,9;SAR=8,8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111237,0.0505211;STB=0.555897,0.540422;STBP=0.715,0.687;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0296792,0.00590493;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:58:27:28:13,17:13,17:0.224138,0.293103:8,8:5,9:13:14:8,8:5,9:13:15 chr17 21319069 . G A 135.26 PASS AF=0.246914;AO=19;DP=80;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00742907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7179;QD=6.6797;RBI=0.00823535;REFB=-0.0139265;REVB=-0.00355387;RO=61;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830375;STB=0.568198;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0329914;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:61:61:19:20:0.246914:9:10:28:33:9:11:28:33 chr17 21319079 . C A 136.32 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0434664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3733;QD=6.99086;RBI=0.0508445;REFB=-0.00220303;REVB=0.0263786;RO=58;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821251;STB=0.54995;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00747513;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:9:11:28:30:9:11:28:30 chr17 21319087 . G A 135.8 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0270721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.785;QD=6.87604;RBI=0.033994;REFB=0.00264429;REVB=0.0205594;RO=59;SAF=12;SAR=8;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15389;STB=0.593814;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00731746;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:8:12:28:31:8:12:28:31 chr17 21319096 . C T 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00776835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.416;QD=4.85301;RBI=0.00805763;REFB=-0.00240698;REVB=-0.00213965;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135941;STB=0.58684;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0100969;OID=.;OPOS=21319096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:6:9:29:30:6:9:29:30 chr17 21319110 . G A 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0252934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9914;QD=5.91765;RBI=0.0253745;REFB=-0.00756222;REVB=0.00202738;RO=53;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211607;STB=0.631605;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0143582;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:6:10:24:29:6:10:24:29 chr17 21319121 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.000192234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0073;QD=12.3072;RBI=0.0225653;REFB=0.0155367;REVB=-0.0225645;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034717;STB=0.519984;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.033762;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:21:20:13:12:21:20 chr17 21319171 . G A 75.22 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00607574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.21;QD=4.36042;RBI=0.0321111;REFB=-0.00610742;REVB=-0.031531;RO=56;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187727;STB=0.622035;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0264673;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:5:8:26:30:5:8:26:30 chr17 21319208 . C T 89.08 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0296904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.495;QD=5.74731;RBI=0.0300204;REFB=-0.0107136;REVB=0.0044386;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152099;STB=0.581221;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0355361;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:46:48:14:14:0.225806:9:5:22:24:9:5:22:26 chr17 21319230 . G C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0203267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.4;QD=12.5627;RBI=0.0228282;REFB=-0.0192628;REVB=-0.01039;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742388;STB=0.542676;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0353072;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:12:23:13:9:12:23 chr17 21319251 . C T 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00612241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.247;QD=3.93691;RBI=0.00973806;REFB=-0.00640484;REVB=0.00757271;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14279;STB=0.602297;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0227342;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:45:46:9:9:0.163636:5:4:15:30:5:4:15:31 chr17 21319272 . C T 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.022553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.477;QD=4.2381;RBI=0.0495454;REFB=-0.00233259;REVB=-0.0441147;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227146;STB=0.641104;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0314567;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:46:47:10:10:0.175439:4:6:19:27:4:6:20:27 chr17 21319285 . C T 69.75 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0479308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8825;QD=4.35937;RBI=0.068027;REFB=-0.0103864;REVB=0.0482734;RO=52;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120022;STB=0.577998;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0611925;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:64:52:52:12:12:0.1875:6:6:21:31:6:6:21:31 chr17 21319302 . T C 370.81 PASS AF=0.569231;AO=27;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00194108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0496;QD=22.8193;RBI=0.0150553;REFB=-0.0198737;REVB=0.0149297;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196417;STB=0.538038;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0175292;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:27:37:0.569231:12:15:9:18:22:15:9:19 chr17 21319311 . C T 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00262155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.535;QD=6.61965;RBI=0.00834704;REFB=-0.00400215;REVB=-0.00792468;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849573;STB=0.564438;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0302029;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:48:16:16:0.25:9:7:17:29:9:7:17:31 chr17 21319369 . G A 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00306084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.343;QD=7.62959;RBI=0.00316191;REFB=-0.00998439;REVB=0.000793076;RO=63;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938098;STB=0.556403;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0309266;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:11:12:28:35:11:12:28:35 chr17 21319392 . G A 113.86 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0170939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.884;QD=5.55389;RBI=0.0252661;REFB=-0.00947928;REVB=0.0186058;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146398;STB=0.591298;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0316362;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:8:10:28:36:8:10:28:36 chr17 21319399 . A G 190.76 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=1.29867e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.246;QD=9.53773;RBI=0.00570463;REFB=-0.00519289;REVB=-0.00570462;RO=55;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128498;STB=0.575697;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00759661;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:15:10:28:27:15:10:28:27 chr17 21319407 . C T 88.07 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.03709;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3276;QD=4.51621;RBI=0.0696554;REFB=0.00618521;REVB=-0.0589593;RO=63;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174221;STB=0.612096;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0085941;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:79:78:63:63:15:15:0.192308:6:9:29:34:6:9:29:34 chr17 21319436 . G A 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0101602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.619;QD=5.37833;RBI=0.0131946;REFB=-0.00233295;REVB=-0.00841826;RO=54;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794905;STB=0.550228;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0070005;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:6:9:29:25:6:9:29:25 chr17 21319439 . T G 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0135575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.706;QD=5.62092;RBI=0.0142401;REFB=-0.00218975;REVB=-0.00435603;RO=51;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112363;STB=0.563551;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00395378;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:51:52:15:15:0.223881:6:9:26:25:6:9:27:25 chr17 21319452 . G A 90.01 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0125204;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8473;QD=5.90228;RBI=0.0204272;REFB=-0.00947673;REVB=-0.0161404;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00775191;STB=0.502389;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0343095;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:61:46:47:14:14:0.229508:6:8:26:20:6:8:27:20 chr17 21319465 . T C 55.94 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.046698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7992;QD=4.22201;RBI=0.0475262;REFB=0.000961583;REVB=-0.00883389;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988943;STB=0.567413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00556202;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:3:6:26:18:3:6:26:18 chr17 21319470 . T C 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00496606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.864;QD=3.56267;RBI=0.0119325;REFB=-0.00360072;REVB=-0.01085;RO=45;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203083;STB=0.644773;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.015707;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:2:6:27:18:2:6:27:18 chr17 21319473 . G A 165.72 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00961529;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.465;QD=13.8102;RBI=0.0116813;REFB=-0.0079279;REVB=0.00663326;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136115;STB=0.565142;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0116869;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:18:18:0.375:5:13:19:12:5:13:19:11 chr17 21319488 . C T 72.65 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0118734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.232;QD=5.38128;RBI=0.0151313;REFB=-0.000977281;REVB=0.00937978;RO=42;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32471;STB=0.709116;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00366657;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:53:54:42:43:11:11:0.203704:2:9:25:17:2:9:26:17 chr17 21319519 . G C 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0214355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.545;QD=6.61469;RBI=0.0215042;REFB=-0.00616741;REVB=0.00171748;RO=50;SAF=16;SAR=1;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528963;STB=0.85152;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0235329;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:1:16:34:16:1:16:34:17 chr17 21319523 . C T 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00900939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.267;QD=5.6209;RBI=0.0214281;REFB=-0.00150334;REVB=-0.0194421;RO=52;SAF=14;SAR=1;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549864;STB=0.864087;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00326366;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:1:14:32:20:1:14:32:20 chr17 21319527 . C T 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00564518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.239;QD=7.49958;RBI=0.0228055;REFB=0.000482186;REVB=-0.0220958;RO=51;SAF=15;SAR=4;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214851;STB=0.632031;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00415932;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:4:15:33:18:4:15:33:18 chr17 21319543 . G A 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0193265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.115;QD=8.10358;RBI=0.0226058;REFB=-0.00852549;REVB=-0.0117264;RO=50;SAF=16;SAR=4;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265036;STB=0.661691;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0235345;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:4:16:31:19:4:16:31:19 chr17 21319560 . G T 167.63 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.010365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3704;QD=8.3813;RBI=0.0499409;REFB=0.0114301;REVB=0.0488534;RO=57;SAF=19;SAR=4;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444632;STB=0.769069;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0265785;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:4:19:28:29:4:19:28:29 chr17 21319650 . CGAG C 176.61 PASS AF=0.255102;AO=22;DP=99;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0106328;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.072;QD=7.20836;RBI=0.0200525;REFB=-0.00899912;REVB=0.0170013;RO=71;SAF=14;SAR=8;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767669;STB=0.594327;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0306665;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255102:22:99:25:98:73:17:8:41:32:99:71:14:8:41:30 chr17 21319682 . C T 212.96 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0119576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9246;QD=8.35125;RBI=0.0190401;REFB=-0.00793923;REVB=-0.014817;RO=73;SAF=18;SAR=11;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904483;STB=0.553808;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0229835;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:73:29:29:0.284314:11:18:40:33:11:18:40:33 chr17 21319716 . G A 145.85 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00823373;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9779;QD=7.20245;RBI=0.00826364;REFB=0.00670515;REVB=0.000702403;RO=54;SAF=15;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227801;STB=0.643796;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0129744;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:60:21:21:0.259259:6:15:29:25:6:15:32:28 chr17 21319728 . T C 124.35 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0504933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.187;QD=6.14069;RBI=0.0515269;REFB=-0.0114757;REVB=-0.0102685;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880457;STB=0.548505;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0425334;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:8:11:31:30:8:11:32:30 chr17 21319743 . A G 134.06 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0253556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.805;QD=6.53942;RBI=0.0365864;REFB=-0.00499495;REVB=-0.0263753;RO=62;SAF=11;SAR=9;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100101;STB=0.561038;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0148573;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:62:20:20:0.243902:9:11:39:23:9:11:39:23 chr17 21319767 . C T 190.02 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0277181;FXX=0.223655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.747;QD=12.8829;RBI=0.0286435;REFB=-0.0286411;REVB=0.00722171;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24106;STB=0.663626;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0159773;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:59:36:36:22:23:0.389831:11:11:26:10:12:11:27:9 chr17 21319785 . C T 129.69 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00400264;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.903;QD=7.10616;RBI=0.0120082;REFB=-0.0046103;REVB=-0.0113215;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121726;STB=0.573811;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00962841;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:31:23:10:9:31:23 chr17 21319786 . G A 108.93 PASS AF=0.22973;AO=16;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0286301;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=5.88802;RBI=0.0289522;REFB=0.00184518;REVB=-0.00430688;RO=58;SAF=6;SAR=10;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258819;STB=0.683021;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00706155;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:58:57:16:17:0.22973:10:6:34:24:11:6:34:23 chr17 21319845 . C T 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00297023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.547;QD=5.15566;RBI=0.0128711;REFB=-0.0161511;REVB=0.0125237;RO=56;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151946;STB=0.595778;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0232181;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:8:7:33:23:8:7:33:23 chr17 21319860 . C T 160.23 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0798249;FXX=0.245571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7399;QD=14.9048;RBI=0.09915;REFB=-0.0161478;REVB=0.0588107;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25012;STB=0.643609;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0329111;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:16:9:11:7:16:9 chr17 21319868 . G T 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00107655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.819;QD=5.17494;RBI=0.00212781;REFB=-0.00631986;REVB=0.00183538;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139323;STB=0.627674;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0308476;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:40:44:11:11:0.2:7:4:19:21:7:4:23:21 chr17 21319908 . C T 49.15 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0567523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0419;QD=4.09619;RBI=0.0567527;REFB=-0.0014276;REVB=0.000235161;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339308;STB=0.733447;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0177618;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:21:19:6:2:21:19 chr17 21319943 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0227118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.713;QD=6.01598;RBI=0.0229999;REFB=-0.00650003;REVB=-0.00362934;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259708;STB=0.6696;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0242102;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:11:11:2:5:11:11 chr17 21319993 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.006152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.862;QD=6.2515;RBI=0.00615251;REFB=-0.00352586;REVB=-7.9282e-05;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800118;STB=0.605698;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0058447;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:15:17:6:6:0.26087:2:4:9:6:2:4:9:8 chr17 21320041 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0267063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.213;QD=5.9578;RBI=0.0277106;REFB=-0.00183017;REVB=-0.00739232;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508956;STB=0.832223;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00639683;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:11:7:5:1:11:7 chr17 21320197 . G C 50.85 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00175162;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.927;QD=5.21581;RBI=0.00195356;REFB=-0.0020574;REVB=0.000864996;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194237;STB=0.512788;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00610518;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:15:16:4:4:15:16 chr17 21320210 . C T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0218892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.143;QD=6.85063;RBI=0.0273016;REFB=0.00149705;REVB=-0.0163169;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196816;STB=0.611428;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00186842;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:4:6:13:17:4:6:14:17 chr17 21320212 . A G 170.24 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0132714;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.54;QD=16.2133;RBI=0.0244898;REFB=-0.00592406;REVB=-0.020582;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00700988;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:24:18:18:0.428571:8:10:11:14:8:10:11:13 chr17 21320252 . G T 85.35 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00417414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.859;QD=5.09538;RBI=0.00809571;REFB=-0.00107464;REVB=-0.00693665;RO=50;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271614;STB=0.676164;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00305636;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:64:67:50:53:14:14:0.208955:5:9:21:29:5:9:22:31 chr17 21320263 . T C 125.99 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00195179;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.446;QD=6.3794;RBI=0.0518735;REFB=-0.0118514;REVB=-0.0518368;RO=61;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628551;STB=0.532589;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0382709;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:61:60:19:19:0.240506:9:10:29:32:9:10:29:31 chr17 21320279 . C T 194.65 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0440267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7013;QD=8.46287;RBI=0.0716765;REFB=0.0222926;REVB=-0.0565612;RO=66;SAF=17;SAR=9;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258129;STB=0.653728;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0550876;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:66:26:26:0.282609:9:17:29:37:9:17:29:37 chr17 21320350 . G A 217.77 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0200507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.757;QD=9.36653;RBI=0.0214716;REFB=-0.000543338;REVB=-0.00768098;RO=65;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284137;STB=0.667054;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00114792;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:10:18:26:39:10:18:26:39 chr17 21320365 . T C 119.46 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0202148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2012;QD=5.25093;RBI=0.0267819;REFB=-0.00153173;REVB=-0.0175679;RO=71;SAF=6;SAR=13;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244883;STB=0.649839;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00574714;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:72:19:19:0.208791:13:6:36:35:13:6:36:36 chr17 21320404 . AT AA,A 76.31 PASS AF=0,0.333333;AO=2,4;DP=33;FAO=0,13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=0,4;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0749861,-0.0442001;FXX=0.0249938;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.0695,19.2798;QD=7.82709;RBI=0.0804681,0.0878718;REFB=-0.0557693,0.0223517;REVB=0.0291926,0.0759461;RO=23;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483597,-0.27031;STB=0.5,0.584281;STBP=1,0.437;TYPE=snp,del;VARB=0.0254062,-0.00790321;OID=.,.;OPOS=21320405,21320405;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,4:33:0,13:39:26:0,4:0,9:11:15:65:23:0,1:2,3:11:12 chr17 21320787 . G A 261.15 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=124;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=73;FWDB=-0.0273354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.418;QD=8.42413;RBI=0.0407461;REFB=-0.0130982;REVB=-0.0302163;RO=88;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21474;STB=0.623784;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0286723;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:88:36:36:0.290323:25:11:15:73:25:11:15:73 chr17 21320796 . C T 593.57 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=42;FWDB=0.00133673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.093;QD=22.1893;RBI=0.00499468;REFB=-0.00695165;REVB=-0.00481248;RO=46;SAF=11;SAR=48;SRF=5;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111141;STB=0.548157;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00632147;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:48:59:59:0.551402:48:11:5:41:48:11:6:42 chr17 21320980 . C G 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.021754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.31;QD=19.5007;RBI=0.0220757;REFB=-0.0160503;REVB=-0.00375502;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130628;STB=0.507038;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0135456;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:36:36:0.507042:18:18:17:16:18:18:18:17 chr17 21320991 . C T 71.08 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00216512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.302;QD=4.51295;RBI=0.00530515;REFB=-0.00837925;REVB=0.00484323;RO=50;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363912;STB=0.74359;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0395282;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:50:51:12:12:0.190476:3:9:23:27:3:9:23:28 chr17 21320993 . G T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0181688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.158;QD=18.1755;RBI=0.0189374;REFB=-0.0171972;REVB=0.00534029;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288841;STB=0.508191;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0189683;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:16:15:16:15:16:15:16:16 chr17 21321005 . C A 68.57 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00597222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0928;QD=4.81197;RBI=0.0079143;REFB=-0.00687495;REVB=0.00519314;RO=44;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384538;STB=0.747225;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0472882;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:44:46:11:11:0.192982:3:8:18:26:3:8:19:27 chr17 21321016 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0198609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.293;QD=23.4326;RBI=0.0227771;REFB=-0.0223516;REVB=0.011151;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565085;STB=0.53147;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.014296;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:7:13:14:10:7:13 chr17 21321028 . CC CG,TG 135.27 PASS AF=0.153846,0.423077;AO=4,11;DP=26;FAO=4,11;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=2,2;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0157555,0.0207812;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=218.431,248.077;QD=20.81;RBI=0.0166967,0.020958;REFB=0.00668379,1.66733e-05;REVB=-0.00552675,0.00271661;RO=11;SAF=2,2;SAR=2,9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630016,0.341546;STB=0.865811,0.689415;STBP=0.559,0.378;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0147977,-0.00106281;OID=.,.;OPOS=21321029,21321028;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:26:26:11:11:4,11:4,11:0.153846,0.423077:2,9:2,2:0:11:2,9:2,2:0:11 chr17 21322972 . GT CC 87.02 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00376163;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.859;QD=16.5754;RBI=0.0591236;REFB=-0.0357253;REVB=0.0590038;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=mnp;VARB=0.0280406;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:6:4:4:6:6:5:4:6 chr17 21322975 . G A 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00201769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.944;QD=8.24639;RBI=0.00860745;REFB=0.00452019;REVB=0.00836763;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185114;STB=0.615062;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00581057;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:6:9:3:4:6:9 chr17 21323001 . C T 115.35 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00109287;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.132;QD=17.7461;RBI=0.00722539;REFB=-0.014862;REVB=-0.00714227;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111007;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:13:13:13:0.5:6:7:6:6:6:7:7:6 chr17 21323049 . C T 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0231799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.359;QD=10.8324;RBI=0.0241884;REFB=-0.0065305;REVB=-0.00691176;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169025;STB=0.598729;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0182818;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:21:20:14:8:21:20 chr17 21323056 . G T 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0143571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.539;QD=2.37863;RBI=0.0549826;REFB=-0.000487813;REVB=-0.053075;RO=58;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411225;STB=0.530228;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0030597;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:4:4:27:31:4:4:27:31 chr17 21323074 . T C 40.08 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00433145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.596;QD=2.0038;RBI=0.0236091;REFB=-0.000832927;REVB=0.0232083;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10754;STB=0.579934;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00573165;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:4:5:33:38:4:5:33:38 chr17 21323096 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0295203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.354;QD=18.4581;RBI=0.0308665;REFB=0.000614137;REVB=-0.00901634;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356308;STB=0.507339;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.000353613;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:38:38:0.481013:20:18:20:19:20:18:20:21 chr17 21323107 . A G 252.72 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00369688;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.876;QD=12.4802;RBI=0.00376155;REFB=-0.018022;REVB=0.000694497;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142275;STB=0.569953;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0154602;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:51:30:30:0.37037:18:12:26:23:18:12:26:25 chr17 21323119 . T C 33.71 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0109239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.932;QD=1.68559;RBI=0.0117087;REFB=-0.00629578;REVB=-0.00421448;RO=71;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200382;STB=0.647784;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0639143;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:71:72:8:8:0.1:3:5:32:39:3:5:33:39 chr17 21323136 . G A 30.68 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0167811;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.792;QD=1.72856;RBI=0.0213466;REFB=-0.00142798;REVB=-0.0131936;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994525;STB=0.57809;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0178584;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:71:64:64:7:7:0.0985915:3:4:31:33:3:4:31:33 chr17 21730703 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0131042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.775;QD=4.55552;RBI=0.016495;REFB=-0.000753033;REVB=-0.0100182;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333986;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00406439;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:13:17:2:5:13:17 chr17 21825565 . G T 1389.17 PASS AF=0.880342;AO=102;DP=116;FAO=103;FDP=117;FR=.;FRO=14;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00842775;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.513;QD=47.4929;RBI=0.00903642;REFB=-0.0424597;REVB=0.00326037;RO=12;SAF=48;SAR=54;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107666;STB=0.50291;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00494498;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:116:117:12:14:102:103:0.880342:54:48:5:7:54:49:7:7 chr17 21826256 . A G 370.59 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000450313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.65;QD=42.3529;RBI=0.0057963;REFB=0.0114653;REVB=0.00577878;RO=6;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110852;STB=0.55988;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00269345;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:15:14:5:1:15:14:5:1 chr17 25909850 . G T 195.83 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=26;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.341;QD=27.9753;RBI=0.0237208;REFB=-0.0432784;REVB=0.0237208;RO=9;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235101;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:9:9:17:19:0.678571:17:0:0:9:19:0:0:9 chr17 25958304 . G A 265.3 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0205287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1543;QD=11.054;RBI=0.0227203;REFB=-0.0177899;REVB=-0.00973569;RO=64;SAF=21;SAR=11;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113902;STB=0.566347;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0216624;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:11:21:36:28:11:21:36:28 chr17 25970633 . G A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0158904;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.598;QD=7.7465;RBI=0.0192046;REFB=-0.00483577;REVB=-0.0107848;RO=42;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204538;STB=0.624838;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0113183;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:11:5:20:22:11:5:20:22 chr17 26089867 . T C 205.78 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0038799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.097;QD=8.85095;RBI=0.0392468;REFB=-0.00877802;REVB=-0.0390545;RO=66;SAF=9;SAR=18;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222385;STB=0.632253;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0334006;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:66:27:27:0.290323:18:9:34:32:18:9:34:32 chr17 26092631 . A G 163.31 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00311539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.431;QD=6.22137;RBI=0.0165482;REFB=-0.00460787;REVB=-0.0162523;RO=79;SAF=11;SAR=14;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113769;STB=0.573973;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0112584;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:79:80:25:25:0.238095:14:11:42:37:14:11:43:37 chr17 26671945 . A AG 884.86 PASS AF=1;AO=70;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1723;QD=42.1362;RBI=0.211374;REFB=0;REVB=0.108069;RO=14;SAF=53;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0044252;OID=.;OPOS=26671946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:86:84:84:0:60:24:0:0:17:14:53:17:8:6 chr17 26672360 . G GC 244.73 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118529;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2166;QD=44.4968;RBI=0.122077;REFB=0;REVB=-0.0292213;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00732607;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:22:22:0:7:15:0:0:5:0:6:15:0:0 chr17 26676135 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9102;QD=59.1416;RBI=0.0626191;REFB=0;REVB=-0.0204318;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370731;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr17 26684394 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0875;QD=33.427;RBI=0.0574015;REFB=0;REVB=-0.057193;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0053015;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 26694861 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.168;QD=62.3507;RBI=0.0559115;REFB=0;REVB=0.0536571;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266743;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr17 26708300 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.325;QD=61.3753;RBI=0.0277857;REFB=0;REVB=0.026027;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101606;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr17 26708302 . G T 1079.8 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0526567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.247;QD=53.9901;RBI=0.0547937;REFB=-0.171206;REVB=0.0151532;RO=5;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157862;STB=0.508359;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00143774;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:5:5:75:75:0.9375:35:40:2:3:35:40:2:3 chr17 26727721 . GA G 824.39 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646064;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9256;QD=48.4937;RBI=0.0759603;REFB=0;REVB=-0.0399497;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00189161;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:68:68:68:0:33:35:0:0:15:0:33:34:0:0 chr17 26879141 . GAGAAGA GAGA,GAGAAGG 104.52 PASS AF=0.333333,0.0606061;AO=11,2;DP=33;FAO=11,2;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6,2;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0160402,0.00430269;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=207.663,53.0098;QD=12.6692;RBI=0.016211,0.0482208;REFB=-0.0075276,0.0376323;REVB=0.0023471,-0.0480285;RO=19;SAF=6,2;SAR=5,0;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241378,0.604807;STB=0.624061,0.995931;STBP=0.355,0.08;TYPE=del,snp;VARB=0.0271731,-0.0310606;OID=.,.;OPOS=26879142,26879147;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAGA,GAGAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0606061:11,2:33:11,2:33:20:6,2:5,0:7:13:88:19:6,2:5,0:6:13 chr17 26955330 . A C 431.47 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0311269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2579;QD=28.7648;RBI=0.0388818;REFB=-0.0393978;REVB=-0.0233004;RO=20;SAF=27;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147826;STB=0.580604;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0191219;OID=.;OPOS=26955330;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:20:40:40:0.666667:13:27:9:11:13:27:9:11 chr17 27009749 . C T 156.09 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0156836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.634;QD=7.80468;RBI=0.0182932;REFB=-0.000621973;REVB=0.00941615;RO=58;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395254;STB=0.736866;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00259989;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:6:16:23:35:6:16:23:35 chr17 27014396 . C T 706.17 PASS AF=0.635417;AO=60;DP=96;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00444169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3428;QD=29.4239;RBI=0.0188076;REFB=-0.00427835;REVB=0.0182756;RO=34;SAF=18;SAR=42;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188027;STB=0.60195;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00533906;OID=.;OPOS=27014396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:35:60:61:0.635417:42:18:19:15:42:19:20:15 chr17 27014483 . C A 278.42 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0672263;FXX=0.059988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.593;QD=23.6954;RBI=0.0675939;REFB=-0.0281271;REVB=-0.00703981;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266614;STB=0.66265;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158451;OID=.;OPOS=27014483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:19:6:11:10:19:6:12:10 chr17 27018096 . A G 245.24 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0336797;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.016;QD=29.726;RBI=0.0356016;REFB=0.00439191;REVB=0.0115392;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163624;STB=0.590083;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00397148;OID=.;OPOS=27018096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:3:8:10:12:3:8 chr17 27052358 . C T 452.61 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0110462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.398;QD=30.6856;RBI=0.0195723;REFB=0.0320249;REVB=-0.0161573;RO=18;SAF=17;SAR=24;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172094;STB=0.509333;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0134354;OID=.;OPOS=27052358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:24:17:8:10:24:17:8:10 chr17 27065211 . T C 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0140925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.485;QD=24.8628;RBI=0.0187883;REFB=-0.00138198;REVB=0.0124259;RO=25;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135963;STB=0.574672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000820307;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:25:13:13:12:25:13:13:12 chr17 27075423 . C T 225.71 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0187704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.323;QD=17.0344;RBI=0.0246565;REFB=-0.000119359;REVB=-0.015988;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.512967;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000395123;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:13:15:14:11:13:15 chr17 27084364 . T C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0186054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.504;QD=26.0487;RBI=0.0414706;REFB=-0.0143746;REVB=-0.0370628;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.555458;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00354661;OID=.;OPOS=27084364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:3:2:3:9:3:2 chr17 27085564 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0137267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.93;QD=22.6318;RBI=0.0712631;REFB=0.00569896;REVB=-0.0699286;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196076;STB=0.609603;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00846161;OID=.;OPOS=27085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:7:1:5:8:7:1 chr17 27207453 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0155461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.718;QD=11.3694;RBI=0.0202364;REFB=-0.00727377;REVB=0.012955;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0108606;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:8:11:6:5:8:11 chr17 27290968 . CT CTG,TG 121.38 PASS AF=0.4,0.06;AO=16,3;DP=50;FAO=20,3;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14,3;FSAR=6,0;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0934828,0.0175042;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=12.9242,20.5094;QD=9.7101;RBI=0.13074,0.0903398;REFB=0.0858277,0.024451;REVB=-0.091399,0.0886277;RO=23;SAF=13,3;SAR=3,0;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11135,0.499444;STB=0.52847,0.994924;STBP=0.755,0.234;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0176254,-0.0356756;OID=.,.;OPOS=27290970,27290968;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:27:16,3:20,3:0.4,0.06:3,0:13,3:17:6:6,0:14,3:20:7 chr17 27422053 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0412262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.117;QD=16.4255;RBI=0.0516417;REFB=-0.0313393;REVB=0.0311009;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0302908;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:6:5:7:4:6:5 chr17 27438469 . G A 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0125327;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.816;QD=21.2653;RBI=0.0358991;REFB=-0.0139997;REVB=0.0336404;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188756;STB=0.634385;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00365913;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:14:17:17:0.548387:5:12:10:1:5:12:13:1 chr17 27441077 . C G 135.17 PASS AF=0.7;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00557947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.932;QD=27.0337;RBI=0.0498983;REFB=0.0270416;REVB=0.0495854;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087178;STB=0.545392;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0014455;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:6:6:11:14:0.7:3:8:5:1:4:10:5:1 chr17 27580756 . C T 317.12 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00391978;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.398;QD=30.2016;RBI=0.00562306;REFB=-0.028015;REVB=0.00403164;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101466;STB=0.545747;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.015835;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:15:26:27:0.642857:16:10:8:7:16:11:8:7 chr17 27835138 . C T 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0241591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.679;QD=29.0498;RBI=0.0256389;REFB=-0.022149;REVB=-0.00858443;RO=5;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2376;STB=0.631404;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00630084;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:7:7:0:5:7:7:0:5 chr17 27889578 . T C 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0088188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.801;QD=59.5555;RBI=0.0238814;REFB=-0.0209826;REVB=0.0221935;RO=1;SAF=53;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887467;STB=0.504672;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000211267;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:60:53:1:0:60:53:1:0 chr17 27889986 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.924;QD=61.6814;RBI=0.0685892;REFB=0;REVB=0.0679726;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223685;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 27901975 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.61;QD=59.0186;RBI=0.0963488;REFB=0;REVB=-0.0953431;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795808;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr17 28268800 . A C 213.54 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0143244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3403;QD=16.1158;RBI=0.0334538;REFB=0.00552879;REVB=0.0302319;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140899;STB=0.588071;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00552831;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:11:13:11:17:11:13:11:18 chr17 28296327 . T G 159.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0219377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4322;QD=17.7247;RBI=0.0313636;REFB=-0.0214189;REVB=-0.0224147;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201429;STB=0.614753;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0223739;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:12:7:10:7:12:7 chr17 28320248 . T A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.611;QD=57.8849;RBI=0.0154999;REFB=0;REVB=0.00909417;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93652e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr17 28380824 . C T 129.78 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0505911;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.309;QD=30.5359;RBI=0.0661868;REFB=-0.105227;REVB=0.042676;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522328;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0117971;OID=.;OPOS=28380824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:17:5:4:12:13:0.764706:6:6:3:2:7:6:2:2 chr17 28381141 . C G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00970541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.896;QD=8.62783;RBI=0.0122312;REFB=-0.0071591;REVB=0.00744363;RO=27;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580742;STB=0.866282;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0139298;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:1:10:13:14:1:10:13:14 chr17 28407876 . T G 278.23 PASS AF=0.34375;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00917149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5784;QD=11.5928;RBI=0.0483973;REFB=-0.0176768;REVB=0.0475203;RO=62;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147515;STB=0.58818;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0335343;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:62:63:32:33:0.34375:21:11:29:33:22:11:29:34 chr17 28444183 . A C 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0622083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8652;QD=51.4964;RBI=0.0624614;REFB=-0.0305287;REVB=0.00561832;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00723999;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:0:1:18:8:0:1 chr17 28511978 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.839;QD=42.1826;RBI=0.0223158;REFB=0;REVB=0.00507278;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326861;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 28706114 . C T 224.55 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0131763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3534;QD=9.25988;RBI=0.0324731;REFB=-0.0140968;REVB=0.0296797;RO=68;SAF=18;SAR=11;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761961;STB=0.54502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0338093;OID=.;OPOS=28706114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:11:18:38:30:11:18:38:30 chr17 28791619 . G A 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000369491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.993;QD=9.18358;RBI=0.0120637;REFB=-0.0102547;REVB=-0.012058;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306724;STB=0.518118;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0287575;OID=.;OPOS=28791619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:28:21:10:12:28:21 chr17 28794020 . A G 1321.51 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1043;QD=60.7593;RBI=0.0324998;REFB=-0.0805;REVB=0.0215143;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000936599;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:39:47:0:0:39:47:1:0 chr17 28853530 . A C 632.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.778;QD=61.6817;RBI=0.0482868;REFB=0;REVB=0.0306602;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116245;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:17:24:0:0 chr17 28900708 . G T 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104231;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.503;QD=47.8798;RBI=0.0150713;REFB=-0.0148849;REVB=0.0108859;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000862403;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:0:2:12:13:0:2 chr17 29253883 . G T 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00943995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.19;QD=9.18375;RBI=0.0121009;REFB=-0.00737119;REVB=-0.00757092;RO=48;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733348;STB=0.553142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0147018;OID=.;OPOS=29253883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:7:15:30:18:7:15:30:19 chr17 29486152 . G A 425.05 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.000220599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.46;QD=24.2887;RBI=0.00344065;REFB=-0.0288063;REVB=-0.00343357;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925548;STB=0.55074;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0144699;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:19:22:12:17:19:22:12:17 chr17 29496819 . C T 48.21 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0284122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0424;QD=12.8571;RBI=0.0559158;REFB=-0.019518;REVB=-0.0481594;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0215798;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:6:7:0.466667:4:2:4:3:5:2:4:4 chr17 29508775 . G A 550.5 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0614098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.454;QD=44.9388;RBI=0.0615722;REFB=0.00409144;REVB=0.00446877;RO=9;SAF=20;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189742;STB=0.510199;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000966423;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:20:20:4:5:20:20:4:5 chr17 29553485 . G A 78.28 PASS AF=0.25;AO=8;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.014965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9809;QD=7.11617;RBI=0.0407614;REFB=-0.00106425;REVB=-0.0379149;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980232;STB=0.52278;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00865445;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:44:44:24:33:8:11:0.25:4:4:10:14:5:6:17:16 chr17 29646032 . G A 771.68 PASS AF=0.666667;AO=63;DP=95;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0646386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.813;QD=32.1534;RBI=0.0647072;REFB=-0.0143941;REVB=0.00297836;RO=32;SAF=38;SAR=25;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105182;STB=0.552893;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00619192;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:32:32:63:64:0.666667:25:38:14:18:26:38:14:18 chr17 29705947 . T C 363.46 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0190416;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.484;QD=38.2589;RBI=0.0211671;REFB=0.00710614;REVB=-0.00924474;RO=9;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036415;STB=0.51976;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00221939;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:38:9:9:29:29:0.763158:17:12:3:6:17:12:3:6 chr17 29859506 . G T 61.14 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0201562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4326;QD=5.9646;RBI=0.02427;REFB=-0.0091957;REVB=0.013519;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148648;STB=0.58601;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0177968;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:41:31:32:9:9:0.219512:3:6:17:14:3:6:18:14 chr17 29890870 . C G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.018196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.755;QD=8.12767;RBI=0.0267431;REFB=-0.00722908;REVB=-0.0195984;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792527;STB=0.563863;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0212702;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:28:29:11:11:0.275:7:4:12:16:7:4:13:16 chr17 30040819 . T G 235.52 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000634695;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.837;QD=24.7917;RBI=0.0465956;REFB=-0.0164958;REVB=0.0465913;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912911;STB=0.514912;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0109644;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:16:22:22:0.578947:9:13:10:4:9:13:10:6 chr17 30183857 . T C 382.49 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00889617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.323;QD=52.7577;RBI=0.00952298;REFB=-0.023687;REVB=-0.00339783;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0012577;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr17 30222002 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.476;QD=57.2025;RBI=0.0555632;REFB=0;REVB=0.00358191;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246742;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 31268591 . C CT,T 40.41 PASS AF=0.342857,0;AO=11,2;DP=36;FAO=12,0;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.116371,-0.0133191;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.12464,236.206;QD=4.61827;RBI=0.129192,0.0192207;REFB=-0.10137,0.00274418;REVB=-0.05611,0.0138577;RO=22;SAF=4,1;SAR=7,1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202168,-0.0433315;STB=0.569262,0.5;STBP=0.588,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.146538,0;OID=.,.;OPOS=31268592,31268591;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:35:22:23:11,2:12,0:0.342857,0:7,1:4,1:12:10:7,0:5,0:12:11 chr17 31340682 . C T 1118.06 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031039;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7831;QD=59.6299;RBI=0.0359833;REFB=0;REVB=-0.0182038;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112888;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:71:75:1:45:26:0:0:48:27:0:0 chr17 31618732 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.486;QD=43.4861;RBI=0.0415623;REFB=0;REVB=-0.0349856;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662062;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 32483237 . A G 423.41 PASS AF=0.75;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0089103;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.929;QD=38.4919;RBI=0.0119263;REFB=0.00990304;REVB=0.00792742;RO=11;SAF=17;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697674;STB=0.537804;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00244362;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:11:11:33:33:0.75:16:17:4:7:16:17:4:7 chr17 32483270 . C G 431.83 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0506384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8392;QD=36.7513;RBI=0.0544773;REFB=-0.00885486;REVB=-0.020088;RO=13;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165976;STB=0.59001;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00225925;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:15:19:3:10:15:19:3:10 chr17 32583269 . T C 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0107351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.236;QD=4.20317;RBI=0.0120903;REFB=-0.00614919;REVB=0.00556183;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209527;STB=0.51425;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0264685;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:14:25:5:3:14:25 chr17 32612894 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0831095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2907;QD=25.4666;RBI=0.0967716;REFB=-0.0716072;REVB=0.0495737;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387747;STB=0.72665;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0215304;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:2:1:8:1:2:1 chr17 32647831 . A C 515.48 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0641118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4085;QD=46.8616;RBI=0.064112;REFB=-0.0048295;REVB=0.000136071;RO=5;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046866;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164506;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:43:44:5:5:38:39:0.886364:22:16:2:3:23:16:2:3 chr17 32904586 . C T 153.46 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00924671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1544;QD=8.89611;RBI=0.0367922;REFB=-0.0032819;REVB=-0.0356113;RO=48;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241392;STB=0.645012;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0119514;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:16:5:20:28:16:5:20:28 chr17 32953258 . G A 138.71 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.022332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7337;QD=19.8163;RBI=0.0441303;REFB=-0.0359519;REVB=0.0380627;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182392;STB=0.604248;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0316186;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:7:6:4:11:7:6 chr17 33269648 . C G 221.22 PASS AF=0.525;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0244931;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.513;QD=22.1221;RBI=0.0261831;REFB=-0.0165266;REVB=-0.00925455;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0162548;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:19:19:21:21:0.525:10:11:9:10:10:11:9:10 chr17 33286664 . A G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00779328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.698;QD=11.9922;RBI=0.00782393;REFB=-0.0118519;REVB=-0.000691834;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684067;STB=0.548966;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0221968;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:9:9:18:14:9:9:19:14 chr17 33288363 . C T 2597.99 PASS AF=0.935829;AO=175;DP=187;FAO=175;FDP=187;FR=.;FRO=12;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0241912;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.833;QD=55.572;RBI=0.0257819;REFB=-0.0746756;REVB=-0.00891578;RO=7;SAF=72;SAR=103;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044055;STB=0.527674;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000883493;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:187:187:7:12:175:175:0.935829:103:72:7:0:103:72:10:2 chr17 33288882 . T G 1155.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.018;QD=59.278;RBI=0.0151721;REFB=0;REVB=0.0151177;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066936;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:51:23:0:0:51:27:0:0 chr17 33289937 . A T 874.6 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.988;QD=55.5298;RBI=0.0422301;REFB=-0.165064;REVB=-0.00631516;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000287459;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:0:1:59:62:0.984127:32:27:0:0:34:28:0:1 chr17 33325685 . G A 280.83 PASS AF=0.54717;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000767529;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.343;QD=21.1948;RBI=0.00168065;REFB=-0.00287992;REVB=-0.00149515;RO=15;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259922;STB=0.539655;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00205649;OID=.;OPOS=33325685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:15:24:27:29:0.54717:17:10:5:10:17:12:12:12 chr17 33445549 . G A 163.83 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0115554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.46;QD=9.36189;RBI=0.0212961;REFB=-0.0133678;REVB=-0.0178885;RO=48;SAF=15;SAR=7;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200714;STB=0.511859;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0336294;OID=.;OPOS=33445549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:7:15:32:16:7:15:32:16 chr17 33448818 . T C 569.99 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00741806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8746;QD=55.6085;RBI=0.0649991;REFB=-0.0088312;REVB=-0.0645745;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.520823;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000461268;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:16:23:1:0:16:23:2:0 chr17 33454415 . C A 138.08 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0227233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.013;QD=29.0694;RBI=0.0259348;REFB=0.00181503;REVB=0.0125006;RO=5;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137942;STB=0.507681;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000186848;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:19:19:5:5:14:14:0.736842:6:8:3:2:6:8:3:2 chr17 33457562 . T C 35.11 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0528678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.123;QD=5.61753;RBI=0.0564729;REFB=-0.0102552;REVB=-0.0198542;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862539;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0272498;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:25:19:19:5:6:0.24:3:2:9:10:4:2:9:10 chr17 33459096 . C T 319.0 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.024276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.004;QD=15.7531;RBI=0.0275215;REFB=-0.00446535;REVB=-0.0129657;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782607;STB=0.51205;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00599686;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:16:18:24:22:16:19:24:22 chr17 33459419 . G A 146.44 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0320109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5522;QD=10.46;RBI=0.0344399;REFB=-0.0309714;REVB=0.0127047;RO=37;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936946;STB=0.555494;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0560371;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:15:4:10:27:15:4:10:27 chr17 33460175 . T C 88.62 PASS AF=0.24;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0443801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8061;QD=7.08956;RBI=0.107875;REFB=-0.00840932;REVB=-0.0983226;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100741;STB=0.543845;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0302925;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:50:36:38:12:12:0.24:5:7:18:18:5:7:20:18 chr17 33460367 . G A 84.64 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00789831;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.856;QD=9.95722;RBI=0.0231526;REFB=-0.0292192;REVB=0.0217638;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155754;STB=0.604217;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0556715;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:22:23:11:11:0.323529:6:5:7:15:6:5:7:16 chr17 33460431 . C T 132.39 PASS AF=0.275362;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0548881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5577;QD=7.67481;RBI=0.0591084;REFB=-0.0134929;REVB=0.0219338;RO=50;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115158;STB=0.536044;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0443196;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:50:18:19:0.275362:13:5:18:32:13:6:18:32 chr17 33460516 . A G 92.29 PASS AF=0.254902;AO=11;DP=49;FAO=13;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0746295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9036;QD=7.2384;RBI=0.0820631;REFB=-0.0241645;REVB=-0.0341291;RO=28;SAF=0;SAR=11;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693466;STB=0.652697;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0811933;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:49:51:28:38:11:13:0.254902:11:0:2:26:11:2:11:27 chr17 33464864 . C T 638.11 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.253;QD=59.3594;RBI=0.0672156;REFB=-0.065888;REVB=0.0641674;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00294874;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:22:20:0:0:22:20:1:0 chr17 33469279 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0136;QD=48.7342;RBI=0.0734692;REFB=0;REVB=-0.0588515;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00360894;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 33520939 . C T 229.94 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0147674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.242;QD=9.88971;RBI=0.016549;REFB=-0.0335596;REVB=-0.00746957;RO=62;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950386;STB=0.544011;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0695321;OID=.;OPOS=33520939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:64:29:29:0.311828:15:14:35:27:15:14:35:29 chr17 33592591 . C T 406.02 PASS AF=0.72;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00838599;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.2;QD=32.4812;RBI=0.0095735;REFB=-0.0445116;REVB=0.00461812;RO=12;SAF=13;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275543;STB=0.520227;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0132154;OID=.;OPOS=33592591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:12:14:36:36:0.72:23:13:5:7:23:13:6:8 chr17 33680507 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0324836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.914;QD=20.8931;RBI=0.0380862;REFB=-0.0303859;REVB=0.0198839;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.583159;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0123459;OID=.;OPOS=33680507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:3:3:7:3:3:3 chr17 33680807 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3037;QD=47.8217;RBI=0.0819722;REFB=0;REVB=-0.0815817;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261861;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr17 33680840 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8788;QD=57.2022;RBI=0.0231407;REFB=0;REVB=-0.0230947;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031101;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 33689926 . T C 1970.44 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0811322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2296;QD=62.061;RBI=0.0838505;REFB=0;REVB=-0.0211774;RO=0;SAF=96;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491286;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:31:96:0:0:31:96:0:0 chr17 33690466 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.086;QD=59.4356;RBI=0.0265556;REFB=0;REVB=0.0103734;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41744e-05;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:26:8:1:0:26:9:0:0 chr17 33768199 . G A 373.77 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0175963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.934;QD=15.7377;RBI=0.021196;REFB=-0.011718;REVB=-0.011817;RO=55;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126309;STB=0.558912;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0184918;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:55:39:40:0.421053:27:12:23:32:27:13:23:32 chr17 33768354 . C T 204.77 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0640313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4503;QD=14.6266;RBI=0.0888022;REFB=-0.0439207;REVB=0.061529;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658518;STB=0.573332;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0530833;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:32:25:24:0.428571:15:10:14:16:15:9:16:16 chr17 33769034 . G A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00117395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.55;QD=24.3824;RBI=0.023701;REFB=0.00571062;REVB=-0.0236719;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114436;STB=0.563709;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00704653;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:10:11:10:16:10:11 chr17 33875688 . T A 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00813431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.751;QD=7.35305;RBI=0.0101681;REFB=-0.00553829;REVB=-0.00610102;RO=52;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261886;STB=0.515868;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0121756;OID=.;OPOS=33875688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:8:11:29:23:8:11:29:23 chr17 33875823 . C T 553.2 PASS AF=0.793103;AO=40;DP=59;FAO=46;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0123594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.296;QD=38.1518;RBI=0.0126141;REFB=-0.00733417;REVB=-0.00252207;RO=12;SAF=20;SAR=20;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356476;STB=0.508768;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00888364;OID=.;OPOS=33875823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:59:58:12:11:40:46:0.793103:20:20:7:5:23:23:6:5 chr17 33880003 . C G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0174322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.539;QD=27.6512;RBI=0.0193759;REFB=0.0267554;REVB=0.00845826;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141679;STB=0.578857;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00878765;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:6:12:4:5:6:12:4:5 chr17 33881631 . T C 1188.36 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.687;QD=59.4182;RBI=0.0217481;REFB=-0.122824;REVB=-0.00261528;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000159993;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:1:0:39:40:1:0 chr17 33881718 . G A 753.22 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8798;QD=61.487;RBI=0.0423065;REFB=-0.025158;REVB=-0.0231218;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00073626;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr17 33884804 . T C 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00414469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.524;QD=32.9594;RBI=0.00604582;REFB=-0.011308;REVB=0.00440153;RO=14;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643971;STB=0.535145;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00580788;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:16:14:5:9:16:14:5:9 chr17 33901917 . TTAAG T 63.96 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0140654;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=316.603;QD=6.39599;RBI=0.0143103;REFB=-0.0103364;REVB=0.00263634;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.59984;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.0248501;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:12:41:12:40:28:6:6:18:10:63:28:6:6:18:10 chr17 33901965 . C G 298.31 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00959911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.582;QD=29.8308;RBI=0.0479979;REFB=-0.00740932;REVB=0.0470282;RO=14;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095063;STB=0.552285;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00252971;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:11:15:6:8:11:15:6:8 chr17 33998802 . G C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0140829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.917;QD=9.8439;RBI=0.0249757;REFB=-0.0136219;REVB=-0.0206266;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376342;STB=0.726832;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0461891;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:7:13:3:7:7:13 chr17 34069578 . C T 232.32 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0105562;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.787;QD=29.9774;RBI=0.0225073;REFB=-0.00209619;REVB=0.0198782;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276682;STB=0.612132;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00120322;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:11:10:20:21:0.677419:15:5:7:4:15:6:6:4 chr17 34072898 . C T 331.41 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00399522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.049;QD=15.9717;RBI=0.016436;REFB=-0.00734586;REVB=-0.015943;RO=43;SAF=12;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266244;STB=0.671905;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0115991;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:43:47:36:36:0.433735:24:12:26:17:24:12:30:17 chr17 34073301 . C T 856.32 PASS AF=0.521212;AO=83;DP=164;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0191544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.654;QD=20.7593;RBI=0.0207772;REFB=-0.0087936;REVB=-0.00804983;RO=77;SAF=50;SAR=33;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974146;STB=0.554236;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00771704;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:77:79:83:86:0.521212:33:50:38:39:33:53:40:39 chr17 34100350 . G C,GC 717.06 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=5,40;DP=48;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035825,0.0153763;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=203.987,229.058;QD=62.3526;RBI=0.0359822,0.0264973;REFB=0,0;REVB=0.00335954,0.0215795;RO=2;SAF=2,21;SAR=3,19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281149,-0.0425907;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.028994,9.69065e-05;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:46:2:0:5,40:2,44:0.0434783,0.956522:3,19:2,21:2:0:0,22:2,22:0:0 chr17 34106076 . C T 358.29 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00932677;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.851;QD=30.4926;RBI=0.0308331;REFB=0.00365625;REVB=0.0293886;RO=17;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248977;STB=0.51366;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00081647;OID=.;OPOS=34106076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:13:17:9:8:13:17:9:8 chr17 34313612 . G A 315.5 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.096543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3262;QD=24.2691;RBI=0.0976322;REFB=-0.026652;REVB=0.0145428;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116052;STB=0.509404;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0204354;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:17:14:9:11:17:14:9:12 chr17 34313674 . G A 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00874705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.218;QD=21.8982;RBI=0.0129051;REFB=-0.0209073;REVB=0.00948838;RO=26;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439007;STB=0.502426;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.016852;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:23:10:8:18:23:10:8:18 chr17 34341398 . A G 169.27 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0191525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.444;QD=16.5145;RBI=0.0229207;REFB=-0.010305;REVB=-0.0125912;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530323;STB=0.530353;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0104088;OID=.;OPOS=34341398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:14:9:8:10:14:9 chr17 34431287 . G T 1476.01 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186777;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.185;QD=59.0405;RBI=0.0186813;REFB=0;REVB=-0.000368034;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261473;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:95:100:1:51:44:0:0:52:48:0:0 chr17 34431961 . T C 172.81 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0565153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.654;QD=36.3805;RBI=0.0611869;REFB=0.00164192;REVB=0.0234492;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869632;STB=0.547884;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000149815;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:2:1:10:6:2:1 chr17 34854280 . G A 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3767;QD=58.7986;RBI=0.0524153;REFB=0.0455999;REVB=0.0448839;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000185575;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:34:40:0:1:34:40:0:1 chr17 34942595 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.948;QD=45.8068;RBI=0.013304;REFB=0;REVB=0.0132099;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43584e-05;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 34956585 . CCA C 179.68 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0063002;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.314;QD=8.45536;RBI=0.011113;REFB=-0.0125302;REVB=-0.00915461;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=0.161292;STB=0.602557;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.0274763;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376471:31:83:32:85:53:18:14:21:32:99:48:17:14:19:29 chr17 35445977 . C T 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0234463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.482;QD=8.96033;RBI=0.0282825;REFB=-0.00253894;REVB=-0.0158168;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401673;STB=0.524504;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00928363;OID=.;OPOS=35445977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:9:5:14:22:9:5:14:22 chr17 35478362 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.864;QD=61.6836;RBI=0.0256072;REFB=0;REVB=0.0181366;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54601e-07;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr17 35609866 . C T 720.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.043;QD=55.3955;RBI=0.0350492;REFB=0;REVB=0.0207727;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145407;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:21:27:0:0:22:30:0:0 chr17 35696804 . G A 340.55 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.366;QD=54.4879;RBI=0.022873;REFB=0;REVB=0.0165286;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74485e-06;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 301.87 PASS AF=0.782609,0.217391;AO=17,5;DP=23;FAO=18,5;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000509149,0.00692947;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=200.493,91.4317;QD=52.4996;RBI=0.0251264,0.0240126;REFB=0,0;REVB=0.0251212,0.022991;RO=0;SAF=9,3;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00427274,-0.0122103;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.782609,0.217391:17,5:23:18,5:23:0:9,3:9,2:0:0:28:0:9,3:8,2:0:0 chr17 35743010 . C G 152.54 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000213416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5127;QD=10.3416;RBI=0.0112061;REFB=-0.00947525;REVB=-0.011204;RO=37;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242602;STB=0.642106;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0372265;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:20:20:0.338983:7:13:16:21:7:13:17:22 chr17 35771468 . C T 230.23 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0987846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8236;QD=46.0462;RBI=0.118199;REFB=0.126996;REVB=0.0649038;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297028;STB=0.516112;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0106408;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:15:4:0:1:15:4:0:1 chr17 35771504 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0306399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.699;QD=14.335;RBI=0.0355565;REFB=0.00273803;REVB=0.0180406;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297103;STB=0.680363;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00341336;OID=.;OPOS=35771504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:3:7:8:1:3:7 chr17 35873399 . TA T 1134.96 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4063;QD=47.7879;RBI=0.0382305;REFB=0;REVB=-0.0381848;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000224657;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:95:95:95:0:48:47:0:0:20:1:45:47:1:0 chr17 35896123 . T C 706.02 PASS AF=0.694118;AO=59;DP=85;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0196702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.545;QD=33.2245;RBI=0.0197638;REFB=-0.0475575;REVB=-0.00192163;RO=26;SAF=39;SAR=20;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199379;STB=0.510749;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0125649;OID=.;OPOS=35896123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:26:26:59:59:0.694118:20:39:18:8:20:39:18:8 chr17 35899274 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00161401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.007;QD=18.2512;RBI=0.00452306;REFB=-0.00210714;REVB=-0.00422529;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137254;STB=0.578836;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00258057;OID=.;OPOS=35899274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:9:6:4:11:9:6 chr17 35902225 . C G 207.28 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0429285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.955;QD=11.5154;RBI=0.0432401;REFB=-0.00943952;REVB=-0.00518137;RO=43;SAF=3;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582592;STB=0.814556;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102727;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:46:24:26:0.361111:21:3:26:17:22:4:28:18 chr17 35956391 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00847394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.421;QD=12.7822;RBI=0.0141651;REFB=0.00369274;REVB=-0.0113508;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00645257;OID=.;OPOS=35956391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:10:4:5:5:10:4 chr17 35984410 . T C 262.69 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0132738;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.901;QD=25.0184;RBI=0.0203771;REFB=-0.000456253;REVB=0.0154607;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851636;STB=0.53626;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.000614003;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:18:24:24:0.571429:10:14:8:9:10:14:9:9 chr17 35988672 . C T 345.11 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0713861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3404;QD=31.3737;RBI=0.0721418;REFB=0.0140068;REVB=0.0104145;RO=15;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934824;STB=0.551146;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0108732;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:15:14:5:10:15:14:5:10 chr17 35995638 . T A 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0153536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.757;QD=26.0633;RBI=0.0190197;REFB=-0.0098219;REVB=0.0112257;RO=31;SAF=32;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20087;STB=0.610004;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00635379;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:15:32:13:18:15:32:13:18 chr17 36003359 . A G 253.38 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0442603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.972;QD=19.1228;RBI=0.0558812;REFB=-0.0217952;REVB=-0.0341136;RO=26;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33177;STB=0.686422;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0360995;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:7:20:10:16:7:20:10:16 chr17 36357218 . C A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0207885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.058;QD=9.53624;RBI=0.023215;REFB=-0.0141518;REVB=-0.0103331;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255379;STB=0.654912;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0387308;OID=.;OPOS=36357218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:15:12:8:4:15:12 chr17 36358847 . T A 929.9 PASS AF=0.75;AO=71;DP=96;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.030639;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4812;QD=38.746;RBI=0.0648697;REFB=0.00053405;REVB=0.0571781;RO=24;SAF=39;SAR=32;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626839;STB=0.534874;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000653345;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:24:71:72:0.75:32:39:10:14:32:40:10:14 chr17 36485585 . CT C 33.95 PASS AF=0.253333;AO=24;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.157935;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.59536;QD=1.8105;RBI=0.168543;REFB=-0.0742605;REVB=0.0588499;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24287;STB=0.519293;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.0615145;OID=.;OPOS=36485586;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253333:24:75:19:75:56:11:8:31:25:33:42:17:7:21:21 chr17 36486065 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.132358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5589;QD=10.9404;RBI=0.140387;REFB=-0.0308497;REVB=-0.0467966;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0589567;OID=.;OPOS=36486065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:11:9:4:7:11:9 chr17 36617210 . A G 277.06 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=134;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0353383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.162;QD=8.20914;RBI=0.0589781;REFB=-0.00892466;REVB=-0.0472189;RO=93;SAF=28;SAR=10;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211715;STB=0.614631;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0215971;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:93:97:38:38:0.281481:10:28:54:39:10:28:58:39 chr17 36622482 . G C 53.78 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0123469;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.508;QD=3.3097;RBI=0.0255598;REFB=-0.00653059;REVB=-0.0223798;RO=52;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205923;STB=0.592407;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.034768;OID=.;OPOS=36622482;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:52:55:9:10:0.153846:6:3:26:26:6:4:28:27 chr17 36635721 . C T 770.36 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115502;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.964;QD=64.1963;RBI=0.0207761;REFB=0;REVB=0.0172696;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011137;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 36646386 . A G 2385.91 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.996;QD=61.1771;RBI=0.0500286;REFB=0;REVB=0.0500182;RO=0;SAF=74;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30786e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:82:74:0:0:82:74:0:0 chr17 36861983 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5418;QD=54.5173;RBI=0.0600659;REFB=0;REVB=0.0183827;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00097528;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr17 36868139 . G A 251.67 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0324365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.899;QD=27.2071;RBI=0.046528;REFB=-0.0338449;REVB=0.0333576;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215946;STB=0.604562;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0108956;OID=.;OPOS=36868139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:13:10:10:3:13:10:10:4 chr17 36882595 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.614;QD=39.2068;RBI=0.0177901;REFB=0;REVB=-0.00528119;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017459;OID=.;OPOS=36882595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 36889559 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0731348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.253;QD=22.8302;RBI=0.0731385;REFB=-0.023239;REVB=-0.000737338;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263413;STB=0.648448;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0206069;OID=.;OPOS=36889559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:3:7:5:10:3:7 chr17 36890949 . T C 130.3 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0174945;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.913;QD=12.7119;RBI=0.0251684;REFB=-0.0169733;REVB=0.018094;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244389;STB=0.589948;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.015142;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:14:16:0.390244:10:4:12:12:10:6:13:12 chr17 36891790 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0267477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.299;QD=14.0444;RBI=0.035188;REFB=-0.0284172;REVB=0.0228639;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00521334;OID=.;OPOS=36891790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:0:4:3:2:0:4 chr17 36894839 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0352891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.201;QD=4.85424;RBI=0.0363704;REFB=0.00297788;REVB=0.00880245;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142045;STB=0.596042;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.010574;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:5:2:11:17:5:2:11:17 chr17 36895514 . A G 85.73 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0042425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.636;QD=6.01625;RBI=0.00883192;REFB=-0.00470122;REVB=-0.00774622;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341484;STB=0.713964;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0148953;OID=.;OPOS=36895514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:9:4:26:18:9:4:26:18 chr17 36906627 . A G 86.89 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0246575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.926;QD=12.872;RBI=0.0270089;REFB=0.0033912;REVB=-0.0110221;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00351064;OID=.;OPOS=36906627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr17 36909061 . A G 462.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.622;QD=57.7603;RBI=0.0260131;REFB=0;REVB=-0.0156228;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2783e-05;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr17 36909499 . A T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0257186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.778;QD=21.8981;RBI=0.0295554;REFB=-0.00757645;REVB=-0.0145628;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.583966;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00846776;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:14:19:9:16:14:19:10:16 chr17 36922839 . C G 273.38 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0195741;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.851;QD=17.3576;RBI=0.0485721;REFB=-0.00595181;REVB=-0.0444534;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852725;STB=0.537516;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00239779;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:13:17:21:11:13:17:21:12 chr17 36926731 . T G 155.92 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00745043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7722;QD=10.9415;RBI=0.0302355;REFB=-0.0106024;REVB=0.0293032;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196482;STB=0.613927;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0197423;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:12:25:10:10:12:25 chr17 36926767 . G A 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0262669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.749;QD=9.21651;RBI=0.0283428;REFB=-0.00795009;REVB=-0.0106474;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310623;STB=0.684712;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0219765;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:6:10:13:24:6:10:13:24 chr17 36963226 . G T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00662216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.425;QD=13.0315;RBI=0.0123649;REFB=-0.000831857;REVB=-0.0104421;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852603;STB=0.504882;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00128885;OID=.;OPOS=36963226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:19:23:15:12:19:23 chr17 36990036 . GC G 320.14 PASS AF=0.754717;AO=37;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.286985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.2567;QD=24.1613;RBI=0.288348;REFB=0.0628616;REVB=-0.0280006;RO=12;SAF=14;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=-0.0183316;STB=0.515617;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=-0.0298146;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.754717:37:53:40:53:13:16:24:6:7:48:12:14:23:5:7 chr17 36997461 . G A 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.002076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.552;QD=9.41863;RBI=0.00302006;REFB=-0.00182148;REVB=0.00219339;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243226;STB=0.645965;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00586781;OID=.;OPOS=36997461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:14:22:6:9:14:22 chr17 37004299 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.108682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5487;QD=12.396;RBI=0.122132;REFB=-0.0206831;REVB=0.0557171;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0138406;OID=.;OPOS=37004299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr17 37017937 . AG AA,GA 431.73 PASS AF=0.772727,0;AO=31,2;DP=44;FAO=34,0;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=13,0;FSAR=21,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0724619,0.000396395;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=46.4171,29.9081;QD=39.2484;RBI=0.199768,0.0446642;REFB=-0.0212904,0.0129456;REVB=0.186162,0.0446624;RO=8;SAF=13,0;SAR=18,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12578,-0.684179;STB=0.595889,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.044276,0.0666784;OID=.,.;OPOS=37017938,37017937;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:44:44:8:10:31,2:34,0:0.772727,0:18,2:13,0:6:2:21,0:13,0:8:2 chr17 37017969 . T G 420.77 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00380615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6428;QD=38.2514;RBI=0.0487674;REFB=0.0320807;REVB=-0.0486187;RO=11;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113849;STB=0.56176;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0121791;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:20:13:7:4:20:13:7:4 chr17 37070658 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0401872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2092;QD=12.4026;RBI=0.0711995;REFB=-0.0114703;REVB=-0.0587738;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654798;STB=0.538414;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0199269;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:11:18:9:7:11:18 chr17 37074932 . C T 82.93 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00450155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.839;QD=9.47777;RBI=0.00763371;REFB=0.00505998;REVB=0.00616519;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248891;STB=0.642612;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0156338;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:22:24:11:11:0.314286:5:6:7:15:5:6:8:16 chr17 37076331 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00439249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.952;QD=13.4558;RBI=0.0376826;REFB=-0.025015;REVB=0.0374258;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0315017;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr17 37101380 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00689027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.819;QD=55.2224;RBI=0.0284331;REFB=-0.0269635;REVB=0.0275856;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.44593e-05;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr17 37224211 . C T 128.19 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0240192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.363;QD=12.2089;RBI=0.0289193;REFB=-0.00915334;REVB=-0.0161061;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0153848;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:11:16:9:6:11:16 chr17 37228765 . A G 51.2 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.017197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.276;QD=5.53532;RBI=0.023433;REFB=-0.0102301;REVB=-0.0159176;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288092;STB=0.685833;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0539755;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:3:5:11:18:3:5:11:18 chr17 37349710 . C G 1104.78 PASS AF=0.681159;AO=88;DP=133;FAO=94;FDP=138;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0448808;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.651;QD=32.0227;RBI=0.0652254;REFB=-0.072538;REVB=0.0473293;RO=42;SAF=30;SAR=58;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211254;STB=0.504196;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0272158;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:42:44:88:94:0.681159:58:30:13:29:63:31:14:30 chr17 37356566 . A G 515.27 PASS AF=0.585366;AO=45;DP=79;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0160022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.182;QD=25.135;RBI=0.0292252;REFB=-0.0283622;REVB=0.0244548;RO=34;SAF=28;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458557;STB=0.540238;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0213523;OID=.;OPOS=37356566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:34:34:45:48:0.585366:17:28:23:11:20:28:23:11 chr17 37410892 . C G 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.039535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.229;QD=11.9867;RBI=0.0409087;REFB=0.00202169;REVB=-0.0105119;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117423;STB=0.573975;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00768394;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:17:12:26:24:17:12:27:24 chr17 37898543 . T C 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800632;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.489;QD=63.8839;RBI=0.0950209;REFB=0;REVB=0.0511748;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30522e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr17 38068621 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00626348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.666;QD=9.67077;RBI=0.00626427;REFB=-0.00412045;REVB=-9.91849e-05;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299921;STB=0.53444;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00769215;OID=.;OPOS=38068621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:16:16:0.307692:7:9:20:14:7:9:22:14 chr17 38121993 . G A 950.22 PASS AF=0.760417;AO=73;DP=95;FAO=73;FDP=96;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0356701;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5382;QD=39.5925;RBI=0.0363929;REFB=-0.027291;REVB=0.00721685;RO=21;SAF=33;SAR=40;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500617;STB=0.527213;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00911802;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:21:23:73:73:0.760417:40:33:12:9:40:33:13:10 chr17 38122680 . G T 301.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.901;QD=52.5001;RBI=0.0512344;REFB=0;REVB=0.0106307;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329981;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 38122686 . G A 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0100968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9378;QD=34.1526;RBI=0.0668857;REFB=0.032405;REVB=0.0661192;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178192;STB=0.509793;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00604765;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:10:8:2:3:10:8:2:3 chr17 38137364 . G A 139.42 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0526103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.2778;QD=25.3489;RBI=0.0650171;REFB=-0.0518687;REVB=0.0382017;RO=6;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289706;STB=0.650939;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0306634;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:14:15:0.681818:3:11:2:4:3:12:3:4 chr17 38173143 . G A 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00141361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.054;QD=32.1189;RBI=0.0401717;REFB=-0.00183694;REVB=0.0401469;RO=11;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230701;STB=0.626274;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000560188;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:10:15:2:9:10:15:2:9 chr17 38176256 . A T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000180918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.243;QD=26.6013;RBI=0.0491937;REFB=-0.04243;REVB=0.0491934;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00395713;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:0:2:6:2:0:2 chr17 38179492 . A G 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00230995;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.246;QD=25.2333;RBI=0.00867058;REFB=0.00383461;REVB=0.00835722;RO=34;SAF=21;SAR=27;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657491;STB=0.535923;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00268066;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:27:21:12:22:27:21:12:22 chr17 38282544 . GA AG 32.46 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0227584;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.063;QD=1.5645;RBI=0.0487879;REFB=-0.00669072;REVB=-0.0431545;RO=71;SAF=1;SAR=7;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520232;STB=0.89603;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.089348;OID=.;OPOS=38282544;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:71:75:8:8:0.0963855:7:1:42:29:7:1:45:30 chr17 38513802 . GGGGCC G,GG,GGC,GGGC 584.61 PASS AF=0.210526,0.175439,0.368421,0.245614;AO=11,9,11,8;DP=59;FAO=12,10,21,14;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=12,9,3,4;FSAR=0,1,18,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239544,0.0180033,0.0470914,0.0352559;FXX=0.065563;HRUN=4,4,4,4;LEN=5,4,3,2;MLLD=35.9378,37.5512,36.7447,29.7293;QD=41.0253;RBI=0.0398318,0.0545656,0.0628475,0.107205;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0318239,0.0515101,0.0416198,0.101242;RO=0;SAF=11,9,4,1;SAR=0,0,7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445946,0.445946,0.445946,0.445946;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.0101171,0.0222238,-0.0384466,0.145929;OID=.,.,.,.;OPOS=38513803,38513804,38513804,38513805;OREF=GGGCC,GGCC,GGC,GC;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=G,GG,GGC,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.210526,0.175439,0.368421,0.245614:11,9,11,8:59:12,10,21,14:57:0:12,9,3,4:0,1,18,10:0:0:74:0:11,9,4,1:0,0,7,7:0:0 chr17 38600092 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00536978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.526;QD=24.3281;RBI=0.00536978;REFB=-0.0150898;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090841;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr17 38711663 . C G 36.32 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0577475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4385;QD=2.5491;RBI=0.102681;REFB=-0.00952468;REVB=-0.0849039;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493489;STB=0.860368;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0788245;OID=.;OPOS=38711663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:48:50:7:7:0.122807:1:6:21:27:1:6:22:28 chr17 38784927 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0211841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.302;QD=17.8402;RBI=0.0242311;REFB=0.00037012;REVB=0.0117635;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107997;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:13:14:0.5:6:7:8:6:6:8:8:6 chr17 38855772 . T C 803.58 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00194041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4783;QD=55.4193;RBI=0.0526324;REFB=-0.113577;REVB=0.0525966;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00145423;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr17 38857446 . C A 1149.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.584;QD=60.485;RBI=0.0610987;REFB=0;REVB=0.0566154;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125034;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:37:39:0:0 chr17 38858134 . CA C,CT,GC 635.07 PASS AF=1,0,0;AO=38,2,2;DP=42;FAO=41,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0;FSAR=39,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366718,-0.0549247,-0.0578744;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=300.239,272.773,273.124;QD=61.9578;RBI=0.038945,0.0569845,0.0591873;REFB=0,0,0;REVB=-0.0131108,-0.0151824,-0.0123974;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=36,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-4.03054e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=38858135,38858135,38858134;OREF=A,A,CA;OALT=-,T,GC;OMAPALT=C,CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:38,2,2:41,0,0:1,0,0:36,2,2:2,0,0:0:0:39,0,0:2,0,0:0:0 chr17 38911212 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.859;QD=64.4144;RBI=0.0452354;REFB=0;REVB=-0.0451241;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259172;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 38911363 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7283;QD=63.2832;RBI=0.0294979;REFB=0;REVB=0.0265178;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112091;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr17 38935812 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1122;QD=58.0567;RBI=0.0400848;REFB=0;REVB=-0.0327391;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444106;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr17 38936659 . C T 723.94 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.691;QD=54.6372;RBI=0.0356939;REFB=0.0153025;REVB=0.00142624;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000575827;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:21:31:0:0:21:31:0:1 chr17 38955961 . G A 165.88 PASS AF=0.68;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0322388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.184;QD=26.5412;RBI=0.0323769;REFB=0.00112588;REVB=-0.00298696;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168365;STB=0.54994;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000360021;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:9:8:16:17:0.68:11:5:5:4:11:6:4:4 chr17 38978536 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=384.668;QD=47.8224;RBI=0.0377387;REFB=0;REVB=0.00581015;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102543;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 38990834 . G C 654.05 PASS AF=0.69697;AO=44;DP=64;FAO=46;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.00442902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.442;QD=39.6391;RBI=0.0296152;REFB=-0.0478412;REVB=0.0292821;RO=11;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209125;STB=0.60373;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0139527;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:64:66:11:11:44:46:0.69697:19:25:0:11:21:25:0:11 chr17 38991003 . T C 741.1 PASS AF=0.546154;AO=70;DP=129;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0093599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.415;QD=22.8032;RBI=0.0135893;REFB=-0.0182865;REVB=-0.00985191;RO=59;SAF=26;SAR=44;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753427;STB=0.543639;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0162451;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:59:59:70:71:0.546154:44:26:27:32:45:26:27:32 chr17 38991032 . T A 772.74 PASS AF=0.557252;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0634474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7892;QD=23.5952;RBI=0.0634504;REFB=-0.0308715;REVB=-0.000618294;RO=58;SAF=29;SAR=44;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139407;STB=0.507617;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0251535;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:58:73:73:0.557252:44:29:24:34:44:29:24:34 chr17 39081713 . A G 329.46 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0117256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.21;QD=12.4324;RBI=0.0173573;REFB=-0.018998;REVB=-0.0127979;RO=66;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179842;STB=0.602382;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0235399;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:17:23:27:39:17:23:27:39 chr17 39084504 . T C 138.59 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0126084;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197;QD=10.4598;RBI=0.0237814;REFB=-0.0176845;REVB=0.0201639;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148793;STB=0.564782;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.03379;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:17:18:0.339623:10:7:19:16:10:8:19:16 chr17 39134455 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0175165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.66;QD=21.1692;RBI=0.0377111;REFB=-0.00614779;REVB=0.0333961;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00445589;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr17 39135205 . A G 449.74 PASS AF=0.727273;AO=38;DP=53;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0179376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.877;QD=32.7086;RBI=0.0179376;REFB=-0.0216474;REVB=1.01333e-05;RO=14;SAF=17;SAR=21;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026372;STB=0.502278;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0116289;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:14:15:38:40:0.727273:21:17:7:7:21:19:7:8 chr17 39137297 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.010645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.442;QD=25.254;RBI=0.0108058;REFB=-0.0208674;REVB=0.00185674;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699535;STB=0.539126;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.015092;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:5:13:7:4:5:13:7:4 chr17 39139348 . A G 900.27 PASS AF=0.712963;AO=75;DP=106;FAO=77;FDP=108;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.013346;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.924;QD=33.3434;RBI=0.0140504;REFB=-0.0209391;REVB=-0.0043928;RO=31;SAF=35;SAR=40;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939523;STB=0.508472;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00787235;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:31:31:75:77:0.712963:40:35:15:16:42:35:15:16 chr17 39140272 . A G 605.82 PASS AF=0.606742;AO=53;DP=86;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0478772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7649;QD=27.2276;RBI=0.0521501;REFB=0.00838493;REVB=-0.0206738;RO=33;SAF=30;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577258;STB=0.516367;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00632569;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:33:35:53:54:0.606742:23:30:16:17:24:30:18:17 chr17 39150284 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000321963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.616;QD=16.1063;RBI=0.0689417;REFB=-0.0115659;REVB=-0.0689409;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278502;STB=0.681208;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104877;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:6:11:7:13:6:11:7:15 chr17 39150357 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0165315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.596;QD=18.4833;RBI=0.0211816;REFB=-0.0125822;REVB=-0.0132428;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0158624;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:8:13:7:12:8:13 chr17 39155881 . C T 99.26 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0434106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.346;QD=14.705;RBI=0.0457249;REFB=-0.0124139;REVB=0.0143629;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00549176;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:15:11:12:0.444444:6:5:8:4:7:5:8:7 chr17 39156067 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=19;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00897698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202;QD=20.0306;RBI=0.0111177;REFB=-0.0290044;REVB=0.0065587;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.52379;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0274766;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:26:19:24:0.48:10:9:11:8:14:10:12:14 chr17 39156084 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0249257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.98;QD=15.1008;RBI=0.0256645;REFB=-0.0145589;REVB=0.0061136;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675675;STB=0.538429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0216722;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:15:16:14:10:15:16 chr17 39183254 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0160082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.336;QD=25.3616;RBI=0.129273;REFB=-0.0162007;REVB=-0.128278;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214431;STB=0.617519;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0114676;OID=.;OPOS=39183254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:2:13:8:0:2:13:8:0 chr17 39183304 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.022628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.932;QD=18.8868;RBI=0.0253863;REFB=0.00898949;REVB=-0.0115083;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00504377;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:7:8:0.615385:3:4:2:2:3:5:3:2 chr17 39186052 . G A 447.98 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0124332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.959;QD=26.7449;RBI=0.0124609;REFB=-0.0133289;REVB=-0.000830669;RO=24;SAF=23;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087328;STB=0.540194;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00636119;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:25:42:42:0.626866:19:23:10:14:19:23:11:14 chr17 39186168 . A C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0567014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.278;QD=17.8272;RBI=0.0583896;REFB=-0.0114864;REVB=-0.0139388;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0175012;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr17 39186195 . CA TG 92.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0012519;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.591;QD=16.7878;RBI=0.00207429;REFB=-0.0143847;REVB=0.00165391;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0172808;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr17 39190830 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00537843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.068;QD=10.6338;RBI=0.0260403;REFB=-0.00853225;REVB=-0.0254788;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0121217;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:3:5:8:4:3:5:9:4 chr17 39197638 . A G 87.3 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0290698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8572;QD=19.4004;RBI=0.122745;REFB=-0.0557598;REVB=-0.119253;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0544967;OID=.;OPOS=39197638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:18:6:7:9:9:0.5:4:5:4:2:4:5:4:3 chr17 39203490 . G C 126.47 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0305286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2648;QD=29.7581;RBI=0.066515;REFB=-0.0603487;REVB=0.0590953;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506274;STB=0.528258;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0231291;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:5:8:2:2:5:8:2:2 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G,GTGG 104.77 PASS AF=0.428571,0.142857;AO=9,3;DP=23;FAO=9,3;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=1,3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00220467,-0.0249146;FXX=0.0869187;HRUN=1,1;LEN=13,10;MLLD=289.765,199.489;QD=19.9565;RBI=0.00813218,0.0444131;REFB=-0.0357853,-0.0406822;REVB=-0.00782763,-0.0367667;RO=8;SAF=8,0;SAR=1,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.349937,-0.694555;STB=0.754021,0.996121;STBP=0.095,0.075;TYPE=del,del;VARB=0.0150182,0.063039;OID=.,.;OPOS=39203522,39203525;OREF=TGGTGTCTGAGGC,TGTCTGAGGC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.142857:9,3:23:9,3:21:9:8,0:1,3:5:4:74:8:8,0:1,3:5:3 chr17 39203553 . G T 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0323059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0783;QD=25.3115;RBI=0.0366448;REFB=-0.00638224;REVB=-0.0172966;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113643;STB=0.506323;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00451806;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:5:8:12:8:5:8 chr17 39240504 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0205618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.174;QD=10.0343;RBI=0.0302489;REFB=0.00922254;REVB=-0.0221858;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0192287;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr17 39253815 . G A 138.57 PASS AF=0.7;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00650588;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.029;QD=27.7147;RBI=0.0417458;REFB=-0.0607118;REVB=0.0412357;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0245596;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:6:6:14:14:0.7:7:7:3:3:7:7:3:3 chr17 39253835 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0148234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.189;QD=22.58;RBI=0.0794151;REFB=-0.0261356;REVB=-0.0780194;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251319;STB=0.642615;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.01053;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:2:5:4:8:2:5 chr17 39253886 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0357024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.803;QD=16.199;RBI=0.105213;REFB=-0.0216182;REVB=0.0989702;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00560521;OID=.;OPOS=39253886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr17 39254335 . A AT 863.52 PASS AF=0.691275;AO=99;DP=148;FAO=103;FDP=149;FR=.;FRO=46;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0639796;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3167;QD=23.1818;RBI=0.0739129;REFB=0.0148235;REVB=0.0370099;RO=47;SAF=49;SAR=50;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221309;STB=0.505213;STBP=0.831;TYPE=ins;VARB=-0.003204;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.691275:99:148:103:149:46:52:51:24:22:99:47:49:50:25:22 chr17 39258027 . G A 40.18 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0120503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.534;QD=14.6094;RBI=0.0779922;REFB=-0.00783321;REVB=0.0770556;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00912842;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:4:6:0.545455:1:3:3:1:3:3:3:2 chr17 39261949 . T C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.114602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7872;QD=18.7403;RBI=0.117438;REFB=-0.0161021;REVB=-0.0256506;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00106238;OID=.;OPOS=39261949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:3:4:7:7:0.636364:3:4:2:1:3:4:3:1 chr17 39274069 . G C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0919678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.677;QD=21.5453;RBI=0.0933341;REFB=-0.0213361;REVB=0.0159118;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0199469;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr17 39274518 . C T 544.72 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0175645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.479;QD=22.9356;RBI=0.0179986;REFB=0.00501926;REVB=-0.003929;RO=44;SAF=27;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052147;STB=0.528667;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00457737;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:24:27:26:18:24:27:26:18 chr17 39305956 . G A 284.6 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0463841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8366;QD=29.9574;RBI=0.0555126;REFB=-0.0327895;REVB=0.0304985;RO=13;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0302359;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:15:10:6:7:15:10:6:7 chr17 39334456 . G A 873.11 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0876816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5959;QD=53.73;RBI=0.117237;REFB=-0.031225;REVB=0.0778233;RO=3;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145055;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0024972;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:65:3:2:62:63:0.969231:31:31:1:2:32:31:1:1 chr17 39340707 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.503;QD=57.6796;RBI=0.0394934;REFB=0;REVB=0.0172004;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002077;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr17 39340812 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3764;QD=33.4285;RBI=0.104432;REFB=0;REVB=0.0493299;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123752;OID=.;OPOS=39340812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 39340910 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.111;QD=35.5759;RBI=0.0462881;REFB=0;REVB=0.0212984;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302194;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 39341158 . G A 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1694;QD=57.6686;RBI=0.021069;REFB=0;REVB=-0.00861026;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176377;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 39341266 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.589;QD=43.4859;RBI=0.0453059;REFB=0;REVB=0.006288;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553016;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 39341294 . T A 160.12 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.423;QD=45.7483;RBI=0.00467476;REFB=0;REVB=0.0042094;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125402;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:7:4:0:0:7:7:0:0 chr17 39341473 . G C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0251485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3365;QD=13.576;RBI=0.0267059;REFB=-0.0112718;REVB=-0.00898658;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0192718;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:8:10:8:5:8:11 chr17 39346518 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.05;QD=40.7629;RBI=0.0249496;REFB=0;REVB=0.00735461;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291343;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 39382942 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00326864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.074;QD=11.0919;RBI=0.0881191;REFB=-0.00734688;REVB=0.0880584;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.713717;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0104139;OID=.;OPOS=39382942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:0:6:4:1:0:6 chr17 39383335 . C G 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0581302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8;QD=50.6185;RBI=0.0590562;REFB=-0.0815726;REVB=0.0104168;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.53569;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00831592;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:16:13:1:0:16:13:2:0 chr17 39389422 . C G 361.64 PASS AF=0.304348;AO=49;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.0325922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0693;QD=8.98495;RBI=0.0326344;REFB=-0.00747032;REVB=-0.00165896;RO=112;SAF=25;SAR=24;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654084;STB=0.538095;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0180216;OID=.;OPOS=39389422;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:112:112:49:49:0.304348:24:25:51:61:24:25:51:61 chr17 39394674 . A G 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00476237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.102;QD=31.6788;RBI=0.00514809;REFB=-0.0310335;REVB=-0.00195517;RO=7;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107063;STB=0.559373;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0123237;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:3:16:5:2:3:16:5:2 chr17 39394717 . C T 43.53 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0420713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1117;QD=21.7661;RBI=0.0420713;REFB=-0.0790765;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0380465;OID=.;OPOS=39394717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr17 39406291 . T C 41.31 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00203057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.771;QD=1.66913;RBI=0.0178354;REFB=-0.00456457;REVB=-0.0177195;RO=88;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213607;STB=0.669092;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0360624;OID=.;OPOS=39406291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:88:89:10:10:0.10101:7:3:42:46:7:3:43:46 chr17 39406299 . A G 51.59 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.02523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.299;QD=1.91083;RBI=0.0273537;REFB=-0.000569872;REVB=0.0105674;RO=96;SAF=4;SAR=8;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178859;STB=0.632686;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00773757;OID=.;OPOS=39406299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:96:96:12:12:0.111111:8:4:46:50:8:4:46:50 chr17 39406343 . A G 157.78 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=121;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.00777199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.711;QD=5.21571;RBI=0.01537;REFB=-0.00594347;REVB=-0.0132602;RO=93;SAF=14;SAR=12;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957525;STB=0.55889;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0275913;OID=.;OPOS=39406343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:93:95:26:26:0.214876:12:14:43:50:12:14:44:51 chr17 39406409 . C A 1478.78 PASS AF=0.733333;AO=119;DP=165;FAO=121;FDP=165;FR=.;FRO=44;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0131203;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2153;QD=35.8492;RBI=0.0523588;REFB=-0.0323403;REVB=0.0506883;RO=44;SAF=59;SAR=60;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783138;STB=0.539212;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0152383;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:44:44:119:121:0.733333:60:59:15:29:62:59:15:29 chr17 39406419 . T C 163.02 PASS AF=0.181287;AO=30;DP=169;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.0280869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.711;QD=3.81331;RBI=0.0296351;REFB=0.0008885;REVB=-0.00945336;RO=138;SAF=12;SAR=18;SRF=62;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645555;STB=0.531421;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00648285;OID=.;OPOS=39406419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:138:140:30:31:0.181287:18:12:62:76:18:13:64:76 chr17 39406427 . T C 147.99 PASS AF=0.164773;AO=29;DP=176;FAO=29;FDP=176;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=0.0257478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.552;QD=3.36336;RBI=0.0273465;REFB=-0.00413765;REVB=-0.00921297;RO=147;SAF=12;SAR=17;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546587;STB=0.535675;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0227728;OID=.;OPOS=39406427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:147:147:29:29:0.164773:17:12:67:80:17:12:67:80 chr17 39406447 . A G 920.72 PASS AF=0.50838;AO=91;DP=181;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0199342;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.573;QD=20.5748;RBI=0.025477;REFB=-0.00797413;REVB=-0.0158652;RO=88;SAF=45;SAR=46;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970374;STB=0.553222;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00646912;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:88:88:91:91:0.50838:46:45:34:54:46:45:34:54 chr17 39406461 . C A 97.03 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=166;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.0283614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.857;QD=2.324;RBI=0.0365265;REFB=-0.00326394;REVB=0.0230177;RO=144;SAF=10;SAR=12;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00400371;STB=0.500548;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0141295;OID=.;OPOS=39406461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:166:167:144:145:22:22:0.131737:12:10:65:79:12:10:66:79 chr17 39406474 . C A 84.55 PASS AF=0.121387;AO=21;DP=173;FAO=21;FDP=173;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.0417356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=1.95495;RBI=0.0417682;REFB=-0.000878544;REVB=-0.00165023;RO=148;SAF=10;SAR=11;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294409;STB=0.507999;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0110868;OID=.;OPOS=39406474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:173:173:148:152:21:21:0.121387:11:10:67:81:11:10:71:81 chr17 39406492 . T C 49.94 PASS AF=0.0892857;AO=15;DP=168;FAO=15;FDP=168;FR=.;FRO=153;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=83;FWDB=-0.019839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.702;QD=1.18913;RBI=0.0200662;REFB=-0.00169394;REVB=-0.00301097;RO=153;SAF=10;SAR=5;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241385;STB=0.687255;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0299267;OID=.;OPOS=39406492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:168:168:153:153:15:15:0.0892857:5:10:70:83:5:10:70:83 chr17 39406567 . C A 961.96 PASS AF=0.577181;AO=86;DP=150;FAO=86;FDP=149;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0119328;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.624;QD=25.8243;RBI=0.0191394;REFB=-0.0193119;REVB=0.0149641;RO=63;SAF=31;SAR=55;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819327;STB=0.544634;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0125611;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:63:63:86:86:0.577181:55:31:29:34:55:31:29:34 chr17 39406589 . A G 2352.64 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189327;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.495;QD=61.1075;RBI=0.0202727;REFB=0;REVB=0.00724796;RO=0;SAF=58;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46919e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:95:58:0:0:96:58:0:0 chr17 39406673 . T G 440.63 PASS AF=0.348993;AO=52;DP=147;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0107342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.542;QD=11.8291;RBI=0.0137954;REFB=-0.00902955;REVB=0.00866545;RO=94;SAF=27;SAR=25;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105327;STB=0.555963;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0185766;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:94:97:52:52:0.348993:25:27:40:54:25:27:42:55 chr17 39412372 . G C 357.99 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.019548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5374;QD=20.4568;RBI=0.0223359;REFB=-0.0108956;REVB=0.010806;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674914;STB=0.543741;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0119578;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:19:18:13:19:19:18:13:20 chr17 39422677 . C T 413.45 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.717;QD=55.127;RBI=0.0654335;REFB=0;REVB=-0.00959174;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719432;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:11:17:1:0:11:19:0:0 chr17 39432562 . A T 235.26 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000728836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.237;QD=25.4334;RBI=0.00824259;REFB=-0.0193411;REVB=0.0082103;RO=15;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167828;STB=0.593579;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00556982;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:7:15:7:8:7:15:7:8 chr17 39458476 . A T 181.18 PASS AF=0.262626;AO=25;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00915462;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.084;QD=7.32041;RBI=0.0337666;REFB=-0.00467745;REVB=-0.0325019;RO=72;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783699;STB=0.555513;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00915742;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:73:25:26:0.262626:13:12:30:42:13:13:31:42 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 134.19 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00581694;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=369.245;QD=6.54589;RBI=0.0131953;REFB=-0.0014278;REVB=-0.011844;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226777;STB=0.638681;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.00395367;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:20:83:20:82:62:13:7:29:33:99:58:13:7:27:31 chr17 39458765 . A G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0536233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.545;QD=23.236;RBI=0.0554739;REFB=-0.00143967;REVB=0.0142088;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384365;STB=0.713096;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00287636;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:11:7:12:1:11:7:12:1 chr17 39458893 . G A 54.12 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0123802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.423;QD=3.33042;RBI=0.0515881;REFB=-0.000320397;REVB=-0.0500806;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180036;STB=0.636097;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-1.29734e-05;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:63:65:53:55:10:10:0.153846:4:6:24:29:4:6:24:31 chr17 39464046 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0327383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.169;QD=16.4544;RBI=0.0396442;REFB=-0.00747738;REVB=0.0223577;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00453515;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr17 39464487 . G C 259.38 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00895709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.862;QD=24.1279;RBI=0.0930501;REFB=-0.0301582;REVB=0.092618;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653289;STB=0.51662;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0201259;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:19:22:24:0.55814:11:11:8:11:13:11:8:11 chr17 39464736 . C G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0662467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2958;QD=19.1803;RBI=0.0672132;REFB=-0.013112;REVB=-0.0113574;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232786;STB=0.631394;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00741937;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:2:9:7:6:2:9 chr17 39465094 . C T 113.38 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0342289;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.138;QD=16.7976;RBI=0.0447458;REFB=-0.0513069;REVB=-0.0288197;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123714;STB=0.555473;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0315043;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:14:13:13:0.481481:5:8:9:3:5:8:10:4 chr17 39551531 . G C 47.07 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0616018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1022;QD=1.92118;RBI=0.10441;REFB=-0.0364051;REVB=-0.0843005;RO=75;SAF=1;SAR=14;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667673;STB=0.922336;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.184613;OID=.;OPOS=39551531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:98:98:75:84:15:14:0.142857:14:1:46:29:13:1:46:38 chr17 39578424 . G T 77.03 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00567668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.765;QD=5.40591;RBI=0.019387;REFB=-0.0170495;REVB=-0.0185373;RO=42;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214312;STB=0.653192;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0577197;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:56:57:42:45:12:12:0.210526:9:3:17:25:9:3:19:26 chr17 39579059 . G A 60.56 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0345788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.432;QD=6.3743;RBI=0.0505657;REFB=-0.0141733;REVB=0.0368943;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315976;STB=0.717431;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.110913;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:7:2:13:15:7:2:14:15 chr17 39579112 . G A 122.9 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0588911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9821;QD=10.0324;RBI=0.0589018;REFB=-0.0218989;REVB=0.00111885;RO=34;SAF=3;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437463;STB=0.764845;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0476749;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:12:3:19:15:12:3:19:15 chr17 39580559 . T A 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.000231623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.499;QD=5.32903;RBI=0.00799926;REFB=-0.00120897;REVB=0.0079959;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036402;STB=0.523044;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00581732;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:7:7:27:24:7:7:27:24 chr17 39580562 . T C 77.0 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00712292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.654;QD=4.66643;RBI=0.0112381;REFB=-0.0050728;REVB=0.00869244;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10814;STB=0.553406;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0285145;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:65:66:51:53:13:13:0.19697:7:6:28:23:7:6:28:25 chr17 39593768 . A G 770.4 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.585;QD=55.0287;RBI=0.0251326;REFB=0.0298241;REVB=0.00997421;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00420416;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:34:22:0:0:33:22:0:1 chr17 39594809 . C T 227.33 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0102645;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.891;QD=17.1571;RBI=0.0142111;REFB=-0.0227801;REVB=0.00982829;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330032;STB=0.518624;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0306811;OID=.;OPOS=39594809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:16:9:11:17:16:9:11:17 chr17 39595484 . G A 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0109801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.578;QD=2.21222;RBI=0.0406044;REFB=-0.00256613;REVB=0.0390916;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290875;STB=0.720237;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0474662;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:4:2:29:20:4:2:29:20 chr17 39616430 . G T 239.72 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0196753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.0968;QD=43.5856;RBI=0.0303163;REFB=-0.187555;REVB=0.0230642;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834715;STB=0.583245;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0123263;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:5:15:0:1:5:15:0:2 chr17 39619093 . GT AC 639.07 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136625;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.625;QD=62.3483;RBI=0.022758;REFB=0;REVB=0.0182007;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.85219e-05;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr17 39619115 . G A 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.018222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.186;QD=28.0214;RBI=0.0270764;REFB=-0.0137821;REVB=0.0200272;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136936;STB=0.575702;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00884203;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:19:9:9:9:19:9:9:9 chr17 39619219 . G A 1242.87 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.861;QD=61.3763;RBI=0.00598405;REFB=0;REVB=0.000940789;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04956e-05;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:51:29:0:0:51:30:0:0 chr17 39620399 . C T 416.78 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0325445;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.77;QD=27.3301;RBI=0.0341933;REFB=-0.00260276;REVB=0.0104898;RO=22;SAF=24;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253853;STB=0.638334;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000816904;OID=.;OPOS=39620399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:15:24:5:17:15:24:5:17 chr17 39622068 . G T 184.19 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0443957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.958;QD=8.18618;RBI=0.0483056;REFB=0.00511722;REVB=-0.0190382;RO=65;SAF=12;SAR=13;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037227;STB=0.502224;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0155963;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:13:12:31:34:13:12:31:34 chr17 39633317 . AC GC,GG 42.14 PASS AF=0.179487,0;AO=5,2;DP=39;FAO=7,0;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00858835,0.00118626;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.1559,70.3546;QD=4.3225;RBI=0.0856422,0.0835022;REFB=-0.00335258,-0.000632141;REVB=-0.0852105,-0.0834937;RO=27;SAF=3,0;SAR=2,2;SRF=19;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133647,-0.580472;STB=0.680378,0.5;STBP=0.319,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-9.01767e-05,0;OID=.,.;OPOS=39633317,39633317;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:39:39:27:32:5,2:7,0:0.179487,0:2,2:3,0:19:8:4,0:3,0:21:11 chr17 39633354 . C T 58.93 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00467751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.911;QD=5.12434;RBI=0.0360325;REFB=-0.00166161;REVB=-0.0357276;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214257;STB=0.639515;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00806847;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:23:14:5:4:23:14 chr17 39646021 . A G 171.05 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00138196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.568;QD=17.5435;RBI=0.00166558;REFB=-0.0178138;REVB=-0.0009297;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142977;STB=0.593118;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0176397;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:8:10:8:12:8:10:8:13 chr17 39659194 . T C 1108.1 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.827;QD=59.8974;RBI=0.0157757;REFB=0;REVB=-0.00353422;RO=0;SAF=54;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016426;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:0:71:73:0.986486:17:54:0:0:17:56:0:0 chr17 39659913 . G A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6256;QD=56.9978;RBI=0.0454295;REFB=0;REVB=0.0453461;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384625;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 39661689 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00078022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.934;QD=18.7675;RBI=0.0370417;REFB=0.00695521;REVB=0.0370334;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=1.74284e-06;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr17 39670912 . G C 767.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3502;QD=56.8583;RBI=0.0251572;REFB=0;REVB=0.00364865;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230157;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:42:12:0:0:42:12:0:0 chr17 39674641 . T C 1463.65 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00605786;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.285;QD=56.2942;RBI=0.0257663;REFB=-0.0560684;REVB=0.025044;RO=3;SAF=45;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621548;STB=0.503277;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=2.04986e-05;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:3:3:101:101:0.971154:56:45:1:2:56:45:1:2 chr17 39681475 . A G 599.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454225;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.166;QD=59.9221;RBI=0.045654;REFB=0;REVB=0.00459127;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196861;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:25:13:0:0:27:13:0:0 chr17 39723990 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=37.4885;RBI=0.0346665;REFB=0;REVB=0.0333906;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366955;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 39727816 . T G 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181479;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9652;QD=51.9846;RBI=0.0461171;REFB=0;REVB=0.0423962;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149719;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr17 39742718 . A G 677.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.398;QD=61.6079;RBI=0.0502684;REFB=0;REVB=-0.0104715;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681168;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:29:15:0:0 chr17 39742894 . G A 71.75 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.477;QD=35.8746;RBI=0.0371951;REFB=0;REVB=0.0164601;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563713;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr17 39742898 . GC AT 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034241;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.003;QD=39.2068;RBI=0.143166;REFB=0;REVB=0.139011;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00366421;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 39743081 . G A 803.4 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.412;QD=55.4067;RBI=0.0466837;REFB=0.0897948;REVB=0.0429927;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00167422;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:36:20:0:1:37:20:0:1 chr17 39766504 . A G 189.74 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.975;QD=47.4353;RBI=0.0183716;REFB=0;REVB=-0.00949378;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000893933;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:6:10:0:0 chr17 39767744 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.004;QD=43.4861;RBI=0.0494523;REFB=0;REVB=0.0459433;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558539;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 39786864 . CG C,CA,CC 584.1 PASS AF=0.5,0.5,0;AO=18,20,3;DP=41;FAO=20,20,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1,0;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019252,0.0112018,0.0021418;FXX=0.0243843;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=121.037,118.539,112.61;QD=58.4098;RBI=0.0194004,0.0132178,0.0222554;REFB=0,0,0;REVB=-0.00239487,-0.00701635,0.0221521;RO=0;SAF=18,1,3;SAR=0,19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.97126e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000733591,0.0170683,0;OID=.,.,.;OPOS=39786865,39786865,39786865;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5,0:18,20,3:41:20,20,0:40:0:20,1,0:0,19,0:0:0:99:0:18,1,3:0,19,0:0:0 chr17 39925925 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00565184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.027;QD=12.9419;RBI=0.00890632;REFB=-0.00162229;REVB=-0.00688326;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142432;STB=0.50835;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00328644;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:12:13:8:7:12:13 chr17 39959189 . C G 272.16 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.415;QD=51.84;RBI=0.0121261;REFB=0;REVB=0.0120725;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16127e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:6:15:0:0 chr17 39967442 . T C 184.16 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00658608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.241;QD=18.416;RBI=0.0144712;REFB=0.00422451;REVB=0.0128857;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407865;STB=0.74143;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00809406;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:3:15:10:11:3:16:10:11 chr17 39983808 . G C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8341;QD=60.716;RBI=0.0144557;REFB=0;REVB=0.0141848;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100958;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr17 39983820 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.309;QD=60.7158;RBI=0.016478;REFB=0;REVB=0.0073698;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34399e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr17 39983849 . G C 825.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2304;QD=56.8984;RBI=0.0561503;REFB=0;REVB=0.0207117;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030189;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:32:26:0:0 chr17 39987130 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1122;QD=62.3489;RBI=0.0949436;REFB=0;REVB=0.0859338;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562953;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr17 39988681 . G A 986.45 PASS AF=0.745455;AO=82;DP=110;FAO=82;FDP=110;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0105767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.382;QD=35.8708;RBI=0.010783;REFB=-0.00873532;REVB=-0.00209928;RO=28;SAF=28;SAR=54;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106298;STB=0.505689;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00239712;OID=.;OPOS=39988681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:28:28:82:82:0.745455:54:28:9:19:54:28:9:19 chr17 39991867 . A ATATC 1008.67 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187368;FXX=0.0555478;HRUN=0;LEN=4;MLLD=341.088;QD=59.3334;RBI=0.0192635;REFB=0;REVB=0.00447364;RO=3;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.33205e-05;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:74:68:68:0:33:35:0:0:5:3:28:35:2:1 chr17 39998141 . C T 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.396;QD=60.8525;RBI=0.0239449;REFB=0.0281912;REVB=0.0187539;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303064;STB=0.516122;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-5.37353e-05;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:31:15:1:0:31:15:1:0 chr17 40010979 . G A 647.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.862;QD=61.6736;RBI=0.026859;REFB=0;REVB=0.0138651;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08167e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:14:26:0:0:15:27:0:0 chr17 40048613 . A G 959.07 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118074;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.033;QD=59.0199;RBI=0.0214362;REFB=0;REVB=0.0178912;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938651;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr17 40070012 . C T 831.43 PASS AF=0.705263;AO=67;DP=95;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0167394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.012;QD=35.0077;RBI=0.0284832;REFB=-0.0151125;REVB=0.0230453;RO=28;SAF=49;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210142;STB=0.61356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00723128;OID=.;OPOS=40070012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:28:67:67:0.705263:18:49:11:17:18:49:11:17 chr17 40146969 . C CA 238.03 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560042;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.6953;QD=39.6714;RBI=0.0639706;REFB=0;REVB=-0.0309154;RO=22;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00159909;OID=.;OPOS=40146970;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:26:24:24:0:8:16:0:0:5:22:1:3:8:14 chr17 40146970 . G A 313.11 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0345974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.499;QD=50.097;RBI=0.0391344;REFB=0.00561007;REVB=-0.01829;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0034942;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:17:7:1:0:17:7:1:0 chr17 40173851 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.253;QD=59.8393;RBI=0.0346277;REFB=0;REVB=0.0312581;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122831;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr17 40257163 . T C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00989071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.789;QD=26.5702;RBI=0.0104812;REFB=-0.00523019;REVB=0.0034684;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00180012;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:1:3:7:4:1:3 chr17 40274873 . A C 393.87 PASS AF=0.775;AO=30;DP=39;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0148264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.631;QD=39.3872;RBI=0.0453331;REFB=-0.0699961;REVB=0.04284;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105371;STB=0.552598;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0138465;OID=.;OPOS=40274873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:40:9:9:30:31:0.775:16:14:2:7:17:14:2:7 chr17 40280291 . G A 385.21 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0410304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.846;QD=23.3459;RBI=0.0453396;REFB=-0.0112371;REVB=-0.0192922;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087473;STB=0.54138;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00990241;OID=.;OPOS=40280291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:17:20:12:16:18:20:12:16 chr17 40344455 . C T 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0641849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3811;QD=15.3758;RBI=0.0647016;REFB=-0.00790416;REVB=-0.00816112;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0105065;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:10:4:3:9:10:4 chr17 40459562 . A G 709.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.768;QD=63.0823;RBI=0.0404241;REFB=0;REVB=0.0403263;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108515;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:20:22:0:0:23:22:0:0 chr17 40459737 . C T 373.39 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4638;QD=55.3167;RBI=0.0488399;REFB=0;REVB=0.0481;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529344;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 40475650 . G GA 331.56 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.6467;QD=37.892;RBI=0.0390996;REFB=-0.0653004;REVB=0.0364191;RO=6;SAF=16;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616844;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.00915836;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971429:30:36:34:35:1:17:17:1:0:4:6:16:14:2:4 chr17 40672538 . T A 141.89 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00102226;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.315;QD=9.15409;RBI=0.00640683;REFB=-0.00128872;REVB=-0.00632475;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752888;STB=0.585275;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.010432;OID=.;OPOS=40672538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:37:43:19:19:0.306452:12:7:16:21:12:7:21:22 chr17 40689455 . T C 1162.3 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0511087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3024;QD=58.8508;RBI=0.0844025;REFB=-0.00889559;REVB=0.0671691;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0022025;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:39:37:0:1:40:38:0:1 chr17 40696233 . C G 353.07 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.104579;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.0122;QD=40.3504;RBI=0.105422;REFB=-0.11796;REVB=0.0133044;RO=3;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13229;STB=0.596945;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0161576;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:35:3:6:29:29:0.828571:20:9:3:0:20:9:5:1 chr17 40699291 . G A 510.71 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.092;QD=56.7457;RBI=0.0571781;REFB=0;REVB=0.0561377;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259655;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:10:22:0:0:14:22:0:0 chr17 40699332 . T C,G 739.41 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,3;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853803,0.00237551;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.227,117.328;QD=55.8048;RBI=0.0245356,0.00237885;REFB=0,0;REVB=0.0230021,0.000125981;RO=0;SAF=23,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-7.26403e-05,0.164357;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:50,3:51,2:0.962264,0.0377358:27,3:23,0:0:0:28,2:23,0:0:0 chr17 40705100 . C T 466.92 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0206022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.755;QD=31.1283;RBI=0.0324763;REFB=-0.0286656;REVB=0.025105;RO=18;SAF=16;SAR=26;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465073;STB=0.50252;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0130754;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:18:42:42:0.7:26:16:7:11:26:16:7:11 chr17 40714804 . C A 58.63 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0602548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6544;QD=14.6581;RBI=0.0705233;REFB=0.00361434;REVB=0.0366456;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00324705;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr17 40716520 . A G 457.88 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.003729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.574;QD=26.1643;RBI=0.00492172;REFB=-0.0090012;REVB=-0.00321216;RO=27;SAF=15;SAR=28;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166316;STB=0.509087;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00568074;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:28:15:10:17:28:15:10:17 chr17 40722029 . A G 431.01 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00344404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.865;QD=25.7322;RBI=0.0126306;REFB=0.00613077;REVB=0.012152;RO=25;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160739;STB=0.602691;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00375096;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:26:41:41:0.61194:21:20:18:7:22:19:19:7 chr17 40731597 . T A 640.53 PASS AF=0.72;AO=54;DP=75;FAO=54;FDP=75;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0270554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1432;QD=34.1616;RBI=0.0561024;REFB=0.00485537;REVB=-0.0491476;RO=21;SAF=21;SAR=33;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973282;STB=0.552492;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00352143;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:21:21:54:54:0.72:33:21:12:9:33:21:12:9 chr17 40811919 . A G 125.38 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0407525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4655;QD=18.5754;RBI=0.047978;REFB=-0.00342128;REVB=-0.0253203;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799787;STB=0.560356;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00676519;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:6:8:8:4:6:8:9:4 chr17 40818451 . G A 164.57 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0700633;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.606;QD=28.6212;RBI=0.0775761;REFB=-0.0198776;REVB=0.0333044;RO=7;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041332;STB=0.522908;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00477561;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:13:3:1:6:13:3:1:6 chr17 40818699 . A G 371.18 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0110618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.775;QD=22.8418;RBI=0.0229014;REFB=-0.00873936;REVB=-0.0200527;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168113;STB=0.592136;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00417303;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:7:21:20:17:7:21 chr17 40822678 . C T 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0154896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.647;QD=12.2433;RBI=0.0390273;REFB=0.000863059;REVB=0.0358218;RO=59;SAF=9;SAR=24;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36338;STB=0.709548;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00172315;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:24:9:35:24:24:9:35:24 chr17 40835922 . A C 931.54 PASS AF=0.555556;AO=90;DP=162;FAO=90;FDP=162;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0181036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1718;QD=23.001;RBI=0.0465193;REFB=-0.0278369;REVB=-0.0428521;RO=70;SAF=49;SAR=41;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929334;STB=0.550551;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0233295;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:72:90:90:0.555556:41:49:30:40:41:49:31:41 chr17 40854534 . G GT 207.99 PASS AF=0.612245;AO=23;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.122995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.112;QD=16.9791;RBI=0.140941;REFB=-0.0429596;REVB=0.0688235;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202263;STB=0.507687;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=0.0373629;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612245:23:50:30:49:19:10:20:6:13:99:26:10:13:6:20 chr17 41046589 . G A 59.04 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.022233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6069;QD=15.7428;RBI=0.0530512;REFB=-0.0241231;REVB=0.0481676;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.72356;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0213607;OID=.;OPOS=41046589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:7:8:0.533333:2:5:2:5:2:6:2:5 chr17 41116234 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9957;QD=60.9765;RBI=0.0750035;REFB=0;REVB=-0.0409202;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016338;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr17 41121206 . GGGGGC G,GG,GGG,GGGG,GGGGG,GGGGGG 349.0 PASS AF=0.0384615,0.230769,0.153846,0.192308,0.384615,0;AO=4,4,4,5,5,2;DP=25;FAO=1,6,4,5,10,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,3,2,5,0;FSAR=1,4,1,3,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947926,0.0137896,0.0175728,0.0207235,0.0231653,0.0242056;FXX=0.0370233;HRUN=5,5,5,5,1,1;LEN=5,4,3,2,1,1;MLLD=257.324,267.341,272.095,273.893,273.262,269.34;QD=53.692;RBI=0.0501681,0.0435961,0.0374122,0.0326833,0.0297952,0.0277427;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.0492644,0.0413578,0.0330283,0.0252732,0.0187382,0.0135552;RO=0;SAF=2,1,3,2,2,0;SAR=2,3,1,3,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,4.86674e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del,snp;VARB=-0.00835265,0.00111198,-0.00631454,0.00627055,0.00786102,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=41121207,41121208,41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGGGC,GGGC,GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,GGGGG,GGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0.0384615,0.230769,0.153846,0.192308,0.384615,0:4,4,4,5,5,2:25:1,6,4,5,10,0:26:0:0,2,3,2,5,0:1,4,1,3,5,0:0:0:25:0:2,1,3,2,2,0:2,3,1,3,3,2:0:0 chr17 41121215 . GGGG GGAA,GGGA 219.95 PASS AF=0.259259,0.222222;AO=7,6;DP=27;FAO=7,6;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=5,4;FSAR=2,2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000212945,0.000207512;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=24.9609,16.2939;QD=32.5848;RBI=0.0329456,0.0592499;REFB=0.00332838,0.0081046;REVB=0.0329449,0.0592495;RO=4;SAF=5,4;SAR=2,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.250326,-0.28888;STB=0.64252,0.666218;STBP=0.308,0.305;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0254133,-0.045947;OID=.,.;OPOS=41121217,41121218;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=GGAA,GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.222222:7,6:27:7,6:27:4:5,4:2,2:4:0:43:4:5,4:2,2:4:0 chr17 41133071 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.618;QD=46.8466;RBI=0.0270125;REFB=0;REVB=0.00471374;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012309;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 41165493 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.638;QD=61.6819;RBI=0.025115;REFB=0;REVB=-0.0243297;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69478e-05;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 41165878 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.894;QD=49.5992;RBI=0.0304998;REFB=0;REVB=0.0282462;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312815;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 41332804 . T C 218.41 PASS AF=0.863636;AO=20;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0349318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1827;QD=39.7117;RBI=0.0696674;REFB=-0.0173901;REVB=0.060277;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918973;STB=0.526288;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0220829;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:20:19:0.863636:9:11:0:2:9:10:1:2 chr17 41477710 . A G 36.14 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.013585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.489;QD=6.57024;RBI=0.0618121;REFB=-0.0147255;REVB=0.0603008;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38307;STB=0.742119;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0299177;OID=.;OPOS=41477710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:5:11:2:4:5:11 chr17 41478455 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00666569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.505;QD=8.2545;RBI=0.0351355;REFB=-0.00723076;REVB=-0.0344974;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0195217;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:6:5:4:2:6:6 chr17 41489846 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0568201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.796;QD=12.0517;RBI=0.057217;REFB=-0.0139972;REVB=0.00672767;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0141972;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:8:5:6:3:8:5 chr17 41522213 . T A 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.0199848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0857;QD=8.95986;RBI=0.110423;REFB=0.00677519;REVB=0.108599;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358264;STB=0.521709;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.011551;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:3:11:29:7:3:11:29:7 chr17 41603882 . T C 124.23 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0355238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.504;QD=9.03481;RBI=0.0389297;REFB=-0.00365179;REVB=-0.0159242;RO=38;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256219;STB=0.666465;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0124358;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:16:17:0.309091:5:11:18:20:5:12:18:20 chr17 41843979 . C G 220.25 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0241114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5969;QD=24.472;RBI=0.0516532;REFB=0.000899873;REVB=-0.0456804;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00269863;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr17 41846508 . A G 309.69 PASS AF=0.542373;AO=33;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00161857;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.553;QD=20.9956;RBI=0.041088;REFB=-0.0301634;REVB=0.0410562;RO=24;SAF=24;SAR=9;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108237;STB=0.505614;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0133433;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:27:33:32:0.542373:9:24:20:4:8:24:20:7 chr17 41907079 . C T 223.35 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0462541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0632;QD=26.2765;RBI=0.0579766;REFB=-0.00225518;REVB=-0.034955;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634418;STB=0.535178;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00317675;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:5:8:11:10:5:8 chr17 41959808 . T C 3455.29 PASS AF=0.982456;AO=224;DP=229;FAO=224;FDP=228;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=112;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0054028;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.049;QD=60.6192;RBI=0.0243537;REFB=-0.0514771;REVB=-0.0237469;RO=4;SAF=112;SAR=112;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167099;STB=0.508771;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-3.19529e-05;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:229:228:4:4:224:224:0.982456:112:112:4:0:112:112:4:0 chr17 41960343 . T C 229.81 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013678;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.893;QD=51.0689;RBI=0.0732019;REFB=0;REVB=0.0719126;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157827;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 41960633 . CG GC 909.36 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119481;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.414;QD=56.8351;RBI=0.0128785;REFB=-0.124502;REVB=0.00480605;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=mnp;VARB=-0.000176378;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:63:63:0.984375:34:29:0:0:34:29:0:1 chr17 41961451 . T C 323.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.726;QD=53.9402;RBI=0.0263844;REFB=0;REVB=-0.0146363;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10947e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr17 41994794 . C T 733.26 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000823577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.373;QD=61.1046;RBI=0.00248452;REFB=-0.0152426;REVB=0.00234405;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=9.03343e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:0:1:24:23:0:1 chr17 42030743 . G C 686.46 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5421;QD=62.4057;RBI=0.102459;REFB=0;REVB=0.0993235;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173346;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr17 42152103 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.818;QD=61.6839;RBI=0.0495531;REFB=0;REVB=0.00699913;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154151;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGG 437.38 PASS AF=0.682927,0.195122;AO=24,6;DP=43;FAO=28,8;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=11,0;FSAR=17,8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0253253,-0.0408493;FXX=0.0888691;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=217.259,14.9239;QD=42.6709;RBI=0.0293907,0.049497;REFB=-0.0131816,-0.043005;REVB=-0.0149146,-0.0279515;RO=3;SAF=10,0;SAR=14,6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0.611111;SSEP=0,0.408163;SSSB=-0.052221,-0.778585;STB=0.562868,0.998265;STBP=0.129,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0146525,-0.0862857;OID=.,.;OPOS=42155408,42155404;OREF=G,GG;OALT=A,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.682927,0.195122:24,6:43:28,8:41:5:11,0:17,8:4:1:50:3:10,0:14,6:2:1 chr17 42164885 . G C 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0246108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.412;QD=11.1047;RBI=0.0271023;REFB=-0.0180484;REVB=-0.0113509;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392579;STB=0.737044;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0104286;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:7:3:5:2:7:3 chr17 42213347 . G A 1224.45 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.131;QD=61.2227;RBI=0.017778;REFB=0;REVB=0.00866268;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1146e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:49:31:0:0 chr17 42225547 . A C 330.47 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.534;QD=50.8411;RBI=0.0425261;REFB=-0.0505031;REVB=0.0147529;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000505022;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:15:10:0:0:15:10:1:0 chr17 42248346 . A T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00131712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2299;QD=52.7695;RBI=0.0149422;REFB=-0.0462287;REVB=-0.014884;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.54542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00137391;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:23:5:0:0:23:5:1:0 chr17 42254527 . T G 371.43 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.777;QD=55.027;RBI=0.0136095;REFB=0;REVB=0.0017105;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103372;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:7:14:0:0:9:18:0:0 chr17 42255096 . TT CC,TC 527.49 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244223,-0.00472303;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=143,241.654;QD=58.6104;RBI=0.0244416,0.00596208;REFB=0,0;REVB=0.000971735,-0.0036386;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0506805,0.00191341;OID=.,.;OPOS=42255096,42255097;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:2,24:0,10:0:0:2,24:0,10:0:0 chr17 42267949 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.03985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.62;QD=6.57359;RBI=0.0442418;REFB=-0.00629472;REVB=-0.0192174;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320963;STB=0.705222;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0160475;OID=.;OPOS=42267949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:10:6:4:2:10:6 chr17 42270291 . A G 673.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303066;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.513;QD=62.6702;RBI=0.0555098;REFB=0;REVB=0.0465064;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73214e-05;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr17 42284038 . C T 264.35 PASS AF=0.323232;AO=30;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0677798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.782;QD=10.6807;RBI=0.0708265;REFB=-0.035709;REVB=-0.0205496;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198444;STB=0.559009;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0579953;OID=.;OPOS=42284038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:65:30:32:0.323232:18:12:10:34:19:13:21:44 chr17 42287519 . C T 100.33 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0164357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3992;QD=7.5722;RBI=0.209039;REFB=-0.036803;REVB=-0.208392;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307522;STB=0.572934;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0961064;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:39:14:14:0.264151:6:8:26:6:6:8:26:13 chr17 42338998 . T G 430.39 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0398439;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8192;QD=15.794;RBI=0.0431039;REFB=-0.00285213;REVB=-0.0164442;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192192;STB=0.607168;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00267727;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:61:48:48:0.440367:25:23:41:20:25:23:41:20 chr17 42392622 . T C 1677.37 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.682;QD=60.4457;RBI=0.00800868;REFB=0;REVB=0.00766419;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61951e-06;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr17 42398052 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.925;QD=48.6255;RBI=0.0534084;REFB=0.000270652;REVB=0.00729445;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000175272;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr17 42398757 . C A 106.2 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427782;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.475;QD=42.4815;RBI=0.0267402;REFB=0;REVB=0.0263958;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95872e-05;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 42449789 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0034198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.564;QD=4.62987;RBI=0.0174587;REFB=0.00442892;REVB=-0.0171205;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148146;STB=0.603066;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0266789;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:6:18:5:1:6:18 chr17 42453065 . A C 91.79 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0314874;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.803;QD=7.98191;RBI=0.041949;REFB=-0.00272872;REVB=-0.0277176;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345585;STB=0.715536;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0136367;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:46:34:34:12:12:0.26087:3:9:16:18:3:9:16:18 chr17 42454463 . G C 159.36 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0146146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7892;QD=17.7064;RBI=0.027003;REFB=-0.00409344;REVB=0.0227063;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671833;STB=0.538415;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00824444;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:11:8:6:11:11:8 chr17 42475983 . G C 403.9 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00095583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.267;QD=31.6782;RBI=0.00241936;REFB=-0.0026431;REVB=0.00222254;RO=15;SAF=20;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843854;STB=0.545826;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00107145;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:16:20:6:9:16:20:6:9 chr17 42734006 . T C,TC 128.08 PASS AF=0,0.461538;AO=4,12;DP=39;FAO=0,18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=0,1;FSAR=0,17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0173388,-0.0307967;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=146.302,84.9002;QD=13.1361;RBI=0.0234063,0.0571871;REFB=-0.00790621,-0.00415719;REVB=-0.0157232,-0.0481864;RO=22;SAF=0,1;SAR=4,11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.655238,-0.605708;STB=0.5,0.894183;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0339212;OID=.,.;OPOS=42734006,42734007;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:39:39:22:21:4,12:0,18:0,0.461538:4,11:0,1:12:10:0,17:0,1:12:9 chr17 42744238 . A C 563.71 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5213;QD=57.8166;RBI=0.0554061;REFB=-0.0307466;REVB=0.0521011;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00101699;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr17 42826579 . GGC G 31.73 PASS AF=0.219512;AO=10;DP=47;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0950209;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=2;MLLD=26.7695;QD=3.09579;RBI=0.140926;REFB=-0.0201645;REVB=-0.104073;RO=34;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=28;SSEN=0.3349;SSEP=0;SSSB=-0.195651;STB=0.621907;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.00709102;OID=.;OPOS=42826580;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:10:47:9:41:32:1:8:6:26:31:34:1:9:6:28 chr17 42852061 . C T 483.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5729;QD=58.5586;RBI=0.131334;REFB=0;REVB=0.0612987;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330347;OID=.;OPOS=42852061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 42852610 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.31;QD=59.5015;RBI=0.0181948;REFB=0;REVB=-0.00936008;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32833e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr17 42857332 . A AC,C 61.61 PASS AF=0.205128,0;AO=12,3;DP=79;FAO=16,0;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=1,0;FSAR=15,0;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0340657,-0.0646708;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=61.2257,123.107;QD=3.15947;RBI=0.05819,0.0743335;REFB=-0.0104811,-0.0157254;REVB=-0.0471763,-0.0366491;RO=62;SAF=0,0;SAR=12,3;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.693746,-0.405702;STB=0.881753,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.182002,0;OID=.,.;OPOS=42857333,42857332;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:78:62:62:12,3:16,0:0.205128,0:12,3:0,0:27:35:15,0:1,0:25:37 chr17 42925559 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.901;QD=59.4351;RBI=0.025058;REFB=0;REVB=0.0250329;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84325e-05;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 42927721 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0232418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.021;QD=23.598;RBI=0.0570964;REFB=0.0103303;REVB=-0.0521518;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.523541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00977607;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:11:9:12:13:12:9 chr17 42961009 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0242737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.298;QD=24.4934;RBI=0.0255334;REFB=-0.00502312;REVB=-0.00792102;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00391154;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:9:6:12:9:9:6 chr17 42983095 . G A 262.48 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.117585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2607;QD=32.8102;RBI=0.117911;REFB=-0.0344021;REVB=0.00876269;RO=10;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081405;STB=0.515567;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0158807;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:10:9:22:23:0.71875:14:8:5:5:14:9:4:5 chr17 43003484 . T C 167.12 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0491491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.787;QD=11.728;RBI=0.053748;REFB=-0.0133616;REVB=0.0217535;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958943;STB=0.555504;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0395308;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:22:14:10:11:22:14 chr17 43176804 . C T 99.25 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0165885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.466;QD=14.7036;RBI=0.0182787;REFB=-0.0112415;REVB=0.00767684;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.615187;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0130535;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:7:8:4:8:7:8 chr17 43181287 . A G 650.98 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000526378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.021;QD=61.9985;RBI=0.0187887;REFB=0;REVB=0.0187813;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56565e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr17 43183028 . G A 1516.37 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00789344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143;QD=62.5308;RBI=0.0286375;REFB=-0.136368;REVB=-0.0275282;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958021;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000267838;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:49:47:0:1:49:47:0:1 chr17 43183108 . G A 1553.26 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.305;QD=62.7581;RBI=0.0270554;REFB=-0.0574343;REVB=0.00816637;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-2.15502e-05;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:43:55:1:0:43:55:1:0 chr17 43192548 . GT GTC,TC 185.12 PASS AF=1,0;AO=11,4;DP=17;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254588,0.118867;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=19.2161,8.2063;QD=43.5574;RBI=0.0976955,0.209941;REFB=0,0;REVB=0.09432,-0.173048;RO=1;SAF=8,0;SAR=3,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.052924,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00856612,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:11,4:17,0:1,0:3,4:8,0:1:0:7,0:10,0:0:0 chr17 43192821 . A G 259.72 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215529;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.411;QD=51.9444;RBI=0.0217586;REFB=0;REVB=-0.00298522;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63974e-05;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 43226887 . A G 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0085148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.911;QD=10.2713;RBI=0.0695088;REFB=-0.0183169;REVB=-0.0689853;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209751;STB=0.63398;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.048291;OID=.;OPOS=43226887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:10:6:19:15:10:6:20:15 chr17 43227214 . T C 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00996782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.695;QD=14.3846;RBI=0.0247557;REFB=-0.00170436;REVB=-0.0226602;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187086;STB=0.606275;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00314746;OID=.;OPOS=43227214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:21:13:28:22:21:13:28:22 chr17 43227766 . T TTTGG 466.13 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=37;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0019054;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=4;MLLD=310.426;QD=53.2725;RBI=0.0245476;REFB=-0.0386149;REVB=-0.0244736;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498038;STB=0.527761;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.00122139;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:31:37:33:35:2:17:16:2:0:9:4:16:15:3:1 chr17 43229063 . C G 32.05 PASS AF=0.056338;AO=5;DP=71;FAO=4;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0572021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1503;QD=1.80558;RBI=0.0827307;REFB=-0.0238404;REVB=-0.0597687;RO=58;SAF=3;SAR=2;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841096;STB=0.641141;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0337154;OID=.;OPOS=43229063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:71:71:58:63:5:4:0.056338:2:3:39:19:2:2:41:22 chr17 43229299 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.815;QD=16.1989;RBI=0.019771;REFB=-0.0324684;REVB=-0.00867684;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0219309;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr17 43316360 . G A 629.11 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0224804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.765;QD=31.8536;RBI=0.0229923;REFB=0.00105397;REVB=-0.00482489;RO=25;SAF=21;SAR=33;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682443;STB=0.536829;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000317709;OID=.;OPOS=43316360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:25:54:54:0.683544:33:21:7:18:33:21:7:18 chr17 43318778 . GC CG 82.73 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231407;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=216.734;QD=33.0918;RBI=0.0366378;REFB=-0.19388;REVB=0.0284049;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=mnp;VARB=0.0033951;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:0:1:9:9:0.9:3:6:0:0:3:6:0:1 chr17 43342141 . G C 536.1 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00967523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=26.474;RBI=0.0113285;REFB=-0.0158427;REVB=0.00589278;RO=32;SAF=17;SAR=32;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254908;STB=0.501391;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00918686;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:32:17:11:21:32:17:11:21 chr17 43351039 . C G 72.44 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0127287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.475;QD=8.27888;RBI=0.0206765;REFB=-0.00898472;REVB=-0.0162941;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35202;STB=0.685394;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0234202;OID=.;OPOS=43351039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:24:25:9:10:0.285714:4:5:6:18:5:5:6:19 chr17 43364293 . C CG 217.52 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9848;QD=48.3378;RBI=0.0626382;REFB=0;REVB=0.025371;RO=4;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00206025;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:21:18:18:0:12:6:0:0:4:4:12:5:2:2 chr17 43472825 . G C 199.59 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0476935;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3577;QD=34.7112;RBI=0.0511931;REFB=0.0110472;REVB=-0.0186027;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461155;STB=0.502535;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00174598;OID=.;OPOS=43472825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:23:23:5:5:18:18:0.782609:11:7:2:3:11:7:2:3 chr17 43922919 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0146546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5817;QD=10.542;RBI=0.0505092;REFB=0.00150018;REVB=0.0483365;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159505;STB=0.512173;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00476617;OID=.;OPOS=43922919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:7:13:7:4:8:13 chr17 43923180 . G A 790.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274192;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.869;QD=64.5386;RBI=0.0630819;REFB=0;REVB=0.0568112;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330105;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr17 43923898 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.027;QD=51.1845;RBI=0.0605826;REFB=0;REVB=0.0121419;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774991;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 43924412 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.364;QD=59.6794;RBI=0.0206106;REFB=0;REVB=0.00213157;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69047e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:42:28:0:0 chr17 44067382 . T C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3987;QD=51.9078;RBI=0.0184132;REFB=0;REVB=0.0160277;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605923;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr17 44077044 . T C,G 100.32 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225133,-0.0281341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.815,111.945;QD=40.1291;RBI=0.0258409,0.0310155;REFB=0,0;REVB=-0.0126848,-0.013055;RO=0;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0210838,0.0494333;OID=.,.;OPOS=44077044,44077044;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:2,0:6,2:0:0:2,0:6,2:0:0 chr17 44117135 . C T 366.07 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00463782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.576;QD=18.5351;RBI=0.0557595;REFB=-0.000172891;REVB=-0.0555663;RO=21;SAF=29;SAR=9;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191415;STB=0.63444;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=2.0573e-05;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:21:41:38:38:0.481013:9:29:20:1:8:30:24:17 chr17 44144993 . C G 519.8 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.905;QD=59.4051;RBI=0.0405266;REFB=0;REVB=0.0404078;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68944e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr17 44248499 . G C 303.21 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0475742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.305;QD=25.8048;RBI=0.0475743;REFB=0.0108515;REVB=2.40474e-05;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110692;STB=0.561358;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00863853;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:16:11:11:9:16:11:11:9 chr17 44408406 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.281;QD=35.5759;RBI=0.027046;REFB=0;REVB=0.0228205;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801089;OID=.;OPOS=44408406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 44950122 . T C 100.48 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0125236;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0753;QD=25.1208;RBI=0.0225114;REFB=-0.0298835;REVB=0.0187063;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3999;STB=0.729263;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0360089;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:9:2:4:1:9:2:4:1 chr17 44998563 . G A 222.94 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0197527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2364;QD=7.68756;RBI=0.0480359;REFB=0.00450871;REVB=-0.0437868;RO=81;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.64262;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0129225;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:81:84:32:32:0.275862:13:19:33:48:13:19:33:51 chr17 45000529 . G C 493.19 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0182934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.424;QD=25.62;RBI=0.0215293;REFB=-0.037024;REVB=0.0113518;RO=29;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247692;STB=0.502617;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0219703;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:31:46:46:0.597403:19:27:18:11:19:27:18:13 chr17 45000547 . G C 1056.65 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0271301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2697;QD=55.6131;RBI=0.0282074;REFB=-0.0799922;REVB=0.00772112;RO=3;SAF=39;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993172;STB=0.505254;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00341478;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:34:39:2:1:34:39:2:1 chr17 45008570 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0191885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.69;QD=24.1271;RBI=0.0194062;REFB=0.00198375;REVB=0.0028985;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138279;STB=0.576838;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00127633;OID=.;OPOS=45008570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:9:2:6:11:9:2 chr17 45214544 . T C 31.77 PASS AF=0.176471;AO=4;DP=32;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0219061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.543;QD=3.73756;RBI=0.0505223;REFB=-0.0203017;REVB=-0.0455261;RO=28;SAF=1;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489222;STB=0.675956;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0818487;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:32:34:28:28:4:6:0.176471:3:1:20:8:3:3:20:8 chr17 45214564 . A T 82.27 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.035879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.601;QD=8.8945;RBI=0.0674543;REFB=-0.0187475;REVB=-0.0571207;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344369;STB=0.732088;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0441979;OID=.;OPOS=45214564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:26:26:10:11:0.297297:2:8:14:12:2:9:14:12 chr17 45214582 . A G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00156077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.249;QD=3.07306;RBI=0.0191628;REFB=-4.0767e-05;REVB=0.0190992;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248779;STB=0.673909;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00369628;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:26:11:3:3:26:11 chr17 45214606 . G T 41.68 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0134304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=4.16846;RBI=0.0169093;REFB=-0.00831554;REVB=-0.0102737;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521798;STB=0.573551;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0318052;OID=.;OPOS=45214606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:31:33:7:7:0.175:2:5:21:10:2:5:21:12 chr17 45214631 . G A 41.78 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0101242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.144;QD=4.77439;RBI=0.0119485;REFB=5.59321e-05;REVB=-0.00634552;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142045;STB=0.596042;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000363658;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:17:11:2:5:17:11 chr17 45214643 . A C 35.29 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0897846;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0776;QD=4.03276;RBI=0.0903228;REFB=-0.00779917;REVB=0.00984513;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307099;STB=0.722046;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0621912;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:37:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:18:11:1:5:18:11 chr17 45234298 . G C 94.57 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00623006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5128;QD=21.0166;RBI=0.00872105;REFB=0.021828;REVB=0.00610271;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0284248;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr17 45234343 . T G 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00477645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.674;QD=28.5595;RBI=0.00721257;REFB=-0.0264462;REVB=0.00540432;RO=10;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134292;STB=0.574549;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0106984;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:14:6:5:5:14:6:5:5 chr17 45234360 . A C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0108136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.141;QD=23.3823;RBI=0.0116255;REFB=-0.0212974;REVB=0.00426821;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150779;STB=0.584683;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0145817;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:7:7:13:6:7:7 chr17 45234403 . TT GG 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000142698;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.327;QD=16.417;RBI=0.00586925;REFB=0.0103842;REVB=-0.00586752;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407851;STB=0.736753;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=-0.0122905;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:10:6:11:3:10:6 chr17 45234420 . T G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0373013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9578;QD=12.7275;RBI=0.0452186;REFB=-0.0181708;REVB=0.0255604;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0377092;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr17 45249306 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0387719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.0425;QD=6.54554;RBI=0.0419712;REFB=-0.00560088;REVB=0.0160723;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232136;STB=0.624707;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.026992;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:4:4:16:7:4:4:16:8 chr17 45249316 . T C 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0199844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4283;QD=8.22737;RBI=0.0761018;REFB=-0.00832611;REVB=0.073431;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.65686;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0423323;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:18:7:5:5:18:7 chr17 45249330 . T G 64.05 PASS AF=0.257143;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00300573;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.127;QD=7.31995;RBI=0.00645411;REFB=0.00574659;REVB=0.00571149;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180618;STB=0.651856;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00878225;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:36:35:26:26:10:9:0.257143:5:5:17:9:5:4:17:9 chr17 45249365 . C T 49.0 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00819829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.844;QD=3.99961;RBI=0.0110841;REFB=-0.00524052;REVB=0.00745951;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165191;STB=0.611979;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0428124;OID=.;OPOS=45249365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:41:41:8:8:0.163265:4:4:26:15:4:4:26:15 chr17 45249372 . T G 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00737478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.302;QD=3.20584;RBI=0.0155814;REFB=-0.000793443;REVB=0.0137256;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100529;STB=0.571233;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00600985;OID=.;OPOS=45249372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:3:4:28:15:3:4:28:15 chr17 45266522 . T C 319.95 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.051703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7317;QD=27.2299;RBI=0.0645053;REFB=-0.00258096;REVB=-0.0385711;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900669;STB=0.549803;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000741318;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:18:10:9:10:18:10:9:10 chr17 45266535 . T C 377.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00192472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.264;QD=26.9979;RBI=0.00858043;REFB=-0.00239204;REVB=-0.00836177;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027765;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:18:18:10:10:18:18:10:10 chr17 45266571 . T A 419.33 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00956523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.091;QD=31.0617;RBI=0.0511061;REFB=-0.0155601;REVB=0.050203;RO=13;SAF=19;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0079561;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:13:16:38:38:0.703704:19:19:5:8:19:19:8:8 chr17 45368337 . A C 1407.85 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214069;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.801;QD=61.8835;RBI=0.0233256;REFB=-0.13296;REVB=0.00926435;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000369858;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:0:1:89:90:0.989011:46:43:0:0:47:43:1:0 chr17 45369777 . A G 556.92 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8984;QD=60.2079;RBI=0.0369751;REFB=0;REVB=0.0369522;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235262;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr17 45369789 . G A 419.02 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594999;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.596;QD=54.0666;RBI=0.0606991;REFB=-0.0652621;REVB=0.012006;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000183554;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:1:0:18:12:1:0 chr17 45388586 . T A 1578.47 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.059;QD=63.7767;RBI=0.0702771;REFB=0;REVB=0.0621815;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248898;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:43:56:0:0 chr17 45425287 . C T 1441.1 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8039;QD=62.6566;RBI=0.0418138;REFB=0;REVB=-0.0410457;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742102;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:48:42:0:0:48:44:0:0 chr17 45700384 . C CCTA 855.38 PASS AF=0.9;AO=62;DP=75;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0329252;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.063;QD=48.879;RBI=0.033493;REFB=-0.0428872;REVB=-0.00614114;RO=10;SAF=30;SAR=32;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562854;STB=0.536463;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.007742;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:62:75:63:70:7:31:32:6:1:31:10:30:32:7:3 chr17 45760349 . T C 731.35 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313365;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.433;QD=63.596;RBI=0.0347941;REFB=0;REVB=0.0151214;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40779e-05;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 45760429 . T C 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.103;QD=49.9767;RBI=0.0270764;REFB=-0.0489594;REVB=0.021738;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516604;STB=0.527758;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0026579;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:11:17:2:0:11:17:2:0 chr17 45760433 . T C 351.15 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0064485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.125;QD=46.8203;RBI=0.0349743;REFB=-0.0689749;REVB=0.0343747;RO=3;SAF=16;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795453;STB=0.542826;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00501424;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:11:16:3:0:11:16:3:0 chr17 45885687 . A G 771.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160024;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.08;QD=57.1411;RBI=0.0175668;REFB=0;REVB=0.00724694;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9641e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr17 45915788 . T C 651.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.544;QD=62.0084;RBI=0.0576509;REFB=0;REVB=0.0379346;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57324e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:21:18:0:0:22:20:0:0 chr17 45917676 . A G 320.38 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0506284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3061;QD=33.7237;RBI=0.0576295;REFB=-0.0819626;REVB=-0.0275304;RO=11;SAF=17;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965443;STB=0.552806;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0335;OID=.;OPOS=45917676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:10:17:5:6:10:17:5:6 chr17 45994044 . C T 697.95 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179416;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4194;QD=63.4499;RBI=0.0545294;REFB=0;REVB=0.0514932;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014249;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr17 45994094 . T C 1146.75 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.548;QD=60.3551;RBI=0.068372;REFB=0;REVB=0.0281176;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115515;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:21:54:0:0:22:54:0:0 chr17 45994115 . GGCC GC,G,GGC 436.08 PASS AF=0.425,0.0625,0.3625;AO=18,11,20;DP=78;FAO=34,5,29;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=23,5,22;FSAR=11,0,7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.123616,-0.0465798,0.0233544;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,1;MLLD=13.6131,16.3814,11.1566;QD=21.804;RBI=0.123733,0.0536359,0.119976;REFB=0.0181963,0.0265718,0.0882612;REVB=-0.00538349,-0.0265918,-0.117681;RO=19;SAF=15,7,15;SAR=3,4,5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0.435374,0.435374,0.360215;SSEP=0,0,0.466357;SSSB=0.437909,0.22826,0.309899;STB=0.63712,0.998352,0.689897;STBP=0.007,0,0;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00442595,0.127602,-0.0655305;OID=.,.,.;OPOS=45994116,45994116,45994117;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.425,0.0625,0.3625:18,11,20:78:34,5,29:80:12:23,5,22:11,0,7:2:10:75:19:15,7,15:3,4,5:8:11 chr17 45994154 . G A 741.54 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634717;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2696;QD=63.1098;RBI=0.0640031;REFB=0;REVB=-0.00823043;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309317;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:44:47:1:32:12:0:0:33:14:0:0 chr17 46002744 . G T 763.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.986;QD=63.5846;RBI=0.0189677;REFB=0;REVB=0.00706756;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173217;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:16:29:0:0:17:31:0:0 chr17 46005792 . A ACT 881.29 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=68;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00285074;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.121;QD=52.6143;RBI=0.00301715;REFB=0.0243082;REVB=0.000988167;RO=4;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649628;STB=0.534472;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=-0.0022601;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.940299:62:68:63:67:4:36:27:0:4:14:4:35:27:0:4 chr17 46026156 . A G 382.51 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0071505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.562;QD=52.7595;RBI=0.019377;REFB=-0.0414275;REVB=-0.0180094;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000154294;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 699.74 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160956;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=4;MLLD=330.79;QD=57.1218;RBI=0.0169323;REFB=0;REVB=0.00525675;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.26177e-05;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:51:49:49:0:24:25:0:0:4:0:24:25:0:0 chr17 46059071 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.404;QD=59.0186;RBI=0.032392;REFB=0;REVB=0.0298698;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9214e-05;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 46262171 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.721;QD=57.0006;RBI=0.0187619;REFB=0;REVB=0.010716;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24296e-05;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 46607021 . T C 1714.83 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0675545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3435;QD=59.6463;RBI=0.0764349;REFB=-0.0450504;REVB=-0.0357587;RO=1;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00164718;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:58:56:0:1:58:56:0:1 chr17 46626811 . G GGACA,GGACAC 199.78 PASS AF=0.894737,0;AO=15,2;DP=19;FAO=17,0;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00298792,-0.00684579;FXX=0.0951928;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=394.422,324.751;QD=42.0582;RBI=0.0116277,0.0117201;REFB=-0.00581807,-0.00346153;REVB=0.0112373,0.00951291;RO=2;SAF=4,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0759766,0;STB=0.535674,0.5;STBP=0.599,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00112067,0;OID=.,.;OPOS=46626812,46626812;OREF=-,-;OALT=GACA,GACAC;OMAPALT=GGACA,GGACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737,0:15,2:19:17,0:19:2:4,0:13,0:0:2:10:2:4,0:11,2:0:2 chr17 46629593 . G T 655.61 PASS AF=0.896552;AO=51;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.058742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1916;QD=45.2143;RBI=0.0785159;REFB=-0.195999;REVB=0.0520972;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.538447;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00576748;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:58:2:6:51:52:0.896552:27:24:1:1:28:24:5:1 chr17 46651179 . CCG C,CCC 136.77 PASS AF=0.833333,0;AO=7,4;DP=21;FAO=15,0;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0770654,0.323412;FXX=0.217297;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=22.2524,9.44432;QD=30.3939;RBI=0.139761,0.341798;REFB=-0.121207,0.0379599;REVB=0.116593,-0.11059;RO=10;SAF=6,0;SAR=1,4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496025,-0.671791;STB=0.559918,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=del,snp;VARB=0.045947,0;OID=.,.;OPOS=46651180,46651181;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333,0:7,4:21:15,0:18:3:10,0:5,0:1:2:15:10:6,0:1,4:4:6 chr17 46654385 . G A 157.78 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=0.00105454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.145;QD=11.2699;RBI=0.00244195;REFB=-0.0228087;REVB=-0.00220252;RO=35;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082421;STB=0.552583;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.021187;OID=.;OPOS=46654385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:17:3:4:31:17:3:4:32 chr17 46670520 . T C 629.3 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00796381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.683;QD=57.2088;RBI=0.0212888;REFB=-0.154922;REVB=0.0197431;RO=2;SAF=32;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302158;STB=0.516121;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00292382;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:10:32:1:1:10:32:1:1 chr17 46688089 . GC G 30.04 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0330963;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.89777;QD=5.00606;RBI=0.0361239;REFB=-0.093239;REVB=-0.0144765;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0825442;OID=.;OPOS=46688090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:24:12:24:12:5:7:5:7:29:10:5:5:4:6 chr17 46688256 . T C 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1546;QD=63.2744;RBI=0.0602745;REFB=0;REVB=0.0537997;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721241;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr17 46842983 . T C 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0255137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.983;QD=14.2708;RBI=0.0340545;REFB=-0.0149547;REVB=0.0225557;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349646;STB=0.519924;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0184528;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:19:14:11:13:19:14 chr17 46877063 . G A 1213.51 PASS AF=0.624277;AO=108;DP=173;FAO=108;FDP=173;FR=.;FRO=65;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0128636;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.038;QD=28.0581;RBI=0.0131219;REFB=-0.00042759;REVB=-0.00259117;RO=65;SAF=52;SAR=56;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609761;STB=0.532928;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000230475;OID=.;OPOS=46877063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:65:65:108:108:0.624277:56:52:37:28:56:52:37:28 chr17 46881748 . T C 77.0 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0170516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.358;QD=7.33368;RBI=0.017074;REFB=-0.00222306;REVB=0.000874608;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402268;STB=0.687429;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00890662;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:42:42:31:31:10:11:0.261905:8:2:16:15:8:3:16:15 chr17 46923384 . G A 994.18 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028266;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=59.3542;RBI=0.0245672;REFB=0;REVB=-0.0244041;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26968e-05;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr17 46926615 . G A 506.86 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0673;QD=57.9271;RBI=0.0994761;REFB=0;REVB=0.0856605;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499307;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:7:27:0:0:8:27:0:0 chr17 46934007 . A C 421.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647648;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.58;QD=58.1199;RBI=0.0770967;REFB=0;REVB=0.0418261;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114522;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 46970836 . A G 893.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.113;QD=57.6201;RBI=0.0356167;REFB=0;REVB=0.0355832;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047566;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:28:31:0:0:31:31:0:0 chr17 46971140 . G A 537.2 PASS AF=0.973684;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0725532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6706;QD=56.5471;RBI=0.0756928;REFB=-0.0251135;REVB=-0.021574;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00830984;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:38:1:1:33:37:0.973684:18:15:0:1:18:19:0:1 chr17 46972479 . ATCTC A 530.77 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616131;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.386;QD=58.9748;RBI=0.0105225;REFB=0;REVB=0.00852996;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.60725e-05;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:14:22:0:0:4:0:12:22:0:0 chr17 47000251 . C T 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.526;QD=63.887;RBI=0.0265678;REFB=0;REVB=0.0144303;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69717e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr17 47014675 . C T 245.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174298;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6726;QD=51.6593;RBI=0.0310966;REFB=0;REVB=-0.0257527;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771687;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr17 47026836 . G C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.229;QD=50.8366;RBI=0.0348812;REFB=-0.0493107;REVB=-0.0330422;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00919636;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr17 47039132 . T C,G 501.53 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=33,2;DP=35;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255875,0.0324773;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.068,90.5237;QD=59.0037;RBI=0.0327212,0.0361007;REFB=0,0;REVB=-0.020395,-0.0157634;RO=0;SAF=15,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00181979,0.00362437;OID=.,.;OPOS=47039132,47039132;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:35:34:0:0:33,2:33,1:0.970588,0.0294118:18,0:15,2:0:0:18,0:15,1:0:0 chr17 47210429 . A G 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6464;QD=57.2231;RBI=0.140751;REFB=0;REVB=-0.120025;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219871;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr17 47210506 . C A 368.01 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0114246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.371;QD=29.4406;RBI=0.0136646;REFB=-0.0341622;REVB=0.00749664;RO=19;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709772;STB=0.53888;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.01689;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:20:11:5:14:20:11:5:14 chr17 47241604 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.823;QD=64.4154;RBI=0.00407755;REFB=0;REVB=-0.000666996;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12154e-06;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr17 47297297 . T C 1492.2 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.56;QD=60.9059;RBI=0.0276376;REFB=0.0740792;REVB=-0.00961632;RO=2;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215415;STB=0.511361;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000183837;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:95:96:0.979592:43:52:0:2:43:53:0:2 chr17 47373417 . T C 229.18 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0205439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.209;QD=22.3586;RBI=0.102085;REFB=0.00957863;REVB=0.0999969;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182834;STB=0.60274;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00482948;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:9:10:7:15:9:10 chr17 47375089 . AT AA,A 61.77 PASS AF=0,0.458333;AO=6,12;DP=46;FAO=0,22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=0,13;FSAR=0,9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0374115,0.0636798;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=12.4855,8.30277;QD=5.14712;RBI=0.0521277,0.139552;REFB=-0.0294358,-0.0516849;REVB=0.0362999,0.124176;RO=21;SAF=0,11;SAR=6,1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.704176,0.590825;STB=0.5,0.570546;STBP=1,0.382;TYPE=snp,del;VARB=-0.0654546,0.0772839;OID=.,.;OPOS=47375090,47375090;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.458333:6,12:46:0,22:48:26:0,13:0,9:12:14:58:21:0,11:6,1:10:11 chr17 47888852 . A G 332.53 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.914;QD=53.2054;RBI=0.169084;REFB=0;REVB=0.16861;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200899;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:12:13:0:0 chr17 47903381 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00664309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.895;QD=22.3898;RBI=0.00724602;REFB=-0.00802604;REVB=-0.00289384;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016175;STB=0.508923;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00592677;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:15:19:14:12:15:19:14:12 chr17 48067439 . G A 144.3 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00879787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.425;QD=14.0779;RBI=0.0186339;REFB=-0.00719757;REVB=0.0164262;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891363;STB=0.541349;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0374847;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:10:6:11:13:10:6:11:14 chr17 48067953 . T C 237.52 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00122791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.792;QD=11.7295;RBI=0.121682;REFB=-0.00745185;REVB=0.121676;RO=52;SAF=19;SAR=10;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480143;STB=0.527758;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0149606;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:10:19:32:20:10:19:32:20 chr17 48070878 . C T 507.13 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00170757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.887;QD=17.9515;RBI=0.0178811;REFB=0.00140178;REVB=-0.0177993;RO=58;SAF=36;SAR=18;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646866;STB=0.532455;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00156464;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:18:36:35:23:18:36:36:23 chr17 48072225 . G A 516.92 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00960578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.901;QD=28.3244;RBI=0.0149785;REFB=-0.0244899;REVB=-0.0114928;RO=26;SAF=12;SAR=34;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129533;STB=0.572921;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0144306;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:46:47:0.643836:34:12:11:15:35:12:11:15 chr17 48153093 . C G 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0168733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.002;QD=8.24421;RBI=0.0373604;REFB=-0.00515945;REVB=-0.0333331;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139608;STB=0.587971;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0309263;OID=.;OPOS=48153093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:6:9:5:2:6:9 chr17 48193184 . C A 145.05 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0243344;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.137;QD=23.2075;RBI=0.0269257;REFB=-0.0399354;REVB=0.0115253;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244976;OID=.;OPOS=48193184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:6:9:6:4:6:9:6:4 chr17 48258140 . T C 753.39 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.59;QD=61.5011;RBI=0.0500091;REFB=-0.130815;REVB=0.0378551;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00262715;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:19:29:0:1:19:29:0:1 chr17 48258321 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.368;QD=60.9779;RBI=0.0220269;REFB=0;REVB=0.0216765;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92094e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr17 48262775 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.758;QD=33.4285;RBI=0.0244916;REFB=0;REVB=-0.00611102;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71464e-05;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 48265495 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.351;QD=53.2734;RBI=0.0240141;REFB=0;REVB=0.0237322;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64082e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 48268223 . A G 771.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237625;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.429;QD=64.2829;RBI=0.0349969;REFB=0;REVB=0.025693;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146217;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr17 48269903 . A G 1377.41 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.701;QD=62.6096;RBI=0.0560678;REFB=0;REVB=0.013055;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104377;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr17 48276971 . G C 528.0 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.00319192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.57;QD=19.3762;RBI=0.0135454;REFB=-0.0163769;REVB=-0.0131639;RO=53;SAF=28;SAR=26;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227383;STB=0.631221;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141194;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:54:54:55:0.504587:26:28:14:39:26:29:14:40 chr17 48356260 . G C 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00240783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.912;QD=11.5645;RBI=0.0103553;REFB=-0.0127783;REVB=0.0100714;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555343;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0257822;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:29:15:15:0.340909:7:8:14:12:7:8:14:15 chr17 48356342 . A AC,C 64.14 PASS AF=0.382353,0;AO=12,3;DP=36;FAO=13,0;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.233747,-0.00847302;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.8311,195.107;QD=7.54532;RBI=0.250391,0.00867986;REFB=-0.00285336,0.000834199;REVB=0.089768,-0.00188356;RO=19;SAF=1,1;SAR=11,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.553936,-0.156136;STB=0.72415,0.5;STBP=0.067,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0311205,0;OID=.,.;OPOS=48356343,48356342;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:36:34:19:21:12,3:13,0:0.382353,0:11,2:1,1:9:10:11,0:2,0:9:12 chr17 48539035 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4024;QD=59.0159;RBI=0.0447828;REFB=0;REVB=0.0336364;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595862;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr17 48557326 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7561;QD=47.8204;RBI=0.0291098;REFB=0;REVB=0.0261788;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479406;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 48557348 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.808;QD=49.5991;RBI=0.0268593;REFB=0;REVB=0.0259368;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113793;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 48559559 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.855;QD=50.4132;RBI=0.02742;REFB=0;REVB=0.00847971;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120626;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr17 48595013 . G T 549.02 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00998386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.963;QD=24.1328;RBI=0.0100997;REFB=0.00289722;REVB=0.00152519;RO=38;SAF=21;SAR=30;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493266;STB=0.52839;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00213278;OID=.;OPOS=48595013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:40:51:51:0.56044:30:21:18:20:30:21:19:21 chr17 48598785 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.77;QD=61.8525;RBI=0.0319999;REFB=0;REVB=-0.00407102;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59763e-05;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr17 48599450 . A T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.14;QD=57.2007;RBI=0.0189682;REFB=0;REVB=0.0176009;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27145e-05;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 48603503 . C T 305.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.613;QD=53.2034;RBI=0.0345825;REFB=0;REVB=-0.00845022;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194762;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 48606537 . C G 490.65 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0440227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0254;QD=56.0741;RBI=0.0444183;REFB=-0.162154;REVB=-0.00591526;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00462679;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:12:21:0:1:13:21:0:1 chr17 48607614 . G A 256.59 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00420849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.73;QD=44.6247;RBI=0.0342858;REFB=-0.143019;REVB=0.0340265;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00153407;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:1:1:10:11:1:1 chr17 48608717 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.656;QD=61.2132;RBI=0.00331107;REFB=0;REVB=0.00289797;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2208e-06;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr17 48610272 . G C 1765.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.623;QD=60.8938;RBI=0.0506826;REFB=0;REVB=0.0477345;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47226e-05;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:105:116:1:41:64:0:0:50:66:0:0 chr17 48613837 . A G 1606.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.071;QD=60.0376;RBI=0.0485992;REFB=0;REVB=0.000819368;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74081e-05;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr17 48625470 . A C 87.02 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.110877;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.7465;QD=12.4319;RBI=0.119723;REFB=-0.0844063;REVB=0.0451655;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0688348;OID=.;OPOS=48625470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:28:12:15:9:10:0.357143:3:6:5:7:3:7:7:8 chr17 48629458 . A G 987.78 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933614;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4263;QD=58.9722;RBI=0.0513245;REFB=0;REVB=-0.0504682;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340616;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:25:42:0:0 chr17 48653354 . C A 370.38 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.047718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.501;QD=42.3289;RBI=0.0512356;REFB=-0.00356238;REVB=0.018657;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549262;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00206736;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:35:0:6:29:29:0.828571:16:13:0:0:16:13:1:5 chr17 48701800 . C T 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0482132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7942;QD=7.4806;RBI=0.0911954;REFB=-0.0120354;REVB=0.0774086;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44891;STB=0.782027;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0451782;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:8:2:16:12:8:2:16:12 chr17 48703752 . T C 574.97 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0345179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.127;QD=18.1092;RBI=0.0381911;REFB=-0.0185047;REVB=-0.0163425;RO=65;SAF=31;SAR=29;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842805;STB=0.512729;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0280096;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:67:60:60:0.472441:29:31:33:32:29:31:33:34 chr17 48712711 . C G 1023.17 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.629;QD=56.8425;RBI=0.0494055;REFB=-0.164377;REVB=0.0245509;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.508472;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00172609;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:70:71:0.986111:28:42:0:0:29:42:0:1 chr17 48753423 . C T 200.01 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.000763851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8418;QD=11.5946;RBI=0.0116063;REFB=0.000747477;REVB=0.0115811;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365589;STB=0.710571;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000983702;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:17:8:29:15:17:8:29:15 chr17 48755388 . C T 348.87 PASS AF=0.39;AO=35;DP=95;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.104997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4798;QD=13.955;RBI=0.149416;REFB=-0.0213135;REVB=0.106306;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222756;STB=0.612602;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0342233;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:60:61:35:39:0.39:20:15:38:22:22:17:38:23 chr17 48761105 . C T 85.25 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0506092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.663;QD=11.3671;RBI=0.0538297;REFB=-0.00933184;REVB=0.0183397;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0248732;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:8:10:6:5:9:10 chr17 48774319 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00480315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.383;QD=17.9198;RBI=0.00611185;REFB=-0.00397632;REVB=-0.00377948;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529147;STB=0.529562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00514369;OID=.;OPOS=48774319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:20:14:15:17:20:14 chr17 48777220 . G GTCA 110.73 PASS AF=0.304348;AO=12;DP=51;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0246552;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.001;QD=9.62833;RBI=0.0274213;REFB=-0.0143313;REVB=-0.0120022;RO=39;SAF=6;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109385;STB=0.565126;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0250827;OID=.;OPOS=48777221;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:12:51:14:46:32:7:7:19:13:99:39:6:6:23:16 chr17 48834023 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0103376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.973;QD=13.4417;RBI=0.0119475;REFB=0.00337017;REVB=-0.00598975;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00418732;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr17 48834032 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.015429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.864;QD=13.4419;RBI=0.042684;REFB=0.00829019;REVB=-0.0397978;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00967185;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr17 48834080 . A G 124.2 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0184025;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=26.0654;QD=16.0261;RBI=0.0387806;REFB=0.000966807;REVB=-0.0341362;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286611;STB=0.609618;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0161798;OID=.;OPOS=48834080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:31:10:15:16:16:0.516129:10:6:8:2:10:6:9:6 chr17 49713300 . G A 247.89 PASS AF=0.275591;AO=35;DP=126;FAO=35;FDP=127;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0419868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.613;QD=7.80767;RBI=0.0423417;REFB=-0.0072949;REVB=-0.0054706;RO=89;SAF=17;SAR=18;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785292;STB=0.54959;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.019334;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:89:92:35:35:0.275591:18:17:49:40:18:17:51:41 chr17 51900729 . C T 93.0 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.022577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.883;QD=17.7152;RBI=0.0355096;REFB=-0.0100671;REVB=0.0274083;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0109523;OID=.;OPOS=51900729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr17 51901084 . A G 214.08 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0295958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.332;QD=28.5435;RBI=0.037851;REFB=0.0167805;REVB=-0.0235963;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180645;STB=0.5999;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0105496;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:8:12:3:7:8:12:3:7 chr17 51901643 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00381851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.172;QD=26.3417;RBI=0.00987994;REFB=0.0103992;REVB=-0.0091122;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.512532;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00518071;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:5:6:11:8:5:6 chr17 51901703 . C G 95.65 PASS AF=0.578947;AO=12;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.019067;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.912;QD=20.1359;RBI=0.0244403;REFB=-0.0139396;REVB=-0.0152898;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0110208;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:12:11:0.578947:7:5:3:5:6:5:3:5 chr17 51902252 . C T 680.21 PASS AF=0.703704;AO=57;DP=81;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00196621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.838;QD=33.5905;RBI=0.0396986;REFB=-0.0210229;REVB=0.0396499;RO=23;SAF=25;SAR=32;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447496;STB=0.518382;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00719169;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:23:24:57:57:0.703704:32:25:12:11:32:25:12:12 chr17 53076799 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.175;QD=62.3501;RBI=0.0104066;REFB=0;REVB=0.00590741;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61948e-05;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr17 53076986 . G A 243.62 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406925;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7451;QD=51.2881;RBI=0.0316806;REFB=0;REVB=0.0314181;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175211;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 53400110 . T C 61.96 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00411911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.573;QD=2.4297;RBI=0.0071673;REFB=-0.00315837;REVB=0.00586542;RO=89;SAF=11;SAR=2;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38121;STB=0.779659;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0136868;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:89:89:13:13:0.127451:2:11:51:38:2:11:51:38 chr17 53851228 . C T 658.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9776;QD=61.2944;RBI=0.0299426;REFB=0;REVB=0.0149935;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253164;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr17 54450038 . C A 207.47 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.97;QD=48.816;RBI=0.0356651;REFB=0;REVB=0.0193395;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84918e-06;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:12:5:0:0 chr17 54450134 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.801;QD=50.4133;RBI=0.0233138;REFB=0;REVB=0.00519129;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121061;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 54534634 . G A 219.76 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.173;QD=48.8346;RBI=0.0099225;REFB=0;REVB=0.0068127;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830502;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr17 54921494 . A C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.235;QD=63.2786;RBI=0.0261226;REFB=0;REVB=0.00485964;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92997e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr17 54972890 . C G 742.58 PASS AF=0.878788;AO=55;DP=68;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0224399;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7633;QD=45.005;RBI=0.0533729;REFB=0.0273437;REVB=-0.0484264;RO=8;SAF=28;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276236;STB=0.517235;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00143953;OID=.;OPOS=54972890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:68:66:8:8:55:58:0.878788:27:28:5:3:30:28:5:3 chr17 55027850 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.005;QD=55.0982;RBI=0.0518996;REFB=0;REVB=0.0517935;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722449;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 55182811 . CT C 331.71 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.2845;QD=36.8571;RBI=0.0859954;REFB=0;REVB=-0.00830789;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00417619;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:36:36:0:25:11:0:0:7:0:23:10:0:0 chr17 55183203 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.685;QD=50.4135;RBI=0.0231135;REFB=0;REVB=0.0167637;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318652;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr17 55183716 . T C 716.39 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286848;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.86;QD=63.6788;RBI=0.0414937;REFB=0;REVB=0.0299817;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85925e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr17 56232649 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00640254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.098;QD=10.4724;RBI=0.00690922;REFB=0.0105211;REVB=-0.00259706;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183569;STB=0.60991;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0236335;OID=.;OPOS=56232649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:10:14:5:7:10:14 chr17 56349236 . G A 441.8 PASS AF=0.891892;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0284598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.946;QD=47.7624;RBI=0.0284627;REFB=-0.151452;REVB=-0.000405176;RO=4;SAF=15;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056453;STB=0.525436;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0182435;OID=.;OPOS=56349236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:35:37:4:4:31:33:0.891892:16:15:3:1:16:17:3:1 chr17 56389631 . A G 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00518465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.999;QD=36.8926;RBI=0.0270677;REFB=0.0384261;REVB=-0.0265665;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164511;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00912035;OID=.;OPOS=56389631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:1:1:8:6:1:1 chr17 56389732 . T C 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0149753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.397;QD=41.0158;RBI=0.039226;REFB=0.0563239;REVB=0.0362549;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098039;STB=0.553149;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00510137;OID=.;OPOS=56389732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:13:12:4:1:13:12:4:1 chr17 56396587 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.681;QD=60.2307;RBI=0.00862655;REFB=0;REVB=-0.00394567;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6072e-05;OID=.;OPOS=56396587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr17 56397505 . G C 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0293012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.295;QD=34.9985;RBI=0.0338288;REFB=-0.0426342;REVB=0.0169065;RO=10;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772549;STB=0.542137;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0121642;OID=.;OPOS=56397505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:12:15:4:6:12:15:4:6 chr17 56432362 . C G 312.64 PASS AF=0.892857;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.231;QD=44.6633;RBI=0.0291061;REFB=-0.030393;REVB=0.021033;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167852;STB=0.529388;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00387973;OID=.;OPOS=56432362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:28:2:3:23:25:0.892857:14:9:1:1:15:10:2:1 chr17 56492800 . T C 466.02 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0400646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2295;QD=43.3507;RBI=0.0515952;REFB=0.000433291;REVB=0.0325099;RO=8;SAF=19;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580219;STB=0.531274;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000205592;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:16:19:3:5:16:19:3:5 chr17 56544280 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.773;QD=44.6898;RBI=0.035906;REFB=0;REVB=-0.0350819;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000659368;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 56584205 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.005;QD=44.6898;RBI=0.0304128;REFB=0;REVB=-0.0250357;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36113e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 56585872 . G C 707.35 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00228988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.857;QD=49.6389;RBI=0.0187942;REFB=0.0138646;REVB=0.0186542;RO=4;SAF=30;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247893;STB=0.51318;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00131271;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:23:30:3:1:23:30:3:1 chr17 56598439 . T C 366.47 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00377344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.5;QD=40.7192;RBI=0.031795;REFB=-0.00426841;REVB=0.0315703;RO=7;SAF=10;SAR=19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236794;STB=0.512812;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00109614;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:19:10:2:5:19:10:2:5 chr17 56621283 . CGGG CGG,CGGT 716.52 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=6,44;DP=52;FAO=6,46;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=5,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106955,0.10015;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.308,47.8491;QD=55.1167;RBI=0.149748,0.101673;REFB=0,0;REVB=-0.104809,-0.0175371;RO=0;SAF=1,24;SAR=5,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.300628,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0942608,0.00917587;OID=.,.;OPOS=56621284,56621286;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGG,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:6,44:52:6,46:52:0:1,25:5,21:0:0:30:0:1,24:5,20:0:0 chr17 56621359 . T C 788.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.714;QD=64.3563;RBI=0.0831166;REFB=0;REVB=0.0812329;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145462;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:24:22:0:0:27:22:0:0 chr17 56636854 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.297;QD=56.7066;RBI=0.0241163;REFB=0;REVB=0.0161222;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87176e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 690.29 PASS AF=1,0;AO=39,11;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138247,-0.12688;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.6871,11.2057;QD=54.1405;RBI=0.142025,0.187479;REFB=0,0;REVB=0.0325398,-0.138021;RO=0;SAF=25,4;SAR=14,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00279783,0.020475;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:39,11:51:51,0:51:0:29,0:22,0:0:0:4:0:25,4:14,7:0:0 chr17 57274923 . G GGA 30.86 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0299422;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.9613;QD=3.24847;RBI=0.0435288;REFB=-0.025312;REVB=0.0315946;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658883;STB=0.923748;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.128699;OID=.;OPOS=57274924;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:6:38:6:38:32:1:5:26:6:30:30:1:5:24:6 chr17 57287454 . A G 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00293789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.085;QD=3.1345;RBI=0.0110293;REFB=-0.00120502;REVB=-0.0106308;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105677;STB=0.574542;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0086667;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:3:6:31:22:3:6:31:22 chr17 57478253 . A C 100.68 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.00666083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.649;QD=4.47484;RBI=0.00794635;REFB=-0.00423561;REVB=-0.00433335;RO=72;SAF=9;SAR=8;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141047;STB=0.582688;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0166989;OID=.;OPOS=57478253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:72:73:17:17:0.188889:8:9:46:26:8:9:46:27 chr17 57963537 . A G 469.48 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578386;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5769;QD=58.6845;RBI=0.0591454;REFB=0;REVB=-0.0123643;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114377;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr17 58031412 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.01;QD=47.8224;RBI=0.0327313;REFB=0;REVB=0.0244896;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255184;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 58121453 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.205;QD=43.4862;RBI=0.0279382;REFB=0;REVB=-0.0251663;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525653;OID=.;OPOS=58121453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 58156064 . G A 397.48 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0364005;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.1123;QD=45.4268;RBI=0.0483561;REFB=-0.15005;REVB=0.0318327;RO=4;SAF=26;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289108;STB=0.618957;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=58156064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:35:4:5:29:30:0.857143:3:26:1:3:4:26:2:3 chr17 58786625 . A G 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1433;QD=64.4091;RBI=0.0539718;REFB=0;REVB=0.0539088;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647791;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 58824567 . T C 468.19 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749993;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7661;QD=58.5243;RBI=0.0765476;REFB=0;REVB=0.0153175;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027598;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:12:20:0:0 chr17 59465991 . GAAAAAAAAAAC GAAAAAAAAAACA,GAAAAAAAAAC 38.09 PASS AF=0.272727,0.272727;AO=5,4;DP=22;FAO=6,6;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4,2;FSAR=2,4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.139064,-0.0288627;FXX=0.0832986;HRUN=2,10;LEN=1,1;MLLD=13.5398,7.71137;QD=6.92563;RBI=0.139942,0.345655;REFB=-0.0753073,-0.117259;REVB=0.0156518,0.344448;RO=10;SAF=5,1;SAR=0,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.706086,-0.372583;STB=0.523731,0.719306;STBP=0.952,0.207;TYPE=ins,del;VARB=0.116027,0.00573194;OID=.,.;OPOS=59466003,59465992;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAACA,GAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.272727:5,4:22:6,6:22:10:4,2:2,4:7:3:30:10:5,1:0,3:6:4 chr17 59482169 . C G 477.37 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.153;QD=57.8629;RBI=0.0996345;REFB=0;REVB=0.0776649;RO=0;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274971;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:4:29:0:0:4:29:0:0 chr17 59485555 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.17;QD=48.7283;RBI=0.0283844;REFB=0;REVB=0.0061497;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44584e-05;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 59534987 . T G 255.23 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00454039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.083;QD=36.4614;RBI=0.0222999;REFB=-0.0591036;REVB=0.0218327;RO=6;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309247;STB=0.516877;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0187309;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:13:9:2:4:13:9:2:4 chr17 59560685 . C T 85.91 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105741;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5741;QD=34.3639;RBI=0.135642;REFB=-0.0632681;REVB=0.0849569;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0226502;OID=.;OPOS=59560685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:10:2:1:9:9:0.9:4:5:2:0:4:5:1:0 chr17 59760174 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.481;QD=47.8193;RBI=0.0232983;REFB=0;REVB=0.00902856;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273941;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 59760996 . A G 223.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.218;QD=49.5824;RBI=0.0716141;REFB=0;REVB=0.0706565;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578009;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr17 59763114 . A T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6723;QD=50.4079;RBI=0.0847237;REFB=0;REVB=-0.00617432;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271221;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 59763347 . A G 537.41 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.037;QD=59.7121;RBI=0.00536705;REFB=0;REVB=0.00371876;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42468e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr17 59763465 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.363;QD=62.0199;RBI=0.0284793;REFB=0;REVB=0.0281843;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110958;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr17 59955426 . T G 629.29 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00768912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.053;QD=57.2079;RBI=0.00865568;REFB=-0.130459;REVB=0.00397469;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522716;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-5.03954e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:21:21:0:0:21:21:0:2 chr17 60040329 . C T 294.19 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00166769;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.467;QD=33.6221;RBI=0.00694064;REFB=0.00713805;REVB=-0.0067373;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651628;STB=0.522918;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00287549;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:11:10:25:25:0.714286:12:13:7:4:12:13:6:4 chr17 60043884 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.064;QD=59.8394;RBI=0.0246302;REFB=0;REVB=-0.00858623;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77815e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr17 60043929 . T C 94.98 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0213986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.669;QD=12.256;RBI=0.0284207;REFB=-0.00232453;REVB=0.0187039;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642199;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00308257;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:31:19:19:11:12:0.387097:4:7:11:8:5:7:11:8 chr17 60083208 . G T 204.3 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.126519;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7536;QD=28.1793;RBI=0.126832;REFB=-0.00481502;REVB=-0.0089056;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134459;STB=0.507455;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00166021;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:31:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:4:6:11:8:4:6 chr17 60348325 . G A 1951.9 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1271;QD=61.9651;RBI=0.0334219;REFB=0;REVB=0.0322222;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191523;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:55:71:0:0:55:71:0:0 chr17 60351457 . G A 1555.25 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314584;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4248;QD=59.2476;RBI=0.0403973;REFB=0;REVB=-0.0253439;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189272;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:102:105:1:58:44:0:0:59:46:0:0 chr17 60525047 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239498;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.285;QD=57.5456;RBI=0.0657926;REFB=0;REVB=-0.065749;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000694756;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr17 60683503 . A G 1172.53 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.099;QD=60.9107;RBI=0.0382634;REFB=0;REVB=0.0364746;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29693e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:30:44:0:0:33:44:0:0 chr17 60749112 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.032907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4101;QD=29.5809;RBI=0.0354696;REFB=-0.00572669;REVB=0.0132371;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221051;STB=0.512184;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00162938;OID=.;OPOS=60749112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:3:7:14:7:3:7 chr17 60758273 . G C 517.83 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0474153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8775;QD=54.5081;RBI=0.0587469;REFB=-0.0310172;REVB=-0.0346841;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0047076;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:22:14:2:0:22:14:2:0 chr17 60766224 . A G 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.689;QD=59.8453;RBI=0.0188757;REFB=0;REVB=-0.0118041;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53363e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr17 60767015 . G A 824.58 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00414087;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.034;QD=55.9035;RBI=0.0712897;REFB=-0.0578005;REVB=0.0711693;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.506664;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000557414;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:0:1:59:58:0.983051:38:21:0:0:37:21:0:1 chr17 61559923 . C T 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0114504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.862;QD=28.1272;RBI=0.0116863;REFB=-0.0442805;REVB=0.00233616;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156124;STB=0.574261;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0257667;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:9:15:5:8:9:15:6:8 chr17 61562309 . C T 164.17 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0116724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.563;QD=29.8488;RBI=0.014702;REFB=0.0131999;REVB=0.00893886;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00388714;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:16:16:0.727273:10:6:2:4:10:6:2:4 chr17 61562774 . T C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00913967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.335;QD=26.6374;RBI=0.0135842;REFB=-0.0170514;REVB=0.0100497;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12313;STB=0.568876;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0075392;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:11:5:4:4:11:5:4:4 chr17 61564052 . A G 437.85 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0323362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.138;QD=38.9201;RBI=0.0346848;REFB=-0.0110216;REVB=-0.012546;RO=11;SAF=8;SAR=26;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126836;STB=0.568981;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00485351;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:26:8:5:6:26:8:5:6 chr17 61566031 . G A 326.16 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00222317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.903;QD=20.0715;RBI=0.0144284;REFB=-0.0112819;REVB=0.0142561;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07607;STB=0.542144;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00981174;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:11:20:19:15:11:20 chr17 61573761 . T C 208.84 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0336355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5651;QD=25.3143;RBI=0.0337343;REFB=-0.0498985;REVB=0.00257988;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272005;STB=0.515136;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0237344;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:6:7:10:10:6:7 chr17 61650706 . C A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0245141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.089;QD=30.5652;RBI=0.027614;REFB=-0.0415656;REVB=-0.0127118;RO=10;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534006;STB=0.502939;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.014911;OID=.;OPOS=61650706;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:9:13:6:4:9:13:6:4 chr17 61772967 . C T 136.46 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0656419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.57;QD=10.4968;RBI=0.0679601;REFB=-0.0171043;REVB=-0.017599;RO=33;SAF=3;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502854;STB=0.811689;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0204986;OID=.;OPOS=61772967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:33:35:17:17:0.326923:14:3:20:13:14:3:22:13 chr17 61805747 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.169;QD=50.4133;RBI=0.0256834;REFB=0;REVB=0.0211291;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6196e-05;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 61838259 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1357;QD=50.4077;RBI=0.0639521;REFB=0;REVB=-0.0614858;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264163;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 61901197 . T A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413717;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.746;QD=53.9638;RBI=0.0464982;REFB=0;REVB=-0.021224;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000775766;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 61902935 . TG T 141.17 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964391;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1897;QD=31.3713;RBI=0.0986096;REFB=-0.0659301;REVB=0.0205758;RO=1;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.326531;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0217413;OID=.;OPOS=61902936;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:18:18:18:0:3:15:0:0:4:1:0:12:0:1 chr17 61903445 . G C 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.002;QD=59.9359;RBI=0.0217869;REFB=0;REVB=-0.0176203;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11749e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr17 61906846 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.057;QD=63.2863;RBI=0.0159212;REFB=0;REVB=0.0140317;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94259e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr17 61908271 . C T 720.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.847;QD=55.4345;RBI=0.00759537;REFB=0;REVB=0.00702642;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821435;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:29:21:0:0:30:22:0:0 chr17 61908556 . C T 764.64 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.634;QD=61.1709;RBI=0.0476238;REFB=-0.0810926;REVB=0.00635936;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000772604;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:1:1:47:49:0.98:30:17:1:0:31:18:1:0 chr17 61910167 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.821;QD=56.9383;RBI=0.0173946;REFB=0;REVB=0.0129356;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86498e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr17 61950979 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4206;QD=35.5759;RBI=0.104976;REFB=0;REVB=0.10264;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641389;OID=.;OPOS=61950979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 61988274 . C T 491.6 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00508262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.023;QD=28.0911;RBI=0.0311095;REFB=-0.0592617;REVB=0.0306915;RO=21;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26637;STB=0.657361;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0231241;OID=.;OPOS=61988274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:25:45:45:0.642857:29:16:17:4:29:16:20:5 chr17 62041068 . T C 1796.56 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000413647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.693;QD=60.9002;RBI=0.0518827;REFB=0;REVB=0.0518811;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117029;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:115:118:1:58:57:0:0:61:57:0:0 chr17 62079334 . A G 337.21 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0808224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5469;QD=24.9782;RBI=0.0865928;REFB=0.000312335;REVB=0.0310814;RO=20;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784985;STB=0.544884;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.000979071;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:21:32:33:0.611111:13:19:14:6:13:20:15:6 chr17 62125272 . A G 1081.18 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.216;QD=60.0657;RBI=0.0130299;REFB=0;REVB=0.0106473;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31368e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:39:33:0:0 chr17 62141455 . A G 1252.77 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041152;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7632;QD=61.8653;RBI=0.0431682;REFB=0;REVB=-0.0130386;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439279;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr17 62782689 . T C 1231.34 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2187;QD=60.0655;RBI=0.0514814;REFB=-0.0435635;REVB=0.0382036;RO=1;SAF=23;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201366;STB=0.510636;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00300138;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:57:23:1:0:58:23:1:0 chr17 63189687 . C T 163.14 PASS AF=0.35;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0170758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8956;QD=10.8762;RBI=0.0695752;REFB=-0.00659366;REVB=0.0674472;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672688;STB=0.582015;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0158453;OID=.;OPOS=63189687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:39:21:21:0.35:8:13:25:12:9:12:27:12 chr17 63532517 . G A 52.97 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0636308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8988;QD=21.1884;RBI=0.0665211;REFB=-0.0940026;REVB=0.0193953;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.636015;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0453297;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:3:0:3:4:3:0 chr17 63533789 . T C,G 316.55 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=21,3;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202454,0.0173562;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.065,104.161;QD=52.7589;RBI=0.0247348,0.0231852;REFB=0,0;REVB=0.0142104,-0.0153726;RO=0;SAF=11,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011629,0.0579169;OID=.,.;OPOS=63533789,63533789;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:21,3:22,2:0.916667,0.0833333:10,2:11,1:0:0:10,2:12,0:0:0 chr17 63534250 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.775;QD=62.0204;RBI=0.0537607;REFB=0;REVB=0.0525414;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182486;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr17 63554307 . A G 1070.86 PASS AF=0.65;AO=91;DP=139;FAO=91;FDP=140;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0124409;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0125;QD=30.5959;RBI=0.0126284;REFB=0.00987599;REVB=0.00216809;RO=48;SAF=54;SAR=37;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101283;STB=0.551361;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00447293;OID=.;OPOS=63554307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:48:49:91:91:0.65:37:54:21:27:37:54:22:27 chr17 63822357 . T C 39.93 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0165895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=6.38875;RBI=0.045587;REFB=-0.056926;REVB=-0.0424613;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311994;STB=0.628856;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0908648;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:25:18:18:6:7:0.28:2:4:7:11:3:4:7:11 chr17 64023642 . A G,T 1565.25 PASS AF=0.94,0.06;AO=94,5;DP=99;FAO=94,6;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44,5;FSAR=50,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359871,0.0269734;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=235.792,181.683;QD=62.6101;RBI=0.0364965,0.0274902;REFB=0,0;REVB=0.00607646,0.0053055;RO=0;SAF=44,4;SAR=50,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-7.82876e-05,0.113923;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:99:100:0:0:94,5:94,6:0.94,0.06:50,1:44,4:0:0:50,1:44,5:0:0 chr17 64208230 . G A 585.25 PASS AF=0.735294;AO=49;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.043317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.459;QD=34.4267;RBI=0.0439134;REFB=0.00384128;REVB=0.00721319;RO=18;SAF=27;SAR=22;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228367;STB=0.504145;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00130953;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:49:50:0.735294:22:27:10:8:23:27:10:8 chr17 64210757 . C A 219.24 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0419659;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3886;QD=15.6603;RBI=0.0420605;REFB=-0.00451983;REVB=0.00281943;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074716;STB=0.57137;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00513544;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:25:25:0.446429:9:16:17:13:9:16:16:15 chr17 64783081 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6481;QD=60.03;RBI=0.0673713;REFB=0;REVB=0.0221177;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302479;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr17 64785022 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00916446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.34;QD=20.5465;RBI=0.00974346;REFB=-0.0281075;REVB=-0.00330871;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211409;STB=0.619453;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0323091;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:10:12:7:15:10:12 chr17 64800898 . G A 283.11 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00299545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8045;QD=12.5828;RBI=0.0272711;REFB=-0.00898508;REVB=-0.0271061;RO=56;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557593;STB=0.537301;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0112595;OID=.;OPOS=64800898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:17:16:30:26:17:16:31:26 chr17 64801021 . A G 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9888;QD=59.4238;RBI=0.0812863;REFB=0;REVB=-0.00390916;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080778;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 65027740 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.155;QD=42.1824;RBI=0.0148881;REFB=0;REVB=0.00976815;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51777e-05;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 65066879 . A G 729.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405831;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.6;QD=57.2128;RBI=0.0123335;REFB=0;REVB=0.0116467;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75879e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr17 65104666 . T G 1418.13 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233523;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.428;QD=63.028;RBI=0.0272837;REFB=0;REVB=0.0141092;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66831e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr17 65104743 . G A 1211.6 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0433924;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.04;QD=58.3902;RBI=0.0533819;REFB=-0.0195535;REVB=0.0310923;RO=2;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201366;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000583404;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:83:2:2:79:81:0.975904:46:33:0:2:47:34:0:2 chr17 65404916 . AAG A 105.02 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0569447;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.607;QD=15.0034;RBI=0.0625333;REFB=0.00152813;REVB=-0.0258402;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398313;STB=0.704153;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=5.29922e-06;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:14:28:15:28:13:11:4:4:9:85:12:11:3:4:8 chr17 65574283 . A G 267.6 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00676951;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.037;QD=13.5496;RBI=0.0183902;REFB=-0.00375114;REVB=0.0170989;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248864;STB=0.660491;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0054602;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:48:31:31:0.392405:21:10:25:20:21:10:28:20 chr17 65717525 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0226463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.607;QD=23.2627;RBI=0.0282889;REFB=-0.0133602;REVB=0.016953;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150556;STB=0.584398;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0101411;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:16:7:9:10:16:7:9:10 chr17 65822410 . G A 411.32 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.045471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.268;QD=21.0933;RBI=0.0489938;REFB=-0.0201667;REVB=0.0182423;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117822;STB=0.564823;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0212999;OID=.;OPOS=65822410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:26:15:9:28:26:15:9:28 chr17 65978851 . T G 771.17 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7453;QD=55.0836;RBI=0.0711565;REFB=0.0059054;REVB=0.033528;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000803948;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:30:24:0:1:31:24:0:1 chr17 65988049 . T C 719.74 PASS AF=0.556452;AO=68;DP=123;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0123395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8932;QD=23.2173;RBI=0.0161517;REFB=-0.0310409;REVB=0.0104219;RO=55;SAF=37;SAR=31;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287681;STB=0.518583;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0235603;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:55:55:68:69:0.556452:31:37:28:27:31:38:28:27 chr17 65989048 . T C 669.45 PASS AF=0.918367;AO=48;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00920654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.368;QD=54.6488;RBI=0.0453756;REFB=-0.182632;REVB=-0.0444318;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.52315;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00766826;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:49:1:4:48:45:0.918367:23:25:0:1:21:24:1:3 chr17 66016006 . T C 206.75 PASS AF=0.390625;AO=26;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.019323;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.305;QD=12.9218;RBI=0.0266794;REFB=-0.00212684;REVB=-0.018396;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180331;STB=0.589677;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00325712;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:26:25:0.390625:10:16:30:9:9:16:30:9 chr17 66016096 . C T 170.48 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0552459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0517;QD=10.8238;RBI=0.0552478;REFB=-0.0217193;REVB=-0.000461051;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126549;STB=0.558009;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0397477;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:41:22:22:0.349206:7:15:31:9:7:15:31:10 chr17 66039350 . A G 598.32 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00993137;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3207;QD=21.1794;RBI=0.0133012;REFB=-0.0114989;REVB=-0.00884818;RO=53;SAF=30;SAR=30;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169603;STB=0.59289;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0112077;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:53:60:60:0.530973:30:30:37:16:30:30:37:16 chr17 66195838 . A T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00371487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.921;QD=8.42982;RBI=0.0274026;REFB=-0.00506868;REVB=-0.0271496;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293575;STB=0.675266;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0122076;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:27:8:6:7:27:8 chr17 66246416 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.801;QD=58.0611;RBI=0.0157953;REFB=0;REVB=0.00747073;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65759e-06;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr17 66253095 . T A 323.19 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0390171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5031;QD=25.348;RBI=0.0393643;REFB=-0.0157513;REVB=0.00521645;RO=20;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433323;STB=0.523794;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00973481;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:20:11:6:14:20:11:6:14 chr17 66264567 . TTATATATATATATATAT TATTATATATATATATAT,TTATATATATATATATA,TTATATATATATATAT 1567.89 PASS AF=0,0,1;AO=5,11,67;DP=108;FAO=0,0,103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,34;FSAR=0,0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215204,0.0309036,0.0541842;FXX=0.119648;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=28.5037,122.348,137.104;QD=60.8888;RBI=0.135803,0.129717,0.15089;REFB=0,0,0;REVB=0.134087,0.125982,0.140826;RO=0;SAF=0,10,21;SAR=5,1,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.35909e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.000344423;OID=.,.,.;OPOS=66264568,66264584,66264568;OREF=TA,T,TA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=TATTATATATATATATAT,TTATATATATATATATA,TTATATATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:5,11,67:108:0,0,103:103:0:0,0,34:0,0,69:0:0:9:0:0,10,21:5,1,46:0:0 chr17 66267650 . T G 257.76 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00480054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.774;QD=19.8274;RBI=0.0147298;REFB=-0.0190831;REVB=0.0139255;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101816;STB=0.556776;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0158712;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:15:10:14:13:15:10 chr17 66267691 . A T 164.41 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00476743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.077;QD=11.3384;RBI=0.0167806;REFB=-0.0138696;REVB=-0.0160892;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704646;STB=0.540945;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0257075;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:17:20:10:11:17:20 chr17 66270082 . A G 156.56 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00912096;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.572;QD=14.9106;RBI=0.0114362;REFB=-0.000528088;REVB=-0.00689894;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322092;STB=0.688236;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000371314;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:12:13:4:13:12:13 chr17 66416357 . C T 236.47 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0229319;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1402;QD=13.1371;RBI=0.0232876;REFB=-0.00106164;REVB=0.00405468;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148502;STB=0.519986;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00249058;OID=.;OPOS=66416357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:44:28:28:0.388889:15:13:18:22:15:13:19:25 chr17 66449122 . G A 1493.62 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137226;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.24;QD=58.5732;RBI=0.019037;REFB=-0.0719749;REVB=0.0131946;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998571;STB=0.505049;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000143004;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:99:101:0.990196:47:52:0:1:49:52:0:1 chr17 66533655 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.456;QD=63.2867;RBI=0.0530767;REFB=0;REVB=-0.0425385;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48497e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr17 66538239 . G T 205.25 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0679576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9543;QD=14.6609;RBI=0.0835664;REFB=-0.00945867;REVB=0.0486323;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419086;STB=0.523861;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0163373;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:16:16:11:13:16:16 chr17 66596463 . C T 588.75 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00805963;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.543;QD=21.409;RBI=0.0329368;REFB=-0.0159774;REVB=0.0319354;RO=51;SAF=38;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231426;STB=0.627175;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0088619;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:51:51:59:59:0.536364:21:38:19:32:21:38:19:32 chr17 66872802 . G C 1489.14 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3129;QD=58.9759;RBI=0.0642005;REFB=0;REVB=0.0128608;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808181;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:1:0:100:101:1:46:54:0:1:47:54:0:0 chr17 66982447 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0158308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.284;QD=3.64932;RBI=0.0276717;REFB=-0.00894784;REVB=-0.022696;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182544;STB=0.629189;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.034272;OID=.;OPOS=66982447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:16:15:2:4:16:15 chr17 67031457 . C T 755.63 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752168;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8539;QD=57.029;RBI=0.0090681;REFB=0;REVB=-0.00506505;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02221e-05;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr17 67081830 . T C 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0235434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.361;QD=3.43977;RBI=0.0374412;REFB=0.00517419;REVB=0.0291128;RO=48;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528479;STB=0.862195;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00852902;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:57:59:48:50:9:9:0.152542:1:8:23:25:1:8:25:25 chr17 67101718 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.718;QD=64.1523;RBI=0.0104509;REFB=0;REVB=0.00256928;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102549;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 67125840 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.355;QD=44.6898;RBI=0.034506;REFB=0;REVB=0.0335419;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246492;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 67178316 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.174;QD=56.9569;RBI=0.0443287;REFB=0;REVB=0.0112175;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23967e-05;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 67210992 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.245;QD=35.5759;RBI=0.0587113;REFB=0;REVB=0.0584492;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104179;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 67212031 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.987;QD=57.6783;RBI=0.0482671;REFB=0;REVB=0.0334162;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368066;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 67212423 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.951;QD=57.6807;RBI=0.0142438;REFB=0;REVB=0.0122367;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22055e-05;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr17 67215712 . C T 698.95 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.501;QD=54.8193;RBI=0.0171937;REFB=-0.15315;REVB=-0.00560815;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00452923;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:50:50:0.980392:20:30:0:0:20:30:1:0 chr17 67267317 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0177177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.219;QD=29.0497;RBI=0.0194801;REFB=0.00331556;REVB=0.00809674;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211852;STB=0.618149;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000532095;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:4:1:9:5:4:1 chr17 67273882 . C A 851.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.115;QD=57.7104;RBI=0.0531103;REFB=0;REVB=0.0219409;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325721;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr17 67513003 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.842;QD=55.0984;RBI=0.0445854;REFB=0;REVB=0.0386091;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278568;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 67513055 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247899;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.507;QD=56.1889;RBI=0.0298778;REFB=0;REVB=0.0166775;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90982e-05;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr17 67982157 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.323;QD=60.9786;RBI=0.0300494;REFB=0;REVB=0.0147444;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18479e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr17 70943990 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.351;QD=51.1842;RBI=0.0190099;REFB=0;REVB=0.00627312;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12943e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 71166701 . A G 730.55 PASS AF=0.875;AO=56;DP=65;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0229626;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4353;QD=45.6593;RBI=0.0396683;REFB=-0.0306768;REVB=-0.0323465;RO=7;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710818;STB=0.529105;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00614821;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:65:64:7:8:56:56:0.875:29:27:1:6:29:27:2:6 chr17 71167102 . T C 143.71 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0392508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8877;QD=33.8151;RBI=0.0402837;REFB=0.0117153;REVB=0.00906375;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530824;STB=0.52937;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00343289;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:1:2:7:7:1:2 chr17 71167133 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0325886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6409;QD=25.4667;RBI=0.0480837;REFB=0.123488;REVB=0.0353557;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198601;STB=0.615086;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0426046;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:1:2:8:1:1:2 chr17 71167541 . G A 118.84 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3511;QD=33.9529;RBI=0.0890205;REFB=0.012318;REVB=-0.084676;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218866;STB=0.512175;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0376947;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:1:1:5:7:1:1 chr17 71228436 . GC G 34.27 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.022372;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.5218;QD=3.91661;RBI=0.117875;REFB=-0.0681947;REVB=0.115733;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289461;STB=0.536033;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.0844554;OID=.;OPOS=71228437;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:35:14:35:21:4:10:5:16:34:17:3:11:4:13 chr17 71232804 . C A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3084;QD=62.346;RBI=0.032281;REFB=0;REVB=-0.00861299;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170489;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr17 71239087 . G T 675.98 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00522335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.311;QD=49.1622;RBI=0.00980643;REFB=0.0118977;REVB=0.00829956;RO=4;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050648;STB=0.526966;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000771174;OID=.;OPOS=71239087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:20:31:1:3:20:31:1:3 chr17 71244630 . C T 575.86 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.532;QD=59.0626;RBI=0.0268704;REFB=0;REVB=0.0253732;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139722;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:17:22:0:0 chr17 71365314 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=59.8391;RBI=0.0268823;REFB=0;REVB=0.0266987;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252352;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr17 71429894 . CG C 77.44 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.018591;FXX=0.0856898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.9353;QD=9.67983;RBI=0.0270885;REFB=-0.0538918;REVB=0.0197018;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253531;STB=0.652008;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.0972139;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:15:35:17:32:15:8:9:12:3:59:16:7:8:12:4 chr17 71468267 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.674;QD=50.4054;RBI=0.0140423;REFB=0;REVB=0.013181;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138628;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 71503636 . T C 810.02 PASS AF=0.923077;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0271699;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.889;QD=49.8471;RBI=0.0478586;REFB=-0.0294548;REVB=0.0393986;RO=5;SAF=29;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453257;STB=0.523069;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00119173;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:65:5:5:59:60:0.923077:30:29:4:1:30:30:4:1 chr17 71747278 . G C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.278;QD=60.3767;RBI=0.0109789;REFB=0;REVB=0.000879112;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9056e-05;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr17 71747323 . T C 735.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.161;QD=56.5674;RBI=0.0204114;REFB=0;REVB=0.0117812;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62203e-05;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:33:17:0:0:34:18:0:0 chr17 71747336 . G A 750.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.32;QD=62.5669;RBI=0.0531968;REFB=0;REVB=0.0382003;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104295;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:28:20:0:0 chr17 71747394 . C T 689.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.906;QD=62.643;RBI=0.0451905;REFB=0;REVB=0.0343113;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275376;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr17 71747397 . G A 683.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.394;QD=62.1608;RBI=0.00794082;REFB=0;REVB=-0.00607284;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89046e-05;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr17 71747473 . A G 549.71 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.103301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.371;QD=49.974;RBI=0.103357;REFB=0.0233409;REVB=-0.00341317;RO=5;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119398;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262879;OID=.;OPOS=71747473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:44:5:5:38:39:0.886364:23:15:2:3:23:16:2:3 chr17 71752500 . C CT 754.68 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200863;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.649;QD=62.8898;RBI=0.0530197;REFB=0;REVB=-0.0490675;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000319501;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:48:48:0:20:28:0:0:4:1:20:25:0:1 chr17 72209858 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.697;QD=56.9986;RBI=0.0711589;REFB=0;REVB=0.00812458;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201895;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr17 72301432 . A G 334.08 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0264193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.835;QD=46.0799;RBI=0.0291495;REFB=0.0156664;REVB=-0.0123172;RO=2;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294963;STB=0.503103;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00162545;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:26:26:0.896552:18:8:1:1:18:8:1:2 chr17 72303394 . C T 1067.54 PASS AF=0.865169;AO=77;DP=89;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0409021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9764;QD=47.9793;RBI=0.0774506;REFB=-0.0287203;REVB=-0.0657694;RO=12;SAF=29;SAR=48;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330222;STB=0.517555;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00705416;OID=.;OPOS=72303394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:12:12:77:77:0.865169:48:29:6:6:48:29:6:6 chr17 72303449 . G A 1103.76 PASS AF=0.868132;AO=79;DP=91;FAO=79;FDP=91;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0157141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.737;QD=48.517;RBI=0.0470142;REFB=-0.026008;REVB=0.0443103;RO=12;SAF=26;SAR=53;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047158;STB=0.525071;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00379565;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:12:12:79:79:0.868132:53:26:6:6:53:26:6:6 chr17 72305534 . C T 935.04 PASS AF=0.782609;AO=72;DP=92;FAO=72;FDP=92;FR=.;FRO=20;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.011896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.291;QD=40.6539;RBI=0.0165106;REFB=-0.0217024;REVB=0.0114492;RO=20;SAF=42;SAR=30;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958722;STB=0.551268;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00539526;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:20:20:72:72:0.782609:30:42:7:13:30:42:7:13 chr17 72305688 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.052706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.915;QD=25.4674;RBI=0.0527206;REFB=-0.00511341;REVB=-0.00124059;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387747;STB=0.72665;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0022722;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:2:1:8:1:2:1 chr17 72308319 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2387;QD=60.2303;RBI=0.0652158;REFB=0;REVB=0.0650865;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888592;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 72346855 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.834;QD=55.6561;RBI=0.0469091;REFB=0;REVB=0.0221128;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116006;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 72349067 . C T 392.0 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5761;QD=55.9997;RBI=0.113867;REFB=0;REVB=0.0969638;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111909;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr17 72351761 . A G 707.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.257;QD=62.9326;RBI=0.01239;REFB=0;REVB=0.0122174;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36827e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr17 72366695 . C A 365.39 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0438822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1421;QD=47.1464;RBI=0.0446822;REFB=-0.138478;REVB=0.00841722;RO=3;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120789;STB=0.56517;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0161906;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:31:31:3:3:28:28:0.903226:10:18:0:3:10:18:0:3 chr17 72368550 . T C 545.15 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.12;QD=57.3838;RBI=0.0180081;REFB=-0.106695;REVB=0.0132923;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00253403;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:28:9:0:0:28:9:1:0 chr17 72439700 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.843;QD=42.1826;RBI=0.0177071;REFB=0;REVB=0.00846508;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86782e-05;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 72439773 . AGGGGGC AGGG,AGGGC,AGGGGC,AGGGGCC 542.18 PASS AF=0,0.902439,0.097561,0;AO=6,15,10,2;DP=39;FAO=0,37,4,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,4,0;FSAR=0,12,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104562,0.048637,0.0962012,0.176687;FXX=0.0238039;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=12.257,21.2274,14.446,5.372;QD=52.8953;RBI=0.162228,0.121954,0.225871,0.190758;REFB=0,0,0,0;REVB=0.161891,0.111836,0.20436,-0.0719052;RO=0;SAF=6,13,5,1;SAR=0,2,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179,0.414179,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.0151657,-0.0533606,0;OID=.,.,.,.;OPOS=72439777,72439774,72439774,72439778;OREF=GGC,GG,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.902439,0.097561,0:6,15,10,2:39:0,37,4,0:41:0:0,25,4,0:0,12,0,0:0:0:14:0:6,13,5,1:0,2,5,1:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGC 1465.93 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=85,9;DP=97;FAO=92,6;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=50,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.217373,-0.195646;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.016,8.86686;QD=59.834;RBI=0.218264,0.196167;REFB=0,0;REVB=-0.0197024,0.014287;RO=0;SAF=37,3;SAR=48,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00883895,-0.00947651;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.938776,0.0612245:85,9:97:92,6:98:0:42,0:50,6:0:0:18:0:37,3:48,6:0:0 chr17 72584704 . T C 669.0 PASS AF=0.960784;AO=42;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0402272;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.886;QD=52.4709;RBI=0.0807212;REFB=-0.0497044;REVB=0.0699835;RO=2;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132029;STB=0.505577;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00208513;OID=.;OPOS=72584704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:42:49:0.960784:15:27:1:1:18:31:1:1 chr17 72589178 . AT A 78.79 PASS AF=0.736842;AO=8;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.210986;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.5671;QD=16.5879;RBI=0.22479;REFB=-0.0989288;REVB=0.077558;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.33042;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.526278;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0935638;OID=.;OPOS=72589179;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:8:19:14:19:5:7:7:3:2:18:8:3:5:5:3 chr17 72608834 . G A 30.62 PASS AF=0.109375;AO=4;DP=61;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0101328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.587;QD=1.91404;RBI=0.0110434;REFB=-0.00664152;REVB=0.0043913;RO=57;SAF=3;SAR=1;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316977;STB=0.75039;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0469368;OID=.;OPOS=72608834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:61:64:57:57:4:7:0.109375:1:3:24:33:2:5:24:33 chr17 72613589 . T G 86.7 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00888443;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.048;QD=23.1202;RBI=0.032974;REFB=-0.0133248;REVB=-0.0317546;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0204989;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:16:15:3:5:9:10:0.666667:5:4:0:3:5:5:1:4 chr17 72615293 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.054979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.612;QD=37.8929;RBI=0.0556425;REFB=-0.0396915;REVB=-0.0085669;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00726674;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr17 72740598 . G A 239.82 PASS AF=0.913043;AO=16;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0994911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3192;QD=41.7082;RBI=0.10142;REFB=-0.037445;REVB=-0.0196842;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.545411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00866984;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:23:23:2:2:16:21:0.913043:10:6:0:2:10:11:0:2 chr17 72784932 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0252591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.198;QD=42.7092;RBI=0.0587035;REFB=-0.0334781;REVB=0.0529912;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656807;STB=0.535678;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00284515;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:13:6:0:2:13:6:0:2 chr17 72851239 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0815716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.321;QD=16.1998;RBI=0.084068;REFB=-0.0578071;REVB=0.0203348;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00551074;OID=.;OPOS=72851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:3:0:4:1:3:0 chr17 72860654 . G A 154.76 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0194029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.101;QD=9.10362;RBI=0.0562989;REFB=-0.00386602;REVB=-0.0528498;RO=45;SAF=18;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473115;STB=0.797711;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01472;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:45:47:21:21:0.308824:3:18:23:22:3:18:23:24 chr17 72877212 . C T 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00373517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.748;QD=27.592;RBI=0.0263525;REFB=-0.0232836;REVB=-0.0260865;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00976619;OID=.;OPOS=72877212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:2:3:3:10:2:3 chr17 72889685 . G A 245.66 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0411975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.498;QD=12.5978;RBI=0.0415923;REFB=-0.0433985;REVB=-0.00571666;RO=39;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437063;STB=0.703024;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0129426;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:49:29:29:0.371795:8:21:11:28:8:21:20:29 chr17 72889696 . A G 271.77 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=-0.0716866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.702;QD=19.4122;RBI=0.0943286;REFB=-0.0151048;REVB=-0.06131;RO=26;SAF=23;SAR=6;SRF=1;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601301;STB=0.836154;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0191676;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:6:23:1:25:6:23:1:26 chr17 72937605 . G A 517.86 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.824;QD=54.5116;RBI=0.0430831;REFB=-0.0659485;REVB=0.0351125;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553034;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0015442;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:16:20:1:1:16:20:1:1 chr17 72937851 . G A 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3439;QD=59.8325;RBI=0.0399832;REFB=0;REVB=0.0212902;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679384;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 72938100 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.019;QD=59.0187;RBI=0.0279325;REFB=0;REVB=0.027872;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62194e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 72948369 . A G 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199531;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6641;QD=42.4474;RBI=0.0316318;REFB=0;REVB=0.0245448;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173823;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 72949146 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.92;QD=45.8063;RBI=0.0354515;REFB=0;REVB=0.0343676;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018737;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr17 72949649 . C T 47.45 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00135691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.118;QD=5.75125;RBI=0.0465587;REFB=-0.0112211;REVB=0.0465389;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366489;STB=0.579645;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0379318;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:33:33:23:25:7:8:0.242424:2:5:17:6:3:5:18:7 chr17 72952017 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.004;QD=57.677;RBI=0.0441788;REFB=0;REVB=-0.0208741;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213549;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr17 73008804 . G C 208.02 PASS AF=0.9;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0332855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.285;QD=41.6029;RBI=0.035825;REFB=-0.0245119;REVB=0.0132478;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465783;STB=0.518498;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00173934;OID=.;OPOS=73008804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:20:2:2:17:18:0.9:12:5:1:1:12:6:1:1 chr17 73110279 . C T 790.61 PASS AF=0.893939;AO=58;DP=67;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0293903;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.892;QD=47.9159;RBI=0.0293904;REFB=-0.0135312;REVB=8.44473e-05;RO=7;SAF=30;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468099;STB=0.525415;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00143046;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:7:7:58:59:0.893939:28:30:2:5:28:31:2:5 chr17 73124773 . A C 184.82 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0214643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7173;QD=26.4028;RBI=0.0592276;REFB=-0.110783;REVB=-0.0552014;RO=10;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209076;STB=0.511615;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0249179;OID=.;OPOS=73124773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:4:14:8:2:4:14:8:2 chr17 73127217 . G C 66.54 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0484769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1083;QD=26.6177;RBI=0.109468;REFB=-0.0376229;REVB=0.0981486;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124584;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr17 73221439 . C T 694.95 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00418352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.754;QD=60.4307;RBI=0.0137485;REFB=-0.132319;REVB=0.0130966;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-6.56457e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr17 73222847 . C T 715.63 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339569;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.4;QD=57.2501;RBI=0.0356311;REFB=0;REVB=0.0107937;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173589;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 73222865 . G A 629.24 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.591;QD=57.2036;RBI=0.0205803;REFB=-0.149433;REVB=0.0117458;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000982578;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:19:23:0:1:19:23:1:1 chr17 73230856 . C T 1306.06 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.139;QD=60.7472;RBI=0.0288806;REFB=-0.0709091;REVB=0.0188563;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000706973;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:1:0:48:37:1:0 chr17 73258479 . C T 676.93 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00462295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.705;QD=60.1716;RBI=0.0321398;REFB=-0.14799;REVB=0.0318056;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000545892;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:1:0:26:18:1:0 chr17 73269530 . A G 579.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377883;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0106;QD=60.9589;RBI=0.0401539;REFB=0;REVB=-0.0135786;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650956;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr17 73269676 . C T 511.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6741;QD=58.5103;RBI=0.0162118;REFB=0;REVB=-0.00253956;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135591;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 73279624 . A G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.231;QD=55.0911;RBI=0.0252914;REFB=0;REVB=-0.0110182;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37375e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 73315368 . C T 521.34 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00257682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.266;QD=50.8621;RBI=0.0236703;REFB=0.0017367;REVB=0.0235296;RO=4;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104698;STB=0.556228;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000660459;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:10:27:1:3:10:27:1:3 chr17 73389665 . G A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0250749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.239;QD=4.78783;RBI=0.0283177;REFB=-0.00673765;REVB=-0.0131583;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52036;STB=0.749376;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0400259;OID=.;OPOS=73389665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:33:34:7:8:0.190476:6:1:19:14:6:2:19:15 chr17 73488794 . C T 204.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.16;QD=48.0519;RBI=0.0601183;REFB=0;REVB=-0.0185112;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493415;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr17 73488812 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0701466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.374;QD=35.4875;RBI=0.0821985;REFB=-0.0537901;REVB=-0.042849;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029065;STB=0.516104;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0138741;OID=.;OPOS=73488812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:1:1:5:8:1:1 chr17 73491062 . TCC TC,T 30.18 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=7,2;DP=17;FAO=7,1;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5,1;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.134436,-0.0718959;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.33877,14.2192;QD=7.10187;RBI=0.262654,0.15448;REFB=-0.0122471,-0.00712123;REVB=0.225642,0.13673;RO=7;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197466,0.539624;STB=0.54533,0.984323;STBP=0.83,0.563;TYPE=del,del;VARB=0.00852935,-0.0530032;OID=.,.;OPOS=73491063,73491063;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0588235:7,2:17:7,1:17:9:5,1:2,0:7:2:24:7:6,2:1,0:5:2 chr17 73495692 . C G 667.62 PASS AF=0.977778;AO=33;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.226484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8118;QD=59.3442;RBI=0.230324;REFB=-0.131323;REVB=-0.0418822;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176365;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00666246;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:33:44:0.977778:26:7:0:1:26:18:0:1 chr17 73498623 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7634;QD=51.9081;RBI=0.0346081;REFB=0;REVB=-0.0345307;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586028;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr17 73518203 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.629;QD=55.6561;RBI=0.0487891;REFB=0;REVB=0.0469491;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218758;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 73518284 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.696;QD=51.1846;RBI=0.0329848;REFB=0;REVB=0.0323696;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070343;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 73519413 . C T 340.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5882;QD=54.4488;RBI=0.153709;REFB=0;REVB=0.132978;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332799;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 73552185 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6476;QD=46.848;RBI=0.0829235;REFB=0;REVB=0.0713874;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371918;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 73586233 . C G 45.46 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0218404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6342;QD=2.16483;RBI=0.0524798;REFB=-0.00629328;REVB=-0.0477192;RO=74;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274291;STB=0.51996;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0535683;OID=.;OPOS=73586233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:74:74:10:10:0.119048:4:6:46:28:4:6:46:28 chr17 73587268 . C T 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0579583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.929;QD=43.6798;RBI=0.0586465;REFB=0.017366;REVB=0.0089582;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173342;STB=0.509424;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-5.51629e-05;OID=.;OPOS=73587268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:1:1:12:8:1:1 chr17 73587784 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.352;QD=59.0187;RBI=0.0427582;REFB=0;REVB=0.0302014;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50094e-08;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 73588058 . G T 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0515208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4263;QD=48.6075;RBI=0.0746408;REFB=0.0138234;REVB=-0.054008;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925505;STB=0.549961;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00495113;OID=.;OPOS=73588058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:0:2:9:17:0:2 chr17 73588067 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8296;QD=55.0975;RBI=0.0580485;REFB=0;REVB=-0.0303331;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186766;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr17 73590817 . C T 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00673661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.847;QD=39.3295;RBI=0.00912321;REFB=-0.00636471;REVB=0.00615232;RO=8;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246179;STB=0.645068;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00162034;OID=.;OPOS=73590817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:8:9:31:31:0.775:20:11:8:0:20:11:9:0 chr17 73590830 . T G 437.75 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.012136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.235;QD=38.9112;RBI=0.012136;REFB=-0.0159233;REVB=1.82236e-05;RO=10;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232694;STB=0.636761;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00564139;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:10:11:34:34:0.755556:22:12:9:1:22:12:10:1 chr17 73590855 . G A 435.18 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00354393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.149;QD=37.8414;RBI=0.0460701;REFB=-0.0242822;REVB=0.0459336;RO=12;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270082;STB=0.646972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0139894;OID=.;OPOS=73590855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:12:12:33:34:0.73913:21:12:11:1:22:12:11:1 chr17 73597544 . A G 435.22 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0518581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9879;QD=43.5217;RBI=0.0518583;REFB=-0.034312;REVB=0.000154417;RO=7;SAF=17;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018283;STB=0.509857;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00817008;OID=.;OPOS=73597544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:16:17:4:3:16:17:4:3 chr17 73602081 . G A 141.53 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0980802;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6477;QD=40.4358;RBI=0.129215;REFB=-0.0170309;REVB=0.0841244;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0102965;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr17 73609112 . G A 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.263;QD=34.6627;RBI=0.0735265;REFB=0.0311579;REVB=0.0727318;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=7.15385e-05;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr17 73625430 . G A,C 346.66 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265007,-0.0116644;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.0383,139.504;QD=51.3575;RBI=0.0383858,0.0192626;REFB=-0.149174,-0.175785;REVB=0.0277701,-0.0153294;RO=0;SAF=14,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000665036,0.220384;OID=.,.;OPOS=73625430,73625430;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:11,1:14,1:0:0:11,1:14,1:0:0 chr17 73625478 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.469;QD=56.9567;RBI=0.0117632;REFB=0;REVB=-0.00620347;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50149e-06;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 73627539 . T C 76.92 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00323833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.606;QD=5.3047;RBI=0.0145215;REFB=-0.00339491;REVB=-0.0141558;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227456;STB=0.58522;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0143182;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:58:45:46:11:12:0.206897:8:3:20:25:8:4:20:26 chr17 73627565 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.745;QD=57.7123;RBI=0.0249162;REFB=0;REVB=-0.0249063;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107707;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr17 73698557 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.844;QD=58.5873;RBI=0.0495542;REFB=0;REVB=-0.0301473;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34963e-05;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 73750859 . C G 157.68 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3927;QD=45.0505;RBI=0.123479;REFB=0;REVB=0.0845592;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224636;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:6:7:1:0:6:8:0:0 chr17 73812909 . A G 1847.77 PASS AF=1;AO=115;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6701;QD=58.6592;RBI=0.0893548;REFB=0;REVB=0.0838651;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00628772;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:126:0:0:115:126:1:55:60:0:0:65:61:0:0 chr17 73816026 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.354;QD=33.4285;RBI=0.0470769;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627313;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr17 73819525 . C T 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0194526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.2;QD=2.09276;RBI=0.0201461;REFB=-0.00261071;REVB=0.00524027;RO=69;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240614;STB=0.677575;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0277026;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:6:3:37:32:6:3:37:32 chr17 73820439 . G A 239.77 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.115281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.715;QD=31.9697;RBI=0.117394;REFB=-0.0635827;REVB=0.0221769;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160545;STB=0.578243;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0202559;OID=.;OPOS=73820439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:8:8:21:22:0.733333:12:9:6:2:12:10:6:2 chr17 73827205 . T C 40.43 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0366771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.155;QD=1.16351;RBI=0.0379426;REFB=-0.00396432;REVB=-0.00971772;RO=126;SAF=3;SAR=9;SRF=58;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251876;STB=0.700798;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0264215;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:139:139:126:127:12:12:0.0863309:9:3:58:68:9:3:58:69 chr17 73900688 . T C 45.91 PASS AF=0.0931677;AO=12;DP=158;FAO=15;FDP=161;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=-0.0110836;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.017;QD=1.14063;RBI=0.0112348;REFB=-0.00691859;REVB=0.00183715;RO=144;SAF=9;SAR=3;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334119;STB=0.8169;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.085025;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:158:161:144:146:12:15:0.0931677:3:9:64:80:3:12:64:82 chr17 73949540 . G C 426.99 PASS AF=0.864865;AO=26;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00238126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9684;QD=46.1607;RBI=0.0606411;REFB=-0.03269;REVB=-0.0605943;RO=4;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952378;STB=0.531895;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00417191;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:37:4:5:26:32:0.864865:12:14:2:2:12:20:2:3 chr17 73969835 . C T 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00851147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.116;QD=2.42286;RBI=0.00871757;REFB=0.000473771;REVB=-0.00188442;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.699355;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00346049;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:2:4:20:26:2:4:20:26 chr17 73997474 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.327;QD=46.8477;RBI=0.0278464;REFB=0;REVB=0.0276756;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256913;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:5:10:0:0 chr17 74014228 . G A 464.52 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0185514;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.276;QD=51.6132;RBI=0.0272499;REFB=-0.0610859;REVB=0.01996;RO=3;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282301;STB=0.515142;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00609208;OID=.;OPOS=74014228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:36:3:3:33:33:0.916667:16:17:1:2:16:17:1:2 chr17 74014628 . G A 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6777;QD=59.4241;RBI=0.042964;REFB=-0.0866493;REVB=0.0380472;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00273072;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr17 74014668 . T C 561.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288282;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.067;QD=60.7178;RBI=0.0288305;REFB=0;REVB=-0.000368485;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100109;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 74017554 . G T 99.6 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00596373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.628;QD=14.2287;RBI=0.0419426;REFB=-0.00325104;REVB=0.0415165;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387579;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:7:8:6:6:8:8 chr17 74017573 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0216978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.302;QD=13.0911;RBI=0.023798;REFB=-0.0136067;REVB=0.00977511;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064306;STB=0.537678;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0215632;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:12:8:6:7:12:8 chr17 74017594 . A G 106.28 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0256506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4218;QD=11.8091;RBI=0.0362377;REFB=-0.00402125;REVB=-0.0255972;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180844;STB=0.510713;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00657767;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:12:11:6:7:12:11 chr17 74019680 . C T 610.89 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0371209;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0541;QD=51.9903;RBI=0.0374316;REFB=-0.0330256;REVB=0.00481275;RO=5;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552316;STB=0.529518;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00290705;OID=.;OPOS=74019680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:47:5:5:42:42:0.893617:22:20:1:4:22:20:1:4 chr17 74076415 . G A 256.32 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0102062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5448;QD=44.5772;RBI=0.0357359;REFB=0.0271683;REVB=-0.0342474;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.510907;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00381819;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:8:13:0:1:8:13:1:1 chr17 74076642 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.268;QD=35.5759;RBI=0.0467735;REFB=0;REVB=0.0407001;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763113;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 74271916 . C G 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0152764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7961;QD=13.2085;RBI=0.0553376;REFB=-0.0216533;REVB=0.0531872;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010242;OID=.;OPOS=74271916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr17 74286081 . TC T,TT 252.35 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,17;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341306,0.0345207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.474,208.796;QD=50.4701;RBI=0.0406756,0.0393921;REFB=0,0;REVB=0.022127,0.0189751;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00373725,0.0013084;OID=.,.;OPOS=74286082,74286082;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,17:20:1,19:20:0:0,3:1,16:0:0:5:0:1,2:2,15:0:0 chr17 74286106 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000844943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7777;QD=53.9042;RBI=0.0321376;REFB=0;REVB=-0.0321265;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000763147;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr17 74287204 . C G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000735137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8607;QD=55.6476;RBI=0.00406955;REFB=0;REVB=-0.0040026;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0165e-05;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 74287389 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.078;QD=49.5951;RBI=0.0509131;REFB=0;REVB=0.045778;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432442;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 74287594 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.176;QD=57.6801;RBI=0.0231001;REFB=0;REVB=0.016547;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324477;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 74289500 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.012;QD=49.5972;RBI=0.0319098;REFB=0;REVB=-0.0273511;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223679;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr17 74289705 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.82;QD=35.5759;RBI=0.026164;REFB=0;REVB=-0.01708;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01905e-05;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 74289839 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00092227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.718;QD=56.1904;RBI=0.0301348;REFB=0;REVB=0.0301207;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152358;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr17 74289875 . C T 657.44 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0876423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6242;QD=59.7668;RBI=0.103904;REFB=-0.161107;REVB=0.0558108;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00601233;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr17 74289908 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.813;QD=57.0003;RBI=0.0169995;REFB=0;REVB=-0.0148206;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133939;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 74290097 . T A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.51;QD=54.5176;RBI=0.0479245;REFB=0;REVB=0.0197948;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196235;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 74307737 . T C 188.27 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0132672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.996;QD=37.6541;RBI=0.0390014;REFB=0.0355834;REVB=0.0366754;RO=3;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697669;STB=0.538414;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00122482;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:14:3:1:2:14:3:1:2 chr17 74387284 . C T 492.71 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0130734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.213;QD=46.9244;RBI=0.0411991;REFB=-0.0271005;REVB=0.0390699;RO=6;SAF=12;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489066;STB=0.526301;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00483055;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:24:12:3:3:24:12:3:3 chr17 74467017 . G C 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00432244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.711;QD=36.1273;RBI=0.00477677;REFB=0.00127186;REVB=0.00203324;RO=11;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112575;STB=0.561361;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000291087;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:20:10:6:5:20:10:6:5 chr17 74475024 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.582;QD=41.8667;RBI=0.129826;REFB=-0.0925611;REVB=0.128209;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00298265;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr17 74475975 . C A 547.9 PASS AF=0.926829;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0475887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.555;QD=53.4535;RBI=0.0876261;REFB=-0.0561138;REVB=0.0735775;RO=3;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415307;STB=0.518315;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00455969;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:41:3:3:36:38:0.926829:14:22:1:2:16:22:1:2 chr17 74541129 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0101;QD=42.1825;RBI=0.0195318;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103966;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr17 74541425 . A G 1403.74 PASS AF=0.902655;AO=102;DP=113;FAO=102;FDP=113;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0100907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.614;QD=49.6898;RBI=0.0136955;REFB=-0.013132;REVB=0.00925979;RO=10;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562082;STB=0.524104;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00169199;OID=.;OPOS=74541425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:10:11:102:102:0.902655:59:43:1:9:59:43:2:9 chr17 74652491 . T C 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0118889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.7;QD=41.3351;RBI=0.0277084;REFB=0.00925373;REVB=0.0250281;RO=4;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005935;STB=0.503223;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.000105924;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:12:11:2:2:12:11:2:2 chr17 74652499 . A AT 239.17 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=28;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0438843;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3663;QD=35.4321;RBI=0.0477529;REFB=-0.0342709;REVB=-0.0188282;RO=20;SAF=8;SAR=0;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.807877;STB=0.518503;STBP=0.695;TYPE=ins;VARB=-0.000539183;OID=.;OPOS=74652500;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:8:28:24:27:3:12:12:1:2:10:20:8:0:5:15 chr17 74652501 . AT AA,TA 301.95 PASS AF=0.285714,0.607143;AO=8,16;DP=27;FAO=8,17;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=8,4;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0536665,0.0475696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=249.16,256.182;QD=43.1363;RBI=0.152751,0.108507;REFB=-0.119008,-0.092188;REVB=0.143013,0.0975238;RO=3;SAF=8,4;SAR=0,12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.801673,-0.031269;STB=0.997939,0.519976;STBP=0.014,0.784;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00775679,0.0394091;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:27:28:3:3:8,16:8,17:0.285714,0.607143:0,12:8,4:1:2:0,13:8,4:1:2 chr17 74732507 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.011;QD=61.6805;RBI=0.0464222;REFB=0;REVB=0.0449434;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380936;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr17 74733099 . G A 63.68 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=126;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.0293466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.813;QD=2.02152;RBI=0.0391559;REFB=-0.0107763;REVB=0.0259222;RO=111;SAF=10;SAR=5;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12724;STB=0.592052;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0755139;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:126:126:111:111:15:15:0.119048:5:10:63:48:5:10:63:48 chr17 74846672 . C G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0616039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.732;QD=36.4503;RBI=0.0617904;REFB=-0.0292011;REVB=0.00479775;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109551;STB=0.559929;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0171964;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:11:5:0:3:11:5:0:3 chr17 74857676 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0183377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.165;QD=54.9957;RBI=0.0184509;REFB=-0.0580724;REVB=-0.00204018;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00328729;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:0:2:23:14:0:2 chr17 74878259 . G A 44.59 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0175707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.399;QD=2.58513;RBI=0.035119;REFB=-0.0062974;REVB=0.0304075;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025546;STB=0.524536;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0809089;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:4:5:34:25:4:5:35:25 chr17 74922706 . C T 819.45 PASS AF=0.783133;AO=63;DP=83;FAO=65;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00340165;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5712;QD=39.4917;RBI=0.0398496;REFB=0.042716;REVB=0.0397042;RO=18;SAF=31;SAR=32;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263367;STB=0.51371;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00765982;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:18:18:63:65:0.783133:32:31:10:8:33:32:10:8 chr17 74928758 . C T 258.75 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0352296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.343;QD=38.3328;RBI=0.0352349;REFB=-0.0034721;REVB=-0.000611453;RO=5;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10195;STB=0.555506;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000916844;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:11:11:1:4:11:11:1:4 chr17 75085434 . G A 997.08 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00951852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.064;QD=46.9214;RBI=0.0110106;REFB=-0.0597202;REVB=-0.00553445;RO=10;SAF=48;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144088;STB=0.501432;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00561501;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:10:12:73:73:0.858824:25:48:6:4:25:48:8:4 chr17 75190846 . A C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.1;QD=55.0949;RBI=0.0442719;REFB=0;REVB=0.0313441;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283136;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 75190962 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.454;QD=41.8665;RBI=0.106326;REFB=-0.00481897;REVB=0.0229759;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338159;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000613071;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:13:2:0:1:13:2:0:1 chr17 75303298 . T C 532.95 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.739;QD=59.2162;RBI=0.0149699;REFB=0;REVB=0.00637451;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27037e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:19:17:0:0 chr17 75494705 . A G 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.969;QD=61.33;RBI=0.0653228;REFB=0;REVB=0.0563504;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443255;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 75495065 . T C 171.1 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.979;QD=45.6276;RBI=0.0453088;REFB=0;REVB=0.0394188;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011654;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr17 75495397 . T C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00574533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.061;QD=45.1038;RBI=0.0164539;REFB=-0.00890246;REVB=0.0154182;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0013546;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:17:18:0.947368:11:6:1:0:11:7:1:0 chr17 75496342 . T C 101.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.669;QD=40.734;RBI=0.0437269;REFB=0;REVB=0.0238918;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828145;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 75496361 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.001;QD=37.4856;RBI=0.0459229;REFB=0;REVB=-0.0208685;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489657;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 75878090 . A G 196.34 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0167926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.671;QD=34.1459;RBI=0.0168327;REFB=-0.0139304;REVB=-0.00116121;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139865;STB=0.576838;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00832255;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:10:8:4:1:10:8:4:1 chr17 76093866 . T C 438.24 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0505404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6862;QD=50.0844;RBI=0.0668279;REFB=-0.0330159;REVB=-0.0437223;RO=3;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184338;STB=0.500989;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00314878;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:21:11:1:2:21:11:1:2 chr17 76104573 . CTG C 387.12 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00636436;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.165;QD=46.9231;RBI=0.0113125;REFB=-0.00247241;REVB=0.00935235;RO=4;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103104;STB=0.552596;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=0.000373258;OID=.;OPOS=76104574;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878788:28:34:29:33:4:12:17:0:4:20:4:12:16:0:4 chr17 76106308 . C T 211.68 PASS AF=0.9;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0257882;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7888;QD=42.335;RBI=0.0480676;REFB=-0.0151365;REVB=0.0405643;RO=2;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444439;STB=0.749623;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0054609;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:20:2:2:18:18:0.9:1:17:0:2:1:17:0:2 chr17 76130575 . A T 425.92 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0160838;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.701;QD=50.1076;RBI=0.0185495;REFB=-0.00748806;REVB=0.00924112;RO=3;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477611;STB=0.525675;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000489936;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:34:3:3:31:31:0.911765:19:12:2:1:19:12:2:1 chr17 76131070 . G A 492.66 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0154348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6176;QD=51.859;RBI=0.0683205;REFB=-0.0287313;REVB=0.0665542;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756242;STB=0.53844;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00413712;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:34:35:0.921053:17:17:0:3:18:17:0:3 chr17 76134828 . C A 227.45 PASS AF=0.8;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.051897;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.197;QD=36.3912;RBI=0.0521564;REFB=-0.038707;REVB=0.00519541;RO=4;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131811;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:27:25:4:5:19:20:0.8:16:3:1:3:16:4:1:4 chr17 76143009 . G A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.447;QD=28.6827;RBI=0.0124044;REFB=-0.0245303;REVB=0.00206994;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00403445;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:3:6:1:1:3:6:1:1 chr17 76157266 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.233;QD=53.2749;RBI=0.0129626;REFB=0;REVB=-0.0106294;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6849e-05;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 76178748 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.214;QD=56.1915;RBI=0.0326232;REFB=0;REVB=0.0225027;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04776e-06;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr17 76183043 . A G 207.03 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.586;QD=48.713;RBI=0.00650635;REFB=0;REVB=-0.00499332;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04591e-06;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr17 76210367 . G C 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6359;QD=58.054;RBI=0.0509949;REFB=0;REVB=4.83084e-05;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498983;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr17 76219591 . G A 441.24 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8603;QD=55.1552;RBI=0.0473037;REFB=-0.10215;REVB=0.0140894;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0091538;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:18:13:1:0:18:14:0:0 chr17 76367106 . G A 330.29 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0300105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6814;QD=38.8576;RBI=0.0468114;REFB=-0.00348761;REVB=0.035926;RO=7;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745875;STB=0.540452;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000525466;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:14:13:2:5:14:13:2:5 chr17 76395430 . C T 696.68 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00388822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3432;QD=52.5795;RBI=0.0300292;REFB=-0.00732894;REVB=-0.0297764;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.52499;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-3.20373e-05;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:19:32:0:0:19:32:0:2 chr17 76423097 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000880831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.681;QD=57.0006;RBI=0.0344838;REFB=0;REVB=0.0344726;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81701e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr17 76433898 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.57;QD=60.2247;RBI=0.0622322;REFB=0;REVB=0.0616101;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395874;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 76449505 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000307121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.769;QD=60.9786;RBI=0.0202016;REFB=0;REVB=0.0201992;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54125e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr17 76451921 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.602;QD=55.5196;RBI=0.0385746;REFB=0.0177277;REVB=0.0270714;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=3.09843e-05;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr17 76462770 . G A 1119.31 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0379674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.007;QD=56.6741;RBI=0.0394284;REFB=-0.0636598;REVB=0.0106337;RO=2;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192627;STB=0.50116;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000703855;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:79:2:2:76:77:0.974684:35:41:1:1:35:42:1:1 chr17 76491127 . TG CC 728.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338096;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.358;QD=63.3349;RBI=0.0141018;REFB=0;REVB=-0.0136905;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.06893e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr17 76496492 . A G 1243.53 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292147;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.809;QD=61.4088;RBI=0.0411801;REFB=0;REVB=0.0290225;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44715e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:74:81:1:45:29:0:0:48:33:0:0 chr17 76497920 . C A 594.04 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9978;QD=60.9273;RBI=0.0459624;REFB=0;REVB=-0.00504264;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065525;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 76498406 . A G 540.97 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0306819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.697;QD=47.0411;RBI=0.0345482;REFB=-0.00104146;REVB=0.0158809;RO=7;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071623;STB=0.538442;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0042089;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:18:21:2:5:18:21:2:5 chr17 76498692 . C T 630.57 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.913;QD=61.5189;RBI=0.0450123;REFB=0;REVB=-0.00226888;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6857e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:22:19:0:0 chr17 76503593 . T C 789.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250544;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1447;QD=64.4251;RBI=0.0505895;REFB=0;REVB=0.0505274;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637572;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr17 76525565 . A G 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6146;QD=55.0855;RBI=0.0633688;REFB=0;REVB=-0.0533321;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021419;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr17 76528591 . C T 261.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508976;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.498;QD=52.3873;RBI=0.0510981;REFB=0;REVB=-0.00452244;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145275;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr17 76528790 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.216;QD=63.5823;RBI=0.0221113;REFB=0;REVB=-0.0128983;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62632e-05;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr17 76535948 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.114;QD=59.4347;RBI=0.0306875;REFB=0;REVB=0.0242179;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367484;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr17 76557862 . T C 1197.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.743;QD=60.6094;RBI=0.0388338;REFB=0;REVB=0.0347899;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286888;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:45:34:0:0 chr17 76557943 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.123;QD=61.5361;RBI=0.0556877;REFB=0;REVB=0.0196279;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161088;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr17 76567707 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.014;QD=43.4861;RBI=0.0180854;REFB=0;REVB=-0.0166925;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211353;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 76672002 . T C 92.76 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00219718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.545;QD=21.8266;RBI=0.0809101;REFB=-0.0114595;REVB=0.0808803;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134614;STB=0.608495;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0133309;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:7:4:3:2:7:4:4:2 chr17 76798548 . TTTTTTC T,TT 192.75 PASS AF=0.75,0.0833333;AO=12,8;DP=24;FAO=18,2;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=4,1;FSAR=14,1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.004736,0.0044336;FXX=0.11107;HRUN=7,7;LEN=6,5;MLLD=160.71,159.241;QD=32.1244;RBI=0.0157849,0.00850739;REFB=-0.0628996,-0.0537748;REVB=0.0150576,0.00726077;RO=1;SAF=4,1;SAR=8,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0998765,-0.286738;STB=0.666464,0.831449;STBP=0.007,0.756;TYPE=del,del;VARB=0.00486544,0.0122119;OID=.,.;OPOS=76798549,76798550;OREF=TTTTTC,TTTTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0.0833333:12,8:24:18,2:24:4:4,1:14,1:4:0:20:1:4,1:8,7:1:0 chr17 76799795 . G A 794.63 PASS AF=0.882353;AO=60;DP=68;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0440575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.173;QD=46.743;RBI=0.0593322;REFB=-0.0946562;REVB=0.0397398;RO=8;SAF=20;SAR=40;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208773;STB=0.511107;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0107156;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:8:8:60:60:0.882353:40:20:2:6:40:20:2:6 chr17 76799860 . T C 796.23 PASS AF=0.864865;AO=55;DP=67;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00899591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.368;QD=43.0395;RBI=0.0120207;REFB=-0.0107705;REVB=0.00797309;RO=5;SAF=13;SAR=42;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753679;STB=0.505919;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00398694;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:67:74:5:10:55:64:0.864865:42:13:3:2:47:17:3:7 chr17 76799898 . A G 794.62 PASS AF=0.907692;AO=57;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0317778;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.223;QD=48.8995;RBI=0.031781;REFB=-0.00435254;REVB=-0.000451472;RO=8;SAF=14;SAR=43;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394025;STB=0.509088;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000478306;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:8:6:57:59:0.907692:43:14:3:5:45:14:1:5 chr17 76817090 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.88;QD=51.1846;RBI=0.0546659;REFB=0;REVB=-0.0151157;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164247;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr17 76887359 . TG TC,T 233.78 PASS AF=0.21875,0.78125;AO=6,10;DP=32;FAO=7,25;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263326,0.549198;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=71.9231,10.6744;QD=29.2229;RBI=0.266788,0.563145;REFB=0.0175749,-0.103439;REVB=-0.0428413,-0.124555;RO=12;SAF=3,0;SAR=3,10;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0.25018;SSEP=0,0.243017;SSSB=-0.582102,-0.861837;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0216304,0.0979058;OID=.,.;OPOS=76887360,76887360;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.21875,0.78125:6,10:32:7,25:32:0:3,12:4,13:0:0:39:12:3,0:3,10:12:0 chr17 76970879 . A G 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0383566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.37;QD=2.65283;RBI=0.0432873;REFB=0.000809199;REVB=-0.020064;RO=58;SAF=1;SAR=8;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514239;STB=0.875839;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0126415;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:58:59:9:9:0.132353:8:1:30:28:8:1:31:28 chr17 76989782 . G A 34.5 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0519247;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.424;QD=3.83329;RBI=0.0523875;REFB=-0.00139348;REVB=-0.00694821;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144901;STB=0.610759;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00528617;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:36:29:30:6:6:0.166667:3:3:18:11:3:3:19:11 chr17 77039835 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7002;QD=44.0915;RBI=0.0381733;REFB=-0.0846304;REVB=0.0337052;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00699986;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:5:11:0:1:6:11:0:1 chr17 77039852 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.604;QD=55.6561;RBI=0.0524501;REFB=0;REVB=0.0524386;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247764;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 77040128 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.591;QD=37.4885;RBI=0.0534101;REFB=0;REVB=-0.00942569;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146526;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 77042718 . C T 519.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.929;QD=59.3549;RBI=0.0176396;REFB=0;REVB=0.017226;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246456;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:27:8:0:0 chr17 77078109 . A G 90.35 PASS AF=0.172043;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.019167;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.681;QD=3.8862;RBI=0.0263518;REFB=-0.00872168;REVB=-0.0180844;RO=74;SAF=9;SAR=6;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192052;STB=0.639827;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0401301;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:74:77:15:16:0.172043:6:9:33:41:6:10:35:42 chr17 77680988 . AGG A,AG 120.44 PASS AF=0.255319,0.319149;AO=9,15;DP=52;FAO=12,15;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12,9;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0427342,-0.0830435;FXX=0.0961354;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.4704,9.97092;QD=10.2502;RBI=0.0434399,0.0843534;REFB=-0.0454236,-0.087253;REVB=0.00779828,0.0148078;RO=16;SAF=9,10;SAR=0,5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.78666,0.212664;STB=0.998958,0.613486;STBP=0.001,0.272;TYPE=del,del;VARB=0.0800916,-0.00682101;OID=.,.;OPOS=77680989,77680989;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.255319,0.319149:9,15:52:12,15:47:20:12,9:0,6:8:12:42:16:9,10:0,5:7:9 chr17 77757807 . G A 328.81 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0106635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.781;QD=43.8412;RBI=0.0629122;REFB=0.0126317;REVB=0.0620019;RO=4;SAF=20;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088288;STB=0.547907;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-8.25663e-05;OID=.;OPOS=77757807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:6:20:2:2:6:20:2:2 chr17 78013723 . T TC 320.57 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499679;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.42;QD=47.4913;RBI=0.0522995;REFB=0;REVB=0.0154417;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000229225;OID=.;OPOS=78013724;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:27:27:0:9:18:0:0:4:24:2:1:7:17 chr17 78013724 . G C 300.4 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00708989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.835;QD=44.5032;RBI=0.0227112;REFB=0.0108509;REVB=0.0215762;RO=3;SAF=7;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891031;STB=0.548345;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000131525;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:17:7:2:1:17:7:2:1 chr17 78022378 . C G 162.38 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00157501;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.526;QD=38.2067;RBI=0.0124948;REFB=-0.0199007;REVB=-0.0123951;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.533934;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00118078;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:11:4:0:1:11:4:1:1 chr17 78024067 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0136375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9996;QD=3.67724;RBI=0.0338486;REFB=0.00366323;REVB=-0.0309798;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111007;STB=0.576736;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00934471;OID=.;OPOS=78024067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:4:4:18:26:4:4:18:26 chr17 78071052 . T C 515.92 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0143759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.217;QD=49.1354;RBI=0.0255454;REFB=-0.0279078;REVB=-0.0211164;RO=5;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509219;STB=0.502731;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00634934;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:23:14:2:3:23:14:2:3 chr17 78078709 . T C 589.23 PASS AF=0.827586;AO=47;DP=56;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0159215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.923;QD=40.6366;RBI=0.0177975;REFB=-0.0370119;REVB=-0.00795324;RO=9;SAF=17;SAR=30;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266599;STB=0.50859;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0092201;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:56:58:9:10:47:48:0.827586:30:17:4:5:31:17:4:6 chr17 78079597 . A G 370.58 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0167433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.363;QD=42.3517;RBI=0.0180929;REFB=-0.0272211;REVB=0.00685681;RO=6;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081288;STB=0.543969;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00602785;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:12:17:2:4:12:17:2:4 chr17 78079669 . G A 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0102299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.983;QD=40.4232;RBI=0.0483707;REFB=-0.0381357;REVB=0.0472766;RO=4;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129343;STB=0.507036;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00357812;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:10:12:2:2:10:12:2:2 chr17 78082504 . G A 751.65 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0173103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.638;QD=41.7581;RBI=0.0193272;REFB=-0.0210768;REVB=-0.00859616;RO=13;SAF=22;SAR=37;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111719;STB=0.559765;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00443532;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:13:13:59:59:0.819444:37:22:9:4:37:22:9:4 chr17 78084769 . G A 625.82 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0017296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.397;QD=52.1516;RBI=0.0232932;REFB=-0.0681992;REVB=-0.0232289;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103945;STB=0.55553;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00588901;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:20:23:0:5:20:23:0:5 chr17 78091405 . G A 728.36 PASS AF=0.875;AO=55;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0010992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.656;QD=45.5226;RBI=0.024166;REFB=-0.0504;REVB=0.024141;RO=8;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659645;STB=0.535702;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0074551;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:64:64:8:8:55:56:0.875:26:29:2:6:26:30:2:6 chr17 78092062 . G GA 199.39 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.795;QD=41.977;RBI=0.064976;REFB=0;REVB=-0.0397221;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00030235;OID=.;OPOS=78092063;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:14:5:0:0:4:17:1:1:13:4 chr17 78092063 . G A 192.82 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0488142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.752;QD=40.5937;RBI=0.0637514;REFB=-0.025389;REVB=0.0410052;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677088;STB=0.537145;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000437768;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:4:13:1:1:4:13:1:1 chr17 78113832 . G A 198.36 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.559;QD=44.0801;RBI=0.0737219;REFB=-0.0803216;REVB=-0.0244207;RO=1;SAF=15;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029595;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00836014;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:2:15:1:0:2:15:1:0 chr17 78162170 . G A 274.28 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00587584;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9085;QD=37.8317;RBI=0.00671426;REFB=0.0506577;REVB=-0.00324897;RO=6;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150539;STB=0.582018;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00915026;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:6:6:23:23:0.793103:10:13:1:5:10:13:1:5 chr17 78184393 . C T 1429.73 PASS AF=0.888889;AO=104;DP=119;FAO=104;FDP=117;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.030023;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3175;QD=48.8796;RBI=0.0310591;REFB=-0.00107162;REVB=-0.00795536;RO=13;SAF=47;SAR=57;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306516;STB=0.516223;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000471037;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:119:117:13:13:104:104:0.888889:57:47:4:9:57:47:4:9 chr17 78187954 . A G 478.02 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0404869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.178;QD=53.1138;RBI=0.0501032;REFB=0.0110494;REVB=0.0295151;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491206;STB=0.524985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00118311;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:18:15:0:2:19:15:0:2 chr17 78219065 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.966;QD=51.916;RBI=0.0556383;REFB=0;REVB=0.00934696;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613046;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 78219965 . C T 32.9 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0173282;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.028;QD=1.24147;RBI=0.0334165;REFB=-0.000562054;REVB=-0.0285727;RO=97;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036948;STB=0.529849;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00666534;OID=.;OPOS=78219965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:106:97:97:9:9:0.0849057:5:4:40:57:5:4:40:57 chr17 78293189 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.993;QD=56.9563;RBI=0.0167678;REFB=0;REVB=0.0075424;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57581e-05;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr17 78298938 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4593;QD=55.6527;RBI=0.0565051;REFB=0;REVB=-0.0528113;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056488;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr17 78305871 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00870861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.586;QD=30.7901;RBI=0.0877723;REFB=-0.0922169;REVB=0.0873392;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00782124;OID=.;OPOS=78305871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr17 78306102 . G C 546.66 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0190699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=48.592;RBI=0.0220463;REFB=-0.0343438;REVB=0.0110626;RO=6;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092272;STB=0.549463;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00381728;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:18:21:1:5:18:21:1:5 chr17 78306280 . A G 128.37 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0385151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5585;QD=32.0914;RBI=0.0791841;REFB=-0.043614;REVB=0.069186;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.55437;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0178537;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:11:13:0.8125:5:6:1:2:5:8:1:2 chr17 78306308 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.441;QD=40.7612;RBI=0.0573796;REFB=0;REVB=0.0111215;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000885575;OID=.;OPOS=78306308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 78311508 . G A 378.23 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0133542;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=44.4977;RBI=0.0281423;REFB=-0.0351903;REVB=0.0247721;RO=5;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689158;STB=0.537165;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00186257;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:16:13:1:4:16:13:1:4 chr17 78319136 . G A 392.3 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0136042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.746;QD=50.6193;RBI=0.0195235;REFB=-0.0186918;REVB=0.0140033;RO=2;SAF=23;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388108;STB=0.520819;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00175526;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:6:23:2:0:6:23:2:0 chr17 78319380 . G C 712.44 PASS AF=0.887097;AO=53;DP=60;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0161343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7739;QD=45.9638;RBI=0.0330986;REFB=-0.0514519;REVB=-0.0288999;RO=7;SAF=21;SAR=32;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738163;STB=0.503354;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00556168;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:62:7:7:53:55:0.887097:32:21:3:4:33:22:3:4 chr17 78327358 . G A 639.09 PASS AF=0.934783;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.681;QD=55.5732;RBI=0.0396288;REFB=-0.0458937;REVB=0.0374763;RO=3;SAF=26;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239326;STB=0.501113;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00319082;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:46:3:3:40:43:0.934783:14:26:2:1:15:28:2:1 chr17 78354661 . C T 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.010643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.253;QD=46.8188;RBI=0.0612391;REFB=-0.000145978;REVB=0.0603071;RO=3;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275229;STB=0.51484;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000220532;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:13:14:2:1:13:14:2:1 chr17 78401588 . G T 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.186;QD=46.9579;RBI=0.0641675;REFB=0.0428878;REVB=-0.0521166;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00181152;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:6:14:0:1:6:14:0:1 chr17 78444658 . T G 486.4 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281424;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2335;QD=58.9571;RBI=0.0729322;REFB=0;REVB=0.0672838;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817063;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:31:33:1:11:20:0:0:13:20:0:0 chr17 78444679 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.363;QD=62.9799;RBI=0.0405697;REFB=0;REVB=0.0340814;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144829;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr17 78445702 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.475;QD=59.8393;RBI=0.0304979;REFB=0;REVB=-0.0255292;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44983e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr17 78447144 . G A 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0115285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.828;QD=41.0159;RBI=0.024005;REFB=0.0457454;REVB=0.0210555;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098039;STB=0.553149;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0090937;OID=.;OPOS=78447144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:12:13:1:4:12:13:1:4 chr17 78820329 . C T 746.87 PASS AF=0.808219;AO=59;DP=73;FAO=59;FDP=73;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0191833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.038;QD=40.9246;RBI=0.0225946;REFB=-0.013428;REVB=0.011938;RO=14;SAF=31;SAR=28;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.559443;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00513927;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:14:14:59:59:0.808219:28:31:3:11:28:31:3:11 chr17 78865546 . T C 380.18 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0226547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.11;QD=44.7274;RBI=0.033045;REFB=0.0352063;REVB=0.024057;RO=5;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862274;STB=0.529392;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00101078;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:34:5:4:29:30:0.882353:14:15:1:4:15:15:1:3 chr17 78865630 . A G 403.12 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0141791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3978;QD=48.8631;RBI=0.0790792;REFB=0.0423867;REVB=-0.0777976;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172477;STB=0.509272;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00702943;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:17:13:1:2:17:13:1:2 chr17 79059230 . C T 888.85 PASS AF=0.8;AO=68;DP=86;FAO=68;FDP=85;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00872665;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.652;QD=41.8284;RBI=0.00872672;REFB=-0.0322661;REVB=-3.44605e-05;RO=17;SAF=33;SAR=35;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604915;STB=0.53231;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00820974;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:17:17:68:68:0.8:35:33:11:6:35:33:11:6 chr17 79082862 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0384592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.963;QD=32.6186;RBI=0.0384593;REFB=-0.0557322;REVB=0.000107292;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107372;STB=0.559362;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0180217;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:7:8:1:3:7:8:1:3 chr17 79091103 . G T 191.0 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.684;QD=47.7496;RBI=0.0699191;REFB=0;REVB=-0.0194787;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186305;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:9:7:0:0 chr17 79093822 . A G 154.7 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0441239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1191;QD=32.5686;RBI=0.0642073;REFB=0.0551118;REVB=-0.0466439;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0188277;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:2:2:8:7:2:2 chr17 79095144 . G A 445.4 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.327;QD=52.4004;RBI=0.0738938;REFB=-0.0583391;REVB=0.0724985;RO=2;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466437;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00938985;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:19:13:0:2:19:13:0:2 chr17 79139473 . C G 133.88 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0375052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.807;QD=25.5;RBI=0.044505;REFB=-0.0393484;REVB=0.0239595;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110177;STB=0.561321;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0178729;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:1:6:10:4:1:6 chr17 79140505 . C G 201.94 PASS AF=0.761905;AO=8;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0515527;FXX=0.0454339;HRUN=7;LEN=1;MLLD=64.5631;QD=38.4643;RBI=0.0520411;REFB=0.0492114;REVB=0.00711304;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.56514;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00256819;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:21:1:3:8:16:0.761905:2:6:1:0:6:10:3:0 chr17 79163649 . G A 993.76 PASS AF=0.814433;AO=77;DP=101;FAO=79;FDP=97;FR=.;FRO=18;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0419189;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1621;QD=40.9797;RBI=0.0762312;REFB=-0.0455177;REVB=0.063671;RO=18;SAF=46;SAR=31;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356901;STB=0.518145;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0173606;OID=.;OPOS=79163649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:18:18:77:79:0.814433:31:46:9:9:32:47:9:9 chr17 79163758 . G A 843.64 PASS AF=0.8125;AO=65;DP=80;FAO=65;FDP=80;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00152062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.622;QD=42.1818;RBI=0.00977824;REFB=-0.042367;REVB=-0.00965928;RO=15;SAF=37;SAR=28;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592885;STB=0.531636;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0109925;OID=.;OPOS=79163758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:15:15:65:65:0.8125:28:37:11:4:28:37:11:4 chr17 79164707 . C T 670.94 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.045588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.449;QD=50.6372;RBI=0.0870628;REFB=-0.0469019;REVB=0.0741733;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752343;STB=0.515619;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00278983;OID=.;OPOS=79164707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:2:3:50:50:0.943396:30:20:1:1:30:20:2:1 chr17 79171967 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.14;QD=51.1842;RBI=0.0148774;REFB=0;REVB=0.00694897;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153941;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr17 79173184 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9487;QD=50.4131;RBI=0.0139496;REFB=0;REVB=-0.0138761;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248634;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr17 79174182 . G A 1544.76 PASS AF=0.909091;AO=110;DP=121;FAO=110;FDP=121;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0395766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7339;QD=51.0665;RBI=0.078611;REFB=-0.081571;REVB=0.067922;RO=11;SAF=23;SAR=87;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313461;STB=0.516552;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00780052;OID=.;OPOS=79174182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:121:121:11:11:110:110:0.909091:87:23:1:10:87:23:1:10 chr17 79174221 . T C 1681.46 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377536;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.993;QD=60.5931;RBI=0.0496726;REFB=0;REVB=0.0322806;RO=0;SAF=23;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157041;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:88:23:0:0:88:23:0:0 chr17 79193702 . C T 1206.48 PASS AF=0.893617;AO=83;DP=93;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0274247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.603;QD=51.3396;RBI=0.0793286;REFB=0.00966062;REVB=0.0744374;RO=10;SAF=41;SAR=42;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190615;STB=0.509379;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000701035;OID=.;OPOS=79193702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:94:10:10:83:84:0.893617:42:41:4:6:43:41:4:6 chr17 79219419 . TC CT 38.52 PASS AF=0.121212;AO=5;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.028757;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=28.7567;QD=2.33468;RBI=0.0813268;REFB=-0.0416358;REVB=-0.0760728;RO=41;SAF=2;SAR=3;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153634;STB=0.666263;STBP=0.375;TYPE=mnp;VARB=0.0338472;OID=.;OPOS=79219419;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:67:66:41:58:5:8:0.121212:3:2:22:19:5:3:33:25 chr17 79429852 . C T 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.262;QD=54.512;RBI=0.0084216;REFB=0;REVB=0.00101376;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85688e-05;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr17 79478019 . G A 559.1 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.18;QD=57.3431;RBI=0.0203851;REFB=-0.121961;REVB=0.0107098;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00616349;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:15:23:0:0:15:23:1:0 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,CGGC 171.86 PASS AF=0,1,0;AO=5,4,5;DP=15;FAO=0,16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533585,0.0053518,-0.176104;FXX=0.0587889;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=12.5172,17.5759,4.87324;QD=42.9648;RBI=0.0763928,0.0657216,0.178056;REFB=0,0,0;REVB=0.0546693,0.0655033,-0.0262946;RO=0;SAF=1,1,3;SAR=4,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0262015,0.00398396,0;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCGG,CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,4,5:15:0,16,0:16:0:0,6,0:0,10,0:0:0:3:0:1,1,3:4,3,2:0:0 chr17 79507170 . T C,G 315.78 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=21,2;DP=23;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000852992,-0.000900642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.622,89.0717;QD=52.6296;RBI=0.0487597,0.0459308;REFB=0,0;REVB=0.0487522,0.045922;RO=0;SAF=12,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000615791,0.203435;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:24:0:0:21,2:22,2:0.916667,0.0833333:9,0:12,2:0:0:10,0:12,2:0:0 chr17 79508400 . T C 451.15 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407843;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.562;QD=58.2122;RBI=0.0450306;REFB=0;REVB=0.0190893;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233745;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 79511135 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.677;QD=58.136;RBI=0.038794;REFB=0;REVB=-0.0387583;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303992;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 79514129 . G A 115.38 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.12;QD=38.4607;RBI=0.042046;REFB=0;REVB=-0.0232319;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273704;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:3:9:0:0 chr17 79514832 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.893;QD=52.6111;RBI=0.0955884;REFB=0;REVB=0.0954988;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011099;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr17 79525118 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.057;QD=48.7373;RBI=0.0367859;REFB=0;REVB=0.0192531;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640924;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 79589242 . G A 754.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.485;QD=54.8846;RBI=0.0266557;REFB=-0.102351;REVB=0.0175361;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000400281;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:1:0 chr17 79596811 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.571;QD=57.6806;RBI=0.0301562;REFB=0;REVB=0.0301334;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46178e-05;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr17 79609410 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.525;QD=51.1846;RBI=0.0214777;REFB=0;REVB=0.0149926;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89282e-05;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 79612161 . C T 580.21 PASS AF=0.909091;AO=41;DP=45;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0111278;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.218;QD=52.746;RBI=0.0201686;REFB=-0.18886;REVB=0.016821;RO=3;SAF=23;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573596;STB=0.518424;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00261159;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:44:3:4:41:40:0.909091:18:23:3:0:18:22:3:1 chr17 79612332 . C CA 105.3 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142768;FXX=0.29985;HRUN=0;LEN=1;MLLD=149.728;QD=30.0862;RBI=0.0178796;REFB=0;REVB=0.0107634;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00615531;OID=.;OPOS=79612333;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:14:14:0:8:6:0:0:3:18:0:2:8:10 chr17 79612333 . G A 256.33 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.511;QD=51.2664;RBI=0.0270532;REFB=0;REVB=0.0264645;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337652;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:12:8:0:0 chr17 79612382 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2939;QD=43.486;RBI=0.0073948;REFB=0;REVB=-0.00403289;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102982;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 79612397 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0943;QD=43.4861;RBI=0.0345056;REFB=0;REVB=0.0336548;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837556;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr17 79612413 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.488;QD=48.7373;RBI=0.0669807;REFB=0;REVB=0.0434217;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154319;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr17 79612443 . T C 425.46 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.265;QD=54.8986;RBI=0.0507437;REFB=0;REVB=0.0501665;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03937e-05;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:7:22:0:0:7:24:0:0 chr17 79614481 . A G 340.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.094;QD=54.5023;RBI=0.0465178;REFB=0;REVB=0.0142526;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238024;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:12:13:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 223.72 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00926293;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=292.309;QD=40.6771;RBI=0.0224235;REFB=0.0727372;REVB=-0.0204209;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=-0.0055526;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:21:22:21:22:1:8:13:0:1:5:0:8:13:0:0 chr17 79637349 . T C 1254.41 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.085;QD=61.1907;RBI=0.0371434;REFB=0;REVB=-0.00193519;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1075e-05;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:55:26:0:0:56:26:0:0 chr17 79825897 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.84694e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.68;QD=40.7629;RBI=0.0772403;REFB=0;REVB=0.0772403;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620468;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr17 79872241 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.22;QD=54.5177;RBI=0.0322365;REFB=0;REVB=-0.00147974;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20388e-05;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr17 79891147 . T C 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.634;QD=58.1324;RBI=0.0242741;REFB=0;REVB=-0.00100836;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233764;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr17 79899271 . GA G,GG 408.8 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=10,18;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740966,-0.372985;FXX=0.0333222;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3787,21.7105;QD=56.3867;RBI=0.114832,0.429952;REFB=0,0;REVB=-0.0877273,-0.213872;RO=0;SAF=2,13;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0046049,0.0480616;OID=.,.;OPOS=79899272,79899272;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:10,18:29:28,1:29:0:14,1:14,0:0:0:8:0:2,13:8,5:0:0 chr17 79899495 . G A 947.49 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.269;QD=55.7348;RBI=0.0431288;REFB=-0.0158479;REVB=0.026919;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.514701;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000109135;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:33:33:1:0:33:33:2:0 chr17 79899698 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.44;QD=51.9167;RBI=0.00239908;REFB=0;REVB=0.000651854;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81164e-05;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 79954544 . T A 668.57 PASS AF=0.931034;AO=43;DP=50;FAO=54;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000555888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.19;QD=46.1083;RBI=0.0469909;REFB=-0.00119844;REVB=0.0469876;RO=2;SAF=8;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419324;STB=0.53594;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00243649;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:58:2:3:43:54:0.931034:35:8:1:1:43:11:2:1 chr17 79954545 . G A 36.67 PASS AF=0.122807;AO=5;DP=54;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.00784419;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=80.496;QD=2.57358;RBI=0.0299368;REFB=-0.00416643;REVB=0.0288909;RO=49;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485295;STB=0.574966;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0921918;OID=.;OPOS=79954545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:54:57:49:50:5:7:0.122807:5:0:10:39:5:2:11:39 chr17 79974731 . T C 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0520704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.716;QD=40.1593;RBI=0.0692681;REFB=-0.0382255;REVB=0.045681;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108078;STB=0.55869;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00384723;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:1:4:11:13:1:4 chr17 79980756 . C A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0462163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.052;QD=31.2425;RBI=0.0490631;REFB=-0.078829;REVB=0.0164694;RO=4;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356498;STB=0.699688;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.027008;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:11:3:4:0:11:3:4:0 chr17 80012347 . C T 255.45 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.767;QD=51.0902;RBI=0.0436915;REFB=0;REVB=0.00535241;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124597;OID=.;OPOS=80012347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr17 80013235 . A G 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054072;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.34;QD=57.5746;RBI=0.0544796;REFB=0;REVB=-0.00665197;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303961;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr17 80051183 . A G,T 1068.5 PASS AF=0.90411,0.0958904;AO=65,7;DP=72;FAO=66,7;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37,6;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127764,-0.00171481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.4,81.3631;QD=58.5478;RBI=0.0609557,0.0257461;REFB=0,0;REVB=-0.0609423,-0.0256889;RO=0;SAF=36,6;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00223676,0.022647;OID=.,.;OPOS=80051183,80051183;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:72:73:0:0:65,7:66,7:0.90411,0.0958904:29,1:36,6:0:0:29,1:37,6:0:0 chr17 80059596 . T C 273.66 PASS AF=0.821429;AO=21;DP=26;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0146803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.693;QD=39.0945;RBI=0.0169722;REFB=-0.0154453;REVB=0.00851719;RO=5;SAF=18;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159967;STB=0.545413;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00710363;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:28:5:5:21:23:0.821429:3:18:3:2:5:18:3:2 chr17 80071244 . T C 262.38 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0121924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.372;QD=32.7977;RBI=0.0541651;REFB=0.0120286;REVB=-0.052775;RO=9;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533634;STB=0.529223;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00325025;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:13:10:3:6:13:10:3:6 chr17 80085703 . G T 212.57 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00729554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2366;QD=35.4278;RBI=0.0908442;REFB=-0.0989101;REVB=-0.0905507;RO=5;SAF=18;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112198;STB=0.560917;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0216897;OID=.;OPOS=80085703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:24:24:5:5:19:19:0.791667:1:18:5:0:1:18:5:0 chr17 80086386 . C T 596.08 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0254402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.82;QD=48.6593;RBI=0.0257954;REFB=-0.035424;REVB=-0.00426585;RO=7;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840786;STB=0.545072;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0146163;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:17:25:2:5:17:25:2:5 chr17 80086389 . C T 596.07 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0119192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.778;QD=48.659;RBI=0.0122134;REFB=-0.0262053;REVB=-0.00266433;RO=6;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625973;STB=0.545072;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00226646;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:6:7:42:42:0.857143:17:25:2:4:17:25:2:5 chr17 80086395 . T C 585.58 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00192917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6619;QD=42.5878;RBI=0.0314282;REFB=-0.0555875;REVB=-0.0313689;RO=8;SAF=25;SAR=22;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765497;STB=0.540941;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0122111;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:8:8:47:47:0.854545:22:25:2:6:22:25:2:6 chr17 80151881 . G A 31.16 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00099649;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.295;QD=1.40023;RBI=0.050506;REFB=-0.00261984;REVB=-0.0504961;RO=81;SAF=7;SAR=1;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378055;STB=0.818492;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0162396;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:90:89:81:81:8:8:0.0898876:1:7:47:34:1:7:47:34 chr17 80159566 . T C 52.34 PASS AF=0.25;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0840561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5365;QD=6.5426;RBI=0.12768;REFB=-0.00329191;REVB=-0.0961079;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207919;STB=0.617309;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00434881;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:32:22:24:8:8:0.25:7:1:5:17:7:1:5:19 chr17 80195582 . T C 307.13 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.825;QD=47.2512;RBI=0.0416626;REFB=-0.111479;REVB=0.0384414;RO=2;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115254;STB=0.562446;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00211471;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:26:26:2:2:24:24:0.923077:7:17:0:2:7:17:0:2 chr17 80280865 . G A 274.87 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0146061;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.011;QD=39.2672;RBI=0.014889;REFB=-0.00678644;REVB=-0.00288862;RO=4;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062558;STB=0.549957;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000625591;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:4:5:23:23:0.821429:12:11:1:3:12:11:1:4 chr17 80320561 . G A 601.16 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.453;QD=58.6495;RBI=0.0504293;REFB=-0.0921277;REVB=0.0321793;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00134134;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:1:0:16:24:1:0 chr17 80350331 . G A 1553.3 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.581;QD=62.7596;RBI=0.0476538;REFB=-0.129394;REVB=0.0457456;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00058515;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:52:46:0:0:52:46:1:0 chr17 80373377 . G T 501.14 PASS AF=0.880952;AO=35;DP=41;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.094233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.204;QD=47.7278;RBI=0.0947905;REFB=-0.0316543;REVB=-0.0102656;RO=4;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198348;STB=0.502731;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0119758;OID=.;OPOS=80373377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:41:42:4:5:35:37:0.880952:23:12:1:3:23:14:2:3 chr17 80373478 . C G 400.67 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00611047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.56;QD=42.1753;RBI=0.0287244;REFB=-0.0153808;REVB=0.0280669;RO=7;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176297;STB=0.595384;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00521046;OID=.;OPOS=80373478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:20:11:6:1:20:11:6:1 chr17 80377690 . T G 223.48 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.033;QD=44.6956;RBI=0.0348601;REFB=-0.0226345;REVB=0.0204201;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000408719;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:18:19:0.95:7:11:1:0:7:12:1:0 chr17 80391684 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1826;QD=63.8702;RBI=0.0489869;REFB=0;REVB=-0.0226431;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484353;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr17 80394530 . G T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2681;QD=40.6405;RBI=0.0741647;REFB=-0.108045;REVB=0.0688808;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0149775;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:0:1:11:3:0:1 chr17 80401946 . A G 167.44 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.161647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5109;QD=41.8607;RBI=0.161676;REFB=-0.113672;REVB=0.00305734;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0056061;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr17 80452592 . G C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.084616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.836;QD=36.3494;RBI=0.0994618;REFB=-0.120518;REVB=0.052276;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00402305;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr17 80481088 . T C 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.147;QD=59.4236;RBI=0.0287507;REFB=-0.020337;REVB=0.0180111;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000652209;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:14:28:0:1:14:28:0:1 chr17 80573681 . A G 211.45 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0509403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7768;QD=35.2409;RBI=0.0523221;REFB=-0.0126464;REVB=-0.0119453;RO=5;SAF=15;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193275;STB=0.606814;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00931847;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:4:15:2:3:4:15:2:3 chr17 80615040 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.36;QD=61.3359;RBI=0.0195495;REFB=0;REVB=-0.0102124;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81732e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr17 80674643 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.521;QD=51.9166;RBI=0.0384893;REFB=0;REVB=-0.034021;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82e-05;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr17 80696410 . A C,G 351.01 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559641,0.0190118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.36,164.449;QD=54.0009;RBI=0.0755172,0.0533963;REFB=0,0;REVB=0.0507037,0.0498971;RO=0;SAF=5,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00017005,0.0425894;OID=.,.;OPOS=80696410,80696410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:19,1:5,1:0:0:19,1:5,1:0:0 chr17 80700592 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.823;QD=56.9569;RBI=0.0426645;REFB=0;REVB=0.024922;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55149e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 80706928 . G A 126.55 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.671;QD=33.7464;RBI=0.0264691;REFB=-0.0299461;REVB=0.0213334;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128918;STB=0.545388;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00315123;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:3:2:12:13:0.866667:3:9:3:0:3:10:2:0 chr17 80708601 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.529;QD=47.8224;RBI=0.0231853;REFB=0;REVB=0.0129747;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.579e-05;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 80887451 . A G 993.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276993;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0027;QD=59.3203;RBI=0.0350302;REFB=0;REVB=0.0214444;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239766;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr17 80895745 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.963;QD=58.5878;RBI=0.053522;REFB=0;REVB=0.0530878;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312563;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr17 80895769 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8992;QD=57.2024;RBI=0.0398345;REFB=0;REVB=-0.038477;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114939;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 80895933 . A G 162.11 PASS AF=1;AO=7;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.952;QD=46.3163;RBI=0.12987;REFB=0;REVB=0.129857;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940527;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:7:14:1:2:5:0:0:9:5:0:0 chr17 80899281 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.755;QD=50.4133;RBI=0.0184224;REFB=0;REVB=0.0104808;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198538;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr17 80992932 . A C 576.82 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0148736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7532;QD=45.2406;RBI=0.0265826;REFB=0.0330331;REVB=-0.022032;RO=5;SAF=19;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10882;STB=0.568151;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00238571;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:5:6:45:45:0.882353:26:19:5:0:26:19:6:0 chr17 81006387 . G A 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0391762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.366;QD=2.09326;RBI=0.0393501;REFB=-0.000208871;REVB=0.00369585;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194255;STB=0.64589;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00175945;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:3:4:23:34:3:4:23:34 chr17 81006629 . C T 568.41 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00310076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.785;QD=45.4725;RBI=0.009345;REFB=0.0175268;REVB=-0.00881558;RO=9;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824388;STB=0.544165;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00391067;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:28:13:1:8:28:13:1:8 chr17 81009595 . C T 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0517;QD=43.4776;RBI=0.101318;REFB=0;REVB=0.05134;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00682136;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 81043039 . A G 280.7 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.443;QD=51.0359;RBI=0.0363469;REFB=0;REVB=0.0168141;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168311;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr17 81050982 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.097;QD=62.982;RBI=0.0222244;REFB=0;REVB=0.00920567;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102635;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr18 48104 . T C 238.61 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00447665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7762;QD=11.7834;RBI=0.0810179;REFB=-0.013842;REVB=0.0808942;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10459;STB=0.575785;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.024963;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:52:29:29:0.358025:15:14:19:30:15:14:19:33 chr18 49546 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2785;QD=28.5374;RBI=0.0467487;REFB=0.0539778;REVB=-0.0467487;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0426591;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr18 49548 . TT GC 49.34 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=2;MLLD=250.288;QD=28.1967;RBI=0.0130679;REFB=-0.10331;REVB=-0.0130679;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00807055;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr18 252559 . G A 613.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.68;QD=61.3515;RBI=0.00928765;REFB=0;REVB=-0.00145509;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68961e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr18 319446 . C A 41.02 PASS AF=0.0869565;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=78;FWDB=0.0152148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5186;QD=1.18907;RBI=0.0181295;REFB=-0.000395448;REVB=-0.00985842;RO=124;SAF=4;SAR=8;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569475;STB=0.547288;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000926193;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:136:138:124:126:12:12:0.0869565:8:4:47:77:8:4:48:78 chr18 320009 . G A 61.68 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00722487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.136;QD=3.08414;RBI=0.0171793;REFB=-0.00932161;REVB=-0.0155861;RO=68;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147541;STB=0.59984;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0545028;OID=.;OPOS=320009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:68:68:12:12:0.15:6:6:26:42:6:6:26:42 chr18 334758 . T C,G 785.15 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=52,3;DP=55;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000992702,0.00270503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.48,122.779;QD=56.082;RBI=0.0596757,0.00944241;REFB=0,0;REVB=0.0596675,0.00904666;RO=0;SAF=24,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000282812,0.206215;OID=.,.;OPOS=334758,334758;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:56:0:0:52,3:54,2:0.964286,0.0357143:28,2:24,1:0:0:29,2:25,0:0:0 chr18 334994 . A G 501.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.008;QD=58.9691;RBI=0.0270695;REFB=0;REVB=0.0267466;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49486e-05;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:9:24:0:0:10:24:0:0 chr18 580623 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0300416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.574;QD=9.18856;RBI=0.0322596;REFB=-0.00313669;REVB=-0.0117552;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110421;STB=0.566892;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0148252;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:9:16:6:5:9:16 chr18 581201 . T A 47.6 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0471222;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2556;QD=1.88519;RBI=0.0485507;REFB=-0.000627438;REVB=0.0116908;RO=90;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675666;STB=0.550268;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00697018;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:5:6:44:46:5:6:44:46 chr18 581203 . TT GA 48.04 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0206338;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.086;QD=1.94098;RBI=0.0213665;REFB=-0.000783393;REVB=-0.00554768;RO=87;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477432;STB=0.540368;STBP=0.813;TYPE=mnp;VARB=0.00551623;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:99:87:88:11:11:0.111111:5:6:44:43:5:6:44:44 chr18 586736 . C T 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0124555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.813;QD=3.11686;RBI=0.0734012;REFB=-0.00307872;REVB=-0.0723367;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236284;STB=0.672006;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0158132;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:2:5:23:21:2:5:23:21 chr18 619225 . TGGGGG TGGGG,TGGGGT 37.72 PASS AF=0.333333,0.0740741;AO=10,2;DP=28;FAO=9,2;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1,0;FSAR=8,2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.123909,0.00483016;FXX=0.0689417;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.5516,73.6332;QD=5.58791;RBI=0.124591,0.028017;REFB=-0.115953,-0.0296121;REVB=-0.0130191,-0.0275975;RO=14;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.458333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.564506,-0.576453;STB=0.817349,0.994487;STBP=0.039,0.177;TYPE=del,snp;VARB=0.158278,0.145529;OID=.,.;OPOS=619226,619230;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0740741:10,2:28:9,2:27:16:1,0:8,2:8:8:28:14:1,0:9,2:8:6 chr18 633407 . C A 49.74 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0739326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7169;QD=3.82606;RBI=0.0739341;REFB=-0.0115441;REVB=0.000475943;RO=43;SAF=8;SAR=0;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.685745;STB=0.853497;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0168423;OID=.;OPOS=633407;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:52:52:43:43:8:9:0.173077:0:8:22:21:1:8:22:21 chr18 706558 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0108358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.716;QD=15.6507;RBI=0.010847;REFB=-0.0232988;REVB=0.000493521;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149081;STB=0.586098;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0546376;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:10:11:6:10:10:11 chr18 724612 . A G 279.9 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0664993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8896;QD=48.6784;RBI=0.0922274;REFB=-0.184298;REVB=0.0639042;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0137336;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:1:0:6:16:1:0 chr18 907675 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.215;QD=56.7065;RBI=0.0604176;REFB=0;REVB=0.00981859;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720722;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr18 909561 . A G 1152.43 PASS AF=0.863158;AO=81;DP=95;FAO=82;FDP=95;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00641373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.347;QD=48.5233;RBI=0.0111352;REFB=-0.0619818;REVB=-0.00910251;RO=12;SAF=45;SAR=36;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340227;STB=0.524346;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0103444;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:95:12:13:81:82:0.863158:36:45:5:7:36:46:5:8 chr18 2539016 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7036;QD=60.9785;RBI=0.0651674;REFB=0;REVB=0.0526516;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225988;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr18 2547500 . G T 632.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.627;QD=61.6817;RBI=0.0238317;REFB=0;REVB=-0.0233646;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78358e-05;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr18 2554807 . T G 594.89 PASS AF=0.842105;AO=47;DP=56;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0400404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2436;QD=41.7465;RBI=0.0619291;REFB=-0.0276043;REVB=0.0472438;RO=9;SAF=24;SAR=23;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469014;STB=0.523101;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00650714;OID=.;OPOS=2554807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:9:9:47:48:0.842105:23:24:6:3:23:25:6:3 chr18 2554836 . A G 573.05 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0145672;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.828;QD=36.9708;RBI=0.025696;REFB=-0.0221001;REVB=0.0211679;RO=14;SAF=27;SAR=21;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966165;STB=0.551846;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00744455;OID=.;OPOS=2554836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:62:14:14:48:48:0.774194:21:27:11:3:21:27:11:3 chr18 2555002 . C T 249.0 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0196396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.834;QD=33.1994;RBI=0.0196422;REFB=-0.0106089;REVB=0.000317155;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607734;STB=0.533303;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0096449;OID=.;OPOS=2555002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:5:3:11:11:5:3 chr18 2555005 . C T 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.015528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.778;QD=33.2491;RBI=0.029113;REFB=-0.0336619;REVB=-0.0246262;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607734;STB=0.533303;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00151259;OID=.;OPOS=2555005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:5:3:11:11:5:3 chr18 2555008 . T G 228.5 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=28;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00501226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.371;QD=31.5178;RBI=0.020447;REFB=-0.0198069;REVB=0.0198232;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394609;STB=0.528026;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00400846;OID=.;OPOS=2555008;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:8:8:20:21:0.724138:9:11:5:3:10:11:5:3 chr18 2616457 . G C 108.55 PASS AF=0.142857;AO=23;DP=161;FAO=23;FDP=161;FR=.;FRO=138;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=86;FWDB=-0.0166918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.651;QD=2.69682;RBI=0.0291059;REFB=0.000606379;REVB=0.023844;RO=136;SAF=8;SAR=15;SRF=51;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037248;STB=0.526908;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0035801;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:136:138:23:23:0.142857:15:8:51:85:15:8:52:86 chr18 2656248 . G C 120.35 PASS AF=0.866667;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.244738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.278;QD=32.0922;RBI=0.244738;REFB=-0.0478056;REVB=-0.000435392;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998761;STB=0.555473;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00572744;OID=.;OPOS=2656248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:15:2:2:11:13:0.866667:8:3:0:2:8:5:0:2 chr18 2707619 . G A 90.05 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0126562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.18;QD=5.90476;RBI=0.0182406;REFB=0.00353862;REVB=-0.0131355;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916556;STB=0.557296;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0143871;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:7:7:20:27:7:7:20:27 chr18 2740714 . A G 32.58 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0132621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.648;QD=2.77309;RBI=0.0408477;REFB=0.00013175;REVB=0.0386348;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42224;STB=0.794075;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0008609;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:29:12:4:2:29:12 chr18 2778979 . G T 933.21 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.100755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9253;QD=54.8945;RBI=0.103239;REFB=0.00720867;REVB=0.0225117;RO=2;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179448;STB=0.500894;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00322979;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:64:66:0.970588:34:30:1:1:35:31:1:1 chr18 2946291 . C T 1562.04 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0279308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2651;QD=56.8014;RBI=0.0533602;REFB=0.0277167;REVB=-0.0454663;RO=3;SAF=57;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243212;STB=0.512818;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00470902;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:110:3:3:106:107:0.972727:49:57:3:0:50:57:3:0 chr18 3067278 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.627;QD=56.1915;RBI=0.0425932;REFB=0;REVB=-0.0366519;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34727e-05;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr18 3075503 . C A,CAAA 618.76 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,38;DP=45;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0963329,0.0092895;FXX=0.0681663;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=46.0196,220.773;QD=60.3667;RBI=0.0971061,0.0145694;REFB=0,0;REVB=0.0122294,0.0112238;RO=4;SAF=1,19;SAR=1,19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237547,0.0444653;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0546238,0.00093885;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:41:4:0:2,38:2,39:0.0487805,0.95122:1,19:1,19:1:3:1,20:1,19:0:0 chr18 3075712 . C A 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4441;QD=55.5996;RBI=0.018036;REFB=-0.0427285;REVB=-0.0104879;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00712739;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:37:21:1:0:37:21:1:0 chr18 3126811 . A G 776.59 PASS AF=0.871429;AO=58;DP=69;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0180751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.019;QD=44.3765;RBI=0.0219667;REFB=-0.0771101;REVB=0.012483;RO=9;SAF=29;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139965;STB=0.510316;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0103486;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:70:9:9:58:61:0.871429:29:29:5:4:32:29:5:4 chr18 3126888 . T C 456.64 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0119953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.673;QD=45.6637;RBI=0.0366363;REFB=-0.00738735;REVB=0.0346169;RO=5;SAF=11;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730958;STB=0.556417;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00159539;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:5:6:34:34:0.85:23:11:3:2:23:11:4:2 chr18 3164380 . G A 475.3 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0232279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.135;QD=30.178;RBI=0.0324827;REFB=-0.0033299;REVB=-0.0227067;RO=19;SAF=22;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110558;STB=0.551192;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00153341;OID=.;OPOS=3164380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:20:43:43:0.68254:21:22:6:13:21:22:7:13 chr18 3168816 . G A 521.64 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168313;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.792;QD=59.6154;RBI=0.0255077;REFB=0;REVB=-0.0191664;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141659;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr18 3173964 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8652;QD=55.0985;RBI=0.0148019;REFB=0;REVB=0.0123406;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11684e-05;OID=.;OPOS=3173964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr18 3176040 . C G 718.59 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138732;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.925;QD=61.1569;RBI=0.0225882;REFB=-0.147404;REVB=0.0178258;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-2.91971e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr18 3176063 . C T 782.52 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5964;QD=54.9136;RBI=0.0718295;REFB=-0.056544;REVB=0.0688066;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00274954;OID=.;OPOS=3176063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:1:1:54:56:0.982456:29:25:0:1:31:25:0:1 chr18 3188976 . A G 1135.93 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.549;QD=59.0093;RBI=0.0300089;REFB=-0.131294;REVB=0.011363;RO=1;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868298;STB=0.504503;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=8.2195e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:1:75:76:0.987013:54:21:0:1:55:21:0:1 chr18 3450455 . C A 1078.97 PASS AF=0.803738;AO=86;DP=107;FAO=86;FDP=107;FR=.;FRO=21;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0137446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.1153;QD=40.3355;RBI=0.013746;REFB=-0.0616498;REVB=0.000193176;RO=15;SAF=41;SAR=45;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158365;STB=0.509247;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00400648;OID=.;OPOS=3450455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:15:21:86:86:0.803738:45:41:8:7:45:41:11:10 chr18 3457539 . A G 769.02 PASS AF=0.802632;AO=60;DP=76;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0275119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4884;QD=40.4746;RBI=0.0621299;REFB=-0.00841405;REVB=-0.0557066;RO=14;SAF=44;SAR=16;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057726;STB=0.53683;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00115831;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:14:15:60:61:0.802632:16:44:12:2:17:44:13:2 chr18 3457607 . C T 507.86 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00802663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.343;QD=31.7412;RBI=0.0151723;REFB=-0.0123877;REVB=-0.0128752;RO=14;SAF=36;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142021;STB=0.571395;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00393258;OID=.;OPOS=3457607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:14:19:45:45:0.703125:9:36:8:6:9:36:12:7 chr18 3571217 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.9;QD=59.834;RBI=0.135636;REFB=0;REVB=0.133782;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151523;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr18 3729175 . C T 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00404942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.2;QD=5.84501;RBI=0.0127255;REFB=-0.00611049;REVB=0.012064;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204595;STB=0.633207;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0187191;OID=.;OPOS=3729175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:3:7:20:17:3:7:20:17 chr18 5292030 . A G 510.62 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00695269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2155;QD=35.215;RBI=0.0302101;REFB=0.0508152;REVB=0.0293991;RO=14;SAF=34;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363996;STB=0.519642;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00837812;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:10:34:10:4:10:34:10:4 chr18 5410574 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.984;QD=61.3362;RBI=0.0342528;REFB=0;REVB=-0.0105752;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97534e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr18 5419826 . A G 931.44 PASS AF=0.8625;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=80;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.011337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8551;QD=46.5719;RBI=0.024521;REFB=-0.0151426;REVB=-0.0217429;RO=11;SAF=34;SAR=35;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987512;STB=0.505254;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00321125;OID=.;OPOS=5419826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:11:11:69:69:0.8625:35:34:5:6:35:34:5:6 chr18 5630531 . G A 645.23 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0194207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.407;QD=46.0879;RBI=0.0242019;REFB=-0.159228;REVB=0.0144419;RO=5;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680827;STB=0.542841;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00419912;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:56:56:5:6:50:50:0.892857:32:18:0:5:32:18:0:6 chr18 5960165 . G A 1305.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.361;QD=60.7439;RBI=0.0305923;REFB=0.0859351;REVB=-0.0261221;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000161629;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:49:36:0:1:49:36:0:1 chr18 6455000 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9565;QD=64.4132;RBI=0.0188313;REFB=0;REVB=0.00108985;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140355;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr18 6455037 . T C 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0138711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.087;QD=45.7671;RBI=0.0178033;REFB=0.00268692;REVB=0.0111602;RO=6;SAF=27;SAR=22;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105263;STB=0.505616;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.000185663;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:22:27:3:3:22:27:3:3 chr18 6851058 . C G 869.92 PASS AF=0.901408;AO=63;DP=70;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0132574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.691;QD=49.0095;RBI=0.0484988;REFB=-0.0490554;REVB=0.0466516;RO=7;SAF=30;SAR=33;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447846;STB=0.52265;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00514828;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:7:7:63:64:0.901408:33:30:5:2:33:31:5:2 chr18 6889973 . A G 1105.83 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122746;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.661;QD=58.9773;RBI=0.0126469;REFB=-0.0644363;REVB=0.00304579;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000120821;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:32:42:0:1:32:42:0:1 chr18 6890434 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.289;QD=58.5848;RBI=0.0440426;REFB=0;REVB=0.00815343;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152919;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr18 6912143 . A C 556.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7827;QD=60.1956;RBI=0.0291614;REFB=0;REVB=0.0122731;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069084;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr18 6928138 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.418;QD=45.8067;RBI=0.0716403;REFB=0;REVB=-0.0256892;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287828;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr18 6928180 . G T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.731;QD=36.3489;RBI=0.0455855;REFB=-0.132304;REVB=-0.0372315;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0052756;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:4:7:0:0:4:7:1:0 chr18 6943264 . G A 679.01 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0160822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.58;QD=44.5253;RBI=0.0179559;REFB=-0.00716;REVB=0.00798605;RO=7;SAF=29;SAR=24;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261064;STB=0.506232;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00125831;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:60:61:7:8:53:53:0.868852:24:29:3:4:24:29:4:4 chr18 6971872 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.799;QD=55.0096;RBI=0.0378123;REFB=-0.0297981;REVB=-0.0240629;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0013293;OID=.;OPOS=6971872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr18 6971905 . G A 454.21 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.064568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6427;QD=55.0553;RBI=0.067343;REFB=-0.0807718;REVB=0.0191327;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00231994;OID=.;OPOS=6971905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:17:14:0:1:18:14:0:1 chr18 6980523 . T C 671.07 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00559397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.109;QD=50.6465;RBI=0.00574236;REFB=-0.0160091;REVB=-0.001297;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947822;STB=0.505041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=8.2257e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:29:21:1:2:29:21:1:2 chr18 6983194 . G T 427.43 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0261028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0896;QD=51.8098;RBI=0.0408076;REFB=0.0250877;REVB=0.0313673;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715886;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0146936;OID=.;OPOS=6983194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:2:0:19:12:2:0 chr18 6985270 . C T 528.59 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0167056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.966;QD=48.0532;RBI=0.0276831;REFB=0.0166783;REVB=-0.0220744;RO=6;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00455141;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:19:19:3:3:19:19:3:3 chr18 6986259 . G A 947.88 PASS AF=0.816092;AO=71;DP=89;FAO=71;FDP=87;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00723584;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.71;QD=43.5806;RBI=0.0120579;REFB=0.0137239;REVB=0.00964545;RO=15;SAF=28;SAR=43;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441901;STB=0.528113;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00241937;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:89:87:15:16:71:71:0.816092:43:28:4:11:43:28:4:12 chr18 8387195 . G A 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.421;QD=57.5371;RBI=0.040213;REFB=0;REVB=0.0304041;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197554;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr18 8387219 . G C 702.62 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5882;QD=55.1073;RBI=0.0670464;REFB=-0.103937;REVB=-0.00189145;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191616;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:50:51:1:23:27:0:1:24:27:0:0 chr18 8471976 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.752;QD=53.2769;RBI=0.0454627;REFB=0;REVB=0.00285841;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115806;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr18 8472047 . C T 272.9 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0306323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.081;QD=45.4834;RBI=0.0507401;REFB=0.015779;REVB=-0.0404502;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114979;STB=0.562441;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00183993;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:15:7:2:0:15:7:2:0 chr18 8545785 . A G 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0438704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4511;QD=5.59729;RBI=0.0468742;REFB=0.00766685;REVB=-0.0165099;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227467;STB=0.642639;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.032168;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:6:6:14:30:6:6:14:30 chr18 8545823 . T C 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-5.21736e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9251;QD=6.41532;RBI=0.00465118;REFB=-0.00331253;REVB=-0.00465089;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310911;STB=0.692831;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.016718;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:5:6:11:27:5:6:11:27 chr18 8545859 . A G 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=6.58615e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9669;QD=8.23032;RBI=0.0244472;REFB=0.0181104;REVB=-0.0244471;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477389;STB=0.542772;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0459293;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:5:5:13:11:5:5:14:11 chr18 8783835 . T C 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8125;QD=54.5049;RBI=0.0122415;REFB=0;REVB=-0.00499089;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220419;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr18 8784370 . A G 1338.3 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.011703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.772;QD=58.8262;RBI=0.0266152;REFB=-0.020318;REVB=-0.0239042;RO=3;SAF=38;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359465;STB=0.518983;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000571016;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:50:38:3:0:50:38:3:0 chr18 8809445 . G C 47.63 PASS AF=0.128205;AO=9;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00987808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5731;QD=2.44266;RBI=0.0488682;REFB=-0.00252885;REVB=-0.0478594;RO=67;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705339;STB=0.516097;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0318899;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:9:10:0.128205:6:3:26:41:6:4:26:42 chr18 8826083 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.205;QD=53.2772;RBI=0.0254704;REFB=0;REVB=0.0251338;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18409e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr18 9117867 . T C 840.32 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236634;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.246;QD=57.9528;RBI=0.0374179;REFB=0;REVB=0.0289852;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401607;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr18 9255982 . A G 353.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.3429;QD=54.32;RBI=0.00670909;REFB=0;REVB=-0.00156233;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163464;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr18 9402174 . A G 40.34 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00368218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.136;QD=3.29338;RBI=0.00836754;REFB=-0.0031424;REVB=-0.00751381;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15769;STB=0.600871;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0150386;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:41:42:7:7:0.142857:4:3:23:18:4:3:23:19 chr18 9518126 . G A 695.79 PASS AF=0.74026;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=77;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0365772;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2789;QD=36.145;RBI=0.037184;REFB=-0.0212603;REVB=0.00669004;RO=20;SAF=30;SAR=27;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609703;STB=0.532775;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00839719;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:20:20:57:57:0.74026:27:30:8:12:27:30:8:12 chr18 9618005 . A G 143.99 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8645;QD=44.305;RBI=0.0755684;REFB=0;REVB=0.0578797;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485009;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr18 9618049 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.199;QD=46.848;RBI=0.0161375;REFB=0;REVB=-0.0159797;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03274e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr18 9887497 . G A 45.52 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0563275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6581;QD=26.0109;RBI=0.0588198;REFB=-0.0247492;REVB=0.0169407;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0490224;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr18 9888069 . A G 911.28 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0116717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7178;QD=50.6267;RBI=0.0314165;REFB=0.00829924;REVB=-0.029168;RO=5;SAF=28;SAR=38;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506168;STB=0.534516;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00666968;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:5:6:66:66:0.916667:38:28:4:1:38:28:5:1 chr18 9955960 . A G 849.58 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0457103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.27;QD=53.0988;RBI=0.0465609;REFB=-0.169297;REVB=0.00885953;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536573;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00179388;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:0:3:61:61:0.953125:42:19:0:0:42:19:3:0 chr18 10454960 . C G 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8563;QD=39.1928;RBI=0.0894408;REFB=0;REVB=-0.0333242;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300259;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr18 10487918 . C T 850.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.375;QD=57.6718;RBI=0.0160387;REFB=0;REVB=0.00674643;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135837;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:28:31:0:0 chr18 10681711 . C T 811.21 PASS AF=0.780488;AO=59;DP=78;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00353782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.548;QD=39.5711;RBI=0.0178524;REFB=-0.0170198;REVB=0.0174984;RO=18;SAF=24;SAR=35;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662315;STB=0.529789;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00524929;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:18:18:59:64:0.780488:35:24:10:8:37:27:10:8 chr18 10696408 . GA G 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0640518;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.651;QD=12.2085;RBI=0.112877;REFB=-0.0467774;REVB=-0.0929442;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.804335;STB=0.84389;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0550982;OID=.;OPOS=10696409;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:17:8:16:8:1:7:6:2:43:8:0:7:6:2 chr18 10699129 . G T 39.6 PASS AF=0.14;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.024429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.308;QD=3.16777;RBI=0.0390825;REFB=-0.0105576;REVB=-0.0305068;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528953;STB=0.835353;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0600364;OID=.;OPOS=10699129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:50:34:43:7:7:0.14:1:6:14:20:1:6:21:22 chr18 10705744 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4929;QD=35.5758;RBI=0.107115;REFB=0;REVB=0.038971;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109191;OID=.;OPOS=10705744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr18 10741011 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00442802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.782;QD=52.8649;RBI=0.0117249;REFB=-0.00363334;REVB=0.0108566;RO=2;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448028;STB=0.5238;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=1.94837e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:20:33:0:2:20:33:0:2 chr18 10758023 . G A 1230.0 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00262055;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.803;QD=57.8826;RBI=0.0144762;REFB=-0.03961;REVB=-0.014237;RO=3;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952923;STB=0.505035;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-5.51773e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:85:3:3:82:82:0.964706:43:39:1:2:43:39:1:2 chr18 10762962 . G A 800.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6718;QD=57.2118;RBI=0.0327619;REFB=0;REVB=0.0321467;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440847;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr18 10763007 . T C 688.32 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0495;QD=62.5743;RBI=0.00912765;REFB=0;REVB=0.00621756;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70863e-06;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr18 10787047 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.403;QD=54.515;RBI=0.0395278;REFB=0;REVB=0.0170313;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149145;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr18 11609754 . G A 280.25 PASS AF=0.75;AO=21;DP=30;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.000673047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.389;QD=35.0306;RBI=0.00578272;REFB=-0.0320949;REVB=0.00574342;RO=7;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18176;STB=0.595158;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00497074;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:32:7:8:21:24:0.75:14:7:5:2:15:9:6:2 chr18 11609863 . G A 873.11 PASS AF=0.866667;AO=64;DP=77;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0158974;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.943;QD=46.566;RBI=0.0239577;REFB=-0.020728;REVB=0.0179234;RO=10;SAF=39;SAR=25;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550479;STB=0.529905;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00186029;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:77:75:10:10:64:65:0.866667:25:39:4:6:25:40:4:6 chr18 11609903 . CA GG 1116.02 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279871;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=325.712;QD=60.3254;RBI=0.0281336;REFB=0;REVB=0.00286715;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00128083;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr18 11610052 . T C 579.35 PASS AF=0.8;AO=48;DP=60;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000673067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.787;QD=38.6232;RBI=0.0118578;REFB=-0.0256005;REVB=-0.0118386;RO=12;SAF=27;SAR=21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235783;STB=0.512653;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00614372;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:12:12:48:48:0.8:21:27:6:6:21:27:6:6 chr18 11610073 . G A 506.64 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0218403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.288;QD=34.3486;RBI=0.0240999;REFB=0.000612894;REVB=-0.0101886;RO=15;SAF=27;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716727;STB=0.538689;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.000218888;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:17:27:7:8:17:27:7:8 chr18 11610163 . G C 923.02 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0662927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.572;QD=56.801;RBI=0.0696619;REFB=-0.0128092;REVB=0.0214023;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.506491;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00219386;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:26:38:1:0:26:38:1:0 chr18 11610332 . G T 68.37 PASS AF=0.2;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00143544;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.04;QD=5.46972;RBI=0.00801067;REFB=-0.00919601;REVB=0.00788101;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206412;STB=0.627938;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0508681;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:50:36:40:9:10:0.2:3:6:18:18:3:7:22:18 chr18 11610349 . G A 419.79 PASS AF=0.75;AO=31;DP=42;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0182721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7907;QD=38.1626;RBI=0.142463;REFB=-0.0631064;REVB=0.141286;RO=11;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277102;STB=0.515571;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0182502;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:42:44:11:11:31:33:0.75:13:18:7:4:14:19:7:4 chr18 11610382 . C A 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00247954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8541;QD=30.4285;RBI=0.00804809;REFB=0.0376397;REVB=0.00765661;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917426;STB=0.550952;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0136344;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:3:2:9:6:3:2 chr18 11619552 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.821;QD=39.2;RBI=0.0554323;REFB=0;REVB=0.0552597;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170973;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 672.58 PASS AF=0.961538;AO=47;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141031;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.584;QD=51.7367;RBI=0.0397925;REFB=-0.0583568;REVB=0.0372094;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391497;STB=0.519223;STBP=0.254;TYPE=del;VARB=0.00236202;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:47:52:50:52:2:25:25:0:2:8:2:24:23:0:2 chr18 11619908 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9693;QD=35.5759;RBI=0.00255381;REFB=0;REVB=0.00255381;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204353;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr18 11625886 . T C 499.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3415;QD=58.7178;RBI=0.0511704;REFB=0;REVB=-0.0220076;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456094;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr18 11853053 . A G 388.59 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.269;QD=55.5134;RBI=0.00754014;REFB=0;REVB=0.0060962;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21801e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:16:12:0:0 chr18 11853731 . A G 544.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000628775;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.096;QD=60.495;RBI=0.0101242;REFB=0;REVB=-0.0101046;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430045;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr18 11886563 . C G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.473;QD=62.7621;RBI=0.0319189;REFB=0;REVB=-0.00413631;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79296e-05;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr18 12094031 . G T 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.7641;QD=54.502;RBI=0.130175;REFB=0;REVB=-0.0234343;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025694;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr18 12254956 . G A 635.91 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0227051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5197;QD=41.699;RBI=0.0811387;REFB=-0.0169418;REVB=0.0778971;RO=10;SAF=27;SAR=24;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903732;STB=0.504834;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00604551;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:10:10:51:51:0.836066:24:27:5:5:24:27:5:5 chr18 12274104 . G T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0651237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.547;QD=4.65883;RBI=0.0685942;REFB=-0.00238849;REVB=-0.0215423;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23526;STB=0.656759;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00812485;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:15:20:3:5:15:20 chr18 12325352 . G A 143.53 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0180417;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.517;QD=6.75415;RBI=0.0236827;REFB=-0.0010853;REVB=-0.0153417;RO=64;SAF=16;SAR=5;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292022;STB=0.680666;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00356737;OID=.;OPOS=12325352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:64:64:21:21:0.247059:5:16:35:29:5:16:35:29 chr18 12348285 . T C 556.91 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.912;QD=60.2069;RBI=0.0282307;REFB=0;REVB=-0.00913155;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180195;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr18 12351342 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.757;QD=60.3761;RBI=0.0321234;REFB=0;REVB=0.0201769;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00561e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr18 12546775 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.026215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.298;QD=9.99286;RBI=0.0269374;REFB=0.000460261;REVB=0.00619674;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319775;STB=0.68877;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0012665;OID=.;OPOS=12546775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:6:11:13:23:6:11:13:23 chr18 12703146 . G A 40.2 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0119716;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.886;QD=2.01023;RBI=0.0126694;REFB=-0.00261736;REVB=-0.00414661;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943397;STB=0.507027;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0242713;OID=.;OPOS=12703146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:81:80:71:71:9:9:0.1125:4:5:40:31:4:5:40:31 chr18 12760740 . T A 631.61 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.814;QD=61.6205;RBI=0.0382631;REFB=0;REVB=-0.0333186;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021157;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr18 12984144 . C A 340.3 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7935;QD=54.4475;RBI=0.0541071;REFB=0;REVB=-0.0292022;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689602;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr18 13001523 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00618262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.516;QD=2.1455;RBI=0.012079;REFB=-0.00119279;REVB=0.0103768;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188948;STB=0.642421;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0161935;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:17:33:3:3:17:33 chr18 13056333 . C T 73.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0376867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.351;QD=9.12586;RBI=0.0377757;REFB=-0.0129811;REVB=0.00259167;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431152;STB=0.526264;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0239659;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:8:14:6:4:8:14 chr18 13068132 . T C 1215.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.245;QD=60.7526;RBI=0.0718169;REFB=0;REVB=0.0192967;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173398;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:73:80:1:35:38:0:0:35:45:0:0 chr18 13069782 . C T 289.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.374;QD=52.6661;RBI=0.0355352;REFB=0;REVB=0.00815718;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208419;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr18 13095609 . T C 1606.75 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.967;QD=64.2701;RBI=0.0260705;REFB=0;REVB=0.0258047;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52944e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr18 13116432 . G T 1902.37 PASS AF=0.992;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000588541;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.503;QD=60.8757;RBI=0.0155322;REFB=-0.0828921;REVB=0.0155211;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=6.01605e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:0:1:123:124:0.992:71:52:0:0:72:52:1:0 chr18 13650907 . T TATG 509.7 PASS AF=0.860465;AO=36;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0181814;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.973;QD=47.4139;RBI=0.0182215;REFB=-0.00150935;REVB=-0.00120842;RO=6;SAF=19;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740194;STB=0.501886;STBP=0.93;TYPE=ins;VARB=0.000243367;OID=.;OPOS=13650908;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.860465:36:43:37:43:6:19:18:3:3:33:6:19:17:3:3 chr18 13760290 . T C 54.84 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00534797;FXX=0.0724533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8153;QD=3.4272;RBI=0.0932293;REFB=-0.0159085;REVB=-0.0930757;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247054;STB=0.672401;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0515244;OID=.;OPOS=13760290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:69:64:53:54:10:10:0.15625:4:6:21:32:4:6:21:33 chr18 14105923 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111377;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.798;QD=62.6711;RBI=0.0129834;REFB=0;REVB=0.00667229;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68527e-05;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr18 14106039 . T C 183.76 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0779507;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0621;QD=31.9584;RBI=0.0830842;REFB=-0.0556184;REVB=0.028752;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197436;STB=0.60901;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0205133;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:5:1:10:7:5:1 chr18 14183720 . C T 666.26 PASS AF=0.753425;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00143616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0939;QD=36.5075;RBI=0.00732333;REFB=-0.034566;REVB=-0.00718113;RO=17;SAF=29;SAR=26;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507796;STB=0.520431;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0110703;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:17:18:55:55:0.753425:26:29:7:10:26:29:8:10 chr18 14186497 . G C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00970871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.586;QD=3.15729;RBI=0.015743;REFB=-0.0180314;REVB=-0.0123928;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441121;STB=0.799201;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0454531;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:10:26:2:4:10:26 chr18 14187255 . A T 36.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0427272;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3108;QD=6.42794;RBI=0.0483023;REFB=0.00133236;REVB=-0.0225277;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.646563;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00881105;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:8:9:2:4:8:9 chr18 14187273 . C G 64.09 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00287615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.59;QD=9.49411;RBI=0.00992433;REFB=0.00512552;REVB=-0.00949843;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215431;STB=0.649663;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0141886;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:8:9:3:6:8:10 chr18 14187304 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0207735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.673;QD=9.82169;RBI=0.0317381;REFB=-0.0051343;REVB=-0.0239951;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375094;STB=0.72686;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0335763;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:9:14:3:8:9:14 chr18 14187327 . T G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0203832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.92;QD=7.96581;RBI=0.02287;REFB=-0.00928265;REVB=-0.0103713;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48297;STB=0.7994;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0166674;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:10:16:2:8:10:16 chr18 14187346 . A G 259.98 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0227532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3687;QD=31.5131;RBI=0.0236467;REFB=-0.0247106;REVB=0.00643897;RO=10;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219586;STB=0.62293;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0231328;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:10:10:22:23:0.69697:13:9:8:2:14:9:8:2 chr18 14752957 . G A 36.52 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0269676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.584;QD=2.56297;RBI=0.0305294;REFB=-0.00305949;REVB=-0.0143107;RO=50;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378101;STB=0.823178;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0496761;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:6:7:0.122807:1:5:26:24:1:6:26:24 chr18 14759244 . G C 69.48 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00670588;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.555;QD=4.14808;RBI=0.0316171;REFB=0.00268014;REVB=-0.0308978;RO=55;SAF=9;SAR=3;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231485;STB=0.655185;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0103382;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:67:67:55:55:12:12:0.179104:3:9:32:23:3:9:32:23 chr18 14779969 . C G 583.07 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0104448;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.484;QD=48.5894;RBI=0.0397144;REFB=-0.0226673;REVB=0.0383163;RO=7;SAF=24;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390051;STB=0.502091;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00433706;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:7:7:41:41:0.854167:17:24:4:3:17:24:4:3 chr18 14796214 . G T 534.97 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00489255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.928;QD=41.9584;RBI=0.00525176;REFB=-0.0283461;REVB=0.00190893;RO=7;SAF=14;SAR=29;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711034;STB=0.530473;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00290096;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:51:51:7:8:43:43:0.843137:29:14:4:3:29:14:4:4 chr18 14848820 . CG CA,TG 417.36 PASS AF=0.606061,0.363636;AO=11,11;DP=33;FAO=20,12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7,3;FSAR=13,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193953,-0.0239399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.9569,126.795;QD=50.5893;RBI=0.0410604,0.0244789;REFB=0.0111896,-0.00750071;REVB=-0.0361909,0.00510893;RO=1;SAF=2,3;SAR=9,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177567,-0.127515;STB=0.533299,0.571302;STBP=0.293,0.165;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00208515,0.0134325;OID=.,.;OPOS=14848821,14848820;OREF=G,C;OALT=A,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:33:33:1:1:11,11:20,12:0.606061,0.363636:9,8:2,3:1:0:13,9:7,3:1:0 chr18 14850375 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0210501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.751;QD=32.352;RBI=0.0210739;REFB=0.0149779;REVB=0.00100104;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00243208;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:1:1:7:4:1:1 chr18 18529872 . A G 105.1 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0105521;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.104;QD=10.2532;RBI=0.0113785;REFB=-0.00900138;REVB=-0.00425707;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396367;STB=0.692863;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0330706;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:29:28:12:13:0.317073:4:8:9:20:5:8:9:19 chr18 18529880 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00867587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.664;QD=12.4022;RBI=0.0405567;REFB=-0.0386794;REVB=-0.0396178;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209485;STB=0.622079;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0381676;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:9:20:8:8:9:20 chr18 19034556 . T C 879.56 PASS AF=0.857143;AO=65;DP=76;FAO=66;FDP=77;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0500436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.778;QD=45.6916;RBI=0.0523385;REFB=-0.0287245;REVB=-0.0153285;RO=11;SAF=26;SAR=39;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103143;STB=0.50673;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00496747;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:77:11:11:65:66:0.857143:39:26:4:7:39:27:4:7 chr18 19079853 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000339188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.911;QD=57.1769;RBI=0.00891265;REFB=0;REVB=0.0089062;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0792e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 323.2 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00977555;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.063;QD=22.2899;RBI=0.0297272;REFB=-0.0408806;REVB=-0.0280739;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43864;STB=0.752551;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0341537;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:32:62:33:58:25:11:22:24:1:99:28:11:21:25:3 chr18 19153494 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0743;QD=55.0441;RBI=0.0367463;REFB=0.0946316;REVB=-0.033559;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00191464;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:1:0:22:33:1:0 chr18 19154143 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00468698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.414;QD=22.6785;RBI=0.00541973;REFB=0.00915074;REVB=-0.00272133;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00489968;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:2:3:2:8:2:3 chr18 19373962 . T TATG 351.36 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00453588;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=218.983;QD=41.3367;RBI=0.0131751;REFB=-0.0114273;REVB=0.0123697;RO=5;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200344;STB=0.624908;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00159763;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:27:34:28:34:6:9:19:6:0:33:5:9:18:5:0 chr18 19450303 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.297;QD=43.4861;RBI=0.0723582;REFB=0;REVB=0.0721275;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109655;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr18 19508949 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.19;QD=42.1826;RBI=0.0408934;REFB=0;REVB=-0.0135337;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000801006;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr18 19751148 . G C 43.37 PASS AF=0.2;AO=6;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0827905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.181;QD=4.95695;RBI=0.17239;REFB=-0.040274;REVB=-0.151208;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.529329;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.113201;OID=.;OPOS=19751148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:17:28:6:7:0.2:3:3:9:8:4:3:11:17 chr18 19840623 . A G 613.71 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7851;QD=61.3714;RBI=0.0585649;REFB=0;REVB=0.0266088;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782935;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr18 19995753 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.201;QD=58.5878;RBI=0.0422403;REFB=0;REVB=-0.00953258;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115438;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr18 19996011 . G A 214.97 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0195358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6766;QD=37.3863;RBI=0.0548907;REFB=0.0887685;REVB=0.0512966;RO=4;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920049;STB=0.550506;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0188179;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:14:5:2:2:14:5:2:2 chr18 20953720 . G A 72.31 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0557391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5817;QD=8.50746;RBI=0.0675531;REFB=0.00150018;REVB=0.0381651;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338027;STB=0.711862;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00223554;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:13:11:2:8:13:11 chr18 21017836 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.308;QD=55.6561;RBI=0.0133963;REFB=0;REVB=0.012819;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39502e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr18 21100240 . C T 1641.35 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0362265;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.58;QD=57.5912;RBI=0.0450002;REFB=-0.222339;REVB=0.0266957;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.509052;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00200222;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:114:0:3:111:111:0.973684:72:39:0:0:72:39:2:1 chr18 21109250 . T C 393.14 PASS AF=1;AO=14;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.861;QD=56.1631;RBI=0.0324401;REFB=0;REVB=0.0112066;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212916;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:14:28:1:3:11:0:0:8:20:0:0 chr18 21119777 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.041;QD=59.8394;RBI=0.0273137;REFB=0;REVB=0.00253255;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105481;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr18 21120444 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.416;QD=35.5759;RBI=0.0641717;REFB=0;REVB=0.034784;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131366;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr18 21124945 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9146;QD=49.5992;RBI=0.0374724;REFB=0;REVB=-0.0094144;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154931;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:15:2:0:0:16:2:0:0 chr18 21413869 . T C 1565.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.893;QD=63.8932;RBI=0.0635462;REFB=0;REVB=0.0618379;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131589;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:98:0:0:90:98:1:47:43:0:0:55:43:0:0 chr18 21437931 . G C 594.15 PASS AF=0.757576;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0122901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.044;QD=36.009;RBI=0.0157667;REFB=-0.0115021;REVB=0.00987629;RO=16;SAF=20;SAR=30;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464398;STB=0.52499;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0027235;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:16:16:50:50:0.757576:30:20:8:8:30:20:8:8 chr18 21441717 . C T 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0463045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7176;QD=33.9183;RBI=0.0471347;REFB=-0.0707546;REVB=0.00880796;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160401;STB=0.610975;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0330884;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:3:4:16:16:0.8:9:7:3:0:9:7:4:0 chr18 21511089 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.655;QD=60.6044;RBI=0.0435259;REFB=0;REVB=0.00752835;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194106;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr18 21710321 . C T 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.963;QD=60.9518;RBI=0.0478775;REFB=0;REVB=-0.0234613;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010152;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr18 21736933 . T G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.743;QD=58.4169;RBI=0.0204112;REFB=0;REVB=-0.0167501;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93374e-06;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr18 21739725 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0180614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.572;QD=5.78799;RBI=0.0181065;REFB=0.00404399;REVB=0.00127753;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371426;STB=0.740075;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0167025;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:9:14:2:5:9:14 chr18 21759055 . GC CC,CT 553.06 PASS AF=0.849057,0;AO=41,2;DP=52;FAO=45,0;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=21,0;FSAR=24,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00202722,0.0122784;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.471,121.702;QD=41.7406;RBI=0.00935368,0.0205987;REFB=-0.0502072,-0.000739549;REVB=0.00913135,-0.0165393;RO=8;SAF=20,0;SAR=21,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0796433,-0.684179;STB=0.542695,0.5;STBP=0.178,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00457937,0;OID=.,.;OPOS=21759055,21759055;OREF=G,GC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:52:53:8:8:41,2:45,0:0.849057,0:21,2:20,0:6:2:24,0:21,0:6:2 chr18 21759190 . G C 128.25 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.142144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2121;QD=28.4995;RBI=0.144241;REFB=-0.0626988;REVB=0.0245028;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218866;STB=0.528258;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00278159;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:18:18:2:4:12:13:0.722222:5:7:1:1:5:8:2:2 chr18 21898790 . G A,GA 35.76 PASS AF=0,0.458333;AO=3,8;DP=27;FAO=0,11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00338722,-0.0267394;FXX=0.0768935;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=249.104,8.25415;QD=5.95946;RBI=0.0443879,0.26774;REFB=0.00169979,-0.100019;REVB=0.0442585,0.266401;RO=16;SAF=3,5;SAR=0,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.615578,0.137746;STB=0.5,0.692551;STBP=1,0.113;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.127613;OID=.,.;OPOS=21898790,21898791;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:27:24:16:13:3,8:0,11:0,0.458333:0,3:3,5:8:8:0,3:0,8:5:8 chr18 22020543 . C G 549.67 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0322469;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.58;QD=48.8598;RBI=0.0329432;REFB=0.00421517;REVB=-0.00673735;RO=7;SAF=14;SAR=25;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640714;STB=0.520185;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000618917;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:45:7:6:39:39:0.866667:25:14:4:3:25:14:3:3 chr18 22805518 . G A 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00912935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.983;QD=1.96316;RBI=0.0242158;REFB=0.000229342;REVB=-0.022429;RO=72;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152656;STB=0.615122;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00176653;OID=.;OPOS=22805518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:3:6:39:33:3:6:39:33 chr18 23597811 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.059;QD=61.684;RBI=0.0718069;REFB=0;REVB=0.0705702;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028225;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr18 23873463 . T C 1298.88 PASS AF=0.825;AO=99;DP=122;FAO=99;FDP=120;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0213;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.944;QD=43.296;RBI=0.0538332;REFB=-0.0113241;REVB=0.0494401;RO=21;SAF=39;SAR=60;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448097;STB=0.502382;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00222884;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:21:21:99:99:0.825:60:39:8:13:60:39:8:13 chr18 23879134 . T C 90.9 PASS AF=0.909091;AO=6;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111958;FXX=0.0832639;HRUN=10;LEN=1;MLLD=299.779;QD=33.0538;RBI=0.0184725;REFB=-0.0299258;REVB=-0.014693;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000300846;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:12:11:3:1:6:10:0.909091:2:4:1:2:4:6:1:0 chr18 24035399 . A G 285.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7744;QD=51.8494;RBI=0.0537808;REFB=0;REVB=-0.0342281;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303334;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr18 24269386 . G A 549.01 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00805776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.852;QD=37.8627;RBI=0.00886535;REFB=-0.0559435;REVB=-0.00369689;RO=12;SAF=21;SAR=25;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480295;STB=0.525786;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0104983;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:25:21:4:8:25:21:4:8 chr18 24497104 . A G 696.31 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0110398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.266;QD=56.8418;RBI=0.0206699;REFB=-0.0273521;REVB=0.0174747;RO=3;SAF=13;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525543;STB=0.528269;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0027514;OID=.;OPOS=24497104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:49:3:3:45:46:0.938776:32:13:2:1:33:13:2:1 chr18 25543387 . G A 535.95 PASS AF=0.846154;AO=43;DP=51;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0311664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.738;QD=41.2266;RBI=0.0314949;REFB=0.00941676;REVB=0.00453657;RO=7;SAF=15;SAR=28;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139371;STB=0.567008;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000720187;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:51:52:7:8:43:44:0.846154:28:15:6:1:29:15:6:2 chr18 25565082 . A G 837.29 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353995;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7919;QD=57.7442;RBI=0.0400904;REFB=0;REVB=0.0188178;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76809e-05;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr18 25570228 . G C 1154.2 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00165163;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.403;QD=58.4407;RBI=0.025515;REFB=0.172755;REVB=0.0254615;RO=2;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156148;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000189515;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:36:41:1:1:37:41:1:0 chr18 28570025 . G T 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3584;QD=57.3716;RBI=0.00508503;REFB=0;REVB=0.00271783;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84109e-06;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr18 28586964 . A G 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00701945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.38;QD=1.92289;RBI=0.0123589;REFB=1.49917e-05;REVB=-0.010172;RO=72;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454572;STB=0.83103;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000219941;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:72:73:9:9:0.109756:2:7:27:45:2:7:27:46 chr18 28610988 . C T 210.49 PASS AF=0.625;AO=22;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0829017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4956;QD=26.3106;RBI=0.0897916;REFB=0.00431643;REVB=-0.0344942;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538181;STB=0.562438;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.010012;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:9:12:22:20:0.625:12:10:4:5:10:10:4:8 chr18 28611061 . A T 455.67 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0382557;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8365;QD=44.4554;RBI=0.038405;REFB=-0.0242744;REVB=0.00338257;RO=7;SAF=15;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416031;STB=0.522418;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00550952;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:41:7:7:34:34:0.829268:19:15:4:3:19:15:4:3 chr18 28611139 . A C 317.18 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.663;QD=45.3117;RBI=0.0293611;REFB=-0.110704;REVB=0.0255892;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.519984;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00628999;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:1:3:25:25:0.892857:12:13:1:0:12:13:1:2 chr18 28720147 . C T 1436.79 PASS AF=0.875;AO=105;DP=121;FAO=105;FDP=120;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00291529;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.595;QD=47.8929;RBI=0.00298488;REFB=-0.0245558;REVB=0.000640793;RO=14;SAF=48;SAR=57;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730352;STB=0.542849;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00204777;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:121:120:14:15:105:105:0.875:57:48:11:3:57:48:12:3 chr18 28722039 . G A 824.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6356;QD=55.9197;RBI=0.0820887;REFB=-0.0914111;REVB=-0.0162084;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120788;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:39:20:0:0 chr18 28722103 . T C 713.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210162;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.484;QD=63.4242;RBI=0.0442598;REFB=0;REVB=0.0389519;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79887e-05;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr18 28734749 . A G 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.583;QD=54.7451;RBI=0.0493819;REFB=-0.11189;REVB=0.00749353;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00391215;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:0:1:25:28:0:1 chr18 28968371 . G A 1529.19 PASS AF=1;AO=83;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210178;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8829;QD=63.716;RBI=0.167489;REFB=0;REVB=0.166165;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975015;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:83:96:1:34:49:0:0:46:50:0:0 chr18 28968959 . C T 870.68 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406419;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2525;QD=58.0452;RBI=0.045162;REFB=0;REVB=0.0196936;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154373;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr18 28986333 . A C 432.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251103;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.21;QD=57.7291;RBI=0.030516;REFB=0;REVB=0.0173406;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98857e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr18 28993183 . A G 293.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692495;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8099;QD=53.3296;RBI=0.0120088;REFB=0;REVB=-0.00981098;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266662;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 28993501 . C A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0421183;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7049;QD=30.7921;RBI=0.0539191;REFB=-0.144997;REVB=0.0336647;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0251071;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:4:4:0:0:4:4:1:0 chr18 29055957 . A G 871.2 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186483;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5836;QD=58.0802;RBI=0.0516409;REFB=0;REVB=0.0481563;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167932;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr18 29104698 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.256;QD=57.2016;RBI=0.0795568;REFB=0;REVB=0.00962094;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311255;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr18 29122799 . G A 32.48 PASS AF=0.3;AO=3;DP=11;FAO=3;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0329304;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.989;QD=12.9916;RBI=0.0395626;REFB=-0.0217334;REVB=0.0219268;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317885;STB=0.665555;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0548527;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:11:10:6:5:3:3:0.3:2:1:4:2:2:1:3:2 chr18 29125854 . A G 289.19 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0173323;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.522;QD=37.3152;RBI=0.0210785;REFB=-0.0185858;REVB=-0.0119957;RO=7;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195391;STB=0.605978;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00333423;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:31:7:7:24:24:0.774194:13:11:0:7:13:11:0:7 chr18 29125992 . C T 140.68 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0211783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1205;QD=31.2624;RBI=0.0275901;REFB=0.0458465;REVB=0.017683;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.555477;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00709745;OID=.;OPOS=29125992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:3:1:7:7:3:1 chr18 29126670 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.085;QD=50.4134;RBI=0.0421613;REFB=0;REVB=0.0346593;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296877;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr18 29178513 . G C 48.31 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0195573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.588;QD=1.97204;RBI=0.0410667;REFB=-0.00227166;REVB=-0.0361107;RO=86;SAF=5;SAR=6;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963839;STB=0.565501;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0150262;OID=.;OPOS=29178513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:86:87:11:11:0.112245:6:5:46:40:6:5:46:41 chr18 29204762 . A G 33.2 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00588249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6669;QD=3.01828;RBI=0.00799969;REFB=-0.00610345;REVB=0.00542138;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184809;STB=0.651598;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.026688;OID=.;OPOS=29204762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:44:36:38:6:6:0.136364:5:1:10:26:5:1:11:27 chr18 29339910 . G T 85.92 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306473;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.13;QD=34.3693;RBI=0.0325209;REFB=0.0772581;REVB=0.0108788;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00150753;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chr18 29497573 . A G 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.042;QD=57.1003;RBI=0.0363615;REFB=0;REVB=0.0353148;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131399;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr18 29710880 . A AAG 40.22 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00621774;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=367.74;QD=2.01089;RBI=0.0100204;REFB=-0.0014572;REVB=0.007858;RO=72;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167443;STB=0.51973;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=0.0124623;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1125:9:82:9:80:71:5:4:41:30:40:72:5:4:41:31 chr18 29795076 . T C 1105.62 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628777;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.32;QD=60.5821;RBI=0.0364393;REFB=0;REVB=0.0358927;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1305e-05;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr18 29795101 . T C 1116.35 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.516;QD=60.3434;RBI=0.0533754;REFB=0;REVB=0.0533552;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78953e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr18 30050356 . C T 470.7 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0732734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6696;QD=52.2999;RBI=0.0755264;REFB=-0.0853172;REVB=-0.0183098;RO=2;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372893;STB=0.519988;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0398915;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:26:8:1:1:26:8:1:1 chr18 30349691 . C T 135.79 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00789514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.347;QD=27.157;RBI=0.0253011;REFB=-0.0103572;REVB=0.0240377;RO=6;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.599839;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00386304;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:2:12:4:2:2:12:4:2 chr18 30563247 . GAAAA GAAA,GAAAT 34.9 PASS AF=0.2,0.1;AO=6,4;DP=31;FAO=6,3;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2,2;FSAR=4,1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0815103,-0.0387752;FXX=0.0322477;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4563,24.3908;QD=4.6532;RBI=0.0820275,0.0576549;REFB=-0.0513428,-0.0373178;REVB=-0.0091971,0.0426681;RO=17;SAF=2,3;SAR=4,1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0.36,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.522784,-0.124662;STB=0.7992,0.599401;STBP=0.161,0.808;TYPE=del,snp;VARB=-0.018222,0.167013;OID=.,.;OPOS=30563248,30563251;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.1:6,4:31:6,3:30:21:2,2:4,1:16:5:19:17:2,3:4,1:14:3 chr18 30804756 . C T 597.3 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00318792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.19;QD=58.2726;RBI=0.0371467;REFB=-0.058954;REVB=-0.0370096;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00553664;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:17:23:0:1 chr18 30804758 . A C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.022824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.637;QD=7.89708;RBI=0.0268675;REFB=-0.00300042;REVB=-0.0141748;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310517;STB=0.690656;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00719753;OID=.;OPOS=30804758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:19:11:7:4:19:11 chr18 30846895 . A T 764.46 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.689;QD=56.6269;RBI=0.0860594;REFB=0;REVB=-0.0756189;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122153;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:27:22:0:0:27:27:0:0 chr18 30847180 . C T 74.21 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0185195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0608;QD=5.60088;RBI=0.0221182;REFB=0.00021985;REVB=0.0120932;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925538;STB=0.559335;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000174878;OID=.;OPOS=30847180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:5:6:26:16:5:6:26:16 chr18 30969588 . C T 1707.04 PASS AF=0.770115;AO=134;DP=175;FAO=134;FDP=174;FR=.;FRO=40;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0155804;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3181;QD=39.2422;RBI=0.0284204;REFB=-0.0261233;REVB=-0.0237692;RO=40;SAF=68;SAR=66;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140128;STB=0.507462;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00532972;OID=.;OPOS=30969588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:40:40:134:134:0.770115:66:68:19:21:66:68:19:21 chr18 31320229 . A G 514.16 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7235;QD=58.761;RBI=0.100159;REFB=0;REVB=0.0961246;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015363;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:23:11:0:1:24:11:0:0 chr18 31324934 . A G 369.26 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251299;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.766;QD=52.7517;RBI=0.0251356;REFB=-0.14694;REVB=-0.000535091;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00121273;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:0:1:13:14:0:1 chr18 32721078 . C T 40.86 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0190375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3731;QD=3.8912;RBI=0.0259379;REFB=0.000461711;REVB=0.0176168;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264062;STB=0.673247;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00163575;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:41:42:34:35:7:7:0.166667:2:5:17:17:2:5:18:17 chr18 33290678 . C CTGAT 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00526596;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.06;QD=8.50799;RBI=0.0182166;REFB=-0.00481201;REVB=0.0174389;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761071;STB=0.546483;STBP=0.694;TYPE=ins;VARB=0.0137249;OID=.;OPOS=33290679;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:12:43:12:43:31:7:5:20:11:91:31:7:5:20:11 chr18 33647254 . A C 557.59 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.739;QD=60.2804;RBI=0.023376;REFB=0;REVB=-0.00193092;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88475e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:12:25:0:0 chr18 33702162 . G A 49.55 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.01567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.797;QD=4.30893;RBI=0.0157831;REFB=-0.00374819;REVB=0.00188643;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239671;STB=0.664494;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0273282;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:33:38:8:8:0.173913:5:3:19:14:5:3:22:16 chr18 33706614 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.436;QD=58.0611;RBI=0.0577506;REFB=0;REVB=0.053014;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86678e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr18 33779705 . G A 856.37 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0255208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.542;QD=51.9014;RBI=0.0464812;REFB=-0.0208777;REVB=0.0388483;RO=4;SAF=25;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114537;STB=0.506077;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00129863;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:4:4:62:62:0.939394:37:25:2:2:37:25:2:2 chr18 33779821 . C A 1124.24 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918458;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.424;QD=60.7697;RBI=0.0214523;REFB=0;REVB=0.0193867;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30951e-06;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr18 33779855 . C T 37.86 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0162362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.523;QD=2.22725;RBI=0.0191352;REFB=0.00200116;REVB=0.0101264;RO=58;SAF=5;SAR=3;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129843;STB=0.59677;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0103044;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:66:68:58:60:8:8:0.117647:3:5:30:28:3:5:31:29 chr18 33779896 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.19;QD=57.1062;RBI=0.0305312;REFB=0;REVB=-0.00397359;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89987e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr18 33780020 . A G 467.98 PASS AF=1;AO=20;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691089;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.401;QD=55.0568;RBI=0.0125622;REFB=0;REVB=-0.0104904;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263237;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:20:34:1:12:8:0:0:13:21:0:0 chr18 33780021 . C G 106.95 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0107222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.299;QD=12.2229;RBI=0.0133293;REFB=-0.0556686;REVB=0.00791864;RO=22;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617966;STB=0.875713;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0183321;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:1:12:10:12:1:12:10:12 chr18 33785093 . G A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0235731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.624;QD=3.29629;RBI=0.0247925;REFB=-0.00546075;REVB=-0.00767957;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330073;STB=0.753502;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0312594;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:39:42:7:7:0.142857:2:5:17:22:2:5:17:25 chr18 33785185 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.808;QD=63.5804;RBI=0.00496582;REFB=0;REVB=0.00186515;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21173e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:29:18:0:0 chr18 33848581 . T C 568.5 PASS AF=0.867925;AO=45;DP=52;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0137524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.165;QD=42.9058;RBI=0.0232483;REFB=-0.0603766;REVB=0.0187445;RO=7;SAF=17;SAR=28;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510812;STB=0.524691;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0112686;OID=.;OPOS=33848581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:53:7:7:45:46:0.867925:28:17:4:3:28:18:4:3 chr18 34156497 . A G 566.92 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-2.97572e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.908;QD=35.9948;RBI=0.0280186;REFB=-0.00965964;REVB=0.0280186;RO=15;SAF=17;SAR=31;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219986;STB=0.51184;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00117428;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:31:17:6:9:31:17:6:9 chr18 34310668 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00127078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.947;QD=8.88609;RBI=0.0461271;REFB=0.00649796;REVB=-0.0461096;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105563;STB=0.563554;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0178385;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:7:8:23:14:7:8:23:14 chr18 34324125 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00855768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.665;QD=8.89992;RBI=0.02661;REFB=-0.00765244;REVB=-0.0251964;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183374;STB=0.611454;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0161986;OID=.;OPOS=34324125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:16:10:6:5:16:10 chr18 34398883 . G A 275.37 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=32;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00143034;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.001;QD=33.3776;RBI=0.0234928;REFB=-0.00970399;REVB=0.0234493;RO=9;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142984;STB=0.56847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00785269;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:9:9:23:24:0.727273:14:9:6:3:14:10:6:3 chr18 34824125 . A T 31.5 PASS AF=0.454545;AO=2;DP=13;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0164798;FXX=0.266489;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.867;QD=11.4553;RBI=0.0169732;REFB=-0.018864;REVB=-0.00406243;RO=10;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493481;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0327065;OID=.;OPOS=34824125;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:11:10:6:2:5:0.454545:1:1:9:1:1:4:5:1 chr18 35237143 . T G 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0053247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.288;QD=3.04354;RBI=0.00835222;REFB=-0.00287928;REVB=-0.00643484;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140937;STB=0.599772;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0197628;OID=.;OPOS=35237143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:6:3:24:30:6:3:24:30 chr18 39761310 . A G 538.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.296;QD=59.7796;RBI=0.0606692;REFB=0;REVB=0.0374558;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504629;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr18 39850623 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9539;QD=59.4348;RBI=0.0995376;REFB=0;REVB=-0.0519088;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386753;OID=.;OPOS=39850623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr18 42456653 . G A 792.19 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06866;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3141;QD=57.6141;RBI=0.07167;REFB=0;REVB=-0.0205523;RO=0;SAF=10;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242759;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:55:55:1:45:10:0:0:45:10:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 720.55 PASS AF=0.826923,0.173077;AO=42,9;DP=53;FAO=43,9;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=31,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288973,-0.0103043;FXX=0.0370302;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=254.491,39.3054;QD=55.4267;RBI=0.0306301,0.0205159;REFB=0,0;REVB=0.0101564,0.0177404;RO=0;SAF=11,1;SAR=31,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72514e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00669225,0.0408174;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:53:52:0:0:42,9:43,9:0.826923,0.173077:31,8:11,1:0:0:31,8:12,1:0:0 chr18 42532606 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.943;QD=60.8827;RBI=0.00837162;REFB=0;REVB=0.00346391;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69081e-06;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr18 42533130 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.863;QD=64.1537;RBI=0.0112967;REFB=0;REVB=0.0109642;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72396e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr18 43206985 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.069;QD=61.8525;RBI=0.0319646;REFB=0;REVB=-0.0197794;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00648e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr18 43247001 . C G 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0153528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.509;QD=3.24565;RBI=0.0174873;REFB=-0.000392544;REVB=0.00837244;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246643;STB=0.676834;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00787445;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:19:16:4:2:19:16 chr18 43262359 . GC AC,AT 385.17 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10105,0.103872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.378,229.171;QD=55.0236;RBI=0.103766,0.104021;REFB=0,0;REVB=-0.0235866,0.00557227;RO=0;SAF=5,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00618323,-0.0149804;OID=.,.;OPOS=43262359,43262359;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:21,0:5,2:0:0:21,0:5,2:0:0 chr18 43310415 . G A 153.16 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00262126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.997;QD=24.506;RBI=0.0761994;REFB=-0.0445374;REVB=0.0761543;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124428;STB=0.573595;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0370158;OID=.;OPOS=43310415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:9:9:9:9:0.36:2:7:6:3:2:7:6:3 chr18 43316538 . A G 336.44 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.054465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.775;QD=40.7808;RBI=0.0548395;REFB=-0.0083896;REVB=0.00639795;RO=6;SAF=18;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143231;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:9:18:4:2:9:18:4:2 chr18 43422095 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00809616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3528;QD=7.32283;RBI=0.0163262;REFB=-0.021326;REVB=-0.0141773;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46896;STB=0.802499;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.040813;OID=.;OPOS=43422095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:8:6:5:1:8:6 chr18 43435577 . C A 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00981998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.466;QD=2.43212;RBI=0.00982686;REFB=0.000832877;REVB=0.000367706;RO=52;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358324;STB=0.780149;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0154068;OID=.;OPOS=43435577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:6:1:21:31:6:1:21:31 chr18 43497710 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0177895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.466;QD=21.9446;RBI=0.0256439;REFB=0.00168724;REVB=0.0184701;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763516;STB=0.717128;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000306633;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:4:12:16:16:0.571429:11:5:2:2:11:5:10:2 chr18 43563677 . T C 350.86 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00786738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.95;QD=46.7808;RBI=0.042758;REFB=0.0107583;REVB=0.042028;RO=3;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209024;STB=0.51127;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-6.09917e-05;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:12:15:2:1:12:15:2:1 chr18 43565380 . A G 431.19 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0334117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.978;QD=42.067;RBI=0.0354098;REFB=-0.0236755;REVB=0.0117266;RO=7;SAF=22;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342957;STB=0.509085;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00977323;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:7:8:33:33:0.804878:11:22:4:3:11:22:5:3 chr18 43565399 . C A 427.43 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00743499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.297;QD=40.7078;RBI=0.0247322;REFB=0.00172873;REVB=-0.0235882;RO=9;SAF=24;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131574;STB=0.571383;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000322478;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:9:24:4:5:9:24:4:5 chr18 43568717 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0349022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.04;QD=16.8228;RBI=0.0358681;REFB=-0.0126107;REVB=0.00826763;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00545486;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:4:3:2:2:4:3:3:2 chr18 43595851 . AA TT 139.31 PASS AF=0.757576;AO=2;DP=34;FAO=25;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0218194;FXX=0.0571265;HRUN=10;LEN=2;MLLD=9.24136;QD=16.886;RBI=0.108849;REFB=-0.283994;REVB=-0.10664;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390188;STB=0.519984;STBP=0.652;TYPE=mnp;VARB=0.171772;OID=.;OPOS=43595851;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:34:33:2:5:2:25:0.757576:1:1:2:0:12:13:2:3 chr18 43701587 . G A 262.75 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=25;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00774743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.453;QD=40.4236;RBI=0.052951;REFB=-0.054538;REVB=-0.0523811;RO=4;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111314;STB=0.561986;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00189172;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:26:4:4:21:22:0.846154:8:13:1:3:8:14:1:3 chr18 43833701 . T TCTG 80.52 PASS AF=0.224138;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0111201;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.256;QD=5.55335;RBI=0.0155369;REFB=0.00182823;REVB=0.0108508;RO=46;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324505;STB=0.512515;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.0064878;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138:12:59:13:58:45:8:5:27:18:80:46:7:5:28:18 chr18 43843736 . T G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6193;QD=51.1824;RBI=0.0923858;REFB=0;REVB=0.0333908;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393569;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr18 44040660 . T C 664.46 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4133;QD=61.8104;RBI=0.0304387;REFB=0;REVB=0.0142016;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377921;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:28:15:0:0 chr18 44560300 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4228;QD=42.1825;RBI=0.0428672;REFB=0;REVB=0.0195537;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207113;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr18 44560429 . C A 459.52 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.059;QD=57.4398;RBI=0.0551918;REFB=0;REVB=0.0539024;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121402;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:9:20:0:0:11:21:0:0 chr18 44560875 . C A 904.46 PASS AF=0.942029;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.814;QD=52.4324;RBI=0.0189095;REFB=-0.0180483;REVB=0.00979636;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.500446;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000874134;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:69:1:4:63:65:0.942029:31:32:0:1:33:32:2:2 chr18 44561100 . C G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7194;QD=45.7998;RBI=0.0149365;REFB=0;REVB=0.0137553;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466178;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr18 44561795 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.237;QD=45.8068;RBI=0.0298352;REFB=0;REVB=-0.0161284;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165361;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr18 44585955 . G A 54.3 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0490523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.162;QD=8.68842;RBI=0.0490533;REFB=-0.00234628;REVB=0.000311354;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00794416;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr18 44610718 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.704;QD=59.0187;RBI=0.0237903;REFB=0;REVB=0.0108695;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18952e-05;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr18 44626630 . T G 537.42 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.17;QD=59.7133;RBI=0.0624417;REFB=0;REVB=0.0179603;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169617;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chr18 44760901 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3046;QD=47.8214;RBI=0.086482;REFB=0;REVB=0.0183777;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236559;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr18 45696158 . G A 173.32 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.683;QD=46.2181;RBI=0.0585997;REFB=0;REVB=0.00928079;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419682;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:3:10:0:0:3:12:0:0 chr18 45696204 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.299;QD=51.1747;RBI=0.0493713;REFB=0;REVB=0.0375916;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481692;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr18 45696256 . A G 191.5 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.888;QD=47.8751;RBI=0.0163595;REFB=0;REVB=0.00679565;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61467e-05;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr18 45711740 . T C 675.75 PASS AF=0.927273;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0167369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.827;QD=49.1456;RBI=0.0302608;REFB=-0.0291042;REVB=0.025211;RO=4;SAF=21;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046145;STB=0.525154;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00289637;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:55:4:4:49:51:0.927273:28:21:3:1:30:21:3:1 chr18 46001932 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.992;QD=61.684;RBI=0.00555636;REFB=0;REVB=-0.00366794;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06815e-07;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr18 46284587 . T C 733.73 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00193668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9677;QD=61.1444;RBI=0.00195995;REFB=-0.0479747;REVB=0.000301104;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00303312;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:15:31:0:1:16:31:0:1 chr18 46576058 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000769164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.686;QD=14.3343;RBI=0.0554359;REFB=-0.0169972;REVB=0.0554305;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0174205;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:7:3:2:7:7:3 chr18 47013723 . A T 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0189681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.103;QD=45.3101;RBI=0.0510094;REFB=0.00565975;REVB=0.0473516;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751372;STB=0.540509;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=4.82999e-05;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:8:17:3:0:8:17:3:0 chr18 47014953 . G GTGT 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301313;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=152.322;QD=26.0262;RBI=0.0466535;REFB=-0.0229224;REVB=-0.0356182;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00880371;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:7:6:7:1:3:3:1:0:6:1:3:3:1:0 chr18 47017820 . A G 836.71 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.321;QD=54.8663;RBI=0.0153734;REFB=0.0679335;REVB=0.0130149;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263806;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00139833;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:2:1:59:60:0.983607:32:27:1:1:32:28:0:1 chr18 47093864 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00777924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4349;QD=4.81069;RBI=0.0451004;REFB=-0.0066512;REVB=-0.0444244;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171939;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0242137;OID=.;OPOS=47093864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:21:23:6:6:0.206897:4:2:10:11:4:2:11:12 chr18 47352639 . A C 91.2 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0116006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.174;QD=8.29078;RBI=0.0116019;REFB=-0.00463182;REVB=-0.000173584;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989688;STB=0.560966;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0152868;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:7:5:16:16:7:5:16:16 chr18 47352665 . C CA 31.5 PASS AF=0.315789;AO=13;DP=42;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.121961;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.51159;QD=3.31618;RBI=0.154311;REFB=-0.0593372;REVB=0.0945377;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.552545;STBP=0.657;TYPE=ins;VARB=0.0207907;OID=.;OPOS=47352666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:13:42:12:38:26:6:6:11:15:31:24:6:7:13:11 chr18 47352677 . A C 91.0 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0156834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.519;QD=9.57869;RBI=0.0178456;REFB=-0.00284038;REVB=-0.00851439;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080845;STB=0.531198;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0226959;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:38:26:26:11:12:0.315789:6:5:12:14:7:5:12:14 chr18 47369758 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.561;QD=60.6097;RBI=0.0339003;REFB=0;REVB=0.00867053;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65212e-05;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 47383243 . C T 271.52 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0161;QD=49.367;RBI=0.0981901;REFB=0;REVB=0.0978506;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504179;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:11:11:0:0 chr18 47500836 . G A 189.43 PASS AF=0.389831;AO=24;DP=62;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00889397;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.601;QD=12.8423;RBI=0.0408119;REFB=-0.0170284;REVB=0.039831;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.573466;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0226332;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:35:36:24:23:0.389831:10:14:15:20:10:13:16:20 chr18 47563299 . T C 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7427;QD=52.598;RBI=0.0335434;REFB=0;REVB=0.0162703;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116332;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 47795629 . C A 534.45 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00203294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3698;QD=54.8154;RBI=0.0351019;REFB=-0.100623;REVB=-0.0350429;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.522715;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00632467;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:16:21:0:0:16:21:2:0 chr18 47803354 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.993;QD=55.0986;RBI=0.0149217;REFB=0;REVB=-0.0116171;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66999e-05;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr18 47810251 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.608;QD=57.2026;RBI=0.0521614;REFB=0;REVB=0.052136;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134457;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr18 47810351 . A G 408.63 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.604;QD=56.3625;RBI=0.0498516;REFB=0;REVB=0.0463695;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129533;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr18 47812306 . AG A 37.96 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0482873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.4972;QD=7.23007;RBI=0.0541619;REFB=-0.0119383;REVB=0.0245327;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559542;STB=0.81741;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=-0.0246685;OID=.;OPOS=47812307;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:1:9:6:5:37:9:1:8:6:3 chr18 47908556 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.901;QD=49.5992;RBI=0.0132012;REFB=0;REVB=-0.00686785;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83049e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr18 48190412 . C T 477.85 PASS AF=0.736842;AO=41;DP=56;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0261732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149;QD=33.5334;RBI=0.0264466;REFB=-0.0224586;REVB=0.00379309;RO=15;SAF=20;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02255;STB=0.508768;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00722675;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:15:15:41:42:0.736842:21:20:8:7:21:21:8:7 chr18 48190440 . G A 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0027698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1427;QD=8.11403;RBI=0.0609352;REFB=-0.0121994;REVB=0.0608723;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611774;STB=0.503717;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0343891;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:21:18:7:8:21:18 chr18 48331524 . G A 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00107721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.35;QD=37.411;RBI=0.0455301;REFB=-0.0155243;REVB=-0.0455173;RO=6;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825638;STB=0.504501;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00179619;OID=.;OPOS=48331524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:12:11:3:3:12:11:3:3 chr18 48331553 . T C 387.55 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00568437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7459;QD=43.0607;RBI=0.0542238;REFB=-0.00114058;REVB=0.053925;RO=6;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132362;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:15:15:3:3:15:15:3:3 chr18 48333203 . C G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0264518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.071;QD=7.62906;RBI=0.0317459;REFB=-0.0114128;REVB=0.0175529;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251243;STB=0.659573;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0211771;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:9:11:6:2:9:11 chr18 48346024 . G T 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0710638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4156;QD=2.99264;RBI=0.0718925;REFB=-0.00519775;REVB=0.0108843;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227436;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0232461;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:4:2:20:18:4:2:20:18 chr18 48458716 . T TA 221.79 PASS AF=0.866667;AO=3;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0104001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.907;QD=29.5725;RBI=0.0847239;REFB=-0.0224963;REVB=-0.0840831;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312409;STB=0.588162;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.0117264;OID=.;OPOS=48458717;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:3:29:26:30:4:6:20:3:1:15:26:1:2:8:18 chr18 48458717 . T A 287.36 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00377578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.466;QD=38.3152;RBI=0.00377723;REFB=-0.0119538;REVB=0.000104697;RO=6;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114285;STB=0.562445;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00339458;OID=.;OPOS=48458717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:18:6:3:3:18:6:3:3 chr18 48577782 . G C 239.72 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.798;QD=50.4681;RBI=0.0670374;REFB=0;REVB=0.0668896;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355832;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr18 48610367 . T C 51.37 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=9;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0101276;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.115;QD=17.1245;RBI=0.0197988;REFB=-0.0901031;REVB=0.0170125;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719385;STB=0.545316;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0170281;OID=.;OPOS=48610367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:9:12:4:5:5:7:0.583333:5:0:1:3:6:1:1:4 chr18 48633216 . G T 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.261;QD=39.4353;RBI=0.0200229;REFB=-0.0129716;REVB=-0.00897999;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912511;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00100734;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:2:0:7:9:2:0 chr18 48723217 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.51;QD=49.599;RBI=0.0334044;REFB=0;REVB=0.0220176;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164671;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr18 49867224 . T C 1306.06 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.204;QD=60.7471;RBI=0.0261345;REFB=-0.0107886;REVB=-0.0117135;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000308379;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:1:0:48:37:1:0 chr18 50432602 . C G 214.12 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0162463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8924;QD=28.5498;RBI=0.0162463;REFB=-0.0282018;REVB=1.86672e-05;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958901;STB=0.553137;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0130239;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:5:5:13:7:5:5 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 445.12 PASS AF=0.935484,0,0.0645161;AO=16,11,2;DP=32;FAO=29,0,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,2;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410822,-0.00184985,0.00867076;FXX=0.0312402;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=199.216,188.454,71.8793;QD=57.4342;RBI=0.0766906,0.0312619,0.0195544;REFB=0,0,0;REVB=0.0647588,0.0312072,0.0175269;RO=0;SAF=7,0,2;SAR=9,11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00393283,0,-0.0283084;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.935484,0,0.0645161:16,11,2:32:29,0,2:31:0:8,0,2:21,0,0:0:0:9:0:7,0,2:9,11,0:0:0 chr18 51820805 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.209;QD=39.2068;RBI=0.0388795;REFB=0;REVB=-0.0197846;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239198;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 52265308 . A C 435.82 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0424679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7806;QD=54.4781;RBI=0.0453414;REFB=0.000719269;REVB=0.0158847;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000632618;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr18 52570281 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.061;QD=39.2067;RBI=0.0622275;REFB=0;REVB=0.0591342;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410814;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr18 53303100 . GC G,GG,GT 679.2 PASS AF=0,0.976744,0.0232558;AO=20,21,2;DP=43;FAO=0,42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,1;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102152,-0.0160156,-0.00736696;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=232.132,259.184,208.261;QD=63.1814;RBI=0.122836,0.166777,0.119014;REFB=0,0,0;REVB=0.122411,0.166007,0.118786;RO=0;SAF=0,21,1;SAR=20,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.000143806,0.0112911;OID=.,.,.;OPOS=53303101,53303101,53303101;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.976744,0.0232558:20,21,2:43:0,42,1:43:0:0,21,1:0,21,0:0:0:5:0:0,21,1:20,0,1:0:0 chr18 54293658 . T C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00857526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.2;QD=16.8968;RBI=0.0275228;REFB=-0.000863317;REVB=-0.0261528;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00105351;OID=.;OPOS=54293658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:8:10:0.526316:3:5:5:4:5:5:5:4 chr18 54339818 . C G 600.58 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8504;QD=58.5935;RBI=0.0394403;REFB=-0.0490401;REVB=0.0154319;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0140163;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr18 54448778 . G A 68.2 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00067472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.105;QD=5.68334;RBI=0.0277452;REFB=-0.00743369;REVB=0.027737;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250456;STB=0.666297;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0191188;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:2:8:24:14:2:8:24:14 chr18 54694313 . C G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0207341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2219;QD=9.19979;RBI=0.0234726;REFB=-0.0106811;REVB=-0.0110028;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29761;STB=0.691863;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0153236;OID=.;OPOS=54694313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:4:3:2:10:4:3:2:11 chr18 54814841 . G A 519.03 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0154084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.29;QD=45.1331;RBI=0.0276786;REFB=-0.0531216;REVB=0.0229931;RO=7;SAF=24;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186029;STB=0.524259;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00945819;OID=.;OPOS=54814841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:7:8:38:38:0.826087:14:24:4:3:14:24:4:4 chr18 54815025 . G T 129.19 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0195099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5997;QD=21.5322;RBI=0.038109;REFB=-0.0125643;REVB=-0.0327362;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0104141;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr18 55021725 . A C 74.46 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00347385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.93;QD=22.91;RBI=0.00525528;REFB=0.00830858;REVB=0.00394339;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00330114;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr18 55027334 . G T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0256961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3496;QD=35.1469;RBI=0.0314157;REFB=-0.10289;REVB=0.0180737;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117968;STB=0.564895;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0113445;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:7:10:1:3:7:10:1:3 chr18 55143766 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0153081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.623;QD=6.81347;RBI=0.037027;REFB=0.00531596;REVB=0.0337143;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531742;STB=0.824499;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00592616;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:15:4:5:2:15:4 chr18 55144748 . G A 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00922676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.108;QD=8.11434;RBI=0.0175242;REFB=0.00205934;REVB=-0.0148984;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163939;STB=0.608543;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00433081;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:6:8:16:21:6:8:16:22 chr18 55145575 . C G 164.46 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429505;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6728;QD=46.9886;RBI=0.0523655;REFB=0;REVB=0.0299568;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650381;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr18 55145765 . G C 40.92 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434446;FXX=0.249688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.986;QD=27.2801;RBI=0.0636665;REFB=0.0319805;REVB=-0.0465402;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00361526;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:7:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr18 55145906 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4011;QD=42.1795;RBI=0.0528741;REFB=0;REVB=0.04678;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673007;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr18 55146453 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.013479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.761;QD=24.0275;RBI=0.0485493;REFB=0.00101409;REVB=0.0466406;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125035;STB=0.507032;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000351007;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:5:3:5:9:5:3 chr18 55150557 . G T 320.82 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.10482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3575;QD=33.7707;RBI=0.106371;REFB=0.10467;REVB=-0.018098;RO=11;SAF=6;SAR=21;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101186;STB=0.555512;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0451288;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:21:6:4:7:21:6:4:7 chr18 55154066 . A G 387.05 PASS AF=0.780488;AO=29;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.013823;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=37.7612;RBI=0.0217239;REFB=-0.0083175;REVB=0.0167587;RO=9;SAF=21;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192274;STB=0.574831;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00391455;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:41:9:9:29:32:0.780488:8:21:3:6:11:21:3:6 chr18 55155489 . A G 468.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302202;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.139;QD=58.5984;RBI=0.0304901;REFB=0;REVB=0.00404772;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37612e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr18 55155711 . C G 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0560892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.379;QD=9.10078;RBI=0.0564514;REFB=-0.00512503;REVB=0.00638428;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0192279;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:10:9:6:3:10:9 chr18 55155870 . G A 104.34 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0505119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2942;QD=10.4343;RBI=0.0555321;REFB=-0.00686024;REVB=-0.023073;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105416;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00675723;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:12:15:6:7:12:15 chr18 55158489 . A AATTCTGC 150.31 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0143148;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=316.404;QD=21.4731;RBI=0.0143173;REFB=-0.0228904;REVB=-0.000268928;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238067;STB=0.531876;STBP=0.735;TYPE=ins;VARB=0.0190743;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:15:29:16:28:12:5:11:3:9:98:13:5:10:4:9 chr18 55221648 . T C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0066189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.268;QD=7.20346;RBI=0.00740067;REFB=-0.00173754;REVB=0.00331061;RO=49;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541247;STB=0.522545;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0041209;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:50:18:18:0.264706:11:7:17:32:11:7:18:32 chr18 55247336 . C A 500.51 PASS AF=0.767857;AO=43;DP=56;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00303605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.96;QD=35.751;RBI=0.0263676;REFB=-0.0145274;REVB=0.0261922;RO=13;SAF=20;SAR=23;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976497;STB=0.552585;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0045943;OID=.;OPOS=55247336;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:13:13:43:43:0.767857:23:20:9:4:23:20:9:4 chr18 55313704 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 126.98 PASS AF=0.8,0.04;AO=16,2;DP=26;FAO=20,1;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10,1;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0724309,-0.120665;FXX=0.0384468;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.7306,13.5625;QD=20.3169;RBI=0.0815029,0.12212;REFB=-0.0686036,-0.0838795;REVB=0.0373696,0.0187897;RO=5;SAF=6,2;SAR=10,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0114293,0.64233;STB=0.541625,0.992027;STBP=0.393,0.249;TYPE=del,snp;VARB=0.0252027,0.097807;OID=.,.;OPOS=55313705,55313711;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8,0.04:16,2:26:20,1:25:4:10,1:10,0:1:3:14:5:6,2:10,0:2:3 chr18 55314820 . C A 758.5 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.153;QD=55.164;RBI=0.0349451;REFB=-0.102766;REVB=0.0278934;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317341;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:37:18:0:0 chr18 55317676 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1308;QD=46.8459;RBI=0.0906349;REFB=0;REVB=-0.0528873;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00518613;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr18 55346232 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4709;QD=37.4885;RBI=0.0410851;REFB=0;REVB=-0.0134514;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383699;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr18 55362532 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.555;QD=59.4351;RBI=0.0514772;REFB=0;REVB=0.0174709;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181003;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr18 55364852 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.561;QD=57.6804;RBI=0.0212521;REFB=0;REVB=0.00597782;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116007;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr18 55816791 . G A 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0357975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9389;QD=5.37831;RBI=0.04503;REFB=0.0134725;REVB=0.0273174;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993787;STB=0.554841;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0472935;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:53:54:15:15:0.217391:7:8:24:29:7:8:25:29 chr18 56148796 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.136;QD=42.1826;RBI=0.0219327;REFB=0;REVB=0.00356277;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011337;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr18 56149099 . T C 743.04 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0515045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.866;QD=59.4429;RBI=0.0558055;REFB=-0.106458;REVB=0.0214836;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817205;STB=0.504346;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00128352;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:29:19:1:1:29:19:1:1 chr18 56202418 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.064982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5215;QD=39.2067;RBI=0.0684055;REFB=0;REVB=0.0213695;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280715;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr18 56202982 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.146;QD=58.5878;RBI=0.00770621;REFB=0;REVB=-0.00553443;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74856e-07;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr18 56203411 . G C 123.73 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.312;QD=38.0714;RBI=0.0544415;REFB=-0.363318;REVB=-0.0225077;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0138351;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:0:1:12:12:0.923077:4:8:0:0:4:8:0:1 chr18 56203447 . A G 133.19 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.746;QD=35.5174;RBI=0.0292552;REFB=-0.121342;REVB=-0.00388133;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00847816;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:7:6:0:1:7:6:1:1 chr18 56203891 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.697;QD=45.8067;RBI=0.0495607;REFB=0;REVB=0.0488008;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145004;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr18 56203898 . T G 160.68 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.509;QD=45.9083;RBI=0.052906;REFB=0;REVB=0.0239382;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596434;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:4:7:0:0:4:10:0:0 chr18 56204250 . A C 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6919;QD=55.6314;RBI=0.00884242;REFB=0;REVB=0.00587223;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71488e-05;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr18 56204644 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.246;QD=54.5171;RBI=0.0504075;REFB=0;REVB=0.0363056;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598268;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr18 56204747 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000732237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.596;QD=55.6559;RBI=0.0014852;REFB=0;REVB=0.00129215;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70956e-06;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr18 56279025 . T G 255.73 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.307;QD=51.1456;RBI=0.00612591;REFB=0;REVB=0.00555129;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42489e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr18 56470255 . G C 115.23 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1407;QD=41.9001;RBI=0.14532;REFB=0;REVB=0.145134;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00776444;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr18 56587720 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.077;QD=21.8421;RBI=0.0465994;REFB=0.0696731;REVB=-0.00838729;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0037726;OID=.;OPOS=56587720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:2:0:2:4:2:0 chr18 56587802 . A C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.163;QD=25.467;RBI=0.0687505;REFB=-0.0138608;REVB=0.0468223;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00324907;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr18 56593521 . T G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.509;QD=46.8441;RBI=0.166273;REFB=0;REVB=0.0122714;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245957;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr18 56718843 . C T 496.28 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0254851;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4975;QD=42.2362;RBI=0.0353062;REFB=-0.0472488;REVB=-0.0244343;RO=10;SAF=19;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840763;STB=0.545326;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00994464;OID=.;OPOS=56718843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:47:10:10:37:37:0.787234:18:19:3:7:18:19:3:7 chr18 57570528 . G A 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00735223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.773;QD=33.3758;RBI=0.0106087;REFB=0.00746219;REVB=-0.00764788;RO=6;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165312;STB=0.509081;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00271358;OID=.;OPOS=57570528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:12:7:2:4:12:7:2:4 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 254.17 PASS AF=1,0;AO=16,4;DP=21;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903689,-0.0615972;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=32.6653,22.7733;QD=50.8342;RBI=0.129081,0.0871563;REFB=0,0;REVB=-0.09217,-0.0616605;RO=1;SAF=6,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.043542,0.166656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00499858,0;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,4:21:20,0:20:0:8,0:12,0:0:0:4:1:6,2:10,2:0:1 chr18 59170304 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.935;QD=57.6804;RBI=0.0215889;REFB=0;REVB=-0.00359266;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128923;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr18 59482283 . A G 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0495047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1671;QD=28.1391;RBI=0.131025;REFB=-0.0427121;REVB=0.121313;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164308;STB=0.565137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0178859;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:6:7:16:16:0.695652:8:8:5:1:8:8:5:2 chr18 59483514 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00495602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.533;QD=31.2417;RBI=0.0135035;REFB=-0.0268154;REVB=0.0125611;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100039;STB=0.555477;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00827607;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:1:3:7:7:1:3 chr18 59805532 . T C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0861273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0983;QD=49.5899;RBI=0.150524;REFB=0;REVB=0.123449;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136085;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr18 59810563 . A G 140.08 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0287166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2804;QD=12.7344;RBI=0.0480331;REFB=-0.0112857;REVB=0.0385037;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285067;STB=0.666465;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0122705;OID=.;OPOS=59810563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:18:10:10:6:18:10 chr18 59814268 . G A 551.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.193;QD=59.5719;RBI=0.0446185;REFB=0;REVB=0.0441676;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730889;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:21:16:0:0 chr18 59814324 . G C 470.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219661;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.977;QD=58.8718;RBI=0.0272264;REFB=0;REVB=-0.0160862;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661509;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr18 59821843 . T C 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0375295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.701;QD=8.69414;RBI=0.0445058;REFB=-0.00683564;REVB=0.0239229;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0150227;OID=.;OPOS=59821843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr18 59942691 . T C 267.9 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00752344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.462;QD=35.7196;RBI=0.0600192;REFB=-0.0197587;REVB=0.0595458;RO=6;SAF=14;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427975;STB=0.509083;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0072776;OID=.;OPOS=59942691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:6:7:23:23:0.766667:9:14:3:3:9:14:4:3 chr18 60027241 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00411605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.561;QD=25.3157;RBI=0.0041176;REFB=0.0019361;REVB=0.000112947;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600218;STB=0.533301;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00106948;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:10:3:6:14:10:3 chr18 60036083 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.893;QD=43.4856;RBI=0.0081019;REFB=0;REVB=-0.00205115;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129689;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr18 60237388 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5586;QD=50.4133;RBI=0.03869;REFB=0;REVB=-0.0340891;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310302;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr18 60244856 . A G 995.08 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.894;QD=57.686;RBI=0.0464098;REFB=-0.122325;REVB=0.0405683;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=9.1902e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:1:0:35:33:1:0 chr18 61022791 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0088421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.39;QD=11.9195;RBI=0.0283163;REFB=-0.0012092;REVB=-0.0269003;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572962;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00462279;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:6:7:0.4375:5:1:7:2:5:2:7:2 chr18 61156606 . G C 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0439605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5353;QD=44.6051;RBI=0.062317;REFB=0.0375003;REVB=0.0441688;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767822;STB=0.541627;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00620049;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:2:0:10:11:2:0 chr18 61160287 . T C 205.06 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00841482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4009;QD=23.435;RBI=0.0463402;REFB=0.0138531;REVB=-0.0455698;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237126;STB=0.610516;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0116841;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:2:12:11:9:3:12 chr18 61160385 . T C 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00887952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.495;QD=35.1211;RBI=0.0231586;REFB=-0.0230808;REVB=-0.0213887;RO=7;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166208;STB=0.577711;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0186718;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:7:8:24:24:0.75:8:16:2:5:8:16:3:5 chr18 61170721 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0443335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7506;QD=32.352;RBI=0.099888;REFB=-0.0225802;REVB=0.0895106;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0123212;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:4:7:1:1:4:7:1:1 chr18 61170782 . A G 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.55;QD=36.8926;RBI=0.0390429;REFB=-0.00222845;REVB=0.0340583;RO=2;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08263;STB=0.545392;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000507302;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:4:10:2:0:4:10:2:0 chr18 61170925 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.104;QD=59.8354;RBI=0.0489257;REFB=0;REVB=0.00891435;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200876;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr18 61264298 . G A 587.18 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00376897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.319;QD=34.5402;RBI=0.0199618;REFB=-0.00128254;REVB=0.0196028;RO=18;SAF=26;SAR=24;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175054;STB=0.50943;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000599271;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:50:50:0.735294:24:26:10:8:24:26:10:8 chr18 61264468 . C T 228.33 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00391525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.675;QD=28.5417;RBI=0.0141357;REFB=-0.0316461;REVB=-0.0135826;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139312;STB=0.523787;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0275011;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:32:32:10:11:21:21:0.65625:10:11:5:5:10:11:5:6 chr18 61310374 . C T 89.03 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0241823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.241;QD=6.47478;RBI=0.0278435;REFB=-0.00333388;REVB=-0.0138015;RO=41;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319824;STB=0.529366;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.010341;OID=.;OPOS=61310374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:55:41:42:13:13:0.236364:6:7:21:20:6:7:21:21 chr18 61310778 . T C 492.93 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0243099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2781;QD=31.297;RBI=0.0366694;REFB=-0.00052708;REVB=0.0274532;RO=19;SAF=21;SAR=23;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314217;STB=0.517009;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000718721;OID=.;OPOS=61310778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:23:21:8:11:23:21:8:11 chr18 61323012 . C G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00947525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.57;QD=11.1267;RBI=0.0296811;REFB=-0.00124264;REVB=-0.0281281;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170102;STB=0.600829;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00148066;OID=.;OPOS=61323012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:17:17:11:6:17:17 chr18 61326597 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.335;QD=55.6554;RBI=0.0278952;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=27;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217397;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:0:27:0:0:0:27:0:0 chr18 61326602 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00150168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.362;QD=53.3624;RBI=0.00150168;REFB=0.0504624;REVB=0;RO=1;SAF=29;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30158e-06;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:0:29:1:0:0:29:1:0 chr18 61326609 . T G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.215;QD=59.4344;RBI=0.00689079;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=35;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34366e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:0:35:0:0:0:35:0:0 chr18 61377579 . A C 554.93 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0280287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.378;QD=55.4925;RBI=0.0331848;REFB=-0.0964091;REVB=0.0177657;RO=2;SAF=11;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236747;STB=0.512651;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00257251;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:2:2:38:38:0.95:27:11:1:1:27:11:1:1 chr18 61387312 . G A 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0364641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.992;QD=3.11677;RBI=0.0365373;REFB=-0.00321264;REVB=-0.00231076;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138895;STB=0.599718;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0376558;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:4:3:24:20:4:3:24:20 chr18 61387333 . T A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0190694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.493;QD=3.37597;RBI=0.0195219;REFB=0.000775534;REVB=0.00417877;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128978;STB=0.591456;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00741849;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:22:19:4:3:22:19 chr18 61390316 . C A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.046;QD=50.1349;RBI=0.0221215;REFB=-0.0749938;REVB=-0.00921987;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000468425;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:11:13:0:0:11:13:1:0 chr18 61390332 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.141;QD=56.706;RBI=0.0484459;REFB=0;REVB=0.019964;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13486e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr18 61390361 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.307;QD=58.1421;RBI=0.00585314;REFB=0;REVB=-0.00182036;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76208e-06;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr18 61390570 . T G 208.47 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.76;QD=41.6947;RBI=0.0333536;REFB=-0.0370503;REVB=0.0273242;RO=2;SAF=14;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070175;STB=0.538417;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00110291;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:4:14:1:1:4:14:1:1 chr18 61564394 . A G 528.93 PASS AF=1;AO=20;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.8194;QD=57.1819;RBI=0.29439;REFB=0;REVB=0.293714;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631919;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:20:37:1:10:10:0:1:26:11:0:0 chr18 61569760 . G A 316.56 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0168093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.29;QD=38.3715;RBI=0.0322386;REFB=-0.00982423;REVB=-0.0275095;RO=7;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204682;STB=0.611423;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00424776;OID=.;OPOS=61569760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:9:17:1:6:9:17:1:6 chr18 61570470 . T G 483.47 PASS AF=0.822222;AO=36;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0971942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.449;QD=42.9755;RBI=0.0983015;REFB=-0.0782834;REVB=0.014713;RO=9;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215481;STB=0.505615;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0194219;OID=.;OPOS=61570470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:9:8:36:37:0.822222:22:14:4:5:22:15:3:5 chr18 61570503 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000639543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1749;QD=56.1915;RBI=0.0373599;REFB=0;REVB=-0.0373545;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804214;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr18 61570529 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.446;QD=52.6132;RBI=0.0446684;REFB=0;REVB=0.00313403;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398459;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr18 61575213 . T G 119.72 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00101467;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.753;QD=12.9423;RBI=0.00452275;REFB=-0.0109964;REVB=-0.00440746;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276642;STB=0.664857;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0254611;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:13:10:3:11:13:10 chr18 61575232 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.549;QD=62.0216;RBI=0.0190144;REFB=0;REVB=-0.00419303;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95269e-05;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr18 61582751 . T G 258.75 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0195978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.685;QD=38.3332;RBI=0.0352904;REFB=-0.0476757;REVB=0.0293486;RO=5;SAF=15;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105368;STB=0.557567;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0113297;OID=.;OPOS=61582751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:7:15:2:3:7:15:2:3 chr18 61582867 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.767;QD=55.6549;RBI=0.00736937;REFB=0;REVB=0.00700509;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80508e-05;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr18 61585260 . T C 105.36 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.147409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.512;QD=32.4193;RBI=0.147493;REFB=0.0177256;REVB=0.00498074;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.522347;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00345529;OID=.;OPOS=61585260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:4:6:1:1:4:7:1:1 chr18 61587067 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.195;QD=53.276;RBI=0.0524025;REFB=0;REVB=-0.0521293;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266108;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 61600384 . C T 260.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705341;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.844;QD=52.0383;RBI=0.0302576;REFB=0;REVB=-0.029424;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230731;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr18 61620766 . G A 91.47 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.06984;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.668;QD=26.1354;RBI=0.0698422;REFB=-0.0110495;REVB=-0.000552749;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200612;STB=0.61513;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00583302;OID=.;OPOS=61620766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:2:2:8:2:2:2 chr18 61650865 . G A 294.16 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0245416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.773;QD=34.6064;RBI=0.0248876;REFB=-0.00831132;REVB=-0.0041358;RO=9;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197265;STB=0.607394;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00431645;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:13:12:8:1:13:12:8:1 chr18 61654297 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0213122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.994;QD=6.92863;RBI=0.0379701;REFB=-0.016454;REVB=0.0314248;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0193748;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:7:8:4:2:7:8 chr18 61654329 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0169741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.924;QD=28.1401;RBI=0.0319885;REFB=-0.0229192;REVB=0.0271136;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230206;STB=0.628405;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0123968;OID=.;OPOS=61654329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:2:5:5:11:2:5 chr18 61654463 . A G 295.84 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.255084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3624;QD=51.4499;RBI=0.256364;REFB=0;REVB=0.0255851;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00892577;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr18 62036875 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.876;QD=57.2025;RBI=0.028218;REFB=0;REVB=-0.0155966;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10286e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr18 63489378 . C T 649.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6134;QD=61.86;RBI=0.0331409;REFB=0;REVB=-0.0300257;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107592;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:27:15:0:0 chr18 63511176 . T C 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00369974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.35;QD=40.1062;RBI=0.0248326;REFB=0.00459163;REVB=0.0245555;RO=10;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00510575;STB=0.502761;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00126227;OID=.;OPOS=63511176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:20:14:4:6:20:14:4:6 chr18 63530016 . A G 51.02 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00724605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.321;QD=5.37051;RBI=0.00733849;REFB=-0.00369936;REVB=-0.00116112;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203569;STB=0.631273;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0152254;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:10:20:4:4:10:20 chr18 64176365 . G T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0155277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.248;QD=12.8732;RBI=0.0162974;REFB=-0.00811051;REVB=0.00494936;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514927;STB=0.529883;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0139149;OID=.;OPOS=64176365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:12:20:11:8:12:20 chr18 65182392 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.698;QD=35.5759;RBI=0.0472671;REFB=0;REVB=0.00023533;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515773;OID=.;OPOS=65182392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr18 66358514 . TAA T 183.55 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0104895;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=2;MLLD=50.3604;QD=20.394;RBI=0.0104988;REFB=0.022645;REVB=-0.000441649;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177545;STB=0.59762;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=-0.0141241;OID=.;OPOS=66358515;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:22:37:22:36:14:14:8:12:2:87:14:14:8:12:2 chr18 66504093 . A C 679.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.546;QD=61.7993;RBI=0.0342534;REFB=0;REVB=0.028328;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00929e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:16:26:0:0:17:27:0:0 chr18 66504459 . A T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.963;QD=56.7038;RBI=0.00251819;REFB=0;REVB=-0.00184338;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94896e-06;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr18 66513662 . T C 122.35 PASS AF=0.705882;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0106068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.652;QD=28.7877;RBI=0.0544952;REFB=-0.000639843;REVB=0.053453;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244374;STB=0.599822;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00215885;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:17:17:3:3:10:12:0.705882:8:2:2:1:9:3:2:1 chr18 66542006 . G T 229.33 PASS AF=0.689655;AO=17;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0340045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.739;QD=31.6311;RBI=0.0344887;REFB=-0.0156957;REVB=-0.00575889;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013827;STB=0.507805;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00573432;OID=.;OPOS=66542006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:8:8:17:20:0.689655:11:6:3:5:13:7:3:5 chr18 67345034 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.41;QD=54.5175;RBI=0.0440839;REFB=0;REVB=-0.00235072;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728867;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr18 67365668 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.426;QD=56.1912;RBI=0.019374;REFB=0;REVB=0.0135115;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121594;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr18 67365815 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0416913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.616;QD=16.3859;RBI=0.0436403;REFB=-0.00100536;REVB=0.0128961;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0014522;OID=.;OPOS=67365815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr18 67718688 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.056;QD=60.9783;RBI=0.0198733;REFB=0;REVB=0.0186324;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19803e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr18 67863850 . T TCTC 127.34 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514119;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.487;QD=39.1805;RBI=0.0633728;REFB=-0.00926319;REVB=-0.0370529;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.000769352;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:11:14:12:13:1:8:4:0:1:6:2:7:4:1:1 chr18 67871343 . A C 293.57 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184247;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1147;QD=53.376;RBI=0.0271037;REFB=0;REVB=0.0198782;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138903;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr18 67992079 . G GA 43.29 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0280376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.478;QD=10.8226;RBI=0.0346866;REFB=-0.0528999;REVB=0.0204219;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=0.0793428;OID=.;OPOS=67992080;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:1:6:4:5:43:9:1:6:4:5 chr18 68180082 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.023497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.028;QD=29.0499;RBI=0.0284632;REFB=-0.0203192;REVB=0.0160638;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050881;STB=0.528262;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00718768;OID=.;OPOS=68180082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:10:4:1:4:10:4:1:4 chr18 70209177 . C T 505.68 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0401318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.75;QD=45.9707;RBI=0.0479273;REFB=-0.112452;REVB=0.0262004;RO=6;SAF=14;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332723;STB=0.532116;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0200866;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:6:7:37:37:0.840909:23:14:3:3:23:14:4:3 chr18 70417396 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0979097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.526;QD=54.5177;RBI=0.101888;REFB=0;REVB=-0.0281927;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114484;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr18 70532840 . T G 721.16 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0019139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.928;QD=60.0967;RBI=0.018484;REFB=-0.000305935;REVB=-0.0183847;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000209272;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:26:20:0:0:27:20:0:1 chr18 71412284 . A G 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00759491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.772;QD=10.1679;RBI=0.0137636;REFB=-0.000341598;REVB=-0.0114784;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666586;STB=0.539377;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00060934;OID=.;OPOS=71412284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:13:6:14:24:13:6:14:24 chr18 71959075 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0531064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2843;QD=5.68915;RBI=0.0628471;REFB=0.00290796;REVB=-0.0336075;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216569;STB=0.63957;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00699427;OID=.;OPOS=71959075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:13:6:3:3:13:6 chr18 72021717 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4898;QD=37.4882;RBI=0.0982614;REFB=0;REVB=-0.0977368;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00805181;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr18 72114455 . C T 257.83 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.297;QD=51.5665;RBI=0.174004;REFB=0;REVB=0.166396;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132435;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:14:20:1:4:10:0:0:10:10:0:0 chr18 72223591 . G C,GTGC 254.38 PASS AF=0,0.875;AO=2,21;DP=28;FAO=0,21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00768891,0.0526181;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=121.052,171.169;QD=42.3969;RBI=0.0830337,0.0960278;REFB=-0.0633376,-0.157346;REVB=0.0826769,0.0803285;RO=4;SAF=2,13;SAR=0,8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.122725;STB=0.5,0.551677;STBP=1,0.236;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0175367;OID=.,.;OPOS=72223591,72223592;OREF=G,-;OALT=C,TGC;OMAPALT=C,GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:28:24:4:3:2,21:0,21:0,0.875:0,8:2,13:4:0:0,8:0,13:3:0 chr18 72228124 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.434;QD=59.435;RBI=0.036673;REFB=0;REVB=-0.0312427;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84996e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr18 72343008 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.828;QD=51.9166;RBI=0.0132721;REFB=0;REVB=0.0125613;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153069;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr18 72344223 . T C 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0107112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.17;QD=3.33867;RBI=0.0151507;REFB=-0.00320828;REVB=-0.0107151;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133333;STB=0.596161;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0136619;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:15:19:4:2:15:19 chr18 72347482 . T C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0239016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.528;QD=5.90507;RBI=0.0268309;REFB=-0.00330689;REVB=-0.0121907;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129007;STB=0.583729;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0150493;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:14:13:3:5:14:13 chr18 72775956 . G A 188.63 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0153778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1244;QD=29.0193;RBI=0.0156223;REFB=-0.0632249;REVB=0.00275315;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892901;STB=0.561733;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0519881;OID=.;OPOS=72775956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:7:8:18:18:0.692308:13:5:1:6:13:5:1:7 chr18 72776121 . G A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.891;QD=53.9319;RBI=0.0551864;REFB=-0.0512538;REVB=0.0191658;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0019463;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:19:11:0:0:19:11:0:1 chr18 72914280 . G A 41.16 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000766481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.701;QD=16.4639;RBI=0.0113265;REFB=-0.0548485;REVB=-0.0113006;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.049823;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:3:4:5:6:0.6:2:3:1:2:3:3:1:3 chr18 74090957 . CG C 76.65 PASS AF=0.866667;AO=9;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0862843;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.13807;QD=20.4402;RBI=0.220335;REFB=0.0372568;REVB=0.202738;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562406;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=0.0446639;OID=.;OPOS=74090958;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:9:15:13:15:2:7:6:2:0:7:3:6:3:2:1 chr18 74091718 . G A 145.16 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.00205206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9573;QD=7.16813;RBI=0.0208475;REFB=-0.00653059;REVB=0.0207463;RO=60;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364836;STB=0.716038;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0267802;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:9:12:16:44:9:12:16:44 chr18 74611127 . A G 496.84 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.901;QD=58.4518;RBI=0.0796219;REFB=0;REVB=0.0179484;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653004;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr18 74680259 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.12;QD=49.5992;RBI=0.038646;REFB=0;REVB=-0.0326197;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120128;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr18 74692336 . A G 496.26 PASS AF=0.822222;AO=36;DP=44;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0196614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.875;QD=44.112;RBI=0.0226673;REFB=-0.0180273;REVB=-0.0112798;RO=8;SAF=22;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082094;STB=0.539855;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0109996;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:45:8:8:36:37:0.822222:14:22:3:5:15:22:3:5 chr18 74701984 . G A 82.61 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0247607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=4.65383;RBI=0.0251504;REFB=-0.00117942;REVB=-0.00441028;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342068;STB=0.719688;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00346711;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:57:57:14:14:0.197183:10:4:32:25:10:4:32:25 chr18 74702864 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2215;QD=27.3831;RBI=0.0527908;REFB=-0.00595435;REVB=0.0512654;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00339308;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:2:1:4:6:2:1 chr18 74980809 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1893;QD=35.5756;RBI=0.0891508;REFB=0;REVB=0.0809998;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350565;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr18 76754466 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.767;QD=54.5177;RBI=0.0112445;REFB=0;REVB=0.0110531;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02059e-05;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr18 77211764 . T C 243.28 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728031;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.084;QD=51.2159;RBI=0.0696158;REFB=0;REVB=-0.069234;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000803876;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr18 77439532 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0145581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.737;QD=10.0339;RBI=0.0282804;REFB=-0.0106888;REVB=0.0242455;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0180469;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:2:5:1:4:2:5 chr18 77513721 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.559;QD=56.0122;RBI=0.0276443;REFB=-0.128301;REVB=0.0226592;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00104194;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:11:23:0:0:11:23:1:0 chr18 77728135 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.649;QD=55.0986;RBI=0.027837;REFB=0;REVB=-0.0260872;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240901;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr18 77736735 . T C 150.45 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8883;QD=40.1206;RBI=0.0279835;REFB=-0.108581;REVB=0.0248939;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0130885;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:4:9:0:1:5:9:0:1 chr18 77772861 . G T 82.17 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0238273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.341;QD=19.3349;RBI=0.0242764;REFB=0.0249069;REVB=-0.00464791;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317856;STB=0.685302;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.010267;OID=.;OPOS=77772861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:4:3:8:2:4:3 chr18 77772974 . C A 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0279089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1091;QD=15.6247;RBI=0.0421132;REFB=-0.00367849;REVB=0.0315375;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497503;STB=0.782314;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00874064;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:4:19:5:12:4:19 chr18 77773006 . A G 321.69 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0159934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.429;QD=23.8289;RBI=0.0355658;REFB=-0.0118691;REVB=-0.031767;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234591;STB=0.628916;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0101668;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:6:16:13:19:6:16 chr18 77773035 . G A 358.51 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0034504;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.757;QD=30.5117;RBI=0.00568058;REFB=-0.00652562;REVB=0.00451262;RO=16;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2204;STB=0.610096;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00256362;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:16:17:30:30:0.638298:12:18:4:12:12:18:5:12 chr18 77805856 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6908;QD=42.1797;RBI=0.0816409;REFB=0;REVB=0.0800391;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369421;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr18 77896242 . C T 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5883;QD=53.8805;RBI=0.0684268;REFB=0;REVB=0.036968;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113281;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr18 77918221 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00067644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.049;QD=42.1826;RBI=0.0262298;REFB=0;REVB=0.0262211;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128432;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 372661 . C A 331.33 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7066;QD=53.0123;RBI=0.0195735;REFB=0;REVB=0.0189277;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862155;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 407900 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.066;QD=59.0166;RBI=0.0201816;REFB=0;REVB=0.0075373;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63657e-05;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr19 417067 . G A 102.65 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0210383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.197;QD=19.5518;RBI=0.0215516;REFB=-0.0255468;REVB=0.00467579;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320985;STB=0.644916;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0305688;OID=.;OPOS=417067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:8:3:6:3:8:4:6:3 chr19 422238 . G T 694.88 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0344873;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.797;QD=24.5973;RBI=0.0354822;REFB=-0.0398284;REVB=0.00834353;RO=46;SAF=29;SAR=37;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143486;STB=0.582264;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0228878;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:46:47:66:66:0.584071:37:29:29:17:37:29:30:17 chr19 453160 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.327;QD=59.6788;RBI=0.00653992;REFB=0;REVB=-0.00608358;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56901e-06;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr19 463528 . G A 421.82 PASS AF=0.331288;AO=54;DP=162;FAO=54;FDP=163;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0514038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5452;QD=10.3515;RBI=0.0680971;REFB=0.00385181;REVB=0.044664;RO=108;SAF=29;SAR=25;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962806;STB=0.558302;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00648824;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:108:109:54:54:0.331288:25:29:49:59:25:29:49:60 chr19 498524 . A G 486.89 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146192;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.591;QD=59.0167;RBI=0.0236114;REFB=0;REVB=-0.0185412;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24269e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 532066 . C T 169.3 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0024589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.875;QD=12.0927;RBI=0.00247805;REFB=-0.00284217;REVB=-0.000307477;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200159;STB=0.506323;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00487266;OID=.;OPOS=532066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:20:21:0.375:12:8:13:21:13:8:13:22 chr19 542009 . A T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0183572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.701;QD=8.12766;RBI=0.0322582;REFB=-0.00894842;REVB=-0.0265255;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901958;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0238865;OID=.;OPOS=542009;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:11:18:6:5:11:18 chr19 549678 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.906;QD=60.2308;RBI=0.0879581;REFB=0;REVB=-0.00894935;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167567;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr19 579010 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.41;QD=49.5979;RBI=0.00421489;REFB=0;REVB=-6.9609e-05;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71765e-05;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 579035 . C T 334.48 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0178627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.777;QD=46.1347;RBI=0.0709447;REFB=-0.0225056;REVB=0.0686591;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.530363;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00327388;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:29:1:3:26:26:0.896552:10:16:1:0:10:16:1:2 chr19 580665 . T C 1356.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.065;QD=62.3665;RBI=0.0412505;REFB=0;REVB=0.00541478;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51818e-05;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:30:57:0:0:30:57:0:0 chr19 582504 . C CA 236.99 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170013;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=11.1209;QD=31.5983;RBI=0.170248;REFB=0;REVB=0.00894624;RO=27;SAF=3;SAR=0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0103723;OID=.;OPOS=582505;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:17:13:0:0:3:27:3:0:14:13 chr19 582505 . G A,C 384.7 PASS AF=0.9,0.0666667;AO=27,2;DP=30;FAO=27,2;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14,2;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222113,-0.0134199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.5863,139.9;QD=51.2935;RBI=0.0303043,0.0156305;REFB=0.0377996,-0.185992;REVB=0.0206157,-0.00801367;RO=1;SAF=14,2;SAR=13,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0320562,0;STB=0.517229,0.5;STBP=0.532,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00302571,0.19427;OID=.,.;OPOS=582505,582505;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:1:1:27,2:27,2:0.9,0.0666667:13,0:14,2:1:0:13,0:14,2:1:0 chr19 582775 . A G 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.389;QD=59.0041;RBI=0.0454679;REFB=0;REVB=-0.0316542;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94345e-06;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr19 582927 . T A 555.41 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00566509;FXX=0.0377287;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.136;QD=43.5613;RBI=0.0177934;REFB=-0.0896593;REVB=-0.0168675;RO=6;SAF=25;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100323;STB=0.540845;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000766812;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:50:51:6:7:44:44:0.862745:19:25:6:0:19:25:6:1 chr19 603625 . T C 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0342193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.545;QD=2.21996;RBI=0.0342503;REFB=-0.00256669;REVB=-0.00145793;RO=55;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526792;STB=0.885084;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0166008;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:6:1:34:21:6:1:34:21 chr19 603634 . T C 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00939404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.541;QD=2.09328;RBI=0.00941153;REFB=0.00084869;REVB=-0.000573426;RO=56;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516925;STB=0.884253;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0112311;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:7:7:0.109375:6:1:34:22:6:1:35:22 chr19 603769 . T C 341.64 PASS AF=0.388889;AO=40;DP=106;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0368115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.406;QD=12.6535;RBI=0.0368151;REFB=-0.0172256;REVB=-0.000517678;RO=66;SAF=28;SAR=12;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149603;STB=0.559971;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0272567;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:66:66:40:42:0.388889:12:28:38:28:14:28:38:28 chr19 603826 . C T 378.71 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0391779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1496;QD=17.0207;RBI=0.0407717;REFB=0.0192278;REVB=0.0112885;RO=48;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140125;STB=0.578906;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0232935;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:48:49:39:40:0.449438:12:27:27:21:12:28:28:21 chr19 603874 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0518881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.516;QD=18.8286;RBI=0.0536587;REFB=-0.0143269;REVB=-0.0136704;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336648;STB=0.692105;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0275047;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:9:13:5:15:9:13 chr19 605171 . T C 659.02 PASS AF=0.59596;AO=57;DP=96;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.086066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8648;QD=26.627;RBI=0.086067;REFB=-0.0203785;REVB=0.000412185;RO=39;SAF=18;SAR=39;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.558965;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0108714;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:39:40:57:59:0.59596:39:18:19:20:39:20:19:21 chr19 613307 . C T 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0534235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.697;QD=21.8913;RBI=0.0582374;REFB=-0.0186497;REVB=0.0231846;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199222;STB=0.609804;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0130927;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:9:19:15:20:9:19 chr19 613898 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.339;QD=60.7147;RBI=0.0677525;REFB=0;REVB=0.0553491;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292607;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr19 619021 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.185;QD=54.5176;RBI=0.0593409;REFB=0;REVB=0.0567167;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261947;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 621063 . A G 95.02 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0281167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.911;QD=7.3092;RBI=0.0376444;REFB=-0.00871431;REVB=-0.0250309;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962662;STB=0.595165;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0185661;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:35:39:13:13:0.25:6:7:16:19:6:7:16:23 chr19 621070 . G A 98.26 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0019254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.075;QD=6.3392;RBI=0.0444494;REFB=-0.00855028;REVB=-0.0444077;RO=44;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344247;STB=0.733022;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0237107;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:44:47:15:15:0.241935:4:11:20:24:4:11:20:27 chr19 621712 . A G 206.29 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2473;QD=48.5396;RBI=0.0863659;REFB=0;REVB=-0.0858978;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030114;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 625198 . A G 557.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.725;QD=60.246;RBI=0.0252009;REFB=0;REVB=0.00802612;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13518e-05;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr19 632915 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00513763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.831;QD=15.3789;RBI=0.00587714;REFB=-0.0193017;REVB=-0.00285403;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128654;STB=0.574206;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0269223;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:4:10:7:5:4:10 chr19 641215 . T C,G 581.96 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=36,2;DP=38;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000670177,-0.00183182;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.281,159.413;QD=59.688;RBI=0.0157013,0.0299805;REFB=0,0;REVB=-0.015687,-0.0299245;RO=0;SAF=21,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000601788,0.0999571;OID=.,.;OPOS=641215,641215;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:38:39:0:0:36,2:37,2:0.948718,0.0512821:15,2:21,0:0:0:15,2:22,0:0:0 chr19 687142 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6926;QD=33.4282;RBI=0.0447529;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00436065;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 691909 . T C 149.15 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0508082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.873;QD=9.6225;RBI=0.050909;REFB=-0.0255127;REVB=0.00320132;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528266;STB=0.531117;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0487807;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:11:9:17:25:11:9:17:25 chr19 731144 . A G 1233.27 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6435;QD=60.1597;RBI=0.0230969;REFB=-0.155234;REVB=0.0220339;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00242571;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:39:42:0:0:39:42:1:0 chr19 746409 . G A 146.51 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0213231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.406;QD=16.7439;RBI=0.0213426;REFB=-0.00769524;REVB=0.000912254;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240418;STB=0.639157;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0041018;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:9:10:12:4:9:10 chr19 746498 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0122228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.957;QD=17.6438;RBI=0.0127742;REFB=-0.017684;REVB=0.00371264;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0178842;OID=.;OPOS=746498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:3:4:3:6:3:4 chr19 746712 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0129217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.928;QD=8.08967;RBI=0.054397;REFB=-0.0107663;REVB=-0.05284;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381968;STB=0.523756;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0224196;OID=.;OPOS=746712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:14:8:3:6:14:8 chr19 756985 . T G 315.72 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0193494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1969;QD=26.31;RBI=0.0364539;REFB=-0.0368961;REVB=-0.0308948;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034139;STB=0.518855;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0235114;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:7:13:17:11:7:13 chr19 757399 . A C 450.7 PASS AF=0.727273;AO=39;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00156188;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.076;QD=32.778;RBI=0.0157758;REFB=-0.0246524;REVB=0.0156983;RO=15;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160032;STB=0.504585;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00753998;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:39:40:0.727273:17:22:8:7:18:22:8:7 chr19 757412 . A G 541.63 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.015777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.246;QD=30.5142;RBI=0.0324193;REFB=-0.036899;REVB=0.0283213;RO=23;SAF=30;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376974;STB=0.520437;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0145732;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:23:48:48:0.676056:18:30:13:10:18:30:13:10 chr19 757606 . T C 188.68 PASS AF=0.692308;AO=16;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00513812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.69;QD=29.027;RBI=0.00811359;REFB=-0.00874843;REVB=0.00627934;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254081;STB=0.618908;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00407518;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:8:8:16:18:0.692308:4:12:3:5:5:13:3:5 chr19 829568 . C T 320.2 PASS AF=0.8125;AO=21;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00753917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.962;QD=40.0244;RBI=0.00767581;REFB=-0.0433908;REVB=0.00144182;RO=5;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083318;STB=0.538432;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00715797;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:5:6:21:26:0.8125:12:9:1:4:12:14:2:4 chr19 830854 . T C 541.19 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0404349;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.725;QD=19.3281;RBI=0.0413551;REFB=-0.022701;REVB=-0.00867532;RO=52;SAF=24;SAR=32;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14607;STB=0.588801;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0185746;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:52:56:56:56:0.5:32:24:31:21:32:24:34:22 chr19 880066 . G A 781.42 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00946991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.578;QD=51.2407;RBI=0.0320399;REFB=-0.126457;REVB=0.0306084;RO=3;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656225;STB=0.531904;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000798138;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:61:3:3:56:58:0.95082:20:36:0:3:22:36:0:3 chr19 885818 . A G 516.78 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7217;QD=59.0608;RBI=0.1266;REFB=0;REVB=-0.0585117;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00299777;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr19 900951 . A G 392.51 PASS AF=0.5;AO=37;DP=77;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0772165;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.621;QD=19.6254;RBI=0.0788605;REFB=-0.0276824;REVB=0.0160184;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865673;STB=0.56342;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.028492;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:40:40:37:40:0.5:16:21:19:21:16:24:19:21 chr19 901507 . A G 195.59 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0149202;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.752;QD=15.0455;RBI=0.0250572;REFB=-0.0172548;REVB=0.0201308;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672479;STB=0.501318;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289765;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:29:16:17:0.326923:6:10:17:13:7:10:17:12 chr19 901510 . C G 33.52 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0302567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.819;QD=2.35236;RBI=0.05485;REFB=-0.0539075;REVB=-0.0457499;RO=44;SAF=6;SAR=0;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589652;STB=0.77687;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.232846;OID=.;OPOS=901510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:57:44:50:6:7:0.122807:0:6:28:16:1:6:30:20 chr19 965043 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.792;QD=47.8222;RBI=0.0176428;REFB=0;REVB=0.00016936;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142228;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 972279 . CAG C 87.93 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0209737;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.398;QD=13.5277;RBI=0.0221658;REFB=-0.0201585;REVB=-0.00717121;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=del;VARB=0.0210434;OID=.;OPOS=972280;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:11:26:11:26:15:6:5:6:9:87:15:6:5:6:9 chr19 1003172 . C T 1353.17 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101276;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.25;QD=60.1407;RBI=0.0148157;REFB=-0.0886274;REVB=0.0108136;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510414;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000693222;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:0:2:88:88:0.977778:41:47:0:0:41:47:2:0 chr19 1005025 . C T 678.96 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0663307;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5341;QD=30.5151;RBI=0.0666316;REFB=-0.0216964;REVB=-0.00632541;RO=31;SAF=25;SAR=33;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766295;STB=0.50415;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0147125;OID=.;OPOS=1005025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:33:25:13:18:33:25:13:18 chr19 1036552 . T C 1397.72 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238391;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7439;QD=62.8191;RBI=0.0425201;REFB=0;REVB=-0.0352087;RO=0;SAF=71;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001024;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:18:71:0:0:18:71:0:0 chr19 1036579 . GCCCCCG CGCCCCG,GCCCCG,GCCCCGC 122.54 PASS AF=0.18,0.32,0.02;AO=10,10,5;DP=54;FAO=9,16,1;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9,14,1;FSAR=0,2,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0928879,-0.114121,-0.152923;FXX=0.0384541;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=81.9985,9.14894,64.7922;QD=9.80291;RBI=0.0987197,0.203624,0.153181;REFB=-0.010174,-0.113799,-0.0107157;REVB=-0.0334278,0.168639,0.00888753;RO=21;SAF=10,9,5;SAR=0,1,0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.762885,0.490515,0.661756;STB=0.998385,0.726074,0.987486;STBP=0.011,0.056,0.473;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.139666,0.0514196,0.189909;OID=.,.,.;OPOS=1036579,1036580,1036584;OREF=GC,C,CG;OALT=CG,-,GC;OMAPALT=CGCCCCG,GCCCCG,GCCCCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:54:50:21:24:10,10,5:9,16,1:0.18,0.32,0.02:0,1,0:10,9,5:12:9:0,2,0:9,14,1:15:9 chr19 1038995 . A C 2308.25 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.193;QD=63.676;RBI=0.0157116;REFB=0;REVB=-0.00505553;RO=0;SAF=40;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37832e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:104:40:0:0:104:41:0:0 chr19 1042809 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.168;QD=61.684;RBI=0.0306939;REFB=0;REVB=-0.0199004;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85482e-05;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 1047002 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7555;QD=60.228;RBI=0.0644121;REFB=0;REVB=-0.0593813;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391816;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 1047161 . A G 1345.91 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.058;QD=61.8809;RBI=0.028241;REFB=0;REVB=-0.0223896;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64265e-06;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:51:31:0:0:53:34:0:0 chr19 1049305 . C A 3134.34 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407223;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7139;QD=61.7604;RBI=0.104981;REFB=0;REVB=0.096761;RO=0;SAF=100;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404664;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:203:0:0:203:203:1:103:100:0:0:103:100:0:0 chr19 1052005 . C T 808.68 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.891;QD=53.912;RBI=0.0314548;REFB=-0.171308;REVB=0.0288991;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.504262;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00143548;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:22:36:1:0:22:36:1:1 chr19 1054060 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.41;QD=57.1738;RBI=0.0461471;REFB=0;REVB=0.0101098;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014015;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr19 1055191 . G A 246.71 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.093254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.29;QD=46.9916;RBI=0.0954847;REFB=-0.0977157;REVB=0.0205191;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00245737;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr19 1056065 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.913;QD=45.8068;RBI=0.0490281;REFB=0;REVB=0.0181101;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624874;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 1056492 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.845;QD=33.4276;RBI=0.0597044;REFB=0;REVB=-0.058754;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191572;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:1:5:0:0 chr19 1059004 . A G 463.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9517;QD=57.9833;RBI=0.0800602;REFB=0;REVB=-0.0287338;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200808;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 1064193 . G A 1532.55 PASS AF=0.972222;AO=100;DP=103;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00933699;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.435;QD=56.7611;RBI=0.0404608;REFB=-0.018224;REVB=0.0393688;RO=3;SAF=48;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811468;STB=0.503466;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00119696;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:108:3:3:100:105:0.972222:52:48:1:2:57:48:1:2 chr19 1068734 . T C 1425.4 PASS AF=0.978723;AO=89;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.068;QD=60.6554;RBI=0.0184734;REFB=-0.0810309;REVB=-0.0102092;RO=2;SAF=38;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024287;STB=0.511902;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00313936;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:89:92:0.978723:51:38:2:0:51:41:2:0 chr19 1068738 . G A 1388.25 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0586731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.166;QD=59.7098;RBI=0.0868481;REFB=-0.177094;REVB=0.0640318;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00180981;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:90:91:0.978495:49:41:0:1:50:41:2:0 chr19 1074000 . A T 1495.64 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.503;QD=62.3183;RBI=0.0216691;REFB=-0.0559882;REVB=0.0124692;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000713726;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:0:1:53:42:0:1 chr19 1077985 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.276;QD=45.8065;RBI=0.0861495;REFB=0;REVB=0.051362;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239474;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 1080311 . G C 206.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9908;QD=48.5582;RBI=0.107285;REFB=0;REVB=0.030438;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00478051;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr19 1094004 . G A 1164.1 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.784;QD=60.4728;RBI=0.0313847;REFB=0;REVB=0.00172527;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82002e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:33:41:0:0:34:43:0:0 chr19 1109213 . A G 148.03 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000129736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=20.4173;RBI=0.00438178;REFB=-0.0122599;REVB=0.00437986;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00707948;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:8:7:7:6:9:7:7:6 chr19 1110829 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00617875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.532;QD=11.0197;RBI=0.0183112;REFB=0.008622;REVB=0.0172372;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0168154;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr19 1112943 . G C 159.79 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.043433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6557;QD=26.6322;RBI=0.0449224;REFB=-0.0438022;REVB=-0.0114713;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3259;STB=0.683952;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0282617;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:5:3:13:3:5:3 chr19 1127615 . G C 424.43 PASS AF=0.767442;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00110414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.59;QD=39.4815;RBI=0.0734942;REFB=-0.00220506;REVB=0.0734859;RO=10;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131946;STB=0.57299;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000705082;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:10:10:32:33:0.767442:16:16:8:2:17:16:8:2 chr19 1127720 . G A 542.24 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00249174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1334;QD=27.8071;RBI=0.126025;REFB=-0.00862535;REVB=0.126;RO=29;SAF=16;SAR=33;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910713;STB=0.549663;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00732428;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:33:16:13:16:33:16:13:16 chr19 1207048 . A C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0218116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.111;QD=12.3389;RBI=0.0278125;REFB=-0.00858818;REVB=-0.0172566;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25561;STB=0.646938;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0144641;OID=.;OPOS=1207048;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:15:24:9:15:15:24 chr19 1231142 . T C 335.39 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040027;FXX=0.172354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.4;QD=55.8988;RBI=0.0528349;REFB=0;REVB=0.0344873;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794888;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:24:0:0:19:24:1:4:15:0:0:6:18:0:0 chr19 1254974 . G GC 49.88 PASS AF=0.241758;AO=21;DP=94;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0469222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.549;QD=2.1925;RBI=0.123335;REFB=-0.040198;REVB=-0.11406;RO=71;SAF=5;SAR=16;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395496;STB=0.793838;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0286313;OID=.;OPOS=1254975;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241758:21:94:22:91:69:4:18:38:31:49:71:5:16:39:32 chr19 1256998 . C T 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.185;QD=64.4115;RBI=0.0264117;REFB=0;REVB=0.014289;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48581e-05;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 1272040 . T C 2277.79 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540082;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.365;QD=61.1488;RBI=0.0134628;REFB=0;REVB=0.012332;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79826e-06;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:85:64:0:0:85:64:0:0 chr19 1275737 . G C 36.53 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0806493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.5772;QD=4.56604;RBI=0.101711;REFB=-0.0602426;REVB=0.061974;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388794;STB=0.744357;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.16688;OID=.;OPOS=1275737;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:32:32:19:26:6:6:0.1875:4:2:13:6:4:2:17:9 chr19 1277275 . G C 727.65 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1588;QD=61.9274;RBI=0.0198568;REFB=0;REVB=0.0150256;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298068;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:20:27:0:0 chr19 1357082 . T C 813.54 PASS AF=0.590551;AO=75;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00142537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.412;QD=25.6234;RBI=0.00182545;REFB=-0.0181177;REVB=-0.00114044;RO=52;SAF=35;SAR=40;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038788;STB=0.502109;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0130285;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:52:52:75:75:0.590551:40:35:24:28:40:35:24:28 chr19 1358726 . C T 466.47 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.019309;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.712;QD=35.8824;RBI=0.0212539;REFB=-0.00184711;REVB=0.00888209;RO=12;SAF=15;SAR=25;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191157;STB=0.510304;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000600073;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:25:15:4:8:25:15:4:8 chr19 1360575 . G A 752.07 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00999681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5227;QD=31.3361;RBI=0.0348764;REFB=-0.00943377;REVB=0.033413;RO=33;SAF=28;SAR=35;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045225;STB=0.524468;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0138135;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:33:63:63:0.65625:35:28:17:16:35:28:17:16 chr19 1370675 . C G 338.12 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00389982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.561;QD=22.9233;RBI=0.017169;REFB=-0.0223507;REVB=-0.0167202;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0206026;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:11:14:16:18:11:14 chr19 1389043 . CAT C 58.53 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00793278;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.737;QD=14.6313;RBI=0.013122;REFB=-0.027024;REVB=0.0104526;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=del;VARB=0.0279307;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:16:8:16:8:3:5:5:3:55:8:2:5:5:3 chr19 1394466 . G GTGC 66.39 PASS AF=0.45;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0406388;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.667;QD=13.277;RBI=0.0418965;REFB=-0.0110411;REVB=-0.0101884;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0131946;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:21:9:20:11:3:6:7:4:66:12:2:6:7:5 chr19 1399566 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0100636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.284;QD=7.04792;RBI=0.0118919;REFB=-0.00375449;REVB=0.00633562;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394364;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0200112;OID=.;OPOS=1399566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:13:9:6:2:13:9 chr19 1495634 . G A 403.32 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0466174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.564;QD=37.518;RBI=0.05582;REFB=-0.0355356;REVB=0.0307032;RO=11;SAF=16;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642756;STB=0.534862;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0152791;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:16:16:4:7:16:16:4:7 chr19 1497543 . A G 92.77 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00408999;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.319;QD=16.8664;RBI=0.02464;REFB=-0.0388092;REVB=-0.0242982;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0635611;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:5:6:3:8:5:6:3:8 chr19 1506043 . G A 231.43 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0619745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3002;QD=30.8579;RBI=0.105844;REFB=0.00735676;REVB=0.0858027;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880871;STB=0.50485;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00068051;OID=.;OPOS=1506043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:5:4:9:12:5:4 chr19 1510661 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.77;QD=37.4884;RBI=0.0996983;REFB=0;REVB=0.0241181;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278802;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 1533972 . C G 1000.14 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.971;QD=56.3457;RBI=0.0455436;REFB=-0.0622793;REVB=0.04294;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010624;STB=0.504186;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00304182;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:69:69:0.971831:25:44:1:0:25:44:1:1 chr19 1534042 . T C,G 651.15 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=38,5;DP=43;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01459,-0.00821215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.0052,165.646;QD=60.5718;RBI=0.0573073,0.0149223;REFB=0,0;REVB=-0.0554189,-0.0124594;RO=0;SAF=23,3;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000880141,0.0870773;OID=.,.;OPOS=1534042,1534042;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:43:43:0:0:38,5:39,4:0.906977,0.0930233:15,2:23,3:0:0:15,2:24,2:0:0 chr19 1535084 . G A 1611.76 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.726;QD=58.0814;RBI=0.0216444;REFB=-0.0583432;REVB=0.0118985;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088725;STB=0.500248;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00050405;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:53:56:0:1:53:56:1:1 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 912.39 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=54,9;DP=64;FAO=58,6;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31,4;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317889,-0.0266151;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=44.6164,217.438;QD=57.0243;RBI=0.014692,0.0266628;REFB=0,0;REVB=0.0143439,0.0015935;RO=0;SAF=28,7;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.52846e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00393143,0.0191252;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90625,0.09375:54,9:64:58,6:64:0:31,4:27,2:0:0:28:0:28,7:26,2:0:0 chr19 1535205 . G C 828.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8299;QD=57.1269;RBI=0.0549187;REFB=0;REVB=-0.0542329;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000655907;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr19 1609267 . A G 439.04 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00985928;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.715;QD=53.2167;RBI=0.0101278;REFB=0.00202848;REVB=-0.00231685;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=3.01176e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:31:32:0.969697:21:10:0:0:22:10:0:1 chr19 1624007 . A G 3823.69 PASS AF=0.988142;AO=248;DP=252;FAO=250;FDP=253;FR=.;FRO=3;FSAF=142;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.03492;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5134;QD=60.4536;RBI=0.0464901;REFB=0.00608818;REVB=-0.0306907;RO=3;SAF=141;SAR=107;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100324;STB=0.505226;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000707528;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:252:253:3:3:248:250:0.988142:107:141:3:0:108:142:3:0 chr19 1782798 . A G 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0154942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.479;QD=46.8182;RBI=0.0341577;REFB=-0.0135605;REVB=0.0304414;RO=3;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000971228;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:21:6:0:3:21:6:0:3 chr19 1783103 . A G 274.01 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0303355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.538;QD=15.2227;RBI=0.030851;REFB=-0.0199624;REVB=-0.00561639;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189207;STB=0.580937;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.028832;OID=.;OPOS=1783103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:40:30:32:0.444444:15:15:11:25:17:15:13:27 chr19 1783261 . C T 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.116225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3296;QD=10.4714;RBI=0.117035;REFB=0.0570856;REVB=0.0137488;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139316;STB=0.583198;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0404158;OID=.;OPOS=1783261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:9:15:6:6:9:15 chr19 1784890 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0141994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.055;QD=18.0872;RBI=0.0156005;REFB=-0.0135277;REVB=-0.00646161;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120726;STB=0.567477;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0137521;OID=.;OPOS=1784890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:8:19:15:11:8:19 chr19 1784944 . A G 122.77 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0370848;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.777;QD=14.4432;RBI=0.0394019;REFB=-0.0276571;REVB=-0.0133125;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402508;STB=0.57884;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0355728;OID=.;OPOS=1784944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:12:14:0.411765:8:4:6:14:8:6:6:14 chr19 1789556 . C T 348.51 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0344983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9144;QD=33.1911;RBI=0.0345023;REFB=-0.0314299;REVB=0.000527531;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126639;STB=0.568977;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.03485;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:13:16:10:3:13:16:10:3 chr19 1796166 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00714116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.302;QD=21.0154;RBI=0.0369976;REFB=-0.00745375;REVB=-0.0363019;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27582;STB=0.672271;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.002789;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:5:11:4:8:5:11:4:9 chr19 1810605 . T C 199.22 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00571207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.2;QD=27.478;RBI=0.0156026;REFB=-0.0258066;REVB=-0.0145194;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172976;STB=0.595492;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0133094;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:8:2:9:10:8:2 chr19 1925970 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.562;QD=52.6132;RBI=0.0211725;REFB=0;REVB=0.00018203;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04849e-05;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 1979386 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0104247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.146;QD=15.7844;RBI=0.0109744;REFB=-0.00756488;REVB=0.00342983;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00872919;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr19 1990762 . GT G 36.3 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0477455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.3917;QD=4.39996;RBI=0.0526052;REFB=-0.0186822;REVB=-0.0220834;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554197;STB=0.854089;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0425099;OID=.;OPOS=1990763;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:33:9:33:24:8:1:11:13:36:24:8:1:11:13 chr19 1997363 . A G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00375795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6944;QD=11.9921;RBI=0.021837;REFB=-0.0113664;REVB=0.0215112;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173367;STB=0.601637;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0301003;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:18:15:11:7:18:15 chr19 2039711 . G A 588.11 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0405445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.397;QD=29.0427;RBI=0.0605763;REFB=-0.0258372;REVB=0.0450071;RO=29;SAF=26;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113645;STB=0.506171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0138279;OID=.;OPOS=2039711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:52:52:0.641975:26:26:15:14:26:26:15:14 chr19 2226676 . G A 30.19 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0823114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3146;QD=10.9767;RBI=0.0871133;REFB=-0.0502486;REVB=0.0285231;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156622;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0611967;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:6:6:4:5:0.454545:2:2:4:2:2:3:4:2 chr19 2234229 . C G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0215775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.284;QD=17.2297;RBI=0.0221971;REFB=-0.00597769;REVB=-0.00520793;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0103189;OID=.;OPOS=2234229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:0:6:6:2:0:6 chr19 2249477 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=57.1771;RBI=0.0708692;REFB=0;REVB=0.0660635;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268195;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 2251817 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=57.68;RBI=0.0223845;REFB=0;REVB=-0.0198781;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015567;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr19 2271386 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0805716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9234;QD=14.7981;RBI=0.101845;REFB=0.0106755;REVB=0.0622951;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140286;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00514728;OID=.;OPOS=2271386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:3:10:7:4:3:10 chr19 2278755 . C T 357.56 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.898;QD=49.3183;RBI=0.0316097;REFB=-0.0589908;REVB=0.0103463;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.501278;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00191618;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:27:27:0.931034:14:13:0:0:14:13:1:1 chr19 2280885 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0133181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.482;QD=21.1692;RBI=0.0202175;REFB=-0.0131728;REVB=0.0152111;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00571742;OID=.;OPOS=2280885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr19 2334642 . CGGGGGC CGGGC,CGGGG 110.91 PASS AF=0,0.52381;AO=9,5;DP=40;FAO=0,22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0692702,0.0284368;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,2;MLLD=15.974,17.4636;QD=10.5624;RBI=0.435578,0.0396311;REFB=-0.020616,-0.0738323;REVB=-0.430034,-0.0276038;RO=16;SAF=0,4;SAR=9,1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=-0.855068,-0.331245;STB=0.5,0.719981;STBP=1,0.005;TYPE=del,del;VARB=0,0.0836116;OID=.,.;OPOS=2334643,2334647;OREF=GG,GC;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGC,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.52381:9,5:40:0,22:42:20:0,8:0,14:17:3:99:16:0,4:9,1:15:1 chr19 2337468 . G A 792.32 PASS AF=0.684211;AO=64;DP=95;FAO=65;FDP=95;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0293593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.253;QD=33.361;RBI=0.0323358;REFB=-0.037003;REVB=0.0135513;RO=30;SAF=37;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864441;STB=0.543217;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0167018;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:30:30:64:65:0.684211:27:37:13:17:28:37:13:17 chr19 2339958 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00673168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.095;QD=56.0119;RBI=0.0232675;REFB=0.0103514;REVB=0.0222724;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000421607;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:35:34:0.971429:14:21:0:0:14:20:1:0 chr19 2340154 . G GC 1049.43 PASS AF=1;AO=84;DP=116;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137927;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5498;QD=37.8175;RBI=0.299601;REFB=0;REVB=0.265964;RO=32;SAF=35;SAR=49;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00613146;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:116:111:111:0:41:70:0:0:19:32:35:49:12:20 chr19 2341059 . GT AC,GC 465.25 PASS AF=0.606061,0.393939;AO=20,13;DP=33;FAO=20,13;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=13,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987261,0.013528;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=118.897,65.6454;QD=56.394;RBI=0.0111689,0.0558075;REFB=0,0;REVB=0.00522262,-0.054143;RO=0;SAF=7,6;SAR=13,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00741462,0.00624967;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:33:33:0:0:20,13:20,13:0.606061,0.393939:13,7:7,6:0:0:13,7:7,6:0:0 chr19 2341254 . T C 780.7 PASS AF=0.513514;AO=74;DP=145;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00183443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.66;QD=21.1001;RBI=0.0339978;REFB=-0.0140637;REVB=-0.0339483;RO=71;SAF=35;SAR=39;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451735;STB=0.534216;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00920432;OID=.;OPOS=2341254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:71:72:74:76:0.513514:39:35:30:41:39:37:30:42 chr19 2341577 . G A 301.61 PASS AF=0.6;AO=21;DP=52;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0187613;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.137;QD=24.1288;RBI=0.0222658;REFB=-0.0191249;REVB=0.0119907;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146837;STB=0.612065;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0132214;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:20:21:30:0.6:12:9:5:14:14:16:5:15 chr19 2344022 . G A 46.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0369361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7507;QD=10.3859;RBI=0.0369365;REFB=-0.0484317;REVB=-0.00016972;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0735167;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:2:5:5:5:2:5:6:5 chr19 2353150 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.41;QD=46.848;RBI=0.0413604;REFB=0;REVB=0.0273575;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284786;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 2389872 . G C 338.77 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0293597;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.219;QD=28.231;RBI=0.0297219;REFB=-0.0071785;REVB=0.00462601;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159342;STB=0.587496;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00422715;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:5:14:15:14:5:14 chr19 2398849 . A G 97.06 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00578435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.506;QD=5.04201;RBI=0.0147117;REFB=0.00102178;REVB=-0.0135269;RO=60;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241506;STB=0.655918;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00443705;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:60:61:16:16:0.207792:7:9:22:38:7:9:22:39 chr19 2714720 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.385;QD=53.2714;RBI=0.0292732;REFB=0;REVB=0.0290116;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11222e-05;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 2714770 . GT G,GC 506.99 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=4,28;DP=36;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387198,-0.143389;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.0821,52.4461;QD=57.9414;RBI=0.0530482,0.143395;REFB=0,0;REVB=-0.0362615,-0.00137811;RO=0;SAF=1,10;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0947176,0.00400785;OID=.,.;OPOS=2714771,2714771;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0571429,0.942857:4,28:36:2,33:35:0:1,13:1,20:0:0:7:0:1,10:3,18:0:0 chr19 2717256 . C G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000178687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.068;QD=22.5343;RBI=0.0620603;REFB=-0.0116763;REVB=0.06206;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191533;STB=0.60725;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0198959;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:10:5:11:8:10:5 chr19 2732986 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0420534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.09;QD=23.4;RBI=0.045588;REFB=0.00193739;REVB=-0.0176004;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.59978;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-8.24268e-05;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:0:3:6:2:0:3 chr19 2761512 . G A 348.23 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0359702;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.943;QD=40.9687;RBI=0.0419193;REFB=-0.0172622;REVB=0.0215262;RO=6;SAF=20;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187455;STB=0.602325;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00288674;OID=.;OPOS=2761512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:35:34:6:6:26:26:0.764706:6:20:2:4:6:20:2:4 chr19 2762585 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.501;QD=61.336;RBI=0.057429;REFB=0;REVB=0.0496676;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411233;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 2853566 . A G 179.6 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6864;QD=39.9104;RBI=0.0381243;REFB=-0.169671;REVB=-0.0291237;RO=2;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267697;STB=0.514687;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0134513;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:18:2:2:16:16:0.888889:6:10:1:1:6:10:1:1 chr19 2896818 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0264229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2746;QD=10.1483;RBI=0.0353673;REFB=0.00693676;REVB=0.023509;RO=44;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484117;STB=0.782945;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0125079;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:5:17:15:29:5:17:15:29 chr19 2896948 . T C 356.28 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.025442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.89;QD=11.4929;RBI=0.0322725;REFB=-0.00134722;REVB=0.019855;RO=80;SAF=20;SAR=24;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023149;STB=0.513268;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00540836;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:80:80:44:44:0.354839:24:20:38:42:24:20:38:42 chr19 2896953 . A G 310.98 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=119;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00764437;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.279;QD=10.3659;RBI=0.00790461;REFB=-0.00255701;REVB=-0.00201161;RO=80;SAF=17;SAR=22;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457588;STB=0.51677;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00506285;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:80:80:39:40:0.333333:22:17:38:42:22:18:38:42 chr19 2934282 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0262892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6528;QD=16.4434;RBI=0.0263142;REFB=-0.00492566;REVB=-0.00114558;RO=27;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340232;STB=0.705991;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00817977;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:16:3:11:16:17:3:11:16 chr19 2936623 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00648938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.645;QD=9.2582;RBI=0.0112062;REFB=-0.00311732;REVB=-0.00913602;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157706;STB=0.596326;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00593765;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:13:15:8:4:13:15 chr19 2939289 . A C 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0600539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8551;QD=22.6274;RBI=0.100448;REFB=-0.061659;REVB=0.0805194;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.533282;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0413311;OID=.;OPOS=2939289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:5:3:6:7:5:3 chr19 2939396 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0104835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.273;QD=14.0964;RBI=0.0159367;REFB=-0.00816271;REVB=-0.0120031;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0100018;OID=.;OPOS=2939396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:9:5:4:7:9:5 chr19 2939401 . C G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00996528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.588;QD=15.5715;RBI=0.0180873;REFB=-0.0239593;REVB=0.0150945;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114818;STB=0.566257;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0235285;OID=.;OPOS=2939401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:9:3:4:7:9:3 chr19 2993427 . T C 219.07 PASS AF=0.307692;AO=27;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0197199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.678;QD=9.62936;RBI=0.0202896;REFB=-0.0136517;REVB=0.00477445;RO=60;SAF=15;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053212;STB=0.524923;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0266121;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:63:27:28:0.307692:12:15:36:24:13:15:36:27 chr19 3062857 . T C 1613.51 PASS AF=0.949153;AO=109;DP=120;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0257607;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.604;QD=54.6952;RBI=0.0547099;REFB=-0.220464;REVB=0.0482656;RO=6;SAF=37;SAR=72;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037928;STB=0.519996;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00391193;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:118:6:6:109:112:0.949153:72:37:0:6:72:40:0:6 chr19 3119239 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0080797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.407;QD=22.6;RBI=0.00999854;REFB=-0.00585124;REVB=0.00588976;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595626;STB=0.533304;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00656577;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:9:11:11:12:9:11 chr19 3150238 . A G 594.43 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.398;QD=60.967;RBI=0.074339;REFB=0;REVB=-0.0121555;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228972;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr19 3186085 . G T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=58.419;RBI=0.0488862;REFB=0;REVB=-0.00737025;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199903;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr19 3208890 . T C 268.52 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0182418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3775;QD=10.5303;RBI=0.0254384;REFB=-0.00521972;REVB=-0.0177299;RO=68;SAF=9;SAR=25;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27431;STB=0.660278;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0113855;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:25:9:33:35:25:9:33:35 chr19 3453857 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0.00756376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.723;QD=13.0884;RBI=0.00774918;REFB=-0.00603563;REVB=0.00168503;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568395;STB=0.813715;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0134912;OID=.;OPOS=3453857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:8:7:0:27:8:8:0:27 chr19 3534842 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00548606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.917;QD=44.0922;RBI=0.0056147;REFB=0.00932373;REVB=0.00119498;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-5.49496e-05;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr19 3543397 . C T 230.92 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0167807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.91;QD=38.4864;RBI=0.0218242;REFB=-0.111021;REVB=0.0139537;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809037;STB=0.570104;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00508365;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:3:4:20:20:0.833333:7:13:1:2:7:13:1:3 chr19 3548231 . A G 585.54 PASS AF=0.531532;AO=58;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0127873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8319;QD=21.1007;RBI=0.0452782;REFB=-0.0331144;REVB=-0.043435;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337155;STB=0.514054;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0188678;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:50:52:58:59:0.531532:29:29:23:27:30:29:24:28 chr19 3576314 . CCTT C 754.4 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00399505;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=283.006;QD=45.039;RBI=0.00560872;REFB=-0.00862032;REVB=0.00393666;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505364;STBP=0.785;TYPE=del;VARB=0.000255226;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.970149:64:66:65:67:2:22:43:1:1:5:0:22:42:0:0 chr19 3595923 . G A 289.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.794;QD=52.5833;RBI=0.0553384;REFB=0;REVB=0.0333052;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082981;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 3611765 . A G 137.88 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0113316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.52;QD=13.7881;RBI=0.0127251;REFB=0.00343032;REVB=0.00579;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387345;STB=0.538414;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00380319;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:24:14:16:0.4:5:9:14:9:7:9:15:9 chr19 3611972 . G A 193.02 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0031227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.751;QD=10.0268;RBI=0.00937708;REFB=0.00957105;REVB=0.00884185;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1271;STB=0.568366;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0174721;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:25:25:0.324675:10:15:25:26:10:15:26:26 chr19 3614403 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.657;QD=62.6707;RBI=0.0193833;REFB=0;REVB=0.0192432;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40739e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 3653525 . C T 696.45 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.011365;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.934;QD=56.8528;RBI=0.0143107;REFB=-0.123304;REVB=0.00869678;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519313;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0004235;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:0:3:46:46:0.938776:29:17:0:0:29:17:2:1 chr19 3728609 . G A 449.15 PASS AF=0.650794;AO=30;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00709215;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.138;QD=28.5175;RBI=0.0539222;REFB=-0.0210209;REVB=0.0534538;RO=13;SAF=6;SAR=24;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243615;STB=0.586403;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0239731;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:13:18:30:41:0.650794:24:6:7:6:27:14:11:7 chr19 3730041 . C T 483.79 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3419;QD=58.6417;RBI=0.0442306;REFB=0;REVB=0.0441351;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731249;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr19 3730505 . C T 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00357093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.863;QD=13.7258;RBI=0.00544379;REFB=-0.00794985;REVB=0.00410893;RO=49;SAF=7;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347043;STB=0.699777;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0116784;OID=.;OPOS=3730505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:25:7:25:24:25:7:25:24 chr19 3738607 . CTG CT,GCT 32.16 PASS AF=0.222222,0;AO=6,4;DP=36;FAO=8,0;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0972561,-0.0543772;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=14.6652,24.0826;QD=3.57302;RBI=0.0974332,0.0544425;REFB=-0.0439502,-0.0401555;REVB=-0.00587179,0.00266575;RO=25;SAF=5,0;SAR=1,4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.288074,-0.680375;STB=0.723181,0.5;STBP=0.177,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0805132,0;OID=.,.;OPOS=3738609,3738607;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:25:28:6,4:8,0:0.222222,0:1,4:5,0:16:9:5,0:3,0:19:9 chr19 3738649 . A C 617.29 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021331;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3255;QD=61.7293;RBI=0.032731;REFB=0;REVB=-0.0248255;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679736;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 3738971 . A G 764.23 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5896;QD=63.6861;RBI=0.0151327;REFB=0;REVB=-0.00691206;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80963e-05;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr19 3740658 . T G 428.56 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00807002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.561;QD=22.2629;RBI=0.017953;REFB=-0.0269778;REVB=0.016037;RO=35;SAF=14;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348467;STB=0.519221;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0138794;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:28:14:13:22:28:14:13:22 chr19 3746087 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.549;QD=58.9626;RBI=0.0122316;REFB=0;REVB=0.0121648;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21542e-05;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr19 3750205 . T TGG,TGGG 565.0 PASS AF=1,0;AO=37,7;DP=56;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164318,0.0115155;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=27.7089,19.1692;QD=45.2003;RBI=0.084735,0.0568751;REFB=0,0;REVB=-0.0831266,-0.0556971;RO=6;SAF=14,1;SAR=23,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.1215,-0.563064;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00121428,0;OID=.,.;OPOS=3750206,3750206;OREF=-,-;OALT=GG,GGG;OMAPALT=TGG,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:37,7:56:50,0:50:0:19,0:31,0:0:0:10:6:14,1:23,6:5:1 chr19 3750615 . T C 670.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.336;QD=62.4097;RBI=0.0299045;REFB=0;REVB=0.00253828;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60725e-05;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr19 3750622 . A C 639.04 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3886;QD=59.4455;RBI=0.0241334;REFB=-0.00544605;REVB=-0.00226751;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000120376;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:1:0:27:15:1:0 chr19 3752563 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00193041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.73;QD=5.78795;RBI=0.0346358;REFB=-0.00211642;REVB=-0.034582;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.59968;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00638344;OID=.;OPOS=3752563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:18:5:1:6:18:5 chr19 3752874 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.138;QD=60.2301;RBI=0.0562308;REFB=0;REVB=0.0554045;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194017;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 3753769 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.244;QD=60.0309;RBI=0.0413007;REFB=0;REVB=0.0352104;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97866e-05;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr19 3767265 . C T 101.51 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0226206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.838;QD=8.63945;RBI=0.0313478;REFB=-0.00150407;REVB=-0.0217025;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204857;STB=0.625215;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00506723;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:15:19:5:8:15:19 chr19 3820191 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.12683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.83;QD=16.1988;RBI=0.127042;REFB=-0.0119277;REVB=-0.00732685;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00814378;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr19 3831525 . C A 191.0 PASS AF=0.72;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0580873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9397;QD=30.5599;RBI=0.0625158;REFB=-0.0107953;REVB=0.0231101;RO=7;SAF=13;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288;STB=0.66296;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00694373;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:7:7:17:18:0.72:4:13:2:5:4:14:2:5 chr19 3831765 . G A 150.05 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0142063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.939;QD=19.3615;RBI=0.0180269;REFB=-0.00097997;REVB=0.0110973;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.54616;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000906278;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:8:7:6:10:8:7 chr19 3977486 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.585;QD=47.8224;RBI=0.0681094;REFB=0;REVB=0.0221174;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060243;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr19 3979408 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4852;QD=51.9106;RBI=0.0326628;REFB=0;REVB=-0.0106145;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860361;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr19 4028783 . C T 432.41 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0212836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.756;QD=48.0455;RBI=0.0300132;REFB=-0.109695;REVB=0.0211613;RO=2;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188614;STB=0.548476;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00437581;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:2:4:32:32:0.888889:21:11:1:1:21:11:3:1 chr19 4033462 . T C 2330.06 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465901;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.234;QD=63.8373;RBI=0.0466741;REFB=0;REVB=-0.00279918;RO=0;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00928e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:68:78:0:0:68:78:0:0 chr19 4042858 . G A 323.65 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.8;QD=47.9488;RBI=0.0252964;REFB=-0.0122356;REVB=0.0223563;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000540036;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:24:25:0.925926:10:14:1:0:11:14:2:0 chr19 4042923 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.288;QD=62.3505;RBI=0.0115985;REFB=0;REVB=0.00331395;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91015e-05;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr19 4043024 . T C 769.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=56.9819;RBI=0.0769968;REFB=0;REVB=-0.0237931;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148948;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr19 4101062 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.503;QD=60.2307;RBI=0.0456551;REFB=0;REVB=0.010526;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161601;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr19 4154910 . C T 304.99 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0297891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9004;QD=32.9717;RBI=0.071289;REFB=-0.00657135;REVB=0.0647668;RO=11;SAF=23;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321223;STB=0.678801;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00506093;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:3:23:6:5:3:23:6:5 chr19 4180836 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.447;QD=59.0186;RBI=0.0354715;REFB=0;REVB=0.0335178;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106598;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr19 4186395 . T G 128.18 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00255105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.466;QD=10.0531;RBI=0.0027564;REFB=-0.000644852;REVB=-0.00104399;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.627302;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00174499;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:15:16:0.313725:7:8:11:24:8:8:11:24 chr19 4207940 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0122868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.282;QD=12.8974;RBI=0.0125292;REFB=-0.0230783;REVB=0.00245244;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608532;STB=0.535672;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0291581;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:14:16:10:7:14:16 chr19 4210356 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0115461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.178;QD=13.4865;RBI=0.0127326;REFB=-0.00788037;REVB=0.00536706;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0105327;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr19 4217207 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.413;QD=60.2307;RBI=0.0303996;REFB=0;REVB=0.0274664;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32967e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr19 4219622 . G A 136.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0123851;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.784;QD=10.7339;RBI=0.0177912;REFB=-0.0272117;REVB=-0.0127725;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.577891;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0585963;OID=.;OPOS=4219622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:35:34:17:17:0.333333:8:9:14:21:8:9:14:20 chr19 4236996 . G A 715.27 PASS AF=0.643564;AO=65;DP=102;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0324263;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.416;QD=28.3276;RBI=0.0326622;REFB=-0.00635868;REVB=-0.00391854;RO=36;SAF=30;SAR=35;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706909;STB=0.503827;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00356383;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:36:36:65:65:0.643564:35:30:17:19:35:30:17:19 chr19 4237067 . A G 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00198655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.602;QD=23.9706;RBI=0.0110144;REFB=-0.044564;REVB=-0.0108337;RO=24;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784226;STB=0.504308;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0343777;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:23:12:8:16:23:12:8:16 chr19 4251069 . T C 601.88 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.030804;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0024;QD=30.8658;RBI=0.0363136;REFB=-0.0145138;REVB=0.01923;RO=24;SAF=27;SAR=25;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112368;STB=0.519223;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0124444;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:24:26:52:52:0.666667:25:27:12:12:25:27:12:14 chr19 4254375 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00835142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.402;QD=24.073;RBI=0.0110438;REFB=-0.00994876;REVB=-0.00722629;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.587653;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00635189;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:2:5:6:7:2:5 chr19 4280186 . C T 628.03 PASS AF=0.683544;AO=53;DP=78;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0145715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2824;QD=31.7988;RBI=0.0532842;REFB=-0.0093922;REVB=0.0512531;RO=25;SAF=29;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636298;STB=0.53671;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00123941;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:25:25:53:54:0.683544:24:29:11:14:24:30:11:14 chr19 4283059 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00889637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.687;QD=7.48145;RBI=0.0164528;REFB=-0.000356833;REVB=0.0138401;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870054;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:4:8:24:12:4:8:24:12 chr19 4288267 . GGAT G 165.6 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0136323;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.56;QD=24.5337;RBI=0.0259591;REFB=0.00881731;REVB=0.0220916;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166128;STB=0.578229;STBP=0.261;TYPE=del;VARB=-0.00346746;OID=.;OPOS=4288268;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704:18:29:19:27:8:12:7:3:5:41:7:11:7:2:5 chr19 4288332 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0153639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.551;QD=6.26143;RBI=0.0186337;REFB=-0.000442262;REVB=-0.0105435;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143116;STB=0.535979;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00086854;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:18:21:7:7:0.25:4:3:10:8:4:3:10:11 chr19 4306311 . T C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0533955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0234;QD=8.25386;RBI=0.0651223;REFB=0.00283257;REVB=-0.0372805;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0129387;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:5:7:4:2:5:7 chr19 4325433 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00208977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=337.679;QD=25.2873;RBI=0.022448;REFB=-0.00199349;REVB=0.0223505;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226843;STB=0.627735;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00165796;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:5:4:12:4:5:4 chr19 4333711 . C T 548.51 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00769324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9716;QD=20.505;RBI=0.0621357;REFB=-0.00985797;REVB=0.0616576;RO=51;SAF=17;SAR=39;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175754;STB=0.59712;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00920168;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:39:17:25:26:39:17:25:26 chr19 4357555 . A G 755.65 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445167;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7284;QD=54.9565;RBI=0.050219;REFB=-0.0561344;REVB=-0.0232424;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00346061;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr19 4442336 . C T 523.19 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0155508;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.204;QD=31.2351;RBI=0.0334031;REFB=-0.0291162;REVB=0.0295625;RO=21;SAF=11;SAR=35;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00082315;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019537;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:21:21:46:46:0.686567:35:11:5:16:35:11:5:16 chr19 4442999 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.067;QD=57.8844;RBI=0.00654446;REFB=0;REVB=0.00435469;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54202e-05;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr19 4454000 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0292768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.353;QD=11.9536;RBI=0.0312628;REFB=-0.0160419;REVB=-0.010965;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221468;STB=0.631272;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0243029;OID=.;OPOS=4454000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:3:8:4:4:3:8 chr19 4454083 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00576874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3861;QD=14.7981;RBI=0.011001;REFB=-0.0356734;REVB=-0.00936716;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323019;STB=0.691913;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.037047;OID=.;OPOS=4454083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:6:7:9:2:6:7 chr19 4493708 . A G 637.18 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.021782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.175;QD=20.2281;RBI=0.0221467;REFB=-0.020665;REVB=0.00400265;RO=60;SAF=41;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382865;STB=0.523119;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0232291;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:62:64:64:0.507937:23:41:36:24:23:41:37:25 chr19 4508945 . A G 900.48 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.855;QD=58.0954;RBI=0.0420364;REFB=0;REVB=0.0396285;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24118e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:51:62:1:29:22:0:0:31:31:0:0 chr19 4510560 . C T 227.91 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0163356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.346;QD=13.8128;RBI=0.0181813;REFB=-0.00707426;REVB=-0.00798189;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436639;STB=0.524922;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00776225;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:16:23:17:10:16:23 chr19 4511213 . C G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00603215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.678;QD=5.21556;RBI=0.0283673;REFB=-0.00675832;REVB=0.0277185;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171939;STB=0.614991;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0198676;OID=.;OPOS=4511213;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:10:11:4:2:10:11 chr19 4511223 . C T 63.36 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00269413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=8.7396;RBI=0.0224987;REFB=-0.00131946;REVB=-0.0223368;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0124288;OID=.;OPOS=4511223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr19 4511281 . G A 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.001458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.532;QD=32.3885;RBI=0.0348204;REFB=-0.017464;REVB=0.0347899;RO=17;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167097;STB=0.591492;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00472122;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:22:11:10:7:22:11:10:7 chr19 4511349 . CT CA,TA 534.53 PASS AF=0.846154,0;AO=43,2;DP=55;FAO=44,0;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=18,0;FSAR=26,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0324905,-0.00364775;FXX=0.0545355;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=117.186,92.9468;QD=41.1175;RBI=0.0324956,0.00518687;REFB=-0.00050925,0.00915037;REVB=0.000576684,0.00368748;RO=8;SAF=17,2;SAR=26,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0691184,0.55315;STB=0.533913,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000218937,0;OID=.,.;OPOS=4511350,4511349;OREF=T,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:55:52:8:8:43,2:44,0:0.846154,0:26,0:17,2:5:3:26,0:18,0:5:3 chr19 4511453 . G A 450.43 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587849;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7023;QD=58.1201;RBI=0.176879;REFB=0;REVB=0.166825;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264169;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:1:0:30:31:1:14:16:0:1:15:16:0:0 chr19 4511491 . A G 53.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0157179;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.585;QD=7.18372;RBI=0.0172359;REFB=-0.000250508;REVB=-0.00707275;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394428;STB=0.776955;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000126927;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:21:22:8:8:0.266667:7:1:8:13:7:1:9:13 chr19 4511525 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.688;QD=57.6795;RBI=0.0111481;REFB=0;REVB=-0.00902961;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122921;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr19 4511647 . C G 718.07 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0790265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0368;QD=52.2235;RBI=0.0863911;REFB=-0.128775;REVB=-0.0349032;RO=2;SAF=26;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348494;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00886162;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:2:1:51:54:0.981818:25:26:2:0:25:29:1:0 chr19 4511674 . C T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0101421;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3008;QD=2.58851;RBI=0.0153823;REFB=0.00234392;REVB=-0.0115652;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504285;STB=0.868552;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0277349;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:6:1:29:21:6:1:29:21 chr19 4511677 . A G 165.29 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0259791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.02;QD=11.3992;RBI=0.0350449;REFB=-0.0068533;REVB=-0.0235208;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159482;STB=0.60478;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0138449;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:37:20:21:0.362069:11:9:22:15:12:9:22:15 chr19 4511679 . CA TG 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00279397;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.467;QD=3.02365;RBI=0.0139159;REFB=-0.000874613;REVB=-0.0136326;RO=50;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389128;STB=0.774339;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.00385935;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:6:2:29:21:6:2:29:21 chr19 4511723 . CCT CCC,GTC 735.9 PASS AF=0.927273,0.0545455;AO=48,3;DP=55;FAO=51,3;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21,3;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200823,-0.00735301;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,3;MLLD=46.5393,246.596;QD=53.5198;RBI=0.0290717,0.0131105;REFB=0.0121481,0.017873;REVB=-0.0210206,-0.0108545;RO=1;SAF=20,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165072,0.727144;STB=0.508194,0.994936;STBP=0.517,0.122;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0047123,0.00570203;OID=.,.;OPOS=4511725,4511723;OREF=T,CCT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CCC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:1:1:48,3:51,3:0.927273,0.0545455:28,0:20,3:0:1:30,0:21,3:0:1 chr19 4511730 . T C 712.49 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.305;QD=52.7767;RBI=0.0118285;REFB=-0.160437;REVB=-0.00239561;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.51666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00152001;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:29:23:0:1:29:23:0:2 chr19 4511737 . T C 183.93 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0269566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4829;QD=10.8196;RBI=0.0325046;REFB=-0.020443;REVB=-0.0181628;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399625;STB=0.523236;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0430113;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:15:9:18:26:15:9:18:26 chr19 4511746 . A T 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0237729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.613;QD=12.3069;RBI=0.0241103;REFB=-0.0177985;REVB=0.00401922;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205963;STB=0.617559;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0231774;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:12:29:13:12:12:29 chr19 4511791 . A C 223.82 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.03374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.507;QD=12.7894;RBI=0.038706;REFB=-0.0123566;REVB=-0.0189675;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181323;STB=0.603501;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0163472;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:15:28:13:14:15:28 chr19 4511830 . A G 287.29 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00144136;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.962;QD=17.9553;RBI=0.0101647;REFB=-0.00763007;REVB=-0.010062;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168028;STB=0.593723;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0138684;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:15:16:11:22:15:16:11:22 chr19 4511908 . C T 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0578962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.243;QD=18.9034;RBI=0.0579062;REFB=-0.00309806;REVB=0.00107472;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750099;STB=0.541811;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00250653;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:24:15:19:22:24:15:19:22 chr19 4511927 . G A 422.77 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0150203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1552;QD=21.1385;RBI=0.0446532;REFB=-0.0417244;REVB=0.0420512;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434784;STB=0.502403;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0396402;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:23:19:17:21:23:19:17:21 chr19 4511929 . A G 385.72 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000727133;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3725;QD=19.7804;RBI=0.00820871;REFB=-0.0122981;REVB=-0.00817644;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016886;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:39:38:39:0.5:21:17:17:23:22:17:17:22 chr19 4511955 . T C 1471.81 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.831;QD=63.3037;RBI=0.0340004;REFB=0;REVB=-0.0260756;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31682e-06;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr19 4512669 . T C 1456.79 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352307;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9634;QD=63.3388;RBI=0.0446782;REFB=0;REVB=0.0274763;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92204e-05;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr19 4513143 . CA TG 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00719532;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.349;QD=24.3278;RBI=0.198144;REFB=-0.175438;REVB=-0.198014;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.666171;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=0.0124613;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:0:2:2:5:0:2 chr19 4513559 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.865;QD=62.9798;RBI=0.0505419;REFB=0;REVB=-0.0140881;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176646;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr19 4525046 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7001;QD=26.0258;RBI=0.0798298;REFB=0.00130586;REVB=0.0665562;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00294125;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr19 4538599 . G A 838.25 PASS AF=0.646552;AO=75;DP=116;FAO=75;FDP=116;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00565908;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.399;QD=28.9053;RBI=0.0136775;REFB=-0.0110691;REVB=0.0124519;RO=41;SAF=27;SAR=48;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881301;STB=0.547693;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00576929;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:41:41:75:75:0.646552:48:27:20:21:48:27:20:21 chr19 4558107 . G A 524.0 PASS AF=0.625;AO=44;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0161016;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7602;QD=29.1113;RBI=0.0235291;REFB=-0.00265726;REVB=0.0171569;RO=24;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602022;STB=0.527475;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000847407;OID=.;OPOS=4558107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:44:45:0.625:18:26:12:12:19:26:12:12 chr19 4558431 . C G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.398;QD=44.6862;RBI=0.0237254;REFB=0;REVB=0.00795163;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258598;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr19 4655166 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0162582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.457;QD=10.0317;RBI=0.0758247;REFB=-0.0357026;REVB=-0.0740612;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.059798;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr19 4769740 . C A 905.83 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580582;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.64;QD=58.4404;RBI=0.0588724;REFB=0;REVB=0.00975722;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205166;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr19 4794257 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.799;QD=62.3509;RBI=0.0260808;REFB=0;REVB=-0.0159488;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11246e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122744;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=8;MLLD=308.584;QD=45.9661;RBI=0.002583;REFB=0;REVB=-0.00227272;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.21275e-06;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:13:13:13:0:6:7:0:0:4:0:6:7:0:0 chr19 4816719 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0254508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.243;QD=8.81106;RBI=0.0280955;REFB=-0.00163862;REVB=0.0119001;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390901;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00730379;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:8:3:4:2:8:3 chr19 4818378 . T C 138.07 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00146769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.648;QD=11.2707;RBI=0.0165659;REFB=-0.0189093;REVB=-0.0165008;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932131;STB=0.555485;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0320741;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:6:10:18:15:6:10:18:15 chr19 4847713 . A G 606.31 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.977;QD=60.6308;RBI=0.0318782;REFB=0;REVB=0.00280003;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130172;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:16:21:0:0:16:24:0:0 chr19 4847874 . A G 891.12 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2157;QD=57.4914;RBI=0.0857028;REFB=0;REVB=-0.0145663;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211978;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr19 4852106 . A G 1053.43 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115798;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.837;QD=58.524;RBI=0.014454;REFB=-0.0574856;REVB=0.00865025;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165877;STB=0.508769;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000238765;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:28:43:0:1:28:43:0:1 chr19 4852137 . C T 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.000839426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.93;QD=11.1104;RBI=0.00605792;REFB=-0.0163168;REVB=0.00599948;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238227;STB=0.507806;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0348294;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:9:15:26:17:9:15:27:17 chr19 4859937 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00690504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.885;QD=12.7823;RBI=0.0223648;REFB=-0.00096313;REVB=0.0212722;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921547;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:7:7:5:5:7:7 chr19 4910889 . G T 79.99 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0174975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.304;QD=7.27196;RBI=0.0341314;REFB=-0.00537504;REVB=0.0293051;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200653;STB=0.614851;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0138828;OID=.;OPOS=4910889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:32:33:11:11:0.25:7:4:17:15:7:4:17:16 chr19 4910924 . C T 79.12 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0450204;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.666;QD=6.45842;RBI=0.0479257;REFB=-0.0026262;REVB=0.0164327;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112506;STB=0.567442;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00800149;OID=.;OPOS=4910924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:51:49:33:38:11:11:0.22449:7:4:15:18:7:4:17:21 chr19 4929413 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0349758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.043;QD=14.7989;RBI=0.0353548;REFB=-0.00195552;REVB=-0.00516276;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398606;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00134256;OID=.;OPOS=4929413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:9:4:3:8:9:4 chr19 4929473 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0040444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.307;QD=19.3686;RBI=0.0326066;REFB=-0.0140347;REVB=-0.0323548;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222514;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00597713;OID=.;OPOS=4929473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:5:2:6:4:5:2 chr19 4945914 . A C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0280779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.17;QD=24.2041;RBI=0.0505139;REFB=-0.000230577;REVB=-0.0419915;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179199;STB=0.600722;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000259989;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:6:6:5:13:6:6 chr19 4945917 . C T 172.02 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00326347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.678;QD=22.9362;RBI=0.00700291;REFB=-0.0161333;REVB=0.00619601;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291437;STB=0.600722;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.01759;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:12:12:17:18:0.6:4:13:5:7:5:13:6:6 chr19 4945974 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.588;QD=42.1826;RBI=0.0627417;REFB=0;REVB=0.060303;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172957;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 4950770 . C T 1197.29 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116792;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.91;QD=61.3993;RBI=0.0277513;REFB=0;REVB=0.025174;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16466e-05;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr19 4954454 . C T 175.79 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0104037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.312;QD=20.6817;RBI=0.0232005;REFB=-0.00628368;REVB=-0.0207371;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00687159;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:8:9:9:7:9:9:9:7 chr19 4954676 . AGGG AGG,AGGC,AGGGC 383.81 PASS AF=0,0.027027,0.972973;AO=6,3,18;DP=37;FAO=0,1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,14;FSAR=0,0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171183,-0.053486,0.0689204;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,1;MLLD=17.5312,4.56388,18.4942;QD=41.4928;RBI=0.361515,0.167405,0.0696017;REFB=0,0,0;REVB=-0.318418,-0.158631,0.00971467;RO=9;SAF=0,1,14;SAR=6,2,4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0.457232,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.587597,0.475498;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0,0.0852682,-0.0020688;OID=.,.,.;OPOS=4954677,4954679,4954680;OREF=G,G,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=AGG,AGGC,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.027027,0.972973:6,3,18:37:0,1,36:37:0:0,1,14:0,0,22:0:0:6:9:0,1,14:6,2,4:0:9 chr19 4960959 . TA AT 57.1 PASS AF=0.375;AO=11;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0439732;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=19.5085;QD=5.71024;RBI=0.0451302;REFB=-0.161218;REVB=-0.0101535;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47093;STB=0.771265;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0376642;OID=.;OPOS=4960959;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:39:40:18:23:11:15:0.375:10:1:7:11:13:2:11:12 chr19 5041178 . T C 796.16 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4939;QD=54.9077;RBI=0.0606335;REFB=-0.0822195;REVB=0.0556281;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00113313;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr19 5110794 . A G 632.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.191;QD=61.6706;RBI=0.00407922;REFB=0;REVB=0.0036384;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80921e-06;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr19 5114116 . T G 1713.06 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.69;QD=60.1072;RBI=0.00723049;REFB=0;REVB=-0.00134284;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012397;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:111:114:1:51:60:0:0:52:62:0:0 chr19 5135392 . A G 842.9 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.449;QD=54.3805;RBI=0.0167135;REFB=-0.00213384;REVB=0.00947729;RO=1;SAF=46;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409458;STB=0.516124;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00137105;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:62:1:1:57:61:0.983871:11:46:0:1:15:46:0:1 chr19 5206775 . A G 351.96 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0726;QD=54.1484;RBI=0.0478073;REFB=0;REVB=0.0267802;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86123e-05;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:10:14:0:0:11:15:0:0 chr19 5214697 . A G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.122;QD=57.1715;RBI=0.0216129;REFB=0;REVB=-0.0205593;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49595e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr19 5223074 . C T 121.3 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0437226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1904;QD=19.4082;RBI=0.104396;REFB=-0.0717155;REVB=0.0947986;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105391;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0909179;OID=.;OPOS=5223074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:25:10:10:13:15:0.6:7:6:6:4:9:6:6:4 chr19 5455611 . C T 197.56 PASS AF=0.367647;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0368501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0027;QD=11.621;RBI=0.0721298;REFB=-0.0281466;REVB=0.0620063;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113534;STB=0.520622;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0461453;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:42:43:23:25:0.367647:8:15:27:15:8:17:28:15 chr19 5455735 . G A 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0115555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9383;QD=17.4998;RBI=0.023008;REFB=-0.0149447;REVB=-0.0198956;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166084;STB=0.59315;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0407881;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:10:18:12:14:10:18 chr19 5455796 . A G 115.63 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0164983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.478;QD=10.5119;RBI=0.0493494;REFB=-0.0212279;REVB=-0.0465099;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779517;STB=0.563815;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.078904;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:10:4:10:19:10:4:11:19 chr19 5455800 . G A 104.13 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00334875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.855;QD=9.68673;RBI=0.00364294;REFB=-0.00942708;REVB=0.0014342;RO=29;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161962;STB=0.616546;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0147781;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:10:3:10:19:10:3:11:19 chr19 5455971 . G T 489.61 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0386328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.442;QD=19.5843;RBI=0.0388721;REFB=-0.00833166;REVB=0.00430669;RO=51;SAF=37;SAR=11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380247;STB=0.717217;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0363361;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:11:37:20:31:11:37:20:32 chr19 5455978 . T C 441.14 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0435007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.662;QD=17.471;RBI=0.0437155;REFB=-0.0138049;REVB=-0.00432911;RO=53;SAF=36;SAR=11;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34687;STB=0.690924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0193896;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:11:36:23:30:11:36:24:30 chr19 5456450 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0576795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.659;QD=13.2307;RBI=0.057721;REFB=-0.0158955;REVB=-0.00218983;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181259;STB=0.606172;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0338866;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:15:14:11:6:15:14 chr19 5587983 . C T 127.75 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0339875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6225;QD=11.8834;RBI=0.0354386;REFB=-0.00241847;REVB=0.0100371;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232083;STB=0.635914;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00623892;OID=.;OPOS=5587983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:19:9:8:7:19:9 chr19 5766090 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6526;QD=55.0939;RBI=0.077268;REFB=0;REVB=-0.0555061;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191214;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 5772950 . G A 133.54 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00151842;FXX=0.0701631;HRUN=6;LEN=1;MLLD=97.2436;QD=10.0783;RBI=0.0211565;REFB=-0.0105254;REVB=-0.021102;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703055;STB=0.561883;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0190098;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:23:36:16:17:0.320755:12:4:7:16:13:4:11:25 chr19 5778517 . A T 110.38 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00445813;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8625;QD=11.3211;RBI=0.0092235;REFB=-0.0174013;REVB=0.00807452;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121779;STB=0.563016;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0180021;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:26:13:13:0.333333:4:9:18:5:4:9:20:6 chr19 5783634 . T C 36.68 PASS AF=0.6;AO=4;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00121827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.97;QD=14.6719;RBI=0.0104176;REFB=-0.010919;REVB=-0.0103461;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223593;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00603559;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:4:6:0.6:3:1:2:2:4:2:2:2 chr19 5783905 . G A 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.100143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.165;QD=21.7436;RBI=0.124437;REFB=-0.0277392;REVB=0.0738643;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135139;STB=0.575663;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0266828;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:9:2:5:10:9:2 chr19 5784370 . C T 229.24 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0160937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.634;QD=29.5797;RBI=0.0166848;REFB=-0.00670651;REVB=0.00440185;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117574;STB=0.506487;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00323808;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:13:8:4:6:13:8:4:6 chr19 5786815 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0151718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.81;QD=20.4867;RBI=0.0155124;REFB=-0.0191944;REVB=0.00323282;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0141856;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr19 5789565 . T C 348.58 PASS AF=0.625;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00107798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.777;QD=29.0479;RBI=0.0245583;REFB=-0.0426607;REVB=0.0245347;RO=18;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817019;STB=0.538546;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0282589;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:18:29:30:0.625:16:13:6:12:17:13:6:12 chr19 5831672 . G C 104.12 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0430158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0559;QD=11.5688;RBI=0.108776;REFB=0.00126863;REVB=0.0999092;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118681;STB=0.588643;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00545904;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:4:8:13:10:4:9:13:10 chr19 5831724 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.713;QD=42.1826;RBI=0.0283036;REFB=0;REVB=-0.0215531;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99373e-05;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr19 5831840 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.000624562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.948;QD=28.2832;RBI=0.0319759;REFB=0.00371485;REVB=0.0319698;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41952;STB=0.730571;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00301118;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:15:7:12:0:15:7:12:0 chr19 5832209 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.613;QD=58.4197;RBI=0.0275324;REFB=0;REVB=0.00621655;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53816e-05;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr19 5843784 . A T 390.45 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.94;QD=55.7792;RBI=0.0377739;REFB=0;REVB=0.0171115;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141001;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr19 5844537 . A G 358.0 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.07;QD=55.0766;RBI=0.0338219;REFB=0;REVB=0.0262367;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412576;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr19 5844649 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.072;QD=51.1846;RBI=0.0424585;REFB=0;REVB=0.0405524;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383922;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 5844792 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.468;QD=52.6129;RBI=0.0638576;REFB=0;REVB=-0.00931699;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000897307;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr19 5866654 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.152;QD=58.648;RBI=0.0234224;REFB=-0.0197086;REVB=0.0140104;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000721101;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr19 5866736 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.006;QD=33.4284;RBI=0.180246;REFB=0;REVB=0.00208641;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00788923;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 5867247 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0361274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.922;QD=9.44486;RBI=0.0586275;REFB=-0.0177683;REVB=0.0461736;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0229222;OID=.;OPOS=5867247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr19 5867748 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.771;QD=45.8068;RBI=0.0458661;REFB=0;REVB=0.018527;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863632;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 5892954 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0337181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.23;QD=23.0881;RBI=0.0348878;REFB=-0.0390092;REVB=0.00895823;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.018522;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:6:12:12:10:6:12 chr19 6042059 . C T 381.53 PASS AF=0.704545;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0181673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.099;QD=34.6841;RBI=0.0358855;REFB=-0.0203669;REVB=0.0309471;RO=12;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538383;STB=0.510567;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00488426;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:12:13:30:31:0.704545:17:13:4:8:18:13:5:8 chr19 6156483 . T C 159.72 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00352655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.264;QD=9.25912;RBI=0.0141099;REFB=-0.0133618;REVB=-0.0136621;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594441;STB=0.533763;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0252631;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:45:47:21:22:0.318841:8:13:30:15:9:13:30:17 chr19 6375831 . G A 75.85 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0325498;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.493;QD=9.78675;RBI=0.0326018;REFB=-0.0194679;REVB=-0.00184;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626297;STB=0.538381;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0384946;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:5:16:8:2:5:16 chr19 6376722 . A G 110.49 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0078475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6847;QD=4.96588;RBI=0.0247029;REFB=-0.00170799;REVB=-0.0234233;RO=71;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645043;STB=0.540772;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00506743;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:8:10:43:28:8:10:43:28 chr19 6411830 . C G 447.26 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0399292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.604;QD=18.4437;RBI=0.0408599;REFB=-0.00930697;REVB=0.0086712;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192646;STB=0.607523;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0170342;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:17:28:22:30:17:28:22:30 chr19 6415443 . T C 566.33 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.845;QD=59.6137;RBI=0.0256218;REFB=0;REVB=0.0213377;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142617;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:29:38:1:14:15:0:0:21:17:0:0 chr19 6416889 . C G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0324167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.644;QD=9.10002;RBI=0.0325037;REFB=0.00396036;REVB=0.00237637;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.599771;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00703183;OID=.;OPOS=6416889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:9:10:6:3:9:10 chr19 6417855 . G A 30.5 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=11;FAO=4;FDP=9;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00349812;FXX=0.181653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.243;QD=13.5553;RBI=0.00369214;REFB=-0.0214622;REVB=0.00118111;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874326;STB=0.555281;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0585076;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:11:9:5:5:4:4:0.444444:2:2:3:2:2:2:3:2 chr19 6419275 . A G 184.92 PASS AF=0.475;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.052756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.053;QD=18.4915;RBI=0.0770131;REFB=0.0351519;REVB=-0.0561054;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0412519;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:19:21:19:19:0.475:10:9:8:11:10:9:9:12 chr19 6427408 . G A 35.39 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00159602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.646;QD=5.44386;RBI=0.120073;REFB=0.000476192;REVB=0.120063;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280568;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000499435;OID=.;OPOS=6427408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:8:11:2:4:9:11 chr19 6468421 . ACCCCT ACCCCC,ACCCT 90.71 PASS AF=0.0666667,0.533333;AO=2,15;DP=30;FAO=2,16;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=2,15;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0503893,0.0398574;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=273.254,14.9486;QD=12.0948;RBI=0.0514833,0.0495925;REFB=0.0051347,-0.129395;REVB=-0.010557,0.0295095;RO=12;SAF=2,14;SAR=0,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0.5375;SSEP=0,0;SSSB=0.561268,0.56213;STB=0.994326,0.832777;STBP=0.185,0.004;TYPE=snp,del;VARB=0.030824,0.0833161;OID=.,.;OPOS=6468426,6468422;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=ACCCCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.533333:2,15:30:2,16:30:12:2,15:0,1:6:6:67:12:2,14:0,1:6:6 chr19 6535080 . T C 1616.44 PASS AF=0.663507;AO=140;DP=211;FAO=140;FDP=211;FR=.;FRO=71;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0030412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.119;QD=30.6434;RBI=0.0279107;REFB=-0.00277565;REVB=-0.0277445;RO=68;SAF=85;SAR=55;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067299;STB=0.539583;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000984516;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:68:71:140:140:0.663507:55:85:34:34:55:85:35:36 chr19 6586268 . G A 651.64 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.746;QD=62.061;RBI=0.0678091;REFB=0;REVB=0.0621562;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209103;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr19 6665020 . T C 700.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4041;QD=62.238;RBI=0.109166;REFB=0;REVB=-0.0351549;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214184;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr19 6677989 . G A 245.47 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00117075;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.057;QD=17.5334;RBI=0.00126185;REFB=-0.0177514;REVB=0.000470763;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808904;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0194988;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:14:13:11:17:14:13:12:17 chr19 6678474 . G A 192.16 PASS AF=0.454545;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00659246;FXX=0.131544;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.216;QD=23.2916;RBI=0.00857149;REFB=-0.040883;REVB=0.00547813;RO=10;SAF=12;SAR=0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.81492;STB=0.615215;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.052272;OID=.;OPOS=6678474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:33:10:13:12:15:0.454545:0:12:5:5:3:12:8:5 chr19 6679511 . C T 274.05 PASS AF=0.568182;AO=19;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0812747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.72;QD=24.9139;RBI=0.0870414;REFB=-0.0410485;REVB=-0.031155;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.606841;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0389586;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:19:25:0.568182:15:4:6:13:21:4:6:13 chr19 6696597 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.54;QD=51.1842;RBI=0.0847904;REFB=0;REVB=-0.046482;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176887;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 6697406 . A G 1572.94 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.419;QD=59.9215;RBI=0.0264948;REFB=0;REVB=-0.0258561;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79849e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:56:48:1:0:56:49:0:0 chr19 6702157 . C G 699.14 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000944526;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2798;QD=54.8346;RBI=0.137503;REFB=-0.142978;REVB=0.137499;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00300011;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:0:1:49:50:0.980392:30:19:0:0:31:19:0:1 chr19 6709704 . C T 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0332927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.651;QD=6.26146;RBI=0.0417727;REFB=-0.000578051;REVB=-0.0252301;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423926;STB=0.768521;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=9.32557e-06;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:7:14:2:5:7:14 chr19 6709848 . C T 278.21 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00699328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.146;QD=33.7223;RBI=0.016223;REFB=0.0146221;REVB=-0.0146383;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430642;STB=0.523541;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00711136;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:14:10:3:6:14:10:3:6 chr19 6731057 . T C 65.26 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.03559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9974;QD=10.8768;RBI=0.064388;REFB=-0.0127087;REVB=-0.0536579;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750523;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0138002;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:6:9:6:3:6:9 chr19 6737481 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.903;QD=45.8052;RBI=0.0405122;REFB=0;REVB=0.00870578;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390896;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 6737509 . G A 159.0 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.521;QD=45.4282;RBI=0.0674556;REFB=0;REVB=0.0432268;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104137;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr19 6751279 . A G 441.94 PASS AF=0.66129;AO=36;DP=57;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00962503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.114;QD=28.5125;RBI=0.0097148;REFB=-0.000936579;REVB=0.00131758;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409013;STB=0.5394;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000567049;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:21:21:36:41:0.66129:15:21:11:10:15:26:11:10 chr19 6751281 . C T 421.19 PASS AF=0.65;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0548948;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.675;QD=28.0792;RBI=0.058434;REFB=-0.0168423;REVB=0.0200272;RO=21;SAF=24;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610778;STB=0.533316;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0097474;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:21:21:39:39:0.65:15:24:11:10:15:24:11:10 chr19 6751293 . T G 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0164685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.026;QD=29.2756;RBI=0.0312627;REFB=0.00414111;REVB=0.0265734;RO=19;SAF=26;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663692;STB=0.529248;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00161505;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:20:41:41:0.672131:15:26:10:9:15:26:11:9 chr19 6754188 . T C 399.07 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0483242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.107;QD=23.8249;RBI=0.0494479;REFB=-0.0139709;REVB=-0.010482;RO=28;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254359;STB=0.6393;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00664864;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:23:16:21:7:23:16:21:7 chr19 6755007 . T C 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.012471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.212;QD=34.5995;RBI=0.0147125;REFB=-0.0135191;REVB=-0.00780581;RO=11;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825643;STB=0.504501;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00376434;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:20:8:3:8:20:8:3:8 chr19 6833777 . A G 1551.85 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9251;QD=62.701;RBI=0.0180115;REFB=0.0166681;REVB=0.0029177;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-4.43734e-05;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:48:50:0:0:48:50:0:1 chr19 6833989 . G T 339.83 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4998;QD=54.3728;RBI=0.05053;REFB=0;REVB=0.00363758;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139577;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 6897464 . C G 118.8 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0226853;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.194;QD=8.80033;RBI=0.0261585;REFB=-0.0167444;REVB=0.0130247;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233903;STB=0.583225;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0423351;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:15:16:0.296296:11:4:17:21:11:5:16:22 chr19 6901891 . G A 184.39 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0576657;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8906;QD=9.96688;RBI=0.0599958;REFB=0.00785614;REVB=-0.0165577;RO=51;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142531;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0156978;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:51:50:24:24:0.324324:11:13:27:24:11:13:27:23 chr19 6903920 . A G 144.89 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00527057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1596;QD=10.3493;RBI=0.0656491;REFB=-0.0152861;REVB=-0.0654372;RO=37;SAF=15;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322384;STB=0.692086;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0381288;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:4:15:20:17:4:15:20:17 chr19 6904137 . C T 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=6.99226e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.749;QD=7.3028;RBI=0.00999899;REFB=-0.00511713;REVB=-0.00999875;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360971;STB=0.718825;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0114506;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:10:5:27:15:10:5:27:15 chr19 6913811 . A G 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0321592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2326;QD=6.61502;RBI=0.0325487;REFB=0.00172736;REVB=-0.00502018;RO=51;SAF=5;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293103;STB=0.680634;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00399876;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:12:5:27:24:12:5:27:24 chr19 6919624 . A C 190.32 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0126682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0336;QD=10.5733;RBI=0.0315302;REFB=0.0152144;REVB=-0.0288734;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105833;STB=0.561413;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.041823;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:12:13:20:27:12:13:20:27 chr19 6919753 . A G 92.86 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0298009;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.236;QD=8.25413;RBI=0.0315446;REFB=-0.00118581;REVB=-0.0103424;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363836;STB=0.511093;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00394512;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:45:33:33:11:12:0.266667:6:5:16:17:6:6:16:17 chr19 6921868 . G A 215.46 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0119622;FXX=0.102538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.095;QD=24.6244;RBI=0.0127947;REFB=-0.00416529;REVB=0.00453975;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539316;STB=0.530091;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00450484;OID=.;OPOS=6921868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:10:5:8:12:10:5 chr19 6972357 . C T 117.71 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0667106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.952;QD=12.391;RBI=0.0671519;REFB=-0.00558637;REVB=0.00768581;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272525;STB=0.70481;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00610404;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:24:13:14:0.368421:10:3:10:12:11:3:12:12 chr19 6974564 . C T 512.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525741;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.206;QD=58.5505;RBI=0.0531212;REFB=0;REVB=-0.00760404;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880873;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:19:16:0:0 chr19 7005905 . T A 305.86 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4983;QD=53.1923;RBI=0.0252578;REFB=0;REVB=0.0213622;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218043;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:16:23:1:9:7:0:0:13:10:0:0 chr19 7012449 . T A 138.48 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0230408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9088;QD=13.1886;RBI=0.0251869;REFB=0.0139256;REVB=-0.0101737;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361498;STB=0.712224;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0235825;OID=.;OPOS=7012449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:15:11:12:4:15:11 chr19 7012575 . CT C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0102331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.758;QD=8.89995;RBI=0.0173136;REFB=-0.00327378;REVB=0.0139659;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56116;STB=0.830685;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00684517;OID=.;OPOS=7012576;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:11:37:11:37:26:3:8:21:5:82:26:3:8:21:5 chr19 7051588 . G A 1472.16 PASS AF=0.953704;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0407363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7503;QD=54.5243;RBI=0.094869;REFB=0.0220839;REVB=0.0856778;RO=5;SAF=47;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299805;STB=0.515986;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000249512;OID=.;OPOS=7051588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:108:5:5:101:103:0.953704:54:47:4:1:56:47:4:1 chr19 7076418 . C A 304.9 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00872553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6244;QD=12.7044;RBI=0.07024;REFB=-0.00111744;REVB=-0.069696;RO=61;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206091;STB=0.618513;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000891581;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:12:23:29:32:12:23:29:32 chr19 7112265 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0329394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2676;QD=25.4674;RBI=0.0608006;REFB=-0.0235823;REVB=-0.0511048;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00804099;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr19 7125297 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000503085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3278;QD=15.3789;RBI=0.0034307;REFB=-0.0259468;REVB=0.00339361;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.576798;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0468485;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:9:5:6:6:9:5 chr19 7166376 . C T 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0014382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.101;QD=7.08579;RBI=0.010222;REFB=0.00328094;REVB=-0.0101203;RO=34;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488923;STB=0.79952;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0050757;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:8:3:24:10:8:3:24:10 chr19 7504982 . C T 259.57 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0494363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0295;QD=20.7658;RBI=0.0500762;REFB=-0.0554133;REVB=0.00798013;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679379;STB=0.551824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0322578;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:25:24:25:0.5:6:18:18:8:6:19:17:8 chr19 7528734 . A G 36.48 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0158238;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0156;QD=5.83724;RBI=0.0668008;REFB=-0.00062412;REVB=-0.0648996;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215052;STB=0.515102;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.000490761;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:20:19:6:6:0.24:2:4:13:7:2:4:13:6 chr19 7533767 . T G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0394364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.556;QD=9.33497;RBI=0.0408822;REFB=-0.0156459;REVB=0.010776;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225499;STB=0.636471;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0324859;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:18:13:8:5:18:13 chr19 7533850 . A G 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0587961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.284;QD=4.91267;RBI=0.0606024;REFB=-0.0075801;REVB=-0.0146859;RO=46;SAF=1;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568558;STB=0.886369;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0123197;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:46:48:12:12:0.2:11:1:22:24:11:1:24:24 chr19 7538039 . A G 280.88 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00881487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.157;QD=10.5992;RBI=0.00894945;REFB=-0.0134634;REVB=0.00154619;RO=70;SAF=19;SAR=17;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667514;STB=0.538522;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0259345;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:17:19:41:29:17:19:41:29 chr19 7538117 . A G 126.53 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0465891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8983;QD=6.57273;RBI=0.0478446;REFB=0.00411554;REVB=-0.0108883;RO=57;SAF=10;SAR=9;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065058;STB=0.545407;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0253336;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:58:19:19:0.246753:9:10:33:24:9:10:34:24 chr19 7570978 . T C 948.91 PASS AF=0.985075;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.107337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4454;QD=56.6511;RBI=0.129476;REFB=0.0431696;REVB=0.0724081;RO=1;SAF=12;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953831;STB=0.504586;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00641459;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:67:1:1:61:66:0.985075:49:12:0:1:54:12:0:1 chr19 7584223 . A G 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.887;QD=58.8217;RBI=0.0109774;REFB=0.0112796;REVB=-0.00428012;RO=1;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855122;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00012115;OID=.;OPOS=7584223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:55:51:0:1:55:51:0:1 chr19 7593589 . C T 224.12 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0218613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=8.45717;RBI=0.0221621;REFB=-0.0101062;REVB=0.00363918;RO=75;SAF=13;SAR=18;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414132;STB=0.524473;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0229731;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:75:31:31:0.292453:18:13:34:41:18:13:34:41 chr19 7600847 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00155749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6264;QD=23.3999;RBI=0.0991234;REFB=-0.0754164;REVB=0.0991111;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.022054;OID=.;OPOS=7600847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr19 7626361 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.01482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.759;QD=24.0275;RBI=0.018322;REFB=-0.0489372;REVB=0.0107733;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125035;STB=0.507032;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0326344;OID=.;OPOS=7626361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:9:5:3:5:9:5:3:5 chr19 7694393 . G A 302.47 PASS AF=0.35514;AO=37;DP=106;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0037842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.474;QD=11.3072;RBI=0.0111989;REFB=-0.0206152;REVB=-0.0105402;RO=69;SAF=22;SAR=15;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000458952;STB=0.510116;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.032049;OID=.;OPOS=7694393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:69:69:37:38:0.35514:15:22:41:28:16:22:41:28 chr19 7698320 . C T 116.63 PASS AF=0.269841;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.014332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.128;QD=7.40517;RBI=0.0229699;REFB=-0.0115101;REVB=0.0179503;RO=45;SAF=15;SAR=1;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619707;STB=0.895098;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0262637;OID=.;OPOS=7698320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:45:46:16:17:0.269841:1:15:24:21:1:16:25:21 chr19 7703605 . C T 619.99 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.677;QD=59.0465;RBI=0.0328079;REFB=-0.090143;REVB=0.0174561;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000345387;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:1:0 chr19 7711221 . T C 896.96 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776349;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.366;QD=58.8169;RBI=0.0163803;REFB=0;REVB=0.0144237;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867557;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr19 7712277 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.629;QD=61.8523;RBI=0.0352483;REFB=0;REVB=-0.00150627;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03833e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:36:46:0:0:37:46:0:0 chr19 7809071 . C T 404.91 PASS AF=0.6;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.0281332;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1373;QD=24.9176;RBI=0.0436661;REFB=-0.0328502;REVB=-0.0333954;RO=26;SAF=31;SAR=8;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159782;STB=0.586627;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0205161;OID=.;OPOS=7809071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:26:39:39:0.6:8:31:24:2:8:31:24:2 chr19 7913974 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.408;QD=57.3845;RBI=0.0324633;REFB=0;REVB=-0.00234295;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139478;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr19 7916620 . A G 322.5 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.606;QD=53.7498;RBI=0.0286723;REFB=0;REVB=-0.0182114;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196184;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr19 7928462 . T C 632.58 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.382;QD=61.7156;RBI=0.0218771;REFB=0;REVB=0.0210393;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20313e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr19 7928788 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.733;QD=57.2019;RBI=0.122098;REFB=0;REVB=-0.0369939;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161608;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 7936208 . A G 207.01 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.11;QD=48.7078;RBI=0.086115;REFB=0;REVB=-0.0823178;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706721;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 7938306 . A AG 382.69 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.2657;QD=39.2503;RBI=0.091833;REFB=0;REVB=0.0904857;RO=7;SAF=25;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00399693;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:39:39:0:27:12:0:0:7:7:25:6:1:6 chr19 7944348 . TC T 237.05 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534262;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.136;QD=41.2251;RBI=0.100797;REFB=0;REVB=-0.0854728;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00221936;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:23:23:0:12:11:0:0:5:0:12:9:0:0 chr19 7944700 . A G 749.87 PASS AF=0.627273;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=110;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0095173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6218;QD=27.2681;RBI=0.0244487;REFB=-0.0079275;REVB=-0.0225202;RO=39;SAF=33;SAR=36;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595751;STB=0.505545;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00517301;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:41:69:69:0.627273:36:33:19:20:36:33:19:22 chr19 7963914 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.697;QD=50.4134;RBI=0.0678682;REFB=0;REVB=0.0290368;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270045;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 7965339 . C T 472.78 PASS AF=0.370861;AO=55;DP=150;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0158393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.916;QD=12.5241;RBI=0.0168385;REFB=-0.000266302;REVB=0.00571397;RO=95;SAF=24;SAR=31;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534975;STB=0.525283;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000336661;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:95:95:55:56:0.370861:31:24:37:58:32:24:37:58 chr19 7975586 . C T 307.15 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0393708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.115;QD=40.9532;RBI=0.0491123;REFB=-0.0304781;REVB=0.0293592;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124821;STB=0.50677;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00646245;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:14:11:2:3:14:11:2:3 chr19 7986638 . C G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0200786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.227;QD=10.2403;RBI=0.0271873;REFB=-0.0225257;REVB=-0.0183304;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23035;STB=0.636124;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0373793;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:15:4:4:6:15:4 chr19 8122737 . G A 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0788903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8424;QD=9.18948;RBI=0.129346;REFB=-0.0261281;REVB=-0.102503;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503821;STB=0.530569;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0502801;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:19:16:7:7:19:16 chr19 8122767 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.683;QD=57.3852;RBI=0.0244069;REFB=0;REVB=-0.0126471;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05192e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr19 8138054 . C A 226.5 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00731928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.132;QD=17.094;RBI=0.00821237;REFB=-0.025762;REVB=-0.0037244;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137319;STB=0.627799;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0211052;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:28:25:25:0.471698:18:7:10:14:18:7:14:14 chr19 8145921 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.93;QD=47.8224;RBI=0.0349275;REFB=0;REVB=0.032527;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292106;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 8152725 . A G 946.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.153;QD=58.2704;RBI=0.0190167;REFB=0;REVB=-0.0044479;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61842e-05;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr19 8154990 . C T 296.97 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0662781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3177;QD=35.9962;RBI=0.0716801;REFB=-0.0160938;REVB=-0.0272993;RO=8;SAF=20;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181878;STB=0.599913;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00577087;OID=.;OPOS=8154990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:8:8:25:25:0.757576:5:20:4:4:5:20:4:4 chr19 8159362 . G T 92.27 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0133186;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.71;QD=8.78794;RBI=0.0160978;REFB=-0.00356052;REVB=0.00904183;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248749;STB=0.650922;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0119016;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:30:30:12:12:0.285714:7:5:19:11:7:5:19:11 chr19 8159409 . G T 137.31 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0538845;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.516;QD=14.8445;RBI=0.0611676;REFB=0.00142759;REVB=-0.0289472;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447146;STB=0.765571;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.010686;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:17:11:12:0.324324:7:4:12:2:8:4:14:3 chr19 8160897 . G C 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00975421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5823;QD=9.58927;RBI=0.00999577;REFB=-0.00506231;REVB=0.00218423;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104589;STB=0.506319;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0124966;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:9:4:9:21:9:4:9:21 chr19 8165868 . G A 361.08 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0136397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.666;QD=20.3424;RBI=0.0144563;REFB=-0.0204454;REVB=-0.00478982;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142739;STB=0.595282;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0150104;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:34:37:37:0.521127:17:20:22:9:17:20:25:9 chr19 8176569 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00419856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.533;QD=11.1042;RBI=0.0299927;REFB=-0.0271358;REVB=0.0296974;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0193911;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr19 8176640 . C T 97.82 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0327128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1182;QD=13.4927;RBI=0.0366815;REFB=0.000650106;REVB=-0.0165952;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310145;STB=0.681519;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00376867;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:11:6:8:4:11:6 chr19 8176919 . C T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00430144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.602;QD=6.66132;RBI=0.00739012;REFB=-0.000475111;REVB=0.00600928;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371556;STB=0.749465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00185549;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:2:8:16:15:2:8:16:16 chr19 8183871 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0533958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.635;QD=10.3782;RBI=0.0564776;REFB=-0.00988179;REVB=-0.0184012;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265763;STB=0.666221;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0207649;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:4:12:8:1:4:12 chr19 8188812 . C T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.045323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.026;QD=17.4266;RBI=0.0465864;REFB=0.0102044;REVB=0.0107757;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109198;STB=0.562433;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0103672;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:12:11:7:12:12:11 chr19 8191238 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9614;QD=53.9112;RBI=0.0484761;REFB=0;REVB=-0.01976;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582922;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr19 8191248 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.61;QD=53.9112;RBI=0.033856;REFB=0;REVB=0.0240145;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014859;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr19 8191401 . G A 66.07 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0284323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4128;QD=13.9102;RBI=0.213867;REFB=-0.0319996;REVB=0.211968;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496025;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0404098;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:10:10:7:8:0.421053:1:6:4:6:2:6:4:6 chr19 8196444 . C T 600.89 PASS AF=1;AO=24;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.95;QD=61.6297;RBI=0.064011;REFB=0;REVB=0.0608932;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378394;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:24:39:1:8:16:0:0:16:23:0:0 chr19 8196499 . G A 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0113132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.106;QD=25.6766;RBI=0.0197458;REFB=-0.0330992;REVB=-0.0161836;RO=28;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509548;STB=0.527856;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0196849;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:23:20:15:13:23:20:15:13 chr19 8203328 . G A 786.94 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.65;QD=55.2235;RBI=0.0221564;REFB=0.0246563;REVB=-0.0152249;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000133278;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:0:1:26:30:0:1 chr19 8319455 . C T 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.00658369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.71;QD=29.0929;RBI=0.00793262;REFB=-0.005727;REVB=0.00442511;RO=13;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22646;STB=0.622559;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00512743;OID=.;OPOS=8319455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:20:4:0:13:20:4:0:13 chr19 8320555 . G A 318.58 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0167845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.178;QD=32.6751;RBI=0.0291476;REFB=-0.0195284;REVB=-0.0238299;RO=12;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131266;STB=0.57165;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00953371;OID=.;OPOS=8320555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:13:14:9:3:13:14:9:3 chr19 8321182 . A T 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0353934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3312;QD=18.0355;RBI=0.0354787;REFB=-0.000334698;REVB=0.00245936;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056761;STB=0.532329;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.000435891;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:10:17:15:7:10:17 chr19 8321937 . C T 393.07 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0128151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6268;QD=33.4526;RBI=0.0199968;REFB=-0.0342291;REVB=-0.0153508;RO=15;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378107;STB=0.520626;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0118933;OID=.;OPOS=8321937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:15:17:7:8:15:17:7:8 chr19 8321946 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.021648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.978;QD=10.7149;RBI=0.0429815;REFB=-0.017611;REVB=-0.0371318;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583684;STB=0.534834;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0367651;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:16:13:7:7:16:13 chr19 8326904 . G A 677.87 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119583;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.535;QD=53.1662;RBI=0.0251949;REFB=-0.072039;REVB=0.0221762;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000396407;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:0:1:49:50:0.980392:31:18:0:0:31:19:0:1 chr19 8367033 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7559;QD=56.1874;RBI=0.0329705;REFB=0;REVB=0.0253294;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57069e-05;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 8367158 . C T 310.49 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0597407;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8326;QD=28.2266;RBI=0.0599422;REFB=-0.0054433;REVB=0.00491176;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263502;STB=0.635663;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00480701;OID=.;OPOS=8367158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:17:27:27:0.613636:16:11:14:4:16:11:13:4 chr19 8367359 . G C 423.75 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00968461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2447;QD=33.9001;RBI=0.010006;REFB=-0.00956201;REVB=0.00251565;RO=16;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896896;STB=0.548897;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00381564;OID=.;OPOS=8367359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:14:20:7:9:14:20:7:9 chr19 8367709 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0202059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.232;QD=18.4438;RBI=0.0480754;REFB=-0.0184352;REVB=0.043623;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280231;STB=0.681098;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0154748;OID=.;OPOS=8367709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:7:4:6:2:7:4:7:2 chr19 8368758 . G A 441.06 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00361766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.937;QD=40.0965;RBI=0.0494474;REFB=-0.00278948;REVB=0.0493149;RO=10;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803058;STB=0.543452;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.000678021;OID=.;OPOS=8368758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:20:14:6:4:20:14:6:4 chr19 8368794 . C A 359.54 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0296516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.818;QD=38.8697;RBI=0.0296518;REFB=-0.0639531;REVB=-0.000109439;RO=8;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503729;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0218815;OID=.;OPOS=8368794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:8:8:28:29:0.783784:14:14:4:4:15:14:4:4 chr19 8387207 . G A 1377.34 PASS AF=0.988889;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.192;QD=61.2153;RBI=0.0528556;REFB=-0.0839998;REVB=0.0515308;RO=1;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141395;STB=0.507245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000626486;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:1:1:86:89:0.988889:33:53:0:1:34:55:0:1 chr19 8389520 . C T 117.23 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0205573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1947;QD=12.3402;RBI=0.0262047;REFB=-0.0126433;REVB=-0.0162506;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787639;STB=0.546155;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0276288;OID=.;OPOS=8389520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:7:17:9:5:7:17 chr19 8398714 . A G 727.25 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.758;QD=57.0389;RBI=0.0692153;REFB=0;REVB=0.0664166;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114347;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:23:25:0:0:26:25:0:0 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0268508;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=315.028;QD=9.76021;RBI=0.0299831;REFB=-0.0193516;REVB=-0.0133424;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.69515;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0365558;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:19:7:19:12:3:4:9:3:46:12:3:4:9:3 chr19 8398975 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000236833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.196;QD=18.2489;RBI=0.0336059;REFB=-0.00982266;REVB=-0.033605;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387481;STB=0.723321;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0150725;OID=.;OPOS=8398975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:4:8:3:10:4:8 chr19 8468337 . C T 461.09 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0813816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8889;QD=52.6961;RBI=0.0874892;REFB=-0.0379631;REVB=0.0321154;RO=2;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156293;STB=0.508375;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00373164;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:12:21:1:1:12:21:1:1 chr19 8551093 . CT C,CC 87.57 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,6;DP=9;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176611,-0.0331704;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.832,170.456;QD=38.9198;RBI=0.0593077,0.0636832;REFB=0,0;REVB=0.056617,0.0543624;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0451428,-0.00668078;OID=.,.;OPOS=8551094,8551094;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,6:9:1,8:9:0:1,2:0,6:0:0:6:0:1,2:1,4:0:0 chr19 8553630 . C T 1178.79 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103247;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.387;QD=61.2357;RBI=0.0134713;REFB=0;REVB=0.00865303;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15815e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr19 8578035 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.955;QD=59.8394;RBI=0.0342842;REFB=0;REVB=0.0061901;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124629;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr19 8645785 . CAT CCT,CT,CTC 476.28 PASS AF=0.939394,0.0606061,0;AO=26,4,2;DP=33;FAO=31,2,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013791,0.00842752,-0.00869412;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=146.801,131.491,95.1863;QD=57.7312;RBI=0.0381621,0.0162511,0.0240158;REFB=0,0,0;REVB=0.0355831,0.0138951,0.0223869;RO=0;SAF=10,3,2;SAR=16,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=7.71087e-08,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0158363,0.0421748,-0.0255591;OID=.,.,.;OPOS=8645786,8645786,8645786;OREF=A,A,AT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CCT,CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061,0:26,4,2:33:31,2,0:33:0:14,2,0:17,0,0:0:0:6:0:10,3,2:16,1,0:0:0 chr19 8645827 . T C 493.73 PASS AF=0.621622;AO=44;DP=72;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=5.00657e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.552;QD=26.6878;RBI=0.0362888;REFB=-0.0149799;REVB=0.0362887;RO=28;SAF=16;SAR=28;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223095;STB=0.509406;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0126176;OID=.;OPOS=8645827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:28:28:44:46:0.621622:28:16:11:17:29:17:11:17 chr19 8651562 . A G 315.4 PASS AF=0.583333;AO=26;DP=46;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0109215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.907;QD=26.2832;RBI=0.0141633;REFB=-0.0148702;REVB=-0.00901769;RO=17;SAF=5;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162851;STB=0.599924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0102897;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:20:26:28:0.583333:21:5:6:11:21:7:9:11 chr19 8669931 . G C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.727;QD=58.2333;RBI=0.0586358;REFB=0;REVB=0.0135104;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011976;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr19 8808373 . G T 562.02 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0826275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9283;QD=29.1958;RBI=0.0886464;REFB=-0.00723005;REVB=0.0321074;RO=27;SAF=23;SAR=27;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085531;STB=0.546427;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0066309;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:27:23:16:11:27:23:16:11 chr19 8808822 . G T 43.94 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4553;QD=21.968;RBI=0.0573184;REFB=-0.0912034;REVB=-0.0545704;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0245906;OID=.;OPOS=8808822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:4:2:1:0:4:2:2:0 chr19 8808900 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.406;QD=39.2068;RBI=0.100357;REFB=0;REVB=-0.0948847;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692049;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr19 8808942 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7184;QD=40.7587;RBI=0.0931818;REFB=0;REVB=-0.0919282;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00642188;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr19 8953801 . T C 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143183;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.127;QD=61.354;RBI=0.0162283;REFB=0;REVB=0.00763825;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010786;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 8953922 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.999;QD=60.9765;RBI=0.0433239;REFB=0;REVB=0.0253698;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385558;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr19 8961981 . C G 1379.26 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6654;QD=60.6267;RBI=0.0624327;REFB=-0.0294496;REVB=0.0587094;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117006;STB=0.506023;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000926094;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:1:1:89:90:0.989011:40:49:0:1:41:49:0:1 chr19 8982271 . G A 189.32 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0666453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8845;QD=13.0567;RBI=0.0898977;REFB=-0.0223788;REVB=0.0603323;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120758;STB=0.569558;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0460974;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:16:19:15:8:16:19 chr19 8987218 . G T 580.92 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0296495;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.574;QD=21.9215;RBI=0.0394264;REFB=-0.0473871;REVB=0.0259875;RO=48;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136007;STB=0.570274;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0343277;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:57:58:0.54717:30:27:15:33:31:27:15:33 chr19 8996019 . A T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0555118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.64;QD=21.1688;RBI=0.0555173;REFB=-0.0177326;REVB=0.000779433;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00773934;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr19 8999429 . G T 48.85 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00536286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.4839;QD=2.03526;RBI=0.0159481;REFB=0.000353263;REVB=0.0150194;RO=83;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144782;STB=0.60674;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0030689;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:83:85:11:11:0.114583:7:4:40:43:7:4:41:44 chr19 8999438 . A T 73.29 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0396002;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4726;QD=3.1523;RBI=0.0398117;REFB=0.00162916;REVB=0.00409819;RO=79;SAF=5;SAR=9;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142185;STB=0.597015;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0149879;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:94:93:79:79:14:14:0.150538:9:5:37:42:9:5:37:42 chr19 8999449 . G T 80.57 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0119489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8397;QD=3.39246;RBI=0.040465;REFB=-0.00347737;REVB=-0.0386606;RO=77;SAF=5;SAR=10;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17378;STB=0.612984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0155593;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:92:95:77:80:15:15:0.157895:10:5:36:41:10:5:37:43 chr19 8999453 . C T 317.59 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0221036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.27;QD=13.0966;RBI=0.0229146;REFB=-0.00368587;REVB=0.00604221;RO=61;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146991;STB=0.583904;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00511624;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:17:19:24:37:17:19:24:37 chr19 8999478 . T C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0346567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.276;QD=1.7406;RBI=0.0350868;REFB=-0.00422768;REVB=-0.00547673;RO=78;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050252;STB=0.538376;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0479898;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:5:4:38:40:5:4:38:40 chr19 9001822 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00962426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.273;QD=15.2625;RBI=0.00965237;REFB=-0.027671;REVB=-0.000736186;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457924;STB=0.770229;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.030035;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:7:9:2:11:7:9 chr19 9001833 . A G 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0298626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.06;QD=16.8844;RBI=0.0468595;REFB=-0.0199727;REVB=0.0361115;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464814;STB=0.772547;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0107168;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:2:13:8:9:2:13:8:9 chr19 9001835 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00781453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.985;QD=16.8839;RBI=0.0186578;REFB=-0.00177656;REVB=-0.0169425;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464814;STB=0.772547;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00260316;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:2:13:8:9:2:13:8:9 chr19 9002504 . T C 71.99 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0668629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9952;QD=2.61776;RBI=0.0674526;REFB=-0.00510385;REVB=-0.00889976;RO=95;SAF=6;SAR=9;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156848;STB=0.608551;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.016023;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:110:110:95:95:15:15:0.136364:9:6:50:45:9:6:50:45 chr19 9002519 . G C 70.05 PASS AF=0.135135;AO=12;DP=108;FAO=15;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0340242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.99;QD=2.52447;RBI=0.0869292;REFB=-0.0132466;REVB=0.079994;RO=80;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192541;STB=0.621269;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.118172;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:108:111:80:96:12:15:0.135135:8:4:39:41:9:6:52:44 chr19 9002576 . T C 68.68 PASS AF=0.135135;AO=15;DP=112;FAO=15;FDP=111;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0268879;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3007;QD=2.4749;RBI=0.0781047;REFB=-0.0181653;REVB=-0.0733307;RO=97;SAF=5;SAR=10;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215478;STB=0.654338;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.14072;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:112:111:97:96:15:15:0.135135:10:5:49:48:10:5:49:47 chr19 9002587 . C T 46.93 PASS AF=0.107843;AO=8;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0216446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4816;QD=1.84033;RBI=0.0246445;REFB=-0.00579916;REVB=-0.0117841;RO=91;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109129;STB=0.599088;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0540881;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:102:102:91:91:8:11:0.107843:5:3:43:48:7:4:43:48 chr19 9002597 . C T 42.29 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0443329;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3543;QD=1.78066;RBI=0.0570989;REFB=-0.00243529;REVB=-0.0359844;RO=85;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844701;STB=0.574318;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.02225;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:6:4:40:45:6:4:41:44 chr19 9003618 . C T 767.99 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00645438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.543;QD=22.9251;RBI=0.0240977;REFB=-0.00771603;REVB=-0.0232173;RO=60;SAF=35;SAR=38;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320594;STB=0.505628;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00648385;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:60:61:73:73:0.544776:38:35:29:31:38:35:30:31 chr19 9003645 . G A 697.87 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0151098;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.244;QD=21.8083;RBI=0.0156064;REFB=-0.00776694;REVB=-0.00390563;RO=60;SAF=32;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320082;STB=0.517555;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0132967;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:60:60:68:68:0.53125:36:32:26:34:36:32:26:34 chr19 9005719 . A G 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00610014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.138;QD=22.3405;RBI=0.00771155;REFB=-0.00786274;REVB=-0.00471766;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00669826;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:4:10:8:10:4:10 chr19 9006370 . A G 152.67 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0618083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.052;QD=8.72416;RBI=0.0733463;REFB=-0.01285;REVB=-0.0394893;RO=49;SAF=2;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597353;STB=0.86324;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207182;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:19:2:26:23:19:2:26:23 chr19 9006415 . TT CA,TA 143.12 PASS AF=0.240741,0.111111;AO=13,6;DP=54;FAO=13,6;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=2,1;FSAR=11,5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00976195,0.013768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=214.725,140.947;QD=10.6013;RBI=0.0111956,0.0156666;REFB=-0.00874358,-0.0169979;REVB=0.00548133,0.00747562;RO=34;SAF=2,1;SAR=11,5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.380145,-0.335764;STB=0.750561,0.760933;STBP=0.053,0.219;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0196035,0.0335125;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:54:54:34:35:13,6:13,6:0.240741,0.111111:11,5:2,1:14:20:11,5:2,1:15:20 chr19 9006418 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0126601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.702;QD=11.6171;RBI=0.0131597;REFB=-0.0127161;REVB=0.00359136;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389968;STB=0.732543;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.030268;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:16:3:15:19:16:3:15:19 chr19 9012840 . G A 54.56 PASS AF=0.0930233;AO=16;DP=172;FAO=16;FDP=172;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=101;FWDB=-0.00521212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.73;QD=1.26873;RBI=0.0232775;REFB=-0.00174221;REVB=0.0226865;RO=154;SAF=7;SAR=9;SRF=54;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108058;STB=0.579724;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0134732;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:172:172:154:156:16:16:0.0930233:9:7:54:100:9:7:55:101 chr19 9014551 . T C 50.64 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.041781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8673;QD=3.43303;RBI=0.0515577;REFB=0.0056056;REVB=0.0302085;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365235;STB=0.739639;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0322645;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:4:5:13:37:4:5:13:37 chr19 9014569 . A G 44.37 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0241092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.013;QD=3.114;RBI=0.0268331;REFB=-0.00568461;REVB=-0.0117797;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479307;STB=0.754562;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0448343;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:41:49:8:8:0.140351:3:5:9:32:3:5:15:34 chr19 9019605 . C G 370.13 PASS AF=0.284916;AO=51;DP=180;FAO=51;FDP=179;FR=.;FRO=128;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=0.00893697;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.199;QD=8.27098;RBI=0.0274987;REFB=-0.0132626;REVB=-0.0260059;RO=126;SAF=24;SAR=27;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416319;STB=0.5238;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0323342;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:126:128:51:51:0.284916:27:24:55:71:27:24:56:72 chr19 9020154 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00204555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.066;QD=17.247;RBI=0.0104274;REFB=-0.0127921;REVB=-0.0102248;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3124;STB=0.678837;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0221055;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:16:11:15:6:16:11 chr19 9021069 . C T 37.59 PASS AF=0.0755814;AO=13;DP=172;FAO=13;FDP=172;FR=.;FRO=159;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=98;FSRR=61;FWDB=-0.0308749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.546;QD=0.874172;RBI=0.0354819;REFB=-0.00181905;REVB=-0.0174844;RO=159;SAF=3;SAR=10;SRF=98;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410169;STB=0.825395;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0207232;OID=.;OPOS=9021069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:172:172:159:159:13:13:0.0755814:10:3:98:61:10:3:98:61 chr19 9021075 . T C 52.65 PASS AF=0.0898876;AO=16;DP=178;FAO=16;FDP=178;FR=.;FRO=162;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=101;FSRR=61;FWDB=-0.00095183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.949;QD=1.1831;RBI=0.0141447;REFB=-0.000207927;REVB=-0.0141126;RO=161;SAF=3;SAR=13;SRF=101;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485983;STB=0.858564;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0037793;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:178:178:161:162:16:16:0.0898876:13:3:101:60:13:3:101:61 chr19 9021096 . G A 32.49 PASS AF=0.0663265;AO=11;DP=198;FAO=13;FDP=196;FR=.;FRO=183;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=108;FSRR=75;FWDB=0.0058265;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.893;QD=0.663049;RBI=0.025143;REFB=-0.0010439;REVB=-0.0244585;RO=182;SAF=3;SAR=8;SRF=107;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309851;STB=0.812746;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0178427;OID=.;OPOS=9021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:198:196:182:183:11:13:0.0663265:8:3:107:75:10:3:108:75 chr19 9021107 . C G 36.7 PASS AF=0.0703518;AO=14;DP=199;FAO=14;FDP=199;FR=.;FRO=185;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=78;FWDB=-0.0146214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.036;QD=0.737786;RBI=0.034356;REFB=-0.00188754;REVB=0.0310894;RO=184;SAF=2;SAR=12;SRF=106;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457369;STB=0.878531;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0197417;OID=.;OPOS=9021107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:199:199:184:185:14:14:0.0703518:12:2:106:78:12:2:107:78 chr19 9021118 . C T 36.49 PASS AF=0.07;AO=14;DP=200;FAO=14;FDP=200;FR=.;FRO=186;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=79;FWDB=-0.0134019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.926;QD=0.729702;RBI=0.0220069;REFB=0.000109223;REVB=0.0174555;RO=186;SAF=2;SAR=12;SRF=107;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455324;STB=0.87735;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00146179;OID=.;OPOS=9021118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:200:200:186:186:14:14:0.07:12:2:107:79:12:2:107:79 chr19 9024994 . C T 43.6 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0251743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.495;QD=6.01412;RBI=0.0282586;REFB=-0.0066592;REVB=-0.0128376;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.567979;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0217698;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:8:13:5:2:8:14 chr19 9028373 . G A 109.71 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0222817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2718;QD=6.09487;RBI=0.022719;REFB=-0.000141776;REVB=-0.00443627;RO=54;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361859;STB=0.51553;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000318788;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:54:55:17:17:0.236111:8:9:27:27:8:9:28:27 chr19 9033314 . G A 74.66 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0567574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.29;QD=9.95424;RBI=0.132014;REFB=-0.0391911;REVB=-0.11919;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341536;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0620649;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:14:20:9:10:0.333333:5:4:11:3:6:4:11:9 chr19 9048342 . C T 127.66 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0201682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1813;QD=11.8753;RBI=0.0321792;REFB=-0.0202737;REVB=-0.0250747;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263309;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296419;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:13:15:8:7:13:15 chr19 9057408 . A G 374.98 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0202951;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.938;QD=14.5621;RBI=0.0211627;REFB=-0.0111279;REVB=0.00599745;RO=61;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522308;STB=0.534044;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0149121;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:61:60:43:43:0.417476:24:19:30:31:24:19:30:30 chr19 9057687 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0450814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.873;QD=6.482;RBI=0.0452999;REFB=-0.00103174;REVB=0.00444359;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383424;STB=0.736436;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0138634;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:4:6:9:24:4:6:9:24 chr19 9058907 . G C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0104188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.526;QD=11.2609;RBI=0.0507139;REFB=-0.0141984;REVB=0.0496321;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260078;STB=0.646851;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0198005;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:4:11:15:14:4:11:16:14 chr19 9059159 . T G 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00198111;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=270.991;QD=7.51882;RBI=0.0213189;REFB=-0.00230648;REVB=-0.0212266;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254351;STB=0.605948;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00557252;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:48:18:18:0.272727:9:9:10:26:9:9:17:31 chr19 9059307 . C T 147.02 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0118652;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.856;QD=7.44391;RBI=0.0122359;REFB=-0.0119183;REVB=0.00298877;RO=58;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125967;STB=0.576281;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0315215;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:8:13:30:28:8:13:30:28 chr19 9059808 . A G 190.13 PASS AF=0.245763;AO=28;DP=117;FAO=29;FDP=118;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0160307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.785;QD=6.44511;RBI=0.018643;REFB=-0.00191871;REVB=-0.00951723;RO=89;SAF=19;SAR=9;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248414;STB=0.659755;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0054535;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:89:89:28:29:0.245763:9:19:43:46:9:20:43:46 chr19 9060541 . C T 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.012636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.2;QD=12.182;RBI=0.0217276;REFB=-0.0158604;REVB=-0.0176754;RO=49;SAF=22;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300777;STB=0.669815;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0439734;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:7:22:25:24:7:22:26:24 chr19 9060605 . G A 278.47 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0109408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.17;QD=11.6029;RBI=0.0153934;REFB=-0.0083688;REVB=-0.0108284;RO=62;SAF=17;SAR=16;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743467;STB=0.5475;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0162403;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:33:33:0.34375:16:17:36:26:16:17:37:26 chr19 9060812 . T C 318.59 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0102738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.602;QD=26.5487;RBI=0.0144959;REFB=-0.0142458;REVB=0.0102265;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431581;STB=0.505984;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0112399;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:15:12:9:11:15:13:9:11 chr19 9061559 . C G 200.46 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00623723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.197;QD=9.66063;RBI=0.0175184;REFB=-0.0047918;REVB=-0.0163704;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11622;STB=0.568214;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00621584;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:14:12:32:25:14:12:32:25 chr19 9062415 . T G 194.09 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00810336;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.128;QD=11.9437;RBI=0.011875;REFB=0.00529015;REVB=0.00868053;RO=41;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286645;STB=0.673326;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0043349;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:23:24:0.369231:8:15:16:25:8:16:16:25 chr19 9062544 . T G 94.65 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00540974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6229;QD=6.64245;RBI=0.00566101;REFB=0.0151001;REVB=0.00166785;RO=43;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148658;STB=0.593081;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0446033;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:10:4:17:26:10:4:17:26 chr19 9065203 . T C 112.13 PASS AF=0.4;AO=12;DP=33;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.018374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.268;QD=12.8148;RBI=0.0232556;REFB=-0.0354758;REVB=0.0142556;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39214;STB=0.705605;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0536915;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:21:21:12:14:0.4:4:8:6:15:5:9:6:15 chr19 9065510 . G A 144.54 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0138535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9816;QD=10.1431;RBI=0.0566245;REFB=-0.0233425;REVB=0.0549036;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641151;STB=0.535279;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0437204;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:38:19:19:0.333333:9:10:21:15:9:10:22:16 chr19 9065619 . G C 436.61 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00464417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.237;QD=32.3417;RBI=0.0358758;REFB=-0.047253;REVB=0.0355739;RO=15;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187679;STB=0.510159;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0189669;OID=.;OPOS=9065619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:17:22:9:6:17:22:9:6 chr19 9066259 . T C 359.49 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00196641;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.614;QD=11.5965;RBI=0.0683463;REFB=-0.00213653;REVB=0.068318;RO=79;SAF=24;SAR=20;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709023;STB=0.535698;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00430376;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:80:44:44:0.354839:20:24:48:31:20:24:48:32 chr19 9068530 . C T 275.15 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00419476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.991;QD=13.1024;RBI=0.0445602;REFB=-0.00228221;REVB=-0.0443623;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192081;STB=0.504481;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0038653;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:15:17:28:23:15:17:28:24 chr19 9070079 . C G 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0117843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.681;QD=7.95488;RBI=0.0302943;REFB=-0.00222174;REVB=-0.0279083;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323091;STB=0.709513;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00555721;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:6:13:7:1:6:13 chr19 9070194 . A G 210.96 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0138831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.739;QD=14.0637;RBI=0.0145794;REFB=-0.0204359;REVB=0.00445178;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719728;STB=0.540951;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0328462;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:22:13:11:14:22:13 chr19 9070225 . G C 250.56 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00369063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7722;QD=12.2223;RBI=0.0262749;REFB=0.00355953;REVB=0.0260144;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087114;STB=0.550222;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00555051;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:11:19:29:23:11:19:29:23 chr19 9070837 . G A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0585949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.587;QD=7.51886;RBI=0.0685372;REFB=-0.0172014;REVB=-0.0355524;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24516;STB=0.636223;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0418683;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:48:18:18:0.272727:9:9:31:13:9:9:33:15 chr19 9071763 . T A 359.18 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00651967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.268;QD=12.9433;RBI=0.00892809;REFB=-0.0102722;REVB=-0.00609957;RO=68;SAF=11;SAR=32;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21137;STB=0.620998;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0197049;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:32:11:29:39:32:11:29:39 chr19 9075565 . C T 321.51 PASS AF=0.297872;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=141;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0305807;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7616;QD=9.12091;RBI=0.0306063;REFB=0.00955143;REVB=-0.00125219;RO=100;SAF=18;SAR=24;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981124;STB=0.553946;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0286322;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:100:99:42:42:0.297872:24:18:51:49:24:18:50:49 chr19 9075737 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0585802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5841;QD=7.34909;RBI=0.0586204;REFB=-0.0213718;REVB=-0.00217048;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0499592;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:6:7:20:17:6:7:21:18 chr19 9077196 . C T 220.55 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0213803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.537;QD=16.0399;RBI=0.0462212;REFB=-0.00650848;REVB=-0.040979;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979372;STB=0.555511;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00730762;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:14:10:15:14:15:10:15:15 chr19 9080462 . C G 1458.74 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650357;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.942;QD=63.4233;RBI=0.0233699;REFB=0;REVB=0.0224467;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41174e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:52:38:0:0:54:38:0:0 chr19 9082514 . C A 305.9 PASS AF=0.342105;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=0.00970809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.661;QD=10.7334;RBI=0.0125791;REFB=-0.0184122;REVB=-0.00799911;RO=74;SAF=8;SAR=30;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750592;STB=0.520435;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0375176;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:74:75:38:39:0.342105:30:8:19:55:30:9:19:56 chr19 9083124 . G A 262.06 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00934873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5931;QD=25.567;RBI=0.0341102;REFB=0.0015245;REVB=-0.0328041;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18343;STB=0.601527;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00213733;OID=.;OPOS=9083124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:5:12:11:13:5:12 chr19 9087615 . T A 918.41 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0360773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3368;QD=54.0239;RBI=0.0556205;REFB=-0.182654;REVB=0.0423328;RO=3;SAF=26;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226911;STB=0.512191;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00934612;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:68:3:3:64:65:0.955882:38:26:2:1:39:26:2:1 chr19 9088017 . T G 212.54 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0216699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3401;QD=17.7114;RBI=0.0331166;REFB=-0.0268735;REVB=0.0250424;RO=26;SAF=3;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408557;STB=0.741927;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0339122;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:18:3:12:14:19:3:12:14 chr19 9088722 . G A 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0016282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.874;QD=15.0398;RBI=0.0169045;REFB=-0.0119047;REVB=0.0168259;RO=47;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181519;STB=0.593813;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0212388;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:25:10:21:26:25:10:21:28 chr19 9204307 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.857;QD=60.2307;RBI=0.0144672;REFB=0;REVB=-0.0109474;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11293e-06;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr19 9213026 . T C 585.24 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0635116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1633;QD=55.7371;RBI=0.0815326;REFB=0.0580953;REVB=-0.0511257;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170167;STB=0.509429;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00446728;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:2:2:39:40:0.952381:13:26:1:1:13:27:1:1 chr19 9213079 . A C 537.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3667;QD=59.7763;RBI=0.0275796;REFB=0;REVB=0.0192771;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693158;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr19 9213132 . A G 386.52 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.138294;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9908;QD=53.3132;RBI=0.147787;REFB=-0.143014;REVB=0.0521129;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.010606;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr19 9225685 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0167368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4466;QD=15.7;RBI=0.0187461;REFB=-0.0297006;REVB=-0.00844377;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0407334;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:10:9:7:8:10:9 chr19 9226017 . C G 86.96 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00592295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.386;QD=8.69619;RBI=0.00693684;REFB=-0.00487294;REVB=0.00361088;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537559;STB=0.831066;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00749528;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:40:40:28:28:10:10:0.25:8:2:19:9:8:2:19:9 chr19 9236698 . G GATGGT 52.73 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00833904;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=5;MLLD=318.779;QD=6.20304;RBI=0.0112855;REFB=-0.0125436;REVB=-0.00760412;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136355;STB=0.589049;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=0.0428439;OID=.;OPOS=9236699;OREF=-;OALT=ATGGT;OMAPALT=GATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:35:8:34:26:6:2:17:9:52:26:6:2:17:9 chr19 9236886 . A G 63.05 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00592525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.907;QD=8.40625;RBI=0.011532;REFB=-0.0198593;REVB=-0.0098933;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48837;STB=0.79936;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0349886;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:7:14:2:7:7:14 chr19 9237215 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0121539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.255;QD=2.28093;RBI=0.0215886;REFB=-0.00606187;REVB=-0.0178424;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172163;STB=0.629227;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0432004;OID=.;OPOS=9237215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:17:31:3:3:17:31 chr19 9267319 . G T 695.5 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352349;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.358;QD=63.2269;RBI=0.0354392;REFB=0;REVB=-0.00379986;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578317;OID=.;OPOS=9267319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:23:19:0:0:23:21:0:0 chr19 9273800 . A G 1324.28 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179966;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.579;QD=62.319;RBI=0.0358158;REFB=0;REVB=0.030966;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013546;OID=.;OPOS=9273800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:86:85:1:32:54:0:0:31:54:0:0 chr19 9296664 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.526;QD=51.9162;RBI=0.0298045;REFB=0;REVB=0.0153905;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12252e-05;OID=.;OPOS=9296664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr19 9297286 . A T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00350569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.648;QD=23.674;RBI=0.018056;REFB=-0.0222221;REVB=-0.0177124;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231467;STB=0.629503;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0194104;OID=.;OPOS=9297286;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:7:14:6:10:7:14:6:10 chr19 9297381 . A C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00418081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.504;QD=7.20341;RBI=0.022545;REFB=-0.00253539;REVB=0.022154;RO=50;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115228;STB=0.569955;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00454679;OID=.;OPOS=9297381;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:10:8:27:23:10:8:27:23 chr19 9297874 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.424;QD=59.0186;RBI=0.0249477;REFB=0;REVB=0.0230791;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59e-05;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 9298364 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2677;QD=33.4277;RBI=0.0508041;REFB=0;REVB=-0.0363548;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42964e-05;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 9325116 . G A 1556.32 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.396;QD=59.8585;RBI=0.0169875;REFB=0;REVB=-0.00691774;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97171e-06;OID=.;OPOS=9325116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr19 9325252 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.151;QD=58.2394;RBI=0.0202727;REFB=0;REVB=0.0186585;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75287e-05;OID=.;OPOS=9325252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr19 9346403 . T A 897.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.989;QD=57.0018;RBI=0.0589252;REFB=0;REVB=0.0328067;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184668;OID=.;OPOS=9346403;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:35:27:0:1:36:27:0:0 chr19 9346427 . T C 588.63 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0582052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.328;QD=53.5117;RBI=0.0657561;REFB=-0.0555448;REVB=0.0305945;RO=3;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623867;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00620647;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:44:3:3:39:41:0.931818:21:18:0:3:22:19:0:3 chr19 9346599 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9126;QD=62.9825;RBI=0.0136286;REFB=0;REVB=-0.00864636;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52059e-05;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr19 9362343 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0200776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.636;QD=12.2128;RBI=0.0227087;REFB=-0.00831783;REVB=0.0106101;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184678;STB=0.608534;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0186735;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:8:14:6:7:8:14 chr19 9362443 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00460766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=318.224;QD=11.6672;RBI=0.00684736;REFB=-0.00215039;REVB=-0.00506515;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421631;STB=0.524964;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00446978;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:12:14:7:7:12:14 chr19 9362799 . T G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0317568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.182;QD=9.49166;RBI=0.0350774;REFB=-0.00348697;REVB=-0.0148972;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125693;STB=0.576108;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00805004;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:12:6:4:5:12:6 chr19 9452026 . ACT A 174.16 PASS AF=0.73913;AO=15;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0171038;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.75;QD=30.2893;RBI=0.0192698;REFB=0.0157577;REVB=-0.0088761;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069444;STB=0.567491;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=-0.00529665;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:15:23:17:23:6:7:10:1:5:36:5:5:10:1:4 chr19 9490814 . C T 179.91 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0165257;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.395;QD=21.8074;RBI=0.0171793;REFB=-0.00967927;REVB=0.00469341;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.599891;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00890748;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:10:5:10:8:10:5 chr19 9492141 . C T 389.42 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0159972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2223;QD=37.9921;RBI=0.0552498;REFB=-0.00536199;REVB=-0.0528831;RO=10;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082095;STB=0.544557;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00115132;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:13:18:4:6:13:18:4:6 chr19 9492370 . A T 243.59 PASS AF=0.84;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.04664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.096;QD=38.9749;RBI=0.0471965;REFB=-0.0192305;REVB=0.00722636;RO=4;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502615;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00542603;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:25:4:4:20:21:0.84:15:5:1:3:16:5:1:3 chr19 9524185 . A G 552.81 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0520477;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4095;QD=18.7392;RBI=0.0652765;REFB=-0.0228732;REVB=0.0393962;RO=55;SAF=24;SAR=33;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158855;STB=0.602522;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0186621;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:55:60:57:58:0.491525:33:24:33:22:34:24:37:23 chr19 9964946 . G A 367.02 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0114903;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.379;QD=28.7855;RBI=0.0989443;REFB=0.000946948;REVB=0.0982749;RO=15;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695597;STB=0.559405;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000195751;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:15:17:34:34:0.666667:14:20:7:8:14:20:7:10 chr19 9968434 . C T 264.69 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0220288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.191;QD=13.0711;RBI=0.0353149;REFB=-0.0283907;REVB=0.027602;RO=50;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123982;STB=0.571034;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0459383;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:19:12:25:25:19:12:25:25 chr19 10070500 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00980218;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.101;QD=13.2053;RBI=0.0145288;REFB=-0.00374751;REVB=0.0107239;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00447965;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:4:6:6:6:0.5:5:1:2:2:5:1:3:3 chr19 10071063 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.000635391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.103;QD=11.9195;RBI=0.00175364;REFB=-0.00390279;REVB=0.00163448;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.633826;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0114611;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:0:8:5:2:1:8 chr19 10071347 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0339346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.544;QD=5.37736;RBI=0.0343652;REFB=-0.00828553;REVB=0.00542337;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108265;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0170575;OID=.;OPOS=10071347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:13:12:4:3:13:12 chr19 10077419 . C G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.045;QD=39.318;RBI=0.0370998;REFB=-0.128141;REVB=0.00586033;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00117409;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:8:5:0:0:8:5:0:1 chr19 10078589 . T C 110.63 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.022089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0963;QD=6.06175;RBI=0.0654376;REFB=0.0100491;REVB=0.0615967;RO=54;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21994;STB=0.651767;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0334252;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:54:56:17:17:0.232877:12:5:25:29:12:5:27:29 chr19 10079093 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.033133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.834;QD=26.5503;RBI=0.0352581;REFB=-0.0208995;REVB=-0.0120557;RO=19;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330279;STB=0.518123;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.010558;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:20:12:8:11:20:12:8:11 chr19 10081276 . C G 370.47 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00845583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.399;QD=29.0565;RBI=0.0363801;REFB=-0.0302307;REVB=-0.0353838;RO=17;SAF=28;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113;STB=0.562005;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0120998;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:6:28:12:5:6:28:12:5 chr19 10084292 . C G 738.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.512;QD=54.7356;RBI=0.0514784;REFB=-0.0140759;REVB=0.0019429;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000852782;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:0:1 chr19 10084422 . C T 30.71 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00661493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.593;QD=11.169;RBI=0.0245347;REFB=-0.00654526;REVB=0.0236262;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0126742;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:2:3:3:2:3:3 chr19 10085054 . G A 199.37 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00163778;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.702;QD=25.7248;RBI=0.0191828;REFB=-0.0374621;REVB=0.0191128;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106079;STB=0.558564;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0135982;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:31:12:12:19:19:0.612903:16:3:1:11:16:3:1:11 chr19 10088271 . C G 357.53 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.532;QD=55.004;RBI=0.0254794;REFB=0;REVB=-0.00835823;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377607;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 10089262 . G A 851.37 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003736;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.278;QD=54.9269;RBI=0.00572675;REFB=-0.140707;REVB=-0.00434027;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000960188;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:33:26:1:0:34:27:1:0 chr19 10100061 . C A 362.84 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0106758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.926;QD=27.9105;RBI=0.0305308;REFB=-0.0120751;REVB=-0.0286035;RO=18;SAF=11;SAR=23;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335709;STB=0.518314;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00671953;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:23:11:5:13:23:11:5:13 chr19 10102676 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0096908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.602;QD=20.838;RBI=0.0155907;REFB=-0.0325666;REVB=0.012213;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0240659;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:3:2:3:6:3:2 chr19 10104272 . G C 95.29 PASS AF=0.833333;AO=11;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.019876;FXX=0.076864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.071;QD=31.7636;RBI=0.0207832;REFB=-0.0609464;REVB=-0.00607314;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0270019;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:12:2:2:11:10:0.833333:6:5:2:0:6:4:2:0 chr19 10106936 . G C 204.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0130429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.928;QD=22.7254;RBI=0.0496998;REFB=-0.0221102;REVB=0.0479578;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39856;STB=0.722609;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0228385;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:13:3:14:6:13:3 chr19 10108714 . G A 348.37 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0205976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6906;QD=27.3231;RBI=0.0295779;REFB=-0.0217845;REVB=0.0212271;RO=18;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982569;STB=0.553667;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00839535;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:16:17:12:6:16:17:12:6 chr19 10112346 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.66;QD=62.9829;RBI=0.0440785;REFB=0;REVB=0.0253239;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1911e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr19 10218524 . C G 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00258493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6621;QD=28.5594;RBI=0.0328091;REFB=-0.0302654;REVB=-0.0327071;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129629;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0134217;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:8:12:8:2:8:12:8:2 chr19 10225777 . A G 252.54 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.017525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.696;QD=28.06;RBI=0.0222861;REFB=0.00749491;REVB=0.0137675;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172118;STB=0.581835;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00166577;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:23:23:0.638889:14:9:8:4:14:9:8:5 chr19 10229297 . C A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0107455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.652;QD=20.4553;RBI=0.011132;REFB=-0.00521786;REVB=-0.00290775;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154764;STB=0.587681;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00810368;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:8:7:11:6:8:7 chr19 10265312 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.573;QD=52.608;RBI=0.0567428;REFB=0;REVB=0.0250262;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174682;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 10267077 . T C 155.47 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00054777;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.418;QD=7.49247;RBI=0.0325085;REFB=0.00588453;REVB=0.0325039;RO=58;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375205;STB=0.524549;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0165711;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:58:61:22:22:0.26506:13:9:22:36:13:9:23:38 chr19 10334799 . G A 159.77 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0527759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8058;QD=26.6282;RBI=0.0570878;REFB=-0.0533173;REVB=0.0217652;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381514;STB=0.52125;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0282689;OID=.;OPOS=10334799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:3:5:9:7:3:5 chr19 10370444 . A C 334.77 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6989;QD=33.4768;RBI=0.000259675;REFB=-0.114543;REVB=-0.000259675;RO=12;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115896;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:28:0:0:12:28:0:0:12 chr19 10400810 . C T 180.89 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0247884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.806;QD=13.9145;RBI=0.0289575;REFB=-0.0261348;REVB=-0.014969;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242671;STB=0.513953;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0313383;OID=.;OPOS=10400810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:17:14:9:12:17:14 chr19 10402938 . G A 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0318657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.495;QD=31.5147;RBI=0.0342305;REFB=-0.0162311;REVB=0.0125021;RO=10;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941651;STB=0.551901;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0130931;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:17:6:4:6:17:6:4:6 chr19 10403368 . G A 204.34 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00259311;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.354;QD=21.509;RBI=0.033981;REFB=2.73027e-05;REVB=0.0338819;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.533301;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000352457;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:18:20:20:0.526316:12:8:5:11:12:8:6:12 chr19 10415781 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00376338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.843;QD=15.1969;RBI=0.00658564;REFB=6.4392e-05;REVB=-0.00540441;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-8.41668e-05;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:8:9:5:9:8:10 chr19 10449392 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.382;QD=56.7066;RBI=0.0415263;REFB=0;REVB=0.0376697;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133205;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr19 10475652 . C A 854.34 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0794999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.658;QD=56.022;RBI=0.0802378;REFB=-0.0602886;REVB=0.0108572;RO=1;SAF=18;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.513509;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000590235;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:41:18:1:0:42:18:1:0 chr19 10579474 . T G 573.8 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0379167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7635;QD=55.9806;RBI=0.120833;REFB=-0.100674;REVB=0.11473;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425532;STB=0.522716;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00791117;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:2:2:38:39:0.95122:17:21:2:0:18:21:2:0 chr19 10579834 . T C,TC 195.01 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=14,3;DP=17;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633944,0.00586825;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=182.897,182.868;QD=45.8841;RBI=0.00705136,0.0123597;REFB=0,0;REVB=-0.00308759,-0.0108777;RO=0;SAF=9,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000563805,0.0186823;OID=.,.;OPOS=10579834,10579835;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:14,3:15,2:0.882353,0.117647:5,0:9,3:0:0:5,0:10,2:0:0 chr19 10599965 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.858;QD=58.5878;RBI=0.0145396;REFB=0;REVB=0.00816278;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193549;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 10600442 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.647;QD=55.6548;RBI=0.0234695;REFB=0;REVB=0.0233852;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40644e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr19 10668451 . C CG 196.24 PASS AF=0.947368;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0974483;FXX=0.049975;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.1093;QD=41.3131;RBI=0.097698;REFB=-0.068773;REVB=-0.00698123;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488772;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=ins;VARB=0.0196261;OID=.;OPOS=10668452;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:2:19:18:19:1:6:12:1:0:3:16:0:2:6:10 chr19 10668452 . A G 176.69 PASS AF=0.9;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0698408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.6063;QD=35.3375;RBI=0.102049;REFB=-0.21158;REVB=-0.0744056;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.545405;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0364146;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:18:20:2:2:16:18:0.9:10:6:0:2:10:8:0:2 chr19 10668673 . A G 254.2 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0258246;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.536;QD=15.1763;RBI=0.0356868;REFB=-0.0193624;REVB=0.02463;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17949;STB=0.61052;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0231135;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:38:29:29:0.432836:14:15:27:12:14:15:27:11 chr19 10670184 . C G 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218949;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.291;QD=57.5727;RBI=0.0276423;REFB=0;REVB=0.0168734;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147427;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr19 10676681 . T C 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00362064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.127;QD=11.9164;RBI=0.0655888;REFB=-0.0122239;REVB=-0.0654888;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0149273;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:4:4:3:4:4:5 chr19 10683477 . A G 752.85 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758402;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.423;QD=56.8185;RBI=0.040749;REFB=0;REVB=0.0400371;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523108;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:48:53:1:23:25:0:0:27:26:0:0 chr19 10692000 . T C 640.52 PASS AF=0.72;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=75;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0033616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.4;QD=34.1613;RBI=0.01383;REFB=0.0294777;REVB=-0.0134152;RO=19;SAF=21;SAR=33;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375498;STB=0.502339;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0107707;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:19:21:54:54:0.72:33:21:6:13:33:21:8:13 chr19 10692051 . G A 165.08 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0313379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2682;QD=7.86081;RBI=0.0427786;REFB=0.00412306;REVB=0.0291194;RO=60;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531453;STB=0.536393;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00692791;OID=.;OPOS=10692051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:61:23:23:0.27381:14:9:21:39:14:9:21:40 chr19 10738639 . C T 475.44 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.617;QD=57.6287;RBI=0.0159242;REFB=0;REVB=0.0106271;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458355;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr19 10742170 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5672;QD=59.0174;RBI=0.0596072;REFB=0;REVB=-0.0595094;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740337;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 10794630 . G T 1495.11 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0321423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.702;QD=56.4191;RBI=0.0353503;REFB=-0.172691;REVB=0.0147143;RO=3;SAF=46;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615375;STB=0.503244;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00163644;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:57:46:1:2:57:46:1:2 chr19 10939792 . T C 1882.43 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430289;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.985;QD=61.7189;RBI=0.0170374;REFB=0;REVB=0.0164851;RO=0;SAF=29;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28803e-05;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:92:29:0:0:92:30:0:0 chr19 10943338 . G A 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258584;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.867;QD=54.5654;RBI=0.0304606;REFB=0;REVB=0.0160995;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011257;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 11034846 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.193;QD=47.8218;RBI=0.0256586;REFB=0;REVB=0.016892;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70027e-05;OID=.;OPOS=11034846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 11122452 . C G 268.96 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.114179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3994;QD=29.077;RBI=0.131993;REFB=-0.0372519;REVB=-0.0662203;RO=12;SAF=6;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646899;STB=0.526293;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0234969;OID=.;OPOS=11122452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:13:24:24:0.648649:18:6:4:8:18:6:4:9 chr19 11170839 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0308842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.164;QD=26.8488;RBI=0.0366249;REFB=-0.035613;REVB=0.0196864;RO=7;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193335;STB=0.605942;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0285459;OID=.;OPOS=11170839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:13:2:0:7:13:2:0:7 chr19 11224265 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.020835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.769;QD=11.5972;RBI=0.0253299;REFB=-0.00519301;REVB=0.0144051;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181383;STB=0.523521;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00823236;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:5:7:12:8:5:7:13:8 chr19 11226800 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00750919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.634;QD=6.016;RBI=0.0185107;REFB=-0.0050471;REVB=0.0169191;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177928;STB=0.624677;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0163677;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:6:15:4:3:6:16 chr19 11233941 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.27;QD=49.5992;RBI=0.037694;REFB=0;REVB=-0.0358484;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133803;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr19 11242044 . G A 267.88 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0433387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.843;QD=16.235;RBI=0.0433445;REFB=-0.0109492;REVB=-0.000709063;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059164;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0128027;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:19:17:16:14:19:17 chr19 11242765 . A G 117.38 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0433894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3171;QD=21.3412;RBI=0.0435036;REFB=-0.00441498;REVB=-0.00315028;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.608848;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00570939;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:22:6:9:11:13:0.590909:8:3:3:3:9:4:5:4 chr19 11277232 . G A 153.07 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00974518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.53;QD=7.11945;RBI=0.0395999;REFB=-0.00771818;REVB=0.0383821;RO=64;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169926;STB=0.603353;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0201537;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:8:14:32:32:8:14:32:32 chr19 11303469 . C G 91.35 PASS AF=0.52381;AO=2;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0373826;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=184.002;QD=17.4002;RBI=0.0375266;REFB=-0.0060792;REVB=0.00328365;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.584248;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00483747;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:21:1:10:2:11:0.52381:2:0:0:1:9:2:3:7 chr19 11319491 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0327327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.129;QD=19.8461;RBI=0.0330656;REFB=-0.0271701;REVB=-0.00468032;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.024713;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr19 11326119 . A G 224.7 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00927504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.102;QD=23.6529;RBI=0.0108346;REFB=-0.0131114;REVB=-0.00560029;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0125666;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:10:6:10:12:10:6 chr19 11326125 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0239815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.651;QD=20.0168;RBI=0.0265584;REFB=-0.0233266;REVB=0.0114121;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.597378;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0233317;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:11:6:10:8:11:6 chr19 11327608 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00180375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.516;QD=19.6679;RBI=0.0425861;REFB=-0.0286103;REVB=-0.0425479;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973127;STB=0.554857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0299828;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:6:13:11:8:6:13 chr19 11327626 . A G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0219196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.745;QD=19.9919;RBI=0.0443733;REFB=0.011286;REVB=-0.0385813;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241773;STB=0.622118;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0180831;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:6:17:11:11:6:17 chr19 11358799 . G A 440.94 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7165;QD=48.9938;RBI=0.122857;REFB=0;REVB=0.0286197;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103609;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:36:0:0:24:36:1:13:11:0:0:13:23:0:0 chr19 11363146 . A T 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0578125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0707;QD=55.9161;RBI=0.0661464;REFB=0.017684;REVB=-0.0321413;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51297;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00033254;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:28:11:0:0:28:11:1:1 chr19 11459665 . G GA 32.96 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0759754;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2507;QD=3.87757;RBI=0.102989;REFB=-0.0334321;REVB=0.0695302;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458861;STB=0.790988;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=0.120582;OID=.;OPOS=11459666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:35:8:34:26:6:2:9:17:32:26:6:2:9:17 chr19 11508177 . G A 795.94 PASS AF=0.967213;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.869;QD=52.1924;RBI=0.0444096;REFB=-0.147435;REVB=0.040014;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00225656;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:61:2:2:56:59:0.967213:27:29:2:0:30:29:2:0 chr19 11526759 . G A 865.38 PASS AF=0.855263;AO=65;DP=78;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0036012;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8475;QD=45.5463;RBI=0.12273;REFB=-0.141193;REVB=0.122677;RO=7;SAF=19;SAR=46;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145898;STB=0.519636;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00648592;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:78:76:7:11:65:65:0.855263:46:19:2:5:46:19:2:9 chr19 11526765 . G T 308.5 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00460972;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.509;QD=15.8206;RBI=0.0183069;REFB=-0.00796307;REVB=0.017717;RO=40;SAF=7;SAR=27;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15581;STB=0.617221;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.011661;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:44:34:34:0.435897:27:7:13:27:27:7:16:28 chr19 11664068 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.409;QD=45.8068;RBI=0.116982;REFB=0;REVB=0.112567;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809762;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 11833654 . TA AT 30.24 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00851135;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.814;QD=2.74885;RBI=0.0434694;REFB=-0.00331505;REVB=-0.042628;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43483;STB=0.774853;STBP=0.214;TYPE=mnp;VARB=0.136593;OID=.;OPOS=11833654;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:46:44:29:38:6:6:0.136364:5:1:15:14:5:1:17:21 chr19 11891003 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.142;QD=56.7065;RBI=0.00547549;REFB=0;REVB=0.00217133;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86809e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr19 11892935 . G C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0146004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.102;QD=4.28785;RBI=0.0189439;REFB=0.000125433;REVB=-0.0120706;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10735;STB=0.572321;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00537244;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:11:21:4:3:11:21 chr19 11892968 . A G 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0157379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.426;QD=6.04299;RBI=0.0339149;REFB=-0.00190639;REVB=-0.0300423;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149279;STB=0.509478;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00564471;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:7:5:18:24:7:5:18:24 chr19 11918754 . G C 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0182066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.725;QD=32.9751;RBI=0.0237072;REFB=-0.0203498;REVB=0.0151839;RO=5;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107276;STB=0.559251;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00316034;OID=.;OPOS=11918754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:11:6:3:2:11:6:3:2 chr19 11942362 . A G 77.17 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0015722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.182;QD=3.76421;RBI=0.00359608;REFB=0.00330518;REVB=0.00323419;RO=68;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172165;STB=0.615211;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0143413;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:10:4:28:40:10:4:28:40 chr19 11942615 . A C 101.57 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00990399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.186;QD=16.9285;RBI=0.0308938;REFB=0.0600497;REVB=0.0292633;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0114308;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:11:12:0.5:9:2:2:10:10:2:2:10 chr19 11943697 . G A 371.44 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.11;QD=55.0287;RBI=0.043469;REFB=0;REVB=0.0281086;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987445;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:23:3:0:0:23:4:0:0 chr19 12222381 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.798;QD=56.7066;RBI=0.0283831;REFB=0;REVB=0.0236454;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011528;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 12222861 . T C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00251028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.31;QD=21.7465;RBI=0.00427992;REFB=-0.00259033;REVB=0.00346643;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979399;STB=0.554746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00173184;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:13:9:6:14:13:9:6:14 chr19 12253327 . C T 724.92 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0555207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1355;QD=25.6608;RBI=0.125588;REFB=-0.0886556;REVB=-0.11265;RO=42;SAF=36;SAR=32;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635782;STB=0.546205;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0565654;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:42:45:68:68:0.60177:32:36:26:16:32:36:29:16 chr19 12256912 . C T 322.08 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0527631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.967;QD=29.2801;RBI=0.0567934;REFB=-0.0227696;REVB=-0.021013;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546842;STB=0.535689;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0132099;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:13:14:7:9:13:15:7:9 chr19 12383540 . G C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00373852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.699;QD=23.6748;RBI=0.00819284;REFB=-0.00588631;REVB=0.00729013;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.603345;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00294352;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:6:15:8:8:6:15:8:8 chr19 12384580 . T C 212.26 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0508785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1739;QD=27.3885;RBI=0.0530186;REFB=-0.0103028;REVB=0.0149116;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175983;STB=0.597348;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0168468;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:3:8:9:11:3:8 chr19 12405552 . T C 1193.32 PASS AF=0.697368;AO=97;DP=143;FAO=106;FDP=152;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0785272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2117;QD=31.4033;RBI=0.0801639;REFB=-0.0645442;REVB=0.0161163;RO=46;SAF=38;SAR=59;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556333;STB=0.51799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0296827;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:152:46:46:97:106:0.697368:59:38:14:32:68:38:14:32 chr19 12491498 . C T 608.68 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00176692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.371;QD=25.1001;RBI=0.00554683;REFB=-0.0219412;REVB=0.00525788;RO=42;SAF=23;SAR=32;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501009;STB=0.52739;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0136263;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:32:23:15:27:32:23:15:27 chr19 12502457 . A G 424.7 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0150952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=29.8034;RBI=0.0192232;REFB=-0.00527991;REVB=-0.0119023;RO=18;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196734;STB=0.606708;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00233261;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:22:17:14:4:22:17:14:4 chr19 12707978 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0152274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.086;QD=21.8823;RBI=0.0408549;REFB=-0.0254836;REVB=0.0379111;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453333;STB=0.532001;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0204608;OID=.;OPOS=12707978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:27:34:34:0.557377:15:19:16:10:15:19:17:10 chr19 12740103 . A T 257.7 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.013167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.475;QD=19.823;RBI=0.0185476;REFB=-0.015894;REVB=-0.0130631;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288611;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.018248;OID=.;OPOS=12740103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:14:11:11:16:14:11 chr19 12878699 . C T 302.33 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0803949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2016;QD=31.8239;RBI=0.101477;REFB=-0.057078;REVB=0.061922;RO=12;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479995;STB=0.526296;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0284623;OID=.;OPOS=12878699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:13:13:5:7:13:13:5:7 chr19 12911709 . C T 170.29 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0514513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6717;QD=25.2286;RBI=0.0514794;REFB=0.00824074;REVB=0.00170179;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.510904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00288254;OID=.;OPOS=12911709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:5:5:9:8:5:5 chr19 12958697 . T C 218.56 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0661174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9842;QD=31.2227;RBI=0.106427;REFB=0.0277517;REVB=-0.0833979;RO=8;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829397;STB=0.545755;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0118551;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:13:7:4:4:13:7:4:4 chr19 12963143 . T C 238.13 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0156679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4133;QD=27.2148;RBI=0.0212054;REFB=-0.0505573;REVB=0.0142893;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181574;STB=0.601586;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0299967;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:12:13:21:22:0.628571:12:9:2:10:13:9:2:11 chr19 12985576 . A G 497.61 PASS AF=0.804348;AO=35;DP=44;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00987755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.396;QD=43.2703;RBI=0.031247;REFB=-0.0352472;REVB=0.0296447;RO=9;SAF=13;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155261;STB=0.509405;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00700086;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:46:9:9:35:37:0.804348:22:13:3:6:23:14:3:6 chr19 12989560 . G A 394.4 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00080273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.366;QD=28.1717;RBI=0.0223088;REFB=-0.0107411;REVB=0.0222944;RO=19;SAF=21;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915908;STB=0.549924;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00706315;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:16:21:8:11:16:21:8:11 chr19 12996719 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0875137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.617;QD=23.3998;RBI=0.0876597;REFB=-0.0119795;REVB=-0.00505708;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0154523;OID=.;OPOS=12996719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:1:2:6:2:1:2 chr19 12996740 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00263386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.1;QD=11.9197;RBI=0.0164269;REFB=-0.00844735;REVB=-0.0162144;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590354;STB=0.856122;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0108853;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:2:7:1:6:2:7 chr19 13010520 . A G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0116596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.836;QD=18.9487;RBI=0.0183831;REFB=-0.0104969;REVB=-0.0142124;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125944;STB=0.507037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0166515;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:18:10:10:17:18:10:10:17 chr19 13255323 . T A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0488078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3017;QD=14.2615;RBI=0.0488324;REFB=-0.041904;REVB=-0.00154898;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.594472;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0115088;OID=.;OPOS=13255323;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:11:5:11:12:11:5:11:13 chr19 13255326 . C A 150.55 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00198254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.84;QD=14.6876;RBI=0.0121758;REFB=-0.0334986;REVB=0.0120134;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277003;STB=0.605548;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0418544;OID=.;OPOS=13255326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:24:16:17:0.414634:12:4:11:11:12:5:11:13 chr19 13319693 . A G 74.16 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3215;QD=37.0806;RBI=0.121035;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062296;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr19 13414594 . C T 83.42 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0404978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.696;QD=9.81372;RBI=0.0405295;REFB=0.00300373;REVB=0.00160273;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314571;STB=0.688791;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00997465;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:8:15:4:7:8:15 chr19 13445208 . C T 41.6 PASS AF=0.170732;AO=5;DP=39;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0100682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.449;QD=4.05885;RBI=0.0231692;REFB=-0.0121863;REVB=0.0208672;RO=34;SAF=3;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140492;STB=0.615039;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0492096;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:41:34:34:5:7:0.170732:2:3:20:14:2:5:20:14 chr19 13868669 . G A 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0121398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.727;QD=55.4632;RBI=0.039347;REFB=-0.0465045;REVB=0.0374274;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474423;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:1:1:19:19:1:1 chr19 13875413 . A AC 35.65 PASS AF=0.157895;AO=17;DP=115;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0659759;FXX=0.0256388;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.9506;QD=1.25104;RBI=0.0760287;REFB=-0.00310646;REVB=-0.0377827;RO=94;SAF=2;SAR=15;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549579;STB=0.869855;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0840185;OID=.;OPOS=13875414;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:17:115:18:114:96:2:16:50:46:35:94:2:15:51:43 chr19 13885309 . C T 134.81 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00306898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.8;QD=16.8509;RBI=0.0575378;REFB=-0.0129464;REVB=0.0574559;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318274;STB=0.5183;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0143716;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:12:5:4:11:12:5 chr19 13885484 . A G 370.17 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00871116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2779;QD=30.2178;RBI=0.0115366;REFB=0.0330364;REVB=-0.00756372;RO=18;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128679;STB=0.570768;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0315721;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:21:10:9:9:21:10:9:9 chr19 13900059 . A G 71.41 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0183628;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.804;QD=7.14082;RBI=0.021714;REFB=-0.00393769;REVB=-0.011589;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213629;STB=0.623518;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0110702;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:31:30:10:10:0.25:6:4:18:13:6:4:17:13 chr19 13900981 . G A 359.56 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0332459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6187;QD=17.3282;RBI=0.0655234;REFB=0.0357565;REVB=-0.0564626;RO=45;SAF=28;SAR=10;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833289;STB=0.546849;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0445157;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:10:28:30:15:10:28:30:15 chr19 13942221 . A G 230.84 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0224878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6206;QD=38.4725;RBI=0.0509469;REFB=-0.0433691;REVB=-0.0457152;RO=4;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095952;STB=0.552577;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00692223;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:5:15:2:2:5:15:2:2 chr19 13947292 . T C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0259786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.447;QD=25.6506;RBI=0.0261192;REFB=0.00246868;REVB=-0.0027065;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306191;STB=0.670446;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00333619;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:7:18:6:12:7:18:6:12 chr19 14000503 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0163904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.947;QD=9.93989;RBI=0.0274669;REFB=-0.0105664;REVB=-0.0220405;RO=45;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191575;STB=0.612281;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0164747;OID=.;OPOS=14000503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:9:13:19:26:9:13:19:26 chr19 14071890 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00699533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.897;QD=19.9284;RBI=0.017923;REFB=-0.00671408;REVB=0.0165015;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463907;STB=0.774057;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0118383;OID=.;OPOS=14071890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:11:1:4:5:11:1:4:5 chr19 14141116 . T TCATG 579.43 PASS AF=0.662338;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0103188;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=333.236;QD=30.1002;RBI=0.011338;REFB=-0.0168879;REVB=0.00469814;RO=27;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749429;STB=0.549392;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.00810712;OID=.;OPOS=14141117;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=TCATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662338:50:78:51:77:26:22:29:15:11:99:27:22:28:15:12 chr19 14153293 . T C 244.34 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000554113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.435;QD=30.5419;RBI=0.00644146;REFB=-0.0101862;REVB=-0.00641759;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164194;STB=0.5764;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00401655;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:10:10:21:22:0.6875:14:7:6:4:14:8:6:4 chr19 14185226 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0185794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.155;QD=13.336;RBI=0.0188392;REFB=-0.00477433;REVB=0.00311795;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964467;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00771538;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:6:9:13:9:6:9:13:11 chr19 14194584 . G T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00715233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.164;QD=26.4133;RBI=0.021852;REFB=-0.0211959;REVB=-0.0206484;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158483;STB=0.588161;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0170464;OID=.;OPOS=14194584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:9:8:7:18:9:8 chr19 14512489 . G A 272.71 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128786;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=110.634;QD=47.4279;RBI=0.0220792;REFB=-0.140498;REVB=0.0179341;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00704374;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:23:1:1:21:22:0.956522:12:9:0:1:13:9:0:1 chr19 14561722 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.865;QD=43.4846;RBI=0.0377679;REFB=0;REVB=0.0101192;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564038;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 14582468 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.231;QD=50.4088;RBI=0.0933405;REFB=0;REVB=0.0897592;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953346;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 14590236 . C T 769.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.375;QD=56.9823;RBI=0.0395037;REFB=0;REVB=0.0360318;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212746;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 14682804 . G C 404.29 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0197894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.833;QD=21.8534;RBI=0.0228231;REFB=-0.0119008;REVB=-0.0113699;RO=33;SAF=21;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156438;STB=0.591901;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00800842;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:40:40:0.540541:19:21:11:22:19:21:11:23 chr19 14748936 . G A 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00350884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.013;QD=4.81432;RBI=0.0623658;REFB=0.00114392;REVB=0.062267;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246786;STB=0.5161;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00118347;OID=.;OPOS=14748936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:6:5:20:26:6:5:20:26 chr19 14752325 . C T 1193.82 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732296;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.006;QD=61.2217;RBI=0.0145316;REFB=0;REVB=0.0125516;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09127e-05;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr19 14758168 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5812;QD=50.4134;RBI=0.0322647;REFB=0;REVB=0.0139198;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827129;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr19 14769339 . C G 2933.6 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425638;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1259;QD=63.0882;RBI=0.0532955;REFB=0;REVB=0.0320739;RO=0;SAF=140;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177093;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:186:0:0:184:186:1:44:140:0:0:45:141:0:0 chr19 14772878 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4308;QD=62.3495;RBI=0.0069832;REFB=0;REVB=0.00384144;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74402e-05;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr19 14817548 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6608;QD=57.6801;RBI=0.03404;REFB=0;REVB=-0.0292368;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371232;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr19 14827830 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.482;QD=52.6129;RBI=0.0906089;REFB=0;REVB=-0.0201634;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074428;OID=.;OPOS=14827830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 14847013 . G C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0106008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5531;QD=22.3404;RBI=0.0161987;REFB=0.00465606;REVB=0.0122483;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00295682;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:6:8:10:8:6:8 chr19 14862430 . C G 730.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.94;QD=56.2286;RBI=0.0293588;REFB=0;REVB=0.0150665;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661243;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr19 14875388 . G A 302.51 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0488806;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.518;QD=31.8436;RBI=0.0492509;REFB=-0.0182416;REVB=0.00602831;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233035;STB=0.627394;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.018239;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:38:12:12:26:26:0.684211:11:15:2:10:11:15:2:10 chr19 14910438 . C T 549.65 PASS AF=0.95;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0478724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.99;QD=54.9647;RBI=0.0485188;REFB=-0.0633268;REVB=0.00789316;RO=2;SAF=4;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185279;STB=0.59994;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000195015;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:40:2:2:36:38:0.95:32:4:2:0:34:4:2:0 chr19 14910573 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.346;QD=50.4134;RBI=0.0400848;REFB=0;REVB=0.0121738;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002335;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 14938616 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.363;QD=62.671;RBI=0.0155704;REFB=0;REVB=-0.0154656;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02908e-05;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr19 14974930 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.867;QD=63.2867;RBI=0.0166532;REFB=0;REVB=0.00478607;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60187e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr19 14991963 . C A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00354494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.452;QD=9.44487;RBI=0.00354785;REFB=-0.0190883;REVB=-0.000143587;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0238329;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:4:5:2:4:4:6 chr19 15052983 . T C,TATC 612.36 PASS AF=0.0363636,0.872727;AO=2,46;DP=55;FAO=2,48;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=2,17;FSAR=0,31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00919649,0.00809593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=56.8211,195.846;QD=44.5353;RBI=0.0135346,0.0118405;REFB=-0.000876106,-0.0298364;REVB=-0.00993026,0.00864016;RO=6;SAF=2,16;SAR=0,30;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.524163,-0.111187;STB=0.99138,0.544751;STBP=0.427,0.052;TYPE=snp,ins;VARB=0.0916568,-0.000181937;OID=.,.;OPOS=15052983,15052984;OREF=T,-;OALT=C,ATC;OMAPALT=C,TATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:55:55:6:5:2,46:2,48:0.0363636,0.872727:0,30:2,16:5:1:0,31:2,17:4:1 chr19 15063757 . A G 210.45 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0492185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2507;QD=26.3061;RBI=0.0654992;REFB=-0.014629;REVB=-0.0432168;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01703e-08;STB=0.5;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00609139;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:15:5:3:9:15:5:3:9 chr19 15083693 . C A 255.53 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0065974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.588;QD=34.0707;RBI=0.0571867;REFB=-0.0337384;REVB=0.0568049;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.604841;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0133968;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:11:22:0.733333:3:8:6:2:14:8:6:2 chr19 15122045 . C A,G 56.17 PASS AF=0.625,0.25;AO=5,2;DP=8;FAO=5,2;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205354,0.0842383;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=231.628,35.8102;QD=28.0872;RBI=0.0653779,0.0936888;REFB=-0.0347693,0.025243;REVB=0.0620691,0.0410061;RO=1;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.697199;STB=0.5,0.993266;STBP=1,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.0145687,0.0189689;OID=.,.;OPOS=15122045,15122045;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:8:8:1:1:5,2:5,2:0.625,0.25:5,0:0,2:0:1:5,0:0,2:0:1 chr19 15131330 . G A 104.8 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0227718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9562;QD=10.7482;RBI=0.0288809;REFB=0.0103667;REVB=0.0177638;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20601;STB=0.624792;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.021025;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:10:16:10:3:10:16 chr19 15133762 . G C 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6675;QD=60.0286;RBI=0.0576295;REFB=0;REVB=-0.0287202;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568406;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr19 15133787 . C A 139.64 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00499251;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.734;QD=9.00913;RBI=0.00499884;REFB=-0.00412812;REVB=0.000251588;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248062;STB=0.522161;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00914491;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:19:19:0.306452:9:10:23:19:9:10:24:19 chr19 15198263 . A G 293.63 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000456905;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.736;QD=53.3879;RBI=0.0403363;REFB=0;REVB=-0.0403337;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196941;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr19 15198507 . T C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0119513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2329;QD=6.25112;RBI=0.0179554;REFB=-0.0104311;REVB=-0.0134001;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311628;STB=0.6951;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0348637;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:4:13:3:3:4:13 chr19 15198631 . A C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00478461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.828;QD=11.5707;RBI=0.00887024;REFB=0.0038071;REVB=-0.00746917;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267215;STB=0.655451;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00486884;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:7:17:20:22:7:17:20:22 chr19 15198764 . T C 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0108993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.373;QD=13.392;RBI=0.0114343;REFB=-0.00877362;REVB=0.00345648;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017258;STB=0.509799;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0163623;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:20:20:32:30:20:20:32:30 chr19 15225348 . T C 70.19 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0180633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0537;QD=6.84825;RBI=0.040321;REFB=0.0229023;REVB=-0.0360486;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630868;STB=0.539919;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0674237;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:14:17:6:4:14:17 chr19 15225358 . T A,C 491.29 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000335492,0.0232191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.99,141.702;QD=57.799;RBI=0.0108448,0.0250982;REFB=0,0;REVB=0.0108396,0.00952852;RO=0;SAF=8,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00462762,0.0447585;OID=.,.;OPOS=15225358,15225358;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:24,1:8,1:0:0:24,1:8,1:0:0 chr19 15226970 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0567318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3961;QD=12.3279;RBI=0.0575693;REFB=-0.00113602;REVB=0.00978414;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00719173;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:7:10:7:4:7:10 chr19 15229993 . A G 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0144068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.93;QD=25.4984;RBI=0.0170771;REFB=-0.0028711;REVB=-0.00916898;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486154;STB=0.527003;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00153645;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:8:8:10:13:8:8 chr19 15233581 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0223228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.074;QD=22.831;RBI=0.0224737;REFB=-0.0172076;REVB=0.00259976;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726419;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0117272;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:5:5:6:9:5:5 chr19 15233732 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0402843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8585;QD=17.2291;RBI=0.0556168;REFB=-0.0459725;REVB=0.0383459;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00890842;OID=.;OPOS=15233732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr19 15270805 . C A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0189897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9422;QD=20.8375;RBI=0.0207798;REFB=-0.0180852;REVB=0.00843747;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441617;STB=0.76119;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0103934;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:2:3:1:8:2:3 chr19 15271771 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0294796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.438;QD=21.1685;RBI=0.0378114;REFB=0.0292364;REVB=0.0236782;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00202822;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr19 15278057 . A G 663.34 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0168467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9043;QD=35.3781;RBI=0.0171431;REFB=-0.0665146;REVB=-0.00317448;RO=14;SAF=25;SAR=30;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12063;STB=0.514701;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0154399;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:14:20:55:55:0.733333:30:25:2:12:30:25:8:12 chr19 15285052 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0279129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.256;QD=15.293;RBI=0.0289594;REFB=-0.00175058;REVB=-0.00771469;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00162273;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:6:3:6:3:6:3 chr19 15292437 . T C 417.06 PASS AF=0.539474;AO=38;DP=73;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0174824;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.065;QD=21.9503;RBI=0.0175692;REFB=-0.0330964;REVB=-0.00174428;RO=35;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225772;STB=0.598035;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0343798;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:35:35:38:41:0.539474:24:14:22:13:24:17:22:13 chr19 15295134 . G A 357.13 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0290235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0304;QD=26.9532;RBI=0.0292825;REFB=-0.0408615;REVB=-0.00388603;RO=19;SAF=9;SAR=25;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122708;STB=0.567382;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0323235;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:25:9:8:11:25:9:8:11 chr19 15302844 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0289574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6007;QD=15.2929;RBI=0.0447874;REFB=-0.0446073;REVB=0.0341669;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0456907;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr19 15303225 . G A 631.05 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0132814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.464;QD=35.0581;RBI=0.0220766;REFB=-0.020983;REVB=0.0176346;RO=19;SAF=31;SAR=22;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506178;STB=0.527223;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00729613;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:22:31:13:6:22:31:13:6 chr19 15465960 . G A 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0310566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.47;QD=9.2568;RBI=0.0310614;REFB=0.00181557;REVB=-0.000545052;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382837;STB=0.729802;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00409891;OID=.;OPOS=15465960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:9:19:4:8:9:19 chr19 15484618 . TC T 134.32 PASS AF=0.516129;AO=27;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0341892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2348;QD=8.66556;RBI=0.0582016;REFB=-0.120598;REVB=0.0471012;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491771;STB=0.530469;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.144826;OID=.;OPOS=15484619;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:27:62:32:62:30:14:18:15:15:99:28:13:14:15:13 chr19 15508362 . G C 1559.87 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159672;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.416;QD=58.8631;RBI=0.0159922;REFB=-0.060611;REVB=0.000893611;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000254689;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:50:55:0:0:50:55:1:0 chr19 15533821 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.983;QD=60.6084;RBI=0.0198487;REFB=0;REVB=-0.0117392;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17497e-05;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr19 15549939 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4906;QD=61.3322;RBI=0.217066;REFB=0;REVB=0.147281;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510751;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr19 15565046 . G A 564.48 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0162946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.141;QD=29.7094;RBI=0.0324484;REFB=-0.0120784;REVB=0.0280604;RO=26;SAF=36;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132451;STB=0.572097;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00523241;OID=.;OPOS=15565046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:14:36:14:12:14:36:14:12 chr19 15586982 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0012864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.124;QD=12.3948;RBI=0.00993677;REFB=0.000712423;REVB=-0.00985315;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00102444;OID=.;OPOS=15586982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:14:10:7:7:14:10 chr19 15726487 . G T 312.41 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699228;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.528;QD=54.3323;RBI=0.0997895;REFB=0;REVB=0.0711951;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128352;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 15730498 . G GC 1211.18 PASS AF=1;AO=75;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400598;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.0759;QD=59.8114;RBI=0.0575293;REFB=0;REVB=-0.0412895;RO=6;SAF=34;SAR=41;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.62931e-06;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:83:81:81:0:36:45:0:0:7:6:34:41:3:3 chr19 15739597 . A C 556.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.831;QD=60.1501;RBI=0.011349;REFB=0;REVB=0.00828473;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.796e-07;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr19 15752254 . G A 239.01 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0372944;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.675;QD=18.0386;RBI=0.0416313;REFB=-0.017783;REVB=0.0185011;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646802;STB=0.536395;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0151018;OID=.;OPOS=15752254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:27:26:26:0.490566:8:18:17:10:8:18:17:10 chr19 15784061 . C A 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5584;QD=56.1847;RBI=0.0908631;REFB=0;REVB=-0.0409161;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755237;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 15784386 . C T 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.428;QD=63.2651;RBI=0.0465913;REFB=0;REVB=0.0216819;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75867e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr19 15789098 . A G 884.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6124;QD=57.9929;RBI=0.0982412;REFB=0;REVB=0.00467062;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120031;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr19 15789140 . A G 1208.9 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000433775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.834;QD=61.21;RBI=0.0100544;REFB=0;REVB=0.010045;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34411e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr19 15791131 . G GA 531.96 PASS AF=1;AO=9;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272576;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.357;QD=41.7219;RBI=0.0312487;REFB=0;REVB=0.0152809;RO=43;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000141646;OID=.;OPOS=15791132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:53:51:51:0:33:18:0:0:11:43:7:2:25:18 chr19 15791132 . T A 504.17 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=53;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0135574;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.912;QD=38.782;RBI=0.023637;REFB=-0.0332839;REVB=0.0193624;RO=10;SAF=25;SAR=17;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773202;STB=0.541486;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00281375;OID=.;OPOS=15791132;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:53:52:10:10:42:42:0.807692:17:25:8:2:17:25:8:2 chr19 15791133 . T G 66.51 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00539114;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.647;QD=5.21614;RBI=0.00874375;REFB=-0.00305535;REVB=-0.00688395;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276019;STB=0.685303;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.105184;OID=.;OPOS=15791133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:25:16:2:8:25:16 chr19 15791180 . C T 854.01 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.046;QD=56.0006;RBI=0.0710028;REFB=0.0103308;REVB=0.0680729;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000167155;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr19 15793235 . T C 1396.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.109;QD=62.7588;RBI=0.0307599;REFB=0;REVB=0.0303359;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42086e-05;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr19 15807884 . A G 675.45 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0264119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3943;QD=49.1236;RBI=0.0443015;REFB=-0.0205822;REVB=-0.0355673;RO=4;SAF=15;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110254;STB=0.5588;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00515365;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:36:15:4:0:36:15:4:0 chr19 15838967 . G A 776.56 PASS AF=0.802632;AO=61;DP=76;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0473539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.461;QD=40.8715;RBI=0.0877595;REFB=-0.0509191;REVB=0.0738874;RO=15;SAF=32;SAR=29;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459688;STB=0.524582;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0115547;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:76:76:15:15:61:61:0.802632:29:32:6:9:29:32:6:9 chr19 15839168 . C T 212.22 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0703612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.928;QD=27.3836;RBI=0.0759545;REFB=0.092623;REVB=-0.0286075;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191574;STB=0.510628;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0107229;OID=.;OPOS=15839168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:3:8:15:5:3:8 chr19 15839174 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0352247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.667;QD=27.3902;RBI=0.0359741;REFB=-0.0139018;REVB=-0.00730467;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191574;STB=0.510628;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00716975;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:3:8:15:5:3:8 chr19 15839459 . G A 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528347;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.676;QD=58.6147;RBI=0.0342366;REFB=0;REVB=0.0338264;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284897;OID=.;OPOS=15839459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 15852223 . A C 629.18 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00927303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3673;QD=57.1982;RBI=0.0167257;REFB=0.13997;REVB=-0.0139197;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446492;STB=0.523798;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0180078;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:20:22:0:2:20:22:0:2 chr19 15853080 . G A 868.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.624;QD=57.8761;RBI=0.00601948;REFB=0;REVB=0.00336315;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6482e-06;OID=.;OPOS=15853080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr19 15881909 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.83;QD=59.8556;RBI=0.0130462;REFB=0;REVB=-0.00704294;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36106e-05;OID=.;OPOS=15881909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr19 15881953 . A G 1333.85 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860676;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.11;QD=62.7695;RBI=0.00860986;REFB=0;REVB=-0.000231083;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554509;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr19 15882884 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.52;QD=58.243;RBI=0.0164257;REFB=-0.0699449;REVB=-0.0076969;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=8.42051e-06;OID=.;OPOS=15882884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:14:25:0:0:14:25:0:1 chr19 15905002 . T C 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.916;QD=59.6748;RBI=0.025846;REFB=0;REVB=0.00889228;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37818e-05;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr19 15905206 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.647;QD=56.9378;RBI=0.0315835;REFB=0;REVB=0.0200201;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118907;OID=.;OPOS=15905206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr19 15905431 . T C 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.22;QD=61.3736;RBI=0.0428666;REFB=0;REVB=0.0130499;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114521;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr19 15905639 . C T 1090.35 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0265606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9763;QD=57.3869;RBI=0.047032;REFB=0.0198812;REVB=0.0388143;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145539;STB=0.50181;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00442939;OID=.;OPOS=15905639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:32:42:0:1:32:42:1:1 chr19 15918802 . C G 957.47 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309472;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7493;QD=58.9214;RBI=0.143678;REFB=0;REVB=-0.140306;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152019;OID=.;OPOS=15918802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr19 15996820 . G A 902.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000330348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.116;QD=58.2232;RBI=0.00792326;REFB=0;REVB=0.00791637;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54359e-05;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 16024662 . G C 866.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.472;QD=56.8148;RBI=0.027733;REFB=0;REVB=-0.016169;RO=1;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75112e-05;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:18:42:1:0:18:43:0:0 chr19 16025176 . C T 576.31 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8192;QD=60.6641;RBI=0.200325;REFB=0;REVB=0.00387841;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150114;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:26:12:0:0 chr19 16034714 . A G 817.65 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8111;QD=57.3787;RBI=0.0769434;REFB=0;REVB=0.0226602;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520373;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:30:27:0:0 chr19 16040292 . A G 929.17 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0147377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3805;QD=55.4729;RBI=0.03047;REFB=0.0356852;REVB=0.0266688;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000433733;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00297183;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:1:1:32:33:1:1 chr19 16045141 . T C 781.39 PASS AF=1;AO=36;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.945;QD=63.787;RBI=0.0946204;REFB=0;REVB=0.0380592;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447246;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:36:49:1:16:20:0:0:18:31:0:0 chr19 16136923 . T C 444.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562056;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.837;QD=57.4044;RBI=0.0316589;REFB=0;REVB=0.031156;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228136;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:15:16:0:0 chr19 16145533 . A G,T 1062.46 PASS AF=0.808219,0.191781;AO=58,15;DP=73;FAO=59,14;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25,6;FSAR=34,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405334,0.0241163;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.7705,55.7923;QD=58.2171;RBI=0.042848,0.055128;REFB=0,0;REVB=0.013892,-0.0495732;RO=0;SAF=24,7;SAR=34,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.31293e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0209814,0.0242315;OID=.,.;OPOS=16145533,16145533;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:73:73:0:0:58,15:59,14:0.808219,0.191781:34,8:24,7:0:0:34,8:25,6:0:0 chr19 16145539 . G A 1096.28 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456031;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.442;QD=60.0702;RBI=0.0114009;REFB=0;REVB=-0.0104492;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04027e-05;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:71:73:1:41:30:0:0:41:32:0:0 chr19 16145653 . G A 1524.9 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00969985;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.649;QD=58.6501;RBI=0.0101407;REFB=-0.0496243;REVB=-0.00295734;RO=1;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075924;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000223992;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:62:41:0:1:62:41:0:1 chr19 16145731 . C A 826.39 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.241;QD=56.0263;RBI=0.0569346;REFB=-0.0504999;REVB=-0.0566753;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7467e-05;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:57:59:1:33:24:0:1:34:25:0:0 chr19 16146400 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.682;QD=62.0078;RBI=0.0198226;REFB=0;REVB=-0.013924;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27734e-07;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr19 16238279 . C T 54.22 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0409908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0055;QD=8.03245;RBI=0.0423351;REFB=-0.0225043;REVB=-0.0105839;RO=18;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7927;STB=0.89653;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0351734;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:27:18:19:7:8:0.296296:0:7:5:13:1:7:5:14 chr19 16268207 . TAA TA,T 266.2 PASS AF=1,0;AO=26,5;DP=34;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116309,-0.0606665;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.8078,9.54423;QD=31.3181;RBI=0.148076,0.0783139;REFB=0,0;REVB=0.0916449,0.0495241;RO=2;SAF=12,3;SAR=14,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00512114,0.0491618;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.010448,0.0704738;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:26,5:34:34,0:34:0:17,0:17,0:0:0:5:2:12,3:14,2:1:1 chr19 16275654 . C CT 943.59 PASS AF=1;AO=9;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743504;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.619;QD=57.187;RBI=0.184926;REFB=0;REVB=-0.169321;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00170172;OID=.;OPOS=16275655;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:68:66:66:0:33:33:0:0:5:58:3:6:29:29 chr19 16275655 . C T 653.88 PASS AF=0.760563;AO=54;DP=71;FAO=54;FDP=71;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00915714;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=169.274;QD=36.8381;RBI=0.0188772;REFB=0.00100483;REVB=0.0165075;RO=15;SAF=26;SAR=28;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210215;STB=0.511478;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000106211;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:15:17:54:54:0.760563:28:26:8:7:28:26:9:8 chr19 16301312 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.092;QD=49.5992;RBI=0.0539293;REFB=0;REVB=0.0519928;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413396;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 16339715 . C T 558.28 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4565;QD=25.6679;RBI=0.032684;REFB=0.00539721;REVB=0.00234175;RO=36;SAF=21;SAR=30;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179385;STB=0.5098;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00185859;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:30:21:14:22:30:21:14:22 chr19 16591464 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.059066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.8;QD=11.491;RBI=0.0609966;REFB=-0.0129905;REVB=0.0152245;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703329;STB=0.541615;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0205221;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:18:14:8:8:18:14 chr19 16601194 . C T 147.64 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0165339;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7459;QD=7.57118;RBI=0.0178692;REFB=-0.00355951;REVB=-0.00677777;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146897;STB=0.581738;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0101017;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:58:57:21:21:0.269231:7:14:32:26:7:14:32:25 chr19 16666101 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.012627;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.694;QD=11.4406;RBI=0.0596369;REFB=0.00394982;REVB=0.0582848;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547961;STB=0.83635;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00777556;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:8:6:8:1:8:6 chr19 16790859 . C T 657.16 PASS AF=0.682927;AO=54;DP=80;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0198435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9807;QD=32.0563;RBI=0.0919048;REFB=-0.0144304;REVB=0.089737;RO=24;SAF=25;SAR=29;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685482;STB=0.535702;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00554075;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:24:26:54:56:0.682927:29:25:14:10:30:26:15:11 chr19 16860105 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.283;QD=61.3363;RBI=0.0315586;REFB=0;REVB=-0.00555671;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12554e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 16899838 . A T 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.786;QD=62.1705;RBI=0.0286212;REFB=-0.000849156;REVB=-0.0186999;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=6.58861e-06;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:50:43:0:0:51:43:1:0 chr19 16976286 . A G 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.259;QD=62.9057;RBI=0.00380472;REFB=0;REVB=0.00293831;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28678e-06;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr19 16976289 . T C 740.32 PASS AF=0.673913;AO=61;DP=91;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0237014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.768;QD=32.1876;RBI=0.0237306;REFB=-0.0119489;REVB=-0.00117701;RO=30;SAF=32;SAR=29;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873515;STB=0.54928;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00602102;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:30:30:61:62:0.673913:29:32:20:10:30:32:20:10 chr19 17025292 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0116097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.447;QD=12.7825;RBI=0.0125945;REFB=-0.0126441;REVB=-0.0048824;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0296569;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:7:6:3:7:7:7 chr19 17081790 . G A 1227.42 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.396;QD=61.3708;RBI=0.0401569;REFB=0;REVB=0.020508;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33506e-05;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:43:37:0:0 chr19 17088299 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.393;QD=55.6543;RBI=0.0106887;REFB=0;REVB=-0.0100591;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87785e-05;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 17091368 . T G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.916;QD=63.8712;RBI=0.0247697;REFB=0;REVB=0.0237907;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31368e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr19 17100552 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.414;QD=57.6805;RBI=0.0328113;REFB=0;REVB=0.0326516;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71228e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 17108135 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.956;QD=50.1342;RBI=0.0377843;REFB=-0.0700791;REVB=0.0357341;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000468663;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr19 17111297 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.945;QD=63.5809;RBI=0.0831793;REFB=0;REVB=-0.0273686;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432085;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr19 17273893 . G T 690.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.54;QD=62.7321;RBI=0.0434224;REFB=0;REVB=0.0434212;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105509;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr19 17303774 . T G 1607.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.499;QD=64.2852;RBI=0.01907;REFB=0;REVB=-0.00240197;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85875e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:61:38:0:0:62:38:0:0 chr19 17305440 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6824;QD=62.6668;RBI=0.0517454;REFB=0;REVB=0.0459009;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202518;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr19 17306031 . T C 115.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.447;QD=42.1374;RBI=0.0404228;REFB=0;REVB=-0.0144449;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338333;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr19 17312992 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.069;QD=59.4346;RBI=0.025944;REFB=0;REVB=0.0231104;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19218e-05;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 17316782 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.248;QD=62.022;RBI=0.0327304;REFB=0;REVB=0.0117896;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117384;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 17317955 . A C,G 1178.09 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=4,75;DP=79;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,43;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000577504,0.124075;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.149,55.3662;QD=59.65;RBI=0.00785008,0.126563;REFB=0,0;REVB=0.00782881,0.024971;RO=0;SAF=4,42;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154097,0.00474505;OID=.,.;OPOS=17317955,17317955;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:79:0:0:4,75:3,76:0.0379747,0.962025:0,33:4,42:0:0:0,33:3,43:0:0 chr19 17330060 . T C,G 658.0 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=40,2;DP=42;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218301,-0.0672815;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=64.9839,16.4326;QD=61.2097;RBI=0.0339056,0.0680418;REFB=0,0;REVB=-0.0259429,-0.010143;RO=0;SAF=18,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00185873,0.0841097;OID=.,.;OPOS=17330060,17330060;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:43:0:0:40,2:41,2:0.953488,0.0465116:22,2:18,0:0:0:23,2:18,0:0:0 chr19 17366278 . T C 287.08 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.801;QD=47.8472;RBI=0.0337874;REFB=-0.0908442;REVB=-0.0335138;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00521739;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:9:14:0:1 chr19 17440834 . A AG 51.78 PASS AF=0.565217;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0265847;FXX=0.0416493;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.0495;QD=9.00439;RBI=0.259948;REFB=-0.145635;REVB=0.258585;RO=15;SAF=10;SAR=0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.757369;STB=0.642589;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.143501;OID=.;OPOS=17440835;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:10:27:13:23:10:12:1:8:2:32:15:10:0:11:4 chr19 17451981 . G A 1360.81 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074788;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9632;QD=61.855;RBI=0.0548024;REFB=0;REVB=0.0542897;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394873;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr19 17463214 . C T 55.27 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0021948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3278;QD=9.61173;RBI=0.0248415;REFB=-0.0148844;REVB=0.0247443;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514249;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0167653;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:7:8:0.347826:5:2:4:10:6:2:4:11 chr19 17476251 . G C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0172938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.416;QD=23.0939;RBI=0.0189256;REFB=-0.0149553;REVB=0.00768768;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0115028;OID=.;OPOS=17476251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr19 17544244 . C T 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0291806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.29;QD=25.4134;RBI=0.0314624;REFB=-0.00580739;REVB=-0.0117632;RO=24;SAF=25;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118611;STB=0.565064;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00494103;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:13:25:12:12:13:25:12:12 chr19 17547292 . A G 700.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.537;QD=62.2239;RBI=0.0364487;REFB=0;REVB=-0.00618175;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121133;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr19 17556054 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.646;QD=55.5182;RBI=0.0786012;REFB=-0.0340851;REVB=0.0763652;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00129268;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:0:1:17:16:0:1 chr19 17611490 . T G 259.95 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0480084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.967;QD=31.5096;RBI=0.0487235;REFB=-0.00246633;REVB=0.00831724;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017385;STB=0.523789;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000746909;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:33:9:10:23:23:0.69697:11:12:5:4:11:12:6:4 chr19 17616171 . G A 302.68 PASS AF=0.507937;AO=22;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0398214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7259;QD=19.2178;RBI=0.0642726;REFB=-0.0400378;REVB=0.0504503;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.548079;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0569673;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:29:22:32:0.507937:12:10:13:9:13:19:20:9 chr19 17622614 . C T 34.97 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0343;QD=23.3165;RBI=0.0561105;REFB=-0.143837;REVB=0.0561105;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0467278;OID=.;OPOS=17622614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr19 17628587 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0034;QD=61.3364;RBI=0.0472764;REFB=0;REVB=-0.0366726;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000865111;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 17648350 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.777;QD=44.6898;RBI=0.0679337;REFB=0;REVB=0.0054172;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665648;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 17670201 . C T 218.78 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0162559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.724;QD=8.6647;RBI=0.0189427;REFB=-0.00892916;REVB=-0.00972481;RO=72;SAF=10;SAR=19;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207095;STB=0.623082;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0192071;OID=.;OPOS=17670201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:72:29:29:0.287129:19:10:37:35:19:10:37:35 chr19 17746947 . A G 1811.89 PASS AF=0.991525;AO=67;DP=112;FAO=117;FDP=118;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.041;QD=61.42;RBI=0.0793732;REFB=0;REVB=0.0208978;RO=0;SAF=12;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145907;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:118:0:0:67:117:0.991525:55:12:0:0:61:56:0:0 chr19 17752211 . TG T,TT 129.8 PASS AF=0.37931,0.172414;AO=8,5;DP=29;FAO=11,5;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=9,5;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0809664,0.0619718;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.311,31.743;QD=17.9029;RBI=0.205715,0.0731676;REFB=-0.0706432,-0.041922;REVB=0.189111,0.0388972;RO=15;SAF=1,0;SAR=7,5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.701633,-0.810802;STB=0.862433,0.998665;STBP=0.006,0;TYPE=del,snp;VARB=0.115715,0.00570624;OID=.,.;OPOS=17752212,17752212;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0.172414:8,5:29:11,5:29:13:2,0:9,5:12:1:75:15:1,0:7,5:13:2 chr19 17837968 . GC G 36.15 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00521702;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=12.2499;QD=9.03687;RBI=0.179086;REFB=-0.0327731;REVB=-0.17901;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=0.0167592;OID=.;OPOS=17837969;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:16:8:16:8:2:6:5:3:35:7:3:4:4:3 chr19 17838601 . C G 43.55 PASS AF=0.119048;AO=5;DP=43;FAO=5;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.019948;FXX=0.0454442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.6045;QD=4.14758;RBI=0.0528898;REFB=-0.0407966;REVB=0.0489838;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348008;STB=0.739703;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0418285;OID=.;OPOS=17838601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:43:42:25:31:5:5:0.119048:4:1:12:13:4:1:14:17 chr19 17885270 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.607;QD=60.9778;RBI=0.0584165;REFB=0;REVB=0.0533498;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140617;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr19 17886940 . G A 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.98;QD=47.8193;RBI=0.0442033;REFB=-0.120407;REVB=0.0191601;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00132179;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr19 17887024 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.145;QD=54.481;RBI=0.0725388;REFB=-0.0119591;REVB=0.061217;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000867792;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:0:1:22:9:0:1 chr19 17922795 . G A 76.12 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0161778;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2505;QD=9.82222;RBI=0.0210747;REFB=-0.00397191;REVB=0.0135063;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327763;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.022346;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:12:9:4:6:12:9 chr19 18171942 . C T 143.92 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0964058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5462;QD=15.1499;RBI=0.0974157;REFB=0.00613505;REVB=0.0139904;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00408232;OID=.;OPOS=18171942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:7:15:9:7:7:15 chr19 18218444 . A G 35.64 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0640381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.544;QD=7.91937;RBI=0.0671631;REFB=-0.042872;REVB=-0.0202486;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458348;STB=0.721627;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0980217;OID=.;OPOS=18218444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:18:12:12:5:6:0.333333:2:3:2:10:3:3:2:10 chr19 18234441 . C T 275.69 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0224667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.668;QD=25.6454;RBI=0.0457761;REFB=-0.0411608;REVB=0.0398836;RO=18;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581972;STB=0.532333;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.020168;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:17:8:7:11:17:8:7:11 chr19 18248146 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.603;QD=58.5878;RBI=0.0447376;REFB=0;REVB=0.00634189;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236099;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr19 18255359 . G A 113.99 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00978609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.248;QD=6.90855;RBI=0.0271704;REFB=-0.000905045;REVB=0.0253468;RO=49;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165498;STB=0.602519;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00296964;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:13:4:17:32:13:4:17:32 chr19 18257750 . C T 278.54 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0650093;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.248;QD=11.4862;RBI=0.0650875;REFB=-0.00285648;REVB=0.00319039;RO=63;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183367;STB=0.610905;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00447287;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:64:33:33:0.340206:13:20:28:35:13:20:28:36 chr19 18273047 . T C 289.27 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.484;QD=52.5938;RBI=0.022224;REFB=0;REVB=0.00683913;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02534e-05;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:12:10:0:0 chr19 18279638 . T C 1401.62 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212192;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2723;QD=62.9944;RBI=0.0218917;REFB=0;REVB=0.00538475;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089089;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr19 18329240 . T C 377.62 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=47;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0534626;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2897;QD=31.4681;RBI=0.0538702;REFB=-0.0622392;REVB=0.00661408;RO=16;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379214;STB=0.510833;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0249631;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:16:16:30:32:0.666667:17:13:6:10:19:13:6:10 chr19 18368810 . G T 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00289593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.123;QD=10.3117;RBI=0.0161143;REFB=-0.00371491;REVB=0.0158519;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583625;STB=0.528311;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0102401;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:61:29:29:0.322222:15:14:32:28:15:14:32:29 chr19 18369120 . G A 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00433743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5984;QD=7.05563;RBI=0.0175037;REFB=0.000242515;REVB=0.0169578;RO=51;SAF=11;SAR=7;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289193;STB=0.517627;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00068621;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:7:11:30:21:7:11:30:21 chr19 18369644 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00571729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.869;QD=7.32785;RBI=0.00847968;REFB=0.00622262;REVB=-0.0062624;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175349;STB=0.611945;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00932301;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:13:8:2:6:13:8 chr19 18370063 . A AG 223.58 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.902;QD=34.3966;RBI=0.0774037;REFB=0;REVB=-0.070617;RO=6;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000617195;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:29:26:26:0:16:10:0:0:5:6:13:10:3:3 chr19 18375608 . G A 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00480678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.009;QD=10.6852;RBI=0.0243768;REFB=0.00111088;REVB=0.0238981;RO=46;SAF=16;SAR=8;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959319;STB=0.555511;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00255303;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:8:16:34:12:8:16:34:12 chr19 18375815 . G A 244.71 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00727822;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6004;QD=10.7563;RBI=0.0245685;REFB=-0.0179878;REVB=0.0234657;RO=61;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144228;STB=0.584014;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0112586;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:61:61:30:30:0.32967:12:18:29:32:12:18:29:32 chr19 18375846 . G A 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00935656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.854;QD=10.3431;RBI=0.0120367;REFB=-0.0244748;REVB=-0.0075721;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293796;STB=0.672907;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0389392;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:6:15:19:22:6:15:19:22 chr19 18375882 . G C 118.29 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0469864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2761;QD=10.2863;RBI=0.054424;REFB=-0.03217;REVB=-0.0274635;RO=30;SAF=11;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290322;STB=0.680583;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0606191;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:30:31:14:15:0.326087:3:11:17:13:3:12:18:13 chr19 18376517 . C T 132.15 PASS AF=0.363636;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00219799;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.297;QD=12.0136;RBI=0.00348919;REFB=-0.02099;REVB=-0.00270985;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199707;STB=0.603524;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0283958;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:28:14:16:0.363636:10:4:13:16:11:5:13:15 chr19 18376522 . T G 155.37 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0197499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.644;QD=13.2228;RBI=0.0199243;REFB=-0.0176748;REVB=-0.00263022;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547586;STB=0.548225;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0226652;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:16:16:0.340426:11:5:10:18:11:5:11:18 chr19 18377274 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0047743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9975;QD=8.30751;RBI=0.0126055;REFB=0.00118565;REVB=0.0116664;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367827;STB=0.522672;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00278839;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:16:2:1:7:16:2 chr19 18377496 . C G 239.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00644171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8858;QD=20.786;RBI=0.00668834;REFB=-0.00128433;REVB=-0.00179954;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135537;STB=0.586392;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00234845;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:10:13:9:13:10:13:9:14 chr19 18378219 . A G 42.66 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0185915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.166;QD=5.01827;RBI=0.0491423;REFB=0.0035126;REVB=-0.0454898;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396192;STB=0.759303;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00795345;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:10:17:2:5:10:17 chr19 18444360 . T G 255.59 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.974;QD=51.118;RBI=0.106282;REFB=0;REVB=-0.104356;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172021;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr19 18497024 . G C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000634843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.162;QD=15.9167;RBI=0.00495114;REFB=-0.016645;REVB=-0.00491027;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0216007;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr19 18497141 . T A 470.27 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0441328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9545;QD=31.8827;RBI=0.0487843;REFB=-0.00307316;REVB=-0.0207895;RO=17;SAF=21;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156514;STB=0.508471;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000990381;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:21:21:8:9:21:21:8:9 chr19 18499238 . G T 192.7 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0829813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4309;QD=24.0868;RBI=0.0967578;REFB=-0.0168513;REVB=0.0497612;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222253;STB=0.622295;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0168465;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:1:12:13:6:1:12 chr19 18502835 . G A 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0122784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.867;QD=24.3823;RBI=0.0125095;REFB=-0.00939794;REVB=-0.00239385;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648629;STB=0.535601;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00538582;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:21:16:13:12:21:16:13:12 chr19 18679379 . C G 471.69 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0808655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6811;QD=55.4923;RBI=0.0886435;REFB=-0.169519;REVB=0.0363102;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00820199;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chr19 18684563 . C T 188.56 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.821;QD=47.139;RBI=0.0166933;REFB=0;REVB=0.0155655;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74364e-05;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:5:11:0:0 chr19 18700047 . A G 558.85 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.076;QD=58.8262;RBI=0.0223407;REFB=0;REVB=-0.0191999;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98185e-05;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr19 18710535 . G A 678.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8235;QD=60.2861;RBI=0.10247;REFB=0;REVB=0.0968637;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388365;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:28:17:0:0 chr19 18726856 . T C 1084.77 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.481;QD=58.6361;RBI=0.0292899;REFB=-0.128021;REVB=-0.0236364;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000344869;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:43:30:0:0:43:30:0:1 chr19 18775077 . C T 2735.89 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6697;QD=61.8279;RBI=0.0738216;REFB=-0.0849379;REVB=0.0327679;RO=1;SAF=79;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598759;STB=0.503144;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000969309;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:97:79:1:0:97:79:1:0 chr19 18977937 . G C 883.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.793;QD=57.9612;RBI=0.0598136;REFB=0;REVB=0.059486;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134083;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr19 19017862 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.000975772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.711;QD=18.9482;RBI=0.0228535;REFB=-0.00489995;REVB=0.0228326;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995375;STB=0.555914;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0042417;OID=.;OPOS=19017862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:22:6:8:19:22:6:8:19 chr19 19040312 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0527;QD=35.5758;RBI=0.137312;REFB=0;REVB=0.0132105;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00996725;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 19136541 . C T 714.9 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00251099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.734;QD=57.1917;RBI=0.00362192;REFB=-0.0911874;REVB=0.00261022;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.51194;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00346024;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:1:3:47:47:0.94:25:22:1:0:25:22:2:1 chr19 19230868 . A G 1459.52 PASS AF=0.990196;AO=93;DP=96;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.053292;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.887;QD=57.2361;RBI=0.0748969;REFB=-0.0474458;REVB=0.0526261;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225624;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00033347;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:102:2:1:93:101:0.990196:41:52:0:2:48:53:0:1 chr19 19243175 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0108895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.394;QD=15.8391;RBI=0.0291801;REFB=0.00444506;REVB=0.027072;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00253523;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:3:3:5:3:4:3 chr19 19267910 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0264077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0585;QD=10.3886;RBI=0.0337986;REFB=-0.00194024;REVB=-0.0210945;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000236975;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:2:9:3:4:2:9 chr19 19338942 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0165952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.993;QD=18.9662;RBI=0.0245558;REFB=0.000915655;REVB=0.0180993;RO=25;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377967;STB=0.715581;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000565476;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:17:5:15:10:17:5:15:10 chr19 19339285 . G A 428.88 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.000236113;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.937;QD=24.8624;RBI=0.0239609;REFB=-0.00497908;REVB=0.0239597;RO=27;SAF=22;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13155;STB=0.572398;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00230198;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:27:28:40:41:0.594203:18:22:10:17:19:22:10:18 chr19 19345802 . C T 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00022299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1827;QD=17.0299;RBI=0.0163668;REFB=-0.0232201;REVB=0.0163653;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151944;STB=0.586981;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0234441;OID=.;OPOS=19345802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:12:10:11:7:12:10 chr19 19380996 . G T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.019071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.218;QD=17.1001;RBI=0.0251578;REFB=-0.00946789;REVB=-0.0164077;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162948;STB=0.593772;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0105193;OID=.;OPOS=19380996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:7:8:5:9:7:8 chr19 19391045 . G A 255.16 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00648886;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8702;QD=10.3096;RBI=0.0368333;REFB=0.00648396;REVB=0.0362572;RO=63;SAF=22;SAR=10;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872339;STB=0.567599;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00977309;OID=.;OPOS=19391045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:63:67:32:32:0.323232:10:22:39:24:10:22:40:27 chr19 19446936 . G A 539.0 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.054242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5099;QD=29.9447;RBI=0.054715;REFB=0.00615114;REVB=-0.00717965;RO=24;SAF=17;SAR=31;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139251;STB=0.507554;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00394439;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:31:17:9:15:31:17:9:15 chr19 19449686 . G T 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0303189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.804;QD=27.6972;RBI=0.0306453;REFB=-0.00458631;REVB=0.00446062;RO=21;SAF=16;SAR=23;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051592;STB=0.528086;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00304721;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:23:16:7:14:23:16:7:14 chr19 19466857 . C T 267.55 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00440475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.878;QD=13.7204;RBI=0.00571238;REFB=-0.00660988;REVB=0.00363723;RO=47;SAF=10;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26042;STB=0.65449;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0109493;OID=.;OPOS=19466857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:30:31:0.397436:20:10:27:20:21:10:27:20 chr19 19467085 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.33;QD=46.848;RBI=0.033966;REFB=0;REVB=-0.0197565;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27987e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 19467545 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0102462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.817;QD=9.99294;RBI=0.0107291;REFB=-0.00550126;REVB=-0.00318246;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384854;STB=0.722127;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0342681;OID=.;OPOS=19467545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:8:9:7:29:8:9:7:29 chr19 19467937 . T C 215.49 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0158238;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8413;QD=27.8048;RBI=0.0324109;REFB=-0.0355515;REVB=0.0282855;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667753;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0398875;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:9:11:20:20:0.645161:9:11:6:3:9:11:7:4 chr19 19467996 . T A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00150987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.565;QD=14.096;RBI=0.00929987;REFB=-0.0077848;REVB=-0.00917648;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0123837;OID=.;OPOS=19467996;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:8:6:3:8:8:6 chr19 19468710 . C G 293.95 PASS AF=0.609756;AO=21;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0706626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.248;QD=28.6781;RBI=0.0713572;REFB=-0.030399;REVB=0.00993254;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746985;STB=0.510113;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0164572;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:21:25:0.609756:14:7:6:8:14:11:7:8 chr19 19468734 . G A 223.65 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0216009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.252;QD=26.312;RBI=0.0233421;REFB=-0.0339763;REVB=0.00884629;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101145;STB=0.505613;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.015743;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:7:6:10:11:7:6 chr19 19606634 . G A 87.13 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00465693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5651;QD=6.2238;RBI=0.0298739;REFB=0.00822207;REVB=0.0295087;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323834;STB=0.696289;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0191318;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:41:43:13:13:0.232143:5:8:14:27:5:8:15:28 chr19 19619542 . A G 106.91 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00664904;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.123;QD=7.91926;RBI=0.0107896;REFB=-0.00614293;REVB=0.00849734;RO=40;SAF=14;SAR=0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.784019;STB=0.911565;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0222732;OID=.;OPOS=19619542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:39:14:15:0.277778:0:14:18:22:1:14:17:22 chr19 19625547 . A G 134.65 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=49;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00844005;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.551;QD=9.97422;RBI=0.047865;REFB=-0.0699261;REVB=0.047115;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287515;STB=0.559936;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0601643;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:34:36:13:18:0.333333:6:7:10:24:11:7:11:25 chr19 19625685 . C G 41.7 PASS AF=0.091954;AO=7;DP=88;FAO=8;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0424939;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9167;QD=1.91715;RBI=0.0427375;REFB=-0.00470165;REVB=0.00455655;RO=69;SAF=1;SAR=6;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477445;STB=0.876678;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.111221;OID=.;OPOS=19625685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:88:87:69:75:7:8:0.091954:6:1:40:29:7:1:41:34 chr19 19735257 . G T 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.347;QD=60.2308;RBI=0.0400361;REFB=0;REVB=0.000966337;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72641e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 19746447 . C T 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0461449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.436;QD=9.12846;RBI=0.0469886;REFB=-0.0134424;REVB=-0.00886463;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261009;STB=0.658232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0318823;OID=.;OPOS=19746447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:14:8:6:4:14:8 chr19 19756073 . AGCC A 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00333692;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=317.1;QD=25.5782;RBI=0.0201173;REFB=-0.0225803;REVB=0.0198386;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109266;STB=0.561334;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.0151657;OID=.;OPOS=19756074;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:19:33:19:31:12:3:16:3:9:98:12:3:16:3:9 chr19 19789528 . A G 720.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039597;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.69;QD=64.0177;RBI=0.00636703;REFB=0;REVB=0.00498597;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830701;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 19855654 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0149063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.509;QD=13.5802;RBI=0.0422328;REFB=-0.0107592;REVB=-0.0395146;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252606;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0276197;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:16:11:11:6:16:12 chr19 19910250 . T C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0271864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.697;QD=19.967;RBI=0.0306072;REFB=0.010219;REVB=0.0140605;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15015;STB=0.583278;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0134546;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:8:18:15:14:8:18 chr19 20150125 . T C 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00704258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.701;QD=7.25972;RBI=0.023449;REFB=-0.00416381;REVB=-0.0223665;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169236;STB=0.510617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0114142;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:12:17:6:4:12:17 chr19 20150175 . G C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00596085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.633;QD=5.37223;RBI=0.0148088;REFB=0.000383778;REVB=-0.0135561;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549494;STB=0.520781;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0015774;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:29:30:8:8:0.210526:5:3:11:18:5:3:12:18 chr19 20229486 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0213552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.533;QD=22.9154;RBI=0.0213942;REFB=0.00787509;REVB=-0.00129178;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107529;STB=0.561271;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0022562;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:1:3:5:4:1:3 chr19 20369503 . C G 1037.02 PASS AF=0.649635;AO=88;DP=136;FAO=89;FDP=137;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00663158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.673;QD=30.2781;RBI=0.0215424;REFB=-0.00675642;REVB=-0.0204963;RO=48;SAF=41;SAR=47;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902431;STB=0.546233;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00257018;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:48:48:88:89:0.649635:47:41:29:19:47:42:29:19 chr19 20806993 . GGT GG,G 36.1 PASS AF=0.5,0;AO=7,2;DP=18;FAO=9,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0677812,-0.00654341;FXX=0;HRUN=7,3;LEN=1,2;MLLD=10.2277,21.1043;QD=8.02152;RBI=0.0682478,0.124232;REFB=-0.0989761,-0.0354649;REVB=0.00796689,-0.12406;RO=8;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0490059,-0.55315;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.125668,0.0177367;OID=.,.;OPOS=20806995,20806994;OREF=T,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:7,2:18:9,0:18:9:3,0:6,0:3:6:35:8:3,0:4,2:3:5 chr19 20808143 . T G 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0257752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.513;QD=18.9474;RBI=0.0340818;REFB=0.00109013;REVB=0.0222981;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.563986;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00146332;OID=.;OPOS=20808143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:18:10:13:14:18:10:13:14 chr19 20808149 . A G 757.44 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180263;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.941;QD=55.0863;RBI=0.0665374;REFB=-0.0390551;REVB=0.064049;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000119843;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr19 20808374 . A G 54.23 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0536786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.684;QD=24.1012;RBI=0.149906;REFB=-0.055718;REVB=0.139966;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794076;STB=0.749163;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0116329;OID=.;OPOS=20808374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:6:7:0.777778:0:6:0:2:1:6:0:2 chr19 20828522 . A G 397.97 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0259895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5969;QD=28.9434;RBI=0.0280248;REFB=-0.00550664;REVB=-0.0104851;RO=17;SAF=18;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433428;STB=0.513772;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00214215;OID=.;OPOS=20828522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:18:37:37:0.672727:19:18:7:10:19:18:8:10 chr19 21299774 . T TATA 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0254817;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.954;QD=36.8927;RBI=0.0294658;REFB=0.0291563;REVB=0.0147958;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129287;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=-0.00121793;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:14:16:14:16:2:6:8:2:0:10:2:6:8:2:0 chr19 21300462 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000601771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.502;QD=48.7373;RBI=0.000610478;REFB=0;REVB=0.00010274;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78697e-06;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 21477431 . T C 277.36 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0336457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.744;QD=16.0787;RBI=0.034004;REFB=-0.0109944;REVB=0.00492316;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247708;STB=0.615453;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0213158;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:38:31:31:0.449275:13:18:11:24:13:18:14:24 chr19 21492062 . G A 243.88 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0181408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.621;QD=26.3653;RBI=0.0607039;REFB=-0.0295644;REVB=0.0579299;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168909;STB=0.577703;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000744081;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:20:21:0.567568:13:7:8:6:13:8:8:6 chr19 21544571 . G A 530.68 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0170158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.629;QD=28.6853;RBI=0.0337519;REFB=-0.0246196;REVB=0.0291488;RO=25;SAF=25;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134826;STB=0.561142;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0124893;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:25:26:47:48:0.648649:22:25:8:17:23:25:9:17 chr19 21606429 . G T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.026813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.119;QD=31.6788;RBI=0.0354214;REFB=-0.0303518;REVB=0.023146;RO=6;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135721;STB=0.550967;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0121157;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:6:7:19:19:0.730769:10:9:1:5:10:9:2:5 chr19 21607878 . ATAAT A 138.07 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0294543;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=4;MLLD=223.958;QD=17.8155;RBI=0.0367443;REFB=-0.00781408;REVB=-0.021968;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220441;STB=0.615232;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=0.014942;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:14:32:15:31:16:6:9:10:6:99:15:5:9:9:6 chr19 21608158 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0124093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.514;QD=12.9138;RBI=0.0162729;REFB=-0.0118115;REVB=-0.010527;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241328;STB=0.637958;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0228479;OID=.;OPOS=21608158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:13:24:10:14:13:24 chr19 21608264 . T C 75.89 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00777429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8176;QD=11.2427;RBI=0.0341758;REFB=0.00339055;REVB=-0.0332799;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550847;STB=0.854614;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0267631;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:27:15:16:8:8:0.296296:1:7:6:9:1:7:6:10 chr19 21608269 . AC GT 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0135287;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.211;QD=12.9748;RBI=0.0137158;REFB=-0.0091543;REVB=-0.0022577;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.646504;STBP=0.208;TYPE=mnp;VARB=0.0186051;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:6:12:5:7:6:12 chr19 21608272 . A T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.023435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.036;QD=12.9748;RBI=0.0238724;REFB=-0.00883302;REVB=0.00454876;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.646504;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0208417;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:6:12:5:7:6:12 chr19 21608275 . C T 97.26 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0249222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7439;QD=12.9678;RBI=0.0393945;REFB=-0.0293249;REVB=-0.0305091;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.646504;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0444612;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:6:12:5:7:6:12 chr19 21608280 . T A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.033146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.849;QD=15.7004;RBI=0.0646805;REFB=-0.0133617;REVB=-0.0555419;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14909;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0132568;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:6:13:8:7:6:13 chr19 21608283 . A C 129.82 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0233274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.776;QD=15.2724;RBI=0.0291255;REFB=-0.012865;REVB=-0.0174391;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183534;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0258445;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:6:13:8:7:6:13 chr19 21608287 . G C 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00249671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.95;QD=14.6629;RBI=0.0314924;REFB=-0.00585602;REVB=-0.0313932;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872643;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0330786;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:8:13:8:7:8:13 chr19 21608311 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0259892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1819;QD=12.6372;RBI=0.0275782;REFB=-0.0414098;REVB=-0.00922603;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.58702;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0569465;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:11:10:8:5:11:10 chr19 21608319 . A C 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.019963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5246;QD=12.0231;RBI=0.0434371;REFB=0.0165749;REVB=0.038578;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23251;STB=0.638063;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0123654;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:11:9:8:4:11:9 chr19 21609743 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0420249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.803;QD=25.3613;RBI=0.042078;REFB=-0.0123909;REVB=-0.0021144;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468104;STB=0.52628;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00818457;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:2:6:12:3:2:6 chr19 21688602 . C G 399.11 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00423853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.123;QD=26.6073;RBI=0.0049561;REFB=-0.0268182;REVB=0.00256863;RO=21;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077676;STB=0.549974;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0166482;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:21:22:38:38:0.633333:19:19:8:13:19:19:8:14 chr19 21719401 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0233047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.082;QD=15.841;RBI=0.0244163;REFB=-0.00842999;REVB=0.00728335;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0105879;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:4:2:3:5:4:3 chr19 21909948 . G A 432.23 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048004;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2556;QD=57.6312;RBI=0.0493299;REFB=0;REVB=0.0113605;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665296;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr19 22115982 . A G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2918;QD=37.8905;RBI=0.0238816;REFB=-0.0302496;REVB=0.0211317;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00875766;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr19 22115990 . G A 109.09 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.772;QD=36.3642;RBI=0.0358376;REFB=-0.105272;REVB=-0.0194603;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00426151;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr19 22153495 . A T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.219;QD=59.8358;RBI=0.0088555;REFB=0;REVB=0.00479769;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01823e-05;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 22154732 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.022;QD=53.2771;RBI=0.0845412;REFB=0;REVB=0.020063;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233808;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 22154954 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.664;QD=54.5176;RBI=0.0226103;REFB=0;REVB=-0.0155865;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.425e-06;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 22156482 . G T 420.49 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.030057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1743;QD=49.4695;RBI=0.0357939;REFB=-0.111658;REVB=-0.0194365;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.51055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00820343;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:34:34:1:3:31:31:0.911765:14:17:1:0:14:17:2:1 chr19 22156908 . C CG 31.96 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.7163;QD=10.6536;RBI=0.0922465;REFB=-0.0469112;REVB=0.0922465;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.173703;OID=.;OPOS=22156909;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:12:6:12:6:0:6:0:6:27:6:0:6:0:6 chr19 22156992 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.281;QD=35.5759;RBI=0.0161795;REFB=0;REVB=0.0161795;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86711e-05;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr19 22157302 . G A 1029.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155926;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.996;QD=59.6944;RBI=0.0180831;REFB=0;REVB=-0.00915802;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99296e-05;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr19 22575488 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=53.911;RBI=0.0594369;REFB=0;REVB=-0.0528723;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870003;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr19 22575596 . T C 92.65 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0265897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.431;QD=4.25993;RBI=0.0285765;REFB=-0.00148295;REVB=0.0104694;RO=71;SAF=10;SAR=6;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167226;STB=0.608559;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.011007;OID=.;OPOS=22575596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:71:71:16:16:0.183908:6:10:35:36:6:10:35:36 chr19 22575784 . C A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0404308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.37;QD=5.19173;RBI=0.0432644;REFB=0.0025181;REVB=-0.0153998;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377228;STB=0.773294;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0201291;OID=.;OPOS=22575784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:6:1:10:15:6:1:11:15 chr19 22586192 . A G 151.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183506;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.035;QD=46.5292;RBI=0.0394771;REFB=0;REVB=0.0349527;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422558;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 22846601 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.885;QD=46.8471;RBI=0.0663802;REFB=0;REVB=-0.0311329;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266135;OID=.;OPOS=22846601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr19 22846680 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.065;QD=40.7629;RBI=0.054149;REFB=0;REVB=0.0495093;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226772;OID=.;OPOS=22846680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr19 22846697 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0819;QD=47.8222;RBI=0.0334057;REFB=0;REVB=0.0176106;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384825;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 22846867 . G A 509.23 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7626;QD=58.1982;RBI=0.0535117;REFB=0;REVB=-0.0458814;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695063;OID=.;OPOS=22846867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr19 22847072 . G C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00329343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3131;QD=32.8236;RBI=0.0463316;REFB=0.0254578;REVB=0.0462144;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175672;STB=0.599759;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00144828;OID=.;OPOS=22847072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:1:0:7:2:1:0 chr19 22848028 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.387;QD=47.8224;RBI=0.0228399;REFB=0;REVB=-0.0150897;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01535e-05;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 22868096 . A G 888.4 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00228912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.211;QD=56.4066;RBI=0.0205543;REFB=-0.0718232;REVB=0.0204264;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000256937;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:25:37:0:0:25:37:1:0 chr19 22868205 . T C 713.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827329;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2795;QD=63.3812;RBI=0.0858115;REFB=0;REVB=0.022779;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112714;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr19 22868445 . C T 329.89 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.066967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3837;QD=50.7527;RBI=0.0679442;REFB=-0.00452028;REVB=0.0114821;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00231954;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr19 22868470 . G T 219.72 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.538;QD=48.8262;RBI=0.0321142;REFB=0;REVB=0.0202223;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331563;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr19 22868479 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.56;QD=48.7372;RBI=0.0281418;REFB=0;REVB=-0.0173106;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95496e-05;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 22868484 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.557;QD=45.8068;RBI=0.0496272;REFB=0;REVB=-0.00354929;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013272;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 22869372 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=39.2023;RBI=0.0422494;REFB=0;REVB=0.0260591;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151991;OID=.;OPOS=22869372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 22939007 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=368.021;QD=33.4285;RBI=0.0151933;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28703e-05;OID=.;OPOS=22939007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 22939931 . C T 399.83 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135797;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.759;QD=57.1179;RBI=0.0247169;REFB=0;REVB=-0.0246796;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484204;OID=.;OPOS=22939931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr19 22940659 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8321;QD=50.1338;RBI=0.0511722;REFB=-0.0435342;REVB=-0.046905;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00100338;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:1:0:10:14:1:0 chr19 22941617 . T C 43.66 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0895062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7244;QD=21.8294;RBI=0.0895062;REFB=-0.0221559;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0290154;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr19 22941938 . T G 431.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195504;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.008;QD=52.3188;RBI=0.0237513;REFB=-0.0863313;REVB=0.0134873;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000946034;OID=.;OPOS=22941938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:1:2:31:31:0.939394:19:12:0:1:19:12:1:1 chr19 22942325 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.784;QD=55.6559;RBI=0.0272266;REFB=0;REVB=-0.0182852;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0536e-05;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 22952111 . A G 296.34 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8255;QD=49.3898;RBI=0.0524874;REFB=-0.162191;REVB=0.0423333;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0142735;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:1:0:9:14:1:0 chr19 22966839 . C T 473.92 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0174;QD=55.7548;RBI=0.00951845;REFB=-0.131834;REVB=-0.00716598;RO=2;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00439443;OID=.;OPOS=22966839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:2:1:31:33:0.970588:22:9:0:2:24:9:0:1 chr19 23328940 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.741;QD=51.1846;RBI=0.0235599;REFB=0;REVB=-0.00576758;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14409e-05;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr19 23406165 . T C 129.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.224;QD=43.1444;RBI=0.0310242;REFB=0;REVB=0.0276055;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78729e-05;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 23406801 . G C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0278095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.853;QD=26.0488;RBI=0.0296051;REFB=-0.0303533;REVB=-0.0101535;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348572;STB=0.7017;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0121826;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:11:1:2:3:11:1:2:3 chr19 23542290 . AG GC 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.014227;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.215;QD=4.53684;RBI=0.0217921;REFB=-0.0040952;REVB=0.0165071;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185293;STB=0.624688;STBP=0.523;TYPE=mnp;VARB=0.0223574;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:5:3:19:17:5:3:19:17 chr19 23543095 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00677734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.902;QD=16.8738;RBI=0.00693963;REFB=-0.0189478;REVB=0.00149202;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046774;STB=0.526673;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0194676;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:18:8:7:13:18:8 chr19 23545447 . A G 88.54 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0743778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.31;QD=11.4248;RBI=0.07439;REFB=-0.000954532;REVB=0.00134953;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066101;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00590944;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:30:31:18:19:11:12:0.387097:8:3:5:13:8:4:6:13 chr19 23837145 . A G 115.12 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00529897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.145;QD=10.709;RBI=0.00535325;REFB=-0.00206265;REVB=-0.000760434;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031811;STB=0.513494;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00377701;OID=.;OPOS=23837145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:29:14:14:0.325581:6:8:15:10:6:8:16:13 chr19 23837365 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8055;QD=51.9159;RBI=0.00954377;REFB=0;REVB=-0.0064527;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52367e-05;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 23869823 . T G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0542575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.007;QD=6.48194;RBI=0.0565312;REFB=0.0152349;REVB=0.0158715;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483686;STB=0.806734;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0488581;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:20:13:8:2:20:13 chr19 23927468 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.414;QD=50.4132;RBI=0.0499868;REFB=0;REVB=0.0173189;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334074;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 23927741 . CCA C 74.3 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00874578;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=305.229;QD=7.82094;RBI=0.0182312;REFB=-0.00951558;REVB=-0.0159965;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.663788;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0122229;OID=.;OPOS=23927742;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:12:37:13:38:25:5:8:16:9:74:25:5:7:16:9 chr19 24184630 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0164165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.062;QD=15.4189;RBI=0.0206819;REFB=-0.0058157;REVB=-0.0125794;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055294;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00779112;OID=.;OPOS=24184630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:17:15:22:20:17:15:22:20 chr19 29724086 . A C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00213729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6485;QD=7.4709;RBI=0.00336835;REFB=0.00349719;REVB=-0.00260341;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166234;STB=0.541982;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0120379;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:29:32:11:11:0.255814:4:7:22:7:4:7:22:10 chr19 29724111 . T G 102.41 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.134257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3173;QD=7.72907;RBI=0.137387;REFB=0.000405486;REVB=-0.0291624;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107803;STB=0.565945;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00366542;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:7:7:23:16:7:7:23:16 chr19 29724209 . A G 307.58 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0396091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1238;QD=24.1237;RBI=0.0464741;REFB=0.010274;REVB=-0.0243097;RO=21;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695169;STB=0.538435;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00451819;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:21:9:8:13:21:9:8:13 chr19 30193721 . G A 241.66 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=0.00330166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.996;QD=8.05526;RBI=0.00350547;REFB=-0.014208;REVB=-0.00117785;RO=86;SAF=13;SAR=21;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329891;STB=0.69329;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0381978;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:86:86:34:34:0.283333:21:13:57:29:21:13:57:29 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1056.72 PASS AF=0.931507,0.0684932;AO=58,7;DP=78;FAO=68,5;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42,5;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140084,0.00484422;FXX=0.0640943;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=136.987,99.2759;QD=57.9027;RBI=0.0612449,0.00672857;REFB=0,0;REVB=0.0596213,0.00466981;RO=0;SAF=34,7;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.31293e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000430192,0.0240714;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931507,0.0684932:58,7:78:68,5:73:0:42,5:26,0:0:0:19:0:34,7:24,0:0:0 chr19 30935085 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0170492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3055;QD=5.83274;RBI=0.0170774;REFB=0.00166977;REVB=0.000981764;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315172;STB=0.695286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00541358;OID=.;OPOS=30935085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:8:3:21:19:8:3:21:20 chr19 31038995 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.703;QD=59.4356;RBI=0.00937756;REFB=0;REVB=-0.00237628;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22121e-05;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr19 31769763 . G A 669.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.041;QD=62.2859;RBI=0.0284896;REFB=0;REVB=0.0268117;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108395;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 32083696 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.618;QD=63.4765;RBI=0.0140932;REFB=0;REVB=0.00490447;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65924e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr19 32873698 . A G 571.38 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684296;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.252;QD=60.145;RBI=0.0326593;REFB=0;REVB=0.0319344;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140078;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr19 32930069 . G A 542.09 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520093;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1132;QD=60.2323;RBI=0.0689371;REFB=0;REVB=-0.0452477;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013815;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr19 33088126 . TAG T 397.0 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116629;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.505;QD=56.7137;RBI=0.0255598;REFB=0;REVB=0.0227438;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.2735e-05;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:28:28:0:15:13:0:0:4:0:14:13:0:0 chr19 33117666 . T C 318.96 PASS AF=0.603774;AO=29;DP=50;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0120372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.159;QD=24.0721;RBI=0.0244204;REFB=-0.0247424;REVB=0.0212477;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128814;STB=0.509129;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0156286;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:20:21:29:32:0.603774:16:13:9:11:19:13:9:12 chr19 33146154 . G C 92.12 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0153739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.342;QD=18.4239;RBI=0.137383;REFB=-0.0308535;REVB=0.13652;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276935;STB=0.52936;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0285173;OID=.;OPOS=33146154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:10:11:0.55:2:8:7:2:3:8:7:2 chr19 33167879 . G A 188.66 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0178969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.332;QD=29.0247;RBI=0.0592936;REFB=-0.00819383;REVB=0.0565282;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310974;STB=0.517222;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00284149;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:8:10:4:4:8:10:4:4 chr19 33168036 . G GT 285.81 PASS AF=0.685714;AO=38;DP=74;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0511265;FXX=0.0410903;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1576;QD=16.3318;RBI=0.15702;REFB=-0.0312685;REVB=0.148463;RO=29;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320912;STB=0.556677;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=0.0335873;OID=.;OPOS=33168037;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685714:38:74:48:70:22:16:32:11:11:99:29:13:25:11:18 chr19 33168059 . G A 637.54 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0213132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8464;QD=31.0997;RBI=0.0592324;REFB=-0.0253751;REVB=0.055265;RO=26;SAF=15;SAR=40;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131602;STB=0.566904;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0169116;OID=.;OPOS=33168059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:27:55:55:0.670732:40:15:12:14:40:15:12:15 chr19 33168412 . C T 288.87 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00835119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.504;QD=21.0084;RBI=0.0103351;REFB=-0.0504681;REVB=0.00608867;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136207;STB=0.575524;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0267949;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:15:10:17:13:15:10 chr19 33169003 . A C 404.82 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00143293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.889;QD=22.8067;RBI=0.00398903;REFB=-0.0083047;REVB=-0.00372277;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249315;STB=0.508768;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00521852;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:31:39:40:0.56338:16:23:18:11:16:24:18:13 chr19 33239450 . C G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206;QD=62.3499;RBI=0.0318223;REFB=0;REVB=0.00257063;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31999e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 33281924 . A G 1446.35 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0559289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6056;QD=57.2814;RBI=0.0562795;REFB=-0.14351;REVB=0.00627262;RO=2;SAF=68;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862232;STB=0.504599;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00343967;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:2:2:98:99:0.980198:30:68:1:1:30:69:1:1 chr19 33293948 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0192619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.601;QD=19.523;RBI=0.022287;REFB=-0.0167034;REVB=-0.011211;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0255099;OID=.;OPOS=33293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:5:7:9:5:5:7 chr19 33353041 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.001023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.581;QD=26.6377;RBI=0.0254373;REFB=-0.0053883;REVB=0.0254167;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938761;STB=0.552563;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00311411;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:12:4:3:5:12:4:3:5 chr19 33353061 . G T 211.78 PASS AF=0.76;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00542725;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.315;QD=33.8847;RBI=0.0175918;REFB=-0.136966;REVB=-0.0167337;RO=4;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122407;STB=0.504849;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0179172;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:23:25:4:6:19:19:0.76:13:6:0:4:13:6:2:4 chr19 33353464 . G A 355.87 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0428055;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2003;QD=29.6557;RBI=0.0428359;REFB=-0.0351353;REVB=0.00161365;RO=18;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459782;STB=0.525264;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0213588;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:18:30:30:0.625:13:17:9:9:13:17:9:9 chr19 33353854 . T C 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0129064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.997;QD=31.8502;RBI=0.0241275;REFB=-0.00413119;REVB=-0.0203853;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107708;STB=0.559384;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00183948;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:16:6:4:5:16:6:4:5 chr19 33355055 . A G 301.76 PASS AF=0.55102;AO=23;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0059746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.752;QD=24.6332;RBI=0.00969896;REFB=-0.0456976;REVB=0.00764029;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305882;STB=0.516117;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0301621;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:22:23:27:0.55102:10:13:13:0:12:15:13:9 chr19 33355081 . G A 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00379626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.249;QD=19.4996;RBI=0.0149907;REFB=-0.0300811;REVB=0.0145021;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547552;STB=0.530469;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0333122;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:15:15:14:18:15:15 chr19 33390796 . G A,T 1256.48 PASS AF=0.931034,0.045977;AO=80,4;DP=86;FAO=81,4;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41,2;FSAR=40,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00599528,-0.00376798;FXX=0.0113623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.8866,166.899;QD=57.7693;RBI=0.0442074,0.0193734;REFB=-0.116186,-0.121081;REVB=-0.043799,-0.0190034;RO=1;SAF=41,2;SAR=39,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119854,0.166656;STB=0.500149,0.5;STBP=0.88,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0166859,0.0483912;OID=.,.;OPOS=33390796,33390796;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:86:87:1:2:80,4:81,4:0.931034,0.045977:39,2:41,2:0:1:40,2:41,2:1:1 chr19 33414420 . A G 252.47 PASS AF=0.545455;AO=22;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0585969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.544;QD=22.9519;RBI=0.0586957;REFB=-0.00819968;REVB=-0.00340343;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214818;STB=0.631461;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0130176;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:20:22:24:0.545455:6:16:10:10:6:18:10:10 chr19 33430816 . T G 2018.96 PASS AF=0.992424;AO=128;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0856242;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5921;QD=61.1805;RBI=0.09262;REFB=-0.0615965;REVB=0.0353124;RO=1;SAF=47;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010003;STB=0.50495;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00304694;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:128:131:0.992424:81:47:1:0:81:50:1:0 chr19 33439187 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0115916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.365;QD=25.2552;RBI=0.0163807;REFB=0.0155295;REVB=0.0115742;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225018;STB=0.624281;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00686889;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:1:9:10:7:1:9 chr19 33444556 . T C 354.13 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00562531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.553;QD=13.8874;RBI=0.0249667;REFB=0.000970118;REVB=-0.0243247;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128051;STB=0.502391;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00199142;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:20:21:30:30:20:21:31:30 chr19 33444576 . C T 247.8 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00595723;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.519;QD=9.43996;RBI=0.0059889;REFB=-0.00790855;REVB=0.000615037;RO=71;SAF=17;SAR=16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234988;STB=0.518208;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0137567;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:71:72:33:33:0.314286:16:17:38:33:16:17:39:33 chr19 33444588 . T G 126.45 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00539475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.826;QD=5.16102;RBI=0.0103787;REFB=-0.00332743;REVB=0.00886643;RO=66;SAF=16;SAR=4;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355178;STB=0.716743;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0420241;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:78:20:20:0.204082:4:16:36:30:4:16:44:34 chr19 33444619 . G A 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0141815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.109;QD=26.063;RBI=0.0256787;REFB=0.0106321;REVB=-0.0214075;RO=31;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121942;STB=0.566475;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0143368;OID=.;OPOS=33444619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:23:24:21:10:23:24:21:10 chr19 33444707 . C T 207.89 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.065277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.284;QD=17.693;RBI=0.0665506;REFB=-0.0138383;REVB=-0.0129573;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.618366;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.018952;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:22:26:21:21:0.446809:10:11:8:14:10:11:8:18 chr19 33467357 . G A 214.26 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.000245704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.616;QD=11.7403;RBI=0.0115152;REFB=-0.0139103;REVB=-0.0115126;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156639;STB=0.510541;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0307009;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:46:26:27:0.369863:11:15:26:18:11:16:28:18 chr19 33467515 . T C 383.39 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0404291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.125;QD=21.908;RBI=0.0452239;REFB=-0.0406083;REVB=0.0202655;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393992;STB=0.515766;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0234534;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:38:39:0.557143:19:19:14:17:20:19:14:17 chr19 33470874 . A G 949.93 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.612;QD=58.4572;RBI=0.0281765;REFB=0;REVB=0.0253463;RO=0;SAF=49;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41161e-05;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:15:49:0:0:16:49:0:0 chr19 33487070 . T TC 200.98 PASS AF=1;AO=6;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0748682;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.3581;QD=40.1964;RBI=0.0748692;REFB=0;REVB=-0.000383548;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00217317;OID=.;OPOS=33487071;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:22:20:20:0:9:11:0:0:4:16:4:2:6:10 chr19 33487071 . G C 200.8 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0877617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7586;QD=38.2474;RBI=0.0896988;REFB=-0.0574345;REVB=0.0185406;RO=3;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182147;STB=0.599885;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00292425;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:12:6:3:0:12:6:3:0 chr19 33490566 . T C 76.77 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.000700814;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.084;QD=2.69383;RBI=0.0461559;REFB=-0.000350173;REVB=-0.0461506;RO=95;SAF=5;SAR=11;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105129;STB=0.571164;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00110311;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:95:98:16:16:0.140351:11:5:37:58:11:5:38:60 chr19 33490585 . G A 225.49 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00385718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.718;QD=7.98187;RBI=0.0147696;REFB=0.00172447;REVB=0.014257;RO=81;SAF=11;SAR=21;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668352;STB=0.539724;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00569724;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:81:81:32:32:0.283186:21:11:32:49:21:11:32:49 chr19 33517515 . C T 449.93 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0112967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.577;QD=32.7219;RBI=0.0303627;REFB=-0.00180663;REVB=-0.028183;RO=15;SAF=10;SAR=30;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134364;STB=0.572995;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0011563;OID=.;OPOS=33517515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:30:10:7:8:30:10:7:8 chr19 33579128 . T C 311.56 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0130091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3732;QD=28.3233;RBI=0.0347554;REFB=-0.0160161;REVB=0.0322289;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158107;STB=0.590846;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0109169;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:27:28:0.636364:13:14:12:4:14:14:12:4 chr19 33586739 . G C 338.38 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0338246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5892;QD=22.9409;RBI=0.0467639;REFB=-0.0163531;REVB=-0.0322918;RO=24;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924882;STB=0.513018;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0101405;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:18:16:11:13:18:16:11:14 chr19 33600764 . T C 257.65 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0103582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.313;QD=23.4229;RBI=0.0166501;REFB=-0.0216641;REVB=0.0130359;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116278;STB=0.5733;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0175296;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:10:13:14:6:11:13:14:6 chr19 33605300 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.878;QD=53.277;RBI=0.0662663;REFB=0;REVB=0.0128845;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130723;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 33605312 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.342;QD=53.277;RBI=0.0201267;REFB=0;REVB=-0.0190199;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200812;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 33617508 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0161743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5476;QD=14.0437;RBI=0.0567406;REFB=0.0233221;REVB=-0.0543865;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0239244;OID=.;OPOS=33617508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 33617583 . C T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0154567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.023;QD=28.5244;RBI=0.0760522;REFB=-0.0210087;REVB=0.0744649;RO=6;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186818;STB=0.603639;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00606694;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:8:7:5:1:8:7:5:1 chr19 33635761 . C T 280.71 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00755251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.022;QD=28.0708;RBI=0.0149255;REFB=-0.000248486;REVB=-0.0128737;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466417;STB=0.525752;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000173462;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:15:10:7:8:15:10:7:8 chr19 33647379 . T C 110.16 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0176035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.907;QD=14.6873;RBI=0.0313856;REFB=-0.0251065;REVB=0.0259841;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.032046;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr19 33668046 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0220087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.975;QD=28.0219;RBI=0.0262273;REFB=-0.0145613;REVB=0.0142649;RO=19;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129123;STB=0.571378;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0108102;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:20:9:9:10:20:9:9:10 chr19 33696354 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0219227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.493;QD=10.2403;RBI=0.052939;REFB=-0.0138975;REVB=-0.0481865;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288731;STB=0.677571;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0217834;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:11:8:2:8:11:8 chr19 33696621 . C T 291.59 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0258589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.524;QD=15.9776;RBI=0.0274287;REFB=-0.0114187;REVB=-0.00914602;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937633;STB=0.559286;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0157663;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:32:33:0.452055:19:13:20:20:20:13:20:20 chr19 33697546 . C T 156.87 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.027651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.613;QD=14.9401;RBI=0.0277424;REFB=-0.0296808;REVB=0.00225026;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214113;STB=0.62313;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0516903;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:8:17:8:9:8:17 chr19 33698291 . T C 64.09 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0988493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.37;QD=9.49408;RBI=0.102134;REFB=-0.0213122;REVB=-0.0256926;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239847;STB=0.644856;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0231472;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:12:6:5:4:12:6 chr19 33698448 . G A 291.59 PASS AF=0.540984;AO=30;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00613242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2612;QD=19.1204;RBI=0.0678971;REFB=-0.0425535;REVB=0.0676196;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229861;STB=0.517809;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.053232;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:28:30:33:0.540984:20:10:10:18:20:13:10:18 chr19 33700281 . C A 211.04 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0220128;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.796;QD=14.0696;RBI=0.0220748;REFB=-0.0152458;REVB=0.00165388;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059742;STB=0.523791;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0188091;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:11:14:21:13:11:14:21:14 chr19 34842488 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.766;QD=56.9379;RBI=0.0123314;REFB=0;REVB=-0.00323795;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70235e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr19 34843761 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.402;QD=33.4282;RBI=0.0088637;REFB=0;REVB=0.0088637;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68209e-05;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 34959979 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.228;QD=56.7066;RBI=0.0592215;REFB=0;REVB=0.0310895;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294986;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 34972146 . G C 382.54 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.14049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.508;QD=51.0056;RBI=0.140945;REFB=-0.0157793;REVB=0.0113186;RO=2;SAF=7;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392413;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00245242;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:30:2:1:27:29:0.966667:20:7:1:1:20:9:0:1 chr19 35084435 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00435673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.872;QD=12.7388;RBI=0.00564505;REFB=-0.00268811;REVB=0.00358964;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00311703;OID=.;OPOS=35084435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr19 35250894 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00225829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.5;QD=21.377;RBI=0.00227174;REFB=-0.0196487;REVB=-0.0002468;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.510629;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0152944;OID=.;OPOS=35250894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:11:11:11:12:11:11 chr19 35434238 . A G 412.74 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000307351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.667;QD=27.0646;RBI=0.00922681;REFB=-0.0230894;REVB=0.00922169;RO=22;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149805;STB=0.581746;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0139928;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:23:16:14:8:23:16:14:8 chr19 35434512 . T C 448.86 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0203089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.736;QD=37.4047;RBI=0.0206342;REFB=-0.032752;REVB=0.00364913;RO=13;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506063;STB=0.527431;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0115784;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:18:17:5:8:18:17:5:8 chr19 35435006 . G A 129.32 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00555551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.302;QD=21.5533;RBI=0.0180384;REFB=-0.00834928;REVB=-0.0171616;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193534;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00645042;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:9:10:14:14:0.583333:7:7:7:2:7:7:7:3 chr19 35435069 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0127265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.683;QD=26.6376;RBI=0.0557577;REFB=-0.0191161;REVB=0.0542859;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293368;STB=0.663067;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0111282;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:7:1:10:6:7:1 chr19 35435589 . C T 152.13 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0253933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6451;QD=30.4264;RBI=0.0865363;REFB=-0.00551602;REVB=-0.0827268;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917426;STB=0.550952;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00243364;OID=.;OPOS=35435589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:6:9:2:3:6:9:2:3 chr19 35449082 . G A 601.06 PASS AF=0.58;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0216279;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0378;QD=24.0425;RBI=0.0291904;REFB=0.000838863;REVB=0.0196039;RO=42;SAF=26;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583122;STB=0.531845;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000286028;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:42:42:58:58:0.58:32:26:22:20:32:26:22:20 chr19 35450229 . C T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00124435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.689;QD=21.4064;RBI=0.0182408;REFB=-0.0107025;REVB=-0.0181983;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162501;STB=0.592047;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00813941;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:26:32:32:0.551724:12:20:9:13:12:20:11:15 chr19 35487125 . G A 489.76 PASS AF=0.676923;AO=43;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.017459;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0874;QD=30.1392;RBI=0.040888;REFB=-0.0198606;REVB=0.0369731;RO=21;SAF=16;SAR=27;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953437;STB=0.554227;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0303952;OID=.;OPOS=35487125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:43:44:0.676923:27:16:11:10:28:16:11:10 chr19 35506729 . G A 588.75 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00857529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.488;QD=26.4606;RBI=0.0226551;REFB=-0.0391848;REVB=0.0209695;RO=36;SAF=30;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494364;STB=0.526982;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.021323;OID=.;OPOS=35506729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:23:30:18:18:23:30:18:18 chr19 35510102 . G C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.02675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.525;QD=21.6305;RBI=0.028914;REFB=-0.0234463;REVB=0.0109753;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07433;STB=0.54112;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0183565;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:9:15:16:14:9:15 chr19 35524824 . T C 448.12 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0117695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.822;QD=34.4709;RBI=0.0419169;REFB=-0.0413687;REVB=0.0402307;RO=13;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108516;STB=0.558529;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0141889;OID=.;OPOS=35524824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:18:21:10:3:18:21:10:3 chr19 35524939 . C A 231.51 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0262597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.714;QD=30.8674;RBI=0.027295;REFB=-0.0283174;REVB=0.007446;RO=9;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362694;STB=0.519981;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00929335;OID=.;OPOS=35524939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:8:13:5:4:8:13:5:4 chr19 35524944 . G C 236.47 PASS AF=0.75;AO=17;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0187384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4332;QD=33.7808;RBI=0.028049;REFB=0.0141753;REVB=0.0208715;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530245;STB=0.549248;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00202353;OID=.;OPOS=35524944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:17:21:0.75:8:9:3:4:8:13:3:4 chr19 35551225 . G GC,GCC 207.22 PASS AF=0.904762,0;AO=24,7;DP=43;FAO=38,0;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=18,0;FSAR=20,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.264033,-0.133491;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.4885,10.9613;QD=19.7353;RBI=0.282867,0.144025;REFB=0.00327377,0.00092363;REVB=0.10149,0.0540687;RO=11;SAF=7,7;SAR=17,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161898,0.755432;STB=0.502511,0.5;STBP=0.9,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00338178,0.0464625;OID=.,.;OPOS=35551226,35551226;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.904762,0:24,7:43:38,0:42:4:18,0:20,0:2:2:11:11:7,7:17,0:6:5 chr19 35577870 . G A 177.09 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00383592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.486;QD=8.5342;RBI=0.00704788;REFB=-0.010001;REVB=0.00591255;RO=58;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590176;STB=0.529628;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0199173;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:58:59:24:24:0.289157:14:10:27:31:14:10:27:32 chr19 35590180 . T A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00176465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.204;QD=14.262;RBI=0.00459542;REFB=-0.011669;REVB=0.0042431;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161809;STB=0.594472;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0158903;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:11:13:11:5:11:13 chr19 35597352 . T C,G 298.04 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=20,3;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283509,0.0272842;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.833,128.32;QD=51.8326;RBI=0.0752971,0.076126;REFB=0,0;REVB=0.0697559,0.0710685;RO=0;SAF=7,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00270529,0.0229361;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:23:0:0:20,3:20,3:0.869565,0.130435:13,1:7,2:0:0:13,1:7,2:0:0 chr19 35597462 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0119034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.829;QD=6.78771;RBI=0.0306971;REFB=-0.00299615;REVB=0.0282953;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400012;STB=0.741472;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0125657;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:19:4:4:4:19:4 chr19 35597620 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.032695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.646;QD=9.1;RBI=0.0354315;REFB=-0.0114092;REVB=-0.0136537;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323733;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0170169;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:12:7:6:3:12:7 chr19 35597790 . G T 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00101499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0857;QD=12.2095;RBI=0.0581659;REFB=-0.000172311;REVB=-0.058157;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473296;STB=0.778798;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00105218;OID=.;OPOS=35597790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:7:15:3:10:7:15 chr19 35610245 . A G 128.66 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0113388;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8562;QD=11.1875;RBI=0.0150533;REFB=0.00185974;REVB=-0.00990121;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407543;STB=0.749674;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00304674;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:4:11:11:19:4:11:11:20 chr19 35622695 . A G 563.76 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7907;QD=57.8215;RBI=0.0438165;REFB=-0.0799238;REVB=-0.00641884;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00198335;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:20:18:0:0:20:18:0:1 chr19 35648365 . T G 646.94 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=79;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0252785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.345;QD=32.7563;RBI=0.0257122;REFB=-0.032375;REVB=-0.00470252;RO=24;SAF=26;SAR=29;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621879;STB=0.533566;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0261191;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:24:55:55:0.696203:29:26:14:10:29:26:14:10 chr19 35649324 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.084;QD=56.1916;RBI=0.00811717;REFB=0;REVB=0.00796938;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49329e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 35655151 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.78;QD=49.599;RBI=0.0637717;REFB=0;REVB=0.0206207;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222927;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr19 35660450 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0114168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.505;QD=8.69681;RBI=0.0604142;REFB=0.00112387;REVB=-0.0593256;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25089;STB=0.651795;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00196833;OID=.;OPOS=35660450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:3:11:4:3:3:11 chr19 35660508 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.058754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0894;QD=53.3606;RBI=0.0587544;REFB=-0.0471114;REVB=0.000196786;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00183811;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:0:1:19:10:0:1 chr19 35719020 . C T 190.75 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0233523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4659;QD=15.2596;RBI=0.0234213;REFB=-0.0157508;REVB=0.00179565;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10423;STB=0.559941;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0340102;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:18:12:10:10:18:12 chr19 35757427 . G A 135.81 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0359902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.256;QD=9.70065;RBI=0.0467619;REFB=-0.00860167;REVB=0.029856;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205873;STB=0.623613;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0269639;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:14:24:14:4:14:24 chr19 35758275 . G GGGA 284.1 PASS AF=0.383721;AO=31;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00217894;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=212.591;QD=13.2138;RBI=0.0157956;REFB=-0.0183933;REVB=-0.0156446;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123903;STB=0.53833;STBP=0.605;TYPE=ins;VARB=0.0287855;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383721:31:86:33:86:53:16:17:29:24:99:55:16:15:29:26 chr19 35786868 . C T 1552.57 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108967;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.855;QD=64.0237;RBI=0.027312;REFB=0;REVB=0.0250442;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29627e-05;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:58:39:0:0:58:39:0:0 chr19 35828903 . G A 476.06 PASS AF=0.671875;AO=37;DP=66;FAO=43;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0376486;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.726;QD=29.7539;RBI=0.0440558;REFB=-0.0296747;REVB=0.0228802;RO=22;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481433;STB=0.558349;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0162193;OID=.;OPOS=35828903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:22:21:37:43:0.671875:21:16:8:14:21:22:7:14 chr19 35836600 . C A 132.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0167443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.112;QD=14.6676;RBI=0.0187268;REFB=-0.0223773;REVB=-0.00838579;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0256993;OID=.;OPOS=35836600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:10:11:8:7:10:11 chr19 35843086 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3739;QD=55.6541;RBI=0.146498;REFB=0;REVB=0.139429;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343152;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 35849883 . C G 576.22 PASS AF=0.604651;AO=47;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0401224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.293;QD=26.8008;RBI=0.0401855;REFB=-0.0134003;REVB=0.00225073;RO=24;SAF=16;SAR=31;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184284;STB=0.610454;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00434102;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:24:34:47:52:0.604651:31:16:15:9:34:18:21:13 chr19 35850893 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.571;QD=42.1826;RBI=0.0265484;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132932;OID=.;OPOS=35850893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr19 35851090 . T C 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0159729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.709;QD=13.0358;RBI=0.0160901;REFB=-0.0129667;REVB=0.00193842;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550325;STB=0.532222;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.025674;OID=.;OPOS=35851090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:18:14:7:11:18:14 chr19 35851239 . G A 115.4 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0194853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.118;QD=19.2334;RBI=0.0197597;REFB=-0.0273499;REVB=-0.00328195;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191095;STB=0.574349;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0238803;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:24:9:11:13:13:0.541667:4:9:4:5:4:9:6:5 chr19 35991373 . C T 845.85 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302923;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.291;QD=54.5712;RBI=0.0465467;REFB=-0.164095;REVB=0.0353409;RO=2;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020369;STB=0.50108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00142939;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:32:28:1:1:32:28:1:1 chr19 35991442 . T G 772.62 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.064;QD=61.8099;RBI=0.0501782;REFB=-0.12894;REVB=-0.0315363;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00166605;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr19 35997457 . G T 189.24 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0243036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3659;QD=13.0509;RBI=0.0750087;REFB=0.00134759;REVB=0.0709622;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979514;STB=0.512647;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000729624;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:14:9:13:21:14:9:13:22 chr19 35998362 . T G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0258086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7602;QD=10.3903;RBI=0.0364305;REFB=0.0118217;REVB=0.0257119;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583505;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0187689;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:8:3:6:1:8:3 chr19 36002381 . C T 129.48 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0194521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.176;QD=32.3703;RBI=0.03333;REFB=-0.0542565;REVB=-0.0270648;RO=3;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260358;STB=0.646798;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00669898;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:2:11:1:2:2:11:1:2 chr19 36002710 . C A 353.86 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0209281;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.414;QD=26.212;RBI=0.0218566;REFB=-0.0201621;REVB=0.00630285;RO=18;SAF=25;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173403;STB=0.581345;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0232467;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:20:34:34:0.62963:9:25:9:9:9:25:11:9 chr19 36004106 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2947;QD=53.911;RBI=0.0614814;REFB=0;REVB=0.00554008;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135043;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 36017928 . G C 83.67 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0253129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.231;QD=22.3117;RBI=0.0366194;REFB=-0.0225217;REVB=-0.0264619;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428999;STB=0.755986;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0167536;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:15:15:5:5:8:8:0.533333:7:1:3:2:7:1:3:2 chr19 36033460 . C T 732.7 PASS AF=0.685393;AO=61;DP=89;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00496362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.539;QD=32.9304;RBI=0.00505078;REFB=0.00448366;REVB=0.000934278;RO=28;SAF=30;SAR=31;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255882;STB=0.513808;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00203101;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:28:28:61:61:0.685393:31:30:15:13:31:30:15:13 chr19 36041579 . TG TGG,T 35.03 PASS AF=0.5,0;AO=5,2;DP=16;FAO=8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0352857,-0.0338532;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.35726,15.525;QD=8.75664;RBI=0.198522,0.18822;REFB=-0.0950191,0.0970609;REVB=0.195361,-0.185151;RO=9;SAF=2,0;SAR=3,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0717807,-0.532037;STB=0.576719,0.5;STBP=0.598,1;TYPE=ins,del;VARB=0.135257,0;OID=.,.;OPOS=36041580,36041580;OREF=-,G;OALT=G,-;OMAPALT=TGG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:5,2:16:8,0:16:8:2,0:6,0:3:5:24:9:2,0:3,2:3:6 chr19 36066570 . A G 4757.7 PASS AF=0.928977;AO=326;DP=351;FAO=327;FDP=352;FR=.;FRO=25;FSAF=110;FSAR=217;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00930832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.165;QD=54.0648;RBI=0.0106791;REFB=0.0149429;REVB=0.00523426;RO=25;SAF=109;SAR=217;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632895;STB=0.532964;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00102134;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:351:352:25:25:326:327:0.928977:217:109:19:6:217:110:19:6 chr19 36066577 . A G 4670.8 PASS AF=0.921512;AO=315;DP=344;FAO=317;FDP=344;FR=.;FRO=27;FSAF=108;FSAR=209;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00220387;FXX=0.00578018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.59;QD=54.3117;RBI=0.0449063;REFB=0.00825997;REVB=0.0448522;RO=26;SAF=107;SAR=208;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618264;STB=0.531081;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000600963;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:344:344:26:27:315:317:0.921512:208:107:19:7:209:108:19:8 chr19 36066634 . A G 3725.58 PASS AF=0.887372;AO=259;DP=292;FAO=260;FDP=293;FR=.;FRO=33;FSAF=100;FSAR=160;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0150795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0053;QD=50.8612;RBI=0.0181559;REFB=0.0094105;REVB=-0.0101117;RO=33;SAF=99;SAR=160;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434257;STB=0.522501;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00397637;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:33:33:259:260:0.887372:160:99:19:14:160:100:19:14 chr19 36066642 . A G 3160.86 PASS AF=0.867424;AO=229;DP=266;FAO=229;FDP=264;FR=.;FRO=35;FSAF=94;FSAR=135;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00816395;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.996;QD=47.8918;RBI=0.0104361;REFB=4.44464e-05;REVB=-0.00650092;RO=35;SAF=94;SAR=135;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486933;STB=0.525716;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-3.12061e-05;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:264:35:35:229:229:0.867424:135:94:21:14:135:94:21:14 chr19 36066645 . A G 2919.58 PASS AF=0.86;AO=214;DP=250;FAO=215;FDP=250;FR=.;FRO=35;FSAF=93;FSAR=122;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0067727;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.678;QD=46.7132;RBI=0.0141232;REFB=-0.0255421;REVB=-0.0123934;RO=33;SAF=93;SAR=121;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438575;STB=0.523721;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00532638;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:33:35:214:215:0.86:121:93:20:13:122:93:21:14 chr19 36066661 . A G 2136.11 PASS AF=0.798995;AO=159;DP=199;FAO=159;FDP=199;FR=.;FRO=40;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0165379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.815;QD=42.937;RBI=0.0167005;REFB=-0.00536873;REVB=-0.00232481;RO=40;SAF=76;SAR=83;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461754;STB=0.524517;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00112119;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:40:40:159:159:0.798995:83:76:24:16:83:76:24:16 chr19 36066667 . A G 1544.07 PASS AF=0.724138;AO=126;DP=175;FAO=126;FDP=174;FR=.;FRO=48;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00171747;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.857;QD=35.496;RBI=0.0152367;REFB=-0.0119854;REVB=-0.0151396;RO=48;SAF=70;SAR=56;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014539;STB=0.507771;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00469574;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:48:48:126:126:0.724138:56:70:28:20:56:70:28:20 chr19 36066744 . C T 42.06 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.00211652;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.14;QD=1.7523;RBI=0.0217999;REFB=-0.000383235;REVB=-0.021697;RO=85;SAF=4;SAR=6;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261029;STB=0.6864;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00275034;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:96:96:85:86:10:10:0.104167:6:4:53:32:6:4:53:33 chr19 36066750 . GCCCA GCCA,GCCCG 1014.59 PASS AF=0.917526,0.0824742;AO=22,8;DP=97;FAO=89,8;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56,4;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.642464,-0.00706114;FXX=0.010203;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.2868,152.59;QD=41.8386;RBI=0.802056,0.047482;REFB=0,0;REVB=0.480138,0.046954;RO=65;SAF=9,3;SAR=13,5;SRF=46;SRR=19;SSEN=0.385892,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357097,-0.384538;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0622932,-0.00637068;OID=.,.;OPOS=36066751,36066754;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=GCCA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.917526,0.0824742:22,8:97:89,8:97:0:56,4:33,4:0:0:28:65:9,3:13,5:46:19 chr19 36142187 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0300931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.389;QD=11.9536;RBI=0.0303413;REFB=-0.00199242;REVB=0.00387325;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00647572;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr19 36214632 . A AG 1058.8 PASS AF=1;AO=88;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7219;QD=44.1169;RBI=0.168546;REFB=0;REVB=-0.0609274;RO=6;SAF=45;SAR=43;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00219961;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:96:96:96:0:47:49:0:0:20:6:45:43:2:4 chr19 36243089 . T C 708.18 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5681;QD=62.9492;RBI=0.0535173;REFB=0;REVB=-0.0501021;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279246;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr19 36243813 . G A 1377.1 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.773;QD=62.5957;RBI=0.0208227;REFB=0;REVB=0.019781;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67127e-05;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr19 36255965 . C G 95.81 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0932534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2733;QD=34.8389;RBI=0.12555;REFB=-0.152316;REVB=0.0840629;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0220862;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:0:1 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 660.72 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=37,2;DP=41;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144445,-0.0916873;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.2559,5.69015;QD=57.4542;RBI=0.207645,0.0952928;REFB=0,0;REVB=-0.149171,0.0259645;RO=0;SAF=19,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0207483,0.0987377;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.956522,0.0434783:37,2:41:44,2:46:0:20,1:24,1:0:0:10:0:19,1:18,1:0:0 chr19 36259415 . G A 623.14 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0362512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9193;QD=47.0293;RBI=0.0867698;REFB=-0.100605;REVB=0.0788343;RO=3;SAF=10;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206477;STB=0.501193;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0238768;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:51:53:3:5:48:48:0.90566:38:10:1:2:38:10:1:4 chr19 36268771 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.616;QD=57.5452;RBI=0.0247603;REFB=0;REVB=0.0238906;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86943e-05;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr19 36270052 . A G 416.81 PASS AF=0.967742;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00937628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.083;QD=53.7817;RBI=0.0274367;REFB=0.00683427;REVB=-0.0257848;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00138309;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:31:30:0.967742:12:19:0:0:12:18:1:0 chr19 36271139 . C T 341.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4366;QD=54.5944;RBI=0.0737686;REFB=0;REVB=0.0709062;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232741;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:11:14:0:0 chr19 36278470 . C G 566.75 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347763;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.413;QD=58.1282;RBI=0.0386586;REFB=-0.0594015;REVB=0.0168847;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000974725;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr19 36342212 . C T 415.24 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.097992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0131;QD=53.5798;RBI=0.123938;REFB=-0.146445;REVB=0.0758819;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0095831;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:31:0:1:27:30:0.967742:14:13:0:0:17:13:0:1 chr19 36355595 . A G 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3976;QD=56.9907;RBI=0.0934839;REFB=0;REVB=-0.0486389;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152246;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr19 36486445 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.057;QD=55.0987;RBI=0.0599577;REFB=0;REVB=0.0462601;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253541;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 36497358 . C G 1099.63 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0814776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=56.3914;RBI=0.0820945;REFB=-0.0128349;REVB=-0.0100449;RO=3;SAF=29;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213442;STB=0.511291;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000433546;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:3:3:75:75:0.961538:46:29:2:1:46:29:2:1 chr19 36549684 . G A 438.53 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0198457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9811;QD=30.2434;RBI=0.0644335;REFB=-0.0043443;REVB=0.0613011;RO=18;SAF=16;SAR=24;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907157;STB=0.549271;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00279194;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:24:16:10:8:24:16:10:8 chr19 36549690 . C T 104.41 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0284281;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1945;QD=7.32678;RBI=0.0394025;REFB=-0.00300896;REVB=-0.0272836;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247311;STB=0.657332;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00601012;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:6:9:16:25:6:9:16:26 chr19 36575645 . G A 121.23 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0112596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.192;QD=15.1538;RBI=0.05196;REFB=0.00141484;REVB=-0.0507253;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0135258;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:6:8:9:7:6:8:9:9 chr19 36593915 . T G 77.68 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0529187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4812;QD=14.1242;RBI=0.0541425;REFB=-0.0231387;REVB=-0.0114464;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0240553;OID=.;OPOS=36593915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:7:2:2:10:8:2:2:10 chr19 36594369 . C T 523.7 PASS AF=0.630137;AO=40;DP=73;FAO=46;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0510404;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3537;QD=28.6958;RBI=0.0530499;REFB=-0.0265302;REVB=0.0144627;RO=17;SAF=22;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17176;STB=0.579404;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0114451;OID=.;OPOS=36594369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:17:20:40:46:0.630137:18:22:4:13:18:28:7:13 chr19 36594659 . A T 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0125761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.76;QD=29.0918;RBI=0.0125767;REFB=-0.0288117;REVB=-0.000128753;RO=13;SAF=3;SAR=21;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342421;STB=0.692115;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0163385;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:21:3:6:7:21:3:6:7 chr19 36595436 . A C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0167472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.798;QD=10.7155;RBI=0.0480796;REFB=-0.00815146;REVB=-0.0450686;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307102;STB=0.704403;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0107109;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:29:14:14:0.325581:4:10:12:15:4:10:12:17 chr19 36602450 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0109226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.239;QD=14.7015;RBI=0.0116172;REFB=-0.0114075;REVB=-0.00395657;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464022;STB=0.774143;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0277557;OID=.;OPOS=36602450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:9:6:10:2:9:6 chr19 36642884 . T C 340.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.938;QD=54.4952;RBI=0.00351223;REFB=0;REVB=-0.00192851;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3995e-06;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr19 36727365 . G A 856.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.743;QD=57.0802;RBI=0.0317365;REFB=0;REVB=0.031707;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72558e-05;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:33:27:0:0 chr19 36939607 . C T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0110767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.341;QD=6.14828;RBI=0.0146825;REFB=-0.00141545;REVB=-0.00963744;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173091;STB=0.511089;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00546957;OID=.;OPOS=36939607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:18:17:5:5:18:17 chr19 36940698 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0297334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.754;QD=24.3829;RBI=0.0396124;REFB=-0.00419938;REVB=0.0261739;RO=21;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40496;STB=0.728982;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00418945;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:6:19:6:15:6:20:6:15 chr19 36940760 . G T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0688965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6793;QD=21.2674;RBI=0.0715639;REFB=-0.0194234;REVB=-0.0193561;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128419;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0187614;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:6:8:7:10:6:8 chr19 37004938 . T C 267.15 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00279225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0353;QD=28.1214;RBI=0.087221;REFB=-0.0642064;REVB=0.0871763;RO=14;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203602;STB=0.612882;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0364016;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:7:17:6:8:7:17:6:8 chr19 37038416 . T C 263.67 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0287654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8191;QD=26.3669;RBI=0.0300784;REFB=-0.0297792;REVB=0.00878995;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201166;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:16:23:24:0.6:8:15:10:7:9:15:10:6 chr19 37039069 . A C 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0107313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.969;QD=26.3596;RBI=0.011308;REFB=0.0020284;REVB=0.00356493;RO=24;SAF=25;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302315;STB=0.516521;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00103742;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:15:25:14:10:15:25:14:10 chr19 37065732 . A C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00391121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.087;QD=21.1302;RBI=0.00758124;REFB=0.00777216;REVB=-0.00649444;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00858951;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:9:12:11:11:9:12 chr19 37068081 . G C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.07611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.436;QD=18.0501;RBI=0.0766314;REFB=0.0226115;REVB=0.00892391;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442187;STB=0.749582;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0220446;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:0:8:4:6:0:8 chr19 37117302 . A G 648.74 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.927;QD=61.7843;RBI=0.0558512;REFB=0;REVB=-0.00642943;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227867;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:22:15:0:0:22:20:0:0 chr19 37134737 . T C 614.57 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0443313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.785;QD=21.9489;RBI=0.044844;REFB=0.000252134;REVB=0.00676205;RO=51;SAF=32;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122988;STB=0.506743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=6.60923e-05;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:29:32:26:25:29:32:26:25 chr19 37210529 . A G 162.55 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0681742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4754;QD=22.4203;RBI=0.0743599;REFB=-0.00968315;REVB=0.0296931;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407578;STB=0.660821;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0104929;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:15:17:0.586207:12:3:8:4:12:5:8:4 chr19 37210805 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5626;QD=61.6825;RBI=0.0332534;REFB=0;REVB=-0.0152987;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160976;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 37240622 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00412801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.979;QD=17.8402;RBI=0.0297409;REFB=-0.0411794;REVB=0.029453;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124945;STB=0.571329;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0458579;OID=.;OPOS=37240622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:5:9:7:7:5:9 chr19 37241141 . A G 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00568734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.337;QD=35.7993;RBI=0.00910649;REFB=-0.0306939;REVB=-0.00711212;RO=10;SAF=18;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216908;STB=0.618235;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00691647;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:10:18:2:8:10:18:2:8 chr19 37690420 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.135;QD=45.8067;RBI=0.0300174;REFB=0;REVB=0.0146814;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194544;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 38030265 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.006;QD=57.8845;RBI=0.0125809;REFB=0;REVB=0.0118632;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01288e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr19 38033251 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.11587e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1264;QD=55.6555;RBI=0.0679426;REFB=0;REVB=-0.0679425;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916621;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 38034016 . TTA T,TTT 54.24 PASS AF=0.230769,0;AO=12,7;DP=64;FAO=12,0;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.17496,-0.00674508;FXX=0.0545355;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=17.8306,15.7752;QD=4.1726;RBI=0.265984,0.110493;REFB=-0.0621103,0.0207324;REVB=-0.20034,-0.110287;RO=35;SAF=5,0;SAR=7,7;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130745,-0.63708;STB=0.70396,0.5;STBP=0.211,1;TYPE=del,snp;VARB=0.128772,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034018;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0:12,7:64:12,0:52:40:5,0:7,0:7:33:55:35:5,0:7,7:11:24 chr19 38046967 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.792;QD=60.9778;RBI=0.0337295;REFB=0;REVB=0.0322168;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05432e-05;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr19 38055612 . A T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.634;QD=59.5016;RBI=0.0431682;REFB=0;REVB=0.0302517;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204603;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr19 38056574 . T A 691.58 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0891624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4405;QD=60.1375;RBI=0.0936352;REFB=-0.0876704;REVB=-0.028594;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00330518;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr19 38091932 . A T 575.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.923;QD=60.5628;RBI=0.0261567;REFB=0;REVB=-0.0206482;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180241;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr19 38091970 . G A 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0100653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.154;QD=28.0212;RBI=0.0112714;REFB=-0.022472;REVB=0.00507299;RO=18;SAF=10;SAR=18;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155383;STB=0.58505;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00967255;OID=.;OPOS=38091970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:18:10:3:15:18:10:3:15 chr19 38202516 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.688;QD=55.656;RBI=0.145565;REFB=0;REVB=0.145157;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599656;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 38314767 . A G 911.86 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00238197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.114;QD=55.264;RBI=0.0173288;REFB=-0.0146607;REVB=0.0171643;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270456;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=4.40205e-05;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:1:1:29:35:1:1 chr19 38376485 . T A 785.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.907;QD=64.1175;RBI=0.0274819;REFB=0;REVB=0.0202841;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82912e-06;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 38377564 . T C 463.16 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0317302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2504;QD=52.9329;RBI=0.0480196;REFB=-0.0826625;REVB=0.0360427;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665844;STB=0.535692;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00829516;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:13:20:0:2:13:20:0:2 chr19 38377773 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7295;QD=44.6896;RBI=0.0611774;REFB=0;REVB=-0.0495456;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403122;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 38378107 . G A 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.326;QD=57.6686;RBI=0.0198488;REFB=0;REVB=-0.0194086;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281425;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 38378539 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.821;QD=64.4148;RBI=0.00398765;REFB=0;REVB=0.00258515;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10601e-06;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr19 38379446 . C G,T 506.74 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,32;DP=34;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174536,0.0267415;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.998,150.669;QD=57.9127;RBI=0.0177772,0.0270826;REFB=0,0;REVB=-0.00337639,-0.00428474;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0187545,0.0014895;OID=.,.;OPOS=38379446,38379446;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:34:35:0:0:2,32:1,34:0.0285714,0.971429:1,16:1,16:0:0:1,16:0,18:0:0 chr19 38382328 . C T 1456.88 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5939;QD=63.3426;RBI=0.0563883;REFB=0;REVB=-0.0363597;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315626;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:62:30:0:0:62:30:0:0 chr19 38384421 . C G 156.93 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7802;QD=44.8384;RBI=0.106621;REFB=0;REVB=-0.0472002;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00622504;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr19 38696826 . C T 75.59 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0224546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5285;QD=11.6296;RBI=0.0999549;REFB=0.00211565;REVB=0.0974001;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.562374;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0042254;OID=.;OPOS=38696826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:8:8:4:6:8:8 chr19 38698997 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.287;QD=39.2068;RBI=0.0200497;REFB=0;REVB=0.00583252;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001609;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 38702777 . C T 248.04 PASS AF=0.589744;AO=21;DP=37;FAO=23;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.074524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.404;QD=25.4401;RBI=0.0747569;REFB=-0.0302127;REVB=-0.00589618;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246589;STB=0.525092;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.02562;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:12:16:21:23:0.589744:13:8:5:7:13:10:6:10 chr19 38706989 . G A 400.4 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00375087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.429;QD=53.3863;RBI=0.00493424;REFB=-0.161815;REVB=-0.00320588;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00100454;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr19 38709568 . C T 517.49 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00818571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4627;QD=54.4722;RBI=0.0224408;REFB=-0.0699785;REVB=0.0208945;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00171514;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:22:14:0:0:22:14:2:0 chr19 38861333 . G A 190.83 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0767815;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.282;QD=11.3929;RBI=0.0795586;REFB=-0.030722;REVB=0.0208367;RO=41;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218592;STB=0.64994;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0508593;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:41:43:24:24:0.358209:19:5:15:26:19:5:17:26 chr19 38877754 . A G 101.1 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0155303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.789;QD=8.42502;RBI=0.0250174;REFB=-0.0156432;REVB=-0.0196132;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13406;STB=0.595666;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0301063;OID=.;OPOS=38877754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:4:9:20:14:4:9:20:15 chr19 38905683 . A G 407.17 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00168425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9506;QD=22.939;RBI=0.00838422;REFB=0.0294208;REVB=-0.00821331;RO=31;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870178;STB=0.542303;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0244161;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:39:40:0.56338:21:18:11:20:22:18:11:20 chr19 38935280 . A G 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9937;QD=63.051;RBI=0.0396095;REFB=0;REVB=-0.0296684;RO=0;SAF=66;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91134e-05;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:25:66:0:0:25:66:0:0 chr19 38939408 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.582;QD=60.9764;RBI=0.0316844;REFB=0;REVB=0.0170381;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6874e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 38946182 . G A 1142.26 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.495;QD=59.3384;RBI=0.0385706;REFB=-0.0651479;REVB=0.0308883;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101599;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:44:33:0:0 chr19 38948769 . C T 166.05 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0027679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.65;QD=22.1401;RBI=0.0154487;REFB=0.00459486;REVB=0.0151987;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215908;STB=0.620125;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00620516;OID=.;OPOS=38948769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:11:2:7:10:11:2 chr19 38949904 . C T 272.52 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.655;QD=51.9082;RBI=0.0510992;REFB=0;REVB=-0.0369491;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34698e-05;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:9:8:0:0:9:12:0:0 chr19 38956803 . G A 1040.2 PASS AF=0.563218;AO=96;DP=172;FAO=98;FDP=174;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00158666;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.788;QD=23.9125;RBI=0.0568153;REFB=-0.0297688;REVB=0.0567932;RO=75;SAF=45;SAR=51;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016842;STB=0.503886;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0196712;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:75:76:96:98:0.563218:51:45:35:40:52:46:35:41 chr19 38956839 . C T 254.81 PASS AF=0.283465;AO=34;DP=125;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0150166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0486;QD=8.02543;RBI=0.0309679;REFB=0.00800462;REVB=0.0270834;RO=91;SAF=14;SAR=20;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102043;STB=0.576846;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00987869;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:91:91:34:36:0.283465:20:14:45:46:22:14:45:46 chr19 38959680 . C T 52.72 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0394876;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.379;QD=5.858;RBI=0.043912;REFB=-0.00755028;REVB=-0.0192093;RO=28;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668378;STB=0.915818;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0121495;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:36:28:28:8:8:0.222222:1:7:7:21:1:7:7:21 chr19 38976612 . C T 147.73 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0204231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.432;QD=16.8831;RBI=0.0206095;REFB=-0.0132774;REVB=0.00276524;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199204;STB=0.565133;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0151021;OID=.;OPOS=38976612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:19:16:16:0.457143:11:5:8:7:11:5:8:11 chr19 38981375 . A G 402.09 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0162497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.406;QD=29.7841;RBI=0.0162546;REFB=-0.0262511;REVB=-0.000401721;RO=17;SAF=25;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929335;STB=0.550633;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00999177;OID=.;OPOS=38981375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:12:25:9:8:12:25:9:8 chr19 38991516 . G A 185.57 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0162514;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.319;QD=25.5955;RBI=0.0499359;REFB=-0.0186131;REVB=0.0472174;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085039;STB=0.547274;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00835294;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:3:8:11:7:3:8 chr19 38991543 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0147506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.867;QD=17.7297;RBI=0.0324375;REFB=0.00719611;REVB=-0.0288896;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883899;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00640787;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:8:11:10:7:8:11 chr19 38993547 . C T 636.55 PASS AF=0.57;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0267809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.759;QD=25.4619;RBI=0.0310229;REFB=-0.0158899;REVB=0.0156589;RO=43;SAF=35;SAR=21;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423584;STB=0.527727;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00871313;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:43:43:56:57:0.57:21:35:29:14:22:35:29:14 chr19 38994910 . G A 459.92 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0121251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.671;QD=34.7109;RBI=0.0121259;REFB=-0.0184145;REVB=-0.000139241;RO=13;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871675;STB=0.547074;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00616499;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:23:17:8:5:23:17:8:5 chr19 38995438 . T C 510.76 PASS AF=0.618421;AO=45;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0481889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.2;QD=26.882;RBI=0.0523225;REFB=-0.0494668;REVB=0.0203831;RO=29;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278164;STB=0.508848;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0299606;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:45:47:0.618421:25:20:13:16:27:20:13:16 chr19 38995510 . T C 298.7 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0897957;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7754;QD=29.1413;RBI=0.0937222;REFB=-0.0325334;REVB=0.0268436;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113861;STB=0.572465;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0275011;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:14:15:26:26:0.634146:14:12:4:10:14:12:4:11 chr19 38995975 . G A 461.41 PASS AF=0.75;AO=33;DP=45;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00882005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.669;QD=38.4508;RBI=0.0325246;REFB=-0.0251338;REVB=0.0313058;RO=12;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335566;STB=0.520822;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00932963;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:48:12:12:33:36:0.75:16:17:7:5:18:18:7:5 chr19 38996990 . T C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00537724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7654;QD=24.1897;RBI=0.039526;REFB=-0.00189106;REVB=-0.0391586;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224064;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:2:4:8:4:2:4 chr19 39002725 . A G 501.53 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00515595;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.771;QD=27.1099;RBI=0.00582127;REFB=-0.00359156;REVB=-0.00270247;RO=29;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588953;STB=0.510672;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0016398;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:29:28:46:46:0.621622:21:25:16:13:21:25:16:12 chr19 39010053 . C T 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.01661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.989;QD=32.9587;RBI=0.0264681;REFB=-0.0138448;REVB=0.0206075;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121975;STB=0.566622;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00896223;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:17:13:9:5:17:13:9:5 chr19 39086604 . T C 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0897474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4397;QD=24.3876;RBI=0.104474;REFB=-0.0541997;REVB=-0.0534816;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148285;STB=0.582201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0365099;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:11:3:8:12:11:3 chr19 39100594 . G A 474.14 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051763;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.404;QD=59.2676;RBI=0.0149974;REFB=0;REVB=0.0140758;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243107;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr19 39101870 . T C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4865;QD=55.0069;RBI=0.0375949;REFB=-0.133274;REVB=-0.0224563;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217036;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00442283;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:21:10:0:1:21:11:0:1 chr19 39101879 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.668;QD=57.6776;RBI=0.0153763;REFB=0;REVB=0.0117243;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6812e-06;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 39212400 . C T 716.78 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.244;QD=61.0029;RBI=0.205153;REFB=0;REVB=0.0241397;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216129;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:24:23:0:0 chr19 39224413 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.949;QD=56.1913;RBI=0.0437737;REFB=0;REVB=-0.0432795;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145491;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr19 39226109 . G A 164.3 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0254097;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1288;QD=17.7622;RBI=0.0272234;REFB=-0.0606722;REVB=0.00977042;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785036;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0355861;OID=.;OPOS=39226109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:19:16:18:0.486486:7:9:11:6:7:11:11:8 chr19 39233146 . A G 1322.55 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7114;QD=60.8069;RBI=0.052171;REFB=-0.00542878;REVB=0.0470132;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000257573;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:55:30:0:0:55:31:1:0 chr19 39279824 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00905586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.561;QD=19.1341;RBI=0.00905586;REFB=-0.0160337;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00900501;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr19 39294466 . C A 407.66 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.004277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1106;QD=28.6076;RBI=0.011482;REFB=-0.0391622;REVB=0.0106557;RO=19;SAF=22;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191855;STB=0.604341;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0203275;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:16:22:5:14:16:22:5:14 chr19 39299442 . G A 40.2 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0691925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.187;QD=2.67983;RBI=0.0693696;REFB=-0.000275228;REVB=0.0049533;RO=51;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55803;STB=0.887968;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00430747;OID=.;OPOS=39299442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:60:60:51:52:8:8:0.133333:1:7:20:31:1:7:21:31 chr19 39322087 . T G 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0170281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.246;QD=10.5625;RBI=0.0204154;REFB=-0.000201045;REVB=-0.0112619;RO=48;SAF=7;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.610077;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000261706;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:18:7:20:28:18:7:21:28 chr19 39367111 . T C 353.42 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00265472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4895;QD=27.7193;RBI=0.0506964;REFB=-0.0237913;REVB=-0.0506269;RO=18;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128383;STB=0.570327;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.015867;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:12:21:8:10:12:21:8:10 chr19 39385532 . T C 306.04 PASS AF=1;AO=11;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.446;QD=53.224;RBI=0.132414;REFB=0;REVB=0.0329164;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112546;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:11:23:1:9:2:0:0:12:11:0:0 chr19 39402455 . C G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.944;QD=59.4332;RBI=0.119045;REFB=0;REVB=0.00899578;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057294;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 39416887 . C T 1940.35 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0416829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2013;QD=60.166;RBI=0.0451837;REFB=-0.064889;REVB=0.0174385;RO=2;SAF=65;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014395;STB=0.507575;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00320889;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:62:65:2:0:62:65:2:0 chr19 39432783 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.387;QD=57.1771;RBI=0.00798174;REFB=0;REVB=0.00771907;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67505e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:15:34:0:0:17:34:0:0 chr19 39433299 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.433;QD=62.6698;RBI=0.0331952;REFB=0;REVB=0.00664571;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67529e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 39521878 . AGGGGC AGGG,AGGGC 472.81 PASS AF=0.0625,0.921875;AO=21,29;DP=64;FAO=4,59;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=4,32;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.266057,-0.0566454;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=10.7935,12.9434;QD=29.5508;RBI=0.27646,0.216349;REFB=-0.0148253,-0.0948795;REVB=0.0751235,0.208802;RO=11;SAF=20,14;SAR=1,15;SRF=1;SRR=10;SSEN=0.466357,0.466357;SSEP=0,0;SSSB=0.728161,0.200348;STB=0.995941,0.509088;STBP=0.099,0.328;TYPE=del,del;VARB=-0.0477476,0.0364777;OID=.,.;OPOS=39521882,39521879;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.921875:21,29:64:4,59:64:1:4,32:0,27:0:1:5:11:20,14:1,15:1:10 chr19 39688901 . G T 255.42 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3461;QD=51.0839;RBI=0.163338;REFB=0;REVB=0.109225;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582753;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 39734325 . G A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00940806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.349;QD=8.37099;RBI=0.0102207;REFB=-0.00939794;REVB=-0.00399385;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278723;STB=0.672938;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0183084;OID=.;OPOS=39734325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:14:14:3:8:14:14 chr19 39789111 . T TG 71.74 PASS AF=0.457143;AO=5;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.153897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3952;QD=8.19926;RBI=0.208659;REFB=0.0346632;REVB=-0.140906;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391983;STB=0.638126;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=-0.0533664;OID=.;OPOS=39789112;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:5:35:16:35:19:6:10:12:7:71:30:4:1:14:16 chr19 39789115 . A G 143.7 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0176013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2153;QD=15.9664;RBI=0.103293;REFB=-0.0132133;REVB=-0.101783;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304499;STB=0.687266;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0129134;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:16:16:0.444444:11:5:12:7:11:5:13:7 chr19 39876735 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0265748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.468;QD=11.4397;RBI=0.0275688;REFB=-0.0207344;REVB=-0.00733625;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341536;STB=0.700542;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0315028;OID=.;OPOS=39876735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:3:11:4:5:3:11 chr19 39879663 . A G 573.87 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.018137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5768;QD=21.0596;RBI=0.0577696;REFB=-0.00664682;REVB=-0.0548487;RO=52;SAF=32;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201235;STB=0.518762;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00518587;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:51:57:58:0.53211:25:32:28:24:25:33:27:24 chr19 39891161 . T C 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0023883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.798;QD=12.1101;RBI=0.0163714;REFB=-0.00776333;REVB=0.0161962;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250389;STB=0.642772;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0113744;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:15:16:16:39:15:16:16:39 chr19 39898667 . C T 488.58 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0266331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.443;QD=22.208;RBI=0.0270885;REFB=-0.0196164;REVB=0.00494611;RO=41;SAF=30;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227382;STB=0.616992;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.017685;OID=.;OPOS=39898667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:41:46:47:0.534091:16:30:16:25:17:30:16:25 chr19 39905704 . AGGGGGAT AGGGGACT,AGGGGAT,AGGGGATC,GAGGGGAT 54.93 PASS AF=0.0655738,0.0983607,0.0655738,0;AO=5,9,3,3;DP=62;FAO=4,6,4,0;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=0,4,0,0;FSAR=4,2,4,0;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0290748,-0.0156776,-0.0766837,-0.0619839;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=2,1,3,2;MLLD=83.276,11.249,23.7172,28.2865;QD=3.60208;RBI=0.0407561,0.0235269,0.0882754,0.0626744;REFB=-0.0136453,-0.0871701,-0.0561985,-0.0443879;REVB=-0.0285608,-0.0175421,-0.0437282,0.00927809;RO=37;SAF=0,1,0,3;SAR=5,8,3,0;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0.414179,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.590103,-0.44907,-0.479162,0.560971;STB=0.996684,0.752188,0.996684,0.5;STBP=0.123,0.251,0.123,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.26731,0.082279,0.162282,0.0354562;OID=.,.,.,.;OPOS=39905709,39905705,39905709,39905704;OREF=GA,G,GAT,AG;OALT=AC,-,ATC,GA;OMAPALT=AGGGGACT,AGGGGAT,AGGGGATC,GAGGGGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:62:61:37:47:5,9,3,3:4,6,4,0:0.0655738,0.0983607,0.0655738,0:5,8,3,0:0,1,0,3:15:22:4,2,4,0:0,4,0,0:17:30 chr19 39905903 . A G 225.37 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0368935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.416;QD=27.3178;RBI=0.0463697;REFB=-0.0105499;REVB=-0.0280895;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17222;STB=0.595651;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00436595;OID=.;OPOS=39905903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:7:14:5:7:7:14:5:7 chr19 39906985 . T C 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000890417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.144;QD=16.9288;RBI=0.00863878;REFB=-0.0157311;REVB=0.00859277;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579899;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0299807;OID=.;OPOS=39906985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:10:12:12:12:0.5:4:8:6:4:4:8:7:5 chr19 39907036 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.061478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.753;QD=15.8391;RBI=0.0617523;REFB=-0.0149503;REVB=-0.00581435;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0191348;OID=.;OPOS=39907036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:2:6:3:3:2:6:4:3 chr19 39908574 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.026481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.802;QD=34.1531;RBI=0.0458497;REFB=0.0122297;REVB=0.0374293;RO=5;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118693;STB=0.565146;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00106208;OID=.;OPOS=39908574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:9:9:4:1:9:9:4:1 chr19 39909389 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0296612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.046;QD=28.0162;RBI=0.0678212;REFB=-0.00589545;REVB=0.0609912;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207663;STB=0.614478;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00437796;OID=.;OPOS=39909389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:13:7:19:11:13:7 chr19 39914748 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00522937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.228;QD=11.1041;RBI=0.0341505;REFB=-0.00767296;REVB=-0.0337478;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00977598;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr19 39915637 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0721578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.7;QD=26.0262;RBI=0.0732875;REFB=-0.0540093;REVB=0.0128182;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0103734;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr19 39915758 . C G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.272;QD=37.893;RBI=0.0573302;REFB=0.0365107;REVB=0.0527405;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000699094;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr19 39916110 . GGGA G 329.14 PASS AF=0.777778;AO=34;DP=46;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00105237;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=3;MLLD=197.739;QD=29.2571;RBI=0.0139931;REFB=-0.0400552;REVB=-0.0139535;RO=10;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-0.00510575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0105174;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:34:46:35:45:10:21:14:6:4:42:10:20:14:6:4 chr19 39926509 . A C 296.27 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00783409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.149;QD=28.9046;RBI=0.0279561;REFB=-0.0344524;REVB=-0.026836;RO=15;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258829;STB=0.642612;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0283779;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:9:17:4:11:9:17:4:11 chr19 39926521 . G A 246.53 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0252944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1708;QD=24.6528;RBI=0.0302033;REFB=-0.00643793;REVB=-0.0165056;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231663;STB=0.629025;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00760015;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:8:15:6:11:8:15:6:11 chr19 39932066 . T C 527.04 PASS AF=0.515464;AO=48;DP=96;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.023476;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.803;QD=21.7336;RBI=0.0236762;REFB=-0.022774;REVB=0.0030726;RO=47;SAF=9;SAR=39;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144447;STB=0.568018;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0248189;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:47:48:50:0.515464:39:9:14:33:40:10:14:33 chr19 39944082 . C T 116.12 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0101082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.354;QD=20.1951;RBI=0.0221547;REFB=-0.0574331;REVB=-0.0197143;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.588109;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0413689;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:8:10:13:13:0.565217:8:5:2:6:8:5:2:8 chr19 39955533 . G A 139.48 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.077302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.5534;QD=17.4346;RBI=0.159651;REFB=-0.0782431;REVB=-0.139688;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158374;STB=0.576834;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0531707;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:5:10:13:3:5:11:13:3 chr19 39971432 . G C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00351178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.109;QD=26.6377;RBI=0.0219927;REFB=-0.0501265;REVB=0.0217105;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111987;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.015004;OID=.;OPOS=39971432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:5:3:9:7:5:3 chr19 39991237 . C G 231.0 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0120885;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.2144;QD=16.2108;RBI=0.0656757;REFB=-0.0225276;REVB=0.0645536;RO=28;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133909;STB=0.594602;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0246576;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:31:26:26:0.45614:7:19:17:11:7:19:18:13 chr19 39994711 . T C 308.11 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0194577;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9636;QD=19.8781;RBI=0.0469645;REFB=0.0115552;REVB=0.0427441;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293395;STB=0.654667;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0162167;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:29:30:32:32:0.516129:20:12:21:8:20:12:21:9 chr19 39996027 . C T 573.05 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0206222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.882;QD=23.3899;RBI=0.0213973;REFB=-0.0112963;REVB=0.00570695;RO=45;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276856;STB=0.515217;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00963967;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:23:30:24:21:23:30:24:21 chr19 40009396 . A G 93.7 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0641582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.5982;QD=16.2954;RBI=0.0683345;REFB=0.0188921;REVB=0.0235231;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00347048;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:10:11:11:12:0.521739:5:6:4:6:5:7:5:6 chr19 40023308 . A G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00555624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.985;QD=27.4996;RBI=0.00556216;REFB=-0.0115133;REVB=0.000256649;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172976;STB=0.595492;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00558518;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:8:2:9:10:8:2 chr19 40149297 . T A 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5995;QD=60.5403;RBI=0.0592827;REFB=0;REVB=0.0260192;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001722;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr19 40316299 . GGCCCCC GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG 153.11 PASS AF=0.413043,0,0;AO=11,7,3;DP=47;FAO=19,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=2,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0857023,0.0717139,-0.0248998;FXX=0.0212721;HRUN=3,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=28.4481,14.6898,43.9993;QD=13.3135;RBI=0.0889806,0.111998,0.143625;REFB=-0.0664672,-0.043714,-0.0016595;REVB=0.0239302,-0.0860269,-0.14145;RO=22;SAF=1,1,0;SAR=10,6,3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.531757,-0.426211,-0.567298;STB=0.787708,0.5,0.5;STBP=0.006,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0933759,0.0286557,0;OID=.,.,.;OPOS=40316300,40316301,40316305;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0,0:11,7,3:47:19,0,0:46:27:2,0,0:17,0,0:12:15:99:22:1,1,0:10,6,3:10:12 chr19 40360928 . G A 384.67 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0205479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.441;QD=26.079;RBI=0.0205575;REFB=-0.0165552;REVB=-0.000626668;RO=22;SAF=15;SAR=21;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173533;STB=0.589346;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0103027;OID=.;OPOS=40360928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:36:37:0.627119:21:15:4:18:22:15:4:18 chr19 40363020 . G A 277.59 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0173625;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.104;QD=15.8621;RBI=0.0357025;REFB=-0.0262523;REVB=0.0311964;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486312;STB=0.528366;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0438889;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:31:31:0.442857:9:22:24:12:9:22:26:13 chr19 40363926 . C G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.029932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.69;QD=13.2126;RBI=0.039788;REFB=-0.00583242;REVB=-0.0262137;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00773399;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:8:14:10:4:8:14 chr19 40366362 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.121;QD=57.3855;RBI=0.0654247;REFB=0;REVB=0.0303764;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53445e-05;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr19 40366374 . G C 775.59 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0418504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5717;QD=53.4892;RBI=0.0840154;REFB=-0.0575546;REVB=-0.0728501;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00126118;OID=.;OPOS=40366374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:2:0:35:21:2:0 chr19 40368395 . C T 241.52 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0086835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.09;QD=29.2747;RBI=0.00887401;REFB=-0.0184201;REVB=-0.0018289;RO=8;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229049;STB=0.657017;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.015364;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:33:8:11:20:22:0.666667:8:12:8:0:10:12:11:0 chr19 40374034 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2321;QD=39.2068;RBI=0.035433;REFB=0;REVB=0.0286928;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301245;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 40392482 . A G 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9432;QD=58.1281;RBI=0.0930022;REFB=0;REVB=-0.0755212;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213504;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 40392585 . T G 66.31 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00522274;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.566;QD=4.49552;RBI=0.0208323;REFB=-0.00514431;REVB=-0.020167;RO=48;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267264;STB=0.674391;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.020323;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:48:48:11:11:0.186441:7:4:28:20:7:4:28:20 chr19 40392588 . C T 544.53 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00307532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.824;QD=36.9172;RBI=0.0122116;REFB=-0.0386869;REVB=0.011818;RO=11;SAF=28;SAR=18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904311;STB=0.567538;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00860411;OID=.;OPOS=40392588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:58:59:11:13:46:46:0.779661:18:28:4:7:18:28:4:9 chr19 40408532 . G A 468.46 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0159417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.028;QD=23.1338;RBI=0.0271421;REFB=-0.0130254;REVB=0.0219671;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334728;STB=0.522603;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00923137;OID=.;OPOS=40408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:36:44:45:0.555556:19:25:19:17:19:26:19:17 chr19 40411889 . C T 124.02 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00546156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.551;QD=9.92173;RBI=0.0248727;REFB=-0.00970774;REVB=-0.0242657;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207397;STB=0.611993;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0209783;OID=.;OPOS=40411889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:7:8:12:22:7:8:13:22 chr19 40420087 . G A 462.76 PASS AF=0.688525;AO=41;DP=60;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0129192;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.927;QD=30.3446;RBI=0.0164114;REFB=-0.0457586;REVB=0.0101207;RO=18;SAF=22;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518792;STB=0.531966;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0239253;OID=.;OPOS=40420087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:18:19:41:42:0.688525:19:22:8:10:20:22:8:11 chr19 40440482 . G T 158.43 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0147246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0986;QD=8.12443;RBI=0.0578283;REFB=-0.0201173;REVB=0.0559222;RO=52;SAF=15;SAR=7;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243828;STB=0.623356;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0478219;OID=.;OPOS=40440482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:56:22:22:0.282051:7:15:25:27:7:15:29:27 chr19 40570487 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTG,CTTTTTTTGA,CTTTTTTTGT 35.3 PASS AF=0.275,0.05,0;AO=12,2,2;DP=40;FAO=11,2,0;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5,2,0;FSAR=6,0,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.18416,0.0436974,-0.151489;FXX=0.0243843;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,2;MLLD=7.91709,20.6747,58.6508;QD=3.52959;RBI=0.220104,0.0973373,0.15455;REFB=-0.118609,-0.0550988,-0.0156452;REVB=0.120544,0.0869775,0.0306067;RO=20;SAF=6,2,2;SAR=6,0,0;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.158921,0.58092,0.58092;STB=0.560868,0.995887,0.5;STBP=0.696,0.106,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0858525,0.113626,0;OID=.,.,.;OPOS=40570488,40570495,40570495;OREF=T,TG,TG;OALT=-,GA,GT;OMAPALT=CTTTTTTTG,CTTTTTTTGA,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275,0.05,0:12,2,2:40:11,2,0:40:27:5,2,0:6,0,0:10:17:33:20:6,2,2:6,0,0:7:13 chr19 40739513 . A G 154.03 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0412072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.717;QD=14.3283;RBI=0.0447509;REFB=-0.00739044;REVB=0.017453;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132462;STB=0.586856;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0108325;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:9:8:15:10:9:8:16:10 chr19 40886993 . C T 144.51 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0299411;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.19;QD=21.4091;RBI=0.0342185;REFB=-0.0509096;REVB=0.0165661;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244687;STB=0.666419;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.028619;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:11:12:15:15:0.555556:12:3:5:6:12:3:6:6 chr19 40900865 . C T 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.604;QD=59.3564;RBI=0.0387851;REFB=-0.0279684;REVB=0.0134541;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150214;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000238769;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:46:31:1:0:46:31:1:0 chr19 40928758 . C T 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0403083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.396;QD=24.7528;RBI=0.0409028;REFB=-0.0107895;REVB=0.00694828;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297984;STB=0.662009;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0100621;OID=.;OPOS=40928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:4:26:20:23:4:26 chr19 41123093 . A AG 480.19 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.165538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9262;QD=45.7328;RBI=0.190537;REFB=0;REVB=-0.0943481;RO=5;SAF=18;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0071009;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:47:42:42:0:18:24:0:0:9:5:18:21:5:0 chr19 41186879 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00259257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9741;QD=16.9315;RBI=0.0189877;REFB=0.00505182;REVB=-0.0188099;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.642602;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00575011;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:6:6:9:3:6:6 chr19 41209477 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000545307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.724;QD=11.2612;RBI=0.0109296;REFB=-0.00100717;REVB=-0.010916;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00223332;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:18:12:6:9:18:12 chr19 41235120 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0489895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.966;QD=25.3618;RBI=0.049301;REFB=-0.0324334;REVB=0.00553315;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.562414;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0132186;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:4:4:10:5:4:4 chr19 41257396 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0571708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4943;QD=16.6239;RBI=0.0573698;REFB=-0.0119845;REVB=-0.00477526;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0101448;OID=.;OPOS=41257396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:14:13:13:0.481481:8:5:4:8:8:5:6:8 chr19 41263403 . A G 48.73 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0945059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.378;QD=13.9231;RBI=0.0945372;REFB=-0.000767092;REVB=0.00243396;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00119147;OID=.;OPOS=41263403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:4:7:7:7:0.5:5:2:0:4:5:2:3:4 chr19 41281700 . C T 201.14 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0129505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.756;QD=20.6294;RBI=0.014505;REFB=0.00400295;REVB=0.00653294;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00378291;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:10:9:10:10:10:9 chr19 41307170 . G A 446.55 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00485285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.949;QD=32.4762;RBI=0.0196522;REFB=-0.0763623;REVB=0.0190436;RO=15;SAF=24;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347125;STB=0.518788;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0213066;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:16:24:8:7:16:24:8:7 chr19 41349774 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00216505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.36;QD=16.1194;RBI=0.0577279;REFB=-0.00839559;REVB=-0.0576872;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166531;STB=0.594459;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00467011;OID=.;OPOS=41349774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:12:1:2:10:12:1 chr19 41350664 . A T 266.58 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000789816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.786;QD=13.6709;RBI=0.00526377;REFB=0.0019593;REVB=0.00520418;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971992;STB=0.555427;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00436066;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:18:13:24:23:18:13:24:23 chr19 41354606 . G T 33.71 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00449132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.494;QD=1.6856;RBI=0.0105729;REFB=-0.0051728;REVB=-0.00957153;RO=71;SAF=7;SAR=1;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40366;STB=0.830014;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0364067;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:71:72:8:8:0.1:1:7:40:31:1:7:40:32 chr19 41356281 . T C 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1305;QD=60.4407;RBI=0.0412026;REFB=0;REVB=-0.023354;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278847;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:46:65:0:0:46:65:0:0 chr19 41356310 . G A 661.54 PASS AF=0.59434;AO=60;DP=104;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00711584;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.664;QD=24.9637;RBI=0.0145137;REFB=-0.0156676;REVB=0.0126496;RO=44;SAF=36;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114342;STB=0.573506;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0110417;OID=.;OPOS=41356310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:44:43:60:63:0.59434:24:36:20:24:24:39:19:24 chr19 41381647 . A C 282.64 PASS AF=0.288462;AO=13;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0130383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7502;QD=21.7413;RBI=0.0330205;REFB=0.00180268;REVB=-0.0303373;RO=22;SAF=13;SAR=0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.79954;STB=0.869844;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0408203;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:13:15:0.288462:0:13:11:11:1:14:11:11 chr19 41381671 . A G 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0170568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.988;QD=4.00458;RBI=0.017059;REFB=0.000565279;REVB=-0.000272516;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109715;STB=0.575724;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00207236;OID=.;OPOS=41381671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:19:22:5:3:19:22 chr19 41383153 . A G 479.39 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00591992;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.554;QD=25.2312;RBI=0.0192298;REFB=-0.0067068;REVB=-0.0182959;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760925;STB=0.541599;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00334098;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:12:19:23:22:12:19 chr19 41383799 . G A 388.37 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00924956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1963;QD=21.2807;RBI=0.0636834;REFB=-0.0294922;REVB=0.0630081;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126016;STB=0.569674;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0257059;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:23:16:19:15:23:16:19:15 chr19 41384675 . T C 999.47 PASS AF=0.609272;AO=92;DP=152;FAO=92;FDP=151;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0141176;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3219;QD=26.4761;RBI=0.0198016;REFB=-0.0250689;REVB=0.0138851;RO=59;SAF=35;SAR=57;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00717329;STB=0.503886;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0165296;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:59:59:92:92:0.609272:57:35:23:36:57:35:23:36 chr19 41386136 . A C 307.99 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0532248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.706;QD=24.156;RBI=0.07498;REFB=-0.0362409;REVB=0.0528121;RO=20;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190691;STB=0.604586;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00890982;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:29:30:0.588235:13:16:16:4:13:17:17:4 chr19 41386420 . A C 662.13 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.107395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.929;QD=27.5889;RBI=0.125927;REFB=-0.00346105;REVB=-0.0657558;RO=38;SAF=19;SAR=39;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011919;STB=0.506491;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000714912;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:39:19:13:25:39:19:13:25 chr19 41386486 . CA AG 610.29 PASS AF=0.585106;AO=53;DP=97;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0163405;FXX=0.059994;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.234;QD=25.9696;RBI=0.0175378;REFB=-0.0191997;REVB=-0.00636864;RO=34;SAF=20;SAR=33;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911863;STB=0.515413;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0148223;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:34:39:53:55:0.585106:33:20:17:17:33:22:17:22 chr19 41386494 . A C 638.98 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0280624;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.861;QD=27.7818;RBI=0.0280649;REFB=-0.0270875;REVB=0.000376446;RO=35;SAF=23;SAR=33;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336603;STB=0.513563;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0219006;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:35:36:56:56:0.608696:33:23:16:19:33:23:16:20 chr19 41386527 . G A 446.53 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0205232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.03;QD=24.8074;RBI=0.0206159;REFB=-0.0182172;REVB=-0.00195208;RO=29;SAF=10;SAR=33;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248577;STB=0.636997;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154522;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:33:10:15:14:33:10:15:14 chr19 41387620 . A G 161.73 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0417766;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3803;QD=14.7026;RBI=0.0840963;REFB=-0.015327;REVB=-0.0729857;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100129;STB=0.558211;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00255969;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:16:16:0.363636:9:7:9:17:9:7:9:17 chr19 41387647 . A G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0462954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6957;QD=16.4437;RBI=0.0599004;REFB=0.022267;REVB=-0.0380104;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120199;STB=0.568561;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0237748;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:9:18:11:9:9:18 chr19 41387656 . A T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00518628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.873;QD=17.3238;RBI=0.011332;REFB=-0.00819823;REVB=-0.0100755;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895806;STB=0.55097;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0214701;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:9:16:11:9:9:16 chr19 41404076 . G C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0129402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.144;QD=10.436;RBI=0.0161502;REFB=-0.00772619;REVB=0.00966331;RO=33;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592362;STB=0.856244;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0147907;OID=.;OPOS=41404076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:2:13:12:21:2:13:12:21 chr19 41404196 . A G 423.85 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00999286;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.775;QD=26.0829;RBI=0.0114847;REFB=-0.0186353;REVB=0.00566039;RO=22;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223488;STB=0.641228;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00611172;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:25:40:40:0.615385:23:17:17:5:23:17:20:5 chr19 41405962 . T G 346.35 PASS AF=0.674419;AO=26;DP=40;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0687689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.476;QD=32.2183;RBI=0.0884653;REFB=-0.0726117;REVB=0.0556502;RO=13;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15315;STB=0.540873;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0278293;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:13:14:26:29:0.674419:18:8:7:6:18:11:7:7 chr19 41414481 . G A 561.75 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.015678;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.962;QD=20.8054;RBI=0.0163212;REFB=-0.022223;REVB=0.00453653;RO=51;SAF=19;SAR=38;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735433;STB=0.540526;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0184466;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:51:51:57:57:0.527778:38:19:21:30:38:19:21:30 chr19 41532005 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.772;QD=57.2347;RBI=0.040338;REFB=0;REVB=0.0220283;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121371;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr19 41700493 . G C 83.2 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0267308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.307;QD=5.64038;RBI=0.030958;REFB=-0.00716422;REVB=0.0156161;RO=46;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033242;STB=0.52102;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0240228;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:7:6:20:26:7:6:20:26 chr19 41743861 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-9.06054e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.288;QD=53.4963;RBI=0.0185113;REFB=-0.038144;REVB=0.018511;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518702;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000698117;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:0:2:17:17:0:2 chr19 41748153 . A G 124.66 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0112757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.39;QD=17.8084;RBI=0.0117988;REFB=-0.0157357;REVB=-0.00347398;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162012;STB=0.605911;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0154076;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:7:6:9:5:8:6:9:5 chr19 41808432 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00948644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.24;QD=15.2624;RBI=0.0126871;REFB=-0.0184786;REVB=-0.00842442;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0216383;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr19 41809995 . A G 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0140261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.522;QD=24.7073;RBI=0.0293657;REFB=-0.0406782;REVB=0.0257995;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229338;STB=0.62806;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0310868;OID=.;OPOS=41809995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:10:7:16:7:10:7 chr19 41858921 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1202;QD=35.5759;RBI=0.0664177;REFB=0;REVB=0.0481848;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403689;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 41869392 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0141573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.785;QD=22.9085;RBI=0.0536997;REFB=-0.00942887;REVB=0.0517999;RO=17;SAF=19;SAR=2;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284435;STB=0.654438;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00547329;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:2:19:17:0:2:19:17:0 chr19 41889748 . T C 376.49 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00768125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0938;QD=12.7622;RBI=0.018172;REFB=-0.0238861;REVB=-0.0164688;RO=73;SAF=13;SAR=32;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293276;STB=0.667377;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0315646;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:32:13:40:33:32:13:40:33 chr19 41903220 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00859078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.945;QD=16.2717;RBI=0.0248195;REFB=-0.0272799;REVB=-0.0232853;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0361107;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:10:8:7:8:10:8 chr19 41932084 . G T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00639147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.75;QD=11.9197;RBI=0.0223022;REFB=-0.013444;REVB=-0.0213667;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0107184;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chr19 41932275 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0132416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.966;QD=12.0517;RBI=0.0599767;REFB=-0.0615465;REVB=0.0584967;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0510372;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:7:6:5:4:7:6 chr19 41937095 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00243127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.455;QD=21.6305;RBI=0.0071348;REFB=-0.0289548;REVB=-0.00670778;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872737;STB=0.548355;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0208759;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:13:11:17:13:13:11 chr19 41939297 . C G 364.09 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0123711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.452;QD=26.9694;RBI=0.0203542;REFB=-0.0432107;REVB=0.0161632;RO=19;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415139;STB=0.526702;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0204314;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:20:14:9:10:21:14:9:10 chr19 41944237 . T C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00279194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.647;QD=19.6972;RBI=0.0453826;REFB=-0.00574071;REVB=-0.0452966;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00724692;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr19 41945837 . T A 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.741;QD=19.7631;RBI=0.0104803;REFB=-0.00549529;REVB=0.0023319;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220693;STB=0.616181;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.002594;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:12:23:13:19:12:23:14:19 chr19 41949870 . T C 261.64 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0089581;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.389;QD=23.7855;RBI=0.020255;REFB=-0.00780106;REVB=-0.0181664;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863188;STB=0.533305;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00640348;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:21:20:24:24:0.545455:8:16:12:9:8:16:12:8 chr19 42070360 . C T 466.89 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0385973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.677;QD=31.1258;RBI=0.0387558;REFB=-0.0322081;REVB=-0.0035022;RO=17;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134323;STB=0.580404;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0245464;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:18:42:42:0.7:23:19:12:5:23:19:13:5 chr19 42070528 . G C 457.1 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0207148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.218;QD=35.8507;RBI=0.0207508;REFB=-0.0328795;REVB=0.00122234;RO=12;SAF=9;SAR=30;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106578;STB=0.557738;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00746502;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:12:12:39:39:0.764706:30:9:5:7:30:9:5:7 chr19 42071167 . T G 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00596997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.919;QD=5.21429;RBI=0.0117939;REFB=-0.00716441;REVB=-0.0101713;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261304;STB=0.508453;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0191333;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:6:2:8:22:6:2:8:23 chr19 42071289 . T C 1783.35 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000156774;FXX=0.0333306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2253;QD=61.4947;RBI=0.0255321;REFB=0;REVB=0.0255316;RO=0;SAF=72;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689977;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:116:0:0:115:116:1:43:72:0:0:43:73:0:0 chr19 42083673 . T C 472.02 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0163731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.508;QD=18.3307;RBI=0.0237255;REFB=-0.00996302;REVB=0.0171704;RO=53;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437481;STB=0.524262;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0085545;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:25:25:29:24:25:25:29:24 chr19 42083739 . A AGAC 447.51 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00420538;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.225;QD=18.2657;RBI=0.00420558;REFB=-0.00922566;REVB=4.14623e-05;RO=52;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121414;STB=0.572108;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=0.0102768;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459184:45:99:45:98:53:22:23:33:20:99:52:22:23:32:20 chr19 42083820 . C G 279.8 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00421246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.257;QD=14.1671;RBI=0.00674735;REFB=-0.0084977;REVB=-0.00527086;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198472;STB=0.612305;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0146166;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:31:16:17:15:31:16 chr19 42083849 . C A 424.59 PASS AF=0.585714;AO=38;DP=68;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0331133;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2594;QD=24.2624;RBI=0.0350918;REFB=-0.0587459;REVB=0.0116164;RO=30;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548617;STB=0.536065;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0437213;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:30:29:38:41:0.585714:14:24:17:13:15:26:16:13 chr19 42132273 . C T 115.51 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00679025;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.281;QD=17.7712;RBI=0.0142641;REFB=-0.00605188;REVB=0.0125442;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884388;STB=0.551099;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00516741;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:10:3:4:9:10:3:4:9 chr19 42132314 . G C 286.89 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.252;QD=52.1608;RBI=0.0268216;REFB=0;REVB=0.025534;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145806;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr19 42190859 . A T 220.96 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0284972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1695;QD=10.0438;RBI=0.0349357;REFB=-0.0162762;REVB=-0.0202093;RO=60;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746753;STB=0.543594;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0426317;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:16:12:22:38:16:12:22:38 chr19 42221607 . A G 868.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681307;FXX=0.063482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.391;QD=58.8501;RBI=0.0700277;REFB=0;REVB=-0.0161893;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228774;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr19 42260569 . G A 697.14 PASS AF=0.634615;AO=63;DP=103;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00227934;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0199;QD=26.8129;RBI=0.0431171;REFB=-0.0105712;REVB=0.0430568;RO=36;SAF=30;SAR=33;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717729;STB=0.53845;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0100836;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:36:38:63:66:0.634615:33:30:21:15:33:33:23:15 chr19 42265889 . G T 150.8 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0399511;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1432;QD=9.88828;RBI=0.0657246;REFB=-0.00394783;REVB=-0.0521884;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282974;STB=0.657266;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0116135;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:41:20:20:0.327869:7:13:15:23:7:13:17:24 chr19 42312933 . G A 657.56 PASS AF=0.582609;AO=65;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00818377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.379;QD=22.8716;RBI=0.0980274;REFB=-0.0532278;REVB=0.0976852;RO=49;SAF=33;SAR=32;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943419;STB=0.540409;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0286875;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:48:65:67:0.582609:32:33:19:30:34:33:19:29 chr19 42315281 . G T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0127302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.669;QD=8.28246;RBI=0.0130127;REFB=-0.00722805;REVB=-0.00269647;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917088;STB=0.580507;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0142401;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:11:12:0.272727:4:7:18:14:4:8:18:14 chr19 42342319 . A G 73.96 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0179569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.171;QD=9.8608;RBI=0.0193617;REFB=-0.0143274;REVB=0.00724038;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224214;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:6:4:7:12:6:4:8:12 chr19 42354629 . T C 104.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0619421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.811;QD=10.7511;RBI=0.0635236;REFB=-0.006509;REVB=-0.0140866;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494956;STB=0.525857;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0152215;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:26:13:13:0.333333:7:6:10:14:7:6:11:15 chr19 42463447 . C T 137.78 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0285993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.206;QD=12.247;RBI=0.0285993;REFB=-0.021818;REVB=2.7768e-05;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179334;STB=0.511097;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0428268;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:8:7:14:15:8:8:14:15 chr19 42489516 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.935;QD=58.6005;RBI=0.0417201;REFB=0;REVB=0.0355346;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19456e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr19 42572986 . AC AT,GT 301.74 PASS AF=0.55102,0;AO=23,3;DP=49;FAO=27,0;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0309242,-0.00974119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=87.5067,145.568;QD=24.6322;RBI=0.0448699,0.0275228;REFB=-0.0301056,-0.00757873;REVB=0.0325115,-0.0257413;RO=21;SAF=11,3;SAR=12,0;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119518,0.547547;STB=0.532601,0.5;STBP=0.641,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0282788,0;OID=.,.;OPOS=42572987,42572986;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:23,3:27,0:0.55102,0:12,0:11,3:13:8:13,0:14,0:13:9 chr19 42595791 . G A 92.1 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0545003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5561;QD=18.4206;RBI=0.139577;REFB=-0.0210208;REVB=0.128497;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.639731;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0281191;OID=.;OPOS=42595791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:4:5:3:8:4:5 chr19 42736267 . A G 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.955;QD=57.3748;RBI=0.0369189;REFB=0;REVB=0.0241745;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42806e-06;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr19 42795234 . G C 33.96 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=70;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0152292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.6822;QD=1.8867;RBI=0.015291;REFB=-0.0214367;REVB=-0.00137338;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277979;STB=0.779333;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0466224;OID=.;OPOS=42795234;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:70:72:60:64:9:8:0.111111:6:3:34:26:6:2:37:27 chr19 42838209 . C T 325.45 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00335012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.269;QD=24.5619;RBI=0.00335012;REFB=-0.019105;REVB=-2.2504e-06;RO=18;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128751;STB=0.553158;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0108373;OID=.;OPOS=42838209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:21:31:32:0.603774:13:18:7:11:14:18:9:12 chr19 42907064 . A G 133.43 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0492294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5785;QD=25.415;RBI=0.0595079;REFB=-0.013712;REVB=-0.0334314;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139697;STB=0.526279;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0147477;OID=.;OPOS=42907064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:6:7:14:14:0.666667:9:5:2:4:9:5:2:5 chr19 43013363 . A G 346.62 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0384427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3849;QD=22.3626;RBI=0.0463302;REFB=-0.0133779;REVB=-0.0258583;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423297;STB=0.523351;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0145603;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:20:15:13:14:20:15:13:14 chr19 43243217 . AA GG 1868.03 PASS AF=0.687225;AO=154;DP=225;FAO=156;FDP=227;FR=.;FRO=71;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00452609;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.707;QD=32.9168;RBI=0.0136691;REFB=0.00335652;REVB=0.012898;RO=71;SAF=71;SAR=83;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228596;STB=0.510295;STBP=0.646;TYPE=mnp;VARB=-0.00131807;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:227:71:71:154:156:0.687225:83:71:30:41:85:71:30:41 chr19 43243238 . A G 1550.55 PASS AF=0.713483;AO=126;DP=178;FAO=127;FDP=178;FR=.;FRO=51;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.000759455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.469;QD=34.8438;RBI=0.00954112;REFB=-0.00928853;REVB=-0.00951085;RO=51;SAF=54;SAR=72;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153915;STB=0.500495;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00332456;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:51:51:126:127:0.713483:72:54:22:29:72:55:22:29 chr19 43371292 . A T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0193716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.057;QD=5.71691;RBI=0.0204528;REFB=-0.0102746;REVB=-0.0065619;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665171;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.033385;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:16:12:3:5:16:12 chr19 43372386 . T C 640.72 PASS AF=0.343478;AO=79;DP=230;FAO=79;FDP=230;FR=.;FRO=151;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=94;FSRR=57;FWDB=0.0301334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.157;QD=11.143;RBI=0.0317045;REFB=0.00556053;REVB=-0.00985649;RO=151;SAF=33;SAR=46;SRF=94;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232148;STB=0.63215;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00850693;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:151:151:79:79:0.343478:46:33:94:57:46:33:94:57 chr19 43372941 . T C 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=-9.09005e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.625;QD=5.84426;RBI=0.00511091;REFB=-0.00441654;REVB=-0.0051101;RO=60;SAF=15;SAR=3;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157743;STB=0.595909;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.011442;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:61:18:18:0.227848:3:15:45:15:3:15:46:15 chr19 43382368 . T G 495.85 PASS AF=0.291845;AO=68;DP=234;FAO=68;FDP=233;FR=.;FRO=165;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.000122246;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.393;QD=8.51243;RBI=0.000690455;REFB=-0.00113945;REVB=-0.000679547;RO=165;SAF=34;SAR=34;SRF=81;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110256;STB=0.510726;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00571985;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:165:165:68:68:0.291845:34:34:81:84:34:34:80:85 chr19 43382374 . C G 609.64 PASS AF=0.324895;AO=77;DP=237;FAO=77;FDP=237;FR=.;FRO=160;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=80;FSRR=80;FWDB=-0.00714465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.961;QD=10.2893;RBI=0.0183842;REFB=-0.00917468;REVB=-0.0169391;RO=158;SAF=34;SAR=43;SRF=79;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686526;STB=0.53962;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0181856;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:158:160:77:77:0.324895:43:34:79:79:43:34:80:80 chr19 43383680 . G T 231.3 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.014284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.583;QD=10.167;RBI=0.0414103;REFB=-0.00913436;REVB=-0.0388688;RO=62;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603964;STB=0.535337;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0159483;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:16:13:31:31:16:13:31:31 chr19 43420451 . G C 648.44 PASS AF=0.377551;AO=74;DP=196;FAO=74;FDP=196;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.0117842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.251;QD=13.2335;RBI=0.0121069;REFB=-0.0186195;REVB=0.00277684;RO=121;SAF=36;SAR=38;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100871;STB=0.559269;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0294001;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:121:122:74:74:0.377551:38:36:70:51:38:36:71:51 chr19 43433805 . A G 455.89 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=-0.0190313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.505;QD=15.324;RBI=0.0209987;REFB=-0.00347631;REVB=0.00887442;RO=68;SAF=16;SAR=34;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309305;STB=0.513132;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00436181;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:50:51:0.428571:34:16:20:48:35:16:20:48 chr19 43439793 . G A 2235.95 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.368;QD=63.4313;RBI=0.0327515;REFB=0;REVB=0.0120972;RO=0;SAF=103;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34292e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:38:103:0:0:38:103:0:0 chr19 43519362 . C T 2922.95 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.987;QD=63.199;RBI=0.0134282;REFB=0;REVB=0.00713274;RO=0;SAF=75;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22025e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22319e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:185:0:0:183:185:1:108:75:0:0:109:76:0:0 chr19 43519442 . T C 2048.88 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.842;QD=61.6204;RBI=0.0626541;REFB=0.0135689;REVB=0.038396;RO=1;SAF=54;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871998;STB=0.504587;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=4.87012e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:131:132:0.992481:77:54:1:0:78:54:1:0 chr19 43529026 . CA TG 1612.28 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176053;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.656;QD=60.272;RBI=0.0182805;REFB=0;REVB=-0.00492248;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.00857e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr19 43530473 . G C 961.99 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00654644;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.571;QD=57.4321;RBI=0.00864495;REFB=0.0601401;REVB=0.00564618;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-5.01636e-05;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:37:28:0:0:38:28:0:1 chr19 43679410 . A G 3002.09 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715802;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.701;QD=63.5362;RBI=0.0656054;REFB=0;REVB=0.0652138;RO=0;SAF=105;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48375e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:189:0:0:183:189:1:78:105:0:0:84:105:0:0 chr19 43680051 . C T 2353.24 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.783;QD=63.1742;RBI=0.0347505;REFB=-0.0279691;REVB=0.0176441;RO=1;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773302;STB=0.504064;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000399362;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:61:87:0:1:61:87:0:1 chr19 43680147 . C T 2459.59 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0288659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.256;QD=59.9901;RBI=0.0499309;REFB=-0.0428538;REVB=0.0407413;RO=2;SAF=81;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.25178e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355732;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:164:2:2:161:162:0.987805:80:81:1:1:81:81:1:1 chr19 43689004 . G A 1825.3 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00766395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2544;QD=60.3404;RBI=0.017518;REFB=-0.0616892;REVB=0.0157526;RO=1;SAF=48;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655229;STB=0.503448;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000167224;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:72:48:0:1:72:48:0:1 chr19 43690506 . G C 1075.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.942;QD=59.7453;RBI=0.0404225;REFB=0;REVB=0.0382627;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30912e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:28:39:0:0:29:43:0:0 chr19 43699278 . A G 925.43 PASS AF=0.574194;AO=88;DP=155;FAO=89;FDP=155;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00464072;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.674;QD=23.882;RBI=0.00555443;REFB=-0.00374921;REVB=0.00305212;RO=66;SAF=31;SAR=57;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856413;STB=0.548346;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0033584;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:66:66:88:89:0.574194:57:31:30:36:58:31:30:36 chr19 43699336 . T C 1829.23 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0175916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.057;QD=59.4871;RBI=0.0367607;REFB=-0.100824;REVB=0.0322782;RO=2;SAF=32;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105554;STB=0.505555;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00382278;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:89:32:0:2:89:32:0:2 chr19 43699417 . A G 1883.18 PASS AF=1;AO=111;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6319;QD=61.7436;RBI=0.0784466;REFB=0;REVB=0.0783807;RO=0;SAF=36;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168058;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:111:122:1:75:36:0:0:86:36:0:0 chr19 43702342 . C T 3521.85 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132976;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.369;QD=62.6107;RBI=0.0165155;REFB=-0.106708;REVB=0.00979466;RO=1;SAF=103;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30413e-05;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:225:1:0:224:225:1:121:103:0:1:121:104:0:0 chr19 43708100 . T A 1339.83 PASS AF=0.61;AO=122;DP=202;FAO=122;FDP=200;FR=.;FRO=78;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0286828;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9619;QD=26.7966;RBI=0.0723916;REFB=-0.0206883;REVB=0.0664669;RO=78;SAF=73;SAR=49;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100409;STB=0.554313;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0108158;OID=.;OPOS=43708100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:78:78:122:122:0.61:49:73:36:42:49:73:36:42 chr19 43708926 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.592;QD=35.5759;RBI=0.0276686;REFB=0;REVB=-0.00832215;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548381;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 43708968 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.818;QD=45.8068;RBI=0.0255052;REFB=0;REVB=0.0247066;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85851e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 158.23 PASS AF=0,1,0;AO=2,9,2;DP=13;FAO=0,14,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324632,0.00427868,0.00500494;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=348.894,360.22,357.139;QD=45.2081;RBI=0.0190441,0.0249106,0.0279656;REFB=0,0,0;REVB=0.0187654,0.0245404,0.0275141;RO=0;SAF=0,5,2;SAR=2,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0343922,0.00252866,-0.0187513;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,9,2:13:0,14,0:14:0:0,8,0:0,6,0:0:0:4:0:0,5,2:2,4,0:0:0 chr19 43709619 . C T 1192.28 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0145396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9372;QD=57.4591;RBI=0.0403589;REFB=0.0205843;REVB=0.0376489;RO=3;SAF=55;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025125;STB=0.50877;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.000212407;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:83:3:2:80:81:0.975904:25:55:3:0:25:56:2:0 chr19 43709647 . G A 1481.55 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00197256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3091;QD=61.0948;RBI=0.0873091;REFB=-0.0444901;REVB=0.0872868;RO=2;SAF=69;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135462;STB=0.507141;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00138367;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:26:69:2:0:26:69:2:0 chr19 43709654 . C A 1510.99 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940045;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.674;QD=59.8413;RBI=0.0286192;REFB=0;REVB=0.0270312;RO=0;SAF=75;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8358e-05;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:26:75:0:0:26:75:0:0 chr19 43709656 . C G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.881;QD=59.8331;RBI=0.0312971;REFB=0;REVB=0.00962886;RO=0;SAF=76;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9139e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:26:76:0:0:26:76:0:0 chr19 43762340 . T A 723.16 PASS AF=0.556452;AO=68;DP=125;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00320562;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.666;QD=23.3276;RBI=0.071966;REFB=-0.00675626;REVB=0.0718946;RO=51;SAF=38;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115378;STB=0.557257;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00567702;OID=.;OPOS=43762340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:51:55:68:69:0.556452:30:38:21:30:30:39:24:31 chr19 43766113 . T C 357.61 PASS AF=0.352;AO=45;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0168848;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.215;QD=11.4436;RBI=0.0808725;REFB=-0.00291483;REVB=0.0790902;RO=80;SAF=16;SAR=29;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235237;STB=0.5047;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00540983;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:80:81:45:44:0.352:29:16:30:50:28:16:30:51 chr19 43773599 . T C 1214.09 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00639306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.607;QD=59.9552;RBI=0.0139406;REFB=-0.177987;REVB=0.0123883;RO=1;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172104;STB=0.509089;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00121391;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:27:53:0:1:27:53:0:1 chr19 43857873 . G C 807.35 PASS AF=1;AO=45;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113215;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.296;QD=57.6678;RBI=0.114792;REFB=0;REVB=0.0189622;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323432;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:45:56:1:36:9:0:0:35:21:0:0 chr19 43864548 . C A 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.013989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.009;QD=16.6315;RBI=0.0160974;REFB=-0.0175589;REVB=-0.0079644;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573982;STB=0.532278;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0296793;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:13:21:23:18:13:21:23:18 chr19 43865692 . G A 57.73 PASS AF=0.4;AO=9;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0712038;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.969;QD=11.5463;RBI=0.0902715;REFB=-0.0476934;REVB=0.0554884;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.105099;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:11:12:9:8:0.4:3:6:5:6:2:6:5:7 chr19 43965029 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0145263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7908;QD=23.094;RBI=0.0264755;REFB=-0.0120354;REVB=-0.0221346;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00844696;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr19 43979589 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.776;QD=59.0186;RBI=0.019925;REFB=0;REVB=0.000312649;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52847e-05;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr19 44039823 . A G 71.97 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0207074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0241;QD=8.22549;RBI=0.027286;REFB=-0.00456028;REVB=-0.0177688;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324412;STB=0.711446;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0267642;OID=.;OPOS=44039823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:24:25:10:10:0.285714:3:7:10:14:3:7:10:15 chr19 44047550 . T C 262.94 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0563157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3254;QD=47.8073;RBI=0.059572;REFB=0.0162791;REVB=0.0194257;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00589192;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr19 44047826 . T A 727.79 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0618048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.908;QD=52.9304;RBI=0.0620555;REFB=0.0206834;REVB=0.00557254;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.5147;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=1.64561e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:33:20:0:1:33:20:0:2 chr19 44055726 . T C 348.38 PASS AF=0.8;AO=26;DP=33;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.040236;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.938;QD=39.8144;RBI=0.0576323;REFB=-0.0737869;REVB=0.0412619;RO=7;SAF=9;SAR=17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026285;STB=0.522662;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0147686;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:35:7:7:26:28:0.8:17:9:2:5:17:11:2:5 chr19 44057574 . G A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.021974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.24;QD=19.1729;RBI=0.0228948;REFB=-0.00772966;REVB=0.00642785;RO=32;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230443;STB=0.512813;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0116349;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:23:10:9:23:23:10:9:23 chr19 44081288 . A G 766.95 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174061;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8982;QD=56.8107;RBI=0.0245371;REFB=0;REVB=-0.0172944;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265289;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr19 44082791 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0199838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=15.1956;RBI=0.0208728;REFB=-0.00436929;REVB=-0.00602673;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17581;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00640936;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:11:7:8:6:11:7 chr19 44082945 . T C 205.52 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.82;QD=45.6702;RBI=0.0202638;REFB=0;REVB=0.00631307;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159357;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:6:12:0:0 chr19 44098963 . C G 770.75 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.361;QD=55.0534;RBI=0.0504999;REFB=-0.0357387;REVB=0.0462795;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000311288;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr19 44126738 . G A 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.128;QD=59.7955;RBI=0.0261508;REFB=-0.0293372;REVB=0.0060148;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-6.71034e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:1:0:16:27:1:0 chr19 44306482 . C T 200.36 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0157929;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.881;QD=7.85742;RBI=0.0160367;REFB=0.00226709;REVB=-0.00278549;RO=74;SAF=9;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23916;STB=0.643267;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00693423;OID=.;OPOS=44306482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:74:28:28:0.27451:19:9:38:36:19:9:38:36 chr19 44351107 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.353;QD=47.8222;RBI=0.064391;REFB=0;REVB=-0.0628917;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548346;OID=.;OPOS=44351107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr19 44351165 . TGGGAGAT TG,TGGAGAT 88.98 PASS AF=0.368421,0.0263158;AO=14,4;DP=38;FAO=14,1;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10,0;FSAR=4,1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0114197,-0.160875;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=6,1;MLLD=309.418,22.3327;QD=9.36683;RBI=0.0135975,0.213181;REFB=-0.0129155,-0.0554076;REVB=-0.00738122,-0.139877;RO=20;SAF=10,0;SAR=4,4;SRF=18;SRR=2;SSEN=0.621918,0.621918;SSEP=0,0;SSSB=-0.266631,-0.811421;STB=0.554382,0.99503;STBP=0.679,0.131;TYPE=del,del;VARB=0.0167062,-0.0207127;OID=.,.;OPOS=44351167,44351166;OREF=GGAGAT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TGGAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.0263158:14,4:38:14,1:38:23:10,0:4,1:18:5:85:20:10,0:4,4:18:2 chr19 44351694 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.128;QD=39.2066;RBI=0.076212;REFB=0;REVB=-0.0159847;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802435;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 44351836 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0225051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.939;QD=9.33502;RBI=0.0229311;REFB=-0.0126132;REVB=0.00439944;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043121;STB=0.526274;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0235581;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:10:3:8:23:10:3:8:23 chr19 44352665 . TG CA 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00610892;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=343.362;QD=7.47104;RBI=0.00615651;REFB=0.00358799;REVB=0.000763962;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14868;STB=0.579688;STBP=0.572;TYPE=mnp;VARB=-0.0120926;OID=.;OPOS=44352665;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:5:6:13:18:5:6:14:18 chr19 44352688 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0124355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.494;QD=6.39527;RBI=0.0148387;REFB=-0.00600995;REVB=-0.00809597;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459407;STB=0.529346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0207105;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:14:15:5:4:14:15 chr19 44377357 . C T 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00487084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.662;QD=48.2099;RBI=0.0100454;REFB=-0.0250748;REVB=0.00878555;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.50779;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000596092;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:12:17:2:0:12:17:2:1 chr19 44377669 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00153104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.394;QD=9.33499;RBI=0.0258184;REFB=0.00414106;REVB=0.025773;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328091;STB=0.507031;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00810407;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:7:6:13:17:7:6:14:17 chr19 44417575 . A G 526.13 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5348;QD=56.8788;RBI=0.0527739;REFB=-0.0603893;REVB=-0.050507;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199081;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000744494;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:12:23:1:0:12:24:1:0 chr19 44418077 . C T 610.49 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7676;QD=56.7901;RBI=0.0278769;REFB=-0.14982;REVB=0.00990561;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.506696;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00767022;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:15:26:0:1:15:26:1:1 chr19 44418343 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.111;QD=57.2025;RBI=0.0275818;REFB=0;REVB=-0.00548156;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63685e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 44418544 . A G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0022;QD=56.9259;RBI=0.0752518;REFB=0;REVB=-0.0183779;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341491;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr19 44418680 . G C 103.72 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0477631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.532;QD=23.048;RBI=0.0482058;REFB=0.0326999;REVB=-0.00651757;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106468;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:10:12:0.666667:4:6:4:2:4:8:4:2 chr19 44418693 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.23;QD=51.1846;RBI=0.0180133;REFB=0;REVB=-0.0162759;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102527;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 44418776 . G A 391.14 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00283506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.212;QD=27.4481;RBI=0.0113826;REFB=-0.00916121;REVB=0.0110239;RO=20;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145353;STB=0.579573;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00570255;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:11:26:10:10:11:26:10:10 chr19 44418824 . C T 157.07 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0702476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5423;QD=9.66575;RBI=0.0827282;REFB=-0.0248933;REVB=-0.0436948;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260501;STB=0.652223;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0544818;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:29:15:12:9:29:15 chr19 44419030 . A G 726.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.759;QD=63.1765;RBI=0.0457991;REFB=0;REVB=-0.00750203;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177303;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr19 44470189 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.449;QD=59.4346;RBI=0.0173422;REFB=0;REVB=0.00943154;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224217;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr19 44470420 . T C 678.84 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7501;QD=61.713;RBI=0.0166493;REFB=0;REVB=0.0151958;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033774;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr19 44470548 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5879;QD=62.9799;RBI=0.0573392;REFB=0;REVB=0.0513528;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363141;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 44470663 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.362;QD=62.3509;RBI=0.0217394;REFB=0;REVB=0.00301581;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94612e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr19 44471209 . T A 194.39 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0320245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4443;QD=14.6713;RBI=0.0331125;REFB=-0.0183443;REVB=0.00841831;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387451;STB=0.722012;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.043617;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:21:21:0.396226:15:6:20:10:15:6:20:10 chr19 44471252 . T C 208.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00784553;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.347;QD=16.3811;RBI=0.034152;REFB=-0.0136403;REVB=-0.0332387;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199197;STB=0.612699;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0180693;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:10:18:10:13:10:18 chr19 44471323 . G A 363.79 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.026681;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.374;QD=23.47;RBI=0.0305955;REFB=-0.00654813;REVB=0.0149737;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114885;STB=0.553316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00408426;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:26:36:36:0.580645:17:19:17:8:17:19:17:9 chr19 44500478 . A T 753.85 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.681;QD=56.8943;RBI=0.0538996;REFB=0;REVB=0.0524216;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130166;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr19 44500761 . G A 976.29 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171046;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.943;QD=59.169;RBI=0.0178118;REFB=0;REVB=0.00496922;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147144;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr19 44501116 . A G 595.28 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.027394;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.17;QD=52.9139;RBI=0.0275104;REFB=-0.0850156;REVB=-0.00252793;RO=3;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329326;STB=0.530372;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00361789;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:3:4:41:41:0.911111:24:17:2:1:24:17:3:1 chr19 44501227 . A G 630.39 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330983;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.886;QD=58.6406;RBI=0.0561122;REFB=-0.120376;REVB=0.0453109;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00401099;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:2:1:40:42:0.976744:17:23:1:1:19:23:0:1 chr19 44501627 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.494;QD=56.9381;RBI=0.00293131;REFB=0;REVB=0.00177803;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42233e-06;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr19 44511202 . A T 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00298293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.934;QD=9.62211;RBI=0.0142132;REFB=-0.0128939;REVB=-0.0138966;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298604;STB=0.676653;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.040118;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:13:6:23:17:13:6:23:17 chr19 44511223 . T G 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7291;QD=57.71;RBI=0.0142159;REFB=0;REVB=0.00972942;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82964e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr19 44535999 . G T 123.89 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000933254;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.6;QD=12.0868;RBI=0.0182872;REFB=-0.0164731;REVB=0.0182634;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.515131;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0333988;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:26:13:15:0.365854:9:4:12:15:9:6:11:15 chr19 44564981 . G A 361.4 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0184644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.913;QD=17.0073;RBI=0.0256391;REFB=-0.018208;REVB=-0.0177885;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336119;STB=0.660927;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0234163;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:43:35:36:0.423529:23:12:27:11:24:12:27:16 chr19 44570393 . C A 103.71 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00541367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.262;QD=4.99815;RBI=0.0237702;REFB=-0.00806898;REVB=-0.0231455;RO=65;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285404;STB=0.673894;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0427146;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:66:17:17:0.204819:6:11:27:38:6:11:28:38 chr19 44570551 . G A 60.52 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0410205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.442;QD=6.20673;RBI=0.0451947;REFB=-0.00384004;REVB=-0.0189705;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961953;STB=0.561271;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0154482;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:11:19:5:4:11:19 chr19 44571154 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0539067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2093;QD=9.56957;RBI=0.0585596;REFB=0.00933234;REVB=0.0228755;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0193079;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr19 44589999 . TCTC T 79.27 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0116724;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.301;QD=6.60569;RBI=0.0125328;REFB=-0.0052653;REVB=-0.00456356;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646884;STB=0.533274;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0180023;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:11:49:11:48:37:7:4:25:12:79:38:7:4:26:12 chr19 44591360 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.204;QD=57.2022;RBI=0.0136418;REFB=0;REVB=0.000207436;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48809e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 44610665 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.077;QD=63.2868;RBI=0.0260361;REFB=0;REVB=0.0129783;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75634e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 44610798 . A T 734.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.914;QD=56.525;RBI=0.0402854;REFB=0;REVB=0.0302026;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199418;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr19 44611066 . T C 486.36 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143877;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1339;QD=58.9523;RBI=0.0803464;REFB=0;REVB=0.0790477;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733586;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr19 44611420 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0081703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=358.397;QD=58.6486;RBI=0.0144433;REFB=-0.0302535;REVB=0.0119102;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=2.34692e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:30:10:0:1:30:10:0:1 chr19 44612005 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.522;QD=62.3509;RBI=0.00776739;REFB=0;REVB=0.00731442;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64377e-06;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr19 44612014 . A T 708.45 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.213;QD=62.9733;RBI=0.0304952;REFB=0;REVB=0.00804824;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01259e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr19 44612231 . A G 387.8 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0616723;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.495;QD=53.4891;RBI=0.0777567;REFB=-0.09909;REVB=0.0473565;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00300614;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr19 44652954 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.962;QD=64.2848;RBI=0.0607134;REFB=0;REVB=0.0571595;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91203e-05;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr19 44660967 . A G 175.0 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8394;QD=46.6666;RBI=0.0530604;REFB=0;REVB=-0.0409807;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274621;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr19 44871287 . T C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.941;QD=61.6801;RBI=0.0471899;REFB=0;REVB=0.0276388;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64606e-05;OID=.;OPOS=44871287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 44871293 . T C 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238855;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.491;QD=60.9979;RBI=0.0309056;REFB=0;REVB=-0.0196122;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3117e-05;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 44890697 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0107134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.231;QD=9.53663;RBI=0.0454066;REFB=-0.0173727;REVB=0.0441247;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279931;STB=0.667787;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0306265;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:9:18:5:7:9:18 chr19 44891784 . T C 610.51 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00983399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.464;QD=56.7913;RBI=0.022858;REFB=0.0166252;REVB=0.0206344;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.535697;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000334429;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:13:28:0:1:13:28:0:2 chr19 44930880 . G A 3141.37 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195179;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.066;QD=61.8989;RBI=0.0218556;REFB=0;REVB=-0.00983438;RO=0;SAF=93;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588164;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:203:0:0:202:203:1:109:93:0:0:109:94:0:0 chr19 44934489 . G A 1144.56 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0104703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4527;QD=53.8616;RBI=0.0843814;REFB=-0.168708;REVB=0.0837293;RO=5;SAF=38;SAR=41;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358735;STB=0.524852;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0121575;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:85:85:5:6:79:79:0.929412:41:38:4:1:41:38:5:1 chr19 44981516 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3812;QD=51.9135;RBI=0.0129819;REFB=0;REVB=-0.00690886;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02427e-05;OID=.;OPOS=44981516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 44981883 . C G 730.41 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275476;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.764;QD=56.1857;RBI=0.0352316;REFB=0;REVB=0.0351237;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103051;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr19 44983567 . C G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000914262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.114;QD=59.8656;RBI=0.00538628;REFB=0;REVB=-0.00530812;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88964e-06;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr19 45016990 . CT CC,C 1686.92 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=7,109;DP=117;FAO=6,111;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=2,56;FSAR=4,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035616,-0.0200326;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.0406,28.4459;QD=57.6725;RBI=0.0531735,0.102172;REFB=-0.0590791,-0.0341046;REVB=0.0394832,0.100189;RO=1;SAF=2,56;SAR=5,53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0796435,0.0088725;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00995749,-0.000334481;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0512821,0.948718:7,109:117:6,111:117:0:2,56:4,55:0:0:14:1:2,56:5,53:0:1 chr19 45017249 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9916;QD=44.6889;RBI=0.099609;REFB=0;REVB=0.0970797;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272132;OID=.;OPOS=45017249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 45021252 . G A 428.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.989;QD=57.0907;RBI=0.0233998;REFB=0;REVB=0.0211945;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125066;OID=.;OPOS=45021252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:19:9:0:0:20:10:0:0 chr19 45033485 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.011;QD=57.2026;RBI=0.0092687;REFB=0;REVB=0.00742042;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4721e-05;OID=.;OPOS=45033485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 45050747 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.279;QD=61.336;RBI=0.0111869;REFB=0;REVB=0.0110982;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19406e-05;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 45162038 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0661;QD=60.2027;RBI=0.0101956;REFB=0;REVB=-0.000706086;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26019e-05;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr19 45162189 . C A 211.91 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0152288;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.584;QD=9.97248;RBI=0.0253247;REFB=0.00934426;REVB=-0.0202342;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074704;STB=0.549701;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.019589;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:58:27:27:0.317647:15:12:29:28:15:12:30:28 chr19 45206893 . C A 328.8 PASS AF=0.356522;AO=37;DP=111;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.0530289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.484;QD=11.4364;RBI=0.0546602;REFB=-0.0307054;REVB=0.0132542;RO=74;SAF=20;SAR=17;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127331;STB=0.542533;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.050211;OID=.;OPOS=45206893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:74:74:37:41:0.356522:17:20:48:26:17:24:48:26 chr19 45211407 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0221912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.365;QD=16.7844;RBI=0.0229743;REFB=-0.0120676;REVB=0.00594716;RO=33;SAF=21;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196469;STB=0.616736;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0144319;OID=.;OPOS=45211407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:28:29:0.467742:7:21:19:14:7:22:19:14 chr19 45261705 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0238213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.578;QD=18.4437;RBI=0.024951;REFB=-0.0303901;REVB=0.0074229;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293965;OID=.;OPOS=45261705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr19 45284266 . A C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00209848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.752;QD=17.1002;RBI=0.0223993;REFB=-0.014058;REVB=-0.0223008;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294556;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0199775;OID=.;OPOS=45284266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:9:6:10:4:9:6 chr19 45316804 . C T 378.24 PASS AF=0.756098;AO=30;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0987727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.874;QD=36.9012;RBI=0.100482;REFB=-0.0467648;REVB=0.0184572;RO=11;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118157;STB=0.577549;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0323683;OID=.;OPOS=45316804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:11:10:30:31:0.756098:12:18:4:7:12:19:3:7 chr19 45316807 . C T 390.03 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0181155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.548;QD=38.0513;RBI=0.116921;REFB=-0.00785036;REVB=0.115509;RO=9;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163899;STB=0.577549;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00204481;OID=.;OPOS=45316807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:9:10:31:31:0.756098:12:19:2:7:12:19:3:7 chr19 45389224 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.996;QD=58.1371;RBI=0.029597;REFB=0;REVB=-0.00545839;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1209e-05;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 45392254 . C T 318.2 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.377;QD=53.0326;RBI=0.259175;REFB=0;REVB=0.253353;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00790144;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:19:24:1:7:12:0:1:12:12:0:0 chr19 45395714 . T C 803.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.8398;QD=55.4034;RBI=0.0282186;REFB=-0.0310699;REVB=-0.0245413;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000206526;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr19 45396144 . C T 723.64 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.777;QD=56.7562;RBI=0.0152537;REFB=0;REVB=0.0097522;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86117e-05;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:33:18:0:0 chr19 45409167 . C G 428.9 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.802;QD=51.9877;RBI=0.0329547;REFB=-0.049602;REVB=0;RO=1;SAF=30;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647616;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:0:30:1:0:0:32:1:0 chr19 45411941 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.012;QD=44.6898;RBI=0.0463867;REFB=0;REVB=0.0323894;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101138;OID=.;OPOS=45411941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 45476422 . T C 797.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.103;QD=56.9927;RBI=0.0287627;REFB=0;REVB=-0.00421699;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96993e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr19 45488567 . T C 232.61 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.866;QD=48.9711;RBI=0.0388439;REFB=0;REVB=0.0231042;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257557;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:6:9:0:0:10:9:0:0 chr19 45490570 . A G 265.39 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0202687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2919;QD=27.2194;RBI=0.0304199;REFB=-0.0360807;REVB=-0.0226837;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127923;STB=0.570756;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0243712;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:9:6:14:10:9:6 chr19 45490636 . T C 93.44 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00980745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8255;QD=9.83584;RBI=0.0284568;REFB=-0.018016;REVB=-0.0267133;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311901;STB=0.683945;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0256744;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:6:20:6:6:6:20 chr19 45561063 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4443;QD=57.8843;RBI=0.0472748;REFB=0;REVB=-0.0428316;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229776;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:45:15:0:0:45:15:0:0 chr19 45766571 . G A 89.97 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0127442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.553;QD=11.2465;RBI=0.0172063;REFB=0.000795937;REVB=-0.0115605;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441876;STB=0.661457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000782023;OID=.;OPOS=45766571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:32:20:20:11:12:0.375:10:1:7:13:10:2:7:13 chr19 45781250 . AT A 163.87 PASS AF=0.717949;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.126199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.222;QD=16.807;RBI=0.126556;REFB=-0.0894931;REVB=0.00950583;RO=11;SAF=26;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659793;STB=0.874107;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.234112;OID=.;OPOS=45781251;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.717949:27:39:28:39:11:27:1:4:7:81:11:26:1:4:7 chr19 45790001 . T A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0299139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8411;QD=12.7257;RBI=0.0550213;REFB=-0.0421383;REVB=0.0461791;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276691;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:7:4:3:6:8:4 chr19 45801018 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3034;QD=37.4883;RBI=0.0583392;REFB=0;REVB=0.0551313;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476535;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 45806609 . A G 126.59 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00376636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4935;QD=18.7535;RBI=0.0070487;REFB=-0.0281005;REVB=0.00595808;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176453;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0235054;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:3:10:8:6:3:10 chr19 45810035 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8744;QD=21.8409;RBI=0.032744;REFB=-0.0188712;REVB=0.0110578;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00424881;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr19 45818835 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0103975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.294;QD=14.6658;RBI=0.0140622;REFB=0.00675318;REVB=0.00946773;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.550496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00803311;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:7:8:11:7:7:8:13:8 chr19 45868309 . T G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0257086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.936;QD=7.52631;RBI=0.0264884;REFB=-0.00646876;REVB=0.00637988;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.551612;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0117484;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:9:15:5:4:9:15 chr19 45882962 . T A 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0213105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0822;QD=6.80579;RBI=0.0270814;REFB=0.00216671;REVB=-0.0167111;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24387;STB=0.662315;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0126653;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:5:4:17:9:5:4:18:9 chr19 45909934 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0325692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.712;QD=7.79897;RBI=0.0337216;REFB=-0.0071924;REVB=0.00874028;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18761;STB=0.616187;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0130997;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:14:9:5:4:14:9 chr19 45910003 . G T 93.31 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0926589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7613;QD=9.82239;RBI=0.0991122;REFB=-0.00905711;REVB=-0.0351789;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341848;STB=0.707971;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0194798;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:14:12:9:3:14:12 chr19 45912002 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0263834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=404.538;QD=13.486;RBI=0.0303638;REFB=-0.00832462;REVB=-0.0150291;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0111216;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr19 45912343 . A G 129.36 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0402074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5971;QD=12.9357;RBI=0.0403259;REFB=-0.0306423;REVB=-0.00308902;RO=25;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390889;STB=0.735475;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0530706;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:13:2:10:15:13:2:10:15 chr19 45912736 . C A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0402402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.257;QD=22.5856;RBI=0.0404451;REFB=-0.0622029;REVB=-0.00406628;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297839;STB=0.666404;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0400764;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:0:6:6:5:0:6 chr19 45923653 . A G 1206.27 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569311;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.811;QD=60.3137;RBI=0.0659278;REFB=0;REVB=0.0332464;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306198;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:80:0:0:78:80:1:53:25:0:0:55:25:0:0 chr19 45978375 . A G 467.93 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00703073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5462;QD=34.0312;RBI=0.00742239;REFB=-0.0412039;REVB=-0.0023792;RO=14;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154423;STB=0.583442;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0217873;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:14:14:41:41:0.745455:25:16:10:4:25:16:10:4 chr19 45998247 . A G 259.98 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0267193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.734;QD=31.5122;RBI=0.0284597;REFB=-0.00221183;REVB=-0.00979968;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153001;STB=0.566872;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000860178;OID=.;OPOS=45998247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:9:10:23:23:0.69697:11:12:2:7:11:12:3:7 chr19 46003068 . A G 144.72 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.060457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4857;QD=15.6456;RBI=0.0992192;REFB=-0.0218403;REVB=-0.0786727;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157703;STB=0.50908;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0248457;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:16:5:4:12:16:5 chr19 46026901 . G A 81.62 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0179114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.956;QD=6.04602;RBI=0.018146;REFB=-0.00934246;REVB=-0.00290826;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558531;STB=0.565108;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.034157;OID=.;OPOS=46026901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:54:42:42:11:12:0.222222:6:5:21:21:7:5:21:21 chr19 46029981 . T C 1404.67 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.086;QD=62.4297;RBI=0.0236146;REFB=0;REVB=0.0235663;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79074e-05;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:35:54:0:0:36:54:0:0 chr19 46057081 . A G 310.27 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0186091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.222;QD=35.4599;RBI=0.0189975;REFB=-0.0420601;REVB=0.00382185;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964714;STB=0.552591;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0229521;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:14:12:6:3:14:12:6:3 chr19 46154806 . T C 186.63 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0284283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7173;QD=27.6482;RBI=0.0657195;REFB=-0.063381;REVB=0.0592527;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28006;STB=0.64109;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0237196;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:8:9:18:18:0.666667:5:13:2:6:5:13:3:6 chr19 46154820 . G A 307.55 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.038438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3881;QD=34.1718;RBI=0.0390481;REFB=-0.0570241;REVB=-0.00687559;RO=10;SAF=18;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212321;STB=0.616345;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0192043;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:8:18:3:7:8:18:3:7 chr19 46154902 . G GC 306.19 PASS AF=0.619048;AO=36;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00813216;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.884;QD=19.4409;RBI=0.00971259;REFB=0.00138824;REVB=0.00531059;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115797;STB=0.581999;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=-0.000283377;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:36:64:39:63:24:23:16:9:15:99:25:20:16:10:15 chr19 46154906 . C CT 309.81 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00169895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=349.725;QD=19.6702;RBI=0.00425532;REFB=0.0054592;REVB=-0.00390145;RO=24;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115252;STB=0.566468;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=-0.00314077;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:38:63:39:63:24:23:16:10:14:99:24:22:16:10:14 chr19 46155049 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0737698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1073;QD=24.8032;RBI=0.104815;REFB=0.00983766;REVB=-0.0744593;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00415441;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:3:1:4:6:3:1 chr19 46181392 . G C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00119706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.173;QD=13.4395;RBI=0.0107516;REFB=-0.00061391;REVB=0.0106847;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00114494;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr19 46214244 . A G 173.53 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00564182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.228;QD=23.1368;RBI=0.0130284;REFB=-0.00309764;REVB=0.0117435;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204677;STB=0.620308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00559459;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:12:12:17:18:0.6:9:8:9:3:10:8:9:3 chr19 46269313 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0041374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.064;QD=18.767;RBI=0.0177895;REFB=-0.0437797;REVB=-0.0173016;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0216721;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr19 46275976 . G C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0344173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2317;QD=7.32284;RBI=0.0415148;REFB=-0.020534;REVB=0.0232149;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0307148;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:7:7:4:2:7:7 chr19 46282503 . A C 108.85 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0279219;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.931;QD=12.8064;RBI=0.0292371;REFB=-0.00742084;REVB=-0.00867051;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0166645;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:12:9:9:4:12:9 chr19 46287200 . C G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0203808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.841;QD=11.8308;RBI=0.0240686;REFB=-0.00420649;REVB=-0.0128032;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00649936;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:8:9:7:4:8:10 chr19 46289392 . G C 68.09 PASS AF=0.2;AO=11;DP=51;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0279322;FXX=0.019604;HRUN=8;LEN=1;MLLD=229.993;QD=5.44717;RBI=0.0436956;REFB=-0.0144973;REVB=-0.0336021;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140711;STB=0.549411;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.048283;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:51:50:38:40:11:10:0.2:4:7:28:10:3:7:30:10 chr19 46319415 . G C 181.33 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0414808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.593;QD=32.9688;RBI=0.0514639;REFB=-0.0226735;REVB=0.0304611;RO=5;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11288;STB=0.562091;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00510435;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:8:9:4:1:8:9:4:1 chr19 46327053 . C T 283.18 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00298485;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.719;QD=27.6273;RBI=0.0289;REFB=0.0031691;REVB=-0.0287455;RO=17;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253586;STB=0.649867;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00142253;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:16:25:25:0.609756:5:20:9:8:5:20:8:8 chr19 46330809 . G A 346.15 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.013096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5467;QD=24.7252;RBI=0.054285;REFB=-0.0430912;REVB=0.0526817;RO=22;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214686;STB=0.617397;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0289785;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:16:18:5:17:16:18:5:17 chr19 46341824 . C T 95.65 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0139526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.524;QD=5.88645;RBI=0.0187286;REFB=-0.000167162;REVB=-0.0124935;RO=47;SAF=7;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131215;STB=0.571334;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000378622;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:47:50:15:15:0.230769:8:7:27:20:8:7:28:22 chr19 46352122 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.042723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5937;QD=11.8128;RBI=0.0443165;REFB=0.0382;REVB=0.011777;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180844;STB=0.510713;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0767739;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:12:11:6:7:12:11 chr19 46404579 . A G 644.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.372;QD=61.3493;RBI=0.0327959;REFB=0;REVB=-0.0122856;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19747e-05;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:23:16:0:0:25:17:0:0 chr19 46443886 . C A 223.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.218;QD=49.555;RBI=0.0457149;REFB=0;REVB=0.0266869;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379828;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:1:17:0:0:1:17:0:0 chr19 46498353 . C G 450.26 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0101512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.096;QD=27.2882;RBI=0.0205737;REFB=-0.0365038;REVB=0.017895;RO=24;SAF=16;SAR=26;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421297;STB=0.502296;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0188461;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:26:16:9:15:26:16:9:15 chr19 46511548 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.715;QD=40.7629;RBI=0.00545158;REFB=0;REVB=0.00462804;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12969e-05;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr19 46520025 . CA C,CG 1257.61 PASS AF=0.188235,0.811765;AO=13,72;DP=90;FAO=16,69;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=13,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006796,0.00579553;FXX=0.0449388;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.618,226.398;QD=59.1816;RBI=0.0171283,0.0187919;REFB=0,0;REVB=0.0157224,0.0178758;RO=0;SAF=0,31;SAR=13,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00881023,-0.00172187;OID=.,.;OPOS=46520026,46520026;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.188235,0.811765:13,72:90:16,69:85:0:3,31:13,38:0:0:78:0:0,31:13,41:0:0 chr19 46520028 . C G 102.5 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0321864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.7403;QD=4.60684;RBI=0.03305;REFB=-0.0422917;REVB=-0.0075058;RO=71;SAF=3;SAR=15;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419982;STB=0.772198;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.173074;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:15:3:33:38:15:3:33:38 chr19 46811984 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.020016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.7;QD=15.2931;RBI=0.030332;REFB=-0.00594403;REVB=0.0227901;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507824;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr19 46815705 . A C 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00704104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5108;QD=19.103;RBI=0.0109466;REFB=0.0420102;REVB=0.00838164;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0269987;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:3:3:5:4:3:3 chr19 46842834 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC 115.43 PASS AF=0,0.666667;AO=7,13;DP=35;FAO=0,22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.538862,0.0346018;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=13.5655,10.9183;QD=13.9912;RBI=0.592965,0.258277;REFB=-0.0118695,-0.159327;REVB=-0.247458,-0.255949;RO=10;SAF=6,0;SAR=1,13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425185,-0.820949;STB=0.5,0.603688;STBP=1,0.138;TYPE=del,del;VARB=0.0193405,0.0677216;OID=.,.;OPOS=46842839,46842835;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:7,13:35:0,22:33:11:0,8:0,14:1:10:33:10:6,0:1,13:5:5 chr19 46857015 . C T 673.95 PASS AF=0.686747;AO=57;DP=83;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0178517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.8;QD=32.4797;RBI=0.0245625;REFB=-0.0134284;REVB=0.0168711;RO=26;SAF=22;SAR=35;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225673;STB=0.512191;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00666944;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:26:26:57:57:0.686747:35:22:11:15:35:22:11:15 chr19 46893810 . G A 100.51 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0274002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.709;QD=16.0814;RBI=0.0756893;REFB=-0.00087599;REVB=0.0705556;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00606759;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:4:9:8:4:4:9 chr19 46914547 . C G 249.21 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.023121;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7646;QD=32.1564;RBI=0.0485279;REFB=0.0243516;REVB=-0.0426658;RO=9;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380614;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0349389;OID=.;OPOS=46914547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:31:9:9:22:22:0.709677:17:5:2:7:17:5:2:7 chr19 46914833 . A T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00665659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.227;QD=11.6335;RBI=0.0902509;REFB=-0.0111087;REVB=-0.0900051;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0379742;OID=.;OPOS=46914833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:11:5 chr19 46914927 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0355675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.376;QD=26.5702;RBI=0.0366836;REFB=-0.0377414;REVB=0.00897998;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223563;STB=0.624791;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00935477;OID=.;OPOS=46914927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:0:4:6:5:0:4 chr19 46971773 . T G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0371301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5669;QD=5.37226;RBI=0.0424821;REFB=0.00117879;REVB=0.0206418;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316313;STB=0.520781;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.000140757;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:12:18:5:3:12:18 chr19 46971825 . T G 353.75 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00388091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.264;QD=35.3749;RBI=0.0514107;REFB=0.00143606;REVB=0.051264;RO=11;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398613;STB=0.521724;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.000339563;OID=.;OPOS=46971825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:18:11:5:6:18:11:5:6 chr19 46973981 . G A 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0168685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.484;QD=19.498;RBI=0.0173177;REFB=-0.0140694;REVB=-0.00391868;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00705144;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:11:19:17:15:11:19 chr19 46974233 . G A 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00868447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.024;QD=21.5094;RBI=0.0313313;REFB=-0.0285471;REVB=0.0301037;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28237;STB=0.657731;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0132273;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:12:3:10:8:12:3 chr19 46997522 . C T 113.55 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0100759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.946;QD=7.96854;RBI=0.0123461;REFB=-0.013129;REVB=0.00713457;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107965;STB=0.565528;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0286847;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:10:6:19:22:10:6:19:22 chr19 46999691 . C G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00619345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.901;QD=19.6461;RBI=0.0205066;REFB=-0.00511748;REVB=-0.019549;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787203;STB=0.545367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00323265;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:2:6:9:2:2:6 chr19 47109092 . G A 388.25 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0608922;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.142;QD=26.322;RBI=0.0609085;REFB=-0.0330189;REVB=0.00140785;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710999;STB=0.538863;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0233673;OID=.;OPOS=47109092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:9:13:18:19:9:13 chr19 47177913 . A G 727.56 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707685;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1102;QD=57.0632;RBI=0.0718155;REFB=0;REVB=-0.0122179;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578842;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr19 47212593 . A G 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.203542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2862;QD=20.1575;RBI=0.203549;REFB=0.0111267;REVB=0.00165434;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633481;STB=0.535672;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0168938;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:2:12:13:3:2:12 chr19 47223543 . T C 654.78 PASS AF=0.58;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00139788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.084;QD=26.1912;RBI=0.0867335;REFB=-0.0217144;REVB=-0.0867222;RO=40;SAF=34;SAR=24;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894348;STB=0.545833;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0114963;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:40:42:58:58:0.58:24:34:28:12:24:34:29:13 chr19 47282162 . G A 147.27 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0344768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.023;QD=17.3253;RBI=0.0356056;REFB=-0.0442357;REVB=-0.00889411;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142198;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0206134;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:10:6:9:8:10:6:9:9 chr19 47291174 . G C 123.27 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.14384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9214;QD=17.0022;RBI=0.144807;REFB=-0.102411;REVB=-0.0167102;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.624838;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0997521;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:15:14:14:0.482759:6:8:9:3:6:8:12:3 chr19 47543774 . G A 563.84 PASS AF=0.577778;AO=50;DP=88;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0278533;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7219;QD=25.0594;RBI=0.0455429;REFB=-0.0208494;REVB=0.0360326;RO=38;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935617;STB=0.541366;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0151327;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:38:38:50:52:0.577778:27:23:22:16:27:25:22:16 chr19 47544238 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000587348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.93;QD=13.2052;RBI=0.0256576;REFB=-0.0333416;REVB=0.0256508;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0432986;OID=.;OPOS=47544238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:3:3:5:1:3:3 chr19 47761646 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.257;QD=44.6898;RBI=0.0341855;REFB=0;REVB=0.0149475;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230223;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr19 47768128 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00273095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6483;QD=18.6368;RBI=0.0402206;REFB=-0.0105879;REVB=-0.0401278;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255143;STB=0.642704;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00879406;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:14:2:6:10:14:2 chr19 47770015 . A C 353.96 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0362066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1016;QD=29.4962;RBI=0.0413977;REFB=-0.0628307;REVB=-0.0200713;RO=18;SAF=20;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160109;STB=0.588175;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0493835;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:10:20:8:10:10:20:8:10 chr19 47774447 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00954038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.456;QD=15.839;RBI=0.0117773;REFB=-0.00391239;REVB=-0.00690557;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00228436;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr19 47774572 . C T 53.81 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0114679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.089;QD=14.3492;RBI=0.0256023;REFB=-0.0413009;REVB=0.0228903;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0500787;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:14:15:6:7:7:8:0.533333:4:3:2:4:5:3:2:5 chr19 47774772 . T C 85.06 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00856561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.093;QD=22.6831;RBI=0.010214;REFB=-0.0155308;REVB=-0.00556385;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299059;STB=0.670882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0204389;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:4:1:7:3:4:1 chr19 47778851 . C T 242.51 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0114748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.9686;QD=29.3951;RBI=0.0525828;REFB=-0.0142783;REVB=-0.0513155;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313131;STB=0.530699;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0046131;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:33:10:11:22:22:0.666667:12:10:4:6:12:10:4:7 chr19 47778857 . C G 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0418939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.444;QD=23.2369;RBI=0.0418963;REFB=-0.0254315;REVB=0.000448373;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289752;STB=0.507238;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0221528;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:10:13:18:18:0.580645:10:8:4:6:10:8:6:7 chr19 47813165 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00816491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.628;QD=13.4416;RBI=0.0445091;REFB=-0.0046373;REVB=-0.0437538;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.717521;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00475333;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:7:3:8:4:7:3:9:4 chr19 47823038 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6179;QD=43.4854;RBI=0.0042322;REFB=0;REVB=-0.00119535;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289611;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 47823484 . T C 606.4 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.18;QD=60.6396;RBI=0.0426713;REFB=0;REVB=-0.0198854;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59905e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr19 47823871 . G T 822.92 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136571;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2639;QD=57.7489;RBI=0.0138632;REFB=0;REVB=-0.00238197;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743637;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr19 47858424 . G A 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00212327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.428;QD=13.3049;RBI=0.0513839;REFB=-0.00563657;REVB=0.05134;RO=51;SAF=23;SAR=9;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242373;STB=0.63932;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00964918;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:9:23:26:25:9:23:26:25 chr19 47865911 . A G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0128048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.514;QD=9.7053;RBI=0.0168169;REFB=-0.0098283;REVB=0.0109016;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27794;STB=0.666508;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0186736;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:10:8:8:29:10:8:8:30 chr19 47879279 . G A 516.93 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0425945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.866;QD=17.8253;RBI=0.0426803;REFB=-0.0146254;REVB=0.00270508;RO=61;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457972;STB=0.525415;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0227801;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:27:28:34:27:27:28:34:27 chr19 47933257 . G A 620.99 PASS AF=0.977273;AO=29;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00117305;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.119;QD=56.4539;RBI=0.12903;REFB=0.0768625;REVB=0.129024;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00064005;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:29:43:0.977273:11:18:0:0:21:22:0:1 chr19 47935352 . T C 246.62 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.998;QD=46.9758;RBI=0.0217073;REFB=-0.147406;REVB=0.015904;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00241123;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr19 47978671 . G A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00946158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.546;QD=28.0294;RBI=0.0349548;REFB=0.0152726;REVB=0.0336499;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905855;STB=0.549879;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00891712;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:13:14:11:6:13:14:11:6 chr19 47980153 . G A 338.11 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0031435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.506;QD=22.9225;RBI=0.0563639;REFB=-0.00532525;REVB=0.0562762;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153744;STB=0.50847;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00330703;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:17:17:13:12:17:17:13:12 chr19 47996010 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00743113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.55;QD=12.0831;RBI=0.0079138;REFB=-0.0123624;REVB=0.0027215;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133511;STB=0.584115;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0151881;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:10:11:22:12:10:11:23:12 chr19 48000071 . CCTT C,CCTC 157.19 PASS AF=0.35,0;AO=18,4;DP=63;FAO=21,0;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=15,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00712148,-0.0627009;FXX=0.0476115;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=224.017,40.0098;QD=10.4792;RBI=0.0146332,0.071525;REFB=-0.0111194,0.015077;REVB=-0.0127834,-0.0344154;RO=38;SAF=12,3;SAR=6,1;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.308168,0.370957;STB=0.70029,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0331495,0;OID=.,.;OPOS=48000072,48000074;OREF=CTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:18,4:63:21,0:60:39:15,0:6,0:16:23:99:38:12,3:6,1:15:23 chr19 48042976 . C T 107.15 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0298951;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0807;QD=11.5833;RBI=0.0856366;REFB=-0.0247335;REVB=0.0802491;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132226;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.046753;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:14:10:7:6:15:9 chr19 48047821 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00278999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.182;QD=15.6193;RBI=0.00445948;REFB=-0.0111001;REVB=0.00347892;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0144871;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:8:10:11:13:8:10:12:13 chr19 48182787 . C T 118.78 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00145977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0902;QD=22.6252;RBI=0.034134;REFB=-0.0487071;REVB=0.0341028;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518484;STB=0.529366;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.031469;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:3:5:9:4:3:5 chr19 48183114 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.653;QD=39.2051;RBI=0.0373685;REFB=0;REVB=-0.0317523;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201051;OID=.;OPOS=48183114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 48183771 . C T 107.09 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0322198;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.513;QD=11.8992;RBI=0.0349032;REFB=-0.00480608;REVB=0.0134209;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17156;STB=0.561308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0109908;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:23:13:13:0.361111:5:8:9:11:5:8:12:11 chr19 48185259 . AGAG ACGA,ACGAG 88.18 PASS AF=0.6,0.4;AO=2,2;DP=10;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=3,1;MLLD=23.446,17.2154;QD=35.2706;RBI=0.189346,0.493631;REFB=0,0;REVB=0.189346,0.493631;RO=3;SAF=0,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00349279,0.114715;OID=.,.;OPOS=48185260,48185260;OREF=GAG,-;OALT=CGA,C;OMAPALT=ACGA,ACGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:2,2:10:6,4:10:0:0,0:6,4:0:0:21:3:0,0:2,2:0:3 chr19 48198675 . A G 124.61 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0240119;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3498;QD=7.55196;RBI=0.13337;REFB=0.00286032;REVB=-0.13119;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126782;STB=0.599199;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0267939;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:48:18:18:0.272727:8:10:29:15:8:10:33:15 chr19 48244194 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.012;QD=62.6684;RBI=0.0854646;REFB=0;REVB=-0.0838865;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199513;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 48244569 . G A 198.74 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6389;QD=44.1637;RBI=0.13457;REFB=-0.139044;REVB=0.0546484;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0169649;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:18:1:1:16:17:0.944444:10:6:0:1:11:6:0:1 chr19 48255804 . A G 259.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451832;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2794;QD=51.9882;RBI=0.0472379;REFB=0;REVB=-0.0137805;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669482;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 293.51 PASS AF=1;AO=16;DP=33;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022151;FXX=0.39382;HRUN=0;LEN=7;MLLD=232.269;QD=58.7025;RBI=0.0284043;REFB=0;REVB=-0.0177803;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000201942;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:16:33:20:20:0:10:10:0:0:3:16:6:10:12:4 chr19 48282078 . C G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0530557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.971;QD=17.9562;RBI=0.0629457;REFB=0.0192608;REVB=-0.0338711;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327623;STB=0.688275;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00199617;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:7:10:4:12:7:10 chr19 48305357 . G A 56.44 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1805;QD=25.083;RBI=0.118563;REFB=0;REVB=0.00175417;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00990557;OID=.;OPOS=48305357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:4:9:1:3:1:0:0:3:6:0:0 chr19 48351527 . T C 70.02 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000951181;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1792;QD=14.741;RBI=0.0360995;REFB=-0.00211898;REVB=0.0360869;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.786112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00951713;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:5:5:8:1:5:5 chr19 48352054 . G C 55.85 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0177288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.676;QD=10.6376;RBI=0.0273415;REFB=-0.0140472;REVB=0.0208147;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0395547;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:10:13:8:8:0.380952:3:5:6:4:3:5:8:5 chr19 48389425 . A G 963.88 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250586;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.528;QD=57.545;RBI=0.0268089;REFB=-0.0996788;REVB=0.00952822;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000105868;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:34:30:0:0:35:31:1:0 chr19 48525507 . G A 1549.14 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00034151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.676;QD=63.8819;RBI=0.0332942;REFB=0;REVB=0.0332925;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38138e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr19 48543862 . G A 330.05 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00568334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.062;QD=31.4329;RBI=0.00767398;REFB=-0.0355661;REVB=-0.00515652;RO=14;SAF=22;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220258;STB=0.621644;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0162861;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:6:22:7:7:6:22:7:7 chr19 48598823 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.962;QD=54.5177;RBI=0.0485103;REFB=0;REVB=0.0462804;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017948;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr19 48601454 . T C 915.56 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.029413;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4407;QD=55.4882;RBI=0.0294971;REFB=-0.074519;REVB=-0.00222606;RO=2;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124163;STB=0.506577;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0050385;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:20:44:1:1:20:44:1:1 chr19 48602948 . T C 237.43 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00267081;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.204;QD=25.6675;RBI=0.0305431;REFB=-0.0156002;REVB=0.0304261;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890102;STB=0.504946;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0101783;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:8:7:10:12:8:7 chr19 48613788 . T TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG 50.0 PASS AO=46;DP=175;LEN=27;RO=129;SAF=51;SAR=25;SRF=57;SRR=42;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=48613789;OREF=-;OALT=GCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG;OMAPALT=TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:175:129:46:25:51:57:42 chr19 48621036 . C G 295.98 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124635;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.269;QD=53.8148;RBI=0.0196699;REFB=0;REVB=0.0152172;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138054;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr19 48622427 . A G 2474.09 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.886;QD=61.4681;RBI=0.0452619;REFB=0;REVB=-0.00805067;RO=0;SAF=58;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33161e-05;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:103:58:0:0:103:58:0:0 chr19 48654553 . G T 727.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7328;QD=63.2677;RBI=0.0562056;REFB=0;REVB=-0.00742334;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844443;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr19 48668795 . G A 695.14 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0334427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4893;QD=49.6529;RBI=0.111172;REFB=-0.183113;REVB=0.106023;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462677;STB=0.532246;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.013493;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:4:52:52:0.928571:29:23:0:3:29:23:0:4 chr19 48697961 . C T 504.73 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0321195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1802;QD=31.0603;RBI=0.0461777;REFB=0.0108604;REVB=0.0331771;RO=20;SAF=28;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101121;STB=0.554823;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00400227;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:45:45:0.692308:17:28:9:11:17:28:9:11 chr19 48800651 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00763661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.578;QD=5.53951;RBI=0.0336541;REFB=-0.00886232;REVB=-0.0327763;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904961;STB=0.55929;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0341498;OID=.;OPOS=48800651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:3:5:16:13:3:5:16:13 chr19 48800677 . G T 332.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0415026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.211;QD=39.0708;RBI=0.0445375;REFB=-0.0595867;REVB=0.0161592;RO=7;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201016;STB=0.510909;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0127868;OID=.;OPOS=48800677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:13:14:4:3:13:14:4:3 chr19 48863386 . C T 226.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00382237;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.694;QD=13.3452;RBI=0.0191745;REFB=-0.00632221;REVB=-0.0187897;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147727;STB=0.584354;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0119628;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:24:17:15:12:24:17 chr19 48949286 . G T 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0164;QD=59.011;RBI=0.0717409;REFB=0;REVB=0.0708686;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588527;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 49079224 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00261911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.115;QD=10.6681;RBI=0.0139031;REFB=0.00140663;REVB=-0.0136541;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431577;STB=0.756281;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00175193;OID=.;OPOS=49079224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:5:13:3:7:5:13 chr19 49102399 . C T 3110.39 PASS AF=0.994949;AO=196;DP=199;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123774;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.611;QD=62.8362;RBI=0.0149218;REFB=-0.0738431;REVB=-0.00833435;RO=2;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103506;STB=0.502702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=4.85182e-05;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:199:198:2:1:196:197:0.994949:91:105:0:2:92:105:0:1 chr19 49116555 . A G 735.69 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8109;QD=60.0566;RBI=0.0175336;REFB=0;REVB=0.00654567;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489859;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:49:1:0:44:49:1:29:15:1:0:31:18:0:0 chr19 49183284 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.199;QD=51.9167;RBI=0.0336383;REFB=0;REVB=0.0214356;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99868e-05;OID=.;OPOS=49183284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr19 49206603 . C T 538.46 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.739;QD=59.8285;RBI=0.0848739;REFB=0;REVB=0.0431918;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180875;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:14:17:0:0:19:17:0:0 chr19 49206631 . A T 328.03 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00594679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.077;QD=27.3356;RBI=0.00662216;REFB=-0.00906831;REVB=-0.00291352;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838059;STB=0.537994;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00500024;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:13:15:8:11:14:15:8:11 chr19 49217261 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.81;QD=62.6708;RBI=0.0653453;REFB=0;REVB=-0.0620783;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231417;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 49217305 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00711802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.277;QD=61.5112;RBI=0.0336844;REFB=-0.0413243;REVB=0.0329238;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00104861;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:22:26:0:0:22:26:0:1 chr19 49244219 . CG AA 1084.04 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188458;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.641;QD=60.2243;RBI=0.0475287;REFB=0;REVB=0.0436327;RO=0;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.20283e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:14:58:0:0:14:58:0:0 chr19 49247786 . G A 868.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.504;QD=57.92;RBI=0.0442899;REFB=0;REVB=0.0337855;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101364;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr19 49259529 . A G 1184.01 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.588;QD=60.7184;RBI=0.0352617;REFB=0;REVB=0.0347033;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580432;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:72:78:1:35:37:0:0:37:41:0:0 chr19 49261368 . T C 214.18 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.094;QD=45.0909;RBI=0.0203931;REFB=-0.0263213;REVB=0.00583328;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55549;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00137491;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:19:0:1:17:18:0.947368:13:4:0:0:14:4:1:0 chr19 49299533 . A G 700.7 PASS AF=0.637255;AO=64;DP=102;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00353842;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.356;QD=27.4784;RBI=0.0123829;REFB=-0.018218;REVB=0.0118666;RO=38;SAF=20;SAR=44;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234127;STB=0.511624;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0126316;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:37:64:65:0.637255:44:20:13:25:44:21:13:24 chr19 49339098 . T C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0611824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1697;QD=20.4039;RBI=0.0799611;REFB=-0.00249993;REVB=-0.0514829;RO=28;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225748;STB=0.625452;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00100756;OID=.;OPOS=49339098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:11:21:11:17:11:21:11:17 chr19 49360716 . G A 363.25 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0160649;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.271;QD=32.2888;RBI=0.0163461;REFB=-0.0261489;REVB=-0.00301924;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398271;STB=0.52224;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00874748;OID=.;OPOS=49360716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:13:15:30:30:0.666667:16:14:7:6:16:14:8:7 chr19 49400634 . C T 183.92 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0230043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.683;QD=17.9435;RBI=0.0281788;REFB=-0.0387886;REVB=0.016274;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.572866;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.051668;OID=.;OPOS=49400634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:11:11:7:12:11:11 chr19 49416456 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0332887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.954;QD=25.467;RBI=0.0344073;REFB=-0.00540645;REVB=0.00870211;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372544;STB=0.713774;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00431327;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:3:0:7:2:3:0 chr19 49421966 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.726;QD=56.9569;RBI=0.011781;REFB=0;REVB=0.000547937;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.679e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr19 49438363 . G A 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0045839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.374;QD=15.7808;RBI=0.00493797;REFB=-0.0151248;REVB=0.00183613;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.011635;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:4:13:8:6:4:13 chr19 49442933 . T C 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00247935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.573;QD=13.7743;RBI=0.00989114;REFB=-0.00122172;REVB=-0.00957535;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126119;STB=0.571977;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00243334;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:21:20:17:11:21:20 chr19 49445817 . T C 91.23 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0413076;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.851;QD=6.08194;RBI=0.0441217;REFB=-0.00397267;REVB=-0.015505;RO=46;SAF=2;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386363;STB=0.749583;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0227412;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:62:60:46:46:14:14:0.233333:12:2:18:28:12:2:18:28 chr19 49469087 . T C 230.12 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0117631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.542;QD=29.6923;RBI=0.0167152;REFB=-0.0275762;REVB=0.0118755;RO=10;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247492;STB=0.637539;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00283171;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:31:31:10:10:21:21:0.677419:16:5:6:4:16:5:6:4 chr19 49485548 . G A 696.55 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0372479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7444;QD=52.5702;RBI=0.0372798;REFB=-0.00793536;REVB=0.001542;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00218516;OID=.;OPOS=49485548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:32:19:0:2:32:19:0:2 chr19 49513273 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.952;QD=58.5854;RBI=0.0587936;REFB=0;REVB=-0.0385758;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32347e-05;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr19 49513349 . C G 154.88 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0420519;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.3115;QD=20.6504;RBI=0.0427407;REFB=-0.0327853;REVB=-0.00764204;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194728;STB=0.61161;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0263263;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:9:5:3:13:9:5 chr19 49519058 . T C 2056.62 PASS AF=0.957746;AO=137;DP=142;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00695428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5512;QD=57.933;RBI=0.0453264;REFB=0.00560918;REVB=-0.0447897;RO=5;SAF=71;SAR=66;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188816;STB=0.513484;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00448323;OID=.;OPOS=49519058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:142:142:5:6:137:136:0.957746:66:71:4:1:66:70:5:1 chr19 49519466 . A G 350.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.222;QD=53.9453;RBI=0.0582033;REFB=0;REVB=-0.0482331;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130006;OID=.;OPOS=49519466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr19 49520315 . T C 1538.59 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.191;QD=63.4472;RBI=0.0356193;REFB=0;REVB=0.0135761;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88814e-05;OID=.;OPOS=49520315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:56:39:0:0:57:40:0:0 chr19 49520372 . A T 1573.95 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.144;QD=59.9599;RBI=0.0379829;REFB=0;REVB=0.037508;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23228e-05;OID=.;OPOS=49520372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:59:44:0:0:61:44:0:0 chr19 49526191 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.534;QD=32.822;RBI=0.046573;REFB=-0.0189645;REVB=0.0257701;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00176417;OID=.;OPOS=49526191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr19 49547446 . G C 573.07 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00179922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.061;QD=23.3906;RBI=0.00737879;REFB=-0.0329243;REVB=0.00715607;RO=44;SAF=19;SAR=34;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838489;STB=0.541872;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0182503;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:45:53:53:0.540816:34:19:20:24:34:19:20:25 chr19 49557572 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00071805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.506;QD=7.96569;RBI=0.00947313;REFB=-0.00881766;REVB=0.00944587;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167471;STB=0.602221;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0285034;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:19:7:4:6:19:7 chr19 49560461 . G A 177.62 PASS AF=0.62963;AO=13;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0377178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.5487;QD=26.314;RBI=0.117496;REFB=0.0267909;REVB=0.111277;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489224;STB=0.723841;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0345615;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:27:27:5:8:13:17:0.62963:11:2:5:0:14:3:6:2 chr19 49611319 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00765413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.694;QD=23.3998;RBI=0.00774952;REFB=-0.0832846;REVB=0.00121217;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.032739;OID=.;OPOS=49611319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:2:1:3:5:2:1 chr19 49621592 . G C 383.54 PASS AF=0.810811;AO=29;DP=36;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00166324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.397;QD=41.4633;RBI=0.0494885;REFB=0.0647488;REVB=-0.0494605;RO=7;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925266;STB=0.54669;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00246879;OID=.;OPOS=49621592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:7:7:29:30:0.810811:18:11:1:6:19:11:1:6 chr19 49621964 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00129552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.724;QD=23.598;RBI=0.034469;REFB=-0.00756783;REVB=0.0344446;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312376;STB=0.501741;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00488139;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:11:10:12:13:11:10 chr19 49640002 . G T 435.73 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00984666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.389;QD=26.8142;RBI=0.0159467;REFB=-0.023215;REVB=-0.0125435;RO=24;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153866;STB=0.508393;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0185576;OID=.;OPOS=49640002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:18:23:14:10:18:23:14:10 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 729.91 PASS AF=0.890411,0.109589;AO=12,8;DP=73;FAO=65,8;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=29,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.79402,0.0737784;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=13.3138,142.207;QD=39.9948;RBI=0.817931,0.103805;REFB=0,0;REVB=0.196324,-0.0730214;RO=39;SAF=1,0;SAR=11,8;SRF=32;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.7606,-0.810411;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0457866,0.197908;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:73:73:39:0:12,8:65,8:0.890411,0.109589:11,8:1,0:32:7:29,8:36,0:0:0 chr19 49658209 . A C 469.82 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00407095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.591;QD=28.9121;RBI=0.00749408;REFB=-0.000468653;REVB=-0.00629195;RO=22;SAF=22;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920187;STB=0.549977;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000462622;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:21:22:8:14:21:22:8:14 chr19 49658367 . C T 423.19 PASS AF=0.716981;AO=37;DP=52;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0130823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.101;QD=31.9385;RBI=0.0419114;REFB=-0.0380853;REVB=0.0398173;RO=15;SAF=22;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298159;STB=0.501557;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0134559;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:15:15:37:38:0.716981:15:22:9:6:15:23:9:6 chr19 49658390 . T C 342.83 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00875079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.607;QD=31.8911;RBI=0.0124548;REFB=-0.0243768;REVB=0.00886266;RO=14;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465494;STB=0.51688;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00978672;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:14:28:29:0.674419:10:18:8:6:11:18:8:6 chr19 49661112 . G A 48.1 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0390026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7845;QD=12.8268;RBI=0.0910742;REFB=-0.0394789;REVB=0.0823001;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0911893;OID=.;OPOS=49661112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:5:2:4:3:6:2 chr19 49839015 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.671;QD=45.8067;RBI=0.0502355;REFB=0;REVB=0.0140695;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495619;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 49930721 . T C 199.04 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0161911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.739;QD=9.36674;RBI=0.0187441;REFB=-0.00413191;REVB=-0.00944394;RO=56;SAF=8;SAR=18;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878106;STB=0.575939;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0186697;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:59:26:26:0.305882:18:8:21:35:18:8:24:35 chr19 49930786 . C A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00424712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.918;QD=9.14901;RBI=0.0103412;REFB=-0.00989178;REVB=-0.00942881;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189324;STB=0.613601;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0195818;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:13:5:17:23:13:5:17:23 chr19 49932762 . G T 60.27 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0520835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1349;QD=4.22942;RBI=0.0535019;REFB=-0.00651422;REVB=-0.0122378;RO=45;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334224;STB=0.743661;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0965214;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:45:47:10:10:0.175439:2:8:25:20:2:8:25:22 chr19 49936785 . C G 374.37 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0260961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.887;QD=31.8614;RBI=0.0298651;REFB=-0.0483725;REVB=0.014523;RO=16;SAF=20;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095443;STB=0.552291;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0179309;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:11:20:8:8:11:20:8:8 chr19 49967929 . G A 170.74 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0141019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4379;QD=25.2954;RBI=0.0765965;REFB=-0.02055;REVB=0.0752872;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280843;STB=0.657342;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00890682;OID=.;OPOS=49967929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:3:7:5:12:3:7 chr19 50038017 . C T 217.67 PASS AF=0.689655;AO=15;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0423842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.652;QD=30.0238;RBI=0.0425984;REFB=-0.0387306;REVB=0.00426685;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137956;STB=0.551128;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0136109;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:29:29:6:9:15:20:0.689655:6:9:2:4:6:14:5:4 chr19 50086931 . C G 174.64 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0225755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.236;QD=8.0293;RBI=0.0303447;REFB=-0.000999129;REVB=-0.0202768;RO=63;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173958;STB=0.603707;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00311052;OID=.;OPOS=50086931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:11:13:25:38:11:13:25:38 chr19 50140092 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.42;QD=51.9167;RBI=0.0128233;REFB=0;REVB=0.0126424;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71977e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr19 50155907 . CGG C,CG,GCG 84.92 PASS AF=0.0178571,0.535714,0;AO=6,22,2;DP=55;FAO=1,30,0;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=0,5,0;FSAR=1,25,0;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0172955,0.033281,0.00133761;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=23.6308,8.97682,155.601;QD=6.06543;RBI=0.139931,0.270784,0.0743808;REFB=-0.0968781,-0.187139,-0.0105669;REVB=-0.138858,-0.26873,-0.0743688;RO=23;SAF=0,3,2;SAR=6,19,0;SRF=20;SRR=3;SSEN=0.311111,0.311111,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.821813,-0.654477,0.373398;STB=0.996166,0.817391,0.5;STBP=0.088,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0304794,0.0571912,0;OID=.,.,.;OPOS=50155908,50155908,50155907;OREF=GG,G,CG;OALT=-,-,GC;OMAPALT=C,CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:55:56:23:25:6,22,2:1,30,0:0.0178571,0.535714,0:6,19,0:0,3,2:20:3:1,25,0:0,5,0:21:4 chr19 50156896 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.718;QD=58.5878;RBI=0.0724423;REFB=0;REVB=-0.0715895;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147219;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr19 50162909 . C G 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0088481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.001;QD=9.36303;RBI=0.0567532;REFB=-0.00942853;REVB=-0.0560592;RO=62;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024996;STB=0.514721;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0172255;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:16:11:24:38:16:11:24:38 chr19 50177171 . G A 238.38 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0151936;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.615;QD=12.3835;RBI=0.0156235;REFB=-0.00132899;REVB=-0.00363968;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103258;STB=0.58704;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00358638;OID=.;OPOS=50177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:27:29:0.376623:16:11:15:32:16:13:15:33 chr19 50193129 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0308575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.752;QD=16.5617;RBI=0.035876;REFB=-0.0159888;REVB=-0.0183004;RO=31;SAF=6;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398393;STB=0.725963;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0176492;OID=.;OPOS=50193129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:21:6:19:12:21:6:19:12 chr19 50214065 . C T 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0111661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.643;QD=22.7224;RBI=0.0155195;REFB=0.00728782;REVB=-0.0107784;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.545409;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00568566;OID=.;OPOS=50214065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:8:8:12:8:8:8 chr19 50310466 . G A 361.83 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0119742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.096;QD=26.3153;RBI=0.0345814;REFB=-0.0242902;REVB=0.0324422;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124245;STB=0.567812;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0162066;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:18:17:6:14:18:17:6:14 chr19 50322482 . C G 446.01 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0821525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9722;QD=18.2043;RBI=0.0866927;REFB=-0.0010424;REVB=0.0276873;RO=53;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992587;STB=0.55553;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.002733;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:29:16:24:29:29:16:24:29 chr19 50354211 . C T 447.59 PASS AF=0.777778;AO=34;DP=44;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.120535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.017;QD=39.7857;RBI=0.120652;REFB=-0.0034334;REVB=-0.00531192;RO=10;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361493;STB=0.521726;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0021026;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:45:10:10:34:35:0.777778:23:11:4:6:24:11:4:6 chr19 50368461 . G A 176.09 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.039819;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7068;QD=11.9383;RBI=0.0762035;REFB=-0.00954889;REVB=0.0649724;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31999;STB=0.669922;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0202208;OID=.;OPOS=50368461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:37:22:22:0.372881:9:13:30:5:9:13:31:6 chr19 50383591 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.756;QD=59.1427;RBI=0.00823734;REFB=0;REVB=0.00566761;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30176e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr19 50383636 . T C 851.69 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.283;QD=57.7414;RBI=0.027829;REFB=0;REVB=0.0244904;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70708e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr19 50387750 . G C 441.15 PASS AF=0.772727;AO=32;DP=42;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0128759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.787;QD=40.1045;RBI=0.0386979;REFB=-0.0318344;REVB=-0.036493;RO=10;SAF=21;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271045;STB=0.519567;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00917824;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:44:10:10:32:34:0.772727:11:21:6:4:11:23:6:4 chr19 50393269 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-6.77138e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.88;QD=17.2282;RBI=0.0637499;REFB=-0.00836876;REVB=-0.0637499;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0041014;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr19 50399384 . G GC 434.11 PASS AF=1;AO=36;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166088;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.3298;QD=28.4665;RBI=0.189007;REFB=0;REVB=0.0902114;RO=25;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0068942;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:62:61:61:0:27:34:0:0:8:25:10:26:17:8 chr19 50399389 . TC CT 62.51 PASS AF=0.115942;AO=11;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0423911;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=58.7691;QD=3.6239;RBI=0.102285;REFB=-0.074455;REVB=0.0930874;RO=49;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691859;STB=0.918354;STBP=0.055;TYPE=mnp;VARB=0.0129348;OID=.;OPOS=50399389;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:69:69:49:55:11:8:0.115942:1:10:14:35:1:7:17:38 chr19 50411742 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.417;QD=58.1416;RBI=0.0323384;REFB=0;REVB=0.027908;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39859e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 50412417 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7236;QD=45.8059;RBI=0.0527209;REFB=0;REVB=-0.00301818;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199388;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 50435747 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9779;QD=37.4841;RBI=0.0767337;REFB=0;REVB=-0.0767337;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00492147;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr19 50455180 . C T 31.57 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.076549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.446;QD=14.0319;RBI=0.0765566;REFB=0.028949;REVB=-0.00107697;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0151364;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 50464023 . C G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0233502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.118;QD=9.82154;RBI=0.0582342;REFB=0.00793692;REVB=0.0533479;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032954;STB=0.519963;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0253634;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:14:9:4:7:14:9 chr19 50475114 . G C 727.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9508;QD=63.2856;RBI=0.0256048;REFB=0;REVB=0.0252029;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273824;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr19 50484234 . G A 657.46 PASS AF=0.413408;AO=73;DP=179;FAO=74;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0445363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6567;QD=14.6918;RBI=0.0466254;REFB=-0.0241592;REVB=0.0138004;RO=104;SAF=27;SAR=46;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140035;STB=0.584463;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0336439;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:104:105:73:74:0.413408:46:27:52:52:47:27:53:52 chr19 50485454 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0570307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.313;QD=29.5806;RBI=0.0594327;REFB=-0.0109247;REVB=-0.0167257;RO=10;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142368;STB=0.578869;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00437445;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:15:6:5:5:15:6:5:5 chr19 50510971 . CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC 382.26 PASS AF=0.27381;AO=19;DP=98;FAO=23;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0387648;FXX=0.124987;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.306;QD=18.2029;RBI=0.0393331;REFB=-0.00609751;REVB=-0.00666213;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067857;STB=0.549348;STBP=0.558;TYPE=mnp;VARB=0.0120271;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27381:19:98:23:84:43:14:9:23:20:99:31:11:8:16:15 chr19 50510999 . TT AC 82.93 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00467462;FXX=0.0412329;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.545;QD=3.56699;RBI=0.0130747;REFB=-0.00300432;REVB=-0.0122105;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510082;STB=0.547763;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=0.0210416;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:93:68:78:15:15:0.16129:7:8:39:29:7:8:46:32 chr19 50562372 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.576;QD=58.5875;RBI=0.0259656;REFB=0;REVB=0.0196775;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87156e-05;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 50562459 . T G 765.96 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9582;QD=55.7065;RBI=0.0645761;REFB=0;REVB=0.0279188;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114786;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr19 50726570 . G A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00808316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.223;QD=28.806;RBI=0.0120711;REFB=-0.0238983;REVB=0.00896521;RO=16;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178319;STB=0.502391;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.017129;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:15:13:7:9:15:13:8:9 chr19 50727391 . G A 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0222806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9311;QD=14.8312;RBI=0.0500083;REFB=-0.00824413;REVB=0.0447706;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883814;STB=0.561986;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00819323;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:14:8:13:16:14:8:14:16 chr19 50760716 . C G 320.51 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0324712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.689;QD=27.2772;RBI=0.059348;REFB=-0.0144145;REVB=-0.0496771;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196986;STB=0.596877;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0112871;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:27:28:0.595745:17:10:12:7:17:11:12:7 chr19 50762418 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8839;QD=59.8335;RBI=0.0523715;REFB=0;REVB=-0.0319252;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110703;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 50763889 . C T 105.83 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0367907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.895;QD=11.441;RBI=0.038198;REFB=-0.0159995;REVB=0.0102727;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942026;STB=0.565515;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0270059;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:8:5:7:16:8:5:7:17 chr19 50771609 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0215873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.808;QD=11.9533;RBI=0.0814792;REFB=-0.0428381;REVB=0.0785675;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0334706;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr19 50796905 . G A 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512518;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.87;QD=62.9961;RBI=0.05492;REFB=0;REVB=0.019735;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273181;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr19 50881820 . A AAAC 62.26 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139803;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=282.192;QD=35.5759;RBI=0.0139803;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00021478;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:7:7:0:7:0:0:0:4:0:8:0:0:0 chr19 51128661 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00986687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.011;QD=9.83058;RBI=0.0145351;REFB=-0.0205325;REVB=-0.0106731;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137779;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0417675;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:14:12:7:5:14:12 chr19 51133356 . C G 64.8 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.01593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6411;QD=10.3682;RBI=0.018636;REFB=-0.0250539;REVB=-0.00967143;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3728;STB=0.716607;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0457811;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:2:14:5:4:2:14 chr19 51159571 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.701;QD=47.8224;RBI=0.0338979;REFB=0;REVB=0.0141143;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164291;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 51293955 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3642;QD=37.4881;RBI=0.146472;REFB=0;REVB=0.113092;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0071905;OID=.;OPOS=51293955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 51321813 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.577;QD=57.1768;RBI=0.0307919;REFB=0;REVB=0.00287383;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61365e-05;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 51323473 . C G 247.02 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4815;QD=47.052;RBI=0.0337545;REFB=-0.176395;REVB=-0.0179452;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00308857;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:4:16:1:0:4:16:1:0 chr19 51323501 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.747;QD=57.2019;RBI=0.0099001;REFB=0;REVB=0.00929298;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57232e-05;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr19 51411636 . G T 1023.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.674;QD=59.3548;RBI=0.0197477;REFB=0;REVB=0.0140398;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43681e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr19 51452250 . T C 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100869;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.37;QD=60.2147;RBI=0.0106061;REFB=0;REVB=0.00327806;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37144e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr19 51485622 . A G 2420.89 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9037;QD=61.2883;RBI=0.068579;REFB=0;REVB=-0.0685548;RO=0;SAF=84;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275167;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:74:84:0:0:74:84:0:0 chr19 51487175 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.324;QD=51.1832;RBI=0.0535427;REFB=0;REVB=-0.00514881;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221199;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr19 51507020 . T G 143.39 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0187762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9617;QD=8.4347;RBI=0.0303034;REFB=0.00475481;REVB=-0.0237855;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214634;STB=0.627781;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0134333;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:12:8:28:20:12:8:28:20 chr19 51517731 . A G 203.75 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0145188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.667;QD=14.2984;RBI=0.0158217;REFB=-0.011497;REVB=-0.00628749;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.526294;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0157082;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:33:22:24:0.421053:11:11:18:14:12:12:18:15 chr19 51519259 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00714359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.412;QD=9.47664;RBI=0.00873011;REFB=-0.0129356;REVB=0.00501835;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31976;STB=0.75725;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0183586;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:19:21:10:10:0.322581:9:1:5:14:9:1:7:14 chr19 51520487 . A C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0585606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2857;QD=7.2737;RBI=0.0601612;REFB=-0.000955504;REVB=-0.013785;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148171;STB=0.593048;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00595917;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:7:4:16:17:7:4:16:17 chr19 51530693 . G A 1162.25 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.051;QD=59.6024;RBI=0.0595474;REFB=0;REVB=0.0439383;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376867;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:33:41:0:0:36:42:0:0 chr19 51532697 . GGGCC G,GGC 92.8 PASS AF=0.26087,0.391304;AO=5,4;DP=25;FAO=6,9;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5,5;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0547598,-0.104298;FXX=0.079968;HRUN=5,5;LEN=4,2;MLLD=26.5566,17.5355;QD=16.1391;RBI=0.0547771,0.104362;REFB=-0.0926618,-0.175365;REVB=-0.00137524,-0.00366582;RO=10;SAF=5,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0.30137,0.30137;SSEP=0,0;SSSB=0.840897,0.836524;STB=0.898969,0.749557;STBP=0.081,0.078;TYPE=del,del;VARB=0.0561761,0.0372653;OID=.,.;OPOS=51532698,51532699;OREF=GGCC,GC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.26087,0.391304:5,4:25:6,9:23:8:5,5:1,4:0:8:40:10:5,4:0,0:0:10 chr19 51535130 . A G 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0681362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.112;QD=29.1642;RBI=0.0681587;REFB=-0.0398583;REVB=0.00175157;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286464;STB=0.516099;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00804098;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:3:8:2:1:3:8:2:1 chr19 51537682 . C A 247.06 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.693;QD=49.4125;RBI=0.0694433;REFB=0;REVB=0.056742;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110787;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr19 51581265 . C T 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0184547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4986;QD=17.1662;RBI=0.0683197;REFB=0.0243286;REVB=0.0657799;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698511;STB=0.539144;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0183039;OID=.;OPOS=51581265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:12:20:16:13:12:20 chr19 51656454 . A T 575.76 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.952;QD=60.6061;RBI=0.0925272;REFB=0;REVB=0.0194336;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441159;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:27:38:1:21:6:0:0:22:16:0:0 chr19 51835892 . T TG 173.46 PASS AF=1;AO=13;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.821;QD=36.518;RBI=0.163185;REFB=0;REVB=-0.0690849;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0126422;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:21:19:19:0:9:10:0:0:3:6:7:6:2:4 chr19 51837171 . A G 332.11 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00850535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7674;QD=13.8377;RBI=0.0797405;REFB=-0.0140343;REVB=-0.0792856;RO=57;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126891;STB=0.57139;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0340777;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:59:37:37:0.385417:17:20:24:33:17:20:25:34 chr19 51841417 . C T 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0194198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.515;QD=14.1701;RBI=0.0234537;REFB=-0.00196937;REVB=0.013151;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151473;STB=0.58807;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00200436;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:3:9:6:4:3:9 chr19 51843808 . C T 314.12 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.089743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.31;QD=30.6462;RBI=0.0898506;REFB=-0.0107836;REVB=0.00439424;RO=14;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553839;STB=0.530364;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0102962;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:15:12:5:9:15:12:5:9 chr19 51844978 . G T 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00584039;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.256;QD=23.6162;RBI=0.0176782;REFB=-0.0141109;REVB=-0.0166856;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114529;STB=0.562877;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00777543;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:16:7:15:18:16:7 chr19 51845070 . A T 259.57 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00661905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.474;QD=14.2231;RBI=0.0420552;REFB=-0.0119329;REVB=0.041531;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675091;STB=0.528526;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.019381;OID=.;OPOS=51845070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:14:15:25:18:14:16:25:18 chr19 51845371 . T G 234.67 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0063039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8994;QD=18.7738;RBI=0.0196275;REFB=0.00434022;REVB=-0.0185876;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254242;STB=0.525461;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0107435;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:10:13:14:12:10:13:14:13 chr19 51850299 . G A 327.6 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0301128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5098;QD=31.1998;RBI=0.0533679;REFB=-0.0108349;REVB=0.0440608;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00942415;OID=.;OPOS=51850299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:27:28:0.666667:16:11:7:7:16:12:6:8 chr19 51850304 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00274941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.603;QD=5.53906;RBI=0.0635361;REFB=-0.00293108;REVB=0.0634765;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549494;STB=0.503588;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018149;OID=.;OPOS=51850304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:11:18:5:3:11:18 chr19 51857738 . G A 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00747603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.607;QD=32.4313;RBI=0.036181;REFB=-9.06226e-05;REVB=0.0354002;RO=10;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141741;STB=0.577438;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000158824;OID=.;OPOS=51857738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:11:13:8:2:11:13:8:2 chr19 51870776 . T A 218.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0411142;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.012;QD=13.6755;RBI=0.041209;REFB=-0.00923021;REVB=-0.00279428;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714962;STB=0.540951;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0116741;OID=.;OPOS=51870776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:18:8:14:24:18:8:14:24 chr19 51892683 . T C 122.1 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0437629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.348;QD=25.7057;RBI=0.0443584;REFB=-0.0198921;REVB=-0.0072437;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803709;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00425499;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:19:5:6:13:13:0.684211:5:8:3:2:5:8:3:3 chr19 51918112 . A G 73.52 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0824031;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.438;QD=8.40182;RBI=0.0830449;REFB=-0.00112191;REVB=0.0103044;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436384;STB=0.781907;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.019367;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:25:25:10:10:0.285714:1:9:16:9:1:9:16:9 chr19 51918135 . G T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.021809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.119;QD=10.5422;RBI=0.0309744;REFB=-0.0231648;REVB=-0.0219951;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279205;STB=0.671289;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0500042;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:2:9:13:8:2:9:13:8 chr19 51919321 . T C 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0274916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.792;QD=8.99481;RBI=0.0560153;REFB=-0.0229392;REVB=-0.048805;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045013;STB=0.527381;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0561685;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:11:18:7:5:11:18 chr19 51920613 . C T 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8215;QD=59.0108;RBI=0.114345;REFB=0;REVB=0.0693543;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287926;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr19 51984725 . T A 1491.7 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.123;QD=63.4766;RBI=0.0339706;REFB=0;REVB=0.0339203;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43007e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:49:44:0:0:49:45:0:0 chr19 51984727 . A G 168.69 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00326328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.694;QD=6.88525;RBI=0.0235846;REFB=-0.00473326;REVB=-0.0233577;RO=74;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101558;STB=0.561813;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0214381;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:74:24:24:0.244898:11:13:34:40:11:13:34:40 chr19 52000624 . T G 499.06 PASS AF=0.5875;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.011287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.546;QD=24.9528;RBI=0.0261141;REFB=-0.0176027;REVB=-0.0235489;RO=33;SAF=31;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221759;STB=0.613138;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0162533;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:33:33:46:47:0.5875:15:31:13:20:16:31:13:20 chr19 52000672 . G A 463.15 PASS AF=0.60274;AO=42;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00216324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.431;QD=25.3779;RBI=0.0125947;REFB=-0.0246548;REVB=0.0124075;RO=29;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117709;STB=0.570858;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0161704;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:42:44:0.60274:18:24:12:17:18:26:12:17 chr19 52002488 . C A 407.18 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0129786;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.959;QD=22.6213;RBI=0.0460795;REFB=-0.00581087;REVB=-0.0442139;RO=31;SAF=25;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165857;STB=0.598542;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00275057;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:32:40:40:0.555556:15:25:13:18:15:25:13:19 chr19 52002729 . G A 182.92 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0273123;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.399;QD=13.3034;RBI=0.0627518;REFB=0.000997153;REVB=0.0564962;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345057;STB=0.689484;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00225889;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:15:7:21:11:15:7:21:12 chr19 52003331 . G C 1079.71 PASS AF=0.611765;AO=88;DP=155;FAO=104;FDP=170;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0334669;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.576;QD=25.405;RBI=0.0377217;REFB=-0.0246846;REVB=0.017404;RO=65;SAF=31;SAR=57;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151229;STB=0.536388;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0169283;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:170:65:66:88:104:0.611765:57:31:35:30:57:47:36:30 chr19 52004743 . G A 766.33 PASS AF=0.707865;AO=57;DP=83;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0160305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.199;QD=34.4416;RBI=0.0213231;REFB=-0.0312138;REVB=0.0140605;RO=26;SAF=38;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149984;STB=0.582178;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0149243;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:26:26:57:63:0.707865:19:38:11:15:20:43:11:15 chr19 52004795 . G T 313.29 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0337457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.686;QD=20.8857;RBI=0.033787;REFB=-0.0102513;REVB=-0.00167043;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068776;STB=0.551693;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00919649;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:27:32:33:0.55:17:15:10:16:17:16:10:17 chr19 52032963 . TC T,TG 337.55 PASS AF=0.2,0.685714;AO=6,17;DP=36;FAO=7,24;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=5,11;FSAR=2,13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.109985,0.0185314;FXX=0.0540395;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.38512,235.298;QD=38.5774;RBI=0.163959,0.0206701;REFB=-0.1775,-0.0563203;REVB=-0.121597,0.00915637;RO=4;SAF=5,5;SAR=1,12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.5,0;SSEP=0.833333,0;SSSB=0.0921951,-0.174168;STB=0.516083,0.541632;STBP=0.999,0.346;TYPE=del,snp;VARB=0.0891366,0.0219162;OID=.,.;OPOS=52032964,52032964;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.685714:6,17:36:7,24:35:4:5,11:2,13:3:1:38:4:5,5:1,12:3:1 chr19 52033742 . G A 216.35 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0056748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.685;QD=22.1897;RBI=0.00617386;REFB=-0.002582;REVB=0.00243171;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690758;STB=0.503872;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0022847;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:11:7:8:13:11:7 chr19 52076960 . T C 50.79 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000979896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.387;QD=5.0794;RBI=0.0130679;REFB=-0.00518263;REVB=-0.0130311;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233599;STB=0.692317;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0234989;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:32:32:7:8:0.2:4:3:20:12:5:3:20:12 chr19 52076974 . C T 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-7.13807e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.929;QD=4.53653;RBI=0.0289729;REFB=0.000243487;REVB=0.0289729;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280623;STB=0.68637;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00102857;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:5:3:22:14:5:3:22:14 chr19 52077069 . G A 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.401;QD=6.50666;RBI=0.0138203;REFB=0.00613135;REVB=-0.00986404;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435831;STB=0.526991;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0237858;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:9:6:20:26:9:6:20:26 chr19 52084664 . C T 267.28 PASS AF=0.340426;AO=31;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.000998585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.744;QD=11.3736;RBI=0.00952211;REFB=-0.0152689;REVB=-0.00946961;RO=61;SAF=22;SAR=9;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376977;STB=0.718613;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0360148;OID=.;OPOS=52084664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:62:31:32:0.340426:9:22:23:38:9:23:24:38 chr19 52089982 . C G 160.87 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00344944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.773;QD=18.3846;RBI=0.0134589;REFB=-0.00565124;REVB=-0.0130094;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100831;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00864415;OID=.;OPOS=52089982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:18:17:17:0.485714:7:10:9:6:7:10:9:9 chr19 52096053 . T A 44.48 PASS AF=0.28;AO=8;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.00129554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1894;QD=7.11605;RBI=0.0332772;REFB=0.0159968;REVB=-0.033252;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168204;STB=0.549867;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0414852;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:15:18:8:7:0.28:1:7:14:1:1:6:16:2 chr19 52097461 . A C 78.04 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.019934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.722;QD=6.24328;RBI=0.028907;REFB=-0.00649185;REVB=-0.0209344;RO=39;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230116;STB=0.514679;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0205162;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:5:6:22:17:5:6:22:17 chr19 52115645 . G C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0105853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.274;QD=14.0475;RBI=0.0164671;REFB=-0.0188752;REVB=-0.0126141;RO=29;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454489;STB=0.772044;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0248285;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:16:2:12:17:16:2:12:17 chr19 52130488 . G A 500.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8481;QD=58.9212;RBI=0.0725283;REFB=0;REVB=0.026197;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000762228;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:5:29:0:0:5:29:0:0 chr19 52131119 . A G 466.75 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0370916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5626;QD=28.2879;RBI=0.0376706;REFB=-0.0183976;REVB=-0.00657922;RO=23;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615734;STB=0.533462;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00907445;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:19:24:15:8:19:24:15:8 chr19 52132325 . A T 160.62 PASS AF=0.297297;AO=21;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00358364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.227;QD=8.68207;RBI=0.0160971;REFB=0.00275275;REVB=-0.0156931;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397719;STB=0.504946;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00783411;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:52:21:22:0.297297:9:12:28:24:10:12:28:24 chr19 52148804 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.926;QD=37.4885;RBI=0.0151734;REFB=0;REVB=-0.00475629;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120435;OID=.;OPOS=52148804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 52220351 . G A 200.56 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00511684;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.905;QD=15.1363;RBI=0.0141097;REFB=-0.000199567;REVB=0.0131492;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174631;STB=0.599909;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000459145;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:16:14:7:16:16:14 chr19 52222552 . G A 496.58 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0578494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.88;QD=29.2106;RBI=0.0581809;REFB=-0.0123153;REVB=0.00620216;RO=22;SAF=20;SAR=25;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10675;STB=0.563731;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00756786;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:23:45:45:0.661765:25:20:6:16:25:20:6:17 chr19 52223121 . A G 768.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.127;QD=56.933;RBI=0.022977;REFB=0;REVB=-0.0221054;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34184e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr19 52223180 . A G 108.7 PASS AF=0.223684;AO=20;DP=79;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0584829;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.623;QD=5.721;RBI=0.0685148;REFB=-0.00568369;REVB=-0.0356937;RO=57;SAF=8;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256418;STB=0.60724;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0330682;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:57:59:20:17:0.223684:12:8:35:22:9:8:36:23 chr19 52249211 . T G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0194355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.322;QD=16.8248;RBI=0.0391875;REFB=0.00863812;REVB=-0.0340282;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101902;STB=0.549248;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0106609;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:8:13:14:13:8:13:15:13 chr19 52249672 . A C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0232165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.449;QD=14.0433;RBI=0.0232905;REFB=-0.00451571;REVB=-0.00185562;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00868993;OID=.;OPOS=52249672;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr19 52249947 . C G 97.94 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0100276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5716;QD=7.12293;RBI=0.027743;REFB=0.00143238;REVB=0.0258674;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272077;STB=0.667284;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0116168;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:24:17:9:5:24:17 chr19 52249959 . G T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0229361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.726;QD=6.06117;RBI=0.0301232;REFB=-0.00390609;REVB=0.019528;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255362;STB=0.662867;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0401102;OID=.;OPOS=52249959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:7:4:23:17:7:4:23:17 chr19 52250216 . A G 1257.01 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261634;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.465;QD=59.1536;RBI=0.0296882;REFB=-0.122428;REVB=-0.0140307;RO=2;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041581;STB=0.502196;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00157931;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:2:2:83:83:0.976471:34:49:1:1:34:49:1:1 chr19 52376507 . T C 188.1 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0202498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.064;QD=20.3348;RBI=0.0250772;REFB=-0.0055808;REVB=-0.0147923;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.566503;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00572025;OID=.;OPOS=52376507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:9:10:7:10:9:10:7:11 chr19 52376952 . T A 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00946796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0961;QD=29.8318;RBI=0.0295932;REFB=-0.00337014;REVB=-0.0280378;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106858;STB=0.558767;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00109796;OID=.;OPOS=52376952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:2:7:12:8:2:7 chr19 52383556 . C A 413.16 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0189294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.713;QD=21.7451;RBI=0.0208517;REFB=0.00020201;REVB=-0.00874491;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186752;STB=0.510304;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-2.82382e-05;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:22:19:17:18:22:19:17:18 chr19 52383569 . A C 401.57 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0191453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.737;QD=18.8973;RBI=0.020553;REFB=-0.00485739;REVB=0.00747555;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570567;STB=0.531776;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00567321;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:23:18:22:22:23:18:22:22 chr19 52468203 . T A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00137192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.291;QD=22.7943;RBI=0.0051181;REFB=-0.00240705;REVB=-0.0049308;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115271;STB=0.564151;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00222732;OID=.;OPOS=52468203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:15:6:10:14:15:6 chr19 52468587 . G T 385.34 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0011848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.251;QD=28.5435;RBI=0.00702829;REFB=-0.00130484;REVB=-0.00692771;RO=18;SAF=25;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957297;STB=0.552296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000570954;OID=.;OPOS=52468587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:11:25:10:8:11:25:10:8 chr19 52468998 . A G 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0289091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.312;QD=28.852;RBI=0.0348178;REFB=-0.0183872;REVB=0.0194048;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912786;STB=0.550322;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0103158;OID=.;OPOS=52468998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:8:8:17:10:8:8 chr19 52471872 . A G 549.14 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0112691;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.959;QD=31.8342;RBI=0.0112985;REFB=-0.0171829;REVB=0.000814155;RO=22;SAF=29;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141182;STB=0.568947;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00948923;OID=.;OPOS=52471872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:22:21:48:48:0.695652:19:29:8:14:19:29:8:13 chr19 52472295 . A G 684.31 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=87;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0090628;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.642;QD=31.4626;RBI=0.0092313;REFB=-0.0228233;REVB=-0.00175571;RO=29;SAF=34;SAR=24;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066586;STB=0.535968;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00728943;OID=.;OPOS=52472295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:29:29:58:58:0.666667:24:34:20:9:24:34:20:9 chr19 52496149 . C T 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0336513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.822;QD=20.8982;RBI=0.0481782;REFB=-0.0122223;REVB=-0.034478;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886367;STB=0.549383;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00879426;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:11:13:18:10:11:13 chr19 52497250 . G A 212.24 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0259305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9092;QD=27.3856;RBI=0.0484808;REFB=0.01231;REVB=-0.0409633;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111446;STB=0.561979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0096927;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:14:6:5:6:14:6:5:6 chr19 52497802 . T G 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0155357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.41;QD=15.8386;RBI=0.0238542;REFB=-0.00741547;REVB=0.0181015;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00734111;OID=.;OPOS=52497802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr19 52497943 . G A 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0082122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.48;QD=25.3641;RBI=0.0163683;REFB=-0.0145954;REVB=0.0141592;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428632;STB=0.538007;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0101726;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:11:10:7:6:11:10:8:6 chr19 52506985 . T C 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0348453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.667;QD=26.4124;RBI=0.0382977;REFB=-0.00783576;REVB=0.0158909;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688945;STB=0.503814;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00696553;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:8:9:13:12:8:9 chr19 52519608 . C T 368.12 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0498665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.471;QD=29.4496;RBI=0.0720692;REFB=-0.0544619;REVB=0.0520317;RO=19;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496392;STB=0.508447;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0356537;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:19:30:31:0.62:16:14:9:10:17:14:9:10 chr19 52520607 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0135686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.933;QD=25.4947;RBI=0.0151914;REFB=-0.0654935;REVB=-0.00683153;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469771;STB=0.526279;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0108539;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:2:5:9:5:2:5 chr19 52521296 . G A 354.89 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0117341;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.1;QD=24.0602;RBI=0.0393979;REFB=-0.0266102;REVB=0.0376099;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154112;STB=0.584568;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0187432;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:24:24:35:35:0.59322:19:16:16:8:19:16:16:8 chr19 52537576 . T G 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00409201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.968;QD=20.4526;RBI=0.0043823;REFB=-0.0149696;REVB=-0.00156846;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.526285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0104921;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:8:7:7:10:8:7 chr19 52618872 . A G 49.94 PASS AF=0.238095;AO=5;DP=21;FAO=5;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0376727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.348;QD=9.51273;RBI=0.0377122;REFB=-0.0222652;REVB=-0.0017254;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.749166;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0873924;OID=.;OPOS=52618872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:21:21:13:13:5:5:0.238095:3:2:10:3:3:2:10:3 chr19 52658510 . T C 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.777;QD=50.8343;RBI=0.0417699;REFB=-0.031942;REVB=-0.00577572;RO=1;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00434526;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:7:18:0:1:7:18:0:1 chr19 52659991 . A G 393.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5051;QD=56.1796;RBI=0.0538951;REFB=0;REVB=0.00824625;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613993;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr19 52660279 . C T 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00703693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0625;QD=56.2103;RBI=0.0619392;REFB=0.0894533;REVB=-0.0615382;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00294624;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:0:1:27:34:0:1 chr19 52762384 . C A 69.86 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000733968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2927;QD=6.6538;RBI=0.152987;REFB=0.00387444;REVB=-0.152985;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314929;STB=0.6996;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0210774;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:18:14:7:3:18:14 chr19 52803669 . CTG C 973.97 PASS AF=1;AO=62;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457042;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.278;QD=59.0286;RBI=0.0296237;REFB=0;REVB=0.029269;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.2147e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:68:66:66:0:32:34:0:0:5:0:29:33:0:0 chr19 52825032 . C T 613.31 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.603;QD=61.3309;RBI=0.0158289;REFB=0;REVB=-0.0133778;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11036e-05;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr19 52825235 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.516;QD=43.486;RBI=0.0133949;REFB=0;REVB=0.0112592;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386707;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 52856955 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.29;QD=64.1537;RBI=0.027017;REFB=0;REVB=-0.0267001;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29884e-05;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr19 52869022 . G T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00614088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.266;QD=22.7238;RBI=0.029525;REFB=-0.0591697;REVB=-0.0288793;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307373;STB=0.517224;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.018675;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:7:9:12:8:7:9 chr19 52869278 . G C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00879068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.951;QD=25.711;RBI=0.0128676;REFB=0.00340808;REVB=0.00939672;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306968;STB=0.517215;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0016489;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:4:2:5:8:4:2 chr19 52869534 . G A 61.0 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120082;FXX=0.181653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.819;QD=27.1125;RBI=0.016671;REFB=-0.0342784;REVB=0.011564;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0130888;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:11:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr19 52937339 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2037;QD=49.5991;RBI=0.104654;REFB=0;REVB=0.0745124;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522353;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 52938361 . C A 1548.98 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8577;QD=63.8755;RBI=0.0871824;REFB=0;REVB=-0.0797793;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000753329;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:63:34:0:0:63:34:0:0 chr19 52938417 . A G 1307.1 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.12379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0555;QD=56.8305;RBI=0.124977;REFB=-0.0276082;REVB=0.0171832;RO=2;SAF=25;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109931;STB=0.504772;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00444895;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:2:87:90:0.978261:62:25:1:1:62:28:1:1 chr19 52938459 . A G 1162.99 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406401;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2818;QD=59.6406;RBI=0.0489759;REFB=0.0261787;REVB=0.0273317;RO=1;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901584;STB=0.504761;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.000787592;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:52:25:0:1:52:25:0:1 chr19 52941171 . T C 519.73 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465138;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.9377;QD=59.3972;RBI=0.0587422;REFB=0;REVB=-0.0358764;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181765;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 52941540 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.452;QD=42.1826;RBI=0.0441252;REFB=0;REVB=0.038843;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274344;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr19 52941618 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7695;QD=33.4285;RBI=0.112519;REFB=0;REVB=0.110057;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00897844;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 52941847 . A T 482.76 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2187;QD=58.5161;RBI=0.0247346;REFB=0;REVB=-0.00906641;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271882;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 52942159 . A G 88.31 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.714;QD=39.2496;RBI=0.0275617;REFB=0;REVB=0.0269239;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484956;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr19 52942495 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.818;QD=35.5759;RBI=0.0518397;REFB=0;REVB=0.0512527;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115133;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 52954507 . T C 2380.61 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158106;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.692;QD=63.909;RBI=0.0095781;REFB=0;REVB=-0.0094467;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104482;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:71:77:0:0:71:78:0:0 chr19 53014346 . G A 740.1 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.676;QD=56.9309;RBI=0.0106144;REFB=0;REVB=-0.0102579;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54187e-05;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr19 53015384 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.832;QD=56.1915;RBI=0.0270425;REFB=0;REVB=-0.0129899;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2676e-05;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 53015864 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3565;QD=44.689;RBI=0.0587333;REFB=0;REVB=-0.01349;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00334746;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 53015987 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.887;QD=42.1826;RBI=0.0730914;REFB=0;REVB=0.0718394;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299257;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 53016129 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6988;QD=42.1826;RBI=0.130361;REFB=0;REVB=-0.129429;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00859464;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 53059235 . T G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00184591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.474;QD=30.5927;RBI=0.00248985;REFB=0.000927213;REVB=-0.00167092;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125826;STB=0.571275;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.000366413;OID=.;OPOS=53059235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:1:1:2:8:1:1 chr19 53085659 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00881062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.305;QD=16.6272;RBI=0.0160187;REFB=-0.0055749;REVB=-0.0133781;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.629024;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00829157;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:10:4:7:6:10:4 chr19 53086124 . C A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.019489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=15.1968;RBI=0.0377927;REFB=0.00159783;REVB=0.0323801;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00592108;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:12:6:6:8:12:6 chr19 53117809 . C A 150.97 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.044003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0075;QD=11.1833;RBI=0.048625;REFB=0.00101958;REVB=0.0206912;RO=35;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344943;STB=0.704463;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.002792;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:15:4:17:18:15:4:17:18 chr19 53209553 . GG AT 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00093076;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=192.164;QD=12.7914;RBI=0.0029461;REFB=0.00866917;REVB=0.00279521;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321559;STB=0.686325;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=-0.0143165;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:17:6:8:6:17:6 chr19 53269614 . G A 206.48 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0023908;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.882;QD=12.9049;RBI=0.00545501;REFB=-0.011092;REVB=-0.00490319;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0200135;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:21:18:13:12:21:18 chr19 53270384 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.398;QD=59.8393;RBI=0.0279512;REFB=0;REVB=-0.014089;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50332e-05;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 53270543 . A G 317.21 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0373269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8532;QD=25.8947;RBI=0.0509686;REFB=-0.025596;REVB=-0.034706;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237977;OID=.;OPOS=53270543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:9:12:16:12:9:12 chr19 53270623 . G C 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0136855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1196;QD=23.8243;RBI=0.0277569;REFB=-0.0190954;REVB=0.0241486;RO=28;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975642;STB=0.505357;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0156281;OID=.;OPOS=53270623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:19:20:14:14:19:20:14:14 chr19 53270729 . G A 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0148173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.964;QD=25.3396;RBI=0.0164103;REFB=-0.0161306;REVB=0.00705306;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599977;STB=0.532974;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00743546;OID=.;OPOS=53270729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:15:16:12:8:15:16:12:8 chr19 53270971 . G C 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0506862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6668;QD=19.695;RBI=0.0509301;REFB=0.00460866;REVB=-0.00497772;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166943;STB=0.509425;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00665345;OID=.;OPOS=53270971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:8:13:14:8:8:13:14:8 chr19 53303527 . A G 243.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191296;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.301;QD=51.3481;RBI=0.0389253;REFB=0;REVB=0.0339004;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123535;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 53303705 . T G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00441941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.809;QD=22.831;RBI=0.00759226;REFB=-0.000298092;REVB=0.00617343;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000238502;OID=.;OPOS=53303705;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:5:5:10:5:5:5 chr19 53303890 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0502409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2226;QD=14.9784;RBI=0.0521445;REFB=-0.030821;REVB=-0.0139607;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0293974;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr19 53304563 . T C 171.13 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00341284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9462;QD=9.12683;RBI=0.0527624;REFB=-0.00337833;REVB=0.052652;RO=52;SAF=8;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20451;STB=0.621195;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0129031;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:15:8:27:25:15:8:27:25 chr19 53321171 . G A 767.95 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=92;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000727006;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.111;QD=33.7559;RBI=0.000841545;REFB=-0.0141629;REVB=0.000423864;RO=29;SAF=31;SAR=32;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348406;STB=0.513424;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0063488;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:29:28:63:63:0.692308:32:31:16:13:32:31:15:13 chr19 53344118 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.333;QD=48.7369;RBI=0.0138049;REFB=0;REVB=-0.0130319;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56004e-05;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 53345321 . T G 1189.09 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6341;QD=60.979;RBI=0.0830484;REFB=0;REVB=0.0536986;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371496;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:45:33:0:0 chr19 53391402 . A G 105.48 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.0220322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9414;QD=4.17747;RBI=0.0233138;REFB=-0.0149439;REVB=0.00762324;RO=82;SAF=9;SAR=9;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219731;STB=0.643418;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0358904;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:82:83:18:18:0.178218:9:9:55:27:9:9:56:27 chr19 53453777 . C T 113.53 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00110375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.942;QD=17.4667;RBI=0.00265023;REFB=-0.0112511;REVB=0.00240945;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00938855;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:8:4:4:9:9:4:4:9 chr19 53454387 . G C 310.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0140968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.431;QD=28.8491;RBI=0.0181738;REFB=-0.0316205;REVB=0.0114703;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334894;STB=0.501844;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0233095;OID=.;OPOS=53454387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:6:10:17:10:6:10 chr19 53454475 . C CACT,T 271.82 PASS AF=0.438596,0.0877193;AO=25,5;DP=58;FAO=25,5;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=5,1;FSAR=20,4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00750031,-0.003635;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=256.605,113.839;QD=19.075;RBI=0.019684,0.0459727;REFB=-0.0179495,-0.0107748;REVB=-0.018199,-0.0458287;RO=28;SAF=5,1;SAR=20,4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334285,-0.364066;STB=0.679086,0.755666;STBP=0.029,0.294;TYPE=ins,snp;VARB=0.0190479,-0.0042801;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:27:25,5:25,5:0.438596,0.0877193:20,4:5,1:14:14:20,4:5,1:13:14 chr19 53454789 . A T 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0347057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5769;QD=21.5943;RBI=0.0615367;REFB=-0.0212861;REVB=-0.0508161;RO=32;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262103;STB=0.64484;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0166889;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:25:13:21:11:25:13:21:11 chr19 53553125 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.529;QD=45.8067;RBI=0.0343801;REFB=0;REVB=-0.0266112;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56855e-05;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 53553686 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000664945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.625;QD=57.1775;RBI=0.0339653;REFB=0;REVB=0.0339588;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45545e-05;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 53576589 . C G 668.42 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340489;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.334;QD=62.1783;RBI=0.0341327;REFB=0;REVB=0.00238962;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274985;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr19 53577419 . G C 918.81 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9821;QD=58.3372;RBI=0.117573;REFB=0;REVB=-0.045606;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112584;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr19 53612311 . T C 254.75 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00304285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.672;QD=42.4583;RBI=0.0465873;REFB=-0.0984735;REVB=0.0464878;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296733;STB=0.54541;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00466677;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:24:24:2:3:21:21:0.875:7:14:1:1:7:14:1:2 chr19 53612720 . T C 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.914;QD=59.8174;RBI=0.133373;REFB=0;REVB=0.131746;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984858;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 53612745 . T C 469.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996356;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.857;QD=58.7264;RBI=0.0394577;REFB=0;REVB=0.038179;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113303;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:14:18:0:0 chr19 53612757 . T G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.855;QD=58.5858;RBI=0.0309858;REFB=0;REVB=0.0300535;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019801;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr19 53612989 . A G 519.86 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.679;QD=59.4121;RBI=0.0523547;REFB=0;REVB=0.0445513;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880557;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr19 53645291 . T C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00987325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0204;QD=15.2291;RBI=0.0126792;REFB=-0.00859462;REVB=0.00795498;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307775;STB=0.679792;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0113425;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:15:13:4:15:15:13 chr19 53667804 . C T 137.26 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00175113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.055;QD=8.71494;RBI=0.0497407;REFB=0.00146622;REVB=-0.0497098;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23397;STB=0.642721;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00493022;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:9:10:31:12:9:10:32:12 chr19 53667913 . A G 134.02 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00284393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4845;QD=8.12229;RBI=0.0255133;REFB=-0.0105256;REVB=-0.0253543;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.584683;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0402767;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:47:19:19:0.287879:6:13:22:11:6:13:27:20 chr19 53667940 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00210281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.321;QD=15.1567;RBI=0.0131843;REFB=-0.0023169;REVB=-0.0130155;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301103;STB=0.669274;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00170441;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:24:8:14:11:24:8 chr19 53669273 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00304802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.383;QD=5.57563;RBI=0.00334408;REFB=0.00500766;REVB=0.00137568;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173364;STB=0.611357;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0113042;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:7:17:4:3:7:17 chr19 53669492 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0102624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.897;QD=14.7423;RBI=0.0164823;REFB=0.00231251;REVB=0.0128976;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245167;STB=0.642682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0031452;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:13:12:12:5:13:12 chr19 53727097 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=364.708;QD=52.6129;RBI=0.0275978;REFB=0;REVB=0.0213338;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23298e-05;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr19 53740822 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=355.375;QD=39.2068;RBI=0.0355896;REFB=0;REVB=0.0204707;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277561;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 53741068 . C T 365.24 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0663245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.823;QD=52.1773;RBI=0.0903436;REFB=-0.0193956;REVB=0.0613436;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00205389;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:0:1:26:27:0.964286:9:17:0:0:10:17:1:0 chr19 53741188 . C T 800.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.263;QD=57.2108;RBI=0.0549364;REFB=0;REVB=-0.00855995;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311581;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr19 53761740 . T C 174.32 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0167324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.805;QD=19.3684;RBI=0.0420983;REFB=-0.0325378;REVB=-0.0386302;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522875;STB=0.529573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.02577;OID=.;OPOS=53761740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:12:6:7:11:12:6 chr19 53762537 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00303376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.311;QD=12.2757;RBI=0.00830162;REFB=-0.00635682;REVB=-0.00772743;RO=32;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384172;STB=0.73013;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00883416;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:3:14:17:15:3:14:17:15 chr19 53770261 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00511456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.956;QD=9.56963;RBI=0.0121197;REFB=0.00943877;REVB=-0.0109877;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0116947;OID=.;OPOS=53770261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:13:15:8:8:0.347826:5:3:7:6:5:3:9:6 chr19 53784899 . C T 364.08 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00839493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.131;QD=15.8296;RBI=0.0264409;REFB=-0.0184873;REVB=-0.0250729;RO=51;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891728;STB=0.551697;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0267291;OID=.;OPOS=53784899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:53:39:39:0.423913:24:15:24:27:24:15:25:28 chr19 53787375 . C T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0593737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.98;QD=23.2353;RBI=0.0624484;REFB=0.00155045;REVB=0.0193535;RO=12;SAF=1;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385824;STB=0.765363;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00257946;OID=.;OPOS=53787375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:17:1:3:9:17:1:4:9 chr19 53793042 . G A 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638505;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.775;QD=53.3342;RBI=0.0638863;REFB=0;REVB=0.00213838;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357747;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr19 53793574 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.086;QD=56.8267;RBI=0.0128833;REFB=0.024192;REVB=-0.0101399;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192711;STB=0.510201;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00011233;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:1:0:40:24:1:0 chr19 53793995 . C T 436.19 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.848;QD=54.5242;RBI=0.0128572;REFB=0.138187;REVB=0.0033873;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000690314;OID=.;OPOS=53793995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:0:1 chr19 53794579 . T A 784.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4361;QD=57.0648;RBI=0.0784731;REFB=0;REVB=0.0768177;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526311;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr19 53794858 . G A 725.47 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021985;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.067;QD=54.7528;RBI=0.027827;REFB=-0.134924;REVB=0.0170588;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000926623;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr19 53854397 . G C 61.16 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00901035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4783;QD=6.98963;RBI=0.0280512;REFB=-0.0149538;REVB=0.0265647;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450409;STB=0.69952;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0280293;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:8:9:0.257143:7:1:11:14:7:2:12:14 chr19 53879561 . GACA G 280.08 PASS AF=0.380952;AO=30;DP=86;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0235202;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.035;QD=13.3372;RBI=0.0325657;REFB=-0.0119575;REVB=-0.0225239;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175097;STB=0.576877;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=0.0172436;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:30:86:32:84:52:15:17:18:34:99:50:15:15:17:33 chr19 53884412 . G A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4801;QD=59.8349;RBI=0.0690855;REFB=0;REVB=-0.0669667;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149821;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 53911660 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0655261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2811;QD=10.3777;RBI=0.0655546;REFB=-0.0236453;REVB=0.00193218;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0369368;OID=.;OPOS=53911660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:9:7:5:4:9:7 chr19 53911973 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.688;QD=39.206;RBI=0.019935;REFB=0;REVB=-0.0142675;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404137;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 53912242 . G A 338.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0547;QD=54.081;RBI=0.0175966;REFB=0;REVB=0.0161636;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103802;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr19 53926318 . T A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.014009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.655;QD=23.3815;RBI=0.0210073;REFB=-0.0042626;REVB=-0.0156542;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337889;STB=0.672721;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00357574;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:7:12:2:11:7:12:3:11 chr19 53926320 . T G 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0155963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.906;QD=25.3159;RBI=0.0232302;REFB=-0.0322163;REVB=0.0172162;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342753;STB=0.690082;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0110242;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:2:11:7:13:2:11 chr19 53952885 . TC T 279.15 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161702;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1686;QD=41.3552;RBI=0.173755;REFB=0;REVB=-0.0635875;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.0617183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00494521;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:28:27:27:0:16:11:0:0:5:2:14:10:2:0 chr19 53958126 . T G 613.87 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5765;QD=61.3868;RBI=0.0841569;REFB=0;REVB=0.053977;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164745;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr19 53958263 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0989032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.464;QD=63.5816;RBI=0.102135;REFB=0;REVB=0.0254884;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350256;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr19 53959343 . G A 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9719;QD=51.1539;RBI=0.0995652;REFB=0;REVB=0.0982321;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215057;OID=.;OPOS=53959343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 53959568 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.876;QD=46.848;RBI=0.0143086;REFB=0;REVB=0.0123329;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45777e-05;OID=.;OPOS=53959568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 53990002 . G A 272.95 PASS AF=0.221649;AO=43;DP=194;FAO=43;FDP=194;FR=.;FRO=151;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.00826299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.792;QD=5.62773;RBI=0.00976131;REFB=-0.00108606;REVB=0.00519675;RO=151;SAF=28;SAR=15;SRF=67;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262502;STB=0.660398;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00465903;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:151:151:43:43:0.221649:15:28:67:84:15:28:67:84 chr19 53993764 . A T 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00701139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.053;QD=12.2735;RBI=0.0112328;REFB=0.00367985;REVB=0.00877593;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191074;STB=0.599886;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00584908;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:11:20:8:9:12:20 chr19 54080144 . A G 296.15 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0159122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.465;QD=29.6147;RBI=0.0160385;REFB=-0.00492414;REVB=-0.00200917;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131742;STB=0.576864;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0028207;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:14:25:26:0.65:14:11:9:5:15:11:9:5 chr19 54132976 . A G 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00870444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.051;QD=15.376;RBI=0.0530074;REFB=0.00262058;REVB=-0.0522878;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144848;STB=0.615202;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00248645;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:14:12:12:0.461538:6:6:4:8:6:6:4:10 chr19 54183186 . C T 180.05 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0150847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7536;QD=11.08;RBI=0.0399138;REFB=-0.000276181;REVB=-0.0369535;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163619;STB=0.594516;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000404293;OID=.;OPOS=54183186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:12:11:14:28:12:11:14:28 chr19 54307322 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.115;QD=60.6038;RBI=0.0427988;REFB=0;REVB=0.0324995;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411791;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr19 54308554 . C T 202.69 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5888;QD=47.6908;RBI=0.0614429;REFB=0;REVB=0.00858019;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144166;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chr19 54378627 . T A 2205.36 PASS AF=0.993007;AO=139;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0037715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.578;QD=61.6885;RBI=0.00840124;REFB=-0.0515605;REVB=0.00750711;RO=1;SAF=93;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508539;STB=0.502617;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000105538;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:139:142:0.993007:46:93:1:0:47:95:1:0 chr19 54378789 . C G 2011.23 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781073;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3817;QD=61.4117;RBI=0.00893821;REFB=0;REVB=-0.00434558;RO=0;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253148;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:131:0:0:124:131:1:77:47:0:0:81:50:0:0 chr19 54378795 . G A 48.09 PASS AF=0.148148;AO=5;DP=100;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=0.00868076;FXX=0.235827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.551;QD=2.37496;RBI=0.0130005;REFB=-0.00522439;REVB=0.00967768;RO=81;SAF=0;SAR=5;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49763;STB=0.604901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0591946;OID=.;OPOS=54378795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:100:81:81:69:5:12:0.148148:5:0:40:41:10:2:17:52 chr19 54379573 . C T 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8706;QD=50.3962;RBI=0.0424548;REFB=0;REVB=-0.0359812;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131036;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr19 54385820 . C T 2461.32 PASS AF=0.970414;AO=164;DP=170;FAO=164;FDP=169;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0140643;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.52;QD=58.2562;RBI=0.0183423;REFB=-0.0822091;REVB=0.0117744;RO=2;SAF=80;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117466;STB=0.502599;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.000238791;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:170:169:2:5:164:164:0.970414:84:80:2:0:84:80:2:3 chr19 54409996 . C T 403.38 PASS AF=0.639344;AO=36;DP=58;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0186795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.922;QD=26.4508;RBI=0.0468791;REFB=-0.00568748;REVB=0.0429968;RO=22;SAF=26;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107014;STB=0.553878;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0043733;OID=.;OPOS=54409996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:22:22:36:39:0.639344:10:26:13:9:11:28:13:9 chr19 54501527 . G A 67.16 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0154874;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.958;QD=11.6808;RBI=0.0326747;REFB=-0.0168664;REVB=-0.0287711;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0304046;OID=.;OPOS=54501527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:23:13:14:9:9:0.391304:3:6:5:8:3:6:6:8 chr19 54545531 . T C 224.04 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00191495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.14;QD=8.78593;RBI=0.0148389;REFB=-0.00923555;REVB=-0.0147148;RO=72;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267381;STB=0.515779;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0185778;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:16:14:32:40:16:14:32:40 chr19 54649671 . T C 116.07 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.968;QD=42.2072;RBI=0.100095;REFB=0;REVB=0.0113252;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177941;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:7:2:0:0:7:4:0:0 chr19 54677759 . T C 347.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.935;QD=53.4814;RBI=0.029528;REFB=0;REVB=0.0292739;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134863;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr19 54697079 . C T 153.51 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0217406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.593;QD=8.89913;RBI=0.0218449;REFB=-0.0015092;REVB=-0.00213233;RO=46;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564645;STB=0.822282;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00603836;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:48:21:21:0.304348:4:17:14:32:4:17:16:32 chr19 54722275 . G A 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0351499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.275;QD=5.84491;RBI=0.03957;REFB=-0.00997557;REVB=0.0181732;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643173;STB=0.910153;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0235676;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:9:1:24:13:9:1:24:13 chr19 54723355 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0487781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.399;QD=16.1062;RBI=0.0614736;REFB=0.00672868;REVB=-0.0374125;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234869;STB=0.635098;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00764703;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:13:9:11:6:13:9 chr19 54723738 . G C 517.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.207;QD=59.1574;RBI=0.00814632;REFB=0;REVB=-0.00744696;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84772e-06;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr19 54725930 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0971;QD=43.4853;RBI=0.0940933;REFB=0;REVB=-0.0906712;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301854;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 54725995 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.843;QD=43.4859;RBI=0.0682704;REFB=0;REVB=0.0419279;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218544;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 54726226 . T C 256.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.917;QD=51.2415;RBI=0.0293263;REFB=0;REVB=0.0251626;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164717;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr19 54726241 . C T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00582706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9646;QD=28.5235;RBI=0.0380044;REFB=0.00371102;REVB=0.0375551;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299998;STB=0.687254;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00142044;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:5:6:15:15:0.714286:10:5:5:0:10:5:6:0 chr19 54726299 . A C 124.14 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00174564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3704;QD=27.5874;RBI=0.0227219;REFB=-0.0199235;REVB=0.0226548;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343197;STB=0.692011;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0086629;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:9:4:5:0:9:4:5:0 chr19 54726324 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.815;QD=42.1826;RBI=0.0217866;REFB=0;REVB=-0.0176416;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340773;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 54726816 . A T 138.84 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0296953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.011;QD=19.8344;RBI=0.0367791;REFB=-0.0201286;REVB=-0.0217;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488133;STB=0.785364;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0203603;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:15:15:0.535714:4:11:1:11:4:11:1:12 chr19 54726833 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0512129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.51;QD=15.7847;RBI=0.117559;REFB=-0.0398591;REVB=-0.105818;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567105;STB=0.8193;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0368378;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:1:16:4:10:1:16 chr19 54726839 . C T 143.21 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0263239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3756;QD=16.8477;RBI=0.0263287;REFB=-0.0953711;REVB=0.000502211;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521374;STB=0.801014;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0263216;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:5:10:1:16:5:11:1:17 chr19 54726843 . C G 143.98 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.00227188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.05;QD=16.9387;RBI=0.0320336;REFB=-0.0108637;REVB=-0.031953;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506849;STB=0.801014;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0113434;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:18:15:16:0.470588:5:10:1:15:5:11:1:17 chr19 54726861 . C T 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.00113468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.448;QD=12.9368;RBI=0.0203734;REFB=-0.00741972;REVB=-0.0203418;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590532;STB=0.835899;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0173614;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:3:22:4:11:3:22 chr19 54726872 . C G 113.19 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.024292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.256;QD=11.3192;RBI=0.0412268;REFB=-0.0152783;REVB=-0.0333099;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606443;STB=0.822413;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0704123;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:13:14:0.35:3:10:4:21:4:10:4:22 chr19 54743758 . C A 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.10577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.672;QD=8.69307;RBI=0.106962;REFB=0.00680333;REVB=-0.0159204;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152225;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0179824;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:6:8:3:4:6:8 chr19 54744104 . T G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0033759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7652;QD=10.4292;RBI=0.0952206;REFB=-0.00931565;REVB=-0.0951607;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552001;STB=0.503307;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0171615;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:17:13:6:8:17:13 chr19 54744209 . TA CG 215.9 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0105482;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.495;QD=8.9959;RBI=0.0108743;REFB=-0.0034411;REVB=-0.002643;RO=68;SAF=13;SAR=15;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182374;STB=0.607437;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.00626464;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:15:13:42:26:15:13:42:26 chr19 54744361 . A C 258.98 PASS AF=0.288;AO=37;DP=125;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0147701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4664;QD=8.28729;RBI=0.0471776;REFB=-0.004537;REVB=-0.0448059;RO=85;SAF=17;SAR=20;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133016;STB=0.507791;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0166199;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:89:37:36:0.288:20:17:40:45:19:17:43:46 chr19 54744387 . C T 249.02 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00186643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1876;QD=8.8936;RBI=0.00187598;REFB=-0.00217967;REVB=-0.000189035;RO=78;SAF=16;SAR=18;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448902;STB=0.502633;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00669588;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:78:34:34:0.303571:18:16:37:41:18:16:37:41 chr19 54744799 . G C 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00234363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.061;QD=15.1571;RBI=0.0182645;REFB=-0.00393034;REVB=-0.0181135;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22892;STB=0.636259;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00630016;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:14:11:21:10:14:11:22:10 chr19 54746051 . A C 352.79 PASS AF=0.301887;AO=48;DP=158;FAO=48;FDP=159;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0466802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6673;QD=8.87535;RBI=0.0690373;REFB=-0.00321525;REVB=-0.0508636;RO=108;SAF=25;SAR=23;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101621;STB=0.561479;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00581942;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:108:111:48:48:0.301887:23:25:47:61:23:25:48:63 chr19 54746081 . T C 1102.54 PASS AF=0.686567;AO=92;DP=134;FAO=92;FDP=134;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00148176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.674;QD=32.9117;RBI=0.00304091;REFB=-0.0265555;REVB=0.00265547;RO=38;SAF=40;SAR=52;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214918;STB=0.505602;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00963212;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:38:42:92:92:0.686567:52:40:18:20:52:40:19:23 chr19 54754752 . T C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0514466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.891;QD=8.45079;RBI=0.0514562;REFB=-0.00652594;REVB=0.000994421;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172252;STB=0.603176;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0227297;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:23:20:11:7:23:20 chr19 54757908 . T G,TG 34.23 PASS AF=0,0.16;AO=2,9;DP=51;FAO=0,8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0217006,-0.109791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=223.338,19.0244;QD=2.7384;RBI=0.0233195,0.144429;REFB=-0.0025274,-0.0391243;REVB=-0.00853701,-0.0938394;RO=39;SAF=2,5;SAR=0,4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.401702,0.0210541;STB=0.5,0.701599;STBP=1,0.246;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.109316;OID=.,.;OPOS=54757908,54757909;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:51:50:39:42:2,9:0,8:0,0.16:0,4:2,5:21:18:0,2:0,6:22:20 chr19 54767879 . T C 194.11 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0109578;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.503;QD=6.81097;RBI=0.0115539;REFB=-0.00230444;REVB=0.00366309;RO=83;SAF=12;SAR=17;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551842;STB=0.534172;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00563591;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:85:29:29:0.254386:17:12:38:45:17:12:39:46 chr19 54781466 . C G 96.23 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0427763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9251;QD=17.4968;RBI=0.0442845;REFB=-0.0167631;REVB=0.0114591;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0544266;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:23:22:10:10:7:8:0.363636:6:1:5:5:7:1:5:5 chr19 54782407 . C T 328.01 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0238577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.913;QD=20.5007;RBI=0.024134;REFB=-0.00858422;REVB=-0.00364133;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100415;STB=0.562464;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00888224;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:34:34:0.53125:17:17:18:11:17:17:19:11 chr19 54782704 . G C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000731168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.536;QD=20.4859;RBI=0.0187538;REFB=-0.0334224;REVB=0.0187395;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283868;STB=0.66079;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00607749;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:8:3:9:5:8:3 chr19 54782710 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0102079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.983;QD=21.7443;RBI=0.010279;REFB=-0.0182645;REVB=0.00120651;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241875;STB=0.636185;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00754276;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:8:3:9:6:8:3 chr19 54782724 . G A 127.38 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0296481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2897;QD=20.3811;RBI=0.0299199;REFB=0.00132378;REVB=-0.00402342;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228296;STB=0.629034;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.000127196;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:8:3:8:6:8:3 chr19 54782919 . C T 231.05 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0316671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.781;QD=12.3228;RBI=0.0322496;REFB=-0.0136724;REVB=-0.00610175;RO=47;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12999;STB=0.574825;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0376668;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:11:17:23:24:11:17:23:24 chr19 54783375 . T A 1899.16 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.195;QD=60.773;RBI=0.0460018;REFB=-0.080973;REVB=0.00373229;RO=1;SAF=73;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646413;STB=0.503355;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00118132;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:123:124:0.992:50:73:1:0:50:74:1:0 chr19 54783923 . A G 745.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1355;QD=63.4039;RBI=0.106542;REFB=0;REVB=-0.0971511;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179123;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr19 54784130 . T C 332.17 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.080834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3229;QD=17.2556;RBI=0.0892525;REFB=-0.0221712;REVB=-0.03784;RO=28;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.531232;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0252032;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:42:24:35:0.454545:7:17:17:11:18:17:18:24 chr19 54786022 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.022914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.268;QD=15.1603;RBI=0.0235806;REFB=-0.00958814;REVB=-0.00556726;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324044;STB=0.687266;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00988009;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:14:8:11:5:14:8 chr19 54849463 . C T 826.88 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.49;QD=56.0596;RBI=0.0507405;REFB=0;REVB=0.0195607;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892469;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:38:18:0:0:39:20:0:0 chr19 54849481 . T G 784.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.823;QD=64.031;RBI=0.0244039;REFB=0;REVB=-0.00676136;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88124e-05;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr19 54881850 . G T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0116283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.672;QD=31.0673;RBI=0.0120664;REFB=-0.0232938;REVB=0.00322187;RO=5;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184707;STB=0.586987;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00672188;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:5:6:17:17:0.73913:13:4:3:2:13:4:3:3 chr19 54962579 . C T 462.91 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0383811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0577;QD=37.0328;RBI=0.0645311;REFB=-0.0203211;REVB=0.0518764;RO=14;SAF=22;SAR=14;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972488;STB=0.552603;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0103065;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:14:22:11:3:14:22:11:3 chr19 54965860 . G A 291.79 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0298581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.663;QD=34.3278;RBI=0.0315371;REFB=-0.0199263;REVB=0.010153;RO=9;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276727;STB=0.519984;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00710979;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:9:9:24:25:0.735294:12:12:4:5:12:13:4:5 chr19 54966579 . C G 284.61 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.088881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3271;QD=29.9584;RBI=0.107372;REFB=-0.0217616;REVB=-0.0602404;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840221;STB=0.546182;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00769128;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:5:8:12:13:5:8 chr19 54973280 . C G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00738818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.62;QD=14.5589;RBI=0.0113318;REFB=0.0013177;REVB=0.00859212;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183179;STB=0.604835;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00187769;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:19:7:15:20:19:7:15:20 chr19 54973988 . GCCT G,GCT 82.58 PASS AF=0.35,0;AO=12,4;DP=37;FAO=14,0;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0116061,0.0758071;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=234.745,21.1763;QD=8.2584;RBI=0.0493523,0.221188;REFB=-0.0296751,-0.0775215;REVB=-0.0479682,-0.207791;RO=19;SAF=4,0;SAR=8,4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0.319864,0.319864;SSEP=0,0;SSSB=-0.401643,-0.738328;STB=0.642653,0.5;STBP=0.223,1;TYPE=del,del;VARB=0.0459516,0;OID=.,.;OPOS=54973989,54973989;OREF=CCT,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:12,4:37:14,0:40:26:5,0:9,0:15:11:82:19:4,0:8,4:14:5 chr19 55009497 . A C 106.57 PASS AF=0.846154;AO=4;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.112089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.192;QD=32.7908;RBI=0.117898;REFB=-0.0279307;REVB=0.0365501;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.666323;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00432104;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:4:11:0.846154:2:2:0:2:2:9:0:2 chr19 55045042 . G A 1306.41 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0595985;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.624;QD=58.7152;RBI=0.0596075;REFB=-0.124823;REVB=-0.00103408;RO=3;SAF=38;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145151;STB=0.507666;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000874512;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:89:3:3:86:86:0.966292:48:38:2:1:48:38:2:1 chr19 55048270 . C T 284.51 PASS AF=0.508197;AO=28;DP=58;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0350765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1172;QD=18.6561;RBI=0.0518838;REFB=0.0107971;REVB=0.0382304;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215515;STB=0.635429;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00798141;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:30:30:28:31:0.508197:15:13:21:9:18:13:21:9 chr19 55086775 . C T 578.57 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0218415;FXX=0.0181802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.52;QD=21.4284;RBI=0.0218472;REFB=-0.013714;REVB=0.00049752;RO=47;SAF=20;SAR=38;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124778;STB=0.566372;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0111009;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:47:50:58:58:0.537037:38:20:23:24:38:20:24:26 chr19 55142101 . G A 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0422733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8964;QD=30.8105;RBI=0.0524173;REFB=-0.0306292;REVB=-0.0309925;RO=13;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117131;STB=0.564307;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0192386;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:11:15:5:8:11:15:5:8 chr19 55142739 . A C 261.94 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0129502;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.403;QD=21.3832;RBI=0.0168683;REFB=-0.0118998;REVB=0.0108089;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201439;STB=0.618312;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.009057;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:24:22:25:0.510204:9:13:19:5:11:14:19:5 chr19 55143083 . T C 1371.0 PASS AF=0.664773;AO=117;DP=178;FAO=117;FDP=176;FR=.;FRO=59;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00391066;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.779;QD=31.1591;RBI=0.00569448;REFB=-0.0130753;REVB=-0.0041393;RO=60;SAF=63;SAR=54;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348454;STB=0.521469;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00704523;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:60:59:117:117:0.664773:54:63:29:31:54:63:28:31 chr19 55143156 . TG CA 1271.97 PASS AF=0.68323;AO=109;DP=161;FAO=110;FDP=161;FR=.;FRO=51;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0238606;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.278;QD=31.6016;RBI=0.02603;REFB=-0.0218192;REVB=0.0104034;RO=49;SAF=54;SAR=55;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268427;STB=0.50644;STBP=0.811;TYPE=mnp;VARB=0.0118671;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:49:51:109:110:0.68323:55:54:22:27:56:54:24:27 chr19 55143452 . T C 707.7 PASS AF=0.686047;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000587839;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.095;QD=32.9163;RBI=0.0134919;REFB=-0.0127759;REVB=0.0134791;RO=29;SAF=23;SAR=36;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101099;STB=0.564968;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00447432;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:29:27:59:59:0.686047:36:23:16:13:36:23:16:11 chr19 55143491 . G T 757.68 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.015372;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.2;QD=24.8419;RBI=0.0162447;REFB=-0.015106;REVB=0.00525291;RO=52;SAF=27;SAR=44;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356183;STB=0.505251;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0120629;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:52:51:71:71:0.581967:44:27:20:32:44:27:20:31 chr19 55174498 . T C 394.42 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.06839;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4547;QD=25.4464;RBI=0.0740092;REFB=0.000137108;REVB=-0.0282873;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773911;STB=0.542351;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0024786;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:24:38:38:0.612903:18:20:10:14:18:20:10:14 chr19 55175740 . C T 666.95 PASS AF=0.960784;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0520825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6289;QD=52.3094;RBI=0.055706;REFB=-0.0147972;REVB=0.0197628;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.519223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0145024;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:51:2:2:46:49:0.960784:22:24:0:2:25:24:0:2 chr19 55176262 . A G 256.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.634;QD=51.2459;RBI=0.0331114;REFB=0;REVB=0.0309291;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32328e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:10:10:0:0 chr19 55176535 . C T 93.87 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00683607;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.647;QD=8.93993;RBI=0.0611159;REFB=-4.10848e-05;REVB=-0.0607324;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168956;STB=0.536229;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-3.31488e-05;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:43:42:24:30:7:12:0.285714:2:5:14:10:7:5:14:16 chr19 55178162 . A G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0496632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7924;QD=15.229;RBI=0.124429;REFB=-0.021974;REVB=-0.114088;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118707;STB=0.568467;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0259131;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:15:13:11:8:15:13 chr19 55179364 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.0183652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.792;QD=16.0652;RBI=0.0279112;REFB=0.0317598;REVB=0.021018;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392786;STB=0.718913;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0176783;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:2:22:10:8:2:22 chr19 55237616 . C T 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0190809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.956;QD=10.8937;RBI=0.0191788;REFB=0.00447991;REVB=-0.0019361;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343489;STB=0.519983;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00535836;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:22:23:13:11:22:23 chr19 55237677 . C T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00109847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.244;QD=8.9239;RBI=0.00375739;REFB=-0.00353543;REVB=0.00359323;RO=42;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107222;STB=0.55051;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00815198;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:12:7:12:30:12:7:13:30 chr19 55239223 . G A 1012.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559654;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.502;QD=59.5364;RBI=0.0503129;REFB=0;REVB=0.0500007;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270424;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr19 55246739 . C T 452.33 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0110612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.518;QD=14.8303;RBI=0.0116455;REFB=0.0101802;REVB=-0.00364277;RO=71;SAF=33;SAR=18;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917089;STB=0.551668;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0132575;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:18:33:40:31:18:33:40:31 chr19 55255436 . C G 677.53 PASS AF=0.633663;AO=59;DP=96;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0978241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4274;QD=26.8328;RBI=0.108074;REFB=-0.0246313;REVB=-0.0459395;RO=37;SAF=23;SAR=36;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912227;STB=0.563199;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0163135;OID=.;OPOS=55255436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:37:37:59:64:0.633663:36:23:10:27:36:28:10:27 chr19 55316329 . A G 626.72 PASS AF=0.592233;AO=57;DP=105;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00614625;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.695;QD=24.3386;RBI=0.0282916;REFB=-0.0241803;REVB=-0.0276159;RO=41;SAF=35;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345421;STB=0.50214;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0106581;OID=.;OPOS=55316329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:41:42:57:61:0.592233:22:35:25:16:25:36:25:17 chr19 55320279 . G A 836.08 PASS AF=0.565217;AO=77;DP=137;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0121644;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7022;QD=24.2343;RBI=0.0122833;REFB=-0.00405942;REVB=0.00170549;RO=59;SAF=36;SAR=41;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326235;STB=0.518404;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00331603;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:59:60:77:78:0.565217:41:36:30:29:41:37:31:29 chr19 55328959 . G T 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000527716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.688;QD=61.5563;RBI=0.00402895;REFB=0.102145;REVB=0.00399424;RO=1;SAF=32;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145798;STB=0.507691;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000338434;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:58:32:1:0:58:32:1:0 chr19 55331419 . C T 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0131922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.642;QD=26.8783;RBI=0.0238209;REFB=-0.005137;REVB=0.0198343;RO=41;SAF=25;SAR=34;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193286;STB=0.605272;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00372251;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:34:25:28:13:34:25:28:13 chr19 55333246 . C T 405.59 PASS AF=0.615385;AO=34;DP=60;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0231606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.643;QD=24.9594;RBI=0.0259193;REFB=0.00598166;REVB=0.0116361;RO=25;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169181;STB=0.599313;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00412669;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:25:25:34:40:0.615385:13:21:10:15:14:26:10:15 chr19 55333275 . G T 310.34 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0431803;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2022;QD=23.4216;RBI=0.04765;REFB=-0.00174909;REVB=0.020149;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171912;STB=0.594632;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000856762;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:7:15:14:17:7:15 chr19 55341682 . G A 354.03 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00346149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.924;QD=29.5024;RBI=0.0347637;REFB=-0.00454402;REVB=-0.0345909;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111503;STB=0.55229;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00466202;OID=.;OPOS=55341682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:18:30:30:0.625:19:11:9:8:19:11:9:9 chr19 55349031 . G A 415.44 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0383366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4659;QD=27.6957;RBI=0.0541035;REFB=-0.00443295;REVB=-0.0381772;RO=20;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603343;STB=0.543456;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00315316;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:25:14:9:11:25:14:10:11 chr19 55349273 . C A 662.15 PASS AF=0.604167;AO=57;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00103783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.829;QD=27.5897;RBI=0.00135103;REFB=-0.00665015;REVB=0.000864985;RO=38;SAF=28;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257487;STB=0.510413;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00392596;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:57:58:0.604167:29:28:20:18:29:29:20:18 chr19 55359272 . C G 632.22 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0955072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1527;QD=29.7514;RBI=0.0995813;REFB=-0.0142863;REVB=-0.0281924;RO=30;SAF=21;SAR=34;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144622;STB=0.578505;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00847992;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:30:55:55:0.647059:34:21:18:12:34:21:18:12 chr19 55361942 . G T 499.21 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00676158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.845;QD=29.8033;RBI=0.0211172;REFB=-0.00747122;REVB=0.0200054;RO=22;SAF=31;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969544;STB=0.552725;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00431533;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:22:45:45:0.671642:14:31:12:10:14:31:12:10 chr19 55362719 . G T 901.01 PASS AF=0.604478;AO=79;DP=132;FAO=81;FDP=134;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00610626;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.794;QD=26.8957;RBI=0.00610693;REFB=-0.0239;REVB=-9.02871e-05;RO=53;SAF=42;SAR=37;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998613;STB=0.553092;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0217987;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:53:53:79:81:0.604478:37:42:21:32:38:43:21:32 chr19 55365320 . G T 633.8 PASS AF=0.6875;AO=54;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00696067;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.737;QD=31.6897;RBI=0.0379401;REFB=0.0119961;REVB=0.0372961;RO=24;SAF=37;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165036;STB=0.590677;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00343967;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:24:25:54:55:0.6875:17:37:10:14:18:37:10:15 chr19 55385734 . C T 84.94 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0258537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.441;QD=5.66276;RBI=0.0324075;REFB=0.00892604;REVB=0.0195407;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316097;STB=0.701562;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0203232;OID=.;OPOS=55385734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:60:60:45:46:14:14:0.233333:9:5:28:17:9:5:29:17 chr19 55396900 . A G 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00248386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.098;QD=3.24566;RBI=0.00727974;REFB=-0.003569;REVB=-0.00684289;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151499;STB=0.609793;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0182437;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:19:16:2:4:19:16 chr19 55418054 . A C 120.18 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0125184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0932;QD=5.40143;RBI=0.0238912;REFB=-0.00528351;REVB=0.0203489;RO=69;SAF=15;SAR=4;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333059;STB=0.708263;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0210687;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:69:70:19:19:0.213483:4:15:38:31:4:15:39:31 chr19 55420801 . C A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00679302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.216;QD=7.48173;RBI=0.027635;REFB=-0.00708061;REVB=0.0267871;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31959;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0197415;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:12:16:3:7:12:16 chr19 55423530 . C T 107.41 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0159614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.24;QD=7.81137;RBI=0.0356432;REFB=-0.0145648;REVB=0.0318696;RO=40;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209861;STB=0.629245;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0297454;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:4:11:23:17:4:11:23:17 chr19 55441902 . T C 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0263529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.637;QD=30.5522;RBI=0.0371675;REFB=-0.0117822;REVB=0.0262098;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181538;STB=0.599893;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0058095;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:9:9:1:6:9:9:1:6 chr19 55441995 . A G 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0323675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.883;QD=32.8032;RBI=0.0328281;REFB=-0.0051293;REVB=0.00547989;RO=9;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112951;STB=0.561746;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00237785;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:13:10:2:7:13:10:2:7 chr19 55481398 . G A 370.58 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0166192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.191;QD=42.3526;RBI=0.0598842;REFB=-0.00899888;REVB=0.0575319;RO=6;SAF=24;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319871;STB=0.501729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361902;OID=.;OPOS=55481398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:5:24:5:1:5:24:5:1 chr19 55493651 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0178036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.509;QD=11.5969;RBI=0.0178482;REFB=-0.00601829;REVB=0.00126111;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0106867;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr19 55494157 . G A 63.5 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.166162;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2202;QD=7.93718;RBI=0.168082;REFB=0.00692667;REVB=0.0253352;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147667;STB=0.616187;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00482775;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:24:23:8:9:0.28125:4:4:15:9:5:4:14:9 chr19 55494632 . A G 115.51 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0345414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3355;QD=8.88563;RBI=0.049472;REFB=-0.0208623;REVB=-0.035417;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332136;STB=0.699742;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0503743;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:10:5:23:14:10:5:23:14 chr19 55494740 . T C 112.55 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0309236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.693;QD=9.1875;RBI=0.0438917;REFB=0.00180253;REVB=0.0311483;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.594457;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00388029;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:5:9:17:17:5:9:18:17 chr19 55525894 . G A 34.89 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0119815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2208;QD=4.81254;RBI=0.0242607;REFB=0.000799543;REVB=-0.0210957;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201969;STB=0.512777;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00388184;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:29:22:23:6:6:0.206897:2:4:15:7:2:4:15:8 chr19 55526103 . G GCAGA 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0260862;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=265.501;QD=9.19976;RBI=0.0307755;REFB=-0.00947912;REVB=-0.0163292;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214682;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=0.024892;OID=.;OPOS=55526104;OREF=-;OALT=CAGA;OMAPALT=GCAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:23:7:20:13:4:3:6:7:45:16:4:3:6:10 chr19 55526345 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.513;QD=45.8068;RBI=0.0196292;REFB=0;REVB=0.000419171;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74491e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 55527081 . C T 290.97 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0329859;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.164;QD=18.7723;RBI=0.0334531;REFB=-0.0302484;REVB=-0.00557189;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763654;STB=0.54928;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0218321;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:30:31:31:31:0.5:14:17:19:11:14:17:20:11 chr19 55530035 . C T 99.28 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0465828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6323;QD=6.51045;RBI=0.0551947;REFB=0.00454195;REVB=-0.0296057;RO=45;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572132;STB=0.524106;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0167025;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:46:15:15:0.245902:9:6:16:29:9:6:17:29 chr19 55536595 . G A 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.35;QD=53.4665;RBI=0.0133202;REFB=0.0376679;REVB=-0.00356323;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.000160269;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:29:27:1:0:29:27:1:1 chr19 55538980 . T C 1138.98 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588668;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.288;QD=60.7456;RBI=0.00952468;REFB=0;REVB=-0.00748775;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105116;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr19 55539061 . A G 192.56 PASS AF=0.338028;AO=22;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.144871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.951;QD=10.8482;RBI=0.146322;REFB=-0.0202891;REVB=0.020555;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497535;STB=0.534433;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0229491;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:45:22:24:0.338028:12:10:19:19:13:11:23:22 chr19 55539072 . T G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5524;QD=58.4153;RBI=0.0069506;REFB=0;REVB=-0.00682966;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32004e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr19 55559715 . G A 50.29 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0325478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.59;QD=7.18474;RBI=0.0366473;REFB=-0.0110494;REVB=0.0168424;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357767;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0282838;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:27:28:20:20:7:8:0.285714:5:2:12:8:6:2:12:8 chr19 55568084 . CG TT 435.88 PASS AF=0.655738;AO=29;DP=62;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.028328;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.822;QD=28.5824;RBI=0.037671;REFB=-0.0133435;REVB=0.0248321;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969669;STB=0.532583;STBP=0.487;TYPE=mnp;VARB=0.00746619;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:21:29:40:0.655738:19:10:7:14:23:17:7:14 chr19 55570574 . A G 1382.18 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184785;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.588;QD=62.1204;RBI=0.0185681;REFB=0;REVB=0.00182109;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499359;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:86:89:1:46:40:0:0:48:41:0:0 chr19 55587822 . G A 692.16 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0212014;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.396;QD=35.4953;RBI=0.0212305;REFB=-0.0377849;REVB=-0.00111074;RO=21;SAF=17;SAR=40;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365573;STB=0.519644;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0331965;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:21:57:57:0.730769:40:17:5:16:40:17:5:16 chr19 55598724 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0115138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4156;QD=13.9588;RBI=0.0986141;REFB=0.00613139;REVB=-0.0979396;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.015862;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr19 55623955 . TGGGGGT TGGGGGTG,TGGGGT 71.65 PASS AF=0.181818,0.590909;AO=3,8;DP=22;FAO=4,13;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=2,10;FSAR=2,3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0657463,0.0591246;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0881,12.1673;QD=13.0271;RBI=0.282915,0.178396;REFB=-0.173142,-0.0383552;REVB=0.275169,0.168313;RO=8;SAF=2,7;SAR=1,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296653,0.507765;STB=0.555281,0.624791;STBP=0.813,0.149;TYPE=ins,del;VARB=0.198854,0.0562665;OID=.,.;OPOS=55623962,55623956;OREF=-,G;OALT=G,-;OMAPALT=TGGGGGTG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.590909:3,8:22:4,13:22:5:2,10:2,3:2:3:26:8:2,7:1,1:3:5 chr19 55644325 . A C 74.89 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0981203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.172;QD=10.6992;RBI=0.0996404;REFB=-0.0153467;REVB=-0.0173384;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.63608;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0130117;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:16:18:10:10:0.357143:7:3:8:8:7:3:9:9 chr19 55660537 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5609;QD=56.1844;RBI=0.0694398;REFB=0;REVB=0.0241881;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082067;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 55671337 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2411;QD=42.1819;RBI=0.0417072;REFB=0;REVB=0.00147174;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223109;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 55699454 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.154;QD=57.0001;RBI=0.0361435;REFB=0;REVB=-0.0227987;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46199e-05;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr19 55738634 . T C 563.12 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735824;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9901;QD=60.8777;RBI=0.163498;REFB=0;REVB=0.163332;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765691;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr19 55739689 . G A 792.59 PASS AF=0.69;AO=69;DP=96;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00704846;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.799;QD=31.7038;RBI=0.0429441;REFB=-0.095033;REVB=-0.0423617;RO=27;SAF=34;SAR=35;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134817;STB=0.502754;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0293707;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:27:31:69:69:0.69:35:34:14:13:35:34:15:16 chr19 55748271 . C G 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.042463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.814;QD=21.0137;RBI=0.0424693;REFB=-0.00238412;REVB=-0.000730213;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00203715;OID=.;OPOS=55748271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:7:6:8:8:7:6 chr19 55791091 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.761;QD=58.1416;RBI=0.0304514;REFB=0;REVB=0.0277994;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29669e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 55823777 . C T 34.03 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0501531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.845;QD=4.12477;RBI=0.0732823;REFB=-0.0156264;REVB=-0.0534318;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.757819;STB=0.929359;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.101469;OID=.;OPOS=55823777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:32:33:20:27:6:6:0.181818:1:5:1:19:1:5:4:23 chr19 55856083 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.757;QD=62.0216;RBI=0.0202898;REFB=0;REVB=-0.0201843;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136965;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 55856211 . C T 1025.63 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00767946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.601;QD=55.4394;RBI=0.0156873;REFB=-0.0512809;REVB=0.0136791;RO=3;SAF=21;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344685;STB=0.501824;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.000221322;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:50:21:1:2:50:21:1:2 chr19 55859439 . C A 714.9 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953696;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.384;QD=63.5465;RBI=0.00959562;REFB=0;REVB=-0.00105945;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26645e-06;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 55870104 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.742;QD=58.9627;RBI=0.00817922;REFB=0;REVB=0.00735061;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09888e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr19 55870289 . C T 592.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6742;QD=60.7515;RBI=0.109128;REFB=0;REVB=0.103743;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217124;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr19 55870351 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.585;QD=59.0187;RBI=0.0449241;REFB=0;REVB=0.0037201;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77275e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 256.13 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=6,15;DP=21;FAO=6,15;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675683,-0.0910573;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.451,143.751;QD=48.786;RBI=0.0772204,0.105007;REFB=0,0;REVB=0.0373835,0.0522982;RO=0;SAF=0,10;SAR=6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00938257,-0.0019714;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286:6,15:21:6,15:21:0:0,10:6,5:0:0:22:0:0,10:6,5:0:0 chr19 55871019 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1175;QD=49.599;RBI=0.0373746;REFB=0;REVB=-0.0203411;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147567;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 55872397 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00084122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.487;QD=47.8224;RBI=0.0267345;REFB=0;REVB=0.0267212;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269946;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 55872531 . C G 396.96 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663892;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.06;QD=56.708;RBI=0.0784866;REFB=0;REVB=0.0418643;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539382;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:1:0:28:28:1:19:9:0:1:19:9:0:0 chr19 55872566 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.611;QD=55.0982;RBI=0.054806;REFB=0;REVB=0.00988769;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630379;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr19 55873642 . C G,T 672.82 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,37;DP=41;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553777,0.0168928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.261,157.001;QD=61.1658;RBI=0.0259971,0.054267;REFB=0,0;REVB=0.0254004,0.0515708;RO=0;SAF=0,24;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0424414,0.00107905;OID=.,.;OPOS=55873642,55873642;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:44:0:0:3,37:2,42:0.0454545,0.954545:3,13:0,24:0:0:2,15:0,27:0:0 chr19 55879872 . C T 502.99 PASS AF=0.945946;AO=29;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184056;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.501;QD=54.377;RBI=0.0421861;REFB=-0.135518;REVB=0.0379592;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00116558;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:0:2:29:35:0.945946:14:15:0:0:16:19:1:1 chr19 55913038 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.233;QD=57.0005;RBI=0.04431;REFB=0;REVB=0.0392755;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240914;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr19 55964720 . G A 170.88 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00778108;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1255;QD=8.87701;RBI=0.0120224;REFB=0.00085301;REVB=-0.00916477;RO=54;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440237;STB=0.733886;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00209117;OID=.;OPOS=55964720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:22:23:0.298701:5:17:22:32:6:17:22:32 chr19 55998863 . C T 85.29 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00580452;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.329;QD=10.6613;RBI=0.0299343;REFB=-0.0267572;REVB=-0.0293661;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.664511;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0484753;OID=.;OPOS=55998863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:19:21:11:11:0.34375:7:4:12:7:7:4:13:8 chr19 55999993 . A G 190.38 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0107798;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6487;QD=9.63952;RBI=0.0404786;REFB=-0.00856575;REVB=-0.0390168;RO=49;SAF=20;SAR=5;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419818;STB=0.59147;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0189503;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:54:25:25:0.316456:5:20:38:11:5:20:38:16 chr19 56011915 . G A 484.45 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0485662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.586;QD=29.3609;RBI=0.0577932;REFB=-0.0220996;REVB=0.031327;RO=22;SAF=10;SAR=34;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265457;STB=0.645143;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0076401;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:34:10:13:9:34:10:13:9 chr19 56024519 . T C 589.61 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.935;QD=60.4729;RBI=0.0233415;REFB=0;REVB=0.0214554;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08873e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr19 56041254 . GC G,GG 87.05 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,7;DP=10;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652582,-0.0113653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.434,246.593;QD=38.6885;RBI=0.0263148,0.017059;REFB=0,0;REVB=0.0254928,0.0127215;RO=0;SAF=1,5;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0133232,0.00899196;OID=.,.;OPOS=56041255,56041255;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:3,7:10:3,6:9:0:1,4:2,2:0:0:11:0:1,5:2,2:0:0 chr19 56042540 . G A 223.29 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0169802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2122;QD=11.5996;RBI=0.0688131;REFB=0.000375736;REVB=0.0666852;RO=49;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319881;STB=0.529227;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00116758;OID=.;OPOS=56042540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:27:28:0.363636:14:13:25:24:15:13:25:24 chr19 56047448 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.25;QD=60.3759;RBI=0.0596243;REFB=0;REVB=-0.0481511;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55087e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr19 56052770 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.284;QD=50.134;RBI=0.038144;REFB=-0.0694536;REVB=0.0301537;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00585454;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:9:15:0:0:9:15:1:0 chr19 56056184 . A G 1507.17 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.88;QD=58.5308;RBI=0.120614;REFB=0.113834;REVB=-0.117328;RO=1;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104268;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00555877;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:45:57:0:1:45:57:0:1 chr19 56089353 . C T 401.48 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0517666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5633;QD=21.7016;RBI=0.101774;REFB=-0.0152434;REVB=0.0876254;RO=33;SAF=27;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328281;STB=0.674912;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0183572;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:34:40:40:0.540541:13:27:9:24:13:27:10:24 chr19 56114237 . G A 678.55 PASS AF=0.623762;AO=61;DP=99;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0636372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3663;QD=26.8731;RBI=0.106645;REFB=-0.0211868;REVB=0.085577;RO=38;SAF=25;SAR=36;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110471;STB=0.500821;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0107702;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:38:38:61:63:0.623762:36:25:15:23:38:25:15:23 chr19 56127597 . G A 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0210376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.837;QD=45.4844;RBI=0.0456444;REFB=-0.00312172;REVB=0.0405072;RO=2;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114979;STB=0.562441;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000676929;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:7:15:0:2:7:15:0:2 chr19 56132661 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5187;QD=53.9105;RBI=0.0579346;REFB=0;REVB=0.0036631;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159936;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 272.71 PASS AF=0.695652;AO=30;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00766185;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=126.554;QD=23.7142;RBI=0.0116148;REFB=0.00235215;REVB=-0.00872924;RO=13;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.547457;STBP=0.345;TYPE=del;VARB=-0.000949931;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:30:46:32:46:14:14:18:4:10:70:13:13:17:3:10 chr19 56154718 . G A 233.64 PASS AF=0.75;AO=20;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.069985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.889;QD=33.3768;RBI=0.0699959;REFB=-0.0071278;REVB=-0.00123833;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452787;STB=0.513501;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00536558;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:8:7:20:21:0.75:14:6:3:5:14:7:2:5 chr19 56160399 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1092;QD=57.1768;RBI=0.00973511;REFB=0;REVB=-0.00200345;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124024;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 56162776 . C T 527.86 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.110743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4668;QD=30.6008;RBI=0.110821;REFB=-0.0404563;REVB=-0.00414581;RO=21;SAF=16;SAR=31;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835867;STB=0.539474;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0219564;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:21:22:47:47:0.681159:31:16:10:11:31:16:10:12 chr19 56180968 . C T 551.68 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0407019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.951;QD=29.8206;RBI=0.0452059;REFB=-0.0163631;REVB=0.0196706;RO=25;SAF=21;SAR=28;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072558;STB=0.503935;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00970064;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:28:21:11:14:28:21:11:14 chr19 56241265 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.848;QD=57.2376;RBI=0.0197347;REFB=0;REVB=0.0150842;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68053e-06;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr19 56274086 . G A 45.7 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0105103;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.022;QD=5.71214;RBI=0.0149986;REFB=0.00349619;REVB=0.0107001;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305167;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0547904;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:32:32:24:25:7:7:0.21875:2:5:11:13:2:5:11:14 chr19 56274424 . C A 178.31 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=140;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.00171128;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.246;QD=5.13129;RBI=0.00605111;REFB=-0.00381152;REVB=0.00580409;RO=108;SAF=12;SAR=17;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867304;STB=0.547251;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0138207;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:108:110:29:29:0.208633:17:12:52:56:17:12:52:58 chr19 56274453 . G A 73.4 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0324585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9339;QD=2.71842;RBI=0.0325484;REFB=-0.00396085;REVB=-0.00241836;RO=91;SAF=8;SAR=7;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621389;STB=0.542484;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.015931;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:91:93:15:15:0.138889:7:8:44:47:7:8:45:48 chr19 56283297 . G A 34.64 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00181023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.81;QD=4.61805;RBI=0.0078342;REFB=-0.00540906;REVB=0.00762219;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30106;STB=0.59968;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0147012;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:20:24:6:6:0.2:3:3:5:15:3:3:9:15 chr19 56284090 . G A 991.34 PASS AF=0.901235;AO=70;DP=78;FAO=73;FDP=81;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00947812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.819;QD=48.955;RBI=0.0610053;REFB=-0.04232;REVB=0.0602645;RO=8;SAF=32;SAR=38;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404607;STB=0.522736;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00494299;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:81:8:8:70:73:0.901235:38:32:2:6:38:35:2:6 chr19 56284428 . C A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00982654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.18;QD=7.95413;RBI=0.0117221;REFB=0.000401261;REVB=-0.00639115;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00392708;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:8:11:6:2:8:11 chr19 56284457 . G A 115.71 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0137521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1432;QD=11.2892;RBI=0.0186856;REFB=0.0146501;REVB=0.0126504;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34889;STB=0.700882;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0248411;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:11:3:13:13:11:3:13:14 chr19 56284507 . T G 96.4 PASS AF=0.25;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00418644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.564;QD=6.88567;RBI=0.00477634;REFB=-0.00603564;REVB=-0.00229937;RO=41;SAF=2;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514477;STB=0.828227;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0430126;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:55:56:41:42:14:14:0.25:12:2:22:19:12:2:23:19 chr19 56284511 . C G 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0217828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.154;QD=7.54494;RBI=0.0221273;REFB=-0.0173444;REVB=-0.00388933;RO=41;SAF=3;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448296;STB=0.775737;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0247825;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:12:3:23:18:12:3:23:18 chr19 56284529 . C A 98.3 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0176785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8573;QD=7.71007;RBI=0.0179858;REFB=-0.0110024;REVB=0.00331057;RO=38;SAF=3;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446393;STB=0.775699;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0686948;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:10:3:23:15:10:3:23:15 chr19 56284535 . A G 89.69 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00632619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.719;QD=7.32182;RBI=0.0213847;REFB=-0.00136434;REVB=0.0204275;RO=37;SAF=3;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411619;STB=0.771839;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00637275;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:37:37:11:12:0.244898:8:3:23:14:9:3:23:14 chr19 56307583 . A G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00745202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.656;QD=6.07078;RBI=0.0145936;REFB=-0.0034155;REVB=0.0125475;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241436;STB=0.657796;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00684821;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:45:46:14:14:0.233333:9:5:25:20:9:5:26:20 chr19 56320200 . C T 1016.35 PASS AF=0.664122;AO=87;DP=129;FAO=87;FDP=131;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0171889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3636;QD=31.0337;RBI=0.0389518;REFB=0.0127214;REVB=-0.034954;RO=42;SAF=34;SAR=53;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681769;STB=0.545592;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00940574;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:42:44:87:87:0.664122:53:34:21:21:53:34:23:21 chr19 56320663 . G A 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0184416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.753;QD=7.95501;RBI=0.0241982;REFB=0.00976831;REVB=0.0156671;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210201;STB=0.629327;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0121048;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:6:13:4:4:6:13 chr19 56321295 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00150776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.683;QD=15.2931;RBI=0.0117986;REFB=0.0360399;REVB=-0.0117019;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.713832;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0366412;OID=.;OPOS=56321295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:3:6:2:6:3:6:2:7 chr19 56321414 . C A 539.07 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.826;QD=59.8964;RBI=0.0866123;REFB=0;REVB=0.0865727;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611624;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:22:12:0:0:24:12:0:0 chr19 56369189 . G A 303.3 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00734364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.317;QD=25.8124;RBI=0.0122332;REFB=-0.00221954;REVB=-0.00978383;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142273;STB=0.507881;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00513544;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:10:10:14:13:10:10 chr19 56369215 . C T 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0112394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.547;QD=16.6141;RBI=0.0116345;REFB=-0.0363856;REVB=0.00300591;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308395;STB=0.517664;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0429698;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:13:8:7:10:13:8 chr19 56369593 . T C 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0202719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.072;QD=27.2309;RBI=0.0256143;REFB=-0.0174094;REVB=0.015657;RO=17;SAF=6;SAR=20;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405308;STB=0.725008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00832964;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:20:6:13:4:20:6:13:4 chr19 56370166 . C T 466.18 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00220722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.399;QD=25.1991;RBI=0.0115649;REFB=-0.0191551;REVB=0.0113523;RO=30;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130272;STB=0.571395;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0150103;OID=.;OPOS=56370166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:16:28:14:16:16:28:14:16 chr19 56390237 . A T 474.63 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0301754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.263;QD=27.1217;RBI=0.0435862;REFB=-0.00627709;REVB=-0.0314516;RO=23;SAF=25;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847075;STB=0.568151;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00366458;OID=.;OPOS=56390237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:26:44:44:0.628571:19:25:10:13:19:25:10:16 chr19 56392875 . T G 774.05 PASS AF=0.715909;AO=62;DP=87;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0347568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.943;QD=35.1843;RBI=0.0407456;REFB=-0.0314954;REVB=-0.0212643;RO=25;SAF=26;SAR=36;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011289;STB=0.50331;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0139944;OID=.;OPOS=56392875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:25:25:62:63:0.715909:36:26:11:14:36:27:11:14 chr19 56410222 . C T 558.34 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0257097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.232;QD=51.9388;RBI=0.0263937;REFB=-0.02779;REVB=-0.00596996;RO=4;SAF=21;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813095;STB=0.543456;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00313637;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:18:21:4:0:18:21:4:0 chr19 56423074 . C G,T 417.26 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873749,-0.00643047;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=78.0395,208.358;QD=55.6342;RBI=0.0108695,0.0392377;REFB=0,0;REVB=-0.00646549,-0.0387072;RO=0;SAF=25,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.13441e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00167753,0.0882762;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:3,2:25,0:0:0:3,2:25,0:0:0 chr19 56423254 . G A 707.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0332;QD=62.8906;RBI=0.00182409;REFB=0;REVB=0.00179249;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91358e-05;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr19 56423668 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.288;QD=48.7366;RBI=0.0117275;REFB=0;REVB=-0.00445336;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18983e-05;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 56423692 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.403;QD=44.6894;RBI=0.0307091;REFB=0;REVB=-0.0297906;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286355;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr19 56423728 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.77;QD=45.8066;RBI=0.0212005;REFB=0;REVB=-0.00529845;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022422;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 56423893 . G A 567.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.629;QD=59.7748;RBI=0.0200457;REFB=0;REVB=-0.0009513;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494745;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr19 56424443 . T C 411.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.734;QD=56.7712;RBI=0.0293043;REFB=0;REVB=-0.00992461;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02597e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr19 56443519 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0105264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3;QD=14.2411;RBI=0.0168351;REFB=0.00284357;REVB=0.0131384;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341691;STB=0.690335;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00504094;OID=.;OPOS=56443519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:5:17:14:16:5:17:15:16 chr19 56459342 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.223;QD=57.2013;RBI=0.0200723;REFB=0;REVB=0.003016;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123089;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr19 56459614 . G C 536.48 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.02703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2249;QD=55.0233;RBI=0.0476157;REFB=-0.0797261;REVB=0.0392;RO=2;SAF=31;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057021;STB=0.530545;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00535801;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:6:31:1:1:6:31:1:1 chr19 56477687 . A G 703.3 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2219;QD=61.1565;RBI=0.0244402;REFB=0;REVB=-0.0189568;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579162;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr19 56477710 . T C 511.26 PASS AF=0.972222;AO=28;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130444;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.479;QD=56.8069;RBI=0.0383762;REFB=-0.109081;REVB=0.0360913;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00141839;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:28:35:0.972222:7:21:0:0:14:21:0:1 chr19 56487603 . A G 1475.4 PASS AF=1;AO=69;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763336;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1636;QD=59.016;RBI=0.255196;REFB=0;REVB=0.255082;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002189;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:69:100:1:25:44:0:0:55:45:0:0 chr19 56499279 . G C 118.84 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0941348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.449;QD=13.2044;RBI=0.0951407;REFB=-0.00368463;REVB=-0.0137986;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14059;STB=0.557956;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00686677;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:9:5:5:16:9:5:6:16 chr19 56511082 . C G 745.82 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.453;QD=63.4744;RBI=0.0170088;REFB=0;REVB=-0.0117929;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31278e-07;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:15:32:0:0 chr19 56511090 . T C 135.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00509487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.845;QD=10.8549;RBI=0.0449952;REFB=-0.00975406;REVB=-0.0447058;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785478;STB=0.553004;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.018425;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:5:11:20:12:5:11:21:13 chr19 56515334 . C T 398.37 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0100858;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.642;QD=26.1225;RBI=0.0321086;REFB=-0.023296;REVB=-0.0304835;RO=21;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142334;STB=0.560692;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0132393;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:23:38:38:0.622951:21:17:14:7:21:17:14:9 chr19 56549510 . T C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.010073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.695;QD=16.3499;RBI=0.0119145;REFB=-0.000414377;REVB=0.00636319;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136219;STB=0.576876;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000407133;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:23:19:11:23:23:19 chr19 56549532 . A G 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0118012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.632;QD=18.5769;RBI=0.0222077;REFB=-0.013308;REVB=0.0188125;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428374;STB=0.534499;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0125654;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:11:20:18:12:11:20:18:13 chr19 56552456 . G T 92.33 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0282094;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.56;QD=16.788;RBI=0.0296352;REFB=-0.0156108;REVB=0.00908171;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125863;STB=0.58448;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0303802;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:12:11:0.5:10:2:1:10:9:2:1:10 chr19 56565164 . G A 104.06 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00874946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.941;QD=19.8215;RBI=0.00931256;REFB=-0.036061;REVB=0.00318918;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:6:3:6:6:6:3 chr19 56569629 . C G 335.53 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0114437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.649;QD=13.2883;RBI=0.0432402;REFB=-0.0128231;REVB=-0.0416984;RO=62;SAF=17;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121168;STB=0.56893;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0261009;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:22:17:34:28:22:17:34:28 chr19 56572832 . G A 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00815291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.442;QD=7.94535;RBI=0.00981233;REFB=-0.003284;REVB=0.00546003;RO=54;SAF=7;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184246;STB=0.611002;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0282357;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:14:7:26:28:14:7:26:28 chr19 56572875 . G A 138.93 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00710311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.941;QD=7.50967;RBI=0.0117119;REFB=-0.0119432;REVB=0.00931205;RO=54;SAF=6;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311446;STB=0.688334;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0225896;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:14:6:30:24:14:6:30:24 chr19 56693620 . C G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0114138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.599;QD=18.0871;RBI=0.0191641;REFB=-0.00817115;REVB=-0.0153944;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839273;STB=0.547023;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00972588;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:17:10:12:14:17:10 chr19 56694505 . C T 292.17 PASS AF=0.39759;AO=29;DP=81;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.000839888;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.997;QD=14.0804;RBI=0.0212994;REFB=-0.0180611;REVB=0.0212828;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=36;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198808;STB=0.569984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.018872;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:50:29:33:0.39759:9:20:36:7:12:21:37:13 chr19 56701774 . A T 1493.87 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000249196;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.29;QD=63.5691;RBI=0.000575546;REFB=0;REVB=0.000518801;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815009;OID=.;OPOS=56701774;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:45:48:0:0:46:48:0:0 chr19 56701778 . A G 1520.76 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.1;QD=63.3652;RBI=0.0453457;REFB=0;REVB=0.0202174;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61895e-05;OID=.;OPOS=56701778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:94:96:1:44:50:0:0:46:50:0:0 chr19 56702323 . C T 681.73 PASS AF=0.627451;AO=63;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000975201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.178;QD=26.7344;RBI=0.0117334;REFB=-0.00256317;REVB=-0.0116928;RO=38;SAF=18;SAR=45;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467588;STB=0.527358;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00143409;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:63:64:0.627451:45:18:13:25:46:18:13:25 chr19 56704260 . C T 369.26 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0148578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2486;QD=25.0343;RBI=0.0154279;REFB=-0.0135526;REVB=-0.00415534;RO=23;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893031;STB=0.548881;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00779882;OID=.;OPOS=56704260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:17:19:15:8:17:19:15:8 chr19 56704399 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0164495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.548;QD=23.6751;RBI=0.0211137;REFB=-0.000693331;REVB=0.0132364;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.525582;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000604368;OID=.;OPOS=56704399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:7:9:13:8:7:9 chr19 56717325 . T G 384.16 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0164938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.895;QD=35.7357;RBI=0.0329103;REFB=-0.0062504;REVB=-0.0284787;RO=12;SAF=21;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539564;STB=0.529392;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00176798;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:10:21:7:5:10:21:7:5 chr19 56717353 . A G 401.31 PASS AF=0.727273;AO=31;DP=43;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00449068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.366;QD=36.4825;RBI=0.0337889;REFB=-0.0161921;REVB=0.0334891;RO=11;SAF=19;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787667;STB=0.535692;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.010056;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:11:12:31:32:0.727273:12:19:5:6:12:20:6:6 chr19 56718585 . A G 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00797448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7363;QD=20.2134;RBI=0.0155576;REFB=-4.96305e-05;REVB=-0.0133584;RO=41;SAF=8;SAR=34;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238174;STB=0.63347;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000144595;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:34:8:16:25:34:8:16:25 chr19 56719405 . A C 158.09 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-5.41727e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1728;QD=25.2947;RBI=0.0148602;REFB=-0.0646646;REVB=-0.0148601;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698094;STB=0.538875;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.02602;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:7:2:5:11:7:2 chr19 56719822 . G T 178.75 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0176142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.715;QD=22.3442;RBI=0.029312;REFB=-0.0267397;REVB=-0.0234293;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766471;STB=0.504306;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0215993;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:10:4:5:13:10:4 chr19 56719853 . C A 185.41 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0731298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.5803;QD=19.5171;RBI=0.109014;REFB=0.011766;REVB=-0.0808459;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480808;STB=0.636217;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00532516;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:18:9:20:0.526316:1:8:8:7:5:15:9:9 chr19 56827938 . C A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0891004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0697;QD=59.8348;RBI=0.0942672;REFB=0;REVB=-0.0307804;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208746;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr19 56888450 . A G 389.89 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0269342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.147;QD=29.4256;RBI=0.0290528;REFB=0.00123346;REVB=0.010891;RO=17;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155603;STB=0.50847;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000314623;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:16:20:9:8:16:20:9:8 chr19 56888454 . A C 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0137627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9364;QD=10.3803;RBI=0.0371302;REFB=0.0107256;REVB=0.0344854;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0192655;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:20:16:8:10:20:16 chr19 56888526 . A T 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.121759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.427;QD=15.5733;RBI=0.122108;REFB=-0.00879148;REVB=-0.00922144;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.566257;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0105026;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:3:9:7:4:3:9 chr19 56935527 . A G 266.86 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623863;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.454;QD=48.5203;RBI=0.0353845;REFB=-0.110433;REVB=0.0348302;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00178468;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:1:0:6:15:1:0 chr19 56953585 . T C 435.9 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.667;QD=54.488;RBI=0.0372892;REFB=0.0209085;REVB=-0.0204235;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-9.49419e-05;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr19 56953863 . T C 1677.07 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8907;QD=60.4351;RBI=0.0213778;REFB=0;REVB=-0.00462947;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22661e-05;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr19 57036653 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0119082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.674;QD=15.2924;RBI=0.0260041;REFB=-0.0179739;REVB=0.0231173;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00870626;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:4:5:4:5:4:5 chr19 57036678 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0332273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.661;QD=10.3902;RBI=0.0371542;REFB=-0.00787472;REVB=-0.0166247;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0139538;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:4:7:4:3:4:7 chr19 57050515 . C G 177.98 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0742872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2033;QD=22.2478;RBI=0.0809499;REFB=-0.04411;REVB=0.0321606;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322033;STB=0.518096;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0374;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:8:6:7:11:8:6 chr19 57058998 . C G 118.34 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.077868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3595;QD=6.39669;RBI=0.0801207;REFB=-0.00546815;REVB=-0.0188652;RO=56;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110947;STB=0.567828;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00898849;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:10:8:20:36:10:8:20:36 chr19 57062073 . T C 204.17 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00135585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.856;QD=10.4702;RBI=0.0178288;REFB=-0.000518101;REVB=-0.0177772;RO=52;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152943;STB=0.588974;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000652341;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:12:14:21:31:12:14:21:31 chr19 57088850 . T C 789.47 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150406;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.789;QD=64.4463;RBI=0.0157303;REFB=0;REVB=0.00460702;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82607e-05;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:32:17:0:0 chr19 57089050 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4714;QD=58.6004;RBI=0.0286341;REFB=0;REVB=0.0204358;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198425;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr19 57132968 . G A 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00322005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.175;QD=5.84497;RBI=0.0146407;REFB=0.00084028;REVB=0.0142822;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252623;STB=0.659288;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.003671;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:11:26:5:5:11:26 chr19 57135023 . T C 340.27 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0126056;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.912;QD=28.9588;RBI=0.0132404;REFB=-0.00285026;REVB=-0.00405045;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106635;STB=0.570128;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0022175;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:18:29:29:0.617021:14:15:7:12:14:15:6:12 chr19 57135195 . G A 527.87 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.012744;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.022;QD=16.1182;RBI=0.0138048;REFB=0.00628768;REVB=0.00530676;RO=74;SAF=32;SAR=25;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156661;STB=0.587516;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0112772;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:25:32:30:44:25:32:30:44 chr19 57175484 . A G 175.54 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.294;QD=46.8092;RBI=0.0911285;REFB=0;REVB=0.0221916;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010552;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 57176198 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.721;QD=57.2377;RBI=0.0309474;REFB=0;REVB=0.0109093;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152096;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr19 57176304 . T G 708.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950599;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.579;QD=55.5883;RBI=0.0280621;REFB=0;REVB=0.026403;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229002;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:26:25:0:0 chr19 57176482 . C T 1298.8 PASS AF=0.988372;AO=78;DP=79;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0690705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2531;QD=60.4091;RBI=0.0696487;REFB=-0.0780216;REVB=0.00895581;RO=1;SAF=57;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823325;STB=0.503936;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00346444;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:86:1:1:78:85:0.988372:21:57:1:0:22:63:1:0 chr19 57176820 . C A 671.53 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.033883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.98;QD=50.6811;RBI=0.0346457;REFB=-0.16449;REVB=0.00722953;RO=3;SAF=18;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722155;STB=0.538446;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00126387;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:3:3:50:50:0.943396:32:18:3:0:32:18:3:0 chr19 57176838 . C G 594.4 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.045101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.432;QD=52.8351;RBI=0.0451317;REFB=-0.174557;REVB=-0.00166535;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558794;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00145692;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:0:4:41:41:0.911111:26:15:0:0:26:15:4:0 chr19 57293394 . A G 208.37 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0348989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.922;QD=11.4175;RBI=0.0426227;REFB=0.00494437;REVB=0.0244697;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210411;STB=0.622079;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00730944;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:17:9:25:22:17:9:25:22 chr19 57293831 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00469673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4401;QD=9.6006;RBI=0.0520308;REFB=0.00209492;REVB=-0.0518184;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803301;STB=0.54777;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00656217;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:8:9:17:20:8:9:17:20 chr19 57325083 . C T 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0149177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.963;QD=16.4227;RBI=0.0153077;REFB=-0.00775068;REVB=-0.00343323;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548442;STB=0.817603;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0271371;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:9:2:9:2:9:2 chr19 57433619 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.318;QD=62.0219;RBI=0.00563611;REFB=0;REVB=0.00364704;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85677e-06;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr19 57641146 . A G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00455139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.835;QD=29.7802;RBI=0.0173618;REFB=-0.00310389;REVB=0.0167546;RO=4;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910764;STB=0.550939;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00102505;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:9:4:2:2:9:4:2:2 chr19 57642098 . G A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0291892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.164;QD=29.8272;RBI=0.0329549;REFB=-0.0163301;REVB=0.0152977;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.009249;OID=.;OPOS=57642098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:3:3:8:8:3:3 chr19 57642782 . C A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4701;QD=60.975;RBI=0.0279644;REFB=0;REVB=-0.0256628;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127835;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 57643051 . G A 421.27 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0784993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.111;QD=23.4039;RBI=0.0787027;REFB=-0.00845537;REVB=0.00565466;RO=31;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726429;STB=0.539899;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00256395;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:21:20:18:13:21:20:18:13 chr19 57643099 . G A 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00962723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0926;QD=32.2103;RBI=0.0404967;REFB=-0.0215502;REVB=-0.0393357;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11808;STB=0.564473;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00985934;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:14:15:10:4:14:15:10:4 chr19 57646570 . T C 255.76 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0124678;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.015;QD=19.674;RBI=0.0400091;REFB=-0.00370222;REVB=0.0380168;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127697;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00559703;OID=.;OPOS=57646570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:13:12:13:14:13:12 chr19 57647015 . A G 345.32 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0118018;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9118;QD=26.5627;RBI=0.0180799;REFB=-0.0165866;REVB=0.0136967;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320158;STB=0.501886;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00997254;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:17:19:33:33:0.634615:21:12:7:10:21:12:7:12 chr19 57647236 . T C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0113756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.623;QD=22.3221;RBI=0.0196488;REFB=-0.00307229;REVB=0.0160209;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771863;STB=0.542685;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00259941;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:10:13:14:16:10:13 chr19 57648277 . A T 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000165978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.46;QD=24.7609;RBI=0.0106353;REFB=-0.0353119;REVB=-0.010634;RO=28;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090715;STB=0.549725;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0214662;OID=.;OPOS=57648277;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:24:17:15:13:24:17:15:13 chr19 57649900 . C T 419.28 PASS AF=0.722222;AO=34;DP=51;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0395957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4756;QD=31.0578;RBI=0.105987;REFB=-0.0499561;REVB=0.098313;RO=15;SAF=22;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217534;STB=0.597651;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0210805;OID=.;OPOS=57649900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:15:15:34:39:0.722222:12:22:4:11:15:24:4:11 chr19 57723007 . G C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0388072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.885;QD=12.1357;RBI=0.0412806;REFB=-0.00609242;REVB=0.0140744;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927477;STB=0.553532;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0106892;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:18:10:21:27:18:10:21:27 chr19 57723013 . G A 210.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0141413;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.371;QD=11.6787;RBI=0.0152807;REFB=-0.0107918;REVB=-0.00578987;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328412;STB=0.519001;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0165313;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:16:10:19:27:16:10:19:27 chr19 57742472 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3237;QD=49.5981;RBI=0.103998;REFB=0;REVB=0.0829586;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285426;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr19 57742489 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.57;QD=45.8064;RBI=0.062813;REFB=0;REVB=0.010792;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133704;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 57742497 . C A 86.81 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.093;QD=38.5813;RBI=0.0166733;REFB=0;REVB=0.0166733;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00837575;OID=.;OPOS=57742497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr19 57742499 . A C 101.1 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000550023;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.736;QD=40.4406;RBI=0.00475617;REFB=0;REVB=-0.00472426;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572356;OID=.;OPOS=57742499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:9:0:0:0:10:0:0:0 chr19 57760018 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0074528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.657;QD=13.7478;RBI=0.0403364;REFB=-0.01357;REVB=-0.0396419;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112816;STB=0.564852;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0160728;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:17:15:8:14:17:15 chr19 57760057 . G A 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0348534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6236;QD=13.3128;RBI=0.0405745;REFB=-0.0258356;REVB=0.0207732;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162886;STB=0.509361;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0376043;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:19:14:9:13:19:14 chr19 57764770 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00322673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.331;QD=5.68925;RBI=0.00337578;REFB=-0.000960187;REVB=0.000992031;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961294;STB=0.562303;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0213563;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:5:14:4:2:5:14 chr19 57765432 . A G 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00982846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.926;QD=10.1987;RBI=0.00997287;REFB=-0.00316641;REVB=-0.00169101;RO=50;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00664937;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:11:14:28:22:11:14:28:23 chr19 57767004 . A T 163.58 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0179207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.601;QD=12.83;RBI=0.0179279;REFB=-0.012053;REVB=0.000510287;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949207;STB=0.569285;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0202976;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:8:10:15:17:8:11:15:17 chr19 57768066 . A G 106.26 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00523736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.667;QD=11.8067;RBI=0.0123661;REFB=-0.00899059;REVB=-0.0112022;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299035;STB=0.679313;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0155359;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:12:11:3:10:12:11 chr19 57768897 . CTT C 199.91 PASS AF=0.4;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00609894;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.094;QD=9.40749;RBI=0.0288174;REFB=-0.00087928;REVB=-0.0281646;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010472;STB=0.505953;STBP=0.942;TYPE=del;VARB=0.00146319;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:34:88:34:85:51:19:15:28:23:99:51:19:15:28:23 chr19 57769994 . C CTTCCA 50.79 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00907546;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=5;MLLD=283.783;QD=4.72481;RBI=0.0269807;REFB=0.00224174;REVB=-0.0254086;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220655;STB=0.635501;STBP=0.419;TYPE=ins;VARB=-0.00841856;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:8:44:8:43:35:5:3:16:19:50:34:5:3:15:19 chr19 57771883 . A G 98.04 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0304239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.224;QD=13.0719;RBI=0.0380597;REFB=-0.036321;REVB=-0.0228677;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104933;STB=0.571319;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0426911;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:17:18:12:12:0.4:9:3:3:14:9:3:3:15 chr19 57773447 . T G 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0115061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.126;QD=26.0488;RBI=0.0127391;REFB=-0.0329692;REVB=0.00546748;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0142389;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr19 57802806 . C T 315.53 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0608101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7253;QD=24.2716;RBI=0.0635259;REFB=-0.0153779;REVB=0.0183757;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102757;STB=0.556651;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0124698;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:19:12:11:10:19:12:11:10 chr19 57802824 . G A 322.93 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00170977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.376;QD=21.8935;RBI=0.0108975;REFB=-0.00161963;REVB=0.0107626;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459175;STB=0.516726;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00124591;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:26:32:33:0.559322:19:13:12:14:19:14:12:14 chr19 57832257 . T C 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0485116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.361;QD=18.8217;RBI=0.048832;REFB=-0.0254546;REVB=-0.00558491;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144193;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0153237;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:4:6:9:3:4:6 chr19 57838018 . C G 108.82 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00170387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.033;QD=24.1817;RBI=0.0167938;REFB=-0.0319624;REVB=0.0167071;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137772;STB=0.610935;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0205759;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:9:12:0.666667:6:3:1:5:6:6:1:5 chr19 57839150 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.144;QD=50.4098;RBI=0.0533612;REFB=0;REVB=0.00867875;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320576;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 57839567 . T A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9175;QD=57.2363;RBI=0.0340787;REFB=0;REVB=0.0269041;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15019e-05;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr19 57839690 . A T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0157884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.038;QD=12.3387;RBI=0.0158611;REFB=-0.00312042;REVB=-0.00151653;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251168;STB=0.645443;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00822443;OID=.;OPOS=57839690;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:7:17:19:20:7:17:19:20 chr19 57865149 . C T 169.46 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0335843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5093;QD=10.5914;RBI=0.0338756;REFB=0.0111653;REVB=-0.00443319;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283365;STB=0.664223;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0194067;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:9:13:14:28:9:13:14:28 chr19 57868336 . A G 331.08 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00550116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.706;QD=50.9346;RBI=0.010481;REFB=-0.196406;REVB=-0.00892121;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00027606;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr19 57868879 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00285023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.588;QD=16.8248;RBI=0.0192136;REFB=-0.02042;REVB=-0.019001;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325055;STB=0.525524;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0301405;OID=.;OPOS=57868879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:6:15:20:7:6:15:21:7 chr19 57909872 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5067;QD=60.2016;RBI=0.0472498;REFB=0;REVB=-0.0122072;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237268;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr19 57910927 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00648386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.933;QD=6.02705;RBI=0.0458585;REFB=-0.00212307;REVB=-0.0453978;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32821;STB=0.709231;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0080592;OID=.;OPOS=57910927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:12:19:3:6:12:19 chr19 57931303 . C A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00670821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.847;QD=11.6208;RBI=0.0151369;REFB=-0.0117728;REVB=-0.0135693;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170788;STB=0.598334;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.021705;OID=.;OPOS=57931303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:9:26:12:8:9:26 chr19 57932027 . C T 167.5 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00427493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.386;QD=23.1032;RBI=0.0305005;REFB=0.0181473;REVB=-0.0301994;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102381;STB=0.557311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0136727;OID=.;OPOS=57932027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:8:4:8:9:8:4 chr19 57956828 . T G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.795;QD=60.9765;RBI=0.037513;REFB=0;REVB=0.0352236;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453667;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 57967049 . G T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0078;QD=58.9624;RBI=0.0151777;REFB=0;REVB=0.0112778;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07116e-06;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr19 57967133 . G A 753.45 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2205;QD=61.5061;RBI=0.0476064;REFB=0.0393003;REVB=0.0278687;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.513508;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000229062;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:1:0:30:18:1:0 chr19 57967577 . G C 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0186376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.886;QD=4.2224;RBI=0.0189165;REFB=-0.00304839;REVB=0.00323658;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289939;STB=0.690678;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0122388;OID=.;OPOS=57967577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:4:5:14:30:4:5:14:30 chr19 57984426 . C A 1081.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.409;QD=60.0789;RBI=0.0268692;REFB=0;REVB=-0.00854413;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39313e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:37:33:0:0:37:35:0:0 chr19 57984918 . A G 1062.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.246;QD=59.8458;RBI=0.0333997;REFB=0;REVB=0.0318099;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38475e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:31:40:0:0 chr19 57985460 . T A 918.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1007;QD=58.3312;RBI=0.0775126;REFB=0;REVB=-0.0445038;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114843;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr19 57985566 . G C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.327;QD=63.3368;RBI=0.0186348;REFB=0;REVB=0.015665;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02402e-06;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr19 57987905 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.968;QD=62.762;RBI=0.0297834;REFB=0;REVB=0.0259733;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17738e-05;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:32:57:0:0:32:57:0:0 chr19 57988666 . A AGCC 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0213115;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.258;QD=39.4692;RBI=0.0431948;REFB=-0.103282;REVB=0.0375713;RO=7;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253309;STB=0.64271;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0161572;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:21:28:21:25:4:5:16:4:0:20:7:5:16:5:2 chr19 58001512 . T A 774.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.559;QD=63.249;RBI=0.0249056;REFB=0;REVB=0.0248699;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491414;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:21:26:0:0:23:26:0:0 chr19 58003141 . A G 133.07 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0464124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1281;QD=35.4846;RBI=0.047397;REFB=-0.0127539;REVB=-0.00961061;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0140196;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:0:2:8:5:0:2 chr19 58003488 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.442;QD=57.8829;RBI=0.0666727;REFB=0;REVB=0.0643072;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314449;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr19 58003580 . A G 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.24;QD=61.7734;RBI=0.0132712;REFB=0;REVB=0.0120166;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07836e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:55:69:0:0:55:69:0:0 chr19 58003613 . C T 1833.51 PASS AF=0.99187;AO=111;DP=115;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0645351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8035;QD=59.6265;RBI=0.0675192;REFB=-0.0158417;REVB=0.0198508;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00111203;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:123:0:1:111:122:0.99187:57:54:0:0:58:64:1:0 chr19 58004346 . G C 884.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9644;QD=57.9747;RBI=0.0407422;REFB=0;REVB=0.0337758;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562544;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr19 58004931 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4143;QD=37.4882;RBI=0.0653892;REFB=0;REVB=0.0653225;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337255;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 58011421 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00922126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.884;QD=13.4851;RBI=0.019456;REFB=-0.00433822;REVB=0.0171319;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00170077;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:3:8:7:2:3:8 chr19 58016048 . C T 502.29 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0154004;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.667;QD=32.9372;RBI=0.0156009;REFB=-0.023195;REVB=-0.00249287;RO=17;SAF=23;SAR=21;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951605;STB=0.551365;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00908375;OID=.;OPOS=58016048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:17:17:44:44:0.721311:21:23:12:5:21:23:12:5 chr19 58038964 . T A 1247.33 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000387714;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6112;QD=61.5966;RBI=0.106222;REFB=0;REVB=0.106221;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858112;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:1:0:78:81:1:39:39:1:0:42:39:0:0 chr19 58049912 . G C 356.6 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00403181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.376;QD=36.5742;RBI=0.00711406;REFB=0.0110724;REVB=0.00586126;RO=10;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.51336;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00254077;OID=.;OPOS=58049912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:16:13:5:5:16:13:5:5 chr19 58058536 . A G 1157.36 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5292;QD=59.3518;RBI=0.042197;REFB=-0.040202;REVB=-0.0344527;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000601551;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:1:0:41:36:1:0 chr19 58058739 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.032207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.438;QD=14.6652;RBI=0.0596665;REFB=-0.00892317;REVB=-0.0502275;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0194512;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr19 58117223 . T A 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000291326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.269;QD=20.1525;RBI=0.00833262;REFB=-0.0121338;REVB=0.00832752;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0105337;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr19 58151338 . TG T 350.89 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0298557;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.613;QD=23.009;RBI=0.0298963;REFB=-0.0171826;REVB=-0.00155719;RO=26;SAF=9;SAR=26;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301992;STB=0.66725;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0127818;OID=.;OPOS=58151339;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57377:35:62:35:61:26:9:26:16:10:99:26:9:26:16:10 chr19 58200099 . T C 129.02 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0239404;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.6445;QD=9.05369;RBI=0.0376999;REFB=0.0257389;REVB=0.0291228;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.505922;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0376649;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:38:39:17:18:0.315789:8:9:21:17:8:10:22:17 chr19 58200628 . G T 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00898142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4772;QD=7.26026;RBI=0.0379219;REFB=-0.00320282;REVB=-0.036843;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18748;STB=0.618537;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0121708;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:13:16:7:3:13:16 chr19 58201360 . C T 128.23 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0164422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2477;QD=12.2125;RBI=0.0212753;REFB=0.00410865;REVB=0.0135016;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130223;STB=0.57682;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.008004;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:14:13:9:6:14:13 chr19 58202016 . ATTCAT A 163.42 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00270948;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=325.671;QD=31.1279;RBI=0.0087035;REFB=-0.0191789;REVB=-0.00827102;RO=4;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214712;STB=0.618896;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.0031114;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:17:21:17:21:4:13:4:1:3:19:4:13:4:1:3 chr19 58213952 . C A 524.4 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0471588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6627;QD=24.6776;RBI=0.0475837;REFB=0.029955;REVB=0.00634496;RO=35;SAF=35;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21466;STB=0.624946;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0221377;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:35:36:49:49:0.576471:14:35:16:19:14:35:16:20 chr19 58258466 . G T 357.0 PASS AF=0.5625;AO=33;DP=62;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00610232;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.541;QD=22.3125;RBI=0.00969902;REFB=-0.0127924;REVB=-0.00753874;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292915;STB=0.657801;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00838151;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:29:28:33:36:0.5625:25:8:16:13:27:9:16:12 chr19 58352522 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00995317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.163;QD=15.0641;RBI=0.00997349;REFB=-0.00940161;REVB=-0.000636277;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530926;STB=0.523792;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0122469;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:18:9:13:21:18:9:13:22 chr19 58352806 . T C 409.54 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00978322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.601;QD=45.5042;RBI=0.0156684;REFB=-0.0690395;REVB=0.0122388;RO=5;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473711;STB=0.525531;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0103468;OID=.;OPOS=58352806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:13:18:2:3:13:18:2:3 chr19 58384657 . ACTT A 201.02 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0146192;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.322;QD=9.68745;RBI=0.0366771;REFB=-0.00408804;REVB=0.0336376;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209293;STB=0.508373;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0089916;OID=.;OPOS=58384658;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313253:25:83:26:83:57:14:12:30:27:99:48:14:11:26:22 chr19 58385630 . C T 56.81 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.091117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1116;QD=7.33092;RBI=0.0946611;REFB=-0.0311884;REVB=0.0256598;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.633518;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0559149;OID=.;OPOS=58385630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:30:31:22:22:8:9:0.290323:5:3:14:8:5:4:14:8 chr19 58385954 . T C 104.08 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0151847;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=166.087;QD=13.4296;RBI=0.209572;REFB=-0.0150548;REVB=0.209022;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150146;STB=0.66637;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0127568;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:31:9:18:10:12:0.387097:2:8:6:3:3:9:9:9 chr19 58420152 . C A 156.22 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00113124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.171;QD=15.2408;RBI=0.0221056;REFB=0.0105677;REVB=0.0220767;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83577e-08;STB=0.531878;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0128918;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:4:12:18:6:5:12:18:6 chr19 58420162 . T C 134.39 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.01268;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.103;QD=15.3589;RBI=0.0429759;REFB=-0.0021306;REVB=0.0410627;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161375;STB=0.592478;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00184854;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:15:5:6:9:15:5 chr19 58420167 . T C 227.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00230971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.758;QD=21.1262;RBI=0.0208905;REFB=0.0230253;REVB=-0.0207624;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158483;STB=0.568661;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0106215;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:8:14:16:4:8:14:16:5 chr19 58420699 . C A 237.1 PASS AF=0.564103;AO=15;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0376874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.591;QD=24.3183;RBI=0.0433281;REFB=-0.0225733;REVB=0.0213773;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.553143;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0110615;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:15:22:0.564103:9:6:8:9:9:13:8:9 chr19 58439306 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.013826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.883;QD=12.9421;RBI=0.0141475;REFB=-0.0168315;REVB=0.00299883;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285998;STB=0.516756;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0209308;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:14:11:7:8:14:11 chr19 58453342 . T C 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0144018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.822;QD=23.4425;RBI=0.0158026;REFB=-0.0295241;REVB=-0.00650462;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209297;STB=0.615921;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.017761;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:9:22:10:12:9:22:10:12 chr19 58455381 . C T 1218.15 PASS AF=1;AO=64;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.394;QD=61.6787;RBI=0.105067;REFB=0;REVB=0.00878159;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215867;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:64:79:1:44:20:0:0:45:34:0:0 chr19 58572979 . G A 734.81 PASS AF=0.62069;AO=52;DP=88;FAO=54;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0180043;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.605;QD=33.7842;RBI=0.0180327;REFB=-0.0474187;REVB=-0.00101125;RO=18;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228346;STB=0.603531;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0132765;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:18:20:52:54:0.62069:24:28:1:17:25:29:3:17 chr19 58578578 . C T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00312091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.378;QD=26.4935;RBI=0.007024;REFB=-0.0103796;REVB=0.00629257;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552779;STB=0.530691;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00480517;OID=.;OPOS=58578578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:2:7:12:5:2:7 chr19 58581572 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00853125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.766;QD=19.9289;RBI=0.0241543;REFB=-0.00876093;REVB=0.0225975;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00717222;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:5:4:4:8:5:4 chr19 58581904 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.729;QD=28.6827;RBI=0.0811625;REFB=-0.0750141;REVB=0.0771495;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118266;STB=0.567407;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0230304;OID=.;OPOS=58581904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:2:7:1:1:2:7:1:1 chr19 58600044 . TGGGC TGGC,TGGGT 140.07 PASS AF=0.541667,0.375;AO=11,4;DP=25;FAO=13,9;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=2,4;FSAR=11,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.300802,0.0176746;FXX=0.039984;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=7.36735,267.474;QD=23.3447;RBI=0.304241,0.0333241;REFB=0.0649006,-0.00323202;REVB=0.0456199,0.0282507;RO=3;SAF=0,4;SAR=11,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.836521,0;STB=0.666369,0.599781;STBP=0.025,0.244;TYPE=del,snp;VARB=0.16989,0.0793256;OID=.,.;OPOS=58600045,58600048;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.541667,0.375:11,4:25:13,9:24:2:2,4:11,5:2:0:43:3:0,4:11,0:3:0 chr19 58601570 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00656806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0945;QD=10.6349;RBI=0.0685069;REFB=-0.0510225;REVB=0.0681913;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0861869;OID=.;OPOS=58601570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr19 58718360 . A AG 293.08 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7114;QD=45.0897;RBI=0.153721;REFB=0;REVB=-0.0845113;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0019871;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:26:26:0:8:18:0:0:5:1:7:18:1:0 chr19 58790675 . T C 122.35 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00585509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.221;QD=15.7872;RBI=0.0295614;REFB=-0.0183514;REVB=-0.0289757;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0183394;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:8:8:8:6:9:8 chr19 58790713 . G C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0227366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2992;QD=13.4397;RBI=0.025914;REFB=0.000464125;REVB=-0.0124332;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000159522;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr19 58806083 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0155389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.83;QD=15.2556;RBI=0.0227353;REFB=-0.0169089;REVB=-0.0165962;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.573454;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0218733;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:12:7:14:15:13:7:14:16 chr19 58864479 . T C 468.66 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660539;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.089;QD=58.5823;RBI=0.0664613;REFB=0;REVB=-0.00734754;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185785;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 58870087 . TG T 837.47 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0138;QD=46.5261;RBI=0.0448878;REFB=0;REVB=-0.044393;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00035839;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:72:72:0:31:41:0:0:15:0:29:38:0:0 chr19 58870779 . T G,TG 58.1 PASS AF=0,0.381818;AO=3,13;DP=59;FAO=0,21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=0,11;FSAR=0,10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0339897,0.0271839;FXX=0.0350816;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=63.6768,7.74777;QD=4.22579;RBI=0.074334,0.142735;REFB=-0.00204678,-0.0968373;REVB=0.0661078,0.140123;RO=40;SAF=2,9;SAR=1,4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.303501,0.399521;STB=0.5,0.62253;STBP=1,0.183;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.1215;OID=.,.;OPOS=58870779,58870780;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:59:55:40:34:3,13:0,21:0,0.381818:1,4:2,9:14:26:0,10:0,11:11:23 chr19 58879965 . AC CG,GC 155.77 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,11;DP=13;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487714,0.0342257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=13.1118,47.2233;QD=44.5064;RBI=0.0583349,0.0654325;REFB=0,0;REVB=-0.0320049,-0.0557675;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0601064,-0.00339104;OID=.,.;OPOS=58879965,58879965;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:14:0:0:2,11:2,12:0.142857,0.857143:2,2:0,9:0:0:2,2:0,10:0:0 chr19 58879976 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.427;QD=44.6895;RBI=0.0765205;REFB=0;REVB=0.0229821;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135308;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr19 58898193 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.201;QD=53.908;RBI=0.0799293;REFB=0;REVB=0.0733958;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632892;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 58928302 . T C 745.72 PASS AF=1;AO=32;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000356668;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2065;QD=64.8455;RBI=0.149127;REFB=0;REVB=0.149127;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302227;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:32:46:1:12:20:0:0:26:20:0:0 chr19 58928786 . A G 724.76 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.406;QD=54.6986;RBI=0.0238152;REFB=-0.155078;REVB=0.00681617;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000674157;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr19 58929052 . G A 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1271;QD=52.593;RBI=0.0599567;REFB=0;REVB=-0.0299691;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579888;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 58929136 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0734;QD=40.7601;RBI=0.0583352;REFB=0;REVB=0.0449281;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450793;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 58945962 . C T 604.12 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.781;QD=60.4124;RBI=0.0839048;REFB=0;REVB=0.0834727;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522861;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:29:40:1:11:18:0:0:22:18:0:0 chr19 58946056 . G A 109.08 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.339;QD=36.3594;RBI=0.0216356;REFB=-0.104465;REVB=0.0125548;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0020138;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:9:2:0:0:9:2:0:1 chr19 58951123 . T C 1403.74 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00513614;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.091;QD=61.7029;RBI=0.0431964;REFB=-0.0696771;REVB=0.04289;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000150162;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:43:47:0:0:43:47:1:0 chr19 58966644 . A T 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.515;QD=59.5016;RBI=0.00282346;REFB=0;REVB=-0.00238803;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50093e-06;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:31:38:0:0 chr19 58968875 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6404;QD=44.6896;RBI=0.00965757;REFB=0;REVB=0.00965757;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292926;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr19 58969179 . C A 744.96 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.449;QD=56.2233;RBI=0.0463533;REFB=0;REVB=0.0307767;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46502e-07;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:49:53:1:22:27:0:0:26:27:0:0 chr19 58982384 . A G 930.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.517;QD=57.2716;RBI=0.0619817;REFB=0;REVB=0.0313911;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163587;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:65:0:0:57:65:1:35:22:0:0:36:29:0:0 chr19 58989495 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.428;QD=45.8064;RBI=0.0418322;REFB=0;REVB=0.0282006;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22633e-05;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr19 58991900 . G A 1650.36 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163306;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.089;QD=59.4725;RBI=0.018087;REFB=-0.062717;REVB=0.00777508;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000467789;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:0:1:110:110:0.990991:51:59:0:0:51:59:0:1 chr19 59082605 . C T 386.96 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00176771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.479;QD=30.3501;RBI=0.00176808;REFB=-0.00912298;REVB=3.64655e-05;RO=15;SAF=28;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239899;STB=0.624921;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00766696;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:16:35:35:0.686275:7:28:7:8:7:28:8:8 chr19 59082639 . G A 67.26 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.00182693;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.174;QD=4.63885;RBI=0.00265636;REFB=-0.00627825;REVB=-0.00192835;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155702;STB=0.599835;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0313661;OID=.;OPOS=59082639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:47:47:11:11:0.189655:4:7:35:12:4:7:35:12 chr20 138178 . GCCT GCT,GCTG 349.22 PASS AF=0.479452,0.0410959;AO=30,3;DP=68;FAO=35,3;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15,3;FSAR=20,0;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0860073,-0.0402092;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=27.8018,28.9531;QD=19.1353;RBI=0.087045,0.0418675;REFB=0.0239382,0.0235113;REVB=-0.0134005,-0.0116668;RO=35;SAF=10,3;SAR=20,0;SRF=22;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283851,0.475393;STB=0.599134,0.995644;STBP=0.099,0.129;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0143977,-0.0520776;OID=.,.;OPOS=138179,138180;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479452,0.0410959:30,3:68:35,3:73:35:15,3:20,0:22:13:99:35:10,3:20,0:22:13 chr20 139456 . G A 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0241102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0778;QD=10.1478;RBI=0.0244829;REFB=-0.013036;REVB=-0.00425533;RO=44;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158558;STB=0.593134;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0250604;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:14:8:22:22:14:8:22:22 chr20 139576 . C A 274.65 PASS AF=0.361702;AO=25;DP=97;FAO=34;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0885934;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1755;QD=11.687;RBI=0.0885934;REFB=-0.0171162;REVB=0.000107737;RO=59;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338031;STB=0.602919;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.030629;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:59:60:25:34:0.361702:15:10:22:37:16:18:22:38 chr20 168728 . T A 507.56 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00698908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.674;QD=19.9042;RBI=0.0120338;REFB=-0.00267113;REVB=0.0097962;RO=49;SAF=35;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131086;STB=0.50704;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00264126;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:50:51:52:0.509804:16:35:33:16:16:36:34:16 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 632.9 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=43;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360642,-0.00624893;FXX=0.0465008;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=291.07,225.357;QD=61.746;RBI=0.0543454,0.0396987;REFB=0,0;REVB=0.0406546,0.0392038;RO=0;SAF=9,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00117789,0.00459403;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97561,0.0243902:38,2:43:40,1:41:0:9,1:31,0:0:0:11:0:9,1:29,1:0:0 chr20 256727 . T A 1440.69 PASS AF=0.989247;AO=86;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.054;QD=61.9651;RBI=0.0698107;REFB=0;REVB=0.0693096;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189891;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:0:86:92:0.989247:32:54:0:0:38:54:0:0 chr20 257733 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.29;QD=64.4152;RBI=0.0116109;REFB=0;REVB=-0.0101034;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64503e-05;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr20 259969 . G C 3124.65 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.908;QD=61.2676;RBI=0.0285577;REFB=0;REVB=0.012725;RO=0;SAF=66;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71624e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1027e-05;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:202:204:1:136:66:0:0:138:66:0:0 chr20 271225 . T A 56.57 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135272;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=27.1497;QD=32.323;RBI=0.190263;REFB=0;REVB=0.133797;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267776;OID=.;OPOS=271225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr20 278806 . C T 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.074;QD=58.6108;RBI=0.038009;REFB=-0.0857424;REVB=0.0334985;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141179;STB=0.507461;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00230484;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:40:33:1:0:40:33:1:0 chr20 279483 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.111;QD=64.4144;RBI=0.0143345;REFB=0;REVB=-0.0127178;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21644e-05;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr20 279774 . A C 191.41 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.429;QD=47.8527;RBI=0.0880107;REFB=0;REVB=0.00242553;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063529;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:10:4:0:0:10:6:0:0 chr20 308189 . G C 878.42 PASS AF=0.446009;AO=93;DP=211;FAO=95;FDP=213;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=75;FWDB=-0.005137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.872;QD=16.4961;RBI=0.016637;REFB=-0.00758376;REVB=0.0158241;RO=116;SAF=46;SAR=47;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124284;STB=0.572305;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0127415;OID=.;OPOS=308189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:213:116:118:93:95:0.446009:47:46:43:73:48:47:43:75 chr20 308193 . A G 848.05 PASS AF=0.434579;AO=93;DP=214;FAO=93;FDP=214;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=-0.000477671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.57;QD=15.8513;RBI=0.018888;REFB=-0.0145282;REVB=-0.018882;RO=121;SAF=46;SAR=47;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142073;STB=0.578862;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0164237;OID=.;OPOS=308193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:121:121:93:93:0.434579:47:46:43:78:47:46:43:78 chr20 308402 . TC AA 488.78 PASS AF=0.321608;AO=56;DP=190;FAO=64;FDP=199;FR=.;FRO=135;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=7.00297e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.593;QD=9.82477;RBI=0.00632325;REFB=-0.0066746;REVB=-0.00632286;RO=130;SAF=27;SAR=29;SRF=75;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113481;STB=0.552748;STBP=0.305;TYPE=mnp;VARB=0.0146907;OID=.;OPOS=308402;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:199:130:135:56:64:0.321608:29:27:75:55:32:32:78:57 chr20 309161 . A T 266.6 PASS AF=0.484848;AO=21;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00679469;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.539;QD=16.1576;RBI=0.0582278;REFB=-0.0102145;REVB=0.05783;RO=23;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445349;STB=0.55335;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0469094;OID=.;OPOS=309161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:23:34:21:32:0.484848:19:2:9:14:25:7:10:24 chr20 309163 . T C 104.72 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0042898;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=171.16;QD=6.25185;RBI=0.0214761;REFB=-0.00551088;REVB=-0.0210433;RO=36;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415238;STB=0.74829;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0263753;OID=.;OPOS=309163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:67:36:51:16:16:0.238806:14:2:14:22:14:2:18:33 chr20 309166 . T C 43.2 PASS AF=0.125;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-9.69564e-06;FXX=0.0136968;HRUN=20;LEN=1;MLLD=141.171;QD=2.40021;RBI=0.0217836;REFB=-0.0016755;REVB=-0.0217836;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932824;STB=0.573596;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00881533;OID=.;OPOS=309166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:67:72:57:63:9:9:0.125:7:2:16:41:7:2:18:45 chr20 309167 . T C 103.77 PASS AF=0.246154;AO=15;DP=68;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00543109;FXX=0.0714184;HRUN=20;LEN=1;MLLD=167.724;QD=6.38609;RBI=0.00853847;REFB=-0.00326304;REVB=-0.00658853;RO=45;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343511;STB=0.712255;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0158803;OID=.;OPOS=309167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:45:49:15:16:0.246154:13:2:15:30:14:2:15:34 chr20 309168 . T A 33.2 PASS AF=0.107692;AO=8;DP=70;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00975413;FXX=0.0844951;HRUN=20;LEN=1;MLLD=130.746;QD=2.04278;RBI=0.0102148;REFB=-0.00227182;REVB=-0.00303296;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791557;STB=0.507998;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120135;OID=.;OPOS=309168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:70:65:56:58:8:7:0.107692:6:2:17:39:5:2:17:41 chr20 309169 . T A 112.99 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00502717;FXX=0.0144907;HRUN=20;LEN=1;MLLD=182.224;QD=6.64654;RBI=0.00993211;REFB=-7.61977e-05;REVB=-0.00856588;RO=50;SAF=2;SAR=15;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389037;STB=0.743776;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00027208;OID=.;OPOS=309169;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:15:2:17:33:15:2:17:34 chr20 309692 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.018895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.128;QD=13.5766;RBI=0.0190988;REFB=-0.0150911;REVB=0.00278265;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0173419;OID=.;OPOS=309692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:12:7:7:6:12:7 chr20 309734 . A AAAGCT 146.66 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0165346;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=5;MLLD=258.946;QD=10.4759;RBI=0.0179425;REFB=-0.0103956;REVB=-0.00696717;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455373;STB=0.512182;STBP=0.894;TYPE=ins;VARB=0.0171353;OID=.;OPOS=309735;OREF=-;OALT=AAGCT;OMAPALT=AAAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339286:18:58:19:56:37:12:7:24:13:99:37:11:7:24:13 chr20 310269 . C G 333.45 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.000705417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.185;QD=10.8438;RBI=0.0262557;REFB=-0.0102318;REVB=-0.0262462;RO=80;SAF=23;SAR=19;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116146;STB=0.511106;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0272593;OID=.;OPOS=310269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:81:42:42:0.341463:19:23:43:37:19:23:43:38 chr20 310474 . T C 373.72 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00228885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.773;QD=14.8009;RBI=0.0299695;REFB=-0.0118969;REVB=-0.029882;RO=57;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898535;STB=0.551534;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0161494;OID=.;OPOS=310474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:57:59:42:42:0.415842:17:25:29:28:17:25:30:29 chr20 310493 . G C 375.53 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0167818;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.692;QD=15.6471;RBI=0.0174835;REFB=-0.0162482;REVB=0.00490352;RO=55;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470928;STB=0.502104;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0135097;OID=.;OPOS=310493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:56:40:40:0.416667:18:22:30:25:18:22:31:25 chr20 368789 . CT TC 50.89 PASS AF=0.11828;AO=16;DP=95;FAO=11;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=78;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0637704;FXX=0.0210504;HRUN=6;LEN=2;MLLD=59.6894;QD=2.18887;RBI=0.0656886;REFB=-0.019405;REVB=-0.0157583;RO=52;SAF=13;SAR=3;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580435;STB=0.814239;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.228692;OID=.;OPOS=368789;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:95:93:52:78:16:11:0.11828:3:13:16:36:2:9:36:42 chr20 371972 . T C 2337.23 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202949;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2431;QD=61.104;RBI=0.0313318;REFB=0;REVB=-0.0238705;RO=0;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97037e-06;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:65:88:0:0:65:88:0:0 chr20 376857 . G A 674.67 PASS AF=0.598131;AO=63;DP=106;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00481082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.71;QD=25.2213;RBI=0.0799195;REFB=-0.00561314;REVB=0.0797746;RO=43;SAF=39;SAR=24;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823457;STB=0.548059;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00532709;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:43:43:63:64:0.598131:24:39:31:12:25:39:31:12 chr20 377226 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.808;QD=57.2026;RBI=0.0415718;REFB=0;REVB=0.0391859;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147217;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr20 377296 . G A 324.4 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.114537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3968;QD=19.6605;RBI=0.148921;REFB=-0.0443512;REVB=0.0951779;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333257;STB=0.527916;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.043126;OID=.;OPOS=377296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:13:21:18:13:13:21:18:14 chr20 397928 . C T 275.57 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00352639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5627;QD=18.0704;RBI=0.011412;REFB=-0.00985762;REVB=0.0108535;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104309;STB=0.558154;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00667777;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:10:21:17:13:10:21 chr20 590542 . CG GC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557414;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.5939;QD=37.4885;RBI=0.0674291;REFB=0;REVB=0.0379417;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0051304;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr20 628890 . T C 247.11 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0937791;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5115;QD=17.9713;RBI=0.0957227;REFB=-0.0222733;REVB=0.0191915;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880688;STB=0.507241;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0189013;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:28:27:27:0.490909:10:17:18:11:10:17:18:10 chr20 642650 . G C 94.47 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00595112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4755;QD=13.4951;RBI=0.0257707;REFB=-0.00485059;REVB=-0.0250741;RO=16;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337445;STB=0.704695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0109382;OID=.;OPOS=642650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:28:28:16:16:12:12:0.428571:1:11:12:4:1:11:12:4 chr20 741847 . A G 539.85 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00986017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.561;QD=24.5385;RBI=0.0371528;REFB=0.00275264;REVB=-0.0358205;RO=38;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108395;STB=0.505939;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00231267;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:27:23:18:20:27:23:18:20 chr20 744570 . G A 3458.84 PASS AF=0.982684;AO=224;DP=232;FAO=227;FDP=231;FR=.;FRO=4;FSAF=146;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0169218;FXX=0.00858332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.848;QD=59.8934;RBI=0.0438595;REFB=-0.13675;REVB=0.0404636;RO=3;SAF=145;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000533495;STB=0.502017;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000328677;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:232:231:3:4:224:227:0.982684:79:145:2:1:81:146:3:1 chr20 825678 . T C 787.39 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276308;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0513;QD=57.2648;RBI=0.00501822;REFB=0;REVB=0.00418902;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20396e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr20 826492 . G C 515.39 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0147116;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.319;QD=24.5426;RBI=0.040415;REFB=-0.00233919;REVB=0.0376423;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276078;STB=0.641051;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00105764;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:26:22:4:31:26:22:5:31 chr20 826666 . G T 114.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0244258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.346;QD=10.4298;RBI=0.0260713;REFB=-0.00202287;REVB=-0.00911553;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47057;STB=0.773743;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00402588;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:12:2:14:14:12:2:14:16 chr20 826710 . C T 183.4 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0082068;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6888;QD=24.453;RBI=0.03948;REFB=-0.0318678;REVB=-0.0386176;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273742;STB=0.652015;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0820203;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:8:10:2:10:8:10:2:10 chr20 854940 . T C 427.53 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0533791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6502;QD=51.8216;RBI=0.055039;REFB=0.0184267;REVB=0.013415;RO=2;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005511;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0139224;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:14:17:1:1:14:17:1:1 chr20 939130 . T A 695.09 PASS AF=0.598214;AO=65;DP=111;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0151336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.2051;QD=24.8246;RBI=0.0200508;REFB=-0.0463623;REVB=0.0131533;RO=34;SAF=26;SAR=39;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229482;STB=0.616404;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00735778;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:34:45:65:67:0.598214:39:26:26:8:39:28:32:13 chr20 939161 . A G 730.42 PASS AF=0.612613;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0626183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4576;QD=26.3215;RBI=0.0679338;REFB=0.00519072;REVB=0.026343;RO=43;SAF=27;SAR=41;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181568;STB=0.59859;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00292533;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:43:43:68:68:0.612613:41:27:28:15:41:27:28:15 chr20 1115919 . A G 487.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508006;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.531;QD=59.0379;RBI=0.0518707;REFB=0;REVB=0.0104819;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449392;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr20 1285933 . G A 1683.43 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.899;QD=58.5542;RBI=0.0416595;REFB=-0.046164;REVB=0.033276;RO=2;SAF=54;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000731864;STB=0.500385;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000286211;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:59:54:1:1:59:54:1:1 chr20 1291076 . G C 148.78 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00467187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.618;QD=7.72864;RBI=0.0110041;REFB=-0.0105663;REVB=-0.00996314;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039402;STB=0.60066;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0407375;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:56:21:21:0.272727:10:11:24:19:10:11:37:19 chr20 1293008 . C T 646.3 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=0.0144605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.429;QD=18.2057;RBI=0.016782;REFB=-0.004455;REVB=0.00851642;RO=72;SAF=21;SAR=45;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456848;STB=0.522489;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00398733;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:76:66:66:0.464789:45:21:26:46:45:21:27:49 chr20 1293247 . C T 378.06 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0317743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.806;QD=18.903;RBI=0.0318028;REFB=-0.0158205;REVB=0.00134627;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344079;STB=0.525291;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.017872;OID=.;OPOS=1293247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:20:19:21:19:20:19:22:19 chr20 1294002 . C T 151.45 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0228;QD=22.4368;RBI=0.110062;REFB=-0.288893;REVB=0.110062;RO=12;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0670219;OID=.;OPOS=1294002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:27:12:11:15:16:0.592593:15:0:0:12:16:0:0:11 chr20 1298794 . G A 1047.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119439;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.95;QD=59.8672;RBI=0.0185158;REFB=0;REVB=-0.0141485;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31229e-05;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr20 1350709 . T C 227.39 PASS AF=0.35;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0100114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.598;QD=11.3696;RBI=0.0112395;REFB=-0.00465227;REVB=-0.00510867;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797878;STB=0.534271;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0065146;OID=.;OPOS=1350709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:52:28:28:0.35:16:12:25:25:16:12:25:27 chr20 1424303 . G A 726.84 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.199;QD=52.8609;RBI=0.0134568;REFB=-0.0950678;REVB=-0.00337801;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.503175;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00617872;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:22:31:1:1:22:31:1:1 chr20 1426393 . C T 3067.88 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.911;QD=63.583;RBI=0.054905;REFB=0;REVB=-0.0103574;RO=0;SAF=94;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17174e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:192:193:1:98:94:0:0:98:95:0:0 chr20 1459060 . T G 1433.09 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.333;QD=62.993;RBI=0.0241792;REFB=0;REVB=0.023841;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65174e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr20 1532595 . T C 705.25 PASS AF=0.423077;AO=77;DP=183;FAO=77;FDP=182;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00885518;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.995;QD=15.5;RBI=0.0116488;REFB=-0.00761593;REVB=0.00756838;RO=105;SAF=33;SAR=44;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595946;STB=0.533325;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00977394;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:105:105:77:77:0.423077:44:33:51:54:44:33:51:54 chr20 1546911 . C G 212.49 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00584276;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.624;QD=15.7397;RBI=0.0112844;REFB=-0.0149299;REVB=-0.00965402;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499484;STB=0.518503;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0244041;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:16:13:12:12:16:14 chr20 1551485 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0181277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6134;QD=12.0829;RBI=0.0491098;REFB=0.00543069;REVB=-0.0456417;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214592;STB=0.635224;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0107356;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:6:15:18:16:6:15:18:17 chr20 1552430 . T C 1516.96 PASS AF=0.451149;AO=156;DP=349;FAO=157;FDP=348;FR=.;FRO=191;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=94;FSRR=97;FWDB=-0.0288474;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.9;QD=17.4363;RBI=0.0288492;REFB=-0.0141871;REVB=-0.00032427;RO=192;SAF=73;SAR=83;SRF=95;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268215;STB=0.511442;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0179332;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:348:192:191:156:157:0.451149:83:73:95:97:83:74:94:97 chr20 1592193 . C T 48.61 PASS AF=0.0672783;AO=24;DP=330;FAO=22;FDP=327;FR=.;FRO=305;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=141;FSRR=164;FWDB=0.0097348;FXX=0.00909063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.325;QD=0.594676;RBI=0.0126419;REFB=2.57811e-07;REVB=-0.00806549;RO=306;SAF=13;SAR=11;SRF=141;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902596;STB=0.535136;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0125247;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:330:327:306:305:24:22:0.0672783:11:13:141:165:11:11:141:164 chr20 1592215 . C G 76.72 PASS AF=0.0866667;AO=26;DP=302;FAO=26;FDP=300;FR=.;FRO=274;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=126;FSRR=148;FWDB=-0.00907899;FXX=0.00990066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3404;QD=1.02296;RBI=0.00936757;REFB=-0.00321542;REVB=0.00230725;RO=275;SAF=11;SAR=15;SRF=127;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459317;STB=0.534017;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0334035;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:302:300:275:274:26:26:0.0866667:15:11:127:148:15:11:126:148 chr20 1592265 . A G 138.37 PASS AF=0.142857;AO=30;DP=210;FAO=30;FDP=210;FR=.;FRO=180;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=115;FWDB=-0.02765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6587;QD=2.63561;RBI=0.0395574;REFB=-0.00561068;REVB=-0.028289;RO=180;SAF=12;SAR=18;SRF=65;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525931;STB=0.535188;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0465953;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:180:180:30:30:0.142857:18:12:65:115:18:12:65:115 chr20 1592284 . G A 152.91 PASS AF=0.173653;AO=29;DP=168;FAO=29;FDP=167;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=89;FWDB=-0.046121;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.375;QD=3.66253;RBI=0.0499185;REFB=-0.011143;REVB=-0.0190973;RO=139;SAF=12;SAR=17;SRF=50;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729726;STB=0.550854;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0612124;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:139:138:29:29:0.173653:17:12:50:89:17:12:49:89 chr20 1592312 . T C 88.17 PASS AF=0.155963;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=58;FWDB=0.0029334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.952;QD=3.23561;RBI=0.00831883;REFB=-0.0118903;REVB=0.00778447;RO=83;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223387;STB=0.586336;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0358573;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:109:83:92:17:17:0.155963:9:8:25:58:9:8:34:58 chr20 1600524 . T C 378.24 PASS AF=0.52;AO=34;DP=70;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00691859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.684;QD=20.1728;RBI=0.0227597;REFB=-0.00845413;REVB=-0.0216827;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511624;STB=0.53277;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00717783;OID=.;OPOS=1600524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:36:36:34:39:0.52:17:17:16:20:19:20:16:20 chr20 1895889 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8596;QD=49.5983;RBI=0.0494126;REFB=0;REVB=0.0131698;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190122;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798841;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=3;MLLD=178.661;QD=62.9973;RBI=0.0157571;REFB=0;REVB=0.013582;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.91393e-05;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr20 1895963 . A G 994.73 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.655;QD=57.6657;RBI=0.0200547;REFB=-0.17306;REVB=-0.0132874;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000222469;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:33:35:0:0:33:35:0:1 chr20 1895965 . C A 960.92 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.793;QD=56.5245;RBI=0.172663;REFB=0;REVB=0.122257;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668961;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:32:34:0:0:33:35:0:0 chr20 1895984 . C A 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.966;QD=63.8851;RBI=0.0319129;REFB=0;REVB=-0.0236913;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99204e-06;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr20 1895990 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.267;QD=64.2852;RBI=0.00997433;REFB=0;REVB=-0.000961897;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87359e-06;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:49:51:0:0:49:51:0:0 chr20 1896051 . CCGA C,CTGA 1522.26 PASS AF=1,0;AO=94,4;DP=100;FAO=102,0;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696261,-0.00367078;FXX=0.0467246;HRUN=4,4;LEN=3,1;MLLD=283.747,46.535;QD=59.6965;RBI=0.0175485,0.00502806;REFB=0,0;REVB=0.0161081,0.0034361;RO=0;SAF=51,1;SAR=43,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00010233,0;OID=.,.;OPOS=1896052,1896052;OREF=CGA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:94,4:100:102,0:102:0:53,0:49,0:0:0:8:0:51,1:43,3:0:0 chr20 1896059 . GT AC 1566.51 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000895838;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.801;QD=60.2504;RBI=0.0193314;REFB=0;REVB=0.0193106;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.79371e-05;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:49:53:0:0:49:55:0:0 chr20 1896100 . C G,T 1683.74 PASS AF=0.0265487,0.973451;AO=4,109;DP=113;FAO=3,110;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=2,56;FSAR=1,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000165392,-0.029692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.7561,107.925;QD=59.6014;RBI=0.00793821,0.0478962;REFB=0,0;REVB=0.00793649,0.0375823;RO=0;SAF=2,56;SAR=2,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0259129,0.00178066;OID=.,.;OPOS=1896100,1896100;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:113:113:0:0:4,109:3,110:0.0265487,0.973451:2,53:2,56:0:0:1,54:2,56:0:0 chr20 1918415 . C A 134.02 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0594827;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.413;QD=16.2447;RBI=0.0691174;REFB=-0.0127194;REVB=0.0351998;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194179;STB=0.507682;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0378891;OID=.;OPOS=1918415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:11:4:4:12:11:4:5:13 chr20 1918427 . T C 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0704959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9464;QD=14.6999;RBI=0.0705005;REFB=-0.0130851;REVB=-0.000805694;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219118;STB=0.5881;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00835342;OID=.;OPOS=1918427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:2:12:8:4:3:12 chr20 1959939 . G A 1700.52 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00123063;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.587;QD=59.6672;RBI=0.00421348;REFB=-0.0347833;REVB=0.00402976;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=6.97707e-06;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:0:1:113:113:0.991228:65:48:0:0:65:48:0:1 chr20 2082767 . G A 296.37 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.075477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9777;QD=49.3944;RBI=0.0837552;REFB=-0.0282034;REVB=-0.0363064;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200927;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0258454;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:2:1:21:23:0.958333:8:13:1:1:8:15:0:1 chr20 2097688 . T C 1571.2 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.052;QD=62.8482;RBI=0.036887;REFB=-0.039413;REVB=0.0354773;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824859;STB=0.504273;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000507895;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:97:99:0.99:40:57:1:0:41:58:1:0 chr20 2127684 . C T 4298.64 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8425;QD=62.7539;RBI=0.0182471;REFB=0;REVB=0.0150257;RO=0;SAF=148;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05144e-05;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:274:0:0:271:274:1:123:148:0:0:125:149:0:0 chr20 2127930 . C T 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5828;QD=58.0498;RBI=0.113115;REFB=0;REVB=0.0912005;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157996;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr20 2290333 . C A 508.33 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00380263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.136;QD=56.4808;RBI=0.0149162;REFB=-0.137404;REVB=0.0144234;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00171973;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:19:15:1:0:20:15:1:0 chr20 2321105 . G C 2211.49 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00467857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.817;QD=58.5825;RBI=0.0185638;REFB=-0.0564788;REVB=-0.0179646;RO=1;SAF=55;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856863;STB=0.501859;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=6.24678e-05;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:151:151:1:2:148:149:0.986755:93:55:1:0:94:55:1:1 chr20 2378575 . C T 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0247097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0908;QD=18.7943;RBI=0.0372707;REFB=-0.00285123;REVB=0.0279022;RO=25;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473498;STB=0.782363;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00651618;OID=.;OPOS=2378575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:5:18:7:18:5:18:7:20 chr20 2398017 . G A 3090.47 PASS AF=1;AO=174;DP=178;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367286;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.212;QD=63.3943;RBI=0.0687893;REFB=0;REVB=0.0581633;RO=0;SAF=101;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111354;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:178:195:0:0:174:195:1:73:101:0:0:93:102:0:0 chr20 2539387 . G A 249.73 PASS AF=0.451613;AO=19;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0199318;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.193;QD=16.1117;RBI=0.117205;REFB=-0.0829043;REVB=0.115497;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971105;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.103342;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:34:19:28:0.451613:11:8:10:20:19:9:11:23 chr20 2591232 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.943;QD=62.0217;RBI=0.0652662;REFB=0;REVB=0.0207324;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142418;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr20 2593863 . T C 2333.96 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00494766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.602;QD=60.2311;RBI=0.00506035;REFB=-0.010119;REVB=-0.001062;RO=0;SAF=113;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55285e-08;STB=0.502202;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=8.29514e-05;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:0:1:154:154:0.993548:41:113:0:0:41:113:1:0 chr20 2618140 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.059;QD=57.711;RBI=0.00341038;REFB=0;REVB=0.00285668;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56669e-06;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr20 2633936 . T C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.461;QD=58.7779;RBI=0.0331198;REFB=0;REVB=-0.0213748;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94629e-06;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr20 2637071 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0106212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.083;QD=10.2403;RBI=0.0109188;REFB=0.0117131;REVB=-0.00253197;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981511;STB=0.559872;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0212939;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:5:14:8:2:5:14 chr20 2644407 . C G 870.52 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335789;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.274;QD=58.0346;RBI=0.0436081;REFB=0;REVB=-0.027823;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134116;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr20 2739583 . T C 315.48 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0473367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8856;QD=24.2673;RBI=0.0498065;REFB=-0.0196051;REVB=-0.0154894;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116052;STB=0.509994;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0157335;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:17:14:9:11:17:14:10:11 chr20 2797015 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0150592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.614;QD=9.93182;RBI=0.0258917;REFB=-0.0153933;REVB=-0.0210618;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117907;STB=0.564013;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0419228;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:4:11:22:12:4:11:23:12 chr20 2840773 . C T 154.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00916716;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.479;QD=14.0744;RBI=0.0239087;REFB=-0.00359186;REVB=-0.0220814;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437371;STB=0.741995;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00959414;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:17:17:0.386364:5:12:7:19:5:12:8:19 chr20 2945759 . C T 337.17 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0096809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.276;QD=24.9759;RBI=0.0203076;REFB=0.00172367;REVB=0.0178516;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738769;STB=0.545427;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00127492;OID=.;OPOS=2945759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:21:32:33:0.611111:15:17:9:12:15:18:9:12 chr20 2996497 . C T 581.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270059;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.594;QD=61.2384;RBI=0.0287002;REFB=0;REVB=0.00971506;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023348;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr20 3025107 . C T 263.35 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0898967;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5524;QD=17.2689;RBI=0.0951854;REFB=-0.0439665;REVB=-0.0312866;RO=32;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171002;STB=0.596874;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0376427;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:23:6:11:21:23:6:11:21 chr20 3090445 . C CG 30.22 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0875352;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.26522;QD=3.55525;RBI=0.106646;REFB=-0.0854355;REVB=0.0609167;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216045;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.0914723;OID=.;OPOS=3090446;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:11:48:11:34:23:7:4:11:12:30:35:7:4:16:19 chr20 3193978 . G A 1594.76 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.035061;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8732;QD=57.9911;RBI=0.119128;REFB=-0.168379;REVB=0.113852;RO=2;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189746;STB=0.509614;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00314533;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:110:2:2:106:108:0.981818:49:57:0:2:51:57:0:2 chr20 3204084 . G A 2615.84 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506872;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2364;QD=61.5492;RBI=0.10136;REFB=0;REVB=0.0877757;RO=1;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520691;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:171:170:1:0:169:170:1:69:100:0:1:70:100:0:0 chr20 3214581 . C T 177.39 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0151469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.452;QD=15.0966;RBI=0.0491127;REFB=-0.00846391;REVB=0.0467186;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468637;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00457402;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:12:16:10:9:12:16 chr20 3214819 . T G 387.75 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00362366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.062;QD=19.3877;RBI=0.00642005;REFB=-0.0254961;REVB=-0.00529963;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904662;STB=0.554766;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0263401;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:26:13:17:23:27:13:17:23 chr20 3218634 . G C 1132.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.994;QD=60.3752;RBI=0.0965213;REFB=0;REVB=-0.0601527;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108813;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr20 3232031 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0407817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.696;QD=12.0516;RBI=0.041647;REFB=-0.0159743;REVB=-0.00844545;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0240898;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr20 3235916 . T C 737.0 PASS AF=0.57377;AO=73;DP=121;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0440247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2088;QD=24.1639;RBI=0.0671619;REFB=-0.0172008;REVB=-0.0507203;RO=48;SAF=27;SAR=46;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114268;STB=0.595478;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0105623;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:48:52:73:70:0.57377:46:27:25:23:46:24:29:23 chr20 3275239 . G A 628.2 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0282422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7164;QD=22.2371;RBI=0.0287756;REFB=-0.0323076;REVB=0.00551485;RO=51;SAF=30;SAR=32;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697281;STB=0.538186;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0226911;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:32:30:29:22:32:30:29:22 chr20 3285140 . T A,C 729.53 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384115,-0.00832982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.2312,76.3645;QD=62.0873;RBI=0.0385283,0.0199245;REFB=0,0;REVB=-0.00299718,0.0180997;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.125918,0.000564975;OID=.,.;OPOS=3285140,3285140;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:0,23:2,22:0:0:0,23:2,22:0:0 chr20 3362033 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00304675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.721;QD=19.7022;RBI=0.0450803;REFB=0.00300511;REVB=0.0449772;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0021819;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr20 3564672 . C T 1030.1 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.807;QD=58.0336;RBI=0.0154035;REFB=-0.0970222;REVB=0.014462;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000420184;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:32:38:0:0:32:38:1:0 chr20 3628918 . T C,G 696.99 PASS AF=0.923077,0.0576923;AO=47,4;DP=52;FAO=48,3;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25,0;FSAR=23,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000447418,0.00117247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.366,141.002;QD=53.6148;RBI=0.0210557,0.0162774;REFB=0.0243377,0.0604074;REVB=0.0210509,0.0162352;RO=1;SAF=25,0;SAR=22,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0184413,-0.749895;STB=0.5098,0.994936;STBP=0.508,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165788,0.0290716;OID=.,.;OPOS=3628918,3628918;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:52:52:1:1:47,4:48,3:0.923077,0.0576923:22,4:25,0:1:0:23,3:25,0:1:0 chr20 3640823 . C T 72.97 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00447518;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.998;QD=8.58435;RBI=0.00447948;REFB=0.00254348;REVB=-0.000196206;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.529353;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00887568;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:12:11:5:5:13:11 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 149.16 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0161297;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=319.696;QD=18.6455;RBI=0.0273074;REFB=0.000694912;REVB=0.0220346;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165217;STB=0.562423;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=-0.00056969;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:33:16:32:16:8:8:10:6:99:16:8:8:11:5 chr20 3651742 . C G 343.98 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0225318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.29;QD=16.5775;RBI=0.0567638;REFB=-0.00968637;REVB=-0.0521003;RO=46;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195641;STB=0.510995;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0126408;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:13:24:29:17:13:24:29:17 chr20 3655504 . G A 365.84 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0446091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1488;QD=21.5197;RBI=0.0556478;REFB=-0.00821815;REVB=0.0332673;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039184;STB=0.521656;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00831302;OID=.;OPOS=3655504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:22:15:14:17:22:15:14:17 chr20 3672836 . G A 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0113739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4544;QD=15.267;RBI=0.0279385;REFB=-0.0070134;REVB=0.0255185;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201407;STB=0.614368;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0103963;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:15:18:9:17:15:18 chr20 3675333 . G A 342.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00200489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6199;QD=19.2741;RBI=0.00723591;REFB=-0.0280677;REVB=0.00695261;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633595;STB=0.535192;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.025648;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:20:15:18:18:20:15 chr20 3675498 . T G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=28;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.601;QD=52.1523;RBI=0.0155055;REFB=0.00592702;REVB=-0.00415229;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00037689;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:28:27:0.964286:9:19:0:0:8:19:0:1 chr20 3677357 . T C 1184.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3248;QD=60.7329;RBI=0.0862049;REFB=0;REVB=-0.0448832;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002007;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:43:32:0:0:43:35:0:0 chr20 3677736 . T G 213.84 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0298312;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.213;QD=16.1388;RBI=0.0337532;REFB=-0.0277242;REVB=0.0157919;RO=27;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246589;STB=0.626261;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0265149;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:18:6:13:14:18:6:13:16 chr20 3682011 . G A 385.28 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0160159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.077;QD=12.6322;RBI=0.0187256;REFB=0.000321343;REVB=0.00970245;RO=76;SAF=22;SAR=24;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812752;STB=0.54621;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.000343666;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:76:46:46:0.377049:24:22:42:34:24:22:42:34 chr20 3682242 . C T 285.15 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0140474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.434;QD=21.5206;RBI=0.0309706;REFB=-0.0176154;REVB=0.0276016;RO=22;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23467;STB=0.60895;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0166995;OID=.;OPOS=3682242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:29:30:0.566038:18:11:15:7:18:12:15:8 chr20 3682275 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0110363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.245;QD=17.56;RBI=0.0114863;REFB=-0.0169772;REVB=-0.00318334;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0186179;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:11:10:8:10:11:10 chr20 3684022 . A G 193.76 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0196392;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.943;QD=22.7952;RBI=0.0257022;REFB=0.00672993;REVB=-0.0165802;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182151;STB=0.602537;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00380843;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:7:8:6:13:7:8 chr20 3684729 . T C 235.09 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0604082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0434;QD=20.8969;RBI=0.0613332;REFB=0.0152416;REVB=-0.0106121;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166386;STB=0.582261;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0166768;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:12:10:6:16:13:10:6:16 chr20 3686436 . C T 544.85 PASS AF=0.385542;AO=63;DP=167;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0122586;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.281;QD=13.1289;RBI=0.012293;REFB=-0.0086205;REVB=0.000919159;RO=100;SAF=35;SAR=28;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605618;STB=0.538624;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0122793;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:100:102:63:64:0.385542:28:35:50:50:28:36:51:51 chr20 3842984 . C T 414.57 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.033894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8296;QD=24.7501;RBI=0.0426412;REFB=-0.027804;REVB=0.0258741;RO=27;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216678;STB=0.621242;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0223;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:23:16:19:8:24:16:19:8 chr20 4053254 . A G 2335.72 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.204;QD=61.0645;RBI=0.0168124;REFB=0;REVB=0.00750882;RO=0;SAF=66;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7431e-06;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:87:66:0:0:87:66:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 517.19 PASS AF=0.805556,0.194444;AO=25,6;DP=40;FAO=29,7;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713492,-0.0135608;FXX=0.099975;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=709.935,48.6973;QD=57.4659;RBI=0.00724576,0.0512615;REFB=0,0;REVB=-0.00126252,-0.0494352;RO=0;SAF=7,3;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00364434,0.0462224;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.805556,0.194444:25,6:40:29,7:36:0:10,3:19,4:0:0:47:0:7,3:18,3:0:0 chr20 4163302 . A G 723.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.511;QD=62.8969;RBI=0.058281;REFB=0;REVB=0.0170887;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016845;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr20 4164283 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.362;QD=58.6003;RBI=0.0350121;REFB=0;REVB=0.028122;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012555;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr20 4705718 . C T 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0310122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.881;QD=14.331;RBI=0.0611476;REFB=-0.00744682;REVB=-0.0526998;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0159223;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr20 4705756 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0154814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7353;QD=9.44475;RBI=0.0356586;REFB=-0.0354442;REVB=0.0321226;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535511;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0939232;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:7:3:5:1:7:3 chr20 4705865 . T C 378.7 PASS AF=0.43956;AO=37;DP=88;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0115295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.168;QD=16.646;RBI=0.0297725;REFB=-0.0223251;REVB=-0.0274494;RO=49;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950492;STB=0.582048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0281535;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:51:37:40:0.43956:14:23:26:23:14:26:26:25 chr20 4705924 . G A 440.26 PASS AF=0.406504;AO=48;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0134003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.247;QD=14.3174;RBI=0.0254395;REFB=-0.0105343;REVB=0.021624;RO=73;SAF=29;SAR=19;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162958;STB=0.600616;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0225422;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:73:73:48:50:0.406504:19:29:33:40:19:31:33:40 chr20 4706310 . T C 512.4 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0526817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9821;QD=21.5748;RBI=0.0952313;REFB=0.0028268;REVB=0.0793325;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133906;STB=0.573639;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00101615;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:28:21:13:33:28:21:13:33 chr20 4707066 . G C 442.4 PASS AF=0.556962;AO=42;DP=76;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0110466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.451;QD=22.4;RBI=0.0175348;REFB=-0.00482387;REVB=-0.0136178;RO=31;SAF=28;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149896;STB=0.568247;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00411711;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:31:35:42:44:0.556962:14:28:15:16:15:29:18:17 chr20 4707388 . G T 223.92 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00994336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.165;QD=15.1813;RBI=0.0101061;REFB=-0.0159765;REVB=-0.0018066;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255406;STB=0.503934;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0222775;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:13:12:15:18:14:12:15:18 chr20 4707861 . G A 368.89 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0107319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6937;QD=19.9398;RBI=0.0233794;REFB=-0.00996963;REVB=-0.0207707;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24573;STB=0.630702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0100383;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:36:38:0.513514:15:21:11:25:16:22:11:25 chr20 4708130 . T C 216.41 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0238058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5509;QD=22.1955;RBI=0.0238446;REFB=0.0390397;REVB=-0.00135824;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0315733;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:11:7:11:10:11:7 chr20 4708318 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0107779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.44;QD=19.5008;RBI=0.0124844;REFB=0.00387447;REVB=-0.0063005;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137359;STB=0.576282;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00346088;OID=.;OPOS=4708318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:16:20:14:21:16:20:14:21 chr20 4708713 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0107496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.957;QD=16.3851;RBI=0.0235205;REFB=0.00886151;REVB=0.0209203;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00806079;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:5:3:6:3:5:3 chr20 4708778 . T C 196.81 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0771587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.698;QD=34.2273;RBI=0.0771869;REFB=-0.0455423;REVB=-0.00208635;RO=4;SAF=3;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.512806;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0100959;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:4:5:18:18:0.782609:15:3:1:3:15:3:1:4 chr20 4713176 . A G 280.28 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0513107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.571;QD=16.7332;RBI=0.0514043;REFB=-0.0538509;REVB=0.00309981;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913281;STB=0.551225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0671392;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:14:22:16:15:14:22 chr20 4762577 . C G 398.4 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0104636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.108;QD=13.0622;RBI=0.0110742;REFB=-0.000446394;REVB=0.00362646;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506328;STB=0.52874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000775539;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:75:47:47:0.385246:26:21:37:38:26:21:37:38 chr20 4762869 . G A 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0152904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.948;QD=15.7942;RBI=0.0234055;REFB=-0.000464688;REVB=0.0177207;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030061;STB=0.516832;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000566837;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:21:31:38:29:21:31:38:29 chr20 4764629 . G A 402.71 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0111467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9917;QD=19.1764;RBI=0.0316853;REFB=-0.0214081;REVB=-0.0296599;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173796;STB=0.596166;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.016839;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:22:19:12:31:22:19:12:31 chr20 4764682 . T C 229.07 PASS AF=0.389831;AO=21;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0414358;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.424;QD=15.5305;RBI=0.0416332;REFB=-0.0278432;REVB=0.00404995;RO=28;SAF=0;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.837541;STB=0.918331;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0197621;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:30:21:23:0.389831:21:0:16:12:22:1:17:13 chr20 4834338 . C T 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0628985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.111;QD=24.1053;RBI=0.0705781;REFB=-0.0188245;REVB=-0.0320163;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299611;STB=0.676777;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0177112;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:8:16:5:13:8:16:5:14 chr20 4836440 . C T 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.012811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.483;QD=18.024;RBI=0.0141867;REFB=-0.00270605;REVB=0.00609442;RO=53;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138601;STB=0.577033;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00315658;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:21:27:22:31:21:27:22:31 chr20 4854682 . A G 496.84 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0155709;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.807;QD=21.3694;RBI=0.0165202;REFB=-0.00653455;REVB=0.00551943;RO=45;SAF=23;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792808;STB=0.548367;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00816712;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:45:47:48:0.516129:24:23:18:27:24:24:18:27 chr20 4880308 . G A 341.83 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00100233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.168;QD=15.899;RBI=0.0198648;REFB=-0.0125036;REVB=0.0198395;RO=49;SAF=25;SAR=12;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293129;STB=0.665309;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0166693;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:12:25:19:30:12:25:19:30 chr20 5283256 . C G 575.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3307;QD=60.5772;RBI=0.0850945;REFB=0;REVB=-0.0770831;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067237;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr20 5283316 . G C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00372781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.135;QD=13.5054;RBI=0.0235628;REFB=-0.0152324;REVB=0.0232661;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116087;STB=0.567462;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0205144;OID=.;OPOS=5283316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:4:13:8:4:4:13 chr20 5283376 . G A 59.53 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00390429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.778;QD=15.8752;RBI=0.031752;REFB=-0.012612;REVB=0.0315111;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.019374;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:6:1:4:3:7:1:4:3 chr20 5454400 . A T 95.67 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00767884;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8584;QD=10.0709;RBI=0.00882021;REFB=-0.000154875;REVB=0.00433953;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480376;STB=0.78705;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000415238;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:18:8:9:3:18:8 chr20 5527176 . T A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0433813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.329;QD=7.83714;RBI=0.0434612;REFB=0.00445126;REVB=-0.00263301;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418932;STB=0.752361;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00760399;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:13:3:4:3:13:3 chr20 5527291 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.124;QD=53.9112;RBI=0.0234891;REFB=0;REVB=0.0218628;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71598e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr20 5527889 . AT A 38.62 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.155736;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.15246;QD=3.51132;RBI=0.212234;REFB=-0.0540045;REVB=0.144186;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.56596;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=0.0967545;OID=.;OPOS=5527890;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:16:44:17:44:27:10:7:13:14:38:21:10:6:11:10 chr20 5753579 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00387427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.492;QD=23.5978;RBI=0.047814;REFB=-0.0283759;REVB=-0.0476567;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816009;STB=0.545419;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0279865;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:13:8:12:13:13:8 chr20 5843812 . T C 294.48 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0238035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2388;QD=28.0452;RBI=0.0439918;REFB=0.0139282;REVB=0.0369955;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149276;STB=0.582029;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00493984;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:14:12:4:12:14:12:4:12 chr20 5897040 . A G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0238157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.538;QD=15.5752;RBI=0.0313359;REFB=-0.00748396;REVB=0.0203654;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464912;STB=0.526295;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0108975;OID=.;OPOS=5897040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:11:20:15:10:11:20 chr20 5903223 . G A 65.73 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0212381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.137;QD=11.4305;RBI=0.0225707;REFB=-0.0260828;REVB=-0.00764066;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409692;STB=0.76178;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0219765;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:2:6:5:9:2:7:5:9 chr20 5903314 . AAG A 35.93 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.126999;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.1459;QD=7.56386;RBI=0.148671;REFB=-0.0795879;REVB=-0.0772938;RO=16;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67111;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=del;VARB=0.163625;OID=.;OPOS=5903315;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:5:22:6:19:13:1:5:5:8:35:16:0:5:6:10 chr20 5903517 . A G 754.51 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00294487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.22;QD=54.8738;RBI=0.0333221;REFB=-0.0606268;REVB=0.0331917;RO=1;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119331;STB=0.506327;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000335526;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:39:15:0:1:39:15:0:1 chr20 5988095 . A G 1000.48 PASS AF=0.741071;AO=83;DP=112;FAO=83;FDP=112;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0209832;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286;QD=35.7315;RBI=0.0302164;REFB=-0.0142705;REVB=-0.0217425;RO=29;SAF=41;SAR=42;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542443;STB=0.502904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00534602;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:29:29:83:83:0.741071:42:41:14:15:42:41:14:15 chr20 6064710 . A G 104.52 PASS AF=0.246377;AO=15;DP=66;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0461208;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1041;QD=6.05929;RBI=0.0604616;REFB=0.00354689;REVB=0.0390957;RO=51;SAF=10;SAR=5;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551912;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0023605;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:51:52:15:17:0.246377:5:10:34:17:7:10:34:18 chr20 6064731 . C T 272.52 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00266073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7946;QD=12.5296;RBI=0.0348875;REFB=-0.000795117;REVB=-0.0347859;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901679;STB=0.551692;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000608614;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:16:16:32:23:16:16:32:23 chr20 6065731 . T C 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00454058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.592;QD=5.26796;RBI=0.004566;REFB=-0.00241398;REVB=0.000481073;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378246;STB=0.751598;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00557819;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:21:20:2:8:21:20 chr20 6093177 . A G 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00658412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.513;QD=10.0254;RBI=0.00855949;REFB=-0.0090268;REVB=-0.00546939;RO=52;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159885;STB=0.593675;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.021503;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:15:10:28:24:15:10:28:24 chr20 6100088 . A G 792.84 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132303;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.406;QD=55.6381;RBI=0.030473;REFB=-0.108381;REVB=0.0274511;RO=1;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127023;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:55:57:1:20:35:0:1:21:36:0:0 chr20 6751034 . A G 760.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.399;QD=56.3121;RBI=0.0409449;REFB=0;REVB=0.0409299;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196722;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr20 6759115 . A T 1084.11 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9345;QD=58.6006;RBI=0.0161795;REFB=-0.076963;REVB=0.0050026;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000166459;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:45:28:0:0:45:28:0:1 chr20 7614374 . G A 366.65 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0179483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=24.4434;RBI=0.0414384;REFB=-0.00941653;REVB=0.0373496;RO=24;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354552;STB=0.511621;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00609231;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:13:22:14:10:14:22:14:10 chr20 7863999 . C A,T 1652.97 PASS AF=0.919643,0.0803571;AO=99,10;DP=109;FAO=103,9;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60,2;FSAR=43,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500516,0.00619006;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.5924,178.404;QD=59.0346;RBI=0.0510529,0.0155005;REFB=0,0;REVB=-0.0100613,-0.0142109;RO=0;SAF=57,2;SAR=42,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.37041e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000436019,0.0575924;OID=.,.;OPOS=7863999,7863999;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:109:112:0:0:99,10:103,9:0.919643,0.0803571:42,8:57,2:0:0:43,7:60,2:0:0 chr20 7962707 . C A 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00376425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.731;QD=10.3664;RBI=0.0153191;REFB=-0.0129014;REVB=0.0148494;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161237;STB=0.509425;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0234548;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:9:13:26:17:9:13:26:17 chr20 7963041 . C T 354.28 PASS AF=0.823529;AO=4;DP=30;FAO=28;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.119691;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3456;QD=41.6804;RBI=0.125111;REFB=-0.032849;REVB=-0.0364266;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.580588;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0326068;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:34:0:5:4:28:0.823529:0:4:0:0:13:15:0:5 chr20 7999642 . G A 371.34 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0198038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.298;QD=12.076;RBI=0.0222807;REFB=-0.00986342;REVB=0.0102097;RO=78;SAF=23;SAR=22;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189894;STB=0.501084;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0128554;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:78:45:45:0.365854:22:23:40:38:22:23:40:38 chr20 8632156 . C T 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0052385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.664;QD=11.8408;RBI=0.02777;REFB=-0.00743935;REVB=-0.0272714;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129551;STB=0.575154;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0126552;OID=.;OPOS=8632156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:18:21:15:8:18:21 chr20 8696907 . T G 2338.03 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00404183;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.921;QD=63.1901;RBI=0.016535;REFB=-0.077136;REVB=0.0160334;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.503703;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000147412;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:147:147:0.993243:80:67:1:0:80:67:1:0 chr20 8717713 . G A 139.59 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0331769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6385;QD=12.4083;RBI=0.0352701;REFB=0.00643032;REVB=0.0119697;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280271;STB=0.666444;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0102406;OID=.;OPOS=8717713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:4:12:15:14:4:12:15:14 chr20 8755243 . T C 64.57 PASS AF=0.188679;AO=8;DP=51;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000758476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.824;QD=4.87321;RBI=0.0169919;REFB=-0.00619696;REVB=0.0169749;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551493;STB=0.565908;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0275586;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:51:53:43:43:8:10:0.188679:3:5:25:18:5:5:25:18 chr20 8769180 . C T 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0567;QD=50.1293;RBI=0.0412005;REFB=-0.0417398;REVB=-0.0336022;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00154576;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr20 8865006 . C T 362.12 PASS AF=0.311688;AO=48;DP=154;FAO=48;FDP=154;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.0171115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.738;QD=9.4058;RBI=0.0259051;REFB=-0.00406471;REVB=-0.0194492;RO=104;SAF=30;SAR=18;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239894;STB=0.522251;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0111084;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:104:106:48:48:0.311688:18:30:63:41:18:30:63:43 chr20 9460659 . A C 613.2 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5534;QD=57.0414;RBI=0.0458181;REFB=-0.133947;REVB=0.0062978;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.508193;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00687752;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:1:1:41:42:0.976744:12:29:1:0:12:30:1:0 chr20 9543622 . C T 314.12 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0297563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0971;QD=30.6454;RBI=0.0306122;REFB=-0.0131727;REVB=0.0071883;RO=14;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147011;STB=0.580702;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00857701;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:11:16:5:9:11:16:5:9 chr20 9546554 . G A 330.56 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0157198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8546;QD=31.4816;RBI=0.0282553;REFB=0.00588781;REVB=0.0234788;RO=14;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034818;STB=0.511937;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00227798;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:14:27:28:0.666667:15:12:7:7:15:13:7:7 chr20 10006682 . T A 758.73 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9807;QD=53.2441;RBI=0.0279913;REFB=-0.186764;REVB=-0.0258669;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.514701;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00786159;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:33:22:0:1:33:22:0:2 chr20 10019093 . A G 211.69 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0504804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8454;QD=20.653;RBI=0.0542767;REFB=-0.0283161;REVB=-0.0199422;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489942;STB=0.538411;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0344495;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:15:16:0.390244:2:13:16:3:2:14:16:3 chr20 10277621 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0214415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.869;QD=17.9426;RBI=0.0240809;REFB=0.00769822;REVB=0.0109613;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146332;STB=0.548258;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00651627;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:19:9:5:22:19:9:7:22 chr20 10653469 . C T 197.97 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0022573;FXX=0.0136968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.232;QD=10.9981;RBI=0.0140378;REFB=-0.00470019;REVB=0.0138551;RO=47;SAF=19;SAR=6;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839679;STB=0.549092;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00793228;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:6:19:33:14:6:19:33:14 chr20 11791008 . C T 873.58 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256147;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1889;QD=56.36;RBI=0.0294564;REFB=0.0332644;REVB=0.0145453;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000103516;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:34:26:0:1:36:25:0:1 chr20 11903654 . G A 231.46 PASS AF=0.7;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0514336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4059;QD=30.8618;RBI=0.0531194;REFB=-0.0480231;REVB=-0.0132757;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891533;STB=0.538425;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0271061;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:20:21:0.7:8:12:4:5:9:12:4:5 chr20 11907058 . C T 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0111361;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.828;QD=24.2689;RBI=0.0480243;REFB=0.00891837;REVB=-0.0467153;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440564;STB=0.524214;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0078749;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:16:17:10:12:16:17:10:12 chr20 13029764 . A C 1269.06 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159244;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.297;QD=60.4316;RBI=0.0191716;REFB=-0.0294942;REVB=0.0106753;RO=0;SAF=22;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=3.47268e-05;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:61:22:0:0:61:22:0:1 chr20 13029790 . C T 989.35 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.224;QD=59.0659;RBI=0.0347746;REFB=0;REVB=-0.020379;RO=0;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28871e-05;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:49:18:0:0:49:18:0:0 chr20 13029862 . C T 834.31 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.168;QD=55.6209;RBI=0.052133;REFB=0.0528465;REVB=0.040307;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122567;STB=0.506491;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00116082;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:38:21:0:1:38:21:0:1 chr20 13029920 . C G 1198.66 PASS AF=0.975904;AO=77;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000240011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.998;QD=57.7668;RBI=0.0502615;REFB=-0.120294;REVB=0.0502609;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126197;STB=0.506023;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0005662;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:77:81:0.975904:37:40:0:1:41:40:0:1 chr20 13134768 . T C 451.03 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0382857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3281;QD=16.1081;RBI=0.061746;REFB=-0.00835072;REVB=0.0484434;RO=62;SAF=32;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952991;STB=0.553362;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0104212;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:18:32:34:28:18:32:34:28 chr20 13140776 . C G 105.81 PASS AF=0.133333;AO=23;DP=181;FAO=24;FDP=180;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=-0.0409145;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4989;QD=2.35122;RBI=0.0418305;REFB=-0.0102757;REVB=-0.00870592;RO=152;SAF=8;SAR=15;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169575;STB=0.603845;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0505607;OID=.;OPOS=13140776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:152:156:23:24:0.133333:15:8:73:79:15:9:77:79 chr20 13597717 . G A 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0277778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0609;QD=8.89882;RBI=0.0497106;REFB=-0.000994276;REVB=0.0412254;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744983;STB=0.531961;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00309902;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:5:6:12:13:5:6:13:13 chr20 13605903 . A T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0158491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.84;QD=15.6509;RBI=0.0158815;REFB=-0.0106244;REVB=0.00101396;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062308;STB=0.503593;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0137252;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:8:13:10:6:8:13 chr20 13695607 . T G 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00181618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.922;QD=20.2464;RBI=0.00212747;REFB=0.00906555;REVB=-0.00110797;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317903;STB=0.517637;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00699423;OID=.;OPOS=13695607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:14:19:22:14:14:19 chr20 13743501 . GT G,TG,TT 71.72 PASS AF=0.545455,0.454545,0;AO=20,5,5;DP=90;FAO=12,10,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12,10,0;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.79902,-0.103576,-0.0553184;FXX=0.312402;HRUN=24,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=1.24649,30.847,61.9618;QD=13.0395;RBI=3.79902,0.103609,0.0553203;REFB=-0.676494,-0.00833965,-0.0254446;REVB=-0.00280286,-0.00261019,0.000456807;RO=57;SAF=13,0,0;SAR=7,5,5;SRF=36;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0244044,-0.622118,-0.622118;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.658315,0.263847,0;OID=.,.,.;OPOS=13743502,13743501,13743501;OREF=T,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=G,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:90:22:57:0:20,5,5:12,10,0:0.545455,0.454545,0:7,5,5:13,0,0:36:21:0,0,0:12,10,0:0:0 chr20 13747441 . A G 1083.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378941;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.966;QD=60.2105;RBI=0.071393;REFB=0;REVB=0.0605062;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328529;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr20 13779113 . T C 243.73 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0206907;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.815;QD=14.9986;RBI=0.0386009;REFB=0.00450378;REVB=0.0325872;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307815;STB=0.508664;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00504265;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:27:28:0.430769:16:11:14:23:17:11:14:23 chr20 13847420 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.135;QD=60.8829;RBI=0.0185102;REFB=0;REVB=0.0169733;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16635e-05;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr20 14066276 . C T 1142.39 PASS AF=0.470588;AO=117;DP=253;FAO=120;FDP=255;FR=.;FRO=135;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=73;FWDB=-0.00232464;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.87;QD=17.9199;RBI=0.00247553;REFB=-0.0149212;REVB=-0.000851045;RO=135;SAF=70;SAR=47;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143032;STB=0.570645;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0166171;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:255:135:135:117:120:0.470588:47:70:61:74:49:71:62:73 chr20 14203735 . T C 1539.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.168;QD=59.7883;RBI=0.12102;REFB=0;REVB=0.120746;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372169;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr20 14306896 . G A 513.34 PASS AF=0.383648;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0326111;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3187;QD=12.9142;RBI=0.035476;REFB=-0.00851571;REVB=-0.0139665;RO=99;SAF=37;SAR=24;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123771;STB=0.573019;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0138434;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:99:98:61:61:0.383648:24:37:49:50:24:37:48:50 chr20 15874325 . A G 134.43 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00585313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.407;QD=8.14745;RBI=0.029785;REFB=-0.00058518;REVB=0.0292042;RO=46;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119221;STB=0.564035;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00265156;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:11:8:24:22:11:8:24:23 chr20 15874488 . G A 60.26 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0176089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8876;QD=6.02632;RBI=0.0310107;REFB=-0.0191852;REVB=-0.0255262;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286425;STB=0.518477;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0726074;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:11:20:6:3:11:20 chr20 15967719 . T C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0194302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.963;QD=21.4299;RBI=0.0198207;REFB=-0.0210435;REVB=-0.0039153;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202717;STB=0.611451;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0185551;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:7:22:18:17:7:22 chr20 16033818 . ATTTG A 576.92 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115913;FXX=0.058812;HRUN=3;LEN=4;MLLD=210.66;QD=48.0765;RBI=0.0117636;REFB=0;REVB=-0.00200596;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.17907e-06;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:51:48:48:0:21:27:0:0:10:0:17:22:0:0 chr20 16359567 . A G 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7126;QD=60.5981;RBI=0.0402879;REFB=0;REVB=0.0364528;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282036;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr20 16553944 . CGGGGT CGGGGC,CGGGT,CGGGTC 164.19 PASS AF=0,0.410256,0.230769;AO=2,15,8;DP=40;FAO=0,16,9;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5,9;FSAR=0,11,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0686904,0.207116,0.122689;FXX=0.0249938;HRUN=1,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=47.5624,11.7524,18.7101;QD=16.8405;RBI=0.0704403,0.265993,0.136788;REFB=0.0178638,-0.190052,-0.105308;REVB=0.0156036,-0.166898,-0.0604842;RO=12;SAF=2,2,8;SAR=0,13,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0.404762,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.630414,-0.259586,0.799992;STB=0.5,0.55549,0.99884;STBP=1,0.616,0;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0188456,0.149322,0.0275385;OID=.,.,.;OPOS=16553949,16553945,16553948;OREF=T,G,GT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CGGGGC,CGGGT,CGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.410256,0.230769:2,15,8:40:0,16,9:39:14:0,5,9:0,11,0:3:11:74:12:2,2,8:0,13,0:4:8 chr20 16729138 . T C 484.98 PASS AF=0.490566;AO=48;DP=102;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.061;QD=18.3009;RBI=0.0345134;REFB=-0.0262256;REVB=0.0129295;RO=54;SAF=16;SAR=32;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768058;STB=0.51219;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0303359;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:54:54:48:52:0.490566:32:16:22:32:32:20:22:32 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=33;DP=53;LEN=5;RO=20;SAF=16;SAR=25;SRF=6;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:53:20:33:25:16:6:6 chr20 16963522 . G C 616.98 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785169;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6793;QD=61.6981;RBI=0.084296;REFB=0;REVB=-0.0306744;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157149;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr20 16963542 . A G 282.82 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00539577;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.199;QD=23.0873;RBI=0.043998;REFB=-0.0171966;REVB=0.0436658;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147024;STB=0.573767;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0223363;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:22:25:27:0.55102:13:12:15:8:13:14:15:7 chr20 17470035 . C G 120.95 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.000653371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.673;QD=10.5177;RBI=0.00181622;REFB=-0.00871119;REVB=-0.00169463;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245354;STB=0.643744;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0216414;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:8:23:8:7:8:23 chr20 17474968 . T C 595.18 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0142311;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.693;QD=20.7019;RBI=0.0237343;REFB=-0.00963026;REVB=-0.0189946;RO=55;SAF=34;SAR=26;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267992;STB=0.501474;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00836452;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:55:55:60:60:0.521739:26:34:31:24:26:34:31:24 chr20 17475217 . C T 287.53 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0155344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.62;QD=15.9738;RBI=0.0261951;REFB=-0.0112547;REVB=0.0210918;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265009;STB=0.514916;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0222759;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:12:20:26:14:12:20:26:14 chr20 17477592 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0174074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.554;QD=13.3676;RBI=0.0250862;REFB=0.00259878;REVB=-0.0180638;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981344;STB=0.557574;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00407815;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:20:11:5:13:20:11 chr20 17594729 . G A 1663.84 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00511199;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.123;QD=59.4228;RBI=0.00866219;REFB=-0.115301;REVB=-0.00699294;RO=0;SAF=32;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14871e-08;STB=0.507691;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=9.6927e-05;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:0:1:111:111:0.991071:79:32:0:0:79:32:1:0 chr20 17596155 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.306;QD=60.8834;RBI=0.0265501;REFB=0;REVB=0.0247496;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83859e-05;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr20 17605240 . A T 787.37 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148556;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.395;QD=57.2635;RBI=0.0175096;REFB=0;REVB=0.00926814;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31085e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr20 17705677 . A G 1249.53 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.608;QD=60.2184;RBI=0.0148194;REFB=-0.0584561;REVB=0.0138127;RO=1;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172124;STB=0.509089;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000698543;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:27:54:0:1:27:55:0:1 chr20 17716416 . C G 1286.18 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575768;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9211;QD=61.9844;RBI=0.00743287;REFB=0;REVB=0.0047007;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97279e-05;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr20 18122912 . C G 417.03 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0778307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.86;QD=17.1971;RBI=0.0820073;REFB=-0.012402;REVB=-0.0258374;RO=54;SAF=17;SAR=26;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195463;STB=0.609519;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00831301;OID=.;OPOS=18122912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:26:17:32:22:26:17:32:22 chr20 18143112 . T TG 263.21 PASS AF=0.972222;AO=6;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.144196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4649;QD=29.2451;RBI=0.218043;REFB=0.0848286;REVB=-0.163556;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122256;STB=0.509086;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=-0.0292141;OID=.;OPOS=18143113;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.972222:6:36:35:36:1:8:27:0:1:3:30:1:5:7:23 chr20 18143117 . T G 500.71 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5056;QD=55.634;RBI=0.0502761;REFB=-0.105155;REVB=-0.0478802;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00309223;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:36:0:1:34:35:0.972222:26:8:0:0:27:8:0:1 chr20 18143355 . C T 1637.42 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00867359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.994;QD=57.9618;RBI=0.0214967;REFB=-0.0524063;REVB=0.0196692;RO=1;SAF=75;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137553;STB=0.50402;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000863589;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:109:111:0.982301:34:75:0:1:34:77:1:1 chr20 18167977 . T C 1420.07 PASS AF=0.989583;AO=89;DP=91;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0919765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.519;QD=59.1694;RBI=0.0921281;REFB=-0.122552;REVB=-0.00528433;RO=1;SAF=38;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012308;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00232076;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:96:1:1:89:95:0.989583:51:38:1:0:51:44:1:0 chr20 18296072 . T A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.925;QD=53.2716;RBI=0.0223112;REFB=0;REVB=0.0120388;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254638;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 18309650 . GT G 830.54 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707949;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.5974;QD=48.147;RBI=0.080095;REFB=0;REVB=0.0800919;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000134832;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:69:69:0:37:32:0:0:15:0:37:30:0:0 chr20 18309715 . AC A 38.67 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.12021;FXX=0.013887;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.9473;QD=2.17865;RBI=0.135606;REFB=-0.0709548;REVB=0.062759;RO=42;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379327;STB=0.656226;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.0662238;OID=.;OPOS=18309716;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28169:20:72:20:71:51:13:7:22:29:38:42:15:5:18:24 chr20 18414356 . A G 737.43 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.124977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4253;QD=52.6739;RBI=0.125671;REFB=-0.0806065;REVB=-0.0131945;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00238526;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:54:55:0.982143:25:29:1:0:25:30:1:0 chr20 18433335 . T C 1711.81 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4933;QD=60.5951;RBI=0.0876829;REFB=0;REVB=0.0672103;RO=0;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472609;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:76:37:0:0:76:37:0:0 chr20 18445963 . A G 679.81 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0344281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.954;QD=52.2932;RBI=0.0409442;REFB=0.0905401;REVB=0.0221614;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.520825;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00263866;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:49:50:0.961538:27:22:1:0:27:23:2:0 chr20 18462421 . A G 880.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.025;QD=57.76;RBI=0.0229041;REFB=0;REVB=-0.0149915;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79591e-06;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr20 18541699 . T TA 596.2 PASS AF=1;AO=57;DP=68;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0878144;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.26;QD=39.0951;RBI=0.101305;REFB=0;REVB=0.0505101;RO=10;SAF=28;SAR=29;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.86045e-05;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:68:61:61:0:31:30:0:0:12:10:28:29:6:4 chr20 18810705 . C T 386.93 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.023988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.755;QD=15.3239;RBI=0.0246672;REFB=-0.0115587;REVB=-0.00574883;RO=58;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882138;STB=0.549609;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0175916;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:23:20:32:26:23:20:32:26 chr20 19261623 . G A 819.91 PASS AF=0.488372;AO=84;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.00775201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2155;QD=19.0677;RBI=0.00795292;REFB=-0.0141456;REVB=0.00177633;RO=88;SAF=43;SAR=41;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952885;STB=0.552488;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0243973;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:88:84:84:0.488372:41:43:36:52:41:43:36:52 chr20 19560664 . G A 594.45 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0177409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.17;QD=19.1759;RBI=0.0304344;REFB=-0.0108758;REVB=0.0247288;RO=63;SAF=29;SAR=32;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102377;STB=0.556485;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00982176;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:32:29:23:40:32:29:23:40 chr20 19634732 . G A 1883.73 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000173314;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.606;QD=60.7656;RBI=0.00732945;REFB=-0.0596602;REVB=0.0073274;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000226346;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:0:1:123:123:0.991935:62:61:0:0:62:61:0:1 chr20 19634747 . T C 1671.04 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0127459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.282;QD=57.6219;RBI=0.0136117;REFB=-0.184364;REVB=0.00477698;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921867;STB=0.505369;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00189715;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:116:1:3:112:113:0.974138:61:51:1:0:61:52:2:1 chr20 19702049 . G A 483.42 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0282528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.772;QD=18.9576;RBI=0.0282632;REFB=-0.00131465;REVB=0.000768125;RO=49;SAF=25;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639477;STB=0.529446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00124849;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:51:50:51:0.5:25:25:21:28:26:25:22:29 chr20 19951534 . T A 403.63 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0352552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4875;QD=14.9493;RBI=0.0367954;REFB=0.0173856;REVB=-0.0105341;RO=61;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255052;STB=0.50284;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0228605;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:46:46:0.425926:25:21:28:33:25:21:28:34 chr20 19970705 . C T 1641.88 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=60.2525;RBI=0.0629748;REFB=0;REVB=-0.0102118;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81845e-05;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr20 20030079 . G T 210.17 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0866928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5913;QD=26.2715;RBI=0.0872697;REFB=-0.0591877;REVB=0.010018;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200431;STB=0.611003;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0150241;OID=.;OPOS=20030079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:3:9:9:11:3:9 chr20 20032998 . T C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0520945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1356;QD=20.4556;RBI=0.0542533;REFB=-0.0119071;REVB=-0.0151523;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.556893;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00727353;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:6:9:12:5:6:9 chr20 20033137 . T A 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.659;QD=61.2384;RBI=0.0141755;REFB=-0.0829717;REVB=-0.00124109;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00140465;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:47:41:0:1:47:41:0:1 chr20 20033223 . A T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00620419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.758;QD=17.7107;RBI=0.0101329;REFB=-0.0153663;REVB=0.00801147;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713565;STB=0.53994;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.014365;OID=.;OPOS=20033223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:18:18:14:19:18:18 chr20 20033242 . A T 219.13 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0141348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8882;QD=13.913;RBI=0.0284155;REFB=-0.00244883;REVB=0.0246506;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918886;STB=0.545419;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00361026;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:10:16:19:17:10:16:20:17 chr20 20033319 . A G 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0220847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.23;QD=14.7395;RBI=0.0263542;REFB=-0.0267166;REVB=-0.0143809;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.571341;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.033433;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:5:12:15:10:5:12:15:10 chr20 20033380 . A G 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00823314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1057;QD=12.7793;RBI=0.018268;REFB=0.00550894;REVB=-0.0163076;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.705428;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00871699;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:7:7:2:8:7:7 chr20 20050397 . G A 955.43 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499632;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.745;QD=58.7957;RBI=0.0508959;REFB=0;REVB=0.00969894;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68285e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr20 20144772 . G A 525.98 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00363751;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.848;QD=18.785;RBI=0.0111079;REFB=-0.017596;REVB=0.0104955;RO=57;SAF=16;SAR=39;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118093;STB=0.565613;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0155329;OID=.;OPOS=20144772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:39:16:23:34:39:16:23:34 chr20 20152462 . A C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00604614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1917;QD=12.807;RBI=0.00784319;REFB=0.0215338;REVB=-0.00499599;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586844;STB=0.533563;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0190465;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:17:30:17:12:17:30 chr20 20341333 . G C 2406.64 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00519868;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.528;QD=60.5444;RBI=0.0149899;REFB=-0.0511147;REVB=0.0140596;RO=1;SAF=84;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563063;STB=0.502958;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=4.69384e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:159:1:1:158:158:0.993711:74:84:1:0:74:84:1:0 chr20 20350516 . T G 629.72 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.374;QD=58.5787;RBI=0.0379029;REFB=0;REVB=0.0354357;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177282;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:22:17:0:0:26:17:0:0 chr20 20377351 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00606741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.518;QD=22.7239;RBI=0.017237;REFB=0.00891198;REVB=0.0161338;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313542;STB=0.675957;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00729606;OID=.;OPOS=20377351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:11:5:14:6:11:5 chr20 20377421 . A AC 311.49 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681711;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3005;QD=31.1492;RBI=0.125416;REFB=0;REVB=0.105271;RO=9;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00835236;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:41:40:40:0:17:23:0:0:5:9:12:18:4:5 chr20 21142523 . C G 442.71 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0170013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.212;QD=22.7029;RBI=0.0174066;REFB=0.00317982;REVB=-0.00373452;RO=35;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113878;STB=0.562472;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00199085;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:25:18:10:25:25:18:10:25 chr20 21142813 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0104835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5039;QD=20.8915;RBI=0.0706367;REFB=0.00185463;REVB=0.0698544;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586384;STB=0.511175;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000908456;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:12:14:17:15:12:15 chr20 21186161 . A AG 870.49 PASS AF=1;AO=68;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.291257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6108;QD=45.2204;RBI=0.297112;REFB=0;REVB=0.0586912;RO=9;SAF=32;SAR=36;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00569633;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:77:77:77:0:40:37:0:0:16:9:32:36:8:1 chr20 21319691 . A C 187.64 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0304265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0953;QD=12.7215;RBI=0.0873213;REFB=-0.00286454;REVB=0.0818489;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259898;STB=0.644018;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00739105;OID=.;OPOS=21319691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:17:6:17:18:17:6:17:19 chr20 21362703 . TA T 1337.45 PASS AF=1;AO=110;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864505;FXX=0.0169477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.0732;QD=46.1189;RBI=0.101289;REFB=0;REVB=-0.0527798;RO=1;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.00840219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000867931;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:116:116:116:0:61:55:0:0:25:1:56:54:1:0 chr20 22562674 . T C 484.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.774;QD=56.9815;RBI=0.0251478;REFB=0;REVB=0.0195861;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219009;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr20 23016970 . T G 417.77 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0178986;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.468;QD=16.3833;RBI=0.0179449;REFB=-0.0117026;REVB=0.00128928;RO=56;SAF=27;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10389;STB=0.558114;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0158442;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:56:56:46:46:0.45098:19:27:27:29:19:27:27:29 chr20 23017017 . T C 1992.45 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00626389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.885;QD=61.3061;RBI=0.00820973;REFB=-0.104358;REVB=0.00530692;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-5.44371e-06;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:59:70:0:0:59:70:1:0 chr20 23017044 . C T 504.06 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00673207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.201;QD=13.2648;RBI=0.00700024;REFB=-0.000681057;REVB=0.001919;RO=92;SAF=38;SAR=21;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148653;STB=0.587825;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00160097;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:93:59:59:0.388158:21:38:47:45:21:38:47:46 chr20 23017082 . T C 2053.0 PASS AF=0.951049;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=143;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0476676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8368;QD=57.4265;RBI=0.0493023;REFB=0.024599;REVB=0.0125904;RO=7;SAF=59;SAR=77;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531296;STB=0.527996;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00708881;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:143:143:7:7:136:136:0.951049:77:59:7:0:77:59:7:0 chr20 23065209 . G A 2552.36 PASS AF=0.897959;AO=175;DP=197;FAO=176;FDP=196;FR=.;FRO=20;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0205003;FXX=0.00507588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.128;QD=52.0889;RBI=0.0517584;REFB=-0.144644;REVB=0.0475254;RO=17;SAF=85;SAR=90;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719284;STB=0.544359;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00105884;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:197:196:17:20:175:176:0.897959:90:85:1:16:91:85:1:19 chr20 23065342 . A G 1457.61 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313424;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0104;QD=63.3744;RBI=0.0720255;REFB=0;REVB=-0.0648485;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06378e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr20 23345844 . A C 524.04 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330903;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.117;QD=59.8908;RBI=0.040934;REFB=0;REVB=0.0240962;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472183;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr20 23352480 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2951;QD=57.237;RBI=0.0665079;REFB=0;REVB=-0.0353278;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100841;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr20 23352685 . C A 358.25 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00302763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9536;QD=14.6225;RBI=0.0085921;REFB=-0.00129836;REVB=0.008041;RO=59;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197652;STB=0.612295;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00142285;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:14:25:27:32:14:25:27:32 chr20 23355454 . ATAC A 37.62 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0162413;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.222;QD=7.16568;RBI=0.0227297;REFB=0.00111783;REVB=-0.0159015;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=-0.00260646;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:22:6:21:15:1:5:8:7:37:15:1:5:8:7 chr20 23361613 . C T 281.37 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.013216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.448;QD=19.4048;RBI=0.0288356;REFB=0.00611715;REVB=-0.0256287;RO=28;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299063;STB=0.666556;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00332951;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:10:20:9:19:10:20:9:19 chr20 23421101 . G A 551.15 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0966364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8847;QD=19.5097;RBI=0.0978806;REFB=-0.0313953;REVB=0.015557;RO=56;SAF=22;SAR=35;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136727;STB=0.575558;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0286826;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:35:22:30:26:35:22:30:26 chr20 23424613 . T C 1026.25 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.24;QD=59.493;RBI=0.0291459;REFB=0;REVB=0.0278127;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52321e-05;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr20 23424638 . C T 239.44 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00570962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.311;QD=14.2947;RBI=0.00814713;REFB=-0.0184838;REVB=0.00581171;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151885;STB=0.593154;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0298855;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:12:16:16:22:12:16:16:23 chr20 23432528 . A G 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0414156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.806;QD=23.4113;RBI=0.0426065;REFB=-0.0272481;REVB=-0.010003;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728613;STB=0.540169;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0160006;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:24:11:10:15:24:11:10:15 chr20 23472391 . A G 2681.74 PASS AF=0.983333;AO=167;DP=170;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00614806;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.316;QD=59.5942;RBI=0.00737398;REFB=-0.0909261;REVB=0.00407148;RO=1;SAF=66;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007156;STB=0.504838;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=8.45798e-05;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:180:1:3:167:177:0.983333:101:66:1:0:108:69:2:1 chr20 23531276 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.661;QD=55.5177;RBI=0.0123361;REFB=-0.0403082;REVB=-0.00586051;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00295264;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr20 23546639 . T G 2307.66 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.967;QD=61.1301;RBI=0.0173078;REFB=0;REVB=0.0053105;RO=0;SAF=70;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79008e-06;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:149:151:1:79:70:0:0:79:72:0:0 chr20 23586360 . G A 1342.73 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0543542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7312;QD=61.0333;RBI=0.0748251;REFB=0.0234493;REVB=0.0514239;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.504853;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00251698;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:50:36:0:1:51:36:0:1 chr20 23618395 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.877;QD=59.323;RBI=0.0125351;REFB=0;REVB=0.0043283;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72663e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr20 23729722 . G T 4489.77 PASS AF=0.980066;AO=295;DP=301;FAO=295;FDP=301;FR=.;FRO=6;FSAF=157;FSAR=138;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0186845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5425;QD=59.6648;RBI=0.026675;REFB=-0.133075;REVB=-0.019038;RO=6;SAF=157;SAR=138;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178727;STB=0.509374;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00104097;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:301:301:6:6:295:295:0.980066:138:157:6:0:138:157:6:0 chr20 23804663 . T A 468.63 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00297395;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.088;QD=16.8874;RBI=0.0293857;REFB=-0.0362451;REVB=-0.0292348;RO=60;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125039;STB=0.569593;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0420625;OID=.;OPOS=23804663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:60:51:51:0.459459:24:27:24:36:24:27:24:36 chr20 23805953 . C T 1124.05 PASS AF=0.542289;AO=109;DP=208;FAO=109;FDP=201;FR=.;FRO=92;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0178259;FXX=0.0607448;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6747;QD=22.3691;RBI=0.0188532;REFB=-0.0171882;REVB=0.00613845;RO=86;SAF=61;SAR=48;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151186;STB=0.571845;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0174098;OID=.;OPOS=23805953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:201:86:92:109:109:0.542289:48:61:32:54:48:61:37:55 chr20 23860178 . A G 1062.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.743;QD=59.8399;RBI=0.0113383;REFB=0;REVB=-0.0112717;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42893e-05;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr20 24939590 . G C 1097.63 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.401;QD=60.144;RBI=0.0604301;REFB=0;REVB=0.0116366;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120192;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:30:43:0:0 chr20 24954887 . A T 289.23 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.56;QD=52.587;RBI=0.0722504;REFB=0;REVB=0.0582537;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500812;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr20 25027526 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.394;QD=56.9382;RBI=0.0137961;REFB=0;REVB=0.0119035;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105851;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr20 25059442 . C T 1254.81 PASS AF=0.528384;AO=121;DP=231;FAO=121;FDP=229;FR=.;FRO=108;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.00844678;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.162;QD=21.9181;RBI=0.0225342;REFB=-0.0106598;REVB=-0.0208912;RO=104;SAF=55;SAR=66;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223467;STB=0.503999;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00784745;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:104:108:121:121:0.528384:66:55:50:54:66:55:50:58 chr20 25187213 . G A 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.044809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.571;QD=17.6623;RBI=0.0481216;REFB=-0.0043317;REVB=-0.0175453;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833526;STB=0.546643;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00607416;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:17:23:23:24:17:23:23:24 chr20 25193949 . G A 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00920973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3579;QD=18.0343;RBI=0.0126619;REFB=0.0166602;REVB=-0.00868938;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546544;STB=0.529397;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0141508;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:19:20:24:18:19:20:25:19 chr20 25195394 . C T 1519.45 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.8903;QD=61.392;RBI=0.0806792;REFB=0;REVB=0.0212932;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328667;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:92:99:1:60:32:0:0:63:36:0:0 chr20 25195509 . A G 1444.52 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00551758;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.688;QD=60.822;RBI=0.00561042;REFB=-0.00312123;REVB=0.00101644;RO=1;SAF=33;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141488;STB=0.50333;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=8.59294e-06;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:60:33:1:0:60:33:1:1 chr20 25207074 . T C 1840.7 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.91;QD=61.3566;RBI=0.0215696;REFB=0;REVB=0.0203292;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33405e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr20 25259006 . G T 624.78 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00242378;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.883;QD=23.1401;RBI=0.0300033;REFB=-0.00611117;REVB=0.0299052;RO=47;SAF=31;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358431;STB=0.519592;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00410932;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:30:31:26:21:30:31:26:21 chr20 25260931 . A G 1074.89 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052133;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.715;QD=60.5572;RBI=0.0523442;REFB=0;REVB=-0.00469748;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937363;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:28:41:0:0:29:42:0:0 chr20 25262769 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00275484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.55;QD=17.423;RBI=0.018724;REFB=0.00591313;REVB=0.0185202;RO=34;SAF=23;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420631;STB=0.735847;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00467788;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:8:23:10:24:8:23:10:24 chr20 25264814 . T C 843.72 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.497;QD=55.3257;RBI=0.0325046;REFB=-0.118558;REVB=0.0140677;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278663;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:0:0:59:61:1:24:35:0:0:24:37:0:0 chr20 25268920 . T C 954.16 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6143;QD=58.7174;RBI=0.0778689;REFB=0;REVB=0.0715287;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740856;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr20 25269022 . C T 349.37 PASS AF=0.520548;AO=30;DP=63;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0556354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.857;QD=19.1436;RBI=0.06155;REFB=-0.0418198;REVB=-0.0263268;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424271;STB=0.523065;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0419558;OID=.;OPOS=25269022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:73:32:35:30:38:0.520548:20:10:12:20:21:17:14:21 chr20 25276297 . G A 749.14 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0489435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.218;QD=61.154;RBI=0.0497744;REFB=0.0553321;REVB=-0.00905692;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000719079;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:30:18:0:0:30:18:0:1 chr20 25282944 . A G 1012.85 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00622218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.067;QD=57.8769;RBI=0.00622253;REFB=-0.11335;REVB=-6.55277e-05;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=4.19133e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:48:21:0:0:48:21:0:1 chr20 25456888 . A G 1592.83 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.676;QD=57.921;RBI=0.0578966;REFB=0.0139646;REVB=-0.0478639;RO=1;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654769;STB=0.503401;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.000344912;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:72:36:0:1:72:36:1:1 chr20 25457049 . GCTCCCA G 578.41 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166901;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=6;MLLD=238.511;QD=60.8853;RBI=0.0275694;REFB=0;REVB=0.0219434;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.22151e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:40:38:38:0:20:18:0:0:4:0:18:18:0:0 chr20 25591864 . A T 351.9 PASS AF=0.875;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00382193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.32;QD=43.9879;RBI=0.0520356;REFB=-0.113238;REVB=0.0518951;RO=5;SAF=4;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117478;STB=0.562889;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00927029;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:28:32:5:4:23:28:0.875:19:4:2:3:23:5:2:2 chr20 25595829 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0385985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.532;QD=15.3563;RBI=0.0407365;REFB=0.012047;REVB=-0.0130238;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12275;STB=0.569358;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.014586;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:24:20:19:14:24:20 chr20 25595868 . G A 321.88 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.027219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5239;QD=14.971;RBI=0.0407289;REFB=-0.00612674;REVB=0.030298;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156495;STB=0.594542;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00651155;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:50:35:36:0.418605:20:15:29:21:21:15:29:21 chr20 25755672 . G T 204.9 PASS AF=0.219178;AO=32;DP=146;FAO=32;FDP=146;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=42;FWDB=0.00586289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.378;QD=5.61367;RBI=0.00586292;REFB=-0.0078112;REVB=-1.67745e-05;RO=114;SAF=18;SAR=14;SRF=72;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905648;STB=0.555522;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0286102;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:114:114:32:32:0.219178:14:18:72:42:14:18:72:42 chr20 26061803 . C A 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0947183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5182;QD=16.1901;RBI=0.0947343;REFB=-0.0112741;REVB=0.00174035;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0174286;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr20 26061859 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6594;QD=19.1301;RBI=0.0787856;REFB=0.0288969;REVB=0.0706245;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00086324;OID=.;OPOS=26061859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr20 26061880 . A G 34.08 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.206;QD=22.7204;RBI=0.105015;REFB=-0.0433645;REVB=0.0932654;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0312715;OID=.;OPOS=26061880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr20 26094564 . T G 2074.94 PASS AF=0.48046;AO=209;DP=438;FAO=209;FDP=435;FR=.;FRO=226;FSAF=116;FSAR=93;FSRF=104;FSRR=122;FWDB=-0.0258358;FXX=0.00911141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0363;QD=19.0799;RBI=0.0355007;REFB=-0.00175906;REVB=-0.0243476;RO=225;SAF=116;SAR=93;SRF=103;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09189;STB=0.549334;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00318054;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:435:225:226:209:209:0.48046:93:116:103:122:93:116:104:122 chr20 26094567 . T C 2416.48 PASS AF=0.528604;AO=230;DP=437;FAO=231;FDP=437;FR=.;FRO=206;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=98;FSRR=108;FWDB=0.00189911;FXX=0.00228305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.94;QD=22.1188;RBI=0.0190748;REFB=-0.00297516;REVB=0.01898;RO=202;SAF=123;SAR=107;SRF=94;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596489;STB=0.526764;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00317714;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:202:206:230:231:0.528604:107:123:94:108:108:123:98:108 chr20 26094605 . G A 1599.43 PASS AF=0.467787;AO=167;DP=358;FAO=167;FDP=357;FR=.;FRO=190;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=75;FSRR=115;FWDB=-0.0170267;FXX=0.00279322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.276;QD=17.9207;RBI=0.0304853;REFB=-0.0193893;REVB=-0.0252872;RO=188;SAF=97;SAR=70;SRF=75;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174125;STB=0.598454;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223255;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:188:190:167:167:0.467787:70:97:75:113:70:97:75:115 chr20 26094609 . C A 1625.44 PASS AF=0.473988;AO=164;DP=346;FAO=164;FDP=346;FR=.;FRO=182;FSAF=93;FSAR=71;FSRF=72;FSRR=110;FWDB=-0.0261243;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3484;QD=18.7912;RBI=0.0363291;REFB=0.0116825;REVB=-0.0252453;RO=181;SAF=93;SAR=71;SRF=71;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165693;STB=0.589628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0133312;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:181:182:164:164:0.473988:71:93:71:110:71:93:72:110 chr20 26188824 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.852;QD=28.5378;RBI=0.0449124;REFB=-0.0872259;REVB=0.0449124;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509276;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr20 29623210 . C T 60.28 PASS AF=0.0927835;AO=18;DP=194;FAO=18;FDP=194;FR=.;FRO=176;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=98;FWDB=-0.0183577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.858;QD=1.24298;RBI=0.0203897;REFB=-0.0021544;REVB=-0.00887329;RO=175;SAF=7;SAR=11;SRF=78;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687554;STB=0.550591;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0232029;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:194:194:175:176:18:18:0.0927835:11:7:78:97:11:7:78:98 chr20 29623223 . T C 434.7 PASS AF=0.303191;AO=57;DP=188;FAO=57;FDP=188;FR=.;FRO=131;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.00915515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.869;QD=9.24892;RBI=0.0160687;REFB=-0.00438085;REVB=-0.0132056;RO=128;SAF=28;SAR=29;SRF=53;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922746;STB=0.555162;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00993021;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:128:131:57:57:0.303191:29:28:53:75:29:28:54:77 chr20 29623224 . C A 50.81 PASS AF=0.0864865;AO=16;DP=187;FAO=16;FDP=185;FR=.;FRO=169;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=94;FWDB=-0.003009;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.384;QD=1.09864;RBI=0.0182093;REFB=-0.00205383;REVB=-0.017959;RO=150;SAF=6;SAR=10;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714426;STB=0.564771;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0218987;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:187:185:150:169:16:16:0.0864865:10:6:65:85:10:6:75:94 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 526.13 PASS AF=0.0666667,0.327273;AO=12,52;DP=174;FAO=11,54;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=5,26;FSAR=6,28;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=0.00140988,0.000341195;FXX=0.0517212;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=37.8203,245.599;QD=12.7546;RBI=0.0655342,0.0395634;REFB=0.0464848,-0.00320421;REVB=0.065519,0.0395619;RO=93;SAF=5,26;SAR=7,26;SRF=32;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0934622,0.175941;STB=0.596473,0.586009;STBP=0.537,0.151;TYPE=snp,del;VARB=-0.0942932,0.0107867;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.327273:12,52:174:11,54:165:100:5,26:6,28:35:65:99:93:5,26:7,26:32:61 chr20 29624067 . AT AC,TC 110.98 PASS AF=0.137255,0.0588235;AO=14,6;DP=102;FAO=14,6;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=11,1;FSAR=3,5;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00560531,-0.00585023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=156.51,205.304;QD=4.352;RBI=0.0176533,0.00698633;REFB=-0.000272593,-3.72786e-05;REVB=0.0167398,-0.00381885;RO=80;SAF=11,1;SAR=3,5;SRF=38;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.395233,-0.333982;STB=0.770945,0.805376;STBP=0.041,0.162;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00370301,-0.000474858;OID=.,.;OPOS=29624068,29624067;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:102:102:80:82:14,6:14,6:0.137255,0.0588235:3,5:11,1:38:42:3,5:11,1:39:43 chr20 29624070 . G A 170.44 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00528438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.607;QD=6.37159;RBI=0.00528463;REFB=-4.78269e-05;REVB=5.09183e-05;RO=80;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167718;STB=0.51514;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000142955;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:80:81:26:26:0.242991:14:12:38:42:14:12:39:42 chr20 29625873 . A C 31.09 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0211434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.817;QD=0.949307;RBI=0.0250343;REFB=-0.00277464;REVB=-0.0134042;RO=119;SAF=4;SAR=6;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151641;STB=0.63227;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0379949;OID=.;OPOS=29625873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:131:119:121:10:10:0.0763359:6:4:64:55:6:4:66:55 chr20 29625876 . C T 289.51 PASS AF=0.293233;AO=39;DP=133;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.0161611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.564;QD=8.70694;RBI=0.0243241;REFB=-0.0180301;REVB=-0.0181791;RO=93;SAF=17;SAR=22;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172345;STB=0.604297;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0414792;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:94:39:39:0.293233:22:17:54:39:22:17:55:39 chr20 29625877 . G A 191.66 PASS AF=0.227273;AO=30;DP=132;FAO=30;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.0072416;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.984;QD=5.80794;RBI=0.0426204;REFB=-0.00794789;REVB=-0.0420007;RO=102;SAF=18;SAR=12;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102619;STB=0.563035;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0301508;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:102:102:30:30:0.227273:12:18:53:49:12:18:53:49 chr20 29625925 . C CTTG 244.31 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.001612;FXX=0.0542594;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.37;QD=8.01031;RBI=0.0238029;REFB=-0.00658624;REVB=-0.0237482;RO=92;SAF=13;SAR=21;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321676;STB=0.677637;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.01594;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:34:129:34:122:88:13:21:56:32:99:92:13:21:60:32 chr20 29625935 . A G 249.89 PASS AF=0.284553;AO=32;DP=121;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00292389;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.793;QD=8.12647;RBI=0.0155751;REFB=-0.0098603;REVB=-0.0152982;RO=88;SAF=11;SAR=21;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222499;STB=0.630955;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0168397;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:88:88:32:35:0.284553:21:11:46:42:23:12:46:42 chr20 29625979 . C A 86.01 PASS AF=0.129252;AO=19;DP=147;FAO=19;FDP=147;FR=.;FRO=128;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.00472031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.036;QD=2.34045;RBI=0.0279257;REFB=0.00207464;REVB=-0.0275239;RO=122;SAF=7;SAR=12;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21497;STB=0.647114;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0197115;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:147:147:122:128:19:19:0.129252:12:7:66:56:12:7:69:59 chr20 29625984 . TG CC,TA 93.87 PASS AF=0.0657895,0.0789474;AO=10,12;DP=152;FAO=10,12;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=6,7;FSAR=4,5;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=-0.00509378,-0.0560581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=271.107,63.4871;QD=2.47013;RBI=0.00758595,0.0607629;REFB=0.000747773,0.00346833;REVB=0.0056214,-0.0234442;RO=128;SAF=6,7;SAR=4,5;SRF=64;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108751,0.0954894;STB=0.5998,0.583195;STBP=0.551,0.583;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0217206,-0.0138387;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:152:152:128:130:10,12:10,12:0.0657895,0.0789474:4,5:6,7:64:64:4,5:6,7:64:66 chr20 29628237 . C A 183.85 PASS AF=0.167442;AO=36;DP=216;FAO=36;FDP=215;FR=.;FRO=179;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=92;FWDB=-0.0261231;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.554;QD=3.42049;RBI=0.0276146;REFB=-0.0021435;REVB=-0.00895259;RO=174;SAF=16;SAR=20;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049527;STB=0.534768;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0103756;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:174:179:36:36:0.167442:20:16:84:90:20:16:87:92 chr20 29628263 . A G 46.69 PASS AF=0.0765766;AO=17;DP=222;FAO=17;FDP=222;FR=.;FRO=205;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=90;FSRR=115;FWDB=0.0134153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.276;QD=0.841277;RBI=0.0149368;REFB=-0.000771704;REVB=-0.00656784;RO=202;SAF=13;SAR=4;SRF=88;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363266;STB=0.789363;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0116428;OID=.;OPOS=29628263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:222:222:202:205:17:17:0.0765766:4:13:88:114:4:13:90:115 chr20 29628271 . C T 878.62 PASS AF=0.443925;AO=95;DP=215;FAO=95;FDP=214;FR=.;FRO=119;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.0247646;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.637;QD=16.4228;RBI=0.0373824;REFB=-0.0270809;REVB=-0.0280028;RO=118;SAF=49;SAR=46;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10014;STB=0.553036;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0297995;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:118:119:95:95:0.443925:46:49:49:69:46:49:50:69 chr20 29628328 . C G 117.09 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=132;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=76;FWDB=-0.0685256;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3805;QD=3.54822;RBI=0.0781749;REFB=-0.00307485;REVB=-0.037624;RO=109;SAF=6;SAR=16;SRF=33;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465467;STB=0.536878;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0114805;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:109:110:22:22:0.166667:16:6:33:76:16:6:34:76 chr20 29628361 . A C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00907886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.458;QD=14.119;RBI=0.00917761;REFB=-0.0183681;REVB=0.00134272;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648762;STB=0.531268;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0238525;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:19:8:13:24:19:8:13:25 chr20 29628415 . T A 71.41 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0179287;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=7.14084;RBI=0.0185525;REFB=-0.00819192;REVB=0.00477046;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223604;STB=0.637122;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0185017;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:30:30:10:10:0.25:6:4:7:23:6:4:7:23 chr20 29628431 . C T 145.04 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0590089;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.971;QD=23.2065;RBI=0.0592375;REFB=-0.0242227;REVB=-0.0051991;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052179;STB=0.562421;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0146396;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:11:10:15:15:0.6:10:5:3:8:10:5:2:8 chr20 29628439 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00875648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.374;QD=8.69795;RBI=0.0144312;REFB=0.00282821;REVB=-0.011471;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00608627;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:3:11:5:2:3:11 chr20 29630666 . T C 64.4 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=145;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=-0.00889916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8387;QD=1.77647;RBI=0.0518237;REFB=-0.00383805;REVB=0.0510539;RO=129;SAF=9;SAR=7;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332115;STB=0.524199;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0323666;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:145:145:129:129:16:16:0.110345:7:9:76:53:7:9:76:53 chr20 29630674 . A T 71.48 PASS AF=0.117241;AO=17;DP=145;FAO=17;FDP=145;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=0.0115523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.386;QD=1.97174;RBI=0.0232659;REFB=-0.00355803;REVB=0.0201952;RO=126;SAF=9;SAR=8;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623245;STB=0.55031;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0199745;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:145:145:126:128:17:17:0.117241:8:9:73:53:8:9:75:53 chr20 29630681 . G A 39.23 PASS AF=0.0821918;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.0143018;FXX=0.0457486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.514;QD=1.07468;RBI=0.0149518;REFB=-0.00157479;REVB=0.00436029;RO=121;SAF=7;SAR=5;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239979;STB=0.508183;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0118468;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:152:146:121:134:12:12:0.0821918:5:7:73:48:5:7:77:57 chr20 29630695 . C A 533.51 PASS AF=0.383234;AO=63;DP=166;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00939601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.793;QD=12.7786;RBI=0.0106113;REFB=-0.022733;REVB=-0.00493106;RO=103;SAF=34;SAR=29;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151446;STB=0.504061;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0413662;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:103:103:63:64:0.383234:29:34:57:46:29:35:57:46 chr20 29630697 . A G 99.28 PASS AF=0.134969;AO=22;DP=164;FAO=22;FDP=163;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=0.00897953;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9676;QD=2.43638;RBI=0.0187403;REFB=-0.00630496;REVB=0.016449;RO=141;SAF=12;SAR=10;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188885;STB=0.512953;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0429393;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:141:141:22:22:0.134969:10:12:79:62:10:12:79:62 chr20 29630725 . T C 166.15 PASS AF=0.175141;AO=31;DP=178;FAO=31;FDP=177;FR=.;FRO=146;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=-0.0412094;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.331;QD=3.75484;RBI=0.0452969;REFB=-0.0026425;REVB=-0.0188041;RO=145;SAF=19;SAR=12;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11565;STB=0.577414;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0111555;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:145:146:31:31:0.175141:12:19:76:69:12:19:76:70 chr20 29632638 . C A 97.32 PASS AF=0.158333;AO=18;DP=121;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00169107;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.204;QD=3.24386;RBI=0.00884144;REFB=-8.69988e-05;REVB=-0.00867821;RO=99;SAF=5;SAR=13;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270419;STB=0.65451;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000456663;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:121:120:99:101:18:19:0.158333:13:5:48:51:13:6:50:51 chr20 29632643 . T C 42.02 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=133;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=-0.010265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5103;QD=1.2639;RBI=0.0282286;REFB=0.000784935;REVB=0.0262961;RO=121;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116582;STB=0.592434;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0100316;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:121:121:12:12:0.0902256:8:4:52:69:8:4:52:69 chr20 29632662 . G C 179.11 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00447701;FXX=0.104159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.706;QD=5.5537;RBI=0.0174194;REFB=-0.0123267;REVB=-0.0168342;RO=99;SAF=12;SAR=16;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318264;STB=0.518169;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0570214;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:129:99:101:28:28:0.217054:16:12:40:59:16:12:41:60 chr20 29632707 . G A 92.8 PASS AF=0.135135;AO=19;DP=147;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=82;FWDB=0.00598035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.385;QD=2.50803;RBI=0.0195239;REFB=0.00103191;REVB=-0.0185854;RO=128;SAF=12;SAR=7;SRF=46;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3309;STB=0.736729;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.010877;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:147:148:128:128:19:20:0.135135:7:12:46:82:7:13:46:82 chr20 29632709 . C T 235.35 PASS AF=0.234899;AO=35;DP=149;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00412446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.228;QD=6.31821;RBI=0.00682693;REFB=-0.00972521;REVB=-0.0054402;RO=114;SAF=12;SAR=23;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104279;STB=0.563688;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0110042;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:114:114:35:35:0.234899:23:12:48:66:23:12:48:66 chr20 29632714 . CT AG 236.56 PASS AF=0.236486;AO=35;DP=149;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.00648455;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.74;QD=6.39347;RBI=0.0101296;REFB=-0.00558565;REVB=-0.00778201;RO=111;SAF=12;SAR=23;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107007;STB=0.559553;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=0.024442;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:111:113:35:35:0.236486:23:12:47:64:23:12:47:66 chr20 29633854 . G A 118.88 PASS AF=0.176;AO=6;DP=109;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0391353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=3.80414;RBI=0.061581;REFB=-0.00864091;REVB=-0.0475462;RO=95;SAF=5;SAR=1;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362793;STB=0.815501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0378652;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:125:95:103:6:22:0.176:1:5:44:51:4:18:45:58 chr20 29633887 . G A 157.4 PASS AF=0.178571;AO=29;DP=168;FAO=30;FDP=168;FR=.;FRO=138;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=-0.058779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.09;QD=3.74756;RBI=0.0687841;REFB=-0.00513427;REVB=-0.0357252;RO=131;SAF=11;SAR=18;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935201;STB=0.582052;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0297879;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:131:138:29:30:0.178571:18:11:59:72:19:11:64:74 chr20 29633900 . A G 36.27 PASS AF=0.0734463;AO=12;DP=177;FAO=13;FDP=177;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=96;FWDB=0.054957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4626;QD=0.819653;RBI=0.0807301;REFB=-0.00253211;REVB=0.0591362;RO=164;SAF=4;SAR=8;SRF=68;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091831;STB=0.606571;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0207252;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:177:177:164:164:12:13:0.0734463:8:4:68:96:9:4:68:96 chr20 29633915 . C T 69.71 PASS AF=0.108434;AO=18;DP=166;FAO=18;FDP=166;FR=.;FRO=148;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=-0.0365225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.3;QD=1.6798;RBI=0.0505742;REFB=-0.00104068;REVB=-0.0349836;RO=138;SAF=7;SAR=11;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157215;STB=0.527785;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0123472;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:166:166:138:148:18:18:0.108434:11:7:52:86:11:7:62:86 chr20 29633916 . G T 550.92 PASS AF=0.467742;AO=55;DP=166;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00063593;FXX=0.252997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.244;QD=17.7717;RBI=0.0144486;REFB=-0.0121992;REVB=-0.0144346;RO=61;SAF=17;SAR=38;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170335;STB=0.597139;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0142721;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:124:61:66:55:58:0.467742:38:17:29:32:39:19:33:33 chr20 29633929 . A G 504.64 PASS AF=0.369697;AO=61;DP=165;FAO=61;FDP=165;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00884506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.442;QD=12.2337;RBI=0.0150097;REFB=-0.00618141;REVB=0.0121267;RO=104;SAF=22;SAR=39;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105834;STB=0.560255;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00467977;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:104:104:61:61:0.369697:39:22:47:57:39:22:47:57 chr20 29633938 . A G 131.4 PASS AF=0.160494;AO=26;DP=161;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=-0.0335339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2856;QD=3.24454;RBI=0.0364128;REFB=0.00454513;REVB=-0.0141904;RO=135;SAF=11;SAR=15;SRF=57;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111854;STB=0.503405;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0445103;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:135:136:26:26:0.160494:15:11:57:78:15:11:57:79 chr20 29633952 . C T 464.91 PASS AF=0.363057;AO=57;DP=157;FAO=57;FDP=157;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.00299696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.872;QD=11.8448;RBI=0.00321564;REFB=-0.0153666;REVB=0.00116559;RO=100;SAF=21;SAR=36;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083643;STB=0.547736;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.018052;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:100:100:57:57:0.363057:36:21:44:56:36:21:44:56 chr20 29652138 . C G 59.78 PASS AF=0.0913706;AO=18;DP=213;FAO=18;FDP=197;FR=.;FRO=179;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=108;FWDB=0.038029;FXX=0.0751138;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6113;QD=1.2138;RBI=0.0472447;REFB=0.0048095;REVB=0.0280331;RO=178;SAF=8;SAR=10;SRF=70;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621769;STB=0.544358;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0472577;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:213:197:178:179:18:18:0.0913706:10:8:70:108:10:8:71:108 chr20 29652147 . A G 53.11 PASS AF=0.0878049;AO=18;DP=206;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=123;FWDB=0.00844374;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1461;QD=1.03636;RBI=0.0206245;REFB=-0.00236638;REVB=-0.0188169;RO=185;SAF=8;SAR=10;SRF=62;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135543;STB=0.596312;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0264379;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:206:205:185:187:18:18:0.0878049:10:8:62:123:10:8:64:123 chr20 29652165 . C T 44.7 PASS AF=0.0810811;AO=13;DP=181;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=124;FWDB=-0.018077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7623;QD=0.966531;RBI=0.121069;REFB=-0.00859572;REVB=-0.119711;RO=165;SAF=5;SAR=8;SRF=44;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15152;STB=0.685252;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0819934;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:181:185:165:170:13:15:0.0810811:8:5:44:121:8:7:46:124 chr20 29652166 . G A 46.05 PASS AF=0.0824176;AO=15;DP=181;FAO=15;FDP=182;FR=.;FRO=167;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=120;FWDB=-0.0229761;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7039;QD=1.01217;RBI=0.0229767;REFB=-0.00626915;REVB=0.000165061;RO=164;SAF=3;SAR=12;SRF=47;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130489;STB=0.602261;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0667479;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:181:182:164:167:15:15:0.0824176:12:3:47:117:12:3:47:120 chr20 29652172 . TG CA,CG 1998.63 PASS AF=0.27907,0.598837;AO=48,102;DP=175;FAO=48,103;FDP=172;FR=.;FRO=21;FSAF=13,25;FSAR=35,78;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0235599,-0.0401348;FXX=0.022726;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.253,109.858;QD=46.4798;RBI=0.0321032,0.0437889;REFB=-0.0137447,0.0240111;REVB=0.0218071,-0.0175121;RO=21;SAF=13,25;SAR=35,77;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0105371,-0.0174557;STB=0.505701,0.509802;STBP=0.938,0.675;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00634494,0.000754302;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:175:172:21:21:48,102:48,103:0.27907,0.598837:35,77:13,25:6:15:35,78:13,25:6:15 chr20 29652182 . C T 92.7 PASS AF=0.123596;AO=22;DP=178;FAO=22;FDP=178;FR=.;FRO=156;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=121;FWDB=-0.0392645;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4126;QD=2.08305;RBI=0.0399666;REFB=0.00125123;REVB=0.00745879;RO=156;SAF=6;SAR=16;SRF=35;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813619;STB=0.556109;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0049666;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:178:178:156:156:22:22:0.123596:16:6:35:121:16:6:35:121 chr20 29652183 . G A 130.61 PASS AF=0.151685;AO=27;DP=178;FAO=27;FDP=178;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=116;FWDB=-0.0277242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.046;QD=2.93507;RBI=0.031791;REFB=-0.00673722;REVB=0.0155575;RO=150;SAF=6;SAR=21;SRF=34;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814171;STB=0.511578;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0311236;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:150:151:27:27:0.151685:21:6:34:116:21:6:35:116 chr20 29652190 . T G 74.02 PASS AF=0.111111;AO=19;DP=171;FAO=19;FDP=171;FR=.;FRO=152;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=119;FWDB=-0.0172395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.928;QD=1.73138;RBI=0.0351048;REFB=-0.00223421;REVB=0.0305802;RO=151;SAF=6;SAR=13;SRF=32;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166457;STB=0.609598;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0225593;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:171:171:151:152:19:19:0.111111:13:6:32:119:13:6:33:119 chr20 29652191 . C T 1657.78 PASS AF=0.770588;AO=130;DP=169;FAO=131;FDP=170;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=104;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0486753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4359;QD=39.0065;RBI=0.0501823;REFB=-0.0186168;REVB=-0.0122056;RO=39;SAF=26;SAR=104;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069477;STB=0.534171;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00623518;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:39:39:130:131:0.770588:104:26:12:27:104:27:12:27 chr20 29652194 . C T 154.72 PASS AF=0.175439;AO=29;DP=170;FAO=30;FDP=171;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=109;FWDB=0.0230917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.32;QD=3.61918;RBI=0.0247037;REFB=-0.00490049;REVB=0.00877762;RO=140;SAF=7;SAR=22;SRF=32;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228274;STB=0.507409;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0309251;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:140:141:29:30:0.175439:22:7:32:108:23:7:32:109 chr20 29652196 . T C 186.23 PASS AF=0.192982;AO=33;DP=169;FAO=33;FDP=171;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=104;FWDB=-0.0470565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4063;QD=4.35616;RBI=0.0480665;REFB=-0.0020688;REVB=0.00980162;RO=136;SAF=5;SAR=28;SRF=32;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171905;STB=0.623203;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0114849;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:136:138:33:33:0.192982:28:5:32:104:28:5:34:104 chr20 29652219 . G C 33.14 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=153;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=105;FWDB=-0.0949868;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.374;QD=0.89579;RBI=0.0966804;REFB=-0.00268476;REVB=-0.0180165;RO=137;SAF=3;SAR=8;SRF=32;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577197;STB=0.547575;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0173509;OID=.;OPOS=29652219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:153:148:137:137:11:11:0.0743243:8:3:32:105:8:3:32:105 chr20 29652235 . CG CC,GC 1314.63 PASS AF=0.770492,0.0655738;AO=91,8;DP=136;FAO=94,8;FDP=122;FR=.;FRO=20;FSAF=19,3;FSAR=75,5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00344959,-0.016936;FXX=0.115934;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.5394,194.708;QD=43.1027;RBI=0.00350285,0.0219127;REFB=0.0102781,0.00923368;REVB=-0.000608536,0.0139045;RO=19;SAF=16,3;SAR=75,5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0741736,0.0731589;STB=0.538368,0.519183;STBP=0.12,0.976;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00204531,0.0256906;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:122:19:20:91,8:94,8:0.770492,0.0655738:75,5:16,3:6:13:75,5:19,3:7:13 chr20 29652254 . G A 153.57 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=63;FWDB=-0.0503717;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.474;QD=5.38842;RBI=0.0534788;REFB=-0.00160848;REVB=0.017963;RO=88;SAF=4;SAR=21;SRF=25;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227212;STB=0.652035;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00535757;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:88:89:25:25:0.219298:21:4:25:63:21:4:26:63 chr20 29652260 . C T 36.58 PASS AF=0.0961538;AO=9;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=69;FWDB=-0.0187131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5265;QD=1.40701;RBI=0.0187318;REFB=-0.00166465;REVB=-0.000834814;RO=94;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225396;STB=0.632677;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0256107;OID=.;OPOS=29652260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:104:104:94:94:9:10:0.0961538:5:4:25:69:6:4:25:69 chr20 29652267 . C G 41.66 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=61;FWDB=-0.0370574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.036;QD=1.71807;RBI=0.0385717;REFB=0.00260027;REVB=-0.0107017;RO=86;SAF=1;SAR=9;SRF=25;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327863;STB=0.775671;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0148051;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:97:86:87:10:10:0.103093:9:1:25:61:9:1:26:61 chr20 29965014 . T C 728.34 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3143;QD=57.1247;RBI=0.0560683;REFB=0;REVB=0.0559914;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050106;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr20 29978216 . T C 1366.01 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130123;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.353;QD=60.0444;RBI=0.0140922;REFB=-0.0179028;REVB=0.00541017;RO=2;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201556;STB=0.510414;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000628717;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:88:89:0.978022:46:42:0:2:47:42:0:2 chr20 30072093 . A G 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0312814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3441;QD=18.7089;RBI=0.0338941;REFB=-0.0140119;REVB=-0.0130494;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735792;STB=0.541622;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0120488;OID=.;OPOS=30072093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:5:14:12:6:5:14 chr20 30193549 . G C 32.08 PASS AF=0.132075;AO=5;DP=48;FAO=7;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0132933;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.9112;QD=2.42104;RBI=0.24029;REFB=-0.011688;REVB=-0.239923;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632425;STB=0.893256;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0456471;OID=.;OPOS=30193549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:53:28:46:5:7:0.132075:0:5:16:12:1:6:16:30 chr20 30194286 . TG GT,T,TT 78.34 PASS AF=0.0408163,0.22449,0;AO=2,7,3;DP=53;FAO=2,11,0;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=2,9,0;FSAR=0,2,0;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0743854,0.0624765,0.0557591;FXX=0.019996;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=45.5064,215.378,214.078;QD=6.39482;RBI=0.0830131,0.0628622,0.0561643;REFB=-0.0470941,-0.00261272,-0.0026756;REVB=-0.0368509,-0.00695219,-0.00673398;RO=40;SAF=2,7,0;SAR=0,0,3;SRF=16;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.463457,0.709242,-0.465091;STB=0.996077,0.835846,0.5;STBP=0.075,0.024,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.00472478,0.0162818,0;OID=.,.,.;OPOS=30194286,30194287,30194287;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,T;OMAPALT=GT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:53:49:40:36:2,7,3:2,11,0:0.0408163,0.22449,0:0,0,3:2,7,0:16:24:0,2,0:2,9,0:13:23 chr20 30408131 . G C 34.83 PASS AF=0.08;AO=6;DP=74;FAO=6;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0587724;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.3617;QD=1.85786;RBI=0.12522;REFB=-0.0176278;REVB=0.110571;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397715;STB=0.843957;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0260585;OID=.;OPOS=30408131;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:74:75:48:63:6:6:0.08:1:5:24:24:1:5:28:35 chr20 30676401 . AG A 383.16 PASS AF=0.931818;AO=38;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0315462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2825;QD=34.833;RBI=0.112657;REFB=0.00886517;REVB=0.10815;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.0356477;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=0.00691189;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:38:44:41:44:3:19:22:0:3:4:4:17:21:1:3 chr20 30746248 . T C 1933.56 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0674;QD=61.8739;RBI=0.0499927;REFB=0;REVB=0.036465;RO=0;SAF=87;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323207;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:38:87:0:0:38:87:0:0 chr20 30777800 . T C 849.21 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362623;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.427;QD=57.5737;RBI=0.0423561;REFB=0;REVB=0.0218881;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189413;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:33:24:0:0:35:24:0:0 chr20 30777860 . A G 682.71 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8732;QD=60.6851;RBI=0.0227241;REFB=0;REVB=0.019456;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176101;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:26:16:0:0:28:17:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 1490.77 PASS AF=0.0686275,0.931373;AO=18,84;DP=102;FAO=7,95;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=7,83;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465128,0.0530628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.078,228.676;QD=58.4617;RBI=0.0470411,0.0547469;REFB=0,0;REVB=-0.00703052,0.0134745;RO=0;SAF=18,72;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0073383,0.0023553;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0686275,0.931373:18,84:102:7,95:102:0:7,83:0,12:0:0:12:0:18,72:0,12:0:0 chr20 30922397 . AC AT,GT 753.36 PASS AF=0.92,0.06;AO=46,3;DP=50;FAO=46,3;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20,2;FSAR=26,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276315,0.00876088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=156.091,51.3733;QD=60.2684;RBI=0.0361851,0.0187577;REFB=-0.0180967,0.0565931;REVB=-0.0233637,-0.016586;RO=1;SAF=20,2;SAR=26,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229252,-0.163246;STB=0.51219,0.59939;STBP=0.306,0.681;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00227551,-0.0276826;OID=.,.;OPOS=30922398,30922397;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:1:1:46,3:46,3:0.92,0.06:26,1:20,2:1:0:26,1:20,2:1:0 chr20 31022959 . T C 1174.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453482;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.269;QD=61.0347;RBI=0.0517389;REFB=0;REVB=0.0515397;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61649e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:40:37:0:0 chr20 31024274 . T C 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.449;QD=59.4256;RBI=0.0342243;REFB=0;REVB=0.0149406;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13821e-05;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr20 31025163 . A G 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183368;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5002;QD=57.2349;RBI=0.0237627;REFB=0;REVB=-0.0151139;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01114e-05;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr20 31025535 . A G 1807.46 PASS AF=1;AO=103;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.367;QD=60.755;RBI=0.0076539;REFB=0;REVB=0.00445671;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87311e-06;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:103:119:1:42:61:0:0:54:65:0:0 chr20 31196471 . A G 216.32 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0373835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7476;QD=22.187;RBI=0.0398256;REFB=0.000111196;REVB=0.0137316;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593334;STB=0.545412;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000757246;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:12:8:6:12:12:9:6:12 chr20 31386347 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.955;QD=56.9377;RBI=0.0310623;REFB=0;REVB=-0.00457325;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193282;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr20 31386449 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.318;QD=43.4861;RBI=0.0436192;REFB=0;REVB=-0.0348138;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64222e-05;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 31388636 . T C 710.39 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00789135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.574;QD=54.6453;RBI=0.0359395;REFB=-0.0224016;REVB=0.0350624;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000197597;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:0:1 chr20 31427602 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0151975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.514;QD=19.0235;RBI=0.015216;REFB=-0.0264155;REVB=0.000750517;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12962;STB=0.572213;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0258373;OID=.;OPOS=31427602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:16:19:14:21:16:19 chr20 31436747 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.395;QD=59.4352;RBI=0.0275249;REFB=0;REVB=-0.0206958;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81594e-06;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr20 31494382 . G A 984.82 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.989;QD=58.7953;RBI=0.0171805;REFB=0;REVB=0.00207416;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3665e-05;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:34:33:0:0 chr20 31584178 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.001;QD=58.2377;RBI=0.0186581;REFB=0;REVB=0.00971426;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81579e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr20 31587752 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.694;QD=58.1421;RBI=0.0375045;REFB=0;REVB=0.0374488;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253546;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr20 31587793 . A G 614.41 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.005125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8118;QD=57.1539;RBI=0.038784;REFB=-0.107832;REVB=0.0384439;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00526788;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:0:1:40:42:0.976744:18:22:0:0:19:23:0:1 chr20 31603251 . C T 363.99 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0112713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1674;QD=15.8255;RBI=0.0113226;REFB=-0.0190192;REVB=-0.00107711;RO=51;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128799;STB=0.516006;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0235483;OID=.;OPOS=31603251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:53:39:39:0.423913:24:15:19:32:24:15:19:34 chr20 31621113 . C T 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00726893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.006;QD=17.0939;RBI=0.021162;REFB=0.00824468;REVB=-0.0198744;RO=51;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274656;STB=0.51539;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00938598;OID=.;OPOS=31621113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:23:18:21:30:23:18:21:30 chr20 31622083 . G A 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894378;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2434;QD=59.6908;RBI=0.00916021;REFB=0;REVB=-0.00197947;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84079e-05;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr20 31627291 . A G 1184.35 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.358;QD=60.7361;RBI=0.0271057;REFB=0;REVB=0.0201321;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336837;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:39:36:0:0:42:36:0:0 chr20 31652292 . G A 1679.93 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707472;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1652;QD=60.5381;RBI=0.0808822;REFB=0;REVB=0.0392016;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487754;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:106:111:1:58:48:0:0:58:53:0:0 chr20 31656632 . C G 1769.98 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.175;QD=59.9995;RBI=0.0248726;REFB=-0.127882;REVB=0.0192508;RO=1;SAF=62;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007599;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000196579;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:55:62:1:0:55:62:1:0 chr20 31673846 . A G 1283.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=61.8476;RBI=0.0311939;REFB=0;REVB=-0.0218568;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60214e-06;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr20 31676804 . A C 1130.02 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00586779;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6568;QD=57.9495;RBI=0.0840439;REFB=0.00728725;REVB=-0.0838388;RO=2;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000638683;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00169355;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:37:39:1:1:37:39:1:1 chr20 31757102 . C G 105.62 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00111937;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.429;QD=7.54451;RBI=0.0148432;REFB=-0.00430293;REVB=-0.014801;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170617;STB=0.603639;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0135453;OID=.;OPOS=31757102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:8:7:25:16:8:7:25:16 chr20 31761885 . G A 565.29 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0127213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.162;QD=16.7492;RBI=0.0134626;REFB=-0.00853193;REVB=-0.00440559;RO=74;SAF=34;SAR=26;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931418;STB=0.555702;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00933732;OID=.;OPOS=31761885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:26:34:35:39:26:34:35:40 chr20 31767470 . G C 161.06 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0390924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.167;QD=10.2262;RBI=0.0393015;REFB=-0.00977719;REVB=-0.0040486;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163619;STB=0.51587;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0210329;OID=.;OPOS=31767470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:42:21:21:0.333333:11:10:18:21:11:10:21:21 chr20 31812206 . A G 528.19 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0275836;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6415;QD=19.207;RBI=0.0470007;REFB=-0.00466879;REVB=0.0380554;RO=55;SAF=24;SAR=31;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675898;STB=0.5373;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00569411;OID=.;OPOS=31812206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:55:55:55:55:0.5:31:24:20:35:31:24:20:35 chr20 31812923 . G A 1415.13 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.835;QD=62.8946;RBI=0.0180869;REFB=0;REVB=-9.29188e-05;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43145e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr20 31814277 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.021476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.719;QD=13.2238;RBI=0.0224529;REFB=0.00525387;REVB=0.0065506;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189976;STB=0.624896;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00831655;OID=.;OPOS=31814277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:15:9:19:15:15:9:21:15 chr20 31830955 . T C 266.49 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0975312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4846;QD=15.9098;RBI=0.105666;REFB=-0.0337683;REVB=-0.0406557;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268955;STB=0.522373;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0344532;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:30:30:0.447761:15:15:17:19:15:15:17:20 chr20 31897554 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0170485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.468;QD=16.8247;RBI=0.0175982;REFB=-0.0102906;REVB=-0.00436404;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0116813;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:16:12:10:11:16:12 chr20 31981849 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0335855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.227;QD=16.4265;RBI=0.0393208;REFB=-0.0265287;REVB=0.0204485;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0254505;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr20 32212690 . C T 370.62 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.000959753;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.327;QD=16.4721;RBI=0.0092252;REFB=-0.0023807;REVB=-0.00917514;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136896;STB=0.549463;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00263018;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:42:51:39:39:0.433333:18:21:22:20:18:21:23:28 chr20 32248163 . C T 315.59 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0436496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.101;QD=17.5326;RBI=0.0465816;REFB=-0.0225313;REVB=-0.0162653;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104131;STB=0.512308;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0311703;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:16:18:20:17:16:18:21:17 chr20 32295541 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0439453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.243;QD=12.0155;RBI=0.0496487;REFB=-0.00879704;REVB=-0.0231044;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168324;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr20 32379263 . T C 480.05 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.253;QD=58.1884;RBI=0.0391351;REFB=0;REVB=0.0351792;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106601;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:30:33:1:20:10:0:0:22:11:0:0 chr20 32664864 . C CCAG,G 285.11 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=39;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794092,-0.0248866;FXX=0.333222;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=204.249,24.1671;QD=57.022;RBI=0.0824412,0.153508;REFB=0,0;REVB=0.0221524,-0.151477;RO=20;SAF=6,0;SAR=10,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123809,-0.509716;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000912523,0;OID=.,.;OPOS=32664865,32664864;OREF=-,C;OALT=CAG,G;OMAPALT=CCAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:20:20:0:16,2:20,0:1,0:10,2:6,0:10:10:12,0:8,0:0:0 chr20 32664866 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0642877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6861;QD=18.4835;RBI=0.0654972;REFB=-0.037658;REVB=0.0125291;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0150815;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr20 32664880 . T C 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0241997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3212;QD=4.01758;RBI=0.0409206;REFB=-0.00767607;REVB=-0.0329981;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405372;STB=0.796812;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0330041;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:5:1:13:14:5:1:14:14 chr20 32972053 . TGCA T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0137482;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=352.056;QD=26.5702;RBI=0.0431237;REFB=-0.0340353;REVB=0.0408735;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158276;STB=0.610929;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=0.0137277;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:11:15:11:15:4:7:4:4:0:21:3:7:4:3:0 chr20 33104592 . G C 1520.22 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5954;QD=58.4702;RBI=0.0861749;REFB=-0.0132232;REVB=0.0821486;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825224;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00243455;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:46:57:1:0:46:57:1:0 chr20 33337751 . T C 340.77 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0104761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5528;QD=18.4198;RBI=0.0108032;REFB=-0.0218267;REVB=0.00263824;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873765;STB=0.555525;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0195811;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:38:36:36:0.486486:16:20:16:19:16:20:17:21 chr20 33449198 . GC G 381.23 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00635666;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.42;QD=16.9434;RBI=0.00648256;REFB=-0.0175246;REVB=-0.00127142;RO=50;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100109;STB=0.505615;STBP=0.933;TYPE=del;VARB=0.0243523;OID=.;OPOS=33449199;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:40:91:40:90:50:22:18:28:22:99:50:22:18:28:22 chr20 33451148 . G A 437.17 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0301977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5157;QD=14.2169;RBI=0.0684406;REFB=-0.0139709;REVB=0.0614183;RO=73;SAF=30;SAR=20;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797049;STB=0.54481;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0150185;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:20:30:49:24:20:30:49:24 chr20 33462951 . G T 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0774536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8655;QD=13.6595;RBI=0.0774938;REFB=0.0191753;REVB=-0.00249542;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0146892;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:6:15:10:4:6:15 chr20 33470694 . C T 1862.59 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018892;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.166;QD=61.5733;RBI=0.0196603;REFB=0;REVB=0.00544233;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96821e-06;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:68:51:0:0:68:53:0:0 chr20 33565480 . C T 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00917258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.203;QD=17.2254;RBI=0.00924368;REFB=0.0117525;REVB=-0.00114424;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00687634;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr20 33565755 . G A 766.05 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0136987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.318;QD=22.6978;RBI=0.0387858;REFB=-0.044412;REVB=0.0362861;RO=61;SAF=51;SAR=22;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10206;STB=0.553181;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0394523;OID=.;OPOS=33565755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:62:73:73:0.540741:22:51:36:25:22:51:37:25 chr20 33572941 . A G 77.28 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00574293;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.747;QD=9.09211;RBI=0.0511366;REFB=-0.00442415;REVB=-0.0508131;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81779e-08;STB=0.52495;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0138892;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:35:34:20:23:10:10:0.294118:4:6:12:8:4:6:13:10 chr20 33578899 . T C 586.02 PASS AF=0.564356;AO=55;DP=99;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0144821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.231;QD=23.2087;RBI=0.0153123;REFB=-0.00929889;REVB=0.00497328;RO=43;SAF=24;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335622;STB=0.515569;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00638501;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:43:44:55:57:0.564356:31:24:17:26:33:24:17:27 chr20 33583331 . A G 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7291;QD=50.399;RBI=0.0706932;REFB=0;REVB=-0.000194162;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224757;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr20 33585437 . C T 621.37 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00961771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.212;QD=25.1058;RBI=0.017176;REFB=-0.0157283;REVB=-0.0142308;RO=43;SAF=28;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922602;STB=0.505049;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0118422;OID=.;OPOS=33585437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:28:28:21:22:28:28:21:22 chr20 33587596 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00731758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.156;QD=9.44394;RBI=0.0120759;REFB=-0.00723313;REVB=0.00960624;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.693701;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0161484;OID=.;OPOS=33587596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:4:6:5:1:4:6 chr20 33657126 . G A 332.14 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0481342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1399;QD=13.839;RBI=0.0487453;REFB=-0.00156171;REVB=0.0076943;RO=59;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142642;STB=0.57139;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00368667;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:59:59:36:37:0.385417:16:20:25:34:17:20:25:34 chr20 33732847 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0646505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8484;QD=13.2052;RBI=0.0653033;REFB=-0.0158213;REVB=0.00921058;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0100952;OID=.;OPOS=33732847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:5:1:2:4:5:1 chr20 33764554 . A G 2461.56 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110427;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.645;QD=61.5391;RBI=0.0111968;REFB=0;REVB=0.0018511;RO=0;SAF=84;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98363e-06;OID=.;OPOS=33764554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:160:0:0:159:160:1:75:84:0:0:75:85:0:0 chr20 33834708 . G A 380.32 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0198235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.239;QD=14.9143;RBI=0.0211176;REFB=-0.00819325;REVB=-0.00727908;RO=58;SAF=31;SAR=12;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388083;STB=0.518386;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00965787;OID=.;OPOS=33834708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:12:31:40:18:12:31:41:18 chr20 33867924 . G A 230.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00290697;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.318;QD=14.1806;RBI=0.0155459;REFB=-0.00718978;REVB=-0.0152717;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072935;STB=0.541494;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0105983;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:21:17:14:13:21:17 chr20 33874720 . C T 316.32 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0581507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.309;QD=19.4661;RBI=0.0581649;REFB=-0.0520364;REVB=-0.00128368;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164868;STB=0.582686;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0331993;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:33:34:0.523077:18:15:20:11:18:16:20:11 chr20 33969530 . C T 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0172864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3908;QD=16.5611;RBI=0.0186233;REFB=-0.00199326;REVB=0.00692883;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22048;STB=0.618463;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00233392;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:20:7:14:16:20:7:14:17 chr20 33971914 . C T 412.71 PASS AF=0.538462;AO=40;DP=76;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00492117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2422;QD=21.1646;RBI=0.0378305;REFB=0.00885642;REVB=-0.037509;RO=36;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134503;STB=0.556648;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00648184;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:36:36:40:42:0.538462:26:14:18:18:26:16:18:18 chr20 33974163 . T A 46.62 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0150066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.75;QD=9.81521;RBI=0.0714694;REFB=-0.0207536;REVB=0.0698761;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0291653;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:5:7:3:4:5:7 chr20 34062642 . C T 245.44 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00752352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.018;QD=13.2672;RBI=0.0704968;REFB=-0.00734905;REVB=-0.0700942;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429721;STB=0.536925;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00585494;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:45:29:29:0.391892:15:14:19:24:15:14:19:26 chr20 34090519 . G A 192.88 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0602742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.902;QD=14.8369;RBI=0.0629992;REFB=-0.0221551;REVB=-0.0183279;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125424;STB=0.571366;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0305283;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:10:20:12:10:10:20 chr20 34116282 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0248651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.921;QD=21.5108;RBI=0.0703631;REFB=-0.00667684;REVB=-0.0658232;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00562197;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:8:11:11:10:8:11 chr20 34131396 . C T 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00152589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.828;QD=10.8303;RBI=0.00811435;REFB=-0.000560725;REVB=-0.00796959;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209516;STB=0.512186;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00119622;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:14:12:24:26:14:12:24:26 chr20 34144107 . T C 1263.33 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00355809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.07;QD=58.0841;RBI=0.006702;REFB=-0.104635;REVB=0.00567951;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.513758;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000314645;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:0:3:84:84:0.965517:53:31:0:0:53:31:0:3 chr20 34147998 . A G 905.71 PASS AF=0.573427;AO=81;DP=142;FAO=82;FDP=143;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0111677;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.616;QD=25.3345;RBI=0.0176046;REFB=-0.023484;REVB=-0.013609;RO=61;SAF=42;SAR=39;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210724;STB=0.513912;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0188014;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:61:61:81:82:0.573427:39:42:30:31:39:43:30:31 chr20 34152782 . C T 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00554354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.986;QD=18.2998;RBI=0.0265578;REFB=-0.00666341;REVB=-0.0259728;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224885;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00615021;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:15:8:7:13:15:8 chr20 34164422 . T C 1292.23 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.625;QD=60.8108;RBI=0.0201874;REFB=-0.0589071;REVB=0.0113202;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414594;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr20 34170035 . C G 468.5 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.131;QD=56.7872;RBI=0.0540032;REFB=0;REVB=0.0234048;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313082;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:20:12:1:0:20:13:0:0 chr20 34170316 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.716;QD=51.1846;RBI=0.0380531;REFB=0;REVB=0.0378657;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123892;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr20 34173046 . C T 742.69 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0665909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.982;QD=53.0493;RBI=0.0689912;REFB=-0.124727;REVB=0.0180398;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.505778;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00160795;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:19:35:0:0:19:35:1:1 chr20 34173178 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.086;QD=54.5174;RBI=0.0206535;REFB=0;REVB=0.015648;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48977e-06;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr20 34179907 . C T 1463.29 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00304113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.066;QD=60.9703;RBI=0.0400374;REFB=0.0444142;REVB=-0.0399217;RO=2;SAF=57;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163452;STB=0.508619;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00605059;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:37:57:2:0:37:57:2:0 chr20 35710453 . T C 291.04 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.074237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8175;QD=26.4578;RBI=0.0767563;REFB=-0.0047861;REVB=-0.019504;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00227408;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr20 35740794 . T C 476.57 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.027722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.499;QD=15.2503;RBI=0.0498447;REFB=0.00744492;REVB=0.0414244;RO=64;SAF=15;SAR=38;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231384;STB=0.620205;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0140202;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:72:53:53:0.424:38:15:32:32:38:15:34:38 chr20 35769592 . T C 212.19 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0493198;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.4306;QD=12.301;RBI=0.0530709;REFB=-0.0193539;REVB=-0.019598;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281762;STB=0.652772;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0752684;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:11:15:13:29:11:15:14:29 chr20 35769647 . G T 191.31 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0361558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4326;QD=11.7731;RBI=0.0427225;REFB=-0.0168992;REVB=0.0227589;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273342;STB=0.66863;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0109503;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:41:24:24:0.369231:11:13:10:26:11:13:11:30 chr20 35783494 . T C 123.58 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0357444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8606;QD=8.67228;RBI=0.0369643;REFB=-0.00159665;REVB=0.00941783;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709504;STB=0.532187;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00459694;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:17:17:0.298246:8:9:23:16:8:9:23:17 chr20 35807788 . TGG ACT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,TGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 129.47 PASS AF=0.0512821,0.179487,0.179487;AO=2,7,5;DP=42;FAO=2,7,7;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=2,4,5;FSAR=0,3,2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00615912,-0.00104781,-0.000537265;FXX=0.0714116;HRUN=1,1,1;LEN=3,29,29;MLLD=276.853,641.481,598.812;QD=13.2786;RBI=0.0071716,0.00915437,0.00926116;REFB=-0.01716,-0.00577799,-0.00290383;REVB=0.00367384,0.0090942,0.00924556;RO=23;SAF=2,4,4;SAR=0,3,1;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.39596,-0.2761,0.0306195;STB=0.99209,0.673054,0.567721;STBP=0.364,0.4,0.769;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0126564,0.00203847,-0.0010431;OID=.,.,.;OPOS=35807788,35807791,35807791;OREF=TGG,-,-;OALT=ACT,CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=ACT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,TGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:42:39:23:23:2,7,5:2,7,7:0.0512821,0.179487,0.179487:0,3,1:2,4,4:18:5:0,3,2:2,4,5:18:5 chr20 35865054 . C T 287.65 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0164779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4146;QD=13.6977;RBI=0.0185572;REFB=-0.0105681;REVB=-0.00853529;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165812;STB=0.605996;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0390682;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:51:33:33:0.392857:20:13:27:22:20:13:29:22 chr20 35945238 . C G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0281507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5151;QD=19.5183;RBI=0.0478688;REFB=0.00333316;REVB=0.0387164;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358519;STB=0.519986;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00359105;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:15:11:13:15:15:11 chr20 36030939 . G C 1476.04 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5105;QD=62.1489;RBI=0.0578012;REFB=0.00937066;REVB=0.0381478;RO=1;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810566;STB=0.504273;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000176403;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:36:58:1:0:36:58:1:0 chr20 36146148 . T C 2370.33 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.825;QD=64.0631;RBI=0.00869195;REFB=0;REVB=-0.00483745;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36444e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:69:78:0:0:69:79:0:0 chr20 36488405 . C G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0544898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8709;QD=13.5535;RBI=0.0631907;REFB=0.0170299;REVB=0.0319987;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980142;STB=0.556012;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0225425;OID=.;OPOS=36488405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:20:20:16:11:20:20 chr20 36603807 . C T 923.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05608;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.423;QD=58.6134;RBI=0.0561171;REFB=0;REVB=0.00203996;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6112e-05;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr20 36761014 . G A 490.1 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00375897;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.295;QD=18.3213;RBI=0.00526728;REFB=-0.00469422;REVB=0.00368976;RO=49;SAF=31;SAR=21;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911639;STB=0.531533;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00684161;OID=.;OPOS=36761014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:49:55:52:52:0.485981:21:31:34:15:21:31:36:19 chr20 36761202 . G A 568.71 PASS AF=0.576087;AO=50;DP=89;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0121514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.793;QD=24.7266;RBI=0.0307307;REFB=-0.00208499;REVB=0.0282262;RO=38;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207338;STB=0.504321;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00209578;OID=.;OPOS=36761202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:38:39:50:53:0.576087:25:25:20:18:25:28:21:18 chr20 36770588 . C T 377.32 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00106855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.064;QD=16.2289;RBI=0.00460697;REFB=-0.0233939;REVB=0.00448134;RO=52;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.635111;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0324389;OID=.;OPOS=36770588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:53:39:40:0.430108:13:26:22:30:14:26:22:31 chr20 36850940 . G C 498.08 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.003051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8196;QD=22.1369;RBI=0.0655577;REFB=-0.00362563;REVB=-0.0654867;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100933;STB=0.555533;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00198392;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:24:24:16:26:24:24:16:26 chr20 36851071 . C T 167.92 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00230452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.671;QD=15.6205;RBI=0.0179576;REFB=-0.001051;REVB=0.0178091;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622022;STB=0.535676;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00142534;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:7:18:12:6:7:18 chr20 36854106 . G T 188.83 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00322126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.447;QD=19.3671;RBI=0.00331591;REFB=-0.00275166;REVB=0.000786615;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281315;STB=0.716315;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00171691;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:20:19:19:0.487179:6:13:5:10:6:13:5:15 chr20 36856616 . G A 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0800521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2389;QD=19.3456;RBI=0.0820593;REFB=-0.0181596;REVB=0.0180386;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0150673;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:12:6:9:8:12:6:9:9 chr20 36859627 . C G 248.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00549469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.527;QD=16.2732;RBI=0.03517;REFB=0.0151039;REVB=-0.0347381;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610493;STB=0.534437;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0181259;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:18:15:11:17:18:15 chr20 36919758 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00107464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.4;QD=9.47569;RBI=0.015574;REFB=-0.0195379;REVB=-0.0155369;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132937;STB=0.580488;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0331632;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:8:13:5:5:8:13 chr20 36932660 . C T 581.77 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.076639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2912;QD=21.9536;RBI=0.0795086;REFB=0.00385002;REVB=-0.0211682;RO=48;SAF=33;SAR=25;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121153;STB=0.506642;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00534464;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:25:33:28:20:25:33:28:20 chr20 36932676 . G C 587.52 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00593693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.09;QD=21.3643;RBI=0.00627134;REFB=-0.0215659;REVB=0.00202054;RO=51;SAF=33;SAR=26;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797599;STB=0.504379;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0185407;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:59:59:0.536364:26:33:29:22:26:33:29:22 chr20 36940314 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0261649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.665;QD=8.06759;RBI=0.0282634;REFB=-0.000197462;REVB=-0.0106873;RO=33;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426626;STB=0.768734;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000384596;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:10:2:16:17:10:2:16:17 chr20 36952342 . C T 566.33 PASS AF=0.53;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0278622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.195;QD=22.653;RBI=0.063426;REFB=-0.0243916;REVB=0.0569786;RO=47;SAF=29;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774486;STB=0.546265;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0249153;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:47:47:52:53:0.53:23:29:22:25:23:30:22:25 chr20 36954724 . C T 311.15 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0200464;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.501;QD=18.8573;RBI=0.0257947;REFB=-0.0250325;REVB=0.016233;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16474;STB=0.591444;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0146648;OID=.;OPOS=36954724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:16:17:23:10:16:17:23:10 chr20 36956026 . A G 685.41 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=94;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0136674;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.685;QD=29.1664;RBI=0.183663;REFB=-0.00894694;REVB=-0.183154;RO=34;SAF=27;SAR=32;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484845;STB=0.521165;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00612635;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:35:59:59:0.62766:32:27:18:16:32:27:18:17 chr20 36977970 . G A 258.99 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00542293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.274;QD=16.4436;RBI=0.00632808;REFB=-0.0196727;REVB=-0.00326135;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627078;STB=0.559522;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0170979;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:34:29:29:0.460317:16:13:16:15:16:13:19:15 chr20 36989381 . G A 1447.03 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00359585;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.756;QD=60.9274;RBI=0.0376807;REFB=-0.0493997;REVB=-0.0375088;RO=2;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175532;STB=0.509257;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=9.93823e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:53:40:0:2:53:40:0:2 chr20 37005536 . T C 1570.72 PASS AF=1;AO=86;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.714;QD=64.1109;RBI=0.0543361;REFB=0;REVB=-0.000298178;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53507e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:86:98:1:53:33:0:0:55:43:0:0 chr20 37062583 . T C 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00466389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.127;QD=18.8897;RBI=0.0220068;REFB=-0.0125226;REVB=-0.0215069;RO=52;SAF=30;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167816;STB=0.592894;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0118375;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:21:30:21:31:21:30:21:31 chr20 37203813 . C T 1011.59 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.746;QD=56.9909;RBI=0.0224406;REFB=-0.100775;REVB=0.0156407;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211582;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:71:1:0:69:71:1:38:31:1:0:39:32:0:0 chr20 37257590 . C G 301.79 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00421267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.277;QD=12.0715;RBI=0.00803937;REFB=0.0117356;REVB=0.00684725;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13976;STB=0.580599;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0212569;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:21:14:34:31:21:14:34:31 chr20 37277271 . C T 229.57 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00306515;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.08;QD=20.8697;RBI=0.0159816;REFB=-0.00128175;REVB=-0.0156849;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337033;STB=0.669442;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00178745;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:24:22:22:22:0.5:6:16:9:15:6:16:9:13 chr20 37383640 . T C 88.4 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00663173;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.488;QD=13.6002;RBI=0.00673407;REFB=-6.77415e-05;REVB=0.00116959;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350968;STB=0.704349;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00194068;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:11:4:7:4:11:4 chr20 37390255 . G GTC 296.73 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.013587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.265;QD=14.3;RBI=0.0145732;REFB=-0.0101438;REVB=-0.00527005;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585992;STB=0.540901;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=0.0147104;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:33:83:34:83:49:19:15:24:25:99:49:18:15:24:25 chr20 37396120 . A G 83.83 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00264875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.452;QD=10.1615;RBI=0.00673019;REFB=-0.00427147;REVB=-0.00618705;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210035;STB=0.624792;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0185811;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:6:16:6:5:6:16 chr20 37501507 . T C,G 1317.49 PASS AF=0.965116,0.0348837;AO=82,3;DP=85;FAO=83,3;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000125757,-0.0096529;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.381,120.643;QD=61.2788;RBI=0.012134,0.0271459;REFB=0,0;REVB=-0.0121334,-0.0253716;RO=0;SAF=43,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10525e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00087768,0.0542057;OID=.,.;OPOS=37501507,37501507;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:85:86:0:0:82,3:83,3:0.965116,0.0348837:39,1:43,2:0:0:40,1:43,2:0:0 chr20 37534665 . C T 288.85 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00980548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.186;QD=16.2733;RBI=0.0592116;REFB=0.00151574;REVB=-0.0583941;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464098;STB=0.532367;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00178759;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:17:15:16:22:17:15:16:23 chr20 37547374 . G A 161.02 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0152678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.712;QD=17.4078;RBI=0.0728467;REFB=-0.0281668;REVB=0.0712288;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511692;STB=0.565138;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0266123;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:20:15:17:0.459459:11:4:5:11:12:5:8:12 chr20 37555116 . G C 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=5.28373e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9746;QD=10.0759;RBI=0.000662629;REFB=0.0299027;REVB=0.000660519;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0215288;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:9:5:3:5:9:5 chr20 37570725 . C T 407.32 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.025907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.473;QD=20.1147;RBI=0.0269715;REFB=-0.00962377;REVB=0.00750256;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00878282;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:17:23:23:17:18:23:23:17 chr20 37620141 . G A 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00885693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.165;QD=17.6706;RBI=0.00984645;REFB=-0.0158731;REVB=0.00430201;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14956;STB=0.564474;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0144993;OID=.;OPOS=37620141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:32:30:30:0.483871:15:15:10:20:15:15:12:20 chr20 37667182 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0231793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.039;QD=23.4329;RBI=0.0250508;REFB=-0.00796759;REVB=0.00950068;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185143;STB=0.603361;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00670575;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:8:12:9:15:8:12 chr20 37977945 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00937687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.867;QD=13.7268;RBI=0.0416542;REFB=-0.00432153;REVB=0.0405851;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124058;STB=0.570619;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00794834;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:23:13:12:13:23:13 chr20 37981578 . A T 559.39 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0126728;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6872;QD=18.9624;RBI=0.0345296;REFB=-0.00501216;REVB=0.03212;RO=58;SAF=23;SAR=35;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157071;STB=0.58708;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00749881;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:60:58:58:0.491525:35:23:33:25:35:23:34:26 chr20 39609426 . C T 377.03 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0383838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1632;QD=12.89;RBI=0.0423645;REFB=0.00263036;REVB=0.0179285;RO=71;SAF=26;SAR=19;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152644;STB=0.503506;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00388341;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:72:45:45:0.384615:19:26:42:29:19:26:42:30 chr20 39634616 . C T 1428.2 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3322;QD=62.7782;RBI=0.0456459;REFB=0;REVB=0.0318695;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019856;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:57:32:0:0:59:32:0:0 chr20 39797465 . T C 727.81 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088526;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.23;QD=57.0835;RBI=0.0189425;REFB=0;REVB=-0.0167466;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58175e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr20 39803078 . C T 251.91 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00454922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.831;QD=14.8183;RBI=0.0045998;REFB=-0.0105148;REVB=-0.000680242;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290795;STB=0.669181;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.011957;OID=.;OPOS=39803078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:17:12:27:11:17:12:28:11 chr20 39807769 . G A 835.13 PASS AF=0.541667;AO=78;DP=145;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.00125556;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7072;QD=23.1981;RBI=0.0325172;REFB=0.00657022;REVB=-0.0324929;RO=66;SAF=30;SAR=48;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246809;STB=0.634886;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00552558;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:66:66:78:78:0.541667:48:30:45:21:48:30:45:21 chr20 39986085 . A C 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0150401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.707;QD=22.903;RBI=0.0226389;REFB=-0.030865;REVB=0.0169208;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0250576;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:10:7:12:9:10:7 chr20 39986540 . G A 345.39 PASS AF=0.289157;AO=48;DP=166;FAO=48;FDP=166;FR=.;FRO=118;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.0290514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.65;QD=8.32262;RBI=0.0363001;REFB=-0.0151219;REVB=0.0217651;RO=117;SAF=26;SAR=22;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117113;STB=0.565473;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0432202;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:117:118:48:48:0.289157:22:26:52:65:22:26:53:65 chr20 39990614 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00563089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.189;QD=16.5617;RBI=0.0144513;REFB=-0.00264732;REVB=-0.0133091;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.506591;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00282803;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:18:13:11:16:18:13 chr20 40043913 . C T 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7332;QD=63.8592;RBI=0.061006;REFB=0;REVB=0.0411574;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653657;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr20 40179920 . C T 379.62 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308214;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.544;QD=56.2393;RBI=0.0380348;REFB=0;REVB=0.0222865;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3611e-05;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr20 40701456 . G A 926.46 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035755;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.092;QD=58.8228;RBI=0.0361405;REFB=0;REVB=-0.00526432;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013912;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr20 41692175 . C T 365.65 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00582274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.719;QD=18.7513;RBI=0.00945944;REFB=-0.0069095;REVB=0.00745498;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450674;STB=0.525089;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0103744;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:17:23:20:18:17:23 chr20 42089511 . T A,C 784.64 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,51;DP=54;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730021,-0.00159767;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.544,261.958;QD=56.0455;RBI=0.0155366,0.0152571;REFB=0,0;REVB=0.0137147,0.0151732;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.08003,7.40412e-05;OID=.,.;OPOS=42089511,42089511;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:54:56:0:0:2,51:1,55:0.0178571,0.982143:0,26:2,25:0:0:0,27:1,28:0:0 chr20 42164722 . T C 607.98 PASS AF=0.496;AO=61;DP=124;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0164135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.028;QD=19.4554;RBI=0.0164922;REFB=-0.0114251;REVB=-0.00160997;RO=63;SAF=27;SAR=34;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175353;STB=0.591578;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00415129;OID=.;OPOS=42164722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:63:61:62:0.496:34:27:40:23:34:28:40:23 chr20 42196550 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.321;QD=61.684;RBI=0.047908;REFB=0;REVB=-0.0229919;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90219e-05;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr20 42225114 . G A 1022.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.895;QD=59.2884;RBI=0.0118806;REFB=0;REVB=0.00474715;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011094;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr20 42249489 . T A,TA,TTA 141.7 PASS AF=0.135135,0.27027,0;AO=16,11,11;DP=89;FAO=10,20,0;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=8,11,0;FSAR=2,9,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.127464,-0.0520946,-0.175188;FXX=0.0133316;HRUN=10,2,10;LEN=1,1,2;MLLD=14.0242,11.131,11.0388;QD=7.65942;RBI=0.302964,0.0807956,0.268872;REFB=0.00504008,-0.08064,-0.064274;REVB=0.274845,0.0617583,-0.203963;RO=50;SAF=12,5,7;SAR=4,6,4;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.256803,-0.129954,0.0979769;STB=0.732827,0.503151,0.5;STBP=0.149,0.977,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.109451,0.0523377,0.00425409;OID=.,.,.;OPOS=42249489,42249490,42249490;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:89:74:50:44:16,11,11:10,20,0:0.135135,0.27027,0:4,6,4:12,5,7:28:22:2,9,0:8,11,0:24:20 chr20 42310509 . T C 407.38 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.432;QD=56.1901;RBI=0.0850009;REFB=0;REVB=0.028176;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477621;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:20:6:0:0:21:8:0:0 chr20 42328639 . T C 1445.07 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.377;QD=60.8449;RBI=0.0338727;REFB=-0.0997488;REVB=0.0319349;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719777;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:95:0:0:89:95:1:40:49:0:0:43:52:0:0 chr20 42425127 . G A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0113599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.98;QD=11.5707;RBI=0.0114228;REFB=-0.00956976;REVB=0.00119715;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149593;STB=0.586395;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0163396;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:13:11:25:17:13:11:25:17 chr20 42425178 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0241341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.041;QD=13.2304;RBI=0.028713;REFB=-0.0184517;REVB=-0.0155558;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29313;STB=0.669787;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0437522;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:20:9:10:7:20:9 chr20 42747247 . C T 367.67 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00514796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.978;QD=19.0999;RBI=0.0134445;REFB=-0.0194364;REVB=0.0124199;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134372;STB=0.507243;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0226597;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:39:38:38:0.493506:21:17:16:21:21:17:18:21 chr20 42815190 . G A 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.616;QD=61.325;RBI=0.0546754;REFB=0;REVB=0.051802;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221639;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr20 42825929 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.016921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.713;QD=15.6506;RBI=0.0508173;REFB=-0.00268712;REVB=-0.0479174;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552059;STB=0.531874;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00287525;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:12:9:6:10:12:9 chr20 42826350 . A C 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0122808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.227;QD=19.2766;RBI=0.0133157;REFB=-0.00962039;REVB=0.00514669;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119754;STB=0.506663;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00923638;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:15:18:19:15:15:18 chr20 42826379 . C T 257.21 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0222312;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.584;QD=22.3656;RBI=0.0223129;REFB=-0.00422991;REVB=0.0019077;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877268;STB=0.561745;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000907745;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:24:24:0.521739:15:9:10:11:15:9:11:11 chr20 42908965 . G C 732.91 PASS AF=0.51049;AO=64;DP=133;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00514617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.679;QD=20.501;RBI=0.0167034;REFB=-0.0318259;REVB=0.0158908;RO=67;SAF=36;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119843;STB=0.517965;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0355272;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:143:67:70:64:73:0.51049:28:36:29:38:38:35:31:39 chr20 42939750 . T C 279.07 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7595;QD=50.7402;RBI=0.0712675;REFB=0;REVB=-0.051072;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108666;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:9:8:0:0:10:12:0:0 chr20 42965863 . C T 544.78 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00228791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.735;QD=18.6251;RBI=0.0261924;REFB=-0.0236848;REVB=-0.0260923;RO=60;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715313;STB=0.539602;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0227853;OID=.;OPOS=42965863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:26:31:28:32:26:31:28:32 chr20 42966025 . T C 451.71 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0286987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.845;QD=24.7512;RBI=0.028794;REFB=0.00117128;REVB=0.00234023;RO=28;SAF=16;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115762;STB=0.512189;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.000468626;OID=.;OPOS=42966025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:30:43:43:0.589041:27:16:10:18:27:16:12:18 chr20 43059211 . A C 104.35 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0124053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8958;QD=10.4346;RBI=0.023137;REFB=-0.00663921;REVB=0.0195302;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695362;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0148932;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:12:15:8:5:12:15 chr20 43089819 . G A 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9191;QD=60.5078;RBI=0.101712;REFB=0.00693274;REVB=0.10106;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00136835;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:17:28:1:0:17:28:1:0 chr20 43122929 . G A 422.94 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0196624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1197;QD=18.3887;RBI=0.019995;REFB=-0.0124843;REVB=0.0036318;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199558;STB=0.611033;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0143041;OID=.;OPOS=43122929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:17:32:19:24:17:32 chr20 43264927 . C T 866.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.896;QD=57.7498;RBI=0.0141479;REFB=0;REVB=0.00773891;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30874e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr20 43348734 . G GA 92.54 PASS AF=0.75;AO=2;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0678638;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.759;QD=23.1359;RBI=0.0732249;REFB=-0.0172171;REVB=0.0275024;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437459;STB=0.610893;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.00282229;OID=.;OPOS=43348735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:2:16:12:16:4:1:11:1:3:21:14:0:2:2:12 chr20 43348735 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0504193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.156;QD=20.8937;RBI=0.0538748;REFB=-0.0314175;REVB=0.0189838;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10769;STB=0.562362;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00683993;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:1:5:9:1:1:5 chr20 43378770 . A G 412.99 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0101451;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.197;QD=18.5613;RBI=0.0209122;REFB=-0.0195359;REVB=-0.0182866;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717402;STB=0.534743;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0240027;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:41:42:0.47191:15:26:33:14:15:27:33:14 chr20 43379454 . T C 133.75 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0500563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0898;QD=17.258;RBI=0.0650048;REFB=-0.0517629;REVB=0.0414728;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378376;STB=0.510191;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0564698;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:3:11:13:3:3:12:13:3 chr20 43708297 . T G 537.59 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00261091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.879;QD=15.9285;RBI=0.00582827;REFB=0.00229829;REVB=0.00521075;RO=76;SAF=32;SAR=26;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659547;STB=0.533322;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00269468;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:77:58:58:0.42963:26:32:37:39:26:32:38:39 chr20 43727022 . C T 143.71 PASS AF=0.208696;AO=23;DP=114;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=72;FWDB=-0.00692531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.985;QD=4.99872;RBI=0.0263653;REFB=-0.0101655;REVB=0.0254395;RO=90;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331825;STB=0.679182;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0261728;OID=.;OPOS=43727022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:90:91:23:24:0.208696:13:10:18:72:14:10:19:72 chr20 43933021 . G T 1068.4 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0754198;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.661;QD=56.9813;RBI=0.0775712;REFB=-0.199158;REVB=0.018142;RO=2;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189154;STB=0.509997;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00209923;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:49:24:0:2:49:24:0:2 chr20 43933163 . T C 1512.16 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00109489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6285;QD=56.5293;RBI=0.0274415;REFB=-0.0977124;REVB=0.0274196;RO=3;SAF=65;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236484;STB=0.501247;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00171099;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:39:65:2:1:39:65:2:1 chr20 43942676 . T C 346.98 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0149136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.36;QD=14.6098;RBI=0.0211299;REFB=-0.0332648;REVB=-0.0149686;RO=55;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449574;STB=0.516399;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0516741;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:57:38:38:0.4:23:15:24:31:23:15:24:33 chr20 43951000 . G A 432.28 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00534382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.561;QD=13.5088;RBI=0.015221;REFB=-0.00740737;REVB=-0.0142521;RO=77;SAF=31;SAR=19;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967331;STB=0.551402;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0128484;OID=.;OPOS=43951000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:78:50:50:0.390625:19:31:41:36:19:31:42:36 chr20 43951012 . G A 489.92 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0141928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5361;QD=14.0983;RBI=0.0144695;REFB=-0.0117225;REVB=0.00281597;RO=84;SAF=34;SAR=21;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910275;STB=0.551481;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0179126;OID=.;OPOS=43951012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:84:55:55:0.395683:21:34:45:39:21:34:45:39 chr20 43951032 . C T 495.54 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0358162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0299;QD=13.393;RBI=0.0579211;REFB=-0.00425152;REVB=0.0455198;RO=92;SAF=35;SAR=21;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925947;STB=0.552612;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00941692;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:92:56:56:0.378378:21:35:50:42:21:35:50:42 chr20 43976991 . A G 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0620534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.594;QD=14.0946;RBI=0.0624218;REFB=-0.0249453;REVB=0.00677127;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429021;STB=0.736615;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0291119;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:0:18:10:3:0:18 chr20 43995880 . T G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00614249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.485;QD=18.1942;RBI=0.0227068;REFB=-0.0231055;REVB=-0.0218602;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469667;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0216128;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:32:34:0.485714:18:14:14:22:20:14:14:22 chr20 43996012 . G T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00649738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5586;QD=12.02;RBI=0.00704263;REFB=-0.0123215;REVB=-0.00271711;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943528;STB=0.555903;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0225929;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:14:11:5:9:14:11 chr20 43996132 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00839563;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.512;QD=17.6896;RBI=0.028427;REFB=-0.00457162;REVB=0.0271589;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.576541;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00598443;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:16:10:11:10:16:10 chr20 43996466 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0128189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.929;QD=23.1631;RBI=0.0176338;REFB=-0.00219685;REVB=-0.012109;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100635;STB=0.505614;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00167087;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:10:13:15:11:10:13 chr20 44004155 . CATT C 61.1 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00104787;FXX=0.266489;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.783;QD=22.2176;RBI=0.0325904;REFB=0.00523869;REVB=0.0325736;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=-0.00217541;OID=.;OPOS=44004156;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:7:12:7:11:4:5:2:3:1:27:5:5:2:4:1 chr20 44038574 . A G 68.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00369553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.574;QD=15.2493;RBI=0.0321154;REFB=-0.0203952;REVB=0.0319021;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.636106;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0235697;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:2:6:8:1:3:6:8:1 chr20 44054349 . T C 563.97 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00559899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.49;QD=14.9396;RBI=0.00646648;REFB=-0.00870296;REVB=-0.00323522;RO=88;SAF=34;SAR=29;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538629;STB=0.530178;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0136289;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:88:63:63:0.417219:29:34:52:36:29:34:52:36 chr20 44174423 . G A 667.95 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=0.00126317;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.915;QD=17.0179;RBI=0.00645942;REFB=-0.0074624;REVB=0.0063347;RO=84;SAF=35;SAR=37;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140325;STB=0.580447;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00842646;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:85:72:72:0.458599:37:35:53:31:37:35:54:31 chr20 44184498 . A G 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0214405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6856;QD=17.2244;RBI=0.0233881;REFB=-0.0133476;REVB=0.00934404;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048449;STB=0.527167;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0164549;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:18:21:20:14:18:21 chr20 44238741 . T G 209.7 PASS AF=0.325301;AO=25;DP=82;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.000831024;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6095;QD=10.1059;RBI=0.0481078;REFB=0.0095797;REVB=-0.0481006;RO=56;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606262;STB=0.560454;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0214576;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:56:56:25:27:0.325301:13:12:24:32:13:14:24:32 chr20 44259549 . G A 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00380484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0992;QD=17.938;RBI=0.0146322;REFB=-0.0246038;REVB=-0.0141288;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20486;STB=0.617515;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0177707;OID=.;OPOS=44259549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:10:12:14:5:10:12 chr20 44314609 . A G 869.65 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00712832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6429;QD=56.1063;RBI=0.0448282;REFB=0.0337562;REVB=-0.0442579;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00130092;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:42:19:0:0:42:19:0:1 chr20 44352519 . A T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00694431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.654;QD=13.7268;RBI=0.0177077;REFB=-0.014029;REVB=-0.0162892;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908028;STB=0.551864;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0207712;OID=.;OPOS=44352519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:19:17:14:11:19:17 chr20 44352620 . G A 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00508845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6425;QD=14.0942;RBI=0.00518082;REFB=0.00579137;REVB=-0.000973923;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250293;STB=0.505836;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0103264;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:19:23:33:27:19:23:34:27 chr20 44378577 . T C 287.44 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0204859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.164;QD=18.5446;RBI=0.020717;REFB=-0.015851;REVB=-0.00308576;RO=31;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576191;STB=0.537872;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0123165;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:9:21:20:11:9:22:20:11 chr20 44417643 . A G 284.08 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0619312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1336;QD=15.1507;RBI=0.0675179;REFB=0.0140328;REVB=0.0268923;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127746;STB=0.581004;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0116348;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:10:22:24:18:10:22:24:19 chr20 44417675 . G C 234.29 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0237986;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.64;QD=12.838;RBI=0.0399756;REFB=-0.0195407;REVB=-0.0321197;RO=45;SAF=21;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261148;STB=0.651047;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0456526;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:7:21:24:21:7:21:24:21 chr20 44418564 . A G 323.2 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0179127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.054;QD=20.5209;RBI=0.0179793;REFB=-0.0165982;REVB=0.00154608;RO=29;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104844;STB=0.547798;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0137049;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:12:21:15:14:13:21:15:14 chr20 44452697 . C A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0132804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.676;QD=18.0732;RBI=0.0132804;REFB=-0.0158508;REVB=-4.1268e-05;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119522;STB=0.573722;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0162366;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:15:15:11:19:15:15:11:20 chr20 44469290 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0342354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.501;QD=17.2298;RBI=0.0431151;REFB=-0.00921481;REVB=-0.0262079;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0191381;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr20 44470676 . T C 315.57 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0179067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.807;QD=25.2453;RBI=0.0206557;REFB=-0.0264927;REVB=-0.010296;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122994;STB=0.568265;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.021342;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:11:17:10:12:11:17:10:12 chr20 44477103 . A C 402.35 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00789755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7794;QD=16.5918;RBI=0.0213134;REFB=0.000128006;REVB=0.0197962;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029624;STB=0.507868;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=4.08281e-05;OID=.;OPOS=44477103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:55:41:42:0.43299:16:25:32:23:17:25:32:23 chr20 44501458 . A G 260.95 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0107479;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.966;QD=18.9779;RBI=0.0178655;REFB=-0.0205619;REVB=0.0142709;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127499;STB=0.562868;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0177385;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:26:27:28:28:0.509091:17:11:14:12:17:11:14:13 chr20 44505973 . T C 88.45 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0103541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3408;QD=14.1513;RBI=0.0398988;REFB=-0.0286218;REVB=-0.0385319;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.021928;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:5:5:5:9:5:6:5:9 chr20 44506208 . G A 211.82 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0276892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7115;QD=16.6137;RBI=0.029334;REFB=-0.00642808;REVB=0.00968471;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165625;STB=0.593828;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0247901;OID=.;OPOS=44506208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:11:17:10:13:11:17 chr20 44506418 . G A 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0180922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.247;QD=16.0925;RBI=0.0187695;REFB=-0.00986111;REVB=-0.00499665;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163217;STB=0.592008;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.01234;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:17:21:12:19:17:21 chr20 44511257 . G A 228.01 PASS AF=0.442623;AO=21;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.558;QD=14.9513;RBI=0.047749;REFB=-0.0249413;REVB=0.0185463;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119823;STB=0.58459;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0217823;OID=.;OPOS=44511257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:34:21:27:0.442623:11:10:8:15:16:11:19:15 chr20 44512082 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00668874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.722;QD=14.1389;RBI=0.00784554;REFB=0.00057051;REVB=-0.00410041;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452819;STB=0.526279;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.000715205;OID=.;OPOS=44512082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:15:5:4:10:15:5 chr20 44512792 . CTG C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0171152;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.911;QD=6.01598;RBI=0.0171919;REFB=-0.00344966;REVB=-0.00162167;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307537;STB=0.519943;STBP=0.95;TYPE=del;VARB=0.0114297;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:7:29:7:29:22:3:4:10:12:43:22:3:4:10:12 chr20 44513289 . T C 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1904;QD=56.9438;RBI=0.0303599;REFB=0;REVB=0.0242145;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56633e-05;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr20 44513357 . G A 863.35 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.444;QD=57.5568;RBI=0.0576505;REFB=0;REVB=0.00942129;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739506;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:51:60:1:30:21:0:0:32:28:0:0 chr20 44515559 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00152909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.885;QD=25.6506;RBI=0.00425076;REFB=-0.00890074;REVB=0.00396621;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346317;STB=0.519215;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00713756;OID=.;OPOS=44515559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:8:10:15:10:8:10 chr20 44520237 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTA 847.42 PASS AF=1,0;AO=46,3;DP=56;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665702,0.117839;FXX=0.0937354;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=186.899,62.9175;QD=58.4424;RBI=0.0888463,0.118268;REFB=0,0;REVB=0.0588394,-0.0100656;RO=0;SAF=31,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000228775,0;OID=.,.;OPOS=44520238,44520261;OREF=CTG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,3:56:58,0:58:0:35,0:23,0:0:0:5:0:31,3:15,0:0:0 chr20 44523547 . G A 569.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.832;QD=58.4405;RBI=0.0419041;REFB=-0.0798668;REVB=0.00193584;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945668;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:0:0:38:39:1:8:30:0:0:8:31:0:0 chr20 44578674 . T A 305.29 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00245134;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2819;QD=20.6976;RBI=0.0073748;REFB=-0.011352;REVB=-0.00695548;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152856;STB=0.508469;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0103632;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:14:13:16:16:14:13 chr20 44578961 . A G 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00211601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.268;QD=24.8404;RBI=0.0101561;REFB=0.0067743;REVB=-0.00993319;RO=35;SAF=27;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153282;STB=0.508393;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00454157;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:21:27:19:16:21:27:19:16 chr20 44596207 . C G 920.07 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.303;QD=58.4172;RBI=0.0409983;REFB=0;REVB=0.0275212;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50847e-05;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:30:31:0:0:31:32:0:0 chr20 44640225 . A G 1509.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.22;QD=63.5497;RBI=0.00985999;REFB=0;REVB=0.00830706;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54634e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:33:59:0:0:34:61:0:0 chr20 44642406 . G C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2635;QD=59.8543;RBI=0.0583928;REFB=0;REVB=-0.00771166;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000582824;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr20 44642833 . A C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0288134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.967;QD=17.6173;RBI=0.0289573;REFB=-0.0479777;REVB=-0.00288326;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159552;STB=0.589878;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0315909;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:17:10:13:11:17:10 chr20 44678348 . G A 989.8 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0258211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.963;QD=52.7891;RBI=0.0272443;REFB=-0.15755;REVB=0.00869028;RO=5;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612674;STB=0.532458;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00214495;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:75:75:5:5:70:70:0.933333:36:34:0:5:36:34:0:5 chr20 44688302 . G A 435.9 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=108;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0057725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.893;QD=15.8508;RBI=0.00578627;REFB=0.00012775;REVB=-0.000398908;RO=58;SAF=15;SAR=30;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241496;STB=0.626531;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000109471;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:58:60:45:50:0.454545:30:15:33:25:33:17:34:26 chr20 44688730 . G A 2350.41 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327814;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0371;QD=63.5245;RBI=0.0389659;REFB=0;REVB=0.0210648;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141153;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:146:148:1:86:60:0:0:88:60:0:0 chr20 44691350 . T G 193.89 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0254623;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.886;QD=16.1574;RBI=0.0316313;REFB=0.00125348;REVB=-0.0187671;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125114;STB=0.571361;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00214342;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:20:8:8:12:20:8 chr20 44693828 . C T 338.03 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00970877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.075;QD=22.9176;RBI=0.00971677;REFB=-0.00889082;REVB=-0.000394165;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00820519;OID=.;OPOS=44693828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:11:14:16:18:11:14 chr20 44746982 . T C 465.79 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.175;QD=58.2236;RBI=0.10967;REFB=0;REVB=0.108218;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110223;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:17:15:0:0 chr20 44757407 . G A 82.05 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00493779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.128;QD=19.3049;RBI=0.100279;REFB=-0.0020545;REVB=0.100157;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25827;STB=0.64679;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0045642;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:6:1:5:5:6:1 chr20 44869878 . C T 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0538463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.209;QD=12.5768;RBI=0.0556383;REFB=-0.00747535;REVB=-0.014007;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120587;STB=0.570649;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.020356;OID=.;OPOS=44869878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:18:13:9:8:18:13 chr20 44995010 . GTGCT GT,GTGCA 230.72 PASS AF=0.454545,0.0681818;AO=19,3;DP=45;FAO=20,3;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=2,1;FSAR=18,2;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0196706,-0.134305;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=197.528,100.19;QD=20.9746;RBI=0.0276603,0.146167;REFB=-0.0231773,-0.0267227;REVB=-0.0194464,-0.0576798;RO=20;SAF=1,1;SAR=18,2;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172757,0.394907;STB=0.555495,0.713264;STBP=0.696,0.787;TYPE=del,snp;VARB=0.0122084,-0.00120207;OID=.,.;OPOS=44995011,44995014;OREF=TGC,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.0681818:19,3:45:20,3:44:21:2,1:18,2:3:18:99:20:1,1:18,2:2:18 chr20 44996182 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.796;QD=57.202;RBI=0.093303;REFB=0;REVB=0.00961036;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355114;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr20 45085437 . C CTTT 177.6 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00375937;FXX=0.0117633;HRUN=0;LEN=3;MLLD=294.148;QD=8.45724;RBI=0.0214045;REFB=-0.00545646;REVB=-0.0210718;RO=59;SAF=15;SAR=9;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399235;STB=0.531224;STBP=0.738;TYPE=ins;VARB=0.0113834;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:24:85:24:84:60:15:9:35:25:99:59:15:9:35:24 chr20 45085441 . A G 231.97 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00427385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.249;QD=10.3096;RBI=0.0331355;REFB=-0.00557982;REVB=0.0328588;RO=61;SAF=18;SAR=11;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037146;STB=0.521724;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0202569;OID=.;OPOS=45085441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:11:18:36:25:11:18:36:25 chr20 45174465 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0186862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.089;QD=18.7455;RBI=0.0257177;REFB=0.0139363;REVB=-0.01767;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000959485;OID=.;OPOS=45174465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:4:3:0:3:4:3:1:3 chr20 45194904 . C G 837.59 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=154;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0240483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.968;QD=21.6152;RBI=0.0364702;REFB=-0.00728117;REVB=-0.0274181;RO=71;SAF=37;SAR=46;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782193;STB=0.507167;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00587995;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:71:72:83:83:0.535484:46:37:31:40:46:37:31:41 chr20 45242269 . G C 603.01 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0126495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.293;QD=21.9276;RBI=0.016291;REFB=-0.0103242;REVB=0.0102659;RO=50;SAF=28;SAR=32;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222403;STB=0.512191;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00689472;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:32:28:22:28:32:28:22:28 chr20 45355615 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0165615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.422;QD=14.7347;RBI=0.0165654;REFB=-0.0116989;REVB=0.0003565;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24015;STB=0.637342;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0149242;OID=.;OPOS=45355615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:20:7:17:19:20:7:17:19 chr20 45853037 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.444;QD=56.1906;RBI=0.0481899;REFB=0;REVB=-0.00257016;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348018;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr20 46294864 . A G 66.47 PASS AF=0.12605;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0478202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5681;QD=2.23426;RBI=0.0701903;REFB=-0.018438;REVB=-0.05138;RO=102;SAF=7;SAR=8;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896291;STB=0.570698;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0558144;OID=.;OPOS=46294864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:119:119:102:104:15:15:0.12605:8:7:55:47:8:7:57:47 chr20 46365571 . A G 1641.99 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.702;QD=60.2566;RBI=0.0250567;REFB=0;REVB=0.0228409;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19682e-05;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:65:42:0:0:65:44:0:0 chr20 47253150 . T C 997.34 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400683;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.836;QD=59.5427;RBI=0.0475989;REFB=0;REVB=0.0256941;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162644;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:41:26:0:0 chr20 47630449 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.02;QD=60.0306;RBI=0.0359908;REFB=0;REVB=0.0200155;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82974e-05;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr20 47874186 . TCCCCT TCCC,TCCCT 50.06 PASS AF=0,0.47619;AO=3,7;DP=21;FAO=0,10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.199843,-0.0775917;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.9236,14.5438;QD=9.53549;RBI=0.204383,0.0776754;REFB=-0.0172416,-0.0896043;REVB=-0.0428382,0.00360495;RO=11;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686823,0.528175;STB=0.5,0.846249;STBP=1,0.007;TYPE=del,del;VARB=0,0.0847247;OID=.,.;OPOS=47874190,47874187;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.47619:3,7:21:0,10:21:11:0,9:0,1:4:7:50:11:3,6:0,1:4:7 chr20 48129706 . G T 216.08 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00366605;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.719;QD=16.6214;RBI=0.0499071;REFB=-0.00554471;REVB=0.0497723;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116233;STB=0.506573;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00738407;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:16:12:10:14:16:12 chr20 48140635 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0250185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.58;QD=18.2481;RBI=0.0269635;REFB=-0.0178755;REVB=-0.010055;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167751;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0190845;OID=.;OPOS=48140635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:5:7:5:8:5:7 chr20 48257149 . C T 545.45 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6153;QD=57.4162;RBI=0.0342882;REFB=-0.140869;REVB=-0.0138002;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00224401;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr20 48259034 . A G 183.57 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0218927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0784;QD=26.2236;RBI=0.0341419;REFB=0.0209538;REVB=-0.0261988;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471805;STB=0.526286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0134219;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:6:4:6:12:6:4 chr20 48491258 . T G 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0106223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.767;QD=24.9342;RBI=0.0109793;REFB=8.24427e-05;REVB=0.00277706;RO=24;SAF=21;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137901;STB=0.575556;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-2.83492e-05;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:16:21:9:15:16:21:9:15 chr20 48520610 . A G 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0466222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.924;QD=13.4975;RBI=0.0467438;REFB=0.000160412;REVB=0.00336984;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161292;STB=0.591844;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=2.29676e-05;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:17:14:29:19:17:14:29:19 chr20 48522330 . G A 245.36 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00250727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.8;QD=14.4329;RBI=0.00715903;REFB=-0.0133339;REVB=0.00670562;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764671;STB=0.546527;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0269404;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:39:28:29:0.426471:13:15:17:20:14:15:17:22 chr20 48522585 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.016228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.376;QD=14.9207;RBI=0.017537;REFB=-0.0252858;REVB=0.00664815;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067867;STB=0.538434;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0361104;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:16:21:14:14:16:21 chr20 48524827 . A G 236.53 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00738099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.458;QD=20.1301;RBI=0.0131775;REFB=0.00487635;REVB=0.0109164;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029805;STB=0.535342;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00453213;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:24:22:23:0.489362:13:9:11:14:14:9:11:13 chr20 48569240 . TG T 347.51 PASS AF=0.459016;AO=54;DP=124;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0382512;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2764;QD=11.3937;RBI=0.0399636;REFB=0.0021194;REVB=-0.0115732;RO=63;SAF=21;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867958;STB=0.559189;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=-0.0029697;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:54:124:56:122:66:22:34:33:33:99:63:21:33:30:33 chr20 48569278 . T C 607.81 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00146734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.825;QD=19.45;RBI=0.0370622;REFB=-0.0109981;REVB=0.0370332;RO=63;SAF=26;SAR=36;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110448;STB=0.561019;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0136099;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:63:62:62:0.496:36:26:34:29:36:26:34:29 chr20 48600557 . T C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0202701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.69;QD=16.0769;RBI=0.0432223;REFB=-0.00324302;REVB=-0.0381745;RO=43;SAF=7;SAR=27;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102658;STB=0.558179;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00439476;OID=.;OPOS=48600557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:27:7:12:31:27:7:12:31 chr20 48600631 . T C 189.09 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=33;FWDB=0.0437772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.064;QD=13.0403;RBI=0.0462859;REFB=-0.00395467;REVB=-0.0150313;RO=35;SAF=2;SAR=21;SRF=2;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110291;STB=0.562451;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00528129;OID=.;OPOS=48600631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:21:2:2:33:21:2:2:33 chr20 48600809 . G A 660.78 PASS AF=0.5;AO=63;DP=140;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0137283;FXX=0.0714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3499;QD=20.3318;RBI=0.0293146;REFB=-0.00784388;REVB=-0.0259014;RO=58;SAF=46;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113579;STB=0.607226;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00342573;OID=.;OPOS=48600809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:130:58:65:63:65:0.5:17:46:36:22:17:48:36:29 chr20 48713049 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.011;QD=56.7066;RBI=0.0227244;REFB=0;REVB=-0.00161058;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30695e-05;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr20 48729677 . C G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.822;QD=55.6539;RBI=0.143255;REFB=0;REVB=0.142506;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479947;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr20 49196284 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.00402511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.411;QD=19.8497;RBI=0.00672544;REFB=-0.01124;REVB=0.00538795;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303347;STB=0.675505;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0117854;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:12:3:0:12:12:3:0:13 chr20 49367076 . T G 794.44 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0199934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.651;QD=23.0273;RBI=0.0898427;REFB=-0.0112445;REVB=0.0875898;RO=62;SAF=37;SAR=38;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551658;STB=0.506665;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00832126;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:63:75:75:0.543478:38:37:31:31:38:37:32:31 chr20 49369006 . A G 441.12 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0277764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1619;QD=17.4702;RBI=0.0328529;REFB=-0.0180917;REVB=0.0175438;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149748;STB=0.583121;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0234015;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:25:22:17:37:25:22:17:37 chr20 49369613 . T TC 71.62 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=56;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0393053;FXX=0.147517;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.7;QD=5.50913;RBI=0.108518;REFB=-0.0239946;REVB=-0.10115;RO=46;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238095;STB=0.543402;STBP=0.844;TYPE=ins;VARB=0.0693573;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:9:56:12:52:40:2:10:8:32:71:46:2:7:18:28 chr20 49369614 . T C 70.95 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.00400869;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=143.683;QD=4.05421;RBI=0.0650805;REFB=-0.0169338;REVB=-0.0649569;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493834;STB=0.811379;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0202027;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:70:49:57:13:13:0.185714:4:9:13:36:4:9:15:42 chr20 49620783 . G T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0177189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.744;QD=8.52513;RBI=0.0237042;REFB=-0.00259342;REVB=-0.0157457;RO=38;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196364;STB=0.612752;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0050503;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:12:4:15:23:12:4:15:24 chr20 50217620 . A G 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118841;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4526;QD=57.1391;RBI=0.0191368;REFB=0;REVB=0.0149995;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114139;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr20 50287736 . C T 1411.6 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273617;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.636;QD=60.0682;RBI=0.0720892;REFB=-0.119902;REVB=0.0666947;RO=2;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946843;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:94:2:0:86:94:1:40:46:0:2:46:48:0:0 chr20 50287790 . A G 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2875;QD=60.8793;RBI=0.0113174;REFB=0;REVB=0.00372875;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83583e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr20 50407162 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0164295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.131;QD=11.6336;RBI=0.0242057;REFB=-0.00123224;REVB=-0.017776;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406149;STB=0.745234;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00302569;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:7:9:2:8:7:9 chr20 50407502 . A C 426.47 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00778657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.855;QD=34.8137;RBI=0.012636;REFB=-0.00282178;REVB=-0.00995173;RO=15;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145038;STB=0.507893;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00129778;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:19:15:7:8:19:15:7:8 chr20 50408482 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.356;QD=58.1374;RBI=0.0117788;REFB=0;REVB=-0.0116718;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16621e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr20 50701323 . C T 662.28 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00770755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.986;QD=20.3779;RBI=0.0119185;REFB=-0.0105018;REVB=-0.00909087;RO=64;SAF=20;SAR=46;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026215;STB=0.514453;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.01433;OID=.;OPOS=50701323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:46:20:21:43:46:20:21:43 chr20 50803444 . C T 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00721662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.454;QD=10.8513;RBI=0.0143342;REFB=-0.00401746;REVB=0.012385;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080395;STB=0.504681;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00653741;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:13:10:19:24:13:10:19:24 chr20 50803573 . G A 78.65 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0884373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.901;QD=14.9808;RBI=0.0884508;REFB=0.0175567;REVB=0.00154593;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422378;STB=0.749464;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00313734;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:7:4:8:2:7:4 chr20 51870849 . T C 579.38 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0330564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.26;QD=15.5538;RBI=0.0337606;REFB=-0.0107991;REVB=0.00685936;RO=87;SAF=28;SAR=34;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890468;STB=0.549852;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0172301;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:87:87:62:62:0.416107:34:28:32:55:34:28:32:55 chr20 51871099 . T G 356.0 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00702285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8677;QD=30.2977;RBI=0.00858681;REFB=-0.0396701;REVB=-0.00494093;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100231;STB=0.564929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0233233;OID=.;OPOS=51871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:14:16:6:10:14:16:6:11 chr20 52105972 . C T 434.34 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0349767;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.458;QD=18.0976;RBI=0.0372405;REFB=-0.00644899;REVB=-0.0127862;RO=54;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163054;STB=0.524704;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0218863;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:52:43:44:0.458333:20:23:28:26:20:24:26:26 chr20 52184384 . T A 164.41 PASS AF=0.507246;AO=20;DP=56;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0350263;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.2867;QD=9.53073;RBI=0.0824484;REFB=-0.0471632;REVB=0.0746384;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714867;STB=0.520946;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.191943;OID=.;OPOS=52184384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:69:34:34:20:35:0.507246:13:7:14:20:21:14:15:19 chr20 52192637 . T C 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00465606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.138;QD=20.9708;RBI=0.00635955;REFB=-0.0185227;REVB=0.00433186;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424286;STB=0.52345;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0252573;OID=.;OPOS=52192637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:21:25:26:18:21:25:26:18 chr20 52193088 . C T 226.95 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0149586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.029;QD=15.652;RBI=0.0186874;REFB=2.19778e-05;REVB=-0.0112007;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163749;STB=0.599917;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-1.61405e-05;OID=.;OPOS=52193088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:19:6:12:20:20:6:12:20 chr20 52583505 . C T 641.06 PASS AF=0.438272;AO=67;DP=160;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0690413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.61;QD=15.8286;RBI=0.0691188;REFB=-0.0186049;REVB=0.00327199;RO=91;SAF=35;SAR=32;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608622;STB=0.505304;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0237141;OID=.;OPOS=52583505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:91:91:67:71:0.438272:32:35:47:44:35:36:47:44 chr20 52611540 . C A 97.85 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00526181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6111;QD=13.4966;RBI=0.0342713;REFB=-0.0173304;REVB=0.033865;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201953;STB=0.618844;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0245966;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:8:9:4:8:8:9 chr20 52645166 . A G 485.62 PASS AF=0.352601;AO=59;DP=169;FAO=61;FDP=173;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0131807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6778;QD=11.2282;RBI=0.0412456;REFB=-0.0173143;REVB=-0.0390828;RO=109;SAF=26;SAR=33;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207006;STB=0.503431;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0298743;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:109:112:59:61:0.352601:33:26:50:59:33:28:52:60 chr20 52674615 . A G 770.81 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.036;QD=57.0967;RBI=0.0650584;REFB=0;REVB=0.0175463;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652921;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:25:20:0:0:34:20:0:0 chr20 52675188 . G T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0628573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6495;QD=16.4159;RBI=0.0639891;REFB=0.0264198;REVB=-0.0119818;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153613;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0345325;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:9:6:8:6:10:6 chr20 52675259 . G T 159.55 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0114765;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.425;QD=17.7272;RBI=0.0209423;REFB=-0.0145758;REVB=0.0175176;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.594481;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.016768;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:15:17:0.472222:9:6:10:9:11:6:10:9 chr20 54578999 . G A 1098.4 PASS AF=0.509259;AO=110;DP=216;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0492654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8932;QD=20.3407;RBI=0.0552578;REFB=-0.00710637;REVB=0.0250267;RO=104;SAF=50;SAR=60;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234583;STB=0.503816;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00698723;OID=.;OPOS=54578999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:104:106:110:110:0.509259:60:50:47:57:60:50:49:57 chr20 54824029 . G A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.028243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.357;QD=14.9203;RBI=0.0282808;REFB=0.0021717;REVB=0.00146229;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19843;STB=0.621529;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00309898;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:37:28:28:0.430769:21:7:13:17:21:7:16:21 chr20 54944791 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.793;QD=58.0611;RBI=0.0265715;REFB=0;REVB=-0.0111362;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96159e-05;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr20 54961463 . T C 1227.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.735;QD=61.3652;RBI=0.0591574;REFB=0;REVB=0.0187536;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61041e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:52:28:0:0:52:28:0:0 chr20 54961541 . A T 564.86 PASS AF=0.928571;AO=40;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0504916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0965;QD=53.796;RBI=0.0519676;REFB=-0.0984483;REVB=0.0122976;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.534866;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00584047;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:40:39:0.928571:21:19:0:1:20:19:0:3 chr20 55020999 . C T 535.29 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.000415359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.765;QD=20.9916;RBI=0.00744219;REFB=-0.00803312;REVB=-0.00743059;RO=48;SAF=28;SAR=25;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185109;STB=0.596355;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00646914;OID=.;OPOS=55020999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:48:53:54:0.529412:25:28:15:33:26:28:15:33 chr20 55028167 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0435608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.026;QD=25.4671;RBI=0.0435617;REFB=-0.0109887;REVB=-0.000281234;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00635139;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:1:2:4:5:1:2 chr20 55033420 . C T 399.05 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0586031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.776;QD=23.8241;RBI=0.0615011;REFB=-0.037546;REVB=0.0186563;RO=28;SAF=26;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16244;STB=0.589426;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.024226;OID=.;OPOS=55033420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:13:26:13:15:13:26:13:15 chr20 55033476 . C G 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8636;QD=57.1698;RBI=0.0585236;REFB=0;REVB=0.0255275;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678981;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr20 55033635 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0199487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.315;QD=10.1731;RBI=0.0217734;REFB=-0.00120234;REVB=-0.00872534;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887268;STB=0.555357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00274456;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:2:7:5:1:2:7 chr20 55033647 . T C 175.01 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.166;QD=46.6691;RBI=0.0467944;REFB=0;REVB=0.0390616;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158768;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr20 55033713 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.168;QD=43.4862;RBI=0.0125818;REFB=0;REVB=0.011514;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48842e-05;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr20 55066633 . T G 276.26 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0240034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5235;QD=15.7863;RBI=0.0409524;REFB=0.00604275;REVB=0.0331804;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673621;STB=0.537933;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00954252;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:15:24:17:14:15:24 chr20 55072459 . AAT A 35.57 PASS AF=0.28;AO=4;DP=31;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0401314;FXX=0.137883;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.9727;QD=5.69041;RBI=0.0422493;REFB=-0.0219059;REVB=-0.0132088;RO=26;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385538;STB=0.845682;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0576812;OID=.;OPOS=55072460;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:4:31:7:25:18:3:4:0:18:35:26:2:2:5:21 chr20 55072471 . TA T,TG 365.09 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=7,20;DP=27;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629936,0.068615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.216,137.166;QD=52.1559;RBI=0.0772485,0.0838574;REFB=0,0;REVB=0.0447118,0.0482082;RO=0;SAF=3,2;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.19193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0349694,0.00321737;OID=.,.;OPOS=55072472,55072472;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:7,20:27:3,25:28:0:0,5:3,20:0:0:11:0:3,2:4,18:0:0 chr20 55088404 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.94;QD=57.1763;RBI=0.0285433;REFB=0;REVB=0.0116474;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94381e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr20 55108617 . C A 412.06 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0227485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.149;QD=14.8491;RBI=0.0262862;REFB=-0.032451;REVB=-0.0131707;RO=64;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772007;STB=0.548713;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0302211;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:64:46:47:0.423423:21:25:30:34:21:26:30:34 chr20 55111273 . C T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.017653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.931;QD=24.599;RBI=0.029587;REFB=-0.00875502;REVB=-0.0237437;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268045;STB=0.514912;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00753095;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:10:6:9:13:10:6 chr20 55111364 . A C 416.34 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00660043;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.638;QD=21.9128;RBI=0.00667117;REFB=-0.00925647;REVB=0.000968986;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142986;STB=0.598035;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00724858;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:32:35:41:41:0.539474:17:24:13:19:17:24:13:22 chr20 55263544 . AGT A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150434;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=314.189;QD=59.4356;RBI=0.0348549;REFB=0;REVB=0.0314413;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00011439;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:35:35:35:0:18:17:0:0:4:0:18:17:0:0 chr20 55263662 . T G 526.7 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0588437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9859;QD=56.9409;RBI=0.0984079;REFB=-0.156114;REVB=-0.0788767;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00424122;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:0:1:20:16:0:1 chr20 55748206 . G A 217.81 PASS AF=0.40625;AO=22;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0168877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2825;QD=13.6131;RBI=0.0647546;REFB=-0.0182342;REVB=0.0625138;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470768;STB=0.522874;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0217466;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:38:22:26:0.40625:12:10:16:16:12:14:19:19 chr20 55974984 . A G 490.07 PASS AF=0.402878;AO=52;DP=135;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00889914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.428;QD=14.1027;RBI=0.0101364;REFB=-0.0137696;REVB=0.00485304;RO=83;SAF=29;SAR=23;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056356;STB=0.517768;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0212616;OID=.;OPOS=55974984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:83:83:52:56:0.402878:23:29:42:41:26:30:42:41 chr20 56071399 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00840569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5419;QD=15.2589;RBI=0.0125313;REFB=-0.0074295;REVB=-0.00929396;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00656052;OID=.;OPOS=56071399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr20 56137895 . G C 135.94 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0426346;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7118;QD=15.9923;RBI=0.060383;REFB=-0.00113139;REVB=0.0427598;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.599859;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00642535;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:8:11:11:4:8:11 chr20 56139403 . T C 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0110618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8653;QD=15.6759;RBI=0.016339;REFB=0.00490831;REVB=-0.0120249;RO=66;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819502;STB=0.545834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00750172;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:26:25:27:39:26:25:27:39 chr20 56179422 . C A 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872608;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.683;QD=44.8759;RBI=0.0873823;REFB=0;REVB=0.00460647;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591415;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr20 56182296 . A C 1437.84 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387114;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.448;QD=63.202;RBI=0.0436566;REFB=0;REVB=0.0201822;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30228e-05;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr20 56186884 . T C 1145.38 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650074;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7847;QD=60.2834;RBI=0.0840085;REFB=0;REVB=0.0532115;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553879;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:46:27:0:0:47:29:0:0 chr20 56190634 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.177;QD=57.6807;RBI=0.0124991;REFB=0;REVB=0.0119215;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25246e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr20 56224602 . G A 205.33 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0132038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3358;QD=14.6666;RBI=0.0155939;REFB=-0.0271358;REVB=0.00829639;RO=31;SAF=20;SAR=4;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712249;STB=0.545419;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0298119;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:4:20:27:4:4:20:28:4 chr20 56285540 . T C 1369.35 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.339;QD=62.243;RBI=0.016248;REFB=0;REVB=0.0160025;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208182;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:35:52:0:0:35:53:0:0 chr20 56470459 . G A 318.86 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00449015;FXX=0.0266631;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.923;QD=17.4716;RBI=0.00515632;REFB=-0.00356026;REVB=0.002535;RO=36;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230375;STB=0.63909;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.004506;OID=.;OPOS=56470459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:39:34:34:0.465753:10:24:17:19:10:24:18:21 chr20 56807969 . A G 431.02 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0103655;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.646;QD=19.5919;RBI=0.0201239;REFB=-0.000395156;REVB=0.017249;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500796;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.000329473;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:43:45:43:43:0.488636:23:20:20:23:23:20:21:24 chr20 56814892 . G T 376.84 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0168172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1563;QD=22.4982;RBI=0.0178411;REFB=0.0070208;REVB=-0.00595732;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897864;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48006e-05;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:37:38:0.567164:20:17:13:16:21:17:13:16 chr20 56820880 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00643235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.003;QD=22.9573;RBI=0.0251579;REFB=-0.0338777;REVB=0.0243217;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0314635;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:4:7:10:6:4:7 chr20 56821127 . A G 524.32 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00284319;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3299;QD=21.1847;RBI=0.0304805;REFB=0.00154175;REVB=-0.0303476;RO=49;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591795;STB=0.528455;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00169372;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:49:50:0.505051:30:19:16:33:31:19:16:33 chr20 56822536 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00204063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.776;QD=22.9574;RBI=0.0264339;REFB=-0.000436466;REVB=-0.026355;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271212;STB=0.648505;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000147428;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:0:11:13:3:0:11 chr20 56942082 . A T 556.6 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00676276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.212;QD=18.7092;RBI=0.00683001;REFB=-0.0076432;REVB=0.00095605;RO=61;SAF=39;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17643;STB=0.597941;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0100721;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:19:39:30:31:19:39:30:31 chr20 56942312 . C T 770.7 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.00808943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.294;QD=17.616;RBI=0.034623;REFB=-0.0259133;REVB=-0.0336647;RO=93;SAF=37;SAR=44;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789198;STB=0.540213;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.029077;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:93:94:81:81:0.462857:44:37:35:58:44:37:36:58 chr20 56942520 . G A 205.42 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0130743;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8551;QD=14.6729;RBI=0.0678265;REFB=-0.0205951;REVB=-0.0665544;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994971;STB=0.564048;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0263297;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:32:24:24:0.428571:8:16:19:14:8:16:18:14 chr20 56942557 . A G 242.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00841347;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.447;QD=14.6789;RBI=0.0328625;REFB=-0.000933455;REVB=0.0317672;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234232;STB=0.633703;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000876117;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:8:20:19:19:8:20:19:19 chr20 57019366 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0168208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.94;QD=18.3008;RBI=0.0280385;REFB=-0.0128774;REVB=0.0224326;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.617458;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0290426;OID=.;OPOS=57019366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:12:10:13:7:13:10 chr20 57020573 . A G 630.92 PASS AF=0.432099;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00428048;FXX=0.00613459;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7426;QD=15.5782;RBI=0.0298277;REFB=-0.0127729;REVB=0.0295189;RO=91;SAF=27;SAR=43;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566429;STB=0.535325;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0164641;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:91:92:70:70:0.432099:43:27:40:51:43:27:41:51 chr20 57045667 . T C 1195.14 PASS AF=0.560976;AO=112;DP=201;FAO=115;FDP=205;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.00743934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.593;QD=23.3199;RBI=0.00842517;REFB=-0.0137059;REVB=0.00395472;RO=89;SAF=46;SAR=66;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102702;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:89:90:112:115:0.560976:66:46:36:53:69:46:36:54 chr20 57045765 . A G 431.77 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0225793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.181;QD=23.3389;RBI=0.0231099;REFB=-0.0245372;REVB=-0.00492351;RO=32;SAF=11;SAR=30;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157046;STB=0.589757;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0219219;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:32:41:42:0.567568:30:11:14:18:31:11:14:18 chr20 57234687 . C T 559.62 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.00425455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.867;QD=19.1322;RBI=0.0313961;REFB=-0.0203593;REVB=-0.0311065;RO=58;SAF=29;SAR=29;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188011;STB=0.606802;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0238113;OID=.;OPOS=57234687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:59:58:58:0.495726:29:29:17:41:29:29:17:42 chr20 57244493 . G A 397.49 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0171066;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.513;QD=20.3842;RBI=0.0313647;REFB=-0.0187643;REVB=-0.0262889;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123949;STB=0.574962;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0211418;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:38:40:40:0.512821:17:23:17:22:17:23:16:22 chr20 57268867 . C A 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=0.0210604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.5;QD=12.6462;RBI=0.0253049;REFB=-0.00699721;REVB=-0.0140285;RO=58;SAF=4;SAR=30;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192146;STB=0.626449;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0105861;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:34:34:0.365591:30:4:12:46:30:4:13:46 chr20 57280575 . T C 625.26 PASS AF=0.5;AO=60;DP=129;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00231559;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9753;QD=19.2389;RBI=0.0189207;REFB=-0.00839688;REVB=0.0187785;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400547;STB=0.547156;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0119197;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:59:65:60:65:0.5:34:26:23:36:36:29:23:42 chr20 57282245 . G A 351.08 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-7.97063e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.699;QD=18.0038;RBI=0.0158351;REFB=-0.0134451;REVB=0.0158349;RO=41;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223225;STB=0.624844;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0189735;OID=.;OPOS=57282245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:24:13:24:17:24:13:24:17 chr20 57290347 . C G 1543.43 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0135757;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3127;QD=57.6982;RBI=0.0156234;REFB=0.0248241;REVB=-0.00773251;RO=2;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150604;STB=0.507935;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00184251;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:104:105:0.981308:62:42:0:2:62:43:0:2 chr20 57478807 . C T 751.19 PASS AF=0.52518;AO=71;DP=138;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.044884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3297;QD=21.6168;RBI=0.0450432;REFB=0.0194246;REVB=0.00378453;RO=65;SAF=37;SAR=34;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10973;STB=0.562595;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0166057;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:65:66:71:73:0.52518:34:37:42:23:35:38:43:23 chr20 57571762 . CA C,CG 1388.83 PASS AF=0.108696,0.891304;AO=13,77;DP=93;FAO=10,82;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=10,37;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371933,0.0443224;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.793,188.057;QD=60.3839;RBI=0.0376789,0.0443298;REFB=0,0;REVB=0.00602979,-0.000813065;RO=0;SAF=13,32;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00576856,0.00266372;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.108696,0.891304:13,77:93:10,82:92:0:10,37:0,45:0:0:21:0:13,32:0,45:0:0 chr20 57572675 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.338;QD=61.5362;RBI=0.013018;REFB=0;REVB=0.00915276;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2118e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr20 57599016 . T G 708.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.925;QD=62.9539;RBI=0.0259526;REFB=0;REVB=0.0107829;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017008;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr20 57612390 . C G 954.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5754;QD=58.7558;RBI=0.0429872;REFB=0;REVB=0.0298802;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031585;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr20 57767043 . G C 320.66 PASS AF=0.530303;AO=29;DP=59;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0403535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1484;QD=19.4341;RBI=0.0712898;REFB=-0.0540246;REVB=0.0587693;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206411;STB=0.633723;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0317486;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:66:30:31:29:35:0.530303:19:10:17:13:25:10:17:14 chr20 57768399 . T C 267.6 PASS AF=0.508772;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0048507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.916;QD=18.7788;RBI=0.0164344;REFB=6.09519e-05;REVB=-0.0157022;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149254;STB=0.582035;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-7.56944e-05;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:28:27:29:0.508772:12:15:20:8:13:16:20:8 chr20 57768657 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0012581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.782;QD=14.7977;RBI=0.062538;REFB=0.0046036;REVB=-0.0625254;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00498677;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:8:5:5:6:8:5 chr20 57768743 . C T 95.25 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0813407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.411;QD=13.6071;RBI=0.0819346;REFB=-0.00104321;REVB=0.00984745;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610571;STB=0.535655;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00465259;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:7:9:6:6:7:9 chr20 57769140 . G C 265.67 PASS AF=0.923077;AO=16;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0869583;FXX=0.0714031;HRUN=8;LEN=1;MLLD=31.5072;QD=40.8729;RBI=0.105712;REFB=-0.0229781;REVB=0.0601109;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.531224;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00482642;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:1:2:16:24:0.923077:3:13:1:0:9:15:2:0 chr20 57829301 . T C 754.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.642;QD=56.9129;RBI=0.0361868;REFB=0;REVB=-0.0348481;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196853;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr20 57833518 . G A 625.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.237;QD=60.9921;RBI=0.0410337;REFB=0;REVB=0.0288228;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32169e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:17:24:0:0 chr20 57833740 . T C 1107.91 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8686;QD=58.3108;RBI=0.0181574;REFB=0.044065;REVB=-0.00748327;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106316;STB=0.505616;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000270289;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:44:30:0:1:44:31:0:1 chr20 57834150 . A T 706.34 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.048798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.8336;QD=49.5677;RBI=0.0626015;REFB=-0.174485;REVB=0.0392136;RO=5;SAF=35;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023973;STB=0.505719;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00729193;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:57:57:5:4:52:53:0.929825:17:35:4:1:17:36:3:1 chr20 58342349 . C T 512.21 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0747251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.509;QD=18.6256;RBI=0.0838035;REFB=-0.0404745;REVB=0.0379366;RO=54;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337575;STB=0.528445;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0554124;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:56:54:54:0.490909:30:24:26:28:30:24:28:28 chr20 58457024 . A T 120.54 PASS AF=0.180328;AO=22;DP=123;FAO=22;FDP=122;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.000328976;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.507;QD=3.95218;RBI=0.00249594;REFB=-0.0069697;REVB=0.00247417;RO=100;SAF=5;SAR=17;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352259;STB=0.72951;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0264236;OID=.;OPOS=58457024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:100:100:22:22:0.180328:17:5:49:51:17:5:49:51 chr20 60293919 . C A 2096.67 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0658839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7058;QD=60.3357;RBI=0.0664517;REFB=0.071549;REVB=0.00866836;RO=2;SAF=69;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135783;STB=0.510637;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00101507;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:2:3:136:136:0.978417:67:69:2:0:67:69:3:0 chr20 60294279 . A G,T 234.75 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110792,0.00164279;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.6886,105.216;QD=49.4217;RBI=0.0151073,0.0101211;REFB=0,0;REVB=-0.0102704,-0.00998684;RO=0;SAF=5,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0114997,0.0634248;OID=.,.;OPOS=60294279,60294279;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:12,0:5,2:0:0:12,0:5,2:0:0 chr20 60294296 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5744;QD=49.5883;RBI=0.0729321;REFB=0;REVB=0.0676846;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134877;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr20 60485627 . C T 1227.75 PASS AF=0.923077;AO=83;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.040547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.563;QD=53.967;RBI=0.0688986;REFB=-0.128104;REVB=0.0557041;RO=7;SAF=27;SAR=56;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171623;STB=0.509381;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00176319;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:91:91:7:7:83:84:0.923077:56:27:3:4:57:27:3:4 chr20 60503350 . A G 805.92 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00491275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7796;QD=18.8519;RBI=0.0132048;REFB=0.00432025;REVB=-0.0122569;RO=86;SAF=33;SAR=50;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064071;STB=0.536145;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00558711;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:86:88:83:83:0.48538:50:33:40:46:50:33:41:47 chr20 60509209 . C T 621.65 PASS AF=0.575472;AO=60;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0550573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2872;QD=23.4584;RBI=0.0554922;REFB=-0.00379583;REVB=0.00693401;RO=45;SAF=36;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140657;STB=0.579185;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00401134;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:60:61:0.575472:24:36:19:26:24:37:19:26 chr20 60572663 . C A 323.32 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0297915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.786;QD=19.595;RBI=0.0366515;REFB=-0.0324734;REVB=0.0213493;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407515;STB=0.527927;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0337878;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:32:33:34:0.515152:11:22:20:12:11:23:20:12 chr20 60712511 . A G 922.25 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0084352;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.001;QD=54.2497;RBI=0.00853828;REFB=-0.0432806;REVB=0.0013227;RO=3;SAF=25;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533728;STB=0.528293;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-2.79165e-05;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:68:3:3:65:65:0.955882:40:25:3:0:40:25:3:0 chr20 60713311 . G A 505.57 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388206;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0573;QD=59.479;RBI=0.0454878;REFB=0;REVB=-0.0237087;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151248;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr20 60713332 . A G 388.6 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7851;QD=55.5148;RBI=0.0714901;REFB=0;REVB=0.0714515;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121358;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:23:28:1:13:10:0:0:16:12:0:0 chr20 60768497 . C T 891.18 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.944;QD=57.4954;RBI=0.0383469;REFB=0;REVB=0.0341233;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761056;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:55:62:1:19:36:0:0:23:39:0:0 chr20 60831300 . G A 837.2 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266214;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.143;QD=57.7378;RBI=0.0274031;REFB=0;REVB=0.00649847;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8805e-05;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr20 60881330 . G A 1825.74 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.937;QD=59.8604;RBI=0.0438899;REFB=-0.0948466;REVB=0.0431615;RO=1;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104186;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:122:1:0:120:122:1:65:55:0:1:67:55:0:0 chr20 60881780 . T C 1261.01 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00463622;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.809;QD=60.0483;RBI=0.0081843;REFB=0.0693253;REVB=0.00674449;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976474;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000851161;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:82:83:0.988095:48:34:0:1:48:35:0:1 chr20 60887468 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.858;QD=57.0005;RBI=0.0572769;REFB=0;REVB=0.0482652;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160556;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr20 60892526 . A G 1442.97 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224013;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.581;QD=58.3017;RBI=0.0230959;REFB=-0.0627439;REVB=0.00562187;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111571;STB=0.505746;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00046346;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:96:98:0.989899:54:42:1:0:55:43:1:0 chr20 60897487 . C T 857.1 PASS AF=0.953846;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0759592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1363;QD=52.7449;RBI=0.0824443;REFB=-0.0824372;REVB=0.032051;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178047;STB=0.527264;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00355178;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:65:1:3:60:62:0.953846:26:34:0:1:26:36:0:3 chr20 60899206 . C T 887.98 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166358;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2447;QD=58.2284;RBI=0.0243107;REFB=0;REVB=-0.0242537;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236597;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr20 60900481 . A G 2450.49 PASS AF=0.993902;AO=150;DP=152;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335147;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5502;QD=59.768;RBI=0.0410613;REFB=0.0115037;REVB=0.0237233;RO=2;SAF=57;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163937;STB=0.504065;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00208613;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:164:2:1:150:163:0.993902:93:57:2:0:102:61:1:0 chr20 60900579 . C A 1396.42 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.729;QD=62.7607;RBI=0.0670954;REFB=0;REVB=0.0205496;RO=0;SAF=26;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347414;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:61:26:0:0:61:28:0:0 chr20 60904853 . T C 901.81 PASS AF=0.831325;AO=67;DP=82;FAO=69;FDP=83;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0166819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.925;QD=43.4607;RBI=0.0256486;REFB=-0.0162828;REVB=0.0194824;RO=14;SAF=19;SAR=48;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229094;STB=0.617847;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00366052;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:83:14:14:67:69:0.831325:48:19:13:1:49:20:13:1 chr20 60905878 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.256;QD=48.7371;RBI=0.0299228;REFB=0;REVB=0.0038303;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345233;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr20 60907446 . T C 1321.65 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.767;QD=60.7657;RBI=0.0659581;REFB=-0.00222561;REVB=0.0620805;RO=1;SAF=61;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007704;STB=0.503999;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000138513;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:24:61:1:0:24:62:1:0 chr20 60907675 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.982;QD=57.8843;RBI=0.0126499;REFB=0;REVB=0.00735626;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12415e-05;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr20 60908964 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6258;QD=51.1779;RBI=0.0984618;REFB=0;REVB=0.09574;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226566;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr20 60908969 . T C 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2667;QD=51.8886;RBI=0.0422239;REFB=0;REVB=0.0410773;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424644;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr20 60909060 . A G 671.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.769;QD=62.4536;RBI=0.0112399;REFB=0;REVB=-0.0105592;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46747e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:15:25:0:0:18:25:0:0 chr20 60911958 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.362;QD=58.1416;RBI=0.0251098;REFB=0;REVB=-0.0225509;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97858e-05;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr20 60912683 . T C 828.27 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.652;QD=56.1538;RBI=0.0123571;REFB=0;REVB=0.000707849;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79218e-05;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:59:0:0:57:59:1:15:42:0:0:16:43:0:0 chr20 60917294 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0540209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7364;QD=34.6651;RBI=0.0596525;REFB=-0.0902325;REVB=-0.0253014;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00924996;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr20 60920624 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.007;QD=56.7058;RBI=0.0281309;REFB=0;REVB=0.0281286;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171929;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr20 60920887 . G A 505.22 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1954;QD=54.6182;RBI=0.025795;REFB=-0.0692027;REVB=-0.0108296;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00164531;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:37:1:1:33:36:0.972973:15:18:0:1:18:18:0:1 chr20 60921643 . T C,G 299.21 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276489,-0.00463037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.284,149.654;QD=52.0357;RBI=0.0347058,0.00463302;REFB=0,0;REVB=0.0209769,0.000156821;RO=0;SAF=14,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0118383,0.0755547;OID=.,.;OPOS=60921643,60921643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:7,2:14,0:0:0:7,2:14,0:0:0 chr20 60927349 . C T 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161725;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.008;QD=57.7375;RBI=0.00539263;REFB=0;REVB=0.00514441;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50323e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr20 60927412 . G A 644.19 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0698615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6684;QD=54.8251;RBI=0.0749748;REFB=-0.0384123;REVB=0.0272139;RO=3;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598361;STB=0.5319;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00171433;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:3:3:43:44:0.93617:22:21:0:3:22:22:0:3 chr20 60937597 . AC GC,GT 545.28 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156194,0.00439003;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.403,96.5923;QD=58.9489;RBI=0.0223572,0.0188443;REFB=0,0;REVB=0.0159963,0.0183258;RO=0;SAF=12,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0035545,0.0287814;OID=.,.;OPOS=60937597,60937597;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:23,0:12,2:0:0:23,0:12,2:0:0 chr20 60963494 . C T 1399.73 PASS AF=0.989011;AO=91;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0478922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7645;QD=61.5266;RBI=0.080204;REFB=0.0120805;REVB=-0.0643352;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00119206;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:91:90:0.989011:43:48:0:0:42:48:0:1 chr20 60966318 . G T 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662879;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.672;QD=63.3002;RBI=0.0909815;REFB=0;REVB=0.0623181;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734277;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr20 60989365 . C T 86.1 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.076673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.36;QD=12.3007;RBI=0.111706;REFB=-0.0218327;REVB=0.0812373;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330446;STB=0.632838;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0432763;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:2:8:9:8:3:8:9:8 chr20 61039958 . T C 457.28 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0331373;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.626;QD=20.1004;RBI=0.0331396;REFB=-0.00456207;REVB=0.000390449;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144677;STB=0.587641;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0039224;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:46:45:45:0.494505:27:18:11:33:27:18:11:35 chr20 61143487 . T C 454.15 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0181305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=16.5147;RBI=0.018139;REFB=-0.004288;REVB=0.000556589;RO=59;SAF=13;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229334;STB=0.622635;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00443575;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:59:60:49:50:0.454545:36:13:28:31:36:14:29:31 chr20 61162267 . T C 37.46 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.1588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8778;QD=8.8131;RBI=0.160516;REFB=-0.00709112;REVB=0.0234019;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0110754;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr20 61167883 . G A 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00327954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.867;QD=7.32474;RBI=0.0258689;REFB=-0.00968077;REVB=-0.0256602;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0349891;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr20 61273578 . C T 198.91 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0398756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.792;QD=27.4362;RBI=0.0436777;REFB=-0.0416902;REVB=0.0178235;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.604537;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0161979;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:12:6:6:4:13:6:6:4 chr20 61273640 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0510178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.666;QD=14.6525;RBI=0.073368;REFB=-0.0573766;REVB=-0.0527262;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0441946;OID=.;OPOS=61273640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr20 61288038 . G A 282.66 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0237493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.933;QD=28.991;RBI=0.0237839;REFB=-0.0306928;REVB=0.00128278;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081954;STB=0.544977;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.013877;OID=.;OPOS=61288038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:8:17:11:3:8:17:11:3 chr20 61288355 . G T 113.98 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0370378;FXX=0.0644953;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.392;QD=15.7208;RBI=0.0639821;REFB=0.060736;REVB=-0.0521719;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208073;STB=0.619395;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0821164;OID=.;OPOS=61288355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:4:12:7:6:4:12 chr20 61326380 . C T 1126.15 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.047;QD=60.0612;RBI=0.0446974;REFB=0;REVB=0.0440283;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45532e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:31:44:0:0 chr20 61443687 . G A 265.3 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00403601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.225;QD=17.9863;RBI=0.061668;REFB=-0.00986612;REVB=0.0615358;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290838;STB=0.662679;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0126945;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:10:19:10:20:10:19:10:20 chr20 61444600 . C A 34.34 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0578058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.275;QD=3.81552;RBI=0.058312;REFB=-0.000938781;REVB=-0.00766692;RO=30;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128367;STB=0.666173;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00510394;OID=.;OPOS=61444600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:36:30:30:5:6:0.166667:3:2:9:21:3:3:9:21 chr20 61444939 . G C 954.03 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.356;QD=54.5157;RBI=0.0323577;REFB=-0.0346162;REVB=0.0256749;RO=3;SAF=15;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126406;STB=0.506697;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00126957;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:52:15:1:2:52:15:1:2 chr20 61448969 . C T 807.35 PASS AF=1;AO=57;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634908;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.529;QD=52.087;RBI=0.0640961;REFB=-0.0912184;REVB=0.00878761;RO=5;SAF=20;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268287;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:5:0:57:62:1:37:20:4:1:38:24:0:0 chr20 61460107 . T C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000788347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.525;QD=22.072;RBI=0.0699187;REFB=-0.026438;REVB=-0.0699142;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17666;STB=0.597372;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0162358;OID=.;OPOS=61460107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:17:7:16:15:17:7 chr20 61467800 . A G 219.05 PASS AF=0.355263;AO=23;DP=77;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0209426;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.672;QD=11.5292;RBI=0.0227082;REFB=-0.0068151;REVB=-0.00877899;RO=40;SAF=6;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401448;STB=0.692467;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00575617;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:49:23:27:0.355263:17:6:25:15:19:8:29:20 chr20 61468571 . T C 4037.73 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.624;QD=61.4104;RBI=0.0120438;REFB=0;REVB=0.00233382;RO=0;SAF=166;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17406e-06;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:263:0:0:249:263:1:83:166:0:0:89:174:0:0 chr20 61490773 . GT G 105.99 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.194169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4673;QD=16.3053;RBI=0.219053;REFB=-0.059351;REVB=-0.101404;RO=10;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597246;STB=0.73393;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0405407;OID=.;OPOS=61490774;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:16:26:17:26:9:2:15:5:4:48:10:1:15:6:4 chr20 61512606 . T C 678.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.798;QD=61.7078;RBI=0.0567032;REFB=0;REVB=0.0109947;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105878;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:27:17:0:0 chr20 61528074 . T C 1959.41 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.576;QD=60.2897;RBI=0.073764;REFB=-0.0715025;REVB=0.0669815;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.508473;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000438719;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:0:2:126:128:0.984615:58:68:0:0:58:70:0:2 chr20 61528271 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0058479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5971;QD=12.3963;RBI=0.00708368;REFB=-0.000118921;REVB=0.00399758;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-5.25475e-05;OID=.;OPOS=61528271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr20 61536938 . G A 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0430816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.236;QD=10.9369;RBI=0.0435892;REFB=-0.00424897;REVB=-0.0066327;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351377;STB=0.53995;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00761169;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:8:8:17:15:8:8:19:15 chr20 61576777 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0186899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.544;QD=24.0656;RBI=0.0304257;REFB=-0.0471981;REVB=-0.0240085;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202388;STB=0.614706;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0354472;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:3:13:6:4:3:13:6:4 chr20 61577275 . T C 346.95 PASS AF=0.521127;AO=31;DP=65;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0113307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.555;QD=19.5467;RBI=0.0113766;REFB=-0.0242609;REVB=0.0010208;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659525;STB=0.523064;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0222665;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:28:34:31:37:0.521127:20:11:8:20:20:17:14:20 chr20 61588159 . A G 972.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4185;QD=58.9587;RBI=0.0510276;REFB=0;REVB=-0.00315275;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390898;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr20 61594679 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.081;QD=64.151;RBI=0.02808;REFB=0;REVB=0.0228908;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24054e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 1195.56 PASS AF=1,0;AO=75,8;DP=85;FAO=86,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126056,-0.0588522;FXX=0.0114929;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=22.7455,11.1928;QD=55.6075;RBI=0.0324745,0.104996;REFB=-0.0220463,0.0119083;REVB=0.0299281,-0.0869518;RO=1;SAF=31,3;SAR=44,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0150175,-0.125393;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00102407,0;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:75,8:85:86,0:86:0:35,0:51,0:0:0:6:1:31,3:44,5:1:0 chr20 61834695 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0131178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1382;QD=20.4367;RBI=0.0143837;REFB=-0.0122648;REVB=0.00590032;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238972;STB=0.513276;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0127135;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:14:12:13:17:14:12 chr20 61869607 . C A 57.82 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.951;QD=33.0406;RBI=0.131041;REFB=0;REVB=0.119502;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381606;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:0:5:0:0:1:6:0:0 chr20 61869826 . C T 524.06 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0291814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2076;QD=21.3903;RBI=0.0506332;REFB=0.0215712;REVB=0.0413783;RO=48;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750326;STB=0.541411;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0168694;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:24:26:29:19:24:26:29:19 chr20 61870167 . C A 30.79 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.11117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7412;QD=12.3159;RBI=0.142068;REFB=-0.0981956;REVB=0.0884566;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.119394;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:3:2:0:4:3:2:1:4 chr20 61870727 . G C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0168728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.222;QD=13.4412;RBI=0.0228739;REFB=-0.0129233;REVB=0.0154442;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204937;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0257422;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:13:10:10:0.434783:5:5:8:3:5:5:8:5 chr20 61873080 . T A 85.55 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0250644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.24;QD=11.8002;RBI=0.0335062;REFB=-0.0356469;REVB=-0.022236;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382526;STB=0.74031;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0666275;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:6:12:3:8:6:12 chr20 61880169 . T G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0202783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.996;QD=14.17;RBI=0.0230399;REFB=-0.00547982;REVB=0.0109374;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00754514;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr20 61881296 . A G 1418.84 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909665;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.393;QD=63.0596;RBI=0.00911337;REFB=0;REVB=0.000551858;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205165;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:50:38:0:0:52:38:0:0 chr20 61912715 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00382865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.132;QD=15.1663;RBI=0.00532068;REFB=-0.0156493;REVB=-0.00369474;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717256;STB=0.54161;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0187925;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:8:12:10:5:8:12 chr20 61918164 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.245;QD=56.1916;RBI=0.0302808;REFB=0;REVB=0.0286945;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015871;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr20 61941747 . A G 423.29 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.393;QD=56.4387;RBI=0.031977;REFB=0;REVB=0.0251624;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167723;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:13:15:0:0:15:15:0:0 chr20 61951489 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4142;QD=42.1816;RBI=0.13103;REFB=0;REVB=0.00416196;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00676319;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr20 61956782 . T C 1092.05 PASS AF=0.905882;AO=77;DP=85;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00378265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.886;QD=51.3908;RBI=0.0243012;REFB=-0.0343441;REVB=-0.024005;RO=8;SAF=29;SAR=48;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481903;STB=0.525529;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00929354;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:8:8:77:77:0.905882:48:29:1:7:48:29:1:7 chr20 61981104 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0359138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.632;QD=18.1537;RBI=0.0359474;REFB=-0.0133114;REVB=0.00155212;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019185;STB=0.510907;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0131332;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:10:15:13:8:10:15 chr20 61981536 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7522;QD=56.1889;RBI=0.0288803;REFB=0;REVB=0.0227088;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615171;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr20 61981554 . C A 549.85 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.036;QD=59.4431;RBI=0.0719214;REFB=0;REVB=0.065766;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044646;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:6:24:0:0:13:24:0:0 chr20 61982085 . A G 1989.49 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.7;QD=62.1716;RBI=0.0430366;REFB=0;REVB=-0.0262443;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0914e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chr20 61982124 . A G 1922.22 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119733;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.791;QD=62.0072;RBI=0.0183523;REFB=0;REVB=0.0139085;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187399;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:52:72:0:0:52:72:0:0 chr20 62038275 . GGT GGG,GG,G 2126.27 PASS AF=0.0125786,0.949686,0.0377358;AO=68,40,32;DP=156;FAO=2,151,6;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=0,76,0;FSAR=2,75,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.534141,-0.0567054,0.474706;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=10.568,19.0729,8.23965;QD=53.4911;RBI=0.562169,0.0966277,0.537449;REFB=0,0,0;REVB=0.175293,-0.0782394,-0.252003;RO=0;SAF=63,0,0;SAR=5,40,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.11057e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0833876,-0.00159635,0.0230934;OID=.,.,.;OPOS=62038277,62038277,62038276;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGG,GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0125786,0.949686,0.0377358:68,40,32:156:2,151,6:159:0:0,76,0:2,75,6:0:0:7:0:63,0,0:5,40,32:0:0 chr20 62038378 . A T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5207;QD=18.767;RBI=0.0334403;REFB=-0.0429654;REVB=-0.0334403;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116333;OID=.;OPOS=62038378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr20 62070966 . G A 1528.33 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.395;QD=63.6804;RBI=0.0603553;REFB=0;REVB=0.0593255;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16181e-05;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:96:0:0:89:96:1:34:55:0:0:41:55:0:0 chr20 62126185 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7431;QD=58.7799;RBI=0.0984524;REFB=0;REVB=-0.09844;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886773;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr20 62126299 . C T 2167.05 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.362;QD=61.4765;RBI=0.0266534;REFB=-0.0297571;REVB=-0.00511062;RO=2;SAF=67;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000485663;STB=0.500255;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000361185;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:139:139:0.985816:72:67:1:1:72:67:1:1 chr20 62152878 . C T 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=3.15451e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.296;QD=24.245;RBI=0.00512696;REFB=-0.0173627;REVB=0.00512687;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849526;STB=0.547133;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0123219;OID=.;OPOS=62152878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:14:6:10:15:14:6 chr20 62172219 . G A 1391.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.515;QD=61.8366;RBI=0.114658;REFB=0;REVB=0.11446;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211171;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:90:0:0:83:90:1:40:43:0:0:46:44:0:0 chr20 62173562 . G T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.158;QD=59.6787;RBI=0.0185559;REFB=0;REVB=-0.000454575;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69303e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr20 62174724 . G A 921.74 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357515;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3799;QD=58.5232;RBI=0.158875;REFB=0;REVB=0.1548;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016869;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:22:38:0:0:25:38:0:0 chr20 62178651 . A G 297.82 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0217198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5118;QD=15.8836;RBI=0.0678876;REFB=0.00299119;REVB=-0.0643193;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104485;STB=0.552027;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00608457;OID=.;OPOS=62178651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:18:15:23:18:18:15:23:19 chr20 62187187 . T C 688.46 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.437;QD=62.587;RBI=0.0550523;REFB=0;REVB=0.0308505;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200434;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:21:19:0:0:21:23:0:0 chr20 62187439 . T C 223.07 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.165016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4159;QD=49.5713;RBI=0.165747;REFB=0;REVB=-0.0155491;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00474726;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr20 62191321 . A G 331.97 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.105;QD=53.1158;RBI=0.067907;REFB=0;REVB=-0.067853;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103581;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr20 62191558 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0144343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5129;QD=27.3143;RBI=0.0704431;REFB=-0.0253159;REVB=0.0689484;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101923;STB=0.556468;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0244254;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:7:5:12:9:7:5 chr20 62193019 . C T 380.86 PASS AF=1;AO=20;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126911;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.448;QD=54.4079;RBI=0.00864081;REFB=0;REVB=0.0085471;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55911e-06;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:1:0:20:28:1:5:15:0:1:13:15:0:0 chr20 62193445 . G A 689.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.742;QD=62.645;RBI=0.0197318;REFB=0;REVB=0.00836007;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21259e-05;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr20 62194030 . G C 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.035;QD=61.534;RBI=0.0259456;REFB=0;REVB=0.00564591;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89661e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr20 62194103 . A G 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.943;QD=58.2333;RBI=0.0399774;REFB=0;REVB=0.0207029;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62533e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr20 62195220 . C T 379.01 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.766;QD=50.5348;RBI=0.0279116;REFB=-0.220972;REVB=0.0127675;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00315919;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:0:1:28:29:0.966667:15:13:0:0:15:14:0:1 chr20 62195672 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2117;QD=62.9823;RBI=0.0549913;REFB=0;REVB=0.0205152;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599511;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr20 62196033 . C T 298.66 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0540457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2078;QD=23.8931;RBI=0.0555899;REFB=-0.0113142;REVB=0.0130117;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309669;STB=0.670879;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0111632;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:4:19:12:15:4:19 chr20 62196182 . G C 321.88 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0114278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7313;QD=29.2618;RBI=0.0379039;REFB=-0.0288684;REVB=0.0361402;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163098;STB=0.593482;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0105927;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:12:15:5:11:12:16:5:11 chr20 62196253 . C A 97.85 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0604354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1994;QD=13.4967;RBI=0.061368;REFB=-0.0281219;REVB=-0.0106581;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24777;STB=0.646796;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0396932;OID=.;OPOS=62196253;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:9:8:3:9:9:8 chr20 62196807 . T C 1103.41 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.268;QD=58.8483;RBI=0.0204679;REFB=-0.127814;REVB=0.00865371;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000811979;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:0:1 chr20 62196884 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.966;QD=59.8653;RBI=0.0588978;REFB=0;REVB=-0.0585413;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125109;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr20 62198236 . G A 118.34 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0420713;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.309;QD=12.1374;RBI=0.0423042;REFB=-0.0165479;REVB=0.00443326;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443499;STB=0.526277;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0611261;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:17:8:4:10:17:8 chr20 62198348 . C T 1227.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.274;QD=61.3942;RBI=0.0603654;REFB=0;REVB=-0.00389387;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67731e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr20 62198662 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.195;QD=52.6132;RBI=0.0458696;REFB=0;REVB=-0.0385882;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471555;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 759.36 PASS AF=0.58,0.42;AO=29,20;DP=50;FAO=29,21;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15,11;FSAR=14,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328139,-0.0607449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=73.4401,52.9536;QD=60.7486;RBI=0.0990146,0.122219;REFB=0,0;REVB=0.0934192,0.106055;RO=0;SAF=15,10;SAR=14,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00358418,0.0483634;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:50:0:0:29,20:29,21:0.58,0.42:14,10:15,10:0:0:14,10:15,11:0:0 chr20 62200860 . A G 788.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420508;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.838;QD=57.3753;RBI=0.0579548;REFB=0;REVB=0.0398809;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297857;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:35:20:0:0 chr20 62221364 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.211;QD=56.4863;RBI=0.0510365;REFB=0.0914169;REVB=0.0473922;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000545911;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:1:0:21:14:1:0 chr20 62221610 . T C 1542.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252947;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.915;QD=59.9061;RBI=0.0258714;REFB=0;REVB=-0.00543236;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75061e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:48:55:0:0:48:55:0:0 chr20 62221766 . C T 697.12 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00454812;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.648;QD=54.6759;RBI=0.0219101;REFB=0.0172766;REVB=0.0214329;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-5.69803e-05;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr20 62227081 . A G 757.08 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706338;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.051;QD=57.1384;RBI=0.0706511;REFB=0;REVB=-0.00156424;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204941;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr20 62236148 . T C 819.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182365;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.576;QD=57.5276;RBI=0.0975368;REFB=0;REVB=0.0958168;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189681;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:53:57:1:22:31:0:0:26:31:0:0 chr20 62316944 . C T 478.18 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.024115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5263;QD=15.5504;RBI=0.0366444;REFB=-0.0292884;REVB=-0.0275913;RO=70;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866055;STB=0.548497;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0492614;OID=.;OPOS=62316944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:28:25:39:31:28:25:39:31 chr20 62324289 . C T 659.27 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00590254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8399;QD=21.6154;RBI=0.0240288;REFB=-0.00608495;REVB=0.0232926;RO=57;SAF=31;SAR=34;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108289;STB=0.559321;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00647878;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:34:31:20:37:34:31:20:37 chr20 62326110 . A C 1363.32 PASS AF=0.900901;AO=102;DP=111;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0286846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9187;QD=49.1286;RBI=0.102404;REFB=-0.00906305;REVB=-0.0983047;RO=9;SAF=60;SAR=42;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660387;STB=0.543299;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0197611;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:9:11:102:100:0.900901:42:60:9:0:42:58:11:0 chr20 62328375 . A G 885.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.26;QD=58.0464;RBI=0.0205427;REFB=0;REVB=-0.0116955;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1892e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr20 62332638 . A AC 688.48 PASS AF=1;AO=73;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.4288;QD=33.1797;RBI=0.147817;REFB=0;REVB=-0.135844;RO=8;SAF=31;SAR=42;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00181202;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:85:83:83:0:35:48:0:0:14:8:31:42:5:3 chr20 62340115 . C G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000589756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.627;QD=59.8356;RBI=0.047407;REFB=0;REVB=0.0474033;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001393;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr20 62372813 . G A 711.14 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0666858;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.857;QD=51.7189;RBI=0.0667216;REFB=0.0205714;REVB=0.00218814;RO=2;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224201;STB=0.511624;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000844707;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:51:53:0.963636:41:10:0:2:42:11:0:2 chr20 62373707 . G T 1051.57 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.983;QD=58.4204;RBI=0.0360916;REFB=-0.106974;REVB=0.0235636;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031188;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr20 62378349 . C T 820.02 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3422;QD=55.5945;RBI=0.0895234;REFB=-0.133995;REVB=0.0772645;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0165477;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr20 62378364 . C T 837.15 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00397739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.457;QD=55.8103;RBI=0.0118598;REFB=-0.131837;REVB=-0.011173;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-6.93359e-05;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:23:36:1:0:23:36:1:0 chr20 62492922 . T A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00949744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2238;QD=13.2124;RBI=0.0138285;REFB=-0.0102787;REVB=-0.0100511;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404825;STB=0.523775;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0176415;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:7:15:10:4:7:15 chr20 62493978 . G A 151.03 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0183442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.852;QD=20.1366;RBI=0.0644071;REFB=-0.0193822;REVB=0.0617395;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0247155;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:9:5:7:9:9:5 chr20 62494027 . G C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0135612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.378;QD=15.7005;RBI=0.0136849;REFB=-0.0122115;REVB=-0.00183588;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0127145;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr20 62522466 . A G 557.33 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.549;QD=60.2518;RBI=0.010454;REFB=0;REVB=0.00787843;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59263e-06;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr20 62540460 . A G 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0312058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=18.4823;RBI=0.0321042;REFB=-0.00537245;REVB=-0.00754175;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351908;STB=0.510563;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0214065;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:13:6:7:13:13:6:7:14 chr20 62560701 . C T 313.14 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0282847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.61;QD=17.1585;RBI=0.0313195;REFB=-0.0129675;REVB=0.0134495;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21009;STB=0.61109;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0292666;OID=.;OPOS=62560701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:21:13:23:15:21:13:23:16 chr20 62574006 . A G 613.88 PASS AF=0.427711;AO=69;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0351098;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.957;QD=14.7922;RBI=0.039835;REFB=-0.0331986;REVB=-0.0188182;RO=89;SAF=20;SAR=49;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691511;STB=0.551177;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.036883;OID=.;OPOS=62574006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:95:69:71:0.427711:49:20:31:58:49:22:37:58 chr20 62576030 . GC G 762.1 PASS AF=0.892857;AO=91;DP=111;FAO=100;FDP=112;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0601883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5779;QD=27.2178;RBI=0.0727467;REFB=-0.096784;REVB=-0.0408589;RO=19;SAF=37;SAR=54;SRF=10;SRR=9;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=-0.0399463;STB=0.529406;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0522675;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:91:111:100:112:12:40:60:8:4:15:19:37:54:10:9 chr20 62714783 . C G 750.1 PASS AF=0.465116;AO=77;DP=167;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0399017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.668;QD=17.4442;RBI=0.040367;REFB=-0.0366745;REVB=0.00611103;RO=88;SAF=30;SAR=47;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075697;STB=0.531093;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0354191;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:88:92:77:80:0.465116:47:30:41:47:48:32:42:50 chr20 62737318 . G A 277.16 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00607417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.719;QD=18.1742;RBI=0.0165542;REFB=-0.0226847;REVB=-0.0153995;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207558;STB=0.623295;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0241567;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:12:18:11:19:12:18:11:20 chr21 9907271 . A G 1522.37 PASS AF=0.794702;AO=120;DP=151;FAO=120;FDP=151;FR=.;FRO=31;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0488563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0511;QD=40.3278;RBI=0.0924066;REFB=-0.0384902;REVB=-0.078435;RO=31;SAF=51;SAR=69;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797314;STB=0.54236;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00910571;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:31:31:120:120:0.794702:69:51:7:24:69:51:7:24 chr21 9907302 . C T 290.55 PASS AF=0.243094;AO=43;DP=180;FAO=44;FDP=181;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=85;FWDB=-0.0053248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.832;QD=6.42099;RBI=0.0180449;REFB=-0.00778467;REVB=-0.0172414;RO=137;SAF=17;SAR=26;SRF=52;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209135;STB=0.50544;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0256153;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:137:137:43:44:0.243094:26:17:52:85:27:17:52:85 chr21 9907322 . G T 306.15 PASS AF=0.260116;AO=45;DP=173;FAO=45;FDP=173;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=2.80971e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3402;QD=7.07862;RBI=0.0117908;REFB=0.00836199;REVB=0.0117908;RO=128;SAF=17;SAR=28;SRF=48;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366923;STB=0.502187;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0274082;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:128:128:45:45:0.260116:28:17:48:80:28:17:48:80 chr21 9907324 . G C 37.32 PASS AF=0.0751445;AO=13;DP=173;FAO=13;FDP=173;FR=.;FRO=160;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=100;FWDB=-0.0167194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.186;QD=0.862983;RBI=0.0188428;REFB=-0.00278445;REVB=0.00868976;RO=160;SAF=5;SAR=8;SRF=60;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113343;STB=0.50942;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0312017;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:173:173:160:160:13:13:0.0751445:8:5:60:100:8:5:60:100 chr21 9907340 . A G 558.34 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.00851389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.036;QD=14.3163;RBI=0.0155826;REFB=-0.00640885;REVB=-0.0130511;RO=91;SAF=25;SAR=39;SRF=31;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557318;STB=0.526812;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00862437;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:91:92:64:64:0.410256:39:25:31:60:39:25:32:60 chr21 9907343 . G A 31.34 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=92;FWDB=-0.0185267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.776;QD=0.808884;RBI=0.0490247;REFB=0.00120474;REVB=0.0453893;RO=139;SAF=5;SAR=6;SRF=52;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913396;STB=0.588788;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.012831;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:155:139:144:11:11:0.0709677:6:5:52:87:6:5:52:92 chr21 9907345 . C T 668.64 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0137509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.681;QD=17.5958;RBI=0.0224274;REFB=-0.0129309;REVB=-0.0177173;RO=80;SAF=27;SAR=44;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309959;STB=0.51974;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0135643;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:80:81:71:71:0.467105:44:27:28:52:44:27:28:53 chr21 9907375 . T C 1022.66 PASS AF=0.775701;AO=83;DP=109;FAO=83;FDP=107;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00452935;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.712;QD=38.2303;RBI=0.0143154;REFB=-0.00785643;REVB=-0.0135799;RO=24;SAF=33;SAR=50;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992363;STB=0.505299;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00136457;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:24:24:83:83:0.775701:50:33:9:15:50:33:9:15 chr21 9907384 . G A 999.14 PASS AF=0.766355;AO=79;DP=107;FAO=82;FDP=107;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000738884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.865;QD=37.3512;RBI=0.0323786;REFB=-0.0342421;REVB=0.0323702;RO=25;SAF=30;SAR=49;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287162;STB=0.51737;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0045544;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:25:25:79:82:0.766355:49:30:8:17:50:32:8:17 chr21 9907397 . C T 852.6 PASS AF=0.715686;AO=73;DP=102;FAO=73;FDP=102;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0222229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7234;QD=33.4352;RBI=0.0228853;REFB=-0.00430255;REVB=-0.00546622;RO=29;SAF=27;SAR=46;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341294;STB=0.51832;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00498881;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:29:29:73:73:0.715686:46:27:9:20:46:27:9:20 chr21 9907416 . C T 378.55 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.024351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.871;QD=16.4586;RBI=0.025464;REFB=-0.0329687;REVB=0.00744619;RO=52;SAF=11;SAR=29;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854365;STB=0.548215;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0235021;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:29:11:18:34:29:11:18:34 chr21 9907419 . A G 195.24 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.0381728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.626;QD=8.58212;RBI=0.0419376;REFB=-0.0174752;REVB=-0.0173665;RO=62;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211777;STB=0.610486;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0336056;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:62:65:26:26:0.285714:15:11:16:46:15:11:18:47 chr21 9907422 . G A 176.5 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.00770841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9825;QD=8.40485;RBI=0.0483109;REFB=-0.00936349;REVB=0.047692;RO=58;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226728;STB=0.628473;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0111471;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:60:24:24:0.285714:13:11:16:42:13:11:17:43 chr21 9907431 . G A 33.07 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0529282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0752;QD=1.61332;RBI=0.0530701;REFB=-0.000832638;REVB=0.00387949;RO=74;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646155;STB=0.549879;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0118476;OID=.;OPOS=9907431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:5:3:24:50:5:3:24:50 chr21 9908330 . AC GC,GG 2086.69 PASS AF=0.138686,0.861314;AO=19,118;DP=138;FAO=19,118;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=8,54;FSAR=11,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400332,-0.00742213;FXX=0.00724585;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=162.107,119.778;QD=60.9253;RBI=0.0307492,0.0546933;REFB=0,0;REVB=-0.0304875,-0.0541874;RO=0;SAF=8,54;SAR=11,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.033453,-0.00123225;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:138:137:0:0:19,118:19,118:0.138686,0.861314:11,64:8,54:0:0:11,64:8,54:0:0 chr21 9909078 . G A 524.12 PASS AF=0.368421;AO=63;DP=170;FAO=63;FDP=171;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.00131847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.308;QD=12.2601;RBI=0.0283743;REFB=-0.0196433;REVB=0.0283437;RO=107;SAF=36;SAR=27;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115608;STB=0.56854;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.025236;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:107:108:63:63:0.368421:27:36:50:57:27:36:50:58 chr21 9909079 . C T 140.95 PASS AF=0.162791;AO=28;DP=172;FAO=28;FDP=172;FR=.;FRO=144;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.00661621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.918;QD=3.27785;RBI=0.0358848;REFB=-0.0112663;REVB=-0.0352696;RO=144;SAF=15;SAR=13;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545911;STB=0.535689;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0637904;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:144:144:28:28:0.162791:13:15:71:73:13:15:71:73 chr21 9909080 . G A 242.42 PASS AF=0.224138;AO=39;DP=174;FAO=39;FDP=174;FR=.;FRO=135;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=0.00624189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.32;QD=5.5729;RBI=0.019399;REFB=-0.0168909;REVB=0.0183674;RO=134;SAF=23;SAR=16;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151408;STB=0.589698;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0421301;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:134:135:39:39:0.224138:16:23:63:71:16:23:64:71 chr21 9909089 . T C 124.52 PASS AF=0.139175;AO=27;DP=190;FAO=27;FDP=194;FR=.;FRO=167;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=85;FWDB=-0.00975689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.218;QD=2.56742;RBI=0.0388278;REFB=-0.00875718;REVB=-0.037582;RO=163;SAF=15;SAR=12;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822932;STB=0.555514;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0495747;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:163:167:27:27:0.139175:12:15:80:83:12:15:82:85 chr21 9909121 . C T 1183.61 PASS AF=0.506494;AO=116;DP=230;FAO=117;FDP=231;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.014091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.911;QD=20.4953;RBI=0.0579735;REFB=-0.00647691;REVB=0.0562349;RO=113;SAF=59;SAR=57;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418893;STB=0.50222;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00514857;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:113:114:116:117:0.506494:57:59:58:55:58:59:58:56 chr21 9909159 . C A 99.43 PASS AF=0.113537;AO=26;DP=229;FAO=26;FDP=229;FR=.;FRO=203;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=103;FSRR=100;FWDB=-0.0036326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.602;QD=1.73674;RBI=0.0164499;REFB=-0.00251355;REVB=0.0160438;RO=203;SAF=7;SAR=19;SRF=103;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298806;STB=0.714851;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0197212;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:203:203:26:26:0.113537:19:7:103:100:19:7:103:100 chr21 9909163 . G A 129.1 PASS AF=0.133333;AO=30;DP=225;FAO=30;FDP=225;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=101;FSRR=94;FWDB=0.0226116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7951;QD=2.29512;RBI=0.0721067;REFB=-0.00559053;REVB=0.0684696;RO=195;SAF=8;SAR=22;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321832;STB=0.720837;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0402387;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:195:195:30:30:0.133333:22:8:101:94:22:8:101:94 chr21 9909176 . C A 1549.19 PASS AF=0.661765;AO=135;DP=204;FAO=135;FDP=204;FR=.;FRO=69;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0442784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9984;QD=30.3762;RBI=0.0477571;REFB=0.00890617;REVB=0.0178931;RO=65;SAF=67;SAR=68;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583599;STB=0.520811;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00433283;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:65:69:135:135:0.661765:68:67:26:39:68:67:30:39 chr21 9909179 . C A 396.11 PASS AF=0.277778;AO=53;DP=196;FAO=55;FDP=198;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=0.00507589;FXX=0.0341447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.835;QD=8.0023;RBI=0.00528551;REFB=-0.0105191;REVB=0.00147376;RO=140;SAF=25;SAR=28;SRF=62;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356512;STB=0.536411;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0349714;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:140:143:53:55:0.277778:28:25:62:78:28:27:63:80 chr21 9909204 . C T 151.78 PASS AF=0.160428;AO=30;DP=187;FAO=30;FDP=187;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=0.037695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.305;QD=3.24667;RBI=0.0380831;REFB=-0.00937382;REVB=-0.00542313;RO=157;SAF=8;SAR=22;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325094;STB=0.713932;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.031157;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:157:157:30:30:0.160428:22:8:81:76:22:8:81:76 chr21 9909208 . C T 400.88 PASS AF=0.298343;AO=52;DP=182;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0431805;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.322;QD=8.85915;RBI=0.0495496;REFB=-0.0117416;REVB=-0.0243024;RO=127;SAF=27;SAR=25;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661027;STB=0.567097;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0408255;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:127:127:52:54:0.298343:25:27:59:68:25:29:56:71 chr21 9909217 . C A 74.73 PASS AF=0.115385;AO=17;DP=157;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=0.0180703;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.154;QD=1.91615;RBI=0.0226353;REFB=-0.00413118;REVB=-0.0136316;RO=135;SAF=3;SAR=14;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392233;STB=0.739902;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0304904;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:157:156:135:138:17:18:0.115385:14:3:65:70:14:4:66:72 chr21 9909218 . GT AC,GC 545.92 PASS AF=0.311258,0.119205;AO=46,21;DP=156;FAO=47,18;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=24,3;FSAR=23,15;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0266207,-0.104852;FXX=0.0320492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.552,92.7883;QD=14.4614;RBI=0.035966,0.107315;REFB=-0.0249801,-0.0359264;REVB=0.0241844,0.0228568;RO=85;SAF=24,3;SAR=22,18;SRF=38;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0843407,-0.446499;STB=0.536897,0.771725;STBP=0.535,0.019;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0306474,-0.000430121;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:151:85:86:46,21:47,18:0.311258,0.119205:22,18:24,3:38:47:23,15:24,3:39:47 chr21 10181174 . G A 33.91 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00818172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.052;QD=7.13853;RBI=0.0219961;REFB=-0.00507593;REVB=-0.0204178;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247279;STB=0.5996;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0130877;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:19:11:13:5:5:0.263158:3:2:7:4:3:2:7:6 chr21 10181184 . T C 66.14 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0414743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.391;QD=11.5032;RBI=0.0428897;REFB=-0.0149133;REVB=0.0109273;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0167501;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:23:14:14:8:9:0.391304:3:5:5:9:3:6:5:9 chr21 10862599 . C T 1427.87 PASS AF=0.568966;AO=132;DP=232;FAO=132;FDP=232;FR=.;FRO=100;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00723323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.14;QD=24.6185;RBI=0.00865577;REFB=-0.00366158;REVB=0.00475424;RO=100;SAF=77;SAR=55;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512009;STB=0.527814;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00271316;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:100:100:132:132:0.568966:55:77:52:48:55:77:52:48 chr21 10862618 . T C 1576.53 PASS AF=0.571429;AO=148;DP=259;FAO=148;FDP=259;FR=.;FRO=111;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.0200065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.519;QD=24.3479;RBI=0.0201501;REFB=-0.000795241;REVB=0.00240134;RO=111;SAF=83;SAR=65;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519945;STB=0.528214;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00106428;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:111:111:148:148:0.571429:65:83:55:56:65:83:55:56 chr21 10862846 . A T 3064.87 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.9;QD=63.5205;RBI=0.0457361;REFB=0;REVB=-0.0197586;RO=0;SAF=86;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57187e-05;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:193:0:0:181:193:1:95:86:0:0:96:97:0:0 chr21 10862853 . G A 417.38 PASS AF=0.285714;AO=56;DP=196;FAO=56;FDP=196;FR=.;FRO=140;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.00461359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3549;QD=8.5179;RBI=0.0304386;REFB=0.0148253;REVB=-0.0300869;RO=138;SAF=37;SAR=19;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241849;STB=0.6468;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0400219;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:138:140:56:56:0.285714:19:37:64:74:19:37:64:76 chr21 10862874 . A G 1481.97 PASS AF=0.657895;AO=125;DP=192;FAO=125;FDP=190;FR=.;FRO=65;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0288942;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9867;QD=31.1993;RBI=0.0321269;REFB=-0.0130966;REVB=-0.0140449;RO=64;SAF=71;SAR=54;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532279;STB=0.531468;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00883744;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:64:65:125:125:0.657895:54:71:31:33:54:71:31:34 chr21 10862947 . G A 1290.03 PASS AF=0.592784;AO=114;DP=194;FAO=115;FDP=194;FR=.;FRO=79;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00300006;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.007;QD=26.5986;RBI=0.00871125;REFB=-0.00798191;REVB=-0.00817835;RO=79;SAF=71;SAR=43;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619842;STB=0.536317;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00499623;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:79:79:114:115:0.592784:43:71:43:36:44:71:42:37 chr21 10909652 . G A 104.05 PASS AF=0.165289;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00668046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.76;QD=3.43963;RBI=0.0328546;REFB=-0.00628076;REVB=-0.0321683;RO=100;SAF=11;SAR=9;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126386;STB=0.586461;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0285925;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:101:20:20:0.165289:9:11:45:55:9:11:45:56 chr21 10910311 . T G 817.85 PASS AF=0.709677;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=93;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00605814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.021;QD=35.1762;RBI=0.0399928;REFB=-0.00999347;REVB=0.0395313;RO=27;SAF=26;SAR=40;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133575;STB=0.507185;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00176928;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:27:27:66:66:0.709677:40:26:10:17:40:26:10:17 chr21 10910340 . C G 174.65 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.00796057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.135;QD=8.02985;RBI=0.0275392;REFB=-0.0166206;REVB=-0.0263635;RO=62;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422898;STB=0.750491;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0267173;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:9:15:16:46:9:15:16:47 chr21 10910347 . A G 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8418;QD=62.4624;RBI=0.0215696;REFB=0;REVB=0.00304889;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57453e-05;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr21 10920098 . T C 1410.11 PASS AF=0.926606;AO=101;DP=109;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00953422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.312;QD=51.747;RBI=0.0310069;REFB=-0.0947922;REVB=0.0295047;RO=8;SAF=60;SAR=41;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00445821;STB=0.502356;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00146274;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:109:109:8:8:101:101:0.926606:41:60:5:3:41:60:5:3 chr21 10935004 . A T 467.77 PASS AF=0.294931;AO=64;DP=217;FAO=64;FDP=217;FR=.;FRO=153;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=72;FWDB=0.00509516;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.795;QD=8.62252;RBI=0.00731069;REFB=-0.00588712;REVB=0.00524267;RO=152;SAF=25;SAR=39;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16463;STB=0.598319;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0126163;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:152:153:64:64:0.294931:39:25:80:72:39:25:81:72 chr21 10942756 . G A 731.98 PASS AF=0.299694;AO=98;DP=328;FAO=98;FDP=327;FR=.;FRO=229;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=135;FSRR=94;FWDB=-0.00603665;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4995;QD=8.95388;RBI=0.00962213;REFB=0.000335977;REVB=-0.00749294;RO=229;SAF=55;SAR=43;SRF=135;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348859;STB=0.520212;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000954672;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:229:229:98:98:0.299694:43:55:135:94:43:55:135:94 chr21 10942924 . CCTT C 233.94 PASS AF=0.279793;AO=51;DP=193;FAO=54;FDP=193;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=-0.00207709;FXX=0.0349982;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.699;QD=4.84854;RBI=0.00381594;REFB=-0.000918768;REVB=0.00320111;RO=132;SAF=24;SAR=27;SRF=63;SRR=69;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.00820126;STB=0.509996;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.00250463;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279793:51:193:54:193:139:26:28:65:74:99:132:24:27:63:69 chr21 10943003 . C T 290.23 PASS AF=0.269231;AO=42;DP=158;FAO=42;FDP=156;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.027403;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6887;QD=7.44185;RBI=0.035192;REFB=-0.00218349;REVB=-0.0220806;RO=115;SAF=24;SAR=18;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156809;STB=0.596318;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0076671;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:115:114:42:42:0.269231:18:24:51:64:18:24:50:64 chr21 10951311 . G C 65.87 PASS AF=0.0964467;AO=19;DP=198;FAO=19;FDP=197;FR=.;FRO=178;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=93;FSRR=85;FWDB=-0.00263831;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5192;QD=1.33744;RBI=0.00914104;REFB=-0.000206724;REVB=0.00875203;RO=174;SAF=1;SAR=18;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576886;STB=0.942134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0030522;OID=.;OPOS=10951311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:198:197:174:178:19:19:0.0964467:18:1:90:84:18:1:93:85 chr21 10951387 . T G 1420.17 PASS AF=0.371622;AO=165;DP=445;FAO=165;FDP=444;FR=.;FRO=279;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=154;FSRR=125;FWDB=-0.00083161;FXX=0.00224714;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.625;QD=12.7944;RBI=0.000881192;REFB=-0.0122656;REVB=-0.000291419;RO=277;SAF=73;SAR=92;SRF=153;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122002;STB=0.568651;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0176381;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:444:277:279:165:165:0.371622:92:73:153:124:92:73:154:125 chr21 10951426 . G T 1505.51 PASS AF=0.41206;AO=165;DP=400;FAO=164;FDP=398;FR=.;FRO=234;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=125;FSRR=109;FWDB=-0.0140916;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6033;QD=15.1307;RBI=0.0323738;REFB=-0.0271378;REVB=-0.029146;RO=232;SAF=74;SAR=91;SRF=123;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857367;STB=0.552388;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0339942;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:398:232:234:165:164:0.41206:91:74:123:109:91:73:125:109 chr21 11029616 . G T 941.2 PASS AF=0.544379;AO=92;DP=168;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0753082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4909;QD=22.2769;RBI=0.0755413;REFB=0.0187733;REVB=0.00592986;RO=76;SAF=64;SAR=28;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229847;STB=0.623463;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0152272;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:76:77:92:92:0.544379:28:64:33:43:28:64:34:43 chr21 11029624 . C T 937.78 PASS AF=0.54491;AO=91;DP=167;FAO=91;FDP=167;FR=.;FRO=76;FSAF=63;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00500648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.852;QD=22.4618;RBI=0.0757569;REFB=-0.00923101;REVB=-0.0755913;RO=76;SAF=63;SAR=28;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206255;STB=0.613005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00516415;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:76:76:91:91:0.54491:28:63:35:41:28:63:35:41 chr21 11029630 . GC G 930.11 PASS AF=0.54878;AO=89;DP=165;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=62;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00787501;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.145;QD=22.6856;RBI=0.0169398;REFB=0.00223016;REVB=0.014998;RO=74;SAF=61;SAR=28;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188437;STB=0.610635;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.00345052;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54878:89:165:90:164:74:62:28:34:40:99:74:61:28:35:39 chr21 11029679 . C G 807.25 PASS AF=0.466667;AO=83;DP=178;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00119704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.517;QD=17.9388;RBI=0.0294325;REFB=-0.0063692;REVB=-0.0294082;RO=93;SAF=55;SAR=28;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188267;STB=0.597309;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00651789;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:93:96:83:84:0.466667:28:55:44:49:29:55:46:50 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 124.03 PASS AF=0.337079,0;AO=20,14;DP=91;FAO=30,0;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=24,0;FSAR=6,0;FSRF=59;FSRR=0;FWDB=-0.0207614,-0.0604195;FXX=0.0219756;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.7429,12.0231;QD=5.57422;RBI=0.133479,0.117507;REFB=-0.0692249,-0.0792429;REVB=0.131854,0.100783;RO=49;SAF=15,14;SAR=5,0;SRF=49;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.567707,0;STB=0.775604,0.5;STBP=0.07,1;TYPE=del,del;VARB=0.121974,0;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337079,0:20,14:91:30,0:89:59:24,0:6,0:59:0:99:49:15,14:5,0:49:0 chr21 11038796 . T C 119.7 PASS AF=0.125;AO=29;DP=232;FAO=29;FDP=232;FR=.;FRO=203;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=89;FSRR=114;FWDB=-0.0182763;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.368;QD=2.06383;RBI=0.0288933;REFB=-0.001805;REVB=-0.0223786;RO=202;SAF=12;SAR=17;SRF=89;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344008;STB=0.522028;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0131216;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:202:203:29:29:0.125:17:12:89:113:17:12:89:114 chr21 11038802 . G A 508.5 PASS AF=0.300885;AO=68;DP=228;FAO=68;FDP=226;FR=.;FRO=158;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=98;FWDB=0.0403991;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.91;QD=9.00002;RBI=0.0426514;REFB=-0.00630661;REVB=-0.0136767;RO=158;SAF=34;SAR=34;SRF=60;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145136;STB=0.584047;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0174346;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:226:158:158:68:68:0.300885:34:34:60:98:34:34:60:98 chr21 11038843 . G C 1138.08 PASS AF=0.609467;AO=101;DP=167;FAO=103;FDP=169;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0411753;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.585;QD=26.9369;RBI=0.0469384;REFB=-0.0328865;REVB=0.0225346;RO=66;SAF=47;SAR=54;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190583;STB=0.510459;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0294484;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:66:66:101:103:0.609467:54:47:29:37:55:48:29:37 chr21 11049584 . C T 93.41 PASS AF=0.150794;AO=19;DP=126;FAO=19;FDP=126;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0162442;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.93;QD=2.96535;RBI=0.016284;REFB=-0.00229958;REVB=0.0011366;RO=104;SAF=15;SAR=4;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362262;STB=0.755686;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0113442;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:126:126:104:107:19:19:0.150794:4:15:54:50:4:15:54:53 chr21 11049592 . C T 104.43 PASS AF=0.151079;AO=21;DP=139;FAO=21;FDP=139;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.0474901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.864;QD=3.00514;RBI=0.0477642;REFB=-0.00114683;REVB=-0.00510939;RO=118;SAF=17;SAR=4;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4028;STB=0.773586;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0185449;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:118:118:21:21:0.151079:4:17:60:58:4:17:60:58 chr21 11057855 . A T 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00424493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.658;QD=21.1904;RBI=0.00429304;REFB=-0.0188426;REVB=-0.000640921;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452261;STB=0.524988;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0142804;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:21:21:17:21:21:21:17:21 chr21 11057866 . C T 74.41 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0397995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.087;QD=3.34419;RBI=0.04129;REFB=-0.000990309;REVB=-0.0109938;RO=75;SAF=6;SAR=8;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978477;STB=0.565822;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00563553;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:8:6:38:37:8:6:38:37 chr21 11057888 . T A 185.42 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0158092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.658;QD=8.33366;RBI=0.0175149;REFB=-0.0128844;REVB=-0.00753945;RO=64;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128299;STB=0.576483;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0251841;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:11:14:29:35:11:14:29:35 chr21 11057905 . A T 31.96 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0441598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.0885;QD=1.36014;RBI=0.0441976;REFB=-0.00565725;REVB=-0.00182648;RO=84;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317067;STB=0.746327;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0492373;OID=.;OPOS=11057905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:93:94:84:85:9:9:0.0957447:7:2:41:43:7:2:41:44 chr21 11057931 . C A 72.33 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.000194914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.967;QD=3.04557;RBI=0.0182797;REFB=-0.00501567;REVB=-0.0182787;RO=79;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201535;STB=0.62089;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0261247;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:79:81:14:14:0.147368:7:7:27:52:7:7:29:52 chr21 11058226 . G C 138.79 PASS AF=0.145;AO=29;DP=200;FAO=29;FDP=200;FR=.;FRO=171;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=85;FSRR=86;FWDB=-0.00266187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.373;QD=2.77584;RBI=0.00270291;REFB=-0.00240453;REVB=-0.000469229;RO=169;SAF=13;SAR=16;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697921;STB=0.541782;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0139968;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:169:171:29:29:0.145:16:13:85:84:16:13:85:86 chr21 11097557 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00934511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.014;QD=11.6669;RBI=0.0228393;REFB=-0.0105962;REVB=-0.0208399;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940693;STB=0.555478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0215702;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:9:17:8:6:9:17 chr21 11097574 . T A 137.86 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0134751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.727;QD=11.4879;RBI=0.0202726;REFB=-0.00642388;REVB=0.015146;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136266;STB=0.681601;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0156073;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:11:16:0.333333:6:5:11:21:6:10:11:21 chr21 11098674 . TA AC,CA 729.4 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,44;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179167,0.0377791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=21.7806,208.757;QD=62.0768;RBI=0.0318071,0.046033;REFB=0,0;REVB=0.0262808,0.0263017;RO=0;SAF=1,31;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0679527,0.0015098;OID=.,.;OPOS=11098674,11098674;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:2,44:2,45:0.0425532,0.957447:1,13:1,31:0:0:1,13:1,32:0:0 chr21 11098723 . T C 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0402025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.245;QD=7.58748;RBI=0.0480443;REFB=-0.00370638;REVB=-0.0263061;RO=45;SAF=4;SAR=13;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589674;STB=0.846076;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0231855;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:13:4:35:10:13:4:35:10 chr21 11098732 . C T 64.63 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0146252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.451;QD=4.23835;RBI=0.0146785;REFB=-0.0190294;REVB=-0.00124885;RO=49;SAF=1;SAR=10;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703685;STB=0.938438;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0288876;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:49:50:11:11:0.180328:10:1:36:13:10:1:36:14 chr21 11098756 . C A 114.25 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0148575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.946;QD=10.1552;RBI=0.0257338;REFB=-0.0112685;REVB=0.0210116;RO=30;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61687;STB=0.86199;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0251125;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:12:2:21:9:12:2:21:10 chr21 11098763 . C T 124.1 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0155972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.428;QD=9.92811;RBI=0.0177961;REFB=-0.00854507;REVB=0.00856896;RO=35;SAF=2;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626847;STB=0.875162;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.050616;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:13:2:24:11:13:2:24:11 chr21 14419915 . A G 2273.11 PASS AF=0.614679;AO=201;DP=329;FAO=201;FDP=327;FR=.;FRO=126;FSAF=99;FSAR=102;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.0108249;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.291;QD=27.8057;RBI=0.0244526;REFB=-0.0156611;REVB=0.0219261;RO=128;SAF=99;SAR=102;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222914;STB=0.515103;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0114748;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:128:126:201:201:0.614679:102:99:67:61:102:99:67:59 chr21 14420005 . A G 4244.07 PASS AF=0.799505;AO=323;DP=409;FAO=323;FDP=404;FR=.;FRO=81;FSAF=162;FSAR=161;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.0154796;FXX=0.0146338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=42.0205;RBI=0.0155345;REFB=-0.0100983;REVB=0.00130517;RO=80;SAF=162;SAR=161;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556636;STB=0.528158;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00323235;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:404:80:81:323:323:0.799505:161:162:52:28:161:162:52:29 chr21 14778721 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.481;QD=43.4861;RBI=0.0615308;REFB=0;REVB=0.00754562;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368402;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr21 15013735 . A G 444.73 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0146514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.163;QD=20.4472;RBI=0.0385124;REFB=-0.0222088;REVB=0.0356166;RO=43;SAF=9;SAR=35;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122386;STB=0.568233;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0271499;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:35:9:13:30:35:9:13:30 chr21 15457293 . T G 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0345489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.545;QD=20.755;RBI=0.0637536;REFB=0.00848889;REVB=-0.0535807;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00228884;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:8:7:6:5:8:7:6:6 chr21 15457297 . C G 167.68 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00517501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2571;QD=23.1275;RBI=0.0275298;REFB=0.0175153;REVB=-0.0270391;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00372626;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:11:12:16:17:0.586207:8:8:6:5:8:9:6:6 chr21 15457318 . T G 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0120269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1979;QD=33.4775;RBI=0.018185;REFB=0.0257678;REVB=-0.0136399;RO=12;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457483;STB=0.524982;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00641607;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:14:14:7:5:14:14:7:5 chr21 15457339 . T G 421.74 PASS AF=0.709091;AO=37;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00483587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4044;QD=30.6718;RBI=0.0938571;REFB=-0.0602791;REVB=0.0937325;RO=17;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433428;STB=0.532694;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0553031;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:16:37:39:0.709091:18:19:10:7:19:20:10:6 chr21 15457350 . TA CG 471.59 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00987621;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=285.022;QD=31.4395;RBI=0.0374272;REFB=0.0159458;REVB=-0.0361006;RO=17;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809111;STB=0.543838;STBP=0.327;TYPE=mnp;VARB=-0.00901274;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:40:40:0.666667:20:20:11:6:20:20:11:6 chr21 15457374 . G C 490.07 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.012443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.268;QD=30.629;RBI=0.0160841;REFB=-0.0245259;REVB=0.0101917;RO=20;SAF=24;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318102;STB=0.517234;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00964103;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:20:24:12:8:20:24:12:8 chr21 15457399 . G C 458.03 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00278345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.095;QD=29.081;RBI=0.00719126;REFB=-0.0223839;REVB=-0.00663073;RO=21;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87971e-08;STB=0.5;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0100288;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:18:24:12:9:18:24:12:9 chr21 15457410 . C G 389.69 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0218963;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9824;QD=26.8752;RBI=0.0366761;REFB=-0.0294257;REVB=0.0294227;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386233;STB=0.528731;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0147405;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:20:21:37:37:0.637931:17:20:12:8:17:20:13:8 chr21 15457434 . G A 185.68 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00440511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.847;QD=19.0443;RBI=0.00572695;REFB=0.00529868;REVB=-0.00365965;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00852654;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:11:9:9:10:11:9 chr21 15457439 . G A 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00705451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.68;QD=9.47328;RBI=0.00750774;REFB=-0.00643772;REVB=0.00256907;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526382;STB=0.831141;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00727913;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:11:10:1:9:11:10 chr21 15457463 . CACACACAGT C 190.81 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271338;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=285.618;QD=47.7028;RBI=0.0292433;REFB=0;REVB=0.0109054;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000119384;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:16:16:0:8:8:0:0:4:0:8:7:0:0 chr21 15481365 . G T 973.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.209;QD=58.9847;RBI=0.0313758;REFB=0;REVB=0.00579518;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98658e-05;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:25:41:0:0 chr21 15516976 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8384;QD=60.2303;RBI=0.0286909;REFB=0;REVB=0.0020643;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524741;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr21 15524921 . C T 97.76 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0256042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7057;QD=13.4843;RBI=0.0379375;REFB=0.00261589;REVB=-0.0279943;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00602904;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:9:8:6:6:9:8 chr21 15558346 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00170449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.261;QD=23.4881;RBI=0.0166727;REFB=-0.0334807;REVB=0.0165854;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136522;STB=0.574906;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0125232;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:16:18:17:7:16:18:17:7 chr21 15593494 . A AG 352.51 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10466;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.7805;QD=52.223;RBI=0.118114;REFB=0;REVB=0.0547451;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00249265;OID=.;OPOS=15593495;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:27:27:27:0:16:11:0:0:4:23:2:2:14:9 chr21 15593495 . T G 279.94 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.119927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.3306;QD=41.4718;RBI=0.133301;REFB=-0.182136;REVB=0.0581945;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308551;STB=0.516764;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0215637;OID=.;OPOS=15593495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:27:27:4:4:23:23:0.851852:9:14:2:2:9:14:2:2 chr21 15596772 . T G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2995;QD=56.7041;RBI=0.0317921;REFB=0;REVB=-0.031564;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732644;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr21 15646397 . A G 1545.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.189;QD=63.7459;RBI=0.07138;REFB=0;REVB=0.0480755;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135039;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:50:47:0:0 chr21 15646405 . C A 742.12 PASS AF=0.641509;AO=53;DP=106;FAO=68;FDP=106;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.016427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.789;QD=28.0046;RBI=0.0280532;REFB=-0.0212598;REVB=-0.0227406;RO=21;SAF=18;SAR=35;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15164;STB=0.522172;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0100012;OID=.;OPOS=15646405;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:21:38:53:68:0.641509:35:18:2:19:37:31:15:23 chr21 15926544 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0023867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.627;QD=54.6361;RBI=0.0181927;REFB=0.013983;REVB=0.0180355;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.95813e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr21 15954593 . G A 199.48 PASS AF=0.409836;AO=19;DP=57;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0445659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.602;QD=13.0809;RBI=0.0445736;REFB=-0.0279834;REVB=-0.00082717;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037092;STB=0.506844;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00673557;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:36:36:19:25:0.409836:8:11:22:14:10:15:22:14 chr21 15954601 . G T 366.78 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.039657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6199;QD=24.4517;RBI=0.0396665;REFB=-0.00649164;REVB=-0.000868852;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106751;STB=0.505856;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0031069;OID=.;OPOS=15954601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:14:22:15:9:14:22:15:9 chr21 15954660 . T C 1116.55 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.852;QD=60.3538;RBI=0.0535927;REFB=0;REVB=-0.0532981;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126136;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr21 15964920 . C G 157.81 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00469469;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.214;QD=15.7812;RBI=0.0189592;REFB=-0.0193372;REVB=-0.0183688;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0263723;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:7:10:13:10:7:10:13:10 chr21 15974409 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.262;QD=60.5101;RBI=0.0303143;REFB=-0.0877671;REVB=0.022182;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00136397;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chr21 15984982 . C A 235.17 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0795157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4374;QD=25.4238;RBI=0.0807361;REFB=-0.0211965;REVB=-0.0139845;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175918;STB=0.597899;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0133849;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:9:6:14:8:9:6 chr21 16335260 . C T 223.34 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000147591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.221;QD=27.0715;RBI=0.0301297;REFB=-0.0127693;REVB=0.0301294;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145395;STB=0.586125;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00886497;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:11:9:8:4:12:9:8:4 chr21 16335515 . C T 538.85 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0703691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2962;QD=17.8133;RBI=0.128875;REFB=-0.0654575;REVB=-0.107967;RO=56;SAF=22;SAR=35;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259382;STB=0.648652;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0685342;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:56:64:57:57:0.471074:35:22:38:18:35:22:43:21 chr21 16339570 . T A 298.51 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0393375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.802;QD=22.112;RBI=0.0475899;REFB=-0.037143;REVB=0.0267837;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197311;STB=0.619481;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0218901;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:29:29:0.537037:19:10:13:9:19:10:14:9 chr21 16340289 . C T 346.82 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.2998;QD=53.3572;RBI=0.0460213;REFB=0;REVB=-0.0252626;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259729;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr21 16423596 . T TGTGTGTGTGCGC 70.18 PASS AF=0.36;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0231803;FXX=0.137883;HRUN=1;LEN=12;MLLD=438.032;QD=11.2291;RBI=0.0234544;REFB=-0.00256949;REVB=0.00357525;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471366;STB=0.732786;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00336691;OID=.;OPOS=16423597;OREF=-;OALT=GTGTGTGTGCGC;OMAPALT=TGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:29:9:25:16:2:7:9:7:70:20:2:7:13:7 chr21 16424421 . A G 206.83 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0130964;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.752;QD=14.5144;RBI=0.0285412;REFB=-0.0108195;REVB=0.0253591;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308972;STB=0.6895;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00712011;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:33:24:24:0.421053:8:16:10:19:8:16:11:22 chr21 16424607 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0438593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.884;QD=22.9154;RBI=0.0458449;REFB=-0.0179563;REVB=0.0133457;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107529;STB=0.561271;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0111884;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:1:3:5:4:1:3 chr21 16986637 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.10505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.755;QD=10.2402;RBI=0.105077;REFB=-0.0114909;REVB=-0.00239553;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520284;STB=0.824905;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0200858;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:9:10:9:1:9:10 chr21 17197357 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0755387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2379;QD=19.3855;RBI=0.0766426;REFB=-0.0121123;REVB=-0.0129611;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15199;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.01423;OID=.;OPOS=17197357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:8:13:9:11:8:13 chr21 19163707 . C T 785.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.667;QD=56.0727;RBI=0.0341628;REFB=0;REVB=0.013413;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576404;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:22:32:0:0:22:34:0:0 chr21 19165259 . ACT A 786.85 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455928;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.591;QD=64.2327;RBI=0.0117944;REFB=0;REVB=0.0108775;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.8939e-05;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:50:49:49:0:28:21:0:0:4:0:28:20:0:0 chr21 19169218 . G C 160.08 PASS AF=0.328125;AO=16;DP=67;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0081975;FXX=0.0447694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.892;QD=10.0052;RBI=0.0112566;REFB=-0.000923187;REVB=-0.00771444;RO=33;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154172;STB=0.506843;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00231332;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:33:43:16:21:0.328125:4:12:21:12:9:12:25:18 chr21 19666910 . A G 129.67 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.43;QD=43.2247;RBI=0.0262468;REFB=0;REVB=0.0169176;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138885;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:4:4:0:0:8:4:0:0 chr21 19670118 . G A 463.41 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0296944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.19;QD=52.9614;RBI=0.0324417;REFB=-0.0749878;REVB=-0.0130654;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00535408;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:1:0:17:16:1:1 chr21 21728991 . C A 208.9 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0459779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7568;QD=18.5692;RBI=0.0463587;REFB=-0.0165222;REVB=-0.0059297;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0368988;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:14:10:8:13:14:10 chr21 24804558 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.674;QD=58.1417;RBI=0.0679776;REFB=0;REVB=0.00595032;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97496e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr21 26965148 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.403;QD=57.3851;RBI=0.0564207;REFB=0;REVB=-0.0556797;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76314e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr21 26965205 . T C 845.49 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.365;QD=57.3215;RBI=0.0847953;REFB=0;REVB=0.0834697;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234083;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr21 26969703 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9868;QD=53.2737;RBI=0.0783042;REFB=0;REVB=0.0711779;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110201;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr21 26976250 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00294744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.246;QD=15.2914;RBI=0.00495909;REFB=-0.0233753;REVB=0.00398813;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228566;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr21 26978950 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.416;QD=52.6119;RBI=0.0622105;REFB=0;REVB=-0.0267454;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377863;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr21 27056250 . A G 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0281156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9533;QD=8.69545;RBI=0.0288056;REFB=-0.0197955;REVB=-0.00626711;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301111;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0490561;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:10:4:4:3:10:4 chr21 27563105 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.223;QD=59.4349;RBI=0.0486985;REFB=0;REVB=-0.0211796;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647371;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr21 27852724 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00643588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.52;QD=18.1185;RBI=0.0073065;REFB=-0.0112891;REVB=-0.00345895;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0110872;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:8:12:9:9:8:12 chr21 27945234 . C T 438.57 PASS AF=0.294118;AO=59;DP=203;FAO=60;FDP=204;FR=.;FRO=144;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=0.0282015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.653;QD=8.59935;RBI=0.0439091;REFB=-0.00451559;REVB=-0.0336554;RO=144;SAF=33;SAR=26;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805426;STB=0.552148;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0133631;OID=.;OPOS=27945234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:144:144:59:60:0.294118:26:33:71:73:26:34:71:73 chr21 28212760 . G A 258.87 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0198968;FXX=0.104462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.394;QD=17.2577;RBI=0.0214427;REFB=-0.00659751;REVB=0.00799415;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355447;STB=0.521724;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00863059;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:60:28:32:26:28:0.466667:14:12:14:14:16:12:15:17 chr21 28215826 . C CACA 216.12 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00818104;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.215;QD=19.647;RBI=0.00880214;REFB=-0.044896;REVB=-0.00324781;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112262;STB=0.54462;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=0.0518904;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:21:46:21:44:23:10:11:9:14:99:25:10:11:9:16 chr21 28215836 . GC G 142.11 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0602914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8685;QD=12.0945;RBI=0.206527;REFB=0.0092877;REVB=-0.19753;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.531282;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=-0.0231331;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362:21:47:23:47:24:10:13:9:15:99:23:9:12:9:14 chr21 28216038 . C A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0111408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.334;QD=16.9413;RBI=0.0289073;REFB=-0.00215478;REVB=-0.0266742;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197124;STB=0.612474;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00253686;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:15:9:11:8:15:9 chr21 28216063 . TCCC TCC,TCCT 359.77 PASS AF=0.377778,0.4;AO=16,16;DP=45;FAO=17,18;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=17,10;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.011815,-0.0250143;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.4457,140.281;QD=31.9794;RBI=0.0799605,0.0259841;REFB=0.0150024,-0.00679501;REVB=0.0790828,0.00703263;RO=10;SAF=16,8;SAR=0,8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.683673,0;SSSB=0.862271,0.277055;STB=0.999215,0.65875;STBP=0,0.042;TYPE=del,snp;VARB=0.0493961,0.0380922;OID=.,.;OPOS=28216064,28216066;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCC,TCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.377778,0.4:16,16:45:17,18:45:10:17,10:0,8:1:9:99:10:16,8:0,8:1:9 chr21 28216595 . C G 449.98 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0822334;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4511;QD=21.4275;RBI=0.0826737;REFB=-0.00881069;REVB=0.00852104;RO=40;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105502;STB=0.570012;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00939354;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:21:23:16:24:21:23:15:25 chr21 28216657 . CG C 39.75 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0600769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2051;QD=5.48241;RBI=0.0600769;REFB=-0.0312279;REVB=-4.57489e-05;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196438;STB=0.529354;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=0.0710392;OID=.;OPOS=28216658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:8:27:10:29:19:3:7:5:14:39:18:3:5:4:14 chr21 28216692 . G T 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00938705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.509;QD=31.241;RBI=0.0101947;REFB=-0.00786015;REVB=0.0039768;RO=4;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176474;STB=0.50979;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00441822;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:10:4:1:3:10:4:1:3 chr21 28295181 . A G 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.016268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4943;QD=14.6546;RBI=0.0177473;REFB=-0.0102879;REVB=-0.00709369;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349999;STB=0.699733;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0674786;OID=.;OPOS=28295181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:3:14:6:7:3:14 chr21 28296289 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0498692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9519;QD=12.8972;RBI=0.102778;REFB=-0.0190009;REVB=-0.0898686;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268359;STB=0.65457;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0277416;OID=.;OPOS=28296289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:23:7:8:9:23:7 chr21 28296324 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.00353379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.206;QD=15.166;RBI=0.0392834;REFB=0.0088514;REVB=-0.0391241;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332206;STB=0.699213;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0158484;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:13:10:22:6:13:10:24:6 chr21 28296389 . A G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0257441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7273;QD=18.9655;RBI=0.0257639;REFB=0.0120576;REVB=0.00101064;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246283;STB=0.638182;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0173288;OID=.;OPOS=28296389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:19:6:11:11:19:6 chr21 28302355 . A G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0106951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.936;QD=11.617;RBI=0.0129846;REFB=-0.0167344;REVB=-0.00736311;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404949;STB=0.74384;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0426196;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:5:13:12:22:5:14:12:22 chr21 28326276 . G A 792.71 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.715;QD=53.7433;RBI=0.0217447;REFB=-0.0373496;REVB=0.00211558;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000560599;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000700022;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:29:28:1:1:29:28:1:1 chr21 30250555 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.107;QD=55.2224;RBI=0.0111818;REFB=0.0283524;REVB=0.00994497;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=1.341e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:1:0:23:33:1:0 chr21 30250615 . T C 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.245;QD=55.0458;RBI=0.0232463;REFB=-0.0589126;REVB=0.00724642;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.10205e-05;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:1:0:24:31:1:0 chr21 30257560 . C G 536.24 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00589544;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9648;QD=20.2356;RBI=0.0781497;REFB=-0.0111675;REVB=0.077927;RO=51;SAF=20;SAR=35;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266625;STB=0.5147;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00957469;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:51:55:55:0.518868:35:20:20:31:35:20:20:31 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 1469.74 PASS AF=0.2,0.790476;AO=19,77;DP=107;FAO=21,83;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=4,37;FSAR=17,46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.14118,-0.0916793;FXX=0.0186898;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.1911,42.8038;QD=55.9902;RBI=0.178606,0.114314;REFB=0.0509465,0.0398665;REVB=-0.1094,-0.0682826;RO=1;SAF=2,31;SAR=17,46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181817,-0.0150214;STB=0.555499,0.506665;STBP=0.132,0.309;TYPE=del,snp;VARB=-0.0682089,-0.00368801;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.790476:19,77:107:21,83:105:1:4,37:17,46:1:0:99:1:2,31:17,46:1:0 chr21 30257570 . A C 66.49 PASS AF=0.174312;AO=23;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00834178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.8247;QD=2.43994;RBI=0.0653628;REFB=-0.0537592;REVB=-0.0648283;RO=86;SAF=6;SAR=17;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262076;STB=0.662976;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.196454;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:109:109:86:90:23:19:0.174312:17:6:39:47:14:5:40:50 chr21 30257641 . C A 435.27 PASS AF=0.48913;AO=39;DP=88;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.126576;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.0207;QD=18.9246;RBI=0.172301;REFB=-0.0363073;REVB=0.116903;RO=47;SAF=10;SAR=29;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124693;STB=0.503418;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0598218;OID=.;OPOS=30257641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:47:47:39:45:0.48913:29:10:17:30:29:16:17:30 chr21 30318207 . T C 61.09 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0250299;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.135;QD=6.10876;RBI=0.0319838;REFB=-0.0124015;REVB=0.0199115;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107582;STB=0.570204;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0150394;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:9:22:7:2:9:22 chr21 30331935 . G A 344.04 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00865046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.887;QD=31.2761;RBI=0.0285815;REFB=0.0121728;REVB=0.027241;RO=15;SAF=8;SAR=21;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338805;STB=0.686142;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00272668;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:21:8:12:3:21:8:12:3 chr21 30339234 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.018753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.307;QD=13.631;RBI=0.0483578;REFB=0.00199504;REVB=-0.0445736;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60135;STB=0.845463;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00123381;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:0:9:2:6:0:9 chr21 30341891 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00365869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.708;QD=51.5087;RBI=0.0340555;REFB=0.0689139;REVB=0.0338584;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000322374;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:1:0:11:15:1:0 chr21 30357163 . G T 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00872703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.638;QD=7.30346;RBI=0.0123745;REFB=-0.00375785;REVB=0.00877313;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135144;STB=0.591427;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0125107;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:9:6:21:20:9:6:22:20 chr21 30552839 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0297436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.849;QD=19.3697;RBI=0.0297441;REFB=-0.0053707;REVB=0.000168434;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.54616;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0027856;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:8:7:6:10:8:7 chr21 30552877 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0275734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.582;QD=17.7318;RBI=0.0326464;REFB=-0.0124026;REVB=0.0174784;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0170343;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:7:10:8:10:7:10:9:10 chr21 30714776 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0212831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.996;QD=16.8839;RBI=0.0300031;REFB=-0.0157;REVB=0.0211475;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.569527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0138652;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:8:9:6:9:8:9 chr21 30717151 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0041243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.179;QD=11.3237;RBI=0.0316867;REFB=0.00638345;REVB=-0.0314172;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144699;STB=0.583712;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0110169;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:16:25:11:12:16:25 chr21 30718201 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00970227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.238;QD=9.56964;RBI=0.0243566;REFB=-0.0138115;REVB=0.0223407;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0240517;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:9:6:3:5:9:6 chr21 30969901 . T C 446.44 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6002;QD=57.6051;RBI=0.016181;REFB=0;REVB=0.0156706;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013321;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr21 30970005 . C G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0189789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.162;QD=15.6189;RBI=0.0353053;REFB=-0.0341728;REVB=-0.0297702;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117513;STB=0.506768;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0254323;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:10:15:11:7:10:15 chr21 31062070 . T G 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0326721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8286;QD=15.9119;RBI=0.0375169;REFB=0.00222911;REVB=0.0184406;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265263;STB=0.649026;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00107517;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:12:25:12:18:12:25 chr21 31587793 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0190416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.617;QD=10.2403;RBI=0.0315722;REFB=-0.00973847;REVB=-0.0251837;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048854;STB=0.529354;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.020857;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:14:5:3:7:14:5 chr21 31655212 . A C 860.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.977;QD=57.343;RBI=0.00878524;REFB=0;REVB=-0.00831524;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31916e-06;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:27:33:0:0 chr21 31661691 . A G 658.99 PASS AF=0.977273;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00366497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.495;QD=59.9077;RBI=0.131102;REFB=0.0706908;REVB=0.13105;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00760156;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:44:1:1:39:43:0.977273:20:19:1:0:24:19:1:0 chr21 31768539 . G C 322.32 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00141267;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.148;QD=21.1356;RBI=0.0134787;REFB=-0.0181894;REVB=-0.0134044;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105076;STB=0.54697;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0160342;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:28:33:33:0.540984:23:10:12:17:23:10:11:17 chr21 31802768 . G A 231.44 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0343854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0245;QD=30.8585;RBI=0.038475;REFB=-5.73439e-05;REVB=-0.0172619;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432098;STB=0.523787;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000316487;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:10:11:4:5:10:11:4:5 chr21 31812772 . C A 220.63 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.011931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.391;QD=16.0457;RBI=0.0120492;REFB=-0.0303597;REVB=0.00168354;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167147;STB=0.518782;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0377384;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:14:10:13:17:15:10:13:17 chr21 31859677 . G A 239.87 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00432378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.345;QD=21.8067;RBI=0.0389568;REFB=-0.0136183;REVB=-0.0387161;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21338;STB=0.615905;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0159035;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:22:23:0.522727:11:11:5:15:12:11:5:16 chr21 31869286 . T C 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00781287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.012;QD=21.9192;RBI=0.0079013;REFB=-0.0231596;REVB=-0.00117887;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139306;STB=0.507688;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0127745;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:15:14:18:18:15:14 chr21 31913981 . AG A 725.91 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.825;QD=63.1228;RBI=0.0169014;REFB=0;REVB=-0.0146233;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.67565e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:46:46:46:0:25:21:0:0:4:0:25:19:0:0 chr21 31914000 . T A 757.45 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.009545;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.54;QD=55.0873;RBI=0.0169874;REFB=0.0139543;REVB=0.0140523;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-6.70821e-05;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:52:54:0.981818:26:26:1:0:27:27:1:0 chr21 31964916 . A C 122.11 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.014206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3639;QD=25.7077;RBI=0.0159154;REFB=0.0177765;REVB=-0.00717574;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162773;STB=0.540921;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00799446;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:4:6:13:13:0.684211:6:7:2:2:6:7:4:2 chr21 31973516 . T A 215.89 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000110283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.818;QD=15.15;RBI=0.0046501;REFB=-0.0174405;REVB=-0.00464879;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250873;STB=0.501423;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0327735;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:18:14:11:14:18:14 chr21 32119495 . C G 205.0 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0259154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.659;QD=16.3999;RBI=0.0259235;REFB=-0.00337219;REVB=-0.000648571;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949451;STB=0.563507;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00995932;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:11:10:16:12:11:10:17:12 chr21 32201969 . GA G 1136.73 PASS AF=1;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037319;FXX=0.0416623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3215;QD=49.4231;RBI=0.0523263;REFB=0;REVB=-0.0366788;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000857571;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:96:92:92:0:37:55:0:0:20:0:37:54:0:0 chr21 32493031 . A G 1581.43 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6947;QD=63.2573;RBI=0.0481352;REFB=0;REVB=-0.0383295;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890682;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:47:51:0:0:48:52:0:0 chr21 32499473 . A G 193.94 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.057158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8982;QD=32.3229;RBI=0.0575813;REFB=-0.0204917;REVB=-0.0069694;RO=6;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739473;STB=0.545403;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00984755;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:6:11:3:3:6:12:3:3 chr21 32638549 . CC AT 70.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0354645;FXX=0.0526039;HRUN=6;LEN=2;MLLD=269.368;QD=15.7429;RBI=0.0354646;REFB=-0.00717217;REVB=0.000102996;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372859;STB=0.713877;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.00664554;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:5:4:8:1:5:4:8:1 chr21 33368188 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.4;QD=59.4353;RBI=0.0267488;REFB=0;REVB=0.0218319;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47532e-05;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr21 33370900 . T C 542.68 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222038;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4056;QD=60.2979;RBI=0.0174435;REFB=0;REVB=0.0173016;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976279;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:1:0:36:36:1:11:25:1:0:11:25:0:0 chr21 33371123 . C T 104.44 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0257949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=10.1889;RBI=0.0509378;REFB=-0.0117106;REVB=-0.0439235;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014035;STB=0.531201;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0292049;OID=.;OPOS=33371123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:28:28:12:13:0.317073:5:7:16:12:5:8:16:12 chr21 33372749 . T C 1848.66 PASS AF=0.984252;AO=111;DP=119;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.74;QD=58.2255;RBI=0.0476875;REFB=-0.00320481;REVB=0.0202993;RO=1;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871089;STB=0.500315;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00165786;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:127:1:2:111:125:0.984252:54:57:0:1:65:60:1:1 chr21 33374318 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=62.6709;RBI=0.0279748;REFB=0;REVB=-0.014206;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86089e-05;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr21 33694224 . C G 191.8 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.139436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.4;QD=19.6716;RBI=0.141378;REFB=-0.016325;REVB=0.0233498;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.542122;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0161391;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:16:18:0.461538:7:9:9:10:8:10:9:10 chr21 33719695 . C T 176.18 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0139954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5237;QD=29.364;RBI=0.0510098;REFB=-0.0238321;REVB=0.0490523;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694714;STB=0.538417;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00331762;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:7:10:5:2:7:10:5:2 chr21 33726326 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00409718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5813;QD=21.9714;RBI=0.00592261;REFB=0.0149822;REVB=0.00427673;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424814;STB=0.523789;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0136418;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:12:9:11:12:12:9 chr21 33749533 . A C 327.26 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0218008;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.922;QD=26.181;RBI=0.023242;REFB=-0.0123386;REVB=0.0080569;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065679;STB=0.536059;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00648815;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:31:31:0.62:15:16:8:11:15:16:8:11 chr21 33755763 . G A 84.43 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0119176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9576;QD=10.5539;RBI=0.0530495;REFB=-0.002286;REVB=-0.0516935;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322244;STB=0.691975;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000714558;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:14:7:7:4:14:7 chr21 33840208 . A G 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0403059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.526;QD=20.8912;RBI=0.0403116;REFB=-0.0126374;REVB=-0.000679178;RO=27;SAF=5;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330539;STB=0.685964;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0139045;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:27:5:12:15:27:5:12:15 chr21 33887131 . G A 219.96 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0367238;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.93;QD=23.154;RBI=0.0449581;REFB=-0.0156307;REVB=0.0259343;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0115918;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:9:8:10:11:9:8 chr21 33951068 . T C 497.83 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0183596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.058;QD=18.1028;RBI=0.0202587;REFB=-0.00428995;REVB=0.00856399;RO=57;SAF=16;SAR=37;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237406;STB=0.513153;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00438647;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:37:16:16:41:37:16:16:41 chr21 33956579 . T C 161.58 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0540311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.106;QD=10.5955;RBI=0.0586733;REFB=-0.0121702;REVB=0.0228733;RO=40;SAF=1;SAR=20;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576544;STB=0.855799;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0358023;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:20:1:13:27:20:1:13:27 chr21 34003928 . A AAGTATT 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0083171;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=308.724;QD=17.5442;RBI=0.00989745;REFB=0.00082138;REVB=-0.00536519;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=ins;VARB=-0.000839148;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:15:32:15:31:16:9:6:7:9:99:17:9:6:8:9 chr21 34014192 . G A 224.21 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0121465;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.626;QD=25.6239;RBI=0.0170839;REFB=-0.0177796;REVB=-0.0120134;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736264;STB=0.529384;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0135828;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:14:21:21:0.6:12:9:5:10:12:9:5:9 chr21 34014283 . C A 281.66 PASS AF=0.625;AO=23;DP=38;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0108062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.235;QD=28.1663;RBI=0.0111235;REFB=-0.00110915;REVB=0.0026378;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104034;STB=0.569666;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000688853;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:15:15:23:25:0.625:12:11:5:10:12:13:5:10 chr21 34059352 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00623971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.401;QD=16.4439;RBI=0.00829029;REFB=-0.0157967;REVB=0.00545847;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137497;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0206494;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:13:14:13:7:13:14 chr21 34163742 . A G 790.36 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457808;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.775;QD=55.4642;RBI=0.0479394;REFB=-0.0732469;REVB=0.0142234;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00101179;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr21 34166190 . A T 805.39 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8238;QD=55.5442;RBI=0.0576447;REFB=0.0114777;REVB=-0.0536796;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106528;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:58:1:0:56:58:1:22:34:0:1:23:35:0:0 chr21 34166343 . C T 787.96 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8193;QD=57.3058;RBI=0.105039;REFB=0;REVB=0.0927124;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171207;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:27:22:0:0:33:22:0:0 chr21 34169315 . TGC GCT,TGCT 481.68 PASS AF=0,1;AO=2,28;DP=38;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279842,0.0088348;FXX=0.0285633;HRUN=3,0;LEN=3,1;MLLD=86.9362,107.303;QD=56.6687;RBI=0.0388192,0.0110068;REFB=0,0;REVB=-0.0387182,0.00656484;RO=5;SAF=1,8;SAR=1,20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967026,-0.102447;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0063254;OID=.,.;OPOS=34169315,34169318;OREF=TGC,-;OALT=GCT,T;OMAPALT=GCT,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:38:34:5:0:2,28:0,34:0,1:1,20:1,8:3:2:0,22:0,12:0:0 chr21 34614250 . T C 156.1 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0573335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9987;QD=18.9209;RBI=0.0879995;REFB=-0.00659647;REVB=-0.0667591;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176662;STB=0.601846;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00450165;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:15:15:0.454545:4:11:9:7:4:11:9:7 chr21 34614255 . T G 483.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.027;QD=58.6624;RBI=0.0435585;REFB=0;REVB=0.0123673;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285423;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr21 34634878 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.436;QD=33.4282;RBI=0.0369469;REFB=0;REVB=0.0339453;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678459;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr21 34640787 . C CG 471.59 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572386;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.834;QD=43.8688;RBI=0.0591085;REFB=0;REVB=0.0147497;RO=39;SAF=2;SAR=3;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000168331;OID=.;OPOS=34640788;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:43:43:0:21:22:0:0:9:39:2:3:19:20 chr21 34640788 . A G 534.17 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.019702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.954;QD=49.6901;RBI=0.0198874;REFB=-0.0981449;REVB=-0.00270913;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216885;STB=0.511622;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.001613;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:19:19:2:3:19:19:2:3 chr21 34666376 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1597;QD=55.0957;RBI=0.060038;REFB=0;REVB=-0.0446511;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155554;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr21 34668747 . A G 306.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4543;QD=53.33;RBI=0.0528023;REFB=0;REVB=0.0307846;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206498;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr21 34715699 . G C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4875;QD=57.0001;RBI=0.0274645;REFB=0;REVB=0.0213602;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441297;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr21 34787312 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.726;QD=64.4149;RBI=0.0191909;REFB=0;REVB=0.0112503;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00302e-05;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr21 34821570 . G A 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.401;QD=47.8134;RBI=0.0276104;REFB=-0.0297987;REVB=0.00224338;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516114;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00342621;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:6:15:0:0:6:15:1:0 chr21 34822150 . T A 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9768;QD=58.1304;RBI=0.0896338;REFB=0;REVB=0.0326872;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235475;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr21 34822452 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.354;QD=42.1786;RBI=0.0507265;REFB=0;REVB=0.0270378;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101864;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 34897113 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.131;QD=59.3226;RBI=0.00888765;REFB=0;REVB=0.00779079;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00304e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:49:19:0:0:49:19:0:0 chr21 34925142 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.326;QD=55.6548;RBI=0.0466035;REFB=0;REVB=-0.0432476;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251842;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr21 34926260 . C T 955.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.42;QD=58.7739;RBI=0.0149659;REFB=0;REVB=-0.0112062;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60593e-06;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr21 34939590 . T A 34.99 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=46;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0593552;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.1333;QD=2.9156;RBI=0.0647993;REFB=-0.00746022;REVB=-0.0259981;RO=31;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623315;STB=0.906528;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.110913;OID=.;OPOS=34939590;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:48:31:40:9:8:0.166667:1:8:11:20:1:7:13:27 chr21 34948684 . G A,GA 1158.81 PASS AF=0,1;AO=3,74;DP=80;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301445,0.137209;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.49159,25.9437;QD=57.9407;RBI=0.0336383,0.137216;REFB=0,0;REVB=-0.0149279,-0.00131672;RO=2;SAF=2,27;SAR=1,47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111102,-0.00723927;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00200845;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:80:80:2:0:3,74:0,80:0,1:1,47:2,27:1:1:0,49:0,31:0:0 chr21 34948696 . GA G 1088.9 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538729;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=59.6659;RBI=0.0570783;REFB=0;REVB=-0.0188583;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000417077;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:76:73:73:0:30:43:0:0:6:0:30:43:0:0 chr21 34951753 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0104357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.424;QD=16.5274;RBI=0.0117572;REFB=-0.0149368;REVB=-0.00541543;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105931;STB=0.505978;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0177748;OID=.;OPOS=34951753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:8:17:20:9:8:17:20:9 chr21 35230987 . T C 174.04 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0214124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.62;QD=19.3374;RBI=0.104903;REFB=-0.0120335;REVB=0.102695;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.528271;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0211395;OID=.;OPOS=35230987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:10:8:7:10:10:8:7:11 chr21 35237608 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.899;QD=46.8475;RBI=0.0754772;REFB=0;REVB=0.0169669;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712818;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr21 35239562 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00833466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.751;QD=17.064;RBI=0.0093646;REFB=-0.019502;REVB=0.00426957;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197017;STB=0.610095;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.020267;OID=.;OPOS=35239562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:9:22:14:14:9:22 chr21 35260481 . T C 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0218066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.158;QD=15.6516;RBI=0.0260298;REFB=0.00239342;REVB=0.0142135;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484598;STB=0.527376;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00335192;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:12:20:15:11:12:20 chr21 35275955 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.526;QD=53.2769;RBI=0.050629;REFB=0;REVB=0.0294743;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84053e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr21 35281393 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.57;QD=57.0004;RBI=0.0235265;REFB=0;REVB=-0.0042118;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99195e-05;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:14:40:0:0:14:40:0:0 chr21 35286740 . A G 69.23 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.181459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.165;QD=17.3068;RBI=0.181915;REFB=-0.0259394;REVB=0.0128759;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0535729;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr21 35291543 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.050566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.471;QD=16.4261;RBI=0.0549978;REFB=-0.0267749;REVB=-0.0216297;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0400967;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:7:4:3:8:7:4 chr21 35467645 . A G 1362.59 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.639;QD=61.24;RBI=0.0196088;REFB=-0.068814;REVB=-0.0031179;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000311789;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:41:47:1:0:41:47:1:0 chr21 35469193 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.255;QD=33.4282;RBI=0.052143;REFB=0;REVB=-0.0469121;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727367;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr21 35469708 . G A,GA,GAA 334.04 PASS AF=0,1,0;AO=3,34,7;DP=51;FAO=0,49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415978,0.0119207,-0.00140829;FXX=0.019996;HRUN=4,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=13.1289,9.02805,8.49975;QD=27.2686;RBI=0.0848317,0.0899127,0.0483523;REFB=-0.000254357,0.0141013,0.0100722;REVB=-0.0739326,-0.0891189,-0.0483318;RO=5;SAF=1,13,1;SAR=2,21,6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.247694,-0.0541444,-0.413035;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00635118,-0.000497423,-0.052932;OID=.,.,.;OPOS=35469708,35469709,35469709;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:51:49:5:0:3,34,7:0,49,0:0,1,0:2,21,6:1,13,1:3:2:0,30,0:0,19,0:0:0 chr21 35469726 . G GT,T 764.08 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=50;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721888,-0.00940003;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.4763,229.999;QD=62.3739;RBI=0.0746916,0.0338741;REFB=0,0;REVB=-0.0191734,-0.0325437;RO=2;SAF=19,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0347865,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00288958,0;OID=.,.;OPOS=35469727,35469726;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:2:0:45,2:49,0:1,0:26,2:19,0:0:2:29,0:20,0:0:0 chr21 35469852 . C A 509.46 PASS AF=0.923077;AO=37;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0142485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8471;QD=52.252;RBI=0.015692;REFB=-0.0201817;REVB=-0.00657408;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467732;STB=0.53844;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00785661;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:2:3:37:36:0.923077:19:18:0:2:18:18:0:3 chr21 35470042 . G T 441.64 PASS AF=1;AO=17;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.443;QD=56.9858;RBI=0.0342377;REFB=0;REVB=-0.0121414;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934208;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:17:31:1:10:7:0:0:20:11:0:0 chr21 35470210 . T G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.325;QD=55.0099;RBI=0.0157504;REFB=0.0478059;REVB=0.0155501;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000154208;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr21 35470213 . C A 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00845363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1507;QD=54.4753;RBI=0.0537722;REFB=-0.0872837;REVB=-0.0531035;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00123262;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr21 35471815 . T C 671.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.584;QD=62.4266;RBI=0.0513002;REFB=0;REVB=0.0467476;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200998;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr21 35474410 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.489;QD=53.2761;RBI=0.0174502;REFB=0;REVB=0.0169257;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30492e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr21 35773137 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5192;QD=60.976;RBI=0.0594226;REFB=0;REVB=0.04503;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728228;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr21 35821821 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.027;QD=57.2022;RBI=0.0271178;REFB=0;REVB=0.00400193;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8135e-05;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr21 35893737 . T C 160.26 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0480938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1835;QD=18.3149;RBI=0.0512538;REFB=-0.0153001;REVB=-0.0177183;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0162973;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:11:7:5:12:11:7 chr21 36042203 . G C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8434;QD=40.7567;RBI=0.0604611;REFB=0;REVB=0.036715;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513993;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr21 37429679 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8694;QD=35.5759;RBI=0.0533931;REFB=0;REVB=-0.0495491;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00462561;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr21 37443480 . T G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0315747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.674;QD=19.0006;RBI=0.0315905;REFB=-0.0267103;REVB=-0.0010003;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170902;STB=0.597581;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0206132;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:8:9:12:5:8:9 chr21 37507745 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00445044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.953;QD=21.0648;RBI=0.00484439;REFB=-0.000596325;REVB=0.00191358;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562216;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:13:11:11:13:13:11 chr21 37518706 . G A 55.65 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.011512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.612;QD=7.95007;RBI=0.0133964;REFB=-0.012748;REVB=-0.00685114;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273982;STB=0.691801;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0182238;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:9:10:6:2:10:10 chr21 37617630 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.738;QD=42.1826;RBI=0.0448005;REFB=0;REVB=0.0115829;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055064;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr21 37617724 . C A 81.12 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0198329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.418;QD=18.0261;RBI=0.0201309;REFB=-0.0360447;REVB=-0.00345086;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139199;STB=0.775174;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0327164;OID=.;OPOS=37617724;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:5:8:10:10:0.555556:9:1:1:4:9:1:4:4 chr21 37661405 . G A 156.94 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0185793;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.744;QD=10.6403;RBI=0.029137;REFB=-0.0132367;REVB=-0.0224449;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289428;STB=0.680567;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0170537;OID=.;OPOS=37661405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:38:20:20:0.338983:7:13:12:20:7:13:14:24 chr21 38081577 . C G 75.21 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.726;QD=37.6043;RBI=0.121253;REFB=0;REVB=0.0643853;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220735;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:2:4:0:0:3:5:0:0 chr21 38117308 . C A 71.8 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0157018;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.182;QD=16.8936;RBI=0.0394908;REFB=-0.0269424;REVB=-0.0362351;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0203895;OID=.;OPOS=38117308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr21 38118089 . G C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0283075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.041;QD=13.8496;RBI=0.0357841;REFB=-0.00225169;REVB=-0.0218904;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127805;STB=0.574375;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00315703;OID=.;OPOS=38118089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:11:14:7:9:11:14 chr21 38311188 . GC G 214.02 PASS AF=0.404255;AO=35;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0579486;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5267;QD=9.10739;RBI=0.0581111;REFB=0.0203706;REVB=-0.00434218;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0.218415;SSEP=0;SSSB=0.258588;STB=0.648174;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=-0.0250381;OID=.;OPOS=38311189;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:35:95:38:94:56:25:13:23:33:99:46:22:13:17:29 chr21 38444863 . C T 842.53 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0464036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.399;QD=54.3568;RBI=0.0472287;REFB=-0.0668715;REVB=0.00878976;RO=2;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028583;STB=0.515146;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00113155;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:32:28:0:2:32:28:0:2 chr21 38444881 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.023761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.957;QD=18.8282;RBI=0.0341714;REFB=-0.0125644;REVB=-0.0245581;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166684;STB=0.5185;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.014444;OID=.;OPOS=38444881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:7:14:13:7:7:15 chr21 38495269 . GA AT,GAT 699.61 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,41;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0993806,-0.205413;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=111.235,28.0999;QD=59.5411;RBI=0.100013,0.225791;REFB=0,0;REVB=-0.0112264,0.0937405;RO=1;SAF=1,12;SAR=1,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0374922;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00804711,-0.00619914;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:1:0:2,41:2,45:0.0425532,0.957447:1,29:1,12:1:0:1,29:1,16:0:0 chr21 38512956 . A G 611.46 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.229;QD=61.146;RBI=0.00784335;REFB=0;REVB=0.00310788;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56482e-06;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr21 38525355 . A AC 658.45 PASS AF=1;AO=10;DP=87;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682693;FXX=0.0595167;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.5331;QD=33.3395;RBI=0.0149056;REFB=0;REVB=0.0132503;RO=76;SAF=8;SAR=2;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000185214;OID=.;OPOS=38525356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:87:79:79:0:46:33:0:0:5:76:8:2:43:33 chr21 38525356 . T A,C 1192.77 PASS AF=0.108434,0.879518;AO=9,73;DP=83;FAO=9,73;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=7,40;FSAR=2,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252103,-0.00208534;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.883,89.7417;QD=57.4828;RBI=0.0254535,0.0207189;REFB=-0.0720858,-0.0994944;REVB=-0.00351019,0.0206137;RO=1;SAF=7,40;SAR=2,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593592,-0.0116794;STB=0.533262,0.506171;STBP=0.657,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.228926,0.00101778;OID=.,.;OPOS=38525356,38525356;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:83:83:1:1:9,73:9,73:0.108434,0.879518:2,33:7,40:1:0:2,33:7,40:1:0 chr21 38532058 . TG T 781.17 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529949;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.5805;QD=48.072;RBI=0.0553676;REFB=0;REVB=0.0160348;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00146706;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:66:65:65:0:37:28:0:0:14:0:37:28:0:0 chr21 38532068 . G GA 707.83 PASS AF=1;AO=57;DP=64;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141526;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.191;QD=48.8159;RBI=0.202055;REFB=0;REVB=0.14421;RO=7;SAF=31;SAR=26;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00669283;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:64:58:58:0:32:26:0:0:12:7:31:26:7:0 chr21 38539844 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00214641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.633;QD=11.1041;RBI=0.00778448;REFB=-0.000745964;REVB=-0.00748272;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00118147;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:2:8:6:1:2:8 chr21 38563725 . G A 123.06 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0118009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8124;QD=8.78974;RBI=0.0142601;REFB=0.00919973;REVB=-0.00800554;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277777;STB=0.639016;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0204589;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:39:16:17:0.303571:6:10:15:24:7:10:15:24 chr21 38568009 . G C 955.19 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9206;QD=58.7806;RBI=0.0283334;REFB=0;REVB=-0.0238364;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14366e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:30:35:0:0 chr21 38568308 . C T 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1995;QD=50.4066;RBI=0.0440675;REFB=0;REVB=-0.0304803;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152639;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr21 38587916 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0228222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7339;QD=21.9716;RBI=0.0590432;REFB=-0.0106073;REVB=0.054454;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834341;STB=0.54668;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0163615;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:8:13:12:11:8:13 chr21 38885442 . A G 205.76 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00597114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.37;QD=17.5113;RBI=0.0376347;REFB=-0.00299931;REVB=-0.037158;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495945;STB=0.539839;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00220659;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:9:11:13:13:9:12:13:13 chr21 38997701 . G A 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0193738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.243;QD=13.4157;RBI=0.0218216;REFB=0.0028138;REVB=-0.0100417;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314453;STB=0.679856;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00620953;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:17:8:23:14:17:8:23:14 chr21 39086965 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0222233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.701;QD=17.4015;RBI=0.0233265;REFB=-0.0186999;REVB=0.00708865;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443113;STB=0.740356;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0165225;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:3:10:3:9:3:10:4:9 chr21 39213020 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00867223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=14.1388;RBI=0.0315627;REFB=-0.0207082;REVB=-0.0303479;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203328;STB=0.617488;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0202685;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:6:14:7:7:6:14 chr21 39325234 . C T 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000856172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4292;QD=22.7208;RBI=0.00366342;REFB=-0.0189845;REVB=0.00356197;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113075;STB=0.562459;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0281602;OID=.;OPOS=39325234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:13:18:10:13:13:18:10:13 chr21 39528455 . A T 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0209251;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.76;QD=16.5731;RBI=0.0216015;REFB=-0.00133845;REVB=0.00536308;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156462;STB=0.589653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00149215;OID=.;OPOS=39528455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:15:12:12:8:15:12 chr21 39671447 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0310701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.148;QD=17.6719;RBI=0.0318259;REFB=-0.00851837;REVB=-0.00689471;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356671;STB=0.519987;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0091052;OID=.;OPOS=39671447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:18:14:12:18:18:14 chr21 39671476 . G A 278.33 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0102283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.675;QD=21.4098;RBI=0.0135857;REFB=-0.0135156;REVB=0.00894169;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115862;STB=0.557126;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0132273;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:11:17:17:6:11:18:17:6 chr21 39672624 . C G 481.47 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.802;QD=58.3596;RBI=0.0193355;REFB=0;REVB=0.0168496;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146527;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr21 39673219 . G A 267.45 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0293855;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.369;QD=18.1321;RBI=0.0300374;REFB=-0.00134243;REVB=0.00622395;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760813;STB=0.542561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00134193;OID=.;OPOS=39673219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:13:17:14:15:13:17 chr21 39673299 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0312403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.122;QD=17.3213;RBI=0.0351766;REFB=-0.0204158;REVB=-0.0161689;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132974;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0218967;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:6:11:8:8:7:11 chr21 39870310 . G A 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.036;QD=51.1673;RBI=0.0126048;REFB=0;REVB=0.0115121;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48145e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr21 40195164 . ATTTTC ATTTC,ATTTCT 90.42 PASS AF=0.184211,0.144737;AO=15,5;DP=76;FAO=14,11;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12,11;FSAR=2,0;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.170978,-0.144323;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.9584,23.6597;QD=4.75915;RBI=0.180143,0.153459;REFB=-0.0214598,0.00459742;REVB=0.056727,0.0521579;RO=43;SAF=13,5;SAR=2,0;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.62745,0.679561;STB=0.86036,0.999092;STBP=0.006,0;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00954466,-0.217726;OID=.,.;OPOS=40195165,40195168;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211,0.144737:15,5:76:14,11:76:51:12,11:2,0:20:31:36:43:13,5:2,0:14:29 chr21 40195277 . T A 1951.82 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9482;QD=61.9627;RBI=0.0807231;REFB=0;REVB=0.0504136;RO=0;SAF=36;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602821;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:90:36:0:0:90:36:0:0 chr21 40552307 . A G 384.15 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0415664;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.391;QD=19.9559;RBI=0.0425918;REFB=-0.00717487;REVB=0.00928935;RO=38;SAF=12;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1606;STB=0.589472;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00708674;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:27:12:18:20:27:12:18:20 chr21 40571246 . A G 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00175654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.289;QD=18.0068;RBI=0.0130152;REFB=-0.002116;REVB=0.0128961;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118023;STB=0.565872;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00286583;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:17:24:17:20:17:24 chr21 40574305 . A G 279.78 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0160599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.287;QD=18.0502;RBI=0.0163968;REFB=-0.00905119;REVB=-0.00330654;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119298;STB=0.564812;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00566836;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:30:31:0.5:17:13:17:13:18:13:17:14 chr21 40584598 . C T 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.032463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0121;QD=21.1278;RBI=0.0461407;REFB=-0.0230224;REVB=-0.032789;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103525;STB=0.558087;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0206923;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:13:8:11:11:13:8 chr21 40670460 . G C 549.23 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0123782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.498;QD=29.2924;RBI=0.0151714;REFB=6.31142e-05;REVB=-0.00877215;RO=26;SAF=21;SAR=28;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238539;STB=0.629162;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000130063;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:28:21:21:5:28:21:21:5 chr21 40686020 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0214745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.012;QD=16.0718;RBI=0.0215269;REFB=-0.0106221;REVB=-0.00150118;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379717;STB=0.521373;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0114118;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:23:12:11:18:23:12 chr21 40686078 . G C 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0352426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.167;QD=16.2782;RBI=0.0353821;REFB=-0.0205848;REVB=-0.00313881;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188785;STB=0.605664;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0186772;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:24:9:13:15:24:9 chr21 40686212 . C G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0177243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.618;QD=24.1068;RBI=0.0179521;REFB=-0.0239501;REVB=-0.00285136;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231558;STB=0.622054;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0159347;OID=.;OPOS=40686212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:19:5:8:10:19:5:8:11 chr21 40686327 . T C 244.87 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0309175;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.395;QD=22.7788;RBI=0.0363538;REFB=-0.0129131;REVB=0.0191235;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392888;STB=0.721397;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00573453;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:13:7:18:5:13:7 chr21 40823981 . G A 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.935;QD=58.2305;RBI=0.0228174;REFB=0;REVB=0.0216242;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16742e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr21 40871810 . T C 145.57 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0209782;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6587;QD=10.7827;RBI=0.0257028;REFB=-0.0288265;REVB=0.014851;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501318;STB=0.54094;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0664048;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:35:18:19:0.351852:6:12:20:12:7:12:20:15 chr21 40883671 . G A,GAGA 133.22 PASS AF=0.0444444,0.311111;AO=2,14;DP=46;FAO=2,14;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,7;FSAR=2,7;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00562197,-0.030307;FXX=0.0217344;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=53.3882,193.709;QD=11.8422;RBI=0.021642,0.0430868;REFB=-0.00461729,-0.0251135;REVB=-0.0208991,-0.0306261;RO=30;SAF=0,7;SAR=2,7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613854,-0.309962;STB=0.997106,0.6742;STBP=0.037,0.144;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0351851,0.0580828;OID=.,.;OPOS=40883671,40883672;OREF=G,-;OALT=A,AGA;OMAPALT=A,GAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:45:30:29:2,14:2,14:0.0444444,0.311111:2,7:0,7:23:7:2,7:0,7:22:7 chr21 40969826 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.486;QD=57.3858;RBI=0.0308922;REFB=0;REVB=0.0255093;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53859e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr21 41032740 . T C 199.71 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00443475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.653;QD=36.311;RBI=0.0264508;REFB=0.0105652;REVB=0.0260764;RO=4;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875116;STB=0.548137;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000864702;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:5:13:2:2:5:13:2:2 chr21 41032804 . G A 378.85 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00515893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6184;QD=29.1425;RBI=0.0523854;REFB=-0.0349842;REVB=0.0521308;RO=17;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135726;STB=0.576878;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0110427;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:17:34:35:0.673077:11:23:8:9:11:24:8:9 chr21 41034215 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0146175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.814;QD=21.13;RBI=0.0377256;REFB=-0.0283234;REVB=-0.0347786;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610948;STB=0.53441;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.021737;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:13:8:7:15:13:8 chr21 41137499 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0056506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.047;QD=19.9927;RBI=0.00699753;REFB=-0.00737303;REVB=0.00412749;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254714;STB=0.642735;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00520097;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:17:6:12:10:17:6 chr21 41137507 . G C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6968;QD=61.6752;RBI=0.0617832;REFB=0;REVB=-0.0463349;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999615;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr21 41165462 . C A 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00401963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.342;QD=32.8033;RBI=0.0174128;REFB=-0.0204465;REVB=-0.0169425;RO=9;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174599;STB=0.595605;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0061072;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:10:13:2:7:10:13:2:7 chr21 41297992 . C T 499.51 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.061822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9023;QD=21.9565;RBI=0.065229;REFB=-0.00761265;REVB=0.0208053;RO=43;SAF=20;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605252;STB=0.53332;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0177928;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:28:20:15:28:28:20:15:28 chr21 41416066 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.356;QD=64.1539;RBI=0.0105206;REFB=0;REVB=-0.00973948;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03861e-05;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr21 41434841 . T C 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3651;QD=57.8334;RBI=0.0300059;REFB=-0.051965;REVB=-0.00696158;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000335546;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:0:1:38:31:0:1 chr21 41447058 . G C 753.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7898;QD=62.8195;RBI=0.0413536;REFB=0;REVB=-0.005993;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103479;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr21 41885146 . C A 98.35 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0628996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.207;QD=26.2264;RBI=0.0842218;REFB=-0.0965601;REVB=0.0560086;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175933;STB=0.604744;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0494273;OID=.;OPOS=41885146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:14:15:4:4:10:11:0.733333:4:6:1:3:4:7:1:3 chr21 42556885 . A G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0526013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.811;QD=23.7577;RBI=0.0527457;REFB=0.0108585;REVB=0.0039005;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171175;STB=0.595395;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0078778;OID=.;OPOS=42556885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:13:9:16:10:13:9 chr21 42622786 . C T 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0103859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.548;QD=23.9623;RBI=0.0160273;REFB=-0.0144846;REVB=-0.0122068;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0132496;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:9:9:11:12:9:9 chr21 42717662 . T A,C 674.51 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146117,0.00675723;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.4075,116.854;QD=61.319;RBI=0.0157674,0.0525185;REFB=0,0;REVB=-0.00592512,0.052082;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.98888e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.103737,-0.000793917;OID=.,.;OPOS=42717662,42717662;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:2,17:0,25:0:0:2,17:0,25:0:0 chr21 42775555 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0499;QD=44.6892;RBI=0.0592951;REFB=0;REVB=-0.00795649;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223642;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr21 42817930 . G A 216.95 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.012333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.802;QD=15.4967;RBI=0.0126648;REFB=-0.00674115;REVB=0.00288031;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115662;STB=0.540509;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00509135;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:24:25:0.446429:8:16:23:7:8:17:23:8 chr21 42824661 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00487408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.801;QD=17.0892;RBI=0.035326;REFB=0.00329071;REVB=-0.0349881;RO=28;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420624;STB=0.739289;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00422773;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:20:5:17:11:20:5:17:11 chr21 42848560 . CAG C 35.12 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0111317;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.81;QD=8.26319;RBI=0.0112798;REFB=-0.00155914;REVB=-0.00182189;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.00288664;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:2:4:5:6:35:10:2:4:4:6 chr21 42911231 . C T 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0115753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.961;QD=15.6215;RBI=0.0121392;REFB=-0.00170162;REVB=0.0036568;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135953;STB=0.568647;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00257755;OID=.;OPOS=42911231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:13:13:7:12:14:13 chr21 43161022 . C T 486.88 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378638;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.26;QD=59.0156;RBI=0.0690585;REFB=0;REVB=0.0577531;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94891e-05;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr21 43161357 . T C 207.42 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.118;QD=48.8057;RBI=0.0955203;REFB=0;REVB=0.0645191;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134836;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:11:6:0:0 chr21 43161805 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.816;QD=62.6711;RBI=0.0390061;REFB=0;REVB=0.0359627;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137038;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr21 43161877 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.627;QD=60.2295;RBI=0.0777819;REFB=0;REVB=0.00432601;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355826;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr21 43162150 . G A 1102.06 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343478;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.494;QD=60.3866;RBI=0.0240963;REFB=0;REVB=0.0238503;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67392e-05;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr21 43164232 . C A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.938;QD=39.2066;RBI=0.085078;REFB=0;REVB=0.0533155;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216947;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 43218520 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00818441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.108;QD=23.598;RBI=0.00865104;REFB=-0.008637;REVB=-0.00280285;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242181;STB=0.513503;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00729361;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:9:12:15:10:9:12 chr21 43218807 . C T 211.65 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0844915;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9855;QD=15.6777;RBI=0.0852355;REFB=-0.00973425;REVB=0.0112372;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155806;STB=0.596252;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0137143;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:30:24:24:0.444444:11:13:11:18:11:13:11:19 chr21 43219728 . A T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0289785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.263;QD=13.8493;RBI=0.0297663;REFB=0.00780803;REVB=-0.00680288;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127805;STB=0.574375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00789918;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:14:11:9:7:14:11 chr21 43220380 . C A 171.1 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0026777;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.547;QD=10.5291;RBI=0.00814415;REFB=0.0100925;REVB=0.00769137;RO=41;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258671;STB=0.668496;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0148307;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:43:22:22:0.338462:6:16:21:20:6:16:21:22 chr21 43221483 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.803;QD=47.8224;RBI=0.0132051;REFB=0;REVB=0.00333187;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36931e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr21 43221826 . T C 70.79 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0543956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.39;QD=17.697;RBI=0.0671369;REFB=0.0390247;REVB=-0.0393507;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0433528;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:8:9:0.5625:4:4:3:3:4:5:4:3 chr21 43239972 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.828;QD=51.1845;RBI=0.0381294;REFB=0;REVB=-0.0331583;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14239e-05;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr21 43243585 . A G 632.43 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0214316;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0588;QD=19.4595;RBI=0.048877;REFB=-0.0456596;REVB=-0.0439278;RO=64;SAF=29;SAR=35;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286617;STB=0.50704;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0260933;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:64:66:64:64:0.492308:35:29:27:37:35:29:29:37 chr21 43256252 . C T 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000691299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.31;QD=18.2889;RBI=0.00108939;REFB=-0.0235346;REVB=0.000841946;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.508766;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0259029;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:15:18:18:14:15:18 chr21 43267260 . C T 339.83 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0325982;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.33;QD=23.0393;RBI=0.0346157;REFB=-0.0068995;REVB=0.0116451;RO=25;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777609;STB=0.542891;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00527045;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:13:21:13:12:13:21:13:12 chr21 43315057 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.318;QD=51.915;RBI=0.0717959;REFB=0;REVB=0.0232311;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680843;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:20:1:0:0:20:1:0:0 chr21 43327117 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00526169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.382;QD=10.3792;RBI=0.0124855;REFB=0.00214161;REVB=-0.0113226;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00430948;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:6:10:5:4:6:10 chr21 43327793 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00372661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.32;QD=20.0315;RBI=0.016918;REFB=-0.0278618;REVB=0.0165025;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0234666;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:15:9:12:13:15:9:13:13 chr21 43327856 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0428709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.299;QD=14.7421;RBI=0.0429588;REFB=0.0132656;REVB=-0.00274718;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231386;STB=0.633456;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0395872;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:9:16:7:10:9:16 chr21 43408317 . T TAAAGA 298.75 PASS AF=1;AO=18;DP=28;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01621;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=5;MLLD=229.615;QD=51.957;RBI=0.0273826;REFB=0;REVB=-0.022069;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00130628;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:28:23:23:0:12:11:0:0:4:4:10:8:4:0 chr21 43410485 . A G 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0457352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3875;QD=19.4195;RBI=0.0532577;REFB=0.00972088;REVB=0.0272887;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135407;STB=0.575171;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00707098;OID=.;OPOS=43410485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:8:19:16:13:8:19 chr21 43413731 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.874;QD=63.5829;RBI=0.0108306;REFB=0;REVB=0.00990719;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33553e-06;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr21 43504228 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.644;QD=61.684;RBI=0.0190893;REFB=0;REVB=0.00424305;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58777e-05;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr21 43505436 . G A 1207.6 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.476;QD=59.6345;RBI=0.0119209;REFB=-0.0777829;REVB=-0.00561528;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000520073;OID=.;OPOS=43505436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:0:1:41:39:0:1 chr21 43531008 . T C 1094.55 PASS AF=1;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610673;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.531;QD=59.9754;RBI=0.0706443;REFB=0;REVB=0.0355163;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57177e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:73:0:0:72:73:1:23:49:0:0:24:49:0:0 chr21 43531553 . A C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00761052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.978;QD=18.8286;RBI=0.0166579;REFB=-0.0218583;REVB=-0.0148177;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107847;STB=0.547572;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0247269;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:10:10:8:13:10:10:9:13 chr21 43531632 . T C 754.58 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.733;QD=56.9494;RBI=0.0761483;REFB=0;REVB=-0.0712817;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344697;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:48:53:1:23:25:0:0:26:27:0:0 chr21 43531808 . A C 56.73 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.090366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4978;QD=16.2073;RBI=0.0966146;REFB=-0.0330781;REVB=-0.0341813;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0644549;OID=.;OPOS=43531808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:5:6:5:5:0.357143:2:3:3:2:2:3:4:2 chr21 43547165 . G A 174.16 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00183288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.045;QD=11.8076;RBI=0.00351761;REFB=0.00245427;REVB=-0.00300236;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203895;STB=0.596126;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00234566;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:37:21:22:0.372881:7:14:18:19:8:14:18:19 chr21 43547788 . T C 267.56 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0109417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.987;QD=20.1935;RBI=0.0217561;REFB=-0.0207106;REVB=-0.0188045;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100975;STB=0.505491;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.022013;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:12:16:14:10:12:16:14:11 chr21 43547873 . G A 570.02 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0120513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.324;QD=22.801;RBI=0.0120523;REFB=0.0148248;REVB=0.000152326;RO=47;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695027;STB=0.538244;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0152829;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:25:28:21:26:25:28:21:26 chr21 43557559 . T A 456.64 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00447193;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3522;QD=23.7214;RBI=0.051052;REFB=-0.0242154;REVB=0.0508557;RO=32;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720156;STB=0.545434;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0254793;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:32:33:44:44:0.571429:22:22:19:13:22:22:20:13 chr21 43641347 . G A 529.16 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00701743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.486;QD=19.4187;RBI=0.00707947;REFB=0.00764145;REVB=0.000935183;RO=54;SAF=20;SAR=35;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191834;STB=0.606073;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00596775;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:35:20:31:23:35:20:31:23 chr21 43708280 . G A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00848246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.955;QD=15.1725;RBI=0.00958092;REFB=-0.00299237;REVB=0.00445443;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.696913;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00350444;OID=.;OPOS=43708280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:13:11:13:4:13:11 chr21 43786606 . G A 65.08 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0279754;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.956;QD=10.0119;RBI=0.0303864;REFB=-0.0123518;REVB=0.0118622;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.594378;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0204327;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:17:17:8:9:0.346154:3:5:9:8:3:6:9:8 chr21 43824106 . A G 778.57 PASS AF=0.532374;AO=68;DP=135;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0276789;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.517;QD=22.4049;RBI=0.0309525;REFB=-0.0324724;REVB=0.0138542;RO=66;SAF=23;SAR=45;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192303;STB=0.576581;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.028606;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:66:65:68:74:0.532374:45:23:36:30:46:28:35:30 chr21 43824123 . G C 687.23 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00497071;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.985;QD=23.4951;RBI=0.0140701;REFB=-0.0350009;REVB=-0.0131629;RO=52;SAF=25;SAR=41;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213252;STB=0.506171;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0252064;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:52:51:66:66:0.564103:41:25:21:31:41:25:20:31 chr21 43824136 . C T 482.74 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0602444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1786;QD=18.5668;RBI=0.0934104;REFB=-0.00817649;REVB=0.0713871;RO=53;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051353;STB=0.528412;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0092585;OID=.;OPOS=43824136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:31:20:18:35:31:20:18:35 chr21 43855067 . A C 331.46 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0141673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.421;QD=18.6736;RBI=0.0151216;REFB=-0.0112423;REVB=-0.00528702;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760118;STB=0.542471;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0244316;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:11:24:22:14:11:24:22:14 chr21 43863521 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0587268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3382;QD=13.4854;RBI=0.0587486;REFB=0.0350654;REVB=-0.00160221;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0232512;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr21 43985955 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.414;QD=53.9112;RBI=0.00614889;REFB=0;REVB=0.00497625;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98743e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr21 44000435 . TC AG 111.79 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0246962;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.296;QD=13.9732;RBI=0.0371375;REFB=-0.00112196;REVB=0.0277361;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394401;STB=0.726963;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.00439267;OID=.;OPOS=44000435;OREF=TC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:4:15:5:8:4:15 chr21 44180443 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0636628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4425;QD=14.6974;RBI=0.0636856;REFB=0.0149061;REVB=-0.00170379;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244127;STB=0.514005;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.015142;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:15:15:11:10:15:15 chr21 44293744 . C G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0111997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7375;QD=15.1961;RBI=0.0938075;REFB=-0.042561;REVB=-0.0931366;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295851;STB=0.670813;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0487614;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:6:12:5:9:6:12 chr21 44323461 . G A 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00683053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.964;QD=24.3886;RBI=0.0203626;REFB=0.00487688;REVB=-0.0191828;RO=14;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104235;STB=0.505808;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00409895;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:17:3:2:12:17:3:2:12 chr21 44323590 . T G 107.99 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.024429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5745;QD=12.7052;RBI=0.0273423;REFB=-0.0118971;REVB=-0.0122811;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39214;STB=0.739911;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0204859;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:4:8:6:15:4:9:6:15 chr21 44324365 . G A 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0789882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5214;QD=12.4653;RBI=0.0835497;REFB=-0.0143455;REVB=-0.027229;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492397;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0243443;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:18:15:9:11:18:15 chr21 44327015 . G A 86.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0466186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.049;QD=9.65394;RBI=0.0470766;REFB=-0.00572677;REVB=-0.00655143;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191552;STB=0.638675;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0153306;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:36:24:24:11:12:0.333333:6:5:7:17:6:6:7:17 chr21 44371114 . T C 167.49 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8189;QD=41.8713;RBI=0.02467;REFB=-0.0788761;REVB=-0.0192878;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365123;STB=0.519974;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00674669;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:0:1:12:3:0:1 chr21 44424478 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00349183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.072;QD=17.1002;RBI=0.0288736;REFB=-0.00205677;REVB=0.0286617;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232288;STB=0.6301;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00235727;OID=.;OPOS=44424478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:14:1:3:11:14:1 chr21 44430325 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.617;QD=48.7373;RBI=0.0625874;REFB=0;REVB=0.000705023;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342495;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:14:3:0:0 chr21 44437142 . A AG,G 149.28 PASS AF=0.133333,0.8;AO=2,12;DP=15;FAO=2,12;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=1,4;FSAR=1,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0334478,-0.0159281;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=153.148,67.4016;QD=39.8082;RBI=0.0458652,0.0205358;REFB=-0.0629221,-0.100871;REVB=-0.0313824,-0.0129621;RO=1;SAF=1,4;SAR=1,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0998765;STB=0.665164,0.55546;STBP=0.662,0.283;TYPE=ins,snp;VARB=0.0304372,0.0103054;OID=.,.;OPOS=44437143,44437142;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:1:1:2,12:2,12:0.133333,0.8:1,8:1,4:1:0:1,8:1,4:1:0 chr21 44450390 . TGTGTGTGTGTGT CGCGTGTGTGCGT,TGCGCGTGTGTGC 131.65 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,8;DP=15;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110104,0.180028;FXX=0.312305;HRUN=1,1;LEN=11,11;MLLD=132.864,160.395;QD=47.8719;RBI=0.110104,0.180028;REFB=0,0;REVB=2.04282e-05,-0.000139778;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.052862,1.63791e-05;OID=.,.;OPOS=44450390,44450392;OREF=TGTGTGTGTGT,TGTGTGTGTGT;OALT=CGCGTGTGTGC,CGCGTGTGTGC;OMAPALT=CGCGTGTGTGCGT,TGCGCGTGTGTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:15:11:0:0:2,8:2,9:0.181818,0.818182:0,0:2,8:0:0:0,0:2,9:0:0 chr21 44480616 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7167;QD=55.6555;RBI=0.0572305;REFB=0;REVB=0.0330307;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107659;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr21 44513220 . GC AG,G 713.37 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=8,22;DP=66;FAO=8,58;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=8,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678752,0.814465;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=153.07,13.8866;QD=43.2346;RBI=0.10018,0.837259;REFB=0,0;REVB=-0.073682,-0.194034;RO=29;SAF=0,3;SAR=8,19;SRF=29;SRR=0;SSEN=0,0.456522;SSEP=0,0.499145;SSSB=-0.882228,-0.745299;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0626551,-0.01294;OID=.,.;OPOS=44513220,44513221;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:66:66:29:0:8,22:8,58:0.121212,0.878788:8,19:0,3:29:0:8,26:0,32:0:0 chr21 44589215 . C T 274.92 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00109044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.743;QD=19.994;RBI=0.0159501;REFB=-0.0217093;REVB=0.0159128;RO=26;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106383;STB=0.559398;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0140003;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:9:20:15:11:9:20:15:11 chr21 44592483 . T G 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00344472;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.123;QD=28.1931;RBI=0.00960005;REFB=-0.0209647;REVB=0.00896074;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856894;STB=0.547223;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0131337;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:9:4:10:13:9:4 chr21 44748660 . G A 190.99 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0160926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0706;QD=13.4031;RBI=0.0184187;REFB=-0.0171478;REVB=-0.0089597;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752306;STB=0.522368;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0387641;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:7:15:21:13:8:15:21:13 chr21 44835508 . A G 167.82 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00676523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5476;QD=41.9559;RBI=0.0277216;REFB=-0.0577885;REVB=0.0268834;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00186708;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:0:1:15:15:0.9375:5:10:0:0:5:10:1:0 chr21 44837551 . GGGGG AGGGA 345.73 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241257;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=5;MLLD=285.184;QD=55.316;RBI=0.0537257;REFB=0;REVB=0.0480042;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000317562;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=AGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:22:25:1:3:19:0:0:6:19:0:0 chr21 44838330 . C A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00160879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.21;QD=24.8032;RBI=0.0139385;REFB=0.00509204;REVB=0.0138453;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00210263;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:0:4:9:10:0.714286:5:4:0:0:6:4:3:1 chr21 45092257 . T A 269.94 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-2.56204e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.843;QD=22.9739;RBI=0.0089754;REFB=-0.0189709;REVB=0.00897537;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126164;STB=0.570402;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0144082;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:13:9:14:11:13:9 chr21 45096206 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0204583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.183;QD=11.2569;RBI=0.0209731;REFB=0.00884551;REVB=0.00461858;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0137974;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr21 45107518 . A G 451.6 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0108829;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.539;QD=24.4105;RBI=0.0128985;REFB=-0.0108442;REVB=-0.00692329;RO=31;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032625;STB=0.517873;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00688223;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:31:43:43:0.581081:17:26:20:11:17:26:20:11 chr21 45107562 . T C 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0145383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.927;QD=22.8809;RBI=0.017089;REFB=-0.0294055;REVB=0.00898177;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629778;STB=0.534689;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0202604;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:12:14:16:19:12:14 chr21 45113913 . GTTT GTT,GTTC 34.16 PASS AF=0.222222,0.166667;AO=3,3;DP=19;FAO=4,3;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=3,3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.202535,0.0373872;FXX=0.0526039;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.236,21.4687;QD=7.59059;RBI=0.243845,0.0816996;REFB=-0.10574,-0.0590847;REVB=0.135794,0.0726431;RO=9;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.670564,-0.670564;STB=0.772874,0.996675;STBP=0.267,0.058;TYPE=del,snp;VARB=0.17236,0.036556;OID=.,.;OPOS=45113914,45113916;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTT,GTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.166667:3,3:19:4,3:18:11:1,0:3,3:7:4:17:9:0,0:3,3:5:4 chr21 45181189 . C G 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0149634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.293;QD=14.8587;RBI=0.0234448;REFB=0.00320668;REVB=0.0180487;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046859;STB=0.526543;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00261006;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:15:18:23:23:15:18:23:23 chr21 45209559 . C T 513.08 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0242844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0966;QD=21.8332;RBI=0.0506781;REFB=-0.00907475;REVB=-0.0444808;RO=39;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270399;STB=0.514013;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0165529;OID=.;OPOS=45209559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:45:49:49:0.521277:21:28:21:18:21:28:27:18 chr21 45212626 . T C 199.89 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0150835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3466;QD=15.678;RBI=0.0818387;REFB=-0.0282964;REVB=0.0804367;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174312;STB=0.608596;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0347337;OID=.;OPOS=45212626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:13:8:16:13:14:8:16:13 chr21 45215051 . A G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00364111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.705;QD=8.42977;RBI=0.0459866;REFB=-0.0108571;REVB=-0.0458422;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368701;STB=0.719344;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0198111;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:27:8:7:6:27:8 chr21 45217559 . T C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00161496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.433;QD=18.6422;RBI=0.0156479;REFB=-0.0152711;REVB=-0.0155643;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286871;STB=0.657291;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0101219;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:17:4:10:13:17:4:10:14 chr21 45217929 . T C 141.86 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0432102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.833;QD=13.5101;RBI=0.0440058;REFB=-0.0158289;REVB=-0.00832962;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144556;STB=0.575066;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0268897;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:11:5:11:14:11:5:11:15 chr21 45217979 . C T 141.76 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0463366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=21.809;RBI=0.0478991;REFB=-0.0171767;REVB=0.0121344;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518451;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0241274;OID=.;OPOS=45217979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:8:6:4:7:9:6:4:7 chr21 45219524 . T C 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0531795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7578;QD=17.9536;RBI=0.0538521;REFB=-0.0110623;REVB=0.00848506;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.577262;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00885455;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:10:7:9:7:10:7 chr21 45220787 . A G 484.3 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.285;QD=58.7031;RBI=0.0863406;REFB=0;REVB=0.0818068;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854576;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:10:21:0:0:12:21:0:0 chr21 45402820 . G A 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0188752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.054;QD=22.7692;RBI=0.0216178;REFB=-0.0280659;REVB=0.0105383;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681544;STB=0.537483;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0156739;OID=.;OPOS=45402820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:22:22:15:21:22:22:15:21 chr21 45482950 . C T 517.67 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00514258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4893;QD=25.2522;RBI=0.0176186;REFB=-0.0412235;REVB=-0.0168514;RO=32;SAF=24;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686767;STB=0.53657;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0174522;OID=.;OPOS=45482950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:32:34:48:48:0.585366:24:24:13:19:24:24:14:20 chr21 45483481 . C T 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0130661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.32;QD=8.71565;RBI=0.0157109;REFB=-0.0109505;REVB=0.00872413;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308348;STB=0.518375;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0297587;OID=.;OPOS=45483481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:9:10:22:22:9:10:22:22 chr21 45503121 . G A 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0219141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4171;QD=14.3265;RBI=0.0220814;REFB=-0.0196821;REVB=0.00271327;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0251148;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:4:6:6:3:4:6 chr21 45506819 . T C 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00561736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.464;QD=23.0362;RBI=0.00648272;REFB=-0.00736778;REVB=-0.00323587;RO=33;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972432;STB=0.553373;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00689752;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:23:19:11:22:23:19:11:22 chr21 45523416 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00453606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.621;QD=12.7822;RBI=0.0131269;REFB=0.000769647;REVB=-0.0123183;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00294836;OID=.;OPOS=45523416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:10:4:3:7:10:4 chr21 45527291 . G A 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.010411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7826;QD=18.7418;RBI=0.0165638;REFB=-0.0597162;REVB=0.0128829;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0198543;OID=.;OPOS=45527291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr21 45528919 . G A 285.39 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00849038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.257;QD=10.9766;RBI=0.0136885;REFB=-0.00461353;REVB=0.0107373;RO=66;SAF=22;SAR=14;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110081;STB=0.573871;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00709434;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:68:36:36:0.346154:14:22:34:32:14:22:34:34 chr21 45538647 . T C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0099644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.232;QD=15.1533;RBI=0.0105734;REFB=-0.00122148;REVB=-0.00353648;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187243;STB=0.605994;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00203105;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:20:12:24:19:20:12:24:19 chr21 45538725 . C A 258.45 PASS AF=0.4;AO=24;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00328375;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.868;QD=13.7838;RBI=0.00514587;REFB=-0.00821879;REVB=-0.00396194;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251168;STB=0.634468;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0092405;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:45:24:30:0.4:17:7:20:19:21:9:23:22 chr21 45540919 . A G 215.49 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.021307;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.303;QD=14.861;RBI=0.0296195;REFB=-0.012251;REVB=-0.0205749;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217717;STB=0.623855;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0128949;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:9:16:14:19:9:16:14:19 chr21 45544594 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.929;QD=61.684;RBI=0.00217433;REFB=0;REVB=0.00147005;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90508e-07;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr21 45547913 . C A 285.36 PASS AF=0.330357;AO=36;DP=111;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.00169208;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.565;QD=10.1914;RBI=0.0100821;REFB=-0.00479865;REVB=-0.00993915;RO=38;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10828;STB=0.695876;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00852106;OID=.;OPOS=45547913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:38:75:36:37:0.330357:13:23:20:18:13:24:26:49 chr21 45553596 . T C 71.48 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0181837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3014;QD=8.16942;RBI=0.0221733;REFB=-0.0111732;REVB=0.0126889;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219273;STB=0.631357;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0308937;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:4:21:7:3:4:21 chr21 45564766 . C G 284.61 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00161809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.575;QD=17.7882;RBI=0.0166589;REFB=-0.00593073;REVB=-0.0165801;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26646;STB=0.649386;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0072782;OID=.;OPOS=45564766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:20:13:21:10:20:13 chr21 45565473 . C T 78.9 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.942;QD=28.6903;RBI=0.00453593;REFB=-0.058653;REVB=0.00453593;RO=2;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563035;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:9:0:0:2:9:0:0:2 chr21 45648880 . C T 65.8 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00583127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2777;QD=11.4433;RBI=0.00914617;REFB=-0.0102616;REVB=-0.00704618;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412099;STB=0.721757;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.017672;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:10:3:6:3:10:4 chr21 45649494 . A G 284.76 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=51.7741;RBI=0.030991;REFB=0;REVB=0.0172185;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315667;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr21 45649640 . C T 87.8 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00480386;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6423;QD=17.5604;RBI=0.0153865;REFB=-0.0148828;REVB=-0.0146174;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415892;STB=0.749499;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0184435;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:9:9:10:11:0.55:2:8:3:6:2:9:3:6 chr21 45656774 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00538024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.681;QD=21.6305;RBI=0.00807784;REFB=-0.0177634;REVB=-0.00602532;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07433;STB=0.54112;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.018084;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:15:9:14:16:15:9 chr21 45712977 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0328003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.712;QD=22.5829;RBI=0.036779;REFB=-0.0110929;REVB=0.0166383;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102386;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0111065;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:11:13:17:9:11:13 chr21 45717550 . T C 778.78 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0156814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.956;QD=21.048;RBI=0.0302248;REFB=-0.0220689;REVB=0.0258386;RO=71;SAF=39;SAR=36;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888133;STB=0.541;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.020389;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:73:75:75:0.506757:36:39:44:27:36:39:44:29 chr21 45725715 . A G 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00607815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.02;QD=14.2633;RBI=0.0425894;REFB=-0.0106897;REVB=-0.0421535;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477744;STB=0.77963;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0129374;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:13:3:15:9:13:3:15:9 chr21 45732116 . C T 215.84 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0134752;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=16.6033;RBI=0.0134889;REFB=0.00296458;REVB=-0.000608364;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.557645;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00424648;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:28:24:24:0.461538:12:12:12:17:12:12:11:17 chr21 45750168 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0368191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.793;QD=17.956;RBI=0.0370283;REFB=-0.047452;REVB=-0.00393017;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114835;STB=0.565951;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0548304;OID=.;OPOS=45750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:6:11:12:4:6:11 chr21 45750346 . C A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0234147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.521;QD=21.2266;RBI=0.0275177;REFB=-0.017152;REVB=0.0144559;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373646;STB=0.502073;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0127494;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:15:9:11:18:15:9 chr21 45754107 . C T 553.51 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0530323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0706;QD=18.298;RBI=0.0679746;REFB=-0.0051963;REVB=0.0425221;RO=61;SAF=40;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224997;STB=0.61814;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0058197;OID=.;OPOS=45754107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:63:58:58:0.479339:18:40:28:33:18:40:30:33 chr21 45798939 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00108673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.539;QD=18.7853;RBI=0.00369033;REFB=-0.00989482;REVB=-0.00352669;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276684;STB=0.515426;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0110215;OID=.;OPOS=45798939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:14:19:18:15:14:19:18:15 chr21 45837893 . GC G 92.04 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0478509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.155;QD=11.1569;RBI=0.193951;REFB=-0.0836573;REVB=0.187956;RO=20;SAF=13;SAR=0;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.846766;STB=0.859014;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.135431;OID=.;OPOS=45837894;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:13:33:15:33:18:13:2:4:14:85:20:13:0:4:16 chr21 45844751 . A G 1500.2 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.043243;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.65;QD=57.1505;RBI=0.0457382;REFB=-0.0433961;REVB=-0.0149004;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.510415;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000851979;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:102:103:0.980952:47:55:0:1:47:56:0:2 chr21 45877988 . A T 196.62 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00941014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.944;QD=18.2901;RBI=0.0140737;REFB=-0.0144618;REVB=0.0104652;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.617458;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0236043;OID=.;OPOS=45877988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:12:10:13:7:13:10 chr21 45878637 . A G 205.49 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.012;QD=48.3505;RBI=0.0188762;REFB=0;REVB=0.0186405;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409812;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:13:4:0:0 chr21 45959195 . G A 40.11 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0825117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.472;QD=13.3713;RBI=0.0828646;REFB=-0.0416525;REVB=-0.00763983;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0395241;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:12:12:5:6:6:6:0.5:3:3:2:3:3:3:3:3 chr21 45959557 . ATC TGA 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00875626;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=232.443;QD=12.8607;RBI=0.0616916;REFB=-0.054149;REVB=-0.061067;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0620263;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:1:6:5:2:1:6:5:3 chr21 45978090 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9952;QD=35.5759;RBI=0.0377913;REFB=0;REVB=-0.0333832;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00400856;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr21 45999653 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00968445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.595;QD=13.2053;RBI=0.0134297;REFB=-0.0241443;REVB=0.00930423;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0221427;OID=.;OPOS=45999653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:2:4:3:3:2:4 chr21 45999908 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00130813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.846;QD=16.199;RBI=0.0239303;REFB=-0.00831482;REVB=-0.0238946;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00610022;OID=.;OPOS=45999908;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr21 46020527 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0260712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.974;QD=7.32214;RBI=0.0620617;REFB=-0.0339373;REVB=-0.05632;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46896;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0635627;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:6:8:1:5:6:8 chr21 46021370 . T C 48.98 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0279226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.51;QD=13.9938;RBI=0.0610493;REFB=-0.0266825;REVB=0.0542894;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465896;STB=0.768637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0217116;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:3:3:7:0:4:3:7:0 chr21 46021390 . G C 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0397094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1535;QD=11.9215;RBI=0.0401461;REFB=-0.00519207;REVB=-0.00590541;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419664;STB=0.745189;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0028352;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:8:1:4:3:8:1 chr21 46021607 . A G 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0155629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6152;QD=14.3286;RBI=0.0393963;REFB=-0.0335894;REVB=-0.036192;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.670818;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0533252;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:5:5:2:7:5:5 chr21 46021722 . G A 324.11 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00672927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.492;QD=28.8096;RBI=0.0183575;REFB=-0.0502747;REVB=-0.0170797;RO=16;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565247;STB=0.539735;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0392128;OID=.;OPOS=46021722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:17:28:28:0.622222:11:17:11:5:11:17:12:5 chr21 46021759 . A G 111.87 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00251683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.912;QD=8.94945;RBI=0.0371429;REFB=-0.00293892;REVB=-0.0370576;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279078;STB=0.680208;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00766357;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:4:10:17:18:4:10:17:19 chr21 46021934 . C T 103.91 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0139993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.586;QD=10.1373;RBI=0.018243;REFB=-0.00765774;REVB=-0.0116973;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840086;STB=0.550484;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0222111;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:13:15:6:7:13:15 chr21 46021946 . C G 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0659891;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.407;QD=13.079;RBI=0.0837741;REFB=0.00905251;REVB=-0.0516094;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0313285;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:7:8:12:13:7:8:12:13 chr21 46021954 . CTG C 141.2 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0114166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.312;QD=13.4471;RBI=0.0168233;REFB=-0.00707726;REVB=-0.0123566;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216762;STB=0.538873;STBP=0.691;TYPE=del;VARB=0.00930614;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:14:42:16:42:26:9:7:13:13:99:25:7:7:12:13 chr21 46032094 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0203262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.019;QD=10.3902;RBI=0.0213698;REFB=-0.00421452;REVB=0.00659653;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00702119;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr21 46047418 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.039254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.533;QD=23.2178;RBI=0.0620665;REFB=-0.110914;REVB=0.0480767;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0119764;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:3:2:0:0:3:2:1:0 chr21 46047633 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7774;QD=40.7622;RBI=0.0473577;REFB=0;REVB=-0.0280414;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00311186;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr21 46047710 . T C 109.1 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00872129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.29;QD=36.3662;RBI=0.0226687;REFB=0.0227473;REVB=0.0209238;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00021965;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr21 46047856 . C CT 75.62 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242622;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.226;QD=33.6102;RBI=0.0764806;REFB=0;REVB=-0.0725302;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.016158;OID=.;OPOS=46047857;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:9:9:9:0:7:2:0:0:4:5:4:0:3:2 chr21 46047857 . C T 31.66 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.027855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.938;QD=14.0706;RBI=0.0344053;REFB=-0.157993;REVB=0.0201945;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00954147;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr21 46048265 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.22;QD=43.4862;RBI=0.0409368;REFB=0;REVB=0.0401909;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025979;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 46057391 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.669;QD=47.8215;RBI=0.0255189;REFB=0;REVB=0.00860956;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150596;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr21 46057393 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1972;QD=47.8214;RBI=0.0348863;REFB=0;REVB=0.0330649;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811106;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr21 46057417 . AG CC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546818;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.979;QD=44.6898;RBI=0.0566813;REFB=0;REVB=-0.014922;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000512377;OID=.;OPOS=46057417;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr21 46057422 . T A 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.884;QD=44.6839;RBI=0.0457135;REFB=0;REVB=2.62044e-05;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198662;OID=.;OPOS=46057422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr21 46057548 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.935;QD=43.4846;RBI=0.0594576;REFB=0;REVB=0.0552615;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300966;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 46057590 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.21;QD=39.2068;RBI=0.0405709;REFB=0;REVB=0.0366613;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038051;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr21 46057806 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=39.2067;RBI=0.0410648;REFB=0;REVB=0.0315783;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231349;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr21 46057958 . C T 103.47 PASS AF=0.545455;AO=13;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0649382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1228;QD=18.8124;RBI=0.105553;REFB=-0.0193584;REVB=0.083213;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507803;STB=0.883199;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0391131;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:13:12:0.545455:11:2:7:2:11:1:8:2 chr21 46067180 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6221;QD=43.4855;RBI=0.11457;REFB=0;REVB=-0.0155496;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449403;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr21 46077946 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1608;QD=58.5853;RBI=0.0204878;REFB=0;REVB=0.00728282;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335359;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr21 46086377 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.16;QD=40.7629;RBI=0.0384789;REFB=0;REVB=-0.0126212;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322065;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr21 46086718 . GA CG 210.05 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115213;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.454;QD=49.4237;RBI=0.0127852;REFB=0;REVB=0.00554277;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000721092;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr21 46086757 . GC AT 203.72 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0688349;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.795;QD=45.2705;RBI=0.0719417;REFB=-0.0336173;REVB=0.0209133;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=mnp;VARB=0.0156908;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:0:1:17:17:0.944444:6:11:0:0:6:11:0:1 chr21 46233836 . C A 171.56 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0748908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1646;QD=17.5958;RBI=0.0780647;REFB=0.0272355;REVB=0.0220333;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728783;STB=0.52938;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00710543;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:6:11:15:6:6:12:15:6 chr21 46271452 . C T 243.62 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0403999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=17.4011;RBI=0.0431219;REFB=-0.0293663;REVB=0.0150781;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611224;STB=0.534222;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0298901;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:8:21:18:9:8:21 chr21 46271460 . T C 250.99 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00624854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.467;QD=17.9278;RBI=0.0174152;REFB=-0.026997;REVB=-0.0162556;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630546;STB=0.539745;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0247132;OID=.;OPOS=46271460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:28:26:28:0.5:17:9:8:20:18:10:8:20 chr21 46311813 . A G 611.92 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3831;QD=61.1921;RBI=0.0836037;REFB=0;REVB=-0.0137234;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106875;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:22:17:0:1:23:17:0:0 chr21 46313442 . G T 353.94 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0117392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.878;QD=16.088;RBI=0.0232078;REFB=-0.00320379;REVB=0.0200198;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668251;STB=0.537615;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00312563;OID=.;OPOS=46313442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:18:20:23:27:18:20:23:27 chr21 46314907 . T A,G 437.26 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165317,0.0302659;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=198.963,12.3446;QD=56.4202;RBI=0.00274503,0.0329775;REFB=0,0;REVB=-0.00219139,0.0130956;RO=0;SAF=15,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00105888,0.165356;OID=.,.;OPOS=46314907,46314907;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:14,0:15,2:0:0:14,0:15,2:0:0 chr21 46328026 . G A 1008.22 PASS AF=0.507772;AO=98;DP=193;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00814846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.261;QD=20.8957;RBI=0.0139174;REFB=-0.0107332;REVB=0.0112825;RO=95;SAF=28;SAR=70;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168055;STB=0.592635;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00881546;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:95:95:98:98:0.507772:70:28:43:52:70:28:43:52 chr21 46328099 . T C 1329.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=61.8574;RBI=0.0391082;REFB=0;REVB=0.00879613;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54491e-05;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:47:36:0:0:48:38:0:0 chr21 46353637 . T C 460.59 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0103638;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.333;QD=15.6133;RBI=0.0213132;REFB=0.00288204;REVB=0.0186237;RO=65;SAF=29;SAR=22;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032193;STB=0.516496;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00502261;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:65:67:51:51:0.432203:22:29:39:26:22:29:40:27 chr21 46353985 . A G 70.33 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0313805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6962;QD=7.40328;RBI=0.0320836;REFB=-0.0118859;REVB=0.00667977;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408897;STB=0.525374;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0315753;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:2:8:23:5:2:8:23:5 chr21 46354055 . A G 862.47 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6529;QD=56.5554;RBI=0.124791;REFB=0;REVB=-0.121223;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142277;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:16:37:0:0:19:42:0:0 chr21 46354056 . C G 45.93 PASS AF=0.140625;AO=8;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0415604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9909;QD=2.87074;RBI=0.0815913;REFB=-0.0511136;REVB=-0.0702131;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629357;STB=0.6041;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0446941;OID=.;OPOS=46354056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:63:64:55:55:8:9:0.140625:3:5:37:18:4:5:37:18 chr21 46355710 . A G 331.37 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00756985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.244;QD=18.6688;RBI=0.0076621;REFB=-0.01617;REVB=-0.00118538;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629696;STB=0.535054;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0171907;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:14:22:19:16:14:22 chr21 46387078 . G T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00897541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.575;QD=17.6439;RBI=0.0215268;REFB=-0.0106308;REVB=0.0195665;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00859488;OID=.;OPOS=46387078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr21 46396659 . G C 1066.97 PASS AF=0.514423;AO=106;DP=207;FAO=107;FDP=208;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0282267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.972;QD=20.5186;RBI=0.0283355;REFB=-0.0330206;REVB=0.00248062;RO=100;SAF=43;SAR=63;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403621;STB=0.521999;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0243976;OID=.;OPOS=46396659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:100:101:106:107:0.514423:63:43:45:55:63:44:46:55 chr21 46572572 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.259;QD=62.0212;RBI=0.0529196;REFB=0;REVB=-0.018061;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124974;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr21 46705345 . G A 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.32;QD=47.8798;RBI=0.0342908;REFB=-0.0425443;REVB=-0.00263013;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.507686;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00176152;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:15:10:1:0:15:10:1:1 chr21 46875564 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.077;QD=57.7118;RBI=0.124401;REFB=0;REVB=-0.00475258;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225817;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr21 46950863 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0164068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.227;QD=19.1085;RBI=0.0205452;REFB=-0.0508876;REVB=0.0123661;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436534;STB=0.753262;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0310173;OID=.;OPOS=46950863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:5:1:7:2:5:1 chr21 46951556 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0581262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=17.4275;RBI=0.0582719;REFB=-0.0114141;REVB=-0.00411821;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073141;STB=0.541624;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00996028;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:15:8:8:11:15:8 chr21 46957794 . T C 403.92 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0166416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.813;QD=22.1325;RBI=0.0293653;REFB=-0.0354732;REVB=0.0241946;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176199;STB=0.596967;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0206056;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:22:18:22:11:22:18:22:11 chr21 47329352 . TG CG,CT 713.45 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=42,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200168,0.0119649;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.934,115.115;QD=55.9565;RBI=0.023486,0.0673061;REFB=0,0;REVB=-0.012285,-0.0662341;RO=0;SAF=21,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000150762,-0.00179673;OID=.,.;OPOS=47329352,47329352;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:42,2:49,2:0.960784,0.0392157:21,0:21,2:0:0:28,0:21,2:0:0 chr21 47409503 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.514;QD=47.8223;RBI=0.0093024;REFB=0;REVB=0.0047492;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70417e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr21 47417415 . C A 302.02 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.14976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6836;QD=38.9702;RBI=0.149779;REFB=-0.107937;REVB=-0.0024036;RO=6;SAF=2;SAR=23;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235647;STB=0.630012;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0257469;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:31:6:6:25:25:0.806452:23:2:2:4:23:2:2:4 chr21 47420726 . C G,T 652.09 PASS AF=0.956522,0.0217391;AO=35,4;DP=41;FAO=44,1;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00203357,-0.00660317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.4964,10.9483;QD=56.7036;RBI=0.0621819,0.0756882;REFB=-0.0612837,-0.18336;REVB=0.0621486,0.0753996;RO=2;SAF=34,0;SAR=1,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454494,0;STB=0.523798,0.5;STBP=0.111,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.010442,0.281584;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:41:46:2:1:35,4:44,1:0.956522,0.0217391:1,4:34,0:0:2:10,1:34,0:0:1 chr21 47532440 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0414307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.826;QD=16.8842;RBI=0.0424603;REFB=-0.0109973;REVB=0.00929417;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179384;STB=0.561102;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0137067;OID=.;OPOS=47532440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:4:11:8:7:6:11 chr21 47538960 . G A 91.34 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00756918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.406;QD=21.4915;RBI=0.0696413;REFB=-0.0299172;REVB=0.0692287;RO=6;SAF=10;SAR=0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783948;STB=0.571283;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0143323;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:0:10:5:1:1:10:5:1 chr21 47542861 . A G 120.39 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0400317;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2125;QD=20.9379;RBI=0.0632318;REFB=-0.0136672;REVB=-0.0489462;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433859;STB=0.744869;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0118699;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:1:9:4:9:1:9 chr21 47545155 . A G 188.9 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00753678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9674;QD=21.5889;RBI=0.0592311;REFB=-0.0120514;REVB=-0.0587496;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399999;STB=0.521716;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00866872;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:16:18:19:0.542857:8:10:6:6:8:11:10:6 chr21 47552209 . G A 232.54 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00642572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.302;QD=23.8502;RBI=0.0110883;REFB=-0.00461781;REVB=-0.00903666;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305358;STB=0.670432;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00884413;OID=.;OPOS=47552209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:17:22:22:0.564103:15:7:11:4:15:7:12:5 chr21 47556793 . C T 429.66 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.029;QD=57.2875;RBI=0.0325319;REFB=0;REVB=0.00259952;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129714;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:5:23:0:0:5:25:0:0 chr21 47571845 . C T 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.017694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.463;QD=17.5797;RBI=0.01822;REFB=-0.0120586;REVB=-0.00434617;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578323;STB=0.527262;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0128058;OID=.;OPOS=47571845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:52:52:0.472727:26:26:32:25:26:26:32:26 chr21 47608580 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.351;QD=57.5433;RBI=0.0360076;REFB=0;REVB=0.0219612;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149549;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr21 47609677 . A G 287.19 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.404;QD=52.2161;RBI=0.0737556;REFB=0;REVB=-0.0727183;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228721;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:3:18:0:0:3:19:0:0 chr21 47610066 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.41;QD=60.9784;RBI=0.0118828;REFB=0;REVB=-0.00554568;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44271e-05;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr21 47612466 . A G 470.86 PASS AF=0.897436;AO=33;DP=38;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0386986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.854;QD=48.2933;RBI=0.0483656;REFB=-0.119287;REVB=0.0290111;RO=4;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092111;STB=0.507458;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0124268;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:38:39:4:4:33:35:0.897436:15:18:2:2:15:20:2:2 chr21 47612471 . T C 422.0 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00589332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.293;QD=45.6217;RBI=0.0552847;REFB=-0.168423;REVB=0.0549697;RO=5;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00162587;STB=0.500875;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0325204;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:37:37:5:5:32:32:0.864865:13:19:3:2:13:19:3:2 chr21 47612512 . C CTG 150.13 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00641853;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.814;QD=28.5969;RBI=0.028213;REFB=-0.0231099;REVB=0.0274732;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327244;STB=0.62248;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0114969;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:14:23:15:21:6:6:9:5:1:36:8:5:9:7:1 chr21 47612599 . G A 48.03 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00454442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.526;QD=4.08757;RBI=0.051333;REFB=-0.0155027;REVB=-0.0511315;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374104;STB=0.745737;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0818575;OID=.;OPOS=47612599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:27:12:5:3:27:12 chr21 47613004 . T C 219.66 PASS AF=0.95;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489105;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3483;QD=43.932;RBI=0.0650601;REFB=-0.140432;REVB=0.0429021;RO=2;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212765;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0115279;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:21:20:2:1:18:19:0.95:11:7:1:1:11:8:0:1 chr21 47613161 . C T 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.274149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1379;QD=37.4701;RBI=0.274608;REFB=0;REVB=-0.0158681;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174548;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr21 47613623 . C T 65.68 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.024958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9961;QD=4.45303;RBI=0.054635;REFB=-0.0605523;REVB=-0.0486012;RO=45;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208518;STB=0.638964;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.204936;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:59:45:46:13:13:0.220339:5:8:20:25:5:8:20:26 chr21 47614443 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4993;QD=59.434;RBI=0.0875449;REFB=0;REVB=-0.0734467;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215349;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr21 47614469 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.287;QD=59.4356;RBI=0.0167326;REFB=0;REVB=0.0101111;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00018e-05;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr21 47734688 . A AG,G 52.56 PASS AF=0.264706,0.0294118;AO=8,2;DP=36;FAO=9,1;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6,1;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0205144,-0.000423241;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.1361,131.734;QD=6.18388;RBI=0.0485726,0.0240634;REFB=-0.0704109,-0.000166767;REVB=0.0440279,-0.0240597;RO=26;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.349909,0.493968;STB=0.595526,0.989018;STBP=0.506,0.456;TYPE=ins,snp;VARB=0.117201,0.0310252;OID=.,.;OPOS=47734689,47734688;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:36:34:26:24:8,2:9,1:0.264706,0.0294118:2,0:6,2:12:14:3,0:6,1:13:11 chr21 47773103 . C A 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.377;QD=56.1801;RBI=0.0512747;REFB=0;REVB=0.0512514;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170982;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr21 47777063 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.03;QD=49.5992;RBI=0.0194915;REFB=0;REVB=0.0194363;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75227e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr21 47783796 . T C 323.72 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.595;QD=53.9538;RBI=0.0298027;REFB=0;REVB=0.0297613;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290603;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr21 47786817 . C G 876.41 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359448;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1304;QD=57.4695;RBI=0.0536339;REFB=0;REVB=0.0398065;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00224e-05;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:39:22:0:0 chr21 47787002 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.576;QD=56.7066;RBI=0.0200414;REFB=0;REVB=-0.0199738;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198916;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr21 47811272 . C T 81.51 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.221;QD=36.2282;RBI=0.114887;REFB=0;REVB=0.0323999;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348903;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr21 47836653 . C T 423.69 PASS AF=0.68;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000475624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8436;QD=33.8952;RBI=0.0229107;REFB=0.011239;REVB=0.0229058;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.617578;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00174665;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:0:16:34:34:0.68:13:21:0:0:13:21:4:12 chr21 47850484 . G C 606.2 PASS AF=0.909091;AO=46;DP=52;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0216416;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.695;QD=44.0874;RBI=0.0228347;REFB=-0.201564;REVB=-0.00728476;RO=4;SAF=14;SAR=32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116923;STB=0.555723;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00337187;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:52:55:4:5:46:50:0.909091:32:14:4:0:36:14:4:1 chr21 47851753 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.677;QD=60.2306;RBI=0.017952;REFB=0;REVB=-0.0117692;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132871;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr21 47863757 . A C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00252847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.187;QD=61.5104;RBI=0.0181231;REFB=0.0151402;REVB=0.0179458;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000609425;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr21 47910523 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.534;QD=58.1319;RBI=0.0333538;REFB=0;REVB=0.0308465;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030094;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254623;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=347.694;QD=43.4862;RBI=0.0322391;REFB=0;REVB=0.0321384;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000206629;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:6:6:0:0:4:0:6:6:0:0 chr21 47959692 . G A 533.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5068;QD=57.721;RBI=0.0265691;REFB=0;REVB=0.0242584;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539839;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:17:17:0:0:19:18:0:0 chr21 47959698 . C T 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178416;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.802;QD=60.2524;RBI=0.0455725;REFB=0;REVB=0.0419348;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294331;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr21 47961711 . G A 1358.42 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9839;QD=62.456;RBI=0.0474395;REFB=0;REVB=-0.0121904;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378141;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr21 47974582 . A G 183.41 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0937074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.84;QD=18.811;RBI=0.0944033;REFB=-0.0336213;REVB=0.0114416;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21056;STB=0.619439;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.032011;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:12:8:12:7:12:8 chr21 47978270 . G A 208.68 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0115069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.532;QD=14.3917;RBI=0.0123816;REFB=-0.000703558;REVB=-0.00457106;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375344;STB=0.701043;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00775343;OID=.;OPOS=47978270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:24:25:0.431034:16:8:23:9:16:9:24:9 chr21 47978321 . G C,GC 996.79 PASS AF=0.0140845,0.985915;AO=4,62;DP=72;FAO=1,70;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767648,-0.0272565;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=14.1829,26.223;QD=56.157;RBI=0.131508,0.115757;REFB=0,0;REVB=0.106777,0.112503;RO=5;SAF=3,36;SAR=1,26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386089,-0.0611905;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0994418,0.000546415;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:72:71:5:0:4,62:1,70:0.0140845,0.985915:1,26:3,36:5:0:1,27:0,43:0:0 chr21 47985655 . C T 127.18 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000842503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.494;QD=11.5622;RBI=0.0107029;REFB=-0.0133991;REVB=-0.0106696;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803216;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0237453;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:14:15:0.340909:6:8:14:14:7:8:14:15 chr21 48022230 . C G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00567907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.329;QD=8.74506;RBI=0.0109752;REFB=0.00608803;REVB=-0.00939163;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591692;STB=0.536229;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0126455;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:7:5:14:16:7:5:14:16 chr21 48063476 . C G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1544;QD=56.9523;RBI=0.0496961;REFB=0;REVB=-0.0128481;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215724;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr21 48084820 . C G 353.98 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0294879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.015;QD=16.09;RBI=0.0294895;REFB=-0.00277422;REVB=-0.000303437;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219331;STB=0.616055;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00287091;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:20:18:34:15:20:18:34:16 chr22 16157883 . T C 34.78 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5033;QD=23.1874;RBI=0.0610056;REFB=-0.0210714;REVB=-0.0585061;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00149207;OID=.;OPOS=16157883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr22 17264565 . G T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.331;QD=60.9759;RBI=0.0243883;REFB=0;REVB=0.0114786;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158518;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr22 17265124 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000259496;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.655;QD=48.7373;RBI=0.0104089;REFB=0;REVB=0.0104056;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27605e-05;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr22 17446991 . C T 693.46 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365236;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8112;QD=63.0421;RBI=0.039933;REFB=0;REVB=0.0161453;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590946;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr22 17469026 . G A 102.64 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.033326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.417;QD=17.8509;RBI=0.0338364;REFB=-0.0272311;REVB=-0.00585535;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253906;STB=0.645157;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.013643;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:8:3:7:5:8:3 chr22 17469049 . C A 80.31 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0183962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.132;QD=16.9066;RBI=0.0191341;REFB=-0.0268508;REVB=-0.00526227;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0277276;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr22 17586471 . C T 256.47 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0105209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.848;QD=13.4982;RBI=0.0105554;REFB=-0.00834584;REVB=0.000852343;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417312;STB=0.513149;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0121323;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:29:30:0.394737:14:15:22:24:15:15:22:24 chr22 17589297 . G A 242.14 PASS AF=0.451613;AO=21;DP=56;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0450137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.918;QD=15.6219;RBI=0.0522406;REFB=-0.0191412;REVB=0.0265113;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179767;OID=.;OPOS=17589297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:30:34:21:28:0.451613:11:10:14:16:14:14:17:17 chr22 17589794 . C A 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000529892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.991;QD=19.1073;RBI=0.011818;REFB=-0.0240843;REVB=0.0118061;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0197024;OID=.;OPOS=17589794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:2:4:7:2:2:4 chr22 17600976 . CG C,CA 343.88 PASS AF=0.192308,0.807692;AO=8,18;DP=26;FAO=5,21;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306331,0.02571;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.5915,82.6158;QD=52.905;RBI=0.131774,0.187764;REFB=0,0;REVB=0.128164,0.185995;RO=0;SAF=0,11;SAR=8,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0778899,-0.00150048;OID=.,.;OPOS=17600977,17600977;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.807692:8,18:26:5,21:26:0:0,11:5,10:0:0:19:0:0,11:8,7:0:0 chr22 17602839 . G A 433.97 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562672;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.528;QD=57.8627;RBI=0.0121955;REFB=0;REVB=-0.0108199;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627671;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr22 17603477 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.028466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.178;QD=19.7625;RBI=0.0334685;REFB=-0.0237827;REVB=-0.0176019;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.585512;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0212437;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:15:10:13:10:15:10 chr22 17603503 . G A 285.56 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000316951;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4049;QD=23.3108;RBI=0.0135007;REFB=0.00622402;REVB=0.0134969;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189767;STB=0.606075;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00615651;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:10:13:9:17:10:13 chr22 17622267 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.116;QD=35.5759;RBI=0.0209238;REFB=0;REVB=0.0133105;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342074;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr22 17630486 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0124095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.675;QD=13.5055;RBI=0.0124541;REFB=-0.00282562;REVB=0.00105275;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116087;STB=0.567462;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00585553;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:13:4:4:8:13:4 chr22 17640399 . G GGGC 140.71 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00673582;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=189.138;QD=9.38066;RBI=0.0329477;REFB=-0.0153387;REVB=-0.0322518;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263551;STB=0.657962;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=0.0313354;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316667:19:62:19:60:41:11:8:14:27:99:43:11:8:15:28 chr22 17690430 . C G 51.59 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00633698;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=112.364;QD=5.89656;RBI=0.00823822;REFB=-0.00398921;REVB=0.00526412;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511092;STB=0.503807;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00819717;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:24:27:8:8:0.228571:5:3:10:14:5:3:10:17 chr22 18111431 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0702616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2877;QD=22.9572;RBI=0.071066;REFB=-0.00690459;REVB=0.0106624;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06032;STB=0.533938;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00354437;OID=.;OPOS=18111431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:5:6:10:6:5:6 chr22 18211983 . T C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0128206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.487;QD=16.8944;RBI=0.0129901;REFB=-0.00671681;REVB=0.00209165;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550506;STB=0.530845;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00883878;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:13:24:19:13:13:24 chr22 18300240 . T C 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00870796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.633;QD=15.1114;RBI=0.0284061;REFB=-0.00650407;REVB=-0.0270384;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186687;STB=0.614627;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00879594;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:9:20:19:18:9:20:19:19 chr22 18300641 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0302869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.977;QD=14.5588;RBI=0.0320931;REFB=-0.0167013;REVB=0.0106146;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161294;STB=0.591765;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0362405;OID=.;OPOS=18300641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:19:16:16:10:19:16 chr22 18324564 . C T 233.69 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0118251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3202;QD=25.9657;RBI=0.0127385;REFB=-0.036008;REVB=-0.00473681;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247492;STB=0.604704;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0427406;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:36:10:13:21:21:0.583333:5:16:4:6:5:16:7:6 chr22 18364030 . CT C,GC 33.01 PASS AF=0.178082,0;AO=13,3;DP=74;FAO=13,0;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.208783,0.0182668;FXX=0.0394685;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=9.20703,69.8914;QD=1.80887;RBI=0.261307,0.160993;REFB=-0.0616251,-0.0123281;REVB=-0.157134,-0.159953;RO=46;SAF=5,0;SAR=8,3;SRF=26;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220183,-0.513784;STB=0.558734,0.5;STBP=0.678,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.121605,0;OID=.,.;OPOS=18364031,18364030;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:74:73:46:60:13,3:13,0:0.178082,0:8,3:5,0:26:20:7,0:6,0:32:28 chr22 18371846 . G A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00110556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.296;QD=9.58996;RBI=0.00711006;REFB=-0.00405011;REVB=0.00702359;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192854;STB=0.615219;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00655107;OID=.;OPOS=18371846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:6:7:21:9:6:7:21:9 chr22 18571828 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.833;QD=52.6132;RBI=0.0218269;REFB=0;REVB=-0.0185578;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79684e-05;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr22 18609642 . C T 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0209708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5565;QD=18.6356;RBI=0.0216526;REFB=-0.000885739;REVB=-0.00539078;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370214;STB=0.708714;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00191555;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:3:13:6:10:3:13 chr22 18628436 . T C 124.75 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0228933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8714;QD=17.822;RBI=0.068689;REFB=-0.0264436;REVB=-0.0647617;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21949;STB=0.605911;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0346214;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:8:6:9:4:8:6:9:5 chr22 18628499 . GC AT,TC 805.44 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,55;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222789,-0.0226292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=53.345,230.201;QD=56.5222;RBI=0.0306327,0.0226609;REFB=0,0;REVB=-0.0210241,0.00119896;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.49259e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00838568,-0.000129367;OID=.,.;OPOS=18628499,18628499;OREF=GC,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:2,55:2,55:0.0350877,0.964912:0,32:2,23:0:0:0,32:2,23:0:0 chr22 18628632 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0131808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9526;QD=17.5684;RBI=0.0174651;REFB=0.0111819;REVB=0.0114585;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574147;STB=0.532142;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0122011;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:12:19:16:13:12:19 chr22 18628715 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.29;QD=50.4134;RBI=0.0141519;REFB=0;REVB=-0.00146992;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101688;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr22 18650682 . C T 304.92 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00393103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.916;QD=15.058;RBI=0.0487981;REFB=-0.00184353;REVB=-0.0486395;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149463;STB=0.584367;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00459376;OID=.;OPOS=18650682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:18:16:29:18:18:16:29:18 chr22 18900750 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.062;QD=51.1841;RBI=0.0608087;REFB=0;REVB=0.0169475;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646439;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 18901004 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.435;QD=43.4861;RBI=0.0258314;REFB=0;REVB=0.0245574;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034119;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 18904414 . A G 293.9 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564316;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4505;QD=53.4362;RBI=0.0573284;REFB=0;REVB=-0.0101006;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157716;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr22 18905977 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0171952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.966;QD=11.8306;RBI=0.0470398;REFB=-0.00904327;REVB=-0.0437844;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0134378;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:9:9:5:6:9:9 chr22 18907124 . G A 308.47 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0109702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.359;QD=28.0422;RBI=0.0329439;REFB=-0.0260372;REVB=-0.0310637;RO=17;SAF=18;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186508;STB=0.603096;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0113851;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:9:18:7:10:9:18:7:10 chr22 18908875 . A G 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.142855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9269;QD=23.0873;RBI=0.147398;REFB=0.0349982;REVB=-0.0363129;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367314;STB=0.520529;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.021718;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:9:9:12:10:9:9 chr22 18910355 . G T 198.59 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00339357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4976;QD=15.5759;RBI=0.0526335;REFB=-0.0190932;REVB=0.052524;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030906;STB=0.517609;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0368708;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:18:11:9:13:18:11 chr22 18912678 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=57.3856;RBI=0.0502473;REFB=0;REVB=-0.0119556;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190993;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr22 19026613 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0377851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3766;QD=18.7769;RBI=0.0613863;REFB=0.000704692;REVB=-0.0483794;RO=26;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399068;STB=0.727424;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000948206;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:22:4:13:13:22:4:13:13 chr22 19034240 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0286926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6309;QD=19.4994;RBI=0.0381753;REFB=-0.0332038;REVB=0.025181;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350163;STB=0.512812;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0226934;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:12:20:17:12:12:20:18:12 chr22 19048413 . A G 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0348375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.309;QD=8.6692;RBI=0.0358903;REFB=-0.0105711;REVB=-0.00862907;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229729;STB=0.636219;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0308621;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:8:10:15:27:8:10:15:27 chr22 19121872 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0180517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.192;QD=22.5809;RBI=0.0549915;REFB=-0.0348662;REVB=0.0519442;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0101897;OID=.;OPOS=19121872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:2:5:7:5:2:5 chr22 19163577 . C CAT 713.31 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353127;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=2;MLLD=289.413;QD=57.0645;RBI=0.0363481;REFB=0;REVB=0.00861372;RO=5;SAF=31;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.63234e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:50:50:0:31:19:0:0:4:5:31:19:3:2 chr22 19167409 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.163;QD=62.9826;RBI=0.0139873;REFB=0;REVB=-0.00070543;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148533;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr22 19172006 . T C 1011.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232479;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.227;QD=59.5149;RBI=0.0136145;REFB=0;REVB=-0.0134145;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94291e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr22 19189003 . A AC,C 294.77 PASS AF=1,0;AO=15,8;DP=27;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127271,-0.208192;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.2217,4.37945;QD=49.1279;RBI=0.169572,0.22536;REFB=0,0;REVB=0.112057,0.0862726;RO=4;SAF=3,8;SAR=12,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0290643,0.808488;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0130985,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:24:4:0:15,8:24,0:1,0:12,0:3,8:1:3:13,0:11,0:0:0 chr22 19196502 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0116785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.01;QD=14.7422;RBI=0.0129418;REFB=0.0031134;REVB=-0.00557684;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192031;STB=0.610982;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00691456;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:10:15:7:10:10:15 chr22 19197896 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.166;QD=55.0987;RBI=0.0220306;REFB=0;REVB=0.00850675;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64831e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 19486600 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0156512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.263;QD=16.9408;RBI=0.0269939;REFB=-0.0119723;REVB=-0.0219934;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0136504;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr22 19511925 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0428782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.724;QD=32.3519;RBI=0.0529229;REFB=-0.00759463;REVB=0.0310209;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00136513;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr22 19766782 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00318697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.183;QD=28.7632;RBI=0.048377;REFB=-0.0967401;REVB=0.0482719;RO=9;SAF=17;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153787;STB=0.586105;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0317628;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:2:17:7:2:2:17:7:2 chr22 19776159 . T TG 194.81 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0115916;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=316.849;QD=18.5531;RBI=0.015773;REFB=-0.0199626;REVB=0.0106968;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117542;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0215788;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:19:42:20:42:22:11:9:10:12:99:22:11:8:10:12 chr22 19789541 . A C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0258171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.198;QD=12.9421;RBI=0.0260123;REFB=-0.0196554;REVB=0.00318144;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331411;STB=0.692071;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0356812;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:7:18:6:9:7:18 chr22 19808769 . C T 65.4 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00782959;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1773;QD=8.43864;RBI=0.0503067;REFB=-0.0574025;REVB=0.0496936;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248226;STB=0.619503;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0977627;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:31:31:20:21:10:10:0.322581:4:6:16:4:4:6:16:5 chr22 19868218 . A G 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0255614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8358;QD=14.6544;RBI=0.0281653;REFB=-0.00933015;REVB=-0.0118279;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426931;STB=0.745987;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0175318;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:4:13:4:9:4:13 chr22 19905703 . AT A 34.52 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0188813;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2502;QD=3.73157;RBI=0.0390983;REFB=-0.0367235;REVB=-0.034237;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.405797;SSSB=0.57491;STB=0.883208;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0595389;OID=.;OPOS=19905704;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:10:37:11:37:26:10:1:11:15:34:24:9:1:11:13 chr22 19907099 . C A 500.05 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0872158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6842;QD=54.0599;RBI=0.0973959;REFB=-0.167801;REVB=0.0433517;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00758594;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:2:0:21:14:2:0 chr22 19907118 . G A,C 333.54 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424844,0.0365537;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=230.104,118.938;QD=53.3657;RBI=0.059317,0.0461506;REFB=0,0;REVB=0.0413954,0.0281727;RO=0;SAF=8,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011721,0.0461191;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:15,0:8,2:0:0:15,0:8,2:0:0 chr22 19920949 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0137641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.05;QD=12.9746;RBI=0.0151269;REFB=-0.0172387;REVB=0.00627465;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882068;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0216582;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:7:10:6:6:7:11 chr22 19921003 . T C 215.34 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.983;QD=45.3341;RBI=0.0431693;REFB=-0.08985;REVB=0.00760699;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181456;STB=0.599873;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00124286;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:16:2:1:0:16:2:1:0 chr22 19951207 . C G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0230992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8054;QD=17.3248;RBI=0.0398438;REFB=-0.00155227;REVB=0.0324647;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00220224;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:13:12:10:10:13:12 chr22 19960722 . G A 459.48 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.00766712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.464;QD=15.8442;RBI=0.0365157;REFB=-0.00481654;REVB=0.0357017;RO=62;SAF=30;SAR=21;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144273;STB=0.570789;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0133784;OID=.;OPOS=19960722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:65:51:51:0.439655:21:30:45:17:21:30:46:19 chr22 20113082 . G T 112.94 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0161929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.559;QD=17.3754;RBI=0.0171942;REFB=-0.0257035;REVB=-0.00578204;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0311531;OID=.;OPOS=20113082;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:4:9:9:4:4:9 chr22 20136379 . C A 930.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9478;QD=58.1592;RBI=0.0690555;REFB=0;REVB=0.0566467;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404246;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:18:46:0:0:18:46:0:0 chr22 20137723 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.284;QD=45.8068;RBI=0.0105058;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73201e-05;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr22 20138105 . T C 487.29 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106198;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.375;QD=59.065;RBI=0.0186035;REFB=0;REVB=0.0152745;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16581e-05;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr22 20302276 . A T 394.05 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0144893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.701;QD=22.8435;RBI=0.0155108;REFB=-0.0109729;REVB=0.00553601;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204133;STB=0.62216;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00696506;OID=.;OPOS=20302276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:30:38:39:0.565217:15:23:10:19:15:24:10:20 chr22 20302797 . AC AA,A 62.24 PASS AF=0.0714286,0.321429;AO=4,9;DP=30;FAO=2,9;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1,7;FSAR=1,2;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0417544,-0.16645;FXX=0.0666445;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.2063,11.9908;QD=8.89113;RBI=0.114707,0.185428;REFB=-0.029585,-0.0407902;REVB=-0.106837,-0.0817208;RO=13;SAF=1,9;SAR=3,0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0.353952;SSEP=0,0;SSSB=-0.599318,0.73731;STB=0.840281,0.610901;STBP=0.737,0.594;TYPE=snp,del;VARB=0.0913546,0.0061425;OID=.,.;OPOS=20302798,20302798;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.321429:4,9:30:2,9:28:17:1,7:1,2:15:2:47:13:1,9:3,0:11:2 chr22 20303664 . G A 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00875882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.818;QD=12.5686;RBI=0.0433312;REFB=-0.0219947;REVB=0.0424367;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570906;STB=0.503264;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0182089;OID=.;OPOS=20303664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:26:15:15:0.365854:7:8:11:12:7:8:14:12 chr22 20729885 . C T 111.54 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0394585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.65;QD=19.3983;RBI=0.0422874;REFB=-0.00804153;REVB=-0.0152068;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00650989;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:10:10:11:13:0.565217:8:3:3:7:8:5:3:7 chr22 20759672 . G A 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0624474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6867;QD=22.1426;RBI=0.0834708;REFB=-0.0499417;REVB=0.0553868;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386739;STB=0.521714;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.040437;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:9:4:6:11:9:4 chr22 20771144 . A T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.749;QD=62.3501;RBI=0.0110274;REFB=0;REVB=0.00473473;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21422e-05;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 20784050 . T A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0246993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.457;QD=17.8271;RBI=0.0312398;REFB=0.00213435;REVB=-0.0191278;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00466295;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:6:5:4:8:6:5 chr22 20800835 . A G 339.25 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00584728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.71;QD=20.8767;RBI=0.00850271;REFB=-0.0437842;REVB=0.00617296;RO=28;SAF=3;SAR=31;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565504;STB=0.798391;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0227428;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:30:34:35:0.538462:31:3:16:12:31:4:18:12 chr22 20819327 . C T 237.27 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00197965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.486;QD=11.4346;RBI=0.003211;REFB=-0.0121743;REVB=-0.00252814;RO=54;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143773;STB=0.591841;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0230698;OID=.;OPOS=20819327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:28:29:0.349398:11:17:26:28:11:18:26:28 chr22 20847472 . A T 253.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0108016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.017;QD=21.6132;RBI=0.0137816;REFB=0.00786922;REVB=-0.00855897;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.533186;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00369027;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:11:13:13:8:11:13:14:9 chr22 20862646 . T G 201.89 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00985697;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.873;QD=27.8471;RBI=0.0161869;REFB=0.0104675;REVB=-0.0128397;RO=10;SAF=2;SAR=17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515938;STB=0.792369;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00666795;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:19:19:0.655172:17:2:7:3:17:2:7:3 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 116.11 PASS AF=0.363636,0.0909091;AO=11,4;DP=33;FAO=12,3;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6,0;FSAR=6,3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0017648,-0.0200005;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=253.836,22.5413;QD=14.0743;RBI=0.0133201,0.0368058;REFB=-0.00930269,-0.0644256;REVB=0.0132026,0.0308974;RO=17;SAF=5,0;SAR=6,4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195548,-0.710033;STB=0.566558,0.996836;STBP=0.586,0.033;TYPE=ins,del;VARB=0.00484935,0.162345;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0909091:11,4:33:12,3:33:18:6,0:6,3:11:7:99:17:5,0:6,4:11:6 chr22 20905622 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0535372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5292;QD=18.2502;RBI=0.0566818;REFB=-0.0549125;REVB=-0.0186173;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192307;STB=0.608563;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0414121;OID=.;OPOS=20905622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:12:3:6:9:12:3 chr22 20940085 . G A 70.14 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0361223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7211;QD=17.5343;RBI=0.10094;REFB=-0.0273409;REVB=0.0942549;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.648255;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0407529;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:4:7:8:9:0.5625:7:1:1:3:8:1:2:5 chr22 21044725 . A G 54.82 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0872702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0942;QD=24.3637;RBI=0.0976938;REFB=-0.0866428;REVB=0.0439089;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00628099;OID=.;OPOS=21044725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:1:2:7:7:0.777778:4:3:0:1:4:3:0:2 chr22 21044815 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00536089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.117;QD=19.5232;RBI=0.0233837;REFB=-0.00792855;REVB=0.0227609;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352117;STB=0.538407;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00459176;OID=.;OPOS=21044815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:5:6:7:7:5:7 chr22 21044848 . A T 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439548;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.136;QD=57.7115;RBI=0.0453994;REFB=0;REVB=0.0113613;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225685;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr22 21044998 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0162076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.182;QD=7.32157;RBI=0.0568806;REFB=-0.018369;REVB=-0.0545226;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571422;STB=0.858263;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0726927;OID=.;OPOS=21044998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:10:4:5:1:10:4 chr22 21045012 . T C 31.38 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00226351;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.985;QD=6.60573;RBI=0.00724982;REFB=-0.0163337;REVB=-0.00688741;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491989;STB=0.781446;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0375531;OID=.;OPOS=21045012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:19:17:14:5:5:0.263158:4:1:11:6:4:1:8:6 chr22 21045651 . C T 157.07 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0222473;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.231;QD=14.9586;RBI=0.0262345;REFB=-0.0290632;REVB=-0.0139036;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141382;STB=0.576513;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0217124;OID=.;OPOS=21045651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:15:17:0.404762:7:8:10:15:8:9:10:15 chr22 21141300 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.023433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.572;QD=14.054;RBI=0.0307727;REFB=0.00752128;REVB=0.0199462;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360679;STB=0.70256;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.013751;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:28:7:14:11:28:7 chr22 21167787 . G A 305.67 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0321058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.221;QD=24.953;RBI=0.0322997;REFB=-0.00509145;REVB=0.00353395;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440506;STB=0.524457;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000862703;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:26:26:0.530612:16:10:7:14:16:10:7:14 chr22 21213416 . A G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00769235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=383.268;QD=26.3157;RBI=0.015562;REFB=-0.000827936;REVB=-0.0135279;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912911;STB=0.550487;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000450988;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:10:4:9:13:10:4 chr22 21301005 . T C 176.3 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.158;QD=47.0144;RBI=0.0930826;REFB=0;REVB=0.0381752;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319094;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:15:0:0:9:15:1:9:0:0:0:11:4:0:0 chr22 21304408 . A G 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323819;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.601;QD=58.6132;RBI=0.0330841;REFB=0;REVB=0.00677973;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147205;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr22 21306743 . A G 214.86 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.011327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4442;QD=21.4858;RBI=0.0469714;REFB=-0.0194807;REVB=0.0455852;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125635;STB=0.570663;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0257489;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:10:9:13:8:10:9 chr22 21327589 . C T 463.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.053;QD=57.9766;RBI=0.0241483;REFB=0;REVB=0.00096048;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107029;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr22 21328898 . A AC 38.0 PASS AF=0.411765;AO=2;DP=20;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0751722;FXX=0.149925;HRUN=0;LEN=1;MLLD=126.356;QD=8.94169;RBI=0.076376;REFB=0.00771092;REVB=-0.0135065;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111109;STB=0.713564;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.00600646;OID=.;OPOS=21328899;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:2:20:7:17:10:6:1:6:4:38:18:1:1:11:7 chr22 21328899 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0155068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.992;QD=11.2565;RBI=0.0155196;REFB=-0.0121264;REVB=0.000630129;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0130105;OID=.;OPOS=21328899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr22 21330787 . C T 152.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0124703;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.524;QD=19.6241;RBI=0.0170194;REFB=-0.0320438;REVB=0.0115824;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168018;STB=0.594486;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0393349;OID=.;OPOS=21330787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:3:12:10:6:3:12 chr22 21331043 . A T 215.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.782;QD=45.3165;RBI=0.0186419;REFB=-0.149686;REVB=0.00942779;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00196101;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr22 21335259 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.505;QD=56.1916;RBI=0.0630704;REFB=0;REVB=0.0477137;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201213;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr22 21335606 . C T 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.495;QD=55.648;RBI=0.0165706;REFB=0;REVB=-0.0109182;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65001e-05;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr22 21335611 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.244;QD=56.7066;RBI=0.0159985;REFB=0;REVB=0.0158518;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59193e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr22 21348914 . C T 50.92 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00172082;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.218;QD=14.5483;RBI=0.0298042;REFB=0.00588114;REVB=-0.0297545;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0105589;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr22 21354970 . C G 593.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.281;QD=60.8833;RBI=0.047112;REFB=0;REVB=0.0454981;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1816e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:19:20:0:0 chr22 21356824 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0233124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.597;QD=8.45104;RBI=0.0274671;REFB=-0.0183352;REVB=0.014525;RO=41;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101733;STB=0.547565;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0444584;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:43:18:18:0.295082:12:6:17:24:12:6:17:26 chr22 21356892 . AAGAC A 43.54 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00314163;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=4;MLLD=302.25;QD=3.41489;RBI=0.003268;REFB=-0.0120182;REVB=0.000899965;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173751;STB=0.612686;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.0347917;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686:11:53:11:51:40:3:8:16:24:43:40:3:8:16:24 chr22 21356925 . T A 63.23 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0148342;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.0288;QD=8.4312;RBI=0.0216062;REFB=0.00657116;REVB=-0.0157091;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0213613;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:6:3:10:10:6:3:10:11 chr22 21377301 . C A 1089.66 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00458117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.327;QD=57.3504;RBI=0.00774308;REFB=-0.0715129;REVB=0.00624245;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50181;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-3.93399e-05;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:32:42:0:0:32:42:1:1 chr22 21385277 . C T 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0480137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3849;QD=23.529;RBI=0.0534004;REFB=-0.00343433;REVB=0.0233728;RO=15;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14297;STB=0.580558;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00117524;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:16:4:5:10:16:4:5:10 chr22 21385843 . G A 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0700786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7069;QD=26.4918;RBI=0.0700965;REFB=0.0213709;REVB=-0.0015816;RO=9;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198959;STB=0.610978;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0150855;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:11:6:6:3:11:6:6:3 chr22 21800444 . T C 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000396016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=10.1076;RBI=0.0142343;REFB=-0.0147357;REVB=0.0142288;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295972;STB=0.67352;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0281842;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:7:14:17:25:7:14:17:25 chr22 21801588 . T A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00398803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.631;QD=15.6258;RBI=0.0120504;REFB=-0.0122403;REVB=0.0113714;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152993;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0303111;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:13:10:10:7:13:10 chr22 21822725 . T C 87.36 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0662777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1332;QD=5.46016;RBI=0.0665676;REFB=-0.000778214;REVB=0.00620591;RO=50;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453084;STB=0.528804;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000175343;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:11:3:12:38:11:3:12:38 chr22 21984205 . A G 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344855;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6298;QD=57.575;RBI=0.0368234;REFB=0;REVB=-0.0129117;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210463;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr22 21989142 . G A 400.22 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0413485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7768;QD=18.6146;RBI=0.0429974;REFB=0.00396115;REVB=-0.0117931;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781029;STB=0.537916;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0051506;OID=.;OPOS=21989142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:23:18:23:21:23:18:23:22 chr22 21989621 . C T 334.01 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.050696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5031;QD=19.3629;RBI=0.0678873;REFB=-0.0255304;REVB=0.0451508;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117632;STB=0.565515;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0321828;OID=.;OPOS=21989621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:17:17:22:13:17:17 chr22 21990823 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0234055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0081;QD=14.6982;RBI=0.0288946;REFB=0.00244833;REVB=-0.0169435;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258665;STB=0.660182;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0032148;OID=.;OPOS=21990823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:6:10:8:14:6:10:8:15 chr22 22049783 . C T 170.94 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0175393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.314;QD=17.094;RBI=0.0190754;REFB=-0.0143568;REVB=0.0074995;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.549945;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0156392;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:9:8:13:9:9:9:13:9 chr22 22077224 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00448707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.321;QD=19.3687;RBI=0.00532679;REFB=0.00307389;REVB=-0.0028707;RO=7;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619789;STB=0.862193;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00256926;OID=.;OPOS=22077224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:1:9:1:6:1:9:1:6 chr22 22288405 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00711211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.274;QD=21.0137;RBI=0.100339;REFB=-0.0417966;REVB=0.100087;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.029336;OID=.;OPOS=22288405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:4:3:4:7:4:3 chr22 22312315 . C T 95.55 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00392543;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.732;QD=9.09968;RBI=0.021638;REFB=-0.00917869;REVB=-0.021279;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582856;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0307675;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:44:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:18:11:4:8:18:12 chr22 22312350 . GG CC 77.05 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.025419;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=68.9738;QD=7.33802;RBI=0.0255814;REFB=-0.0156902;REVB=-0.00287848;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771622;STB=0.515121;STBP=0.918;TYPE=mnp;VARB=0.0232226;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:42:28:31:10:10:0.238095:4:6:15:13:4:6:18:13 chr22 22453513 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0279789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.555;QD=23.4326;RBI=0.0310674;REFB=-0.00677779;REVB=-0.0135042;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151734;STB=0.508467;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00855692;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:7:13:16:8:7:13 chr22 22516998 . C T 162.69 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0175599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.053;QD=12.0513;RBI=0.0176676;REFB=-0.00107817;REVB=0.00194786;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212961;STB=0.632825;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00251379;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:18:15:13:7:19:15 chr22 22517026 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.989;QD=57.1775;RBI=0.0123687;REFB=0;REVB=0.00862022;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7482e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr22 22550401 . C G 199.26 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.134442;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.135;QD=18.9772;RBI=0.134524;REFB=-0.0272258;REVB=0.00467819;RO=12;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308018;STB=0.832936;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0277402;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:12:22:20:20:0.47619:18:2:4:8:18:2:13:9 chr22 22550450 . C G 299.44 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0186569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6343;QD=19.0118;RBI=0.0231428;REFB=0.00183184;REVB=-0.0136933;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291808;STB=0.661415;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0019694;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:7:24:14:18:7:24 chr22 22550510 . T C,G 878.93 PASS AF=0.0571429,0.871429;AO=4,62;DP=70;FAO=4,61;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=1,27;FSAR=3,34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0213346,0.0134792;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.6071,227.434;QD=50.2248;RBI=0.0286977,0.0136015;REFB=-0.108434,-0.0149953;REVB=-0.0191935,0.00181973;RO=4;SAF=1,28;SAR=3,34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.548203,-0.0628051;STB=0.855777,0.542359;STBP=0.18,0.016;TYPE=snp,snp;VARB=0.186638,0.00145207;OID=.,.;OPOS=22550510,22550510;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:70:70:4:5:4,62:4,61:0.0571429,0.871429:3,34:1,28:4:0:3,34:1,27:5:0 chr22 22556270 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00299541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.177;QD=13.486;RBI=0.0119242;REFB=-0.024182;REVB=-0.0115419;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0299474;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr22 22556368 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00887611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.407;QD=15.7843;RBI=0.0421839;REFB=-0.0386156;REVB=-0.0412395;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0138852;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr22 22556479 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00758604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.886;QD=15.6434;RBI=0.00961749;REFB=-0.00432007;REVB=0.0059117;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122888;STB=0.580042;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0066528;OID=.;OPOS=22556479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:12:16:9:11:12:17 chr22 22569448 . T A 613.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9581;QD=61.3075;RBI=0.0700107;REFB=0;REVB=-0.0293668;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543494;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr22 22569554 . C A 323.11 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6212;QD=53.8515;RBI=0.0327564;REFB=0;REVB=-0.0128795;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270158;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr22 22569640 . T G 108.83 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00816121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2865;QD=36.2773;RBI=0.179794;REFB=0.0319807;REVB=0.179609;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0168626;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:1:0:2:9:1:0 chr22 22599380 . G A 70.02 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.038302;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.148;QD=14.0035;RBI=0.0386319;REFB=-0.0146605;REVB=-0.0050376;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0178446;OID=.;OPOS=22599380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr22 22698027 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7546;QD=59.4353;RBI=0.0421096;REFB=0;REVB=0.00640025;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828755;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr22 22712467 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8254;QD=56.9381;RBI=0.031976;REFB=0;REVB=0.00644882;RO=0;SAF=41;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303439;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:12:41:0:0:12:41:0:0 chr22 22724341 . A C 292.18 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00413779;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.33;QD=21.6432;RBI=0.0204944;REFB=0.0110058;REVB=-0.0200724;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141304;STB=0.569978;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00881515;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:24:30:30:0.555556:16:14:16:9:16:14:15:9 chr22 22724394 . T C 1090.33 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199196;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.459;QD=58.9365;RBI=0.0217772;REFB=0.115917;REVB=0.00880089;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000150007;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr22 22730634 . G A 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0154613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8323;QD=25.3674;RBI=0.0180231;REFB=-0.0221667;REVB=0.00926174;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359042;STB=0.519981;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0155496;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:8:6:8:13:8:6 chr22 22842206 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.066;QD=55.6534;RBI=0.0245709;REFB=0;REVB=-0.0169659;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51714e-06;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr22 22842957 . T G 786.92 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0207986;FXX=0.042851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.308;QD=46.9804;RBI=0.0210945;REFB=-0.0500351;REVB=0.00352071;RO=7;SAF=26;SAR=33;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026335;STB=0.522198;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000659234;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:67:7:8:59:59:0.880597:33:26:4:3:33:26:5:3 chr22 22843118 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.74;QD=62.0218;RBI=0.0152738;REFB=0;REVB=0.0148808;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33056e-05;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr22 22868493 . G T 253.48 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.000113776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.977;QD=9.84405;RBI=0.00524582;REFB=0.00117395;REVB=-0.00524459;RO=70;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176597;STB=0.510294;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00394601;OID=.;OPOS=22868493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:70:33:33:0.320388:16:17:35:35:16:17:35:35 chr22 22868497 . G C 234.97 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0141822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.682;QD=9.21463;RBI=0.0150542;REFB=-0.00110498;REVB=-0.00504923;RO=71;SAF=16;SAR=15;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592537;STB=0.503481;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00241545;OID=.;OPOS=22868497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:71:31:31:0.303922:15:16:37:34:15:16:37:34 chr22 22868773 . G A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00991706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.626;QD=24.0274;RBI=0.0170049;REFB=-0.0166797;REVB=-0.0138137;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971129;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0188664;OID=.;OPOS=22868773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:4:4:5:9:4:4 chr22 22868776 . G A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0516233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9152;QD=24.0268;RBI=0.0786911;REFB=-0.0519463;REVB=0.0593913;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971129;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0308529;OID=.;OPOS=22868776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:4:4:5:9:4:4 chr22 22869123 . T C 621.35 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=137;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.031429;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0053;QD=18.275;RBI=0.0317285;REFB=-0.0015818;REVB=0.00434882;RO=70;SAF=33;SAR=30;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036174;STB=0.508273;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00181339;OID=.;OPOS=22869123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:70:72:63:64:0.470588:30:33:34:36:31:33:36:36 chr22 22869209 . C G 331.98 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0795905;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6149;QD=18.7031;RBI=0.108111;REFB=-0.0442236;REVB=-0.0731671;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150932;STB=0.521797;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.047639;OID=.;OPOS=22869209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:16:18:19:17:16:19:18:18 chr22 22869218 . T C 327.26 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0383185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9665;QD=17.6897;RBI=0.0495999;REFB=-0.0187294;REVB=0.0314934;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176648;STB=0.509876;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0230008;OID=.;OPOS=22869218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:15:20:23:16:15:20:23:16 chr22 22869538 . A G 115.06 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0492813;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.277;QD=17.7013;RBI=0.0495764;REFB=0.00124085;REVB=0.00540139;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00731726;OID=.;OPOS=22869538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:9:4:6:7:9:4:6:7 chr22 22869545 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00232384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.75;QD=17.4015;RBI=0.0197175;REFB=0.0145612;REVB=0.0195801;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101817;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0145585;OID=.;OPOS=22869545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:5:7:9:4:6:7 chr22 22869548 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.017981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.81;QD=17.4015;RBI=0.0181765;REFB=-0.00785122;REVB=0.0026589;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00579987;OID=.;OPOS=22869548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:6:7:9:4:6:7 chr22 22869649 . G C 102.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0096152;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9779;QD=16.4319;RBI=0.0100037;REFB=0.0205537;REVB=0.0027608;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0246325;OID=.;OPOS=22869649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:6:7:6:6:6:7 chr22 22869742 . C A 217.57 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0473463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.492;QD=22.9021;RBI=0.0522376;REFB=-0.0170572;REVB=-0.0220703;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0240036;OID=.;OPOS=22869742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:7:10:12:9:7:10 chr22 22989256 . A G 143.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.648;QD=44.1237;RBI=0.0530171;REFB=0;REVB=-0.042727;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88087e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr22 22989520 . G T 175.29 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0373158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.38;QD=13.748;RBI=0.0498671;REFB=-0.00144565;REVB=0.0330796;RO=31;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134455;STB=0.57823;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00459933;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:5:15:20:11:5:15:20:11 chr22 22989622 . T C 64.86 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.144936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.041;QD=4.89523;RBI=0.14548;REFB=0.00794166;REVB=0.0125783;RO=43;SAF=1;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536004;STB=0.86381;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0325796;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:9:1:21:22:9:1:21:22 chr22 23029263 . T C 832.61 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0837625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0009;QD=55.5076;RBI=0.0839149;REFB=0.000125925;REVB=0.00505345;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000918717;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:0:1:31:28:1:0 chr22 23029698 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.205;QD=57.2025;RBI=0.0580251;REFB=0;REVB=-0.00730702;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689703;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr22 23040462 . T C 657.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.537;QD=61.1717;RBI=0.0544043;REFB=0;REVB=0.0433642;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104226;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:21:22:0:0 chr22 23040767 . G T 1398.6 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010556;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.653;QD=62.8583;RBI=0.0108901;REFB=0;REVB=0.00267672;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157358;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr22 23055421 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0122814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.418;QD=25.6506;RBI=0.0133695;REFB=-0.018492;REVB=-0.00528316;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873892;STB=0.548469;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0168892;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:10:8:14:11:10:8 chr22 23055440 . C A 747.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.647;QD=63.6295;RBI=0.0237199;REFB=0;REVB=0.00790967;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57725e-05;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr22 23055533 . G A 611.92 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0113262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.417;QD=25.7649;RBI=0.012715;REFB=-0.0149363;REVB=0.00577835;RO=39;SAF=30;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535296;STB=0.50193;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.010782;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:40:55:55:0.578947:25:30:21:18:25:30:22:18 chr22 23055539 . G T 656.44 PASS AF=0.585859;AO=56;DP=96;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0273776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0488;QD=26.5229;RBI=0.0281211;REFB=0.00312777;REVB=-0.00642376;RO=40;SAF=31;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275507;STB=0.503369;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00130003;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:40:41:56:58:0.585859:25:31:22:18:25:33:23:18 chr22 23077555 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.067;QD=51.9167;RBI=0.0363142;REFB=0;REVB=0.035886;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236479;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr22 23089941 . ACT A 371.14 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930562;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.996;QD=54.9841;RBI=0.0935446;REFB=0;REVB=0.00954599;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000333366;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:26:27:27:0:14:13:0:0:4:0:9:13:0:0 chr22 23101216 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000469459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.411;QD=48.7372;RBI=0.0522006;REFB=0;REVB=0.0521985;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527685;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 23101221 . A G 207.42 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.427;QD=48.8041;RBI=0.0462168;REFB=0;REVB=0.0186675;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423261;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:8:9:0:0 chr22 23101247 . GC AT 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358182;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.302;QD=51.1841;RBI=0.0664119;REFB=0;REVB=0.0559249;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000768442;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr22 23101280 . C T 227.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547498;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.326;QD=50.5018;RBI=0.0130806;REFB=0;REVB=0.0118797;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232278;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 23101301 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.913;QD=50.4135;RBI=0.0341207;REFB=0;REVB=0.0270829;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109651;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr22 23101523 . G A 606.93 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0043339;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.49;QD=24.5223;RBI=0.00502269;REFB=-0.0199676;REVB=0.00253866;RO=44;SAF=31;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983515;STB=0.566974;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0113599;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:23:31:20:24:23:32:19:25 chr22 23101559 . G T 1522.93 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00301591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.685;QD=58.5742;RBI=0.0105966;REFB=-0.0929167;REVB=0.0101584;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00050752;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:58:45:0:0:58:45:1:0 chr22 23114327 . T C 310.24 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538639;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.99;QD=53.9542;RBI=0.0635767;REFB=0;REVB=-0.0337739;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159265;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr22 23114350 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.151;QD=52.6132;RBI=0.0668864;REFB=0;REVB=-0.00199414;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683831;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr22 23114938 . C A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0168238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.477;QD=18.7514;RBI=0.0299646;REFB=-0.0127047;REVB=0.0247959;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219087;STB=0.626058;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0124102;OID=.;OPOS=23114938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:19:21:12:30:19:21:12:31 chr22 23114993 . G A 467.68 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0131197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.701;QD=20.1153;RBI=0.0185131;REFB=-0.00166797;REVB=0.0130617;RO=47;SAF=14;SAR=32;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201588;STB=0.612235;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0015432;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:32:14:24:23:32:14:24:23 chr22 23115001 . A G 452.42 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.000445484;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.839;QD=19.2517;RBI=0.00393118;REFB=-0.012066;REVB=-0.00390585;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133818;STB=0.574244;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0106599;OID=.;OPOS=23115001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:49:45:45:0.478723:23:22:17:32:23:22:17:32 chr22 23135466 . T A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.042025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.801;QD=16.6272;RBI=0.0420274;REFB=-0.0160274;REVB=0.000448644;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352907;STB=0.699733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0134365;OID=.;OPOS=23135466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:2:12:6:7:2:12 chr22 23237697 . C T 305.5 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0140715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.517;QD=17.71;RBI=0.0204802;REFB=-0.00255875;REVB=0.0148805;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950429;STB=0.505316;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00216793;OID=.;OPOS=23237697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:18:15:16:20:18:15:16:20 chr22 23241705 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0529733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2438;QD=15.8811;RBI=0.0779947;REFB=-0.00780427;REVB=0.0572451;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.85653;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0145419;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:0:10:10:10:0.5:8:2:0:0:8:2:10:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GTA 389.74 PASS AF=0,1,0;AO=2,19,3;DP=29;FAO=0,29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254072,0.0219556,0.0137712;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=132.342,145.106,114.95;QD=53.7578;RBI=0.0254075,0.026874,0.0358561;REFB=0,0,0;REVB=0.000126983,0.0154971,-0.0331061;RO=3;SAF=0,14,0;SAR=2,5,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.666583,0.0222978,-0.712642;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=-0.0235893,8.80961e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTA,A,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:29:29:3:0:2,19,3:0,29,0:0,1,0:2,5,3:0,14,0:2:1:0,12,0:0,17,0:0:0 chr22 23247082 . C G 300.36 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.014567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9528;QD=13.8095;RBI=0.0151567;REFB=-0.00915382;REVB=0.00418664;RO=52;SAF=24;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173274;STB=0.558104;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0127971;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:53:32:34:0.390805:8:24:32:20:10:24:33:20 chr22 23256464 . G C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3132;QD=59.4292;RBI=0.03067;REFB=0;REVB=-0.024185;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58582e-05;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr22 23263602 . C T 758.06 PASS AF=1;AO=39;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.777;QD=53.1971;RBI=0.0846166;REFB=0;REVB=0.0818157;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136972;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:39:57:1:7:32:0:0:24:33:0:0 chr22 23438191 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0246626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.415;QD=20.4557;RBI=0.0259253;REFB=-0.00900323;REVB=-0.00799246;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101757;STB=0.557553;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.008347;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:8:7:10:7:8:7 chr22 23466386 . TTG GTT,TTT 87.69 PASS AF=0.625,0;AO=2,3;DP=22;FAO=10,0;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.13529,-0.0255783;FXX=0.1999;HRUN=10,1;LEN=3,1;MLLD=29.505,156.876;QD=21.9236;RBI=0.142594,0.0258976;REFB=-0.125591,0.0115639;REVB=0.045051,0.00405436;RO=7;SAF=1,0;SAR=1,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0720733,-0.684179;STB=0.5998,0.5;STBP=0.382,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0644787,0;OID=.,.;OPOS=23466386,23466388;OREF=TTG,G;OALT=GTT,T;OMAPALT=GTT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:16:7:6:2,3:10,0:0.625,0:1,3:1,0:4:3:6,0:4,0:4:2 chr22 23474972 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00655873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.734;QD=17.1568;RBI=0.00875735;REFB=0.00253672;REVB=-0.00580296;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.515905;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00131161;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:10:9:9:8:10:10 chr22 23482460 . A G 503.03 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0717962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9367;QD=25.1514;RBI=0.0775259;REFB=-0.00100697;REVB=-0.0292502;RO=31;SAF=30;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117142;STB=0.578478;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00134428;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:33:47:47:0.5875:17:30:15:16:17:30:15:18 chr22 23503121 . G A 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0079561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.431;QD=30.5522;RBI=0.0130472;REFB=-0.00122555;REVB=-0.0103407;RO=7;SAF=16;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454488;STB=0.756406;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000490095;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:2:16:2:5:2:16:2:5 chr22 23513523 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.816;QD=37.4885;RBI=0.0655537;REFB=0;REVB=0.0403628;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107836;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 23523630 . C A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0201358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.069;QD=14.3343;RBI=0.0249192;REFB=-0.0122341;REVB=-0.0146806;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0209556;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr22 23541488 . C T 580.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489018;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.863;QD=61.076;RBI=0.0581916;REFB=0;REVB=0.0315416;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83156e-05;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr22 23585132 . A G 105.76 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0432624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.53;QD=11.4337;RBI=0.0438178;REFB=-0.00846674;REVB=-0.00695439;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960675;STB=0.556876;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0181195;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:9:15:7:6:9:15 chr22 23627369 . A G 194.87 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00234628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.472;QD=17.3213;RBI=0.0276391;REFB=-0.028128;REVB=0.0275393;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156045;STB=0.589196;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0234828;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:12:8:13:10:12:8:14:11 chr22 23915652 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0199247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.27;QD=17.5646;RBI=0.0371437;REFB=0.00496068;REVB=0.0313475;RO=32;SAF=8;SAR=24;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783146;STB=0.515142;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00516984;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:35:32:32:0.477612:24:8:6:26:24:8:8:27 chr22 24038847 . T C 86.91 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0984917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0264;QD=13.3709;RBI=0.0985306;REFB=-0.00924917;REVB=-0.00276697;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0652223;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:26:26:11:14:9:10:0.384615:6:3:3:8:7:3:4:10 chr22 24086107 . A G 714.98 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00486123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.454;QD=60.8496;RBI=0.0210723;REFB=0.0364902;REVB=-0.0205039;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00208738;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:0:1:24:22:0:1 chr22 24108412 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0247275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.097;QD=12.8608;RBI=0.0433167;REFB=0.000150384;REVB=0.0355653;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.749165;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00218177;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:4:4:6:1:4:4 chr22 24121378 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2987;QD=35.5753;RBI=0.147766;REFB=0;REVB=0.0772902;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01607;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr22 24143502 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.161;QD=39.2068;RBI=0.0347107;REFB=0;REVB=0.0163042;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347483;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 24158899 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00689712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.589;QD=14.9786;RBI=0.0177589;REFB=0.0075462;REVB=-0.0163648;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.615131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0113798;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:4:6:8:2:4:7 chr22 24224655 . G A 124.98 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0199838;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.843;QD=16.127;RBI=0.025386;REFB=-0.0310426;REVB=0.0156556;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326879;STB=0.707703;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0120398;OID=.;OPOS=24224655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:17:14:14:0.451613:6:8:3:12:6:8:3:14 chr22 24224659 . C A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0196934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.951;QD=22.3403;RBI=0.0202199;REFB=-0.0037616;REVB=0.00458413;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247756;STB=0.637544;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00117177;OID=.;OPOS=24224659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:2:12:10:8:2:12 chr22 24237463 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0143058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.483;QD=24.03;RBI=0.0156964;REFB=-0.0274628;REVB=-0.00645911;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.508369;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0295068;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:5:4:7:8:5:4 chr22 24323227 . G A 214.44 PASS AF=0.222973;AO=33;DP=148;FAO=33;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=39;FWDB=-0.0236029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.521;QD=5.79566;RBI=0.0241709;REFB=-0.00656152;REVB=0.00520878;RO=115;SAF=20;SAR=13;SRF=76;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743682;STB=0.545428;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0225778;OID=.;OPOS=24323227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:115:115:33:33:0.222973:13:20:76:39:13:20:76:39 chr22 24325062 . G A 324.95 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.012426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.439;QD=41.9285;RBI=0.0292346;REFB=-0.0485395;REVB=0.0264623;RO=4;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975607;STB=0.564056;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00471769;OID=.;OPOS=24325062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:31:31:4:5:26:26:0.83871:9:17:4:0:9:17:5:0 chr22 24459438 . T C 924.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875081;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.268;QD=58.6839;RBI=0.0877488;REFB=0;REVB=0.00649566;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123821;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:26:34:0:0:27:36:0:0 chr22 24468386 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0281524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.518;QD=19.8503;RBI=0.0318384;REFB=0.0135135;REVB=0.0148704;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617157;STB=0.534839;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0137545;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:2:11:12:3:2:11 chr22 24535239 . CTTTTTA CTTTT,CTTTTA 240.27 PASS AF=0.627119,0;AO=9,8;DP=65;FAO=37,0;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14,0;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.2272,-0.048466;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.3618,11.2917;QD=16.2893;RBI=0.227202,0.0498014;REFB=-0.0401707,-0.0518206;REVB=0.000967387,0.0114551;RO=22;SAF=4,8;SAR=5,0;SRF=1;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.536078,0.861535;STB=0.640933,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=del,del;VARB=0.0385843,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535240;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTT,CTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627119,0:9,8:65:37,0:59:22:14,0:23,0:1:21:99:22:4,8:5,0:1:21 chr22 24535559 . T C 318.44 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00552454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.658;QD=18.46;RBI=0.012972;REFB=0.0174544;REVB=0.0117368;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109657;STB=0.551635;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0167182;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:33:34:0.492754:14:19:16:19:15:19:16:19 chr22 24546298 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0428155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.392;QD=10.6346;RBI=0.0451101;REFB=-0.0162678;REVB=-0.0142039;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376558;STB=0.736129;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0218302;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:5:8:7:1:5:8 chr22 24564477 . C T 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00877205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.408;QD=21.9743;RBI=0.0105903;REFB=-0.0259217;REVB=-0.00593348;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697674;STB=0.538444;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.020133;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:21:22:22:15:21:22:22:15 chr22 24698269 . G GA 31.49 PASS AF=0.296296;AO=11;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0192775;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.1138;QD=4.66514;RBI=0.136689;REFB=-0.0975448;REVB=-0.135323;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.607206;STBP=0.484;TYPE=ins;VARB=0.136621;OID=.;OPOS=24698270;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:11:28:8:27:19:5:3:9:10:31:17:6:5:8:9 chr22 24717850 . A G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.746;QD=45.7972;RBI=0.00145346;REFB=0;REVB=-0.000257502;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54261e-05;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 24761467 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4361;QD=48.729;RBI=0.0907658;REFB=0;REVB=0.0850536;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009769;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 24964128 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.324;QD=51.9155;RBI=0.0339714;REFB=0;REVB=-0.0204268;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028463;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr22 25003922 . G A 217.14 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0202351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8573;QD=13.3626;RBI=0.0289079;REFB=-0.016188;REVB=0.0206448;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157692;STB=0.584348;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0132749;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:18:8:17:21:18:8:17:22 chr22 25003934 . G A 203.23 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0162528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.037;QD=12.5064;RBI=0.0169001;REFB=-0.0045796;REVB=-0.00463249;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114322;STB=0.540951;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00621311;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:40:23:25:0.384615:12:11:15:25:14:11:15:25 chr22 25145453 . C T 435.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.522;QD=54.4842;RBI=0.0267623;REFB=-0.145344;REVB=0.0246879;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00167594;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:12:19:0:0:12:19:0:1 chr22 25145471 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.41;QD=57.6807;RBI=0.0438303;REFB=0;REVB=-0.000611828;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140591;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr22 25147423 . C T 214.84 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00564906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.342;QD=18.6814;RBI=0.043575;REFB=-0.0157629;REVB=-0.0432073;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164593;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0165771;OID=.;OPOS=25147423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:7:14:12:12:8:14:12:12 chr22 25291182 . TTTC T 121.87 PASS AF=0.652174;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0147658;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=258.982;QD=21.1946;RBI=0.0401038;REFB=-0.0547415;REVB=-0.0372865;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.562414;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.0366228;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:13:21:15:23:8:10:5:4:4:49:8:8:5:4:4 chr22 25424579 . C A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0986654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0447;QD=8.69655;RBI=0.0987544;REFB=0.0171298;REVB=0.0041931;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134335;STB=0.585095;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0249755;OID=.;OPOS=25424579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:3:11:6:1:3:11 chr22 25425282 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0311261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8725;QD=21.3529;RBI=0.053503;REFB=-0.0320865;REVB=-0.0435171;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0176811;OID=.;OPOS=25425282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr22 25425340 . T C 88.48 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00330804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.66;QD=16.0869;RBI=0.0140947;REFB=-0.00971855;REVB=-0.013701;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.553088;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00547449;OID=.;OPOS=25425340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:21:22:9:10:9:10:0.454545:4:5:6:3:4:6:7:3 chr22 25425403 . T C 117.3 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00159306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5179;QD=21.3277;RBI=0.0625747;REFB=0.0101078;REVB=-0.0625544;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0100319;OID=.;OPOS=25425403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr22 25436904 . T C 30.49 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00110046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.66;QD=11.0869;RBI=0.012316;REFB=-0.0177436;REVB=0.0122668;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0193517;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:6:6:4:5:0.454545:2:2:3:3:2:3:3:3 chr22 25577688 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0614219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7542;QD=16.929;RBI=0.0842849;REFB=0.00249514;REVB=0.0577174;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0036146;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:7:5:7:5:7:5 chr22 25577733 . T C 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0518139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.164;QD=13.4805;RBI=0.054419;REFB=-0.0158608;REVB=0.0166358;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0270238;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr22 25601196 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0180787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0613;QD=15.7004;RBI=0.0330179;REFB=0.00625447;REVB=0.0276286;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338966;STB=0.709391;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00865746;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:11:4:11:7:11:4:12:7 chr22 25617436 . T A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0467513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4134;QD=18.251;RBI=0.0664044;REFB=0.00781514;REVB=0.0471578;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309186;STB=0.677477;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00680889;OID=.;OPOS=25617436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:9:6:11:4:9:6 chr22 25627604 . G A 261.59 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0267473;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.625;QD=14.1399;RBI=0.0305866;REFB=-0.00283543;REVB=0.0148366;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849193;STB=0.548238;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00402183;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:27:17:14:16:27:17 chr22 25714153 . C T 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.000790434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.469;QD=4.78704;RBI=0.0479138;REFB=-0.00660363;REVB=0.0479072;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44662;STB=0.768679;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0547578;OID=.;OPOS=25714153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:25:8:5:3:25:9 chr22 25714180 . A G 69.6 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00897861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.941;QD=7.13894;RBI=0.0144131;REFB=-0.0309925;REVB=-0.0112748;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275721;STB=0.70551;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0351448;OID=.;OPOS=25714180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:39:39:28:29:9:10:0.25641:5:4:19:9:6:4:20:9 chr22 25714182 . A G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00468442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.866;QD=8.74503;RBI=0.0128985;REFB=-0.0165546;REVB=-0.0120178;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875624;STB=0.5624;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0198356;OID=.;OPOS=25714182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:5:7:19:10:5:7:20:10 chr22 25714218 . A T 83.38 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00523082;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.575;QD=7.75648;RBI=0.00840597;REFB=-0.0300375;REVB=0.00658018;RO=32;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139712;STB=0.588066;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0427529;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:46:43:32:32:11:11:0.255814:3:8:20:12:3:8:20:12 chr22 25714220 . C G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0155272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.417;QD=13.3679;RBI=0.0174574;REFB=-0.0176173;REVB=-0.00797918;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259095;STB=0.515135;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0256244;OID=.;OPOS=25714220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:20:11:6:12:20:11 chr22 25715774 . G A 126.77 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00587084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.322;QD=8.04913;RBI=0.0172947;REFB=-0.0143515;REVB=-0.0162677;RO=43;SAF=17;SAR=1;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61281;STB=0.894183;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0237874;OID=.;OPOS=25715774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:43:45:18:18:0.285714:1:17:25:18:1:17:25:20 chr22 25753231 . G A 190.71 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7623;QD=7.70527;RBI=0.0153158;REFB=-0.00123313;REVB=0.00678459;RO=73;SAF=14;SAR=12;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286519;STB=0.517228;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00369122;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:12:14:41:32:12:14:41:32 chr22 26159289 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0224734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=318.717;QD=25.2767;RBI=0.0226399;REFB=0.00628729;REVB=0.00274042;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.531002;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00363402;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:11:8:5:6:11:8:6:6 chr22 26164079 . C T 89.56 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.022116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.853;QD=15.5754;RBI=0.0244627;REFB=-0.0427113;REVB=0.0104549;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268832;STB=0.65597;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0332984;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:4:8:4:7:4:8 chr22 26166900 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.289;QD=55.0986;RBI=0.0398888;REFB=0;REVB=0.0267007;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165442;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr22 26173661 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.481;QD=53.9112;RBI=0.052667;REFB=0;REVB=0.0226807;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06039e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr22 26193982 . C G 408.88 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1977;QD=56.3971;RBI=0.131302;REFB=0;REVB=0.100512;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292368;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:11:12:0:0:16:13:0:0 chr22 26194045 . T C 283.41 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592438;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.489;QD=49.2879;RBI=0.0215716;REFB=-0.152716;REVB=-0.0207421;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0031464;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:16:6:0:1:16:6:0:1 chr22 26239850 . C A 323.44 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8412;QD=53.9058;RBI=0.0303354;REFB=0;REVB=-0.0271577;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314886;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr22 26422454 . T C 177.49 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000563752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.463;QD=21.5141;RBI=0.0219814;REFB=-0.0164238;REVB=0.0219741;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221291;STB=0.624858;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0190092;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:9:6:12:6:9:6 chr22 26422980 . A G 280.77 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000893052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.928;QD=28.0769;RBI=0.00954224;REFB=-0.0221039;REVB=-0.00950035;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183267;STB=0.510113;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0114101;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:14:11:7:8:14:11:7:8 chr22 26853905 . C A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.012558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.819;QD=21.9707;RBI=0.0214619;REFB=-0.00199813;REVB=0.0174043;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335233;STB=0.688334;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00119492;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:6:14:5:12:6:14:5:12 chr22 26859942 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0159581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.717;QD=8.8111;RBI=0.0159643;REFB=-0.00726585;REVB=0.000444951;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.024495;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr22 26862212 . T C 242.98 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0202104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.811;QD=29.4516;RBI=0.0204624;REFB=-0.0148002;REVB=0.00320144;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243745;STB=0.530699;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00815478;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:33:11:11:20:22:0.666667:12:8:4:7:12:10:4:7 chr22 26884039 . G A 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0112313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.506;QD=26.342;RBI=0.0159971;REFB=-0.0111158;REVB=0.0113914;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783405;STB=0.559378;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0030325;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:10:9:6:4:10:9:7:4 chr22 26895337 . G A 195.25 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0322326;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.323;QD=23.6671;RBI=0.0461463;REFB=-0.00332053;REVB=0.0330233;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266819;STB=0.51491;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00244333;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:10:4:6:13:10:4 chr22 26895517 . A T 169.65 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00235566;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.673;QD=13.0496;RBI=0.0193227;REFB=-0.0108673;REVB=0.0191786;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15538;STB=0.576534;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00901722;OID=.;OPOS=26895517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:32:18:20:0.384615:7:11:13:15:7:13:17:15 chr22 26932150 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0266257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3292;QD=11.6672;RBI=0.0363647;REFB=0.00108265;REVB=-0.0247683;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249201;STB=0.648633;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00192083;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:10:4:13:13:10:4:13:13 chr22 26937327 . C G 411.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.863;QD=56.7799;RBI=0.0649174;REFB=0;REVB=0.0586897;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153692;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:12:15:0:0:14:15:0:0 chr22 26951185 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0131412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.46;QD=8.2546;RBI=0.014842;REFB=0.00427327;REVB=0.00689874;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343123;STB=0.713605;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0165675;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:8:4:4:2:8:4 chr22 27021457 . T C,G 544.61 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571116,-0.0310183;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=257.615,12.7784;QD=58.8762;RBI=0.0295072,0.0663083;REFB=0,0;REVB=0.0289492,-0.058606;RO=0;SAF=23,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000171906,0.181547;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:12,2:23,0:0:0:12,2:23,0:0:0 chr22 28316591 . T TG,TGG 371.55 PASS AF=0.974359,0;AO=32,5;DP=40;FAO=38,0;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0413021,-0.022966;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.0411,8.19086;QD=38.1078;RBI=0.254914,0.135797;REFB=0.0418574,0.0436668;REVB=-0.251546,-0.133841;RO=3;SAF=11,0;SAR=21,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00184338,-0.73361;STB=0.509086,0.5;STBP=0.615,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00601642,0;OID=.,.;OPOS=28316592,28316592;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.974359,0:32,5:40:38,0:39:1:11,0:27,0:0:1:4:3:11,0:21,5:1:2 chr22 28378472 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0193736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.561;QD=15.3787;RBI=0.0298569;REFB=-0.00308359;REVB=-0.0227178;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00836763;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr22 28379103 . G A 129.59 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0125155;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0522;QD=12.3423;RBI=0.0317773;REFB=0.0105089;REVB=0.0292089;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350945;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0172795;OID=.;OPOS=28379103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:27:15:15:0.357143:8:7:12:12:8:7:13:14 chr22 28559120 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=11;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0412193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9469;QD=18.251;RBI=0.0592364;REFB=-0.0115774;REVB=-0.0425432;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00961574;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:11:15:0.5:5:6:5:10:5:10:5:10 chr22 29001619 . T C 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00349092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9258;QD=13.0849;RBI=0.0338454;REFB=0.0269661;REVB=-0.0336649;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39774;STB=0.734917;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0309893;OID=.;OPOS=29001619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:10:3:12:8:10:3:12:8 chr22 29130458 . T C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00310485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.452;QD=19.3697;RBI=0.00862696;REFB=-0.00561406;REVB=0.00804888;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142741;STB=0.581392;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00707235;OID=.;OPOS=29130458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:8:7:5:11:8:7 chr22 29182500 . C A 979.12 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284059;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.352;QD=57.5952;RBI=0.0289158;REFB=-0.0495349;REVB=-0.00540652;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000210264;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:1:0:34:33:1:0 chr22 29450107 . A G 463.38 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0376847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1238;QD=28.9614;RBI=0.0592152;REFB=0.0085924;REVB=0.0456761;RO=21;SAF=10;SAR=32;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392693;STB=0.512718;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00164097;OID=.;OPOS=29450107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:21:42:43:0.671875:32:10:6:15:32:11:6:15 chr22 29453027 . A G 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0119073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.708;QD=18.634;RBI=0.0423244;REFB=-0.021904;REVB=0.0406149;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0123423;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:9:7:8:8:9:7 chr22 29542748 . C A 1133.19 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3245;QD=60.437;RBI=0.0179274;REFB=0;REVB=0.00597016;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58816e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:42:33:0:0 chr22 29621128 . C G 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.179;QD=42.1592;RBI=0.106008;REFB=0;REVB=0.0565376;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269889;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr22 29630337 . G A 183.11 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.019358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.59;QD=25.2565;RBI=0.0377152;REFB=-0.029294;REVB=-0.0323683;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688812;STB=0.538419;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00974853;OID=.;OPOS=29630337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:6:5:10:8:6:5 chr22 29726624 . G A 67.51 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00764619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.532;QD=14.2124;RBI=0.0104592;REFB=-0.0297795;REVB=0.00713663;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120294;OID=.;OPOS=29726624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:19:7:7:7:7:0.368421:4:3:3:4:4:3:3:4 chr22 29727866 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0887;QD=45.8066;RBI=0.0113089;REFB=0;REVB=0.0063309;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705045;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr22 29755888 . T C 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.586;QD=61.9996;RBI=0.0084848;REFB=0;REVB=0.0047836;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11341e-05;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr22 29885861 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.632;QD=35.5759;RBI=0.0140633;REFB=0;REVB=0.0125209;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113488;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr22 29886413 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0194;QD=52.6128;RBI=0.0864133;REFB=0;REVB=0.0560425;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018733;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 29886893 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.764;QD=49.599;RBI=0.0212527;REFB=0;REVB=0.00556083;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18017e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr22 29904519 . T C 167.2 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0288683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.804;QD=11.733;RBI=0.0288779;REFB=-0.00958852;REVB=-0.000742854;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345084;STB=0.519981;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0183577;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:11:25:14:7:11:25 chr22 29913272 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.564;QD=58.5859;RBI=0.0287026;REFB=0;REVB=0.0255668;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197226;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr22 29957570 . G A 708.63 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.358;QD=62.9896;RBI=0.0329793;REFB=0;REVB=-0.00615946;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2899e-05;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:30:14:0:0:31:14:0:0 chr22 30221201 . G A 226.34 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0254393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7602;QD=22.6338;RBI=0.0431502;REFB=-0.0453846;REVB=0.0348538;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812719;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0514418;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:17:22:23:0.575:10:12:8:10:11:12:8:9 chr22 30234192 . TGCC T 173.88 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321671;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.552;QD=46.3665;RBI=0.0507045;REFB=0;REVB=0.0391946;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000653222;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:10:5:0:0:4:0:9:5:0:0 chr22 30638584 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0166586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.928;QD=17.9551;RBI=0.0224628;REFB=-0.00224735;REVB=0.0150688;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132974;STB=0.575665;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00202605;OID=.;OPOS=30638584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:6:11:8:8:6:11 chr22 30638721 . G A 113.44 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0495533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6941;QD=19.7295;RBI=0.049745;REFB=-0.0120485;REVB=0.00436317;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125598;STB=0.588109;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0081236;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:8:4:2:8:8:5:2:8 chr22 30681257 . C G 221.92 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.386;QD=49.3156;RBI=0.0453874;REFB=0;REVB=0.0364404;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136357;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr22 30682767 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0130379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3755;QD=15.9166;RBI=0.0227845;REFB=-0.00312306;REVB=0.0186855;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305023;STB=0.660763;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00657056;OID=.;OPOS=30682767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:4:9:5:9:4:9:6:9 chr22 30689998 . G A 299.55 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00717266;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.703;QD=23.0422;RBI=0.00897716;REFB=-0.0111652;REVB=0.00539836;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147819;STB=0.575291;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00883414;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:22:29:30:0.576923:19:10:12:11:20:10:11:11 chr22 30714684 . A C 362.5 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.906;QD=55.7684;RBI=0.192319;REFB=0;REVB=0.192289;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730706;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:17:26:1:2:15:0:0:11:15:0:0 chr22 30737748 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0179173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.044;QD=17.6173;RBI=0.0194249;REFB=-0.0245652;REVB=0.00750296;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204813;STB=0.615667;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0265464;OID=.;OPOS=30737748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:16:11:15:9:16:11 chr22 30762178 . G A 269.19 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00991793;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.08;QD=21.9746;RBI=0.0107975;REFB=9.42152e-05;REVB=-0.00426855;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524281;STB=0.529388;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000115687;OID=.;OPOS=30762178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:11:13:15:10:11:13 chr22 30770603 . T A 710.29 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00793988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.888;QD=54.6379;RBI=0.0110693;REFB=-0.113084;REVB=0.0077129;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000249849;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:33:18:0:1:33:18:0:1 chr22 30771554 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.633;QD=62.9828;RBI=0.0733813;REFB=0;REVB=-0.0638463;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60375e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr22 30782731 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0227578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.999;QD=17.8275;RBI=0.0294274;REFB=-0.0146744;REVB=0.0186562;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0134966;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr22 30794719 . C T 139.27 PASS AF=0.4;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0699002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7169;QD=13.9266;RBI=0.0705159;REFB=-0.019887;REVB=0.00929794;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361899;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:24:15:16:0.4:10:5:9:14:10:6:9:15 chr22 30820707 . A G 191.89 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0011667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.061;QD=23.2595;RBI=0.00123572;REFB=-0.0131789;REVB=0.000407183;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.572881;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0103021;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:11:7:3:11:12:7:3:11 chr22 30823113 . T G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00876823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.015;QD=22.831;RBI=0.0197653;REFB=-0.00929315;REVB=0.0177139;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944299;STB=0.553121;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00657156;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:4:6:7:8:4:6 chr22 30823196 . T C 187.38 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.011068;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.011;QD=25.845;RBI=0.0111145;REFB=-0.0306789;REVB=0.00101561;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694283;STB=0.503872;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0167771;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:6:5:8:10:6:5 chr22 30857373 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9301;QD=57.201;RBI=0.0405127;REFB=0;REVB=0.0394502;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457268;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr22 30857448 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.93;QD=59.8363;RBI=0.0281898;REFB=0;REVB=0.0136633;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151827;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr22 30862400 . T A 469.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410455;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.351;QD=58.6466;RBI=0.00463437;REFB=0;REVB=0.00215176;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24517e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr22 30891412 . G A 256.82 PASS AF=0.467742;AO=24;DP=58;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0462447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.256;QD=16.5692;RBI=0.0492018;REFB=-0.0253967;REVB=-0.0168001;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107701;STB=0.531229;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.042441;OID=.;OPOS=30891412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:26:33:24:29:0.467742:15:9:7:19:15:14:14:19 chr22 30927975 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3315;QD=40.7619;RBI=0.120513;REFB=0;REVB=0.0979245;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00906257;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr22 30934885 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00872853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.853;QD=15.3783;RBI=0.0171358;REFB=0.0044276;REVB=0.0147461;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435749;STB=0.757095;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00447892;OID=.;OPOS=30934885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:8:6:10:2:8:6 chr22 31090229 . GC G 273.43 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4002;QD=33.1428;RBI=0.0964719;REFB=-0.0570208;REVB=0.0273488;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=-0.0580911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0205558;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:33:33:33:0:20:13:0:0:4:2:15:13:2:0 chr22 31266546 . T C 670.19 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.567;QD=62.3433;RBI=0.0286709;REFB=0;REVB=-0.0209611;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48879e-06;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr22 31302125 . C G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3354;QD=52.6094;RBI=0.112889;REFB=0;REVB=0.105345;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333594;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:1:21:0:0:1:21:0:0 chr22 31302233 . T C 324.5 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.477;QD=54.0835;RBI=0.0506119;REFB=0;REVB=0.0473843;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479355;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:11:13:0:0 chr22 31303606 . GTTTTTA GTTT,GTTTTA 152.27 PASS AF=0.127273,0.290909;AO=12,29;DP=117;FAO=14,32;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=7,10;FSAR=7,22;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00436469,-9.66744e-05;FXX=0.0756239;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=243.3,11.8344;QD=5.53717;RBI=0.0112774,0.014457;REFB=-0.00297696,-0.108914;REVB=0.0103985,0.0144567;RO=61;SAF=7,11;SAR=5,18;SRF=38;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0514748,-0.277741;STB=0.58962,0.696261;STBP=0.483,0.007;TYPE=del,del;VARB=0.0122579,0.0572913;OID=.,.;OPOS=31303610,31303607;OREF=TTA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.127273,0.290909:12,29:117:14,32:110:64:7,10:7,22:39:25:74:61:7,11:5,18:38:23 chr22 31303619 . TAAA TAA,T,TATA 580.01 PASS AF=0.65812,0.111111,0.230769;AO=38,14,27;DP=124;FAO=77,13,27;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=35,7,10;FSAR=42,6,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.36305,-0.123153,-0.0258182;FXX=0.0564471;HRUN=11,11,11;LEN=1,3,1;MLLD=5.15792,13.7088,167.712;QD=19.8292;RBI=0.407996,0.137893,0.0326621;REFB=0.00892684,0.00655472,-0.000459791;REVB=0.18616,0.0620303,-0.0200058;RO=20;SAF=16,8,10;SAR=22,6,17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.147615,0.365961,0.147049;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00902976,0.0313985,0.0232457;OID=.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303621;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.65812,0.111111,0.230769:38,14,27:124:77,13,27:117:0:35,7,10:42,6,17:0:0:99:20:16,8,10:22,6,17:4:16 chr22 31333631 . T C 761.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.274;QD=62.1303;RBI=0.0536541;REFB=0;REVB=0.0291799;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131285;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:21:25:0:0:23:26:0:0 chr22 31342376 . G C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0123975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.306;QD=12.2757;RBI=0.0438731;REFB=-0.00458032;REVB=0.042085;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988031;STB=0.558183;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00707111;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:16:16:7:10:16:16 chr22 31354653 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=389.709;QD=59.0187;RBI=0.0117277;REFB=0;REVB=-0.00289692;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15023e-05;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr22 31521404 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4035;QD=60.2284;RBI=0.0620798;REFB=0;REVB=0.0580225;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983172;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:33:4:0:0:33:4:0:0 chr22 31521850 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.021;QD=39.2068;RBI=0.077104;REFB=0;REVB=0.0399649;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806922;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 31533796 . G C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.014002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.084;QD=20.892;RBI=0.029504;REFB=-0.00717187;REVB=0.0259698;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152856;STB=0.508469;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0046744;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:14:13:16:16:14:13 chr22 31535872 . G C 44.77 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.147056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8289;QD=7.46131;RBI=0.150459;REFB=-0.0181257;REVB=-0.0318232;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112877;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0273299;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:8:9:3:4:8:9 chr22 31535995 . C G 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0755843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.357;QD=17.8374;RBI=0.0758884;REFB=-0.0248153;REVB=0.00678656;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.53679;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0174527;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:9:5:6:8:9:5 chr22 31536133 . A C 483.09 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2336;QD=58.5568;RBI=0.0121765;REFB=0;REVB=0.000488648;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200792;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr22 31556103 . A G 576.47 PASS AF=0.391813;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0082388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.634;QD=13.4847;RBI=0.0176739;REFB=-0.00148027;REVB=0.0156362;RO=103;SAF=31;SAR=36;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134816;STB=0.578028;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00192146;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:103:104:67:67:0.391813:36:31:35:68:36:31:35:69 chr22 31602671 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0804665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5988;QD=4.63836;RBI=0.0806019;REFB=0.0131114;REVB=-0.00466913;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099542;STB=0.566068;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0376147;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:15:26:5:4:15:26 chr22 31663842 . C G 385.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.375;QD=55.1221;RBI=0.00859505;REFB=0;REVB=0.00847443;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109023;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr22 31673111 . A G 188.1 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0117218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.578;QD=17.1004;RBI=0.0337837;REFB=0.000671496;REVB=0.0316849;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386449;STB=0.670236;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000112159;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:5:13:8:16:7:13:8:16 chr22 31673116 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00599711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.102;QD=16.0653;RBI=0.00774081;REFB=-0.00429182;REVB=0.00489437;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271363;STB=0.655273;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00619329;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:8:16:7:11:8:16 chr22 31679110 . G C 183.01 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00427935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.934;QD=43.0601;RBI=0.106834;REFB=-0.152065;REVB=0.106749;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00307608;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr22 31685256 . C G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0163165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.253;QD=16.4165;RBI=0.0228111;REFB=-0.00970485;REVB=0.0159411;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.017808;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:5:9:6:9:5:9:6:10 chr22 31744072 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0112714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.79;QD=24.0734;RBI=0.0119785;REFB=-0.00937337;REVB=-0.00405474;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206184;STB=0.51161;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00365188;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:3:4:7:6:3:4 chr22 31843489 . A C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0186363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.554;QD=21.5091;RBI=0.0201579;REFB=-0.0236915;REVB=-0.007683;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172371;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00997065;OID=.;OPOS=31843489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:8:7:5:13:8:7 chr22 31859859 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0198193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.436;QD=19.7627;RBI=0.0235213;REFB=0.00425696;REVB=0.0126667;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207728;STB=0.624673;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00394861;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:7:17:11:12:7:18 chr22 31971258 . T C 428.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6506;QD=57.1626;RBI=0.0448609;REFB=0;REVB=0.023719;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115981;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr22 32015450 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.255;QD=54.517;RBI=0.0256843;REFB=0;REVB=0.0116633;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282212;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr22 32021731 . C T 35.74 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0243084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.426;QD=5.71868;RBI=0.0339514;REFB=0.00172226;REVB=-0.0237024;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657495;STB=0.881274;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0194584;OID=.;OPOS=32021731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:17:19:6:6:0.24:1:5:3:14:1:5:5:14 chr22 32110163 . G A 156.44 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0140229;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.889;QD=21.5779;RBI=0.017113;REFB=-0.0420562;REVB=-0.00980879;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232261;STB=0.573365;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0245784;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:11:13:15:16:0.551724:4:11:5:6:5:11:7:6 chr22 32112461 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00818911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.356;QD=18.8205;RBI=0.0191405;REFB=0.0203204;REVB=0.0173002;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0141923;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr22 32222476 . C G 300.37 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00112287;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4249;QD=18.4844;RBI=0.0132436;REFB=-0.0185946;REVB=-0.0131959;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041253;STB=0.542142;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0216784;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:33:32:32:0.492308:12:20:18:13:12:20:18:15 chr22 32334021 . T A 286.29 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0147558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.678;QD=20.4493;RBI=0.0215494;REFB=-0.00444267;REVB=-0.0157049;RO=26;SAF=22;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220721;STB=0.627781;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00443136;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:7:22:14:12:7:23:14:12 chr22 32334229 . A C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.058;QD=18.7667;RBI=0.0413024;REFB=-0.0106023;REVB=0.0413024;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136527;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:6:0:0:2:6:0:0:3 chr22 32377135 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6023;QD=43.4851;RBI=0.0262382;REFB=0;REVB=0.0261935;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823157;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 32546946 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.72;QD=43.4862;RBI=0.0387646;REFB=0;REVB=-0.015771;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122135;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 32547012 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.797;QD=40.7623;RBI=0.0328898;REFB=0;REVB=0.0253837;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692403;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 32554985 . A G 574.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.499;QD=60.4985;RBI=0.0366966;REFB=0;REVB=-0.0283955;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38645e-05;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:10:27:0:0:10:28:0:0 chr22 32554994 . G A 162.54 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0259746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.832;QD=16.6709;RBI=0.0879335;REFB=-0.000181874;REVB=-0.0840096;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128668;STB=0.591744;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00260485;OID=.;OPOS=32554994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:5:12:17:4:6:12:17:4 chr22 32587023 . C G 272.31 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=24;FWDB=0.0332797;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9725;QD=9.72534;RBI=0.0543029;REFB=-0.0102239;REVB=-0.04291;RO=75;SAF=17;SAR=19;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22511;STB=0.641944;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0222428;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:75:76:36:36:0.321429:19:17:50:25:19:17:52:24 chr22 32587027 . G C 267.53 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00056204;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.247;QD=9.14634;RBI=0.0152282;REFB=-0.00133085;REVB=0.0152179;RO=81;SAF=17;SAR=19;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18551;STB=0.607942;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00325676;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:81:81:36:36:0.307692:19:17:51:30:19:17:51:30 chr22 32589023 . C T 238.89 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00273954;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9784;QD=11.3757;RBI=0.0227496;REFB=0.00450573;REVB=0.0225841;RO=54;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222951;STB=0.518506;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00442184;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:55:29:29:0.345238:14:15:29:25:14:15:30:25 chr22 32589034 . T C 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0375448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.568;QD=11.6125;RBI=0.043859;REFB=-0.0160038;REVB=-0.0226717;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671343;STB=0.509363;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0283665;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:13:16:29:23:13:16:30:23 chr22 32590449 . G A 429.49 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.017482;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.85;QD=38.1768;RBI=0.0269433;REFB=-0.040451;REVB=-0.0205017;RO=11;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853342;STB=0.542144;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00841502;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:45:45:11:11:33:34:0.755556:15:18:8:3:15:19:8:3 chr22 32754103 . A C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0175006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.251;QD=16.4061;RBI=0.0384213;REFB=0.000930684;REVB=0.0342041;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721442;STB=0.540515;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000940872;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:14:23:17:14:14:23 chr22 32754230 . A G 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0202733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.59;QD=10.1989;RBI=0.0245942;REFB=-0.0195391;REVB=0.0139237;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062931;STB=0.536883;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0121084;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:21:30:16:9:21:30 chr22 32754232 . C T 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0248312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.851;QD=10.1987;RBI=0.0265424;REFB=-0.0167214;REVB=0.00937582;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062931;STB=0.536883;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.025073;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:21:30:16:9:21:30 chr22 32754306 . T C 276.78 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0528858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.731;QD=13.5014;RBI=0.055178;REFB=-0.0191152;REVB=-0.0157386;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132779;STB=0.569956;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0384296;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:19:13:26:23:19:13:26:24 chr22 32756407 . A G 475.16 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0137214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.137;QD=17.763;RBI=0.0295485;REFB=-0.00587585;REVB=-0.0261694;RO=55;SAF=29;SAR=22;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300359;STB=0.511048;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00516919;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:56:51:51:0.476636:22:29:33:22:22:29:33:23 chr22 32756555 . G C 505.47 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0152936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8882;QD=17.7358;RBI=0.0468349;REFB=0.0342479;REVB=0.0442675;RO=60;SAF=35;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161692;STB=0.589986;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0330596;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:19:35:29:31:19:35:29:31 chr22 32756744 . A G 128.42 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00291116;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9739;QD=11.6749;RBI=0.0168696;REFB=0.00951867;REVB=-0.0166166;RO=30;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56284;STB=0.843668;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0227325;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:29:15:15:0.340909:13:2:18:12:13:2:18:11 chr22 32759025 . G C 158.73 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0243043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.864;QD=17.1596;RBI=0.0255638;REFB=-0.02145;REVB=0.00792545;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.538417;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0313329;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:8:11:9:8:8:12 chr22 32784051 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0153958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.464;QD=9.76022;RBI=0.0468432;REFB=0.0105221;REVB=-0.0442408;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196632;STB=0.618737;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0301192;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:3:9:4:3:3:9 chr22 32795641 . C T 201.22 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00763713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8049;QD=21.1805;RBI=0.0146612;REFB=-0.0628596;REVB=0.012515;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593334;STB=0.533301;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0559528;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:6:12:12:8:6:12 chr22 32811952 . A G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00991928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.549;QD=31.225;RBI=0.0102714;REFB=-0.0187266;REVB=0.00266622;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183508;STB=0.601456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00579244;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:14:6:5:3:14:6:5:3 chr22 32871383 . T G 163.75 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0113278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.029;QD=9.35739;RBI=0.0404233;REFB=-0.00501229;REVB=-0.0388036;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231697;STB=0.64935;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0100827;OID=.;OPOS=32871383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:48:22:22:0.314286:8:14:20:26:8:14:20:28 chr22 32875190 . G A 791.38 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333072;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.254;QD=55.5353;RBI=0.0362571;REFB=-0.133429;REVB=0.0143252;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0013245;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:57:0:1:56:56:0.982456:30:26:0:0:30:26:0:1 chr22 32879899 . AAT A,AAA 68.92 PASS AF=0.234043,0;AO=10,2;DP=47;FAO=11,0;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=9,0;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.108923,0.0277119;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.7488,24.4083;QD=5.8654;RBI=0.114861,0.0279463;REFB=-0.068305,-0.00504417;REVB=0.0364519,-0.0036119;RO=33;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509223,-0.512653;STB=0.823846,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=del,snp;VARB=0.16179,0;OID=.,.;OPOS=32879900,32879901;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043,0:10,2:47:11,0:47:36:2,0:9,0:22:14:69:33:2,0:8,2:21:12 chr22 32887150 . C T 587.86 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.106;QD=60.2929;RBI=0.0412758;REFB=0;REVB=-0.00395536;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23262e-05;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:19:17:0:0:19:20:0:0 chr22 33253280 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5732;QD=58.9614;RBI=0.0290355;REFB=0;REVB=-0.0206027;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368541;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr22 33253292 . C T 958.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692631;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.16;QD=58.9779;RBI=0.0406995;REFB=0;REVB=0.0401058;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86069e-05;OID=.;OPOS=33253292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr22 35463162 . A G 1151.36 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.028;QD=60.5981;RBI=0.0229461;REFB=0;REVB=0.0216701;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43043e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:35:41:0:0 chr22 35463179 . T C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.276;QD=61.2113;RBI=0.0340592;REFB=0;REVB=0.00769664;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67866e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr22 35463249 . C T 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0014581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.913;QD=60.7483;RBI=0.02511;REFB=0.015519;REVB=0.0250676;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.00518e-05;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:42:42:1:0:42:43:1:0 chr22 35660875 . G T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0185033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.24;QD=11.8139;RBI=0.0239423;REFB=-0.00623867;REVB=-0.0151941;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316968;STB=0.679313;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0120049;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:10:3:11:11:10:3:11:12 chr22 35679951 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00252563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.415;QD=19.6681;RBI=0.0150741;REFB=-0.0146923;REVB=-0.014861;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046477;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0111669;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:9:10:9:10:9:10 chr22 35817553 . C T 228.66 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0250293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.707;QD=16.0462;RBI=0.0479971;REFB=-0.0210599;REVB=0.0409543;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.585399;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0269404;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:25:26:0.45614:14:11:17:13:15:11:18:13 chr22 36007045 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.544;QD=64.4148;RBI=0.0513688;REFB=0;REVB=0.0347705;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234204;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr22 36007075 . C T 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8459;QD=62.3406;RBI=0.00107812;REFB=0;REVB=-0.000275846;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41054e-06;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 36122930 . C T 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00176765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.33;QD=15.6015;RBI=0.0135941;REFB=-0.0150731;REVB=-0.0134787;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248693;STB=0.64679;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0117994;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:11:19:14:23:11:19:14:24 chr22 36124860 . C G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00230782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6326;QD=11.4395;RBI=0.0229156;REFB=-0.00750857;REVB=0.0227991;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602297;STB=0.535661;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0157119;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:8:16:8:5:8:16 chr22 36155992 . C T 135.77 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00883005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.977;QD=6.87448;RBI=0.0280363;REFB=0.00437909;REVB=0.0266095;RO=59;SAF=14;SAR=6;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184961;STB=0.61358;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00817245;OID=.;OPOS=36155992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:6:14:33:26:6:14:33:26 chr22 36545137 . A T 761.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.603;QD=63.4532;RBI=0.0111355;REFB=0;REVB=0.00881212;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44978e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr22 36556823 . G T 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7984;QD=57.8711;RBI=0.027515;REFB=0;REVB=0.0218748;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52921e-05;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr22 36573945 . A G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0307606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.227;QD=12.3937;RBI=0.0422741;REFB=0.0238613;REVB=0.028998;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325021;STB=0.692027;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0334329;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:10:14:4:10:10:14 chr22 36575664 . G A 460.15 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0219656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.141;QD=18.592;RBI=0.022734;REFB=-0.00143828;REVB=0.00586089;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03663;STB=0.525242;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00210114;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:23:23:28:24:23:23:29:24 chr22 36587279 . A G 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.020575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3169;QD=14.9762;RBI=0.0246551;REFB=-0.00358279;REVB=-0.0135847;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00426322;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:19:21:8:11:10:10:0.47619:4:6:4:4:4:6:7:4 chr22 36587404 . G A 212.74 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0432492;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4904;QD=16.0558;RBI=0.0462486;REFB=0.00956339;REVB=0.0163839;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166439;STB=0.509426;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00738815;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:15:14:12:12:15:14 chr22 36587486 . A G 224.37 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00410279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3935;QD=17.5979;RBI=0.0476742;REFB=0.0287418;REVB=0.0474974;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.538429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0300331;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:27:24:24:0.470588:15:9:11:13:15:9:12:15 chr22 36587511 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2067;QD=62.6679;RBI=0.0116171;REFB=0;REVB=-0.0109855;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157783;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr22 36591380 . A G 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00295858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.31;QD=25.2542;RBI=0.0761314;REFB=0.0059827;REVB=0.0760739;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181409;STB=0.51011;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00320981;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:4:7:11:7:4:7 chr22 36598049 . C G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0948;QD=51.1819;RBI=0.0599959;REFB=0;REVB=0.0109512;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242572;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr22 36598058 . T C 289.48 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536081;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.9;QD=52.6335;RBI=0.0537245;REFB=0;REVB=0.00353454;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194863;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:13:9:0:0 chr22 36623731 . T C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.582;QD=62.3421;RBI=0.0165508;REFB=0;REVB=0.0148327;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21835e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr22 36650956 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00790602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8313;QD=22.3411;RBI=0.0677779;REFB=-0.04778;REVB=-0.0673152;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236509;STB=0.608571;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.020514;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:5:12:6:8:6:12:6:8 chr22 36661330 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.739;QD=62.9826;RBI=0.0312181;REFB=0;REVB=-0.0292047;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2619e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr22 36661536 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000362706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5603;QD=54.5147;RBI=0.00127879;REFB=0;REVB=0.00122628;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47267e-05;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr22 36661566 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.725;QD=52.6132;RBI=0.0364885;REFB=0;REVB=-0.00373329;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183322;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr22 36661646 . G A 464.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1817;QD=58.0865;RBI=0.144298;REFB=0;REVB=0.127805;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385076;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr22 36661842 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.539;QD=43.4858;RBI=0.0463196;REFB=0;REVB=0.0459786;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325074;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr22 36677400 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0226149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.045;QD=21.5108;RBI=0.0235069;REFB=-0.00316391;REVB=-0.00641405;RO=15;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504557;STB=0.528272;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00279965;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:15:3:2:13:15:3:2:13 chr22 36678314 . CG C 37.32 PASS AF=0.346154;AO=11;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0577318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.781;QD=5.74148;RBI=0.0851021;REFB=-0.0409231;REVB=0.0625253;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.322581;SSSB=-0.544356;STB=0.77716;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.0289763;OID=.;OPOS=36678315;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:11:26:9:26:17:2:7:11:6:37:13:2:9:10:3 chr22 36678453 . C G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0435554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.253;QD=15.6245;RBI=0.0437712;REFB=-0.00121177;REVB=0.00434108;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407973;STB=0.745927;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000628342;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:13:4:14:8:13:4:15:8 chr22 36678476 . C A 107.25 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0529708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.528;QD=13.4063;RBI=0.0535688;REFB=-0.0285367;REVB=-0.00798182;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375174;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0291324;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:11:8:10:3:11:8 chr22 36684354 . T C 153.26 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0138513;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.457;QD=20.4344;RBI=0.0152265;REFB=-0.00802992;REVB=-0.0063237;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00986336;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:10:4:7:9:10:4 chr22 36684358 . C A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0056588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.264;QD=21.2674;RBI=0.0145831;REFB=-0.0180261;REVB=-0.0134404;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106731;STB=0.559932;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0234424;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:10:4:7:10:10:4 chr22 36691607 . A C 636.29 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585778;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.322;QD=62.0766;RBI=0.00589948;REFB=0;REVB=0.000700223;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89012e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr22 36723941 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.119613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.055;QD=19.1085;RBI=0.119627;REFB=-0.0200471;REVB=0.00177184;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0117304;OID=.;OPOS=36723941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:3:3:5:4:3:3 chr22 36900271 . T C 441.08 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00258133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.353;QD=22.3333;RBI=0.00275909;REFB=-0.0202622;REVB=-0.000974325;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105722;STB=0.558154;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0138947;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:13:23:22:21:13:23 chr22 36900806 . A G 51.02 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0640759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8958;QD=20.4098;RBI=0.168933;REFB=0.0197895;REVB=0.15631;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00415287;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:2:4:1:2:3:4:1:2 chr22 37163329 . C T 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4581;QD=56.6995;RBI=0.049271;REFB=0;REVB=0.031689;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138466;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr22 37196971 . C A 116.6 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.548;QD=42.3995;RBI=0.156917;REFB=0;REVB=0.156914;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175061;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:2:5:0:0:6:5:0:0 chr22 37267767 . A G 345.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039305;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.645;QD=55.3014;RBI=0.0394196;REFB=0;REVB=0.00300369;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359312;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr22 37268257 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0592114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.744;QD=59.0424;RBI=0.0600102;REFB=0.0522473;REVB=-0.00975868;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00109921;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:0:1:28:13:0:1 chr22 37271882 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.411;QD=45.1041;RBI=0.0229591;REFB=-0.0170296;REVB=-0.018223;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000156694;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr22 37318309 . C A 396.4 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0352965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.001;QD=17.6178;RBI=0.042764;REFB=-0.0251985;REVB=0.0241437;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243893;STB=0.63064;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0402138;OID=.;OPOS=37318309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:25:16:31:17:25:16:31:18 chr22 37333794 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.383;QD=40.7628;RBI=0.0310668;REFB=0;REVB=0.0305393;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247556;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr22 37420890 . C T 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0835461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.268;QD=12.6367;RBI=0.0836829;REFB=-0.0081331;REVB=0.0047827;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138413;STB=0.581958;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00985055;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:9:12:9:4:9:12 chr22 37453452 . C T 454.1 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0838818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.121;QD=55.042;RBI=0.0839083;REFB=-0.132791;REVB=-0.00210811;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00210208;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:19:13:0:0:19:13:0:1 chr22 37469591 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0127328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.993;QD=10.6346;RBI=0.0252738;REFB=-0.0112669;REVB=0.0218322;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0246114;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr22 37485724 . T C 478.28 PASS AF=0.432;AO=52;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-6.14676e-05;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.153;QD=15.305;RBI=0.00222637;REFB=-0.00782803;REVB=0.00222552;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159153;STB=0.575972;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0111667;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:71:52:54:0.432:25:27:25:44:27:27:26:45 chr22 37524619 . G T 353.76 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0236923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6638;QD=29.4803;RBI=0.0257081;REFB=-0.0537244;REVB=-0.00997883;RO=18;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130518;STB=0.571383;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0317694;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:18:12:4:14:18:12:4:14 chr22 37531436 . G A 97.34 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0321164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.515;QD=12.979;RBI=0.0512073;REFB=-0.0174469;REVB=-0.0398839;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256974;STB=0.636132;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0206933;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:4:8:7:10:4:8:8:10 chr22 37578579 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0202;QD=59.0184;RBI=0.0470252;REFB=0;REVB=0.0138948;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108008;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr22 37578806 . T TA 792.59 PASS AF=0.969231;AO=7;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.116943;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.3456;QD=48.7748;RBI=0.118916;REFB=-0.018076;REVB=0.0215692;RO=57;SAF=7;SAR=0;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626296;STB=0.518513;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.0020134;OID=.;OPOS=37578807;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969231:7:65:63:65:2:37:26:0:2:4:57:7:0:29:28 chr22 37578807 . G A 701.85 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00998487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.066;QD=43.1905;RBI=0.027743;REFB=-0.164314;REVB=0.0258839;RO=10;SAF=29;SAR=26;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792054;STB=0.542262;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00740677;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:65:65:10:10:55:55:0.846154:26:29:8:2:26:29:8:2 chr22 37581485 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.48;QD=50.4135;RBI=0.00183568;REFB=0;REVB=0.000959574;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18429e-06;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr22 37602583 . G C,GC 196.63 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,14;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699941,-0.0467154;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=8.69813,18.5172;QD=41.3954;RBI=0.0704568,0.053845;REFB=0,0;REVB=-0.00806151,-0.026776;RO=1;SAF=3,4;SAR=0,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.100543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0515094,-0.00485241;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:19:19:1:0:3,14:1,18:0.0526316,0.947368:0,10:3,4:1:0:0,10:1,8:0:0 chr22 37603021 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.066;QD=33.4285;RBI=0.0580895;REFB=0;REVB=-0.0199945;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087721;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr22 37603390 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8974;QD=33.4285;RBI=0.047562;REFB=0;REVB=0.0277877;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366883;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr22 37603744 . C T 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.745;QD=43.4814;RBI=0.0447057;REFB=0;REVB=0.000918086;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678533;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 37622815 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0309071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.27;QD=17.5011;RBI=0.0315288;REFB=-0.00845523;REVB=0.00623022;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173527;STB=0.597625;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0104521;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:12:16:10:16:12:16 chr22 37678551 . A G 84.28 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00237149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.151;QD=15.3229;RBI=0.00942227;REFB=-0.020138;REVB=0.00911894;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172149;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:22:22:12:11:10:11:0.5:4:6:6:6:5:6:6:5 chr22 37678565 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0182006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.051;QD=15.9167;RBI=0.0297249;REFB=-0.0222896;REVB=0.0235012;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0338415;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr22 37699377 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0187213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.5462;QD=16.6135;RBI=0.0287154;REFB=-0.00173117;REVB=-0.0217735;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264332;STB=0.630773;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00204402;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:9:8:4:16:9:8:5:16 chr22 37770066 . G T 207.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0155831;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.825;QD=16.3018;RBI=0.0156743;REFB=-0.00395351;REVB=-0.00168884;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202251;STB=0.61528;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00548191;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:14:14:16:7:14:14 chr22 37770357 . A G 247.42 PASS AF=0.4;AO=28;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0367861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8697;QD=13.1959;RBI=0.0368296;REFB=0.0075624;REVB=0.00178797;RO=45;SAF=20;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211858;STB=0.57138;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0307903;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:45:45:28:30:0.4:8:20:24:21:10:20:25:20 chr22 37771158 . G A 192.78 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0303638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7561;QD=23.3673;RBI=0.0592957;REFB=0.00456955;REVB=0.0509315;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946752;STB=0.553134;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00168884;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:8:6:6:13:8:6 chr22 37771985 . A G 114.47 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0936141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.85;QD=12.3752;RBI=0.0937513;REFB=-0.0111562;REVB=0.00507121;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362414;STB=0.704007;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0163641;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:23:12:14:0.378378:8:4:2:21:9:5:2:21 chr22 37900276 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0710751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.098;QD=10.0339;RBI=0.0710855;REFB=-0.0152315;REVB=-0.00121162;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0270371;OID=.;OPOS=37900276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr22 37900762 . G A 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0257432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.461;QD=9.75852;RBI=0.0298967;REFB=-0.0230657;REVB=0.0152019;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0333941;OID=.;OPOS=37900762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr22 37906308 . GCTCCTT G 250.6 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0851398;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=6;MLLD=150.059;QD=9.03048;RBI=0.0860555;REFB=-0.0214295;REVB=-0.0125203;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080762;STB=0.585537;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0451681;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306306:34:97:34:111:77:17:17:48:29:99:43:17:17:25:18 chr22 37962638 . GC G 73.07 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221445;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.2941;QD=19.4861;RBI=0.264704;REFB=-0.0852365;REVB=0.145018;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0467286;OID=.;OPOS=37962639;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:15:15:15:0:3:12:0:0:4:5:1:8:1:4 chr22 38005144 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0157529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8032;QD=11.8308;RBI=0.020291;REFB=0.00506395;REVB=0.0127894;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354465;STB=0.702709;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00274058;OID=.;OPOS=38005144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:2:9:9:8:2:9:10:8 chr22 38035847 . T TG 66.85 PASS AF=0.481481;AO=4;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0855675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.6598;QD=9.90302;RBI=0.21393;REFB=0.0249649;REVB=-0.196072;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475605;STB=0.592887;STBP=0.39;TYPE=ins;VARB=-0.0970293;OID=.;OPOS=38035848;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:4:27:13:27:14:7:6:10:4:66:23:1:3:16:7 chr22 38035851 . A G 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00693462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5276;QD=20.1516;RBI=0.0210648;REFB=-0.0413672;REVB=-0.0198907;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804595;STB=0.545399;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0357845;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:10:4:6:10:10:4 chr22 38043444 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0541094;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=348.498;QD=11.0924;RBI=0.0541486;REFB=0.00758079;REVB=0.00205965;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0133753;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:3:6:4:5:0.454545:1:3:3:0:2:3:3:3 chr22 38051999 . C T 1079.14 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00895679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.826;QD=58.332;RBI=0.00964239;REFB=0.00594258;REVB=-0.00357093;RO=1;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165924;STB=0.50877;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000238042;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:28:45:0:1:28:45:0:1 chr22 38062112 . C G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00773543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.754;QD=11.1978;RBI=0.0216199;REFB=-0.0157792;REVB=-0.0201887;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0288474;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:13:9:4:8:13:9 chr22 38065655 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116771;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.191;QD=51.9849;RBI=0.0369318;REFB=0;REVB=-0.0350372;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251521;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr22 38074343 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0328317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.937;QD=27.2217;RBI=0.0375707;REFB=-0.00135724;REVB=0.0182656;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144045;STB=0.580519;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000700508;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:24:25:0.609756:13:11:10:5:13:12:11:5 chr22 38074434 . G A 392.66 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.593;QD=50.6663;RBI=0.0304498;REFB=-0.0809624;REVB=0.0151928;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.505717;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00397365;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:12:17:0:1:12:17:1:1 chr22 38122462 . A G 100.27 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.005;QD=40.1076;RBI=0.0369208;REFB=0;REVB=-0.0247325;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02191e-05;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr22 38130459 . G T 376.22 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.288;QD=55.7369;RBI=0.0521171;REFB=0;REVB=0.0119642;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253625;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:15:6:0:0:16:11:0:0 chr22 38130472 . T C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7064;QD=52.151;RBI=0.0443066;REFB=0.0127373;REVB=-0.0354641;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00302812;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr22 38164106 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.827;QD=49.3975;RBI=0.0359665;REFB=-0.0206351;REVB=0.0162464;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225969;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000424999;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:20:3:0:1:20:3:0:1 chr22 38202398 . A AC 47.91 PASS AF=0.5;AO=3;DP=16;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.107433;FXX=0.124922;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.2395;QD=13.6894;RBI=0.107433;REFB=-0.0548244;REVB=0;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0703504;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:3:16:7:14:7:7:0:7:0:45:13:3:0:13:0 chr22 38202399 . T C 41.36 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00289819;FXX=0.124922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7789;QD=11.8177;RBI=0.00289819;REFB=-0.0445594;REVB=0;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0545953;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:14:8:8:6:6:0.428571:0:6:8:0:0:6:8:0 chr22 38202552 . T C 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9381;QD=57.6676;RBI=0.0114463;REFB=0;REVB=0.00934144;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318406;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr22 38202642 . G T 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00400831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.021;QD=51.2389;RBI=0.0175531;REFB=-0.0125896;REVB=-0.0170894;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774676;STB=0.541638;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=2.93963e-05;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:19:11:2:0:19:11:2:0 chr22 38202734 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.776;QD=55.6561;RBI=0.0050795;REFB=0;REVB=-0.00139442;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20651e-06;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr22 38204089 . C T 97.35 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0185402;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.503;QD=11.4529;RBI=0.0256921;REFB=-0.0113306;REVB=0.0177861;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0229914;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:15:7:7:5:15:7 chr22 38205989 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0239331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.454;QD=22.5831;RBI=0.0253656;REFB=-0.026291;REVB=0.00840349;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118371;STB=0.565868;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.026891;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:17:7:11:15:17:7 chr22 38341134 . T C 150.04 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.021421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.725;QD=10.0024;RBI=0.049725;REFB=-0.00751414;REVB=-0.0448744;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14741;STB=0.602996;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0148865;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:40:19:20:0.333333:8:11:28:12:9:11:28:12 chr22 38474696 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.123;QD=56.7061;RBI=0.0528295;REFB=0;REVB=-0.0181685;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020715;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr22 38477342 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.559;QD=35.5754;RBI=0.0246459;REFB=0;REVB=0.024613;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237495;OID=.;OPOS=38477342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr22 38477930 . G A 282.85 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4277;QD=51.4264;RBI=0.0993782;REFB=0;REVB=0.0982304;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487052;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:10:9:0:0:13:9:0:0 chr22 38503847 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00882041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.744;QD=24.39;RBI=0.0101856;REFB=-0.00523248;REVB=-0.00509387;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00856;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:8:6:7:13:8:6 chr22 38506509 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.903;QD=46.848;RBI=0.0235484;REFB=0;REVB=-0.0194039;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121283;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr22 38512402 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00442278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.538;QD=11.6343;RBI=0.0123051;REFB=-0.00476406;REVB=0.0114827;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00959946;OID=.;OPOS=38512402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr22 38611080 . C G 502.37 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0369521;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.94;QD=17.1751;RBI=0.0648579;REFB=-0.0237292;REVB=-0.0533019;RO=62;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511361;STB=0.532772;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0195416;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:63:54:54:0.461538:25:29:30:32:25:29:30:33 chr22 38643800 . C T 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0167457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.002;QD=29.2201;RBI=0.0281094;REFB=0.00334625;REVB=-0.022577;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237676;STB=0.63146;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00305537;OID=.;OPOS=38643800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:16:7:8:4:16:7:8:4 chr22 38823136 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.604;QD=58.1421;RBI=0.00860308;REFB=0;REVB=0.00826966;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18011e-05;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr22 39178701 . A G 638.05 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0680538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2387;QD=59.3539;RBI=0.0680663;REFB=-0.0683893;REVB=-0.00130189;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00199312;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:1:0 chr22 39222652 . G A 759.28 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00690524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.156;QD=53.2825;RBI=0.0299197;REFB=-0.0990957;REVB=0.0291119;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.517235;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00160734;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:28:27:0:1:28:27:0:2 chr22 39381826 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00213479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.214;QD=21.8385;RBI=0.010489;REFB=0.00216593;REVB=0.0102695;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337162;STB=0.688667;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00138401;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:17:8:17:7:17:8:17:7 chr22 39381999 . T C 83.31 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0681506;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.91;QD=3.74409;RBI=0.0805314;REFB=-0.0165305;REVB=-0.0429046;RO=75;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118096;STB=0.57263;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0655199;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:90:89:75:74:15:15:0.168539:9:6:37:38:9:6:36:38 chr22 39382079 . C A 487.53 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061599;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.297;QD=59.0942;RBI=0.0628681;REFB=0;REVB=0.0125686;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290941;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 39387558 . C T 724.05 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00640958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.555;QD=54.6456;RBI=0.0129169;REFB=-0.054171;REVB=0.0112145;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000366275;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr22 39440149 . C T 95.29 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1025;QD=34.65;RBI=0.129722;REFB=-0.10755;REVB=-0.0575282;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0228591;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chr22 39441096 . G T 911.1 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00540907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.324;QD=55.2182;RBI=0.0272816;REFB=-0.054174;REVB=0.02674;RO=2;SAF=32;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286044;STB=0.515147;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00155991;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:32:32:2:0:32:32:2:0 chr22 39441203 . C T 669.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.705;QD=62.2992;RBI=0.0293219;REFB=0;REVB=-0.0144242;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90422e-05;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr22 39445436 . G A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0132586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.565;QD=12.8669;RBI=0.0133211;REFB=-0.0100505;REVB=0.00128855;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304135;STB=0.680509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0276421;OID=.;OPOS=39445436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:9:7:8:3:9:7 chr22 39445554 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.15;QD=61.3358;RBI=0.0351957;REFB=0;REVB=0.015766;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128082;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr22 39497509 . A G 306.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1187;QD=53.236;RBI=0.0201783;REFB=0;REVB=-0.0062769;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272478;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 39709009 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00442908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.769;QD=12.5794;RBI=0.00457721;REFB=-0.025912;REVB=-0.00115502;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377897;STB=0.719387;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0482219;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:22:9:11:6:22:9 chr22 39712981 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.766;QD=51.1846;RBI=0.0730486;REFB=0;REVB=0.0206858;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194211;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr22 39714490 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00234991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.656;QD=17.3778;RBI=0.0269891;REFB=-0.00561029;REVB=0.0268866;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0103296;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr22 39770597 . A G 263.44 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.493;QD=50.1798;RBI=0.125592;REFB=0;REVB=-0.0025238;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268091;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:15:4:0:0:16:5:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 463.14 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263366;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=263.244;QD=57.8926;RBI=0.0263661;REFB=0;REVB=0.00124678;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.85856e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:32:32:32:0:14:18:0:0:4:1:11:15:1:0 chr22 39781585 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2032;QD=58.0598;RBI=0.0190021;REFB=0;REVB=0.0177063;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42793e-05;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr22 39813741 . C T 206.59 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0493846;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7653;QD=22.9539;RBI=0.0543562;REFB=-0.0397585;REVB=0.0227105;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367486;STB=0.694279;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0448637;OID=.;OPOS=39813741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:16:20:20:0.555556:10:10:1:16:10:10:1:15 chr22 39966856 . C T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0319071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6912;QD=40.6363;RBI=0.151524;REFB=-0.0105884;REVB=0.148127;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0130975;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:0:1:14:14:0.933333:12:2:0:0:12:2:1:0 chr22 40054948 . T C,G 209.56 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=16,2;DP=19;FAO=16,2;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=8,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0400947,-0.031558;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=101.827,19.4616;QD=44.1184;RBI=0.0572508,0.0372429;REFB=0.0257863,0.0149919;REVB=0.0408664,0.0197769;RO=1;SAF=8,0;SAR=8,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.053738,-0.697199;STB=0.529375,0.993266;STBP=0.493,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00978701,0.179852;OID=.,.;OPOS=40054948,40054948;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:1:1:16,2:16,2:0.842105,0.105263:8,2:8,0:1:0:8,2:8,0:1:0 chr22 40057273 . T C,G 1106.57 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414819,-0.0283212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.7274,164.066;QD=59.0169;RBI=0.0532674,0.0283573;REFB=0,0;REVB=0.0334166,0.00142991;RO=0;SAF=46,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000485859,0.249451;OID=.,.;OPOS=40057273,40057273;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:26,0:46,3:0:0:26,0:46,3:0:0 chr22 40574170 . T A 114.18 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00769592;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.5449;QD=9.51518;RBI=0.0179287;REFB=-0.0114637;REVB=-0.0161929;RO=30;SAF=1;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644017;STB=0.892989;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0646246;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:33:15:15:0.3125:14:1:16:14:14:1:17:16 chr22 40673999 . C T 672.07 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9362;QD=61.0968;RBI=0.0143563;REFB=0;REVB=0.0129407;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027598;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:40:44:1:19:21:0:0:20:24:0:0 chr22 40720704 . A G 547.62 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0151375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0725;QD=23.5537;RBI=0.0246449;REFB=0.00923202;REVB=-0.0194481;RO=41;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099685;STB=0.549959;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00924931;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:31:20:21:20:31:20:21:21 chr22 40722745 . A G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.012162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.762;QD=18.0355;RBI=0.022603;REFB=-0.0300843;REVB=-0.019052;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179427;STB=0.510195;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0441758;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:13:14:11:11:13:14 chr22 40726749 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.221;QD=62.9829;RBI=0.0331384;REFB=0;REVB=-0.00269627;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4421e-05;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr22 40726762 . A G 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5976;QD=56.4855;RBI=0.028517;REFB=-0.0719013;REVB=-0.0105501;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0123282;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:1:0:21:14:1:0 chr22 40803112 . C T 138.79 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0156475;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.358;QD=18.5052;RBI=0.0324559;REFB=0.00145743;REVB=-0.0284348;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174033;STB=0.59899;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00196785;OID=.;OPOS=40803112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:8:7:10:5:8:7:10:5 chr22 40803186 . G T 409.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9948;QD=56.4612;RBI=0.0865893;REFB=0;REVB=0.0510021;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238857;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr22 40814500 . T C 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0269618;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.332;QD=15.6556;RBI=0.0483327;REFB=0.000443133;REVB=0.0401137;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00037201;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr22 41075543 . A G 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0585855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.912;QD=44.0884;RBI=0.099141;REFB=-0.030761;REVB=-0.0799792;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00239337;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr22 41075695 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=397.194;QD=44.6895;RBI=0.0248238;REFB=0;REVB=-0.00363613;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76171e-05;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr22 41173256 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0361161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7658;QD=18.4834;RBI=0.0909865;REFB=0.00952591;REVB=-0.0835115;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304455;STB=0.674028;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0143565;OID=.;OPOS=41173256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:5:14:9:12:5:14:9:12 chr22 41215183 . A G 164.41 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00216109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.454;QD=13.7007;RBI=0.0188678;REFB=-0.0120484;REVB=-0.0187436;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291924;STB=0.517026;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0220828;OID=.;OPOS=41215183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:9:21:13:5:9:21 chr22 41225613 . C T 444.48 PASS AF=0.395349;AO=49;DP=123;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00831078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.136;QD=13.7823;RBI=0.0104485;REFB=-0.00219108;REVB=-0.00633265;RO=72;SAF=22;SAR=27;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976415;STB=0.55716;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00417664;OID=.;OPOS=41225613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:129:72:78:49:51:0.395349:27:22:39:33:29:22:41:37 chr22 41240835 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00899874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.762;QD=17.2298;RBI=0.00936921;REFB=-0.0222609;REVB=0.00260858;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0171829;OID=.;OPOS=41240835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:4:2:5:3:4:2 chr22 41551039 . T A 871.3 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00921636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.808;QD=56.2126;RBI=0.0138397;REFB=-0.0938794;REVB=-0.0103245;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-4.30194e-06;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:1:0:29:32:1:0 chr22 41553259 . G A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0231813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.24;QD=16.0641;RBI=0.0236516;REFB=-0.0238293;REVB=0.00469308;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475568;STB=0.527243;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0275812;OID=.;OPOS=41553259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:17:7:6:12:17:7 chr22 41604399 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1063;QD=37.4885;RBI=0.0735792;REFB=0;REVB=-0.0683149;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00591202;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 41617318 . G C 267.33 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0250683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.24;QD=16.2017;RBI=0.0256793;REFB=-0.0234294;REVB=-0.00556861;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112594;STB=0.570505;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.029085;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:17:12:19:17:18:12:19:17 chr22 41645757 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.819;QD=42.1824;RBI=0.0760127;REFB=0;REVB=-0.0182456;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135508;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr22 41829794 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.771;QD=45.8068;RBI=0.0187426;REFB=0;REVB=0.00149754;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1472e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:4:7:0:0:6:8:0:0 chr22 41833116 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.895;QD=43.4858;RBI=0.0129219;REFB=0;REVB=0.0096452;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234139;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr22 41903813 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.356;QD=57.8849;RBI=0.021862;REFB=0;REVB=0.0218188;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3794e-05;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr22 42089623 . T C 347.28 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.576;QD=53.4277;RBI=0.0181846;REFB=0;REVB=-0.000245969;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495179;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr22 42159229 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.836;QD=55.656;RBI=0.0260426;REFB=0;REVB=0.00946481;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548895;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr22 42336172 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.739;QD=52.1523;RBI=0.0282858;REFB=-0.0930514;REVB=0.025878;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00401189;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:0:1:19:8:0:1 chr22 42416056 . A G 87.93 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0195995;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.367;QD=12.5614;RBI=0.0229586;REFB=-0.0108203;REVB=-0.0119565;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0239482;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:8:8:7:4:8:9 chr22 42423061 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00540193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.258;QD=16.6265;RBI=0.0252992;REFB=-0.00206202;REVB=-0.0247158;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00198383;OID=.;OPOS=42423061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr22 42423110 . G C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000751441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.045;QD=16.2717;RBI=0.0118186;REFB=0.00743249;REVB=-0.0117947;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0179275;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:8:10:9:6:8:10 chr22 42428727 . A T 375.98 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0056463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2797;QD=23.8714;RBI=0.00628226;REFB=-0.0109044;REVB=0.00275428;RO=25;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151662;STB=0.516787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0124717;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:26:37:37:0.587302:17:20:13:12:17:20:13:13 chr22 42463814 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00194441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.04;QD=14.3343;RBI=0.0184994;REFB=-0.00364328;REVB=-0.018397;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00285678;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr22 42473860 . C G 306.02 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0051015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.078;QD=47.0793;RBI=0.0280254;REFB=-0.0978968;REVB=0.0275571;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076973;STB=0.541632;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00737356;OID=.;OPOS=42473860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:11:12:0:2:11:13:0:2 chr22 42474138 . C G 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00169875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.732;QD=31.138;RBI=0.0058829;REFB=-0.0111655;REVB=0.00563229;RO=16;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00555282;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:15:15:8:8:15:15:8:8 chr22 42474675 . TA GC,TATTCTGC 266.01 PASS AF=0.04,0.52;AO=2,23;DP=50;FAO=2,26;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=2,14;FSAR=0,12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.016023,-0.0490345;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=2,6;MLLD=152.769,188.445;QD=21.2809;RBI=0.0203036,0.0492295;REFB=-0.0189209,-0.0117799;REVB=0.0124699,0.00437819;RO=25;SAF=2,11;SAR=0,12;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.391105,-0.259197;STB=0.992582,0.58817;STBP=0.349,0.202;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0211316,0.00561101;OID=.,.;OPOS=42474675,42474677;OREF=TA,-;OALT=GC,TTCTGC;OMAPALT=GC,TATTCTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:25:22:2,23:2,26:0.04,0.52:0,12:2,11:19:6:0,12:2,14:16:6 chr22 42486723 . G A 212.34 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0275605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.955;QD=14.3957;RBI=0.0276061;REFB=-0.0377422;REVB=0.00158566;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305069;STB=0.517336;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0697132;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:24:10:8:17:24:10 chr22 42523943 . A G 505.89 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149653;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.402;QD=59.5158;RBI=0.0181633;REFB=0;REVB=0.0102929;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013491;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr22 42524795 . A G 57.17 PASS AF=0.36;AO=6;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00633135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3895;QD=9.14768;RBI=0.132155;REFB=-0.0449182;REVB=0.132003;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.058104;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:25:13:16:6:9:0.36:2:4:8:5:5:4:9:7 chr22 42525756 . G A 656.47 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.04;QD=61.067;RBI=0.0123231;REFB=0;REVB=0.00874568;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209406;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:20:20:0:0:22:21:0:0 chr22 42526694 . G A 695.94 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0642484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.971;QD=60.5166;RBI=0.0675115;REFB=-0.106181;REVB=0.0207351;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000379155;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:19:26:0:0:19:26:1:0 chr22 42536313 . G A 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00717506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.836;QD=21.7416;RBI=0.0122504;REFB=-0.0113233;REVB=0.00992928;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553291;STB=0.512035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00834211;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:9:10:8:7:9:10:8:8 chr22 42537196 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.863;QD=53.9111;RBI=0.0133433;REFB=0;REVB=0.00767174;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25071e-05;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr22 42537271 . T C 479.5 PASS AF=0.8;AO=34;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0210141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.58;QD=42.622;RBI=0.0345171;REFB=0.0251754;REVB=0.0273831;RO=9;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185757;STB=0.591788;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00859531;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:34:36:0.8:18:16:0:9:20:16:0:9 chr22 42537404 . G C 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.193;QD=59.8365;RBI=0.0377691;REFB=0;REVB=-0.0229656;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12371e-05;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:25:11:0:0 chr22 42537597 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00479573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.354;QD=14.262;RBI=0.00520027;REFB=0.00117742;REVB=-0.00201091;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.730474;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00513837;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:15:9:12:4:15:9 chr22 42538029 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.308;QD=57.6803;RBI=0.0181754;REFB=0;REVB=0.0143464;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87347e-05;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr22 42538508 . AG GA 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364978;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.199;QD=36.3478;RBI=0.0433361;REFB=-0.0983575;REVB=-0.0233651;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=mnp;VARB=0.00326256;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr22 42538670 . G T 46.98 PASS AF=0.615385;AO=5;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0113557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4709;QD=14.4539;RBI=0.170899;REFB=-0.0468971;REVB=0.170521;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.755986;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0698105;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:12:13:6:5:5:8:0.615385:4:1:3:3:7:1:3:2 chr22 42538876 . A T 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1066;QD=42.1687;RBI=0.138106;REFB=0;REVB=0.13809;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219442;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr22 42606257 . C T 227.76 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167025;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.503;QD=50.6138;RBI=0.0190207;REFB=0;REVB=-0.00910028;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379162;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 42608857 . GGC G,GG 69.11 PASS AF=0.28,0.08;AO=12,8;DP=50;FAO=14,4;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6,4;FSAR=8,0;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=-0.0969731,-0.172048;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.2229,13.096;QD=5.52873;RBI=0.242625,0.240949;REFB=-0.068771,-0.0859785;REVB=-0.222404,-0.168689;RO=27;SAF=4,7;SAR=8,1;SRF=24;SRR=3;SSEN=0.475325,0;SSEP=0,0.435374;SSSB=-0.583519,-0.0395568;STB=0.771633,0.995711;STBP=0.05,0.254;TYPE=del,del;VARB=0.108005,0.159612;OID=.,.;OPOS=42608858,42608859;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0.08:12,8:50:14,4:50:32:6,4:8,0:27:5:49:27:4,7:8,1:24:3 chr22 42912106 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.145;QD=51.9167;RBI=0.02351;REFB=0;REVB=0.0084358;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139644;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr22 42961277 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.317;QD=40.7629;RBI=0.044207;REFB=0;REVB=-0.0380733;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323389;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 42965167 . C A,CA,CAA 213.42 PASS AF=0,1,0;AO=2,11,2;DP=20;FAO=0,18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278773,-0.0200891,-0.0126351;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=206.367,26.0867,13.6933;QD=47.4267;RBI=0.0489639,0.16937,0.0989898;REFB=0,0,0;REVB=-0.0488845,-0.168174,-0.0981802;RO=5;SAF=0,5,0;SAR=2,6,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.64233,-0.0801957,-0.64233;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0154813,0;OID=.,.,.;OPOS=42965167,42965168,42965168;OREF=C,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,CA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:20:18:5:0:2,11,2:0,18,0:0,1,0:2,6,2:0,5,0:3:2:0,12,0:0,6,0:0:0 chr22 42970032 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.274;QD=43.4862;RBI=0.034213;REFB=0;REVB=0.0200507;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337785;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr22 42993781 . G A 59.68 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.038517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9913;QD=17.0525;RBI=0.0419827;REFB=-0.0408109;REVB=-0.0167029;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0363448;OID=.;OPOS=42993781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:3:4:3:3:4:4:3:3 chr22 43088971 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.045482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.159;QD=25.3157;RBI=0.0489114;REFB=-0.00983043;REVB=0.017992;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0127894;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:5:8:13:7:5:8 chr22 43089055 . G C 147.64 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0512033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6965;QD=26.8436;RBI=0.0698955;REFB=-0.0412892;REVB=-0.0475773;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128204;STB=0.624829;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.011021;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:5:7:15:15:0.681818:5:10:2:3:5:10:2:5 chr22 43089849 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0484489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2748;QD=17.6435;RBI=0.064221;REFB=-0.0121892;REVB=-0.0421549;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00343629;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:3:4:3:6:3:4 chr22 43089916 . GC G 30.83 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.049012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3652;QD=6.1651;RBI=0.0675145;REFB=-0.0827521;REVB=-0.0464331;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=del;VARB=0.146126;OID=.;OPOS=43089917;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:6:20:7:20:13:4:3:7:6:30:12:3:3:7:5 chr22 43193641 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.007;QD=56.1916;RBI=0.0208917;REFB=0;REVB=0.0199038;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17566e-05;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr22 43206950 . A C 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7486;QD=60.9713;RBI=0.0805878;REFB=0;REVB=0.0590845;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183988;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr22 43435812 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0943826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.051;QD=19.8487;RBI=0.094555;REFB=-0.0208464;REVB=0.00570748;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0223598;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr22 43455432 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0109793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.507;QD=14.6504;RBI=0.0515823;REFB=-0.00712039;REVB=-0.0504003;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214795;STB=0.624292;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0103523;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:19:4:10:21:19:4:10:21 chr22 43466217 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0466629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.179;QD=10.3903;RBI=0.0488153;REFB=-0.00860006;REVB=-0.0143356;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0135439;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr22 43466247 . G C 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0505588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.085;QD=10.1693;RBI=0.0508297;REFB=-0.00347033;REVB=0.00524138;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173582;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:2:6:4:2:3:6 chr22 43529314 . G C 1114.43 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.971;QD=60.2395;RBI=0.0446968;REFB=0;REVB=0.018935;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00496e-05;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:31:39:0:0:32:42:0:0 chr22 43558926 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9187;QD=63.2851;RBI=0.0115535;REFB=0;REVB=0.0104891;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017922;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr22 43558972 . G A 800.52 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.169;QD=57.1798;RBI=0.0615946;REFB=0;REVB=0.0614708;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61769e-05;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr22 43565703 . C T 646.48 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0105528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.386;QD=50.704;RBI=0.0120703;REFB=-0.0709625;REVB=0.0058594;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613535;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:0:3:48:48:0.941176:32:16:0:0:32:16:1:2 chr22 43568512 . C T 203.76 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00703004;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.162;QD=14.2991;RBI=0.00988187;REFB=-0.0117199;REVB=0.00694478;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160994;STB=0.59176;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0083744;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:19:14:14:10:19:14 chr22 43576904 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.371;QD=39.2067;RBI=0.0946774;REFB=0;REVB=0.0894865;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423328;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 43606143 . C T 692.31 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163203;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2956;QD=62.9368;RBI=0.0630866;REFB=0;REVB=0.060939;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159931;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr22 43610147 . T C 109.39 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00882673;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.245;QD=11.2193;RBI=0.0345321;REFB=0.00151271;REVB=0.033385;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509707;STB=0.525652;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000382482;OID=.;OPOS=43610147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:26:11:13:0.333333:5:6:13:9:7:6:13:13 chr22 43610201 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0121183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.222;QD=14.8341;RBI=0.0462675;REFB=-0.014275;REVB=-0.0446523;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.592019;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.014048;OID=.;OPOS=43610201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:16:14:7:15:16:14 chr22 43614316 . C G 249.99 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0245344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.427;QD=18.8671;RBI=0.0254337;REFB=-0.0230713;REVB=-0.00670365;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197545;STB=0.509797;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0203546;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:14:11:12:14:14:13:12:14 chr22 43623395 . C G 130.98 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.207;QD=40.3012;RBI=0.157617;REFB=-0.0558246;REVB=0.123171;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152034;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr22 43894121 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0259408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3527;QD=12.8606;RBI=0.0552928;REFB=0.0428131;REVB=0.04883;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0377539;OID=.;OPOS=43894121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr22 43976396 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.014522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.672;QD=16.0426;RBI=0.0147175;REFB=-0.0139828;REVB=0.00239104;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0182383;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:14:12:7:12:14:12 chr22 44083442 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0960961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4303;QD=12.4822;RBI=0.100165;REFB=0.00202361;REVB=0.0282571;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192474;STB=0.612725;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000230304;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:6:13:6:6:6:13 chr22 44112845 . C T 1029.58 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646935;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.162;QD=59.6856;RBI=0.0660236;REFB=0;REVB=-0.0131859;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503225;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr22 44178103 . T C 676.71 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0208179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.256;QD=22.3705;RBI=0.0486271;REFB=-0.0139852;REVB=0.0439456;RO=55;SAF=40;SAR=26;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365231;STB=0.520015;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0123387;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:26:40:31:24:26:40:31:24 chr22 44221565 . C A,CAATA 582.64 PASS AF=0.0192308,0.884615;AO=2,42;DP=52;FAO=1,46;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=0,26;FSAR=1,20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0178341,-0.0435258;FXX=0.0188644;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=157.313,114.025;QD=44.8185;RBI=0.0178348,0.043716;REFB=-0.0387414,-0.0267026;REVB=0.000155722,0.00407356;RO=8;SAF=1,23;SAR=1,19;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438176,-0.0996661;STB=0.993343,0.52355;STBP=0.233,0.327;TYPE=snp,ins;VARB=0.0703502,0.0020569;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:52:52:8:5:2,42:1,46:0.0192308,0.884615:1,19:1,23:7:1:1,20:0,26:4:1 chr22 44282276 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.38;QD=53.277;RBI=0.0279209;REFB=0;REVB=-0.0202286;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44223e-06;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr22 44282307 . G A 348.25 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.072;QD=53.5767;RBI=0.0567537;REFB=0;REVB=0.0121466;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124618;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr22 44285765 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.325;QD=53.2772;RBI=0.0187138;REFB=0;REVB=-0.0186852;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129435;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr22 44286950 . G A 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000746531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.283;QD=17.545;RBI=0.0230518;REFB=-0.00835967;REVB=-0.0230397;RO=15;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575515;STB=0.842105;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173841;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:2:13:4:11:2:13:4:12 chr22 44287062 . A G 313.49 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0193878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1726;QD=27.2602;RBI=0.0283745;REFB=-0.0664529;REVB=0.0207178;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303441;STB=0.652075;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0364657;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:18:27:28:0.608696:13:14:16:1:14:14:16:2 chr22 44287629 . G A 325.31 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00434828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.42;QD=22.4354;RBI=0.0267864;REFB=-0.0213035;REVB=0.0264311;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069147;STB=0.53819;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0297828;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:12:13:20:13:12:13 chr22 44322922 . T G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000695277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.204;QD=18.3009;RBI=0.0155285;REFB=-0.0150536;REVB=-0.015513;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.016347;OID=.;OPOS=44322922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:13:10:7:13:13:10 chr22 44322970 . G T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0331696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.646;QD=19.6971;RBI=0.0331908;REFB=0.00537806;REVB=-0.0011868;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611111;STB=0.534489;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00913286;OID=.;OPOS=44322970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:13:9:10:11:13:9 chr22 44342116 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00358399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.984;QD=15.6193;RBI=0.00730197;REFB=-0.00925547;REVB=0.0063619;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0102332;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:14:11:9:9:14:11 chr22 44368204 . A G 341.5 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.078112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0362;QD=22.3937;RBI=0.0830461;REFB=-0.0220083;REVB=-0.0281987;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165871;STB=0.595295;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0188382;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:15:19:9:17:15:20:9:17 chr22 44379822 . T C 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00560974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.467;QD=8.23953;RBI=0.0186941;REFB=-0.00143289;REVB=0.0178326;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454885;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:40:16:16:0.285714:8:8:19:18:8:8:20:20 chr22 44379838 . A G 102.04 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00916976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.51;QD=6.91799;RBI=0.0193216;REFB=-0.000921744;REVB=-0.0170071;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10791;STB=0.575241;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019336;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:43:44:15:15:0.254237:9:6:21:22:9:6:22:22 chr22 44386281 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.016513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.435;QD=8.37076;RBI=0.0165364;REFB=0.00222452;REVB=-0.000880575;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417142;STB=0.736459;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00824662;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:4:7:7:20:4:7:8:20 chr22 44489868 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4888;QD=57.3851;RBI=0.0835385;REFB=0;REVB=-0.0691667;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010558;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr22 44489896 . T C,G 675.96 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053011,0.00337723;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=111.593,9.34759;QD=61.4505;RBI=0.0531086,0.0203153;REFB=0,0;REVB=-0.00321775,-0.0200326;RO=0;SAF=24,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00291155,0.0133076;OID=.,.;OPOS=44489896,44489896;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:18,2:24,0:0:0:18,2:24,0:0:0 chr22 44546582 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0151699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.175;QD=23.0937;RBI=0.0161942;REFB=-0.00525575;REVB=-0.00566811;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103108;STB=0.558069;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00411598;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:7:5:5:12:7:5 chr22 44582499 . T C 271.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.245;QD=51.6971;RBI=0.0587125;REFB=0;REVB=-0.0576746;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229932;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:10:9:0:0:10:11:0:0 chr22 44602229 . A C 256.12 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00590675;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.707;QD=19.7018;RBI=0.00594506;REFB=-0.0083539;REVB=-0.000673851;RO=25;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138323;STB=0.57754;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00873271;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:27:27:0.519231:8:19:14:11:8:19:14:11 chr22 44681612 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0297923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5696;QD=11.9533;RBI=0.0814576;REFB=-0.0184614;REVB=-0.075814;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0178532;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:4:7:7:1:4:7 chr22 44891370 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00521481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.461;QD=19.8495;RBI=0.0120363;REFB=-0.0120492;REVB=0.010848;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293275;STB=0.666444;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0127284;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:4:9:5:10:4:9 chr22 44893563 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0187868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6002;QD=26.3408;RBI=0.0624831;REFB=-0.0222099;REVB=-0.0595918;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731151;STB=0.540594;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0399283;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:4:7:10:9:4:7 chr22 44965320 . G A 86.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0526391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1171;QD=12.8836;RBI=0.0568955;REFB=-0.0175805;REVB=0.021592;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0219736;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr22 45075738 . T C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0275664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.945;QD=16.4262;RBI=0.0275664;REFB=0.00497554;REVB=-5.15437e-05;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0089778;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:3:8:6:5:3:8 chr22 45126775 . T C 689.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7637;QD=62.6433;RBI=0.0467612;REFB=0;REVB=0.0433849;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337787;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr22 45198009 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1308;QD=49.599;RBI=0.0858907;REFB=0;REVB=-0.0830795;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196567;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr22 45244930 . C T 97.76 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0740004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.971;QD=15.0403;RBI=0.0761903;REFB=-0.0176897;REVB=0.0181354;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358948;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0313238;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:26:14:14:11:12:0.461538:3:8:5:9:4:8:5:9 chr22 45255580 . G C 59.97 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.035944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.429;QD=5.85107;RBI=0.0360681;REFB=-0.0106697;REVB=-0.00298996;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126356;STB=0.580833;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0489346;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:32:32:9:9:0.219512:5:4:11:21:5:4:11:21 chr22 45255637 . G C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0152078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6904;QD=12.5793;RBI=0.0482732;REFB=0.0234206;REVB=-0.0458151;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217139;STB=0.62764;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0447796;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:17:14:11:6:17:14 chr22 45258324 . C T 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0489265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.599;QD=20.2074;RBI=0.0491834;REFB=0.0171376;REVB=0.00502059;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0117671;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr22 45277909 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.522;QD=56.1858;RBI=0.0372779;REFB=0;REVB=0.0312797;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205158;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr22 45278065 . A T 426.01 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0451372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1919;QD=20.286;RBI=0.0466845;REFB=-0.0216443;REVB=0.0119194;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320894;STB=0.523006;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0172107;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:42:43:0.511905:20:22:20:21:20:23:20:21 chr22 45278187 . A T 602.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.645;QD=60.2734;RBI=0.0060418;REFB=0;REVB=0.0038719;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206364;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:24:14:0:0:25:15:0:0 chr22 45312455 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0088786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.239;QD=20.8374;RBI=0.167118;REFB=-0.0151821;REVB=0.166882;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212395;STB=0.618832;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0191809;OID=.;OPOS=45312455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:5:0:1:8:5:0 chr22 45404497 . G A 276.7 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0639769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9215;QD=16.2764;RBI=0.0641034;REFB=-0.0160356;REVB=-0.00402524;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124775;STB=0.56903;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0301193;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:37:31:31:0.455882:19:12:9:25:19:12:10:27 chr22 45579422 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0176918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.123;QD=27.859;RBI=0.0218383;REFB=-0.0301929;REVB=-0.0128028;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193442;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00700658;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:10:7:6:2:10:7:6:2 chr22 45580789 . C A 207.88 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0212681;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1034;QD=15.1186;RBI=0.0634667;REFB=-0.0185034;REVB=-0.059797;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569455;STB=0.532598;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0301838;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:31:24:24:0.436364:13:11:15:14:13:11:16:15 chr22 45580836 . G C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00689709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.845;QD=17.0703;RBI=0.0185371;REFB=0.0133846;REVB=-0.0172063;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136439;STB=0.576388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.011682;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:13:22:15:16:13:22 chr22 45583740 . G C 166.34 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00868954;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.832;QD=13.3069;RBI=0.0235946;REFB=-0.00691533;REVB=0.0219362;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203834;STB=0.611526;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0146502;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:14:5:13:17:14:5:13:18 chr22 45583803 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0142278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.253;QD=16.4803;RBI=0.0164044;REFB=-0.0338266;REVB=-0.00816556;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313043;STB=0.681608;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0258243;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:15:4:12:13:15:4:12:13 chr22 45583898 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.16;QD=46.9596;RBI=0.0396232;REFB=-0.0282825;REVB=0.0183757;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000738943;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr22 45608192 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00172828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.938;QD=16.3857;RBI=0.0169419;REFB=0.00341683;REVB=0.0168535;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000991507;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr22 45683246 . C T 161.79 PASS AF=0.482759;AO=9;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0470495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8302;QD=22.3155;RBI=0.0690195;REFB=-0.00137975;REVB=0.0504978;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.559915;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0272329;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:29:29:11:11:9:14:0.482759:5:4:7:4:7:7:7:4 chr22 45683304 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.076;QD=51.1846;RBI=0.0171038;REFB=0;REVB=0.0170739;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73352e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr22 45685002 . A G 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0109712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.144;QD=31.7355;RBI=0.0177245;REFB=-0.00607044;REVB=0.0139208;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129281;STB=0.571341;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00152385;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:8:8:1:4:8:8:1:4 chr22 45691594 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0178929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.888;QD=13.5051;RBI=0.0300941;REFB=-0.0151929;REVB=0.024197;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0225728;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr22 45718041 . A G 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0266806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.655;QD=16.1532;RBI=0.0268369;REFB=-0.00683334;REVB=0.00289166;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239563;STB=0.635772;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00998289;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:8:19:15:17:8:19:15:17 chr22 45723807 . G C 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0131242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8081;QD=12.0196;RBI=0.0154304;REFB=0.00306889;REVB=0.00811504;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380445;STB=0.72432;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00508436;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:9:16:4:10:9:16 chr22 45723842 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0141657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.898;QD=14.1389;RBI=0.0143897;REFB=-0.00741729;REVB=-0.00252954;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27918;STB=0.663474;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00963927;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:9:11:4:10:9:11 chr22 45723854 . C G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0214976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.282;QD=26.3128;RBI=0.0215752;REFB=-0.0132255;REVB=-0.00182848;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309778;STB=0.670575;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0118197;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:11:1:11:9:11:1 chr22 45723947 . A G 140.6 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7904;QD=31.2439;RBI=0.017871;REFB=-0.0318397;REVB=-0.00621373;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289969;STB=0.516106;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00626643;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:6:8:2:2:6:8:2:2 chr22 45728370 . G A 181.19 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0418081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.644;QD=11.3244;RBI=0.0471729;REFB=-0.00747484;REVB=0.0218488;RO=41;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344801;STB=0.701099;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0159376;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:17:6:23:18:17:6:23:18 chr22 45736485 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0109045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.273;QD=13.9178;RBI=0.0584459;REFB=-0.0114358;REVB=-0.0574197;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083816;STB=0.527092;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0182775;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:25:26:0.412698:14:11:13:23:15:11:14:23 chr22 45748339 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0186825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.3;QD=14.0428;RBI=0.0215703;REFB=-0.00469979;REVB=0.0107817;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00309192;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr22 45749983 . G T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0440254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.292;QD=19.0176;RBI=0.0457729;REFB=-0.00474927;REVB=-0.0125271;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156623;STB=0.588672;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00476548;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:10:4:7:8:10:4 chr22 45767369 . A G 144.07 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0126107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6133;QD=15.1649;RBI=0.0834476;REFB=0.00868736;REVB=0.0824892;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235652;STB=0.503812;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0102955;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:5:11:14:7:5:11:15:7 chr22 45767455 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0327043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.249;QD=22.7234;RBI=0.0376278;REFB=-0.0095795;REVB=0.0186086;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242424;STB=0.634028;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0044357;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:14:2:8:12:14:2 chr22 45789642 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7022;QD=50.4102;RBI=0.0668913;REFB=0;REVB=0.0443325;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130554;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr22 45798329 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0175024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.069;QD=21.227;RBI=0.0180539;REFB=0.0147878;REVB=-0.00442825;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169396;STB=0.582846;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.010519;OID=.;OPOS=45798329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:15:14:16:7:15:14:16:8 chr22 45821887 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0019323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.975;QD=14.3343;RBI=0.00460816;REFB=-0.00136966;REVB=0.00418347;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00120664;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr22 45821956 . C G 36.76 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0711714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5866;QD=9.18953;RBI=0.0745906;REFB=0.0046054;REVB=-0.0223245;RO=11;SAF=4;SAR=0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657755;STB=0.665926;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00248762;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:16:11:10:4:5:0.3125:0:4:7:4:1:4:6:4 chr22 45826880 . G A 110.84 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0318349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.306;QD=15.2884;RBI=0.0335926;REFB=-0.00594095;REVB=0.0107241;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154499;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00661925;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:6:10:6:7:6:10 chr22 45898117 . T C 631.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9909;QD=61.6442;RBI=0.0564568;REFB=0;REVB=0.0223638;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460015;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr22 45898130 . A C,T 550.42 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,35;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164429,0.0085378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.94,90.286;QD=59.5044;RBI=0.0198173,0.0551878;REFB=0,0;REVB=0.0110615,0.0545234;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0586944,0.000186521;OID=.,.;OPOS=45898130,45898130;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:2,35:1,36:0.027027,0.972973:2,19:0,16:0:0:1,20:0,16:0:0 chr22 45923827 . A G 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.653;QD=63.0509;RBI=0.0139989;REFB=0;REVB=0.005581;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61925e-05;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr22 46318285 . A G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0165216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.2;QD=17.0994;RBI=0.0255231;REFB=0.0111577;REVB=-0.0194542;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0065545;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:10:5:6:8:10:5 chr22 46654664 . G T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0263954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.78;QD=26.8491;RBI=0.0340312;REFB=-0.0182363;REVB=0.0214803;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104535;STB=0.558206;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0102828;OID=.;OPOS=46654664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:5:2:7:8:5:2 chr22 46677607 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0909;QD=57.1998;RBI=0.0629035;REFB=0;REVB=0.052988;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185953;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr22 46722400 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.354;QD=59.435;RBI=0.00739346;REFB=0;REVB=0.00520305;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78012e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr22 46929692 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.934;QD=59.0183;RBI=0.0233424;REFB=0;REVB=-0.0131853;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299993;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr22 46930107 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0395987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7499;QD=21.5108;RBI=0.0427881;REFB=-0.0302169;REVB=0.01621;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20658;STB=0.615266;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0159984;OID=.;OPOS=46930107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:3:12:10:8:3:12 chr22 46931077 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.869;QD=34.6655;RBI=0.0279125;REFB=-0.0169695;REVB=-0.00647437;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000385787;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:2:8:0:0:2:8:0:1 chr22 46931793 . G C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.545;QD=45.7992;RBI=0.0383721;REFB=0;REVB=0.0237674;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74273e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr22 46931838 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.268;QD=40.7629;RBI=0.0506664;REFB=0;REVB=0.00877202;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777242;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr22 47058992 . T C 1629.86 PASS AF=0.931624;AO=107;DP=117;FAO=109;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0175412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4825;QD=55.7218;RBI=0.0291962;REFB=-0.0358279;REVB=-0.0233393;RO=2;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197657;STB=0.511465;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00383403;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:2:4:107:109:0.931624:47:60:0:2:47:62:1:3 chr22 47075462 . C T 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00521296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.492;QD=10.4348;RBI=0.0477473;REFB=-0.0128275;REVB=-0.0474619;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488711;STB=0.784493;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0321774;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:26:7:10:5:26:7 chr22 47085924 . G A 125.11 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-8.2182e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.044;QD=14.2984;RBI=0.000484376;REFB=-0.0172249;REVB=-0.000477353;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.599863;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0168394;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:10:10:5:10:10:10 chr22 47185265 . G T 119.63 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174605;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7785;QD=43.5024;RBI=0.0337883;REFB=0;REVB=0.0289272;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548095;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr22 47311404 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.696;QD=63.583;RBI=0.0325179;REFB=0;REVB=0.0273952;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52588e-05;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr22 47569571 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.119;QD=50.4117;RBI=0.0313687;REFB=0;REVB=0.0154134;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626059;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 47569605 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0607784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8701;QD=18.7439;RBI=0.0800969;REFB=-0.000471808;REVB=0.052168;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.66626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000413306;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:0:4:4:3:0:4 chr22 47857551 . T G 445.03 PASS AF=0.398438;AO=50;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0133025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3466;QD=13.9072;RBI=0.0145475;REFB=-0.0227401;REVB=0.00588854;RO=77;SAF=22;SAR=28;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297989;STB=0.522027;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0342196;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:50:51:0.398438:28:22:36:41:29:22:36:41 chr22 48023241 . G T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.782;QD=59.0425;RBI=0.0234213;REFB=0.0550275;REVB=0.00297517;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=5.52696e-05;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:26:14:1:0:27:14:1:0 chr22 48940553 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.373;QD=61.3362;RBI=0.0318119;REFB=0;REVB=0.0107488;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14373e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr22 48940714 . T TC 165.56 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0846243;FXX=0.0487686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.113;QD=16.9804;RBI=0.0846273;REFB=-0.00815838;REVB=-0.000717249;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542333;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.00398095;OID=.;OPOS=48940715;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:20:41:22:39:17:6:16:6:11:99:20:6:14:6:14 chr22 48942315 . T G 188.8 PASS AF=0.404255;AO=16;DP=50;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0540534;FXX=0.059988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7522;QD=16.0679;RBI=0.151266;REFB=-0.0315778;REVB=-0.141279;RO=20;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.621274;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00792293;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:47:20:27:16:19:0.404255:3:13:13:7:5:14:15:12 chr22 49246723 . A C 1456.68 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0695787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.648;QD=61.9863;RBI=0.0699275;REFB=-0.0222212;REVB=-0.0069761;RO=1;SAF=23;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201612;STB=0.510202;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-9.54618e-05;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:69:23:1:0:69:24:1:0 chr22 49834747 . C T 454.64 PASS AF=0.483871;AO=42;DP=91;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0092237;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.563;QD=19.5543;RBI=0.0200484;REFB=-0.0320719;REVB=0.0178006;RO=49;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730522;STB=0.544926;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0375489;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:48:42:45:0.483871:27:15:21:28:29:16:21:27 chr22 50017234 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00918572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.198;QD=14.0961;RBI=0.014647;REFB=-0.021601;REVB=0.0114087;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0158168;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:5:9:6:5:5:9 chr22 50018497 . G A 355.26 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0306559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2893;QD=16.3338;RBI=0.0367365;REFB=-0.00617383;REVB=0.0202433;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170222;STB=0.519341;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00833897;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:16:22:28:19:16:22:30:19 chr22 50277835 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000250182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.983;QD=49.5987;RBI=0.0158432;REFB=0;REVB=-0.0158412;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011851;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 50277883 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.651;QD=50.4131;RBI=0.0723147;REFB=0;REVB=-0.00709821;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555783;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr22 50278438 . A G 526.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=58.5062;RBI=0.0172776;REFB=0;REVB=-0.0130752;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31911e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:12:24:0:0 chr22 50278568 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.848;QD=50.4132;RBI=0.0268542;REFB=0;REVB=0.022924;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015762;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 50278642 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.478;QD=49.5983;RBI=0.147009;REFB=0;REVB=-0.000221335;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268361;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 50280136 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.981;QD=55.0985;RBI=0.0182536;REFB=0;REVB=0.0163149;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147224;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr22 50281917 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.435;QD=62.3509;RBI=0.00833414;REFB=0;REVB=-0.00605534;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45895e-06;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr22 50356693 . T C 564.96 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.009;QD=59.4693;RBI=0.056492;REFB=0;REVB=0.0469901;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830465;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:29:38:1:12:17:0:0:13:25:0:0 chr22 50435480 . A G 223.2 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0323158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3365;QD=14.8802;RBI=0.0347016;REFB=-0.0339807;REVB=-0.0126449;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541164;STB=0.51044;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0263109;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:8:18:23:10:8:18:23:11 chr22 50439194 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0111862;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=198.437;QD=8.25464;RBI=0.0153786;REFB=-0.025301;REVB=0.0105533;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365295;STB=0.666172;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0315604;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:4:6:0.333333:2:2:9:2:3:3:9:3 chr22 50454859 . A T 159.39 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0350289;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.747;QD=23.6137;RBI=0.0350389;REFB=-0.0191414;REVB=-0.000837627;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253077;STB=0.642026;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0386748;OID=.;OPOS=50454859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:3:8:6:10:3:8 chr22 50468907 . C G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.016698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.843;QD=11.257;RBI=0.0188344;REFB=-0.0090281;REVB=0.00871284;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434922;STB=0.755272;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0150011;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:10:2:5:3:10:2 chr22 50480108 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0928339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9495;QD=18.7769;RBI=0.114852;REFB=0.00328443;REVB=0.0676234;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516356;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:15:11:11:15:15:11 chr22 50528916 . C T 253.43 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0184323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.956;QD=28.1594;RBI=0.0377869;REFB=-0.00352019;REVB=0.0329864;RO=13;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058241;STB=0.532106;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.003369;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:14:9:4:9:14:9:4:9 chr22 50529462 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0103883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.376;QD=10.8848;RBI=0.029412;REFB=-0.0119245;REVB=-0.0275164;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0244361;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:4:5:6:8:4:5:6:9 chr22 50530501 . A T 331.42 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00429497;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.797;QD=18.4125;RBI=0.0140976;REFB=-0.023572;REVB=0.0134274;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231851;STB=0.635682;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0284195;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:37:35:35:0.486111:11:24:17:21:11:24:16:21 chr22 50546666 . C T 241.62 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0108447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.874;QD=21.9653;RBI=0.0116361;REFB=-0.0104603;REVB=-0.0042181;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0252174;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:8:13:13:10:8:13 chr22 50547247 . A G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.86;QD=61.048;RBI=0.0151912;REFB=0;REVB=0.0145618;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42093e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr22 50555619 . C T 923.26 PASS AF=0.970149;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.046;QD=55.1198;RBI=0.0221256;REFB=-0.0366585;REVB=0.0122843;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519225;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000449702;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:0:2:66:65:0.970149:40:26:0:0:40:25:2:0 chr22 50555635 . C T 334.33 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000469183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3559;QD=19.3813;RBI=0.0540147;REFB=0.0302995;REVB=-0.0540127;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914353;STB=0.55092;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0376263;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:16:18:22:13:16:18 chr22 50555686 . A C 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0150501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.556;QD=12.5474;RBI=0.0150533;REFB=-0.0136705;REVB=0.000307459;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938907;STB=0.592992;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0174299;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:19:8:15:25:19:8:19:25 chr22 50572473 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0172045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.13;QD=20.6011;RBI=0.0192133;REFB=-0.00913427;REVB=-0.00855312;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385902;STB=0.536805;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00738006;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:12:8:8:10:12:8:9:10 chr22 50581707 . T C 139.26 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00457477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.021;QD=19.8945;RBI=0.0308558;REFB=-0.0467294;REVB=0.0305148;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0333542;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:5:9:6:7:6:9:6:7 chr22 50582550 . C A 306.15 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00329654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2386;QD=17.7478;RBI=0.0772765;REFB=-0.000612805;REVB=0.0772062;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230751;STB=0.521114;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00193951;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:15:17:20:16:16:17:20:16 chr22 50582626 . A G 885.59 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.132;QD=58.0717;RBI=0.0444119;REFB=0;REVB=-0.0346439;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83455e-05;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:33:28:0:0 chr22 50584201 . A C 197.5 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.98;QD=18.8096;RBI=0.0180275;REFB=-0.00975404;REVB=-0.0180173;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010326;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:11:11:10:10:11:11 chr22 50589196 . C A 60.22 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0144302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.839;QD=6.02235;RBI=0.0350383;REFB=-0.015932;REVB=0.0319288;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567154;STB=0.840055;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0293549;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:5:26:3:6:5:26 chr22 50599466 . C A 298.74 PASS AF=0.65;AO=24;DP=38;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00963242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.353;QD=29.8743;RBI=0.00977344;REFB=-0.0330666;REVB=0.00165431;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815304;STB=0.516116;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0140174;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:14:14:24:26:0.65:14:10:6:8:16:10:6:8 chr22 50637597 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.595;QD=58.0607;RBI=0.00901486;REFB=0;REVB=-0.00857817;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58763e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr22 50646936 . G C 278.57 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.028828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2822;QD=27.1777;RBI=0.034837;REFB=-0.0488984;REVB=0.0195592;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145968;STB=0.580519;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0306064;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:12:13:5:11:12:13:5:11 chr22 50648616 . C G 201.72 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.011027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.076;QD=16.4673;RBI=0.0237577;REFB=-0.0331928;REVB=0.0210436;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210579;STB=0.638754;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0515004;OID=.;OPOS=50648616;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:12:7:16:12:14:7:16:12 chr22 50657010 . C G 728.64 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2527;QD=57.1484;RBI=0.143699;REFB=0;REVB=0.0144593;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121122;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr22 50664612 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0136842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6582;QD=17.0333;RBI=0.0398445;REFB=0.0256457;REVB=0.0374209;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189746;STB=0.609247;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0286043;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:10:12:13:5:10:12 chr22 50688348 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0451295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2095;QD=20.6006;RBI=0.0521922;REFB=-0.0139179;REVB=-0.0262174;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.516113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0080407;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:7:12:12:8:7:12 chr22 50693538 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0202657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.081;QD=14.0441;RBI=0.0516486;REFB=-0.0198934;REVB=-0.0475066;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00501;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr22 50693554 . A G 76.51 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0344983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.2;QD=25.5026;RBI=0.0526053;REFB=-0.036482;REVB=-0.0397137;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236511;STB=0.636032;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0107358;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:1:2:2:7:1:2 chr22 50696662 . C T 58.38 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0927629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.072;QD=21.2289;RBI=0.0959216;REFB=-0.0222866;REVB=0.0244132;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.713728;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0118888;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:5:2:3:0:6:2:3:0 chr22 50705466 . A G 204.74 PASS AF=0.95;AO=12;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.161;QD=40.9477;RBI=0.0408027;REFB=-0.0795539;REVB=0.0340658;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00350659;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:12:19:0.95:7:5:0:0:11:8:1:0 chr22 50713866 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.217;QD=50.4122;RBI=0.0170135;REFB=0;REVB=0.00557813;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211962;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr22 50716167 . G A 769.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.162;QD=62.8081;RBI=0.0465637;REFB=0;REVB=0.0428484;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162298;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:23:24:0:0:25:24:0:0 chr22 50719251 . A G 482.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.131;QD=58.5186;RBI=0.0291181;REFB=0;REVB=-0.0259698;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25688e-05;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr22 50720622 . C T 414.01 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00603308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.482;QD=19.0351;RBI=0.0645928;REFB=-0.00745536;REVB=0.0643104;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242897;STB=0.508357;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00961327;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:18:24:24:20:18:24:25:20 chr22 50722134 . T C 513.32 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02867;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.714;QD=57.036;RBI=0.0333456;REFB=-0.0154912;REVB=0.0170282;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000300435;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:0:1:22:13:0:1 chr22 50725553 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.017065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.057;QD=15.2914;RBI=0.0188073;REFB=0.00587177;REVB=0.00790571;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400241;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00296743;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:6:3:7:2:6:3 chr22 50728062 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00638825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.205;QD=24.4133;RBI=0.0330949;REFB=-0.022817;REVB=0.0324725;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240587;STB=0.636115;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00744633;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:4:1:7:4:4:1 chr22 50751529 . G C 207.77 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00368596;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=135.008;QD=15.1108;RBI=0.00425056;REFB=-0.00470162;REVB=0.00211681;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293829;STB=0.635654;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00582488;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:14:31:24:24:0.436364:17:7:10:4:17:7:16:15 chr22 50752150 . C T 164.48 PASS AF=0.375;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0101467;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4657;QD=13.707;RBI=0.0344298;REFB=-0.020657;REVB=0.0329007;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970616;STB=0.570675;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0335821;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:17:18:0.375:10:7:15:15:11:7:15:15 chr22 50753334 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00733939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.565;QD=14.3341;RBI=0.0571588;REFB=-0.0169401;REVB=0.0566856;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0156102;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:8:2:5:4:8:2 chr22 50754466 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00340335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2978;QD=14.0783;RBI=0.0297224;REFB=-0.00831659;REVB=0.029527;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224809;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:8:8:6:6:8:8 chr22 50754648 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00870765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.991;QD=18.4438;RBI=0.0210972;REFB=-0.0475864;REVB=0.0192164;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428568;STB=0.749499;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0222993;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:6:3:9:2:6:3 chr22 50757470 . T C 143.81 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0117057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.104;QD=15.1375;RBI=0.011734;REFB=-0.00370689;REVB=0.000814911;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131328;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00471334;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:9:12:7:9:10:12 chr22 50877166 . G C 211.79 PASS AF=1;AO=8;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073585;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.452;QD=49.8341;RBI=0.0885894;REFB=0;REVB=0.0493288;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306826;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:8:17:1:4:4:0:0:8:9:0:0 chr22 50878275 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.982;QD=57.3858;RBI=0.0253493;REFB=0;REVB=-0.00844367;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54808e-05;OID=.;OPOS=50878275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr22 50879447 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.945;QD=51.1804;RBI=0.0770782;REFB=0;REVB=-0.0593073;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013264;OID=.;OPOS=50879447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr22 50885775 . A G 171.51 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.366;QD=45.7346;RBI=0.0933973;REFB=0;REVB=0.063017;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382547;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr22 50923217 . T C 464.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.42;QD=58.1059;RBI=0.0294927;REFB=0;REVB=0.0205499;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14873e-06;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr22 50923282 . C A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA 80.62 PASS AF=0.2,0.7;AO=2,7;DP=11;FAO=2,7;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,22;MLLD=64.1612,473.903;QD=32.2499;RBI=0.00879999,0.031641;REFB=0.063864,0.0364452;REVB=0.00879999,-0.031641;RO=2;SAF=0,0;SAR=2,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,-0.782089;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0306803,-0.0135254;OID=.,.;OPOS=50923282,50923283;OREF=C,-;OALT=A,CCACCCCCACCTTCCCCAGCAA;OMAPALT=A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:11:10:2:1:2,7:2,7:0.2,0.7:2,7:0,0:1:1:2,7:0,0:0:1 chr22 50941924 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0108246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.236;QD=14.1698;RBI=0.0125582;REFB=-0.00123878;REVB=-0.00636682;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.590733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00123098;OID=.;OPOS=50941924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:4:8:5:5:4:8 chr22 50941985 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0250854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3544;QD=24.3275;RBI=0.0875699;REFB=-0.00395136;REVB=-0.0839;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00780396;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:2:0:5:2:2:0 chr22 50944128 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00525625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=21.3521;RBI=0.0735951;REFB=-0.0197954;REVB=0.0734072;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.5624;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00997502;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:5:4:4:9:5:4 chr22 50944163 . G A 97.94 PASS AF=0.375;AO=13;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00346073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.09;QD=12.2429;RBI=0.0119564;REFB=-0.0069076;REVB=0.0114446;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927383;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0122897;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:19:20:13:12:0.375:5:8:10:9:5:7:11:9 chr22 50960682 . C T 276.95 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00269759;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.51;QD=25.1776;RBI=0.0517665;REFB=0.00233088;REVB=0.0516961;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540033;STB=0.537447;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000992615;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:11:13:9:10:11:14:9:10 chr22 50962208 . T G 348.29 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0215536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.889;QD=14.8207;RBI=0.0220147;REFB=-0.0140863;REVB=0.00448215;RO=56;SAF=25;SAR=12;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390024;STB=0.527904;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0156071;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:37:38:0.404255:12:25:36:20:12:26:36:20 chr22 50962782 . C G 132.91 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00747696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0729;QD=15.6368;RBI=0.0197494;REFB=0.0246771;REVB=-0.0182793;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230948;STB=0.624816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0314917;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:3:12:11:7:3:12:12:7 chr22 50964236 . G A 79.47 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.022626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.76;QD=16.7313;RBI=0.0239774;REFB=-0.0211282;REVB=0.00793616;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0253046;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr22 50988062 . G T 333.16 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0153224;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9973;QD=16.4521;RBI=0.0155112;REFB=-0.0174603;REVB=-0.00241224;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275821;STB=0.515498;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0219394;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:20:25:19:17:20:25 chr22 50988695 . T C 60.38 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00368459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.075;QD=17.2511;RBI=0.0128225;REFB=-0.00126698;REVB=-0.0122817;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000972657;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:5:2:4:2:5:3:4:2 chr22 50989326 . A G 63.14 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0569898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5781;QD=22.9585;RBI=0.0721;REFB=0.0695684;REVB=-0.0441653;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.631225;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0174329;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:6:8:0.727273:2:4:1:2:2:6:1:2 chr22 51043278 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.319;QD=48.7369;RBI=0.0421531;REFB=0;REVB=0.0379175;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013702;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 51045190 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.649;QD=39.2068;RBI=0.0249804;REFB=0;REVB=0.0152349;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029011;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr22 51045433 . C T 191.48 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.96;QD=47.8699;RBI=0.0940307;REFB=0;REVB=0.0498297;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142062;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr22 51137191 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0313925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.979;QD=15.6262;RBI=0.0382214;REFB=-0.0252455;REVB=-0.0218033;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143955;STB=0.59882;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.03241;OID=.;OPOS=51137191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:14:5:10:16:14:5:11:16 chrX 200860 . T C 1026.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.016;QD=57.0153;RBI=0.0579836;REFB=0;REVB=0.0559216;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390834;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:72:0:0:63:72:1:19:44:0:0:28:44:0:0 chrX 207362 . C T 1478.95 PASS AF=0.929204;AO=105;DP=113;FAO=105;FDP=113;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0102353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.916;QD=52.3523;RBI=0.0130393;REFB=-0.0362005;REVB=0.00807852;RO=8;SAF=48;SAR=57;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111004;STB=0.505863;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00184723;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:113:113:8:8:105:105:0.929204:57:48:3:5:57:48:3:5 chrX 228903 . G A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00968752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.045;QD=30.5945;RBI=0.0247599;REFB=-0.140111;REVB=0.022786;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.571292;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00505364;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:4:6:1:0:4:6:2:0 chrX 228934 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5495;QD=36.3481;RBI=0.0532876;REFB=0.0940208;REVB=-0.0432161;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00453146;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chrX 228940 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3545;QD=39.3165;RBI=0.187078;REFB=0.0120816;REVB=-0.18558;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0102058;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chrX 229137 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.617;QD=56.9326;RBI=0.0142201;REFB=0;REVB=-0.00149753;RO=0;SAF=48;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53989e-05;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:5:48:0:0:5:48:0:0 chrX 229542 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.71;QD=43.4861;RBI=0.0125758;REFB=0;REVB=-0.000898972;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263249;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 295132 . T C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.524;QD=40.6389;RBI=0.0643467;REFB=-0.0931022;REVB=-0.0496741;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00311882;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:0:1:4:10:0:1 chrX 295231 . A G 450.01 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.02684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.792;QD=48.6494;RBI=0.0276525;REFB=-0.018402;REVB=-0.00665416;RO=4;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092111;STB=0.504947;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00236504;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:15:18:2:2:15:18:2:2 chrX 299362 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.561;QD=54.5177;RBI=0.029603;REFB=0;REVB=0.00629057;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141247;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chrX 299591 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.378;QD=61.8521;RBI=0.0464387;REFB=0;REVB=-0.0426628;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15483e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chrX 306152 . T G 237.56 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164;QD=50.0118;RBI=0.0609516;REFB=0;REVB=0.0505979;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253737;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:8:8:0:0:10:9:0:0 chrX 322161 . A G 2385.94 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.937;QD=61.1779;RBI=0.0352315;REFB=0;REVB=-0.0314668;RO=0;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4926e-05;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:62:94:0:0:62:94:0:0 chrX 322193 . C T 3254.93 PASS AF=0.955947;AO=217;DP=228;FAO=217;FDP=227;FR=.;FRO=10;FSAF=131;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0204605;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.696;QD=57.3556;RBI=0.0215574;REFB=-0.0412946;REVB=0.00678885;RO=9;SAF=131;SAR=86;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125723;STB=0.509339;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00143281;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:228:227:9:10:217:217:0.955947:86:131:4:5:86:131:4:6 chrX 610715 . C G 69.38 PASS AF=0.0857143;AO=24;DP=281;FAO=24;FDP=280;FR=.;FRO=256;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=106;FSRR=150;FWDB=-0.0233392;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.206;QD=0.991174;RBI=0.0245968;REFB=-0.0024886;REVB=-0.00776413;RO=254;SAF=10;SAR=14;SRF=105;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395661;STB=0.502449;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0258518;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:281:280:254:256:24:24:0.0857143:14:10:105:149:14:10:106:150 chrX 612147 . G A 61.73 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.807;QD=35.2748;RBI=0.0426444;REFB=0;REVB=0.0423147;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163773;OID=.;OPOS=612147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chrX 1428421 . G T 1201.31 PASS AF=0.830357;AO=93;DP=112;FAO=93;FDP=112;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=5.31999e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.94;QD=42.9038;RBI=0.000197256;REFB=-0.0135561;REVB=-0.000189947;RO=19;SAF=40;SAR=53;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201363;STB=0.510703;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00200931;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:19:19:93:93:0.830357:53:40:7:12:53:40:7:12 chrX 1460740 . A G 592.54 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0133394;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.624;QD=43.8915;RBI=0.0160498;REFB=0.00285227;REVB=0.00892502;RO=7;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626414;STB=0.533432;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000491889;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:7:7:47:47:0.87037:29:18:1:6:29:18:1:6 chrX 1531648 . C T 1966.73 PASS AF=0.898734;AO=142;DP=158;FAO=142;FDP=158;FR=.;FRO=16;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00694434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8979;QD=49.7907;RBI=0.0123733;REFB=0.0136797;REVB=0.0102408;RO=15;SAF=70;SAR=72;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475859;STB=0.505617;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00139735;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:158:158:15:16:142:142:0.898734:72:70:7:8:72:70:7:9 chrX 1537002 . C G 1564.13 PASS AF=0.896;AO=112;DP=125;FAO=112;FDP=125;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0200316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7675;QD=50.0521;RBI=0.0398097;REFB=-0.0505155;REVB=-0.0344028;RO=13;SAF=52;SAR=60;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000542894;STB=0.500287;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554924;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:13:13:112:112:0.896:60:52:6:7:60:52:6:7 chrX 1546792 . G A 158.58 PASS AF=0.9375;AO=12;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.432;QD=39.6452;RBI=0.0175757;REFB=-0.0073551;REVB=0.013394;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000161871;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:12:15:0.9375:5:7:0:1:7:8:0:1 chrX 1546876 . A G 414.77 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0047895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2017;QD=47.4017;RBI=0.0319264;REFB=-0.0106062;REVB=-0.0315651;RO=4;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250929;STB=0.513505;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00579869;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:12:19:2:2:12:19:2:2 chrX 1554649 . T C 83.13 PASS AF=0.117318;AO=20;DP=178;FAO=21;FDP=179;FR=.;FRO=158;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=-0.0617682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.467;QD=1.85766;RBI=0.0617967;REFB=-0.00134569;REVB=-0.00187599;RO=157;SAF=10;SAR=10;SRF=80;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117454;STB=0.509847;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00986978;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:178:179:157:158:20:21:0.117318:10:10:80:77:10:11:81:77 chrX 1554655 . T C 86.9 PASS AF=0.121387;AO=21;DP=173;FAO=21;FDP=173;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=0.0155311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7376;QD=2.00932;RBI=0.0169203;REFB=0.00241934;REVB=-0.00671433;RO=148;SAF=11;SAR=10;SRF=76;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128536;STB=0.509363;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0171255;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:173:173:148:152:21:21:0.121387:10:11:76:72:10:11:78:74 chrX 1713021 . C T 1588.15 PASS AF=0.864662;AO=115;DP=133;FAO=115;FDP=133;FR=.;FRO=18;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.041941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3911;QD=47.7638;RBI=0.0446763;REFB=0.0323165;REVB=-0.0153923;RO=18;SAF=49;SAR=66;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479417;STB=0.525404;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00544525;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:133:133:18:18:115:115:0.864662:66:49:11:7:66:49:11:7 chrX 1718400 . G A 303.49 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0995214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6494;QD=39.1595;RBI=0.149074;REFB=-0.113236;REVB=0.110989;RO=5;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278884;STB=0.538873;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0267723;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:31:31:5:6:25:25:0.806452:8:17:3:2:8:17:3:3 chrX 1720027 . C T 427.4 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00686035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.158;QD=40.7046;RBI=0.0297828;REFB=-0.0579831;REVB=0.0289819;RO=9;SAF=10;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112428;STB=0.560937;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00927734;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:23:10:5:4:23:10:5:4 chrX 1755404 . C T 1962.75 PASS AF=0.949275;AO=131;DP=138;FAO=131;FDP=138;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0135719;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0775;QD=56.8912;RBI=0.0326945;REFB=0.0312504;REVB=-0.0297445;RO=7;SAF=54;SAR=77;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438108;STB=0.523094;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00111064;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:138:138:7:7:131:131:0.949275:77:54:6:1:77:54:6:1 chrX 2139186 . C T 62.91 PASS AF=0.0978261;AO=18;DP=183;FAO=18;FDP=184;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=-0.025157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.709;QD=1.36767;RBI=0.0257361;REFB=-0.00199426;REVB=-0.00542884;RO=163;SAF=10;SAR=8;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483726;STB=0.544744;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0194886;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:183:184:163:166:18:18:0.0978261:8:10:84:79:8:10:84:82 chrX 2139200 . T C 2667.44 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164196;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.438;QD=62.0336;RBI=0.0164326;REFB=-0.0910676;REVB=-0.00065388;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38729e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:173:172:1:0:172:172:1:89:83:0:1:89:83:0:0 chrX 2161129 . C G 964.15 PASS AF=0.802198;AO=73;DP=91;FAO=73;FDP=91;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0191998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5137;QD=42.3801;RBI=0.0199278;REFB=-0.0125079;REVB=-0.00533715;RO=17;SAF=33;SAR=40;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898576;STB=0.553369;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00406319;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:17:18:73:73:0.802198:40:33:12:5:40:33:13:5 chrX 2326782 . G C 67.08 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=86;FWDB=-0.00144801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.676;QD=1.97307;RBI=0.00449613;REFB=-0.000352897;REVB=-0.00425658;RO=120;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345916;STB=0.735258;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00183812;OID=.;OPOS=2326782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:136:136:120:120:16:16:0.117647:7:9:34:86:7:9:34:86 chrX 2408437 . G A 708.8 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264533;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.917;QD=59.0663;RBI=0.113548;REFB=-0.0619342;REVB=0.110424;RO=2;SAF=38;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430073;STB=0.522925;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00131337;OID=.;OPOS=2408437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:48:2:2:46:46:0.958333:8:38:1:1:8:38:1:1 chrX 2609983 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.02;QD=51.9159;RBI=0.0199644;REFB=0;REVB=0.0180436;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50966e-05;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 2638499 . G A 1491.93 PASS AF=0.91453;AO=106;DP=116;FAO=107;FDP=117;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0234835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0836;QD=51.0061;RBI=0.0405468;REFB=-0.00267057;REVB=-0.033054;RO=10;SAF=20;SAR=86;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520632;STB=0.527169;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000165114;OID=.;OPOS=2638499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:117:10:10:106:107:0.91453:86:20:0:10:87:20:0:10 chrX 2644302 . C T 613.72 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0352432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.701;QD=53.3667;RBI=0.0370423;REFB=0.000764858;REVB=-0.011404;RO=4;SAF=15;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251083;STB=0.513416;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=4.72983e-06;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:27:15:2:2:27:15:2:2 chrX 2645366 . G C 4777.6 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139126;FXX=0.00333322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.117;QD=63.9143;RBI=0.0146124;REFB=-0.0707332;REVB=0.00446783;RO=1;SAF=129;SAR=170;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76309e-05;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:300:299:1:0:299:299:1:170:129:0:1:170:129:0:0 chrX 2715425 . A G 300.42 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0383093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.545;QD=44.5064;RBI=0.0389663;REFB=-0.0943077;REVB=-0.00712508;RO=3;SAF=22;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591633;STB=0.531889;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00991366;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:2:22:3:0:2:22:3:0 chrX 2724760 . T C 1122.53 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.257;QD=60.6772;RBI=0.100068;REFB=0;REVB=0.0990701;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022942;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:63:74:1:40:23:0:0:51:23:0:0 chrX 2748253 . G C 1557.32 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.228;QD=62.2928;RBI=0.0501528;REFB=0;REVB=0.0185007;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057572;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:100:0:0:94:100:1:45:49:0:0:45:55:0:0 chrX 2773054 . G A 1369.44 PASS AF=0.900901;AO=100;DP=110;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0221605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.489;QD=49.3492;RBI=0.0552574;REFB=-0.0470096;REVB=0.0506191;RO=10;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597629;STB=0.526117;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00489212;OID=.;OPOS=2773054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:111:10:11:100:100:0.900901:56:44:1:9:56:44:2:9 chrX 2777985 . C T 3046.94 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0188698;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5066;QD=62.5012;RBI=0.0214544;REFB=-0.122054;REVB=0.010209;RO=0;SAF=97;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5437e-08;STB=0.505102;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000166343;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:195:0:2:193:193:0.989744:96:97:0:0:96:97:2:0 chrX 2779570 . A G 2354.07 PASS AF=1;AO=143;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605566;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3029;QD=64.0564;RBI=0.0246266;REFB=0;REVB=-0.0238705;RO=0;SAF=50;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14751e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:143:147:1:93:50:0:0:94:53:0:0 chrX 2825403 . A G 2138.09 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000705952;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.881;QD=62.8849;RBI=0.0360308;REFB=0;REVB=-0.0360239;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23374e-06;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:77:58:0:0:77:59:0:0 chrX 2832739 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.487;QD=61.536;RBI=0.0190115;REFB=0;REVB=0.000106147;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61766e-05;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chrX 2832742 . G C 1262.42 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.381;QD=61.5816;RBI=0.0419208;REFB=0;REVB=0.041426;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267229;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chrX 2852951 . G A 1597.22 PASS AF=0.91129;AO=113;DP=124;FAO=113;FDP=124;FR=.;FRO=11;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0353958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.923;QD=51.5232;RBI=0.0360449;REFB=0.00218239;REVB=-0.00680994;RO=11;SAF=54;SAR=59;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266186;STB=0.514067;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000122668;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:11:11:113:113:0.91129:59:54:7:4:59:54:7:4 chrX 2854808 . G A 38.11 PASS AF=0.0764706;AO=13;DP=170;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.0270702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.984;QD=0.896749;RBI=0.0386558;REFB=-0.00347765;REVB=-0.0275949;RO=157;SAF=9;SAR=4;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238533;STB=0.696996;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0425645;OID=.;OPOS=2854808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:170:170:157:157:13:13:0.0764706:4:9:75:82:4:9:75:82 chrX 2856155 . C T 1195.86 PASS AF=0.873786;AO=89;DP=105;FAO=90;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0162137;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.294;QD=46.441;RBI=0.0265322;REFB=-0.0426185;REVB=-0.0210018;RO=11;SAF=38;SAR=51;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440843;STB=0.532978;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00666416;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:105:103:11:13:89:90:0.873786:51:38:7:4:51:39:9:4 chrX 2942109 . T C 1747.78 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2746;QD=60.7923;RBI=0.030744;REFB=0;REVB=-0.0244686;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232986;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chrX 3002687 . A G 236.52 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0355222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7656;QD=33.7879;RBI=0.054658;REFB=0.0355618;REVB=-0.0415411;RO=7;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19484;STB=0.605969;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0156681;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:13:8:0:7:13:8:0:7 chrX 3195109 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.678;QD=48.7373;RBI=0.00472374;REFB=0;REVB=0.00288658;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33589e-05;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chrX 3228144 . C G 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6714;QD=62.9724;RBI=0.058703;REFB=0;REVB=-0.034521;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103647;OID=.;OPOS=3228144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chrX 3228411 . G A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.321;QD=63.28;RBI=0.0244125;REFB=0;REVB=-0.0162752;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50822e-06;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chrX 3228891 . A G 1299.27 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.491;QD=61.1421;RBI=0.0209326;REFB=0;REVB=-0.0158553;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37758e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:38:47:0:0 chrX 3235724 . C T 2830.16 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000436965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.461;QD=62.2012;RBI=0.0324349;REFB=-0.0318745;REVB=0.0324319;RO=0;SAF=93;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=1.76753e-05;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:88:93:0:0:88:93:0:1 chrX 3236028 . C T 2187.7 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486236;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3531;QD=62.9555;RBI=0.00673638;REFB=0;REVB=0.00466221;RO=0;SAF=57;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42852e-05;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:82:57:0:0:81:58:0:0 chrX 3239545 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7949;QD=59.5008;RBI=0.0486035;REFB=0;REVB=-0.0484524;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310702;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chrX 3239979 . G A 712.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214056;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.212;QD=63.3185;RBI=0.0223199;REFB=0;REVB=0.00632285;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27411e-05;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chrX 3241256 . T C,G 654.0 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=39,3;DP=42;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159002,-0.0203415;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.7003,35.7582;QD=60.8368;RBI=0.0195826,0.022432;REFB=0,0;REVB=0.0114308,-0.00945607;RO=0;SAF=17,2;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0016177,0.205351;OID=.,.;OPOS=3241256,3241256;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:43:0:0:39,3:41,2:0.953488,0.0465116:22,1:17,2:0:0:24,0:17,2:0:0 chrX 3241317 . T C,G 784.21 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=52,4;DP=56;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213659,-0.023401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.874,85.8492;QD=56.0153;RBI=0.0310965,0.0452505;REFB=0,0;REVB=-0.022594,-0.0387299;RO=0;SAF=27,1;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000765878,0.00219735;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:56:56:0:0:52,4:52,4:0.928571,0.0714286:25,3:27,1:0:0:25,3:27,1:0:0 chrX 3592725 . G A 79.85 PASS AF=0.139344;AO=17;DP=122;FAO=17;FDP=122;FR=.;FRO=105;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=0.00596041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.919;QD=2.6181;RBI=0.0161293;REFB=-0.00145561;REVB=0.0149876;RO=105;SAF=2;SAR=15;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549637;STB=0.878455;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0128507;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:122:122:105:105:17:17:0.139344:15:2:58:47:15:2:58:47 chrX 3736489 . C T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00339846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4634;QD=56.9478;RBI=0.083456;REFB=0.0206756;REVB=-0.0833868;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00172426;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chrX 3747372 . C T 784.45 PASS AF=0.893939;AO=59;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00106693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.015;QD=47.5422;RBI=0.0192759;REFB=0.0169768;REVB=-0.0192464;RO=7;SAF=25;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282963;STB=0.51505;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00118124;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:66:66:7:7:59:59:0.893939:34:25:2:5:34:25:2:5 chrX 3977734 . G A 772.01 PASS AF=0.867647;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0181776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.353;QD=45.4125;RBI=0.0187545;REFB=-0.00545999;REVB=0.00461567;RO=9;SAF=20;SAR=39;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058728;STB=0.531324;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000634489;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:9:9:59:59:0.867647:39:20:5:4:39:20:5:4 chrX 5810090 . A G 894.88 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0556203;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1281;QD=53.4258;RBI=0.105035;REFB=-0.169708;REVB=0.0890993;RO=3;SAF=29;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177751;STB=0.508884;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00528669;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:67:3:3:63:64:0.955224:34:29:2:1:34:30:2:1 chrX 6451856 . A G 290.6 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0102806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.739;QD=16.3719;RBI=0.0142109;REFB=-0.0298017;REVB=-0.00981109;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129192;STB=0.586883;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0325804;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:19:13:20:17:19:13:22:17 chrX 6451864 . C T 34.26 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.012095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2247;QD=4.15223;RBI=0.0283842;REFB=-0.0055526;REVB=-0.0256783;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110448;STB=0.575511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0422044;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:11:16:3:3:11:16 chrX 6451872 . C G 71.28 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0487958;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.955;QD=15.0054;RBI=0.0499577;REFB=-0.0601732;REVB=-0.0107121;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0650496;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:19:19:9:10:8:9:0.473684:6:2:3:6:6:3:4:6 chrX 6975752 . G T 271.18 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0644807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4374;QD=37.404;RBI=0.0787132;REFB=-0.0481014;REVB=0.0451444;RO=6;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105227;STB=0.557227;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0140515;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:29:6:6:23:23:0.793103:13:10:1:5:13:10:1:5 chrX 6975782 . C G 373.76 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0184419;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.665;QD=42.7152;RBI=0.0184485;REFB=-0.0202812;REVB=0.000493101;RO=6;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820861;STB=0.5443;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00193324;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:35:6:6:29:29:0.828571:17:12:1:5:17:12:1:5 chrX 6995315 . C T 1008.52 PASS AF=0.806452;AO=75;DP=95;FAO=75;FDP=93;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00123606;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.144;QD=43.3774;RBI=0.0101682;REFB=-0.0067882;REVB=0.0100928;RO=16;SAF=38;SAR=37;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390712;STB=0.520224;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00192987;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:16:18:75:75:0.806452:37:38:10:6:37:38:11:7 chrX 7066051 . A C 370.54 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0435233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.065;QD=38.0044;RBI=0.0467417;REFB=-0.0364653;REVB=0.0170443;RO=10;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230587;STB=0.531014;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0115658;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:10:9:29:30:0.769231:16:13:4:6:16:14:3:6 chrX 7812017 . C T 122.54 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0244252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.888;QD=25.7987;RBI=0.03346;REFB=0.0162141;REVB=0.0228688;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314087;STB=0.717002;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00229604;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:19:5:6:13:13:0.684211:11:2:3:2:11:2:4:2 chrX 8138080 . G C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.33;QD=59.322;RBI=0.0223223;REFB=0;REVB=0.0221647;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136721;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chrX 8138160 . T C 808.59 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0468493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0248;QD=53.906;RBI=0.0484393;REFB=-0.0189986;REVB=0.0123089;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00670492;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:30:28:2:0:30:28:2:0 chrX 8138165 . C G 834.97 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.997;QD=57.5839;RBI=0.0276975;REFB=0;REVB=0.0190716;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104425;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chrX 8138170 . CT GC 695.92 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895033;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.668;QD=51.5499;RBI=0.181856;REFB=0;REVB=0.158306;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00699977;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chrX 8138182 . A G 722.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.732;QD=56.6504;RBI=0.020549;REFB=0;REVB=-0.00692276;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381058;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:25:21:0:0:25:26:0:0 chrX 8497510 . C T 3265.09 PASS AF=0.867159;AO=232;DP=270;FAO=235;FDP=271;FR=.;FRO=36;FSAF=103;FSAR=132;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.020362;FXX=0.0216599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.295;QD=48.1933;RBI=0.0203749;REFB=-0.0367641;REVB=-0.000722396;RO=36;SAF=103;SAR=129;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703929;STB=0.50292;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00266784;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:36:36:232:235:0.867159:129:103:15:21:132:103:15:21 chrX 9001164 . G A 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00751703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.87;QD=2.20842;RBI=0.0126745;REFB=-0.000402345;REVB=0.0102048;RO=73;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314124;STB=0.734625;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00560768;OID=.;OPOS=9001164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:8:2:32:41:8:2:32:41 chrX 9859098 . A G 4421.66 PASS AF=1;AO=275;DP=283;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566176;FXX=0.0312489;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.165;QD=63.393;RBI=0.0288525;REFB=-0.0209985;REVB=-0.0282916;RO=1;SAF=135;SAR=140;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027727;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:283:279:1:0:275:279:1:140:135:1:0:143:136:0:0 chrX 9859110 . C T 4325.42 PASS AF=0.989286;AO=277;DP=280;FAO=277;FDP=280;FR=.;FRO=3;FSAF=134;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0429925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.476;QD=61.7917;RBI=0.051953;REFB=-0.169218;REVB=0.0291679;RO=1;SAF=134;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354528;STB=0.505535;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000341311;OID=.;OPOS=9859110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:280:280:1:3:277:277:0.989286:143:134:1:0:143:134:3:0 chrX 9914947 . G C 949.67 PASS AF=0.864198;AO=69;DP=80;FAO=70;FDP=81;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0462486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5601;QD=46.8975;RBI=0.0474026;REFB=-0.044005;REVB=-0.010396;RO=11;SAF=23;SAR=46;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133981;STB=0.571625;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00502537;OID=.;OPOS=9914947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:80:81:11:11:69:70:0.864198:46:23:9:2:47:23:9:2 chrX 9915165 . C T 135.36 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0472374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0771;QD=33.8407;RBI=0.0960334;REFB=0.0812408;REVB=0.0836124;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0161601;OID=.;OPOS=9915165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:3:2:13:14:0.875:6:7:1:2:7:7:1:1 chrX 10085674 . T C 228.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526859;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.696;QD=50.6984;RBI=0.0198432;REFB=0;REVB=0.019131;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60358e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chrX 10202343 . C T 557.04 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4659;QD=60.2208;RBI=0.0303475;REFB=0;REVB=-0.0276469;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015438;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chrX 12725701 . C G 2895.98 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=62.9561;RBI=0.0238362;REFB=0;REVB=0.0225476;RO=0;SAF=92;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63336e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:91:92:0:0:92:92:0:0 chrX 12809661 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.92;QD=42.1821;RBI=0.0385665;REFB=0;REVB=0.0276136;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58607e-05;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 12924826 . A G 1244.98 PASS AF=0.863636;AO=95;DP=112;FAO=95;FDP=110;FR=.;FRO=15;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00736733;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.264;QD=45.2721;RBI=0.0111804;REFB=-0.0347627;REVB=-0.00840974;RO=12;SAF=64;SAR=31;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185015;STB=0.511334;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00436436;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:112:110:12:15:95:95:0.863636:31:64:9:3:31:64:9:6 chrX 12937513 . C T 471.6 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193726;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.936;QD=55.4818;RBI=0.0259052;REFB=0.0285618;REVB=-0.0171983;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000376065;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:14:18:0:1:15:18:0:1 chrX 12937804 . C T 2110.64 PASS AF=0.878613;AO=152;DP=174;FAO=152;FDP=173;FR=.;FRO=21;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000840383;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6926;QD=48.8009;RBI=0.00558153;REFB=0.00225204;REVB=0.0055179;RO=20;SAF=74;SAR=78;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358937;STB=0.516044;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000296248;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:174:173:20:21:152:152:0.878613:78:74:13:7:78:74:13:8 chrX 12939112 . G C 2116.15 PASS AF=0.948052;AO=144;DP=157;FAO=146;FDP=154;FR=.;FRO=8;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0134548;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5489;QD=54.965;RBI=0.0324379;REFB=-0.0280304;REVB=0.0295159;RO=8;SAF=84;SAR=60;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213241;STB=0.511435;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00144353;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:157:154:8:8:144:146:0.948052:60:84:3:5:60:86:3:5 chrX 12939412 . C A 815.36 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0109557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246;QD=50.1757;RBI=0.0159034;REFB=-0.00773492;REVB=-0.0115278;RO=5;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829921;STB=0.544154;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000887835;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:5:5:60:60:0.923077:18:42:1:4:18:42:1:4 chrX 12939928 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.632;QD=49.5992;RBI=0.0319269;REFB=0;REVB=0.0317315;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13385e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chrX 13337059 . C T 1589.88 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.677;QD=59.9955;RBI=0.00829307;REFB=0;REVB=0.000677275;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85055e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:55:50:0:0:55:51:0:0 chrX 13681115 . C T 1250.17 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397134;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.351;QD=61.7366;RBI=0.0398762;REFB=0;REVB=0.0036001;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001089;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chrX 13681638 . C T 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.244;QD=59.8287;RBI=0.0463338;REFB=0;REVB=0.00959964;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57168e-05;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chrX 13681679 . G T 1419.21 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00275766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9718;QD=61.7046;RBI=0.0178943;REFB=-0.101475;REVB=0.0176805;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957612;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00162138;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:1:0:42:49:1:0 chrX 13682066 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.492;QD=59.8383;RBI=0.0366339;REFB=0;REVB=0.02547;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84921e-06;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chrX 13682577 . G A 670.22 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0214563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.385;QD=52.5664;RBI=0.021528;REFB=-0.118674;REVB=-0.00175522;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226552;STB=0.501204;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000739871;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:1:1:23:26:1:1 chrX 13682715 . G A 483.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1141;QD=58.5651;RBI=0.0623193;REFB=0;REVB=-0.0554295;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149047;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chrX 13683170 . G A 4506.6 PASS AF=1;AO=283;DP=283;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000984474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.32;QD=63.4733;RBI=0.0145783;REFB=0;REVB=0.014545;RO=0;SAF=155;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81169e-06;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:283:284:0:0:283:284:1:128:155:0:0:129:155:0:0 chrX 13684432 . T A 4597.8 PASS AF=1;AO=298;DP=301;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504573;FXX=0.00996645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.262;QD=61.7154;RBI=0.0127067;REFB=-0.0260591;REVB=0.0116619;RO=1;SAF=179;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13517e-06;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:301:298:1:0:298:298:1:119:179:1:0:119:179:0:0 chrX 13758375 . G A 559.4 PASS AF=0.851064;AO=39;DP=46;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00909074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.75;QD=47.6081;RBI=0.00928441;REFB=-0.0267506;REVB=0.00188641;RO=7;SAF=16;SAR=23;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535694;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482372;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:47:7:7:39:40:0.851064:23:16:3:4:23:17:3:4 chrX 13771576 . A G 1447.0 PASS AF=0.95935;AO=102;DP=115;FAO=118;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=90;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0139168;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.173;QD=47.0568;RBI=0.240341;REFB=-0.0988472;REVB=0.239937;RO=6;SAF=83;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250725;STB=0.508195;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0363268;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:115:123:6:3:102:118:0.95935:19:83:4:2:28:90:3:0 chrX 13789349 . T G 467.18 PASS AF=0.918919;AO=32;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0432955;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.731;QD=50.5054;RBI=0.0451646;REFB=-0.00992528;REVB=-0.0128583;RO=3;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265976;STB=0.515914;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00253597;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:37:3:3:32:34:0.918919:16:16:1:2:16:18:1:2 chrX 15415583 . C T 2607.89 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0155526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4921;QD=60.6485;RBI=0.019972;REFB=0.099438;REVB=0.0125299;RO=2;SAF=86;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000130223;STB=0.500068;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00115444;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:2:2:170:170:0.988372:84:86:1:1:84:86:1:1 chrX 15800751 . G A 58.03 PASS AF=0.0918919;AO=16;DP=184;FAO=17;FDP=185;FR=.;FRO=168;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=87;FWDB=-0.00865339;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.855;QD=1.25467;RBI=0.0189978;REFB=-0.00162933;REVB=0.0169126;RO=165;SAF=6;SAR=10;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129084;STB=0.619275;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0195669;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:184:185:165:168:16:17:0.0918919:10:6:80:85:11:6:81:87 chrX 15838366 . C T 2011.2 PASS AF=0.928105;AO=142;DP=153;FAO=142;FDP=153;FR=.;FRO=11;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00514597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.782;QD=52.5803;RBI=0.0175146;REFB=0.0128442;REVB=-0.0167416;RO=11;SAF=67;SAR=75;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272778;STB=0.514381;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00108365;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:153:153:11:11:142:142:0.928105:75:67:3:8:75:67:3:8 chrX 16778527 . A C 1151.42 PASS AF=0.963415;AO=69;DP=74;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0316564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3612;QD=56.1669;RBI=0.163272;REFB=-0.0627501;REVB=0.160174;RO=3;SAF=25;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053407;STB=0.528295;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00347785;OID=.;OPOS=16778527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:82:3:3:69:79:0.963415:44:25:3:0:54:25:3:0 chrX 16859628 . G A 1951.14 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.083;QD=61.9409;RBI=0.0262197;REFB=0;REVB=0.0260879;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65737e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:64:61:0:0:65:61:0:0 chrX 16860134 . T C 471.26 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8671;QD=55.4427;RBI=0.0261944;REFB=-0.105171;REVB=0.00942274;RO=1;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00292221;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:27:6:1:0:27:6:1:0 chrX 17166219 . C T 2336.08 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.858;QD=63.5668;RBI=0.0166638;REFB=0;REVB=-0.0034232;RO=0;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37263e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:68:78:0:0:69:78:0:0 chrX 17705850 . C CT 1522.2 PASS AF=1;AO=154;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000713044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5136;QD=35.1953;RBI=0.0806647;REFB=0;REVB=-0.0806615;RO=10;SAF=70;SAR=84;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00201679;OID=.;OPOS=17705851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:154:174:173:173:0:78:95:0:0:30:10:70:84:5:5 chrX 17819377 . T C 157.14 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5924;QD=41.9038;RBI=0.176454;REFB=-0.0682129;REVB=0.172421;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0217196;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:15:0:0:13:15:1:6:7:0:0:8:7:0:0 chrX 18342034 . G A 53.94 PASS AF=0.091954;AO=16;DP=174;FAO=16;FDP=174;FR=.;FRO=158;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=89;FSRR=69;FWDB=-0.0221327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1462;QD=1.24004;RBI=0.0249042;REFB=-0.00201324;REVB=-0.0114177;RO=158;SAF=5;SAR=11;SRF=89;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289718;STB=0.720794;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0180481;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:174:174:158:158:16:16:0.091954:11:5:89:69:11:5:89:69 chrX 19041592 . C T 3334.47 PASS AF=0.924303;AO=232;DP=252;FAO=232;FDP=251;FR=.;FRO=19;FSAF=121;FSAR=111;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00680185;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.79;QD=53.139;RBI=0.00798908;REFB=-0.044789;REVB=0.00419049;RO=18;SAF=121;SAR=111;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257683;STB=0.511601;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00222981;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:252:251:18:19:232:232:0.924303:111:121:6:12:111:121:7:12 chrX 19375782 . A C 1386.48 PASS AF=0.901786;AO=101;DP=112;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00201635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.919;QD=49.5173;RBI=0.0306078;REFB=-0.0331053;REVB=0.0305413;RO=10;SAF=44;SAR=57;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283472;STB=0.510934;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00396304;OID=.;OPOS=19375782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:10:11:101:101:0.901786:57:44:6:4:57:44:6:5 chrX 19482476 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.759;QD=62.982;RBI=0.0855141;REFB=0;REVB=-0.0019545;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543311;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chrX 20029139 . G C 775.9 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0218644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.247;QD=49.2632;RBI=0.0219113;REFB=-0.0199672;REVB=0.00143407;RO=5;SAF=13;SAR=44;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763704;STB=0.540932;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00097789;OID=.;OPOS=20029139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:57:58:0.920635:44:13:3:2:45:13:3:2 chrX 20082898 . A G 47.66 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0153688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.655;QD=2.44384;RBI=0.0354511;REFB=-0.0049375;REVB=-0.0319466;RO=68;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214028;STB=0.65476;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0158568;OID=.;OPOS=20082898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:3:7:36:32:3:7:36:32 chrX 21861434 . A G 3014.95 PASS AF=0.890295;AO=211;DP=237;FAO=211;FDP=237;FR=.;FRO=26;FSAF=103;FSAR=108;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00767306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.566;QD=50.8852;RBI=0.0112338;REFB=-0.0183912;REVB=0.00820504;RO=26;SAF=103;SAR=108;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135469;STB=0.507145;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00195653;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:237:237:26:26:211:211:0.890295:108:103:11:15:108:103:11:15 chrX 21875515 . C CG 43.89 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0374487;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.573;QD=7.97956;RBI=0.0383996;REFB=-0.0279489;REVB=0.00849262;RO=16;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727768;STB=0.773293;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.193197;OID=.;OPOS=21875516;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:6:1:8:7:43:16:6:0:8:8 chrX 21876112 . A G 499.3 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=48;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.104065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4677;QD=40.7588;RBI=0.104748;REFB=0.0262534;REVB=-0.0119428;RO=11;SAF=21;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869701;STB=0.542496;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00200402;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:49:11:11:37:38:0.77551:16:21:4:7:17:21:4:7 chrX 21876221 . A G 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0172867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9479;QD=8.8609;RBI=0.0227308;REFB=0.00731346;REVB=-0.0147601;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188846;STB=0.615207;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0263583;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:15:18:5:8:15:18 chrX 22291606 . C A 577.31 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000190201;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.29;QD=56.3226;RBI=0.0135625;REFB=-0.0236937;REVB=-0.0135612;RO=2;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550491;STB=0.529397;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-2.40781e-05;OID=.;OPOS=22291606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:2:2:39:39:0.95122:23:16:2:0:23:16:2:0 chrX 22291732 . C T 1702.46 PASS AF=0.895522;AO=120;DP=134;FAO=120;FDP=134;FR=.;FRO=14;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0317517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9593;QD=50.8198;RBI=0.0475617;REFB=-0.0587207;REVB=0.035411;RO=14;SAF=57;SAR=63;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233762;STB=0.512357;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0065836;OID=.;OPOS=22291732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:134:134:14:14:120:120:0.895522:63:57:5:9:63:57:5:9 chrX 23018814 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0629523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7117;QD=44.6065;RBI=0.064548;REFB=-0.0836719;REVB=-0.0142638;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200927;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0072035;OID=.;OPOS=23018814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:1:1:13:8:1:1 chrX 23019419 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.329;QD=62.022;RBI=0.0217288;REFB=0;REVB=-0.00279917;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64154e-05;OID=.;OPOS=23019419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chrX 23858452 . G A 1369.32 PASS AF=0.900901;AO=99;DP=111;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0187337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4819;QD=49.345;RBI=0.0213736;REFB=-0.0395567;REVB=-0.0102897;RO=11;SAF=42;SAR=57;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407342;STB=0.521846;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00865869;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:11:11:99:100:0.900901:57:42:7:4:58:42:7:4 chrX 23925834 . A T 1388.31 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0259961;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7761;QD=56.6655;RBI=0.0300916;REFB=-0.0382259;REVB=0.015156;RO=6;SAF=48;SAR=44;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168312;STB=0.508895;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0015367;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:6:6:92:92:0.938776:44:48:4:2:44:48:4:2 chrX 23928489 . C T 41.77 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.040411;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7616;QD=1.72241;RBI=0.0509784;REFB=-0.00238471;REVB=-0.0310765;RO=88;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285865;STB=0.72078;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.076562;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:97:88:87:10:10:0.103093:3:7:40:48:3:7:39:48 chrX 24073761 . C T 39.19 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=123;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0108738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.062;QD=1.27436;RBI=0.0138957;REFB=-0.000285735;REVB=-0.00865172;RO=111;SAF=5;SAR=6;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161401;STB=0.508912;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00336602;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:123:123:111:112:11:11:0.0894309:6:5:52:59:6:5:52:60 chrX 24232095 . C T 2433.09 PASS AF=0.872549;AO=178;DP=205;FAO=178;FDP=204;FR=.;FRO=26;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.013776;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.269;QD=47.7077;RBI=0.0235881;REFB=-0.0319289;REVB=0.0191474;RO=26;SAF=85;SAR=93;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131703;STB=0.506957;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0038775;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:26:26:178:178:0.872549:93:85:11:15:93:85:11:15 chrX 24578803 . C T 1162.85 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7982;QD=58.8784;RBI=0.0308549;REFB=-0.041838;REVB=-0.0204717;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00042433;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:0:1:77:78:0.987342:43:34:0:0:43:35:1:0 chrX 24751958 . T C 2306.74 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.584;QD=60.7036;RBI=0.0459033;REFB=0;REVB=0.0456793;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83865e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:152:0:0:145:152:1:65:80:0:0:71:81:0:0 chrX 26157220 . C T 2354.23 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00794199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.751;QD=63.2007;RBI=0.0094299;REFB=-0.09203;REVB=0.00508406;RO=1;SAF=110;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043046;STB=0.502262;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-3.56176e-06;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:38:110:1:0:38:110:1:0 chrX 26157792 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6659;QD=59.3221;RBI=0.0421836;REFB=0;REVB=0.00310295;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207854;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 778.34 PASS AF=0,0.982143;AO=3,51;DP=60;FAO=0,55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00199688,0.0320465;FXX=0.0508388;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=149.161,264.06;QD=55.5959;RBI=0.0433899,0.0474803;REFB=-0.068241,-0.0206922;REVB=0.043344,0.0350343;RO=1;SAF=3,23;SAR=0,28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0165215;STB=0.5,0.507689;STBP=1,0.518;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000461579;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:60:56:1:1:3,51:0,55:0,0.982143:0,28:3,23:0:1:0,32:0,23:0:1 chrX 27766045 . A G 992.3 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0153932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.239;QD=50.8871;RBI=0.0165948;REFB=-0.0396024;REVB=0.00619981;RO=7;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450028;STB=0.523857;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0020366;OID=.;OPOS=27766045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:78:7:7:71:71:0.910256:43:28:1:6:43:28:1:6 chrX 27766776 . G A 541.42 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00571866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.533;QD=47.0798;RBI=0.0179223;REFB=-0.103564;REVB=0.0169855;RO=7;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855395;STB=0.545848;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0139171;OID=.;OPOS=27766776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:46:7:7:39:39:0.847826:22:17:1:6:22:17:1:6 chrX 27839572 . T C 1903.97 PASS AF=0.891892;AO=132;DP=148;FAO=132;FDP=148;FR=.;FRO=16;FSAF=47;FSAR=85;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00126935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2487;QD=51.4586;RBI=0.0359009;REFB=0.00293715;REVB=-0.0358784;RO=14;SAF=47;SAR=85;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282342;STB=0.509546;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000627906;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:148:148:14:16:132:132:0.891892:85:47:7:7:85:47:7:9 chrX 27839617 . G A 1716.13 PASS AF=0.909091;AO=120;DP=132;FAO=120;FDP=132;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0180228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.753;QD=52.0038;RBI=0.0188616;REFB=-0.00980703;REVB=0.00556223;RO=12;SAF=48;SAR=72;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326195;STB=0.517238;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000920781;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:12:12:120:120:0.909091:72:48:7:5:72:48:7:5 chrX 30236878 . G A 47.67 PASS AF=0.075;AO=18;DP=240;FAO=18;FDP=240;FR=.;FRO=222;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=116;FSRR=106;FWDB=-0.0250431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7543;QD=0.794582;RBI=0.0308798;REFB=0.00199098;REVB=0.0180667;RO=222;SAF=8;SAR=10;SRF=116;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872982;STB=0.571876;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0282108;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:240:240:222:222:18:18:0.075:10:8:116:106:10:8:116:106 chrX 30254361 . G A 87.8 PASS AF=0.16;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0841334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.098;QD=3.51196;RBI=0.0889537;REFB=-0.00375489;REVB=-0.0288849;RO=83;SAF=2;SAR=14;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386671;STB=0.766725;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0288288;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:100:83:84:16:16:0.16:14:2:30:53:14:2:30:54 chrX 30254376 . T C 80.43 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0156355;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.171;QD=3.31651;RBI=0.0246018;REFB=-0.00156863;REVB=0.0189942;RO=82;SAF=1;SAR=14;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536673;STB=0.887053;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0053031;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:98:97:82:82:15:15:0.154639:14:1:33:49:14:1:34:48 chrX 30255520 . C T 36.29 PASS AF=0.0683761;AO=15;DP=233;FAO=16;FDP=234;FR=.;FRO=218;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=119;FWDB=-0.0200057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.647;QD=0.620355;RBI=0.0234797;REFB=-0.00131976;REVB=-0.0122909;RO=207;SAF=3;SAR=12;SRF=92;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280393;STB=0.702008;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0334407;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:233:234:207:218:15:16:0.0683761:12:3:92:115:12:4:99:119 chrX 30261002 . A G 38.46 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00489005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.93;QD=1.80997;RBI=0.0207887;REFB=-0.00157319;REVB=-0.0202054;RO=75;SAF=7;SAR=2;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341698;STB=0.764733;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0106503;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:75:76:9:9:0.105882:2:7:37:38:2:7:37:39 chrX 30269887 . T A 2106.43 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011604;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.879;QD=62.8784;RBI=0.0242446;REFB=0;REVB=0.0242168;RO=0;SAF=48;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33101e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:86:48:0:0:86:48:0:0 chrX 30323948 . T G 576.91 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0518627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.183;QD=45.2477;RBI=0.0545265;REFB=-0.0154273;REVB=0.0168345;RO=6;SAF=17;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283806;STB=0.515173;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00218015;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:28:17:3:3:28:17:3:3 chrX 30577846 . A C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.654;QD=59.6794;RBI=0.0356694;REFB=0;REVB=0.0347094;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207619;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chrX 30715827 . C T 1842.63 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.116;QD=60.4142;RBI=0.0389857;REFB=-0.0596636;REVB=0.0300368;RO=1;SAF=67;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703742;STB=0.503649;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000486484;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:53:67:1:0:53:68:1:0 chrX 30849176 . G A 2031.37 PASS AF=0.92517;AO=135;DP=150;FAO=136;FDP=147;FR=.;FRO=11;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000166965;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.649;QD=55.2754;RBI=0.00288187;REFB=-0.0087653;REVB=0.00287703;RO=11;SAF=65;SAR=70;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168636;STB=0.508575;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000139658;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:147:11:11:135:136:0.92517:70:65:4:7:71:65:4:7 chrX 30872602 . A G 1400.34 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320546;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.859;QD=62.9365;RBI=0.0472525;REFB=0;REVB=0.0347175;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03029e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chrX 31089628 . TC AA,AT 1811.58 PASS AF=0.836735,0.0272109;AO=61,7;DP=149;FAO=123,4;FDP=147;FR=.;FRO=20;FSAF=52,1;FSAR=71,3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00801458,-0.00784539;FXX=0.0199987;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=170.416,145.055;QD=49.2946;RBI=0.173436,0.108326;REFB=-0.0490915,-0.0310056;REVB=0.173251,0.108042;RO=20;SAF=52,0;SAR=9,7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.256471,-0.735248;STB=0.511027,0.716268;STBP=0.504,0.372;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0158362,-0.0618733;OID=.,.;OPOS=31089628,31089628;OREF=TC,TC;OALT=AA,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:149:147:20:20:61,7:123,4:0.836735,0.0272109:9,7:52,0:10:10:71,3:52,1:10:10 chrX 31089930 . C T 1993.41 PASS AF=0.849711;AO=144;DP=171;FAO=147;FDP=173;FR=.;FRO=26;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0270481;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.776;QD=46.0904;RBI=0.0273931;REFB=-0.0391805;REVB=0.00433377;RO=24;SAF=65;SAR=79;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946971;STB=0.511803;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00653971;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:24:26:144:147:0.849711:79:65:10:14:79:68:10:16 chrX 31138253 . T C 1120.84 PASS AF=0.835052;AO=80;DP=98;FAO=81;FDP=97;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00268933;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.599;QD=46.2203;RBI=0.0109206;REFB=0.00621711;REVB=0.0105843;RO=16;SAF=33;SAR=47;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.557261;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000728832;OID=.;OPOS=31138253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:98:97:16:16:80:81:0.835052:47:33:12:4:48:33:12:4 chrX 31144833 . GAA GA,G,GGA 168.63 PASS AF=1,0,0;AO=12,7,3;DP=24;FAO=24,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.273677,-0.156582,-0.0738388;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.70262,7.81955,13.1499;QD=28.1048;RBI=0.293279,0.165591,0.0785856;REFB=0,0,0;REVB=0.10542,0.0538748,0.0268985;RO=2;SAF=2,7,3;SAR=10,0,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.136871,0.782089,0.692188;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00882935,0,0;OID=.,.,.;OPOS=31144834,31144834,31144834;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,G,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:12,7,3:24:24,0,0:24:0:13,0,0:11,0,0:0:0:3:2:2,7,3:10,0,0:1:1 chrX 31496350 . C T 1553.17 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.025;QD=62.7542;RBI=0.0368592;REFB=0.0206283;REVB=0.00756393;RO=1;SAF=36;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012992;STB=0.506848;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=2.7434e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:62:36:1:0:62:36:1:0 chrX 32380996 . C T 2119.85 PASS AF=0.925466;AO=149;DP=161;FAO=149;FDP=161;FR=.;FRO=12;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0341851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6894;QD=52.6671;RBI=0.0358743;REFB=-0.0303963;REVB=-0.0108787;RO=12;SAF=69;SAR=80;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184696;STB=0.509737;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00231449;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:161:161:12:12:149:149:0.925466:80:69:4:8:80:69:4:8 chrX 32503193 . AT A,AC 993.57 PASS AF=0.972603,0;AO=28,42;DP=74;FAO=71,0;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=28,0;FSAR=43,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.160414,-0.202528;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.3237,44.4023;QD=54.4422;RBI=0.16127,0.274738;REFB=0.115038,0.175191;REVB=0.0165933,-0.185643;RO=2;SAF=1,26;SAR=27,16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.45161,-0.034749;STB=0.517236,0.5;STBP=0.122,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00611671,0.0337441;OID=.,.;OPOS=32503194,32503194;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972603,0:28,42:74:71,0:73:2:28,0:43,0:2:0:5:2:1,26:27,16:2:0 chrX 34648280 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6479;QD=59.8553;RBI=0.00638031;REFB=0;REVB=-0.00169063;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4471e-05;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chrX 34674970 . C G 2353.67 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00018037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.789;QD=59.5866;RBI=0.00420821;REFB=0.0054693;REVB=0.00420434;RO=1;SAF=91;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737517;STB=0.501084;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-1.8756e-05;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:158:158:1:2:155:156:0.987342:64:91:0:1:65:91:1:1 chrX 34961787 . C T 78.39 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0494862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9501;QD=13.0654;RBI=0.0791413;REFB=-0.0480458;REVB=-0.0617613;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0660301;OID=.;OPOS=34961787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:5:9:7:3:5:9 chrX 34962909 . A C 1102.08 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072739;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.742;QD=60.3882;RBI=0.0760476;REFB=0;REVB=0.0221871;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548584;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chrX 35820265 . C T 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.346;QD=63.8865;RBI=0.0372109;REFB=0;REVB=0.0106798;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20296e-05;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chrX 35820425 . C T 778.02 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.117614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6733;QD=52.7473;RBI=0.124908;REFB=-0.125391;REVB=0.0420583;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598535;STB=0.502741;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0058984;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:33:23:1:1:33:24:1:1 chrX 35820695 . T TA 191.08 PASS AF=1;AO=7;DP=39;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120939;FXX=0.307613;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.664;QD=28.3075;RBI=0.0144507;REFB=0;REVB=0.00790937;RO=32;SAF=0;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.737098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00151928;OID=.;OPOS=35820696;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:39:27:27:0:12:15:0:0:3:32:0:7:20:12 chrX 35820696 . G A 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=60.9724;RBI=0.0288471;REFB=0;REVB=0.0261448;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229979;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 35820795 . A G 2342.17 PASS AF=1;AO=120;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205001;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.521;QD=63.7326;RBI=0.0714474;REFB=0;REVB=0.071418;RO=0;SAF=73;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09842e-05;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:120:147:1:47:73:0:0:74:73:0:0 chrX 35821055 . ATG AGA,GAG 492.68 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462281,-0.00213749;FXX=0.0285633;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=66.0601,123.857;QD=57.9626;RBI=0.0238103,0.053276;REFB=0,0;REVB=0.0233572,0.0532331;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.21407,-0.00231033;OID=.,.;OPOS=35821056,35821055;OREF=TG,AT;OALT=GA,GA;OMAPALT=AGA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,15:2,17:0:0:0,15:2,17:0:0 chrX 35821127 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.21;QD=62.9827;RBI=0.0130275;REFB=0;REVB=0.0120224;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71468e-05;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chrX 35821302 . C G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=59.7965;RBI=0.0359743;REFB=-0.00787485;REVB=0.0328188;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000332837;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chrX 35821308 . C T 636.49 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0446331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0732;QD=59.2081;RBI=0.0744458;REFB=-0.0369732;REVB=0.0595824;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0180165;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:40:42:0.976744:18:22:0:1:20:22:0:1 chrX 35821464 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3902;QD=56.9355;RBI=0.0274558;REFB=0;REVB=0.0206091;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298266;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chrX 35821558 . G A 693.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275936;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.572;QD=63.0428;RBI=0.0316385;REFB=0;REVB=0.0154786;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130957;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chrX 35821562 . T A 519.09 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0400136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.145;QD=45.1385;RBI=0.0402325;REFB=-0.00215679;REVB=-0.00419143;RO=8;SAF=22;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260516;STB=0.514011;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000418107;OID=.;OPOS=35821562;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:8:8:38:38:0.826087:16:22:4:4:16:22:4:4 chrX 35821763 . G A 403.04 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00457445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0096;QD=48.8537;RBI=0.0939479;REFB=-0.0056121;REVB=-0.0938365;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172477;STB=0.509272;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00172909;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:13:17:2:1:13:17:2:1 chrX 35821789 . T G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.265;QD=55.652;RBI=0.0237447;REFB=0;REVB=0.0038944;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35777e-05;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chrX 37028026 . T C 42.61 PASS AF=0.35;AO=8;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.275866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5334;QD=8.52298;RBI=0.290076;REFB=-0.0534281;REVB=0.0896762;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.170324;OID=.;OPOS=37028026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:10:13:8:7:0.35:5:3:4:6:5:2:7:6 chrX 37665739 . G A 1016.3 PASS AF=0.923077;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0136037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4878;QD=52.1179;RBI=0.0139189;REFB=0.0211757;REVB=0.00294544;RO=6;SAF=37;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201643;STB=0.501069;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00129884;OID=.;OPOS=37665739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:78:78:6:6:72:72:0.923077:35:37:3:3:35:37:3:3 chrX 38144822 . C T 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0184515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3462;QD=1.88085;RBI=0.0461936;REFB=-0.00279338;REVB=-0.0423485;RO=90;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939566;STB=0.569766;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0204544;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:6:5:48:42:6:5:48:42 chrX 38144856 . G A 30.6 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=94;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00988056;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.568;QD=1.3305;RBI=0.0162978;REFB=-0.000367247;REVB=-0.0129612;RO=69;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592637;STB=0.521685;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00746627;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:94:92:69:84:8:8:0.0869565:4:4:38:31:4:4:44:40 chrX 38144988 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00642617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.36;QD=34.1527;RBI=0.0249191;REFB=-0.0482318;REVB=0.0240762;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991674;STB=0.554396;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00998136;OID=.;OPOS=38144988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:4:1:8:10:4:1 chrX 38145033 . G A 132.82 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0264742;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6464;QD=33.2054;RBI=0.0702296;REFB=-0.00491761;REVB=0.0650486;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142717;STB=0.578833;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00688533;OID=.;OPOS=38145033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:17:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:3:0:5:8:3:0 chrX 38146029 . C T 34.79 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0904312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9395;QD=23.195;RBI=0.0904312;REFB=-0.0201585;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169626;OID=.;OPOS=38146029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chrX 38146601 . G A 306.27 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0467123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.373;QD=47.1177;RBI=0.0469699;REFB=-0.0152302;REVB=-0.00491244;RO=2;SAF=18;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589862;STB=0.532682;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0019267;OID=.;OPOS=38146601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:5:18:1:1:5:19:1:1 chrX 38147170 . C T 1071.33 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00273174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.325;QD=52.9051;RBI=0.00286265;REFB=-0.0172247;REVB=0.000855779;RO=6;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622308;STB=0.532986;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00122161;OID=.;OPOS=38147170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:30:45:1:5:30:45:1:5 chrX 38150201 . T C 3676.79 PASS AF=0.913669;AO=253;DP=277;FAO=254;FDP=278;FR=.;FRO=24;FSAF=112;FSAR=142;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.041181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7105;QD=52.9035;RBI=0.0437025;REFB=0.0108728;REVB=-0.0146299;RO=24;SAF=112;SAR=141;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164708;STB=0.508799;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0011011;OID=.;OPOS=38150201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:277:278:24:24:253:254:0.913669:141:112:13:11:142:112:13:11 chrX 38156660 . T C 3779.75 PASS AF=0.91844;AO=257;DP=283;FAO=259;FDP=282;FR=.;FRO=23;FSAF=111;FSAR=148;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0428689;FXX=0.00353344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7659;QD=53.6134;RBI=0.0429061;REFB=-0.030013;REVB=-0.00178476;RO=23;SAF=109;SAR=148;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499038;STB=0.525665;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00333956;OID=.;OPOS=38156660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:283:282:23:23:257:259:0.91844:148:109:17:6:148:111:17:6 chrX 38156677 . C T 3286.54 PASS AF=0.913043;AO=231;DP=253;FAO=231;FDP=253;FR=.;FRO=22;FSAF=98;FSAR=133;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0620027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8989;QD=51.9611;RBI=0.0796814;REFB=-0.0604758;REVB=0.0500479;RO=22;SAF=98;SAR=133;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658513;STB=0.534689;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0109857;OID=.;OPOS=38156677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:253:253:22:22:231:231:0.913043:133:98:18:4:133:98:18:4 chrX 38157623 . C A 1413.89 PASS AF=0.895652;AO=103;DP=115;FAO=103;FDP=115;FR=.;FRO=12;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00582657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.827;QD=49.1788;RBI=0.0429425;REFB=-0.0478181;REVB=0.0425454;RO=11;SAF=54;SAR=49;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387299;STB=0.50618;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0041423;OID=.;OPOS=38157623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:11:12:103:103:0.895652:49:54:6:5:49:54:7:5 chrX 38422214 . T A 700.7 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00969335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.996;QD=57.2002;RBI=0.0107625;REFB=0.0434546;REVB=-0.00467669;RO=2;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170451;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0057068;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:49:2:1:46:48:0.979592:24:22:1:1:26:22:1:0 chrX 38425551 . C T 1287.21 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00225475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4681;QD=60.5744;RBI=0.0285419;REFB=0.0358282;REVB=-0.0284527;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145713;STB=0.50769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00219423;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:52:32:1:0:52:32:1:0 chrX 38505492 . T C 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0149685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.744;QD=2.13847;RBI=0.0329216;REFB=-0.00192711;REVB=-0.029322;RO=82;SAF=4;SAR=7;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26351;STB=0.689065;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0156728;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:7:4:48:34:7:4:48:34 chrX 38547862 . G A 1546.14 PASS AF=0.832117;AO=113;DP=136;FAO=114;FDP=137;FR=.;FRO=23;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0280832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.133;QD=45.1426;RBI=0.0305327;REFB=-0.0252825;REVB=0.0119824;RO=23;SAF=42;SAR=71;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790047;STB=0.542365;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00724096;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:23:23:113:114:0.832117:71:42:14:9:72:42:14:9 chrX 39932906 . CT C,CC 62.37 PASS AF=1,0;AO=3,4;DP=7;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720121,-0.0822071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.6238,76.4742;QD=35.6381;RBI=0.142376,0.160192;REFB=0,0;REVB=-0.122822,-0.13749;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0033162,0.0452167;OID=.,.;OPOS=39932907,39932907;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,4:7:7,0:7:0:6,0:1,0:0:0:4:0:3,3:0,1:0:0 chrX 39933339 . A G,T 969.43 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=63,4;DP=67;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108949,-0.0136612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.948,78.9237;QD=57.8767;RBI=0.0113041,0.0151279;REFB=0,0;REVB=0.00301365,-0.0064981;RO=0;SAF=34,0;SAR=29,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00136771,-0.0445048;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:67:67:0:0:63,4:63,4:0.940299,0.0597015:29,4:34,0:0:0:29,4:34,0:0:0 chrX 40460040 . T C 621.44 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00234408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.235;QD=55.2386;RBI=0.0433561;REFB=-0.00873359;REVB=0.0432926;RO=3;SAF=25;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076479;STB=0.504948;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.000596244;OID=.;OPOS=40460040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:3:3:41:42:0.933333:16:25:2:1:17:25:2:1 chrX 40465273 . A T 1412.87 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0163044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5866;QD=58.2625;RBI=0.0267279;REFB=0.0513766;REVB=-0.0211789;RO=4;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402924;STB=0.521272;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00244244;OID=.;OPOS=40465273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:4:4:93:93:0.958763:45:48:0:4:45:48:0:4 chrX 40465365 . A G 994.19 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0898134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.014;QD=57.6341;RBI=0.0938289;REFB=0.00154525;REVB=0.0271553;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000252608;OID=.;OPOS=40465365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:66:68:0.985507:31:35:0:1:33:35:0:1 chrX 40465816 . T C 1741.68 PASS AF=0.916667;AO=121;DP=132;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0311442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5835;QD=52.7782;RBI=0.0340735;REFB=0.0236397;REVB=0.0138217;RO=10;SAF=55;SAR=66;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372522;STB=0.523009;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00106234;OID=.;OPOS=40465816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:10:11:121:121:0.916667:66:55:2:8:66:55:2:9 chrX 41030903 . T A 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0084851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.011;QD=1.88958;RBI=0.0259355;REFB=-0.00260793;REVB=0.0245082;RO=67;SAF=5;SAR=3;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205451;STB=0.655357;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0145362;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:3:5:30:37:3:5:30:37 chrX 41198279 . ATT ATA,AT,TAT 257.84 PASS AF=0.057377,0.47541,0.0163934;AO=7,49,6;DP=122;FAO=7,58,2;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=2,35,2;FSAR=5,23,0;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.00979129,0.0569444,0.0374301;FXX=0.0317435;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=194.098,9.24142,17.9143;QD=8.45381;RBI=0.0580002,0.148933,0.128707;REFB=-0.00240792,-0.0630587,-0.0223352;REVB=-0.0571678,-0.137617,-0.123144;RO=54;SAF=2,28,5;SAR=5,21,1;SRF=41;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.523805,-0.187458,0.125153;STB=0.829218,0.554921,0.992898;STBP=0.111,0.287,0.315;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.024225,0.0603124,-0.00843683;OID=.,.,.;OPOS=41198281,41198280,41198279;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:122:122:54:55:7,49,6:7,58,2:0.057377,0.47541,0.0163934:5,21,1:2,28,5:41:13:5,23,0:2,35,2:39:16 chrX 41556195 . A T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.576;QD=61.1856;RBI=0.0368028;REFB=-0.120041;REVB=0.0337123;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000482687;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:26:20:1:0:27:20:1:0 chrX 41587218 . T A,C 1866.31 PASS AF=0.031746,0.960317;AO=6,117;DP=124;FAO=4,121;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=0,64;FSAR=4,57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00956493,0.0190419;FXX=0.0078734;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.8799,175.245;QD=59.2479;RBI=0.0161073,0.0389092;REFB=-0.0648048,-0.101513;REVB=-0.0129598,0.0339313;RO=0;SAF=1,63;SAR=5,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.504347;STBP=1,0.331;TYPE=snp,snp;VARB=0.0577076,0.00125201;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:124:126:0:1:6,117:4,121:0.031746,0.960317:5,54:1,63:0:0:4,57:0,64:0:1 chrX 41587569 . C G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6737;QD=57.7124;RBI=0.0220362;REFB=0;REVB=-0.00215312;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215889;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chrX 41588169 . T C 2256.13 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.81655e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.092;QD=63.553;RBI=0.0402522;REFB=0;REVB=0.0402521;RO=0;SAF=81;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36907e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:142:0:0:138:142:1:57:81:0:0:61:81:0:0 chrX 44094685 . G T 1444.2 PASS AF=0.927928;AO=103;DP=111;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0319916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.912;QD=52.0432;RBI=0.0322407;REFB=-0.0307765;REVB=-0.00400001;RO=8;SAF=39;SAR=64;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175049;STB=0.509251;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00268991;OID=.;OPOS=44094685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:111:111:8:8:103:103:0.927928:64:39:4:4:64:39:4:4 chrX 44202890 . G GC 1543.67 PASS AF=1;AO=125;DP=154;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403024;FXX=0.0620647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4686;QD=45.4021;RBI=0.05607;REFB=0;REVB=0.0389815;RO=25;SAF=40;SAR=85;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00187743;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:154:136:136:0:41:95:0:0:29:25:40:85:9:16 chrX 44929077 . C A 799.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.699;QD=57.1243;RBI=0.0072053;REFB=0;REVB=-0.00553684;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7646e-06;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:27:29:0:0 chrX 45051111 . C T 82.68 PASS AF=0.138686;AO=15;DP=134;FAO=19;FDP=137;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.00770991;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.913;QD=2.41393;RBI=0.0077891;REFB=-0.00383018;REVB=-0.00110786;RO=119;SAF=7;SAR=8;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354557;STB=0.607362;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0221246;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:134:137:119:118:15:19:0.138686:8:7:59:60:12:7:58:60 chrX 46472826 . G A 41.12 PASS AF=0.108434;AO=10;DP=84;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0159628;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.912;QD=1.98173;RBI=0.0275606;REFB=-0.00107995;REVB=-0.0224672;RO=72;SAF=8;SAR=2;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34801;STB=0.737337;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0147155;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:84:83:72:74:10:9:0.108434:2:8:38:34:2:7:39:35 chrX 46740032 . G A 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.751;QD=61.9766;RBI=0.0329764;REFB=0;REVB=-0.032153;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48511e-05;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:75:51:0:0:75:51:0:0 chrX 47057647 . A G 941.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969594;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.224;QD=58.8714;RBI=0.0363286;REFB=0;REVB=0.0350108;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239679;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chrX 47062534 . G A 1148.0 PASS AF=0.847619;AO=88;DP=105;FAO=89;FDP=105;FR=.;FRO=16;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00415831;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3136;QD=43.7334;RBI=0.0670584;REFB=-0.0403679;REVB=0.0669293;RO=15;SAF=55;SAR=33;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266061;STB=0.518864;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00376386;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:15:16:88:89:0.847619:33:55:8:7:34:55:8:8 chrX 47487912 . T TG 1027.52 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511114;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8443;QD=47.7916;RBI=0.0538401;REFB=0;REVB=-0.0169229;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000769245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000521488;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:88:86:86:0:42:44:0:0:19:2:41:44:1:1 chrX 47695547 . T C 4616.63 PASS AF=0.987013;AO=299;DP=309;FAO=304;FDP=308;FR=.;FRO=4;FSAF=158;FSAR=146;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0433197;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.475;QD=59.9562;RBI=0.0689035;REFB=-0.146428;REVB=0.0535826;RO=5;SAF=157;SAR=142;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102144;STB=0.502996;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000315515;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:309:308:5:4:299:304:0.987013:142:157:1:4:146:158:3:1 chrX 47695742 . CT CC,C 1154.09 PASS AF=0.0123457,0.987654;AO=8,70;DP=80;FAO=1,80;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685136,-0.0261009;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.92551,22.7573;QD=56.9923;RBI=0.0944448,0.0509299;REFB=0,0;REVB=-0.0650055,-0.0437333;RO=0;SAF=5,41;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.014313,-0.00318462;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0123457,0.987654:8,70:80:1,80:81:0:0,48:1,32:0:0:3:0:5,41:3,29:0:0 chrX 47918205 . G A 81.47 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0791;QD=32.5897;RBI=0.0910935;REFB=-0.00452646;REVB=0.0910935;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737261;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:9:0:0:0:9:0:0:1 chrX 48049666 . C T 1007.97 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0098;QD=59.2924;RBI=0.0501888;REFB=0;REVB=-0.0180456;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188593;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chrX 48054740 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.088;QD=58.7817;RBI=0.00999571;REFB=0;REVB=0.00841926;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05257e-05;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chrX 48125798 . T C 1883.4 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.225;QD=61.2488;RBI=0.0311406;REFB=0;REVB=0.030311;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172733;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:70:52:0:0:70:53:0:0 chrX 48159107 . C T 1027.38 PASS AF=0.726496;AO=84;DP=112;FAO=85;FDP=117;FR=.;FRO=32;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00838074;FXX=0.0249979;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.652;QD=35.1241;RBI=0.00842314;REFB=0.00996968;REVB=-0.000844178;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.56231;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00031454;OID=.;OPOS=48159107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:0:32:84:85:0.726496:39:45:0:0:39:46:10:22 chrX 48163733 . TC T,TT 1839.81 PASS AF=0.969466,0.0305344;AO=116,9;DP=129;FAO=127,4;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67,1;FSAR=60,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463506,0.014975;FXX=0.00757518;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.7107,7.44584;QD=56.1773;RBI=0.0470649,0.0742384;REFB=0,0;REVB=0.00816877,0.0727124;RO=0;SAF=58,5;SAR=58,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00105168,0.00964774;OID=.,.;OPOS=48163734,48163734;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969466,0.0305344:116,9:129:127,4:131:0:67,1:60,3:0:0:6:0:58,5:58,4:0:0 chrX 48382174 . G T 526.78 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00018603;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.749;QD=46.8248;RBI=0.0270695;REFB=-0.0227938;REVB=-0.0270689;RO=7;SAF=27;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478173;STB=0.525716;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00195031;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:7:7:38:38:0.844444:11:27:4:3:11:27:4:3 chrX 48418126 . A G 2226.76 PASS AF=0.902299;AO=157;DP=175;FAO=157;FDP=174;FR=.;FRO=17;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00598618;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.623;QD=51.1899;RBI=0.0117428;REFB=-0.044574;REVB=0.0101025;RO=16;SAF=67;SAR=90;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020534;STB=0.507385;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0067991;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:175:174:16:17:157:157:0.902299:90:67:5:11:90:67:6:11 chrX 48418659 . G A 1157.83 PASS AF=0.87234;AO=82;DP=94;FAO=82;FDP=94;FR=.;FRO=12;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0419883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.29;QD=49.2692;RBI=0.0620279;REFB=0.0479215;REVB=0.0456557;RO=12;SAF=43;SAR=39;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747842;STB=0.539677;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00211847;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:12:12:82:82:0.87234:39:43:10:2:39:43:10:2 chrX 48435928 . C T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.26;QD=57.1028;RBI=0.0291961;REFB=0;REVB=0.029056;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118839;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chrX 48459102 . CCAG GCAG,GGCA 531.01 PASS AF=0.763636,0;AO=16,3;DP=54;FAO=42,0;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=20,0;FSAR=22,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00730029,-0.083616;FXX=0.0983445;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=37.17,26.1286;QD=38.6187;RBI=0.0191871,0.0839259;REFB=0.0413581,0.00199708;REVB=0.0177441,0.00720534;RO=6;SAF=4,0;SAR=12,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0528436,-0.637446;STB=0.534054,0.5;STBP=0.345,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0180592,0;OID=.,.;OPOS=48459102,48459102;OREF=C,CCAG;OALT=G,GGCA;OMAPALT=GCAG,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:55:6:10:16,3:42,0:0.763636,0:12,3:4,0:2:4:22,0:20,0:3:7 chrX 48459118 . AC A 31.63 PASS AF=0.342857;AO=7;DP=32;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.161256;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.67342;QD=3.61495;RBI=0.192698;REFB=-0.0487086;REVB=0.105494;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403405;STB=0.50846;STBP=0.996;TYPE=del;VARB=0.0546894;OID=.;OPOS=48459119;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:7:32:12:35:23:2:10:4:19:31:17:3:4:2:15 chrX 48460314 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.016;QD=62.1622;RBI=0.052678;REFB=0;REVB=-0.0516507;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114444;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chrX 48751471 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2509;QD=54.9223;RBI=0.153239;REFB=-0.147513;REVB=0.138149;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00736471;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:1:0:51:53:1:18:33:0:1:20:33:0:0 chrX 48759204 . C T 763.92 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131086;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1573;QD=62.3607;RBI=0.0566294;REFB=0;REVB=0.0550914;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012655;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chrX 48769103 . A C 1617.05 PASS AF=0.926829;AO=112;DP=123;FAO=114;FDP=123;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00832012;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.167;QD=52.587;RBI=0.00847201;REFB=-0.0188759;REVB=-0.00159701;RO=9;SAF=64;SAR=48;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228101;STB=0.501091;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00209093;OID=.;OPOS=48769103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:123:123:9:9:112:114:0.926829:48:64:5:4:49:65:5:4 chrX 48921472 . A AC 32.81 PASS AF=0.15873;AO=14;DP=64;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0804677;FXX=0.0999857;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.5898;QD=2.08302;RBI=0.0809143;REFB=-0.00207861;REVB=-0.00849009;RO=49;SAF=2;SAR=12;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338721;STB=0.633039;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=0.0772667;OID=.;OPOS=48921473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873:14:64:10:63:53:2:8:17:36:32:49:2:12:17:32 chrX 49021256 . A G 2125.92 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307437;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.222;QD=62.9902;RBI=0.032487;REFB=0;REVB=0.0104989;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41358e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:65:70:0:0:65:70:0:0 chrX 49021537 . G C 1377.23 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1265;QD=62.6012;RBI=0.0371975;REFB=0;REVB=-0.0295616;RO=0;SAF=10;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367218;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:78:10:0:0:78:10:0:0 chrX 49022700 . T C 629.81 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000553242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.581;QD=61.4445;RBI=0.0154786;REFB=0;REVB=0.0154687;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317773;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:36:41:1:12:24:0:0:17:24:0:0 chrX 49050620 . C T 1470.16 PASS AF=0.884298;AO=107;DP=121;FAO=107;FDP=121;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0169019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.84;QD=48.6002;RBI=0.0470584;REFB=0.0130966;REVB=-0.0439184;RO=14;SAF=41;SAR=66;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430258;STB=0.522789;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00130486;OID=.;OPOS=49050620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:121:121:14:14:107:107:0.884298:66:41:8:6:66:41:8:6 chrX 49061742 . C T 2483.18 PASS AF=0.909574;AO=170;DP=188;FAO=171;FDP=188;FR=.;FRO=17;FSAF=107;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0672153;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.565;QD=52.8335;RBI=0.0786252;REFB=-0.0624366;REVB=0.0407923;RO=17;SAF=107;SAR=63;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503453;STB=0.525985;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00884549;OID=.;OPOS=49061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:188:188:17:17:170:171:0.909574:63:107:6:11:64:107:6:11 chrX 49127123 . G T 2291.61 PASS AF=0.957055;AO=156;DP=163;FAO=156;FDP=163;FR=.;FRO=7;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0148459;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.931;QD=56.2359;RBI=0.0194594;REFB=0.00736173;REVB=-0.0125804;RO=7;SAF=83;SAR=73;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201525;STB=0.510607;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000210249;OID=.;OPOS=49127123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:163:163:7:7:156:156:0.957055:73:83:2:5:73:83:2:5 chrX 49179698 . A G 143.7 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0200244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4894;QD=33.8127;RBI=0.0236131;REFB=0.000997223;REVB=-0.0125142;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103575;STB=0.557438;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=7.72848e-05;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:5:9:1:2:5:9:1:2 chrX 49179711 . A T 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0416817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.808;QD=31.7355;RBI=0.0417646;REFB=0.0148401;REVB=0.00263075;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155106;STB=0.585692;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00318856;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:1:4:7:9:1:4 chrX 49179719 . C G 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0057874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.222;QD=33.8157;RBI=0.00633094;REFB=0.005092;REVB=0.00256649;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103575;STB=0.557438;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000885624;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:5:9:1:2:5:9:1:2 chrX 49179755 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0229633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.884;QD=21.1692;RBI=0.0650578;REFB=-0.034073;REVB=0.0608704;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0154612;OID=.;OPOS=49179755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chrX 49767832 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271878;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.544;QD=52.6132;RBI=0.0277013;REFB=0;REVB=0.00530892;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111467;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 49767835 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.645;QD=52.6132;RBI=0.0445416;REFB=0;REVB=0.00488829;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186942;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 50053887 . A AG,G 332.02 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,23;DP=26;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953101,0.0606331;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=32.1621,49.8613;QD=53.1233;RBI=0.139075,0.0753851;REFB=0,0;REVB=-0.101281,-0.0447944;RO=0;SAF=0,12;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.037243,0.00684694;OID=.,.;OPOS=50053888,50053887;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:25:0:0:3,23:3,22:0.12,0.88:3,11:0,12:0:0:3,10:0,12:0:0 chrX 50121146 . A AG 466.16 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=45;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1296;QD=43.3634;RBI=0.13119;REFB=-0.00707463;REVB=0.0311242;RO=4;SAF=17;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055977;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=ins;VARB=0.00819464;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.976744:40:45:42:43:1:18:24:1:0:5:4:17:23:3:1 chrX 50146570 . C T 292.1 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0688012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9024;QD=48.6826;RBI=0.0699504;REFB=-0.135351;REVB=-0.0126276;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00457134;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:24:1:1:22:23:0.958333:10:12:0:1:10:13:0:1 chrX 50167265 . T C 598.99 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00331054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.853;QD=50.9777;RBI=0.0125983;REFB=-0.030847;REVB=-0.0121555;RO=5;SAF=23;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496268;STB=0.524988;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00563821;OID=.;OPOS=50167265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:47:5:5:41:42:0.893617:18:23:4:1:18:24:4:1 chrX 50376490 . A C 334.1 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0663876;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.621;QD=44.547;RBI=0.0695324;REFB=0.0372368;REVB=0.0206746;RO=4;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710658;STB=0.538432;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00428068;OID=.;OPOS=50376490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:12:14:1:3:12:14:1:3 chrX 50659210 . C CTCT 549.53 PASS AF=0.79661;AO=44;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0115746;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.054;QD=37.2563;RBI=0.0150878;REFB=-0.0438814;REVB=0.00967845;RO=14;SAF=21;SAR=23;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137619;STB=0.552893;STBP=0.144;TYPE=ins;VARB=0.00568446;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.79661:44:59:47:59:12:23:24:9:3:75:14:21:23:11:3 chrX 50659280 . C T 574.9 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0143188;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.884;QD=46.9306;RBI=0.0204771;REFB=-0.0279457;REVB=0.0146383;RO=4;SAF=24;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323055;STB=0.526304;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00475604;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:4:5:44:44:0.897959:20:24:3:1:20:24:4:1 chrX 51075841 . A G 67.6 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0016162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.788;QD=3.97637;RBI=0.0117683;REFB=0.00103516;REVB=-0.0116568;RO=54;SAF=9;SAR=3;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124728;STB=0.605076;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0041007;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:54:56:12:12:0.176471:3:9:36:18:3:9:36:20 chrX 51075901 . G A 38.77 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0216521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.291;QD=1.84636;RBI=0.0319188;REFB=-0.00289116;REVB=-0.023452;RO=75;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220149;STB=0.666297;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0331882;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:3:6:36:39:3:6:36:39 chrX 51234246 . T G 701.32 PASS AF=0.885246;AO=54;DP=61;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00703858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.113;QD=45.988;RBI=0.0296655;REFB=-0.00929582;REVB=0.0288184;RO=7;SAF=20;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196491;STB=0.510467;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00141541;OID=.;OPOS=51234246;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:7:7:54:54:0.885246:34:20:2:5:34:20:2:5 chrX 52825546 . C G 1320.79 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.471;QD=62.1546;RBI=0.0259657;REFB=0;REVB=-0.00968591;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172052;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:43:42:0:0 chrX 52891619 . GT G 162.85 PASS AF=0.372093;AO=29;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0321034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.1691;QD=7.57436;RBI=0.143499;REFB=0.0184323;REVB=0.139862;RO=49;SAF=21;SAR=8;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164298;STB=0.602224;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=-0.0236999;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:29:86:32:86:54:23:9:31:23:99:49:21:8:29:20 chrX 52891645 . A G 272.05 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0327915;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3753;QD=14.5092;RBI=0.0328095;REFB=-0.0149355;REVB=-0.00108902;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336869;STB=0.527287;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0170375;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:44:31:31:0.413333:12:19:25:18:12:19:25:19 chrX 52891653 . C T 253.41 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0446352;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6983;QD=13.164;RBI=0.0491595;REFB=-0.0174918;REVB=-0.0206;RO=48;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124906;STB=0.564313;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0230726;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:47:30:30:0.38961:11:19:25:23:11:19:25:22 chrX 53457622 . T C 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0171543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.849;QD=48.6637;RBI=0.0196799;REFB=-0.0165064;REVB=-0.00964509;RO=7;SAF=7;SAR=35;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11473;STB=0.561766;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0025943;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:35:7:3:4:35:7:3:4 chrX 53563589 . A G 335.51 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2392;QD=51.6173;RBI=0.0762213;REFB=-0.0608534;REVB=-0.0298639;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151488;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:20:26:1:18:2:0:0:19:7:0:0 chrX 53652838 . G A 403.43 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00544795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.007;QD=48.9006;RBI=0.0118935;REFB=0.00382331;REVB=-0.0105724;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111369;STB=0.559959;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000181141;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:3:3:30:30:0.909091:11:19:0:3:11:19:0:3 chrX 53652846 . G T 661.53 PASS AF=0.894737;AO=50;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00162689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.896;QD=46.4231;RBI=0.0425867;REFB=-0.193384;REVB=0.0425556;RO=6;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140356;STB=0.5714;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00124463;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:57:57:6:6:50:51:0.894737:17:33:0:6:18:33:0:6 chrX 53652852 . T G 1120.55 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00564987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.111;QD=58.9764;RBI=0.0321825;REFB=0.060787;REVB=0.0316827;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000804276;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:72:75:0.986842:34:38:1:0:35:40:1:0 chrX 54471979 . T C 40.19 PASS AF=0.166667;AO=4;DP=44;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00802858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.588;QD=3.34921;RBI=0.0179353;REFB=-0.0015634;REVB=-0.016038;RO=40;SAF=2;SAR=2;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.604998;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0104556;OID=.;OPOS=54471979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:48:40:40:4:8:0.166667:2:2:20:20:3:5:20:20 chrX 54836361 . A G 1303.2 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560686;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.694;QD=62.0573;RBI=0.0110446;REFB=0;REVB=0.00951556;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6449e-05;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chrX 54836505 . A G 492.14 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0201651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.005;QD=51.8042;RBI=0.0282179;REFB=-0.0900344;REVB=-0.0197388;RO=3;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103497;STB=0.555523;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000972757;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:12:23:0:3:12:23:0:3 chrX 54837340 . C T 1200.16 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.151;QD=58.5444;RBI=0.0237571;REFB=0.00254991;REVB=-0.00956302;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-6.13234e-05;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:39:41:0:1:39:41:1:1 chrX 54838077 . C T 619.22 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00759494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8091;QD=58.9729;RBI=0.061598;REFB=-0.153966;REVB=0.061128;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.523798;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00603052;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:10:31:0:0:10:31:0:1 chrX 55033307 . T C 58.05 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0991308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.452;QD=5.04796;RBI=0.099754;REFB=-0.00837279;REVB=0.0111326;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247057;STB=0.660046;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0368008;OID=.;OPOS=55033307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:13:24:4:5:13:24 chrX 55116466 . C G 1300.85 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240294;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1869;QD=61.9454;RBI=0.0370982;REFB=0;REVB=0.0282642;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008017;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chrX 55172516 . A C 354.96 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00182292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.898;QD=11.1797;RBI=0.00192342;REFB=-0.00569416;REVB=-0.00061362;RO=83;SAF=25;SAR=19;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437634;STB=0.525161;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0102156;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:83:83:44:44:0.346457:19:25:44:39:19:25:44:39 chrX 55172537 . G A 1432.61 PASS AF=0.75;AO=117;DP=156;FAO=117;FDP=156;FR=.;FRO=39;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0257503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9069;QD=36.7336;RBI=0.0257527;REFB=-0.0224419;REVB=-0.000357148;RO=39;SAF=66;SAR=51;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108247;STB=0.557777;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00687964;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:39:39:117:117:0.75:51:66:13:26:51:66:13:26 chrX 55172572 . G A 71.25 PASS AF=0.0995025;AO=20;DP=201;FAO=20;FDP=201;FR=.;FRO=181;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=101;FWDB=-0.0225864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.508;QD=1.4179;RBI=0.0234782;REFB=-0.00169459;REVB=-0.00640957;RO=181;SAF=14;SAR=6;SRF=80;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305395;STB=0.72626;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015474;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:201:201:181:181:20:20:0.0995025:6:14:80:101:6:14:80:101 chrX 55172606 . G A 50.0 PASS AF=0.0748031;AO=19;DP=256;FAO=19;FDP=254;FR=.;FRO=235;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=122;FSRR=113;FWDB=-0.010134;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.358;QD=0.787469;RBI=0.0329721;REFB=-0.0037311;REVB=-0.0313761;RO=235;SAF=13;SAR=6;SRF=122;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18795;STB=0.656175;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0651258;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:256:254:235:235:19:19:0.0748031:6:13:122:113:6:13:122:113 chrX 55172630 . G A 42.85 PASS AF=0.0666667;AO=19;DP=284;FAO=19;FDP=285;FR=.;FRO=266;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=141;FSRR=125;FWDB=0.0135639;FXX=0.00349638;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5541;QD=0.601469;RBI=0.0353072;REFB=0.00182495;REVB=0.0325979;RO=264;SAF=13;SAR=6;SRF=141;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166509;STB=0.648108;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0422276;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:284:285:264:266:19:19:0.0666667:6:13:141:123:6:13:141:125 chrX 55172645 . C T 2365.67 PASS AF=0.681063;AO=198;DP=295;FAO=205;FDP=301;FR=.;FRO=96;FSAF=126;FSAR=79;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=-0.0205958;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.435;QD=31.4375;RBI=0.0259273;REFB=-0.00667867;REVB=-0.0157491;RO=92;SAF=125;SAR=73;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1463;STB=0.574518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00825009;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:301:92:96:198:205:0.681063:73:125:36:56:79:126:37:59 chrX 55172659 . A G 131.98 PASS AF=0.113636;AO=35;DP=308;FAO=35;FDP=308;FR=.;FRO=273;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=152;FSRR=121;FWDB=-0.0335366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1374;QD=1.71407;RBI=0.0338081;REFB=-0.00139795;REVB=-0.00427593;RO=272;SAF=22;SAR=13;SRF=152;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08954;STB=0.565797;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0094247;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:272:273:35:35:0.113636:13:22:152:120:13:22:152:121 chrX 55172680 . G C 44.5 PASS AF=0.0685921;AO=19;DP=278;FAO=19;FDP=277;FR=.;FRO=258;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=150;FSRR=108;FWDB=-0.0632994;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.399;QD=0.642535;RBI=0.0633413;REFB=0.000150631;REVB=0.00230308;RO=258;SAF=16;SAR=3;SRF=150;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314908;STB=0.780674;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00390163;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:278:277:258:258:19:19:0.0685921:3:16:150:108:3:16:150:108 chrX 55172686 . CT CC,TC 1951.86 PASS AF=0.613027,0.0536398;AO=160,14;DP=261;FAO=160,14;FDP=261;FR=.;FRO=87;FSAF=111,11;FSAR=49,3;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.00636248,-0.0330116;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=56.1031,195.14;QD=29.9135;RBI=0.00813746,0.0347;REFB=0.0106191,-0.0010333;REVB=-0.00507318,-0.0106923;RO=87;SAF=111,11;SAR=49,3;SRF=34;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212232,0.47129;STB=0.61441,0.819814;STBP=0,0.015;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0079927,0.0529658;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:87:87:160,14:160,14:0.613027,0.0536398:49,3:111,11:34:53:49,3:111,11:34:53 chrX 55172708 . T G 1880.7 PASS AF=0.659751;AO=158;DP=242;FAO=159;FDP=241;FR=.;FRO=82;FSAF=120;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0240628;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.263;QD=31.215;RBI=0.0264458;REFB=0.00295642;REVB=-0.0109711;RO=83;SAF=119;SAR=39;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253736;STB=0.638936;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00214648;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:83:82:158:159:0.659751:39:119:34:49:39:120:33:49 chrX 55172716 . C T 210.01 PASS AF=0.173913;AO=40;DP=230;FAO=40;FDP=230;FR=.;FRO=190;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=121;FSRR=69;FWDB=-0.00656142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.074;QD=3.65235;RBI=0.00818704;REFB=-0.00314654;REVB=-0.00489647;RO=190;SAF=26;SAR=14;SRF=121;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184768;STB=0.511854;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0141181;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:190:190:40:40:0.173913:14:26:121:69:14:26:121:69 chrX 55185568 . A G 403.8 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0163211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.795;QD=12.4245;RBI=0.0163216;REFB=0.00445717;REVB=-0.000122206;RO=82;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396717;STB=0.522584;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00473875;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:82:48:48:0.369231:27:21:33:49:27:21:33:49 chrX 55247030 . C G 1861.87 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00537914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.077;QD=60.5487;RBI=0.0174049;REFB=-0.10519;REVB=-0.0165528;RO=0;SAF=42;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000242906;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:121:122:0.99187:79:42:0:0:79:43:1:0 chrX 55289774 . T C 1102.79 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00607983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.881;QD=58.8152;RBI=0.010647;REFB=-0.137389;REVB=0.00874035;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108744;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000813721;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:43:30:0:1:44:30:0:1 chrX 55479299 . G A 984.3 PASS AF=0.666667;AO=84;DP=129;FAO=84;FDP=126;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0159313;FXX=0.038165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.6332;QD=31.2476;RBI=0.0183732;REFB=-0.0506133;REVB=0.00915252;RO=7;SAF=34;SAR=50;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672433;STB=0.595215;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0142806;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:7:42:84:84:0.666667:50:34:6:1:50:34:29:13 chrX 55651001 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0512;QD=60.9741;RBI=0.0222021;REFB=0;REVB=0.00963725;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119006;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 57405163 . T C 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.154;QD=60.8801;RBI=0.0286359;REFB=0;REVB=0.0246197;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01002e-05;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chrX 57475132 . T C 629.26 PASS AF=0.88;AO=42;DP=48;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0290471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9787;QD=50.3408;RBI=0.0783485;REFB=0.0130183;REVB=0.0727651;RO=6;SAF=21;SAR=21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502731;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.000457916;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:50:6:6:42:44:0.88:21:21:3:3:23:21:3:3 chrX 57619648 . G T 1014.61 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.262;QD=58.8178;RBI=0.0325945;REFB=0;REVB=0.00683799;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028441;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chrX 57622607 . G A 102.46 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00623048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.126;QD=7.73278;RBI=0.0185585;REFB=0.00523056;REVB=0.0174814;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246732;STB=0.651259;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0149832;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:22:17:9:5:22:17 chrX 65382683 . AGTG AGCG,GCGA 729.59 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=41,3;DP=55;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204306,-0.00325649;FXX=0.0181785;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=63.3748,141.356;QD=54.0436;RBI=0.0207672,0.0145651;REFB=0,0;REVB=0.00372436,0.0141964;RO=0;SAF=4,3;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000555462,0.0880877;OID=.,.;OPOS=65382685,65382683;OREF=T,AGTG;OALT=C,GCGA;OMAPALT=AGCG,GCGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:54:0:0:41,3:52,2:0.962963,0.037037:37,0:4,3:0:0:37,0:15,2:0:0 chrX 65393488 . CGGGGGGC CCGGGGGC,CGGGGGC,CGGGGGCG 70.63 PASS AF=0.00666667,0.22,0.0333333;AO=8,28,6;DP=136;FAO=1,33,5;FDP=150;FR=.;FRO=111;FSAF=0,10,5;FSAR=1,23,0;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.0367956,0.00795099,-0.0155818;FXX=0.0259723;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=11.9865,8.00334,184.192;QD=1.88354;RBI=0.0800259,0.0119885,0.0293394;REFB=-0.10608,-0.131267,-0.00244929;REVB=0.0710649,-0.00897248,-0.0248597;RO=79;SAF=0,12,6;SAR=8,16,0;SRF=35;SRR=44;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.584154,-0.0180669,0.571;STB=0.988475,0.594037,0.998246;STBP=0.472,0.228,0.009;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0198576,0.131457,0.0348649;OID=.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393494;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CCGGGGGC,CGGGGGC,CGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00666667,0.22,0.0333333:8,28,6:136:1,33,5:150:111:0,10,5:1,23,0:46:65:56:79:0,12,6:8,16,0:35:44 chrX 65822607 . T C 2403.64 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00768061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.609;QD=60.469;RBI=0.0390843;REFB=0.0242404;REVB=-0.0383222;RO=1;SAF=86;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550046;STB=0.50289;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-8.88403e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:72:86:1:0:72:86:1:0 chrX 65824986 . C T 1452.99 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.634;QD=63.1733;RBI=0.0161622;REFB=0;REVB=-0.00152666;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00413e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:39:52:0:0:40:52:0:0 chrX 67674212 . T A 168.59 PASS AF=0.738095;AO=15;DP=31;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.208813;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.5253;QD=16.0562;RBI=0.20934;REFB=-0.266975;REVB=-0.01484;RO=12;SAF=0;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.848951;STB=0.624911;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0568392;OID=.;OPOS=67674212;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:31:42:12:11:15:31:0.738095:15:0:9:3:25:6:6:5 chrX 68749643 . TG CT,T 72.59 PASS AF=0,0.382979;AO=2,18;DP=47;FAO=0,18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.115698,-0.162291;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=18.1188,10.5105;QD=6.17789;RBI=0.11882,0.164966;REFB=-0.04777,-0.075803;REVB=-0.0270611,-0.029583;RO=23;SAF=1,9;SAR=1,9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0.435897;SSSB=0.248749,0.235989;STB=0.5,0.687886;STBP=1,0.066;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0765357;OID=.,.;OPOS=68749643,68749644;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:47:47:23:29:2,18:0,18:0,0.382979:1,9:1,9:6:17:0,8:0,10:7:22 chrX 69258515 . T G 44.38 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0962219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8156;QD=2.04036;RBI=0.0968546;REFB=-0.00359578;REVB=0.011053;RO=77;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778563;STB=0.505736;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0351833;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:77:77:10:10:0.114943:5:5:39:38:5:5:39:38 chrX 69478942 . T G 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0115091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.832;QD=5.97727;RBI=0.0210474;REFB=0.0124337;REVB=0.0176221;RO=56;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168148;STB=0.603716;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0390981;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:8:9:22:34:8:9:22:34 chrX 69510335 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.363;QD=59.5009;RBI=0.0400217;REFB=0;REVB=0.0220976;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89307e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chrX 69652762 . A G 1124.65 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0398219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.181;QD=57.6743;RBI=0.0559495;REFB=0.0277395;REVB=-0.0393009;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231214;STB=0.501364;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00563951;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:75:76:0.974359:41:34:1:1:42:34:1:1 chrX 69774517 . A T 845.68 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000957164;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.585;QD=54.5597;RBI=0.00906347;REFB=-0.168839;REVB=-0.00901278;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000908823;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:62:0:2:60:60:0.967742:30:30:0:0:30:30:0:2 chrX 70146398 . A G 2039.9 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0239909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.227;QD=59.997;RBI=0.0240356;REFB=-0.0556841;REVB=-0.00146551;RO=2;SAF=72;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013019;STB=0.502784;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000379602;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:133:133:0.977941:61:72:2:0:61:72:2:1 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGG,CGGGG,CGGGGC 386.16 PASS AF=0.416667,0.0833333,0.291667;AO=23,12,14;DP=71;FAO=30,6,21;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=7,1,12;FSAR=23,5,9;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00566672,-0.0290427,0.0788242;FXX=0.0399947;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=27.6806,17.5565,10.1792;QD=21.4535;RBI=0.0256701,0.0397552,0.105844;REFB=0.00551129,0.0344696,-0.0469189;REVB=0.0250368,0.0271477,0.070638;RO=13;SAF=3,5,6;SAR=20,7,8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.584601,-0.439508,-0.405369;STB=0.724252,0.908098,0.63014;STBP=0,0.092,0.105;TYPE=del,del,del;VARB=0.0171678,0.0524585,0.0936333;OID=.,.,.;OPOS=70836831,70836832,70836828;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.416667,0.0833333,0.291667:23,12,14:71:30,6,21:72:15:7,1,12:23,5,9:13:2:69:13:3,5,6:20,7,8:12:1 chrX 71351519 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.647;QD=35.5759;RBI=0.0505381;REFB=0;REVB=0.0450351;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023651;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 71354380 . G A 548.98 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00510016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.998;QD=37.8606;RBI=0.0121749;REFB=-0.0192438;REVB=0.0110551;RO=12;SAF=38;SAR=8;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635908;STB=0.534046;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00609512;OID=.;OPOS=71354380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:8:38:11:1:8:38:11:1 chrX 71363415 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.776;QD=57.0008;RBI=0.025445;REFB=0;REVB=-0.00417843;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70307e-05;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chrX 71379881 . G A 860.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.273;QD=57.3563;RBI=0.0388052;REFB=0;REVB=0.0330159;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132363;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:30:24:0:0:34:26:0:0 chrX 71401607 . G A 584.07 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0120862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.162;QD=39.5981;RBI=0.0143317;REFB=-0.0150818;REVB=0.00770196;RO=11;SAF=19;SAR=29;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148321;STB=0.579553;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00395594;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:11:11:48:48:0.813559:29:19:9:2:29:19:9:2 chrX 71401614 . C A 589.13 PASS AF=0.827586;AO=48;DP=58;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00268859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.534;QD=40.6297;RBI=0.00435093;REFB=-0.024024;REVB=-0.00342082;RO=10;SAF=19;SAR=29;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131863;STB=0.57067;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00654767;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:10:10:48:48:0.827586:29:19:8:2:29:19:8:2 chrX 71406301 . T C 1548.96 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281984;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9641;QD=58.4514;RBI=0.0633845;REFB=-0.0600132;REVB=0.0567665;RO=1;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692758;STB=0.503649;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00483164;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:103:105:0.990566:68:35:0:1:68:37:0:1 chrX 71416721 . C T 133.26 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.00528591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.129;QD=4.03807;RBI=0.0424234;REFB=-0.00600143;REVB=-0.0420928;RO=108;SAF=10;SAR=14;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617484;STB=0.539441;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0305305;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:108:108:24:24:0.181818:14:10:40:68:14:10:40:68 chrX 71418669 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000455551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.128;QD=37.4885;RBI=0.0705944;REFB=0;REVB=0.0705929;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449009;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chrX 71791912 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.741;QD=56.9569;RBI=0.0217381;REFB=0;REVB=0.0208044;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63674e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chrX 71819691 . A G 873.76 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00619993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.825;QD=47.2301;RBI=0.0244578;REFB=-0.0296666;REVB=0.0236589;RO=9;SAF=26;SAR=39;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159308;STB=0.508472;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00536448;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:9:9:65:65:0.878378:39:26:3:6:39:26:3:6 chrX 72674223 . C T 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0101781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.717;QD=8.43608;RBI=0.010183;REFB=-0.00533242;REVB=-0.000316432;RO=48;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246588;STB=0.647995;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0143435;OID=.;OPOS=72674223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:6:14:24:24:6:14:24:24 chrX 72906953 . GTT G,GT 83.32 PASS AF=0.0952381,0.761905;AO=5,11;DP=22;FAO=2,16;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=0,5;FSAR=2,11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0149748,-0.0231414;FXX=0.0454339;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.1437,7.34416;QD=15.8699;RBI=0.0177106,0.0291457;REFB=0.0534512,0.0720518;REVB=0.00945612,0.0177185;RO=5;SAF=1,3;SAR=4,8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.20967,-0.084233;STB=0.991947,0.503812;STBP=0.382,0.962;TYPE=del,del;VARB=0.0242706,0.00738786;OID=.,.;OPOS=72906954,72906954;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.761905:5,11:22:2,16:21:3:0,5:2,11:1:2:9:5:1,3:4,8:2:3 chrX 73043817 . T C 462.86 PASS AF=0.875;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0115445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.9;QD=46.2864;RBI=0.0385772;REFB=-0.023665;REVB=0.0368093;RO=5;SAF=17;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238451;STB=0.514278;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00199633;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:40:40:5:5:34:35:0.875:17:17:3:2:18:17:3:2 chrX 73066439 . T C 613.73 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0106629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.39;QD=53.3677;RBI=0.0141757;REFB=-0.0768569;REVB=-0.00934088;RO=4;SAF=31;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568249;STB=0.530289;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00771373;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:11:31:4:0:11:31:4:0 chrX 73072429 . AT A,TA 58.79 PASS AF=0.156098,0.0390244;AO=42,8;DP=212;FAO=32,8;FDP=205;FR=.;FRO=165;FSAF=10,0;FSAR=22,8;FSRF=99;FSRR=66;FWDB=0.0151402,-0.00266275;FXX=0.0465095;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.47783,87.9035;QD=1.14708;RBI=0.195598,0.0537561;REFB=-0.11544,-0.0121716;REVB=-0.195011,-0.0536901;RO=124;SAF=18,5;SAR=24,3;SRF=76;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226739,0.0129789;STB=0.731406,0.998933;STBP=0.005,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0927928,-0.00291283;OID=.,.;OPOS=73072430,73072429;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:212:205:124:165:42,8:32,8:0.156098,0.0390244:24,3:18,5:76:48:22,8:10,0:99:66 chrX 73462520 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.499;QD=63.8701;RBI=0.0752683;REFB=0;REVB=0.0748543;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150142;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chrX 73641569 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0492165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.495;QD=29.1641;RBI=0.0511663;REFB=0.00617374;REVB=-0.0139902;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158276;STB=0.588086;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00257506;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:0:3:7:4:0:3 chrX 73811648 . G A 77.25 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0129918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7875;QD=6.05843;RBI=0.0309281;REFB=-0.00253159;REVB=0.0280671;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198084;STB=0.627008;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0115087;OID=.;OPOS=73811648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:19:21:4:7:19:21 chrX 73811695 . A G 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00423895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.745;QD=7.94656;RBI=0.0934613;REFB=-0.0176839;REVB=0.0933651;RO=51;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785747;STB=0.54732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.045938;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:7:13:30:21:7:13:30:21 chrX 73811737 . T A 130.39 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00479156;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.733;QD=7.24382;RBI=0.00492711;REFB=-0.0161562;REVB=-0.00114776;RO=53;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594721;STB=0.536171;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.038462;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:53:53:19:19:0.263889:7:12:31:22:7:12:31:22 chrX 73811739 . A G 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00896908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.81;QD=7.21171;RBI=0.0155703;REFB=-0.0108926;REVB=-0.0127275;RO=53;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594721;STB=0.536171;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0304269;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:7:12:31:22:7:12:31:22 chrX 73811755 . C G 137.57 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0250192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.563;QD=7.24067;RBI=0.0596063;REFB=-0.0227105;REVB=-0.0541013;RO=55;SAF=13;SAR=7;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109909;STB=0.561219;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0562763;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:56:20:20:0.263158:7:13:31:24:7:13:32:24 chrX 73811761 . G T 127.96 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00372182;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2461;QD=6.73472;RBI=0.0450364;REFB=-0.0130314;REVB=0.0448824;RO=57;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110963;STB=0.568076;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.039434;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:7:12:31:26:7:12:31:26 chrX 73811792 . C T 72.96 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0213443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4005;QD=3.99802;RBI=0.0338021;REFB=-0.00909738;REVB=0.0262108;RO=57;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145793;STB=0.612333;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0551428;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:57:60:13:13:0.178082:7:6:33:24:7:6:36:24 chrX 73811809 . T C 67.7 PASS AF=0.181818;AO=11;DP=65;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00700008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.24;QD=4.10315;RBI=0.0301958;REFB=-0.00701364;REVB=-0.0293732;RO=53;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113798;STB=0.595581;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0296648;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:65:66:53:54:11:12:0.181818:4:7:29:24:4:8:30:24 chrX 74494470 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.503;QD=63.872;RBI=0.023694;REFB=0;REVB=0.00179268;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96428e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chrX 74511202 . G C 1543.39 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222364;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8295;QD=63.645;RBI=0.0396015;REFB=0;REVB=0.0327692;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755581;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:41:55:0:0:42:55:0:0 chrX 75004529 . C A 587.91 PASS AF=0.842105;AO=47;DP=56;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0114898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2242;QD=41.2568;RBI=0.0437406;REFB=-0.0286929;REVB=-0.0422045;RO=9;SAF=30;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459857;STB=0.526056;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00522786;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:9:9:47:48:0.842105:17:30:7:2:18:30:7:2 chrX 76937963 . G C 806.25 PASS AF=0.828571;AO=58;DP=69;FAO=58;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0167856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.71;QD=46.0716;RBI=0.0174741;REFB=-0.0553221;REVB=0.00485684;RO=8;SAF=35;SAR=23;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244475;STB=0.513025;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00367676;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:69:70:8:8:58:58:0.828571:23:35:4:4:23:35:4:4 chrX 77298857 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.131;QD=57.5453;RBI=0.0400151;REFB=0;REVB=0.0368226;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20342e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chrX 77528317 . G A 39.67 PASS AF=0.116883;AO=8;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0311943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.564;QD=2.06091;RBI=0.0390816;REFB=-0.00334732;REVB=-0.0235434;RO=67;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452122;STB=0.86869;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.054502;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:77:77:67:68:8:9:0.116883:7:1:33:34:8:1:34:34 chrX 78011737 . T C 447.61 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.358;QD=57.7557;RBI=0.0754803;REFB=0;REVB=0.0712966;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286039;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chrX 78216024 . A C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.228;QD=63.5782;RBI=0.0694625;REFB=0;REVB=0.069369;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394807;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chrX 79286038 . GCC GC,G,GGC 190.9 PASS AF=0.363636,0.166667,0;AO=17,14,3;DP=64;FAO=24,11,0;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22,11,0;FSAR=2,0,0;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.251946,-0.126833,-0.12011;FXX=0.0149231;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=14.1203,22.521,16.5747;QD=11.5698;RBI=0.282735,0.14371,0.120116;REFB=-0.0398614,-0.0200788,-0.0377252;REVB=-0.128305,-0.067571,0.00124323;RO=25;SAF=15,14,3;SAR=2,0,0;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0.366667,0.366667,0;SSSB=0.659855,0.841948,0.694908;STB=0.871334,0.999005,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0289297,0.0278122,0;OID=.,.,.;OPOS=79286039,79286039,79286039;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.166667,0:17,14,3:64:24,11,0:66:31:22,11,0:2,0,0:12:19:86:25:15,14,3:2,0,0:6:19 chrX 79698593 . C G 33.76 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0377241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9489;QD=3.97199;RBI=0.0409058;REFB=-0.00814182;REVB=-0.015817;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128227;STB=0.587951;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0425244;OID=.;OPOS=79698593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:17:11:3:3:17:11 chrX 79943569 . T C 2477.38 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114214;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.427;QD=61.5498;RBI=0.124729;REFB=0;REVB=0.050127;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179401;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:80:81:0:0:80:81:0:0 chrX 79989018 . C G 590.96 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0121998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3897;QD=47.2764;RBI=0.0122015;REFB=-0.0125403;REVB=-0.000203261;RO=8;SAF=24;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548604;STB=0.529398;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00433777;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:42:42:0.84:18:24:6:2:18:24:6:2 chrX 84350010 . A G 349.78 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0856307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.191;QD=39.9752;RBI=0.0872261;REFB=0.0321986;REVB=-0.0166063;RO=7;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172167;STB=0.593362;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00257849;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:17:11:6:1:17:11:6:1 chrX 84358864 . C T 597.89 PASS AF=0.769231;AO=50;DP=65;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00179624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.234;QD=36.7933;RBI=0.00386184;REFB=0.0106677;REVB=-0.00341867;RO=15;SAF=19;SAR=31;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090873;STB=0.504884;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00326538;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:15:15:50:50:0.769231:31:19:6:9:31:19:6:9 chrX 84363140 . A G 1356.56 PASS AF=0.855932;AO=101;DP=121;FAO=101;FDP=118;FR=.;FRO=17;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0151919;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.817;QD=45.985;RBI=0.0154877;REFB=0.00757381;REVB=0.00301226;RO=17;SAF=49;SAR=52;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395755;STB=0.502099;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.000487608;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:121:118:17:17:101:101:0.855932:52:49:8:9:52:49:8:9 chrX 84534383 . A C 1029.17 PASS AF=0.986301;AO=37;DP=77;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353846;FXX=0.0640943;HRUN=10;LEN=1;MLLD=123.407;QD=56.3931;RBI=0.15877;REFB=-0.131317;REVB=0.154776;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00236361;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:73:0:1:37:72:0.986301:21:16:0:0:39:33:1:0 chrX 84563135 . T A 2507.33 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.217;QD=61.5296;RBI=0.0223384;REFB=0;REVB=0.0142299;RO=0;SAF=83;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19255e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:160:163:1:77:83:0:0:79:84:0:0 chrX 85219021 . T C 409.51 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00601275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6392;QD=45.5006;RBI=0.0127872;REFB=0.0574632;REVB=0.0112853;RO=5;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586751;STB=0.531578;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00735526;OID=.;OPOS=85219021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:18:13:1:4:18:13:1:4 chrX 86877348 . G T 705.88 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=73;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0323312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6362;QD=38.6781;RBI=0.0652925;REFB=0.00890552;REVB=-0.0567257;RO=15;SAF=35;SAR=22;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778599;STB=0.531882;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00357858;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:15:16:57:57:0.780822:22:35:12:3:22:35:12:4 chrX 86887244 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.232;QD=60.7162;RBI=0.0244861;REFB=0;REVB=0.0184229;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57825e-06;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chrX 88008423 . A C 1377.36 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2215;QD=60.5434;RBI=0.0529823;REFB=-0.031891;REVB=0.0373382;RO=2;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036093;STB=0.506665;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00117199;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:2:1:89:90:0.989011:52:37:1:1:53:37:1:0 chrX 88009322 . A G 1374.84 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00757212;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.358;QD=60.4327;RBI=0.0077142;REFB=-0.0467482;REVB=-0.00147372;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=1.11271e-05;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:91:1:2:89:89:0.978022:47:42:1:0:47:42:1:1 chrX 88009687 . CCAGA C 586.49 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017555;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=330.675;QD=47.8768;RBI=0.0181268;REFB=0;REVB=0.00451715;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.53852e-05;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:49:49:0:23:26:0:0:10:0:23:24:0:0 chrX 88009700 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.622;QD=57.177;RBI=0.018863;REFB=0;REVB=-0.00933495;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23058e-05;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chrX 89177673 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.615;QD=48.7373;RBI=0.0503196;REFB=0;REVB=0.0179745;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149307;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chrX 91585410 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00759985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.452;QD=12.3961;RBI=0.0158139;REFB=-0.0131381;REVB=-0.013868;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00609056;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chrX 91874217 . C G 249.36 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00320125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.056;QD=33.2484;RBI=0.0139562;REFB=-0.00600032;REVB=-0.0135841;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08284;STB=0.545413;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00930312;OID=.;OPOS=91874217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:12:10:5:3:12:10:5:3 chrX 92927634 . G C 524.76 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0041324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.6;QD=41.9808;RBI=0.00940974;REFB=-0.0213889;REVB=0.00845379;RO=11;SAF=22;SAR=17;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301033;STB=0.516222;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00525426;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:11:11:39:39:0.78:17:22:7:4:17:22:7:4 chrX 92966192 . A T 33.27 PASS AF=0.0686275;AO=20;DP=174;FAO=14;FDP=204;FR=.;FRO=190;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=133;FWDB=-0.0295585;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.8366;QD=0.652312;RBI=0.061279;REFB=-0.00244342;REVB=-0.0536788;RO=154;SAF=1;SAR=19;SRF=54;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508643;STB=0.837156;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00839261;OID=.;OPOS=92966192;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:174:204:154:190:20:14:0.0686275:19:1:54:100:13:1:57:133 chrX 96139406 . G A 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0164025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.964;QD=1.39746;RBI=0.033013;REFB=0.000640028;REVB=-0.0286499;RO=81;SAF=7;SAR=1;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49854;STB=0.89033;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00611496;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:1:7:34:47:1:7:34:47 chrX 96139459 . T C 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0146005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.651;QD=2.0928;RBI=0.0153315;REFB=-0.00110012;REVB=-0.00467768;RO=69;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415135;STB=0.802637;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0177523;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:2:7:29:40:2:7:29:40 chrX 99355146 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.69;QD=57.6807;RBI=0.013178;REFB=0;REVB=-0.00521704;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99387e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chrX 99849017 . G A 560.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786115;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.759;QD=60.6083;RBI=0.0790732;REFB=0;REVB=0.00853275;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041781;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chrX 99941705 . T C 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1915;QD=58.1256;RBI=0.0666889;REFB=0;REVB=0.0559936;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012262;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chrX 100098355 . TAAG T 64.17 PASS AF=0.182609;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0138209;FXX=0.0336106;HRUN=2;LEN=3;MLLD=183.461;QD=2.23201;RBI=0.0282384;REFB=0.00348487;REVB=-0.0246249;RO=93;SAF=11;SAR=10;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159822;STB=0.59695;STBP=0.363;TYPE=del;VARB=-0.0148172;OID=.;OPOS=100098356;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182609:21:117:21:115:94:11:10:38:56:64:93:11:10:37:56 chrX 100103702 . G A 411.93 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0148352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.58;QD=35.058;RBI=0.0351332;REFB=-0.0166804;REVB=-0.0318475;RO=14;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119971;STB=0.56529;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0097417;OID=.;OPOS=100103702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:19:14:9:5:19:14:9:5 chrX 100243459 . G T 1029.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633078;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.099;QD=59.6743;RBI=0.064354;REFB=0;REVB=0.0115567;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220889;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chrX 100245606 . A G 889.15 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.424;QD=57.3648;RBI=0.0525441;REFB=0;REVB=0.0272995;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534415;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chrX 100492726 . G A 97.66 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=0.0135737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8998;QD=2.95927;RBI=0.0523336;REFB=-0.00849224;REVB=0.0505427;RO=109;SAF=7;SAR=13;SRF=34;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545125;STB=0.5185;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0596249;OID=.;OPOS=100492726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:132:132:109:112:20:20:0.151515:13:7:34:75:13:7:37:75 chrX 100517135 . T C 1311.75 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00996653;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.096;QD=55.8191;RBI=0.0160269;REFB=-0.000123873;REVB=0.012551;RO=6;SAF=44;SAR=44;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201151;STB=0.510636;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-2.60461e-06;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:95:94:6:6:88:88:0.93617:44:44:4:2:44:44:4:2 chrX 100518129 . G A 1311.69 PASS AF=0.867257;AO=98;DP=114;FAO=98;FDP=113;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000683075;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.86;QD=46.4314;RBI=0.0536692;REFB=-0.0358417;REVB=0.0536649;RO=15;SAF=52;SAR=46;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174537;STB=0.509254;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00388962;OID=.;OPOS=100518129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:113:15:15:98:98:0.867257:46:52:9:6:46:52:9:6 chrX 100518165 . T C 1234.6 PASS AF=0.869159;AO=92;DP=107;FAO=93;FDP=107;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00271683;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.934;QD=46.1533;RBI=0.0659618;REFB=-0.010165;REVB=0.0659058;RO=14;SAF=44;SAR=48;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232094;STB=0.51288;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00129544;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:14:14:92:93:0.869159:48:44:8:6:49:44:8:6 chrX 100532621 . T C 619.86 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0232139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.281;QD=50.6012;RBI=0.042967;REFB=-0.111341;REVB=0.0361563;RO=6;SAF=16;SAR=27;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951583;STB=0.505089;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0190549;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:27:16:2:4:27:16:2:4 chrX 100547933 . A G 1476.52 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3518;QD=62.1693;RBI=0.0316617;REFB=0.0303226;REVB=-0.0156652;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957862;STB=0.505049;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00263966;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:49:45:0:1:49:45:0:1 chrX 100608191 . G A 71.0 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00131752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.337;QD=3.68844;RBI=0.00140948;REFB=-0.00160371;REVB=0.000500778;RO=64;SAF=12;SAR=1;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58428;STB=0.899315;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0170087;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:64:64:13:13:0.168831:1:12:32:32:1:12:32:32 chrX 100645467 . T C 32.4 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00881947;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.004;QD=2.44542;RBI=0.0205953;REFB=-0.00467535;REVB=-0.0186113;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153952;STB=0.622258;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0442367;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:53:46:47:6:6:0.113208:3:3:29:17:3:3:30:17 chrX 100668489 . T G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0029623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.674;QD=4.28891;RBI=0.00326166;REFB=-0.0058373;REVB=0.00136498;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380665;STB=0.769752;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.025152;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:6:1:13:19:6:1:13:19 chrX 100743037 . C T 1046.65 PASS AF=0.948052;AO=68;DP=72;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0204259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.383;QD=54.3714;RBI=0.0265549;REFB=-0.0577459;REVB=0.016969;RO=4;SAF=38;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203761;STB=0.509957;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00402661;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:77:4:4:68:73:0.948052:30:38:3:1:32:41:3:1 chrX 100743546 . C T 800.23 PASS AF=0.859155;AO=61;DP=71;FAO=61;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0271281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.736;QD=45.0835;RBI=0.0271431;REFB=-0.0608515;REVB=-0.000904131;RO=10;SAF=36;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301831;STB=0.516077;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0147441;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:10:10:61:61:0.859155:25:36:7:3:25:36:7:3 chrX 100743826 . A G 362.75 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00630162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.931;QD=45.3434;RBI=0.0284402;REFB=0.0843292;REVB=0.0277333;RO=3;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753285;STB=0.552595;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00192252;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:3:4:28:28:0.875:11:17:3:0:11:17:4:0 chrX 100745825 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00224365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.181;QD=21.9446;RBI=0.0104292;REFB=-0.0312314;REVB=-0.010185;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107386;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0191277;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:9:12:16:16:0.571429:8:8:6:3:8:8:7:5 chrX 100746860 . A G 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2897;QD=55.5152;RBI=0.0412607;REFB=-0.0618034;REVB=0.0314368;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00217944;OID=.;OPOS=100746860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chrX 100748078 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2393;QD=46.8479;RBI=0.0388356;REFB=0;REVB=0.00391749;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737865;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chrX 100749127 . A G 54.43 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-4.82237e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.312;QD=24.1925;RBI=0.0308153;REFB=-0.0727518;REVB=0.0308152;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.767694;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0274991;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:9:2:2:6:7:0.777778:0:6:1:1:1:6:1:1 chrX 100749585 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.223;QD=23.2183;RBI=0.0352859;REFB=-0.0522648;REVB=0.0227267;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00557241;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chrX 100871148 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.342;QD=44.6893;RBI=0.116328;REFB=0;REVB=0.115632;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139464;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chrX 100880857 . G A 843.91 PASS AF=0.887324;AO=62;DP=70;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0783734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8769;QD=47.544;RBI=0.0991969;REFB=0.0108351;REVB=0.0608082;RO=8;SAF=26;SAR=36;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979757;STB=0.504387;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00160406;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:70:71:8:8:62:63:0.887324:36:26:3:5:37:26:3:5 chrX 100911066 . C T 587.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6548;QD=60.2126;RBI=0.0483311;REFB=0;REVB=-0.0468101;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00663204;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chrX 100946613 . T C 2988.66 PASS AF=0.894068;AO=194;DP=219;FAO=211;FDP=236;FR=.;FRO=25;FSAF=111;FSAR=100;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0384263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.23;QD=50.6552;RBI=0.0384431;REFB=-0.0464359;REVB=0.00113582;RO=25;SAF=94;SAR=100;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595297;STB=0.524911;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00473637;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:219:236:25:25:194:211:0.894068:100:94:19:6:100:111:19:6 chrX 101138792 . T C 538.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.658;QD=59.8037;RBI=0.0563924;REFB=0;REVB=0.0563388;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217328;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 391.39 PASS AF=0,1;AO=2,27;DP=39;FAO=0,33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022168,0.119482;FXX=0.0294031;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=6.20735,20.0568;QD=47.4408;RBI=0.0447863,0.167318;REFB=0,0;REVB=-0.0389152,-0.117129;RO=10;SAF=2,13;SAR=0,14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463326,-0.206562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-6.38249e-05;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:39:33:10:0:2,27:0,33:0,1:0,14:2,13:9:1:0,14:0,19:0:0 chrX 101396157 . C T 154.33 PASS AF=0.882353;AO=9;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.143517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9929;QD=36.3127;RBI=0.150465;REFB=-0.102569;REVB=0.0451976;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429214;STB=0.583219;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0302787;OID=.;OPOS=101396157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:9:15:0.882353:8:1:2:0:10:5:2:0 chrX 101396263 . T C 158.3 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.025408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.93;QD=35.1787;RBI=0.0446927;REFB=-0.019458;REVB=-0.0367678;RO=2;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147635;STB=0.565122;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00163991;OID=.;OPOS=101396263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:2:3:15:15:0.833333:2:13:1:1:2:13:2:1 chrX 101913843 . G T 549.62 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.018853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.086;QD=40.7123;RBI=0.0306497;REFB=-0.102923;REVB=0.0241655;RO=8;SAF=15;SAR=30;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518043;STB=0.520539;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0558413;OID=.;OPOS=101913843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:8:9:45:45:0.833333:30:15:4:4:30:15:4:5 chrX 101933644 . G T 187.33 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0173513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.701;QD=39.4368;RBI=0.0175984;REFB=-0.0597641;REVB=0.00293842;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912511;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00745763;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:16:17:0.894737:9:7:0:2:10:7:0:2 chrX 101972439 . A G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00909265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.148;QD=2.56861;RBI=0.00911986;REFB=-0.00328074;REVB=0.000703997;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514205;STB=0.538337;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0336444;OID=.;OPOS=101972439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:31:13:2:4:31:13 chrX 101973001 . G A 1140.61 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0182901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.161;QD=51.2634;RBI=0.0280217;REFB=-0.0436423;REVB=0.0212294;RO=9;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741775;STB=0.539316;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0029052;OID=.;OPOS=101973001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:89:89:9:9:80:80:0.898876:40:40:1:8:40:40:1:8 chrX 102006226 . G A 408.56 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0277234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0372;QD=45.395;RBI=0.0694681;REFB=0.0453476;REVB=-0.0636964;RO=5;SAF=23;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165756;STB=0.589682;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00387925;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:8:23:1:4:8:23:1:4 chrX 102192301 . C T 87.3 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00747218;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.749;QD=3.45738;RBI=0.0343211;REFB=-0.00546178;REVB=0.0334978;RO=85;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202786;STB=0.624697;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0191976;OID=.;OPOS=102192301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:102:101:85:85:16:16:0.158416:7:9:34:51:7:9:35:50 chrX 102192315 . G C 93.66 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00178734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.045;QD=3.34514;RBI=0.0222426;REFB=-0.00829971;REVB=-0.0221707;RO=94;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123541;STB=0.581764;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0231949;OID=.;OPOS=102192315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:94:94:18:18:0.160714:8:10:43:51:8:10:43:51 chrX 102192321 . A G 99.51 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00788343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.746;QD=3.46131;RBI=0.00807671;REFB=-0.00660278;REVB=-0.00175636;RO=96;SAF=11;SAR=8;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139186;STB=0.591518;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0183056;OID=.;OPOS=102192321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:19:19:0.165217:8:11:45:51:8:11:45:51 chrX 102192328 . A G 106.89 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00646159;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.219;QD=3.59306;RBI=0.0199643;REFB=-0.00840824;REVB=-0.0188898;RO=100;SAF=11;SAR=9;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138932;STB=0.58707;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0414416;OID=.;OPOS=102192328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:100:99:20:20:0.168067:9:11:44:56:9:11:44:55 chrX 102192330 . T C 112.44 PASS AF=0.173554;AO=20;DP=120;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0256131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.165;QD=3.71688;RBI=0.0322924;REFB=-0.0200109;REVB=-0.0196664;RO=99;SAF=11;SAR=9;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146036;STB=0.568901;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0584907;OID=.;OPOS=102192330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:99:100:20:21:0.173554:9:11:43:56:10:11:44:56 chrX 102471531 . G T 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00120398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.834;QD=60.9143;RBI=0.0034922;REFB=0.0587217;REVB=-0.0032781;RO=1;SAF=69;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027048;STB=0.514282;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000654727;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:17:69:0:1:17:69:0:1 chrX 102564583 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00545158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.791;QD=57.3933;RBI=0.00640046;REFB=-0.0452689;REVB=0.00335353;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=2.10472e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:16:21:0:0:16:21:0:1 chrX 102979486 . T C 712.65 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000505314;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.771;QD=63.347;RBI=0.0281811;REFB=0;REVB=0.0281766;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203337;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chrX 103042882 . T C 71.38 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0122303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.231;QD=2.91336;RBI=0.0146616;REFB=-0.00906091;REVB=-0.008086;RO=83;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217881;STB=0.510371;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.059239;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:83:84:14:14:0.142857:8:6:37:46:8:6:37:47 chrX 103046526 . TG T 614.85 PASS AF=1;AO=55;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519767;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9772;QD=40.3179;RBI=0.0876549;REFB=0;REVB=0.0705818;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.11331e-05;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:61:61:61:0:19:42:0:0:12:1:18:37:0:1 chrX 103267865 . C T 1233.56 PASS AF=0.877551;AO=86;DP=99;FAO=86;FDP=98;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0421649;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6943;QD=50.3495;RBI=0.0476151;REFB=-0.0221184;REVB=0.0221207;RO=12;SAF=44;SAR=42;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026846;STB=0.501424;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0025843;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:98:12:12:86:86:0.877551:42:44:6:6:42:44:6:6 chrX 103268333 . G A 348.57 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0261562;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.663;QD=44.9764;RBI=0.0264148;REFB=-0.00772298;REVB=0.00368733;RO=4;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225751;STB=0.512186;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00141161;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:31:4:4:27:27:0.870968:18:9:1:3:18:9:1:3 chrX 104464281 . TC T 212.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.5807;QD=47.2907;RBI=0.11007;REFB=0;REVB=0.0326692;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00860841;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:7:11:0:0:4:0:7:11:0:0 chrX 104992963 . T C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0152962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.9;QD=2.21222;RBI=0.0903378;REFB=-0.00103245;REVB=0.0890334;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357958;STB=0.749251;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00596644;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:46:49:6:6:0.109091:2:4:16:30:2:4:18:31 chrX 105153001 . A G 543.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.747;QD=57.1789;RBI=0.0328355;REFB=0.0122316;REVB=0.00402257;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=2.54884e-05;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chrX 105278361 . C A 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0110071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.494;QD=3.14449;RBI=0.0112033;REFB=0.00110424;REVB=-0.00208749;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094491;STB=0.569507;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0061055;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:66:67:12:12:0.151899:6:6:28:38:6:6:28:39 chrX 106313508 . G A 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0240369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5275;QD=2.45935;RBI=0.0745858;REFB=0.00289207;REVB=-0.0706065;RO=73;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143885;STB=0.608496;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.026916;OID=.;OPOS=106313508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:73:74:11:11:0.129412:7:4:35:38:7:4:36:38 chrX 106845421 . A T 103.77 PASS AF=0.129032;AO=24;DP=186;FAO=24;FDP=186;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=100;FWDB=-0.0621551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9686;QD=2.23157;RBI=0.0621645;REFB=-0.00426551;REVB=-0.00108006;RO=159;SAF=10;SAR=14;SRF=61;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433283;STB=0.530701;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0319228;OID=.;OPOS=106845421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:159:162:24:24:0.129032:14:10:61:98:14:10:62:100 chrX 106885637 . G A 71.67 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-3.86436e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.628;QD=2.95565;RBI=0.00361922;REFB=-0.00138034;REVB=0.00361901;RO=83;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398462;STB=0.527234;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00975912;OID=.;OPOS=106885637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:97:83:83:14:14:0.14433:8:6:33:50:8:6:33:50 chrX 107417730 . G A 48.69 PASS AF=0.0872093;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=96;FWDB=0.0195205;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.389;QD=1.1324;RBI=0.0198117;REFB=-0.000748361;REVB=-0.00338474;RO=145;SAF=4;SAR=11;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139882;STB=0.625369;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00985119;OID=.;OPOS=107417730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:174:172:145:157:15:15:0.0872093:11:4:54:91:11:4:61:96 chrX 107418906 . A G 2154.46 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0125837;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.677;QD=59.8462;RBI=0.0286364;REFB=-0.0433563;REVB=0.0257234;RO=3;SAF=61;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041534;STB=0.505252;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000416478;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:144:3:4:140:140:0.972222:79:61:1:2:79:61:1:3 chrX 107433688 . A G 2154.41 PASS AF=0.921687;AO=148;DP=162;FAO=153;FDP=166;FR=.;FRO=13;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.058969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.963;QD=51.9134;RBI=0.0598309;REFB=-0.0113928;REVB=0.010119;RO=14;SAF=67;SAR=81;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313242;STB=0.511362;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000721461;OID=.;OPOS=107433688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:162:166:14:13:148:153:0.921687:81:67:9:5:81:72:8:5 chrX 107437848 . G C 574.94 PASS AF=0.786885;AO=48;DP=61;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00401782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.486;QD=37.7009;RBI=0.0146073;REFB=-0.016845;REVB=0.0140439;RO=12;SAF=26;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156106;STB=0.500687;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499326;OID=.;OPOS=107437848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:12:13:48:48:0.786885:22:26:6:6:22:26:7:6 chrX 107976103 . C T 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0867169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4343;QD=46.319;RBI=0.0901122;REFB=-0.0109675;REVB=-0.0245028;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0027803;OID=.;OPOS=107976103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:0:2:13:10:0:2 chrX 107976940 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4112;QD=60.2042;RBI=0.0324661;REFB=0;REVB=-0.00646502;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315372;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chrX 107979512 . C T 1157.74 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.451;QD=59.3714;RBI=0.065211;REFB=-0.143328;REVB=0.0565116;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00101767;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:1:0:38:39:1:0 chrX 107979515 . C T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0362299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.458;QD=1.76269;RBI=0.0374167;REFB=-0.0031608;REVB=-0.00934889;RO=68;SAF=6;SAR=2;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311801;STB=0.739653;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0321972;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:68:70:8:8:0.102564:2:6:33:35:2:6:34:36 chrX 108297375 . T C 7369.78 PASS AF=0.989474;AO=469;DP=477;FAO=470;FDP=475;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=364;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00381817;FXX=0.00627602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.494;QD=62.0613;RBI=0.0185578;REFB=-0.0174861;REVB=-0.0181608;RO=5;SAF=106;SAR=363;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004992;STB=0.502621;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=3.84387e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:477:475:5:5:469:470:0.989474:363:106:2:3:364:106:2:3 chrX 108297445 . A G 10454.5 PASS AF=1;AO=659;DP=665;FAO=664;FDP=664;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=456;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497986;FXX=0.00895509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.146;QD=62.979;RBI=0.0113963;REFB=0.0127484;REVB=-0.0102507;RO=4;SAF=208;SAR=451;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000875673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76798e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:665:664:4:0:659:664:1:451:208:1:3:456:208:0:0 chrX 108297500 . G C 7798.58 PASS AF=0.986301;AO=500;DP=510;FAO=504;FDP=511;FR=.;FRO=7;FSAF=162;FSAR=342;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0197082;FXX=0.00195309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.087;QD=61.0456;RBI=0.0210187;REFB=-0.030598;REVB=0.00730548;RO=7;SAF=162;SAR=338;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115225;STB=0.500561;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000473671;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:510:511:7:7:500:504:0.986301:338:162:2:5:342:162:2:5 chrX 108297570 . C CG 669.65 PASS AF=1;AO=20;DP=199;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555459;FXX=0.432804;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1516;QD=35.245;RBI=0.299477;REFB=0;REVB=-0.29428;RO=178;SAF=0;SAR=20;SRF=69;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0210495;OID=.;OPOS=108297571;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:199:76:76:0:3:73:0:0:14:178:0:20:69:109 chrX 108297573 . A G 2110.04 PASS AF=0.992701;AO=129;DP=131;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.623;QD=61.6071;RBI=0.0184755;REFB=-0.0516046;REVB=0.0139527;RO=1;SAF=47;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057608;STB=0.502824;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000734078;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:137:1:1:129:136:0.992701:82:47:0:1:88:48:0:1 chrX 108297602 . T C 1488.29 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00306617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.628;QD=58.3644;RBI=0.0155894;REFB=0.0526368;REVB=-0.0152849;RO=1;SAF=32;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692608;STB=0.503596;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000420455;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:68:32:0:1:69:32:0:1 chrX 108297641 . G A 1652.84 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0581537;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.034;QD=57.9945;RBI=0.075222;REFB=-0.0478045;REVB=0.0477126;RO=1;SAF=30;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582595;STB=0.504869;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000727426;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:1:2:111:112:0.982456:81:30:0:1:81:31:1:1 chrX 108297699 . T C,G 1105.93 PASS AF=0.948052,0.038961;AO=70,3;DP=74;FAO=73,3;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=51,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177773,0.0375782;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.404,114.629;QD=57.4507;RBI=0.0213377,0.0394462;REFB=0.0067203,0.144589;REVB=0.0118011,0.0119948;RO=1;SAF=21,0;SAR=49,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00955282,0;STB=0.504853,0.5;STBP=0.585,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00172037,0.0465963;OID=.,.;OPOS=108297699,108297699;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:74:77:1:1:70,3:73,3:0.948052,0.038961:49,3:21,0:0:1:51,3:22,0:0:1 chrX 108297702 . A C,G 940.3 PASS AF=0.0447761,0.940299;AO=3,63;DP=67;FAO=3,63;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22;FSAR=3,41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254851,0.0193765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.277,223.479;QD=56.137;RBI=0.0256308,0.0206237;REFB=-0.0165966,-0.0248097;REVB=0.00272852,0.00706339;RO=1;SAF=0,22;SAR=3,41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0113801;STB=0.5,0.506022;STBP=1,0.524;TYPE=snp,snp;VARB=0.0124345,8.26379e-05;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:67:67:1:1:3,63:3,63:0.0447761,0.940299:3,41:0,22:0:1:3,41:0,22:0:1 chrX 108297713 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.863;QD=50.4135;RBI=0.04147;REFB=0;REVB=-0.000872251;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132421;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chrX 108647653 . C G 919.84 PASS AF=0.860759;AO=68;DP=81;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0148729;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7815;QD=46.5742;RBI=0.0202821;REFB=0.00158514;REVB=0.0137898;RO=11;SAF=28;SAR=40;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358374;STB=0.519078;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.000299642;OID=.;OPOS=108647653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:81:79:11:11:68:68:0.860759:40:28:6:5:40:28:6:5 chrX 108696981 . C A 503.7 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0330573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.929;QD=40.296;RBI=0.0336067;REFB=-0.00128354;REVB=0.00605199;RO=12;SAF=18;SAR=20;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13811;STB=0.57443;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000786168;OID=.;OPOS=108696981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:20:18:2:10:20:18:2:10 chrX 108708516 . C T 1155.93 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.827;QD=59.2783;RBI=0.0143586;REFB=-0.11552;REVB=-0.00785659;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00145849;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:44:32:1:0:44:33:1:0 chrX 108885841 . TAA TA,T,TAT 991.69 PASS AF=0,0.918367,0.0612245;AO=15,27,6;DP=102;FAO=0,90,6;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=0,55,0;FSAR=0,35,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=1.88534,0.952036,0.209353;FXX=0.0392118;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=7.67939,15.5314,114.474;QD=40.4772;RBI=1.88559,0.952158,0.217495;REFB=0.0572118,0.0444797,0.0314891;REVB=0.0305896,0.0152226,-0.0589526;RO=44;SAF=10,0,0;SAR=5,27,6;SRF=42;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.378906,0.378906,0;SSSB=-0.509405,-0.891247,-0.859294;STB=0.5,0.513886,0.5;STBP=1,0.13,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0203674,0.147635;OID=.,.,.;OPOS=108885842,108885842,108885843;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.918367,0.0612245:15,27,6:102:0,90,6:98:2:0,55,0:0,35,6:0:2:20:44:10,0,0:5,27,6:42:2 chrX 111698036 . T C 1144.67 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00175293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5588;QD=57.9578;RBI=0.0331637;REFB=-0.00019658;REVB=0.0331173;RO=2;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349053;STB=0.501845;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000296343;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:33:44:1:1:33:44:1:1 chrX 111698613 . T C 657.4 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00810627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.693;QD=50.5688;RBI=0.0213131;REFB=-0.0489225;REVB=0.0197114;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537235;STB=0.513961;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00327541;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:21:28:1:1:21:28:1:2 chrX 111699028 . T C 546.85 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00263565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.238;QD=53.3516;RBI=0.00385326;REFB=0.00660753;REVB=0.00281086;RO=3;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192739;STB=0.510304;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.000761846;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:20:18:1:2:20:18:1:2 chrX 111700104 . GC TT 361.24 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00576971;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.887;QD=42.4988;RBI=0.0635866;REFB=-0.0165506;REVB=0.0633243;RO=5;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597113;STB=0.503224;STBP=0.965;TYPE=mnp;VARB=0.0135463;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:35:34:5:5:29:29:0.852941:18:11:2:3:18:11:2:3 chrX 113193211 . A T 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00577269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.67;QD=51.4332;RBI=0.0162266;REFB=-0.0384546;REVB=0.015165;RO=4;SAF=26;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373122;STB=0.519989;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00330355;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:12:26:2:2:12:26:2:2 chrX 113219823 . C T 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-4.57216e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.23;QD=41.8377;RBI=0.00223664;REFB=0.0159335;REVB=-0.00223618;RO=5;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704132;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00283027;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:11:15:3:2:11:15:3:2 chrX 114425196 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0521298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9176;QD=19.1341;RBI=0.0524587;REFB=-0.0150603;REVB=0.00586507;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.013478;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chrX 114425400 . G A 221.44 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.197403;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.288;QD=40.2625;RBI=0.199367;REFB=-0.0360321;REVB=0.0279154;RO=4;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383221;STB=0.542668;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0128281;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:4:3:18:19:0.863636:7:11:2:2:7:12:1:2 chrX 114426171 . C T 152.42 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.134;QD=40.6448;RBI=0.0601431;REFB=-0.307625;REVB=0.0399009;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0127874;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:0:1:6:8:0:1 chrX 114426765 . C T 39.17 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00352375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.983;QD=2.95596;RBI=0.0138837;REFB=0.00214882;REVB=0.0134291;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320014;STB=0.738332;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0211887;OID=.;OPOS=114426765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:53:45:46:7:7:0.132075:6:1:16:29:6:1:16:30 chrX 114426917 . C T 297.85 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.070127;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.289;QD=47.6556;RBI=0.0703228;REFB=-0.0478516;REVB=0.00524377;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167852;STB=0.509083;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00820266;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:1:1:14:9:1:1 chrX 114541027 . A G 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0238742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.009;QD=3.63698;RBI=0.0257473;REFB=-0.0107296;REVB=0.00964093;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456494;STB=0.826584;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0525983;OID=.;OPOS=114541027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:6:1:19:19:6:1:19:19 chrX 115304824 . G T 623.12 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00671294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.788;QD=45.3176;RBI=0.0299306;REFB=-0.030022;REVB=0.029168;RO=6;SAF=26;SAR=23;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970245;STB=0.551703;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00197758;OID=.;OPOS=115304824;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:23:26:6:0:23:26:6:0 chrX 115304830 . A G 769.75 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.179;QD=57.0187;RBI=0.0302464;REFB=0;REVB=0.0185739;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36198e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chrX 115305126 . A C 666.97 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361741;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.75;QD=57.9973;RBI=0.0368196;REFB=-0.12547;REVB=-0.00686455;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.526678;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000324017;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:44:44:0.956522:37:7:0:0:37:7:1:1 chrX 115590299 . C G 903.53 PASS AF=0.839506;AO=67;DP=81;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0112539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7515;QD=44.6187;RBI=0.0126053;REFB=-0.0418537;REVB=-0.00567831;RO=13;SAF=41;SAR=26;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476825;STB=0.523463;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00803126;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:13:13:67:68:0.839506:26:41:6:7:27:41:6:7 chrX 117700141 . A G 88.71 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.118402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4771;QD=7.09694;RBI=0.122564;REFB=-0.0127611;REVB=-0.0316677;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367859;STB=0.717605;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0545534;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:37:38:12:12:0.24:4:8:13:24:4:8:14:24 chrX 117904433 . T C 40.8 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0504772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.733;QD=3.47236;RBI=0.0737652;REFB=-0.00730631;REVB=-0.0537899;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.622413;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0453551;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:23:17:4:3:23:17 chrX 118108785 . T C 38.46 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.0319522;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.364;QD=1.2208;RBI=0.0460407;REFB=-0.00270783;REVB=-0.0331482;RO=114;SAF=6;SAR=5;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184352;STB=0.505803;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0284727;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:114:115:11:11:0.0873016:5:6:62:52:5:6:62:53 chrX 118281538 . C A 964.65 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7056;QD=55.9218;RBI=0.0521747;REFB=-0.0187668;REVB=0.0454147;RO=2;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254515;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00306804;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:36:30:1:1:37:30:1:1 chrX 118284520 . C A 3246.66 PASS AF=0.873134;AO=233;DP=268;FAO=234;FDP=268;FR=.;FRO=34;FSAF=92;FSAR=142;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0201575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3298;QD=48.4577;RBI=0.0201586;REFB=-0.109918;REVB=-0.000214446;RO=34;SAF=92;SAR=141;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558543;STB=0.529163;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0130632;OID=.;OPOS=118284520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:34:34:233:234:0.873134:141:92:6:28:142:92:6:28 chrX 118587003 . C T 725.7 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032598;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.891;QD=54.7699;RBI=0.0326864;REFB=-0.131464;REVB=-0.00240232;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000295003;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:52:52:0.981132:32:20:0:0:32:20:1:0 chrX 118587321 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5461;QD=58.5786;RBI=0.109571;REFB=0;REVB=0.0722555;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028058;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chrX 118603668 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0648995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.065;QD=2.91618;RBI=0.0753228;REFB=0.00428684;REVB=-0.0382307;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960816;STB=0.571184;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0246704;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:16:23:4:2:16:23 chrX 118603713 . T C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0229431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2825;QD=4.72347;RBI=0.029122;REFB=0.0135673;REVB=0.0179362;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175684;STB=0.511605;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0594934;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:6:4:17:27:6:4:17:27 chrX 118603729 . G A 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0265527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.789;QD=4.23815;RBI=0.0303853;REFB=-0.0050898;REVB=0.0147722;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395669;STB=0.514677;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0237607;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:46:47:10:10:0.175439:6:4:17:29:6:4:18:29 chrX 118603742 . A C 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0533599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.722;QD=4.81363;RBI=0.0548769;REFB=-0.00436504;REVB=-0.0128139;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136373;STB=0.588082;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0532713;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:6:5:16:30:6:5:16:30 chrX 118603747 . A T 53.65 PASS AF=0.175439;AO=7;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0573896;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.888;QD=3.76456;RBI=0.057659;REFB=-0.00414718;REVB=0.00556755;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315667;STB=0.533268;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0393432;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:57:48:47:7:10:0.175439:6:1:17:31:6:4:17:30 chrX 118603773 . T C 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.024616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.27;QD=4.11609;RBI=0.0247579;REFB=-0.00377449;REVB=-0.00264676;RO=51;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290577;STB=0.519253;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0379714;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:6:5:22:29:6:5:22:29 chrX 118603818 . T G 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00716163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.133;QD=2.72369;RBI=0.00747712;REFB=-0.00139269;REVB=-0.00214904;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639348;STB=0.574298;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00800429;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:55:58:9:9:0.134328:6:3:21:34:6:3:24:34 chrX 118603830 . A G 47.26 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0214885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9355;QD=2.95385;RBI=0.0226437;REFB=-0.0100767;REVB=0.00714001;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639348;STB=0.545351;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0632472;OID=.;OPOS=118603830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:6:3:21:34:6:3:21:34 chrX 118603844 . T G 776.62 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00293701;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.885;QD=50.9261;RBI=0.0116868;REFB=0.00140216;REVB=-0.0113118;RO=4;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123353;STB=0.506553;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.000228646;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:62:61:4:4:57:57:0.934426:34:23:2:2:34:23:2:2 chrX 118604436 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242761;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.615;QD=63.3751;RBI=0.0246065;REFB=0;REVB=0.00401888;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70328e-05;OID=.;OPOS=118604436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chrX 118678364 . G A,C 1135.75 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=70,4;DP=75;FAO=74,2;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609552,0.000276432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=273.235,235.938;QD=59.7762;RBI=0.0134632,0.0106157;REFB=0,0;REVB=0.0120042,0.0106121;RO=0;SAF=35,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000862163,-0.0195417;OID=.,.;OPOS=118678364,118678364;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:75:76:0:0:70,4:74,2:0.973684,0.0263158:35,2:35,2:0:0:38,1:36,1:0:0 chrX 118699320 . A G 1689.46 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607683;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3689;QD=60.3377;RBI=0.00621421;REFB=0;REVB=-0.00129942;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188522;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:50:61:0:0:51:61:0:0 chrX 118829479 . G A 68.97 PASS AF=0.0867925;AO=23;DP=264;FAO=23;FDP=265;FR=.;FRO=242;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=134;FWDB=1.94985e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.418;QD=1.04111;RBI=0.00837759;REFB=-0.000412395;REVB=-0.00837757;RO=240;SAF=9;SAR=14;SRF=107;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653834;STB=0.55147;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00468639;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:264:265:240:242:23:23:0.0867925:14:9:107:133:14:9:108:134 chrX 118893413 . T C 821.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588062;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.555;QD=57.6553;RBI=0.0590309;REFB=0;REVB=0.00514513;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017072;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chrX 119005705 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.406;QD=57.2026;RBI=0.0519836;REFB=0;REVB=-0.0306574;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47549e-05;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chrX 119387833 . C CTGA 355.3 PASS AF=0.848485;AO=25;DP=35;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00916867;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.866;QD=43.0662;RBI=0.0219268;REFB=-0.0279195;REVB=0.0199179;RO=9;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902308;STB=0.540453;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.00384636;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485:25:35:28:33:5:13:15:1:4:27:9:13:12:3:6 chrX 119389966 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.213;QD=55.6542;RBI=0.0742429;REFB=0;REVB=0.0238288;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336265;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 119390465 . A G 409.17 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.103;QD=56.4371;RBI=0.0886261;REFB=0;REVB=0.0101178;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243941;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:12:12:0:0:13:16:0:0 chrX 119391880 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000780636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.117;QD=54.5171;RBI=0.0393222;REFB=0;REVB=0.0393144;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609526;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chrX 119513629 . A C 1271.93 PASS AF=0.87963;AO=93;DP=106;FAO=95;FDP=108;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0179609;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8016;QD=47.1086;RBI=0.0265198;REFB=-0.00692519;REVB=0.0195116;RO=13;SAF=46;SAR=47;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279248;STB=0.514517;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00140361;OID=.;OPOS=119513629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:106:108:13:13:93:95:0.87963:47:46:8:5:48:47:8:5 chrX 119562432 . T C 437.77 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0223422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.834;QD=38.9128;RBI=0.0242035;REFB=-0.0416603;REVB=-0.00930782;RO=11;SAF=7;SAR=27;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247777;STB=0.635206;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0189639;OID=.;OPOS=119562432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:27:7:7:4:27:7:7:4 chrX 119676806 . C T 617.57 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363404;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3472;QD=61.7573;RBI=0.0815836;REFB=0;REVB=-0.0730429;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143796;OID=.;OPOS=119676806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chrX 120008979 . TG CG,T 232.97 PASS AF=0.137255,0.705882;AO=5,24;DP=49;FAO=7,36;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=6,30;FSAR=1,6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0219805,0.203821;FXX=0.0192271;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=182.58,8.58416;QD=18.2724;RBI=0.0867445,0.204167;REFB=-0.0330047,-0.212462;REVB=-0.0839134,-0.0118761;RO=17;SAF=4,20;SAR=1,4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14443,0.150594;STB=0.799039,0.624922;STBP=0.063,0.012;TYPE=snp,del;VARB=0.0207103,0.151907;OID=.,.;OPOS=120008979,120008980;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:49:51:17:8:5,24:7,36:0.137255,0.705882:1,4:4,20:12:5:1,6:6,30:3:5 chrX 122318386 . A AG 1263.45 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356585;FXX=0.0120467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=258.621;QD=61.6316;RBI=0.0360095;REFB=0;REVB=0.0050158;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.97588e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:83:82:82:0:42:40:0:0:7:0:41:40:0:0 chrX 122336600 . T TG 889.86 PASS AF=1;AO=82;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6728;QD=39.5492;RBI=0.156714;REFB=0;REVB=0.0370728;RO=8;SAF=25;SAR=57;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00110531;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:93:90:90:0:27:63:0:0:17:8:25:57:1:7 chrX 122338337 . A G 55.05 PASS AF=0.118812;AO=11;DP=100;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00505639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.807;QD=2.18003;RBI=0.0298029;REFB=-0.00482916;REVB=-0.0293708;RO=89;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328729;STB=0.688004;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0426734;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:101:89:89:11:12:0.118812:8:3:49:40:8:4:49:40 chrX 125298690 . G A 67.26 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0391677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.545;QD=3.12844;RBI=0.040967;REFB=-0.00882187;REVB=0.0120077;RO=73;SAF=4;SAR=9;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297346;STB=0.70182;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0775644;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:73:73:13:13:0.151163:9:4:40:33:9:4:40:33 chrX 125299188 . T G 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00844804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.773;QD=4.77042;RBI=0.0397565;REFB=0.000912762;REVB=-0.0388485;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136787;STB=0.524549;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00566261;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:45:49:12:12:0.196721:6:6:22:23:6:6:26:23 chrX 125299467 . G T 72.93 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0120166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2165;QD=3.13674;RBI=0.0500402;REFB=0.00327824;REVB=0.048576;RO=79;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953875;STB=0.565122;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0197091;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:79:79:14:14:0.150538:9:5:34:45:9:5:34:45 chrX 125954900 . C T 598.96 PASS AF=0.877551;AO=41;DP=48;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00808934;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.565;QD=48.8948;RBI=0.00828645;REFB=0.0128906;REVB=0.00179661;RO=6;SAF=21;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425996;STB=0.524703;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00168043;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:49:6:6:41:43:0.877551:20:21:2:4:20:23:2:4 chrX 125955199 . T C 703.23 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=66;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00195923;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.368;QD=43.2759;RBI=0.00761467;REFB=-0.0223667;REVB=0.00735831;RO=10;SAF=26;SAR=29;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210368;STB=0.511232;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00642048;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:65:10:10:55:55:0.846154:29:26:4:6:29:26:4:6 chrX 125955428 . G A 74.42 PASS AF=0.111765;AO=19;DP=170;FAO=19;FDP=170;FR=.;FRO=151;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=91;FSRR=60;FWDB=-0.0288448;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.845;QD=1.75109;RBI=0.064462;REFB=-0.00516733;REVB=0.0576484;RO=148;SAF=9;SAR=10;SRF=88;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148878;STB=0.613382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0448699;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:170:170:148:151:19:19:0.111765:10:9:88:60:10:9:91:60 chrX 128780872 . ACCCC ACCC,ACCCT,CACCC,CCCCC 35.93 PASS AF=0.127273,0.0363636,0,0.0363636;AO=9,2,2,2;DP=55;FAO=7,2,0,2;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3,2,0,2;FSAR=4,0,0,0;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.0310393,-0.0246072,-0.0301818,-0.00357965;FXX=0;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=15.5004,199.163,33.4534,235.284;QD=2.61286;RBI=0.0686367,0.0339807,0.0303132,0.0183134;REFB=-0.00317833,-0.00350593,-0.00646226,0.000151766;REVB=-0.0612172,-0.0234345,-0.00282014,-0.0179601;RO=36;SAF=3,2,0,2;SAR=6,0,2,0;SRF=7;SRR=29;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.21513,0.626604,-0.327593,0.626604;STB=0.73122,0.997831,0.5,0.997831;STBP=0.315,0.008,1,0.008;TYPE=del,snp,mnp,snp;VARB=0.0886944,0.00767834,0,0.140067;OID=.,.,.,.;OPOS=128780873,128780876,128780872,128780872;OREF=C,C,AC,A;OALT=-,T,CA,C;OMAPALT=ACCC,ACCCT,CACCC,CCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:55:36:44:9,2,2,2:7,2,0,2:0.127273,0.0363636,0,0.0363636:6,0,2,0:3,2,0,2:7:29:4,0,0,0:3,2,0,2:8:36 chrX 128880614 . T C 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0043574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.576;QD=2.82986;RBI=0.0139;REFB=-0.00185764;REVB=-0.0131993;RO=86;SAF=3;SAR=11;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413284;STB=0.785306;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.01019;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:11:3:47:39:11:3:47:39 chrX 129147079 . T C 575.46 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8093;QD=57.5463;RBI=0.059891;REFB=-0.0311023;REVB=0.0403055;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00570954;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:21:17:0:1:21:18:0:1 chrX 129200301 . C G 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0297156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.664;QD=49.4973;RBI=0.0379151;REFB=-0.0415696;REVB=0.0235486;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797785;STB=0.54283;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00318782;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:15:16:3:0:15:16:3:0 chrX 129283520 . A G 635.08 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0166822;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.026;QD=48.8522;RBI=0.0188749;REFB=-0.0668093;REVB=-0.00882996;RO=4;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276016;STB=0.5147;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00254275;OID=.;OPOS=129283520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:54:52:4:4:48:48:0.923077:27:21:1:3:27:21:1:3 chrX 129338766 . G A 766.6 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=69;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00331229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.828;QD=44.4403;RBI=0.0271104;REFB=-0.113744;REVB=-0.0269073;RO=10;SAF=26;SAR=33;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389758;STB=0.520774;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00837374;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:10:10:59:59:0.855072:33:26:3:7:33:26:3:7 chrX 129349295 . T G 524.38 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00563973;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.232;QD=40.3365;RBI=0.00651646;REFB=-0.0127049;REVB=-0.00326461;RO=9;SAF=12;SAR=31;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215053;STB=0.511546;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0014001;OID=.;OPOS=129349295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:54:52:9:9:43:43:0.826923:31:12:3:6:31:12:3:6 chrX 129394432 . A G 81.32 PASS AF=0.094697;AO=25;DP=264;FAO=25;FDP=264;FR=.;FRO=239;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=108;FSRR=131;FWDB=-0.0111354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.499;QD=1.23218;RBI=0.0140732;REFB=-0.00130493;REVB=0.00860559;RO=239;SAF=12;SAR=13;SRF=108;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338277;STB=0.525527;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.017774;OID=.;OPOS=129394432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:264:264:239:239:25:25:0.094697:13:12:108:131:13:12:108:131 chrX 129519462 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0213447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.956;QD=4.65902;RBI=0.0376536;REFB=-0.00447727;REVB=0.0310193;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356191;STB=0.534797;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0219542;OID=.;OPOS=129519462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:4:4:18:16:4:4:19:16 chrX 130223137 . G A 867.06 PASS AF=0.878378;AO=63;DP=72;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0139501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.44;QD=46.8679;RBI=0.0149187;REFB=-0.0190947;REVB=0.00528796;RO=9;SAF=41;SAR=22;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410563;STB=0.500696;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00306508;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:74:9:9:63:65:0.878378:22:41:6:3:22:43:6:3 chrX 130408745 . G A 88.78 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0147129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2598;QD=3.66103;RBI=0.0656797;REFB=0.00107271;REVB=0.0640106;RO=80;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630752;STB=0.546334;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00402995;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:80:81:16:16:0.164948:8:8:44:36:8:8:45:36 chrX 130415818 . T C 51.3 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0318508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.778;QD=2.93164;RBI=0.032394;REFB=-0.00931608;REVB=0.00590742;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863635;STB=0.5;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.030807;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:70:59:60:10:10:0.142857:4:6:35:24:4:6:36:24 chrX 130416958 . C T 1543.86 PASS AF=0.916667;AO=104;DP=114;FAO=110;FDP=120;FR=.;FRO=10;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.109763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7472;QD=51.4619;RBI=0.119849;REFB=-0.0336192;REVB=0.0481217;RO=10;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984499;STB=0.552074;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00282688;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:114:120:10:10:104:110:0.916667:43:61:0:10:43:67:0:10 chrX 130420006 . T C 1580.85 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.406;QD=63.8726;RBI=0.0246983;REFB=0;REVB=0.00944624;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025105;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:49:50:0:0 chrX 130420415 . T C 403.25 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00916723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.807;QD=48.8793;RBI=0.0715367;REFB=-0.0146007;REVB=0.0709469;RO=3;SAF=10;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618719;STB=0.533311;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0016247;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:3:3:30:30:0.909091:20:10:2:1:20:10:2:1 chrX 132161673 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6295;QD=60.9765;RBI=0.0293316;REFB=0;REVB=0.0177519;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33488e-05;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 132438872 . C A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0104033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6274;QD=5.53915;RBI=0.0406449;REFB=-0.0118985;REVB=-0.039291;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449791;STB=0.825855;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0409394;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:29:29:7:8:0.216216:6:1:14:15:7:1:14:15 chrX 133379551 . C T 1026.8 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.695;QD=59.5245;RBI=0.0146601;REFB=0;REVB=-0.0031239;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75913e-06;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:34:35:0:0 chrX 133380034 . AGT A 106.75 PASS AF=0.313725;AO=12;DP=61;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.169624;FXX=0.163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.9988;QD=8.37279;RBI=0.197571;REFB=-0.117766;REVB=-0.1013;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115742;STB=0.615618;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.229212;OID=.;OPOS=133380035;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725:12:61:16:51:35:6:10:19:16:99:23:5:7:12:11 chrX 133904207 . C G 53.05 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0490985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.793;QD=2.02105;RBI=0.0492208;REFB=-0.0033772;REVB=0.00346756;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145544;STB=0.606124;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.01858;OID=.;OPOS=133904207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:7:5:50:43:7:5:50:43 chrX 134807790 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.078;QD=42.1801;RBI=0.0262744;REFB=0;REVB=0.0194595;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083546;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 134807815 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000924219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.556;QD=46.8476;RBI=0.0355991;REFB=0;REVB=0.0355871;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107768;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chrX 134948034 . A G 674.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029123;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.992;QD=62.7399;RBI=0.0298687;REFB=0;REVB=0.00663261;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395219;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chrX 135307049 . G A 233.69 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0901902;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0628;QD=46.7372;RBI=0.0993922;REFB=0.012011;REVB=-0.0417676;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460898;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.02729;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:2:1:19:19:0.95:9:10:1:1:9:10:0:1 chrX 135310785 . T C 1932.91 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.653;QD=61.8531;RBI=0.0163738;REFB=0;REVB=0.0154593;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81896e-06;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chrX 135313034 . T G 1079.57 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00143915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.134;QD=53.9787;RBI=0.00188195;REFB=-0.149769;REVB=0.00121267;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.504186;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00119249;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:0:5:75:75:0.9375:35:40:0:0:35:40:3:2 chrX 135496398 . G A 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0313223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.474;QD=1.83842;RBI=0.0775236;REFB=-0.00113257;REVB=-0.0709142;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153842;STB=0.615156;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00550775;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:4:6:39:44:4:6:39:44 chrX 135961585 . ATGTT A,ATTT,ATTTT 281.41 PASS AF=1,0,0;AO=8,8,7;DP=32;FAO=23,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812392,-0.0866954,-0.0870922;FXX=0.0416493;HRUN=1,1,1;LEN=4,1,1;MLLD=174.826,169.665,167.653;QD=48.9402;RBI=0.25764,0.541482,0.526126;REFB=0,0,0;REVB=-0.244496,0.534497,0.518867;RO=0;SAF=2,8,3;SAR=6,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00140955,-0.0679514,0;OID=.,.,.;OPOS=135961586,135961587,135961587;OREF=TGTT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,ATTT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:8,8,7:32:23,0,0:23:0:14,0,0:9,0,0:0:0:3:0:2,8,3:6,0,4:0:0 chrX 136113464 . C A 1582.38 PASS AF=0.858209;AO=115;DP=134;FAO=115;FDP=134;FR=.;FRO=19;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0107953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.014;QD=47.2351;RBI=0.0109988;REFB=0.00640116;REVB=0.0021055;RO=19;SAF=63;SAR=52;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019975;STB=0.510586;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0013699;OID=.;OPOS=136113464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:134:134:19:19:115:115:0.858209:52:63:9:10:52:63:9:10 chrX 138067202 . A G 1231.29 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1259;QD=60.0627;RBI=0.0179318;REFB=-0.0345303;REVB=-0.00464965;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137227;STB=0.507245;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00294972;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:34:47:0:1:34:47:0:1 chrX 138678744 . G A 1095.06 PASS AF=0.876404;AO=78;DP=90;FAO=78;FDP=89;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0497763;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.437;QD=49.2163;RBI=0.0502439;REFB=-0.0538173;REVB=0.00683899;RO=11;SAF=45;SAR=33;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504014;STB=0.526771;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00667815;OID=.;OPOS=138678744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:90:89:11:11:78:78:0.876404:33:45:4:7:33:45:4:7 chrX 138774209 . C T 1511.68 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.857;QD=59.8687;RBI=0.0105232;REFB=0;REVB=0.0104219;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54074e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:36:63:0:0:36:65:0:0 chrX 138811003 . G A 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2488;QD=59.5005;RBI=0.0820826;REFB=0;REVB=0.0736835;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277061;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chrX 138869368 . T C 117.31 PASS AF=0.197917;AO=19;DP=96;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00651567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.622;QD=4.88791;RBI=0.0186688;REFB=-0.0184127;REVB=0.0174949;RO=75;SAF=16;SAR=3;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461557;STB=0.805409;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0450106;OID=.;OPOS=138869368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:77:19:19:0.197917:3:16:38:37:3:16:38:39 chrX 138897130 . A C 1135.34 PASS AF=1;AO=65;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7485;QD=60.5513;RBI=0.100972;REFB=0;REVB=0.0113716;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838664;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:65:75:1:39:26:0:0:40:35:0:0 chrX 138967742 . T G 115.43 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00331832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.855;QD=5.84428;RBI=0.0144929;REFB=-0.00500886;REVB=-0.0141079;RO=61;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305257;STB=0.518966;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0160109;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:9:9:29:32:9:9:29:32 chrX 139038443 . G A 952.51 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.039;QD=58.6161;RBI=0.0574859;REFB=0;REVB=0.0516043;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179504;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:29:36:0:0 chrX 139099828 . T A 347.22 PASS AF=1;AO=15;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0734;QD=53.419;RBI=0.023678;REFB=0;REVB=-0.0199918;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182125;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:15:26:1:6:9:0:0:11:15:0:0 chrX 139099848 . T A 82.27 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0761491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7136;QD=19.357;RBI=0.0801446;REFB=-0.018204;REVB=-0.0249897;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00574239;OID=.;OPOS=139099848;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chrX 140008385 . G T 2664.34 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0528283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.562;QD=60.8991;RBI=0.0533799;REFB=0.011088;REVB=0.00765419;RO=2;SAF=78;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107912;STB=0.500567;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-9.15537e-05;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:2:2:173:173:0.988571:95:78:1:1:95:78:1:1 chrX 140270418 . T C 208.33 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0135768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.351;QD=41.6654;RBI=0.0529074;REFB=0.0233663;REVB=0.0511357;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00138648;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:1:1:8:10:1:1 chrX 140271268 . G C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3561;QD=28.5374;RBI=0.0400853;REFB=-0.057332;REVB=0.0352454;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0168584;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chrX 140714231 . A G 366.57 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00403843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.194;QD=40.7301;RBI=0.0276446;REFB=-0.0327118;REVB=0.027348;RO=7;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715463;STB=0.503873;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.011568;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:13:16:4:3:13:16:4:3 chrX 140714251 . A G 280.96 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00244196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9409;QD=35.1197;RBI=0.026372;REFB=0.0369968;REVB=0.0262587;RO=7;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0251008;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:7:8:24:24:0.75:9:15:4:3:9:15:5:3 chrX 140967121 . A T 955.01 PASS AF=0.793478;AO=71;DP=92;FAO=73;FDP=92;FR=.;FRO=19;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0914145;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9711;QD=41.522;RBI=0.0915018;REFB=-0.0375977;REVB=-0.00399479;RO=18;SAF=44;SAR=27;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904782;STB=0.541822;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0158469;OID=.;OPOS=140967121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:18:19:71:73:0.793478:27:44:7:11:28:45:8:11 chrX 140967165 . T C 558.7 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0176077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7271;QD=34.3813;RBI=0.054605;REFB=-0.0524824;REVB=-0.0516882;RO=16;SAF=25;SAR=23;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386752;STB=0.513144;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0121761;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:16:17:48:48:0.738462:23:25:7:9:23:25:8:9 chrX 140967195 . T A 462.08 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00661286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.401;QD=47.3931;RBI=0.00662297;REFB=-0.0397251;REVB=-0.000365824;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650502;STB=0.534934;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00376039;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:1:4:18:16:1:4 chrX 140983064 . G A 2681.38 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136059;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9388;QD=62.3577;RBI=0.148423;REFB=0;REVB=0.059307;RO=0;SAF=92;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515423;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:80:92:0:0:80:92:0:0 chrX 140983127 . G A 4707.9 PASS AF=1;AO=293;DP=295;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024639;FXX=0.00671118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.51;QD=63.6203;RBI=0.00553025;REFB=-0.0646604;REVB=0.00495105;RO=1;SAF=153;SAR=140;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14851e-05;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:295:296:1:0:293:296:1:140:153:1:0:140:156:0:0 chrX 140993947 . T C 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0807886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.307;QD=3.80255;RBI=0.0810433;REFB=-0.0134104;REVB=-0.00642107;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231646;STB=0.650265;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.10775;OID=.;OPOS=140993947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:6:3:24:22:6:3:24:23 chrX 142285253 . C T 71.27 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00278741;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.877;QD=3.70217;RBI=0.0288739;REFB=-0.00450378;REVB=-0.028739;RO=65;SAF=9;SAR=4;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163445;STB=0.6152;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0249669;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:78:77:65:64:13:13:0.168831:4:9:37:28:4:9:36:28 chrX 142517782 . C T 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0177931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.507;QD=42.2069;RBI=0.0427092;REFB=-0.016597;REVB=0.0388262;RO=4;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347457;STB=0.518852;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00316668;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:15:9:2:2:15:9:2:2 chrX 142716114 . G A 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.000398194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.402;QD=3.24062;RBI=0.00165451;REFB=-0.00308622;REVB=0.00160588;RO=71;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490236;STB=0.533282;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0169321;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:8:5:30:41:8:5:30:41 chrX 142795225 . G A 143.75 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0356416;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.645;QD=21.2955;RBI=0.0388627;REFB=-0.0382539;REVB=0.0154913;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.536535;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0454929;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:11:12:15:15:0.555556:11:4:4:7:11:4:4:8 chrX 142967468 . T G 474.92 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0187906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1885;QD=46.334;RBI=0.0199482;REFB=-0.0517534;REVB=0.0066968;RO=4;SAF=12;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837858;STB=0.550868;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00417289;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:4:6:35:35:0.853659:23:12:3:1:23:12:4:2 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT 210.09 PASS AF=0,0.947368;AO=6,7;DP=20;FAO=0,18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448306,0.0501015;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=203.467,211.18;QD=44.2298;RBI=0.0464552,0.0528008;REFB=-0.0394811,-0.0416771;REVB=0.0121777,0.016666;RO=1;SAF=5,5;SAR=1,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0789211,-0.0796435;STB=0.5,0.533296;STBP=1,0.3;TYPE=del,del;VARB=-0.0107352,0.00452665;OID=.,.;OPOS=142968012,142968008;OREF=TTTTAT,TTTAT;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.947368:6,7:20:0,18:19:1:0,11:0,7:0:1:6:1:5,5:1,2:1:0 chrX 142968082 . A C 492.71 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00534406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.43;QD=46.9244;RBI=0.0263102;REFB=-0.0198455;REVB=0.0257618;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443024;STB=0.523796;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00276075;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:18:18:4:2:18:18:4:2 chrX 144904882 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.346;QD=51.9167;RBI=0.00917555;REFB=0;REVB=0.000431903;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56965e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 144905744 . T C 43.06 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00894707;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.003;QD=3.82718;RBI=0.013265;REFB=0.00145141;REVB=0.00979337;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30907;STB=0.749168;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0065327;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:49:45:41:38:7:7:0.155556:6:1:14:27:6:1:14:24 chrX 144910142 . G A 903.42 PASS AF=0.802326;AO=69;DP=86;FAO=69;FDP=86;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00432318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.441;QD=42.0195;RBI=0.00467941;REFB=-0.00694094;REVB=0.0017908;RO=17;SAF=19;SAR=50;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759822;STB=0.54047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00165741;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:17:17:69:69:0.802326:50:19:2:15:50:19:2:15 chrX 144910936 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.05;QD=60.6103;RBI=0.0167839;REFB=0;REVB=-0.0030342;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11486e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chrX 147014960 . C T 2326.21 PASS AF=0.969136;AO=155;DP=160;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0428074;FXX=0.0121944;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3436;QD=57.4372;RBI=0.0526792;REFB=-0.012274;REVB=-0.0307022;RO=5;SAF=69;SAR=86;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268526;STB=0.514122;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000443216;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:160:162:5:5:155:157:0.969136:86:69:0:5:86:71:0:5 chrX 147088249 . C T 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00312243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.923;QD=2.41496;RBI=0.00375503;REFB=-0.000771401;REVB=0.00208583;RO=70;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100412;STB=0.569103;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00543382;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:70:75:11:11:0.127907:4:7:39:31:4:7:42:33 chrX 147903704 . C T 1698.21 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400959;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.257;QD=60.6505;RBI=0.0486709;REFB=0;REVB=-0.0275895;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001965;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:41:71:0:0:41:71:0:0 chrX 147903927 . C T 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.805;QD=56.9329;RBI=0.0286494;REFB=0;REVB=0.0087158;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97137e-05;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:41:12:0:0:41:12:0:0 chrX 148622904 . G T 622.63 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00344822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.155;QD=48.8335;RBI=0.0106569;REFB=-0.0620634;REVB=0.0100836;RO=4;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111824;STB=0.50596;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00159796;OID=.;OPOS=148622904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:51:4:4:47:47:0.921569:27:20:2:2:27:20:2:2 chrX 148628489 . CA C,CT 204.05 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,15;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497201,0.00764327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.146,178.168;QD=48.0118;RBI=0.0213669,0.029046;REFB=0,0;REVB=-0.0207803,-0.0280223;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0420586,-0.000960599;OID=.,.;OPOS=148628490,148628490;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:2,15:17:1,16:17:0:1,7:0,9:0:0:5:0:2,6:0,9:0:0 chrX 149013727 . A G 196.39 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000110783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9424;QD=34.154;RBI=0.00513284;REFB=-0.025656;REVB=0.00513164;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461155;STB=0.502535;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0053128;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:11:7:2:3:11:7:2:3 chrX 149680554 . C T 747.08 PASS AF=0.769231;AO=59;DP=77;FAO=60;FDP=78;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0371126;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2257;QD=38.3115;RBI=0.0840178;REFB=-0.0604479;REVB=0.0753767;RO=17;SAF=15;SAR=44;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021673;STB=0.503267;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0161411;OID=.;OPOS=149680554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:17:18:59:60:0.769231:44:15:5:12:44:16:5:13 chrX 149826503 . G A 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0244948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.431;QD=47.1177;RBI=0.0278174;REFB=0.0309563;REVB=0.0131839;RO=2;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514717;STB=0.527755;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00176924;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:17:7:0:2:17:7:0:2 chrX 149931106 . C T 870.41 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.972;QD=56.1555;RBI=0.0507628;REFB=-0.0846604;REVB=0.00905328;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000837688;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:0:1:27:34:0:1 chrX 149933341 . T C 111.01 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00531137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.822;QD=5.04581;RBI=0.0260507;REFB=-0.0157708;REVB=-0.0255035;RO=70;SAF=2;SAR=16;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422322;STB=0.779405;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.05966;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:70:18:18:0.204545:16:2:25:45:16:2:25:45 chrX 150573543 . CT C 58.1 PASS AF=0.233577;AO=32;DP=139;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=71;FWDB=-0.0455122;FXX=0.0143875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2609;QD=1.69637;RBI=0.215623;REFB=-0.0448578;REVB=0.210765;RO=93;SAF=26;SAR=6;SRF=30;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575912;STB=0.847388;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0715073;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233577:32:139:32:137:105:26:6:34:71:58:93:26:6:30:63 chrX 150840686 . AGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG A 147.48 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00992499;FXX=0;HRUN=2;LEN=21;MLLD=410.118;QD=36.8699;RBI=0.0537173;REFB=0.00956893;REVB=0.0527924;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=-0.000932609;OID=.;OPOS=150840687;OREF=GGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:13:15:14:16:2:6:8:2:0:10:2:6:7:2:0 chrX 150840916 . C T 674.39 PASS AF=0.818182;AO=52;DP=64;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00266878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.596;QD=40.8719;RBI=0.036476;REFB=-0.0323411;REVB=0.0363783;RO=12;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934916;STB=0.548876;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0044915;OID=.;OPOS=150840916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:64:66:12:12:52:54:0.818182:30:22:2:10:31:23:2:10 chrX 150867321 . C T 943.78 PASS AF=0.853659;AO=70;DP=82;FAO=70;FDP=82;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.025575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.796;QD=46.0382;RBI=0.0307951;REFB=-0.0690516;REVB=0.017154;RO=11;SAF=32;SAR=38;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713045;STB=0.53069;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0116668;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:11:12:70:70:0.853659:38:32:2:9:38:32:3:9 chrX 150869267 . A G 962.5 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.841;QD=58.3332;RBI=0.0216583;REFB=0;REVB=0.00417362;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16837e-05;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chrX 151092220 . A G 633.39 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0108119;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3242;QD=35.1883;RBI=0.0281114;REFB=-0.0191914;REVB=-0.025949;RO=19;SAF=31;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029397;STB=0.515829;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00657124;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:19:19:53:53:0.736111:22:31:10:9:22:31:10:9 chrX 151092653 . G A 646.74 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00593848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8602;QD=41.063;RBI=0.00866067;REFB=-0.00946806;REVB=0.0063041;RO=11;SAF=24;SAR=28;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229518;STB=0.501228;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00175244;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:11:11:52:52:0.825397:28:24:5:6:28:24:5:6 chrX 151125971 . A G 1098.02 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.407;QD=60.1654;RBI=0.0476314;REFB=0;REVB=0.0454273;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234119;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chrX 151129822 . G A 1298.88 PASS AF=0.921569;AO=94;DP=103;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0233197;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.815;QD=50.9365;RBI=0.0267988;REFB=-0.0116833;REVB=-0.0132047;RO=8;SAF=28;SAR=66;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352562;STB=0.51866;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000620518;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:103:102:8:8:94:94:0.921569:66:28:4:4:66:28:4:4 chrX 151138179 . A C 1112.25 PASS AF=0.843137;AO=86;DP=102;FAO=86;FDP=102;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0299543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5893;QD=43.6176;RBI=0.0420854;REFB=-0.0221333;REVB=0.0295621;RO=16;SAF=29;SAR=57;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817896;STB=0.504347;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00376383;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:102:16:16:86:86:0.843137:57:29:5:11:57:29:5:11 chrX 151303393 . C T 446.18 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.308;QD=57.5723;RBI=0.0375651;REFB=0;REVB=-0.0211839;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229507;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chrX 151303596 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.267;QD=49.5992;RBI=0.0087916;REFB=0;REVB=0.00430168;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84713e-06;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chrX 151899913 . T C 1640.84 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000284111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.368;QD=60.2142;RBI=0.0132914;REFB=0;REVB=0.0132883;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62366e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:49:57:0:0:51:58:0:0 chrX 151904488 . C A 1082.31 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00425619;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.925;QD=56.2239;RBI=0.0164853;REFB=-0.00964324;REVB=-0.0159263;RO=3;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211179;STB=0.511173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00032624;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:3:3:74:74:0.961039:29:45:1:2:29:45:1:2 chrX 151935540 . G A 646.76 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00534698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.053;QD=41.0639;RBI=0.0360688;REFB=-0.0344125;REVB=-0.0356702;RO=11;SAF=21;SAR=31;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171093;STB=0.509156;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00995529;OID=.;OPOS=151935540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:11:11:52:52:0.825397:31:21:5:6:31:21:5:6 chrX 151935732 . A G 915.06 PASS AF=0.893333;AO=66;DP=74;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00855152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.791;QD=48.8031;RBI=0.0109848;REFB=-0.0459917;REVB=-0.00689479;RO=7;SAF=34;SAR=32;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413979;STB=0.529029;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00270997;OID=.;OPOS=151935732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:7:8:66:67:0.893333:32:34:2:5:32:35:2:6 chrX 152083006 . G C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9966;QD=59.4312;RBI=0.10432;REFB=0;REVB=0.0990409;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077199;OID=.;OPOS=152083006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chrX 152083012 . G A 481.47 PASS AF=0.944444;AO=36;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00388712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4842;QD=53.4962;RBI=0.0399577;REFB=0.00154509;REVB=0.0397682;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000745423;OID=.;OPOS=152083012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:0:2:36:34:0.944444:8:28:0:0:8:26:2:0 chrX 152083058 . CG AC,CA 470.35 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,30;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200343,0.119731;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=20.1526,57.6052;QD=57.0122;RBI=0.026769,0.132781;REFB=0,0;REVB=0.017754,0.0574045;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.108362,-0.014341;OID=.,.;OPOS=152083058,152083059;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:33:0:0:2,30:2,31:0.0606061,0.939394:2,8:0,22:0:0:2,8:0,23:0:0 chrX 152083089 . T G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00783828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.716;QD=57.8243;RBI=0.00865497;REFB=0.109004;REVB=0.00367012;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00221207;OID=.;OPOS=152083089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:1:0:18:20:1:0 chrX 152087569 . C G 32.7 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0283367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.775;QD=3.84697;RBI=0.154737;REFB=-0.0302769;REVB=0.15212;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656674;STB=0.911724;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.146234;OID=.;OPOS=152087569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:34:25:28:6:6:0.176471:5:1:20:5:5:1:22:6 chrX 152226542 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5876;QD=56.9988;RBI=0.0297777;REFB=0;REVB=0.00913923;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141588;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chrX 152227338 . C T 536.41 PASS AF=0.754098;AO=45;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00574593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.748;QD=35.1742;RBI=0.0136338;REFB=-0.0379261;REVB=0.0123638;RO=13;SAF=24;SAR=21;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214556;STB=0.518961;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00762676;OID=.;OPOS=152227338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:13:15:45:46:0.754098:21:24:7:6:21:25:7:8 chrX 152228332 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.111;QD=58.5846;RBI=0.0179423;REFB=0;REVB=0.0129144;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85679e-06;OID=.;OPOS=152228332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chrX 152228523 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1381;QD=39.1986;RBI=0.065916;REFB=0;REVB=0.065916;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386474;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chrX 152228776 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0889768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.551;QD=52.6132;RBI=0.089053;REFB=0;REVB=0.00368515;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635393;OID=.;OPOS=152228776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 152228778 . T G 261.95 PASS AF=0.954545;AO=22;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5837;QD=47.6264;RBI=0.0923331;REFB=-0.0159708;REVB=-0.0831412;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00646431;OID=.;OPOS=152228778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:22:21:0.954545:8:14:0:0:7:14:0:1 chrX 152613702 . A G 80.07 PASS AF=0.119497;AO=19;DP=159;FAO=19;FDP=159;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.00219121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.417;QD=2.01432;RBI=0.015559;REFB=-0.00263864;REVB=-0.0154039;RO=140;SAF=8;SAR=11;SRF=69;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891733;STB=0.563473;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0207859;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:159:159:140:140:19:19:0.119497:11:8:69:71:11:8:69:71 chrX 152613826 . G A 69.28 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-6.96516e-05;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.591;QD=2.43071;RBI=0.0215502;REFB=-0.00114172;REVB=-0.0215501;RO=102;SAF=5;SAR=10;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529316;STB=0.509791;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00740449;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:118:114:102:99:15:15:0.131579:10:5:38:64:10:5:34:65 chrX 152770230 . G A 2743.67 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242439;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.063;QD=62.0037;RBI=0.0367215;REFB=-0.0555043;REVB=0.0275808;RO=1;SAF=96;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22715e-05;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:178:177:1:0:176:177:1:80:96:1:0:80:97:0:0 chrX 152815089 . A G 600.22 PASS AF=1;AO=28;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950841;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.948;QD=61.5611;RBI=0.0950949;REFB=0;REVB=-0.0014346;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99566e-05;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:28:39:1:18:10:0:0:18:21:0:0 chrX 152823728 . G C 981.87 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1888;QD=58.6192;RBI=0.0747916;REFB=0;REVB=0.0226041;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940532;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:40:27:0:0 chrX 152846545 . T G 48.89 PASS AF=0.5;AO=3;DP=12;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00400851;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=143.63;QD=13.9691;RBI=0.0147637;REFB=0.00350976;REVB=0.0142091;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115134;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:12:14:0:7:3:7:0.5:2:1:0:0:4:3:3:4 chrX 152958290 . C T 203.53 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0667749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.313;QD=38.7668;RBI=0.0683177;REFB=-0.0169619;REVB=0.0144366;RO=3;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535712;STB=0.531879;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00326296;OID=.;OPOS=152958290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:21:3:3:17:18:0.857143:8:9:1:2:8:10:1:2 chrX 153010059 . G T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00404395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.119;QD=3.24567;RBI=0.0212093;REFB=-0.00678269;REVB=-0.0208202;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119426;STB=0.58509;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0304165;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:21:14:3:3:21:14 chrX 153010090 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0157333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3802;QD=4.41818;RBI=0.0163265;REFB=-0.0144808;REVB=0.00436091;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2959;STB=0.695151;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.047911;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:21:10:4:3:21:10 chrX 153010092 . G A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00738254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.803;QD=4.41846;RBI=0.0148879;REFB=-0.00339894;REVB=-0.0129286;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322673;STB=0.695151;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.019082;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:4:3:21:9:4:3:21:10 chrX 153039502 . G C 35.72 PASS AF=0.119048;AO=4;DP=42;FAO=5;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0816958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.909;QD=3.4017;RBI=0.0833496;REFB=-0.0147734;REVB=0.0165212;RO=29;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692653;STB=0.657527;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0243488;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:42:42:29:35:4:5:0.119048:3:1:6:23:4:1:12:23 chrX 153041544 . T C 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0459173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.525;QD=2.42286;RBI=0.0564249;REFB=-0.00795243;REVB=-0.0327928;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504773;STB=0.538334;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0701244;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:3:3:25:21:3:3:25:21 chrX 153042690 . AGGGGGGGGT AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG,AGGGGGGTGT 108.49 PASS AF=0.492754,0,0.057971;AO=19,9,3;DP=70;FAO=34,0,4;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18,0,4;FSAR=16,0,0;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.185758,-0.311166,-0.110853;FXX=0.0142837;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.98076,19.5314,233.435;QD=6.289;RBI=0.230853,0.321962,0.110877;REFB=-0.127564,-0.0549752,-0.0128108;REVB=0.137066,0.082677,-0.00233798;RO=28;SAF=7,9,3;SAR=12,0,0;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0948502,0.798625,0.658753;STB=0.612839,0.5,0.998146;STBP=0.073,1,0.006;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.119331,0,0.159522;OID=.,.,.;OPOS=153042691,153042698,153042697;OREF=G,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG,AGGGGGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492754,0,0.057971:19,9,3:70:34,0,4:69:31:18,0,4:16,0,0:9:22:82:28:7,9,3:12,0,0:8:20 chrX 153045812 . C T 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0206448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.815;QD=3.84161;RBI=0.0450849;REFB=-0.0103142;REVB=-0.0400805;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169267;STB=0.608469;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0507814;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:3:7:28:21:3:7:29:21 chrX 153049534 . CA C,CG 395.76 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=5,19;DP=27;FAO=5,24;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465016,0.041292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.8464,91.0335;QD=54.5871;RBI=0.0475361,0.0413591;REFB=0,0;REVB=0.00986318,0.00235571;RO=0;SAF=5,10;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0144146,0.00304929;OID=.,.;OPOS=153049535,153049535;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:5,19:27:5,24:29:0:4,14:1,10:0:0:16:0:5,10:0,9:0:0 chrX 153050159 . GA TC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104555;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.567;QD=33.4285;RBI=0.0213843;REFB=0;REVB=-0.0186539;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00143327;OID=.;OPOS=153050159;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrX 153050984 . G A 67.74 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.0124519;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1243;QD=2.31582;RBI=0.0212863;REFB=-0.001035;REVB=-0.0172643;RO=99;SAF=6;SAR=9;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785621;STB=0.510624;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00382637;OID=.;OPOS=153050984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:119:117:99:102:15:15:0.128205:9:6:39:60:9:6:42:60 chrX 153056311 . C CAG 859.93 PASS AF=0.82716;AO=64;DP=82;FAO=67;FDP=81;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.039584;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.068;QD=42.4658;RBI=0.049937;REFB=-0.0186557;REVB=0.0304436;RO=17;SAF=32;SAR=32;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115364;STB=0.503875;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=0.00599405;OID=.;OPOS=153056312;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.82716:64:82:67:81:14:35:32:7:7:79:17:32:32:9:8 chrX 153067740 . C G 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0304392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.509;QD=32.9751;RBI=0.0484151;REFB=-0.0293274;REVB=-0.0376494;RO=5;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346193;STB=0.692065;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0320256;OID=.;OPOS=153067740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:13:4:5:0:13:4:5:0 chrX 153070999 . G A 1499.38 PASS AF=0.791946;AO=118;DP=150;FAO=118;FDP=149;FR=.;FRO=31;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0248983;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.666;QD=40.2518;RBI=0.0249091;REFB=0.000373014;REVB=0.000732564;RO=30;SAF=58;SAR=60;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413177;STB=0.518532;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.000143887;OID=.;OPOS=153070999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:30:31:118:118:0.791946:60:58:18:12:60:58:18:13 chrX 153073319 . G A 55.26 PASS AF=0.0941176;AO=16;DP=169;FAO=16;FDP=170;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=84;FWDB=-0.0257037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.023;QD=1.3002;RBI=0.028401;REFB=-0.00385184;REVB=-0.0120804;RO=153;SAF=7;SAR=9;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239077;STB=0.515605;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0239973;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:169:170:153:154:16:16:0.0941176:9:7:70:83:9:7:70:84 chrX 153149708 . G GC 924.59 PASS AF=1;AO=67;DP=82;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213106;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=257.945;QD=48.0306;RBI=0.0290683;REFB=0;REVB=0.0197694;RO=7;SAF=43;SAR=24;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000183408;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:82:77:77:0:44:33:0:0:16:7:43:24:5:2 chrX 153149715 . C G 1116.8 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.371;QD=60.3673;RBI=0.0482823;REFB=0;REVB=-0.0456864;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143873;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chrX 153176254 . A G 31.82 PASS AF=0.117647;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0330156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.944;QD=2.49543;RBI=0.0330166;REFB=-0.00332408;REVB=-0.000252683;RO=45;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203404;STB=0.724892;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0375162;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:5:6:0.117647:3:2:11:34:3:3:11:34 chrX 153178459 . G GC 822.43 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00029711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3511;QD=45.0648;RBI=0.182605;REFB=0;REVB=0.182605;RO=3;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000113134;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:72:73:73:0:42:31:0:0:15:3:40:29:1:2 chrX 153218365 . C A 68.2 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0371471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6628;QD=5.5674;RBI=0.0688255;REFB=-0.00439508;REVB=0.05794;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156709;STB=0.510184;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.031024;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:5:5:20:19:5:5:20:19 chrX 153247954 . C T 89.77 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.119017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.991;QD=4.85264;RBI=0.119017;REFB=-0.0149136;REVB=0.000279301;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943819;STB=0.560358;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0560822;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:6:9:31:28:6:9:31:28 chrX 153248248 . G A 285.92 PASS AF=0.159459;AO=59;DP=370;FAO=59;FDP=370;FR=.;FRO=311;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=181;FSRR=130;FWDB=-0.0197779;FXX=0.00269535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.353;QD=3.09106;RBI=0.0415811;REFB=-0.0026366;REVB=-0.0365763;RO=308;SAF=40;SAR=19;SRF=179;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133533;STB=0.586641;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0141536;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:308:311:59:59:0.159459:19:40:179:129:19:40:181:130 chrX 153283753 . C T 1193.7 PASS AF=0.858491;AO=91;DP=106;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.032878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.536;QD=45.0454;RBI=0.039106;REFB=-0.0391972;REVB=0.0211735;RO=15;SAF=45;SAR=46;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742141;STB=0.503939;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00600083;OID=.;OPOS=153283753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:15:15:91:91:0.858491:46:45:7:8:46:45:7:8 chrX 153284192 . A G 1802.83 PASS AF=0.893617;AO=124;DP=140;FAO=126;FDP=141;FR=.;FRO=15;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00116998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.188;QD=51.144;RBI=0.00248911;REFB=-0.00679017;REVB=0.002197;RO=15;SAF=69;SAR=55;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901263;STB=0.503951;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000935696;OID=.;OPOS=153284192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:141:15:15:124:126:0.893617:55:69:9:6:55:71:9:6 chrX 153284483 . G A 383.52 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.108223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2682;QD=41.4614;RBI=0.145193;REFB=-0.0168748;REVB=0.0967924;RO=6;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848863;STB=0.55676;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00815055;OID=.;OPOS=153284483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:6:7:30:30:0.810811:17:13:1:5:17:13:1:6 chrX 153292180 . T C 268.54 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00285513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5528;QD=33.5678;RBI=0.0262366;REFB=-0.0337266;REVB=0.0260808;RO=7;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337054;STB=0.5185;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0194446;OID=.;OPOS=153292180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:32:32:7:7:20:20:0.625:13:7:2:5:13:7:2:5 chrX 153418514 . G A 196.98 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159347;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.564;QD=41.4694;RBI=0.0184046;REFB=-0.0241355;REVB=0.00920961;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.516759;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000667765;OID=.;OPOS=153418514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:1:2:17:17:0.894737:11:6:0:1:11:6:1:1 chrX 153418516 . G T 176.69 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8263;QD=41.5746;RBI=0.0364775;REFB=-0.0141573;REVB=0.0177328;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00279059;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chrX 153629155 . A G 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1619;QD=59.0411;RBI=0.0430354;REFB=0.0245089;REVB=-0.0291709;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00389309;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chrX 153633359 . G C 1078.64 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.032852;FXX=0.0253133;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.525;QD=56.0333;RBI=0.0471727;REFB=-0.0981065;REVB=0.0338528;RO=3;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185776;STB=0.501326;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000684368;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:77:3:3:73:74:0.961039:47:26:1:2:47:27:1:2 chrX 153649812 . CG C,CC 1566.01 PASS AF=0.00934579,0.990654;AO=16,88;DP=107;FAO=1,106;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294232,0.159861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.808,142.115;QD=58.5425;RBI=0.030244,0.159994;REFB=0,0;REVB=0.00699828,0.0065044;RO=0;SAF=12,22;SAR=4,66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07465e-08,-3.59293e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000958341,0.0016468;OID=.,.;OPOS=153649813,153649813;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00934579,0.990654:16,88:107:1,106:107:0:0,35:1,71:0:0:3:0:12,22:4,66:0:0 chrX 153693811 . C T 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00226601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.421;QD=1.52799;RBI=0.013825;REFB=-0.000416074;REVB=-0.013638;RO=94;SAF=6;SAR=4;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164802;STB=0.627126;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00353562;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:4:6:43:51:4:6:43:51 chrX 153694334 . C G 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.021468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.707;QD=3.54658;RBI=0.0429214;REFB=-0.0196051;REVB=-0.0371667;RO=38;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498024;STB=0.845137;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0449665;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:1:6:17:21:1:6:18:21 chrX 153695908 . G T 80.34 PASS AF=0.146789;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.0338391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.207;QD=2.94827;RBI=0.0375144;REFB=-0.00566199;REVB=-0.016194;RO=92;SAF=9;SAR=7;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314027;STB=0.525174;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0157858;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:108:109:92:93:16:16:0.146789:7:9:54:38:7:9:55:38 chrX 153696247 . G C 75.66 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=67;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0237279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8054;QD=4.45087;RBI=0.023867;REFB=-0.0177119;REVB=-0.00257355;RO=54;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248096;STB=0.680459;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.119831;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:68:54:55:12:13:0.191176:10:2:17:37:11:2:17:38 chrX 153760484 . C A 203.14 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186663;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.087;QD=45.1426;RBI=0.0453971;REFB=-0.00164069;REVB=0.041382;RO=1;SAF=16;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278054;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000660353;OID=.;OPOS=153760484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:1:16:1:0:1:16:1:0 chrX 153908497 . C G 591.45 PASS AF=0.78125;AO=48;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0130811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.351;QD=36.9655;RBI=0.0257805;REFB=-0.0238604;REVB=-0.0222152;RO=14;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204214;STB=0.609333;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00434155;OID=.;OPOS=153908497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:14:14:48:50:0.78125:25:23:0:14:25:25:0:14 chrX 153994596 . G T 1403.68 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000339274;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.302;QD=61.7002;RBI=0.0161898;REFB=-0.0141794;REVB=0.0161862;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=6.04917e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:48:42:0:0:48:42:0:1 chrX 154158201 . T G 560.38 PASS AF=0.90566;AO=45;DP=52;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00460427;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.12;QD=42.2924;RBI=0.0117428;REFB=-0.151742;REVB=0.0108025;RO=4;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366015;STB=0.513422;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0209789;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:52:53:4:5:45:48:0.90566:23:22:1:3:26:22:3:2 chrX 154456747 . A G 753.59 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.328;QD=61.5178;RBI=0.0331041;REFB=-0.0566161;REVB=0.00111123;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000282562;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chrX 155005254 . C T 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3791;QD=57.8826;RBI=0.0186169;REFB=0;REVB=-0.00162682;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010476;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chrX 155006050 . C T 133.07 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0247106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.928;QD=35.4864;RBI=0.055438;REFB=0.0103461;REVB=-0.0496262;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.547868;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0229667;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:3:10:1:0:3:10:1:1 chrX 155006982 . A T 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313953;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.885;QD=57.2359;RBI=0.0625856;REFB=0;REVB=0.0541414;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756496;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chrX 155007278 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.137892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5941;QD=41.6794;RBI=0.137962;REFB=0.0332098;REVB=0.00439607;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000875344;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:2:0:8:10:2:0 chrX 155008583 . G A 197.93 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6502;QD=46.5706;RBI=0.221243;REFB=0;REVB=0.218654;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00738438;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:3:13:0:0:4:13:0:0 chrX 155008671 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.79;QD=58.5878;RBI=0.0295245;REFB=0;REVB=0.0187087;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126579;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 155009102 . G A 908.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698788;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.454;QD=58.583;RBI=0.0701649;REFB=0;REVB=0.00632944;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458501;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chrX 155009225 . C A,T 491.32 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203657,0.00304191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.506,133.382;QD=57.8027;RBI=0.0302043,0.0119782;REFB=0,0;REVB=-0.0223056,0.0115855;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.149381,-0.00223565;OID=.,.;OPOS=155009225,155009225;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:1,22:1,10:0:0:1,22:1,10:0:0 chrX 155009661 . A C 546.41 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0634469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.06;QD=53.3078;RBI=0.0700596;REFB=0.0144867;REVB=-0.0297126;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141753;STB=0.508448;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00122129;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:41:3:3:37:38:0.926829:21:16:1:2:21:17:1:2 chrX 155009829 . C T 676.85 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0063027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.165;QD=60.1642;RBI=0.00919004;REFB=-0.150756;REVB=0.00668825;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017728;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000599449;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:0:1:26:18:0:1 chrX 155009856 . T C 534.69 PASS AF=0.843137;AO=42;DP=50;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0442786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.435;QD=41.9362;RBI=0.0442786;REFB=-0.00416459;REVB=-6.11124e-05;RO=8;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827802;STB=0.545169;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00106336;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:8:8:42:43:0.843137:26:16:1:7:26:17:1:7 chrX 155009935 . C A 524.4 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0169129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.465;QD=40.3385;RBI=0.0385524;REFB=-0.0331575;REVB=0.0346445;RO=9;SAF=11;SAR=32;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143383;STB=0.507689;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00510884;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:9:9:43:43:0.826923:32:11:2:7:32:11:2:7 chrX 155010062 . G A 524.97 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0513894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=56.753;RBI=0.0522414;REFB=-0.0450364;REVB=0.00939693;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000169198;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chrX 155010077 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.556;QD=59.0187;RBI=0.0202102;REFB=0;REVB=0.0194358;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60682e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chrX 155010230 . A C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2906;QD=60.2289;RBI=0.0741379;REFB=0;REVB=0.0571859;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110052;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chrX 155010308 . G A 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0731;QD=63.8633;RBI=0.0875597;REFB=0;REVB=-0.0869878;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125651;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chrX 155011012 . T C 581.81 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0253594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.517;QD=54.1219;RBI=0.0265204;REFB=-0.0205034;REVB=0.00776107;RO=3;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351465;STB=0.517151;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00477775;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:3:3:39:40:0.930233:16:23:1:2:17:23:1:2 chrX 155011216 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.32;QD=43.4862;RBI=0.0383819;REFB=0;REVB=0.0345897;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168307;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chrX 155011276 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.346;QD=47.8224;RBI=0.020371;REFB=0;REVB=0.0203061;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89847e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chrX 155011472 . T A 432.38 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00221017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.388;QD=48.0427;RBI=0.0284374;REFB=-0.0915572;REVB=0.0283514;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52776;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00239252;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:2:4:32:32:0.888889:16:16:1:1:16:16:1:3 chrX 155011926 . T C 716.47 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0197066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.333;QD=51.1762;RBI=0.0233309;REFB=-0.00451271;REVB=-0.0124892;RO=3;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019688;STB=0.510462;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000379473;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:28:25:2:1:28:25:2:1 chrX 155227464 . C T 1625.41 PASS AF=0.834483;AO=114;DP=138;FAO=121;FDP=145;FR=.;FRO=24;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0214695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.586;QD=44.8389;RBI=0.0371761;REFB=-0.020422;REVB=0.03035;RO=21;SAF=50;SAR=64;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172027;STB=0.506328;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00406501;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:145:21:24:114:121:0.834483:64:50:8:13:66:55:10:14 chrX 155235014 . C T 1265.44 PASS AF=0.925532;AO=85;DP=91;FAO=87;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00160571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7982;QD=53.8486;RBI=0.029195;REFB=-0.0408465;REVB=0.0291508;RO=6;SAF=38;SAR=47;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027588;STB=0.50925;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00290868;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:91:94:6:7:85:87:0.925532:47:38:4:2:48:39:4:3 chrX 155252758 . A G 97.56 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.112382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.319;QD=15.0098;RBI=0.112382;REFB=-0.02408;REVB=0.000175436;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.66637;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0360289;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:26:14:14:8:10:0.384615:6:2:3:11:5:5:3:11 chrX 155252868 . T A 59.67 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.039183;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.229;QD=3.45928;RBI=0.0872382;REFB=-0.0193308;REVB=-0.0779435;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644727;STB=0.534697;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0859557;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:72:69:57:58:11:11:0.15942:6:5:23:34:6:5:24:34 chrY 10034941 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.433;QD=33.4285;RBI=0.0838708;REFB=0;REVB=0.00978125;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187221;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrY 10035086 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.907;QD=33.4285;RBI=0.0360536;REFB=0;REVB=0.0358329;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377455;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrY 10035424 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=8;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.146147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9481;QD=28.5377;RBI=0.146236;REFB=-0.0434399;REVB=-0.00509088;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00402918;OID=.;OPOS=10035424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:8:7:0.875:4:4:0:0:3:4:0:1 chrY 10035433 . T C 70.13 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.353;QD=35.0642;RBI=0.0761544;REFB=0;REVB=0.0761051;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349352;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chrY 10035449 . G C 66.74 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151098;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.462;QD=38.1355;RBI=0.0101217;REFB=0;REVB=-0.0100083;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336917;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chrY 10036057 . GT AC,GA 709.77 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646948,-0.0130481;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=129.584,100.125;QD=61.7194;RBI=0.0169994,0.0619315;REFB=0,0;REVB=-0.0157203,-0.0605413;RO=0;SAF=29,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.13233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00299262,-0.00935293;OID=.,.;OPOS=10036057,10036058;OREF=GT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:46:46:0:0:43,3:43,3:0.934783,0.0652174:14,3:29,0:0:0:14,3:29,0:0:0 chrY 10036088 . A G 5806.84 PASS AF=1;AO=368;DP=368;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.597;QD=63.1178;RBI=0.0152597;REFB=0;REVB=-0.0117478;RO=0;SAF=233;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18028e-06;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:368:368:0:0:368:368:1:135:233:0:0:135:233:0:0 chrY 10036105 . T C 7715.21 PASS AF=1;AO=485;DP=489;FAO=487;FDP=487;FR=.;FRO=0;FSAF=352;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155027;FXX=0.0040899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.864;QD=63.3693;RBI=0.0359564;REFB=-0.0910626;REVB=0.0324428;RO=1;SAF=352;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533527;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:489:487:1:0:485:487:1:133:352:1:0:135:352:0:0 chrY 10036107 . T C 7959.31 PASS AF=1;AO=496;DP=500;FAO=496;FDP=496;FR=.;FRO=0;FSAF=361;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159771;FXX=0.00799984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.442;QD=64.188;RBI=0.0173015;REFB=0;REVB=-0.00663883;RO=0;SAF=361;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31426e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:500:496:0:0:496:496:1:135:361:0:0:135:361:0:0 chrY 10036132 . T C 8647.78 PASS AF=1;AO=547;DP=549;FAO=549;FDP=549;FR=.;FRO=0;FSAF=409;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630923;FXX=0.0036297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9669;QD=63.0075;RBI=0.0201977;REFB=-0.0440583;REVB=0.0191869;RO=0;SAF=407;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260106;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:549:549:0:0:547:549:1:140:407:0:0:140:409:0:0 chrY 10036156 . G C 8670.64 PASS AF=1;AO=543;DP=544;FAO=543;FDP=543;FR=.;FRO=0;FSAF=403;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308467;FXX=0.0018382;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.584;QD=63.8721;RBI=0.0181334;REFB=-0.0346854;REVB=0.0178691;RO=1;SAF=403;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32114e-05;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:544:543:1:0:543:543:1:140:403:0:1:140:403:0:0 chrY 10036164 . T C 8670.21 PASS AF=1;AO=540;DP=543;FAO=543;FDP=543;FR=.;FRO=0;FSAF=403;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342018;FXX=0.0018382;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.897;QD=63.8689;RBI=0.012516;REFB=-0.0305405;REVB=0.0120397;RO=0;SAF=401;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74428e-05;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:543:543:0:0:540:543:1:139:401:0:0:140:403:0:0 chrY 10036171 . A G 8685.31 PASS AF=1;AO=541;DP=543;FAO=544;FDP=544;FR=.;FRO=0;FSAF=404;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302842;FXX=0.00183483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.186;QD=63.8626;RBI=0.0306847;REFB=-0.0661082;REVB=-0.0049411;RO=1;SAF=402;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0652e-06;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:543:544:1:0:541:544:1:139:402:0:1:140:404:0:0 chrY 10036189 . C CCGTT 8512.83 PASS AF=1;AO=524;DP=542;FAO=535;FDP=535;FR=.;FRO=0;FSAF=398;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137013;FXX=0.00742101;HRUN=2;LEN=4;MLLD=208.427;QD=63.6473;RBI=0.014042;REFB=0;REVB=0.00307458;RO=8;SAF=390;SAR=134;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.983e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:524:542:535:535:0:398:137:0:0:46:8:390:134:7:1 chrY 10036204 . T C 8306.5 PASS AF=1;AO=523;DP=526;FAO=524;FDP=524;FR=.;FRO=0;FSAF=398;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223;FXX=0.00380221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.32;QD=63.4084;RBI=0.0728461;REFB=-0.025298;REVB=0.0693488;RO=1;SAF=397;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117292;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:526:524:1:0:523:524:1:126:397:1:0:126:398:0:0 chrY 10036229 . T C 6605.96 PASS AF=1;AO=419;DP=426;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=338;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967354;FXX=0.0163548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.257;QD=62.7645;RBI=0.0164972;REFB=0.00883557;REVB=0.0133634;RO=2;SAF=338;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17692e-05;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:426:421:2:0:419:421:1:81:338:2:0:83:338:0:0 chrY 10036233 . G C 6247.42 PASS AF=0.985366;AO=403;DP=409;FAO=404;FDP=410;FR=.;FRO=6;FSAF=328;FSAR=76;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.027206;FXX=0.00243303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.084;QD=60.9505;RBI=0.0518099;REFB=-0.0613602;REVB=-0.0440919;RO=6;SAF=327;SAR=76;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867534;STB=0.504532;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000518123;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:409:410:6:6:403:404:0.985366:76:327:6:0:76:328:6:0 chrY 10036269 . A G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.524;QD=60.4131;RBI=0.0392416;REFB=-0.0244328;REVB=0.0283931;RO=1;SAF=75;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627463;STB=0.503311;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000215699;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:8:75:1:0:8:75:1:0 chrY 10036277 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.681;QD=57.6807;RBI=0.0188332;REFB=0;REVB=-0.00969006;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69956e-06;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chrY 10036280 . A G 425.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.052;QD=54.912;RBI=0.0642844;REFB=0;REVB=0.0618558;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530514;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:7:22:0:0:7:24:0:0 chrY 10036405 . ACCC ACCA,AC 105.91 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=8,2;DP=11;FAO=8,3;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037038,-0.0123102;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=191.152,16.7963;QD=38.5131;RBI=0.0554046,0.0176734;REFB=0,0;REVB=0.041205,0.012681;RO=0;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.62;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00367068,0.151998;OID=.,.;OPOS=10036408,10036406;OREF=C,CC;OALT=A,-;OMAPALT=ACCA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727:8,2:11:8,3:11:0:3,3:5,0:0:0:13:0:3,2:5,0:0:0 chrY 10036422 . C T 76.12 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0166594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.49;QD=25.3732;RBI=0.019873;REFB=0.000963596;REVB=0.010835;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290717;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00365114;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:5:3:3:0:6:3:3:0 chrY 10036438 . C T 174.99 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170546;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.997;QD=43.7469;RBI=0.041454;REFB=-0.0742955;REVB=-0.0377832;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00791134;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:0:1:15:15:0.9375:8:7:0:0:8:7:1:0 chrY 10036483 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.571;QD=56.1914;RBI=0.0223801;REFB=0;REVB=0.0215323;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103186;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrY 10036486 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.473;QD=56.1913;RBI=0.0500725;REFB=0;REVB=0.0498847;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197895;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chrY 10036503 . T C 88.31 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00615045;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.918;QD=13.0836;RBI=0.0148621;REFB=-0.00696694;REVB=0.0135297;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362939;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0254991;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:8:16:11:11:0.407407:7:4:7:1:7:4:7:9 chrY 10036512 . G A 97.78 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0323516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7451;QD=13.487;RBI=0.0324242;REFB=-0.055388;REVB=-0.00216907;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.585219;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0721502;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:7:9:8:4:8:9 chrY 10036518 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0422998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.966;QD=19.0178;RBI=0.0465064;REFB=0.00362257;REVB=-0.0193281;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00819809;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:14:15:0.517241:7:7:5:7:8:7:5:9 chrY 10036519 . G A,GTTGA 107.75 PASS AF=0.107143,0.357143;AO=2,10;DP=27;FAO=3,10;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1,4;FSAR=2,6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0247886,0.000513771;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=135.618,195.21;QD=15.3924;RBI=0.0349508,0.00107939;REFB=-0.0248055,-0.00628537;REVB=0.0246392,0.000949269;RO=15;SAF=1,4;SAR=1,6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.033478,-0.0687321;STB=0.614598,0.540901;STBP=0.698,0.772;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0131956,0.0111913;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:27:28:15:15:2,10:3,10:0.107143,0.357143:1,6:1,4:7:8:2,6:1,4:7:8 chrY 10036530 . ACCC GCCA,GCCC 208.84 PASS AF=0.0555556,0.5;AO=2,15;DP=33;FAO=2,18;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1,5;FSAR=1,13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0140404,-0.00326643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=284.415,165.761;QD=23.2043;RBI=0.0140488,0.00623316;REFB=-0.0258991,-0.0475069;REVB=0.000485391,-0.00530874;RO=11;SAF=1,3;SAR=1,12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246437,-0.0799786;STB=0.641551,0.526996;STBP=0.738,0.758;TYPE=mnp,snp;VARB=0.017741,0.0437941;OID=.,.;OPOS=10036530,10036530;OREF=ACCC,A;OALT=GCCA,G;OMAPALT=GCCA,GCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:33:36:11:12:2,15:2,18:0.0555556,0.5:1,12:1,3:3:8:1,13:1,5:4:8 chrY 10036545 . T C 534.22 PASS AF=0.878049;AO=35;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00450226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.73;QD=52.1189;RBI=0.0130388;REFB=0.000281482;REVB=0.0122368;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143552;STB=0.506604;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00129637;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:41:3:3:35:36:0.878049:20:15:1:2:21:15:1:2 chrY 10036549 . A C 229.14 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0304967;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.426;QD=23.5011;RBI=0.0305034;REFB=-0.0174368;REVB=0.000642406;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121483;STB=0.57481;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00702804;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:13:8:9:8:14:8:9:8 chrY 10036552 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0260696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.186;QD=12.942;RBI=0.0342509;REFB=-0.0016637;REVB=-0.0222148;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183615;STB=0.607122;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00465811;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:9:16:7:8:9:16 chrY 10036561 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.018759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.945;QD=23.0884;RBI=0.0250105;REFB=-0.00146674;REVB=0.0165417;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243875;STB=0.636665;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00141393;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:11:7:15:7:11:7 chrY 10036586 . TG CA,CG 280.27 PASS AF=0.206897,0.62069;AO=6,18;DP=29;FAO=6,18;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=3,8;FSAR=3,10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0162576,0.00764049;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=171.397,133.226;QD=38.6575;RBI=0.018858,0.010726;REFB=-0.00620512,0.00431221;REVB=0.00955582,0.00752795;RO=5;SAF=3,8;SAR=3,10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0757641,-0.0617306;STB=0.545304,0.533943;STBP=0.816,0.558;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0175923,-0.0371862;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:29:29:5:5:6,18:6,18:0.206897,0.62069:3,10:3,8:3:2:3,10:3,8:3:2 chrY 10036590 . T G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0238292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.284;QD=4.81088;RBI=0.0257576;REFB=-0.00244445;REVB=-0.00977883;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255635;STB=0.517184;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.020513;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:11:12:3:3:11:12 chrY 10036600 . C CG 73.3 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00505787;FXX=0.190386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3746;QD=17.2461;RBI=0.149205;REFB=0.0590111;REVB=0.149119;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608985;STB=0.812733;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=-0.0487128;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:9:25:9:17:8:1:8:5:3:58:15:1:8:10:5 chrY 10036606 . A G 78.47 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00396554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.456;QD=14.9475;RBI=0.0219747;REFB=-0.019643;REVB=-0.0216139;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447363;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0283333;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:8:1:5:6:8:2:5:6 chrY 10036613 . T G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00705678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.59;QD=15.8821;RBI=0.0135882;REFB=0.00422882;REVB=-0.0116121;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.68252;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0104886;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:5:5:8:2:5:5 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 172.87 PASS AF=0.2,0.133333,0.666667;AO=3,2,9;DP=16;FAO=3,2,10;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,3;FSAR=2,1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292625,-0.0149476,-0.0662653;FXX=0.062461;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=154.373,42.4671,73.0004;QD=46.0996;RBI=0.034773,0.0189106,0.0687897;REFB=0,0,0;REVB=-0.0187849,-0.0115837,-0.0184645;RO=0;SAF=1,1,2;SAR=2,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.0178767,0.0291223,0.00813108;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:17:16:15:0:0:3,2,9:3,2,10:0.2,0.133333,0.666667:2,1,7:1,1,2:0:0:2,1,7:1,1,3:0:0 chrY 10036627 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0121836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.67;QD=17.6438;RBI=0.0262965;REFB=-0.0316528;REVB=0.0233038;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0323512;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:4:3:7:2:4:3 chrY 10036638 . A G 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0256913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.587;QD=17.23;RBI=0.0257083;REFB=0.015581;REVB=-0.00093418;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0179259;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chrY 10036672 . A G 38.12 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.245;QD=21.7852;RBI=0.128337;REFB=-0.0185561;REVB=-0.0248799;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00177479;OID=.;OPOS=10036672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:1:1:5:6:0.857143:4:1:0:1:4:2:0:1 chrY 10037768 . T C 2782.9 PASS AF=0.862069;AO=200;DP=234;FAO=200;FDP=232;FR=.;FRO=32;FSAF=79;FSAR=121;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00757081;FXX=0.00854664;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.266;QD=47.981;RBI=0.0118939;REFB=-0.00493352;REVB=0.00917314;RO=31;SAF=79;SAR=121;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149918;STB=0.510593;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000666423;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:31:32:200:200:0.862069:121:79:14:17:121:79:15:17 chrY 10037786 . G A 72.19 PASS AF=0.0879121;AO=24;DP=269;FAO=24;FDP=273;FR=.;FRO=249;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=104;FSRR=145;FWDB=-0.000519064;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.737;QD=1.05767;RBI=0.0336406;REFB=-0.00425469;REVB=-0.0336366;RO=245;SAF=11;SAR=13;SRF=104;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405536;STB=0.53755;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0359149;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:269:273:245:249:24:24:0.0879121:13:11:104:141:13:11:104:145 chrY 10037791 . C G 3580.6 PASS AF=0.893238;AO=251;DP=281;FAO=251;FDP=281;FR=.;FRO=30;FSAF=106;FSAR=145;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000782399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.029;QD=50.9694;RBI=0.020042;REFB=-0.0153924;REVB=0.0200267;RO=30;SAF=106;SAR=145;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919219;STB=0.504845;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000942357;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:30:30:251:251:0.893238:145:106:14:16:145:106:14:16 chrY 10037797 . T C 3583.82 PASS AF=0.878472;AO=251;DP=288;FAO=253;FDP=288;FR=.;FRO=35;FSAF=109;FSAR=144;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0106179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.175;QD=49.7752;RBI=0.0263141;REFB=-0.0391741;REVB=0.0240768;RO=34;SAF=107;SAR=144;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343886;STB=0.503257;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00566768;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:34:35:251:253:0.878472:144:107:15:19:144:109:16:19 chrY 10037807 . T C 3991.66 PASS AF=0.911765;AO=268;DP=299;FAO=279;FDP=306;FR=.;FRO=27;FSAF=126;FSAR=153;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0415213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=52.1786;RBI=0.0482369;REFB=-0.0268838;REVB=0.0245516;RO=27;SAF=120;SAR=148;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592195;STB=0.502659;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00343396;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:299:306:27:27:268:279:0.911765:148:120:13:14:153:126:13:14 chrY 10037819 . T C 3834.73 PASS AF=0.888179;AO=273;DP=314;FAO=278;FDP=313;FR=.;FRO=35;FSAF=129;FSAR=149;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0134142;FXX=0.006349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.349;QD=49.0062;RBI=0.0819216;REFB=-0.115298;REVB=0.0808159;RO=37;SAF=129;SAR=144;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152532;STB=0.503988;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0176407;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:313:37:35:273:278:0.888179:144:129:15:22:149:129:15:20 chrY 10037877 . G GC 1791.16 PASS AF=0.991342;AO=190;DP=265;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.067622;FXX=0.0294105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.6672;QD=31.0158;RBI=0.11196;REFB=0.0377407;REVB=0.089232;RO=61;SAF=103;SAR=87;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230851;STB=0.500323;STBP=0.867;TYPE=ins;VARB=0.0130116;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991342:190:265:229:231:2:123:106:1:1:20:61:103:87:30:31 chrY 10037891 . CA CC,CG 2376.3 PASS AF=0.0294118,0.923529;AO=15,90;DP=175;FAO=5,157;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2,85;FSAR=3,72;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0656335,0.0806194;FXX=0.0116272;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.313,192.8;QD=55.913;RBI=0.0662935,0.0810255;REFB=-0.0376062,-0.0625761;REVB=-0.00933099,-0.00810184;RO=7;SAF=8,24;SAR=7,66;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188936,-0.0977829;STB=0.705136,0.5102;STBP=0.34,0.246;TYPE=snp,snp;VARB=0.021791,0.00232333;OID=.,.;OPOS=10037892,10037892;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0294118,0.923529:15,90:175:5,157:170:8:2,85:3,72:6:2:15:7:8,24:7,66:6:1 chrY 10037899 . T C 1990.9 PASS AF=0.95;AO=132;DP=139;FAO=133;FDP=140;FR=.;FRO=7;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00670506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.997;QD=56.8829;RBI=0.00671028;REFB=-0.00834377;REVB=-0.000264618;RO=7;SAF=79;SAR=53;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115411;STB=0.505895;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000452341;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:139:140:7:7:132:133:0.95:53:79:5:2:53:80:5:2 chrY 10037912 . T G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.11;QD=61.8518;RBI=0.0295964;REFB=0;REVB=-0.00369546;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25903e-05;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chrY 10037914 . T C 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.205;QD=61.6919;RBI=0.0314956;REFB=0;REVB=0.0203839;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127206;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chrY 13262908 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9808;QD=42.1825;RBI=0.0238199;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881535;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chrY 13262943 . AC A 277.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.8119;QD=44.438;RBI=0.0869035;REFB=0;REVB=0.0853997;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00510537;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:19:6:0:0:5:0:19:6:0:0 chrY 13262950 . G A 249.35 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00358452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.425;QD=33.2469;RBI=0.00533353;REFB=-0.0284821;REVB=-0.0039494;RO=8;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606059;STB=0.533302;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0116378;OID=.;OPOS=13262950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:6:16:5:3:6:16:5:3 chrY 13263067 . A T 751.14 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.565;QD=42.9223;RBI=0.162992;REFB=0;REVB=0.123227;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105466;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:70:0:0:63:70:1:43:20:0:0:43:27:0:0 chrY 13263091 . G A 892.04 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000748969;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.254;QD=56.6377;RBI=0.036733;REFB=-0.157183;REVB=0.0367254;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00134297;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:39:23:0:0:39:23:0:1 chrY 13263170 . A C 144.84 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.635;QD=44.5647;RBI=0.0529896;REFB=0;REVB=0.00542166;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323331;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chrY 13263265 . T G 61.99 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.28;QD=35.4218;RBI=0.166599;REFB=0;REVB=0.133109;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599573;OID=.;OPOS=13263265;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:4:1:0:0:5:2:0:0 chrY 13263304 . C T 55.46 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.694;QD=31.689;RBI=0.0318991;REFB=0;REVB=0.0162945;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416798;OID=.;OPOS=13263304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:3:1:0:0:5:2:0:0 chrY 21152662 . CAA C 212.23 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0557538;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=42.1707;QD=24.2547;RBI=0.0566641;REFB=0.0333173;REVB=0.0101156;RO=10;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182528;STB=0.589255;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=-0.0146025;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685714:24:35:24:35:11:7:17:6:5:57:10:7:17:6:4 chrY 21152701 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.404;QD=59.8388;RBI=0.0137306;REFB=0;REVB=-0.00951528;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75906e-06;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chrY 21152719 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.355;QD=57.2026;RBI=0.030483;REFB=0;REVB=0.0111089;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103177;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrY 21153581 . T A 162.74 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00693481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.417;QD=10.0147;RBI=0.0158045;REFB=-0.00558056;REVB=0.0142018;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924245;STB=0.554202;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00878708;OID=.;OPOS=21153581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:8:14:24:19:8:14:24:19 chrY 21153609 . T C 866.78 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0312759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4519;QD=53.3403;RBI=0.0531455;REFB=-0.0520236;REVB=0.0429682;RO=3;SAF=34;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398519;STB=0.52112;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0029459;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:28:34:3:0:28:34:3:0 chrY 21154426 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00776255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.736;QD=20.5465;RBI=0.00787241;REFB=-0.00442653;REVB=0.0013106;RO=22;SAF=18;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.5999;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00291244;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:4:18:15:7:4:18:15:7 chrY 21154466 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0335;QD=59.4346;RBI=0.0495371;REFB=0;REVB=-0.00786834;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510151;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0